Jabarkan Daerah terlindungi dari Pulau Ellesmere

Lebih dari seperlima dari pulau ini terlindungi sebagai Taman Nasional Quttinirpaaq, yang meliputi tujuh fyord dan berbagai gletser, serta Danau Hazen, danau terbesar di Amerika Utara. Puncak Barbeau, merupakan gunung tertinggi di Nunavut (2.616 m (8.583 kaki)). Pegunungan paling utara di dunia, Pegunungan Challenger, terletak di wilayah timur laut pulau itu. Lobus utara pulau ini disebut Tanah Grant.

Pada bulan Juli 2007, sebuah studi mencatat hilangnya habitat unggas air, invertebrata, dan ganggang di Pulau Ellesmere. Menurut John P. Smol dari Universitas Queen di Kingston, Ontario, dan Marianne S.V. Douglas dari Universitas Alberta di Edmonton, kondisi pemanasan dan penguapan telah menyebabkan ketinggian air menurun dan perubahan kimia perairan dan lahan basah di wilayah tersebut. Para peneliti mencatat bahwa "Pada tahun 1980-an mereka sering perlu memakai para penyeberang untuk membuat jalan mereka menuju perairan, sementara pada tahun 2006 wilayah yang sama yang cukup kering untuk membakar".