Jabarkan Institusi lain dari Stephen Tong

Pada tahun 1991, Lembaga Reformed Injili Indonesia (LRII) mendirikan sebuah seminari yang kemudian bernama Sekolah Tinggi Teologi Reformed Indonesia (STTRI). Ia menjabat sebagai rektor pada tahun 1991 hingga 2006, kemudian digantikan oleh Pdt. Yakub Susabda.

Pada tahun 2000, Tong menghadiri pertemuan perdana World Reformed Fellowship, yang bertujuan untuk meresmikan Pengakuan Iman Reformed di Abad ke-21. Pada tahun 2006, mereka membuat pernyataan iman dan menunjuk anggota untuk komisi teologi mereka. Ia bergabung dengan teolog Reformed Gerald Bray, A. T. B. McGowan, Peter Jones, dan Samuel Logan sebagai anggota komisi tersebut.

Pada tahun 2006, ia dan Benyamin Intan mendirikan lembaga think-tank, Pusat Pengkajian Reformed untuk Agama dan Masyarakat (bahasa Inggris: Reformed Center for Religion and Society, RCRS); tujuannya adalah untuk memajukan mandat budaya. RCRS telah mengadakan seminar-seminar dengan berbagai pembicara, yang meliputi mantan presiden Abdurrahman Wahid, pakar hukum J.E. Sahetapy, tokoh Kristen S.A.E. Nababan, mantan gubernur DKI Jakarta Basuki Tjahaja Purnama, budayawan Franz Magnis-Suseno, menteri Muhammad A.S. Hikam dan Luhut B. Pandjaitan.