Jabarkan Menikah dan menjadi ibu dari Elizabeth Ann Seton

Pada tanggal 25 Januari 1794, ketika usianya 19 tahun, Elizabeth menikah dengan William Magee Seton, yang berusia 25 tahun, seorang pengusaha kaya dalam perdagangan barang impor. Samuel Provoost, uskup Episkopal New York yang pertama, memimpin upacara pernikahan mereka. Ayah suaminya, William Seton (1746–1798), berasal dari suatu keluarga bangsawan rendah Skotlandia, yang beremigrasi ke New York pada tahun 1758 dan menjadi pengawas serta salah seorang pemilik dari tempat pengerjaan besi di Ringwood, New Jersey. Sebagai seorang loyalis, William Seton senior adalah notaris kerajaan yang terakhir untuk kota tersebut dan provinsi New York. Ia membawa para putranya, William (suami Elizabeth) dan James, terjun ke dalam perusahaan dagang ekspor-impor, William Seton Company, yang menjadi Seton, Maitland and Company pada tahun 1793. William muda pernah mengunjungi gedung-gedung pembukuan penting di Eropa pada tahun 1788, adalah teman dari Filippo Filicchi (seorang pedagang terkenal di Livorno, Italia, yang menjalin hubungan dagang dengan perusahaannya), dan membawa biola Stradivarius pertama ke Amerika Serikat.

Tidak lama setelah mereka menikah, Elizabeth dan William pindah ke suatu kediaman populer di Wall Street. Keluarga Seton menonjol secara sosial dalam masyarakat New York, dan tergabung dalam jemaat Trinity Episcopal Church, di dekat Broadway dan Wall Street. Sebagai seorang umat yang taat, Elizabeth meminta Rev. John Henry Hobart (kelak menjadi uskup) menjadi pembimbing rohaninya. Bersama dengan saudari iparnya, Rebecca Mary Seton (1780–1804) (teman akrabnya dan orang yang sangat ia percayai), Elizabeth meneruskan pelayanan sosial mantan ibu tirinya—merawat orang sakit dan sekarat di antara kaum keluarga, teman, dan sesama yang membutuhkan. Karena pengaruh ayahnya, ia menjadi salah seorang pendiri The Society for the Relief of Poor Widows with Small Children (1797) dan juga menjabat sebagai bendahara organisasi.

Ketika William Seton senior meninggal dunia, keluarga Seton mulai mengalami penurunan dalam iklim ekonomi yang bergejolak menjelang Perang 1812. Pasangan tersebut menerima enam saudara kandung William, yang berusia tujuh sampai tujuh belas tahun. Ditambah lagi mereka sendiri memiliki lima anak kandung: Anna Maria (Annina) (1795–1812), William II (1796-1868), Richard (1798–1823), Catherine (1800–1891) (yang menjadi orang Amerika pertama yang bergabung dengan Suster-Suster Kerahiman), dan Rebecca Mary (1802–1816). Kenyataan ini mengharuskannya pindah ke kediaman keluarga Seton yang lebih besar.

Menjadi janda dan konversi ke iman Katolik

Perselisihan antara Amerika Serikat dengan Republik Prancis dari tahun 1798 sampai 1800 mengakibatkan serangkaian serangan terhadap layanan pengiriman via kapal Amerika Serikat. Blokade yang dilakukan Britania Raya atas Prancis dan kehilangan sejumlah kapalnya di laut menyebabkan William Seton mengalami kebangkrutan, dan keluarga Seton kehilangan rumah mereka di 61 Stone Street di Manhattan selatan. Pada musim panas berikutnya, Elizabeth dan anak-anaknya tinggal bersama ayah Elizabeth, yang masih menjadi petugas kesehatan Port of New York di Pulau Staten. Dari tahun 1801 sampai 1803 mereka tinggal di sebuah rumah di 8 State Street, di lokasi Church of Our Lady of the Most Holy Rosary saat ini (dibangun pada tahun 1964). Sepanjang hampir seluruh kehidupan perkawinan mereka, William Seton menderita penyakit tuberkulosis (TBC). Tekanan yang dialami memperburuk penyakit yang William derita; dokternya mengirim dia ke Italia agar dapat hidup dalam iklim yang lebih hangat, didampingi oleh Elizabeth dan putri tertua mereka. Saat mendarat di pelabuhan Livorno (Leghorn), mereka ditahan dalam karantina selama sebulan karena pihak berwenang khawatir kalau-kalau mereka membawa demam kuning dari New York. William meninggal dunia pada tanggal 27 Desember 1803 dan dimakamkan di Pemakaman Inggris Lama, Livorno. Elizabeth dan Anna Maria diterima oleh keluarga-keluarga dari rekan bisnis almarhum suaminya, yang menyebabkan ia berkenalan dengan iman Katolik.

Sekembalinya ke New York, Seton yang telah menjadi seorang janda diterima dalam persekutuan penuh dengan Gereja Katolik pada tanggal 14 Maret 1805 oleh Matthew O'Brien, pastor dari St. Peter's Roman Catholic Church, New York, satu-satunya bangunan gereja Katolik di kota ini pada waktu itu. (Undang-undang anti-Katolik telah dicabut beberapa tahun sebelumnya.) Setahun kemudian, ia menerima Sakramen Penguatan dari Uskup Baltimore John Carroll, satu-satunya uskup Katolik di Amerika Serikat pada saat itu.

Untuk menafkahi diri dan anak-anaknya, Seton telah merintis suatu akademi yang diperuntukkan bagi para wanita muda, sebagaimana umumnya yang dilakukan para janda dengan status sosial seperti dia pada masa itu. Namun, setelah berita tentang konversi Elizabeth ke iman Katolik tersebar luas, sebagian besar orang tua menarik putri-putri mereka dari pengasuhannya. Pada tahun 1807, para murid yang menempuh pendidikan di suatu Akademi Protestan setempat dipondokkan di rumahnya di Stuyvesant Lane, di Bowery, dekat St. Mark's Episcopal Church.

Seton hendak pindak ke Kanada ketika ia bertemu dengan seorang imam yang sedang berkunjung, Abbé Louis William Valentine Dubourg, S.S., yang adalah anggota dari suatu komunitas émigré Prancis, Para Imam Sulpisian, dan pimpinan dari St. Mary's College. Para Sulpisian mencari perlindungan di Amerika Serikat dari penganiayaan agama dalam Pemerintahan Teror di Prancis, dan pada saat itu sedang dalam proses mendirikan seminari Katolik pertama untuk Amerika Serikat, selaras dengan tujuan serikat mereka. Selama bertahun-tahun, Dubourg telah membayangkan berdirinya suatu sekolah religius untuk memenuhi kebutuhan pendidikan dari komunitas kecil Katolik di negara baru ini.