Jabarkan Masa muda dari Juan Sebastián Elcano

Elcano lahir dari pasangan Domingo Sebastián Elcano dan Catalina del Puerto. Ia punya tiga saudara laki-laki, Domingo Elcano, pendeta katolik, Martín Pérez Elcano, dan Antón Martín Elcano. Ia memulai karier di militer dengan mengikuti Perang Italia di bawah komando Gonzalo Fernández de Córdoba. Pada tahun 1509 dia mengikuti expedisi Cardinal Francisco Jiménez de Cisneros melawan Aljazair.

Elcano kemudian menetap di Sevilla dan menjadi kapten kapal dagang. Setelah melanggar hukum Spanyol dengan menyerahkan kapalnya ke bankir Genoa untuk membayar hutang, ia memohon pengampunan kepada Raja Spanyol Karl V, dengan menjadi perwira pembantu untuk ekspedisi Magelan menuju Hindia Timur.