Jabarkan Dewan Perwakilan Rakyat dari Irwan Prayitno

Ketika pengukuhan pendirian Partai Keadilan pada 20 Juli 1998, Irwan ditunjuk sebagai Ketua Perwakilan PK di Malaysia. Ia dimintai kesediaan untuk dicalonkan sebagai anggota legislatif oleh PK mewakili daerah pemilihan Sumatra Barat I. Hasil pemilihan umum legislatif Indonesia 1999, PK hanya memperoleh 1,4 juta suara atau 1,7% dari total pemilih. PK mendudukkan tujuh kader di DPR, termasuk dirinya. Bersama Partai Amanat Nasional yang mengumpulkan 37 kursi DPR, kedua partai bergabung membentuk Fraksi Reformasi dengan Hatta Rajasa sebagai ketua dan Irwan Prayitno sebagai wakil. Fraksi mengantar nama Irwan sebagai Ketua Komisi VIII. Ia memimpin Komisi VIII yang di antaranya membidangi masalah energi dan sumber daya mineral. Selama berada di DPR, Hatta mengaku fraksi mereka adalah fraksi yang militan. AM Fatwa menyebut Irwan satu-satunya pimpinan komisi di DPR yang tak tergantikan selama lima tahun.

Jelang 1 April 2000, pemerintah hampir memberlakukan kenaikan tarif BBM. Susilo Bambang Yudhoyono yang waktu itu menjabat Menteri Pertambangan, malam hari sebelum pengumuman kenaikan BBM sempat menelepon Irwan, menanyakan tentang kesiapan kenaikan BBM. "Saya katakan, kami di DPR belum siap atas kenaikan itu," tutur Irwan. Pada hari pengumuman 31 Maret 2000, Presiden Abdurrahman Wahid memutuskan menunda rencana menaikkan harga BBM. Setelah pembahasan dengan DPR, pemerintah resmi memberlakukan kenaikan tarif BBM pada 1 Oktober 2000.

Saat pemerintah terus mengurangi subsidi BBM sejak Oktober 2000, Irwan mengusulkan penggunaan energi panas bumi sebagai energi alternatif dengan memulai pembahasan rancangan undang-undang melaui Komisi VIII. Menurutnya, pemakaian energi panas bumi akan turut membantu pemerintah mendorong kemandirian penyediaan energi, terutama melalui pembangkit listrik. "Penggunaan energi panas bumi memungkinkan pemerintah tidak terbebani oleh mata uang asing seperti halnya penyediaan BBM dan menghindari ketergantungan minyak dalam jangka panjang." Namun, RUU semula tidak dilirik oleh pemerintah, karena energi panas bumi dianggap mahal. Ia terus melobi eksekutif untuk meloloskan RUU, sampai akhirnya pemerintah mengesahkannya menjadi UU Panas Bumi Nomor 27 tahun 2003. Saat itu, undang-undang ini belum ditindaklanjuti dengan Peraturan Pemerintah.

Pada 23 Juli 2001, Megawati Soekarnoputri naik jabatan sebagai presiden, menggantikan Abdurrahman Wahid yang dimakzulkan. Dalam pemilihan wakil presiden, PK mengusung Hamzah Haz, mendahului sikap resmi PPP. Dalam upaya memperoleh dukungan dari parlemen untuk mendukung Hamzah, Irwan melobi tokoh-tokoh kunci dari fraksinya seperti Amien Rais, AM Fatwa, dan Hatta Rajasa. Irwan bahkan mengancam akan keluar dari fraksi jika fraksi tidak mendukung Hamzah Haz. Bersamaan dengan naiknya Hamzah Haz, Megawati mengangkat beberapa anggota lintas fraksi sebagai menteri. Ia ditawari jabatan Menristek, tetapi atas pertimbangan partai ia menolak. Jabatan ini dialihkan ke Hatta Rajasa, rekan satu fraksi dan satu komisi Irwan.

