Jabarkan Perang Dingin dari Berlin S-Bahn

Karena pertentangan antara Timur dan barat semakin menguat dengan munculnya Perang Dingin, Berlin S-Bahn segera menjadi salah satu korban dari perselisihan tersebut. Meskipun layanan terus dilakukan di seluruh wilayah pendudukan, titik pemeriksaan dibangun di perbatasan menuju Berlin Timur dan pemeriksaan bea cukai dilakukan di dalam kereta. Mulai tahun 1958 dan seterusnya, beberapa kereta S-Bahn berjalan tanpa berhenti melewati sektor barat dari stasiun di Berln Timur menuju stasiun yang terletak di Jerman Timur untuk menghindari kebutuhan untuk melakukan pengendalian tersebut. Pegawai Jerman TImur dilarang untuk menggunakan S-Bahn karena akan melewati wilayah Berlin Barat.

Sektor barat dari kota secara fisik terpisah dari Jerman Timur pada 13 Agustus 1961, dengan batas yang kemudian diberi nama Tembok Berlin, dalam sebuah rencana yang dipersiapkan baik untuk memisahkan kedua bagian kota yang terbelah – dan pada saat yang sama, untuk memisahkan jaringan transportasi umm Berlin ke dalam dua sistem terpisah. Layanan Stadtbahn dibatasi pada kedua arah di Stasiun Friedrichstraße. Stasiun ini secara fisik dipisahkan ke dalam dua wilayah terpisah, satu untuk penumpang dari Timur dan satu untuk Barat. Meskipun stasiun berada di dalam Berlin Timur, penumpang barat dapat berpindah antar jalur S-Bahn atau jalur U-Bahn tanpa melewati pemeriksaan perbatasan, sama seperti penumpang yang berpindah pesawat di bandara internasional. GDR juga mengoperasikan sebuah toko transit di bagian stasiun yang melayani perjalanan dari Berlin Barat, di mana penumpang tiba dari Berlin Barat (lagi tanpa melewati pemeriksaan perbatasan) dapat membeli barang mewah seperti rokok dan minuman beralkohol dengan harga yang lebih rendah (dibandingkan dengan harga di Berlin Barat), menyediakan pembayaran dengan kurs tetap, dengan ditambah fakta bahwa pembeli di toko transit tidak membayar pajak Jerman Barat pada pembelian mereka. Otoritas Berlin Barat sebenarnya menyadari akan situasi ini namun tidak meberlakukan kontrol bea cukai yang lebih ketat pada pembelian tersebut karena pertimbangan politis. Stasiun Friedrichstraße juga menjadi pintu masuk utama bagi pengendara kereta api maupun kereta bawah tanah dari Berlin Timur menuju Berlin Barat. Layanan pada Nord-Süd-Bahn dioperasikan khusus bagi penumpang dari barat. Sistem ini melewati sebagian kecil dari wilayah Berlin Timur di pusat kota, dan kereta tidak berhenti di stasiun S-Bahn bawah tanah Berlin Timur, yang kemudian dijuluki Stasiun Hantu. Sama dengan hal tersebut, layanan Ringbahn di utara kota dibatasi di Gesundbrunnen dari barat dan Schönhauser Allee dari timur, di bagian tenggara kota di Sonnenallee dan Köllnische Heide dari barat dan Treptower Park dan Baumschulenweg dari timur.

Karena S-Bahn dioperasikah oleh DR, penduduk Berlin Barat meluapkan frustasi mereka atas pembangunan tembok dengan memboikot S-Bahn karena tarifnya dianggap memberikan subsidi bagi rezim Komunis di Timur. "Keinen Pfennig mehr für Ulbricht," atau "tidak ada satu pennypun bagi Ulbricht," menjadi slogan bagi penentang S-Bahn. Dalam beberapa hari setelah pembangunan Tembok Berlin, BVG, dengan batuan dari perusahaan transit lainnya di Jerman Barat, menyedakan "solidaritas dengan bus Berlin" – layanan bus baru yang paralel dengan jalur S-Bahn yang kemudian membuat menjadi moda alternatif. Setelah beberapa tahun mengalami penurunan jumlah penumpang dan kesulitan hubungan industrial antar pekerja Berlin Barat dan Jerman Timur, sebagian besar bagian barat dari S-Bahn ditutup pada bulan September 1980 karena sebuah pemogokan. Sebuah layanan 20 menit masih disediakan pada Stadtbahn dari Westkreuz menuju Friedrichstraße bersama dengan layanan pada Nord-Süd-Bahn antara Frohnau, Friedrichstraße, Lichtenrade, atau Wannsee.

Dalam kontrasnya, pada jangka waktu yang sama, layanan pada S-Bahn di Berlin Timur meningkat dan jalur baru dibangun karena proyek perumahan berkembang ke timur dari pusat kota. Dengan sebagian besar dari U-Bahn berada di Berlin Barat, S-Bahn menjadi tulang punggunr jaringan transportasi di Berlin Timur.

Insiden pada tahun 1980 membelokkan perhatian media dan pemerintah kepada apa yang masih tersisa dari jaringan S-Bahn di berlin Barat. Pemerintah kota memutuskan melakukan negosiasi dengan Jerman Timur yang akhirnya berlangsung sukses. Pada 9 januari 1984, BVG mengambil alih tanggung ajwab untuk mengoperasikan layanan S-Bahn di Berlin Barat. Setelah terjadi penutupan pada hari yang sama, sebauh layanan terbatas kembali dilakukan, pada awalnya hanya merupakan dua bagian pendek tanpa perhentian di tengah perjalanan. Antara tahun 1984 dan 1989, beberapa jalur secara bertahap dibuka, menghasilkan jaringan sepanjang 71 km (44 mi) dan tiga jalur - dengan satu jalur pada Stadtbahn dan dua pada Nord-Süd-Bahn - yang meliputi sekitar 50% dari seluruh jaringan Berlin Barat sebenarnya. Perkembangan ini membuat S-Bahn Berlin Barat kembali populer di masyarakat.

Hingga tahun 1984, semua rute Berlin S-Bahn dialokasikan dengan pemberian nama huruf untuk mengidentifikasi rute di dalam kereta. Huruf tersebut kadang kala diikuti dengan angka romawi untuk menunjukkan percabangan dari jalur (contoh, A, BI, BII, C,) dan masih digunakan secara internal oleh Berlin S-Bahn GmbH untuk pengaturan waktu dan untuk mempermudah komunikasi pada masing-masing kereta. Saat BVG mengambil alih tanggung jawab operasional layanan S-Bahn di Berlin Barat pada tahun 1984, diperkenalkan sistem identifikasi baru untuk menyamakan skema penomoran bagi S-Bahn dan U-Bahn, yang juga mereka operasikan. Rute U-Bahn yang sudah ada diberi pertanda huruf U, dengankan nomor rute S-Bahn diawali dengan huruf S. Sistem penomoran ini digunakan di kota Jerman Barat lainnya dan diperpanjang ke seluruh layanan S-Bahn di seluruh kota setelah penyatuan.