Jabarkan Orde Lama (1945–1965) dari Kebebasan beragama di Indonesia

Selama Orde Baru, agama menjadi alat kontrol stabilitas politik. Jumlah tempat ibadah yang dibangun sangat banyak, tetapi jumlah kasus penutupan, pengrusakan, dan pembakaran rumah ibadah juga meningkat pesat. Pada tahun 1945-1964 tecatat 2 gereja mengalami pengrusakan, sementara periode tahun 1955-1999 meningkat menjadi 55 buah masjid dan 609 gereja (lebih dari 50% terjadi selama tahun 1995-1999). Berbagai penyelesaian konflik dilakukan secara tertutup dan diakhiri dengan kompromi tanpa proses hukum. Menurut Pdt. Weinata Sairin (2002), kasus pengrusakan gereja yang diselesaikan secara hukum hanya terjadi pada kasus pembakaran GKJ Batang (1995).

Pada periode ini, konflik antara Islam dan Kristen terus terjadi. Untuk menyelesaikan konflik, musyawarah antar-agama pertama kali diprakarsai oleh Menag Muhammad Dahlan di Jakarta pada tanggal 30 November 1967. Musyawarah ini gagal karena perwakilan Kristen memprotes masalah pembatasan dakwah sementara perwakilan Islam menolak melakukan dialog. Akhirnya, pada periode Mukti Ali sebagai Menag (1971-1978), dialog antar-agama berhasil dijembatani, meskipun masalah kristenisasi berulang kali diangkat kembali dalam berbagai aspek politik dan sosial.

Disamping konflik antara Islam dan Kristen, peran pemerintah Orde Baru dalam menekan ekstrimis kanan melalui tangan militer juga membawa korban dan intoleransi pada pihak Islam. Selain itu, pergesekan antara kelompok Islam konservatif dan Islam moderat juga terjadi dan saling menjatuhkan, misalnya penggusuran masjid milik minoritas Muhammadiyah (1993) yang dianggap melakukan dakwah di Lamongan.