Jabarkan Altar-altar samping dan kapel dari Basilika Santo Markus

Altar-altar samping di transept digunakan terutama oleh para umat beriman. Di salib utara, altar ini awalnya didedikasikan untuk Santo Yohanes Penginjil: mosaik di kubah di atas menunjukkan sosok tua Santo Yohanes, dikelilingi oleh lima adegan hidupnya di Efesus. Relief batu Santo Yohanes, ditempatkan di dinding timur salib pada abad ketiga belas, kemudian dipindahkan ke fasad utara gereja, mungkin ketika altar dipersembahkan kembali pada tahun 1617 untuk Madonna Nicopeia, ikon Bizantium yang dihormati dari akhir abad kesebelas/awal abad kedua belas.Lorenzetti, Venezia e il suo estuario..., pp. 189–191

Tanggal dan keadaan kedatangan ikon tersebut di Venesia tidak didokumentasikan. Kemungkinan besar salah satu dari banyak gambar suci yang diambil dari Konstantinopel pada masa Kekaisaran Latin, itu disimpan di Harta Karun Santo Markus, tanpa kepentingan khusus terkait. Ikon itu mulai menjadi penting bagi orang Venesia pada abad keempat belas ketika dibingkai dengan enamel Bizantium yang dijarah dari Pantokrator di Kontantinopel. Pada saat itu, mungkin pertama kali dibawa dalam prosesi publik untuk meminta perantaraan Perawan dalam membersihkan kota dari Maut Hitam. Ikon tersebut memperoleh peran politik sebagai paladium Venesia pada abad keenam belas ketika diidentifikasi sebagai gambar suci yang dibawa ke medan perang oleh berbagai kaisar Bizantium. Pada tahun 1589, ikon tersebut dipindahkan ke Kapel kecil Santo Isidorus di mana ikon tersebut dapat diakses oleh publik, dan kemudian ditempatkan di altar samping di salib utara. Ini pertama kali disebut sebagai Madonna Nicopeia (Nikopoios, Pembawa Kemenangan) pada tahun 1645.

Altar di salib selatan awalnya didedikasikan untuk Santo Leonardus, orang suci Frank abad keenam yang menjadi sangat populer pada masa Perang Salib karena perantaraannya dicari untuk membebaskan tahanan dari Muslim. Dia ditampilkan di kubah di atas, bersama dengan orang-orang kudus lainnya yang sangat dihormati di Venesia: Blaise, Nicholas, dan Klemens I. Altar tersebut didedikasikan kembali pada tahun 1617 untuk Salib Sejati, dan sejak tahun 1810, telah menjadi Altar Sakramen Mahakudus.

Peninggalan Santo Isidorus yang telah lama diabaikan, dibawa ke Venesia pada tahun 1125 oleh Doge Domenico Michiel (menjabat 1117–1130) sekembalinya dari ekspedisi militernya di Laut Aegea, ditemukan kembali pada pertengahan abad ke-14, dan atas prakarsa dari Doge Andrea Dandolo (menjabat 1343–1354), Kapel Santo Isidorus dibangun antara tahun 1348 dan 1355 untuk menampung mereka. Pesta tahunan (16 April) juga ditetapkan dalam kalender liturgi Venesia.

Kapel Mascoli, digunakan oleh persaudaraan homonim setelah 1618, didekorasi di bawah Doge Francesco Foscari (menjabat 1423–1457) dan didedikasikan pada 1430.

Terhadap dermaga yang mendukung kubah pusat, di kedua sisi mimbar, Doge Cristoforo Moro (menjabat 1462–1471) mendirikan atas biaya pribadinya dua altar yang didedikasikan untuk Saint Paul dan Saint James. Dermaga di belakang Altar Saint James adalah tempat peninggalan Santo Markus dikatakan telah ditemukan kembali pada tahun 1094: peristiwa ajaib itu digambarkan dalam mozaik di sisi berlawanan dari salib.