Jabarkan PDI dan Politik 90'an dari Roy B.B. Janis

Pada tahun 1996, tiga tahun setelah terjadi "Peristiwa Kongres Medan" yang membuat PDI pecah menjadi "Kubu Megawati" dan " Kubu Soerjadi" yang didukung oleh penguasa orba, terjadi penyerbuan kantor DPP PDI Pro Mega yang terkenal dengan " Peristiwa Sabtu Kelabu 27 Juli"  tidak lama setelah dirinya terpilih menjadi Ketua DPD PDI pada tanggal 12 Juli 1996. Kemudian dia terpilih menjadi Ketua DPD PDI Perjuangan DKI Jakarta 1996-2000 yang berhasil mengantar PDI Perjuangan memperoleh kemenangan di DKI Jakarta pada Pemilu 1999 dengan meraih 7 kursi DPR RI  dan 30 kursi DPRD Tingkat I. Pada Kongres PDI Perjuangan di Semarang tahun 2000, Roy terpilih sebagai salah satu Ketua DPP PDI Perjuangan periode 2000-2005. Pada tahun yang sama tersebut juga menunaikan Ibadah Haji ke Tanah Suci Mekkah bersama keluarga.

Karier politik di Lembaga Perwakilan Rakyat dimulai pada saat terpilih menjadi anggota MPR-RI FPDI 1992-1997, yang pada saat menjelang Sidang Umum MPR 1993, bersama-sama dengan para anggota DPR/MPR FPDI lainnya, "berkumpul" dalam:Kelompok 19", dengan tujuan "menolak pencalonan kembali Soeharto" untuk menjadi presiden dalam Sidang Umum tahun 1993. Para anggota Kelompok 19 antara lain Megawati Soekarnoputri, Sophan Sophiaan, Tarto Sudiro, Laksamana Sukardi, Taufik Kiemas, Guruh Soekarnoputra, Royani Haminullah, Soetardjo Soerjogoeritno, Sukowaluyo Mintorahardjo, Marcel Beding, Aberson Marle Sihaloho, Sabam Sirait, Yahya Nasution dan kawan-kawan.

PDIP dan Politik Era Reformasi

Pada Pemilu 1999, Roy terpilih menjadi Anggota DPR/MPR RI periode 1999-2004 mewakili daerah pemilihan DKI Jakarta. Pada tahun 2001-2003, Roy menjadi Ketua Fraksi PDI Perjuangan DPR-RI. Pada saat menjadi Ketua Fraksi PDI Perjuangan, Roy pernah menolak secara resmi kenaikan tarif BBM, tarif listrik, tarif telepon secara bersamaan sehingga harus berhadapan dengan Kabinet pimpinan Presiden Megawati. Kemudian pada Pemilu 2004 terpilih kembali menjadi Anggota DPR/MPR RI periode 2004-2009 untuk dapil DKI Jakarta II (Meliputi Jakarta Barat dan Jakarta Selatan) dengan perolehan suara sebesar 36.505  kemudian menjadi anggota Komisi 1 DPR RI

Batal Menjadi Calon Gubernur DKI Jakarta periode 2002-2007

Salah satu kontroversi yang pernah melibatkan nama Roy adalah keputusan PDIP yang mencalonkan Sutiyoso menjadi Gubernur DKI Jakarta periode 2002-2007 dibandingkan mencalonkan Roy sendiri. Menurut desas-desus, Megawati lebih milih Sutiyoso dibandingkan Roy BB Janis sewaktu memutuskan calon Gubernur DKI Jakarta.

PDP dan Setelah Konflik pada Kongres PDIP 2005

Karena terjadi perbedaan tajam dalam Kongres PDI Perjuangan di Bali April 2005, yang diawali dari lahirnya Gerakan Pembaruan PDI Perjuangan, maka pada bulan Oktober 2005 mengundurkan diri sebagai Anggota DPR/MPR RI bersama dengan beberapa rekan lainnya antara lain Noviantika Nasution (anak dari tokoh lama PDI Yahya Nasution), Sukowaluyo Mintorahardjo, Tjandra Widjaja, dan Arifin Panigoro (yang telah mengundurkan diri pada awal masa jabatannya (2004-2009) dan diganti dengan Sutradara Gintings).

Pada tanggal 1 Desember 2005, bersama-sama dengan rekan-rekan seperjuangan yang tergabung dalam Gerakan Pembaruan se-Indonesia, mendirikan  dan mendapat tugas sebagai Ketua Pelaksana Harian Pimpinan Kolektif Nasional Partai Demokrasi Pembaruan bersama beberapa eks PDIP seperti mantan Menteri Negara BUMN Laksamana Sukardi, mantan anggota DPR Sukowaluyo Mintorahardjo, Pengacara terkenal Didi Supriyanto, tokoh Perbasi Noviantika Nasution, Pengacara terkenal RO Tambunan, mantan anggota DPR Potsdam Hutasoit, mantan anggota DPR sekaligus seniman Sophan Sophiaan, pengusaha Arifin Panigoro, dan pengacara Petrus Selestinus

Kemudian pada Pemilihan Umum Legislatif 2009, Roy mencalonkan diri kembali menjadi caleg DPR RI melalui PDP untuk dapil DKI Jakarta 3 (Meliputi Jakarta Barat,Jakarta Utara, dan Kepulauan Seribu). Sayangnya, partainya tidak lolos Parlementary Treshold sehingga seluruh caleg dari PDP tidak ada yang lolos ke DPR RI termasuk yang pernah bergabung bersama PDIP seperti mantan Menteri Negara BUMN Laksamana Sukardi, Pengacara terkenal Didi Supriyanto, tokoh Perbasi Noviantika Nasution, Pengacara terkenal RO Tambunan, mantan anggota DPR Potsdam Hutasoit, serta pengacara terkenal Petrus Selestinus.