Jabarkan Guru di Lausanne dari Theodore Beza

Ia diterima oleh John Calvin, yang pernah bertemu dengannya di rumah Wolmar, dan menikah dengan Claudine di gereja Calvin. Beza tidak bisa segera mendapatkan pekerjaan sehingga ia pergi ke Tübingen menemui mantan gurunya, Wolmar. Dalam perjalanan pulang, ia mengunjungi Pierre Viret di Lausanne, yang membantunya mendapat jabatan profesor bahasa Yunani di akademi di sana pada bulan November 1549.

Beza mendapat waktu menulis suatu drama alkitabiah, Abraham Sacrifiant , di mana ia membandingkan Katolikisme dengan Protestantisme, dan karya ini diterima baik. Teks sejumlah ayat memuat petunjuk penampilan musik, tetapi musiknya tidak terlestarikan.

Setelah kematian Clément Marot pada tahun 1544, John Calvin meminta Beza melengkapi terjemahan metrik bahasa Prancisnya untuk Kitab Mazmur. Tiga puluh empat terjemahannya diterbitkan dalam edisi tahun 1551 "Mamur Jenewa (Genevan Psalter)", dan enam lagi ditambahkan pada edisi-edisi berikutnya.

Pada saat yang bersamaan ia menerbitkan Passavantius,  suatu satire yang ditujukan melawan Pierre Lizet, mantan presiden Parliament of Paris, dan penyulut utama "kamar berapi" ("fiery chamber";chambre ardente), yang waktu itu (1551) menjabat sebagai abbot di St. Victor dekat Paris dan menerbitkan sejumlah tulisan polemik.

Beza terlibat dalam dua kontroversi serius pada masa itu. Yang pertama mengenai doktrin predestinasi dan yang kedua, kontroversi Calvin dengan Jerome Hermes Bolsec, terkait pembakaran Michael Servetus di Jenewa pada tanggal 27 Oktober 1553. Untuk membela Calvin dan para magistrat Jenewa, Beza menerbitkan karya pada tahun 1554 berjudul De haereticis a civili magistratu puniendis (diterjemahkan ke dalam bahasa Prancis tahun 1560).