Jabarkan Habré merebut N'Djamena dari Konflik Chad-Libya

Komponen pertama IAF yang tiba di Chad adalah pasukan payung Republik Demokratik Kongo yang diikuti oleh pasukan Nigeria dan Senegal, sehingga jumlah pasukan IAF mencapai 3.275 orang. Sebelum pengiriman pasukan penjaga perdamaian diselesaikan, Habré mencoba memanfaatkan situasi ketika pasukan Libya mundur dari Chad dan ia melancarkan serangan besar-besaran di Chad timur, termasuk kota penting Abéché yang jatuh pada tanggal 19 November 1981. Setelah itu, pada awal bulan Januari 1982, Oum Hadjer juga jatuh. Kota ini hanya terletak sejauh 160 km dari Ati, yang merupakan kota besar terakhir yang memisahkan pasukan Habré dengan N'Djamena. GUNT sempat diselamatkan oleh IAF setelah mereka berhasil mempertahankan Ati.

Akibat serangan yang dilancarkan oleh Habré, Organisasi Kesatuan Afrika meminta GUNT untuk memulai perundingan rekonsiliasi dengan Habré, tetapi permintaan tersebut ditolak oleh Goukouni dengan nada penuh amarah. Nantinya ia berkata:

Pada bulan Mei 1982, FAN memulai serangan terakhir dan tidak dihalangi oleh penjaga perdamaian di Ati dan Mongo. Penolakan IAF untuk melawan Habré membuat Goukouni murka, sehingga ia berupaya untuk memulihkan hubungannya dengan Libya dan mendatangi Tripoli pada tanggal 23 Mei 1982. Namun, Gaddafi masih kesal dengan pengalamannya pada tahun sebelumnya, sehingga ia menyatakan kenetralan Libya.

Pasukan GUNT mencoba untuk bertahan di Massaguet yang terletak 80 km di sebelah utara N'Djamena, tetapi mereka dikalahkan oleh oleh FAN pada tanggal 5 Juni 1982 setelah terjadinya pertempuran yang sengit. Dua hari kemudian, Habré memasuki N'Djamena tanpa adanya perlawanan, sehingga ia menjadi pemimpin de facto Chad, sementara Goukouni melarikan diri dari Chad dan mencari perlindungan di Kamerun.

Setelah wilayah ibu kota berhasil diduduki, Habré mulai mengkonsolidasikan kekuasaannya dengan menduduki wilayah Chad yang tersisa. Dalam waktu enam minggu, ia menguasai Chad selatan dan menghancurkan FAT. Kamougué mengharapkan bantuan dari Libya, tetapi harapan tersebut pupus. Satu-satunya wilayah Chad di sebelah selatan Jalur Aouzou yang tidak ditaklukan oleh Habré adalah wilayah Tibesti.