Jabarkan Stasiun pemberhentian dari Kereta api Gajayana

Menurut Gapeka 2023 yang dirilis 1 Juni 2023, berikut ini adalah stasiun kereta api dilayani oleh KA Gajayana.

Pada 4 Januari 2011, empat rangkaian kereta eksekutif kereta api Gajayana yang sedang parkir di Stasiun Malang tiba-tiba mundur dan menabrak empat rumah. Satu orang balita tewas dalam kejadian tersebut.

Pada 27 Agustus 2011, kereta api Gajayana dengan masinis Yodian Wiliarso dan asisten masinis Bambang Suradi dibajak oleh tiga orang yang memasuki kabin masinis lokomotif. Sebanyak tiga pembajak masuk lokomotif dan mengarahkan kereta api tersebut ke Stasiun Pasar Senen. Mulanya, kereta ini tertahan sinyal masuk di stasiun Jatibarang, kemudian saat di Stasiun Telagasari beberapa orang menghadang kereta api dan satu orang masuk lokomotif. Kereta sempat berhenti di Stasiun Haurgeulis untuk menurunkan penumpang gelap di lokomotif. Lalu sang masinis memberitakan kepada pusat kendali (PK) Cirebon agar diberikan sinyal aspek hijau dan melaju tanpa henti di sepanjang jalur rel hingga Gambir. Selama pembajakan berlangsung, masinis sempat kehilangan kontak. Masinis kemudian memberitahu PK baru pada pukul 09.08 bahwa masinis tersebut disandera dan meminta agar PK mengarahkan kereta itu langsung ke Gambir. Kereta api Gajayana mencoba berhenti di Stasiun Jatinegara namun gagal dan diarahkan ke Stasiun Pasar Senen. Pada pukul 09.35, kereta api Gajayana masuk ke jalur 4, berhenti dengan rem darurat oleh petugas teknisi, kemudian dihadang aparat Brimob yang sudah berjaga di bibir peron.

Pada 24 Juli 2023, kereta api Gajayana nomor KA 56 menuju  mengalami temperan dengan truk gandeng bermuatan ampas tebu di perlintasan tanpa dijaga terletak di petak Stasiun Baron–Stasiun Kertosono di Kecamatan Baron, Kabupaten Nganjuk, Jawa Timur, sehingga kedua jalur tersebut terhambat. Lokomotif mengalami kerusakan parah setelah mengalami temperan meskipun tidak ada korban jiwa dalam peristiwa ini dan lokomotif penolong telah membantu perjalanan kereta api kembali normal satu jam setelah kejadian, namun kini terlambat sekitar 2 jam menuju Kertosono.