Jabarkan Salahuddin Al Ayyubi dari Universitas Al-Azhar

pada abad ke-12, setelah penggulingan dinasti Fatimiyah Isma'ili, Saladin (pendiri Dinasti Ayyubiyah Sunni) mengubah Al-Azhar menjadi pusat pembelajaran Sunni Syafi'i. Oleh karena itu, "ia memiliki semua harta istana, termasuk buku-buku, terjual selama sepuluh tahun. Banyak yang dibakar, dibuang ke Sungai Nil, atau dibuang ke tumpukan besar, yang ditutupi dengan pasir, sehingga "bukit buku" biasa terbentuk dan para prajurit biasa menyelipkan sepatu mereka dengan ikatan halus. Jumlah buku yang dikatakan telah dibuang bervariasi dari 120.000 hingga 2.000.000."  Abd-el-latif menyampaikan ceramah tentang pengobatan Islam di Al-Azhar, sementara menurut legenda filsuf Yahudi Maimonides menyampaikan kuliah tentang kedokteran dan astronomi di sana selama masa Saladin meskipun tidak ada bukti sejarah yang menguatkan hal ini.

Saladin memperkenalkan sistem perguruan tinggi di Mesir, yang juga diadopsi di Al-Azhar. Di bawah sistem ini, perguruan tinggi adalah lembaga terpisah di dalam kompleks masjid, dengan ruang kelas, asrama, dan perpustakaan sendiri.