Jabarkan Portland Thorns FC (2013–2015) dari Alex Morgan

Pada 11 Januari 2013, Morgan adalah salah satu dari tiga pemain tim nasional AS yang bergabung dengan Portland Thorns FC untuk musim perdana Liga Sepak Bola Wanita Nasional melalui Alokasi Pemain NWSL. Dia mencetak gol pertamanya untuk Thorns selama pertandingan pembuka tim di Jeld-Wen Field di depan 16.479 penonton yang membantu timnya mengalahkan Seattle Reign FC 2-1. Dia menyelesaikan musim reguler sebagai pemimpin poin tim, dan pemimpin skor bersama (dengan Christine Sinclair), dengan delapan gol dan lima assist (21 poin). Klubnya selesai dengan peringkat ketiga selama musim reguler yang dipimpin oleh pelatih kepala Cindy Parlow Cone. Pada 31 Agustus 2013, Portland merebut gelar juara liga perdana setelah mengalahkan juara musim reguler Western New York Flash 2-0; Morgan membantu pada gol kedua. Morgan diangkat ke NWSL Second XI pada 28 Agustus.

Morgan kembali ke Thorns untuk musim 2014 dipimpin oleh pelatih baru Paul Riley. Dia mencetak enam gol dalam 15 penampilannya untuk klub. The Thorns selesai dengan urutan ketiga selama musim reguler dengan rekor 10–8–6 dan maju ke babak playoff untuk musim kedua berturut-turut. Tim ini akhirnya dikalahkan oleh juara FC Kansas City 2-0.

Selama musim 2015, Morgan hanya membuat empat penampilan untuk Thorns karena komitmen tim nasionalnya di Piala Dunia Wanita FIFA 2015. Dia mencetak satu gol saat bermain imbang 3–3 melawan Washington Spirit pada 31 Agustus. The Thorns selesai di tempat keenam selama musim reguler dengan rekor 6-9-5.