Jabarkan Mufti Kesultanan Kutai dari Muhammad bin Yahya

Sultan Aji Muhammad Alimuddin memberi jabatan penghulu dan mufti kesultanan yang memiliki wewenang penuh untuk mengurus segala persoalan kesultanan yang berkaitan dengan keagamaan kepada Habib Muhammad bin Yahya. Dia juga memperoleh gelar kehormatan dari Sultan dengan gelar "Raden Syarif Penghulu", kemudian gelar tersebut dilanjutkan dengan gelar "Pangeran Noto Igomo". Selama memangku jabatan tersebut, Pangeran Noto Igomo mengajarkan agama Islam seperti hukum-hukum syariat maupun tasawuf kepada masyarakat Tenggarong dan sekitarnya.

Bersama para ulama, dia mendorong akselerasi dakwah Islam di Kalimantan. Salah satu rekan berdakwah yang menyokong "jihad"-nya tersebut adalah Habib Alwi bin Abdullah al-Habsy, seorang Kapten Arab di Barabai, Hulu Sungai Tengah, Kalimantan Selatan. Keduanya adalah sahabat dekat selama berada di Hadramaut dan dipertemukan kembali di tanah Kalimantan.

Di samping mengurus dan mengajarkan agama, dia juga memperhatikan masalah kesejahteraan rakyat dengan cara mengajak masyarakat menggarap perkebunan. Bersama masyarakat, dia kemudian membuka perkebunan kelapa di Sangkulirang, Kutai Timur; perkebunan rotan di Sandaran, Kutai Timur; dan perkebunan karet di Bukit Jering, Muara Kaman, Kutai Kartanegara.