Jabarkan Wafat dari Musthafa Husein al-Mandili

Pada malam rabu 5 November 1955, Syekh Musthafa Husein terkena serangan penyakit, saat itu usianya mencapai 70 tahun, hingga kemudian dibawa ke Padangsidimpuan untuk dirujuk ke rumah sakit. Di Padangsidimpuan, sebelum dibawa ke rumah sakit, beliau dibawa ke rumah menantunya, yakni Syekh Ja’far Abdul Wahhab yang dikenal sebagai "Ayah Mesir", dalam pengawasan dokter, darah tinggi dan diabetes adalah yang menjadi penyakitnya selama sekitar 1 (satu) minggu

Ulama bersahaja tersebut menghembuskan napas yang terakhir pada hari Rabu 16 November 1955 / 1 Rabiulawal 1375 H, Pukul 16:15 WIB, di Padangsidimpuan. Jenazahnya dibawa kembali ke Purba Baru pada hari kamis esoknya, dengan iringan yang cukup ramai disertai sambutan penuh haru dan rasa pilu yang mendalam. Desa Purba Baru penuh sesak oleh ribuan orang pelayat yang datang dari berbagai daerah sebagai tanda turut berduka dan untuk memberikan penghormatan terakhir. Sepeninggal Syekh Musthafa, Pondok Pesantren Musthafawiyah, Purba Baru dikelola dan dipimpin oleh putra tertuanya, Haji Abdullah Musthafa Nasution.

Sejak mendirikan Madrasah Musthafawiyah sampai wafatnya Syekh Musthafa Husein, kepemimpinan pesantren tetap berada di tangannya. Pada periode tersebut Syekh Musthafa Husein memegang kepemimpinan tunggal (single leader). Ia hanya dibantu oleh seorang sekretaris dan bendahara dalam mengoperasikan pesantren, dan pada akhir jabatannya, ia mewariskan 9 ruang belajar dan 450 orang santri.