Jabarkan Operasional dari Kereta Rel Diesel Indonesia

Meski KRDI menjadi primadona, bukan berarti karier operasi KRDI ini selalu berjalan mulus. Banyak dari set KRDI ini harus mogok; selain perawatan yang mahal, banyak KRDI ini yang harus keluar-masuk Balai Yasa bahkan dibawa ke PT INKA karena perawatannya yang cukup kompleks. Di samping itu buku petunjuk perawatannya sangat kurang jelas menerangkan hal itu. AC-nisasi kereta juga menjadi salah satu faktor lain yang menyebabkan banyak KRDI non-AC tidak beroperasi.

KA Banyubiru pun menjadi korban atas sering mogoknya KRDI serta ditambah dengan minimnya okupansi. KRDI dengan relasi Semarang–Solo pp ini mangkrak total pada 31 Maret 2011 dan akhirnya benar-benar wafat pada saat itu juga.

Ada dua KA bernama Arjuna Ekspres (Madiun–Surabaya pp) dan Kelud Ekspres (Blitar–Surabaya pp) yang beroperasi 13 Agustus 2012, kedua-duanya menggunakan C-KRDE eks-Holec, tetapi Arjuna Ekspres dihentikan per 27 November 2012 karena okupansi yang juga minim. Arjuna Ekspres pun bisa dihidupkan kembali menggunakan KRDI non-AC (bekas Madiun Jaya) pada 4 November 2013. Sayangnya, Arjuna Ekspres pada tahapan ini sering mengalami pembatalan operasi seperti pada pertengahan 2014 dan akhir 2015 karena sarana yang sering mogok untuk dijalankan dengan jarak demikian. Dengan banyaknya evaluasi terkait sering mogoknya Arjuna ini, KA tersebut dihentikan operasinya mulai Januari 2016. Begitu selesai diperbaiki, Arjuna Ekspres dimutasi ke Depo Solo Balapan dan dijadikan sebagai rangkaian cadangan KA Prameks.

KRDI AC juga tidak luput dari permasalahan ini. Madiun Jaya Ekspres dihentikan operasi per pertengahan Maret 2016 karena sarana yang rusak. Sementara itu, KRDI Cepu Ekspres dan Blora Jaya Ekspres (untuk relasi ke Bojonegoro) dihapus dan digantikan dengan KA Ambarawa Ekspres per 4 Oktober 2016. Kini Blora Jaya Ekspres beroperasi lagi per 5 Juli 2017, tetapi menggunakan rangkaian idle dari Ambarawa Ekspres. KRDI kemudian direncanakan untuk membantu layanan KA Komuter SuPor (sekarang SuPas) dan Komuter SuLam, tetapi akhirnya yang siap operasi hanya satu set (Madiun Jaya) dan satu set lainnya KRDI AC (Cepu Ekspres) kini mangkrak di Balai Yasa Yogyakarta.

Di Divre IV, PT KAI sempat menggabungkan dua KRDI menjadi satu sebagai "Seminung + Way Umpu" untuk menyambut musim mudik lebaran 2018. Semasa di Lampung, KRDI ini juga tidak luput dari masalah mogok atau bahkan ditarik lokomotif. KRDI Way Umpu (warna biru) akhirnya dipulangkan ke Jawa, diboyong ke Yogyakarta untuk operasional KA Bandara YIA. Pasca perbaikan, KRDI eks-Way Umpu ini menggunakan livery hijau dengan motif batik. KRDI eks-Arjuna pun tidak luput untuk dipasangi AC, juga dicat dengan skema yang sama. Per 1 Desember 2019, KA Seminung dan Way Umpu resmi dihentikan operasinya setelah PT KAI mengoperasikan KA tersebut dengan rangkaian kelas bisnis.

Di Sumatra Utara, jika unit KRDI Sri Lelawangsa mogok, KA ini berubah menjadi KA bisnis yang ditarik lokomotif.

Saat ini, satu-satunya KRDI generasi pertama yang tidak dimodifikasi menggunakan AC dioperasikan untuk KA Komuter relasi Sidoarjo - Indro PP. Ketika KRDI ini mengalami perawatan (seperti misalnya perawatan di Balai Yasa Yogyakarta akibat kecelakaan), maka KA ini akan menggunakan rangkaian ekonomi AC (kursi 2-2 saling berhadapan) sebagai rangkaian darurat dengan stamformasi 4 kereta ekonomi dan 1 kereta makan-pembangkit.