Jabarkan Kontroversi dari Penunjukan seks

Terdapat kontroversi mengenai penanganan kondisi interseks terkait dengan intervensi melalui pembedahan. Organisasi interseks dan hak asasi manusia mengkritik penanganan medis yang dilakukan terhadap individu interseks yang tidak mendapatkan izin dari individu itu sendiri sedangkan penanganan medis tersebut dapat menghasilkan hasil yang buruk dan permanen. Sebagai contoh, Anne Tamar-Mattis mengatakan bahwa, "Pilihan yang sebenarnya tidak berada antara [operasi] dini atau nanti, namun antara operasi dini atau hak si pasien."

Meskipun tidak ada cara lain yang mungkin dilakukan terkait penanganan medis kondisi interseks selain melalui pembedahan, usaha yang ada sekarang masih bersifat eksperimental atau percobaan dan dunia medis belum dapat membuktikan dengan kuat kemampuan mengkonstruksi hasil yang "normal". Perubahan dalam rekomendasi medis juga belum memperhitungkan hak asasi manusia serta mengenai izin dari individu tersebut secara sadar, termasuk hak individu mengenai identitasnya, privasi, kebebasan dari penyiksaan dan penanganan yang buruk, serta keutuhan tubuhnya. Christiane Völling pada tahun 2011 memenangkan kasusnya di pengadilan terhadap seorang dokter atas intervensi medis melalui operasi tanpa seizinnya. Pengadilan Negeri Köln, Jerman memutuskan bahwa ia berhak menerima ganti rugi sebesar 100.000 euro.

Dewan Eropa pada tahun 2015 untuk pertama kalinya mengakui hak dari orang interseks untuk tidak menjalani penanganan medis terkait penunjukan seksnya serta mengakui permasalahan yang ada terkait pandangan bahwa tubuh interseks merupakan tubuh berkelainan. Malta pada bulan April 2015 menjadi negara pertama di dunia yang mengakui hak keutuhan tubuh dan anatomi fisik serta melarang modifikasi karakteristik seksual seseorang tanpa seizin orang tersebut.