Jabarkan Hijrah ke Indonesia dari Muhammad bin Yahya

Hal yang melatarbelakangi hijrahnya Habib Muhammad bin Yahya ke Indonesia selain untuk mengunjungi kerabatnya di Batavia (sekarang Jakarta) dan Ambon yang lebih dulu hijrah, juga untuk berdagang dan berdakwah. Jalur perjalanannya dari Masilah, Hadramaut menuju Indonesia ada dua versi, pertama, dari Masilah-Tarim-Aden-Batavia-Surabaya-Ambon-Tenggarong; kedua, dari Masilah-Tarim-Aden-Batavia-Surabaya-Ambon-Surabaya-Tenggarong.

Dalam perjalanannya dari Masilah ke Indonesia, Habib Muhammad melewati Aden melalui Tarim. Di Tarim, dia menginap di sebuah rumah yang pemiliknya terkena penyakit Hansen (kusta). Dengan izin Allah, pemilik rumah yang terkena penyakit kusta tersebut diobati olehnya dan sembuh. Sebagai rasa syukur, pemilik rumah kemudian menikahkan keponakannya dengan Habib Muhammad. Setelah bertahan di Tarim beberapa lama, Habib Muhammad kemudian melanjutkan perjalanan ke Aden hingga sampai di Batavia.

Di Batavia, dia mengunjungi pamannya dari pihak ibu, Habib Abu Bakar Bin Thahir. Setelah melanjutkan perjalanan ke Surabaya, di Boto Putih dia belajar agama kepada Habib Syekh Bafaqih. Selain itu, dia juga menemui saudara sepupunya yang bernama Habib Abdullah bin Ali bin Abdurrahman bin Thahir yang berada di Ambon.

Habib Muhammad bin Yahya tiba di Tenggarong pada tahun 1877. Di Tenggarong, dia menikah dengan anak perempuan Sultan Aji Muhammad Alimuddin (Sultan Kutai ke-19) yang bernama Aji Aisyah gelar Aji Raden Resminingpuri.