Jabarkan Generasi kedua (XW20; 2003-2009) dari Toyota Prius

Pada tahun 2003, Prius kembali didesain ulang dengan model baru sebagai mobil liftback berukuran mid-size yang diposisikan antara Corolla dan Camry. Dengan komponen mekanikal yang ditata ulang, maka ruang interior yang tersedia sekarang jauh lebih luas. Ruang kaki penumpang belakang menjadi lebih lega dengan bagasi lebih besar. Prius generasi kedua juga mempunyai mesin yang lebih ramah lingkungan dan bodi yang lebih aerodinamis (dengan koefisien gesek udara hanya 0,26. Usaha pengembangan mobil ini, yang dipimpin oleh kepala insinyur Shigeyuki Hori, membuahkan 530 paten untuk mobil ini.

Prius generasi kedua menggunakan kompresor pendingin udara all-electric, pertama kalinya dalam industri otomotif. Dikombinasikan dengan baterai NiMH yang lebih kecil darn lebih ringan, mobil ini lebih irit dan lebih bertenaga dari Prius generasi sebelumnya. Di pasar Amerika Serikat, baterai Prius untuk keluaran 2004 keatas digaransi 150.000 mil (240.000 km) atau 10 tahun untuk negara bagian California dan 100.000 mil (160.000 km) atau 8 tahun di negara bagian lainnya. Garansi untuk komponen-komponen hibridanya adalah  atau 8 tahun.

Pada tahun 2005 sampai 2009, Prius generasi kedua diproduksi oleh FAW-Toyota di kota Changcun untuk pasar China. Menurut data yang tersedia, ada 2.152 Prius yang terjual pada tahun 2006 dan 414 unit pada tahun 2007. Penjualan Prius yang rendah dipasaran China disebabkan harga jualnya yang mahal, sekitar US$15.000 lebih mahal daripada di Jepang dan Amerika Serikat karena pajak tinggi dan banyaknya suku cadang yang harus diimpor. Pada awal Maret 2008, Toyota memotong harga Prius sampai 8% atau sekitar US$3.000 menjadi CN¥ 259,800 (US$36,500). Alasan lain yang menjadikan penjualan Prius sangat rendah adalah penerimaan masyarakat yang masih rendah dan kompetisi meningkat. Honda Civic Hybrid juga diekspor ke China mulai tahun 2007.