Jabarkan Kembali ke Borussia Dortmund dari Mario Götze

Pada 21 Juli 2016, Götze mengonfirmasi kepindahan balik ke Dortmund, dengan kontrak selama empat tahun. Dia juga menyatakan bahwa dia menyesali keputusannya bergabung dalam Bayern München tiga tahun sebelumnya. Pada 11 September 2016, Götze memulai kembali penampilan perdananya dengan kekalahan 1–0 dari RB Leipzig. Meski kalah, dia dipuji karena penampilannya yang menjanjikan. Tiga hari kemudian, dia mencetak gol perdananya untuk Dortmund sejak kembali ke klub masa mudanya, setelah gol sebelumnya dalam pertandingan Bundesliga melawan Greuther Fruth dengan kemenangan 6–1 pada bulan April 2013. Dia mencetak gol pembuka dalam kemenangan tandang historis 6–0 atas Legia Warszawa pada babak kualifikasi Liga Champions.

Setelah lama beradaptasi kembali ke dalam sistem permainan Dortmund, Götze berhasil menemukan penampilannya yang terbaik saat menghadapi Bayern München pada 20 November 2016. Götze memberi assist untuk satu-satunya gol dalam pertandingan, dan memperoleh kemenangan 1–0. Hampir sebulan kemudian, dia mencetak gol pertama sejak kembali ke Dortmund dalam pertandingan imbang 2–2 melawan TSG 1899 Hoffenheim. Pada bulan Februari 2017, Götze diistirahatkan dari tim Dortmund karena penyakit misterius, yang diketahui dari laporan media sebagai miopati, penyakit metabolik yang dapat menyebabkan kelelahan dan penambahan berat badan. Penyakit tersebut menjelaskan beberapa masalah kesehatan Götze setelah beberapa musim sebelumnya bersama Bayern dan saat kembali ke Dortmund. Dia menuntaskan musim dengan dua gol dalam 16 penampilan.