Jabarkan Operasi di Goa, 1510 dari Alfonso de Albuquerque dalam bahasa melayu

Pada bulan Januari 1510, Alfonso pergi ke Kalikut menjunjung perintah Raja untuk serang—sewaktu Zamorin tiada—namun gagal. Marsyal Fernando Coutinho ingkar arahan dan masuk ke dalam bandar tersebut di mana beliau takjub dengan kekayaan bandar itu. Akhirnya beliau diserang hendap. Semasa berundur, Alfonso ditembak di dada tetapi terselamat manakala Coutinho dibunuh semasa cuba melarikan diri.

Tidak lama kemudian, Alfonso kumpulkan sebuah armada dengan 23 kapal dan 1200 orang. Laporan moden kata beliau mahu melawan armada Kesultanan Mamluk Mesir di Laut Merah ataupun kembali ke Hormuz. Tetapi Alfonso mendapat khabar dari suatu Timoji (sebuah kapal pejuang privatir untuk Kerajaan Vijayanagara) yang mereka akan lebih senang bertempur di Goa di tempat mereka berteduh selepas Pertempuran Diu, dan daripada Sultan Yusuf Adil Shah, juga dari perang dengan Kesultanan-kesultanan Dekan. Jadi Alfonso menggunakan taktik mengejut dan tawan Goa daripada Kesultanan Bijapur. Dengan ini beliau telah laksanakan satu lagi tugasnya dengan penangkapan Goa, yang merupakan pelabuhan perdagangan terbaik di kawasan itu.

Serangan pertama berlaku di Goa dari 4 Mac ke 20 Mei 1510. Selepas penawanan Portugis, penduduk Hindu dan tentera Alfonso mula tidak endahkan beliau berikutan serangan daripada Ismail Adil Shah. Tambahan pula dengan kubu yang tidak seberapa, Alfonso tolak tawaran berdamai daripada Sultan Ismail dan beredar dari bandar tersebut pada bulan Ogos. Armada beliau berselerak dan sebuah pemberontakan tercetus di Kochi, maka beliau berangkat ke Kota Anjediva. Kapal-kapal baharu tiba dari Portugal, tetapi untuk seorang bangsawan bernama Diogo Mendes de Vasconcelos di Melaka yang baru sahaja diberikan kebenaran perintah di kawasan itu.

Tiga bulan kemudian pada 25 November, Alfonso tiba di Goa dengan armada yang baharu. Diogo Mendes de Vasconcelos terpaksa iringi beliau dengan kapal bantuan ke Melaka dan lebih kurang 300 bantuan Malabar dari Kannur. Dalam masa sehari, mereka merampas Goa daripada Ismail Adil Shah dan sekutu Uthmaniyah baginda menyerah kalah pada 10 Disember. Lebih kurang 6000 ke 9000 pejuang Muslim dari bandar itu terkorban, sama ada mati dalam pertempuran mahupun lemas semasa cuba larikan diri. Alfonso mendapat sokongan warga Hindu kerana menewaskan orang Islam, tetapi membuat Timoji geram kerana dia ingin menjadi gabenor. Alfonso membalas jasanya dengan melantik beliau sebagai Ketua Wazir (Aguazil) bandar tersebut, seorang pentadbir dan wakil warga Hindu dan Muslim, sebagai seorang penafsir budaya dan adat di sana. Beliau kemudian mengurangkan jumlah ufti yang harus dibayar.

Di Goa, Alfonso asaskan kilang syiling Portugis pertama di timur selepas saudagar Timoja suarakan aduan mereka tentang kekurangan matawang, dan Alfonso mengambil peluang ini untuk mengukuhkan lagi penaklukan mereka. Syiling yang berdasarkan syiling yang telahpun wujud ini mempunyai salib di sebelah dan sfera armila, sebelah lagi menujukkan jata Raja Manuel. Matawang cruzado atau manueis emas, esferas dan alf-esferas perak, dan "leais" gangsa dicetak.Sebastião Rodolfo Dalgado (1982). Glossário Luso-Asiático. Buske Verlag. m/s 382. ISBN 978-3-87118-479-6. Satu lagi kilang syiling dibina di Melaka pada tahun 1511.

Di Goa, Alfonso bina Hospital Real de Goa atau Hospital Diraja Goa bersebelahan Gereja Santa Catarina. Apabila beliau terdengar bahawa doktor di hospital itu meletakkan harga perubatan yang tinggi, Alfonso panggil mereka bermesyuarat, dan berkata "Kalian mengenakan bayaran pakar perubatan dan langsung tidak tahu penyakit apa orang-orang yang berkhidmat demi Raja kita mati menghidapi" dan paksa mereka bekerja di tembok kota sepanjang hari dari siang sehingga malam.

Walaupun sering diserang, Goa menjadi ibu pusat India Portugis dan penaklukan menyebabkan kerajaan jiran lain patuh: Sultan Gujarat dan Zamorin dari Kalikut hantarkan duta, tawaran pakatan dan geran untuk pengukuhan.

Alfonso kemudian menggunakan Goa untuk merampas perdagangan rampah, untuk menjual kuda Parsi kepada Vijayanagara dan putera-putera Hindu dengan balas mereka bantu Portugis dalam peperangan.