Jabarkan Pensiun dan melatih dari Sami Hyypiä

Pada Mei 2011 Hyypiä mengkonfirmasikan selama konferensi pers bahwa musim 2010-11 akan menjadi musim terakhirnya di sepak bola profesional. Tak lama setelah membuat pernyataan pensiun, Hyypiä katanya akan menjadi bagian dari staf pelatih untuk kedua timnas Finlandia dan Bayer Leverkusen. Hyypiä telah menyiapkan dana untuk membantu atlet muda yang menjanjikan asal Finlandia. Sebagai bagian dari usahanya untuk mengumpulkan dana bagi yayasan, ia berpartisipasi dalam Helsinki City Marathon pada tanggal 20 Agustus 2011. Waktunya adalah 3 jam 56 menit 09 detik.

Pada tanggal 1 April 2012, Hyypia ditunjuk sebagai pelatih sementara Bayer Leverkusen, bersama pelatih U-19 Sascha Lewandowski, setelah pemecatan manager saat itu Robin Dutt. Pada tanggal 8 April 2012, Leverkusen memainkan pertandingan pertama mereka di bawah Hyypia dan hasilnya hanya bemain imbang 1-1 melawan Hamburger SV. Pada tanggal 15 Mei 2012, Hyypia dan Lewandowski dikonfirmasi sebagai manajer Bayer Leverkusen sampai musim panas 2015.