Jabarkan Perpecahan dari Kekhanan Chagatai

Kekhanan menjadi semakin tidak stabil pada tahun-tahun berikutnya dan terpecah menjadi dua selama tahun 1340-an. Transoxania diperintah oleh Qazan Khan ibn Yasau . Pada tahun 1346 seorang kepala suku, Amir Qazaghan, membunuh Qazan dan menjadikan Danishmendji sebagai boneka khan. Danishmendji dibunuh setahun kemudian dan diganti dengan Bayan Qulï. Qazaghan menjadikan Herat sebagai anak sungai pada tahun 1351. Ia dibunuh pada tahun 1357 dan digantikan oleh putranya Abdullah, yang membunuh Bayan Qulï pada tahun 1358. Hal ini menimbulkan kemarahan para penguasa lokal seperti Hajji Beg, paman Timur Lenk. Hajji mengusir Abdullah ke Hindu Kush, di mana dia meninggal. Sejak saat itu Chagatai khan dari Transoxania tidak lebih dari sekedar boneka sampai dianeksasi oleh Kekaisaran Timuriyah.

Di timur, Dughlat yang kuat menobatkan putra Esen Buqa I, Tughlugh Timur sebagai khan dari Moghulistan pada tahun 1347. Pada tahun 1350, Tughlugh masuk Islam. Pada 1360, Tughlugh menginvasi Transoxania dan menaklukkannya. Hajji Beg melarikan diri saat menghadapi kekuatan yang luar biasa. Timur Lenk melayani Tughlugh dan diangkat menjadi penguasa Shahr-i Sebz. Setelah Tughlugh meninggalkan Transoxania, Hajji Beg kembali namun diusir lagi oleh Tughlugh. Hajji Beg dibunuh di dekat Sebzewar. Tughlugh memperluas wilayahnya ke Afghanistan dengan mengalahkan Amir Husain. Jadi Khekhanan Chagatai dipulihkan di bawah Tughlugh. Setelah kematiannya pada tahun 1363, Timur dan Amir Husain mengambil alih Transoxiana. Timur dan Amir Husain memaksa penerus Tughlugh, Ilyas Khoja keluar dari Transoxania, dan kemudian Timur menyingkirkan Amir Husain juga, menguasai Transoxiana (1369–1405). Seperti pendahulunya, Timur mempertahankan khan boneka atas tahta untuk melegitimasi pemerintahannya, tetapi khannya dari anggota keluarga Ögedei, bukan keturunan Chagatai.