Jabarkan Neon Genesis Evangelion dari Hideaki Anno

Proyek Anno yang selanjutnya adalah seri anime televisi  (1995-1996), yang kemudian diakui sebagai seri animasi yang berpengaruh, di mana ia kembali menggunakan gaya awalnya dalam penggambaran dan tema dalam animasi Jepang dan membawanya menuju ketinggian baru dalam hal presisi dan kedalaman.

Dipercayai bahwa dalam masa depresi empat tahun tersebut, telah menjadi sumber utama baginya dalam banyak unsur psikologis dalam seri anime tersebut dan juga tokoh-tokoh di dalamnya, sebagaimana yang ia tuliskan dalam kertas mengenai banyak cobaan dan kesengsaraan yang ia alami. Selama masa produksi anime ini, Anno menjadi kecewa akan gaya hidup "otaku" Jepang, menganggapnya sebagai satu bentuk autisme yang dipaksakan. Karena hal ini lah dan beberapa alasan lain (meskipun mungkin karena rancangan juga), alur Evangelion menjadi semakin gelap dan semakin psikologis seiring dengan berjalannya seri tersebut, meskipun anime ini disiarkan di televisi dalam waktu tayang/sesi untuk anak-anak. Anno merasa bahwa orang harus terpapar oleh realitas kehidupan di usia yang semuda mungkin, dan pada akhir seri, semua logika narasi tradisional ditinggalkan, dengan dua episode terakhir yang terjadi di dalam pikiran tokoh utama.

Anime ini tidak mendapatkan peringkat tinggi pada waktu tayang aslinya, meskipun anime ini segera dipindahkan kemudian, ke waktu tayang untuk yang lebih-dewasa, dan menjadi sangat populer di seluruh Jepang.

Setelah berakhirnya Evangelion, Anno menerima banyak sekali surat dan surel dari para penggemar, baik berupa ucapan selamat akan seri anime tersebut maupun kritikan akan dua episode terakhir. Di antara surat-surat tersebut, terdapat adalah ancaman pembunuhan yang ditujukan kepadanya serta pernyataan kekecewaan dari para penggemar yang berpikir bahwa Anno telah merusak seri anime mereka. Segera setelah itu, sebuah proyek diluncurkan untuk membuat sebuah film dengan akhir yang baru untuk seri tersebut pada tahun 1997, akhirnya terwujud dalam The End of Evangelion yang kontroversial. The End of Evangelion sendiri menampilkan sekitar selusin surat dari penggemar, termasuk beberapa ancaman pembunuhan, seperti yang tertera pada gambar di samping.

Pada bulan September 1999, Anno muncul dalam acara dokumenter televisi NHK "Welcome Back for an Extracurricular Lesson, Sempai!", menjawab beberapa pertanyaan terkait Evangelion, termasuk asal nama Evangelion, dan mengajar anak-anak mengenai produksi animasi.