Jabarkan USC/SSA (1995–2000) dari Perang Saudara Somalia

Menurut Interpeace, setelah kepergian UNOSOM pada bulan Maret 1995, bentrokan militer antara faksi-faksi lokal umumnya menjadi lebih pendek, tidak terlalu intens, dan lebih terlokalisir. Ini sebagian besar karena intervensi militer berskala besar PBB yang telah membantu mengekang pertempuran sengit antara faksi-faksi utama, yang pada akhirnya lebih fokus untuk mengkonsolidasikan keuntungan yang telah mereka dapatkan. Prakarsa perdamaian dan rekonsiliasi lokal yang telah dilakukan di bagian selatan dan tengah Somalia antara tahun 1993 dan 1995 juga secara umum memiliki dampak positif.

Aidid kemudian mendeklarasikan dirinya sebagai Presiden Somalia pada tanggal 15 Juni 1995. Namun, deklarasi tersebut tidak mendapat pengakuan, karena saingannya Ali Mahdi Muhammad telah terpilih sebagai Presiden sementara pada sebuah konferensi di Djibouti dan diakui oleh dunia internasional.

Akibatnya, kelompok Aidid kembali melanjutkan pencariannya akan hegemoni di wilayah selatan. Pada bulan September 1995, pasukan milisi yang setia kepadanya menyerang dan menduduki kota Baidoa. Pasukan Aidid tetap mengendalikan Baidoa dari bulan September 1995 sampai setidaknya bulan Januari 1996, sementara milisi lokal Tentara Perlawanan Rahanweyn terus-menerus melibatkan pasukannya di lingkungan kota.

Pertarungan berlanjut di paruh akhir tahun 1995 di Kismayo selatan dan Lembah Juba, serta Somalia barat daya dan tengah. Namun, terlepas dari wilayah-wilayah konflik ini, daerah Gedo dan Shabelle Tengah, dan juga bagian timur laut dan barat laut Somalia justru relatif damai. Sejumlah pemerintah daerah dan distrik yang telah didirikan beberapa tahun sebelumnya terus beroperasi di daerah-daerah ini.

Pada bulan Maret 1996, Ali Mahdi terpilih sebagai ketua Kongres Serikat Somalia/Aliansi Keselamatan Somalia (USC/SSA), yang berbasis di bagian utara Mogadishu. Di bagian selatan kota, pasukan Aidid memerangi orang-orang Osman Atto untuk mengendalikan pelabuhan Marka serta daerah-daerah strategis di Mogadishu. Pertempuran di Marka akhirnya berakhir setelah para tetua ikut campur, namun justru berlanjut di Mogadishu. Pada bulan Agustus 1996, Aidid meninggal karena luka yang terjadi selama pertempuran di daerah Madinah.

Pada tahun 1998, konferensi konstitusional diadakan di kota di bagian timur laut Somalia, Garowe, selama periode tiga bulan. Dihadiri oleh elit politik daerah tersebut, tetua-tetua tradisional (Issim), anggota komunitas bisnis, intelektual dan perwakilan masyarakat sipil lainnya, Negara Bagian Puntland Somalia yang otonom secara resmi dibentuk sehingga dapat memberikan layanan kepada masyarakat, menawarkan keamanan, memfasilitasi perdagangan, dan berinteraksi dengan mitra domestik dan internasional.

Pada tahun 1999, Eritrea diduga mendukung pasukan Aliansi Nasional Somalia yang dipimpin oleh putra almarhum Aidid, Hussein Farrah Aidid. Hussein membantah klaim tersebut, dan mengatakan bahwa Perdana Menteri Ethiopia Meles Zenawi telah meminta agar dialah yang menjadi penengah Ethiopia dan Eritrea dalam konflik mereka yang terpisah. Namun Institut Internasional untuk Studi Strategis (IISS) secara terpisah melaporkan bahwa Hussein Aidid sendirilah yang telah mengakui adanya dukungan dari Eritrea dan Uganda. Pasukan Hussein menduduki Baidoa pada bulan Mei 1999. Namun mereka diusir mundur oleh Tentara Perlawanan Rahanweyn pada bulan Juni 1999, didukung oleh pasukan Ethiopia yang beranggotakan 3.000 orang serta dilengkapi tank dan artileri. IISS menyatakan bahwa serangan tersebut merupakan bagian dari strategi untuk mencegah Eritrea membuka medan perang baru. Pada akhir tahun, Tentara Perlawanan Rahanweyn telah menguasai provinsi selatan Bay dan Bakool. Pemimpin RRA, Hasan Muhammad Nur kemudian mendirikan pemerintahan daerah Negara Bagian Barat Daya Somalia.

