Jabarkan Operasi militer dari Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia

Pemerintah pusat menganggap PRRI sebagai gerakan separatisme yang harus segera ditumpas dengan kekuatan senjata. Pemerintah pusat melalui Angkatan Perang Republik Indonesia (APRI atau dijuluki "tentara pusat") melakukan operasi gabungan yang terdiri dari Angkatan Darat, Angkatan Laut, dan Angkatan Udara. Operasi yang dilancarkan yakni Operasi Tegas, Operasi 17 Agustus, Operasi Saptamarga, Operasi Sadar, dan Operasi Merdeka.

Pada tahap awal berlangsungnya operasi militer, kegiatan administrasi pemerintahan lumpuh, pejabat dan pegawai melakukan pengungsian demi menyelamatkan diri. Untuk menghidupkan kembali pemerintahan, maka pemerintah pusat memecah Sumatra Tengah menjadi tiga provinsi, salah satunya Sumatra Barat. Pada tanggal 17 Mei 1958, Kaharuddin Datuk Rangkayo Basa diangkat menjadi Gubenur Sumatra Barat pertama.

Di sisi lain, aksi tentara pusat berjalan tanpa kontrol. Tentara APRI melakukan tindak kekerasan. Ribuan orang yang dicurigai sebagai simpatisan PRRI ditangkap secara sewenang-wenang. Aksi pembunuhan massal terjadi di sejumlah tempat. Di bawah Jam Gadang, APRI membunuh sekitar 187 orang dengan cara ditembak. Hanya 17 orang dari jumlah tersebut yang merupakan tentara PRRI, sedangkan selebihnya merupakan rakyat sipil. Para mayat lalu dijejer di halaman Jam Gadang.

Dari pertengahan April 1958 sampai 1960, semua sekolah SMP dan SMA tutup. Universitas Andalas yang baru berjalan dua tahun terpaksa ditutup karena hampir semua dosen dan mahasiswanya ikut PRRI. Menjelang akhir tahun 1960, seluruh wilayah Sumatra Barat berhasil dikuasai tentara APRI.

Abdul Haris Nasution mencatat, operasi militer PRRI memakan korban sebanyak 7.146 orang tewas di kedua pihak. Sebagian besar yang tewas, yakni 6.115 berasal "dari pihak PRRI". Saafroedin Bahar mencatat, jumlah korban akibat konflik PRRI yang singkat jauh lebih besar daripada korban perang dengan Belanda pada zaman revolusi kemerdekaan.

Selain operasi militer, pemerintah pusat melakukan pendekatan secara diplomatis dengan membujuk tentara PRRI untuk menyerah dan kembali setia pada NKRI. Peristiwa ini disebut Operasi Pemanggilan Kembali. Pada 29 Mei 1961, Ahmad Husein secara resmi menyerah bersama sekitar 24.500 pengikutnya. Selanjutnya, pemerintah memberi amnesti kepada elemen sipil dan militer yang pernah terlibat PRRI. Amnesti itu dituangkan melalui Keputusan Presiden No. 322 Tahun 1961 tanggal 22 Juni 1961. Meski seruan pemerintah direspon pimpinan PRRI, pada kenyataannya janji amnesti hanya sebatas retorika. Selama beberapa tahun, pimpinan sipil dan militer PRRI dikarantina. Masyarakat, terutama mahasiswa dan pelajar, mengalami tekanan hidup yang berat.