Jabarkan Musim 2012–2013 dari Mario Götze

Götze memulai musim dengan kekalahan di Piala Super DFL 2012. Pada hari pertama musim 2012–2013, dia bermain sebagai pemain pengganti dan mencetak gol kemenangan atas Werder Bremen dengan skor akhir 2–1 untuk Dortmund. Pada tanggal 19 Desember, dia mencetak hat-trick, memberikan kemenangan Dortmund dengan skor akhir 5–1 atas Hannover 96 di babak ketiga DFB-Pokal.

Götze memberikan assist dan mencetak gol untuk Dortmund dengan skor akhir 3–0 di leg kedua melawan Shakhtar Donetsk pada tanggal 5 Maret 2013, lolos ke babak perempat-final Liga Champions. Dortmund telah lolos ke babak perempat-final untuk pertama kali setelah 15 tahun terakhir. Götze tidak bermain di pertandingan final melawan Bayern München di Stadion Wembley, London, setelah mengalami cedera paha saat menghadapi Real Madrid di leg kedua babak semi-final, dengan kekalahan 2–0 tetapi tetap lolos dengan skor agregat 4–3. Dortmund kalah di pertandingan final dengan skor 2–1 setelah gol telat Arjen Robben mengunci kemenangan Bayern.

Pada musim terakhirnya di Dortmund, Götze membentuk kerja sama yang hebat dengan rekan setim Marco Reus. Götze mencetak 16 gol di semua kompetisi.