Jabarkan Tanggapan pemerintah Indonesia dari Cornell Paper

Dinas Sejarah Angkatan Darat, dibawah pimpinan Nugroho Notosusanto, menerbitkan kajian pertama pemerintah tentang Gerakan 30 September pada tahun 1966. Sebagian besar dari isinya merupakan "kumpulan propaganda Angkatan Darat yang dipadukan dengan "bukti-bukti" bahwa percobaan kudeta tersebut adalah pekerjaan PKI." Pada tahun 1967, Guy Pauker, seorang analis Indonesia di RAND Corporation, memberitahukan Angkatan Darat tentang keberadaan Cornell Paper. Menurut Katharine E. McGregor dari Universitas Melbourne, RAND yang disponsori oleh pemerintah Amerika Serikat "dengan terang bertindak membantu pemerintahan Orde Baru untuk melegitimasi dan mempertahankan versinya sendiri tentang Gerakan 30 September". Dibantu oleh Pauker dan Letnan Kolonel Ismail Saleh, Nugroho menerbitkan versi bahasa Inggrisnya dalam kunjungannya ke California, tempat RAND bermarkas, pada tahun 1967. Dalam versi ini, gagasan bahwa G30S merupakan urusan internal Angkatan Darat ditolak setelah mempertimbangkan kesaksian para anggota PKI yang diadili oleh Mahkamah Militer Luar Biasa.

Ketika Kahin melawat ke Indonesia pada bulan Juni 1967, ia bertemu dengan seorang perwira intelijen yang bertanggungjawab untuk mengkoordinir interogasi para tahanan politik PKI dan menyusun versi resmi pemerintah mengenai Gerakan 30 September. Ia meminta "dokumen-dokumen yang lebih meyakinkan" untuk membuat sebuah laporan yang "lebih lengkap dan akademis". Ia mengulang permintaan tersebut pada kepala jaksa militer Kabul Arifin, dan kedua perwira tersebut berjanji untuk memberikan bahan-bahan yang diperlukan oleh Kahin. Namun, dokumen-dokumen tersebut tidak pernah sampai ke tangan Kahin meskipun ia telah mengulang permintannya pada tahun 1971, sehingga memaksa Modern Indonesia Project untuk menerbitkan laporan Anderson dan McVey tanpa dokumen penunjang dari pihak yang berwenang. Kahin berpendapat bahwa janji kedua perwira itu kepadanya "dimentahkan oleh atasan mereka". Pemerintah Indonesia juga berusaha untuk menyakinkan Anderson dan McVey untuk memperbaiki kesimpulan yang mereka buat untuk mendekati versi resmi pemerintah; namun, kedua peneliti itu mempertanyakan keakuratan dan keabsahannya.

Pada bulan Oktober 1975, pemerintah Indonesia mengirimkan sebuah rombongan "perwira militer dan intelektual pemerintah", dipimpin oleh Ali Murtopo dan L.B. Moerdani, untuk menyajikan sebuah laporan yang lengkap mengenai percobaan kudeta tersebut dan peristiwa-peristiwa yang mendahuluinya. Dalam pertemuan tertutup dengan Kahin, Anderson, McVey, dan Bunnell, rombongan tersebut berjanji akan mengirimkan dokumen-dokumen yang diminta oleh para peneliti delapan tahun yang lalu sesampainya mereka di Jakarta. Pada 27 November 1976, sebuah rombongan utusan Moerdani tiba dengan lebih dari 200 pon arsip persidangan Mahmilub, namun tidak menyediakan satu pun dokumen yang diminta. Karena permintaan Kahin yang terus menerus dan Anderson yang tak puas, pemerintah Indonesia melarang mereka masuk ke Indonesia. Meskipun cekal terhadap Kahin dicabut pada 1991, Anderson tidak dapat memasuki Indonesia sampai 1999, ketika Orde Baru telah tumbang.