Jabarkan Bayern Munich dari Dayot Upamecano

Pada tanggal 14 Februari 2021, Bayern Munich mengumumkan kesepakatan untuk merekrut Upamecano dengan kontrak lima tahun, efektif mulai 1 Juli 2021. Klub tersebut dilaporkan memenuhi klausul rilisnya dari Leipzig, yang ditetapkan sebesar €42,5 juta. Pertandingan pertama Upamecano sebagai pemain Bayern berlangsung dalam pertandingan persahabatan pra-musim pada tanggal 16 Juli 2021 melawan tim Bundesliga lainnya, 1. FC Köln, di mana Bayern kalah 2–3 setelah menurunkan sebagian besar pemain cadangan dan pemain muda.

Dia membuat debut kompetitif pada hari pembukaan musim Bundesliga 2021–22, tampil sebagai bek tengah bersama Niklas Süle dalam hasil imbang 1–1 tandang melawan Borussia Mönchengladbach. Dia mencetak gol pertamanya untuk klub dalam kemenangan 4–0 atas VfL Wolfsburg pada tanggal 17 Desember, dengan sundulan dari umpan Thomas Müller.

Selama 2022–23 UEFA Champions League, Upamecano tampil gemilang melawan rekan setimnya di PSG, Kylian Mbappé, di babak 16 besar, namun dia melakukan kesalahan fatal selama dua pertandingan melawan Manchester City di perempat final yang berakhir dengan kekalahan 1–4 secara agregat.