Jabarkan Karya awal pascaperang (1946–1954) dari Eiji Tsuburaya

Meskipun Toho tidak terpengaruh oleh pengeboman Tokyo, karena perusahaan tersebut berlokasi di Seijo, jumlah produksi film berkurang karena Pendudukan Jepang. Oleh karena itu, perusahaan tersebut hanya memproduksi 18 film pada tahun 1946, dengan Tsuburaya mengerjakan delapan film di antaranya. Pada tahun yang sama, Tsuburaya menjadi kepala departemen produksi efek khusus di Toho dan mendirikan unit sinematografi, komposisi, seni, dan pengembangannya. Sejak ia dan unit efeknya di perusahaan tersebut memiliki sedikit film untuk dikerjakan, mereka juga mulai menguji lukisan matte dan pencetakan optik.

Toho berada di ambang pembubaran karena  yang terjadi di studio selama akhir tahun 1940-an. Menurut Akira Tsuburaya, ayahnya harus menyelinap di sekitar polisi Jepang dan tank AS yang dikerahkan selama pemogokan dan perselisihan ini untuk dapat bekerja. Untuk mengusir polisi, para pemogok tenaga kerja mendirikan barikade, menggunakan kipas besar, yang dibuat oleh departemen efek khusus perusahaan, dilengkapi dengan mesin tempur Zero yang digunakan Tsuburaya selama perang. Peristiwa ini mengarah pada pembuatan Shintoho; Tsuburaya membuatkan efek untuk film pertama studio tersebut, A Thousand and One Nights with Toho (1947).

Pada akhir Maret 1948, Tsuburaya dibersihkan dari Toho oleh Panglima Tertinggi Sekutu karena keterlibatannya dalam film propaganda selama Perang Dunia II. Pejabat pendudukan AS dilaporkan mengusirnya dengan asumsi ia memiliki akses ke dokumen rahasia saat membuat miniatur komprehensif yang ditampilkan dalam The War at Sea from Hawaii to Malaya, yang membuat mereka menyimpulkan secara tidak akurat bahwa ia adalah mata-mata. Akibatnya, Toho membubarkan divisi efek khususnya dan Tsuburaya, bersama putranya Hajime, mendirikan perusahaan efek khusus mandiri , sebuah badan hukum tidak resmi. Sejak saat itu, ia bekerja di studio film besar di luar Toho tanpa kredit layar.

Pada tahun 1949, lima produksi utama Daiei Film yang menampilkan efek yang disutradarai oleh Tsuburaya dirilis ke bioskop-bioskop Jepang: The White Haired Fiend karya Bin Kato pembuat film horor Jepang, Flowers of Raccoon Palace karya Keigo Kimura, The Rainbow Man karya Kiyohiko Ushihara, The Ghost Train karya Akira Nobuchi, dan The Invisible Man Appears karya Nobuo Adachi. Film yang terakhir ini adalah film fiksi ilmiah Jepang pertama yang sukses, serta adaptasi pertama novel The Invisible Man karya H. G. Wells di negara tersebut. Dibuat dengan mempelajari adaptasi film tahun 1933 dengan nama yang sama dari novel Wells, Daiei memiliki maksud supaya film ini menjadi pemulihan pasca-perang skala penuh Tsuburaya, menampilkan efek khusus yang kualitasnya lebih unggul daripada efek yang ada dalam serial film The Invisible Man dari Universal Pictures. Tsuburaya, bagaimanapun, kecewa dengan kekurangan kompetensinya dalam proyek tersebut dan melepaskan ambisinya untuk menjadi karyawan Daiei setelah The Invisible Man Appears selesai.

