Jabarkan Pengesahan dokumen pelaksanaan anggaran dari Direktorat Jenderal Perbendaharaan

Pemberian bimbingan teknis dan evaluasi di bidang perbendaharaan negara

Pelaksanaan penerimaan dan pengeluaran negara serta pengelolaan aset dan kewajiban pemerintah

Verifikasi dan akuntansi Anggaran Pembiayaan dan Perhitungan (APP)

Pelaksanaan akuntansi pusat dan penyusunan laporan keuangan pemerintah berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku

Pengembangan sistem informasi perbendaharaan negara; pelaksanaan administrasi Direktorat Jenderal

Terbentuknya Direktorat Jenderal Perbendaharaan tidak terlepas dari konsekuensi pelaksanaan reformasi penyempurnaan manajemen keuangan Negara di Indonesia. Ketika semangat mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik (good governance) digulirkan, Pemerintah Pusat menempuh langkah perubahan melalui reformasi hukum dan reformasi organisasi. Secara paralel, reformasi hukum yang ditandai dengan lahirnya Paket Undang-Undang Bidang Keuangan Negara diiringi dengan perubahan organisasional di tubuh Departemen Keuangan guna menyelaraskan perangkat organisasi dengan penegasan fungsi Departemen Keuangan selaku institusi Pengelola Fiskal.

Selaku institusi Pengelola Fiskal, Departemen Keuangan membagi pemisahan kewenangan, yang antara lain adalah fungsi-fungsi pengkajian, penganggaran, dan perbendaharaan. Inilah alasan kuat terjadinya penyempurnaan organisasi (reorganisasi) dengan "terbentuknya" 3 (tiga) organisasi dengan nomenklatur baru, yaitu Direktorat Jenderal Anggaran dan Perimbangan Keuangan (Ditjen APK), Direktorat Jenderal Perbendaharaan (Ditjen Perbendaharaan), dan Badan Pengkajian Ekonomi, Keuangan, dan Kerjasama Internasional (BAPEKKI). Suatu Perubahan organisasi yang ditandai dengan memisahkan fungsi-fungsi yang berbeda namun berada dalam satu naungan organisasi, serta menyatukan fungsi-fungsi yang sama namun tersebar di berbagai unit.

Ditjen PBN sendiri bukanlah organisasi yang sama sekali baru. "Core function"nya tersebar di berbagai unit Eselon I dengan fungsi paling dominan, yaitu fungsi pelaksanaan anggaran, pengelolaan kas Negara, pengelolaan barang milik kekayaan Negara, dan pengelolaan hutang luar negeri berada di bawah unit Eselon I Direktorat Jenderal Anggaran (DJA). Sementera itu, fungsi perbendaharaan lainnya tersebar di beberapa unit Eselon I dan II yaitu fungsi pengelolaan hutang dalam negeri pada Pusat Manajemen Obligasi Negara (PMON), pengelolaan penerusan pinjaman dan pengelolaaan kasnya pada Ditjen Lembaga Keuangan (Ditjen LK), dan penyusunan pertanggungjawaban pelaksanaan anggaran pada Badan Akuntansi Keuangan Negara (BAKUN), serta fungsi pengolahan data pada Kantor Pengelolahan Data Informasi Keuangan Regional (KPDIKR) BINTEK.

Selanjutnya, dengan terbitnya Keputusan Presiden Nomor 35, 36, dan 37 Tahun 2004 dan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 302/KMK/2004 dan Nomor 303/KMK/2004, secara hukum meleburlah unit-unit pengelola fungsi perbendaharaan tersebut menjadi satu Direktorat Jenderal Perbendaharaan, yang terdiri dari 1 Sekretariat Ditjen dan 7 Direktorat teknis pada kantor pusat serta 30 Kantor Wilayah Ditjen PBN dan sejumlah KPPN pada kantor instansi vertikal (lihat organisasi).

Pelantikan Direktur Jenderal Perbendaharaan dan seluruh pejabat Eselon II pada bulan Oktober 2004 pun merupakan titik awal sinergi organisasi baru tersebut. Hingga kini, telah terjadi beberapa kali pergantian pejabat Eselon II dan jajaran di bawahnya.