Jabarkan Era Cojuangco-Ang: 1998–Sekarang dari San Miguel Corporation

Andrés Soriano III mengundurkan diri pada Juli 1998 dan Eduardo M. Cojuangco Jr. Direktur Utama dari San Miguel Corporation. Francisco C. Eizmendi Jr. tetap sebagai pimpinan utama dan Ramón S. Ang terpilih sebagai wakil direktur utama pada Januari 1999. Ang kemudian ditunjuk sebagai pimpinan utama dan chief operating officer setelah pensiunnya Eizmendi pada 2002.

Menghadapi tekanan persaingan usaha  yang lebih besar sebagai hasil dari krisis finansial Asia tahun 1997, langkah perubahan yang cepat diambil oleh San Miguel pasca kepulangan kembali Cojuangco. Ditengah kesulitan suasana operasional yang sangat hebat, bekerja agar perusahaan mempunyai respn yang lebih baik terhadap sengitnya iklim persaingan saat itu. Tujuan jangka pendek yang dilakukan pemimpin perusahaan adalah meringangkan beban perusahaan karena pengeluaran bunga, mengejar strategi kemitraan baru untuk memperkuat bisnis —terutama di pasar internasional— dan memperkuat profitabilitas dan posisi finansial unuk membuat perusahaan siap menghadapi kesempatan yang baru. Kemajuan berhasil didapatkan dengan menurunkan biaya, meningkatkan produktivitas dan mendapatkan arus kas.

Memiliki fasilitas pembuatan bir di Tiongkok, Indonesia, dan Vietnam, manajemen baru memutuskan untuk meneruskan investasi perusahaan di negara-negara tersebut, fokus secara agresif pada merek dan inisiatif membangun volume, terutama di Tiongkok. SMC memperbaharui organisasi penjualan dan distribusi yang meningkatkan efisiensi proses distribusi, meningkatkan jangkauan pasar utama, stabiitas harga, dan penurunan biaya secara keseluruhan. Di Tiongkok, perusahaan memilih untuk fokus menumbuhkan pasar dan masih berhasil menjangkau 30 kota. Dimana pada masa lalu, perusahaan berkonsentrasi pada pasar premium yang kemudian secara agresif masuk ke pasar menengah dan bawah.

Pada akhir 1998, perubahan aset untuk menemukan portofolio ideal dan merestrukturisasi opersional dan fokus kepada kemampuan utama, Cojuangco menjual saham SMC di Coca-Cola Beverages plc (perusahaan pembotolan milik Coca-Cola Amatil's bottler di Eropa), serta 45% saham SMC di Nestlé Filipina. Penjualan saham di kedua perusahaan merupakan bagian dari usaha manajemen baru untuk   membentuk San Miguel Group dan fikus kepada kekuatan teknologi, manajerial, dan finansial ke usaha dimana dipercaya akan menambah nilai perusahaan. Total jumlah perubahan manajemen yang dilakukan bersama dengan program rightsizing.

Perampingan Manajemen dilakukan untuk mengembalikan perusahaan ke bentuk yang baik. Pada Mei, Kantor Pusat Regional San Miguel Brewing International (SMBIL) dipindahkan dari Hong Kong ke Manila untuk menurunkan pengeluaran, karyawan SMBIL kemudian dipulangkan. Perampungan organisasi dilakukan untuk mengkonfigurasi San Miguel agar mampu merespon lebih baik di pasar yang kompetitif. Tujuannya untuk mempercepat pengambilan keputusan dan memiliki organisasi yang lebih sederhana dan dinamis, organisasi yang lebih efisien dan responsif terhadap pasar. Fungsi logistik dan purchasing grup diatur ulang di tingkat perusahaan. Operasional makanan, minuman keras, dan internasional di rekapitalisasi. Metro Bottled Water Corporation yang memproduksi Wilkins Distilled Water diakusisi. Pada 2001, SMC mengakusisi kembali kontrol terhadap Coca-Cola Bottlers Philippines, Inc., tidak lama setelah itu, SMC mengakusisi Pure Foods Corporation yang menjadikan SMC pemimpin pasar di industri makanan yang berkembang pesat di Filipina, memiliki dua pertiga pasar daging beku dan olahan, dan lebih dari sepertiga industri unggas dan pakan.

