Jabarkan Menjadi Petinggi PKI dari Njoto

Selama Revolusi Nasional Indonesia, sebagai wakil dari PKI cabang Banyuwangi, Njoto menjadi anggota Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP), sebuah badan yang ditunjuk untuk membantu presiden Indonesia yang baru merdeka. Saat itu Njoto tinggal di Hotel Merdeka, Malioboro, Yogyakarta. Pada bulan Maret 1947, setelah KNIP mengadakan rapat di Malang, Aidit terpilih sebagai ketua fraksi PKI, sedangkan Njoto terpilih sebagai ketua Badan Pekerja KNIP. Pada awal 1948, Njoto, Aidit, dan Lukman diperintahkan partai untuk menerjemahkan Manifesto Komunis. Pada bulan Agustus 1948, Komite Pusat PKI terdiri dari Aidit dalam urusan pertanahan, Lukman dalam agitasi dan propaganda, dan Njoto dalam hubungannya dengan organisasi lain. Sekitar waktu itu, pertengahan tahun 1948, Njoto juga menjadi anggota Politbiro. Pada tanggal 17 Agustus 1950, Njoto bersama Aidit, MS Ashar, dan A.S. Dharta mendirikan Lembaga Kebudayaan Rakyat (Lekra), sebuah gerakan sastra dan sosial, sedangkan menurut Tempo Zulkifli dan Hidayat, keempatnya mendirikan Lekra pada tahun 1951.

Pada tanggal 7 Januari 1951, Njoto, bersama Aidit, Sudisman, Alimin, dan Lukman dipilih menjadi anggota Politbiro oleh Komite Sentral. Juga pada Januari 1951, Njoto, Pardede, Lukman, dan Aidit diangkat menjadi staf redaksi Bintang Merah (Bintang Merah), sebuah makalah yang diterbitkan pertama kali pada 15 Agustus 1950. Pada bulan Juli 1951, PKI menunjuk Njoto untuk mengawasi isi surat kabar PKI Harian Rakjat (Harian Rakyat). Pada bulan Agustus 1951, pemerintah melakukan penggeledahan dan menangkap para pemimpin PKI karena khawatir akan terulangnya Peristiwa Madiun tahun 1948. Namun, Njoto, Lukman, dan Aidit berhasil menghindari penangkapan dan bersembunyi, tidak muncul di depan umum selama beberapa bulan. Setelah pertemuan Komite Sentral pada Oktober 1953, ketiganya menjadi pemimpin partai: Aidit sebagai sekretaris jenderal, dengan Lukman dan Njoto masing-masing sebagai wakil pertama dan kedua Aidit. Njoto bertanggung jawab atas agitasi dan propaganda. Pada tahun 1953, Njoto mengambil alih kepemimpinan Harian Rakjat, menggantikan sang pendiri Siauw Giok Tjhan. Dalam Harian Rakjat dia menulis dengan nama pena Iramani, dan menggunakan lebih lembut dan lebih puitis daripada tulisannya yang lebih tajam di Bintang Merah. Njoto juga diangkat menjadi Dewan Perwakilan Rakyat Sementara pada tahun 1954, menggantikan ayah Aidit yang mengundurkan diri Abdullah Aidit.

Pada tanggal 1 Agustus 1956, Njoto berbicara kepada anggota Komite Sentral, mengatakan kepada mereka bahwa partai harus mendidik kadernya tentang ideologinya karena peningkatan keanggotaan partai sangat signifikan. Dalam Oktober 1958, Njoto mengklaim bahwa yang terpenting adalah persatuan antara borjuis dan proletar, tetapi Oloan Hutapea dalam sebuah artikel pada Agustus 1959 menolak pandangan bahwa aliansi ini penting bagi partai. Setelah kritik keras PKI terhadap kinerja pemerintah pada Juli 1960, Njoto dan Aidit diperiksa oleh Kolonel Achmad Sukendro dari intelijen Angkatan Darat. Pada Agustus 1960, bersama Aidit, Njoto ditunjuk sebagai wakil PKI di Front Nasional.

Pada bulan Maret 1962, Njoto dan Aidit diangkat menjadi menteri tanpa tanggung jawab khusus, hanya peran koordinasi atau penasehat. Menurut PKI laporan terbitan 14 April 1964, Njoto menghadiri rapat akbar petani di Klaten. Ia menyatakan bahwa hukum land reform hanya dapat dicapai dengan tindakan rakyat dan pemerintahan yang patriotik dan demokratis. Setelah Soekarno diangkat sebagai presiden seumur hidup oleh Majelis Permusyawaratan Rakyat Sementara (MPRS), pada bulan September 1964, Njoto diangkat sebagai menteri negara di Kabinet Dwikora yang bertanggung jawab untuk pengawasan reformasi tanah.

Antara tahun 1963 dan 1964, Njoto melakukan perjalanan ke Uni Soviet beberapa kali untuk menjalin hubungan antara PKI dan Partai Komunis Uni Soviet. Ia didampingi Rita, mahasiswa sastra Indonesia di Moskow. Menurut Soetarni, istri Njoto, Rita adalah penerjemah antara Bahasa Indonesia dan Bahasa Rusia. Pada akhir tahun 1964, Soetarni tertekan dengan rumor bahwa Njoto akan menikahi Rita. Soetarni sedang mengandung anak keenamnya ketika rumor itu muncul. Dia mengatakan akan menceraikan Njoto jika rumor itu terbukti benar. Menurut Joesoef Isak, Njoto pernah jatuh cinta pada Rita. Isak mengklaim bahwa Soetarni lebih cantik, tapi Njoto mengaku Rita lebih intelektual.  Menurut sumber dari Tempo, Rita adalah seorang agen KGB. Sumber tersebut mengklaim bahwa siapa pun yang mengunjungi Uni Soviet akan ditemani oleh agen KGB. Setelah perselingkuhan antara Njoto dan Rita diketahui partai, Njoto diberhentikan dari semua jabatan fungsional di partai. Namun, Njoto masih menghadiri rapat partai kecuali yang diadakan oleh Politbiro.

