Jabarkan Pertempuran dari Pertempuran Midway

Sembilan B-17 yang berpangkalan di Midway diberangkatkan pukul 12.30 tanggal 3 Juni. Empat jam kemudian mereka menemukan kelompok kapal-kapal angkut Jepang, 570 mil di sebelah barat. Di bawah hujanan tembakan antipesawat, mereka menjatuhkan bom-bom. Walaupun ada yang terkena, keseluruhan bom tidak ada yang mengenai sasaran, dan tidak ada kerusakan serius yang ditimbulkannya. Selepas tengah malam, Akebono Maru menjadi korban pertama setelah dihantam sebuah torpedo dari pesawat amfibi PBY sekitar pukul 01.00.

Pukul 04.30, 4 Juni, Laksamana Madya Nagumo melancarkan serangan pertama ke Midway, diberangkatkannya 36 pesawat pengebom tukik Aichi D3A dan 36 pesawat pengebom torpedo Nakajima B5N di bawah pengawalan 36 pesawat tempur Zero. Pada saat yang sama, Nagumo meluncurkan patroli udara bersenjata (CAP) beserta delapan pesawat pengintai (satu pesawat dari kapal penjelajah berat Tone terlambat berangkat 30 menit akibat masalah teknis).

Misi pengintaian Jepang disusun dengan ceroboh, terlalu sedikit pesawat yang dikerahkan untuk meliput wilayah pencarian. Di bawah cuaca buruk, mereka masing-masing terbang ke arah timur dan timur laut dari gugus tugas Jepang. Disposisi salah Yamamoto telah menjadi penyebab masalah yang serius.

Radar Amerika Serikat mendeteksi musuh pada jarak beberapa mil dan beberapa pesawat pengadang segera diberangkatkan. Pesawat pengembom Amerika Serikat berangkat tanpa dikawal. Pesawat tempur yang mengawal mereka ditinggal untuk mempertahankan Midway. Pukul 06.20, pesawat terbang Jepang mengebom pangkalan Amerika Serikat di Midway hingga rusak berat. Pilot-pilot tempur Marinir yang berpangkalan di Midway menerbangkan pesawat-pesawat model lama yang terdiri dari Grumman F4F-3 Wildcats dan Brewster F2A-3s Buffalo. Mereka mengadang pesawat-pesawat Jepang dan menderita kerugian besar, walaupun sempat menghancurkan empat pesawat pengebom Jepang dan paling sedikit tiga pesawat Zero. Sebagian besar pesawat-pesawat Amerika Serikat ditembak jatuh dalam beberapa menit pertama, beberapa pesawat rusak, dan hanya dua pesawat yang masih bisa terbang. Total tiga pesawat Wildcat dan 13 pesawat Buffalo ditembak jatuh. Tembakan senjata antipesawat Amerika Serikat begitu akurat dan intensif, banyak pesawat Jepang yang rusak dan sepertiga dari pesawat-pesawat Jepang hancur. Satu kali lagi serangan udara diperlukan untuk melumpuhkan pertahanan Midway sebelum pasukan dapat didaratkan pada 7 Juni. Pesawat pengebom Amerika Serikat masih dapat menggunakan pangkalan udara di Midway untuk mengisi bahan bakar dan menyerang kekuatan invasi Jepang.

Pesawat pengebom Amerika Serikat yang diberangkatkan dari Midway sebelum lapangan udara diserang Jepang, melakukan beberapa kali serangan terhadap armada kapal induk Jepang. Mereka terdiri dari enam TBF Avenger yang awaknya baru pertama kali terjun dalam perang (dari VT-8 kapal induk Hornet) dan empat USAAC B-26 Marauder yang dipersenjatai dengan torpedo. Armada Jepang dapat mengatasi serbuan mereka tanpa masalah. Semua pesawat penyerang hancur, hanya tersisa satu TBF Avenger dan dua B-26. Hanya dua pesawat tempur Jepang yang tertembak jatuh. Satu pesawat B-26 yang menjadi korban tembakan antipesawat dari  tidak berusaha menaikkan moncong pesawat, dan hampir menerjang anjungan Akagi. Serangan tersebut membuat Nagumo memutuskan untuk mengirim sebuah serangan lagi ke Midway. Keputusan Nagumo menyalahi perintah Yamamoto yang menetapkan kekuatan udara harus disiapkan untuk dikerahkan sewaktu-waktu dalam operasi antikapal.

