Coba jelasin 2002–2006: Bina semula dari Alex Ferguson dalam bahasa melayu dong

Pada Jun 2002, Ferguson melantik Carlos Queiroz sebagai pembantu baharu, pengesyoran dari Andy Roxburgh, ini disebabkan United ingin meninjau pemain bola hemisfera selatan dan mahukan jurulatih berbilang bahasa maka Queiroz terus dilantik. Pada Julai 2002, United membayar £29.3 juta untuk Rio Ferdinand dari Leeds United. Memecahkan rekod British dan Ferguson langsung tidak risau.

Pada musim 2002-03, United mengalami kesukaran pada awal musim, paling teruk dalam masa 13 tahun. Beberapa pemain telah mengalami pembedaran menjadikan satu pertaruhan kecil untuk Ferguson, kekalahan kepada Manchester City menyebabkan pasukan ini mengubah cara permainan. Reputasi United meningkat pada musim itu walaupun ditewaskan oleh Liverpool dalam Piala Liga 2003 dan mereka berjaya mengatasi Arsenal untuk memenangi kejuaraan liga untuk kali kelapan pada Mei 2003. Pasukan itu ditewaskan pada perlawanan suku akhir oleh Real Madrid dalam Liga Juara-Juara Eropah.

Selepas semusim di United, Queiroz pergi menguruskan Real Madrid pada Jun 2003 dan Ferguson tidak menandatangani sesiapa untuk dijadikan sebagai pengganti. Pada musim panas, Beckham berpindah ke Real Madrid manakala Veron sertai Chelsea. United dalam masa yang membina semula pasukan; Tim Howard menggantikan Barthez, Kleberson, Eric Djemba-Djemba dan Cristiano Ronaldo ditandatangani. Ronaldinho hampir ditandatangani United tetapi gagal mencapai persetujuan.

Pada Disember 2003, Ferdinand dikenakan hukuman untuk lapan bulan apabila gagal menghadirkan diri dalam ujian dadah, Ferguson menyalahkan penguji dadah kerana tidak mencari Ferdinand. Tanpa kehadiran Ferdinand, pertahanan United agak mundur di Liga Perdana pada musim 2003-04; pasukan itu berada di kedudukan ketiga belakang "Tanpa Tewas" Arsenal dan Chelsea. Di Eropah, mereka kalah di tangan pemenang Porto, tetapi United menamatkan musim itu dengan kemenangan Piala FA mengalahkan Millwall 3-0 dalam perlawanan akhir.

Pada permulaan musim 2004-05, Wayne Rooney telah ditandatangani dan menjadi pemain muda paling mahal yang ditandatangani lebih £20 juta, dan pertahan Argentina, Gabriel Heinze menyertai United manakala Ronaldo meneruskan prestasinya yang mantap. Tetapi kekurangan serangan selepas van Nistelrooy disahkan cedera menyebabkan pasukan itu berada di tempat ketiga untuk empat musim. Mereka tewas Piala FA kepada Arsenal dalam penalti, tewas kepada AC Milan dalam Liga Juara-Juara dan kalah kepada Chelsea (pemenang liga) dalam Piala Liga. Ferguson menang dalam perlawanan ke-1000 menentang Olympique Lyonnais dalam keputusan 2-1.

Ferguson bersiap sedia untuk musim 2005-06 tetapi digangu oleh pemegang saham John Magnier apabila dia dan J.P. McManus bersetuju untuk menjual saham mereka kepada Malcolm Glazer, yang menunjukkan Glazer mempunyai kuasa penuh terhadap kelab itu. Walaupun mendapat protes dari peminat, dan gangguan untuk Ferguson melengkapkan pasukan, United berjaya menandatangani Edwin van der Sar dan Park Ji-Sung untuk mengatasi masalah penjaga gol dan pemain tengah.

Pada 18 November, Roy Keane meninggalkan kelab itu apabila tamat kontrak. United gagal untuk layak ke perlawanan kalah mati dalam Liga Juara-Juara Eropah. Pada pemindahan musim bulan Januari, United menandatangani Nemanja Vidic dan Patrice Evra; United berjaya memenangi kedudukan kedua dalam liga, dibelakang Chelsea. Kedudukan Ruud van Nistelrooy di United agak terancam apabila tidak bermain dalam perlawanan akhir Piala Liga, dan meninggalkan kelab itu pada akhir musim. United memenangi Piala Liga pada musim itu.