Jabarkan Pendidikan dari M. Amin Abdullah

KMI Pondok Modern Darussalam Gontor Ponorogo Jawa Timur, 1972

Institut Pendidikan Darussalam (IPD) Gontor, Ponorogo, BA, 1977

IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Drs., 1981

Middle East Technical University (METU), Ankara, Turki, Ph.D, 1990

McGill University, Montreal, Kanada, Post Doctorate (1997-1998)

Asisten Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta (1993-1996)

Wakil Kepala Lembaga Pengkajian dan Pengamalan Islam (LPPI) Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (1992-1995)

Pembantu Rektor I, IAIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta (1998-2001)

Guru Besar Ilmu Filsafat IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (1999)

Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta 2 Periode (2001-2010)

Anggota Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia sejak (2012)

Ketua Komisi Bidang Kebudayaan Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia

Ketua Perhimpunan Pelajar Indonesia (PPI), Turki, (1986-1987)

Ketua Divisi Ummat ICMI, Orwil Daerah Istimewa Yogyakarta, (1991-1995)

Ketua Majelis Tarjih dan Pengembangan Pemikiran Islam, Pimpinan Pusat Muhammadiyah (1995-2000)

Wakil Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah (2000-2005)

The idea of university of ethical norms in Ghazali and Kant (Disertasi, 1992)

Falsafah kalam pada era postmodernisme (Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 1995)

Studi agama: normativitas atau historisitas (Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 1996)

Dinamika Islam kultural: pemetaan atas wacana keislaman kontemporer (Bandung, Mizan, 2000)

Antara al-Ghazali dan Kant: filsafat etika Islam (Bandung: Mizan, 2002)

Rekonstruksi metodologi ilmu-Ilmu keislaman (Suka-Press IAIN Sunan Kalijaga, 2003)

Pendidikan agama era multikultural multireligius (Jakarta: PSAP Muhammadiyah, 2005)

Islamic studies di perguruan tinggi: pendekatan integratif-interkonektif (Pustaka Pelajar, 2006)

Re-strukturisasi metodologi Islamic studies mazhab Yogyakarta (Suka Press IAIN Sunan Kalijaga, 2007)

Agama, ilmu dan budaya: paradigma integrasi-interkoneksi keilmuan (Pidato Pengukuhan Anggota AIPI, 2013)