Jabarkan Pengembangan dari Chrono Cross

Square mulai merencanakan Chrono Cross tak lama setelah perilisan Xenogears pada tahun 1998. Awalnya mereka meyakininya sebagai sekuel dari permainan SNES. Sutradara Chrono Trigger Masato Kato telah mencurahkan pendapatnya mengenai berbagai gagasan untuk sebuah sekuel bahkan mulai sejak tahun 1996, setelah perilisan Radical Dreamers. Manajer Square kemudian membentuk sebuah tim, menunjuk Hiromichi Tanaka sebagai produser, serta meminta Kato untuk menyutradarai dan mengembangkan permainan Chrono yang baru dengan semangat Radical Dreamers. Kato merasa Dreamers adalah permainan yang "setengah jadi" sehingga dirinya ingin melanjutkan kisah tokoh Kid.

Kato dan Tanaka sepakat memproduksi sekuel tak langsung. Mereka mengetahui Square akan segera merilis kembali Chrono Trigger sebagai bagian dari Final Fantasy Chronicles. Menurutnya, ini merupakan kesempatan bagi para pemain untuk mengejar ketertinggalan kisah Trigger sebelum memainkan Cross. Meski demikian, Kato beranggapan menggunakan latar dan tokoh yang berbeda untuk Cross akan memungkinkan pemain yang masih asing dengan Trigger tetap dapat bermain tanpa kebingungan. Tim Chrono Cross juga memutuskan untuk tidak mengintegrasikan tema perjalanan waktu secara besar-besaran karena akan "mengulang dan memperbanyak konten permainan sebelumnya". Masato Kato percaya bahwa "tak ada gunanya membuat sesuatu yang mirip dengan sebelumnya", dan menekankan, "kami tidak selemah ataupun semurah itu sampai ingin mencoba membuat hal yang sama persis dengan Trigger ... Maka dari itu, Chrono Cross bukanlah Chrono Trigger 2. Ini bukan sekadar kelanjutan Trigger, tapi merupakan Chrono yang berbeda namun bersinggungan dengan Trigger." Kato dan Tanaka menjelaskan niat mereka lebih lanjut setelah perilisan:

Produksi penuh Chrono Cross dimulai pertengahan 1998. Pada puncaknya, tim Chrono Cross mencapai 80 orang, dengan personel tambahan yang terdiri dari 10–20 seniman cut-scene dan 100 penguji jaminan kualitas. Tim tersebut merasakan tekanan untuk menghidupkan karya kelompok pengembang "Dream Team" dari Chrono Trigger yang salah satunya adalah seniman manga terkenal Akira Toriyama. Kato dan Tanaka mempekerjakan Nobuteru Yūki untuk perancangan karakter dan Yasuyuki Honne untuk penataan dan konsep seni.

Awalnya, tim peristiwa membayangkan sebuah permainan pendek, dan merencanakan sistem di mana pemain dapat berteman dengan siapa saja yang ada di kota dan menjadikannya rekan dalam pertarungan. Pengembang lalu mencurahkan pendapat mengenai kekhasan dan pola dasar selama proses penciptaan karakter. Ada 64 karakter yang awalnya direncanakan. Setiap karakter dapat memiliki hingga tiga akhir cerita yang berbeda-beda. Kato menggambarkan proses tersebut: "Pierre misalnya, kami memulainya dengan menyampaikan 'kita ingin pahlawan palsu yang gila seperti Tata dari Trigger'''. Kami juga menyampaikan hal-hal seperti 'kita butuh setidaknya seorang ibu yang kuat', 'tidak mungkin kan tak ada seorang anak nakal yang berbeda', dan seterusnya." Seiring berlanjutnya produksi, panjang Cross kian bertambah. Hal ini membuat tim peristiwa harus mengurangi jumlah karakter menjadi 45 dan membuang sebagian besar akhiran alternatif. Pengembang juga berupaya mengemas sebanyak mungkin konten ke dalam permainan. Mereka sengaja memasukkan permainan kata-kata pada salah satu karakter dengan menamainya "Tsumaru" (Pip dalam versi bahasa Inggris), yang berarti "penuh sesak".

