Jabarkan Kegiatan politik dari Zhou Enlai

Secara pribadi, 1925 merupakan tahun yang penting bagi Zhou. Zhou terus berhubungan dengan Deng Yingchao, yang pernah ia temui di Perhimpunan Kebangkitan saat masih di Tianjin dulu. Pada Januari 1925, Zhou meminta dan langsung menerima izin dari otoritas PKT untuk menikahi Deng. Keduanya menikah di Guangzhou pada 8 Agustus 1925.

Pekerjaan Zhou di Whampoa berakhir ketika terjadi "Insiden Kapal Perang Zhongshan" pada tanggal 20 Maret 1926, di mana ada sebuah kapal perang yang awaknya sebagian besar adalah anggota Komunis, bergerak pindah dari Whampoa ke Guangzhou tanpa sepengetahuan atau persetujuan dari Chiang Kai-shek. Peristiwa ini menyebabkan dikeluarkannya Chiang dari Komunis di Akademi Militer Whampoa pada Mei 1926, dan mengakibatkan banyak anggota Komunis yang menduduki posisi tinggi di Partai Nasionalis diganti. Dalam memoarnya, Nie Rongzhen menduga bahwa kapal perang tersebut bergerak sebagai bentuk protes atas penangkapan (singkat) Zhou Enlai.

Masa-masa Zhou di Akademi Militer Whampoa adalah periode penting dalam kariernya. Pekerjaan permulaannya sebagai perwira politik di militer membuatnya menjadi seorang pakar penting nantinya di Partai Komunis dalam bidang utama ini di mana sebagian besar kariernya berpusat pada urusan militer. Pekerjaan Zhou di Bagian Militer Komite Regional PKT Guangdong adalah ciri khas dari kegiatan terselubungnya pada periode itu. Bagian itu adalah kelompok rahasia yang terdiri dari tiga anggota Komite Pusat Provinsi, dan tugas utamanya adalah bertanggung jawab untuk mengorganisir dan memberi arahan kepada anggota-anggota inti PKT di dalam pasukan itu sendiri. Para anggota inti ini yang telah diorganisir di tingkat resimen dan di atasnya, adalah ilegal, yang berarti mereka dibentuk tanpa sepengetahuan atau otorisasi Nasionalis. Bagian ini juga bertanggung jawab untuk mengatur anggota-anggota inti serupa di kelompok bersenjata lainnya, termasuk perkumpulan rahasia dan pelayanan publik utama seperti jalur kereta api dan saluran air. Zhou melakukan pekerjaan yang luas di bidang-bidang ini sampai terjadi perpecahan partai Nasionalis dengan partai Komunis dan berakhirnya aliansi Soviet-Nasionalis pada tahun 1927.