Jabarkan Bendera SAINA dari Sekolah Menengah Sains Pokok Sena dalam bahasa melayu

HIJAU - Keseimbangan dunia dan akhirat

BIRU - Perpaduan dan permuafakatan warga sekolah

PUTIH - Kesucian dan keikhlasan

KUNING - Kesetiaan kepada sekolah dan negara

MERAH - Keberanian dan kekuatan rohani serta jasmani

Terdapat 4 buah rumah sukan di SAINA seperti berikut: Angsana (kuning), Cengal (merah), Jati (biru) dan Merbau (hijau).

Ungu merupakan warna rasmi dan tradisi SAINA yang kebiasaannya digunakan pada acara serta majlis rasmi SAINA, perlawanan sukan dan aktiviti warga SAINA di dalam dan luar sekolah.