Jabarkan Perjuangan menuju Kyoto dari Minamoto no Yoshinaka

Pada tahun 1180, Pangeran Mochihito mengeluarkan perintah untuk menghancurkan klan Taira. Pada waktu itu, Mochihito bersama ayahnya, Mantan Kaisar Go-Shirakawa sedang bertikai dengan pemimpin klan Taira bernama Taira no Kiyomori. Paman Yoshinaka, Minamoto no Yukiie (Shingū Yukiie) menyerukan kepada anggota klan Minamoto untuk berperang melawan klan Taira. Pada tahun yang sama, Yoshinaka untuk pertama kali turut serta dalam pertempuran antara klan Minamoto dan klan Taira di Ichihara.

Pada tahun berikutnya (1181) terjadi Pertempuran Yokotagawara. Yoshinaka mengalahkan pasukan Jō Sukemoto yang menyerang dari Provinsi Echigo atas perintah klan Taira. Yoshinaka sempat maju ke Provinsi Kōzuke. Minamoto no Yoritomo yang sedang berperang di wilayah Kanto tidak mau bergabung, sehingga Yoshinaka menuju wilayah Hokurikudō. Putra Pangeran Mochihito yang melarikan diri ke wilayah Hokuriku diangkat oleh Yoshinaka sebagai Hokuriku no Miya (penguasa Hokuriku). Dengan keberadaan Hokuriku no Miya, Yoshinaka menjadi kekuatan berpengaruh di wilayah Hokuriku. Pada bulan Mei 1183, Yoshinaka menaklukkan pasukan klan Taira yang dipimpin Taira no Koremori dalam Pertempuran Kurikara di Tonamiyama, Provinsi Etchū. Pada bulan Juli tahun yang sama (1183), pasukan Yoshinaka memasuki ibu kota Kyoto, dan klan Taira melarikan diri ke provinsi di sebelah barat Jepang.

Di Kyoto, Yoshinaka diangkat sebagai Shōgun Asahi oleh Mantan Kaisar Go-Shirakawa. Jabatan tersebut sebelumnya tidak pernah ada dan secara tiba-tiba saja diciptakan Go-Shirakawa. Pada 16 Agustus 1183, lebih dari 60 orang pejabat tinggi asal klan Taira dipecat dan diusir dari Kyoto. Yoshinaka mengganti jabatan yang dipegangnya sebagai penguasa Provinsi Echigo menjadi penguasa Provinsi Iyo di Shikoku.

Yoshinaka memiliki rencana mengangkat Hokuriku no Miya sebagai kaisar. Rencana tersebut ditentang Go-Shirakawa yang mengangkat cucunya yang masih berusia 3 tahun sebagai Kaisar Go-Toba. Sejak itu pula, Go-Shirakawa dan kalangan bangsawan yang terdidik dalam adat istiadat dan formalitas menjadi tidak senang dengan Yoshinaka yang dianggap tidak sopan.

Pada waktu itu, Yoshinaka gagal memulihkan keamanan di Kyoto. Rakyat Kyoto waktu itu sedang dilanda gagal panen selama beberapa tahun berturut-turut, dan persediaan pangan dalam kondisi kritis. Di beberapa tempat terjadi perampasan bahan makanan milik rakyat oleh pasukan Yoshinaka. Go-Shirakawa tidak ingin lagi melihat keberadaan Yoshinaka dan pasukannya di Kyoto. Ia memerintahkan Yoshinaka untuk mengejar sisa-sisa klan Taira yang melarikan diri ke provinsi sebelah barat. Setelah menitipkan Go-Shirakawa kepada Higuchi Kanemitsu yang sangat dipercayanya, Yoshinaka dan pasukannya menuju Provinsi Harima untuk menyerang klan Taira.

Pasukan Yoshinaka tidak terlatih dalam pertempuran laut dan dikalahkan angkatan laut klan Taira dalam Pertempuran Mizushima di Provinsi Bitchū. Pasukan Yoshinaka melarikan diri kembali ke Kyoto, namun tidak diterima pihak Go-Shirakawa. Penjagaan istana sudah diperkuat Go-Shirakawa yang meminta bantuan pendekar biksu asal Gunung Hiei dan Onjō-ji. Pada bulan November tahun yang sama, Yoshinaka kembali diperintahkan untuk berangkat dari Kyoto memerangi klan Taira. Merasa dirinya tidak dibutuhkan lagi, Yoshinaka menyerang pusat kekuasaan Go-Shirakawa di kuil Hōjū-ji. Mantan Kaisar Go-Shirakawa ditahan, dan kekuasaan pemerintah berada di tangan Yoshinaka. Selanjutnya, Yoshinaka dengan paksa menikahi anak perempuan dari Fujiwara no Motofusa (mantan pejabat Kampaku) yang bernama Fujiwara no Ishi), dan memecat 49 pejabat tinggi istana yang mendukung Go-Shirakawa.

Di akhir tahun yang sama, Yoshinaka memaksa Go-Shirakawa agar mengeluarkan mandat untuk menyingkirkan Minamoto no Yoritomo. Pada tahun berikutnya (1184), Yoshinaka mengangkat diri sebagai Seii Taishōgun. Namun tidak lama kemudian, pasukan klan Minamoto asal Kamakura di bawah pimpinan Minamoto no Noriyori dan Minamoto no Yoshitsune memasuki ibu kota Kyoto. Yoshinaka berusaha memperkuat ibu kota untuk menghadapi Yoshitsune dan Noriyori, tetapi pasukannya melarikan diri sedikit demi sedikit. Setelah kalah dalam dua kali pertempuran, Yoshinaka tewas dalam Pertempuran Uji di Awazu, Provinsi Ōmi. Sewaktu tewas, Yoshinaka berusia 31 tahun.

Putra pewaris Yoshinaka yang bernama Minamoto no Yoshitaka tinggal di Kamakura dan menikah dengan anak perempuan Yoritomo yang bernama Putri Ō. Setelah mendengar ayahnya tewas, Yoshitaka melarikan diri tetapi tewas terbunuh dan garis keturunan Yoshinaka terputus. Walaupun demikian, klan Kiso penguasa Lembah Kiso di zaman Sengoku mengaku sebagai putra ke-3 Yoshinaka yang bernama Minamoto no Yoshimoto (Kiso no Yoshimoto).