Coba jelasin Warisan dari William S. Clark dong

Meskipun hampir dilupakan di kampung halamannya di Massachusetts, Clark tetap menjadi tokoh nasional di Jepang. Pengaruhnya sangat besar dalam pembangunan pertanian dan ekonomi Hokkaido. Pesan budaya yang dibawanya tetap bergema hingga sekarang. Menurut sejarawan Fumiko Fujita, frasa yang diucapkannya, "Anak-anak, jadilah orang ambisius!" telah menjadi moto yang "hampir abadi di Jepang."  Organisasi Pariwisata Nasional Jepang menggambarkan slogan itu sebagai "terkenal" dan sering dikutip di seluruh negeri. Sejarawan John Maki menulis bahwa buku-buku pelajaran sekolah di Jepang sebagian besar "memuat sejarah singkat tentang jasa-jasa [Clark] dan slogannya". Nama Clark juga dipakai untuk nama "sekolah, bangunan, toko, manisan, dan cenderamata untuk wisatawan yang tak terhitung jumlahnya."

Kegiatan misionaris Clark juga membuahkan hasil. Pada tahun 1882, mahasiswa Sekolah Tinggi Pertanian Saporo mendirikan Gereja Kristen Independen Sapporo yang dicatat sebagai salah satu unsur kekristenan di Jepang setelah Restorasi Meiji. Sepuluh mahasiswa penandatangan "Perjanjian Pemercaya Yesus" mengumpulkan dana untuk membangun Gereja Peringatan William S. Clark di Sapporo pada 1922. Gereja tersebut dihancurkan pada tahun 1962, namun dibangun kembali di lokasi lain. Di dalam gereja itu masih disimpan "surat perjanjian" asli yang ditandatangani murid-murid Clark serta beberapa Alkitab yang dibawa Clark ke Sapporo.

Di Amerika Serikat, warisan utama Clark adalah kerja sama yang terus berlangsung antara dua perguruan tinggi yang didirikannya, sekarang bernama Universitas Massachusetts Amherst dan Universitas Hokkaido. Pertukaran staf pengajar dan mahasiswa berlangsung secara informal selama bertahun-tahun hingga. Menurut jurnalis Daniel Fitzgibbons, keadaan itu berlangsung hingga awal tahun 1960-an, sampai "Departemen Luar Negeri Amerika Serikat mengontrak Universitas Massachusetts Amherst untuk membantu memperkuat kurikulum pertanian di Hokkaido. Melalui program tersebut, 11 staf pengajar Universitas Massachusetts Amherst pergi ke Sapporo dan 52 mahasiswa dan staf pengajar Jepang mendapat pendidikan lanjutan di Amherst." Kedua universitas juga memiliki program pertukaran yang dilakukan oleh berbagai departemen akademik.

Pada tahun 1969, Profesor John H. Foster dari Pusat Studi Pertanian Internasional menetapkan kolaborasi antara dua universitas di Hokkaido dan Amherst sebagai "hubungan bantuan teknis tertua antara universitas Amerika Serikat dan sebuah universitas asing." Sebagai peringatan atas fakta sejarah dan jasa-jasa William Clark, Universitas Massachusetts Amherst dan Universitas Hokkaido menjalin hubungan universitas kembar pada tahun 1976. Pada 7 Februari 1990, Persemakmuran Massachusetts dan Prefektur Hokkaido menjalin hubungan negara bagian kembar.

Salah satu karya seni publik pertama untuk menghormati jasa-jasa Clark adalah sebuah patung dada yang ditempatkan di kampus Universitas Hokkaido pada 1926 sebagai bagian dari peringatan ulang tahun ke-50 pendirian Sekolah Tinggi Pertanian Hokkaido. Patung aslinya dilebur untuk keperluan perang selama Perang Dunia II, tetapi dibuat ulang pada tahun 1947. Peringatan 100 tahun kedatangan Clark di Sapporo ditandai dengan dibangunnya, patung William S. Clark di bukit pengamatan Hitsujigaoka pada tahun 1976. Kata-kata terkenal darinya diukir di kaki patung, "Boys, Be Ambitious." Tempat ini populer sebagai tujuan wisata. Di kampus Universitas Massachusetts Amherst, sebuah taman patung dan batu yang diberi nama William Smith Clark Memorial diresmikan pada 17 Oktober 1991. Teman tersebut terletak di bekas rumah Clark di puncak Clark Hill. Monumen tersebut dirancang oleh arsitek lanskap Todd A. Richardson.

Di antara bangunan-bangunan yang memakai namanya adalah Clark Hall di Universitas Massachusetts Amherst. Gedung ini dibangun pada tahun 1905 sebagai gedung Departemen Botani. Di kampus Universitas Hokkaido terdapat Gedung Pusat Mahasiswa Clark Memorial yang dibangun sebagai pusat mahasiswa gaya Barat pertama dan terbesar di Jepang.