Jabarkan Kesehatan dari Logistik misi Pasukan Internasional Timor Timur

Skema vaksinasi untuk ensefalitis Jepang terbukti efektif dan tidak ada kasus penyakit tersebut di kalangan INTERFET. Penyakit yang paling umum diderita pasukan adalah malaria (334 kasus) dan demam berdarah (306). Kedua penyakit ini endemik di Timor Timur dan tidak ada vaksin untuk penyakit demam berdarah, walaupun terdapat indikasi bahwa vaksin ensefalitis Jepang sedikit efektif mencegah demam berdarah. Kedua penyakit ini juga tidak memerlukan tindakan selain mengistirahatkan pasien hingga sembuh. Tindakan pencegahan untuk kedua penyakit ini, serta penyakit-penyakit akibat nyamuk lainnya, adalah menggunakan obat pengusir nyamuk, jaring nyamuk dengan permetrin, dan menyemprot tempat nyamuk berkembang biak dengan insektisida. Bagi Australia, kepulangan tentara dari Timor Timur dikhawatirkan dapat menyebarkan demam berdarah, terutama di Queensland Utara yang memiliki populasi Aedes aegypti yang bertindak sebagai vektor penyakit ini. Sembilan kasus ditemukan di kalangan tentara di Townsville yang terletak di Queensland Utara; semua pasien diamati dengan ketat, tetapi penyakit tersebut tidak menular ke warga sipil.

Malaria penjadi masalah besar dan seorang personel PBB dari Malaysia meninggal akibat penyakit tersebut. Australia melakukan tindakan profilaksis (pencegahan) dengan memberikan setiap tentara dosis 100 miligram antibiotik doksisiklin per hari sejak dua hari sebelum berangkat dan diteruskan selama dua minggu setelah pulang. Bagi yang mengalami efek samping terhadap obat ini, dosisnya diganti dengan 250 miligram meflokuin. Setelah pulang, para tentara juga diberi 7,5 miligram primakuin tiga kali sehari. Selain itu, tim kecil dari Institut Malaria AD Australia yang dipimpin Mayor Scott J. Kitchener datang ke Dili sebagai penasihat. Kelak, percobaan dengan meflokuin di Timor Timur pada 2001 dan 2002 menemukan bahwa 6,5% tentara mengalami efek samping, terutama gejala neuropsikiatri. Hingga saat ini masih ada kekhawatiran mengenai penggunaan obat ini.

Sumber daya kesehatan INTERFET juga dibebani oleh populasi sipil Timor Timur yang menderita patah tulang atau infeksi luka senjata tajam, termasuk banyak anak-anak. Sebagian mengalami patah tulang yang tidak diperbaiki dengan benar. Pasokan medis yang tersedia tidak cukup untuk mengimbangi permintaan yang banyak, dan para prajurit meminta pasokan medis dari klinik-klinik yang telah ditinggalkan penghuninya, Rumah Sakit Umum Dili, dan gudang-gudang TNI. Pada pertengahan oktober tim bedah lapangan INTERFET membuka Rumah Sakit INTERFET di sebuah bangunan Museum dengan 55 ranjang dan berbagai layanan medis. Stafnya diambil dari Rumah Sakit Lapangan 1 AD Australia di Brisbane dan Rumah Sakit 6 AU Australia di Laverton, Victoria. Mereka memiliki pengalaman dari operasi bantuan ke Papua Nugini pasca tsunami 1998. Sebanyak 80% dari kunjungan rumah sakit berasal dari anggota INTERFET, tetapi rumah sakit ini juga melayani warga Timor Timur dan warga sipil lainnya. RS INTERFET juga memiliki satu-satunya instalasi rawat intensif yang berperalatan lengkap di Dili. Kasus yang tidak terlalu parah dirujuk ke RS Militer Prancis dan RS Umum Dili, yang dioperasikan oleh Palang Merah.