Jabarkan The Headmasters dari Ultra Magnus

Ketika serial versi AS berakhir dengan tiga episode The Rebirth, di Jepang dibuat versi baru dengan nama Transformers: The Headmasters, yang juga tidak memasukan The Rebirth dalam skenario.

Dalam The Headmasters, Magnus adalah salah satu karakter pendukung dalam bagian serial ini. Ia menjadi komandan pertahanan Bumi ketika Decepticons kembali datang di 2011. Ia kemudian memiliki rival bernama Sixshot, dan kemudian mereka bertarung hebat. Magnus tidak mengetahui bahwa Sixshot memiliki beragam mode perubahan dan kekuatan. Akhirnya Magnus kalah dan terbunuh. Atas permintaan Metroplex, Autobots kemudian memakamkan Ultra Magnus di Bumi.