Jabarkan Universitas Imperial Kyoto dari Universitas Kyoto

Universitas Imperial Kyoto secara resmi didirikan 18 Juni 1897, diikuti pembukaan Sekolah Tinggi Sains dan Teknologi pada September 1897. Dua tahun kemudian, Sekolah Tinggi Hukum dan Sekolah Tinggi Kedokteran dibuka pada September 1899. Perpustakaan universitas dan rumah sakit universitas menyusul dibuka bulan Desember tahun yang sama. Sekolah Tinggi Sastra menyusul dibuka pada September 1906, Sekolah Tinggi Sains dan Teknologi dipecah menjadu Sekolah Tinggi Teknologi dan Sekolah Tinggi Sains pada Juli 1914.

Konoshita Hiroji dari Kementerian Pendidikan Jepang adalah rektor pertama Universitas Kyoto. Sesuai keinginan rektor waktu itu, Universitas Imperial Kyoto dibangun berdasarkan "sistem Jerman yang berlandaskan konsep kebebasan belajar, mengajar, dan melakukan penelitian". Konsep tersebut hingga kini masih diterapkan dalam bentuk kebebasan akademik di Universitas Kyoto.

Pada Februari 1919, sebutan sekolah tinggi diganti menjadi fakultas. Sekolah Tinggi Hukum, Sekolah Tinggi Kedokteran, Sekolah Tinggi Teknologi, Sekolah Tinggi Sains, dan Sekolah Tinggi Sastra masing-masing menjadi sebuah fakultas. Sejak itu pula Universitas Kyoto terus berkembang dengan dibukanya fakultas baru, sekolah pascasarjana, dan pusat-pusat penelitian. Pada Mei 1919, Fakultas Ekonomi memisahkan diri dari Fakultas Hukum, disusul dibukanya Fakultas Pertanian pada November 1923. Masih pada tahun 1923, gedung utama universitas selesai dibangun. Menara jam tersebut hingga kini dikenal sebagai simbol Universitas Kyoto. Pusat penelitian pertama milik Universitas Kyoto adalah Pusat Penelitian Kimia yang dibuka pada Oktober 1926.

Pada awal periode Showa, pengawasan terhadap ideologi Marxis semakin diperketat, termasuk terhadap para dosen. Pada tahun 1928, ahli ekonomi Marxis Hajime Kawakami dari Universitas Imperial Kyoto diminta Kementerian Pendidikan untuk mengundurkan diri. Setelah permintaan tersebut diluluskan rapat dewan dosen, Kawakami dipecat. Pada 1933, Menteri Pendidikan Ichirō Hatoyama menjatuhkan hukuman skors kepada dosen Fakultas Hukum Takigawa Yukitoki yang dituduh menyebarluaskan ideologi Marxis dalam artikel mengenai teori kriminal. Dosen Fakultas Hukum beramai-ramai menanggapinya dengan surat pengunduran diri. Dalam pertemuan dengan menteri pendidikan, rektor ikut menyatakan keinginan mengundurkan diri, namun ditolak oleh Kementerian Pendidikan. Peristiwa ini disebut Peristiwa Takigawa, dan berakhir dengan berhentinya Takigawa Yukitoki bersama 7 orang dosen lainnya. Perkembangan selanjutnya berupa dibukanya Pusat Penelitian Humaniora (Agustus 1939), Pusat Penelitian Tuberkulosa, dan Institut Energi Atom (Maret 1941), serta Pusat Penelitian Perkayuan (Mei 1944).

Seusai Perang Dunia II, Komandan Tertinggi Sekutu melakukan pembersihan staf pengajar secara besar-besaran. Takigawa Yukitoki dan rekan-rekan yang berhenti pada Peristiwa Takigawa diterima kembali untuk mengajar. Pada tahun 1946, universitas ini untuk pertama kalinya menerima mahasiswa perempuan dan membuka Pusat Penelitian Ilmu Pangan.

Universitas Imperial Kyoto menanggalkan nama Imperial, dan resmi disebut Universitas Kyoto sejak tahun 1947. Dua tahun kemudian, Universitas Kyoto membuka Fakultas Pendidikan, dan berdasarkan sistem universitas yang baru, Dai-san Kōtō Gakkō (Sekolah Menengah Atas 3) bergabung dengan Universitas Kyoto pada bulan Mei 1949. Masih pada tahun 1949, dosen Universitas Kyoto Hideki Yukawa memenangi Penghargaan Nobel, dan sekaligus menjadi orang Jepang pertama yang memenangi Penghargaan Nobel. Sebagai kenang-kenangan, Universitas Kyoto mendirikan Gedung Peringatan Yukawa yang dijadikan Pusat Penelitian Fisika Universitas Kyoto.