Jabarkan Pramuka dari SMA Negeri 3 Pekalongan

Generasi Garuda SMAGA (Empat Pilar)

Olahraga (Bola Voli, Bola Basket, Karate, Tenis Meja, Tenis Lapangan, Futsal)

English Club (Smaga Debate Society)

SMA Negeri 3 Kota Pekalongan memiliki esktrakulikuler dalam teater untuk memfasilitasi jiwa kesenian bagi siswanya. Hingga pada tahun 2007, Teater SMA Negeri 3 Kota Pekalongan mewakili Karesidenan Pekalongan (yang meliputi Kabupaten Brebes, Kota Tegal, Kabupaten Tegal, Kabupaten Pemalang, Kabupaten Pekalongan, Kota Pekalongan dan Kabupaten Batang) dalam Lomba Teater tingkat Jawa Tengah yang diadakan di Solo.