Jabarkan Era Demokrasi Terpimpin dari Gereja Katolik di Indonesia

Setelah mundurnya kekuatan Belanda dari Indonesia pada 1949, umat Katolik yang berpartisipasi sejak awal dalam mengawal kemerdekaan Indonesia menyelenggarakan Kongres Umat Katolik Seluruh Indonesia (KUKSI) pada bulan Desember di Jogjakarta. Pertemuan ini bagaikan prototip Sidang Agung Gereja Katolik Indonesia (SAGKI) sekarang. Diputuskan untuk melebur partai-partai umat Katolik yang bersifat kedaerahan menjadi satu Partai Katolik yang bersifat nasional. Niat itu terlaksana di Semarang pada tahun 1950. Partai Katolik mengikuti Pemilihan Umum 1955 untuk DPR dan Konstituante dengan perolehan kursi yang melebihi kuota umat Katolik. itu berarti partai ini mendapat kepercayaan besar rakyat Indonesia, bukan hanya umat Katolik.

Pada tahun 1953 Pater Djajasepoetra SJ diangkat menjadi Vikaris Apostolik Jakarta, menggantikan Mgr Willekens SJ. Ia adalah uskup bumiputera yang kedua di Indonesia.

Hubungan dengan Pemerintah Indonesia pada mulanya berjalan baik. Tetapi ketika pengaruh komunisme semakin besar (dengan semangat materialisme dan ateismenya yang ditentang oleh Paus Leo XIII sejak Ensiklik Rerum Novarum, 1891) umat Katolik agak renggang dengan Pemerintah. Dengan tegas Mgr Soegijopranoto menyatakan kepada Presiden Soekarno bahwa "umat Katolik akan bekerja sama dengan Pemerintah asalkan kebebasan beragama dijamin dan rakyat Indonesia dipimpin terlepas dari materialisme dan sikap ateis."

Para Waligereja melakukan sidang pada tahun 1955 di Surabaya dan secara resmi menggunakan nama MAWI (Majelis Agung Waligereja Indonesia). Dalam sidang ditekankan agar semua pemimpin umat Katolik menyesuaikan diri dengan cita rasa kebangsaan Indonesia di segala bidang, mulai dari bidang pendidikan.

Sidang selanjutnya pada tahun 1960 di Girisonta membahas kemungkinan pendirian hierarki mandiri Gereja Katolik di Indonesia. Menanggapi harapan sidang ini, pada 3 Januari 1961 Paus Yohanes XXIII dengan konstitusi apostolik Quod Christus mendirikan hierarki Gereja katolik di Indonesia. Ini berarti Indonesia bukan tanah misi lagi, tetapi Gereja muda. Semua Prefektur Apostolik dan Vikariat Apostolik ditingkatkan menjadi Keuskupan, dipimpin Uskup masing-masing. Keuskupan-keuskupan yang berdekatan dihimpun menjadi suatu Provinsi Gerejani, dan salah satu Keuskupan ditunjuk menjadi metropolit pusat himpunan sebagai Keuskupan Agung. Ada 6 Keuskupan Agung dan 20 Keuskupan yang disebut Keuskupan Sufragan.

Selanjutnya para Uskup Indonesia mengikuti Konsili Vatikan II di Vatikan yang berlangsung 1962-1965, dengan hati was-was karena situasi dalam negeri Indonesia yang semakin panas bergolak, penuh dengan pemberontakan. Pemerintahan menjurus kepada pemerintahan diktator. Presiden Soekarno tumbang pada tahun 1965 setelah kegagalan pemberontakan komunis. Mulailah periode Orde Baru di Indonesia. Gereja pun mengalami banyak pembaruan karena keputusan-keputusan Konsili Vatikan II. Bahasa Indonesia digunakan dalam liturgi menggantikan bahasa Latin. Umat awam diberi kesempatan berperan serta di berbagai hal dalam kegiatan pastoral Gereja.

Kardinal pertama di Indonesia adalah Yustinus Kardinal Darmojuwono diangkat pada tanggal 29 Juni 1967. Gereja Katolik Indonesia aktif dalam kehidupan Gereja Katolik dunia.