Jabarkan Pelengseran: 1966–1968 dari Michel Aflaq

Al-Razzaz, penerus Aflaq sebagai Sekretaris Jenderal, datang dari faksi pro-Aflaq. Atas nasihat al-Hafez, ia memerintahkan agar Komando Nasional menjadi badan pemerintahan de jure dari Partai Ba'ath. Ia melantik al-Bitar menjadi Perdana Menteri, Umran menjadi menteri pertahanan, Mansur al-Atrash menjadi Ketua Dewan Komando Revolusioner Nasional dan al-Hafiz menarik jabatannya sebagai Presiden Suriah. Salah Jadid, anggota Komite Militer, menanggapinya dengan menahan beberapa pendukung Umran. Umran menanggapinya dengan merombak jabatan-jabatan pro-Jadid. Perombakan paling menonjolnya adalah pemindahan Ahmad Suwaydani dari jabatan kepala intelijensi militer negara tersebut menjadi kepala Kantor Administrasi. Pada 23 Februari, sebuah kudeta yang dipimpin oleh Jadid dan Hafez al-Assad melengserkan Pemerintah Suriah dan kepemimpinan Partai Ba'ath. Aflaq meninggalkan Suriah, dan tak pernah berniat kembali ke kampung halamannya. Para anggota faksi lainnya dari partai tersebut kabur; Aflaq ditangkap dan ditahan, bersama dengan para pendukung pro-Aflaq lainnya, di sebuah rumah tamu pemerintah. Saat para penguasa baru meluncurkan ketegangan pada bulan Agustus, Aflaq berkesempatan untuk melarikan diri, dengan bantuan Nasim Al Safarjalani dan Malek Bashour, yang keduanya merupakan teman dan kolega dekat kepercayaannya, dan kemudian pergi ke Beirut, Lebanon, dan kemudian ke Brasil.

Pelengseran Aflaq menyebabkan perpecahan dalam Partai Ba'ath; partai tersebut menjadi bubar secara de facto dan dua Partai Ba'ath berdiri, yang satu Partai Ba'ath pimpinan Irak dan yang satu Partai Ba'ath pimpinan Suriah. Partai pimpinan Suriah dipimpin oleh Jadid dan para pendukungnya dan menyanjung Zaki al-Arsuzi, pendiri Ba'ath Arab pada 1940, sebagai bapak pemikiran Ba'athis, sementara partai pimpinan Irak dipimpin oleh Ahmed Hassan al-Bakr dan Saddam Hussein, yang masih menganggap Aflaq merupakan pendiri pemikiran Ba'athis. Pada Februari 1966 di Kongres Nasional Kesembilan, yang diadakan setelah kudeta yang melengserkan faksi pro-Aflaq, delegasi Irak terpecah dengan Ba'athis Suriah. Pihak Irak mengadakan Kongres Nasional Kesembilan yang sebenarnya pada Februari 1968 di Beirut, dan memilih Aflaq menjadi Sekretaris Jenderal Komando Nasional. Terpilihnya Aflaq menjadi Sekretaris Jenderal juga menandakan perpecahan akhirnya dengan al-Bitar; sebelum kongres tersebut mempersilahkan al-Bitar meninggalkan Partai Ba'ath dan berpegang pada gerakan Ba'athis secara keseluruhan.

Partai Ba'ath pimpinan Irak: 1968–1989

Aflaq pindah ke Baghdad setelah ia terpilih kembali menjadi Sekretaris Jenderal pada Februari 1968. Ia menetap disana sampai 1970, saat September Hitam terjadi, ia mengkritik sikap Ba'ath yang terlalu sedikit membantu Organisasi Pembebasan Palestina saat konflik tersebut. Saat konflik tersebur, Aflaq secara khusus melobi Yasser Arafat dan OPP. Aflaq menginginkan agar Irak ikut campur tangan; namun, al-Bakr menolak keterlibatan Irak dalam konflik semacam itu. Karena itu, Aflaq pergi ke Lebanon untuk mengasingkan diri. Pemerintahan Hafez al-Assad, Presiden Suriah, mengecam Aflaq pada 1971.