Jabarkan Era 32-bit dan seterusnya dari Super Nintendo Entertainment System

Sementara perusahaan lain beralih ke Sistem 32-bit, Rare dan Nintendo membuktikan bahwa Super NES masih menjadi pesaing kuat di pasar. Pada November 1994, Rare dirilis Donkey Kong Country, sebuah permainan platform yang menampilkan model dan tekstur 3D yang telah dirender sebelumnya di stasiun kerja Silicon Graphics. Dengan grafik yang mendetail, animasi yang lancar, dan musik berkualitas tinggi, Donkey Kong Country menyaingi kualitas estetika permainan yang dirilis pada konsol berbasis CD 32-bit yang lebih baru. Dalam 45 hari terakhir tahun 1994, 6,1 juta eksemplar terjual, menjadikannya permainan video dengan penjualan tercepat dalam sejarah hingga saat itu. Permainan ini menyampaikan bahwa sistem 32-bit awal memiliki sedikit penawaran dibandingkan Super NES, dan membuktikan pasar untuk konsol yang lebih canggih dalam waktu dekat. Menurut laporan TRSTS, dua dari lima permainan terlaris di AS untuk Desember 1996 adalah permainan Super NES.

Pada Oktober 1997, Nintendo merilis model Super NES (model SNS-101) yang didesain ulang di Amerika Utara seharga , dengan beberapa unit termasuk permainan paket Super Mario World 2: Yoshi Island. Seperti model NES yang didesain ulang sebelumnya (model NES-101), ini lebih ramping dan lebih ringan dari pendahulunya, tetapi tidak memiliki output S-Video dan RGB, dan ini adalah salah satu rilis terkait Super NES terakhir di wilayah tersebut. Super Famicom Jr. yang didesain ulang serupa dirilis di Jepang pada waktu yang hampir bersamaan. Desain ulang tetap berada di luar Eropa, Oseania, dan Asia lainnya.

Nintendo menghentikan produksi Super NES di Amerika Utara pada tahun 1999,sekitar dua tahun setelah merilis Kirby's Dream Land 3 (permainan pihak pertama terakhirnya di AS) pada 27 November 1997, dan satu tahun setelah merilis Frogger (permainan pihak ketiga terakhirnya di AS) pada tahun 1998. Di Jepang, Nintendo melanjutkan produksi Family Computer dan Super Famicom hingga 25 September 2003, dan permainan baru diproduksi hingga tahun 2000, diakhiri dengan perilisan Metal Slader Glory Director's Cut pada tanggal 29 November 2000.

Banyak permainan Super NES populer diporting ke Game Boy Advance, yang memiliki kemampuan video serupa. Pada tahun 2005, Nintendo mengumumkan bahwa permainan Super NES akan tersedia untuk diunduh melalui layanan Virtual Console Wii. Pada tanggal 31 Oktober 2007, Nintendo Co., Ltd. mengumumkan bahwa mereka tidak akan lagi memperbaiki sistem Family Computer atau Super Famicom karena semakin kekurangan komponen yang diperlukan. Pada tanggal 3 Maret 2016, Nintendo Co., Ltd. mengumumkan akan menghadirkan permainan Super NES ke New Nintendo 3DS dan New Nintendo 3DS XL (dan kemudian New Nintendo 2DS XL) melalui eShop-nya layanan unduh. Pada acara Nintendo Direct pada tanggal 4 September 2019, Nintendo mengumumkan akan menghadirkan permainan Super NES terpilih ke platform Nintendo Switch Online.