Jabarkan Académica de Coimbra dari André Villas-Boas

Setelah mundur, dia melatih Académica de Coimbra mulai Oktober 2009. Saat ia begabung, Académica berada di dasar klasemen Liga Portugal dan belum pernah menang. Di akhir musim 2009-10, Villas-Boas berhasil membawa Académica finis di posisi 11 klasemen akhir dan semifinal Taça de Portugal 2009-10.