Jabarkan Abad ke-21 dari Fujifilm

Pada awal abad ke-21, teknologi digital berkembang pesat, dan permintaan film gulung menurun seiring dengan makin populernya kamera digital. Oleh karena itu, Fuji Photo pun mengadakan reformasi manajemen yang bertujuan untuk mentransformasi struktur bisnisnya. Bahkan sejak dekade 1980-an, perusahaan ini telah menduga peralihan dari film ke digital, sehingga "perusahaan ini mengembangkan tiga strategi, yakni mengumpulkan uang sebanyak mungkin dari bisnis film, untuk menyiapkan peralihan ke digital dan mengembangkan lini bisnis baru." Walaupun Fuji Photo dan Kodak sama-sama menyadari peralihan tersebut, Fuji Photo lebih sukses beralih daripada Eastman Kodak (yang akhirnya mengajukan kebangkrutan pada bulan Januari 2012). Upaya diversifikasi Fuji Photo juga sukses, sementara Kodak gagal. Lebih lanjut, Kodak tetap membangun bisnis kamera digital yang besar, namun kurang menguntungkan, karena kesulitan bersaing dengan kamera ponsel cerdas.

Pada bulan Maret 2006, Noritsu dan Fuji mengumumkan sebuah aliansi strategis di mana Noritsu akan memproduksi semua perangkat keras photofinishing Fuji, seperti minilab. Walaupun begitu, keduanya tetap memproduksi perangkat lunak photofinishing secara sendiri-sendiri.

Pada tanggal 19 September 2006, Fujifilm mengumumkan rencananya untuk mendirikan sebuah perusahaan induk yang diberi nama Fujifilm Holdings Corp. Fujifilm dan Fuji Xerox akan menjadi anak usaha dari perusahaan induk tersebut. Perwakilan dari perusahaan ini juga mengkonfirmasi komitmennya terhadap film, walaupun hanya menyumbang 3% dari total penjualannya.

Pada tanggal 31 Januari 2018, Fujifilm mengumumkan bahwa mereka akan mengakuisisi 50,1% saham Xerox dengan harga US$6,1 milyar. Xerox rencananya akan digabung ke dalam Fuji Xerox. Akuisisi tersebut lalu dibatalkan setelah adanya intervensi dari investor aktivis Carl Icahn dan Darwin Deason. Pada akhir tahun 2019, Fujifilm mengumumkan bahwa mereka mengakuisisi 25% saham Fuji Xerox yang dipegang oleh Xerox.

Pada bulan Desember 2019, Fujifilm mengakuisisi bisnis pencitraan diagnostik dari Hitachi dengan harga US$1,63 milyar.

Di tengah pandemi COVID-19, salah satu obat Fujifilm Toyama Chemical, yakni favipiravir, yang secara komersial diberi nama Avigan, dipertimbangkan sebagai obat untuk virus tersebut, setelah disetujui oleh otoritas di Tiongkok, Rusia, dan Indonesia pada bulan Juni 2020.

Pada bulan Juni 2020, Fujifilm mengumumkan investasi sebesar US$928 juta pada sebuah fasilitas produksi biofarmasi di Denmark, yang baru saja diakuisisi dari Biogen dengan harga sekitar US$890 juta, untuk menggandakan kapasitas produksinya. Pada akhir bulan Juni 2020, Fujifilm memamerkan sebuah tape cartridge berbahan strontium ferrite yang dapat menyimpan hingga 400TB.