Jabarkan Pengoperasian dari Kereta api Singasari

Sebelum kereta api ini beroperasi, pada awalnya terdapat layanan kereta api yang melayani lintas Malang-Jakarta melalui jalur utara, yaitu Kereta api Senja Singosari dengan layanan kelas bisnis, tetapi pengoperasiannya telah dihentikan pada 21 September 2012 karena tingkat okupansi penumpang yang rendah, sehingga lintas tersebut digantikan oleh Kereta api Majapahit. Pada 19 Agustus 2016 Kereta api Singosari Ekspres beroperasi dengan rute Surabaya Gubeng-Malang dengan layanan kelas bisnis idle rangkaian Kereta api Mutiara Selatan yang menganggur di Surabaya Kota, tetapi pengoperasian Kereta api Singosari Ekspres telah dihentikan pada 25 September 2016 (36 hari beroperasi) karena tingkat okupansi penumpang yang sepi, sehingga lintas tersebut dilanjutkan oleh Kereta api Arjuno Ekspres (SGU-ML) dan Kereta api Jayabaya (PSE-SGU-ML).

Kereta api Singasari merupakan hasil pemangkasan rute kereta api Krakatau—sebelumnya memiliki rute terpanjang di tahun 2013 yaitu Merak-Madiun kemudian diperpanjang sampai Kediri tanggal 10 November 2013 dan kemudian diperpanjang lagi sampai Blitar tanggal 1 April 2017. Pada Tanggal 17 Juli 2017 karena keterisian penumpang yang rendah di lintas Pasar Senen–Merak semenjak ada KA Commuter Line Lintas Tanahabang-Rangkasbitung per 1 April 2017 dan serta untuk optimalisasi rangkaian kereta, mengganti menjadi kereta api Lokal Merak (Rangkasbitung–Merak). Pada awal pengoperasian, kereta api ini hanya melayani kelas ekonomi plus seperti pendahulunya. Per 1 November 2018, kereta api ini mulai melayani kelas eksekutif guna meningkatkan pelayanan.

Pada tanggal 1 Juni 2023 bertepatan dengan pemberlakuan Gapeka 2023, KA Singasari akan saling bertukar rangkaian dengan KA Bangunkarta, hal ini dikarenakan adanya kesamaan pada kereta api ekonomi yang digunakan, yaitu kereta ekonomi modifikasi, selain itu, rolling ini juga bertujuan untuk mempersingkat waktu istirahat kereta di Stasiun Pasar Senen.