Jabarkan Serial animasi dari Megatron

Dalam serial ini Megatron tetap menjadi pemimpin Decepticons, kali ini ia mencoba untuk mencari Allspark. Namun ketika ia siap untuk menyerang pesawat Autobot, tanpa diduga Starscream menyelipkan bom ke punggungnya. Akibatnya ketika ia menyerang Autobots, bom tersebut meledak, walaupun Megatron masih hidup, Optimus kemudian menembaknya sekali lagi dan berakibat kepala Megatron hancur sampai akhirnya ia ditemukan oleh Isaac Sumdac.

Beberapa puluh tahun kemudian, setelah lama dicari oleh Blitzwing, Megatron kembali aktif melalui kunci yang dipegang oleh Sari Sumdac. Bahkan setelah ia bangkit, ia bisa mengendalikan beberapa robot non-Transformers yang ada di kota Detroit. Starscream bahkan tidak menduga sama sekali bahwa pemimpinnya yang sempat ia hancurkan bisa hidup kembali.

Selain berhasil mengendalikan robot-robot non-Transformers, Megatron juga berhasil membuat Dinobots, yang lucunya malah berpindah afiliasi ke Autobots. Professor Sumdac yang berhasil dikelabui oleh Megatron yang mengaku sebagai salah satu anggota Autobots kemudian berjanji akan membuatkan tubuh baru untuk Megatron.

Dalam episode "Megatron Rising", tubuh Megatron yang hancur lebur akhirnya bisa bangkit sendiri setelah Lugnut dan Blitzwing mampu mencuri kunci kecil milik Sari Sumdac. Sebelumnya, Starscream yang berhasil menemukan kepala Megatron di kantor Isaac Sumdac, sempat akan menghancurkannya sebelum Lugnut dan Blitzwing datang. Megatron lantas menghajar semua Autobots dan Decepticons yang ada disana, kemudian ia membunuh Starscream, dan membawa Lugnut dan Blitzwing pergi ke Pulau Dinobot untuk mengambil Allspark. Sayangnya di sana ia dihadang si raksasa Omega Supreme. Tak lama berselang tim Autobots juga tiba disana, dan menyerang Megatron, mengakibatkan Megatron terluka parah.

Setelah berhasil memulihkan dirinya, Megatron lantas menggunakan kepala Starscream, bersama dengan bagian-bagian dari tubuh Omega Supreme yang meledakkan dirinya untuk membangun Jembatan Luar Angkasa dengan bantuan Isaac Sumdac yang ia culik. Ia juga sempat merekrut Mixmaster dan Scrapper untuk membantunya memasok minyak bumi curian, di mana Megatron sendiri kemudian dibohongi oleh dua Constructicons tersebut dan berujung dengan pemecatan Mixmaster dan Scrapper.