Jabarkan Konflik Israel-Palestina dari Bat Ayin

Sebuah kelompok Yahudi yang dikenal sebagai "Bat Ayin Underground" telah dikaitkan dengan pemukiman ini. Tahun 2002, empat orang dari Bat Ayin dan Hebron dituduh merencanakan ledakan bom di luar sekolah perempuan Arab di bagian timur Yerusalem, menggunakan sebuah mobil yang dijadwalkan meledak di pagi hari di jalan raya. Tetapi itu hanya bom palsu, karena tidak ada kemungkinan meledak.

Tanggal 25 Februari 2007, Erez Levanon, seorang penduduk Bat Ayin ditemukan tewas dengan bekas tusukan berkali-kali. Jasadnya ditemukan di bawah bukit dari pemukiman ini di sebuah tempat terpencil ia biasa beribadah. Pihak keamanan menahan dua remaja Palestina Arab dari Khirbet Safa yang mengaku bersalah atas pembunuhan tersebut, di desa tetangga Beit Ummar

Tanggal 2 April 2009, seorang bocah Israel berusia 13 tahun, Shlomo Nativ, tewas dan anak lainnya, Yair Gamliel, putra dari Ofer Gamliel yang berusia 7 tahun, dilukai di pusat desa oleh seorang Palestina Arab yang mengayunkan pisau. Belum jelas bagaimana si penyerang memasuki desa. Meskipun teroris awalnya kabur, si penyerang ditangkap beberapa minggu kemudian oleh pihak keamanan Israel.

Tanggal 8 April 2009, kerusuhan terjadi antara penduduk Bat Ayin dan warga Palestina dari desa tetangga Khirbet Safa. Sumber Israel dan Palestina bertentangan mengenai siapa yang mengawali kerusuhan ini. Suratkabar Israel, Ha'aretz mengklaim bahwa penduduk Israel mulai melempar batu kepada warga Palestina, setelah beribadah menghormati Shlomo Nativ. Menurut jurubicara IDF, tentara kemudian menembakkan peluru hidup ke kaki para pelempar batu Palestina, melukai enam belas orang, satu kritis.

Tanggal 2 Mei 2009, dua tentara Israeli Defense Forces yang bebas tugas, dan dua penduduk Bat Ayin, ditangkap polisi setelah pertengkaran antara penduduk Bat Ayin, IDF, dan penduduk desa Palestina tetangga, Khirbet Safa. Dua warga Palestina luka-luka pada peristiwa itu. Insiden ini melibatkan pelemparan batu oleh kedua pihak penduduk. Laporan tidak menyatakan mengapa tentara menembak.