Jabarkan Rekonstruksi dari Masjid Ferhat Pasha

Pada tahun 2001, izin pendirian masjid diberikan kepada Islamska Zajednica Banjaluke (Komunitas Islam Banja Luka). Pada 7 Mei, sekelompok nasionalis Serbia menyerang sekitar 300 Muslim Bosnia yang menghadiri upacara peletakan batu pertama. The New York Times melaporkan bahwa sekitar 1.000 orang Serbia ambil bagian dalam serangan itu. Massa yang marah melempar batu dan membakar kendaraan, toko roti, dan bendera di kantor Islamic Center, lalu mengibarkan bendera Serbia Bosnia; mereka juga menggiring babi ke lokasi masjid sebagai hinaan bagi umat Islam. Serangan itu membuat 250 orang terjebak di kantor komunitas Islam termasuk kepala utusan PBB di Bosnia, duta besar dari Inggris, Swedia dan Pakistan, serta pejabat luar negeri dan lokal lainnya. Polisi Serbia Bosnia kemudian berhasil membebaskan mereka. Lebih dari 30 orang Bosnia terluka dan sedikitnya delapan orang dibawa ke rumah sakit di Banja Luka. Satu di antaranya meninggal karena cedera kepala. Upacara yang tertunda itu berlangsung tepat pada peringatan 8 tahun penghancuran masjid, tanggal yang kemudian dipilih sebagai Hari Masjid di Bosnia dan Herzegovina. Beberapa hari kemudian, upacara dilaksakan secara rahasia dan di bawah pengamanan ketat. Guna mengatasi serangan lanjutan, rekonstruksi tidak jadi dilakukan.

Meski banyak masjid yang dihancurkan di Banja Luka dalam Perang Bosnia telah dibangun ulang sejak 2001, Ferhadija masih menjadi isu yang diperdebatkan pada waktu itu. Pekerjaan tertunda karena kerumitan dalam membangunnya kembali secara otentik. Pusat Penelitian dan Sekolah Desain Arsitektur Sarajevo menyiapkan studi, dan biaya rekonstruksi diperkirakan sekitar 12 juta KM (sekitar $ 8 juta). Seorang hakim lokal memutuskan bahwa pemerintah kota Banja Luka harus membayar $ 42 juta kepada komunitas Islam sebagai ganti rugi atas penghancuran 16 masjid lokal (termasuk Masjid Ferhadija) selama Perang Bosnia 1992-1995. Namun, putusan ini kemudian dibatalkan oleh pengadilan tertinggi di Sarajevo karena pemerintah Republik Srpska keberatan jika harus membayar kerusakan yang dilakukan oleh individu.

Masjid Ferhadija terdaftar sebagai Monumen Nasional Bosnia dan Herzegovina. Dengan Keputusan Institut Perlindungan Warisan Budaya, Sejarah, dan Alam Bosnia dan Herzegovina, bangunan itu ditempatkan di bawah perlindungan negara dan dimasukkan dalam daftar monumen budaya. Rencana Regional untuk Bosnia dan Herzegovina hingga 2002 mencantumkan masjid Ferhad-paša di Banja Luka sebagai bangunan Kategori I di bawah nomor seri 38.

Pada bulan Juni 2007, perbaikan pada fondasi yang selamat dari kehancuran telah selesai, dan rekonstruksi sisa bangunan diselesaikan setelah sembilan tahun pengerjaan, dan masjid dibuka kembali untuk umum pada tanggal 7 Mei 2016.