Jabarkan Kabupaten Gunungkidul menyempadani: dari Kabupaten Gunung Kidul dalam bahasa melayu

Provinsi Jawa Tengah di utara dan timur;

Lautan Hindi di selatan; serta

Kabupaten Bantul dan Kabupaten Sleman di barat.

Ia terdiri daripada 18 buah kecamatan yang dibahagikan pula kepada sejumlah desa dan kelurahan. Pusat pemerintahannya di Kecamatan Gunungkidul. Sebahagian besar wilayah kabupaten ini merupakan kawasan perbukitan dan pergunungan kapur, yakni sebahagian daripada Pegunungan Sewu, manakala sebahagiannya yang lain merupakan daerah tandus yang sering mengalami bencana pada musim kemarau.