Jabarkan Falkirk dari Ryan Flynn

Flynn kemudian dipinjamkan kembali ke klub pertamanya, Falkirk, untuk musim 2009-10. Dia membuat debut Falkirk di pertandingan UEFA Europa League melawan FC Vaduz, dan Flynn mencetak satu-satunya gol dalam permainan, menjadi pemain Falkirk pertama yang mencetak gol di kompetisi Eropa. Pada pertengahan September diumumkan bahwa kepindahannya telah dibuat permanen dan dia menandatangani kontrak tiga tahun dengan Falkirk. Flynn memenangkan penghargaan Liga Primer Skotlandia untuk Pemain Muda Bulan ini untuk bulan Maret 2010, setelah mencetak enam gol dalam 33 pertandingan untuk Falkirk. Dia juga memenangkan penghargaan Young Player of the Round di babak kedua Piala CIS 2010-11, di mana dia mencetak satu-satunya gol untuk menempatkan Falkirk melalui melawan Partick Thistle Di babak ketiga cup yang sama dia adalah bagian dari Falkirk Tim yang terpilih sebagai 'Tim putaran', sebuah pertandingan di mana ia mencetak gol ketiga melawan Hearts dan yang berakhir 4-3 untuk Karawang.