Jabarkan Universitas PBB dan kematian dari Soedjatmoko

Pada tahun 1980 Soedjatmoko pindah ke Tokyo, Jepang. Pada bulan September, ia mulai berjabat sebagai rektor Universitas Perserikatan Bangsa Bangsa, menggantikan James M. Hester. Di universitas tersebut, Soedjatmoko menjadi rektor hingga tahun 1987. Selama di Jepang ia menerbitkan dua buku lagi, The Primacy of Freedom in Development dan Development and Freedom. Pada tahun 1985, ia menerima penghargaan Masyarakat Asia (Asia Society Award), dan mendapatkan Universities Field Staff International Award untuk Distinguished Service to the Advancement of International Understanding tahun berikutnya. Soedjatmoko meninggal karena serangan jantung pada tanggal 21 Desember 1989, saat tengah menyampaikan kuliahnya di Universitas Muhammadiyah Yogyakarta.

An approach to Indonesian history: towards an open future / an address before the Seminar on Indonesian History, Gadjah Mada University, Jogjakarta, Dec. 14, 1957

Economic development as a cultural problem