Pengurutan protein itu apa sih?

Pengurutan protein atau sekuensing protein adalah penentuan urutan asam amino dari suatu protein atau peptida. Metode yang biasa digunakan adalah degradasi Edman dan spektrometri massa. Spektrometri massa lebih sering digunakan untuk sekuensing protein namun metode degradasi Edman juga sering digunakan untuk menentukan ujung-N (N-terminus) protein.

Menentukan komposisi asam amino dan ujung-N

Sebelum sekuensing dilakukan, terkadang perlu untuk mengetahui asam amino yang terkandung di dalam protein tersebut. Hal ini dilakukan untuk membantu mendeteksi kesalahan pada sekuensing dan terkadang untuk menentukan enzim yang akan digunakan. Mula-mula, protein akan dihidrolisis dengan cara dipanaskan dalam larutan asam klorida. Lalu, asam amino dipisahkan dengan metode kromatografi dan diturunkan untuk kemudian diidentifikasi.

Penentuan ujung-N dari suatu peptida juga dapat dilakukan untuk membantu penyusunan fragmen peptida menjadi satu rantai utuh. Pertama, ujung-N peptida akan ditandai dengan reagen tertentu. Reagen tersebut akan bereaksi dengan gugus amina untuk menghasilkan derivat yang berwarna. Reagen yang sering digunakan adalah reagen Sanger. Kemudian, protein akan dihidrolisis dan hasilnya ditentukan dengan cara kromatografi. Karena reagen tadi menghasilkan derivat berwarna, analisis hanya perlu dilakukan secara kualitatif dengan kromatografi lapisan tipis atau kromatografi cair kinerja tinggi (HPLC).