Jabarkan Lagu dari Systematic Chaos

John Petrucci menulis lirik untuk lima dari delapan lagu di album, berisi cerita fiksi melalui masing-masing lagu.

In the Presence of Enemies

Bagian pertama yang direkam, berisi dua puluh lima menit epik "In the Presence of Enemies," digambarkan oleh Petrucci sebagai "lambang penciptaan Dream Theater". Dia melanjutkan untuk menggambarkan komposisi sebagai yang "sangat progresif, sangat panjang"; juga mencatat bahwa lagu itu mengatur nada yang baik untuk menulis dan merekam seluruh album. Rekaman terpanjang mereka sejak "Six Degrees of Inner Turbulence" itu dibagi menjadi dua bagian, karena lagu ini cocok sebagai pembuka dan penutup untuk album pada waktu yang sama. Menurut Portnoy, band ini merasa lagu ini terlalu panjang sebagai pembuka album, tetapi band juga tidak ingin menutup album dengan lagu yang panjang, karena mereka telah melakukannya pada lagu "Octavarium", dengan durasi dua puluh empat menit dari album terakhir mereka Octavarium (2005). Duology ini biasanya dimainkan secara keseluruhan dalam pertunjukan live. Selama rekaman, karya tersebut berjudul, "The Pumpkin King".

Kisah "In the Presence of Enemies" terinspirasi oleh manhwa Korea berjudul Priest, seperti yang Petrucci jelaskan jika ia bukan penggemar manga, persisnya, "[...] Meskipun begitu saya menyukainya. Untuk yang satu ini saya hanya menemukan secara kebetulan dan saya benar-benar menyukai isinya. Ini mengilhami saya untuk mengambil pendekatan lirik yang berbeda. Anda harus menjaga hal-hal yang menarik untuk diri sendiri saat menulis materi baru, jadi saya hanya mengambil ini dan mengembangkannya [...] jenis-jenis lirik yang menyenangkan untuk ditulis, Anda tahu itu sebuah Materi Fantasi gelap, hal-hal seperti Dark Master. Ini cara lain untuk menulis, materi yang segar untuk saya." Dia juga meringkas lirik: "Ini adalah cerita tentang seseorang yang kehilangan jati dirinya dan akhirnya berjuang dengan kegelapan, dilambangkan oleh Dark Master. Dan cerita berakhir sampai ia benar-benar dalam kegelapan dan berjalan melalui wajah-wajah yang berbeda di mana dia harus melawan setan dan hal-hal seperti itu.