Jabarkan NW 32: 125 s dari Ninja Warrior

NW 37: 120 s (juga untuk peserta diatas 50)

NW 38 - 40: 135 s (juga untuk peserta diatas 50)

Prinsipnya sama seperti babak pertama, akan tetapi tantangan pada babak kedua dibuat lebih sulit lagi. Mulanya, tidak ada tombol pengakhir waktu sehingga setelah menyelesaikan tantangan terakhir, gerbang terbuka dan peserta dinyatakan lolos. Mulai dari NW 8, peserta harus menekan tombol pengakhir waktu sebelum keluar dari gerbang. Jika peserta langsung menerobos gerbang tanpa menekan tombol, peserta dinyatakan gagal. Juri juga dapat menahan gerbang apabila peserta melakukan kesalahan / kecurangan seperti apa yang dilakukan Yamada Katsumi pada saat dia berada di Spider Walk NW 12 (dia tidak melepas sarung tangan khusus Chain Reaction).

Satu satunya tantangan di Ninja Warrior yang boleh menyentuh air hanyalah Backstream, dimana peserta harus berenang melawan arus. Wall Lift adalah tantangan yang sering dimasukkan dalam babak kedua. Pada awalnya, peserta akan mulai dari bawah dahulu. Mulai dari NW ketujuh, peserta akan memulai dari atas.

Pada NW keempat, terdapat 11 peserta yang lolos masuk babak ketiga. Akan tetapi, pada NW kelima, terdapat 3 peserta yang lolos. Pada NW kesembilan-belas, tidak ada yang lolos masuk ke babak ketiga karena kedua peserta gagal di Salmon Ladder (akhir kompetisi Sasuke yang tercepat). Hanya terdapat satu wanita yang lolos di babak kedua (NW ke 34).