Jabarkan Rektor Akademi Roma dari Robertus Bellarminus

Pada tahun 1592 Bellarminus diangkat menjadi rektor Akademi Roma. Pada tahun yang sama, diterbitkan versi "Sixtus-Klemen" dari Alkitab Vulgata, yang telah dibersihkan dengan kerja keras sang Yesuit dari kesalahan-kesalahan yang dibuat oleh Paus Sixtus akibat dari penyuntingan yang kurang hati-hati pada versi pertamanya. Seperti juga sesama Yesuit - Petrus Kanisius, Bellarminus memasuki arena katekismus, dan menerbitkan "Doktrin Kristen Ringkas" pada tahun 1597 yang sangat populer dan diterjemahkan ke dalam 62 bahasa. Juga katekismus yang lebih panjang, "Deklarasi Doktrin Kristen" pada tahun 1598. Sesudah tahun 1599, hidup Bellarminus diisi dengan gabungan antara kepintarannya sebagai seorang kontroversialis (pendebat) dengan kesibukan sehari-hari jabatannya dalam hierarki Gereja. Pada tahun 1602 Paus Clement VIII secara mengejutkan menjadikannya sebagai Uskup di keuskupan Capua yang miskin, dan Robert menjalankan jabatan pastoralnya disana dengan baik sampai tahun 1605, ketika dia dipanggil kembali ke Roma untuk pemilihan Sri Paus yang nantinya mengangkat Paulus V (1605-1621).

Paus Paulus V bersikeras supaya Bellarminus tetap tinggal di Roma, di mana Sri Paus bisa memanfaatkan kepandaiannya. Sang Yesuit membela aksi Sri Paus yang menempatkan Venice dibawah interdiksi pada tahun 1606. Pada tahun 1609 dia menulis pamflet anonimus yang menyerang sumpah setia kepada raja James I dari Inggris yang menuntut hal itu dari rakyatnya, karena isinya menyangkut penolakan terhadap kepausan dan doktrin Katolik. Sang raja sendiri memberi jawaban dan Bellarminus menulis suatu tanggapan dengan namanya sendiri. Pada tahun 1610 sang Yesuit kembali mengulas isyu mengenai kekuasaan Sri Paus dalam serangannya terhadap absolutisme kerajaan dalam judul "Kuasa Sri Paus dalam Masalah-masalah Sipil, menentang William Barclay". Sikap Bellarminus yang berkeras pendapat dalam hal hak Paus untuk menggulingkan para monarki dari kedudukannya, sangat kontroversial bahkan terhadap banyak umat Katolik. Salah satu Pujangga Gereja lainnya, yaitu Santo Franciscus dari Sales, meskipun dia sangat menghormati Bellarminus, menulis kepada salah satu temannya pada tahun 1611: "Saya merasa tulisan-tulisan tertentu dari prelat yang kudus dan luar biasa ini tidak sesuai selera saya, di mana dia menyinggung masalah kekuasaan tak-langsung Sri Paus diatas para pangeran-pangeran. Entah apakah teorinya benar atau salah bukan saya yang menghakimi, hanya saja pada saat ini, di mana kita memiliki begitu banyak musuh-musuh dari luar, saya rasa sungguh bijak bagi kita untuk tidak menciptakan ketegangan-ketegangan dalam tubuh Gereja."