Jabarkan Mendirikan Doshisha dari Joseph Hardy Neesima

Niijima lulus dari Seminari Teologi Andover pada bulan Juni 1874. Ia adalah orang Jepang pertama yang ditahbiskan sebagai pendeta Protestan, dan menjadi anggota Gereja Kongregasional (sekarang Gereja Kristus Bersatu). Pada waktu itu, ia sudah dikenal sebagai Joseph Hardy Neesima, dan selalu berpakaian ala Barat.

Pada bulan Oktober 1874, Niijima turut serta dalam pertemuan tahunan Dewan Komisaris Misi Asing Amerika di Rutland, Vermont. Dalam pertemuan, ia mengusulkan pendirian universitas Kristen di Jepang. Ia dijanjikan untuk diberi AS$5.000 sebagai modal pendirian universitas. Niijima yang ketika itu berusia 31 tahun, tiba kembali di Yokohama pada bulan November 1874. Keshogunan Edo berakhir pada tahun 1868, dan pemerintah baru Meiji sedang melakukan modernisasi.

Niijima awalnya berniat mendirikan sekolah di Osaka, dan rencananya mendapat dukungan dari menteri Kido Takayoshi. Setelah mendapat kesulitan dari pemerintah kota Osaka, ia memutuskan untuk mendirikan sekolah di Kyoto. Niijima memiliki banyak kenalan dari kalangan kuge kazoku karena mantan majikan Niijima (klan Itakura) dulunya bertugas di kantor keamanan Kyoto (Kyoto Shoshidai). Salah seorang kenalannya, Takamatsu Yasuzane meminjamkan kira-kira setengah dari kompleks kediaman klan Takamatsu. Bangunan kompleks kediaman klan Takamatsu di Teramachi kemudian disiapkannya sebagai gedung sekolah. Izin mendirikan sekolah diperoleh dari Gubernur Kyoto Makimura Masanao dan Penasihat Gubernur Kyoto Yamamoto Kakuma. Dōshisha Eigakkō secara resmi dibuka pada 29 November 1875. Dōshisha adalah nama ciptaan Yamamoto, dibuatnya dari tiga aksara kanji yang secara harfiah berarti ikatan sama tujuan, dan eigakkō berarti sekolah Inggris. Sekolah yang dibukanya tidak hanya mengajarkan bahasa Inggris, melainkan juga ilmu-ilmu dari Barat yang memakai bahasa Inggris.

Ketika sekolah baru dibuka, pengajarnya hanya dua orang: Niijima Jō yang merangkap kepala sekolah, dan misionaris Amerika Serikat, Jerome D. Davis. Muridnya pun hanya 8 orang semuanya laki-laki, di antaranya Motora Yūjirō, Nakajima Rikizō, dan Ueno Hidesaburō. Pada 3 Januari 1876, Niijima menikahi adik perempuan Yamamoto Kakuma yang bernama Yae.

Dosen lulusan Universitas Yale, Dr. Dwight Whitney Learned tiba untuk menjadi pengajar pada bulan April 1876. Setelah sekitar setengah tahun di Teramachi, Doshisha pindah ke dua gedung kecil dan satu gedung ruang makan di Imadegawa pada tahun ajaran baru September 1876. Kampus Imadegawa hingga kini masih dijadikan kampus utama Doshisha. Di Imadegawa, Doshisha menerima 35 siswa pindahan dari Kumamoto pada bulan September 1876. Mereka disebut Kelompok Kumamoto (Kumamoto Band) karena berasal dari Sekolah Ilmu Barat Kumamoto yang sudah dibubarkan tahun 1876 akibat tekanan penguasa setempat. Siswa Kelompok Kumamoto sebelumnya belajar bahasa Inggris dan Kekristenan dari orang-orang Amerika, termasuk Kapten Leroy Lansing Janes.

Pada April 1877, Niijima membuka sekolah khusus untuk siswa putri, Doshisha Bunko Nyokoba di Kyoto. Ia sendiri bertindak sebagai kepala sekolah. Sekolah ini berawal dari sekolah putri yang didirikan misionaris wanita A.J. Starkweather pada Oktober 1876, tempatnya di rumah kediaman Jerome Dean Davis, di dalam kompleks Taman Istana Kekaisaran Kyoto. Dōshisha Bunkō Nyokōba diganti namanya menjadi Doshisha Jogakko pada bulan September tahun yang sama. Penggantian nama ini disebabkan kata nyokōba dapat menimbulkan salah pengertian sebagai sekolah yang mengajarkan menjahit dan keterampilan untuk perempuan.

Doshisha meluluskan 15 siswa angkatan pertama pada bulan Juni 1879. Dalam upacara pagi, 13 April 1880, Niijima memukuli telapak tangannya sendiri dengan sebilah tongkat kayu hingga tongkat patah menjadi tiga bagian. Sebagai kepala sekolah, dirinya merasa bertanggung jawab atas para siswa yang membolos karena menentang penggabungan kelas yang diputuskan sekolah.

Pada 6 April 1884, Niijima untuk kedua kalinya mengadakan perjalanan Eropa dan Amerika, dan tiba kembali di Jepang pada Desember 1885. Ketika berada di Jerman, ia berkunjung ke rumah Johannes Hesse, dan bertemu dengan Hermann Hesse yang ketika itu masih anak-anak.

Setelah sekolah yang didirikannya semakin berkembang, Niijima pada tahun 1882 menyatakan niatnya untuk mendirikan universitas. Pada November 1888, esainya yang berjudul Sasaran Pendirian Universitas Doshisha (Dōshisha Daigaku Setsuritsu no Shii'') dimuat dalam majalah dan surat kabar utama di Jepang.