Jabarkan Memerintah di Skotlandia dari James Charles Stuart

Lennox adalah seorang penganut Protestan, tetapi dia tidak dipercaya oleh Calvinis Skotlandia yang memperhatikan tampilan fisik kasih sayang antara dia dan raja dan menuduh bahwa Lennox "pergi untuk menarik Raja ke nafsu duniawi". Pada bulan Agustus 1582, dalam apa yang dikenal sebagai Serangan Ruthven, earl Protestan Gowrie dan Angus memikat James ke Puri Ruthven, memenjarakannya, dan memaksa Lennox meninggalkan Skotlandia. Selama penjara James (19 September 1582), John Craig, yang raja pribadi telah menunjuk Royal Chaplain pada tahun 1579, menghardiknya begitu tajam dari mimbar karena telah mengeluarkan pernyataan yang begitu menyinggung para rohaniwan "bahwa raja menangis".

Setelah James dibebaskan pada bulan Juni 1583, ia mengambil alih kendali atas kerajaannya. Dia mendorong melalui Aksi Hitam untuk menegaskan otoritas kerajaan atas Kirk, dan mencela tulisan-tulisan mantan tutornya, Buchanan. Antara tahun 1584 dan 1603, ia mendirikan pemerintahan kerajaan yang efektif dan kedamaian relatif di antara para bangsawan, dengan kemampuan dibantu oleh John Maitland dari Thirlestane yang memimpin pemerintah sampai tahun 1592. Sebuah komisi delapan orang yang dikenal sebagai Oktavianus mengendalikan situasi keuangan James yang menghancurkan pada tahun 1596, tetapi itu menarik oposisi dari kepentingan pribadi. Itu dibubarkan dalam waktu satu tahun setelah kerusuhan di Edinburgh, yang dipicu oleh anti-Katolik dan memimpin istana untuk mundur ke Linlithgow sementara.

Satu upaya Skotlandia terakhir terhadap raja terjadi pada bulan Agustus 1600, ketika James rupanya diserang oleh Alexander Ruthven, adik laki-laki Earl Gowrie, di Wangsa Gowrie, kedudukan Ruthven. Ruthven dijalankan oleh orang-orang James John Ramsay, Earl pertama Holderness dan Earl Gowrie terbunuh dalam keributan berikutnya; ada beberapa saksi yang masih hidup. Mengingat sejarah James dengan Ruthven dan fakta bahwa ia berutang banyak uang kepada mereka, laporannya tentang keadaan itu tidak diyakini secara universal.

Pada tahun 1586, James menandatangani Traktat Berwick dengan Inggris. Itu dan eksekusi ibundanya pada tahun 1587, yang ia kecam sebagai "prosedur yang tidak masuk akal dan aneh", membantu membersihkan jalan bagi suksesinya di perbatasan selatan. Ratu Elizabeth tidak menikah dan tidak memiliki keturunan, dan James adalah kemungkinan penerus terbesarnya. Mengamankan suksesi Inggris menjadi landasan kebijakannya. Selama krisis Armada Spanyol pada tahun 1588, ia meyakinkan Elizabeth tentang dukungannya sebagai "putra dan rekan senegara anda yang asli".