Jabarkan Properti dari Pseudogen

Mengetahui adanya pseudogen pada umumnya ditandai kombinasi homologi ke gen dan hilangnya beberapa fungsionalitas. Walaupun setiap pseudogen mempunyai sekuens DNA yang mirip dengan beberapa gen fungsional, pseudogen tersebut biasanya tidak mampu menghasilkan produk protein pada akhir fungsional. Meski demikian, pseudogen ini sering sulit teridentifikasi, karena ada dua persyaratan homologi dan hilangnya fungsionalitas, biasanya tersirat melalui penyelarasan urutan daripada terbukti secara biologis.

Homologi tersirat oleh identitas urutan antara urutan DNA pseudogen dan gen induk.Setelah  penyelarasan kedua urutan, persentase pasangan dasar yang identik dihitung. Identitas urutan tinggi berarti bahwa sangat mungkin bahwa kedua urutan ini menyimpang dari urutan leluhur yang sama (homolog), dan sangat tidak mungkin kedua urutan ini berevolusi secara independen (lihat Evolusi konvergen).

Nonfungsionalitas dapat memanifestasikan dirinya dalam banyak cara. Biasanya, gen harus melalui beberapa langkah menuju protein yang berfungsi penuh: transkripsi, pemrosesan pra-mRNA, terjemahan, dan protein melipat adalah bagian wajib dari proses ini. Jika salah satu dari langkah-langkah ini gagal, urutan tersebut dapat dianggap tidak berfungsi. Dalam identifikasi pseudogen throughput tinggi, penonaktifan yang paling sering diidentifikasi adalah prematur stop codon dan  frameshifts, yang hampir secara universal mencegah penerjemahan produk protein fungsional.

Pseudogen untuk gen RNA biasanya lebih sulit ditemukan karena tidak perlu diterjemahkan dan karenanya tidak memiliki "bingkai pembacaan". Pseudogen dapat memperumit studi genetik molekuler. Misalnya, amplifikasi sebuah gen dengan  PCR dapat secara bersamaan memperkuat pseudogen yang memiliki urutan yang sama. Ini dikenal sebagai bias PCR atau bias amplifikasi. Demikian pula, pseudogen kadang-kadang diberi keterangan sebagai gen dalam urutan genom.

Pseudogen yang diproses sering kali menimbulkan masalah untuk program prediksi gen, sering kali salah diidentifikasi sebagai gen atau ekson asli. Telah diusulkan bahwa identifikasi pseudogen yang diproses dapat membantu meningkatkan akurasi metode prediksi gen.