Jabarkan Batas wilayah dari Bunkyō, Tokyo

Timur: distrik kota Taitō, Arakawa

Barat: distrik kota Shinjuku, Toshima

Wilayah ini mulai dihuni manusia sejak 18.000 tahun yang lampau. Di wilayah kota Bunkyō ditemukan 28 situs arkeologi zaman Jomon. Sejumlah gerabah Jomon ditemukan di tumpukan kerang kawasan Hongō. Pada tahun 1884, gerabah yang ditemukan di Mukōgaoka Yayoi dinamakan gerabah Yayoi. Nama gerabah ini dipakai untuk menamakan salah satu periode historis Jepang dari abad ke-8 SM hingga abad ke-3 Masehi, yakni zaman Yayoi.

Memasuki zaman Kamakura dan zaman Muromachi, wilayah ini berada di bawah kekuasaan klan Uesugi. Setelah itu, seluruh wilayah ini dikuasai klan Gohōjō, namun masih dipengaruhi kekuatan militer klan Ōta dan klan Toshima dari wilayah tetangga. Literatur dari zaman itu sudah menyebut nama tempat seperti Komagome, Kohinata, Koishikawa, Hongō, dan Yushima. Kawasan ini juga mulai berkembang sebagai desa pertanian.

Setelah Tokugawa Ieyasu berkuasa di Istana Edo pada tahun 1590, kota Edo berkembang sebagai kota di sekeliling istana. Pada awal zaman Edo, wilayah ini berkembang sebagai sebuah kota dengan dibangunnya rumah-rumah daimyo, perumahan samurai, dan kuil-kuil. Di zaman Edo, permukiman penduduk tidak sampai meluas ke wilayah ini karena memang sudah penuh dengan perumahan samurai.

Memasuki zaman Meiji, di atas tanah bekas permukiman samurai yang ditinggalkan oleh pemiliknya mulai dibangun sekolah, perguruan tinggi, dan fasilitas militer. Yushima Daiseidō dan Sekolah Shōheizaka ditetapkan sebagai sekolah resmi Keshogunan Edo. Pada perkembangan selanjutnya, sekolah guru dan sekolah guru khusus perempuan didirikan di bekas lokasi Sekolah Shōheizaka. Universitas Tokyo juga ikut dipindahkan ke tempat ini. Taman Koishikawa Kōrakuen dulunya adalah taman Jepang di bekas kompleks rumah kediaman keluarga Mito Tokugawa. Sementara itu, taman Jepang bekas rumah keluarga Yanagisawa (Yanagisawa Yoshiyasu, pejabat tairō bagi Syogun Tokugawa Tsunayoshi) sekarang disebut Rikugi-en.

Pada tahun 1878, distrik Koishikawa dan distrik Hongō dibentuk berdasarkan Undang-undang Penataan Desa, Kota, Distrik Kota, dan Distrik. Di lokasi bekas kediaman klan Maeda didirikan Universitas Kekaisaran Tokyo (sekarang Universitas Tokyo). Sejak itu pula, usaha penerbitan bermunculan di sekeliling kampus. Kalangan intelektual juga mulai berdatangan, Tsubouchi Shoyo, Mori Ōgai, Natsume Sōseki, dan Ichiyō Higuchi menjadikan wilayah ini sebagai tempat tinggal. Pada tahun 1937, di lokasi bekas Pabrik Senjata Angkatan Darat Tokyo dibangun Stadion Kōraku (sekarang Tokyo Dome).

Distrik kota Bunkyō dibentuk 15 Maret 1947 dari penggabungan dua distrik Koishikawa dan distrik Hongō. Sebelumnya, di harian Tokyo Shimbun dibuka lomba memberikan nama untuk distrik yang akan didirikan ini, namun nama yang sesuai tidak berhasil didapat. Nama Bunkyō dipilih dari usulan pegawai bekas distrik Koishikawa dan distrik Hongō. Lambang kota Bunkyō ditetapkan 1 Maret 1951, berupa aksara kanji untuk .