Jabarkan Rundingan dengan Belanda dari Soedirman dalam bahasa melayu

Sementara itu, Sjahrir terus bekerja pada rundingan dengan kuasa-kuasa Bersekutu. Pada 7 Oktober 1946, Sjahrir dan bekas Perdana Menteri Belanda, Wim Schermerhorn, bersetuju untuk berusaha ke arah gencatan senjata. Perbincangan adalah untuk disunting oleh diplomat British Lord Killearn dan Sudirman. Beliau mengambil kereta api khas ditugaskan ke Jakarta, yang berlepas pada 20 Oktober. Bagaimanapun, beliau mengarahkan ia untuk kembali ke Yogyakarta apabila pasukan Belanda enggan membenarkan beliau dan orang-orangnya untuk memasuki bandar dengan senjata mereka, perasaan bahawa sesuatu perintah itu melanggar beliau rasa penghormatan; Belanda meminta maaf, mentafsirkan peristiwa sebagai salah faham. Sudirman mengambil kereta api yang lain pada akhir Oktober, tiba di Stesen Gambir di Jakarta pada 1 November, di mana beliau telah disambut oleh orang ramai yang besar. Perbincangan di Jakarta menyebabkan penggubalan Perjanjian Linggadjati pada 15 November; perjanjian ini telah disahkan pada 25 Mac 1947, walaupun dikutuk hebat oleh nasionalis Indonesia. Sudirman telah divokalkan terhadap perjanjian itu, yang didapati tidak menjejaskan kepentingan Indonesia, tetapi menganggap dirinya wajib mengikuti arahannya.

Pada awal tahun 1947, dengan Perjanjian Linggadjati yang memberi keamanan relatif, Sudirman memulakan kerja kepada pengukuhan TKR dengan pelbagai laskar. Sebagai sebahagian daripada jawatankuasa, Sudirman mula menyusun semula tentera; mereka mencapai persetujuan pada Mei 1947, dan pada 3 Jun 1947 Tentera Nasional Indonesia (TNI) telah dirasmikan; ia terdiri daripada pasukan TKR dan pelbagai kumpulan laskar, yang Sudirman telah dimasukkan hanya selepas menyedari sejauh mana manipulasi mereka dengan parti-parti politik. Walaubagaimanapun, gencatan senjata yang diperolehi melalui Perjanjian Linggadjati tidak tahan lama. Pada 21 Julai 1947, pasukan Belanda - yang telah menguasai kawasan diduduki yang ditinggalkan oleh British semasa pengeluaran mereka - melancarkan Operasi Produk, dan cepat berjaya menguasai petak besar Jawa dan Sumatera; kerajaan pusat di Yogyakarta kekal tidak disentuh. Sudirman dipanggil tentera untuk melawan, menggunakan kod "Ibu Pertiwi memanggil! Ibu Pertiwi memanggil!", dan kemudian menyerahkan beberapa ucapan kepada RRI dalam usaha yang gagal untuk menggalakkan tenteranya berperang melawan Belanda. Walau bagaimanapun, tentera Indonesia tidak bersedia dan barisan mereka runtuh dengan cepat.

Tertekan oleh Bangsa-Bangsa Bersatu, yang telah melihat keadaan di bekas Hindia Timur dengan penghinaan, pada 29 Ogos 1947 Belanda menubuhkan Barisan Van Mook, yang membahagikan kawasan Belanda dan Indonesia yang dikawal. Sepanjang garisan gencatan senjata yang dipanggil.  Sudirman teringat gerila Indonesia bersembunyi di tanah Belanda diadakan, yang memerintahkan mereka untuk kembali ke kawasan Indonesia diadakan. Untuk mengekalkan semangat mereka sehingga, beliau merujuk kepada pengeluaran sebagai hijrah, mengingatkan penghijrahan Nabi Muhammad s.a.w. ke Madinah pada tahun 622 Masihi, membayangkan bahawa mereka akan kembali. Lebih 35,000 tentera meninggalkan Jawa barat di perintah ini, perjalanan ke Yogyakarta dengan kereta api dan kapal. sempadan ini telah dirasmikan oleh Perjanjian Renville pada 17 Januari 1948; antara penandatangan adalah Amir Syarifuddin, pada masa itu juga berkhidmat sebagai Perdana Menteri. Sementara itu, Syarifuddin mula merasionalkan tentera, memotong kembali pada bilangan tentera. Pada masa yang tentera biasa terdiri daripada 350,000 orang, dengan lebih 470,000 dalam laskar itu.

