Jabarkan Pangkostrad dari Agus Wirahadikusumah

Pada tahun 2000, Presiden Gus Dur menunjuknya sebagai Pangkostrad. Ia menjabat posisi ini dari 29 Maret 2000 hingga 1 Agustus 2000. Wirahadikusumah mendukung setiap keputusan-keputusan Gus Dur, termasuk keputusan pemberhentian Jenderal Wiranto sebagai Menkopolkam. Wiranto menyebutnya sebagai "apel buruk".

Sementara Wirahadikusumah sangat populer dikalangan prajurit biasa, ia juga menciptakan musuh bagi dirinya sendiri, karena ia berusaha membersihkan Kostrad dari sejumlah dugaan kasus korupsi. Sebagai konsekuensinya, dia diberhentikan dari jabatannya sebagai Pangkostrad pada musim panas tahun 2000. Namun, menurut Umar Wirahadikusumah, pamannya, jabatan sebagai Panglima TNI telah ditawarkan kepada Agus Wirahadikusumah pada tanggal 23 Juli 2001.