Jabarkan Memaksimumkan algoritme dari Persejajaran sekuen jamak

Algoritme telah digunakan untuk mengidentifikasi daerah yang mirip dari protein yang belum disejajarkan dan situs pengikatan protein pada sekuen DNA yang belum disejajarkan, termasuk area yang mungkin mengandung senjang. Sebuah teknik yang digunakan untuk sekuensing protein telah ditemukan dalam program SAGA (Sequence Alignment by Genetic Algorithm).

Gibbs SamplerGibss Sampler mencari motif yang paling mungkin dan dapat mencari kedalaman yang optimal dan angka dari motif-motif dari setiap sekuen. Pendekatan kombinatorial dari Gibbs Sampler'' dapat digunakan untuk membuat blok.