Jabarkan Fase kedua dari Operasi PBHistory

Pada 4 Agustus, sebuah kontingen AS baru dan lebih besar dikerahkan ke Guatemala. Dalam tatanan yang masih tertutup, kelompok tersebut mengidentifikasikan dirinya sendiri kepada Armas sebagai "Kelompok Riset Sosial", yang terdiri dari para pakar dan pengusaha dari perguruan-perguruan tinggi. Ini terdiri dari delapan perwira CIA, tiga orang dari Departemen Negara, dan satu dari Badan Informasi AS. Kelompok tersebut dipimpin oleh seorang perwira yang bekerja di bawah pseudonim "Francis T. Mylkes," dan meliputi David Atlee Phillips, yang fasih berbahasa Spanyol dan menjadi bagian dari tim PBSuccess. Kelompok tersebut menyatakan dirinya sendiri tak berafiliasi dengan pemerintah AS dalam rangka menghindari timbal balik nasionalis dan mengutamakan deniabilitas plausibel. Kelompok PBHistory baru bekerja langsung dengan Comité Guatemala baru yang melatih 25 agennya dan memakai mereka untuk menindak dokumen-dokumen; topik-topik yang melingkupi pelatihan tersebut meliputi menyaring, menghimpun, dan mengklasifikasikan dokumen-dokumen yang ada, serta "rudimen-rudimen dari kontrol surat, penebangan, pengabstrakkan, dan rujukan kriptik".

Kemudian, 25 personil Comité ikut dengan para pejabat CIA dalam mensortir dan mengolah dokumen-dokumen yang diambil. Para pejabat CIA mendapatkan ruang samping terpisah di bangunan tersebut dimana operasi-operasi diadakan, dalam rangka menghimpun citra bahwa operasi tersebut adalah kepentingan dalam negeri Guatemala. Tugas penyortiran melalui makalah-mkalah yang tersedia mencekam: pada bulan September, indeks utama material berisi 15,800 kartu. Semua material tulisan tangan dimajukan, dan berbagai salinan material cetak disimpan. Setiap dokumen direproduksi, karena salinan-salinan asli dari setiap bahan masih berada di Guatemala. Sekitar setengah makalah yang terkumpul dimusnahkan. CIA memberikan prioritas tertinggi pada dokumen-dokumen yang diambil dari PGT.

Pada September 1954, para agen PBHistory hanya menemukan sejumlah kecil dokumen rahasia papan atas. Beberapa dokumen menunjukkan bahwa para pejabat pemerintah dan pemimpin partai komunis telah dapat menyingkirkan sebagian besar material sensitif sebelum mereka tinggalkan. Dalam periode kepemimpinan tak tentu yang menyusul penggulingan Árbenz, seorang anggota dari salah satu rangkaian junta pemerintahan menghindarkan Comité dari pencarian rumah-rumah pihak swasta, dan dari penangkapan mereka, yang berpotensi mengurangi jumlah dokumen sensitif dan dapat diakses CIA. Selain itu, Castillo Armas menyatakan setelah meraih kekuasaan bahwa informasi intelijensi angkatan darat telah sepenuhnya dihancurkan.

CIA menyelesaikan pengolahan dokumen-dokumen pada 28 September 1954. Pada titik ini, para agen tersebut telah mengumpulkan lebih dari 500,000 dokumen unik. Salinan-salinan fotostatis diambil dari 2,095 dokumen penting, 750 foto material yang dipakai untuk pemakaian media, dan 50,000 dokumen yang dimikrofilmkan. Salinan dari dokumen penting didistribusikan ke berbagai agensi yang telah menjadi bagian dari PBHistory, serta Federal Bureau of Investigation AS.