Jabarkan Panrapan utama bioinformatika dari Bioinformatika dalam bahasa jawa

Selaras kaliyan jinis informasi biologis kang disimpen, basis data sekuens biologis bisa wujud basis data primer kanggo nyimpen sekuens primer asem nukleat utawa protéin, basis data sékundhèr kanggo nyimpen motif sekuens protéin, lan basis data struktur kanggo nyimpen data struktur protéin utawa asem nukleat.

Basis data utama kanggo sekuens asem nukleat saiki yaiku GenBank (Amérikah Sarékat), EMBL (Éropa), lan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Katelu basis data mau makarya bebarengan lan ijol-ijolan data saben dina kanggo njaga kawiyaran cakupan saben basis data. Sumber utama data sekuens asem nukleat yaiku submisi langsung saka periset individual, proyèk sekuensing genom, lan pandaftaran paten. Isi saliyané sekuens asem nukleat, entri ing basis data sekuens asem nukleat lumrahé ngandhut informasi ngenani jinis asem nukleat (DNA utawa RNA), jeneng organisme sumber asem nukleat mau, lan pustaka kang ana kaitané karo sekuens asem nukleat mau.

Sauntara iku, conto sapérangan basis data wigati kang nyimpen sekuens primer protéin yaiku PIR (Protein Information Resource, Amérikah Sarékat), Swiss-Prot (Éropa), lan TrEMBL (Éropa). Katelu basis data mau wis digabungaké ing UniProt (kang dana mligi saka Amérikah Sarékat). Entri ing UniProt ngandhut informasi ngenani sekuens protéin, jeneng organisme sumber protéin, pustaka kang ana kaitané, lan komentar kang lumrahé isiné panjlasan ngenani fungsi protéin mau.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) wujud perkakas bioinformatika kang gumandhéng raket karo panggunaan basis data sekuens biologis. Panlusuran BLAST (BLAST search) ing basis data sekuens mungelaké èlmuwan kanggo nggolèki sekuens asem nukleat uga protéin kang mèmper karo sekuens tinentu kang diduwèni. Bab iki migunani umpamané kanggo nemu gen sajenis ing sapérangan organisme utawa kanggo mriksa kaabsahan asil sekuensing uga kanggo mriksa fungsi gen asil sekuensing. Algoritma kang ndhasari makarya BLAST yaiku panyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) yaiku basis data tunggal kang nyimpen modhèl struktural telung dhimènsi protéin lan asem nukleat asil panemton eksperimental (kanthi kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR lan mikroskopi èlèktron). PDB nyimpen data struktur minangka koordinat telung dhimènsi kang nggambaraké posisi atom-atom ing njero protéin utawa asem nukleat.