Jabarkan Konflik meletus dari Penaklukan Kepulauan Banda oleh Belanda

Walaupun pada mulanya hubungan antara Banda dan Belanda berlangsung baik, tak lama kemudian orang-orang Banda mulai menyadari bahwa kedatangan Belanda malah lebih merugikan daripada Portugis. Pada awal April 1609, armada VOC yang dipimpin oleh Pieter Willemszoon Verhoeff tiba di Pulau Banda Neira dan ingin memaksakan pendirian sebuah benteng. Selain itu, VOC juga ingin memonopoli perdagangan rempah-rempah, sehingga mereka menuntut agar rakyat Banda hanya menjual rempah-rempah kepada Belanda. Di sisi lain, orang Banda bergantung pada perdagangan dengan negara-negara lain karena mereka perlu mengimpor makanan dan komoditas-komoditas penting lainnya. Orang Banda juga tidak ingin kehilangan kebebasan ekonomi mereka, karena mereka hendak menjual rempah-rempah kepada penawar tertinggi, terlepas dari apakah penawarnya berasal dari Jawa, Inggris, atau Portugal. Perundingan yang sengit pun berlangsung antara pihak Belanda dan Banda. Namun, Verhoeff mengabaikan penolakan dari orang kaya setempat dan memulai pembangunan benteng. Pada akhir Mei 1609, para pemimpin orang Banda mengajak Verhoeff dan dua komandan lainnya ke hutan, dan membunuh mereka di sana. Penjaga mereka juga dibantai oleh orang Banda; secara keseluruhan terdapat 46 orang Belanda yang tewas. Peristiwa ini disaksikan oleh salah satu anggota ekspedisi yang kelak akan menjadi Gubernur Jenderal VOC, Jan Pieterszoon Coen. Sebagai balasan, serdadu Belanda menjarah beberapa desa orang Banda dan menghancurkan kapal-kapal mereka. Pada bulan Agustus, Belanda dan Banda menyepakati sebuah perjanjian perdamaian. Perjanjian ini menguntungkan Belanda, karena orang Banda harus mengakui monopoli Belanda atas perdagangan rempah. Pada tahun yang sama, Belanda membangun Benteng Nassau di Pulau Banda Neira untuk mengendalikan perdagangan pala.

Ekspedisi melawan Lontor, Rhun, dan Ay

Meskipun telah menandatangani perjanjian yang menjamin monopoli Belanda, orang-orang Banda mengabaikan isi perjanjian tersebut. Orang Banda memulai perdagangan dengan Inggris (dengan harga yang lebih menguntungkan) serta pedagang Melayu, Jawa, dan Makassar (yang menjual rempah-rempah dari Banda kepada Portugis). Tidak diketahui apakah para orang kaya ini tidak memahami isi "perjanjian" yang dibuat dengan mengikuti sistem hukum Barat, atau apakah mereka memang tidak mau mematuhinya karena perjanjian tersebut menghilangkan kebebasan ekonomi mereka. Namun demikian, hal ini membuat mereka dianggap sebagai "rekan" yang "tidak bisa dipercaya" di mata orang Belanda.

Sementara itu, Piet Hein menggantikan Verhoeff sebagai komandan armada Belanda. Setelah pembangunan Benteng Nassau diselesaikan, armada Belanda bergerak ke Ternate di utara. Sultan Ternate sudah mengizinkan Belanda membangun kembali sebuah benteng Melayu yang sudah rusak. Nama benteng ini kemudian diganti menjadi Benteng Oranje pada tahun 1609. Benteng ini menjadi ibu kota de facto VOC hingga pemindahan ibu kota ke Batavia (kini Jakarta) di Pulau Jawa pada tahun 1619. VOC sempat berperang dengan Ternate dan Tidore. Pada Maret 1610, Hein tiba di Ambon. Setelah melalui proses perundingan yang panjang dari Maret hingga November 1610, ia berhasil membeli cengkih dari Ambon. Selanjutnya, pada awal tahun 1611, ia melancarkan ekspedisi hukuman ke Pulau Lontor dan Rhun di Kepulauan Banda. Ia lalu ditugaskan membangun Benteng Belgica di Pulau Banda Neira. Pada tahun 1610, VOC juga menyerang Pulau Ay, tetapi serangan tersebut mengalami kegagalan.