Jabarkan Repentance dari Systematic Chaos

Portnoy menulis "Repentance" sebagai bagian keempat Twelve-step Suitenya, koleksi lagu dari berbagai album Dream Theater yang berkisar tahapan melalui Alcoholics Anonymous. Lagu membahas langkah delapan dan sembilan dari proses, yang berhubungan dengan membuat daftar orang-orang yang telah dirugikan, dan jika mungkin, langsung menebus kesalahan dengan mereka.

Pada tahap ini Portnoy telah berhenti minum selama tujuh tahun. Portnoy menyatakan bahwa lagu itu sengaja dibuat "sedikit bisa bernafas", daripada lagu sebelumnya di seri yang "sangat agresif dan bombastis". Dia mengatakan dari semua lagu pada Systematic Chaos, ia sangat bangga pada "Repentance" karena lagu itu "moody, lagu gelap, hipnotis, psychedelic ... sesuatu yang belum pernah dilakukan sebelumnya". Dia menggambarkan "Restitution" memiliki "rasa Pink Floyd". James LaBrie menganggap sebagai tantangan "untuk bisa benar-benar menyampaikan pesan itu, tetapi dengan karakter yang tepat". Repentance" menjadi bagian yang tersulit dari penampilannya di Systematic Chaos. "Aku ingin terdengar sangat muram, sangat serius, sangat ... tidak dingin, tetapi pendekatan yang murung, kau tahu," katanya.

Portnoy menjelaskan bagian kesembilan Suite, "Restitution", sebagai "bagian tentang memperbaiki kesalahan kepada orang-orang yang telah anda rugikan". Saat menulis, ia tidak ingin menulis tentang kehidupan pribadinya sendiri karena akan membuat lagu "terlalu spesifik" untuk dirinya sendiri, ia ingin membuat lirik yang lebih umum.

Dia malah meminta teman-teman band untuk berkontribusi dalam kata-kata permintaan maaf yang diucapkan. Steve Hogarth, Steven Wilson, Jon Anderson, Steve Vai, Joe Satriani, Mikael Åkerfeldt, Corey Taylor, Daniel Gildenlöw, Neal Morse, David Ellefson dan Chris Jericho semua berkontribusi pada permintaan maaf yang ditampilkan dalam bagian terakhir lagu. Portnoy kecewa bahwa Dave Mustaine, Geoff Tate, Bruce Dickinson dan James Hetfield menolak ajakannya, tetapi ia senang dengan daftar akhir kontributor.