Jabarkan Sejarah dari San Michele degli Scalzi, Pisa

Sebuah kapel oratorium dikenal di situs tersebut pada tahun 1025. Sebuah gereja kemudian dibangun di situs tersebut dan ditempatkan di biara Benediktin yang berdekatan yang didirikan pada tahun 1178 oleh para biarawan dari biara Santa Maria di Pulsano sul Gargano. Pemugaran pertama situs tersebut selesai pada tahun 1204. Pada abad ke-15 gereja tersebut berturut-turut menjadi milik beberapa ordo religius, dan sebelum tahun 1463 berada di bawah Canons Regular of the Lateran. Modifikasi besar termasuk langit-langit peti yang rumit (1596).

Gereja dipindahkan ke Olivetan Order pada tahun 1774. Dekorasi internal lebih lanjut ditambahkan. Rekonstruksi abad ke-19 bertujuan untuk memulihkan fitur Romawi asli. Pengeboman selama perang dunia kedua, dan banjir, merusak struktur, membutuhkan pembangunan kembali besar-besaran.