Pada tahun 1950, Tsuburaya memindahkan beberapa peralatan dan karyawan di Laboratorium Teknologi Khusus Tsuburaya ke kantor pusat Toho; perusahaan independennya hanya berukuran enam tikar tatami di dalam Toho Studios. Pada tahun yang sama, ia terus mengarahkan efek khusus untuk film dari perusahaan lain, termasuk film anti perang dari Toyoko Eiga berjudul Listen to the Voices of the Sea. Sambil perlahan membangun kembali Departemen Seni Khusus perusahaan tersebut, ia memfilmkan semua kartu judul, pracuplik, dan logo film Toho dari tahun 1950 hingga 1954. Kabarnya produksi pertama yang menampilkan kontribusi besar oleh Tsuburaya sekembalinya ke Toho adalah film tahun 1950 yang disutradarai oleh Hiroshi Inagaki dan berdasarkan pada kehidupan pendekar pedang Jepang Sasaki Kojirō. Selama periode ini, Tsuburaya juga mengerjakan film Toho seperti film anti-perang karya Senkichi Taniguchi berjudul Escape at Dawn (1950), mengarahkan efek untuk  karya Taniguchi, mementaskan kapal miniatur untuk menggambarkan pertempuran dalam  karya Hiroshi Inagaki, dan mengarahkan efek untuk The Lady of Musashino karya Kenji Mizoguchi.

Pada Februari 1952, pengasingan Tsuburaya dari jabatan publik secara resmi dicabut. Pada bulan yang sama, film panjang kedua Ishirō Honda, The Skin of the South, dirilis di bioskop Jepang. Tsuburaya mengarahkan efek film untuk adegan angin topan dan tanah longsor, yang merupakan pengalaman pertamanya bertindak sebagai sutradara efek pada film oleh sutradara Godzilla kelak. Tsuburaya berkolaborasi dengan Honda dan produser Tomoyuki Tanaka dalam The Man Who Came to Port pada akhir tahun itu: hal ini menandai pertama kalinya ketiga orang tersebut, yang dianggap sebagai pencipta Godzilla, berkolaborasi satu sama lain.

Selama Perang Dunia II, Toho mulai meneliti film 3D dan menyelesaikan proses film 3D yang dikenal sebagai "Tovision". Meskipun proyek tersebut ditinggalkan, namun kemudian dihidupkan kembali ketika film 3D Bwana Devil (1952) menjadi hit box office di Amerika Serikat. Oleh karena itu, perusahaan memproduksi film 3D pertamanya, The Sunday That Jumped Out (1953) karya Takeo Murata ko-penulis Godzilla kelak. Film ini menampilkan sinematografi oleh Tsuburaya, yang merekam film pendek tersebut dengan menggunakan kamera saling kunci. Setelah menyelesaikan The Sunday That Jumped Out, Murata mendiskusikan pembuatan film kaiju tentang paus raksasa yang menyerang Tokyo, yang dibuat oleh Tsuburaya tahun sebelumnya. Oleh karena itu, Tsuburaya menyerahkan kembali konsep produksi ini kepada produser Iwao Mori. Meskipun proyek ini tidak pernah terwujud, unsur-unsurnya dimasukkan dalam draf awal Godzilla tahun berikutnya.

Proyek Tsuburaya selanjutnya, epik perang Eagle of the Pacific (1953), adalah kemitraan penting pertamanya dengan Ishirō Honda. Karena film tersebut menampilkan banyak rangkaian efek dari The War at Sea from Hawaii to Malaya, Tsuburaya hanya menggunakan sedikit kru untuk merekam efek barunya. Setelah dirilis, film tersebut dilaporkan menjadi produksi pasca-perang pertama Toho yang mendapatkan keuntungan kotor  (). Tahun berikutnya, ia dan Honda berkolaborasi dalam film perang lainnya, Farewell Rabaul, dirilis di bioskop Jepang pada Februari 1954, untuk memoderasi kesuksesan box office. Efeknya untuk tugas ini lebih maju daripada efek yang digunakan untuk Eagle of the Pacific, karena menampilkan lebih banyak pendekatan dan sintesis teknologinya. Karena kesuksesan Eagle of the Pacific dan Farewell Rabaul, Tomoyuki Tanaka yakin Tsuburaya harus membuat lebih banyak film tokusatsu dengan Honda. Film Tsuburaya berikutnya menjadi hit global pertama Jepang dan membuatnya mendapat perhatian internasional.