Jabarkan Subdit Tata Usaha Ditura; dari Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen

Tetapi dalam Keputusan Menteri Agama No. 1 Tahun 2001 Ditjen Bimas Kristen juga mengalami penambahan Subdit yaitu:

Subdit Pembinaan dan Pelayanan Keesaan Gereja;

Subdit Penyuluhan dan Tenaga Tehnis Keagamaan;

Subdit Lembaga Keagamaan Kristen; dan

Dengan terbitnya Peraturan Menteri Agama No. 3 Tahun 2006, terjadi lagi perubahan dalam nomenklatur struktur organisasi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen. Perubahan ini lebih membawa angin segar dalam pelayanan kepada umat Kristen di Indonesia, sebab dalam nomenklatur yang baru ini, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen telah memiliki 3 (tiga) unit eselon II yakni:

Sekretariat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen;