Jabarkan Moto dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Kuala Lumpur dalam bahasa melayu

Cogan kata ini menjadi moto sekolah ini,

berdasarkan sistem ajaran Islam yang syumul, di mana setiap insan

digesa supaya menuntut ilmu pengetahuan yang berguna, apabila dia

sudah berilmu pengetahuan hendaklah pula dia beramal dengan ilmu yang

diperolehinya itu bagi dirinya sendiri kemudian hendaklah disebarkannya pula

kepada kaum keluarga dan masyarakat sekelilingnya

Mencapai kecemerlangan kurikulum dan kokurikulum.

Melahirkan pelajar yang mengamalkan akhlak mulia.

Membentuk generasi pelajar sebagai pemimpin yang boleh diteladani.

Melahirkan pelajar yang mempunyai ketahanan diri dalam menghadapi cabaran budaya yang bercanggah dengan nilai-nilai Islam.

Menyediakan pelajar yang dapat memberi sumbangan yang berkesan bagi memenuhi keperluan negara dan ummah.

Sekolah ini telah ditubuhkan pada 1 Januari 1988. Pendaftaran pelajar sulungnya telah terima secara rasminya oleh Yang Berbahagia Puan Hajjah Badiah bt. Abdul Manan , Pengarah Pelajaran, Jabatan Pelajaran Wilayah Persekutuan ketika itu.  Untuk sementara waktu, pelajar putera sekolah ini ditempatkan di S.M. Wangsa Maju, Seksyen 2, Wangsa Maju, Setapak, Kuala Lumpur, manakala pelajar puteri pula ditempatkan di S.M. Puteri Wilayah, Jalan Sultan Sulaiman, Kuala Lumpur.

Setelah 5 tahun, pelajar-pelajar SMKAKL dipindahkan ke bangunan sendiri yang terletak di Bandar Menjalara, Kepong. Bangunan baru ini dibina di kawasan seluas 19 ekar dan dilengkapi dengan pelbagai kemudahan untuk keselesaan pelajarnya seperti surau, dewan makan, asrama putera dan puteri, dewan besar, padang dan gelanggang permainan serta rumah guru dan kakitangan. Bangunan yang tersergam indah ini telah mula diduduki oleh pelajar putera pada 26 Disember 1993.

Semakin matang usia SMKAKL, banyak kemajuan telah dicapai. Kini sekolah ini telah pun mempunyai 2 buah makmal komputer, perpustakaan, bilik gerakan dan mini auditorium. Bukan itu sahaja, malah SMKAKL pernah dipilih sebagai salah sebuah sekolah perintis bersama 13 buah sekolah lain diseluruh Malaysia bagi projek Rangkaian Munsyi. Dalam projek ini, SMKAKL dilengkapi dengan sebuah Pusat Sumber Elektronik di mana 14 buah komputer dan sebuah ‘server’ disediakan. Di bawah projek yang diusahakan bersama Bahagian Teknologi Pendidikan, Kementeran Pendidikan Malaysia dan Telekom Malaysia Berhad ini mendedahkan pelajar-pelajar dan guru-guru kepada Internet dan multimedia dalam pembelajaran dan pengajaran. Di bawah projek yang sama, Pusat Sumber SMKAKL (Perpustakaan) dilengkapi dengan sistem pengurusan berkomputer. Dalam pada masa yang sama projek-projek keceriaan sedang giat dijalankan dalam usaha memprindahkan lagi persekitaran sekolah. Atas kesungguhan warga SMKAKL, SMKAKL telah dipilih untuk mewakili Wilayah Persekutuan dalam Pertandingan 3K – Kebersihan, Keceriaan dan Kesihatan. SMKAKL juga memenangiAnugerah Johan Kurikulum Sekolah Menengah Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur (1995) dan Anugerah Sekolah Harapan Negara Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur (1996).

Mulai 2 Januari 2014, Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Kuala Lumpur merupakan salah sebuah sekolah SMKA yang dipilih oleh Kementerian Pelajaran Malaysia yang akan melaksanakan Tahfiz Model Ulul Albab (TMUA). TMUA merupakan gabungan antara Kurikulum Kebangsaan, Kurikulum Bersepadu Tahfiz (KBT) dan program Ulul Albab yang berasaskan pendekatan Quranik, Ensiklopedik dan Ijtihadik.