Jabarkan 1877-1890: Pendidikan di Rotterdam dari Albertus Christiaan Kruyt

Pada tanggal 15 Juni 1877, Kruyt tiba di Belanda dan tinggal sementara bersama neneknya di Plaats 7 di Den Haag. Kedua kakak perempuannya juga tinggal di sana. Pada bulan September pada tahun yang sama, dia pergi ke sekolah misionaris kecil, bagian dari "Huis Den Arend" di Rotterdam. Ini adalah rumah bagi anak-anak misionaris di bawah arahan J.W. Roskes dan istrinya (putri direktur misi Neurdenburg). Kruyt adalah bagian dari kelompok yang terdiri dari 11 anak laki-laki yang pergi ke sekolah yang berbeda. Kedua kakak laki-lakinya, Arie dan Hendrik sedang mengikuti pelatihan di sekolah misionaris yang lebih tinggi. Arie mulai melakukan penginjilan pada tahun 1882 dan Hendrik menyusulnya pada tahun 1884. Kruyt sering kali melakukan kontak dengan para saudara laki-lakinya, misalnya dengan maksud untuk bertukar surat dari Mojowarno.

Kruyt tidak punya teman sekolah yang cukup dekat. "Saya tidak membutuhkan mereka, dan ini terasa tidak disadari oleh yang lain". Jika seseorang ingin berteman dengannya, ia cenderung menarik diri, bahkan meminta orang tersebut untuk pergi. Dia ingin membantu orang lain dan ia "suka bertemu dengan mereka", tetapi orang tidak harus memaksakan diri untuk akrab dan bergantung padanya. Di akhir hidupnya, dia sampai pada kesimpulan bahwa dia ingin melayani orang lain, namun dia juga tidak menginginkan jasa orang lain untuk dirinya sendiri. Selama berada di Rotterdam, Kruyt jarang pergi ke gereja reformed. Ia tidak mengerti khotbahnya dan oleh karena itu mengunjungi Sekolah Minggu Asosiasi untuk Promosi Kasus Misionaris yang diadakan di Kapel NZG. Dia juga secara teratur pergi ke Gereja Katolik Roma. Selama liburan di Den Haag ia mengunjungi gereja anak-anak Bethlehem. Melalui neneknya dia menghubungi sepupunya Cornelis Hendricus van Rhijn, yang kemudian membimbing spiritual Kruyt selama krisis agama.

Pada tanggal 26 April 1884, Kruyt mengirimkan surat tertulis kepada dewan NZG dengan permohonan agar ia dapat mengikuti ujian masuk pelatihan misionaris. Dia telah mendapatkan izin penuh dari ayahnya. Pada tanggal 15 September 1884, ia menyelesaikan ujian masuk. Dalam ujian tersebut, Haagsche Commissie, komisi yang berhak menilai hasil studi dan minat seseorang dalam pekerjaan gerejawi menyatakan kelayakannya untuk menjadi seorang misionaris. Usia minimum untuk masuk adalah 15 tahun, sesuai dengan usianya saat itu. Direktur Neurdenburg mendukung permohonan Kruyt meskipun usianya masih sangat muda, karena sudah sering terjadi kasus calon misionaris dalam pelatihan yang memutuskan untuk berhenti. Dalam pandangannya, Neurdenburg berpendapat bahwa calon yang lebih muda memiliki semangat yang lebih baik dan hal ini akan memberikan jaminan yang lebih baik untuk menjalankan tugas. Saudara-saudaranya, Arie dan Hendrik termasuk kelompok pemuda pertama yang diterima.

Mengingat pelatihannya yang menyeluruh, ujian Kruyt ini sangat mudah dan dia mendapat nilai yang lebih tinggi daripada calon siswa lainnya. Suami-istri Roskes ditunjuk lagi sebagai pengelola sekolah dan Kruyt kembali berada di bawah pengawasan dan pengaruh mereka. Kruyt sangat sederhana tentang motifnya dan pilihan untuk ujian masuk: "Tentu saja saya akan menjadi misionaris, dan saya tidak pernah diberi kesempatan untuk menjadi yang lainnya". Namun, dia bertanya-tanya apakah hidupnya akan berbeda jika dia sebelumnya sudah memiliki ijazah HBS atau gimnasium yang akan dilewati. "Perjuangan besar yang harus saya selesaikan nanti, (...) membuat saya curiga bahwa jalan hidup saya akan berubah jika saya belum memberikan kata-kata saya kepada Misi". Kruyt sampai pada kesimpulan bahwa tradisi yang sudah berakar di Sekolah Misionaris telah menentukan jalan hidupnya.

Pelatihan misionaris berlangsung selama tujuh tahun, tiga tahun pertama digunakan untuk belajar bahasa dan matematika. Dalam empat tahun berikutnya, studi difokuskan pada teologi, sejarah misi, misiologi, bahasa-bahasa dan studi agama Hindia. Sepanjang studinya, ia belajar bahasa Melayu. Kruyt berkolaborasi dengan teman sekelasnya Tammo Jacob Bezemer dalam penelitian ini. Menjelang akhir pelatihan, mereka telah menguasai bahasa Melayu dengan baik dan mengujinya kepada direktur NZG dengan menggunakan surat kabar Minahasa, Tjahaja Sijang. Ia juga belajar bahasa Jawa selama empat tahun. Melalui pelatihan Kruyt yang bagus, dia ditempatkan di kelas yang lebih tinggi dengan para calon misionaris yang lebih tua. Melalui pelatihan persiapan dan pelajaran tambahan, Kruyt menganggap persiapannya lebih baik daripada yang lain.

Pada tanggal 3 Oktober 1889, Kruyt dan Hein Hiebink Rooker mengikuti ujian untuk Komisi Urusan Gereja Protestan di Hindia Belanda dan Hindia Barat dengan hasil yang cukup baik. Untuk melengkapi prestasi dalam studi dan persiapan untuk berangkat ke medan pekabaran injil, Kruyt menghabiskan satu tahun lagi untuk belajar tentang ilmu dan praktik kesehatan di Rumah Sakit Kotapraja Rotterdam di bawah asuhan dr. van der Hooven. Saat ia kembali ke Indonesia, ia banyak belajar mengenai cara-cara pendekatan kepada masyarakat melalui pelayanan kesehatan dari kakaknya Arie yang juga penginjil. Pada tahun yang sama, Kruyt bertemu dengan Johanna Hendrika Moulijn, yang di kemudian hari akan menjadi istrinya. Kruyt ditahbiskan sebagai pendeta pada tanggal 19 Juli 1890, dan menikahi Johanna pada tanggal 12 November 1890.