Jabarkan Mengenang Siebold dari Philipp Franz von Siebold

Sebagai penghormatan bagi Siebold, sejumlah tanaman, ikan, dan burung diberi nama spesies sieboldii:

Selain itu, nama spesies yang berakhiran dengan Sieb.et Zucc. diberi nama oleh Siebold dan Zuccarini.

Koleksi Siebold disimpan di beberapa institusi:

Spesimen botani dan ilmu alam:

Herbarium Nasional Belanda di Leiden,

SieboldHuis di Leiden (bekas rumah kediaman Siebold yang direnovasi dan dijadikan museum)

Siebold Memorial Museum di Nagasaki, Jepang (dekat bekas kediaman Siebold di wilayah Narutaki)

Koleksi von Siebold juga menjadi bagian dari koleksi museum etnografi di München. Putra sulungnya, Alexander von Siebold menghadiahkan benda-benda peninggalan Siebold kepada British Museum di London. Sejumlah 600 helai plat ilustrasi berwarna dari buku Flora Japonica dibeli Akademi Sains Rusia di St. Petersburg.

Walaupun kurang dikenal di Belanda dan Jerman, Siebold sangat terkenal di Jepang karena namanya tercantum di dalam buku teks pelajaran sekolah. Hortus Botanicus di Leiden memiliki Taman Peringatan Von Siebold (Von Siebold Gedenktuin), berupa taman Jepang dari tanaman yang dulunya dikirim Siebold dari Jepang. Taman tersebut sering dikunjungi wisatawan Jepang yang datang ke Leiden.