Jabarkan |} dari Liga Champions UEFA 2009–2010

Babak kualifikasi ketiga dibagi menjadi dua bagian terpisah: satu untuk juara dan satu untuk non-juara. Leg pertama dimainkan pada tanggal 28 dan 29 Juli, dan Leg Kedua dimainkan pada tanggal 4 dan 5 Agustus 2009. Tim yang kalah di kedua bagian memasuki babak playoff Liga Eropa UEFA 2009–2010.