Jabarkan Era Profesional dari Sabah FC

Saat sepak bola profesional diperkenalkan oleh Asosiasi Sepak Bola Malaysia (FAM), Sabah juga mengukir reputasi sebagai salah satu tim Liga Malaysia yang paling kompetitif. Pemain profesional berkualitas dihasilkan dari barisan selama tahun 1990-an, terutama Matlan yang membantu Sabah finis sebagai runner-up selama Piala FA Malaysia 1993 dan 1994, dan yang pernah ditunjuk sebagai kapten tim nasional oleh pelatih tim nasional Malaysia pada saat itu. Claude Le Roy. Hasil positif yang diperoleh dari awal era profesional namun sayangnya terhalang oleh skandal pengaturan pertandingan yang mengguncang sepak bola Malaysia pada tahun 1994. Skandal tersebut hampir menghancurkan Sabah dan sepak bola Malaysia pada umumnya. Matlan adalah satu dari beberapa pemain yang dinyatakan bersalah karena terlibat dalam skandal tersebut. Sebagai hukuman atas keterlibatan mereka dalam pengaturan pertandingan, dia dan pemain lainnya dilarang seumur hidup oleh FIFA untuk terlibat dalam sepak bola dan diusir dari negara bagian Sabah oleh pemerintah negara bagian di bawah Restricted Residence Act. Setelah skandal tersebut, Sabah memulai proses pembangunan kembali untuk mendapatkan kembali reputasinya di sepak bola Malaysia. Sabah memenangkan trofi profesional pertama mereka, Piala FA Malaysia pada tahun 1995. Pada musim 1996, Sabah memenangkan gelar liga pertama mereka dan lolos ke final Piala Malaysia untuk pertama kalinya tetapi dikalahkan oleh Selangor melalui adu penalti. David Rocastle, Sabah mencapai final Piala FA Malaysia 1998. Dengan Musim 2000 bisa dibilang sebagai yang terburuk di Sabah sejak bergabung dengan liga profesional Malaysia. Mereka terdegradasi ke divisi dua dan tidak bisa melewati babak grup Piala Malaysia. Namun, Sabah dengan cepat mendapatkan kembali performanya di musim 2001 di mana mereka finis sebagai runner-up di belakang Johor FC. Pada musim 2002, Sabah menurunkan pemain sekaliber seperti Zainizam Marjan, Khairul Azman Mohamed dan striker asing Josiah Seton, finis ketiga di liga dan kembali berhasil lolos ke final Piala Malaysia dengan mengalahkan Selangor Public Bank dan Perak. Namun Sabah finis sebagai runner-up lagi dengan kalah dari tim yang sama yang mengalahkan mereka di final 1996, Selangor. Kali ini, Sabah kalah dengan 'gol emas' yang dicetak oleh Mohd Amri Yahyah. Pada tahun 2003, Sabah kembali finis ketiga di Liga Premier One. Sabah kembali mencapai final Piala Malaysia. Kali ini mereka kalah dari klub-sisi MPPJ Selangor oleh 0-3, dengan hat-trick dari Juan Manuel Arostegui.

Awal Musim Liga Super Malaysia

Saat Liga Super Malaysia (MSL) diperkenalkan pada tahun 2004, Sabah berjuang untuk bersaing dengan tim lain di liga teratas. Sabah hanya bertahan di Liga Super selama dua musim karena terdegradasi ke Liga Utama Malaysia (MPL) musim 2005/06. Setelah mereka degradasi ke liga kasta kedua, Sabah terus berjuang untuk promosi kembali ke divisi teratas. Mereka kalah dari Pahang FA pada play-off musim 2006/07 untuk memperebutkan satu tempat di Liga Super Malaysia 2007/08.

Musim Kebijakan Semua Pemain Lokal

Setelah 6 tahun bermain di tier 2 MPL, pelatih asal Australia Gary Phillips berhasil membawa Sabah untuk promosi pada tahun 2010 – musim pertamanya bertugas. Setelah hasil buruk yang mempengaruhi performa Sabah di liga 2011 dan Piala Malaysia, Gary Phillips digantikan oleh Justin Ganai untuk menyelamatkan Sabah dari zona degradasi. Justin meningkatkan performa Sabah di Piala Malaysia 2011 dimana tim tersebut mencapai perempat final. Dia dipertahankan sebagai pelatih kepala untuk  MSL 2012 tetapi mundur karena pertandingan liga menyisakan 2 pertandingan lagi. Sabah akhirnya juga terdegradasi kembali ke MPL setelah kalah dari Kedah dalam pertandingan play-off dimana Pahang (klub MPL) memenangkan play-off. Salt menambah luka saat degradasi diikuti oleh mereka yang gagal lolos ke babak grup Piala Malaysia 2012.

