Jabarkan Plot dari Mobile Suit Gundam F91

Film ini berlatar 30 tahun setelah peristiwa Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack dan tidak ada karakter yang sebelumnya muncul dalam seri yang hadir dalam film tersebut. Pada tahun UC 0123, lengan militer Cosmo Babylonia, Crossbone Vanguard, menyerang koloni Federasi Bumi Perbatasan IV. Mekanik pelajar Seabook Arno dan temannya Cecily Fairchild terjebak di tengah pertempuran karena garnisun Federasi dengan cepat kewalahan. Seabook dan Cecily memimpin sekelompok pengungsi ke tingkat bawah koloni, di mana mereka bertemu dengan ayah Seabook, Leslie. Saat kelompok itu menaiki sekoci, Seabook melihat ayah Cecily, Theo, mencoba menculiknya dan mencoba campur tangan. Namun, Crossbone Vanguard datang dan mengambil Cecily, yang sebenarnya Berah Ronah, bagian dari keluarga Ronah yang menjadi pemimpin di balik Cosmo Babylonia. Seabook terpaksa mundur ke sekoci sementara Leslie tetap tinggal untuk membantu anak yang hilang. Cecily dibawa untuk bertemu ayah kandungnya Carozzo dan kakek Meitzer, yang keduanya bermimpi menggulingkan Federasi Bumi yang korup dan menggantinya dengan aristokrasi yang lebih adil.

Cecily enggan bergabung dengan mereka, tetapi merasa tidak punya pilihan. Sementara itu, sekoci berhasil mencapai koloni tetangga Frontier I, tetapi juga diserang oleh Crossbone Vanguard. Kelompok Seabook kemudian menemukan Space Ark, sebuah kapal pelatihan Federasi yang membawa Gundam F91 yang tidak beroperasi karena kebingungan yang disebabkan oleh serangan mendadak Crossbone Vanguard, Space Ark dijalankan oleh kru kerangka yang hampir tidak berpengalaman tanpa pilot yang tersedia. Ditekan ke dalam layanan Federasi, Seabook bekerja untuk memperbaiki F91 dan menemukan bahwa itu dikembangkan oleh ibunya, Monica. Para kru mampu memperbaiki F91 tepat pada waktunya untuk mengusir serangan Crossbone Vanguard, memaksa mereka untuk mundur.

Seabook kemudian menggunakan F91 untuk kembali ke Frontier IV, di mana Cosmo Babylonia telah memperbaiki sebagian besar kerusakan koloni dan telah menempatinya sepenuhnya. Dia menyusup ke tanah Ronah dan melakukan kontak dengan Cecily. Namun, dia terpaksa melarikan diri tanpa dia ketika penjaga mengejarnya. Leslie membantu Seabook melarikan diri dari Frontier IV, tetapi dia menderita cedera kepala yang fatal dalam prosesnya dan meninggal dalam perjalanan kembali ke Frontier I. Cecily bergabung dengan Crossbone Vanguard di bawah komando Zabine Chareux. Dia membantu melatih Cecily untuk menjadi pilot mobile suit dan memperingatkan dia bahwa ada beberapa faksi dalam Cosmo Babylonia bekerja melawan kepentingan satu sama lain, dengan satu faksi bekerja pada superweapon rahasia dengan kode nama "Bug".

Seabook kembali ke Perbatasan I, di mana dia kembali dipaksa oleh Federasi untuk membantu mempertahankan koloni dari serangan yang akan datang oleh Crossbone Vanguard. Sebaliknya, Seabook dan awak kapal Space Ark diam-diam memutuskan untuk meninggalkan dan melarikan diri ke Bulan. Cecily diberi mobile suit Vigna Ghina tingkat lanjut dan menemani Crossbone Vanguard saat mereka menerobos ke Frontier I. Setelah pertempuran singkat namun intens, Crossbone Vanguard sekali lagi dipaksa untuk mundur. Seabook bertemu Cecily dalam pertempuran dan dia memutuskan untuk membelot setelah menemukan teman-temannya masih hidup. Carozzo kemudian tiba di Perbatasan I dan menyebarkan Bugs, mesin perang otomatis yang dirancang khusus untuk memburu manusia. Dia percaya bahwa populasi Bumi harus dibersihkan untuk melestarikan lingkungannya, dan bermaksud menggunakan Perbatasan I sebagai tempat pengujian bagi Bug. Seabook dan Cecily bekerja sama untuk menghancurkan Bug, dengan Cecily menghancurkan induk mereka. Marah, Carozzo menggunakan baju besi bergeraknya sendiri, Rafflesia, dan bertarung melawan Seabook dan Cecily. Vigna Ghina dihancurkan, mendepak Cecily ke luar angkasa dan Seabook menghancurkan Rafflesia sebagai tanggapan. Zabine tiba di tempat kejadian, tetapi memutuskan untuk menyelamatkan Seabook dan Space Ark karena ketidaksetujuannya atas penggunaan Bug dan Rafflesia oleh Carozzo. Setelah pencarian putus asa, Seabook dapat menemukan dan menyelamatkan Cecily saat Space Ark tiba untuk menjemput mereka.