Jabarkan Utara. dari STAIN Mandailing Natal

Berdasarkan arahan dan izin dari Koordinator Perguruan Tinggi Islam Swasta Wilayah IX Sumatera Utara (selanjutnya disebut dengan Kopertais Wil. IX Sumatera Utara) tentang syarat-syarat minimal yang harus dipenuhi untuk membuka sebuah Perguruan Tinggi, maka terbentuk sebuah yayasan sebagai salah satu syarat pendirian perguruan tinggi, yang diberi nama Yayasan Universitas Madina dengan Akta Notaris Nomor 3 tanggal 2 Oktober tahun 2000. Bupati Mandailing Natal langsung diangkat sebagai Ketua Yayasan. Akta ini diubah kembali menjadi Akta Notaris Nomor 7 tanggal 8 Februari tahun 2002. Berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Universitas Madina Nomor 001/YUM/2000, tanggal 5 Oktober 2000 berdiri Sekolah Tinggi Agama Islam Mandailing Natal (STAIM) yang berdomisili di Panyabungan. Sekolah Tinggi Agama Islam Mandailing Natal di bawah Yayasan Universitas Madina mulai beroperasi Tahun Akademik 2000/2001 dengan dua jurusan yakni Program studi Pendidikan Agama Islam (S-1), Program studi Muamalat (S-1), Program studi Muamalat kemudian berubah nama menjadi Hukum Ekonomi Syariah (Mua’malah) setelah reakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) tahun 2014. Program Studi Saat ini STAIN Mandailing Natal memiliki beberapa program studi yang ditawarkan yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI), Muamalat (Hukum Ekonomi Syariah) dan Manajemen Perbankan dan Keuangan Syariah. Kedepannya Program Studi akan ditambah diantaranya yaitu Usluhuddin, adab, dakwah, bisnis Islam dan ilmu tarbiah dan keguruan. Tanggal 12 September 2006, melalui Sidang Paripurna DPRD Mandailing Natal diterbitkan Peraturan Daerah Mandailing Natal Nomor 12 Tahun 2006 tentang BLU-STAIM Panyabungan.

Tahun 2009 dan 2014, BAN-PT mengeluarkan status akreditasi Program Studi untuk kedua program studi tersebut dengan predikat “C”. Tahun 2016, keluar Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Berdasarkan peraturan pemerintah tersebut, STAIM tidak bisa lagi berada di bawah Pemerintah daerah Kabupaten Mandailing Natal, sehingga kemudian STAIM harus menjadi swasta murni kembali. Setelah melakukan pembicaraan dengan tokoh Mandailing Natal yang berada di Jakarta pengelolaan STAIM dialihkan kepada Yayasan Pendidikan Mandailing Natal (YPMN). Sebagai ketua yayasan adalah Komjen Pol (P) Dr. Saud Usman Nasution, M.H. Serah terima pengelolaan STAIM dilakukan pada tanggal 02 Mei 2017, tepat pada Hari Pendidikan Nasional. Dalam rangka meningkatkan sumber daya manusia di Kabupaten Mandailing Natal, Yayasan Pendidikan Mandailing Natal bersama Pemerintah Daerah Kabupaten Mandailing Natal berupaya menjadikan perguruan tinggi ini menjadi perguruan tinggi negeri. Usaha ini kemudian membuahkan hasil dengan keluarnya Peraturan Menteri Agama Nomor 4 Tahun 2018 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Mandailing Natal. Dengan keluarnya PMA ini, maka Kabupaten Mandailing Natal secara resmi telah memiliki Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri dalam bentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) dengan nama STAIN Mandailing Natal.