Jabarkan Menteri Agama dari Muhammad Dahlan

Di bidang pemerintahan, Ia diberi amanah untuk menjabat Menteri Agama pada Kabinet Pembangunan I pemerintahan presiden Soeharto (1967-1971), Ia juga yang memelopori musyawarah antarumat beragama tanggal 30 November 1967, agar peristiwa-peristiwa intoleransi antaragama tidak terulang lagi. KH. M. Dahlan yang memimpin pertemuan mengajukan pokok-pokok rencana persetujuan, yang intinya agar propaganda agama tidak dilakukan dengan tujuan meningkatkan jumlah pemeluk masing-masing agama, namun dilaksanakan untuk memperdalam pemahaman dan pengamalan tentang agamanya masing-masing.

Salah satu jasa besarnya bagi bangsa ini adalah bersama Prof. KH. Ibrahim Hosen memprakarsai penyelenggaraan Musabaqah Tilawatil Qur’an (MTQ) tingkat nasional yang untuk pertama kalinya diadakan di Ujungpandang. Selain itu, bersama KH. Zaini Miftah, KH. Ali Masyhar dan Prof. DR. HA Mukti Ali pada 23 Januari 1970 membentuk Yayasan Ihya Ulumuddin, merintis berdirinya Perguruan Tinggi Ilmu Al-Qur’an (PTIQ), sebuah perguruan tinggi yang secara khusus mengajarkan seni baca dan menghafal Al-Qur’an.

Di bidang keilmuan, Dahlan terlihat menonjol pada disiplin ilmu fikih yang ditunjang dengan koleksi kitab-kitab yang dimilikinya. Hal itu menyebabkan Dahlan sangat moderat dalam memandang perbedaan pendapat yang terjadi di kalangan imam madzhab. Ia tampak tidak kaku dengan pendapat madzhab tertentu dalam menentukan suatu hukum, sejauh pendapat itu dinilainya cukup argumentatif.

Kebiasaan Kiai Dahlan yang tidak pernah ditinggalkan semenjak menetap di Pasuruan hingga pindah ke Jakarta adalah membaca Kitab Dalail Khairat selepas salat Subuh hingga menjelang salat dhuha atau sesudah salat Maghrib sampai salat Isya. Pada tanggal 1 Februari 1997, selesai membaca kitab seperti hari-hari biasanya, KH. Muhammad Dahlan berpulang ke Rahmatullah. Jenazahnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, sebagai wujud dari pengakuan pemerintah atas jasa-jasanya dalam turut serta membangun bangsa Indonesia.