Jabarkan Menjadi pasukan khusus ZAFT dari Athrun Zala

Setelah kembali ke ZAFT, Athrun pun diberi medali Nebula atas prestasinya menghancurkan Strike, dan menjadi pasukan khusus ZAFT yang berada langsung di bawah Dewan PLANT. Ia pun diberi ZMGF-X09A Justice Gundam sebagai pengganti Aegis, dan misi pertamanya adalah untuk mengambil kembali ZMGF-X10A Freedom Gundam yang dicuri oleh Kira Yamato dengan bantuan Lacus Clyne. Lacus pun dituduh sebagai pengkhianat karena dianggap memberikan informasi berharga mengenai operasi Spit Break dan tentunya Freedom. Tapi, Athrun tidak lantas memercayai hal itu hingga ia bertemu secara langsung dengan Lacus. Setelah bercakap-cakap, ia tersadarkan untuk apa ia bertarung, apakah untuk mendapatkan medali atau mengikuti perintah ayahnya. Lacus pada saat itu merujuk Athrun sebagai Athrun dari ZAFT. Dan setelah itu, ia bahkan menyelamatkan Lacus dari percobaan pembunuhan oleh beberapa agen.