Jabarkan 2004-2005 dari Dakota Fanning

Tahun 2004, Fanning muncul dalam film Man on Fire, sebagai Pita, seorang anak berusia sembilan tahun yang memenangkan hati pensiunan tentara sewaan Denzel Washinton, yang disewa untuk melindunginya dari penculik. Roger Ebert menulis bahwa Fanning "merupakan seorang profesional pada usia 10 tahun saja, dan membentuk karakter perebut hati."

Hide and Seek merupakan film pertamanya pada tahun 2005, dengan lawan main Robert De Niro. Film ini sangat dicela keras. Kritikus Chuck Wilson menyebutnya "pertemuan setingkat yang luar biasa - seorang bintang anak-anak [Fanning] menantang sang master [De Niro] untuk bermain saling-melotot, sang legenda sebaiknya berkedip lebih dahulu." Fanning mengisi suara Lilo (menggantikan Daveigh Chase) dalam film Lilo & Stich 2: Stitch Has a Glitch. Dia juga memainkan peran kecil dalam film Rodrigo Garcia, berjudul Nine Lives yang dirilis Oktober 2005, dimana ia beradegan selama sembilan menit penuh bersama aktris Glenn Close, yang memuji Fanning: "Dia benar-benar memiliki jiwa yang kuno. Dia merupakan salah satu orang berbakat yang selalu ada setiap saat." Fanning juga mengisi suara Coraline dalam periode ini.

Fanning menyelesaikan film Dreamer: Inspired by a True Story dengan lawan main Kurt Russell di akhir Oktober 2004. Russell berkata bahwa ia sangat takjub dengan penampilan peran pendampingnya dalam film ini. Russle, 54, yang berperan sebagai ayah Fanning dalam film tersebut berkata, "Aku berani jamin, kau (Dakota) merupakan aktris terbaik yang pernah bekerja bersamaku dalam seluruh masa karierku." Kris Krisofferson, yang memerankan kakek Fanning dalam film itu berkata bahwa Fanning seperti reinkarnasi Bette Davis.

Ketika mempromosikan perannya dalam Dreamer, Fanning menjadi anggota resmi Girl Scouts of the USA dalam sebuah upacara khusus, yang diikuti dengan pengambilan gambar untuk anggota Girl Scouts of the San Fernando Valley Council. Ia bukanlah anggota pasukan tertentu, tapi terdaftar sebagai Girl Guiding and Girl Scouting|Juliette, bagian dari GSUSA untuk anak-anak perempuan yang mendaftar atas keinginan sendiri.

Ia kemudian langsung menuju ke lokasi film War of the Worlds, dimana ia bermain bersama Tom Cruise. Film War yang dirilis Juni 2005 dan Dreamer pada bulan Oktober selanjutnya, keduanya meraih sukses. Sutradara War Steven Spielberg memuji "betapa cepatnya ia memahami situasi dalam urutan, betapa cepat ia mengira-ngira, mengukur dan benar-benar bereaksi seperti dalam situasi nyata.

Setelah menyelesaikan film War of the Worlds, Fanning langsung melanjutkan ke film selanjutnya tanpa istirahat: Charlotte's Web, yang diselesaikannya bulan Mei 2005 di Australia. Dirilis tanggal 15 Desember 2006, film Web disambut hangat oleh para kritikus. Produser Jordan Kerner berkata, "...saat ia mengejar ketinggalan dalam War of the Worlds, kita semestinya berhenti mencari aktris muda lain. Tak ada yang sebanding dengannya."