Jabarkan Terminal, maskapai, dan destinasi dari Bandar Udara Internasional Eloy Alfaro

Hingga Juli 2009 sebagian dari bandara digunakan oleh komponen dari Komando Angkatan Udara Selatan AS untuk operasi melawan penjualan kokain ilegal di bagian barat laut Amerika Selatan. Tahun 1999, AS menandatangani perjanjian 10 tahun dengan Presiden Ekuador Jamil Mahuad yang mengizinkan pendirian stasiun AS yang berisi sampai dengan 475 personel militer di Manta, tanpa biaya sewa. Perawat Peringatan Dini milik Angkatan Udara AS E-3 dan pesawat P-3 Orion milik Angkatan Laut Amerika Serikat, didukung oleh sekitar 300 personel militer, beroperasi dari pangkalan ini untuk mengawasi lalu lintas udara di daerah ini. Pesawat ini memberikan informasi pengintaian ke Pasukan Terpadu di Key West. Pesawat di pangkalan ini melakukan sekitar 100 misi setiap bulan untuk mengawasi pengedar obat bius yang menunggalkan Kolombia. Tahun 2007, penerbangan telah menghasilkan 200 penyitaan kokain, dengan total 230 ton. Penerbangan ini memiputi 60% penerbangan anti narkoba di Pasifik Tmur yang dilakukan AS.

Presiden Ekuador Rafael Correa sejak saat belum terpilih menyatakan bahwa dia tidak akan memperbarui perjanjian yang mengizinkan Amerika Serikat mengakses pangkalan ini saat kontraknya berakhir pada November 2009, dan menyatakan bahwa "Kami dapat bernegosiasi dengan AS mengenai pangkalan di Manta, jika mereka mengijinkan kami meletakkan pangkalan militer di Miami..." . Pada 19 Maret 2008, Dewan Perwakilan Rakyat Ekuador untuk melarang kepemilikan pangkalan militer asing di Ekuador. Pada 26 Juli 2008 Menteri Luar Negeri Ekuador secara resmi memberikan pemberitahuan kepada Kedutaan Besar AS bahwa penyewaan AS terhadap pangkalan ini tidak akan diperbaharui.

AS berusaha mendapat izin dengan menyatakan bahwa jika Ekuador mengizinkan keberadaan pangkalan AS, maka itu menjadi keuntungan tersendiri, karena AS akan mengucurkan dana sebesar AS$ 71 juta untuk mengubah pangkalan menjadi bandara modern dan bantuan dana yang akan diberikan kepada komunitas lokal. Komandan pangkalan AS menyatakan bahwa pihak AS menyuntikkan dana sebesar AS$ 6,5 juta tiap tahun bagi ekonomi lokal dan mempekerjakan 150 penduduk lokal. Wali Kota Manta, Jorge Zambrano, mendukung keberadaan tentara AS di Manta.

Admiral James Stavridis, pimpinan Komando Selatan AS menyatakan pada tanggal 21 April 2008 bahwa tidak ada rencana untuk mencari pangkalan udara penanggulangan narkoba pengganti di Amerika Selatan jika Ekuador menolak memperbarui penyewaan pangkalan Manta. Selain itu, militer AS akan menggunakan pangkalan yang sudah ada di El Salvador, Curaçao, dan Key West, Florida untuk penerbangan patroli anti narkoba. Pangkalan lain di benua ini juga telah dipilih sebagai kandidat pengganti. Negara yang paling mungkin untuk menjadi pangkalan pengganti adalah Kolombia, yang memiliki pangkalan di Puerto Salgar yang sedang dalam proses resertifikasi oleh militer AS.

Pada 14 April 2009 duta besar AS untuk Kolombia William Brownfield mengumumkan bahwa pangkalan akan direlokasi dari Manta menuju suatu lokasi di Kolombia. Brownfield mengatakan, "Kolombia dan AS bekerjasama dalam usaha melawan obat ilegal. Sebagai bagian dari kolaborasi, tanpa diragukan, membutuhkan akses untuk memfasilitasi keinginan kedia negara." Pada Juli 2009, AS bernegosiasi dengan Kolombia untuk menggunakan Pangkalan Udara Palanquero di Puerto Salgar sebagai pengganti Manta.

Misi pengintaian udara anti narkoba AS terakhir dari Manta terbang pada 17 Juli 2009.