Jabarkan Basel dari Mohamed Elyounoussi

Pada 6 Juli 2016, Elyounoussi pindah ke Swiss Super League bersama FC Basel dengan kontrak empat tahun. Ia membuat debut untuk tim di liga pada 24 Juli dengan hasil menang kandang 3–0 melawan Sion. Ia mencetak gol pertama untuk klub barunya setelah ia bergabung satu minggu pada 31 Juli dalam laga tandang melawan Vaduz. Ia mencetak gol ketiga untuk Basel di mana mereka menang dengan skor 5–1. Elyounoussi mencetak hat trik untuk Basel pada 4 Februari 2017 dalam laga kandang melawan Lugano. Ia mencetak tiga gol tiga gol pertama dalam 36 menit pertandingan dimana Basel menang 4–0. di bawah asuhan Urs Fischer, Elyounoussi menjuarai Liga Super pada Liga Super Swiss 2016–17. Untuk klub ini merupakan gelar ke-delapan selama mengikuti kejuaraan sebanyak 20 kali. Mereka juga menang di Piala Swiss untuk ke-dua belas kali, menjadikan mereka medapatkan dua gelar juara sekaligus dan merupakan gelar yang ke-enam dalam sejarah klub.