Saya mau tau 2012–13: Pengembangan dan Terobosan dari Mohamed Salah

Salah mencetak gol dalam debut tak resminya pada 23 Juni 2012 melawan Steaua București ketika persahabatan, dalam kekalahan 4–2. Ia membuat debut resminya dengan Basel dalam UEFA Champions League pertandingan prilem melawan klub Norwegia Molde tanggal 8 Agustus, sebagai pengganti menit ke-74. Ia membuat debut liganya pada 12 Agustus melawan Thun, bermain penuh. ia mencetak gol liganya seminggu kemudian, gol kedua dalam kemenangan 2-0 melawan Lausanne. Salah mencetak gol Europa League pertamanya dalam perempat final 11 April 2013, dengan Basel melaju ke semi-final dengan mengalahkan Tottenham Hotspur 4–1 dalam penalties setelah seri aggregat 4-4. Semi-final tanggal 2 Mei, Salah mencetak gol melawan Chelsea di Stamford Bridge, meski mereka dikalahkan 2–5 dalam aggregat. Meski kekecewaan di Eropa, Basel dengan nyaman memenangkan Swiss Super League musim 2012–13 dan finis runner-up dalam Swiss Cup.