Jabarkan Perang Tiga Puluh Tahun dari Sachsen-Weimar

Pada saat pecahnya Perang Tiga Puluh Tahun, John Ernest didukung oleh warga Kristen Protestan dari Kerajaan Bohemia dibawah pimpinan rajanya, Frederick V, yang terkalahkan pada tahun 1620 pada Pertempuran Gunung Putih. Gelarnya dihapus oleh Kaisar Ferdinand II, ia masih melanjutkan peperangan melawan dinasti Habsburg yang beragama Katolik dan terbunuh oleh pasukan dari Ernst von Mansfeld dari Hungaria pada tahun 1626.

Saudara John Ernest, Wilhelm, melakukan negosiasi terhadap Kekaisaran Romawi bersama sepupunya dari Keluarga Albertine pada masa setelah kematian Raja Gustavus Adolphus. Ia melakukan negosiasi ini berdasarkan Perjanjian Damai Praha pada tahun 1635. Wilhelm mengadakan negosiasi untuk meminta persetujuan dari Kekaisaran untuk memerangi Jenderal Bernard, yang lari ke Prancis dibawah perlindungan Kardinal Richelieu. Namun, seperti kebanyakan negara-negara kecil di wilayah Jerman, Kadipaten Sachsen-Weimar juga dilanda oleh wabah pes bubo.

Pada tahun 1638 saat Kadipaten Sachsen-Eisenach dan Kadipaten Sachsen-Coburg menjadi punah karena kematian John Ernest, Wilhelm dari Sachsen-Weimar mewarisi bagian wilayah yang cukup luas. Pada tahun 1640 Ia melibatkan dua adiknya, Ernest I dan Albert IV, Adipati Sachsen-Eisenach, untuk membangun kembali Kadipaten Sachsen-Gotha dan Kadipaten Sachsen-Eisenach yang punah sejak kematian Adipati Albert pada tahun 1644.

Pembangunan kembali wilayah Kadipaten Ernestine terjadi pada tahun 1672 setelah Frederick William III, Adipati Sachsen-Altenburg (keturunan dari John Philip) meninggal tanpa permaisuri. Dan sepupunya Johann Ernest II mewarisi kadipaten yang ditinggalkannya yang sebenarnya telah berada dalam naungan Kadipaten Sachsen-Weimar sejak tahun 1602. Johann Ernest II lalu membagi wilayah besar Kadipaten Sachsen-Weimar untuk dirinya sendiri dan adiknya, John George I dan Bernhard II yang memangku Kadipaten Sachsen-Eisenach dan Kadipaten Sachsen-Jena. Namun keduanya kembali tergabung pada Kadipaten Sachsen-Weimar setelah kematian Johann Wilhelm, Adipati Sachsen-Jena pada tahun 1690.