Jabarkan Peperangan awal di Heliopolis dari Kira Yamato

Selama 11 bulan perang Valentine Berdarah pertama berlangsung, Kira hidup di dalam sebuah koloni luar angkasa netral (tidak berpihak ke sisi ZAFT atau Earth Alliance) milik Orb, Heliopolis bersama dengan ayahnya (Haruma Yamato), ibunya (Caridad Yamato), dan beberapa kawannya di kampus, yakni Sai Argyle, Flay Allster, Tolle Koenig, Kuzzey Buskirk, dan Miriallia Haww. Kira juga didampingi oleh sebuah robot burung yang dibuat oleh sahabat lamanya, Athrun Zala, yang disebut dengan Torii.

Pada episode pertama Gundam SEED, Heliopolis diserang oleh pasukan ZAFT untuk mencuri beberapa mobile suit yang dikembangkan oleh Atlantic Federation di sana. Selama evakuasi berlangsung, Kira terpisah dari teman-temannya dan mengikuti seseorang yang asing yang kemudian, karena tempat evakuasi telah penuh (hanya tersisa satu buah tempat lagi), Kira pun memasukkannya ke dalam escape pod.

Kira akhirnya menemukan dua buah prototipe mobile suit, yakni GAT-X105 Strike Gundam dan GAT-X303 Aegis Gundam, pada saat berlangsung pertempuran antara Earth Alliance dengan ZAFT, di dekat pabrik Morgenraete. Ketika Kira menolong salah seorang perwira Earth Alliance, Murrue Ramius, ia pun bertemu dengan sahabat lamanya, Athrun Zala. Dua orang tersebut tercengang dengan kehadiran satu sama lainnya. Murrue mencoba untuk menembak Athrun, tetapi Athrun terlalu cepat dan mencuri Aegis dan kabur, sementara Murrue dan Kira menaiki Strike. Kira menyebut GAT-X105 sebagai Gundam, ketika melihat sistem operasi yang digunakan oleh mobile suit tersebut, yakni General Unilateral Neuro-Link Dispersive Autonomic Maneuver Synthesis System tertulis di layar kokpit dari atas ke bawah dengan huruf pertama yang mencolok, Kira menyingkatnya dengan sebutan GUNDAM . Semua mobile suit yang dicuri oleh pasukan ZAFT juga menggunakan sistem operasi yang sama, sehingga mereka juga disebut GUNDAM.

Di luar pabrik, Athrun memberitahukan kepada Miguel Aiman (pilot ZMGF-1017 GINN), bahwa Strike Gundam dipiloti oleh seorang pasukan Earth Alliance, karena Rusty McKenzie gagal dalam melakukan tugasnya dalam baku tembak dengan pasukan Earth Alliance. Miguel pun menyuruh Athrun agar kembali ke kapal induk mereka dan sebagai ganti Rusty, ia akan mengambil Strike. Karena pada waktu itu sistem operasi GUNDAM belum selesai, Murrue bukanlah tandingan Miguel. Ketika melihat teman-temannya dalam bahaya akibat pertarungan ini, Kira pun mengambil alih Strike dan bertarung dengan Miguel dan akhirnya menghancurkan GINN miliknya.

Setelah pertarungan selesai, Murrue memberitahu kepada Kira dan teman-temannya agar tetap berada di sisinya karena mereka melihat rahasia militer Earth Alliance. Kemudian, mereka bertemu dengan Mwu La Fllaga, Natarle Badgiruel, dan beberapa pasukan Earth Alliance yang selamat dari serangan tersebut. Mwu mengambil kesimpulan, bahwa Kira bukanlah manusia biasa, karena ia dapat memodifikasi sistem operasi GUNDAM milik Strike dan mampu menggunakannya secara maksimal, dan bertanya apakah dirinya adalah Coordinator. Ketika Kira menjawabnya dengan "Ya", beberapa orang pasukan Earth Alliance mengeluarkan senjata mereka masing-masing kepada Kira, tetapi teman-temannya melindunginya, karena Kira bukanlah bagian dari ZAFT. Murrue kemudian menyebutkan bahwa Orb memiliki kebijakan tidak mendiskriminasikan Coordinator dan Natural (semua manusia dianggap sama), dan masuk akal jika Kira berada di Heliopolis. Mwu pun selanjutnya minta maaf kepada Kira setelah ketegangan tersebut mereda.

Pada awalnya, Kira menolak untuk menjadi pilot Strike lagi, tetapi Mwu yang bertindak sebagai mentor baginya, mengatakan bahwa Kira-lah satu-satunya orang yang mampu menaiki Strike di antara semua orang yang menaiki Archangel. Ketika pertarungan selanjutnya denga pasukan ZAFT, Kira pun membunuh korban pertamanya: Miguel Aiman dan kemudian Heliopolis pun hancur. Kira pun melihat life pod yang rusak di antara sampah Heliopolis, dan di antara orang yang selamat di dalamnya adalah Fllay Allster.