Jabarkan Hamburg dari Nigel de Jong

Pada 26 Januari 2006, De Jong menandatangani kontrak empat setengah tahun di klub Bundesliga Jerman Hamburg, biaya transfer sekitar € 1.000.000  Di Hamburg ia bergabung dengan dua orang Belanda lainnya:. Rafael van der Vaart dan Khalid Boulahrouz. Dia membuat debut bagi Hamburg dua hari kemudian dalam kekalahan 2-1 di Nuremberg. Pada bulan Maret 2006, De Jong mencetak gol kemenangan dalam kekalahan pertama kalinya untuk Bayern Munich di Allianz Arena. Minggu berikutnya ia menerima kartu merah pertama dalam kariernya dalam pertandingan Piala UEFA melawan Rapid Bucharest. musim berakhir lebih cepat pada bulan April, ketika ia membutuhkan operasi pada cedera lutut. cedera juga membuatnya absen dari skuad Belanda untuk Piala Dunia 2006, meskipun ia kemudian siap untuk bermain setelah mendapatkan kembali kebugarannya.