Jabarkan Meninggal di pengasingan dari Timur Muhammad

Setelah Hamengkubuwono VI meninggal dunia, sesuai kesepakatan seharusnya GRM Timur Muhammad putra Hamengkubuwana V yang menggantikanya naik takhta, tetapi sebelum meninggal, Hamengkubuwana VI telah menunjuk putranya GRM Murtejo yang akan menggantikanya kelak.

Hal ini mendapat tentangan dari GKR Ratu Kedaton, permaisuri almarhum Hamengkubuwana V (ibunda GRM Timur Muhammad), setelah sekian lama usahanya untuk menjadikan GRM Timur Muhammad sebagai raja gagal akhirnya GKR Ratu Kedhaton dan GRM Timur Muhammad dan pengikutnya memilih jalan kekerasan memberontak dengan mengangkat senjata. Sayangnya, usahanya gagal, keduanya tertangkap saat melakukan perlawanan pada 8 April 1883.

Saat itu juga Bastiaan Van Baak, Residen Yogyakarta ke 8 yang mendukung Hamengkubuwana VII mengirim telegram kepada Gubernur Jenderal Frederik s'Jacob di Batavia yang berisi permintaan untuk mengasingkan GKR Ratu Kedaton dan Pangeran Timur Muhammad ke Manado, Sulawesi Utara.

Pada tanggal 11 April 1883, Sultan Hamengkubuwana VII mengeluarkan surat keputusan yang di bacakan oleh Patih Danureja didampingi Residen B. van Baak yang berbunyi:

Setelah dikeluarkannya surat keputusan raja pada tanggal 11 April 1883, kemudian dilaksanakan proses pengasingan GRM Timur Muhammad dan GKR Ratu Kedaton ke Manado, dengan dikawal ketat oleh sepasukan Belanda yang dipimpin langsung oleh Residen Yogyakarta dan Asisten Residen, rombongan GRM Timur Muhammad naik kereta api ke Semarang kemudian naik Kapal Uap Cheribon menuju Surabaya. Di Surabaya rombongan ini tinggal selama sebulan. Setelah keluarnya Surat Keputusan () Gubernur Jenderal Hindia Belanda Frederik s'Jacob Nomor 28 tanggal 10 Mei 1883, GRM Timur Muhammad serta GKR Kedaton dan pengikutnya kemudian dikirim ke Manado, Sulawesi Utara untuk menjalani hukuman pembuangan.

Kanjeng Ratu Sekar Kedaton dan GRM Timur Muhammad tinggal di Kampung Pondol, Wenang Selatan, Wenang, Manado hingga meninggal dunia. GKR Ratu Kedaton meninggal pada 25 Mei 1918, sedangkan Pangeran Timur Muhammad meninggal pada 12 Januari 1901. Dengan meninggalnya GKR Ratu Kedaton dan GRM Timur Muhammad garis keturunan penguasa Yogyakarta pun berubah hingga saat ini.