Jabarkan berjumlah 29 orang. dari Gereja Kristen Protestan Angkola

Memasuki tahun 1991 terjadi perubahan besar-besaran yang dilakukan Pucuk Pimpinan GKPA yang kembali terpilih melalui Synode terhadap bagian-bagian yang bertugas membantunya yaitu dengan membubarkan semua departemen-departemen, digantikan  dengan  Biro  I-V  ditambah  Bendahara  dan  Redaktur  Sioban  Barita. Adapaun tugas dari masing-masing biro yang bertugas membantu kerja-kerja Pucuk Pimpinan adalah:

Biro I          : Bidang Pekabaran Injil, administrasi, personalia, komunikasi, hubungan masyarakat, penelitian, perencanaan dan lektur/perpustakaan

Biro II         : Bidang Keuangan dan dana pensiun

Biro III        : Bidang Pembinaan Warga Gereja (PWG), Partisipasi dalam pembangunan (Parpem), kesehatan, Diakonia, dan Sosial.

Biro IV         :  Bidang Pembangunan dan pendidikan.

Biro V          : Bidang Hukum.

Adapun yang menjadi Majelis Pusat GKPA pada Periode ke IV Majelis Pusat ini adalah berjumlah 25 orang yang terdiri dari unsur Pucuk Pimpinan, unsur Pendeta, unsur awam, dan unsur kategorial.

Pada tahun 1995 dibentukah distrik  di GKPA untuk meningkatkan kualitas pelayanan  dengan  jumlah  empat  buah  distrik.  Adapun  ke  empat  distrik  tersebut adalah

Distrik  I  –  Distrik  Persiapan  Angkola  Mandailing  diresmikan  di  GKPA Padangsidimpuan pada tanggal 19 Maret 1995.

Distrik  II  –  Distrik  Persiapan  Sipirok  Dolok  Hole  diresmikan  di  GKPA Sipirok pada tanggal 26 Maret 1995.

Distrik III – Distrik Persiapan Sumatera Timur diresmikan di GKPA Medan Barat pada tanggal 12 Maret 1995.

Distrik IV – Distrik Persiapan Jawa-Sumbagsel di GKPA Penjernihan, Jakarta pada tanggal 2 April 1995.

Dalam menjalankan tugasnya Distrik dipimpin oleh seorang Praeses yang memiliki fungsi untuk membantu Pucuk Pimpinan dalam melaksanakan tugas ebagai pemimpin dan koordinator seluruh penyelenggaraan kegiatan. Maka Praeses sebagai perpanjangan tangan Pucuk Pimpinan di daerah diharapkan dapat menyelesaikan persoalan-persoalan di daerah dengan lebih cepat dan menjalankan keputusan-keputusan Pucuk Pimpinan dengan baik.

Pada tahun 1996 melalui forum Synode XI di Padangsidimpuan terpilihlah Pdt. B Matondang yang sebelumnya sebagai Sekretaris jenderal menjadi Ephorus dan Pdt. Kaleb Manurung sebagai Sekretaris Jendral GKPA periode 1996-2001. Adapun yang menjadi Majelis Pusat GKPA   berjumlah 25 orang bersama dengan Pucuk Pimpinan GKPA di dalamnya. Pada forum Synode XI juga dipilih langsung empat orang Praeses yang memimpin distrik, serta mempertegas posisi Praeses sebagai perpanjangan tangan dari Pucuk Pimpinan di daerah-daerah.  Maka diputuskanlah pada Synode tersebut struktur GKPA yang lebih rapi dan jelas agar tidak terjadi kekacauan di kemudian hari, yaitu:

Anggota bersekutu dalam jemaat. Disetiap jemaat dan Majelis Jemaat yang diketuai oleh Pendeta Jemaat atau Guru Jemaat, bertanggung jawab pada sidang jemaat dan Majelis Resort.

Jemaat-jemaat di satu daerah pelayanan dihimpun dalam satu Resort yang diketuai oleh Pendeta Resort

Beberapa  Resort  dihimpun  dalam  satu  Distrik,  dipimpin  oleh  Praeses Distrik.

Semua Distrik bertanggung jawab pada Pucuk Pimpinan dan dikoodinir bersama-sama oleh Majelis Pusat.

Majelis Pusat adalah Badan Legislatif tertinggi antara Synode Am dan diketuai oleh Ephorus.

Pucuk Pimpinan dan Majelis Pusat bertanggung jawab pada Synode Am.