Jabarkan Timnas Indonesia dari Nil Maizar

Prestasi Nil di Padang menarik perhatian PSSI. Kebetulan, posisi pelatih kepala tim nasional sepak bola Indonesia masih belum jelas seiring pemecatan Alfred Riedl dan desakan timnas U23 untuk menarik Aji Santoso, caretaker pelatih tim senior, ke tim mereka. Akhirnya, PSSI lewat koordinator tim nasional Bob Hippy resmi menetapkan Nil sebagai pelatih tim nasional Indonesia pada 13 April 2012. Ia didampingi oleh Fabio Oliveira, staf pelatih Persija IPL. Sementara itu, posisinya sebagai pelatih kepala Semen Padang digantikan oleh direktur teknik Suhatman Imam. Ia sempat berjanji kepada publik Padang untuk kembali melatih Kabau Sirah.

Turnamen pertama Nil sebagai pelatih timnas adalah Piala Internasional Palestina 2012 pada Mei 2012. Indonesia tergabung dalam grup B bersama  dan , dan PSSI menggelar pemusatan latihan pada akhir April. Nil terpaksa meninggalkan pelatnas di Yogyakarta untuk mengikuti kursus kepelatihan yang digelar oleh Asosiasi Sepak Bola Jerman dari tanggal 23 April sampai 12 Mei di Koeln. Pelatnas diserahkan kepada asistennya Oliveira, dan Nil sendiri baru bisa menyusul timnas ke Palestina pada 12 Mei. Hasil yang diraih tim cukup baik, dimana Mauritania berhasil dikalahkan 2-0, tetapi tertahan imbang 1-1 oleh Kurdistan. Di semifinal, Indonesia dikalahkan tuan rumah  2-1.

Ia memimpin tim nasional langsung di Piala SCTV, meskipun takluk 2-0 dari  pada 10 September 2012 di Gelora Bung Tomo, Surabaya.