Jabarkan KOMPAK dan Jemaah Islamiyah dari Mujahidin KOMPAK

KOMPAK dibentuk sebagai kelompok sempalan dari para pimpinan Jemaah Islamiyah (JI) yang semakin tidak sabar dengan sifat birokrasi yang dirasakan organisasi tersebut. Berbeda dengan fokus JI pada indoktrinasi agama, Mujahidin KOMPAK difokuskan pada anggota yang mampu berperang secepat mungkin, dan anggotanya berlatih di kamp-kamp militan di Mindanao dan Afganistan. Fenomena ini dilihat sebagai "lebih ramping, lebih jahat, dan lebih cepat."

Inti pembentukan KOMPAK adalah membangun kemampuan kelompok lokal untuk berperang tanpa bantuan dari luar. Dengan cara ini KOMPAK berfungsi sebagai pengganda kekuatan, dengan penduduk setempat dilatih dan berperang secara independen, namun mengarah ke arah kepemimpinan eksternal (JI atau al-Qaeda) bila diperlukan.

Di saat KOMPAK sering berfungsi sebagai agen lokal JI, kepemimpinan mencerminkan perbedaan strategi jangka panjang dalam melancarkan jihad serta ketidaksabaran jangka pendek. Fatwa Al-Qaeda pada tahun 1998 mengenai serangan terhadap sasaran-sasaran Barat diambil oleh para pengikut Riduan Isamuddin, termasuk mereka yang terlibat dalam bom Bali tahun 2002 dan pengeboman Hotel Marriott tahun 2003. Peristiwa profil tinggi ini dilihat oleh mayoritas jihadis Indonesia sebagai sebuah kesalahan bagi wilayah tersebut, yang merongrong tujuan membangun negara fundamentalis melalui konversi agama.