Jabarkan Cikal bakal kampung Bebatu dari Bebatu, Sesayap Hilir, Tana Tidung

Menurut cerita rakyat dari masyarakat suku Tidung sebagai penduduk asli yang menempati wilayah Bebatu ini sejak puluhan tahun lalu, mengatakan bahwa sebelum menduduki desa Bebatu sebagai wilayah pemukiman penduduk seperti pada saat ini, kaum nelayan dari kerajaan suku Tidung menjadikan pulau Tarakan yaitu sebuah pulau yang terletak di muara sungai sesayap tidak jauh dari bebatu sebagai tempat persinggahan sehabis mengail ikan dan udang dan menjadikan pulau tersebut sebagai tempat barter barang-barang keperluan hidup. Namun setelah masuknya perusahaan minyak Belanda dan Inggris bergabung menjadi satu untuk mengeksfloitasi hasil bumi sehingga terjadi perang pasifik (perang dunia ke II) meletus pada akhir tahun 1941 yang dilancarkan oleh pihak militer Jepang. Namun sebelum Jepang mendarat, Belanda sudah memperkirakan ketidak mampuannya menghadapi serangan Jepang. Oleh sebab itu pemerintah belanda melakukan taktik bumi hangus terhadap semua fasilitas kilang agar pihak jepang tidak dapat memanfaatkannya. Namun dengan adanya taktik bumi hangus tersebut membuat penduduk Tarakan yang sebagian besar adalah suku Tidung terpaksa mengungsi ke daerah-daerah pedalaman antara lain seperti sekatak malinau dan hingga Bebatu

Masyarakat suku Tidung mulai menduduki Bebatu sekitar kurang lebih pada tahun 1937 yang pada awalnya merupakan sebuah wilayah pengungsian mereka dalam menghindari penjajahan belanda dan inggris yang menguasai sebagian besar wilayah Tarakan, tetapi pada tahun 1942 masyarakat suku Tidung asal Tarakan kembali mengungsi untuk menghindari pertempuran sengit Belanda dan Jepang, terutama untuk menyelamatkan anak-anak dan kaum wanita mereka. Namun hingga beberapa masa berlalu wilayah tersebut menjadi sebuah tempat pemukiman atau perkampungan permanen dengan penduduk yang muali berkembang dari sanak keluarga mereka sendiri (turun temurun/keturunan) yang pada masa itu merupakan wilayah yang dipimpin oleh pemerintahan kabupaten Bulungan yang mencakup séluruh wilayah di Kalimantan Utara.

Bebatu pada masa itu di pimpin oleh kepala kampung pertama Aji Iskandar yang dipilih secara aklamasi dan menjabat selama 4 tahun hingga pertengahan tahun 1946.