Jabarkan Sebelah Utara: Kecamatan Watopute dari Kontunaga, Muna

Sebelah Selatan: Kecamatan Lawa, Kab. Muna Barat

Sebelah Barat: Kecamatan Kusambi, Kab. Muna Barat

Kecamatan Kontunaga terdiri dari 6 desa, yaitu Desa Liabalano, Kontunaga, Mabodo, Masalili, Bungi, dan Lapodidi. Pada tahun 2015 ada 2 desa pemekaran yaitu Desa Teweghu pemekaran dari Desa Bungi dan Desa Saungkaghito pemekaran dari Desa Mabodo. Kedua desa pemekaran tersebut datanya masih bergabung dengan desa induk Luas wilayah Kecamatan Kontunaga sekitar 50,88 Km². Desa terluas saat ini adalah Desa Bungi dengan luas 13,89 Km² atau sebesar 27,30 % dari total luas wilayah kecamatan. Desa yang memiliki luas terkecil adalah Desa Liabalano dengan luas hanya sebesar 5,40 Km² atau 10,61 % dari total luas Kecamatan Kontunaga.

Luas wilayah Kecamatan Kontunaga sekitar 50,88 Km². Desa terluas saat ini adalah Desa Bungi dengan luas 13,89 Km² atau sebesar 27,30 % dari total luas wilayah kecamatan. Desa yang memiliki luas terkecil adalah Desa Liabalano dengan luas hanya sebesar 5,40 Km² atau 10,61 % dari total luas Kecamatan Kontunaga. Adapun luas daerah di Kecamatan kontunaga adalah:

Desa Liabalano dengan luas 5,40 km2

Desa Kontunaga dengan luas 6,17 km2

Desa Mabodo dengan luas 11,23 km2

Desa Masalili dengan luas 7,95 km2

Desa Bungi dengan luas 13,89 km2

Desa Lapodidi dengan luas 6,24 km2