Jabarkan Kontroversi dari Jawatankuasa Hal Ehwal Awam Amerika-Israel dalam bahasa melayu

AIPAC kedangkala terlibat dalam pelbagai skandal dan kontroversi. Bekas senator iaitu William Fulbright dan pegawai kanan CIA Victor Marchetti menegaskan yang AIPAC seharusnya diarahkan mendaftar di bawah Akta Pendaftaran Agen Asing (FARA) . FARA menghendaki kesemua pertubuhan yang mendapat dana dari kerajaan asing untuk berdaftar sebagai agen asing. AIPAC adalah kumpulan pelobi yang didaftarkan di Amerika dan menegaskan ia "tidak mendapat bantuan kewangan" dari Israel atau mana-mana kumpulan asing lain.

Pada tahun 2006 wakil Betty McCollum dari Minnesota menuntut AIPAC meminta maaf berikutan wakil AIPAC menyifatkan undinya menentang Akta Anti-Keganasan Palestin 2006 sebagai "sokongan terhadap keganasan". McCollum menyatakan bahawa perwakilan AIPAC tidak akan dibenarkan masuk ke dalam pejabatnya sehinggalah beliau menerima suraf mohon maaf atas komen itu. AIPAC mempertikaikan tuntutan McCollum dan kemudian McCollum menyatakan bahawa insiden itu "sudah berakhir".

Pada tahun 1992, presiden AIPAC David Steiner dipaksa meletakkan jawatannya selepas direkodkan berbangga dengan pengaruhnya untuk mendapatkan dana bantuan bagi Israel. Steiner juga mendakwa "berunding" dengan pentadbiran Bill Clinton tentang perlantikan setiausaha negara dan pengarah Agensi Keselamatan Kebangsaan.