Jabarkan Abad Pertengahan dari Kitab Kells

Biara Kells berkali-kali diserbu dan dijarah oleh bangsa Viking pada abad ke-10, sehingga tidak diketahui bagaimana caranya kitab ini dapat terselamatkan hingga sekarang. Catatan sejarah tertua yang menyebut-nyebut tentang kitab ini, sekaligus tentang keberadaannya di Kells, termaktub di antara catatan-catatan peristiwa sepanjang tahun 1007 dalam Kitab Tawarikh Ulster. Catatan ini menyebutkan bahwa "kitab injil istimewa dari Columkille (Kolumba), relikui utama Dunia Barat, telah dicuri secara biadab pada malam hari dari ruang sakristi sebelah barat gereja batu besar di Cenannas karena bingkai logamnya yang berharga". Naskah ini ditemukan kembali beberapa bulan kemudian—tanpa sampulnya yang terbuat dari emas bertatahkan permata—"terkubur di bawah lapisan rumput". Kalimat "kitab injil istimewa dari Columkille" pada umumnya ditafsirkan sebagai sebutan bagi Kitab Kells. Jika benar demikian, maka dapat disimpulkan bahwa kitab ini berada di Kells pada tahun 1007, dan sudah cukup lama tersimpan di sana sehingga hal-ihwal keberadaannya dapat diketahui oleh para pencuri. Pelepasan sampul naskah secara paksa mungkin merupakan sebab dari hilangnya helai-helai folio pada bagian depan dan belakang Kitab Kells. Penyebutannya dalam Kitab Tawarikh Ulster sebagai kitab injil istimewa "dari Columkille"—yang dapat berarti kepunyaan Kolumba maupun buatan Kolumba—menyiratkan bahwa kala itu Kitab Kells diyakini sebagai naskah buatan Iona.

Terlepas dari semua dugaan dan perkiraan di atas, dapat dipastikan bahwa kitab ini tersimpan di Kells pada abad ke-12, manakala isi piagam-piagam kepemilikan tanah biara Kells disalin ke dalam beberapa halaman kosongnya. Praktik menyalin isi piagam ke dalam buku-buku penting lumrah dilakukan di mana-mana pada Abad Pertengahan, dan salinan-salinan isi piagam yang termaktub dalam Kitab Kells menjadi bukti nyata dari keberadaannya di biara Kells pada masa itu.

Biara Kells ditutup sebagai dampak dari keputusan pembaharuan gerejawi yang dikeluarkan oleh pemerintah Kerajaan Inggris pada abad ke-12. Gereja biara ini dialihfungsikan menjadi sebuah gereja paroki, namun tetap menjadi tempat penyimpanan Kitab Kells.