Jabarkan Naruto Shippuden dari Choji Akimichi

Choji muncul sebentar di bagian pencarian Sasuke.

Tim Shikamaru, Asuma, Izumo dan Kotetsu berangkat mengejar Hidan dan Kakuzu. Mereka bertemu di sebuah kota kecil dan langsung bertarung. Asuma gugur dalam pertarungan ini. Chouji dan Ino sedikit terlambat untuk menyembuhkan luka Asuma yang sudah sangat parah.

Shikamaru lalu meminta Hokage untuk mengizinkannya mengejar dan membunuh Hidan dan Kakuzu. Tsunade menolaknya, tetapi Kakashi datang dan menawarkan bantuan pada mereka. Karena ada Kakashi, maka Tsunade bisa melepas mereka dan meminta Shikamaru untuk mengulur waktu bila bertemu untuk menunggu tim bantuan yang akan tiba. Mereka lalu bertemu di hutan. Choji kali ini tidak terlalu besar. tetapi dia berhasil melindungi Kakashi dari serangan Kakuzu dan menyerangnya dengan Baika no Jutsu. Tim Yamato datang di akhir pertempuran dan menghabisi Kakuzu saat itu juga. Naruto dengan Rasenshuriken-nya membunuh Kakuzu.

Penyerangan Pain dan Konan ke Konohagakure

Sementara keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pain dan Konan. Pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan.

Pain bertemu dengan Iruka, dan hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pain dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pain.Pertarungan Kakashi dan Pain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh Pain untuk membantu Pain. Tubuh tersebut berubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. Tapi karena kehebatan Kakashi, Kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. Tubuh Kakashi pun melemah karena penggunaan jurusnya menguras chakra-nya.

Akhirnya datanglah dua anggota klan Akimichi, Choji Akimichi dan ayahnya Chouza Akimichi. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pain lewat dalam tanah. Ternyata itu hanya sebuah trik agar Chouji dan Chouza bisa menyerang Pain. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pain yaitu Deva.

Dalam keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Ia diserang Pain dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Sesaat sebelum paku tersebut mengenai Kakashi dia menggunakan Mangekyou Sharingan untuk menghilangkan pakunya dan Kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk melindungi Chouji yang akan melapor pada Tsunade.Tubuh Pain yang satunya yaitu Ashura, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji dan digagalkan Kakashi lewat Mangekyou Sharingan.

Chouji yang telah bertemu Tsunade menanyakan apakah Kakashi baik-baik saja karena Tsunade bisa memeriksa keadaan shinobi yang diperiksa kumpulan Katsuyu, tetapi Tsunade tidak mengatakan apapun. Naruto yang telah menguasai teknik sage bisa merasakan semua chakra didesa Konoha menanyakan pada Tsunade apakah Kakashi pergi keluar desa untuk mengerjakan suatu misi karena Naruto tidak merasakan chakra Kakashi. Tsunade yang tidak mengatakan apapun membuat Naruto mengerti apa yang terjadi pada Kakashi.

Setelah Naruto berhasil mengalahkan Pain, Pain memutuskan untuk memperbaiki kesalahannya. Ninja-ninja Konoha yang telah dibunuhnya seperti Shizune dan Kakashi hidup kembali.