Jabarkan Bertugas di Jepang dari Philipp Franz von Siebold

Pada 28 Juni 1823, Siebold berangkat menuju Dejima. Di perjalanan, kapalnya hampir tenggelam diserang angin topan di Laut China Timur. Kapal yang ditumpanginya baru tiba di Dejima, 11 Agustus 1823. Jepang waktu sedang menjalankan politik isolasi, dan Keshogunan Tokugawa hanya mengizinkan sejumlah kecil orang Belanda tinggal di Dejima. Siebold harus berpraktik dokter sambil bertugas rangkap sebagai ilmuwan. Ia sering mengundang ilmuwan Jepang untuk memamerkan kehebatan ilmu dari Barat, dan sebaliknya bisa mempelajari budaya dan adat istiadat Jepang dari tamunya. Setelah mengobati seorang perwira Jepang, Siebold diberi kesempatan untuk menjelajahi wilayah di luar pos dagang Dejima yang sempit. Kesempatan tersebut digunakannya untuk mengobati penduduk setempat yang tinggal di wilayah sekeliling Dejima.

Siebold hidup serumah dengan wanita Jepang bernama Kusumoto Taki (Sonogi), karena waktu itu penduduk setempat dilarang menikah dengan orang asing. Otaku-san adalah nama panggilan Siebold untuk Taki (ditambah awalan honorifik "O" menjadi Otaki), dan nama tersebut digunakannya untuk menamakan tanaman Hydrangea otakusa (Hortensia). Pada tahun 1827, Taki melahirkan anak perempuan bernama Oine. Berkat bantuan ayahnya, Oine nantinya menjadi wanita Jepang pertama yang sekolah dokter dan menjadi dokter terkenal hingga wafat tahun 1903.

Pada tahun 1824, Siebold mendirikan sekolah kedokteran bernama Narutaki Juku (sekolah di Narutaki). Keshogunan Tokugawa menugaskan sejumlah 50 siswa untuk belajar di sana. Pada tahun 1825, VOC mengirimkan dua asisten baru untuk Siebold, seorang apoteker merangkap ahli mineralogi Heinrich Bürger, dan pelukis Carl Hubert de Villeneuve. Sekolah kedokteran Narutaki Juku berkembang sebagai tempat berkumpul sekitar 50 orang rangaku-sha (ilmuwan rangaku; ran berarti Belanda, dan gakusha berarti ilmuwan). Di antara murid-murid yang sering membantu penelitian botani yang dilakukan Siebold adalah Takano Chōei, Itō Genboku, Koseki San’ei, dan Itō Keisuke (1799–1846).

Siebold menolak uang biaya pengobatan yang diberikan pasien, sehingga penduduk setempat yang diobatinya membalas budi dalam bentuk barang. Barang-barang yang diterimanya adalah benda keperluan sehari-hari, seperti peralatan rumah tangga, ukiyo-e, keramik, hingga alat pertukangan. Semuanya merupakan permulaan dari koleksi etnografi milik Siebold yang nantinya menjadi benda bersejarah. Walaupun demikian, Siebold lebih tertarik mempelajari fauna dan flora Jepang, dan mengumpulkan sebanyak mungkin spesimen yang bisa diperoleh, termasuk hewan hidup. Di kebun botani miliknya di halaman belakang rumah terdapat lebih dari 1.000 tanaman yang ditemukannya di Jepang. Sebagian di antaranya ditanam di dalam rumah kaca untuk menyesuaikan dengan iklim di Belanda. Pelukis Jepang dimintanya untuk melukis koleksi tanamannya, dan menjadi pelengkap koleksi etnografi Siebold.

Selain itu, Siebold juga membayar pemburu setempat untuk mencari hewan langka dan mengumpulkan spesimen. Dalam mengumpulkan spesimen, Siebold dibantu Ito Keisuke (1803-1901), Mizutani Sugeroku (1779-1833), Ohkōchi Zonshin (1796-1882), dan dokter keshogunan bernama Katsuragawa Hoken (1797-1844). Sementara itu, tugas Siebold banyak dibantu asisten dan penerusnya (1825-1832), Heinrich Bürger (1806-1858).

Tanaman pertama yang diintroduksi Siebold ke Eropa adalah Hosta dan Hydrangea otakusa. Pada tahun 1825, Siebold menyelundupkan bibit pohon teh ke Kebun Raya Buitenzorg (Kebun Raya Bogor). Pengiriman dilakukan tanpa sepengetahuan pemerintah Jepang yang waktu itu melarang keras perdagangan pohon teh. Bermodalkan antara lain bibit teh dari Siebold, pemerintah Belanda memulai perkebunan teh di Pulau Jawa. Komisi pertanian dalam laporan pada tahun 1827 menulis bahwa di Pulau Jawa terdapat 2.000 hingga 3.000 pohon teh. Menurut laporan selanjutnya (1833), di Jawa sudah terdapat lebih dari setengah juta pohon teh.

Dalam tiga kali pengapalan, Siebold mengirimkan sejumlah besar spesimen herbarium ke Leiden, Gent, Brusel, dan Antwerpen. Kiriman ke Leiden antara lain berisi spesimen Andrias japonicus (salamander raksasa Jepang) yang pertama kali dikirim ke Eropa.

Di balik keberhasilan tugasnya, hubungan Siebold dengan atasannya di Batavia terus-menerus dilanda masalah. Atasan di Batavia berpendapat Siebold tinggi hati dan banyak menghabiskan uang, sehingga diperintahkan pulang pada bulan Juli 1827. Kapal Cornelis Houtman yang diperintahkan menjemput diserang angin topan hingga karam di Teluk Nagasaki pada tanggal 18 September 1828. Serangan angin topan juga menimbulkan kerusakan besar di Dejima, termasuk merusak kebun botani Siebold. Pada Januari 1829, kapal Cornelis Houtman yang sudah diperbaiki meninggalkan Dejima menuju Batavia. Muatan kapal adalah 89 peti koleksi botani yang berhasil diselamatkan dari kebun botani milik Siebold, namun pemiliknya sendiri tidak ikut serta.