Jabarkan Pandemi flu babi 2009 dari Pusat Komando Epidemi Sentral

Pada tanggal 28 April 2009, CECC mengadakan pertemuan pertama yang diampu oleh Menteri Kesehatan saat itu, Yeh Ching-chuan. Agensi yang menjadi partisipan pada pertemuan tersebut adalah Departemen Kesehatan, Kementerioan Dalam Negeri, Kementerian Urusan Luar Negeri dan Kementerian Urusan Ekonomi. Pada tanggal 20 Mei 2009, CECC mengonfirmasi kasus pertama flu babi yang datang dari negara lain tiba di Taiwan.CDC segera melapor kepada Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) dan negara lainnya melalui Focal Point Regulasi Kesehatan Internasional. Pada tanggal 24 Mei, kasus lokal pertama dikonfirmasi. Tindakan pencegahan ini memicu banyak perubahan kebijakan di Taiwan.

Pandemi flu burung 2013  (virus subtipe H7N9)

Pada tanggal 3 April 2013,Yuan Eksekutif mengaktifkan CECC  sebagai respons terhadap pandemi influenza H7N9 (Influenza unggas atau virus flu burung) di China daratan. Yuan Eksekutif menonaktifkan CECC untuk influenza H7N9 pada tanggal 11 April 2014.CECC melakukan 24 pertemuan dengan agensi pemerintah seperti dengan Dewan Pertanian, Kementerian Transportasi dan Komunikasi dan Kementerian Pendidikan. CECC juga mengadakan pertemuan dengan 22 pemerintah kota dan daerah. Pada tanggal 17 Mei 2013, pembantaian unggas hidup dilarang di pasar tradisonal untuk menghilangkan risiko influenza unggas menular dari hewan ke manusia.