Jabarkan STAIN Purwokerto (1997-2014) dari Universitas Islam Negeri Saifuddin Zuhri Purwokerto

Untuk meningkatkan efisiensi, efektivitas, dan kualitas, kemudian dikeluarkan Keputusan Pre­siden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri pada 21 Maret 1997. Maka Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwo­kerto, sebagai perguruan tinggi yang mandiri.

Perubahan status ini memberi otonomi yang besar dan peluang yang banyak untuk me­ngembangkan potensi yang dimiliki STAIN Purwokerto sesuai dengan ke­butuhan masya­rakat dan potensi civitas aka­demika, dengan cara mem­buka Ju­rusan dan Program Studi baru, serta melakukan pe­nyempurnaan ku­rikulum dan me­lakukan reformasi dalam berbagai aspek.

Pada tahun 2012, STAIN Purwokerto membuka Pascasarjana Strata 2 (S-2) yaitu Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 164 Tahun 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Prodi, STAIN membuka program studi untuk Strata I (S.I) yaitu program studi Pendidikan Guru Raudhatul Athfal (PGRA) dan Manajemen Dakwah (MD).