Jabarkan Perpindahan menjadi penganut Kekristenan dari Zakaria Botros

Dalam sebuah wawancara dengan TV Al Jazeera, ulama Islam Ahmad al-Qatani menyatakan bahwa sekitar enam juta orang Muslim berpindah menjadi penganut Kekristenan setiap tahunnya, sebagian besar akibat menerima pandangan-pandangan Botros.

Menurut Botros, analisisnya mengenai tulisan-tulisan Islam bertujuan untuk memberikan orang-orang Muslim suatu "shock yang pendek dan tajam" agar mereka mampu mempertanyakan sejumlah ajaran-ajaran yang melenceng dan membuat mereka lebih mendalami kepercayaan mereka sendiri. Namun, ia menegaskan bahwa dia tidak bermaksud menyerang agama Islam, melainkan hanya mencari kebenaran; "Kebenaran tidak dibatasi untuk satu orang saja, melainkan dimiliki oleh setiap orang, dan adalah hak setiap orang untuk mencari kebenaran dan memeluknya tanpa takut kepada otoritas-otoritas tertentu atau terorisme dari orang-orang fanatik."

Kontroversi mengenai "Innocence of Muslims"

Pada tanggal 16 September 2012, di surat kabar Los Angeles Times muncul tulisan bahwa Botros memberikan pengaruh ideologi pada film Innocence of Muslims, yang pengambarannya mengenai nabi Muhammad menimbulkan protes dan serangan-serangan terhadap kantor-kantor kedutaan negara-negara barat di Timur Tengah. Artikel itu menuduh bahwa Botros adalah mentor ideologi ketiga orang pembuat film tersebut, bahkan dituliskan kutipan di televisi Al Fady, "Film itu adalah semua yang kami telah katakan sebelumnya" Namun, Botros mengeluarkan pernyataan resmi yang membantah keterlibatannya dalam pembuatan film tersebut maupun hubungan dengan para pembuatnya, yang dimuat dalam situs webnya. Botros mengatakan bahwa sejumlah media berupaya "menyulut agresi terhadap seorang yang dijadikan kambing hitam". Pada siaran tanggal 14 September 2012, sesuai dengan gaya ulasannya, ia bahkan membuat analisis kritis terhadap film tersebut dari sudut keakuratan sejarah, faktual dan kanonikal "dari perspektif seorang pakar", menyimpulkan bahwa "tidak ada orang yang mengapresiasi adegan-adegan yang sedemikian provokatif. Itu bersifat menghina dan tidak perlu, sekalipun dihubungkan dengan konsistensi riwayat Muhammad sebagaimana dinyatakan dalam literatur Islam otentik [yaitu Quran dan Hadits]."''