Jabarkan Kehidupan peribadi dari Afdlin Shauki dalam bahasa melayu

Beliau berkahwin dengan Maria Christina Orow (anak kepada bekas ahli parlimen Tuaran, Monggoh Orow) pada 1997 dan dikurniakan tiga anak, iaitu Mia Sara, Anais dan Ileana Matin. Anak sulungnya, Mia Sara turut berkecimpung dalam bidang lakonan. Mereka bercerai pada bulan Ramadan 1443H (April 2022M).

Ibu beliau, Fadzillah Jelani meninggal dunia pada 15 Oktober 2018 di Institut Jantung Negara (IJN) selepas menjalani pembedahan pintasan jantung pada 9 Oktober. Adik bongsunya, Jeffri Adzman, seorang pereka grafik dan penyunting video meninggal dunia di Hospital Thomson Kota Damansara, Petaling Jaya selepas terbabit dalam kemalangan di yang menyebabkannya mengalami cedera parah di kepala. Afdlin dilaporkan memohon bantuan orang ramai mengesan kereta Perodua Myvi berwarna hijau yang dipercayai melanggar Jefri dalam insiden pada Ahad, 9 Jun 2019. Bapanya, Aksan Abu Bakar meninggal dunia pada 11 Ogos 2020.