Jabarkan Negara Islam Irak, 2006–13 dari Negara Islam Irak dan Syam

Menurut penelitian yang dilakukan oleh badan intelijen Amerika Serikat pada awal 2007, NII—dikenal dengan nama AQI—berencana menggulingkan pemerintahan di Irak bagian tengah dan barat, lalu mengubahnya menjadi kekhalifahan Sunni. Kelompok ini semakin menguat dan, pada masa kejayaannya, menguasai kegubernuran Al Anbar, Diyala, dan Baghdad. Baqubah dipilih sebagai ibu kota Negara Islam Irak.

Kenaikan jumlah tentara Perang Irak tahun 2007 memberi militer Amerika Serikat tambahan pasukan yang cukup untuk menyerbu kelompok tersebut. Akibatnya, banyak anggota AQI yang paling berpengaruh ditangkap atau dibunuh.

Antara bulan Juli dan Oktober 2007, al-Qaeda di Irak dikabarkan kehilangan kendali atas provinsi Al Anbar dan wilayah Baghdad.

Sepanjang tahun 2008, serangkaian serangan yang dilancarkan Amerika Serikat dan Irak mendesak mundur pemberontak AQI dari wilayah kekuasaannya di kegubernuran Diyala dan Al Anbar sampai ke kota Mosul.

Pada tahun 2008, NII mengaku sedang mengalami "krisis luar biasa". Usaha kerasnya untuk mempertahankan wilayahnya dikecam oleh warga Irak Arab Sunni dan kelompok pemberontak lainnya. Kelompok tersebut mengalami kejatuhan sementara yang disebabkan oleh beberapa faktor, salah satunya Kebangkitan Anbar.

Pada akhir 2009, komandan pasukan A.S. di Irak, Jenderal Ray Odierno, menyatakan bahwa NII "telah berubah besar dalam kurun dua tahun terakhir. Kelompok yang dulunya didominasi warga asing akhirnya didominasi oleh orang Irak". Pada tanggal 18 April 2010, dua pucuk pimpinan NII, Abu Ayyub al-Masri dan Abu Omar al-Baghdadi, tewas dalam serangan gabungan AS-Irak di dekat kota Tikrit. Dalam konferensi pers bulan Juni 2010, Jenderal Odierno melaporkan bahwa 80% dari 42 pemimpin NII, termasuk perekrut dan penyalur dana, tewas atau ditangkap; delapan sisanya masih buron. Ia mengatakan bahwa kelompok ini sudah terpisah dari pusat al-Qaeda di Pakistan.

Tanggal 16 Mei 2010, Abu Bakr al-Baghdadi diangkat sebagai pemimpin baru Negara Islam Irak. Al-Baghdadi mengganti para pemimpin yang tewas atau ditangkap dengan mengangkat mantan pejabat militer dan intelijen Ba'athis era Saddam Hussein. Hampir semuanya pernah ditahan oleh militer Amerika Serikat, dan mereka mencakup sepertiga dari 25 komandan tertinggi Baghdadi. Salah satu di antaranya adalah mantan kolonel Samir al-Khlifawi, biasa diapnggil Haji Bakr, yang menjadi komandan militer tertinggi yang mengatur semua operasi kelompok ini. Al-Khlifawi berperan penting dalam perencanaan dasar yang kelak mendorong terbentuknya NIIS.

Pada Juli 2012, al-Baghdadi merilis pernyataan audio daring bahwa kelompoknya sudah kembali ke daerah yang dulu mereka kuasai sebelum diusir pasukan Amerika Serikat dan Para Putra Irak tahun 2007 dan 2008. Ia juga mengumumkan serangan baru di Irak bernama Breaking the Walls; serangan ini bertujuan membebaskan para anggotanya yang ditahan di sejumlah penjara di Irak. Kekerasan di Irak mulai meningkat pada Juni 2012 lewat serangkaian serangan bom mobil AQI. Pada Juli 2013, jumlah korban tewas mencapai 1.000 orang per bulan untuk pertama kalinya sejak April 2008.