Jabarkan Revolusi Nasional Indonesia dari Suharto dalam bahasa melayu

Dua hari selepas penyerahan Jepun di Pasifik, pemimpin kemerdekaan Sukarno dan Hatta mengisytiharkan kemerdekaan Indonesia dan masing-masing dilantik menjadi Presiden dan Wakil Presiden Republik baru. Suharto membubarkan pasukannya mengikut perintah dari perintah Jepun, dan kembali ke Yogyakarta. Ketika kumpulan republikan meningkat untuk menegaskan kemerdekaan Indonesia, Suharto bergabung dengan unit baru tentera Indonesia yang baru terbentuk. Atas dasar pengalaman PETA beliau, beliau dilantik sebagai timbalan komander, dan kemudian menjadi komander batalion ketika pasukan republik secara rasminya dibentuk pada Oktober 1945. Suharto terlibat dalam memerangi tentera Bersekutu di sekitar Magelang dan Semarang, dan kemudiannya dilantik sebagai ketua briged sebagai Leftenan Kolonel, setelah memperoleh penghormatan sebagai komandan lapangan. Pada tahun-tahun awal Perang ini, beliau menganjurkan angkatan bersenjata tempatan ke dalam Batalion X Rejimen I; Suharto dinaikkan pangkat menjadi Mejar dan menjadi pemimpin Batalion X.

Ketibaan Sekutu, di bawah mandat untuk mengembalikan keadaan ke status quo ante bellum, dengan cepat membawa kepada pertelagahan antara republik dan pasukan bersekutu Indonesia, iaitu pihak Belanda yang kembali serta pihak British yang membantu. Suharto mengetuai tentera Divisyen X untuk menghentikan pendahuluan oleh Brigade T ("Tiger") pada 17 Mei 1946. Beliau mendapat penghormatan Leftenan Kolonel Sunarto Kusumodirjo, yang menjemputnya untuk merangka garis panduan kerja untuk Ibu Pejabat Pemimpin Pertempuran (MPP), sebuah badan yang diwujudkan untuk menganjurkan dan menyatukan struktur komando Pasukan Kebangsaan Indonesia. Angkatan tentera Republik Indonesia yang masih baru ini terus-menerus disusun semula. Pada bulan Ogos 1946, Suharto menjadi ketua Rejimen ke-22 Bahagian III ("Bahagian Diponegoro") yang ditempatkan di Yogyakarta. Pada akhir 1946, Bahagian Diponegoro bertanggungjawab untuk mempertahankan barat dan barat daya Yogyakarta dari pasukan Belanda. Keadaan pada masa itu dilaporkan oleh sumber Belanda sebagai menyedihkan; di mana Suharto sendiri dilaporkan membantu sindiket penyeludupan dalam pengangkutan candu melalui wilayah yang dikendalikannya untuk menghasilkan pendapatan. Pada September 1948, Suharto dihantar untuk bertemu dengan Musso, pengerusi Partai Komunis Indonesia (PKI) dalam percubaan yang gagal dalam perdamaian damai pemberontakan komunis di Madiun.

Pada Disember 1948, pihak Belanda melancarkan "Operasi Kraai" yang mengakibatkan penangkapan Sukarno (pada ketika itu dilantik memimpin Wehrkreise III yang terdiri daripada dua batalion, yang melancarkan perang gerila melawan Belanda dari bukit-bukit di selatan Yogyakarta. dan Hatta serta pengepungan ibu kota Yogyakarta. Dalam serbuan subuh pada 1 Mac 1949, pasukan Suharto dan pasukan tempatan menawan semula bandar itu, menahannya sehingga tengah hari. Laporan Suharto menganggapnya sebagai plot tunggal, walaupun sumber lain mengatakan Sultan Hamengkubuwono IX Yogyakarta dan Panglima Divisyen Ketiga mengarahkan serangan itu. Bagaimanapun, Ketua Umum Abdul Nasution berkata bahawa Suharto sangat berhati-hati dalam menyediakan "Serangan Umum". Orang awam yang menyokong fahaman Republikan di dalam kota ini dikerahkan bersama-sama, menyebabkan Belanda tewas dalan perang gerila ini. Di peringkat antarabangsa, Majlis Keselamatan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu menekankan Belanda menghentikan serangan tentera serta memulakan semula rundingan, yang akhirnya membawa kepada penarikan Belanda dari kawasan Yogyakarta pada bulan Jun 1949 dan penyelesaian pemindahan kedaulatan pada Disember 1949. Suharto bertanggungjawab untuk pengambilalihan Kota Yogyakarta dari penarikan Belanda pada bulan Jun 1949.

Semasa Revolusi tersebut berlangsung, Suharto berkahwin dengan Siti Hartinah (dikenali sebagai Tien), anak perempuan seorang bangsawan kecil dalam kerabat Mangkunegaran Solo. Perkahwinan yang diatur ini kekal hingga kematian Tien pada tahun 1996. Siti Hardiyanti Rukmana (lahir di Tutut, 1949), Sigit Harjojudanto (lahir 1951), Bambang Trihatmodjo (lahir 1953), Siti Hediati ("Titiek Suharto", lahir tahun 1959), Hutomo Mandala Putra (Tommy, lahir 1962), dan Siti Hutami Endang Adiningish (Mamiek, lahir 1964). Kelas atasan Jawa membenarkan isteri menjalankan perdagangan ringan untuk menambahkan belanjawan keluarga, membolehkan suaminya menjaga maruahnya dalam peranan rasminya. Urusan komersial dari Tien, anak-anak dan cucu-cucunya menjadi luas sehingga lama-kelamaan menjejaskan jawatan presiden Suharto.