Jabarkan Comte Edessa dari Baudouin I dari Yerusalem

Undangan lain datang dari Thoros dari Edessa, di mana Baudouin diadopsi sebagai putra dan penerus Thoros. Ketika Thoros terbunuh pada bulan Maret 1098, Baudouin menjadi comte pertama Edessa, meskipun tidak diketahui apakah ia berperan dalam pembunuhan tersebut. Ia memerintah kadipaten tersebut sampai tahun 1100, menikahi Arda, putri Thoros dari Kahramanmaras, dan bertindak sebagai duta besar antara tentara salib dan orang-orang Armenia.

Selama dua tahun ia menangkap Samosata dan Surus (Sarorgia) dari umat Islam, dan berhasil mengalahkan sebuah konspirasi oleh beberapa subyek armenianya pada tahun 1098. Selama Pengepungan Antiokhia ia mengirim uang dan makanan ke rekan-rekannya sesama tentara salib, meskipun ia sendiri tidak ikut serta. Kerbogha, gubernur Mosul, sedang berbaris untuk meringankan Antiokhia tapi pertama berhenti di Edessa, yang dikepungnya selama tiga minggu, tidak berhasil. Kerbogha kemudian dikalahkan di Antiokhia dan tentara salib mendirikan sebuah kerajaan di sana. Kemudian pada tahun itu Baudouin telah mengkonsolidasikan kekuasaannya cukup sehingga ia dapat berbaris dengan saudaranya Godefroy dan mengepung Azaz di mana mereka mengalahkan pasukan Ridwan dari Aleppo.

Pada akhir tahun 1099 ia mengunjungi Yerusalem bersama Bohemond I dari Antiokhia, namun ia kembali ke Edessa pada bulan Januari 1100. Setelah kembali ke Edessa, Baudouin dibantu untuk membebaskan pengepungan Malatya, di mana Bohemond ditangkap oleh Danishmend. Penguasa kota Armenia, Gabriel, kemudian mengakui Baudouin sebagai penguasa kota.