Jabarkan Pendudukan Jepang dari Moestopo

Ketika Jepang menduduki Indonesia pada tahun 1942 Moestopo ditangkap oleh Kempeitai karena dicurigai sebagai orang Indo (campuran Eropa dan Indonesia); kecurigaan ini didasarkan pada perawakan besar Moestopo. Namun, ia segera dibebaskan, dan setelah melayani sebagai dokter gigi militer bagi Jepang, ia menerima pelatihan militer di Bogor. Satu angkatan dengan calon jenderal Sudirman dan Gatot Soebroto, ia selesai terbaik di kelasnya. Selama pelatihan, ia menulis sebuah makalah tentang penerapan militer senjata bambu runcing yang diberi kotoran kuda, dari makalah ini Moestopo menerima nilai tinggi.

Setelah lulus, Moestopo diberi komando pasukan PETA di Sidoarjo. Segera setelah itu, ia dipromosikan menjadi komandan pasukan pribumi Gresik dan Surabaya, ia adalah salah satu dari hanya lima orang Indonesia yang menerima promosi tersebut. Saat di Surabaya, ia menanggulangi naiknya tingkat pengangguran dengan mendirikan bengkel penghasil sabun dan sikat gigi. Ia sempat dilaporkan menyuruh anak buahnya untuk memberi kotoran kuda di bambu runcing untuk menyebarkan tetanus dan juga menyuruh mereka makan kucing untuk mendapatkan penglihatan malam yang lebih baik - konon kabarnya sisa-sisa kucing yang dimakan tersebut kemudian dikubur di pemakaman pahlawan.