Jabarkan 2011–12: Pro Duta FC dari Pro Duta FC

Kondisi persepak bolaan Indonesia di bawah kepengurusan PSSI periode 2011–2015 sempat membuka peluang bagi klub profesional untuk berlaga di kompetisi tertinggi di tanah air. Kesempatan ini juga sempat diambil oleh Pro Duta FC dengan mendaftarkan diri sebagai peserta. Namun ternyata keberuntungan belum menjadi milik Pro Duta FC. Kini, di bawah bendera PT Pro Duta FC, tim ini tetap akan berlaga di Grup 1 Divisi Utama Liga Indonesia 2011–12. Pada akhir musim Pro Duta FC berhasil tampil sebagai Runner-Up dan berhak promosi ke Liga Prima Indonesia 2013 bersama Persepar Palangka Raya, Perseman Manokwari, PSLS Lhokseumawe dan PSIR Rembang.

Sedangkan pada petualangan di Piala Indonesia musim ini, Pro Duta langsung berada di putaran kedua dan berhasil lolos ke putaran ketiga setelah menyingkirkan Persitara Jakarta Utara dengan agregat 2-1 (0-0 di Jakarta dan 2-1 di Deli Serdang), namun harus terhenti oleh Semen Padang FC di putaran ketiga dengan agregat 5-0 (2-0 di Padang dan 3-0 di Deli Serdang).