Pada tahun 2000, Ali Mahdi berpartisipasi dalam konferensi lain di Djibouti. Di sana, ia kalah dalam kesempatan pemilihan ulang dari mantan Menteri Luar Negeri Abdiqasim Salad Hassan.

TFG, Uni Pengadilan Islam, dan Ethiopia (2006–2009)

Pada tahun 2000, Pemerintah Transisi Federal (TNG) dibentuk. Pemerintah Transisi Federal (TFG) dibentuk di Nairobi pada tahun 2004. Pemilihan anggota parlemen sedang berlangsung pada bulan Juni, lebih dari dua ratus anggota parlemen mengambil sumpah jabatan pada bulan Agustus, dan Abdullahi Yusuf Ahmed terpilih sebagai presiden oleh parlemen pada bulan Oktober 2004. Namun, pada bulan Maret 2005, TFG terpecah setelah sebuah ketidaksepahaman di parlemen mengenai pengerahan pasukan penjaga perdamaian dan relokasi ke ibu kota sementara. Juru bicara parlemen memimpin beberapa anggota ke Mogadishu sementara presiden dan yang lainnya tinggal di Nairobi. Pada bulan Juni 2005, di bawah tekanan dari Kenya, sisa TFG meninggalkan Nairobi untuk Jowhar. Pada bulan Februari 2006, parlemen TFG bertemu di Baidoa untuk pertama kalinya sejak bulan Maret 2005. (Interpeace, 104)

Pertarungan untuk menguasai Mogadishu terjadi pada paruh pertama tahun 2006 disaat ARPCT, sebuah koalisi para pemimpin milisi yang didukung AS, menghadapi Uni Pengadilan Islam (ICU) yang berkuasa. Namun, ICU meraih kemenangan yang menentukan di bulan Juni tahun itu. Kemudian dengan cepat memperluas dan mengkonsolidasikan kekuatannya di seluruh Somalia selatan. Pada bulan Agustus 2006, daerah yang dikontrol TFG terbatas di wilayah Baidoa di bawah perlindungan Ethiopia. (Interpeace, 104) Kaum Islam garis keras kemudian memperoleh kekuasaan di dalam ICU, yang memicu ketakutan akan Talibanisasi dari gerakan tersebut.

Pada bulan Desember 2006, pasukan Ethiopia memasuki Somalia untuk membantu TFG melawan Uni Pengadilan Islam yang terus bergerak maju, yang sebelumnya memenangkan Pertempuran Baidoa. Dengan dukungan mereka, pasukan pemerintah Somalia merebut kembali ibu kota dari ICU. Serangan tersebut membantu TFG memperkuat kekuasannya. Pada tanggal 8 Januari 2007, saat Pertempuran Ras Kamboni berkecamuk, Presiden dan pendiri TFG Abdullahi Yusuf Ahmed memasuki Mogadishu untuk pertama kalinya sejak terpilih. Tetapi seperti yang dinyatakan Menkhaus, TFG dipandang oleh sebagian besar penduduk Mogadishu sebagai "boneka Ethiopia", dan pasukan keamanan TFG yang tidak terkontrol menjadi sumber utama ketidaknyamanan penduduk lokal, dan terlibat dalam penculikan, penyerangan, atau lebih buruk." Dalam beberapa minggu, sebuah pemberontakan bersenjata kemudian muncul di ibu kota melawan TFG dan sekutu Ethiopia-nya. Pemerintah kemudian pindah ke ibu kota dari lokasi sementara di Baidoa.

