Jabarkan Akhir pemberontakan dari Pemberontakan Heiji

Setelah pemberontakan berakhir, Fujiwara no Nobuyori dihukum penggal. Yoshitomo melarikan diri ke provinsi sebelah timur, namun di tengah perjalanan di Provinsi Owari dibunuh oleh Osada Tadamune. Putra pewaris Yoshitomo, Yoshihira kembali ke Kyoto untuk menuntut balas. Ia bersembunyi di Kyoto menanti saat tepat untuk membunuh Kiyomori, tapi tewas setelah lokasi persembunyiannya terbongkar. Pengikut Yoshitomo seperti Minamoto no Yoshitaka, Minamoto no Shigenari, dan Minamoto no Suezane juga tewas. Putra ke-3 Yoshitomo yang bernama Yoritomo beserta sebagian keluarga klan Kawachi Genji diusir dari Kyoto dan hidup dalam pengasingan.

Pada bulan berikutnya, Kaisar Nijō segera menikahi janda permaisuri Kaisar Konoe, Fujiwara no Masaruko sebagai permaisuri. Pernikahan ini dilakukan Kaisar Nijō untuk menunjukkan dirinya sebagai pewaris tahta Kaisar Konoe. Di lain pihak, Go-Shirakawa merasa tidak senang dengan pernikahan Kaisar Nijō. Pertentangan antara Kaisar Nijō dan Go-Shirakawa belum juga selesai dan menjadi semakin memanas. Sementara itu, Kiyomori menjatuhkan hukuman pengasingan bagi Fujiwara no Tsunemune dan Fujiwara no Korekata. Keduanya adalah pengikut Kaisar Nijō yang diputuskan bersalah menghina mantan kaisar. Setelah dihapuskannya pemerintahan dari balik biara yang dipimpin Go-Shirakawa, Kiyomori menempatkan dirinya di tengah-tengah perselisihan antara Kaisar Nijō dan Go-Shirakawa. Berkat jasanya memadamkan pemberontakan, Kiyomori diangkat sebagai San-gi, dan menjadi samurai pertama yang diangkat sebagai pejabat tinggi istana. Dengan jabatan yang diperolehnya, karier Kiyomori melaju dengan pesat dan mendirikan Pemerintahan klan Kiyomori.