Jabarkan Pelanggaran HAM di Aceh dari Operasi militer Indonesia di Aceh 2003–2004

Sekalipun darurat militer telah dihentikan, operasi-operasi militer terus dilakukan oleh TNI. Diperkirakan 2.000 orang terbunuh sejak Mei 2003. TNI mengatakan kebanyakan korban adalah tentara GAM, tetapi kelompok-kelompok HAM internasional dan setempat, termasuk Komisi Nasional Hak Asasi Manusia RI (Komnas HAM RI - lembaga negara yang independen), menemukan bahwa sebagian besar korban adalah warga sipil. Bukti menunjukkan bahwa TNI sering tidak membedakan antara anggota GAM dan non-kombatan. Penyelidikan-penyelidikan juga menemukan GAM turut bersalah atas kebrutalan yang terjadi di Aceh.

Para pengungsi Aceh di Malaysia melaporkan adanya pelanggaran yang luas di Aceh, yang tertutup bagi pengamat selama operasi militer ini. Pengadilan terhadap anggota militer Indonesia dianggap sulit dilakukan, dan pengadilan yang telah terjadi hanyalah melibatkan prajurit berpangkat rendah yang mengklaim hanya menjalankan perintah.