Jabarkan Program Pascasarjana dari Institut Agama Islam Sultan Muhammad Syafiuddin Sambas

S2 Magister Pendidikan Agama Islam

Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan

S1 Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah

S1 Pendidikan Islam Anak Usia Dini

Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam

S1 Bimbingan dan Penyuluhan Islam

S1 Komunikasi dan Penyiaran Islam

S1 Sejarah dan Peradaban Islam

S1 Ilmu al-Qur'an dan Tafsir

S1 Ilmu Perpustakaan dan Informasi Islam

Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LP2M)

LP2M IAIS Sambas memiliki struktur sebagai berikut:

Pusat Penerbitan dan Publikasi Ilmiah

Pusat Studi Gender dan Anak

Pusat Studi Islam Asia Tenggara

Biro Administrasi Umum, Akademik, dan Kemahasiswaan (BAUAK)

Biro AUAK IAIS Sambas membawahi beberapa bagian sebagai berikut:

Pusat Pelatihan dan Pelayanan Bahasa (PUSLAPBA)

PUSLAPBA IAIS Sambas merupakan unsur penunjang akademik dalam hal pelatihan dan pelayanan tes bahasa. Strukturnya sebagai berikut:

Pusat Pelatihan dan Pembinaan Keagamaan (PUSLATBIMA)

PUSLATBIMA IAIS Sambas merupakan unsur penunjang akademik dalam hal pelatihan dan pembinaan keagamaan bagi mahasiswa. Strukturnya sebagai berikut:

Perpustakaan IAIS Sambas memiliki struktur organisasi sebagai berikut:

Pusat Pangkalan Data dan Teknologi Informasi (PUSDATIN)

PUSDATIN IAIS Sambas adalah unsur penunjang akademik di bidang pengelolaan dan pengolahan data elektronik serta pengelola jaringan intranet dan internet. Strukturnya sebagai berikut: