Jabarkan Bagian II, volume 28-48 dari Daftar volume Naruto

Bagian kedua dari alur cerita Naruto, dikenal sebagai Bagian II, merangkum semua bab-bab berikutnya setelah bab 244, dan dua setengah tahun ditetapkan setelah berakhirnya alur cerita Bagian I. Adaptasi bahasa Inggris dari Bagian II mulai diserialkan pada Shonen Jump Amerika pada tanggal 4 Desember 2007, dan volume pertama dirilis pada tanggal 4 Maret 2008. Untuk mengejar ketinggalan dengan serial Jepang lainnya, Viz Media merilis sebelas volume dari Bagian II antara bulan Februari dan April 2009, setelah itu mulai merilis Naruto setiap tiga bulan.