Jabarkan Kepakaran dari Roy Suryo

Pada 2005, ketika foto topless yang diduga sebagai Miss Indonesia Artika Sari Devi tersebar secara online, Roy mengklaim foto tersebut asli. Foto itu kemudian terungkap sebagai foto seorang waria Thailand.

Pada tanggal 25 September 2008 untuk pertama kalinya kepakaran Roy Suryo dipertanyakan di depan lembaga hukum. Situs berita detik memberitakan bahwa Assegaf, pengacara Habib Rizieq, keberatan jika Roy Suryo sebagai saksi ahli telematika dalam kasus tragedi Monas. Assegaf menegaskan bahwa latar belakang pendidikan Roy Suryo dari fakultas ilmu sosial dan politik tidak ada kaitannya dengan telematika. Ditambah pula pihaknya belum pernah menemukan tesis ilmiah Roy Suryo di bidang Telematika. Habib Rizieq pun menuduh Roy Suryo sebagai plagiator pada kasus klaim penemuan Lagu Indonesia Raya 3 Stanza, sehingga kapasitas kepakarannya sangat diragukan.

Pada Oktober 2008, ketika beredar foto yang memperlihatkan Bupati Aceh Barat Daya, Akmal Ibrahim, memeluk seorang wanita di tempat tidur, Roy menyatakan foto tersebut asli dan mengatakan wanita tersebut bukan istri bupati. Ibrahim bersikeras wanita dalam foto itu adalah istrinya, Ida Agustina, dan melaporkan Roy ke polisi dengan tuduhan pencemaran nama baik.

Pada 26 Februari 2009, aktris bersaudari Sarah Azhari dan Rahma Azhari melaporkan Roy ke polisi, menuduhnya menyebarkan foto pribadi kakak beradik yang sedang mandi telanjang. Laporan tersebut menuduh Roy melanggar KUHP dan Undang-Undang Informasi dan Transaksi Elektronik, dengan ancaman enam tahun penjara. Roy membantah melakukan kesalahan dan mempertanyakan kesehatan penasihat hukum saudari itu, dengan mengatakan dia hanya ingin membantu saudara-saudaranya mencari tahu siapa yang membagikan foto-foto itu.

Dalam sidang kasus Marcella Zalianty dan Ananda Mikola pada 16 April 2009, Roy Suryo dihadirkan sebagai saksi ahli oleh jaksa penuntut umum (JPU). Kesaksian Roy Suryo kemudian dibantah oleh Ruby Alamsyah, digital forensic analyst (analis forensik digital), yang diajukan sebagai saksi ahli oleh O.C. Kaligis, kuasa hukum Ananda Mikola, dalam sidang tanggal 20 April 2009. Ruby mengaku bahwa ia merupakan satu-satunya orang Indonesia sekaligus orang Indonesia pertama yang menjadi anggota International High Technology Crime Investigation Association (HTCIA). Kata Ruby, semua yang telah dipaparkan oleh Roy tersebut tidak valid dan tak berkualitas sebagai barang bukti. Menurut Ruby, Roy Suryo tidak punya standar operasional sebagai seorang ahli telematika, merujuk ke standar internasional, hasil analisis Roy tidak valid dan tak berkualitas sebagai barang bukti.

Pada 21 Oktober 2009, Roy Suryo sebagai saksi ahli Jaksa Penuntut Umum memberikan keterangan memberatkan Prita Mulyasari dalam kasus pencemaran nama baik melawan RS Omni Internasional Alam Sutera. Roy Suryo memberi penjelasan bahwa salinan email Prita dapat menjadi barang bukti dan bahwa Prita memiliki niat menyebarkan email tersebut karena menggunakan menu 'To', bukan 'Cc'. Kesaksian Roy Suryo ini mendapat kecaman dari berbagai pihak, terutama yang meragukan kepakaran Roy Suryo untuk membuat pernyataan dalam sidang pengadilan.

Pada 2010, Roy menjadi saksi ahli polisi dalam kasus bocoran rekaman seks yang menampilkan penyanyi Ariel dan aktris Luna Maya. Salah satu pengacara yang mewakili Ariel dan Luna, Boy Afrian Bondjol, menuduh Roy mengirim pesan teks ke Luna pada awal Juni 2010, menawarkan untuk bekerja sama menangani kasus tersebut. Boy mengatakan pesan teks berbunyi: "Pagi Mbak, maaf mengganggu Anda jika Anda sedang beristirahat tetapi harap tidak dan membuat Anda segar untuk membalas ini. Ini benar-benar menjadi perhatian serius saya karena saya telah memikirkan solusi atas masalah panas yang sedang terjadi. “Akhir-akhir ini menggemparkan Indonesia, kalau setuju dengan syarat, pertama minggu depan biarlah media dan yang mengaku tahu segalanya dan sebagai pakar IT berkomentar, diam saja.” Kedua, saat saya pulang dari Amsterdam nanti. Minggu tanggal 13 Juni kita akan buat press conference, dan untungnya ketiganya, Mbak, Ariel dan saya. Tinggal atur tempat dan waktunya. Terserah Mbak." Boy mengatakan Roy juga menyarankan agar Luna menyangkal kebenaran rekaman seks tersebut, dan Roy akan melaporkan kasus tersebut ke Cyber Crime Polda Metro Jaya. Roy mengaku telah mengirim pesan teks ke Luna, tetapi mengaku merasa ditipu olehnya, karena dia menyangkal berada di video tersebut dan dia awalnya mempercayai penolakannya.

Pada April 2012, sebuah rekaman seks bocor yang diduga menampilkan anggota parlemen Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDI-P) Karolin Margret Natasa, putri Gubernur Kalimantan Barat. Karolin menyangkal keterlibatannya. Roy pada 24 April 2012 mengatakan dia yakin wanita dalam video itu memang "KMN", tetapi dia menolak untuk terlibat lebih jauh dalam kasus tersebut untuk menghindari konflik kepentingan, karena dia adalah salah satu pihak lawan partai itu.