Jabarkan Nara abad pertengahan dari Prefektur Nara

Di puncak kejayaan klan Minamoto dan pembentukan Keshogunan Kamakura, pembangunan kembali Nara mendapat dukungan dari Minamoto no Yoritomo. Kōfuku-ji dijadikan kuil keluarga klan Fujiwara sekaligus secara de facto kuil utama di Provinsi Yamato. Sejalan dengan pulihnya Kōfuku-ji dan Tōdai-ji, sebuah kota berkembang di antara kedua kuil.

Nara dilanda kekacauan pada zaman Nanboku-chō. Kaisar Go-Daigo menjadikan Yoshino sebagai markas perlawanan terhadap kekuasaan Istana Utara. Perebutan kekuasaan juga terjadi di Kōfuku-ji yang terbelah menjadi pendukung Istana Utara dan Istana Selatan hingga Istana Selatan menyerah pada tahun 1392.

Zaman Sengoku dan zaman Edo

Provinsi Yamato kembali dilanda kekacauan sepanjang zaman Sengoku. Tōdai-ji kembali dibakar pada tahun 1567, ketika Matsunaga Hisahide berusaha merebut kekuasaan dari klan Miyoshi yang menjadi majikannya. Setelah sempat diperintah oleh Tsutsui Junkei dan Toyotomi Hidenaga yang diangkat oleh Toyotomi Hideyoshi, Kota Nara akhirnya diperintah oleh Keshogunan Tokugawa.