Jabarkan FC Basel dari Fabian Schär

Pada tanggal 4 Juli 2012, diumumkan bahwa Schar telah ditransfer ke FC Basel, sempat membuat cemas pacarnya Barbara Marin. Ia menandatangani kontrak tiga tahun dengan opsi satu tahun. Dia membuat debut di Swiss Super League pada tanggal 29 September 2012 pada hasil imbang 1-1 melawan FC Lausanne-Sport. Dia mencetak gol pertamanya untuk klub barunya di St Jakob -Park selama kemenangan kandang 3-2 melawan Servette. Dari header yang membuat kedudukan 1-1 setelah memanfaatkan tendangan sudut dari Fabian Frei.

Pada akhir musim di Swiss Super League 2012-13 Schar memenangkan gelar Championship  dan Piala Swiss runner up dengan Basel. Pada 2012-13 UEFA Europa League Basel melaju sampai semi- final, dan melawan pemegang gelar UEFA Champions League Chelsea, tetapi tersingkir dalam kekalahan leg kedua dan dengan hasil agregat 2-5.

Musim 2014-15 adalah musim yang sangat sukses untuk Basel dan Schär. Basel memenangkan kejuaraan untuk keenam kalinya berturut-turut musim itu .Di Piala Swiss 2014–15 mereka mencapai final, tetapi untuk musim ketiga berturut-turut, mereka finis sebagai runner-up, kalah 0–3 dari FC Sion di final. Basel memasuki Liga Champions di babak penyisihan grup dan mencapai babak sistem gugur , dengan hasil imbang 1-1 melawan Liverpool cukup untuk membawa mereka lolos. Basel kemudian kalah dari Porto di babak 16 besar .