Jabarkan Wafat dari Muhammad bin Yahya

Pada tanggal 26 Rabiul Awal tahun 1366 Hijriyah atau bertepatan dengan 17 Februari 1947 Masehi, Habib Muhammad bin Yahya gelar Raden Syarif Pangeran Noto Igomo wafat. Jenazahnya dimakamkan di komplek Makam kelambu kuning, Melayu, Tenggarong, Kutai Kartanegara, Kalimantan Timur. Peristirahatan terakhirnya tersebut berdekatan dengan makam istri dan mertuanya, Sultan Aji Muhammad Alimuddin. Saat ini, Komplek pemakaman Sultan Aji Muhammad Alimuddin and Pangeran Noto Igomo telah dijadikan sebagai bangunan cagar budaya oleh pemerintah Kabupaten Kutai Kartanegara.

Haul atau peringatan hari wafatnya selalu diperingati setiap tahunnya di Masjid Jami' Hasanuddin, Tenggarong. Haul Pangeran Noto Igomo sering disekaliguskan bersama dengan haul Sultan Aji Muhammad Sulaiman, Sultan Kutai ke-18.