Jabarkan Kritik dari Paus Yohanes Paulus II

Yohanes Paulus II mendapat kritik atas dukungannya pada prelatur Opus Dei dan kanonisasi pendirinya pada tahun 2002, Josemaría Escrivá, yang mana dia sebut "santo dari kehidupan biasa" Beberapa gerakan dan organisasi keagamaan lain dari Gereja jelas berada dalam pengaruhnya (Legiun Kristus, Jalan Neokatekumen, Gerakan Schoenstatt, Gerakan Karismatik), dan dia dituduh beberapa kali mengabaikan beberapa hal, terutama kasus Rev. Marcial Maciel, pendiri Legiun Kristus.

Yohanes Paulus II mempertahankan pengajaran moral Gereja Katolik terkait peranan seks dan gender, seksualitas, eutanasia, keluarga berencana alami, serta aborsi meskipun ditentang banyak pihak.

Banyak aktivis gay dan lainnya mengkritiknya ketika mempertahankan oposisi Gereja terhadap homoseksualitas dan pernikahan sejenis, namun juga nyata bahwa Yohanes Paulus II mengutuk diskriminasi terhadap kelompok ini. Tahun 2007, majalah TIME melaporkan bahwa salah satu penyebab meninggalnya Yohanes Paulus II kemungkinan adalah pertentangan keyakinannya mengenai penggunaan peralatan medis untuk memperpanjang usia.

Selain semua kritik dari mereka yang menuntut modernisasi, kaum Katolik Tradisionalis kadang-kadang juga mengecamnya, menuntut kembali ke Misa Tridentina dan menolak reformasi yang dilembagakan setelah Konsili Vatikan II, seperti penggunaan bahasa daerah atau bahasa nasional dari sebelumnya bahasa Latin dalam Misa Ritus Roma, ekumenisme dan prinsip kebebasan beragama. Dia juga dituduh oleh para kritikus karena mengizinkan penunjukan uskup liberal dalam tahtanya dan dengan diam-diam mempromosikan modernisme, yang sebelumnya jelas dikutuk sebagai "sintesis dari semua ajaran sesat" oleh pendahulunya Paus Pius X.

Yohanes Paulus yang mempertahankan moral Gereja Katolik dalam menolak penggunaan pengaturan kelahiran yang tidak alami (KB) sangat dikritik oleh para dokter dan aktvis AIDS, yang mengatakan penolakan itu akan mengarah pada kematian yang tak terhitung dan jutaan yatim piatu karena AIDS. Para pengkritik juga mengklaim bahwa keluarga besar adalah karena kurangnya kontrasepsi memperparah kemiskinan dan timbulnya masalah di Dunia Ketiga seperti anak jalanan di Afrika Selatan. Catholic Agency for Overseas Development (CAFOD) mempublikasikan tulisan ilmiah yang menyebutkan, "Setiap strategi yang memungkinkan orang untuk berpindah dari risiko tinggi ke yang lebih rendah dalam satu kesatuan, (kita) yakini, adalah risiko sebenarnya dalam "strategi pegurangan".