Jabarkan Beşiktaş dari Matteo Ferrari

Setelah selesai satu musim di Genoa, Beşiktaş J.K. tertarik untuk mengambil Matteo Ferrari. Akhirnya pada 7 July 2009 Genoa secara resmi mengumumkan Matteo Ferrari resmi ditransfer ke Beşiktaş J.K. dengan nilai €4.5 juta. Ia dikontrak selama 4 tahun. Gajinya naik menjadi € 2.5 juta per musim.

Pada pembukaan liga Turki, Ia memmulai debutnya untuk Beşiktaş dengan bermain imbang 1-1 melawan İstanbul B.B. pada 7 Agustus 2009. Pada 27 Oktober 2009, ia mendapat kartu merah saat bermain melawan Kasımpaşa SK. Pada September 2009, performen nya dianggap kurang dan ia terancam dikeluarkan, walau akhirnya ia tetap dipertahankan di klub. Akhirnya pada 21 Agustu 2011, ia dilepas dari Beşiktaş.