Jabarkan Musim 2012–13 dari Branislav Ivanović

Pada 12 Agustus, Ivanović menjadi starter pada partai Community Shield kontra Manchester City namun harus ditarik keluar setelah di-tackle dua kaki oleh rekan senegaranya di Manchester City, Aleksandar Kolarov. Ia mencetak gol cepat ke gawang Wigan pada 19 Agustus, membantu Chelsea memenangi laga pertama mereka di Liga Primer. Tiga hari berselang, ia kembali mencetak gol setelah memanfaatkan umpan dari Eden Hazard, saat Chelsea takluk atas Reading 4–2. Golnya kembali hadir saat Chelsea menumpas Norwich City 4–1 pada 6 Oktober 2012.

Ia membukukan gol pertamanya di Piala Liga saat menang 1–5 atas Leeds United. Pada 23 Desember 2012, Ivanović mencetak golnya yang kelima di musim tersebut saat mencukur Aston Villa 8–0. Ivanović kembali menunjukkan kecakapannya pada 5 Januari 2013 saat mencetak gol ketiga bagi Chelsea saat melawan Southampton FC di babak ketiga Piala FA .

Saat final Liga Eropa pada15 Mei 2013, Ivanović mencetak gol penentu kemenangan lewat sundulannya pada injury time, menit ke-93, yang memberikan kemenangan 2-1 bagi Chelsea atas klub Portugal Benfica. Gol tersebut merupakan golnya yang kedelapan di semua kompetisi dan pertama di Liga Eropa, sekaligus membawa klub asal London tersebut merengkuh titel Eropa kedua mereka. Kemenangan ini juga berarti bahwa dalam sepuluh hari selanjutnya, The Blues berhak memiliki dan mengawinkan trofi Liga Champions dan Liga Eropa secara bersamaan di markas mereka sampai final Liga Champions 2013 pada tanggal 25 Mei. Berkat aksi heroiknya ini, ia pun didapuk sebagai Man of the Match.