Jabarkan 1935-1947 dari Museum Rumah Cimanggis

Johanna Bake dan Petrus Albertus kemudian wafat. Pasca wafatnya Johanna Bake, kepemilikan rumah berpindah tangan kepada seorang pengusaha bernama David Smith. Setelah David Smith bangkrut, kepemilikan Rumah Cimanggis sempat menjadi tak jelas. Kepemilikan Rumah Cimanggis baru diketahui kembali ketika seorang kapitan Tionghoa yang merupakan pemilik bangunan Pondok Cina mengambil alih kepemilikan Rumah Cimanggis hingga tahun 1935 yang digantikan oleh Samuel de Meyer.

Selama masa pendudukan Jepang, Rumah Cimanggis sudah dalam kondisi terbengkalai. Pada rentang tahun 1946-1947, Hubertus Johannes Van Mook pernah berkunjung ke Rumah Cimanggis dan diduduki oleh tentara Belanda sebagai markas selama berlangsungnya agresi militer pertama. Rumah ini juga pernah disinggah oleh Soekarno ketika ingin berkunjung ke Kota Bogor (Buitenzorg).