Laksamana Nagumo mematuhi doktrin kapal induk Jepang waktu itu, setengah dari pesawat-pesawatnya tetap siap sedia. Pesawat cadangan Nagumo terdiri dari dua skuadron pesawat pengebom tukik dan dua skuadron pesawat pengebom torpedo yang disiapkan untuk menyerang kapal-kapal perang Amerika Serikat bila ditemukan. Pesawat pengebom torpedo sudah dipersenjatai dengan torpedo, sementara pesawat pengebom tukik belum dipersenjatai. Setelah mengetahui hasil serangan ke Midway, serta rekomendasi dari pemimpin penerbangan pagi itu, pada pukul 07.15, Nagumo memerintahkan pesawat-pesawat cadangan dipersenjatai dengan bom darat. Beberapa sumber menulis bahwa pekerjaan memuat bom darat ke dalam pesawat sudah berlangsung selama 30 menit, ketika pada pukul 07.40, pesawat pengintai dari kapal penjelajah Tone memberi isyarat ditemukannya sebuah armada angkatan laut Amerika yang cukup besar di sebelah timur. Namun, bukti-bukti baru menunjukkan laporan tersebut tidak sampai ke tangan Nagumo hingga pukul 08.00 sehingga pekerjaan mempersenjatai pesawat-pesawat dengan bom darat sudah berlangsung selama 45 menit. Nagumo segera membatalkan perintahnya, dan meminta pesawat pengintai untuk memastikan rincian kekuatan Amerika Serikat. Empat puluh menit berlalu sebelum pesawat pengintai dari Tone membuka komunikasi radio tentang adanya sebuah kapal induk dari Gugus Tugas 16 (keberadaan satu kapal induk lainnya tidak diketahui kapal pengintai).

Nagumo berada dalam kebingungan. Laksamana Muda Yamaguchi Tamon yang memimpin Divisi 2 Kapal Induk ( dan ) meminta Nagumo segera menyerang dengan semua kekuatan yang dimiliki: 18 pesawat pengebom tukik Aichi D3A2 yang masing-masing dimiliki oleh  dan , serta setengah dari pesawat patroli dipersenjatai (CAP) yang ada. Kesempatan Nagumo untuk menyerang kapal-kapal Amerika, telah terhalang oleh akan segera kembalinya pesawat-pesawat yang selesai menyerang Midway. Mereka perlu mendarat atau harus mendarat darurat di laut. Operasi patroli bersenjata pada jam-jam sebelumnya menyebabkan kesibukan terus menerus di dek pesawat. Pihak Jepang tidak memiliki kesempatan untuk memberangkatkan pesawatnya. Beberapa pesawat yang ada di dek ketika serangan dimulai adalah pesawat tempur patroli, atau (dalam hal ) pesawat tempur yang dipakai untuk membantu patroli. Mempersiapkan dek pesawat dan meluncurkan pesawat paling tidak butuh waktu 30–45 menit. Selain itu, bila pesawat cadangan langsung diberangkatkan, Nagumo berarti menugaskan mereka tanpa persenjataan antikapal yang layak. Mereka baru saja menyaksikan betapa mudahnya menembak jatuh pesawat pengebom Amerika yang tidak dikawal. (Dalam pertempuran ini, disiplin yang kurang dari pilot pesawat pengebom Jepang membuat mereka membuang bom-bom ke laut, dan mencoba meladeni pesawat buru sergap F4F Amerika Serikat dalam duel udara.)

Reaksi Nagumo sesuai dengan doktrin karena doktrin kapal induk Jepang menuntut serangan dilakukan bila telah direncanakan secara lengkap, dan tidak diterimanya konfirmasi (hingga pukul 08.20) tentang keberadaan kapal induk dalam armada Amerika Serikat. Selain itu, serangan udara Amerika pada pukul 07.53 membuatnya merasa perlu untuk melakukan serangan tambahan ke Midway. Pada akhirnya Nagumo memilih untuk menanti hingga semua pesawat-pesawatnya mendarat, dan memberangkatkan pesawat cadangan yang sudah dipersenjatai. Keputusan Nagumo tidak dapat mengubah jalannya pertempuran. Pesawat-pesawat Amerika Serikat yang siap memberi serangan fatal sudah dalam perjalanan. Mereka sudah diberangkatkan Fletcher pada pukul 07.00. Nagumo tidak lagi dapat berbuat apa-apa. Hal ini merupakan kelemahan fatal dari Yamamoto yang secara teguh memegang doktrin kapal perang tradisional.