Jabarkan Luzon dari Douglas MacArthur

Tindakan MacArthur berikutnya adalah serangan ke Mindoro, terutama mengingat bahwa di pulau tersebut terdapat tempat-tempat yang cocok untuk mendirikan lapangan udara. Willoughby memperkirakan dengan benar bahwa pulau tersebut hanya dijaga oleh sekitar 1.000 tentara Jepang. Kali ini masalahnya adalah kesulitan untuk menjangkau pulau tersebut. Kinkaid menolak mengirim kapal-kapal induk kawal ke perairan sempit di Laut Sulu, dan Kenney tidak dapat menjamin perlindungan dari udara. Operasi tersebut berbahaya, dan MacArthur berhasil diyakinkan oleh stafnya untuk tidak mengiringi pasukan penyerang di atas kapal Nashville. Saat pasukan penyerang memasuki Laut Sulu, terjadi serangan kamikaze terhadap Nashville yang menewaskan 133 orang dan melukai 190 orang lainnya. Para zeni Australia dan Amerika berhasil mengoperasikan tiga landasan pacu di pulau tersebut dalam waktu dua minggu, tetapi konvoi yang membawa persediaan berulang kali terkena serangan kamikaze. Sementara itu, MacArthur berseteru dengan Sutherland (yang terkenal akan kekasarannya) terkait dengan hubungan Sutherland dengan gundiknya, Kapten Elaine Clark. MacArthur memerintahkan agar Sutherland tidak membawa Clark ke Leyte karena MacArthur telah berjanji secara pribadi kepada Curtin bahwa wanita Australia yang menjadi staf Markas Besar Umum tidak akan dibawa ke Filipina, tetapi Sutherland masih tetap membawanya.

Berkat keberhasilan di Mindoro, Amerika Serikat dapat melancarkan serangan ke Luzon. Pada saat itu, berdasarkan taksiran-taksiran yang berbeda dari data intelijen yang sama, Willoughby memperkirakan bahwa pasukan Jenderal Tomoyuki Yamashita memiliki 137.000 tentara di Luzon, sementara Angkatan Darat Keenam memperkirakan jumlahnya mencapai 234.000 tentara. MacArthur menanggapinya dengan berkata "Omong kosong!". Ia merasa bahwa perkiraan Willoughby terlalu tinggi. "Keberanian, risiko yang telah diperhitungkan, dan tujuan strategis yang jelas merupakan ciri-ciri MacArthur", dan ia mengabaikan perkiraan tersebut. Kenyataannya, jumlah-jumlah tersebut terlalu rendah; Yamashita memiliki lebih dari 287.000 tentara di Luzon. Sementara itu, ketika MacArthur melakukan perjalanan di atas kapal penjelajah ringan , ia menyaksikan secara langsung saat kapal tersebut hampir terkena bom dan torpedo yang ditembakkan oleh kapal-kapal selam kecil. Pengumuman resminya menyatakan: "Pertempuran yang penting untuk membebaskan Filipina dan mengendalikan Pasifik Barat Daya berada di depan mata. Jenderal MacArthur memimpin secara langsung di barisan depan dan mendarat dengan pasukan penyerangnya."

Hal yang menjadi perhatian utama MacArthur adalah penguasaan pelabuhan Manila dan pangkalan udara di Clark Field, yang dibutuhkan untuk mendukung operasi-operasi pada masa mendatang. Ia lalu mendesak para panglimanya untuk mewujudkan hal ini. Pada 25 Januari 1945, ia memindahkan markas besarnya ke Hacienda Luisita, yang lebih dekat dengan barisan depan daripada Krueger. Ia memerintahkan kepada Divisi Kavaleri Pertama untuk melaju ke Manila dengan cepat. Pasukan tersebut mencapai daerah pinggiran utara Manila pada 3 Februari, tetapi, tanpa diketahui oleh pihak Amerika, Laksamana Muda Sanji Iwabuchi telah memutuskan untuk mempertahankan Manila sampai titik darah penghabisan. Pertempuran Manila pun berkecamuk selama tiga minggu. MacArthur melarang serangan udara untuk melindungi warga sipil, tetapi ribuan warga tewas dalam baku tembak atau dibantai oleh Jepang. Ia juga menolak untuk membatasi lalu lintas warga yang telah mengakibatkan macet di jalanan di dalam dan di luar Manila, karena ia mendahulukan pertimbangan kemanusiaan daripada militer kecuali dalam keadaan darurat. Berkat keberhasilannya dalam merebut Manila, MacArthur dianugerahi Distinguished Service Cross ketiganya.

Setelah menguasai Manila, MacArthur memberikan jabatan kepada salah satu sahabatnya di Filipina, yaitu Manuel Roxas (yang juga merupakan salah satu dari segelintir orang yang tahu menahu soal uang yang diberikan Quezon kepada MacArthur pada tahun 1942); jabatan ini kelak membantu Roxas menjadi presiden Filipina yang berikutnya. Roxas pernah menjadi pendukung Jepang dan bergabung dalam pemerintahan boneka José Laurel, tetapi MacArthur mengklaim bahwa Roxas diam-diam menjadi agen Amerika. Perihal klaim MacArthur bahwa Roxas merupakan bagian dari gerakan perlawanan terhadap Jepang, sejarawan Amerika Gerhard Weinberg menulis bahwa "...bukti yang memperkuat hal ini masih belum ditemukan", dan ia juga mengamati bahwa dengan mendukung Roxas, MacArthur telah memastikan bahwa tidak akan ada upaya yang serius untuk mengangkat isu soal kolaborasi orang Filipina dengan Jepang setelah perang berakhir.

Seusai Pertempuran Manila, MacArthur mengalihkan perhatiannya kepada Yamashita yang telah mundur ke kawasan pegunungan di Luzon tengah dan utara. Yamashita memilih untuk bertahan, dan pasukannya dipukul mundur secara perlahan oleh Krueger. Pasukan Yamashita masih tetap berjuang pada masa ketika Perang Dunia II berakhir, yang membuat kesal MacArthur karena ia ingin membebaskan seluruh Filipnia sebelum perang berakhir. Pada tanggal 2 September 1945, Yamashita (yang sempat tidak dapat meyakini bahwa Kaisar telah memerintahkan Jepang untuk menandatangani gencatan senjata) turun dari pegunungan dan menyerah bersama dengan sekitar 100.000 pasukannya.