Jabarkan Logo SMKAKK dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Kota Kinabalu dalam bahasa melayu

HIJAU              - 	Melambangkan semangat kerjasama dan kesejahteraan sekolah.

KUNING           - 	Melambangkan keluhuran undang-undang yang wajib di patuhi untuk melahirkan pelajar yang berdisiplin & berkualiti

BIRU LAUT      - 	Melambangkan komitmen yang teguh dan perpaduan di antara pendidik, pelajar & masyarakat.

MERAH            - 	Melambangkan semangat pengorbanan untuk menegakkan kebenaran dan cintakan SMAKK.

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Kota Kinabalu

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Kota Kinabalu

Sekolah menengah kebangsaan di Sabah