Jabarkan Referendum 1999 dari Pendudukan Indonesia di Provinsi Timor Timur

Ketika kelompok-kelompok pendukung otonomi dan kemerdekaan mulai berkampanye, serangkaian kelompok paramiliter pro-integrasi dari Timor Timur mulai mengancam kekerasan—dan memang melakukan kekerasan—di seluruh negeri. Dengan tuduhan bias pro-kemerdekaan di pihak UNAMET, kelompok-kelompok tersebut terlihat bekerja sama dan menerima pelatihan dari tentara Indonesia. Sebelum kesepakatan Mei diumumkan, serangan paramiliter bulan April di Liquiçá menyebabkan puluhan orang Timor Timur tewas. Pada tanggal 16 Mei 1999, komplotan yang didampingi oleh tentara Indonesia menyerang tersangka aktivis kemerdekaan di desa Atara; pada bulan Juni kelompok lain menyerang kantor UNAMET di Maliana. Pihak berwenang Indonesia mengaku tidak berdaya untuk menghentikan apa yang diklaimnya sebagai kekerasan antara faksi-faksi Timor Timur yang saling bersaing, tetapi Ramos-Horta orang lain mencemooh gagasan semacam itu. Pada Februari 1999 ia berkata: "Sebelum [Indonesia] mundur, mereka ingin membuat kekacauan besar dan destabilisasi, seperti yang selalu mereka janjikan. Kami telah secara konsisten mendengar bahwa selama bertahun-tahun dari militer Indonesia di Timor."

Ketika para pemimpin milisi memperingatkan akan "pertumpahan darah", "duta besar keliling" Indonesia Francisco Lopes da Cruz menyatakan: "Jika orang menolak otonomi, ada kemungkinan darah akan mengalir di Timor Timur." Seorang pemimpin paramiliter mengumumkan bahwa "lautan api" akan terjadi saat pemungutan suara untuk kemerdekaan. Saat tanggal pemungutan suara semakin dekat, laporan tentang kekerasan anti-kemerdekaan terus menumpuk.

Hari pemungutan suara, 30 Agustus 1999, berlangsung dengan tenang dan tertib. 98,6% pemilih terdaftar memberikan suara, dan pada 4 September Sekjen PBB Kofi Annan mengumumkan bahwa 78,5 persen suara telah diberikan untuk kemerdekaan.

Didorong oleh desakan "Orde Baru" bahwa orang Timor Timur mendukung integrasi, orang Indonesia terkejut atau tidak percaya bahwa orang Timor Timur telah memilih untuk tidak menjadi bagian dari Indonesia. Banyak yang menerima jika berita media menyalahkan PBB dan Australia karena telah menekan Habibie untuk sebuah resolusi.

Ketika staf UNAMET kembali ke Dili setelah pemungutan suara, beberapa kota mulai dihancurkan secara sistematis. Dalam beberapa jam setelah pengumuman hasil, kelompok paramiliter mulai menyerang orang-orang dan membakar di sekitar ibu kota Dili. Wartawan asing dan pemantau pemilu melarikan diri, dan puluhan ribu orang Timor Leste melarikan ke gunung. Geng Muslim Indonesia menyerang gedung Keuskupan Katolik Dili, menewaskan dua lusin orang; keesokan harinya, markas besar ICRC diserang dan dibakar habis. Hampir seratus orang terbunuh di Suai, dan laporan tentang pembantaian serupa membludak di Timor Timur. Sebagian besar staf PBB yang dikurung di kompleks mereka di Dili, yang telah dibanjiri pengungsi, menolak untuk mengungsi kecuali para pengungsi itu ditarik juga, bersikeras bahwa mereka lebih baik mati di tangan kelompok paramiliter. Pada saat yang sama, pasukan Indonesia dan geng paramiliter memaksa lebih dari 200.000 orang ke Timor Barat, ke kamp-kamp yang digambarkan oleh Human Rights Watch sebagai "kondisi yang menyedihkan". Setelah beberapa minggu, Pemerintah Australia menawarkan untuk mengizinkan para pengungsi di kompleks PBB bersama dengan staf PBB untuk dievakuasi ke Darwin, dan semua pengungsi kecuali empat staf PBB dievakuasi.

Ketika delegasi PBB tiba di Jakarta pada tanggal 8 September, mereka diberitahu oleh Presiden B.J. Habibie bahwa laporan pertumpahan darah di Timor Timur adalah "fantasi" dan "kebohongan". Jenderal Wiranto dari militer Indonesia bersikeras bahwa tentaranya memiliki situasi di bawah kendali, dan kemudian mengungkapkan perasaannya untuk Timor Timur dengan menyanyikan lagu hit 1975 "Feelings" di sebuah acara untuk para istri perwira militer.

