Jabarkan Ulang-alik Roma-Alatri dari Kasus Mortara

Momolo sekali lagi berangkat ke Roma pada tanggal 11 Oktober 1858, kali ini disertai Marianna. Momolo berharap kehadiran Marianna akan lebih mengesankan Gereja maupun Edgardo. Demi menghindari akibat-akibat yang mungkin saja timbul dari perjumpaan dramatis ibu-anak, Rektor Wisma Katekumen, Enrico Sarra, mengungsikan Edgardo ke Alatri, kampung halamannya, yang berjarak kira-kira 100 kilometer (62 mil) dari Roma. Suami-istri Mortara menyelisik keberadaan mereka sampai tiba di sebuah gereja di Alatri. Dari gawang pintung Gereja, Momolo menyaksikan seorang imam sedang merayakan Misa didampingi Edgardo selaku misdinar. Momolo menunggu di luar gereja sampai selesai Misa, kemudian membujuk Enrico Sarra untuk mengizinkannya menjumpai Edgardo. Sebelum pertemuan terlaksana, suami-istri Mortara ditahan dan diberangkatkan ke Roma atas perintah Wali Kota Alatri. Wali kota sendiri mengeluarkan perintah ini atas permintaan Uskup Alatri. Kardinal Giacomo Antonelli justru menganggap tindakan tersebut tidak pantas dilakukan, dan jelas-jelas dapat dijadikan sumber amunisi oleh pihak-pihak yang menentang Gereja, sehingga memerintahkan Enrico Sarra untuk memulangkan Edgardo ke Roma agar dapat berjumpa dengan kedua orang tuanya.

Edgardo kembali ke Wisma Katekumen pada tanggal 22 Oktober, dan berulang kali dikunjungi kedua orang tuanya selama bulan November. Sama seperti yang pernah terjadi seusai kunjungan kali pertama Momolo, dua versi berita kembali beredar di tengah masyarakat. Menurut suami-istri Mortara, Edgardo jelas-jelas diintimidasi oleh para rohaniwan di sekelilingnya, dan serta-merta menghamburkan diri ke dalam pelukan ibunya tatkala melihatnya. Kemudian hari Marianna berkata, "berat badannya turun dan wajahnya tampak pucat, sinar matanya mengisyaratkan ketakutan;... Aku beri tahu dia bahwa dia terlahir Yahudi sama seperti kita, dan harus tetap Yahudi sama seperti kita, lalu dia menjawab: 'Si, mia cara mamma, aku tidak akan pernah lupa mengucapkan Syema setiap hari.'" Menurut salah satu warta yang dimuat dalam surat kabar Yahudi, para padri menyampaikan kepada kedua orang tua Edgardo bahwa putra mereka telah dipilih Allah menjadi "rasul Kristen bagi kaum keluarganya, dengan tugas khusus untuk mengubah keyakinan kedua orang tua dan saudara-saudarinya", dan bahwasanya Edgardo hanya dapat berkumpul kembali bersama-sama mereka jika mereka memeluk agama Kristen. Para padri dan biarawati kemudian berlutut dan berdoa agar seisi rumah keluarga Mortara memeluk agama Kristen, sehingga kedua orang tua Edgardo langsung angkat kaki lantaran ngeri.

Di lain pihak, kubu pro Gereja memberitakan bahwa Edgardo sudah bertekad untuk tetap Kristen, dan sangat risau ketika dinasihati ibunya untuk kembali memeluk agama leluhurnya. Dalam narasi kubu pro Gereja, sebab utama dari dukacita yang diderita suami-istri Mortara bukanlah kehilangan anak, melainkan kenyataan bahwa anak mereka sudah bulat hati memeluk agama Kristen. Menurut surat kabar La Civiltà Cattolica, Marianna berang melihat medali bergambar Bunda Maria yang terkalung di leher Edgardo, dan merenggutnya hingga putus. Salah satu artikel di surat kabar ini bahkan memberitakan bahwa Marianna merenggut medali itu sambil berkata, "aku lebih memilih melihat kau mati daripada melihat kau jadi orang Kristen!" Sejumlah pengecam Gereja menuding Gereja telah menyalahi Perintah Allah yang mewajibkan seorang anak untuk berbakti kepada ayah dan ibunya, karena sengaja memisahkan Edgardo dari orang tuanya. La Civiltà Cattolica menampik tudingan ini dengan memberitakan bahwa Edgardo tetap sayang pada keluarganya, kendati sudah berbeda agama, dan sesungguhnya sesudah diajari baca tulis oleh para padri, surat pertama yang ia tulis ditujukan kepada Ibunya dan diakhiri dengan kalimat "dari putra kecilmu yang teramat menyayangimu". Louis Veuillot, editor ultramontanis harian L'Univers sekaligus salah seorang pembela Sri Paus yang paling gigih, melaporkan bahwa ketika berjumpa dengan Edgardo di Roma, anak itu mengungkapkan "betapa ia menyayangi ayah dan ibunya, dan akan tinggal bersama mereka kalau sudah besar... sehingga ia dapat bercerita kepada mereka tentang Santo Petrus, Allah, dan Santa Maria".