Jabarkan Bangunan dan tata letak dari Stasiun Patukan

Awalnya, stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 1 yang lama merupakan jalur lurus. Sejak beroperasinya jalur ganda di segmen Kutoarjo–Yogyakarta pada tahun 2006-2007, tata letak stasiun ini mengalami perubahan total, dengan jalur 1 yang lama diubah menjadi jalur 2 sebagai sepur lurus arah hulu (Yogyakarta), dan jalur 2 yang lama diubah menjadi jalur 3 sebagai sepur lurus arah hilir (Kutoarjo). Jalur 1 yang baru dan jalur 4 dibangun sebagai sepur belok, lalu jalur 5 dibangun sebagai jalur simpan dan dipasang perintang sarana tipe kupu-kupu.

Selain itu, stasiun ini kini menggunakan bangunan baru yang dibangun oleh Direktorat Jenderal Perkeretaapian; bangunan lama stasiun ini yang merupakan peninggalan DKA terkena dampak pembangunan jalur 1 yang baru sehingga harus dirobohkan.

Pada peron dekat ruang kepala stasiun terdapat prasasti peresmian jalur ganda Kutoarjo–Yogyakarta. Prasasti ini dipasang pada November 2007, yang proses pembangunannya mendapat pinjaman dari Jepang melalui Japan Bank for International Cooperation.