Jabarkan Perang Saudara dari Kudeta Guatemala 1954

Pembatalan kebijakan-kebijakan progresif pemerintahan sebelumnya memicu pemberontakan sayap kiri di kawasan pedesaan yang dimulai pada tahun 1960. Pemberontakan ini memicu Perang Saudara Guatemala selama 36 tahun yang melibatkan pemerintahan militer Guatemala yang didukung oleh AS melawan para pemberontak sayap kiri yang sering kali memperoleh dukungan yang cukup besar dari rakyat. Gerakan terbesar dipimpin oleh Tentara Gerilya Rakyat Miskin, yang pada titik puncaknya memiliki 270.000 anggota. Selama terjadinya perang saudara, kejahatan terhadap warga sipil dilakukan oleh kedua belah pihak; 93% dari kejahatan tersebut dilakukan oleh militer yang didukung oleh AS, termasuk sebuah kampanye genosida terhadap penduduk asli Maya pada tahun 1980an. Kekerasan yang sangat parah khususnya terjadi pada masa kepresidenan Ríos Montt dan Lucas García.

Sejumlah pelanggaran HAM lainnya juga telah terjadi, yang meliputi pembantaian penduduk sipil, pemerkosaan, pengeboman dari udara, dan penghilangan paksa. Gleijeses menulis bahwa Guatemala "diperintah oleh budaya ketakutan", dan Guatemala memiliki "rekor pelanggaran HAM di Amerika Latin yang mengerikan". Pelanggaran-pelanggaran tersebut sebagian adalah akibat dari strategi pemadaman pemberontakan yang brutal yang diterapkan oleh pemerintah. Narasi ideologis yang menyatakan bahwa kudeta tahun 1954 melambangkan sebuah pertempuran melawan komunisme sering dipakai untuk membenarkan kekerasan tersebut pada tahun 1980-an. Para sejarawan telah mengaitkan kekerasan selama perang saudara tersebut dengan kudeta tahun 1954, dan juga "paranoia anti-komunis" yang dihasilkan olehnya. Perang saudara tersebut berakhir pada tahun 1996 setelah ditandatanganinya sebuah perjanjian perdamaian antara gerilyawan dan pemerintah Guatemala, yang meliputi pengampunan bagi para pejuang di kedua belah pihak. Perang saudara tersebut diklaim menewaskan 200.000 warga sipil.