Jabarkan 2009–11 dari Lionel Messi dalam bahasa melayu

Musim pertama Messi tanpa kecederaan dalam kempen 2008-09 menyaksikan beliau menjaringkan 38 gol dalam 51 perlawanan, serta sejumlah 100 gol bersama Eto'o dan pemain sayap Henry dalam kesemua kejohanan, sebuah rekod kelab dicipta pada ketika itu.

Musim pertama beliau di bawah kendalian pengurus Barcelona baru, bekas kapten Pep Guardiola, Messi banyak bermain di bahagian sayap kanan, seperti yang beliau lakukan di bawah Rijkaard sebelum ini, namun begitu, kini beliau bertindak sebagai pemain sayap palsu yang memiliki kebebasan untuk memintas di bahagian dalam dan berkeliaran di bahagian tengah. Dalam perlawanan Clásico pada 2 Mei 2009, beliau buat pertama kali bermain sebagai false nine, diletakkan di posisi penyerang tengah tetapi diturunkan di bahagian tengah untuk bergandingan bersama Xavi dan Andrés Iniesta. Beliau mengumpan bola untuk gol pertama dan menjaringkan dua gol untuk memenangi perlawanan tersebut, yang berkesudahan 6-2, keputusan paling terbaik pasukan di Stadium Santiago Bernabéu. Kembali di posisi sayap, beliau bermain di perlawanan akhir buat pertama kali setelah menjadi pemain utama pada 13 Mei, menjaringkan 1 gol dan membantu dalam mendapatkan gol kedua di mana Barcelona mengalahkan Athletic Bilbao 4–1 untuk memenangi kejohanan Copa del Rey. Dengan 23 gol liga dari Messi musim itu, Barcelona dinobatkan sebagai juara La Liga tiga hari kemudian dan mencapai kejuaraan berganda buat kali kelima.

Kekal sebagai penjaring gol terbanyak musim Champions League, serta penjaring gol termuda dalam sejarah kejohanan, Messi menambah dua gol lagi serta membantu dalam membantu dua gol lagi untuk memenangi perlawanan suku akhir ke atas Bayern Munich dengan keputusan 4-0. Beliau kembali berperanan sebagai false nine sewaktu perlawanan akhir UEFA Champions League pada 27 Mei di Rome, menentang pasukan Manchester United. Barcelona dinobatkan sebagai juara Eropah setelah memenangi perlawanan dengan jaringan 2-0, gol kedua hasil dari tandukan Messi menewaskan penjaga gol Edwin van der Sar. Barcelona kemudiannya berjaya melakarkan kejayaan treble dalam sejarah bola sepak Sepanyol. Kejayaan ini dilihat memberi kesan kepada kontrak baru Messi, yang ditandatangani beliau pada 18 September, yang akan tamat pada tahun 2016 mengandungi terma klausa perpindahan baru sebanyak €250 juta, dan gajinya dinaikkan kepada €12 juta. Kejayaan demi kejayaan yang dikecapi pasukannya diteruskan pada separuh kedua 2009, di mana Barcelona buat pertama kali mencapai kejuaraan sextuple, memenangi enam buah trofi utama yang ditawarkan dalam setahun. Selepas kemenangan yang dikecapi dalam piala Supercopa de España dan UEFA Super Cup pada bulan Ogos, Barcelona memenangi Piala Dunia Kelab FIFA menentang kelab Estudiantes de La Plata pada 19 Disember, di mana Messi menjaringkan gol kemenangan dengan menggunakan dadanya. Pada umur 22 tahun, Messi memenangi anugerah Ballon d'Or dan Pemain Terbaik Dunia FIFA, di mana beliau mendapat perbezaan undian terbanyak berbanding calon-calon lain.

