Jabarkan 2016-2017 dari Megan Rapinoe

Di akhir 2015, Rapinoe mengalami cedera ACL. Dikarenakan cedera tersebut dia tidak bisa bermain secara maksimal selama musim 2016. Ia baru dapat bermain pada 27 Agustus 2016, dimana Rapinoe berhasil mencetak satu gol di menit ke-94 saat melawan Portland Thorns FC. Timnya berhasil menang dengan skor 3–1. Pada musim ini Seattle Reign FC tidak berhasil melanjutkan ke babak playoff, dan berada pada urutan ke-5 di musim reguler.

Pada pertandingan pertama musim 2017, Seattle Reign FC melawan Sky Blue FC dan Rapinoe menyumbang satu-satunya gol dari titik pinalti pada menit ke-56 dimana pertandingan berakhir seri. Kemudian pada 22 April 207, saat bertemu Houston Dash, Seattle Reign berhasil menang dengan skor 5–1. Rapinoe juga memberikan satu gol pada menit ke-27. Kemudian pada saat timnya melawan Washington Spirit, Rapinoe berhasil menyumbang dua gol dan memenangkan pertandingan dengan skor 6–2. Pada 17 Juni 2017, Seattle Reign FC bertemu dengan FC Kansas City, pertandingan ini berakir imbang dengan skor 2–2 dimana Rapinoe mencetak gol pertama untuk timnya. Ia berhasil meyumbangkan dua gol dari titik pinalti, dan membawa timnya menang dengan skor 2–1 saat melawan Chicago Red Stars pada 28 Juni 2017. Untuk Juni 2017, Rapinoe dan rekan satu timnya, Jess Fishlock, mendapat penghargaan sebagai anggota dari tim terbaik NWSL pada bulan tersebut. Pada minggu berikunya, Rapinoe kembali mencetak dua gol yang membantu timnya menang dengan skor 2–0 saat bertanding dengan Portland Thorns FC. Seattle Reign FC kembali bertemu dengan Sky Blue FC pada 22 Juli 2017, Rapinoe berhasil menyumbangkan tiga gol dan memenangkan pertandingan sengan skor 5–4. Rapinoe terpilih sebagai pemain terbaik NWSL dan bagian dari tim terbaik NWSL untuk bulan Juli musim 2017. Ini merupakan pertama kalinya Rapinoe mendapatkan penghargaan tersebut dan ke-5 kalinya pemain dari Seattle Reign FC mendapatkan penghargaan tersebut. Rapinoe menjadi pemain dengan gol terbanyak untuk timnya tetapi masih belum berhasil membawa timnya untuk masuk ke babak playoff. Seatlle Reign FC kembali berada di posisi ke-5 pada musim ini.