Jabarkan Munculnya berbagai masalah dari Transmart

Bagaimanapun, akhirnya akuisisi tersebut justru membawa Carrefour terlibat pada masalah dan bisa dikatakan "membuka" pintu keluarnya perusahaan Prancis ini dari Indonesia. Proses akuisisi tersebut rupanya sejak awal tidak disenangi oleh Komisi Pengawas Persaingan Usaha (KPPU), karena dianggap membuatnya menguasai pasar dalam presentase yang terlalu dominan. Menurut data KPPU, sebelum akuisisi, Carrefour memiliki 37,98% pangsa pasar pembeli ritel, dan naik menjadi 48,38% pasca akuisisi; selain itu, pangsa pasar pemasok retail modern juga naik, dimana dari 44,74% menjadi 66,73% pemasok "harus" mendistribusikan produknya ke Carrefour. Bagi para pemasok, praktik Carrefour selama ini dianggap merugikan mereka, dengan adanya praktik seperti trading term dan listing fee. Sejak lama, memang Carrefour (dan dahulu Continent) beberapa kali diterjang isu manipulasi harga demi upayanya menekan harga ke konsumen, terutama praktik dumping yang dianggap merugikan penyalur dan sudah beberapa kali masuk ke KPPU. Di tengah polemik akuisisi tersebut, pihak Carrefour membantah, dengan menyebut mereka hanya menguasai 7% pangsa pasar ritel makanan pasca akuisisi (dari 5%) menurut data Nielsen, dan akuisisi itu merupakan strategi Carrefour untuk memperkuat keberadaannya di pasar-pasar penting lokal dalam pendekatan multi-format. Menurut pihak Carrefour Indonesia juga, mereka tidak selalu untung, dimana dari 75 gerai yang ada pasca akuisisi (dimana 30-nya dari eks-Alfa), sudah ada 11 gerai yang merugi dan 4 gerai lainnya harus ditutup karena berbagai alasan.  Pihak Bapepam-LK juga menyatakan bahwa tidak ada prosedur yang dilanggar dalam akuisisi itu.

Namun, kemudian pada 10 September 2008, tuduhan monopoli itu resmi diadukan ke KPPU oleh organisasi Partisipasi Indonesia, dan mulai tanggal 31 Maret 2009, KPPU dalam kasus No.09/KPPU-L/2009 resmi mengusut dugaan monopoli tersebut. Beberapa bulan kemudian, pada 3 November 2009, KPPU resmi memutuskan bahwa akuisisi tersebut benar membuat Carrefour memiliki sifat monopolistik di pasar, dan berarti telah melanggar Pasal 17 ayat (1) dan Pasal 25 ayat (1) UU No. 5/1999. Sebagai hukumannya, Carrefour harus melepas kepemilikannya di PT Alfa Retailindo Tbk paling lambat setahun setelah putusan dan diberi denda Rp 25 miliar. Membalas hukuman tersebut, Carrefour pun banding ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada Desember 2009. Tidak lama kemudian, pada 17 Februari 2010, PN Jaksel membatalkan hasil putusan tersebut. KPPU lalu mengajukan kasasi putusan tersebut ke Mahkamah Agung pada 1 Maret 2010, namun pada 21 Oktober 2010, MA kembali memenangkan pihak Carrefour, dan kemudian pada 17 Februari 2011 KPPU terpaksa membatalkan putusan tersebut. Pasca keputusan tersebut, pada 29 April 2011, PT Alfa Retalindo (yang kepemilikan Carrefour sudah menjadi 99%) memutuskan untuk keluar (delisting) dari Bursa Efek Indonesia secara sukarela akibat saham yang tidak likuid dan kepemilikan publik yang sangat rendah. Setelah disetujui dan melakukan tender offer, saham PT Alfa Retailindo sejak 17 Oktober 2011 resmi dihapuskan dari pencatatan di BEI dan statusnya menjadi perusahaan tertutup.