Jabarkan Jamur dari Pewarnaan Ziehl–Neelsen

Pewarnaan Ziehl–Neelsen juga dapat membantu dalam membedakan dan mengidentifikasi jamur. Hasil pewarnaan ZIehl-Neelsen bervariasi karena banyak dinding sel jamur tidak tahan asam. Contoh dari jamur tahan asam yang biasanya diwarnai dengan pewarnaan Ziehl-Neelsen adalah Histoplasma (HP). Histoplasma ditemukan di tanah dan kotoran burung serta kelelawar. Manusia dapat menderita histoplasmosis ketika menghirup spora jamur ini. Spora akan memasuki tubuh dan menuju paru-paru di mana ia mulai berkembang menjadi semacam ragi. Jamur akan masuk ke aliran darah dan mempengaruhi kelenjar getah bening dan bagian tubuh lainnya. Biasanya orang tidak sakit parah karena menghirup spora, tetapi akan menunjukkan gejala flu.

Pewarnaan Ziehl–Neelsen juga berguna dalam identifikasi beberapa protozoa parasit,  seperti Cryptosporidium dan Isospora.