Jabarkan Setelah tahun 1564 dari Theodore Beza

Beza berhasil menjadi pengganti Calvin, bukan hanya meneruskan pekerjaannya tetapi juga memberikan damai pada Gereja di Jenewa. Para magistrat sepenuhnya menerima ide-ide Calvin, dan pengarahan urusan rohani, badan yang terdiri dari "ministers of the word" (=pelayan Firman) dan "consistory", ditetapkan dengan dasar kuat. Tidak ada kontroversi doktrin yang muncul setelah tahun 1564. Diskusi berkisar pertanyaan terkait hal-hal praktis, sosial atau gerejawi, seperti kepangkatan magistrat di atas para pastor, kebebasan berkotbah, dan kewajiban para pastor untuk tunduk pada mayoritas Company of Pastors.

Beza tidak memaksakan kehendaknya pada para sejawatnya, dan tidak mengambil tindakan keras terhadap rekan-rekan yang tidak adil atau pemarah, meskipun kadang kala ia mengambil alih kasus mereka dan bertindak sebagai mediator/penengah; tetapi ia sering mengalami perlawanan yang sangat ekstrim sehingga mengancam untuk mengundurkan diri. Meskipun ia cenderung berpihak kepada para magistrat, ia tahu bagaimana membela hak dan kebebasan kuasa rohani jika diperlukan, tanpa mengurangi kewibawaan sebagaimana halnya Calvin.

Menurut Beza tidaklah bijaksana Company of Pastors mempunyai ketua tetap. Ia meyakinkan Company untuk menyampaikan petisi kepada Small Council agar masa jabatan moderator dibatasi waktunya. Pada tahun 1580 Council menyetujui perputaran jabatan kepresidenan mingguan.

Aktivitasnya semakin meningkat, terutama menjadi penengah antara compagnie dan magistrasi, di mana magistrasi terus-menerus meminta nasihatnya bahkan untuk urusan politik. Ia berkomunikasi dengan seluruh pemimpin kelompok-kelompok Reformasi di Eropa. Setelah Pembantaian Hari Santo Bartolomeus (1572), ia menggunakan pengaruhnya agar para pengungsi diterima dengan baik di Jenewa.

Pada tahun 1574, ia menulis De jure magistratuum (Hak Magistrat) di mana ia secara tegas memprotes tirani dalam hal-hal agamawi, dan menegaskan bahwa sah bagi umat untuk menentang magistrasi yang tidak berharga dalam urusan praktis dan jika perlu menggunakan senjata dalam menggulingkannya.

Tanpa menjadi dogmatis besar seperti Calvin, juga bukan jenius kreatif dalam dunia keagamaan, Beza memiliki kualitas-kualitas yang membuatnya terkenal sebagai humanis, penafsir Alkitab, orator, dan pemimpin dalam urusan agama dan politik, serta berkompeten menjadi pemandu kaum Calvinis di seluruh Eropa.

Beza terus membina hubungan erat dengan kaum Reformasi Prancis. Ia menjadi moderator sinode am yang bertemu pada bulan April 1571 di La Rochelle. Sidang itu memutuskan tidak menghapuskan disiplin gereja atau mengakui pemerintah sipil sebagai kepala Gereja, seperti yang dituntut oleh pendeta Paris, Jean Morel, dan filsuf Pierre Ramus; sementara memutuskan menegaskan kembali doktrin Calvinistik mengenai Perjamuan Kudus (dengan pernyataan: "substansi tubuh Kristus"/"substance of the body of Christ") bertentangan dengan Zwinglianisme, yang menyebabkan pertikaian antara Beza dan Ramus dan Heinrich Bullinger.

Pada tahun berikutnya (Mei 1572) Beza berperan penting dalam sinode nasional di Nîmes. Ia juga tertarik pada kontroversi yang terkait Pengakuan Iman Augsburg di Jerman, khususnya setelah tahun 1564, mengenai doktrin Pribadi Kristus dan sakramen, serta menerbitkan beberapa karya menentang Westphal, Hesshusen, Selnecker, Johannes Brenz, dan Jakob Andrea. Ini menyebabkan dia dibenci oleh semua orang yang melekat pada Lutheranisme yang berlawanan dengan Melanchthon, terutama setelah tahun 1571.