Jabarkan Piala AFF 2012 dari Nil Maizar

Saat konflik dualisme di internal PSSI semakin meruncing, Nil tetap bersama tim yang ia persiapkan untuk Piala AFF 2012 di Malaysia. Usahanya untuk memanggil beberapa pemain kunci yang berlaga di Liga Super gagal, karena liga tersebut, yang notabene dibawah kontrol Komite Penyelamat Sepak Bola Indonesia, melarang pemainnya bergabung dengan tim nasional. Meskipun begitu, PSSI tetap bersikeras mendaftarkan enam pemain ISL, meskipun keenam nama tersebut tidak pernah berangkat.

Meskipun disertai kritik keras publik, alhasil, Nil hanya bisa membawa sederet pemain yang belum dikenal publik ke Malaysia. Notabene hanya Irfan Bachdim, Andik Vermansyah dan Bambang Pamungkas yang ada di tim tersebut. Sisanya Nil memanggil beberapa pemain yang dinaturalisasi seperti Tony Cussel dan Jhonny van Beukering, serta Arthur Irawan yang bermain di Espanyol.

Indonesia hanya berhasil menduduki peringkat ketiga Grup B, setelah mengantongi empat poin dari tiga laga (menahan imbang , mengalahkan  tetapi ditaklukkan ), otomatis gagal melaju ke fase berikutnya.

Pada awal Februari 2013, PSSI resmi menggaet pelatih asal Argentina, Luis Manuel Blanco sebagai pelatih kepala tim nasional, lewat mekanisme g-to-g antara kedua negara. Otomatis posisi Nil (dan Aji Santoso selaku pelatih tim U23) dikabarkan akan tergusur. Meskipun sempat dianulir Djohar Arifin Husin sendiri selaku ketua PSSI, Nil dan asistennya resmi dipecat pada 27 Februari, bersama sekretaris jenderal Halim Mahfudz. Nil sempat menyatakan memasrahkan urusan tersebut kepada PSSI, meskipun kontraknya masih ada sampai 2016, tetapi ia tetap meminta PSSI menyelesaikan kewajibannya untuk membayar gajinya yang tertunggak. PSSI akhirnya baru menunaikan kewajiban tersebut pada 19 April.