Jabarkan Program dari Universitas Islam Sultan Sharif Ali

Sarjana Ushuluddin (Tafsir & Hadis) (Bahasa Arab)

Sarjana Ushuluddin (Akidah & Dakwah) (Bahasa Arab)

Sarjana Shariah (Fiqh & Undang-undang) (Bahasa Arab)

Sarjana Shariah (Fiqh & Ushul) (Bahasa Arab)

Sarjana Hukum (LLB) dan Sarjana Syari'ah (BSL)- double degree (Bahasa Inggris)

Sarjana Bahasa Arab (Bahasa Arab)

Sarjana Sejarah dan Peradaban Islam (Bahasa Arab)

Sarjana Keuangan Islam (Bahasa Inggris)

Sarjana Manajemen Bisnis (Bahasa Inggris)

Magister Sejarah dan Peradaban Islam

Magister Perbankan dan Keuangan Islam

Doktoral Sejarah dan Peradaban Islam

Terdapat 4 Fakultas di Universitas ini:

Fakultas Bahasa Arab dan Peradaban Islam

Fakultas Ekonomi dan Keuangan Islam

Pusat Promosi Ilmu Pengetahuan dan Pembelajaran Bahasa

Pusat Hubungan Masyarakat dan Internasional

Pengiran Dato Seri Setia Dr Haji Mohammad Bin Pengiran Haji Abd. Rahman (2007-2009)

Dr Haji Md Yusop Bin Haji Awang Damit (2009-2010)

Dr Haji Serbini Bin Haji Matahir (2010-2013)

Dr Haji Norarfan Bin Haji Zainal (2014-sekarang)

Dr Haji Md Yusop Bin Haji Awang Damit (2007-2009)

Pengiran Anak Dr Haji Amiruddin Alam Shah Bin Pengiran Anak Haji Ismail (2010-2014)

Dr Haji Awang Mohammed Hussain Bin Pehin Penyurat Haji Awang Ahmad (2014-sekarang)

Dr Hajah Masnon Binti Haji Ibrahim (2007-2009)

Pengiran Anak Dr Haji Amiruddin Alam Shah Bin Pengiran Anak Haji Ismail (2009-2010)

Dr Arman Bin Haji Asmad (2014-sekarang)