Jabarkan Sevilla dari Fernando Navarro

Tangal 18 Juni 2008, Navarro dibeli oleh Sevilla FC dengan nilai dilaporkan sebesar €5 juta. Secara otomatis ia menjadi pilihan utama dalam dua musim pertamanya, saat tim Andalusia itu berada di peringkat third dan keempat masing-masing musim berurutan, tetapi ia mengumpulkan 26 kartu kuning ditotal dari kedua musim.

Di musim-musim berikutnya, Navarro tidak memiliki pesaing di posisinya dan terus menjadi starter bagi Sevilla. Tanggal 26 Oktober 2011 ia memperbarui kontraknya yang awalnya berakhir Juni 2013 diperpanjang menjadi Juni 2016. Di akhir bulan sebelumnya, ia terlibat dalam sebuah insiden dalam pertandingan kandang melawan Valencia CF. Setelah pemain lawan Aritz Aduriz menginjak Emir Spahić di menit ke-70, Emir Spahić memperlihatkan reaksi yang berlebihan, tetapi Navarro bersikeras meminta wasit memberikan kartu merah pada Aduriz dan wasit melakukannya.

Sejak tahun 2013, setelah munculnya pemain muda Alberto Moreno, Navarro tampil dalam beberapa pertandingan di posisi bek tengah.