Jabarkan Kedatangan Frank Rijkaard dari Joan Laporta

Dengan kedatangan Laporta dan Ronaldinho (penandatanganan bintangnya setelah keputusan David Beckham untuk pergi ke Real Madrid, dan Thierry Henry yang memutuskan untuk tetap di Arsenal) serta manajer baru Frank Rijkaard, klub dipaksa untuk memulai fase baru. Setelah memilih dewan manajerial baru yang sebagian besar  masih muda dan belum teruji, Laporta juga memutuskan untuk melawan ancaman kekerasan di luar stadion Camp Nou, khususnya dari geng ultras Boixos Nois (Mad Boys) dan menghadapi hinaan dan ancaman pembunuhan dari mereka. Penyelidikan polisi mengungkapkan bahwa mereka telah merencanakan untuk menculiknya. Untuk memperburuk situasi, musim 2003–2004 dimulai dengan hasil yang buruk, dengan Laporta terus-menerus meminta pengertian dan kesabaran para penggemar serta perlahan-lahan menyingkirkan pemain yang kurang berprestasi  dan membangun kembali tim baru di sekitar Ronaldinho.

Laporta juga terus memacu jajarannya untuk menumbuhkan ide-ide bisnis kreatif untuk meningkatkan pendapatan. Gaya manajemen baru itu akhirnya berhasil membalikkan nasib klub dengan tim secara spektakuler kembali ke bentuk semula dan finis kedua setelah berada di posisis terbawah klasemen La Liga musim 2003–2004 dan akhirnya berhasil memenangkan gelar La Liga pada musim 2004–2005 dan 2005–2006. Selama periode ini, hutang keuangan besar yang diwariskan oleh manajemen sebelumnya mulai dikurangi, dan hanya dua pemain yang tersisa dari tim asli yang tidak memenangkan gelar utama dalam enam tahun. Dengan pemain-pemain seperti Deco, Samuel Eto'o dan Edmílson sebagai bintang muda baru di sekitar Ronaldinho serta pemain lokal seperti Carles Puyol, Xavi, Andrés Iniesta, Víctor Valdés dan Oleguer menjadi pemain inti, Barcelona akhirnya memenangkan gelar Liga Champions kedua mereka dalam sejarah pada 17 Mei 2006, serta menjadi juara La Liga pada tahun itu.

Barcelona memiliki sejarah panjang menghindari sponsor kaos. Pada tahun 2006, Barcelona mengumumkan perjanjian lima tahun dengan UNICEF, di mana klub akan menyumbangkan €1,5 juta dan logo UNICEF akan ditampilkan di baju mereka. Setelah masa jabatan pertama Laporta berakhir, klub menandatangani sponsor kaos dengan Qatar Foundation dan kemudian Qatar Airways, yang kemudian dikritiknya.

Terpilih kembali sebagai presiden klub

Terdapat beberapa diskusi tentang kapan tepatnya masa jabatan Laporta dimulai, dengan dewan direksi memegang satu pendapat dan kubu oposisi memegang pendapat lain. Seorang anggota klub pergi ke pengadilan ,dan pada 19 Juli 2006, seorang hakim memutuskan bahwa delapan hari pertama kepresidenannya pada Juni 2003 dihitung sebagai tahun pertama dari masa jabatan empat tahunnya; masa jabatannya karena itu telah berakhir dan pemilihan baru diadakan.Untuk sementara, klub diperintah oleh komite manajemen yang dipimpin oleh ekonom Xavier Sala-i-Martin. Pemilihan akan diadakan pada 3 September 2006, tetapi ternyata tidak diperlukan karena pada 22 Agustus, Barcelona mengkonfirmasi kepresidenan Laporta untuk empat tahun lagi setelah tidak ada calon lain yang menerima 1.804 tanda tangan yang diperlukan untuk mencalonkan diri dalam pemilihan.