Anggota tim Kiyoshi Yoshii membuat sistem yang dapat menghasilkan aksen dengan memodifikasi teks dasar. Hal ini dibuatnya untuk mengurangi beban penulisan dialog beraksen unik untuk karakter tertentu. Penata seni Nobuteru Yuuki awalnya ingin para karakter tampil dengan proporsi mungil dalam format yang lebih chibi. Gabungan antara teknologi tinggi dengan atmosfer etnis dan suku dalam dunia permainan ini menjadi tantangan tersendiri baginya. Maka, dia lebih berusaha menyelaraskan tingkat teknologi sesuai periode waktunya. Hal ini terlihat jelas dalam pakaian para karakter. Tim pemrogram Chrono Cross tidak menggunakan program atau rutin apapun yang sudah dimiliki Square dalam mengkodekan permainan. Mereka menuliskan sistem milik perorangan yang baru. Inovasinya termasuk kode tingkat bingkai bervariabel untuk interaksi permainan dalam gerak cepat dan lambat (yang diberikan sebagai bonus setelah menamatkan permainan) serta sistem "CD-read swap" yang memungkinkan pengambilan data secara cepat.

Sistem pertarungan juga dirancang secara orisinal dengan menggunakan bilah stamina dan Element. Kato merencanakan sistem yang tidak mengharuskan pemain melakukan interaksi berulang-ulang (biasa disebut "grinding") untuk memperoleh pengalaman bertarung (EXP). Hiromichi Tanaka menyamakan sistem Element ini dengan permainan kartu. Dia berharap pemain akan merasakan kendali penuh dalam pertarungan. Tim juga memprogram setiap gerakan tarung secara manual, tidak mengikuti gerakan yang sudah direkam. Pengembang berusaha untuk menyajikan humor berbobot dalam teknik dan animasi sistem pertarungan untuk membedakannya dari waralaba Final Fantasy.

Masato Kato merencanakan latar permainan berupa kepulauan kecil. Dirinya takut pemain akan kebingungan menjelajahi daerah yang luas disertai dunia paralel. Dia berharap El Nido masih akan memberikan suasana berskala besar, karena tim pengembang telah mendorong batasan-batasan perangkat keras dalam menciptakan dunia permainan. Untuk membuat peta medan, tim memodelkan lokasi dalam 3D, lalu memilih sudut terbaik untuk dirender ke 2D.

Masato Kato menyutradarai dan menulis cerita utama, sedangkan untuk peristiwa sub-alur dan karakter minor diberikan ke staf lainnya. Tim peristiwa terkadang kesulitan dalam merajut karya mereka pada alur utama akibat kompleksnya konsep dunia paralel. Masato Kato menegaskan bahwa Cross memiliki tema yang terpusat pada dunia paralel, serta nasib Schala yang tidak dapat dia uraikan sebelumnya dalam Chrono Trigger. Terkait adegan di akhir di mana Kid mencari seseorang di sebuah kota modern, dia berharap para pemain dapat menyadari bahwa masa depan dan peluang alternatif mungkin ada dalam kehidupan mereka sendiri. Dengan kesadaran ini, diharapkan mereka "tidak... berhenti dengan bermain saja". Dia menambahkan, "Mengutip salah satu kata-kata favorit seorang novelis: yang terpenting bukanlah pesan atau temanya, tetapi bagaimana mereka tergambarkan sebagai sebuah permainan. Bahkan di Cross, pertanyaan yang paling penting sengaja dibuat tak terjawab." Kato menjelaskan cerita yang rampung ini sebagai "semacam kisah lelaki berjumpa dengan wanita yang klasik", terkadang dengan sedikit pelintiran yang mengejutkan. Untuk menghilangkan stres dari jadwal rilis, Kato sering mengendarai sepeda motornya. Dia terus menyempurnakan data peristiwa selama tahap akhir pengembangan selagi tim yang lain melakukan pengawakutuan dan pekerjaan terkait pengendalian mutu. Square mengiklankan permainan ini dengan merilis sebuah demo singkat dari bab pertama dengan pembelian Legend of Mana.