Jabarkan Kematian dari Yagyū Jūbei Mitsuyoshi

Setelah tinggal di Edo selama beberapa tahun setelah kematian ayahnya, Jūbei meninggalkan jabatan pemerintahannya dan kembali ke kampung halamannya di mana ia kemudian meninggal pada awal tahun 1650 oleh sebab yang tidak jelas. Beberapa catatan menyebutkan ia meninggal karena serangan jantung; sedangkan lainnya mengatakan bahwa ia meninggal saat berburu dengan elang; beberapa mengatakan ia meninggal saat memancing ikan, ada juga yang mengatakan ia dibunuh oleh para pelayan Yagyū Tomonori, saudara tirinya.

Jūbei dimakamkan di suatu desa kecil bernama Ohkawahara Mura dekat dengan tempat kelahirannya, tempat ini juga tempat pemakaman Tomonori. Mengikuti tradisi, Yagyū Jūbei dimakamkan di sebelah kakeknya, Yagyū Munetoshi. Ia meninggalkan dua anak perempuan serta seorang saudara dan ahli warisnya Yagyū Munefuyu. Jūbei mendapatkan nama pemberian anumerta penganut Buddha, Sohgo.