Jabarkan Alur dari Suikoden II

Permainan bermula dengan sang pemain dan teman masa kecilnya, Jowy Atriedes bekerja bersama dalam Barisan Pemuda Kerajaan Highland. Luca Blight, pangeran Kerajaan Highland dan kapten pasukan Rowd merancang pembantaian pasukan pemuda tersebut untuk dilemparkan kesalahannya kepada negara kota Jowston, sehingga sang pangeran mendapatkan alasan untuk menyerang Jowston. Sang protagonis dan Jowy berhasil lolos dengan melompat ke sungai setelah sebelumnya berjanji untuk bertemu kembali di tebing itu jika mereka terpisah.

Mereka bertemu kembali setelah ditemukan oleh pasukan bayaran dari permainan pertama, Viktor dan Flik. Jowy diselamatkan dari sungai oleh seorang anak bersama Pilika dari desa Toto. Sang pemain dipaksa untuk bekerja di bawah prajurit bayaran sampai ditemukan oleh Jowy, mereka berdua kemudian kabur untuk kembali ke kampung halamannya Kyaro di Highland. Setelah tiba dan bertemu kembali dengan kakak pemain, Nanami, mereka berdua dituduh sebagai mata-mata oleh Highland dan divonis hukuman mati, tetapi kemudian diselamatkan oleh Viktor dan Flik.

Sang pemain pergi ke desa Toto untuk menemui Pilika dan keluarganya namun kemudian desa tersebut telah hancur dan penduduknya dibantai oleh Luca Blight. Mereka memutuskan untuk berperang melawan Pangeran Blight dan mengambil peran dalam perlawanan di perang untuk melindungi markas prajurit bayaran yang kemudian gagal. Viktor memberitahukan rombongannya untuk pergi ke Muse, ibu kota dari Negara Kota Jowston untuk bertemu dengan pasukan lain.

Dalam perjalanan menuju Muse, Jowy dan sang pemain harus melewati Desa Toto. Pilika berlari menuju kuil yang sebelumnya dirawat oleh ayahnya. Jowy dan Sang Pemain masuk ke dalam kuil tersebut dan terbawa ke hadapan Leknaat, cenayang penjaga Simbol Gerbang, satu dari 27 Simbol Sejati. Sang pemain dan Jowy berada di jalur yang berbeda di kuil tersebut dan mendapatkan kekuatan setengah dari Simbol Permulaan yang juga satu dari 27 Simbol Sejati. Sang Pemain mendapatkan kekuatan Simbol Tameng Cahaya sedangkan Jowy mendapatkan Simbol Pedang Hitam, kemudian mereka berdua diantar keluar dari kuil oleh Leknaat.

Setelah bersusah payah memasuki Muse karena penjagaan yang ditingkatkan, rombongan bertemu dengan Viktor dan pasukan lain yang selamat dari serangan. Viktor memperkenalkan mereka berdua dengan Nona Annabelle, wali kota Muse yang memberitahukan tentang kisah dari kakek angkat sang pemain dan Nanami, Genkaku, yang meninggal sebelum permainan ini dimulai. Tanpa sepengetahuan yang lain, sang pemain dan Jowy diminta untuk memata-matai kamp pasukan Highland di utara, dan ketika akan kabur, Jowy tertangkap oleh musuh. Dia berjanji akan menyusul sang pemain dan Nanami, dan kemudian Jowy akhirnya kembali ke Muse.

Mereka kemudian menghadiri Konferensi Hill Top di Muse yang mendatangkan para pempin di Negara Kota: Muse, Tinto, Two River, South Window, Greenhill dan Keksatriaan Matilda. Annabelle mengutarakan informasi tentang serangan Highland yang kemudian memecah belah para pemimpin atas bagaimana solusi yang harus dilakukan. Setelah itu juga Pasukan Highland datang menyerbu Muse. Setelah berhasil menyelamatkan kota, Nanami dan sang Pemain pergi menemui Annabelle untuk menanyakan tentang Genkaku. Ketika mereka tiba mereka menyaksikan Jowy yang telah membunuh Annabelle dan kemudian pergi. Annabelle meminta maaf kepada mereka berdua tentang bagaimana perlakuan Negara terhadap pahlawannya tersebut. Setelah kalimat terakhir Annabelle, asistennya Jess datang dan menduga bahwa sang Pemainlah yang membunuh Annabelle dan meminta bantuan. Jowy membuka gerbang Muse dan Highland berhasil menginvasi kota, rombongan berhasil lari ke selatan menuju South Window.

