Jabarkan Kontroversi paa pemerintahannya dari Ulises Ruiz Ortiz

Selain pemilu yang kontroversial, sejumlah konflik yang kian bertambah telah terjadi pada masa pemerintahan Ruiz.

Pertama, surat kabar "Noticias de Oaxaca", yang menganut pandangan yang erlawanan dengan pandangan Ulises Ruiz mengalami pemogokan besar-besaran yang diorganisir serikat buruh CROC, yang berafiliasi dengan partai politik PRI pendukung Ruiz. Beberapa media, seperti Reforma memandang tindakan ini sebagai penindasan terhadap kebebasan berbicara. Konon surat kabar itu berusaha untuk dicetak di luar negara bagian Oaxaca, tetapi truk-truk distribusinya diganggu vandal. Surat kabar ini secara terbuka menuduh Ruiz melakukan penindasan.

Contoh-contoh lainnya meliputi perusakan oleh dinas pekerjaan umum terhadap pusat kota yang historis di ibu kota negara bagian ini. Beberapa intelektual menyebut perusakan itu begitu mengerikan sehingga mereka khawatir bahwa UNESCO akan mencabut deklarasinya terhadap kota ini sebagai Situs Warisan Dunia.

Gubernur juga telah dituduh melakukan genosida dan penindasan terhadap kelompok-kelompok penduduk asli negara bagian ini.

Pada permulaan kampanye pemilihan umum Meksiko, 2006, calon presiden Andres Manuel López Obrador mencoba berkampanye di salah satu munisipalitas termiskin di negara bagian ini di Guelatao, yang juga merupakan tempat kelahiran Benito Juárez. Kampanye ini dihalang-halangi oleh pekerjaan umum yang dimulai hanya sehari sebelumnya oleh pemerintahan negara bagian.