Jabarkan Menjadi Ketua Umum PGI dari A.A. Yewangoe

Pada 2001, Yewangoe pindah ke Jakarta dan menjadi dosen Teologi Sistematika di STT Jakarta, sambil menjalankan tugasnya sebagai salah seorang ketua PGI untuk periode 2000-2004. Pada Sidang Raya XIV PGI pada 2004 di Caringin, Bogor, Yewangoe terpilih sebagai Ketua Umum organisasi gereja-gereja Protestan Indonesia itu untuk periode 2004-2009.

Sebelumnya, ia sudah dipilih sebagai Ketua PGI untuk periode 1994-1999, dan menjadi anggota Majelis Pekerja Harian (MPH) pada periode 1989-1994.Yewangoe juga dikenal sebagai seorang penulis yang cukup produktif. Tulisan-tulisannya banyak muncul di suratkabar Suara Pembaruan.