Jabarkan Ferencváros dari Thomas Doll

Thomas menjadi pelatih kepala klub Liga Hungaria, Ferencvárosi, pada 18 Desember 2013. Pada 20 Mei 2015, Ferencváros mengalahkan Videoton dengan skor 4–0 di pertandingan final Magyar Kupa (Piala Hungaria).

Di bawah asuhannya, Ferencváros meraih gelar Nemzeti Bajnokság I ke-29 mereka pada 29 April 2016. Thomas berhasil memenangkan semua gelar dalam sepak bola di Hungaria. Dia mendapatkan penghargaan Coach of the year di liga tersebut pada tahun 2016.