Jabarkan 2001 dari USS John C. Stennis

Pada tanggal 21 Mei 2001, kapal tersebut berfungsi sebagai "teater luar ruang terbesar dan termahal di dunia" untuk pemutaran perdana dunia film Disney Pearl Harbor. Lebih dari 2.000 orang menghadiri pemutaran perdana di kapal, yang memiliki tempat duduk tribun khusus dan salah satu layar film terbesar di dunia yang berkumpul di dek penerbangan.

Pada 12 November 2001, dua bulan lebih awal dari yang dijadwalkan, kapal berangkat untuk pengerahan ketiganya ke wilayah tanggung jawab Armada Kelima AS dalam mendukung Operasi Enduring Freedom, kembali ke San Diego pada 28 Mei 2002. Dari Juni 2002 hingga Januari 2003, JCS menjalani Planned Incremental Availability (PIA) selama tujuh bulan.