Jabarkan Pelabuhan dari Selat Muria

Pada masanya di tepi Selat Muria terdapat pelabuhan-pelabuhan perdagangan dengan berbagai komoditas seperti kain tradisional dari Jepara, garam dan terasi dari Juwana, serta beras dari wilayah pedalaman Pulau Jawa dan Pulau Muria. Selain itu karena adanya selat juga menjadikan kawasan Selat Muria menjadi lokasi dari galangan-galangan kapal yang memproduksi kapal jung jawa berbahan kayu jati yang banyak ditemukan di Pegunungan Kendeng yang terletak di selatan selat. Adanya industri galangan kapal membuat posisi kawasan ini lebih kaya dibanding pusat Kerajaan Majapahit, sehingga kawasan ini dijuluki oleh Tomé Pires (seorang penulis Portugis) sebagai "penguasa jung".

Awalnya, kawasan ini terdiri dari pelabuhan-pelabuhan kecil di sekitar selat dengan Demak sebagai pelabuhan utama, namun karena adanya konflik politik maka komoditas yang berasal dari daerah sekitar Selat Muria (Pulau Muria dan Pegunungan Kendeng) beralih menuju ke Pelabuhan Sunda Kelapa. Selain itu pada laporan pada tahun 1657, menyebutkan bahwa endapan fluvial dari sungai-sungai yang bermuara ke Selat Muria seperti Kali Serang, Sungai Tuntang, dan Sungai Lusi mengakibatkan pendangkalan sehingga selat tidak dapat dilintasi kapal-kapal besar. Pusat perdagangan sempat dipindahkan ke Jepara. Karena pendangkalan ini, Tumenggung Natairnawa dari Pati sempat memerintahkan untuk menggali endapan di selat tersebut namun endapan makin cepat menghilangkan Selat Muria. Pada masa-masa akhir keberadaan Selat Muria terdapat saluran air yang dapat dilewati perahu-perahu kecil yang kini disebut Kalilondo.