Jabarkan Direktur dari Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta

K.H. Siradj Dahlan (Periode Kedua)

K.H. Mas Mansyur (Direktur Kehormatan)

K.H. Mohammad Mawardi (Periode Kedua)

Drs. K.H. Zamzuri Umar, M.Pd

Muhammad Ikhwan Ahada, S.Ag., M.A. (2005-2013)

Asep Sholahuddin S.Ag, M.A (2013 - 2016)

H. Aly Aulia, Lc, M.Hum (2016 - 2024)

Di antara 16 direktur yang pernah memimpin Mu'allimin terdapat 3 diantaranya yang anugerahi gelar "Pahlawan Nasional" yaitu : K.H. Ahmad Dahlan, K.H. Mas Mansur, K.H. Abdul Kahar Muzakkir