Coba jelasin Alur dari The Last of Us dong

Pada September 2013, wabah mutan jamur Cordyceps merusak Amerika Serikat, mengubah manusia sebagai inangnya menjadi monster kanibal yang dikenal sebagai infected (terinfeksi). Di pinggiran kota Austin, Joel (Troy Baker) menyelamatkan diri dari kekacauan itu bersama adiknya, Tommy (Jeffrey Pierce), dan putrinya, Sarah (Hana Hayes). Saat mereka melarikan diri, Sarah ditembak oleh seorang tentara dan meninggal dalam pelukan Joel. Dalam dua puluh tahun berikutnya, sebagian besar peradaban hancur oleh infeksi tersebut. Para penyintas tinggal di zona karantina yang diawasi ketat, permukiman independen, dan kelompok-kelompok nomaden. Joel bekerja sebagai penyelundup bersama rekannya, Tess (Annie Wersching) di zona karantina Boston. Mereka memburu Robert (Robin Atkin Downes), seorang pedagang pasar gelap, untuk mengembalikan cadangan senjata yang dicuri. Sebelum Tess membunuhnya, Robert mengungkapkan bahwa ia memperdagangkan barang tersebut kepada Fireflies, kelompok pemberontak yang menentang otoritas zona karantina.

Pemimpin Fireflies, Marlene (Merle Dandridge), berjanji untuk melipatgandakan cadangan mereka yang dicuri dengan imbalan mereka harus menyelundupkan seorang gadis remaja, Ellie (Ashley Johnson), kepada Fireflies yang bersembunyi di gedung kapitol Boston di luar zona karantina. Joel, Tess, dan Ellie menyelinap keluar di malam hari, tetapi setelah bertemu dengan petugas patroli, mereka mengetahui bahwa Ellie terinfeksi. Infeksi penuh biasanya terjadi di bawah dua hari, tetapi Ellie mengklaim dia telah terinfeksi tiga minggu yang lalu dan bahwa kekebalannya dapat mengarah kepada penyembuhan. Ketiganya berjalan ke tujuan mereka melalui gerombolan infected, tetapi mereka menemukan bahwa orang-orang Fireflies di sana telah tewas. Tess mengungkapkan dia telah digigit oleh infected; meyakini pentingnya Ellie, Tess mengorbankan dirinya melawan tentara yang mengejar sehingga Joel dan Ellie bisa melarikan diri. Joel memutuskan untuk menemukan Tommy, mantan anggota Firefly, dengan harapan bahwa ia bisa menemukan anggota Fireflies yang tersisa. Dengan bantuan Bill (W. Earl Brown), penyelundup yang berutang kepada Joel karena telah membantunya, mereka memperoleh kendaraan yang dapat dijalankan. Memasuki Pittsburgh, mereka disergap oleh bandit dan mobil mereka rusak. Mereka bersekutu dengan dua bersaudara, Henry (Brandon Scott) dan Sam (Nadji Jeter); setelah mereka melarikan diri dari kota itu, Sam digigit oleh infected tetapi ia tidak memberitahukannya. Karena infeksinya telah menyebar, Sam menyerang Ellie, tetapi Henry menembaknya dan melakukan bunuh diri.

Pada musim gugur, Joel dan Ellie akhirnya menemukan Tommy di Jackson, Wyoming, di mana ia telah membentuk sebuah pemukiman berbenteng di dekat bendungan hidroelektrik bersama istrinya, Maria (Ashley Scott). Joel berpikir untuk meninggalkan Ellie bersama Tommy, tetapi setelah Ellie menghadapkan dia tentang Sarah, ia memutuskan untuk tetap bersamanya. Tommy mengarahkan mereka ke daerah kantong Fireflies di University of Eastern Colorado. Di sana, mereka menemukan universitas yang terbengkalai, tetapi mereka mengetahui bahwa Fireflies telah pindah ke sebuah rumah sakit di Salt Lake City. Ketika mereka pergi, mereka diserang oleh bandit dan Joel terluka parah. Selama musim dingin, Ellie dan Joel berlindung di pegunungan. Joel berada di ambang kematian dan bertumpu pada Ellie untuk merawatnya. Berburu makanan, Ellie bertemu David (Nolan North) dan James (Reuben Langdon), pemulung yang bersedia memperdagangan obat-obatan untuk makanan; David mengungkapkan bahwa bandit universitas yang dibunuh oleh Ellie dan Joel adalah bagian dari kelompoknya. Ellie berhasil mengarahkan kelompok David menjauh dari Joel, namun akhirnya ditangkap; David berniat untuk merekrut dia ke dalam kelompok kanibalnya. Dia lolos setelah membunuh James, tetapi David memojokkannya di sebuah restoran yang terbakar. Sementara itu, Joel sudah pulih dari lukanya dan memutuskan untuk menemukan Ellie. Dia meraih Ellie saat ia membunuh David; Joel menenangkannya sebelum mereka melarikan diri.

Pada musim semi, Joel dan Ellie tiba di Salt Lake City dan ditangkap oleh petugas patroli Firefly. Di rumah sakit, Marlene memberitahu Joel bahwa Ellie sedang dipersiapkan untuk operasi: dengan harapan menghasilkan vaksin untuk infeksi tersebut, Fireflies harus membuang bagian otak Ellie yang terinfeksi, yang akan membunuhnya. Tidak mau membiarkan Ellie meninggal, Joel bertempur dalam perjalanan ke ruang operasi dan membawa Ellie yang tak sadarkan diri ke garasi parkir, di mana ia berhadapan dengan Marlene yang kemudian ia bunuh untuk mencegah Fireflies mengejar mereka. Saat berkendara keluar dari kota, Joel berbohong pada Ellie; ia mengklaim bahwa Fireflies telah menemukan banyak orang lain yang kebal, tetapi mereka tidak dapat membuat obat, dan mereka telah berhenti berusaha. Mereka tiba di pinggiran permukiman Tommy. Ellie mengungkapkan bahwa dia tidak sendirian ketika ia terinfeksi dan mengungkapkan rasa bersalahnya. Ketika ditanya oleh Ellie, Joel bersumpah bahwa apa yang ia ceritakan itu benar.