Jabarkan Tahun 2000-an dari The Who

Konser amal dan kematian Entwistle

Setelah suksesnya konser tahun 1999, mereka diundang melakukan tur di Amerika Serikat pada tahun 2000, dan sebuah tur di Britania Raya pada November tahun yang sama. Tur dimulai tanggal 6 Juni di Pusat Konvensi Jacob K. Javits New York untuk mencari dana bagi Robin Hood Foundation, dan berakhir dengan sebuah acara amal untuk dana Teenage Cancer di Royal Albert Hall, 27 November 2000. Mereka mendapat tanggapan yang baik, dan ketiga anggota The Who mulai membicarakan sebuah album baru. Masih pada tahun 2000, VH1 memasukkan The Who di urutan ke-8 daftar "100 Artis Hard Rock Terhebat". Mereka tampil dalam The Concert for New York City pada 20 Oktober 2001, dengan lagu "Who Are You", "Baba O'Riley", "Behind Blue Eyes", dan "Won't Get Fooled Again" sebagai penghargaan atas jasa departemen pemadam kebakaran dan polisi New York City. Pada tahun yang sama, The Who juga mendapat kehormatan untuk menerima Penghargaan Grammy untuk Pencapaian Seumur Hidup.

Pada tahun 2002, mereka memainkan lima pertunjukan di Inggris. The Who main di Portsmouth pada 27-28 Januari, dan 31 Januari di Watford. Seterusnya mereka mengadakan dua pertunjukan untuk Teenage Cancer Trust Benefit di Albert Hall, 7 dan 8 Februari. Dua konser di Albert Hall merupakan penampilan Entwistle yang terakhir kalinya dengan The Who. Pada 27 Juni 2002, tepat sebelum dimulainya tur mereka di Amerika Serikat, Entwistle ditemukan meninggal di Hard Rock Hotel Las Vegas. Penyebab kematiannya adalah serangan jantung dengan kokain sebagai faktor penyebabnya. Setelah mengalami penundaan singkat, tur diteruskan di Los Angeles dengan pemain bas Pino Palladino. Sebagian besar dari rekaman tur dirilis secara resmi dalam album Encore Series 2002. Pada bulan September 2002, majalah Q menyanjung The Who sebagai salah satu dari "50 Band yang Harus Dilihat Sebelum Anda Mati". Pada November 2003, The Who memasukkan 7 buah album dalam daftar 500 Album Terbesar Sepanjang Masa versi majalah Rolling Stone. Total album The Who hanya dapat disaingi oleh The Beatles, Rolling Stones, Bob Dylan, dan Bruce Springsteen.

Pada tahun 2004 The Who merilis "Old Red Wine" dan "Real Good Looking Boy" (masing-masing dengan Pino Palladino dan Greg Lake pada gitar bas), sebagai bagian dari sebuah antologi singel The Who: Then and Now. Mereka kemudian berangkat dalam tur 18 kali pertunjukan di Jepang, Australia, Inggris, dan Amerika Serikat/ Semua pertunjukan dirilis dalam CD sebagai bagian dari Encore Series 2004. Band ini juga menjadi bintang di Isle of Wight Festival. Pada tahun yang sama, majalah Rolling Stone memasukkan The Who dalam peringkat 29 daftar 100 Artist Terbesar Sepanjang Masa.