Jabarkan 1980-an ke abad baru dari Fortuna Düsseldorf

Sejak degradasi pada tahun 1987, Fortuna telah berkembang di antara liga, menghabiskan lima musim lagi di Bundesliga pada 1989–92 dan 1995–97 dan jatuh serendah Oberliga Nordrhein (IV) pada 2002 –04. Pada tahun 2001, klub hanya lolos dari degradasi ke Divisi IV karena dua klub lain tidak diizinkan bermain di Divisi III karena alasan keuangan. Fortuna mengalami kesulitan keuangan pada saat itu, tetapi sejak itu sedikit banyak berhasil mengelola keuangannya. Dari tahun 2001 hingga 2003, klub ini disponsori oleh band punk rock Jerman Die Toten Hosen.