Jabarkan Pemerintahan di awal pembentukan dari Kabupaten Wakatobi

Pemerintahan Kabupaten Wakatobi sebagai daerah otonom secara resmi ditandai dengan pelantikan Syarifudin Safaa, SH, MM sebagai pejabat Bupati Wakatobi pada tanggal 19 Januari 2004 sampai dengan tanggal 19 Januari 2006. Kemudian dilanjutkan oleh H. LM. Mahufi Madra, SH, MH sebagai pejabat bupati selanjutnya sejak tanggal 19 Januari 2006 sampai dengan tanggal 28 Juni 2006.

Pemerintahan hasil pemilu kepala daerah

Berdasarkan hasil pemilihan kepala daerah secara langsung maka pada tanggal 28 Juni 2006 Bupati dan Wakil Bupati Wakatobi yang terpilih yaitu Ir. Hugua dan Ediarto Rusmin, BAE dilantik oleh Gubernur Sulawesi Tenggara, Ali Mazi, S.H., atas nama Menteri Dalam Negeri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 132.74-314 tanggal 13 Juni 2006 tentang pengesahan pengangkatan Bupati Wakatobi Ir. Hugua dan Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor: 132.74-315 tanggal 13 Juni 2006 tentang pengesahan pengangkatan Wakil Bupati Wakatobi Ediarto Rusmin, BAE untuk masa bakti 2006 - 2011 .

Saat ini kepemimpinan daerah di Kabupaten Wakatobi dijabat oleh pasangan bupati dan wakil bupati Ir. Hugua dan H. Arhawi, SE sejak dilantik oleh Gubernur Sulawesi Tenggara H. Nur Alam, SE pada tanggal 28 Juni 2011 atas nama Menteri Dalam Negeri berdasarkan Surat Keputusan Kementerian Dalam Negeri Nomor: 132.74-403, tanggal 30 Mei 2011 tentang pengesahan pengangkatan Bupati Wakatobi Ir. Hugua dan Wakil Bupati Wakatobi H. Arhawi, S.E., untuk masa bakti 2011-2016.