Jabarkan Cerita dari Danganronpa: Trigger Happy Havoc

Danganronpa mengambil latar di sebuah sekolah elit bernama , yang menerima  dengan kaliber tertinggi di berbagai bidang tiap tahun. Makoto Naegi, seorang siswa biasa yang cukup optimistis, terpilih melalui undian dan diterima di akademi sebagai "Siswa Beruntung Terpungkas". Meskipun begitu, saat Makoto sampai di dalam akademi, ia kehilangan kesadaran dan terbangun dalam sekolah yang terkunci, dimana ia bertemu dengan 14 siswa baru lainnya dalam situasi yang sama. Kemudian muncul di hadapan mereka sebuah beruang sadis yang dikendalikan pengendali jarak jauh bernama Monokuma, memberitahu bahwa mereka akan dikurung di dalam akademi untuk sisa hidup mereka, dan mereka akan dibunuh apabila melanggar aturan sekolah. Dia menawarkan satu-satunya cara untuk "lulus" dari akademi tersebut: membunuh siswa lainnya tanpa diketahui.

Ketika pembunuhan terjadi, sebuah  diadakan, dimana siswa yang tersisa harus menentukan siapa pembunuh di antara mereka. Seiring berjalannya permainan, beberapa siswa terbunuh, dan Makoto sering mengambil peran sebagai penentu persidangan, dan memberikan pandangan paling logis. Makoto menerima bantuan dari Kyoko Kirigiri, seorang gadis misterius yang tidak ingat masa lalunya, tetapi memiliki kemampuan observasi dan deduktif. Namun, dalam penyelidikan mereka, sangat jelas bahwa apapun yang mereka lakukan, Monokuma tidak memiliki niat untuk melepaskan mereka dari akademi. Sebagai tambahan, tiap persidangan selesai, Monokuma memicu perselisihan dengan manipulasi langsung: mengancam keluarga siswa, mengancam untuk mengungkapkan rahasia yang memalukan, atau menawarkan hadiah uang untuk memprovokasi siswa yang tersisa. Pada sebuah sidang, saat sangat jelas bahwa orang yang mengendalikan Monokuma melakukan "pembunuhan", pelaku yang memungkinkan dari para siswa hanya Makoto atau Kyoko. Dalam plot kanon, Makoto, menaruh kepercayaannya pada Kyoko, menahan bukti yang berpotensi membuat Kyoko sebagai pembunuh, dan dinyatakan bersalah secara sepihak oleh Monokuma. Meskipun begitu, pada eksekusi Makoto, ia diselamatkan oleh sebuah kecerdasan buatan yang sebelumnya telah diperkenalkan dan membuat Makoto jatuh ke pembuangan sampah bawah tanah. Melarikan diri dari tempat tersebut atas bantuan Kyoko, siswa yang tersisa bekerja sama untuk menghadapi Monokuma, dan menemukan bahwa dalang dari permainan membunuh ini adalah Junko Enoshima, salah satu siswa yang sebelumnya telah terbunuh, sesungguhnya ia meminta saudara kembarnya, Mukuro Ikusaba, untuk menggantikannya menjadi yang dibunuh.

Junko mengungkapkan bahwa seluruh siswa telah berada di akademi selama 2 tahun dan saling mengenal satu sama lain. Namun, saat sebuah bencana terjadi, disebabkan oleh sebuah gerakan misterius bernama "Ultimate Despair"(keputusasaan terpungkas), masyarakat global jatuh dan kekerasan meletus di seluruh dunia, para siswa dan kepala sekolah setuju untuk mengurung diri di dalam akademi sambil menunggu keadaan krisis selesai. Tidak beruntung, Junko, yang merupakan anggota rahasia Ultimate Despair, membunuh kepala sekolah, mengambil alih akademi, dan menghapus ingatan para siswa. Motivasinya untuk menyebarkan keputusasaan ke seluruh dunia dengan menyiarkan siswa-siswa paling berbakat saling membunuh satu sama lain. Setelah rencananya terbongkar, Junko melakukan bunuh diri dengan menggunakan kombinasi dari semua eksekusi yang digunakan untuk membunuh pelaku-pelaku sebelumnya.

Kemudian, Makoto, Kyoko, dan siswa lainnya yang selamat keluar dari akademi, tidak yakin dengan keadaan dunia. Pemain juga dapat mencapai sebuah akhir alternatif ketika menyelesaikan Mode Sekolah. Pada akhir ini, seluruh siswa selamat dan meninggalkan sekolah, tidak sadar tentang bencna yang sedang menunggu. Bagian akhir ini juga mencakup penampilan cameo oleh Monomi, sebuah karakter dari permainan kedua.