Jabarkan Ikan dari Margasatwa Jepang

Lebih dari 3000 jenis ikan yang berbeda telah dicatat di Jepang. Ikan air tawar yang penting termasuk ayu (Plecoglossus altivelis), karper krusia (Carassius carassius) dan ikan mas (Cyprinus carpio). Ikan mas biasa adalah nenek moyang ikan mas koi domestik yang terkenal. Ikan air tawar kecil termasuk pale chub, Japanese chub (Nipponocypris sieboldii) dan beberapa spesies bitterling termasuk rosy bitterling yang terancam punah. Kepulauan Ryukyu selatan adalah rumah bagi spesies endemik ikan gobi air tawar berwarna-warni dalam genus Stiphodon.

Ikan anadromous yang terkenal termasuk enam spesies salmon yang diwakili oleh salmon Chinook, salmon Chum, salmon bungkuk, salmon koho, salem merah, dan salmon masu (yang memiliki beberapa morf air tawar yang unik di Jepang). Char dalam genus Salvelinus diwakili oleh char berbintik putih (termasuk beberapa varietas unik seperti Gogi char), Dolly Varden trout, dan endemik Kirikuchi char. Taimen Jepang (Hucho perryi) adalah ikan terbesar yang memasuki air tawar di Jepang dan dapat mencapai ukuran hingga 2 meter. Taimen Jepang adalah spesies yang terancam punah termasuk populasi Jepang yang terbatas pada sungai dan laut sekitar Hokkaido. Juga terdapat dace Jepang (Tribolodon hakonensis).

Ikan air laut yang penting termasuk kurisi merah (Pagrus major). Tembakul ditemukan di daerah yang lebih hangat sementara terumbu karang di Kepulauan Ryukyu memiliki banyak ikan khas perairan tropis seperti ikan kakatua dan ikan giru. Hiu goblin (Mitsukurina owstoni) dan hiu berjumbai (Chlamydoselachus anguineus) yang tidak banyak diketahui telah direkam dari perairan dalam di lepas pantai Jepang.

Pemijahan musim dingin cumi-cumi Jepang dikaitkan dengan Arus Kuroshio. Telur dan larva berkembang selama musim dingin di Laut Cina Timur dan yang dewasa melakukan perjalanan dengan energi minimum melalui Arus Kuroshio menuju tempat makan utara yang kaya di dekat barat laut Honshu dan Hokkaido.