Jabarkan Kerusuhan 1998 dari Samuel Kristian Lerik

Beberapa bulan setelah ia dilantik, terjadi konflik agama di Kupang. Kerusuhan tersebut dipicu oleh sekelompok orang yang memprovokasi massa yang sedang berkumpul di Masjid At-Taqwa Kupang. Gerombolan provokator tersebut mengajak masyarakat untuk membalas dendam pembakaran gereja yang dilakukan oleh umat Muslim terhadap gereja di Jakarta dan Ketapang. Massa kemudian membakar dan menjarah pemukiman, pasar, dan kios milik suku perantau Bugis yang notabene merupakan mayoritas Muslim. Kerusuhan ini juga menjalar ke tempat lain dan mengakibatkan bangunan besar lainnya seperti Universitas Muhammadiyah, Kantor Wilayah Departemen Agama, dan sejumlah masjid, terbakar. Akibat kerusuhan ini, sarana transportasi di Kupang mengalami kelumpuhan, dan bandara internasional di Kupang, bandara El Tari Internasional]] ditutup untuk mencegah kerusuhan lebih lanjut dan sejumlah jalur feri ke Kupang ditutup oleh pihak otoritas pelabuhan. Akses ke jalan-jalan utama di Kupang ditutup oleh polisi, kelangkaan bahan makanan semakin parah akibat penutupan pasar, dan penduduk setempat melakukan ronda siskamling secara rutin untuk mencegah kerusuhan lebih lanjut. Lerik mengutuk kerusuhan yang terjadi dan menyatakan bahwa kerusuhan tersebut merupakan kerusuhan terburuk yang pernah terjadi di kota tersebut dan meminta agar aparat penegak hukum untuk menindak para perusuh.

Korupsi dan masa jabatan yang lama

Masa jabatan Lerik yang cukup lama dapat dikaitkan dengan kendalinya terhadap birokrasi di lingkungan kota Kupang yang cukup kuat. Menurut Sylvia Tidey, seorang antropolog dari Universitas Virginia, Lerik merupakan manifestasi dari  "bapakisme", sebuah sistem pemerintahan yang menggabungkan "otoritarianisme yang ketat dengan pembagian jatah kepada bawahan penjilat dengan didasarkan pada nepotisme". Hampir seluruh penunjukan Lerik pada posisi-posisi birokrasi di lingkungan pemerintahan kota Kupang didasarkan pada hubungan dan favoritisme alih-alih prestasi dan pencapaian.

Contoh sistem bapakisme ini dapat dilihat dari pilihan Lerik untuk jabatan sekretaris kota, Jonas Salean. Meskipun Salean berada di peringkat terendah dalam uji kompetensi dan tidak memiliki kemampuan, otoritas, dan senioritas, Lerik menunjuknya untuk jabatan tersebut. Lerik memasukkan Salean sebagai salah satu kroninya, dan akhirnya sebagai salah seorang "kawan korupsi" dan "kawan kolusi". Menurut para PNS senior di kota tersebut, Lerik lebih sering meminta pendapat kepada Salean alih-alih kepada Adoe dalam pembuatan kebijakan.