Jabarkan Pemberontakan Heiji dari Minamoto no Yoritomo

Pada tahun 1159, Yoshitomo diajak Fujiwara no Nobuyori (pengikut mantan Kaisar Go-Shirakawa) untuk memimpin Pemberontakan Heiji. Kaisar Nijō dan mantan Kaisar Go-Shirakawa dikenakan tahanan rumah, sedangkan Yoshitomo mengangkat diri dan pengikutnya dengan berbagai jabatan, termasuk jabatan bagi Yoritomo yang berusia 13 tahun.

Pemberontakan tidak direncanakan dengan matang, Kaisar Nijō melarikan diri ke kediaman Taira no Kiyomori di Rokuhara. Ketika pasukan klan Taira datang menyerang, Yoritomo bertempur membantu Minamoto no Yoshihira (kakak tertua). Pemberontakan berakhir dengan kekalahan klan Minamoto. Kekuasaan berada di tangan klan Taira, sedangkan klan Minamoto hancur dan dibebaskan dari semua jabatan pemerintahan.

Rombongan berkuda Yoritomo diperintahkan kembali ke daerah Kanto. Salju tebal membuat Yoritomo terpisah dari rombongan, dan terpaksa bersembunyi di Azai. Sementara itu, rombongan klan Minamoto sudah tiba di Aohaka Provinsi Mino yang menjadi tempat tinggal istri dan keluarga Yoshitomo. Di Aohaka, kakak nomor dua, Minamoto no Tomonaga tewas akibat luka-luka yang dideritanya. Akibat pengkhianatan Ōsada Tadamune, ayah Yoritomo tewas dibunuh di Noma, Provinsi Owari. Yoshihira yang ingin membalas dendam, kembali ke Kyoto dengan menyamar bersama pengikutnya. Usaha pembunuhan Taira no Kiyomori gagal, Yoshihira ditangkap dan dihukum mati di Rokujōgawara.

Setelah bersembunyi sebulan penuh, Yoritomo meninggalkan Azai, tetapi tertangkap di Provinsi Owari dan dikirim ke Kyoto sebagai tawanan. Ketika menunggu hukuman mati, Yoritomo menyatakan niatnya untuk menjadi biksu. Namun nyawa Yoritomo akhirnya diampuni atas permintaan Ike no Zenni (ibu tiri Taira no Kiyomori) yang teringat kepada putranya, Taira no Iemori yang mati muda. Pada bulan berikutnya, Yoritomo diasingkan ke Hirugakojima, Provinsi Izu.