Jabarkan 1990-an dari Michelle Pfeiffer

Pfeiffer mengambil peran sebagai editor buku asal Soviet Katya Orlova dalam film tahun 1990 berjudul The Russia House karya John le Carré. Film yang diangkat dari novel dengan judul yang sama  juga dibintangi oleh Sean Connery. Perannya mengharuskannya mengadopsi aksen Rusia. Ia mendapatkan nominasi Golden Globe untuk Penampilan Terbaik oleh Aktris dalam Film - Drama. Pfeiffer kemudian mendapatkan peran pelayan bernama Frankie dalam film berjudul Frankie and Johnny karya Garry Marshall (1991), sebuah film yang diadaptasi dari drama Broadway oleh Terrence McNally berjudul Frankie dan Johnny di Clair de Lune, yang menyatukannya kembali dengan lawan mainnya dari Scarface, Al Pacino. Pemilihannya untuk memerankan karakter itu dianggap kontroversial oleh banyak orang, karena Pfeiffer dianggap terlalu cantik untuk menjadi pelayan "biasa." Kathy Bates yang memerankan Frankie di Broadway, juga menyatakan kekecewaannya atas pilihan produser.  Pfeiffer sekali lagi dinominasikan untuk Golden Globe Award untuk Aktris Terbaik - Film Drama untuk penampilannya.

Pada 1990, Pfeiffer membentuk perusahaan produksi film butiknya sendiri dengan nama Via Rosa Productions, yang berjalan untuk 10 tahun. Perusahaan mengizinkannya untuk memproduksi dan / atau membintangi film yang dirancang untuk wanita. Dia meminta sahabatnya Kate Guinzburg untuk menjadi mitra produksi di perusahaan. Keduanya bertemu di lokasi syuting film Sweet Liberty (1986) dan dengan cepat menjadi teman. Kate adalah Koordinator Produksi di film dan menjadi dekat dengan Pfeiffer selama syuting. Via Rosa Productions memiliki kesepakatan dengan Touchstone Pictures, yang dimiliki The Walt Disney Studios. Film pertama yang diproduksi duo ini adalah drama independen berjudul Love Field yang dirilis pada akhir 1992. Untuk perannya sebagai ibu rumah tangga Dallas yang eksentrik, ia mendapatkan nominasi untuk Academy Award untuk Aktris Terbaik dan Golden Globe untuk Aktris Terbaik - Drama dan memenangkan Silver Bear untuk Aktris Terbaik di Festival Film Internasional Berlin ke-43.

Pfeiffer mengambil peran Catwoman dalam film superhero oleh Tim Burton dengan judul Batman Returns (1992) dimana ia bermain dengan Michael Keaton dan Danny DeVito, setelah Annette Bening menggundukan diri karena kehamilan. Untuk peran Catwoman, ia berlatih seni bela diri dan kickboxing. Pfeiffer telah menerima pujian universal untuk peran tersebut, dan penampilannya secara konsisten disebut sebagai penggambaran Catwoman terbaik sepanjang masa oleh para kritikus dan penggemar, dan juga merupakan salah satu pertunjukan yang paling dihargai dalam kariernya. Batman Returns sukses besar dan meraup US $ 266 juta di seluruh dunia (setara dengan $ 484,6 juta pada 2019)).

Dalam film drama oleh Martin Scorsese dengan judul The Age of Innocence (1993), sebuah film adaptasi dari novel oleh Edith Wharton tahun 1920, Pfeiffer bermain bersama Daniel Day-Lewis dan Winona Ryder, memerankan seorang Countess di New York City pada 1870-an. Untuk perannya, ia menerima Penghargaan Elvira Notari di Festival Film Venice, dan nominasi Golden Globe untuk Aktris Terbaik - Film Bergerak. Masih pada tahun yang sama, ia dianugerahi Women in Film Los Angeles' Crystal Award untuk kontribusunya  membantu memperluas peran wanita dalam industri hiburan.

Setelah mendirikan perusahaan produksinya pada tahun 1990, Pfeiffer melihat kesempatan ekspansi secara profesional sebagai produsen. Sementara ia terus berakting sepanjang dekade itu, ia dan rekan produsernya Guinzburg mendapatkan kemenangan beruntun dalam memproduksi film di bawah Via Rosa Productions. Dalam film horor tahun 1994 berjudul Wolf, ia bermain bersama Jack Nicholson. menggambarkan seorang penulis yang menjadi manusia serigala pada malam hari. Film ini sukses secara komersial dengan pendapatan US $ 65 juta (setara dengan $ 112,1 juta pada 2019) di box office domestik dan US $ 131 juta di seluruh dunia (setara dengan $ 226 juta pda 2019).

Peran Pfeiffer selanjutnya adalah sebagai seorang guru sekolah menengah dan mantan Marinir Amerika Serikat bernama LouAnne Johnson dalam drama Dangerous Minds (1995), yang diproduksi di bawah perusahaannya Via Rosa Productions. Dia juga muncul sebagai karakternya dalam video musik untuk singel utama soundtrack dengan judul "Gangsta's Paradise" oleh Coolio, menampilkan L.V. Lagu tersebut memenangkan Grammy Award 1996 untuk Pertunjukan Solo Rap Terbaik, dan video itu memenangkan Penghargaan Musik Video MTV untuk Video Rap Terbaik. Sementara Dangerous Minds menerima ulasan negatif, film itu sukses dalam box office, meraup US $ 179,5 juta di seluruh dunia. Kemudian Pfeiffer memerankan Sally Atwater dalam drama romantis Up Close & Personal (1996), bersama Robert Redford.

Pfeiffer kemudianmengambil peran Gillian Lewis dalam To Gillian on Her 37th Birthday (1996), yang diadaptasi oleh suaminya David Kelley dari drama oleh Michael Brady dengan judul yang sama. Di bawah Via Rosa Productions, Pfeiffer dan Guinzburg memproduksi film One Fine Day (1996), A Thousand Acres (1997), dan The Deep End of the Ocean (1998). Dia menjadi pengisi suara untuk Tzipporah dalam film animasi The Prince of Egypt (1998). Dia juga menjabat sebagai eksekutif  produser dan bermain sebagai arsitek dan juga ibu bernama Melanie Parker dalam komedi romantis One Fine Day (1996) dengan George Clooney. Peran berikutnya termasuk Rose Cook Lewis dalam film adaptasi dari novel pemenang Hadiah Pulitzer oleh Jane Smiley dengan judul A Thousand Acres (1997) dengan Jessica Lange dan Jennifer Jason Leigh. Ia juge berperan sebagai Beth Cappadora di The Deep End of the Ocean (1998) yang bercerita tentang pasangan yang sudah menikah yang kemudian putranya yang diculik sembilan tahun lalu. Peran lainnya adalah Titania the Queen of the Fairies dalam A Midsummer Night's Dream (1999) bersama Kevin Kline, Rupert Everett dan Stanley Tucci. Katie Jordan adalah peran yang dimainkannya dalam drama komedi oleh Rob Reiner berjudul The Story of Us (1999) yang ia bintangi bersama Bruce Willis.