Jabarkan Layanan kereta api dari Stasiun Lempuyangan

Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.

Pada 19 Februari 2007, terjadi angin puting beliung yang melanda Yogyakarta yang mengakibatkan kanopi Stasiun Lempuyangan mengalami kerusakan parah. Meskipun demikian, komunikasi melalui toka (telepon otomatis kereta api) maupun walkie talkie tetap berjalan normal dan tidak ada gangguan perjalanan kereta api.

Pada 20 Oktober 2016, seorang wisatawan mancanegara di Stasiun Lempuyangan tewas ditabrak KA Joglokerto yang hendak berhenti di jalur 1. Penyebabnya tak diketahui, di antaranya lalai atau ingin bunuh diri. Menurut keterangan petugas, wisatawan tersebut berjalan ke arah rel saat KA akan melintas. Kejadian tersebut sempat dicegah walaupun gagal.