Jabarkan Spektrometri massa dari Biologi struktur

Spektroskopi resonansi magnetik nuklir protein (NMR)

Interferometri polarisasi ganda dan dikroisme sirkuler

Peneliti paling sering menggunakan teknik-teknik tersebut untuk mempelajari "keadaan asli" makromolekul. Tetapi variasi pada metode ini juga digunakan untuk melihat molekul yang baru lahir atau terdenaturasi berubah menjadi keadaan aslinya. Lihat pelipatan protein.

Pendekatan ketiga yang diambil oleh ahli Biologi struktur untuk memahami struktur molekul adalah bioinformatika untuk mencari pola di antara beragam urutan DNA yang memunculkan bentuk-bentuk tertentu. Para peneliti sering dapat menyimpulkan aspek struktur protein membran integral berdasarkan topologi membran yang diprediksi oleh analisis hidrofobisitas. Lihat prediksi struktur protein.

Dalam beberapa tahun terakhir model molekuler fisik yang sangat akurat telah dimungkinkan untuk melengkapi studi struktur biologis in silico (dalam komputer). Contoh model ini dapat ditemukan di Protein Data Bank.