Jabarkan Universitas Res Publika (1962–1965) dari Universitas Trisakti dalam bahasa melayu

Pemilihan nama Universitas Res Publica itu sendiri diambil dari kepingan pidato kepresidenan yang disampaikan oleh Presiden Soekarno yang bererti "Untuk Kepentingan Umum", sehingga Universitas Res Publica pada waktu itu adalah suatu wadah pendidikan yang didirikan dan bertujuan untuk mewakili kepentingan rakyat dan masyarakat banyak. Selang beberapa tahun setelah itu, Indonesia mengalami peristiwa G30S PKI pada tahun 1965, yang mengakibatkan dibubarkannya Baperki oleh pemerintahan Orde Baru pada tahun 1966. Kejadian tersebut secara langsung menyebabkan pengambil alihan URECA, kembali ke tangan pemerintah. Hal ini disebabkan URECA pada saat itu digolongkan sebagai salah satu kendaraan golongan Komunis Indonesia yang anti Pancasila, dan dianggap telah berkhianat kepada kedaulatan kehidupan kebangsaan dan bernegara.

Seiring dengan tergulingnya masa pemerintahan Presiden Soekarno, banyak mahasiswa URECA yang sebelumnya telah terdaftar di Universitas tersebut, tidak mau mendaftarkan kembali status kemahasiswaan mereka. Hal ini dikarenakan banyak dari mereka yang telah terdaftar menjadi anggota, partisipan mahupun pengurus dari organisasi CGMI (Consentrasi Gerakan Mahasiswa Indonesia) yang mempunyai kecenderungan beraliran kiri (oposisi pemerintah) atau sekadar khawatir akan stigmatisasi kiri beserta paham komunisnya. Selanjutnya Universitas Trisakti berdiri setelah dibubarkannya Universitas Res Publica oleh masa pemerintahan Orde Baru, yang pada awalnya merupakan prakarsa dari ketua umum Baperki, Siauw Giok Tjhan

Setelah dibubarkannya Universitas Res Publica dan pengambilalihan gedung operasional oleh pemerintah masa Orde Baru, Universitas Trisakti terlahir dengan wujud dan bentuk yang baru. Pembentukan susunan kepengurusan dan keanggotaan dewan operasional yang dilakukan dan dipimpin langsung oleh pemerintah. Dari pembentukan tersebut maka disepakati bahwa universitas akan dipimpin oleh Presidium sementara yang terdiri dari tiga unsur iaitu unsur Departemen PTIP, unsur ABRI dan unsur Lembaga Pembinaan Kesatuan Bangsa (LPKB).

Universitas Trisakti (1965 – sekarang)

Pada tanggal 29 November 1965, Universitas Trisakti dibuka kembali setelah adanya penandatanganan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 013/dar tahun 1965 oleh Dr. Syarif Thayeb dengan nama baru iaitu Universitas Trisakti. Nama tersebut merupakan penganugerahan langsung dari Dr. Ir Soekarno yang menjawat sebagai President Republik Indonesia pada saat itu. Pada tahun 1967 Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Mashuri, SH menawarkan agar Universitas Trisakti menjadi Perguruan Tinggi Negeri, namun pihak Universitas Trisakti memutuskan untuk tetap sebagai Perguruan Tinggi Swasta.

Berdasarkan konsensus tersebut maka Universitas Trisakti merupakan satu-satunya institut perguruan tinggi swasta yang didirikan oleh pemerintahan Republik Indonesia, ia ditempatkan di atas bangunan separa kekal seluas 5,000 m2, tenaga pensyarah (atau "dosen") 223 orang dan 2,328 orang mahasiswa terdaftar. Universiti ini memiliki 5 buah bahagian fakultas pada ketika itu: Fakultas Teknik yang di bawahnya terdapat 5 jurusan (Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Sipil, Arsitektur & Seni Rupa), Fakultas Kedokteran Gigi, Fakultas Kedokteran, Fakultas Ekonomi dengan 2 Jurusan (Ekonomi Perusahaan, Ekonomi Akuntansi), serta Fakultas Hukum dan Pengetahuan Masyarakat.

Pada 12 Mei 1998, universiti ini menjadi tumpuan kerana keterterlibatannya dalam kejadian yang lebih dikenal sebagai Tragedi Trisakti di mana para mahasiswa melanjutkan tunjuk perasaan di jalanan Jakarta mendesak peletakkan jawatan Suharto - hal ini menyebabkan suatu kekcohan yang menyebabkan empat orang mahasiswa Universitas Trisakti terkorban - Elang Mulya Lesmana, Hafidhin Royan, Hery Hartanto dan Hendriawan Sie - akibat ditembak oleh pihak pengawal keselamatan kota.