Jabarkan Kontroversi dari Prabowo Subianto

Dengan menggunakan koneksi dengan Presiden Soeharto, Prabowo dan saudaranya mencoba membungkam kritik jurnalistik dan politik pada tahun 1990-an. Hasyim gagal menekan Goenawan Mohamad agar menjual koran Tempo kepadanya. Ketika menjabat sebagai letnan kolonel, Prabowo mengudang Abdurrahman Wahid ke markas batalionnya pada tahun 1992 dan memperingatinya agar hanya berkecimpung dalam bidang agama dan tidak menyentuh politik, atau ia harus menghadapi akibatnya bila melanjutkan oposisi terhadap Soeharto. Ia juga memperingatkan Nurcholish Madjid (Cak Nur) agar mengundurkan diri dari Komite Independen Pemantau Pemilu, yaitu badan pengawas pemilu yang didirikan oleh Goenawan Mohamad.

Konflik dengan L. B. Moerdani

Pada tahun 1983, Prabowo, menurut Sintong Panjaitan, terlibat perselisihan dengan beberapa jenderal yang dianggap akan mengkudeta Suharto. Sampai pada akhirnya pada bulan Maret 1983, di Detasemen 81, Prabowo diceritakan mencoba melakukan upaya penculikan sejumlah petinggi militer, termasuk Jenderal L. B. Moerdani yang diduga hendak melakukan kudeta terhadap Presiden Soeharto, namun upaya ini digagalkan oleh Mayor Luhut Panjaitan, Komandan Den 81/Antiteror. Prabowo sendiri adalah wakil Luhut saat itu.

Mayor Luhut memerintahkan pembatalan aksi tersebut dan agar senjata dan alat komunikasi diamankan. Ancaman kudeta tersebut akhirnya tidak terbukti, dan Prabowo dianggap dalam keadaan stress dan diberikan cuti.

Namun Prabowo membantah cerita versi Sintong Panjaitan ini dengan tertawa . Menurutnya, tidak masuk akal seorang kapten bisa memimpin pasukannya untuk melawan dan menculik jenderal. Ia dengan tenang mengatakan bahwa tiap kali ada buku baru, pasti ada tuduhan kudeta baru yang dialamatkan kepada dirinya, dan membiarkan tiap orang dengan versi ceritanya masing-masing.

Pada tahun 1988, Prabowo kembali berhadapan dengan LB Moerdani. Menurut cerita versi Kivlan Zen, menjelang Sidang Umum MPR/RI pada tahun 1988, beredar kabar bahwa LB Moerdani akan memanfaatkan posisinya sebagai Panglima ABRI untuk mendapat dukungan dari Fraksi ABRI agar bisa maju menjadi Wakil Presiden. Prabowo Subianto segera melaporkan dugaan ini kepada Suharto. Suharto menerima masukan ini dan mengganti Panglima ABRI dengan Jenderal Try Soetrisno, sehingga akhirnya jabatan Wakil Presiden jatuh ke tangan Soedharmono.

Penggantian LB Moerdhani memunculkan kekhawatiran kudeta. Maka menurut Kivlan Zen, Prabowo menyiapkan 1 Batalyon Kopassus, Batalyon Infanteri Linud 328, Batalyon Infanteri 303, Batalyon Infanteri 321, Batalyon Infanteri 315. Satu batalyon umumnya berkekuatan 700 personel. Meskipun akhirnya kekhawatiran tersebut tidak terbukti, namun memperlihatkan besarnya pengaruh Prabowo di ABRI dan terhadap keputusan seorang Presiden Indonesia pada masa tersebut.

Dugaan pelanggaran HAM di Timor Timur

Pada tahun 1990-an, Prabowo terkait dengan sejumlah kasus pelanggaran HAM di Timor Timur. Pada tahun 1995, ia dituduh menggerakkan pasukan ilegal yang melancarkan aksi teror ke warga sipil di Timor Timur. Peristiwa ini membuat Prabowo nyaris baku hantam dengan Komandan Korem Timor Timur saat itu, Kolonel Inf Kiki Syahnakri, di kantor Pangdam IX Udayana, Mayjen TNI Adang Ruchiatna.

Sejumlah lembaga internasional menuntut agar kasus ini dituntaskan dan agar Prabowo dibawa ke Pengadilan Kriminal Internasional di Den Haag. Menurut pakar Adnan Buyung Nasution, kasus ini belum selesai secara hukum karena belum pernah diadakan pemeriksaan menurut hukum pidana.

Prabowo juga diduga terlibat dalam peristiwa pembantaian Kraras yang terjadi pada tahun 1983 di Timor Timur. Prabowo sendiri membantah dan menyebutnya sebagai tuduhan tak berdasar. Sementara itu, seperti yang tertulis dalam sebuah dokumen yang dibawa dari Dili ke Lisbon pada Juni 1989 oleh seorang pengungsi, dua puluh orang ditembak mati oleh tentara-tentara yang berada di bawah komando Prabowo di wilayah Bere-Coli, Baucau, antara 12 hingga 15 April 1989.