Jabarkan Struktur dari Kompleks eksosom

Inti dari kompleks memiliki struktur cincin yang terdiri dari enam protein yang semuanya termasuk dalam kelas RNase yang sama yaitu protein serupa RNase PH. Pada arkea, terdapat dua protein serupa PH yang berbeda (disebut Rrp41 dan Rrp42), masing-masing hadir tiga kali dalam urutan bergantian. Kompleks eksosom eukariotik memiliki enam protein berbeda yang membentuk struktur cincin. Dari enam protein, tiga menyerupai protein Rrp41 arkea, dan tiga lainnya lebih menyerupai protein Rrp42 arkea.

Pada bagian atas cincin ini, terdapat tiga protein yang memiliki domain pengikatan RNA S1 (RBD). Dua protein diantaranya juga memiliki domain homologi-K (KH). Pada eukariota, tiga protein "S1" yang berbeda terikat pada cincin, sedangkan pada arkea salah satu atau dua protein "S1" yang berbeda dapat menjadi bagian dari eksosom (walaupun selalu ada tiga subunit S1 yang melekat pada kompleks).

Struktur cincin ini sangat mirip dengan protein RNase PH dan PNPase. Protein RNase PH pada bakteri terlibat dalam pemrosesan tRNA, membentuk cincin heksamerik yang terdiri dari enam protein RNase PH yang identik. Sedangkan PNPase merupakan protein pendegradasi RNA fosforolitik yang ditemukan pada bakteri, juga kloroplas dan mitokondria dari beberapa organisme eukariotik. Dua domain RNase PH dan domain pengikatan RNA S1 dan KH pada PNPase merupakan bagian dari protein tunggal, membentuk kompleks trimerik yang mengadopsi struktur yang hampir identik dengan eksosom. Karena kesamaan yang tinggi dalam domain dan struktur protein, kompleks ini dianggap terkait secara evolusioner dan memiliki nenek moyang yang sama. Protein eksosom serupa RNase PH, PNPase, dan RNase PH semuanya anggota famili RNase PH dari RNase, dan merupakan eksoribonuklease fosforolitik (menggunakan fosfat anorganik untuk menghilangkan nukleotida dari ujung 3' molekul RNA).