Jabarkan 2006 dari Rafael Nadal

Persaingan antara Nadal dan Roger Federer berlanjut hingga tahun 2006. Pada Maret 2006, Nadal memberikan Roger Federer kekalahan pertamanya pada tahun 2006 pada final di Dubai, menang 2-6 6-4 6-4. Nadal mengalahkan Federer lagi di Monte Carlo Masters dengan skor 6-2 6-7 6-3 7-6.

Keduanya bertemu kembali di final Rome Masters. Dalam pertandingan tersebut, tampaknya Roger Federer akan pada akhirnya mengalahkan rivalnya, tetapi Nadal akhirnya menang dengan menyelamatkan dua match point. Pertandingan tersebut berakhir dengan kemenangan Nadal 6-7 7-6 6-4 2-6 7-6.

Nadal memecahkan rekor petenis Argentina Guillermo Vilas yaitu kemenangan beruntun pada lapangan tenis tanah liat sebanyak 53 kali setelah mengalahkan Robin Soderling pada putaran pertama Prancis Terbuka 2006. Dengan kemenangannya itu, Nadal dipersembahkan sebuah trofi berisikan penampang melintang konstruksi lapangan tanah liat. Vilas hadir dalam upacara tersebut, walaupun Vilas menolak menganggap rekor Nadal sehebat rekornya sendiri (yang dibuat dalam satu musim).

Final Prancis Terbuka sangat dinanti-nantikan, yaitu pertarungan antara ranking 1 dunia Roger Federer melawan ranking 2 dunia Rafael Nadal. Bagi Federer, Prancis Terbuka merupakan satu-satunya Grand Slam yang ia belum menangkan. Bila Federer mampu memenangkan Prancis Terbuka, ia akan mencapai karier Slam, dan bahkan memenangkan keempat Grand Slam secara berurutan. Bagi Nadal, ia harus memenangkan Prancis Terbuka untuk mempertahankan gelarnya, mendominasi rekor kemenangan atas Federer, yang sangat luar biasa, tidak ada pemain selain Nadal yang mampu membuat rekor kemenangan seperti itu terhadap Federer. Dengan kembali memenangkan Prancis Terbuka, Nadal juga akan memperpanjang rekor kemenangan beruntunnya di lapangan tanah liat.

Walaupun Nadal adalah favorit berdasarkan kemampuannya di lapangan tanah liat, Federer sangat difavoritkan oleh penonton Prancis. Semuanya mengharapkan pertandingan yang sangat kompetitif, seperti pertandingan antara Nadal dan Federer di tiga turnamen Masters Series terakhir. Dua set awal tidak terlalu kompetitif, keduanya bertukaran set 6-1. Kemudian Nadal mulai melampaui Federer pada set ketiga dan hampir seluruh set keempat. Federer akhirnya menge-break servis Nadal, pada set keempat saat Nadal sedang servis untuk mengakhiri pertandingan dan memaksa terjadinya tiebreak, yang akhirnya Nadal menangkan.

Dengan musim lapangan tanah liatnya yang tidak terkalahkan pada tahun 2006, Nadal membuktikan dirinya sebagai pemain lapangan tanah liat dominan di dunia dan sebagai satu-satunya pemain yang mampu mengalahkan Federer secara konsisten.

Memasuki musim lapangan rumput, Nadal mengikuti Stella Artois di Queens Club. Dia mengundurkan diri karena cedera pundak saat melawan Lleyton Hewitt dalam perempat final di Stella Artois. Nadal mengikuti Wimbledon sebagai unggulan kedua. Nadal mampu mencapai final, dan mengamankan pertandingannya dengan Roger Federer dengan mengalahkan Marcos Baghdatis di semifinal. Selama perjalanannya di Wimbledon 2006, Nadal dua poin lagi nyaris kalah melawan pemain Amerika Robert Kendrick di putaran kedua sebelum akhirnya kembali untuk menang dalam lima set. Nadal juga mengalahkan Andre Agassi di putaran ketiga, dalam laga terakhir Agassi di Wimbledon. Tujuh dari pertarungan Nadal/Federer selalu dimainkan entah di lapangan keras atau lapangan tanah liat. Wimbledon final kali ini merupakan pertemuan pertama mereka di lapangan rumput, permukaan kesukaan Federer. Federer saat itu telah memenangkan gelar Wimbledon sebanyak tiga kali berturut-turut. Walaupun Nadal bermain dengan baik di final setelah permulaan yang kurang baik, ia akhirnya kalah dalam empat set 0-6 6-7 7-6 3-6, memastikan posisi Federer sebagai no. 1 di dunia. Walaupun kalah, Nadal telah melebihi perkiraan setiap orang dengan mencapai final, memenangkan pertandingan lebih banyak di turnamen daripada yang dia pernah menangkan di atas rumput sebelumnya (sebelumnya dia 3-3).

Pada AS Terbuka 2006, Nadal mencapai perempat final, di mana ia kalah oleh petenis Russia Mikhail Youzhny dalam empat set, yang juga merupakan pencapaian terbaiknya selama di turnamen tersebut.

Nadal gagal, mencapai putaran ketiga turnamen berikutnya, Stockholm Open, di mana ia kalah terhadap Joachim Johansson 6-4 7-6. Nadal juga kalah di perempat final Madrid Masters terhadap Tomas Berdych 6-3 7-6 untuk ketiga kalinya. Setelah pertandingan, Nadal menyalahkan kelelahan mental dan fisik sebagai penyebab kekalahannya.

Nadal berpartisipasi di dalam Tennis Masters Cup setelah sebelumnya absen. Pada putaran awal round robin, Nadal dikalahkan James Blake, namun akhirnya mampu mengalahkan Nikolay Davydenko dan Tommy Robredo. Nadal pun menjadi runner-up grupnya, dan melawan Roger Federer di semifinal. Nadal kalah dalam dua set langsung 7-5 6-4. Ini merupakan kekalahan ketiga Nadal di dalam sembilan kali pertemuan dengan Federer.