Jabarkan Keruntuhan: 1989–1992 dari Republik Demokratik Afganistan

Pakistan tetap mendukung mujahidin meskipun hal ini merupakan pelanggaran Perjanjian Jenewa. Awalnya, sejumlah pengamat menilai rezim Najibullah akan segera runtuh dan digantikan oleh rezim Islamis. CIA dalam laporannya, memprediksi rezim baru ini akan menjalin hubungan yang ambivalen, atau bahkan bermusuhan dengan pemerintah AS. Beberapa saat setelah keluarnya tentara Soviet, terjadilah pertempuran Jalabad, yang hasilnya mengejutkan berbagai pihak karena pemerintah dapat mengalahkan kaum pemberontak. Namun, kemenangan ini hanya berlangsung sementara karena di musim panas 1990, tentara Afganistan kembali bersikap defensif. Di awal 1991, pemerintah hanya menguasai 10% wilayah Afganistan, Pengepungan Khost yang berlangsung selama 11 tahun berakhir dengan kemenangan Mujahidin. Moral tentara Afganistan runtuh, serta bantuan dari Uni Soviet pun hilang (karena negara itu berada di di ambang keruntuhannya).

Pada Maret, Najibullah manawarkan pengunduran dirinya, dan dengan persetujuan PBB, pemerintahannya digantikan dengan sebuah pemerintahan sementara. Pada pertengahan April, Najibullah menyetujui rencana PBB untuk menyerahkan kekuasaan kepada sebuah dewan. Beberapa hari kemudian, pada 14 April, Najibullah dipaksa turun dari jabatannya oleh partai Watan karena mereka kehilangan lapangan udara Bagram dan kota Charikar. Abdul Rahim Hatef menjadi kepala negara sementara setalah pengunduran diri Najibullah. Najibullah, sebelum kejatuhan Kabul, meminta amnesti PBB, ia berhasil mendapatkan amnesti itu. Tetapi Abdul Rashid Dostum menghalangi Najibullah untuk keluar, akibatnya ia terpaksa berlindung di kantor PBB yang ada di Kabul. Kejatuhan Najibullah dan rezim komunisnya tidak membuat perang berakhir. Perang tetap berlangsung hingga sekarang.