Jabarkan Di atas Archangel dari Kira Yamato

Setelah menjadi pilot tetap GAT-X105 Strike Gundam, Kira berkali-kali bertemu dengan sahabat lamanya, Athrun Zala, sebagai musuh dan bertarung dengannya. Athrun menjadi pasukan ZAFT karena ia mau melindungi negaranya (PLANT), sementara Kira yang membenci perang, mau melindungi teman-temannya yang berada di Archangel.

Ketika pertama kali Athrun bertemu dengan Kira setelah kehancuran Heliopolis, Athrun mencoba membujuk Kira agar mau menjadi pasukan ZAFT. Athrun mengatakan kepada Kira, bahwa ibunya tewas terbunuh pada saat insiden Valentine Berdarah di Junius Seven dan hal itulah yang menyebabkannya ikut perang bersama ZAFT. Hal ini memengaruhi Kira, tetapi ia menolaknya dengan baik-baik, mengingat Kira mau melindungi rekan-rekannya di Archangel. Kira (dan Strike Gundam-nya) pada saat itu sedang tertangkap oleh bekapan Aegis, tetapi berhasil melepaskan diri saat Mwu La Fllaga mengganggu mereka.

Di Artemis, Kira disebut sebagai pengkhianat Coordinator oleh admiral Eurasian Federation, Gerard Garcia, yang sedang mencoba untuk mencuri Archangel dan Strike Gundam dari Atlantic Federation. Setelah Artemis dihancurkan oleh serangan kilat Blitz, dan Kira bersama Archangel lolos dari insiden tersebut, Kira pun berbaring di atas tempat tidurnya dan menangisi apa yang Gerrard Garcia ucapkan kepadanya.

Saat Archangel mengalami defisit air (akibat banyaknya penumpang dan kru), para eksekutif di Archangel pun terpaksa mencari air di luar angkasa, dan akhirnya mereka ke reruntuhan Junius Seven yang dulunya merupakan kota argraris. Di sana, Kira menembak satu buah GINN yang melindungi sebuah pesawat luar angkasa, dan akhirnya bertemu dengan Lacus Clyne, seorang diva pop yang juga merupakan tunangan Athrun, setelah mengambil life pod yang mengapung.

Pada saat pertarungan selanjutnya bersama Athrun, Natarle Badgiruel pun menggunakan Lacus sebagai tameng untuk melindungi Archangel dari kehancuran, setelah satu skuaton Earth Alliance dihancurkan oleh pasukan ZAFT, yang juga membunuh wakil meneri luar negeri George Allster (ayah Flay Allster). Athrun pun bersumpah untuk menolong Lacus, tunangannya tersebut.

Selanjutnya, Kira pun mengembalikan Lacus ke pangkuan Athrun. Athrun lagi-lagi meminta Kira agar bergabung dengan ZAFT, tetapi Kira lagi-lagi menolaknya dengan menggunakan alasan yang sama. Athrun pun berkata kepada Kira, bahwa lain kali mereka bertemu ia tidak akan bimbang untuk membunuhnya; Kira pun berkata demikian. Lacus pun terlihat sedih sesaat setelah Kira terpisah darinya, dan menyadari bahwa Kira membenci perang, tetapi ia memiliki kekuatan untuk bertarung.

Ketika Flay menyaksikan ayahnya terbunuh oleh ZAFT, ia marah besar kepada Kira mengapa ia tidak melindungi ayahnya, setelah berjanji akan melakukannya. Flay pun menuduh Kira tidak serius bertarung mengingat lawannya adalah Athrun Zala. Tuduhan ini jelas menjadikan luka baru di hati Kira. Selanjutnya, Flay pun meminta maaf, dan berpura-pura suka terhadapnya untuk memanfaatkannya agar membunuh semua Coordinator yang jadi musuhnya untuk dirinya. Kira pun mengembalikan rasa suka tersebut dengan bertarung mati-matian. Bahkan cara bertarung Kira menjadi lebih membabi buta (dengan mengaktifkan mode SEED di dalam dirinya) saat merusak GAT-X102 Duel Gundam dan merusak wajah pilotnya, Yzak Joule.

Selanjutnya, ketika Archangel bertemu dengan pasukan Earth Alliane di markas militer di Bulan, Flay dan kemudian teman-teman Kira menjadi sukarelawan dan mendaftarkan dirinya untuk masuk ke dalam susunan militer. Kira pun ikut-ikutan mendaftarkan diri, secara resmi. Sesaat setelahnya, ketika sebuah pertarungan yang menyebabkan kehancuran armada kedelapan pimpunan Jendral Haliburton, Kira gagal melindungi sebuah pesawat ulang alik yang tertembak oleh Yzak yang bersumpah akan membalas dendam kepada Kira. Yzak menembaknya, dengan berpikiran bahwa di dalamnya terdapat orang-orang militer (padahal di dalamnya adalah orang-orang sipil) yang lari dari kepungan para prajurit ZAFT.

Hal ini terus menghantui Kira untuk waktu yang lama. Salah satu penumpang pesawat ulang alik itu, adalah seorang anak kecil perempuan bernama Elle yang memberinya origami berbentuk bunga kepadanya, sebagai tanda terima kasih kepadanya telah melindungi dirinya di atas Archangel pada beberapa pertarungan sebelumnya. Pada saat Flay membawa origami bunga tersebut kepada Kira, Kira malah menangis. Flay pun menciumnya. Selanjutnya, Kira pun terobsesi untuk selalu melindungi Archangel dari serangan musuh. Hal ini menjadikan Kira semakin membabi buta dalam menghancurkan musuh-musuhnya (bahkan tanpa ampun ia menghancurkan beberapa BuCUE) saat pertarungan di padang pasir.