Jabarkan Masa tua dari Theodore Beza

Setelah waktu itu aktivitas Beza lebih terbatas pada urusan di rumah tangganya. Istrinya, Claudine, meninggal tanpa anak pada tahun 1588 setelah menikah 40 tahun, beberapa hari sebelum ia berangkat ke Bern Disputation. Atas nasihat sahabat-sahabatnya, ia menikah lagi dengan Catharina del Piano, seorang janda asal Jenewa, supaya mempunyai rekan pembantu dalam tahun-tahun terakhirnya. Sampai usia 65 tahun ia sangat sehat, tetapi setelahnya vitalitasnya perlahan menurun. Ia aktif mengajar sampai Januari 1597.

Pengalaman paling sedih pada usia tuanya adalah kembalinya Raja Henry IV menganut Katolikisme, meskipun Beza telah berusaha menasihatinya dengan serius (1593). Pada tahun 1596 suatu laporan palsu diedarkan oleh kaum Yesuit di Jerman, Prancis, Inggris, dan Italia bahwa Beza dan Gereja Jenewa telah kembali ke lingkungan Gereja Roma, dan Beza menanggapi dengan suatu satire yang menunjukkan bahwa ia masih memiliki api kehidupan dalam pikiran dan ekspresi sastranya.

Beza meninggal di Jenewa pada tahun 1605. Ia tidak dimakamkan seperti Calvin di makam umum Plain-Palais (karena kaum Savoyards pernah mengancam akan menculik mayatnya dan membawanya ke Roma), tetapi atas arahan para magistrat, dalam biara St. Pierre.