Jabarkan Moluska dari Margasatwa Jepang

Sekitar 4000 hingga 6000 spesies tanaman tumbuh secara alami di Jepang. Vegetasi sangat bervariasi dari hutan subtropis di selatan hingga hutan konifer di utara. Di zona subtropis, mangrove, cycad dan paku pohon dapat ditemukan. Di daerah beriklim hangat di Kyūshū, Shikoku, dan barat daya Honshu, vegetasi yang dominan adalah hutan hijau abadi berdaun lebar dengan banyak ek. Di utara Honshu dan barat daya Hokkaidō iklimnya sejuk dengan pohon peluruh berdaun lebar termasuk fagus Jepang (Fagus crenata) dan pohon ek seperti pohon nara (Quercus serrata). Konifer mendominasi di sebagian besar Hokkaido dan pegunungan Honshu tengah dan utara dengan spruce dan fir yang tumbuh. Di pegunungan tertinggi terdapat zona tanaman Arktik-alpina termasuk Pinus kerdil Siberia (Pinus pumila yang tumbuh rendah).

Perkebunan konifer telah menggantikan hutan alam di banyak daerah. Pohon yang biasa ditanam antara lain cemara Jepang (Chamaecyparis obtusa), pinus merah jepang (Pinus densiflora), pinus hitam Jepang (Pinus thunbergii), sakaki (Cleyera japonica) dan cedar Jepang (Cryptomeria japonica). Yang terakhir adalah tumbuhan runjung tertinggi di Jepang yang tingginya mencapai 40 meter.

Bambu tumbuh subur di Jepang dengan sekitar 400 hingga 500 spesies berbeda termasuk bambu kerdil yang dikenal sebagai sasa dan jenis yang lebih tinggi yang dikenal sebagai take yang tingginya bisa mencapai 20 meter.

Banyak tanaman telah diperkenalkan ke Jepang dari daratan Asia termasuk tanaman pertanian penting seperti beras dan tanaman taman seperti serunai. Sejak Restorasi Meiji, semakin banyak tanaman berasal dari Eropa, Amerika Utara dan di tempat lain. Tanaman pangan asli termasuk water dropwort (Oenanthe javanica) dan wasabi (Wasabia japonica).