Jabarkan Akhir masa kedinasan (2011-2016) dari Kereta rel listrik Toei seri 6000

Pada tahun 2011, KRL Toei seri 6000 sebenarnya sudah lebih dari sepuluh tahun berdinas di Indonesia, cukup mengesankan mengingat usia KRL ini sebenarnya sudah cukup tua, lebih dari 40 tahun. Pada periode ini juga, KRL Toei seri 6000 ini mulai dicat dengan livery biru-kuning, sebagai standar pewarnaan KRL yang diimpor era pra-KCJ atau sebelum tahun 2009, dengan variasi motif di wajah KRL serta logo baru PT KAI di sisi depan kabin masinisnya. Livery ini juga merupakan livery terakhir bagi sebagian besar KRL ini, karena satu persatu set mulai pensiun dinas. Terjadi juga perubahan susunan rangkaian, dengan semakin banyaknya rangkaian dengan stamformasi delapan kereta dalam satu rangkaian. Rangkaian yang menjadi donor untuk rangkaian yang lebih panjang akhirnya menjadi kereta feeder untuk rute jarak pendek ataupun dipensiunkan, dan rangkaian yang pertama pensiun adalah 6201F. Seiring waktu, jumlah rangkaian kereta yang dapat beroperasi pun semakin berkurang karena faktor usia kereta.

Sejak tahun 2013, sebagai bentuk peremajaan dan penambahan armada, PT KAI Commuter Jabodetabek mulai mendatangkan KRL seri 205 dari JR East yang lebih baru dan tentunya memiliki AC yang lebih dingin untuk menggantikan KRL yang sering kali dikeluhkan penumpang karena AC-nya panas, salah satunya adalah Toei seri 6000. Ini membuat KRL ini semakin tergeser posisinya sehingga secara perlahan-lahan dipensiunkan, hingga akhirnya kurang lebih sejak tahun 2015 hanya tersisa satu rangkaian yang dapat beroperasi, yaitu rangkaian 6181F, dengan formasi rangkaian yang sudah berubah banyak. Pada periode ini juga, sebagian KRL Toei seri 6000 yang sudah tidak beroperasi ditanahkan di tanah kosong di Depo Depok untuk membantu mengosongkan jalur di depo.

Pada tahun 2016, set yang tersisa, yaitu set 6181F, diubah liverynya dengan livery KCJ namun tanpa logo, menggunakan stiker untuk liverynya (tidak dicat), sama dengan KRL-KRL era pra-KCJ sebelumnya, dan ini adalah livery terakhir sebelum KRL ini pensiun setelah terakhir kali beroperasi pada bulan September tahun 2016, mengakhiri karier KRL Toei seri 6000 ini setelah 16 tahun melayani penumpang di wilayah Jabodetabek. Akhirnya, KRL yang belum ditumpuk di Depo Depok pun dibawa ke Cikaum dan ditumpuk di area penumpukan kereta yang berhadapan langsung dengan bangunan stasiun.

Pada tahun 2018, salah satu kereta berkabin dari seri 6000, yaitu 6181, dipreservasi di Depo Depok.