Jabarkan Orgel dan lonceng dari Katedral Moskwa

Orgel yang ada saat ini adalah salah satu orgel terbesar di Rusia, dan merupakan orgel ketiga yang dipasang semenjak gereja ini berdiri. Orgel pertama disita negara pada tahun 1938, sementara orgel kedua adalah sebuah orgel elektronik dengan 60 register yang dipasang sewaktu gereja direnovasi pada tahun 1999. Orgel elektronik tersebut adalah sumbangan dari "Aid to the Church in Russia", lembaga amal Amerika Serikat pimpinan Padri Marcel Guarnizo, yang ditahbiskan menjadi diakon semasa renovasi berlangsung pada tahun 1997. Orgel elektronik diganti dengan orgel biasa pada kurun waktu tahun 2002–2005.

Orgel katedral tersebut dibuat pada tahun 1955 oleh Orgelbau Kuhn AG di Männedorf, Swiss, untuk Basel Münster, katedral Kalvinis Injili di Basel, Swiss. Katedral Swiss ini menghibahkan orgel tersebut beserta semua pipanya, kecuali pipa terbesar (Nr.65 bas utama 32 kaki). Orgel dibongkar pada tahun 2002 dan dikirim ke Moskwa. Pipa-pipanya dibungkus dengan pakaian-pakaian baru, sumbangan dari masyarakat Basel yang nantinya dibagi-bagikan kepada fakir miskin di kota Moskwa. Pemasangan orgel di Moskwa dikerjakan perusahaan Orgelbau Schmid dari Kaufbeuren, Jerman, di bawah pimpinan Gerhard Schmid, yang menolak diberi imbalan jasa. Ketika pekerjaan pemasangan sedang berjalan, Schmid tewas akibat terjatuh dari perancah pada tanggal 9 September 2004. Kegiatan pemasangan orgel dituntaskan putranya, Gunnar Schmid.

Pipa sepanjang 10 meter yang tersisa di Swiss kemudian hari disatukan dengan orgel baru Katedral Münster, milik Khazanah Benda Budaya Swiss Bersignifikansi Nasional dan Regional. Pipa ini mampu menghasilkan nada berfrekuensi 16,35 Hz, not bas C0 empat oktaf di bawah C tengah. Pipa sejenis dibuat ulang di Moskwa dan disatukan dengan orgel hibahan pada tahun 2009.

Lima buah lonceng gereja dipasang pada struktur atas gedung di balik dinding dengan tiga serangkai pelengkung runcing di sebelah kiri muka bangunan. Semuanya dicetak tuang oleh perusahaan pembuat lonceng Felczyński di Przemyśl, Polandia, dan merupakan sumbangan dari Uskup Wiktor Skworc Lonceng-lonceng tersebut digerakkan secara elektronis. Lonceng terbesar berbobot  dan diberi nama "Bunda Maria Fátima". Nama lonceng-lonceng yang lain, dari yang terkecil sampai yang terbesar, adalah "Yohanes Paulus II", "Santo Yudas Tadeus" (nama santo pelindung Uskup Agung Tadeusz Kondrusiewicz), "Ulang Tahun 2000", dan "Santo Viktor" (nama santo pelindung Uskup Wiktor Skworc).