Jabarkan Pembangunan tempat ibadah dari Kebebasan beragama di Indonesia

SKB Menag-Mendagri No. 1/Ber/MDN-MAG/1969 diterbitkan setelah terjadi beberapa kerusuhan lintas agama. Namun, SKB tersebut tidak memiliki petunjuk pelaksanaan sehingga dalam praktiknya sering mempersulit pembangunan tempat ibadah non-masjid karena menjadi wewenang bupati atau wali kota setempat untuk tidak atau memberikan izin. Setelah terjadi berbagai peristiwa intoleransi pada tahun 2005 terkait penutupan tempat ibadah, antara Oktober 2005-Maret 2006 dilakukan musyawarah antar majelis-majelis agama (MUI, PGI, KWI, PHDI, dan Walubi) dan SKB tersebut disempurnakan menjadi Perber Menag-Mendagri No. 9/8 Tahun 2006.

Perber Menag-Mendagri 2006 masih menuai protes karena dianggap tidak memberikan toleransi kepada umat agama yang minoritas, khususnya pasal 13 dan 14 (batasan 90 orang pengguna dan 60 orang dukungan masyarakat setempat). Di samping itu, dikeluarkannya Perber 2006 tersebut memicu peningkatan penolakan tempat-tempat ibadah minoritas hingga pemukulan dan penusukan aktivis dan pendeta Gereja Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) di Bekasi (12 September 2010), meskipun dalam sambutannya, Menag M.M. Basyuni telah menegaskan bahwa tempat ibadah yang telah dipergunakan secara permanen atau memiliki nilai sejarah tetapi belum memiliki IMB sebelum berlakunya Perber 2006, Bupati/Wali kota wajib membantu memfasilitasi penerbitannya. Perber ini juga meningkatkan ketegangan antar kelompok-kelompok minoritas dan mayoritas, yaitu bahwa ada usaha-usaha kelompok tertentu untuk mencegah pendirian tempat ibadah melalui penolakan atas nama penduduk setempat atau usaha pencegahan kuota 60 orang pendukung tidak terpenuhi.

Kasus pengrusakan tempat ibadah yang terkait dengan Perber Menag-Mendagri 2006 antara lain adalah pengrusakan sebuah rumah yang digunakan sebagai tempat ibadah Kristen Pantekosta di Ngaglik, Sleman oleh Front Jihad Islam pada tanggal 2 Juni 2014, setelah sebelumnya disegel pada tahun 2012 karena izin IMBnya ditolak oleh masyarakat pada tahu 2010. Pembakaran juga dialami Sanggar Sapta Darma di Rembang (11 November 2015) oleh sekelompok orang yang mengatasnamakan Forum Umat Islam (FUI) Desa Plawangan yang disayangkan Lembaga Studi Sosial dan Agama (eLSA) Semarang karena pembangunan sanggar aliran kepercayaan diatur dalam peraturan bersama Mendagri dan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: 43/41 Tahun 2009 tentang Pedoman Pelayanan Kepada Penghayat Kepercayaan Terhadap Tuhan Yang Maha Esa.