Jabarkan Gereja Ortodoks Timur dari Paus Yohanes Paulus II

Pada Mei 1999, Yohanes Paulus II mengunjungi Rumania atas undangan dari Patriark Teoctist Arăpaşu dari Gereja Ortodoks Rumania. Ini adalah untuk pertama kalinya seorang Paus mengunjungi sebuah negara yang didominasi Gereja Ortodoks sejak Skisma Timur-Barat tahun 1054. Pada kedatangannya, Patriark dan presiden Rumania, Emil Constantinescu menyambut Paus. Patriark menyatakan, "Milenium kedua dalam sejarah Kristen dimulai dengan luka yang menyakitkan dari persatuan Gereja; akhir dari milenium ini telah terlihat komitmen yang nyata untuk memulihkan persatuan Kristen."

Yohanes Paulus II mengunjungi negara dengan penganut Ortodoks lainnya yang besar, Ukraina pada 23-27 Juni 2001 atas undangan presiden Ukraina dan uskup Gereja Katolik-Yunani Ukraina. Paus berbincang dengan para pimpinan Dewan Gereja-gereja dan Keagamaan Seluruh Ukraina, memohon untuk "sebuah dialog yang terbuka, toleran dan jujur". Sekitar 200 ribu orang menghadiri perayaan liturgi yang dipimpin Paus di Kiev, dan liturgi di Lviv dihadiri hampir satu setengah juta umat. Yohanes Paulus II menyatakan akhir dari Skisma Besar adalah salah satu harapannya. Menyembuhkan luka perpisahan antara Katolik dan gereja-gereja Ortodoks Timur meski tradisi Latin dan Romawi Timur jelas tentang kepentingan pribadi yang besar. Selama tradisi Latin dan Byzantium jelas tentang kepentingan pribadi yang besar. Cukup lama, Yohanes Paulus II berusaha memfasilitasi dialog dan usaha melakukan penyatuan setidaknya sejak 1988 pada Eutus in mundum (dunia) bahwa "Eropa memiliki dua paru-paru, bernapas tidaklah mudah sampai keduanya digunakan".

Selama perjalanan tahun 2001, Yohanes Paulus II menjadi Paus pertama yang mengunjungi Yunani dalam 1291 tahun. Di Athena, Paus bertemu dengan Uskup Agung Christodoulos, pimpinan Gereja Ortodoks Yunani. Setelah pertemuan tertutup 30 menit, keduanya berbicara pada publik. Christodoulos membaca daftar "13 pelanggaran" dari Gereja Katolik Roma terhadap Gereja Ortodoks Timur sejak Skisma Besar, termasuk perampasan Konstantinopel oleh pejuang perang Salib pada 1204, dan meratapi kurangnya permintaan maaf dari Gereja Katolik Roma, mengatakan "Hingga sekarang, belum pernah terdengar satupun permintaan maaf" untuk ""pejuang gila perang Salib abad ke 13."

Paus menanggapi dengan berkata "Untuk kesempatan dulu dan sekarang, ketika putra dan putri Gereja Katolik telah berdosa atas tindakan atau kelalaian terhadap saudara-saudara mereka dari kaum Ortodoks, semoga Tuhan memberikan kita pengampunan," yang mana langsung disambut tepuk tangan oleh Christodoulos. Yohanes Paulus II juga mengatakan bahwa penjarahan Konstantinopel adalah sumber "penyesalan yang mendalam" untuk Katolik. Kemudian Yohanes Paulus II dan Christodoulos bertemu di lokasi di mana Santo Paulus dari Tarsus pernah diwartakan kepada orang-orang Kristen Athena. Mereka mengeluarkan ‘deklarasi bersama’, yang mengatakan "Kami akan mengupayakan segala daya, agar akar Kristen di Eropa dan jiwa Kristen dapat dipertahankan. ... Kami mengutuk semua jenis kekerasan, proselitisme, fanatisme, atas nama agama" Kedua pemimpin itu lalu melakukan Doa Bapa Kami bersama, menyingkirkan tabu bahwa Ortodoks tidak boleh berdoa bersama Katolik.

Paus juga pernah berkata selama masa kepemimpinannya bahwa salah satu mimpi besarnya adalah mengunjungi Rusia, namun hal ini tidak pernah terwujud. Dia mencoba menyelesaikan masalah yang muncul berabad-abad antara Katolik dan Gereja Ortodoks Rusia, seperti mengembalikan ikon Our Lady of Kazan pada bulan Agustus 2004 kepada gereja Ortodoks Rusia.