Jabarkan Perintah pertama dari Isaac Brock

Pada 28 Oktober 1797 Brock membeli pangkat Letnan Kolonel seharga £3.000, dan menjadi komandan militer resimen, bertindak sebagai komando substantif pada 22 Maret 1798 dengan pensiunnya Letnan Kolonel Frederick Keppel. Pangkat itu tampaknya dibeli dengan harga murah; pendahulunya dari siapa dia membeli pangkat disarankan untuk menjual dan meninggalkan pasukan daripada menghadapi pengadilan militer dan kemungkinan pemecatan.

Pada 1799 pasukan ke-49 ditugaskan dalam Ekspedisi Helder melawan Republik Batavia (sekarang dikenal sebagai Belanda), yang dipimpin oleh Sir Ralph Abercromby. Selama pendaratan pasukan, Brock menyaksikan pertempuran pertamanya pada 10 September 1799 di bawah komando Mayor-Jenderal John Moore. Mengingat bahwa ke-49 dalam kondisi yang buruk ketika Brock mengambil alih komando, mereka mengalami sedikit pertempuran yang sebenarnya. Kemungkinan Moore menyelamatkan mereka dan menggunakan pasukan yang lebih berpengalaman untuk membangun tumpuan pantai. Akhirnya pada 2 Oktober ke-49 secara aktif terlibat dalam pertempuran berat di Alkmaar, di mana mereka membebaskan diri dengan baik, hanya menanggung 33 kematian.

Pasukan ke-49 telah diperintahkan untuk melanjutkan perjalanan ke pantai Egmont-op-Zee, pendakian curam melalui bukit pasir dan medan yang buruk. Risiko diperburuk oleh serangan dari penembak jitu Prancis, yang memiliki perlindungan yang sangat baik. Setelah sekitar enam jam pertempuran sengit, serangan itu dihentikan sekitar satu mil (1,6 km) dari sasaran Inggris. Setelah satu jam pertempuran jarak dekat, Prancis mulai mundur. Brock terluka dalam pertempuran ketika terkena di tenggorokan oleh bola senapan lontak. Kerah lehernya mencegah cedera yang mungkin fatal. Dengan kata-katanya sendiri, "Saya dijatuhkan tak lama setelah musuh mulai mundur, tetapi tidak pernah keluar dari lapangan, dan kembali ke tugas saya dalam waktu kurang dari setengah jam."

Pada 1801 saat menaiki 74-gun  (dikomandoi oleh Kapten Thomas Fremantle, seorang sahabat pribadi), Brock hadir di Pertempuran Kopenhagen. Pasukannya seharusnya memimpin serangan ke benteng-benteng di Kopenhagen. Hasil dari pertempuran laut membuat serangan seperti itu tidak diperlukan, dan Brock dapat mengamati secara langsung kecemerlangan taktik Lord Nelson. Setelah pertempuran, Fremantle dan Brock merayakan kemenangan bersama Nelson. Pada 1802, Brock dan Kaki ke-49 diperintahkan ke Kanada.