Ketidakselesaan beliau dengan posisi sayap kanan, Messi bersambung bermain sebagai false nine pada awal tahun 2010, bermula dengan perlawanan peringkat pusingan 16 Champions League menentang VfB Stuttgart. Selepas berkeputusan seri pada perlawanan pertama, Barcelona memenangi perlawanan timbal balik 4-0 dengan dua gol dijaringkan Messi. Pada masa itu, beliau berperanan sebagai titik tumpuan taktikal bagi pasukan kendalian Guardiola ini, dan kadar jaringan gol beliau juga meningkat. Messi menjaringkan sejumlah 47 gol dalam kesemua kejohanan musim itu, menyamai rekod jaringan gol yang dilakukan oleh Ronaldo pada musim 1996-97. Beliau juga menjaringkan keempat-empat gol dalam perlawanan suku akhir Champions League menentang Arsenal pada 6 April dan merupakan penjaring terbanyak Barcelona sepanjang zaman dalam Champions League. Walapun Barcelona disingkirkan dalam perlawanan separuh akhir menentang juara Champions League musim itu, Inter Milan, Messi mengakhiri musim Eropah sebagai penjaring gol terbanyak (dengan 8 gol) buat kali kedua berturut-turut. Sebagai penjaring gol terbanyak liga dengan 34 gol, beliau membantu Barcelona memenangi kejuaraan liga kali kedua berturut-turut dengan hanya mengalami satu kekalahan sahaja.

Messi membantu Barcelona menjulang piala pertama untuk musim 2010-11, Supercopa de España, menjaringkan hat-trick yang membawa kepada kemenangan 4-0 ke atas Sevilla dalam perlawanan timbal balik, selepas kekalahan yang dialami dalam perlawanan pertama. Berperanan sebagai perancang, beliau sekali lagi membantu pasukannya dalam perlawanan Clásico pada 29 November 2010, di mana pasukannya menang 5-0 ke atas Real Madrid yang dipimpin oleh pengurus José Mourinho. Messi membantu pasukannya mencapai 16 kemenangan liga berturut-turut, sebuah rekod dicipta dalam sejarah bola sepak Sepanyol, diakhiri dengan jaringan hat-trick ketika menentang Atlético Madrid pada 5 Februari 2011. Prestasi yang ditunjukkan beliau dalam membantu pasukan kelabnya pada tahun 2010 membolehkan beliau memenangi anugerah FIFA Ballon d'Or, anugerah pertama di bawah kelolaan FIFA dan juga Pemain Terbaik Dunia FIFA, walaupun kemenangannya dikritik kerana tiada kejuaraan yang dimenangi ketika bersama pasukan Argentina dalam Piala Dunia FIFA 2010.

Menjelang akhir musim, Barcelona berdepan dengan empat perlawanan El Clásico dalam masa 18 hari. Perlawanan pertama melibatkan perlawanan liga pada 16 April yang berkeputusan seri hasil sepakan penalti yang disudahkan Messi. Selepas pasukan Barcelona kalah dalam perlawanan akhir Copa del Rey, Messi menjaringkan dua gol dalam masa 15 minit yang membawa kepada kemenangan 2-0 dalam perlawanan pertama pusingan separuh akhir Champions League, di mana babak sebelum gol kedua dilihat sebagai larian solo terbaik apabila Messi mengelecek sehingga 5 orang pemain lawan sebelum menjaringkan gol melepasi Iker Casillas. Walaupun beliau tidak menjaringkan gol dalam perlawanan timbal balik, peranan penting beliau menyaksikan pasukan Barcelona mara ke perlawanan akhir Champions League, di mana Barcelona menentang Manchester United, ulangan kepada perlawanan akhir yang diadakan dua tahun lalu. Dalam perlawanan akhir ini, Messi menjaringkan satu daripada tiga gol yang membawa keputusan pasukannya menang 3-1. Di akhir musim, Barcelona memenangi kejuaraan liga buat tiga kali berturut-turut serta memenangi kejuaraan UEFA Champions League. Messi menjaringkan sejumlah 31 gol liga, ditambah dengan pembantu gol terbanyak liga dengan 18 kali. Beliau mengakhiri musim dengan 53 gol dan 24 kali pembantu gol dalam kesemua kejohanan, menjadikan beliau penjaring gol terbanyak kelab dalam satu musim serta pemain pertama dalam sejarah bola sepak Sepanyol mencapai penanda aras 50 gol.