Jabarkan Akhir Season 1 dari Setsuna F. Seiei

Setelah Exia menghancurkan Alvaaron (mobile suit milik duta besar PBB saat itu, Alejandro Corner) tiba-tiba muncul GN-Flag(nickname untuk Union Flag yang dimiliki Graham Aker, dengan tambahan GN Drive Tau) datang menyerang Setsuna yang masih mengambil napas. Graham yang saat itu telah bertatapan dengan Setsuna untuk kedua kalinya, ia menyatakan "kecintaannya" pada Gundam, dan ia semakin iri dengan hubungan batin antara mesin dan manusia, seperti Exia dan Setsuna. Tak lupa ia berniat membalaskan dendan kawan-kawan seperjuangannya, para pilot Union Flag, yang telah tewas. Terjadi pertarungan adu pedang antara beam-saber GN-Flag dengan GN Sword Exia hingga kepala mobile suit mereka berdua juga ikut terpotong. Tak lama setelah itu mereka berhadapan dan terjadilah tusuk-menusuk yang mengakibatkan GN-Flag dan Exia meledak.

Dikabarkan, Setsuna F Seiei akan muncul kembali di season 2, mengingat perannya sebagai karakter utama sekaligus protagonis. Ia akan mempiloti GN-001 Gundam Exia dan GN-000 00 Gundam, satu-satunya Gundam generasi keempat yang ada di serial ini. Terlihat di trailer keempat Season 2 dari acara ini, ia membawa Gundam Exia yang memiliki bagian mouthplate yang rusak dan memiliki sebuah jubah di bahu kirinya.