Jabarkan Melbourne Victory dari Marcos Flores

Pada tanggal 4 juli 2012, diumumkan bahwa Marcos Flores telah menandatangani kontrak 2 (dua) tahun dengan klub A-League, Melbourne Victory dengan kesepakatan senilai sekitar $1 juta.

Dia membuat debut di putaran 1 di A-League melawan rival sekota Melbourne Heart pada tanggal 5 oktober 2012. Flores mencetak gol pertamanya untuk Melbourne Victory pada 5 November 2012, dalam pertandingan melawan Wellington Phoenix. Flores dilepas oleh Melbourne Victory pada 5 juli 2013.