Jabarkan Musim 2012–13 dari Sergio Agüero

Usai pra musim, Agüero harus ditandu keluar pada menit ke 13 saat laga kandang kontra Southampton akibat cedera lutut yang didertitanya. Pada 29 September, ia mencetak gol pertamanya di musim ini ketika mengalahkan Fulham 2–1. Gol berikutnya dicetak ketika menang 3–0 atas Sunderland pada 6 Oktober. Agüero kemudian berturut-turut mencetak sebiji gol pada ajang Liga Champions UEFA, saat menahan imbang Ajax dan Real Madrid. Pada 17 Februari, Agüero membantu Manchester City mencapai babak perempat final Piala FA berkat dua gol yang disarangkannya kala menang 4–0 atas Leeds United.