Jabarkan Paroki Perbatasan dari Paroki Santo Gabriel, Nunukan

Pusat Paroki Nunukan di bagian utara Pulau Nunukan—yang mana berbatasan langsung dengan Malaysia—adalah pusat pemerintahan dan perdagangan di Kabupaten Nunukan. Pelabuhan Tunon Taka adalah lalu lintas perdagangan, dan imigran, dengan Tawau—yang adalah kota ketiga terbesar di Sabah. Masyarakat Nunukan banyak yang merantau ke Malaysia karena kurangnya perhatian pemerintah Indonesia khususnya dalam hal pendidikan dan ketersediaan lapangan kerja yang layak untuk penghidupan. Menurut catatan Holy Trinity Parish Tawau (Paroki Tritunggal Mahakudus Tawau) di Keuskupan Sandakan - Sabah pada tahun 2011, setengah dari umat Katolik di kota Tawau adalah dari Indonesia; 90% umat Katolik di pedesaan dan perkebunan adalah imigran. Banyaknya masyarakat yang menjadi TKI di sana menimbulkan juga masalah yaitu seringnya terjadi deportasi akibat paspor yang habis masa berlakunya, dan juga terpisahnya keluarga.

Pelayanan pastoral terutama dalam hal pelayanan bagi mereka yang dideportasi dan diperlakukan dengan tidak layak; aula pastoran menjadi tempat penginapan bagi mereka yang hendak berangkat atau dipulangkan dari Malaysia. Tantangan lainnya adalah pendampingan bagi keluarga yang ditinggalkan merantau. Satu kabar baik datang dari paroki tetangga di negeri seberang, yaitu Paroki Tawau sudah berencana mendirikan sekolah di kota Tawau khusus untuk anak-anak Indonesia. Namun masalah TKI ilegal atau ketidakmampuan memperpanjang paspor tetap belum ada solusi, anak-anak mereka tidak dapat menikmati pendidikan.