Jabarkan Diangkat sebagai shogun dari Minamoto no Yoritomo

Pada 3 November 1189, Yoritomo menerima surat dari istana yang berisi pujian atas kesuksesan penaklukan Ōshū. Surat tersebut sekaligus memberi jabatan baru yang ditolak oleh Yoritomo. Setahun kemudian, 3 Oktober 1190, Yoritomo akhirnya berangkat dari Kamakura menuju Kyoto, dan memasuki ibu kota pada 7 November 1190 dengan membawa sekitar seribu prajurit berkuda. Yoritomo tinggal di rumah kediaman yang baru dibangunnya di lokasi bekas kediaman Taira no Kiyomori di Rokuhara.

Pada 9 November 1190, Yoritomo menghadap mantan Kaisar Go-Shirakawa yang memintanya untuk menerima jabatan Dainagon. Yoritomo menolak dan kembali ke kediamannya di Rokuhara setelah bertemu dengan Kaisar Go-Toba. Setelah beberapa kali menolak jabatan tinggi yang memang tidak diinginkannya, Yoritomo memutuskan untuk kembali ke Kamakura.

Pada 26 April 1192, mantan Kaisar Go-Shirakawa mangkat. Yoritomo diangkat sebagai Sei-i Taishōgun pada tanggal 21 Agustus 1192 tanpa ada pihak yang menghalangi. Pemerintahan militer yang didirikan Yoritomo di Kamakura dikenal sebagai Keshogunan Kamakura.

Pada 28 Mei 1193, sewaktu para Gokenin sedang berburu di Provinsi Suruga, seorang Gokenin bernama Kudō Suketsune dibunuh sebagai Pembalasan Dendam Soga Bersaudara. Berita kematian Suketsune menimbulkan kegemparan, dan sampai di Kamakura sebagai kabar terbunuhnya Yoritomo. Hōjō Masako sangat terkejut mendengar berita kematian suaminya dan berusaha ditenangkan oleh Noriyori. Sekembalinya di Kamakura, Yoritomo menuduh Noriyori ingin memberontak, dan memaksa Noriyori untuk menulis surat pernyataan setia. Di akhir surat, Noriyori menulis namanya sebagai Minamoto no Noriyori. Yoritomo makin bertambah marah karena nama klan Minamoto hanya boleh dipakai oleh dirinya sendiri. Noriyori mengutus seorang pengikutnya, Taima Tarō untuk menyelinap ke ruang tidur Yoritomo namun tertangkap. Hukuman buang ke Izu dijatuhkan kepada Noriyori, walaupun setelah itu juga dikabarkan dihukum mati.

Di puncak kekuasaannya, Yoritomo mengunjungi kuil-kuil yang sudah selesai dibangun kembali, termasuk di antaranya Kuil Tōdaiji, menghadiri upacara resmi, dan menjadi penengah dalam pertikaian. Pada tahun 1194, Yoritomo menjatuhkan hukuman mati bagi seorang Gokenin berpengaruh, Yasuda Yoshisada yang dituduh memberontak. Pada bulan Maret 1195, Yoritomo melangsungkan ajang kompetisi Yabusame yang diikuti para Gokenin di kuil Sumiyoshi Taisha, Provinsi Settsu. Selanjutnya, Yoritomo bermaksud menikahkan anak perempuannya, Putri Ō dengan Kaisar Go-Toba. Keinginan Yoritomo tidak terlaksana akibat ditentang banyak pihak.

Di akhir tahun 1198, Yoritomo jatuh sakit di tengah perjalanan pulang dari upacara di jembatan Sungai Sagami. Ada berita yang mengatakan Yoritomo terjatuh dari kuda, walaupun tidak bisa dipastikan kebenarannya. Pada tahun berikutnya, 17 Februari 1199, Yoritomo ditahbiskan sebagai biksu dan meninggal dua hari kemudian, 19 Februari 1199 pada usia 53 tahun.