Jabarkan Gempa bumi 2018 dari Masjid Arqam Baburahman

Selama peristiwa gempa bumi Sulawesi 2018, masjid ini dilanda beberapa tsunami yang meruntuhkan pilar yang menopang masjid yang mengapung di teluk. Dengan demikian, sebagian masjid terendam di lautan. Namun, bangunan itu tetap utuh. Dikabarkan, gelombang tersebut masuk melalui pintu belakang masjid dan menembus pintu depan, hal itulah yang menyebabkan masjid tergenang air. Dinding jendela juga runtuh dan kaca-kacanya pecah. Namun pengeras suara untuk azan masih berfungsi tanpa cacat.

Pasca tsunami, masyarakat Palu, khususnya muslim tradisionalis yang menganut mistisisme Islam, menegaskan bahwa masjid tersebut bertahan karena kekuatan ilahiah dari para Wali Sanga yang menjaga masjid tersebut. Masjid ini dan masjid organisasi Islam Alkhairaat adalah beberapa masjid yang masih bertahan setelah tsunami. Hingga April 2021, sebagian masjid masih terendam air.