Jabarkan Kebebasan beragama di Yogyakarta dari Kebebasan beragama di Indonesia

Setelah beberapa kasus kekerasan yang terjadi di Indonesia, seperti Cikeusik, Temanggung, dan Jawa Timur, Aliansi Jogja untuk Indonesia Damai (Aji Damai) mendeklarasikan "Yogya Kota Toleran" bersama tokoh lintas agama DIY pada tanggal 3 Maret 2011. Menurut koordinator pelaksana, Subkhi Ridho, Yogyakarta sebagai kota budaya dan kota pendidikan pantas menjadi teladan toleransi keberagamaan di Indonesia. Namun, berbagai kasus kekerasan dan intoleransi agama menyebabkan Yogyakarta dinilai sebagai Kota Intoleran, misalnya penyerangan umat Katolik di Sleman (2014 dan 2016), penutupan Lembaga Rausyan Fikr (2014) akibat MUI Yogyakarta mengeluarkan fatwa sesat atas permintaan Front Jihad Islam (FJI), pengusiran dan penganiayaan, penyerangan dan penutupan gereja yang sudah atau belum memiliki IMB, penolakan perayaan keagamaan, pembubaran diskusi, pengrusakan situs makam dan kelenteng, dan sebagainya.

Berdasarkan dokumentasi Aliansi Nasional Bhinneka Tunggal Ika (ANBTI) di Universitas Gadjah Mada (2016), Kabupaten Gunungkidul merupakan wilayah yang tingkat intoleransinya paling tinggi. Menurut Najib Azca (2014), sosiolog dan peneliti Pusat Studi Keamanan dan Perdamaian (PSKP) UGM, pada tahun 2000-an banyak eksmujahid Poso dan Ambon membangun komunitas di Yogyakarta. Ia menyatakan bahwa, "Mereka dulu giat menyerang minoritas dalam Islam, seperti Syiah dan Ahmadiyah, tapi sekarang sudah menyasar nonmuslim." Pada Desember 2016, Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) untuk menurunkan baliho mereka yang menampilkan mahasiswi berjilbab atas desakan Forum Umat Islam (FUI). Sementara itu, Rektor Universitas Sanata Dharma menyatakan akan menolak tuntutan FUI untuk menurunkan baliho mereka yang juga menampilkan mahasiswi berjilbab, karena selain tidak ingin kewenangan universitas Katolik tersebut diatur oleh ormas tertentu, penampilan mahasiswi berjilbab merupakan bentuk penghargaan terhadap semua mahasiswa muslim yang berkuliah di kampus tersebut.

Serikat Jurnalis untuk Keberagaman (Sejuk) memandang Sultan Hamengkubawana X membiarkan tindakan intoleransi yang terjadi dan mendesak pengusutan serta penangkapan pihak yang melakukan kekerasan. Bahkan, Masyarakat Anti-Kekerasan Yogyakarta (Makaryo) mendesak agar Penghargaan Pluralisme yang diberikan oleh oleh Jaringan Antar-Iman (JAI) kepada Sultan (Mei 2014) untuk dicabut. Sultan Hamengkubuwana X (2014) menyadari bahwa penegakan hukum yang lemah merupakan penyebab permasalahan intoleransi di Yogyakarta, tetapi ia kesulitan "menggunakan otoritas tertingginya sebagai kepala daerah untuk mendesak Kepala Kepolisian Daerah DIY menuntaskan kasus-kasus intoleransi secara hukum".