Jabarkan Menengah atas : dari Sekolah Menengah Sains Muar dalam bahasa melayu

Bahasa Melayu, Bahasa Inggeris, Matematik Moden, Matematik Tambahan, Biologi, Kimia, Fizik, Sejarah, Pendidikan Islam

Sekolah Menengah Sains Muar juga menawarkan pembelajaran bahasa antarabangsa, iaitu :

Bahasa Jerman, Bahasa Cina Komunikasi dan Bahasa Arab

Bermula Tahun 2021 berpandukan KSSM,  SM Sains Muar hanya menawarkan Aliran Sains Tulen.

Sebagai tambahan bermula 2016, Bahasa Antarabangsa telah diperkenalkan bermula dengan Bahasa Arab, Bahasa Jerman dan diikuti Bahasa Cina Komunikasi.

Persatuan Alumni Sekolah Menengah Sains Muar (ALUMNISAMURA)

Adalah diperakui bahawa PERSATUAN ALUMNI SEKOLAH MENENGAH SAINS, MUAR, JOHOR (ALUMNI SAMURA) didaftarkan sebagai suatu pertubuhan di bawah Seksyen 7Akta Pertubuhan 1966 dan bahawa nombor pendaftarannya ialah PPM-007-01-01072004 pada 07 haribulan Januari 2004.

Laman facebook rasmi :- Alumni Samura (Alumni Sekolah Menengah Sains Muar)

Antara bekas-bekas pelajar yang terkenal:-

Datuk Khairussaleh Ramli (Pengarah Urusan/ Ketua Pegawai Eksekutif, RHB Bank Bhd dan Kumpulan RHB) - Class of '84

Siti Hajjar Adnin (Bekas Duta Malaysia ke Ireland) - Class of '85

Ali Hassan bin Mohd Hassan (Ketua Pegawai Eksekutif & Pengasas Al-Ikhsan Sports) - Class of '87

Omar Mustapha Ong (Bekas Pegawai Khas kepada Perdana Menteri Malaysia ke 6) - Class of '88

Wan Hasliza Wan Zainuddin (Produser/Pengarah Filem, KL Motion Picture) - Class of '89

Hasrul Farid Hasnan (Ketua Audit Dalaman, SME Bank Malaysia Berhad) - Class of '91

Tuan Syed Alwi Mohamed Sultan (Bekas Presiden/Ketua Pegawai Eksekutif,  AgroBank Malaysia Berhad) - Class of '91

Muhammad Afhzal Abdul Rahman (Ahli Lembaga Pengarah Celcom Axiata Berhad & Ketua Pegawai Teknologi Digital, KWSP) - Class of '92

YB. Hahasrin Hashim (Ahli Dewan Negeri Johor N.34 Panti) - Class of '93

Mohd Idzwan bin Yacob (Ahli kumpulan nasyid, Firdaus & Pengetua INASIS TNB, UUM) - Class of '94

Dato' SM Azli bin Tan Sri SM Nasimuddin (Pengarah Eksekutif Go Auto Sales, CEO HAVAL Malaysia) - Class of '01

Nur Syakirin Husnal Az Hari (Pengacara Selebriti) - Class of '06

Hawa Rizwana Ahmad Redzuan (Pengacara TV3) - Class of '12

YB. Datuk Muhammad Jailani Khamis (ADUN Melaka Rembia) - Class of '89

Ahmad Janatul Firdaus bin Datuk Dr Haji Dzulkarnain (Tokoh Pekerja Negara (Eksekutif) 2019) - STPM 1992)