Jabarkan Laut dari Atambua

Kota ini juga dilayani oleh 2 pelabuhan laut, yaitu pelabuhan Atapupu dan pelabuhan Tegur (Teluk Gurita).

Pelabuhan Atapupu merupakan pelabuhan kargo, dan minyak, sedangkan Pelabuhan Tegur merupakan pelabuhan ferry yang melayani rute Atambua Kalabahi dan Atambua - Kupang, dan sejumlah tempat lainnya.