Jabarkan Dukungan Bung Karno dari Partai Komunis Kalimantan Utara

Bung Karno, Presiden Indonesia saat itu, terkenal sangat anti imperialisme dan menganggap Federasi Malaysia tidak lebih dari sekadar produk imperialis Inggris untuk mempertahankan eksistensinya di Asia Tenggara serta mengganggu jalannya Revolusi Nasional Indonesia. Hal tersebut menjadi alasan Bung Karno untuk menyerukan penghancuran ‘negara boneka’ Malaysia tersebut, dikenal dengan istilah Ganyang Malaysia. Pemerintahan Bung Karno mengikutsertakan sebagian rakyat Kalimantan Utara yang juga menolak pembentukan Federasi itu.

Menurut buku sejarah Kodam XII/Tanjungpura, Tandjungpura Berdjuang, sikap Indonesia yang menentang pembentukan Malaysia berhubungan dengan

politik luar negerinya yang anti kolonialisme dan imperialisme dalam segala bentuknya. Indonesia menganggap pembentukan Malaysia hanya kedok dari

Inggris dan sekutunya untuk tetap berkuasa di Asia Tenggara dalam bentuk neo-kolonialisme, dan kemudian mengepung Indonesia. Menurut M.C. Ricklefs, banyak pemimpin Indonesia menganggap Malaya (PTM) tidak benar-benar merdeka karena tidak terjadi suatu revolusi. Mereka merasa tidak senang dengan keberhasilan Malaya di bidang ekonomi, merasa curiga dengan tetap hadirnya Inggris di sana dengan pangkalan-pangkalan militernya, dan merasa tersinggung karena Malaya dan Singapura membantu PRRI. Selain itu dapat pula ditambah alasan adanya keinginan agar Indonesia

memainkan peran yang lebih besar di dalam masalah-masalah Asia Tenggara. Hal serupa dikemukakan Hilsman dalam bukunya To Move a Nation seperti yang dikutip dari Cold War Shadow:

“Oposisi Indonesia terhadap Malaysia merupakan bagian dari ekspresi 'nasionalisme baru' mereka yaitu Jakarta ingin berdiri tinggi dalam permasalahan internasional, terutama yang berkaitan dengan kekuatan kolonial sebelumnya... Sukarno, terlebih lagi, menekankan bahwa Inggris tidak pernah benar-benar berbicara dengan Indonesia mengenai rencana pembentukan federasi.”

Bung Karno menugaskan salah satu menterinya, Oei Tjoe Tat, untuk menggalang kekuatan warga Tionghoa Kalimantan Utara yang Anti-Malaysia untuk mendukung konfrontasi melawan Malaysia dan Inggris. Pasukan tersebut membentuk Paraku-PGRS dan berada di bawah komando seorang perwira Angkatan Darat yang dekat dengan kelompok kiri, yakni Brigadir Jenderal Supardjo, yang ketika itu menjabat sebagai Panglima Komando Tempur IV Mandau. Soebandrio bertemu dengan sekelompok pemimpin, hampir 900 orang Tionghoa Kalimantan Utara berkenan pindah ke daerah Kalimantan Barat untuk diberi pelatihan kemiliteran dan dipersenjatai olehmereka di Bogor, dan Nasution mengirim tiga pelatih dari Resimen Para Komando Angkatan Darat (RPKAD) Batalion 2 ke Nangabadan yang dekat dengan perbatasan Serawak. Di sana terdapat sekitar 300 orang prajurit yang akan dilatih. Sekitar 3 bulan kemudian, dua letnan dikirim ke sana. Buku Sejarah Tentara Nasional Indonesia (TNI) Jilid IV (1966-1983) mengakui bahwa Paraku-PGRS adalah pasukan yang dilatih dan dipersenjatai oleh TNI. Buku itu juga menyebutkan, para anggota kedua pasukan itu adalah orang-orang Tionghoa pro-komunis yang diandalkan oleh pemerintah Indonesia untuk menghadapi Malaysia-Inggris. Namun, Paraku-PGRS juga mengorganisir orang-orang dari suku Dayak dan Melayu untuk melakukan serangkaian penyusupan ke wilayah Kalimantan Utara seperti Sarawak dan Brunei.