Jabarkan 1950-an hingga 1990-an dari Skunk Works

Pada tahun 1955, Skunk Works menerima kontrak dari CIA untuk membangun pesawat mata-mata yang dikenal sebagai U-2 dengan tujuan terbang di atas Uni Soviet dan memotret situs-situs strategis. U-2 diuji di Danau Groom di gurun Nevada, dan Insinyur Uji Penerbangan yang bertanggung jawab adalah Joseph F. Ware, Jr. Penerbangan pertama dilakukan pada 4 Juli 1956. U-2 berhenti terbang ketika Francis Gary Powers ditembak jatuh selama misi pada 1 Mei 1960, saat berada di atas Rusia.

Skunk Works telah memprediksi bahwa U-2 akan memiliki masa operasional yang terbatas di Uni Soviet. CIA setuju. Pada akhir tahun 1959, Skunk Works menerima kontrak untuk membangun lima pesawat A-12 dengan biaya $96 juta. Membangun pesawat Mach 3.0+ dari titanium menimbulkan berbagai masalah, dan penerbangan pertama tidak terlaksana hingga tahun 1962. (Suplai titanium sebagian besar didominasi oleh Uni Soviet, sehingga CIA mendirikan perusahaan boneka untuk memperoleh bahan sumber.) Beberapa tahun kemudian, Angkatan Udara A.S. menjadi tertarik dengan desainnya, dan memesan SR-71 Blackbird, versi A-12 dengan dua tempat duduk. Pesawat ini pertama kali terbang pada tahun 1966 dan tetap beroperasi hingga tahun 1998.

Drone D-21, mirip dengan desain Blackbird, dibangun untuk terbang di atas fasilitas uji coba nuklir Lop Nur di Tiongkok. Drone ini diluncurkan dari belakang A-12 yang dimodifikasi khusus, dikenal sebagai M-21, yang mana ada dua yang dibangun. Setelah tabrakan udara yang fatal pada peluncuran keempat, drone dibangun kembali sebagai D-21B, dan diluncurkan dengan pendorong roket dari B-52. Empat misi operasional dilakukan di Tiongkok, tetapi paket kamera tidak pernah berhasil ditemukan.

Kelly Johnson memimpin Skunk Works hingga 1975. Dia digantikan oleh Ben Rich.

Pada tahun 1976, Skunk Works memulai produksi pada sepasang demo teknologi siluman untuk Angkatan Udara A.S. bernama Have Blue di Gedung 82 di Burbank. Demo yang diperkecil ini, dibangun hanya dalam 18 bulan, merupakan langkah maju yang revolusioner dalam teknologi penerbangan karena penampang radar mereka yang sangat kecil. Setelah serangkaian penerbangan uji yang sukses yang dimulai pada tahun 1977, Angkatan Udara memberikan kontrak kepada Skunk Works untuk membangun pesawat tempur siluman F-117 pada 1 November 1978.

Selama keseluruhan Perang Dingin, Skunk Works berlokasi di Burbank, California, di sisi timur Bandara Burbank-Glendale-Pasadena (). Setelah 1989, Lockheed mengatur ulang operasinya dan memindahkan Skunk Works ke Situs 10 di Pabrik 42 Angkatan Udara A.S. di Palmdale, California, yang tetap beroperasi hingga saat ini. Sebagian besar bangunan tua Skunk Works di Burbank dihancurkan pada akhir 1990-an untuk memberi ruang bagi tempat parkir. Satu bangunan utama masih tersisa di 2777 Ontario Street di Burbank (dekat San Fernando Road), saat ini digunakan sebagai gedung perkantoran untuk pasca produksi film digital dan pencampuran suara. Selama akhir 1990-an ketika merancang bangunan Pixar, Edwin Catmull dan Steve Jobs mengunjungi Gedung Skunkworks yang memengaruhi desain Steve.

Pada tahun 2009, Skunk Works dilantik ke dalam International Air & Space Hall of Fame di Museum Udara & Luar Angkasa San Diego.