Jabarkan Akreditasi dari SMA Negeri 3 Yogyakarta

Sejak tahun 1942, sekolah ini telah mengalami 21 kali pergantian kepala sekolah. Nama-nama kepala sekolah sejak tahun 1942 adalah sebagai berikut.

1942 – 1945: RJ. Katamsi (pencetus lambang Universitas Gadjah Mada)

1945 – 1946: Prof. Dr. Soegarda Poerbokawatja (salah satu pendiri Universitas Gadjah Mada)

1946 – 1947: Prof. Dr. Prijono (mantan Menteri Pendidikan RI, Anggota Konstituante dari Partai Murba, salah satu pendiri Universitas Gadjah Mada)

1947 – 1950: Ir. Marsito (salah satu pendiri Universitas Gadjah Mada, salah satu pendiri UPN Veteran Yogyakarta)

1950 – 1951: Drg. Nazir Alwi (mantan Rektor Universitas Gadjah Mada)

1951 – 1956: Muh. Sjahlan

1956 – 1963: R. Soecipto

1963 – 1971: Alip Bariah Moedjono Probopranowo, S.H., (tokoh Taman Siswa dan Pramuka DIY sekaligus dekan pertama Fakultas Ilmu Sosial Universitas Negeri Yogyakarta)

1971 – 1976: Utoyo Darmabrata

1976 – 1981: Haji Muh. Solihin

1981 – 1985: Oetoro|Drs. Oetoro

1985 – 1987: Drs. Wahyuntana

1987 – 1991: Ariento Sukotjo (pengarang buku pelajaran Bahasa Jerman tingkat SMA)

1991 – 1993: Drs. Mashari Subagijono

1993 – 1997: Drs. Soenarto

1997 – 2002: Drs. Nursisto

2002 – 2004: Drs. H. Mashadi A.R.

2004 – 2005: Dra. Hj. Sri Ruspita Murni

2005 – 2007: Drs. Bambang Supriyono, M.M.

2007 – 2009: Drs. H. Bashori Muhammad, M.M.

2009 – 2017: Dra. Dwi Rini Wulandari, M.M.

2017 – 2020: Drs. Maman Surakhman, M.Pd.I.

2021 – kini   :  Kusworo, S.Pd., M.Hum.