Jabarkan Rafflesia azlanii dari Rafflesia

Perbandingan sekuensi DNA mitokondria (mtDNA) Rafflesia dengan mtDNA angiosperma lain menandakan bahwa parasit ini berevolusi dari tumbuhan fotosintetik dari ordo Malpighiales. Studi lain pada tahun yang sama mengonfirmasikan hasil ini menggunakan sekuensi mtDNA dan DNA inti, dan menunjukkan bahwa tiga grup lain yang diklasifikasikan dalam Rafflesiaceae secara tradisional tidak berkerabat. Studi terbaru menemukan Rafflesia dan kerabatnya terpaut dalam famili Euphorbiaceae, hal yang mengejutkan karena anggota famili itu umumnya mempunyai bunga yang sangat kecil. Menurut analisis mereka, tingkat evolusi ukuran bunga lebih atau kurang konstan di seluruh famili itu kecuali pada asal mula Rafflesiaceae, di mana bunga dengan cepat berevolusi menjadi lebih besar sebelum berbalik pada tingkat perubahan yang lebih lambat.