Jabarkan Edisi kedua dari Novum Instrumentum omne

Penerimaan edisi pertama tidak jelas, tapi dalam waktu tiga tahun edisi kedua lalu diterbitkan. Edisi kedua menggunakan istilah lebih akrab Testamentum bukan Instrumentum. Pada edisi kedua (1519) Erasmus juga menggunakan Minuscule 3 (seluruh PB kecuali Wahyu; abad ke-12). Teks itu diubah pada sekitar 400 tempat, dan kebanyakan—meskipun tidak semua— kesalahan ketik dikoreksi. Beberapa bacaan yang kurang benar ditambahkan ke dalam teks. Dalam edisi ini teks Jerome Vulgata digantikan oleh Erasmus dengan terjemahannya sendiri yang lebih elegan. Terjemahan Latin ini memiliki penerimaan yang baik. Setelah edisi ini, Erasmus terlibat dalam berbagai polemik dan kontroversi. Yang terutama menjadi keberatan adalah anotasi dari Universitas Cambridge dan Oxford.

López de Zuniga, yang dikenal sebagai Stunica, salah satu editor dari Ximenes Complutensian Polyglot, mencela Erasmus bahwa teks tidak memiliki bagian dari 1 Yohanes 5:7-8 (Comma Johanneum). Erasmus menjawab bahwa ia tidak menemukannya dalam naskah Yunani. Stunica menjawab bahwa naskah Latin lebih dapat diandalkan dibandingkan Yunani. Pada tahun 1520 Edward Lee menuduh Erasmus mendorong Arianisme. Erasmus menjawab bahwa ia tidak menemukan naskah Yunani apapun yang berisi kata-kata ini, ia menyatakan bahwa ini adalah kasus bukan karena kelalaian, tetapi hanya tanpa-penambahan. Dia menunjukkan bahwa bahkan beberapa naskah Latin tidak mengandung kata-kata ini.

Serangan lain dilancarkan pada tahun 1521 oleh Paulus Bombasius, prefek dari Perpustakaan Vatikan, karena dalam teks Yunani Erasmus berangkat dari kesamaan pembacaan Vulgata. Ia memberitahukan Erasmus bahwa di Perpustakaan Vatikan terdapat salinan kitab suci sangat kuno (yaitu Codex Vaticanus). Dia mengirim dua ekstrak dari naskah ini yang berisi  dan  (tidak memuat Comma).

Edisi kedua menjadi dasar bagi terjemahan ke dalam bahasa Jerman oleh Luther.