Coba jelasin Alur dari Supernova 4: Partikel dong

Pada tahun 2003 di Bolivia, Zarah Amala diundang teman-temannya, Paul Daly dan Zachary "Zach" Nolan untuk berpartisipasi dalam "Brad to Borneo", sebuah program konservasi orangutan di Kalimantan yang dibintangi oleh Brad Pitt, namun Zarah menolak mentah-mentah karena keengganannya untuk kembali ke Indonesia, meskipun hal tersebut mungkin akan membantunya mencari jawaban atas pertanyaannya.

Cerita beralih ke masa kecil Zarah sejak ia lahir pada tahun 1976. Zarah tinggal di sebuah rumah kecil dekat kampung Batu Luhur, sebuah kampung yang terletak tidak jauh dari Kota Bogor. Ibu Zarah, Aisyah, yang berasal dari keluarga Arab termasyur di kampung tersebut, menikah dengan kakak tirinya, Firas. Firas sendiri adalah lelaki pribumi yang berpikiran lain dibanding koleganya, karena ia membenci pendidikan terstruktur meskipun ia mengajar sebagai dosen di Institut Pertanian Bogor; Firas bersikeras tidak memberikan pendidikan formal kepada Zarah. Ia adalah ahli ilmu jamur fanatik; ia menganggap fungi adalah organisasi yang paling bertanggung jawab atas seluruh kehidupan. Di lain sisi, Batu Luhur memiliki takhayul atas sebuah bukit berpohon lebat bernama Bukit Jambul. Meski dilarang, Firas sering kali mengunjungi bukit tersebut dan mulai memiliki dunianya sendiri. Ketika kelahiran adik kedua Zarah yang terkena Harlequin ichthyosis yang merenggut nyawanya, warga kampung mulai menyalahkan Firas karena menjadi "sesat" dan mentelantarkan keluarganya. Suatu hari, Firas mengajak Zarah untuk "ujian" dengan melangkahkan kaki ke puncak Bukit Jambul, yang hampa akan kehidupan dan melelahkannya. Setelah memberitahu Zarah tentang Bukit Jambul dan portalnya ke dunia lain, Firas menghilang.

Zarah mengumpulkan jurnal-jurnal ayahnya dan mengetahui bahwa Firas telah bertemu dengan makhluk-makhluk bukan manusia. Menemui jalan buntu, Zarah memilih untuk bersekolah, dimana pikiran subversifnya membuatnya dicap sebagai "anak sesat". Meski begitu, ia berteman baik dengan gadis transfer dari Nigeria, Kosoluchukwu "Koso" Onyemelukwe, yang mengidap disleksia, hingga Koso harus pindah ke London. Jalan pikiran lain Zarah menyebabkan Aba menyangkalnya sebagai cucunya, sehingga Zarah terpaksa pergi dan hanya melanjutkan hubungan dengan adiknya, Hara.

Suatu hari, Zarah dikirimi sebuah kamera Nikon FM2/T secara anonim. Ia memutuskan untuk belajar fotografi dengan Pak Kas, teman ayahnya. Tak lama kemudian, Zarah berhasil memenangkan lomba fotografi dengan hadiah pergi mengunjungi konservasi orangutan di Tanjung Puting. Disana, Zarah menetap sebagai bagian dari tim konservasi di bawah pimpinan Inga "Dr. D" Dominykas, seorang ahli asal Kanada, dimana ia mengadopsi seekor orangutan, Sarah. Selama 3 tahun, Zarah belajar bertahan hidup di alam liar. Tanjung Puting juga adalah tempat ia berkenalan dengan Paul, yang, atas bujukan Dr. D, mengundang Zarah untuk pergi ke London, sebuah tawaran yang segera Zarah terima. Di London, Zarah menetap bersama Paul, Zach, dan "The A-Team" mereka, sebuah perkumpulan juru potret yang berada dinaungan Paul. Ia berlatih menjadi juru potret alam liar profesional dan segera mengunjungi berbagai negara. Ketika mengunjungi pameran foto The A-Team, Zarah jatuh cinta dengan Storm Bradley, seorang juru potret mode; mereka segera mulai berhubungan. Zarah juga dipertemukan kembali dengan Koso yang sekarang bekerja sebagai penari balet. Zarah melalui kehidupan tenteram bersama Koso dan Storm sampai ia mengetahui bahwa mereka telah berhubungan dibalik punggungnya. Ia mengecam mereka dan segera kembali tinggal bersama The A-Team.

Cerita kembali ke tahun 2003. Zarah kembali ke London dan menerima info dari Paul bahwa alamat kamera Nikon FM2/T terlacak pada seseorang yang tinggal di Glastonbury, yang sedang menggelar sebuah simposium. Di simposium tersebut, Zarah akhirnya bertemu dengan pengirim kamera Nikonnya, seorang pribumi kaya bernama Simon Hardiman. Hardiman mengatakan bahwa ia merupakan satu dari sedikit orang yang percaya akan alam asing, dan ia telah berkorespondensi sebelumnya dengan Firas. Ia percaya bahwa Stonehenge, fenomena lingkaran tanaman, dan lain sebagainya adalah fakta bahwa manusia dahulu pernah mencapai kemajuan karena membuka kesadaran dalam mereka, atau "merancang sinyalnya agar mendapatkan gelombang yang tepat". Mereka mengundang Hawkeye Apachito, seorang ahli spiritual dari Amerika Serikat untuk membantu Zarah mengakses alam tersebut. Dengan tanaman iboga, Zarah memasuki gelombang lain dan bertemu dengan roh iboga, yang menunjukkannya beberapa hal, termasuk perdamaiannya dengan Aba. Saat ia bangun kembali, ia terkejut ketika mendapatkan panggilan dari Hara bahwa Aba telah meninggal. Ia memutuskan untuk pulang ke tanah air dan, ketika membaca salinan jurnal ayahnya, mendapatkan surat dari "S" yang ditujukan kepada "Partikel". Walau awalnya kebingungan, ia mengetahui untuk siapa surat tersebut dituju ketika ia menyadari bahwa Firas menamai putri-putrinya dari unsur pembangun Bumi: Hara yang merupakan bahasa Arab untuk "tanah humus", dan Zarah yang berarti "partikel".

Dalam epilog, cerita beralih ke Kota Bandung. Bodhi mengunjungi Elektra Pop dan disambut oleh Mpret, sepupu temannya, Bong; ia baru bisa bertemu dengan pemilik usaha tersebut, Elektra, keesokan harinya. Ketika mereka bersalaman, mereka roboh seketika. Ketika bangun, mereka menyadari identitas masing-masing: Bodhi sebagai "Akar", dan Elektra sebagai "Petir".