Jabarkan Bangunan dan tata letak dari Stasiun Wojo

Stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api. Awalnya, jalur 1 merupakan sepur lurus. Sejak beroperasinya jalur ganda di segmen Kutoarjo–Yogyakarta pada tahun 2006-2007, jalur 1 hanya dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Yogyakarta saja, sedangkan jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Kutoarjo.

Gaya bangunan stasiun mirip dengan yang ada di Stasiun Bantul, Palbapang, Winongo, Kedundang, Sukoharjo, maupun Rewulu, salah satunya berupa ventilasi bulat berterali besi kotak-kotak.

Terkait dengan operasional Bandar Udara Internasional Yogyakarta dan kereta api Bandara YIA dari Yogyakarta menuju stasiun ini maupun sebaliknya, per April 2019 stasiun ini mulai melayani penumpang antarmoda. Di stasiun ini, penumpang yang hendak menuju ke YIA transit menggunakan shuttle bus yang disediakan untuk menunjang pergerakan penumpang dari dan menuju bandara. Bangunan stasiun ini direnovasi, antara lain dengan menambah peron tinggi berkanopi di jalur 3 dan area penyeberangan antarperon untuk penumpang (crossing) di sisi tenggara stasiun. Namun, mulai 1 September 2021, seiring dengan pengoperasian Stasiun Bandara Internasional Yogyakarta, rute pelayanan kereta api bandara dialihkan ke stasiun bandara tersebut.