Jabarkan Karya teologi dari Theodore Beza

Semua studi humanistik dan sejarah ini jauh dilampaui oleh produksi teologinya (di dalam Tractationes theologicae). Di sini Beza tampak sebagai seorang murid yang sempurna atau alter ego  (=duplikat pribadi) Calvin. Pandangannya mengenai hidup adalah deterministik dan dasar pemikiran agamawinya adalah pengenalan predestinasi akan kebutuhan semua keberadaan sementara sebagai dampak kehendak Allah yang mutlak, kekal, dan tidak berubah, sehingga kejatuhan manusia baginya merupakan suatu hal esensiel bagi rencana ilahi untuk dunia ini. Beza, dalam bentuk tabel, dengan cermat menguraikan pandangan-pandangan agamawi yang keluar dari gaya pemikiran fundamental supralapsarian. Ini ditambahkannya dalam makalah yang sangat berguna, Summa totius Christianismi.

Karya Beza, De vera excommunicatione et Christiano presbyterio (1590), ditulis sebagai respons terhadap karya Thomas Erastus, Explicatio gravissimae quaestionis utrum excommunicatio (1589), berkontribusi sebagai pembelaan penting bagi hak otoritas gerejawi (bukan otoritas sipil) untuk ekskomunikasi.

Perjanjian Baru Bahasa Yunani karya Beza

Salah satu nilai pentingnya adalah kontribusi terhadap kesarjanaan Alkitab. Pada tahun 1565 ia menerbitkan suatu edisi Perjanjian Baru, dilampiri dengan suatu kolom paralel teks Vulgata dan suatu terjemahannya sendiri (yang sudah dipublikasikan sedini tahun 1556). Anotasi atau catatan ditambahkan, juga telah dipublikasikan sebelumnya, tetapi lebih diperkaya dan diperluas.

Dalam persiapan edisi bahasa Yunani ini, dan lebih lagi untuk edisi kedua yang diterbitkan pada tahun 1582, Beza menggunakan bantuan dua naskah sangat berharga, yaitu yang pertama: Codex Bezae atau Cantabrigensis,  yang kemudian dihadiahkan oleh Beza kepada Universitas Cambridge, dan tetap disimpan di Cambridge University Library; yang kedua: Codex Claromontanus, yang ditemukan oleh Beza di Clermont (sekarang disimpan di Bibliothèque Nationale de France di Paris).

Namun, sumber-sumber ini bukanlah yang utama bagi Beza, melainkan ia mendasarinya pada karya Robert Estienne (1550), yang berdasarkan pada edisi-edisi terakhir Erasmus. Pekerjaan Beza dalam bidang ini sangat membantu para peneliti selanjutnya. Demikian pula karyanya dalam versi bahasa Latin dan catatan-catatan yang menyertainya, di mana akhirnya semua karya ini dicetak ulang beratus-ratus kali.

Meskipun ada yang melihat pandangan Beza mengenai doktrin predestinasi terlalu berpengaruh dominan dalam penafsiran alkitabiahnya, tidak ada keraguan bahwa Beza telah memberikan tambahan pemahaman jelas mengenai Perjanjian Baru.