Jabarkan Menjadi Menteri dari Moeljatno

Pada tanggal 24 Maret 1956, Moeljatno ditetapkan sebagai Menteri Kehakiman dalam Kabinet Ali Sastroamidjojo II; penetapannya terpengaruhi oleh Partai Masyumi. Namun, dia sering tidak sepandangan dengan Jaksa Agung pada saat itu, Soeprapto, mengenai kedudukan kejaksaan agung.

Pada waktu itu, Kejaksaan Agung berada di bawah wewenang Kementerian Kehakiman, suatu keadaan yang sudah ada sejak zaman kolonial. Akan tetapi, Soeprapto percaya bahwa fungsi jaksa agung itu separuh eksekutif dan separuh yudikatif sehingga menuntut agar dia hanya bertanggung jawab pada kabinet. Karena Moeljatno sering disalahkan untuk aksi jaksa, ia mendorong untuk menjaga status quo yang ada dengan menetapkan perundangan yang secara eksplicit menempatkan Jaksa Agung di bawah wewenang Menteri Kehakiman. Setelah undang-undang tersebut dituangkan pada bulan Oktober 1956, Moeljatno ditantang berat oleh kepolisian dan kantor jaksa. Moeljatno kemudian mengundurkan diri pada 9 Januari 1957 dan undang-undang tersebut ditarik setelah kabinet diganti pada tengah bulan Maret.