Jabarkan Pentadbiran dari Malaysia Timur dalam bahasa melayu

Ia telah menjadi sumber perdebatan sama ada negeri Sabah dan Sarawak menyertai Persekutuan Malaysia sebagai rakan kongsi yang sama dengan Tanah Melayu dan Singapura atau sama ada mereka menjadi rakan kongsi sama rata bagi negeri-negeri Tanah Melayu (iaitu setanding dengan Negeri Perak, Selangor dsb.). Konsensus nampaknya Sabah dan Sarawak hanyalah negeri persekutuan yang mempunyai darjah autonomi yang lebih tinggi sedikit berbanding negeri di Semenanjung Malaysia. Sebagai contoh, negeri-negeri Malaysia Timur mempunyai undang-undang berasingan yang mengawal kemasukan warganegara dari negeri-negeri lain di Malaysia (termasuk negeri Malaysia Timur yang lain), manakala, di Semenanjung Malaysia, tiada sekatan ke atas perjalanan atau penghijrahan antara negeri, termasuk pelawat dari Malaysia Timur. Terdapat juga undang-undang tanah yang berasingan yang mentadbir Sabah dan Sarawak, bertentangan dengan Kanun Tanah Negara, yang mengawal Semenanjung Malaysia.

Berkenaan dengan pentadbiran keadilan, mahkamah di Malaysia Timur adalah sebahagian daripada sistem mahkamah persekutuan di Malaysia. Perlembagaan Malaysia memperuntukkan bahawa hendaklah terdapat dua Mahkamah Tinggi bidang kuasa selaras – Mahkamah Tinggi di Malaya dan Mahkamah Tinggi di Sabah dan Sarawak (dahulunya Mahkamah Tinggi di Borneo). Ketua Hakim Sabah dan Sarawak sekarang ialah Abang Iskandar Abang Hashim dari Sarawak. Jawatannya adalah yang keempat tertinggi dalam sistem kehakiman Malaysia (di belakang Hakim Besar Malaya, Presiden Mahkamah Rayuan, dan Ketua Hakim Negara Malaysia).