Jabarkan Zaman modern dari Prefektur Wakayama

Setelah adanya kebijakan penghapusan sistem domain, Prefektur Wakayama secara resmi dibentuk pada 29 Agustus 1871.

Kapal barang bertenaga uap Normanton milik Inggris sedang dalam pelayaran rutin dari Yokohama ke Kobe ketika menabrak karang dan tenggelam di lepas pantai Wakayama pada 24 Oktober 1886. Musibah ini dikenal sebagai Peristiwa Normanton. Semua orang Eropa dalam kapal—termasuk nakhoda dan awak kapal—berhasil menyelamatkan diri dengan sekoci, namun 25 penumpang Jepang di atas kapal tewas tenggelam.

Pada 16 September 1890, kapal fregat Turki Ertuğrul karam akibat dilanda taifun di lepas pantai Prefektur Wakayama. Kapal sedang dalam pelayaran pulang ke Turki setelah melakukan kunjungan persahabatan di Jepang, 533 pelaut tewas. Pada tahun 1974 dibuka Museum Persahabatan Turki di Kushimoto untuk memperingati musibah fregat Ertuğrul.

Banjir besar yang terjadi di Wakayama pada 18 Juli 1953 mengakibatkan 615 orang tewas dan 431 orang hilang. Bandar udara di selatan Prefektur Wakayama, Bandar Udara Nanki-Shirahama dibuka pada April 1968.

Dari 8 Januari 1995 hingga 10 Desember 1995, NHK menayangkan taiga drama Hachidai Shōgun Yoshimune. Serial drama ini mengisahkan Shogun Tokugawa Yoshimune yang berasal Wakayama.

Situs Suci dan Rute Ziarah di Pegunungan Kii dan Gunung Kōya ditetapkan sebagai Situs Warisan Dunia UNESCO pada 7 Juli 2004.