Jabarkan 2000 dari USS John C. Stennis

Pada 7 Januari 2000, John C. Stennis dikerahkan ke Teluk Persia untuk membebaskan USS John F. Kennedy dalam Operasi Southern Watch. Selama pengerahan, kapal melakukan kunjungan pelabuhan ke Korea Selatan, Hong Kong, Malaysia, Bahrain, Uni Emirat Arab, Australia, Tasmania dan Pearl Harbor, sebelum kembali ke San Diego pada 3 Juli 2000.

Setelah serangan 11 September, John C. Stennis melakukan misi Noble Eagle di lepas Pantai Barat AS. Pada tahun 2000 dan 2001, John C. Stennis adalah bagian dari Carrier Group 7.