Jabarkan Konfrontasi dan Indonesia Raya dari Indonesia Raya (politik)

Pada akhir dasawarsa 1950-an, Sukarno secara tegas menolak pembentukan negara Malaysia oleh Britania Raya yang mencakup Semenanjung Malaya dan Borneo Utara. Sikap politik ini mengarah kepada Konfrontasi Indonesia-Malaysia pada awal dasawarsa 1960-an berupa peperangan skala kecil yang tidak diumumkan secara resmi. Sukarno menuding bahwa negara Malaysia adalah negara boneka bentukan Inggris yang ingin membentuk kolonialisme dan imperialisme baru di Asia Tenggara dan mengepung Indonesia. Akan tetapi analisis lain menduga bahwa peperangan ini sesungguhnya merupakan ambisi Sukarno yang hendak mempersatukan Semenanjung Malaya dan seluruh pulau Kalimantan ke dalam wilayah Indonesia untuk menggenapi wilayah kebangsaan yang lebih luas yaitu "Indonesia Raya". Selain Indonesia, Filifina juga menolak berdirinya Negara Federasi Malaysia.

Menjelang akhir 1965, kekuasaan Sukarno runtuh dan Jendral Suharto mengambil alih kekuasaan di Indonesia setelah berlangsungnya G30S/PKI. Karena konflik domestik ini, keinginan Indonesia untuk meneruskan perang dengan Malaysia menjadi berkurang dan peperangan pun mereda. Pada 28 Mei 1966 di sebuah konferensi di Bangkok, Pemerintah Malaysia dan pemerintah Indonesia mengumumkan penyelesaian konflik. Kekerasan berakhir bulan Juni, dan perjanjian perdamaian ditandatangani pada 11 Agustus dan diresmikan dua hari kemudian. Dengan perjanjian damai ini maka Indonesia dan Malaysia resmi menjadi dua entitas negara bangsa yang terpisah dengan saling mengakui keberadaan dan kedaulatan masing-masing.

Setelah perjanjian perdamaian dengan Malaysia, Indonesia disibukkan dengan masalah dalam negerinya yakni berusaha membangun ekonomi sambil menjaga persatuan negara yang sangat majemuk, akibatnya pada era pemerintahan Suharto untuk menjamin stabilitas dan demi persatuan maka kebebasan dan demokrasi dikorbankan. Indonesia pada tahun 1975 sempat menguasai bekas koloni Portugal Timor Timur hingga akhirnya merdeka tahun 2002 sebagai Timor Leste, dan kemudian didera berbagai masalah seperti krisis ekonomi, separatisme di Aceh dan Papua, hingga masalah terorisme. Indonesia akhirnya lebih tertarik dan memusatkan perhatiannya untuk "menjadi Indonesia" dengan membangun karakter bangsa dan berupaya mendefinisikan dirinya sebagai negara-bangsa yang majemuk ber-Bhinneka Tunggal Ika berdasarkan Pancasila dan bersatu dengan wilayah membentang dari Sabang sampai Merauke. Sebagai negara terbesar di Asia Tenggara, Indonesia cenderung cukup puas menyalurkan hasrat, kekuatan, dan ambisi politik regionalnya dalam bentuk sikap kepemimpinan di antara negara ASEAN.

Sementara Malaysia tengah bergulat dalam upaya pembentukan negaranya dan menghadapi masalah dalam hubungan antar-ras, terutama antara mayoritas etnis Melayu dengan minoritas etnis Tionghoa dan Tamil Hindu hingga sekarang. Masalah hubungan antar-ras inilah yang telah mengakibatkan berpisahnya Malaysia dengan Singapura pada dasawarsa 1960-an. Sementara Brunei tidak menghendaki bergabung dengan Malaysia dan memilih di bawah kekuasaan Britania Raya hingga tahun 1984. Dengan masing-masing pihak sibuk dalam urusannya sendiri, maka gagasan pembentukan kesatuan politik raya yang mempersatukan bangsa Melayu serumpun dan serantau dalam satu negara besar yaitu Melayu Raya atau Indonesia Raya punahlah sudah.

Pada tanggal 28 September 1966, Indonesia kembali menjadi anggota PBB yang diikuti dengan semakin eratnya hubungan Indonesia dengan Malaysia.

Nusantara, konsep kesatuan kepulauan di wilayah Asia Tenggara antara Sumatra dan Papua yang kebanyakan mencakup wilayah Indonesia, Malaysia, Brunei, Singapura, dan Timor Leste