Jabarkan B. MASA KESULTANAN MATARAM dari Masjid Kauman Semarang

Setelah dinobatkan menjadi bupati Semarang yang pertama, Ki Ageng Pandan Arang menjadi masjid yang dibangunnya sekadar untuk tempat ibadah dan tempat mengajarkan agama saja, tetapi juga digunakan sebagai pusat kegiatan pemerintahan. Seiring dengan perkembangan waktu, daerah Mugas dianggap kurang strategis sebagai pusat pemerintahan, sehingga beliau pindah di daerah yang lebih strategis di kota Semarang bagian bawah di Bubakan.

Beliau juga memindahkan Masjid Agung Semarang di daerah tersebut, tetapi lokasinya juga buka di tempatnya sekarang. Lokasi di mana masjid ini belum dapat dipastikan. Peta kuno Semarang yang tersimpan di Rijks Archief di Belanda menggambarkan bahwa waktu itu Masjid Agung Semarang terletak di seblah timur laut dari kabupaten Semarang yaitu di sekitae daerah Pedamaran.

Konon tidak lama setelah itu Ki Ageng Pandan Arang wafat dan dimakamkan di bukit Pakis Aji. Kedudukannya sebagai bupati sekaligus sebagai pemimpin dan penyebar agama digantikan oleh putranya yang begelar Ki Ageng Pandan Arang II. Beliau hanya tigatahun menduduki tahta kabupaten karena atas nasihat Sunan Kalijaga, beliau lebih mengutamakan tugasnya sebagai penyebar agama daripada tugas memimpin pemerintahan.

Ki Ageng Pandan Arang II kemudian melanglang buana ke arah selatan untuk menyebarkan agama Islam di kawasan yang kemudian dinamakan Salatiga, Boyolali dan terus menuju Klaten. Beliau juga mendirikan padepokan sebagai pusat penyebaran agama di suatu tempat yang dinamakan Tembayat, sehingga beliau juga terkenal dengan sebutan Sunan Tembayat. Beliau wafat di tempat itu pada tahun 1553 dan dimakamkan di bukit Jabalkat (dari bahasa arab Jabal Qof).

Sesudah bupati Pandan Arang II mengundurkan diri, kedudukan sebagai Bupati dan pemimpin agama agama di Semarang digantikan oleh adiknya yang bernama Raden Ketib, Pangeran Kanoman atau Ki Ageng Pandan Arang III (1553-1586) sekaligus juga bergelar pangeran Mangkubumi I. Beliau digantikan putranya yang bernama Kyai Khalifah yang bergelar Pangeran Mangkubumi II. Kemudian disusul pengganti berikutnya yaitu Kyai Mas Tumenggung Tambi (1657-1659), selanjutnya Kyai Mas Tumenggung Wongsorejo (1659-1666), Kyai Mas Tumenggung Prawiroprojo (1666-1670), Kyai Mas Tumenggung Alap-alap (1670-1674). Sampai pada masa Bupati ini, kabupaten Semarang masih di bawah Kesultanan Mataram.