Jabarkan Periode 1987-2002 dari Kolese Kanisius

Pada tahun 1991 meremajakan dua bangunan depan Menteng Raya 66 dan 68 karya arsitek Belanda, Fermon-Cuypers dengan menghancurkannya dan membangun gedung baru 4 lantai, dengan lotengnya sebagai markas PAKKJ (Perhimpunan Alumni Kolese Kanisius Jakarta). Fasilitas baru pun tersedia, seperti kantin, lapangan parkir, ruangan kelas baru untuk SMA, aula, dan laboratorium SMA. Aula lama di belakang yang tadinya hanya 1 lantai pun dibangun menjadi 2 lantai.

Awal tahun 2000, ditetapkan aturan baru mengenai menyontek. Siswa SMP: sekali menyontek tidak bisa masuk SMA, dan 2 kali menyontek keluar dari SMP, dan SMA: satu kali menyontek langsung dikeluarkan dari SMA. Pater E. Baskoro Poedjinoegroho, SJ menjadi Kepala SMA Kanisius awal tahun 2001 menggantikan Imam Riyo Mursanto, S.J. Kepala SMP juga diganti, dari Bapak A.J. Djuwarta menjadi Bruder Triyono, S.J. Sedangkan moderator SMP dijabat Imam Guido K. Hidayat, S.J.