Jabarkan Pangkat kapten dari Cesc Fàbregas

Pada tanggal 24 November 2008, 14 pertandingan liga ke musim 2008-09, Fabregas disebut sebagai penerus William Gallas sebagai kapten klub. Namun, seperti Arsenal kembali ke dalam perburuan gelar setelah awal yang buruk pada musim ini, pemain asal Spanyol itu absen selama empat bulan setelah mengalami cedera lutut melawan Liverpool. The Gunners akhirnya menyelesaikan musim tanpa trofi, datang di posisi keempat di liga dan tersingkir di semi-final Liga Champions 2008-09 Seiring dengan kebijakan Arsenal untuk merapikan pemain muda, tim yang Fabregas mengarah ke musim baru kebanyakan terdiri dari inti muda yang sama seperti sebelumnya, dengan orang-orang seperti Nicklas Bendtner, Gaël Clichy, Abou Diaby, Denilson, Samir Nasri, Alexandre Song, dan Theo Walcott di belakangnya.

Dalam pertandingan pembukaan liga musim 2009-10, Fabregas mencetak dua gol dan dua assist berhasil di Arsenal 6-1 jauh menang melawan Everton. Arsenal melanjutkan untuk mengamankan kualifikasi untuk Liga Champions 2009-10 dengan mengalahkan Celtic lebih dari dua kaki, tapi momentum awal mereka untuk musim ini terganggu oleh kekalahan berturut-turut pertandingan liga ke Manchester United dan Manchester City. Tim bangkit kembali setelah kemunduran ini, dan dengan Fabregas menjadi produktif dalam mencetak gol dan menyiapkan rekan tim, itu tak terkalahkan dalam 13 pertandingan berikutnya. Meskipun menderita kerugian empat liga bahkan sebelum pertengahan musim mendekat, Arsenal berhasil memimpin klasemen liga setelah 22 pertandingan. Pada 31 Maret 2010, di Liga Champions leg pertama perempat final melawan Barcelona, Fabregas menderita patah tulang kaki sebelum mencetak gol penyama di pertandingan yang berakhir 2-2. Arsenal, yang empat poin di belakang pimpinan klasemen Manchester United, yang kehilangan kapten mereka untuk sisa enam pertandingan liga musim ini; mereka kemudian disingkirkan oleh Barcelona di Liga Champions, dan jatuh keluar dari perburuan gelar liga. Fabregas kemudian disebut dengan PFA Team of the Year.

Sebelum awal musim 2010-11 pernah ada lagi spekulasi media intens tentang masa depan pemain Spanyol itu, dan pada bulan Juni 2010, sebuah €35.000.000 tawaran dari Barcelona ditolak. Musim 2010-11 ternyata menjadi salah satu yang sangat kompetitif di Premier League, meski Arsenal telah kehilangan lima pertandingan sebelum pertengahan musim, mereka berdesak-desakan untuk posisi menengah dengan Manchester United dan Manchester City. Pada akhir Februari, Arsenal masih dianggapkan untuk melipatempatkan, tetapi dalam rentang waktu dua minggu mereka kalah di Final Piala Liga 2011, disingkirkan oleh Barcelona di babak 16 besar Liga Champions 2010–11, dan kalah di Piala FA perempat final. Meskipun Fabregas tidak bermain di Final Piala Liga, itu backheel pass salah selama leg kedua pertandingan Liga Champions melawan Barcelona yang memungkinkan mereka untuk tingkat skor agregat. Arsenal tetap dianggapan untuk gelar liga sampai serangkaian menarik di sepertiga akhir musim ini menyebabkan mereka jatuh terlalu jauh di belakang pimpinan klasemen Manchester United, mereka mengakhiri musim keempat. Musim 2011-12 berikut sekali lagi ditandai dengan ketidakpastian. Barcelona membuat beberapa tawaran untuk Fabregas, sementara Nasri, Arsenal pemain bintang sebelumnya, didekati oleh Manchester City.