Jabarkan 1990–2005 dari César Pelli

Pelli dinobatkan sebagai salah satu dari sepuluh Arsitek Amerika paling berpengaruh yang masih hidup oleh Institut Arsitek Amerika pada tahun 1991. Pada 1995, ia dianugerahi Medali Emas Institut Arsitek Amerika. Pada Mei 2004, Pelli dianugerahi gelar kehormatan Doctor of Humane Letters dari Universitas Minnesota Duluth karena ia telah merancang Weber Music Hall. Pada tahun 2005, Pelli dianugerahi Distinguished Leadership Award dari Yayasan Arsitektur Connecticut.

Bangunan yang dirancang oleh Pelli selama periode ini ditandai dengan eksperimen lebih lanjut dengan berbagai bahan (baja tahan karat yang paling menonjol) dan evolusinya tentang gedung pencakar langit. One Canada Square di Canary Wharf, London (dibuka tahun 1991); Plaza Tower di Costa Mesa, California (selesai 1991); dan Kantor Pusat NTT di Tokyo (selesai 1995) merupakan proyek pendahuluan tengara yang dirancang Pelli sebelum Kuala Lumpur, Malaysia. Menara Kembar Petronas selesai dibangun pada tahun 1997, dilapisi baja tahan karat dan mencerminkan motif desain Islami. Menara Kembar Petronas adalah bangunan tertinggi di dunia sampai 2004. Tahun itu, Pelli menerima Penghargaan Aga Khan untuk Arsitektur atas desain Menara Kembar Petronas. Desain Pelli untuk Museum Seni Nasional di Osaka, Jepang, selesai tahun 2005, tahun yang sama perusahaan Pelli mengubah namanya menjadi Pelli Clarke Pelli Architects untuk mencerminkan peran yang tumbuh dari Fred W. Clarke dan putranya Rafael Pelli.