Jabarkan Assassin's Creed II dari Assassin's Creed

Lucy kembali dan membantu Desmond keluar dari Abstergo, membawanya ke rumah aman Assassin untuk bekerja sama dengan Shaun, seorang sejarawan, dan Rebecca, ahli dukungan teknis. Menggunakan versi terbaru dari Animus, Desmond menyaksikan Ezio Auditore da Firenze (1459 – 1524) bangsawan muda dari Florence akhir abad ke-15, sesaat sebelum eksekusi ayah dan kedua saudaranya atas tuduhan bekerja untuk para Templar. Ezio, bersama ibu dan adik perempuannya mengungsi ke vila Monteriggioni yang dimiliki oleh pamannya yaitu Mario Auditore, yang membantu melatih Ezio untuk menjadi Assassin. Ezio dan Mario menemukan fakta bahwa Rodrigo Borgia adalah pemimpin dari beberapa Templar yang semuanya bertanggung jawab atas eksekusi keluarganya, dan dengan bantuan dari kawannya seperti Leonardo da Vinci, secara metodis membunuh beberapa Templar berpangkat rendah, sekaligus mengetahui bahwa Borgia telah merebut Piece of Eden yang disebut Apple of Eden. Pada suatu waktu, Ezio menghadapi Borgia, yang memegang Piece of Eden dan kabur; Ezio dimasukkan ke dalam pangkat Persaudaraan dan dipercaya menjadi utusan berdasarkan naskah kuno yang mereka percayai. Satu dekade kemudian, Persaudaraan mengetahui bahwa Borgia telah menjadi Paus Alexander VI, menggunakan pengaruh gereja untuk memperkuat Templar. Ezio menginvasi Kota Vatikan dan menghadapi Borgia, mengetahui bahwa staf Kepausan juga merupakan Piece of Eden. Setelah mengalahkan Borgia tetapi membiarkannya hidup, Ezio menggunakan Apple of Eden dan staf Kepausan untuk mengungkap teknologi ruang kuno. Di dalam ruangan tersebut, dia didatangi oleh hologram dari perempuan humanoid yang menyebut dirinya Minerva yang berbicara langsung kepada Desmond melalui Ezio. Minerva menjelaskan bahwa masyarakatnya memiliki peradaban kuno, tetapi bencana besar hampir menyapu bersih peradaban tersebut, dan memperingatkan bahwa peristiwa berikutnya akan segera terjadi, menaruh takdir umat manusia di tangan Desmond. Atas penemuan tersebut, Desmond dan teman-temannya mengetahui bahwa rumah aman mereka telah dikepung oleh Abstergo dan kemudian melarikan diri dari tempat tersebut.

Seperti halnya pada permainan pertama, Assassin's Creed II berlatar pada pembuatan ulang sejarah dari Venesia, Florence, Forlì, San Gimignano, dan daerah Toscana, serta memadukan peristiwa yang terjadi pada masa itu sebagai bagian dari cerita. Misi dibagi ke dalam misi cerita utama, yang terbagi ke dalam urutan memori yang menggambarkan peristiwa-peristiwa penting di dalam kehidupan Ezio, dan misi sampingan yang dapat diselesaikan setiap saat; pendekatan pada struktur misi dipertahankan dalam permainan lain dari seri ini. Vila Monteriggioni menyediakan beberapa fungsi yang dapat dikembangkan dengan cara membayar uang untuk peningkatan bangunan sekitar, atau membeli karya seni, senjata, dan pelindung bagi vila; sebagai balasannya, vila akan memberikan kekayaan bagi pemain berdasarkan nilai peningkatan dan akuisisi barang tersebut. Misi tambahan termasuk mencari lokasi segel-segel Assassin rahasia, dan menemukan tanda-tanda tersembunyi yang ditinggalkan oleh "Subject 16," pengguna Animus sebelumnya, yang memberi petunjuk tentang ciri-ciri masyarakat Minerva.