Jabarkan Mujahidin Indonesia Timur dari Santoso (teroris)

Tidak lama kemudian Santoso pergi ke Tamanjeka, dan bertemu dengan Bado, alias Urwah. Keduanya terlibat dalam pembunuhan dua bintara polisi di Tamanjeka pada bulan November 2012. Tubuh dari Brigadir Satu Andi Sapa dan Brigadir Sudirman ditemukan di sebuah lubang lumpur dengan kondisi tenggorokan mereka dipenggal. Sekitar 300 personel gabungan dari Polri dan TNI dari Gunung Biru di wilayah Tamanjeka ditarik mundur setelah gagal menemukan Santoso.

Pada tanggal 10 Juli 2013, dilaporkan bahwa Santoso muncul dalam sebuah video berdurasi enam menit yang diunggah ke YouTube. Ia mendeskripsikan Detasemen Khusus 88 (Densus 88)—pasukan khusus antiteror Polri—sebagai "musuh [yang] sebenarnya, dan setan yang sesungguhnya". Video kemudian telah dihapus dari YouTube.

Negara Islam Irak dan Syam

Santoso bersumpah setia kepada Negara Islam Irak dan Syam pada Juli 2014. Berdasarkan laporan dari BBC, Bahrun Naim dikatakan adalah penghubung antara Mujahidin Indonesia Timur dan ISIS.