Jabarkan Menteri Agama dari Fakih Usman

Pada akhir tahun 1949 pemerintah Indonesia dan Belanda mengadakan Konferensi Meja Bundar, yang berbuah pengakuan kedaulatan Indonesia oleh Belanda pada 27 Desember 1949. Ini menjadi salah satu penyebab dibentuknya Republik Indonesia Serikat (RIS), yang terdiri dari enam belas negara bagian. Pada 21 Januari 1950 Fakih menggantikan Masjkur sebagai Menteri Agama dalam Kabinet Halim, mewakili Republik Indonesia; pada saat itu, republik terdiri dari Yogyakarta, Banten, dan sebagian besar Sumatra. Bekerja sama dengan Menteri Agama RIS Wahid Hasyim, Fakih mulai menetapkan kurikulum pelajaran agama standar di sekolah umum dan memodernisasi pendidikan di sekolah berbasis agama. Sementara, mereka juga bekerja untuk menyatukan kedua kementerian agama. Pada 17 Agustus 1950 RIS dan anggotanya menjadi satu republik, dengan Hasyim sebagai menteri agama.

Di bawah Hasyim, Fakih bertugas sebagai pemimpin bagian pendidikan agama. Sementara, masing-masing anggota Masyumi berselisih pandang atas tujuan partai; NU beranggapan bahwa Masyumi sudah terlalu mengutamakan politik, sehingga dasarnya dalam Islam diabaikan. Saat Kabinet Natsir mulai runtuh dan Fakih diajukan Masyumi sebagai calon Menteri Agama – sebuah tindakan yang kontroversial karena belum ada orang NU sebagai calon menteri – NU mengundurkan diri dari Masyumi, mulai 5 April 1952. Fakih dipilih dengan mayoritas lima suara, sementara kandidat lainnya, Usman Raliby, mendapatkan empat.

Fakih dijadikan Menteri Agama dalam Kabinet Wilopo. Ia dilantik pada 3 April 1952; setelah itu, ia dan keluarga berpindah ke ibu kota Indonesia di Jakarta. Setiba di sana, Fakih mulai program reformasi dalam Kementerian Agama, termasuk meresmikan tujuan kementerian: untuk menyediakan guru agama, mempromosikan hubungan antar-agama yang baik, dan menentukan tanggal hari raya. Ia juga berusaha untuk meninjau ulang struktur kementerian. Ini termasuk meresmikan hierarki kepemimpinan dan membentuk cabang di tingkat provinsi dan daerah. Kementerian juga melanjutkan peningkatan mutu pendidikan agama dan mengurus ribuan haji yang berangkat dari Indonesia ke Mekkah setiap tahun. Kabinet Wilopo bubar pada 30 Juli 1953, setelah adanya masalah imigrasi dan sengketa tanah di Medan. Fakih diganti Masjkur.