Jabarkan Kembali ke Eropa dari Philipp Franz von Siebold

Siebold tiba di Eropa ketika terjadi kerusuhan anti-Belanda di Brusel yang berakhir dengan kemerdekaan Belgia (1830). Siebold dengan tergesa-gesa menyelamatkan koleksi etnografi di Antwerpen serta spesimen herbarium di Brusel, dan membawanya pulang ke Leiden. Namun, sejumlah tanaman yang dikirimnya ke Universitas Gent tidak ikut terbawa. Tumbuhan langka dan eksotik yang pernah dimiliki Siebold membuat nama Gent terkenal di dunia hortikultura. Sebagai ucapan terima kasih kepada Siebold, Universitas Gent pada tahun 1841 memulangkan setiap spesimen dari koleksi milik Siebold.

Siebold kemudian menetap Leiden berikut sebagian besar koleksi botaninya. Koleksinya dikenal sebagai "koleksi von Siebold" dan terdiri dari sejumlah spesimen koleksi botani tertua asal Jepang. Seluruhnya terdiri dari 12.000 spesimen, tapi hanya 2.300 spesies yang dapat dideskripsikan dan masih terus menjadi bahan penelitian hingga sekarang. Koleksi Siebold dibeli seluruhnya oleh pemerintah Belanda dengan harga pantas. Pada 20 April 1831, Raja Willem I dari Belanda memberi penghasilan tahunan bagi Siebold, dan gelar kebangsawan dari Kerajaan Belanda diterimanya pada tahun 1842.

Koleksi Siebold mulai diperlihatkan kepada umum sejak tahun 1831. Setelah dipamerkan di beberapa lokasi di Leiden, Siebold membuka museum di rumahnya sendiri di Rapenburg no. 19 pada tahun 1837. Sementara itu, mantan asisten yang menjadi penerusnya di Jepang, Heinrich Bürger mungirimkan lebih banyak lagi spesimen dalam 3 kali pengapalan. Koleksi Siebold tersebut menjadi inti koleksi Museum Naturalis dan Herbarium Nasional di Leiden.

Selama tinggal di Leiden, Siebold menulis buku Nippon volume I yang dicetak tahun 1832. Berisi ilustrasi etnografi dan geografi tentang Jepang, serta laporan perjalanan ke Edo, buku tersebut disambungnya lagi hingga menjadi 7 volume, dan selesai tahun 1882.

Bibliotheca Japonica yang dicetak sekitar tahun 1883 atau 1841 adalah buku yang ditulis Joseph Hoffmann (profesor bahasa Tionghoa dan Jepang) dan Kuo Cheng-Chang (orang Jawa keturunan Tionghoa yang mengikuti perjalanan Siebold dari Batavia) bersama Siebold. Buku tersebut berisi bibliografi literatur Jepang, lengkap dengan kamus bahasa Jepang, Tionghoa, dan Korea.

Dokumentasi dan deskripsi "secara ilmiah" koleksi hewan asal Jepang milik Siebold dilakukan oleh ahli zoologi Coenraad Temminck, Hermann Schlegel, dan Wilhem de Haan. Hasilnya dirangkum dalam buku Fauna Japonica yang diterbitkan sebagai serangkaian monograf antara tahun 1833-1850. Karya Temminck, Schlegel, dan Haan menjadikan fauna Jepang sebagai koleksi fauna non-Eropa yang pernah dideskripsikan secara lengkap. Sebagian besar koleksi yang digunakan adalah koleksi Siebold, dan hanya sebagian kecil berasal dari koleksi penerusnya, Heinrich Bürger.

Botanis Jerman Joseph Gerhard Zuccarini membantu Siebold menulis buku Flora Japonica yang diterbitkan pertama kali tahun 1835. Setelah Zuccarini tutup usia tahun 1848, penerbitan Flora Japonica terhenti. Penulisan Flora Japonica dilanjutkan direktur Rijksherbarium Leiden, F.A.W. Miquel (1811-1871), dan baru diterbitkan setelah Siebold tutup usia.

Dari Hortus Botanicus Leiden (Kebun Raya Leiden), berbagai tanaman koleksi Siebold mulai tersebar ke daratan Eropa hingga negara-negara lain di dunia. Berbagai tanaman seperti, Hosta dan Hortensia, Azalea, Petasites, Tussilago farfara, dan Larix kaempferi tersebar ke berbagai kebun dan taman di seluruh dunia.

Pada 10 Juli 1845, Siebold menikah dengan wanita bangsawan Jerman, Helene von Gagerne, dan dikaruniai 3 orang putra dan 2 orang putri. Sejumlah negara kemudian mengangkat Siebold sebagai penasihat masalah kebudayaan dan sosial Jepang. Sementara itu, Jepang sudah meninggalkan politik isolasi (1854), dan menandatangani perjanjian dagang dengan Belanda (1858). Setelah pelarangan atas dirinya masuk ke Jepang dibatalkan, Siebold tiba kembali di Jepang sebagai "diplomat" pada 4 Agustus 1859 bersama putra sulungnya, Alexander yang berusia 12 tahun. Periode kedua Siebold di Jepang diwarnai situasi politik dalam negeri Jepang yang bergolak, dan gerakan anti orang asing. Pemerintah Belanda menolak "pendekatan budaya dan sains" yang diusulkan Siebold. Bulan April 1862, Siebold diperintahkan pulang ke Batavia, dan tiba kembali di Bonn, Jerman pada 10 Januari 1863.

Siebold pensiun pada 7 Oktober 1863, dan kembali ke kota kelahirannya di Würtzburg (1984). Setelah jatuh sakit, Siebold, 70 tahun, wafat di München, 18 Oktober 1866. Putranya, Heinrich (Henry) von Siebold (1852–1908) meneruskan penelitian sang ayah, dan bersama Edward S. Morse dikenal sebagai bapak arkeologi modern Jepang.