Coba jelasin Kembali ke Jenewa (1556–1559) dari John Knox dong

Segera setelah Knox mengirimkan surat kepada wali penguasa Ratu, ia tiba-tiba mengumumkan bahwa ia merasa bahwa adalah tanggung jawabnya untuk kembali ke Jenewa. Pada tahun sebelumnya, tepatnya pada tanggal 1 November 1555, jemaat di Jenewa telah memilih Knox sebagai pendeta mereka dan ia memutuskan untuk menduduki jabatan tersebut. Ia menulis sebuah surat nasihat terakhir kepada para pendukungnya dan meninggalkan Skotlandia bersama istri dan ibu mertuanya. Ia tiba di Jenewa pada tanggal 13 September 1556.

Selama dua tahun berikutnya, ia menjalani kehidupan yang bahagia di Jenewa. Ia merekomendasikan Jenewa kepada teman-temannya di Inggris sebagai tempat suaka terbaik bagi umat Protestan. Dalam sebuah surat ia menulis:Aku tidak takut atau malu untuk mengatakan, inilah sekolah Kristus yang paling sempurna yang pernah ada di bumi sejak zaman para rasul. Di tempat-tempat lain kuakui Kristus benar-benar diberitakan; tetapi sopan santun dan agama yang begitu tulus direformasi, belum pernah kulihat di tempat lain...Knox menyibukkan diri di Jenewa. Ia berkhotbah tiga kali seminggu, masing-masing berlangsung selama lebih dari dua jam. Kebaktian-kebaktian tersebut menggunakan liturgi yang dikembangkan oleh Knox dan para pendeta lainnya dari Formes des Prières Ecclésiastiques karya Calvin. Gereja tempat ia berkhotbah, Église de Notre Dame la Neuve—sekarang dikenal sebagai Auditoire de Calvin—telah diberikan oleh pemerintah kota, atas permintaan Calvin, untuk digunakan oleh jemaat Inggris dan Italia. Kedua putra Knox, Nathaniel dan Eleazar, lahir di Jenewa, dengan Whittingham dan Myles Coverdale sebagai bapa baptisnya.

Pada musim panas 1558, Knox menerbitkan pamfletnya yang paling terkenal, Tiupan sangkakala pertama melawan rezim wanita yang tidak wajar (The first blast of the trumpet against the monstruous regiment of women). Dalam menyebut "regiment" atau pemerintahan wanita "monstruous", ia bermaksud bahwa hal itu "tidak wajar". Knox menyatakan bahwa tujuannya adalah untuk menunjukkan "betapa keji di hadapan Allah adalah kerajaan atau pemerintahan seorang wanita yang jahat, ya, seorang pengkhianat dan anak gampang." Para penguasa wanita yang ada di benak Knox adalah Ratu Mary I dari Inggris dan Mary dari Guise, Janda Ratu Skotlandia dan wali penguasa atas nama putrinya, Mary, Ratu Skotlandia. Pandangan alkitabiah ini bukanlah hal yang aneh pada zaman Knox. Namun, bahkan ia sadar bahwa pamflet tersebut sangat menghasut. Oleh karena itu, ia menerbitkannya secara anonim dan tidak memberi tahu Calvin, yang menyangkal bahwa ia telah menulis pamflet tersebut hingga setahun setelah penerbitannya, bahwa ia telah menulisnya. Di Inggris, pamflet tersebut secara resmi dikecam melalui pernyataan kerajaan. Dampak dari dokumen tersebut menjadi rumit pada tahun itu ketika Elizabeth Tudor menjadi Ratu Inggris. Meskipun Knox tidak menargetkan Elizabeth, Knox telah sangat menyinggung perasaannya, dan ia tidak pernah memaafkan Knox.

Dengan berkuasanya seorang Protestan, para pengungsi Inggris di Jenewa bersiap untuk kembali ke negara asalnya. Knox sendiri memutuskan untuk kembali ke Skotlandia. Sebelum keberangkatannya, berbagai penghargaan dianugerahkan kepadanya, termasuk keleluasaan di kota Jenewa. Knox berangkat pada bulan Januari 1559, tetapi ia tidak tiba di Skotlandia hingga 2 Mei 1559, karena penolakan Elizabeth untuk mengeluarkan paspor baginya melalui Inggris.

