Jabarkan Hokage Keempat dari Minato Namikaze

Pada suatu waktu selama pemerintahannya sebagai Hokage, ia membaca novel pertama Jiraiya. Dia menyukai tekad tokoh utama yang ia percaya seperti Jiraiya. Sejak Kushina mengandung putra mereka, Minato memberitahu Jiraiya bahwa mereka berencana untuk menamai anak mereka "Naruto" dengan harapan bahwa ia akan menjadi seperti karakter utama di dalam novel tersebut. Jiraiya mengingatkan mereka bahwa hal itu akan membuatnya seperti Kakek Naruto, tetapi mereka bersikeras bahwa ini adalah sesuatu yang baik.

Karena Kushina adalah Jinchuuriki dari Kyuubi no Youko, kesepakatan khusus harus dibuat untuk kelahiran Naruto. Segel Kyuubi terjaga di dalam tubuh Kushina, tetapi segel tersebut lemah selama proses persalinan. Kushina akan diam-diam dikirim ke daerah terpencil di luar Konoha. Anbu akan menjaga daerah tersebut dan Minato akan menjaga segel sementara Kushina memasuki persalinan. Belum sempat menguatkan kembali segel yang telah lemah setelah Naruto lahir, mereka ditemukan oleh Tobi yang telah membunuh Anbu yang ditempatkan di luar ruangan. Tobi membunuh Biwako Sarutobi dan Taji kemudian menyandera Naruto dan mengancam untuk melakukan hal yang sama padanya. Minato mampu mengambil Naruto kembali, tetapi ini memberikan kesempatan Tobi untuk melarikan diri dengan Kushina. Minato teleport ke tempat aman untuk meletakkan Naruto dan kemudian teleport kembali ke Kushina. Ia tiba pada waktunya untuk melihat Kyuubi yang telah dilepas dari tubuh Kushina, lalu Tobi mencoba membunuh Kushina melalui Kyuubi yang telah dikendalikan dengan Sharingan. Untungnya, Minato berhasil menyelamatkannya dengan jurus Hiraishin, dan teleport kembali ke tempat Naruto. Minato mempertemukan kembali ibu dan putranya dan kemudian pergi untuk membantu mempertahankan Konoha dari Kyuubi.

Minato sampai pada awal serangan Kyuubi. Setelah melindungi desa dari Bijuudama, Minato mencoba untuk menemui Hokage Ketiga untuk memberitahukan kepadanya tentang apa yang telah terjadi, tetapi dihentikan oleh Tobi. Minato berhasil melarikan diri dari jurus Jikukan Ido Tobi, tetapi diikuti oleh Tobi. Ketika keduanya mulai bertarung, Minato kesulitan untuk menyerang Tobi. Tubuh Tobi yang tembus sentuhan setiap kali ia sedang diserang. Saat mereka tanding kecepatan, Minato melempar kunai ke kepala Tobi yang kemudian tembus kembali, lalu Minato mengeluarkan Rasengan disertai teleport menggunakan jurus Hiraishin tingkat 2 ke kunai yang sedang melayang di atas tubuh Tobi sehingga tidak sempat diserang Tobi, berhasil menyerang dengan jurus Rasengan dan menandai tubuh Tobi dengan segel. Dengan segel tersebut, kemudian Minato teleport ke tubuh Tobi lalu menempatkan jurus segel kontrak pada tubuh Tobi untuk menghilangkan kendali Kyuubi, memaksa Tobi untuk mundur.

Ketika Minato kembali ke desa ia menemukan banyak reruntuhan. Dia memanggil Gamabunta untuk menimpa dan menekan tubuh Kyuubi cukup lama untuk teleport menjauh dari desa. Lalu secara serentak Naruto dan Kushina diteleport bersama Minato dan Kyuubi. Kushina yang menahan sakit dan sedang sekarat setelah melahirkan dan juga Kyuubi dilepas, dengan sukarela menyegel kembali Kyuubi ke tubuhnya sehingga akan mati bersamanya, tetapi Minato tidak setuju dan malah memutuskan ia akan menggunakan Shiki Fuujin untuk menyegel setengah chakra Kyuubi ke tubuhnya dan kemudian menyegel sisanya ke tubuh Naruto. Kushina keberatan karena Minato akan mati dan meninggalkan Naruto sebagai yatim piatu. Minato bersikeras itu yang terbaik karena jika mematikan Kyuubi, maka menimbulkan ketidakseimbangan Bijuu. Lagipula, Minato ingin agar peran seorang ibu juga ada di dalam hidup Naruto, dengan menanamkan sedikit chakra Kushina ke segel Kyuubi, Kushina dapat bertemu saat Naruto mencoba mengendalikan chakra Kyuubi. Selain itu, Minato yakin bahwa Naruto adalah "Anak dalam Ramalan" yang Jiraiya dulu pernah ceritakan dan akan membutuhkan kekuatan Kyuubi untuk suatu hari nanti mengalahkan Tobi. Setelah menggunakan Shiki Fuujin untuk menyegel chakra Yin Kyuubi, Kyuubi menyadari niat mereka dan mencoba untuk membunuh Naruto. Kemudian Minato dan Kushina menggunakan tubuh mereka untuk melindunginya.

Minato memanggil Gerotora dan memberinya kunci dari segel Kyuubi yang akan disematkan ke perut Naruto, dan menyuruhnya mengirimkan kepada Jiraiya. Setelah Kushina memberitahu Naruto, betapa mereka mencintainya, dan menyelesaikan semua ucapannya dan kemudian Minato menyegel Kyuubi dan sedikit chakra mereka ke tubuh Naruto, sehingga mereka akan bisa melihatnya lagi ketika Naruto terdesak oleh Kyuubi, walaupun hanya sementara waktu.