Jabarkan Keturunan dan kontroversi dari Naruhito

Pada Desember 1999, diumumkan kehamilan pertama Masako, tetapi kemudian keguguran. Pada Desember 2001, Masako melahirkan seorang anak perempuan, Putri Aiko (愛子内親王, Aiko naishin'nō), yang kemudian dianugerahi gelar Putri Toshi (敬宮, toshi-no-miya).

Pasangan Naruhito dan Masako yang hanya memiliki seorang anak perempuan setelah menikah sekian lama membuat kontroversi terkait masalah pewarisan takhta. Meski sebenarnya Jepang pernah memiliki delapan maharani (kaisar wanita) dalam sejarahnya, hukum pewarisan takhta Jepang diubah setelah Restorasi Meiji, mengadopsi sistem pewarisan takhta Prusia yang melarang perempuan untuk naik takhta. Setelah kekalahan Jepang pada Perang Dunia II, hanya keturunan dari garis laki-laki dari Yoshihito (Kaisar Taisho) yang dianggap sebagai anggota resmi keluarga istana dan memiliki hak atas takhta, tidak dengan anggota Wangsa Yamato lain. Kaisar Taisho sendiri memiliki empat putra, tetapi selain putra sulungnya, garis keturunan putra-putranya terhenti lantaran tidak memiliki anak atau hanya memiliki anak perempuan. Putra tertua Kaisar Taisho, Hirohito (Kaisar Showa) memiliki dua putra, Akihito dan Masahito. Masahito tidak memiliki anak dari pernikahannya, sehingga keberlangsungan garis kekaisaran hanya melalui Kaisar Akihito yang memiliki dua putra, Naruhito dan Fumihito. Kedua putra Akihito ini sendiri tidak kunjung memiliki putra dan ini menimbulkan kekhawatiran akan matinya garis kekaisaran. Wacana untuk memperbolehkan pewarisan takhta dari garis perempuan juga mendapat penentangan. Masako sendiri dikabarkan menerima tekanan berat lantaran keadaannya yang sulit mengandung. Namun perdebatan ini mereda setelah istri Pangeran Fumihito melahirkan seorang putra, Hisahito, pada tahun 2006.

Pada tanggal 11 Juli 2008, Naruhito meminta pemahaman publik mengenai istrinya, Masako, yang menderita depresi dan didiagnosa mengalami gangguan penyesuaian dengan pihak keluarga kekaisaran. Adapun kabar bahwa Masako memiliki gangguan kejiwaan, Naruhito berkata, "Saya ingin (masyarakat) memahami bahwa Masako terus melakukan upaya maksimal dengan bantuan orang di sekitarnya untuk menghasilkan ahli waris laki-laki."