Jabarkan Investigasi dan setelah pembantaian dari Pembantaian pesantren Walisongo 2000

Beberapa pengamat menyarankan kekerasan itu dirundingkan selama kontes membaca Al-Qur'an nasional di Palu yang dihadiri oleh Presiden dan Wakil Presiden, dengan pemikiran bahwa otoritas akan terganggu oleh acara besar dan kehadiran para pemimpin eksekutif Indonesia.

Sejumlah kelompok yang mencari pembalasan atas serangan, yang paling menonjol Al-Khaira'at, sebuah lembaga pendidikan Islam yang penting di Indonesia Timur, yang diduga telah membeli bahan untuk memproduksi senjata dan mendistribusikan parang dan sejumlah uang yang dikirim oleh truk relawan dari Palu ke Poso. Saksi menyatakan dua truk yang mengangkut bantuan dan kelompok jihad dari Palu terlibat pertempuran dengan militan Kristen di desa Tokorondo pada 29 Mei, tetapi menderita korban dan tidak berpartisipasi secara langsung dalam konflik yang terjadi kemudian.

Menanggapi pembantaian dan pembalasan yang terus terjadi, Kodam Wirabuana mengirim 1.500 tentara lagi, sepuluh tank, dan unit tempur ke daerah Poso dan meningkatkan kehadiran militer di daerah tersebut dengan tiga batalyon infanteri atau 2.200 tentara tamtama. Pada tanggal 6 Juni, milisi Kristen bertempur dengan TNI-Polri di bagian timur dari Poso, dan menderita korban berat.