Jabarkan Madagaskar dari Ida Laura Pfeiffer

Pada Mei 1857, ia mulai menjelajahi Madagaskar. Awalnya, ia disambut oleh Ratu Ranavalona I. Ia tidak sengaja terlibat dalam rencana penggulingan pemerintahan oleh beberapa orang Eropa, terutama Jean Laborde dan Joseph-François Lambert yang bersekongkol dengan pewaris takhta bernama Rakoto (kelak bergelar Radama II). Usai mengetahui rencana kudeta tersebut, Ratu mengeksekusi orang-orang Malagasi yang terlibat, tetapi membebaskan orang-orang Eropa yang kemudian diusir pada bulan Juli 1857. Pfeiffer mengidap penyakit (diduga malaria) saat pulang dari ibu kota Antananarivo ke kota pelabuhan dan tidak sembuh. Ia meninggal dunia di Wina pada tahun 1858 dengan dugaan akibat komplikasi malaria. Catatan perjalanan yang menjelaskan perjalanan terakhirnya, Reise nach Madagaskar (“Perjalanan ke Madagaskar”), diterbitkan dalam 2 volume di Wina pada tahun 1861 dengan tambahan biografi yang ditulis putranya, Oskar Pfeiffer.