Jabarkan Kehidupan dewasa dan karier dari Francisco Borgia

Pada bulan September tahun 1529, ia menikahi seorang bangsawati Portugis di Madrid, Leonor de Castro Mello y Meneses. Mereka memiliki delapan anak: Carlos tahun 1530, Isabel tahun 1532, Juan tahun 1533, Álvaro sekitar tahun 1535, Juana juga sekitar tahun 1535, Fernando tahun 1537, Dorotea tahun 1538, dan Alfonso tahun 1539. Karl V menunjuknya sebagai Markis Lombay, master anjing pemburu, dan ajudan ratu.

Pada tahun 1539, ia mengiringi jenazah Isabel dari Portugal, ibunda Felipe II dari Spanyol, ke tempat pemakamannya di Granada. Pada tahun yang sama (1539), ia menjadi Viceroy Katalunya, menggantikan Fadrique de Portugal y Noroña, meskipun ia hanya berusia 29 tahun.

Dia senang di atas semua dalam memproduksi komposisi gerejawi, dan ini menampilkan gaya kontrapungtal yang luar biasa dan menjadi saksi keterampilan komposer, membenarkan memang pernyataan bahwa, pada abad keenam belas dan sebelum Palestrina, Borgia adalah salah satu kepala restorasi suci musik.

Pada tahun 1543 setelah kematian ayahandanya, Adipati ke-3, Francisco menjadi Adipati Gandía ke-4. Kemampuan diplomatiknya dipertanyakan ketika upayanya untuk mengatur pernikahan antara Pangeran Philip dan Putri Portugal gagal, sehingga mengakhiri upaya untuk membawa kedua negara ini bersama-sama dan menghasilkan pensiun. Pada usia 33 tahun, dia telah pensiun ke tempat asalnya dan mengabdikan dirinya untuk kegiatan keagamaan.