Jabarkan Pemerintahan militer dari Kudeta Guatemala 1954

Segera setelah Presiden menyatakan pengunduran dirinya, Díaz mengumumkan di radio bahwa ia mengambil alih jabatan kepresidenan, dan tentara akan tetap melanjutkan pertempuran melawan pasukan Castillo Armas. Ia mengepalai sebuah junta militer yang juga melibatkan Kolonel Elfego Hernán Monzón Aguirre dan Jose Angel Sánchez. Dua hari kemudian, menurut pengakuan seorang pejabat CIA yang pernah berbincang dengan Díaz, Duta Besar Peurifoy memberitahu kepada Díaz bahwa Díaz harus mengundurkan diri karena ia dianggap "menyusahkan bagi kebijakan luar negeri Amerika". Peurifoy mengecam Díaz karena membiarkan Árbenz mengkritik Amerika Serikat dalam pidato pengunduran dirinya; sementara itu, seorang pilot yang pernah dilatih di AS menjatuhkan sebuah bom di gudang bubuk mesiu utama milik angkatan darat untuk mengintimidasi sang kolonel. Setelah itu, Díaz digulingkan oleh sebuah kudeta yang berlangsung cepat dan tidak menumpahkan darah di bawah kepemimpinan Kolonel Monzón, yang lebih lunak terhadap kepentingan AS. Díaz kemudian menyatakan bahwa Peurifoy telah memberikan kepadanya daftar nama orang komunis, dan menuntut agar mereka semua ditembak mati pada hari berikutnya; Díaz telah menolak hal tersebut, sehingga Peurifoy semakin menentangnya. Pada tanggal 17 Juni, para pemimpin angkatan darat di Zacapa mulai berunding dengan Castillo Armas. Tiga hari kemudian, mereka menandatangani sebuah kesepakatan yang disebut Pacto de Las Tunas, yang menjadikan Castillo Armas sebagai pemimpin pasukan angkatan darat di Zacapa. Sebagai gantinya, pengampunan akan diberikan secara umum. Tentara angkatan darat lalu kembali ke barak mereka beberapa hari kemudian, tetapi mereka merasa "putus asa, dengan rasa kekalahan yang buruk".

Meskipun Monzón sangat anti-komunis dan berulang kali menyatakan kesetiaannya kepada AS, ia tak mau menyerahkan kekuasaan kepada Castillo Armas. Kejatuhan Díaz telah membuat Peurifoy berkeyakinan bahwa CIA sebaiknya membiarkan Departemen Negara memainkan peranan utama dalam perundingan dengan pemerintahan baru Guatemala. Departemen Negara meminta Diktator El Salvador Óscar Osorio untuk mengundang semua pihak untuk berunding di San Salvador. Osorio sepakat, dan Monzón dan Castillo Armas datang ke ibu kota El Salvador pada tanggal 30 Juni. Peurifoy awalnya masih tetap berada di Kota Guatemala untuk menghindari kesan bahwa AS memiliki peranan yang besar, namun ia terpaksa datang ke San Salvador ketika perundingan hampir gagal pada hari pertama. Menurut John Dulles, peran Peurifoy adalah untuk "memecah beberapa kepala secara bersamaan". Monzón dan Castillo Armas tidak dapat berkuasa tanpa dukungan AS, sehingga Peurifoy dapat memaksakan sebuah perjanjian yang diumumkan pada pukul 4:45 tanggal 2 Juli. Berdasarkan perjanjian tersebut, Castillo Armas dan bawahannya Mayor Enrique Trinidad Oliva akan bergabung dengan junta yang terdiri tiga orang yang dikepalai oleh Monzón, yang akan tetap menjadi presiden. Pada tanggal 7 Juli, Kolonel Dubois dan Cruz Salazar, para pendukung Monzón di junta tersebut, mengundurkan diri, sesuai dengan perjanjian rahasia yang mereka buat tanpa sepengetahuan Monzón. Monzón juga mengundurkan diri karena ia kalah jumlah, sehingga membuka jalan bagi Castillo Armas untuk menjadi presiden junta. Dua kolonel tersebut dibayar 100.000 dolar AS sebagai balas jasa atas kerjasama mereka. AS dengan segera mengakui pemerintahan baru tersebut pada tanggal 13 Juli. Tak lama setelah menjabat sebagai Presiden, Castillo Armas menghadapi sebuah upaya kudeta dari para calon perwira muda yang merasa tidak senang dengan keputusan untuk menyerahkan angkatan darat kepadanya. Kudeta tersebut berhasil dipatahkan dan menewaskan 29 orang dan melukai 91 orang. Pemilihan umum diadakan pada awal bulan Oktober, tetapi semua partai politik dilarang ikut. Castillo Armas menjadi satu-satunya calon; ia memenangkan pemilihan tersebut dengan 99% suara, sehingga memuluskan transisinya menuju kekuasaan.