Jabarkan Utrecht Affair dari Ernst Utrecht

Salah satu keputusan berani yang pernah ia buat adalah keputusan untuk melarang Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) sebagai organisasi di Fakultas Hukum Universitas Jember (ketika menjabat sebagai sekretaris fakultas) yang dikuatkan dalam Surat Keputusan No. 2/64. Sebelum mengeluarkan keputusan melarang HMI, dalam kuliahnya Utrecht melarang mahasiswanya masuk HMI. Yang sudah terlanjur masuk diminta segera keluar. Jika tidak keluar, mahasiswa anggota HMI tidak akan diluluskan dalam mata kuliahnya. Kebijakan ini diambil karena HMI merupakan organisasi yang terkait partai terlarang saat itu, Masyumi. Konflik lain yang pernah terjadi selama di Jember adalah kalimatnya mengenai pemisahan negara dan agama serta pemisahan hukum dan kewajiban akan menjalankan perintah agama. Kelak, kasus ini akan dikenal sebagai "Utrecht Affair".

Keputusan Utrecht tersebut mendapat protes keras dari para mahasiswa yang diwakili oleh Dewan Mahasiswa Universitas Brawijaya (DM-UB). DM-UB menilai kuliah dan tindakan Utrecht telah merusak ketenangan, keutuhan, persatuan mahasiswa, dan sivitas akademika umumnya yang selama ini telah terbina dengan baik. Tetap dengan sikap tersebut, Utrecht mengeluarkan surat terbuka kepada DM-UB seraya mengatakan tidak lagi mengakui wewenang DM-UB terhadap mahasiswa FH Universitas Brawijaya Cabang Jember. Utrecht juga memprovokasi Senat Mahasiswa FH untuk segera merombak DM-UB.

Merespons sikap tersebut, pada 16 November 1963 DM-UB mengeluarkan resolusi menuntut agar Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) melarang Utrecht mengajar di Universitas Brawijaya Cabang Jember. Tentu saja Utrecht menolak resolusi DM-UB sehingga penyelesaian dicari. Pimpinan Universitas, Dewan Penyantun, dan Pimpinan Yayasan berkumpul. Sayangnya, pertemuan para pimpinan yang tidak dihadiri unsur lembaga kemahasiswaan itu cenderung menyalahkan DM-UB.

Di tengah perdebatan, masih ada dua orang pimpinan fakultas yang memiliki opini berbeda. Keduanya adalah Dekan dan Pembantu Dekan I Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Drs. Sudarpo Mas'udi dan Drs. Amir Hamzah Wirjosukarto. Sudarpo dan Amir Hamzah pernah menjadi aktivis HMI Cabang Yogyakarta. Amir Hamzah tercatat pernah menjadi Ketua Umum Pengurus Besar PII. Dalam rapat, Sudarpo dan Wirjosukarto meminta penilaian pimpinan universitas diberikan setelah mendengar keterangan DM-UB. Karena usulnya itu, bersama dengan Utrecht, Sudarpo dan Wirjosukarto dikeluarkan dari Universitas Brawijaya Cabang Jember.

Pasca Utrecht Affair, Gerakan 30 September dan Eksodus ke Belanda

Akibat konflik dengan militer/TNI (dalam hal ini Herman Pieters) dan kelompok agama (dalam hal ini HMI/Masyumi), ia mengalami akibat berat setelah peristiwa G30S dimana ia ditangkap dan dipenjara pada tahun 1965. Ia dikeluarkan dari penjara pada tahun 1966 kemudian pergi ke negeri Belanda pada tahun 1969 (melalui Singapura, Australia, dan Amerika Serikat) hingga meninggal di sana serta tidak pernah kembali ke Indonesia.

Tanggapan Terkait Penumpasan PKI di Bali

Terkait peristiwa Gerakan 30 September dan pembasmian pihak-pihak yang terlibat setelahnya, ia sempat berkomentar mengenai pembantaian simpatisan PKI di Bali (Ia pernah menjadi pengurus PNI di Bali). Ia menganggap bahwa peristiwa pembasmian simpatisan PKI di Bali dianggap sebagai "perang suci". Pembantaian itu sendiri menurutnya dianggap tidak berdosa bagi para pelakunya yang, menurutnya, terdiri atas masyarakat biasa dan buruh pertanian yang juga diikuti dengan simpatisan PNI di Bali. Bahkan, terkait peristiwa pembasmian ini, ia berasumsi bahwa pihak-pihak yang ikut serta dalam pembasmian (atau penumpasan) simpatisan PKI ini mencapai 50.000 jiwa. Selain itu, ia juga mencatat terkait pembuangan para tahanan politik (tapol) ke Pulau Buru, Maluku. Jumlah tahanan tersebut (sebelum dibuang ke Pulau Buru) mencapai 250.000 jiwa.