Jabarkan Bersama Skuad Kebangsaan dari Indra Putra Mahayuddin dalam bahasa melayu

Pemain kaki kiri ini mewakili Malaysia B-23 ke Sukan SEA 2001 di Kuala Lumpur, Sukan Asia 2002 di Busan, Korea Selantan, Sukan SEA 2003 di Hanoi, Vietnam, dan pusingan akhir kelayakan Olimpik Athens 2004 zon Asia.

Pada 2002, Indra Putra bermain mewakili pasukan senior kebangsaan dalam perlawanan persahabatan menentang Brazil. Dalam saingan Piala Tiger 2002 di Singapura, Indra Putra beraksi cemerlang  apabila meledak gol ketika bertemu Singapura (Malaysia menang 4-0) dan Thailand (Malaysia menang 3-1). Aksinya itu membuatkan media berpangkalan di Singapura memberinya gelaran 'Ryan Giggs Asia'. Pada 2003 dia turut bermain di Piala Liga Perdana Inggeris Asia menentang Birmingham City dan Chelsea.

Pada tahun 2007, beliau dipanggil oleh ketua jurulatih Malaysia Norizan Bakar untuk Piala Asia 2007 pada bulan Julai, yang diadakan di Negara Thai, Indonesia, Vietnam, dan Malaysia. Di kejohanan ini, dia menjadi satu-satunya pemain Malaysia yang berjaya menjaringkan gol. Pada tahun 2008, Indra Putra mewakili pilihan Malaysia atau Malaysia XI untuk perlawanan menentang Chelsea. Pada perlawanan ini, Malaysia XI tewas 0-2.

Indra Putra kembali ke skuad kebangsaan pada 2014 dalam perlawanan persahabatan menentang Indonesia. Dalam saingan Piala AFF 2014, Indra Putra menjaringkan gol ketiga Malaysia dalam kemenangan 3-1 ke atas tuan rumah Singapura. Gol itu menjadi meme tular selepas tamatnya perlawanan antara Malaysia dan Singapura. Dalam perlawanan final kedua bertemu Thailand, Indra Putra menjaringkan gol kedua Malaysia sebelum tamat separuh masa pertama untuk menyamakan aggregate 2-2 berdepan Thailand. Walaupun menang 3-2, Malaysia tewas 3-4 secara aggregate.