Jabarkan Liverpool F.C. dari Daniel Agger

Sejak lama Agger dihubungkan dengan klub-klub besar, dan pada jendela transfer Januari 2006, Agger akhirnya bergabung dengan klub Liga Utama Inggris Liverpool, yang juga juara bertahan Liga Champion Eropa. Daniel Agger tidak mengikuti perjalanan bersama rekan - rekannya di Brøndby pada kamp latihan musim dingin di bulan Januari dan pada 12 Januari 2006 dia menandatangani kontrak selama 4½ tahun dengan Liverpool. Dengan nilai transfer sebesar £5.8m membuat dia menjadi pemain termahal yang dijual oleh klub Denmark kepada klub asing, serta menjadi pemain bertahan termahal yang pernah dibeli Liverpool waktu itu. (Martin Škrtel menjadi pemain bertahan Liverpool termahal saat ini, dengan harga diperkirakan sekitar £6.5 juta dari klub Rusia, Zenit St. Petersburg).

Musim pertamanya bersama Liverpool tidak terlalu sukses, cedera membuat dia hanya bermain sebanyak 4 kali di tim utama sepanjang musim panas 2006. Dia bermain dalam 10 pertandingan dan mencetak 3 gol untuk tim Denmark U-21, di mana dia terpilih untuk bermain dalam Piala Eropa U-21 pada bulan Mei 2006.

Pada awal musim kompetisi 2006-2007, Agger secara penuh saat Liverpool memenangkan Community Shield 2006. Setelah beradaptasi dengan pola permainan sepak bola Inggris, dia menempatkan dirinya dalam tim inti Liverpool, bersaing dengan wakil kapten Liverpool Jamie Carragher dan mantan kapten asal Finlandia Sami Hyypiä untuk menempati dua posisi bek tengah. Agger mencetak gol pertamanya untuk Liverpool pada 26 Agustus 2006 saat menang 2–1 melawan West Ham United. Gol tersebut memperoleh anugerah Goal of the Month  untuk bulan Agustus oleh BBC Match of the Day, da beberapa waktu kemudian juga dianugerahi Liverpool's Premiership Goal of the Season. Pada 4 Oktober 2006 dia mendapatkan anugerah PFA's fan award untuk penampilan yang impresif dan angguh pada bulan September.

Agger mencetak gol keduanya untuk Liverpool dalam pertandingan tandang Piala Liga melawan Birmingham City 7 menit sebelum babak pertama berakhir. Gol ketiganya dicetak saat melawan Arsenal melalui sundulan kepala yang membawa Liverpool menang 4-1 pada 31 Maret 2007. Pada semi-final pertama Liga Champion 2006-2007, Agger mendapat kritik atas kekalahan 1-0 saat berhadapan dengan Chelsea. Di pertemuan kedua, Agger menjawab semua kritik tersebut dengan mencetak gol setelah menerima umpan dari tendangan bebas Steven Gerrard dari luar kotak penalti, dan membuat gawang Liverpool tidak kemasukan gol dan menang 1-0 pada 1 Mei 2007. Dia ikut berpartisipasi dala final Liga Champion 2007 saat Liverpool kalah 2–1 atas A.C. Milan.