Wali kota South Window meminta bantuan kepada rombongan dan Viktor untuk menginvestigasi apa yang sedang terjadi di sana. Setelah mengetahui bahwa ada sang vampir Neclord masih hidup dan menyebar ketakutan di daerah itu, rombongan mendapatkan kembali Pedang Zodiak dan berhasil mengusir Neclord dari kota itu. Ketika akan kembali dari North Window, para pengungsi dari Muse datang dan memberitahu bahwa South Window juga jatuh ke tangan Highland.

Rombongan kemudian menetapkan North Window sebagai markas baru dan membangun pasukan. Viktor menceritakan apa yang sebenarnya Annabelle ingin bicarakan tentang Genkaku. Genkaku adalah seorang jenderal pahlawan dari Negara kota, yang juga pernah memegang Simbol Tameng Cahaya, yang kemudian dikhianati oleh wali kota Muse saat itu, ayah Annabelle. Dia melakukan duel dengan sahabat dan sesama Jenderal, Han untuk menentukan nasib kotanya, Kyaro. Ayah Annabelle diam-diam memberi racun ke pedang Genkaku untuk menimpalkan kesalahan padanya telah membunuh Jenderal dari Highland. Genkaku yang mengetahuinya sebelum duel akhirnya tidak bisa menyerang sahabatnya dan kemudian dikalahkan. Kyaro menjadi daerah teritorial Highland dan nama Genkaku menjadi tercoreng bertahun-tahun. Karena inilah, hubungannya dengan Genkaku dan pendiriannya telah membawa sang pemain untuk memimpin Pasukan Aliansi Baru melawan Highland dalam perang yang akan disebut sebagai Perang Penyatuan Dunan.

Sang pemain dan rombongannya yang menjadi Bintang Takdir mulai berkembang untuk membantunya dalam memperebutkan kembali kota-kota dalam Negara Kota untuk melawan Highland. Di lain pihak, Luca Blight telah mengorbankan seluruh populasi Muse kepada Simbol Binatang, Simbol turun temurun kerajaan Highland yang merupakan satu dari 27 Simbol Sejati, setelah mengejar para pengungsi yang mencoba lari dari kota. Jowy yang telah naik jabatan dalam pasukan Luca Blight setelah menguasai Greenhill tanpa pertempuran kemudian menikahi Jillia Blight, adik dari Luca dan membunuh Raja Highland dengan racun. Luca menjadi raja Highland dan kemudian memberikan penyerangan ke pasukan Aliansi Baru namun gagal. Jowy ternyata juga membelot dari Luca dan menyebarkan informasi tentang serangan kedua pasukan Luca. Pasukan Aliansi Baru kemudian memasang serangan kejutan terhadap Luca Blight sampai akhirnya dia kalah dan tewas dalam pertempuran. Jowy berhasil menjadi raja baru Highland karena status pernikahanannya, kemudian dia menceritakan bahwa rencananya semenjak pengkhianatannya dari Negara Kota ketika membunuh Anabelle adalah untuk tujuan membawa perdamaian, tetapi dia tidak menyangka bahwa sahabatnya sendiri adalah yang melawan pasukannya.

Setelah akhirnya membebaskan kota-kota yang diduduki Highland dan berhasil mempersatukan di bawah bendera Aliansi, sang pemain berhasil mengalahkan Highland. Namun kakaknya, Nanami kemudian tertembak dan tewas oleh pasukan dari Keksatriaan Matilda, yang punya rencana sendiri untuk membunuh sang pemain dan Jowy. Ibu kota kerajaan Highland dan Simbol Binatang akhirnya dapat dikalahkan di akhir dan Pasukan Aliansi Baru berhasil mempersatukan seluruh tanah Dunan. Sang pemain kembali ke tempat tebing dimana pertama mereka terpisah dalam pembantaian Barisan Pemuda dan bertemu dengan Jowy. Jowy bercerita tentang takdir mereka yang memang sudah ditulis semenjak mereka mendapatkan kekuatan Simbol Sejati. Duel terakhir mereka, takdir Jowy dan takdir Nanami akan berubah tergantung pilihan pemain dan berapa dari 108 Bintang Takdir yang terkumpul selama permainan.