Jabarkan Merger dengan Persisam (2003-2014) dari Bali United FC

Putra Samarinda mengalami kesulitan finansial sejak mengikuti Liga Galatama dan Perserikatan digabung menjadi satu kompetisi. Pada tahun 2003, Putra Samarinda dan Persisam, Klub perserikatan yang didanai APBD Samarinda dimerger menjadi Persisam Putra Samarinda dan menggunakan lisensi Putra Samarinda untuk berlaga di Liga Indonesia. Pada tahun 2008/2009, Persisam Putra Samarinda menjadi juara liga Divisi Utama Liga Indonesia 2008–09 dan dipromosikan ke Liga Super Indonesia.