Jabarkan Karya dari Donatus Djagom

Setelah itu, ia ditugaskan menjadi Rektor SMA Katolik Syuradikara Santo Michael Ende, Flores dan merangkap Asisten atau Wakil Regional SVD Ende. Ia menjadi orang pribumi pertama yang menjadi Rektor SMA Katolik di Ende, setelah sebelumnya dipegang oleh orang Belanda atau Jerman.

Bertepatan dengan diterimanya pengunduran diri Mgr. Gabriel Wilhelmus Manek, S.V.D., ia ditunjuk oleh Paus Paulus VI sebagai Uskup Agung Endeh pada 19 Desember 1968. Ia ditahbiskan menjadi uskup pada 11 Juni 1969. Pro-Nuncio Apostolik untuk Indonesia yang bergelar Uskup Agung Tituler Miletus, Salvatore Pappalardo bertindak sebagai Penahbis Utama, dengan didampingi oleh Uskup Ruteng, Wilhelm van Bekkum, S.V.D. dan Uskup Larantuka, Antoine Hubert Thijssen, S.V.D.

Djagom menjadi Penahbis Pendamping bagi Mgr. Vitalis Djebarus, S.V.D. sebagai Uskup Ruteng pada 5 Mei 1973. Seiring dengan berubahnya nama keuskupan per 14 Mei 1974, maka ia menjadi Uskup Agung Ende. Ia juga menjadi Penahbis Pendamping bagi Darius Nggawa, S.V.D. sebagai Uskup Larantuka pada 16 Juni 1974, Mgr. Anton Pain Ratu, S.V.D. sebagai Uskup Auksilier Atambua bergelar Uskup Tituler Zaba pada 21 September 1982, dan bagi Mgr. Carlos Filipe Ximenes Belo, S.D.B. sebagai Administrator Apostolik Dili bergelar Uskup Tituler Lorium pada 19 Juni 1988. Pada 25 Maret 1985 ia bertindak sebagai Penahbis Utama bagi Mgr. Eduardus Sangsun, S.V.D. sebagai Uskup Ruteng.

Selama menjadi Uskup Agung Ende, banyak perkembangan baru terjadi, dan ia melakukan penguatan gereja lokal dan mendorong kemandirian umat. Ia juga rajin dalam melakukan kunjungan kepada umat sampai ke akar rumput. Pada tahun 1969 melalui kerja sama dengan Provinsial Karmelit di Indonesia, R.P. G.A. Hardjoko Hardjomardjojo O.Carm., Ordo Karmelit mulai berkarya di Flores.

Pada masa kepemimpinan Djagom, Paus Yohanes Paulus II sempat melakukan kunjungan dan merayakan misa di Stadion Duncunha, Maumere pada 11 Oktober 1989. Pada tahun 1990, Djagom merestui pendirian Sekolah Tinggi Pastoral Atma Reksa dengan pemberian Surat Rekomendasi kepada Yayasan Persekolahan Santo Petrus Ende.