Jabarkan NCAA Division II schools dari Kansas

Keberhasilan penting juga telah dicapai oleh sekolah-sekolah kecil di negara bagian Kansas dalam sepak bola Amerika. Pittsburg State University merupakan peserta Divisi II NCAA, telah mengklaim empat gelar nasional dalam sepak bola Amerika, dua di NAIA dan yang terbaru gelar nasional Divisi II NCAA 2011. Pittsburg State menjadi pemenang program sepak bola Amerika Divisi II NCAA pada tahun 1995. PSU (Pittsburg State University) melewati Hillsdale College di puncak daftar kemenangan sepanjang masa di musim 1995 dalam perjalanannya ke runner-up nasional. The Gorillas dalam musim 96 kompetisi antar perguruan tinggi, telah mengumpulkan 579 kemenangan, mencatat skor keseluruhan 579–301–48.

Washburn University di Topeka, memenangkan Kejuaraan Bola Basket Pria NAIA pada tahun 1987. Fort Hays State University cabang pria memenangkan gelar Divisi II NCAA 1996 dengan rekor 34-0, dan Washburn cabang wanita memenangkan mahkota Divisi II NCAA 2005. Kolese St. Benediktus (sekarang bernama Benedictine College), di Atchison, memenangkan Kejuaraan Bola Basket NAIA Putra tahun 1954 dan 1967.

Kansas Collegiate Athletic Conference sebagai sumber salah satu konferensi olahraga perguruan tinggi tertua yang ada dan berpartisipasi dalam NAIA serta beranggotakan semua sekolah yang berjumlah  sepuluh sekolah berada di negara bagian Kansas. Konferensi sekolah kecil lainnya yang memiliki beberapa anggota di Kansas adalah Mid-America Intercollegiate Athletics Association, Midlands Collegiate Athletic Conference, Midwest Christian College Conference, dan Heart of America Athletic Conference. Banyak perguruan tinggi junior juga memiliki program atletik yang aktif.

Tim bola basket wanita Emporia State University berada di bawah pelatih kepala Brandon Schneider yang sekarang menjabat sebagai pelatih bola basket wanita di University of Kansas, Schneider juga meraih kesuksesan untuk Emporia State University. Pada tahun 2010 tim Emporia State University memenangkan Kejuaraan Nasional Divisi II NCAA. Emporia State dan Washburn di Topeka berbagi persaingan sengit di semua olahraga, sebagian besar karena kedekatan kedua kota.