Jabarkan Olympique Lyonnais (sejak 2004) dari Olympique Lyonnais Féminin

FC Lyon kemudian bergabung dengan Olympique Lyonnais sejak musim panas 2004 dan berubah nama menjadi Olympique Lyonnais Féminin. FC Lyon kemudian didirikan kembali pada tahun 2009 sebagai entitas yang berbeda dari yang bergabung pada 2004. Pada tahun 2007, kedua tim Olympique Lyonnais baik pria maupun wanita mendapatkan gelar juara divisi tertinggi. Pada tahun 2008, mereka mencapai babak semi final Liga Champions Wanita UEFA dan kalah dari klub asal Swedia, Umeå (1–1 di leg pertama, 0–0 di leg kedua).

Pada musim 2008–2009, serupa dengan musim sebelumnya, Lyonnaises memenangkan liga wanita Prancis dengan 1 hasil imbang dan 21 kemenangan. DI Liga Champions, mereka mencapai babak semi final dan kalah untuk kedua kalinya. Lyon dikalahkan klub asal Jerman yang menjadi juara Liga Champions di musim itu, Duisburg.

Pada tahun 2011, mereka menjuarai Liga Champions Wanita UEFA setelah menang 2–0 atas Turbine Potsdam. Pertandingan tersebut adalah pertandingan kedua antara kedua tim di babak final Liga Champions, pertandingan pertama terjadi pada musim sebelumnya. Pada tahun 2012, Les Lyonnaises memenangkan Liga Champions kembali setelah menang 2–0 atas FFC Frankfurt. Di musim itu juga, mereka memenangkan Coupe de France dan Divisi 1 Féminine.

Lyon telah menyamai rekor tim pria Real Madrid setelah mendapatkan 5 gelar juara Liga Champions berturut-turut pada 2016 hingga 2020.