Jabarkan OL Reign, sejak 2013 dari Megan Rapinoe

Seteleh menyelesaikan kontraknya dengan Olympique Lyonnais, Rapinoe mulai bermain untuk Seattle Reign FC pada Juni 2013. Seattle Reign bertanding di liga utama sepak bola wanita Amerika Serikat (NWSL) yang bermain dari April sampai Oktober setiap musimnya. Pada pertandingan pertamanya bersama dengan Seattle Reign FC, Rapinoe membela timnya melawan Western New York Flash dengan skor akhir 1–1. Pada 29 Juni 2013, saat timnya melawan Chicago Red Stars, Rapinoe berhasil menyumbang satu gol di menit ke-93. Timnya memenangkan pertandingan dengan skor 3–1. Kemudian pada 11 Juli 2013, saat melawan Western New York Flash, Rapinoe kembali menyumbang satu gol pada menit ke-44. Dia membawa timnya menang dengan skor 3–2. Pada 25 Juli 2013, Seatte Reign FC melawan Chicago Red Stars, Rapinoe berhasil menyumbang dua gol dan satu umpan. Timnya menang dengan skor akhir 4–1. Rapinoe mendapatkan penghargaan sebagai Pemain Terbaik NWSL pada minggu ke-16 di musim ini. Kemudian pada 17 Agustus 2013, saat melawan Portland Thorns FC, Rapinoe kembali menyumbang satu gol pada menit ke-3, tetapi tetap kalah dengan skor akhir 1–2. Seattle Reign FC ada pada posisi ke-7 pada musim reguler. Pada musim 2013 ini, Rapinoe bermain untuk total 12 pertandingan dan menjadi pemain dengan gol terbanyak, dengan 5 gol.