Jabarkan Stasiun pemberhentian dari Kereta api Kertajaya

Pada 15 April 2006 pukul 02.10, kereta api Sembrani dan kereta api Kertajaya bertabrakan di emplasemen Stasiun Gubug. Kecelakaan itu terjadi ketika kereta api Kertajaya meninggalkan jalur kereta api sebelum waktunya saat bersilang dengan kereta api Sembrani yang datang dari arah belakang. Hal itu disebabkan oleh kerusakan pemindah kanal radio kereta api Kertajaya sehingga kabar penyusulan kereta api Kertajaya oleh kereta api Sembrani dari PPKA kepada masinis kereta api Kertajaya tidak tersampaikan dan banyaknya penumpang dalam kabin masinis. Kejadian tersebut mengakibatkan 13 orang meninggal dunia dan 26 lainnya masuk rumah sakit.

Pada 27 November 2013, kereta bagasi warna biru milik kereta api Kertajaya terbakar beserta seluruh muatannya.

Pada 21 Februari 2017 pukul 04.00 WIB, penumpang ditemukan membawa seekor ular sanca kembang pada kereta 14 kereta api Kertajaya Tambahan jurusan Surabaya-Jakarta. Kemudian ular tersebut ditangkap kemudian diturunkan di Stasiun Tegal pada pukul 04.48. Penumpang tidak ada yang mengakui saat petugas keamanan dalam (PKD) dan TNI mempertanyakan kepemilikan ular tersebut.

Pada 25 Agustus 2016 pagi, satu kereta ekonomi (K3) beserta kereta makan pembangkit (MP2) kereta api Kertajaya terbakar.