Jabarkan Marvel Enterprises dari Marvel Entertainment

ToyBiz dan Marvel Entertainment Group bergabung menjadi Marvel Enterprises untuk membawanya keluar dari kebangkrutan pada bulan Juni 1998. Pada bulan Februari 1999, Fleer/Skybox dijual ke perusahaan milik Alex dan Roger Grass, seorang ayah dan anak, dengan harga US$30 juta.

Kemudian, hak untuk nama seperti "Spider-Man" ditantang. Toy Biz menyewa seorang pengacara untuk meninjau kembali perjanjian lisensinya. Pengacara paten Los Angeles Carole E. Handler menemukan celah hukum dalam perizinan nama Marvel dan berhasil mereklamasi hak film Marvel Enterprises terhadap karakter Spider-Man-nya.

Marvel Enterprise mengorganisir dirinya menjadi empat unit utama, Marvel Studios, Toy Biz, Licensing and Publishing, sementara pada bulan November 1999 menambahkan Marvel Characters Group untuk mengelola IP Marvel dan mengawasi pemasaran.

Pada bulan November 2004, perusahaan tersebut menggugat NCSoft Corp yang berbasis di Korea Selatan dan Cryptic Studios Inc. yang berbasis di San Jose, California atas kemungkinan pelanggaran merek dagang di game multiplayer online City of Heroes multiplayer mereka. Marvel menyelesaikan sebuah tuntutan royalti film pada bulan April 2005 dengan mantan pemimpin redaksi dan penerbitnya, Stan Lee, membayarnya $10 juta dan menegosiasikan akhir royaltinya.