Jabarkan NAMRU-2 di Indonesia dari NAMRU-2

Unit NAMRU-2 di Jakarta Indonesia mulai dibicarakan pada tahun 1968 antara Kementrian Kesehatan Indonesia dengan pihak Amerika Serikat sebagai unit terpisah dari fasilitas yang berada di Taipei, Taiwan. Unit ini kemudian secara resmi didirikan pada tahun 1970 atas undangan resmi dari perwakilan Kementrian Kesehatan Indonesia. Menyusul kekalutan politik di Manila, unit induk resmi pindah ke Jakarta pada tahun 1991 dan Unit di Manila ditutup pada bulan Juni 1994.

NAMRU-2 Jakarta menempati lokasi sebesar 5.670 meter persegi yang terdiri dari laboratorium, kantor, dan tempat penyimpanan yang berada di tiga gedung yang berbeda yang terdapat di kompleks Kementrian Kesehatan Indonesia (Badan LITBANGKES). Fasilitas ini juga dilengkapi dengan fasilitas penyimpanan binatang yang telah diakreditasi oleh Asosiasi Akreditasi AS Untuk Perawatan Hewan Laboratorium - American Association for the Accreditation of Laboratory Animal Care (AAALAC). Didalamnya juga termasuk 220 meter persegi laboratorium BL3 yang dipindahkan dari lokasi sebelumnya di Korea. Selain fasilitas yang berada di Jakarta, fasilitas lain yang cukup modern dan lengkap adalah fasilitas riset seluas 418 meter persegi yang terdapat di Jayapura, Irian Jaya. Staf NAMRU-2 terdiri dari 175 pegawai Indonesia dan 19 pegawai A.S.

Pada tahun 2001 sebuah buku berjudul Evaluasi Program: Perspektif Departemen Pertahanan Amerika Serikat akan Munculnya Sistem Penanggulangan dan Pengawasan Penyakit Menular Global (Perspectives on the Department of Defense Global Emerging Infections Surveillance and Response System: a program review) diterbitkan di Washington DC, AS. Buku ini mengulas banyak program yang dilakukan NAMRU-2 di Indonesia termasuk kerjasamanya dengan WHO. Diantaranya upaya pengawasan penyakit influenza di Indonesia yang dinilai lemah karena banyak penolakan dalam teknik pengambilan sampel spesimen nasopharyngeal, sehingga hasil akan lebih baik apabila sampel ini dilakukan di tingkat internasional. Hasil evaluasi juga menyatakan sampel yang dikirim ke beberapa tempat, termasuk Australia, memiliki tingkat koordinasi rendah untuk pelaporan kembali. Pengawasan penyakit Tuberkolosis (TB) di Indonesia juga dinilai lemah, banyak kasus TB tidak terdiagnosis diseluruh pelosok negeri. Laboratorium di Indonesia tidak dilengkapi dengan kemampuan diagnosis dan monitor resistensi kuman terhadap obat yang diberikan, sehingga mengancam populasi warga negara AS yang tinggal di Indonesia  Kasus HIV mulai muncul dan dikhawatirkan apabila virus HIV mulai berjalin dengan kuman TB maka kasus TB akan meningkat secara drastis. NAMRU-2 juga mendapatkan tantangan sumber daya dengan adanya permintaan pelatihan pelatihan dari Kementrian Kesehatan untuk berbagai hal. Di antaralain penelitian yang diminta untuk dilakukan di Perguruan Tinggi di Indonesia, namun masalahnya hasil penelitian Perguruan Tinggi di Indonesia tidak memiliki saluran langsung yang bisa berdampak pada penanggulangan kesehatan di Indonesia.