Jabarkan Warisan dari Edward J. Flanagan

Pada 1986, United States Postal Service mengeluarkan sebuah perangko pos serial Amerika Raya 4¢ untuk menghormatinya. Romo Flanagan dijadikan seorang anggota dari Nebraska Hall of Fame.

Pada Februari 2012, Keuskupan Agung Omaha, Nebraska membuka proses kanonisasi terhadap Romo Flanagan. Pada 17 Maret 2012, pelayanan doa di Gereja Perawan Tak Bernoda Boys Town memberikannya gelar "Pelayan Allah", gelar pertama dari tiga gelar yang diberikan sebelum kanonisasi sebagai seorang santo Katolik. Penyelidikan diselesaikan pada Juni 2015, dan hasilnya diserahkan ke Vatikan. Jika Vatikan menyepakati temuan-temuan lokal tersebut, Flanagan akan dideklarasikan menjadi venerabilis. Langkah berikutnya adalah beatifikasi dan kanonisasi.