Jabarkan Agama dan negara dari The Age of Reason

Paine juga menyerang institusi agama, menuduh para pendeta haus akan kekuasaan dan kekayaan, serta mengkritik penentangan Gereja terhadap sains. Ia menyatakan sejarah Kekristenan sebagai sejarah korupsi dan opresi dan mengkritik tindakan gereja yang lalim seperti ia mengkritik pemerintah dalam Rights of Man dan Common Sense, serta menyatakan bahwa "teori Kristen tidak lebih dari pemujaan berhala mitologis zaman dahulu, yang disesuaikan dengan kepentingan kekuasaan dan pendapatan." Serangan semacam ini membedakan buku Paine dari karya deistik lain, yang jarang menentang hierarki sosial dan politik. Paine menekankan bahwa gereja dan negara adalah institusi korup tunggal yang tidak memedulikan kepentingan rakyat - keduanya harus diubah:

Seperti yang ditulis oleh Jon Mee "Paine meyakini . . . revolusi agama adalah akibat wajar, dan bahkan prasyarat, revolusi politik yang berhasil." Menurut Davidson dan Scheick, Paine menguraikan visi "masa kebebasan intelektual, ketika nalar mengalahkan takhayul, ketika kebebasan manusia akan menggantikan penipuan imam dan kerajaan, yang merupakan efek sekunder dari legenda bodoh dan takhayul religius yang diatur secara politik." Para ahli menyebut visi ini "milenialisme sekuler" Paine dan tema ini dapat ditemui di semua karyanya—misalnya, dalam Rights of Man, ia mengakhiri buku tersebut dengan menyatakan "Dari apa yang kita bisa lihat sekarang, tidak ada reformasi dalam dunia politik yang patut dianggap tidak mungkin. Ini adalah masa revolusi, ketika semuanya dicari." Paine "mentransformasi visi milenial Protestan akan kekuasaan Kritus di Bumi menjadi gambaran utopia yang sekuler", menekankan kemungkinan "kemajuan" dan "kesempurnaan manusia" yang dapat dicapai tanpa bantuan Tuhan.