Jabarkan Seleksi All-Star Pertama (2012–2013) dari Joakim Noah

Pada 7 Desember 2012, Noah mencatat rekor tertinggi dalam karirnya dengan 30 poin dan 23 rebound dalam kemenangan timnya melawan Detroit Pistons. Pada tanggal 18 Desember 2012, ia mencatatkan triple-double keduanya, mencetak 11 poin, meraih 13 rebound dan memberikan 10 assist tertinggi dalam karirnya, dalam kemenangan 100-89 atas Boston Celtics. Pada 24 Januari 2013, Noah ditunjuk sebagai pemain cadangan di NBA All-Star Game 2013, mewakili Chicago Bulls bersama rekan setimnya Luol Deng. Ia bermain 16 menit dalam permainan tersebut, mencetak 8 poin dan mengumpulkan 10 rebound. Noah mencatatkan triple-double ketiga dalam karirnya, mencetak 23 poin, mengumpulkan 21 rebound dan menghalau 11 tembakan dalam kemenangan 93-82 Chicago atas Philadelphia 76ers.

Penghargaan Defensive Player of the Year (2013–2014)

Dari 28 Desember 2013 hingga 1 Februari 2014, Noah melakukan 18 pertandingan beruntun dengan 10 rebound atau lebih, dengan rata-rata 13,9 rebound.

Pada 30 Januari 2014, Noah dinobatkan sebagai pemain cadangan di NBA All-Star Game 2014 untuk kedua kalinya. Ia bermain selama 21 menit dalam pertandingan tersebut (termasuk seluruh babak keempat) dan mencetak 8 poin, mengumpulkan 5 rebound dan membuat 5 assist membantu timnya menang 163-155.

Pada 11 Februari 2014, Noah mencatatkan triple-double keempat dalam karirnya dalam kemenangan 100-85 melawan Atlanta Hawks, menyelesaikan permainan dengan 19 poin, 16 rebound, dan 11 assist.

Pada tanggal 2 Maret 2014, Noah mencatatkan triple-double kelimanya dengan 13 poin, 12 rebound dan 14 assist dalam kemenangan 109-90 atas New York Knicks. Tiga hari kemudian, dalam kemenangan 105–94 atas Detroit Pistons, Noah mencatatkan triple-double lagi dan menyelesaikan permainan dengan 10 poin, 11 rebound, dan 11 assist. Pada 9 April 2014, Noah mencetak 15 poin, 13 rebound, dan 10 assist dalam kemenangan 102-87 melawan Minnesota Timberwolves, triple-double keempatnya musim ini.

Pada 21 April 2014, Noah dianugerahi penghargaan NBA Defensive Player of the Year untuk pertama kalinya dalam karirnya. Ia adalah pemain Chicago Bull kedua yang memenangkan penghargaan tersebut, setelah Michael Jordan yang memenangkannya pada musim 1987-88,

Pada 4 Juni 2014, Noah diangkat ke tim utama All-NBA 2014.

Tahun-tahun terakhir dengan Bulls (2014-2016)

Pada musim 2014, Noah menyelesaikan musim dengan rata-rata 7,2 poin dan 9,6 rebound, rata-rata terendahnya sejak musim 2009-10.

Noah digantikan oleh Nikola Mirotić selama pramusim 2015, berada di bangku cadangan dalam 23 pertandingan pertamanya musim 2015-16.

Pada tanggal 23 Desember, dia absen selama dua sampai empat minggu karena robekan ringan di bahu kirinya yang terkilir, cedera ini dideritanya saat pertandingan Bulls pada tanggal 21 Desember melawan Brooklyn Nets. Setelah absen sembilan pertandingan berturut-turut karena cedera, Ia kembali bermain pada 11 Januari, mencatat 9 rebound dan 4 assist dari bangku cadangan saat timnya kalah melawan Washington Wizards. Pada 14 Januari, dia baru memainkan pertandingan keduanya di musim tersebut, menggantikan Pau Gasol yang cedera. Ia bermain 38 menit, mencatatkan 6 poin, 16 rebound, 8 assist, 2 steal, dan 1 blok dalam kemenangan 115-111 saat melawan Philadelphia 76ers. Pada pertandingan berikutnya keesokan malamnya, Noah kembali mengalami cedera bahu kirinya saat melawan Dallas Mavericks. Dia kemudian absen selama empat sampai enam bulan karena memerlukan operasi untuk menstabilkan bahu kirinya.