Jabarkan Elizabeth I dari Martir Katolik Irlandia

Hubungan membaik setelah naik takhtanya Ratu Katolik Mary I pada tahun 1553-58, dan pada tahun-tahun awal pemerintahan adiknya, Ratu Elizabeth I. Setelah wafatnya Mary I pada bulan November 1558, Parlemen Elizabeth mengesahkan Akta Supremasi 1559, yang menetapkan kembali pemisahan Gereja Inggris dari Gereja Katolik. Awalnya, Elizabeth memberlakukan kebijakan agama yang moderat. Akta Supremasi dan Keseragaman (1559), Buku Doa 1559, dan Tiga Puluh Sembilan Artikel (1563), semuanya adalah doktrin Protestan, tetapi mempertahankan banyak adat istiadat tradisional Katolik.

Pada tahun 1563, Pangeran Essex mengeluarkan sebuah pengumuman, di mana semua imam, sekular maupun regular, dilarang memimpin ibadah, atau bahkan tinggal di Dublin. Denda dan hukuman ditegakkan secara ketat apabila tidak hadir dalam ibadah Protestan; tidak lama kemudian diberlakukan penyiksaan dan hukuman mati. Para imam dan kaum religius merupakan para korban pertama. Mereka diburu hingga ke gunung-gunung dan gua-gua, juga ke gereja-gereja paroki dan beberapa kapel biara yang sebelumnya lolos dari ketamakan Henry VIII.

Selama tahun-tahun awal pemerintahannya, tidak ada tekanan besar terhadap umat Katolik untuk menyesuaikan diri dengan "Gereja yang Didirikan" dari rezim baru, tapi situasi berubah dengan cepat sejak sekitar tahun 1570 dan seterusnya, terutama sebagai akibat dari bulla kepausan Regnans in Excelsis dari Paus Pius V yang "membebaskan rakyat [Elizabeth I] dari kesetiaan mereka kepadanya".

Di Irlandia, Pemberontakan Desmond Pertama terjadi pada tahun 1569, hampir bersamaan dengan Pemberontakan Utara di Inggris. Para Martir Wexford dinyatakan bersalah melakukan pengkhianatan karena membantu pelarian James Eustace, Viscount Baltinglass ke-3, menolak untuk mengikrarkan Sumpah Supremasi, dan menolak untuk menyatakan Elizabeth I dari Inggris sebagai kepala Gereja.