Jabarkan Pengaruh dari Pemberontakan Morotai

Ujung-ujungnya, tidak ada sidang militer yang diadakan untuk mengadili segala tindakan yang terkait dengan "pemberontakan" ini, dan kebanyakan pilot yang terlibat masih terus berdinas sampai perang berakhir. Penyelidikan RAAF membuktikan keabsahan pemecatan Cobby Gibson, dan Simms oleh Jones. Atas permintaan Jones, pemerintah Australia juga melakukan penyelidikan terhadap rentetan peristiwa di Morotai yang dipimpin oleh Hakim John Vincent Barry. Sejak 16 Mei 1945, penyelidikan tersebut berfokus pada pengunduran diri dan laporan penyelundupan alkohol ilegal antara personel RAAF dan personel AS di pulau itu. Walaupun acuan Barry hanya mencakup No. 1 TAF, penyelidik juga mendengar adanya bukti kecacatan pada komando tinggi Angkatan Udara yang bisa jadi berkontribusi pada masalah struktur dan semangat personel di Morotai, terutama permusuhan antara Jones dan Bostock yang sengit dan lama atas pemisahan kendali operasional dan administratif RAAF di Pasifik.

Laporan penyelidikan lengkap dirilis bulan Oktober setelah ringkasan temuannya dirilis pada tanggal 14 September 1945. Hakim Barry tidak mempermasalahkan "buku besar" Arthur dan sikap para pilot tersebut. Barry menemukan bahwa mereka memang tulus ingin mengundurkan diri. Tidak ada aksi lebih lanjut yang diambil terhadap mereka atas "pemberontakan" itu sendiri, tetapi Caldwell dan Gibbes diadili di pengadilan militer atas keterlibatannya dalam penyelundupan alkohol, dan pangkat mereka diturunkan menjadi letnan penerbang. Barry menemukan bahwa Cobby telah "gagal mempertahankan kendalinya atas komandonya", sedangkan Cobby mempertahankan kepemimpinannya di No. 1 TAF. Cobby berpendapat bahwa meski ada "sedikit ketidakpuasan", ini adalah "tanda ketidakpuasan yang sehat di kalangan perwira tertentu yang ingin lebih banyak beraksi dalam perang daripada yang mereka lakukan sekarang. Sayangnya, 1st T.A.F. tidak berkuasa untuk memberi mereka kerjaan yang lebih penting atau menarik ..." Insiden ini tidak mengubah peran RAAF pada hari-hari terakhir perang di Pasifik dan mungkin telah mengganggu persiapan No. 1 TAF menjelang Pertempuran Tarakan. Akan tetapi, insiden ini berhasil memperbaiki situasi di Morotai dengan bertambahnya semangat pasukan berkat upaya Komodor Udara Scherger. Para "pemberontak" menganggap mereka telah mencapai sebagian besar tujuannya dengan mengubah komando No. 1 TAF dan memicu penyelidikan pemerintah.

Berita tentang pengunduran diri, penyelundupan alkohol, dan sidang militer Caldwell diliput besar-besaran di Australia. Pasca dirilisnya temuan Barry, The Daily Telegraph di Sydney berkomentar bahwa "RAAF seharusnya membuat persetujuan yang benar-benar baru. Drama ini berjalan dengan buruk dan kesalahannya banyak sekali". Berkas yang sama menyebut sidang militer Caldwell sebagai "perburuan penyihir". Meski banyak diliput, aksi ini baru dikenal dengan nama "Morotai Mutiny" beberapa tahun kemudian. Frasa ini sudah ada sejak hari-hari pertama insiden tersebut. Kapten Grup Arthur pernah menuliskannya di atas sebuah aide-mémoire. Ia kemudian mengatakan bahwa, "aliterasi tersebut tampak lebih menarik bagiku". Sesaat setelah menulisnya, ia mencoret kata "Morotai" dan menambahkan tanda tanya setelah "Mutiny". Istilah ini belum mendapat perhatian publik pada waktu itu, tetapi kata-kata asli Arthur disebut sebagai sumber nama insiden ini.