Jabarkan Insiden dari Stasiun Patuguran

Pada tanggal 2 April 2013, kereta api Fajar Utama Yogya yang ditarik lokomotif CC201 30 (CC201 78 02) anjlok di km 334+7 petak jalan antara Stasiun Patuguran dan Stasiun Karangsari (Banyumas). Kereta depan, K2 0 82 12 anjlok 1 as dan pada akibatnya, perjalanan kereta api dari Jakarta dialihkan melalui jalur kiri dari stasiun ini.

Pada tanggal 17 Juni 2016, sebelum angkutan Lebaran dimulai, tiga wesel di Stasiun Patuguran diganjal batu oleh orang tidak dikenal. Manajer humas Daop V menyatakan bahwa kejadian tersebut murni merupakan sabotase.