Jabarkan Kejatuhan dan pengasingan dari Fan Noli

Terlepas dari upayanya untuk mereformasi negara, "Program Dua Puluh Poin" yang dicetus Noli tidak populer, dan pemerintahannya digulingkan oleh kelompok-kelompok yang setia kepada Zogu pada Malam Natal tahun 1924. Dua pekan kemudian, Zogu kembali ke Albania, dan Noli melarikan diri ke Italia setelah divonis mati.

Sadar akan posisi Noli yang rapuh, Zogu mengambil langkah drastis untuk merebut kembali kekuasaannya. Pada akhir musim dingin, dua dari pemimpin utama oposisi, Bajram Curri dan Luigj Gurakuqi dibunuh, sementara yang lainnya ditahan.  Noli mendirikan "Komite Revolusi Nasional" () juga dikenal sebagai "KONARE" di Wina. Komite itu juga menerbitkan harian berkala yang bernama "Kebebasan Nasional" ().  Beberapa tokoh awal komunis Albania seperti Halim Xhelo atau Riza Cerova kelak memulai kegiatan penerbitan mereka di sini.  Organisasi ini bertujuan untuk menggulingkan Zogu dan para pendukungnya serta memulihkan demokrasi di Albania.  Meskipun ada upaya, akses dan pengaruh komite di Albania cukup dibatasi.  Dengan campur tangan Kosta Boshnjaku, seorang tokoh komunis dan anggota KONARE, organisasi tersebut menerima dukungan keuangan tanpa syarat dari Komintern.

Pada tahun 1928, KONARE mengubah namanya menjadi "Komite Pembebasan Nasional" (). Sementara itu di Albania, setelah tiga tahun rezim republik, "Dewan Nasional" menyatakan Albania sebagai kerajaan konstitusional, dan Ahmet Zogu menjadi rajanya. Noli kembali ke Amerika Serikat pada tahun 1932 dan membentuk oposisi yang mendukung republik terhadap Zogu, yang sejak itu memproklamasikan dirinya sebagai "Raja Zog I". Selama tahun-tahun berikutnya, dia melanjutkan pendidikannya, belajar dan kemudian mengajar musik Bizantium, dan terus mengembangkan dan mempromosikan Gereja Ortodoks Albania Otokefali yang didirikannya. Selama berada di pengasingan, dia sempat bersekutu dengan Raja Zog, yang melarikan diri dari Albania sebelum invasi Italia pada tahun 1939.

Setelah Perang Dunia II, Noli menjalin hubungan dengan pemerintah komunis Enver Hoxha yang merebut kekuasaan pada tahun 1944. Dia tidak berhasil mendesak pemerintah AS untuk mengakui rezim tersebut, tetapi meningkatnya penganiayaan Hoxha terhadap semua agama menghalangi Noli untuk mempertahankan hubungannya dengan hierarki Ortodoks di Albania. Terlepas dari kecenderungan rezim Hoxha yang antiagama, nasionalisme Albania ala Noli membuat sang uskup diawasi oleh Biro Investigasi Federal AS. Kantor FBI di Boston melakukan penyelidikan selama lebih dari satu dasawarsa tanpa hasil apa-apa.

Pada tahun 1945, Fan S. Noli menerima gelar doktor (Ph. D) dalam bidang sejarah dari Universitas Boston, dengan disertasi mengenai Skanderbeg. Sementara itu, ia juga melakukan penelitian di Departemen Musik Universitas Boston, menerbitkan biografi tentang Ludwig van Beethoven.  Ia juga menggubah satu simfoni yang bertajuk Scanderbeg pada tahun 1947. Menjelang akhir hidupnya, Noli pensiun dan menghabiskan masa tuanya di Fort Lauderdale, Florida, di mana ia meninggal pada tahun 1965.