Jabarkan Iman Katolik dari Suku Ambon

Bangsa Portugis membawa Kekristenan kepada suku Ambon untuk pertama kalinya dalam bentuk Katolik Roma. Sejarah menunjukkan, negeri-negeri Ambon yang sudah menjadi Islam sebelum kedatangan Portugis menolak iman Kekristenan. Sementara itu, negeri-negeri yang menjadi Kristen, termasuk yang meminta untuk dibaptis, merupakan negeri-negeri penyembah roh leluhur yang sudah dipengaruhi oleh agama Hindu dan memang sejak awal menolak Islam. Salah satu titik sejarah yang menjadi penyebab banyak negeri Ambon penyembah roh leluhur meminta dibaptis adalah kemenangan besar Portugis atas kekuatan Muslim setempat pada 1538. Mereka menganggap kemenangan besar Farangis yang jumlahnya lebih kecil atas Muslim yang berkekuatan senjata sama, tetapi lebih besar sebagai bukti bahwa Tuhan orang Kristen luar biasa. Banyak dari mereka juga yang menafsirkannya dengan cara yang berbeda, yakni para Farangis mempunyai kekuatan gaib yang menurut apa yang mereka saksikan, diperoleh dari roti suci dan anggur yang diberikan oleh para imam. Tafsiran mereka diperkuat oleh para Farangis yang menyatakan bahwa mereka sedang memakan tubuh dan meminum darah Kristus yang akan memberikan kekuatan, suatu hal yang tak asing bagi suku Ambon yang kala itu masih meminum darah dan memakan otak musuh mereka juga untuk memperoleh kekuatan. Salah satu penggerak utama penginjilan pada masa ini adalah Yesuit. Mereka pun mendirikan sekolah yang secara tidak langsung juga memperkenalkan pendidikan resmi kepada suku Ambon. Hingga 1545, sudah ada 37 negeri Ambon Kristen di Ambon-Lease.

Mereka yang memeluk iman baru ini berharap akan mendapatkan kekuatan dalam menghadapi musuh mereka serta membaurkan iman baru mereka dengan kepercayaan asli mereka. Di setiap negeri Kristen, didirikanlah salib besar dari kayu tempat orang-orang Ambon bernyanyi lagu pujian dan berdoa kepada Tuhan baru mereka beserta leluhurnya tiap malam. Mereka menganggap Tuhan Kristen sebagai sumber kekuatan tambahan, sama seperti dewa-dewi Hindu yang mereka sembah sebelumnya. Seperti pada zaman Islam, pergantian agama suatu negeri menjadi Kristen juga diawali oleh pembaptisan para raja (kepala negeri). Para raja pun segera mendapatkan kekuatan politik, ditndai dengan penambahan gelar Dom dan pemberian nama baru Portugis. Semua orang Ambon yang dibaptis secara alami mendapatkan kewarganegaraan Portugis, begitu juga para budak yang dimerdekakan setelah menjadi Kristen, dikenal dengan sebutan orang Mardika atau orang yang merdeka dalam bahasa Ambon.

Permasalahan yang timbul antara Ternate, penguasa sejati Ambon-Lease, dan Portugis menyebabkan pecahnya kerusuhan Islam-Kristen yang bermula di Maluku Utara. Pada 1558, Ternate di bawah Kaicili (Pangeran) Leliato berlayar ke Maluku Tengah dan memaksa masyarakat pribumi Kristen untuk memeluk Islam, tanpa terkecuali suku Ambon yang sudah memeluk agama Kristen. Beberapa negeri Ambon seperti Nusaniwe, Urimessing, dan Halong mengikuti perintah Leliato—ketiganya kembali memeluk Kristen beberapa tahun kemudian—, sementara negeri lainnya, khususnya Kilang dan Hative, menjadi benteng pertahanan Kristen terakhir sebelum akhirnya dibantu kapal perang Portugis yang tiba pada 1561. Hal inilah yang menyebabkan Ambon-Lease dimekarkan menjadi kekaptenannya sendiri pada 1562, meski masih di bawah pengaruh Ternate. Sejak kedatangan kapal perang Portugis untuk membantu Kilang dan Hative, misi Katolik terhadap negeri-negeri Ambon berkembang cepat dan mulai meluas di Kepulauan Lease. Oma di Haruku, Ullath di Saparua, dan Titawaai di Nusalaut secara berurutan menjadi Kristen pada 1561, 1564, dan 1563. Pembunuhan Gubenur Ambon pertama yang diracuni oleh Ternate membangkitkan keberanian Muslim Ambon untuk menghancurkan negeri-negeri Kristen seperti Baguala di Ambon dan Ullath di Saparua. Serangan Muslim kembali dikalahkan dengan bantuan Portugis yang tiba pada 1569, sekaligus menyebabkan sejumlah negeri, yaitu sebagian Sirisori, Tuhaha, dan Ihamahu di Saparua serta Hutumuri di Ambon memeluk agama Kristen. Pertikaian Islam-Kristen Ambon yang dilatarbelakangi oleh dendam Ternate kembali lagi muncul pada 1570. Selain kembali menyerang Ullath, Ternate juga menyerang Hulaliu di Haruku.