Jabarkan Jihad dari Perang Aceh dalam bahasa melayu

Perang bermula sekali lagi pada tahun 1883, apabila kapal British Nisero terkandas di kawasan yang tidak dikawal Belanda di Aceh. Seorang pembesar tempatan meminta wang tebusan daripada kedua-dua British dan Belanda dan, dengan tekanan kuat British, pihak Belanda terpaksa mencuba membebaskan anak-anak kapal. Berikutan kegagalan percubaan menyelamat oleh pihak Belanda (seorang pembesar tempatan, Teuku Umar, enggan membantu selepas diminta Belanda) pihak Belanda bersama-sama British menyerang daerah itu. Sultan kemudiannya menyerahkan sandera dan memerima sejumlah bayaran besar sebagai balasan.

Menteri Perang Belanda, August Weitzel, sekali lagi mengisytiharkan perang terhadap Aceh, dan, seperti sebelumnya, peperangan berlanjutan tanpa banyak kemajuan.  Berdepan dengan musuh yang lebih maju dari segi teknologi, pihak Aceh memilih jalan perang gerila, khususnya dengan menggunakan perangkap dan serang hendap. Tentera Belanda membalas dengan menghapuskan kampung-kampung dan membunuh kedua-dua para tawanan dan orang kampung sekali. Pada tahun 1884, pihak Belanda bertindak dengan mengundurkan kesemua anggota tentera mereka ke dalam barisan kubu di persekitaran Banda Aceh. Pihak Belanda juga mencuba mendapatkan khidmat pembesar tempatan: Teuku Umar diupah dengan wang tunai, candu, dan persenjataan. Umar diberi gelaran "Panglima Prang Besar".

Umar sebaliknya menggelar dirinya "Teuku Djohan Pahlawan" dan pada 1 Januari 1894 Umar mendapat bantuan Belanda bagi membina bala tenteranya. Namun dua tahun kemudian, daripada membantu pihak Belanda menundukkan kawasan dalaman Aceh, Umar menyerang Belanda dengan tentera baharunya. Peristiwa ini dicatatkan dalam rekod sejarah Belanda sebagai Het verraad van Teukoe Oemar (pembelotan Teuku Umar). Bermula dari pertengahan 1880-an, pucuk pimpinan tentera Aceh dikuasai ulama, termasuk Tengku Chik di Tiro (Muhammad Saman), yang mengetengahkan konsep Jihad melalui khutbah dan teks yang dikenali sebagai "hikayat" ataupun cerita puisi. Pejuang Aceh melihat diri mereka sebagai mujahid yang memerangi "penceroboh kafir". Pada waktu ini Perang Aceh menjadi tanda tentangan Muslim terhadap imperialisme Barat.

Pada tahun 1892 dan 1893, Aceh kekal merdeka, walaupun Belanda cuba menakluknya. Mejar Jeneral JB van Heutsz, seorang ketua tentera kolonial, menulis siri rencana berkenaan Aceh. Beliau disokong Dr Christiaan Snouck Hurgronje daripada Universiti Leiden, pada masa itu seorang pakar Islam Belanda. Hurgronje berjaya mendapat kepercayaan ramai ketua Aceh dan mengumpul perisikan tentang kegiatan jemaah Haji Aceh bagi pihak kerajaan Belanda. Kerjanya menjadi rahsia rasmi buat beberapa tahun. Dalam analisis Hurgronje tentang masyarakat Aceh (lihat di bawah), beliau memperkecilkan peranan Sultan dan berhujah bahawa perhatian harus diberikan kepada ketua-ketua turun-temurun, yakni Ulee Balang, yang difikirnya dapat dipercayai sebagai pentadbir tempatan. Tentang ulama pula, beliau berhujah bahawa golongan ini tidak boleh dipercayai atau dipujuk agar bekerjasama, dan harus dihapuskan. Sebagai sebahagian dasar pecah dan perintah, Hurgronje menggesa kerajaan Belanda memperbesarkan ruang antara ulama dan bangsawan Aceh.

Pada tahun 1894 penghulu Hasan Mustafa juga membantu menghentikan pertempuran dengan mengeluarkan fatwa yang menyuruh orang Islam tunduk kepada kerajaan kolonial Belanda.