Jabarkan Masa belajar dari Don Juan de Austria

Don Juan menamatkan pendidikannya di universitas Alcalá de Henares (sekarang bernama Universidad Complutense de Madrid), tempat ia menuntut ilmu bersama dua orang kemenakannya yang sebaya dengan dirinya, yakni Pangeran Carlos (putra dan ahli waris Raja Felipe II) dan Alessandro Farnese, Pangeran Parma (putra dari salah seorang anak luar nikah yang diakui oleh Kaisar Karl V, yakni Margarita de Austria, Permaisuri Adipati Parma). Ketiga pemuda ini berguru pada Honorato Hugo (murid dari Juan Luis Vives). Pada 1562, anggaran belanja "Rumah Tangga Don Juan de Austria" mulai disertakan dalam anggaran belanja Rumah Tangga Istana. Don Juan dianggarkan menerima dana sebesar 15.000 dukat, sama dengan jumlah yang diterima kakak tirinya, Putri Juana, janda Pangeran Portugal, yang sangat akrab dengan dirinya.

Di universitas ini, Don Juan mulai mepersiapkan diri untuk berkarier sebagai rohaniwan. Di universitas ini pula, pada 1562, Pangeran Carlos mengalami cedera tulang tengkorak yang berdampak buruk pada kepribadiannya.

Pada 1565, Alessandro Farnese meninggalkan Alcalá de Henares untuk menetap di Brussel, kota kediaman ibunya, Margarita dari Parma, yang menduduki jabatan sebagai Gubernur Spanyol atas Negeri Belanda. Alessandro menikah dengan Maria dari Portugal selama tinggal di Brussel. Konon Alessandrolah yang mengajari Don Juan menjadi seorang perayu ulung. Di kemudian hari, Don Juan mengakui dua orang anak luar nikah sebagai putri kandungnya, seorang di Spanyol, dan seorang lagi di Napoli.

Don Juan juga terlibat secara aktif dalam upacara-upacara di lingkungan istana. Dalam upacara pembaptisan dua orang putri Raja Felipe II, yakni Isabel Clara Eugenia dan Catalina Micaela, Don Juan adalah kerabat yang ditugasi menggendong kedua infanta itu menuju bejana baptis.

Pada 1565, Kekaisaran Utsmaniyah menyerang Pulau Malta. Untuk mempertahankan diri, Kerajaan Spanyol menghimpun satu armada di Bandar Barcelona. Don Juan pun minta izin dari Raja Felipe II untuk bergabung dengan barisan tentara angkatan laut, namun tidak diperbolehkan. Sekalipun tidak direstui abangnya, Don Juan segera meninggalkan istana menuju Barcelona, akan tetapi sesampainya di Barcelona, armada Spanyol telah bertolak bandar itu. Hanya sepucuk surat dari abangnya, Raja Felipe II, yang mampu mencegah Don Juan bergabung dengan armada Spanyol di bawah pimpinan García Álvarez de Toledo y Osorio, Raja Muda Sisilia, yang kala itu berlabuh di Italia.

Mungkin karena jabatan Don Juan atau mungkin pula karena persahabatan yang erat selama bertahun-tahun dengan Don Juan, Pangeran Carlos membeberkan rencananya untuk minggat dari Spanyol ke Negeri Belanda lewat Italia kepada pamannya itu. Pangeran Carlos memerlukan bantuan Don Juan untuk mendapatkan galai yang dapat ditumpanginya menuju Italia. Sang Pangeran berjanji akan membalas budi dengan menyerahkan kekuasaan atas Kerajaan Napoli kepada Don Juan. Dengan dalih akan memberi jawaban, Don Juan segera berangkat ke El Escorial dan mengadukan rencana itu kepada Raja Felipe.

Don Juan kembali ke Laut Tengah untuk mengambil alih kepemimpinan atas armada Spanyol. Setelah berembuk dengan para penasihatnya di Cartagena pada 2 Juni 1568, ia bertolak menuju laut lepas untuk memerangi corsario. Kegiatan ini dilakukannya selama tiga bulan sebelum kemudian memutar haluan menuju Afrika Utara, berlayar menelusuri garis pantai, dan berlabuh di Oran dan Melilla.