Jabarkan Cerita dari Patlabor 2: The Movie

Tiga tahun setelah kejadian Patlabor: The Movie, Noa Izumi dan Asuma Shinohara sekarang menjadi penguji labor-labor baru di fasilitas yang dijalankan oleh Kepolisian Metropolitan. Isao Ota menjadi seorang Instruktur Labor di sebuah akademi polisi. Mikiyasu Shinshi menjabat sebagai kepala urusan umum Kepolisian Metropolitan Tokyo. Seitaro Sasaki telah pensiun dan Shigeo Shiba menggantikan posisinya sebagai kepala tim perbaikan labor dan Hiromi Yamazaki, Kiichi Goto, dan Shinobu Nagumo tetap didalam SV2 dan Kanuka Clancy telah menetap di New York. Sebagian besar mereka telah digantikan oleh pilot labor baru.

Kejadian mencurigakan mulai terjadi dan berujung pengambilalihan kota Tokyo oleh GSDF dan pemberlakuan Darurat militer setelah Jembatan Teluk Yokohama dihancurkan oleh sebuah misil, dan diyakini bahwa JASDF adalah pelakunya. Terjadi protes di beberapa markas JSDF dengan maksud untuk menyampaikan bahwa mereka bukan pelaku penyerangan jembatan tersebut. Tak lama, masyarakat panik karena helikopter penyerang dengan lambang JGSDF menyerang beberapa jembatan di Teluk Tokyo, beberapa pusat komunikasi dan markas SV2, dan diikuti pelepasan gas berbahaya setelah Tim penyerangan khusus menembak jatuh balon udara yang membuat gangguan komunikasi di daerah perkotaan Tokyo.

Goto dan Nagumo mengumpulkan kembali Divisi 2 yang di sebuah stasiun kereta bawah tanah selagi mereka memulai operasi rahasia untuk menahan Yukihito Tsuge, seorang mantan perwira GSDF yang merencanakan serangan teroris sebagai balas dendam atas kegagalan operasi Pasukan Perdamaian PBB di Kamboja pada tahun 1999. Dengan ancaman intervensi bersenjata Angkatan Bersenjata Amerika Serikat akan dilancarkan jika pemerintah tidak bisa mengendalikan situasi, Divisi 2 menggunakan Jalur Tokyo Metro Ginza lama untuk mencapai pulau buatan yang Tsuge gunakan sebagai tempat persembunyian. Goto juga membantu dengan melakukan penahanan terhadap Shigeki Arakawa, seorang agen intelijen GSDF yang sebenarnya salah satu mata-mata Tsuge. Setelah pertempuran di terowongan yang menyebabkan terowongan tersebut banjir, Divisi 2 berusaha keluar dari terowongan dan Nagumo akhirnya menahan Tsuge.