Jabarkan Akhir karier militer dari John Lie

Pada awal 1950 ketika ada di Bangkok, ia dipanggil pulang ke Surabaya oleh KASAL, Laksamana TNI R. Soebijakto dan ditugaskan menjadi komandan kapal perang Radjawali. Pada masa berikutnya ia aktif dalam penumpasan Republik Maluku Selatan (RMS) di Maluku lalu PRRI/Permesta. Ia mengakhiri pengabdiannya di TNI Angkatan Laut pada Desember 1966 dengan pangkat terakhir Laksamana Muda.

Menurut kesaksian Jenderal Besar TNI AH. Nasution pada 1988, prestasi John Lie ”tiada taranya di Angkatan Laut” karena dia adalah ”panglima armada (TNI AL) pada puncak-puncak krisis eksistensi Republik”, yakni dalam operasi-operasi menumpas kelompok-kelompok separatis seperti Republik Maluku Selatan, Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia, dan Perjuangan Rakyat Semesta.