Jabarkan Geografis dari Kabupaten Pulau Morotai

Selama abad ke-15 dan 16, Morotai berada di bawah pengaruh Kesultanan Ternate yang berkuasa. Merupakan inti sebuah kawasan besar bernama Moro yang termasuk pulau dan pesisir Halmahera yang dekat dengan Morotai ke selatan.

Pada pertengahan abad ke-16, pulau ini menjadi tempat misi Yesuit Portugis. Kesultanan Muslim Ternate dan Halmahera merasa tersinggung akan pelopor aktivitas penyebaran agama itu dan berusaha mencegah misi itu dari pulau ini pada 1571, sebagai akibatnya Portugis hengkang dari kawasan itu. Pada abad ke-17, Ternate menggunakan kekuasaannya atas Morotai dengan memerintahkan berulang-ulang pada penduduknya agar pindah dari pulau itu. Pada awal abad itu para penduduknya pindah ke Dodinga, sebuah kota kecil di titik strategis pesisir barat Halmahera. Lalu pada 1627 dan 1628, Sultan Hamzah dari Ternate memerintahkan pindahnya penduduk Kristen ke Malayu, Ternate, agar lebih mudah dikendalikan.

Pulau ini menjadi lapangan terbang bagi Jepang selama Perang Dunia II. Pulau ini diambil alih oleh angkatan Amerika Serikat pada September 1944 dan digunakan sebagai landasan serangan Sekutu ke Filipina pada awal 1945 serta ke Borneo Timur pada Mei dan Juni tahun itu. Merupakan basis untuk serangan ke Jawa pada Oktober 1945 yang ditunda setelah penyerahan diri Jepang pada bulan Agustus.