Jabarkan Borussia Dortmund dari Marco Reus

Pada 4 Januari 2012, Reus menandatangani kontrak dengan mantan klubnya Borussia Dortmund dengan biaya transfer € 17,1 juta dengan durasi kontrak lima tahun yang akan membuatnya tetap di klub sampai Juli 2017. Reus berbicara tentang transfernya dengan mengatakan, "Saya telah membuat keputusan untuk mengambil langkah berikutnya ke depan di musim mendatang. Saya ingin bermain untuk klub yang bisa menantang untuk meraih gelar liga dan menjamin saya tampil di Liga Champions. Saya melihat kesempatan ini di Dortmund." Reus resmi kembali bergabung dengan Dortmund pada 1 Juli 2012. Debut Bundesliga Reus dengan Dortmund terjadi pada 24 Agustus 2012, ia mencetak sebuah gol, saat Dortmund memenangkan laga 2-1 atas Werder Bremen. Pada 29 September, Reus mencetak dua gol saat Dortmund menang 5-0 atas Borussia Mönchengladbach, mantan klubnya.

Pada 3 Oktober, dalam penampilan pertamanya di Liga Champions, ia membuka skor saat Dortmund meraih hasil imbang 1-1 atas  di tandang. Reus kemudian membuka gol bagi wakil Jerman itu saat main imbang 2-2 dengan Real Madrid di Santiago Bernabéu pada 6 November, menjebol gawang lewat tendangan voli spektakuler setelah mendapat umpan dari rekan setimnya Robert Lewandowski. Dalam pertandingan Liga Champions Dortmund selanjutnya, pada 21 November, Reus mencetak gol pertama Dortmund dalam kemenangan 4-1 atas Ajax Amsterdam di Amsterdam Arena, mengamankan tiket lolos ke babak 16 besar sebagai juara Grup D.

Pada 16 Februari 2013, Reus mencetak hattrick, menjaringkan semua gol Dortmund ke gawang Eintracht Frankfurt. Pada 11 Mei Reus mencetak dua gol telat penyeimbang melawan Wolfsburg untuk membantu Dortmund setelah tertinggal dua gol.