Jabarkan Oposisi Aisyah dan Muawiyah dari Masa pemerintahan Ali

Ali menghadapi situasi yang berbeda dengan masa pemerintahan Abu Bakar () dan Umar (). Pada masa kedua khalifah pertama, umat Islam masih bersatu. Mereka juga memiliki banyak permasalahan yang harus diselesaikan seperti perluasan wilayah Islam, pembangunan negara, dan penunjukan para pejabat. Ketika Ali memecat sejumlah gubernur dan pejabat, ia menghadapi berbagai kelompok yang menentang kebijakan tersebut. Hal ini dianggap sebagai penyebab munculnya pemberontakan.

Setelah mendengar aksesi Ali di Madinah, Aisyah yang merupakan salah satu janda Muhammad segera memosisikan dirinya di Makkah dan secara terbuka menyalahkan pembunuhan Utsman kepada Ali. Hal ini sejalan dengan kekhawatiran Ali sebelumnya. Aisyah segera bergabung dengan kedua tokoh besar Quraisy, Thalhah dan Zubair serta mendeklarasikan perlawanan terhadap kekhalifahan Ali. Aisyah segera mengumpulkan pasukan dan bergerak ke Basra sambil menyerukan pencopotan jabatan Ali sebagai khalifah, sementara Ali menolak dan menegaskan bahwa dirinya adalah khalifah yang sah. Akibat dari perselisihan ini adalah Pertempuran Jamal (656), di mana Ali berperang melawan pasukan Aisyah, Thalhah, dan Zubair di sekitar wilayah Basra. Aisyah sendiri dibawa ke medan pertempuran dengan ditandu di atas Unta merah, yang kemudian menjadi asal dari nama pertempuran tersebut. Pada pertempuran ini, Ali berhasil memenangkan pertempuran dan Aisyah dikembalikan ke Makkah, sementara Thalhah dan Zubair terbunuh selama pertempuran.

Setelah Ali memindahkan ibukota ke kota garnisun Kufah, Ali mengirim sebuah surat kepada Muawiyah bin Abu Sufyan, gubernur Suriah yang telah memerintah Suriah sejak masa pemerintahan Umar. Dalam surat tersebut, Ali memerintahkan Muawiyah agar segera berbai'at kepada Ali dan secara khusus memberitahukan bahwa Ali berencana untuk memberhentikan Muawiyah dari jabatannya. Setelah menerima surat tersebut, Muawiyah segera bergabung dengan jenderal Mesir Amr bin Ash dan melancarkan propaganda di seluruh Suriah serta menuduh Ali sebagai dalang di balik pembunuhan Utsman. Dalam propagandanya, Muawiyah juga menyerukan balas dendam Bani Umayyah atas pembunuhan Utsman, di mana Muawiyah menegaskan bahwa Utsman dibunuh secara tidak sah. Meskipun begitu, sejumlah sejarawan berpendapat bahwa seruan balas dendam Muawiyah hanyalah sebagai dalih untuk merebut kekuasaan, sementara Amr telah dijanjikan jabatan gubernur Mesir seumur hidup apabila mendukung Bani Umayyah dalam pemberontakan melawan Ali. Pada akhirnya, Ali menghadapi Muawiyah dan Amr pada Pertempuran Siffin (657) yang berakhir dengan perjanjian damai yang gagal dan pembentukan kelompok ekstremis Khawarij.