Jabarkan Pondok Muhammadiyah dari Madrasah Muallimin Muhammadiyah

Pada tanggal 8 Desember 1921, sekolah ini resmi berfungsi. Nama Al Qismul Arqa berubah menjadi Pondok Muhammadiyah. Direktur sekolah yang semula dipegang oleh K.H. Ahmad Dahlan kini beralih ke Haji Siradj Dahlan, Putra K.H. Ahmad Dahlan. Siradj Dahlan memimpin tahun 1923 hingga tahun 1928 dan digantikan oleh R.H. Hadjid sejak tahun 1928 hingga tahun 1930. Haji Siradj Dahlan dipercaya lagi menjadi direktur pada tahun 1930 sampai tahun 1942.

Meskipun menggunakan nama Pondok, akan tetapi dalam praktiknya tidak seperti pondok yang berkembang pada masa itu. Pondok Muhammadiyah merupakan pengembangan dari pemikiran K.H. Ahmad Dahlan. Pembelajaran pada Pondok ini tidak hanya mengajarkan pendidikan agama, tetapi juga ilmu-ilmu umum. Masuknya ilmu umum dalam Pondok Muhammadiyah tidak bisa dilepaskan dari peran Mas Ngabehi Djojosoegito yang merupakan lulusan sekolah Belanda dan masih termasuk misan K.H. Hasyim Asyari yang merupakan pendiri Nahdhatul Ulama. Sistem pembelajaran pondok ini sudah menggunakan sistem klasikal. Pendidikan pada pondok ini berlangsung selama lima tahun yang dibagi dalam lima kelas. Dalam setiap kelas, diadakan ujian kenaikan kelas. Jika sudah menempuh lima tahun pendidikan, maka murid berhak menerima ijazah.