Jabarkan Sekretariat Direktorat Jenderal dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam

Direktorat Madrasah dan Pendidikan Agama Islam pada Sekolah Umum

Direktorat Pendidikan Keagamaan dan Pondok Pesantren

Direktorat Perguruan Tinggi Agama Islam

Direktorat Pendidikan Agama Islam pada Masyarakat dan Pemberdayaan Masjid.

Berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 63 Tahun 2005 tentang Perubahan Peraturan Presiden Nomor 10 Tahun 2005, mengubah Direktrorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam menjadi Direktorat Jenderal Pendidikan Islam. Dan sebagai tindak lanjutnya ditetapkanlah Peraturan Menteri Agama RI Nomor 3 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama. Direktorat Jenderal Pendidikan Islam dibagi menjadi 5 Direktorat, yaitu: