Jabarkan Bangunan dan tata letak dari Stasiun Babat

Pada awalnya, stasiun ini memiliki enam jalur kereta api dengan jalur 3 merupakan sepur lurus ditambah dua sepur badug yang mengarah ke gudang di sebelah barat stasiun, satu sepur badug masing-masing di sisi timur laut dan barat daya stasiun, satu sepur badug yang terdapat di antara jalur 3 dan 4 yang lama, dan menggunakan sistem persinyalan mekanik. Setelah jalur ganda menuju Stasiun Bojonegoro dioperasikan per 22 April 2014 dan menuju Stasiun Kandangan per 8 Mei 2014, jumlah jalurnya bertambah menjadi tujuh. Sepur badug di area tengah tersebut diubah menjadi jalur 4 yang baru sebagai sepur lurus arah Surabaya, sedangkan jalur 3 dijadikan sebagai sepur lurus arah Semarang saja. Selain itu, sistem persinyalannya telah diganti dengan sistem persinyalan elektrik.

Sejak November 2019, terdapat peron pulau baru yang terletak di antara jalur 4 dan 5 yang baru serta peron pulau yang terletak di antara jalur 2 dan 3 sudah dipanjangkan, sehingga jumlah peron di stasiun ini kini berjumlah empat buah: satu peron sisi dan tiga peron pulau. Stasiun ini juga memiliki depo lokomotif dan pemutar rel, tetapi sudah lama tidak dipakai lagi.

Di sebelah barat stasiun ini terdapat jalur cabang yang akan berakhir di Tuban (dari jalur 1) dan Jombang (dari jalur 5), tetapi kedua jalur cabang tersebut sudah dinonaktifkan. Berdasarkan Perpres No. 80 Tahun 2019, jalur menuju Tuban hingga Merakurak ini direncanakan akan kembali diaktifkan supaya mendukung pemerataan dan percepatan pembangunan di sekitar wilayah Gerbangkertosusila (Gresik, Bangkalan, Mojokerto, Surabaya, Sidoarjo, dan Lamongan). Selain itu, rencana reaktivasi jalur ini juga tercantum dalam Rencana Induk Perkeretaapian Nasional tahun 2018.