Jabarkan Puncak kejayaan dari Keshogunan Kamakura

Setelah Yoritomo meninggal secara mendadak di bulan Februari 1199, jabatan shogun diteruskan oleh putra pewarisnya yang bernama Minamoto no Yoriie. Sewaktu diangkat sebagai shogun, Yoriie masih berusia 18 tahun dan pihak keshogunan menganggapnya belum mampu mengendalikan pemerintahan. Sebagai wakil Yoriie, pemerintah dijalankan Dewan 13 Gokenin yang sebagian besar anggotanya berasal dari klan Hōjō yang merupakan kerabat Yoriie dari pihak ibu (Hōjō Masako). Pasangan bapak-anak Hōjō Tokimasa dan Hōjō Yoshitoki satu per satu menyingkirkan Gokenin yang berpengaruh, termasuk Kajiwara Kagetoki pada tahun 1200, dan Hiki Yoshikazu beserta anggota keluarganya pada tahun 1203.

Pada tahun 1203, Yoriie sakit keras dan kakek dari pihak ibu, Tokimasa mengirimnya ke Provinsi Izu dan dikenakan tahanan rumah (diasingkan). Setelah mengangkat adik Yoriie, Minamoto no Sanetomo sebagai shogun berikutnya dan penguasa Kamakura, Tokimasa membunuh Yoriie pada tahun 1204. Selanjutnya, Tokimasa diangkat sebagai pejabat Shikken yang bertugas sebagai pendamping shogun, dan pada praktiknya sebagai pemegang kendali kekuasaan. Pada tahun berikutnya (1205), Tokimasa berusaha menjadikan menantunya, Hiraga Tomomasa sebagai shogun, sehingga musuh Tomomasa yang bernama Hatakeyama Shigetada dibunuh. Selanjutnya, Tokimasa berusaha menyingkirkan Sanetomo, tetapi tindakan ini ditentang oleh putra-putrinya sendiri, Hōjō Yoshitoki dan Hōjō Masako (ibu Sanetomo). Dengan dukungan Gokenin yang berpengaruh, Tokimasa dipaksa untuk mengundurkan diri dari dunia politik, sedangkan Hiraga Tomomasa dibunuh.

Hōjō Yoshitoki diangkat sebagai pejabat shikken berikutnya. Pada masa jabatannya, kekuasaan klan Hōjō menjadi semakin kokoh, tetapi mendapat musuh baru, yakni Wada Yoshimori (kepala Samurai Dokoro) dan pengikutnya. Sesuai dengan rencana Yoshitoki, Wada Yoshimori beserta keluarganya dihabisi dalam Pertempuran Wada tahun 1213. Setelah itu, pemerintah Keshogunan Kamakura terus dirongrong pemberontakan, dan berpuncak pada terbunuhnya shogun ke-3 Minamoto no Sanetomo. Garis keturunan utama Minamoto no Yoritomo terputus dengan tewasnya Sanetomo. Pihak Keshogunan Kamakura meminta bantuan kaisar untuk menunjuk salah seorang pangeran sebagai shogun. Permintaan tersebut ditolak mantan kaisar Go-Toba, sehingga kerabat jauh Yoritomo dari keluarga Sekkan (aristokrat) yang masih kanak-kanak, Fujiwara no Yoritsune diangkat sebagai shogun baru. Yoritsune dan dua generasi shogun berikutnya disebut Sekke Shogun (shogun dari kalangan aristokrat), sedangkan pada praktiknya, pemerintahan tetap berada di tangan klan Hōjō.