Jabarkan 2003-2006: Era pembangunan dari Ducati Corse

Debut Ducati dengan dua pembalapnya yaitu Loris Capirossi dan Troy Bayliss di ajang MotoGP dimulai di GP Jepang 2003 di sirkuit Suzuka, Jepang, dan di balapan tersebut Ducati langsung meraih podium. Di GP Catalunya di sirkuit Barcelona, Capirossi bahkan berhasil menang setelah pemimpin balapan dari tim Repsol Honda yaitu Valentino Rossi terjatuh. Setelah itu berturut-turut podium mampu diraih Ducati sampai akhir musim. Capirossi secara umum berada di P4 klasemen akhir dan Bayliss berada di P6. Ducati sendiri mampu berada di P2 klasemen konstruktor di bawah Honda dan diatas Yamaha.

Musim 2004 dengan masih diperkuat duet Capirossi dan Bayliss, Ducati mencoba memodifikasi ulang motornya dengan harapan bisa menjadi penantang juara dunia yang sesungguhnya. Namun Ducati hanya mampu meraih posisi podium saja di musim 2004 tersebut, sekalipun motor Desmosedici sukses menjadi motor tercepat dalam sesi tes IRTA di sirkuit Catalunya dengan kecepatan 347km/j ditangan Loris Capirossi.

Musim balapan 2005 posisi Troy Bayliss di Ducati digantikan oleh pembalap veteran Carlos Checa. Ducati juga beralih pasokan ban ke Bridgestone. Perbaikan demi perbaikan yang Ducati lakukan akhirnya kembali berhasil mengantar Loris Capirossi meraih podium kemenangan di Motegi, Jepang dan Sepang, Kuala Lumpur. Checa sendiri masih kalah jauh ketimbang Capirex dan hanya mampu meraih posisi minimal podium ketiga.

Musim 2006 Ducati mengontrak Sete Gibernau untuk menggantikan posisi Carlos Checa. Setelah tampil secara impresif di tes musim dingin, Ducati melalui tangan Loris Capirossi akhirnya mampu memenangi balapan pembuka musim 2006 di Jerez, Spanyol. Ia kemudian sempat memimpin klasemen sebelum akhirnya ketika balapan GP Barcelona Capirossi dan Gibernau mengalami kecelakaan saat start. Kedua pembalap lantas mengalami cedera dan dilarikan ke rumah sakit. Capirex yang masih mengalami kesakitan kemudian tampil buruk di Assen, Belanda dan Gibernau yang cedera untuk sementara digantikan Alexander Hoffman. Kondisi Gibernau yang masih cedera sampai balapan terakhir akhirnya membuat Ducati memanggil Troy Bayliss yang saat itu berkompetisi di ajang World Superbike untuk balapan di seri terakhir di Valencia. Secara mengejutkan Bayliss tampil luar biasa dengan meraih pole dan kemudian mampu menerjemahkannya menjadi kemenangan manis bagi Ducati di akhir musim 2006 dengan Loris Capirossi yang berhasil finish P2, sekaligus menjadi finish 1-2 pertama Ducati di ajang MotoGP.