Jabarkan Masyumi dari Fakih Usman

Setelah Jepang menduduki Hindia Belanda pada awal tahun 1942, pada 9 Maret 1942 Gubernur Jenderal Tjarda van Starkenborgh Stachouwer dan ketua Koninklijk Nederlands-Indische Leger Jenderal Hein ter Poorten menyerah. Penguasa Jepang melarang semua jenis organisasi, sehingga MIAI terpaksa dibubarkan pada bulan Mei. MIAI terbentuk lagi pada 5 September 1942 dan, pada akhir tahun 1943, diberi nama Partai Majelis Syura Muslimin Indonesia, atau Masyumi. Sewaktu menjabat di dewan Masyumi, Fakih menjadi anggota Syu Sangi In, dewan penasihat Jepang, di Surabaya; ia memegang jabatan ini hingga tahun 1945.

Setelah serangan bom atom di Hiroshima dan Nagasaki dan Proklamasi Kemerdekaan Indonesia pada bulan Agustus 1945, pihak Jepang mulai mengundurkan diri. Setelah itu Fakih mulai membuka hubungan kerja dengan pihak pemerintah Republik. Dari tanggal 7 hingga 8 November 1945 Fakih bergabung dengan Muktamar Islam Indonesia di Yogyakarta, yang membawa hasil Masyumi dijadikan partai politik yang mewakili kepentingan Islam. Biarpun ia kembali ke Gresik setelah pertemuan tersebut, karena adanya Pertempuran Surabaya ia dan keluarganya mengungsi ke Malang.

Di Malang, Fakih bergabung dengan Masjkur dan Zainul Arifin untuk membentuk kelompok revolusi yang dibentuk dari kelompok Sabilillah dan Hizbullah, yang pernah dilatih Jepang; Fakih sendiri menjadi wakil pemimpin satuan tersebut. Setelah Agresi Militer Belanda II diluncurkan pada bulan Desember 1948, Fakih dan keluarganya melarikan diri ke Surakarta; di kota itu Fakih menjadi aktif dengan Muhammadiyah lagi. Ia menjadi salah satu wakil ketua, di bawah Bagus Hadikusumo, dan harus pulang pergi kerja antara Surakarta dan Yogyakarta.