Jabarkan Mengetahui jatidirinya dari Kira Yamato

Setelah itu, Lacus Clyne dan Faksi Clyne pun bergabung dengan Archangel serta Kusanagi untuk membentuk Aliansi Tiga Kapal (Three Ships Alliance), yang didukung oleh Freedom dan Justice. Di manga Astray, kelompok ini mendapatkan bantuan dari Junk Guild, dan Archangel menganggap bahwa kapal perang ReHOME bertindak sebagai bala bantuan untuk aliansi tiga kapal.

Selama peperangan di Mendel, ia mengetahui dari Raww Le Kluezze bahwa Caridad dan Haruma Yamato bukanlah orang tua kandungnya. Orang tua kandung sebenarnya adalah Ulen Hibiki dan Via Hibiki, dua orang ahli genetika yang telah meninggal dunia. Ia juga mengetahui bahwa dirinya adalah seorang Ultimate Coordinator; janin Kira dikembangkan di luar rahim ibunya, dan terhadap janin tersebut, dilakukanlah beberapa pengembangan kemampuan Kira. Dan Kira-lah satu-satunya hasil dari proyek Ultimate Coordinator yang sukses. Kira juga mengetahui bahwa Cagalli adalah benar-benar saudara kembarnya, yang dilahirkan secara natural tanpa mofifikasi genetika, seperti halnya Kira.

Setelah itu, Kira terkejut bahwa Fllay Allster, yang sebelumnya diyakininya telah ditransfer dari Archangel bersama Natarle Badgiruel, ternyata berada di luar angkasa, yakni di dalam escape pod yang diluncurkan oleh Raww Le Klueze. Di dalam escape pod tersebut, Fllay berkata kepada semuanya (baik itu Archangel ataupun Dominion yang kala itu menjadi lawannya), bahwa ia memiliki sesuatu yang dapat mengakhir perang. Setelah mendengar suara Kira, Fllay pun senang, karena sebelumnya ia berpikir bahwa Kira telah tewas oleh Athrun.

Sayangnya, Kira gagal mendapatkan escape pod di mana Fllay berada, karena Freedom dihadang oleh GAT-X252 Forbidden Gundam dan GAT-X370 Raider Gundam, setelah Kira tanpa pikir-pikir panjang lagi untuk mendapatkan escape pod tersebut. Fllay pun akhirnya ke kapal tempur kembaran Archangel, Dominion. Pada saat Forbidden dan Raider menyerang Kira, Athrun dan Dearka pun datang menyelamatkan Kira (Freedom kehilangan kepalanya).

Setelah kembali ke Eternal, Kira melihat Lacus, tetapi yang terbayang adalah Fllay dan kemudian pingsan di depan mata Lacus. Ketika bangun dari pingsannya yang lama, lagi-lagi ia melihat Fllay ketika melihat Lacus, seperti sebelumnya. Dari koloni Mendel, Kira juga membawa foto yang sama seperti yang dimiliki oleh Cagalli dan pada saat Cagalli bertanya kepada Kira, mengenai siapa orang yang menggendong mereka ketika masih bayi, Athrun mengajak Cagalli keluar dan meninggalkan Lacus dan Kira berduaan. Kira memberitahukan kepada Lacus bahwa ia telah berjanji untuk tidak menangis lagi, tetapi Lacus memberitahukan kepadanya bahwa Kira dapat menangis ketika memang harus menangis. Setelah itu, Kira pun menangis di pelukan Lacus.

Peperangan terakhir di Jachin Due

Kira, Lacus, Athrun, Cagalli dan Aliansi Tiga Kapal pun berniat untuk mengakhiri perang Valentine Berdarah pertama. Sebelum pertarungan itu dilakukan, Lacus pun memberikan cincin yang sebelumnya dimiliki oleh ibunya, dan memberikan cintanya kepada Kira. Kira pun meresponsnya dengan tanda terima kasih dan menciumnya di pipi.

Pada saat perang terakhir di Jachin Due, Kira bertarung melawan pasukan ZAFT dan Earth Alliance sekaligus, dan membantu menghancurkan semua misil nuklir yang dibawa oleh pasukan Earth Alliance, melalui skuadron Peacemaker. Kira pun bertarung dengan Raww Le Kluezze, yang telah menggunakan ZMGF-X13A Providence Gundam. Ketika pertarungan tersebut berlangsung, lagi-lagi Kira mendengar suara Fllay dari sebuah escape pod yang keluar dari Dominion, dan kemudian mencoba mengambilnya. Namun, Le Kluezze malahan menembaknya dengan menggunakan DRAGOON System, membunuh Fllay dan semua yang berada di dalamnya (kru Dominion). Kira pun menangis sejadi-jadinya dan menyalahkan dirinya karena jika ia telah menghancurkan Providence Gundam milik Raww Le Kluezze, Fllay tidak akan mati. Arwah Fllay pun kemudian berterima kasih kepada Kira dan meminta maaf kepadanya.

Dengan kemarahan yang didapatnya akibat kematian Fllay, Kira mengaktifkan mode SEED. Meskipun demikian, Freedom Gundam rusak berat dalam pertarungan selanjutnya, ia berhasil mencederai Le Kluezze, dan mendorong Providence Gundam ke dekat meriam GENESIS yang dihancurkan oleh Athrun dengan mengaktifkan self-destruct yang dimiliki oleh Justice Gundam. Setelah itu, Kira pun melayang di luar Freedom, kemudian ia ditolong oleh Athrun dan Cagalli dengan menggunakan MBF-02 Strike Rouge dan ternyata ia menggunakan cincin yang diberikan oleh Lacus sebagai kalung. Perang Valentie Berdarah pertama pun selesai.

Keterlibatan dalam Perang Valentine Berdarah kedua