Jabarkan Gurun Gunung Otay (BLM) dari Kabupaten San Diego (Amerika Serikat)

Hutan Belantara Pine Creek (Hutan Nasional Cleveland)

Hauser Wilderness (Hutan Nasional Cleveland)

Agua Tibia Wilderness (Hutan Nasional Cleveland) sebagian di County Riverside

San Mateo Canyon Wilderness (Hutan Nasional Cleveland) sebagian besar di County Riverside

Taman negara dan kawasan lindung

Taman Negara Bagian Gurun Anza-Borrego (bagian)

Cagar Alam Negara Torrey Pines

Taman Negara Bagian Cuyamaca Rancho

Taman Negara Bagian Gunung Palomar

Taman Bersejarah Negara Bagian Medan Perang San Pasqual

Taman Bersejarah Kota Tua San Diego State

Taman Negara Bagian Border Field

Cagar Alam Penelitian Muara Nasional Sungai Tijuana

Pantai Negara Bagian San Onofre

Pantai Negara Bagian Carlsbad Selatan

Pantai Negara Bagian San Elijo

Pantai Negara Bagian Torrey Pines

Pantai Negara Bagian Untai Perak

Ada 236 puncak gunung dan puncak di County San Diego termasuk:

Puncak Cuyamaca (titik tertinggi kedua di County San Diego)

Gunung Cowles (titik tertinggi di kota San Diego)

Hot Springs Mountain (titik tertinggi di County San Diego)

Lebih dari 1.700 ton limbah radioaktif disimpan di Stasiun Pembangkit Nuklir San Onofre ,  yang terletak di daerah yang memiliki catatan tsunami di masa lalu.