Jabarkan Pengepungan dari Pengepungan Naxos (499 SM)

Herodotos menceritakan bahwa pada awalnya rakyat Naxos tidak tahu apa-apa mengenai invasi itu dan tidak menyadari bahwa ada armada Persia yang sedang bersiap untuk menyerbu kota mereka. Namun setelah mereka mengetahui berita itu, mereka dengan cepat melakukan segala persiapan untuk dapat bertahan dalam menghadapi serbuan Persia. Rakyat Naxos memindahkan segala barang-barang penting yang berada di ladang pertanian ke dalam kota. Mereka juga menyiapkan persediaan bahan pangan dan air di dalam kota supaya tidak terjadi kelaparan selama dikepung oleh pasukan Persia. Selain itu orang Naxos juga memperkuat tembok kota mereka.

Karena orang Naxos telah melakukan segala persiapan tersebut, ketika pasukan Ionia dan Persia tiba di kota Naxos, mereka dihadapkan dengan tembok pertahanan yang kuat dan kota yang tersuplai secara baik. Herodotos tidak secara jelas mengatakannya, tetapi kota ini kemungkinan adalah ibu kota negara Naxos. Dia hanya menuliskan sedikit rincian mengenai tindakan militer yang terjadi kemudian, meskipun ada pendapat bahwa dilakukan serangan awal ke kota tersebut, yang berhasil dipukul mundur. Pasukan Ionia dan Persia akhirnya terpaksa berdiam dan mengepung kota. Akan tetapi, setelah melakukan pengepungan selama empat bulan, persediaan uang yang dibawa oleh pasukan Persia mulai menipis. Selain itu, Aristagoras sendiri telah menghabiskan banyak mereka dalam pengepungan itu. Dengan kondisi pengepungan yang terus menuntut pengeluaran uang, yang sudah mulai habis, sementara pasukan Persia juga sudah benar-benar kehilangan semangat, ekspedisi ini pun diakhiri dan pasukan Persia memutuskan untuk kembali ke Asia Kecil tanpa membawa kemenangan. Sebelum pergi, mereka membangun sebuah benteng di pulau tersebut bagi para aristokrat Naxos yang terusir. Ini adalah strategi yang lazim di dunia Yunani bagi mereka yang dikucilkan oleh konflik dalam negeri, memberi mereka basis untuk kembali dengan cepat, jika memungkinkan. Mengenai pengepungan itu, Bauer menuturkan sebagai berikut: