Jabarkan 2000-an dari PROTON Holdings dalam bahasa melayu

Proton Waja, model pertama rekaan asli syarikat, telah dilancarkan pada Ogos 2000. Ia berada pada arah baru batu Proton dalam perniagaan dan menandakan berakhirnya pergantungan Proton yang meluas ke atas pengeluar kereta lain untuk platform kenderaan dan alat ganti. Walau bagaimanapun, Waja ketinggalan pesaing utamanya dan gagal untuk meraih sokongan pelanggan dalam pasaran domestik. Waja juga menandakan kejatuhan jenama Proton, dan secara tidak sengaja membawa kepada kebangkitan Perodua, pengeluar kenderaan Malaysia yang kedua. Pada tahun 2002, Proton memperkenalkan Jumbuck, sebuah ut berdasarkan platform Proton Wira dan setakat ini satu-satunya model Proton untuk menikmati ketara lebih popular di pasaran eksport (khususnya Australia) daripada dalam negara. Proton Gen-2 telah dilancarkan pada akhir tahun 2004. Ia merupakan kereta Proton yang pertama yang dilengkapi dengan enjin Campro buatan Malaysia.

Kilang Proton Tanjung Malim yang berharga RM1.8 bilion maju (USD $ 580,000,000) di negeri Malaysia, Perak mula beroperasi pada November 2003.   Kilang baru telah dijangka dibuka pada bulan Ogos 1998, tetapi ia ditangguhkan kerana krisis kewangan Asia 1997. Walau bagaimanapun, ia telah dihidupkan semula pada tahun 2001 dan siap pada tahun 2003-an sebaliknya. Kilang 1,280 ekar baharu telah dibangunkan sebagai sebahagian daripada projek Bandar raya Proton, yang akan meliputi 4,000 ekar tanah di Tanjung Malim dan terdiri daripada kawasan perumahan, komersial, institusi, industri dan rekreasi. Kilang itu mempunyai kapasiti pengeluaran tahunan sebanyak 150,000 kenderaan, tetapi boleh diperluaskan kepada 1 juta unit pada masa akan datang. Kilang Proton Tanjung Malim melengkapi kilang asal Proton beroperasi sejak 1985, terletak di Shah Alam, Selangor. Walaupun kapasiti pengeluaran gabungan sekitar 350,000 unit, kedua-dua tumbuhan yang kurang digunakan dengan hanya 52.235 dan 114.645 unit yang dikeluarkan di pelantar Tanjung Malim dan Shah Alam pada tahun 2011.

Pada 7 Julai 2004, Proton membeli kepentingan 57.57% dalam MV Agusta S.p.A Itali, bernilai € 70 juta. Proton gagal untuk membalikkan musibah MV Agusta dan menjual marque untuk Gevi S.p.A pada Disember 2005 dengan harga € 1, dengan Gevi menganggap € 139.440.000 hutang dibawa dari MV Agusta.

Separuh akhir tahun 2000-an menandakan kemunculan semula Proton dalam pasaran domestik, yang ketika itu dikuasai oleh model berasaskan Toyota yang lebih baru dan lebih baik dari Perodua. Pada 15 Ogos 2007, Proton melancarkan saloon Persona, penggantian yang lama tertangguh untuk saloon Proton Wira paling laris. Persona adalah berdasarkan versi lanjutan tahun 2004 Proton Gen-2 platform hatchback dan dikongsi kebanyakan penampilan luaran, walaupun berharga sekitar RM10,000 kurang dengan peningkatan keseluruhan besar dari segi ergonomik dan fungsi. Walaupun persamaan dengan Gen-2, Persona merupakan sambutan serta merta di Malaysia, dengan 19,840 unit yang dijual dalam tempoh tiga bulan pertama selepas pelancarannya.  Generasi kedua yang dinanti-nantikan Proton Saga telah dilancarkan pada 18 Januari 2008.  Sebelum ini, generasi pertama Proton Saga merupakan model Proton pertama dan yang paling berjaya, yang mempunyai jangka hayat 23 tahun panjang, yang paling lama bagi semua model Proton setakat ini. Saga baru mengekalkan reputasinya, dan ternyata menjadi satu kejayaan jualan yang hebat untuk Proton dengan lebih 23,000 tempahan dalam masa dua minggu sejak pelancaran.  Ia secara konsisten disenaraikan sebagai produk paling laris Proton dari segi jumlah jualan tahunan, meletakkan 3 pada tahun 2008, dan ke-2 antara 2009 dan 2012 di pasaran Malaysia, dipukul hanya dengan saingan ketat mereka iaitu Perodua Myvi.  Proton mencipta sejarah sekali lagi apabila ia memperkenalkan Proton Exora, MPV pertama Malaysia dengan 7 tempat duduk pada 15 April 2009.  Ia berdasarkan kepada platform generasi P2 Proton depan dan memenuhi permintaan untuk bajet 7 tempat duduk dalam pasaran domestik, yang telah dimonopoli oleh Toyota Avanza dan Nissan Grand Livina. Sejak itu telah diletakkan secara konsisten di dalam Top 10 kenderaan paling laris di Malaysia.  Proton Exora, Persona dan Saga menandakan kebangkitan Proton baru selepas hampir satu dekad penurunan jualan dan kerugian dalam pasaran domestik.