Jabarkan Rebuild of Evangelion dari Shinji Ikari

Dalam Rebuild of Evangelion, Shinji kembali menjadi protagonis utama. Dia tampil perdananya dalam Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone di mana ia ditampilkan lebih bersuara daripada peran di seri televisinya. Dalam film ini, sangat banyak peran Shinji yang sama dengan seri animenya. Dia ditugaskan untuk menjadi pilot Unit-01 dan bekerja bersama Rei untuk mengalahkan Malaikat Ramiel. Shinji selanjutnya muncul dalam Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance. Dalam film ini, Shinji meneruskan tugasnya sebagai pilot Unit-01, walaupun ia merasa enggan untuk meneruskannya. Setelah pertempuran dengan Bardiel, di mana ayahnya memaksa dia untuk melukai Asuka hingga kritis, Shinji mengundurkan diri dari tugas-tugasnya dan memutuskan untuk meninggalkan Nerv. Setelah Zeruel mulai mengendalikan pikiran Rei, Shinji kembali dan mengalahkan Malaikat tersebut dan tampaknya benar-benar menyatu dengan Evangelionnya.