Jabarkan Adipati Ferrara dari Eleonora dari Napoli

Eleanor akan menikah dengan Ercole d'Este (26 Oktober 1431 – 15 Juni 1505) pada bulan Juli 1473, diduga suami keduanya. Dinyatakan bahwa pernikahan ini disambut dengan banyak perayaan. Ercole dikatakan, "...penguasa yang tidak bermoral dan licik." Ia datang untuk menjadi Adipati Ferrara pada tahun 1471, mengambil gelar atas kematian saudara tirinya, Borso, dan akan memerintah sampai kematiannya pada tahun 1503.

Ketika dia melewati Roma pada bulan Juni 1473, dalam perjalanan untuk menikah dengan Ercole I d'Este, adipati Ferrara, dia diterima dengan megah (dia akan menikah sebulan kemudian). Dua keponakan Rodrigo Borgia, yang merupakan kardinal saat itu, berada di sana untuk menyambutnya. Mereka ingin membuat kesan yang baik dan abadi pada Putri Neapolitan. Dia menulis kepada ayahandanya bahwa dia diberi sebuah apartemen mewah, yang menyatakan bahwa bahkan pispo nya terbuat dari perak berlapis emas. Dalam korespondensi dengan ayahandanya, dia berbicara tentang perjamuan yang dibuat untuknya, yang berlangsung selama enam jam, dan itu adalah rangkaian makanan tanpa henti, disertai musik, tarian dan puisi. "Harta karun Gereja, dimanfaatkan sedemikian rupa," tulisnya dengan takjub dalam suratnya. Ini diduga merupakan permainan kekuasaan politik oleh Borgia, dalam upaya mendapatkan bantuan royalti dan mendapatkan lebih banyak kekuasaan politik.

Meskipun suaminya bertemperamen tinggi, Eleanor dikatakan telah menjadi pasangan aktif dan berdedikasi. Ia memerintah sebagai pengganti suaminya saat dia absen. Dia absen pada tahun 1482-1484, saat berperang dengan Republik Venesia.

Karena tumbuh di istana Argon di Napoli, dia membawa banyak pengetahuan dan saran politik, dan dikatakan menunjukkan jumlah akal sehat yang ekstrem.