Jabarkan Sebagai politikus Meiji dari Enomoto Takeaki

Setelah menyerah kepada Pemerintah Meiji, Enomoto ditangkap dan dipenjara dengan tuduhan pengkhianatan. Namun, pemimpin Pemerintah Meiji (terutama berkat desakan Kuroda Kiyotaka) akhirnya mengampuni Enomoto pada tahun 1872. Pemerintah Meiji yang baru dibentuk menyadari Enomoto memiliki berbagai bakat dan pengetahuan yang berharga. Ia termasuk salah satu dari mantan pendukung Keshogunan Tokugawa yang beralih sebagai birokrat di pemerintah baru. Pada waktu itu Pemerintah Meiji didominasi oleh politikus asal Domain Chōshū dan Domain Satsuma yang curiga terhadap pihak luar dan mantan loyalis Tokugawa. Meskipun demikian, Enomoto menjadi sebuah perkecualian, namanya naik dengan cepat di klik penguasa baru, dan mencapai status lebih tinggi dibandingan mantan birokrat dari Keshogunan Tokugawa.

Pada tahun 1874, Enomoto diberi pangkat laksamana madya di Angkatan Laut Kekaisaran Jepang yang baru dibentuk. Pada tahun berikutnya, ia dikirim ke Rusia sebagai utusan khusus dalam perundingan Perjanjian Saint Petersburg. Berhasilnya penandatanganan perjanjian ini diterima sangat baik di Jepang dan makin menaikkan pamor Enomoto di kalangan penguasa. Fakta bahwa dirinya terpilih untuk mewakiliki Jepang dalam misi yang begitu penting merupakan bukti rekonsiliasi antara dua pihak yang sebelumnya bermusuhan.

Pada tahun 1880, Enomoto diangkat sebagai . Pada tahun 1885, keahlian diplomasi yang dimilikinya kembali berguna ketika Enomoto membantu Itō Hirobumi dalam perundingan Konvensi Tientsin dengan Dinasti Qing. Setelah itu, Enomoto menempati serangkaian pos penting di pemerintahan. Ia diangkat sebagai menteri komunikasi Jepang yang pertama (1885–1888) setelah diperkenalkannya sistem kabinet pada tahun 1885. Ia juga menjabat menteri pertanian dan perdagangan dari tahun 1894 hingga 1897, menteri pendidikan dari 1889–1890 dan menteri luar negeri dari 1891-1892.

Pada tahun 1887, Enomoto mendapat gelar kebangsawanan viscount dalam sistem kebangsawanan seumur hidup kazoku, dan terpilih sebagai anggota Dewan Penasihat Kekaisaran.

Enomoto terutama aktif dalam mempromosikan emigrasi orang Jepang ke Samudra Pasifik, Amerika Selatan, dan Amerika Tengah. Pada tahun 1891, ia membentuk seksi emigrasi di Kementerian Luar Negeri, meski bertentangan dengan keinginan kabinet Matsukata Masayoshi. Seksi emigrasi yang dibentuknya memiliki misi mendorong emigrasi dan menemukan wilayah baru yang potensial untuk permukiman orang Jepang di ruar negeri. Dua tahun kemudian, setelah tidak lagi bertugas di pemerintahan, Enomoto juga ikut mendirikan sebuah organisasi swasta, 'Colonial Association' untuk mempromosikan perdagangan luar negeri dan emigrasi.

Enomoto meninggal dunia pada tahun 1908 pada usia 72 tahun. Makamnya berada di kuil Kisshō-ji, Bunkyo-ku, Tokyo. ()