Jabarkan Filogeni dari Kryptodrakon

Penulis utama melakukan analisis kladistika, yang paling ekstensif yang pernah diterbitkan tentang Pterosauria dan menyediakan definisi klad untuk sebagian besar kelompok pterosauria yang sebelumnya belum terdefinisikan. Analisis menunjukkan bahwa Kryptodrakon adalah spesies saudara dari seluruh anggota Pterodactyloidea yang diketahui, bersama membentuk kelompok Lophocratia, dan juga pterodactyloid paling basal yang diketahui, jika Pterodactyloidea didefinisikan sensu Padian 2004 juga mengandung spesies tersebut yang memiliki sebuah metakarpal dengan setidaknya 80% dari panjang humerus, homolog dengan Pterodactylus. Spesies ini diperkirakan sekitar lima juta tahun lebih tua daripada pterodactyloid tertua yang sebelumnya pernah ditemukan. Satu pterodactyloid yang seharusnya lebih tua, yang diwakilkan dengan satu rahang yang cuma sebagian dirujuk pada kelompok Ctenochasmatidae, yang telah dideskripsikan dari Jura Tengah di Britania Raya. Namun, spesimen ini mungkin merepresentasikan seekor buaya purba Teleosauridae ketimbang pterosaurus.

Dibawah adalah kladogram yang menunjukkan hasil analisis filogenetis ditunjukkan oleh Longrich, Martill, and Andres, 2018.