Jabarkan 2009: Map the Soul dari Epik High

Awal tahun 2009, Epik High berpisah dengan label lama mereka Woollim Entertainment, dan mendirikan Map The Soul, sebuah label rekan independen yang terdiri dari Epik High, MYK, Planet Shiver dan Dok2.

Karya ketujuh Epik High, sebuah album buku berjudul 魂: Map the Soul, dirilis pada 27 Maret 2009. Independen sepenuhnya dari label besar, album buku ini didistribusikan secara eksklusif di situs Epik High. Mereka mengerjakan album ini dibantu oleh musisi lainnya, seperti MYK, Kero One dan Beatbox DG. Tablo secara spesifik menyatakan bahwa 魂: Map the Soul bukanlah album resmi keenam Epik High, melainkan sebuah proyek spesial. Pada 19 Mei 2009, mereka merilis video musik untuk "Map the Soul". Untuk merayakan perilisan pertama di bawah label independen mereka sendiri dan untuk berinteraksi dengan para penggemar, Epik High melakukan tur ke Jepang dan tampil di Melon Ax di Seoul, Korea bersama Kero One dan MYK. Setelah itu, mereka melakukan tur ke berbagai kota di Amerika Serikat, seperti New York City, Los Angeles, San Francisco dan Seattle bersama Dumbfoundead, Kero One, MYK dan Far East Movement pada Mei 2009.

Pada 22 Juli 2009, Epik High bersama grup elektronika Planet Shiver, bergabung dan merilis sebuah album yang berisi lagu hits lama mereka yang sudah di-remix, rekam ulang, dan master ulang berjudul Remixing the Human Soul.

Pada 14 Agustus 2009, anggota Epik High, Tablo mengungkapkan dalam blognya bahwa mereka sedang mengerjakan album baru berjudul [e]. Lalu pada 16 September 2009, album keenam Epik High, (e), dirilis. Album ini berisi 30 lagu dalam 2 CD dan sebuah buku mini 74 halaman yang di dalamnya terdapat wawancara dan foto setiap anggota. Tur Korea dimulai pada 19 September sesaat setelah album dirilis. Singel pertama untuk [e] adalah "따라해 (Wannabe)" yang dinyanyikan bersama Mellow dan merupakan sebuah lagu pop elektro yang mengkritik tren K-pop masa kini. Sebuah video musik dirilis untuk singel berikutnya yang berjudul "Trot" dan "High Technology". Pada 6 Desember 2009, sebuah video musik yang menampilkan adegan dari film No Mercy dirilis dengan lagu "Slow Motion".

2012: YG Entertainment dan 99

Pada tahun 2012, terungkap bahwa DJ Tukutz dan Mithra Jin sudah tidak lagi bernaung di bawah Woollim Entertainment. YG Entertainment mengumumkan pada tanggal 25 Juli, "Epik High dan YG telah menjalin kontrak dan mengumumkan album baru. Kami telah selesai rekaman dan berencana untuk merilis album September ini." Pada 26 September 2012, YG merilis sebuah foto teaser yang mengatakan bahwa Epik High akan melakukan comeback pada bulan Oktober, setelah hiatus selama tiga tahun sebagai sebuah grup.

Pada 8 Oktober, grup ini merilis lagu pertama mereka setelah vakum selama tiga tahun berjudul "It's Cold" yang menampilkan finalis ajang pencarian bakat SBS K-pop Star, Lee Ha Yi. Pada 19 Oktober, YG Entertainment dan Epik High merilis dua video musik baru untuk lagu "Up (ft. Park Bom 2NE1)" dan "Don't Hate Me." Epik High merilis 99 sebagai album studio ketujuh mereka pada 19 Oktober (format digital) dan 23 Oktober (format CD fisik). Album fisik memiliki dua lagu tambahan yang tidak terdapat di album digital.

Pada 30 Desember 2012, saat SBS Gayo Daejun mereka bergabung bersama Dynamic Duo dan Simon D untuk "Cypher 2012", sebuah remix lagu-lagu hip-hop populer tahun itu.

2013-kini: Hari Jadi ke-10 dan Shoebox

Pada 23 Oktober 2013, Epik High merilis singel "420" untuk merayakan Hari Jadi mereka yang ke-10. Lagu ini menampilkan banyak rapper seperti Double K, Yankie, Dok2, Sean2Slow, Dumbfoundead, TopBob, dan MYK.

Epik High merilis singel "With You" pada 18 Mei 2014. Lagu ini merupakan rekam ulang dari lagu "Fool" dari album mereka yang sebelumnya, Epik High, sebagai kolaborasi antara Epik High dengan penyanyi Tiongkok, Bibi Zhou. Bagian yang aslinya dinyanyikan dalam bahasa Korea oleh Bumkey digantikan dengan vokal Zhou dan lirik baru dalam bahasa Inggris.

Pada 12 Oktober, YG Entertainment mengumumkan bahwa Epik High akan segera comeback dengan album studio kedelapan mereka, Shoebox. Pada 18 Oktober, trio ini merilis sebuah video musik dengan rating 19+ untuk lagu pra-rilis mereka, "Born Hater", yang menampilkan banyak seniman hip hop, seperti Beenzino, Verbal Jint, Song Min-ho dari grup WINNER, serta B.I dan Bobby dari grup iKON. Awalnya dijadwalkan untuk dirilis pada 17 Oktober, namun perilisan video musik ini ditunda untuk menghormati tragedi Pangyo Techno Valley Festival. Video musik untuk singel utama "Spoiler" dan "Happen Ending" dirilis bersamaan dengan peluncuran album pada 21 Oktober.