Jabarkan Protagonis dari Assassin's Creed

Desmond Miles adalah seorang bartender yang merupakan keturunan dari beberapa generasi Assassin terkemuka; meski dibesarkan sebagai Assassin, ia meninggalkan keluarga nomadennya untuk mencari gaya hidup yang lebih umum. Dia awalnya diculik oleh Abstergo, yang menyadari garis keturunan pendahulunya. Desmond dipaksa untuk menggunakan Animus dan diketahui menjadi Subject 17; banyak dari enam belas subjek sebelumnya meninggal karena akibat dari penggunaan berlebihan Animus.

Desmond kemudian diselamatkan oleh tim kecil dari Assassin modern dan setuju untuk bekerja dengan mereka, meneruskan pengalaman memori dari pendahulunya untuk menemukan lokasi Piece of Eden tambahan sebisa mungkin sebelum Abstergo melakukan hal yang serupa. Dari efek perdarahan, Desmond memperoleh beberapa keahlian Assassin dari pendahulunya dengan mempertaruhkan kehidupannya dengan berbagai macam ingatan dan kepribadian dalam pikirannya.

Di dalam Animus, Desmond mengeksplorasi memori dari sejumlah Assassin, termasuk Altaïr Ibn-La'Ahad, Assassin yang awalnya melakukan tindakan tercela berusaha untuk menebus kesalahannya pada masa Perang Salib Ketiga; Ezio Auditore da Firenze, Assassin dari Italia selama akhir abad ke-15 dan awal abad ke-16 dari Renaisans Italia; dan Ratohnhaké:ton, atau dikenal sebagai Connor, Assasin keturunan setengah Mohawk dan setengah Inggris pada masa Revolusi Amerika.

Dari kejadian tersebut, Desmond mempelajari kiasan dari ramalah akhir dunia pada tahun 2012 dari subjek tes Animus sebelumnya, Subject 16; peristiwa yang berubah menjadi pengulangan bencana yang memusnahkan peradaban kuno, dan dia menemukan bahwa memorinya memegang kunci keselamatan Bumi dari badai matahari kedua. Dalam pengalamannya, Desmond dibantu oleh proyeksi holografik dari tiga penguasa ras kuno: Jupiter, Minerva, dan Juno.

Setelah Desmond meninggal demi memastikan keselamatan Bumi, memorinya, yang telah dihidupkan melalui sampel genetik dari DNA-nya, diambil oleh Abstergo untuk diaplikasikan kepada subjek baru untuk memasuki Animus. Subjek baru menghidupkan kembali memori dari Edward Kenway (kakek dari Ratohnhaké:ton atau Connor Kenway) pemilik kapal swasta yang menjadi bajak laut selama Masa Keemasan Perompakan.