Jabarkan Kehidupan pribadi dari Samantha Bee

Pada  2001, Bee menikah dengan aktor Jason Jones, yang pertama kali dia temui pada 1996. Mereka tinggal di Manhattan, New York. Pada Januari 2006, ia melahirkan anak pertamanya, seorang putri bernama Piper. Ia kemudian kembali ke The Daily Show pada Maret 2006. Pada 24 Januari 2008, Bee mengumumkan kehamilan kedua secara langsung selama liputan media tentang kampanye presiden 2008. Pada 2008, ia melahirkan anak kedua mereka, putra bernama Fletcher. Anak ketiga mereka, seorang putri bernama Ripley, lahir pada akhir 2010. Selama kehamilan ketiganya, Bee bercanda bahwa dia dan Jones "hanya berkembang biak seperti petani."

Bee memegang kewarganegaraan Kanada dan Amerika Serikat setelah ia menjadi warga negara Amerika pada tahun 2014.