Jabarkan Sebelah Utara: Petuanan Hitu. dari Waiheru, Teluk Ambon Baguala, Ambon

Sebelah Selatan:  Perairan Teluk Ambon.

Sebelah Barat:  Desa Hunut/Durian Patah.

Pusat Pemerintahan Desa Waiheru terletak di Jln. Laksdya Leo Wattimena, RT. 004/RW.02 Kecamatan Teluk Ambon Baguala Kota Ambon.