Jabarkan Kampanye militer Nugini dari Douglas MacArthur

Pada 18 April 1942, MacArthur diangkat menjadi Panglima Tertinggi Pasukan Sekutu di Kawasan Pasifik Barat Daya, sementara Letnan Jenderal George Brett menjadi Panglima Angkatan Udara Sekutu, dan Wakil Laksamana Herbert F. Leary menjadi Panglima Angkatan Laut Sekutu. Sebagian besar dari pasukan darat di teater Pasifik Barat Daya berasal dari Australia, sehingga George Marshall bersikeras agar tugas Panglima Angkatan Darat Sekutu diberikan kepada seseorang yang berasal dari Australia; jabatan ini kemudian diberikan kepada Jenderal Sir Thomas Blamey. Walaupun sebagian besar pasukannya adalah orang Australia dan Amerika, MacArthur juga mengepalai sejumlah personil dari Hindia Belanda, Britania Raya, dan negara-negara lainnya.

MacArthur menjalin hubungan yang erat dengan Perdana Menteri Australia John Curtin, dan mungkin MacArthur merupakan orang paling berkuasa kedua di Australia setelah sang perdana menteri, walaupun banyak orang Australia yang membenci MacArthur karena ia dianggap sebagai seorang jenderal asing yang dipaksakan kepada mereka. MacArthur tidak percaya dengan kemampuan Brett sebagai panglima Angkatan Udara Sekutu, dan pada Agustus 1942, ia memilih Mayor Jenderal George C. Kenney sebagai penggantinya. Pendekatan Kenney yang menggunakan kekuatan udara untuk mendukung pasukan Blamey terbukti sangat penting dalam upaya untuk memenangkan perang.

Staf Markas Besar Umum (GHQ) MacArthur terdiri dari orang-orang yang telah mengungsi dari Filipina bersama dengannya, dan mereka pun dikenal dengan julukan "Bataan Gang". Meskipun Roosevelt dan George Marshall mendesak MacArthur agar para perwira Belanda dan Austria juga ditempatkan di GHQ, kepala-kepala semua divisi stafnya adalah orang Amerika, dan perwira-perwira dari negara lain menjadi bawahannya. Awalnya GHQ terletak di Melbourne, tetapi GHQ kemudian dipindah ke Brisbane (kota dengan fasilitas komunikasi yang diperlukan di Australia utara) pada Juli 1942, dan di situ mereka menduduki gedung Australian Mutual Provident Society (berganti nama setelah perang menjadi MacArthur Chambers).

MacArthur membentuk organisasi intelijen sinyalnya sendiri yang dikenal dengan nama Central Bureau, dan para anggotanya berasal dari satuan-satuan intelijen Australia ditambah dengan ahi-ahli kriptoanalisis Amerika yang berhasil lolos dari Filipina. Satuan ini mengirimkan informasi Ultra kepada Willoughby untuk dianalisis. Setelah rincian penempatan kapal-kapal Jepang selama Pertempuran Laut Karang (yang merupakan bagian dari upaya gagal Jepang untuk merebut Port Moresby) bocor akibat jumpa pers, Roosevelt memerintahkan agar penyensoran diberlakukan di Australia, dan Dewan Penasihat Perang memberikan kepada GHQ wewenang untuk menyensor pers Australia. Surat-surat kabar Australia pun dibatasi dan hanya mengabarkan apa yang tertulis di dalam pengumuman harian GHQ. Para koresponden veteran menganggap pengumuman harian tersebut (yang ditulis secara langsung oleh MacArthur) sebagai "lelucon" dan "informasi Alice-in-Wonderland yang disebarkan di tingkat tinggi."