Jabarkan Biografi dari Joseph Hardy Neesima

Ia dilahirkan pada tahun 1843 di Kanda, Edo (sekarang Tokyo), tepatnya di kompleks kediaman resmi klan Itakura dari Domain Annaka (Provinsi Kozuke). Ayahnya bernama Niijima Tamiji, seorang samurai berpangkat rendah yang menjadi juru tulis kantor perwakilan Domain Annaka di Edo, dan ibunya bernama Tomi.

Nama kecilnya adalah . Ada dua penjelasan mengenai asal usul namanya. Pertama, ia lahir dalam suasana tahun baru ketika rumah-rumah di Jepang dipasangi hiasan shimekazari. Ia adalah anak laki-laki pertama setelah ibunya empat kali melahirkan anak yang semuanya perempuan. Kedua, kakeknya begitu gembira dengan kelahiran anak laki-laki hingga berteriak "Shimeta!" ("Habis"), maksudnya tidak perlu membuat anak lagi. Empat tahun kemudian ibunya melahirkan lagi seorang bayi laki-laki.

Ia belajar shodō dari ayahnya yang membuka sekolah kaligrafi aksara Tionghoa di rumah. Setelah menjalani genbuku, sebagai putra pertama keluarga samurai, ia pun bekerja sebagai samurai.<ref name=" Anderson ">Anderson, Gerald H. 2001. Biographical dictionary of Christian missions. San Fransisco: Happer. 498-499.</ref> Jepang ketika itu sedang menjalankan politik sakoku. Pemerintahan dikendalikan oleh Keshogunan Edo dengan bantuan para daimyo di daerah-daerah. Pada tahun 1860, ia belajar di akademi angkatan laut keshogunan yang salah satu mata pelajarannya adalah studi Barat (rangaku). Selain itu, ia membaca buku-buku sejarah dunia Barat, buku agama, dan fiksi, termasuk terjemahan bahasa Jepang dari Robinson Crusoe karya Daniel Defoe.

Dua benda dari Barat yang sangat dikaguminya adalah kapal Belanda yang dilihatnya tahun 1860, dan terjemahannya Alkitab dalam bahasa Tionghoa yang dibelinya di Hong Kong dalam perjalanan menuju Amerika Serikat.