Jabarkan Karya yang diterbitkan dari Zakiyuddin Baidhawy

Pendekatan Kajian Islam dalam Studi Agama (2001)

Dialog Global dan Masa Depan Agama (2001)

Agama dan Pluralitas Budaya Lokal (2002)

Ambivalensi Agama, Konflik dan Nirkekerasan (2002)

Menyulam Ragam Merajut Harmoni: Kisah-kisah tentang Toleransi untuk Siswa dan Pendidik (2005)

Pendidikan Agama Berwawasan Multikultural (2005)

Etika Bisnis Syariah I & II (2007)

Al-Islam dan Kemuhammadiyahan Berwawasan HAM: Buku Panduan untuk Guru (2008)

Pendidikan Perdamaian Berbasis Islam (dkk., 2009)

Teologi Neo Al-Ma’un: Manifesto Islam Menghadapi Globalisasi Kemiskinan Abad 21 (2009)

Benih-Benih Islam Radikan di Masjid: Studi Kasus Jakarta dan Solo (dkk, 2010)

Kebebasan Beragama Perspektif HAM dan Islam (2011)

Studi Islam dan Pendekatan Metode (2011)

The Concept of Jihad and Mujahid of Peace (2012)

Pendidikan Karakter PAI Tingkat SMA (ed, 2012)

Pendidikan Karakter PKN Tingkat SMA (ed, 2012)

Kaum Muda dan Kepemimpinan Masa Depan (2013)

Kiprah Pencerahan Karya Unggulan Muhammadiyah 2005-2015 (dkk, 2015)

‘The End of Charity: Remaking Lazismu Menuju Filantropi Baru’ dalam “Islam Berkemajuan Untuk Peradaban Dunia: Refleksi dan Agenda Muhammadiyah ke Depan” (2015)

Etika Muhammadiyah dan Spirit Peradaban—ditulis bersama Azaki Khoiruddin (2017)