Jabarkan Kontroversi selama periode 1997-1998 dari Prabowo Subianto

Pada tahun 1997, Prabowo diduga kuat mendalangi penculikan dan penghilangan paksa terhadap sejumlah aktivis pro-Reformasi. Setidaknya 14 orang, termasuk seniman 'Teater Rakyat' Widji Thukul, aktivis Herman Hendrawan, dan Petrus Bima masih hilang dan belum ditemukan hingga sekarang. Mereka diyakini sudah meninggal. Prabowo sendiri mengakui memerintahkan Tim Mawar untuk mengeksekusi operasi tersebut karena menurutnya hal tersebut merupakan hal yang benar menurut rezim saat itu. Prabowo hanya mengakui menculik 9 orang aktivis pada saat itu, yang semuanya telah ia kembalikan dalam keadaan hidup. Sementara 13 orang sisanya, ia tidak tahu-menahu. Pernyataan ini dikuatkan oleh Pius Lustrilanang, yang mengaku telah dimintai maaf oleh Prabowo dan kini menjadi anggota DPR dari Partai Gerindra.

Sementara saat mengumumkan pembebastugasan Prabowo, Jenderal TNI Wiranto menyatakan bahwa Prabowo dapat diadili karena adanya bukti keterlibatan Prabowo dalam kasus penculikan aktivis ini. Namun, Prabowo masih belum diadili atas kasus tersebut hingga sekarang walau anggota Tim Mawar sudah dijebloskan ke penjara. Sementara itu, Prabowo dan koleganya, Sjafrie Syamsuddin, tidak pernah memenuhi Panggilan Komnas HAM yang berusaha untuk mengusut kasus tersebut.

Pengakuan mengejutkan datang dari Kivlan Zen yang pada masa 1998 setia kepada Prabowo. Ia mengaku mengetahui pasti di mana keberadaan 13 orang aktivis yang dipermasalahkan, dan tahu pasti mereka telah dibunuh. Kivlan Zen menantang dibukanya kembali kasus penculikan ini dan dia mengatakan seluruh hal yang diketahuinya. Ia menyatakan operasi penculikan 13 orang tersebut adalah perbutan pihak yang ingin mendiskreditkan Prabowo. Karena pernyataan ini, Komnas HAM didesak untuk membuka kembali penyelidikan atas kasus ini, namun Komnas HAM berkomentar bahwa itu hanyalah pernyataan pribadi Kivlan Zen. Secara resmi pernyataan Kivlan Zen sudah pernah dicatat dalam penyelidikan Komnas HAM dan kini sudah berada di Kejaksaan Agung.

Tuduhan pernyataan pengusiran orang Tionghoa

Menurut Friend (2003), saat dampak krisis finansial Asia 1997 memburuk, Prabowo mengajak Muslim Indonesia untuk bergabung melawan "pengkhianat bangsa". Selain itu, dari wawancara Adam Schwarz dengan Sofjan Wanandi, Prabowo pernah mengatakan pada Sofjan bahwa ia siap "mengusir semua orang Cina meskipun hal itu akan membuat ekonomi Indonesia mundur 20-30 tahun" dan mengatakan "kamu Cina Katolik mencoba menjatuhkan Suharto". Sofjan sendiri membantah pernah berkata bahwa Prabowo akan mengusir semua orang Tionghoa dari Indonesia, dan menyatakan bahwa Schwarz hanya salah persepsi.

Dugaan keterlibatan kerusuhan Mei 1998

Prabowo diduga kuat mendalangi kerusuhan Mei 1998 berdasar temuan Tim Gabungan Pencari Fakta. Bahkan menurut Friend (2003), walaupun kubu Wiranto menekankan bahwa mereka tidak ingin pembantaian Tiananmen terjadi di Jakarta, kubu Prabowo memperingatkan Amien Rais bahwa militer tidak takut akan terjadinya "Tiananmen lain" dan "lautan darah" bila demonstrasi dilanjutkan. Dugaan motif Prabowo adalah untuk mendiskreditkan rivalnya Pangab Wiranto, untuk menyerang etnis minoritas, dan untuk mendapat simpati dan wewenang lebih dari Soeharto bila kelak ia mampu memadamkan kerusuhan. Dia juga masih belum diadili atas kasus tersebut.

Prabowo mengklaim bahwa tuduhan tersebut tidak berdasar. Prabowo mengaku sadar bahwa menghancurkan Tionghoa di Indonesia dapat merugikan Indonesia sendiri. Ia juga menyayangkan Menko Polkam Feisal Tanjung dan Panglima ABRI Wiranto yang menurutnya konsisten menyangkal tuduhan bahwa perintah membuat kerusuhan berasal langsung dari mereka atau Soeharto sebagai Panglima Tinggi. Prabowo meyakini bahwa perintah tersebut tidak dalam satu rangkaian komando karena atasannya senang bekerja secara melompat-lompat dalam berbagai tingkatan. Ia memastikan bahwa dirinya tidak pernah memperoleh perintah menyiksa orang.

Pembelaan lebih lanjut dari pihak Prabowo adalah dia hanya menjalankan tugasnya sebagai Pangkostrad atas permintaan Panglima Kodam Jaya waktu itu yang mendapat perintah dari Mabes ABRI. Pada waktu itu permintaan Prabowo agar ia difasilitasi pesawat Hercules juga ditolak, sehingga ia terpaksa menggunakan Garuda dan Mandala atas biaya sendiri.

Sementara terkait penembakan mahasiswa dalam peristiwa Trisakti, hasil uji balistik di Belfast, Irlandia Utara, memperlihatkan bahwa peluru tersebut berasal dari senjata milik Gegana, Polri, bukan tipe senjata yang digunakan oleh TNI. Penembakan itu juga tidak mungkin dilakukan oleh sniper karena peluru yang digunakan jenis kaliber 5,56mm, sementara senjata sniper berkaliber 7mm ke atas. Target penembakan juga acak, berbeda dengan pola penembakan sniper yang akan memilih pemimpin demonstrasi atau sasaran strategis tertentu.