Jabarkan Pengambilalihan Ulama (1982–1989) dari Parti Islam Se-Malaysia dalam bahasa melayu

Ulama yang mengambil alih PAS pada tahun 1982 menarik diri dari revolusi Iran 1979 untuk mendapat inspirasi dalam mewujudkan negara Islam; Yusof Rawa sendiri pernah berkhidmat sebagai Duta Besar Malaysia ke Iran pada tahun-tahun sebelum revolusi. Yusof secara terbuka menolak nasionalisme Melayu yang mencirikan UMNO dan PAS di bawah Asri Muda, menganggapnya sebagai falsafah sempit dan jahil yang bertentangan dengan konsep ummah Islam. Seakan untuk memperlihatkan perubahan dalam pandangan ideologi parti di bawah Yusof dan rakan-rakan ulamanya, pemimpin baru parti mengamalkan pakaian yang lebih konservatif dan agama, meninggalkan pakaian Melayu dan Barat untuk pakaian agama Arab tradisional. Politik antara UMNO dan PAS menjadi semakin keagamaan. Kerajaan BN cuba menentang kemungkinan rayuan pilihan raya terhadap Islamisasi PAS dengan mewujudkan beberapa institusi Islam negara seperti Universiti Islam Antarabangsa Malaysia. Pemimpin PAS bertindak balas dengan melabelkan inisiatif-inisiatif ini sebagai cetek dan hipokrit, pemimpin UMNO sebagai "parti yang tidak islamik".

Retorik yang semakin membahagi antara UMNO dan PAS menghasilkan bahagian yang mendalam dalam masyarakat Melayu, terutama di negeri utara. Kadang-kadang bahagian menjadi ganas, contoh yang paling terkenal ialah peristiwa Memali tahun 1985, di mana kerajaan mensahkan serbuan di sebuah kampung yang diketuai oleh ulama PAS Ibrahim Libya, yang menyebabkan 14 orang awam dan empat anggota polis mati. Ia bertentangan dengan latar belakang ini bahawa ulama PAS menghadapi pilihan raya umum pertama mereka pada tahun 1986. Hasilnya adalah kapur bagi gabungan BN. PAS mencatatkan keputusan pilihan raya terburuk, mengekalkan hanya satu kerusi di Parlimen. PAS, dalam pemulihan daripada kekalahan itu, tidak mempunyai pilihan selain untuk mengundurkan diri dari Islamisme garis keras dan meneruskan kursus sederhana. Menjelang tahun 1989, Yusof telah menjadi terlalu sakit untuk kekal sebagai Presiden PAS, dan digantikan oleh timbalannya, Fadzil Noor, ahli puak ulama yang kini menguasai parti itu.

Kebangkitan pada 1990-an (Golombang Hijau)

Walaupun tidak meninggalkan komitmen ideologi PAS terhadap penubuhan sebuah negara Islam, Fadzil Noor menyederhanakan retorik parti itu. Beliau juga menetapkan tentang keahlian parti dengan profesional muda bandar dalam usaha untuk mempelbagaikan pangkat kepimpinan selain ilmuwan agama. Tahun 1990 juga melihat PAS terlibat dalam pergerakan Islamis antarabangsa. Abdul Hadi Awang menjadi aktif dalam beberapa pertubuhan dan perwakilan Islam antarabangsa, dan parti Islam di luar negara menghantar delegasi ke Malaysia untuk menghormati PAS.

Ujian ppilihan raya pertama di bawah presiden Fadzil adalah pilihan raya 1990, yang terjadi di tengah-tengah perpecahan dalaman UMNO yang mana parti pembangkang Semangat 46 telah dibentuk. PAS menyertai Semangat 46 dan dua lagi parti Melayu dalam Angkatan Perpaduan Ummah, dan memenangi tujuh kerusi Parlimen. Gabungan baru menewaskan BN di Kelantan, memenangi semua kerusi Dewan Undangan Negeri. Nik Abdul Aziz Nik Mat, seorang ulama yang memainkan peranan utama dalam pengambilalihan parti pada tahun 1982, menjadi Menteri Besar Kelantan, dan kekal dalam kedudukan sehingga persaraannya pada tahun 2013. Salah satu tindakan pertama kerajaan pimpinan PAS di Kelantan adalah untuk memperkenalkan hudud, sistem hukuman jenayah bagi kesalahan Islam tertentu. Tindakan itu ditinggalkan seketika setelah jelas bahawa undang-undang tersebut tidak dapat dikuatkuasakan ekoran percanggahan dengan kerajaan persekutuan.

PAS mengekalkan tujuh kerusi Parlimen dan kerajaan Kelantan pada pilihan raya 1995 sementara semua parti pembangkang lain kalah. Pada pilihan raya akan datang, pada tahun 1999, keadaan luar PAS telah mengubah nasibnya dengan lebih baik. Krisis kewangan Asia 1997 membahagikan kerajaan BN antara penyokong Perdana Menteri, Mahathir Mohamad, dan timbalannya, Anwar Ibrahim. Pemecatan Anwar pada tahun 1998 menimbulkan pembangkang yang meluas, yang mana PAS memaksimumkan lebih daripada mana-mana pihak pembangkang yang lain. Parti itu menjalankan kempen canggih untuk pilihan raya 1999, memanfaatkan internet untuk memintas sekatan terhadap penerbitan cetak dan menguruskan untuk menarik pengundi profesional bandar sambil mengekalkan asas sokongan luar bandar tradisionalnya. Buat pertama kalinya, PAS menyertai Parti Tindakan Demokratik dalam gabungan Barisan Alternatif-yang juga termasuk parti baru Anwar Ibrahim, Parti Keadilan Nasional. Hasilnya adalah yang terbaik PAS sebelum ini. Parti itu mengambil 27 daripada 192 kerusi parlimen dan memenangi kemenangan di peringkat negeri di Kelantan dan Terengganu.