Jabarkan Organisasi dari High Explosive Research

Pada 10 Agustus 1945, Attlee membentuk sebuah subkomite dalam Kabinet Britania yang bernama Komite Gen 75 (dijuluki "Komite Bom Atom" oleh Attlee) yang bertujuan menyelidiki kelayakan program senjata nuklir. Attlee juga membentuk Komite Penasihat Mengenai Tenaga Atom di bawah pimpinan Sir John Anderson untuk memberikan masukan teknis. Anderson adalah seorang anggota parlemen independen yang duduk di kabinet bayangan pihak oposisi. Sebagai ketua Komite Penasihat, Anderson diberi kantor sendiri di Cabinet Office. Ia menemani Attlee dalam kunjungan ke AS pada November 1945. Sebuah dokumen yang ditulis Kantor Angkatan Laut pada 2 September 1945 berjudul The Influence of the Atomic Bomb on War memprediksi bahwa sebuah negara musuh dapat membuat 500 bom selama sepuluh tahun masa damai. Dokumen ini juga memperingatkan bahwa jika 10% saja digunakan terhadap Britania Raya, "dalam waktu semalaman pangkalan utama Imperium Britania akan dilumpuhkan", sementara senjata yang tersisa akan cukup untuk menghadapi sisa kekuatan Britania di seluruh dunia.

Pada Oktober 1945, Komite Gen 75 mempertimbangkan masalah tanggung jawab kementerian terhadap tenaga atom. Sekretaris Kabinet Sir Edward Bridges dan Komite Penasihat Tentang Tenaga Atom menyarankan bahwa upaya ini berada di bawah lingkup Kementerian Pemasok. Mengembangkan tenaga nuklir membutuhkan proyek pembangunan yang sangat besar sehingga amat cocok dilakukan oleh Kementerian Pemasok. Sejak 1 November 1945, Direktorat Tube Alloys dipindahkan ke dalam kementerian tersebut. Untuk mengoordinasikan proyek ini, dibuatlah sebuah jabatan Controller of Production, Atomic Energy (CPAE, "Pengendali Produksi Tenaga Atom"). Untuk posisi ini, Menteri Pemasok John Wilmot menyarankan Marsekal Besar Charles Portal yang telah menjabat Kepala Staf Angkatan Udara sejak Perang Dunia II. Portal pada awalnya enggan karena merasa ia tidak memiliki pengalaman pemerintahan di luar Angkatan Udara, tetapi akhirnya menerima jabatan ini dengan masa dua tahun dimulai Maret 1946. Dengan jabatan ini, ia dapat langsung berhubungan dengan Perdana Menteri. Portal mengepalai proyek ini hingga digantikan Sir Frederick Morgan pada 1951. Portal bermarkas di Shell Mex House, Strand, London. Tempat ini kemudian dikenal dengan julukan The Cage ("Kandang") karena adanya pagar pembatas demi keamanan.

Dengan diangkatnya Portal, Komite Penasihat Mengenai Tenaga Atom mulai dipertimbangkan untuk dipecah karena fungsi gandanya sebagai penasihat dan badan antardepartemen. Pada Agustus 1946, didirikan sebuah komite baru yaitu Komite Resmi Tenaga Atom (Atomic Energy Official Committee) yang menjalankan fungsi sebagai badan antardepartemen. Pada Maret 1947, Roger Makins menjadi ketuanya. Komite Penasihat Mengenai Tenaga Atom mulai berkurang pengaruhnya, dan bubar ketika ditinggal Anderson pada akhir 1947. Selama Perang Dunia II, Christopher Hinton dipinjamkan dari perusahaan ICI ke Kementrian Pemasok dan menjadi pejabat tinggi dalam urusan pabrik amunisi. Ia dijadwalkan kembali ke ICI pada akhir 1945, tetapi ia memutuskan untuk memimpin perancangan, pembangunan, dan operasi fasilitas nuklir Britania, dengan gaji di bawah tawaran ICI. Mulai 4 Februari 1946, ia bermarkas di bekas pabrik amunisi di Risley, Lancashire. Portal juga mengangkat Michael Perrin sebagai Wakil Pengendali bidang Kebijakan Teknis. Hal ini menyebabkan gesekan dengan Hinton karena Perrin dulunya adalah junior Hinton di ICI. Portal juga mendirikan sebuah komite teknis untuk menggantikan komite teknis Tube Alloys. Untuk mengukuhkan kendali Kementerian Pemasok atas program nuklir di mata hukum, sebuah rancangan undang-undang diusulkan di Dewan Rakyat pada 1 Mei 1946 dan disahkan sebagai Undang-Undang Tenaga Atom pada 6 November 1946.

Saat perang masih berkecamuk, Chadwick, Cockroft, Oliphant, Peierls, Harrie Massey, dan Herbert Skinner pernah bertemu di Washington, D.C. pada November 1944 dan menyusun sebuah proposal mengenai badan penelitian tenaga atom di Britania dengan perkiraan biaya £1,5 juta. Komite Tube Alloys mendukung usulan ini pada April 1945. Attlee mengumumkan pendirian badan ini di Dewan Rakyat pada 29 Oktober dan menyebut badan ini membutuhkan £1 juta untuk pendirian serta £500 juta untuk biaya operasi per tahun. Chadwick dan Cockroft menjadi pilihan utama untuk diangkat sebagai direktur. Chadwick menyarankan agar Cockroft yang diangkat. Cockroft setuju, tetapi meminta jaminan tertulis bahwa ia bertanggung jawab langsung kepada Menteri Pemasok dan sekretaris tetapnya, dan bahwa badan ini akan dijalankan layaknya sebuah universitas, dengan pertukaran gagasan yang bebas serta penerbitan artikel ilmiah, kecuali jika ada rahasia militer. Pengangkatan Cockroft diumumkan pada November 1945, tetapi ia baru pulang dari Kanada pada September 1946. Atomic Energy Research Establishment (AERE, "Badan Penelitian Tenaga Atom") segera dibentuk, tetapi baru berada di bawah wewenang Portal pada Januari 1950. Badan ini berlokasi di sebuah lapangan udara di Harwell, sekitar 21 km selatan Oxford. Lokasi ini adalah lapangan udara modern dengan landasan pacu yang panjang, dan Kementerian Udara pada awalnya enggan melepasnya hingga ada intervensi dari Perdana Menteri.

Dalam sistem organisasi ini, wewenang mengembangkan bom atom berada di luar Kementerian Pertahanan. Salah satu penyebabnya adalah bahwa kementerian itu baru berdiri pada Oktober 1946, saat Portal telah diangkat sebagai CPAE. Tizard menjadi Kepala Penasihat Ilmiah untuk Kementerian Pertahanan pada 1946. Pada Januari 1947 ia merangkap menjadi Ketua Komite Kebijakan Penelitian Pertahanan yang didirikan untuk memberi masukan bagi Menteri Pertahanan dan para Kepala Staf Angkatan Bersenjata mengenai kebijakan terkait sains. Tizard lalu berusaha mengambil alih sebagian kebijakan senjata nuklir. Setelah bubarnya Komite Penasihat Mengenai Tenaga Atom, muncul dua organisasi baru yaitu Komite Tenaga Atom (Penelitian Pertahanan) yang diketuai oleh Tizard dan Komite Tenaga Atom (Peninjauan Produksi) di bawah wewenang Portal. Walaupun begitu, Tizard tetap gagal mengambil alih kebijakan tenaga atom.