Jabarkan Tantangan dari Persejajaran sekuen jamak

Dalam persejajaran sekuen jamak terdapat sejumlah tantangan, yaitu:

Pencarian nilai persejajaran yang paling optimum.

Untuk mencari persejajaran yang paling optimum terdapat empat jenis pendekatan yaitu:

Persejajaran yang berdasarkan daerah lokal yang berulang.

Metode statistik dan model kemungkinan atau probabilitas.

Mengidentifikasi metode yang logis untuk memperoleh nilai kumulatif untuk substitusi dalam kolom persejajaran.

Peletakan dan penilaian dari elemen (asam amino, protein atau RNA) yang senjang (gap) pada sekuen yang bervariasi.

Teknik ini digunakan untuk mencari persejajaran yang terbaik dari sekuen yang ada dengan menggunakan persejajaran global. Terdapat dua jenis teknik dalam menilai hasil dari pemograman dinamis:

Weighted sum: jumlah sekuen yang dianalisis bergantung pada tahap komputasi dan kemampuan memori komputer, sehingga jumlah sekuen yang dianalisis tidak bisa dalam jumlah besar. Contoh bila terdapat tiga sekuen, maka komputer akan memprediksikan dalam bentuk tiga dimensi. Bila terdapat empat sekuen, maka komputer akan memprediksikan dalam bentuk empat dimensi, dan seterusnya.

Sum of Pair: karena teknik sebelumnya yang sulit untuk digunakan, maka Carrillo dan Lipman (1988) menemukan teknik sum of pair. Metode ini menghitung menggunakan matriks PAM (Percent Accepted Mutation) dan BLOSUM (Blocks Amino Acid Substitution Matrices). Masalah yang terjadi pada teknik ini adalah mutasi dari satu jenis asam amino saja dapat mengubah skor secara signifikan.