Jabarkan Perpecahan: 1964–1965 dari Michel Aflaq

Setelah jatuh dengan Komite Militer, dimana seorang anggota, Muhammad Umran berkata kepada Aflaq tentang rencana-rencana rahasia Komite untuk melengserkan kepemimpinan sipil, yang dipimpin oleh Aflaq, dan mengambil alih Partai Ba'ath. Tak lama kemudian, Umran dikirim ke pengasingan sebagai Duta Besar untuk Spanyol karena mendukung faksi Aflaq. Aflaq menanggapi ancaman terhadap kepemimpinannya dengan meletakkan jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal, dan menyerukan Komando Nasional untuk membubarkan Komando Regional. Ia terpaksa menarik permintaannya, saat kebanyakan anggota Partai Ba'ath sepakat untuk menentang pergerakan semacam itu. Bersaing kekuasaan, antara Aflaq dan Komite Militer, terjadi secara terbuka; namun hal tersebut membuat perjuangan Aflaq dikalahkan. Hal tersebut menjadi permulaan dari inisiatif pasukan anti-Aflaq. Untuk melawan ancaman militer, Aflaq meletakkan peratusan dan regulasi partai melawannya. Untuk melawannya, Komite Militer berteman dengan sebuah faksi sipil anti-Aflaq yang menyebut diri mereka sendiri "Regionalis" – kelompok tersebut tidak membubarkan organisasi partai mereka karena diperintah oleh Aflaq pada 1950an.

Pada Maret 1965, Kongres Regional Cabang Regional Suriah mengembangkan kekuasaan dari pusat, Komando Nasional, menjadi Komando Regional. Dari situs, Sekretaris Regional Komando Regional dianggap menjadi kepala negara ex officio Suriah. Sekretaris Regional memiliki kekuasaan untuk melantik Perdana Menteri, kabinet, kepala staf dan para komandan militer papan atas. Aflaq tidak ditempatkan oleh perubahan tersebut, dan pada bulan Mei ia mengadakan Kongres Nasional Kedelapan dalam rangka menjalin hubungan antara para pengikutnya dan orang-orang dari Komite Militer. Namun hal tersebut tak pernah berbuah. Beberapa anggota sipil dari Komando Nasional, seperti Jibran Majdalani dari Lebanon dan Ali Ghannam dari Saudi meyakini bahwa jika ia ikut Komite Militer, maka akan sulit bagi militer untuk mengambil alih Cabang Regional Suriah, dan kemudian Partai Ba'ath—muncul di Irak setelah pelengseran Cabang Regional Irak.

Arena perhatian kereka, Aflaq masih bungkam. Namun, kebungkamannya membuatnya kehilangan jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal – Aflaq digantikan sebagai Sekretaris Jenderal Komando Nasional oleh Munif al-Razzaz, orang Yordania asal Suriah. Namun, kekuasaan antara dua kamp tersebut dirombak ulang saat Amin al-Hafiz mengalahkan kamp Aflaq. Selain itu, para perwira militer al-Hafiz lainnya hanya memiliki pengaruh yang sangat kecil di dalam atau di luar partai. Kekalahan Al-Hafiz berujung pada penarikan aktivitas dalam faksi Aflaq, al-Bitar dan Umran dibawa kembali dari Spanyol untuk membentuk pemerintahan baru.