Jabarkan Alur dari Habibie & Ainun 3

Film ini dibuka dengan kenangan produser Manoj Punjabi terhadap B. J. Habibie yang meninggal pada 11 September 2019.

Pada 22 Mei 2011, Habibie (Reza Rahadian) pergi ke kuburan Ainun untuk mengenang setahun kematian istrinya. Setelah berziarah, Habibie yang masih berduka sedang meratapi kematian istrinya, sementara keluarga Habibie menyiapkan makan malam. Habibie lewat Thareq menginginkan suasana bahagia ketika makan malam. Habibie atas keinginan cucu-cucunya menceritakan "Eyang Putri", panggilan Hasri Ainun Besari.

Habibie kemudian menceritakan perjalanan hidup istrinya. Semasa Habibie bersekolah di Sekolah Menengah Atas Kristen Dago, Habibie pernah menyebut Ainun (Maudy Ayunda) berkulit hitam dan gelap. Pada suatu hari, Ainun bersama kawannya bertanding kasti yang ditonton Habibie dan kawannya. Dalam pertandingan itu, kaki Ainun terluka dan sepatunya sobek. Ainun kembali bertanding dan membalikkan keadaan, sehingga tim Ainun menang. Sementara tim Ainun merayakan kemenangan, Ainun justru mendapati Habibie tidak berada di sana. Ketika Ainun pulang, ia memeriksa kotak surat dan tidak kunjung mendapati surat dari Universitas Indonesia; Ainun berencana mendaftar di Fakultas Kedokteran. Ia tidak sengaja melihat suratnya berada di tangan abangnya selama beberapa hari, sehingga ketika ia langsung merampasnya saat itu juga, ia kaget karena dinyatakan diterima. Malam harinya, Ainun pergi ke pesta tarian dan berjumpa dengan Habibie. Habibie menyebut dirinya lulus di RWTH Aachen serta dibiayai ibunya, sembari menyebut beasiswa lebih pantas untuk orang yang lebih membutuhkan.

Dalam kilas balik pada 1944 di Sadeng, Gunungpati, Semarang, Jawa Tengah, ketika keluarga Besari harus mengungsi karena pendudukan Jepang, beberapa penduduk bersembunyi di rumah keluarga Besari dari kejaran tentara Jepang. Ibu Ainun yang merupakan seorang bidan tiba di rumah menyelamatkan diri. Setelah merasa aman, ibu Ainun melanjutkan pekerjaannya dan Ainun menyatakan keinginannya untuk pergi bersama ibunya, yang disetujui walau awalnya ditolak. Mereka berdua pergi secara sembunyi-sembunyi ketika hujan deras dan petir menyambar. Namun, keberadaan mereka hampir diketahui tentara Jepang yang melintasi kawasan itu, yang akhirnya tentara Jepang teralihkan oleh sesuatu yang lain. Mereka berhasil mencapai rumah orang yang hamil dan proses persalinan berlangsung lancar. Beberapa tahun kemudian, setelah Indonesia merdeka, keluarga Besari menempati rumah yang lebih besar dan layak.

Ketika menjadi mahasiswi baru di Universitas Indonesia, Ainun sempat mendapat perlakuan kekerasan ketika mengikuti ospek, serta mendapat perlakuan tidak menyenangkan dari dua kakak kelas, yaitu Agus (Arya Saloka) dan kawannya, ketika pertama kali mengikuti perkuliahan. Namun, perkuliahan Ainun berlangsung dengan lancar dan Ainun berhasil menjadi sosok yang dikagumi banyak mahasiswa di fakultasnya dan lainnya, termasuk Ahmad dari Fakultas Hukum. Ketika Ahmad menjumpai Ainun yang sedang melakukan praktik di rumah sakit, Ahmad sempat menyebut Ainun menjadi sorotan banyak mahasiswa fakultas Ahmad, tetapi Ainun memilih mengabaikannya. Ainun risi, kemudian Ahmad berhadapan dengan kawannya Soelarto (Kevin Ardilova) dalam peraduan judo yang tidak disenangi Ainun, yang kemudian batal dilanjutkan karena dibubarkan kawannya (Aghniny Haque)

