Jabarkan Abdurrahman Wahid (1999-2001) dari Sejarah Papua

Abdurrahman Wahid, alias Gus Dur, yang terpilih menjadi presiden keempat Indonesia, mewujudkan wacana diplomasi yang dicetuskan Habibie. Gus Dur melakukan dua langkah penting yaitu mengganti nama Irian Jaya (yang dicetuskan Soekarno) menjadi Papua. Serta memperbolehkan pengibaran bendera Bintang Kejora.

Meski keputusannya banyak ditentang, Gus Dur tidak mempermasalahkan seandainya bendera Bintang Kejora dikibarkan di samping bendera Merah Putih. Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia mengatakan Gus Dur menganggap bendera Bintang Kejora sebagai umbul-umbul atau spanduk yang dikibarkan dalam berbagai perayaan.

Tak hanya itu, ia juga memberikan ruang bagi kelompok yang menentang keberadaan Indonesia di tanahnya untuk melakukan dialog secara aman. Hal ini sesuai dengan agenda Gus Dur kala bertandang ke tanah subur tersebut. Di mana ia ingin bertemu dengan berbagai elemen di Papua dan melihat matahari terbit pertama milenium kedua tanggal 1 Januari 2000 pagi.