Jabarkan Kendali pemerintah dari Gazprom

Saat Vladimir Putin mulai menjabat sebagai Presiden Rusia pada bulan Juni 2000, ia ingin mengambil kekuasaan oligark Rusia, dan meningkatkan kendali pemerintah Rusia atas perusahaan-perusahaan penting melalui program juara nasional. Putin pun memecat Chernomyrdin dari jabatan Chairman Gazprom. Saham Gazprom yang dipegang oleh pemerintah Rusia juga memungkinkan Putin untuk mengeluarkan Vyakhirev. Chernomyrdin dan Vyakhirev kemudian digantikan oleh Dmitry Medvedev dan Alexei Miller. Keduanya merupakan mantan pegawai Putin di Saint Petersburg. Aksi Putin tersebut juga dibantu oleh aktivisme pemegang saham dari CEO Hermitage Capital Management, William Browder, dan mantan Menteri Keuangan Rusia, Boris Fyodorov. Miller dan Medvedev ditugaskan untuk menghentikan penghapusan aset di Gazprom dan untuk mengurangi kerugian. Itera kemudian dilarang mengakses jalur pipa milik Gazprom, sehingga hampir bangkrut. Itera lalu setuju untuk mengembalikan aset yang mereka ambil dari Gazprom dengan sejumlah biaya.

Pada bulan April 2001, Gazprom mengakuisisi NTV, satu-satunya stasiun televisi nasional di Rusia yang independen, dari Media-Most milik Vladimir Gusinsky.

Pada tahun 2002, anak usaha Gazprom, Gazprom Media mengakuisisi semua saham yang dipegang oleh Gusinsky di anak usaha Media-Most.

Pada bulan Juni 2005, anak usaha Gazprom, yakni Gazprombank, Gazpromivest Holding, Gazfond, dan Gazprom Finance B. V., menjual 10,7399% sahamnya dengan harga $7 milyar ke . Sejumlah analis pun mengatakan bahwa harga tersebut terlalu rendah. Penjualan tersebut akhirnya selesai pada tanggal 25 Desember 2005. Dengan pembelian saham tersebut dan 38% saham yang telah dipegang oleh State Property Committee, pemerintah Rusia pun resmi menguasai mayoritas saham Gazprom. Pemerintah Rusia kemudian juga mencabut aturan kepemilikan asing di Gazprom maksimal 20%. Pada bulan September 2005, Gazprom membeli 72,633% saham Sibneft dengan harga $13,01 milyar. Nama Sibneft kemudian diubah menjadi Gazprom Neft. Pembelian tersebut dibantu dengan pinjaman sebesar $12 milyar. Gazprom pun menjadi perusahaan terbesar di Rusia, karena setelah pembelian tersebut selesai, nilai perusahaan ini mencapai £69,7 milyar (US$123,2 milyar).