Jabarkan 1990–1999: Penawaran umum perdana dari Gilead Sciences

Portofolio kekayaan intelektual antisense milik Gilead lalu dijual ke Ionis Pharmaceuticals. Gilead kemudian resmi melantai di NASDAQ pada bulan Januari 1992. Dari penawaran umum perdananya, perusahaan ini berhasil mengumpulkan dana sebesar $86,25 juta.

Pada bulan Juni 1996, Gilead meluncurkan Vistide (injeksi cidofovir) untuk pengobatan retinitis cytomegalovirus (CMV) pada pasien yang mengidap AIDS.

Pada bulan Januari 1997, Donald Rumsfeld ditunjuk sebagai chairman perusahaan ini, tetapi ia kemudian keluar pada bulan Januari 2001, saat ia ditunjuk sebagai Menteri Pertahanan Amerika Serikat selama periode pertama kepemimpinan George W. Bush.

Pada bulan Maret 1999, Gilead mengakuisisi NeXstar Pharmaceuticals asal Boulder, Colorado. Pada saat itu, penjualan tahunan NeXstar mencapai $130 juta, tiga kali lipat lebih besar daripada penjualan tahunan Gilead. NeXstar menjual AmBisome, sebuah pengobatan jamur, dan DaunoXome, sebuah obat onkologi yang dikonsumsi oleh pasien HIV. Pada tahun yang sama, Roche mengumumkan bahwa FDA telah menyetujui Tamiflu (oseltamivir) untuk pengobatan influenza. Tamiflu awalnya diciptakan oleh Gilead, tetapi kemudian dilisensikan ke Roche untuk pengembangan tahap akhir dan pemasarannya.

Salah satu alasan dalam melisensikan Tamiflu adalah karena Gilead hanya memiliki 350 pekerja, sehingga belum mampu untuk menjual obatnya secara langsung ke pembeli di luar Amerika Serikat. Agar tidak lagi melinsensikan obatnya untuk dapat dipasarkan ke luar Amerika Serikat, Gilead pun mengakuisisi NeXstar, yang telah memiliki tenaga penjual di Eropa untuk memasarkan AmBisome di sana.