Jabarkan Tahun-tahun kemudian dari Thomas dari Flandria

Pada tahun 1252, Thomas menikahi Beatrice Fieschi, keponakan Paus Innosensius IV. Mereka memiliki enam orang anak.

Pada tahun 1255, Thomas melindungi wilayahnya di daerah Piedmont melawan kota Asti. Dalam pertempuran di Moncalieri, dia ditawan dan ditahan di Torino. Kedua kota itu berusaha memaksa Thomas untuk mengakui kemerdekaan mereka dari kendali Savoia. Sebagai tanggapan, Paus Aleksander IV menempatkan sebuah larangan terhadap Torino dan Asti, dan Raja Henry III dari Inggris memenjarakan semua orang Lombardia di kerajaannya. Louis IX dari Prancis menangkap 150 saudagar Asti atas desakan istrinya (dan keponakan Thomas) Marguerite. Beatrice dari Savoia melakukan hal yang sama di wilayahnya di Provence. Saudara-saudara Thomas, Pierre dan Filippo memimpin pasukan turun dari Savoia pada tahun 1256, dan mampu memaksa penyelesaian yang dirundingkan pada akhir tahun. Di pemukiman itu, kota-kota diakui sebagai independen, meskipun mereka tidak mencapai manfaat teritorial atau ekonomi yang awalnya mereka cari.

Meskipun ia adalah saudara Amadeus IV, ia tidak pernah menjadi Comte Savoia karena ia meninggal lebih dulu dari keponakannya, Bonifacius, yang juga meninggal tanpa keturunan laki-laki untuk menggantikannya. Thomas memang bertindak sebagai pemangku takhta untuk Bonifacius selama tahun-tahun awal pemerintahannya. Meskipun Thomas meninggalkan putra-putra, setelah kematian Bonifacius, paman-paman yang masih tersisa, adik-adik Thomas, memerintah Contea di Savoia. Putra sulung Thomas dan pewaris Thomas III menganggapnya sebagai ketidakadilan dan tidak berhasil mengklaim Savoia. Namun, begitulah yang terjadi bahwa Filippo I, saudara terakhir Thomas yang masih hidup, menjadikan putra Thomas yang lebih muda Amadeus sebagai pewarisnya di Savoia, meninggalkan putra sulung, Thomas, dan garis keturunan genealogis keturunan darinya keluar dari suksesi Savoia.