Jabarkan Pengelolaan dari Museum Perjuangan Yogyakarta

Tahun 1961 - 1963, Museum Perjuangan Yogyakarta dikelola oleh Panita Setengah Abad Kebangkitan Nasional di Yogyakarta. Pada saat ini museum dibuka untuk umum dan terbuka bagi kunjungan masyarakat.

Tahun 1963 - 1969, di karenakan pendanaan museum ditutup untuk umum. Urusan perawatan gedung dan koleksi museum diserahkan kepada Museum Angkatan Darat waktu itu berkedudukan di Ndalem Brontokusuman, tepat di belakang Museum Perjuangan.

Tahun 1970 - 1974, museum masih tertutup untuk umum. Pada masa ini Museum Perjuangan Yogyakarta dalam pengawasan Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta c.q. Inspeksi Kebudayaan Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Yogyakarta.

Tahun 1974 - 1980, museum tertutup untuk umum. Pada tahun 1974 Museum Perjuangan Yogyakarta oleh Pemerintah Daerah DIY diserahkan kepada Museum Sonobudoyo untuk dikelola sebagai bagian dari Museum Sonobudoyo. Pada masa ini pengelolaannya berada di bawah Bidang Permuseuman Sejarah dan Kepurbakalaan (PSK) Kanwil Depdikbud Prop.Yogyakarta. Selanjutnya oleh PSK dilakukan pemugaran.

Tahun 1980 - 1997, museum berada di bawah pengelolaan Museum Sonobudoyo.Tanggal 30 Juni 1980 museum mulai dibuka untuk umum di bawah Museum Negeri Sonobudoyo/Direktorat Permuseuman Dirjen Kebudayaan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dan dipimpin oleh seorang koordinator.

Tahun 1997 - sekarang, museum berada di bawah pengelolaan Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta.Tanggal 5 September 1997 Museum Sonobudoyo menyerahkan pengelolaan Museum Perjuangan kepada Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta. Tanggal 27 Mei 2006, Museum Perjuangan Yogyakarta rusak akibat gempa dan ditutup untuk umum. Tahun 2007 Museum Perjuangan Yogyakarta diadakan pemugaran dan dibuka

untuk umum bulan Juli 2008.

Pada bulan Juli Tahun 2008 di Museum Perjuangan juga ditempatkan koleksi-koleksi sejarah Persandian Indonelia di lantai bawah dan lebih dikenal Museum Sandi yang dikelola oleh Lembaga Sandi Negara.