Jabarkan Pemberontakan dari Pemberontakan Heiji

Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.

Setelah kekuasaan pemerintah berada di tangan Nobuyori dan Yoshitomo, keduanya mengangkat diri, keluarga, dan kerabatnya dengan berbagai jabatan. Putra sulung Yoshitomo yang datang memimpin pasukan dari wilayah Kanto, Yoshihira mengusulkan agar diberangkatkan untuk menghabisi Kiyomori yang sedang dalam perjalanan pulang menuju Kyoto. Usul tersebut ditolak Nobuyori yang menganggapnya tidak perlu.

Sekembalinya di Kyoto, Kiyomori kembali ke kediamannya di Rokuhara dan berpura-pura menyerah. Sementara itu, Kiyomori menyusun strategi dengan bantuan Tsunemune dan Korekata. Pasukan yang dipimpin Kiyomori menyerang Istana Nijō pada malam hari, dan melakukan pembakaran untuk mengalihkan perhatian. Di tengah kebakaran, Korekata meminta seorang kuge yang bernama Fujiwara no Tadaaki untuk membantu Kaisar Nijō meloloskan diri. Berita tentang lolosnya Tadaaki didengar Go-Shirakawa yang ikut meloloskan diri menuju kuil Ninna-ji. Kiyomori kemudian mengundang Kaisar Nijō beserta Go-Shirakawa ke rumah kediamannya di Rokuhara. Adik Korekata yang bernama Fujiwara no Nariyori menyerbarluaskan berita dibebaskannya kaisar dan mantan kaisar. Tidak lama kemudian, kalangan aristokrat dan pejabat istana berkumpul di Rokuhara, dan menyatakan dukungan terhadap kaisar dan mantan kaisar. Kiyomori ditunjuk sebagai panglima pasukan kekaisaran yang bertugas memadamkan pemberontakan klan Minamoto.

Keesokan harinya, Kiyomori menerima mandat kaisar untuk menyingkirkan Nobuyori dan Yoshitomo. Putra pewaris Kiyomori, Taira no Shigemori dan adiknya, Taira no Yorimori serta Taira no Tsunemori memimpin 3.000 prajurit berkuda pihak kekaisaran menuju istana kaisar yang sedang dikuasai pasukan Yoshitomo dan Nobuyori. Istana dijaga pasukan klan Minamoto terdiri dari 2.000 prajurit berkuda, dan masing-masing pintu gerbang dipertahankan Nobuyori, Yoshitomo, Mitsuyasu, dan Mitsumoto.

Serangan pasukan Shigemori membuat Nobuyori gentar dan melarikan diri. Yoshihira dan pasukannya datang menggantikan Nobuyori dan pasukan Shigemori berhasil dipukul mundur. Pada waktu itu, Yoshihira masih berusia 19 tahun, sedangkan Shigemori berusia 23 tahun. Pertempuran sengit antara dua panglima muda klan Minamoto dan klan Taira menjadi bagian penting dari cerita klasik Hikayat Heiji (Heiji Monogatari). Beberapa jam kemudian, pasukan Taira pimpinan Shigemori mengundurkan diri, begitu pula pasukan Yorimori yang menyerang pintu gerbang istana yang dipertahankan Yoshitomo.

Ketika pasukan Yoshitomo dan Yoshihira keluar dari istana untuk mengejar pasukan Taira yang sedang mundur, adik Kiyomori yang bernama Taira no Norimori menyerang pintu gerbang yang dijaga Mitsuyasu dan Mitsumoto. Keduanya menyerahkan pintu gerbang yang sedang dijaga dan berbalik memihak klan Taira. Norimori berhasil menguasai istana, dan jalan masuk ke istana dijaga dengan ketat. Pasukan klan Minamoto menjadi kehilangan jalur untuk mundur dan beralih menyerang kediaman Kiyomori di Rokuhara. Di tengah serangan terhadap Rokuhara, Nobuyori kembali menjadi gentar dan melarikan diri. Minamoto no Yorimasa juga bertempur dengan caranya sendiri, dan akhirnya berbalik memihak klan Taira. Pertempuran antara pasukan klan Minamoto dan pasukan klan Taira pecah di Rokujogawara. Pasukan klan Minamoto yang sudah kelelahan melarikan diri, dan pertempuran berakhir dengan kemenangan klan Taira.