Jabarkan Pengoperasian kembali dari Stasiun Kedundang

Sehubungan dengan pembangunan Bandara Internasional Yogyakarta di Temon, Kulon Progo, muncul wacana untuk mengaktifkan kembali Stasiun Kedundang sebagai stasiun sub penghubung untuk menuju bandara. Terkait dengan hal tersebut, bangunan lama stasiun beserta seluruh fasilitas dan rumah dinas, kecuali gardu persinyalan blok intermediet, sudah dirobohkan karena terkena dampak pembangunan jalur baru stasiun tersebut menuju bandara YIA.

Sejak 18 Agustus 2021, stasiun ini resmi dioperasikan kembali ditandai dengan switch-over persinyalan elektrik. Bangunan stasiun lama yang berada di sisi selatan jalur rel sudah digantikan dengan bangunan baru di sisi utara jalur rel. Sistem persinyalan blok intermediate yang digunakan di stasiun ini selama masa nonaktifnya kini telah dibongkar dan digantikan dengan sistem persinyalan elektrik produksi Len Industri. Stasiun ini kembali memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus arah Kutoarjo, jalur 2 merupakan sepur lurus arah Yogyakarta sekaligus sepur raya percabangan jalur lintas bandara tersebut, dan jalur 3 juga merupakan sepur raya seperti halnya jalur 2. Kemudian pada tahun 2022, dibangun satu jalur belok baru di dekat ruang PPKA baru sehingga jumlah jalur bertambah menjadi empat. Jalur belok baru tersebut dijadikan sebagai jalur 1 yang baru sehingga penomoran jalur-jalur eksisting di stasiun ini diubah dengan menambah semua nomor jalurnya dengan angka satu.