Jabarkan Ketidakpuasan terhadap klan Taira dari Taira no Kiyomori

Kiyomori terus berusaha memperluas kekuasaan dengan mengawinkan putrinya yang bernama Taira no Noriko dengan Kaisar Takakura. Perkawinan ini menjadikan Kiyomori sebagai anggota keluarga kekaisaran. Selain itu, Kiyomori mengawinkan sejumlah anak perempuannya dengan pejabat tinggi istana. Putrinya yang bernama Taira no Moriko dikawinkan dengan Fujiwara Motozane yang merupakan bangsawan tingkat tertinggi (sekkanke) dari klan Fujiwara. Kaisar Goshirakawa dan pemerintahan yang dikendalikannya dari balik biara mulai merasa terancam dengan usaha Kiyomori memperluas pengaruh di dalam pemerintahan.

Pertentangan antara Kiyomori dan pihak istana makin memuncak hingga pecah peristiwa Persekongkolan Shishigatani pada bulan Juni 1177. Kaisar Goshirakawa dan pengikutnya bertemu di Shishigatani untuk membicarakan rencana menggulingkan klan Taira. Kiyomori mengutus seorang mata-mata yang menyamar sebagai pengikut Kaisar Goshirakawa dan ikut serta dalam perundingan, sehingga rencana ini bocor. Kiyomori mengambil tindakan balasan dengan menghukum mati pengikut Kaisar Goshirakawa yang bernama Fujiwara no Saikō dan mengirim Fujiwara no Narichika ke pembuangan di Bitchū. Selain itu, biksu Shunkan diasingkan ke Pulau Kikaigashima yang terletak di selatan Kyushu. Atas tindakan Kiyomori, Kaisar Goshirakawa sama sekali tidak bereaksi.

Tahun 1179 merupakan tahun kemalangan bagi Kiyomori. Di bulan Juni, putri keduanya yang bernama Moriko meninggal, dan tanah bangsawan (shoen) yang dimilikinya disita Kaisar Goshirakawa. Di bulan Juli, Taira no Shigemori, putra pewaris Kiyomori yang masih berusia usia 42 tahun meninggal karena sakit. Setelah Shigemori meninggal, Provinsi Chigyō (Provinsi Echizen) yang menjadi wilayah kekuasaan putranya ikut disita tanpa kaisar memberi tahu Kiyomori lebih dulu.

Kiyomori menjadi sangat marah karena keberadaannya tidak lagi diperhitungkan Kaisar Goshirakawa. Pada 14 November 1179, Kiyomori bertindak sebagai panglima bagi pasukan yang berkumpul di Fukuhara (sekarang disebut Kobe) dalam rencananya merebut ibu kota Kyoto. Kudeta dilancarkan Kiyomori pada keesokan harinya. Dimulai dari Fujiwara no Motofusa, sejumlah 39 pejabat senior istana yang menentang klan Taira dipecat. Sebagai penggantinya, Kiyomori menugaskan para bangsawan yang pro klan Taira.

Walaupun sudah memohon pengampunan kepada Kiyomori, Kaisar Goshirakawa tetap dikenakan tahanan rumah. Pemerintahan Kaisar Goshirakawa jatuh, dan Kiyomori memulai pemerintahan otokrasi yang disebutnya Pemerintahan klan Taira. Pada bulan Februari 1180, Kiyomori memaksa Kaisar Takakura untuk turun tahta dan mengangkat cucunya sebagai Kaisar Antoku. Ibu dari Kaisar Antoku adalah Taira no Noriko (putri sulung Kiyomori). Sejak itu pula, klan Taira mencapai puncak keemasan dengan wilayah kekuasaan yang mencakup lebih dari setengah wilayah Jepang.