Jabarkan Pembelaan kasus Ahok dari Ahmad Syafi'i Ma'arif

Pada November 2016, ia membela Basuki Tjahaja Purnama alias Ahok dengan mengatakan bahwa Ahok tidak melakukan penistaan agama. Pandangannya ini melawan pendapat mayoritas tokoh Islam lainnya termasuk Majelis Ulama Indonesia (MUI) yang telah memfatwakan bahwa Ahok melakukan penistaan agama Islam dan para ulama. Dalam pembelaannya, Buya Syafii sempat menulis di Koran Tempo dan menyatakan: "jika dalam proses pengadilan nanti terbukti terdapat unsur pidana dalam tindakan Basuki Tjahaja Purnama alias Ahok pada 27 September 2016 itu, saya usulkan agar dia dihukum selama 400 tahun atas tuduhan menghina Al-Quran, kitab suci umat Islam, sehingga pihak-pihak yang menuduh terpuaskan tanpa batas", ia menambahkan: "biarlah generasi yang akan datang yang menilai berapa bobot kebenaran tuduhan itu, sebuah generasi yang diharapkan lebih stabil dan lebih arif dalam membaca politik Indonesia yang sarat dengan dendam kesumat ini".