Jabarkan Di tempat pengasingan dari Arsyad Thawil al-Bantani

Setelah kalah dalam Perang Cilegon tahun 1888, Arsyad ditangkap bersama 100 pejuang lain yang terlibat dalam pertempuran tersebut. Dia dipenjara di Serang, lalu dipindahkan ke Batavia. Saat dipenjara di Batavia inilah Snouck Hurgronje menemuinya, tetapi persahabatan antara mereka tidak mengubah statusnya sebagai tahanan. Tak lama setelah dipenjara di Batavia, ia kemudian diasingkan ke Manado, Sulawesi Utara.

Arsyad aktif mengajar masyarakat di tempat pengasingannya, Manado. Ia mengajar di bidang ilmu pengetahuan Islam, di antaranya adalah fikih, nahwu-sharaf, tasawuf, hadis dan lain-lain. Tidak kurang ratusan ulama dari Manado, Gorontalo, Ambon, Ternate, Kabupaten Poso, Kabupaten Tolitoli, Kabupaten Donggala, dan daerah lainnya belajar kepada Arsyad. Dia juga dikenal sebagai salah satu penyebar agama Islam ke wilayah mayoritas Kristen di Indonesia. Bahkan, dia menikahi anak seorang pendeta yang telah masuk Islam, bernama Magdalena Runtu.

Arsyad meninggal di Manado, Sulawesi Utara, pada hari Senin, 14 Zulhijah 1353 Hijriyah atau bertepatan dengan 19 Maret 1935 Masehi. Imam salat Jenazahnya adalah al-Habib Hasan bin Abdur Rahman Maula Khailah al-'Alawi.