Jabarkan Awal Konfrontasi Indonesia-Malaysia dari Krisis Selat Sunda

Sementara itu, Indonesia, dan terutama presidennya yang lama menjabat: Soekarno, dengan keras menentang pembentukan Federasi. Soekarno menentang menetapnya kehadiran Inggris yang "imperialis" di Asia Tenggara, ia bercita-cita menjadi kekuatan tertinggi di wilayah tersebut. Penggabungan koloni-koloni Borneo ke federasi baru tersebut juga ia tentang karena ia bermaksud untuk mendapatkan kontrol seluruh pulau. Dengan kepemilikan atas Kalimantan, Indonesia sudah menguasai sebagian besar Pulau Borneo. Untuk meningkatkan posisi Indonesia di meja perundingan sebelum Federasi diciptakan, Soekarno  memulai periode konfrontasi dengan Malaysia. Awalnya Konfrontasi terdiri atas serangan yang sering dilakukan oleh 'relawan' Indonesia ke wilayah Malaysia. Konflik ini masih tidak dianggap sebagai perang oleh kedua pihak, terutama oleh Indonesia. Ketika ditanya tentang apa sebenarnya konfrontasi itu, Menteri Luar Negeri Soebandrio dari Indonesia menjawab, "Konfrontasi tidak mencakup perang, karena dapat dilakukan tanpa perang."

Untuk Soekarno, operasi semacam ini memiliki sejumlah manfaat. Memulai operasi militer melawan 'imperialis' akan membantu mengikat bersama kekuatan yang saling bertentangan, yaitu pasukan angkatan darat dan Partai Komunis (PKI), dalam dukungan terhadap Soekarno. Operasi ini tidak menciptakan kerusakan yang meningkat sangat besar sehingga mencegah Inggris beserta sekutu Persemakmuran-nya yang secara militer lebih kuat menggunakan kekuatan penuh mereka. Indonesia juga telah mengadakan operasi sukses dengan teknik yang sama dalam Operasi Irian Barat melawan Belanda satu dekade sebelumnya. Operasi penyerbuan ke Papua Barat berakhir dengan Belanda menyerahkan wilayah itu untuk mencegah Indonesia 'jatuh' ke tangan Komunisme.