Jabarkan 1998 dari USS John C. Stennis

Pada tanggal 26 Februari 1998 dengan dimulainya Carrier Air Wing Seven, John C. Stennis meninggalkan Norfolk untuk penempatan perdananya, transit di Terusan Suez pada 7 Maret dan tiba di Teluk Persia pada 11 Maret 1998. Kapal melakukan perjalanan 8.020 nmi (14.850 km; 9.230). mi) dalam 274 jam, kecepatan rata-rata 29,4 knot (54,4 km/jam; 33,8 mph) untuk membebaskan USS George Washington dalam menjalankan misi Operasi Southern Watch. John C. Stennis meninggalkan Teluk Persia pada 19 Juli 1998 menuju pelabuhan asal barunya di Naval Air Station North Island di San Diego, California, tiba pada 26 Agustus 1998. Pada Oktober 1998, ia memasuki periode pemeliharaan dan peningkatan enam bulan di Pulau Utara, kembali melaut pada April 1999. Selama masa pemeliharaan, deflektor ledakan jet runtuh, melukai dua pelaut dengan parah.