Jabarkan Pengabdian sebagai gembala umat dari Cosmas Michael Angkur

Tugas pertama sebagai gembala umat dijalaninya sebagai Pastor Paroki Waning-Ndoso, Flores, Nusa Tenggara Timur pada bulan November 1967, beberapa bulan setelah ia mengikuti kursus kateketik di Muntilan. Selama menjalani masa pastoral di sini, ia didampingi oleh Pater Mezaros S.V.D. dan tiga pater fransiskan lainnya. Sebagai imam muda, ia merasakan betapa beratnya bekerja melayani umat, terutama pada saat musim hujan dan tiadanya alat transportasi yang memadai. Kuda merupakan alat transportasi utama. Pengalaman menjadi pastor di Waning, yang hanya berlangsung dua tahun, dirasakannya sebagai pengalaman berpastoral yang paling menyenangkan.

Pada bulan Januari 1969, bersama Bruder Innocentius Kedang O.F.M., ia berangkat ke Papua (d.h. disebut Irian Barat) dalam rangka ikut serta membangun persaudaraan Fransiskan Indonesia bersama saudara-saudara Fransiskan misionaris yang masih merupakan anggota dari OFM Provinsi Belanda. Ia diutus menjadi Pastor Paroki Sentani dan merangkap menjadi Direktur Asrama Siswa-siswi SMP Misi di Sentani. Situasi Papua pada waktu itu masih cukup rawan karena sedang menghadapi pergolakan untuk Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera; Act of Free Choice), di mana sebagian rakyat Irian Barat pada waktu itu menginginkan merdeka dan lepas dari Indonesia.

Setengah tahun kemudian, pada bulan Juni 1969, kedua saudara ini dipindahkan ke Lembah Balim, di Pegunungan Jayawijaya, di Paroki Kota Wamena. Tujuannya untuk bersama para misionaris yang lain membangun persaudaraan dengan Suku Balim, seraya membangun persaudaraan Fransiskan Indonesia. Kemudian pada pertengahan Juli 1969, untuk sementara ia diminta pindah ke Paroki Enarotali, Paniai, menggantikan Pater Filiphs Tettero, O.F.M. yang sedang cuti. Waktu itu, di Enarotali sedang terjadi pergolakan politik antara pemerintah Indonesia dengan gerakan Organisasi Papua Merdeka, yang ingin melepaskan diri dari Indonesia. Pergolakan ini menyebabkan penderitaan bagi masyarakat, yang terpaksa mengungsi ke hutan. Itulah sebabnya, ketika Pater Angkur tiba di Enarotali, praktis tak ada penduduk asli di sana. Yang ada hanyalah anggota ABRI. Dari tempat baru ini, ia juga mendapat tugas melayani Paroki Epouto, yang ditinggal lari umatnya ke hutan karena isu operasi militer yang berawal dari kawasan Waghete. Akhir Agustus ia kembali ke Wamena.

Dari Wamena ia membidani lahirnya sebuah paroki baru di Desa Hepuba, di pintu selatan Lembah Balim, pada bulan November 1969, yang wilayahnya meliputi daerah pesisir gunung bagian barat Lembah Balim, dari Wilayah Silimo sampai Sungai Ibele. Di tempat ini ia harus tidur di honai, rumah adat masyarakat setempat, dan merayakan ekaristi di lapangan terbuka.

Tanah Papua rupanya semakin mematangkan bakat pastoralnya sebagai misionaris Fransiskan. Pada Mei 1973, bersama Pater Lambert Dehing O.F.M. (Pemimpin Resort) dan Bruder Eligius Venenteruma O.F.M., mereka bersepakat untuk membuka sebuah paroki baru di Elegaima, di dekat Sungai Ibele, sebagai upaya untuk mengakhiri situasi permusuhan antar suku di Lembah Balim (Hubi Kosi) dan Kosi Hilapok di pegunungan. Perang suku memang telah memakan banyak korban jiwa. Tahun 1974, paroki ini resmi dibuka dan Pater Michael merangkap sebagai Pastor Parokinya. Memang, antara 1972–1977 terjadi penciutan tenaga pastoral di Balim yang disebabkan oleh banyak hal. Tak mengherankan kalau seorang pastor terpaksa harus bertugas rangkap di beberapa paroki. Paroki-paroki di Balim adalah Hepuba, Pugima, Wamena, Pikhe, Yiwika, Woogi, Musatfak, Elegaima, dan Ilaga.

Pada waktu peresmian gereja paroki di Hepuba, saat Natal 1977, Pater Michael diminta untuk pindah ke Jayapura dan menjadi Pastor Paroki Katedral Jayapura. Tugas ini dijalaninya tak terlalu lama, karena pada bulan September 1978 ia harus mengikuti kursus pastoral selama tujuh bulan di East Asian Pastoral Institute di Manila, Filipina.