Jabarkan Layanan kereta api dari Stasiun Tanjung Priuk

Sejak dibukanya stasiun ini, stasiun ini pada saat itu melayani kereta ekonomi jarak jauh, lokal Cikampek dan lokal Purwakarta. Sebelumnya, KRL Ekonomi/Commuter Line rute Tanjung Priuk–Bekasi pp sempat mengawali dan mengakhiri perjalanannya di stasiun ini, sebagai KRL feeder. Per 1 November 2014 semua kereta api yang tadinya berangkat dari stasiun ini dipindahkan ke Stasiun Pasar Senen. Alasannya, Stasiun Tanjung Priuk direncanakan akan dijadikan stasiun barang. Mulai 9 Februari 2017 perjalanan KA Lokal Purwakarta dan KA Lokal Cikampek dari yang sebelumnya beterminus di Stasiun Jakarta Kota dialihkan kembali ke Stasiun Tanjung Priuk. Mulai 1 Januari 2021 semua perjalanan KA lokal di Stasiun Tanjung Priuk (KA Walahar Ekspres/Lokal Purwakarta dan KA Jatiluhur/Lokal Cikampek) dipindahkan ke Stasiun Cikarang dan kepemilikan sarananya dialihkan ke Depo Kereta Bandung (BD).

Selain melayani KRL dan KA barang, Stasiun Tanjung Priuk juga dijadikan tempat parkir untuk Kertajaya dan Gumarang, yang merupakan KA penumpang rangkaian panjang yang terdiri dari 16 kereta dalam satu rangkaiannya. Mulai Juli 2022 yang semula tempat parkir rangkaian kereta api jarak jauh dan rangkaian panjang (Kertajaya dan Gumarang) di Stasiun Tanjung Priuk dan kini rangkaian kereta jarak jauh dan rangkaian panjang dipindahkan ke Depo Kereta Cipinang (CPN) agar memudahkan kirim rangkaian kereta api ke Stasiun Pasar Senen.