Jabarkan 2006 dari Piala J.League

Semua delapan belas tim J1 ambil bagian. Gamba Osaka dikecualikan dari babak penyisihan grup karena mereka berpartisipasi dalam Liga Champions AFC 2006. Tujuh belas tim yang tersisa dibagi menjadi empat grup, tiga di antaranya berisi empat tim dan yang lainnya berisi lima tim. Setiap tim melawan tim lain dalam grup yang sama dua kali tetapi hanya satu pertandingan dimainkan antara beberapa pasangan tim dalam grup yang berisi lima tim. Tim teratas masing-masing grup dan tiga tim peringkat kedua dengan catatan terbaik serta Gamba Osaka lolos ke babak sistem gugur. Pertandingan tersebut dimainkan dalam dua pertandingan (kandang dan tandang) kecuali final di mana pemenang ditentukan dalam satu pertandingan. Aturan gol tandang diterapkan untuk kompetisi tahun ini tetapi tidak diterapkan pada gol di perpanjangan waktu.