Jabarkan Keluarga dari Sultan Ali Iskandar Shah dalam bahasa melayu

Baginda dikurniakan 11 orang anak, 6 orang Putera dan 5 orang Puteri

Pada tahun 1840, Johor mula menerima peneroka Cina (kebanyakannya datang dari Swatow dan Chaozhou), Temenggung Ibrahim yang mentadbir negeri mengenakan cukai ke atas peneroka ini, sebagai sumber pendapatan baginda. Walau bagaimanapun, tidak seperti Temenggung Ibrahim, Sultan Ali tidak melibatkan diri di dalam hal ehwal negeri tetapi pada masa yang sama mengadu tidak menerima elaun yang mencukupi daripada British.

Dalam pada itu, kesetiaan orang-orang Melayu di Johor kepada pemerintah mula berpecah belah diantara sokongan kepada Sultan Ali dan Temenggung Ibrahim.<ref>Trocki, Prince of Pirates: The Temenggongs and the Development of Johor and Singapore, 1784-1885'', ms 84</ref> Walau bagaimanapun, perpecahan kesetiaan ini tidak menyebabkan sebarang persengketaan besar. Pada masa yang sama, seorang pedagang Inggeris, W.H. Read, menjaga cap mohor Sultan Ali sebagai balasan untuk melangsaikan hutang baginda. Read adalah penyokong kuat tuntutan Sultan Ali untuk diiktiraf sebagai pemerintah Johor yang sah serta berhak keatas hasil negeri, dengan Temenggung Ibrahim sebagai wakil baginda. Disebabkan tekanan ekonomi dan politik pedagang tersebut, Gobenor British telah menimbangkan untuk memberi pengiktirafan tersebut, tetapi telah mendapat tentangan hebat daripada Temenggung Ibrahim dan anaknya, Abu Bakar.

Pada awal tahun 1850an, Johor telah berada dibawah kuasa Temenggung; pengikut-pengikut Sultan Ali telah disingkirkan secara paksa oleh pengikut-pengikut Temenggung.