Jabarkan Menggunakan KRD (2021-sekarang) dari Kereta api Commuter Line Prambanan Ekspres

Per 10 Februari 2021, setelah dilakukan elektrifikasi di jalur kereta api lintas Surakarta–Yogyakarta, pengoperasian kereta api Prambanan Ekspres di lintas Surakarta–Yogyakarta digantikan dengan Lin Yogyakarta. Dengan demikian, rute kereta api Prambanan Ekspres mengalami pemangkasan sehingga hanya melayani rute Yogyakarta–Kutoarjo.