Jabarkan Pengejaran Archangel dari Athrun Zala

Karena Kira mempiloti dan melihat unit rahasia militer, ia dan kawan-kawannya pun terpaksa ikut dengan Archangel (kapal perang Earth Alliance) dan kemudian berkeputusan untuk bergabung dengan militer Earth Alliance. Athrun merasa bimbang apakah hendak bertarung dengan sahabatnya atau membujuknya untuk menjadi pasukan ZAFT, karena memang Kira adalah Coordinator. Ia juga memberitahukan kepad Kira, mengapa ia ikut menjadi bagian militer ZAFT pada saat Kira bertarung dengan empat buah unit curian tersebut sendirian. Kata-katanya memengaruhi Kira, tetapi Kira menolak tawaran tersebut dan lolos dari empat mobile suit tersebut saat Mwu La Fllaga ikut campur dalam kemelut.

Selanjutnya, Athrun dipaksa oleh ayah dan komandannya untuk menyelamatkan Lacus karena seluruh PLANT mengetahui tentang pertunangan mereka, dan Lacus sebagai idola. Athrun mengetahui bahwa Lacus Clyne berada di atas Archangel, dan sangat marah ketika Natarle Badgiruel menggunakannya sebagai sandera untuk melindungi Archangel dari kehancuran. Athrun pun bertanya kepada Kira mengapa Kira mau bergabung dengan mereka, yang menggunakan Lacus sebagai tameng dan akan bersumpah akan menolong Lacus. Kira pun akhirnya mengembalikan Lacus kepada Athrun. Ketika telah mendapatkan kembali Lacus, Athrun lagi-lagi membujuk Kira untuk bergabung dengan ZAFT, tetapi Kira tetap menolak. Kedua sahabat itu, kemudian berkata tidak akan segan-segan untuk saling menembak dalam pertemuan selanjutnya di medan laga.

Athrun kemudian ditunjuk sebagai pemimpin regu dari skuat Raww Le Kluezze, dan sering berdebat dengan anggotanya, terutama Yzak, dalam beberapa masalah. Ketika regu tersebut disuruh untuk turun ke bumi, pesawat transportasi yang membawa Athrun menembak sebuah pesawat tempur yang dipiloti oleh Cagalli Yula Athha yang menaiki FX-550 Skygrasper, Cagalli pada saat itu sedang tersesat. Sebagai balasan Cagalli pun kemudian menembak dan menjatuhkan pesawat transportasi yang mengangkut Athrun. Athrun dan Cagalli akhirnya bertemu untuk pertama kalinya di suatu pulau tak berpenghuni. Saat keduanya sedang menunggu bala bantuan untuk menjemput mereka, mereka pun berdebat masalah perang yang sedang berkecamuk. Akhirnya, mereka pun ditolong oleh masing-masing kubu, tanpa memberi tahu apa yang terjadi di pulau tersebut. Athrun tampak tertarik dengan Cagalli setelah pertemuan pertama mereka. Athrun pun kemudian mengetahui bahwa Cagalli adalah putri dari pemimpin Orb, sebuah negara netral di Bumi.