Jabarkan Tidak hormat Negaraku dari Sentimen anti-Malaysia di Indonesia dalam bahasa melayu

Pada 27 Februari 2010, Persatuan Bola Sepak Indonesia (PSSI) didenda AS$5,000 (RM17,000) kerana penyokongnya tidak menghormati lagu Negaraku ketika dinyanyikan. Ketika itu, pasukan futsal Malaysia menentang Vietnam dalam saingan kelayakan futsal Piala AFC di Jakarta pada hari Isnin, 22 Februari 2010. Penyokong Indonesia membanjiri Stadium Tenis Tertutup Senayan. Penyokong-penyokong Indonesia membuat bising dan tidak berdiri ketika lagu dinyanyikan. Pada Sukan Sea 2011, perlawanan melibatkan Malaysia dan Indonesia sekali lagi dicemarkan dengar insiden 'boo' oleh penyokong tuan rumah yaitu Indonesia. Insiden sama turut berulang pada Piala AFF B-19 di Surabaya pada tahun 2018, dimana kekasaran oleh penyokong Indonesia turut terjadi.

Konfederasi Bola Sepak Asia (AFC) mengenakan denda itu selepas pengurus pasukan Malaysia, Datuk Hamidin Mohd Amin membuat bantahan rasmi mengenai insiden itu. Menteri Belia dan Sukan Indonesia, Andi Malarangeng dilaporkan sudah memohon maaf kepada kontinjen Malaysia.

Tuduhan penglibatan ATM di Acheh

Pada 23 Februari 2010, berita AFP melaporkan penemuan pakaian seragam mirip tentera Malaysia ketika polis Indonesia membuat serbuan di pusat latihan paramilitari Jemaah Islamiyah (JI) di dalam hutan Jalin Kabupaten Aceh Besar. 100 orang anggota polis Indonesia lengkap senjata berat merampas pisau komando, teleskop, rangsum tentera, pakaian seragam mirip tentera Malaysia (ATM) dan khemah. Ketua Polis Aceh, Adityawarman menyatakan kumpulan pengganas baru itu dikaitkan dengan Imam Samudera dan Noordin Mohammad Top. Berlaku tembak-menembak selama 14 jam. 4 orang lelaki tempatan berusia 21-46 tahun berjaya ditangkap manakala seorang terbunuh. Kira-kira 50 orang lelaki beroperasi di situ sejak 6 bulan lalu. Kamaruddin mati tertembak, manakala anaknya, Suheri, 14, tercedera.

Pada 1 Mac 2010, Menteri Pertahanan, Datuk Seri Ahmad Zahid Hamidi menafikan Malaysia mahupun Angkatan Tentera Malaysia (ATM) terlibat.

Tidak Bersyukur Hirup Udara Segar

Pada Tahun 2015 Negara Malaysia dan Singapura telah menghadapi jerebu akibat pembakaran hutan di Indonesia , maka kedua negara ini meminta

agar Indonesia meminta maaf tetapi kenyataan Jusuf Kalla pada tahun 2015 yang mengatakan bahawa negara Malaysia dan Singapura tidak bersyukur kerana Indonesia telah memberikan udara yang segar selama 11 bulan kembali tular dan apabila satu bulan jerebu , negara Malaysia dan Singapura telah memarahi negara Indonesia .