Jabarkan RB Leipzig dari Timo Werner

Pada 11 Juni 2016, Werner menyetujui kontrak berdurasi empat tahun dengan RB Leipzig. Biaya transfer sebesar 10 juta euro.

Pada 18 Juni 2020, Chelsea mengumumkan kesepakatan dengan RB Leipzig untuk mendatangkan Werner dengan menyetujui klausul bebas kontraknya yang diyakini bernilai €53 juta. Ia menandatangani kontrak berdurasi lima tahun dan secara resmi bergabung pada Juli 2020. Werner tampil perdana untuk Chelsea pada kemenangan tandang liga 3–1 atas Brighton & Hove Albion, 14 September 2020. Pada 29 September 2020, ia mencetak gol perdana untuk Chelsea pada laga babak ke-empat Piala Liga Inggris yang berakhir imbang 1–1 dan kekalahan dalam babak adu penalti 4–5 melawan Tottenham Hotspur. Werner mencetak gol perdananya di Liga Utama Inggris, dengan mencetak dua gol dan menjadi pengumpan gol untuk Kai Havertz dalam laga kandang melawan Southampton  yang berakhir imbang 3–3 pada 17 Oktober 2020.