Jabarkan Ditambah dari Piala UEFA 2005–2006

3 entri UEFA Fair Play

3 pemenang Piala Intertoto UEFA 2005

16 kalah dari Babak Kualifikasi Ketiga Liga Champions UEFA

8 tim peringkat ketiga dari Babak grup Liga Champions UEFA

(CLTH): Tempat dikosongkan karena diambil oleh pemegang gelar Liga Champions UEFA.

(UCL): Tim yang ditransfer dari Liga Champions.

(UIC): Tempat tambahan untuk pemenang Piala Intertoto UEFA 2005.

(FP): Tempat tambahan Fair Play (Jerman, Norwegia, Denmark).

Setiap asosiasi memasukkan sejumlah tim tertentu ke Piala UEFA berdasarkan koefisien liga. Melalui kompetisi domestik (kejuaraan nasional dan piala dan piala liga di negara-negara tertentu) sebuah asosiasi dapat memenuhi syarat hingga empat tim. Amandemen berikut dibuat untuk skema kualifikasi 2005–2006:

Pemegang Piala UEFA bertahan CSKA Moscow sudah lolos ke babak kualifikasi ke-2, yang berarti bahwa peserta pertama Piala UEFA dari asosiasi ke-25 dan ke-26 dalam daftar peringkat (Hungaria dan Rumania) akan mendapatkan akses langsung ke babak kualifikasi kedua Piala UEFA.

Karena Liverpool memasuki babak kualifikasi pertama Liga Champions sebagai pemegang gelar, peserta Piala UEFA pertama dari asosiasi ke-11 dan ke-12 dalam daftar peringkat (Skotlandia dan Belgia) akan mendapatkan akses langsung ke putaran pertama Piala UEFA.

Di Kazakhstan, hanya Kairat Almaty yang memperoleh lisensi UEFA untuk musim 2005–2006. Tim lain dari Kazakhstan tidak diizinkan untuk bersaing. Oleh karena itu, peserta Piala UEFA pertama dari negara ke-27 dan ke-28 dalam daftar peringkat (Slovakia dan Slovenia) akan mendapatkan akses langsung ke babak kualifikasi kedua Piala UEFA.

Di Serbia dan Montenegro, pemenang piala Železnik digantikan oleh OFK Beograd karena mereka tidak mendapatkan lisensi UEFA.

Di Bosnia dan Herzegovina, pemenang piala FK Sarajevo digantikan oleh Široki Brijeg, dan peringkat 2 di liga Zeljeznicar digantikan oleh Žepče, karena mereka tidak mendapatkan lisensi UEFA.