Jabarkan Pasca Indonesia merdeka dari Balai Besar Wilayah Sungai Bengawan Solo

Pada bulan Maret 1966, terjadi banjir besar di Surakarta dan sekitarnya yang menyebabkan 168 orang meninggal dan 370.000 orang lainnya mengungsi. Debit air Bengawan Solo yang tercatat di Pos Debit Jurug saat itu mencapai 2.160 meter kubik per detik, padahal Bengawan Solo hanya dapat menampung 600-800 meter kubik air per detik. Kementerian Pekerjaan Umum dan Tenaga Listrik kemudian membentuk organisasi ini dengan nama Badan Pelaksana Proyek Penanggulangan Bencana Alam Bengawan Solo untuk menanggulangi banjir tersebut.

Pada tahun 1969, nama organisasi ini diubah menjadi Badan Pelaksana Proyek Serbaguna Bengawan Solo atau biasa disingkat menjadi Proyek Bengawan Solo (PBS) untuk mengembangkan sejumlah infrastruktur sumber daya air di wilayah Bengawan Solo secara bertahap. Pada tahun 1977, nama organisasi ini kembali diubah menjadi Badan Pelaksana Proyek Pengembangan Wilayah Sungai Bengawan Solo. Pada tahun 1990, status Proyek Bengawan Solo ditingkatkan menjadi Proyek Induk Bengawan Solo, karena membawahi lebih dari satu proyek, yakni Proyek Bengawan Solo Hulu, Proyek Kali Madiun, dan Proyek Bengawan Solo Hilir. Pada tahun 1994, proyek yang dibawahi oleh organisasi ini diubah menjadi:

Proyek Pengembangan dan Konservasi Sumber Air Bengawan Solo, dengan kantor pusat di Surakarta

Proyek Pengelolaan Sumber Air dan Pengendalian Banjir Bengawan Solo, dengan kantor pusat di Madiun

Proyek Penyediaan Air Baku Bengawan Solo, dengan kantor pusat di Bojonegoro

Proyek Irigasi Bengawan Solo, dengan kantor pusat di Surakarta.

Pasca diterapkannya otonomi daerah di Indonesia, pada tahun 2006, nama organisasi ini diubah menjadi seperti sekarang.