Jabarkan |} dari Piala Champions Eropa 1958–1959

1 Olympiacos mengundurkan diri karena masalah politik internasional, menolak untuk bermain di Istanbul setelah terjadi ketegangan antara Turki dan Yunani.

2 UEFA mengundang Manchester United untuk mengikuti kompetisi setelah delapan pemain klub tewas dalam Tragedi München 1958 saat kembali dari pertandingan Piala Eropa di Beograd musim sebelumnya; namun, Inggris menolak mengizinkan klub untuk berkompetisi. Karena undian telah dilakukan untuk babak penyisihan, lawan Manchester United yang ditarik, Young Boys, diberi bye ke babak pertama kompetisi. Sebaliknya, kedua klub memainkan sepasang pertandingan persahabatan satu sama lain, kandang dan tandang; Young Boys memenangkan pertandingan pertama 2-0 di Bern, tetapi Manchester United menang 3-0 di Old Trafford seminggu kemudian. Kedua klub kembali bersatu di babak grup Liga Champions UEFA musim 2018–2019 dan 2021–2022, dengan yang pertama terjadi hampir tepat 60 tahun setelah mereka awalnya akan bermain.

3 IFK Göteborg mengalahkan Jeunesse Esch 5-1 di babak play-off untuk lolos ke putaran pertama.

4 Wismut Karl-Marx-Stadt mengalahkan Petrolul Ploieşti 4-0 di babak play-off untuk lolos ke putaran pertama.

5 Schalke 04 mengalahkan KB 3-1 di babak play-off untuk lolos ke putaran pertama.