Jabarkan Akhir beroperasi (1986-2000) dari Lokomotif CC200

Seiring waktu, sebagian lokomotif ini juga mulai diafkirkan karena usia, faktor suku cadang, serta kebijakan PJKA yang memilih merawat dan mendatangkan lokomotif baru. Sebanyak 17 unit CC200 dinyatakan afkir pada tahun 1986, dan dirucat tidak lama setelah itu. Pasca afkir massal pada 1986, hanya tersisa CC 200 02, 04, 08, 09, 11, 12, 15, 21, 24, dan 26. Jumlah ini kembali berkurang pada era 1990-an, di mana seluruh lokomotif CC200 hanya tinggal CC 200 08, 09, 15, dan 26 yang masih bisa beroperasi. Lokomotif CC200 yang telah pensiun umumnya cepat dirucat karena besinya yang kokoh dan bernilai jual tinggi.

Mulai tahun 1990-an, CC200 dicat menjadi merah-biru dengan garis putih seiring bergantinya nama dan bentuk perusahaan, dari PJKA menjadi Perumka. CC200 pun diturunkan pangkatnya menjadi penarik KA jarak dekat/KA lokal, biasanya untuk rute Cikampek - Cirebon, mengingat usianya yang makin tua dan hanya tersisa sedikit, di mana saat itu lokomotif CC200 yang tersisa hanyalah CC 200 08, 09, 15, dan 26 yang dimiliki oleh Depo Lokomotif Cirebon.

Pada dekade 1990-an, sebenarnya CC 200 26 adalah lokomotif yang lebih sehat dibandingkan ketiga saudaranya. Namun, akibat miskomunikasi antara Depo Traksi Cirebon dan Balai Yasa Yogyakarta membuat lokomotif tersebut yang seharusnya hanya menjalani perbaikan, akhirnya dirucat di Balai Yasa Yogyakarta pada November 1999. CC200 akhirnya berhenti beroperasi sekitar tahun 2000-an awal, ketika tiga lokomotif CC200 yang tersisa dan merupakan milik Depo Cirebon, yaitu CC 200 08, CC 200 09, dan CC 200 15 tumbang.