Jabarkan 3. Liga dari RB Leipzig

Pada musim 2013–14, RB Leipzig tampil pertama kali di 3. Liga dalam sejarah klub. Mereka mendatangkan Anthony Jung dari FSV Frankfurt, Tobias Willers dari Sportfreunde Lotte, Joshua Kimmich dari VfB Stuttgart U19, André Luge dari FSV Zwickau, Christos Papadimitriou dari AEK Athens, Yussuf Poulsen dari Lyngby BK dan Denis Thomalla dari TSG 1899 Hoffenheim ketika transfer musim panas.

RB Leipzig gugur di babak pertama DFB-Pokal 2013–14 setelah kalah 0-2 dari FC Augsburg pada 2 Agustus 2013 di Red Bull Arena. Kekalahan itu mengakhiri catatan tidak terkalahkan di pertandingan kompetitif selama setahun. Musim 2013–14 3. Liga memiliki start yang lebih menjanjikan. Leipzig memenangkan pertandingan pertamanya, bertandang melawan Hallescher FC 1–0 pada 19 Juli 2013 dan tidak terkalahkan hingga 31 Agustus 2013, ketika kalah 1–2, bertandang melawan tim tempat pertama, SV Wehen Wiesbaden.

Pada 5 Oktober 2013, RB Leipzig kembali bertemu dengan tim tempat pertama. SV Wehen Wiesbaden merelakan tempatnya diduduki 1. FC Heidenheim, seminggu setelah kekalahannya dari RB Leipzig. 1. FC Heidenheim lalu mempertahankannya hingga akhir musim. RB Leipzig mengalahkan 1. FC Heidenheim 2–0 setelah performa meyakinkan di Voith-Arena dan merangkak ke posisi ketiga.

Ketika transfer musim dingin, Christos Papadimitriou, Juri Judt, Carsten Kammlott dan Bastian Schulz meninggalkan tim. Sebagai gantinya, mereka didatangi oleh Diego Demme dari SC Paderborn 07, Federico Palacios Martinez dari VfL Wolfsburg, Mikko Sumusalo dari HJK Helsinki dan Georg Teigl dari FC Red Bull Salzburg.

Setelah kalah 1–2 bertandang ke MSV Duisburg pada 1 Februari 2014, Leipzig tidak terkalahkan hingga akhir musim. Duel menegangkan dengan SV Darmstadt 98 muncul, dengan kedua tim berjuang untuk mendapat tempat kedua. Keduanya bertemu pada minggu ke-35, pada 19 April 2014. RB Leipzig mengalahkan SV Darmstadt 98 1–0 didepan 39,147 penonton diRed Bull Arena. RB Leipzig mengamankan tempat kedua dan promosi langsung ke 2. Bundesliga 2 minggu kemudian, setelah mengalahkan tim juru kunci 1. FC Saarbrucken 5–1 di Red Bull Arena yang hampir terjual habis pada 3 May 2014. Sebanyak 42,713 penonton mencatat rekor baru klub.

Dengan finis ditempat kedua, RB Leipzig memenangkan promosi ke 2. Bundesliga dan menjadi tim pertama sejak perkenalan 3. Liga untuk promosi ke 2. Bundesliga setelah hanya satu musim.