Jabarkan Uskup Manado dari Nicolaas Verhoeven

Paus Pius XII menujuk Verhoeven sebagai Vikaris Apostolik Manado dengan gelar Uskup Tituler Hermonthis pada 13 Maret 1947. Ia ditahbiskan menjadi uskup pada 15 Mei 1947 di Gereja Santo Petrus, Oisterwijk. Uskup Den Bosch, Willem Pieter Adriaan Maria Mutsaerts bertindak sebagai Penahbis Utama. Dalam penahbisan tersebut, Mutsaerts didampingi oleh Joannes Walter Panis, M.S.C. pendahulu Verhoeven yang merupakan Vikaris Apostolik Emeritus Manado bergelar Uskup Tituler Trisipa dan juga oleh Vikaris Apostolik Kisumu Nicolas Stam, M.H.M. yang bergelar Uskup Tituler Cediae. Sebagai uskup, ia mengambil moto Nil nisi Christum, yang berarti "Tidak ada apapun selain Kristus". Kutipan tersebut merujuk kepada .

Beberapa bulan setelah tahbisan episkopal dan perayaan pesta perak imamatnya, Verhoeven bertolak menuju Manado. Di sana ia membangun Gereja Katedral Manado yang sebelumnya hancur karena perang yang berlangsung. Ia juga membangun gedung Seminari Fransiskus Xaverius Kakaskasen yang ditujukan untuk persiapan para calon imam. Pada saat itu, pendidikan seminari tinggi berlangsung di Pulau Jawa, sementara para calon imam yang melanjutkan tahap novisiat dan studi teologi diberangkatkan ke Manila, Filipina.

Mgr Verhoeven menaruh perhatian pada kegiatan gerejawi umat terutama terkait wadah dalam bentuk paroki dan juga stasi. Hal ini berpuncak pada tercapainya suatu titik stabil (stabilitas loci). Hal ini juga didukung dengan kunjungan rutin para imam kepada para umat dalam melayani sakramen serta memberikan pengajaran. Nilai pendidikan ini terus berkembang hingga terwujudnya Sekolah Dasar Roma Katolik (SDRK). Semua anak yang beragama Katolik saat itu wajib mengikuti pendidikan di SDRK.

Pada 5 November 1950, Verhoeven menjadi Uskup Penahbis Utama bagi Herman Tillemans, M.S.C. sebagai Vikaris Apostolik Merauke. Dalam penahbisan itu, Verhoeven didampingi oleh Oscar Cremers, O.F.M. yang merupakan Prefek Apostolik Hollandia. Dalam penahbisan Jacques Henri Romeijn, M.S.F. sebagai Vikaris Apostolik Samarinda, Verhoeven bertindak sebagai Uskup Ko-konsekrator bersama dengan Tarcisius Henricus Josephus van Valenberg, O.F.M. Cap., Vikaris Apostolik Pontianak. Upacara penahbisan tersebut dipimpin oleh Johannes Petrus Huibers yang merupakan Uskup Haarlem.

Pada tahun 1951, Manado dikunjungi oleh Internuncio Kepausan, Georges Marie Joseph Hubert Ghislain de Jonghe d'Ardoye, M.E.P. yang membuahkan pendirian suatu seminari di Pineleng. Hal ini untuk menjawab kebutuhan pendidikan dan pelatihan para calon imam lokal di wilayah Indonesia timur. Meskipun pada waktu itu sudah tersedia sebuah seminari di Flores, namun seminari tersebut hanya dikhususkan bagi para calon Serikat Sabda Allah (SVD). Secara keuangan, seminari ini didukung dari Belanda, dan juga beberapa wilayah di Indonesia, termasuk Ambon dan Purwokerto. Seminari ini mulai beroperasi pada tahun 1954 dengan nama Seminari Agung Hati Kudus Pineleng.

Seiring peningkatan status Vikariat Apostolik Manado menjadi Keuskupan Manado yang terjadi terkait Konstitusi Apostolik Qoud Christus Adorandus tentang berdirinya Hierarki Gereja Katolik di Indonesia secara mandiri oleh Paus Yohanes XXIII, maka status Verhoeven berubah dari Vikaris Apostolik Manado menjadi Uskup Manado sejak 3 Januari 1961. Sebagai seorang uskup, ia menghadiri keempat sesi dalam Konsili Vatikan II yang berlangsung sejak 1962 hingga 1965.

Verhoeven menjadi Uskup Penahbis Pendamping dalam penahbisan Johannes Höhne, M.S.C. sebagai Vikaris Apostolik Rabaul pada 11 Mei 1963, dan juga penahbisan Theodorus Hubertus Moors, M.S.C. sebagai Uskup Auksilier Manado pada 25 Juli 1967. Moors merupakan vikaris jenderal Keuskupan Manado di bawah kepemimpinan Verhoeven.