Jabarkan Aneka ragam biji-bijian dari Kebun Binatang Gembira Loka

Aneka ragam morfologi flora Gembira Loka

Laboratorium Fauna, yang berisi koleksi

Taman bunga dan aneka jenis kupu-kupu

dan aneka ragam fauna lainnya.

Museum ini juga memiliki diorama yang mengambarkan alur sungai dari hulu hingga hilir, dan diorama pengolahan jamu tradisional berbahan dasar tumbuhan yang diolah secara manual.

Koleksi Unggulan Museum Gembira Loka

Pada tahun 2014 Dinas Kebudayaan Daerah Istimewa Yogyakarta menerbitkan buku berisi koleksi unggulan museum di Daerah Istimewa Yogyakarta, di antaranya adalah koleksi unggulan yang dimiliki oleh Museum Gembira Loka. Koleksi unggulan Museum Gembira Loka adalah sebagai berikut:

Awetan Harimau Sumatra, Panthera tigris sumatrae pandai berenang karena memiliki selaput di sela-sela jari kaki nya. Termasuk alam kategori hewan soliter yang memburu mangsanya pada malam hari. Binatang buruannya antara lain ialah babi, kijang, rusa, unggas, dan ikan.

Awetan Macan Tutul, Panthera pardus merupakan satu-satunya kucing besar yang tersisa di Pulau Jawa. Sebagian populasi macan tutul dapat dijumpai di Taman Nasional Gunung Gede Pangrango, meskipun sebaran populasinya adalah dari Ujung Kulon sampai Baluran

Awetan Macan Kumbang, Panthera pardus melas merupakan subspesies macan tutul yang tinggal di hutan tropis Pulau Jawa.

Awetan Merak Hijau, merak hijau kerap disebut sebagai Merak Jawa memiliki nama latin Pavo muticus. Merak hijau banyak ditemukan di Betiri, Jawa Timur.