Jabarkan Menuju tahta Uskup Bogor dari Cosmas Michael Angkur

Selepas masa baktinya sebagai Provinsial OFM, Pater Michael kembali berkarya sebagai gembala umat di Paroki Santo Paskalis, Cempaka Putih, Keuskupan Agung Jakarta (1989–1993). Pada saat itu, tenaganya juga masih sangat dibutuhkan untuk tetap memperkuat pelayanan kepemimpinan Ordo Fransiskan Provinsi Santo Michael Malaekat Agung. Ia ditunjuk sebagai Ekonom Provinsi.

Dari Cempaka Putih, ia berpindah tugas menjadi Direktur Panti Asuhan Vincentius, Jakarta, untuk memperhatikan kepentingan anak-anak yang berada dalam kesulitan hidup. Tugas ini dijalaninya hanya beberapa bulan saja, karena pada Juni 1994 ia diangkat oleh Paus Yohannes Paulus II untuk memangku jabatan Uskup di Keuskupan Bogor.

Ia ditahbiskan menjadi Uskup pada 23 Oktober 1994 oleh Uskup Agung Jakarta, Mgr. Leo Soekoto, S.J..

Dalam kapasitasnya sebagai anggota Konferensi Waligereja Indonesia, Mgr. Michael Angkur OFM pernah mendapat tugas sebagai Ketua Komisi Keluarga (1994–2000), sebuah komisi yang baru saja dibentuk oleh KWI. Pada era euforia reformasi di Republik Indonesia saat ini, ia ditunjuk sebagai Ketua Komisi Pendidikan dan Ketua MNPK (2000–2003). Bersama dengan tokoh-tokoh pendidikan nasional, ia sempat menghadapi ujian yang amat berat untuk turut menyempurnakan RUU Sisdiknas, yang lebih berwawasan kebangsaan.

Mgr. Angkur yang telah menjadi Uskup Emeritus Bogor, menjadi Pentahbis utama untuk penerusnya di Keuskupan Bogor, yakni Mgr. Paskalis Bruno Syukur, O.F.M. pada 22 Februari 2014. Ia didampingi oleh Mgr. Ignatius Suharyo, Uskup Agung Jakarta dan Mgr. Hubertus Leteng, Uskup Ruteng.