Jabarkan The New 52 (2011–2016) dari Martian Manhunter

Pada tahun 2011, DC meluncurkan kembali kontinuitasnya setelah crossover Flashpoint sebagai bagian dari acara penerbitan The New 52, yang melihat pembatalan dan peluncuran kembali semua judul DC. Dalam kontinuitas baru, J'onzz diperkenalkan kembali sebagai anggota organisasi Stormwatch terselubung, yang sebelumnya muncul secara eksklusif di komik-komik yang dipasang di jejak Wildstorm Comics DC. J'onzz awalnya dinyatakan sebagai mantan anggota Justice League di Stormwatch #1, sebelum frasa "dengan Justice League" diganti sebagai steno karena menjadi pahlawan super publik, dengan J'onzz mengatakan ia tidak pernah mencoba untuk bergabung dengan League karena komitmennya kepada Stormwatch. Posisi yang sama ini dinyatakan oleh J'onzz lagi di Legion Lost #6. Namun, komik Justice League kemudian menunjukkan bahwa J'onzz memang anggota League untuk sementara waktu. Kemudian, DC memilih untuk memindahkan Martian Manhunter ke judul Justice League of America, spin-off dari Justice League. Dalam Stormwatch #12, J'onzz keluar dari tim dan menggunakan telepati untuk menghapus keberadaannya dari benak rekan-rekan setimnya di Stormwatch.

Di Justice League of America, Manhunter Mars adalah anggota dari Justice League yang disponsori pemerintah AS, menerima pesanan dari Amanda Waller dan Steve Trevor. Seperti anggota tim lainnya, ia telah dipilih sebagai rekanan untuk anggota Justice League yang independen, jika mereka nakal; J'onzz adalah mitra Superman. Dia juga muncul di Justice League; ketika Despero menyerang Watchtower, ia disebutkan oleh Firestorm sebagai anggota Justice League ketika awalnya berkelahi dengan Despero. Ketika Despero melumpuhkan Firestorm, Element Woman, dan Atom, Martian Manhunter muncul dan mengalahkannya dengan serangan telepati. Bekerja dengan rekan-rekan JLA-nya di Justice League of America, ia menyelidiki kegiatan Secret Society of Super Villains, yang dipimpin oleh Outsider. Kemudian, kedua League bertemu, bersama dengan Justice League Dark yang didukung supernatural dalam alur cerita "Trinity War" karena krisis diplomatik di Khandaq yang dipicu oleh pahlawan super muda Shazam. Tiga League dikumpulkan bersama ketika Outsider mengungkapkan dirinya sebagai mitra jahat kepala pelayan Batman Alfred Pennyworth dari Earth-Three, dan menyaksikan kedatangan rekan-rekan Justice League jahat dari Earth-Three, Crime Syndicate. Tiga League dikalahkan, dan Martian Manhunter terperangkap di dalam matriks Firestorm bersama dengan rekan-rekannya oleh rekan jahat Firestorm, Deathstorm. Sementara di dalam Firestorm, selama durasi bertema Forever Evil edisi bertema Justice League of America, Manhunter dan Stargirl berbagi petualangan yang saling terkait dengan ingatan satu sama lain ketika Despero membantu Syndicate dengan menjaga agar JLA dipenjara. Setelah dibebaskan di Forever Evil #7, keduanya tetap berteman dekat, dan bersama Green Arrow melanjutkan untuk membentuk inti dari Justice League penerus baru yang berbasis di Kanada, di Justice League United.