Coba jelasin Alur dari The Wolverine (film) dong

Pada tahun 1945, Logan ditahan dalam kamp POW di dekat Nagasaki. Saat bom atom Nagasaki, Logan menyelamatkan seorang perwira bernama Ichirō Yashida dan melindungi dia dari ledakan.

Pada hari ini, Logan hidup sebagai pertapa di Yukon, tersiksa oleh halusinasi dari Jean Grey, yang terpaksa ia bunuh (X-Men: The Last Stand). Ia ditemukan oleh Yukio, seorang mutan dengan kemampuan untuk meramalkan kematian orang-orang, dibantu oleh Ichirō, sekarang CEO teknologi zaibatsu. Ichirō, yang sekarat karena kanker, ingin Logan untuk menemani Yukio ke Jepang sehingga dia dapat membayar hutang nyawanya. Di Tokyo, Logan bertemu anak laki-laki Ichirō, Shingen, dan cucunya, Mariko. Di sana, Ichirō menawarkan untuk mentransfer kemampuan penyembuhan Logan ke dalam tubuhnya sendiri, sehingga dapat menyelamatkan hidup Ichirō dan mengurangi kemampuan hidup abadi yang nyaris sempurna milik Logan, dimana Logan melihat kemampuannya itu sebagai kutukan. Logan menolak dan bersiap untuk pergi pada hari berikutnya. Malam itu, dokter Ichirō yaitu Dr. Green (dikenal juga sebagai Viper) memasukkan sesuatu ke dalam tubuh Logan, Logan menganggapnya sebagai mimpi.

Pada pagi hari berikutnya, Logan mendapat informasi bahwa Ichirō telah meninggal. Di pemakaman, gangster Yakuza berupaya untuk menculik Mariko, tapi Logan dan Mariko melarikan diri bersama-sama ke pinggiran kota Tokyo. Logan ditembak dan luka-lukanya tidak sembuh dengan cepat sebagaimana mestinya. Setelah melawan beberapa Yakuza pada kereta peluru, Logan dan Mariko bersembunyi di sebuah hotel cinta. Sementara itu, pengawal Ichirō Harada bertemu dengan Dr. Green yang setelah menunjukkan kekuatan mutannya kepada Harada, meminta Harada menemukan Logan dan Mariko. Logan dan Mariko melakukan perjalanan ke rumah Ichirō di Nagasaki, dan mereka berdua perlahan-lahan jatuh cinta. Sementara itu, Yukio yang memiliki gambaran akan sekaratnya Logan nantinya, dan memperingatkan Logan. Sebelum Yukio tiba, Mariko ditangkap oleh Yakuza. Setelah menginterogasi salah satu dari penculik, Logan dan Yukio menghadapi tunangan Mariko, seorang Menteri Kehakiman yang korup Noburo Mori. Mori mengaku bahwa ia telah bersekongkol dengan Shingen untuk membunuh Mariko karena Ichirō meninggalkan kontrol perusahaan kepada Mariko, dan tidak kepada Shingen.

Mariko dibawa ke hadapan Shingen di kediaman Ichirō real ketika ninja yang dipimpin oleh Harada menyerang dan memaksanya. Logan dan Yukio tiba kemudian, menggunakan mesin X-ray milik Ichirō, mereka menemukan sebuah robot parasit yang melekat pada jantung Logan, robot parasit tersebut mengurangi kemampuan penyembuhan Logan. Logan mengoperasi dirinya sendiri dan mengambil perangkat tersebut. Selama operasi, Shingen menyerang tapi Yukio menahan Shingen cukup lama untuk Logan memulihkan diri dan membunuh Shingen. Logan mengikuti jejak Mariko ke desa kelahiran Ichirō, di mana ia ditangkap oleh ninja anak buah Harada. Logan ditempatkan ke dalam mesin oleh Dr. Green, yang mengungkapkan rencananya untuk mengambil faktor penyembuhan Logan dan memperkenalkan Logan ke Silver Samurai, sebuah baju perang Jepang yang elektromekanis dengan energi pedang yang terbuat dari adamantium. Mariko lolos dari Harada, yang percaya bahwa dia bertindak pada kepentingan Mariko, dan berhasil membebaskan Logan dari mesin. Harada menyadari kesalahannya dan dibunuh oleh Silver Samurai ketika membantu Logan melarikan diri.

Sementara itu, Yukio tiba dan membunuh Dr. Green dimana Logan terlibat perkelahian dengan Silver Samurai. Silver Samurai memotong cakar adamantium Logan dan mulai mengambil kemampuan penyembuhan Logan, mengungkapkan bahwa dirinya adalah Ichirō, yang telah memalsukan kematiannya. Ichirō mulai mendapatkan kembali masa mudanya, namun Mariko mencegahnya dan menusuk Ichirō dengan potongan cakar Logan ketika Logan meregenerasi tulang cakarnya dan membunuh Ichirō. Logan terjatuh dan memiliki satu halusinasi terakhir tentang Jean, di mana ia akhirnya memutuskan untuk melepaskan Jean. Mariko menjadi CEO dari Yashida Industries dan menawarkan perpisahan untuk Logan saat ia bersiap untuk meninggalkan Jepang. Yukio bersumpah untuk selalu di sisi Logan sisi sebagai pengawalnya, dan mereka berangkat ke tempat-tempat yang tidak diketahui.

Dalam sebuah adegan di pertengahan kredit, Logan kembali ke Amerika Serikat dua tahun kemudian dan didekati oleh Erik Lehnsherr di bandara, yang memperingatkan dia dari ancaman kuburan baru bagi ras mutan, dan Charles Xavier, yang sebelumnya dianggap Logan sudah mati.