Penarikan pasukan Indonesia dan pasukan penjaga perdamaian

Kekerasan tersebut disambut dengan kemarahan publik yang meluas di Australia, Portugal dan di tempat lain dan para aktivis di Portugal, Australia, Amerika Serikat dan negara-negara lain menekan pemerintah mereka untuk mengambil tindakan. Perdana Menteri Australia John Howard berkonsultasi dengan Sekjen PBB Kofi Annan dan melobi Presiden AS Bill Clinton untuk mendukung pasukan penjaga perdamaian internasional yang dipimpin Australia untuk memasuki Timor Timur guna mengakhiri kekerasan. Amerika Serikat menawarkan sumber daya logistik dan intelijen yang penting dan kehadiran pencegah "di luar cakrawala", tetapi tidak mengerahkan pasukan untuk operasi tersebut. Akhirnya, pada 11 September, Bill Clinton mengumumkan:

Saya telah menjelaskan bahwa kesediaan saya untuk mendukung bantuan ekonomi masa depan dari masyarakat internasional akan tergantung pada bagaimana Indonesia menangani situasi mulai hari ini.

Indonesia, dalam kesulitan ekonomi yang parah, mengalah. Presiden B.J. Habibie mengumumkan pada 12 September bahwa Indonesia akan menarik tentaranya dan mengizinkan pasukan penjaga perdamaian internasional yang dipimpin Australia untuk memasuki Timor Timur. Garnisun Indonesia di timur pulau itu adalah Batalyon 745, yang sebagian besar ditarik melalui laut, tetapi satu kompi, mengambil kendaraan batalyon dan alat berat, mundur ke barat sepanjang jalan pantai utara, menuju Dili dan perbatasan Indonesia, meninggalkan kematian dan kehancuran saat mereka pergi. Mereka membunuh lusinan penduduk desa yang tidak bersalah dan tidak bersenjata di sepanjang jalan dan, di dekat Dili, membunuh seorang jurnalis dan berusaha membunuh dua lagi.

Pada tanggal 15 September 1999, DK PBB menyatakan keprihatinannya atas situasi yang memburuk di Timor Timur, dan mengeluarkan Resolusi DK PBB 1264 yang menyerukan kekuatan multinasional untuk memulihkan perdamaian dan keamanan di Timor Timur, untuk melindungi dan mendukung misi Perserikatan Bangsa-Bangsa di sana, dan untuk memfasilitasi operasi bantuan kemanusiaan sampai pasukan penjaga perdamaian Perserikatan Bangsa-Bangsa dapat disetujui dan dikerahkan di daerah tersebut.

Pasukan Internasional untuk Timor Timur, atau INTERFET, di bawah komando Mayjen Peter Cosgrove, memasuki Dili pada tanggal 20 September dan pada tanggal 31 Oktober pasukan Indonesia terakhir telah meninggalkan Timor Timur. Kedatangan ribuan tentara internasional di Timor Timur menyebabkan milisi melarikan diri melintasi perbatasan ke Indonesia, dimana serangan lintas batas sporadis oleh milisi terhadap pasukan INTERFET dilakukan

Administrasi Sementara PBB di Timor Timur (UNTAET) didirikan pada akhir Oktober dan mengatur wilayah itu selama dua tahun. Kontrol negara diserahkan kepada Pemerintah Timor Leste dan kemerdekaan dideklarasikan pada 20 Mei 2002. Pada tanggal 27 September di tahun yang sama, Timor Leste bergabung dengan Perserikatan Bangsa-Bangsa sebagai anggota ke-191.

Sebagian besar pasukan militer INTERFET berasal dari Australia—lebih dari 5.500 tentara pada puncaknya, termasuk infanteri brigade, dengan dukungan lapis baja dan penerbangan—sementara 22 negara lain akhirnya berkontribusi membentuk kekuatan yang pada puncaknya berjumlah lebih dari 11.000 tentara. Amerika Serikat memberikan dukungan logistik dan diplomatik yang penting selama krisis, kapal penjelajah USS Mobile Bay beroperasi di laut lepas, sementara kapal Australia, Kanada, dan Inggris memasuki Dili. Sebuah batalyon infanteri Marinir AS yang terdiri dari 1.000 orang—ditambah baju besi dan artileri organik—juga ditempatkan di lepas pantai di atas USS Belleau Wood untuk menyediakan cadangan strategis jika terjadi oposisi bersenjata yang signifikan.