Jabarkan Membangun kembali dan transisi dari Alex Ferguson

Pada awal musim 2001/02 diwarnai dengan penjualan kontroversial bek Jaap Stam ke Lazio seharga £16 juta, yang mana membuat keseimbangan skuad Fergie terganggu. Absennya Stam di lini belakang United tidak mampu ditutupi oleh bek United lainnya dan keputusan ini pun disesali kemudian oleh Ferguson yang kerepotan mencari suksesor sang bek. Performa United menukik tajam dengan menempati peringkat 9 pada paruh musim. Performa United membaik seiring bergabungnya bek tua (36 tahun) Laurent Blanc dari Inter Milan pada Januari 2002 dan United pun menang dalam 8 laga Liga sehingga melaju ke peringkat atas Klasemen Liga. Namun hasil tersebut hanya bisa membawa United berakhir di peringkat 3 klasemen. Musim ini pun seharusnya menjadi musim terakhir Fergie menangani United karena faktor usia dan penurunan prestasi. Namun Fergie membatalkan niatnya unutk mundur dan tetap menangani United untuk 3 tahun ke depan. Pada akhir musim Fergie mencetak rekor pembeliannya selama menangani United dengan merekrut bek Tim Nasional Inggris, Rio Ferdinand sebesar £30 juta dari rival mereka Leeds United dan menjadikannya sebagai bek termahal dunia saat itu. Ferguson juga menunjuk Carlos Queiroz sebagai asisten manajer bagi United. Hasilnya terlihat pada musim 2002/03 di mana United berhasil menjadi juara Liga, di mana 2 bulan sebelum liga berhasil mereka tertinggal 8 angka dari kandidat juara Arsenal. Namun lewat penampilan tak terkalahkan sejak Desember, United berhasil meraih trofi juara Liga Inggris. Fergie sendiri sangat puas atas raihan trofi juara 2002/03 ini, karena kritikan tajam kepada Fergie sebelum awal musim yang dituduh telah kehilangan ambisi dalam menangani United. Pada akhir musim ini, Fergie secara mengejutkan melepas gelandang kanan United, David Beckham ke klub Spanyol, Real Madrid sebesar 35 juta Euro, menyusul insiden di mana Fergie, yang sedang mengamuk pada istirahat babak pertama ketika United berjumpa Arsenal dalam ajang Piala FA, secara tak sengaja menendang sepatu sehingga melukai pelipis kanan Beckham.

Untuk mengisi posisi Beckham, Fergie secara tak terduga mentransfer seorang anak muda berbakat dari Sporting Lisbon, Cristiano Ronaldo sebesar £12.24 juta. Menjadikannya orang Portugal pertama yang bermain untuk United. Ia juga diberikan seragam no. 7 yang dulu dipakai oleh para legenda klub, seperti Beckham, Cantona dan George Best. Bulan Januari Fergie kembali mendatangkan penyerang Louis Saha unutk menggantikan posisi Solskjaer yang cedera.

Musim itu berakhir dengan kegagalan United pada Liga Inggris dengan menempati posisi 3 klasemen akhir. Pada ajang Liga Champion United juga mengalami kegagalan di tangan FC Porto yang saat itu ditangani oleh Jose Mourinho. Pada akhir musim itu Fergie berhasil mentransfer bintang muda Inggris, Wayne Rooney dari Everton senilai £20 juta. Rooney menjadi target transfer sejumlah klub besar Eropa tetapi Fergie berhasil meyakinkan Rooney unutk bergabung bersamanya di United. Tapi absennya penyerang utama, van Nistelrooy membuat Setan Merah finis di peringkat 3 selama 3 tahun beruntun. Pada akhir musim ini, Malcolm Glazer berhasil menguasai saham mayoritas dari Manchester United, hal ini mengundang gelombang protes dari para fans United yang khawatir biaya transfer pemain untuk United menjadi terbatas. Pada awal musim ini Fergie mendatangkan kiper sarat pengalaman, Edwin van der Sar dari Fulham dan gelandang serba bisa Park Ji Sung yang di transfer dari PSV.

Musim ini merupakan musim transisi dari United, pada November 2005 Roy Keane memutuskan unutk hengkang dari United dab bergabung dengan Glasgow Celtic. Akibatnya United gagal melaju dari babak play-off Liga Champion. Nemanja Vidić dan Patrice Evra bergabung dengan skuad United pada bulan Januari 2006 dan Fergie berhasil membawa United menjadi runner-up Liga Inggris di bawah Chelsea dan menjuarai Piala Liga Inggris. Masa depan van Nistelrooy di United meenjadi tak menentu, terutama karena performa Cristiano Ronaldo dan Wayne Rooney yang sudah mendapat tempat utama di skuad Fergie. Pada akhir musim van Nistelrooy pindah ke Real Madrid.