Jabarkan Karya dari Petrus Canisius Mandagi

Ia ditahbiskan menjadi imam pada tanggal 18 Desember 1975 di Manado. Setelah tahbisan, ia diangkat menjadi socius sekaligus pembina para calon anggota tarekat MSC di Karanganyar sejak 1976 hingga 1977. Ia kemudian ditugaskan Pastor Paroki Gereja Bunda Hati Kudus, Kemakmuran, Jakarta hingga tahun 1978.

Ia kembali menjalani studi, kali ini di Leuven, Belgia sejak tahun 1978 hingga 1981, dan meraih gelar MA dalam Studi Keagamaan pada tahun 1979 dan Lisensiat dalam Teologi Dogmatik pada tahun 1981. Sekembalinya ke Indonesia, ia ditugaskan menjadi dosen dogmatik di Seminari Tinggi Pineleng hingga tahun 1990. Antara tahun 1981 hingga 1982, ia juga kembali bertugas sebagai socius sekaligus pembina calon imam MSC, dan pada tahun 1982 hingga 1990 ia menjadi superior pembina Skolastikat MSC.

Sejak 1990 hingga 1994, ia menjadi Provinsial Provinsi MSC Indonesia. Pada 10 Juni 1994, Mgr. Mandagi ditunjuk oleh Paus Yohanes Paulus II untuk meneruskan kepemimpinan Mgr. Andreas Peter Cornelius Sol, M.S.C. di Keuskupan Amboina. Pada 18 September 1994, Mgr. Sol kemudian menjadi Penahbis Utama baginya, dengan didampingi oleh Uskup Auksilier Amboina bergelar Uskup Tituler Apisa Maius, Mgr. Josephus Tethool, M.S.C. dan Uskup Auksiler Ujung Pandang bergelar Uskup Tituler Amantia, Mgr. Johannes Liku Ada'.

Ia menjalankan kepemimpinan dengan langsung turun ke lapangan dalam menanggapi berbagai masalah yang ada. Ia menaruh juga fokus perhatian pada pendidikan calon imam, serta pendidikan pada umumnya termasuk juga pendidikan umat. Selian itu, ia juga menempatkan kesehatan sebagai masalah utama umat dan masyarakat. Ia juga melihat betapa pentingnya Gereja terlibat dalam kehidupan dan pendidikan politik.

Dalam kapasitasnya sebagai Anggota KWI, ia pernah duduk sebagai Ketua Komisi Kateketik (1997–2003), Anggota Presidium KWI (2000–2003), Ketua Komisi Keadilan dan Perdamaian dan Pastoral Perantau (2003–2009), dan Ketua Komisi Hubungan Antar Agama dan Kepercayaan sekaligus Anggota Presidium KWI (2009–2015).

Sejak 7 Agustus 2019, Mgr. Mandagi menjadi Administrator Apostolik sede plena Keuskupan Agung Merauke, setelah pembebastugasan Mgr. Nicolaus Adi Seputra, M.S.C. untuk menjalani on-going formation. Pada Tanggal 28 Maret 2020 Bersamaan dengan diterimanya Pengunduran diri Mgr. Nico, Uskup Mandagi diangkat sebagai Admistrator Apostolik sede vacante Keuskupan Agung Merauke. Pada 11 November 2020 Paus Fransiskus mengangkat Mgr. Mandagi sebagai Uskup Agung Metropolitan Merauke. Beliau meninggalkan Keuskupan Amboina pada Awal Tahun 2021 dengan Perayaan Ekaristi Instalasi di Gereja Katedral Santo Fransiskus Xaverius Merauke pada Hari Raya Epifani 3 Januari 2021.

Bersamaan dengan Pengangkatannya sebagai Uskup Agung Merauke, Paus Fransiskus juga Mengangkat Mgr. Mandagi sebagai Administrator Apostolik Keuskupan Amboina sampai terpilihnya Uskup Baru. Pada Tanggal 8 Desember 2021, Tepat Pada Hari Raya Santa Perawan Maria Dikandung Tanpa Noda Dalam Misa Penerimaan Novis, Kaul Pertama, Kaul Kekal, dan Peringatan Hidup Membiara Suster TMM di Gereja Maria Bintang Laut, Mgr. Mandagi mengumumkan Bahwa Bapa Suci Paus Fransiskus telah mengangkat Romo Seno Ngutra, Pr. Sekretaris Keuskupan Amboina Sebagai Uskup Amboina yang Baru Meneruskan Kegembalaannya.