Jabarkan Insiden dari Kereta api Progo

Pada 25 Desember 2001 bertepatan Hari Natal, sekitar pukul 04.33 WIB, Kereta api Empu Jaya dengan nomor perjalanan 146 menabrak Kereta api Gaya Baru Malam Selatan dengan nomor perjalanan 153 yang sedang menunggu bersilangan di jalur 3 emplasemen Stasiun Ketanggungan Barat, Brebes. Tabrakan tersebut terjadi dikarenakan KA 146 melanggar sinyal masuk stasiun Ketanggungan Barat yang beraspek merah (tanda bahwa kereta harus berhenti). Peristiwa ini mengakibatkan 31 orang tewas dan 53 lainnya luka berat termasuk masinis dari KA 146.

Pada 3 Juli 2009, kereta api Progo menabrak mobil di perlintasan tanpa pintu di Gambarsari, Kebasen, Banyumas saat mobil sedang mogok. Ketiga orang berhasil menyelamatkan diri.

Terjadi pembakaran jalan rel oleh dua orang pelajar di km 302+01 pada 9 April 2015. Dua remaja tersebut ditangkap petugas PT KAI di sekitar Stasiun Linggapura. Kejadian tersebut dilaporkan oleh seorang masinis dan asisten saat berdinas kereta api Progo.