Jabarkan Alur dari Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time

Di Paris, tim dari organisasi Wille, yang dipimpin oleh Maya Ibuki, bekerja pada sistem yang dirancang untuk memulihkan kota ke keadaan sebelumnya. Setelah diserang oleh pasukan Nerv, mereka dipertahankan oleh armada Wunder dan Mari Illustrious Makinami di Unit-08. Mari mengalahkan para penyerang, dan tim Wille memulihkan Paris. Sementara itu, Asuka Shikinami Langley, Rei Ayanami dan Shinji Ikari, masih putus asa, sedang berjalan melintasi pinggiran Tokyo-3.

Mereka akhirnya tiba di pemukiman yang terdiri dari para penyintas, dan bertemu dengan Toji Suzuhara, Hikari Horaki dan Kensuke Aida, yang sekarang sudah dewasa. Toji adalah seorang dokter dan memiliki anak dengan Hikari, sedangkan Kensuke adalah seorang teknisi, dan semuanya bersahabat dengan Shinji. Asuka mengungkapkan frustrasi dengan Shinji, memaksanya makan. Saat Shinji perlahan pulih, Rei menjelajahi desa dan menetap, bekerja sebagai petani. Shinji bertemu Ryoji Kaji, putra Misato Katsuragi dan mendiang Ryoji Kaji, yang meninggal karena menghindari Third Impact. Rei membutuhkan paparan LCL yang konstan dan tidak dapat mempertahankan dirinya sendiri, membusuk di hadapan Shinji.

Wunder tiba untuk menjemput Asuka, dan Shinji memutuskan untuk pergi bersamanya, meskipun ada protes. Shinji ditempatkan dalam isolasi. Sementara itu, Kozo Fuyutsuki, tertekan atas perlakuan Shinji oleh Gendo Ikari yang memaksanya mengalami kerugian yang sama dengannya, membantu Gendo memulai kembali Unit-13. Sebagai tanggapan, Wunder menuju ke Antartika. Sebelum misi, Asuka mengakui perasaannya untuk Shinji, mengakui dia tumbuh dewasa.

Setelah tiba, Wunder diserang oleh tiga kapal Nerv dan segerombolan unit EVA. Asuka dan Mari menyortir dan mempertahankan Wunder. Unit-13 muncul dan membentuk A.T. Bidang. Asuka melepas penutup matanya, memperlihatkan Ninth Angel yang ada di dalamnya, mengubah Unit-02 ke keadaan baru. Unit-13 mengalahkan dan menyerap Unit-02, menghancurkannya. Beberapa saat sebelum diserap, Asuka didekati oleh "aslinya", mengungkapkan dia sebagai tiruan dari seri Shikinami. Sementara itu, Wunder diserang oleh EVA baru, Unit-07.

Dalam wadah Nerv yang menahan Wunder, Misato dan Ritsuko Akagi menghadapi Gendo, dan Ritsuko menembaknya tanpa efek karena Gendo telah menggunakan Kunci Nebukadnezar untuk melampaui kemanusiaan, menjadi Malaikat Terakhir. Gendo mengungkapkan bahwa tujuan dari klon Shikinami dan Ayanami adalah untuk memberlakukan Proyek Instrumen Manusia, dan memasuki Unit-13. Shinji yang gigih meminta Misato untuk membiarkannya mengemudikan Unit-01. Sakura dan Midori Kitakami mencoba membunuh Shinji, tapi Misato malah mengambil pelurunya. Misato meminta maaf kepada Shinji, mengatakan bahwa dia salah karena menyalahkannya dan akan bertanggung jawab atas tindakannya. Mari mengambil Unit-08 dan menggabungkannya dengan Unit 09 sampai 12. Di dalam Unit-01, klon Ayanami asli muncul di hadapan Shinji, meminta maaf karena tidak bisa menyelamatkannya dari keharusan masuk ke EVA, tapi Shinji mengatakan itu baik-baik saja.

Gendo dan Shinji bertarung dalam "antisemesta" yang surealis, dan Gendo menunjukkan Shinji sebuah "Evangelion imajiner", sebuah "Lilith". Misato bersiap untuk menyerang Rei telanjang raksasa menggunakan Wunder, sementara Mari melawan Nerv EVA. Wunder dihancurkan mencoba untuk mencegah "Dampak Tambahan" Gendo. Shinji bertemu Gendo, melihat visi pengalaman masa lalunya, termasuk bagaimana kehilangan Yui membuatnya trauma. Shinji berbicara dengan dan memberikan penutupan untuk Gendo; ke Asuka, mengembalikan perasaannya; dan kepada Kaworu Nagisa, mengungkapkan adanya siklus yang menjebak para pemeran. Kaworu juga berbicara dengan Kaji yang lebih tua, yang membantunya memahami bahwa kebahagiaannya sendiri tidak boleh dikaitkan dengan kebahagiaan Shinji. Shinji mengucapkan selamat tinggal pada Rei, memutuskan untuk mengatur ulang dunia secara lengkap, "Neon Genesis", yaitu dunia tanpa Evangelions. Gendo dan Yui mengorbankan diri untuk menyelamatkan Shinji dari kebutuhan untuk melakukannya sendiri, yang mengubah semua Kegagalan Infinity kembali ke bentuk aslinya dan memulihkan dunia. Di adegan terakhir, Anak-anak semuanya hadir sebagai orang dewasa di stasiun kereta api, dan Shinji meninggalkan stasiun bersama Mari.