Jabarkan Musim 2012-13 dari Henrikh Mkhitaryan

Mkhitaryan bermain dalam kemenangan 2-0 di Super Cup 2012 atas Metalurh Donetsk. Dalam pertandingan pertamanya musim 2012-2013 Liga Premier, dia mencetak dua gol dan memberikan dua assist dalam kemenangan 6-0 pada pertandingan pembukaan musim melawan Arsenal Kyiv. Ia berhasil mencetak hat-trick ke gawang Chornomorets Odesa dalam kemenangan 5-1 dan mencapai 10 gol untuk musim ini hanya dalam waktu enam pertandingan, menyamai jumlah golnya pada musim sebelumnya. Pada tanggal 19 September, di Shakhtar pada pertandingan Liga Champions musim itu, Mkhitaryan mencetak dua gol dalam kemenangan 2-0 atas juara liga Denmark Nordsjælland. Ini adalah untuk pertama kalinya ia mencetak gol di Liga Champions dan dia terpilih menjadi "Man of the Match"  Ia juga terpilih dalam "Tim Minggu itu" untuk "matchday 1" dari Liga Champions setelah melawan Nordsjælland. Mkhitaryan telah menjadi pencetak gol terbanyak musim ini dengan total 18 gol. Pada tanggal 16 Maret 2013 Mkhitaryan memainkan pertandingannya yang ke-100 di Liga Premier Ukraina dalam pertandingan melawan Chornomorets Odesa.

Pada tanggal 11 Mei 2013, Mkhitaryan mencetak 23 gol dari 24 pertandingan musim yang ia mainkan di Liga Premier, sampai dengan pertandingan yang berakhir dengan kemenangan 5-0 atas Tavria. Ini merupakan rekor Liga Premier Ukraina untuk gol terbanyak dalam satu musim. Mkhitaryan menyelesaikan musim ini dengan 25 gol liga, dan gelandang serang ini dipuji karena teknik dan dedikasinya.