Jabarkan 2000-saat ini dari Electro-Motive Diesel

Tahun 2004 terlihat CSX Transportation memesan lokomotif SD70ACe pertamanya, yang diklaim agar lebih diandalkan, hemat BBM, dan mudah dilakukan perawatan daripada pendahulunya, lokomotif AC model SD70MAC. Model ini juga memenuhi syarat emisi EPA Tier 2 menggunakan mesin diesel dua tak 710.

Tahun 2005, Norfolk Southern memesan loko baru pertamanya, SD70M-2, penerus generasi sebelumnya, lokomotif SD70M. Seperti saudaranya, SD70ACe, SD70M-2 memenuhi syarat EPA Tier 2 dan menggunakan mesin yang sama. EMD mendapat sertifikat manajemen mutu ISO 9001:2000 dan manajemen lingkungan ISO 14001:2004.

Pada bulan Juni 2004, The Wall Street Journal mempublikasikan berita yang menyatakan bahwa EMD siap untuk dijual. Pada tanggal 11 Januari 2005, Reuters mempublikasikan berita yang menyatakan penjualan terhadap "dua grup usaha swasta AS" kemungkinan akan diumumkan "minggu ini". Konfirmasi muncul pada hari berikutnya, dengan siaran pers yang dikeluarkan oleh General Motors, menyatakan setuju untuk menjual EMD kepada persekutuan yang dipimpin oleh Greenbriar Equity Group LLC dan Berkshire Partners LLC. Perusahaan yang dilepas itu disebut Electro-Motive Diesel, Incorporated, dan tetap memakai nama EMD. Penjualan ditutup pada tanggal 4 April 2005.

Tanggal 1 Juni 2010, Caterpillar Inc. mengumumkan bahwa perusahaan itu setuju untuk membeli Electro-Motive Diesel, Inc. dari Greenbriar, Berkshire, dkk. seharga $820 juta USD. Anak perusahaan yang dimiliki sepenuhnya oleh Caterpillar, Progress Rail Services Corporation, berhasil menyelesaikan transaksi pada tanggal 2 Agustus 2010, membentuk Electro-Motive Diesel, Inc. sebuah anak perusahaan yang dimiliki sepenuhnya oleh Progress Rail Services. Walaupun Caterpillar mengumumkan bahwa John S. Hamilton akan melanjutkan tugasnya sebagai presiden dan CEO perusahaan EMD setelah penutupan transaksi, Mr. Hamilton meninggalkan EMD dengan alasan tidak ditentukan di akhir Agustus 2010.