Jabarkan Bulan-bulan awal persatuan dari Republik Somalia

Meskipun bersatu sebagai satu bangsa pada saat kemerdekaan, namun dari perspektif kelembagaan, kedua Somaliland (selatan dan utara) merupakan dua negara yang terpisah. Italia dan Inggris telah meninggalkan keduanya dengan sistem administrasi, hukum, dan pendidikan yang berbeda sehingga administrasi dilakukan menurut prosedur dan bahasa yang berbeda. Janina Dill, Assosiasi Professor Kebijakan Luar Negeri AS, menyatakan:

Polisi, pajak, dan nilai tukar mata uang masing-masing juga berbeda. Elit terpelajar mereka memiliki kepentingan yang berbeda dan kontak ekonomi antara kedua wilayah tersebut hampir tidak ada. Pada tahun 1960, Perserikatan Bangsa-Bangsa membentuk Komisi Konsultatif untuk Integrasi, sebuah dewan internasional yang dipimpin oleh pejabat PBB Paolo Contini, untuk memandu penggabungan bertahap sistem dan lembaga hukum negara baru dan untuk mendamaikan perbedaan di antara mereka. (Pada tahun 1964 Komisi Permusyawaratan Legislasi menggantikan badan ini. Terdiri dari Somalia, badan ini mengambil pekerjaan pendahulunya di bawah kepemimpinan Mariano.) Tetapi banyak orang selatan percaya bahwa, karena pengalaman yang diperoleh di bawah perwalian Italia, mereka lebih siap dari dua wilayah untuk pemerintahan sendiri. Elit politik, administrasi, dan komersial utara enggan mengakui bahwa mereka sekarang harus berurusan dengan Mogadishu.

Pada masa kemerdekaan, wilayah utara memiliki dua partai politik yang berfungsi: SNL, mewakili keluarga klan Isaaq yang merupakan mayoritas numerik di sana; dan USP, yang sebagian besar didukung oleh Dir dan Daarood. Di Somalia yang bersatu, bagaimanapun, Isaaq adalah minoritas kecil, sedangkan Daarood utara bergabung dengan anggota klan-keluarga mereka dari selatan di SYL. Dir, yang memiliki sedikit sanak saudara di selatan, di satu sisi ditarik oleh ikatan tradisional dengan Hawiye dan di sisi lain oleh simpati regional yang sama terhadap Isaaq. Partai oposisi selatan, Greater Somalia League (GSL), pro-Arab dan militan pan-Somalis, menarik dukungan dari SNL dan USP melawan SYL, yang telah memiliki sikap moderat sebelum kemerdekaan.

Kekhawatiran Utara tentang terlalu kuatnya kekuasaan di selatan ditunjukkan pada pola pemungutan suara dalam referendum konstitusi Juni 1961, yang pada dasarnya merupakan pemilihan nasional pertama Somalia. Meskipun rancangan itu sangat disetujui di selatan, namun di utara hanya didukung oleh kurang dari 50 persen pemilih.

Ketidakpuasan pada distribusi kekuasaan di antara keluarga klan dan antara dua wilayah memuncak pada bulan Desember 1961, ketika sekelompok perwira tentara junior yang dilatih Inggris di utara memberontak sebagai reaksi atas penempatan perwira selatan berpangkat lebih tinggi (yang telah dilatih oleh Italia untuk tugas polisi) untuk memerintahkan unit mereka. Para pemimpin kelompok mendesak pemisahan utara dan selatan. Petugas non-komisi utara menangkap para pemberontak, tetapi ketidakpuasan di utara tetap ada.

Pada awal tahun 1962, pemimpin GSL Haaji Mahammad Hussen, yang sebagian berusaha untuk mengeksploitasi ketidakpuasan utara, berusaha untuk membentuk sebuah partai gabungan yang dikenal dengan Persatuan Demokratik Somalia (SDU). Partai ini mendaftarkan elemen utara, beberapa di antaranya tidak senang dengan perwakilan SNL utara dalam pemerintahan koalisi. Upaya Hussein gagal. Namun, pada Mei 1962, Egal dan menteri SNL utara lainnya mengundurkan diri dari kabinet dan membawa banyak pengikut SNL bersama mereka ke dalam partai baru, Kongres Nasional Somalia (SNC), yang mendapat dukungan luas di utara. Partai baru juga memperoleh dukungan di selatan ketika bergabung dengan faksi SYL yang sebagian besar terdiri dari Hawiye. Langkah ini memberi negara itu tiga partai politik yang benar-benar nasional dan selanjutnya berfungsi untuk melebur perbedaan utara-selatan.