Jabarkan Khalid Sheikh Mohammed dari Serangan 11 September 2001 dalam bahasa melayu

Wartawan Yosri Fouda untuk saluran televisyen Arab, Al Jazeera melaporkan pada April 2002, Khalid Sheikh Mohammed mengakui pelibatannya di samping Ramzi bin al-Shibh, dalam "operasi Selasa Kudus". Laporan Suruhanjaya 9/11 mendapati bahawa kemarahan terhadap Amerika Syarikat yang dirasai oleh Khalid Sheikh Mohammed, "dalang utama" serangan 9/11, "bukannya [berpunca] daripada pengalamannya di situ sebagai mahasiswa, tetapi daripada kecamannya terhadap dasar luar A.S. yang menyebelahi Israel".

Mohamed Atta turut berkongsi dorongan ini. Ralph Bodenstein, seorang bekas rakan sekelas Atta, menyifatkannya sebagai "sebenarnya paling didorong oleh... perlindungan A.S. ke atas politik Israel di rantau itu (Timur Tengah)". Abdulaziz al-Omari, seorang perampas Penerbangan 11 bersama Mohamed Atta, berkata dalam video wasiatnya, "Kerja saya merupakan pesanan kepada sesiapa yang mendengar saya dan semua orang yang melihat saya; pada masa yang sama, ia merupakan pesanan kepada para kafir supaya meninggalkan semenanjung Arab dalam keadaan tertumpas serta berhenti menghulurkan bantuan kepada Yahudi yang pengecut di Palestin."

Khalid Sheikh Mohammed juga merupakan penasihat dan pembiaya pengeboman World Trade Center pada tahun 1993. Beliau juga bapa saudara kepada Ramzi Yousef, ketua pengebom dalam serangan itu.

Khalid Sheikh Mohammed diberkas pada 1 Mac 2003 di Rawalpindi, Pakistan oleh pihak berkuasa Pakistan yang bekerjasama dengan CIA, dan kini sedang ditahan di Teluk Guantanamo. Ketika dibicarakan di A.S. pada Mac 2007, Sheikh Mohammed sekali lagi mengakui bertanggungjawab atas serangan itu, dengan berkata "Saya bertanggungjawab atas operasi 9/11 dari pangkal hingga hujung." Mohammed membuat pengakuan itu setelah diseksa dengan dicurahi air. Pada November 2009, Peguam Negara AS, Eric Holder mengumumkan bahawa Mohammed dan empat lagi konco yang disyaki akan dipindahkan dari Teluk Guantanamo, Cuba untuk dibicarakan di mahkamah awam dekat bekas tapak World Trade Center di New York. Holder meluahkan rasa yakin bahawa para yang tertuduh akan dibicarakan secara adil dan "telus kepada rakyat dan mata dunia".