Jabarkan Alur permainan dari Super Contra

Berlatar waktu setahun setelah peristiwa asli dalam permainan Contra , Bill Rizer (dibaca: "bil raiser") dan Lance Bean ("lèns bin"), pahlawan dari permainan sebelumnya, dikirim untuk misi kedua mereka. Kali ini, pasukan makhluk asing dari permainan sebelumnya telah mengambil alih sebuah pangkalan militer sekutu, menginfeksi dan merasuki sebagian besar pasukannya. Bill dan Lance tidak hanya harus melawan mantan-mantan kawan dan teman seperjuangan mereka, tetapi juga sebuah bentuk mutasi baru dari makhluk-makhluk asing sama yang mereka lawan dalam misi mereka sebelumnya.

Berdasarkan urutan adegan pembukaan permainan video versi Jepang yang dioperasikan dengan koin, permainan berlangsung pada latar waktu futuristik bulan Desember 2634, meskipun detail ini telah dihapus dari versi rilis di luar Jepang.