Jabarkan 20 Januari dari Indonesia dalam tahun 2006

Aparat keamanan Indonesia menembak mati seorang pelajar di Papua dan mencederai dua orang lainnya sementara laporan lainnya menyebut bahwa korban jiwa berjumlah empat orang. Peristiwa ini diduga terkait dengan pengungsian 43 warga Papua ke Australia dua hari sebelumnya.

Timor Timur menyampaikan laporan pembantaian warganya oleh Indonesia dari 1975-1999 kepada PBB. Menurut laporan tersebut, lebih dari 100.000 orang meninggal dunia akibat kelaparan yang disengajai.

27 Januari - Hujan deras sejak 26 Januari menyebabkan banjir dan tanah longsor melanda beberapa kota di jalur Pantura pulau Jawa. Jalur transportasi terputus akibat rusaknya beberapa jembatan. Seluruh penerbangan menuju Semarang dialihkan dan dibatalkan.

31 Januari - KM Citra Mandala Bahari tenggelam di Selat Rote, sedikitnya 50 hilang dan 110 orang berhasil diselamatkan.