Jabarkan Pulau utama dari Laut Pedalaman Seto

Bagian timur: Pulau Awaji, Pulau Shodo, Kepulauan Ieshima, Kepulauan Naoshima, Kepulauan Shiwaku

Bagian tengah: Ōmishima, Innoshima, Itsukushima (populer dengan sebutan Pulau Miyajima), Kepulauan Hinase, Kepulauan Kasaoka

Bagian barat: Suō-Ōshima, Kepulauan Uwakai, Kepulauan Hashirajima.

Laut Pedalaman Seto merupakan habitat untuk lebih dari 500 spesies laut, misalnya: ikan ayu, ikan amphidromous, belangkas, lumba-lumba ambu, dan hiu putih yang kadang-kadang menyerang orang di Laut Pedalaman Seto. Dahulu, banyak paus muncul untuk mencari makan atau berkembang biak, namun mereka kini sudah tidak ada lagi di Laut Pedalaman Seto akibat perburuan paus dan polusi, kecuali seekor dua ekor yang tersesat.

Pada zaman es terakhir, permukaan laut diperkirakan lebih rendah dari sekarang. Setelah zaman es berakhir, air laut mengalir ke tempat-tempat lebih rendah antara pegunungan di Chūgoku dan pegunungan di Shikoku hingga membentuk Laut Pedalaman Seto seperti sekarang.

Sejak zaman kuno, Laut Pedalaman Seto merupakan jalur transportasi utama antara wilayah pesisir, termasuk wilayah yang sekarang disebut Kansai dan Kyushu. Laut ini juga merupakan jalur transportasi utama antara Jepang dan negara-negara lain, termasuk Korea Selatan dan Cina. Bahkan setelah dibangunnya jalan darat seperti jalan raya utama Nankaidō dan San'yodo, Laut Pedalaman Seto tetap meripakan rute transportasi utama. Sejumlah utusan asing dari Cina dan Korea juga dicatat pernah melayari Laut Pedalaman Seto.

Pentingnya lalu lintas di Laut Pedalaman Jepang menyebabkan munculnya kekuatan-kekuatan regional yang kadang-kadang timbul dalam bentuk angkatan laut partikelir. Sejumlah dokumen mencatat angkatan laut partikelir ini sebagai , namun mereka lebih terkenal sebagai bajak laut. Kadang-kadang mereka dianggap musuh masyarakat, tetapi dalam sebagian besar kasus, mereka diberi hak untuk pemerintahan sendiri setelah mempertimbangkan kekuatan mereka.

Pada abad ke-12, Taira no Kiyomori berencana untuk memindahkan ibu kota dari Kyoto ke desa pesisir Fukuhara (sekarang Kobe) untuk meningkatkan perdagangan antara Jepang dan Dinasti Song di Cina. Pemindahan ibu kota ini tidak berhasil, dan Kyoto kembali dijadikan ibu kota Jepang. Pertempuran Yashima yang melibatkan klan Taira terjadi di laut lepas pantai Takamatsu sekarang.

Selama periode feodal, "suigun" (bajak laut) merebut kekuasaan di sebagian besar wilayah pesisir. Klan Kono di Provinsi Iyo (sekarang Prefektur Ehime) dan klan Kobayakawa (dilanjutkan oleh klan Mori) di Provinsi Aki (sekarang bagian dari Prefektur Hiroshima) adalah dua klan suigun terkenal dari Laut Pedalaman Seto.

Pada periode Edo, Laut Pedalaman Seto adalah salah satu jalur transportasi tersibuk di Jepang. Laut ini merupakan jalan tembus ke Laut Jepang. Laut Pedalaman Seto tidak hanya berfungsi sebagai jalur transportasi utama antara Kansai dan Kyushu, melainkan juga untuk wilayah Hokuriku, Tōhoku, dan bahkan Hokkaido (yang waktu itu masih disebut Ezo). Pelabuhan utama pada zaman Edo adalah Osaka, Sakai, Shimotsui, Ushimado, dan Tomonoura. Laut Pedalaman Seto juga dilewati para daimyo asal Jepang bagian barat dalam perjalanan dinas mereka ke Edo untuk memenuhi kewajiban dalam sistem sankin-kōtai. Sebagian dari mereka menaiki kapal dari Osaka. Berkat transportasi melalui Laut Pedalaman Seto, Osaka menjadi pusat ekonomi Jepang. Setiap domain feodal memiliki kantor cabang yang disebut Ozakayashiki di Osaka. Ozakayashiki adalah salah satu bentuk awal bank di Jepang, dan berfungsi sebagai kantor perdagangan dan mengurus pendapatan daimyo yang waktu itu dihitung dalam bentuk koku atau sistem penilaian kekayaan domain menurut total produksi beras.

Setelah Restorasi Meiji, industrialisasi berlangsung dengan cepat di daerah pesisir Laut Pedalaman Seto. Markas besar Angkatan Laut Jepang dibangun di kota Kure. Sejak periode Meiji, pengembangan transportasi darat telah mengurangi pentingnya Laut Pedalaman Seto sebagai jalur transportasi. Jalur Kereta Api Utama Sanyō dibangun di Pulau Honshu dan Jalur Kereta Api Utama Yosan dibangun di Shikoku (keduanya selesai sebelum Perang Dunia II). Tiga rangkaian jembatan yang menghubungkan Pulau Honshu dan Shikoku juga dibangun dan selesai pada akhir abad 20). Hingga kini, Laut Pedalaman Seto masih digunakan sebagai jalur transportasi kargo internasional dan jalur transportasi lokal antara Pulau Honshu, Shikoku, dan Kyushu.