Jabarkan Pilkada Maluku Tenggara 2018 dari Petrus Beruatwarin

Pada tahun 2017, Petrus menyatakan siap untuk berkontestasi dalam Pilkada Maluku Tenggara 2018. Ia bahkan mendaftarkan diri kepada 6 partai politik untuk mendapatkan dukungan. Ia mengusung visi untuk mewujudkan Maluku Tenggara sejahtera yang berdaya saing. Dalam perkembangannya kemudian Petrus akhirnya ia berpasangan mendampingi Muhammad Thaher Hanubun. Pasangan Thaher-Petrus (MTH-PB) kemudian mendaftarkan diri ke KPU Kabupaten Maluku Tenggara pada 8 Januari 2018. Pasangan MTH-PB diusung oleh 4 partai politik, yaitu PKB, Partai Amanat Nasional, PKS, dan Gerindra, dengan total dukungan 10 kursi di DPRD Kabupaten Maluku Tenggara. Pasangan MTH-PB menjadi pasangan calon (paslon) pertama yang mendaftar yang kemudian diikuti oleh 2 paslon laiinya. Pada 13 Februari 2018, KPU menyelenggarakan pencabutan nomor urut paslon dan MTH-PB mendapatkan nomor urut 3. Hasil akhir Pilkada Maluku Tenggara 2018 menunjukkan keunggulan paslon MTH-PB dari dua paslon lainnya. Paslon MTH-PB berhasil meraih 23.944 suara sah (43,03%) dan unggul di 9 kecamatan. Pasangan MTH-PB hanya mengalami kekalahan di Kecamatan Kei Kecil Timur dan Manyeuw yang dimenangkan oleh pasangan Utha-Matdoan. Kabupaten Maluku Tenggara kemudian menetapkan bahwa Muhammad Thaher Hanubun dan Petrus Beruatwarin sebagai bupati dan wakil bupati terpilih setelah gugatan atas hasil rekapitulasi suara Pilkada Maluku Tenggara 2018 yang diajukan oleh pasangan Utha-Matdoan dinyatakan tidak dapat diterima oleh Mahkamah Konstitusi. DPRD Kabupaten Maluku Tenggara kemudian mengumumkan Muhammad Thaher Hanubun dan Petrus Beruatwarin sebagai Bupati dan Wakil Bupati Maluku Tenggara Terpilih Masa Jabatan 2018-2023 dalam Rapat Paripurna Istimewa tanggal 21 Agustus 2018. Petrus kemudian resmi dilantik oleh Gubernur Maluku, Said Assaggaff, di Kantor Gubernur Maluku di Kota Ambon, sebagai Wakil Bupati Maluku Tenggara menggantikan Yunus Serang pada 31 Oktober 2018.