Jabarkan KDMD dipimpin seorang Komandan dari Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut III

Sekretariat: Urusan umum, arsip dan ekpedisi dan Tata Usaha komandemen

Seksi II: Operasi dan Kesediaan

Dinas Pemeliharaan Khusus terdiri dari: Perhubungan (PHB), Dinas Angkutan Angkatan Laut (DAAL), Pemeriksa Kapal, Bengkel kapal, Bengkel Mobil, Persenjataan, Permiyakan, Perumahan, Bangunan, Penerangan, Kesejahteraan Sosial dan Kesehatan.

Organisasi KDMD berjalan sampai tahun 1960. Selanjutnya terbit Surat keputusan KSAL No. A.4/6/6 tanggal 18 Oktober 1960 KDMD berubah menjadi Komando Daerah Maritim III (Kodamar III). Bersama-sama Kodamar lainya yaitu Komando Daerah Maritim Belawan (KDMB) menjadi Kodamar I, Komando Daerah Maritim Riau (KDMR) menjadi Kodamar II, Komando Daerah Maritim Djakarta (KDMD) menjadi Kodamar III, Komando Daerah Maritim Surabaya (KDMS) menjadi Kodamar IV, Komando Daerah Maritim Makassar (KDMM) menjadi Kodamar V, Komando Daerah Maritim Ambon(KDMA) menjadi Kodamar VI. Kodamar yang semula 6 diperluas menjadi 10 Kodamar yaitu menjadi Kodamar I Belawan, Kodamar II Tanjung Pinang, Kodamar III Jakarta, Kodamar IV Semarang, Kodamar V Surabaya, Kodamar VI Banjarmasin, Kodamar VII Makassar, Kodamar VIII Manado, Kodamar IX Ambon dan Kodamar X Jayapura. Selanjutnya berdasarkan Keputusan Menhankam/Pangab No. Keb B/429/69 terhitung pada bulan Januari 1970 nama Kodamar diubah menjadi Komando Daerah Angkatan Laut (Kodaeral). Pada perkembangan selanjutnya Kodamar IV Semarang dilikuidasi serta nama Kodaeral diganti Daerah Angkatan Laut (Daerah), sesuai keputusan KSAL No. 5401.23 tanggal 30 Maret 1970 didirikan Daeral VIII Nusa Tenggara (Lombok). Sehingga Daeral tetap 10 dengan perincian yaitu; Daeral I meliputi Aceh, Sumatera Utara, Sumatera Barat berkedudukan di Belawan, Daeral II meliputi Riau dan Sumatera Selatan berkedudukan di Tanjung Pinang, Daeral III meliputi Jawa Barat dan DKI Jaya berkedudukan di Jakarta Utara, Daeral IV meliputi Jawa Tengah dan Jawa Timur berkedudukan di Surabaya, Daeral V meliputi seluruh Kalimantan berkedudukan di Banjarmasin, Daeral VI meliputi Sulawesi Utara dan Tenggara berkedudukan di Manado, Daeral VII meliputi Sulawesi Selatan dan Tengah berkedudukan di Ujung Pandang, Daeral VII meliputi Nusa Tenggara berkedudukan di Mataram, Daeral IX meliputi Maluku berkedudukan di Ambon dan Daeral X meliputi Irian Jaya berkedudukan di Biak/Jayapura.

Kemudian tahun 1984 sebutan Kodaeral diganti menjadi Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) dan dari 10 Kodaeral menjadi 5 Lantamal yaitu lantamal I Belawan, Lantamal II Jakarta Utara, lantamal III Surabaya, Lantamal IV Bitung dan Lantamal V Jayapura. Kemudian berangsur-angsur Lantamal sesuai kebutuhan organisasi bertambah menjadi 11 yaitu Bitung/Manado, Tanjungpinang, Ambon, Padang, Kupang dan Merauke. Pada tahun 2006 tepatnya tanggal 13 Juli 2006 terbit keputusan Kasal No. Kep/10/VII/2006 tentang perubahan penomoran Lantamal yang akhirnya mengubah Lantamal II  menjadi Lantamal III.