Tolong jelaskan mengenai Pengurutan genom menyeluruh dari Onkogenomika

Genom kanker pertama diurutkan pada tahun 2008. Penelitian ini mengurutkan genom leukemia myeloid akut (AML) khas dan genom rekan normal yang diperoleh dari pasien yang sama. Perbandingan itu mengungkapkan sepuluh gen yang bermutasi. Dua sudah memberikan kontribusi pemikiran untuk perkembangan tumor: duplikasi tandem internal Flt3 reseptor tirosin kinase gen, yang mengaktifkan kinase signaling dan berhubungan dengan prognosis yang buruk dan penyisipan empat basis di ekson 12 dari NPM1 gen (NPMc). Mutasi ini ditemukan pada 25-30% tumor AML dan dianggap berkontribusi terhadap perkembangan penyakit daripada menyebabkannya secara langsung.

Delapan sisanya adalah mutasi baru dan semuanya adalah perubahan basa tunggal: Empat berada dalam keluarga yang sangat terkait dengan patogenesis kanker (PTPRT, CDH24, PCLKC dan SLC15A1). Empat mutasi lainnya tidak memiliki hubungan sebelumnya dengan patogenesis kanker. Mereka memang memiliki fungsi potensial dalam jalur metabolisme yang menyarankan mekanisme dimana mereka dapat bertindak untuk mempromosikan kanker (KNDC1, GPR124, EB12, GRINC1B).

Gen-gen ini terlibat dalam jalur yang diketahui berkontribusi pada patogenesis kanker, tetapi sebelum penelitian ini kebanyakan tidak akan menjadi kandidat untuk terapi gen yang ditargetkan. Analisis ini memvalidasi pendekatan pengurutan genom kanker keseluruhan dalam mengidentifikasi mutasi somatik dan pentingnya pengurutan paralel genom normal dan sel tumor.

Pada 2011, genom pasien kanker kandung kemih luar biasa yang tumornya telah dieliminasi oleh obat everolimus diurutkan, mengungkapkan mutasi pada dua gen, TSC1 dan NF2 . Mutasi-mutasi itu mengatur mTOR, protein yang dihambat oleh everolimus, memungkinkannya untuk bereproduksi tanpa batas. Alhasil, pada 2015, Inisiatif Responder Luar Biasa diciptakan di National Cancer Institute. Inisiatif ini memungkinkan pasien luar biasa tersebut (yang telah merespon positif selama setidaknya enam bulan terhadap obat kanker yang biasanya gagal) untuk memiliki genom mereka diurutkan untuk mengidentifikasi mutasi yang relevan. Setelah diidentifikasi, pasien lain dapat diskrining untuk mutasi tersebut dan kemudian diberikan obat. Pada 2016 Untuk itu, uji coba obat kanker nasional dimulai pada 2015, melibatkan hingga dua puluh empat ratus pusat. Pasien dengan mutasi yang tepat dicocokkan dengan salah satu dari lebih dari empat puluh obat.

Pada tahun 2014, Pusat Onkologi Molekuler meluncurkan uji MSK-IMPACT, alat skrining yang mencari mutasi pada 341 gen yang terkait kanker. Pada 2015, lebih dari lima ribu pasien telah diskrining. Pasien dengan mutasi yang tepat memenuhi syarat untuk mendaftar dalam uji klinis yang menyediakan terapi bertarget.