Jabarkan Lembaga NU Balikpapan dari Graha NU Balikpapan

Lembaga Bahtsul Masail NU Balikpapan

Lembaga Pendidikan Ma'arif NU Balikpapan

Rabithah Ma'ahid Islamiyah NU Balikpapan

Lembaga Seni Budaya Muslimin Indonesia (Lesbumi)

Lembaga Amil Zakat, Infak, dan Sedekah NU (LAZISNU)

Lembaga Ta’lif wan Nasyr NU Balikpapan

Lembaga Wakaf dan Pertanahan NU

Pondok Pesantren di Kota Balikpapan yang diketahui berafiliasi dan memiliki kedekatan dengan Nahdlatul Ulama. Beberapa pesantren berikut sudah masuk dalam data Rabithah Ma'ahid Islamiyah (Persatuan Pondok Pesantren) Nahdlatul Ulama Balikpapan: