Jabarkan Ditangkap di Kannur, 1509 dari Alfonso de Albuquerque dalam bahasa melayu

Alfonso tiba ke Kannur di persisiran Malabar pada Disember 1508, dan membuka surat berekat yang diutuskan oleh Raja sebelum wizurai Dom Francisco de Almeida, yang akan jadi gabenor selepas Almeida.Alfonso mendapat jawatan sebagai gabenor: semasa melantik Wizurai Francisco de Almeida, Baginda Raja berwaad tidak akan melantik satu pun lagi selagi baginda hidup dan ia mungkin kerana baginda khuatir perkongsian kuasa yang kedudukan tersebut lambangkan. Wizurai itu, dengan bantuan pegawai yang tinggalkan Alfonso di Hormuz, mendapat perintah diraja yang sama tetapi enggan patuh, dan membantah kerana penggal beliau tamat pada bulan Januari dan beliau berhasrat untuk tebus kematian anaknya dengan melawan tentera laut Mamluk Amir Husain Al-Kurdi, lalu menolak tawaran Alfonso untuk bertarung demi jawatan tersebut. Alfonso mengelak pergolakan yang jika berlaku pasti mencetuskan perang, dan berpindah ke Kochi dan menantikan perintah lanjut daripada Raja, sambil mengurus rombongan pengiringnya. Beliau dikatakan oleh Fernão Lopes de Castanheda yang beliau berdepan dengan pembangkang yang memihak kepada Almeida dengan sabar. Oleh kerana beliau semakin keseorangan, beliau menulis sepucuk surat kepada Diogo Lopes de Sequeira, yang berlabuh ke India baru-baru itu, tetapi Sequeira sebaliknya menjadi pengikut Almeida. Pada masa yang sama pula, Alfonso menolak cubaan daripada pihak lawan Almeida untuk merampas sahaja kuasanya.

Pada 3 Februari 1509, Almeida berperang dalam Pertempuran Diu menentang armada Mamluk, Uthmaniyah, Zamorin dari Kalikut, dan Sultan Gujarat, untuk menebus nyawa anaknya yang terkorban. Kemenangannya muktamad: Uthmaniyah dan Mamluk meninggalkan Lautan Hindi, melanjutkan usia pemerintahan Portugis seratus tahun lagi. Pada bulan Ogos, setelah sebuah petisyen yang dikemukakan oleh bekas pegawai Alfonso, dengan bantuan Diogo Lopes de Sequeira, Alfonso diguling daripada jawatannya untuk memerintah dan dihantarkan ke dalam tahanan Kota St. Angelo di Kannur.Whitewayy, R. S. (1995). The Rise of Portuguese Power in India (1497–1550) [Kebangkitan Kuasa Portugis di India]. m/s 126. ISBN 978-81-206-0500-8.

Pada bulan September 1509, Sequeira gagal untuk berhubung dengan Sultan Melaka dan terpaksa meninggalkan 19 banduan Portugis.

Sebagai gabernor of India Portugis, 1509–1515

Alfonso dibebaskan tiga bulan kemudian, menaiki armada Marsyal Portugal ke Kannur.Neto, Ricardo Bonalume (1 April 2002). "Lightning rod of Portuguese India [Pengalir kilat India Portugis]". MHQ: The Quarterly Journal of Military History [MHQ: Jurnal Suku Tahunan Berkenaan Sejarah Ketenteraan]. Cowles Enthusiast Media Spring. m/s 68. Marsyal Portugis itu merupakan bangsawan terkemuka untuk melawat India, dan beliau bawa sebuah armada dengan lima belas kapal dan 3,000 anak kapal dihantar oleh Raja untuk pertahankan hak Alfonso, dan untuk merampas Kalikut.

Pada 4 November 1509, Alfonso naik menjadi Gabenor Kedua Negeri India dan memegang jawatan itu sehingga mati. Almeida pulang pada tahun 1510, Alfonso kemudian gunakan seluruh tenaganya. Beliau berhasrat untuk tawan dunia Islam dan kawal perdagangan rempah.

Sebenarnya Raja Manuel I dan ahli istana di Lisbon cuba untuk bahagikan kuasa kepada tiga bidang di Lautan Hindi. Pada tahun 1509, seorang bangsawan bernama Diogo Lopes de Sequeira dihantar dengan sebuah armada ke Asia Tenggara untuk berunding dengan Sultan Mahmud Shah dari Melaka tetapi gagal dan pulang ke Portugal. Jorge de Aguiar diberikan kuasa di rantau antara Tanjung Harapan dan Gujarat. Beliau disusuli oleh Duarte de Lemos tetapi beliau berangkat ke Kochin dan kemudian ke Portugal, meninggalkan armadanya di tangan Alfonso.