Jabarkan tambahan dari Piala UEFA 2008–2009

Tiga asosiasi teratas dari peringkat UEFA Fair Play 2007–2008 masing-masing mendapatkan tempat tambahan

11 pemenang Piala Intertoto UEFA 2008

16 tim yang kalah dari babak kualifikasi ketiga Liga Champions UEFA

8 tim peringkat ketiga dari penyisihan grup Liga Champions UEFA

(FP): Tambahan tempat bermain yang adil (Denmark, Inggris, Jerman)

(UCL): Tim tambahan ditransfer dari Liga Champions UEFA

Undian untuk babak kualifikasi pertama berlangsung pada 1 Juli 2008. Leg pertama dimainkan pada 17 Juli 2008 dan leg kedua dimainkan pada 31 Juli 2008, dengan pengecualian pertandingan Nordsjælland vs TVMK, yang dimainkan pada 29 Juli 2008.