Tolong jelaskan mengenai Alur dari Silence (film 2016)

Film tersebut dimulai dengan prolog dari seorang imam Yesuit Portugis muda Cristóvão Ferreira yang menyaksikan penyiksaan orang-orang Jepang yang berpindah agama saat ia berusaha untuk membawa iman Kristen. Imam tersebut tampak tak tertolong saat otoritas Jepang mengadakan penyiksaan terhadap orang-orang yang ia pindah agamakan dengan cara apapun.

Beberapa hari kemudian, di Kolese Santo Paulus, Makau, seorang imam Yesuit Italia, Alessandro Valignano, mendapatkan kabar bahwa Ferreira menyangkal imannya (murtad) di Jepang setelah disiksa. Tidak percaya, murid-murid Portugis Ferreira, imam Yesuit Sebastião Rodrigues dan Francisco Garupe, memutuskan untuk mencarinya. Kichijiro, seorang nelayan pemabuk yang kabur dari Jepang untuk menyelamatkan dirinya sendiri, sepakat untuk memandu mereka.

Datang ke Jepang di desa Tomogi, para imam tersebut memutuskan untuk mencari para penduduk Kristen lokal yang bergerak secara sembunyi-sembunyi. Kedua imam tersebut kemudian terkejut saat seorang samurai yang mencari-cari orang-orang yang dituduh Kristen, yang para penduduk desa sebut sebagai "Inkuisitor", mengikat beberapa warga desa pada salib kayu di pantai samudera, dimana ombak kemudian menenggelamkan mereka. Jasad-jasad mereka kemudian dikremasi pada sebuah pyre pemakaman yang para imam pahami dilakukan untuk menghindari pemakaman Kristen.

Garupe pergi ke Pulau Hirado, meyakini bahwa keberadaan mereka memaksa keshogunan untuk menteror desa tersebut. Rodrigues pergi ke Pulau Gotō, tempat dimana Ferreira diketahui keberadaannya, dan menemukannya dalam keadaan hancur. Mengembara di sekitaran Gotō, ia kemudian berpikir bahwa apakah ia tetap menolak untuk menyerah saat itu akan berujung pada penderitaan orang lain. Ia kemudian bertemu lagi dengan Kichijiro, yang mengkhianatinya dan menyerahkannya kepada samurai. Seorang samurai tua, yang sebelumnya menyertai seorang "Inkuisitor" ke Tomogi, berkata kepada Rodrigues bahwa umat Kristen yang tertangkap lainnya akan diselamatkan saat ia menyangkal imannya.

Rodrigues datang ke Nagasaki, dimana ia ditahan bersama dengan beberapa orang Jepang yang berpindah agama. Di pengadilan, ia berkata bahwa doktrin Katolik adalah anatema untuk Jepang. Rodrigues dituntut untuk menghadap gubernur Inoue Masashige, yang ia ketahui, dalam keadaan cemas, adalah pria tua yang duduk di sebelahnya saat pengadilan tersebut. Rodrigues kembali ditahan, dan Kichijiro kemudian juga ditahan. Ia menjelaskan kepada Rodrigues bahwa para pejabat pengadilan yang mengancamnya memerintahkan agar ia mengkhianati Rodrigues. Kichijiro kemudian ia berkata bahwa adalah orang Kristen dan menyatakan bahwa pengkhianatannya dapat terhapuskan melalui pengampunan, yang Rodrigues tolak untuk memberikannya. Ia kemudian dibebaskan setelah bersedia untuk menginjak sebuah fumi-e (sebuah pahatan crucifix), sebuah tindakan yang melambangkan penolakan iman. Kemudian, Rodrigues dibawa di bawah kawalan ke garis pantai untuk menyaksikan beberapa orang. Di kejauhan, ia menyaksikan Garupe yang sebelumnya menemaninya dan tiga tahanan lainnya dipandu ke garis pantai di bawah kawalan terpisah. Masih di kejauhan, tiga tahanan lainnya di bawah ke lepas pantai pada sebuah perahu kecil dan kemudian ditenggelamkan satu per satu dari perahu agar Garupe menyangkal imannya. Rodrigues dicekal oleh para pengawal di pantai saat ia menyaksikan Garupe menolak untuk murtad. Ia kemudian menyaksikan Garupe ditenggelamkan juga seperti tiga tahanan lainnya saat ia berusaha untuk berenang di lepas pantai dalam rangka berupaya untuk menyelamatkan tahanan terakhir yang ditenggelamkan.

Setelah beberapa saat, Rodrigues kemudian dibawa untuk menemui Ferreira. Ferreira berkata bahwa ia memutuskan untuk murtad saat disiksa, dan menyatakan bahwa setelah 15 tahun di negara tersebut dan setahun di kuil, ia meyakini bahwa Kekristenan adalah kesia-siaan di Jepang. Rodrigues tak mempercayainya, namun Ferreira bersikeras. Pada malam tersebut di sel tahanannya, Rodrigues mendengar bahwa lima orang Kristen disiksa. Ferreira menyatakan kepadanya bahwa mereka siap murtad; kemurtadannya adalah tuntutan Jepang. Saat Rodrigues dihadapkan ke sebuah fumi-e, ia mendengar suara Yesus yang memberikannya ijin untuk menginjaknya, dan ia melakukannya.

Bertahun-tahun kemudian, setelah Ferreira wafat, Kichijiro membujuk Rodrigues untuk melayaninya lagi, namun Rodrigues menolak, berkata bahwa ia bukan lagi seorang imam. Kichijiro kemudian memberikan sebuah kantung yang ia klaim dimenangkan saat berjudi yang berisi sebuah jimat relijius yang ia klaim sebagai miliknya sendiri. Ia pergi menjauh dan tak pernah terdengar lagi. Beberapa tahun kemudian, Rodrigues meninggal. Ia ditempatkan dalam sebuah peti mati kayu bundar besar, dan jasadnya dikremasi. Di tangannya terpegang sebuah crucifix ukiran yang diberikan kepadanya saat ia pertama kali datang ke Jepang.