Jelaskan Islam Substantif (2000) dari Azyumardi Azra dalam bahasa minangkabau

Historiografi Islam Kontemporer: Wacana, Aktualitas dan Aktor Sejarah (2002)

Paradigma Baru Pendidikan Nasional: Rekonstruksi dan Demokratisasi (2002)

Reposisi Hubungan Agama dan Negara (2002)

Menggapai Solidaritas: Tensi antara Demokrasi, Fundamentalisme, dan Humanisme (2002)

Konflik Baru Antar-Peradaban: Globalisasi, Radikalisme, dan Pluralitas

Islam Nusantara: Jaringan Global dan Lokal (2002)

Surau: Pendidikan Islam Tradisional dalam Transisi dan Modernisasi (2003)

Disertasi doktor bajudul “The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama in the Seventeenth and Eighteenth Centuries’” (2004), sasudah direvisi diterbitkan sacaro simultan di Canberra (Allen Unwin dan AAAS), di Honolulu (Hawaii University Press), dan di Leiden Nagari Belanda (KITLV Press).