Jabarkan Kolonel Udara Soewondo (1966—1968) dari Komando Operasi Udara III

Kolonel Udara Mohammad Slamet (1968—1974)

Kolonel Udara AR Alamsyah (1974—1976)

Marsma TNI Aried Riyadi (1976—1983)

Saat bernama Komando Operasi AU III:

Marsda TNI Tamsil Gustari Malik (2018—2019)

Marsda TNI Andyawan Martono Putra (2019—2020)

Marsda TNI Novyan Samyoga (2020—2021)

Marsda TNI Purwoko Aji Prabowo (2021)

Marsda TNI Bowo Budiarto (2021)

Marsda TNI Samsul Rizal (2021—2022)

Saat bernama Komando Operasi Udara III Validasi Organisasi:

Marsda TNI Samsul Rizal (2022—2022)

Marsda TNI T.B.H. Age Wiraksono, S.Ip., M.A. (2022—2023)

Marsda TNI Donald Kasenda, S.T., S.Ip., M.M. (2023—Sekarang)

Kekuatan udara yang tergabung kedalam komando operasi ini:

Koopsud III mencakup wilayah timur, markas komando di kompleks Lanuma Manuhua Biak. Koopsau III membawahi beberapa pangkalan udara dan juga Detasemen TNI AU.