Jabarkan Menerima Reformasi Protestan (1546–1547) dari John Knox

Knox tidak menyebutkan kapan atau bagaimana ia berpindah kepada keyakinan Protestan, tetapi mungkin pengaruh utama yang mempengaruhi Knox adalah Patrick Hamilton dan George Wishart. Wishart adalah seorang reformator yang melarikan diri dari Skotlandia pada tahun 1538 untuk menghindari hukuman atas tuduhan bidat. Ia mula-mula pindah ke Inggris. Di sana, ia berkhotbah di Bristol menentang penghormatan terhadap Bunda Maria. Ia dipaksa untuk membuat pengakuan dosa di depan umum dan patungnya dibakar di Gereja St Nicholas sebagai tanda penyucian dirinya. Ia kemudian berlindung di Jerman dan Swiss. Saat berada di Benua Eropa, ia menerjemahkan Pengakuan Iman Helvetik Pertama ke dalam bahasa Inggris. Ia kembali ke Skotlandia pada tahun 1544, tetapi ia tak beruntung sewaktu pulang. Pada bulan Desember 1543, James Hamilton, Adipati Châtellerault, wali penguasa yang ditunjuk untuk Mary, Ratu Skotlandia yang masih bayi, telah memutuskan dengan Ibu Suri, Mary dari Guise, dan Kardinal David Beaton untuk menganiaya sekte Protestan yang telah mengakar di Skotlandia. Wishart berkeliling Skotlandia berkhotbah untuk mendukung Reformasi, dan ketika ia tiba di Lothian Timur, Knox menjadi salah satu rekan terdekatnya. Knox bertindak sebagai pengawalnya, dengan membawa pedang-dua-tangan untuk melindunginya. Pada bulan Desember 1545, Wishart ditangkap oleh Earl dari Bothwell atas perintah Kardinal Beaton dan dibawa ke Kastel St Andrews. Knox hadir pada malam penangkapan Wishart dan bersiap untuk mengikutinya ke dalam tahanan, tetapi Wishart membujuknya agar tidak melakukan hal ini dengan mengatakan, "Tidak, kembalilah kepada anak-anakmu dan Tuhan memberkatimu. Satu saja sudah cukup untuk sebuah pengorbanan." Wishart kemudian dituntut oleh Penuntut Umum Bidat yang ditunjuk Beaton, Diakon Agung John Lauder. Pada tanggal 1 Maret 1546, Wishart dibakar di tiang pancang di hadapan Beaton.

Knox berhasil menghindari penangkapan oleh Lord Bothwell melalui saran Wishart untuk kembali menjadi tutor. Ia berlindung bersama Douglas di Longniddry. Beberapa bulan kemudian ia masih bertanggung jawab atas murid-muridnya, putra-putra Douglas dan Cockburn, yang kelelahan berpindah-pindah tempat karena dikejar-kejar. Ia sempat mempertimbangkan untuk melarikan diri ke Jerman dan membawa murid-muridnya. Kala Knox masih buron, Beaton dibunuh pada tanggal 29 Mei 1546 di dalam kediamannya, Kastel St Andrews, oleh sekelompok yang terdiri dari lima orang sebagai balas dendam atas eksekusi Wishart. Para pembunuh itu merebut kastel dan akhirnya keluarga dan teman-teman mereka berlindung bersama mereka, sekitar seratus lima puluh orang secara keseluruhan. Di antara teman-teman mereka adalah Henry Balnaves, seorang mantan sekretaris negara di pemerintahan, yang bernegosiasi dengan Inggris untuk mendapatkan dukungan keuangan bagi para pemberontak. Douglas dan Cockburn menyarankan kepada Knox untuk membawa putra-putra mereka ke kastel yang relatif aman untuk melanjutkan pengajaran doktrin reformasi, dan Knox tiba di kastel tersebut pada tanggal 10 April 1547.

