Jabarkan Perempat Final dari MŠK Žilina

Fiorentina menang 4-3 secara agregat.

Pada akhir 1960-an klub ini berganti nama menjadiTJ ZVL Žilina dan berpartisipasi dalam Piala Intertoto selama beberapa tahun, memenangkan grup pada tahun 1969 dan datang ke-2 setahun kemudian. Pada 1973–74 mereka mencapai final Piala Mitropa tetapi mereka dikalahkan oleh Tatabányai Bányász 5–2 secara agregat. Antara 1972 dan 1974, mereka finis di urutan ke-5 di Divisi Pertama Liga Cekoslowakia selama tiga tahun berturut-turut, diikuti oleh degradasi ke Divisi Kedua pada musim 1978-79. Klub bangkit kembali empat tahun kemudian dan finis kedua di Piala Mitropa.

Era baru – Liga Slovakia

Setelah pembubaran Cekoslowakia pada tahun 1993, MŠK Žilina telah bermain di Superliga Slovakia selama total 23 musim dengan pengecualian musim 1995–96 setelah degradasi ke Divisi Kedua.

Pada musim gugur 2000, mantan bek Cekoslowakia Ladislav Jurkemik bergabung dengan klub sebagai manajer baru. Setelah kepergiannya di pertengahan musim 2001-02, klub menunjuk pelatih CekoLeoš Kalvoda. Selama masa pemerintahannya yang singkat di klub, ia memimpin mereka untuk memenangkan gelar pertama mereka. Pada musim 2002–03, sekarang di bawah manajemen Milan Lešický, klub berhasil mempertahankan gelar.

Ladislav Jurkemik diangkat kembali sebagai manajer selama musim 2003-04. Dia memimpin juara bertahan ke 10 kemenangan beruntun yang tak ternilai untuk meraih gelar ketiga berturut-turut meskipun selisih gol tipis. Setelah Slovan Bratislava, MŠK Žilina hanya menjadi klub kedua yang memenangkan tiga gelar Slovakia. Penampilan tim dalam dua musim ke depan memudar sementara mereka tidak memiliki kualitas yang terkenal selama kampanye kemenangan mereka. Dalam mengejar perak, banyak pemain yang dikontrak selama dua tahun ke depan. Dalam rentang waktu hanya empat belas bulan, tiga manajer; Karol Pecze yang bereputasi baik, penggantinya Milan Nemec dan akhirnya Marijan Vlak bertanggung jawab atas tim. Karena hasil dan penampilannya tidak pernah memenuhi harapan, Vlak segera mengakhiri pemerintahannya pada akhir musim 2005-06 setelah mereka gagal mencapai tempat Piala UEFA hanya untuk finis keempat.

Mereka bermain di Piala UEFA 2008-09, mencapai babak penyisihan grup di mana mereka mengalahkan Aston Villa 2-1di Villa Park.

Mantan pemain internasional Cekoslowakia dan kemudian CekoPavel Hapal ditunjuk sebagai manajer baru sebelum kampanye 2009-10. Di musim pertamanya, ia memimpin tim untuk memenangkan gelar liga, yang kelima dalam sembilan tahun. Bisa dibilang kesuksesan terbesar dalam sejarah mereka datang dengan melakukan debut di babak penyisihan grup Liga Champions UEFA 2010-11 setelah menyingkirkan Sparta Prahadi babak play-off. Pada musim berikutnya mereka menyelesaikan ganda pertama mereka, sementara musim 2012-13 melihat tim finis di urutan ke-7 – posisi liga terburuk mereka sejak tahun 2000. Namun, sebagai finalis Piala Slovakia yang kalah, klub mengamankan tempat untuk bertanding di babak kualifikasike-1 Liga Eropa UEFA 2013-14.