Jabarkan Perkembangan kontemporer dari Pembantaian di Indonesia 1965–1966

Setelah Soeharto mundur berkat adanya reformasi 1998, Parlemen membentuk Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi untuk menganalisis pembunuhan massal, tetapi itu ditangguhkan oleh Pengadilan Tinggi. Sebuah konferensi akademis mengenai pembantaian diadakan di Singapura pada tahun 2009.

Pada bulan Mei 2009, pada waktu yang berdekatan dengan Konferensi Singapura, penerbit di Britania Raya, Spokesman Books, menerbitkan buku yang ditulis oleh Nathaniel Mehr, berjudul Pertumpahan Darah Konstruktif di Indonesia: Amerika Serikat, Britania Raya dan Pembunuhan Massal di Indonesia 1965-1966, sebuah survei tingkat-pengantar mengenai pembantaian dan dukungan Barat untuk Soeharto.

Pada 23 Juli 2012, Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) menyatakan pembantaian orang-orang yang dituduh komunis itu merupakan pelanggaran HAM yang berat. Setelah melakukan penyelidikan selama empat tahun, bukti dan hasil pemeriksaan saksi menunjukkan adanya sembilan kejahatan yang masuk kategori kejahatan terhadap kemanusiaan. Kesembilan pelanggaran HAM itu adalah pembunuhan, pemusnahan, perbudakan, pengusiran atau pemindahan penduduk secara paksa, perampasan kemerdekaan atau kebebasan fisik lainnya secara sewenang-wenang, penyiksaan, pemerkosaan dan kejahatan seksual lainnya, penganiayaan, dan penghilangan orang secara paksa.

Hasil penyelidikan Komnas HAM ini diserahkan ke Kejaksaan Agung dan Dewan Perwakilan Rakyat. Kewenangan untuk membuka pengadilan Ad Hoc untuk pelanggaran HAM berat pada masa lalu ada di tangan Dewan Perwakilan Rakyat.

Pada tahun 2012 dan 2014, dua film yang mengungkap bagaimana pembantaian massal dilakukan di kota Medan dan sekitarnya, Sumatra Utara, diluncurkan. Film tersebut berjudul Jagal (judul versi Inggris: The Act of Killing) dan Senyap (judul versi Inggris: The Look of Silence) masing-masing dengan fokus yang berbeda, Jagal menelusuri bayangan, pandangan, dan pendapat para pelaku pembantaian massal mengenai diri dan sejarah, sementara Senyap memotret pandangan keluarga korban mengenai beban sejarah yang mereka tanggung, serta bagaimana satu orang dari mereka meminta pertanggungjawaban para pelaku.

Pembantaian ini telah banyak dihilangkan dari buku pelajaran sejarah Indonesia. Dalam buku pelajaran sejarah, disebutkan bahwa pembantaian ini adalah "kampanye patriotik" yang menghasilkan kurang dari 80.000 korban jiwa. Pada tahun 2004, buku-buku pelajaran diubah dan mencantumkan kejadian tersebut, tetapi kurikulum baru ini ditinggalkan pada tahun 2006 karena adanya protes dari kelompok militer dan Islam. Buku-buku pelajaran yang menyebutkan pembunuhan massal itu kemudian dibakar, atas perintah Jaksa Agung.

Pada 2015, Presiden Joko Widodo dikabarkan berencana memberikan ucapan minta maaf terhadap PKI atas terjadinya pembantaian 1965. Kabar ini lantas ditentang oleh FPI dan lembaga Kristen. Jokowi kemudian menegaskan bahwa ia tidak berpikiran untuk meminta maaf kepada PKI melainkan untuk korban pelanggaran HAM.