Jabarkan Karier dalam pemerintahan dari Prapto Prayitno

Usai bertugas sebagai wakil rakyat, Prapto dipindahkan ke Departemen Pertahanan Keamanan sebagai wakil asisten sosial politik untuk Menteri Pertahanan dan Keamanan. Satu tahun kemudian, asisten sosial politik Mayjen Subijono diangkat menjadi anggota dewan perwakilan rakyat, dan Prapto ditugaskan untuk menggantikannya pada tanggal 10 September 1977. Prapto memegang jabatan tersebut selama kurang dari setahun hingga ia diberhentikan secara hormat pada bulan Februari 1978.

Dari Departemen Pertahanan dan Keamanan, Prapto dipindahkan ke Departemen Dalam Negeri sebagai Direktur Jenderal Pemerintahan Umum dan Otonomi Daerah (Dirjen PUOD). Ia dilantik untuk jabatan tersebut pada tanggal 5 Agustus 1978, menggantikan Wang Suwandi. Selama menjabat sebagai Direktur Jenderal Pemerintahan Umum dan Otonomi Daerah, Prapto sempat merangkap jabatan sebagai Penjabat Gubernur Riau dari tanggal 9 Juni hingga 2 Oktober 1980, menggantikan gubernur Subrantas Siswanto yang wafat ditengah masa jabatannya. Dalam suatu pertemuan dengan sekretaris jenderal Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, sejumlah tokoh pendidikan Riau mengusulkan pencalonan Prapto sebagai Gubernur Riau definitif, namun ia menolaknya karena penggantinya sudah ditentukan oleh pemerintah pusat.

Setelah menjabat sebagai Dirjen PUOD, Prapto dipindahkan ke pos direktur jenderal sosial politik pada tanggal 29 Agustus 1980. Prapto memegang jabatan tersebut selama kurang lebih dua tahun. Ia kemudian digantikan oleh Tojiman Sidikprawiro dan dilantik menjadi inspektur jenderal departemen dalam negeri pada tanggal 24 September 1982. Dalam kapasitasnya sebagai inspektur jenderal, Prapto memerintahkan pemeriksaan terhadap gubernur yang masa jabatannya akan berakhir.

Pada pertengahan masa jabatannya sebagai inspektur jenderal, Prapto dicalonkan sebagai duta besar oleh Presiden Soeharto. Ia akhirnya dilantik sebagai Duta Besar Indonesia untuk Swiss pada tanggal 24 Desember 1983. Masa tugasnya sebagai duta besar dimulai setelah ia menyerahkan surat kepercayaan pada tanggal 27 Februari 1984. Prapto merangkap jabatan sebagai duta besar dan inspektur jenderal selama beberapa waktu hingga ia digantikan pada bulan Maret 1984 oleh Suparni Pamudji. Ia mengakhiri masa jabatannya pada tanggal 14 Maret 1987 setelah penggantinya, Hadi Thayeb, dilantik. Prapto pensiun dari pemerintahan setelah bertugas sebagai duta besar dan wafat pada tanggal 29 Oktober 2002. Ia dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Nasional Utama Kalibata.