Jabarkan Nintendo DS dari Satoru Iwata

Iwata membantu dalam memimpin revitalisasi bisnis konsol genggam Nintendo, dengan mentransisikan perusahaan dari Game Boy Advance ke Nintendo DS yang berbentuk unik dan dilengkapi layar sentuh sehingga konsol ini dapat menjalankan permainan-permainan inovatif. Gagasan untuk menggunakan dua layar pada satu perangkat berawal dari Yamauchi sebelum pensiun, sementara Miyamoto menyarankan penggunaan layar sentuh. Miyamoto kemudian mempelopori pengembangan perangkat dan prototipenya. Nintendo DS terbukti menjadi sistem yang sangat menguntungkan dan menjadi konsol permainan video terlaris kedua sepanjang masa dengan penjualan lebih dari 154 juta unit, termasuk iterasi berikutnya, yang dijual pada September 2014. Pada Juni 2004, Iwata mengadakan konferensi dengan Ryuta Kawashima mengenai permainan yang dapat menarik kalangan nonpemain. Proyek tersebut kemudian menciptakan Brain Age: Train Your Brain in Minutes a Day!, yang dirilis pada Mei 2005. Iwata secara pribadi mengawasi perkembangan serial Brain Age, bahkan sebelum ditampilkan untuk publik pada hari perilisan Nintendo DS di Jepang pada 2 Desember 2004. Miyamoto mendukung karya Iwata dalam serial tersebut dan mengirim salah satu anak didiknya, Kouichi Kawamoto, untuk membantu mengembangkan permainan tersebut. Serial Brain Age diluncurkan bersamaan dengan popularitas Nintendo DS dan serial tersebut secara keseluruhan terjual lebih dari 30 juta kopi pada Desember 2008.

Iterasi berikutnya dari Nintendo DS, yakni DS Lite dan DSi, juga mengalami penjualan positif. DS Lite merupakan penyempurnaan dari DS asli, dengan tampilan layar yang lebih cerah dan desain yang lebih ramping sesuai dengan permintaan konsumen. DS Lite dirilis pada Maret 2006 di Jepang dan tiga bulan kemudian di seluruh dunia, dan akhirnya terjual hampir 94 juta unit. Statistik menunjukkan bahwa sebuah DS sering digunakan bersama dalam sebuah rumah tangga dan Iwata ingin memperluas produk tersebut dari satu perangkat per rumah tangga menjadi satu perangkat per orang. Iterasi ketiga dari konsol ini, yakni DSi, mewujudkan gagasan tersebut dengan "i" mewakili satu orang. Terlepas dari kekhawatiran bahwa pasar permainan video sudah terlalu jenuh dengan DS dan DS Lite, Iwata percaya bahwa DSi akan terjual, terutama di pasar Eropa. DSi mengikuti kesuksesan DS Lite dengan memenuhi permintaan konsumen. Selain lebih ramping, DSi memiliki dua kamera, dukungan kartu SD, pembaca audio, dan "Toko Nintendo DSi." Suksesi yang relatif cepat dari DS Lite ke DSi mematahkan pola konvensional untuk peluncuran sistem permainan; kedua produk tersebut dirilis hanya berselang 18 bulan padahal biasanya berselang 5 tahun. Iwata memandang penurunan harga secara bertahap dalam siklus lima tahun sebagai cara tidak langsung dalam memberitahu konsumen untuk menunda pembelian produk dan hukuman bagi mereka yang membelinya ketika peluncuran. Ia mengatasi masalah tersebut dengan perilisan cepat.