Jabarkan Urusan Internal dari Vratislav II

Menurut tradisi Wangsa Přemyslid, Moravia akan dipercayakan kepada saudara yang lebih muda dari pangeran yang berkuasa. Di dalam kasus Vratislav, kedua adiknya Konrad dan Otto mendapatkan Brno dan Olomouc dan yang bungsu, Jaromir, memasuki gereja. Namun kerenggangan timbul di antara bersuadara itu. Kemudian Vratislav mendirikan keuskupan Olmütz (keuskupan Olomouc), di bawah pimpinan Keuskupan Agung Mainz, untuk melawan otoritas Otto di provinsinya. Baik paus dan kaisar menjadi penengah dari konflik tersebut, yang termasuk di dalam bagian adalah Henry melantik Jaromir sebagai kanselir pada tahun 1077. Pada bulan April 1085, reichstag berkumpul di Mainz menekan keuskupan Moravia dan, akan tetapi Vratislav kemudian mendirikan kembali keuskupan tersebut. Jaromir protes di Roma kepada Paus Urban II, tetapi ia wafat pada tahun 1090.

Malang untuk Vratislav, tahun-tahun akhir pemerintahannya dipenuhi oleh pertikaian dinastik. Ketika saudaranya Otto wafat pada tahun 1086, ia memberikan Olomouc kepada putranya Boleslaus, yang dilihat sebagai tindakan yang menentang kehendak Konrad. Vratislav mengumpulkan pasukan melawan Konrad dan mengirimkan mereka di bawah pimpinan putranya yang lain Bretislaus. Akan tetapi, putranya ini malah berbalik menentangnya. Vratislav, sesuai dengan adat Bohemia, menunjuk ahli warisnya: Konrad. Kemudian berdamai dengan saudaranya yang masih hidup, keduanya menghancurkan Bretislaus, yang melarikan diri ke Hungaria.

Vratislav wafat karena terluka ketika berburu pada tanggal 14 Januari, 1092, setelah memerintah selama 30 tahun lamanya. Ia dimakamkan di Gereja Santo Petrus dan Paulus, Vyšehrad.