Jabarkan Konflik dengan St. Bernardus dari Petrus Abelardus

Setelah tahun 1136, tidak jelas apakah Abelardus telah berhenti mengajar, atau apakah ia meneruskannya (kecuali pengajaran mengenai logika) sampai akhir tahun 1141. Pada suatu waktu, William dari St. Thierry (Abbas dari Biara Saint-Thierry) menemukan apa yang dianggapnya penyesatan dalam beberapa pengajaran Abelardus; dan pada musim semi 1140 Abbas William menulis surat kepada Uskup Chartres dan kepada Bernardus dari Clairvaux (pada masa itu Bernardus termasuk figur paling berpengaruh dalam Kekristenan Barat) berisi kecaman atas ajaran-ajaran Abelardus tersebut. Seorang teolog lainnya, Thomas dari Morigny, dalam waktu bersamaan juga mendaftar ajaran-ajaran Abelardus yang dianggap sesat, hal ini kemungkinan atas perintah Bernardus. Keberatan Bernardus terutama adalah bahwa Abelardus telah menerapkan logika pada konteks yang di dalamnya ilmu tersebut tidak dapat diterapkan, dan karenanya dipandang tidak logis.

Di tengah tekanan dari Bernardus, Abelardus menantang Bernardus untuk menarik tuduhannya, atau ia akan mengungkapkannya secara terbuka di Konsili Sens yang direncanakan pada tanggal 2 Juni 1141. Dengan demikian Abelardus menempatkan dirinya dalam posisi pihak yang bersalah dan memaksa Bernardus untuk mempertahankan dirinya sendiri atas tuduhan fitnah. Namun, Bernardus menghindari perangkap ini, pada malam sebelum berlangsungnya konsili ia mengadakan suatu pertemuan pribadi dengan para uskup yang akan hadir dalam konsili dan berhasil mempengaruhi mereka untuk mengecam semua proposisi sesat yang ditujukan pada Abelardus. Lalu saat Abelardus datang di konsili pada hari berikutnya, ia disajikan dengan suatu daftar proposisi kecaman yang dituduhkan kepadanya.

Abelardus menolak untuk menjawab proposisi-proposisi yang dituduhkan kepadanya, ia pergi meninggalkan konsili tersebut dan mengajukan banding kepada Sri Paus; ia berangkat ke Roma dengan harapan mendapat dukungan dari Sri Paus. Namun, harapannya tidak terpenuhi, dan pada tanggal 16 Juli 1141 Paus Innosensius II mengeluarkan sebuah bulla yang mengekskomunikasikan Abelardus dan para pengikutnya. Abelardus diperintahkan untuk hidup dalam kesunyian selama-lamanya, dalam sebuah biara, dan buku-bukunya harus dibakar. Namun, Abelardus diselamatkan dari hukumannya oleh , abbas dari biara di Cluny. Pada waktu itu Abelardus singgah di sana, dalam perjalanannya ke Roma, sebelum bulla ekskomunikasi sang paus sampai ke Prancis. Abbas Petrus berhasil membujuk Abelardus, yang sudah tua pada saat itu, untuk tidak melanjutkan perjalanannya dan tinggal di Biara Cluny. Lalu sang abbas mengatur suatu rekonsiliasi dengan Bernardus, agar hukuman ekskomunikasi atas Abelardus dicabut dan agar ia membujuk Paus Innosensius II untuk mengizinkan Abelardus menetap di bawah pengawasan Biara Cluny selama sisa hidupnya. Bernardus menyetujuinya, dan permohonannya dipenuhi sang paus, sehingga terjadi rekonsiliasi dengan Abelardus.