Jabarkan Membantu Aliansi Tiga Kapal dari Athrun Zala

Setelah membelot dari ZAFT. Athrun bergabung dengan aliansi tiga kapal yang terdiri dari achrangel,eternal,dan kusanagi. Pada saat itulah terjadi kisah romantis antara Athrun dan Cagalli. Athrun mengatakan akan melindungi Cagalli. Setelah mengatakan itu, Athrun mencium Cagalli dan Cagalli pun membalasnya.

Dengan Justice Gundam miliknya,ia membantu aliansi tiga kapal saat perang valentine berdarah pertama.Serta membantu menggagalkan Operasi GENESIS yang dilakukan ZAFT untuk menghancurkan bumi.

Keterlibatan dalam perang Valentine Berdarah kedua

Keterlibatan Athrun dalam perang Valentine berdarah kedua adalah saat ia menemani Cagalli Yula Athha (Kepala Perwakilan ORB) ke Armory One untuk menyetujui perjanjian kerjasama militer antara ORB dan ZAFT. Athrun mengubah namanya menjadi Alex Dino dan memutuskan menjadi seorang bodyguard untuk Cagalli. Pada saat kunjungan itu, tiba-tiba Armory One diserang oleh Earth Alliance.Earth Alliance Mencuri Tiga Mobile Suit Yang Dikembangkan ZAFT,yaitu ZGMF-X24S Chaos Gundam,ZGMF-X31S Abyss Gundam,dan ZGMF-X88S Gaia Gundam.Athrun pun membantu mengalahkan tiga Mobile Suit musuh dengan unit yang ada. Athrun ikut bertarung dan menyelamatkan bumi dari jatuhnya Junius Seven (dipengaruhi oleh prinsip yang dibawa mendiang ayahnya, Patrick Zala).

Ketika di ORB, Athrun terus memikirkan bagaimana caranya menghentikan konflik yang terjadi antara Natural dan Koordinator. Setelah berbicara dengan Cagalli, dia memutuskan untuk pergi ke ZAFT. Sebelum pergi ke ZAFT, Athrun sempat mengungkapkan kepada Cagalli bahwa dia tidak menyukai atas perjodohan antara Cagalli dan Yuna. Setelah itu, Athrun memasangkan cincin di jari manis Cagalli.

Setelah memutuskan bergabung dengan ZAFT, Athrun mengetahui bahwa Cagalli menikah dengan Yuna. Athrun sangat kaget dan marah. Namun, setelah mengetahui batalnya pernikahan Cagalli dan yang menculiknya adalah Kira, Athrun merasa lega.

Setelah mengetahui ORB bergabung dengan Logos dan bertarung dengan ZAFT, hubungan Athrun dengan Cagalli dan Kira berubah menjadi kesalahpahaman. Athrun pun sempat mengungkapkan kekecewaannya terhadap Cagalli (atas pernikahannya).

Di perang berikutnya Kira menghancurkan Gundam Saviour milik Athrun, hal itu dikarenakan Athrun tidak fokus karena Kira mengungkapkan tentang Cagalli yang menangis dan ingin melindungi ORB. Athrun pun memikirkan kata-kata Kira setelah itu.

Athrun tersadarkan ketika Kira dikalahkan oleh Shinn Asuka dan Archangel yang menghilang. Athrun mulai memikirkan perkataan Kira tentang Kepala ZAFT Gilbert yang tidak bisa dipercaya. Dari Meer akhirnya Athrun bisa mengetahui fakta bahwa dirinya selama ini menjadi boneka, dan dengan bantuan Meyrin, akhirnya Athrun bisa melarikan diri dari markas ZAFT.

Di ORB, Athrun bertemu dengan Kira dan Cagalli. Athrun mengungkapkan dia ingin melindungi Cagalli dan Kira. Cagalli meminta maaf kepada Athrun atas pernikahannya, Athrun mengungkapkan seharusnya dirinya yang meminta maaf, Athrun mengerti Cagalli melakukannya karena ingin melindungi ORB.

Peperangan kembali terjadi antara ORB dan ZAFT. Athrun ikut membantu ORB dengan Gundam Infinite Justice.

Peperangan berlanjut di luar angkasa, Athrun berhasil mengalahkan Shinn. ZAFT pun kalah dengan kematian Ketua Gilbert D.

Setelah perang berakhir, Athrun kembali ke ORB. Dia terlihat di Tugu Peringatan (Onogoro, ORB) bersama Shinn, Lunamaria dan Meyrin. Disanalah Shinn pertama kalinya bertemu Kira yang dulu pernah dikalahkannya, mereka lalu berdamai dan ingin menghentikan konflik ini bersama-sama.

Pada akhirnya, sebagai bentuk kerjasama antara ORB dan ZAFT, Kira menerima promosi sebagai komandan ZAFT. Athrun sebagai komandan dari ORB, mewakili ORB untuk menyerahkan Kira secara resmi kepada ZAFT.