Jabarkan Kedaulatan Muiska yang tersisa dari Muiska

Struktur Muiska menghilang ketika Spanyol datang yang membawa sistemnya sendiri. Wilayah Muiska di area yang subur Andes yang membuat mereka memiliki peradaban tinggi dipilih oleh Spanyol untuk memimpin negara baru yang diberi nama "Nuevo Reino de Granada". Keadaan ini menyebabkan tersingkirnya masyarakat atas, pendeta Muiska. Hanya Capitanias yang tersisa. Area terbaik digunakan untuk orang Spanyol dan mereka membangun perumahan untuk warga asli dan mempekerjakannya sebagai pekerja ladang yang disebut encomiendas. zaman penjajahan membuat pentingnya Santafé, Bacatá kuno, sebagai pusat perjuangan kemerdekaan dan konsolidasi republik. Perang kemerdekaan dilakukan oleh tiga negara (Kolombia dengan Panamá, Venezuela dan Ecuador), yang dipimpin oleh Creoles, yang turunan dari penjajah. Dalam banyak kasus yang berperang adalah warga asli, bangsa Afrika sebagai prajurit melawan pasukan terlatih kerajaan Spanyol.