Jabarkan Pengusutan 1998-2004 dari Goro (perusahaan)

Tidak lama setelah kejatuhan Orde Baru, kasus Goro segera diusut pemerintah. Pada November 1998, Kejaksaan Agung membentuk tim khusus demi menyelidiki kasus ini. Tommy kemudian diperiksa oleh Kejagung pada 23-25 November 1998, dan pada 9 Desember 1998 resmi ditetapkan sebagai tersangka bersama Ricardo. Beddu dan Hokiarto kemudian juga mengalami nasib yang sama, dan pada 19 Februari 1999 Tommy, Beddu dan Ricardo menjadi terdakwa dan kasusnya mulai disidangkan di pengadilan. Dalam persidangan, Tommy membantah tuduhan bahwa ia memengaruhi ayahnya, mantan presiden Soeharto untuk memuluskan ruislag Goro. Anehnya, pada 14 Oktober 1999, Tommy, Ricardo dibebaskan dengan alasan masalah Goro adalah urusan perdata, ditambah alasan tidak ada bukti kuat. Beddu sebelumnya juga dibebaskan pada 14 April 1999 dengan alasan tidak ada jabatan Beddu (anggota MPR) dalam lembaran dakwaan dan ia tidak dapat diusut karena jabatannya. Tidak lama kemudian, Jaksa Penuntut Umum Fachmi mengajukan kasasi ke Mahkamah Agung. Setelah melalui berbagai persidangan, pada 22 September 2000, hakim Marnis Kahar, Syafiuddin Kartasasmita dan R. Sunu Wahadi justru menghukum Tommy dan Ricardo dengan hukuman 18 bulan penjara, denda Rp 30 miliar dan Rp 7,67 miliar masing-masing untuk Tommy dan Ricardo. Menurut istri kedua Syafiuddin Iwah Setiawati, suaminya pernah ditawar Tommy uang Rp 5-20 miliar untuk memutus bebas dirinya, namun sang hakim menolak.

Tidak lama kemudian, pada 2 dan 3 Oktober 2000, Ricardo dan Tommy mengajukan grasi ke Presiden Abdurrahman Wahid, dan mengajukan Pengajuan Kembali pada 30 Oktober 2000. Ketika akhirnya Gus Dur menolak grasi Tommy dan Ricardo pada 2 November 2000, Tommy lalu melarikan diri ketika hendak dieksekusi. Tommy kemudian dijadikan buron Interpol sejak 10 November 2000, sementara Ricardo memilih mengikuti hukumannya. Untuk melacak keberadaan Tommy, dilakukan investigasi dan pertemuan dengan kakaknya Siti Hardiyanti Rukmana (Mbak Tutut), Maya Rumantir dan Ardhia Pramesti Regita Cahyani (Tata, istri Tommy saat itu). Tommy sempat hampir berhasil ditangkap pada Desember 2000, namun berhasil melarikan diri dengan menipu polisi. Tommy, yang kemudian menyamarkan nama dirinya sebagai "Ibrahim", dituduh pemerintah dan penegak hukum telah berkolusi dengan GAM, mendalangi sejumlah pengeboman, memiliki bunker untuk bersembunyi, dan kemudian dibekukan rekening banknya di 3 bank agar dapat dilacak serta asetnya disita negara. Tidak hanya itu, setelah investigasi menemukan dugaan kuat Tommy menyimpan bahan peledak dan senjata api, Tommy dicekal pemerintah ke luar negeri pada 24 Oktober 2001.

