Jabarkan Era Millennium dari SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta

Pada tahun 2002, SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta membuka program akselerasi atau program percepatan belajar. Total jumlah yang dibuka adalah 30 kelas. Dengan jumlah peserta didik pertingkatnya sekitar 350 orang. Kemudian, pada tahun 2006 SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta kembali membuka program layanan pendidikan baru berbasis Teknologi Informasi dengan nama kelas ICT-MSN (Information Communication Technologi - Model School Network). Program layanan ini disertai dengan kerja sama negera-negara APEC. Kala itu SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta menjalin kerja sama sister school dengan Boonpo Middle School di Korea Selatan.

Pada tahun 2008, SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta menjadi salah satu sekolah RSMA-BI (Rintisan Sekolah Menengah Atas-Bertaraf Internasional) di Kota Yogyakarta. Dalam perjalanan menuju Sekolah Bertaraf Internasional, SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta menerapkan pengembangan penggunaan Teknologi Informasi dalam proses belajar mengajar. Bentuk lainnya adalah dengan menerapkan manajemen mutu yang berbasiskan ISO 9001:2008 yang telah resmi disandang SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta