Jabarkan Kritik dari Islam Nusantara

Segera setelah istilah ini digagas, Islam Nusantara menghadapi tentangan dan kritik dari aliran Islam yang lain. Tentangan datang khususnya dari para penganut aliran wahhabi, atau aliran serupa yang hendak "membersihkan" Islam dari unsur-unsur lokal yang dianggap tidak Islami, yang sering dihujat sebagai praktik syirik, takhayul, bidah, dan khurafat. Hizbut Tahrir Indonesia dan Front Pembela Islam telah secara terang-terangan menentang konsep Islam nusantara. Islam nusantara dikritik sebagai suatu bentuk Islam sinkretisme yang merusak "kesempurnaan" dan ketunggalan Islam, serta dianggap merusak persatuan umat.

Muhammadiyah merupakan satu organisasi Islam terbesar berpengaruh di Indonesia—dan tidak menentang, apa lagi secara langsung konsep ini, menekankan bahwa istilah Islam harus digunakan secara berhati-hati dan proporsional, agar tidak menindas aliran Islam lain yang memiliki pemahaman berbeda tentang Islam. Jika Islam didukung dan diangkat sebagai aliran Islam utama oleh negara, maka ditakutkan aliran Islam lain akan mengalami penindasan dan diskriminasi.

Pihak oposisi, seperti Ketua Majelis Ulama Indonesia Sumatra Barat, Gusrizal Gazahar, berpendapat bahwa Islam Nusantara adalah tambahan yang tidak perlu untuk Islam yang "sudah sempurna", dan terkait terlalu dekat atau milik kelompok tertentu (yaitu Nahdlatul Ulama). Ada tuduhan yang beredar bahwa Islam Nusantara mungkin menyimpang dan berkembang menjadi agama baru. Menanggapi hal tersebut, pada Desember 2019, Ketua Pengurus Besar Nahdlatul Ulama, Robikin Emhas, menegaskan bahwa Islam Nusantara bukanlah agama baru, dan menjelaskan bahwa itu adalah pemahaman keagamaan yang mengakomodasi kearifan lokal dan praktik tradisional Indonesia, yang tidak bertentangan dengan ajaran Islam menurut Al-Qur'an dan hadis.