Jabarkan Sekretariat Direktorat Jenderal dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam

Direktorat Pembinaan Pendidikan Agama Islam pada Sekolah Umum Negeri

Direktorat Pembinaan Perguruan Tinggi Agama Islam

Direktorat Pembinaan Perguruan Agama Islam

Direktorat Pembinaan Badan Peradilan Agama Islam.

Sesuai Keputusan Presiden RI No. 165 Tahun 2000 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen jo Keputusan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2001 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama. Ditjen Kelembagaan Agama Islam terdiri dari: