Jabarkan |} dari Babak kualifikasi Liga Champions UEFA 2016–2017

Qarabağ vs Dudelange      (Qarabağ menang dengan agregat 3–1.)

H. Be'er Sheva vs Sheriff      (H. Be'er Sheva menang dengan agregat 3–2.)

Olimpija Ljubljana vs Trenčín      (Agregat 6–6, Trenčín menang berkat gol tandang)

Red Bull Salzburg vs Liepāja      (Red Bull Salzburg menang dengan agregat 3–0.)

Vardar vs Dinamo Zagreb      (Dinamo Zagreb menang dengan agregat 5–2.)

The New Saints vs APOEL      (APOEL menang dengan agregat 3–0.)

Zrinjski Mostar vs Legia Warsaw      Legia Warsaw menang dengan agregat 3–1

Ludogorets vs Mladost Podgorica      Ludogorets menang dengan agregat 5–0

Tbilisi vs Alashkert      Tbilisi menang dengan agregat 3–1

Žalgiris Vilnius vs Astana      Astana menang dengan agregat 2–1

Partizani Tirana vs Ferencváros      Agregat 2–2, Partizani Tirana menang adu penalti 3–1.

BATE Borisov vs SJK      BATE Borisov menang dengan agregat 4–2.

Valletta vs Red Star Belgrade      Red Star Belgrade menang dengan agregat 4–2.

Rosenborg vs IFK Norrköping      Rosenborg menang dengan agregat 5–4.

Dundalk vs FH      Agregat 3–3, Dundalk menang karena gol tandang.

Lincoln Red Imps vs Celtic      Celtic menang dengan agregat 3–1.

Crusaders vs Copenhagen      Copenhagen menang dengan agregat 9–0

Babak ketiga kualifikasi dibagi menjadi dua bagian terpisah: Jalur juara dan Jalur liga, tim yang kalah dari dua jalur tersebut akan masuk ke babak play-off Liga Eropa UEFA 2016–17. Secara keseluruhan terdapat 30 tim yang akan berkompetisi di fase ini: 20 tim di Jalur Juara (3 tim otomatis dan 17 tim dari pemenang babak kedua kualifikasi) dan 10 tim dari jalur liga.