Jabarkan Akhir pemberontakan dari Pemberontakan Shimabara

Itakura Shigemasa terbunuh dalam pertempuran merebut kastil. Keshogunan mendatangkan lebih pasukan tambahan di bawah pimpinan Matsudaira Nobutsuna yang naik pangkat menggantikan Itakura. Walaupun demikian, pemberontak di Kastil Hara tetap bertahan di dalam kastil selama berbulan-bulan. Pasukan keshogunan yang mengepung mereka bahkan menderita korban besar. Kedua belah pihak mendapat kesulitan bertempur di tengah cuaca musim dingin. Pada 3 Februari 1638, serangan mendadak dari pihak pemberontak berhasil menewaskan 2.000 prajurit dari Domain Hizen. Namun akibat kemenangan kecil ini, pemberontak mulai kehabisan makanan, amunisi, dan perbekalan lainnya.

Pada April 1638, lebih dari 27.000 pemberontak harus menghadapi sekitar 125.000 prajurit keshogunan. Para pemberontak yang sudah putus asa melakukan serangan habis-habisan pada tanggal 4 April sehingga pasukan keshogunan harus mundur. Para pemberontak yang tertangkap dan pengkhianat dari pihak pemberontak yang diberitakan bernama Yamada Uemonsaku, mengaku para pemberontak di kastil sudah kehabisan makanan dan mesiu.

Pada 12 April 1638, pasukan di bawah komando Kuroda Tadayuki dari klan Kuroda dari Domain Hizen melakukan serbuan untuk merebut pertahanan luar pemberontak. Pemberontak tetap bertahan di dalam kastil, dan menyebabkan korban besar di pihak penyerbu hingga harus ditarik mundur pada tanggal 15 April.

Pihak-pihak yang bertempur di Shimabara

Pemberontakan Shimabara adalah operasi militer skala besar pertama setelah Pengepungan Osaka 1614-1615. Pihak keshogunan harus menggalang kekuatan pasukan gabungan dari pasukan milik beberapa domain sekaligus. Panglima pasukan gabungan, Itakura Shigemasa secara langsung membawahi 800 prajurit. Ketika ditunjuk sebagai penggantinya, Matsudaira Nobutsuna membawahi 1.500 prajurit. Wakil panglima Toda Ujikane membawa 2.500 prajurit. Di antara pasukan keshogunan juga terdapat 2.500 samurai dari Domain Shimabara. Sebagian besar tentara keshogunan berasal dari kekuatan militer domain-domain yang bertetangga dengan Domain Shimabara. Pasukan terbesar berasal dari Domain Saga yang mengirimkan lebih dari 35.000 prajurit di bawah komando Nabeshima Katsushige. Domain Kumamoto dan Domain Fukuoka merupakan pengirim pasukan terbesar nomor dua, masing-masing 23.500 prajurit di bawah pimpinan Hosokawa Tadatoshi dan 18.000 prajurit di bawah pimpinan Kuroda Tadayuki. Dari Domain Kurume didatangkan 8.300 prajurit di bawah pimpinan Arima Toyouji. Dari Domain Yanagawa didatangan 5.500 prajurit di bawah pimpinan Tachibana Muneshige. Terazawa Katataka membawa 7.570 prajurit dari Domain Karatsu, sementara Arima Naozumi membawa 3.300 prajurit dari Domain Nobeoka. Ogasawara Tadazane dan pengikut paling seniornya, Takada Matabei dari dari Domain Kokura mengerahkan 6.000 prajurit. Dari Domain Nakatsu, Ogasawara Nagatsugu mengerahkan 2.500 prajurit; dari Bungo-Takada sejumlah 1.500 prajurit di bawah pimpinan Matsudaira Shigenao, dan dari Domain Kagoshima, pengikut senior klan Shimazu, Yamada Arinaga mengerahkan 1.000 prajurit. Satu-satunya pasukan dari luar Kyushu (selain pasukan di bawah komando langsung panglima) adalah pasukan dari Domain Fukuyama yang berjumlah 5.600 prajurit di bawah pimpinan Mizuno Katsunari, Katsutoshi, dan Katsusada. Ada pula sejumlah kecil pasukan dari berbagai daerah lain, dan jumlahnya sekitar 800 prajurit. Pasukan keshogunan secara total beranggotakan lebih dari 125.800 prajurit. Di lain pihak, kekuatan pasukan pemberontak tidak diketahui secara jelas. Petempur di pihak pemberontak diperkirakan berjumlah di atas 14.000 orang, sementara warga sipil yang berlindung di dalam kastil selama pengepungan diperkirakan di atas 13.000 orang. Total kekuatan pemberontak diperkirakan antara 27 ribu hingga 37 ribu, jauh lebih sedikit dibandingkan kekuatan militer yang dikerahkan keshogunan.