Jabarkan Aceh dari Abdurrahman Wahid dalam bahasa melayu

Pada bulan Mac 2000, Kerajaan Wahid mula membuka rundingan dengan Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Dua bulan kemudian, pada bulan Mei, kerajaan telah menandatangani memorandum persefahaman dengan GAM berlarutan sehingga awal tahun 2001, yang mana masa kedua-dua penandatangan akan melanggar perjanjian.

Rundingan lain ke arah perdamaian

Pada bulan Mac 2000, Wahid mencadangkan resolusi 1966 Provisional Rakyat Dewan Perundingan (MPRS) pada pengharaman Marxsisme-Leninisme ditarik balik.

Wahid juga bergerak untuk mewujudkan hubungan perdagangan dengan Israel, yang menimbulkan kemarahan banyak kumpulan Islam Indonesia. Ini adalah salah satu isu yang timbul dalam taklimat yang diberikan kepada delegasi parlimen Palestin pada tahun 2000 oleh Riddhi Awad, duta mereka ke Indonesia. Satu lagi isu adalah keahlian Wahid dalam Peres Yayasan Shimon. Kedua-dua Wahid dan Menteri Luar beliau Alwi Shihab mengambil kesalahan pada gambaran yang tidak tepat presiden Indonesia, dan Alwi dipanggil untuk penggantian Awad. Walau bagaimanapun, Nurcholis Madjid menegaskan bahawa berkecuali peribadi Wahid ke arah konflik Israel-Palestin harus tunduk kepada perasaan "majoriti" rakyat Indonesia, yang menyokong Palestin.

Wahid melawat Israel enam kali. Dalam temu bual pada 2004, beliau berkata, "Saya rasa terdapat persepsi salah bahawa agama Islam adalah tidak bersetuju dengan Israel. Ini adalah disebabkan oleh propaganda Arab. Kita perlu membezakan antara orang-orang Arab dan Islam. Sesetengah orang di Indonesia mendakwa bahawa saya adalah kaki tangan yang bagi Barat, tetapi hakikat bahawa saya semakin popular sepanjang masa menghalau idea ini, dan menunjukkan bahawa ini adalah pandangan hanya sebilangan kecil golongan elit. Saya selalu berkata bahawa China dan Kesatuan Soviet mempunyai atau mempunyai ateisme sebagai sebahagian daripada perlembagaan mereka, tetapi kita mempunyai hubungan jangka panjang dengan kedua-dua negara-negara itu, maka Israel mempunyai reputasi sebagai sebuah negara yang mempunyai tinggi menganggap Tuhan dan agama -.. ada maka tidak ada sebab kita perlu terhadap Israel".