Jabarkan Formula Nippon (1996–2012) dari Kejuaraan Super Formula

Pada pertengahan tahun 1990-an, Formula Jepang memisahkan diri, dan mengubah bentuk seri ini menjadi "Formula Nippon". Japan Race Promotion yang baru, yang didirikan oleh Fuji Television, menjadi promotor seri ini dengan pengakuan seri ini dari JAF sebagai Authority Sport Nationale (ASN) dari negara Jepang.

Pada tahun 2000-an, balap mobil sport menjadi lebih populer di negara Jepang, dan banyak pembalap Formula Nippon yang ikut juga membalap di Kejuaraan Super GT Jepang.

Musim 2006 menampilkan salah satu start yang teraneh dalam sejarah balapan mobil. Karena hujan deras, maka balapan pembukaan musim di Fuji dibatalkan setelah dua putaran mobil keselamatan, dan Benoît Tréluyer dinyatakan sebagai pemenang dengan separuh poin yang disediakan.