Jabarkan Putus dari Malayan Airways dalam bahasa melayu

Keperluan yang berbeza dari kedua-dua pemegang saham, bagaimanapun menyebabkan perpecahan syarikat penerbangan itu hanya enam tahun kemudian. Pemerintah Singapura lebih suka mengembangkan laluan antarabangsa syarikat penerbangan, sementara pemerintah Malaysia lebih suka mengembangkan jaringan domestik terlebih dahulu sebelum pergi ke wilayah dan akhirnya, jarak jauh. MSA berhenti beroperasi pada Tahun 1972, dengan asetnya dibahagi antara dua syarikat penerbangan baharu; Malaysian Airline System Berhad (sekarang Malaysia Airlines),  dan Singapore Airlines.

Dengan Syarikat Penerbangan Singapore Airlines (Syarikat Penerbangan Singapura) bertekad untuk mengembangkan rute antarabangsa, ia mengambil seluruh armada sebanyak tujuh Boeing 707 dan sebanyak lima Boeing 737 yang akan membolehkannya terus melayani rute antarabangsa dan jarak jauh. Oleh kerana sebahagian besar laluan antarabangsa MSA diterbangkan dari Singapura, sebahagian besar laluan antarabangsa berada di tangan Singapore Airlines. Sebagai tambahan, ibu pejabat MSA, yang terletak di Singapura, menjadi ibu pejabat Syarikat Penerbangan Singapore Airlines.

Sistem Penerbangan Malaysia (Malaysia Airlines), sebaliknya, mengambil semua laluan domestik di dalam Malaysia dan laluan antarabangsa ke luar negara, serta armada Friendship Fokker F27 yang tersisa dan Britten-Norman BN-2 Archipelago. Ia memulakan penerbangan pada Tarikh 1 Oktober 1972.

Inisial MSA dianggap sebagai ikon syarikat penerbangan dan kedua-dua syarikat penerbangan cuba menirunya. Malaysia memilih MAS dengan hanya memasukkan dua huruf terakhir dan memilih nama Malaysian Airline System, sedangkan Singapura pada awalnya menggunakan nama Mercury Singapore Airlines untuk menyimpan inisial MSA, tetapi itu disekat berikutan tunjuk perasaan yang meluas di Malaysia.  Akhirnya, entiti baharu itu diberi nama SIA.