Jabarkan Kerusakan dari Situs Warungboto

Menurut sumber-sumber kepustakaan abad 19, kerusakan situs ini dalam skala besar terjadi ketika Inggris melakukan agresi ke Yogyakarta pada 1812. Beberapa pesanggrahan yang ada di Yogyakarta turut menjadi sasaran, termasuk Taman Sari dan Warungboto. Taman Sari sendiri saat itu dijadikan sebagai gudang persenjataan kesultanan. Setelah mengalami kekalahan telak, pesanggrahan-pesanggrahan tersebut sempat terabaikan. Kondisi kesultanan tidak kondusif untuk melakukan rekreasi. Kondisi ini berlanjut karena pada 1825–1830 terjadi Perang Diponegoro. Situs ini mengalami kerusakan kembali pada 10 Juni 1867 akibat gempa bumi. Menurut catatan Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika (BMKG) Yogyakarta serta Newcomb dan McCann, gempa tersebut telah merusak bangunan vital di Yogyakarta, yaitu Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat, Benteng Vredeburg, Tugu Golong Gilig, Taman Sari, dan Situs Warungboto sendiri. Gempa itu menyebabkan beberapa fondasi bangunan situs tersebut rusak.

Menurut analisis yang dilakukan oleh Rohman, sebagaimana ditunjukkan dalam dokumentasi foto Gondhojoewono, kolam pemandian situs ini tetap digunakan oleh masyarakat yang tinggal di sekitar lokasi hingga sekitar tahun 1935, meskipun beberapa bagian telah rusak. Namun, situs itu seperti terlupakan begitu saja setelah Indonesia merdeka, meskipun fungsi tempat ini sama dengan Taman Sari. Hal ini kemungkinan disebabkan karena lokasinya yang agak jauh dari pusat keraton. Terakhir, gempa bumi yang terjadi di Yogyakarta dan sebagian Jawa Tengah pada 27 Mei 2006 memperparah kerusakan sisa-sisa bangunan Warungboto yang masih ada. Namun, sebagian sisa-sisa bangunan tersebut seperti bangunan pendapa dan kolam bundar secara parsial masih bisa diselamatkan. Hal inilah yang mendorong dilakukannya pemugaran bagian pendapanya pada 2009.