Jabarkan Memperkenalkan mata pelajaran agama dari Mahmud Yunus

Setelah kemerdekaan, Yunus kembali memperjuangkan usulan memasukkan mata pelajaran agama Islam ke dalam kurikulum sekolah-sekolah pemerintah. Usul ini diterima oleh Jawatan Pengajaran Sumatra Barat, yang pada waktu itu dikepalai oleh Saaduddin Jambek, dan mulai diterapkan 1 April 1946 di seluruh Sumatra Barat. Jawatan Pengajaran Sumatra Barat mempercayakannya menyusun kurikulum dan menentukan buku-buku pegangan untuk keperluan pengajaran.

Sejak November 1946, Yunus menjabat sebagai Kepala Bagian Agama Islam Jawatan Agama Provinsi Sumatra dengan kedudukan di Pematangsiantar. Pada Januari 1947, ia kembali mengusulkan hal yang sama kepada Jawatan Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan Sumatra. Usul ini mendapat persetujuan pada Maret 1947 dan sejak saat itu, pendidikan Islam masuk secara resmi ke dalam kurikulum sekolah-sekolah pemerintah di seluruh Sumatra. Seiring dengan itu, pemerintah provinsi mengadakan kursus untuk guru-guru agama di Pematangsiantar selama sebulan penuh. Kursus ini diikuti oleh utusan dari seluruh daerah di Sumatra dan sebagai pimpinan kursus dipercayakan kepada Mahmud Yunus.

Pada masa Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI), Yunus membuka sekolah-sekolah darurat. Ia sempat mengemukakan rencana mendirikan madrasah tsanawiyah untuk seluruh Sumatra. Rencana ini mendapat persetujuan dari Menteri Agama PDRI Teuku Muhammad Hasan. Setelah pengakuan kedaulatan Belanda atas Indonesia, beberapa madrasah tsanawiyah dengan nama Sekolah Menengah Pertama Islam (SMPI) dibuka di Sumatra Barat. Madrasah ini diselenggarakan secara swasta meskipun Yunus telah memperjuangkannya untuk dijadikan sebagai sekolah negeri.

Pada 1950, Yunus mengusulkan kepada pemerintah untuk mengompromikan kurikulum yang diterapkan di Sumatra dengan kurikulum nasional. Usul ini dibahas bersama dalam panitia yang dipimpin Mr. Hadi mewakili Departemen Pendidikan dan Pengajaran dan Yunus sendiri mewakili Departemen Agama. Pada 20 Januari 1951, dua departemen tersebut mengeluarkan Surat Keputusan Bersama (SKB) yang isinya antara lain: menetapkan pendidikan agama di setiap jenjang pendidikan negeri dan swasta—mulai dari sekolah rendah, sekolah lanjutan tingkat pertama dan atas, hingga sekolah kejuruan—dengan lama dua jam dalam seminggu ("kecuali di lingkungan istimewa"). Ini masih diterapkan sampai sekarang di Indonesia sebelum berlakunya kurikulum 2013, yang menambah lama pelajaran agama menjadi empat jam.

Dekan Akademi Dinas Ilmu Agama

Pada 8 Juli 1945, Sekolah Tinggi Islam (STI) berdiri di Jakarta. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara. STI berganti nama menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) pada 22 Maret 1948. Setelah keluarnya Peraturan Pemerintah No. 34 Tahun 1950, Fakultas Agama UII ditingkatkan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Saat PTAIN berdiri, pemerintah mengusulkan Yunus sebagai pengelola dan pengajarnya, tetapi ia menolak. Yunus justru mengusulkan kepada pemerintah pusat untuk mendirikan PTAIN yang sama di Jakarta.

Pada 1 Juni 1957, Departemen Agama mendirikan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) di Jakarta. Yunus diangkat sebagai rektor pertama ADIA didampingi Bustami Abdul Gani sebagai wakil rektor. Sebagai Kepala Lembaga Pendidikan Agama pada Jawatan Pendidikan Agama, ia mengusulkan kepada Menteri Agama agar ADIA Jakarta terintegrasi dengan PTAIN Yogyakarta. Setelah mendapatkan persetujuan Menteri Agama Wahib Wahab, presiden mengeluarkan Peraturan Presiden No. 11 Tahun 1960 tentang pendirian Institut Agama Islam Negeri (IAIN), yang mengintegrasikan ADIA dan PTAIN menjadi satu perguruan tinggi agama di bawah Departemen Agama. IAIN secara ilmiah memberikan pendidikan serta pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang ilmu pengetahuan Islam.

IAIN pertama dibuka dengan empat fakultas, dua fakultas di antaranya terletak di Jakarta, yakni Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Adab. Yunus menjabat sebagai Dekan Fakultas Tarbiyah. Berikutnya, berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 49 Tahun 1963 tertanggal 25 Februari 1963, mekar IAIN kedua yang berkedudukan di Jakarta. Kelak, IAIN di Yogyakarta bersalin nama menjadi Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta sedangkan IAIN di Jakarta menjadi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta.