Jabarkan Era penerbangan domestik (1978–2010) dari Bandar Udara Internasional Tokyo

Sementara hampir semua penerbangan internasional dipindahkan dari Haneda ke Narita pada tahun 1978, maskapai penerbangan Taiwan selama bertahun-tahun terus memakai Bandara Haneda sebagai tujuan karena konflik politik antara Taiwan dan RRC. China Airlines melayani penerbangan ke Taipei dan Honolulu dari Haneda. Maskapai terbesar kedua Taiwan, EVA Air bergabung dengan CAL memakai Haneda mulai tahun 1999. Semua penerbangan ke Taiwan akhirnya dipindahkan ke Narita pada tahun 2002, sementara penerbangan Haneda-Honolulu dihentikan operasinya. Pada tahun 2003, JAL, ANA, Korean Air, dan Asiana memulai penerbangan ke Bandar Udara Gimpo dekat Seoul dari Haneda sebagai "penerbangan carter berjadwal" antarkota.

Meskipun Kementerian Perhubungan awalnya berkeberatan memperluas Bandara Haneda dengan urukan tanah baru di Teluk Tokyo, Pemerintah Metropolitan Tokyo mulai menggunakan kawasan teluk sebelah bandara sebagai situs pembuangan limbah, hingga akhirnya tercipta urukan tanah luas yang dapat dipakai untuk perluasan bandara. Pada bulan Juli 1988, sebuah landas pacu baru dibuka di lokasi bekas timbunan tanah. Pada September 1993, terminal lama bandara diganti dengan bangunan baru Terminal Penumpang Bagian Barat yang dijuluki "Big Bird". Dua landas pacu baru selesai dibangun pada Maret 1997 dan Maret 2000. Pada tahun 2004, Terminal 2 Haneda dibuka untuk ANA dan Air Do. Terminal lama yang diresmikan tahun 1993, sekarang disebut Terminal 1, dipakai oleh JAL, Skymark, dan Skynet Asia Airways.

Pada Oktober 2006, Perdana Menteri Jepang Shinzo Abe dan Perdana Menteri RRC Wen Jiabao mencapai persetujuan informal untuk mengadakan pembicaraan bilateral mengenai pembukaan layanan antarkota Haneda dan Bandar Udara Internasional Hongqiao Shanghai. Pada 25 Juni 2007, kedua pemerintah menyepakati persetujuan dimulainya penerbangan Haneda-Hongqiao sejak Oktober 2007.

Pada Desember 2007, Jepang dan RRC menyepakati persetujuan dasar mengenai penerbangan carter antara Haneda dan Bandar Udara Nanyuan Beijing. Namun, kesulitan bernegosiasi dengan operator militer RRC di Nanyuan, penerbangan carter pertama yang diterbangkan pada bulan Agustus 2008 (bertepatan dengan Olimpiade Musim Panas 2008) mendarat di Bandar Udara Internasional Ibu Kota Beijing, dan begitu pula penerbangan carter berjadwal berikutnya ke Beizing.

Mulai Juni 2007, Haneda mendapat izin untuk melayani penerbangan internasional yang berangkat antara pukul 20.30 dan 23.00, serta tiba antara pukul 06.00 dan 08.30. Bandara ini juga diizinkan melayani keberangkatan dan kedatangan antara pukul 23.00 dan 06.00 karena Narita tutup setelah larut malam.

Macquarie Bank dan Macquarie Airports memegang saham Japan Airport Terminal sebesar 19,9% hingga tahun 2009. Japan Airport Terminal telah membeli kembali saham yang sebelumnya dimiliki kedua perusahaan tersebut.