Jabarkan 1990-2000: Selamat Tinggal Singapura dari Piala Malaysia dalam bahasa melayu

Kedah akhirnya merangkul Piala Malaysia apabila menewaskan Singapura pada 1990 manakala Johor berjaya membalas dendam keatas Selangor pada kekalahan mereka 1986. Trio pemain import Johor yang cukup terkenal ketika itu ialah Ervin Boban, Abbas Saad dan Alistair Edwards. Pahang juga tidak melepaskan peluang membawa pulang Piala Malaysia pada tahun berikutnya setelah menafikan Kedah untuk menjuarai kali kedua. Singapura akhirnya memenangi juara berganda pada tahun 1994 apabila pasukan Republik itu menewaskan pasukan Pahang 4-0 di stadium Shah Alam. Namun berita paling mengejutkan ialah penarikan diri oleh pasukan Singapura daripada kancah bola sepak Malaysia. Setelah 70 tahun lebih mencipta kejayaan dalam Piala Malaysia, Singapura tidak lagi sebagai pesaing mahupun pencabar bermula tahun 1995. Keputusan dibuat setelah terdapat beberapa perkara yang tidak dipersetujui oleh kedua-dua pihak antara Persatuan Bolasepak Singapura dengan Persatuan Bolasepak Malaysia. Selangor memenangi "hat-trick" pada 1995, 1996 dan 1997. Ini merupakan "hat-trick" kali ketiga bagi Selangor. Azman Adnan, Rusdi Suparman, Chris Kiwomya dan Alexander Freeman antara pemain yang memainkan watak utama dalam kejayaan Selangor. Pada tahun 1998, Piala Malaysia dilangsungkan di Stadium baru iaitu Stadium Nasional Bukit Jalil, Kuala Lumpur. Perak sekali lagi mengukir nama sebagai pasukan pertama memenangi piala tersebut selepas menewaskan Terengganu. Pada 1999, Brunei menjuarai Piala Malaysia untuk pertama kali di mana perlawanan akhir yang pertama melibatkan kedua-dua pasukan adalah dari Borneo. Kejayaan Brunei juga menyaksikan Stadium Merdeka digunakan untuk kali terakhir bagi venue akhir Piala Malaysia. Perak menutup abad ke-20 dengan mendakap Piala Malaysia yang terakhir setelah menewaskan Negeri Sembilan.

2001-2008: Permulaan Alaf Baru yang Seimbang

Terengganu mendakap Piala Malaysia untuk pertama kali dan merupakan juara yang pertama di abad ke-21 setelah menewaskan Perak pada 2001. Selangor masih bermaya dengan merangkul dua Piala Malaysia pada 2002 dan 2005. Pada tahun 2005 tersebut, Selangor menjuarai tiga kejohanan iaitu, Piala FA, Liga Perdana dan Piala Malaysia. Perlis juga berjaya menempatkan nama sebagai pasukan yang telah memenangi Piala Malaysia pada 2004 dan 2006 manakala pada tahun 2005 sebagai naib juara. MPPJ FC menjadikan kelab pertama memenangi Piala Malaysia setelah menundukkan Sabah. Kini, Kedah mencipta sejarah sebagai pasukan pertama memenangi ketiga-tiga piala selama dua musim berturut-turut. Mereka merangkul Piala Liga Super, Piala FA dan Piala Malaysia pada 2007 dan 2008.

2009-2013: Negeri Sembilan vs Kelantan

Pasukan Negeri Sembilan dan Kelantan mewarnai pentas akhir Piala Malaysia dalam tempoh 2009-2013 ini bilamana kedua-dua pasukan bertemu pada 2009 yang dimenangi oleh Negeri Sembilan.