Jabarkan 2013: Gelar keenam dari Jimmie Johnson

Untuk musim 2013, Johnson memulai dengan finis ke-14 di Sprint Unlimited ketika ia tersungkur dalam kecelakaan beruntun pada lap ke-14 bersama dengan Kyle Busch, Kurt Busch, Mark Martin, Jeff Gordon dan Denny Hamlin. Setelah itu, ia menempati posisi keempat dalam Budweiser Duel pertama yang menghasilkan posisi start kesembilan untuk lomba Daytona 500 2013. Dalam lomba Daytona 500, Johnson memulai dengan baik, mengambil alih pimpinan lomba dari Jeff Gordon pada lap 32 dan memimpin beberapa lap sebelum tercecer ke papan tengah persis di pertengahan lomba. Jelang akhir lomba, Johnson bersaing bersama Brad Keselowski untuk memimpin sampai sebuah periode caution keluar karena debris di trek. Johnson memanfaatkan keunggulan pada restart terakhir. Dengan lima lap tersisa, Johnson memimpin lomba dan bersaing ketat bersama Greg Biffle dan Danica Patrick. Johnson kemudian menahan laju Dale Earnhardt, Jr. dan Mark Martin untuk memenangkan lomba Daytona 500. Ini adalah kemenangan Daytona 500 pertama Johnson dengan kepala kru Chad Knaus karena saat ia memenangkan lomba edisi tahun 2006 ia dikepalai oleh Darian Grubb sehubungan dengan Knaus yang saat itu kena larangan tampil selama lomba lomba. Hasil ini juga menjadi hasil terbaiknya di Daytona 500 sejak 2006 karena biasanya ia paling maksimal selalu finis di urutan ke-27 terutama di lomba enam tahun terakhir yang kerap diwarnai tabrakan dan kegagalan mekanis.

Pekan berikutnya di Phoenix, Johnson memulai lomba dari Top 10 dan finis kedua di belakang Carl Edwards, disusul kemudian dengan finis di tempat keenam di Las Vegas. Di Bristol, ia berlari di lap terdepan sampai insiden melintir di akhir lomba memaksanya harus puas finis di urutan ke-22. Di Fontana, Johnson berjuang keras di bagian belakang sepanjang lomba berjalan sebelum akhirnya bisa finis di urutan ke-12. Johnson memenangkan pole pertamanya musim ini di Martinsville dan memiliki mobil dominan, memimpin 346 dari 500 lap dalam perjalanannya menuju kemenangan kedelapan di  Martinsville. Johnson juga berhasil mengambil alih puncak klasemen poin reguler yang akan ia pertahankan selama sisa musim reguler. Konsistensi Johnson terlihat saat memasuki tengah musim dengan dirinya yang unggul jauh di klasemen atas Edwards dan Clint Bowyer. Selanjutnya Johnson finis di urutan keenam di Texas. Di Kansas, ia memimpin sembilan lap dan finis ketiga di belakang Matt Kenseth dan Kasey Kahne. Johnson finis di urutan ke-12 minggu berikutnya di Richmond, memungkinkan dirinya untuk membangun lebih jauh lagi keunggulan poinnya. Di Talladega, ia adalah satu-satunya pembalap selain Matt Kenseth yang memimpin lap diatas dua digit (16 lap) dan finis di tempat kelima. Sebuah finis keempat minggu berikutnya di Darlington memungkinkan Johnson untuk lebih memperkuat keunggulan poinnya atas Edwards.

Dalam lomba NASCAR Sprint All-Star, Johnson berhasil meraih kemenangan setelah pitstop yang cepat memungkinkannya untuk keluar di urutan kedua di sisa 10 lap terakhir sebelum kemudian menyalip Kahne. Satu minggu kemudian, Johnson finis ke-22 di lomba Coca-Cola 600 setelah melintir dan menyenggol tembok samping di akhir lomba. Di Dover, Johnson memimpin 143 lap, tetapi finis di urutan ke-17 setelah kena penalti akibat prosedur restartnya yang terlalu cepat atas Juan Pablo Montoya. Johnson mampu menebus kesalahannya pada minggu berikutnya di Pocono dengan meraih posisi terdepan, memimpin lap terbanyak dan memenangkan perlombaan ketiganya musim ini, yang meningkatkan keunggulan poinnya menjadi 51 poin atas Edwards. Ini juga mengakhiri rekor sembilan tahun tanpa kemenangan beruntun bagi Johnson di Pocono sejak menyapu kedua balapan Seri Piala di sirkuit tersebut pada tahun 2004. Pada lomba Quicken Loans 400 di Michigan, Johnson mendekati Greg Biffle untuk memimpin dengan kurang dari sepuluh lap tersisa, tetapi mengalami ban kempes di lima lap tersisa dan terpaksa finis di urutan ke-28. Johnson kemudian finis kesembilan di Sonoma. Di Kentucky, Johnson memulai lomba dari posisi ketiga. Ia memiliki mobil dominan dalam lomba tersebut dengan memimpin 182 dari 267 lap. Namun, pada restart di lap 246, Johnson melakukan restart lambat dan ditabrak oleh Joey Logano sekaligus membuat Johnson kehilangan kesempatan untuk menang dan memberikan lomba tersebut kepada Kenseth. Johnson mampu bangkit setelah periode caution selesai untuk finis di urutan kesembilan.

