Jabarkan Peringkat asosiasi dari Liga Eropa UEFA 2012–2013

(FP): Tambahan klub yang lolos dari peringkat fair play (Norwegia, Finlandia dan Belanda)

(UCL): Tambahan klub yang tersingkir dari Liga Champions UEFA

Karena alasan berikut ini, maka dilakukan perubahan pada sistem pelaksanaan Liga Eropa musim ini:

Atlético Madrid sebagai juara Liga Eropa UEFA 2011–12, secara otomatis mengikuti babak grup, karena juga tidak lolos ke Liga Champions UEFA 2012–13. Namun mereka juga lolos ke Liga Eropa melalui peringkatnya di liga domestik, setelah mengakhiri musim di peringkat lima pada La Liga 2011–12, sehingga mengosongkan satu tempat pada babak ketiga kualifikasi.

Hanya ada 14 klub yang tersingkir dari Babak ketiga kualifikasi Liga Champions (biasanya 15) yang akan bergabung dengan babak play off Liga Eropa.

Perubahan berikut dilakukan sebagai kompensasi dari perubahan diatas:

Pemenang piala domestik dari asosiasi rangking 7 (Rusia) naik dari babak play off ke babak grup.

Pemenang piala domestik dari asosiasi rangking 16 dan 17 (Swiss dan Israel) naik dari babak ketiga kualifikasi ke babak grup.

Pemenang piala domestik dari asosiasi rangking 19 dan 20 (Austria dan Israel) naik dari babak kedua kualifikasi ke babak ketiga kualifikasi.

Pemenang piala domestik dari asosiasi rangking 33–36 (Moldova, Lithuania, Latvia dan Georgia) naik dari babak pertama kualifikasi ke babak kedua kualifikasi.