Jabarkan Bangunan dan tata letak dari Stasiun Ceper

Sejak pengoperasian jalur ganda Yogyakarta–Solo ruas Srowot–Ketandan per 2001 dan selesai di ruas Brambanan–Delanggu pada 15 Desember 2003, stasiun ini memiliki lima jalur kereta api dengan jalur 2 dan 3 merupakan sepur lurus serta jalur 5 merupakan jalur parkir KA barang. Bangunan lama stasiun tetap dipertahankan. Peron stasiun dibuat tinggi.

Untuk mendukung pengoperasian jalur ganda, sistem persinyalan mekanik di stasiun ini diganti dengan sistem persinyalan elektrik buatan PT Len Industri (Persero) yang sudah dipasang sejak tahun 2013 dan kemudian mulai dioperasikan pada 12 Februari 2019.