Jabarkan Lagu dari Train of Thought

Lagu pertama, "As I Am" dimulai dengan akhiran synth / chord orkestra Six Degrees of Inner Turbulence.

Beberapa lirik "As I Am" terinspirasi oleh tur musim panas 2003 Dream Theater dengan Queensryche, dijelaskan oleh Mike Portnoy sebagai "seri acara yang menjengkelkan." Menurut Portnoy, gitaris Queensryche Mike Stone mencoba memberikan John Petrucci tips bermain gitar, yang mengarah Petrucci untuk menulis lirik: "Don't tell me what's in, tell me how to write".

"This Dying Soul" melanjutkan Twelve-step Suite Mike Portnoy, yang dimulai dengan "The Glass Prison" dialbum Six Degrees of Inner Turbulence dan kemudian dilanjutkan dengan "The Root of All Evil" pada Octavarium, "Repentance" di Systematic Chaos, dan berakhir dengan "The Shattered Fortress" di Black Clouds & Silver Linings. Lagu-lagu ini berbagi beberapa lirik dan melodi. Misalnya, lagu ini memiliki riff dari "The Glass Prison", yang terdengar di awal lagu bagian "Release".

"Honor Thy Father" berisi mengenai ayah tiri Mike Portnoy. Ketika ditanya tentang apa yang mengilhaminya untuk menulis lagu itu, ia menyatakan dalam sebuah IRC: "Saya tidak pandai menulis lagu-lagu cinta, jadi saya memutuskan untuk menulis lagu bertema KEBENCIAN !!!" Beberapa gumaman yang terdengar dalam lagu "Honor Thy Father" diambil dari film Paul Thomas Anderson, Magnolia , dalam adegan ketika karakter Jason Robards berbicara dengan Philip Seymour Hoffman mengenai penyesalan dalam hidup. Ada juga bagian yang diambil dari film At Close Range di mana adegan Sean Penn dan Christopher Walken dapat didengar sedang berdebat. Sampel suara lainnya yang terdengar selama bridge diambil dari film Ordinary People, The Royal Tenenbaums, dan Oz.

Lirik "Vacant" terinspirasi oleh putri James LaBrie, yang secara mendadak menderita koma singkat setelah kejang selama tiga hari sebelum ulang tahunnya yang ketujuh.

"Stream of Consciousness" adalah lagu instrumental terpanjang Dream Theater sampai saat ini.

Dari menit 0:56 dan seterusnya dari "In the Name of God", terengar himne perang sipil Amerika "(Himne Pertempuran Republik)". Jordan Rudess memainkan not akhir dalam album (terdengar pada menit 14:06 dari "In the Name of God") yang juga merupakan not pertama dari lagu pertama album Octavarium, "The Root of All Evil".