Jabarkan Di istana Ratu Maria dari James Hepburn

Setelah Protestant Lord memperoleh kekuasaan setelah kematian Marie de Guise dan kembalinya Maria, Ratu Skotlandia, Bothwell tampaknya tidak lebih dari seorang bangsawan bermasalah di istana. Pertengkaran terbukanya dengan Earl Arran dan Hamiltons, yang menuduhnya menarik perhatian terhadap Mahkota, menyebabkan beberapa tingkat kesedihan pada Ratu, dan meskipun Earl of Arran akhirnya dinyatakan gila, Bothwell tetap dipenjara di Kastel Edinburgh tanpa pengadilan tahun 1562. Belakangan tahun itu, ketika Ratu berada di Dataran Tinggi, ia melarikan diri dan pergi ke Puri Hermitage.

Ratu dan Bothwell sudah sangat dekat. Ketika Bothwell menikahi Lady Jean Gordon, putri Earl keempat Huntly, pada bulan Februari 1566, sang Ratu menghadiri pernikahan tersebut (pernikahan itu berlangsung lebih dari satu tahun). Pada musim panas berikutnya, setelah mendengar bahwa dia telah terluka parah dan kemungkinan besar akan mati, dia berkuda sepanjang jalan melalui perbukitan dan hutan perbatasan untuk bersamanya di Puri Hermitage hanya beberapa minggu setelah melahirkan putranya. Namun, sejarahwati Lady Antonia Fraser menegaskan bahwa Ratu Maria sudah dalam perjalanan untuk mengunjungi Bothwell dalam masalah kenegaraan sebelum dia mendengar tentang penyakitnya, dan karena itu kunjungan ini bukanlah bukti bahwa mereka sudah menjadi kekasih pada saat kecelakaan itu. Pengarang Alison Weir setuju, dan nyatanya catatan menunjukkan bahwa Maria menunggu enam hari penuh setelah mengetahui lukanya sebelum pergi ke Bothwell. Kisah penerbangannya yang gila ke sisinya kemudian disingkirkan oleh musuh-musuhnya untuk mendiskreditkannya.