Jabarkan Uni dari Uni Polandia-Swedia

Persetujuan pada tanggal 19 Februari tampaknya telah menenangkan situasi dan Sigismund dimahkotai di Katedral Uppsala sebagai Raja Swedia. Kerajaan Swedia kini tergabung dalam uni personal dengan Polandia-Lituania. Pada bulan Juli, Sigismund kembali ke Polandia dan menyerahkan pemerintahan Swedia kepada dewan perwalian. Swedia diperintah oleh dewan penasihat dan paman Sigismund, Adipati Karl.

Namun, Sigismund mulai mengingkari janjinya dengan membuka sekolah-sekolah Katolik dan memberikan jabatan penting kepada orang-orang Katolik. Sementara itu, Karl masih belum menyerah dan ingin mewujudkan ambisi politiknya. Pada 18 Mei 1595, Karl menandatangani Traktat Teusina dengan Moskwa yang mengakhiri Perang Rusia-Swedia (1590–95) dengan menyerahkan wilayah di sekitar Teluk Finlandia (Ingria). Keputusan ini berlawanan dengan rencana Sigismund, karena ia telah berjanji dalam pacta conventanya saat terpilih sebagai Raja Persemakmuran bahwa ia akan menyerahkan Kadipaten Estonia kepada Persemakmuran, dan sebagai gantinya Swedia akan memperoleh wilayah dari Moskwa. Pada tahun 1595, Karl secara terbuka menentang raja dengan menghimpunkan pertemuan Riksens ständer di Söderköping. Riksdag tahun 1595 menyatakan Karl sebagai wali, walaupun Sigismund sebelumnya menolak memberikan jabatan tersebut kepada Karl. Walaupun didukung oleh banyak kaum Protestan dan sebagian besar kelas bawah, Karl ditentang oleh sebagian besar bangsawan, orang Katolik, wilayah Finlandia modern, dan sebagian besar warga Stockholm. Swedia pun berada di ambang perang sadara.

Adipati Karl ingin mengakhiri konflik dengan cara militer, tetapi tidak didukung oleh dewan penasihat. Riksdag baru yang ia himpunkan di Arboga pada tahun 1597 (sekali lagi berlawanan dengan perintah raja) tidak dihadiri oleh banyak orang, dan hanya dihadiri oleh satu orang dari dewan penasihat. Meskipun tidak didukung, Karl tetap melancarkan aksi militer. Sebagian wilayah Swedia selatan berhasil direbut. Beberapa anggota dewan penasihat melarikan diri ke Polandia untuk meyakinkan Sigismund agar ia mengambil tindakan balasan. Sigismund mengirim misi diplomatik untuk menyelesaikan konflik lewat negosiasi. Pada awalnya Karl sepertinya siap untuk bernegosiasi, tetapi sebenarnya ia sedang mencoba menunda waktu agar kekuasaannya dapat dikonfirmasikan oleh Riksdag di Arboga. Ia juga sedang mencoba merekrut para petani untuk bergabung dengan pasukannya.

Pada tahun 1598, Sejm memberikan izin kepada Sigismund untuk melancarkan operasi militer melawan musuh-musuhnya di Swedia; namun, Sejm menolak memberikan bantuan. Pasukan Sigismund sebagian besar terdiri dari tentara bayaran (Jerman dan Hungaria) yang didukung oleh pasukan Polandia yang relatif kecil (walaupun mereka memiliki artileri).

Kampanye militer Sigismund tidak direncanakan dengan baik. Ia gagal mengkoordinasikan pergerakan pasukannya dengan pendukungnya, terutama Klaus Fleming yang seharusnya menyerang Karl dari Finlandia. Walaupun pada awalnya cukup berhasil (kota Kalmar direbut dan pasukan Karl berhasil dikalahkan di Stegeborg), pasukan Sigismund pada akhirnya mengalami kekalahan pada tanggal 25 September 1598 dalam Pertempuran Stångebro. Sigismund ditangkap dan terpaksa menyerahkan beberapa pengikutnya, seperti Kanselir Swedia Erik Larsson Sparre (1550–1600). Pada Mei 1599, pasukan Karl merebut benteng terakhir Sigismund di Kalmar. Pada 24 Juli 1599, Riksdag di Stockholm secara resmi menurunkan Sigismund dari tahta. Raja Swedia yang baru adalah Karl IX dari Swedia, dan Uni Polandia-Swedia dibubarkan setelah tujuh tahun berdiri. Pada Maret 1600, beberapa pendukung Sigismund dihukum mati, termasuk lima senator. Peristiwa ini disebut Pertumpahan Darah Linköping (Linköpings blodbad).