Jabarkan Layanan kereta api dari Stasiun Jakarta Kota

Sejak sekitar tahun 2013-2014 semua kereta api penumpang jarak jauh dan menengah yang dahulu memiliki terminus ke Stasiun Jakarta Kota dialihkan ke Stasiun Pasar Senen, antara lain KA Gumarang, KA Gaya Baru Malam Selatan, KA Tegal Arum (sekarang tidak beroperasi lagi), dan KA Serayu. Pemindahan juga dilakukan ke Gambir untuk KA Argo Parahyangan dan KA Gajayana. Sejak tanggal 9 Februari 2017 semua perjalanan KA lokal Daop I bagian timur (KA Walahar Ekspres/Lokal Purwakarta dan KA Jatiluhur/Lokal Cikampek) dipindahkan ke Stasiun Tanjung Priuk.

Sejak tanggal 29 Mei 2019, tiga perjalanan kereta api jarak jauh dan menengah kelas ekonomi yang semula berakhir di Stasiun Pasar Senen (KA Jayakarta, Menoreh, dan Kutojaya Utara), dipindahkan ke Stasiun Jakarta Kota. Dengan berlakunya Gapeka 2021 tanggal 10 Februari 2021, maka stasiun terminus KA Jayakarta dikembalikan lagi ke Stasiun Pasar Senen untuk memudahkan pelayanan penumpang kereta api rangkaian panjang.

Mulai 1 Juni 2023 sejak diberlakukan Gapeka 2023, pemberangkatan KA Menoreh dikembalikan ke Stasiun Pasar Senen karena okupansi yang minim di Stasiun Jakarta Kota.

Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.