Jabarkan Tropheryma whippelii (Penyakit Whipple) dari Trimetoprim/sulfametoksazol

Yersinia enterocolitica Yersinia pestis (pes bubo)

Yersinia pseudotuberculosisBeberapa organisme yang resisten terhadap kotrimoksazol adalah Pseudomonas aeruginosa, mycoplasma, dan Francisella tularensis (organisme penyebab tularemia).

Kotrimoksazol dikontraindikasikan pada pasien hamil, walau kategori kehamilan di Australia adalah C dan di Amerika kategori adalah D. Penggunaan kotrimoksazol selama trimester pertama (selama organogenesis) dan 12 minggu sebelum kehamilan dapat menyebabkan cacat pada janin. Penggunaan kotrimoksazol juga meningkatkan risiko persalinan prematur (nisbah jangkaan: 1,51) dan berat bayi saat lahir yang rendah (nisbah jangkaan: 1,67). Penelitian pada hewan juga menunjukkan hal yang serupa. Kotrimoksazol juga terdapat dalam ASI dan karena hal itu tidak disarankan untuk menyusui selama pengobatan dengan kotrimoksazol.