Jabarkan 2000–2010 dari Pfizer

Pada dekade ini, Pfizer tumbuh melalui penggabungan, termasuk dengan Warner–Lambert (2000), Pharmacia (2003), dan Wyeth (2009).

Pada tahun 2003, perusahaan ini mengakuisisi Esperion Therapeutics dengan harga $1,3 milyar (kemudian dijual pada tahun 2008), melindungi Lipitor dari ETC-216. Pada tahun 2004, Pfizer mengumumkan bahwa mereka akan mengakuisisi Meridica dengan harga $125 juta. Pada tahun 2005, perusahaan ini mengakuisisi Vicuron Pharmaceuticals dengan harga $1,9 milyar, Idun dengan harga hampir $300 juta, dan Angiosyn dengan harga $527 juta.

Pengembangan torsetrapib, sebuah obat untuk meningkatkan produksi HDL, atau "kolesterol baik", guna mengurangi LDL yang diduga menyebabkan penyakit hati, ditunda pada bulan Desember 2006. Selama uji klinis fase III yang melibatkan 15.000 pasien, lebih banyak kematian terjadi pada kelompok yang mengkonsumsi obat lebih banyak dari yang diharapkan, dan 60% peningkatan kematian pada pasien yang mengkonsumsi kombinasi torsetrapib dan Lipitor, daripada jika mengkonsumsi Lipitor saja. Pfizer merugi hampir $1 milyar dalam pengembangan obat gagal tersebut dan nilai pasar Pfizer pun ikut turun. Pada tahun yang sama, perusahaan ini juga mengumumkan bahwa mereka akan mengakuisisi PowerMed dan Rivax.

Pada bulan September 2009, Pfizer divonis bersalah atas pemasaran obat artritis Bextra secara ilegal, karena belum disetujui oleh Food and Drug Administration. Pfizer kemudian setuju untuk membayar uang damai sebesar $2,3 milyar.

BusinessWeek pada bulan Juli 2010 memberitakan bahwa Pfizer berupaya melawan produsen obat resep imitasi melalui tuntutan sipil, bukannya tuntutan kriminal. Pfizer pun mempekerjakan ahli narkotika dan ahli pabean dari seluruh dunia untuk melacak dan merangkai bukti-bukti yang dapat digunakan untuk menuntut produsen tersebut atas pelanggaran merek dagang. Sejak tahun 2007, Pfizer telah menghabiskan $3,3 juta untuk melakukan investigasi dan berhasil mendapat sekitar $5.1 juta, dengan potensi $5 juta lainnya masih dalam proses persidangan.

Pada tanggal 6 Mei 2013, Pfizer memberitahu Associated Press bahwa mereka akan mulai menjual Viagra langsung ke pasien melalui situs webnya.