Jabarkan </onlyinclude> dari Pekalongan, Winong, Pati

Tidak diketahui secara tepat kapan pemerintahan Desa Pekalongan mulai beroperasi. Yang diketahui, bahwa Desa Pekalongan sudah mempunyai 6 (enam) kepala desa. Secara berurutan adalah Sapawi (Abdul Wahab), Abu Thoyib, Samari, Madpur, Ahmad Fahroni dan Ukhwatur Roi, S.Pd.I.

Adapun aparat Desa Pekalongan saat ini adalah sebagai berikut: