Jabarkan Membelot dari ZAFT dari Athrun Zala

Athrun pun mencoba untuk mengikuti perintah ayahnya, dengan mengendarai Justice Gundam. Sebelum menemukan Kira, ia kembali ke lokasi di mana ia bertarung dengan Kira dengan menggunakan Aegis dan Strike. Akhirnya ia berbicara dengan Pastur Malchio, yang memberikannya informasi mengenai perang Valentine Berdarah Pertama yang terbaru.

Setelah meninggalkan Pastur Malchio, ia akhirnya menemukan Kira di Orb, yang sedang bertarung dengan GAT-X131 Calamity Gundam, GAT-X252 Forbidden Gundam, dan GAT-X370 Raider Gundam. Athrun pada awalnya melihat saja apa yang dilakukan oleh Kira, dan ia berpikir terhadap loyalitasnya, hingga Kira kalah oleh ketiga Gundam milik Earth Alliance tersebut. Athrun pun memutuskan untuk menyelamatkan temannya tersebut. Setelah mobile suit musuh kembali ke pangkalannya akibat habisnya bahan bakar dan juga kurangnya obat yang diberikan kepada para pilotnya, Athrun bertemu dengan Kira, mereka saling mengenang apa yang sudah terjadi. Cagalli yang melihat mereka berdua terlihat terharu dan memeluk mereka berdua, Kira dan Athrun pun tersenyum. Athrun dan Kira pun berbicara dan mencoba untuk menyamakan pendapat keduanya. Keduanya tidak mau lagi menjadi musuh satu sama lainnya dan keduanya berkeinginan untuk mengakhiri perang Valentine Berdarah Pertama. Athrun tidak ingin Kira dan penduduk ORB mati. Akan tetapi, untuk melakukan hal tersebut keduanya harus menanggalkan atribut kemiliterannya, dan akhirnya Athrun dan Dearka Elthman pun membelot dari ZAFT. Athrun sadar selama ini dia tidak menjadi dirinya sendiri, seperti yang dikatakan Lacus, dia hanya seorang prajurit dari ZAFT yang patuh terhadap perintah. Athrun memutusksn untuk bersama-sama mencari arti dari sebuah peperangan bersama sahabatnya Kira. Athrun juga dipengaruhi oleh perkataan Uzumi Nara Attha, yang mengatakan bahwa Patrick Zala ingin menguasai dunia. Athrun pun ikut bertempur bersama Kira. Dia terkejut saat ORB hancur oleh peledakan yang dilakukan Uzumi (untuk menyelamatkan ORB). Saat diluar angkasa, dia terlihat khawatir dengan Cagalli setelah meninggalnya Uzumi. Athrun pun ikut membantu kru Archangel dan orang-orang yang selamat dari ORB.

Athrun kembali ke Jachin Due untuk berbicara dengan ayahnya yang telah menjadi Pemimpin Dewan Supremasi PLANT, untuk menanyakan apa keinginan sebenarnya dari ayahnya. Athrun kembali ke PLANT tanpa menggunakan Justice, malahan menggunakan pesawat milik Earth Alliance yang ada di dalam Archangel, dan berbicara dengan ayahnya mengenai perang. Akhirnya keduanya pun beradu argumentasi, dan ia pun mengetahui bahwa keinginan ayahnya adalah untuk menghancurkan semua Natural, untuk membalas dendam kematian istrinya Lenore Zala, yang juga merupakan ibu dari Athrun Zala. Athrun pun terkejut dan ditembak oleh Patrick, karena memang ia menolak untuk memberitahukan di mana lokasi penyimpanan Justice dan Freedom. Sempat ditawan, untuk diinterogasi, akan tetapi dibebaskan oleh Martin DaCosta (yang disuruh oleh Lacus Clyne) dan kemudian kabur dari Jachin Due dengan menggunakan Eternal. Saat mencoba untuk kabur, justru jalur Eternal pun diganggu oleh pasukan ZAFT, untuk kemudian diselamatkan oleh Kira dengan Freedomnya yang meskipun sebelumnya disuruh oleh Athrun untuk kembali ke Archangel, masih menunggu di luar PLANT.