Jabarkan Keadilan dari Pendudukan Indonesia di Provinsi Timor Timur

Saul melanjutkan untuk membahas penuntutan pihak-pihak yang bertanggung jawab atas "kejahatan terhadap kemanusiaan, kejahatan perang, dan pelanggaran berat hak asasi manusia lainnya". Pada tahun-tahun setelah berakhirnya pendudukan, beberapa proses telah dilakukan untuk tujuan tersebut. Resolusi Dewan Keamanan PBB 1999 yang mengesahkan UNTAET menggambarkan sejarah "pelanggaran sistematis, meluas dan mencolok terhadap hukum internasional dan hak asasi manusia" dan menuntut "agar mereka yang bertanggung jawab atas kekerasan tersebut dibawa ke pengadilan". Untuk mencapai tujuan ini, UNTAET membentuk Unit Kejahatan Berat (SCU), yang berusaha menyelidiki dan menuntut orang-orang yang bertanggung jawab atas kekerasan tersebut. Namun, SCU telah dikritik karena pencapaiannya relatif sedikit, mungkin karena pendanaannya tidak memadai, mandatnya terbatas pada kejahatan yang dilakukan hanya pada tahun 1999, dan karena alasan lain. Pengadilan Indonesia yang dimaksudkan untuk menghukum mereka yang bertanggung jawab atas kekerasan itu digambarkan sebagai "secara nyata tidak memadai" oleh komisi PBB.

Defisiensi dalam proses ini telah menyebabkan beberapa organisasi menyerukan pengadilan internasional untuk mengadili orang-orang yang bertanggung jawab atas pembunuhan di Timor Timur, serupa dengan yang didirikan di Yugoslavia dan Rwanda. Sebuah editorial 2001 oleh LSM Timor Timur La'o Hamutuk mengatakan:Kejahatan Terhadap Kemanusiaan yang tidak terhitung jumlahnya dilakukan selama periode 1975-1999 di Timor Timur. Meskipun pengadilan internasional tidak dapat mengejar mereka semua, itu ... [akan] menegaskan bahwa invasi, pendudukan dan penghancuran Timor Timur oleh Indonesia adalah konspirasi kriminal yang sudah berlangsung lama, sistematis, direncanakan dan diperintahkan pada tingkat tertinggi. Banyak dari para pelaku terus memegang otoritas dan pengaruh di tetangga terdekat Timor Timur. Masa depan perdamaian, keadilan, dan demokrasi di Timor Timur dan Indonesia bergantung pada meminta pertanggungjawaban pelaku tingkat tertinggi.

Pada tahun 2005, Komisi Kebenaran dan Persahabatan Indonesia-Timor Leste dibentuk dengan tujuan untuk menegakkan kebenaran yang berkaitan dengan kejahatan di bawah pendudukan, dan menyembuhkan perpecahan antar negara. Komisi ini telah menerima kritik dari LSM dan ditolak oleh PBB karena menawarkan impunitas.