Jabarkan Pasca Kolonial dari Papua Barat Daya

Kepulauan Raja Ampat menjadi saksi dari berbagai pertempuran Indonesia dalam upaya operasi Trikora. Penyusupan pertama ke kepulauan Raja Ampat adalah usaha PG 200 pada 14 September 1961 berjumlah 39 orang dibawah Letnan Jamaluddin Nasution. Sayangnya Letnan Nasution beserta dua orang papua, Gerson Esuru (asal Kampung Warwasi, Arguni) dan Wos Rumaserang (keduanya dari Gerakan Pelarian Pemuda) gugur dalam usaha ini. Lalu pasukan PG 300, Komando kompi 191261 dibawah Letnan Nana yang berusaha menginfiltrasi Pulau Gag dalam usaha ini sekitar 29 warga lokal ikut bergabung komando ini, dan KI 191260 dibawah Serma Boy Thomas yang berasal dari Pulau Yu menuju ke Tanjung Dalpele di Pulau Waigeo setelah berhasil berlindung di Pulau Bala-Bala. Usaha ini dilanjutkan dengan PG 400 (anggota selamat KRI Macan Tutul) pimpinan Charles Papilaya dan PG 500 (mantan pemberontak Permesta) yang dipimpin oleh Jonkey Robert Komontoy yang berangkat dari Gebe menuju Waigeo. Di sana mereka berhasil bergabung dengan Herlina Kasim dan juga PG 200 yang sudah datang lebih dahulu. Keberadaan para pasukan ini di Waigeo hingga akhir konflik dengan perjanjian New York dikarenakan pasukan Belanda jarang mengunjungi wilayah ini.

Pada akhirnya Pulau Papua berhasil dikuasai Indonesia di tahun 1963. Di tahun 1969, Pemerintah mulai menyusun pembagian administratif di wilayah ini. Bekas onderafdeeling Sorong diubah menjadi Kabupaten Sorong yang wilayah cakupannya mirip Provinsi Papua Barat Daya yang sekarang. Pulau Doom yang lahannya sempit mulai ditinggalkan sedangkan Kota Sorong di daratan Pulau Papua lama kelamaan semakin ramai dan padat penduduk karena lokasinya yang strategis. Pulau Doom sekarang menjadi ibu kota kecamatan Sorong Kepulauan sedangkan bangunan tua disana dipugar menjadi kantor pemerintah atau dibiarkan terbengkalai. Jumlah penduduk di Sorong juga bertambah dengan dibukanya program transmigrasi oleh pemerintah. Karena Sorong semakin berkembang pesat, pemerintah daerah mengusulkan peningkatan status Sorong menjadi Kota Administratif yang kemudian disetujui Kementerian Dalam Negeri pada tahun 1996.

Tahun 1999, Kota Sorong diresmikan undang-undang dan berpisah dari Kabupaten Sorong. Adanya otonomi daerah membuat jumlah kabupaten pemekaran meningkat pesat. Kabupaten Sorong lama kelamaan luasnya makin mengecil akibat pemekaran wilayah. Tahun 2002, Sorong Selatan dan Raja Ampat dimekarkan kemudian Maybrat dan Tambrauw dimekarkan pada tahun 2008. Usaha pemekaran Papua Barat Daya didasari atas konflik untuk penentuan ibu kota Papua Barat masa itu antara Manokwari dan Sorong. 'Kubu Manokwari' beralasan Manokwari merupakan mnukwar (kampung lama), dikarenakan merupakan lokasi resident Belanda awalnya. Selain itu juga merupakan visi John Piet Wanane untuk mengembangkan Sorong Raya menjadi wilayah pemerintahan sendiri-sendiri sesuai dengan kelompok-kelompok etnik yang ada di wilayah itu, yang kemudian mempersiapkan dan mengkoordinir pemekaran di daerah Sorong Raya. Seluruh bekas Kabupaten Sorong atau juga disebut Sorong Raya tersebut kemudian diresmikan dalam undang-undang menjadi Provinsi Papua Barat Daya pada tahun 2022.

Pemekaran di wilayah ini diwarnai banyak kontroversi. Di Kabupaten Maybrat terjadi perdebatan lokasi ibu kota kabupaten, antara Kumurkek dan Ayamaru. Kumurkek didukung masyarakat Aifat sedangkan Ayamaru didukung masyarakat Ayamaru dan Aitinyo. Perebutan ibu kota ini terjadi hingga Mahkamah Konstitusi memutuskan bahwa ibu kota berada di Ayamaru pada tahun 2013. Perpecahan masyarakat masih terjadi, sehingga diadakan pertemuan adat dan akhirnya disetujui bahwa ibu kota berada di Kumurkek pada tahun 2019. Setelah terjadi pemindahan ibu kota, masyarakat Ayamaru berencana memisahkan diri dengan membentuk Kabupaten Maybrat Sau. Kontroversi lainnya adalah masalah pinjam kecamatan yang terjadi di Kabupaten Tambrauw. Setelah dibentuk, Kabupaten Tambrauw yang dimekarkan dari Sorong meminjam 4 kecamatan milik Kabupaten Manokwari. Mahkamah Konstitusi menyetujui perpindahan kecamatan tersebut di tahun 2013 yang berujung protes dari masyarakat. Masyarakat Kebar, Amberbaken, Mubrani, dan Senopi yang merasa dipindah paksa ke Tambrauw kemudian mendeklarasikan Kabupaten Manokwari Barat. Dengan adanya pemekaran Papua Barat Daya, masyarakat meminta agar 4 distrik yang kemudian menjadi 11 distrik ini menjadi Kabupaten Manokwari Barat dan dikeluarkan dari provinsi baru ini karena cenderung lebih dekat secara jarak dan adat dengan Manokwari dibandingkan Sorong dan merupakan wilayah adat suku Arfak. Namun hal ini belum terwujud sampai provinsi baru ini terbentuk.

Papua Barat Daya disahkan menjadi Undang-undang pada 17 November 2022 oleh DPR dan diresmikan pada 9 Desember 2022 oleh Kemendagri. Pada hari peresmian, juga dilakukan pengangkatan Muhammad Musa'ad sebagai penjabat gubernur.