Jabarkan Paleolitikum dari Orang Austronesia

Asia Tenggara Kepulauan mulai dihuni oleh manusia modern sejak era Paleolitikum mengikuti rute migrasi pesisir, mungkin dimulai sebelum 70.000 SM, jauh sebelum berkembangnya budaya Austronesia. Populasi ini memiliki ciri khas berkulit gelap, berambut keriting, dan perawakan pendek, membuat orang Eropa percaya bahwa mereka terkait dengan orang Pigmi Afrika dalam kajian biologi ras di abad ke-19. Namun, terlepas dari perbedaan fisik ini, penelitian genetika menunjukkan bahwa mereka lebih dengan dengan populasi Eurasia lainnya ketimbang populasi Afrika.

Kelompok populasi pertama ini awalnya tidak mengenal teknologi perahu, dan dengan demikian hanya dapat menyeberangi laut antarpulau yang sempit dengan pelampung atau rakit sederhana (mungkin rakit bambu atau kayu gelondongan) atau secara tidak sengaja. Khususnya di perairan sekitar Garis Wallace, Garis Weber, dan Garis Lydekker serta pulau-pulau yang terputus dari Asia Daratan. Mereka berpindah dari Asia Daratan ke pulau-pulau yang ada sekarang sebagian besar melalui jalur darat ketika daratan Sundaland dan Sahul belum tergenang air.

Manusia mencapai pulau-pulau di Wallacea serta daratan Sahul (Australia dan Papua) sekitar 53.000 BP (beberapa bahkan mengusulkan waktu yang lebih tua hingga 65.000 BP). Pada 45.400 tahun yang lalu, manusia telah mencapai Kepulauan Bismarck di Oseania Dekat. Mereka juga tiba di Fujian, Tiongkok Daratan dan Taiwan, tetapi populasi mereka kini telah punah atau melebur. Fosil manusia modern tertua yang terkonfirmasi di Filipina berasal dari Gua Tabon di Palawan, berumur sekitar 47.000 BP. Sebelumnya, diyakini bahwa manusia modern tertua di Asia Tenggara berasal dari Gua Callao di utara Luzon di Filipina yang berasal dari 67.000 BP. Namun, pada 2019, fosil itu diidentifikasi sebagai milik spesies baru manusia purba Homo luzonensis.

Orang-orang ini dikenal sebagai "Australo-Melanesia". Keturunan mereka yang belum bercampur dengan pendatang Austronesia dapat dijumpai di pedalaman Papua dan Australia.

Dalam sumber-sumber modern, keturunan Australo-Melanesia ini yang tinggal di barat Halmahera biasanya secara kolektif disebut sebagai "Negrito", sedangkan mereka yang menetap di sebelah timur Halmahera (tidak termasuk Pribumi Australia) disebut sebagai "Orang Papua". Kelompok ini dapat dibagi menjadi dua kelompok besar berdasarkan keberadaan asal-usul Denisovan. Australo-Melanesia di Filipina, Papua, Melanesia, dan Australia menunjukkan darah Denisovan; suatu hal yang tidak ditemui dalam darah orang Negrito (Orang Asli) di Malaysia dan Andaman.

Mahdi (2017) juga menggunakan istilah "Qata" (dari bahasa Proto-Melayu-Polinesia *qata) untuk menyebut penduduk asli Asia Tenggara, dengan "Tau" (dari bahasa Proto-Austronesia *Cau) untuk pendatang dari Taiwan dan Fujian; keduanya didasarkan pada bentuk purba dari kata "orang" dalam bahasa Melayu-Polinesia yang masing-masing merujuk pada kelompok berkulit gelap dan berkulit terang. Jinam dkk. (2017) juga mengusulkan istilah "Orang Sundalandia Pertama" sebagai pengganti kata "Negrito", sebagai nama yang lebih tepat untuk masyarakat asli Asia Tenggara.

Populasi pribumi ini secara genetik tidak terkait dengan Austronesia, tetapi melalui asimilasi, kebanyakan orang Austronesia modern mewarisi asal-usul ini. Hal yang sama berlaku untuk beberapa populasi yang dahulu dianggap "non-Austronesia" karena perbedaan fisik; seperti Negrito Filipina, Orang Asli, dan Melanesia yang berbahasa Austronesia, semuanya memiliki darah Austronesia walau persentasenya lebih sedikit. Di Polinesia di Oseania Jauh, misalnya, campurannya sekitar 20 hingga 30% Melanesia, dan 70 hingga 80% Austronesia. Sementara orang Melanesia di Oseania Dekat kira-kira mewarisi sekitar 20% darah Austronesia dan 80% darah Melanesia, sedangkan penduduk asli Kepulauan Sunda Kecil, komposisinya adalah sekitar 50% Austronesia dan 50% Melanesia. Demikian pula di Filipina, kelompok yang secara tradisional dianggap sebagai "Negrito" memiliki susunan genetik yang bervariasi antara 30 hingga 50% Austronesia.

Tingginya tingkat asimilasi antara kelompok Austronesia, Negrito, dan Melanesia menunjukkan bahwa ekspansi Austronesia sebagian besar berlangsung damai. Alih-alih terjadi kekerasan, para perantau dan kelompok pribumi saling menyerap satu sama lain. Diyakini bahwa dalam beberapa kasus, seperti dalam kebudayaan Toala di Sulawesi Selatan (c. 8000-1500 BP), lebih tepat jika dikatakan bahwa kelompok pemburu-pengumpul pribumi menyerap kelompok petani Austronesia yang baru datang, bukan sebaliknya. Mahdi (2016) lebih lanjut menegaskan bahwa kata Proto-Melayu-Polinesia *tau-mata ("orang") berasal dari kata *Cau ma-qata, yang merupakan penggabungan dua kata "Tau" dan "Qata" yang menunjukkan percampuran antara dua jenis populasi di kawasan itu.