Jabarkan Curicó Unido dari Marcos Flores

Setelah kembali ke Newell Old Boys, Flores akhirnya hengkang ke klub kontestan Liga Chile, Curicó Unido.

Pada bulan juni 2009, klub A-League, Adelaide United telah mendekati Flores untuk musim 2009/2010, tetapi negosiasi gagal karena Flores berkeinginan untuk tetap tinggal di Amerika Selatan. Namun akhirnya pada tanggal 8 Desember 2009, Flores menandatangani kontrak dengan Adelaide United yang tampil di Piala Champions Asia 2010. Flores resmi diperkenalkan oleh klub pada tanggal 11 januari 2010.

Flores memulai debutnya sebagai pemain pengganti di menit ke-60 dalam pertandingan Adelaide United yang menang 2-0 atas Brisbane Roar FC pada tanggal 6 februari 2010. Flores langsung memperoleh status legendaris oleh fans Adelaide United. Flores yang berposisi sebagai playmaker memamerkan keterampilan dan teknik yang jarang terlihat di A-League. Flores menambahkan agresi dan stamina di setiap laga sejak datang ke A-League.

Flores mencetak 4 (empat) gol di A-League di musim 2010-11. Penampilan Flores di Adelaide United menarik perhatian klub – klub di luar negeri antara lain klub J-League, Urawa Red Diamonds dan klub MLS New York Cosmos. Pada tanggal 21 januari 2011, Flores mencetak gol hat-trick pertamanya di A-league untuk Adelaide United dalam kemenangan 8-1 atas North Queensland Fury. Flores memenangkan Johnny Warren player of the year untuk musim 2010-11. Adelaide United langsung menawari Flores kontrak berdurasi 3 (tiga) tahun dengan kesepakatan senilai $320,000 per musim, yang membuatnya menjadi pemain bergaji tertinggi dalam sejarah klub.