Jabarkan Menjadi Gubernur Kaltim dari Abdoel Moeis Hassan

Pada tanggal 30 Juni 1962 Presiden Sukarno menetapkan Abdoel Moeis Hassan sebagai Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur dengan Keputusan Presiden Nomor 260/M tahun 1962. Kemudian Menteri Dalam Negeri Ipik Gandamana melantiknya pada 10 Agustus 1962 dalam Sidang Istimewa DPRD Kalimantan Timur. Program pertama yang dihasilkannya adalah pendirian Universitas Kalimantan Timur pada 27 September 1962 yang berubah menjadi Universitas Mulawarman di Samarinda.

Pada tahun 1965, walaupun ia yang menggagas penghapusan sistem kesultanan, namun ia tidak membiarkan adanya gerakan radikal yang hendak menghancurkan keraton peninggalan Kesultanan Kutai di Tenggarong. Ia memerintahkan Kepala Kejaksaan Negeri Samarinda untuk mengamankan bangunan keraton tersebut. Ia juga mengirimkan polisi Banjar ke Tenggarong untuk mencegah massa dan tentara suruhan Panglima Kodam IX Mulawarman Mayjen Soehario Padmodiwirio yang hendak membakar keraton Kutai.

Pada tahun 1966 sekelompok massa berunjuk rasa menuntut Abdoel Moeis Hassan mundur dari jabatan Gubernur Kalimantan Timur. Massa menuduhnya sebagai pengurus Partai Nasional Indonesia yang pro-Partai Komunis Indonesia (PKI), yang dituding sebagai pelaku Gerakan 30 September. Tuduhan ini tidak terbukti dan Menteri Dalam Negeri Basuki Rahmat memintanya tetap menjabat Gubernur hingga selesai periodenya pada tahun depan, yakni 1967. Namun, ia tetap menyatakan berhenti sebagai Gubernur dalam Sidang Istimewa DPRD Kalimantan Timur pada 14 September 1966. Ia menyerahkan jabatan gubernur Kaltim kepada Mendagri. Usai pengunduran diri, Mendagri menugaskannya sebagai pegawai Departemen Dalam Negeri di ibu kota negara, namun nonjob atau tanpa jabatan.

Menjadi anggota MPR dan pensiun

Pada tahun pertama Soeharto resmi menjabat Presiden RI menggantikan Sukarno tahun 1968, Moeis Hassan diangkat sebagai anggota MPR mewakili PNI. Keanggotaannya di MPR Orde Baru seolah menegaskan bahwa selama menjadi Gubernur Kaltim ia memang tidak terlibat dalam kegiatan politik pro-PKI. Dalam hal ini, rezim Orde Baru sangat ketat dalam mengeliminasi orang-orang yang tertuduh PKI dengan hukuman pidana penjara atau eksekusi mati. Ia bekerja di Gedung Senayan itu selama dua tahun hingga 1970. Selanjutnya, ia ditempatkan sebagai Pegawai Tinggi diperbantukan Lembaga Penyelenggaraan Kesejahteraan Pegawai Republik Indonesia 1971–1976 untuk kemudian masuk masa persiapan pensiun.

Abdoel Moeis Hassan pernah mendapat tawaran untuk jabatan duta besar di salah satu negara di Amerika Latin tetapi ditolaknya.