Jabarkan Utara : Kecamatan Guluk-Guluk dari Pragaan Daya, Pragaan, Sumenep

Selatan : Desa Pragaan Laok

Jarak tempuh Desa Pragaan Daya ke ibu kota Kecamatan adalah 4 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 7 menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota Kabupaten adalah 33 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 0,5 jam.

Adapun pembagian wilayah pemerintahan Desa Pragaan Daya terdiri atas 6 Dusun dengan 24 Rukun Tetangga (RT) yang meliputi :

Dusun Batujaran terdiri atas 6 Rukun Tetangga.

Dusun Rembang terdiri atas 4 Rukun Tetanngga.

Dusun Nong Pote terdiri atas 4 Rukun Tetangga.

Dusun Blumbang terdiri atas 2 Rukun Tetangga.

Dusun Bulu terdiri atas 4 Rukun Tetangga.

Dusun Dan-Dan terdiri atas 4 Rukun Tetangga.