Coba jelasin Alur Cerita dari Castle in the Sky dong

Di pembuka film, sebuah pesawat terbang yang sedang membawa Sheeta seorang gadis yang telah diculik oleh Muska yang merupakan agen rahasia yang bekerja untuk pemerintah diserang oleh Kapten DOla dan anak-anak bajak angkasanya yang sedang mencari jimat kristal Sheeta. Di akhir bentrokan tersebut, Sheeta jatuh dari pesawat tetapi kecepatan jatuhnya diperlambat oleh jimat yang mulai bersinar. Dia secara selamat mendarat di sebuah kota pertambangan di mana dia ditemukan oleh seorang bocah bernama Pazu yang membawanya ke rumahnya untuk dirawat. Saat bangun, Sheeta terkejut karena mengetahui Pazu sedang membuat sebuah kapal udara kecil dengan maksud menemukan kota yang hilang Laputa yang mana ayahnya pernah mengambil sebuah foto saat terbang beberapa tahun sebelumnya. Sheeta memberi tahunya bahwa keluarganya tinggal di desa kecil di utara bernama Gondoa dan dia ditinggal mati ibu, ayah dan neneknya sendirian sampai Muska dan agennya menculiknya. Kemudian hari itu mereka dikejar-kejar oleh pembajak Dola dan kemudian prajurit Muska. Pada akhirnya, keduanya jatuh ke sebuah pertambangan yang terlantar di mana mereka menemui orang aneh yakni Paman Pomme yang memberi tahu mereka bahwa jimat Sheeta terbuat dari kristal "volucite" yakni sebuah bahan yang menjaga Laputa ada di langit dan tidak jatuh.

Pada saat meninggalkan si penambang, Sheeta memberi tahu Pazu bahwa nama lengkapnya adalah Lusheeta Toel Ul Laputa. Mereka kemudian tertangkap oleh Muska dan dibawa ke benteng Tedis di mana Pazu dikurung di menara gelap, dingin dan lembap sementara Sheeta dikurung di sebuah ruangan yang lebih mewah. Muska menunjukkan Sheeta sebuah robot tak aktif Bangsa Laputa dan mengungkapkan bahwa dia tahu nama rahasia Sheeta yang menyiratkan garis keturunan asli Bangsa Laputa. Muska kemudian mengancam hidup Pazu untuk memperoleh kerja sama Sheeta. Saat mereka bertemu lagi, Sheeta meminta Pazu untuk meninggalkannya dan Muska menawarkannya uang untuk pergi dan melupakan tentang Laputa.

Pazu yang merana kembali pulang, di mana dia disergap di rumahnya sendiri oleh anak-anak Dola. Setelah ditanya beberapa hal, Dola menjelaskan pada Pazu bahwa Sheeta memberitahunya untuk meninggalkannya adalah untuk melindungi dirinya. Dia juga menjelaskan bahwa sesudah Muska memiliki apa yang dia inginkan dari Sheeta, dia mungkin akan membunuhnya. Saat mendengar pesawat Goliath akan terbang untuk menemukan Laputa dengan bantuan Sheeta, Dola dan anak-anaknya bersiap menyergap dan mengambil kristalnya. Pazu meminta Dola untuk membolehkannya ikut naik pesawatnya untuk menyelamatkan Sheeta. Dola awalnya menolak tetapi kemudian mempertimbangkan kembali dan mereka segera meninggaalkan rumah Pazu untuk menyelamatkan Sheeta. Saat ini berlangsung, Sheeta membacakan sajak mantra dan secara tak terduga itu mengaktifkan jimat dan robotnya yang mengikuti Sheeta. Saat ditembak oleh meriam Muska, robot itu membalas dan berhasil menghancurkan benteng. Saat Sheeta menyuruhnya untuk berhenti, robot itu dihabisi oleh Goliath. Pazu tiba dan menyelamatkan Sheeta, tetapi Muska mendapat jimatnya.

Para bajak angkasa, ditemani oleh Pazu dan Sheeta kembali ke pesawat mereka di mana Dola menugaskan Sheeta untuk memasaka dan Pazu mengasisteni insinyur pesawat. Mereka memburu Goliath yang sedang mengikuti arah yang diindikasikan oleh jimat Sheeta menuju lokasi Laputa. Kedua pesawat tersebut tiba di Laputa esok harinya. Sheeta dan Pazu terpisah dari Dola dan menemukan kota yang kosong, tetapi ditumbuhi oleh hutan yang seperti taman dengan sebuah "pohon abadi" raksasa di pusatnya yang dipelihara oleh robot yang serupa dengan yang Sheeta temui di benteng.

Bajak angkasa Dola tertangkap dan prajurit Muska menjarah harta karun kota tersebut. Kota kuno ini sebagian sudah runtuh dan banyak ditumbuh tanaman menjalar. Kota ini menjadi contoh evolusi pamungkas teknologi levitasi kristal yang ditampilkan oleh jimat Sheeta, juga holograf, kohesi magnetik, senjata semu-nuklir dan sebuah prajurit robot. Saat mencapai jalan masuk ke bagian pusat kota, Muska menangkap Sheeta dan agennya menembaki Pazu yang melarikan diri dan membebaskan Dola.

Di pusat Laputa yang berisi kristal "volucite" sangat besar yang menjaga kota ini tetap mengapung, Muska mengenalkan dirinya sebagai Romuska Palo Ul Laputa yakni anggota garis keturunan yang lain dan dia menggunakan "kunci" kristal Sheeta untuk mengakses teknologi Laputa lebih lanjut. Dia kemudian membantai prajuritnya sendiri dan menghancurkan Goliath. Selama kerusuhan tersebut, Sheeta merebut jimat kristalnya dan kabur lalu Muska pun mengejarnya. Dia bertemu Pazu dan memberinya jimat miliknya lewat sebuah celah di dinding dan disudutkan oleh Muska di ruangan singgasana terlantar Laputa. Selama perlawanannya pada Muska, Sheeta sadar dan menjelaskan bahwa rakyat Laput meninggalkan istana karena mereka sadar bahwa manusia dimaksudkan untuk hidup di bumi dan bukan di langit. Muska menolak pendapatnya dan menembak kepangnya dan mengancam akan membunuhnya kecuali kalau jimat kristal diserahkan padanya. Pazu kemudian masuk dan mengatakan bahwa dia akan memberikan jimat kristalnya pada Muska jika dia bisa berbicara pada Sheeta, Muska mengabulkannya dan memberi waktu satu menit.

Sheeta dan Pazu membacakan "Mantra Penghancuran" yang menghancurkan kota tersebut dan menewaskan Muska. Pazu dan Sheeta terselamatkan dari reruntuhan dan terlindung berkat akar pohon raksasa dan kemudian bersatu kemabli dengan Dola dan bajak angkasanya dan meniggalkan Laputa. Saat mereka berpisah dari para bajak angkasa, Pazu membawa Sheeta ke Gondoa dan dia berjanji padanya untuk memulai hidup baru bersama. Akhir kredit menunjukkan sisa-sisa Laputa masih mengapung di orbit bersama dengan robot penjaga yang masih memelihara kebun. Ini semua karena kristal volucite yang tertancap di akar pohon inti.