Jabarkan Pascaperang hingga tahun 1999 dari Bendera Jepang

Sejak Perang Dunia II, bendera Jepang dikritik karena keterkaitannya dengan kemiliteran negara tersebut pada masa lalu. Keberatan serupa juga diajukan pada lagu kebangsaan Jepang saat ini, Kimigayo. Kesan terhadap Hinomaru dan Kimigayo mewakili perubahan umum dari sikap patriotik mengenai "Dai Nippon" – Jepang Raya – menjadi sikap pasifis dan anti-militer "Nihon". Karena pergeseran ideologi tersebut, bendera tersebut jarang dikibarkan di Jepang setelah masa perang meskipun pembatasan telah dicabut oleh SCAPJ pada tahun 1949.

Ketika Jepang mulai membangun kembali negaranya secara diplomatis, Hinomaru digunakan sebagai alat politik di luar Jepang. Dalam kunjungan Kaisar Hirohito dan Permaisuri Kōjun ke Belanda, Hinomaru dibakar oleh warga Belanda yang menuntut agar mereka dipulangkan. Di dalam negeri, bendera tersebut bahkan tidak digunakan dalam unjuk rasa terhadap Perjanjian Status Pasukan yang sedang dirundingkan antara AS dan Jepang. Bendera yang umumnya digunakan oleh serikat pekerja dan pengunjuk rasa adalah bendera merah untuk pemberontakan.

Isu mengenai Hinomaru dan lagu kebangsaan Jepang diangkat kembali ketika Tokyo menjadi tuan rumah Olimpiade Musim Panas 1964. Sebelum Olimpiade, ukuran lingkaran matahari dari bendera tersebut diubah lebih kecil supaya tidak terlihat mencolok ketika sedang dikibarkan dengan bendera nasional lainnya. Tadamasa Fukiura, seorang spesialis warna, memilih untuk mengatur lingkaran matahari tersebut dengan perbandingan dua banding tiga dari panjang bendera tersebut. Fukiura juga memilih warna bendera untuk Olimpiade Musim Panas 1964 serta Olimpiade Musim Dingin 1998 di Nagano.

Pada tahun 1989, peristiwa kematian Kaisar Hirohito mengangkat kembali isu moral mengenai bendera nasional. Kaum konservatif merasa bahwa bendera tersebut dapat digunakan pada saat upacara tanpa membuka kembali luka lama sehingga memungkinkan mereka untuk menerima Hinomaru sebagai bendera nasional tanpa mempertanyakan maknanya. Selama masa berkabung enam hari, bendera-bendera dikibarkan dalam keadaan setengah tiang atau disertai dengan kain hitam di seluruh Jepang. Meskipun terdapat laporan mengenai pengunjuk rasa yang merusak Hinomaru pada hari pemakaman kaisar, hak sekolah untuk mengibarkan Hinomaru dalam posisi setengah tiang tanpa syarat membawa kesuksesan bagi kaum konservatif.