Coba jelasin ccat---caac dari Bioinformatika dalam bahasa jawa dong

Sequence alignment wujud métodhe dhasar ing analisis sekuens. Métodhe iki minangka nyinaoni évolusi sekuens-sekuens saka leluhur kang padha (common ancestor). Ora cocoké (mismatch) ing alignment diasosiasikaké kanthi prosès mutasi, éwadéné kasenjangan (gap, tandha "–") diasosiasikaké kanthi prosès insersi utawa delesi. Sequence alignment mènèhi hipotèsis marang prosès évolusi kang dumadi ing sekuens-sekuens mau. Umpamané, loro sekuens ing conto alignment ing ndhuwur bisa dadi évolusi saka sekuens kang padha "ccatgggcaac". Ing kaitané karo bab iki, alignment uga bisa nedahaké posisi-posisi kang dipertahankan (conserved) suwéné évolusi ing sekuens-sekuens protéin, kang nedahaké yèn posisi-posisi mau bisa dadi wigati kanggo struktur utawa fungsi protéin mau.

Saliyané iku, sequence alignment uga dipigunaaké kanggo nggolèki sekuens kang mèmper utawa padha ing basis data sekuens. BLAST yaiku métodhe alignment kang asring dipigunaaké ing panlusuran basis data sekuens. BLAST migunakaké algoritma heuristik ing panyusunan alignment.

Sapérangan métodhe alignment liya kang ndhisiki BLAST yaiku métodhe "Needleman-Wunsch" lan "Smith-Waterman". Métodhe Needleman-Wunsch minangka nyusun alignment global ing antarané loro utawa luwih sekuens, yaiku alignment kanggo sadawané sekuens mau. Métodhe Smith-Waterman ngasilaké alignment lokal, yaiku alignment kanggo pérangan-pérangan njero sekuens. Kaloro métodhe mau nerapaké pamrograman dinamik (dynamic programming) lan mung efektif kanggo alignment rong sekuens (pairwise alignment)

Clustal yaiku program bioinformatika kanggo alignment multipel (multiple alignment), yaiku alignment sapérangan sekuens sisan. Loro varian utama Clustal yaiku ClustalW lan ClustalX.

Métodhe liya kang bisa ditrepaké kanggo alignment sekuens yaiku métodhe kang gegandhéngan karo Hidden Markov Modhèl ("Modhél Markov Kadhelikaké", HMM). HMM iku modhèl statistika kang mula bukané dipigunaaké ing èlmu komputer kanggo ngenali wicaraning Manungsa (speech recognition). Saliyané dipigunaaké kanggo alignment, HMM uga dipigunaaké ing métodhe-métodhe analisis sekuens liyané, kaya prediksi laladan pawènèh kodhe protéin ing genom lan prédhiksi struktur sékundhèr protéin.