Jabarkan Menurunnya Kekuasaan Kepausan Avignon dari Antipaus Benediktus XIII

Namun, pada tahun 1398 Prancis menarik kembali persekutuan mereka dengan Kepausan Avignon. Benediktus XIII lantas ditinggalkan oleh tujuh belas kardinalnya, hanya tersisa lima kardinal yang masih setia kepadanya. Sebuah pasukan dibawah pimpinan Geoffrey Boucicaut, saudara seorang panglima yang banyak pengalaman sukses dalam pertempuran, menduduki Avignon dan memulai pengepungan istana kepausan pada tahun 1398, yang berakhir ketika Benediktus XIII berhasil melarikan diri dari Avignon pada tanggal 12 Maret 1403 dan mencari perlindungan di daerah yang dikuasai oleh Louis II dari Anjou. Pada tahap ini, kekuasaan Benediktus XIII sudah tidak lagi dikenal di Prancis, Portugal dan Navarre, tetapi ia masih dianggap sebagai Sri Paus di Skotlandia, Sisilia, Aragon dan Castile.

Setelah Sri Paus Roma Paus Innosensius VII wafat pada tahun 1406, Sri Paus yang baru, Paus Gregorius XII, memulai negosiasi dengan Benediktus XIII, menawarkan pilihan agar mereka berdua mengundurkan diri sehingga Sri Paus yang baru bisa terpilih untuk menyatukan kembali Gereja Katolik. Ketika pembicaraan ini berakhir di jalan buntu pada tahun 1408, Raja Prancis Charles VI menyatakan bahwa Prancis netral dalam urusan kepausan. Charles VI membantu mengadakan Konsili Pisa tahun 1409. Konsili ini semestinya mengatur cara bagi Paus Gregorius XII dan Benediktus XIII untuk mengundurkan diri bersama sehingga seorang paus baru yang diterima seluruh dunia bisa terpilih. Namun, semenjak Benediktus XIII dan Paus Gregorius XII menolak untuk turun tahta, satu-satunya hasil dalam konsili ini adalah kehadiran kandidat ketiga bagi Tahta Suci: Peter Philargi yang kemudian menjadi Aleksander V.

Sebagai bagian untuk meningkatkan dukungan atas tahta kepausannya yang semakin menurun, Benediktus XIII memulai Perseteruan Tortosa pada tahun 1413 yang berlangsung selama setahunan, yang menjadi perseteruan Kristen-Yahudi yang paling menonjol pada Abad Pertengahan.

Benediktus XIII juga dikenal atas keputusan-keputusannya yang menindas orang Yahudi. Hukum-hukum itu dibatalkan oleh Paus Martinus V setelah ia menerima utusan dari kaum Yahudi yang dikirim oleh sinode terkenal di mana orang-orang Yahudi berkumpul di Forlì pada tahun 1418.