Jabarkan Pengembangan sejak tahun 2000-an dari Bandar Udara Internasional Skopje

Pada bulan Desember 2006, pemerintah Republik Makedonia yang dipimpin oleh VMRO-DPMNE yang konservatif mengganti nama bandara menjadi Alexander Agung dan memicu kontroversi lebih lanjut dalam permusuhan diplomatik yang sedang berlangsung dengan Yunani. Kedua negara menganggap Alexander Agung sebagai bagian dari warisan masing-masing, hal ini ditunjukkan oleh fakta bahwa bandara Kavala masuk kedalam regional Makedonia Yunani juga dinamai menurut Alexander. Namun, bandara di Kavala adalah yang pertama dinamai itu sejak 1992.

Pada tahun 2008, Pemerintah Makedonia menandatangani kontrak dengan perusahaan asal Turki yaitu Tepe Akfen Ventures (TAV) untuk konsesi selama dua puluh tahun, di mana perusahaan ini akan mengelola dua bandara yang ada di Makedonia, Bandara Skopje dan Bandara Ohrid "St. Paul the Apostle" di Ohrid.

Pada bulan September 2011, gedung terminal baru, menambahkan panjang landasan pacu, gedung administrasi baru, gedung kargo dan jalan akses baru dengan fasilitas parkir dibuka.

Pada bulan Februari 2018, nama "Alexander the Great" dihilangkan dari nama bandara itu dalam upaya untuk meningkatkan hubungan dengan Yunani, dan secara resmi berganti nama menjadi Bandara Internasional Skopje. Beberapa bulan sebelumnya, Aegean Airlines mengumumkan penerbangannya antara Athena dan Skopje, hal ini menjadikan penerbangan pertama ke Yunani selama beberapa tahun, contoh lain dari peningkatan hubungan antara kedua negara setelah Perjanjian Prespa.