Jabarkan Menjadi STAIN Kudus dari Institut Agama Islam Negeri Kudus

Pada bulan Maret 1997 keluar Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 tentang Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri. Dengan berdasarkan Keputusan Presiden tersebut, maka Fakultas Ushuluddin IAIN Walisongo Semarang yang berada di Kudus beralih status dan berdiri sendiri menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Kudus atau yang sekarang lebih dikenal sebagai STAIN Kudus.

Setelah berdiri sendiri menjadi STAIN Kudus, Fakultas Ushuluddin menjadi Jurusan Ushuluddin dan kemudian STAIN Kudus berhasil mengembangkan menjadi beberapa jurusan. STAIN Kudus sampai saat ini (tahun 2016) mempunyai empat jurusan yaitu; Jurusan Ushuluddin, Jurusan Tarbiyah, Jurusan Syari'ah & Ekonomi Islam, dan Jurusan Dakwah & Komunikasi.