Jabarkan Juventud Farabundista (FPL) dari Front Pembebasan Nasional Farabundo Martí

Setelah pembentukan FMLN, mereka mengorganisir serangan militer besar pertama mereka pada 10 Januari 1981. Pada peneyrangan ini, FMLN membentuk control operasi atas sebagian besar wilayah dari Departemen Morazán dan Chalatenango, yang pada umumnya tetap berada di bawah kekuasaan gerilyawan hingga berakhirnya perang saudara. Para pejuang terdiri dari anak-anak hingga orang-orang lanjut usia, baik laki-laki maupun perempuan, dan kebanyakan dari mereka dilatih di kamp-kamp FMLN di gunung-gunung dan hutan-hutan El Salvador untuk mempelajari teknik-teknik militer.

Serangan terbesar FMLN yang lainnya dilakukan pada November 1989. Dalam serangan itu FMLN berhasil mengejutkan pemerintah dan militer El Salvador dengan merebut kekuasaan di sebagian besar wilayah Negara itu dan bahkan memasuki ibu kota San Salvador. Di San Salvador FMLN dengan segera menguasai banyak lingkungan miskin sampai pihak militer mengebomi posisi-posisi mereka – termasuk mengebomi penduduk sipil  – untuk mengusir para gerilyawan FMLN. Salah satu dari pertempuran yang paling terkenal di San Salvador terjadi di Hotel Sheraton, di mana kaum gerilyawan dan tentara pemerintah bertempur dari lantai ke lantai hotel itu. Serangan FMLN pada November 1989 itu tidak berhasil mencapai tujuannya yaitu menggulingkan pemerintahan. Namun banyak analis menunjukkan bahwa pameran kekuatan FMLN dalam serangan 1989 itu menjadi titik balik perang ini, ketika menjadi jelas bahwa pemerintah tidak akan mampu mengalahkan FMLN secara militer. Tak lama setelah serangan November 1989, pemerintah AS mulai mendukung solusi perundingan terhadap perang saudara ini, sementara hingga saat itu mereka telah menempuh kebijakan militer untuk mengalahkan FMLN. Karena pemerintah AS adalah pendukung dana utama dari pemerintahan dan militer El Salvador, mereka mempunyai pengaruh yang cukup besar terhadap jalannya peristiwa di sana. Jadi, ketika AS mulai menganjurkan negosiasi ketimbang solusi militer, sebuah perjanjian damai antara FMLN dan pemerintahan El Salvador tercapai dalam waktu yang relatif singkat pada 1992.

Setelah perjanjian damai: partisipasi FMLN dalam pemilu

Setelah tercapainya gencatan senjata melalui Persetujuan Damai Chapultepec 1992, FMLN menjadi partai politik yang legal. FMLN telah ikut serta dalam pemilihan umum pada 1994, 1997, 1999, 2000, 2003, 2004, dan 2006. Pemilu 1994, 1999, dan 2004 adalah untuk memilih presiden. Pemilu 1994, 1997, 2000, 2003 dan 2006 adalah untuk kursi di parlemen, wali kota dan dewan munisipal.

FMLN saat ini, bersama-sama dengan ARENA, merupakan salah satu dari dua partai politik yang dominant di El Salvador. Sejak 2000, FMLN telah berganti-ganti dengan ARENA menguasai kursi terbanyak di Dewan Legislatif. FMLN telah menguasai kursi wali kota di banyak kota besar di El Salvador sejak 1997, termasuk ibu kota San Salvador dan kota tetangganya Santa Tecla. Wali kota FMLN untuk San Salvador sekarang ini adalah Violeta Menjivar, perempuan wali kota pertama di San Salvador, yang terpilih dengan kemenangan tipis pada 2006. Wali kota FMLN untuk Santa Tecla adalah Oscar Ortiz, yang telah menjabat sejak 2000.

Dalam pemilihan legislatif, yang diadakan pada 16 Maret 2003, FMLN memenangi 34,0% dari suara pemilih dan 31 dari 84 kursi di Dewan Legislatif El Salvador, dan menjadi partai politik dengan anggota dewan terbanyak. Calon FMLN dalam 21 Maret 2004 pemilihan presiden, Schafik Jorge Handal, memperoleh 35,6% suara, tetapi dikalahkan oleh Antonio Elías "Tony" Saca dari Aliansi Republikan Nasionalis.

Pada pemilihan legislatif 12 Maret 2006 FMLN memperoleh 39,7% dari seluruh suara dan 32 dari 84 kursi dewan. FMLN juga memeprtahankan kursi wali kota di kota-kota terbesar El Salvador, San Salvador dan Santa Tecla, serta ratusan munisipalitas lainnya di seluruh negara.

Perpecahan pasca-perang dan perubahan internal

Setelah berakhirnya perang saudara pada 1992, FMLN menjadi partai politik yang legal. Pada akhir perang, FMLN masih terdiri dari lima partai politik -- FPL, CP, ERP, RN, PRTC – masing-masing mempertahankan struktur organisasinya sendiri. Pada masa perang saudara dan berlanjut di masa pasca-perang, orang tidak langsung bergabung menjadi anggota FMLN sendiri, melainkan bergabung ke salah satu dari lima kelompok komponen ini.

1994 - Perpecahan pemimpin-pemimpin ERP dan RN

Setelah berakhirnya perang, jelaslah bahwa terdapat perpecahan-perpecahan yang serius di dalam FMLN, sebagian di antaranya telah ada sejak perang masih berlangsung namun tersembunyi dari mata umum. Yang khususnya menjadi jelas antara 1992 dan 1994 ialah bahwa para pemimpin ERP dan RN mempunyai sejumlah ketidaksepakatan dengan para pemimpin dari partai-partai lainnya. Tak lam sesudah pemilihan umum Dewan Legislatif 1994, para pemimpin ERP dan RN meninggalkan FMLN, dan setidaknya mula-mula mereka membawa serta banyak anggota bersama mereka. Para pemimpin dari perpecahan ini (termasuk komandan FMLN Joaquin Villalobos dari ERP) kemudian membentuk Partido Democrata (Partai Demokrat), yang tidak berumur panjang. Banyak anggota ERP dan RN yang keluar pada 1994 kemudian kembali bergabung dengan FMLN.

1995 - Pembubaran lima organisasi untuk dijadikan satu partai

Setelah pemilihan umum 1994 dan perpecahan 1994, berkembanglah momentum untuk mempersatukan FMLN ke dalam satu organisasi, tanpa partai-partai intern yang terpisah. Pada 1995, lima partai yang sebelumnya membentuk FMLN membubarkan diri. Pada saat itulah FPL, CP, ERP, RN dan PRTC membubarkan diri, dan yang tersisa adalah FMLN yang bersatu. Orang dapat langsung menjadi anggota FMLN dan bukan memilih salah satu dari kelima partai komponennya. Sementara keputusan ini membubarkan struktur-struktur organisasi yang paralel di dalam FMLN, kesetiaan mengikuti garis-garis organisasi masih tetap kuat, sebagian bahkan masih dapat dilihat hingga sekarang.