Jabarkan Jubaland dari Konsolidasi negara bagian di Somalia (1998–2006)

Faksi-faksi yang setia kepada Siad Barre, terutama dari klannya sendiri, Marehan, membentuk Front Nasional Somalia setelah dia digulingkan dari kekuasaan, sebagian besar berbasis di wilayah ini, dimana mereka menarik diri untuk mengikuti berakhirnya perang sipil. Di sekitar Kismayo, terjadi pertempuran antara klan Darood yang melarikan diri dari Mogadishu untuk menguasai kota, klan Harti utara yang dipimpin oleh Mohamed Hersi Morgan dan milisinya SPM, dan klan Marehan yang dipimpin oleh Ahmed Warsame dan milisinya SNF. SPM-Harti mundur dari kota setelah kalah dalam perang. Negara bagian Jubaland didirikan pada tanggal 3 September 1998, tetapi pemerintah ini bertahan kurang dari setahun sebelum digulingkan oleh beberapa faksi dari Front Nasional Somalia, membentuk sebuah rezim baru yang kuat atas seluruh Jubaland, yang bernama Aliansi Lembah Juba pada tanggal 11 Juni 1999. JVA memilih untuk bergabung dengan Pemerintah Transisi Nasional (TNG) pada tanggal 18 Juni 2001, namun pada bulan Januari 2006 mereka berubah pikiran dan membentuk negara otonom mereka di Jubaland. Negara bagian ini hanya bertahan kurang dari satu tahun, karena Uni Pengadilan Islam membawa banyak faksi JVA ke pihak mereka dan mengambil alih Kismayo tanpa melepaskan tembakan pada tanggal 24 September 2006.