Jabarkan Fakulti Teologi (diasaskan 1640) dari Universiti Helsinki dalam bahasa melayu

Fakulti Sastera (Fakulti Filosofi diasaskan 1640 dan dipecahkan 1852, bahagian Sastera 1863, fakulti 1992)

Fakulti Sains (Fakulti Filosofi diasaskan 1640 dan dipecahkan 1852, bahagian Sains 1863, fakulti 1992)

Fakulti Farmasi (menjadi fakulti 2004)

Fakulti Biosains (menjadi fakulti 2004)

Fakulti Sains Perlakuan (bahagian 1974, menjadi fakulti 1992, disusun semula dan diberi nama baru 2004)

Fakulti Sains Sosial (diasaskan 1945)

Fakulti Pertanian dan Perhutanan (diasaskan 1898, menjadi fakulti 1924)

Fakulti Perubatan Veterinari (diasaskan sebagai kolej 1945, digabungkan kedalam universiti 1995)

Selain dari fakulti, terdapat juga beberapa institut kajian, institut berasingan dan perpustakaan.

Berikut adalah institut-institut kajian universiti ini:

Institut Aleksanteri - Pusat kajian, pengajian dan kemahiran mengenai Russia dan Eropah Timur

Pusat Kajian Ekonomi Helsinki (Helsinki Center of Economic Research- HECER)- Institusi kerjasama antara Universiti Helsinki, Helsinki School of Economics dan Swedish School of Economics

Institut Teknologi Informasi (Helsinki Institute for Information Technology-HIIT) - Institusi kerjasama antara Universiti Helsinki dan Universiti Teknologi Helsinki