Jabarkan Penaklukan Muslim Mesir dari Gereja Ortodoks Koptik Aleksandria

Invasi Muslim ke Mesir terjadi pada tahun 639. Meskipun terjadi pergolakan politik, mayoritas penduduk Mesir masih Kristen. Namun, konversi bertahap kepada Islam terjadi selama berabad-abad yang berubah Mesir dari negara dengan mayoritas Kristen ke negara mayoritas dengan mayoritas Muslim pada akhir abad ke-12. penguasa Umayyah Mesir menerapkan pajak bagi orang Kristen pada tingkat yang lebih tinggi sebagai non-Muslim, mengatur pedagang berhaluan Islam dan merusak basis ekonomi dari Gereja Koptik.<ref name=bentley>Jerry Bentley, Old World Encounters: Cross-Cultural Contacts and Exchange in Pre-Modern Times (New York: Oxford University Press, 1993), 93.</ref> Meskipun Gereja Koptik tidak hilang, kebijakan pajak Umayyah membuat sulit bagi gereja untuk mempertahankan elaksibilitasnya.

Dari abad ke-19 sampai revolusi tahun 1952

Posisi Koptik mulai membaik di awal abad ke-19 di bawah stabilitas dan toleransi Dinasti Muhammad Ali. Masyarakat Koptik tidak lagi dianggap oleh negara sebagai unit administratif non-Muslim. Pada tahun 1855 pajak jizyah dihapuskan. Tak lama kemudian, orang-orang Koptik mulai melayani di tentara Mesir.

Menjelang akhir abad ke-19, Gereja Koptik mengalami fase perkembangan baru. Pada tahun 1853, Paus Cyril IV mendirikan sekolah Kubti modern pertama, termasuk sekolah Mesir pertama untuk anak perempuan. Ia juga mendirikan sebuah percetakan, yang merupakan pers nasional kedua di negeri ini. Paus Cyril IV menjalin hubungan yang sangat baik dengan denominasi lain, contohnya ketika Patriark Yunani di Mesir harus absen untuk jangka waktu yang panjang di luar negeri, ia meninggalkan Gereja-Nya di bawah bimbingan Patriark Koptik.

Sekolah Tinggi Teologi ("The Theological College") dari Sekolah Aleksandria dibangun kembali pada tahun 1893. Ini memulai suatu sejarah baru dengan lima mahasiswa, salah satunya kemudian menjadi dekan. Sekarang sekolah tinggi ini mempunyai kampus di Aleksandria, Kairo, dan berbagai keuskupan di seluruh Mesir, maupun di luar Mesir, di New Jersey, Los Angeles, Sydney, Melbourne dan London, di mana pendeta potensial baik laki-laki maupun perempuan yang memenuhi syarat diajari banyak hal, di antaranya adalah teologi, sejarah gereja, studi misionaris, dan bahasa Koptik.