Jabarkan Musim 2012–2013 dari Thomas Müller

Gol pertama yang dicetak oleh Müller dalam Bundesliga musim ini terjadi saat menghadapi juara 2. Bundesliga musim lalu SpVgg Greuther Fürth yang berakhir dengan kemenangan 3–0 untuk Bayern pada 27 Agustus 2012. Pada 2 September, dia mencetak dua gol saat mengalahkan VfB Stuttgart dengan skor akhir 6–1 di hadapan 71.000 penonton di Allianz Arena yang baru saja diperluas. Müller membantu Bayern memecahkan rekor di awal musim, saat dia mencetak dua gol ke gawang Fortuna Düsseldorf pada tanggal 20 Oktober dalam kemenangan 5–0, menorehkan delapan kemenangan beruntun bagi Bayern. Tiga hari kemudian, dia mencetak gol pertama di Liga Champions musim ini dari titik penalti saat Bayern mengalahkan Lille 1–0 di Grand Stade Lille Métropole yang baru saja dibangun.

Pada 13 Desember, setelah menjalani paruh awal musim Bundesliga dengan baik, Müller menjanjikan kesetiaannya dengan menyatakan bahwa dia merasa München bagaikan tempat tinggalnya dan bahwa, "Tidak ada klub yang berkembang jika Anda meninggalkan FC Bayern... hampir tidak ada klub yang lebih baik." Enam hari kemudian, dia menandatangani perpanjangan kontrak dua tahun, yang membuatnya bertahan di Allianz Arena hingga 2017. Pada jeda musim dingin Bundesliga, dia telah mencetak sembilan gol dan memberikan tujuh assist dalam 16 penampilan di liga dan tiga gol tambahan di Liga Champions; hal ini memberikannya total 13 gol pada sepanjang paruh awal musim, termasuk gol yang dia ciptakan saat melawan Borussia Dortmund dalam pertandingan DFL-Supercup 2012 yang berakhir kemenangan bagi Bayern. Müller kembali mencetak gol setelah jeda musim dingin saat menghadapi VfB Stuttgart dengan kemenangan tandang 2–0. Müller mencetak gol kelimanya di Liga Champions pada 2 April 2013, melengkapi kekalahan Juventus di leg pertama dengan skor 2–0 sekaligus mengakhiri rekor tak terkalahkan oleh klub Italia setelah 18 pertandingan di Eropa. Pada 23 April, Müller mencetak dua gol dan memberi satu assist dalam kemenangan 4–0 atas Barcelona pada pertandingan semi-final Liga Champions di Allianz Arena. Pada pertandingan selanjutnya, Müller mencetak gol melalui sundulan kepala saat Bayern menang dengan skor 3–0 dan memberikan kekalahan terbesar bagi Barcelona di Liga Champions dengan skor agregat 7–0. Müller kemudian memainkan peran penting dalam kemenangan Bayern 2–1 atas Borussia Dortmund pada pertandingan final. Pada 1 Juni, Müller mencetak gol melalui tendangan penalti pada pertandingan final DFB-Pokal 2012–2013. Bayern memenangkan DFB-Pokal dengan skor akhir 3–2 sekaligus melengkapi treble historis. Müller mencetak 23 gol di sepanjang musim (termasuk semua kompetisi), 13 di antaranya pada pertandingan Bundesliga, satu gol pada DFB-Pokal, dan delapan gol impresif di Liga Champions, dia juga menambahkan satu pada pertandingan DFL-Supercup 2012 yang memberi kemenangan 2–1 bagi Bayern. Musim ini menjadi musim dengan gol terbanyak yang dicetak oleh Müller pada saat itu.