Jabarkan Persaraan kedua dari Kabinet dari Tony Tan Keng Yam dalam bahasa melayu

Tan meletakkan jawatan sebagai Timbalan Perdana Menteri dan Menteri Penyelaras Keselamatan dan Pertahanan pada 1 September 2005. Selepas bersara daripada Kabinet, Tan menjadi pengerusi Yayasan Penyelidikan Negara, dan timbalan pengerusi Penyelidikan Inovasi dan Majlis Enterprise. Beliau juga Pengarah Eksekutif Kerajaan Singapura Investment Corporation (GIC), dan Pengerusi Singapore Press Holdings Limited (SPH).

Tempoh Tan di GIC bertepatan dengan langkah yang signifikan ke arah ketelusan dalam aktiviti-aktiviti dana pelaburan itu. Pada September 2008 GIC mengeluarkan siri laporan tahunan pengurusan portfolio GIC. Tahun 2008 adalah tahun krisis kewangan dan GIC mengalami kerugian yang ketara.

Tan telah berkhidmat sebagai penaung banyak organisasi, termasuk Singapore Dance Theatre, Singapore Computer Society, SJI Antarabangsa, Duke-NUS Medical School, dan Kelab MIT Singapura. Pada Mei 2011, beliau dinamakan sebagai penaung pertama Hospis Park Dover.

Tan telah dianugerahkan pingat oleh Persatuan Dasar Luar pada tahun 2011 untuk "kepimpinan dan perkhidmatan".