Jabarkan Pendidikan dari Rustam Effendy Nainggolan

2008, Doktor Perencanaan Wilayah diUniversitas Sumatra Utara

1999, Magister Manajemen di Universitas Sumatra Utara

1981, Sarjana Ilmu Pemerintahan di IIP Jakarta

1975, pendidikan di Akdemi Pemerintahan Dalam Negeri (APDN) Medan

Penugasan, lokakarya, dan pendidikan penjenjanganProfil Bapak RE Nainggolan, Sumutbersatu.com

Mengikuti seminar di Jepang (1995)

Studi banding ke Jerman (2000)

Studi strategis Lemhanas ke Prancis (2001)

Mengikuti seminar Royal Agriculture di Inggris (2002)

Mengikuti pelatihan ke Jepang (2003)

Mengikuti pelatihan di Rostock, Jerman (2003)

Pendidikan penjenjangan seperti Sepadya, Sepanas, dan Lemhannas.

Beberapa penghargaan yang pernah diraih oleh R.E. Nainggolan adalah:

Tokoh Keberagaman Sumatra Utara dari Forum Komunikasi Umat Beragama (2011)

Lencana Mas dari Persekutan Gereja-Gereja di Indonesia (PGI) Sumatra Utara (2007)

Piagam Penghargaan sebagai Teman Pers dari SPS Sumut (2006 dan 2007)

Satya Lencana Karya Satya XXX Tahun dari Presiden Republik Indonesia

Satya Lencana Kebaktian Sosial dari Presiden Republik Indonesia.