Jabarkan Pohon keluarga evolusioner dari Brakiopoda

Dari sekitar tahun 1940-an ke 1990-an, pohon keluarga berdasarkan fitur embriologis dan morfologi menempatkan brakiopoda di dalam atau sebagai kelompok saudara dari Deuterostomia, superfilum yang mencakup chordata dan echinodermata. Pemeriksaan lebih dekat menemui kesulitan di dasar dari brakiopoda berafiliasi dengan deuterostom:

Penyibakan radial di divisi awal telur tampaknya kondisi asli untuk bilateria leluhur, di Ecdysozoa awal dan mungkin di awal Eutrochozoa, sub-kelompok utama dari Lophotrochozoa. Oleh karena itu pembelahan radial tidak berarti bahwa brakiopoda berafiliasi dengan deuterostom.

Pandangan tradisional adalah bahwa selom di deuterostom dan protostom dibentuk oleh proses yang berbeda, yang disebut enterocoely dan schizocoely masing-masing. Namun, penelitian sejak awal 1990-an telah menemukan pengecualian yang signifikan. Kedua jenis pembentukan selom muncul di antara brakiopoda, dan karena itu tidak berarti bahwa brakiopoda adalah deuterostom.

Istilah "deuterostom" dan "protostom" awalnya didefinisikan sebagai cara yang berbeda membentuk mulut dari blastopor, depresi yang muncul di tahap awal embrio. Namun, beberapa "protostom" membentuk mulut menggunakan proses yang lebih seperti khas deuterostom. Oleh karena itu membentuk mulut melalui proses seperti deuterostoma tidak berarti bahwa brakiopoda berafiliasi dengan deuterostom.

Nielsen memandang brakiopoda dan phoronida yang berkerabat dekat berafiliasi dengan deuterostoma pterobranchia karena lofofor mereka didorong oleh satu silium per sel, sedangkan yang dari bryozoa, yang dianggapnya sebagai protostom, memiliki beberapa silia per sel. Namun, pterobranchia adalah hemichordata dan mungkin berkaitan erat dengan echinodermata, dan tidak ada bukti bahwa nenek moyang terbaru dari pterobranchia dan hemichordata lain atau nenek moyang terbaru dari hemichordata dan echinodermata adalah sesil dan makan dengan tentakel.

Dari tahun 1988 dan seterusnya analisis berdasarkan filogeni molekuler, yang membandingkan fitur biokimia seperti kesamaan dalam DNA, telah menempatkan brakiopoda dalam Lophotrochozoa, sebuah superfilum protostom yang meliputi moluska, Annelida dan cacing pipih tetapi tidak termasuk superfilum protostom Ecdysozoa, yang anggotanya termasuk artropoda. Kesimpulan ini bulat antara studi filogeni molekuler, yang menggunakan berbagai pilihan gen: rDNA, gen Hox, gen protein mitokondria, gen protein nukleus tunggal dan set gen protein nukleus.

Beberapa penelitian gabungan pada tahun 2000 dan 2001, menggunakan kedua data molekuler dan morfologi, mendukung brakiopoda sebagai Lophotrochozoa, sementara yang lain pada tahun 1998 dan 2004 menyimpulkan bahwa brakiopoda adalah deuterostom.