Jabarkan Kehidupan selanjutnya dan wafatnya dari Pedro Álvares Cabral

Sekembalinya Cabral ke Portugal, Raja Manuel I mulai merencanakan armada lain untuk melakukan perjalanan ke India dan untuk membalas kerugian Portugis di Kalikut. Cabrel terpilih untuk mengomandoi "Armada Pembalasan" ini, sebagaimana armada tersebut dijuluki. Selama delapan bulan Cabral mempersiapkan segala sesuatunya, namun karena alasan yang masih belum jelas, ia dibebastugaskan dari komando. Tampaknya terdapat usulan untuk memberikan navigator lainnya, Vicente Sodré, komando independen atas salah satu bagian dari armada, dan Cabral sangat menentang hal ini. Entah ia diberhentikan atau mengajukan diri untuk dibebastugaskan dari komando, kenyataannya ketika armada tersebut diberangkatkan pada bulan Maret 1502, komandannya adalah Vasco da Gama—seorang keponakan Vicente Sodré dari ibunya—dan bukan Cabral. Diketahui bahwa permusuhan telah berkembang antara suatu faksi pendukung da Gama dan faksi lainnya pendukung Cabral. Pada suatu ketika, Cabral meninggalkan istana untuk selamanya. Sang Raja sedemikian kesal dengan perseteruan itu sampai-sampai menyinggung hal itu di hadapannya dapat berakibat pada pengasingan, sebagaimana dialami oleh salah seorang pendukung da Gama.

Meskipun telah kehilangan keberpihakan Manuel I, Cabral mampu mengikatkan diri dalam suatu perkawinan yang patut disyukuri pada tahun 1503 dengan Dona (Lady) Isabel de Castro, seorang wanita bangsawan kaya dan keturunan dari Raja Dom Fernando I dari Portugal. Ibunya merupakan saudari dari Afonso de Albuquerque, salah seorang pemimpin militer terbesar Portugis sepanjang Abad Penjelajahan. Pasangan tersebut memiliki setidaknya empat anak: dua orang putra (Fernão Álvares Cabral dan António Cabral) dan dua orang putri (Catarina de Castro dan Guiomar de Castro). Terdapat dua orang putri lainnya bernama Isabel dan Leonor berdasarkan sumber-sumber lain, yang juga menyebutkan kalau Guiomar, Isabel, dan Leonor bergabung dengan tarekat-tarekat religius. Afonso de Albuquerque berupaya untuk menjadi penengah bagi Cabral dan pada 2 Desember 1514 meminta Manual I agar memaafkannya serta mengizinkannya kembali ke istana, tetapi tidak berhasil.

Karena menderita demam kambuhan dan semacam tremor (kemungkinan malaria) sejak pelayarannya, Cabral menarik diri ke Santarém pada tahun 1509. Ia menghabiskan sisa hidupnya di sana. Hanya informasi samar yang tersedia mengenai aktivitasnya selama masa tersebut. Menurut sepucuk surat kerajaan tertanggal 17 Desember 1509, Cabral terlibat dalam sengketa atas suatu transaksi terkait properti yang adalah miliknya. Surat lain dari tahun yang sama melaporkan kalau ia menerima hak istimewa tertentu, yang tidak dideskripsikan di dalam surat tersebut, berkenaan dengan suatu pelayanan militer. Pada tahun 1518, atau mungkin sebelumnya, ia dinaikkan dari fidalgo menjadi ksatria dalam Dewan Raja dan berhak mendapatkan tunjangan bulanan 2.437 reais. Tunjangan itu di luar tunjangan tahunan yang diberikan kepadanya sejak tahun 1497, dan masih dibayarkan. Cabral wafat karena sebab yang tidak jelas, kemungkinan besar pada tahun 1520. Ia dimakamkan di kapela São João Evangelista dalam Convento da Graça di Santarém.