Jabarkan Musim 2018–2019 dari Thomas Müller

Müller memulai musim 2018–2019 dengan bermain sebagai pemain lini utama dalam pertandingan DFL-Supercup 2018. Dia digantikan oleh Leon Goretzka pada menit ke-64. Müller mencetak gol dalam dua pertandingan pertama Bundesliga musim ini. Dia mencetak gol dalam pertandingan babak kedua DFB-Pokal melawan SV Rödinghausen. Dia mencetak dua gol ke gawang Fortuna Düsseldorf dalam pertandingan Bundesliga pada 24 November 2018. Pada 12 Desember, Müller bermain dalam pertandingan Liga Champions yang ke-105 dalam kariernya, yakni dalam pertandingan Liga Champions melawan Ajax, sekaligus mengimbangi legenda klub Philipp Lahm sebagai pemegang rekor penampilan terbanyak di Liga Champions bersama Bayern. Pada pertandingan yang sama, Müller dikeluarkan dari lapangan untuk pertama kalinya setelah diganjar kartu merah langsung. Akibat dari pelanggaran tersebut, dia mendapat hukuman berupa larangan bermain selama dua pertandingan di Liga Champions. Pada 15 Desember, Müller membuat penampilannya yang ke-300 di Bundesliga untuk Bayern dalam pertandingan melawan Hannover 96.