Jabarkan Menggalang kekuatan dari Ahasyweros I dari Persia

Setelah penobatan Xerxes, masalah muncul di beberapa wilayahnya. Sebuah pemberontakan terjadi di Mesir, tampak cukup berbahaya bagi Xerxes untuk secara pribadi memimpin pasukan, tapi juga memberinya kesempatan untuk memulai pemerintahan dengan kampanye militer. Xerxes menekan pemberontakan pada Januari 484 SM, dan mengangkat saudara kandungnya Haxamanisy (Akhaemenes) sebagai satrap (gubernur) Mesir, menggantikan Farnadata (Pherendates) yang dilaporkan tewas selama pemberontakan. Memadamkan pemberontakan Mesir menghabiskan tentara yang telah dihimpun Darius selama tiga tahun sebelumnya. Oleh karena itu, Xerxes harus membentuk pasukan lain untuk ekspedisinya ke Yunani, dan ini memakan waktu empat tahun. Di Babil, setidaknya terjadi dua kali pemberontakan melawan Xerxes. Pemberontakan pertama pecah pada bulan Juni atau Juli 484 SM dan dipimpin oleh seorang pemberontak bernama Bel-syimanni. Pemberontakan Bel-syimmani berumur pendek, yakni sekitar dua pekan sebagaimana tertulis dalam berkas Babilonia.

Dua tahun kemudian, muncul kembali pemberontakan di Babil, kali ini dipimpin Syamasy-eriba. Dimulai pada musim panas 482 SM, Syamasy-eriba merebut Babil itu sendiri dan kota-kota terdekat lainnya, seperti Borsippa dan Dilbat, dan baru dikalahkan pada Maret 481 SM setelah pengepungan panjang Babil. Penyebab pasti kerusuhan di Babil tidak pasti, tetapi kemungkinan masalah kenaikan pajak. Sebelum pemberontakan ini, Babil memiliki kedudukan khusus dalam Kekaisaran Akhemeniyah. Salah satu gelar resmi dari para Raja Diraja Akhemeniyah adalah "Raja Babil", memandang Babilonia sebagai negara terpisah dari Iran, hanya saja dipimpin orang yang sama. Xerxes kemudian gelarnya sebagai Raja Babil, sebagai bentuk penyatuan Babilonia dengan Kekaisaran Iran secara entitas kenegaraan. Dia kemudian membagi Babilonia yang sebelumnya berupa kesatrapan (provinsi) besar, menjadi beberapa sub-unit yang lebih kecil.

Dari naskah para penulis klasik, Xerxes sering dipandang melakukan pembalasan brutal terhadap Babil setelah dua pemberontakan. Menurut penulis kuno, Xerxes menghancurkan benteng Babil dan merusak kuil-kuil di kota. Esagila (kuil Dewa Marduk) diduga mengalami kerusakan besar dan Xerxes diduga membawa patung Marduk dari kota, mungkin membawanya ke Iran dan mencairkannya (penulis klasik berpendapat bahwa patung itu seluruhnya terbuat dari emas sehingga memungkinkan untuk dicairkan). Sejarawan modern Amélie Kuhrt menganggap tidak mungkin Xerxes menghancurkan kuil-kuil dan percaya bahwa kisah tentang hal tersebut mungkin berasal dari sentimen anti-Persia di antara orang Babilonia. Diragukan apakah patung itu dipindahkan dari Babil sama sekali dan beberapa bahkan menyarankan bahwa Xerxes memang memindahkan sebuah patung dari kota, tetapi ini adalah patung emas seorang pria dan bukan patung Dewa Marduk. Meskipun penyebutannya sangat kurang dibandingkan dengan periode sebelumnya, berkas kontemporer menunjukkan bahwa Perayaan Tahun Baru Babilonia berlanjut dalam beberapa bentuk selama masa Akhemeniyah. Lantaran perubahan pemerintahan dari Babilonia sendiri ke Persia dan karena penggantian keluarga elit kota oleh Xerxes setelah pemberontakan, ada kemungkinan bahwa ritual dan acara perayaan tradisional telah banyak berubah.