Jabarkan Modifikasi berikutnya dari Basilika Santo Markus

Selain enam belas jendela di masing-masing lima kubah, gereja ini awalnya diterangi oleh tiga atau tujuh jendela di apse dan mungkin delapan di setiap lunette. Tetapi banyak dari jendela-jendela ini kemudian ditembok untuk menciptakan lebih banyak ruang permukaan untuk dekorasi mozaik, akibatnya interiornya tidak mendapat cukup sinar matahari, terutama area di bawah galeri yang relatif gelap. Akibatnya, galeri-galeri itu direduksi menjadi jalan setapak yang sempit dengan pengecualian di ujung salib utara, selatan, dan barat di mana mereka tetap tinggal. Jalan setapak ini mempertahankan panel relief asli galeri di sisi yang menghadap ke bagian tengah gereja. Di sisi berlawanan, langkan baru didirikan.

Narteks gereja Contarini awalnya terbatas pada sisi barat. Seperti gereja-gereja Bizantium lainnya, itu meluas secara lateral melampaui fasad di kedua sisinya dan berakhir di ceruk-ceruk, yang tersisa di utara. Ujung selatan dipisahkan oleh tembok pada awal abad ke-12, sehingga menciptakan aula masuk yang dibuka di fasad selatan menuju Istana Doge dan tepi pantai. Pada awal abad ke-13, narthex diperpanjang sepanjang sisi utara dan selatan untuk sepenuhnya mengelilingi lengan salib bagian barat.

Juga, pada paruh pertama abad ke-13, kubah batu bata dataran rendah asli, ciri khas gereja-gereja Bizantium, ditutup dengan cangkang luar yang lebih tinggi yang menopang lentera bulat dengan salib. Rangka kayu yang dilapisi timah ini memberikan perlindungan lebih dari pelapukan ke kubah yang sebenarnya di bawah dan memberikan keunggulan visual yang lebih besar pada gereja.Demus, The Church of San Marco in Venice, p. 103 Berbagai model Timur Dekat telah diusulkan sebagai sumber inspirasi dan teknik konstruksi untuk kubah yang ditinggikan, termasuk masjid Al-Aqsa dan Qubbat aṣ-Ṣakhra di Yerusalem dan kerangka berbentuk kerucut yang didirikan di atas kubah Gereja Makam Suci di Yerusalem awal abad ketiga belas.