Jabarkan Sebagai Maharaja (1868–1885) dari Sultan Abu Bakar ibni Almarhum Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim dalam bahasa melayu

Baginda telah menguasai seluruh wilayah Johor, iaitu setelah Sultan Ali mangkat pada tahun 1877. Selepas Sultan Ali mangkat, Tengku Alam (anak Sultan Ali) membantah pemerintahan Muar/Kesang diserah sementara kepada Maharaja Abu Bakar dan melancarkan Perang Jementah pada 1879 tetapi gagal.

Baginda juga pernah merasmikan Penjara Johor Bahru pada tahun 1883.

Pada 1885, Johor telah menandatangani perjanjian persahabatan dengan kerajaan British. Melalui perjanjian ini, kerajaan British mengiktiraf Johor sebagai sebagai sebuah negeri yang bebas dan berdaulat. Maharaja Abu Bakar juga diiktiraf sebagai Sultan Johor. Baginda bersetuju menerima seorang pegawai British yang bertugas sebagai Konsul British di Johor dan bukan sebagai penasihat. British juga bersetuju melindungi Johor jika berlaku sebarang ancaman dari luar.

Mulai 1 Julai 1886, baginda memakai gelaran sultan dengan gelaran Maharaja Abu Bakar Alkhalil.