Jabarkan Musim 2016–2017 dari Thomas Müller

Müller memulai musim dengan mencetak gol dan memenangkan pertandingan DFL-Supercup 2016 melawan Borussia Dortmund pada 14 Agustus 2016. Pada pertandingan liga, Müller tidak mencetak gol selama 999 menit hingga dia berhasil mencetak gol selama pertandingan kandang melawan VfL Wolfsburg pada menit ke-76. Dia mengakhiri musim 2016–2017 dengan mencetak lima gol dalam 29 penampilannya di Bundesliga, tidak ada gol dalam tiga penampilan di DFB-Pokal, dan tiga gol dalam sembilan penampilan di Liga Champions. Müller menambah rekor dalam kariernya dengan 12 assist di Bundesliga.

Beberapa pakar sepak bola Jerman seperti Lothar Matthäus menyalahkan manajer Carlo Ancelotti karena perjuangan Müller di depan gawang. Ancelotti lebih sering menggunakan Thiago Alcântara sebagai pemain di belakang penyerang, posisi utama Müller. Müller sering dicadangkan pada beberapa pertandingan penting di Eropa dan Bundesliga.