Pada April 1964, Njoto menggunakan istilah "Soekarnoisme" dalam pidatonya di Palembang. PKI, khususnya Aidit, menganggap Njoto mengkhianati komunisme dengan menggunakan istilah ini. Njoto kemudian digantikan sebagai Ketua Agitasi dan Propaganda oleh Oloan Hutapea, meskipun alasan sebenarnya adalah perselingkuhan antara Njoto dan Rita.

Menurut sumber majalah Tempo, setelah dicopot, Soekarno ingin Njoto membentuk sebuah partai baru yang disebut Partai Rakyat Indonesia (Partai Rakyat Indonesia) dengan prinsip Sukarnoisme, tetapi ide itu tidak pernah terwujud.

Awal Juni 1965, Njoto dan Subandrio membahas implementasi Perjanjian Sino-Indonesia dengan Chou En Lai di Canton. Njoto menulis pidato yang diberikan oleh Sukarno pada Perayaan Hari Kemerdekaan 17 Agustus 1965, tentang korupsi dan kontra-revolusioner.

Gerakan 30 September dan sesudahnya

Sekitar satu minggu sebelum 17 Agustus 1965, Njoto berada di Amsterdam merundingkan kontrak dengan Fokker antara kedua negara. Ia kemudian pergi ke Moskow bersama Aidit untuk menghadiri Konferensi Tingkat Tinggi Partai Komunis. Setelah diberitahu oleh Menteri Luar Negeri Subandrio pada tanggal 31 Juli bahwa Sukarno sedang mencarinya, Njoto kembali ke Indonesia pada 9 Agustus. Aidit berbicara dengan dokter Tiongkok dan Njoto tentang kesehatan Presiden pada 8 dan 10 Agustus masing-masing. Dia mengklaim Sukarno akan mati atau akan segera keluar dari tindakan.

Pada tanggal 28 September 1965, Njoto melakukan perjalanan ke Sumatera bersama Subandrio. Ketika Gerakan 30 September dimulai, mereka masih di Medan untuk membentuk sebuah cabang Dewan Revolusi lokal. Pada tanggal 2 Oktober 1965, Njoto setelah kembali dari Medan, meninggalkan rumahnya di Menteng bersama Soetarni dan anak-anaknya. Ia menyembunyikan keluarganya di rumah rekannya di Kebayoran. MH Lukman mengklaim bahwa pada malam 5 Oktober beberapa pemimpin PKI termasuk Njoto dan Lukman sendiri, kecuali Aidit, mengadakan pertemuan di rumah Isak untuk berkoordinasi sebelum rapat kabinet khusus di Bogor. Wartawan Harian Rakjat Amarzan Ismail Hamid menyatakan bahwa pada pagi hari tanggal 6 Oktober, Njoto dan Lukman membahas pertemuan sebelumnya: jika pertemuan berjalan buruk, keduanya akan pergi ke Bandung, tetapi jika rapat berjalan lancar, mereka akan tetap tinggal di Jakarta. Menurut Tempo, pada rapat khusus kabinet yang diadakan pada tanggal 6 Oktober 1965 di Istana Bogor, Njoto ditanya oleh Sukarno tentang Gerakan 30 September. Njoto membantah keterlibatan partai tersebut, dengan mengatakan, "PKI tidak bertanggung jawab atas acara tersebut." Itu adalah masalah internal di Angkatan Darat."

Njoto diwawancarai oleh Asahi Shimbun di Jakarta pada 2 Desember 1965 dan menyatakan bahwa dia tidak tahu tentang pembunuhan enam jenderal. Menurut kepada John Roosa, sejarawan University of British Columbia, dalam Dalih untuk Pembunuhan Massal, Njoto tidak diundang oleh Aidit ke pertemuan Politbiro. Menurut Iskandar Subekti yang dikutip Roosa, Aidit menilai Njoto lebih ke Sukarnois daripada komunis. Sementara itu, catatan lain menyebutkan bahwa Njoto lebih dekat dengan Uni Soviet daripada ke China, yang merupakan pelindung Aidit.

Menurut Sarbi Moehadi, mantan ketua Lekra Pekalongan, beberapa bulan setelah gerakan, Njoto memimpin rapat di Slawi, tetapi Amarzan menolak klaim tersebut karena Jakarta lebih aman daripada tempat lain dan Njoto tidak pernah pindah dari Jakarta.

Ada beberapa versi penangkapan Njoto. Menurut Amarzan, Njoto ditangkap di Tosari, Menteng. Menurut Irina Dayasih, Njoto ditangkap dalam perjalanan dari Kementerian Negara kantor sekitar Desember 1965. Menurut Iramani, Njoto ditembak mati di Tanjung Priok, atau Bekasi pada 13 Desember 1965 setelah ditahan di Rutan Budi Utomo. Menurut sejarawan Bonnie Triana, Njoto dibunuh di Jakarta dan mayatnya dibuang ke Sungai Ciliwung.