Jabarkan -	Laboratorium Fisika dari SMA Santo Mikael Yogyakarta

SMA Santo Mikael menyediakan fasilitas berupa Laboratorium Fisika untuk membantu siswa dalam melakukan penelitian.

SMA Santo Mikael meneyediakan Laboatorium Kimia untuk mendukung kerja siswa dalam melakukan penelitian zat kimia.

SMA Santo Mikael menyediakan fasilitas berupa Laboratorium Biologi untuk membantu proses belajar siswa.

-	Laboratorium Komputer dan Internet

Laboratorium Komputer juga tersedia bagi para siswa. Laboratorium ini diharapkan mampu untuk membantu semua siswa untuk memahami serta mempraktikan apa yang sudah mereka pelajari di dalam kelas sehingga mereka tidak hanya mengerti teorinya saja, namun mereka juga dapat mempraktikkannya.

-	Laboratorium Bahasa dan Audio visual

Laboratorium ini disediakan juga untuk menunjang proses belajar mengajar di sekolah tersebut. Ruangan laboratorium ini juga di buat sedemikian mungkin agar para siswa dapat belajar dengan nyaman.