Jabarkan Season 2 dari Optimus Prime

Selain Dinobots, Optimus juga berperan besar atas terciptanya Aerialbots, yang mulai muncul di season kedua. Dimana tim ini sempat memusingkan Optimus dan rekan Autobots-nya, atas ulah mereka yang sombong. Namun pada suatu kesempatan di Cybertron, Aerialbots (yang diperdaya oleh Megatron dengan mengirimnya kembali ke masa lalu) menjadi saksi mata atas terciptanya Optimus Prime oleh Alpha Trion, dan setelah kejadian tersebut, para Aerialbots menjadi sadar atas apa yang terjadi baik pada masa dulu maupun pada masa sekarang.

Optimus juga sempat diburu oleh seorang pemburu ambisius bernama Lord Chormondeley (dalam episode A Prime Target), Setelah berhasil mencuri sebuah jet tempur Uni Soviet, ia lalu menginginkan kepala Optimus, karena akan berharga jutaan dollar. Ia lantas menculik beberapa anggota Autobots untuk memancing datangnya Optimus. Namun di luar dugaan, semua trik tipuan Chormondeley berhasil dihancurkan oleh Optimus. Dengan bantuan dua Decepticons Triple Changers, Astrotrain dan Blitzwing yang berpura-pura memihak Chormondeley, Optimus Prime akhirnya bisa mengalahkan pemburu ambisius ini.

Dalam episode The Revenge of Bruticus, Optimus berkerjasama dengan Megatron untuk menghentikan aksi Combaticons yang berniat akan menabrakan Cybertron dengan Bumi. Wheeljack dan Ratchet kemudian menciptakan sebuah alat yang diciptakan dari komponen Optimus dan Megatron. Dengan alat itu, kombinasi Optimus dan Megatron akhirnya mampu mengalahkan Combaticons bersama sang kreator, Starscream.