Jabarkan Perang sipil dari Sultan Alauddin Johan Syah

Dalam huru hara politik yang tidak menentu tersebut hadirlah tokoh Pocut Muhammad, saudara Alauddin Johan Syah. Pocut Muhammad digambarkan sebagai seorang yang keras kepala. Ia tidak terima atas berlangsungnya dualisme tahta kesultanan di ibu kota, di mana Alauddin Ahmad Syah sebagai sultan di keraton dan Jamalul Alam mengaku pula sebagai sultan tandingan yang berkedudukan di Gampong Jawa. Sultan Alauddin Johan Syah memerintahkan Pocut agar tidak menyerang keturunan Nabi, tetapi Pocut tetap berkeras berangkat ke Pidie dan ketika kembali ke ibu kota ia membawa pasukan yang besar guna menghadapi Jamalul Alam. Peristiwa kepahlawanan Pocut Muhammad di tuliskan dalam kisah epik Aceh yang berjudul Hikayat Pocut Muhammad.

Sesampai di ibu kota Pocut Muhammad segera menyerang kedudukan Jamalul Alam diserang di Gampong Jawa. Serangan itu berhasil menghancurkan kekuatan Jamalul Alam, dan beruntung ia masih bisa selamat dengan menyelinap pergi dari Gampong Jawa dalam penyamaran namun beberapa waktu kemudian ia dikabarkan meninggal di Gampong Kandang.

Sultan Alauddin Johan Syah kini resmi mendapatkan pengakuan yang lengkap dari uleebalang sagi. Namun perang sipil yang terlanjur terjadi akibat perebutan suksesi itu membuat kekacauan yang parah dalam bidang ekonomi di seluruh kesultanan. Menurut berbagai laporan disebutkan kekacauan itu berlangsung selama empat bulan atau sepuluh tahun. Konsekuensi ekonomi yang mengerikan sebagaimana disebutkan dalam laporan pedagang Belanda pada bulan April 1736 mengatakan bahwa selama perang sipil itu tidak ada satu pun kapal dari Aceh yang mengunjungi kota pelabuhan penting di Barus.