Jabarkan Ukraina dari Armia Krajowa

Di bagian Tenggara wilayah Polandia yang diduduki, terdapat ketegangan yang telah berlangsung lama antara warga Polandia dan Ukraina. Polandia berencana untuk memulihkan wilayah perbatasan praperang yang ditentang oleh Ukraina dan beberapa kelompok warga Ukraina yang berkolaborasi dengan Nazi, telah mendiskreditkan partisannya sebagai sekutu potensial Polandia. Sementara Pemerintah Polandia dalam pengasingan tengah mempertimbangkan rencana tentatif untuk memberikan otonomi terbatas kepada Ukraina. Pada 1942, staf AK di Lviv merekomendasikan untuk mendeportasi antara 1–1,5 juta penduduk Ukraina ke Uni Soviet dan memukimkan sisanya di bagian lain dari Polandia setelah perang berakhir. Situasi meningkat pada tahun berikutnya, ketika Tentara Pemberontak Ukraina (, Ukrayins'ka Povstans'ka Armiya atau UPA), pasukan nasionalis dan lengan militer dari Organisasi Nasionalis Ukraina (, Orhanizatsiya Ukrayins'kykh Natsionalistiv, atau OUN), yang mengarahkan sebagian besar serangannya kepada Polandia dan Yahudi. Salah seorang pemimpin UPA, Stepan Bandera dan pengikutnya menyimpulkan bahwa perang akan berakhir dengan sangat melelahkan bagi Jerman maupun Uni Soviet, meninggalkan hanya Polandia atas klaim Galisia Timur (menurut pandangan Ukraina sebagai Ukraina Barat dan menurut Polandia sebagai Polandia Timur atau Kresy) sebagai kekuatan penting dan oleh karenanya, Polandia harus dilemahkan sebelum perang berakhir.

Kemudian OUN memutuskan untuk menyerang warga sipil Polandia yang merupakan sepertiga dari populasi wilayah yang disengketakan. Hal ini menyetarakan kemerdekaan Ukraina dengan homogenitas etnis, yang berarti keberadaan Polandia harus benar-benar dihilangkan. Pada Februari 1943, OUN memulai kampanye yang disengaja untuk membunuh warga sipil Polandia. Bermula pada musim semi 1943, 100,000 warga Polandia dibunuh dalam aksi pembantaian di Galisia Timur. Pasukan OUN menargetkan desa-desa di Polandia, sehingga mendorong terbentuknya unit-unit pertahanan Polandia (misalnya pertahanan Przebraże) dan pertempuran antara AK dan OUN. Pihak Jerman mendukung kedua belah pihak saling melawan satu sama lain, sebagaimana yang dikatakan oleh Erich Koch, "Kita harus melakukan segala kemungkinan, sehingga ketika seorang Polandia bertemu dengan seorang Ukraina, akan siap membunuhnya dan sebaliknya seorang Ukraina akan siap membunuh orang Polandia." Ketika warga Polandia mengeluh tentang pembantaian, seorang komisaris Jerman dari Sarny, Ukraina Barat menjawab "Anda menginginkan Sikorski, orang Ukraina menginginkan Bandera, saling berperang." Pada tanggal , seorang penyair dan perwira organisasi bawah tanah partisan Batalion Petani () Zygmunt Rumel, dikirim untuk berdialog dengan warga Ukraina yang bertujuan untuk mengakhiri pembantaian, tetapi misi tersebut gagal, Zygmunt Rumel malah dibantai dengan keji oleh Banderites ({{lang-ua|Бандерівці), sebuah organisasi sayap kanan di Ukraina. Kemudian pada tanggal , Komando AK memutuskan untuk membangun unit-unit partisan di Volhinia. Beberapa formasi terbentuk, terutama pada Januari 1944, Divisi Infanteri AK ke-27 telah bertempur dalam 16 pertempuran besar dengan UPA antara bulan Januari hingga Maret 1944, memperluas basis operasionalnya dan mengamankan Pasukan Polandia dari serangan utama. Salah satu pertempuran terbesar antara AK dengan UPA terjadi di , di mana pasukan pertahanan lokal, berhasil menangkis dua serangan. Pasukan AK melakukan serangan balasan terhadap UPA di wilayah Sahryń (peristiwa Pembantaian Sahryń) pada bulan Maret 1944 yang berakhir dengan pembersihan etnis, di mana sekitar 700 warga sipil Ukraina tewas terbunuh.

Pemerintah Polandia dalam pengasingan di London terkejut dan tidak menduga bahwa aksi anti-Polandia Ukraina akan sebesar itu. Tidak ada bukti yang menyatakan bahwa Pemerintah Polandia dalam pengasingan mempertimbangkan akan menerapkan kebijakan umum tentang tindakan balasan terhadap Ukraina, tetapi warga Polandia setempat termasuk para pemimpin pasukan AK, terlibat dalam aksi-aksi balasan. Partisan-partisan Polandia menyerang OUN, membunuh pemimpin Ukraina dan menjalankan operasi-operasi terhadap desa-desa di Ukraina. Aksi-aksi balasan dilakukan bertujuan untuk mengintimidasi penduduk Ukraina yang berkontribusi meningkatkan dukungan terhadap UPA. Komando AK mencoba untuk membatasi operasi-operasi terhadap warga sipil Ukraina seminimal mungkin. Menurut sejarawan Polandia Grzegorz Motyka, operasi-operasi Polandia menewaskan 10.000 hingga 15.000 korban di Ukraina pada periode 1943-1947, termasuk 8.000 hingga 10.000 di wilayah Polandia pascaperang. Dari bulan Februari hingga April 1945, terutama di Rzeszowszczyzna (wilayah Rzeszów), unit-unit Polandia (termasuk afiliasi pasukan AK), menjalankan serangan balasan yang mengakibatkan sekitar 3.000 warga Ukraina tewas, salah satu aksinya dikenal dengan peristiwa Pembantaian Pawłokoma.

Pada pertengahan tahun 1944, Tentara Merah Soviet menduduki sebagian besar wilayah-wilayah sengketa. Partisan-partisan Polandia dibubarkan atau menjadi gerakan bawah tanah, sebagaimana yang dilakukan oleh partisan Ukraina. Baik Polandia dan Ukraina, semakin meningkatkan konsentrasinya pada Uni Soviet sebagai musuh utamanya, tetapi keduanya berakhir dengan kegagalan.