Jabarkan Ka'bah: Kiblat gerak usaha. dari Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar

Empat tingkat penyangga menara: Empat jenjang pendidikan yang ada di Pondok Pesantren Wali Songo.

Menara berjendela sembilan: Melambangkan sembilan santri pertama.

Empat jendela di atas garis Ka'bah: Tanggal dan bulan berdirinya Pondok Pesantren Wali Songo (4 April).

Batang menara, sembilan jendela, enam buah titik, dan bintang: Tahun berdirinya Pondok Pesantren Wali Songo (1961).

Warna kuning: Kesejahteraan dan ketenteraman.

Lembaga tertinggi di Pondok Pesantren Wali Songo adalah yayasan bernama “Majlisu Riyastil Ma’had Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar” dengan akta Notaris Widyatmoko, SH. Nomor 04, tanggal 13 Juli 1998. Terdaftar di Kepaniteraan Pengadilan Negeri Ponorogo nomor: 10/Pr/Non./1998.

Yayasan Majlisu Riyasatil Ma’had Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar adalah lembaga berbadan hukum yang bertanggung jawab terhadap penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran serta usaha-usaha lain di Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar. Wewenang Majlisu Riyasatil Ma'had adalah menentukan segala macam perencanaan dan kebijakan baik di bidang pendidikan dan pengajaran maupun di bidang pembiayaan serta sarana pendidikan dan pengajaran. Tugas dari Majlisu Riyasatil Ma'had adalah bertanggung jawab atas keberhasilan segala usaha pendidikan dan pengajaran yang diselenggarakan oleh Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar.

Anggota Majlisu Riyasatil Ma'had terdiri dari penerima amanat wakif dan alumni atau keluarga besar Pondok Pesantren Wali Songo yang mu'taman dan memahami serta menghayati sunnah Pondok Pesantren Wali Songo. Terdiri sebanyak-banyaknya 15 orang.