Jabarkan Perang Dunia Kedua dari Kereta api Orient Express

Terpecahnya Perang Dunia Kedua tahun 1939 mengganggu operasi kereta ini, kemudian tidak dilanjutkan hingga 1945. Selama perang, perusahaan Mitropa Jerman menjalankan sejumlah layanan pada rute ini melalui Balkan, tetapi para pemberontak sering menyabot jalur ini, memaksa perhentian layanan ini.

Setelah akhir perang, operasi normal berlanjut kecuali pada wilayah Atena, dimana dekatnya perbatasan antara Yugoslavia dan Yunani mengganggu operasi tersebut. Perbatasan tersebut dibuka kembali pada 1951, tetapi penutupan perbatasan Bulgaria-Turki sejak 1951 hingga 1952 menghambat jalannya operasi ke Istanbul pada waktu itu. Selama Tirai Besi melintasi Eropa, layanan ini tetap berjalan, tetapi negara-negara komunis mengganti gerbong Wagon-Lits dengan gerbong yang dijalankan layanan kereta api mereka.