Jabarkan Panggung dari Neil Patrick Harris

Harris sudah terlibat di Broadway sebagai tokoh musikal dan drama. Ia memerankan Tobias Ragg dalam pertunjukan konser Sweeney Todd tahun 2001. Tahun 2002, ia dan Anne Heche ambil peran di Proof. Tahun 2003, ia memerankan Emcee di Cabaret bersama Deborah Gibson dan Tom Bosley. Karena penampilannya di Cabaret, Harris menjadi pemeran Emcee paling populer menurut GuestStarCasting.com, mengalahkan bintang selebriti John Stamos dan Alan Cumming. Pada tahun 2004, ia terlibat sebagai pemeran tokoh ganda Balladeer dan Lee Harvey Oswald di Broadway dalam revival musikal Assassins karya Stephen Sondheim. Ia juga memerankan Charles (awalnya diperankan Anthony Perkins) dalam rekaman Evening Primrose karya Sondheim yang dirilis oleh Nonesuch, dan Mark Cohen dalam musikal Rent. Ia kembali memerankan Mark Cohen di Saturday Night Live episode 10 Januari 2009 yang ia bawakan sendiri.

Pada tahun 2010, ia menyutradarai musikal rock Rent di Hollywood Bowl; ia melibatkan rekan akrisnya di Beastly, Vanessa Hudgens sebagai Mimi. Tahun 2011, Harris memerankan tokoh utama Bobby bersama Patti LuPone dan lainnya di Company karya Stephen Sondheim dan diiringi musik dari New York Philharmonic. Pada tahun yang sama, ia menyutradarai The Expert at the Card Table di Broad Stage's Edye di Santa Monica, California.

Harris membawakan acara anugerah Tony Awards sebanyak empat kali: 63rd Tony Awards tanggal 7 Juni 2009, 65th Tony Awards tanggal 12 Juni 2011, 66th Tony Awards tanggal 10 Juni 2012, dan 67th Tony Awards tanggal 9 Juni 2013. Hanya Angela Lansbury yang sudah membawakan Tony Awards sebanyak lima kali. Keterlibatannya sebagai pembawa acara Tony Awards membuat Harris memenangkan tiga Emmy Awards pada tahun 2010, 2012, dan 2013.

Harris rencananya akan memerankan tokoh utama di musikal rock Hedwig and the Angry Inch pertama buatan Broadway pada tahun 2014.