Jabarkan Layanan kereta api dari Stasiun Bekasi

Pada 1 Maret 2012, PT KAI sempat menerapkan kebijakan bahwa semua KA jarak jauh dan menengah tidak berhenti di stasiun ini. Namun pada 1 Juli 2013, diberlakukan keputusan yang memungkinkan beberapa KA jarak jauh dan menengah untuk menaikturunkan penumpang di stasiun ini.

Mulai 19 Juni 2018, beberapa jadwal perjalanan KRL Bandara Soekarno-Hatta sempat dilakukan pemanjangan lintas pelayanan sehingga menjangkau wilayah Bekasi. Akan tetapi, perjalanannya kembali dipangkas menjadi Sudirman Baru–Bandara Soekarno-Hatta pp untuk optimalisasi pelayanan. Menurut hasil evaluasi yang dilakukan oleh PT Railink, perjalanan KRL Bandara saat melintasi Stasiun Manggarai sering mengalami keterlambatan akibat terkendala kesiapan infrastruktur stasiun yang saat itu masih dalam serangkaian renovasi.

Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.