Jabarkan Masa penjajahan dari Fez

Pada 1912, pemerintahan kolonial Prancis mulai berkuasa di Maghreb/Maroko (walaupun dinasti Alawiyun tetap dipertahankan sebagai protektorat) dengan ditandatanganinya Perjanjian Fes. Akibatnya, terjadi kerusuhan pada tahun 1912 di Fes, melibatkan pemberontakan rakyat dan serangan terhadap orang-orang Eropa maupun penduduk Yahudi pribumi di Mellah. Kerusuhan ini dibalas dengan kekerasan oleh pihak penguasa.. Residen Jenderal Prancis yang pertama di Maroko, Hubert Lyautey, memutuskan pemindahan ibu kota pemerintahan dari Fes ke Rabat pada tahun 1912 atai 1913. Hingga saat ini Rabat masih menjadi ibu kota negara Maroko modern.

Sejumlah perubahan sosial dan fisik terjadi pada masa ini hingga abad ke-20. Sejak masa Lyautey, diterapkan satu kebijakan yang memiliki dampak jangka panjang, yaitu menghindari pembangunan di dalam tembok kota-kota tua bersejarah di Maroko, dan mempertahankannya sebagai situs warisan sejarah, dengan sebutan madinatul qadimah (kota tua) atau cukup "medina". Sebagai gantinya, pemerintahan kolonial Prancis membangun kota baru yang modern (villes nouvelles, "kota-kota modern") yang terletak diluar tembok kota tua, ditinggali para pendatang Eropa dan diberi fasilitas ala Barat. Ini merupakan bagian dari "politik asosiasi" yang diterapkan Lyautey, tak seperti "politik asimilasi" yang kadang-kadang diterapkan Prancis di tempat lain. Dalam politik asosiasi, pemerintahan kolonial dilakukan dengan berbagai bentuk yang tidak langsung, sembari mempertahankan institusi dan kalangan elit setempat. Distrik Ville Nouvelle Fez juga disebut Dar Dbibegh oleh pendudukk Maroko, dan istana tua yang dulu dimiliki Maulay Abdullah juga terletak di kawasan ini.

Berdirinya ville nouvelle bercorak Prancis di sebelah barat Fes memiliki dampak besar terhadap perkembangan kota ini. Di satu sisi, kebijakan kolonial ini berhasil melestarikan bangunan-bangunan bersejarah kota Fes, tetapi di sisi lain kebijakan ini menghambat pembangunan kota di kawasan kota tua. Sosiolog Janet Abu-Lughod berpendapat bahwa kebijakan ini menghasilkan semacam "apartheid" (pemisahan/penyekatan) dalam tata kota, antara kawasan yang ditempati penduduk Maroko, yang terpaksa stagnan dalam hal perkembangan kota dan inovasi arsitektur, dan kawasan modern yang ditempati penduduk Eropa dan diperluas untuk menempati tanah yang sebelumnya digunakan penduuduk Maroko di luar kota. Pemisahan ini tidak sepenuhnya total, karena ada juga kalangan kaya Maroko yang pindah ke ville nouvelle pada masa ini. Di sisi lain, kawasan kota tua (medina) banyak ditempati pendatang miskin dari luar kota.

Fes juga berperan dalam gerakan nasionalis Maroko dan perlawanan terhadap penjajahan Prancis. Banyak pemikir nasionalis Maroko merupakan lulusan Universitas Al-Qarawiyyin di kota ini dan jaringan-jaringan informal berhasil dibentuk sesama lulusan universitas ini. Pada 1930, mahasiswa dan para penduduk melakukan demonstrasi terhadap Dahir berbère (Titah Berber) yang didekretkan penguasa Prancis pada Mei 1930. Pada 1937, Masjid Al-Qarawiyyin dan Masjid R'cif (Al-Rashif) menjadi pusat demonstrasi menentang penindasan dan kekerasan yang dilakukan Prancis terhadap demonstran di kota tetangga Meknes. Alhasil, pasukan Prancis dikerahkan di seluruh Fes el-Bali, ditempatkan bahkan di kedua masjid tersebut. Menjelang akhir Perang Dunia II, kelompok nasionalis Maroko berkumpul di Fes untuk menulis tuntutan kemerdekaan, yang mereka kirim ke pihak Sekutu pada 11 Januari 1944. Penguasa Prancis menanggapinya dengan penangkapan para pemimpin nasionalis dan kekerasan terhadap para demonstran di berbagai kota, termasuk di Fes.