Jabarkan Masa Orde Baru dari Soedharmono

Dalam zaman Orba, kariernya menanjak. Pada Oktober 1965, Soeharto diangkat menjadi Panglima Angkatan Darat dan bergabung dengan KOTI sebagai Kepala Staf. Soeharto menjalin hubungan dengan Sudharmono pada saat masa-masa tegang dalam sejarah Indonesia. Dengan hal ini jelaslah bahwa Sudharmono mendapatkan kepercayaan Soeharto. Pada 11 Maret 1966, ketika Soeharto menerima Supersemar dari Soekarno, Sudharmono yang menyalin salinan surat yang akan didistribusikan kepada Perwira Militer lainnya. Keesokan harinya, pada tanggal 12 Maret tahun 1966, Sudharmono juga ikut untuk menulis dekret pelarangan PKI.

Dengan naiknya Soeharto ke kekuasaan, KOTI dibubarkan tetapi keterampilan administrasi Sudharmono dan kepercayaan dari Soeharto memastikan kedudukannya dalam pemerintahan Soeharto. Ketika Soeharto menjadi presiden pada tahun 1968, Sudharmono menjadi Sekretaris Kabinet serta Ketua Dewan Stabilitas Ekonomi. Pada tahun 1970, Sudharmono dipindahkan dari posisi Sekretaris Kabinet menjadi Sekretaris Negara, posisi yang memungkinkan ia untuk membantu Soeharto. Selain menjadi Mensesneg, Sudharmono juga menggantikan menteri lain secara sementara ketika mereka tidak dapat melaksanakan tugasnya seperti menjadi Menteri Penerangan dan Menteri Dalam Negeri serta membantu untuk membuat pidato pertanggungjawaban Soeharto sebelum Sidang Umum MPR. Pada tahun 1980, posisi Sudharmono sebagai Sekretaris Negara menerima dorongan signifikan melalui Keputusan Presiden yang memberikan Sekretaris Negara kekuatan untuk mengawasi pembelian pemerintah melebihi 500 juta rupiah.