Jabarkan Feri alias Isa, Mati dari Bom Bali 2002

Mohammad Najib Nawawi (kelompok Solo)

Umar Patek alias Umar Kecil (tertangkap di Pakistan)

Mubarok alias Utomo Pamungkas, didakwa seumur hidup

Riduan Isamuddin alias Encep Nurjaman alias Hambali

Zulkarnaen (tertangkap di Lampung tanggal 10 Desember 2020)

Jack Harun alias Joko Tri Harmanto, didakwa 6 tahun penjara

Sawad alias Sarjiyo, didakwa seumur hidup

Mas Selamat bin Kastari, Tertangkap di Singapura, dan dideportasi ke Malaysia

Masykur Abdul Kadir, didakwa 15 tahun penjara

Abu Bakar Ba'asyir, yang diduga oleh beberapa pihak sebagai salah seorang yang terlibat dalam pengeboman ini, dinyatakan tidak bersalah atas tuduhan yang diajukan oleh jaksa penuntut umum atas dugaan konspirasi pada Maret 2005, dan hanya divonis atas pelanggaran keimigrasian.