Cojuangco dan Ang juga mengakusisi perusahaan di luar Filipina. Selama tiga tahun, SMC membeli enam perusahaan di empat negara tetangga. Akusisi besar pertama adalah dengan membeli pabrik bir butik asal Australia J. Boag and Son sebesar A$96 juta pada 2000. Untuk memperkuat perusahaan, SMC bekerja sama dengan pabrik bir Jepang Kirin Brewery Co. Ltd., yang membeli 15% saham SMC sebesar, $540 juta pada 2002. SMC terus melanjutkan akusisi internasionalnya dengan mengakusisi Thai Amarit Brewery Ltd. sebesar $97 juta dan mengakusisi perusahaan pengolah makanan TTC (Vietnam) Co. sebesar $35,5 juta pada 2003. Pada 2004, SMC membeli 51% saham Berri Ltd. perusahaan pembuat jus Australia sebesar $97,9 juta. Pada 2004, penjualan internasional menyumbang 13% total pendapatan dibandingkan 10% pada tahun 2003. Pada 2005, SMC melaksanakan akusisi internasional terbesar dengan mengambil alih National Foods Ltd., perusahaan terbesar penjualan produk susu di Australia dengan harga P80,38 miliar. Satu tahun kemudian, SMC membeli perusahaan berbasis di Singapura yaitu Del Monte Pacific Ltd. sebesar $420 juta yang merupakan perusahaan pengalengan nanas terbesar di regional. SMC kemudian mengabungkan operasional National Foods dengan Berri.

Pada 2006, SMC menjual 65% sahamnya di Coca-Cola Bottlers Philippines, Inc. (termasuk di anak perusahaannya yaitu Cosmos Bottoling dan Philippine Beverage Partners) kepada The Coca-Cola Company (TCCC) dengan harga $590 juta. Pada November 2007, SMC menjual Boag's kepada Lion Nathan dengan harga A$325 juta. Di bulan yang sama, SMC juga menjual National Foods kepada Kirin dengan nilai ¥294 miliar.

Krisis keuangan dunia pada 2008-2009 banyak menyebabkan perusahaan menahan ekspansiya, SMC tetap berinvestasi besar-besaran sebagai strategi untuk mempercepat pertumbuhan dan meningkatkan margin.

Pada 2010, SMC mengakusisi kontrol mayoritas dari Petron Corporation.

Pada April 2012, SMC membeli 49% saham minoritas  Philippine Airlines (PAL) Holdings dengan nilai mencapai US$500 juta untuk merevitalisasi  PAL dan Air Philippines. Pada 15 September 2014, SMC menjual sahamnya di PAL Holdings sebesar kurang lebih $1,3 miliar dan melepaskan kontrol manajemen kembali kepada grup Lucio Tan.

SMC juga berekspansi ke bisnis minyak dan energi dengan mengakusisi 65% saham Esso Malaysia Berhad, 100% saham ExxonMobil Borneo Sdn Bhd dan 100% sahan ExxonMobil Malaysia Sdn Bhd dengan nilai mencapai US$577,3 juta.

Pada Oktober 2012, SMC membeli 24% sahamnya yang dimiliki pemerintah melalui Coconut Industry Investment Fund (CIIF) companies dengan membayar CIIF P57.6 miliar

Pada 2017, Iñigo Zóbel, anak dari Enrique Zóbel menjadi pemegang saham biasa terbesar SMC dengan memiliki 66,1% melalui perusahaan induk, Top Frontier Investment Holdings, Inc.

Dalam pernyataan terpisah pada 30 Mei 2016, Globe Telecom dan PLDT masing-masing akan membeli setengah dari saham Vega Telecom yang dimiliki oleh SMC dengan biaya mencapai P69,1 miliar. Akusisi ini melibatkan P52,08 miliar untuk 100% kepemiikan saham di Vega Telecom dan dengan asumsi P17,02 miliar merupakan liabilitas.

Pada 6 November 2017, SMC mengumumkan konsolidasi bisnis minumannya ke dalam San Miguel Pure Foods Company, Inc.  melalui kesepakatan pertukaran saham senilai $6,6 miliar. San Miguel Pure Foods Company akan membeli 7,86 miliar saham San Miguel Brewery Inc. dan 216,97 juta saham Ginebra San Miguel Inc. dari SMC. Pasca konsolidasi, San Miguel Pure Foods Company akan berubah nama menjadi San Miguel Food and Beverage, Inc.

Paska proyek ambisius bandara di Bulacan, Pimpinan utama SMC Ang mengumumkan rencana untuk melindungi dan mengembalikan kondisi 12.000 hektar garis pantai Bulacan-sebagai bagian dari pengembangan badara. Hal ini dilakukan untuk melindungi dan menghidupkan kembali area perikanan pantai di sekitar bandara dan menjamin keberlanjutan lingkungan di sekitar fasilitas dan untuk menghidupkan kembali industri budi daya perikanan.