Jabarkan Divisi Erfurt dan kekuasaan dari Johann Ernest dari Sachsen-Eisenach

Pada Diet Speyer tahun 1570, Kaisar memutuskan untuk mengembalikan hak penguasaan wilayah kepada tiga anak John Frederick II. Namun, Frederick Heinrich (kakak John Ernest) meninggal pada tahun 1572 karena tipus. Akhirnya Divisi Erfurt dibuat dengan isi bahwa Kadipaten Sachsen dibagi menjadi dua bagian, yakni Kadipaten Sachsen-Weimar yang dikuasai Johann Wilhelm dan Kadipaten Sachsen-Coburg-Eisenach yang dikuasai dua bersaudara John Ernest dan John Casimir. Karena usia yang masih sangat belia, kekuasaan di Sachsen-Coburg-Eisenach dijalan dengan beberapa pelindung, yakni Frederick III dari Palatine (kakek dari pihak ibu), Johann George dari Brandenburg dan Augustus dari Sachsen.

Ibunya, Elisabeth berpindah ke Austria untuk menemani ayah mereka yang berada dalam penahanan kaisar. Dua bersaudara ini kemudian pindah ke Coburg, dimana disana mereka akan menjalankan pemerintahan. Pada tahun 1578, ia menjalani pendidikan di Universitas Leipzig bersama kakaknya. Pada tahun 1586, setelah pernikahan kakaknya dengan Anna dari Sachsen, putri dari Elektor Augustus, perlindungan kekuasaan yang terjadi terhadap dua bersaudara ini berakhir dan keduanya resmi memulai pemerintahan sendiri di Sachsen-Coburg-Eisencah. Kepemimpinan bersama ini bertahan hingga sepuluh tahun berikutnya dan setelah itu kadipaten Sachsen-Coburg-Eisenach dibagi menjadi dua. John Ernest yang sebelumnya tinggal di Marksuhl diserahi kekuasaan Kadipaten Sachsen-Eisenach dan John Casimir tetap di Sachsen-Coburg.

Di 1598 John Ernst membuat semacam Pemerintahan Federal (Landesregierung) dan sebuah Konsistorium. Pada tahun 1633 kakaknya, John Casimir meninggal dunia tanpa meninggalkan seorang putra. Karena hal ini, John Ernst mewarisi Sachsen-Coburg dan memerintah dua wilayah ini (dengan ibu kota di Eisenach hingga kematiannya pada tahun 1638.