Jabarkan Soviet dari Joachim Peiper

Pada Februari 1941, Himmler menceritakan rencana Jerman kepada Peiper, sebuah Operasi Barbarossa, untuk menginvasi Uni Soviet . Operasi ini dimulai 22 Juni 1941. Di belakang lini terdepan, Einsatzgruppen, di bawah kontrol Reichssicherheitshauptamt (Reich Main Security Office), menyatakan perang terhadap "Untermenschen", komunis pembunuh, Yahudi, gipsi, dan partisan. Tugas Peiper sebagai ajudan pertama adalah salah satunya menyajikan statistik dari unit Einsatzgruppen tentang pembunuhan massal di front timur.

Pada akhir musim panas 1941, Werner Grothmann menjadi ajudan pertama Himmler. Meskipun Peiper dipindah ke unit pertempuran, ia tetap dekat dengan Himmler. Dalam suratnya kepada Peiper, Himmler memanggilnya dengan sebutan "Jochenku tersayang".

Walau sudah tidak lagi jadi ajudan pertama, Peiper tetap menulis dalam diari Himmler hingga pertengahan September 1941. Peiper mungkin sudah diutus ke LSSAR sebelumnya sebagai pengamat dari Reichsführer-SS,, namun tersedia catatan yang memperlihatkan bahwa ia secara resmi dipindah ke LSSAH sebelum Oktober 1941. Saat ia bergabung kembali ke LSSAH, unit ini sedang bertempur di front timur, dekat Laut Hitam. Peiper menghabiskan waktu beberapa hari di kantor pusat saat seorang komandan unit terluka yang memungkinkan Peiper mengambil alih komando 11th Company.