Jabarkan Sebagai Presiden dari Baharuddin Jusuf Habibie dalam bahasa melayu

Habibie menentang Kemerdekaan Timor Leste tetapi telah mempertimbangkan untuk memberikan autonomi istimewa Timor Timur.

Pada akhir tahun 1998, John Howard, Perdana Menteri Australia, telah menghantar surat kepada Habibie yang menyatakan bahawa Indonesia membatalkan isu Timor Timur dengan memberikan autonomi untuk diikuti dengan janji referendum dalam jangka masa panjang, mengikuti kaedah yang digunakan oleh Perancis untuk menyelesaikan permintaan Caledonian Baru untuk kemerdekaan. Berharap untuk mengelakkan kesan bahawa Indonesia memerintah Timor Timur sebagai tanah jajahan, Habibie mengejutkan beberapa orang dengan mengumumkan bahawa suatu referendum, yang menawarkan pilihan antara autonomi khas dan kemerdekaan, akan diadakan segera di Timor Timur. ABRI tidak dibincangkan mengenai keputusan ini.

Pada 30 Ogos 1999, referendum itu diadakan dan rakyat Timor-Leste sangat memilih Kemerdekaan dalam pilihan raya yang paling bebas dan adil. Walau bagaimanapun, pengunduran tentera Indonesia dari Timor Timur mencipta krisis Timor Timur 1999 di mana banyak orang terbunuh. Walaupun Habibie menyukai penggunaan cepat pasukan pengaman PBB untuk menghentikan keganasan, tentera menentang rancangan ini. Pada 10 September, Jeneral Wiranto didakwa mengancam untuk mendirikan rampasan kuasa tentera jika Habibie membenarkan pasukan pengaman, menyebabkan Habibie mundur. Habibie juga mengarahkan anggota keselamatan untuk menghentikan keganasan di wilayah itu, tetapi perintahnya tidak banyak ditangani.