Jabarkan Menetap di Jenewa dari Theodore Beza

Sekembalinya ke Lausanne, Beza terganggu pikirannya. Dalam persatuan dengan banyak pendeta dan profesor di Jenewa dan negara, Viret akhirnya berpikir untuk mendirikan consistory dan memasukkan disiplin gereja yang menerapkan ekskomunikasi terutama pada perayaan komuni. Tetapi orang-orang Bern, yang waktu itu mengontrol Lausanne, tidak menghendaki pemerintahan gereja Calvinis. Hal ini mengakibatkan banyak kesulitan, dan Beza berpikir pada tahun 1558 lebih baik menetap di Jenewa. Di kota itu ia diberi jabatan untuk bidang bahasa Yunani pada akademi yang baru didirikan, dan setelah kematian Calvin juga jabatan bidang teologi. Ia juga wajib untuk berkhotbah.

Ia menyelesaikan revisi terjemahan Perjanjian Baru karya Pierre Olivetan yang dimulai beberapa tahun sebelumnya.

Pada tahun 1559, ia melakukan perjalanan lagi demi kepentingan kaum Huguenot, Kali ini ke Heidelberg. Pada sekitar waktu yang sama, ia harus membela Calvin melawan Joachim Westphal di Hamburg dan Tilemann Heshusius.

Lebih penting dari aktivitas polemik ini adalah pernyataan pengakuan iman Beza sendiri. Asalnya disiapkan untuk ayahnya sebagai pembenaran tindakan-tindakannya dan diterbitkan dalam bentuk direvisi untuk meningkatkan pengetahuan Evangelikal di antara orang-orang sebangsanya. Dicetak dalam bahasa Latin pada tahun 1560 dengan sebuah dedikasi kepada Wolmar. Terjemahan bahasa Inggris diterbitkan di London pada tahun 1563, 1572, dan 1585. Terjemahan ke dalam bahasa Jerman, Belanda dan Italia juga diterbitkan.