Jabarkan Meninggalkan Plered dari Pakubuwana I

Sementara itu Amangkurat I meninggal dunia dalam pengungsiannya di Banyumas dan dimakamkan di daerah Tegal, dekat gurunya. Ia sempat menunjuk Raden Mas Rahmat untuk menggantikannya sebagai raja Mataram yang baru bergelar Amangkurat II. Sesuai wasiat ayahnya tersebut, Amangkurat II pun meminta bantuan VOC - Belanda.

Amangkurat II mulanya merupakan raja tanpa istana karena Keraton Plered telah diduduki oleh Sunan Ngalaga, adiknya sendiri. Ia pun membangun istana baru di hutan Wanakarta, yang kemudian diberi nama Keraton Kartasura pada bulan September 1680. Amangkurat II kemudian membujuk Sunan Ngalaga supaya bergabung dengannya tetapi panggilan tersebut ditolak.

Penolakan tersebut menyebabkan terjadinya perang saudara. Akhirnya, pada tanggal 28 November 1681 Sunan Ngalaga menyerah kepada Jacob Couper, perwira VOC yang membantu Amangkurat II. Sunan Ngalaga pun kembali bergelar sebagai pangeran dan mengakui kedaulatan kakaknya sebagai Amangkurat II.

Kekalahan Pangeran Puger menandai peralihan istana Mataram yang berada di Keraton Plered menjadi Keraton Kartasura. Meskipun demikian, naskah-naskah babad tetap memuji keberanian Pangeran Puger sebagai orang istimewa di Kartasura. Meskipun yang menjadi raja adalah Amangkurat II, tetapi pemerintahan kerajaan seolah-olah berada di bawah kendali adiknya itu.