Jabarkan 2016 dari Lee Chong Wei dalam bahasa melayu

Pada Januari, Lee memenangi gelaran Malaysia Masters kelima. Pada Mac, Lee kalah dalam pusingan pertama Terbuka Seluruh England, dan juga dalam pusingan kedua Terbuka India. Pada April, Lee memenangi kejuaraan Terbuka Malaysia ke-11, kemudian diikuti dengan gelaran Kejohanan Badminton Asia kedua. Di Piala Thomas pada Mei, Malaysia tewas kepada pemenang Denmark pada separuh akhir walaupun Lee memenangi semua perlawanan yang dipertandingkan dalam kejohanan itu. Pada Jun, Lee memenangi kejuaraan Terbuka Indonesia ke-6 dan meraih rekod, menjadi pemain ketiga dan pemain bukan Indonesia pertama untuk memenangi gelaran enam kali. Dia bersedia bermain di Terbuka Australia, tetapi menarik diri akibat kecederaan otot.

Pada 5 Ogos 2016, Lee memimpin kontinjen Malaysia semasa majlis perasmian Sukan Olimpik. Dalam pertandingan perseorangan lelaki itu dia berjaya ke perlawanan akhir, mengalahkan saingannya, Lin Dan dalam separuh akhir dalam prestasi yang mendominasi. Bagaimanapun, beliau dikalahkan oleh Chen Long di perlawanan akhir, kekalahan berturut-turut ketiganya dalam perlawanan akhir Sukan Olimpik.

Pada September, Lee memenangi gelaran keenam Terbuka Jepun. Sejak itu, Lee gagal memenangi sebarang kejohanan yang disertai olehnya: dia kalah dalam pusingan ketiga Terbuka Denmark, ditarik keluar dari Terbuka Perancis akibat kecederaan hamstring, dan berakhir tahun dengan keluar peringkat kumpulan dalam Final Super Series.