Jabarkan Perang sipil dari Syarif Saif al-Alam

Ketika Alauddin Jauhar ul-Alam Syah kembali ke Aceh pada tahun 1816 dan mulai menggalang kekuatan melawan Syarif Saiful Alam Syah. Perseteruan bersenjata kembali terjadi namun kedua belah pihak tak pernah cukup memiliki kekuatan untuk menjatuhkan lawannya. Para uleebalang juga kini tidak lagi memberikan dukungan sepenuhnya buat Syarif Saiful Alam sebagaimana yang diikrarkan sebelumnya. Karena hal itu maka sultan yang merasa tidak terlalu aman di istana memilih pindah ke tempat kediamannya ditepi pantai.

Menurut sumber yang bisa dipercaya, sultan mengandalkan dukungan ayahnya secara finansial. 200 orang prajurit bayaran direkrut di Penang untuk mendukung sultan. Tetapi Inggris tidak pernah tertarik melibatkan diri secara langsung. Pada tahun 1816 Sayyid Husen ditangkap oleh penguasa kolonial Inggris dengan tuduhan terlibat dalam aksi pembajakan. Hal ini disebabkan oleh adanya penyerangan terhadap kapal-kapal dagang Inggris oleh pendukung Saiful Alam Syah di wilayah yang mendukung Alauddin Jauhar ul-Alam Syah. Namun tidak berselang lama ia dibebaskan.

Sementara itu ketika Perang Napoleon di Eropa usai. Inggris menjadi tertarik untuk mencari solusi di Aceh yang diharapkan akan mendukung kepentingan perdagangan lada. Sebuah misi di bawah John Coombs mengunjungi Aceh pada tahun 1818 dan menjumpai Syarif Saiful Alam yang mengajukan klaim bahwa dirinya adalah pihak yang memegang hak penuh untuk takhta sultan Aceh. Coombs melakukan sebuah perjanjian dengannya yang oleh sultan disahkan dengan penuh semangat. Tahun berikutnya misi lain diberangkatkan bawah pimpinan Coombs yang bergabung dengan Thomas Stamford Raffles yang sedang dalam perjalanannya Raffles mendirikan koloni baru di Singapura pada bulan Februari. Misi ini tiba ke Aceh pada bulan Maret, tetapi Raffles mengambil posisi lain dari Coombs tahun lalu. Klaim takhta sultan dianggap tidak sah dan Alauddin Jauhar ul-Alam Syah menjadi alternatif pemilik sah takhta sultan. Inggris sekarang mengikat perjanjian dengan Alauddin Jauhar ul-Alam Syah pada bulan April 1819. Sayyid Husen yang telah kehilangan uang dalam jumlah besar pada petualangannya dan putranya di Aceh tidak melihat kesempatan lagi untuk mempertahankan posisinya tanpa didukung oleh Inggris. Akhirnya Sultan meninggalkan Aceh pada awal tahun 1820 dan berlayar menuju Kolkata untuk memohon peninjauan atas kasusnya. Ia tidak mendapatkan dukungan dari pemerintah kolonial dan kembali ke Penang pada bulan Juli tahun 1820. Menetap disana dan melupakan segala ambisi kekuasaannya di Aceh. Namun kepergiaannya itu tidak juga mendatangkan kedamaian di Aceh.