Jabarkan Abad ke-21 dari Hipatia

Kisah fiksi mengenai Hipatia terus menerus dikembangkan oleh penulis dari berbagai negara. Dalam novel karya Umberto Eco dari tahun 2002 yang berjudul Baudolino, tokoh utamanya jatuh cinta dengan seseorang yang setengah wanita, setengah satir, dan merupakan keturunan dari kelompok murid wanita Hipatia yang melarikan diri setelah guru mereka dibunuh. Murid-murid ini mendirikan komunitas khusus wanita "yang mencoba melestarikan apa yang mereka pelajari dari guru mereka... [tinggal] terpisah dari dunia, untuk menemukan kembali apa yang benar-benar dikatakan oleh Hipatia." Para wanita ini, yang bereproduksi melalui pembuahan dengan bantuan para satir, diberi nama Hipatia dan mereka semua pun disebut "hipatia-hipatia". Sementara itu, novel karya Charlotte Kramer dari tahun 2006 yang berjudul Holy Murder: the Death of Hypatia of Alexandria menggambarkan Kirilos sebagai penjahat yang tidak ada sifat baiknya sama sekali. Hipatia berulang kali digambarkan sebagai sosok yang cemerlang dan dicintai, dan ia mempermalukan Kirilos dengan menunjukkan bahwa ia tahu lebih banyak soal Alkitab. Novel Ki Longfellow yang berjudul Flow Down Like Silver (2009) menceritakan sebuah kisah yang menjelaskan alasan Hipatia mulai mengajar untuk yang pertama kalinya. Novel Youssef Ziedan yang berjudul Azazeel (2012) mendeskripsikan pembunuhan Hipatia dari sudut pandang biarawan Hipa yang menyaksikan peristiwa tersebut. Dalam novel The Plot to Save Socrates (2006) karya Paul Levinson, Hipatia ternyata adalah seorang penjelajah waktu dari Amerika Serikat abad ke-21.

Film Agora dari tahun 2009 yang disutradarai oleh Alejandro Amenábar adalah film yang sangat mendramatisasi tahun-tahun terakhir Hipatia. Tokoh Hipatia dalam film ini diperankan oleh Rachel Weisz. Film yang bertujuan untuk mengkritik fundamentalisme Kristen ini sangat berdampak terhadap pandangan publik mengenai Hipatia. Tidak seperti adaptasi-adaptasi fiksi sebelumnya, Agora lebih menekankan penelitian-penelitian astronomi dan mekanika yang dilakukan oleh Hipatia alih-alih filsafatnya, dan ia menggambarkannya "lebih seperti Kopernikus dan tidak terlalu seperti Plato". Film ini juga sangat menekankan aspek pembatasan yang diberlakukan oleh gereja terhadap wanita. Dalam salah satu adegannya, Hipatia dilecehkan oleh salah satu budak ayahnya yang baru masuk Kristen, dan dalam adegan yang lain, Kirilos membacakan ayat dari  yang melarang wanita mengajar. Menjelang akhir film, Sinesios memperingati Orestes bahwa ia harus memutuskan pertemanannya dengan Hipatia agar ia tetap dapat beriman Kristiani. Film ini juga menggambarkan Kirilos dan para biarawannya sebagai laki-laki berjenggot dengan penutup kepala dari kain hitam, yang menyerupai gambaran Taliban dalam media.

Terdapat banyak kesalahan dalam film ini. Film Agora melebih-lebihkan pencapaian Hipatia, dan juga menyebarkan gambaran yang salah bahwa Hipatia telah menemukan bukti untuk mendukung model heliosentrisme Aristarkos dari Samos, padahal tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa Hipatia pernah mempelajari model tersebut. Di film ini juga terdapat adegan yang didasarkan pada episode terakhir Cosmos yang menunjukkan gerombolan Kristen yang menyerbu Serapeion dan membakar semua gulungan di dalamnya, meskipun mereka masih membiarkan gedungnya berdiri walaupun mereka sudah menjatuhkan beberapa patung. Nyatanya, Serapeion kemungkinan tidak menyimpan satu gulungan pun saat gedungnya dihancurkan, dan orang Kristen meratakan bangunannya dengan tanah. Film ini juga menyiratkan seolah Hipatia adalah seorang ateis, padahal hal ini bertentangan dengan sumber-sumber sejarah yang ada, yang menggambarkan Hipatia sebagai seorang pengikut ajaran Plotinos yang setia, dan Plotinos sendiri mengajarkan bahwa tujuan filsafat adalah "penyatuan mistis dengan yang ilahi."

Di bidang astronomi, Hipatia telah diabadikan sebagai nama sebuah asteroid sabuk utama yang ditemukan pada tahun 1884, yaitu 238 Hypatia. Kawah bulan Hypatia juga dinamai darinya, dan ada pula kawah bulan lain yang mengambil nama dari ayahnya, Theon. Selain itu, di sebelah utara kawah Hipatia, terdapat kenampakan Rimae Hypatia dengan panjang 180 km yang terbentang di Mare Tranquillitatis.