Jabarkan Kontroversi dari Ma'had Al-Zaytun

Pada tahun 2002, Majelis Ulama Indonesia (MUI) mengadakan penelitian mengenai pesantren ini dan hasilnya menyatakan bahwa ada keterkaitan kepemimpinan dan finansial antara Ma'had Al-Zaytun dengan Negara Islam Indonesia (NII) KW 9.

Menanggapi isu-isu yang kemudian berkembang di masyarakat mengenai keterkaitan Ponpes Al-Zaytun dengan NII pada tahun 2011, Panglima TNI Jenderal Moeldoko yang saat itu menjabat panglima Kodam III/Siliwangi, berinisiatif untuk melakukan komunikasi dari kedua pihak, baik dari Panji Gumilang selaku pengasuh Pesantren Al-Zaytun dan kelompok masyarakat tertentu. Hasilnya, isu bahwa Ponpes Al-Zaytun mendidik siswa atau santri agar menolak Pancasila tidak terbukti. Kata Moeldoko, "Sekarang kita lihat hasilnya, gaya komunikasi yang saya lakukan. Tidak ada kecurigaan lagi. Ini masalahnya komunikasi".

Mantan Kepala Badan Intelijen Negara Hendropriyono membantah jika Ponpes Al-Zaytun disebut sebagai sarang kelompok NII. Ia mengaku sering berkunjung ke pondok pesantren tersebut. Hendopriyono dalam buku Al-Zaytun Sumber Inspirasi Bermasyarakat, Berbangsa, dan Bernegara yang ditulis Drs. Ch. Robin Simanullang, menegaskan: "Al-Zaytun ini mengajarkan toleransi dan perdamaian, mengajarkan Pancasila dan mendidik santrinya supaya menjadi warga negara Republik Indonesia yang baik, sesuai kurikulum Kementerian Pendidikan Nasional dan Kementerian Agama Republik Indonesia. Itu kebenarannya. Tapi oleh orang-orang lain masih dituding NII (Negara Islam Indonesia). Bagaimana mungkin NII mengajarkan Pancasila? Bukankah NII menentang dan mengkafirkan Pancasila dan NKRI?". Pembuktian bahwa ponpes tersebut bukan sarang NII dapat dilihat dari beberapa hal. Salah satunya adalah hasil dari penelitian tim Kementerian Agama, yang menyatakan bahwa ajaran dalam Ponpes tersebut tidak ada yang menyalahi ajaran Islam.

Salah seorang alumni Ponpes Al-Zaytun yang berasal dari Kota Palangka Raya, Provinsi Kalimantan Tengah, merasa keberatan jika lembaga tempatnya menuntut ilmu dituding sebagai sarang Negara Islam Indonesia (NII). Ia mengaku tidak pernah menemukan indikasi mencurigakan seperti penerapan paham-paham radikal dan NII. "...Jangan mentang-mentang salah satu pengurus ponpes bekas anak buah Kartosoewiryo, yang pernah membina pesantren ini, sehingga Al-Zaytun terbawa-bawa dengan gerakan NII," ujarnya.

Sedang pimpinan ponpes, Panji Gumilang menanggapi isu-isu tersebut dengan mengatakan bahwa persoalan NII menurut sejarah Indonesia sudah selesai pada tahun 1962. Terkait dengan persoalan finansial, Panji Gumilang menjelaskan, semuanya didapat dari uang siswa dan usaha ekonomi pesantren. Misalnya, pertanian padi dan perkebunan jati. Selain itu, dia mengatakan bahwa beberapa sahabatnya memberikan bantuan dana.