Jabarkan Pemberontakan dari Václav I, Raja Bohemia

Pada tahun 1248, Wenceslaus harus menghadapi sebuah pemberontakan yang ditimbulkan oleh bangsawan Bohemia, yang dipimpin oleh putranya sendiri Ottokar II. Ottokar telah dihasut oleh para bangsawan yang tidak puas untuk memimpin pemberontakan, di mana ia mendapat nama julukan "raja kecil" (mladší král). Wenceslausberhasil mengalahkan para pemberontak dan memenjarakan putranya. Ottokar II held the title of King of Bohemia from 31 July 1248 to November, 1249.

Pada akhir tahun 1250, baik Kaisar dan Herman VI telah tiada. Calon pemimpin selanjutnya tidak pernah diakui oleh para bangsawan Austria. Gertrude dan putra tunggalnya Frederick I, Margrave dari Baden melanjutkan tuntutan mereka. Wenceslaus memimpin sebuah invasi yang berhasil di Austria, yang selesai pada tahun 1251. Wenceslaus membebaskan Ottokar II dan menunjuknya sebagai margrave di Moravia. Wenceslaus menunjuk Ottokar sebagai Adipati Austria dan diakui oleh para bangsawan. Dalam upaya untuk mengamankan hak-hak dinastik Austria, Wenceslaus menunjuk seorang wanita dari Babenberg sebagai Adipati Wanita dan dijodohkan oleh putranya. Margaret, Adipati Wanita Austria adalah saudari Adipati Frederick II dan bibi Gertrude. Ia juga merupakan janda Henry (VII) dari Jerman yang meninggal pada tahun 1242. Namun, Margaret lebih tua dari Ottokar. Pernikahan mereka dilangsungkan pada tanggal 11 Februari 1252.

Wenceslaus tidak menikmati kemenangannya dengan lama. Ia meninggal pada tanggal 23 September 1253 dan Ottokar II kemudian menjadi pewarisnya.