Jabarkan Mohnke di Pertempuran Berlin dari Wilhelm Mohnke

Setelah pulih dari luka-lukanya, Mohnke secara pribadi ditunjuk oleh Hitler sebagai Kommandant (Komandan Pertempuran) untuk pertahanan distrik pemerintah pusat Berlin (sektor Zitadelle), termasuk Reich dan Führerbunker. Pos komando Mohnke berada di bawah Kantor Kanselir Reich. Dia membentuk Kampfgruppe Mohnke (Kelompok Pertempuran Mohnke) dan itu dibagi menjadi dua resimen yang cukup lemah. Terdiri dari LSSAH, yaitu dari Batalyon LSSAH Ausbildungs-und Ersatz dari Spreenhagen di bawah SS-Standartenführer Anhalt, 600 orang dari Begleit-Bataillon Reichsführer-SS, Führer-Begleit-Kompanie dan kelompok inti adalah 800 orang-orang dari Batalyon Pengawal SS Leibstandarte (LSSAH) (yang ditugaskan untuk menjaga Führer).

Meskipun Hitler telah menunjuk Jenderal Helmuth Weidling sebagai komandan pertahanan Berlin, Mohnke tetap bebas dari perintah Weidling untuk mempertahankan tujuan pertahanannya dari Kanselir Reich dan Führerbunker. Total gabungan (untuk pertahanan kota) SS Kampfgruppe Mohnke, LVI Panzer Corps Jenderal Weidling (dan beberapa unit lainnya) berjumlah sekitar 45.000 tentara dan 40.000 Volkssturm. Mereka menghadapi jumlah tentara Tentara Merah Soviet yang lebih banyak. Ada sekitar 1,5 juta tentara Soviet yang dialokasikan untuk investasi dan penyerangan di Kawasan Pertahanan Berlin.

Karena kekuatan tempur Mohnke terletak di pusat saraf Reich Ketiga Jerman, ia jatuh di bawah pemboman artileri intens, yang dimulai pada ulang tahun Hitler pada 20 April 1945 dan berlangsung hingga akhir perang sipil pada 2 Mei 1945. Pertempuran jalanan di sekitar Reichstag dan Kanselir Reich sangat pahit dan berdarah. Bagi Soviet, Reichstag adalah simbol Nazi Jerman dan sangat diperlukan untuk direbut.

Sementara Pertempuran di Berlin berkecamuk , Hitler memerintahkan Mohnke untuk membentuk pengadilan militer untuk Hermann Fegelein yaitu ajudan Heinrich Himmler, untuk mengadili orang tersebut untuk desersi. Pengadilan itu terdiri dari Jenderal Hans Krebs, Wilhelm Burgdorf, Johann Rattenhuber, dan Mohnke sendiri.

Pada tanggal 30 April, setelah menerima berita bahwa Hitler telah bunuh diri dari Otto Günsche, Mohnke ikut serta dalam perkumpulan perwira yang harus keluar dari lingkaran Tentara Merah Soviet. Rencananya adalah dengan melarikan diri dari Berlin ke Sekutu di sisi barat Elbe atau ke Angkatan Darat Jerman di Utara. Sebelum pelarian, Mohnke memberi pengarahan kepada semua komandan (yang dapat dihubungi) di sektor Zitadelle tentang peristiwa kematian Hitler dan rencana pelarian. Mereka berpisah menjadi sepuluh kelompok utama pada 1 Mei 1945. Kelompok Mohnke termasuk: sekretaris Traudl Junge, sekretaris Gerda Christian, sekretaris Else Krüger, ahli diet Hitler Constanze Manziarly, Ernst-Günther Schenck, dan Walther Hewel. Mohnke berencana untuk menerobos ke Angkatan Darat Jerman yang ditempatkan di Prinzenallee. Pada 2 Mei 1945, Jenderal Weidling mengeluarkan perintah yang menyerukan penyerahan total semua pasukan Jerman yang masih berada di Berlin. Mohnke memutuskan untuk menyerah kepada Tentara Merah. Namun, beberapa kelompok Mohnke (termasuk beberapa personel SS) memilih bunuh diri.