Jabarkan |} dari Babak kualifikasi Liga Konferensi Eropa UEFA 2021–2022

Pengundian untuk babak kualifikasi kedua diadakan pada 16 Juni 2021, 13:30 CEST.

Sebanyak 108 tim bermain di babak kualifikasi kedua. Mereka dibagi menjadi dua jalur:

Jalur Juara (18 tim): Tim yang tidak diketahui identitasnya pada saat pengundian, diunggulkan sebagai berikut:

Unggulan: 15 dari 16 tim yang kalah pada babak kualifikasi pertama Liga Champions UEFA 2021–2022 (1 tim menerima bye ke babak kualifikasi ketiga).

Non unggulan: 3 tim yang kalah di babak penyisihan Liga Champions UEFA 2021–2022.

Jalur Utama (90 tim): 57 tim yang masuk di babak ini, dan 33 pemenang babak kualifikasi pertama. Penempatan tim didasarkan pada koefisien klub UEFA tahun 2021 mereka. Untuk pemenang babak kualifikasi pertama, yang identitasnya tidak diketahui pada saat pengundian, koefisien klub dari tim yang tersisa dengan peringkat tertinggi di setiap pertandingan digunakan. Tim dari asosiasi yang sama tidak dapat ditarik satu sama lain.

Sebelum pengundian, UEFA membentuk tiga grup di Jalur Champions yang terdiri dari lima tim unggulan dan satu tim non unggulan, dan sembilan grup di Jalur Utama terdiri dari lima tim unggulan dan lima tim non unggulan, sesuai dengan prinsip-prinsip yang ditetapkan oleh Komite Kompetisi Klub. Di setiap grup Jalur Juara, pertama, tim unggulan diundi melawan satu-satunya tim yang tidak diunggulkan, dan kemudian, empat tim unggulan yang tersisa saling berhadapan. Di Jalur Utama, nomor telah ditentukan sebelumnya untuk setiap tim oleh UEFA, dengan undian diadakan dalam satu putaran untuk Grup 1–9 dengan sepuluh tim. Tim pertama yang ditarik di setiap pertandingan akan menjadi tim tuan rumah pada leg pertama.