Jabarkan Orang Ryukyu dari Orang Jōmon

Menurut beberapa penelitian, orang Ryukyu berbagi lebih banyak alel dengan orang-orang pemburu dan peramu pada zaman Jōmon (16.000–3.000 tahun yang lalu) dan Ainu dibanding dengan Yamato. Ini menunjukkan bahwa mereka memiliki kesamaan genetik yang lebih kecil dengan sebagian besar populasi Asia Timur, yang mendukung teori struktur ganda K. Hanihara (1991), suatu teori yang diterima secara luas yang menjelaskan bahwa orang Yamato lebih berkerabat dengan suku-suku petani dari Asia (dari Semenanjung Korea) daripada dengan Ainu dan Ryukyu, di mana pencampuran terjadi pada dan setelah periode Yayoi (3.000 -1.700 tahun yang lalu).

Sebuah studi oleh Kanazawa-Kiriyama dkk.  (2019) menunjukkan bahwa suku Ryukyu mewarisi sekitar 27% keturunan Jōmon, sementara sisanya berasal dari Yayoi.