Jabarkan Akademik dari Universitas Nasional San Marcos

Fakultas asli di San Marcos adalah Teologi, Seni (istilah Skolastik lama untuk apa yang sekarang dikenal sebagai Filsafat akademik), Hukum; Yurisprudensi, dan Kedokteran yang ditambahkan pada masa kolonial. Fakultas Ilmu Pengetahuan Alam dan Fakultas Ekonomi dan Perdagangan didirikan pada pertengahan abad ke-19. Fakultas Sains dibagi lagi berdasarkan spesialisasi pada abad ke-20.

Fakultas Teologi memperoleh otonomi dan ditutup pada tahun 1935. Tetapi saat ini berfungsi sebagai lembaga Katolik yang berafiliasi dengan sistem universitas Peru seperti "Fakultas Kepausan dan Teologi Sipil Lima" atau Universitas Katolik San José.

Pada pertengahan 1990-an, departemen San Marcos dikelompokkan menjadi empat blok akademik. Saat ini, fakultas San Marcos dikelompokkan menjadi 6 bidang akademik.