Jabarkan Karya terkini dari Hideaki Anno

Setelah Evangelion, Anno mensutradarai cukup banyak bagian dari seri anime Kareshi Kanojo no Jijō pada tahun 1998 — karya Gainax pertama yang secara langsung mengadaptasi materi yang sudah tertulis sebelumnya — hingga muncul perselisihan antara sponsor acara dan penulis asli manga-nya yang berujung pada pengusiran sang sutradara, menjadikan anime tersebut hanya dipegang oleh anak didiknya, Kazuya Tsurumaki. Sejak perselisihan itu, Anno bekerja bersama Hayao Miyazaki dan Studio Ghibli pada beberapa film pendek yang ditampilkan di Museum Ghibli.

Dia juga telah merampas beberapa karya ke dalam bentuk film laga-hidup (live-action), dimulai dengan Love & Pop (1998), sebuah film bergaya cinéma vérité mengenai enjo kosai yang sebagian besar direkam dengan mini-cam digital sehingga aspek rasio film tersebut sering kali berubah. Ia memenangkan Penghargaan Sutradara Pendatang Baru Terbaik di Festival Film Yokohama pada tahun 1998 untuk film tersebut. Asumi Miwa yang memerankan tokoh utama memenangkan Penghargaan Bakat Baru Terbaik.

Film laga hidup keduanya, Shiki-Jitsu (2000) ("Hari Ritual"), adalah kisah tentang seorang mantan sutradara animasi yang membara (diperankan oleh sutradara indie populer Shunji Iwai) yang jatuh cinta dengan seorang wanita yang tidak sadar akan realita. Meskipun sama-sama karya eksperimental layaknya Love & Pop, film ini direkam menggunakan rasio aspek 2.35:1 yang lebih tradisional dan memiliki penampilan yang lebih diperbaiki secara umum, dengan menghindari keberanian cinéma vérité dari film laga hidup Anno yang pertama. Film ini membuatnya mendapatkan Penghargaan Kontribusi Seni Terbaik di Festival Film Internasional Tokyo dan ulasan yang sangat positif.

Film laga hidup Anno yang ketiga adalah Cutie Honey, dirilis pada musim panas tahun 2004. Cukup kontras dengan karyanya yang sebelumnya, sebuah karya yang lebih realis, Cutie Honey adalah film fantasi/superhero ringan. Kemudian pada tahun 2004, Anno menjadi penyelia namun tidak mensutradarai OVA tiga bagian film tersebut, Re: Cutie Honey. Para sutradaranya adalah Hiroyuki Imaishi (bagian 1), Takamichi Itō (bagian 2), dan Masayuki (bagian 3). Film ini didasarkan dari manga Go Nagai (1973) dan anime Cutie Honey.

Yang juga dirilis pada tahun 2004 adalah film , di mana Anno mendapat beberapa bagian cameo: dalam "Home Room!" sebagai murid yang berada di barisan depan dan duduk bergurau di samping Hataru, juga dalam "Who's the Director?" sebagai animator yang merasa telah bekerja terlalu keras, serta dalam "Singles Picnic" sebagai salah satu pria yang sedang menunggu wanita yang tidak kunjung datang.

Pada tanggal 1 Agustus 2006, situs resmi Hideaki Anno itu diperbarui dengan lowongan pekerjaan sebagai animator kunci dan staf produksi di perusahaan yang ia dirikan, Studio Khara. Hal ini dilaporkan dalam majalah animasi Jepang Newtype edisi Oktober. Pada tanggal 9 September 2006, situs resmi Gainax menegaskan bahwa empat film baru Evangelion sedang dikerjakan. Tiga film pertama merupakan alternatif dalam menceritakan kembali seri TV tersebut (termasuk banyak adegan, latar, latar belakang, dan tokoh baru), dan film yang keempat akan menjadi kesimpulan yang benar-benar baru bagi cerita tersebut. Kazuya Tsurumaki dan Masayuki akan mensutradarai film sementara Yoshiyuki Sadamoto akan menyediakan perancangan tokoh dan Ikuto Yamashita akan memberikan perancangan mekanis. Shinji Higuchi akan menyediakan alur cerita untuk film pertama. Film yang pertama diluncurkan pada musim panas tahun 2007, sedangkan yang kedua dan yang ketiga direncanakan akan diluncurkan pada tahun 2008, namun kenyataannya film kedua tersebut dirilis pada tanggal 27 Juni 2009. Film yang ketiga sekarang diharapkan dapat dirilis bersamaan dengan yang keempat. Pada tanggal 17 Februari 2007, Anno menerbitkan sebuah pernyataan resmi di Yahoo! Portal Jepang atas film-film tersebut mengenai keterlibatan pribadinya dan tujuannya dalam produksi mereka.

Pada bulan Oktober 2007, Hideaki Anno mengundurkan diri dari Gainax. Pada tahun 2011, diumumkan Anno sedang memproduseri film dari Koinobori Pictures berjudul Kantoku Shikkaku  ("Sutradara yang Gagal"), yang akan disutradarai oleh Katsuyuki Hirano dan dibintangi artis JAV Yumika Hayashi.

Pada tahun 2012, Anno juga ditugaskan untuk merancang animasi pembuka dari seri TV anime fiksi ilmiah Space Battleship Yamato 2199 yang akan datang.