Jabarkan Maulana Muhammad Jalaluddin (1931-1958) dari Kesultanan Bulungan

Penjajah Belanda menaklukkan Berau pada tahun 1834, disusul penaklukan Kutai pada tahun 1848, dan kemudian terhadap Bulungan yang ditandai dengan ditandatanganinya kontrak politik antara Sultan Bulungan dengan Belanda pada tahun 1850. Bersemangat untuk memerangi pembajakan dan perdagangan budak, dan bersedia untuk melawan pembajakan dan perdagangan budak, Belanda mulai campur tangan di wilayah Bulungan.

Dalam tahun 1853, Bulungan sudah dimasukkan dalam wilayah pengaruh Belanda. Sampai tahun 1850, Bulungan berada di bawah Kesultanan Sulu. Selama periode ini, kapal Sulu pergi ke Tarakan dan kemudian di Bulungan untuk perdagangan langsung dengan Tidung. Pengaruh ini berakhir pada 1878 dengan penandatanganan perjanjian antara Inggris dan Spanyol (Protokol Madrid 1885) yang dirancang untuk menghilangkan pengaruh Kesultanan Sulu.

Pada 1881, Perusahaan North Borneo Chartered dibentuk, yang sekarang merupakan wilayah Sabah, di bawah yurisdiksi Inggris, tetapi Belanda mulai menolak. Kesultanan itu akhirnya dimasukkan dalam pemerintahan Hindia Belanda pada tahun 1880-an. Belanda mendirikan sebuah pos pemerintah di Tanjung Selor pada tahun 1893. Pada tahun 1900-an, seperti banyak negara-negara kerajaan lain di kepulauan ini, Sultan terpaksa menandatangani Korte Verklaring, pernyataan "singkat" yang mengharuskan Sultan menjual sebagian besar kekuasaannya atas tanah hulu.

Orang Belanda akhirnya mengakui perbatasan antara dua wilayah hukum pada tahun 1915. Kesultanan ini diberikan status sebagai wilayah Zelfbestuur (administrasi sendiri) pada tahun 1928, seperti banyak kerajaan-kerajaan lain di Nusantara yang dikuasai Belanda.

Penemuan minyak oleh Bataafse Petroleum Maatschappij (BPM) di Pulau Bunyu dan Tarakan telah memberikan kontribusi sangat penting bagi perekonomian Bulungan, terutama untuk orang Belanda, yang menjadikan Tarakan sebagai pusat industri minyak pada saat itu.

Setelah pengakuan kemerdekaan Indonesia dari Kerajaan Belanda, wilayah Bulungan menerima status sebagai Wilayah Swapraja Bulungan atau "wilayah otonom" di Republik Indonesia pada tahun 1950, yaitu Daerah Istimewa setingkat kabupaten pada tahun 1955. Sultan terakhir, Jalaluddin, meninggal pada tahun 1958. Kesultanan Bulungan dihapuskan secara sepihak pada tahun 1964 dalam peristiwa berdarah yang dikenal sebagai Tragedi Bultiken (Bulungan, Tidung, dan Kenyah) dan wilayah Kesultanan Bulungan hanya menjadi kabupaten yang sederhana.