Jabarkan Januari Hitam dari Perang Nagorno-Karabakh

Konflik etnik tersebut dalam perkembangannya menjadi semakin parah. Akibatnya mayoritas etnik Azerbaijan di Armenia dan etnik Armenia di Azerbaijan terpaksa melarikan diri dari tempat tinggal mereka. Bahkan situasinya kemudian menjadi semakin tak terkendali, sehingga pada Januari 1989, untuk sementara waktu, pemerintah pusat Uni Soviet terpaksa mengambil alih pemerintahan wilayah Karabakh secara langsung. Keputusan tersebut diterima dengan baik oleh etnik Armenia. Pada Desember 1989 pemimpin Front Rakyat Azerbaijan dan para pendukungnya melancarkan gerakan blokade jalur kereta api ke Armenia dan Nagorno-Karabakh, yang menyebabkan terganggunya ekonomi Armenia karena hampir 85% kargo dan suplai ke kedua wilayah tersebut masuk lewat jalur kereta api. Menurut sejumlah pihak tindakan paksa tersebut dilakukan karena Armenia telah mengembargo RSSO Nakhicevan yang dilakukan sejak awal tahun, selain itu juga disebabkan serangan militan Armenia kepada kereta yang datang dari Azerbaijan.

Pada Januari 1990, pogrom lain yang diarahkan pada etnik Armenia di Baku memaksa Gorbachev untuk mengumumkan keadaan darurat dan mengirim pasukan MVD untuk memulihkan keamanan. Di tengah-tengah meningkatnya gerakan pro-kemerdekaan di Azerbaijan, Gorbachev mengirim militer untuk menghentikan aksi tersebut. Pasukan Soviet menerima perintah untuk menduduki Baku pada tengah malam pada 20 Januari 1990. Penduduk kota, yang melihat tank datang sekitar pukul 5 pagi, mengatakan pasukan yang datang tersebut melepaskan tembakan kepada mereka. Laporan Shield yang ditulis oleh komisi independen dari kejaksaan militer Uni Soviet, menolak adanya klaim militer Soviet yang mengklaim adanya tembakan balasan dari demonstran, serta tidak menemukan bukti bahwa mereka yang memblokade jalan-jalan ke Baku dipersenjatai. Pemerintah lalu memberlakukan jam malam, dan terjadilah bentrokan kekerasan antara tentara dan demonstran FRA. Peristiwa tersebut menyebabkan kematian 120 warga Azerbaijan dan 8 tentara MVD. Dalam peristiwa tersebut kekuasaan Partai Komunis Azerbaijan semakin melemah, sehingga akibatnya pasukan MVD yang dikirim tersebut malah bertugas untuk mengamankan kekuasaan partai daripada melindungi penduduk etnis Armenia. Peristiwa yang nantinya lebih dikenal dengan nama Januari Hitam tersebut merusak hubungan antara pemerintah Azerbaijan dan pemerintah pusat.