Jabarkan Kehidupan di Timor Leste dari Rogério Lobato

Dalam kampanye untuk Pemilihan Parlemen Timor Leste 2001, Lobato dipromosikan dengan prestise sebagai komandan pertama FALINTIL dan terutama dalam veteran perjuangan pembebasan. Banyak pejuang FALINTIL yang belum dilantik ke dalam Pasukan Pertahanan Timor Leste yang baru dibentuk dan karena itu menganggur dan tanpa prospek. Lobato menjanjikan konsep barunya untuk perawatannya. Pada musim semi 2002 Lobato mendirikan Associação dos Antigos Combatentes FALINTIL, sebagai yang ketiga bersama dengan dua asosiasi veteran lainnya. Pada Mei 2002, Lobato mengorganisir pawai ribuan veteran FALINTIL ke Dili. Resmi untuk perayaan kemerdekaan, tetapi jelas sebagai tanda kedudukan kekuasaannya. Pada 20 Mei, Lobato adalah Menteri Dalam Negeri pertama, kemudian pada 2003 Menteri Dalam Negeri di bawah Perdana Menteri Marí Alkatiri. Dia berada di bawah yurisdiksi pemerintah daerah dan polisi.

Lobato dikritik karena mempersenjatai polisi dan membentuk dua unit paramiliter. Unit ini juga adalah AC75 (Asosiasi mantan kombatan dari tahun 1975), yang ketua adalah Lobato. Ia juga mengkritik bahwa banyak polisi sudah bertugas di bawah Indonesia. Paulo Martins, kepala polisi, sebelumnya adalah seorang perwira Indonesia. Pada bulan Desember 2002, terjadi kerusuhan di Dili, setelah seorang siswa meninggal setelah pelanggaran polisi. Terhadap Lobato didemonstrasikan, rumah Marí Alkatiri dibakar.

Dalam perjalanan Krisis Timor Leste 2006, ia harus mengundurkan diri, serta Menteri Pertahanan Roque Rodrigues, pada tanggal 1 Juni 2006. Pada 8 Juni muncul tuduhan bahwa Lobato telah mempersenjatai warga sipil atas nama Alkatiri, untuk menyerang lawan politik. Televisi ABC Australia melaporkan bahwa kelompok itu terdiri dari 30 orang, dengan 200 senapan serbu dilengkapi, amunisi, dua kendaraan dan seragam. Komandan milisi ini, Colonel Railos bersaksi bahwa mereka memiliki misi untuk membunuh semua prajurit pemberontak. Namun, setelah mereka kehilangan lima orang dalam pertempuran di Dili, mereka menyadari bahwa mempersenjatai penduduk sipil menyebabkan pertumpahan darah dan kematian di kedua belah pihak. Pada 21 Juni, Lobato ditangkap dan dimasukkan ke dalam tahanan rumah. Meskipun Perdana Menteri Alkatiri tidak dapat membuktikan keterlibatannya, dia akhirnya harus mengundurkan diri pada 26 Juni karena tekanan publik. Pada tanggal 7 Maret 2007, mantan Menteri Lobato diadili setelah gugatan , bersama dengan tiga orang yang dituduh bersama Eusébio Salsinha, Francisco Xavier dan Marcos Piedade (Labadain) dihukum tujuh setengah tahun penjara karena pembunuhan dan pemindahan senjata secara ilegal.

Pada 8 Agustus 2007, karena masalah dengan prostat dan jantung, Lobato diberi izin untuk meninggalkan penjara untuk pemeriksaan medis setelah sertifikat medis. Tetapi setelah ini ia pergi dengan keluarganya ke Bandara Internasional Presidente Nicolau Lobato dan naik Learjet, yang disediakan pemerintah Kuwait. Pesawat ini awalnya membantah izin keberangkatan. Sebagai proposal kompromi, Menteri Kehakiman Lúcia Lobato menyarankan agar Rogério pergi ke Malaysia bersama istri dan anggota keluarga lainnyapergi untuk perawatan medis, jika dua anak kecil dari pasangan di Timor Timur tetap tinggal. Secara harfiah "sebagai jaminan bahwa Rogério akan kembali". Seluruh keluarga berada di papan pesawat sampai hari berikutnya Jaksa Agung Longuinhos Monteiro akhirnya menyetujui keberangkatan. Ini dibenarkan oleh hak konstitusional untuk perawatan medis. Pemerintah tidak dapat merevisi keputusan pengadilan yang kompeten dengan mengacu pada independensi peradilan. Lúcia Lobato karenanya dikritik di depan umum. Pada 21 Agustus, Rogério Lobato dioperasi di Kuala Lumpur. Setelah itu ia hidup di Bali.

Pada kesempatan Hari Kemerdekaan keenam pada 20 Mei 2008, Presiden José Ramos-Horta mengumumkan bahwa ia akan memotong hukuman penjara Lobato sebanyak tiga perempat. Pengumuman itu menimbulkan kritik keras di media nasional dan internasional. Menteri Kehakiman Lúcia Lobato berpendapat bahwa amnesti hanya dapat diucapkan oleh parlemen. Perdana Menteri Xanana Gusmão hanya ingin memberinya pengurangan hukuman penjara selama tiga bulan. Akhirnya, kalimat itu dikurangi menjadi setengah waktu, dengan "perilaku yang baik di penjara" sebagai alasan. Secara keseluruhan, Lobato hanya menghabiskan lima bulan dalam tahanan. Pada 26 Mei 2010 Lobato kembali ke Timor Timur. Dia tidak harus masuk penjara lagi. Pada Oktober 2011, Lobato mengatakan dia merasa seperti kambing hitam dan diperlakukan tidak adil.

Pada 30 November 2011, Lobato menyatakan niatnya mencalonkan diri dalam pemilihan presiden 2012 sebagai calon independen. Dia akhirnya menerima 3,49% suara. Pada 2022, Lobato mengajukan kembali pencalonannya sebagai presiden. Lobato tersingkir pada pemilihan putaran pertama. Dia hanya menerima 2.058 suara (0,3%).

Dalam pemilihan parlemen di Timor Leste tahun 2023, Lobato mendukung aliansi elektoral Frente Ampla Democrática (FAM).