Jabarkan 1993–2006 dari Silja Line

Tahun 1993 dimulai dengan sebuah ledakan. Pada bulan Januari dilaporkan bahwa Silja Line telah menyewa , sebuah kapal yang sedang dibangun untuk Rederi AB Slite, salah satu pemilik Viking Line. Karena masalah keuangan, Slite tidak dapat membayar kapal baru mereka, dan galangan kapal memutuskan untuk mencarternya ke Silja. Kemudian di tahun yang sama Silja bergabung dengan Euroway di rute Malmö–Travemünde–Lübeck mereka. Rute tersebut terbukti tidak menguntungkan dan dihentikan pada musim semi 1994.

mendarat di luar Helsinki pada musim semi 1994 dan mengalami kerusakan besar, yang mendorong Silja menghentikan lalu lintasnya. September 1994 menyaksikan bencana maritim masa damai terbesar di Laut Baltik, tenggelamnya . Silja Europa, Silja Symphony, dan Finnjet semuanya membantu mencari korban selamat dari bencana tersebut. Silja Festival berlabuh di seberang Estonia di Tallinn sehari sebelum tenggelamnya kapal, tapi dia berada di Helsinki ketika Estonia tenggelam dan tidak membantunya. Tenggelamnya Estonia menyebabkan jumlah penumpang menurun, yang tidak membantu situasi keuangan Silja yang genting. Perusahaan ini kini menjadi yang terbesar di Laut Baltik, setelah akhirnya menyalip Viking Line pada tahun 1993, namun secara finansial kinerjanya kurang baik. Pada tahun 1995 Effjohn berganti nama menjadi Silja Oy Ab. Tiga tahun kemudian namanya diubah lagi, kali ini menjadi Neptun Maritime.

Pada tahun 1999 Silja menghadapi dua perubahan besar. Penjualan Bebas pajak berakhir pada rute antara negara-negara UE, yang memaksa kapal Helsinki–Stockholm untuk mulai singgah di Mariehamn di Åland, yang wilayah otonomnya Status mereka di Finlandia memungkinkan mereka untuk tetap berada di luar serikat pajak UE setelah negara tersebut bergabung dengan UE pada tahun 1994 sehingga menghindari berakhirnya penjualan biaya pajak. Perubahan yang lebih besar adalah Sea Containers membeli sebagian besar saham Neptun Maritime. Pada tahun 2000, pemilik baru membawa salah satu Super SeaCat mereka ke dalam layanan di Helsinki–Tallinn rute dan Neptun Maritim kembali berganti nama, kali ini menjadi Silja Oyj Abp. Pada tahun yang sama rute antara Vaasa dan Umeå dihentikan karena tidak menguntungkan.

Pada tahun 2004 Sea Containers sepenuhnya memiliki Silja Line. Perusahaan berjalan dengan baik secara finansial dan semuanya tampak berjalan baik. Namun, operasi Sea Containers lainnya tidak begitu menguntungkan dan pada akhir tahun 2005 mereka mengumumkan niat mereka untuk menghentikan divisi feri mereka sepenuhnya; ini tentu saja termasuk menjual Silja Line. Sebagai persiapan untuk penjualan, Finnjet dan  yang tidak menguntungkan dihentikan layanannya dan dialihkan ke bawah kepemilikan Sea Containers. Silja Serenade dan Symphony juga dibangun kembali pada awal tahun 2006 agar lebih menarik bagi calon pembeli.