Jabarkan Perselisihan keluarga dari Seleukos II

Di Anatolia, Pergamum sekarang menjadi besar di bawah Atalos I. Ambisi Atalos I untuk menggantikan Antiokhos Hierax sebagai raja Anatolia menyebabkan perang besar dan beberapa pertempuran selama 230-an SM. Dalam waktu singkat Atalos I mengalahkan Galatia dan Antiokhos Hierax, juga memupus upaya Seleukos II merebut kembali Anatolia. Setelah dikalahkan oleh Atalos I dalam empat pertempuran, Antiokhos Hierax melarikan diri ke Armenia, yang rajanya memberinya perlindungan. Antiokhos Hierax kemudian berusaha menyerang Mesopotamia. Namun dia dikalahkan Andromakhos yang merupakan komanda pasukan Seleukia sekaligus pamannya dari pihak ibu. Melarikan diri lagi, Antiokhos akhirnya tewas di Trakia karena dibunuh perampok pada sekitar 226 SM.

Seleukuos II juga menangani pemberontakan di Antiokhia yang dipimpin bibinya, Stratonike, yang sebelumnya telah menikah dengan Raja Makedonia Demetrios II. Stratonike pergi menuju Suriah dan meninggalkan Demetrios II lantaran megambil istri lain, kemudian mengusulkan agar dirinya menikah dengan Seleukos II atau menuntut Seleukos II untuk membalas perlakuan Demetrios II. Namun lantaran Seleukos II menolak, Stratonike mengadakan pemberontakan di Antiokhia. Antiokhia dapat dikuasai kembali oleh Seleukos dan Stratonike melarikan diri ke kota Seleukia untuk mencari perlindungan pada Ptolemaios III, tetapi dia ditangkap di tengah perjalanan dan dihukum mati.

Pada tahun-tahun setelah kekalahan di Ancyra (237 SM), Seleukos memusatkan pada pembangunan kembali wilayah kekuasaannya, memperluas Antiokhia, dan menekan pemberontakan di Babil. Pada tahun 227 SM, dia telah cukup menstabilkan situasi untuk mulai memikirkan serangan baru terhadap Atalos untuk merebut kembali Anatolia.