Jabarkan Papua dari Transmigrasi

Di provinsi Papua dan Papua Barat, program transmigrasi mengakibatkan jumlah penduduk penduduk asli dengan ras Melanesia lebih sedikit ketimbang jumlah pendatang di tanahnya sendiri. Penduduk asli telah menghuni pulau Papua selama kurang lebih 50.000 tahun, kemudian bagian baratnya dijajah Belanda sebelum dianeksasi oleh Indonesia pada tahun 1969. Dalam kurun 50 tahun terakhir, jumlah orang asli Papua sudah terlampaui oleh jumlah pendatang, kebanyakan dari pulau Jawa. Program ini dikritik sebagai upaya melenyapkan orang Papua lewat pembersihan etnis secara perlahan. Terjadi konflik terbuka antara pendatang, pemerintah, dan warga pribumi akibat perbedaan budaya—terutama dalam hal administrasi dan kebudayaan seperti telanjang, makanan, dan jenis kelamin. Agama juga menjadi biang masalah karena kebanyakan penduduk Papua Barat beragama Kristen atau memegang kepercayaan tradisional, sedangkan para pendatang Indonesia kebanyakan Muslim. Sebagian anak-anak Papua dibawa ke pesantren untuk proses "re-edukasi". Banyak warga asli Papua yang mengungsi ke Papua Nugini. Per Januari 2013, terdapat 8.000 pengungsi Papua di negara tersebut.

Tingkat pertumbuhan penduduk di Papua sangat tinggi berkat transmigrasi. Para penentang transmigrasi berpendapat bahwa banyak sekali sumber daya yang terbuang demi menempatkan orang-orang tidak mampu mencukupi diri sendiri sehingga terjadi kerusakan yang mengancam eksistensi masyarakat suku. Berbagai kontrak penambangan besar-besaran di Papua oleh perusahaan Amerika Serikat dan Inggris-Australia juga dikeluarkan.

Indonesia's Transmigration Programme - An Update, suatu laporan tahun 2001 oleh "Down to Earth", organisasi berbasis di Britania Raya yang mengurusi masalah lingkungan hidup di Indonesia. Laporan ini merupakan pembahasan kritis terhadap pelaksaan program ini pada pemerintahan Soeharto.