Jabarkan Tahanan ISA dari Kamarudin Jaffar dalam bahasa melayu

Pada 22 September 1998, beliau dan 12 pemimpin lain ditahan di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA) Seksyen 73(1)(A) . Turut ditahan ialah

Anwar Ibrahim, Timbalan Perdana Menteri Malaysia

Ruslan Kassim,Ketua Pemuda UMNO Negeri Sembilan

Kamarudin Md Nor, ADUN Semarak

Ahmad Zahid Hamidi, Ketua Pemuda UMNO dan ahli parlimen Bagan Datoh

Ahmad Azam Abdul Rahman, Presiden ABIM

Mukhtar Redhuan, Timbalan Presiden ABIM

Shaharuddin Badaruddin, Setiausaha Agung ABIM

Abdul Halim Ismail, Naib Presiden ABIM

Kamarudin Jaffar, Pengerusi Institut Kajian Dasar

Tamunif Mokhtar, Ketua Bahagian UMNO Cheras

Abdul Manan, Presiden Persatuan Pelajar Islam Malaysia (?)

Prof. Dr. Sidek Baba, UIAM

Dipecat UMNO dan menyertai PAS

Pada 6 Julai 1999, Majlis Tertinggi UMNO memecat sembilan anggota parti, termasuk Ketua Bahagian UMNO Tumpat, Datuk Kamaruddin Jaafar, kerana terbabit dengan kegiatan membantu dan menyertai parti pembangkang, ekoran pemecatan rakan ABIMnya, Anwar Ibrahim. Timbalan Perdana Menteri Malaysia dan Naib Presiden Umno Datuk Seri Abdullah Ahmad Badawi menghantar surat tunjuk sebab kepada mereka. Turut dipecat ialah Ismail Yusof, Haji Said Othman, Tarmizi Ismail dan Jumri Sabran dari UMNO Bukit Gantang. Abdul Wahab Abdullah (UMNO Johor Bharu), Senator Hamzah Mohd Zain (Chenderoh) dan Saufi Daud dan Mohamad Noor (UMNO Tumpat).

Pada 21 Julai 1999, beliau isytihar menyertai PAS Tumpat semasa ceramah oleh Presiden PAS dan Mursyidul Am PAS Dato' Nik Abd Aziz Nik Mat. Baginya, tiada lagi ruang di dalam UMNO untuk melaksanakan politik cara Islam.