Coba jelasin Plot dari Marvel: Avengers Alliance dong

Pemain adalah seorang agen S. H. I. E. L. D. baru, yang direkrut oleh Nick Fury dan Maria Hill. Seiring kemajuan dalam permainan, lebih banyak karakter yang bergabung dengan pemain.

Di musim pertama, permainan berputar di sekitar kejadian galaksi yang disebut "The Pulse" menabrak Bumi. Kejadian ini melepaskan senyawa aneh yang disebut "Iso-8". Beberapa penjahat dan organisasi kriminal (yang terdiri dari A. I. M., Brotherhood of Mutants, the Hand, HYDRA, dan Maggia), dan pihak dari dimensilain mencoba untuk mengambil keuntungan dari kejadian tersebut dan berbuntut terbentuknya aliansi penjahat yang disebut "The Syndicate". Musim ini dibagi menjadi dua belas bab, yang masing-masing terdiri dari enam misi. Pada misi ke-enam dari setiap bab memerlukan karakter tertentu untuk membuka. Musim ini berakhir dengan kehancuran The Syndicate, kebangkitan Red Skull, dan perang saudara dalam tubuh HYDRA.

Di musim kedua, S. H. I. E. L. D. berkelana ke bagian lain dari Bumi: San Francisco, Inggris, Wakanda, dan Savage Land. Para pahlawan menyelidiki Circle of Eight, sebuah organisasi misterius yang membunuh penjahat dan pahlawan kelas teri untuk alasan yang tidak diketahui. Circle of Eight ternyata dipimpin oleh Serpent, Dewa Asgard dari rasa Takut, yang juga mengumpulkan pahlawan dan penjahat untuk menjadi The Worthy. Seperti musim sebelumnya, ada dua belas bab, masing-masing dengan enam misi, kecuali bab terakhir dengan tiga misi. Dengan menyelesaikan semua misi, penerjunan, pertempuran heroik, dan tantangan dalam bab tersebut akan membuka kostum baru untuk salah satu karakter pemain.