Jabarkan Kehidupan Pribadi dari S.A.E. Nababan

Nababan menikah dan mempunyai dua orang anak laki-laki, seorang anak perempuan serta dua orang cucu. Dua orang dari saudara-saudara kandungnya adalah Panda Nababan, anggota DPR Republik Indonesia dari PDI-P dan Asmara Nababan, tokoh Komisi Nasional Hak Asasi Manusia. Putranya, Hotasi Nababan adalah Alumni ITB dan MIT serta pernah menjabat sebagai CEO Merpati Nusantara dan GE Indonesia.