Jabarkan Penaklukan Kanto dari Minamoto no Yoritomo

Setiba di Awa, Yoritomo memerintahkan dua kekuatan besar di Semenanjung Bōsō, Kazusa Hirotsune dan Chiba Tsunetane untuk menemuinya, karena Hōjō Tokimasa sudah diutus ke tempat Takeda Nobuyoshi untuk memperkuat klan Kai Genji. Pada bulan berikutnya, Yoritomo dibantu Chiba Tsunetane menghabisi wakil penguasa Provinsi Kazusa yang berada di pihak klan Taira. Kazusa Hirotsune datang terlambat dengan membawa sekitar 20 ribu prajurit berkuda.

Pasukan pimpinan Yoritomo memasuki Provinsi Musashi, dan mendapat tambahan kekuatan dari pasukan Kasai Kiyoshige dan Adachi Tōmoto. Tokoh-tokoh samurai yang sebelumnya ingin disingkirkan Yoritomo, seperti Hatakeyama Shigetada, Kawagoe Shigeyori, dan Edo Shigenaga ikut bergabung. Pada bulan Oktober 1180, pasukan gabungan yang dipimpin Yoritomo memasuki Kamakura. Di sana, Yoritomo memulai pemindahan kuil Tsurugaoka Hachiman ke kaki gunung sebelah utara, dan mendirikan markas besar Keshogunan Kamakura.

Pada 16 Oktober 1180, pasukan berkuda klan Taira yang dipimpin Taira no Koremori tiba di Provinsi Suruga dengan tujuan menghancurkan Kamakura. Keesokan harinya di Sungai Kise, Takeda Nobuyoshi bersama Hōjō Tokimasa, dan 20 ribu prajurit berkuda datang bergabung. Pasukan klan Minamoto menghadapi pasukan klan Taira dalam Pertempuran Fujigawa. Pasukan Taira melarikan diri karena ketakutan mendengar suara burung air yang dikira serangan mendadak pasukan Minamoto.

Keesokan harinya, Yoritomo menyatakan niatnya untuk menyerang Kyoto, tetapi tidak disetujui Chiba Tsunetane, Miura Yoshizumi, dan Kazusa Hirotsune. Alasannya, klan Satake asal Hitachi Genji belum ditundukkan dan wilayah sebelah timur Jepang belum dikuasai. Pada hari yang sama, Yoritomo menerima kedatangan adiknya, Minamoto no Yoshitsune, dan keduanya bersumpah untuk membalas kematian ayah mereka dengan menghancurkan klan Taira.

Setelah tiba kembali di Sagami, Yoritomo menghukum mati Ōba Kagechika yang berhasil ditawan dalam pertempuran, dan berangkat ke Provinsi Hitachi untuk menyingkirkan Satake Hideyoshi. Pertempuran berakhir setelah Satake Hideyoshi melarikan diri karena takut terhadap Kazusa Hirotsune. Wilayah kekuasaan Satake dibagi-bagikan, dan sekembalinya di Kamakura, Yoritomo menunjuk Wada Yoshimori sebagai pimpinan dewan Samurai Dokoro. Lembaga ini nantinya membawahi bidang kepolisian dan militer dalam pemerintahan Keshogunan Kamakura.

Pada tahun berikutnya (1181), Kikuchi Takanao asal Provinsi Higo dan Minamoto no Yukiie asal Owari ikut berperang melawan klan Taira. Di tengah ancaman serangan besar-besaran klan Minamoto, Taira no Kiyomori meninggal pada 4 Februari 1181 akibat demam dan panas tinggi. Pimpinan klan Taira beralih kepada Taira no Munemori. Dalam pesan terakhirnya sebelum meninggal, Kiyomori mengatakan bahwa dirinya tidak perlu upacara pemakaman, melainkan agar di atas makamnya diletakkan potongan kepala Yoritomo. Putra ke-5, Taira no Shigehira bermaksud melaksanakan pesan terakhir ayahnya dan berangkat dari Kyoto untuk membunuh Yoritomo. Yoritomo bermaksud menahan serangan pasukan Shigehira di Matsuhama, Provinsi Totomi dengan mengutus Yasuda Yoshisada asal klan Kai Genji dan kawan-kawan. Namun di tengah perjalanan, Shigehira sudah dihadang Minamoto no Yukiie dalam Pertempuran Sunomata. Pertempuran berakhir dengan kekalahan pasukan Minamoto, dan Shigehira kembali ke Kyoto.

Sekitar bulan Juli 1181, Yoritomo mengirim surat pernyataan kepada mantan Kaisar Go-Shirakawa bahwa dirinya tidak bermaksud memberontak. Klan Taira tetap ingin mewujudkan pesan terakhir Kiyomori, dan kembali memberangkatkan pasukan untuk menyingkirkan Yoritomo. Perintah yang sama juga dikeluarkan kepada Fujiwara no Hidehira di Provinsi Ōshū. Di tengah perjalanan, pasukan Taira dialihkan ke Provinsi Echigo untuk memadamkan pemberontakan Minamoto no Yoshinaka.

Peperangan reda hingga pada tahun berikutnya (1182), Yoritomo menyatakan permohonan kepada Kami di Kuil Ise untuk menghancurkan klan Taira. Selain itu, Yoritomo mengirimkan teluh untuk Fujiwara no Hidehira, dan mendirikan cabang kuil Benzaiten ke Pulau Enoshima.

Tahun berikutnya (1183), paman Yoritomo yang berdiam di Provinsi Hitachi, Minamoto no Yoshihiro menyerbu Kamakura. Sebagian besar pasukan sedang bersiap-siap menghadapi serbuan klan Taira di Suruga, sehingga Yoritomo kesulitan mempertahankan Kamakura. Yoritomo pergi mengunjungi kuil Tsurugaoka Hachiman, dan hanya bisa berdoa atas keberhasilan Oyama Tomomasa dan rekan-rekan yang ditugaskannya menghadapi pasukan klan Taira. Yoshihiro akhirnya dikalahkan dalam Pertempuran Nogimiya dan melarikan diri. Pasukan Yoshihiro yang melarikan diri dihancurkan oleh adik Yoritomo yang bernama Minamoto no Noriyori.