Embargo senjata di Somalia diubah pada bulan Februari 2007, untuk memungkinkan negara-negara lain memasok senjata ke pasukan keamanan TFG, selama mereka mendapat persetujuan terlebih dahulu dari Komite Sanksi PBB di Somalia. Setelah diskusi panjang, Uni Afrika menyetujui pengerahan awal Misi Uni Afrika ke Somalia (AMISOM) pada bulan Maret 2007. Organisasi ini membentuk "segitiga perlindungan" di sekitar bandara Mogadishu, pelabuhan laut, dan Villa Somalia, dan mulai mengadopsi sikap negosiasi yang rendah hati dengan tokoh kunci. Pada bulan November 2008, setelah pelanggaran berulang atas blokade senjata, Dewan Keamanan memutuskan bahwa embargo senjata dapat dikenakan pada organisasi atau kelompok yang terlibat dalam pelanggaran tersebut. Setelah proses konsultasi selama dua tahun, TFG dibentuk pada tahun 2004 oleh para politisi Somalia di Nairobi di bawah naungan Otoritas Antarpemerintah untuk Pembangunan (IGAD). Proses tersebut juga mengarah pada pembentukan Institut Transisi Federal (TFI), dan diakhiri pada bulan Oktober 2004 dengan terpilihnya Abdullahi Yusuf Ahmed sebagai presiden. TFG kemudian menjadi pemerintah Somalia yang diakui secara internasional.

Setelah kekalahan mereka, Uni Pengadilan Islam terpecah menjadi beberapa faksi yang berbeda. Beberapa elemen yang lebih radikal, termasuk Al-Shabaab, bergabung kembali untuk melanjutkan pemberontakan mereka melawan TFG dan menentang kehadiran militer Ethiopia di Somalia. Sepanjang tahun 2007 dan 2008, Al-Shabaab mencatatkan kemenangan militer, merebut kendali kota-kota utama dan pelabuhan di Somalia tengah dan selatan. Pada akhir tahun 2008, kelompok ini telah menguasai Baidoa. Pada tanggal 1 Mei 2008, AS melakukan serangan udara di Dhusamareb, dan dilanjutkan pada tanggal 3 Mei dengan serangan udara lainnya di kota perbatasan Dobley. Menurut International Crisis Group, para pemimpin Ethiopia terkejut dengan kegigihan dan kekuatan pemberontakan dan frustrasi terhadap masalah internal TFG yang kronis. Hingga bulan Januari 2009, Al-Shabaab dan milisi lainnya telah memaksa pasukan Ethiopia untuk mundur, meninggalkan pasukan penjaga perdamaian Uni Afrika yang kekurangan tenaga.

Karena kurangnya dana dan sumber daya manusia, embargo senjata yang menyulitkan untuk membangun kembali pasukan keamanan nasional, dan ketidakpedulian umum dari pihak masyarakat internasional, Presiden Yusuf merasa dirinya berkewajiban untuk menyebarkan ribuan pasukan dari Puntland ke Mogadishu untuk mempertahankan pertempuran melawan elemen pemberontak di bagian selatan negara tersebut. Dukungan finansial untuk usaha ini diberikan oleh pemerintah daerah otonom. Hal ini menyisakan sedikit pendapatan bagi pasukan keamanan Puntland dan pegawai negeri sipil, sehingga wilayah ini rentan terhadap pembajakan dan serangan teroris.

Pada tanggal 29 Desember 2008, Abdullahi Yusuf Ahmed mengumumkan di hadapan sebuah parlemen gabungan di Baidoa perihal pengunduran dirinya sebagai Presiden Somalia. Dalam pidatonya, yang disiarkan di radio nasional, Yusuf menyatakan penyesalan karena gagal mengakhiri konflik tujuh belas tahun di negara tersebut seperti yang telah diamanatkan pemerintahannya. Ia juga menyalahkan dunia internasional karena kegagalan mereka untuk mendukung pemerintah Somalia, dan mengatakan bahwa juru bicara parlemen akan menggantikannya sebagai Presiden dari Pemerintah Transisi Federal sesuai dengan ketetapan dari Piagam Transisi Federal Republik Somalia.