Jabarkan Pemberontakan Heiji dari Minamoto no Yoshitomo

Tiga tahun kemudian pada tahun 1159, Yoshitomo setuju ketika diajak melakukan pemberontakan oleh pengikut mantan Kaisar Go-Shirakawa yang bernama Fujiwara no Nobuyori. Setelah berhasil menyerang istana, Go-Shirakawa dikenakan tahanan rumah dan pengikutnya, Fujiwara no Michinori dibunuh. Pada akhirnya, pasukan Taira no Kiyomori yang mendukung Go-Shirakawa berhasil mengalahkan pasukan Yoshitomo. Kaisar Go-Shirakawa dibebaskan, dan Nobuyori tewas berikut dua orang putra tertua Yoshitomo.

Yoshitomo melarikan diri dan sampai di Provinsi Owari, namun tewas setelah dikhianati oleh pengikutnya. Anak laki-lakinya yang tersisa, Yoritomo, Yoshitsune, dan Noriyori menerima hukuman pengasingan setelah nyawa mereka diampuni oleh Kiyomori.

Yoshitomo diserang dalam keadaan tidak bersenjata sewaktu sedang mandi di pemandian air panas (onsen). Menurut legenda, kata terakhir yang diucapkan Yoshitomo adalah "Kalau saja aku pegang bokuto." Di atas makam Yoshitomo dijumpai banyak sekali bokuto (pedang kayu) yang dipersembahkan para peziarah.