Jabarkan Menempa Moderat Kiri dari Borut Pahor

Pada tahun 2000, Pahor memimpin partainya dalam koalisi dengan Demokrasi Liberal Slovenia pimpinan Janez Drnovšek. Pahor terpilih sebagai ketua Majelis Nasional Slovenia (rumah bawah Slovenia Parlemen). Ini adalah jabatan institusional pertama yang penting. Selama periode ini, ia membedakan dirinya dengan perilaku yang moderat dan non-partisan, yang memperoleh penghormatan besar oleh oposisi kanan tengah. Sebagai Ketua Parlemen, dia mendorong untuk peringatan publik dalam memori atas pembangkangan anti-komunis oleh almarhum Jože Pučnik yang semula ditentang oleh anggota yang lebih radikal yang berkuasa koalisi sayap kiri. Pada saat yang sama, Pahor berseberangan dengan sektor-sektor terkiri partainya sendiri atas isu keanggotaan Slovenia di NATO. Sepanjang tahun 1990-an dan 2000-an, Pahor tetap pendukung yang vokal atas masuknya Slovenia dalam aliansi militer, yang ditentang oleh beberapa sektor sayap kiri masyarakat.

Pada bulan Juni 2004, ia terpilih sebagai anggota Parlemen Eropa dari anggota kelompok Sosialis. Ia pernah bertugas di komite Pengendalian Anggaran Parlemen dan Komite Konstitusi selama periode penolakan perjanjian Konstitusi oleh Prancis dan Belanda dan negosiasi Perjanjian Lisbon dalam mendukung garis Parlemen (laporan Richard Corbett dan Inigo Mendez de Vigo). Pada bulan Oktober 2004, koalisi tengah-kiri di Slovenia kalah dari konservatif liberal Partai Demokratik Slovenia dan sekutu sayap kanan. Pada tahun-tahun pertama pemerintahan pusat Janez Jansa yang tepat, Pahor merbuka polemik dengan Anton Rop, pemimpin Demokrasi Liberal Slovenia yang lebih strategis beroposisi dengan pemerintahan. Polemik yang kemudian dikenal masyarakat sebagai "Dear Tone, Dear Borut Discussion" ("Nada terhormat, Dear Diskusi Borut") terjadi setelah garis pembukaan para pemimpin), Pahor memilih beroposisi yang lebih konstruktif. Pada tahun 2006, Pahor yang berasal dari Sosial Demokrat mengadakan perjanjian dengan partai koalisi yang berkuasa untuk kolaborasi dalam kebijakan reformasi ekonomi.

Karena pembubaran bertahap dari Demokrasi Liberal Slovenia, pada 2007 Partai Sosial Demokrat menjadi kekuatan politik terbesar kedua di Slovenia, sehingga Pahor menjadi pemimpin non formal dari oposisi sayap kiri. Pada tahun yang sama, ia mencalonkan dalam pemilu presiden dan cukup populer di dalam jajak pendapat. Namun, karena kedudukan tinggi partainya, ia memutuskan mendukung calon presiden Danilo Türk. Ia terus memimpin Sosial Demokrat untuk pemilihan parlemen tahun 2008.