Jabarkan Perang Tiongkok-Jepang Kedua dari Bai Chongxi

Permusuhan formal pecah pada 7 Juli 1937 antara Republik Tiongkok dan Jepang setelah terjadinya Insiden Jembatan Marco Polo di luar Beijing. Pada 4 Agustus 1937 Bai bergabung kembali dengan Pemerintah Pusat atas undangan Chiang Kai-shek. Selama Perang Sino-Jepang Kedua (1937–45), ia adalah Wakil Kepala Staf Umum yang bertanggung jawab atas operasi dan pelatihan. Dia adalah ahli strategi utama yang meyakinkan Chiang untuk mengadopsi strategi "Perang Total" di mana Tiongkok akan bergerak cepat mengadopsi taktik gerilya di belakang garis musuh dan mengganggu jalur pasokan musuh di setiap kesempatan. Ketika pasukan Jepang yang dipersenjatai dan dilatih dengan lebih baik mulai bergerak maju, Republik Tiongkok akan menggunakan kampanye bumi hangus di jalur musuh untuk menghancurkan pasokan lokal mereka. Bai juga terlibat dalam banyak kampanye kunci termasuk kemenangan besar pertama di Pertempuran Tai'erzhuang di Provinsi Shandong pada musim semi 1938 ketika ia bekerja sama dengan Jenderal Li Zongren untuk mengalahkan musuh-musuh yang hebat. Republik Tiongkok berhasil menguji sekaligus menunda pergerakan Jepang selama beberapa bulan. Selanjutnya, Bai diangkat menjadi Komandan Kantor Eksekutif Lapangan Dewan Militer di Guilin, dengan tanggung jawab untuk Zona Perang ke-3, ke-4, ke-7 dan ke-9. Dalam kapasitas itu ia mengurus dan mengawasi kemampuan pertahanan Changsha, ibukota Provinsi Hunan. Antara 1939-42, Jepang menyerang Changsha sebanyak tiga kali dan setiap kali selalu berhasil diusir. Bai juga yang memimpin Pertempuran Guangxi Selatan dan Pertempuran Kunlun Pass untuk merebut kembali Guangxi Selatan. Jenderal Lindsey meminta Bai untuk menangani Tentara ke-64 dan Tentara ke-46 .

Tentara Bai Guangxi dipuji sebagai tentara "gila" selama perang melawan Jepang, dan ia dikenal sebagai jenderal yang mampu memimpin Republik Tiongkok jika Chiang Kai-shek sampai terbunuh. Mayoritas orang Republik Tiongkok menganggap bahwa Chiang Kai-shek sebagai pemimpin Tiongkok, mereka berharap Bai untuk mewarisi posisinya. Bai Chongxi memimpin Tentara Guangxi yang kompeten untuk melawan Jepang.

Dalam menolak untuk mematuhi perintah dari Chiang jika dia menganggap ada yang salah atau cacat, pasti hanya Bai Chongxi seorang sendiri saja di antara sesama prajurit militer.

Jihad dinyatakan sebagai tugas dan kewajiban agama bagi semua Muslim Republik Tiongkok untuk melawan Jepang selama Perang Sino-Jepang Kedua tahun 1937-45.

Bai juga melindungi publikasi Muslim Yuehua di Guilin, yang mencetak kutipan dari Quran dan Hadits yang membenarkan Chiang Kai-shek sebagai pemimpin yang dibutuhkan Tiongkok.

Bai mempromosikan nasionalisme Tiongkok dan berhasil mempersatukan Hui dan Han selama perang melawan Jepang.

Selama perang, Bai melakukan perjalanan ke seluruh provinsi di barat laut Muslim Tiongkok yang dikendalikan oleh Kelompok Ma dan bertemu dengan para jenderal Kelompok Ma untuk mengalahkan propaganda Jepang.

Aliran Xidaotang dari muslim Hui berjanji setia kepada partai Kuomintang setelah mereka naik ke tampuk kekuasaan dan Bai Chongxi memperkenalkan Chiang Kai-shek dengan Ma Mingren pemimpin aliran Xidaotang, pada 1941 di Chongqing.

Bai Chongxi memimpin Federasi Keselamatan Nasional Islam Tiongkok.