Jabarkan 2005-sekarang dari Kereta rel listrik JR East seri 205

Sejak tahun 1993, JR East mulai secara bertahap menggantikan KRL lamanya dengan KRL baru yang dibuat langsung oleh JR East, bukan peninggalan era JNR, dimulai dari seri 209. KRL ini pun mulai dimutasi menuju jalur lain, berawal dari kehadiran KRL seri 209 di Jalur Keihin-Tohoku yang menggeser KRL seri 205 ke jalur lain, termasuk memensiunkan KRL seri 103 dari jalur tersebut.

Namun peremajaan armada mulai dilakukan secara intensif sejak tahun 2000, sejak KRL seri E231 mulai beroperasi. Pada tahun 2002, KRL seri E231-500 beroperasi di Jalur Yamanote yang menggeser lebih banyak KRL seri 205. KRL ini pun mulai dimutasi menuju jalur-jalur lain seperti Keiyo, Musashino, dan Nambu, dan sebagian kecil ada juga yang ikut menambah armada pada rute di mana KRL seri 205 merupakan armada utama, seperti di jalur Saikyo dan Yokohama.

Selain itu, beberapa rangkaian juga ada yang dimutasi menuju beberapa jalur cabang dan diubah sub-serinya dan mengalami refurbishment, salah satu contohnya adalah penggantian propulsi rheostat dengan VVVF-IGBT untuk sebagian besar KRL seri 205 yang beroperasi di Jalur Musashino.

Sejak tahun 2013, KRL ini pun mulai tergantikan dengan KRL jenis baru. Pada Jalur Saikyo, Yokohama, dan Nambu, KRL ini tergantikan oleh KRL JR East seri E233, sementara di Jalur Musashino, KRL ini tergantikan oleh KRL JR East seri E231-0 dari jalur Chuo-Sobu, yang tergeser oleh KRL JR East seri E231-500 dari Jalur Yamanote yang digantikan oleh KRL seri terbaru milik JR East yaitu seri E235. KRL seri 205 pun ada yang dijual menuju operator lain di Jepang seperti Fuji Kyuko, dirucat, dan sebagian besarnya dikirim menuju Indonesia.