Jabarkan Operasi terakhir dari Pemberontakan Ionia

Armada dan pasukan Persia menghabiskan musim dingin di Miletos, sebelum kemudian berlayar pada tahun 493 SM untuk benar-benar menumpas sisa-sisa pemberontakan. Mereka menyerang dan menaklukkan pulau Khios, Lesbos, dan Tenedos. Di masing-masing pulau, mereka membuat 'jaring manusia' yang terdiri atas para tentara dan menyisir keseluruhan pulau-pulau itu untuk membasmi setiap pemberontak yang bersembunyi. Mereka lalu bergerak menuju Asia Kecil dan menaklukkan kota-kota yang masih memberontak di Ionia, dan sama seperti sebelumnya, mereka juga mencari tiap pemberontak yang bersembunyi. Meskipun kota-kota Ionia jelas mengalami kerusakan dalam prosesnya, tetapi tampaknya tak ada yang dirusak seburuk Miletos. Herodotos menuturkan bahwa pasukan Persia memilih anak lelaki paling tampan dari tiap kota dan mengebiri mereka, serta memilih anak perempuan paling cantik dan mengirimkan mereka ke harem raja. Pasukan Persia kemudian membakar kuil di kota-kota tersebut. Meskipun ini kemungkinan benar, Herodotos juga kemungkinan melebih-lebihkan tingkat pengrusakannya. Dalam beberapa tahun, kota-kota itu telah kurang lebih kembali normal dan mampu menghasilkan armada yang besar untuk invasi kedua Persia ke Yunani, hanya dalam waktu tiga belas tahun.

Pasukan Persia kemudian menaklukkan kembali pemukiman-pemukiman di bagian Asia Propontis, sedangkan armada Persia berlayar ke pesisir Eropa Hellespontos, merebut tiap pemukiman di sana. Dengan seluruh Asia kecil kini berhasil dikuasai kembali oleh Persia, pemberontakan telah benar-benar berakhir.