Jabarkan Pengepungan dari Pengepungan Baler

Pada Juni 26, terlihat bahwa penduduk kota mulai mengungsi.:18 Tanggal 30 malam, 800 orang pasukan Filipina di bawah pimpinan Teodorico Luna (masih berkerabat dengan pelukis Juan Luna) melakukan penyerangan, dan pasukan pertahanan mundur ke dalam gereja.:18 Pendeta kota, Candido Gomez Carreno, juga turut berlindung di gereja.

Pada beberapa hari awal pengepungan terdapat beberapa upaya pihak Filipina untuk membuat pihak Spanyol menyerah dengan cara meninggalkan surat-surat, sementara mereka mengepung gereja dengan parit-parit.:29–30 Pada tanggal 8 Juli, komandan pasukan Revolusioner, yaitu Cirilo Gomez Ortiz, menawarkan jeda permusuhan sampai malam, yang diterima pihak Spanyol.:32 Pada tanggal 18 Juli, Calixto Villacorta mengambil alih kepemimpinan pihak Filipina. Ia juga mengirim surat peringatan, yang ditolak pihak Spanyol.

Orang-orang Spanyol harus menahan kondisi terkurung dalam ruang bangunan yang kecil, panas, dan lembap. Seiring berlangsungnya pengepungan, pasokan makanan mereka juga semakin berkurang karena konsumsi atau menjadi busuk. Tembakan senapan musuh memang menimbulkan korban jiwa, tetapi penyakit seperti beri-beri, disentri, dan demam menewaskan lebih banyak lagi.:24 Orang Spanyol pertama yang tewas adalah Gómez Carreno.:22–23 Letnan Alonso terkena beri-beri pada bulan September, yang disusul oleh Kapten Las Morenas pada bulan November.:23 Kepemimpinan lalu berada di tangan Letnan Saturnino Martin Cerezo, yaitu ketika Las Morenas meninggal pada bulan Desember.

Pihak Spanyol berkali-kali melakukan serangan mendadak untuk membakar rumah-rumah di sekitar benteng, untuk menghilangkan tempat berlindung yang sangat dibutuhkan pasukan Filipina.:31 Pihak Filipina berusaha mengusir lawannya dengan asap dengan cara melakukan pembakaran di pinggir dinding gereja, tetapi usaha tersebut berhasil diatasi dan batang-batang kayu mereka berhasil disita.

Pada awal pengepungan, pihak Spanyol memiliki cadangan tepung, beras, kacang-kacangan, buncis, daging, daging sapi Australia kalengan, sarden, anggur, gula, dan kopi, tetapi tidak ada garam.:54, 75 Untuk menambah persediaan makanan mereka, pihak Spanyol juga mengumpulkan labu, daun labu, jeruk, tunas pisang, serta berbagai rempah-rempah; dan juga dengan membuat kebun paprika, tomat, dan labu.:66–68

Pada pertengahan November, setelah gagal mengusir pihak Spanyol, Villacorta dengan alasan gencatan senjata meninggalkan koran di tangga gereja, yang mengabarkan berita bahwa Spanyol telah merencanakan pergi dari Filipina dan bahwa konflik Spanyol-Amerika telah berakhir. Martin Cerezo menganggap itu sebagai sebuah tipu muslihat. Selanjutnya Villacorta membawa beberapa warga sipil Spanyol, dan seorang perwira berseragam Spanyol yang ditinggalkan untuk menyelesaikan serah terima Spanyol di pulau tersebut, tetapi tetap tidak berhasil meyakinkan Cerezo.

Pada tanggal 22 November 1898, atau 145 hari sejak dimulainya pengepungan, sebanyak 14 orang tentara Spanyol telah meninggal karena penyakit.:23 Dari tiga puluh delapan tentara yang tersisa, hanya dua puluh tiga yang efektif bertugas, sedang sisanya sakit. Pasukan Filipina juga telah menderita korban jiwa, sebagian besar karena tembakan senapan Mauser dari pihak Spanyol yang diuntungkan karena posisi-posisi menembak mereka yang lebih terlindung. Gomez Ortiz adalah salah satu korban dari pihak Filipina.

