Jabarkan Riwayat dari Index (karakter)

Setelah Touma menemukan kebenaran tentang hilangnya ingatan Index, mode John's Feather diaktifkan untuk melindungi buku-buku ajaib, menghancurkan Touma dan sekutunya, dan menghapus ingatan Index. Touma memulai pertarungan sengit melawan Index dan akhirnya berhasil membatalkan mode John's Feather dengan kekuatan penyangkalannya, tetapi di saat-saat terakhir dia terkena serangan magis Index, kehilangan ingatannya saat itu juga. Touma memutuskan untuk tidak memberi tahu Index tentang hal ini agar dia tidak merasa bersalah. Setelah kejadian itu, teman-teman Index meyakinkan Necessarius untuk berhenti menghapus ingatannya dan membiarkannya tinggal di Academy City bersama Touma. Namun, Index tetap menjadi anggota Necessarius dan dengan demikian harus terus menjalankan misi untuk Necessarius, dengan bantuan Touma.

Dia diminta untuk kembali ke Inggris ditemani oleh Touma, tetapi ketika perang saudara pecah, pikirannya dicuri oleh Fiamma dari Kanan, pemimpin organisasi rahasia Gereja Katolik Roma yang disebut Kursi Kanan Tuhan. Fiamma mengatakan yang sebenarnya kepada Index: bahwa Touma kehilangan ingatannya karena dia, yang membuatnya depresi dan juga membuat Touma merasa bersalah karena telah membohonginya. Setelah pertarungan yang sulit, Touma mengalahkan Fiamma dan bersatu kembali dengan Index (dengan pikirannya). Dia meminta maaf dan melepaskan pikiran Index kembali ke dalam tubuhnya, kemudian tempat di mana dia berada dihancurkan, tampaknya membunuh Touma. Touma ternyata berhasil selamat dan bertemu kembali dengan Index di Academy City.