Jabarkan 2012–13 dari Nuri Şahin

Pada 14 Januari 2013, Liverpool mengumumkan bahwa mereka telah setuju untuk mengakhiri masa peminjaman Şahin, dan memungkinkan Şahin untuk bergabung dengan Borussia Dortmund dengan status pinjaman hingga akhir musim 2013-14. Şahin menyatakan bahwa "saya menyadari bahwa sebagai pemain sepak bola dan manusia, saya berada di sini 100 persen." Şahin juga mengatakan "saya melihat dengan cepat bahwa saya hanya ingin bermain untuk Dortmund." Kedatangannya disambut baik oleh manajer Jürgen Klopp. Sebelum debutnya dalam pertandingan persahabatan melawan Mainz, di mana Dortmund menang lewat adu penalti, Şahin mengatakan ia cukup gugup untuk kembali. Delapan hari kemudian, ia membuat penampilan liga pertamanya, sejak meninggalkan Dortmund, masuk sebagai pengganti di beberaa menit akhir, saat Dortmund mengalahkan Werder Bremen 5-0. Pada tanggal 16 Maret 2013 Şahin mencetak dua gol dalam kemenangan 5-1 atas SC Freiburg.