Jabarkan Sungai Lereng dari Sungai Bogowonto

Di wilayah Kabupaten Wonosobo sungai ini melewati Kecamatan Sapuran, dan Kecamatan KepilSementara di Kabupaten Purworejo melintasi Kecamatan Bener, Kecamatan Loano, Kecamatan Purworejo, Kecamatan Bagelen, Kecamatan Banyuurip dan Kecamatan Purwodadi. Di Era Kerajaan Hindu-Buddha, sungai Bhagawanta merupakan batas alam antara Kerajaan Tarumanagara di sebelah barat dan Kerajaan Medang di sebelah timur. Saat ini Sungai Bogowonto merupakan batas alam bagian barat bagi Daerah Istimewa Yogyakarta dengan wilayah Bagelen (sekarang Kabupaten Purworejo). Bagian hilir daerah aliran sungai ini juga sering dilanda banjir pada musim penghujan. Topografi aliran sungai ini sangat beragam: banyak terdapat batu-batu besar dan palung yang dalam. Sungai ini juga berperan dalam sejarah perkembangan Kota Purworejo. Hal tersebut karena di aliran sungai ini pernah ditemukan prasasti tentang Kota Purworejo.