Jabarkan 1851–1865: Masa sulit dari Perpustakaan Kongres Amerika Serikat

Pada tanggal 24 Desember 1851 merupakan kebakaran terbesar dalam sejarah perpustakaan tersebut,  menghancurkan 35.000 buku, sekitar dua pertiga dari koleksi perpustakaan dan dua pertiga dari penyerahan sumbangan koleksi Jefferson habis terbakar. Kongres mengalokasikan $168.700 untuk mengganti buku-buku yang hilang pada tahun 1852 tetapi bukan untuk mendapatkan jenis kebendaan yang baru (Pada 2008, pustakawan Kongres telah menemukan pengganti untuk kesemuanya kecuali 300 karya yang telah didokumentasikan sebagai koleksi asli Jefferson) Pada masa Ini menandai dimulainya periode konservatif dalam administrasi perpustakaan oleh pustakawan John Silva Meehan dan ketua komite gabungan James A. Pearce, yang membatasi kegiatan perpustakaan. Pandangan Meehan dan Pearce tentang ruang lingkup terbatas untuk Perpustakaan Kongres mencerminkan pandangan yang sama dengan anggota Kongres. Ketika Meehan menjadi pustakawan, dia mendukung dan mengabadikan gagasan bahwa "perpustakaan kongres harus memainkan peran terbatas di kancah nasional dan bahwa koleksinya, pada umumnya, harus menekankan kebendaan Amerika yang tegas dipergunakan untuk Kongres Amerika Serikat." Pada tahun 1857,  Setelah kantor hak cipta semuanya dipusatkan di Kantor Paten Amerika Serikat, berakhir pula peran Perpustakaan Kongres sebagai perpustakaan deposit untuk buku berhak cipta dan pamflet. Pada tahun 1859, Kongres mengalihkan kegiatan distribusi terbitan pemerintah kepada Kemenetrian Dalam Negeri dan program pertukaran buku internasional kepada Kementerian Luar Negeri.

Periode sebelum Perang Saudara Amerika Serikat merupakan masa sulit bagi Perpustakaan Kongres. Pada tahun 1850-an, pustakawan Lembaga Smithsonian, Charles Coffin Jewett secara giat berusaha menjadikan perpustakaan yang dipimpinnya sebagai perpustakaan nasional Amerika Serikat. Usahanya dihalangi oleh Sekretaris Smithsonian bernama Joseph Henry yang ingin Smithsonian lebih berkonsentrasi dalam bidang penerbitan dan penelitian ilmiah. Untuk memperkuat niatnya kepada Smithsonian, Henry mendirikan laboratorium, mengembangkan perpustakaan ilmu fisika yang kuat, dan memulai kontribusi Smithsonian untuk Pengetahuan yang pertama dari banyak publikasi, hal ini dimaksudkan untuk menyebarkan hasil penelitian. Bagi Henry, Perpustakaan Kongres menurutnya lebih sesuai dikembangkan sebagai perpustakaan nasional. Tidak dapat menyelesaikan konflik, Henry memecat Jewett pada Juli 1854. Smithsonian tidak lagi berambisi menjadi perpustakaan nasional.

Pada tahun 1865 bangunan Smithsonian, bisa juga disebut sebagai Kastil karena gaya arsitektur Normannya, rusak parah akibat kebakaran. Kejadian ini memberi Henry kesempatan untuk menghubungkan Lembaga Smithsonian  yang berkaitan dengan perpustakaan non-ilmiah ke Perpustakaan Kongres. Dalam rentang waktu ini, Perpustakaan Kongres sedang membuat rencana untuk membangun dan pindah ke Gedung Thomas Jefferson yang baru, gedung tersebut dirancang agar tahan api. Diotorisasi oleh tindakan Kongres, Henry memindahkan perpustakaan non-ilmiah Smithsonian sebanyak 40.000 volume ke Perpustakaan Kongres pada tahun 1866.

Presiden Abraham Lincoln menunjuk John G. Stephenson sebagai pustakawan Kongres pada tahun 1861; Pengangkatan tersebut dianggap sebagai langkah yang paling politis hingga saat ini. Stephenson merupakan seorang dokter, menghabiskan waktu yang sama sebagai pelayanan pustakawan dan sebagai dokter di Union Army. Dia bisa mengelola divisi minat tersebut karena dia mempekerjakan Ainsworth Rand Spofford sebagai asistennya. Terlepas dari pekerjaan barunya, Stephenson berfokus pada perang. Tiga minggu dalam masa jabatannya sebagai Pustakawan Kongres, ia meninggalkan Washington, D.C. untuk memberikan pelayanan sebagai sukarelawan ajudan di pertempuran Chancellorsville dan Gettysburg selama Perang Saudara Amerika. Perekrutan Spofford atas kehendak Stephenson mungkin merupakan pencapaiannya yang paling signifikan, Spofford merupakan seseorang mengarahkan perpustakaan saat Stephenson tidak ada. Seusai perang saudara berakhir, Perpustakaan Kongres hanya memiliki 7 pegawai untuk koleksi berjumlah 80.000 buku.