Jabarkan Restorasi dan pemberkatan ulang dari Katedral Moskwa

Pada awal dasawarsa 1990-an, Jawatan Perlindungan Monumen menyusun rencana merestorasi gereja ini, yang diharapkan rampung pada tahun 1997, bertepatan dengan peringatan 850 tahun berdirinya kota Moskwa. Rencana restorasi ini tidak terlaksana lantaran terkendala permasalahan hak menempati bangunan. Meskipun demikian, pada tahun 1995, dewan pemerintah kota Moskwa memutuskan bahwa Paroki Santa Perawan Maria Dikandung Tanpa Noda adalah pihak yang bertanggung jawab menanggung dana restorasi. Sebuah komisi pelaksana restorasi pun dibentuk, diketuai oleh Josef Sanevski (pastor paroki), Stanislav Durnin (sejarawan Rusia), dan Grzegorz Tuderek (kontraktor bangunan sekaligus politikus Polandia).

Dari tahun 1996 sampai tahun 1999, gereja ini direstorasi dengan bantuan para sponsor, yakni EnergoPol, sebuah perusahaan Polandia, dan Renovabis,  lembaga amal Katolik di Jerman. Pemerintah Rusia menyediakan dana menjelang rampungnya proyek restorasi. Pekerjaan rekonstruksi mula-mula dijalankan di bawah arahan PKZ dan Budimex, perusahaan-perusahaan Polandia, yang meliputi perbaikan atap dan muka bangunan. Dari bulan September 1998, Padri Andrzey Stetskevich dan Jan Tajchman, arsitek dan ahli restorasi dari Toruń, Polandia, bersama-sama mengawasi pekerjaan rekonstruksi. Keduanya pernah mengepalai usaha restorasi Katedral Santa Perawan Maria Diangkat ke Surga di Sankt-Peterburg. Andrzey Stetskevich kemudian hari menjadi Vikaris Jenderal Keuskupan Agung Moskwa. Kelengkapan ruangan dan altar baru dikerjakan oleh tenaga-tenaga ahli Ukraina, Belarusia, dan Rusia. Perusahaan-perusahaan di Moskwa menangani semua pekerjaan pemasangan marmer. Perabot dikerjakan di bawah pengawasan Vladimir Mukhin oleh siswa-siswa sekolah kejuruan renovasi Sankt-Peterburg. Kaca patri untuk tingkap mawar pada dinding muka bangunan dibuat di Toruń, sementara kaca-kaca patri untuk jendela-jendela lain dibuat oleh Tolotschko, sebuah perusahaan dari Hrodna, Belarusia. Upacara pembukaan kembali Gereja katedral Santa Perawan Maria Dikandung Tanpa Noda akhirnya digelar pada tanggal 12 Desember 1999. Pemberkatan ulang dilakukan oleh Kardinal Sekretaris Negara Takhta Suci Vatikan, Angelo Kardinal Sodano. Bangunan katedral mencakup sebuah perpustakaan, kantor editor majalah Pewarta Katolik — Terang Injil (), dan kantor lembaga amal Caritas cabang Moskwa.