Jabarkan Celje dari Igor Jovićević

Pada 10 Oktober 2016, Jovićević mengambil alih klub PrvaLiga Slovenia Celje.  Pada 19 Juni 2017, dia memutuskan kontrak.

Pada 20 Juli 2017, Jovićević mengambil alih Dinamo Zagreb II sebagai pelatih kepala, sedangkan pada 1 Juli 2018, ia ditunjuk sebagai pelatih kepala Dinamo Zagreb U19.  Mengelola skuad U19, ia memenangkan dua kejuaraan liga Kroasia, Piala Pemuda FIFA, dan memimpin tim di final Piala Internasional Liga Premier, yang kalah dari Bayern Munich.  Dia juga memimpin tim ke perempat final di UEFA Youth League sebanyak dua kali.

Pada 22 April 2020, setelah pemecatan Nenad Bjelica, Jovićević diumumkan sebagai pelatih kepala baru Dinamo Zagreb.  Dia memulai debutnya sebagai manajer Dinamo dalam kemenangan tandang 3-1 melawan Varaždin.  Pada 6 Juli 2020, menyusul kekalahan tandang 0-2 melawan Rijeka, Jovićević dan Dinamo mencapai kesepakatan bersama tentang pemutusan awal kontraknya.