Jabarkan Perlawanan Aliansi Utara dari Perang Boshin

Setelah Shogun Yoshinobu menyerah, seluruh wilayah Jepang menerima kekuasaan kaisar, kecuali beberapa domain di Jepang Utara pendukung klan Aizu yang tetap membangkang. Pada bulan Mei, beberapa daimyo utara membentuk Aliansi Utara (Ouetsu Reppan Domei) yang berintikan kekuatan militer Domain Sendai, Domain Yonezawa, Domain Aizu, Domain Shonai, dan Domain Nagaoka. Aliansi Utara berkekuatan total sekitar 50.000 prajurit. Pangeran Kitashirakawa Yoshihisa ikut melarikan diri ke utara bersama pendukung Keshogunan Tokugawa. Pangeran Yoshihisa ditunjuk sebagai Kepala Aliansi Utara dengan maksud mengangkatnya di kemudian hari sebagai "Kaisar Tobu".

Armada Enomoto bergabung di Pelabuhan Sendai pada 26 Agustus. Walaupun pasukan Aliansi Utara cukup banyak, mereka kurang peralatan dan masih bergantung pada teknik berperang tradisional. Sedikitnya peralatan modern memaksa mereka membuat meriam kayu yang diperkuat lilitan tali dengan batu sebagai proyektil. Meriam kayu hanya bisa menembak empat hingga lima kali sebelum pecah berantakan. Daimyo dari Nagaoka beruntung bisa memperoleh dua dari tiga senapan Gatling yang ada di Jepang, dan 2.000 pucuk senapan Prancis dari pedagang senjata Jerman bernama Henry Schnell.

Pada bulan Mei 1868, pasukan daimyo Nagaoka menyebabkan kerugian besar bagi pasukan kekaisaran dalam Pertempuran Hokuetsu, tetapi istana Nagaoka akhirnya jatuh pada 19 Mei 1868. Pasukan kekaisaran terus maju ke utara, mengalahkan Shinsengumi di Pertempuran Puncak Bonari. Kekalahan Shinsengumi dan membuka jalan bagi pasukan kekaisaran untuk menyerang kastil Aizu-Wakamatsu dalam Pertempuran Aizu pada bulan Oktober 1868, dan Sendai tidak dapat dipertahankan lagi.

Aliansi Utara tercerai-berai, dan armada Aliansi Utara melarikan diri ke Hokkaido pada 12 Oktober 1868. Dua kapal perang (Oe dan Hōō yang dipinjam Sendai dari keshogunan) ikut dibawa ke Hokkaido beserta tambahan 1.000 pasukan yang terdiri dari sisa-sisa tentara keshogunan di bawah pimpinan Otori Keisuke, pasukan Shinsengumi yang dipimpin Hijikata Toshizo, korps gerilya (yugekitai) pimpinan Hitomi Katsutarō, dan sejumlah penasihat militer Prancis (Fortant, Garde, Marlin, dan Bouffier)

Pada 26 Oktober 1868, Edo berganti nama menjadi Tokyo, dan zaman Meiji secara resmi dimulai. Aizu sudah dalam keadaan terkepung sejak bulan Oktober, dan menyebabkan bunuh diri massal samurai muda usia yang bergabung dalam Byakkotai. Setelah pertempuran berkepanjangan selama sebulan, Aizu jatuh pada 6 November 1868.