Jabarkan 1990-an hingga 2015 dari Pupuk Kalimantan Timur

Pada tahun 1997, pemerintah resmi menyerahkan mayoritas saham perusahaan ini ke Pupuk Sriwidjaja sebagai bagian dari upaya untuk membentuk holding BUMN yang bergerak di bidang produksi pupuk. Pada tahun 1999, melalui Proyek Optimasi Kaltim (POPKA), perusahaan ini mulai mengoptimasi Pabrik 1, sehingga pabrik tersebut menjadi pabrik urea granul pertama di Indonesia, dengan kapasitas produksi sebesar 570.000 ton per tahun. Pabrik tersebut lalu diresmikan pada tanggal 6 Juli 2000 bersamaan dengan pemancangan tiang pertama pembangunan Pabrik 4. Unit Urea dari Pabrik 4 yang berkapasitas produksi sebesar 570.000 ton per tahun kemudian diresmikan pada tanggal 3 Juli 2002, sementara Unit Amoniak dari Pabrik 4 yang berkapasitas produksi sebesar 330.000 ton per tahun menyusul diresmikan pada tanggal 28 Juni 2004. Pada tahun 2007, perusahaan ini mulai mengoperasikan pabrik pupuk NPK blending untuk dapat memproduksi pupuk NPK, dengan fosfatnya diimpor dari Maroko. Perusahaan ini juga membangun dua pabrik NPK Fusion yang mulai beroperasi pada tahun 2010 dengan total investasi sebesar US$ 14,2 juta.

Pada tahun 2011, perusahaan ini mulai membangun Pabrik 5 dengan biaya sebesar US$ 576 juta. Pabrik tersebut direncanakan dapat memproduksi amonia sebanyak 825 ribu ton per tahun dan urea sebanyak 1.155.000 ton per tahun. Pada tahun 2013, perusahaan ini mulai mengoperasikan pendidih batu bara. Pada tahun 2013 juga, perusahaan ini mengambil alih pabrik amonia milik PT Kaltim Pasifik Amoniak. Pabrik amonia tersebut lalu digabung dengan pabrik hasil POPKA dan disebut sebagai Pabrik 1A. Pada tanggal 19 November 2015, Pabrik 5 diresmikan oleh Presiden Joko Widodo. Pabrik 5 dimaksudkan untuk menggantikan Pabrik 1 yang ditutup karena sudah berumur dan kurang efisien.