Jabarkan Pensiun dan wafat dari Manonga Napitupulu

Napitupulu pensiun dari kemiliteran pada tahun 1973. Setelah pensiun, ia mengikuti kursus di Lembaga Pembina Usahawan dari bulan November 1973 hingga April 1974. Ia sempat ditempatkan sebagai direksi pada sejumlah perusahaan yang beroperasi di bawah yayasan angkatan laut seperti perusahaan Gita Bahari dan EMKL, namun ia mengundurkan diri karena praktik kolusi dan mark-up yang marak di perusahaan-perusahaan tersebut.

Usia Napitupulu yang semakin menua membuat kondisi fisiknya semakin lemah. Pada tahun 1997, Napitupulu dibawa ke Rumah Sakit Dr. Cipto Mangunkusumo karena leukemia. Pihak rumah sakit menginformasikan keluarga Napitupulu bahwa biaya untuk perawatan intensifnya akan sangat besar, sehingga keluarganya membuat surat permohonan permintaan bantuan dana kepada Presiden Soeharto melalui Soedomo, Ketua Dewan Pertimbangan Agung. Sebelum surat itu dapat diantarkan pada Presiden, Napitupulu wafat pada pukul 14.00 WIB tanggal 19 Februari 1998. Jenazahnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata dalam upacara militer yang dipimpin oleh Laksamana Pertama TNI Supartowo.