Jabarkan Jatuhnya Plered dari Pemberontakan Trunajaya

Meskipun para pemberontak dikalahkan di Surabaya, pasukan pemberontak yang berkampanye di pedalaman Jawa Tengah dan Timur lebih berhasil. Kampanye militer pemberontak mencapai puncaknya dalam jatuhnya ibu kota Plered pada Juni 1677. Raja dalam kondisi sakit, dan ketidakpercayaan di antara para pangeran kerajaan menghalangi perlawanan yang terencana dengan baik. Raja melarikan diri ke barat dengan pangeran mahkota dan pengiringnya, membiarkan pemberontak memasuki dan menjarah ibu kota dengan sedikit perlawanan, hal ini dibiarkan saja karena dalam budaya kerajaan Jawa bilamana istana pernah diserang harus pindah untuk membangun istana baru. Para pemberontak kemudian mundur ke Kediri, membawa harta kekayaan kerajaan bersama mereka.

Bertakhtanya Amangkurat II dan aliansi dengan VOC

Raja Amangkurat I wafat semasa bergerak mundur di Tegal pada Juli 1677. Putra mahkota menggantikan ayahnya dan memakai gelar Amangkurat II, dan diterima oleh bangsawan Jawa di Tegal (kampung halaman neneknya) dan juga oleh VOC. Namun, dia gagal untuk mengukuhkan kekuasaannya di kota terdekat, Cirebon, yang penguasanya memutuskan untuk menyatakan kemerdekaan dari Mataram dengan dukungan dari Kesultanan Banten. Selanjutnya, adik laki-lakinya Pangeran Puger (kelak Pakubuwana I) merebut ibu kota yang kini hancur, menolak bergabung sebagai loyalis Amangkurat II, dan menyatakan dirinya sebagai raja dengan gelar Ingalanga Mataram.

Karena tidak memiliki tentara dan harta kekayaan dan tidak dapat mengukuhkan kekuasaannya, Amangkurat memutuskan untuk bersekutu dengan VOC. Pada saat ini, Laksamana Speelman berada di Jepara, berlayar ke sana dari Surabaya setelah mendengar jatuhnya ibu kota. Pasukannya telah merebut kembali kota-kota pesisir penting di Jawa Tengah, termasuk Semarang, Demak, Kudus, dan Pati. Amangkurat pindah ke Jepara dengan kapal VOC pada September 1677. Raja harus menyetujui konsesi luas yang dituntut VOC sebagai imbalan untuk memulihkan monarkinya. Dia menjanjikan VOC pendapatan dari semua kota pelabuhan di pantai utara. Dataran tinggi Priangan dan Semarang akan diserahkan kepada VOC. Raja juga setuju untuk mengakui yurisdiksi kekuasaan VOC atas semua orang non-Jawa yang tinggal di wilayahnya. Sejarawan Belanda H. J. de Graaf berkomentar bahwa dengan melakukan ini, VOC, sebagai sebuah korporasi, terlibat dalam "spekulasi berbahaya", yang mereka harapkan akan terbayar di masa depan ketika rekan mereka akan memperoleh kembali kekuasaannya atas Mataram.

Pasukan VOC–Mataram membuat kemajuan yang lamban melawan para pemberontak. Pada awal 1678 penguasaan mereka terbatas pada beberapa kota di pantai utara bagian tengah. Pada 1678, Speelman menjadi Direktur Jenderal VOC, menggantikan Rijcklof van Goens, yang menjadi Gubernur Jenderal (Speelman kelak menjadi Gubernur Jenderal pada 1681). Komandonya di Jepara diserahkan kepada Anthonio Hurdt, yang tiba pada Juni 1678.

Kemenangan loyalis dan kematian Trunajaya

Pasukan VOC dan Mataram bergerak ke pedalaman melawan Kediri pada September 1678. Sesuai saran raja, pasukan tersebut dipecah menjadi tiga barisan, tanpa rute langsung, dengan tujuan untuk mencakup lebih banyak lokasi dan menimbulkan rasa kagum pada orang-orang yang merasa ragu untuk berpihak. Ide raja berhasil, dan saat kampanye militer berlanjut, kelompok-kelompok lokal bergabung dengan pasukan, yang sangat menginginkan barang rampasan. Kediri direbut pada 25November oleh pasukan penyerangan yang dipimpin oleh Kapten François Tack. Pasukan yang menang tersebut melanjutkan ke Surabaya, kota terbesar di Jawa Timur, tempat Amangkurat mendirikan keratonnya. Di tempat lain, para pemberontak juga dikalahkan. Pada September 1679, gabungan pasukan VOC, Jawa, dan Bugis di bawah Sindu Reja dan Jan Albert Sloot mengalahkan Raden Kajoran dalam pertempuran di Mlambang, dekat Pajang. Kajoran menyerah tetapi dieksekusi atas perintah Sloot. Pada November, VOC dan pasukan Bugis bersekutu di bawah Arung Palakka menghancurkan benteng para pemberontak Makassar di Keper, Jawa Timur. Pada April 1680, setelah apa yang oleh VOC anggap sebagai pertempuran sengit dalam perang, penguasa Giri yang memberontak dikalahkan dan sebagian besar keluarganya dieksekusi. Karena VOC dan Amangkurat meraih lebih banyak kemenangan, semakin banyak orang Jawa menyatakan kesetiaan mereka kepada raja.

Setelah bentengnya jatuh di Kediri, Trunajaya berhasil melarikan diri ke pegunungan di Jawa timur. Pasukan VOC dan raja mengejar Trunajaya, yang terkucil dan kekurangan makanan, menyerah kepada VOC pada akhir 1679. Awalnya, dia diperlakukan dengan hormat sebagai tawanan komandan VOC. Namun, saat melakukan kunjungan seremonial ke kediaman bangsawan di Payak, Jawa Timur, pada 2 Januari 1680, dia ditikam oleh Amangkurat sendiri, dan orang istana raja menghabisinya. Raja membela pembunuhan seorang tahanan VOC ini dengan mengatakan bahwa Trunajaya telah mencoba membunuhnya. VOC tidak yakin dengan penjelasan ini, tetapi memilih untuk tidak menghukum raja. Sebuah cerita romantis mengenai kematian Trunajaya muncul dalam babad Jawa Tengah abad ke-18.