Jabarkan 1999: Kemenangan lomba satu-satunya dari Stewart Grand Prix

Setelah Ford mengakuisisi Cosworth pada bulan Juli 1998, mereka memutuskan mengambil risiko dengan merancang dan membuat mesin yang baru yang dinamakan Cosworth CR1 untuk menghadapi musim . Mobil SF3 dirancang dan dikembangkan oleh Gary Anderson. Untuk skuad pembalap, tim memasang duet Rubens Barrichello dan Johnny Herbert. Pada lomba pertama musim di , kedua mobil mengalami kendala temperatur yang terlalu panas saat berada di grid. Akibat dari masalah ini membuat Herbert gagal mengikuti start sementara Barrichello bisa finis kelima, meskipun ia harus start dari pitlane dan sempat terkena hukuman penalti stop and go selama 10 detik karena menyalip Michael Schumacher dalam kondisi bendera kuning.

Mobil SF3 mencetak podium pertamanya di San Marino melalui Barrichello yang finis ketiga di belakang Michael Schumacher dan Mika Hakkinen. Herbert sempat berada di posisi kelima, tetapi mesinnya rusak saat lomba tersisa tiga putaran lagi yang membuatnya diklasifikasikan finis kesepuluh. Usai gagal finis di Monako, duet pembalap tim Stewart mengalami nasib berbeda di Spanyol. Pada lomba tersebut Barrichello mendapat hukuman diskualifikasi karena pelanggaran teknis di bagian kolong mobil, sementara Herbert gagal finis akibat masalah hidrolik. Herbert berhasil meraih poin saat finis kelima di Kanada dengan Barrichello yang tersingkir karena terlibat dalam insiden.

menjadi titik tertinggi untuk Barrichello dengan keberhasilannya meraih posisi pole dalam sesi kualifikasi. Dalam perlombaan keesokan harinya, ia berhasil finis di urutan ketiga. Memasuki pertengahan musim, tim hanya mampu dua kali meraih poin yaitu melalui Barrichello yang finis kelima di Hungaria dan keempat di Italia. Mendekati akhir musim, Herbert mendapatkan keberuntungannya di . Pembalap Inggris tersebut berhasil memenangkan lomba setelah sebelumnya start dari posisi ke-14. Dalam lomba itu juga, Barrichello finis ketiga yang membuat tim Stewart berhasil meraih podium ganda.

Dalam lomba perdana , Barrichello dan Herbert finis di posisi keempat dan kelima. Namun, setelah tim Ferrari terkena hukuman diskualifikasi karena pelanggaran teknis pada mobil F399, mereka dipromosikan ke posisi kedua dan ketiga. Namun, hasil tersebut kemudian dibatalkan dan dikembalikan lagi ke hasil awal setelah lomba, setelah FIA menerima upaya pengajuan banding yang dilakukan oleh tim Ferrari. Pada lomba penutup musim di Jepang, duet Stewart finis di luar posisi poin. Tim berhasil meraih peringkat keempat dalam klasemen Kejuaraan Dunia Konstruktor dengan 36 poin.

Penjualan kepada Ford dan perubahan nama menjadi Jaguar

Pada 10 Juni 1999, Ford Motor Company mengumumkan pembelian aset tim Stewart secara penuh untuk mempertegas keterlibatannya ajang F1. Dalam perjanjian jual-beli ini, Jackie dan Paul akan tetap berada dalam manajemen tim, termasuk juga operasionalnya yang tetap memakai kantor dan pabrik di Milton Keynes. Transaksi pembelian tim Stewart oleh Ford dilaporkan berharga rendah antara $30-40 juta, dikarenakan sebelumnya Ford sudah berinvestasi di tim tersebut sejak musim debutnya pada 1997.

Pada pertengahan bulan September 1999, Ford mengumumkan bahwa nama tim Stewart akan berganti nama menjadi Jaguar Racing untuk musim , sebagai bagian dari rencana perusahaan untuk mempromosikan mobil Jaguar lebih luas lagi. Ford juga mengumumkan perekrutan Eddie Irvine sebagai pembalap mendampingi Johnny Herbert, dengan Rubens Barrichello yang pindah ke tim Ferrari menggantikan Irvine.

Pada 26 Januari 2000, Jackie Stewart mengundurkan dari dari posisinya sebagai ketua dan kepala eksekutif tim Jaguar dengan alasan keluarga. Pada 13 April 2000, Paul Stewart mengundurkan diri dari posisinya sebagai kepala operasional tim untuk menjalani pengobatan karena terkena kanker usus besar. Jackie sendiri kembali ke tim Jaguar pada tahun 2002, tetapi hanya sebatas menjadi anggota direksi. Sebelumnya, ia menolak tawaran manajemen Ford untuk menjadi pimpinan tim tersebut.