Jabarkan Kehidupan pribadi dari Muhammad bin Yahya

Selama hidupnya, Habib Muhammad bin Yahya menikah dengan empat orang perempuan. Pertama, dia menikah di Tarim ketika melakukan perjalanan dari Hadramaut ke Aden melalui Tarim, dari pernikahan tersebut dia tidak memiliki keturunan. Kedua, ketika melakukan perjalanan dari Batavia ke Surabaya dia menikah dengan seorang gadis asal Surabaya yang memberinya anak perempuan bernama Syarifah Fatimah. Ketiga, dia menikah di Ambon ketika melakukan perjalanan dari Surabaya ke Ambon untuk menemui saudara sepupunya, Habib Abdullah bin Ali bin Abdurrahman bin Thahir, dari pernikahan tersebut dia memiliki anak laki-laki bernama Sayyid Ali. Keempat, dia menikah di Tenggarong dengan Aji Aisyah gelar Aji Raden Resminingpuri, anak perempuan Aji Muhammad Alimuddin (Sultan Kutai ke-19) dan kakak Aji Muhammad Parikesit (Sultan Kutai ke-20). Dari pernikahannya dengan Aji Aisyah, dia dianugerahi 9 orang anak, 6 orang laki-laki (Sayid Ahmad, Sayid Umar, Sayid Ali, Sayid Barri, Sayid Abdul Maula, dan Sayid Husein) dan 3 orang perempuan (Syarifah Sehhah, Syarifah Nur, dan Syarifah Fatimah). Karena pernikahnnya dengan bangsawan Kutai, para keturunannya kemudian diberi gelar Aji Sayid untuk laki-laki dan Aji Syarifah untuk perempuan. Aji Raden Sayid Fadly, seorang aktor Indonesia asal Samarinda merupakan salah seorang keturunannya.