Jabarkan Penyakit dan kematian dari Johannes Pujasumarta

Pada masa akhir hidupnya di dunia, Mgr. Pujasumarta menderita sakit kanker paru-paru stadium empat—dan diketahui telah menjalar ke ginjalnya—sehingga harus keluar-masuk rumah sakit. Dalam keadaan tersebut ia tetap melayani umatnya di Keuskupan Agung Semarang, serta menghadiri berbagai acara seperti silaturahmi ke Pondok Pesantren Al Islah dan aula Masjid Agung Jawa Tengah saat Hari Raya Idul Fitri 2015. Sambil tetap berjuang menghadapi penyakitnya, pada pertengahan September 2015, ia memainkan lagu Indonesia Pusaka dengan saksofon di Auditorium RRI Semarang saat peringatan hari jadi Lindu Aji, suatu acara yang juga dihadiri tokoh Muslim KH Mustofa Bisri (Gus Mus), pengusaha Irwan Hidayat, dan dipandu oleh budayawan Prie GS.

Setelah sekitar 1,5 tahun menghadapi penyakit yang dideritanya, pada bulan September 2015 Mgr. Pujasumarta dirawat inap di Rumah Sakit St. Elisabeth Semarang untuk menjalani perawatan intensif. Seorang kolega Mgr. Pujasumarta mengatakan bahwa, "Dia tidak mau dirawat di ICU dan menolak dibawa berobat ke luar negeri. Dia berpesan ingin meninggal seperti umatnya." Kardinal Mgr. Julius Darmaatmadja, SJ melayankan Sakramen Perminyakan kepadanya pada tanggal 15 Oktober 2015.

Setelah sekitar 2 bulan dirawat inap, Mgr. Pujasumarta dikabarkan meninggal dunia pada hari Selasa tanggal 10 November 2015 pukul 23.35 di RS St. Elisabeth Semarang. Pada tanggal 12 November 2015 pukul 05.30 diadakan Perayaan Ekaristi yang dihadiri ribuan umat Katolik, dan dilanjutkan ibadat pemberangkatan jenazah pada pukul 08.00. Upacara pemberangkatan jenazah Mgr. Pujasumarta dihadiri oleh Gubernur Jawa Tengah Ganjar Pranowo yang tidak hanya menganggapnya sebagai "Eyang dan Bapak", namun juga "rekan seperjuangan dalam membangun kerjasama dan saling keterbukaan menuju suatu persaudaraan sejati". Setelah ibadat—menjelang pemberangkatan jenazah Mgr. Pujasumarta ke Yogyakarta—seluruh umat yang hadir menyanyikan lagu "Ndherek Dewi Maria" dengan diiring tarian sufi oleh Kiai Budi Hardjana, pengasuh Pondok Pesantren Al Islah Meteseh di Tembalang. Pada tanggal 13 November 2015, setelah Misa Requiem, jenazah Mgr. Pujasumarta dimakamkan di pemakaman para romo dalam kompleks Seminari Tinggi Santo Paulus di Kentungan, Yogyakarta.