Jabarkan Keterlibatan militer dalam kerusuhan dari Kejatuhan Soeharto

Saat itu, militer Indonesia terpecah menjadi dua faksi yang berbeda. Fraksi nasionalis "merah putih" yang dipimpin oleh Pangab Jenderal Wiranto, dan faksi Islamis "hijau" yang dipimpin oleh Prabowo Subianto. Prabowo, yang merupakan Panglima Kostrad (pasukan cadangan strategis, divisi di mana Soeharto sendiri berkuasa pada tahun 1960-an), berteman dengan Muchdi Purwopranjono, yang menjalankan Kopassus (pasukan khusus), dan seorang lagi, Syafrie Samsuddin, memimpin Komando Daerah Jakarta. Dalam kerusuhan tersebut, baik Muchdi maupun Syafrie gagal memerintahkan pasukannya untuk memadamkan kerusuhan tersebut, dan kemudian muncul laporan bahwa Syafrie sebenarnya telah melakukan kontak radio dengan geng-geng yang meneror kota tersebut. Ada kemungkinan Prabowo berharap kerusuhan itu akan mendiskreditkan saingannya Wiranto dan mengakibatkan Soeharto menunjuk Prabowo sebagai panglima angkatan bersenjata.

Sementara itu, muncul tuduhan lain bahwa militer terlibat aktif dalam kerusuhan. Seorang petugas keamanan menduga bahwa dalam kerusuhan itu, petugas Kopassus memerintahkan pembakaran sebuah bank. Seorang sopir taksi melaporkan mendengar seorang pria di helikopter militer mendorong orang-orang di lapangan untuk melakukan penjarahan. Pemilik toko di sebuah alun-alun mengklaim bahwa sebelum kerusuhan, para perwira militer mencoba untuk mengambil uang perlindungan. Seorang remaja mengklaim dia dan ribuan lainnya telah dilatih sebagai pengunjuk rasa. Seorang anak jalanan menuduh petugas Kopassus memerintahkan dia dan teman-temannya untuk menjadi perusuh. Ada laporan tentara berpakaian seperti mahasiswa dan mengambil bagian dalam kerusuhan. Saksi mata berbicara tentang penghancuran yang sedang diatur, dengan sekelompok pria dengan potongan rambut pendek mengarahkan para penjarah ke toko, mal dan bank, dan para perusuh diangkut dengan truk militer. Korban pemerkosaan bersaksi bahwa wanita etnis Tionghoa menjadi sasaran, dengan serangan yang direncanakan sebelumnya.