Jabarkan Tutankhamun dari Ay

Pemerintahan Ay didahului oleh Raja Tutankhamun, yang naik tahta pada usia delapan atau sembilan tahun, pada masa perselisihan besar di antara monoteisme baru dan politeisme kuno. Ia dibantu di dalam tugas-tugasnya sebagai raja dengan dua penasihat terdekat pendahulunya: Wazir yang Agung Ay dan Jenderal Horemheb. Pada masa kesembilan tahun pemerintahan Tutankhamun, sebagian besar di bawah pengarahan Ay, yang melihat kembali secara bertahap dewa-dewa kuno dan dengan itu pemulihan kekuasaan imamat Amun yang telah kehilangan pengaruh mereka di bawah kekuasaan Akhenaten.

Ilmuwan Mesir yang bernama Bob Brier menduga bahwa Ay membunuh Tutankhamun untuk menyerap kekuasaannya, sebuah klaim yang datang dari hasil pemeriksaan X-ray tubuhnya yang dilakukan pada tahun 1968. Ia juga menuduh bahwa Ankhesenamun dan Pangeran bangsa Het yang akan menikah dengannya juga dibunuh atas perintahnya. Teori pembunuhan ini tidak diterima oleh semua ulama, dan CT-scan mumi yang lebih rinci lagi dilakukan oleh National Geographic (yang diterbitkan pada akhir tahun 2005) yang menyatakan bahwa Tutankhamun tidak meninggal dari pukulan ke kepalanya seperti yang diteorikan oleh Brier. Para peneliti forensik di National Geographic sebaliknya menyajikan sebuah teori baru bahwa Tutankhamun meninggal dari sebuah infeksi yang disebabkan oleh tulang yang patah dikakinya karena ia kerap digambarkan berjalan dengan tongkat karena spina bifida, sebuah penyakit turun temurun yang berasal dari keluarga ayahandanya. Fragmen tulang yang ditemukan di tengkorak Tutankhamun yang paling masuk akal adalah akibat dari kerusakan post-mortem yang disebabkan oleh pemeriksaan awal Howard Carter pada raja kecil tersebut "karena mereka tidak menunjukkan bukti pelumuran dengan cairan pembalseman yang digunakan untuk mengawetkan Firaun setelah meninggal." Namun Brier telah menyatakan bahwa fragmen tulang pada tengkorak tersebut tidak relevan dengan masalah apabila Tutankhamun mati terbunuh, mengakui bahwa kemungkinan tersebut disebabkan oleh pembalseman. Bukti Brier yang ia sajikan atas pembunuhan adalah sebuah tempat gelap yang terdapat pada dasar tengkorak yang menunjukkan adanya pukulan di atas kepala. Dr. Gerald Irwin setuju dengan Brier pada titik ini. ("The Murder of Tutankhamen" (March, 1999) ISBN 0-425-16689-9)

Bila hasil pemeriksaa CT-Scan telah diterbitkan, banyak ilmuwan menerima temuannya, tetapi beberapa masih percaya pada misteri kematian Tutankhamun jauh pada penyelesaian dan terus mendukung teori pembunuhan yang lebih tua. Ada berbagai buku yang baru-baru ini diterbitkan mengenai teori pembunuhan asli dan sengketa kesimpulan yang dicapai oleh Tim CT scan, meskipun juga mengutip cara lain pembunuhan, seperti keracunan. Pada tahun 2010, sebuah tim yang dipimpin oleh Zahi Hawass melaporkan bahwa ia telah meninggal dari suatu komplikasi yang disebabkan oleh malaria dan penyakit Köhler namun tim lainnya dari Bernhard Noct Institute untuk Tropical Medicine di Hamburg percaya bahwa kematiannya disebabkan oleh penyakit sel sabit. Tutankhamun sangat mungkin meninggal akibat penyakit tersebut, yang dikombinasikan dengan infeksi pada lututnya. Ay juga dikebumikan di dalam makam yang ditujukan untuk Tutankhamun di Barat Lembah Para Raja (KV 23), dan Tutankhamun dimakam yang ditujukan untuk Ay di Timur Lembah Para Raja (KV 62).