Jabarkan Kehidupan dari Magdalene dari Bayern

Pada tahun 1607 Adipati Agung Matthias dari Austria melamar Magdalene. Pemrakarsa proyek ini adalah konsultan Matthias Melchior Khlesl, yang menginginkan Bayern berselisih antara Adipati Agung dan saudaranya Rudolf II, Kaisar Romawi Suci. Meskipun ayahanda Magdalene cenderung menerima pernikahan ini, saudaranya Maximilian I menolak lamarannya karena dia tidak ingin terlibat dalam perselisihan dinastik Austria. Pada 1608 Matthias dengan resmi mengabaikan pernikahan Bayern atas permintaan saudaranya. Tak lama setelah itu, Adipati Agung Leopold V menunjukkan minat pada Magdalene.

Pada Mei 1609 Leopold V mengunjungi München dan setuju untuk meninggalkan posisi gerejawinya untuk menikahi  Magdalene. Selama kunjungan ini, dia memiliki perasaan untuk pelamarnya dan menyatakan bahwa "untuk Matthias dia tidak memiliki perasaan apa pun" dan lebih memilih untuk menjadi seorang biarawati daripada menikah dengannya. Di bawah tekanan ayahanda dan saudaranya, Magdalene akhirnya menerima lamaran itu pada tahun 1613.

Pada tanggal 11 November 1613 di München, Magdalene menikah dengan Wolfgang Wilhelm, sahabat dekat saudaranya Maximilian; dengan pernikahan ini, para penguasa Bayern berharap bahwa Lutheran Wolfgang Wilhelm akan kembali ke keyakinan Katolik. Upacara pernikahan dipimpin oleh Uskup-pangeran Eichstätt, Johann Christoph, di Frauenkirche; upacara pernikahan berikutnya sangat kompleks, di hadapan 17 pangeran berdaulat. Tiga hari kemudian (14 November), Magdalene menyerahkan hak suksesi atas Bayern untuk dirinya sendiri dan keturunannya. Sebagai mahar, ia menerima sejumlah 50.000 gulden dan tambahan 30.000 florin dari saudaranya sebagai hadiah.

Magdalene mendirikan kapel Katolik di Puri Neuburg dengan dua Yesuit yang menemaninya. Tak lama setelah itu, kedua Yesuit dikirim ke Belanda oleh ayah mertua Magdalene, Pfalzgraf Neuburg Philipp Ludwig. Pada satu kesempatan, selama kebaktian keagamaan, seorang tamu menembak melalui jendela yang terbuka di mana Magdalena berada.

Pada tanggal 15 Mei 1614, beberapa bulan sebelum kematian ayahandanya, Wolfgang Wilhelm (di bawah pengaruh istrinya), di Gereja St. Lambertus, Düsseldorf, yang resmi memeluk agama Katolik. Untuk reformasi Katolik ini adalah keberhasilan nyata yang dibenarkan oleh Magdalene dan komitmennya terhadap kebijakan saudaranya. Terlepas dari semua masalah, pernikahan Magdalene dan Wolfgang Wilhelm adalah ikatan yang sangat bahagia. Magdalene digambarkan sangat mirip dengan saudaranya, bijaksana dan ambisius dalam politik. Pada tanggal 4 Oktober 1615 ia melahirkan anak tunggalnya, Philipp Wilhelm, dinamai menurut kedua kakek-neneknya.

Magdalene meninggal tiba-tiba di Neuburg an der Donau pada usia 41 tahun. Ia dimakamkan di ruang bawah tanah Gereja Yesuit Neuburg yang baru dibangun.