Jabarkan Pertarungan dengan Kira Yamato dari Athrun Zala

Athrun dan kawan-kawan pun mencari-cari Archangel, yang hilang entah ke mana dari radar. Mereka kemudian menyusup ke Morgenraete di Orb, tetapi nihil. Meskipun demikian, Athrun kembali bertemu dengan Kira dan mereka berdua bercakap-cakap. Athrun pun menetapkan bahwa Archangel memang berada di Orb, dan selama dua hari kemudian, mereka tidak melakukan apa-apa: hanya menunggu Archangel keluar dari pulau Onogoro. Mereka akan melakukan serangan dadakan terhadap Archangel dengan menggunakan kapal selam kelas Boshgorov, dan keempat mobile suit GAT Series.

Tetapi, hal itu tidak berhasil. Bahkan, Pilot GAT-X207 Blitz Gundam, Nicol Amalfi tewas tertebas pedang Sword Strike milik Kira Yamato. Dearka Elthman dan GAT-X103 Buster Gundam pun tertawan oleh Archangel. Setelah kematian Nicol Amalfi, Athrun bersumpah akan membunuh Kira.

Athrun dan Kira pun bertemu lagi dan bertarung untuk membalaskan dendam Nicol Amalfi yang telah dibunuh oleh Kira. Karena merasa terancam akan serbuan dari FX-550 Skygrasper milik Tolle Koenig, Athrun pun melempar shield Aegis miliknya ke arah pesawat tempur tersebut. Kedua-duanya pun pada akhirnya mengaktifkan mode SEED mereka masing-masing, dengan Athrun yang lebih dulu mengaktifkannya. Dengan mode SEED yang aktif, mereka bertarung dengan sangat brutal. Pertarungan antara Athrun dan Kira, terlihat seri, meski hingga Aegis mengalami Phase Shift down, sebelum sempat menembakkan beam utamanya. Akhirnya, dengan Aegis yang telah mengunci Strike, Athrun mengaktifkan mode self-destruct Aegis untuk membunuh Kira, sementara dirinya keluar dengan menggunakan emergency eject. Kira pun dipercaya telah terbunuh di dalam ledakan tersebut, tetapi dibawa oleh Malchio ke keluarga Clyne, dan diobati secara medis. Dalam versi anime-nya, Kira tiba-tiba saja berada di PLANT, tanpa penjelasan yang jelas bagaimana dirinya bisa sampai ke sana.

Athrun ditemukan pingsan dan cedera di pantai oleh Cagalli, yang diberi tugas untuk mencari Strike dan Skygrasper yang hancur oleh Archangel. Ketika Athrun siuman, Cagalli langsung menodongkan pistol kepadanya dan memintanya untuk mengatakan apa yang terjadi dengan Kira. Athrun, dengan sangat menyesal, mengatakan bahwa dirinya telah membunuh sahabatnya. Cagalli pun marah dan bertanya mengapa Athrun membunuh Kira, tetapi langsung dibalas karena Kira membunuh beberapa rekan dirinya sesama ZAFT dan puncaknya ketika Kira membunuh Nicol. Cagalli pun menjelaskan beberapa wasiat dari ayahnya, bahwa membunuh untuk balas dendam tidak akan membawa kedamaian, bahkan akan menambah runyam masalah. Sebelum dikembalikan ke ZAFT, Cagalli memberikan kalung jimat kepada Athrun, dan berharap bahwa jimat tersebut akan melindunginya, karena Cagalli tidak menginginkan siapa pun mati.