Jabarkan 2006 dari Yamaha YZR-M1

Musim 2006 terbukti sedikit lebih bermasalah bagi Yamaha, dengan M1 mendapat cacian sejak balapan pertama tahun ini. Ini akan menjadi masalah yang berulang bagi semua pembalap Yamaha di sepertiga pertama musim ini, dan dianggap sebagai efek dari tiga pengembangan utama saat pengujian musim dingin ; yaitu peningkatan tenaga mesin yang signifikan, sasis baru yang lebih kaku, dan konstruksi baru ban Michelin dengan kompon yang lebih lengket dan profil yang direvisi. Karena ketiga perkembangan terjadi hampir bersamaan, pengujian teliti yang biasa dilakukan pada satu perkembangan pada satu waktu dikompromikan dan akan memakan banyak waktu di awal musim untuk memahami dan mengatasi masalah.

Kemunduran untuk Yamaha dan YZR-M1 ini sebagian besar bertanggung jawab atas awal musim Valentino Rossi yang biasa-biasa saja pada tahun 2006, dimanifestasikan oleh penampilan kualifikasi yang buruk dan dua hasil buruk, ia juga mengalami cedera pergelangan tangan di pertengahan musim, yang menambah kesengsaraannya. Di sepertiga akhir musim yang tak terlupakan, masalah M1 hampir teratasi, dan Valentino Rossi memberikan serangkaian penampilan yang akan menutup selisih poin yang besar dengan pemimpin klasemen Nicky Hayden di atas Honda RC211V. Hanya di balapan terakhir musim itu M1 dan Valentino Rossi dikalahkan hanya dengan lima poin dan Yamaha menyerahkan kembali Kejuaraan ke Honda di tangan Nicky Hayden, yang hanya memenangkan dua balapan musim itu. Hayden kemudian menyatakan bahwa Rossi pantas menjadi juara, tetapi keberuntungan dan DNF membuatnya kehilangan kejuaraan meskipun Valentino Rossi memenangkan 5 balapan pada tahun 2006 sedangkan Nicky Hayden hanya 2, sebuah fakta yang unik selama offseason.