Jabarkan Benfica dari Ezequiel Garay

Pada tanggal 5 Juli 2011, Garay ditransfer ke S.L. Benfica di Portugal, untuk biaya sebesar € 5.500.000 untuk jasa-jasanya, dan dia menandatangani kontrak empat-tahun -. Awalnya merupakan bagian dari kesepakatan yang dikirim Fábio Coentrão dalam arah transfer yang berlawanan, dia akhirnya menandatangani kesepakatan terpisah. Real Madrid juga tetap memenuhi syarat untuk 50% dari setiap biaya transfer yang Benfica terima pada masa depan, dan yang terakhir juga menjual sebagian dari haknya untuk Benfica Stars Fund € 1.175.000, membuat klub pemilik 40%.

Selama mantra di Lisbon, Garay berbagi tim dengan sejumlah rekan, dan sering bermitra dengan Luisão di pusat pertahanan. Pada 24 April 2014 ia mencetak gol resmi kedelapan di musim 2013-14, dalam jaring timnya pertama dengan skor 2-1 menang atas Juventus F.C. untuk leg pertama semifinal Liga Eropa.