Jabarkan Bertugas di Kokura dari Mori Ōgai

Pada bulan Juni 1898, Mori diangkat sebagai komandan dokter militer pengawal kekaisaran, sekaligus merangkap sebagai kepala sekolah dokter militer di Tokyo. Penugasan tersebut tidak berlangsung lama, karena Mori diperintahkan bertugas ke kota Kokura, Kyushu sebagai Kepala Korps Dokter Militer Divisi XII. Di sana, Mori menikah kembali dengan Shige, putri hakim Hiroomi Araki pada bulan Januari 1902. Sebelum kembali ke Tokyo pada bulan Maret 1902, Mori menulis Kokura Nikki (Buku Harian Kokura).

Selama Perang Rusia-Jepang (1904-1906), Mori terjun dalam peperangan sebagai komandan dokter militer Divisi II di Manchuria hingga bulan Januari 1906. Sekembalinya di Jepang pada bulan Januari 1906, Mori kembali ke pos yang ditinggalkannya saat pecah perang. Selama Perang Tiongkok-Jepang Pertama dan Perang Rusia-Jepang, kegiatan tulis menulis sama sekali dilupakannya.

Pada bulan Oktober 1907, Mori diangkat sebagai Inspektur Jenderal Korps Dokter Militer AD (Rikugun gun-i sōkan) yang merupakan jabatan tertinggi bagi dokter militer. Jabatan Direktur Biro Urusan Kedokteran di Departemen Angkatan Darat (Rikugun-shō imukyoku-chō) juga ikut dirangkapnya. Sekitar dua tahun berikutnya, Mori kembali aktif menulis setelah terbitnya majalah Subaru, dan selalu menyumbangkan tulisan di setiap edisi. Novelnya yang dimuat di majalah Subaru, misalnya: Hannichi, Wita Sekusuarisu, Niwatori, dan Seinen. Selain itu, Mori juga menyelesaikan drama berjudul Kamen dan Shizuka.

Pada tahun 1911, Mori menerbitkan dua novel sekaligus, Gan dan Kaijin. Lima hari setelah peristiwa junshi yang dilakukan Nogi Maresuke, Mori menyelesaikan penulisan Okitsu Yagoemon no Isho. Selanjutnya Mori banyak menulis novel bertemakan sejarah, seperti Abe Ichizoku, Sanshōdayū, Takasebune, dan Shibue Chūsai.

Mori mengundurkan diri dari dinas militer pada bulan April 1916. Setelah itu, pada bulan Desember 1917, Mori diangkat sebagai kurator Museum Kekaisaran (sekarang Museum Nasional Tokyo), sekaligus merangkap Zusho no Kami (kepala perpustakaan) di Bagian Arsip dan Makam, Departemen Rumah Tangga Kekaisaran. Selanjutnya, Mori diangkat direktur pertama Akademi Seni Kekaisaran (sekarang Japan Art Academy) pada bulan September 1919. Salah satu tugasnya sebagai Zusho no Kami adalah menentukan nama almarhum bagi kaisar yang mangkat. Mori tidak begitu menyukai penamaan zaman Meiji dan zaman Taisho, dan diundang sebagai Zusho no Kami untuk menentukan nama zaman yang berikutnya. Kondisi kesehatannya yang terus menurun membuat Mori menunjuk Masuzō Yoshida untuk menggantikannya. Yoshida nantinya dikenal sebagai pengusul nama zaman yang baru sebagai zaman Showa.

Pada tanggal 9 Juli 1922, Mori Ōgai, 60 tahun, meninggal dunia akibat penyakit ginjal dan tuberkulosa. Pesan terakhir yang ditulisnya tanggal 7 Juli 1922 berbunyi, . Sesuai pesan terakhirnya, gelar dan segala macam atribut kehormatan ditanggalkan. Di batu nisannya hanya tertulis "Mori Rintarō". Makamnya berada di kuil bernama Kōfuku-ji (sekarang bernama Zenrin-ji, di kota Mitaka, Tokyo). Tulangnya dimakamkan kembali di kuil bernama Yōmeiji, kota Tsuwano, Prefektur Shimane.