Jabarkan Hipotesis dengan bahasa lain dari Bahasa Harappa

Ada sejumlah hipotesis terkuat tentang sifat bahasa ini yang belum dapat dipastikan hingga sekarang:

Harappa mungkin berkerabat dengan rumpun bahasa Dravida, atau langsung setara dengan bahasa Proto-Dravida. Pendapat ini diusulkan oleh Henry Heras pada dasawarsa 1950s. Pendapat ini didukung oleh Kamil Zvelebil, Asko Parpola, dan Iravatham Mahadevan.

Michael Witzel berpendapat bahasa ini mirip dengan Austroasia, terutama Khasi. Dia menyebutnya sebagai bahasa "para-Munda" (yaitu bahasa yang terkait dengan subrumpun Munda atau bahasa Austroasiatik lainnya, tetapi tidak diturunkan dari leluhur bahasa Munda). Witzel mengemukakan bahwa Regweda menunjukkan tanda-tanda pengaruh bahasa Harappa pada awal penulisannya, dan Dravida pada akhir penulisannya, menunjukkan bahwa penutur rumpun bahasa Austroasia adalah penduduk asli Punjab dan bahwa bangsa Indo-Arya bertemu penutur bahasa Dravida hanya belakangan.

Sebuah "filum yang hilang", yaitu sebuah bahasa tanpa kelanjutan hidup (atau mungkin mempengaruhi bahasa Nihali yang hampir punah). Dalam hal ini, satu-satunya jejak yang ditinggalkan oleh bahasa Peradaban Lembah Indus adalah pengaruh substratum, khususnya substratum pada bahasa Sanskerta Weda.

Hipotesis yang kurang diterima oleh para ahli bahasa yaitu:

sebuah bahasa Indo-Eropa, mirip atau identik dengan bahasa Proto-Indo-Iran: dikemukakan oleh Shikaripura Ranganatha Rao.

sebuah bahasa Semit: Malati Shendge (1997) mengidentifikasi kebudayaan Harappa dengan kerajaan "Asura", dan Asura ini berhubungan (walaupun tidak dekat) dengan Asyur Purba.