Jabarkan Kota yang dilintasi dari Sungai Nagara

Gujō, Mino, Seki, Gifu, Mizuho, Ōgaki, Hashima, Anpachi (Distrik Anpachi), Wanouchi, Kaizu

Sungai Nagara banjir besar pada tahun 1534. Keshogunan Edo memerintahkan Domain Satsuma untuk mengerjakan proyek pengendalian banjir Tiga Sungai Kiso termasuk Sungai Nagara (1754-1755). Proyek memakan korban 51 orang samurai Domain Satsuma bunuh diri, dan 33 orang meninggal karena sakit. Pemimpin proyek Hirata Yukie tewas bunuh diri setelah proyek selesai.

Pada tahun 1912 kembali dilakukan proyek penataan Sungai Nagara, Sungai Kiso, dan Sungai Ibi di bawah pimpinan insinyur Belanda Johannis de Rijke. Angin Taifun Ise (Taifun Vera 1959) menimbulkan kerusakan besar di Prefektur Gifu, Prefektur Aichi, dan Prefektur Mie. Korban tewas dan hilang lebih dari 5.000 orang. Dua kali taifun besar pada tahun 1960 menyebabkan Sungai Nagara banjir besar. Pada tahun 1961, hujan lebat sepanjang musim hujan dan angin taifun menyebabkan tanggul sungai runtuh, dan air sungai membanjiri Kota Gifu dan Ogaki.