Coba jelasin Animasi dari My Little Pony: The Movie dong

Pada tanggal 2 April 2016, setelah mengambil jeda delapan bulan dari Spider-Man: Into the Spider-Verse oleh Sony Pictures Animation, Michel Gagné bergabung dengan film sebagai animator efek. Pada awal Oktober 2016, Gagné melaporkan bahwa Nik Gipe disewa menjadi staf film sebagai asistennya. Dia juga menyebutkan bahwa film itu dianimasikan menggunakan Toon Boom Harmony daripada perangkat lunak animasi Adobe Flash yang biasa digunakan dalam serial televisi. Menurut direktur seni Rebecca Dart, mereka masih ingin mempertahankan tampilan dan nuansa acara televisi, di mana penggunaan Toon Boom Harmony memungkinkan mereka untuk menambahkan "perubahan sederhana namun berdampak" hingga desain untuk layar lebar, seperti kedalaman dan bayangan untuk mata mereka, dan telinga serta kesan lekukan berbentuk hati di bagian bawah kuku mereka. Produksi film berakhir pada 29 Juli 2017.

Awak produksi menggunakan pemodelan 3D sederhana di Autodesk Maya untuk menentukan lokasi kamera, lensa, sudut, pencahayaan kasar, karakter, dan penempatan prop, dan ke arah mana karakter akan mencari dan mengekspresikan. Awak pra-visualisasi dapat menggunakan latar belakang 3D yang menjadi lebih rinci sepanjang pengembangan film untuk mengintegrasikan model karakter 3D sederhana, dan kemudian dapat menguji animasi Toon Boom di atas adegan ini menggunakan penempatan yang dibuat oleh Maya, membantu mempercepat produksi.