Jabarkan Pendirian dan tahun-tahun awal dari Michel Aflaq

Kongres pertama Partai Ba'ath Arab diadakan di Damaskus pada 1947. Aflaq mengambil posisi menonjol Amid, yang terkadang diterjemahkan menjadi 'pemimpin'; dan terpilih pada komite eksekutif beranggotakan empat anggota. Di bawah konstitusi yang diadopsi di kongres, hal ini menjadikannya pemimpin efektif dari partai tersebut, dengan kekuasaan menyeluruh atas partai tersebut; al-Bitar terpilih menjadi Sekretaris Jenderal Komando Nasional. Zaki al-Arsuzi, pemimpin Ba'ath Arab, tidak diberikan posisi apapun, atau kenggotaan dalam partai tersebut. Aflaq sebagai Amid bertanggung jawab atas urusan di ideologi dan menjadi mentor partai, sementara al-Bitar mengendalikan manajemen sehari-hari partai tersebut. Penggabungan tersebut menjadi bermasalah, beberapa anggota Partai Ba'ath pimpinan al-Arsuzi menjadi lebih sayap kiri, dan kemudian, pada masa jabatan Aflaq sebagai pemimpim menjadi sangat kritis terhadap kepemimpinannya.

Pada akhir 1940an, Aflaq dan al-Bitar memberikan pelajaran-pelajaran gratis tentang pemikiran Ba'athis, dan pada 1948 mereka mendirikan surat kabar al-Ba'ath (Indonesia: kelahiran kembali/kebangkitan). Aflaq mengetes kekuatan Partai Ba'ath saat Perang Arab–Israel 1948 setelah awal kekalahan Suriah – ia memimpin beberapa unjuk rasa menentang pemerintahan pimpinan Presiden Shukri al-Quwatli. Ia secara pribadi memimpin unjuk rasa, dan mengklaim bahwa al-Quwatli, seorang tuan tanah, merupakan seorang politikus kapitalistik dan korup, yang menuduhnya menyebabkan kekalahan tentara Suriah. Aflaq menyerukan pelengseran al-Quwatli, dan menulis beberapa artikel al-Ba'ath yang mengkritik kepresidenannya dan perdana menterinya, Jamil Mardam Bey. Aflaq kemudian ditangkap atau perintah perdana menteri al-Quwatli, Bey. Pemerintah Al-Quwali lengser dalam sebuah kudeta pimpinan perwira militer Husni al-Za'im. Al-Za'im mencekal seluruh partai, mengklaim bahwa Suriah belum siap untuk menganut demokrasi parlementer. Aflaq, yang telah bebas, ditangkap lagi pada masa kepresidenan al-Zai'm dan dikirim ke Penjara Mezzeh. Pemerintah Al-Za'im tidak berlangsung lama, dan pada Agustus 1949, ia dilengserkan, dan Hashim al-Atassi, yang terpilih secara demokratis, mengambil tempatnya. Al-Atassi mendirikan pemerintahan persatuan nasional, dan Aflaq dipilih menjadi Menteri Pendidikan, satu-satunya jabatan pemerintah yang pernah ia pegang; ia menjabat dari Agustus sampai Desember 1949. Kepresidenan Al-Attasi juga tidaklah berlangsung lama, dan pada 1951, Adib Shishakli mengambil alih kekuasaan dalam sebuah kudeta militer.

Aflaq mula-mula menyatakan dukungannya terhadap pemerintahan baru tersebut dengan meyakini bahwa ia dan Partai Ba'ath akan berkolaborasi dengan Shishakli karena mereka berbagi sentimen nasionalis Arab yang sama. Analisisnya terhadap Shishakli ternyata hanya isapan jempol, dan salah satu keputusan pertama Shishakli sebagai penguasa adalah mencekal seluruh partai politik, termasuk Partai Ba'ath. Para pemimpin dan beberapa anggota utama Partai Ba'ath kabur ke Lebanon saat menyadari tekanan pemerintah meningkat. Di Lebanon, Aflaq dan al-Bitar sepakat untuk menggabung Partai Ba'ath Arab dan Partai Sosialis Arab (PSA), pimpinan Akram al-Hawrani, untuk mendirikan Partai Ba'ath Sosialis Arab pada 1952. Partai yang baru dibentuk tersebut bekerja sebagai basis operasi melawan pemerintah Shishali – Aflaq dan sisa-sisa anggotanya juga bekerja sama dengan pasukan oposisi non-Ba'athis. Shishakli dilengserkan pada Februari 1954.