Jabarkan Ionia dari Pemberontakan Ionia

Pasukan Persia ketiga, di bawah komando Otanes dan Artaphernes, menyerang Ionia dan Aiolia. Mereka merebut kembali Klazomenai dan Kyme, barangkali pada tahun 497 SM, tetapi tampaknya menjadi kurang aktif pada tahun 485 SM dan 495 SM, kemungkinan akibat bencana di Karia.

Pada puncak serangan balasan Persia, Aristagoras, yang merasakan bahwa posisinya tidak aman, memutuskan untuk mengabaikan tanggung jawabnya sebagai pemimpin Miletos dan pemimpin pemberontakan. Dia meninggalkan Miletos bersama semua anggota faksinya yang mau menemaninya, dan pergi ke wilayah Thrakia yang diberikan oleh Darius kepada Histiaios setelah kampanye tahun 513 SM. Herodotos, yang jelas memiliki pandangan buruk terhadap Aristagoras, menuturkan bahwa dia kehilangan keberanian dan melarikan diri. Beberapa sejarawan modern berpendapat bahwa dia pergi ke Thrakia untuk memanfaatkan sumber daya alam yang besar di sana, untuk digunakan demi mendukung pemberontakan. Beberapa lainnya berpendapat bahwa dia mendapati dirinya berada di tengah konflik internal di Miletos dan memilih pergi daripada memperuncing keadaan.

Di Thrakia, dia menguasai kota yang didirikan oleh Histiaios, yaitu Myrkinos (tempat yang kelak menjadi Amphipholis), dan memulai kampanye melawan penduduk Thrakia lokal. Namun, dalam satu kampanye, kemungkinan pada tahun 497 SM atau 496 SM, dia dibunuh oleh orang Thrakia. Aristagoras merupakan satu orang yang mungkin dapat memberikan tujuan kepada pemberontakan, dan dengan kematiannya pemberontakan pun menjadi tanpa pemimpin.

Tidak lama setelah itu, Histiaios dibebaskan dai tugasnya di Susa oleh Darius dan dikirim ke Ionia. Dia berhasil membujuk Darius untuk mengizinkannya pergi ke Ionia dengan cara berjanji akan membuat orang Ionia mengakhiri pemberontakan mereka. Akan tetapi Herodotos berpendapat bahwa tujuan aslinya adalah supaya dapat pergi dan kekangan di Persia. Ketika dia tiba di Sardis, Artaphernes secara langsung menuduhnya berkomplot dengan Aristagoras dalam menggerakan pemberontakan. Artaphernes berkata, "Akan aku ceritakan kepada engkau, wahai Histiaios, kebenaran dalam urusan ini, Adalah dirimu yang merancang segalanya, dan Aristagoras yang melaksanakannya." Histiaios pergi malam itu juga ke Khios dan pada akhirnya berangkat menuju Miletos. Namun, Miletos baru saja bebas dari tiran sehingga tak mau menerima Histiaios lagi sebagai penguasa. Maka dari itu Histiaios pun pergi ke Mytilene di Lesbos dan membujuk rakyat Lesbos untuk memberinya delapan trireme. Dia lalu berlayar ke Byzantion bersama semua orang yang bersedia mengikutinya. Di sana dia mendirikan kekuasaannya, mermpas semua kapal yang berusaha berlayar melalui Bosporus, kecuali jika mereka mau mengabdi kepadanya