Jabarkan Uskup dari Manuel Clemente

Ia dilantik menjadi uskup auksilier Lisboa, dengan gelar Uskup Tituler Pinhel pada 6 November 1999 oleh Santo Yohanes Paulus II. Pengangkatan episkopal dilakukan pada 22 Januari 2000 di Gereja Biara Jeronimos dengan Patriark D. José Policarpo sebagai konsenkrator prinsipal bersama dengan uskup D. Manuel Franco da Costa de Oliveira Falcão dan D. Albino Mamede Cleto. Pada saat konsekrasinya, ia memilih motto episkopalnya saat ini: In Lumine tuo (Dalam Cahayamu) .

Ia dinamai Promoter Budaya Pastoral dalam Konferensi Episkopal Portugis pada 2002 dan ia juga menjadi presiden Komisi Episkopal Budaya, Kebudayaan dan Komunikasi antara 2005 dan 2011. Ia kemudian dianggap sebagai figur dalam budaya Portugis dan berkontribusi terhadap Kementerian Kebudayaan di Portugal. Selain itu, Manuel adalah seorang komunikator cerdik dan sangat diterima oleh lingkup intelektual di dalam dan di luar Gereja. Selama beberapa tahun, ia berkarya secara reguler dan berkolaborasi bersama dengan berbagai outlet media.