Jabarkan Pengoperasian dari Kereta api Jayakarta

Pada awalnya, terdapat layanan kereta api yang melayani lintas Jakarta–Surabaya melalui jalur tengah Pulau Jawa, yaitu kereta api Jayabaya Selatan dengan layanan kelas bisnis, tetapi pengoperasiannya telah dihentikan pada 2006 karena tingkat keterisian penumpang yang rendah, sehingga lintas tersebut hanya dilayani kereta api Gaya Baru Malam Selatan.

Pada tahun 2016, PT KAI melakukan penambahan layanan kereta api di lintas tersebut dengan nama KLB Ekonomi PSE-SGU yang dioperasikan libur akhir pekan Idul Adha, beroperasi menggunakan rangkaian kereta kelas ekonomi plus buatan PT. INKA keluaran 2016.

Mulai 15 Juni 2017, PT KAI meluncurkan kereta api Gaya Baru Malam Selatan Premium sebagai kereta api tambahan saat musim mudik lebaran 2017. Karena memiliki tingkat okupansi penumpang yang tinggi, kereta api tersebut dioperasikan secara reguler serta dilakukan perubahan nama kereta api menjadi Jayakarta dan beroperasi tanggal 28 September 2017 bertepatan ulang tahun PT Kereta api Indonesia Ke 72 Tahun di Stasiun Pasar Senen.

Untuk mengurangi kepadatan di Stasiun Pasar Senen, PT KAI mengubah mekanisme perjalanan beberapa kereta api yang berdampak pada pemanjangan rute kereta api Jayakarta hingga Stasiun Jakarta Kota mulai 29 Mei 2019.

Seiring dengan meningkat okupansi Kereta api Jayakarta, titik keberangkatan kereta api Jayakarta dikembalikan ke Stasiun Pasar Senen dari sebelumnya Stasiun Jakarta Kota. Karena Depo Kereta Jakarta Kota (JAKK) menerima tambahan rangkaian kereta dari depo kereta Semarang Poncol (SMC), maka kereta api ini beroperasi dengan rangkaian panjang bersama Kereta api Kertajaya, dan Gumarang mulai 10 Februari 2021, bertepatan dengan hari perubahan grafik perjalanan kereta api 2021.

Dengan berlakunya Gapeka 2021 tanggal 10 Februari 2021, Kereta api Jayakarta yang semula berhenti di Stasiun Yogyakarta kini dipindahkan pemberhentiannya di Stasiun Lempuyangan agar memudahkan pelayanan penumpang kereta api dengan rangkaian panjang.