Jabarkan Peperangan terakhir di Messiah dari Kira Yamato

Setelah Gilbert Durandal mengumumkan pada dunia bahwa akan segera melaksanakan "Destiny Plan", suatu rencana untuk menghancurkan Bumi, Kira beserta Aliansi Tiga Kapal (Three Ships Alliance) dan juga para prajurit militer Orb berusha mencegah rencana tersebut dan akan menyerang Messiah, suatu unit senjata pemusnah massal milik ZAFT yang berada di bulan.

Tentu saja ZAFT tidak membiarkan pihak Orb berbuat itu, mereka juga mengirimkan pasukannya, termasuk Minerva, sehingga Kira, Athrun, Shinn, dan Rey akan bertarung kembali.

Peperangan besar tak terhindarkan, lalu Kira menyuruh agar Archangel (beserta Infinite Justice) dan Kusanagi pergi saja berusaha menyerang Messiah, sementara Strike Freedom dan Eternal menghadapi para pasukan ZAFT. Shinn akhirnya kembali bertemu dengan Strike Freedom, dan dia tentu saja menyerang dengan ganas, tetapi serangannya selalu berhasil ditangkis oleh Strike Freedom, sampai pada akhirnya Rey datang dan menyuruh Shinn untuk pergi, menghadapi Athrun dan Archangel karena Rey berniat balas dendam terhadap kematian saudara kloningnya, Raww Le Kluezze pada akhir pertempuran Valentine Berdarah pertama di Jachin Due.

Sementara itu, Shinn pergi mengejar Archangel dan Infinite Justice, Shinn ingin "menuntaskan" pertarungannya pada saat Operasi Fury yang tertunda. Athrun pada saat itu sedang bertarung melawan Impulse Gundam yang dipiloti Lunamaria Hawke, dan berhasil mengalahkannya. Tepat pada saat itu, Destiny pun datang, dan menyerang Infinite Justice yang dianggap sudah melukai Lunamaria (padahal sebetulnya tidak). Shinn yang marah pun menggunakan modus SEEDnya, dan bertarung hebat dengan Athrun. Sampai pada akhir pertarungan, Athrun mengatakan apa alasan Shinn untuk bertarung adalah untuk membuat dunia hanya berdasarkan kekuatan, dan Athrun juga mengatakan bahwa apapun yang sudah mati tidak akan bisa kembali lagi. Mendengar perkataan Athrun, Shinn pun emosinya meledak dan menyerang Infinite justice dengan Shinning hand Destiny. Lunamaria pun menghalangi Shinn dan menyuruhnya berhenti, tetapi Shinn yang sedang kalap malah menganggap Impulse sebagai Freedom yang sudah membunuh kedua orang yang paling dia sayangi, Mayu Asuka, adiknya dan Stella Loussier dan tidak menghentikan serangannya, Athrun pun mengeluarkan modus SEED miliknya dan menghentikan Destiny, serta langsung menghancurkan Destiny tanpa melukai Shinn. Lalu Athrun menyerang Minerva yang sudah mengalami kerusakan akibat Archangel dengan FATUM backflight Flier milik Infinite Justice dan menonaktifkan mesinnya sehingga Minerva pun terjatuh ke permukaan Bulan. Kapten Minerva Talia Gladys pun mengalihkan kepemimpinannya kepada Arthur Trine dan keluar menuju Messiah dengan menggundakan life pod.

Sementara itu, Rey menggunakan DRAGOON system untuk menyerang Strike Freedom, tetapi bisa ditangkis oleh beam shield, dan pada saat itu Rey mengatakan bahwa drinya adalah Raww Le Kluezze. Kira pun terkejut dan merasa tidak percaya, tetapi Rey mengatakan bahwa itu memang benar, dan merupakan hasil dari buah impian umat manusia, yang tidak sebagian orang mengerti, termasuk Kira Yamato sendiri. Namun Kira tetap menyangkal bahwa Rey adalah Le Kluezze, karena menurut Kira, semua manusia hanya mempunyai satu perasaan dan jiwa, sehingga tidak ada yang namanya dua manusia (apalagi sudah tewas) berada dalam satu tubuh. Mendengar pernyataan Kira, membuat Rey tidak fokus, sehingga stu per satu serangan DRAGOON system milik Legend gagal dan malah dihancurkan oleh beam rifle milik Strike Freedom. Rey pun takluk ketika Kira menggunakan modus HiMAT(High Mobility Aerial Tactics) milik Strike Freedom yang merusak sebagian besar tubuh Legend kecuali kokpit.

Setelah mengalahkan Rey, Kira pun menyerang Messiah dengan menggunakan Strike Freedom yang dilengkapi dengan METEOR, dan masuk ke dalam Messiah, Kira pun menghampiri sambil menodongkan pistolnya ke arah pemimpin ZAFT, Gilbert Durandal yang masih hidup dan masih berada di dalam Messiah. Kira hendak mengajak Durandal keluar dan menyerahkan diri, tetapi Durandal malah menodongkan pistol juga kepada Kira. Saat itu, Talia pun datang dan menodongkan pistolnya kepada Kira secara diam-diam, lalu tak lama Rey yang masih hidup pun datang dan juga mengarahkan pistolnya kepada Kira secara diam-diam pula. Kira lalu mengatakan bahwa perang dan semua proyek yang dilaksanakan olehnya (Durandal) tidaklah membawa manfaat, dan hanya membawa kesengsaraan bagi semua umat manusia. Mendengar hal tersebut Rey pun menembak Durandal dan menangis, sementara Talia mendekati tubuh Durandal dan memeluknya, sambil mengatakan kepada Kira bahwa dia memiliki seorang anak dan ingin agar kapten Murrue Ramius menengok serta mengurusnya, Talia mengatakan bahwa itu adalah perintah terakhirnya. Dia pun memanggil Rey dan memeluknya pula serta mengatakan bahwa Rey sudah melakukan tugasnya dengan baik, sementara Kira pergi meninggalkan Messiah yang akan meledak (karena ulah Infinite Justice dan ORB-01 Akatsuki yang dipiloti oleh Mu La Flaga), Shinn dan Lunamaria pun menangis, saat melihat Messiah yang runtuh dan meledak.

Bertemu dengan Shinn dan akhir dari peperangan

Pada saat Messiah meledak, Athrun melihat Shinn dan Lunamaria di suatu tempat di bulan, ia pun membawa keduanya untuk kembali ke pangkalan ZAFT terdekat. Saat itu,Lacus Clyne menyatakan bahwa peperangan ini harus diselesaikan, dan beberapa bulan setelahnya, representatif Orb Cagalli Yula Athha menandatangani perjanjian damai di PLANT.

Shinn, Athrun, Lunamaria, dan Meyrin sedang ziarah ke suatu nisan di Orb yang dipersembahkan untuk para korban

dari peperangan, lalu Athrun mendengar suara dari Torii, dan melihat Kira serta Lacus membawa bunga menuju nisan tersebut. Athrun lalu mengenalkan Kira kepada Shinn, dan memberitahu Shinn bahwa Kira adalah pilot Freedom. Setelah mengetahui hal itu, Shinn dijabat tangannya oleh Kira dan berkata agar mau berjuang bersamanya mempertahankan perdamaian. Shinn lalu menangis dan merasa bersalah karena orang yang hampir dibunuhnya saja mau memaafkannya. Shinn pun setuju dan membalas menyalami tangan Kira. Perang Valentine Berdarah kedua pun selesai.