Jabarkan Interaksi serta fungsi gen dari Saccharomyces cerevisiae

Ketersediaan sekuens genom S. cerevisiae dan set mutan delesi yang meliputi 90% genom ragi semakin meningkatkan kemampuan S. cerevisiae sebagai model untuk memahami regulasi sel eukariotik. Sebuah proyek yang sedang berlangsung untuk menganalisis interaksi genetik dari semua double-deletion mutant melalui analisis susunan genetik sintetis (synthetic genetic array) akan membawa penelitian ini selangkah lebih maju. Tujuannya adalah untuk membentuk peta fungsional dari proses sel.

Pada tahun 2010, model interaksi genetik yang paling komprehensif mulai dibangun, berisi "profil interaksi untuk ~ 75% dari semua gen dalam ragi bertunas (Budding yeast)". Model ini dibuat dari 5,4 juta two-gene comparisons dengan melakukan gene knockout ganda untuk setiap kombinasi gen yang dipelajari. Pengaruh knockout ganda terhadap fitness sel dibandingkan dengan fitness yang diharapkan. Fitness yang diharapkan ditentukan dari jumlah hasil fitness knockout gen tunggal untuk setiap gen yang dibandingkan. Ketika ada perubahan fitness dari yang diharapkan, gen dianggap berinteraksi satu sama lain. Hal ini diuji dengan membandingkan hasil dengan apa yang diketahui sebelumnya. Misalnya, gen Par32, Ecm30, dan Ubp15 memiliki profil interaksi yang serupa dengan gen yang terlibat dalam Gap1-sorting module processes. gen-gen ini ketika di-knockout memiliki hasil yang konsisten, yakni terganggunya proses tersebut, yang menegaskan bahwa gen-gen tersebut adalah terlibat dalam Gap1-sorting module processes.

Dari hal ini, 170.000 interaksi gen ditemukan dan gen dengan pola interaksi serupa dikelompokkan bersama. Gen dengan interaksi genetik yang serupa cenderung menjadi bagian dari jalur metabolisme atau proses biologis yang sama. Informasi ini digunakan untuk membangun jaringan global mengenai interaksi gen yang dikelompokkan berdasakan fungsinya. Jaringan ini dapat digunakan untuk memprediksi fungsi dari gen yang tidak terkarakterisasi berdasarkan pengelompokkan gen yang berdasarkan pada fungsi.

Fungsi lain di bidang riset

Pendekatan yang dapat diterapkan di berbagai bidang ilmu biologi dan pengobatan telah dikembangkan oleh para ilmuwan menggunakan ragi. Pendekatan tersebut diantaranya yeast two-hybrid untuk mempelajari interaksi protein dan analisis tetrad. Fungsi lainnya, termasuk gene deletion library termasuk ~ 4.700 single gene deletion haploid yang viabel. GFP fusion strain library digunakan untuk mempelajari lokallisasi protein, sedangkan tag TAP library digunakan untuk memurnikan protein dari ekstrak sel ragi.

Sebuah yeast deletion project dari Universitas Stanford menghasilkan mutasi knockout (knockout mutation) pada setiap gen dalam genom S. cerevisiae untuk penentuan fungsinya.