Jabarkan Reformasi oleh Putin dari Dinas Keamanan Federal

Setelah menjadi presiden, Vladimir Putin meluncurkan reorganisasi besar-besaran FSB. Pertama, FSB ditempatkan di bawah kendali langsung Presiden dengan keputusan yang dikeluarkan pada 17 Mei 2000. Struktur internal badan direformasi dengan keputusan yang ditandatangani pada 17 Juni 2000. Dalam struktur yang dihasilkan, FSB harus memiliki seorang direktur, wakil direktur pertama dan sembilan wakil direktur lainnya, termasuk satu kemungkinan sekretaris negara dan kepala enam departemen: Departemen Keamanan Ekonomi, Departemen Kontra-intelijen, Layanan Organisasi dan Personalia, Departemen penyediaan kegiatan, Departemen Analisis, Peramalan dan Strategi Perencanaan, Departemen Perlindungan Sistem Konstitusi dan Pemberantasan Terorisme.

Pada tahun 2003, tanggung jawab badan tersebut diperluas secara signifikan. Dinas Penjaga Perbatasan Rusia, dengan 210.000 stafnya, diintegrasikan ke FSB melalui sebuah dekrit yang ditandatangani pada 11 Maret 2003. Penggabungan tersebut diselesaikan pada tanggal 1 Juli 2003. Selain itu, Badan Komunikasi dan Informasi Pemerintah Federal (FAPSI) dihapuskan, dan FSB diberikan sebagian besar fungsinya, sementara sebagian lainnya diberikan kepada Kementerian Pertahanan. Di antara alasan penguatan FSB ini adalah meningkatnya kebutuhan akan keamanan setelah meningkatnya serangan teror terhadap warga sipil Rusia yang dimulai dengan Krisis Penyanderaan Teater Moskow; kebutuhan untuk mengakhiri pertikaian permanen antara FSB, FAPSI dan Penjaga Perbatasan karena fungsinya yang tumpang tindih; dan kebutuhan akan tanggapan yang lebih efisien terhadap migrasi, perdagangan narkoba dan perdagangan senjata ilegal. Juga telah ditunjukkan bahwa FSB adalah satu-satunya basis kekuatan presiden baru, dan restrukturisasi tersebut memperkuat posisi Putin.

Pada tahun 2008, FSB memiliki satu Direktur, dua Wakil Direktur Pertama dan 5 Wakil Direktur. FSB memiliki 9 divisi berikut: