Jabarkan Peserta dari Piala Negara-Negara Afrika 2017

Undian untuk tahap kualifikasi berlangsung pada 8 April 2015, segera setelah pengumuman negara tuan rumah. Tim tuan rumah juga dimasukkan ke dalam sebuah grup dan akan bermain melawan mereka yang ada di grup itu; namun, pertandingan yang melibatkan Gabon hanya akan dianggap sebagai pertandingan persahabatan dan tidak dihitung untuk klasemen. 51 negara memasuki tahap kualifikasi, di mana  dan  menolak untuk masuk, sementara  mengundurkan diri.

Karena pembatalan Maroko menjadi tuan rumah edisi 2015, tim nasional  pada awalnya dilarang oleh CAF untuk memasuki kualifikasi Piala Afrika 2017 dan 2019. Namun, larangan itu dibatalkan oleh Pengadilan Arbitrase untuk Olahraga, yang memungkinkan Maroko untuk memasuki turnamen. Hasil yang mengejutkan antara lain kegagalan  untuk lolos dari kualifikasi.