Jabarkan Pemunculan dari Gendo Ikari

Peran Gendo dan keseluruhan karakter dalam manga hampir sama, hanya ada sedikit perbedaan. Gendo ditampilkan lebih antagonis lagi terhadap Shinji daripada di anime, pertama kali ditampilkan ketika dia menyebut putranya pengecut karena menolak menjadi pilot Eva. Kemudian, ketika Shinji pulih, Gendo memeriksa Rei di rumah sakit dengan Shinji yang mengawasi mereka berdua dan bahkan melakukan kontak mata Gendo. Meski demikian, Gendo tidak mengacuhkannya.

Setelah pertempuran melawan Bardiel, di mana pilot Unit 03 Toji terbunuh, dia memanggil Kaji dan memintanya untuk membawa Shinji kepadanya. Gendo membacakan daftar tuduhan kriminal setelah Shinji bertanya pada ayahnya apakah dia ingin menyampaikan sesuatu kepada Kaji. Tanggapan ini menyebabkan Shinji mencoba meninju ayahnya. Ketika Kaji menahannya, Shinji mulai membentak ayahnya, mengatakan bahwa dia tidak pernah ingin bertemu dengan ayahnya lagi. Tanggapan Gendo terhadap hal ini sama dengan di anime: menghapus Shinji dari rekam NERV. Ketika Zeruel menyerang, setelah Rei gagal mengaktifkan Unit 01, dia menuju ke hanggar mencoba membuat Dummy System bekerja, yang terbukti sia-sia. Langkah pertama yang dilakukan Gendo dalam kesusahannya, adalah bertanya dengan panik mengapa Unit 01 (dengan ekstensinya, Yui) menolaknya, dan mengingat Shinji. Tak lama setelahnya, kemunculan kembali anaknya di hanggar benar-benar mengejutkan Gendo.

Sama seperti di anime, SEELE mulai memiliki keraguan serius tentang motif dan kesetiaan Gendo setelah Unit 01 menyerap S² Engine milik Zeruel. Ini menyebabkan mereka mengirimkan Kaworu Nagisa untuk mengawasi Gendo. Selama Shinji berada di Evangelion Unit 01, dia membayangkan dirinya membunuh Gendo. Setelah itu, Gendo sekali lagi terus mengikuti alur anime, selama melalui pembelaannya kepada SEELE, dia terus melanjutkan rencananya untuk mengendalikan Proyek Instrumentalitas Manusia. Dia kemudian menelan Adam alih-alih mencangkokkannya ke tangannya. Selain itu, Adam kemudian muncul di tangan kirinya, bukan di kanan.

Selama Invasi NERV, dia menyelamatkan Shinji sebelum dibunuh oleh tentara JSSDF dengan memproyeksikan AT Field dari tangan kirinya, yang sekarang telah tertanam Adam. Gendo juga mengungkapkan kegilaannya dengan rencananya untuk menggunakan Third Imapact untuk menjadi Tuhan dan meminta anaknya untuk menjadi pilot Unit 01 sekali lagi untuk membantu rencananya, karena apa yang telah dialami Shinji, ia sekarang dapat memahami Gendo. Dia melindungi Shinji dan Misato melarikan diri ke hanggar Unit 01, dan yakin Shinji akan melakukan apa yang dia perintahkan.

Seperti di anime, Ritsuko mencoba menghentikan Gendo tetapi gagal karena sistem Magi menolak perintahnya. Gendo menembak Ritsuko dengan fatal dan mencoba bergabung dengan Rei, yang bagaimanapun, mengingat Shinji menolak Gendo dengan memutuskan tangannya, bukan lengannya sendiri dan menyerap Adam, dan bergabung dengan Lilith. Namun, bukannya Rei merobeknya menjadi dua, Ritsuko (yang selamat dari tembakan) mampu menembaknya di tenggorokan. Dia jatuh ke tanah berlutut tak lama setelah itu. Saat dia sekarat, dia dikunjungi oleh Yui. Gendo bertanya apakah ini hukumannya karena telah menyebabkan Shinji begitu menderita. Yui menjelaskan bahwa Shinji yang akan menjadi orang yang menentukan masa depan dunia dan memberi tahu Gendo alasan mereka dipertemukan adalah untuk membawa Shinji ke dunia. Yui kemudian menjelaskan bahwa dia akan tetap berada di dalam Eva 01 untuk melindungi Shinji, dan Gendo telah melanggar tujuan itu. Gendo menyadari bahwa dia benar-benar tidak pernah mencintai Shinji dan Yui memintanya untuk mengingat pertama kali dia bertemu anaknya. Dia kemudian memiliki pandangan lain tentang pertama kali dia bertemu Shinji dan pertama kali dia mencintainya anaknya. Dia akhirnya mati dengan memahami niat Yui. Sementara semua orang lain di Bumi kembali ke genangan LCL karena Anti A.T. Field global, jenazah Gendo sendiri tetap utuh saat dia mati.