Kembalinya Pemain Asing di Liga Malaysia

Sabah memulai musim 2013 mereka kembali di MPL sebagai bek utama mereka, duo Sipitang Ronny Harun dan Mafry Balang berangkat ke saingan Borneo Sarawak dan striker muda Bongawan Rozaimi Abdul Rahman dipinjamkan ke Harimau Muda A. Musim 2013 dipimpin oleh orang Irlandia Utara, David McCreery dan mereka berakhir di posisi ke-5 tetapi masih tersedia untuk play-off Piala Malaysia di mana mereka kalah telak 0–4 dari Negeri Sembilan di Stadion Shah Alam. McCreery pergi di akhir musim dengan kekecewaan. Tahun 2014 melihat perubahan besar dalam sponsor tim dimana merek lokal Carino ditandatangani sebagai pemasok perlengkapan mereka dan Ararat Sports plus BSA sebagai sponsor mereka. Selama musim ini, mantan pemain Sabah dan juga legenda di tahun 90-an, Milomir Šešlija menjadi pelatih kepala mereka menggantikan McCreery di kursi panas. Striker nasional, Rozaimi dan pemain sayap/gelandang Maxsius Musa juga kembali setelah peminjaman mereka masing-masing ke Harimau Muda A dan Harimau Muda B selesai. Tapi sia-sia, mereka finis di urutan ke-8 dari 12 di MPL, melewatkan fase grup Piala Malaysia untuk musim ketiga berturut-turut dan juga tersingkir dari Piala FA di fase awal. Ini lebih buruk dari musim 2013. Kontrak Milomir tidak diperpanjang di akhir musim.

Tepat setelah musim 2014 selesai, perubahan besar lainnya dilakukan di mana George O'Callaghan ditandatangani sebagai Direktur Teknis mereka dan Justin kembali sebagai pelatih kepala sementara. Chief executive officer Sabah FA TC Goh juga datang sebagai manajer tim di mana dia dan O'Callaghan melakukan perekrutan besar. Carino tetap menjadi penyuplai perlengkapan mereka namun hanya untuk tim putri, tim futsal, Piala Presiden dan tim U19. Adidas, Globaltech, UZMA, Grace One, BSA dan Ararat Sports adalah sponsor mereka saat ini. Sabah FA berhasil mendatangkan dua Pemain Terbaik Afrika Tahun Ini, El Hadji Diouf dan rekan senegaranya Abdoulaye Faye diikuti oleh pesepakbola Libya kelahiran Irlandia, Éamon Zayed dan striker Singapura Fazrul Nawaz. Fazrul dan O'Callaghan dikeluarkan di awal musim beberapa minggu sebelum Liga Utama Malaysia dimulai. Fazrul diganti dengan Joel Chianese selama jendela transfer pertengahan musim pada bulan April dan O'Callaghan diganti dengan mantan pelatih Brisbane Roar Mike Mulvey pada Februari 2015. Chianese dan Mulvey merupakan pemain asal Australia. Setelah 3 pertandingan bekerja sebagai direktur teknik, Mulvey ditunjuk sebagai pelatih kepala baru sementara Justin kembali ke tim Piala Presiden. Selama musim ini, penggemar mulai kembali dan memenuhi stadion rumah. Namun seiring berlalunya musim, Sabah kehilangan sebagian besar pertandingan mereka selama paruh kedua musim. Ketidakpuasan Diouf dengan rencana manajemen FA Sabah, bersama dengan pemecatannya selama beberapa pertandingan Sabah sehingga memungkinkan anak muda Leopold Alphonso dan Rawilson Batuil masing-masing melewatkan tim. Awal musim 2015 yang menjanjikan berakhir dengan kekecewaan besar bagi tim karena mereka duduk di posisi ke-7, kehilangan slot otomatis Piala Malaysia dan juga play-off. TC Goh, Mulvey dan nama besar pemain seperti Diouf, Zayed, Faye dan Chianese plus anak emas lokal, Rozaimi Abdul Rahman hengkang di akhir musim karena tidak ada perpanjangan kontrak.

Kuota pemain Asia & ASEAN diperkenalkan

Menyusul banyak upaya dan berbagai reorganisasi yang dilakukan dalam tim, Sabah FA dinobatkan sebagai juara Liga Utama Malaysia 2019 untuk pertama kalinya sejak terakhir kali mengangkat gelar divisi pertama yang lama pada tahun 1996. Setelah lebih awal mengamankan berbagai impor seperti Luiz Júnior dari Brasil, bek Korea Selatan Park Tae-soo dan gelandang Serbia Luka Milunović dalam transfer leg pertama sebelum mengamankan dua pemain penting lainnya seperti striker Angola Aguinaldo da Veiga dan gelandang Turkmenistan Ahmet Ataýew di leg ke-2 leg transfer yang dipadukan dengan striker Serbia Rodoljub Paunović dan berbagai talenta lokal, tim mampu memenangkan tiga belas pertandingan dari total 19 pertandingan sehingga lolos ke Liga Super Malaysia 2020.

Era Privatisasi Liga Super Malaysia

Mulai musim 2021, semua klub yang berkompetisi di Liga Super Malaysia  dan Liga Utama Malaysia 2021, wajib memiliki perusahaan klub yang memiliki privatisasi seperti yang dipersyaratkan oleh Asosiasi Sepak Bola Malaysia (FAM). Sabah Football Club Sdn. Bhd. dibentuk untuk memenuhi syarat agar dapat berkompetisi di Malaysia Super League musim 2021. Pengusaha lokal Dato' Verdon Bahanda resmi ditunjuk sebagai chief executive officer (CEO) Sabah Football Club Sdn. Bhd pada 12 November 2020.