Jabarkan Sejak tahun 1999 dari Haruki Murakami

Sputnik Sweetheart pertama kali diterbitkan pada tahun 1999, diikuti oleh Kafka on the Shore pada tahun 2002, dengan terjemahan bahasa Inggris menyusul pada tahun 2005. Kafka on the Shore menang Penghargaan Fantasi Dunia untuk Novel pada tahun 2006. Versi bahasa Inggris dari novelnya After Dark dirilis pada Mei 2007. Dan terpilih oleh The New York Times sebagai "buku terkenal di tahun ini". Pada akhir tahun 2005, Murakami menerbitkan kumpulan cerita pendek berjudul Tōkyō Kitansh, yang diterjemahkan secara bebas dengan nama "Misteri Tokyo". Kumpulan versi bahasa Inggris dari dua puluh empat cerita pendek, berjudul Blind Willow, Sleeping Woman, diterbitkan pada Agustus 2006. Koleksi ini mencakup karya-karya lama dari tahun 1980-an serta beberapa karya Murakami lainnya. cerita pendek terbaru, termasuk kelimanya yang muncul di Tōkyō Kitansh.

Pada tahun 2002, Murakami menerbitkan antologi Birthday Stories, yang mengumpulkan cerita pendek bertema ulang tahun. Koleksinya meliputi karya Russell Banks, Ethan Canin, Raymond Carver, David Foster Wallace, Denis Johnson, Claire Keegan, Andrea Lee, Daniel Lyons, Lynda Sexson, Paul Theroux, dan William Trevor, serta cerita oleh Murakami sendiri. What I Talk About When I Talk About Running, berisi cerita tentang pengalamannya sebagai pelari maraton dan atlet triatlon, diterbitkan di Jepang pada tahun 2007, dengan terjemahan bahasa Inggris yang dirilis di Inggris dan AS pada tahun 2008. Judulnya adalah plesetan dari kumpulan cerita pendek Raymond Carver, What We Talk About When We Talk About Love .

Shinchosha Publishing menerbitkan novel Murakami 1Q84 di Jepang pada 29 Mei 2009. 1Q84 diucapkan "ichi kyū hachi yon", sama dengan 1984, karena 9 juga diucapkan "kyū" dalam Jepang. Buku tersebut masuk daftar panjang untuk Man Asian Literary Prize pada tahun 2011. Namun, setelah demonstrasi anti-Jepang 2012 di China, buku-buku Murakami dihapus dari penjualan di sana, bersama dengan penulis Jepang lainnya. Murakami mengkritik sengketa wilayah politik China–Jepang, mencirikan respons nasionalistik yang berlebihan sebagai "minuman keras murah" yang diberikan politisi kepada publik. Pada April 2013, ia menerbitkan novelnya Tsukuru Tazaki Tanpa Warna dan Tahun Ziarahnya. Lalu menjadi buku terlaris internasional tetapi menerima ulasan yang beragam.

Killing Commendatore (Kishidancho Goroshi) adalah karya Murakami terbaru pada 2018. Diterbitkan di Jepang pada 24 Februari 2017 dan di AS pada Oktober 2018, novel ini adalah fiksi sejarah yang menimbulkan kontroversi di Hong Kong. Novel tersebut diberi label "tidak senonoh" di Hong Kong. Klasifikasi ini menyebabkan sejumlah besar sensor. Penerbit tidak boleh mendistribusikan buku kepada orang di bawah usia 18 tahun, dan harus memiliki label peringatan yang tercetak di sampulnya.