Jabarkan Atlético Madrid dan dipinjamkan dari Axel Werner

Pada 20 Agustus 2016, Werner menandatangani kontrak 5 tahun bersama klub La Liga Atlético Madrid, namun begitu ia kemudian segera dipinjamkan ke Boca Juniors selama satu musim. Ia kembali ke Atleti menjelang musim 2017–18, menjadi penjaga gawang pilihan ketiga di belakang Jan Oblak dan Miguel Ángel Moyà.

Pada 8 Maret 2018, setelah Moyà meninggalkan klub, Werner membuat debut kompetitif untuk Atlético ketika menjadi starter pada kemenangan kandang 3–0 atas FC Lokomotiv Moskwa pada leg pertama babak 16 besar Liga Eropa UEFA 2017–18. Pada 29 April, ia membuat debut di La Liga dengan bermain 90 menit penuh pada kemenangan tandang 1–0 atas Deportivo Alavés.