Jabarkan Pembantaian Laha dari Pertempuran Ambon

Jumlah korban jiwa di pihak Sekutu dalam pertemuran relatif kecil. Akan tetapi, malam setelah penyerahan pasukan Sekutu, prajurit IJN memilih lebih dari 300 orang tawanan perang Australia dan Belanda secara acak dan dieksekusi di atau dekat lapangan terbang Laha. Sebagian, ini merupakan balas dendam atas tenggelamnya kapal penyapu ranjau Jepang, lantaran beberapa awak kapal penyapu ranjau tersebut tampak terlibat saat eksekusi. Mereka yang dibunuh termasuk Wing Commander Edward Scott dan Major Newbury. Menurut sejarahwan utama Australian War Memorial, Dr Peter Stanley, setelah tiga setengah tahun, POW yang selamat:

...mengalami siksaan dan angka kematian hanya berada di bawah Pembantaian Sandakan (Sandakan Death Marches), pertama di Ambon dan kemudian ada pula yang dikirim ke pulau Hainan [China] di akhir 1942. Tiga perempat tawanan perang Australia di Ambon tewas sebelum perang berakhir. Dari 582 yang ditawan hidup-hidup di Ambon, 405 tewas. Mereka tewas karena bekerja berlebihan, kekurangan gizi, penyakit dan penyiksaan secara terus menerus oleh prajurit-prajurit Jepang.

Pada tahun 1946, insiden yang mengikuti jatuhnya Ambon menjadi subyek dari salah satu pengadilan kejahatan perang terbesar dalam sejarah: 93 prajurit Jepang diadili oleh pengadilan militer Australia di Ambon. Laksamana Muda Hatakeyama yang didapati memerintahkan pembantaian massacres, bagaimanapun telah meninggal sebelum ia bisa diseret ke pengadilan. Komodor Kunito Hatakeyama, yang memberikan perintah langsung pembantaian tersebut, dijatuhi hukuman gantung. Letnan Kenichi Nakagawa dihukum 20 tahun penjara. Tiga perwira Jepang lainnya dieksekusi untuk perlakuan yang tidak manusiawi atas POW dan/atau warga sipil dalam kesempatan yang berbeda, antara 1942–45. (Proses-proses pengadilan ini merupakandasar pembuatan film fitur Australia berjudul Blood Oath (1990), dirilis tahun 1990.)

Jenderal Itō dihukum mati pada tahun yang sama untuk kejahatan perang yang ia lakukan di bagian lain dari Perang DUnia II Teater Pasifik.