Jabarkan Persengketaan operasional dari Transmart

Tidak hanya masalah itu, Carrefour Indonesia pun "tersandung" masalah sengketa dengan PT Duta Wisata Loka, pengelola Mega Mal Pluit. Pihak Mega Mal Pluit mempermasalahkan luas Carrefour, karena dianggap melanggar Perda DKI No. 2/2002, dimana Carrefour menggunakan luas lahan 13.000 m2, sedangkan batas yang ditentukan hanya 8.000 m2. Walaupun perjanjian penyewaan sudah dilakukan sejak 1999 (saat masih bernama Continent) dan berusia 20 tahun, namun batal demi hukum akibat pelanggaran aturan dan PT Duta sudah mendapat teguran Pemprov DKI. Pihak Mega Mal Pluit awalnya berusaha melakukan cara damai demi meminta Carrefour keluar dari tempatnya, dengan mengirim fax dan berjanji akan membantu prosesnya. Akan tetapi, Carrefour tetap menolak, bahkan menyewa tentara demi melindungi bisnisnya. Akhirnya, PT Duta terpaksa memutus aliran listrik Carrefour pada 27 Mei 2009 sebagai upaya menekan. Akhirnya, ketika Carrefour tidak mau menurut, pada 2 Agustus 2008 PT Duta dengan paksa mengeluarkan Carrefour, dimana menurut pihak Carrefour menggunakan 300 preman demi mengeluarkan dan merusak barang-barang dari dalam hipermarket tersebut. Menurut pihak Carrefour, perjanjian mereka tetap sah karena aturan Perda DKI No. 2/2002 tidak berlaku surut dan menurut pihaknya luas Carrefour di mal itu hanya 6.900 m2. Akibatnya, pihak Carrefour pun dua kali mengadukan manajemen dan pimpinan PT Duta ke Polda Metro Jaya, pada 27 Mei dan 10 Agustus 2009. Tidak hanya itu juga, Carrefour juga menggugat PT Duta ke Pengadilan Negeri Jakarta Utara pada awal Agustus (dicabut pada 6 Agustus), dan kemudian mengajukan gugatan ganti rugi di PN Jakut melebihi Rp 1 triliun ke PT Duta pada pertengahan Agustus 2009.

Dalam berbagai pernyataannya, Carrefour ikut membawa-bawa nama Lippo Group, pemilik PT Duta yang dituduh berambisi menyingkirkan Carrefour demi membangun gerai baru Hypermart, yang merupakan pesaing Carrefour di bidang hipermarket dan dimiliki konglomerasi tersebut (dibantah pihak PT Duta), sehingga sempat juga melaporkan kasus tersebut ke KPPU. Saling gugat-menggugat pun terjadi, dengan pada Januari 2010 Carrefour berhasil memaksa sita jaminan atas mal yang telah berganti nama menjadi Pluit Village tersebut, yang kemudian pada 28 April 2010 dibatalkan oleh PN Jakarta Selatan. Yang pasti, akhirnya Carrefour pun harus angkat kaki, dikarenakan gerainya itu sudah disegel oleh polisi pada 11 September 2009, dan hal tersebut juga kemudian menjadi perhatian Pemprov DKI yang pro pada PT Duta, apalagi ditambah protes pedagang pasar pada 7 Juli 2008 yang disebabkan anggapan Carrefour Mega Mal Pluit terlalu dekat dengan pasar tradisional dan mengancam pendapatan pedagang di sana. Baru pada 15 Juni 2013, Carrefour baru bisa membuka gerainya kembali.

Tidak hanya di Pluit Village (Mega Mal Pluit), Carrefour harus bersitegang dengan mal milik Lippo lain, Palembang Square yang berada di bawah pengelolaan PT Bayu Jaya Lestari Sukses (BJLS) sejak pertengahan 2009. Diduga, pada saat itu, PT BJLS yang baru saja diakuisisi oleh Lippo, hendak membatalkan perjanjian sewa tempat kedua pihak yang sudah disepakati sejak 2003, dengan mengosongkan lantai 2 dan 3 Palembang Square sejak 21 Juli 2009, dengan batas akhir pada 14 Agustus 2009 pukul 24:00 WIB. Jika tidak dipatuhi, listrik dan air gerai Carrefour di sana akan dicabut. Alasannya, Carrefour mempunyai track record buruk dengan terbukti melanggar aturan persaingan usaha beberapa kali. Namun, pihak Carrefour menganggap hal itu mengada-ada karena Carrefour sudah menyelesaikan hal tersebut, dan kembali mengaitkan upaya tersebut dengan keinginan Hypermart (hipermarket sejenis Lippo) untuk menggantikannya. Pihak Carrefour juga menganggap hal tersebut akan menyebabkan PHK 600 karyawan dan 1.200 penyalur merugi.

Berbagai upaya berusaha dilakukan untuk memecah kebuntuan antara mereka, misalnya dengan pertemuan yang difasilitasi oleh Wali Kota Palembang Eddy Santana Putra dan DPRD Kota Palembang pada 24 Agustus 2009, pun mengalami jalan buntu dengan pihak BJLS memaksa Carrefour agar keluar dari mal miliknya selambat-lambatnya setelah Idul Fitri 2009. Sempat juga dinegosiasi oleh Gubernur Sumatra Selatan Alex Noerdin pada 16 Oktober 2009 yang menyimpulkan Carrefour akan keluar secara baik-baik dari mall tersebut selambat-lambatnya 9 bulan, pada akhirnya, kedua pihak pun saling menggugat. PT BJLS menggugat Carrefour pada 13 Oktober 2009 ke PN Palembang, karena menuduh karyawan Carrefour telah merusak fasilitas mal Palembang Square dan melukai karyawannya dalam sebuah demo, sehingga mereka meminta ganti rugi kerugian imaterial sebesar Rp 100 miliar dan kerugian material sebesar Rp 15 juta, dan sebelumnya telah melaporkan Carrefour ke Kepolisian Daerah Sumatera Selatan. Keputusan tersebut berhasil memenangkan PT BJLS pada 3 Juni 2010. Sebagai balasannya, Carrefour menyatakan mereka tidak akan keluar dari mal Palembang Square sampai batas waktu sebelumnya pada 15 Juli 2010 dan meminta ganti rugi Rp 500 miliar. Selain itu, juga muncul rumor bahwa Carrefour akan dikeluarkan juga dari Tamini Square yang juga  milik Lippo, meskipun Lippo membantahnya dan berjanji tidak akan ada masalah jika pihak Carrefour menaati peraturan.