Jabarkan Kematian dari Isabella Maria

Isabella meninggal di Istana Schönbrunn pada tahun 1763, seminggu setelah melahirkan. Ia dimakamkan di kubah Maria Theresa di Kaisergruft, Wina. Joseph sangat berkabung akan kematian istrinya.

Pernikahan keduanya (Januari 1765 – Mei 1767) dengan Putri Maria Josepha dari Bayern tidak bahagia dan tidak menghasilkan keturunan. Selanjutnya, pada bulan Agustus 1765, ayah mertua Isabella, Franz I, Kaisar Romawi Suci meninggal, dan Joseph menggantikannya sebagai Kaisar Romawi Suci dengan gelar Joseph II. (Pada tahun 1767, Maria Josepha meninggal karena variola.)

Isabella telah meramalkan bahkan sebelum kematiannya bahwa putrinya juga akan meninggal tak lama kemudian. Ramalannya menjadi kenyataan pada tanggal 23 Januari 1770, ketika Adipati Agung Maria Theresa meninggal karena terjangkit Pleuritis pada usia tujuh tahun. Joseph sangat sedih dengan kematian putri tunggalnya, ia menarik diri dari kehidupan publik.