Jabarkan Pangkalan dari Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut IX

Komando Daerah Maritim Ambon (KDMA)

Mayor Laut Rais Sastrosugondo (1952 — 1955)

Kapten Laut R. Sudiarso (1955 — 1956)

Mayor Laut Sighfried Gino (1956 — 1958)

Letnan Kolonel Laut O.B. Hutapea (1958 — 1 September 1959)

Kolonel Laut Agoes Soebekti (1 September 1959 — 18 Oktober 1960)

Komando Daerah Maritim (Kodamar) VI

Kolonel Laut Agoes Soebekti (18 Oktober 1960 — 1963)

Letnan Kolonel Laut Suwarjo Martomihardjo (1963 — 1964)

Komodor Laut Mardianus Arief (1964 — 1967)

Komando Daerah Maritim (Kodamar) IX

Kolonel Laut Y. Siswoyo (1967 — 1970)

Komando Daerah Angkatan Laut (Kodaeral) IX

Komodor Laut Hari Soemantri (1970 — 1973)

Laksamana Pertama TNI Abdu Rachman (1973 — 1976)

Laksamana Pertama TNI Siswo Margono (1976 — 1979)

Laksamana Pertama TNI Nunung Subandi (1979 — 1983)

Laksamana Pertama TNI R. Soepangat (1983 — Juni 1985)

Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) Ambon

Kolonel Laut (P.) Pramono Sumantri (Juni 1985 — 1986)

Kolonel Laut (P.) U. Sarwono (1986 — 1987)

Kolonel Laut (P.) Dirk Ch. John Patihahuan (1987 — 1989)

Kolonel Laut (P.) B. Suherman (1989 — 1991)

Kolonel Laut (P.) Adi Mulyo (1991 — 1992)

Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) V-01 Ambon

Kolonel Laut (P.) W. Huzein (1992 — 1993) Turun status di bawah Lantamal V Jayapura.

Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) Ambon

Kolonel Laut (P) Siwi B.S. (1993 — 1994)

Kolonel Laut (P) Charles T. (1994 — 1997)

Kolonel Laut (P) Puryoto (1997 — 1999)

Kolonel Laut (P) Didi Setiadi (1999 — 2001)⭐⭐

Kolonel Marinir Chaidier Patonnory (2001 — 2002)⭐⭐

Kolonel Marinir Buyung Lalana (2002 — 2003)⭐⭐

Kolonel Marinir Ibrahim Sadong (2003 — 24 Januari 2004)⭐

Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) VIII

Laksamana Pertama TNI Lili Supramono (24 Januari 2004 — 11 November 2004)⭐⭐

Laksamana Pertama TNI Bambang Supeno (12 November 2004 — Agustus 2007) ⭐⭐

Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) IX Ambon

Laksamana Pertama TNI Bambang Supeno (Agustus 2007 — 13 Februari 2008) ⭐⭐

Laksamana Pertama TNI Stevanus Budiono (14 Februari 2008 — 22 Oktober 2008) ⭐⭐

Laksamana Pertama TNI Sudarsono Tjokrosiswoyo (23 Oktober 2008 — 20 Oktober 2009)⭐

Laksamana Pertama TNI Dadang S. Wirasuta (20 Oktober 2009 — 04 Februari 2011)⭐

Laksamana Pertama TNI Rahardjo Dwi Prihanggono (04 Februari 2011 — 18 Juni 2012)⭐

Laksamana Pertama TNI Aan Kurnia (18 Juni 2012 — 10 Oktober 2013) ⭐⭐⭐

Laksamana Pertama TNI Asep Burhanudin (10 Oktober 2013 — 2014)⭐⭐

Laksamana Pertama TNI Arusukmono Indra Sucahyo (2014 — 2015)⭐⭐

Laksamana Pertama TNI Nurhidayat (2015 — 2016)⭐⭐⭐

Laksamana Pertama TNI Nur Singgih Prihartono (2016 — 2018)⭐

Laksamana Pertama TNI Antongan Simatupang (2018 — 2019)⭐

Laksamana Pertama TNI Budi Purwanto (2019 — 2020)⭐

Laksamana Pertama TNI Eko Jokowiyono (2020 — 2021)⭐

Brigadir Jenderal TNI (Mar) Said Latuconsina S.E., M.M., M.T., M.Tr.Opsla. (2021 ― Sekarang)⭐