Jabarkan Masa pasca penyerahan kedaulatan dari Imam Syafei

Seusai penyerahan kedaulatan, Syafei bergabung dengan Komando Militer Kota Besar Djakarta Raya dengan pangkat kapten, walaupun dia buta huruf dan pangkatnya diturunkan menjadi kapten. Akan tetapi banyak rekan-rekannya yang di demobilisasi karena buta huruf dari dinas TNI. Oleh karenanya, ia mendirikan organisasi bernama Corps Bambung Runcing (Cobra) untuk menampung rekan-rekannya yang dikeluarkan dari TNI dan mengendalikan bandit-bandit di wilayah Jakarta, khususnya di Pasar Senen.

Dalam memimpin organisasi Kobra, Syafei mengeluarkan berbagai kebijakan untuk anggotanya. Bagi para anggotanya yang melakukan kejahatan, tetapi tidak memiliki uang, Syafei memberikan modal usaha kepada mereka. Namun, jika oknum anggota Kobra melakukan kejahatan walaupun sudah mendapatkan modal usaha, ia memberikan hukuman cambukan dengan cambuk yang terbuat dari buntut ikan pari kepada mereka. Organisasi Cobra dibubarkan pada tahun 1959 atas permintaan komando militer Jakarta.

Memanfaatkan pekerjaannya di Komande Militer Kota Besar Djakarta Raya, Syafei mengorganisir masa untuk hadir dalam demonstrasi 17 Oktober 1952. Pada tahun 1958, ia lulus dari Sekolah Staf dan Komando Angkatan Darat dan mendapatkan pangkat letnan kolonel. Ia sempat ditawarkan untuk menjadi komandan pasukan pengawal Soekanro, Cakrabirawa. Akan tetapi, ia menolak tawaran tersebut. Pada tanggal 15 Agusuts 1960, ia diangkat sebagai anggota DPR-GR. Sebagai anggota DPR, ia menjadi anggota Badan Urusan Rumah Tangga DPR-GR pada tanggal 17 November 1960. Setahuan kemudian, dia menjadi pengurus Front Nasional Jakarta Raya.

Menteri Negara diperbantukan pada Presiden Urusan Pengamanan Khusus

Pengaruhnya yang besar di Jakarta serta keahliannya dalam mengendalikan pergerakan bandit membuat Soekarno menangkat Syafei sebagai Menteri Negara diperbantukan pada Presiden Urusan Pengamanan Khusus pada tanggal 24 Februari 1966. Diharapkan ia dapat meredam aksi demonstrasi mahasiswa yang sedang bergejolak setiap harinya.

Pengangaktan Syafei menjadi menteri mengundang kontroversi dikalangan demonstran mahasiswa. Mereka menuding Syafei menggunakan anak buah dan pengaruhnya di dunia bawah Jakara untuk meredam demonstrasi. Keberadaan dia ini membuat Kabinet Dwikora II dijuluki sebagai Kabinet Kriminal. Di samping itu juga, ia mendapatkan julukan menteri copet. Ia menjabat sebagai menteri sampai dengan tanggal 20 Maret 1966.