Tahun Baru mendatangkan lebih banyak utusan Spanyol ke Baler, namun lagi-lagi Martin Cerezo menolak kedatangan mereka.:49 Pada akhir Februari, pihak Spanyol menangkap tiga ekor kerbau, memakan dagingnya sebelum membusuk, dan menjadikan kulitnya sebagai alas kaki.:87–88

Pada bulan April, orang-orang Amerika mulai turut campur tangan, yaitu ketika Komandan Charles S. Sperry, komandan kapal USS Yorktown, berusaha menyelamatkan pihak Spanyol.:43 Pada saat itu, Filipina telah berada dalam situasi perang melawan Amerika Serikat, yaitu sejak Februari. Dalam suatu misi pengintaian, lima orang Amerika tewas terbunuh, sementara Letnan Gilmore dan sembilan orang lainnya tertangkap, dan ditahan oleh pasukan Filipina hingga akhirnya diselamatkan pada bulan Desember.:178–179, 382–383

Ketika makanan mereka habis pada 24 April, pihak Spanyol terpaksa mulai memakan anjing-anjing liar, kucing, reptil, siput, dan burung gagak.:102

Pada tanggal 8 Mei, tembakan artileri pasukan Filipina menghantam sel buatan yang digunakan untuk mengurung tiga tentara Spanyol, yang telah berusaha untuk melarikan diri pada pengepungan sebelumnya. Salah satu di antara mereka, Alcaide Bayona, berlari keluar dan bergabung dengan pihak Filipina. Ini menjadi pukulan telak bagi pihak Spanyol, karena desertir tersebut memiliki informasi intelejen tentang kondisi sulit mereka, serta membantu mengarahkan tembakan meriam ke gereja dengan dampak yang lebih baik.:105–107

Pada tanggal 28 Mei 1899, dilakuakn upaya lainnya untuk membuat Martin Cerezo menyerah. Seorang perwira Spanyol lainnya, Letnan Kolonel Cristobal Aguilar y Castaneda, muncul membawa bendera gencatan senjata, tetapi ditolak.:109 Ia membawa beberapa surat kabar terakhir berbahasa Spanyol, yang pada awalnya dianggap palsu oleh Cerezo, sampai akhirnya ia membaca sebuah artikel tentang penempatan tugas seorang teman dekatnya, suatu rencana yang hanya ia yang tahu, dan itu meyakinkannya bahwa surat kabar tersebut asli dan bahwa memang Spanyol telah kalah perang.:110–111 Pada tanggal 2 Juni 1899, Martin Cerezo menyerah kepada pihak Filipina.:111

Jenderal Emilio Aguinaldo, presiden Republik Filipina Pertama, menyatakan bahwa mereka akan dianggap "Bukan sebagai tahanan perang, tetapi sebagai teman". Lebih lanjut ia menyatakan bahwa "Mereka menyadari suatu epik yang mulia sebagaimana keberanian legendaris para putra El Cid dan Pelayo".

Tiga bulan kemudian, pada tanggal 1 September, para korban termasuk Martin Cerezo tiba di Barcelona, di mana mereka diterima dan dihormati sebagai pahlawan. Martin Cerezo kemudian menerbitkan sebuah memoar, "El Sitio de Baler", di mana ia memberi alasan-alasannya mengapa tetap bertahan:

"Ini agak sulit bagi saya untuk menjelaskannya, pada prinsipnya, saya percaya disebabkan karena rasa tidak percaya dan sikap keras kepala. Kemudian juga karena semacam otosugesti tertentu yaitu kita seharusnya tidak menyerah untuk alasan apapun karena antusiasme nasional, tidak diragukan lagi karena terpengaruh oleh ilusi kemuliaan yang menarik dan karena penderitaan dan mulianya pengorbanan dan kepahlawanan dan bahwa dengan menyerah, kami akan menempatkan akhir yang tidak layak untuk itu semua."