Jabarkan Belajar di Amerika dari Joseph Hardy Neesima

Kapal Wild Rover tiba di Boston, Massachussetts pada bulan Juli 1865. Pada bulan Oktober tahun yang sama, Susan H. Hardy, istri Alphaeus Hardy (pemilik kapal Wild Rover) membantunya masuk ke Phillips Academy Andover. Alphaeus Hardy adalah pengusaha sukses sekaligus komisaris Amherst Colloge dan anggota utama Dewan Komisaris Misi Asing Amerika (American Board of Commissioners for Foreign Missions), sebuah organisasi Gereja Kongregasional yang mensponsori misionaris asing, khususnya di Asia dan Amerika. Kapten Taylor sudah memberi tahu Hardy bahwa Niijima tertarik untuk menganut Kristen, dan bersekolah di Amerika Serikat. Hardy mengalami kesulitan mengerti bahasa Inggris yang diucapkan Niijima, walaupun Niijima sebelumnya sudah belajar bahasa Inggris beberapa bulan di Hakodate, dan berada di kapal dengan pelaut yang berbicara bahasa Inggris.

Selama 9 tahun di Massachusetts, Niijima dianggap sebagai anak angkat dan biaya hidupnya ditanggung oleh keluarga Hardy. Dalam bahasa Inggris, ia bahkan menyebut dirinya sebagai Joseph Hardy Neesima. Dari Oktober 1865 hingga Juni 1867, ia belajar di Phillips Academy, dan dibaptis di gereja milik Seminari Teologi Andover pada bulan Desember 1866. Setelah lulus dari Phillips Academy, ia melanjutkan ke Amherst College pada musim gugur 1867, dan lulus dengan bidang kekhususan geologi dan filsafat pada bulan Juli 1870 (usia 27 tahun). Setelah lulus dari Amherts College, Niijima masuk ke Seminari Teologi Andover pada bulan Oktober tahun yang sama.

Gelar Bachelor of Science dari Amherst College menjadikan Niijima Jō sebagai orang Jepang pertama yang memperoleh gelar akademis dari perguruan tinggi di Barat. William Smith Clark yang mengajar kimia adalah salah seorang dosennya di Amherst College. Bagi Clark, Niijima adalah orang Jepang pertama yang diajarnya (di kemudian hari, Clark menjabat kepala sekolah pertanian di Sapporo). Meskipun demikian, Mori Arinori adalah mahasiswa Jepang pertama yang resmi belajar di luar negeri karena Niijima Jō tiba di Amerika sebagai penumpang gelap.