Jabarkan Teologi dari Petrus Martir Vermigli

Vermigli lebih tepat disebut seorang pengajar kajian Kitab Suci ketimbang seorang ahli teologi sistematis, tetapi pengaruhnya yang tak kunjung lekang lebih sering dihubung-hubungkan dengan doktrin Ekaristinya. Kenyataan ini kiranya dapat dimaklumi, mengingat Vermigli sendiri berpandangan bahwa eksegesis Kitab Suci berkaitan erat dengan perenungan teologis. Metode Vermigli dalam mengulas ayat-ayat Alkitab, yang mirip dengan metode Martinus Bucer, mencakup pembahasan panjang lebar topik-topik doktrinal berdalilkan ayat-ayat Kitab Suci. Sama seperti tokoh-tokoh Protestan lainnya, ia yakin bahwa hanya Kitab Suci yang memiliki kewenangan tertinggi selaku penentu kebenaran. Meskipun demikian, pengetahuannya akan karya-karya tulis para Bapa Gereja jauh lebih mendalam dibanding banyak rekan sezamannya, dan karya-karya tulis tersebut secara tetap ia jadikan rujukan. Ia menghargai para Bapa Gereja karena dianggap sudah menemukan kedalaman makna ayat-ayat Kitab Suci yang boleh jadi belum ia temukan, dan karena banyak dari lawan-lawan Katoliknya menjunjung tinggi argumen-argumen yang bersumber dari para Bapa Gereja. Meskipun demikian, ia kerap menggunakan karya-karya tulis para Bapa Gereja untuk menyokong tafsir-tafsir hasil penalarannya sendiri dan tidak peduli jika tafsirnya tidak memiliki preseden di bidang studi patristika.

Vermigli lebih dikenal karena tulisan-tulisan yang menyanggah doktrin transubstansiasi Katolik dan membela doktrin "kehadiran sakramental" Kalvinis. Menurut Vermigli, transubstansiasi, yakni keyakinan bahwa substansi roti dan anggur berubah menjadi tubuh dan darah Kristus, tidak didasarkan atas dalil apa pun dari Kitab Suci. Bertolak dari Kristologi Kalsedon, Vermigli berpandangan bahwa lantaran kodrat ilahi Kristus tidak berubah saat menjadi manusia (kodrat ilahi ditambahkan kepada kodrat insani, alih-alih kodrat insani diilahikan), substansi roti dan anggur juga tetap seperti sediakala, bukannya berubah menjadi substansi tubuh dan darah Kristus. Vermigli akhirnya memakai analogi kemanunggalan umat beriman dengan Kristus untuk melawan gagasan transubstansiasi. Karena kodrat insani umat beriman tidak berubah sekalipun sudah dimanunggalkan Allah dengan Kristus, unsur-unsur Ekaristi juga tidak perlu diubah menjadi tubuh Kristus. Alih-alih substansi unsur-unsur Ekaristi berubah menjadi tubuh Kristus, Vermigli menggarisbawahi laku Sakramen Ekaristi sebagai suatu sarana yang melaluinya Kristus disajikan kepada para peserta Perjamuan Kudus. Ia juga menolak keyakinan golongan Anabaptis bahwa Ekaristi hanya sekadar lambang atau kiasan, yakni pandangan yang disebut memorialisme atau tropisme.

Vermigli tidak menganggap doktrin predestinasi sebagai inti pokok sistem teologinya, tetapi doktrin ini kelak erat dikaitkan dengannya karena berbagai kontroversi yang melibatkan dirinya. Vermigli mengembangkan sendiri doktrin predestinasinya tanpa campur tangan Yohanes Kalvin, bahkan sebelum buku Institutio Christianae Religionis (Petunjuk Agama Kristen) yang berisi uraian tentang doktrin predestinasi Kalvin diterbitkan pada tahun 1559. Vermigli berpandangan bahwa Allah berdaulat atas segala peristiwa. Ia percaya bahwa segala sesuatu, termasuk kejahatan, dipakai Allah untuk mewujudkan kehendak-Nya. Meskipun demikian, Vermigli tidak percaya bahwa manusia berbuat baik maupun berbuat jahat di luar kemauan sendiri. Ia percaya bahwa Allah memilih beberapa orang untuk diselamatkan atas dasar kasih karunia semata-semata atau perkenanan yang bukan ganjaran amal kebajikan, tanpa memandang karakteristik baik maupun karakteristik jahat apa pun, yakni pandangan yang disebut sebagai "pemilihan tanpa syarat". Vermigli juga percaya bahwa Allah melangkaui para reprobatus (yang tertolak), yakni orang-orang yang tidak terpilih untuk diselamatkan. Bagi Vermigli, keterlangkauan para reprobatus adalah bagian dari kehendak Allah, tetapi pada hakikatnya berbeda dari keputusan memilih para approbatus (yang terpilih) untuk diselamatkan. Karena semua manusia sudah berdosa, kehendak Allah untuk melangkau memperlakukan para reprobatus sebagai orang-orang yang "sudah dari sananya" berdosa dan patut dilaknat. Pemahaman Vermigli bahwa reprobasi termasuk ketetapan Allah tetapi berbeda dari ketetapan memilih orang-orang untuk diselamatkan berbeda tipis dari pemahaman Kalvin. Menurut Kalvin, predestinasi untuk diselamatkan maupun direprobasi adalah dua sisi dari satu ketetapan tunggal. Doktrin Vermigli kelak terbukti lebih berpengaruh di lingkungan Kalvinis.

Kajian-kajian Alkitab yang ditulis Vermigli kerap mengangkat masalah-masalah politik. Vermigli menganut pandangan filsafat Aristoteles bahwasanya kekuasaan politik dilembagakan untuk memajukan kebajikan, dan bahwasanya hal ini mencakup agama sebagai kebajikan utama. Vermigli membela Supremasi Raja, doktrin standar Protestan Inggris, bahwasanya raja, selama masih bertakwa, berhak memerintah Gereja di wilayah kekuasaannya, sementara Kristus adalah satu-satunya kepala Gereja universal. Ia menafikan gagasan bahwa Sri Paus atau petinggi Gereja lainnya boleh menjalankan kewenangan selaku rohaniwan terhadap seorang penguasa sipil seperti raja, salah satu isu penting yang mengemuka pada zaman itu, mengingat konflik yang timbul antara Paus Klemens VII dan Raja Henry VIII pada awal Reformasi Inggris. Meskipun Vermigli menempatkan magistrat sipil sebagai pihak yang bertanggung jawab menggencarkan penunaian kewajiban-kewajiban agama, ia menganut ajaran Agustinus di dalam buku Kota Allah yang membedakan ruang lingkup rohani (yang dibahasakan Vermigli dengan istilah "kiprah pikiran yang bersifat batiniah") dari "disiplin lahiriah" masyarakat. Kewenangan magistrat sipil hanya menyentuh perkara-perkara lahiriah, bukan devosi keagamaan yang bersifat rohaniah dan batiniah. Pembenaran teologis Vermigli atas doktrin Supremasi Raja dipakai oleh tokoh-tokoh yang merancang Regulasi Agama Rezim Elizabeth tahun 1559, yakni pemberlakuan paksa tata ibadat Protestan berdasarkan Buku Doa Umum sebagai agama negara.