Jabarkan Lagu dari Six Degrees of Inner Turbulence

Lagu pertama dari album, "The Glass Prison", adalah awal dari Twelve-step Suite, berisi lirik Mike Portnoy yang menceritakan tentang rehabilitasi dari alkoholisme, dilanjutkan pada trek album berikutnya ("This Dying Soul" di Train of Thought, "The Root of All Evil" di Octavarium, "Repentance" di Systematic Chaos dan "The Shattered Fortress" di Black Clouds & Silver Linings). "The Glass Prison" terdiri dari tiga bagian, yang mencerminkan tiga langkah awal dari dua belas langkah program AA dari Bill W. untuk rehabilitasi pecandu alkohol. Selanjutnya, lagu dimulai dengan suara akhiran lagu "Finally Free" dari Metropolis Pt. 2: Scenes from a Memory.

"Blind Faith", lirik lagu ditulis oleh James LaBrie tentang mempertanyakan keyakinan agama. Ini adalah lagu terpanjang kedua LaBrie setelah "Sacrificed Sons" dari Octavarium. Ini juga pertama kalinya ia menulis lirik lebih dari satu lagu dalam album. Selanjutnya dia juga menulis lebih dari satu lirik dalam album Octavarium.

Dalam lagu "Misunderstood", John Petrucci menulis dan memainkan solo gitar, dan kemudian membalik itu. Dia kemudian belajar cara bermain versi terbalik ini, dan setelah merekam ini, dibalik sekali lagi. Hal ini mengakibatkan solo seperti asli tetapi dengan nada berbunyi yang unik. Ia menggunakan teknik seperti itu meniru George Harrison, pada lagu Beatles "I'm Only Sleeping".

"The Great Debate" dimaksudkan untuk menjadi sebuah lagu non-partisan yang berurusan dengan topik penelitian sel induk. Lagu ini pada awalnya berjudul "Conflict at Ground Zero" berdasarkan bait lirik pada chorus, tetapi berubah pada menit terakhir karena serangan teroris 9/11 di New York City. Produser John Petrucci dan Mike Portnoy sedang berada di studio di Manhattan melakukan mixing akhir dari album pada hari tersebut dan membuat perubahan ketika semua berita mulai merujuk pada titik ledakan sebagai "Ground Zero."

Lirik untuk lagu "Disappear" ditulis oleh James LaBrie, bercerita tentang masalah kematian; lagu ini awalnya berjudul "Move On".

Lagu keenam "Six Degrees of Inner Turbulence", yang mengisi seluruh CD kedua, adalah lagu terpanjang yang pernah direkam oleh Dream Theater sampai saat ini. Saat merekam, mereka ingin menjaga durasi lagu di sekitar 20 menit, tetapi lebih dan lebih banyak ide datang yang mengakibatkan lagu menjadi panjang dua kali lipat. Menyadari bahwa mereka harus memotong "Disappear" dan "Misunderstood" untuk menjaga album pada satu CD, label rekaman mereka akhirnya terbuka untuk membuat album ganda, sesuatu yang pernah ditolak oleh label EastWest saat merekam Falling into Infinity.

Akhiran lagu "Six Degrees of Inner Turbulence" digunakan pada awalan "As I Am" di album berikutnya Train of Thought, menjadi sebuah rangkaian yang berkelanjutan dan berakhir di album Octavarium.