Coba jelasin Latihan di Twickenham dari Let It Be dong

Karena semua sesi latihan akan difilmkan oleh Michael Lindsay-Hogg dan krunya, dibuatlah keputusan membuat film studio dan sound stage di Studio Twickenham. The Beatles mulai latihan di sana tanggal 2 Januari 1969. Rekaman suara dibuat dengan perekam "Mono Nagra" hanya sebagai suara latar film; tidak ada rekaman multi-track profesional yang dibuat dalam sesi itu karena The Beatles hanya latihan untuk bersiap-siap mengadakan pertunjukkan langsung yang direncanakan sebelumnya. Phil Spector kemudian menggunakan cuplikan dialog dari latihan ini (Lennon menyebut "Ratu berkata tidak untuk anggota FBI yang merokok mariyuana/ganja"/"Queen says no to pot-smoking FBI members") untuk intro "For You Blue" pada album yang sudah diselesaikan. Banyak rekaman bootleg yang diambil dari rekaman lagu latar, cuplikan dialog dan musik ini digunakan dalam disk kedua Let It Be... Naked yang dirilis tahun 2003.

Sesi latihan kembali menjadi ajang pertengkaran. Kurangnya antusiasme dan fokus, membuat permainan mereka menjadi jelek dan tidak profesional. Hal ini tidak juga terbantu walau sudah berlatih bermain secara langsung sebelumnya. McCartney mulai menghimpun dan menyemangati mereka, tetapi sikap tersebut dipandang personil lain sebagai pengekangan. Masalah memuncak tanggal 6 Januari, saat Harrison bertengkar dengan McCartney dalam sesi latihan "Two of Us", yang kemudian menjadi salah satu adegan paling terkenal di film Let It Be. Yang tidak terekam dalam film adalah pertengakaran hebat antara Harrison dengan Lennon tanggal 10 Januari. Harrison kesal dengan sikap acuh Lennon terhadap grup itu. Menurut jurnalis Michael Housego dari The Daily Sketch, ketegangan ini berubah jadi saling pukul, walau pada tanggal 16 Januari, Harrison mengatakan bahwa "tidak ada saling pukul. Kami hanya bertengkar." Setelah makan siang, Harrison mengatakan "pergi dari grup ini sekarang" dan "jumpa lagi nanti di kelab". Ia langsung keluar, masuk ke mobil dan tidak pulang ke rumah dimana ia tinggal bersama istrinya, Pattie di Kinfauns, tetapi pergi ke rumah orang tuanya di Speke, Liverpool.

Setelah Harrison pergi sore itu, ketiga personil lain mencoba untuk melanjutkan latihan. Sebagai solusi praktis untuk menggantikan Harrison, Lennon menyarankan untuk menyewa Eric Clapton, kemungkinan sebagai anggota permanen jika Harrison tetap pada keputusan untuk benar-benar keluar. McCartney dan Starr menolak saran itu dengan alasan bahwa grup itu tidak lagi bisa disebut Sebagai The Beatles jika anggotanya tidak lengkap.