Jabarkan Varian khusus dari Boeing 747-400

C-33: Proposal varian transpor militer AS dengan basis 747-400F. Pesawat ini ditujukan untuk melengkapi armada Boeing C-17 Globemaster III. C-33 memiliki jangkauan terbang yang lebih jauh dan harga yang lebih terjangkau, meskipun tidak dapat menggunakan landasan pacu biasa maupun membawa peralatan militer berukuran besar dan memiliki perkiraan biaya operasional yang lebih tinggi. Rencana ini dibatalkan setelah militer AS memilih membeli lebih banyak C-17.

KC-33A: Proposal varian tanker dan transpor militer dengan basis 747-400BCF.

YAL-1: Pesawat uji menembak dengan laser dengan basis 747-400F untuk Angkatan Udara AS. Pesawat dimodifikasi secara besar-besaran untuk membawa peralatan Chemical Oxygen Iodine Laser (COIL) yang dipasang pada hidung pesawat untuk menghancurkan peluru kendali balistik antarbenua. Pesawat ini tidak lagi beroperasi sejak tahun 2012 setelah pendanaan programnya dihentikan.

Sejumlah negara menggunakan 747-400 sebagai pesawat khusus VIP, termasuk Arab Saudi, Bahrain, Korea Selatan, Maroko, Oman, dan Uni Emirat Arab.

Sebuah 747-400 bekas Virgin Atlantic dengan julukan Cosmic Girl digunakan oleh Virgin Galactic sebagai peluncur udara ke orbit untuk kendaraan peluncur antariksa LauncherOne.

747-400 Water Bomber: Global SuperTanker mengkonversi 747-400BCF bekas Japan Airlines sebagai pesawat pemadam kebakaran. Pesawat ini membawa 74.190 liter air atau bahan kimia pemadam api dalam delapan tangki bertekanan. Global SuperTanker menerima sertifikasi FAA pada 12 September 2016.