Jabarkan Kepelatihan dari Angel Alfredo Vera

Di minggu ke-14 Indonesia Soccer Championship A 2016, Alfredo Vera menggantikan Jafri Sastra sebagai pelatih kepala Persipura Jayapura, ia dipercaya membangkitkan kembali tim setelah di bawah asuhan Jafri Sastra berada di papan bawah. pada Awalnya, ia dianggap 'tidak layak' melatih tim tersebut. Pertandingan pertamanya sebagai manajer untuk klub adalah pertemuan versus Bhayangkara F. C. di mana asuhannya Persipura menang dengan skor 2-1. Setelah itu, pada pertandingan berikutnya mereka mendapatkan kemenangan berturut-turut menghadapi Mitra Kukar dan Persegres Gresik. pada akhir musim ini, timnya mengalami dua kekalahan dalam 21 pertandingan dibandingkan dengan empat kekalahan dalam 14 pertandingan di bawah Jafri Sastra. Ia juga membawa timnya mendapatkan lima kemenangan dan empat hasil imbang di mana mereka menjuarai liga. keberhasilannya ini tidak lepas dari kemampuannya untuk berkomunikasi dengan pemain dan melihat potensi bakat pemain; ia menggunakan formasi 4-3-3 yang mengandalkan dua sayap, Osvaldo Haay dan Ferinando Pahabol.

Pada awal musim 2017, mantan bek ini memutuskan untuk tidak membeli marquee player lagi untuk Persipura Jayapura karena ia mengklaim mereka tidak memerlukan lagi untuk meningkatkan kinerja tim.