Jabarkan Bangunan dan tata letak dari Stasiun Gombong

Stasiun ini memiliki lima jalur kereta api. Awalnya, jalur 2 merupakan sepur lurus dan jalur 5 merupakan sepur badug untuk tempat kegiatan bongkar muat kereta api angkutan pupuk ke gudang PT Pupuk Sriwidjaja Palembang. Setelah jalur ganda ruas stasiun ini hingga Stasiun Karanganyar per 20 Maret 2020 dan kemudian hingga Stasiun Tambak per 5 Mei 2020, emplasemen stasiun ini diperpanjang ke arah barat. Jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus arah Kroya, jalur 3 dijadikan sebagai sepur lurus arah Kutoarjo, dan jalur 5 juga dijadikan sebagai sepur belok. Selain itu, persinyalan elektrik lama produksi Westinghouse Rail Systems yang telah beroperasi sejak 1999 sudah digantikan dengan yang terbaru produksi PT Len Industri.

Terkait dengan pembangunan jalur ganda lintas selatan dan tengah Jawa, stasiun ini telah dirombak. Bangunan stasiun dan overcapping baru stasiun ini berada di sebelah barat bangunan lama dan berukuran lebih besar, sedangkan overcapping yang lama kini sudah dibongkar. Setelah bangunan baru stasiun ini selesai, bangunan lama stasiun ini tidak lagi digunakan untuk keberangkatan maupun kedatangan penumpang kereta api. Operasional kereta api dipusatkan di bangunan baru stasiun.