Jabarkan Perang pertama dari Nekho II

Pada musim semi tahun 609 SM, Nekho memimpin sendiri tentara dalam jumlah besar (terutama tentara bayaran) untuk membantu Asyur. Nekho mengambil jalur pantai Via Maris ke Suriah, didukung oleh armada lautnya di Laut Tengah di sepanjang pantai, maju melalui dataran rendah Filistia dan Sharon. Ia bersiap untuk menerobos tebing bukit yang menutup bagian selatan lembah Yizreel, tetapi di sana jalannya dihalangi oleh tentara Yehuda yang dipimpin oleh raja Yosia. Raja Yosia berpihak kepada Babilonia dan menghalangi Nekho untuk membantu Asyur yang saat itu sedang berperang dengan tentara Babel. Dalam peperangan di Megido, Yosia terbunuh (Kitab 2 Raja-raja pasal 23, Kitab 2 Tawarikh pasal 35).

Herodotus mencatat peperangan ini dalam bukunya Historia, jilid 2:159:

Nekho menguasai Kadesh di Orontes dan maju bergabung dengan tentara Ashur-uballit menyeberangi sungai Efrat untuk mengepung Harran. Nekho merupakan firaun pertama sejak Thutmose III yang menyeberangi sungai Efrat. Serangan itu gagal dan ia harus mundur ke Suriah utara. Pada waktu ini Ashur-uballit lenyap dari sejarah dan Kekaisaran Asyur dikuasai oleh Babilonia.

Setelah meninggalkan sejumlah tentara, Nekho berangkat pulang ke Mesir. Dalam perjalanan ia mendapati bahwa Kerajaan Yehuda telah memilih Yoahas sebagai raja menggantikan ayahnya, Yosia. Nekho mencopot Yoahas dari tahta dan menggantikannya dengan saudara laki-lakinya, Yoyakim. Nekho membawa Yoahas ke Mesir sebagai tawanan, sampai mati di sana (; ).