Jabarkan Tahun-tahun perang (1941–1945) dari Eiji Tsuburaya

Pada 7 Desember 1941, Layanan Udara Angkatan Laut Kekaisaran Jepang tiba-tiba menyerang pangkalan angkatan laut AS di Pearl Harbor: akibatnya, Pemerintah Kekaisaran Jepang menugaskan Toho untuk membuat film propaganda yang akan mempengaruhi bangsa untuk percaya bahwa mereka akan memenangkan Perang Pasifik. Film yang dihasilkan, epik perang karya Kajirō Yamamoto The War at Sea from Hawaii to Malaya (1942), menjadi film Jepang terlaris dalam sejarah setelah dirilis pada Desember 1942 dan memenangkan Penghargaan Film Terbaik dari Kinema Junpo. Tsuburaya mengarahkan efeknya, yang ia buat dengan bantuan foto-foto serangan Pearl Harbor yang disediakan angkatan laut: dalam prosesnya, ia juga bekerja dengan kolaborasi Godzilla kelak yaitu Akira Watanabe dan Teizō Toshimitsu untuk pertama kali dalam karirnya. Karyanya dalam film tersebut dianggap sebagai salah satu alasan utama di balik kesuksesan besarnya dan memberinya Penghargaan Riset Teknis dari Asosiasi Sinematografer Film Jepang. Film tersebut menggambarkan serangan itu dengan sangat realistis sehingga cuplikan dari film tersebut kemudian ditampilkan dalam film dokumenter tentang serangan Pearl Harbor.

Sekitar waktu yang sama dengan produksi The War at Sea from Hawaii to Malaya, departemen efek Toho sedang memfilmkan film boneka pertunjukan pertama Jepang, Ramayana. Skenario film—terinspirasi oleh epik Sanskerta dengan nama yang sama—ditulis oleh pencipta Moonlight Mask kelak yaitu Kōhan Kawauchi pada tahun 1941, di bawah pengawasan Tsuburaya.

Keempat produksi utama Tsuburaya berikutnya adalah film perang: The Opium Wars karya Masahiro Makino, Watchtower Suicide Squad karya Tadashi Imai, Decisive Battle in the Skies karya Kunio Watanabe dan tindak lanjut untuk The War at Sea from Hawaii to Malaya karya Kajirō Yamamoto, General Kato's Falcon Fighters (produksi tahun 1943). Untuk The Opium Wars, Tsuburaya dan timnya membuat rangkaian miniatur pertempuran angkatan laut dan sintesis animasi di lanskap perkotaan. Selama produksi General Kato's Falcon Fighters (rilis tahun 1944), Tsuburaya mengadakan pertemuan pertamanya dengan calon kolaborator dan pembuat film Ishirō Honda. Setelah menonton The War at Sea from Hawaii to Malaya, Honda menjadi tertarik pada efek khusus dan percaya karya Tsuburaya dalam General Kato's Falcon Fighters memiliki cakupan yang lebih rendah, tetapi seni dan teknologi bubuk mesiu telah meningkat. Selain itu, Tsuburaya mengungkapkan ketidakpuasannya dengan ukuran panggung pengambilan gambar, bahan seni, metode pertunjukan, dan sebagainya.

Sesaat sebelum Toho mendistribusikan Jenderal Kato's Falcon Fighters di bioskop, putra ketiga dan anak terakhir Masano dan Tsuburaya, Akira, lahir pada 12 Februari 1944. Akira adalah putra pertama dari pasangan itu yang dibaptis, karena Masano telah diubah menjadi Katolik oleh adik perempuannya. Masano bersikeras memperkenalkan anak-anaknya ke iman Katolik dan akhirnya mempertobatkan suaminya.

Pada tahun 1944, Tsuburaya bertemu dengan produser Godzilla kelak Tomoyuki Tanaka selama produksi film perang yang disutradarai oleh Mikio Naruse Until the Day of Victory, yang merupakan debut Tanaka sebagai seorang produsen film. Tanaka menyatakan bahwa ia tidak menjalin hubungan serius dengan Tsuburaya selama produksi film tersebut. Tahun berikutnya, sutradara efek khusus berkolaborasi dengan Tanaka untuk kedua kalinya dalam  karya Kiyoshi Saeki.

Pada 10 Maret 1945, Tsuburaya dan keluarganya mencari perlindungan selama dua jam di tempat perlindungan bom kediaman mereka selama serangan udara Tokyo. Selama serangan sepanjang dua jam, ia menceritakan dongeng kepada anak-anaknya untuk membuat mereka diam. Belakangan tahun itu, Tsuburaya membuat efek dalam Five Men from Tokyo karya Torajirō Saitō, dengan ia dikreditkan sebagai "Eiichi Tsuburaya". Five Men from Tokyo adalah film komedi tentang lima pria yang berjuang mencari nafkah setelah kembali ke Tokyo dan tetap menganggur akibat serangan udara Tokyo pada 10 Maret 1945, di akhir Perang Dunia II.

Tahun-tahun pendudukan hingga Chūshingura: 1946–1962