Jabarkan Perang di semak-semak (1981–1986) dari Yoweri Museveni

Obote II dan Pasukan Perlawanan Nasional

Museveni kembali dengan pendukung-pendukungnya ke pusat-pusat kekuatan mereka di pedesaan di daerah selatan dan barat daya yang didominasi suku Bantu untuk membentuk Tentara Perlawanan Rakyat (PRA). Di sana mereka merencanakan pemberontakan terhadap rezim kedua Obote, yang populer dikenal sebagai "Obote II", dan angkatan bersenjatanya, Pasukan Pembebasan Nasional Uganda (UNLA). Pemberontakan dimulai dengan serangan ke instalasi militer di distrik Mubende tengah pada 6 Februari 1981. PRA kemudian bergabung dengan kelompok perlawanan yang dipimpin bekas Presiden Yusufu Lule, Pejuang Kemerdekaan Uganda (UFF), untuk membentuk Tentara Perlawanan Nasional (NRA) dengan sayap politiknya, Gerakan Perlawanan Nasional (NRM). Dua kelompok pemberontak lainnya, Front Penyelamatan Nasional Uganda (UNRF) dan Bekas Tentara Nasional Uganda (FUNA), terbentuk di Nil Barat dari sisa-sisa pendukung Amin dan melibatkan pasukan-pasukan Obote.

NRM/A mengembangkan "Program Sepuluh Butir" untuk suatu pemerintahan yang baru, yang meliputi demokrasi, keamanan, konsolidasi persatuan nasional, membela kemerdekaan nasional, membangun ekonomi yang independen, terintegrasi dan swa-sembada, perbaikan pelayanan sosial, penghapusan korupsi dan penyalahgunaan kekuasaan, perbaikan atas ketidakseimbangan, kerja sama dengan negara-negara Afrika lainnya dan ekonomi campuran.

Pada Juli 1985, Amnesti Internasional memperkirakan bahwa rezim Obote telah bertanggung jawab atas kematian lebih dari 300.000 warga sipil di seluruh Uganda. Organisasi hak-hak asasi manusia itu telah beberapa kali menghadap pemerintah untuk menuntut perbaikan catatan hak-hak asasi manusia nya yang mengerikan sejak 1982. Pelanggaran hak-hak asasi khususnya sangat jelas terjadi di daerah Uganda tengah yang dikenal sebagai Segi tiga Luwero. Laporan-laporan dari Uganda pada masa ini menimbulkan kecaman internasional terhadap rezim Obote dan meningkatnya dukungan internasional terhadap pasukan-pasukan pemberontak Museveni. Di dalam Uganda sendiri, penindasan yang brutal terhadap pemberontakan telah mempersatukan suku Buganda, kelompok etnis terbesar di Uganda, dengan NRA dalam menghadapi UNLA, yang dianggap didominiasi oleh orang-orang utara, khususnya suku Lango dan Acholi. Hingga kematiannya pada 2005, Milton Obote menuduh NRA bertanggung jawab atas pelanggaran hak-hak asasi di kalangan suku Luwero.