Jabarkan Direktorat Urusan Agama; dan dari Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen

Pada tahun 2009 terbit Peraturan Presiden No. 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara dan PMA No. 1 Tahun 2010 tentang Perubahan Penyebutan dari Departemen Agama menjadi Kementerian Agama serta PMA No. 10 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama, yang menjadi motor perubahan nomenklatur terhadap Struktur Organisasi Ditjen Bimas Kristen. Dalam struktur organisasi yang baru, tetap Ditjen Bimas Kristen memiliki 3 (tiga) unit eselon II, namun berubah nomenklaturnya sebagai berikut:

Sekretariat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen;

Direktorat Urusan Agama Kristen; dan