Jabarkan Kebangkitan Syi'ah dari Bayezid II

Di sisi lain, Bayezid menyaksikan kebangkitan Dinasti Safawiyah di Iran dan sekitarnya, menggeser kepemimpinan negara Aq Qoyunlu yang semula menjadi penguasa di kawasan tersebut. Pendiri dinasti ini, Ismail I, adalah putra Martha (Halima Begum), putri Uzun Hasan dan Theodora. Uzun Hasan sendiri adalah pemimpin Aq Qoyunlu yang berkuasa pada 1453 sampai 1478, sedangkan Theodora adalah putri Yohanes (Ioannes) IV Komnenos, Kaisar Trebizond. Pada masa Ismail, Islam Sunni mulai tersingkir dari Persia karena para pemeluknya dipaksa berpindah ke Syi'ah, diusir, atau dihukum mati. Daniel W. Brown menyatakan bahwa Ismail adalah "penguasa Syi'ah paling berhasil dan tidak toleran setelah jatuhnya Fatimiyah." Kebenciannya pada Sunni dikenal tanpa batas dan siksaannya atas mereka sangat kejam. Bayezid memberikan nasihat secara kebapakan kepada Ismail untuk menghentikan kebijakan anti-Sunni yang dia lakukan, tetapi Ismail mengabaikannya dan melanjutkan penyebaran Syi'ah dengan pedang.Iran and America: re-kindling a love lost]. Badi Badiozamani, pp. 174–5. Alasan penyebaran Syiah secara paksa oleh Ismail di antaranya untuk memberikan jati diri yang khas bagi Safawiyah untuk membedakan mereka dengan negara-negara tetangga mereka yang merupakan negara-negara militer Turki-Sunni seperti Utsmani.Iran: religion, politics, and society: collected essays. Nikki R Keddie, p. 91.

Gerakan Ismail tidak luput dari perhatian pihak Utsmani, tetapi Bayezid yang semakin menua dan sakit-sakitan membuat kendali negara juga melemah, sehingga Ismail berhasil mendapat dukungan dari beberapa bawahan Utsmani, di antaranya adalah Şahkulu (Syah-qulu) yang merupakan anggota suku Turkmen Tekkelu. Saat putra Bayezid, Şehzade Korkud, pergi dari Antalya ke Manisa agar lebih dekat dengan ibu kota, Şahkulu menyerang karavan Sang Pangeran dan mengambil harta bendanya, juga menyerang kota-kota dan membunuh beberapa pejabat pemerintahan di sana. Saat Şahkulu menyerang Alaşehir yang terletak di kawasan Anatolia barat, pasukan Utsmani di bawah pimpinan Karagöz Ahmed Pasya menyerang pasukan Şahkulu, tetapi Şahkulu dapat mengalahkan pasukan Utsmani dan bahkan membunuh Ahmed Pasya. Menyerang karavan pangeran, mengalahkan pasukan, dan membunuh para pejabat tinggi Utsmani meningkatkan ketenaran Şahkulu.

Pasukan kedua segera dikirim dengan dipimpin oleh Şehzade Ahmed dengan wazir agung Hadım Ali Pasya. Mereka dapat memojokkan Şahkulu di dekat Altıntaş (Kütahya). Namun Şehzade Ahmed justru meninggalkan medan perang demi mengamankan kedudukannya sebagai pewaris, merebakkan kebingungan di kalangan para prajurit. Pendukung utama Ahmed, Hadım Ali Pasya meninggal saat melawan pemberontakan Şahkulu. Şahkulu sendiri juga meninggal dalam peristiwa ini.Prof. Yaşar Yüce-Prof. Ali Sevim: Türkiye tarihi Cilt II, AKDTYKTTK Yayınları, İstanbul, 1991 p 225-226 Meski para pendukung Şahkulu belum dikalahkan sepenuhnya, mereka telah kehilangan pemimpin. Mereka yang paling setia kemudian pergi ke Persia, tetapi di tengah jalan, mereka secara tidak sengaja membunuh seorang tokoh terkemuka. Bukannya mendapat sambutan, Ismail justru menghukum mati mereka atas kejadian tersebut.