Jabarkan Warisan dari John Knox

Dalam surat wasiatnya, Knox mengklaim: "Tidak ada yang kukorupsi, tidak ada yang kucurangi, harta benda pun tidak kukumpulkan." Jumlah uang sedikit yang diwariskan Knox kepada keluarganya, yang akan membuat mereka jatuh miskin, menunjukkan bahwa ia tidak mendapatkan keuntungan dari pekerjaannya di Kirk. Bupati, Lord Morton, meminta Sidang Umum untuk terus membayar tunjangan kepada jandanya selama satu tahun setelah kematiannya, dan bupati memastikan bahwa tanggungan Knox ditanggung dengan baik.

Knox meninggalkan lima orang anak dan istri keduanya. Nathaniel dan Eleazar, dua anak laki-lakinya dari istri pertamanya, bersekolah di St John's College, Cambridge. Nathaniel menjadi seorang Fellow dalam St John's tetapi meninggal dunia di usia muda pada tahun 1580. Eleazar ditahbiskan ke dalam Gereja Inggris dan melayani di paroki Clacton Magna. Ia juga meninggal muda dan dimakamkan di kapel St John's College, Cambridge pada tahun 1591. Istri kedua Knox, Margaret Knox, menikah lagi dengan Andrew Ker, salah seorang yang terlibat dalam pembunuhan David Rizzio. Ketiga anak perempuan Knox juga menikah: Martha dengan Alexander Fairlie; Margaret dengan Zachary Pont, putra Robert Pont dan saudara dari Timothy Pont; dan Elizabeth dengan John Welsh, seorang pendeta di Kirk.

Kematian Knox hampir tidak diketahui pada saat itu. Meskipun pemakamannya dihadiri oleh para bangsawan Skotlandia, tidak ada politisi atau diplomat besar yang menyebutkan kematiannya dalam surat-surat mereka yang masih ada. Mary, Ratu Skotlandia, hanya membuat dua rujukan singkat tentang Knox dalam surat-suratnya. Akan tetapi, yang lebih ditakuti oleh para penguasa adalah gagasan-gagasan Knox ketimbang Knox itu sendiri. Ia adalah seorang reformator yang berhasil dan filosofi reformasi inilah yang memiliki dampak besar pada kaum Puritan di Inggris. Ia juga digambarkan sebagai orang yang berjasa dalam perjuangan untuk kebebasan manusia yang sejati dengan mengajarkan kewajiban untuk menentang pemerintahan yang tidak adil untuk membawa perubahan moral dan spiritual. Tulisan di batu nisannya berbunyi: "Di sini terbaring seorang yang sangat takut akan Allah sehingga ia tidak pernah takut kepada manusia." Ini merupakan rujukan dari Matius 10:28.

Knox dikenal bukan karena menggulingkan agama Katolik Roma di Skotlandia, tetapi karena menggantikan agama yang sudah mapan tersebut dengan Presbiterianisme dan bukan Anglikanisme. Berkat Knox, pemerintahan Presbiterian didirikan, meskipun butuh waktu 120 tahun setelah kematiannya agar hal tersebut dapat tercapai pada tahun 1689. Sementara itu, ia menerima status quo yang ada dan senang melihat teman-temannya diangkat menjadi uskup dan uskup agung, bahkan berkhotbah pada pelantikan Uskup Agung St Andrews Protestan John Douglas pada tahun 1571. Dalam hal ini, Knox dianggap sebagai pendiri denominasi Presbiterian, yang anggotanya berjumlah jutaan orang di seluruh dunia.

Di Stirling, sebuah patung didedikasikan untuk Knox. Patung ini dibuat oleh pematung David Watson Stevenson dan diletakkan di Aula Pahlawan Monumen Wallace Nasional.