Jabarkan Wafat dari Zakariyya

Al-Qur'an dan hadits tidak menyebutkan kematian Zakariyya dan ada beberapa pendapat terkait masalah ini. Sebagian ulama menyebutkan bahwa Zakariyya melarikan diri dari kejaran kaumnya dan bersembunyi di dalam pohon. Pengejarnya kemudian menggergaji pohon tersebut menjadi dua dan Zakariyya terbunuh. Dijelaskan pula bahwa Zakariyya dibunuh setelah Yahya dibunuh. Namun ulama lain menolak pendapat tersebut dan menyatakan bahwa Zakariyya meninggal karena usia tua dan nabi yang digergaji di dalam pohon adalah Asya'ya (Yesaya) yang hidup sekitar tujuh ratus tahun sebelum Zakariyya.

Alkitab juga tidak mencantumkan secara jelas mengenai kematian Zakariyya. Dalam Alkitab disebutkan bahwa 'Isa mengecam para rabi (guru agama dan ahli Taurat) dan dipandang bertanggung jawab atas berbagai pembunuhan nabi dan orang-orang tak bersalah, di antaranya Zakariyya bin Berekhya yang dibunuh di antara Bait Suci dan mezbah (altar). Sebagian teolog menjelaskan bahwa Zakariyya yang dimaksud dalam ayat tersebut adalah orang yang sama dengan Zakariyya ayah dari Yahya. Tradisi Kristen Ortodoks menceritakan bahwa ketika Raja Herodes yang Agung memerintahkan pembantaian semua anak laki-laki di bawah usia dua tahun dalam upaya untuk mencegah datangnya Mesias, Zakariyya menolak untuk membocorkan keberadaan putranya, dan karena itu dia dibunuh oleh tentara Herodes. Dalam versi ini, Zakariyya dibunuh saat Yahya masih belia.