Jabarkan Keruntuhan pemerintah baru dari Restorasi Kemmu

Pertengahan tahun 1335, pejabat kuge Saionji Kinmunedan kawan-kawan terungkap bersengkongkol untuk menggulingkan pemerintah. Mantan Kaisar Go-Fushimi dari garis keturunan Jimyō-in diduga berada di balik persekongkolan ini. Saionji Kinmune masih memiliki hubungan dengan klan Hōjō, dan menyembunyikan Hōjō Yasuie (adik Hōjō Takatoki). Pada akhirnya, Kinmune dihukum mati karena usaha pembunuhan Kaisar Go-Daigo yang gagal, sedangkan Hōjō Yasuie melarikan diri dan mengumpulkan sisa-sisa kekuatan klan Hōjō di daerah.

Setelah runtuhnya Keshogunan Kamakura, di berbagai daerah marak dengan kegiatan pemberontak, khususnya di provinsi yang dulunya diperintah klan Hōjō. Di Provinsi Shinano terjadi pemberontakan yang dipimpin Hōjō Tokiyuki (putra almarhum Hōjō Takatoki) bersama sang paman, Hōjō Yasuie. Keduanya berhasil menduduki Kamakura, dan mengusir penguasa Kamakura, Ashikaga Tadayoshi dalam peristiwa yang disebut Pemberontakan Nakasendai.

Ashikaga Takauji ingin berangkat ke Kamakura untuk memadamkan pemberontakan. Takauji meminta Kaisar Go-Daigo untuk mengangkatnya sebagai Sei-i Taishogun dan mengeluarkan perintah penangkapan atas Hōjō Tokiyuki. Kaisar Go-Daigo tidak mengabulkan permintaan Takauji, dan justru mengangkat Pangeran Narinaga sebagai Sei-i Taishogun.

Takauji tetap berangkat Kamakura walaupun tidak mendapat surat perintah dari kaisar. Kaisar Go-Daigo akhirnya mengangkat Ashikaga Takauji sebagai Seitō Shōgun. Di Kamakura, Pasukan Ashikaga berhasil mengusir pasukan Hōjō Tokiyuki, tetapi Ashikaga Takauji terus menduduki Kamakura dan tidak mau kembali ke Kyoto. Takauji membangkang surat perintah Kaisar Go-Daigo yang memerintahkannya kembali ke Kyoto. Dengan caranya sendiri, Takauji memberi hadiah kepada samurai yang menjadi anak buahnya. Tanah milik klan Nitta di wilayah Kanto disitanya dengan sewenang-wenang dan dibagi-bagikan kepada anak buahnya. Dalam pernyataannya, Takauji mengatakan bahwa di antara samurai yang setia terhadap kaisar, Nitta Yoshisada (kepala kantor prajurit Mushadokoro) yang memiliki kekuatan militer yang terbesar adalah pihak yang berbahaya bagi kaisar. Berdasarkan alasan tersebut, Takauji meminta izin Kaisar Go-Daido untuk menghancurkan Nitta Yoshisada dan pengikutnya.

Permintaan Takauji tidak dikabulkan Kaisar Go-Daigo. Sebaliknya, Kaisar Go-Daigo mengirimkan Nitta Yoshisada dan pasukan untuk menghabisi Takauji. Namun pasukan Nitta justru mengalami kekalahan besar dalam pertempuran melawan pasukan Ashikaga. Bulan pertama tahun 1336, pasukan Ashikaga memasuki Kyoto, sedangkan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei. Namun, Takauji dan pasukan Ashikaga kembali diusir untuk sementara dari Kyoto oleh Nitta Yoshisada dengan bantuan Kitabatake Akiie dan pasukan yang diturunkan dari Ōshu. Ashikaga Takauji dan pasukannya mengundurkan diri hingga ke Kyushu, tetapi kembali memberangkatkan pasukan ke Kyoto setelah menerima perintah mantan Kaisar Kōgon (dari garis keturunan Jimyō-in). Setelah pasukan kekaisaran takluk dalam Pertempuran Minatogawa di Provinsi Harima, pasukan Ashikaga kembali berhasil merebut ibu kota Kyoto, dan sekaligus menandai berakhirnya periode Restorasi Kemmu yang berlangsung selama dua setengah tahun.

Setelah menguasai Kyoto, Ashikaga Takauji mendirikan Istana Utara (Hokuchō) di Kyoto dengan Kaisar Kōmyō sebagai kaisar. Di pihak yang berlawanan, Kaisar Go-Daigo mengutus putranya, Pangeran Kaneyoshi ke Kyushu sebagai Seisei Shōgun, dan menugaskan Nitta Yoshisada ke Hokuriku di bawah komando Pangeran Tsunenaga dan Pangeran Takanaga. Selanjutnya, Kaisar Go-Daigo turun dari Gunung Hiei, dan berdamai dengan pihak Ashikaga. Tiga Harta Suci diserahkannya kepada Kaisar Kōmyō. Namun Kaisar Go-Daigo meloloskan diri dari Kyoto, dan mendirikan Istana Selatan (Nanchō) di Nara. Kaisar Go-Daigo menyatakan Tiga Harta Suci yang berada di tangan Kaisar Kōmyō sebagai barang palsu, dan mengklaim dirinya sebagai kaisar yang sah. Masa Jepang terbelah dua menjadi Istana Selatan dan Istana Utara disebut zaman Nanboku-cho (zaman Istana Utara-Istana Selatan) yang berlangsung sekitar 60 tahun hingga bersatunya Istana Selatan dengan Istana Utara pada tahun 1392.