Jabarkan Di Taiwan dari Sun Li-jen

Sebagai komandan Komando Pelatihan Tentara dan wakil komandan Tentara Republik Tiongkok, pada tahun 1947, Sun memindahkan satu fasilitas pelatihan ke Taiwan, bebas dari perang saudara yang sedang berlangsung. Sun melatih perwira-perwira dan prajurit-prajurit baru untuk pemerintah Nasionalis, berharap untuk mengubah gelombang perang saudara. Upaya itu terlalu kecil, terlambat dibandingkan dengan jumlah besar pasukan yang kalah, tapi salah satu divisi yang ia latih (Divisi 201 dari Tentara ke-80) dikirim ke Kinmen untuk membantu menghancurkan invasi komunis pada tahun 1949. Divisi itu adalah pasukan pertahanan garis depan.

Pada tahun 1950, Sun diangkat sebagai Panglima Tentara Republik Tiongkok, juga sebagai pemimpin Komando Pertahanan Taiwan dan Komando Pelatihan Tentara. Sun dihormati oleh Amerika dan rumor yang dihembuskan oleh CIA menyebutkan bahwa Amerika ingin membantunya masuk dalam kekuasaan untuk menggantikan Chiang Kai-shek.

Chiang dan putranya, Chiang Ching-kuo ingin melenyapkan Sun dari kekuasaan. Awalnya, Sun ditugaskan kembali sebagai kepala penasehat militer seremonial bagi Chiang Kai-shek pada Juni 1954, yang mencegah ia dari memimpin langsung semua pasukan. Pada tahun 1950, Chiang Ching-kuo menjadi direktur polisi rahasia ayahnya, sebuah posisi yang dipegangnya sampai tahun 1965. Chiang Ching-kuo, yang dididik di Uni Soviet, memprakarsai struktur militer bergaya Soviet, menata ulang dan melakukan Sovietisasi korps perwira, melembagakan pengawasan. Sun Li-jen, yang dididik di Institut Milter Virginia Military Amerika, menentang sistem ini. Pada 25 Mei, salah seorang bawahan Jenderal Sun, Letnan Kolonel Kuo Ting-liang, ditangkap oleh rekan Chiang Ching-kuo, kepala keamanan internal Mao Jen-feng, dan disiksa untuk mengakui konspirasi dengan agen komunis. Pada 20 Agustus 1955 Sun secara resmi dibebaskan dari tugas-tugasnya dan berada dalam tahanan rumah. Suatu komite beranggotan sembilan orang dipimpin oleh Wakil Presiden Chen Cheng dibentuk untuk menyelidiki keterlibatan Jenderal Sun dalam dugaan kasus mata-mata. CIA juga diduga ingin membantu Sun mengambil alih kekuasaan Taiwan dan menyatakan kemerdekaannya. Sun, selain dicurigai bekerja sama dengan CIA, juga dituduh melakukan kelalaian yang memungkinkan bawahannya untuk berpartisipasi dalam yang diduga pemberontakan yang melibatkan agen-agen Komunis. Salah satu sumber menunjukkan bahwa "plot" itu mungkin hanya rencana untuk mengajukan sebuah petisi kepada Generalissimo Chiang untuk menyingkirkan sistem tentara komisaris politik.

Lebih dari 300 orang bawahan Sun ditahan dan lebih banyak lagi yang dicopot dari jabatan mereka. Sun berada dalam tahanan rumah selama lebih dari tiga dekade. Ia dibebaskan tanggal 20 Maret 1988, tak lama setelah kematian Chiang Ching-kuo. Ia meninggal di rumahnya di Taichung pada usia 89 tahun (91 tahun menurut kalender Tionghoa). Pemakamannya dilakukan dengan penghormatan militer penuh dan dihadiri oleh Menteri Pertahanan Nasional dan jenderal-jenderal terkenal.

Pada tahun 2001, reputasi Sun dibersihkan setelah pemerintah melakukan investigasi terhadap yang diklaim sebagai upaya kudeta. Pada Januari 2011, Presiden Ma Ying-jeou secara resmi meminta maaf kepada keluarga Sun Li-jen dan rumah Sun di Taichung dibuka sebagai bangunan memorial dan museum.