Coba jelasin Plot dari Ghost in the Shell (film 2017) dong

Di masa depan, manusia ditambah dengan perbaikan cybernetic seperti visi, kekuatan, dan kecerdasan.  Pengembang augmentasi Hanka Robotics membuat proyek rahasia untuk mengembangkan tubuh buatan, atau "cangkang", yang dapat mengintegrasikan otak manusia daripada AI.  Mira Killian, satu-satunya yang selamat dari serangan cyberterrorist yang membunuh orang tuanya, dipilih sebagai subjek tes setelah tubuhnya rusak parah.  Atas keberatan desainernya Dr. Ouelet, CEO Hanka Robotics, Cutter, memutuskan untuk menggunakan Killian sebagai operasi kontra-terorisme.

Setahun kemudian, Killian telah mencapai pangkat Mayor di biro kontra-terorisme Bagian 9, bekerja bersama operator Batou dan Togusa di bawah Kepala Daisuke Aramaki.  Killian, yang mengalami halusinasi yang dianggap Ouelet sebagai gangguan, terganggu oleh betapa sedikitnya dia mengingat masa lalunya.  Tim menggagalkan serangan teroris pada konferensi bisnis Hanka, dan Killian menghancurkan robot geisha setelah membunuh sandera.  Setelah mengetahui bahwa geisha diretas oleh entitas tak dikenal yang dikenal sebagai Kuze, Killian melanggar protokol dan "menyelam" ke AI-nya untuk mendapatkan jawaban.  Entitas tersebut mencoba melakukan counter-hack, dan Batou terpaksa memutuskan sambungannya.  Mereka melacak peretas ke klub malam yakuza, di mana mereka terpikat ke dalam jebakan.  Ledakan itu menghancurkan mata Batou dan merusak tubuh Killian.  Cutter sangat marah dengan tindakan Killian, dan mengancam akan menutup Bagian 9 kecuali Aramaki menahannya.

Kuze melacak konsultan Hanka Bagian 9, Dr. Dahlin, dan membunuhnya.  Tim menghubungkan pembunuhannya dengan kematian peneliti senior perusahaan lainnya dan menyadari bahwa Ouelet adalah target berikutnya.  Kuze mengendalikan dua pekerja sanitasi dan mengirim mereka untuk membunuh Ouelet.  Sekarang dengan mata sibernetik, Batou membunuh satu sementara Killian yang diperbaiki menaklukkan yang lain.  Sementara mereka menginterogasi pekerja itu, Kuze berbicara melalui dia sebelum memaksanya untuk bunuh diri.  Togusa melacak peretasan ke lokasi rahasia, di mana tim menemukan sejumlah besar manusia yang terhubung secara mental sebagai jaringan sinyal darurat.  Killian ditangkap dan Kuze mengungkapkan bahwa dia adalah subjek tes Hanka yang gagal dari proyek yang sama yang menciptakan Killian.  Dia mendesaknya untuk mempertanyakan ingatannya sendiri dan berhenti minum obatnya karena itu benar-benar membantu memblokir ingatannya.  Kuze kemudian membebaskannya dan melarikan diri.

Killian menghadapi Ouelet, yang mengakui bahwa 98 subjek tes meninggal sebelum Killian, dan ingatannya ditanamkan.  Cutter telah memutuskan bahwa Killian adalah kewajiban dan memerintahkan Ouelet untuk membunuhnya setelah dia kembali ke Hanka Robotics.  Sebaliknya, Ouelet memberi Killian alamat dan membantunya melarikan diri.  Cutter membunuh Ouelet, tetapi menyalahkan Killian, mengatakan bahwa dia telah menjadi nakal.  Dia memberi tahu Aramaki dan tim bahwa Killian harus dihentikan.

Killian mengikuti alamat sebuah apartemen yang ditempati oleh seorang ibu janda, yang mengungkapkan bahwa putrinya, Motoko Kusanagi, melarikan diri dari rumah setahun yang lalu dan ditangkap;  saat dalam tahanan, Motoko bunuh diri.  Killian pergi dan menghubungi Aramaki, yang mengizinkan Cutter untuk menguping percakapan mereka dari jarak jauh.  Batou, Togusa, dan Aramaki melenyapkan anak buah Cutter yang mencoba menyergap mereka, sementara Killian mengikuti ingatannya ke tempat persembunyian tempat Motoko terakhir terlihat.  Di sana, dia dan Kuze bertemu dan mengingat kehidupan masa lalu mereka sebagai radikal anti-augmentasi yang diculik oleh Hanka sebagai subjek tes.

Cutter menyebarkan "tangki laba-laba" untuk membunuh mereka.  Kuze hampir mati sebelum Killian mampu merobek Pusat Kontrol Motor tank, kehilangan lengan dalam prosesnya.  Terluka parah, Kuze meminta Killian untuk "ikut denganku, tidak ada tempat bagi kita di sini".  Killian menolak, mengatakan "tidak, saya belum siap untuk pergi, saya berada di sini".  Kuze mengatakan dia akan selalu bersamanya dalam hantunya lalu menghilang, lalu seorang penembak jitu Hanka membunuhnya.  Batou dan tim menyelamatkan Killian, sementara Aramaki mengeksekusi Cutter dengan persetujuan Killian.  Keesokan harinya, sekarang telah memperbaiki dan merangkul identitas aslinya sebagai Motoko Jepang, Killian terhubung kembali dengan ibunya dan kembali bekerja dengan Bagian 9.