Jabarkan Pengampunan Umum dari Pertempuran Jamal

Dengan menyatakan bahwa mereka yang dikalahkan adalah orang-orang muslim yang taat dan bukanlah murtadin, Ali mengumumkan pengampunan publik setelah peperangan tersebut. Dia dikatakan melarang anak buahnya untuk menyakiti umat muslim yang menjadi tawanan, yang terluka, yang membelot dan yang kabur dari perperangan tersebut. Para tawanan dibebaskan, perempuan-perempuan dan anak-anak dari kaum mereka tidak diperbudak dan hanya persenjataan dan binatang lah yang menjadi harta rampasan. Ali pun memberikan uang dari pembendaharaan Basra sejumlah 500 dirham kepada tiap pasukannya sebagai gantinya. Namun hal ini menimbulkan kekecewaan di sebagian pasukan Ali, karena menurut mereka Ali telah merampas hak-hak mereka untuk memperoleh harta rampasan dan memperbudak perempuan-perempuan dan anak-anak dari pihak muslim yang dikalahkan yang mana hal itu merupakan norma dalam Islam ketika mengalahkan suatu kaum. Ali juga disebut pernah mengatakan bahwa bila mereka ngotot agar Aisyah diperbudak, maka mereka harus melakukan pengundian untuk menentukan siapa yang akan mendapatkannya.

Pengampunan ini juga diperluas kepada para pemberontak kelas kakap seperti Marwan dan putra-putra Utsman, Thalhah, dan Zubair. Menurut Madelung, Ali bertanya kepada mereka apakah dirinya bukan orang yang paling dekat dengan Muhammad dan yang paling berhak atas kepemimpinan setelah kematian Muhammad. Dia kemudian membiarkan mereka pergi setelah mereka memohon pengampunan dan berbai'at kepada Ali. Sebuah laporan yang berbeda menyatakan bahwa Marwan yang tetap membangkang tetap dilepaskan tanpa berbai'at kepada Ali. Marwan segera bergabung dengan musuh Ali, Muawiyah, setelah pertempuran.

Kufah dan Ibukota de facto

Sebelum meninggalkan Basra, Ali menegur warganya karena melanggar sumpah setia dan memecah belah masyarakat. Dia kemudian menunjuk Ibnu Abbas sebagai gubernur Basra setelah menerima janji baru mereka. M.A. Shaban menambahkan bahwa Ali membagi dana perbendaharaan secara merata di Basra, yang tetap menjadi surga selama bertahun-tahun bagi sentimen pro-Utsman. Ali segera berangkat ke Kufah, ​​dan tiba di sana pada bulan Desember 656 atau Januari 657. Ia menolak tinggal di kastil gubernur, menyebutnya qasr al-khabal (), dan malah tinggal bersama keponakannya Ja'da bin Hubairah. Kufah dengan demikian menjadi basis aktivitas utama Ali selama kekhalifahannya. Dengan langkah ini, elit Madinah secara permanen kehilangan otoritas mereka atas komunitas Muslim, kata Maria M. Dakake. Kennedy juga menyoroti kerugian strategis Madinah, mengatakan bahwa Madinah jauh dari pusat populasi Irak dan Suriah, dan sangat bergantung pada pengiriman biji-bijian dari Mesir. Kufah tetap menjadi pusat utama Islam Syiah sampai pertengahan abad kedua Hijriyah (pertengahan abad kedelapan), ketika Baghdad didirikan.