Memasuki tahun 2003, pemerintah mengumumkan kenaikkan TDL, tarif telepon, dan BBM secara serentak. Fraksi Reformasi menyatakan desakan pembatalan tiga agenda ini. Irwan bahkan mengancam akan keluar dari DPR bersama enam orang anggota Partai Keadilan lainnya jika kenaikan tarif serentak tetap diberlakukan. "Mengingat masyarakat tidak mampu menanggung beban akibat krisis, maka alternatif pembatalan adalah yang paling tepat," tutur Irwan. Dalam wawancara dengan Republika, Irwan menyatakan kekecewaannya atas tanggapan pemerintah yang mengesankan seolah-olah pemberlakukan kenaikan sudah disetujui dewan. "Jangankan menyetujuinya, membahasnya tidak. Kita tak pernah diajak membahas tentang kenaikan harga BBM dan kapan keputusan kenaikan itu bisa diterapkan. Jelas masyarakat dibohongi," ujarnya. Meskipun PK tidak menarik anggotanya dari parlemen, pemerintah merespons dengan tidak jadi menaikkan TDL dan tarif telepon. Terkait ancamannya, Irwan menyebutnya sebagai pembelajaran bagi politikus sekaligus kader. "Apabila kita sudah tidak sanggup lagi untuk menjaga amanah dan aspirasi rakyat sudah tak dapat didengar lagi maka sudah sepantasnyalah kita keluar dari DPR."

Pada pemilihan umum legislatif April 2004, Irwan diusung partai yang telah berganti nama PKS sebagai calon anggota legislatif DPR. Daerah pemilihan Sumatra Barat mengirimkan dua wakil ke DPR dari PKS, dirinya dan Refrizal. Pada periode keduanya di DPR, ia kembali mengetuai komisi yang sama sampai 2005 sebelum berpindah komisi dan diangkat sebagai Ketua Komisi X sejak 2006. Setelah memimpin komisi yang membidangi masalah pendidikan, ia berhadapan dengan pemerintah dalam evaluasi pelaksanaan UN. Ia mengkritik pelaksanaan UN bila sebatas syarat penentu kelulusan siswa, berpendapat bahwa hasil UN mestinya bisa digunakan untuk masuk perguruan tinggi. Ia mengusulkan pelaksanaan SPMB untuk menjaring mahasiswa bebas biaya. Irwan pernah berpendapat pelaksanaan penerimaan mahasiswa harus ditangani otonom oleh masing-masing perguruan tinggi.

Jelang pemilihan umum Presiden Indonesia 2004, Irwan yang sejak awal mengarahkan dukungannya ke Amien Rais ditunjuk oleh partai untuk menjalin mitra koalisi dengan Amien. Irwan sekaligus mengemban misi memenangkan Amien Rais di Sumatra Barat. Amien mendapat dukungan mayoritas di Sumatra Barat, tetapi secara nasional kalah perolehan suara dan gagal masuk ke pemilihan presiden putaran kedua. Menjelang pemilihan presiden putaran kedua, Irwan meyakinkan PKS untuk mendukung Susilo Bambang Yudhoyono. Dalam pemerintahan, Irwan dan SBY telah menjalin hubungan dalam kapasitas Irwan sebagai Ketua Komisi VIII dan SBY sebagai Mentamben. Berdasarkan hasil rekapitulasi suara, SBY mendapat dukungan bulat 84,4% dari Sumatra Barat. Wakil presiden terpilih Jusuf Kalla menuturkan, SBY sempat mengharapkan Irwan turut memperkuat kabinet sebagai Menteri ESDM setelah pemilihan umum Presiden Indonesia 2004, tetapi Irwan lebih memilih berkonsentrasi di DPR. "Ini memberikan kesan bagi saya bahwa saudara Irwan menjalankan tugas dengan baik apabila dipercayakan dan memegang amanah."

Dalam pemilihan pimpinan MPR, Irwan Prayitno berperan menaikkan Hidayat Nur Wahid menjadi Ketua MPR. Nama Irwan lebih dulu mengapung sebagai calon Ketua MPR, tetapi Irwan menolak pencalonannya. Ia terlibat dalam penyusunan peraturan tata tertib MPR, mengusulkan calon yang tampil tidak secara individu tetapi secara paket dengan komposisi 2-2, dua dari DPR dan dua dari DPD. Koalisi tempat PK bergabung resmi mengusulkan paket Hidayat didampingi tiga orang calon wakil ketua, yaitu AM Fatwa, Aksa Mahmud, dan Mooryati Soedibyo. Saat itu, ia ditunjuk untuk memimpin lobi ke semua partai untuk mendukung Hidayat. Hidayat terpilih setelah mendapat 326 suara, berbeda dua angka dengan paket dari koalisi yang mengusulkan Sutjipto.

Dalam pemilihan umum 2009, Irwan dan Refrizal terpilih kembali mewakili Sumatra Barat. Irwan tak menyelesaikan periode ketiganya setelah maju sebagai Gubernur Sumatra Barat. Posisi yang ditinggalkannya diisi oleh Sidi Hermanto.