Jabarkan Zaman modern dari Prefektur Kagoshima

Setelah sistem han dihapus pada tahun 1871, Domain Satsuma menjadi Prefektur Kagoshima. Pada 25 Desember tahun yang sama, bekas wilayah Domain Hyuga dan Domain Osumi yang berada di daratan Kyushu melepaskan diri, dan membentuk Prefektur Miyakonojō.

Pada tahun 1872, Ryukyu memisahkan diri menjadi Domain Ryukyu. Pada tahun berikutnya, ketika Prefektur Miyazaki dibentuk dari Prefektur Miyakonojō, bekas wilayah Provinsi Osumi dikembalikan ke Prefektur Kagoshima. Prefektur Miyazaki diserap ke dalam Prefektur Kagoshima pada tahun 1876. Didukung kelompok samurai yang tidak puas terhadap pemerintah, politikus asal Domain Satsuma, Saigō Takamori melakukan pemberontakan terhadap Pemerintah Meiji. Di pihak yang berseberangan, politisi kelahiran Domain Satsuma dan Chōshū justru mendominasi jabatan dalam Pemerintahan Meiji. Peristiwa ini disebut Pemberontakan Satsuma 1877. Sebagai basis pasukan pemberontak, Kagoshima berada dalam kehancuran. Pembangunan kembali Kagoshima baru dilakukan oleh Gubernur Hisayoshi Kanō yang mulai menjabat tahun 1894.

Pada tahun 1883, bekas wilayah Prefektur Miyazaki yang diserap ke dalam Prefektur Kagoshima kembali memisahkan diri menjadi Prefektur Miyazaki, dengan batas-batas wilayah yang sedikit berubah.

Seusai Perang Dunia II, Amerika Serikat menduduki wilayah Jepang mulai dari 30°LU ke arah selatan. Kepulauan Tokara baru dikembalikan ke Jepang pada tahun 1952, sementara Kepulauan Amami dikembalikan ke Jepang pada tahun 1953.