Dalam program ini, oleh dekri presiden Sudirman tidak lagi komander tentera bertugas bermula pada 2 Januari 1948. Beliau telah diturunkan pangkat kepada Leftenan Jeneral, manakala Panglima Tentera Udara Soerjadi Soerjadarma bertujuan untuk menjadi ketua komander. Tidak lama selepas itu, Syarifuddin digulingkan dalam undi tidak percaya kerana penglibatan beliau dalam Perjanjian Renville, dan Perdana Menteri baru, Mohammad Hatta, bekerja untuk melaksanakan program rasionalisasi. Ini membawa kepada beberapa perbahasan bulan panjang antara kumpulan pro dan anti-rasionalisasi. Sudirman berkhidmat sebagai titik perhimpunan dan penggerak untuk tentera, termasuk banyak komander yang lebih tua, yang menentang program ini. Sudirman secara rasmi semula pada 1 Jun 1946, yang padanya beliau berkesan membatalkan arahan untuk merasionalkan. Beliau memilih Kolonel Abdul Harris Nasution sebagai timbalannya, tetapi kekal sebagai leftenan jeneral.

Bila program rasionalisasi itu mereda, Syarifuddin mula mengumpul askar dari Parti Sosialis, Parti Komunis, dan semua ahli-ahli Pusat Buruh Organisasi Indonesia yang bakal revolusi proletariat di Madiun, Jawa Timur, yang berlaku pada 18 September 1948. Sudirman, sakit pada masa itu, menghantar Nasution menangani revolusi; Sudirman juga menghantar dua pegawai lain yang merasa keselamatan di hadapan serangan. Walaupun Muso pemimpin revolusioner adalah bersetuju dengan keamanan, Nasution dan tenteranya telah membatalkan pemberontakan oleh 30 September.  Sudirman melawat Madiun tidak lama selepas pertempuran, kemudian memberitahu isterinya bahawa dia telah tidak dapat tidur di sana untuk semua pertumpahan darah.

Pemberontakan ini, dan ketidakstabilan politik yang berterusan, melemahkan Sudirman daripada banyak kekuatan yang masih tinggal. Pada 5 Oktober 1948, selepas sambutan ulang tahun ketiga tentera, Sudirman jatuh sakit. Selepas diperiksa oleh banyak doktor, beliau didiagnosis dengan tuberkulosis. Pada akhir bulan, beliau telah dibawa ke Hospital Panti Rapih dan telah paru-paru kanannya lumpuh, dengan harapan bahawa ia akan menghentikan penyebaran penyakit ini. Semasa di hospital, beliau mewakilkan kebanyakan kewajipannya kepada Nasution. Walau bagaimanapun, kedua-dua terus membincangkan rancangan untuk perang melawan Belanda, dan Sudirman terus menerima laporan status. Mereka bersetuju bahawa peperangan gerila, yang telah digunakan di serbuan ke wilayah Belanda dipegang sejak Mei, akan menjadi sesuai untuk keperluan mereka; ke arah matlamat ini, Sudirman mengeluarkan perintah am pada 11 November, dengan Nasution mengendalikan kebanyakan persediaan. Sudirman dibenarkan keluar dari hospital pada 28 November 1948.

Walaupun dia terus mengeluarkan perintah, Sudirman hanya kembali kepada duti aktif pada 17 Disember; memandangkan ketegangan yang semakin meningkat antara pasukan Belanda dan Indonesia, beliau mengarahkan tentera TNI untuk mengekalkan peningkatan tahap kesedaran; beliau juga memerintahkan latihan ketenteraan besar-besaran kerana dalam percubaan tidak berjaya menyakinkan Belanda bahawa TNI adalah terlalu kuat untuk menyerang. Dua hari kemudian, selepas pengumuman waktu malam bahawa mereka tidak lagi terikat dengan Perjanjian Renville, pada 19 Disember Belanda melancarkan Operasi Kraai, sebuah usaha untuk menangkap ibu negara di Yogyakarta. Dengan 07:10 waktu tempatan (UTC + 7), lapangan terbang di Maguwo telah diambil oleh pasukan payung di bawah pimpinan Kapten Eekhout. Sudirman, apabila dia tahu tentang serangan itu, suatu perintah dibacakan RRI yang menyatakan bahawa tentera itu memerangi kerana mereka telah dilatih - sebagai gerila.

Dia kemudian pergi ke Istana Presiden di tengah-tengah Yogyakarta, di mana pemimpin-pemimpin kerajaan telah membincangkan kata dua yang menyatakan bahawa bandar itu akan menyerbu kecuali kepimpinan diterima belenggu penjajahan. Sudirman menyarankan supaya presiden dan naib presiden meninggalkan bandar dan berjuang sebagai gerila, tindakan yang mereka telah berjanji sebelum ini, tetapi cadangan ini telah ditolak. Walaupun doktor beliau melarangnya, Sudirman mendapat kebenaran daripada Sukarno untuk menyertai orang-orangnya. Kerajaan pusat dipindahkan ke Kraton Ngayogyakarta Hadiningrat dalam dorongan Sultan Hamengkubuwana IX, tetapi telah ditangkap dan dibuang negeri.