Jabarkan Sampai kematiannya dari Michel Aflaq

Setelah empat tahun mengasingkan diri, Aflaq kembali ke Irak pada 1974, setahun sebelum Perang Saudara Lebanon pecah. Ia kembali ikut politik Irak. Ia menerbitkan beberapa karya pada masa itu, salah satu yang paling terkenal adalah Perjuangan Melawan Distorsi Gerakan Revolusi Arab pada 1975. Aflaq kembali meraih beberapa pengaruhnya saat ia berteman dengan Saddam Hussein, Presiden Irak dari 1979 sampai 2003. Pada Perang Iran-Irak, para pemimpin Iran menuduh Hussein di bawah kendali seorang Kristen, dan Aflaq sendiri dicap "kafir Kristen". Sepanjang masa jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal di Irak, Aflaq diberi seluruh kehormatan sebagai pendiri gerakan Ba'ath, tetapi saat pembuatan kebijakan, ia diabaikan.

Aflaq meninggal pada 23 Juni 1989 di Paris, setelah menjalani bedah jantung di sana.

Perpindahan ke agama Islam yang dipersengketakan

Saddam Hussein mengklaim bahwa Aflaq telah berpindah ke agama Islam sebelum kematiannya – menurut para diplomat Barat yang tidak disebutkan namanya. Klaim tersebut kemudian dipersengketakan oleh para anggota keluarga Aflaq sendiri yang tidak disebutkan namanya - meskipun putra Aflaq, Iyad, mengkonfirmasikan bahwa ayahnya berpikir tentang perpindahan agama pada 1980. Setelah perpindahan agamanya yang dipersengketakan tersebut, ia mengambil nama pertama Ahmad. Menurut orientalis Jerman Martin Robbe dan Gerhard Höpp, perpindahan agama tersebut terjadi sebelum 1988. Sehingga, Aflaq diberi pemakaman Islam. Bagi Berkley Center, perpindahan agama Aflaq yang dipersengketakan dianggap oleh para anggota anonim dari keluarganya sebagai sebuah alat yang digunakan oleh Saddam Hussein untuk menjauhkan Ba'athisme dari Kekristenan. Makamnya yang dibangun atas perintah Hussein kemudian dipakai oleh para prajurit Amerika setelah invasi Amerika ke Irak pada 2003 sebagai barak-barak militer bagi pasukan yang ditugaskan di Zona Hijau.

Menurut keluarga Aflaq, makam tersebut rusak berat saat invasi tersebut.