Jabarkan Karier klub dari Thomas Müller

Lahir di Weilheim, Müller bermain sebagai pemain tim usia muda untuk TSV Pähl, dan pada umur 10 tahun dia melakukan perjalanan sejauh  untuk bergabung ke dalam tim Bayern München pada tahun 2000. Dia berkembang melalui sistem tim usia muda dan menjadi bagian dari tim yang memperoleh runner-up di Bundesliga U-19 pada tahun 2007. Dia memulai debut di tim cadangan pada Maret 2008 saat dia menggantikan Stephan Fürstner dalam pertandingan Regionalliga melawan SpVgg Unterhaching. Pada pertandingan tersebut dia mencetak gol. Dia bermain dalam dua pertandingan Regionalliga lainnya pada musim 2007–2008, saat tetap bermain untuk tim U-19. Pada musim berikutnya, tim kedua Bayern lolos ke 3. Liga yang baru dibentuk, dan Müller menjadikan dirinya sebagai pemain kunci – bermain dalam 32 dari 38 pertandingan dan mencetak 15 gol, menjadikannya sebagai pencetak gol terbanyak kelima dalam liga tersebut. Dia juga terlibat dalam tim utama di bawah pelatih saat itu Jürgen Klinsmann; saat dia tampil dalam pertandingan persahabatan pra-musim, dan memulai debut penuhnya pada 15 Agustus 2008, saat dia menjadi pemain pengganti untuk Miroslav Klose pada sepuluh menit terakhir dari pertandingan Bundesliga melawan Hamburger SV. Meski Müller merasa bahwa penampilannya tidak berlangsung baik, dia kembali tampil dalam tiga pertandingan Bundesliga pada musim tersebut dan memulai debut di Liga Champions pada 10 Maret 2009 saat menjadi pemain yang menggantikan Bastian Schweinsteiger pada menit ke-72 dalam kemenangan 7–1 atas Sporting CP. Dia mencetak gol terakhir saat mereka menang dengan skor agregat 12–1.