Jabarkan Perjuangan: 1963–1968 dari Michel Aflaq

Hubungan antara Ba'athis dan the Nasseris makin tak harmonis. Partai Ba'ath meraih kekuasaan di Irak dan Suriah dari Nasser, seperti ia menempatkannya "antara palu dan paron". Pendirian persatuan antara Irak dan Suriah akan menyadarkan pendiriannya sebagai seorang pemimpin pan-Arab. Nasser mulai meluncurkan serangan propaganda melawan partai tersebut; Aflaq dituduh pakar teori tak berefek yang bertindak sebagai "kaisar Romawi" boneka dan menuduhnya "Kristen Siprus". Dalam beberapa pertemuan Partai Ba'ath, Aflaq menanggapinya dengan murka, dan menjadi anti-Nasseris. Karena posisi yang ia pegang, terjadi keretakan hubungan antara Aflaq dengan al-Bitar yang masih percaya bahwa ada kesempatan untuk menjalin lagi hubungan baik dengan Nasser.

Perpecahan dengan Nasser terjadi di antara para pemimpin asli Partai Ba'ath, yang memutuskan untuk memperluas ruang Komite Militer. Setelah mengambil kekuasaan, Komite Militer dijadikan paduan teoretikal, tetapi sebagai gantinya dapat membuat Aflaq dapat menyelesaikan masalah (yang terjadi sebelumnya), mereka mengkontak faksi Marxis dari partai tersebut pimpinan Hammud al-Shufi. Di Kongres Regional Ba'athis Suriah, Komite Militer "sepakat" bahwa mereka sama-sama memberontak melawan Aflaq dan kepemimpinan tradisionalnya, karena menentang kebijakan ekonomi dan sosial moderat mereka. Komite Militer memutuskan untuk melengserkan Aflaq dari posisi berkuasa dengan alasan bahwa ia telah berusia tua dan lemah.

Di Kongres Nasional Keenam yang diadakan pada Oktober 1963, Aflaq masih mempertahankan jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal – faksi Marxis yang dipimpin oleh al-Shufi dan Ali Salih al-Sadi, yang masih-masing berada di Suriah dan Irak, menjadi kelompok mayoritas. Masalah lainnya yang dihadapi oleh Aflaq adalah beberapa koleganya tidak terpilih pada jabatan partai, selain al-Bitar tidak terpilih lagi untuk sebuah kursi di Komando Nasional. Selain kepemimpinan sipil tradisional, kepemimpinan yang baru terdiri dari para perwira militer yang bertumbuh secara bertahap; Jadid dan Amin al-Hafiz dari Suriah dan Ahmed Hassan al-Bakr dan Salih Mahdi Ammash dari Irak terpilih pada Komando Nasional. Meskipun pada kenyataannya Komite Militer memegang kekuasaan atas Partai Ba'ath dari kepemimpinan sipil, mereka bersifat sensitif terhadap kritikan, dan menyatakan, dalam sebuah pamflet ideologi, bahwa simbiosis sipil-militer adalah pengaruh besar, jika rekonstruksi sosialis dicapai. Di luar itu, Aflaq merencanakan perubahan. Dalam surat kabar Tunisia, , ia disebut "Seorang filsuf yang membuat dua kudeta [kudeta Irak dan Suriah] dalam sebulan".

Gerakan Ba'ath tidak berjalan mulus seperti yang dikira orang luar; Cabang Regional Irak mulai kehilangan anggotanya. Militer Irak dan sayap militan partai tersebut, Pertahanan Nasional, saling berseteru satu sama lain. Al-Sadi, Sekretaris Regional Cabang Regional Irak, kemudian diasingkan ke Madrid, Spanyol pada 11 November oleh beberapa perwira militer dan Ba'athis maderat. Aflaq langsung pergi dari Suriah dan membubarkan Komando Regional Cabang Kawasan Irak dengan alasan Komando Nasional akan memerintah Irak pada tempatnya sampai Komando Regional yang baru terpilih. Hal ini tidak disambut hangat oleh mayoritas perwira militer Irak dan Ba'athis – gagasan bahwa seorang Kristen memerintah sebuah negara Muslim dianggap "tidak peka".

Situasi di Irak tidak mendukung, Abdul Salam Arif, Presiden Irak dan seorang Nasseris, merencanakan kudeta melawan Partai Ba'ath pada 18 November, yang berhasil. Impian menikung proyek pan-Arab Nasser terwujud; sebaliknya, Nasser dan kaum Nasseris menikung gerakan Ba'ath. Saat mendengar kabar tersebut, Aflaq dan beberapa Ba'athis pergi dari Irak ke Suriah.