Jabarkan Struktur terkait lainnya: dari Organel

Prokariota secara struktural tidak serumit eukariota, dan pernah dianggap memiliki organisasi internal yang sedikit, serta tidak memiliki kompartemen seluler dan membran internal; tapi perlahan, struktur internal prokariotik mencul secara detail yang akhirnya membalikkan asumsi ini. Salah satu dugaan awal yang keliru adalah gagasan yang dikembangkan pada 1970-an bahwa bakteri mungkin mengandung lipatan membran sel yang disebut mesosom, tetapi bagian ini kemudian terbukti sebagai artefak yang dihasilkan oleh bahan kimia yang digunakan untuk mempersiapkan sel sebelum diamati melalui mikroskop elektron.

Namun, ada peningkatan bukti bahwa terdapat kompartementalisasi setidaknya di beberapa prokariota. Penelitian terbaru mengungkapkan bahwa setidaknya beberapa prokariota memiliki mikrokompartemen, seperti karboksisom. Kompartemen subseluler ini berdiameter 100–200 nm dan ditutupi oleh cangkang protein. Hal yang lebih mencolok adalah deskripsi magnetosom yang terikat membran pada bakteri, yang dilaporkan pada tahun 2006.

Filum bakteri Planctomycetes telah mengungkapkan sejumlah karakteristik kompartementalisasi. Planctomycetes memiliki membran intrasitoplasma yang memisahkan sitoplasma menjadi parifoplasma (ruang bagian luar yang bebas ribosom) dan pirelulosom (atau riboplasma, ruang bagian dalam yang mengandung ribosom). Anamoksosom-terikat membran telah ditemukan di lima genus Planctomycetes anamoks. Pada Planctomycetes Gemmata obscuriglobus, struktur mirip nukleus yang dikelilingi oleh membran lipid telah dilaporkan.

Kompartementalisasi merupakan ciri struktur prokariota yang berfotosintesis. Bakteri ungu memiliki "kromatofor", yang merupakan pusat reaksi yang ditemukan di invaginasi membran sel. Bakteri belerang hijau memiliki klorosom, yang merupakan kompleks antena fotosintesis yang ditemukan terikat pada membran sel. Sianobakteri memiliki membran tilakoid internal untuk fotosintesis yang bergantung pada cahaya; penelitian telah mengungkapkan bahwa membran sel dan membran tilakoid tidak bersambung satu sama lain.