Jabarkan Lyon (2017) dari Alex Morgan

Pada 5 Januari 2017, Morgan menandatangani kontrak dengan Prancis Olympique Lyonnais (Lyon) dengan bayaran $33.000 per bulan. Kontraknya untuk enam bulan termasuk opsi untuk musim tambahan.

Dia membuat debutnya di Divisi 1 Féminine 2016–17 pada 14 Januari saat menang 3-0 melawan En Avant de Guingamp dan mencatatkan dua assist. Selama pertandingan melawan ASPTT Albi pada 17 Maret, dia mencetak dua gol di babak kedua untuk membantu timnya untuk menang 5-0. Pada 7 Mei, dia mencetak dua gol selama kemenangan tim 9-0 atas ASJ Soyaux setelah klub itu bernama juara liga untuk musim kesembilan berturut-turut. Dia mencetak lima gol dalam delapan penampilannya selama musim reguler.

Pada 12 Maret, Morgan mencetak hat-trick melawan Rodez untuk memimpin Lyon menang 6-0 dan maju ke semi-final Piala Prancis. Dia mencetak empat gol dan mencatat dua assist selama pertandingan semi-final melawan Hénin-Beaumont (tiga dari empat terjadi dalam rentang sepuluh menit). Lyon memenangkan Piala setelah adu penalti pada 19 Mei. Morgan tidak bermain selama final Piala Prancis karena cedera hamstring yang diderita selama pertandingan melawan Paris Saint-Germain.

Morgan membuat debutnya di Liga Champions Wanita UEFA 2016–17 di perempat final pada 23 Maret saat tim menang 2-0 atas VfL Wolfsburg. Pada 1 Juni, ia memulai Final Liga Champions Wanita UEFA 2017 tetapi diganti setelah 23 menit karena cedera hamstring. Lyon memenangkan pertandingan setelah adu penalti.