Coba jelasin Zaman Milenium (1999–2004) dari Godzilla (waralaba) dong

Toho me-reboot waralaba untuk kedua kalinya dengan film tahun 1999 yaitu Godzilla 2000: Millennium memulai zaman ketiga film Godzilla, yang dikenal sebagai seri Milenium. Seri Milenium diperlakukan mirip dengan seri antologi yaitu setiap film adalah cerita yang berdiri sendiri, dengan film tahun 1954 hanya berfungsi sebagai referensi sebelumnya. Godzilla Against Mechagodzilla dan Godzilla: Tokyo S.O.S. adalah satu-satunya film dalam serial ini yang berbagi kesinambungan satu sama lain dan juga terhubung dengan Mothra.

Setelah rilisan tahun 2004 yaitu Godzilla: Final Wars, menandai peringatan 50 tahun waralaba film Godzilla, Toho memutuskan untuk menghentikan serial tersebut selama 10 tahun lagi. Toho juga menghancurkan panggung air yang banyak digunakan dalam sejumlah film Godzilla, kaiju, dan tokusatsu. Yoshimitsu Banno, yang menyutradarai Godzilla vs. Hedorah tahun 1971, mendapatkan hak dari Toho untuk membuat produksi film pendek IMAX 3D, berdasarkan cerita yang mirip dengan film Hedorah miliknya. Proyek ini akhirnya mengarah pada pengembangan Godzilla dari Legendary. Tsutomu Kitagawa memerankan Godzilla untuk sebagian besar film Milenium, kecuali Godzilla, Mothra and King Ghidorah: Giant Monsters All-Out Attack, dengan Godzilla diperankan oleh Mizuho Yoshida. Berbeda dengan film Shōwa dan kemudian Heisei, efek khusus untuk film Milenium diarahkan oleh beberapa sutradara efek seperti Kenji Suzuki (Godzilla 2000, Godzilla vs. Megaguirus), Makoto Kamiya (Godzilla, Mothra and King Ghidorah: Giant Monsters All-Out Attack), Yuichi Kikuchi (Godzilla Against Mechagodzilla), dan Eiichi Asada (Godzilla: Tokyo S.O.S., Godzilla: Final Wars).