Jabarkan Kehidupan pribadi dari Neil Patrick Harris

Harris membenarkan bahwa ia gay pada November 2006 dengan mengatakan, "Saya ingin mematahkan rumor atau kabar burung manapun dan saya cukup bangga menyatakan bahwa saya adalah pria gay bahagia yang menjalani hidup sepenuhnya dan merasa sangat beruntung bisa bekerja dengan orang-orang hebat di industri yang saya cintai."

Harris menghadiri Emmy Awards pada September 2007 bersama tunangannya, David Burtka, dan mengonfirmasi hubungan mereka. Ia mengaku telah membina hubungan sejak 2004 dalam sebuah wawancara di The Ellen DeGeneres Show. Tanggal 14 Agustus 2010, Harris mengumumkan bahwa ia dan Burtka sedang menunggu kelahiran anak kembar melalui ibu pengganti. Anak kembar fraternal Gideon Scott, laki-laki, dan Harper Grace, perempuan, lahir pada tahun 2010.

Setelah Marriage Equality Act disahkan di New York tanggal 24 Juni 2011, Harris dan Burtka mengumumkan pertunangan mereka melalui Twitter sambil menyatakan bahwa mereka sudah melamar lima tahun sebelumnya namun merahasiakannya sampai pernikahan sesama jenis dianggap sah secara hukum.

Di A Very Harold & Kumar 3D Christmas, ada lelucon yang menyindir pengumuman gay Harris. Karena sifat tokoh yang diperankannya di film ini adalah heteroseksual dan perayu wanita, Harris berpura-pura gay agar semua wanita merasa ia tidak begitu mengesalkan. Burtka juga memerankan dirinya sendiri sebagai penjual obat-obatan rahasia untuk Harris.

Harris dan Burtka membeli rumah jenis townhouse di Fifth Avenue di Harlem pada 2013. Sebelumnya mereka sudah menetap di Harlem selama beberapa tahun.