Jabarkan 2009 dari Lee Chong Wei dalam bahasa melayu

Lee melancarkan musim 2009 season dengan kejuaraan Terbuka Malaysia yang kelima, tetapi gagal merangkul kejuaraan di Terbuka Korea dan Terbuka All England walaupun mara ke pusingan akhir. Namun begitu, beliau memenangi gelaran kedua tahun itu di Terbuka Swiss dengan menumpaskan Lin Dan dalam straight set, sekaligus menandakan kali pertama menumpaskan pemain handalan China itu di pusingan akhir di luar negara asalnya. Kemudian, Lee dikejutkan oleh Chen Long dari China di Terbuka India. Beliau mendakwa kekalahannya akibat keracunan makanan dan menggesa pihak berwajib agar memperbaiki keadaan menjelang Kejohanan Dunia. Pada bulan Mei, Lee membantu Malaysia mencapai pusingan separuh akhir pertama mereka sepanjang sejarah Piala Sudirman, walaupun rekod tanpa kalah dalam kejohanan itu akhirnya dipecahkan oleh Lin Dan. Apapun, beliau merangkul kejuaraan lagi di Terbuka Indonesia, dan Terbuka Malaysia Grand Prix Gold, biarpun gagal mempertahankan kejuaraan Terbuka Singapura kerana dikejutkan oleh Nguyen Tien Minh di pusingan kedua.

Pada 6 Jun 2009, Lee dikurniakan gelaran Darjah Bakti (DB) dari YDPA Tuanku Mizan Zainal Abidin sempena hari keputeraan rasmi baginda atas pencapaiannya di Sukan Olimpik 2008. Beliau pernah dilaporkan menjalin hubungan dengan rakan sepasukannya Wong Mew Choo,  sehingga mereka berdua mengumumkan tamatnya hubungan mereka pada bulan September.

Pada Ogos, Lee Chong Wei menyertai Kejohanan Dunia di Hyderabad, India dengan cita-cita merangkul kejuaraannya tetapi dihampakan oleh Sony Dwi Kuncoro di suku akhir. Setelah berehat selama sebulan, Lee bertanding di China Masters di mana beliau tewas kepada Lin Dan di suku akhir; diikuti kekalahan awal di pusingan kedua Terbuka Jepun di tangan Simon Santoso. Kecederaan yang dialami pada lututnya ketika itu menyebabkan Lee kurang beraksi sedikit sepanjang saki-baki tahun 2009. Setelah menjauhi Terbuka Denmark dan Terbuka Perancis, Lee kembali ke arena dengan menjuarai Terbuka Hong Kong pada 15 November, tetapi selepas itu kecundang di pusingan pertama Terbuka China tiga hari kemudian. Di World Super Series Masters Finals yang diadakan di Johor Bahru pada 3–6 Disember, Lee Chong Wei mengharumkan lagi nama Malaysia dengan mempertahankan kejuaraan perseorangan lelaki, diikuti kejayaan Wong Mew Choo menjuarai perseorangan wanita. Walau bagaimanapun, Chong Wei terpaksa melepaskan peluang beraksi di Sukan SEA yang diadakan seminggu kemudian di Vientiane atas arahan jurulatih demi menyembuhkan kecederaan lutut yang dialaminya itu.