Jabarkan Tembok Ordo Bait Allah dari Benteng Mdina

Saat Ordo Bait Allah mengambil alih Malta pada tahun 1530, para bangsawan dengan sukacita memberikan kunci kepada Grand Master Philippe Villiers de L'Isle-Adam. Ordo ini menetap di Birgu dan Mdina kehilangan statusnya sebagai ibu kota. Namun L'Isle-Adam mengubah sisa Castellu di la Chitati menjadi istana, yang menjadi tempat pertemuan dewan administrasi sipil yang dinamai The Università.

Peningkatan benteng Mdina pertama dilakukan pada 1540an, di bawah kepemimpinan Juan de Homedes y Coscon. Dua bastion baru didirikan di ujung depan benteng. Kemundkinan dirancang oleh insinyur Antonio Ferramolino. Bagian timur tembok juga dibangun secara en crémaillère, satu-satunya gaya ini yang ditemukan di Malta. Pada abad 15 menara digerbang depan dihancurkan karena mengganggu pertahanan di bastion. Tahun yang sama, kota ini bertahan dari serangan Utsmaniyah.

Mdina tidak secara langsung diserang dalam pengepungan besar Malta, namun memainkan peranan penting. Jenderal Utsmaniah, Lala Mustafa Pasha ingin menguasai kota ini dulu, namun dibatalkan oleh Piali Pasha yang ingin menyerang Fort Saint Elmo. Benteng ini harusnya bisa dikuasai setelah sebulan pertempuran, namun Utsmaniah kehilangan momen krusial. Pada 7 Agustus 1565, kavaleri dari Hospitaller menyerang rumah sakit lapangan Utsmaniah, sehingga membuat penyerang meninggalkan penyerangan atas Birgu dan Senglea. Pasukan Utsmaniah berencana mengambil alih kota pada Bulan September begitu datang musim dingin, namun membatalkannya karena adanya tembakan meriam dari Mdina, membuat mereka berpikir pertahanan Mdina masih kuat

Setelah pengepungan, insinyur militer Malta Girolamo Cassar membuat rencana mengurangi besar Mdina hingga setengahnya dan menjadikannya benteng secara keseluruhan, namun tidak pernah diwujudkan karena protes dari para bangsawan. Gerbang utama kota dibangun ulang pada awal abad 17, namun perubahan besar lainnya tidak dilakukan setidaknya hingga 1650, saat De Redin Bastion dibangun di tengah bagian depan. Meskipun modifikasi dilakukan pada 1658 pernah diusulkan penghancuran benteng ini, walaupun kemudian ditentang warga .