Jabarkan GP6 dari Ducati Desmosedici

Diluncurkan di resor ski Italia Madonna di Campiglio, GP6 adalah versi GP5 yang lebih ringan dan bertenaga. Melibatkan aerodinamis yang lebih baik dan posisi tangki bahan bakar yang lebih baik, yang terpenting, meskipun lebih bertenaga, pengiriman mesin diperhalus untuk membuat motor lebih enak dikendarai. Hal ini membuat motor lebih lambat pada kecepatan tertinggi, tetapi lebih cepat masuk, berputar dan keluar dari tikungan.

Pasangan baru Capirossi adalah pebalap Spanyol Sete Gibernau. Setelah tes musim dingin yang menggembirakan, Desmosedici GP6 meraih kemenangan pertamanya tahun 2006 di GP pembukaan di Jerez de la Frontera, Spanyol, diikuti dengan podium di Qatar. Capirossi memimpin kejuaraan untuk sementara waktu, tetapi pada awal Grand prix de Catalunya di Barcelona, ​​sepeda Gibernau bertabrakan dengan Capirossi setelah Gibernau mengerem terlalu lambat dan menekan tuas remnya lebih jauh setelah menabrak bagian belakang sepeda Capirossi. Kedua pebalap berakhir cedera dan dirawat di rumah sakit, dengan Gibernau mengalami patah tulang tulang selangka, dan keduanya melewatkan Grand Prix Belanda di Assen. Capirossi kembali di Grand Prix Inggris, sementara Gibernau digantikan oleh Alex Hofmann Jerman untuk Grand Prix Belanda, Grand Prix Inggris, dan juga Grand Prix Ceko setelah menjalani operasi tambahan. Dengan Gibernau absen untuk putaran terakhir musim ini di Valencia menyusul tabrakan dengan Casey Stoner, Ducati mengingat Bayliss, yang baru-baru ini dinobatkan sebagai juara World Superbike. Perlombaan dimenangkan oleh Bayliss, kemenangan MotoGP pertamanya, dengan Capirossi mengambil tempat kedua untuk finis pertama Ducati 1-2.