Jabarkan PT Pindad (Industri Senjata/Pertahanan) dari Pengelolaan Industri Strategis Indonesia

PT Dahana (Industri Bahan Peledak)

PT Krakatau Steel (Industri Baja)

PT Barata Indonesia (Industri Alat Berat)

PT Boma Bisma Indra (Industri Permesinan/Diesel)

PT Industri Kereta Api (Industri Kereta Api)

PT Industri Telekomunikasi Indonesia (Industri Telekomunikasi)

PT LEN Industri (Industri Elektronika dan Komponen)

Kemudian diterbitkan Keputusan Presiden RI Nomor 40 Tahun 1999 tentang Dewan Pembina Industri Strategis (DPIS) pada tanggal 17 Mei 1999. Susunan anggota DPIS ditambahkan Komut PT Pakarya Industri (Persero), Dirut PT Pakarya Industri (Persero) & Ketua KADIN. Keppres no. 40 tahun 1999 hingga saat ini belum dicabut, sehingga dengan demikian DPIS masih ada hanya hingga saat ini belum pernah melakukan rapat dan pertemuan, bahkan sekretariat DPIS yang seharusnya berada dikantor Menneg Ristek/BPPT belum pernah dibuat.

Konsep pengembangan industri unggulan dengan sasaran Pusat Unggulan Industri Maritim dan Industri Dirgantara menjadi terhenti sejak reformasi berjalan pada tahun 1998, yang kemudian diikuti pembubaran BPIS LPND. Walaupun kemudian mencoba bangkit kembali dengan pendirian PT Pakarya Industri/PT BPIS Persero, tidak banyak lagi program pengembangan teknologi menuju kemandirian hankam dilakukan, karena dalam waktu yang cukup pendek (1998-2002) PT BPIS lebih banyak berkonsentrasi pada pembenahan masalah keuangan dan pendanaan yang dihadapi BUMN Industri Strategis.

Dengan dikeluarkannya Peraturan Pemerintah No 52 Tahun 2002  pada tanggal 23 September 2002, maka PT Bahana Pakarya Industri Strategis (BPIS) Persero, secara resmi dibubarkan. Sejak dikembalikannya pembinaan BUMN Industri Strategis dari BPIS ke Kementrian Negara BUMN pada tahun 2002, maka pembinaanya menjadi wewenang Deputi Pertambangan, Industri Strategis, Energi dan Telekomunikasi (PISAT) dan Mentri Negara BUMN. Kementrian negara BUMN didirikan berdasarkan UU no 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan UU no. 19 tentang BUMN yang kemudian ditindaklanjuti dengan PP No 41 tahun 2003, PP No 35 tahun 2005, PP No 43, No.44, No. 45 tahun 2005.