Jabarkan Dewi sihir dan kebijaksanaan dari Isis

Isis juga dikenal akan kecerdikan dan kekuatan sihirnya, yang membuatnya mampu membangkitkan Osiris dan melindungi dan menyembuhkan Horus. Berkat pengetahuan sihirnya, ia dikatakan "lebih cerdas ketimbang sejuta dewa". Dalam beberapa bagian dari cerita zaman Kerajaan Baru "Persaingan Horus dan Set", Isis menggunakan kemampuan tersebut untuk mengakali Set pada masa ketika Set berseteru dengan Horus. Pada suatu kejadian, ia berubah menjadi seorang wanita muda yang memberitahu Set bahwa ia terlibat dalam sengketa warisan yang mirip dengan kasus Set yang merampas tahta Osiris. Saat Set menyatakan bahwa yang dialami oleh wanita tersebut merupakan sebuah ketidakadilan, Isis mengejeknya dan berkata bahwa Set telah menghakimi tindakannya sebagai tindakan yang salah. Dalam teks-teks berikutnya, ia menggunakan kemampuan berubah wujudnya untuk bertarung dan menghancurkan Set dan para pengikutnya.

Beberapa cerita tentang Isis muncul sebagai historiolae, yaitu prolog teks-teks sihir yang mendeskripsikan peristiwa-peristiwa mitos terkait dengan apa yang ingin dicapai oleh suatu mantra. Dalam salah satu mantra, Isis menciptakan seekor ular yang menggigit Ra (yang lebih tua dan besar dari Isis), dan racunnya membuat Ra sakit. Isis hanya akan memberikan obatnya jika Ra memberitahukan nama aslinya yang dirahasiakan (dan orang yang mengetahui nama asli Ra akan memperoleh kekuatan yang tak tertandingi). Ra akhirnya terpaksa memberitahu nama aslinya, dan kemudian Isis memberitahukan nama tersebut kepada Horus dan memperkuat wewenang kerajaannya. Cerita tersebut mungkin dimaksudkan sebagai penjelasan mengapa kemampuan sihir Isis melampaui dewa-dewi lainnya, tetapi ia memakai sihir tersebut untuk menundukkan Ra, sehingga cerita tersebutnya tampaknya sudah mengasumsikan bahwa Isis memiliki kemampuan semacam itu sebelum mengetahui nama asli Ra.