Jabarkan Hizbut Tahir Indonesia dari Munarman

Pada bulan Juni 2006 Munarman menyatakan akan melawan apabila dipecat sebagai Ketua Dewan Pengurus YLBHI Indonesia dan berjanji tidak akan mundur. Alasan pemecatannya adalah karena pemikiran dan sikapnya yang radikal, ia menolak Pancasila, UUD 1945, Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) sebagai sistem demokrasi Indonesia, dengan keterlibatannya sebagai tokoh Hizbut Tahir Indonesia (HTI).

Selain itu, juga atas pernyataannya diatas spanduk yang dipampang dengan wajahnya di Cilandak Jakarta Selatan yang berbunyi: "Munarman: Sistem Khilafah Menjadi Jawaban Atas Seluruh Problematika Saat Ini Muncul. Saatnya Khilafah Memimpin Dunia." Saat wawancara ia menolak disebut sebagai Pemimpin Hizbut Tahir ataupun masuk dalam struktur organisasi, namun hanya "berkawan". Ia juga menyebut-nyebut sumbangan dana Tomy Winata terkait dengan upaya pemecatannya.

Pada wawancaranya dengan Eramuslim.com di bulan Juni 2006 Munarman mensinyalir Amerika Serikat dan sekutunya menggunakan LSM yang didanai pihak asing untuk membubarkan FPI, MMI dan HTI. Ia pun membandingkan FPI dengan GAM. Menurut Munarman jargon yang digunakan adalah "kebhinnekaan", "Pancasila", "pluralisme" dan umat Islam harus bersatu merapatkan barisan mempersiapkan diri menghadapi ancaman-ancaman dari kelompok sekuler.