Coba jelasin 1998–2001 dari Mr. Children dong

Mr. Children masih dalam keadaan istirahat ketika singel ke-14 "Nishi e Higashi e" dirilis pada 11 Februari 1998. Walaupun dijadikan lagu tema serial drama Kira Kira Hikaru, singel "Nishie Higashi He" tidak diikuti tur promosi dan tidak dibuatkan klip videonya. Mr. Children secara resmi bergabung kembali untuk merilis singel ke-15, "Owarinaki Tabi" (21 Oktober 1998) yang menjadi lagu tema serial drama Naguru Onna. Dalam jajak pendapat Oricon, lagu "Owarinaki Tabi" menjadi lagu favorit setelah "Makenaide" dari Zard.

Pada 13 Januari 1999, mereka merilis singel ke-16, "Hikari no Sasu Hou e" yang diikuti album ke-7 Discovery (3 Februari 1999). Sebelas hari kemudian, tur promosi Discovery Tour '99 diadakan dari 14 Februari hingga 12 Juli 1999. Di tengah tur yang berlangsung di 16 kota, Mr. Children merilis singel ke-17, "I'll Be", dan dijadikan lagu iklan deodoran Shiseido Sea Breeze. Walaupun lagu "I'll Be" sudah ada di dalam album Discovery, lagu tersebut dirilis kembali sebagai singel dengan beat yang diperlambat. Penjualan singel "I'll Be" ternyata tidak sukses, dan menjadi singel Mr. Children yang paling lesu setelah singel "Cross Road". Ide untuk merekam album konser muncul sewaktu tur promosi Discovery Tour '99 sedang berlangsung. Hasilnya adalah album konser 1/42 yang dirilis [[[8 September]] 1999. Judul album berasal dari 42 kali pertunjukan yang mereka gelar selama tur. Sebagian besar isi album 1/42 adalah lagu-lagu yang direkam di arena es Makomanai (16 Juni 1999), sedangkan trek bonus "Dakishimetai" direkam di taman tepi laut Okinawa Ginowan-shi.

Singel ke-18 sekaligus singel pertama Mr. Children pada abad ke-21 adalah "Kuchibue" yang dirilis 13 Januari 2000. Lagu tersebut dipakai sebagai lagu tema serial drama Bus Stop. Walaupun tidak menjadi hit, singel "Kuchibue" laku hingga 724.070 keping. Setelah itu, mereka merilis singel ke-19 "Not Found" yang kembali dijadikan lagu tema serial Bus Stop. Sebulan kemudian, mereka merilis album studio ke-9, Q yang direkam di New York. Album tersebut berisi rekaman ulang lagu Mr. Children dari era indie, dan menjadi album debut bagi produser Takeshi Kobayashi sebagai personel Mr. Children. Tur promosi album Q diberi nama "Concert tour Q", dan berlangsung sebanyak 35 pertunjukan di 13 kota (15 Oktober 2000-24 Februari 2001).

Dua album kompilasi, Mr. Children 1992-1995 dan Mr. Children 1996-2000 dirilis 11 Juli 2001, dan keduanya laku sebanyak 4.034.785 keping. Empat hari setelah kedua album tersebut dirilis, Mr. Children memulai tur keliling "Popsaurus". Di tengah-tengah berlangsungnya tur, Mr. Children merilis singel ke-20 "Yasashii Uta" yang dipakai untuk lagu iklan kopi kaleng "Wonda". Dua bulan setelah tur "Popsaurus", singel ke-21 "Youthful Days" dirilis untuk lagu sisipan serial drama Antique, dan menjadi singel Mr. Children yang paling laku tahun 2001. Dua tahun kemudian, lagu "Drawing" yang menjadi sisi B singel "Youthful Days" dipakai untuk lagu tema serial drama Koufuku no Ouji.