Jabarkan Abad pertengahan dari Transubstansiasi

Penggunaan awal, yang diketahui pertama kali, atas istilah "transubstansiasi" untuk menggambarkan perubahan dari roti dan anggur menjadi tubuh dan darah Kristus dalam Ekaristi adalah oleh Uskup Agung Tours Hildebert de Lavardin pada abad ke-11. Dan pada akhir abad ke-12 istilah tersebut telah digunakan secara luas. Konsili Lateran IV (tahun 1215) berbicara bahwa roti dan anggur "ter-transubstansiasi" menjadi tubuh dan darah Kristus: "Tubuh dan darah-Nya adalah benar-benar terkandung dalam sakramen di atas altar dalam bentuk roti dan anggur; roti dan anggur tersebut telah di-transubstansiasikan, oleh kuasa Allah, menjadi tubuh dan darah-Nya".

Lalu selama Reformasi Protestan, doktrin transubstansiasi sangat dikecam karena dianggap sebagai "pseudophilosophy"-nya Aristoteles yang diimpor ke ajaran Kristiani. Martin Luther menyatakan bahwa: "Bukan doktrin transubstansiasi-nya yang perlu diyakini, tetapi, cukuplah bahwa Kristus benar-benar hadir dalam Ekaristi itu". Lalu Luther mengajarkan doktrin persatuan sakramental (sacramental union): persatuan roti dengan Tubuh Kristus dan persatuan anggur dengan Darah Kristus (maknanya mirip dengan persatuan hipostatik yang digunakan untuk menjelaskan 2 kodrat dalam 1 pribadi Yesus); sementara Ulrich Zwingli memandang Ekaristi hanya sebagai peringatan (memorial) saja.

Kemudian Konsili Trente dalam sesi ke-13, yang berakhir pada 11 Oktober 1551, mendefinisikan transubstansiasi sebagai "perubahan yang indah dan tunggal dari keseluruhan substansi roti menjadi Tubuh, dan keseluruhan substansi anggur menjadi Darah – penampilan luarnya hanyalah roti dan anggur yang tersisa – dimana memang atas perubahan ini Gereja Katolik paling tepat menyebutnya Transubstansiasi (perubahan hakiki)". Perubahan tersebut tidak dianggap sebagai pemaksaan terhadap teori Aristoteles mengenai substansi dan 'aksiden' (accidere), karena hanya membicarakan penampilan luar (species) dan bukan istilah filsafat accidere. Kata "substansi" (dalam arti hakikat) sendiri telah digunakan dalam lingkup gerejani selama berabad-abad sebelum filsafat Aristoteles diterapkan di dunia Barat; misalnya dalam Kredo Nicea dinyatakan bahwa Kristus mempunyai hakikat (, ) yang sama dengan Bapa. (lihat: Konsubstansial)