Jabarkan Meninggal dunia dari Fukuzawa Yukichi

Ia masuk rumah sakit karena pendarahan intrakranial pada 26 September 1898. Setelah sempat pulih, ia kembali jatuh sakit pada 25 Januari 1901. Fukuzawa Yukichi meninggal dunia dalam usia 66 tahun di rumah kediamannya di kampus Mita Keio Gijuku, 3 Februari 1901. Sebuah monumen peringatan didirikan di tempat bekas rumah kediaman Fukuzawa Yukichi. Ia meninggalkan 9 orang anak (4 laki-laki dan 5 perempuan). Putra pertama Ichitarō lahir 22 November 1863) diikuti putra kedua, Sutejirō pada 9 November 1865. Anak ke-8 dan anak ke-9 (keduanya laki-laki) masing-masing lahir pada 14 Juli 1881 dan 24 Juli 1883.

Makamnya berada di Hongan-ji, Desa Osaki Prefektur Tokyo sebelum dipindahkan pada tahun 1977 ke Zenpuku-ji, Azabu, Tokyo. Peringatan hari meninggalnya setiap 3 Februari disebut . Pada hari itu, staf Universitas Keio beramai-ramai melakukan ziarah ke makamnya.