Jabarkan Sebelum Gundam SEED dari Athrun Zala

Pada tahun 61 Cosmic Era (C.E.), Patrick Zala mengirim Athrun untuk masuk ke sebuah sekolah di sebuah kota di Bulan, Copernicus. Di sini, ia bertemu dengan Kira Yamato dan akhirnya menjadi sahabat. Pada tahun 68, Patrick pun memanggil kembali Athrun dari Copernicusk ke PLANT. Sebelum berpisah dengan Kira, ia memberikan Torii, sebuah robot berbentuk burung berwarna hijau-kuning kepada Kira Yamato.

Setelah kembali ke PLANT, Athrun pun mendapati dirinya telah ditunangkan (dijodohkan untuk kepentingan politik) oleh ayah mereka dengan Lacus Clyne, salah seorang idola di PLANT. Menurut novel Gundam SEED, Lacus Clyne adalah perempuan yang pernah mendapatkan ciuman pertama (di pipi) dari Athrun. Athrun membuat banyak robot berbentuk bola yang dapat berbicara (walaupun tidak beraturan), yang disebut dengan Haro, dan memberikannya kepada Lacus, yang kemudian Lacus memberi nama kepada setiap Haro tersebut sesuai dengan warnanya. Hubungan mereka lebih terlihat seperti hubungan persahabatan yang saling menghargai.

Athrun bergabung dengan militer ZAFT karena ibunya tewas terbunuh di dalam insiden Valentine Berdarah, yang disebabkan oleh serangan nuklir oleh Earth Alliance pada saat perang dimulai. Di antara semua anggota skuat Le Kluezze, Athrun adalah satu-satunya pilot yang memiliki pemikiran berbeda dengan orang tuanya, dan menjadi sahabat dengan Nicol Amalfi dan Rusty Mackenzie.

Athrun digambarkan menjadi seorang ahli dalam menggunakan pistol dan bertarung dengan tangan. Ia bahkan selalu mengenai area vital pada saat menembak target, atau menembak senjata dari orang yang tidak ingin dilukainya (meskipun tidak selalu menjadi percoban pertama). Ia adalah pilot mobile suit yang sangat kuat, dan ketika berada di dalam mode SEED, ia tidak terkalahkan.

Keterlibatannya di Perang Valentine Berdarah pertama

Pencurian mobile suit di Heliopolis

Morgenraete, Inc. secara diam-diam mengembangkan lima buah prototipe mobile suit untuk Earth Alliance dalam sebuah markas yang tersembunyi di dalam sebuah koloni yang bersifat netral, Heliopolis. Mobile suit tersebut ditujukan untuk menandingi teknologi ZAFT yang lebih maju.

ZAFT, melalui komandan Raww Le Kluezze pun menyerang markas tersebut dengan tujuan untuk mencuri semua mobile suit tersebut selama penyerangan. Akan tetapi satu mobile suit gagal menjadi milik ZAFT, akibat orang yang ditugasi untuk mencurinya, Rusty Mackenzie tewas terbunuh. Athrun sendiri berhasil mencuri prototipe GAT-X303 Aegis Gundam. Selama penyerangan dilakukan, ia bertemu kembali dengan Kira Yamato, yang pada waktu itu merupakan orang sipil Heliopolis. Kira pun menjadi pilot GAT-X105 Strike Gundam yang gagal dicuri oleh Rusty, untuk melindungi kawan-kawannya dan para orang sipil lainnya. Pada konflik terakhirnya, Heliopolis pun hancur.