Jabarkan Indonesia dari Kapal segel merah

Meskipun sedikit saja kapal-kapal segel merah yang tercatat mengunjungi wilayah-wilayah yang sekarang termasuk Indonesia modern (Jawa, Kepulauan Maluku), kemungkinan karena letaknya yang terpencil dan adanya keterlibatan langsung Belanda di sana, namun samurai-samurai Jepang direkrut oleh para pemimpin Belanda di sana. Orang-orang Jepang memperlihatkan keistimewaan mereka dalam perebutan Kepulauan Banda dari kekuasaan Inggris dan dalam mempertahankan Batavia, sampai kebiasaan mempekerjakan tentara bayaran Jepang tersebut dilarang oleh Shogun pada tahun 1621. Gubernur Belanda untuk wilayah Jawa Jan Pieterszoon Coen, pada tahun 1618 meminta 25 orang samurai Jepang untuk dikirimkan kepadanya dari Jepang. Pada tahun 1620, tertulis dalam catatan Belanda bahwa 90 orang samurai Jepang direkrut dari pulau-pulau di sekitar Jawa untuk memperkuat benteng di Batavia.

Selama peristiwa Pembantaian Amboyna pada tahun 1623, 9 orang tentara bayaran Jepang tercatat berada bersama dengan 10 orang pedagang Inggris dari kantor dagang Perusahaan Hindia Timur Britania. Mereka disiksa dan dibunuh oleh pasukan Belanda dari kantor dagang yang berdekatan. Kejadian ini menjadi salah satu penyebab pecahnya Perang Inggris-Belanda.