Kuasa Knox sebagai pengkhotbah menarik perhatian pendeta di garnisun, John Rough. Ketika Rough berkhotbah di gereja paroki tentang prinsip Protestan mengenai pemilihan pendeta yang dipilih secara populer, ia mengusulkan Knox kepada jemaat untuk jabatan tersebut. Knox tidak menyukai ide itu. Menurut penuturannya sendiri, ia menangis dan melarikan diri ke kamarnya. Namun, dalam waktu seminggu, ia memberikan khotbah pertamanya kepada sebuah jemaat yang juga dihadiri oleh guru lamanya, John Major. Ia menguraikan Kitab Daniel pasal ketujuh, menyandingkan Paus dengan Antikristus. Khotbahnya ditandai dengan perhatiannya pada Alkitab sebagai satu-satunya otoritasnya dan doktrin pembenaran hanya oleh iman, dua elemen yang akan tetap ada di dalam pemikirannya sepanjang sisa hidupnya. Beberapa hari kemudian, sebuah perdebatan terjadi yang memungkinkannya untuk meletakkan tesis-tesis tambahan termasuk penolakan terhadap misa, api penyucian, dan doa-doa untuk orang mati.

Ditawan di kapal-kapal galai Prancis (1547–1549)

Kependetaan John Knox atas garnisun kastel tidak berlangsung lama. Meskipun Hamilton bersedia bernegosiasi dengan Inggris untuk menghentikan dukungan mereka kepada para pemberontak dan mengembalikan kastel di bawah kendalinya, Mary dari Guise memutuskan bahwa kastel itu hanya dapat direbut dengan paksa dan meminta raja Prancis, Henri II untuk turun tangan. Pada tanggal 29 Juni 1547, 21 kapal Prancis mendekati St Andrews di bawah komando Leone Strozzi, prior dari Capua. Prancis mengepung kastel dan memaksa penyerahan garnisun pada tanggal 31 Juli. Para bangsawan Protestan dan yang lainnya, termasuk Knox, ditawan dan dipaksa mendayung di kapal-kapal galai Prancis. Para budak di kapal dirantai pada bangku dan mendayung sepanjang hari tanpa mengubah posisi tubuh mereka, sementara seorang perwira mengawasi mereka dengan cambuk di tangan. Mereka berlayar ke Prancis dan menyusuri Sungai Seine menuju Rouen. Para bangsawan, beberapa di antaranya yang akan memiliki dampak dalam kehidupan Knox seperti William Kirkcaldy dan Henry Balnaves, dikirim ke berbagai penjara kastel di Prancis. Knox dan para budak kapal lainnya melanjutkan perjalanan ke Nantes dan tinggal di Loire sepanjang musim dingin. Mereka diancam akan disiksa jika mereka tidak memberikan tanda-tanda penghormatan yang tepat ketika misa dilakukan di atas kapal. Knox menceritakan sebuah insiden ketika salah satu tawanan—mungkin dirinya sendiri, karena Knox biasa menceritakan anekdot pribadinya sebagai orang ketiga—diwajibkan untuk melakukan devosi kepada gambar Bunda Maria. Tawanan itu diminta untuk memberikan ciuman penghormatan. Ia menolak, dan ketika gambar itu disodorkan ke wajahnya, tawanan itu merebut gambar itu dan melemparkannya ke laut, sambil berkata, "Biarlah Bunda kita sekarang menyelamatkan dirinya sendiri: ia cukup ringan, biarlah ia belajar berenang." Setelah itu, menurut Knox, para tawanan Skotlandia tidak lagi dipaksa melakukan devosi semacam itu.

Pada musim panas 1548, kapal-kapal tersebut kembali ke Skotlandia untuk mengintai kapal-kapal Inggris. Kesehatan Knox sekarang berada pada titik terendah karena parahnya penahanannya. Ia menderita demam dan orang lain di kapal takut ia akan kehilangan nyawanya. Bahkan dalam kondisi seperti ini, Knox bercerita, pikirannya tetap tajam dan ia menghibur rekan-rekannya sesama tawanan dengan harapan akan dibebaskan. Ketika kapal-kapal itu berada di lepas pantai antara St Andrews dan Dundee, puncak menara gereja paroki tempat ia pernah berkhotbah terlihat. James Balfour, seorang rekan sesama tawanan, bertanya kepada Knox apakah ia mengenali bangunan tersebut. Ia menjawab bahwa ia mengenalnya dengan baik dan mengatakan bahwa itu adalah menara tempat ia pertama kali berkhotbah, serta menyatakan bahwa dirinya tidak akan mati sebelum berkhotbah di sana lagi.

Pada bulan Februari 1549, setelah menghabiskan keseluruhan 19 bulan di penjara kapal, Knox dibebaskan. Tidak diketahui secara pasti bagaimana ia memperoleh kebebasannya. Di kemudian hari, Henry II mengatur dengan Edward VI dari Inggris untuk membebaskan semua tawanan Kastilia yang tersisa.