Jabarkan Theresia (1652-1653), dari Eleonora Magdalena Gonzaga

Eleonora Maria Józefa (1653-1697) menikah

tahun 1670, dengan Michał Korybut Wiśniowiecki (1640-1673), raja Polandia

tahun 1678, dengan Karl V (1643-1690), adipati Lorraine

Maria Anna Josepha (1654-1689) menikah

tahun 1678, dengan Johann Wilhelm (1658-1716), pangeran elektor Pfalz

Eleonora adalah putri sulung Carlo II Gonzaga dan Maria Gonzaga. Leluhurnya berasal dari keturunan wangsa-wangsa Gonzaga, Lorraine, Clèves, Medici, Savoie, Spanyol dan dengan demikian Habsburg.

Eleonora dianggap sebagai seorang wanita yang sangat berbudaya dan saleh. Ia menulis puisi, memimpin akademi sastra, dan mempromosikan kehidupan budaya Wina. Meskipun ia seorang penganut agama Katolik, ia sangat toleran terhadap para penulis Protestanisme. Ia mendirikan beberapa biara, termasuk biara Ursulin di Wina. Ia juga menjadi pelindung ordo Karmelit yang diciptakan pada tahun 1662 di Wina. Demikian juga, ia mendirikan tatanan agama yang disebut Hamba Kebajikan (Sklavinnen der Tugend).

Wina juga bertanggung jawab atas perluasan Hofburg. Pada bulan Februari 1668 sebuah kecelakaan kebakaran terjadi di kastil dan menghancurkan sebagian besar bangunan, sebuah relikui berbentuk salib yang masih utuh ditemukan beberapa saat kemudian di bawah reruntuhan. Kaisar kemudian mendirikan Sternkreuzorden, Ordo Salib Bintang.

Ketika Eleonora menjadi janda pada tahun 1657, ia melanjutkan kegiatan budaya dan keagamaannya. Ia sangat dekat dengan menantunya, Karl V, Adipati Lorraine yang diasingkan, yang menikahi putrinya Eleonora Maria Józefa. Eleonora dimakamkan di pemakaman kekaisaran di Kaisergruft, Wina.