Jabarkan Turun Tahta dari Muhammad Ali dari Siak

Namun pada tahun 1779 Sultan Ismail yang telah mengelana di Selat Malaka mengambil alih kedudukan Yang Dipertuan Besar Siak dari Sultan Muhammad Ali. Muhammad Ali terpaksa berundur ke Petapahan mencari perlindungan dari Syarif Bendahara, tetapi tidak dikabulkan. Akhirnya, ia kembali ke ibu kota dan menyerahkan diri kepada sepupunya itu. Sultan Ismail lalu mengampuninya dan melantiknya menjadi Raja Muda.

Setelah tidak lagi menjadi sultan, Muhammad Ali lebih banyak berdiam di Senapelan dan memfokuskan diri pada perkembangan perdagangan di bandar tersebut. Ia baru kembali ke dunia politik tahun 1781-1782 ketika diangkat menjadi wali Sultan Yahya, keponakannya yang memerintah sebelum dewasa menggantikan ayahnya Sultan Ismail.