Jabarkan Antarkota dari Stasiun Kutowinangun

Pada siang hari tanggal 23 September 2007, kereta api Pasundan anjlok sekitar 500 m di timur Stasiun Kutowinangun. Tidak ada korban dalam kejadian ini, tetapi ratusan penumpang telantar dan baru dapat melanjutkan perjalanan setelah menunggu hampir 4 jam.

Pada 14 Maret 2014, ruang PPKA Stasiun Kutowinangun diserang pedagang asongan karena pemberlakuan jadwal kereta api berdasarkan Gapeka 2013 sehingga kereta api Bengawan—yang menjadi tumpuan hidup mereka—tidak lagi berhenti di stasiun tersebut. Pada saat itu, PT KAI membuat kebijakan mengenai larangan pedagang asongan dan pengamen naik kereta api.