Jabarkan Konfederasi Swiss dari Perang agama Eropa

Pada 1529, di bawah pimpinan Huldrych Zwingli, kanton dan kota Protestant Zürich bersepakat dengan kanton-kanton Protestan lainnya untuk membentuk aliansi pertahanan Christliches Burgrecht, yang juga mencakup kota Konstanz dan kota Straßburg. Menanggapi perkembangan ini, kanton-kanton Katolik pun membentuk aliansi dengan Ferdinand dari Austria.

Setelah beberapa kali terjadi insiden kecil-kecilan dan aksi saling provokasi, seorang imam Katolik dieksekusi mati di Thurgau pada Mei 1528, dan pendeta Protestan J. Keyser dibakar hidup-hidup di Schwyz pada 1529. Peristiwa terakhir yang memicu konflik besar-besaran adalah pelantikan seorang pamong praja yang beragama Katolik di Baden. Zürich pun memaklumkan perang pada 8 Juni (Perang Kappel I), menduduki Thurgau dan wilayah Biara Sankt Gallen dan berbaris menuju Kappel di perbatasan dengan Zug. Perang terbuka dapat dihindari melalui kesepakatan damai (Erster Landfriede) yang tidak begitu menguntungkan pihak Katolik karena harus menuruti hasil kesepakatan untuk membubarkan aliansi dengan wangsa Habsburg Austria. Ketegangan antarkubu pada dasarnya belum reda, dan kembali berkobar dalam Perang Kappel II, dua tahun kemudian.

Pada 11 Oktober 1531, kanton-kanton Katolik berhasil menang telak atas bala tentara Zürich dalam Pertempuran Kappel. Pasukan-pasukan Zürich tidak banyak mendapat dukungan dari aliansi kanton-kanton Protestan, dan Huldrych Zwingli tewas di medan pertempuran bersama dua puluh empat pendeta lain.

Sesudah dikalahkan, prajurit-prajurit Zürich kembali berhimpun dan berusaha menduduki Zugerberg. Beberapa diantaranya berkemah di Bukit Gubel, tak jauh dari Menzingen. Sepasukan kecil prajurit dari Ägeri menyerbu perkemahan itu, dan bala tentara Zürich yang patah semangat akibat penyerbuan itu pun terpaksa mundur, sehingga kaum Protestan terpaksa menandatangani kesepakatan damai yang tidak menguntungkan pihaknya. Swiss terpecah-belah menjadi selang-seling kanton-kanton Protestan dan Katolik. Kaum Protestan umumnya mendominasi kota-kota besar, sementara umat Katolik lebih banyak menguasai daerah pedesaan.

Pada 1656, ketegangan antara kubu Protestan dan kubu Katolik kembali memanas dan menyulut Perang Villmergen I. Kubu Katolik menjadi pemenang dan dapat mempertahankan dominasi politiknya.

Perang Toggenburg yang meletus pada 1712 adalah sebuah konflik antara kanton-kanton Katolik dan kanton-kanton Protestan. Berdasarkan Perjanjian Damai Aarau bertarikh 11 Agustus 1712 dan Perjanjian Damai Baden bertarikh 16 Juni 1718, perang ini berakhir dengan lenyapnya hegemoni Katolik.

Perang Sonderbund pada 1847 juga terjadi akibat perbedaan agama.