Jabarkan Alur dari Kucumbu Tubuh Indahku

Alur film dibagi menjadi empat babak yang mengisahkan perjalanan hidup Juno, bermula dari masa kecil, remaja, hingga dewasa. Namanya sendiri menunjukkan dua sisi mata uang, seorang pangeran tangguh buah hati Pandu dan Kunti dalam wiracarita Mahabharata dan anak yatim yang rapuh lagi lembut hati yang berjuang memecahkan rahasia akan dorongan emosi dan orientasi seksualnya.

Pada babak pertama, berlatar pada dasawarsa 1980-an, film ini bermula dari Juno kecil (Raditya Evandra) yang hidup sendirian tanpa kehadiran orang tuanya. Ayahnya terpaksa meninggalkan Juno karena pembantaian 1965 demi membangun kembali hidupnya. Desa tempat Juno duduki ini terkenal dengan kesenian Tari Lengger. Sedari kecil, Juno berminat dengan tarian ini. Suatu waktu, Juno tertarik dengan rombongan tari Lengger setempat beranggotakan penari pria yang berpakaian dan berperan seperti wanita. Juno akhirnya berhasil menjadi anggota rombongan itu, tetapi kemudian menyesal tatkala guru tarinya (Sujiwo Tejo) yang angkuh memberikan pengajaran berupa penjelasan bernada seksual yang teramat gamblang. Juno dipaksa melihat alat kelamin istri guru itu—yang digambarkan guru sebagai "lubang kehidupan"—dengan mata kepalanya sendiri. Juno kemudian menyaksikan gurunya menjatuhkan hukuman mati kepada seorang murid yang ketahuan berzina dengan clurit.

Pada babak kedua, Juno pindah ke rumah bibinya (Endah Laras), dan ia menemukan "bakat" dalam memeriksa kesuburan ayam dengan memasukkan jarinya ke dalam alat kelamin ayam. Namun, hal ini membuat marah bibinya. Sementara itu, ia mendapatkan pelajaran dari guru tari wanita (Dwi Winarti) yang begitu perhatian kepadanya. Suatu hari, sang guru meminta Juno untuk meraba belahan dadanya. Akibatnya, sang guru digelandang warga pada malam hari karena dianggap telah bertindak asusila.

Pada babak ketiga, Juno yang sudah menginjak masa remaja (Muhammad Khan) berjumpa dan kemudian jatuh cinta dengan seorang petinju bayaran (Randy Pangalila) yang penampilan gagahnya mengaburkan jiwanya yang peka. Juno bergemetar tatkala dia menyaksikan petinju itu mencoba menyesuaikan diri dengan apa yang disebut banyak orang sebagai pria sejati.

Pada babak terakhir, Juno yang sudah dewasa (Rianto) akhirnya berjaya menjadi penari tetap kelompok tari itu, tetapi mulai dibenci oleh seorang politikus yang berkuasa di daerah itu (Teuku Rifnu Wikana). Karena menolak tawaran untuk berhubungan dengan seorang penari yang jauh lebih tua (Whani Darmawan), Juno tidak hanya dipaksa menghadapi kemarahan penari itu, melainkan juga orang-orang yang dicintainya.