Jabarkan Jawatan presiden Megawati dari Susilo Bambang Yudhoyono dalam bahasa melayu

Pada 23 Julai 2001, dalam Sidang Khas, MPR mendesak Wahid dan menggantikannya dengan Megawati sebagai Presiden. Beberapa hari kemudian ketika MPR berkumpul untuk memilih Naib Presiden baru, Yudhoyono melemparkan namanya ke dalam hat dan bertanding menentang Akbar Tanjung dan Partai Persatuan Pembangunan (PPP) Hamzah Haz dari Golkar. Yudhoyono dan Akbar kalah kepada Hamzah yang menjadi naib presiden.

Yudhoyono dilantik sebagai jawatan lama Menteri Penyelaras Hal Ehwal Politik dan Keselamatan di kabinet baru Megawati. Selepas pengeboman Bali pada Oktober 2002, beliau menyelia perburuan dan penangkapan mereka yang bertanggungjawab, dan mendapat reputasi baik di Indonesia dan di luar negara sebagai salah satu daripada beberapa ahli politik Indonesia yang serius mengenai Perang Terorisme. Pidato senasa ulang tahun satu tahun pengeboman Bali (di mana banyak warga Australia terbunuh) dipuji oleh media Australia dan orang awam.

Yudhoyono juga berurusan dengan Gerakan Aceh Merdeka (GAM), gerakan pemisah yang ingin memisahkan Wilaayh Aceh dari Indonesia. Atas nasihatnya, Megawati mengisytiharkan undang-undang tentera di Aceh pada 19 Mei 2003. Undang-undang tentera ini kemudian dilanjutkan pada bulan November 2003.