Jabarkan Persiapan dari Pertempuran Toba-Fushimi

Pertempuran dimulai oleh pasukan keshogunan yang bergerak ke Kyoto untuk menyampaikan sepucuk surat dari Shogun Yoshinobu. Isi surat berupa peringatan untuk kaisar tentang adanya intrik-intrik yang sedang direncanakan Domain Satsuma dan bangsawan istana pendukung mereka, seperti Iwakura Tomomi.

Pasukan keshogunan yang berjumlah lebih dari 15.000 prajurit unggul dalam jumlah, 3 banding 1 dibandingkan pasukan gabungan Domain Satsuma-Domain Chōshū. Pasukan keshogunan sebagian besar terdiri dari prajurit Domain Kuwana dan Domain Aizu, diperkuat oleh prajurit nonreguler Shinsengumi. Meski sebagian dari tentara keshogunan adalah tentara bayaran, sebagian lainnya seperti korps elite Denshūtai telah menerima pelatihan dari penasihat militer Prancis. Sebagian prajurit dari kedua belah pihak diterjunkan ke garis depan dengan persenjataan tradisional tombak dan pedang. Sebaliknya, pasukan Aizu terdiri dari kombinasi tentara modern dan samurai, dan kurang lebih begitu pula keadaan pasukan dari Satsuma. Keshogunan memiliki pasukan bersenjata lengkap, sementara pasukan Domain Chōshū paling terorganisir dan dilengkapi persenjataan paling modern. Menurut Conrad Totman: "Dalam istilah organisasi ketentaraan dan persenjataan, keempat pihak yang bertikai kemungkinan dapat diurutkan sebagai: Chōshū yang terbaik, pasukan infanteri Bakufu nomor dua, pasukan Satsuma berikutnya, sementara pasukan dari Aizu dan sebagian pasukan dari domain-domain bawahan paling belakang".

Sebagian pasukan keshogunan tidak memiliki semangat bertempur yang jelas, terbukti dari banyaknya senapan kosong yang dibawa prajurit garis depan. Motivasi dan kepemimpinan dari pihak keshogunan juga terbukti kurang.

Walaupun pasukan Chōshū dan Satsuma kalah dalam jumlah, mereka dipersenjatai dengan senjata modern, seperti howitzer Armstrong, senapan Minié, dan sebuah senapan Gatling. Pasukan keshogunan agak tertinggal dalam soal perlengkapan, meski pasukan elite keshogunan baru saja selesai dilatih oleh misi militer Prancis untuk Jepang. Shogun juga mengandalkan pasukan yang disediakan oleh domain yang bersekutu dengan keshogunan. Namun pasukan dari domain sekutu keshogunan tidak selalu maju dalam hal perlengkapan dan teknik militer. Akibatnya, pasukan keshogunan terbentuk dari campuran tentara modern dan tentara ketinggalan zaman.

Angkatan Laut Inggris pada dasarnya mendukung Satsuma dan Chōshū, dan menempatkan sebuah armada yang kuat di Pelabuhan Osaka. Keberadaan armada Inggris di Osaka menjadi faktor ketidakpastian yang memaksa keshogunan untuk mempertahankan garnisun di Osaka ditambah sebagian pasukan dalam jumlah signifikan, dan bukan mengerahkan mereka semua untuk menyerang Kyoto. Keberadaan pasukan asing ini sehubungan dengan baru dibukanya pelabuhan-pelabuhan di Hyogo (sekarang Kobe) dan Ōsaka) untuk pelabuhan asing, tiga minggu sebelumnya pada 1 Januari 1868.

Tokugawa Yoshinobu sendiri sedang terbaring di tempat tidur akibat demam tinggi, dan tidak berpartisipasi langsung dalam operasi ke Kyoto.