Jabarkan Waperdam dan Menkeu dari Syafruddin Prawiranegara

Sekembalinya Syafruddin ke Yogyakarta, ia ditunjuk sebagai Wakil Perdana Menteri untuk urusan Sumatra di dalam Kabinet Hatta II, dengan penugasan di Banda Aceh. Karena pada saat itu kekuasaan dan komunikasi pemerintah pusat sangat lemah di Sumatra, Syafruddin diberikan kekuasaan yang cukup besar dalam menjalankan tugasnya. Selama masa PDRI, Syafruddin sering dibujuki oleh pemimpin-pemimpin daerah Aceh yang bertekad memisahkan Aceh sebagai provinsi yang terpisah dari Sumatra Utara. Pada bulan Mei 1949, Syafruddin menunjuk Daud Beureu'eh sebagai gubernur militer Aceh. Ketika Syafruddin berkunjung ke Aceh pada bulan Agustus 1949, para tokoh daerah mendesak Syafruddin untuk membentuk provinsi tersebut. Desakan yang dialami Syafruddin cukup keras,  sampai ia menerbitkan peraturan Waperdam pada bulan Desember 1949 yang isinya merupakan pemekaran provinsi Aceh dari Sumatra Utara. Belakangan, pemerintahan pusat selama Kabinet Natsir menyatakan bahwa pembentukan provinsi otonom Aceh merupakan suatu force majeure (keadaan di luar kendali), dan mencabut aturan tersebut. Tindakan tersebut memancing amarah para tokoh Aceh, sampai Mohammad Natsir perlu melakukan safari ke Aceh untuk menenangkan situasi. Di luar itu, Syafruddin juga menenangkan pegawai-pegawai negeri yang pernah bekerja di bawah kekuasaan Belanda, dan memastikan bahwa tidak ada tindak pembalasan terhadap mereka.

Selama periode Republik Indonesia Serikat (RIS) dan Kabinet Natsir, Syafruddin kembali menjabat sebagai Menteri Keuangan. Saat penyusunan Undang-Undang Dasar Sementara Republik Indonesia, Syafruddin mengusulkan agar ada klausul Hatta akan ditunjuk sebagai Perdana Menteri apabila terjadi krisis politik. Usulan ini diterima oleh Masyumi dan Wilopo dari Partai Nasional Indonesia (PNI), tetapi kandas karena tidak didukung oleh tokoh-tokoh lain. Antara periode RIS sampai ke jatuhnya Kabinet Wilopo, tokoh Masyumi banyak tersebar dalam pemerintah, dan karena Syafruddin merupakan ekonom termasyhur dalam partai tersebut, pandangannya sangat berpengaruh dalam pemerintahan. Salah satu program Syafruddin adalah mewajibkan importir barang untuk menggunakan sertifikat devisa. Sertifikat devisa ini dapat diperoleh dengan mengekspor barang, dan bertujuan untuk melindungi industri dalam negeri dari barang impor.

Selain masalah perdagangan, pada masa itu pemerintah Indonesia tertekan hutang warisan Hindia Belanda dari Konferensi Meja Bundar. Karena banyaknya mata uang yang beredar dan tercetak, dan karena kurangnya produksi barang, inflasi juga merebak di masyarakat. Pada tahun 1950, ada tiga mata uang yang beredar: uang pemerintah Indonesia, uang pemerintah sipil Belanda NICA, dan uang bank sentral jaman Hindia Belanda (De Javasche Bank) yang dicetak sebelum pendudukan Jepang. Untuk mengurangi persediaan uang, Syafruddin memerintahkan pada tanggal 10 Maret 1950 bahwa semua uang kertas NICA dan De Javasche Bank dengan nilai lebih dari 5 gulden harus digunting menjadi dua potongan. Kebijakan ini dikenal dengan istilah "Gunting Syafruddin". Potongan sebelah kiri berlaku sampai tanggal 9 April 1950, dengan nilai setengah dari nilai utuhnya sampai ditukar dengan uang baru, sementara potongan sebelah kanan dapat ditukarkan dengan obligasi pemerintah berjangka 30 tahun dengan bunga 3 persen. "Gunting" ini juga berlaku untuk rekening bank, dengan separuh saldo rekening (pengecualian sebesar maksimal 200 gulden, apabila saldo rekening di bawah 1.000 gulden) ditukarkan dengan obligasi. Syafruddin belakangan menyatakan bahwa kebijakan ini bertujuan ganda: untuk mengurangi inflasi dan untuk menyelaraskan mata uang yang beredar dengan mencabut mata uang Belanda dari peredaran. Menurut pernyataan De Javasche Bank, meskipun pasokan uang turun 41 persen setelah kebijakan ini, inflasi tetap merebak dengan harga pangan dan sandang yang masih naik.

Kebijakan-kebijakan Syafruddin menuai pro dan kontra dari masyarakat dan kalangan politik. Gunting Syafruddin khususnya menjadi bulan-bulanan Partai Komunis Indonesia (PKI). Kebijakan Gunting Syafruddin juga dikritik karena diumumkan saat rata-rata karyawan masih memegang uang tunai. Selama masa jabatan Syafruddin di RIS, pendapatan pemerintah meningkat, tetapi defisit tetap berjalan karena pengeluaran pemerintah turut meningkat. Karena pecahnya Perang Korea selama Kabinet Natsir, permintaan komoditas Indonesia dari negara asing meningkat, sehingga pendapatan pemerintah naik drastis dan anggaran pemerintah surplus. Dalam kabinet ini, Menteri Perdagangan dan Industri Sumitro Djojohadikusumo mencetuskan Rencana Urgensi Perekonomian (RUP) yang bertujuan untuk mengembangkan industri substitusi impor di dalam negeri dan mengembangkan perekonomian "pribumi". Syafruddin merupakan salah satu tokoh yang bertentangan dengan RUP. Selama kabinet Natsir, Syafruddin tetap berhemat dengan anggaran pemerintah, dengan tidak menaikkan gaji pegawai negeri, mempertahankan sejumlah pajak era kolonial, dan menolak memberikan bantuan ke partai politik. Ia juga mempertahankan sejumlah pegawai berkebangsaan Belanda di dalam Kementerian Keuangan itu sendiri. Setelah digantikan oleh Jusuf Wibisono dalam Kabinet Sukiman-Suwirjo, Syafruddin menjadi pengkritik pemerintah, dan ia menyatakan pada Juni 1951 bahwa kebijakan pemerintah telah menyebabkan penurunan ekonomi, yang tersembunyi oleh ekspor komoditas yang melejit.