Jabarkan Selama pemerintahan Mary dari David Beaton

James V meninggal di Istana Falkland pada tanggal 14 Desember 1542. Beaton mencoba menjadi salah satu wali bagi Mary, Ratu Skotlandia yang masih bayi. Dia mendasarkan klaimnya pada dugaan surat wasiat mendiang Raja; tetapi surat wasiat tersebut secara umum dianggap dipalsukan, dan Earl of Arran ke-2, pewaris takhta, dinyatakan sebagai wali penguasa. Salinan surat wasiat yang diduga palsu itu disimpan oleh wali penguasa Arran. Tertanggal 14 Desember 1542 di kamar tidur raja di Istana Falkland, surat wasiat tersebut disaksikan oleh James Learmonth dari Dairsie, Kepala Rumah Tangga; Henry Kemp dari Thomastoun, Gentleman of the Chamber; Michael Durham, dokter raja; John Tennent, William Kirkcaldy dari Grange, Master Michael Dysart, Pengawas St Anthony's di Leith; John Jordan, Rektor dari Yetham; Francis Aikman, pembuat wewangian, dan yang lainnya di samping tempat tidur. Namun, panitera yang menulis instrumen tersebut, Henry Balfour, seorang kanon di Dunkeld, bukanlah seorang notaris yang diakui.

Atas perintah wali penguasa, Beaton diserahkan ke tahanan Lord Seton,  dan dipenjarakan di Istana Dalkeith dan kemudian Kastil Blackness. Sebuah larangan kepausan menyusul penangkapan Kardinal Primata, yang menyatakan bahwa semua gereja di negara itu harus ditutup dan pemberian sakramen-sakramen harus ditangguhkan.

Dengan Beaton yang tidak lagi berkuasa, pihak Anglofil membujuk wali penguasa Arran untuk membuat perjanjian pernikahan dengan Inggris atas nama sang Ratu yang masih bayi, dan menunjuk sejumlah pengkhotbah Protestan. Perjanjian yang ditandatangani di Greenwich pada bulan Juli 1543 menetapkan bahwa Mary akan ditemani oleh seorang bangsawan Inggris (dan istrinya) sampai dia berusia sepuluh tahun dan setelah itu akan tinggal di Inggris hingga waktu pernikahannya. Penyatuan takhta Inggris dan Skotlandia yang dicita-citakan dalam perjanjian itu sudah kontroversial sejak awal. Kebijakan Anglo-sentrisnya ditentang oleh banyak orang yang lebih memilih untuk melanjutkan Aliansi Auld dengan Prancis. Penolakan terhadap perjanjian tersebut mengakibatkan lonjakan popularitas faksi Prancis dan pembebasan Beaton dari penjara. Perjanjian Greenwich ditolak oleh Parlemen Skotlandia pada tanggal 11 Desember 1543, yang menyebabkan konflik Anglo-Skotlandia selama delapan tahun yang dikenal dengan sebutan Rough Wooing. Pada tahun 1543, Beaton mendapatkan kembali kekuasaannya, setelah sebelumnya menyusun Ikatan Rahasia. Dua invasi Inggris terjadi setelahnya – dan untuk ini banyak yang menyalahkan Beaton.

Pada bulan Desember 1545, Beaton mengatur penangkapan, pengadilan, dan eksekusi pengkhotbah Protestan George Wishart, yang pada tanggal 28 Maret 1546 dicekik dan kemudian dibakar. Wishart memiliki banyak simpatisan, dan hal ini menyebabkan pembunuhan Kardinal segera setelahnya.