Jabarkan Pascapertempuran dari Pertempuran Hakodate

Pertempuran ini menandai berakhirnya rezim feodal Jepang, dan berakhirnya perlawanan bersenjata terhadap Restorasi Meiji. Setelah menjalani beberapa tahun hukuman penjara, sejumlah pemimpin pemberontak direhabilitasi, dan bergabung dengan pemerintah baru. Mereka menjalani karier politik yang cemerlang di era Jepang bersatu. Enomoto Takeaki khususnya menduduki berbagai jabatan dalam kementerian selama periode Meiji.

Pemerintah Kekaisaran Jepang yang baru mendirikan berbagai lembaga baru setelah konflik berakhir. Angkatan Laut Kekaisaran Jepang secara resmi didirikan pada bulan Juli 1869 dengan mengikutsertakan banyak pelaut dan kapal-kapal yang ikut serta dalam Pertempuran Hakodate.

Togo Heihachiro, pahlawan dalam Pertempuran Tsushima 1905 ikut serta dalam pertempuran sebagai penembak meriam di atas kapal perang Kasuga.