Jabarkan Kondisi saat ini dari Masjid Yukhari Govhar Agha

Di era Soviet, masjid ini ditutup dan digunakan sebagai museum, lalu dibuka kembali sebagai masjid pada tahun 1988. Setelah Shusha direbut oleh pasukan Karabakh-Armenia pada tahun 1992, masjid tersebut kembali ditutup. Perbaikan kecil terhadap masjid dilakukan pada tahun 2008-2009, berupa perbaikan atap. Kementerian Ekonomi Nagorno-Karabakh memerintahkan proyek renovasi, dengan mempekerjakan tenaga ahli dari Iran untuk melaksanakannya. Pejabat Azerbaijan melayangkan protes terhadap proyek restorasi itu, di mana Wakil Ketua Komite Negara untuk Kerja Sama dengan Organisasi Keagamaan Gunduz Ismayilov mengklaim bahwa "Niat Armenia untuk merestorasi masjid bersejarah Azerbaijan di Shusha adalah upaya untuk menutupi vandalisme yang dilakukannya terhadap monumen budaya-agama milik Azerbaijan di daerah pendudukan".

Setelah beberapa tahun restorasi, Masjid Yukhari Govhar Agha, madrasah di dekatnya, dan taman kota secara resmi dibuka untuk tujuan pariwisata pada 14 Oktober 2019. Proyek ini dilakukan oleh Yayasan Inisiatif untuk Pembangunan Armenia (IDeA) dengan sokongan dana dari berbagai donatur, salah satunya adalah pengusaha Kazakhstan Kairat Boranbayev yang menjadi penyumbang dana terbanyak.

Kompleks masjid dijadikan sebagai Pusat Kebudayaan Armenia-Iran, sehingga mengesampingkan nilai-nilai budaya Azeri. Sekarang, terdapat wacana untuk mengubah kembali bangunan tersebut menjadi masjid yang berfungsi sebagaimana mestinya.

Salat Jumat pertama setelah 28 tahun pendudukan dilaksanakan di Masjid Yukhari Govhar Agha pada 13 November 2020 oleh tentara Azerbaijan, setelah Perang Nagorno-Karabakh 2020.