Jabarkan Rumah tangga istana dari Philip, Adipati Edinburgh

Philip juga berperan dalam urusan rumah tangga istana. Pada awal 1981, dia menulis surat kepada anak sulungnya, Charles, untuk segera membuat pilihan antara melanjutkan hubungannya dengan Diana Spencer ke tahapan yang lebih serius atau segera mengakhiri hubungan tersebut. Charles memandang bahwa surat ayahnya merupakan peringatan untuk segera menikahi Diana, sehingga Charles kemudian melamarnya pada bulan Februari. Kedua pasangan ini menikah enam bulan kemudian.

Saat terjadi gonjang-ganjing di antara hubungan Charles dan Diana, Ratu Elizabeth dan Philip turun tangan dan berusaha agar mereka kembali berdamai, tetapi tidak membuahkan hasil. Philip menulis kepada Diana, menampilkan kekecewaannya kepada perselingkuhan yang dilakukan baik oleh Charles maupun Diana dan meminta untuk introspeksi perilakunya dan meminta nasihat dari sudut pandang orang lain. Philip mengungkapkannya secara terang-terangan dan Diana adalah orang yang sensitif. Meski merasa kesulitan untuk menerima saran ayah mertuanya, Diana menghargai sikap Philip lantaran berangkat dari niat yang baik. Charles kemudian berpisah dengan Diana dan mereka bercerai pada 1996.

Setahun setelah perceraian, Diana tewas dalam kecelakaan mobil di Paris. Pada saat itu, Philip bersama anggota keluarga kerajaan sedang berlibur di Istana Balmoral. Dalam kesedihan, dua putra Diana, William dan Harry, ingin pergi ke gereja dan kakek nenek mereka membawa mereka. Selama lima hari, Philip dan Elizabeth tetap menjaga cucu-cucu mereka di Balmoral dan berduka secara pribadi agar terlindung dari kepentingan media. Pengasingan diri keluarga kerajaan membuat masyarakat cemas, tetapi perasaan rakyat berubah dari benci menjadi hormat saat dilangsungkannya siaran langsung oleh Ratu Elizabeth II pada 5 September. Dalam keadaan seperti ini, dua putra Diana ragu-ragu untuk berjalan di belakang peti mati ibunya. Philip kemudian berbicara kepada cucunya, William, "Jika kau tidak berjalan, aku pikir kau akan menyesalinya nanti. Jika aku berjalan, maukah kau berjalan bersamaku?" Pada hari pemakaman, Philip, Charles, William, Harry, dan Charles Spencer (adik Diana), berjalan melalui London di belakang tandu jenazah.

Pada tahun berikutnya, Mohamed Fayed, ayah dari Dodi al-Fayed, kekasih Diana yang juga tewas dalam kecelakaan mobil tersebut, menyatakan bahwa Pangeran Philip untuk membunuh Diana dan kecelakaan yang terjadi telah direncanakan sebelumnya. Namun pemeriksaan menyimpulkan bahwa tidak ada bukti konspirasi dalam hal ini.