Jabarkan Kembali ke Atalanta dari Franck Kessié

Setelah kembali dari masa pinjaman, Kessié dipromosikan ke tim utama oleh pelatih Gian Piero Gasperini. Setelah tampil bersama tim utama di pertandingan pra musim, dia membuat debutnya untuk La Dea pada 13 Agustus 2016, tampil dari awal pertandingan dan mencetak gol terakhir pada kemenangan 3–0 di Coppa Italia menghadapi Cremonese. Enam hari kemudian, memperbarui kontrak hingga 2021.

Kessié membuat debutnya di Serie A pada 21 Agustus 2016, tampil dari awal pertandingan dan mencetal 2 gol dalam kekalahan menghadapi Lazio dengan skor 4–3. Fia mencetak gol lagi tujuh hari kemudian menghadapi Sampdoria.

Kessié menjadi pemain inti di tim asuhan Gasperini, mencetak gol kemenangan saat menghadapi Torino and Roma (2–1 home win), keduanya melalui tendangan penalti. Dia juga mencetak gol penyeimbang saat menghadapi Empoli pada 20 Desember 2016.