Jabarkan Skuadron Blokade Teluk Barat dari USS Octorara (1861)

Pada tanggal 11 September 1863, Lt. Komdr. W. W. Low menggantikan Komdr. Collins sebagai pemimpin Octorara. Setibanya di New Orleans, Louisiana, 19 Oktober 1863, kapal uap ini bergabung dengan Skuadron Blokade Teluk Barat. Sejak November hingga Maret 1864, kapal ini membantu pengepungan Mobile, Alabama dengan mengebom Fort Powell di pintu masuk Mississippi Sound pada 16–29 Februari.

Tanggal 5 Agustus, Octorara terlibat dalam Pertempuran Mobile Bay. Jalur pelayarannya melewati Fort Morgan yang sedang diserang Brooklyn. Skuadron Farragut berlayar melewati benteng-benteng tersebut ke arah Mobile Bay, menyerang dan menaklukkan kapal tubruk Konfederasi CSS Tennessee dan kapal senjata CSS Selma. Octorara terkena 17 tembakan selama pertempuran berlangsung. 1 awaknya tewas dan 10 lainnya cedera. Kapal ini terus beroperasi di dekat Mobile sampai Juli 1865, menembaki benteng-benteng, dan ikut menaklukkan kota ini pada tanggal 12 April 1865.