Jabarkan Penjabat Gubernur Papua dari Musiran Darmosuwito

Beberapa tahun berselang, Musiran ditugaskan sebagai penjabat Gubernur Papua, menggantikan Freddy Numberi yang telah ditunjuk dan merangkap jabatan sebagai Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara selama beberapa waktu. Tugas utama Musiran sebagai penjabat gubernur adalah mempersiapkan proses pemilihan gubernur definitif. Ia dilantik sebagai penjabat gubernur pada tanggal 15 April 2000.

Selaku penjabat gubernur, Musiran mendukung penyelenggaraan Kongres Papua. Dukungan tersebut diduga muncul karena sikap Presiden Abdurrahman Wahid yang menyokong ide awal pelaksanaannya. Ia tetap menghadiri penutupan kongres tersebut meskipun delegasi dalam kongres tersebut menolak bergabung dengan Indonesia.

Selama menjabat sebagai gubernur, Musiran mengkritik sejumlah pejabat di lingkungan pemerintahan Papua yang sering pergi ke Jakarta dalam jangka panjang dan meninggalkan urusan dinasnya.

Sejumlah tokoh militer dan politik nasional seperti Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri dan Kepala Staf Angkatan Darat Tyasno Sudarto melakukan kunjungan kerja ke Papua pada masa pemerintahan Musiran. Hasil kunjungan Megawati — secara khusus — dijadikan bahan penilaian mengenai situasi di Papua oleh Musiran. Musiran lalu meneruskan hasil penilaian tersebut melalui sebuah radiogram kepada Departemen Dalam Negeri.