Jabarkan Penyegelan dan alih fungsi dari Katedral Moskwa

Seusai Revolusi Rusia tahun 1917, kaum Bolsyewik menggulingkan pemerintah sementara, dan Rusia dijadikan bagian dari negara baru Uni Soviet. Karena propaganda paham ateisme oleh negara adalah salah satu unsur ideologi Marxisme–Leninisme, banyak gereja disegel pemerintah Uni Soviet. Paroki Santo Petrus dan Paulus secara resmi dibubarkan pemerintah Uni Soviet pada tahun 1929, dan perayaan Misa dilarang. Sebagian besar halaman gereja diambil alih pemerintah pada tahun 1935 (dijadikan lokasi pembangunan sebuah gedung sekolah setahun kemudian), dan gereja akhirnya disegel pada tanggal 30 Juli 1938 (gereja Santo Petrus dan Paulus sudah lebih dahulu disegel 9 hari sebelumnya). Harta benda gereja habis dijarah sesudah penyegelan. Banyak barang, termasuk altar utama dan orgel, yang hilang tak berbekas. Bangunan gereja dimanfaatkan sebagai toko sayur-mayur selama beberapa bulan, kemudian direkonstruksi menjadi asrama empat lantai.

Sikara pada menara utama dibongkar saat berlangsungnya Pertempuran Moskwa, agar tidak dimanfaatkan sebagai tengara tanah oleh Luftwaffe. Tak lama sesudah perang berakhir pada tahun 1945, sebagian halaman gereja dipakai sebagai lokasi pendirian satu blok apartemen. Kebakaran pada tahun 1956 meruntuhkan menara lentera di puncak kubah menara utama. Penghuni gedung dipindahrumahkan sedikit demi sedikit, dan gedung selanjutnya diambil alih para anggota lembaga penelitian Mosspetspromproekt (). Kegiatan utama lembaga penelitian ini adalah membuat gambar-gambar proyek untuk fasilitas-fasilitas industri, tetapi juga merancang kaldron api Olimpiade yang dipasang di Stadion Lenin dalam rangka penyelenggaraan Olimpiade Musim Panas 1980.

Pada tahun-tahun dasarwa 1960-an dan 1970-an, bagian luar gereja kian rusak tak berbentuk. Salah satu pihak yang prihatin melihat kerusakannya adalah musikus bard Rusia, Vladimir Vysotsky, yang rumahnya berseberangan jalan dengan gereja. Pada tahun-tahun akhir dasawarsa 1970-an, dewan pemerintah kota Moskwa berencana merenovasi gedung ini, mungkin untuk dijadikan balai konser resital orgel atau kantor pusat lembaga budaya. Rencana tersebut tak kunjung terlaksana karena ditentang lembaga penelitian Mosspetspromproekt.