Jabarkan Pembangunan dari Bandar Udara Matahora

Bandara ini mulai dibangun pada tahun 2007 dengan investasi sebesar 100 miliar rupiah dari pemerintah Sulawesi Tenggara. Pada tanggal 21 Mei 2009, akhirnya bandara ini pun diresmikan oleh Menteri Perhubungan Jusman Syafii Djamal sekaligus untuk meresmikan penerbangan pertama Susi Air dengan jalur Wakatobi-Kendari.

Pada tahun 2011 Pemerintah Kabupaten Wakatobi bekerja sama dengan Kementerian Perhubungan dalam pengembangan sisi udara dan sisi darat Bandar Udara Matahora agar dapat didarati pesawat Airbus A320 dan Boeing 737.

Pada 2012, landasan pacu yang sebelumnya 2.000 meter diperpanjang menjadi 2.500 meter bersamaan dengan penambahan trotoar dari 5 cm sampai 12 cm untuk memfasilitasi Airbus A320, Boeing 737, MJ 900 dan PR 900.

Pada Mei 2016, renovasi selesai dilakukan dan peresmian dilakukan langsung oleh mentri perhubungan Ignasius Jonan. Renovasi ini menelan biaya 80 milyar rupiah. Renovasi ini berbagai fasilitas di tambahkan seperti gedung PKP-PK, gedung NDB, gedung DVOR/DME, gedung tower/menara pengawas, gedung genset, gedung CCR, gedung power quality, gedung karantina kesehatan, dan area parkir kendaraan. Peningkatan hingga panjang landasan 2000 meter x 30 meter.