Jabarkan Plot dari Clockwork Planet

Pada suatu waktu di masa lalu, Planet Bumi berhenti. Meskipun umat manusia hampir dipastikan akan punah, seorang insinyur jenius yang dikenal sebagai "Y" berhasil membangun kembali seluruh Bumi dengan roda gigi dan mekanisme mesin jam dan menamai hasil karyanya "Clockwork Planet". 1.000 tahun kemudian, kota-kota asli dari beberapa negara Bumi telah berkembang pesat di atas permukaan roda gigi tersebut. Naoto Miura, seorang siswa SMA yang hidup di Grid Kyoto dan sangat menyukai hal-hal yang berbau mesin, terseret ke dalam sebuah krisis yang mengancam dunia ketika sebuah peti mekanik jatuh ke dalam apartemennya. Pada saat itu, dia bertemu dengan RyuZU, sebuah automaton rusak yang merupakan bagian dari Seri Initial-Y, serangkaian automaton yang diciptakan oleh Y sendiri. Dengan memanfaatkan indra pendengarannya yang tinggi, Naoto memperbaiki RyuZU dalam waktu tiga jam meskipun RyuZU telah rusak selama 206 tahun dan tiada satu orang pun yang berhasil memperbaikinya. RyuZU pun menyatakan kesetiaannya kepada Naoto. Pada akhirnya, keduanya ditemukan oleh Marie Bell Breguet, seorang putri dari keluarga bangsawan serta anak termuda yang berhasil menjadi insinyur utama di organisasi non pemerintah internasional "Meister Guild", beserta pengawal cyborgnya, Vainney Halter. Dengan ada kerusakan pada Menara Inti Kyoto yang merupakan menara pusat yang dapat mengendalikan fungsi roda gigi dalam Grid Kyoto, Naoto berhasil menunjukkan dimana letak kerusakan tersebut berkat indra pendengarannya hanya dalam sepuluh menit, bekerja sama dengan insinyur Meister Guild lainnya dan akhirnya menggagalkan upaya pemerintah untuk menjatuhkan Grid Kyoto dan penduduk di dalamnya. Karena eksperimen teknologi ilegal pemerintah masih berlangsung, kedua pasangan ini bergabung untuk menegaakan keadilan dan mencegah upaya jahat lainnya. Satu bulan setelah petemuan mereka, mereka berempat muncul di Akihabara, Tokyo, setelah mereka menjadi teroris paling terkenal di dunia .