Jabarkan Jalur SS dari Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari–Solo Balapan

Sementara itu, perusahaan kereta api milik negara, Staatsspoorwegen—yang dibentuk pascaevaluasi pembangunan jalur NIS Samarang–Vorstenlanden dan Batavia–Buitenzorg yang mengalami kesulitan keuangan—mulai menanamkan pengaruhnya di Jawa. Pembangunan jalur ini diprioritaskan untuk menghubungkan Jakarta–Surabaya dengan kereta api melalui lintas selatan. Untuk jalur tersebut, pada mulanya SS memutuskan untuk membangun segmen terakhir lebih dulu, Cilacap–Kroya–Kutoarjo–Yogyakarta pada tahun 1885 dan selesai pada tanggal 20 Juli 1887, beserta seluruh stasiun di lintas ini. Untuk jalur gunung Bandung–Banjar–Kasugihan baru bisa disambung pada tahun 1894 karena persoalan geometri jalan rel dan medan terjal yang membutuhkan kehati-hatian oleh teknisinya. Pada mulanya, jalur ini direncanakan oleh SS akan disambung ke Stasiun Cilacap, tetapi karena jalur Kawunganten ke tenggara kala itu merupakan rawa-rawa, maka jalurnya dialihkan ke Kasugihan.

Dalam operasionalnya, jalur ini rupanya telah menghancurkan garis imajiner Kota Yogyakarta. Konon, garis tersebut menghubungkan Gunung Merapi, Tugu Pal Putih, Jalan Malioboro, Kraton, Panggung Krapyak, dan Pantai Parangtritis. Keberadaan garis yang penuh filosofi dan sangat merakyat di kalangan masyarakat Jogja ini dihancurkan oleh Pemerintah Kolonial.