Jabarkan Pertarungan di Samudra Hindia dari Kira Yamato

Ketika menuju Alaska melalui Samudra Hindia, Kira mengingat pertarungan sebelumnya dengan Andrew, kematian ayahnya Flay, dan pesawat ulang alik sipil yang gagal dilindunginya, dan kemudian menangis. Cagalli datang dan langsung memeluk badannya dan bilang kepadanya bahwa semuanya akan baik-baik saja, dan akhirnya Cagalli pun memegang tangannya. Cagalli bilang kepadanya bahwa semua itu dilakukan hanya untuk mencegah Kira menangis.

Cagalli bertanya mengapa dirinya, yang adalah seorang Coordinator, berada di Earth Alliance yang semuanya adalah Natural. Kira pun mengingat beberapa kali ia ditanyai hal yang serupa. Cagalli pun bertanya apa yang dapat dilakukan oleh Coordinator, dan Kira pun menjawabnya bahwa semua kemampuan Coordinator tidaklah datang dari masa kelahiran, tetapi datang dari proses belajar dan latihan. Flay, yang memanfaatkan Kira, mendengar suara mereka berdua dan cemburu terhadap Cagalli. Flay pun membuka seragam Earth Alliance dan memeluk Kira.

Kemudian, ketika Archangel berada Orb untuk melakukan reparasi, Kira mengakhiri hubungannya dengan Flay. Di sini tidak dijelaskan apakah Kira mengetahui Flay hanya memanfaatkan Kira atau tidak. Ia juga bertemu dengan Athrun face-to-face, setelah Torii terbang menuju dirinya, yang sedang mencari keberadaan Archangel yang selama beberapa kali pertarungan tidak dapat dihancurkan. Meskipun Athrun sangat mengetahui bahwa Kira adalah pilot Strike, ia tidak memberitahukan kepada semua rekan-rekannya (Dearka Elthman, Nicol Amalfi, dan Yzak Joule yang sangat ingin membunuh Kira akibat luka yang diderita di wajahnya).

Sebelum meninggalkan Orb dengan Archangel, Cagalli memberitahukan kepada Kira bahwa orang tuanya sedang melihat dirinya. Kira memberitahukan kepada Cagalli untuk memintakan maaf kepada mereka, dan memberitahukan bahwa Kira tidak dapat bertemu dengan mereka, karena mungkin nantinya Kira akan mengatakan sesuatu yang ia tidak sadari dan kemudian ia menyesalinya. Cagalli pun kemudian memeluknya dengan menangis dan bilang kepadanya jangan mati dan kembali ke Orb untuk bertemu dengannya. Kira pun berjanji hal itu akan dilakukannya, tanpa tahu ada bahaya yang mengintainya kemudian.