Jabarkan Latar dan cerita dari Pokémon Omega Ruby dan Alpha Sapphire

Pengaturan dan cerita dalam Omega Ruby dan Alpha Sapphire sebagian besar sama dengan permainan Ruby dan Sapphire asli. Permainan dimulai ketika pemain terlihat sedang naik di bagian belakang truk yang sedang bergerak. Karakter pemain, antara Brendan (jika yang dipilih laki-laki) atau May (jika yang dipilih perempuan), mulai pindah ke daerah Hoenn dari daerah Johto bersama ibunya, karena ayah mereka, Norman, telah diangkat sebagai pemimpin Gym Kota Petalburg. Pemain tiba bersama orang tuanya di rumah baru keluarga mereka di desa Littleroot Town, di tepi selatan pulau utama. Karakter pemain memulai perjalanan sebagai Pelatih Pokémon dengan menyelamatkan Professor Birch, ilmuwan terkemuka di daerah Hoenn, dari Pokémon liar. Pemain memilih salah satu dari tiga Pokémon awal yaitu Treecko, Torchic, atau Mudkip untuk melindungi profesor tersebut. Setelah mengalahkan Pokémon liar, pemain mendapatkan Pokémon yang dipilih sebagai Pokémon awal mereka. Pemain kemudian melakukan perjalanan di sekitar Hoenn untuk melengkapi Pokédex dan melawan delapan Pemimpin Gym Liga Pokémon Hoenn.

Dalam perjalanan tersebut, karakter pemain bertemu dengan sindikat kriminal Team Magma dalam Omega Ruby atau Team Aqua dalam Alpha Sapphire yang ingin menggunakan kekuatan Pokémon legendaris, Primal Groudon dalam Omega Ruby dan Primal Kyogre dalam Alpha Sapphire, untuk mengubah dunia sesuai keinginan mereka. Team Magma ingin menggunakan Groudon untuk mengeringkan lautan dan memperluas daratan, sehingga memungkinkan umat manusia untuk maju lebih jauh. Sementara itu, Team Aqua ingin memanggil Kyogre untuk membanjiri daratan dan mengembalikan dunia ke keadaan prasejarah, yang akan memungkinkan Pokémon hidup dengan lebih bebas. Namun, berbeda dengan permainan asli, tergantung pada versi permainan, Archie dan Maxie benar-benar menggunakan orbe yang tepat, yang menyebabkan mereka mengalami Primal Reversions. Dengan bantuan Juara Liga Hoenn, Steven Stone, dan Pemimpin Gym Wallace, pemain mengalahkan tim mereka masing-masing dan kemudian menangkap atau mengalahkan Pokémon legendaris untuk mencegah kekeringan global/banjir besar dan memastikan reformasi tim tersebut. Pemain kemudian melanjutkan ke Liga Pokémon, menantang dan mengalahkan Elite Four dan kemudian sang juara, Steven, untuk menjadi Juara Liga Pokémon Hoenn yang baru. Pemain juga memiliki opsi untuk berpartisipasi dalam berbagai Kontes Pokémon di seluruh Hoenn, menggunakan Pokémon mereka untuk tampil di depan penonton dan juri. Selain dari pola tersebut, terdapat 21 Evolusi Mega yang baru yang ditambahkan sejak Pokémon X dan Y, serta primal reversions untuk Groudon dan Kyogre, yang berfungsi dengan cara yang sama.

Ada juga misi sampingan baru yang disebut Delta Episode dalam Omega Ruby dan Alpha Sapphire. Pemain harus bekerja sama dengan karakter baru, Zinnia, serta Steven Stone dan Professor Cozmo, untuk mencari cara untuk menghentikan meteor yang akan menabrak planet. Ini juga melibatkan upaya penangkapan Pokémon legendaris Rayquaza untuk menghentikan meteor yang membawa Pokémon mitos Deoxys.