Jabarkan Kontroversi dari Mohd Ali Rustam

Tahun 2010, ia menyetujui pembangunan laboratorium farmasi pengujian hewan di Melaka. Pembelaannya terhadap pengujian hewan menarik perhatian internasional dan dikritik oleh Society for the Prevention of Cruelty to Animals (Perhimpunan Pencegah Kekejaman terhadap Hewan) Malaysia.

Tanggal 30 September 2012, putra tertua Mohd Ali, Ridhwan, menyelenggarakan resepsi pernikahannya dengan mengundang 130.000 tamu di sebuah pusat olahraga. Acara itu berlangsung selama delapan jam dan biaya hanya untuk makanan diduga mencapai AS$ 200.000 yang menyebabkan pihak oposisi mempertanyakan kemungkinan kemampuan pengeluaran sebesar itu hanya dari gaji pejabat pemerintah. Mohd Ali membantah dugaan korupsi dengan mengatakan bahwa acara itu tidak ada hubungannya dengan pemerintah negara bagian. Datuk Mohd Shukri Abdul, dari komisi anti korupsi Malaysia, mengumumkan bahwa akan dilakukan investigasi terkait hal tersebut.