Jabarkan 2004–sekarang: Krisis Eropa dari Sejarah Uni Eropa

Pada 10-13 Juni 2004, 25 negara anggota berpartisipasi dalam pemilihan transnasional terbesar dalam sejarah (dan pemilihan demokratis terbesar kedua di dunia). Hasil pemilihan Parlemen keenam adalah kemenangan kedua bagi kelompok Partai Rakyat Eropa-Demokrat Eropa. Pemilihan ini juga adalah pemilihan dengan jumlah pemilih terendah dengan hanya 45,5%, yang merupakan kedua kalinya dengan jumlah pemilih di bawah 50%. Pada tanggal 22 Juli 2004, Jose Manuel Barroso disetujui oleh Parlemen baru sebagai Presiden Komisi yang baru. Tetapi, tim barunya beranggotakan 25 Komisaris menghadapi jalan sulit. Parlemen mengajukan keberatan terhadap sejumlah calonnya. Ia terpaksa mengurangi pilihannya dan mencoba sekali lagi. Komisi Prodiksi terpaksa memperpanjang mandat mereka hingga 22 November setelah daftar komisaris baru akhirnya disetujui.

Usulan perjanjian konstitusial ditandatangani oleh wakil-wakil berkuasa dari negara-negara anggota UE pada tanggal 28 Oktober 2004. Dokumen ini diratifikasi di sebagian besar negara-negara anggota, termasuk dua referendum positif. Meskipun demikian, referendum yang diadakan di Prancis dan Belanda gagal dan membatalkan perjanjian. Dewan Eropa setuju bahwa proposal konstitusional akan diabaikan, tapi sebagian besar perubahannya akan disimpan dalam perjanjian amendemen. Pada 13 Desember 2007 perjanjian itu ditandatangani yang berisi tidak ada pilihan bagi anggota-anggota yang lebih skeptis dan tidak ada unsur-unsur seperti negara. Perjanjian Lisbon akhirnya mulai berlaku pada tanggal 1 Desember 2009 yang menciptakan jabatan Presiden Dewan Eropa dan secara signifikan memperluas jabatan Perwakilan Tinggi. Setelah banyak perdebatan mengenai orang yang tepat menjadi Presiden, Dewan Eropa sepakat memilih Herman Van Rompuy dan Catherine Ashton menjadi Perwakilan Tinggi.

Pemilihan tahun 2009 kembali dimenangkan oleh Partai Rakyat Eropa, meskipun kehilangan Partai Konservatif Britania yang membentuk kelompok skeptiseropa yang lebih kecil bersama dengan partai-partai sayap kanan anti-federal lainnya. Presiden parlemen sekali lagi terbagi antara Partai Rakyat dan Sosialis dan akhirnya memilih Jerzy Buzek sebagai Presiden Parlemen Eropa pertama dari negara bekas komunis.

Barroso dinominasikan oleh Dewan untuk periode kedua dan didukung oleh Partai Rakyat yang telah mendeklarasikannya sebagai kandidat mereka sebelum pemilihan. Parlemen akhirnya menyetujui Barroso, meskipun tertunda beberapa bulan dari jadwal.

Pada tahun 2007, perluasan kelima selesai dengan masuknya Rumania dan Bulgaria pada 1 Januari 2007. Dalam tahun yang sama Slovenia mulai menggunakan euro. Euro juga mulai digunakan Malta dan Siprus pada tahun 2008 dan Slowakia pada tahun 2009. Tetapi, pada tahun 2008 masalah berkembang dengan adanya anggota Zona Euro mulai mengalami resesi pada tahun 2008. Anggota-anggota saling bekerjasama dan Bank Sentral Eropa turun tangan untuk membantu memulihkan pertumbuhan ekonomi dan euro dianggap aman, terutama oleh pihak luar seperti Islandia.

Namun, dengan risiko gagal membayar utang yang dialami oleh Yunani, Irlandia, Portugal, dan anggota lain pada akhir periode 2009-2010, para pemimpin Zona Euro setuju untuk memberikan pinjaman kepada negara-negara anggota yang tidak bisa mengumpulkan dana. Tuduhan bahwa hal itu bertentangan perjanjian UE, yang meniadakan jaminan dari suatu anggota Euro untuk mendorong pengelolaan keuangan yang lebih baik, dibantah dengan argumen bahwa itu adalah pinjaman, bukan dana hibah, dan baik UE maupun negara-negara anggota lainnya menganggap utang tersebut wajib dibayar oleh negara-negara yang dibantu. Saat Yunani berjuang untuk memulihkan keuangannya, negara-negara anggota lainnya juga berisiko dan berdampak pada ekonomi zona euro lainnya, suatu mekanisme pinjaman kemudian disepakati. Krisis itu juga mendorong konsensus untuk integrasi ekonomi lebih lanjut dan berbagai usulan seperti pembentukan Dana Moneter Eropa atau keuangan federal.

Uni Eropa menerima Hadiah Nobel Perdamaian 2012 karena "berkontribusi bagi kemajuan perdamaian dan rekonsiliasi, demokrasi, dan hak-hak asasi manusia di Eropa." Komite Nobel menyatakan bahwa "penderitaan yang mengerikan dalam Perang Dunia II menunjukkan kebutuhan akan Eropa baru [...] sekarang perang antara Jerman dan Prancis adalah hal yang tak terpikirkan. Ini menunjukkan cara, melalui usaha yang baik dan dengan membangun kepercayaan satu sama lain, musuh historis dapat menjadi mitra dekat." Keputusan Panitia Nobel tersebut menjadi sasaran kritik.

Pada 1 Juli 2013 Kroasia bergabung dengan UE dan pada 1 Januari 2014 kawasan teritorial Prancis di Samudera Hindia, Mayotte, ditambahkan sebagai wilayah luar.

Pada 23 Juni 2016, warga Inggris memilih untuk mundur dari UE melalui referendum. Suara yang mendukung meninggalkan UE 51,9% berbanding dengan yang menolak 48,1%.