Jabarkan Altishahr dan Kazakh dari Galdan Boshugtu Khan

Para Imam dari keturunan Naqshbandi telah menggantikan Khan Chagatayid pada awal abad ke-17. Setelah kekalahan dari Khoja Gunung Putih (zh

), Afaq Khoja, penguasa mereka yang diasingkan mendekati Dalai Lama ke-5 untuk bantuan militer pada tahun 1677. Dengan permintaan yang terakhir, Galdan menggulingkan Khoja Gunung Hitam (zh

) di Penaklukan Zunghar atas Altishahr. Galdan menetapkan bahwa Turkestanis akan dihakimi oleh hukum mereka sendiri kecuali dalam kasus-kasus yang mempengaruhi Dzungaria Khanate. Masyarakat Dzungaria terus menjaga atas Cekungan Tarim sampai 1757.

Pada 1687, pasukannya menyerang Turkistan, pusat ziarah penting bagi Kazakh Muslim, tetapi gagal menguasainya.