Jabarkan Alur dari Mahō Shōjo Site

Aya Asagiri adalah seorang gadis sekolah menengah yang memiliki masalah di sekolah dengan bullying, dan mendapatkan kekerasan fisik di rumah oleh kakaknya Kaname. Suatu hari setelah Aya dilecehkan oleh Kaname, sebuah situs web mencurigakan muncul di layar komputernya, menunjukkan orang yang tampak menyeramkan. Orang ini tampaknya kasihan padanya dan mengumumkan bahwa dia akan memberikan kekuatan magis Aya. Kemudian di sekolah, Aya menemukan pistol yang secara misterius muncul di lokernya. Suatu saat istirahat Aya dibawa ke suatu tempat oleh pembully dan akan dilecehkan oleh para pengganggu dan tanpa ada bersalah, saat Aya berhasil kabur dan sampai terpojok Aya menembakkan pistol ke arah mereka. Tembakan itu menyebabkan para pengganggu menghilang, tetapi dengan ngeri dia mengetahui bahwa mereka entah bagaimana ditabrak kereta api di penyebrangan rel kereta api dekat sekolahnya. Aya merasa seolah-olah dia telah membunuh mereka, dan bingung menemukan dirinya dengan rambutnya yaang bewarna merah yang lebih panjang dan darah mengalir dari matanya. Dia kemudian mengetahui bahwa dia tidak sendirian, ketika teman sekelasnya mengungkapkan bahwa dia juga seorang gadis penyihir, yang dikenal sebagai Tsuyuno Yatsumura, menjadi salah satu teman barunya, sambil menawarkan untuk membantunya menjauh dari "pemburu sihir" yang membunuh gadis penyihir dan mencuri tongkat mereka. Tsuyuno mengajari Aya tentang kekuatan yang dia peroleh dan perubahan fisik yang ditimbulkannya pada tubuhnya. Namun, kedua gadis itu tidak mengetahui alasan dari sesuatu yang menyerupai jam hitung mundur di situs web, dan mereka khawatir itu mungkin sesuatu yang sangat buruk. Setelah bertemu dengan sekelompok gadis penyihir lainnya, semua dengan kekuatan dan kemampuan yang berbeda, Tsuyuno dan Aya mencoba untuk menemukan apa sebenarnya arti hitung mundur, sambil mencoba memastikan tidak ada yang tahu tentang kekuatan mereka.