Jabarkan Menjadi pertapa dari Petrus Abelardus

Dalam Biara Saint-Denis, Petrus Abelardus yang telah berusia 40 tahun mengubur dirinya sebagai seorang rahib dengan kesengsaraan yang tak terlihat dari luar. Karena ia tidak menemukan waktu luang di dalam biara, dan setelah secara bertahap berniat beralih kembali untuk belajar, ia menyerah dengan mengajukan permohonan yang mendesak, dan membuka kembali sekolahnya di suatu biara yang tidak diketahui (namun masih dimiliki Biara Saint-Denis). Pengajaran Abelardus sekarang dibingkai dalam suatu semangat devosional, dan juga teologi serta pengajarannya dahulu dalam logika. Ia kembali dikerumuni oleh banyak murid, dan sepertinya pengaruh lamanya telah kembali. Ia menggunakan Alkitab dan tulisan-tulisan — yang menurut anggapannya — tidak konsisten di antara para pemimpin gereja sebagai dasar penulisan Sic et non (Ya dan Tidak).

Berikutnya Abelardus menerbitkan pengajaran teologisnya, dalam buku Theologia Summi Boni, yang berisi tafsiran rasionalistik tentang dogma Trinitas. Namun dua orang murid Anselmus dari Laon (Alberic dari Rheims dan Lotulf dari Lombardia) memicu kutukan terhadap ajaran Abelardus pada suatu sinode provinsial di Soissons tahun 1121. Ia dituduh mengembangkan ajaran sesat dari Sabellius, lalu ia diperintahkan untuk membakar buku Theologia tersebut. Selain itu Abelardus juga dikenakan hukuman kurungan untuk selamanya dalam sebuah biara, tetapi sepertinya telah ada kesepakatan sebelumnya bahwa hukuman tersebut akan dicabut segera, sebab setelah beberapa hari di Biara St. Medard di Soissons, Abelardus kembali ke Biara St. Denis.

Kehidupan Petrus Abelardus di biara terbukti tidak lebih cocok baginya dibanding sebelumnya. Ia lalu melakukan semacam kesenangan berbahaya yang menjengkelkan para rahib lainnya. Seolah-olah suatu lelucon, ia mengutip kata-kata Santo Beda untuk membuktikan bahwa pendiri Biara St Denis, yaitu St Dionisius orang Areopagus, adalah Uskup Korintus, padahal para rahib lainnya selama ini mempercayai pernyataan Abbas (Kepala Biara) Hilduin bahwa ia adalah Uskup Athena. Ketika kontroversi ini mengarah ke tekanan yang tak terelakkan atas dirinya, Abelardus menulis sebuah surat kepada Abbas Adam dengan mengatakan bahwa menurut Historia Ecclesiastica-nya Eusebius dari Kaisarea dan St Hieronimus, St Dionisius (Uskup Korintus) adalah berbeda dengan St Dionisius dari Aeropagus (Uskup Athena dan pendiri biara tersebut), tetapi untuk menghormati St Bede, ia mengusulkan bahwa St Dionysius dari Aeropagus mungkin juga adalah Uskup Korintus. Abbas Adam lalu menuduhnya menghina biara tersebut dan Kerajaan Prancis (di mana St Denis dipandang sebagai santo pelindung); kehidupan Abelardus di biara menjadi semakin terhambat, dan akhirnya ia diizinkan untuk pergi meninggalkan biara.

Setelah peristiwa tersebut, Abelardus menetap di Biara St Ayoul of Provins —di mana sang abbas adalah temannya. Kemudian, setelah Abbas Adam meninggal pada bulan Maret 1122, Abelardus dapat memperoleh izin dari abbas yang baru, Suger, untuk hidup di tempat sunyi manapun yang ia inginkan. Abelardus memilih sebuah tempat sunyi dekat Nogent-sur-Seine di Champagne, ia membangun sebuah pondok dari jerami dan alang-alang, juga sebuah oratorium sederhana yang didedikasikan pada Trinitas; dan jadilah ia seorang pertapa (eremit). Ketika hal ini diketahui umum, para murid datang berbondong-bondong dari Paris dan memenuhi padang belantara di sekitarnya dengan tenda dan gubuk mereka. Abelardus mulai mengajar lagi di sana. Oratoriumnya dibangun ulang dengan batu dan kayu, serta didedikasikan kembali sebagai Oratorium dari Parakletos.

Abelardus menetap di "Parakletos" selama sekitar 5 tahun. Ia mengkombinasikan kehidupannya sebagai seorang pertapa dengan pengajaran kesenian sekuler sehingga ia mendapat kritikan keras, dan saat itu ia mempertimbangkan untuk benar-benar meninggalkan Kekristenan. Abelardus kemudian memutuskan untuk pergi dan mencari tempat perlindungan lain; dan sekitar tahun 1126-1128 ia menerima tawaran untuk memimpin Biara Saint-Gildas-de-Rhuys, jauh di lepas pantai Basse-Bretagne. Daerah tersebut tidaklah bersahabat, kawasan yang menjadi sasaran para pelanggar hukum. Di sana pun hubungannya dengan komunitas biara yang dipimpinnya semakin hari semakin memburuk.

Pada bulan April 1129 Kepala Biara Suger dari St Denis berhasil memenuhi rencananya untuk memiliki komunitas biarawati, di mana termasuk juga Héloïse, yang telah dikeluarkan dari biara di Argentuil, agar propertinya dapat dialihkan untuk Biara St Denis. Héloïse untuk sementara menjadi kepala dari komunitas biara baru tersebut, yang dinamakan Parakletos. Abelardus menjadi abbas dan menyusun seperangkat aturan dengan suatu penyesuaian atas cara hidup para biarawati; dalam hal ini ia menekankan keutamaan studi sastra. Ia juga memberikan buku-buku himne hasil komposisinya, dan di awal tahun 1130 ia dan Héloïse menyusun suatu kumpulan surat cinta mereka dan surat korespondensi rohaniah.

Ketidakberhasilan Petrus Abelardus sebagai abbas di Biara Saint-Gildas membuatnya memutuskan untuk mengajar kembali. Tidak dapat dipastikan sepenuhnya kapan ia melakukan hal tersebut, tetapi mengingat  (Uskup Chartres) pernah diajar dialektika oleh Abelardus pada tahun 1136 maka dapat diasumsikan bahwa Abelardus kembali ke Paris dan mengajar lagi di Montagne Sainte-Geneviève. Ada dugaan juga bahwa pengajarannya termasuk logika, setidaknya sampai tahun 1136, tetapi utamanya berkaitan dengan Kitab Suci, etika, dan ajaran Kristiani. Ia menghasilkan rancangan lebih lanjut dari Theologia karyanya, yang di dalamnya ia menganalisis sumber-sumber keyakinan akan Trinitas serta memuji para filsuf pagan dari zaman kuno atas keutamaan dan penemuan mereka mengenai penggunaan akal (daya pikir) pada banyak aspek fundamental pewahyuan Kristiani. Dalam masa ini juga Abelardus menuliskan, antara lain, Historia Calamitatum yang adalah autobiografinya. Tulisan tersebut menggerakkan Héloïse untuk menulis surat pertamanya; kemudian diikuti dua surat lainnya, yang di dalamnya Héloïse akhirnya setuju untuk mengundurkan diri sehingga Abelardus memujinya, sekarang sebagai seorang saudara laki-laki kepada seorang saudara perempuan.