Jabarkan Karakteristik morfologi dari Orang Jōmon

Berbagai penemuan kerangka orang Jōmon di berbagai lokasi di Jepang telah memungkinkan para peneliti untuk mempelajari lebih lanjut tentang populasi zaman Jōmon di Jepang.

Morfologi gigi menunjukkan bahwa Jōmon memiliki struktur gigi tersendiri, tetapi secara umum lebih mirip dengan struktur Sundadont yang banyak ditemukan di Asia Tenggara dan Taiwan.

Sebuah studi kraniometri oleh Brace dkk.  (2001) menunjukkan hubungan morfologi yang lebih dekat antara sampel Jōmon Hokkaido dan orang Ainu dengan orang Eropa daripada dengan orang Asia Timur modern. Studi ini menyimpulkan bahwa pada umumnya, orang Jōmon di Hokkaido merupakan keturunan dari suatu populasi (dijuluki "Eurasia" oleh Brace dkk.) yang pindah ke Eurasia utara (dan juga Amerika) pada zaman Pleistosen Akhir, mendahului ekspansi populasi Asia Timur modern.

Studi lain menunjukkan bahwa orang-orang Jōmon bukanlah kelompok tunggal melainkan suatu masyarakat yang heterogen. Menurut Ishida dkk. (2009), kebanyakan orang Jōmon lebih mirip dengan penduduk Siberia selatan di Zaman Perunggu. Bukti menunjukkan bahwa orang Jōmon merupakan keturunan populasi zaman Paleolitikum dari bagian barat Eurasia, Asia Tengah dan Siberia selatan. Di sisi lain, orang Jōmon di Kyushu, Shikoku dan bagian selatan Honshu menunjukkan kesamaan dengan fenotipe Asia Timur (Mongoloid).

Menurut artikel "Jōmon culture and the peopling of the Japanese archipelago” karya Schmidt dan Seguchi (2014), orang-orang Jōmon prasejarah berasal dari populasi paleolitik yang beragam, dan ada banyak migrasi ke Jepang yang berlangsung selama zaman Jōmon. Mereka menyimpulkan: "Dalam hal ini, identitas biologis Jomon ialah heterogen, menunjukkan beranekaragamnya masyarakat yang memiliki corak budaya yang sama, yang dikenal sebagai Jomon".

Kondo dkk. 2017, menemukan bahwa populasi periode Jōmon di Jepang ialah heterogen dan hasil analisis sampel bisa berbeda satu sama lain tergantung pada wilayahnya. Orang Jōmon selatan yang tinggal di Kyushu, Shikoku dan barat daya Honshu memiliki kedekatan dengan orang-orang Asia Timur modern, lain halnya dengan orang Jōmon di Hokkaido dan Tohoku.

Sebuah studi yang diterbitkan dalam jurnal ilmiah "Nature" oleh Jinam dkk. (2015), menggunakan perbandingan data SNP genome-wide, menemukan bahwa sampel Jōmon Hokkaido, nenek moyang orang Ainu, memiliki alel gen yang membuat fitur wajah mereka lebih mirip dengan orang Eropa dan Timur Tengah, suatu struktur yang hampir tidak ditemukan pada orang Jepang modern dan warga Asia Timur lainnya. Alel-alel ini mungkin masuk ke dalam populasi Jōmon melalui aliran gen paleolitik Siberia, yang terkait dengan penyebaran kebudayaan microblade, yang tiba di Hokkaido sekitar 25.000 tahun yang lalu. Gakuhari dkk. (2020) juga mencatat kemungkinan aliran gen dari Eurasia Utara (dicontohkan oleh sampel MA-1), atau kelompok serupa, ke Jepang utara, yang menunjukkan keterkaitan dengan kebudayaan microblade di Siberia.