Jabarkan Haji Aroeppala (1965-1968) dari Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

Drs. H. Muhyiddin Zain (1968-1973)

Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Ujung Pandang

Prof. H. Abdurrahman Syihab (1973-1979)

Drs. H. A. Moerad Oesman (1979-1985)

Dra. Hj. A. Rasdiyanah (1985-1994)

Drs. H. M. Shaleh A. Putuhena (1994-1998)

Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Makassar

Prof. Dr. H. Abd. Muin Salim (1998-2002)

Prof. Dr. H. Azhar Arsyad, MA (2002-2005)

Universitas Islam Negeri (UIN) Alauddin Makassar

Prof. Dr. H. Azhar Arsyad, MA. (2005-2011)

Prof. Dr. H. A. Qadir Gasing H.T, MS. (2011-2015)

Prof. Dr. H. Musafir Pababbri, M.Si. (2015-2019)

Prof. H. Hamdan Juhannis, MA., Ph.D. (2019-2027)

Berikut adalah daftar pimpinan di Universitas Islam Negeri (UIN) Alauddin Makassar yang sedang menjabat:

Prof. Hamdan Juhannis, MA, Ph.D.

Prof. Dr. Kamaluddin Abunawas, M.Ag.

Dr. Andi Aderus, Lc, M.Ag.

Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan dan Alumni:

Prof. Dr. Muhammad Khalifa, M.Pd.

Wakil Rektor Bidang Kerjasama dan Pengembangan Lembaga:

Prof. Dr. Muhammad Amry, Lc, M.Ag.

Dekan Fakultas Syariah dan Hukum:

Dr. Muhammad Abd Rauf, Lc, M.Ag.

Dekan Fakultas Tarbiyah dan Keguruan:

Dekan Fakultas Ushuluddin dan Filsafat:

Dekan Fakultas Adab dan Humaniora:

Dekan Fakultas Dakwah dan Komunikasi:

Prof. Dr. Rasyid Masri, M.Pd, M.Si, MM.

Dekan Fakultas Sains dan Teknologi:

Dr. Fahmyddin A'raf Tauhid, M.Arch, Ph.D.

Dekan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam:

Dekan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan

Dr. dr. Syatirah Jalaluddin, Sp.A, M.Kes.

Prof. Dr. Abustani Ilyas, M.Ag.

Prof. Dr. Mashuri Masri, M.Kes.

Ketua Lembaga Penelitian Pengabdian Masyarakat:

Wakil Koordinator Kopertais Wilayah VIII

Dr. KH. Hamzah Harun Al-Rasyid, MA.

Dr. H. Nur Taufik Sanusi, M.Ag.

Dalam perubahan status kelembagaan dari Institut ke Universitas, UIN Alauddin Makasar mengalami perkembangan dari lima buah Fakutas menjadi delapan buah Fakultas dan satu buah Program Pascasarjana (PPs) berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 5 tahun 2006 tanggal 16 Maret 2006, yaitu: