Jabarkan Pengusutan dari Kasus Mortara

Pengadilan Padri Pier Feletti merupakan kasus kriminal besar yang pertama di Bologna setelah berada di bawah rezim baru. Pada tanggal 18 Januari 1860, Pejabat Kehakiman Francesco Carboni mengumumkan bahwa Padri Pier Feletti dan Letnan Kolonel Luigi De Dominicis akan diadili, tetapi Marsekal Pietro Lucidi dan Brigadir Giuseppe Agostini tidak akan diadili. Ketika dimintai keterangan oleh Francesco Carboni di penjara pada tanggal 23 Januari, Padri Pier Feletti mengungkap bahwa, sehubungan dengan tindakan pengambilan paksa atas diri Edgardo, ia hanya menjalankan perintah Jawatan Suci, "yang tidak pernah mengeluarkan satu pun maklumat tanpa persetujuan Sri Paus". Padri Pier Feletti selanjutnya mengulas kembali kasus Mortara menurut salah satu versi Gereja, bahwasanya "niat Edgardo untuk tetap memeluk agama Kristen tidak kunjung tergoyahkan", dan kini sedang giat belajar dengan penuh prestasi di Roma. Ia menyimpulkan bahwa suatu hari nanti Edgardo akan menjadi sosok "andalan dan kebanggaan" keluarga Mortara.

Pada tanggal 6 Februari, Momolo Mortara memberi keterangan sendiri yang nyaris sepenuhnya bertentangan dengan keterangan yang diberikan Padri Pier Feletti. Di Roma, menurut Momolo, Edgardo "merasa takut dan terintimidasi oleh kehadiran Rektor Wisma Katekumen, [tetapi] secara terang-terangan mengungkap keinginannya untuk pulang bersama kami". Francesco Carboni selanjutnya berkunjung ke San Giovanni in Persiceto untuk meminta keterangan Anna Morisi, yang mengaku berumur 23 tahun, padahal sesungguhnya 26 tahun. Anna Morisi mengungkapkan bahwa Edgardo jatuh sakit pada musim dingin tahun 1851–1852, saat baru berumur kurang lebih empat bulan. Ia ingat ketika itu keluarga Mortara duduk di samping buaian Edgardo dengan raut muka sedih dan "mendaraskan isi sebuah buku berbahasa Ibrani yang biasanya didaraskan orang Yahudi bilamana satu dari mereka sudah dalam sakratulmaut". Ia mengulangi pengakuannya bahwa pembaptisan darurat terhadap Edgardo dilakukannya atas anjuran Cesare Lepori, si pedagang bahan pangan, dan kemudian hari menceritakan perbuatannya kepada salah seorang pelayan keluarga tetangga yang bernama Regina, serta menambahkan bahwa ia juga menceritakan tindakan pembaptisan itu kepada saudari-saudarinya. Sama seperti sebelumnya, Cesare Lepori menyangkal terlibat dalam urusan itu, bahkan tidak ingat pada Anna Morisi. Orang yang disebut-sebut bernama Regina dalam penurutan Anna Morisi diidentifikasi sebagai Regina Bussolari. Kendati Anna Morisi mengaku sudah menceritakan seluruh kejadian kepadanya, Regina Bussolari menegaskan bahwa ia tidak tahu apa-apa mengenai kasus itu. Regina Bussolari mengaku berbincang dengan Anna Morisi "cuma sekali dua kali, bilamana ia naik ke gudang untuk mengambil barang", dan tidak pernah membincangkan apa-apa mengenai anak-anak keluarga Mortara.

Elena Pignatti, majikan baru Anna Morisi sesudah berhenti bekerja di rumah keluarga Mortara pada tahun 1857—keterangannya tentang kelakuan buruk Anna Morisi turut dimasukkan ke dalam surat banding yang diajukan keluarga Mortara kepada Sri Paus—memberi kesaksian sebagai berikut:

Elena Pignatti mengaku pernah melihat sendiri Edgardo terbaring sakit, dan Marianna duduk di samping buaiannya—"waktu itu ibunya menangis dan mencemaskan keselamatan nyawanya, sehingga saya menyangka anak itu sudah sekarat, juga karena saya lihat matanya terpejam, dan badannya tidak bergerak." Elena menambahkan pula bahwa selama tiga bulan bekerja di rumahnya menjelang akhir tahun 1857, Anna Morisi sudah empat atau lima kali dipanggil ke San Domenico, dan pernah mengaku dijanjikan harta sesan oleh si inkuisitor.

Penyangkalan Regina Bussolari terhadap pernyataan bahwa ia pernah berbincang tentang pembaptisan dengan Anna Morisi membangkitkan keingintahuan mengenai siapa sesungguhnya yang pertama kali menyampaikan selentingan itu kepada si inkuisitor. Pada tanggal 6 Maret, Francesco Carboni sekali lagi meminta keterangan dari Anna Morisi. Ketika diberi penjelasan oleh Francesco Carboni bahwa kesaksiannya tidak bersesuaian dengan kesaksian dokter keluarga Mortara, kesaksian keluarga Mortara sendiri, kesaksian Cesare Lepori, maupun kesaksian Regina Bussolari, Anna menjawab, "saya bersaksi sejujur-jujurnya". Francesco Carboni menyampaikan kepada Anna Morisi bahwa mungkin saja ia sengaja mengarang-ngarang seluruh kisah itu dengan maksud mencelakai keluarga Mortara karena mengharapkan imbalan dari Gereja. Ketika Francesco Carboni bertanya, apakah ia pernah berkunjung ke San Domenico selain untuk diinterogasi, Anna mengaku pernah berkunjung dua kali untuk meminta harta sesan yang dijanjikan Padri Pier Feletti. Francesco Carboni menduga Anna sendiri yang sengaja membuat dirinya dimintai keterangan dengan cara menceritakan tindakannya membaptis Edgardo dalam salah satu dari dua kunjungan itu, tetapi Anna bersikeras bahwa dua kunjungan itu terjadi sesudah ia diinterogasi.

Setelah meminta keterangan untuk terakhir kalinya dari Padri Pier Feletti—yang lagi-lagi tidak bersedia memberi keterangan dengan dalih sumpah keramat—Francesco Carboni menyampaikan kepada si padri bahwa menurut sepengetahuannya, tidak ada bukti yang menguatkan keterangan tentang kejadian pengambilan paksa versi Padri Pier Feletti. Si padri menjawab, "saya turut merasakan dukacita suami-istri Mortara akibat derita perpisahan dengan putra mereka, tetapi saya berharap Allah mengabulkan doa-doa orang yang tak bersalah, dan mempersatukan mereka sekalian dalam agama Kristen... Sedangkan soal hukuman terhadap diri saya, memang sudah saya pasrahkan kepada Tuhan, tetapi saya juga yakin bahwa pemerintah manapun akan mengakui keabsahan tindakan saya." Keesokan harinya, Padri Pier Feletti dan Letnan Kolonel Luigi De Dominicis secara resmi dikenai dakwaan tindak pidana "pemisahan paksa kanak-kanak Edgardo Mortara dari keluarga kandungnya yang beragama Yahudi". Sebelum dikenai dakwaan, Letnan Kolonel Luigi De Dominicis sudah melarikan diri ke wilayah yang masih dikuasai Negara Gereja.