Jabarkan Penyelidikan dari Garuda Indonesia Penerbangan 200

Pada tanggal 17 Maret 2007, kotak hitam pesawat ini dibawa ke Seattle untuk diteliti lebih lanjut. Hasil analisis menunjukan bahwa sirip sayap pesawat tidak diatur dalam konfigurasi untuk pendaratan. Hal ini berlawanan dengan komentar sang Kapten yang mengatakan bahwa ada downgust tiba-tiba yang mendorong pesawat ke bawah. Juga dilaporkan bahwa kopilot dan pilot berdebat mengenai kecepatan pesawat saat mendarat.

Penyelidikan yang dilakukan Komite Nasional Keselamatan Transportasi menyebutkan bahwa pesawat berada pada kecepatan yang 60% lebih tinggi dari yang seharusnya. Pilot Marwoto Komar dilaporkan tidak menghiraukan alarm tanda bahaya pesawat yang berbunyi 15 kali. Pada 2 November 2007, dilaporkan bahwa Komar telah resmi ditetapkan sebagai tersangka oleh Kepolisian Daerah Istimewa Yogyakarta, namun hal ini kemudian dibantah.

Komar dinyatakan sebagai tersangka oleh pihak kepolisian pada 4 Februari 2008. Hal ini dikecam Federasi Pilot Indonesia serta Federasi Internasional Asosiasi Pilot Penerbangan (IFALPA) yang menyatakan bahwa penahanan Komar melanggar peraturan ICAO. Pada April 2009, oleh Pengadilan Negeri Sleman Komar dinyatakan bersalah dan menjadi pilot pertama yang dijatuhi vonis pengadilan. Komar divonis 2 tahun penjara.