Jabarkan Keluarga dari William S. Clark

Beberapa bulan setelah pulang dari Jerman, Clark menikah dengan Harriet Keopuolani Richards Williston pada 25 Mei 1853. Harriet Williston adalah putri dari Clarissa dan William Richards, misionaris Amerika untuk Kerajaan Hawaii. Pada tahun 1838, orang tuanya mengirim Harriet dan saudara laki-lakinya untuk dijadikan anak angkat oleh industrialis Samuel Williston agar dapat belajar di Seminari Williston, Easthampton. William Richards meninggal pada tahun 1847 di Hawaii. Istrinya, Clarissa, tetap tinggal di Hawaii untuk beberapa waktu setelah kematian suaminya. Ia setuju kedua anaknya, Harriet dan Lyman Richards diadopsi oleh Williston. Ayah mertua angkat Clark, Samuel Williston kemudian berjasa sebagai sponsor penting dalam kariernya. Williston adalah dermawan utama Amherst College, dan tokoh yang sangat berpengaruh di Massachusetts Barat.

William dan Harriet Clark dikaruniai 11 orang anak, 7 orang di antaranya hidup sampai dewasa. Anak tertua mereka adalah seorang perempuan bernama Emily Williston Clark yang menikah dengan F.W. Stearns, putra pedagang terkemuka dan pemilik toko serba pemilik R.H. Stearns. Salah seorang dari putra mereka, Hubert Lyman Clark, menjadi ahli zoologi terkemuka.