Jabarkan Klasifikasi dari Phosphatodraco

Dalam deskripsi mereka tahun 2003, Pereda-Suberbiola dan rekannya menganggap Phosphatodraco sebagai anggota Azhdarchidae berdasarkan ciri-ciri seperti vertebra serviks seri tengah yang memanjang, dengan vestigialitas rendah (hampir hilang secara evolusioner) atau tidak ada duri saraf, adanya tuberkel prezygapophyseal, sepasang sulkus bawah dekat prezygapophyses, dan kurangnya foramina pneumatik oval pada permukaan bawah centra. Fitur-fitur ini sangat mirip dengan Quetzalcoatlus dan Azhdarcho. Ciri-ciri lain yang membedakan kelompok tersebut tidak dapat diidentifikasi di Phosphatodraco karena pelestarian fosilnya.

Longrich dan rekannya melakukan analisis filogenetik yang mencakup pterosaurus Maroko pada 2018, dan menemukan Phosphatodraco sebagai azhdarchid, dan saudara takson Aralazhdarcho dari Kazakhstan.  Analisis tahun 2021 oleh Rodrigo dan rekannya juga menemukan bahwa kedua genera ini adalah saudara taksa, bergabung dalam satu klad oleh Eurazhdarcho dari Rumania. Clade ini didukung oleh satu synapomorphy yang jelas (fitur yang berbeda dan dimiliki oleh nenek moyang), bahwa margin samping vertebra mid-cervical lurus jika dilihat dari atas dan bawah, dengan sisi yang hampir sejajar. Para peneliti ini mencatat bahwa penelitian sebelumnya telah mendefinisikan Azhdarchidae sebagai clade berbasis simpul dengan Azhdarcho dan Quetzalcoatlus sebagai penentu internal, tetapi memperingatkan bahwa dalam filogeni baru mereka, Phosphatodraco, Zhejiangopterus, dan Eurazhdarcho akan berada di luar grup. Mereka menganggap hal ini tidak diinginkan, karena genera tersebut secara konsisten telah dianggap sebagai azhdarchids, dan demi stabilitas, Phosphatodraco harus ditambahkan sebagai penentu internal ketiga untuk grup tersebut, karena ini akan mengakibatkan semua taksa ini disertakan.

Pada tahun 2021 ahli paleontologi Brian Andres dan rekannya juga menemukan Phosphatodraco dan Aralazhdarcho sebagai taksa saudara perempuan, didukung oleh pengurangan foramina pneumatik di sisi kanal saraf. Clade ini ditemukan sebagai bagian dari subclade azhdarchid Quetzalcoatlinae. Kladogram di bawah ini menunjukkan penempatan Phosphatodraco di dalam Azhdarchiformes menurut Andres dan rekan, 2021: