Jabarkan Somalia Barat Daya dari Konsolidasi negara bagian di Somalia (1998–2006)

Klan Rahanweyn tidak berperan aktif dalam periode awal perang saudara, dan justru memilih untuk mengatasi konflik tersebut. Namun, pada saat puncak anarki, milisi Mohamed Farrah Aidid menyerang Baidoa, merebut kendali kota terpenting di Rahanweyn ini pada tanggal 17 September 1995. Sebagai tanggapan atas peristiwa ini, para pemimpin Rahanweyn ini bertemu di Jhaffey pada tanggal 13 Oktober 1995 dan setuju untuk membentuk sebuah pasukan aliansi untuk melawan Aidid, Tentara Perlawanan Rahanweyn (RRA). Memaksa Aidid keluar dari wilayah mereka memakan waktu hampir empat tahun, tetapi pada tanggal 6 Juni 1999, Aidid mundur dari Baidoa dan RRA mengejarnya sampai ke Shabelle Bawah, hingga konferensi Arta menetapkan pembentukan pemerintah transisi. RRA akhirnya memilih untuk membentuk negara bagian mereka sendiri di Somalia Barat Daya pada tanggal 1 April 2002. Para pemimpin pada awalnya mendukung Pemerintah Transisi Nasional (TNG), tetapi kemudian membagi dukungan tersebut untuk saingan mereka, Dewan Rekonsiliasi dan Restorasi Somalia (SRRC). Beberapa di antaranya tetap setia pada gerakan TNG. Kedua belah pihak akhirnya berdamai dan mendukung Pemerintah Transisi Federal (TFG) dan berperan sebagai tuan rumah bagi mereka di Baidoa.