Jabarkan Klasifikasi dari Pantestudines

Identitas garis keturunan nenek moyang dan kerabat terdekat kura-kura telah menjadi misteri ilmiah yang berlangsung lama, meskipun beberapa penemuan dan analisis yang lebih baik pada awal abad ke-21 mulai menjelaskan kekerabatan kura-kura. Analisis data fosil telah menunjukkan bahwa kura-kura adalah reptil diapsida, paling berkerabat dekat baik ke Archosauria (buaya, burung, dan kerabatnya) atau Lepidosauria (kadal, tuatara, dan kerabatnya). Analisis genetis sangat menyukai hipotesis bahwa kura-kura adalah kerabat terdekat Archosauria, meskipun penelitian yang hanya menggunakan bukti fosil sering melanjutkan untuk membuktikan kelompok ini sebagai kerabat lepidosauria. Penelitian yang hanya menggunakan fosil, sebagaimana penelitian yang menggabungkan bukti fosil dan genetis, keduanya menganggap bahwa Sauropterygia, kelompok reptil laut prasejarah termasuk Plesiosauria dan Placodontia yang seringkali secara dangkal mirip kura-kura, adalah kura-kura batang.

Kladogram dibawah mengikuti hasil yang paling mirip yang ditemukan oleh sebuah analisis kekerabatan kura-kura menggunakan bukti fosil dan genetik oleh M.S. Lee, pada tahun 2013. Penelitian ini menemukan bahwa Eunotosaurus, yang biasanya dianggap sebagai kerabat kura-kura, menjadi berkerabat jauh dengan kura-kura dalam klad Parareptilia.

Kladogram dibawah mengikuti hasil yang paling mirip yang ditemuakan oleh analisis kekerabatan kura-kura lainnya, yang satu ini hanya menggunakan bukti fosil, diterbitkan oleh Rainer Schoch dan Hans-Dieter Sues pada tahun 2015. Penelitian ini menunjukkan Eunotosaurus sebenarnya merupakan kura-kura batang awal, meskipun versi lain dari analisis menemukan bukti lemah bahwa genus tersebut adalah parareptil.

Filogeni yang terkalibrasi waktu diperoleh kembali oleh Shaffer et al. (2017) menandakan waktu terpisahnya Pantestudines dari klad saudara (klad yang termasuk Archosauria dan seluruh tetrapoda yang lebih dekat ke Archosauria daripada hewan hidup lainnya) pada pertengahan periode Karbon.