Jabarkan Abad Pertengahan dari Hipatia

Kisah mengenai kematian Hipatia mirip dengan nasib martir Kristen di Aleksandria yang diseret di jalanan selama penindasan oleh Kaisar Decius pada tahun 250. Aspek-aspek lain dalam kehidupan Hipatia juga ada yang sesuai dengan pribadi seorang martir dalam agama Kristen, terutama keperawanannya. Pada Abad Pertengahan Awal, orang Kristen mencampur kisah kematian Hipatia dengan para martir korban Kaisar Decius, dan kisahnya juga melandasi legenda Santa Katarina dari Aleksandria, seorang martir perawan yang konon amat bijaksana dan terdidik. Catatan sejarah pertama yang menyebut keberadaan kultus Santa Katarina berasal dari abad kedelapan, sekitar tiga ratus tahun setelah kematian Hipatia. Terdapat salah satu kisah mengenai Santa Katarina yang berhadapan dengan lima puluh filsuf pagan yang ingin memurtadkannya, tetapi Santa Katarina malah berhasil membuat mereka beriman kepada Kristus berkat kemampuan berbicaranya. Legenda lain mengklaim bahwa Santa Katarina adalah murid Athanasius dari Alexandria.

Ensiklopedia Suda dari Romawi Timur menceritakan dua kisah kehidupan Hipatia yang berbeda. Sebelas baris pertama berasal dari satu sumber dan sisanya diambil dari Kehidupan Isidoros karya Damaskios. Kebanyakan dari sebelas baris pertamanya kemungkinan berasal dari Onomatolos karya Hesikios, tetapi beberapa bagian tidak diketahui asal usulnya, termasuk klaim bahwa Hipatia adalah "istri Isidoros sang Filsuf" (kemungkinan Isidoros dari Aleksandria). Watts menyatakan bahwa klaim ini amat membingungkan, karena Isidoros dari Aleksandria lahir jauh sesudah kematian Hipatia, sementara tidak ada filsuf lain pada zaman Hipatia yang diketahui memiliki nama seperti itu. Selain itu, klaim ini juga bertentangan dengan pernyataan Damaskios yang dikutip di rincian yang sama mengenai keperawanan Hipatia. Watts menduga bahwa seseorang mungkin salah mengartikan kata gynē yang dipakai oleh Damaskios untuk mendeskripsikan Hipatia dalam Kehidupan Isidoros, karena kata ini dapat berarti "wanita" atau "istri".

Cendekiawan Romawi Timur Fotios ( 810/820–893) memasukkan tulisan Damaskios mengenai Hipatia dan tulisan Sokrates Skolastikos dalam karyanya yang bertajuk Bibliotheke. Fotios mengomentari kemasyhuran Hipatia sebagai seorang cendekiawan, tetapi tidak menyebut soal kematiannya, kemungkinan karena ia merasa karya Hipatia lebih penting untuk dibahas. Cendekiawan Eudokia Makrembolitissa (1021–1096), yang merupakan istri Kaisar Romawi Timur Konstantinos X Doukas, disebut sebagai "Hipatia kedua" oleh sejarawan Nikeforos Grigoras.