Jabarkan Plot dari The Callisto Protocol

Pada tahun 2320, Jacob Lee (Josh Duhamel)  dan Max Barrow (Jeff Schine) adalah pengangkut barang kontrak yang bekerja untuk United Jupiter Company (UJC). Keduanya memutuskan untuk pensiun setelah mengangkut satu pengiriman terakhir antara Europa dan Penjara Black Iron yang dioperasikan UJC di Callisto. Tak lama setelah meninggalkan Black Iron dengan kapal mereka, Charon, mereka ditumpangi oleh Outer Way, sebuah kelompok teroris yang konon bertanggung jawab atas serangan biologis besar-besaran di Europa, dan kapal tersebut mendarat darurat di Callisto. Max terbunuh, meninggalkan Jacob dan pemimpin Outer Way Dani Nakamura (Karen Fukuhara) sebagai satu-satunya yang selamat. Keduanya ditemukan oleh kepala keamanan Penjara Black Iron, Kapten Leon Ferris (Sam Witwer) dan dipenjara atas perintah Sipir Duncan Cole (James C. Mathis III). Setelah proses pemasukan, Jacob terbangun dan mendapati penjara dikuasai oleh "biophage" yang tidak bersahabat; para narapidana menderita penyakit yang tidak diketahui. Dia bertemu Elias Porter (Zeke Alton), seorang tahanan yang mengaku memiliki rencana pelarian. Setelah membebaskan Elias, Jacob melawan dan membiarkan Ferris mati di tangan biophage.

Elias meyakinkan Jacob untuk menemukan seorang peretas di Special Housing Unit (SHU) untuk memanggil kapal untuk melarikan diri. Peretas tersebut tenyata adalah Dani, tetapi dia menolak untuk bergabung dengan mereka. Tidak terpengaruh, Jacob dan Elias menaiki trem ke hanggar tetapi dicegat oleh Ferris yang terinfeksi sebagian dan dikeluarkan ke permukaan Callisto; Elias mati lemas saat maskernya rusak. Dani muncul dengan kendaraan setengah roda rantai dan memulihkan ingatan Elias tentang Black Iron dan memutuskan untuk membantu Jacob saat biophage bermutasi dan menjadi lebih berbahaya. Dani memutar ke reruntuhan Charon untuk mencari bukti bahwa UJC menyelundupkan senjata biologis secara ilegal, tetapi gagal menemukan bukti apa pun. Keduanya berhasil sampai ke hanggar di mana Dani memanggil sebuah kapal dari orbit. Cole mengintervensi dan menembak jatuh kapal tersebut, menyebabkannya menabrak dan menghancurkan hanggar.

Dengan hilangnya metode pelarian mereka, Jacob dan Dani memutuskan untuk menghadapi Cole. Keduanya melewati reruntuhan Arcas, koloni asli Callisto sebelum ditinggalkan dan dibangun Penjara Black Iron di atasnya. Mereka menemukan laboratorium yang menyimpan makhluk mati yang digali oleh para penambang Arcas asli, dan mengetahui bahwa biophage disebabkan oleh larva yang ditemukan pada makhluk tersebut. Melihat potensinya untuk mempercepat evolusi, UJC memanen larva makhluk tersebut dan mulai bereksperimen dengannya pada manusia, menyebabkan wabah di Arcas; satu biophage, Subject Zero, mempertahankan kecerdasannya sebelum UJC menghancurkan koloni tersebut. Setelah Jacob dan Dani menangkis pertemuan dengan Ferris, Dani terinfeksi. Kembali ke Black Iron, Jacob dilumpuhkan oleh robot keamanan dan dipenjara.

Jacob dibebaskan oleh dokter penjara, Dr. Caitlyn Mahler (Louise Barnes), yang menginstruksikannya untuk menemuinya di labnya. Mahler mengungkapkan bahwa Cole adalah bagian dari sekte agama bernama Kallipolis, dengan organisasi tersebut yang berusaha menemukan cara untuk memajukan evolusi manusia. Jacob memerintahkan Mahler untuk bereksperimen pada tahanan Black Iron untuk menemukan subjek yang cocok dengan infeksi alien dan mereplikasi Subject Zero dengan Subject Alpha. Mahler memberi tahu Jacob bahwa Dani dapat disembuhkan dengan mengekstraksi DNA Alpha untuk mensintesis sebuah penawar racun. Ketika Jacob menanyakan tentang wabah Europa, Mahler mengakui bahwa versi infeksi yang diencerkan telah dilepaskan; insiden tersebut menginspirasi Cole untuk memulai Protokol Callisto, menyebabkan wabah di Black Iron dengan melepaskan subjek uji Mahler untuk menciptakan Alpha. Mahler memberi Jacob akses ke ingatan Dani, di mana Jacob mengetahui bahwa saudara perempuan Dani terbunuh dalam wabah Europa. Dia memulihkan ingatannya sendiri yang menunjukkan bahwa dia sadar bahwa UJC menggunakan kapalnya untuk menyelundupkan sampel larva alien, tetapi dia tetap tidak peduli karena pembayaran yang dia terima.

Jacob berhadapan dengan Cole, yang mengadu domba dirinya dengan Ferris, yang kini bermutasi menjadi Alpha. Jacob mengalahkan dan mengekstrak DNA Ferris. Cole mencoba meyakinkan Jacob untuk menyerahkan DNA tersebut, dengan alasan bahwa DNA tersebut berguna untuk menjaga kelangsungan hidup umat manusia, tetapi Jacob malah menggunakannya untuk menyembuhkan Dani. Marah, Cole mengaktifkan hitungan mundur penghancuran penjara dan menyombongkan diri bahwa dia telah mengumpulkan cukup data untuk menjalankan Protokol. Jacob menempatkan Dani di kapsul pelarian terakhir yang tersisa bersama dengan sampel larva alien, memberinya bukti yang dia butuhkan untuk mengekspos eksperimen UJC. Mahler menghubungi Jacob dan memberitahunya tentang kemungkinan melarikan diri, sebelum dia diserang oleh Ferris.