Jabarkan Liga Prima Indonesia dari Semen Padang FC

Pada kenyataannya, itu adalah musim terakhir Semen Padang di Liga Super. Berikut konflik dan dualisme yang terjadi di tubuh PSSI, terdapat dua liga profesional yang bermain di Indonesia pada musim 2011–12, yaitu Liga Super dan Liga Prima. Manajemen SP memilih untuk berlaga di Liga Prima yang diakui oleh PSSI pimpinan Djohar Arifin Husin. Nil tetap memimpin tim ini sampai penunjukkannya sebagai kepala pelatih tim nasional pada bulan April 2012; setelah itu ia digantikan oleh pelatih senior Suhatman Imam. Suhatman membawa SP juara Liga Prima dengan kompetisi masih menyisakan beberapa pekan lagi. Namun, kesempatan SP untuk menyandingkan gelar juara liga dengan Piala Indonesia sirna setelah dikalahkan oleh Persibo Bojonegoro di final.

Sebagai juara Liga Prima, Semen Padang berhak untuk tampil sebagai wakil Indonesia di Piala AFC 2013. Pada penampilan kedua mereka di kancah Asia sepanjang sejarah ini, SP tergabung dengan Grup E dan berhasil lolos sebagai juara grup. Di putaran 16 besar, mereka berhasil mengalahkan wakil Vietnam SHB Đà Nẵng dengan skor 2-1, sebelum ditekuk oleh wakil India East Bengal di babak perempatfinal.

Pada bulan Oktober 2012, manajemen Semen Padang sempat memutuskan untuk kembali berlaga di Liga Super. Namun pada akhir November, CEO Erizal Anwar memutuskan bahwa SP akan tetap di Liga Prima. Pada saat yang sama, Jafri Sastra ditunjuk sebagai pelatih kepala untuk menggantikan Suhatman yang kembali ke posisi lamanya sebagai direktur teknik.

Pada Liga Prima musim 2013, Semen Padang tampil sebagai juara bertahan. Pada Oktober 2013, PSSI sepakat untuk menghentikan jalannya Liga Prima; SP pada saat itu berada di peringkat pertama. Sebelumnya, kongres luar biasa PSSI sepakat untuk menyatukan Liga Super dan Liga Prima; empat dari tim teratas di Liga Prima akan lolos ke Liga Super yang telah bersatu pada musim 2014. PSSI memberikan wild card untuk lolos otomatis ke Liga Super kepada SP sebagai juara bertahan dan peringkat pertama Liga Prima pada saat kompetisi dihentikan, tetapi meminta mereka agar berpartisipasi dalam partai final melawan juara putaran play-off yang digelar untuk menentukan sisa tiga tim Liga Prima yang lolos. Partai melawan Pro Duta FC itu pada akhirnya tidak terlaksana, sehingga Liga Prima musim 2013 dianggap tidak memiliki juara walaupun SP duduk di peringkat pertama.