Jabarkan Architecture dari Gereja Santa Anna, Vilnius

Desain dari bangunan gereja beratribusi dengan Michael Enkinger, arsitek dari gereja dengan nama yang sama di Warsawa, dan Benedikt Rejt. Namun tidak satupun atribusi yang dapat dibuktikan kebenarannya melalui sumber tertulis. Gereja St. Anna adalah bagian dari ansambel, yang terdiri gereja St. Francis dan Bernadine yang lebih besar, dan juga sebuah biara

Sebuah wacana terhadap bata sebagai material konstruksi telah dilakukan terhadap konstruksi gereja. Fasad utama didesain dalam gaya Gotik Flamboyant, menjadi fitur yang paling mewah. Elemen tradisional dan wujud dari gaya gotik digunakan dengan cara yang unik; Lengkungan gotik dibingkai dengan elemen persegi panjang yang mendominasi fasad secara simetris dan proporsional, menciptakan kesan dinamisme. Menurut arsitek dan sejarawan kesenian dari Lithuania, Vladas Drėma, Pola Pilar Gediminas ditunjukkan pada fasad gereja.

Gereja St. Anna memiliki satu Nave (ruang utama gedung; terdiri atas kursi bagi jemaah dan altar) dan dua menara yang dibangun menggunakan 33 tipe batu bata yang berbeda jenis dengan warna merah. Interior dihiasi dengan gaya Barok, seperti altar nya. Imitasi dari menara lonceng bergaya non-Gotik dibangun pada tahun 1870 dengan menggunakan desain dari Chagin.