Jabarkan Kereta api Serayu (1990-an–sekarang) dari Kereta api Serayu

Kereta api Cepat Sidareja kemudian dilakukan pemanjangan rute hingga Kroya, sehingga terjadi perubahan nama menjadi Serayu mulai 15 November 1990 nama "Serayu" muncul pada grafik perjalanan kereta api tahun 1993 oleh Perumka. Walaupun diberi nama "Serayu", kereta api ini lebih dikenal sebagai Cipuja oleh masyarakat yang tinggal di Daerah Operasi II Bandung. Rute kereta api ini sempat diperpanjang hingga Purwokerto sebelum dikembalikan seperti semula. Jadwal kereta api Patas Jakarta–Bandung "menghilang" saat rute kereta api Cepat Sidareja diperpanjang hingga Kroya.

Pada pertengahan 1990-an, Perumka meluncurkan kereta api Serayu yang dioperasikan pada malam hari—dikenal sebagai Citrajaya oleh masyarakat yang tinggal di Daerah Operasi II Bandung.

Untuk mengakomodasi penumpang dari Cilacap, Perumka sempat mengoperasikan kereta api pengumpan lintas Kroya/Maos–Cilacap sebelum layanan tersebut dihentikan mulai tahun 2000-an.

Rute kereta api Serayu diperpanjang hingga Purwokerto mulai 1 September 2013, tetapi dioperasikan sebagai kereta api pengumpan di lintas Kroya–Purwokerto. Penggabungan layanan dilakukan pada awal 2014.

Kereta api Serayu menambah pemberhentian di Stasiun Cikarang Mulai 1 Maret 2022.