Jabarkan Mulai beroperasi dari NAMC YS-11

Kementerian Transportasi memberikan sertifikat tipe untuk YS-11 pada bulan Agustus 1964, dan setelah itu dimulai penyerahan pesawat untuk maskapai penerbangan dalam negeri. Sejak penerbangan perdana hingga dikeluarkannya sertifikat tipe, pesawat prototipe nomor 1 telah mengumpulkan 540 jam terbang, sementara pesawat prototipe nomor 2 telah mengumpulkan 460 jam terbang. Pada 9 September 1964, pesawat prototipe nomor 2 (JA8612) yang disewa beli oleh ANA membawa api Olimpiade dalam perjalanan keliling Jepang sebelum dinyalakan pada Olimpiade Tokyo 1964. Perjalanan ke daerah-daerah ini juga sekaligus merupakan promosi untuk YS-11. Setelah memakai YS-11 untuk berkeliling membawa api Olimpiade, ANA menyebut pesawat-pesawat YS-11 miliknya sebagai "Olympia". Pada badan pesawat maupun tabel jadwal penerbangan, ANA tidak pernah menulis pesawat ini sebagai YS-11, melainkan sebagai "Olympia". Operator YS-11 di Amerika Serikat, Piedmont Airlines juga tidak menyebut pesawat ini sebagai YS-11. Di Amerika Serikat, kepercayaan terhadap produk Jepang waktu itu masih buruk. Dalam iklan dan jadwal penerbangan, Piedmont menyebut pesawat ini sebagai "Rolls Royce Turboprop Jet". YS-11 sama sekali tidak disebut sebagai pesawat buatan Jepang.

Pada 30 Maret 1965, YS-11 produksi massal nomor 1 (2003) mendapat sertifikat kelaikan udara dari Kementerian Transportasi. Penyerahan pesanan ke operator dalam negeri dimulai pada bulan April 1965. Sertifikasi FAA didapat pada bulan September 1965, dan YS-11 siap untuk diekspor.

Maskapai penerbangan dalam negeri yang pertama menerima YS-11 adalah Toa Domestic Airlines pada 10 April 1965. Pesawat yang diserahkan adalah YS-11 produksi massal nomor 2 JA8639 (S/N 2004). Meskipun demikian, Japan Domestic Airlines adalah operator pertama YS-11 di Jepang. YS-11 produksi massal nomor 1 milik Kementerian Transportasi mulai dioperasikan Japan Domestic Airlines pada 1 April 1965 untuk melayani rute reguler Tokyo–Tokushima–Kochi. Penyerahan YS-11 untuk Japan Domestic Airlines lebih lambat dari rencana pembukaan rute sehingga dilakukan sewa beli prototipe nomor 2 dari NAMC pada 11 Maret 1965. Pesawat prototipe nomor 2 sebelumnya pernah dipakai oleh ANA untuk membawa api Olimpiade, sehingga livery dicat ulang dengan livery Japan Domestic Airlines, dan diberi nama Seika-gō atau Api Olimpiade (generasi 1). Pesawat YS-11 yang pertama diterima Japan Domestic Airlines adalah produksi massal nomor 4 (S/N 2006) JA8640, diterima pada 15 Mei 1965, dan diberi nama Shinju-gō (Mutiara). Masih pada tahun yang sama, Japan Domestic Airlines menerima produksi massal nomor 14 (S/N 2006) JA8651, dan diberi nama Seika-gō (generasi 2), sementara Seika-gō (generasi 1) dikembalikan ke NAMC.

YS-11 Toa Domestic Airlines mulai 10 Mei 1965 melayani rute Hiroshima–Osaka dan Osaka–Yonago. Masih pada 31 Mei tahun yang sama, Southwest Air Lines (Nansei Kōkū) menerima YS-11 hasil sewa beli, dan mulai menerbangi rute Naha–Miyakojima pada 8 Juni 1965. Pada 29 Juli 1965, ANA menerima YS-11 dan mulai menerbangi rute Osaka–Kochi. Pada 1 April 1969, Japan Airlines menyewa YS-11 secara wet lease dari Japan Domestic Airlines untuk melayani rute Fukuoka–Busan, dan sekaligus merupakan rute internasional pertama yang diterbangi YS-11. Sebelumnya untuk rute Fukuoka–Busan, Japan Airlines ingin memakai Boeing 727, namun rute tersebut sudah lebih dulu dilayani Korean Air Lines dengan YS-11. Pemerintah Korea Selatan menyatakan keberatan JAL memakai tipe pesawat yang berbeda, sehingga JAL akhirnya memakai YS-11 untuk rute Fukuoka–Busan.

Setelah YS-11-100 mulai banyak beroperasi, laporan-laporan mengenai kecacatan produksi mulai diterima, mulai dari abnormalitas roda pendarat utama, kesalahan desain pintu buka tutup roda pendarat, hingga kerusakan sistem listrik akibat rembesan air hujan dari sambungan panel. Setelah dilakukan perbaikan rancangan, hasilnya berupa YS-11A (kode 2050 dan selanjutnya) yang selesai pada tahun 1967. Pada tahun 1968, hampir semua masalah dapat diatasi. Satu pesawat YS-11 rata-rata memiliki lebih dari 300 jam terbang per bulan, dan membanggakan persentase keberangkatan tepat waktu sebesar 99%.