Jabarkan Kerusuhan antar agama dari Kebebasan beragama di Indonesia

Berikut ini merupakan daftar kerusuhan dengan latar belakang agama yang terjadi di Indonesia selama masa Orde Reformasi.

Munculnya gerakan terorisme di Indonesia semenjak awal periode Reformasi, seperti kasus bom Mataram dan Poso serta bom malam Natal 2000, Bom Bali 2002, Bom Bali 2005, Bom McDonald's Makassar 2002, Bom Palu 2005, Bom Solo 2011, Bom Vihara Ekayana di Jakarta (2013), bom Medan 2016, bom Samarinda 2016, Bom Singkawang 2016, dan sebagainya dikaitkan dengan Jamaah Islamiyah dan ormas-ormas Islam lain seperti Jamaah Ansharut Tauhid (JAT). Meskipun banyak pihak yang menolak kaitan antara Islam dan terorisme, atau mencoba memberikan bukti terorisme yang dilakukan non-muslim, hal tersebut tidak mencegah timbulnya Islamofobia di Indonesia. Misalnya di Bali, munculnya sentimen terhadap Islam paska Bom Bali menyebabkan terjadinya pengawasan ketat terhadap pendatang, penolakan RUU APP, penolakan pembangunan mushola dan masjid, penolakan pendirian bank syariah, sertifikasi halal, dan penolakan pemakaian jilbab.

Menurut Prof. Didin Hafidhuddin, radikalisme dianggap sebagai pangkal dari terorisme meski tidak semua radikalis merupakan teroris. Ia menyatakan bahwa radikalisme diduga memiliki dua ciri, yaitu mudah memberikan cap kafir kepada kelompok lain dan memahami jihad secara sempit dalam arti perang semata. Namun, lanjut Prof. Didin Hafidhuddin, penggunaan istilah "terorisme berbasis agama" adalah kurang tepat karena dapat menimbulkan kesan pembenaran bahwa radikalisme yang merupakan akar terorisme diajarkan dalam agama.

Berdasarkan pernyataan mantan petinggi Jamaah Islamiah (JI) Abdul Rahman Ayub, jaringan teroris saat ini melakukan perekrutan anggota melalui dunia maya. Usaha pihak-pihak tertentu dalam menyebarkan berita kebohongan mengenai agama Islam (dikenal dengan sebutan "hoax Islami") kerap kali menyebabkan terjadinya cyberbullying. NU, melalui sekelompok anggotanya yang disebut Cyber Warriors, mencoba menghadang propaganda Islam radikal dan teroris di internet, antara lain dengan pembuatan meme dan melalui twitter.

Aksi teror juga menimpa Bupati Purwakarta, Dedi Mulyadi, pada awal tahun 2016. Bupati Dedi dianggap sebagai penista dan perusak akidah agama Islam karena banyak membangun patung dan mengedepankan budaya Sunda di Purwakarta, yaitu lebih mengedepankan salam menurut budaya Sunda (sampurasun) dibandingkan salam secara Islam. Selain memperoleh tuntutan hukum atas kasus penistaan agama, Dedi juga memperoleh ancaman melalui media sosial dan secara fisik.