Jabarkan Karier kepelatihan dari Gilbert Agius

Setelah bermain dengan Xewkija Tigers, Agius kembali ke Valletta sebagai asisten manajer. Ia juga beberapa kali sempat beralih sebagai manajer sementara. Pada tahun 2019, Agius menggantikan Danilo Doncic sebagai manajer sementara, dan berhasil memimpin Valletta untuk memenangkan gelar setelah mengalahkan Hibernians di pertandingan penentuan. Pada Desember 2020, Agius kembali membantu klubnya sebagai manajer sementara setelah Jesmond Zerafa mengundurkan diri. Lalu di penghujung tahun, ia digantikan oleh Tozé Mendes, dan Agius pun kembali menjabat sebagai asisten manajer.

Pada Januari 2021, Agius diangkat sebagai pelatih kepala baru Tim sepak bola nasional U-21 Malta.

Pada 15 Februari 2023, Agius memilih untuk melatih klub di luar Eropa untuk pertama kali dalam karirnya. Agius ditunjuk sebagai pelatih kepala baru dari klub Liga 1 Indonesia, PSIS Semarang.