Jabarkan I/O disk dari Sharp X68000

Mesin-mesin awal menggunakan Shugart Associates System Interface (SASI) yang langka untuk antarmuka hard disk, versi-versi terbaru mengadopsi standar industri Small Computer System Interface (SCSI). Tergantung kemampuan perangkat keras, drive SASI yang diformat bisa berkapasitas 10, 20 atau 30 MB dan dapat dipartisi secara logis juga.

Human68K tidak mendukung standar nama berkas panjang VFAT dari sistem Windows modern, tapi mendukung nama berkas yang memiliki panjang karakter 18.3 bukan 8.3 karakter yang diperbolehkan dalam sistem berkas FAT. Human68K sensitif terhadap besar-kecil huruf (case-sensitive) dan memungkinkan huruf kecil dan huruf Kanji bersandikan Shift JIS dalam nama file, yang keduanya menyebabkan masalah serius ketika sistem DOS mencoba untuk membaca suatu direktori. Jika pengguna X68000 membatasi dirinya untuk hanya menggunakan nama file yang menurut skema karakter 8.3 dari DOS, hanya menggunakan huruf besar darialfabet Latin, maka disk yang tertulis pada X68000 ini kompatibel sepenuhnya dengan platform standar Jepang seperti misalnya komputer NEC PC-9800, Fujitsu FMR dan FM Towns. Format disandar Jepang yang digunakan oleh X68000 adalah: 77 jalur, 2 kepala, 8 sektor, 1024 byte per sektor, 360 rpm (1232 KiB).