Jabarkan 21st century dari Massachusetts Bay Transportation Authority

Pada tahun 1999, distrik ini diperluas menjadi 175 kota besar dan kecil, menambahkan sebagian besar yang dilayani oleh atau berdekatan dengan jalur kereta api komuter, meskipun MBTA tidak bertanggung jawab atas layanan lokal di komunitas yang berdekatan atau dilayani oleh kereta api komuter. Pada tahun 2016, Kota Bourne memilih untuk bergabung dengan distrik MBTA, sehingga jumlah komunitas MBTA menjadi 176.

Persemakmuran menugaskan tanggung jawab MBTA untuk meningkatkan angkutan umum untuk mengkompensasi peningkatan polusi mobil dari Big Dig. Namun, proyek-proyek ini telah membebani sumber daya MBTA yang terbatas, karena proyek Big Dig tidak memasukkan dana untuk perbaikan ini. Sejak 1988, MBTA telah menjadi sistem transit yang paling cepat berkembang di negara ini, bahkan Greater Boston telah menjadi salah satu wilayah metropolitan dengan pertumbuhan paling lambat di Amerika Serikat.

Persemakmuran menugaskan tanggung jawab MBTA untuk meningkatkan angkutan umum untuk mengkompensasi peningkatan polusi mobil dari Big Dig. Namun, proyek-proyek ini telah membebani sumber daya MBTA yang terbatas, karena proyek Big Dig tidak memasukkan dana untuk perbaikan ini. Sejak 1988, MBTA telah menjadi sistem transit yang paling cepat berkembang di negara ini, bahkan Greater Boston telah menjadi salah satu wilayah metropolitan dengan pertumbuhan paling lambat di Amerika Serikat. MBTA kemudian berutang, dan tarif mengalami kenaikan yang cukup besar pada 1 Januari 2007.

Pada tahun 2006, pembentukan Otoritas Transit Regional MetroWest melihat beberapa kota mengurangi penilaian MWRTA mereka dari penilaian MBTA mereka, meskipun jumlah dana yang diterima MBTA tetap sama. Tahun berikutnya, MBTA memulai layanan kereta komuter ke bagian Greenbush dari Scituate, cabang ketiga dari Layanan Old Colony. Rhode Island juga membayar untuk perpanjangan Providence/Stoughton Line ke T.F. Green Airport pada tahun 2010 dan Wickford Junction pada tahun 2012. Sebuah stasiun baru di Fairmount Line, Stasiun Talbot Avenue, dibuka pada November 2012.

Pada tanggal 26 Juni 2009, Gubernur Deval Patrick menandatangani undang-undang untuk menempatkan MBTA bersama dengan agen transportasi negara lainnya dalam otoritas administratif Massachusetts Department of Transportation (MassDOT), dengan MBTA sekarang menjadi bagian dari divisi Mass Transit (MassTrans). Undang-undang transportasi 2009 melanjutkan struktur perusahaan MBTA dan mengubah keanggotaan dewan MBTA menjadi lima anggota Dewan Mass DOT yang ditunjuk Gubernur.