Jabarkan Etnarki Ottoman dari Patriark Ekumenis Konstantinopel

Tatkala kaum Turki Ottoman menaklukkan Konstantinopel pada tahun 1453, patriarkat berhenti berfungsi. Jabatan patriark kemudian diembankan pada tahun 1454 kepada Georgius Scholarius, seorang rahib-sarjana Byzantium, yang termasyhur karena penentangannya terhadap persatuan dengan Gereja Latin dan mengambil nama Gennadius II. Gennadius diangkat oleh penguasa Muslim Ottoman Sultan Mehmed II, yang ingin mendirikan dinastinya sebagai penerus para Kaisar Romawi Timur, dan yang mengadopsi gelar kekaisaran Kayser-i-Rûm "Kaisar Rum", bukan salah satu dari gelar utamanya namun yang merupakan gelar terpenting. Patriark Konstantinopel ditunjuk sebagai etnark dari Millet Rum (Kata dalam Bahasa Turki yang artinya Roma, yaitu Byzantium), yang meliputi seluruh umat Kristiani Ortodoks di bawah pemerintahan Ottoman, tanpa memandang kebangsaan mereka. Peranan ini dipikul orang-orang dari etnis Yunani dengan susah payah, di tengah-tengah berbagai kesulitan, jebakan, dan tak terelakkan dengan tingkat kesuksesan yang naik turun. Beberapa tokoh yang pernah menjabat sebagai Patriark Konstantinopel dieksekusi dalam waktu singkat oleh penguasa Ottoman, teristimewa Patriark Gregorius V pada Hari Senin Paskah tahun 1821 sebagai akibat dari pecahnya pemberontakan kaum Yunani yang terakhir dan satu-satunya yang pernah sukses.

Pada abad ke-19, bangkitnya nasionalisme dan sekularisme di negara-negara Kristiani Balkan mengakibatkan berdirinya beberapa Gereja nasional otokefalus, umumnya di bawah pimpinan Patriark atau Uskup Agung otonom, sehingga menjadikan kontrol langsung Partiark Ekumenis hanya terbatas pada umat Kristiani Turki, sebagian Yunani dan keuskupan-keuskupan agung di Amerika, Asia, Afrika, dan Oseania di mana komunitas migrasi orang-orang Yunani dan bangsa-bangsa lainnya makin lama makin bertambah sehingga membentuk diaspora Ortodoks yang signifikan.