Jabarkan Sesi Umum MPR 1999 dari Megawati Soekarnoputri dalam bahasa melayu

Di pilihan raya umum Jun 1999, PDI-P muncul sebagai parti yang terbesar tetapi tidak berjaya mendapat kedudukan majoriti di parlimen. Di bawah perlembagaan Indonesia yang baru, jawatan Presiden ditentukan oleh dewan perundangan, dan Megawati mempunyai peluang besar untuk menjawat jawatan tersebut. Namun ada beberapa parti yang berusaha menyekat perlantikannya sebagai presiden kerana mereka tidak setuju dengan ide seorang wanita memegang jawatan presiden. Usaha mereka berjaya kerana Abdurrahman Wahid, rakan baik Megawati dipilih menjadi Presiden. Megawati setuju untuk menjadi Naib Presiden.

Wahid bagaimanapun diserang angin ahmar yang teruk dan terbukti gagal melaksanakan tugasnya sebagai Presiden. Beliau juga dituduh membiarkan rasuah berleluasa dalam pentadbirannya. Pada bulan Julai 2001 parti-parti dalam dewan perundangan bersatu untuk memaksa beliau berhenti. Pada 23 Julai 2001, Megawati dengan itu dilantik sebagai Presiden baru bagi Republik Indonesia.

Dibawah pemerintahan Megawati, proses pemulihan demokratik yang bermula di bawah Habibie dan Wahid berterusan, walaupun secara perlahan dan tidak menentu. Megawati menganggap peranannya utamanya sebagai menyatukan negara dan jarang campur tangan dalam urusan kerajaan. Pihak Tentera, dihina pada tempoh kejatuhan Suharto, berjaya mendapat kembali kebanyakan pengaruh mereka. Rasuah masih berleluasa walaupun Megawati jarang dilibatkan dengannya.

Sebahagian para terpelajar Indonesia menjelaskan sebab Megawati kelihatan pasif ketika memerintah dengan merujuk kepada mitos masyarakat Jawa. Megawati, menurut mereka, melihat bapanya, Sukarno, sebagai "Raja yang Baik" dalam lagenda Jawa. Suharto merupakan "Putera yang Jahat" yang merampas takhta Raja yang Baik. Megawati merupakan Anak Perempuan yang menyingkirkan Putera yang Jahat dan merampas kembali takhta Raja yang Baik. Apabila matlamat ini telahpun tercapai, menurut mereka, Megawati berpuas hati untuk memerintah sebagai Ratu yang Baik dan meninggalkan kerja pemerintahan kepada yang lain.