Jabarkan Melawan Shanyue dari He Qi

Pada tahun 208, Sun Quan mengangkat He Qi sebagai Jenderal Keluarga Kerajaan dengan Kekuatan Militer (威武中郎將) dan menugaskannya menghadapi para pemberontak Shanyue di Kekomandanan Danyang (丹陽郡). Ketika He Qi dan pasukannya berbaris menuju wilayah Yi dan She, empat desa di sepanjang perjalanannya menyerah kepadanya. Buku Baopuzi karya Ge Hong menyebutkan sebuah cerita, di mana para pemberontak Shanyue mencoba memakai sihir untuk menghentikan He Qi. Sihir mereka dapat membuat senjata logam tidak berguna dan membalikkan panah kembali pada para pemanahnya. Ketika mendengar desas-desus ini, He Qi konon mengatakan, "Saya tahu bahwa ada cara untuk menghalau pedang logam yang tajam dan juga ada penawar untuk racun ular. Bagaimanapun juga, apabila kita tidak memakai pedang logam dan racun ular, maka siasat tersebut tidak akan berpengaruh apa-apa." Ia kemudian memerintahkan pasukannya memakai senjata gada dari kayu untuk melawan musuh tersebut dan mengalahkan mereka.

Setelah menaklukkan pemberontakan Shanyue, He Qi menyarankan Sun Quan untuk mereformasi distrik administratif di daerah Kekomandanan Danyang. Sun Quan kemudian mengubah satu desa menjadi wilayah, dan memecah wilayah Yi dan She menjadi beberapa wilayah yang lebih kecil, dan mengelompokkan beberapa wilayah kecil tersebut di dalam sebuah kekomandanan baru, yaitu Kekomandanan Xindu (新都郡). Ia lalu menunjuk He Qi sebagai Administrator (太守) Kekomandanan Xindu dan mempromosikannya ke pangkant Letnan Jenderal (偏將軍).

Pada tahun 211, seorang Lang Zhi (郎稚) dari Wilayah Yuhang (餘杭縣) berhasil meyakinkan beberapa ribu petani untuk bergabung dengan pemberontakan suku-suku Shanyue menentang pemerintahan Sun Quan. Setelah He Qi memadamkan pemberontakan tersebut, ia menyarankan Sun Quan untuk memecah Wilayah Yuhang menjadi dua wilayah. Sun Quan menyetujuinya. Pada tahun 213, sekitar 10.000 orang di Kekomandanan Yuzhang (豫章郡) melakukan pemberontakan, He Qi kemudian memadamkan pemberontakan tersebut lagi dan mengeksekusi para pemimpin pemberontakan. Ia kemudian memilih orang-orang terkuat dari para pemberontak yang menyerah untuk menjadi tentara dan memilih sisanya untuk didaftarkan menjadi warga kekomandanan Yuzhang. Karena jasanya ini, Sun Quan mengangkatnya menjadi Jenderal dengan Kedigdayaan yang Memberi Semangat (奮武將軍)