Jabarkan Meninggal dunia dari Gabriel Manek

Manek meninggal pada 30 November 1989 di RS Sint John, Lakewood, Denver, Amerika Serikat. Jenazahnya dimakamkan di Techny, Amerika Serikat pada 5 Desember 1989. Upaya pengambilan jenazah almarhum Mgr. Manek telah dilakukan sejak 2005, dengan melakukan pendekatan kepada berbagai pihak terkait. Makamnya kemudian digali kembali sejak 10 April 2007. Penggalian sempat dihentikan hingga akhirnya peti diangkat dan dibuka pada 14 April 2007. Jenazah (dan juga peti matinya) masih utuh meski sudah dikubur selama 17 tahun, walaupun tubuhnya tidak diawetkan. Jenazah tiba di Kupang pada 18 April 2007. Pada 25 April, ulang tahun tahbisan uskup ke-56, jenazah uskup dimakamkan kembali di Biara PRR. Hingga kini, jenazahnya disemayamkan dalam Kapela Induk di Biara Pusat tarekat PRR di Larantuka. Kapel ini diberkati oleh Uskup Atambua, Dominikus Saku pada 15 Agustus 2012. Makam ini menjadi objek wisata rohani di wilayah Larantuka.

Beberapa lembaga dinamai menurutnya, seperti Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Mgr. Gabriel Manek, Atambua.