Jabarkan Ikhtisar dari Percobaan Geiger-Marsden

Teori struktur atom yang populer pada saat percobaan Rutherford adalah "model puding prem". Model ini dirancang oleh Lord Kelvin dan dikembangkan lebih lanjut oleh J.J. Thomson. Thomson telah menemukan elektron, dan percaya setiap atom adalah bola bermuatan positif dengan elektron yang tersebar secara merata, menyerupai kismis dalam puding Natal. Keberadaan proton dan neutron tidak diketahui saat itu. Thomson mengetahui bahwa atom sangat kecil (Rutherford berasumsi atom memiliki jari-jari sekitar 10−8 m). Model ini sepenuhnya didasarkan pada fisika klasik (Newtonian); model yang diterima saat ini menggunakan mekanika kuantum.

Model Thomson tidak diterima secara universal bahkan sebelum percobaan Rutherford. Thomson sendiri tidak pernah mampu mengembangkan model konsepnya yang lengkap dan stabil. Ilmuwan Jepang Hantaro Nagaoka menolak model Thomson dengan alasan bahwa muatan yang berlawanan tidak dapat menembus satu sama lain. Dia mengusulkan sebaliknya bahwa elektron mengorbit muatan positif seperti cincin di sekitar Saturnus.