Jabarkan Kasus Munir dari Muchdi Purwoprandjono

Medio tahun 2008, Muchdi PR menjadi terdakwa dalam kasus pembunuhan aktivis HAM Munir Said Thalib. Ia dianggap bertanggung jawab atas kematian Munir, yang motifnya menurut Jaksa Penuntut Umum, adalah dendam dikaitkan kepada kasus penculikan aktivis 1997/1998 yang dilakukan oleh tim Mawar. Pada saat persidangan, terungkap bahwa dia sama sekali tidak terlibat dalam penculikan tersebut karena peristiwa tersebut terjadi dalam kurun waktu yang sama ketika ia menjabat sebagai Panglima Kodam VI/Tanjungpura, Kalimantan. Dalam persidangan yang sama, terungkap bahwa pada saat ia menjabat sebagai Danjen Kopassus menggantikan Prabowo Subianto, ia justru membebaskan para aktivis yang ditangkap. Pada tanggal 31 Desember 2008, Majelis hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan menvonis Muchdi PR bebas murni dari segala dakwaan. Ia yang pernah terlibat aktif dalam organisasi PII (Pelajar Islam Indonesia) sewaktu remaja dulu, saat ini aktif dalam organisasi politik. Ia sempat menjabat sebagai Wakil Ketua Umum Partai Gerindra. Pada Februari 2011, ia menyatakan keluar dari Partai Gerindra dan bergabung dengan PPP karena menurutnya, "Hanya PPP yang hingga saat ini masih murni Islam seluruhnya."