Jabarkan Kritik dari SpongeBob's Atlantis SquarePantis

Atlantis SquarePantis mendapat campuran ulasan positif dan negatif. Zach Demeter mengatakan episode ini "episode SpongeBob lain dari yang bisa kubilang." Dia menambahkan "tidak seperti kebanyakan animasi televisi lainnya, acara ini dibuat untuk anak-anak dan orang dewasa. Acara ini direkomendasikan." Pengulas dari Chicago Tribune berkata "Episode favoritku adalah "Atlantis SquarePantis(...)" Ian Jane dari DVD Talk berkata "ini (DVD musim lima) adalah episode pilihan yang menyenangkan dan daya tariknya sangat bagus(...) Paramount melakukan kerja yang bagus dalam rilis ini dan SpongeBob SquarePants: Atlantis SquarePantis direkomendasikan."

Dalam ulasannya di About.com, Nancy Basile memberi skor 2,5 dari 5. Dia menulis "Anak-anak akan menikmati ini, tetapi orang dewasa yang suka kejenakaan, humor dan kenaifan SpongeBob yang lama akan kecewa." Jerry Vonkramer dari ToonZone memberi episode ini skor 7 dari 10 dan menulis "Atlantis SquarePantis bukan karya besar, tetapi juga tidak layak mendapat reputasi buruk."

Tom Shales, pengkritik acara televisi dari The Washington Post mengkritik film ini pada 11 November 2007. Dia menulis "hal paling lucu dalam film ini adalah judulnya" dan "episode biasa memiliki tawaan sebanyak versi ini". Shales juga mengkritik lagu dan musik yang ada di Atlantis SquarePantis. Dia menyimpulkan bahwa film ini "datar" dan "tidak impresif".