Jabarkan Deportivo dan Athletic dari Joaquín Caparrós

Pada musim panas tahun 2005, Caparrós pindah ke Deportivo de La Coruña, namun ia dipecat setelah musim kedua yang buruk. Setelah itu, ia ditunjuk sebagai pelatih di Athletic Bilbao, dan mengalahkan mantan klubnya Sevilla di babak semifinal edisi 2008–09 Copa del Rey (agregat 4-2) serta berhasil lolos ke UEFA Europa League karena FC Barcelona meraih treble.

Caparrós memimpin The Lions finis di posisi keenam pada musim 2010–11, sekali lagi berhasil lolos ke Liga Europa. Pada tanggal 7 Juli 2011, setelah kontraknya berakhir – klub tersebut juga mengalami pergantian ketua setelah pemilihan – ia meninggalkan Athletic Bilbao, digantikan oleh Marcelo Bielsa dari Argentina.

Karier di luar negeri dan kembali ke La Liga

Pada tanggal 27 Juli 2011, Caparrós menerima tawaran selama satu tahun dari tim Swiss Super League, Neuchâtel Xamax FCS, yang telah memecat François Ciccolini setelah kalah dalam dua pertandingan awal musim. Namun, ia mengundurkan diri setelah hanya lima pertandingan karena perselisihan dengan pemilik klub, Bulat Chagaev. Pada tanggal 3 Oktober, wakil presiden RCD Mallorca, Lorenzo Serra Ferrer, mengumumkan bahwa klub di Kepulauan Balearic telah mencapai kesepakatan dengan pelatih tersebut.

Pada tanggal 4 Februari 2013, setelah memulai musim dengan cukup baik, dengan tiga kemenangan kandang dan dua hasil imbang tandang dalam lima pertandingan pertama, Caparrós dipecat dari jabatannya sebagai pelatih Mallorca karena klub berada di peringkat kedua terbawah. Pertandingan terakhirnya adalah kekalahan tandang 3-0 melawan Real Sociedad.

Caparrós diberikan perpanjangan kontrak selama dua tahun pada tanggal 23 Mei 2014, setelah menyelesaikan musim debutnya dengan Levante UD di posisi kesepuluh. Namun, pada minggu berikutnya, ia meninggalkan Levante dan bergabung dengan Granada CF di liga yang sama.

Pada tanggal 16 Januari 2015, saat Granada berada di peringkat terbawah dalam tabel dan baru saja tersingkir dari Piala domestik oleh Sevilla (skor agregat 6-1), Caparrós dipecat dari jabatannya. Ia kembali bekerja pada awal November tahun berikutnya, menggantikan Enrique Martín yang dipecat sebagai pelatih CA Osasuna tetapi ia sendiri dipecat pada tanggal 5 Januari 2017 setelah tujuh kekalahan dalam tujuh pertandingan liga.

Pada tanggal 2 Juni 2017, Caparrós meninggalkan Eropa untuk pertama kalinya dalam karirnya untuk melatih klub Qatar, Al Ahli SC (Doha). Ia mengundurkan diri pada tanggal 27 Desember, dengan alasan pribadi.