Ketika Ainun sedang menjalani kuliah kerja praktik di perumahan kumuh, Ainun mendapati seorang ibu miskin yang kesusahan membeli obat untuk mengobati ketiga anaknya yang sakit-sakitan. Ketika ia berangkat ke rumah sakit untuk mendapatkan obat-obatan, ia dicegat dua orang bermasalah. Dua orang itu mencoba merogol Ainun sembari mengambil tas, tetapi Ahmad berhasil melumpuhkan keduanya. Polisi kemudian mengamankan mereka. Ainun terus melakukan pengabdian kepada masyarakat dan mendapatkan sambutan yang baik di sana.

Beberapa hari kemudian, dosen Belanda yang pernah mengusir Agus dan kawannya yang mengganggu Ainun diusir ke Belanda dengan alasan mahasiswa perlu diajarkan dosen bangsa lainnya. Pengumuman itu menuai kekecewaan dari kalangan mahasiswa. Ainun dan Ahmad memilih berlibur ke pantai. Karena hujan, Ainun dan Ahmad pulang ke rumahnya. Ainun terkejut dengan kehadiran Husodo yang ternyata adalah ayah Ahmad. Ainun berbicara sebentar, lalu pulang ke kos bersama Ahmad yang mengantar. Ahmad mengantar Ainun hingga ke pintu kamar, lalu mengajaknya ke luar rumah dan Ainun terkejut dengan 3 pemain biola. Ahmad langsung melamarnya, yang ditanggapi kawan kosnya yang keluar dari pengintipan mereka. Ahmad mengajak Ainun bermain di pasar malam. Semua orang terkejut dengan ledakan di kincir ria. Seorang anak terpelanting ke luar, sementara ayahnya terluka di kursi. Ainun langsung cepat memberikan pertolongan pertama dan kemudian membawa anak dan ayahnya ke rumah sakit. Dokter menyebut anak itu tidak bisa diselamatkan karena pneumotoraks dan ibunya menyebut Ainun sebagai pembunuh. Husodo menenangkan Ainun dengan menyebut manusia tidak kuasa menolak takdir Tuhan.

Keesokan harinya, Ainun pulang ke Bandung. Kedua temannya ketika mengunjungi kos Ainun, mendapati Ainun tidak ada di tempat karena pulang kampung. Ayahnya menenangkan Ainun. Ketika Ainun kembali dan ikut serta dalam pesta tarian, Ainun, Ahmad, dan Agus berbalas pantun. Ketika Agus mulai mengucapkan pantun yang merendahkan Ainun, Ahmad tidak terima dan mereka berkelahi, yang kemudian Agus berhasil dilumpuhkan Ahmad. Ahmad meminta maaf kepada Ainun, tetapi ia menyatakan akan meninggalkan Indonesia karena tidak kuasa dengan pengalaman buruk yang diterimanya dan Ainun. Ketika Ainun sedang pergi ke perpustakaan rumah sakit, Husodo menemuinya serta menyebut Ainun dan anaknya dapat menyelesaikan masalah yang dihadapi. Pada 1961, Husodo mengumumkan Ainun sebagai lulusan terbaik, sehingga Agus tidak terima dalam hati. Ainun membawakan pidato mengenai emansipasi wanita, yang kemudian mendapat tepuk tangan berdiri yang meriah, termasuk Agus yang mengisyaratkan kekalahannya. Suatu hari, Habibie yang sudah menyelesaikan pendidikannya mencium Ainun, menyiratkan Ainun kini berpacaran dengan Habibie.

Film ini ditutup dengan kutipan Habibie dan potongan salah satu episode Mata Najwa yang dibintangi Habibie sendiri.