Jabarkan Lituania dari Armia Krajowa

Meskipun gerakan perlawanan Lituania dan Polandia memiliki musuh yang sama yakni Jerman Nazi dan Uni Soviet, mereka mulai bekerja sama hanya pada periode 1944-1945, ketika pendudukan kembali Soviet dan memeranginya. Penghalang utama dari persatuan ini adalah sengketa atas wilayah Vilnius yang telah berlangsung lama.

Aktivis front Lituania ( atau LAF) telah bekerja sama dengan Jerman Nazi dalam operasi-operasi melawan Polandia selama pendudukan Jerman. Pada musim gugur 1943, AK melakukan kegiatan gerakan pembalasan terhadap pasukan Lituania yang mendukung Nazi, terutama pasukan batalion Schutzmannschaft, Pasukan Pertahanan Teritorial Lituania ( atau LTDF) dan Polisi Keamanan Lituania (), menewaskan ratusan korban yang sebagian besar Polisi Lituania dan kaki tangannya selama paruh pertama tahun 1944. Menanggapi hal tersebut, pasukan khusus Sonderkommando Lituania ( atau  atau Ypatingasis būrys) yang telah menewaskan warga sipil Polandia sejak 1941 (khususnya Pembantaian Ponary), semakin meningkatkan operasi-operasinya melawan Polandia.

Pada April 1944, AK di wilayah Vilnius mencoba untuk melakukan negosiasi terbuka dengan Panglima LTDF, Povilas Plechavičius dengan mengajukan usulan atas pakta non-agresi dan bekerja sama melawan Jerman Nazi. Namun, pihak Lituania menolak usulan tersebut dan menuntut agar Polandia meninggalkan wilayah Vilnius (wilayah sengketa antara Polandia dan Lituania) atau tunduk pada perjuangan Lituania melawan Soviet. Dalam Pertempuran Murowana Oszmianka yang terjadi pada Mei 1944, Pasukan AK memberikan pukulan telak kepada pasukan LTDF yang didukung oleh Nazi sehingga mengakibatkan pecah perang sipil antara warga Polandia anti-Nazi dan warga Lituania pro-Nazi yang didorong oleh otoritas Jerman yang pada puncaknya terjadinya pembantaian terhadap warga sipil Polandia di desa Glinciszki (sekarang Glitiškės) dan pembantaian warga sipil Lituania di desa Dubingiai pada bulan Juni 1944.

Penilaian pascaperang mengenai aktivitas AK di Lituania telah menjadi kontroversi. Pada 1993, aktivitas AK di Lituania diselidiki oleh Komisi Khusus Pemerintah Lituania. Hanya dalam beberapa tahun terakhir saja para sejarawan Polandia dan Lituania dapat mencapai konsensus, walaupun interpretasi masing-masing masih berbeda terhadap banyak peristiwa.