Jabarkan Setelah Kemerdekaan dari FK Vardar

Vardar merayakan kemerdekaan Makedonia dengan memenangkan tiga gelar berturut-turut, termasuk tak terkalahkan di musim perdana. Sepanjang tahun 90-an, mereka tetap berada di puncak sepakbola Makedonia dengan lima final Piala; menang empat dan selalu menjadi tim yang harus dikalahkan. Setelah miring standar, mereka membawa liga kembali ke 200102 dan musim berikutnya hanya tersingkir di babak penyisihan grup Liga Champions 200304. Sebuah prestasi yang luar biasa, di babak kualifikasi kedua mereka jatuh mengalahkan CSKA Moskow dan hanya memiliki satu Gol lebih Sparta Prague  Pada tahun 2011, Vardar  terdegradasi dari Liga Utama Makedonia untuk pertama kalinya, tetapi setelah membeli lisensi dari Miravci, ia bertahan. Musim berikutnya, mereka membawa liga kembali setelah sembilan tahun. Sampai saat ini, mereka telah memiliki 17 penghargaan utama atas nama mereka. Pada tahun 2012, dengan transformasi lebih lanjut, FK Vardar menjadi tim pertama di Makedonia Utara yang diselenggarakan sebagai perusahaan saham gabungan yang didirikan berdasarkan Companies Act.  FK Vardar  menghabiskan 24 musim di Liga Utama Makedonia antara tahun 1992 dan 2017 dan menempati posisi pertama dalam klasemen sepanjang masa.