Jabarkan Hamburg dari Vincent Kompany

Pada 9 Juni 2006, diumumkan bahwa Kompany telah dipinang oleh Hamburger SV dengan biaya €10 juta, menggantikan posisi Daniel Van Buyten. Pada musim debutnya di Hamburg, ia hanya enam kali menjadi starter pada pertandingan Bundesliga sebelum menderita cedera achilles pada November yang mengharuskan ia istirahat hingga akhir musim. Walaupun kurang beruntung pada musim tersebut, ia tetap terpilih dalam skuad Kejuaraan Sepak Bola Eropa U-21 UEFA 2007.