Jabarkan Balada Becak, novel, 1985 dari Y.B. Mangunwijaya

Balada dara-dara Mendut, novel, 1993

Di Bawah Bayang-Bayang Adikuasa, 1987

Fisika Bangunan, buku Arsitektur, 1980

Ikan-Ikan Hiu, Ido, Homa, novel, 1983

Kita Lebih Bodoh dari Generasi Soekarno-Hatta, 2000

Manusia Pascamodern, Semesta, dan Tuhan: renungan filsafat hidup, manusia modern, 1999

Memuliakan Allah, Mengangkat Manusia, 1999

Menjadi generasi pasca-Indonesia: kegelisahan Y.B. Mangunwijaya, 1999

Menuju Indonesia Serba Baru, 1998

Menuju Republik Indonesia Serikat, 1998

Merintis RI Yang Manusiawi: Republik yang adil dan beradab, 1999

Pemasyarakatan susastra dipandang dari sudut budaya, 1986

Putri duyung yang mendamba: renungan filsafat hidup manusia modern, 1987

Ragawidya : Religiositas Hal-hal Sehari-hari, 1986

Romo Rahadi, novel, 1981 (terbit dengan nama samaran Y. Wastu Wijaya)

Rara Mendut, Genduk Duku, Lusi Lindri, novel trilogi, dimuat 1982-1987 di harian Kompas, dibukukan 2008

Rumah Bambu, kumpulan cerpen, 2000

Sastra dan Religiositas, kumpulan esai, 1982

Saya Ingin Membayar Utang Kepada Rakyat, 1999

Soeharto dalam Cerpen Indonesia, 2001

Spiritualitas baru : agama dan aspirasi rakyat, 1994

Teknologi dan dampak kebudayaannya, 1983

Tentara dan Kaum Bersenjata, 1999

Tumbal: kumpulan tulisan tentang kebudayaan, perikemanusiaan dan kemasyarakatan, 1994

Wastu Citra, buku Arsitektur, 1988

Sumartana, dkk. Mendidik Manusia Merdeka Romo Y.B. Mangunwijaya 65 Tahun. Institut Dian/Interfedei dan Pustaka Pelajar, 1995. ISBN 979-8726-01-4.

Wahid, Abdurrahman. Romo Mangun Di Mata Para Sahabat. Kanisius, 1999. ISBN 979-672-431-6.

Priyanahadi, dkk. Y.B. Mangunwijaya, Pejuang Kemanusiaan. Kanisius, 1999. ISBN 979-672-435-9.

Prawoto, Eko A. Tektonika Arsitektur Y.B. Mangunwijaya. Cemeti Art House Yogyakarta, 1999.

Mengenang Y.B. Mangunwijaya, Pergulatan Intelektual dalam Era Kegelisahan. Kanisius, 1999. ISBN 979-672-433-2.

Sindhunata. Menjadi Generasi Pasca-Indonesia, Kegelisahan Y.B. Mangunwijaya. Kanisius, 1999. ISBN 979-672-432-4.

Purwatma. Romo Mangun Imam bagi Kaum Kecil. Kanisius, 2001. ISBN 979-672-959-8.

Rahmanto, B. Y.B. Mangunwijaya: Karya dan Dunianya. Grasindo, 2001. ISBN 978-979-96526-1-4.

Yahya, Iip D. dan Shakuntala, I.B. Romo Mangun Sahabat Kaum Duafa. Kanisius, 2005. ISBN 978-979-21-0563-6.

Murtianto, B. Kata-Kata Terakhir: Romo Mangun. Kompas, 2014. ISBN 978-979-708-795-0

Dalam film Rudy Habibie (2016), Y.B. Mangunwijaya diperankan oleh Verdi Solaiman.