Jabarkan Reptil dan amfibi dari Margasatwa Jepang

Jepang memiliki sekitar 73 spesies reptil yang hampir setengahnya adalah endemik. Penyu dan ular laut yang sangat berbisa tetapi tidak agresif termasuk erabu utara terdapat di perairan yang lebih hangat di sekitar Jepang selatan. Ular berbisa termasuk ular rumput Jepang yang agak berbisa, dan ular berbisa depan yang lebih berbisa ular mura elegan, Okinawa habu, Tokara habu, hime habu dan mamushi. Banyak spesies mura, yang dikenal sebagai habu di seluruh Jepang adalah endemik untuk pulau-pulau di rantai Pulau Ryukyu yang lebih hangat namun mamushi (Gloydius blomhoffii) ditemukan di pulau-pulau utama. Ular tikus tidak berbisa yang ditemukan di Jepang adalah ular tikus Jepang endemik, ular tikus hutan Jepang, ular tikus jepang bergaris empat, dan ular-tikus raja dan ular goa (subspesies Orthriophis taeniurus schmackeri) yang hanya ditemukan di kepulauan Ryukyu yang hangat di Jepang tetapi memiliki distribusi yang jauh lebih luas di daratan Asia. Tiga spesies ular sisik ganjil terdapat di pulau-pulau selatan termasuk ular sisik aneh Formosa, ular sisik ganjil Jepang, dan ular sisik Amami.

Kadal termasuk banyak spesies kadal endemik (terutama di pulau-pulau selatan), kadal vivipar (ditemukan sejauh utara pulau Hokkaido), dan kadal pohon Okinawa (Diploderma polygonatum). Penyu air tawar yang ditemukan di Jepang termasuk kura-kura kolam Jepang endemik, kura-kura daun berdada hitam Ryukyu. Kura-kura kotak Tiongkok hanya ditemukan di pulau paling selatan Iriomote dan Ishigaki di wilayah Jepang.

Setidaknya dua spesies crocodilia diketahui telah berada pada masa lalu geologi Jepang terkini: aligator Tiongkok dan Toyotamaphimeia.

Tedapat lebih dari 40 spesies amfibi termasuk salamander raksasa Jepang (Andrias japonicus), salah satu amfibi terbesar di dunia. Famili Salamander Asia (Hynobiidae) sangat terwakili dengan baik; banyak anggota famili hanya ditemukan di Jepang.