Jabarkan Kesudahan dari Kasus Mortara

Sri Paus tetap tidak bersedia melepaskan Edgardo. "Apa yang aku perbuat bagi anak ini, adalah hak dan kewajibanku. Andaikata terulang kembali, aku akan bertindak sama," tegasnya. Tatkala menghadiri tatap muka tahunan di Vatikan pada bulan Januari 1861, rombongan perwakilan umat Yahudi kota Roma terperangah melihat Edgardo, yang kala itu berumur sembilan tahun, berada di samping Sri Paus. Kerajaan Italia diproklamasikan sebulan kemudian, dengan Victor Emmanuel II sebagai rajanya. Negara Gereja, dengan wilayah yang susut sampai tersisa Roma dan sekitarnya saja, tetap merdeka di luar Kerajaan Italia, karena Kaisar Napoleon III enggan mengecewakan rakyatnya yang beragama Katolik dengan menarik mundur garnisun Prancis. Ia baru menarik mundur pasukan Prancis pada tahun 1864, sesudah satu orang lagi kanak-kanak Yahudi dibawa masuk ke Wisma Katekumen, yakni Giuseppe Coen, kanak-kanak berumur sembilan tahun asal kampung Yahudi kota Roma. Penarikan mundur garnisun Prancis membuat Permasalahan Roma mencuat dalam sidang parlemen Italia. Negarawan Marco Minghetti menampik usulan kompromi yang menghendaki Roma menjadi bagian dari Kerajaan Italia tetapi Sri Paus tetap memegang sejumlah kewenangan istimewa. Marca Minghetti menegaskan, "kita tidak boleh pergi menjaga bocah Mortara itu untuk Sri Paus." Garnisun Prancis kembali ditempatkan di Roma pada tahun 1867, sesudah Garibaldi gagal merebut kota itu.

Pada permulaan tahun 1865, saat berumur 13 tahun, Edgardo menjadi novis (anggota pemula) paguyuban imam-imam reguler Lateran. Ia menambahkan nama Sri Paus di depan namanya sendiri sehingga menjadi Pio Edgardo Mortara. Menurut Edgardo, ia berulang kali menyurati kaum keluarganya "menyangkut soal agama, dan berusaha semampu saya untuk meyakinkan mereka akan kebenaran iman Katolik", tetapi tidak pernah menerima balasan sampai dengan bulan Mei 1867. Kedua orang tuanya, yang kala itu sudah tinggal di Firenze, mengabarinya lewat surat bahwa mereka masih sangat menyayanginya, tetapi tidak dapat merasakan kehadiran putra mereka dalam surat-surat yang mereka terima. Pada bulan Juli 1870, tepat sebelum Edgardo genap berumur 19 tahun, garnisun Prancis ditarik mundur dari Roma untuk selamanya sesudah Perang Prancis-Prusia meletus. Pasukan Italia merebut kota itu pada tanggal 20 September 1870.

Momolo Mortara mengikuti Angkatan Darat Italia memasuki Roma dengan harapan dapat membawa pulang putranya. Menurut beberapa keterangan, Riccardo, abang Edgardo, sudah tiba di Roma mendahului ayahnya. Riccardo adalah perwira infanteri dalam angkatan bersenjata Kerajaan Italia. Riccardo Mortara berjuang sampai berhasil masuk ke San Pietro in Vincoli dan menemukan bilik adiknya. Edgardo memejamkan mata dan menuding Riccardo sambil berteriak, "enyah kau, Setan!" Ketika Riccardo mengaku sebagai abangnya, Edgardo malah menjawab, "jangan dekat-dekat sebelum kau tanggalkan pakaian seragam pembunuh itu." Seperti apa pun kejadiannya, yang pasti Edgardo sangat panik saat Roma direbut pasukan Italia. Kemudian hari Edgardo meriwayatkan dalam tulisannya bahwa, "sesudah pasukan-pasukan Piemonte memasuki Roma... mereka secara paksa mengambil si mualaf Coen dari Collegio degli Scolopi, [lalu] berbalik menuju San Pietro in Vincoli untuk mengambil aku juga." Kepala Kepolisian Roma meminta Edgardo untuk kembali kepada kaum keluarganya menuruti opini masyarakat, tetapi Edgardo menolak. Selanjutnya ia berjumpa dengan panglima pasukan Italia, Jenderal Alfonso Ferrero La Marmora. Sang jenderal menyampaikan kepadanya bahwa ia sudah berumur 19 tahun sehingga bebas menuruti kemauan sendiri. Edgardo diselundupkan keluar dari Roma bersama-sama dengan seorang padri saat larut malam tanggal 22 Oktober 1870. Keduanya mengenakan pakaian sehari-hari masyarakat biasa sebagai samaran. Edgardo bertolak menuju kawasan utara Italia dan berhasil lolos ke Austria.