Jabarkan Mu'allimin di masa modern dari Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta

Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.

Ketika Mu'allimin membuka jurusan Keagamaan dalam program pendidikan Aliyah pada tahun pendidikan 1996/1997, antara lain untuk mengimbangi program MAN PK (Pendidikan Keagamaan) yang digagas dan dicanangkan oleh Menteri Agama RI waktu itu, Prof. Drs. H. Munawir Sjadzali, M.A., maka Muallimin pun mempertegas orientasi program pendidikannya dengan memberikan peluang sebesar-besarnya kepada para siswanya untuk melanjutkan studi ke berbagai Perguruan Tinggi Agama dan Umum, baik di dalam negeri maupun di luar negeri. Program pendidikan yang dimaksud terbagi dua, yaitu pertama, Madrasah Aliyah Jurusan Ilmu-ilmu Alam (M-IIA) dan Ilmu-ilmu Sosial (M-IIS), serta kedua, Madrasah Aliyah Ilmu-ilmu Keagamaan (M-IIK).