Jabarkan 1990s dari Tromsø IL

Pada tahun 1991, Tromsø IL kembali mencoba peruntungan di Eropa, kali ini di Piala UEFA. Troms bertemu Tirol Innsbruck di tim Austria di babak pertama. Hasilnya adalah kekalahan 2-1 dari Austria (setelah Stein Berg Johansen memberi Troms keunggulan 30 detik yang sangat awal) dan hasil imbang 1-1 di kandang (setelah gol Bjørn Johansen), yang berarti Troms kembali lagi, tersingkir lebih awal.

Pada tahun 1995, Troms berpartisipasi dalam Piala Intertoto UEFA yang sekarang sudah tidak berlaku, yang diadakan pada musim panas sebelum dimulainya musim Eropa dan memberikan kualifikasi Piala UEFA untuk tim-tim teratas turnamen tersebut. Troms bermain di Grup 3, bersama dengan Aarau, Germinal Ekeren, Havnar Bóltfelag dan Universitatea Cluj. Pertandingan pertama adalah pertandingan tandang melawan Aarau, yang berakhir 2-2. Troms kemudian mengalahkan Havnar Bóltfelag 10-0 di kandang dan Universitatea Cluj 1-0 di tandang. Memasuki pertandingan terakhir penyisihan grup, menjamu Germinal Ekeren, Troms memuncaki grup dan kemenangan akan memastikan Troms melaju ke babak sistem gugur Piala Intertoto UEFA. Namun, Troms kalah 2-0 dan berakhir di urutan ketiga dalam grup.

Pada tahun 1997, klub akan bersaing lagi di Piala Champions. Di leg pertama, tim Kroasia NK Zagreb menang 3-2 di kandang. Tromsø IL tertinggal 3-0, tetapi gol dari Bjørn Johansen dan Ole Martin pertama memberi Tromsø hasil yang baik menjelang pertandingan kandang. Leg kedua di Troms juga berakhir 3–2, tetapi kali ini menguntungkan Troms. Rune Lange membuka skor, tapi Zagreb menyamakan kedudukan sebelum turun minum. Skor menjadi 2–2 setelah 90 menit (Ole Martin pertama mencetak gol kedua bagi Troms), dan Zagreb tampaknya akan melaju ke babak kedua. Namun, satu menit injury time, Svein Morten Johansen mencetak gol dan perpanjangan waktu harus diakhiri. Lima menit pertama babak kedua, Rune Lange mencetak gol kemenangan bagi Troms. Itu adalah kemenangan bersejarah, karena bukan hanya pertama kalinya Troms memenangkan pertandingan di piala Eropa, tetapi juga pertama kalinya Troms lolos ke putaran kedua piala dari Eropa. Di babak kedua Piala Winners, Troms akan menghadapi Chelsea. Troms mengalahkan Chelsea 3–2 di kandang (setelah gol dari Steinar Nilsen, Frode Fermann dan Ole Martin rst), pertandingan yang dikenal karena hujan salju lebatnya selama pertandingan. Namun, leg kedua tidak berjalan dengan baik dengan Troms, yang akhirnya kalah 7-1 (9-4). Bjørn Johansen mencetak satu-satunya gol Troms di London.