Jabarkan Menjadi duta dan akademisi dari Soedjatmoko

Setelah gagalnya Gerakan 30 September pada tahun 1965 dan digantikannya Soekarno oleh Soeharto sebagai Presiden Indonesia, Soedjatmoko kembali berkontribusi untuk negaranya. Ia menjadi wakil ketua delegasi Indonesia pada PBB pada tahun 1966, lalu pada tahun berikutnya ditugaskan sebagai penasihat untuk delegasi PBB tersebut dan juga untuk Menteri Luar Negeri Adam Malik. Ia juga menjadi anggota International Institute for Strategic Studies, sebuah wadah pemikir di London. Tahun berikutnya, yaitu pada tahun 1968, ia menjadi Duta Besar Indonesia untuk Amerika Serikat, sebuah jabatan yang ia pegang hingga tahun 1971. Selama menjadi duta besar, Soedjatmoko menerima beberapa gelar doktorat honoris causa (honorer) dari beberapa universitas di Amerika, di antaranya Cedar Crest College pada tahun 1969 dan Universitas Yale pada tahun 1970. Ia juga menerbitkan satu buku lagi, Southeast Asia Today and Tomorrow (Asia Tenggara: Kini dan Besok; 1969).

Soedjatmoko kembali ke Indonesia pada tahun 1971. Setibanya di Indonesia, ia menjadi Penasihat Khusus Urusan Budaya dan Sosial untuk Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional. Ia juga menjadi anggota dewan International Institute for Environment and Development, yang berbasis di London; ia memegang jabatan tersebut sampai tahun 1976. Pada tahun 1972, Soedjatmoko terpilih sebagai anggota dewan direktur Ford Foundation, jabatan yang dipegangnya selama dua belas tahun. Pada tahun yang sama ia menjadi Gubernur Asian Institute of Management, suatu jabatan yang dipegang selama dua tahun. Tahun berikutnya ia menjadi Gubernur International Development Research Centre. Pada tahun 1974, berdasarkan dokumen palsu ia dituduh telah merencanakan peristiwa Malari yang terjadi pada bulan Januari 1974, yaitu suatu peristiwa ketika mahasiswa melakukan demonstrasi dan akhirnya massa berhuru-hara di tengah kunjungan Perdana Menteri Jepang Kakuei Tanaka. Soedjatmoko ditahan selama dua setengah minggu untuk interogasi, dan ia tidak diizinkan meninggalkan Indonesia selama dua setengah tahun. Pada masa pemerintahan Orde Baru, Soedjatmoko termasuk salah seorang yang sangat kritis terhadap kebijakan ekonomi pemerintah waktu itu.

Pada tahun 1978, Soedjatmoko menerima Penghargaan Ramon Magsaysay untuk Hubungan Internasional yang kerap disebut Nobel Prize untuk Asia. Alasan mengapa penghargaan itu diberikan kepadanya dikutip sebagian di bawah: Dalam menanggapi penghargaan itu, Soedjatmoko menyatakan bahwa ia merasa "rendah hati, karena kesadaran[nya] bahwa sumbangan sekecil apapun yang [ia] buat masih jauh lebih kecil daripada masalah kemiskinan dan kesengsaraan manusia di Asia, dan seberapa banyak kerja yang mesti diselesaikan."