Jabarkan Kehidupan di kemudian hari dari Clotilda

Pada tahun 523 putra-putra Clotilda pergi berperang melawan sepupunya, Raja Sigismond dari Bourgogne, putra Gondebaud, yang menyebabkan pemecatan dan pemenjaraan Sigismond. Sigismond dibunuh tahun berikutnya dan tubuhnya dileparkan ke bawah sumur sebagai pembalasan simbolis atas kematian orang tua Clotilda. Gregorius dari Tours menyatakan - dan lainnya banyak yang mengikuti - bahwa Clotilda menghasut putra-putranya untuk berperang sebagai sarana balas dendam atas pembunuhan orangtuanya oleh Gondebaud dan lainnya seperti Godefroid Kurth, menduga kisah ini tidak meyakinkan dan apokrifa. Selanjutnya putra sulungnya, Clodomir tewas dibunuh di dalam kampanye Burgundian berikutnya di bawah pimpinan ahli waris Sigismund, Raja Godomar di dalam Pertempuran Vézeronce. Putrinya yang juga bernama Clotilda, juga meninggal pada saat itu. Clotilda berupaya keras untuk melindungi hak-hak ketiga cucunya, anak-anak Clodomir, melawan tuntutan putra-putranya yang masih hidup, Childebert dan Clotaire. Clotaire membunuh dua dari mereka dan satu-satunya yang bernama Clodoald (Cloud) selamat dan berhasil melarikan diri, ia kemudian memilih karier gerejawi. Clotilda sama sekali tidak berhasil di dalam upayanya untuk mencegah perselisihan sipil di antara anak-anaknya.

Setelah kegagalan-kegagalan ini, Clotilda tampaknya mendedikasikan dirinya ke dalam kehidupan suci. Ia menyibukkan dirinya dengan pembangungan gereja dan biara, serta lebih memilih untuk menjauhkan diri dari perebutan kekuasaan di istana. Gereja-gereja yang berhubungan dengannya terletak di Laon, dan Rouen.

Clotilda meninggal pada tahun 544 atau 545 di Tours dan dimakamkan di samping makam suaminya di dalam Gereja Rasul-rasul Suci (yang sekarang adalah Biara Santa Geneveva).