Jabarkan California Golden Bears (2007–2010) dari Alex Morgan

Morgan kemudian menlanjutkan pendidikannya ke UC Berkeley, di mana dia bermain untuk California Golden Bears dari 2007 hingga 2010. Dia memimpin Cal Bears dalam mencetak gol selama musim pertamanya. Selama pertandingan melawan Stanford di babak kedua Kejuaraan Sepak Bola Wanita Divisi I NCAA 2007, Morgan mencetak gol penyeimbang dengan waktu kurang dari dua menit tersisa, menghasilkan hasil imbang 1-1. Timnya akhirnya dikalahkan oleh adu penalti. Meskipun absen terus karena komitmen tim nasional AS sepanjang karir perguruan tinggi, Morgan memimpin Cal dalam penilaian dan membantu tim mencapai Turnamen NCAA empat tahun berturut-turut, maju ke putaran kedua sebanyak dua kali.

Setelah dinobatkan sebagai kandidat untuk Trofi Hermann selama tahun pertamanya, Morgan menjadi Golden Bear pertama yang menjadi salah satu dari tiga finalis teratas untuk penghargaan tersebut. Dia adalah salah satu dari empat finalis untuk Honda Sports Award, yang diberikan kepada kandidat terbaik secara keseluruhan di setiap cabang olahraga.

Morgan menyelesaikan karir perguruan tingginya di peringkat ketiga sepanjang masa dalam gol yang dicetak (45) dan poin (106) untuk Cal. Dia lulus dari Berkeley satu semester lebih awal, dengan gelar di bidang Ekonomi Politik.