Jabarkan 2004 dari USS John C. Stennis

Dari tanggal 24 Mei hingga 1 November 2004, John C. Stennis melakukan penempatan besar keempat di luar negeri, berpartisipasi dalam Latihan Northern Edge 2004 di Teluk Alaska, Latihan Lingkar Pasifik (RimPac) di lepas pantai Hawaii, latihan dengan Kitty Hawk di lepas pantai Jepang dan niat baik kunjungan ke Jepang, Malaysia dan Australia Barat. Tak lama setelah kembali dari penempatan ke San Diego, JCS mengubah pelabuhan asalnya menjadi Naval Station Bremerton, Washington pada 19 Januari 2005. Setibanya di Bremerton, John C. Stennis menjalani docking planed incremental availability (DPIA) selama 11 bulan, pertama kali dia telah di-dry-docking sejak commissioning. Upgrade termasuk tiang baru. Struktur tiang baru adalah yang pertama dari jenisnya. Jenis paduan baja baru digunakan, membuatnya lebih kaku dan lebih tebal dari sebelumnya. Tiang baru juga lebih berat dan lebih tinggi, memungkinkannya menopang antena baru yang tidak dapat disangga oleh tiang lama. Peningkatan lainnya termasuk pemasangan sistem jembatan terintegrasi baru di rumah percontohan yang akan menghemat tenaga kerja dan menyediakan tampilan canggih.

Setelah siklus pemeliharaan dan latihan pra-penempatan, kapal induk kembali ke Bremerton, Washington, dan kapal induk telah disertifikasi siap gelombang, yang berarti kapal mempertahankan kondisi kesiapan yang tinggi jika terjadi penyebaran yang tidak terjadwal.