Jabarkan Dekan: Drs. Subari Hasan dari Universitas Islam Negeri Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung

Pembantu Dekan I: Drs. Muharom, Ph

Pembantu Dekan II: Drs. Siswadi

Pembantu Dekan III: Drs. M. Basyir Syu’aib

Struktur Pimpinan Periode 1985 - 1988

Pembantu Dekan I: Drs. Muharom, Ph

Pembantu Dekan II: Drs. M. Basyir Syu’aib

Pembantu Dekan III: Drs. Siswadi

Struktur Pimpinan Periode 1985 - 1991

Dekan: Drs. KH. Abdul Mudjib

Pembantu Dekan I: Drs. H Subari Hasan

Pembantu Dekan II: Drs. Ahmad A

Pembantu Dekan III: Drs. Muharom, Ph

Struktur Pimpinan Periode 1991 - 1994

Dekan: Drs. KH Abdul Mudjib

Pembantu Dekan I: Drs. H. Subari Hasan

Pembantu Dekan II: Drs. Ahmad A (Karena terburu pensiun tahun 1992 diganti Dra. Hj. Nursjamsiyah Yusuf)

Pembantu Dekan III: Drs. M. Basyir Syu’aib

Struktur Pimpinan Periode 1994 - 1997

Pembantu Dekan I: Drs. Muwahid Shulhan

Pembantu Dekan II: Dra. Hj. Nursjamsiyah Yusuf

Pembantu Dekan III: Drs. H. Muharom, Ph (Meninggal dunia tahun 1995 dan diganti Plh. Drs. Abdul Manah)

Sebagai upaya pemerintah untuk mengembangkan lembaga pendidikan tinggi islam, khususnya yang bersatus Fakultas daerah (cabang), maka diterbitkan Surat Keputusan Presiden No. 11 Tahun 1997 tentang pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri dan Keputusan Menteri Agama RI No. 315 Tahun 1997 tentang Organisasi dan Tata kerja STAIN Tulungagung, Keputusan Menteri Agama RI No.348 Tahun 1997 tentang STATUTA STAIN Tulungagung, Keputusan Dirjen Binbaga Islam Nomor: E/136/1997 tentang alih status dari Fakultas daerah menjadi STAIN dan persetujuan Menteri Agama Negara Pendayagunaan Aparatur Negara (PAN) No. 8.589/I/1997 tentang pendirian STAIN, yang telah mengubah status semua fakultas cabang yang berada di bawah IAIN di seluruh Indonesia menjadi Sekolah TInggi Agama ISlam Negeri (STAIN), termasuk Fakultas Tarbiyah di Tulungagung yang semula bagian dari Fakultas cabang IAIN Sunan Ampel.

Pada periode ini kepemimpinan STAIN Tulungagung yang semula 3 (tiga) tahun menjadi 4 (empat) tahun, yaitu sebagai berikut:

Struktur Pimpinan Periode 1998 - 2002

Ketua: Drs. H. Muwahid Sulhan, M. Ag.

Pembantu Ketua I: Drs. H. Munardji, M. Ag

Pembantu Ketua II: Drs. HRB. Nur Yakin, Meninggal Dunia pada 2000 dan diganti Drs. H. Muhadi Latief, M. Ag.

Pembantu Ketua III: Drs. H. Abdul Manab

Struktur Pimpinan Periode 2002 - 2006

Ketua: Drs. H. Achmad Patoni, M. Ag.

Pembantu Ketua I: Prof. Dr. Mujamil, M. Ag.

Pembantu Ketua II: Drs. H. Ali Rohmad, M. Ag.

Pembantu Ketua III: Drs. H. Saifudin Zuhri, M. Ag.

Pembantu Ketua IV: Drs. H. Akhyak, M. Ag.

Struktur Pimpinan Periode 2006 - 2010

Ketua: Prof. Dr. H. Mujamil, M. Ag.

Pembantu Ketua I: Dra. H. Retno Indayati, M. Ag.

Pembantu Ketua II: Drs. H. Ali Rohmad, M. Ag.

Pembantu Ketua III: Drs. H. M. Saifudin Zuhri, M. Ag.

Pembantu Ketua IV: Dr. Imam Fuadi, M. Ag.

Struktur Pimpinan Periode 2010 - 2014

Ketua: Dr. Maftukhin, M. Ag.

Pembantu Ketua I: Prof. Dr. H. Imam Fuadi, M. Ag.

Pembantu Ketua II: Dr. H. M. Saifudin Zuhri, M. Ag.

Pembantu Ketua III: Drs. Nur Efendi, M. Ag.