Jabarkan Pengoperasian sebagai museum dari Museum Kereta Api Bondowoso

Setelah stasiun ini nonaktif untuk pelayanan perkeretaapian umum seiring dengan dinonaktifkannya jalur tersebut, kondisi stasiun ini dalam keadaan sangat terpuruk dan terlupakan. Meskipun stasiun ini masih dapat dikatakan "terawat" dengan baik, pada kenyataannya stasiun ini tak pernah digunakan. Tak ada renovasi, hanya sesekali ada pengecatan ulang. Tak ada seorang pun yang bisa dipercaya merawat bangunan heritage peninggalan SS ini.

Wacana reaktivasi jalur kereta api ini terus mengemuka sejak 2009 tetapi tidak ada satu pun langkah konkret yang bisa diambil. Pasalnya, PT KAI kini hanya bertindak sebagai operator, bukan menjadi pemilik prasarana serta tidak ikut mengkaji apakah jalur ini pantas direaktivasi atau tidak. Jalur tersebut kini menjadi kewenangan Direktorat Jenderal Perkeretaapian sejak berlakunya Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2007. Namun pada tahun 2022 sesuai hasil studi kelayakan, jalur ini masuk dalam prioritas reaktivasi sesuai Perpres 80 Tahun 2019 yang akan dilakukan oleh Direktorat Jenderal Perkeretaapian.

Bangunan stasiun ini kini sudah ditetapkan sebagai cagar budaya oleh Unit Pusat Pelestarian dan Desain Arsitektur PT KAI. Untuk mengawali langkah reaktivasi, Pemerintah Kabupaten Bondowoso memutuskan untuk membuat perjanjian kerja sama preservasi stasiun ini. Pemilihan Stasiun Bondowoso ini sama sekali bukan tanpa alasan. Dipilihnya stasiun ini adalah untuk mengenang tragedi gerbong maut Bondowoso yang telah menewaskan pejuang kemerdekaan Indonesia yang menjadi tawanan Belanda. Stasiun ini kini diresmikan sebagai museum pada tanggal 17 Agustus 2016 oleh Bupati Bondowoso saat itu, Amin Said Husni, untuk memperingati 71 tahun Kemerdekaan Indonesia.

Di samping museum, stasiun ini juga melayani penjualan tiket. Saat ini progres terkait reaktivasi jalur ini baru sampai pada tahap studi kelayakan dan jalur ini dinyatakan lolos studi sehingga wacana reaktivasi menguat kembali.

Bangunan, tata letak, dan koleksi

Pada saat aktif sebagai stasiun, Stasiun Bondowoso memiliki enam jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Karena emplasemennya sudah beralih fungsi menjadi rumah penduduk, jalurnya dipangkas menjadi dua saja. Jalur 1 stasiun ini diparkirkan gerbong pupuk berjenis GW/GRU.

Arsitektur stasiun ini tidak jauh berbeda dengan stasiun-stasiun SS lainnya, yaitu Indische Empire. Bangunan stasiun telah disesuaikan dengan iklim setempat sehingga terkesan luwes dengan lingkungan sekitarnya. Ornamen sulur-suluran serta pilar-pilar ala Yunani banyak dijumpai di dekat pintu dan jendela, memberi kesan anggun pada bangunan utama stasiun. Sebelum dipreservasi, bangunan stasiun ini dicat putih dengan kombinasi hijau pada teritisan, kayu-kayu, dan ornamennya. Namun setelah dipreservasi, warna-warna tersebut digantikan dengan warna korporat bangunan PT KAI.

Museum ini memiliki koleksi yang lebih terbatas bila dibandingkan museum kereta api lainnya di Indonesia. Koleksi museum ini adalah handel persinyalan mekanik Alkmaar, tiket Edmondson, miniatur-miniatur lokomotif dan kereta penumpang zaman uap, salinan foto-foto sejarah, serta mebel/furnitur pendukung administrasi stasiun.

Peralatan lainnya yang juga dikoleksi di stasiun ini adalah atribut perusahaan, handsign, tongkat Semboyan 40, mesin tik, telepon otomatis (toka), stempel, dan reglemen perusahaan. Sesekali juga diputarkan film-film yang mendokumentasikan kereta api pada zaman dahulu di sudut-sudut ruangan serta terdapat informasi mengenai peristiwa tragedi gerbong maut Bondowoso. Untuk meningkatkan pelayanan, fasilitas lain seperti musala dan toilet dibuat seperti layaknya stasiun, dengan dipasangnya papan penunjuk fasilitas yang wujudnya terlihat seperti layaknya bandara.