Jabarkan Sejarah selanjutnya dari Gereja Asiria Timur

Pada waktu kedatangan para pengungsi Nestorian dari Edessa, prelatus yang sedang menjabat adalah Babaeus atau Babowai (kadang kala disebut pula 'Babai', jangan disamakan dengan 'Babai Agung') (457–484), yang tampaknya menerima mereka dengan tangan terbuka. Akan tetapi Bar Sauma, yang saat itu menjabat sebagai uskup Nisibis, kota penting terdekat dari Edessa, berselisih dengan sang Katolikos yang lemah itu, yang telah dijatuhkannya dalam Sinode Beth Lapat, April 484. Pada tahun yang sama Babowai didakwa di hadapan raja telah berkonspirasi dengan Konstantinopel dan dengan kejam dijatuhi hukuman mati.

Dalam Sinode Beth Lapat, diputuskan pula bahwa para biarawan dan seluruh pejabat Gereja mesti menikah. Keputusan tersebut mengakibatkan kemurtadan serta melemahnya kehidupan spiritual, sehingga pada kira-kira tahun 544 beberapa perubahan hasil keputusan sinode itu dikembalikan ke keadaan semula. Kontra-perubahan ini mencapai puncaknya pada tahun 571 ketika Abraham Agung dari Kashkar mendirikan sebuah biara baru di Gunung Izla dekat Nisibis guna menghidupkan kembali gerakan monastik yang ketat, dan Henana dari Adiabene menjadi kepala sekolah teologi Nisibis. Henana kemudian keluar dari tradisi Antiokhia Theodorus dan secara terang-terangan mengikuti ajaran Origenes. Para uskup gagal dalam usaha-usaha mereka untuk menyensor dan mengecam Henana karena adanya proteksi pihak kerajaan sehingga dia tetap menjabat sebagai kepala sekolah, sekalipun hampir semua murid telah meninggalkan sekolah itu.

Perang-perang dalam kurun waktu 610–628 antara Persia dan Byzantium memperlemah pengaruh politik Gereja Asiria sehingga beberapa keuskupan dan desa berpindah ke tangan kaum Monofisit. Gereja Asiria tidak diizinkan memilih seorang Katolikos baru, dan tradisi teologisnya digerogoti oleh Henana. Babai Agung bersama Diakon Agung Mar Aba mengatur Gereja tanpa wewenang sebagai Katolikos. Akan tetapi dalam jabatan resminya sebagai 'penilik biara-biara di Utara' Babai memiliki wewenang untuk menyidik ortodoksi para rahib dan biara-biara di Mesopotamia Utara dan untuk menegakkan disiplin. Secara khusus, dia menyingkirkan para rahib yang telah menikah.

Babai Agung dan rekan-rekan rohaniwannya bersusah-payah mempertahankan peninggalan Theodorus: sekolah-sekolah teologi tandingan didirikan di Nisibis dan Balad, serta biara Mar Abraham, yang dikepalai Babai, beranggotakan sejumlah pelajar dari sekolah teologi Nisibis. Babai sendiri menulis sejumlah besar komentar dan Hagiografi untuk melawan kaum Monofisit dan Henana yang menganut ajaran Origenes, serta mengembangkan satu-satunya Kristologi Asiria yang sistematis. dia mengajarkan bahwa kedua qnome (esensi) itu tidak berbaur namun manunggal kekal dalam satu parsopa (personalitas) Kristus.

Jerih payah mereka membuahkan hasil: dalam pertemuan para uskup pada tahun 612, ajaran-ajaran Theodorus dikanonisasikan. Dengan segerea tulisan-tulisan dan Kristologi Babai menjadi normatif, dan tulisan-tulisan Henana menjadi terabaikan. Monastisisme Asiria termurnikan dan tumbuh subur. Gereja ini terbukti terorganisir dengan baik selama penaklukan bangsa Arab yang mengikuti perang Byzantium-Persia, dan berkembang selama berabad-abad kemudian.