Coba jelasin Penampilan dari Yugi Mutou dong

Yugi Mutou adalah protagonis utama cerita ini. Selama bab pertama manga, dia mencoba menyelesaikan , salah satu dari tujuh Item Milenium dan artefak Mesir kuno, dengan harapan hal itu akan mengabulkan keinginannya untuk mendapatkan teman. Namun, dia diintimidasi oleh dua teman sekelasnya, Katsuya Jonouchi dan Hiroto Honda (Tristan Taylor di anime Inggris), dan mantannya mencuri sepotong. Ketika pengawas aula sekolah (bernama Ushio) memukuli mereka berdua, Yugi membela para pengganggu dan dipukuli oleh Ushio. Hal ini menyebabkan Jonouchi mengembalikan barang curian tersebut kepada kakek Yugi, yang kemudian memberikan barang tersebut kepada Yugi. Yugi menyelesaikan Millennium Puzzle yang menyebabkan dirinya dirasuki orang lain. Menurut buku kematian, siapa pun yang memecahkan teka-teki Milenium akan mewarisi Permainan Kegelapan, menjadi penjaga hak dan menghakimi kejahatan. Kepribadian kedua yang menghuni tubuh Yugi, sering disebut dalam manga oleh julukan seperti ,<ref name="Yu-Gi-Oh! Volume1">Yu-Gi-Oh!' '. Volume 1. Juni 2003. VIZ Media.</ref> membantu Yugi setiap kali dia dalam masalah, menantang para penindas dan penjahat untuk melakukan permainan penilaian okultisme yang disebut  dan menerapkan  untuk menegakkan keadilan terhadap kejahatan (kekuatan default dari pengguna Item Milenium).

Setelah jiwa Millennium Puzzle, Dark Yugi mengalahkan Ushio dalam sebuah permainan, Yugi berteman dengan Jonouchi. Di chapter-chapter berikutnya dia juga menjalin ikatan dengan karakter lain, terutama kekasihnya, Anzu Mazaki (Téa Gardner dalam anime Inggris), yang malah menyukai alter ego Yugi, dan Honda. Dalam cerita tersebut, Yugi bertemu dengan seorang remaja bernama Seto Kaiba yang terobsesi dengan permainan kartu yang dikenal dengan Duel Monsters. Dia mengambil Naga Putih Bermata Biru dari Yugi saat di sekolah—kartu itu sebenarnya milik kakek Yugi, Sugoroku Mutou (Solomon Mutou dalam bahasa Inggris)—dan menukarnya dengan yang palsu. Sugoroku menganggap kartu itu sebagai harta paling berharga yang ia dapatkan dari seorang teman. Setelah Kaiba menghancurkan kartu tersebut dan secara psikologis menyiksa sang kakek, Yugi dan teman-temannya mengikuti tantangan Death-T Kaiba untuk mengakhiri penyiksaan. Pada akhirnya Yugi dan Kaiba berduel, di mana Yugi mengalahkannya. Hal ini mengakibatkan persaingan saat Kaiba berusaha melakukan pertandingan ulang melawan Yugi dan Dark Yugi.

Tak lama setelah kekalahan Kaiba, Yugi menerima undangan ke turnamen Duel Monster yang diadakan oleh Maximillion J. Pegasus (Pegasus J. Crawford dalam versi Jepang). Untuk memancingnya keluar, Pegasus mencuri jiwa Sugoroku dengan Mata Mileniumnya. Yugi dan Jonouchi pergi ke turnamen, dan Jonouchi berusaha menggunakan hadiah uang untuk digunakan dalam operasi pemulihan penglihatan adiknya. Ditemani oleh Anzu dan Honda, Yugi dan Jonouchi mengalahkan banyak duelist namun Yugi terpaksa membiarkan dirinya dikalahkan oleh Kaiba; jiwa Mokuba Kaiba, saudara laki-laki Seto Kaiba, juga telah dicuri. Dengan bantuan mantan saingannya, Mai Kujaku (Mai Valentine di anime Inggris), Yugi berhasil mencapai rumah Pegasus. Setelah turnamen, Yugi dan Yami mampu mengalahkan Pegasus. Sementara Pegasus memulihkan jiwa-jiwa yang dicuri, Yugi memberi Jonouchi hadiah uang untuk perawatan medis adiknya, Shizuka Kawai (Serenity Wheeler di anime Inggris).

Beberapa saat setelah turnamen Pegasus, Dark Yugi mengetahui dari seorang wanita bernama Ishizu Ishtar bahwa dia pernah menjadi Firaun tetapi ingatannya terhapus selama konflik. Tak lama setelah ini, Kaiba mengumumkan turnamennya sendiri – Battle City – di mana setiap pecundang dalam kompetisi harus memberikan kartu paling berharga kepada pemenangnya. Sekelompok pemburu yang dipimpin oleh adik laki-laki Ishizu yang korup, Marik, bersiap untuk menantang Yugi, melakukan balas dendam terhadap Firaun. Dalam satu duel, Yugi berhadapan dengan Osiris, sang Naga Langit: salah satu dari tiga Kartu Dewa Mesir yang diakui sebagai tiga kartu terkuat. Yugi mengalahkan pemburu Marik dan mendapatkan Osiris. Dia kemudian menggunakannya untuk mengalahkan Yami Bakura dan sekali lagi untuk menghadapi Kaiba dalam pertandingan ulang, karena saingannya menggunakan Kartu Dewa kedua: Obelisk the Tormentor. Yugi mengalahkan Kaiba dan mendapatkan Obelisk. Di final, Yugi menghadapi alter ego Marik yang lebih gelap yang memiliki Kartu Dewa ketiga: Naga Bersayap Ra. Menggunakan kartu yang Kaiba berikan sebelumnya, Yugi mengalahkan Marik, mendapatkan Ra dan menjadi juara turnamen.

Selama alur cerita terakhir manga, Dark Yugi menggunakan tiga Kartu Dewa untuk mempelajari masa lalunya. Dia dipindahkan ke versi alternatif hidupnya di mana dia hidup sebagai Firaun. Selama ini, Firaun bentrok melawan Yami Bakura beberapa kali sementara Yugi dan teman-temannya mencari cara untuk membantunya. Di akhir manga, terungkap bahwa namanya sebagai Firaun adalah , yang menyegel jiwanya ke dalam Puzzle bersama dengan Dewa Jahat Agung, Zorc Necrophades. Kelompok ini mampu mengalahkan Zorc dan avatarnya, Dark Bakura. Setelah ini, Yugi melibatkan Atem dalam duel terakhir untuk membantunya melanjutkan ke akhirat.<ref>< /ref>