Jabarkan Penaklukan dari Penaklukan Altishahr oleh Zunghar

Orang-orang Muslim Turkik yang menempati Cekungan Tarim awalnya dikuasai oleh Kekhanan Chagatai, sementara orang-orang Oirat nomaden di Zungharia menguasai Kekhanan Zunghar.

Oirat Zunghar dipimpin oleh Sengge menyerang Kekhanan Chagatai pada masa pemerintahan Abdullah Khan.

Orang-orang Khoja Tarekat Naqsyabandiyah, keturunan Nabi Muhammad, menggantikan Khan Chagatai sebagai penguasa Cekungan Tarim pada awal abad ke-17. Di kalangan Khoja sendiri ada dua faksi yang memperebutkan kekuasaan, yaitu faksi Afaq (Gunung Putih) dan Ishaq (Gunung Hitam). Faksi Ishaq mengalahkan Afaq.

Ketika Afaq Khoja melarikan diri ke Lhasa, ia meminta Dalai Lama Ke-5 untuk membantu faksinya mengambil alih kekuasaan Cekungan Tarim (Kashgaria). Pemimpin Zunghar, Galdan, kemudian diminta oleh Dalai Lama untuk mengembalikan posisi Afaq Khoja sebagai penguasa Kashgaria. Afaq Khoja berkolaborasi dengan Zunghar Galdan untuk menaklukkan Cekungan Tarim tahun 1678-1680 dan menempatkan Afaq Khoja sebagai penguasa boneka. Dalai Lama ke-5 mendukung penaklukan Galdan atas Cekungan Tarim dan Turpan. Dalai Lama Ke-5 memperoleh rampasan perang yang disita dari orang-orang Muslim dari Galdan Khan Zunghar. Orang-orang Muslim itu disebut "sesat" oleh mereka.

Qarataghlik (Gunung Hitam) mempropagandakan anti-Afaq Khoja. Atas tindakannya mengundang invasi dan berkuasanya Zunghar, Afaq Khoja dipandang sebagai kaki tangan pengkhianat oleh beberapa nasionalis Uighur, sementara orang-orang Uighur lainnya masih menghormati ia dan makamnya, serta memuliakan Afaq sebagai seorang suci.