Jabarkan Perdamaian sementara dari Penaklukan Kepulauan Banda oleh Belanda

Selepas keberhasilan tersebut, para orang kaya di Lontor mengajak berdamai. Mereka menawarkan hadiah kepada Coen dan menerima semua tuntutan VOC. Mereka bersedia untuk menyerahkan senjata, menghancurkan kubu mereka, dan melepaskan sandera. Mereka menerima kedaulatan Belanda dan pembangunan beberapa benteng Belanda di pulau tersebut. Mereka juga berjanji akan menyerahkan sebagian dari hasil panen mereka dan menjual sisanya secara eksklusif kepada VOC dengan harga tetap. Sebagai gantinya, Belanda akan menjamin kebebasan, otonomi, dan hak untuk tetap memeluk agama Islam.

Dimulainya lagi pertempuran dan pembantaian

Ketika para orang kaya dan VOC tengah berdamai, sebagian besar penduduk Lontor melarikan diri ke kawasan perbukitan dan mulai melancarkan pertempuran kecil melawan Belanda. Coen membalasnya dengan menghancurkan desa-desa dan memaksa para penduduknya bekerja untuk VOC.

Pada 21 April, Belanda menyiksa para orang kaya dan berhasil memperoleh "pengakuan" bahwa mereka tengah melakukan persekongkolan. Coen menangkap setidaknya 789 "orang kaya" dan anggota keluarga mereka dan mendeportasi mereka ke Batavia; di situ, banyak dari mereka yang diperbudak. Atas tuduhan melanggar perjanjian dan bersekongkol melawan Belanda, 24 orang kaya dihukum mati dan dipenggal oleh tentara bayaran Jepang pada tanggal 8 Mei. Namun, tindakan-tindakan ini masih belum dapat meredam perlawanan rakyat Lontor, sehingga Coen memerintahkan pasukannya menyapu pulau tersebut dan menghancurkan desa-desa agar penduduk Lontor mau menyerah. Pertempuran yang sengit pun meletus dalam kurun waktu beberapa bulan. Selepas melihat kehancuran yang disebabkan oleh Belanda, banyak penduduk Lontor yang memilih mati kelaparan atau melompat dari tebing alih-alih menyerah.