Jabarkan Leluhur dan masa muda dari Yu yang Agung

Menurut beberapa sumber catatan, Yu merupakan cicit kedelapan Kaisar Kuning: ayahanda Yu Gun merupakan buyut kelima Zhuanxu; ayahanda Zhuanxu, Changyi, merupakan putra kedua Kaisar Kuning. Yu konon dilahirkan di Gunung Wen (), yang sekarang Beichuan, Sichuan, meskipun ada yang memperdebatkan bahwa ia sesungguhnya lahir di Shifang. Ibunda Yu berasal dari marga Youxin yang bernama Nüzhi () atau Nüxi ().

Ketika Yu masih kecil, ayahanda Gun memindahkan orang-orang timur menuju Zhongyuan. Yao menawarkan Gun sebagai lord di Chong, yang biasanya diidentifikasikan sebagai puncak tengah Gunung Song. Yu diduga tumbuh di lereng Gunung Song, sebelah selatan Sungai Kuning. Ia kemudian menikahi seorang wanita asal Gunung Tu () yang biasanya disebut Tushan-shi (). Mereka memiliki seorang putra yang bernama Qi, yang berarti "wahyu".

Lokasi Gunung Tu kerap diragukan, ada dua lokasi yang paling mungkin untuk Gunung Tu adalah di Anhui dan Puncak Tu adalah di Gunung Selatan Chongqing.

Yu yang Agung mengendalikan air

Di masa pemerintahan Yao, pusat Tiongkok sering diganggu oleh banjir yang mencegah pembangunan ekonomi dan sosial. Ayahanda Yu, Gun, bertugas merancang sistem untuk mengendalikan banjir. Ia menghabiskan lebih dari sembilan tahun membangun serangkaian tanggul dan bendungan di sepanjang sungai, tetapi semua itu tidak berhasil, meskipun (atau karena) jumlah besar dan ukuran tanggul tersebut dan penggunaan tanah pengembang khusus. Sebagai pria dewasa, Yu meneruskan pekerjaan ayahandanya dan mempelajari dengan cermat sistem sungai untuk mengetahui mengapa upaya-upaya besarnya itu gagal.

Bekerja sama dengan Houji, ia berhasil merancang sistem kendali banjir yang penting di dalam membangun kemakmuran di jantung kota Tiongkok. Daripada langsung membendung aliran sungai, Yu membuat sistem irigasi kanal yang membebaskan air banjir ke ladang-ladang, serta menghabiskan upaya besar Pengerukan. Yu konon makan dan tidur dengan para pekerja umum dan menghabiskan sebagian besar waktunya membantu pengerukan lumpur dari sungai selama tiga belas tahun. Pengerukan dan irigasi yang sukses dan memungkinkan budaya Tiongkok kuno berkembang di sepanjang Sungai Kuning, Sungai Wei, dan saluran air lainnya di pusat kota Tiongkok. Proyek ini membuat Yu terkenal di sepanjang sejarah Tiongkok dan disebut Yu yang Agung pengendali Air (). Terutama, Gunung Longmen di sepanjang Sungai Kuning memiliki saluran yang sangat sempit yang memblokir air yang mengalir dengan bebas ke timur arah laut. Yu konon membawa sejumlah besar pekerja untuk membuka saluran in yang kemudian dikenal dengan nama "Pintu Gerbang Yu" ().