Jabarkan Bahasa dari Orang Jōmon

Tidak diketahui bahasa atau rumpun bahasa apa yang digunakan selama zaman Jōmon.  Beberapa bahasa yang diusulkan adalah: bahasa Ainu, bahasa Japonik, bahasa Tungusik, bahasa Austronesia, bahasa Paleosiberia, serta suatu bahasa tersendiri yang sudah punah.『古代に真実を求めて 第七集（古田史学論集）』2004年、古田史学の会（編集） (in Japanese)

Sementara pandangan yang paling banyak didukung adalah keterkaitan bahasa Ainu dengan bahasa Jōmon, pandangan ini bukannya tanpa masalah karena setidaknya empat suku di Jepang tengah dan barat diyakini berbicara dengan bahasa Tungus, dan tiga suku di Kyushu dan Okinawa menggunakan bahasa Austronesia.

Namun, sebuah studi oleh Lee dan Hasegawa dari Universitas Waseda, menemukan bukti bahwa bahasa Ainu berasal dari populasi Okhotsk, yang berkembang kira-kira 2.000 tahun yang lalu, suatu ekspansi yang relatif baru.