Jabarkan Uskup Agung dan Kardinal dari Tarcisio Bertone

Pada 4 Juli 1991, Bertone ditunjuk menjadi Uskup Agung Vercelli oleh Paus Yohanes Paulus II. Dia dikonsekrasi sebagai uskup satu bulan kemudian oleh Uskup Agung Mensa, yang juga menahbiskan dia. Dia mengisi jabatan ini hingga penunjukkannya sebagai Sekretaris Kongregasi bagi Doktrin Iman di bawah Kardinal Ratzinger pada tahun 1995. Ia kemudian ditunjuk sebagai Uskup Agung Genoa pada 10 Desember 2002, dan prosesi instalasi berlangsung pada 2 Februari 2003. Ia kemudian menjadi anggota Dewan Kardinal melalui konsistori pada 21 Oktober 2003, sebagai Kardinal-Imam Santa Maria Ausiliatrice di via Tuscolana. Uskup Agung Angelo Amato yang melanjutkan posisi Bertone sebagai Sekretaris Kongregasi bagi Doktrin Iman, kemudian diangkat sebagai Kardinal Prefek Kongregasi bagi Penyebab Penganugerahan Gelar Santo-Santa.

Sebagai anggota Yayasan Don Bosco, dia dianggap sebagai seorang imam yang telah melakukan pekerjaan dengan para pemuda, yang dalam kata-kata terakhir Paus Yohanes Paulus II, yang ia telah cari di seluruh hidup kepausannya. Sekretaris Bertone pernah mengatikan cerita di mana "Bertone pernah memutuskan untuk naik bus umum ke Istana Apostolik. Sebagai Kardinal dalam jubah hitam panjang dan pileola merah serta berjalan ke bus, orang-orang, terutama kelompok kaum muda, menatap dalam keheningan. Bertone segera memecah kesunyian dengan 'karakteristik' senyumnya. Pada saat ia tiba di tujuan, sang uskup telah melakukan kegiatan bersama pemuda dalam percakapan mendalam tentang cinta, seks, keperawanan, dan kesucian".

Dia kemudian mengkhususkan diri dalam hubungan antara moralitas sosial, iman, dan politik. Ia juga dibantu dengan revisi Kitab Hukum Kanonik tahun 1983, dan melakukan karya pastoral di paroki-paroki. Pada Tahun Jubilee 2000, Kardinal Bertone dipercaya oleh Yohanes Paulus II atas penerbitan bagian ketiga dari Rahasia dari Fatima.

Bertone merupakan kardinal pemilih yang berpartisipasi pada konklaf kepausan 2005 yang memilih Paus Benediktus XVI. Kardinal Bertone masih dapat berpartisipasi dalam konklaf manapun pada masa yang akan datang, yang dimulai sebelum ulang tahun ke-80nya pada 2 Desember 2014.

Pada 15 Maret 2005, Bertone menjadi berita dengan "memecah keheningan Gereja" dan mengkritik tajam novel tahun 2003 karya Dan Brown, The Da Vinci Code, mengatakan konsep sentral buku tersebut bahwa Yesus telah menikah dengan Maria Magdalena dan memiliki garis keturunan adalah sebuah ajaran sesat dan "memalukan", dan seharusnya para pembaca beriman memboikot buku tersebut. Baik Bertone maupun juru bicara resmi Vatikan menegaskan bahwa Bertone tidak berbicara sebagai perwakilan resmi dari Gereja, tetapi juga tercatat bahwa penempatan tinggi Bertone di dalam hierarki Gereja (namanya sering disebut-sebut sebagai calon potensial untuk Paus berikutnya) membuat kata-katanya cukup berat, sehingga komentarnya sering dilaporkan oleh berbagai media sebagai pernyataan resmi dari Vatikan. Pada tahun 2006, program NBC Dateline menyatakan pernyataannya dengan "seorang Kardinal Vatikan berperingkat tinggi meminta pemboikot film [tersebut]".