Jabarkan K.R.C. Genk (1988–sekarang) dari K.R.C. Genk

Klub baru itu bernama KRC Genk dan karena mempertahankan peringkat Winterslag, klub itu dimulai di divisi pertama tetapi berakhir di urutan terakhir. Tahun berikutnya Genk berhasil memenangkan babak final di divisi 2 dan kemudian bermain 4 musim di divisi pertama. Pada tahun 1995 klub menyewa Aimé Anthuenis sebagai pelatih dan Racing menempati posisi kedua dan melewatkan babak final saat dua tim divisi pertama bergabung (Seraing dan Standard Liège). Setelah tempat kedelapan pada tahun 1997, klub memiliki musim 1997-98 yang baik dengan kemenangan piala dan tempat kedua di kejuaraan. Di musim Eropa pertamanya, Racing Genk tersingkir berturut-turut Apolonia Fier dan MSV Duisburg tetapi kalah dari Mallorca di babak 16 setelah dua kali seri (agregat 1-1) di Piala Winners terakhir yang pernah ada. Musim berakhir dengan baik ketika Genk memenangkan kejuaraan Belgia pertamanya pada bulan Mei, dengan manajer Aimé Anthuenis kemudian pindah ke Anderlecht.

Genk bermain di Liga Champions UEFA pada 1999-2000 tetapi kalah di babak kualifikasi kedua dari Maribor. Musim diselamatkan dengan memenangkan Piala Belgia lagi, kali ini untuk Standard, tetapi Genk mengakhiri kejuaraan di tempat ke-9. Itu selesai 11 di musim berikutnya dan kalah di putaran kedua Piala UEFA untuk Werder Bremen setelah menang melawan FC Zürich. Setelah mantra buruk ini, Genk berhasil memenangkan kejuaraan sekali lagi di musim 2001-02. Pada 2002-03, mereka mencapai babak grup Liga Champions untuk pertama kalinya dalam sejarah mereka. Meskipun mereka berada di urutan ke-4, mereka membuat penggemar terkesan dengan hasil imbang melawan Real Madrid, Roma dan AEK Athens.

Pada musim 2006-07, Genk menempati posisi kedua di belakang Anderlecht. The Limburgers memimpin hampir sepanjang musim tetapi kalah dari Germinal Bierschot dan kemudian dari Anderlecht. Musim 2007-08 adalah bencana sebagai Genk gagal menyelesaikan bagian atas divisi dan selesai di tempat 10 mengecewakan.

Tiga musim buruk menyusul. Genk menyelesaikan musim 2007-08 dengan 45 poin dan di tempat ke-10 di liga: hasil terburuk mereka dalam tujuh tahun. Musim 2008-09 juga buruk untuk Genk, finis di urutan ke-8 di liga. Musim berakhir dengan catatan positif dengan mereka memenangkan Piala Belgia, yang memberi mereka tiket ke babak kualifikasi Liga Europa keempat. Musim 2009-10 dimulai dengan buruk ketika mereka tersingkir dari Liga Europa oleh Lille. Segalanya tidak berjalan dengan baik di liga domestik. Manajer Hein Vanhaezebrouck dipecat pada bulan Desember dan digantikan oleh Franky Vercauteren. Genk finis di urutan ke-11, tetapi Vercauteren berhasil memimpin klub ke sepak bola Eropa dengan mengalahkan rival derby Sint-Truiden di final Play-off II.