Jabarkan Djoko Tjandra dari Skandal Bank Bali

Pada 27 September 1999, Kejaksaan Agung mulai menyelidiki peran Djoko Tjandra dalam skandal itu. Dia ditahan oleh Kejaksaan Agung dari 29 September 1999 hingga 8 November 1999. Dia kemudian ditempatkan di bawah tahanan kota dari 9 November 1999 hingga 13 Januari 2000. Dia kemudian ditahan lagi oleh kantor dari 14 Januari 2000 hingga 10 Februari 2000. Kasusnya diajukan ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada tanggal 9 Februari 2000. Pengadilan memutuskan bahwa ia harus ditahan di kota. Djoko dituduh melakukan korupsi dalam "mengatur dan terlibat dalam transaksi ilegal". Pada 6 Maret 2000, ia dibebaskan dari penangkapan kota, dengan wakil ketua majelis hakim R. Sunarto yang memutuskan kasus tersebut seharusnya didengar oleh pengadilan perdata, bukan pengadilan pidana. Jaksa penuntut meminta hukuman 18 bulan. Jaksa Penuntut Umum meminta Pengadilan Tinggi Jakarta untuk meninjau putusan tersebut. Pada 31 Maret 2000, Pengadilan Tinggi Jakarta memerintahkan Pengadilan Negeri Jakarta Selatan untuk memeriksa dan mengadili Tjandra. Dia kembali ke pengadilan pada bulan April 2000. Jaksa penuntut lagi mencari hukuman 18 bulan untuk korupsi yang menyebabkan kerugian negara. Pada 28 Agustus 2000, Pengadilan Negeri Jakarta Selatan menyatakan Tjandra bebas dari semua tuduhan. Hakim mengatakan meskipun dakwaan jaksa penuntut atas tindakan Tjandra terbukti secara hukum, tindakan itu bukan merupakan tindak pidana melainkan tindakan sipil. Pada 21 September 2000, jaksa penuntut negara mengajukan banding. Pada tanggal 26 Juni 2001, Mahkamah Agung membebaskan Tjandra dari semua dakwaan. Hakim Sunu Wahadi dan M. Said Harahap menyatakan dia tidak bersalah, sementara hakim Artidjo Alkostar mengeluarkan pendapat berbeda.

Pada Oktober 2008, Kejaksaan Agung mengajukan peninjauan kembali ke Mahkamah Agung atas pembebasan Djoko Tjandra. Pada 10 Juni 2009, Djoko menerbangkan pesawat sewaan dari Bandara Halim Perdanakusuma Jakarta ke Port Moresby, Papua Nugini. Keesokan harinya, panel peninjauan Mahkamah Agung, yang diketuai oleh Djoko Sarwoko, dengan anggota I Made Tara, Komariah E Sapardjaja, Mansyur Kertayasa dan Artidjo Alkostar, menerima peninjauan yudisial. Djoko dijatuhi hukuman penjara dua tahun, didenda Rp15 juta dan jumlah yang disengketakan sebesar Rp546.166.116.369 di Bank Permata diperintahkan disita untuk negara. Imigrasi terlambat melarang Djoko bepergian. Pada 16 Juni 2009, Djoko gagal memenuhi panggilan dari Kantor Kejaksaan Agung untuk mulai menjalani hukuman penjara. Ia mengabaikan panggilan kedua dan dinyatakan buron. I waa kemudian diberikan kewarganegaraan oleh Papua Nugini, yang juga memberinya paspor dengan nama baru dan dengan tanggal lahir baru.