Jabarkan Undang-Undang Dasar '45 dari Soekarno dalam bahasa melayu

Pada Mac 1960, Sukarno membubarkan parlimen dan menggantikannya dengan parlimen baru di mana separuh ahli telah dilantik oleh presiden (Dewan Perwakilan Rakjat - Gotong Rojong/DPR-GR). Pada September 1960, beliau menubuhkan Majlis Musyawarah Rakyat (Madjelis Permusjawaratan Rakjat Sementara/MPRS) sebagai badan perundangan tertinggi mengikut perlembagaan 1945. Anggota MPRS terdiri daripada ahli-ahli DPR-GR dan ahli-ahli "kumpulan berfungsi" yang dilantik oleh presiden.

Dengan sokongan tentera, Sukarno membubarkan parti Islam Masyumi dan parti Sutan Sjahrir PSI, menuduh mereka terlibat dengan urusan PRRI-Permesta. Tentera menangkap dan memenjarakan banyak pihak politik Sukarno, dari Sjahrir sosialis kepada ahli politik Islam Mohammad Natsir dan Hamka. Dengan menggunakan kuasa undang-undang tentera, surat khabar ditutup kerajaan yang kritis terhadap dasar Sukarno.

Dalam tempoh ini, terdapat beberapa percubaan pembunuhan terhadap kehidupan Sukarno. Pada 9 Mac 1960, Daniel Maukar, seorang lutut angkatan udara Indonesia yang bersimpati dengan pemberontakan Permesta, mengkritik Istana Merdeka dan Istana Bogor dengan jet pejuang MiG-17, cuba membunuh presiden; beliau tidak cedera. Pada Mei 1962, agen-agen Darul Islam menembak Presiden semasa solat Aidiladha atas dasar istana. Sukarno sekali lagi mengalami kecederaan.

Di depan keamanan, tentera memulakan siri kempen yang berkesan yang mengakhiri pemberontakan Darul Islam yang lama memusnahkan di Jawa Barat (1962), Aceh (1962), dan Sulawesi Selatan (1965). Kartosuwirjo, pemimpin Darul Islam, ditangkap dan dibunuh pada September 1962.

Untuk mengimbangi kuasa tentera, Sukarno mula bergantung pada sokongan Partai Komunis Indonesia (PKI). Pada tahun 1960, beliau mengisytiharkan kerajaannya berdasarkan Nasakom, kesatuan tiga helai ideologi yang ada dalam masyarakat Indonesia: nasionalisme, agama, dan komunisme. Sehubungan itu, Sukarno mula mengakui lebih banyak komunis masuk ke kerajaannya, sambil membangun hubungan yang erat dengan pengerusi PKI Dipa Nusantara Aidit.

Untuk meningkatkan martabat Indonesia, Sukarno menyokong dan memenangi tawaran untuk Sukan Asia 1962 yang diadakan di Jakarta. Banyak kemudahan sukan seperti kompleks sukan Senayan (termasuk 100,000 kerusi Stadium Bung Karno) dibina untuk menampung permainan. Terdapat ketegangan politik ketika rakyat Indonesia menolak masuknya delegasi dari Israel dan Taiwan. Selepas Jawatankuasa Olimpik Antarabangsa mengenakan sekatan terhadap Indonesia disebabkan oleh dasar pengecualian ini, Sukarno membalas dengan menganjurkan acara pesaing "bukan-imperialis" ke Sukan Olimpik, yang dipanggil Games of New Emerging Forces (GANEFO). GANEFO berjaya di Jakarta pada November 1963, dan dihadiri oleh 2,700 atlet dari 51 negara.

Sebagai sebahagian daripada program bangunan prestijnya, Sukarno mengarahkan pembinaan bangunan besar monumental seperti Monumen Nasional, Masjid Istiqlal, Jakarta, Bangunan CONEFO (sekarang Bangunan Parlimen), Hotel Indonesia, dan pusat perbelanjaan Sarinah untuk mengubah Jakarta dari bekas air kolonial ke sebuah kota moden. Jalan-jalan Jakarta Selatan Jalan Thamrin, Jalan Sudirman, dan Jalan Gatot Subroto dirancang dan dibina di bawah Sukarno.