Jabarkan Eklesiologi dan sakramen-sakramen dari Teologi Yohanes Calvin

Buku terakhir dari Institutio  menjelaskan apa yang ia anggap sebagai Gereja yang sejati dan pelayanannya, wewenang, dan sakramen-sakramen. Ia membantah klaim paus yang menyatakan dirinya memiliki keutamaan dan tuduhan bahwa para reformator itu skismatik. Bagi Calvin, Gereja didefinisikan sebagai tubuh orang-orang percaya yang menempatkan Kristus sebagai kepalanya. Menurut definisi ini, hanya ada satu Gereja yang "katolik" atau "universal". Oleh karena itu, ia berpendapat bahwa para reformator "harus meninggalkan mereka, supaya kita bisa datang kepada Kristus." Para pendeta Gereja digambarkan dari sebuah perikop dari Surat Efesus, dan mereka terdiri dari para rasul, nabi, penginjil, gembala, dan pujangga gereja. Calvin menganggap yang ketiga jabatan yang pertama bersifat sementara, dibatasi keberadaannya di masa Perjanjian Baru. Dua jabatan yang terakhir ditetapkan di gereja di Jenewa. Meskipun Calvin menghargai karya konsili-konsili ekumenis, ia menganggap semua itu harus taat kepada Firman Allah di dalam Alkitab. Dia juga percaya bahwa kekuasaan sipil dan gereja harus terpisah dan tidak saling mencampuri.

Calvin mendefinisikan sakramen sebagai tanda duniawi yang berhubungan dengan janji dari Allah. Ia menerima hanya dua sakramen yang sah di bawah perjanjian yang baru: baptisan dan Perjamuan Tuhan (melawan Katolik yang menerima tujuh sakramen). Ia sama sekali menolak doktrin Katolik tentang transubstansiasi dan perlakukan terhadap Perjamuan sebagai pengurbanan. Ia juga tidak bisa menerima doktrin Lutheran tentang kesatuan sakramental di mana Kristus berada "di dalam, bersama, dan di bawah" unsur-unsur sakramen. Pandangannya sendiri dekat dengan pandangan simbolik Zwingli, tapi tidak identik. Bukannya menganggap sakramen semata-mata bersifat simbolik, Calvin mengatakan bahwa dengan partisipasi dari Roh Kudus, iman itu dipelihara dan diperkuat oleh sakramen. Dalam kata-katanya, ritus ekaristi adalah "rahasia yang terlalu luhur untuk saya pahami dengan pikiran saya atau untuk diungkapkan dengan kata-kata saya. Saya mengalaminya dan bukan memahaminya."  Keith Mathison coined the word "suprasubstantiation" (in distinction to transubstantiation or consubstantiation) to describe Calvin’s doctrine of the Lord's Supper.

Sama dengan para Reformator Protestan lainnya, Calvin percaya bahwa hanya ada dua sakramen, yakni baptisan dan Perjamuan Tuhan. Calvin juga mengakui bahwa penahbisan juga bisa disebut sakramen, tetapi menyarankan bahwa itu adalah "ritual khusus untuk fungsi tertentu."

Calvin percaya akan baptisan anak-anak, dan menghabiskan satu bab dalam bukunya Institutio untuk membahas masalah ini.

Calvin percaya akan kehadiran rohani yang nyata dari Kristus di dalam Ekaristi. Bagi Calvin, kesatuan dengan Kristus berada di tengah-tengah Perjamuan Tuhan.

Menurut Brian Gerrish, ada tiga interpretasi yang berbeda tentang Perjamuan Tuhan dalam teologi Protestan non-Lutheran:

Simbolis memorialisme, ditemukan dalam Zwingli, yang menganggap unsur-unsur sakramen hanya sebagai tanda yang menunjuk ke peristiwa masa lalu;

Simbolis paralelisme, yang dicirikan oleh Bullinger, yang melihat tanda itu menunjuk kepada "suatu peristiwa yang terjadi secara bersamaan pada masa kini" bersama-sama dengan tanda itu sendiri; dan

Simbolis instrumentalisme, pandangan Calvin, yang menyatakan bahwa Ekaristi adalah "peristiwa yang terjadi sekarang yang benar-benar dihadirkan melalui tanda-tandanya."

Teologi sakramental Calvin dikritik para penulis Reformasi generasi selanjutnya. Salah satu contohnya adalah Robert L. Dabney yang menyebutkan bahwa teologi Calvin "not only incomprehensible but impossible. (tidak dapat dimengerti, bahkan mustahil.)"