Jabarkan Iklim dari Cagar Alam Nasional Altun Shan

Berkat lokasinya yang berada di elevasi tinggi di atas permukaan laut dan jauh dari samudra, kawasan cagar tercakup di dalam wilayah bayangan hujan Pegunungan Himalaya dan pegunungan lainnya. Jenis iklim Koppen untuk Cagar Alam Altun Shan adalah iklim gurun kering (BWk) dengan musim panas yang kering dan panas serta musim dingin yang sangat dingin dan kering. Di wilayah-wilayah tertinggi, iklim kutub (Koppen: ET) dapat ditemukan dengan musim panas yang lebih sejuk namun tetap dengan musim dingin yang kering dan dingin.

Sebagaian besar kawasan cagar berada di ekoregion "gurun alpen Dataran Tinggi Tibet-Pegunungan Kunlun". Wilayah tersebut memiliki karakteristik iklim yang sangat gersang, angin berkecepatan tinggi, serta musim dingin yang sangat dingin. Bagian barat laut dari kawasan di sekitar Danau Ayakum ada dalam ekoregion semi-gurun Cekungan Qaidam dengan suhu tertinggi rata-rata mencapai  pada bulan Agustus sementara suhu terendah rata-rata  pada bulan Januari serta nilai presipitasi tahunan yang sedikit.