Jabarkan Pascapemberontakan dari Pemberontakan Shimabara

Setelah pemberontakan ditumpas, pemerintah keshogunan melakukan pembalasan dengan melakukan pemancungan massal 37.000 orang pemberontak dan simpatisannya. Potongan kepala Amakusa Shirō dibawa ke Nagasaki dan dipertontonkan di muka umum. Kastil Hara dibakar habis bersama mayat para pemberontak yang berada di dalamnya.

Keshogunan mencurigai pihak-pihak penyebar agama Katolik dari Barat terlibat dalam pemberontakan, dan pedagang Portugis diusir dari Jepang. Kebijakan negara tertutup diperkeras pada tahun 1639. Pelarangan agama Kristen dijalankan dengan tegas. Penganut Kristen dianiaya dan diburu. Mereka yang selamat hanya bisa mempraktikkan keyakinannya secara sembunyi-sembunyi sebagai Kakure Kurishitan.

Sebagai ucapan terima kasih kepada klan-klan yang telah membantu mengirimkan pasukan, pemerintah keshogunan membebaskan mereka dari sumbangan biaya pembangunan yang sebelumnya dipungut dari pemerintah di daerah. Matsukura Katsuie dipersalahkan karena tindakannya yang sewenang-wenang sehingga memicu pemberontakan itu. Ia diminta melakukan seppuku dan wilayahnya dialihkan pada Koriki Tadafusa. Klan Terazawa luput dari hukuman dan tetap berkuasa, namun berakhir belasan tahun kemudian karena Katataka tidak memiliki pewaris.

Seusai pemberontakan, kerusakan besar terjadi di Shimabara, dan penduduk di kota-kota berkurang secara drastis. Pemerintah memindahkan penduduk dari daerah lain di Jepang untuk dipekerjakan sebagai petani penggarap sawah dan ladang yang telantar. Semua penduduk diwajibkan mendaftarkan diri di kuil-kuil setempat, dan para biksu diharuskan memastikan agama mereka. Setelah terjadinya Pemberontakan Shimabara, agama Buddha disebarluaskan secara gencar. Hingga kini, beberapa tradisi unik tetap bertahan di daerah ini. Kota-kota di Semenanjung Shimabara juga memiliki penduduk yang berbicara dalam berbagai dialek yang dibawa para leluhur mereka yang didatangkan dari daerah-daerah lain di Jepang.

Selain pemberontakan petani yang sekali-kali berlangsung dalam skala kecil, Pemberontakan Shimabara adalah konflik bersenjata skala besar yang terakhir di Jepang hingga tahun 1860-an.