Jabarkan Masa kemajuan (1931–1952) dari Kolese Kanisius

Meskipun telah memiliki gedung baru, murid, dan staf guru yang lengkap, kekurangan selalu membuntuti Kolese Kanisius. Maka dimulailah pembentukan kelompok pendidikan pada tahun-tahun tersebut, di antaranya paduan suara, orkestra, perkumpulan sandiwara dan majalah.

Pada tahun 1938, Imam van Hoof digantikan oleh Imam de Quay, SJ. dengan tugas membangun HBS. Pada tahun yang sama memulai membangun gedung baru 2 tingkat beserta asrama yang berada di sayap kanan, namun pembangunan sempat tertunda karena perang dunia II, kegiatan belajar-mengajar di Kanisius dan sekolah ini dijadikan Sekolah Menengah Tinggi Negeri. Baru tanggal 1 Januari 1946, Kanisius kembali dibuka dan pembangunan HBS kembali dilanjutkan oleh RP Bastiaan, S.J., sampai tahun 1948.

Rektor pada tahun 1940–1947 adalah R.P. van den Linden, S.J., dan kemudian digantikan R.P. Ingen Housz, S.J. Tanggal 1 Agustus 1949, kegiatan di Kanisius dapat kembali berjalan normal. Sebelum akhir tahun 1949, murid-murid Kanisius menyanyikan lagu Indonesia Raya untuk pertama kalinya, setelah adanya penyerahan kedaulatan Indonesia dari Belanda.

Tahun 1952, Kanisius merayakan peringatan 25 tahun Kolese. Perayaan itu diisi acara parade sepeda hias. Selain itu, muncul beberapa cabang olahraga baru, seperti bola basket, bola tangan, dan gerak jalan.