Jabarkan Perang Nagorno-Karabakh Pertama dari Biara Gandzasar

Gandzasar diserang beberapa kali selama Perang Nagorno-Karabakh. Pada 6 Juli 1991 tentara Soviet dan petugas OMON (polisi khusus) menggerebek Gandzasar guna mencari senjata. Mereka memeriksa dokumen dan melakukan penggeledahan menyeluruh, termasuk di pemakaman.

Pertempuran sengit terjadi di sekitar Gandzasar pada tahun 1992, ketika Azerbaijan mengepung daerah tersebut.  "Orang-orang Armenia berhasil menggagalkan pengepungan, menyelamatkan Gandzasar dan meningkatkan status spiritualnya," tulis Thomas de Waal. Pada 16 Agustus 1992, beberapa bangunan terpencil di dalam kompleks biara hancur akibat pengeboman oleh helikopter, yang tampaknya sengaja menargetkan gereja. Corley menulis bahwa percobaan pengeboman di Gandzasar yang bukan fasilitas militer sebagai "upaya yang disengaja untuk melenyapkan warisan Armenia di Karabakh."

Pada tanggal 31 Agustus 1992, Menteri Pertahanan Armenia Vazgen Sargsyan dan Serzh Sargsyan, kepala komite pertahanan diri rakyat Armenia di Karabakh, mengadakan pertemuan bersama para komandan militer  di salah satu ruangan di biara Gandzasar.

Pada tanggal 20 Januari 1993, serangan udara yang dilakukan oleh dua pesawat serang Azerbaijan menyebabkan kerusakan parah pada biara, menewaskan beberapa orang di dekatnya dan melukai seorang pendeta.