Jabarkan Akhir pemerintahan dari Sultan Alauddin Riayat Syah

Masa pemerintahan Sultan Alauddin menandai awal berlangsungnya era sentralisasi di negara Aceh. Sultan yang sejak hari-hari pertama pemerintahannya telah berhasil menekan para pedagang elit dan para bangsawan yang pada periode kesultanan sebelumnya telah memiliki pengaruh besar secara politik di kesultanan. Para pedagang besar dan bangsawan ini banyak yang dengan sengaja dibunuh pada tahun pertama Alauddin menduduki takhta guna mencegah mereka mengacaukan dan merebut kekuasaan sultan. Pembersihan para bangsawan ini didukung sepenuhnya oleh para pejabat birokrasi dan para hakim.

Sultan Alauddin menegaskan simbol-simbol kekuasaan yang ada pada dirinya, pada mahkotanya yang dibuat pada tahun 1601 sebagai lambang kekuasaan dia menuliskan titah berbunyi:

Pada penghujung pemerintahannya terjadi perbedaan pendapat yang datang dari kalangan luar keluarga sultan. Alauddin akhirnya digulingkan pada bulan April 1604 ketika dia sudah berusia lanjut. Meskipun sebenarnya dia telah turun takhta sejak sakit-sakitan beberapa waktu sebelumnya. Dia meninggal satu tahun kemudian dan dimakamkan di Gampong Ulee Kareueng, Kecamatan Indrapuri, Aceh Besar. Sepeninggalnya, dia digantikan oleh putranya yang kedua yaitu Sultan Ali Riayat Syah, atau sering dipanggil Sultan Muda. Dalam melanjutkan suksesi ini, Sultan Alauddin Riayat Syah juga dilaporkan mengunggulkan cucunya Iskandar Muda untuk menggantikannya. Dia dilaporkan memiliki empat orang putra dan dua orang putri:

Maharaja Diraja, meninggal sebelum ayahnya.