Jabarkan Pemilihan Umum tahun 2006 dari Mark Rutte

Dengan VVD, Rutte berkampanye untuk Pemilihan Umum tahun 2006. Awalnya tidak berjalan dengan mulus, Rutte mendapatkan banyak kritik dari dalam partai. Rutte juga dibayangi oleh dua anggota partai Rita Verdonk dan Gerrit Zalm. Ia dianggap tak mampu untuk mengalahkan Wouter Bos dan Jan Peter Balkenende, yang banyak dipastikan akan menjadi kandidat utama perdana menteri. Pada tanggal 27 November, perolehan suara Rita Verdonk telah melebihi Mark Rutte. Rutte mendapat 553.200 suara dibanding Verdonk yang mencapai 620.555 suara.

Setelah mendapat kritikan berulang kali dari Rita Verdonk atas kebijakannya dalam Partai VVD, Rutte memecatnya dari partai pada tanggal 14 September 2007.