Jabarkan Cerita dari Patlabor: The Movie

Berlatar pada tahun 1999, Tokyo sedang dalam program pengembangan besar: daerah lama di pinggiran kota diruntuhkan dan pulau reklamasi dibangun di Teluk Tokyo dibawah proyek Babylon. Yang mendominasi area tersebut adalah "Ark", Pulau reklamasi besar yang menjadi pusat proyek dan tempat utama pembuatan labor.

Namun, beberapa labor yang digunakan di Tokyo, terutama yang dibuat oleh Shinohara Heavy Industries - tiba-tiba kehilangan kendali selagi tidak dikemudikan. Seksi 2 Kendaraan Khusus dari Kepolisian Metrolpolitan Tokyo (SV2) ditugaskan untuk menangani labor yang rusak, tetapi hanya Divisi 2 dari SV2 yang bisa bertugas (Divisi 1 sedang dalam pelatihan di luar Tokyo). GSDF Tokyo juga sedang sibuk mengerahkan pasukan mereka untuk menghentikan Tank Labor Purwarupa HAL-X-10 yang dilengkapi dengan HOS.

Selagi Divisi 2 memecahkan masalah ini. Komandan tim Kapten Goto, Sersan Asuma Shinohara, dan mekanik Shigeo Shiba bekerjasama dengan Detektif polisi Matsui untuk mencari petunjuk. Mereka menemukan bahwa semua labor yang rusak, ditambah dengan labor lain di wilayah kota Tokyo, telah dipasangkan dengan perangkat lunak Hyper Operating System (HOS) terbaru milik Shinohara Heavy Industries dan dapat dipicu oleh gema berfrekuensi rendah yang dipancarkan oleh angin yang mengenai gedung-gedung tinggi. Pilot SV2 Noa Izuma lega, karena tidak ada salinan dari perangkat lunak tersebut terpasang didalam labor polisi AV-98 Ingram milik SV2. Mereka juga mempelajari bahwa programmer HOS Eiichi Hoba - yang bunuh diri beberapa hari sebelumnya - terobsesi dengan referensi Alkitab dalam Proyek Babylon (Ark disini menyinggung tentang Bahtera Nuh, sebagai contoh ; namanya sendiri. E. Hoba--Jehovah—sebagai contoh lainnya) dan menanam virus yang mampu mereplikasi diri di dalam kode yang membuat labor malfungsi. Sebuah simulasi komputer memprediksi bahwa jika angin yang berkekuatan badai menerjang Ark dapat membuat semua labor di Tokyo menjadi tak terkendali, terutama karena ukuran Ark dan kerangka bajanya meningkatkan frekuensi gema dan membuatnya dapat mencapai jangkauan yang lebih jauh ke dalam kota. Buruknya, biro cuaca mengumumkan bahwa badai akan menerjang tokyo dalam dua hari kedepan.

Goto diam-diam mendapat izin dari petinggi Kepolisian Metropolitan Tokyo untuk menghancurkan Ark selagi Shige mencoba menggali lebih jauh bukti bahwa Hoba yang melakukan semua ini untuk membenarkan tujuan operasi. Kanuka Clancy kembali dari Amerika Serikat untuk membantu serangan. Divisi 2 memasang pelampung di kendaraan mereka dan berangkat menuju Ark. Labor yang dipasang HOS yang malfungsi menyerang mereka segera selagi mereka mendarat di Ark. Pilot Ingram Noa dan Ota, ditambah Kanuka didalam labor polisi purwarupa AV-X0 Tipe Zero yang ia bajak, memberi waktu untuk Hiromi, Asuma dan Shinshi untuk masuk ke dalam ruang kendali dan mengaktifkan rangkaian urutan penghancuran diri Ark. Namun, Kanuka kehilangan kendali Tipe Zero karena labor itu juga dipasang HOS. Terjebak di dalam Zero di langkan yang masih berdiri, Noa mendaki keluar dari Ingramnya yang rusak dan menembakkan shotgunnya ke sistem P-RAM labor itu untuk mematikannya. Dengan keberhasilan hancurnya Ark, SV2 mengirimkan helicopter untuk menjemput mereka.