Jabarkan Meninggal dunia dari Joseph Hardy Neesima

Di tengah usaha mengumpulkan dana pendirian universitas, ia jatuh sakit di Maebashi, Prefektur Gunma. Di ryokan Mukadeya, Ōsaki, Prefektur Kanagawa tempatnya beristirahat, Jo Niijima meninggal dunia pada 23 Januari 1890 dalam usia 47 tahun. Sebelum meninggal dunia, ia menitipkan 10 butir wasiatnya kepada Tokutomi Sohō dan Kozaki Hiromichi.

Upacara pemakaman dilangsungkan 27 Januari 1890 di kapel Doshisha. Makamnya berada di Wakaōji, Higashiyama, Kyoto. Batu nisannya ditulis oleh Katsu Kaishū.

Ketika meninggal dunia, cita-citanya menjadikan sekolah yang didirikannya berstatus universitas belum tercapai, namun reputasinya sebagai seorang pendidik telah diakui, dan sekolah yang didirikannya terus berkembang. Doshisha memiliki gedung bata pertama, Shōeikan yang selesai dibangun tahun 1884, sebuah kapel dan gedung perpustakaan, masing-masing selesai dibangun pada tahun Juni 1886 dan November 1887. Pengusaha Amerika Serikat J.N. Harris yang menyumbangkan uang sebesar AS$10.000 sebagai modal membuka Sekolah Sains Harris pada bulan Juli 1890.