Jabarkan Pengoperasian dari Kereta api Menoreh

Kereta api Menoreh pertama kali beroperasi pada 21 September 2012 untuk menggantikan layanan Kereta api Fajar Utama Semarang dari Jakarta dan Kereta api Senja Utama Semarang dari Semarang, dan 19 Agustus 2014 untuk menggantikan layanan Kereta api Fajar Utama Semarang dari Semarang dan Kereta api Senja Utama Semarang dari Jakarta. Pada grafik perjalanan kereta api tahun 2015, kereta api ini sempat melayani sebanyak dua kali perjalanan pagi dan malam. Namun, pengoperasian kereta api Menoreh I (jadwal pagi dari Jakarta dan jadwal malam dari Semarang) dihentikan mulai 4 Oktober 2016 karena tingkat okupansi yang rendah, sehingga rangkaian kereta yang tidak terpakai digunakan untuk pengoperasian kereta api Ambrawa Ekspres lintas Semarang Poncol–Surabaya Pasar Turi.

Mulai 10 Februari 2021, kereta api Menoreh berhenti di Stasiun Pegaden Baru (arah Jakarta Kota) untuk melayani penumpang.

Untuk mengurangi kepadatan di Stasiun Pasar Senen, PT KAI mengubah mekanisme perjalanan beberapa kereta api yang berdampak pada pemanjangan rute kereta api Menoreh hingga Stasiun Jakarta Kota mulai 29 Mei 2019.

Seiring dengan titik keberangkatan dari Stasiun Jakarta Kota, penumpang Kereta api Menoreh terlalu sepi makanya dikembalikan ke Stasiun Pasar Senen mulai 1 Juni 2023 sejak diberlakukan GAPEKA 2023.