Jabarkan Alavés (pinjaman) dari Théo Hernandez

Pada 4 november 2016, Hernandez memperpanjang kontraknya dengan klub sampai tahun 2021, yang langsung dipinjamkan ke sesama klub papan atas Deportivo Alavés selama satu tahun. Dia membuat debut profesional di akhir bulan, mulai 0-0 imbang melawan Sporting de Gijón.

Pada 16 juli 2016, Hernandez mendapat kartu merah dalampertandingan seri 1-1 di kandang melawan Málaga CF, setelah membuat tekel keras pada Ignacio Camacho. Pada 7 Mei ia mencetak gol profesional pertamanya, saat pertandingan kandang melawan Athletic Bilbao.