Jabarkan Sejarah dari Chiapas F.C.

Tim berdiri pada 27 Juni 2002. Laga pertama mereka mainkan pada tanggal 3 Agustus melawan Tigres de la UANL dan kalah 3-1, gol untuk Jaguares diciptakan oleh Lucio Filomeno. Kemenangan pertama tim diraih pada tanggal 25 Agustus setelah mengalahkan San Luis 1-0. Mereka menyelesaikan Torneo Aperturu 2002 dengan tiga kali menang, tujuh kali seri, dan sembilan kali kalah. Di Torneo Clausura 2005, mereka meraih enam kemenangan, empat kali imbang, dan tujuh kali kalah, dan pelatih kepala José Luis Trejo dipecat di tengah musim. Posisi yang kosong akhirnya diisi oleh Antonio Mohamed, namun karena hasil yang sama seperti pada masa kepelatihan Trejo, Mohamed akhirnya digantikan oleh Fernando Quirarte untuk melatih tim di sisa musim, Fernando Quirarte berhasil memperbaiki kinerja tim. Tim berhasil menjuarai Chiapas Cup di 2004 dan 16 Juli 2005, mereka mejuarai Copa Chiapas di dua waktu dengan mengalahkan Club Necaxa di Estadio Victor Manuel Reyna. Pada Februari 2008, Sergio Almaguer menjadi pelatih dari Chiapas.

Pada Torneo Clausur 2006, dibawah pelatih Eduardo de la Torre, tim berhasil lolos ke babak play-off, dimana mereka kalah di babak Quarter Final oleh Club Deportivo Guadalajara.

Pada 20 Mei 2013, saham tim telah dijual ke Grupo Delfines yang dimiliki oleh Amado Yañez yang juga memiliki saham dari Querétaro F.C.. Tim akan berpindah markas ke Querétaro setelah Querétaro F.C. baru-baru ini terdegradasi ke divisi dua.