Jabarkan Plot: Project Origin dari F.E.A.R. 2: Project Origin

Pemain memainkan Michael Becket yang tertidur di APC-nya bersama teman-temanya Griffin, Red, Keegan, Stokes, dan Manuel Morales. Becket bermimpi bahwa dia menemukan anak yang tersesat dan dunia hancur. Becket mulai terbangun dan Griffin mulai memberitahu misi yang mereka lakukan, menyelamatkan seseorang dari Armacham bernama, Genevieve Aristide yg diburu para prajurit Armacham. saat Becket menyelamatkan Aristide, Becket mulai melihat ledakan yang dilakukan Point Man. Becket banyak mendapatkan informasi dari Terry Halford (dipangill Snake Fist). Terry terbunuh dari para prajurit Replica

Becket mulai menemukan tempat dimana untuk menghancurkan Alma. tetapi rencana itu dihalangi oleh Aristide. Stokes tertembak lalu Aristide mengirim Becket ke hari akhir. Becket berhasil tetapi dia tahu Alma memperkosa Becket dengan melahirkan anak ke-3-nya. lalu Becket mendengar suara kecil diperut Alma dan permainan berakhir.