Revolusi dan akhir dari perwalian (1559–1560)

Dua hari setelah Knox tiba di Edinburgh, ia melanjutkan perjalanan ke Dundee di tempat sejumlah besar simpatisan Protestan berkumpul. Knox dinyatakan sebagai buronan, dan wali penguasa Ratu memanggil orang-orang Protestan ke Stirling. Khawatir akan kemungkinan pengadilan singkat dan eksekusi, kaum Protestan melanjutkan perjalanan ke Perth, sebuah kota bertembok yang dapat dipertahankan jika terjadi pengepungan. Di gereja St Yohanes Pembaptis, Knox menyampaikan khotbah yang berapi-api dan sebuah insiden kecil memicu kerusuhan. Massa berdatangan ke dalam gereja, dan gereja itu pun segera hancur. Massa kemudian menyerang dua biara (Blackfriars dan Greyfriars) di kota tersebut, menjarah emas dan perak serta menghancurkan patung-patung mereka. Mary dari Guise mengumpulkan para bangsawan yang setia kepadanya dan sebuah pasukan kecil Prancis. Ia mengirim Earl dari Argyll dan Lord Moray untuk mengajukan persyaratan dan menghindari perang. Ia berjanji tidak akan mengirim pasukan Prancis ke Perth jika kaum Protestan meninggalkan kota tersebut. Kaum Protestan setuju, tetapi ketika wali penguasa Ratu memasuki Perth, ia mengepung kota itu dengan tentara Skotlandia yang digaji oleh Prancis. Hal ini dianggap sebagai pengkhianatan oleh Lord Argyll dan Lord Moray, yang kemudian berpindah haluan dan bergabung dengan Knox, yang kini bermarkas di St Andrews. Kepulangan Knox ke St Andrews menggenapkan nubuatnya yang dibuat di kapal galai bahwa suatu hari nanti ia akan berkhotbah lagi di gerejanya. Ketika ia berkhotbah, pengaruhnya sama seperti di Perth. Orang-orang terlibat dalam vandalisme dan penjarahan. Pada bulan Juni 1559, massa Protestan yang dihasut oleh khotbah John Knox menyerbu katedral; bagian dalam bangunan dihancurkan. Katedral ini mengalami kemunduran setelah serangan tersebut dan menjadi sumber bahan bangunan bagi kota. Pada tahun 1561, katedral ini ditinggalkan dan dibiarkan runtuh.

Dengan bala bantuan Protestan yang tiba dari daerah-daerah sekitar, wali penguasa Ratu mundur ke Dunbar. Pada saat itu, kemarahan massa telah meluas ke seluruh Skotlandia bagian tengah. Pasukan Ratu sendiri berada di ambang pemberontakan. Pada tanggal 30 Juni, para bangsawan Protestan yang dikenal sebagai Lords of the Congregation (Para Lord dari Kongregasi) menduduki Edinburgh, meskipun mereka hanya dapat bertahan selama sebulan. Tetapi bahkan sebelum kedatangan mereka, massa telah menghancurkan gereja-gereja dan biara-biara. Pada tanggal 1 Juli, Knox berkhotbah dari mimbar Gereja St Giles, yang paling berpengaruh di ibu kota. Lords of the Congregation menegosiasikan penarikan diri mereka dari Edinburgh melalui Pasal-Pasal Leith yang ditandatangani pada tanggal 25 Juli 1559, dan Mary dari Guise menjanjikan kebebasan hati nurani.

Knox tahu bahwa wali penguasa Ratu akan meminta bantuan dari Prancis, sehingga ia bernegosiasi melalui surat menggunakan nama samaran John Sinclair dengan William Cecil, penasihat utama Elizabeth, untuk mendapatkan dukungan dari Inggris. Knox berlayar secara diam-diam ke Lindisfarne, di lepas pantai timur laut Inggris pada akhir Juli, untuk menemui James Croft dan Sir Henry Percy di Berwick-upon-Tweed. Knox tidak berhati-hati dan berita tentang misinya segera sampai ke Mary dari Guise. Ia kembali ke Edinburgh dan memberi tahu Croft bahwa ia harus kembali kepada kawanannya, dan menyarankan agar Henry Balnaves pergi kepada Cecil.

Ketika pasukan Prancis tambahan tiba di Leith, pelabuhan Edinburgh, kaum Protestan merespons dengan merebut kembali Edinburgh. Kali ini, pada tanggal 24 Oktober 1559, kaum bangsawan Skotlandia secara resmi menggulingkan Mary dari Guise dari perwalian tersebut. Sekretarisnya, William Maitland dari Lethington, membelot ke pihak Protestan dengan membawa keahlian administrasinya. Sejak saat itu, Maitland mengambil alih tugas-tugas politik, membebaskan Knox untuk berperan sebagai pemimpin agama. Untuk tahap akhir revolusi, Maitland menyerukan patriotisme Skotlandia untuk melawan dominasi Prancis. Setelah Perjanjian Berwick, dukungan dari Inggris akhirnya tiba dan pada akhir Maret, sejumlah besar pasukan Inggris bergabung dengan pasukan Protestan Skotlandia. Kematian Mary dari Guise yang tiba-tiba di Kastel Edinburgh pada 10 Juni 1560 membuka jalan untuk berakhirnya perseteruan, penandatanganan Perjanjian Edinburgh, dan penarikan pasukan Prancis dan Inggris dari Skotlandia. Pada tanggal 19 Juli, Knox mengadakan Kebaktian Syukur Nasional di St Giles.