Jabarkan Museveni berkuasa (1986–1996) dari Yoweri Museveni

Rezim-rezim sesudah Amin di Uganda dicirikan oleh korupsi, sektarianisme dan ketidakmampuan untuk memulihkan ketertiban dan mendapatkan legitimasi rakyat. Museveni harus menghindari pengulangan kesalahan-kesalahan ini apabila pemerintahannya tidak ingin mengalami nasib yang sama. NRM mengumumkan pemerintahan sementara selama empat tahun, yang terdiri dari basis etnis yang lebih luas daripada pendahulu-pendahulunya. Namun, wakil-wakil dari berbagai faksi ini dipilih langsung oleh Museveni. Kekerasan sektarian yang telah membayang-bayangi sejarah Uganda baru-baru ini diajukan sebagai pembenaran untuk membatasi kegiatan-kegiatan partai-partai politik dan basis-basis pendukung mereka yang khas etnis. Sistem non-partai tidak melarang partai-partai politik, namun mencegah mereka untuk mengajukan calon-calon mereka secara langsung dalam pemilu. Apa yang disebut sistem “Gerakan” ini, yang menurut Museveni mengklaim kesetiaan dari setiap warga Uganda, kelak menjadi batu penjuru dalam politik selama hampir 20 tahun.

Sistem Dewan Perlawanan, yang dipilih secara langsung pada tingkat kelurahan, dibentuk untuk mengelola urusan-urusan lokal, termasuk distribusi komoditas-komoditas dengan harga pasti secara merata. Pemilihan anggota-anggota Dewan Perlawanan adalah pengalaman langsung pertama yang dirasakan oleh banyak warga Uganda dengan demokrasi setelah berpuluh-puluh tahun mengalami berbagai tingkat otoriterianisme. Peniruan strukturnya hingga ke tingkat distrik telah dipuji karena telah menolong rakyat pada tingkat lokal untuk memahami struktur-struktur politik pada tingkat yang lebih tinggi.

Pemerintahan yang baru mendapatkan dukungan internasional yang luas, dan ekonomi yang telah dirusakkan oleh perang saudara telah mulai pulih setelah Museveni mulai merancang kebijakan-kebijakan ekonomi untuk melawan masalah-masalah penting seperti hiperinflasi dan neraca pembayaran. Dengan meninggalkan gagasan-gagasan Marxisnya, Museveni merangkul penyesuaian struktural neo-liberal yang dianjurkan oleh Bank Dunia dan Dana Moneter Internasional (IMF).

Uganda mulai ikut serta dalam sebuah Program Pemulihan Ekonomi (ERP) IMF pada 1987. Tujuan-tujuannya mencakup pemulihan insentif untuk menggalakkan pertumbuhan, investasi, lapangan kerja, dan ekspor, promosi dan diversifikasi perdagangan dengan tekanan khusus pada promosi ekspor, penghapusan halangan-halangan birokratis dan pencabutan modal dari perusahaan-perusahaan publik yang sakit dengan tujuan meningkatkan pertumbuhan ekonomi dan pembangunan yang dapat dipertahankan melalui sektor swasta, liberalisasi perdagangan pada segala tingkat.