Jabarkan Zaman modern awal dari Hipatia

Cendekiawan deis asal Inggris dari awal abad ke-18, John Toland, menggunakan kisah Hipatia untuk menulis sebuah risalah anti-Katolik yang berjudul Hypatia: Or the History of a most beautiful, most vertuous, most learned, and every way accomplish'd Lady; who was torn to pieces by the Clergy of Alexandria, to gratify the pride, emulation, and cruelty of their Archbishop, commonly, but undeservedly, stiled St. Cyril. Toland mengubah ceritanya dan menambahkan unsur-unsur yang tidak ada dalam sumber-sumber sejarah untuk menjelek-jelekan Uskup Kirilos. Pada tahun 1721, Thomas Lewis menulis sebuah tanggapan untuk membela sang uskup dengan judul The History of Hypatia, a most Impudent School-Mistress of Alexandria: Murder'd and torn to Pieces by the Populace, in Defence of Saint Cyril and the Alexandrian Clergy from the Aspersions of Mr. Toland. Lewis menganggap tulisan Damaskios sangat tidak terandalkan karena penulisnya adalah "seorang kafir", dan lalu ia mengatakan bahwa Sokrates Skolastikos adalah "seorang puritan" yang membenci Kirilos.

Voltaire dalam Examen important de Milord Bolingbroke ou le tombeau de fanatisme (1736) menafsirkan Hipatia sebagai sosok yang percaya akan "hukum alam rasional" dan "kemampuan budi manusia yang terbebas dari dogma", dan ia juga menulis bahwa kematian Hipatia adalah "pembunuhan bengis yang dilakukan oleh anjing-anjing bertonsur Kirilos, dengan gerombolan fanatik di bawah mereka". Kemudian, dalam Dictionnaire philosophique (1772), Voltaire menggambarkan Hipatia sebagai seorang jenius yang beraliran deisme dan merupakan seorang pemikir bebas yang dibunuh secara keji oleh orang-orang Kristen yang dianggap bodoh dan salah paham. Sebagian besar tulisan Voltaire malah mengabaikan sosok Hipatia itu sendiri dan lebih banyak membahas apakah Kirilos bertanggung jawab atas kematian Hipatia atau tidak. Sehubungan dengan pertanyaan ini, Voltaire membuat sebuah kesimpulan dengan pernyataan yang mencemooh, "Ketika seseorang menelanjangi seorang wanita cantik, hal itu dilakukan bukan untuk membantainya."

Dalam mahakaryanya yang berjudul The History of the Decline and Fall of the Roman Empire, sejarawan Inggris Edward Gibbon mengecap Kirilos sebagai satu-satunya pemicu segala kejahatan di Aleksandria pada permulaan abad kelima. Ia juga menjadikan pembunuhan Hipatia sebagai bukti untuk memperkuat pernyataannya bahwa kebangkitan Kekristenan adalah satu-satunya penyebab kemerosotan Kekaisaran Romawi. Ia juga membahas soal Kirilos yang masih dihormati sebagai santo, dan berkata bahwa "takhayul [Kristen] mungkin akan menebus darah perawan dengan lebih lembut, alih-alih pembuangan seorang santo." Sebagai tanggapan terhadap tuduhan-tuduhan ini, para penulis Katolik dan beberapa tokoh Protestan Prancis bersikeras bahwa Kirilos sama sekali tidak terlibat dalam pembunuhan Hipatia, dan menurut mereka Petros sang Lektor adalah satu-satunya orang yang menjadi dalang. Di tengah perdebatan yang sengit ini, sosok Hipatia cenderung diabaikan, karena debatnya lebih berfokus pada pertanyaan mengenai apakah Petros sang Lektor bertindak sendiri atau memang mengikuti perintah Kirilos.