Jabarkan Studi keagamaan dari Nicolas Steno

Pikiran Steno yang bertanya-tanya juga mempengaruhi pandangan keagamaannya. Setelah dibesarkan dalam kepercayaan Lutheran, ia langsung mempertanyaakn ajaran-ajarannya, sesuatu yang kelak menjadi masalah besar ketika berkonfrontasi dengan Katolik Roma ketika belajar di Firenze. Setelah melakukan studi teologi komparatif, termasuk membaca Bapa Gereja dan menggunakan kemampuan pengamatan alaminya, ia memutuskan bahwa Katolik memberikan nafkah yang lebih baik untuk keingintahuannya yang konstan. Steno pindah ke agama Katolik pada Hari Para Mendiang ketika dipaksa Lavinia Cenami Arnolfini.

Steno berangkat ke Hungaria, Austria, dan pada musim semi 1670 ia tiba di Amsterdam. Di sana ia bertemu kawan lamanya, Jan Swammerdam dan Reinier de Graaf. Bersama Anna Maria van Schurman dan Antoinette Bourignon, ia membicarakan topik-topik ilmiah dan religius. Kutipan berikut berasal dari sebuah pidato tahun 1673:

Adil adalah apa yang kita lihat, Lebih adil adalah apa yang kita rasakan, Paling adil adalah apa yang masih tertutup.

Belum jelas apakah ia telah bertemu Nicolaes Wisen, namun ia pernah membaca buku Witsen tentang pembangunan kapal. Pada tahun 1671, ia menduduki sebuah jabatan di Kopenhagen, tetapi menjanjikan Cosimo III de' Medici bahwa ia akan kembali ketika ia ditunjuk sebagai tutor untuk Ferdinando III de' Medici. Pada tahun 1675, Steno kembali ke Firenze dan ditahbiskan sebagai pendeta. Athanasius Kircher menanyakan apa alasan Steno. Steno meninggalkan ilmu pengetahuan dan menjadi salah seorang figur utama Kontra-Reformasi.

Pada tahun setelah ia dijadikan uskup, dan mungkin terlibat dalam pelarangan terbitan Spinoza, ia mendatangi sebuah misi Lutheran di utara atas undangan John Frederick, Adipati Brunswick-Lüneburg. Di sana ia berbincang dengan Gottfried Leibniz, pustakawan; keduanya membicarakan Spinoza dan suratnya kepada Albert Burgh, yang kelak menjadi murid Steno. Leibniz menyarankan reunifikasi gereja. Steno bekerja di kota Hannover sampai tahun 1680. Ia kemudian menduduki jabatan di Münster (Gereja Saint Liudger) karena pangeran-elektor yang baru, Ernest Augustus, Elektor Hanover adalah seorang Protestan. Sebelumnya, istri Augustus, Sophia dari Hanover, menertawakan kesalehan Steno; ia telah menjual cincin dan salib uskupnya untuk membantu kaum yang tidak mampu.

Pada tahunn 1684, Steno pindah ke Hamburg setelah bertengkar mengenai pemilihan uskup baru, Maximilian Henry dari Bavaria. Di sana, Steno kembali terlibat mempelajari otak dan sistem saraf bersama kawan lamanya Dirck Kerckring. Steno diundang ke Schwerin, ketika sudah semakin jelas bahwa ia tidak diterima di Hamburg. Steno berpakaian seperti orang miskin berjubah tua. Ia menaiki gerobak terbuka dalam keadaan salju dan hujan. Bertahan hidup dengan roti dan bir selama empat hari seminggu, ia menjadi begitu kurus. Ketika Steno telah menyelesaikan misinya, beberapa tahun tugas sulit, ia ingin pulang ke Italia. Sebelum ia dapat pulang, Steno sakit keras, perutnya membengkak hari demi hari. Steno meninggal dunia di Jerman setelah cukup menderita. Jenazahnya dikirimkan oleh Kerckring ke Firenze dan dimakamkan di Basilika San Lorenzo dekat pelindungnya, keluarga De' Medici. Pada tahun 1953, makamnya ditemukan, dan jenazahnya (tanpa tengkorak yang hilang) dimakamkan kembali setelah diarak keliling kota.