Jabarkan Arema Malang dari Liga Super Indonesia 2008–2009

Berikut adalah klasemen akhir Liga Super Indonesia. Persipura Jayapura keluar sebagai juara Liga Super musim ini. Sementara PSIS Semarang, Deltras Sidoarjo, dan Persita Tangerang dipastikan degradasi ke Divisi Utama. Sedangkan peringkat dua yang berhak mendapat jatah di babak play-off Liga Champions AFC dan klub yang harus mengikuti play-off degradasi adalah PSMS Medan. PSMS Medan terdegradasi setelah kalah 1-1 (5-6 penalti) dari Persebaya Surabaya

Mn = Main; Mg = Menang; S = Seri; K = Kalah; SG = Selisih gol; N = Nilai; (D)= Degradasi; (J)= Juara