Jabarkan ATK Mohun Bagan dari Roy Krishna

Setelah musim 2019–20, tim ATK dibubarkan dan bergabung dengan klub berusia lebih dari satu abad yaitu Mohun Bagan untuk membentuk ATK Mohun Bagan. Krishna menandatangani kontrak baru dengan klub bersejarah itu selama satu musim dan didaulat sebagai kapten klub.

Dalam pertandingan pertama di musim 2020–2021, ATK Mohun Bagan pada tanggal 20 November 2020 Krishna mencetak gol pertama klub dalam kompetisi dan dianugerahi sebagai man of the match dalam kemenangan 1-0 mereka atas Kerala Blasters. Dia mencetak gol dalam pertandingan klub berikutnya pada 27 November, Liga Super India perdana Derby Kolkata melawan Benggala Timur; ATK Mohun Bagan memenangkan pertandingan dengan skor 2-0. Krishna melanjutkan untuk membantu timnya finis kedua di tahap liga dan meraih tempat runner up di play off juga memenangkan penghargaan bola emas untuk menyumbangkan 22 gol dalam 23 pertandingan.

Pada Mohun Bagan Day 2021, diumumkan bahwa Roy telah memperpanjang kontraknya untuk satu tahun lagi di klub dan juga dianugerahi sebagai Pesepakbola Terbaik Tahun Ini oleh Mohun Bagan AC. Pada tanggal 18 Agustus, Roy mencetak gol pertama untuk ATK Mohun Bagan FC di Piala AFC 2021 melawan Bengaluru FC serta gol pertama di musim 2021-22. Di Hero ISL, ia didiagnosis menderita COVID-19 dan hanya bermain beberapa pertandingan karena cedera. Dia telah mencetak 4 gol dalam musim yang mengecewakan baginya sejauh ini. Ini akan menjadi musim terakhirnya di Liga Super India bersama ATK Mohun Bagan.