Jabarkan abad ke 16 dari Istana Sintra

Kampanye bangunan utama lainnya yang menentukan struktur dan hiasan istana tersebut disponsori oleh Raja Manuel I antara tahun 1497 dan 1530, dengan menggunakan kekayaan yang ditimbulkan pada ekspedisi eksplorasi di Zaman Penjelajahan. Pemerintahan Raja ini melihat perkembangan gaya transisi antara seni Gothic dengan Renaissance, yang dinamai Manuelin, yang sekaligus semacam kebangkitan kembali pengaruh seni Islam (Mudéjar) yang tercermin dalam pilihan ubin keramik polikrom (azulejos) sebagai seni dekoratif pilihan.

Raja Manuel memerintahkan pembangunan yang disebut Ala Manuelina (Sayap Manuel), di sebelah kanan fasad utama, yang dihiasi dengan jendela manuel yang khas. Dia juga membangun Lambang kamar (Sala dos Brasões) (1515-1518), dengan langit-langit kubah bermandikan kayu yang dikelilingi oleh 72 lapis mantel Raja dan keluarga utama bangsawan Portugis. Lambang keluarga Távora dilepas setelah konspirasi mereka melawan raja Joseph I.

Raja Manuel juga mendekorasi ulang sebagian besar kamar dengan ubin polikrom yang dibuat khusus untuknya di Sevila. Panel ubin beraneka warna ini memiliki motif Islam dan nuansa Arab ke banyak ruangan di dalamnya.