Jabarkan Penerus Calvin dari Theodore Beza

Selama 22 bulan Beza telah pergi dari Jenewa, dan urusan sekolah maupun Gereja di sana, terutama kondisi kesehatan Calvin membuatnya harus kembali karena tidak ada orang lain yang bisa menggantikan Calvin, yang sakit-sakitan dan tidak bisa bekerja penuh. Calvin dan Beza mengatur melaksanakan tugas bersama pada minggu-minggu berselingan. Setelah kematian Calvin pada tanggal 27 Mei 1564, Beza menjadi penerusnya.

Sampai tahun 1580, Beza bukan hanya menjabat moderator Company of Pastors, tetapi juga jiwa sejati bagi institusi agung pembelajaran di Jenewa yang didirikan oleh Calvin pada tahun 1559, yang terdiri dari satu gymnasium dan satu akademi.

Seumur hidupnya, Beza menaruh minat pada pendidikan tinggi.

Selama hampir 40 tahun orang-orang muda Protestan memenuhi ruang kuliahnya untuk mendengar kuliah teologinya, yang memaparkan ortodoksi murni Calvinisme. Sebagai seorang penasihat, pendapatnya didengarkan oleh para magistrat dan pastor.

Ia mendirikan suatu sekolah hukum di Jenewa di mana François Hotman, Jules Pacius, dan Denys Godefroy, para ahli hukum terkemuka abad itu, memberikan kuliah secara bergantian (cf. Charles Borgeaud, L'Academie de Calvin,  Geneva, 1900).