Jabarkan Pindah ke Amsterdam dari Herman Bavinck

Di tengah semua perkembangan ini, Bavinck tetap bertahan dan menekuni kelas kuliah, penelitian, penulisan, dan publikasi - membuat ciri khasnya sebagai seorang teolog dan gerejawan Calvinis yang ortodoks.

Vrije Universiteit (VU) yang baru saja didirikan di Amsterdam di bawah kepemimpinan Abraham Kuyper, dimaksudkan untuk menjadi benteng bagi pembelajaran Reformed di seluruh bidang ilmu pengetahuan. Universitas Bebas, termasuk Fakultas Teologinya untuk melatih para pendeta, tidak seperti Seminari Kampen, tidak bergantung pada negara dan semua denominasi gereja. Namun, tentu saja, teologi adalah perhatian utama VU selama beberapa dekade. Jadi, Bavinck, ketika pertama kali diundang untuk bergabung dengan Fakultas VU, harus menimbang manfaat mengajarkan apa yang menjadi perhatiannya dalam penelitian teologisnya, dalam lingkungan yang tampaknya independen. Dengan adanya Kuyper di fakultas yang sama, ia mungkin akan merasa cukup ramai.

Setelah beberapa kali menolak undangan Abraham Kuyper untuk datang ke Amsterdam, akhirnya Bavinck menerima permohonan Kuyper. Pada tahun 1902 ia menggantikan Kuyper sebagai Profesor Teologi di Universitas Bebas di Amsterdam. Kuyper sendiri telah mengembangkan beban kerja lain, dan hanya menginginkan orang terbaik yang tersedia untuk menggantikan dirinya. Dengan demikian, Bavinck pindah ke kota besar, dengan edisi pertama Gereformeerde Dogmatiek (Dogmatika Reformed) yang terdiri dari beberapa jilid telah diterbitkan. Ia tiba dengan reputasi yang baik dan dihormati. Dia menetap di VU selama sisa karir mengajarnya. Pada tahun 1906, ia menjadi anggota Akademi Kesenian dan Ilmu Pengetahuan Kerajaan Belanda. Pada tahun 1911, ia diangkat menjadi anggota Senat Dewan Negara Belanda. Dia membantu mendorong orang-orang Gereformeerde untuk membangun sekolah-sekolah Kristen mereka sendiri, tanpa bantuan keuangan negara, hingga "Perang Sekolah" yang berlangsung selama 80 tahun itu berakhir dengan pemberian bantuan pemerintah kepada semua sekolah.

Pada tahun 1908, ia mengunjungi Amerika Serikat dan memberikan Stone Lectures di Princeton Theological Seminary.

Bavinck meninggal pada 29 Juli 1921 di Amsterdam.