Jabarkan Papan cerita dan animasi dari My Little Pony: Friendship is Magic

Skrip yang sudah selesai dikirim ke Studio B untuk pra-produksi dan animasi menggunakan Macromedia Flash Professional 8. Tim produksi Thiessen juga diizinkan untuk memilih subjek personel kunci dengan persetujuan Hasbro; salah satu yang terpilih adalah direktur seni Ridd Sorensen. Tim Studio B membuat papan cerita yang disediakan, menggabungkan arahan dan menciptakan adegan yang menurut penulis tidak mungkin ditampilkan dalam animasi. Tim DHX Media melalui papan cerita dan proses desain, merekam dialog, dan membuat animasi papan cerita dari rekaman suara. Para animator kemudian menyiapkan pose karakter kunci, tata letak, seni latar belakang, dan elemen utama lainnya, dan mengirimkan versi ini kembali ke tim produksi di Los Angeles untuk ditinjau oleh Hasbro dengan saran dari penulis. Hasbro menerima beberapa karya seni, dimulai dengan gambar kasar hitam-dan-putih, dengan karakter yang diwarnai dan diselesaikan, dan desain penyangga, dan kemudian animasi dan sebuah potongan kasar.

Menurut Timothy Packford dari DHX Media, papan cerita adegan aksi sulit karena poin penting cerita mungkin hilang; papan cerita dan niat harus jelas. Episode dengan dialog dalam jumlah besar dapat "bersemangat dan bekerja keras karena ada begitu banyak pembicaraan". Poin penting adalah menjaga agar bidikan tetap menarik dan mengalirkan satu sama lain dengan baik, tetapi urutan aksi cenderung memiliki lebih banyak potongan daripada dialog. Seniman papan cerita dan animator juga menambahkan karakter latar belakang tanpa naskah untuk mengisi dunia. Menurut penulis Meghan McCarthy, banyak ucapan terima kasih kepada fandom, referensi budaya pop, atau easter eggs lainnya ditambahkan oleh studio. Studio animasi Filipina, Top Draw juga mengerjakan animasinya.

Masing-masing karakter utama memiliki ekspresi dan tingkah laku yang khas bagi mereka serta ekspresi umum yang mereka bagikan. Menurut tim DHX Media, mereka "menghindari[ed] ekspresi tertentu jika [pergi] di luar kepribadian [poni]". Tim kreatif menafsirkan kepribadian masing-masing karakter ke dalam tingkah laku, ekspresi wajah, alat peraga, dan lingkungan rumah. Misalnya, warna ungu Twilight menandakan royalti dan kesadaran mistis, dan tepinya yang keras dan bersudut mempersonifikasikannya sebagai kuda poni yang rapi. Contoh lain termasuk rambut pelangi Rainbow Dash yang mewakili kemampuannya untuk menyebabkan Sonic Rainboom; Rambut Fluttershy menunjukkan kelembutan, kelembutan, dan optimismenya; Tanda cutie Applejack melambangkan kesederhanaannya di rumah; Bentuk Pinkie Pie yang mirip dengan gelembung, balon, atau awan yang mencerminkan keceriaan dan kegembiraannya; dan desain Spike yang mewujudkan perbedaannya dari para kuda poni.

Faust memperkirakan bahwa waktu untuk menyelesaikan satu episode adalah satu tahun; pada satu titik, para tim secara bersamaan mengerjakan berbagai tahap dari semua 26 episode musim pertama, dan ketika musim kedua disetujui, jumlah itu naik sementara menjadi 32. Episode ditayangkan sekitar sebulan setelah selesai, meskipun jangka waktunya menjadi enam hingga delapan minggu pada musim keenam. Thiessen menjelaskan bahwa mereka telah mendorong untuk mulai bekerja pada musim kedua segera setelah musim pertama selesai untuk mencegah pergantian staf.