Jabarkan 2003–2005: Berkarat dari Burgerkill

Pertengahan Juni 2003, Burgerkill menjadi band Hardcore pertama di Indonesia yang menandatangani kontrak sebanyak 6 album dengan salah satu label terbesar di negeri ini, Sony Music Entertainment Indonesia (SMEI). Pada masa itu, penandatanganan kontrak ini bukanlah keputusan populer bagi sebuah band yang tumbuh dari komunitas musik bawah tanah yang sarat akan independensinya, banyak pro dan kontra atas kontrak tersebut, terutama dari kalangan komunitas. Kemudian setelahnya pada akhir tahun 2003, Burgerkill merilis album kedua mereka dengan judul Berkarat. Tajuk album ini juga dicetuskan oleh Ivan yang merepresentasikan kondisi internal band yang diam ditempat dalam dua tahun terakhir, sekaligus menggambarkan stagnansi kehidupan yang dirasakan oleh Ivan sendiri.

Pada periode ini, gitaris Ugum mengundurkan diri dari band, karena adanya perbedaan musikalitas dengan konsep bermusik Burgerkill, lalu posisinya digantikan oleh Agung Ridho (disapa dengan Agung Hellfrog) (Jeruji) yang memang sudah berada dalam lingkaran komunitas 'Homeless Crew Burgerkill' sejak tahun 2000-an. Bersama jajaran baru inilah Burgerkill semakin produktif dalam menggarap materi untuk album selanjutnya. Perjalanan bermusik Burgerkill berbeda sepenuhnya sebagai band label, yang penuh dengan jadwal promo yang padat dan tur skala nasional hingga berhasil menorehkan prestasi dalam ajang bergengsi belantika musik nasional Anugerah Musik Indonesia pada 2004, dalam kategori Best Metal Production melalui album Berkarat.

Pada awal tahun 2005, kembali terjadi perubahan formasi dengan mundurnya Toto karena kesibukan aktivitas di luar band, sehingga Burgerkill memutuskan untuk merombak formasinya dengan memindahkan Andris dari posisi bass ke posisi drum dan tetap melanjutkan proses penggarapan album ketiga, meskipun porsi rekam trek bass dan drum dilakukan sekaligus oleh Andris, karena mengejar tenggat waktu yang telah ditetapkan pihak label. Sedangkan posisi bass dipegang oleh Ramdan (Infamy) yang juga berada dalam lingkungan komunitas bawah tanah. Sekitar dua tahun menjalani kontrak dengan label besar, setelah sebelumnya pihak label merilis ulang (repack) album Dua Sisi awal 2005, Burgerkill dan pihak label sepakat untuk mengakhiri kontrak kerjasama pada November 2005, karena tidak adanya kesepatakan yang dapat dicapai oleh kedua belah pihak untuk tetap melanjutkan kontrak tersebut.

2006–2010: Kepergian Ivan dan Beyond Coma and Despair

Akhirnya Burgerkill memutuskan untuk merilis album ketiganya melalui label yang mereka dirikan sendiri Revolt! Records. Namun, beberapa minggu sebelum jadwal peluncuran album, Ivan menghembuskan nafas terakhirnya pada 27 Juli 2006, karena sakit yang telah lama dideritanya. Masih dalam suasana berduka, Burgerkill meluncurkan album ketiganya bertajuk Beyond Coma and Despair tanggal 20 Agustus 2006 yang dilanjutkan dengan serangkaian tur Jawa dan Bali, sesuai dengan agenda yang telah direncanakan sebelumnya. Untuk menggantikan posisi vokal selama tur, Yadi (Motordead) didapuk menjadi vokalis sementara menggantikan peran mendiang Ivan. Kemudian, melalui proses audisi akhirnya Yupi Yupiki (dikenal dengan Vicky Mono) (Heaven Fall) terpilih untuk menjadi vokalis tetap Burgerkill, hingga formasi yang digawangi oleh Ebenz (gitar), Agung (gitar), Andris (drum), Ramdan (bass) dan Vicky (vokal) merupakan salah satu formasi terbaik Burgerkill dalam perjalanan karier bermusiknya.

Beyond Coma and Despair berisi dua belas tembang termasuk satu tembang daur ulang Puppen dari album Mk II yang berjudul "Atur Aku". Album ini mendapat sambutan yang positif, terutama dari komunitas bawah tanah atas kembalinya band menjadi independen sekaligus menjadi album terakhir mendiang Ivan bersama Burgerkill. Album ini sukses menghantarkan Burgerkill ke tingkat yang lebih tinggi dalam pencapaian kariernya dengan terpilihnya album ini ke dalam daftar 150 Album Indonesia Terbaik menurut versi majalah Rolling Stone Indonesia edisi Desember 2007.

Tak lama setelah tur di Bandung, Semarang dan Bali, Burgerkill bertolak ke Australia awal 2009, dalam rangka promosi album Beyond Coma and Despair yang juga diterbitkan oleh label Xenophobic Records (Australia). Gelaran tur ini diberi tajuk Invasion of Noise dengan tampil di kota-kota besar di Australia dan diundang pihak label untuk juga tampil dalam salah satu festival musik terbesar di Negeri Kangguru, Soundwaves Festival 2009, kemudian tampil di Malaysia dan Singapura tiga bulan berikutnya. Setelah sukses dengan Invasion of Noise, Burgerkill kembali menyambangi Australia awal 2010 untuk menggelar tur Invasion of Noise II dengan tampil di enam kota-kota besar di Australia dalam gelaran festival musik Big Day Out, bulan Januari 2010 yang juga dimeriahkan oleh band metal progresif asal Amerika, Mastodon dan menjadi band Indonesia pertama yang tampil dalam festival musik bergengsi tersebut. Kemudian pada 2009, Burgerkill bersama Nemesis menggelar tur bertajuk Allegiance to Metal yang difasilitasi oleh pihak Xenophobic Records tampil di Solo, Bandung, Malang dan Bali dengan bintang tamu utamanya band metal asal Australia Psycroptic.