Coba jelasin Sistem klasifikasi modern dari Taksonomi (biologi) dong

Sementara Linnaeus mengklasifikasikan organisme untuk memudahkan identifikasi, gagasan tentang taksonomi Linnaean yang diterjemahkan menjadi semacam dendrogram dari kerajaan hewan dan tumbuhan diformulasikan menjelang akhir dari abad ke-18, jauh sebelum The Origin of Species diterbitkan. Di antara karya awal yang mengeksplorasi gagasan tentang transmutasi spesies adalah karya Erasmus Darwin tahun 1796 Zoönomia dan karya Jean-Baptiste Lamarck, Philosophie Zoologique tahun 1809. Gagasan itu dipopulerkan di dunia Anglophone oleh sebuah karya spekulatif tetapi banyak dibaca pada saat itu, Vestiges of the Natural History of Creation diterbitkan secara anonim oleh Robert Chambers pada tahun 1844.

Dengan teori Darwin, sebuah penerimaan umum dengan cepat muncul bahwa klasifikasi harus merefleksikan prinsip turunan umum Darwin. Representasi pohon kehidupan menjadi populer dalam karya ilmiah, pohon kehidupan ini dibentuk dengan kelompok fosil yang dikenal. Salah satu kelompok modern pertama yang terikat pada nenek moyang fosil adalah burung. Dengan menggunakan fosil Archaeopteryx dan Hesperornis yang baru ditemukan, Thomas Henry Huxley mengatakan bahwa mereka telah berevolusi dari dinosaurus, sebuah kelompok yang secara formal dinamai oleh Richard Owen pada tahun 1842. Deskripsi yang dihasilkan, bahwa dinosaurus "menimbulkan" atau menjadi "nenek moyang" burung, merupakan ciri penting dari pemikiran taksonomi evolusioner. Karena semakin banyak kelompok fosil ditemukan dan dikenal pada akhir abad 19 dan awal abad ke-20, palaeontolog bekerja untuk memahami sejarah hewan selama berabad-abad dengan menghubungkan bersama kelompok-kelompok yang dikenal.

Metode kladistik (atau cladisme) telah muncul sejak tahun 1960an. Pada tahun 1958, Julian Huxley menggunakan istilah clade. Belakangan, pada tahun 1960, Cain dan Harrison mengenalkan istilah kladistik. Ciri yang menonjol adalah mengatur taksa dalam hierarki pohon evolusioner, dengan mengabaikan tingkatan taksa. Sebuah takson disebut monofiletik, jika mencakup semua keturunan dari bentuk leluhur. Kelompok yang memiliki kelompok keturunan dihapus dari mereka (misalnya dinosaurus, dengan burung sebagai kelompok keturunan) disebut parafiletik, sedangkan kelompok yang mewakili lebih dari satu cabang dari pohon kehidupan disebut polifiletik. International Code of Phylogenetic Nomenclature atau  PhyloCode dimaksudkan untuk mengatur penamaan formal klad. Tingkatan Linnaean akan menjadi sebuah opsional di bawah PhyloCode, yang dimaksudkan untuk digunakan bersama-sama dengan kode berbasis peringkat yang digunakan saat ini.