Jabarkan Toleransi dari Masa pemerintahan Ali

Shah-Kazemi percaya bahwa Ali menjunjung tinggi kebebasan berbicara dalam toleransinya terhadap kaum Khawarij selama konflik antara pihaknya dengan pihak Khawarij. Ketika beberapa orang mendesaknya untuk segera menghukum kaum Khawarij, Ali berkata bahwa dia akan membela diri dengan kata-katanya selama mereka hanya menyerangnya dengan kata-kata, ia akan membela dirinya dengan tangannya jika mereka telah menyerangnya dengan tangan mereka, dan ia baru akan membela dirinya dengan pedang jika mereka telah menyerangnya dengan pedang. Laporan serupa diberikan oleh asy-Syaibani, yang juga menambahkan laporan lainnya:

Menurut mayoritas sejarawan, laporan-laporan ini memuat berbagai perintah dalam hukum Islam yang digunakan oleh Ali sebagai tanggapan terhadap tuduhan dari pihak oposisi. Khalifah harus menahan diri dari penggunaan kekerasan, kecuali apabila pihak pemberontak benar-benar melakukan kekerasan. Bahkan tidak cukup dengan hanya mengetahui bahwa para pemberontak berniat menyerang. Ada indikasi bahwa Ali menganggap agama minoritas () secara hukum sama dengan non-Muslim. Ali dikatakan telah menetapkan tebusan darah akibat pembunuhan dengan nominal yang sama untuk semua warga negara, terlepas dari keyakinan yang mereka anut. Untuk pajak  yang diwajibkan atas mereka, Ali melarang pejabatnya untuk menekan para  saat memungut pajak.