Jabarkan PMR Wira SMAGA dari SMA Negeri 3 Pekalongan

Palang Merah Remaja di SMA Negeri 3 Pekalongan, sempat vakum sebelum tahun 2005 karena kurang perkembangan dalam dunia PMR di sekolah ini. Pada tahun 2007, PMR di SMA Negeri 3 Kota Pekalongan menjadi juara pertama PMR se-Kota Pekalongan. Dan pada tahun 2007 pula, PMR SMA Negeri 3 Pekalongan mewakili PMR Wira di Kota Pekalongan dalam Jumbara (Jumpa Bakti Gembira) tingkat Provinsi yang diselenggarakan di selenggarakan Bumi Perkemahan Bobotsari, Purbaling dan berhasil menjadi Regu terbaik kelima tingkat Jawa Tengah. Hingga akhirnya dapat berkembang dan berprestasi hingga saat ini.

Dewan Ambalan Ki Hadjar Dewantara - R.A. Kartini

Seperti halnya sekolah-sekolah negeri pada umumnya, pramuka adalah ekstrakulikuler wajib bagi para siswa-siswinya. Dewan Ambalan (DA) Ki Hadjar Dewantara-RA Kartini SMA Negeri 3 Pekalongan merupakan Organisasi yang bergerak di bidang kepramukaan, bertujuan sebagai wadah pengembangan karakter dan mental bagi anggota Pramuka Penegak di SMA Negeri 3 Pekalongan. Dewan Ambalan juga memiliki segudang prestasi baik itu ditingkat Kota hingga Provinsi. Pada Tahun  2020 hasil Musyawarah Penegak (MUSTEGAK) menetapkan Gaindra Artawan Kusdarmono sebagai Pradana Putra dan Nia Nurul Imana sebagai Pradana Putri Masa Bakti 2020/2021.