Jabarkan Analisis profil dari Persejajaran sekuen jamak

Hal yang pertama kali dilakukan adalah menganalisis secara global, lalu pada bagian yang sangat mirip (highly conserved) dari semua sekuen yang dianalisis dihapus, sehingga terbentuk sekuen yang lebih pendek. Kelemahannya adalah hanya merepresentasikan variasi dari famili sekuen. Jika beberapa sekuen memiliki elemen yang mirip maka akan menjadi bias.