Jabarkan Porto dari Moussa Marega

Marega dan kiper Marítimo José Sá digaet Sporting Clube de Portugal pada Januari 2016, tetapi dibajak oleh FC Porto, mereka berdua menandatangani kontrak yang berlangsung hingga 2020; Klausul pembelian Marega ditetapkan € 40 juta. Dia membuat 13 penampilan dalam di musim pertamanya di Estádio do Dragão - Ia lebih banyak bermain sebagai pemain pengganti - dan mencetak gol sekali dalam kemenangan kandang 2-0 atas Gil Vicente FC di Taça da Liga pada 2 Maret.

Pada 20 Juli 2016, Marega dipinjamkan ke Vitória SC untuk musim mendatang . Dia melakukan debutnya sebulan kemudian dalam kemenangan 2-0 melawan bekas timnya Marítimo, Ia mencetak gol kedua, dan pada 30 Oktober ia mencetak gol ketiganya dalam kemenangan 3-0 di Rio Ave FC dan mencapai 10 gol dari 8 pertandingan. Pada 4 November, ia menerima kartu merah langsung dalam setengah jam pertama dari kemenangan 2-1 di kandang melawan CD Nacional karena menyerang Nuno Sequeira, dan menerima larangan tiga pertandingan.

Sekembalinya ke Porto, Marega mencetak dua gol dalam pertandingan pembukaan musim 2017–18, kemenangan kandang 4-0 atas GD Estoril Praia, sebagai pemain pengganti Tiquinho di babak pertama . Dia adalah bagian dari motor serangan tiga cabang yang dilakukan oleh pemain Afrika, bersama pemain Kamerun Vincent Aboubakar dan Yacine Brahimi dari Aljazair. Dia mencetak 14 gol liga dalam 14 dan mulai menarik minat tim Liga Premier Manchester United dan Chelsea pada Januari 2018. Porto memenangkan liga untuk pertama kalinya dalam lima tahun dan Marega adalah pencetak gol terbanyak mereka (keseluruhan ketiga di belakang Jonas dan Bas Dost ) dengan 22 gol.

Pada tanggal 16 Februari 2020, Marega menjadi sasaran rasisme dalam pertandingan melawan Vitória Guimarães. Setelah mencetak gol kemenangan bagi Porto di menit ke-60, Marega memberi tanda ke bangku pemain bahwa ia akan keluar sebagai protes meskipun berusaha ditahan oleh rekan-rekan setim dan pelatihnya.