Jabarkan Abad 14-16 dari Biara Gandzasar

Gandzasar menjadi pusat kedudukan Katolikosat Albania (Kaukasus), salah satu bagian Gereja Apostolik Armenia pada akhir abad ke-14. Pada abad ke-16, Katolikosat Albania menjadi bawahan dari Takhta Induk Etchmiadzin.

Awal abad ke-17 hingga abad ke-20

Menurut sumber-sumber kontemporer, pada awal 1700-an, patriark Gandzasar menaungi sekitar 900 desa dengan ratusan rumah di masing-masing desa, yang dihuni oleh petani dan pedagang Armenia.

Pada abad ke-17 dan ke-18, Gandzasar menjadi pusat gerakan pembebasan Melikdom Karabakh yang dipimpin oleh Katolikos Yesayi Hasan-Jalalyan yang pro-Rusia. Dalam surat bertahun 1701 yang ditandatangani oleh Melik (pemimpin) Karabakh dan Syunik, dia meminta Raja Pyotr yang Agung untuk melindungi Armenia dari Persia. Namun, baru pada awal 1800-an Kekaisaran Rusia menguasai wilayah tersebut. Kekhanan Karabakh akhirnya berada di bawah kendali penuh Rusia berdasarkan Perjanjian Gulistan. Melalui Undang-undang 1836 yang dikenal sebagai Polozhenie, Gandzasar tidak lagi menjadi takhta keuskupan Karabakh, yang kemudian dipindahkan ke Shusha. Biara ini secara bertahap ditinggalkan dan menjadi tak terawat pada akhir abad ke-19.