Jabarkan Kemerdekaan Irak dari Makam Imam Ali

Selama pemberontakan Maret 1991, setelah Perang Teluk Persia, Pengawal Republik Saddam Hussein merusak makam, di mana anggota oposisi Syiah terpojok, menyerbu makam dan membantai hampir semua penghuninya. Setelah itu, makam tersebut ditutup selama dua tahun, secara resmi untuk perbaikan. Saddam Hussein juga mendeportasi ke Iran sejumlah besar penduduk di wilayah tersebut yang merupakan keturunan Iran.

Dalam tiga tahun setelah invasi Irak tahun 2003 oleh militer AS, sejumlah insiden kekerasan terjadi di masjid tersebut:

10 April 2003: Mantan penjaga era Saddam Hussein Haydar Al-Killidar Al-Rufaye dan pemimpin Syiah anti-Saddam Sayed Abdul Majid al-Khoei, putra Ayatollah Agung Abu al Qasim al-Khoei, dibunuh oleh massa di dekat masjid. Al-Khoei kembali dari pengasingan di Inggris untuk mendorong kerja sama dengan pendudukan Irak pimpinan AS.

24 Mei 2004: tembakan mortir tak dikenal menghantam makam, merusak gerbang yang mengarah ke makam Imam Ali.

5 Agustus 2004: Muqtada al-Sadr dan Tentara Mahdi merebut masjid dan menggunakannya sebagai pangkalan militer untuk melancarkan serangan terhadap polisi Irak, pemerintah provinsi dan pasukan koalisi. Pertempuran itu akhirnya diakhiri dengan kesepakatan damai. Bangunan tetangga mengalami kerusakan yang cukup parah, tetapi masjid itu sendiri hanya mengalami kerusakan ringan akibat peluru nyasar dan pecahan peluru.

10 Agustus 2006: Seorang pembom bunuh diri meledakkan dirinya di dekat makam, menewaskan 40 orang dan melukai lebih dari 50 lainnya.