Jabarkan Mengawal Transisi Kekuasaan dari Muhammad Ali dari Siak

Semasa ia menjabat sebagai sultan, Tengku Muhammad Ali menunjuk keponakannya Sayyid Ali sebagai panglima besar. Sayyid Ali merupakan putra dari saudari Muhammad Ali, Tengku Embung dan Sayyid Usman, seorang keturunan Arab. Ia terus mendampingi pamannya tersebut dalam setiap keadaan, termasuk ketika Muhammad Ali kehilangan kuasa atas tahta Siak dan menetap di Senapelan. Maka ketika terjadi perselisihan antara Sayyid Ali dan Sultan Yahya, Muhammad Ali lebih memihak keponakannya tersebut. Sayyid Ali yang lebih besar pengaruhnya sebagai panglima besar kerajaan berhasil menyingkirkan Sultan Yahya yang dianggapnya kurang cakap dalam memimpin pemerintahan.

Sultan Yahya yang telah kehilangan kuasa akhirnya mundur ke Kampar, kemudian Trengganu dan kemudian Dungun di Melaka. Ia wafat di Dungun pada tahun 1784. Pada tahun itu juga, Sayyid Ali mengklaim tahta kerajaan dengan gelar Sultan Assayyidis Syarif Ali Abdul Jalil Saifuddin. Tengku Muhammad Ali tetap mendampingi sultan baru tersebut terutama dalam mengawasi ekonomi kerajaan.