Jabarkan Arsenal dari Mohamed Elneny

Pada tanggal 13 Januari 2016, setelah hasil imbang 3-3 melawan Liverpool, manajer Arsenal, Arsène Wenger, mengkonfirmasi bahwa mereka telah merekrut Elneny dari FC Basel. Keesokan harinya, transfer ini secara resmi dikonfirmasi oleh klub dengan biaya yang tidak diungkapkan, namun dilaporkan berkisar antara £5 juta hingga £7,4 juta. Dia diberikan nomor punggung 35 untuk Arsenal. Elneny membuat debutnya untuk klub dalam kemenangan 2-1 melawan Burnley pada babak keempat Piala FA pada tanggal 30 Januari, dan menjadi pemain Mesir pertama yang pernah bermain untuk Arsenal. Elneny mencetak gol pertamanya untuk Arsenal dalam kekalahan leg kedua babak 16 besar Liga Champions melawan FC Barcelona, dan kemudian menerima penghargaan Pemain Terbaik Arsenal bulan Maret. Dia juga tampil gemilang pada bulan April dengan kerjasama yang baik bersama Aaron Ramsey, dan memenangkan penghargaan Pemain Terbaik Arsenal untuk kedua kalinya dalam sebulan. Satu-satunya gol Elneny memberinya penghargaan gol terbaik musim ini untuk Arsenal.

Pada musim 2017-2018, pada tanggal 7 Desember 2017, Elneny mencetak gol pertamanya di Stadion Emirates (gol keduanya untuk Arsenal secara keseluruhan) dalam babak penyisihan grup Liga Europa melawan FC BATE Borisov dalam pertandingan yang berakhir dengan kemenangan 6-0 untuk tim tuan rumah. Pada tanggal 15 Februari, Elneny sekali lagi tampil luar biasa dalam pertandingan leg pertama babak 32 besar Liga Europa melawan Östersunds FK. Elneny kemudian dinobatkan sebagai man of the match atas permainannya dalam kemenangan 3-0 tandang.

Pada tanggal 26 Maret 2018, Elneny memperpanjang kontraknya dengan Arsenal. Pada tanggal 8 April 2018, Elneny diusir keluar lapangan dalam pertandingan melawan Southampton. Dalam pertandingan yang ketat, bek Jack Stephens berselisih dengan Jack Wilshere dan balasan dari Stephens menyebabkan wasit Andre Marriner memberinya kartu merah langsung. Wilshere hanya mendapat kartu kuning tetapi setelah insiden tersebut, Elneny juga menerima kartu merah setelah mendorong pemain masa depan Arsenal, Cédric Soares, yang merupakan kartu merah pertamanya dalam karir profesionalnya. Arsenal berhasil memenangkan pertandingan dengan skor 3-2.