Jabarkan 2008~2009: 8th Atomos dari Seo Taiji

Ia kembali ke Korea setelah absen lama, dan mengungkapkan single terbaru nya "Moai". Ini adalah rilis pertama ambisius 3-bagian "Proyek misteri" Seo Taiji, yang kemudian diikuti oleh singel, "Bermuda Triangle" yang disiapkan sebagai singel digital. Bagian ketiga, Atomos Part Secret, dirilis pada 10 Maret. Ia memiliki promosi yang disebut "Missing Taiji", di mana ada desas-desus palsu bahwa Taiji hilang, hanya untuk kembali pada hari konser "Wormhole". Dalam singel "Moai", Taiji memperkenalkan gaya eksperimental baru yang ia sebut "nature pound". "Moai" menarik inspirasi dari patung-patung misterius Pulau Paskah yang sudah lama ia sukai sejak masa kecilnya. Ia melakukan di 2008 ETPFEST yang ia memelopori untuk mempromosikan comeback bersama band-band seperti The Used, Dragon Ash, Death Cab for Cutie dan Marilyn Manson.

Ia juga mengumpulkan "The Great Seotaiji Symphony" dengan Tolga Kashif dan Royal Philharmonic Orchestra untuk melakukan hits lamanya dan lagu baru yang disajikan dalam bentuk yang sama sekali baru, menggabungkan musik rock dan klasik. Konser utama digelar di Stadion Seoul Worldcup. Setelah konser utama, ada keluhan tentang kualitas suara tidak dikirimkan ke lantai kedua dan ketiga di ujung jauh dari stadion dan untuk menebus kesalahan ini, kinerja encore lain (setlist yang sama) diadakan pada bulan Desember pada tempat dalam ruangan, Jamsil Gymnasium ditingkatkan dengan sistem suara yang lebih baik.

Singel kedua Taiji, mengikuti Atomos Part Moai, disebut Atomos Part Secret diluncurkan pada tanggal 10 Maret 2009. Ini adalah tanggal yang sama dengan kedatangan Mars Reconnaissance Orbiter (MRO) ke Mars pada tahun 2006. Taiji juga menggelar konser mempromosikan singel kedua pada tanggal 14 dan 15. Tiket untuk konser, samar berjudul Wormhole, terjual habis hanya dalam 20 menit.

Album ulang tahun ke-15 Seotaiji yang terdiri dari sebagian besar karya-karyanya sejauh ini, direkam ulang dan dikuasai ulang tetapi dirilis dalam edisi terbatas dengan hanya 15.000 eksemplar yang tersedia, masing-masing dengan nomor seri yang unik. Nomor seri #1-15 dibeli oleh Seotaiji sendiri. Ia mengambil #1 untuk dirinya sendiri, memberi #2 dan #3 untuk teman-teman waktu lamanya Lee Juno dan Yang Hyun Seuk, dan sisanya ke teman-teman dekatnya. Karena lagu yang direkam ulang dan dikuasai ulang hanya tersedia untuk album ulang tahun terbatas dan tidak semua fans bisa beli, ia memutuskan untuk kembali merilis semua album dengan berisi versi baru. Pada tanggal 3 April, dua yang pertama album Seo Taiji and Boys yang diluncurkan kembali. Taiji akan merilisnya ke-7 dari albumnya, dari Nan Arayo! untuk 7th Issue. Pada tanggal 25 Mei, album 3 dan 4 Seo Taiji and Boys yang diluncurkan kembali.

Pada 13 Juni, ia akan mengadakan tur nasional bernama "The Möbius". Konser pertama akan diadakan di Seoul, Korea. Tur telah berakhir, tetapi mengulangi performa diberikan 2 bulan setelah selesai. ETPFEST 2009 juga diadakan dengan kelompok-kelompok tamu, seperti NIN, Limp Bizkit, Keane, Fade, Boom Boom Satelite, Pia dan GUMX.