Jabarkan Era Kemerdekaan Indonesia dari SMA Negeri 3 Yogyakarta

Tahun 1948, sekolah ini terbagi menjadi dua, yaitu SMA A di Jalan Pakem 2 dan SMA B di Jalan Taman Krida 7. Pada tanggal 21 Desember 1948, sekolah ini diduduki Belanda. Tanggal 6 Juni 1949, SMA B berhasil dibuka kembali dengan pendidikan yang lebih berkualitas. Tahun 1956, SMA ini berubah nama menjadi SMA IIIB, dan berubah lagi menjadi SMA Negeri 3 pada tahun 1964, di bawah pimpinan kepala Sekolah Ibu Mujono Probopranowo.

Dengan diberlakukannya Kurikulum 1994, sekolah ini bernama SMU (Sekolah Menengah Umum) Negeri 3 Yogyakarta, tetapi sejak diberlakukannya Kurikulum Berbasis Kompetensi dan Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan mulai tahun 2004, diubah lagi menjadi SMA Negeri 3 Yogyakarta. Walaupun demikian, masyarakat luas sampai sekarang masih mengenalnya sebagai "SMA Padmanaba" atau "SMA 3 Bhe".