Jabarkan Pasukan Pertahanan Timor Leste dari Taur Matan Ruak

Sudah pada tanggal 20 Agustus 2000, FALINTIL diubah menjadi Tentara Nasional Timor Leste yang baru. Taur Matan Ruak diangkat sebagai Panglima Tertinggi dan Brigadir Jenderal. Pada 2009, Taur Matan Ruak adalah seorang Mayor Jenderal. Pada awal tahun 2006, hampir separuh angkatan bersenjata membelot setelah keluhan tentang perlakuan tidak adil di ketentaraan tidak berhasil. Taur Matan Ruak kemudian membubarkan 591 tentara tersebut, yang memicu protes yang kemudian berubah menjadi kekerasan. Hal ini dianggap telah memicu kerusuhan paling serius di Timor Leste sejak kemerdekaan, akibatnya 150.000 orang Timor Timur harus mengungsi, lebih dari 37 orang meninggal dan Perdana Menteri Marí Alkatiri harus mengundurkan diri. Konflik etnis antara Timor Timur dan Barat mengemuka. Perserikatan Bangsa-Bangsa merekomendasikan penyelidikan kriminal terhadap Taur Matan Ruak dalam sebuah laporan tentang kerusuhan tahun 2006. Dia dan dua menteri dikatakan bertanggung jawab untuk mendistribusikan senjata kepada warga sipil yang digunakan untuk melawan pemberontak. Laporan tersebut menyimpulkan bahwa Taur Matan Ruak gagal mencegah kerusuhan. Namun, dia tidak dapat dimintai pertanggungjawaban atas penembakan petugas polisi tak bersenjata oleh tentara pada 24 April. Para menteri mengundurkan diri sebelum Alkatiri dan dijatuhi hukuman penjara pada tahun 2007. Taur Matan Ruak tidak diselidiki.

Pada tanggal 2 September 2011, Taur Matan Ruak mengajukan pengunduran dirinya dari angkatan bersenjata. Setelah lebih dari 30 tahun menjadi tentara, akhirnya ia ingin menjadi warga sipil. Peralihan jabatan menjadi Mayor Jenderal Lere Anan Timur berlangsung pada 6 Oktober.