Jabarkan Porto dari Silvestre Varela

Sebelum musim berakhir, pada Maret 2009, berkat penampilannya yang solid di Estrela, yang baru saja terdegradasi dari Primeira Liga di lapangan, Varela menandatangani perjanjian lima tahun dengan juara FC Porto secara transfer bebas, mulai bulan Juli. Dia melakukan debutnya pada tanggal 9 Agustus dengan menjadi starter dalam Supertaça Cândido de Oliveira, kemenangan 2–0 melawan F.C. Paços de Ferreira. Pada tahun pertamanya, dia menduduki peringkat kedua dalam jumlah gol keseluruhan di skuad, hanya di belakang Radamel Falcao; pada bulan Maret 2010, bagaimanapun, dia patah fibulanya saat latihan, sehingga absen untuk sisa musim saat tim tersebut finis di peringkat ketiga. Dia melewatkan akhir dari penaklukan mereka dalam Taça de Portugal, meskipun ia mencetak gol dalam kemenangan kandang 5-2 melawan Sporting di perempat final.

Varela mencetak 13 gol terbaik dalam 44 pertandingan di musim 2010–11 saat Porto memenangkan supercup, liga, piala, dan Liga Eropa UEFA. Dalam final yang ketiga, ia mencetak gol dalam kekalahan 6–2 atas Vitória de Guimarães.

Pada musim 2011–12, di bawah manajer baru Vítor Pereira, Varela – seperti hampir semua pemain Portugal (skuad terdiri dari tiga pemain nasional) – kehilangan perannya. Pada 16 Februari 2012, dalam start yang jarang, ia membawa timnya unggul melawan Manchester City di babak 32 besar Liga Eropa, dalam kekalahan kandang 1–2. Pada bulan September, ia memperpanjang kontraknya hingga tahun 2016.

Varela pindah ke Premier League West Bromwich Albion pada 24 Agustus 2014, dalam kesepakatan pinjaman satu musim. Setelah tiba sambil masih dalam pemulihan dari cedera, ia membuat debut resmi pada 2 Desember, menggantikan Craig Gardner di tengah babak kedua dalam kekalahan kandang 1–2 dari West Ham United. Ia mencetak gol pertamanya untuk West Brom pada tanggal 20, tetapi dalam kekalahan 2–3 melawan Queens Park Rangers.

Pada 20 Januari 2015, masih dimiliki oleh Porto, Varela bergabung dengan Parma F.C. hingga bulan Juni. Ia mencetak gol pertamanya pada tanggal 8 April – setelah klub dinyatakan pailit – sebagai satu-satunya gol dalam kemenangan kandang melawan Udinese Calcio. Dalam dua pertandingan Serie A terakhir musim ini, gol-golnya menghasilkan hasil imbang 2–2 melawan Hellas Verona F.C. dan U.C. Sampdoria, meskipun tim dari Stadio Ennio Tardini finis terakhir. Setelah masa pinjamannya, ia memperpanjang kontraknya dengan Porto selama tiga tahun lagi.