Jabarkan Masa muda dari Jennifer Connelly

Connelly lahir di Cairo, New York, dalam Pegunungan Catskill. Dia adalah putri dari Ilene, dan barang antik dealer, dan Gerard Karl Connelly, produsen pakaian. Ayahnya adalah seorang Katolik keturunan Irlandia. Ibu Connelly adalah Jewish, dan dididik di yeshiva; semua kakek buyut dari pihak ibu Connelly adalah imigran Yahudi dari Poland dan Russia. Connelly dibesarkan terutama di Brooklyn Heights, dekat Brooklyn Bridge, di mana dia menghadiri Saint Ann's, sekolah swasta yang mengkhususkan diri dalam seni. Ayahnya menderita asthma, jadi keluarga pindah ke Woodstock, New York, pada tahun 1976 untuk melarikan diri dari kota asbut. Empat tahun kemudian, keluarga itu kembali ke Brooklyn Heights, dan Connelly kembali ke Sekolah Saint Ann.

Setelah lulus dari sekolah menengah, Connelly belajar sastra Inggris di Yale University pada tahun 1988. Connelly menggambarkan dirinya sebagai siswa yang teliti yang "tidak terlalu peduli dengan kehidupan sosial atau tidur atau makan banyak. Saya benar-benar kutu buku dan cukup banyak tinggal di perpustakaan sekolah hukum, yang buka 24 jam, sebagian besar waktu saya tidak di kelas". Setelah dua tahun di Yale, Connelly dipindahkan ke Universitas Stanford untuk belajar drama. Di sana, dia berlatih dengan Roy London, Howard Fine, dan Harold Guskin. Didorong oleh orang tuanya untuk melanjutkan karir filmnya, Connelly meninggalkan perguruan tinggi dan kembali ke industri film pada tahun yang sama.