Jabarkan Hymne dan Mars UIM dari Universitas Islam Madura Pamekasan

Cipt. Zain Zainullah 4/4 Semangat

Universitas Islam Madura berjuang pantang menyerah

Menuju cita-cita mulia jadi insan paripurna

Universitas Islam Madura tempat kita ditempa

Demi masa depan siar agama bangsa dan negara

Tegakkanlah panji UIM dalam dada Pribadi Muslim

Universitas Islam Madura tetaplah Jaya Hidu Sentosa

Cipt. Zain Zainullah 4/4 Maestoso

Universitas Islam Madura Namamu Harum Mewangi

Menerangi jiwa menggugah Semangat demi cita Suci

Engkau lambang panji nan abadi pancarkan cahaya ilahi

pelita mulia tuk siar agama menatap dunia

Engkaulah tempat Hasrat yang suci

Universitas Islam Madura Harapan masa depan

Sebagai Rektor UIM pertama adalah Prof. Drs. H. Sunardji Dahri Tiam sampai dengan akhir tahun 2003 dan setelah itu digantikan oleh Drs. H. M. Sähibuddin, S.H., M.Pd. untuk Periode 2003-2007 dan 2007-2011 serta diperpanjang sampai dengan tahun 2013. Di akhir tahun akademik 2013/2014, Universitas Islam Madura melakukan pemilihan rektor baru yang kemudian terpilih Ahmad, S.Ag.,M.Pd (sampai saat ini). yang sebelumnya menjabat sebagai Pembantu Rektor II.