Jabarkan Uskup Agung Jakarta dari Ignatius Suharyo

Terkait permohonan Kardinal Julius Darmaatmadja, SJ yang hendak pensiun, pada 25 Juli 2009, Tahta Suci Vatikan menunjuk Mgr. Suharyo menjadi Uskup Agung Koajutor Jakarta. Ia meninggalkan Keuskupan Agung Semarang pada 27 Oktober 2009, dan diterima di Keuskupan Agung Jakarta pada keesokan harinya. Selama kekosongan tahta di Semarang, R.D. Pius Riana Prapdi ditunjuk sebagai Administrator Apostolik oleh Dewan Imam Keuskupan Agung Semarang, hingga Uskup Bandung, Mgr. Johannes Pujasumarta diinstalasi menjadi Uskup Agung Semarang. Pada 11 November 2009, Mgr. Suharyo kembali menjabat sebagai Wakil Ketua I Konferensi Waligereja Indonesia, dan Ketua Presidium kembali dijabat oleh Mgr. Martinus Dogma Situmorang, O.F.M.Cap.

Mgr. Suharyo resmi menjadi Uskup Agung Jakarta sejak 28 Juni 2010, sejak Tahta Suci Vatikan resmi menerima pengunduran diri Kardinal Julius Darmaatmadja, S.J., dan dalam Misa di Gereja Katedral Jakarta pada 29 Juni 2010, bertepatan pula dengan Perayaan Syukur 27 Tahun Tahbisan Uskup Julius Kardinal Darmaatmadja, S.J. dan 14 tahun menjadi Uskup Agung Jakarta, Mgr. Suharyo resmi diinstalasi menjadi Uskup Agung Jakarta, ditandai dengan penyerahan tongkat gembala Keuskupan Agung Jakarta kepadanya.

Pasca penunjukkan Mgr. Johannes Pujasumarta menjadi Uskup Agung Semarang yang membuat lowongnya tahta Uskup Bandung, Mgr. Suharyo sempat ditunjuk menjadi Administrator Apostolik Keuskupan Bandung, sampai terpilihnya Mgr. Antonius Subianto Bunjamin, O.S.C.. Pada 15 November 2012, Mgr. Suharyo terpilih menjadi Ketua Konferensi Waligereja Indonesia untuk periode 2012—2015. Ia kembali terpilih menjabat posisi yang sama untuk periode 2015—2018.

Pada Pesta takhta Santo Petrus, 22 Februari 2014, Mgr Ignatius Suharyo kembali menjadi uskup ko-konsekrator dalam pentahbisan Mgr. Paskalis Bruno Syukur, O.F.M., bersama Mgr. Hubertus Leteng, sementara Mgr. Cosmas Michael Angkur, O.F.M. menjadi penahbis utama.

Pada tanggal 25 Agustus 2014, untuk pertama kalinya Mgr. Suharyo menjadi Uskup Penahbis Utama dalam penahbisan Uskup Bandung, Mgr. Antonius Subianto Bunjamin, O.S.C.. Bertindak sebagai Uskup Ko-konsekrator, yakni Uskup Bogor, Mgr. Paskalis Bruno Syukur, O.F.M. dan Uskup Agung Semarang, Mgr. Johannes Pujasumarta.

Pada tanggal 3 September 2016, ia kembali menjadi Uskup Penahbis Utama dalam penahbisan Mgr. Henricus Pidyarto Gunawan, O. Carm di Stadion Gajayana, Malang sebagai Uskup Malang. Bertindak sebagai Uskup Penahbis Pendamping, yakni Uskup Surabaya, Mgr. Vincentius Sutikno Wisaksono dan Uskup Bandung, Mgr. Antonius Subianto Bunjamin, O.S.C.

Pada tanggal 19 Mei 2017, Mgr. Suharyo kembali menjadi Uskup Penahbis Utama dalam penahbisan Mgr. Robertus Rubiyatmoko di Lapangan Bhayangkara Akademi Kepolisian, Semarang sebagai Uskup Agung Semarang, sementara Mgr. Antonius Subianto Bunjamin, O.S.C dan Mgr. Henricus Pidyarto Gunawan, O. Carm menjadi Penahbis Pendamping. Mgr. Suharyo memimpin salve agung dalam rangka penahbisan Mgr. Samuel Oton Sidin, O.F.M. Cap. sebagai Uskup Sintang dan juga dalam salve agung dalam rangka penahbisan Mgr. Benedictus Estephanus Rolly Untu, M.S.C. sebagai Uskup Manado.

Kardinal Suharyo bertindak sebagai Penahbis Utama dalam penahbisan Uskup Ruteng Siprianus Hormat yang berlangsung pada 19 Maret 2020. Dalam penahbisan tersebut, Suharyo didampingi oleh Uskup Denpasar Silvester Tung Kiem San yang juga merangkap sebagai Administrator Apostolik Keuskupan Ruteng dan Uskup Agung Ende Vincentius Sensi Potokota.

Kardinal Suharyo kembali bertindak sebagai Pentahbis Utama/ Konsekrator Utama bagi Uskup Sibolga Mgr. Fransiskus Tuaman Sinaga. Sementara itu Dalam Pentahbisan Tersebut, Uskup Agung Medan yang merupakan Metropolitan dari Keuskupan Sibolga, Mgr. Kornelius Sipayung, O.F.M. Cap. dan Uskup Agung Palembang terpilih yang juga Administrator Apostolik Keuskupan Tanjung Karang Mgr. Yohanes Harun Yuwono menjadi Ko Konsekrator.

Pada tanggal 11 November 2022, Kardinal Suharyo kembali menjadi Uskup Ko Konsekrator bagi Uskup Sanggau Mgr. Valentinus Saeng, C.P. bersama dengan Mgr. Giulio Mencuccini, C.P. Bertindak sebagai Pentahbis Utama adalah Uskup Agung Tituler Tarcellio yang juga Nuntius Apostolik untuk Indonesia, Mgr. Piero Pioppo

Bapa Kardinal mengakhiri Perutusannya sebagai Ketua KWI pada tanggal 17 November 2022. Uskup Bandung, Mgr. Antonius Subianto Bunjamin, O.S.C. dipilih untuk menggantikan Beliau.