Jabarkan Kitab-kitab yang dipelajari dari Dar-al Musthafa

Al Aqidah (karangan Imam Haddad)

Metode pengajaran adalah sistem halaqah.

Setelah pelajar meyelesaikan kitab kitab diatas, pelajar diberi pilihan untuk masuk jurusan (takhasus), penjurusannya sebagai berikut:

Dar Al Musthafa juga mengadakan pesantren kilat (dauroh) pada masa liburan musim panas untuk para mahasiswa-mahasiswa, pegawai dan guru-guru selama 40 hari, dan juga mengadakan pesantren kilat untuk para kiai selama tiga bulan.

Para Murid yang belajar di Dar-al Musthafa, selain belajar ilmu dzahir, Al Habib Umar juga memberikan amanat untuk memperhatikan keilmuan batiniah, diantaranya meneladani akhlaq Nabi Muhammad SAW, Ahlul Bait, dan para sahabat beserta salafunassalih.

Al Habib Umar juga menekankan kepada para murid agar selalu membersihkan hati dan jiwa serta sifat-sifat tercela seperti sombong, iri, dengki, hasut, riya', dan juga penyakit-penyakit hati lainnya. Para murid juga dituntut untuk saling menghormati dan menghargai antar sesama saudara muslim, terutama kepada yang lebih tua.