Jabarkan Yahudi dan Protestan dari Maria Theresia

Walaupun pada akhirnya ia tidak lagi berupaya mengatolikkan rakyatnya, Maria Theresia menganggap orang Yahudi dan Protestan sebagai kelompok yang berbahaya dan mencoba menindas mereka. Kemungkinan ia merupakan penguasa monarki yang paling anti-Yahudi pada masa hidupnya. Ia tidak hanya mengulangi prasangka-prasangka buruk yang sudah ada di benak nenek moyangnya, tetapi juga memiliki prasangka-prasangka baru. Anti-Semitisme pada diri Maria Theresia merupakan akibat dari pengabdian terhadap agama yang amat mendalam, dan ia tidak mencoba merahasiakan prasangka semacam ini. Pada tahun 1777, ia menulis sesuatu mengenai orang-orang Yahudi: "Tidak ada yang lebih busuk daripada ras ini, yang membuat rakyatku melarat dengan tipu daya, riba, dan keserakahan. Maka dari itu, sebisa mungkin orang Yahudi perlu dijauhkan dan dihindari." Ia sungguh membenci orang Yahudi sampai-sampai ia mau menerima keberadaan pemodal yang berlatar belakang Protestan di kota Wina (seperti Johann Fries yang lahir di Swiss), karena ia ingin membebaskan pemerintahannya dari para pemodal Yahudi.

Pada Desember 1744, ia mengusulkan kepada para menterinya agar orang-orang Yahudi diusir dari Austria dan Böhmen. Pada mulanya ia ingin agar semua orang Yahudi sudah dideportasi pada tanggal 1 Januari, tetapi ia kemudian mengikuti nasihat menteri-menterinya yang merasa khawatir dengan banyaknya jumlah orang yang harus diusir (diperkirakan bisa mencapai 50.000), sehingga tenggat waktunya diundur menjadi bulan Juni. Perintah-perintah pengusiran baru dicabut pada tahun 1748 akibat tekanan dari negara-negara lain, termasuk Britania Raya. Ia juga memerintahkan pengusiran sekitar 20.000 orang Yahudi dari Praha di tengah maraknya tuduhan bahwa mereka adalah kelompok pengkhianat pada saat kota tersebut diduduki oleh pasukan Bayern dan Prancis selama Perang Pewaris Austria. Cakupan perintah tersebut lalu diperluas menjadi semua orang Yahudi di Böhmen dan kota-kota besar di Mähren. Belakangan ia mencabut perintahnya ini, kecuali untuk orang Yahudi Praha yang sudah terlanjur diusir. Tidak hanya orang Yahudi yang menjadi korban pada masa kekuasaannya. Ia juga mengusir orang Protestan dari Austria ke Transilvania (termasuk 2.600 orang Protestan dari Austria Hulu pada dasawarsa 1750-an). Walaupun begitu, ia tidak dapat mengusir semua orang Protestan dari wilayahnya akibat pertimbangan demografi, ekonomi, dan praktis. Sebagai contoh, pada tahun 1777, ia membatalkan keinginannya untuk mengusir semua orang Protestan di Mähren setelah Joseph mengancam akan mundur dari jabatan kaisar dan penguasa pendamping. Pada akhirnya, ia terpaksa melapangkan sedikit toleransi untuk mereka dan mengizinkan mereka beribadah di ruang pribadi. Joseph sendiri merasa bahwa kebijakan keagamaan ibunya "tidak adil, tidak beriman, mustahil, berbahaya, dan konyol".

Pada dasawarsa ketiga masa kekuasaan Maria Theresia, ia membina hubungan baik dengan seorang pemuka Yahudi yang bernama Abraham Mendel Theben, sehingga ia mengeluarkan maklumat-maklumat yang memberikan perlindungan kepada orang Yahudi di negaranya. Tindakannya pada akhir masa kekuasaannya sangat jomplang dengan prasangkanya pada awal masa kekuasaannya. Ia melarang pengkristenan paksa orang Yahudi pada tahun 1762, dan pada tahun 1763 ia melarang para pastor Katolik memungut iuran untuk keperluan gereja dari orang-orang Yahudi. Pada tahun 1764, ia memerintahkan pembebasan orang Yahudi yang sebelumnya dijebloskan ke penjara akibat tuduhan fitnah darah di desa Orkuta. Walaupun Maria Theresia membenci orang Yahudi, ia mendukung kegiatan perdagangan dan industri kaum tersebut di Austria. Di wilayah-wilayah tertentu, orang Yahudi juga diperlakukan dengan lebih baik, seperti di Trieste, Gorizia, dan Vorarlberg.