Jabarkan Tema Lirik dari Black Clouds & Silver Linings

Lirik album ditulis oleh John Petrucci dan Mike Portnoy, dan semua lagu, (kecuali satu lagu) berkisah tentang pengalaman pribadi saat-saat meresahkan atau sulit dalam hidup mereka. Sebagian besar lagu ditulis oleh Petrucci, "A Nightmare to Remember" didasarkan pada insiden mobil pada masa kecil. "The Count of Tuscany", tentang pertemuan yang sebenarnya yang ada di Tuscany, dan "Wither" tentang kesulitannya dalam proses penulisan lagu. "The Best of Times" ditulis oleh Mike Portnoy tentang ayahnya, yang meninggal karena kanker. "Saya hanya ingin menulis sesuatu yang merupakan penghargaan untuk kehidupan kami bersama-sama," kata Portnoy, yang memainkan lagu untuk ayahnya sebelum kematiannya. "The Shattered Fortress" adalah bagian akhir dari Twelve-step Suite Portnoy, mengulangi dan menyimpulkan tema dan motif dari suite yang dimulai pada album tahun 2002, Six Degrees of Inner Turbulence. Lagu yang tersisa, "A Rite of Passage", bercerita tentang masalah Freemasonry; video dari single lagu ini diedit dirilis pada 8 Mei 2009.