Jabarkan Kritikan dari Joan Laporta

Manajemen Laporta dari bagian olahraga klub, terutama bagian bola basket, telah menuai berbagai kontroversi. Pada 2 Juni 2005, ia menghadapi pengunduran diri lima anggota dewan direksi klub, termasuk Sandro Rosell. Mereka menuduhnya telah berubah menjadi lebih buruk sebagai pribadi, telah mengadopsi sifat otoriter, dan menyimpan ambisi kekuasaan.

Pada Oktober 2005, ia menghadapi skandal ketika saudara iparnya dan anggota dewan direksi yang bertanggung jawab atas keamanan, Alejandro Echevarría, dituduh merupakan anggota Francisco Franco Foundation yang kemudian ditepis oleh keduanya.  Sebuah dokumen yang ditunjukkan oleh mantan anggota dewan direksi kemudian memaksa Laporta menerima pengunduran diri Echevarría. Namun, Echevarría tetap dekat dengan klub dan dia mengatur keamanan selama perayaan kejuaraan La Liga musim 2005–2006.

Sejarah politik Laporta sendiri menambah kerumitan seputar skandal Echevarría, karena politiknya sangat bertentangan dengan apa yang tersirat dalam keanggotaan Echevarría di Francisco Franco Foundation. Laporta adalah seorang nasionalis Katalan dan telah diidentifikasi dalam beberapa kesempatan sebagai pendukung kemerdekaan Catalunya dari Spanyol. Pada awal 1990-an, ia dan sesama politisi Katalan Pilar Rahola dan Angel Colom mendirikan Partit per la independencia yang sekarang sudah tidak berfungsi, yang mendukung separatisme Katalan. Dia juga merupakan peserta aktif pada Pameran Buku Frankfurt yang kontroversial tahun 2007, di mana bahasa dan budaya katalan menjadi undangan khusus, tetapi tidak mengundang penulis lain yang berbasis di Catalunya yang menulis dalam bahasa lain, seperti Spanyol. Pada pameran tersebut, Laporta menyatakan bahwa ia "berharap agar FC Barcelona terus menjadi alat untuk mempromosikan bahasa dan budaya katalan" dan sebaliknya, ia akan merasa berkewajiban "untuk menciptakan Republik Katalan Barcelona".

Kritik lain yang dihadapi Joan Laporta adalah kembali ke kursi kepresidenannya pada tahun 2021 untuk  FC Barcelona, yang sudah memiliki masalah keuangan besar dan pemain sepak bola terbaiknya Lionel Messi hampir pergi, dan berjanji untuk membalikkan situasi serta  membujuk Messi untuk tetap tinggal. Dia gagal memuhi janjinya. Messi akhirnya pergi ke klub lain yang membuat beberapa penggemar marah dan kesal. Keluarnya Messi dari Barcelona menyebabkan Jaume Llopis, mantan anggota Komisi Espai Barca, mengundurkan diri dari jabatannya yang menyatakan bahwa klub dan presiden tidak melakukan segalanya untuk mempertahankan pemain Argentina itu di klub.