Jabarkan 2006 dari Grega Žemlja

Žemlja mengawali musimnya dengan berpartisipasi di turnamen-turnamen Futures dan Challenger. Hasilnya pas-pasan, hanya mencapai putaran kedua di Austria F2 (dikalahkan Alexander Sadecky 6–4, 3–6, 5–7), putaran pertama di Kroasia F2 (dikalahkan Marcel Zimmermann 7–5, 5–7, 2–6), dan putaran kedua di Sarajevo Challenger (dikalahkan Gregory Carraz 3–6, 6–7(2)). Ia terpilih mewakili Slovenia pada babak penyisihan Piala Davis Zona Eropa/Afrika Grup II melawan Aljazair. Awalnya kalah melawan Lamine Ouahab 3–6, 6–2, 6–4, 3–6, 4–6 pada giliran pertamanya, tetapi memenangkan giliran keduanya melawan Silmane Saoudi 7–5, 6–2.

Ia tersisih di putaran pertama Ostrava Challenger melawan Jan Vacek 3–6, 1–6, tetapi kemudian memenangkan dua turnamen Futures berturut-turut. Pertama, ia memenangkan Bosnia dan Herzegovina F1 dengan terlebih dulu menyisihkan Igor Racic, Marek Semjan, David Savic, dan Lazar Magdincev, sebelum akhirnya memenangkan pertandingan final melawan Cesar Ferrer-Victoria 3–6, 6–7(6). Kedua, Žemlja memenangkan Slovenia F1 dengan mengalahkan Blaz Kavcic, Tomas Janci, Matteo Volante, dan Matthias Bachinger, sebelum mengalahkan Rasmus Norby 6–1, 6–0 di babak final. Setelah itu, ia mencapai perempatfinal dua kali berturut-turut, yaitu di Slovenia F2 (dikalahkan Franco Skugor) dan Slovenia F3 (dikalahkan Manuel Jorquera), dan mencapai putaran kedua dua kali berturut-turut, yaitu di Serbia dan Montenegro F2 (dikalahkan Vladimir Obradovic) dan Oberstaufen Challenger (dikalahkan Michael Berrer). Žemlja terpilih lagi untuk mewakili Slovenia pada pertandingan penentuan Piala Davis Zona Eropa/Afrika Grup II, melawan Irlandia, mengalahkan Kevin Sorensen 6–2, 7–5, 6–1 pada giliran pertamanya, dan pada giliran kedua mengalahkan Conor Niland 6–4, 6–2.

Kemudian, Žemlja bermain pada sebuah turnamen di Saransk, menyisihkan terlebih dahulu Nikolay Marinchenko 6-1, 6–1 sebelum dikalahkan Robin Haase 4–6, 5–7. Ia kembali kalah melawan Haase pada perempatfinal St. Petersburg Challenger, kali ini dengan skor 6–3, 3–6, 3–6. Hanya mencapai babak-babak awal pada dua turnamen (pada putaran pertama Cordenons Challenger dikalahkan Ivan Navarro dan pada putaran kedua Kranj Challenger dikalahkan Florin Mergea 4–6, 6–4, 4–6), Žemlja melaju ke babak final Jerman F15, dengan mengalahkan Pirmin Haenle, Jerome Becker, Patrick Taubert, dan Marcel Zimmermann, sebelum dikalahkan Tobias Summerer 4–6, 4–6 pada babak final. Ia kembali melaju ke babak semifinal Portugal F4, dengan terlebih dahulu menyisihkan David Savic, Pedro Sousa, dan Murat Inoyatov, sebelum pada akhirnya dikalahkan Thiemo de Bakker 2–6, 2–6.

Žemlja berhasil mencapai babak final Portugal F5, dengan menyisihkan David Savic, David Canudas-Fernandez, Marek Semjan, dan Blaz Kavcic sebelum dikalahkan Vjekoslav Skenderovic 4–6, 1–6. Pada dua turnamen terakhirnya di Australia, ia hanya berhasil mencapai putaran kedua (dikalahkan Alexander Peya di Caloundra, dan Ivo Klec di Kawana). Ia mengakhiri musim dengan menempati peringkat ke-340 dunia.