Jabarkan Membantu Pangeran Trunajaya dari Prabu Tawangalun II

Selanjutnya Kangjeng Suhunan Tawangalun II membantu Raden Trunajaya dan Karaeng Galesong melawan Mangkurat Agung (Amangkurat I). Peristiwa ini dikenal dengan Pemberontakan Trunajaya (atau Perang Trunajaya, juga dieja Pemberontakan Trunojoyo) karena dipimpin oleh bangsawan Madura, Raden Trunajaya, dan sekutunya, pasukan dari Makassar, terhadap Kesultanan Mataram yang dibantu oleh Perusahaan Hindia Timur Belanda (VOC) di Jawa pada dekade 1670-an.

Perang ini berawal dengan kemenangan pihak Pangeran Trunajaya dan sekutu-sekutunya. Pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan Mataram di Gegodog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677).

Dalam Perang Trunajaya tersebut Kerajaan Blambangan yang berada di pihak Trunajaya berhasil merebut kembali daerah-daerah kekuasaannya dari tangan Mataram. Di bawah pemerintahan Kangjeng Suhunan Tawangalun II, kerajaan Blambangan maju dengan pesat di mana kekuasaannya menyatu dari Banyuwangi, hingga ke Kediri.

Perang Saudara Keturunan Prabu Tawangalun II

Ketika Kangjeng Sunan Tawang Alun II wafat tahun 1691, putra tertuanya yang bernama Pangeran Senapati Sasranagara tampil menjadi raja tanpa bermusyawarah dengan adik-adiknya. Karena itu kemudian terjadi huru-hara perang saudara sehingga Sunan Macanputih II itu gugur dan tampillah adiknya yang bernama Pangeran Arya Keta/Macanagara dan Pangeran Mas Macanapura.

Setelah berkuasa selama dua tahun (1691-1692), raja kembar ini berperang lagi saling mengalahkan hingga kemenangan diraih oleh Pangeran Mas Macanapura yang dapat berkuasa selama tujuh tahun (1691-1697), dengan gelar bergelar Pangeran Pati I.

Pada tahun 1697, Pangeran Pati I dikalahkan oleh putra Pangeran Senapati Sasranagara yang bernama Pangeran Mas Purba. Pangeran muda ini sebelumnya mengungsi ke Pasuruan dalam perlindungan Untung Suropati. Setelah berhasil merebut tahta, dia bergelar Prabu Danureja atau Pangeran Pati II (1697-1736). Perang saudara setelah meninggalnya Kangjeng Sunan Tawang Alun II, membuat kedaton Macanputih rusak.