Ketika Tommy melarikan diri, ia lalu membayar Mulawarman dan Noval Hadad untuk menembak salah satu hakim yang telah menghukumnya kembali, yaitu Syafiuddin Kartasasmita dengan bayaran Rp 100 juta. Di Jl. Pintu Air Serdang, Kemayoran, keduanya lalu menembak Syafiuddin di Honda CR-V-nya pada 26 Juli 2001 jam 08:00 WIB, menyebabkan ia tewas. Pada 7 Agustus 2001, Noval dan Mulawarman diringkus polisi, dan kemudian Tommy ditetapkan oleh Polri sebagai dalang penembakan tersebut, dengan tawaran Rp 50 juta bagi yang mengetahui keberadaan sang "Putra Cendana". Pada 28 November 2001, Tommy berhasil ditangkap di Bintaro Jaya, Tangerang. Ia lalu disidangkan dan dihukum 15 tahun pada 26 Juli 2002, meskipun sebelumnya pada 1 Oktober 2001 putusan hukuman 18 bulannya atas kasus Goro telah dibatalkan oleh PK dirinya di MA. Tommy akhirnya tetap dihukum karena terbukti telah menyimpan senjata api, melakukan pembunuhan berencana, menghalang-halangi kinerja pegawai pemerintah, dan lainnya. Melalui remisi beberapa kali dan PK di MA atas putusan pembunuhannya tersebut, akhirnya Tommy hanya dipenjara hingga 1 November 2006, kurang dari setengah masa hukumannya yang aslinya. Kritikus menganggap hukuman Tommy dipotong karena pengaruhnya sebagai anak mantan presiden, meskipun dibantah Wapres Jusuf Kalla saat itu yang menyatakan Tommy dibebaskan sesuai prosedur. Sementara itu, rekan Tommy di Goro, Ricardo Gelael bebas setelah mendapatkan remisi pada 17 Agustus 2001 yang berarti memotong hukuman yang sudah dijalaninya dan membebaskannya lebih cepat. Konon, baik Tommy maupun Ricardo ditahan dalam "sel" yang mewah di Lembaga Pemasyarakatan Cipinang, dengan fasilitas seperti kulkas, televisi, laptop, pendingin udara, ditambah dengan jam besuk yang lama.

Sementara Tommy melarikan diri dan Ricardo ditahan, pengadilan kemudian melanjutkan sidang akan kasus Goro. Pengadilan kemudian memanggil beberapa saksi, seperti mantan Mensesneg Moerdiono, mantan Menteri Keuangan Mar'ie Muhammad, beberapa pejabat PT GBS seperti Candra Purnomo, Ken Leksono, John Ramses, dan Arioanto Priambodo. Setelah diperiksa kembali Kejagung pada 12 Oktober 2000, Beddu kemudian juga dijadikan tersangka kembali sejak 28 November 2000, dengan persidangannya mulai diadakan pada awal 2001. Beddu membantah tuduhan korupsi padanya dengan alasan ia hanya melaksanakan kebijaksanaan pemerintah, dan mengaku Bulog masih untung Rp 9 miliar ditambah tidak adanya kerugian negara.Pledoi Beddu Amang: Bulog Masih Diuntungkan Rp9 Miliar Pada 6 November 2001, Beddu divonis 2 tahun penjara dengan ganti rugi Rp 5 miliar di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Ketika Beddu banding di Pengadilan Tinggi Jakarta, pada 27 Agustus 2002 hukumannya diperberat menjadi 4 tahun. Berusaha mengajukan PK ke MA namun gagal, sejak 8 Mei 2006 Beddu sudah bebas bersyarat setelah menjalani hukuman dan membayar dendanya. Lain lagi dengan terdakwa lain, Hokiarto. Ia tidak seperti tiga tersangka (Tommy, Beddu dan Ricardo) yang sempat bebas, sejak September 1999 ia harus menjalani tahanan kota. Setelah menjadi saksi pada kasus tiga terdakwa lain, kasus Hokiarto dilimpahkan ke pengadilan pada 19 Juli 2002 dan mulai disidangkan pada 12 Agustus 2002. Hokiarto dituduh merugikan negara sebanyak Rp 52,5 miliar, namun ia membantahnya dan justru merasa dirugikan karena pembayaran dari PT GBS belum diterimanya. Sempat kemudian dibebaskan pada 5 September 2002 dengan alasan dakwaan kurang memenuhi syarat, Hokiarto kembali disidang pada Maret 2004 dengan alasan sebagai pelaku utama, namun kemudian tidak jelas akhirnya. Hokiarto kemudian baru tertangkap dan ditahan pada 2017 karena kasus lainnya yang tidak berhubungan.