Jabarkan Kehidupan pribadi dari Njoto

Ayah Njoto mengajari putranya bermain biola, dan dia juga bisa bermain saksofon. Menurut Windarti, Njoto juga bisa bermain gitar dan drum dan menggubah beberapa lagu. Dia menikmati musik klasik dan jazz. Pada masa pendudukan Jepang, Njoto, Windarti, dan tiga gadis lainnya membentuk sebuah band, Suara Putri, dengan empat wanita sebagai vokalis dan Njoto sebagai gitaris. Mereka membawakan Wanita Asia, sebuah lagu yang memuji Jepang yang datang dan langsung mengusir Belanda. Setelah kemerdekaan, lagu tersebut dilarang. Salah satu temannya di dunia musik adalah Jack Lesmana.

Dalam sastra, Njoto membaca karya-karya Rusia seperti Nikolai Gogol dan Dostoevsky. Bagi orang Indonesia, Njoto menyukai karya H.B. Jassin. Ia juga memuji karya-karya Hamka. Njoto menulis beberapa puisi yang dimuat dalam Harian Rakjat, berjudul "Tahun Baru", "Catatan Peking", Jangtoe", "Shanghai ", Merah Kesumba", "Variasi Haiku", "Variasi Cak", dan "Pertemuan di Paris". Puisi-puisi ini diterbitkan pada bulan September 2008 berjudul Gugur Merah : Sehimpunan Puisi Lekra, Harian Rakyat: 1950-1965. Menurut Asahan, dalam sastra, Njoto lebih demokratis, lebih estetis, dan lebih universal. Dalam tudingan "Tenggelamnya Kapal van der Wijk" oleh Hamka, Njoto menasihati Lekra untuk tidak "menghancurkannya". Njoto juga menulis "Merah Kesumba" sebagai reaksi solidaritas terhadap Kongo setelah kematian Patrice Lumumba.

Njoto menikah dengan Soetarni pada Mei 1955. Pasangan ini memiliki tujuh anak. Anak keenam, bernama Fidelia Dayatun, lahir sebelum Gerakan 30 September. Anak ketujuh, bernama Butet, lahir saat Soetarni bersembunyi. Anak ketujuh diadopsi oleh adik perempuan Soetarni. Anak-anak lainnya adalah Ilham Dayawan, Svetlana Dayani, Timur, Irina Dayasih, dan Risalina Dayana. Semua anak Njoto memiliki kata daya dalam namanya, diambil dari nama panggilan Njoto, Kusumo Digdoyo. Digdoyo berarti daya dalam bahasa Indonesia, atau "kekuatan" dalam bahasa Inggris.