Jabarkan Estudiantes dari Duván Zapata

Pada 27 Juli 2011, bergabung dengan Estudiantes dengan status pinjaman seharga $120.000 dengan opsi bagi Estudiantes untuk membeli seharga $1,2 juta. Pada debutnya, Zapata mencetak gol dalam kemenangan 3-2 melawan Belgrano. Selama tahun pertamanya bersama Estudiantes, Zapata kadang-kadang tampil bersama tim cadangan mereka. Meskipun demikian, ia masih berhasil mencetak empat gol dalam delapan pertandingan di Torneo Clausura 2012. Tahun tersebut, baik dalam Apertura maupun Clasura, Zapata mencetak 5 gol dalam 11 pertandingan. Pada musim panas 2012, Estudiantes membeli separuh hak bermain Zapata dari América de Cali.

Untuk musim 2013–13, Zapata menjadi bagian dari starting 11 Estudiantes, akhirnya menjadi bagian fundamental dari tim dan menarik minat dari banyak klub Eropa seperti Beşiktaş, setelah mencetak 16 gol dalam 33 pertandingan.

Pada Juli 2013, klub Premier League West Ham United mengajukan permohonan untuk izin kerja Inggris untuk Zapata menjelang kemungkinan transfer dari Estudiantes. Meskipun tidak memenuhi persyaratan biasa untuk izin tersebut, West Ham berusaha untuk mengamankan kepulangannya dengan mengklaim bahwa ia adalah "bakat khusus" yang akan meningkatkan permainan sepak bola Inggris. Namun, pemilik West Ham segera mengumumkan di media sosial bahwa mereka mundur dari kesepakatan tersebut, bahkan setelah setuju pada biaya ₤6,7 juta dengan Estudiantes.