Jabarkan Makam Keramat Mangga Dua dari Masjid Mangga Dua

Di dalam masjid ini terdapat makam keramat pendiri masjid ini, Sayyid Abubakar bin Alwi Bahsan Jamalullail atau Syekh Abubakar. Selain itu, di masjid ini terdapat makam ulama dari Hadramaut, makam Sultan Bone, makam kerabat keraton dari Jawa Tengah, seperti Raden Tumenggung Anggakusumah Dalam, pemakaman warga Tionghoa, termasuk makam Kapiten Souw Beng Kong.