Jabarkan Western Sydney Wanderers dari Shinji Ono

Pada 28 September 2012, diumumkan bahwa Shinji Ono telah menandatangani kontrak dengan klub baru A-League, Western Sydney Wanderers di atas kontrak dua tahun sebagai Pemain kunci klub. The Wanderers awalnya mengejar mantan pemain internasional Jerman Michael Ballack, sebelum memilih untuk menandatangani Ono. Ia melakukan debut untuk Wanderers pada 6 Oktober, dalam pertandingan dengan hasil imbang tanpa gol melawan Central Coast Mariners, pada pertandingan pertama di musim pertamnya.

Ono mencetak gol pertamanya untuk klub melalui tendangan penalti dalam putaran 10 melawan Brisbane Roar. Ono mencetak dua gol yang menakjubkan untuk membantu Wanderers mengalahkan Melbourne Victory 2-1 di babak 14 pada 1 Januari 2013. Ono menghasilkan satu gol yang terbaik di A-League untuk menolong Western Sydney ke babak Grand Final A-League setelah menang 2-0 atas Brisbane Roar pada 12 April 2013.