Jabarkan 2000 - 2009 dari Gilead Sciences

Viread (tenofovir) mendapat persetujuan pertama pada tahun 2001 untuk pengobatan HIV.

Pada tahun 2002, Gilead memutuskan untuk memfokuskan bisnisnya pada antivirus, dan menjual aset obat kankernya ke OSI Pharmaceuticals dengan harga $200 juta.

Pada bulan Desember 2002, Gilead dan Triangle Pharmaceuticals mengumumkan bahwa Gilead akan mengakuisisi Triangle dengan harga sekitar $464 juta. Obat terkemuka buatan Triangle adalah emtrisitabin yang hampir disetujui oleh FDA. Triangle juga memiliki dua antivirus lain. Pada tahun 2002 juga, perusahaan ini mengumumkan bahwa untuk pertama kalinya mereka berhasil meraih laba. Pada tahun yang sama, Hepsera (adefovir) juga disetujui sebagai pengobatan untuk hepatitis B kronis, dan Emtriva (emtrisitabin) disetujui untuk pengobatan HIV.

Selama periode tersebut, Gilead pun menyelesaikan evolusinya dari sebuah perusahaan rintisan bioteknologi menjadi sebuah perusahaan farmasi. San Francisco Chronicle mencatat bahwa pada tahun 2003, kantor pusat Gilead di Foster City telah berkembang menjadi "tujuh bangunan berwarna seperti pasir yang mengelilingi sebuah danau kecil tempat bebek berenang dengan gembira." Sebagaimana banyak perusahaan rintisan lain, Gilead awalnya menyewa kantor pusatnya, tetapi pada tahun 2004, perusahaan ini membayar $123 juta untuk membeli gedung kantor pusatnya dari pemilik awalnya. Namun, bahkan setelah mengembangkan kemampuannya untuk mendistribusikan dan menjual obat buatannya sendiri, Gilead tetap berbeda dengan sebagian besar perusahaan farmasi, karena sangat bergantung pada subkontraktor untuk memproduksi sebagian besar obat buatannya sendiri.

Pada tahun 2004, Gilead meluncurkan Truvada. Beberapa tahun kemudian, berkat upaya dari kelompok aktivis dan kelompok lain, Gilead yakin bahwa kombinasi dosis tetap dari tenofovir dan emtrisitabin dapat digunakan sebagai profilaktik pra-eksposur untuk melawan transmisi HIV.

Pada tahun 2004, selama pandemi flu burung, pendapatan Gilead Sciences dari penjualan Tamiflu meningkat hampir empat kali lipat menjadi $44,6 juta, karena lebih dari 60 negara menyetok obat antivirus tersebut, padahal pada tahun 2003, perusahaan ini mengalami kerugian. Dengan naiknya harga saham perusahaan ini, Menteri Pertahanan Amerika Serikat Donald Rumsfeld pun menjual saham perusahaan ini yang ia pegang, sehingga ia untung sebesar lebih dari $5 juta. Walaupun begitu, ia tetap memegang saham perusahaan ini yang bernilai hingga $25 juta pada akhir tahun 2004. Penjualan Tamiflu kembali hampir meningkat empat kali lipat pada tahun 2005 menjadi $161,6 juta, sehingga harga saham perusahaan ini juga meningkat tiga kali lipat. Sebuah berita pada tahun 2005 menunjukkan bahwa Rumsfeld memiliki saham perusahaan ini senilai hingga $95,9 juta, dan dari saham tersebut, ia mendapat deviden hingga $13 juta. Laba yang diperoleh Rumsfeld dari investasinya di  Gilead selama pandemi saat masih menjabat sebagai menteri pun memicu kontroversi, dengan sejumlah media massa memberitakan investasinya sebagai sebuah konflik kepentingan, terutama setelah Departemen Pertahanan Amerika Serikat memesan Tamiflu senilai $58 juta untuk diberikan ke pasukan Amerika Serikat pada bulan Juli 2005. Pada tanggal 27 Oktober 2005, Rumsfeld menarik diri dari pengambilan keputusan apapun terkait obat tersebut. New York Times pun memberitakan bahwa "Rumsfeld akan tetap terlibat dalam respon Departemen Pertahanan Amerika Serikat terhadap pandemi, sepanjang tidak mempengaruhi Gilead."

Pada tahun 2006, Gilead menyelesaikan dua akuisisi yang memungkinkannya untuk berekspansi ke bisnis terapeutik kardiovaskular dan pernapasan. Di bawah perjanjian dengan GlaxoSmithKline, Myogen memasarkan Flolan (epoprostenol sodium) di Amerika Serikat untuk pengobatan hipertensi paru primer. Selain itu, Myogen juga mengembangkan darusentan, sebuah antagonis reseptor endotelin, yang berpotensi menjadi pengobatan untuk hipertensi resisten.

Pada tahun 2006, perusahaan ini mengakuisisi Corus Pharma, Inc. dengan harga $365 juta. Akuisisi tersebut pun menandai ekspansi Gilead ke bidang pernapasan. Corus mengembangkan lisin aztreonam untuk pengobatan pasien fibrosis sistik yang terinfeksi Pseudomonas aeruginosa.

Pada bulan Juli 2006, Food and Drug Administration (FDA) menyetujui Atripla, sebuah obat tablet untuk HIV, dengan menggabungkan Sustiva (efavirenz), sebuah produk Bristol-Myers Squibb, dengan Truvada (emtrisitabin dan tenofovir disproksil), sebuah produk Gilead.