Jabarkan Reformasi (1998–sekarang) dari Kebebasan beragama di Indonesia

Suasana kebebasan pada Orde Reformasi dimanfaatkan orang atau golongan untuk kepentingan dan menurut tafsiran masing-masing. Semenjak Orde Baru berakhir, era kebebasan di Indonesia meluas, demikian pula dengan militansi agama. Pemerintah dinilai tidak menanggapi dengan tegas saat terjadi intoleransi keagamaan, seperti kekerasan, intimidasi, dan sebagainya. Bahkan, peristiwa pengeboman semakin marak semenjak Orde Baru berakhir. Temuan peneliti LIPI menyebutkan penyebaran paham radikal meningkat di kalangan anak muda setelah reformasi.

Ketua Dewan Syura Ikatan Jamaah Ahlul Bait Indonesia (IJABI), Jalaluddin Rakhmat, mengatakan bahwa intoleransi keberagamaan disebabkan oleh keinginan kelompok mayoritas untuk dominan. Ia berkesimpulan bahwa paham Islam dan Kristen yang dominan selalu cenderung tidak toleran. Jalaluddin Rakhmat juga menyebutkan survei bahwa wilayah Indonesia bagian timur seperti Papua dan Maluku adalah yang paling toleran sementara Jawa Barat yang paling tidak toleran. Sebagaimana laporan Komnas HAM dalam Kongres Kebebasan Beragama (2016), Jawa Barat tetap menjadi lokasi tertinggi terjadinya pelanggaran kebebasan beragama.

Menurut survei Pew Research Center (2010), Indonesia merupakan salah satu dari empat negara yang tingkat penghambatan dan kekerasan terhadap praktik keagamaannya sangat tinggi. Survei yang sama menyebutkan bahwa Indonesia berada di peringkat ke-5 dari 11 negara yang memiliki kekerasan sosial keagamaan tertinggi.

Semenjak tahun 2014, berbagai gerakan masyarakat mulai aktif untuk menolak masuknya paham radikalisme yang dituduhkan kepada HTI, PKS, dan Wahabi. Pada tahun 2016, mahasiswa Institut Seni Indonesia Yogyakarta menolak gerakan khilafah di kampus mereka. Langkah pertama yang dilakukan oleh Pemerintah Indonesia dalam menangkal gerakan radikal yang dapat mengancam keutuhan Negara Indonesia adalah pembubaran Hizbut Tahrir Indonesia pada bulan Juli 2017.