Jabarkan Menjadi elektor dari Johann Friedrich I dari Sachsen

Pada tahun 1532, Johann Friedrich menggantikan ayahandanya menjadi Elektor Sachsen. Pada mulanya, ia berkuasa bersama saudaranya, Johann Ernst, tetapi sejak tahun 1542 ia menjadi penguasa tunggal.

Kanselir Brück, yang telah menjadi agen urusan politik luar negeri negara, dipertahankan pada tugasnya tersebut. Namun, sifat impulsif yang dimilikinya sering kali membuatnya berbuat berlebihan sebagai penasehat negara dan tindakannya ini sering membahayakan negara. Hal ini terjadi karena kelalaian Johann Friedrich yang merupakan politikus yang kurang bisa berpikiran jauh.

Ia mempererat persatuan gereja dengan memberlakukan peraturan baru pada tahun 1542 dan memperbarui peraturan gereja. Dalam Liga Schmalkaldic ia dikenal memimpin lebih tegas dan lebih konsisten dari ayahandanya. Ia juga dikenal sebagai penganut fanatik Lutheran. Hal ini membuatnya mendapat masalah dengan Landgraf Hesse, yang berafiliasi dengan bangsa Swiss dan Strasburg yang beraliran Evangelis. Ia menentang kebijakan dari Paus Klemens VII dan Paulus III untuk meminta bantuan kepada Dewan Jenderal Kristen untuk menyelesaikan masalah ini, karena ia meyakini bahwa tindakan ini akhirnya mengarah pada pemeliharaan kekuasaan paus dan peraturan mengenai perlakuan pada pihak yang anti terhadap paus. Ia lalu gencar mendesak Martin Luther untuk mempropagandakan reformasi protestan lewat Artikel Schmalkaldic. Pada masa Diet Schmalkalden pada tahun 1537 dilakukan perundingan antara pihak reformis dan kekaisaran. Perundingan ini tidak menghasilkan apa-apa ketika semua tuntutan ditolak oleh delegasi kekaisaran Dr. Held.

Namun akhirnya ia tetap menyetujui hasil Konferensi Regensburg dengan rasa curiga. Ia menolak untuk menerima artikel yang berisi tentang kebenaran yang telah disusun dengan pengawasan dari Gasparo Contarini untuk memberi kepuasan terhadap dua pihak yang berselisih. Martin Luther menyatakan dirinya juga berada di pihak Johann Friedrich dalam penolakan ini. Hasil perjanjian inipun dinyatakan gagal.

Meskipun telah mendapat peringatan dari Kaisar, juga dari Brück dan Luther. Pada tahun 1541 ia secara sepihak membatalkan penunjukan Julius von Pflug sebagai Uskup Naumburg, dan sebaliknya menunjuk Nicolaus von Amsdorf untuk menjadi uskup dan mengenalkan reformasi protestan disana. Pada tahun 1542, ia mengusir Adipati Heinrich dari Braunschweig-Wolfenbüttel dari wilayah kekuasaanya untuk merebut kota beraliran Evangelis seperti Goslar dan Braunschweig kemudian juga mengenalkan reformasi disana. Ia melakukan usaha-usaha untuk menghalang-halangi Kaisar Karl V untuk ikut campur. Ia muncul secara pribadi dalam Diet Speyer pada tahun 1544, dimana keharmonisan antara kaum Evangelis dan Kaisar tidak pernah lebih dari masa ini. Namun peperangan hampir pecah ini ternyata tidak terjadi dikarenakan Johann Friedrich berunding dengan pihak gabungan Kekaisaran dan Kaum Evangelis dalam Deklarasi Regensburg. Dalam perundingan ini ia menyatakan bahwa pihaknya mengakui segala kebijakan kaum Evangelis dari tahun 1532 hingga 1541. Perundingan ini dilaksanakan karena ia membutuhkan bantuan pasukan reformis protestan dalam perang lain melawan Prancis. Ia berpikir perdamaian akan terjadi sehingga ia dapat memulai langkah baru untuk menyebarkan reformasi.

Saat Perang Schmalkaldic pecah pada tahun 1546, ia memulai penaklukan ke arah selatan, tetapi negerinya sendiri malah diinvasi oleh sepupunya sendiri Elektor Moritz. Hal ini menyebabkan ia terpaksa kembali. Ia lalu memukul mundur pasukan Maurice. Namun, pasukan Kekaisaran datang dengan tiba-tiba (Pertempuran Mühlberg pada 24 April 1547). Hal ini membuat pasukan Johann Friedrich kocar-kacir dan akhirnya dipaksa menyerah. Johann Friedrich sendiri mendapat luka sabetan di wajahnya. Ia lalu menjadi tawanan Kaisar Karl V dan dibuang ke Worms.