Jabarkan Kesamaan dari Basis data kimia

Tidak ada definisi tunggal dari kesamaan molekuler, namun konsepnya dapat didefinisikan sesuai dengan aplikasi dan sering digambarkan sebagai invers dari ukuran jarak dalam ruang deskriptor. Dua molekul mungkin dianggap lebih mirip misalnya jika perbedaannya berat molekul lebih rendah daripada bila dibandingkan dengan yang lain. Berbagai ukuran lain dapat dikombinasikan untuk menghasilkan ukuran jarak beragam. Tindakan jarak sering dikelompokkan ke dalam ukuran Euclidean dan non-Euclidean tergantung pada apakah pertidaksamaan segitiga berlaku. Maximum Common Subgraph (MCS) berdasarkan pencarian substruktur(kesamaan atau ukuran jarak) juga sangat umum. MCS juga digunakan untuk penyaringan obat seperti senyawa dengan cara "memukul" molekul, yang memiliki subgraf umum (substruktur).

Bahan kimia dalam basis data mungkin dikelompokkan ke dalam kelompok molekul yang 'serupa' berdasarkan kesamaan. Pendekatan clustering hierarkis dan non-hirarkis dapat diterapkan pada entitas kimia dengan beberapa atribut. Atribut atau sifat molekuler ini dapat ditentukan secara empiris atau komputasi berbasis deskriptor. Salah satu pendekatan clustering yang paling populer adalah algoritme Jarvis-Patrick.

Dalam farmakologi penyimpanan kimia yang berorientasi, kesamaan biasanya didefinisikan dalam kaitannya dengan efek biologis senyawa (ADME/tox) yang pada gilirannya dapat disimpulkan secara semi-otomatis dari kombinasi deskriptor fisiko-kimia yang serupa dengan menggunakan metode QSAR.