Tolong jelaskan mengenai Evolusi dari Mycobacterium tuberculosis

Kompleks M. tuberculosis berkembang di Afrika dan kemungkinan besar di Tanduk Afrika Selain M. tuberculosis, M. tuberculosis kompleks (MTBC) memiliki sejumlah anggota yang menginfeksi berbagai jenis hewan, antara lain M. africanum, M. bovis (Dassie's bacillus), M. caprae, M. microti, M. mungi. , M. orygis, dan M. pinnipedii. Kelompok ini mungkin juga termasuk klade M. canettii. Strain hewan MTBC ini tidak sepenuhnya berhak atas status spesies, karena semuanya berkerabat dekat dan berada dalam filogeni M. tuberculosis, tetapi karena alasan historis, mereka saat ini memegang status spesies.

Klade M. canettii - yang mencakup M. prototuberculosis - adalah kelompok spesies Mycobacterium yang berkoloni halus. Berbeda dengan anggota kelompok M. tuberculosis yang sudah mapan, mereka melakukan rekombinasi dengan spesies lain. Mayoritas strain yang diketahui dari kelompok ini telah diisolasi dari Tanduk Afrika. Nenek moyang M. tuberculosis dimungkinkan adalah M. canettii, pertama kali dijelaskan pada tahun 1969.

Anggota mapan dari M. tuberculosis kompleks semuanya merupakan klonal dalam penyebarannya. Spesies utama yang menginfeksi manusia telah diklasifikasikan menjadi tujuh garis keturunan. Menerjemahkan garis keturunan ini ke dalam terminologi yang digunakan untuk spoligotyping, sebuah metodologi genotipe yang sangat kasar, garis keturunan 1 berisi keturunan Afrika-India Timur (EAI), keluarga strain Manila dan beberapa strain Manu (India); garis keturunan 2 adalah kelompok Beijing; garis keturunan 3 termasuk strain Asia Tengah (CAS); garis keturunan 4 termasuk strain Ghana dan Haarlem (H / T), Amerika Latin-Mediterania (LAM) dan X; tipe 5 dan 6 sesuai dengan M. africanum dan diamati terutama dan pada frekuensi tinggi di Afrika Barat. Jenis ketujuh telah diisolasi dari Tanduk Afrika. Spesies lain dari kompleks ini termasuk dalam sejumlah spoligotipe dan biasanya tidak menginfeksi manusia.

Lineage 2, 3 dan 4 semuanya berbagi peristiwa delesi unik (tbD1) dan dengan demikian membentuk kelompok monofiletik. Tipe 5 dan 6 berkerabat dekat dengan galur hewan MTBC, yang biasanya tidak menginfeksi manusia. Lineage 3 telah dibagi menjadi dua klade: CAS-Kili (ditemukan di Tanzania) dan CAS-Delhi (ditemukan di India dan Arab Saudi). Lineage 4 juga dikenal sebagai garis keturunan Euro-Amerika. Subtipe dalam tipe ini termasuk Mediterania Amerika Latin, Uganda I, Uganda II, Haarlem, X, dan Kongo.

Sebuah penelitian  melaporkan bahwa M. tuberculosis telah berevolusi bersama dengan populasi manusia, dan bahwa nenek moyang terbaru dari kompleks M. tuberculosis berevolusi antara 40.000 dan 70.000 tahun yang lalu. Namun, penelitian selanjutnya yang memasukkan urutan genom dari anggota kompleks M. tuberculosis yang diekstraksi dari tiga mumi Peru berusia 1.000 tahun, mendapatkan kesimpulan yang sangat berbeda. Jika nenek moyang terbaru dari M. tuberculosis complex berusia 40.000 sampai 70.000 tahun, ini akan memerlukan tingkat evolusi yang jauh lebih rendah daripada perkiraan yang dihasilkan oleh analisis genom dari sampel heterochronous.

Analisis lebih dari 3000 strain M. bovis dari 35 negara menunjukkan asal Afrika untuk spesies ini.