Jabarkan Livery di Indonesia (2006-2020) dari Kereta rel listrik Tokyo Metro seri 5000

Tidak seperti KRL Toyo Rapid seri 1000 yang mempertahankan livery asalnya sejak awal beroperasi di lintas Jabodetabek, KRL Tokyo Metro seri 5000 menggunakan livery baru, hijau-kuning untuk menggantikan livery garis biru yang digunakan di Jepang. Selain itu, seluruh KRL seri 5000 ini juga ditempel dengan logo Divisi Jabotabek pada bagian depan dan samping kereta, sementara logo Tokyo Metro yang ada pada bodi samping tetap dipertahankan. Sejak tahun 2010-an ke atas, KRL ini berganti livery menjadi livery biru-kuning, dan logo Divisi Jabotabek pun dilepas seiring waktu, berganti dengan logo PT KAI yang baru. Khusus untuk rangkaian 5016F, rangkaian ini menggunakan logo "Djoko Vision" untuk menandakan KRL ini sebagai KRL yang diujicoba menggunakan layar display untuk memberikan informasi kepada penumpang.

Sejak tahun 2016, dua rangkaian yang tersisa, yaitu 5009F dan 5017F berganti warna menjadi warna khas KRL KCI, yaitu merah-kuning, bersamaan dengan saudaranya, Toyo Rapid seri 1000. Kemudian seiring waktu KRL ini juga dipasang logo PT Kereta Commuter Indonesia pada 2017-2018.