Jabarkan Karier Angkatan Laut kemudian dari Thomas J. Hudner, J

Setelah menerima Medal of Honor, Hudner dipindahkan ke Amerika Serikat dan menjabat sebagai instruktur penerbangan di Naval Air Station Corpus Christi di Texas pada tahun 1952 dan 1953. Setelah itu, ia menjabat sebagai perwira staf Divisi Kapal Induk 3, yang pada saat itu merupakan bagian dari Satuan Tugas 77 dan beroperasi di seluruh Jepang, pada tahun 1953 dan 1954. Pada tahun 1955 dan 1956, ia bertugas di Skuadron Pengembangan Udara 3 di Naval Air Station Atlantic City di New Jersey, di mana ia menerbangkan pesawat pengembangan dan eksperimental. Selama ini, ia dilatih di pesawat bertenaga mesin jet.

Mulai Oktober 1957, Hudner bertugas dalam program pertukaran dengan Angkatan Udara AS, terbang selama dua tahun dengan Skuadron Tempur-Interceptor ke-60 di Pangkalan Angkatan Udara Otis di Barnstable County, Massachusetts . Selama penugasan ini, ia menerbangkan F-94 Starfire dan F-101 Voodoo . Dia kemudian dipromosikan menjadi komandan dan menjabat sebagai ajudan Kepala Biro Senjata Angkatan Laut sampai tahun 1962, ketika dia kuliah di Air War College di Pangkalan Angkatan Udara Maxwell di Montgomery, Alabama . Setelah lulus pada Juli 1963, ia kembali ke tugas terbang dan diangkat sebagai pejabat eksekutif Skuadron Tempur 53, menerbangkan F-8E Crusader di atas  . . Setelah menjabat sebagai pejabat eksekutif, Hudner mengambil alih komando VF-53. Setelah penugasan ini, ia dipindahkan ke posisi sebagai Petugas Pelatihan Kepemimpinan di kantor Komandan, Angkatan Udara Angkatan Laut, di Pangkalan Udara Angkatan Laut Pulau Utara di Coronado, California.

Hudner dipromosikan menjadi kapten pada tahun 1965, mengambil komando Training Squadron 24 di Naval Air Station Chase Field di Bee County, Texas, yang ia perintahkan pada tahun 1965 dan 1966. Pada tahun 1966 ia ditugaskan ke , pertama sebagai navigator, kemudian sebagai pejabat eksekutif kapal. Kitty Hawk dikerahkan di lepas pantai Vietnam Selatan pada tahun 1966 dan 1967, meluncurkan misi untuk mendukung Perang Vietnam, dan dia bertugas di kapal selama tur ini tetapi tidak melihat pertempuran dan tidak menerbangkan misi itu sendiri. Pada tahun 1968, ia ditugaskan sebagai petugas operasi untuk divisi Operasi Udara Asia Tenggara Angkatan Laut AS.  Tahun itu, dia menikahi Georgea Smith, seorang janda dengan tiga anak, yang dia temui di San Diego. Keduanya memiliki satu putra bersama, Thomas Jerome Hudner III, lahir pada tahun 1971.  Penempatan terakhir Hudner di Angkatan Laut adalah sebagai kepala Pelatihan Teknis Penerbangan di Kantor Kepala Operasi Angkatan Laut di Washington, DC, posisi yang dipegangnya hingga pensiun pada Februari 1973.

Pada 17 Februari 1973, beberapa hari sebelum Hudner pensiun, Angkatan Laut menugaskan  Knox -class , kapal AS ketiga yang diberi nama untuk menghormati seorang Afrika-Amerika. Hadir pada upacara peresmian di Boston, Massachusetts, adalah Daisy Brown Thorne, yang telah menikah lagi, putrinya Pamela Brown, dan Hudner, yang memberikan dedikasi.  Kapal itu dinonaktifkan pada 27 Juli 1994 dan dijual ke Mesir.