Jabarkan Penganiayaan terhadap Manikeisme dari Penindasan Diokletianus

Kekhawatiran di pihak kekaisaran mereda setelah penganiayaan perdana tersebut. Diokletianus tetap di Antiokhia selama tiga tahun berikutnya. Ia satu kali mengunjungi Mesir, selama musim dingin tahun 301–302, tempat ia memulai pembagian biji-bijian (cura annonae) di Aleksandria. Di Mesir, beberapa penganut Manikeisme, yang adalah pengikut nabi Mani, dikecam di hadapan prokonsul Afrika. Pada tanggal 31 Maret 302, dalam sebuah reskrip dari Aleksandria, Diokletianus—setelah berkonsultasi dengan prokonsul Mesir—memerintahkan agar para pemimpin kaum Manikean dibakar hidup-hidup bersama dengan kitab suci mereka. Peristiwa ini merupakan pertama kalinya suatu penganiayaan Imperial menyerukan penghancuran literatur sakral. Kaum Manikean berstatus rendah akan dieksekusi, sementara kaum Manikean berstatus tinggi akan dikirim untuk bekerja di pertambangan di Prokonesus (Pulau Marmara) atau di Phaeno (di selatan Palestina). Semua properti kaum Manikean akan disita dan disimpan dalam perbendaharaan kekaisaran.

Diokletianus mendapati bahwa banyak yang tersinggung dengan agama Manikean. Perjuangannya membela kultus tradisional Romawi mendorongnya untuk menggunakan bahasa semangat keagamaan. Prokonsul Afrika menyampaikan kepada Diokletianus suatu pertanyaan yang berisi kekhawatiran terhadap kaum Manikean. Pada akhir Maret 302, Diokletianus menjawab: kaum Manikean "telah membentuk sekte baru yang hingga saat ini belum pernah terdengar untuk menentang keyakinan-keyakinan yang lebih lama sehingga mereka mungkin menghalau doktrin-doktrin yang dipercayakan kepada kita pada masa lampau melalui bantuan ilahi, demi kepentingan doktrin bejat mereka sendiri". Ia melanjutkan: "...ketakutan kita adalah, dengan berlalunya waktu, mereka akan berusaha keras...untuk menginfeksi...seluruh kekaisaran kita...sama seperti racun ular ganas". "Agama kuno tidak seharusnya dikritik oleh sesuatu yang bermodel baru", tulisnya. Umat Kristiani dalam kekaisaran juga rentan terhadap pola pikir yang sama itu.