Jabarkan Lapangan sepak bola dari SMA Negeri 3 Yogyakarta

Ruang Perpustakaan dan Ruang Baca

LCD Projector dalam setiap ruang belajar

Pendidikan Pramuka (Kelas X dan XI)

Padmanaba Junior Rescue Club (PMR)

Peleton Inti / Paskibra (Bhayangkara Padmanaba)

Pecinta Alam (Padmanaba Hiking Club)

PEDES (Padmanaba Debate Society) (Debat Bahasa Inggris)

Myriad (Klub Fotografi dan Videografi)

\\Pentas Besar Jubah Macan, atau biasa disingkat penbes adalah kegiatan tahunan SMAN 3 Yogyakarta berbentuk pentas teater. Pentas Besar Jubah Macan diselenggarakan oleh Ekstrakurikuler Teater Jubah Macan.

Pada tahun 2021, Pentas Besar Jubah Macan diselenggarakan secara daring dan berjudul "The Ethereal". Pentas Besar Jubah Macan 2021 dirilis pada tanggal 3 Juli 2021 melalui platform YouTube di kanal Padmanaba Productions. Pentas Besar Jubah Macan 2021, "The Ethereal", disutradai oleh Yunintria Imtihanah Sulistyaningrum dan Gabriel Jovan, dengan Pramudya Nur Ananta sebagai pimpinan produksi.

Pada tahun 2022 Pentas Besar Jubah Macan kembali membawakan pentas teater secara online dengan judul “Apocryphal” dan ditayangkan di kanal  Youtube Padmanaba Production. Pentas Teater ini disutradarai oleh Alyaa Nur Ghaisani dan Bagus Aryajatmiko, Serta Rizqi Alifsyahbana Brimantoro Sebagai Pimpinan Produksi.