Kembali ke Daytona untuk lomba Coke Zero 400, Johnson memimpin 94 lap dan menahan Tony Stewart dan Kevin Harvick untuk meraih kemenangan keempatnya di musim ini. Johnson menjadi pembalap pertama sejak Bobby Allison pada musim 1982 yang menyapu kedua lomba di Daytona dalam satu musim. Hasil ini juga menjadi peningkatan yang signifikan dalam perjalanan Johnson di sirkuit yang memakai plat pembatas (restrictor plate), karena biasanya ia selalu gagal bersinar baik itu saat lomba di Daytona atapun di Talladega.

Dalam lomba Camping World RV Sales 301 di New Hampshire, Johnson start di posisi kedua, tetapi gagal dalam inspeksi pasca kualifikasi setelah body mobilnya ditemukan terlalu rendah dan terpaksa harus start dari posisi buncit urutan ke-43. Dalam lomba tersebut, Johnson melewati tujuh mobil dalam empat lap pertama dan mencapai Top 20 di lap 50, disusul mencapai posisi Top 10 di lap 165. Johnson akhirnya finis keenam di lomba ini. Ia hampir memenangkan posisi pole di Indianapolis tetapi disingkirkan oleh Ryan Newman ke posisi kedua. Johnson memimpin paling banyak lap dan hampir menang tetapi pit stop terakhir yang lambat membuatnya kehilangan balapan ke Newman. Minggu berikutnya di Pocono, Johnson memenangkan posisi pole dan sekaligus mencetak rekor kecepatan kualifikasi di trek ini. Ia memimpin 43 dari 80 lap pertama sebelum mengalami kerusakan ban depan kanan yang membuat busi lepas dan mempengaruhi penanganan mobil. Kru pit Johnson bekerja keras untuk memperbaiki mobil dan berhasil membantu Johnson untuk bisa finis ke-13 setelah nyaris berada di posisi belakang sepanjang lomba

Kembali ke Michigan, Johnson start ketiga tetapi mengalami insiden saat happy hour dan memaksanya pindah ke mobil cadangan yang diikuti hukuman start dari posisi paling belakang. Setelah melaju untuk memimpin melalui strategi pit stop, Johnson mengalami kerusakan mesin pada lap 55 dan menyebabkannya finis di urutan ke-40. Hasil jelek ini lantas diikuti oleh rentetan hasil serupa: finis ke-36 di Bristol, ke-28 di Atlanta dan ke-40 di Richmond karena tabrakan dan kegagalan mekanis.

Johnson memulai Chase for the Cup sebagai unggulan kedua. Ia memulai Chase dengan finis di tempat kelima di Chicago, diikuti dengan finis di tempat keempat di New Hampshire. Di Dover, Johnson memimpin 243 lap dan menahan Dale Earnhardt, Jr. selama 25 lap terakhir untuk memenangkan lomba untuk kali kedelapan di trek ini sekaligus menebus kegagalan dirinya atas pelanggaran garis restart yang membuatnya kehilangan kesempatan untuk memenangkan lomba di bulan Juni.

Johnson menghabiskan beberapa lomba berikutnya mengejar Matt Kenseth untuk memimpin poin dan berhasil membalikan keadaan di Talladega, meskipun sempat kalah lagi ketika ia dan Kenseth memiliki poin yang sama di Martinsville. Kembali ke Texas, Johnson memiliki mobil yang dominan, memimpin 255 lap untuk kemenangan keenamnya musim ini. Akhir pekan berikutnya di Phoenix, Johnson menghindari masalah dalam lomba ketat pada dua kesempatan terpisah (insiden nyaris kena senggol di Tikungan Keempat di lap pertama dan kemudian nyaris melintir usai bersinggungan dengan Carl Edwards di Tikungan Pertama) untuk kemudian berhasil finis di tempat ketiga. Ia juga memanfaatkan Kenseth yang didera masalah teknis di mobilnya yang mengakibatkan hasil finis di urutan ke-23. Johnson memimpin dengan selisih 28 poin menuju lomba akhir musim di Homestead-Miami Speedway. Di lomba ini, Johnson melaju secara konservatif ke tempat kesembilan untuk mengamankan gelar keenamnya. Ia menutup musim dengan enam kemenangan, tiga posisi pole, 16 posisi Top 5 dan 24 posisi Top 10 dengan rata-rata finis 9,8 dan rata-rata start 10,7.