Coba jelasin Peserta dari Indonesia Soccer Championship U-21 2016 dong

Indonesia Soccer Championship A diikuti oleh 18 klub junior dari Indonesia Soccer Championship A.

Bali United Pusam F.C. U-21

Sriwijaya FC kemudian mengundurkan diri setelah pengundian.

Kompetisi yang berformat liga ini sebelumnya dibagi dalam tiga grup berdasarkan wilayah geografis, namun sejak musim baru 2016 dibagi dalam tiga grup. Juara dan peringkat dari masing-masing grup serta dua tim peringkat ketiga terbaik akan lolos ke babak delapan besar. Selanjutnya, akan dipilih empat tim yang lolos ke semifinal hingga pertandingan final.