Jabarkan Musim 2008-09 dari Lionel Messi

Setelah kepergian Ronaldinho dari klub, Messi mewarisi jersey nomor 10. Pada tanggal 1 Oktober 2008, selama pertandingan Liga Champions melawan Shakhtar Donetsk, Messi mencetak dua gol dalam kurun waktu tujuh menit terakhir, setelah datang sebagai pengganti Thierry Henry, untuk membalik defisit 1-0 menjadi kemenangan 2-1 untuk Barcelona. Pertandingan liga berikutnya adalah melawan Atletico Madrid, pertandingan disebut sebagai pertempuran persahabatan antara Messi dan teman baik senegaranya Sergio Agüero. Messi mencetak satu gol dari tendangan bebas dan Barça pergi untuk memenangkan pertandingan 6-1. Messi mencetak gol lain yang mengesankan saat melawan Sevilla dengan mencetak gol dari tendangan voli berjarak 23 meter (25 yard) yang kemudian mengirim bola berputar melewati kiper dan masuk dari sudut ketat. Pada 13 Desember 2008, selama El-Clasico pertama musim ini, Messi mencetak gol kedua dalam kemenangan 2-0 Barcelona atas Real Madrid. Ia juga masuk peringkat kedua di penghargaan Pemain Terbaik Dunia FIFA Tahun 2008 dengan 678 poin.

Messi mencetak hat-trick 2009 saat Copa del Rey melawan Atletico Madrid yang menang dengan skor 3-1 Barcelona. Messi mencetak gol ganda lain yang juga penting pada tanggal 1 Februari 2009, datang sebagai pengganti babak kedua untuk membantu Barcelona mengalahkan Racing Santander 1-2 setelah sempat tertinggal 1-0. Yang kedua dari dua golnya adalah gol liga ke 5000 bagi Barcelona. Pada putaran 28 La Liga, Messi mencetak gol ke-30 nya di musim semua kompetisi, membantu timnya meraih kemenangan 6-0 atas Málaga CF dalam proses. Pada tanggal 8 April 2009. ia mencetak dua gol melawan Bayern München di Liga Champions, membuat catatan pribadi dengan delapan gol dalam kompetisi. Pada 18 April, Messi mencetak 20 golnya di liga musim dalam kemenangan 1-0 melawan Getafe, yang memungkinkan Barcelona untuk mempertahankan keunggulan enam poin mereka di puncak klasemen liga atas rival abadi Real Madrid.

Menutup musim Barcelona, Messi mencetak dua gol (35 dan golnya 36 di semua kompetisi) untuk kemenangan 6-2 atas Real Madrid di Santiago Bernabeu dalam kekalahan Real terberat sejak 1930. Setelah mencetak gol masing-masing, dia berlari menuju penggemar dan mengangkat jersey Barcelona untuk menunjukkan tulisan di T-shirt yang dibaca Síndrome X Fràgil, Katalan untuk Sindrom Fragile X, yang menunjukkan dukungan bagi anak-anak yang menderita sindrom tersebut. Messi terlibat dalam skema kemenangan pada injury time dengan mengirim umpan ke Andrés Iniesta saat melawan Chelsea di semi final Liga Champions dan mengirim Barcelona melaju menghadapi Manchester United di final. Ia memenangkan Copa del Rey pertama pada 13 Mei, mencetak satu gol dan dua assist dalam kemenangan 4-1 atas Athletic Bilbao. Dia membantu timnya memenangkan gelar ganda termasuk La Liga. Pada tanggal 27 Mei ia membantu Barcelona memenangkan Liga Champions dengan mencetak gol kedua di menit 70 memberi Barcelona memimpin dua gol, ia juga menjadi pencetak gol terbanyak di Liga Champions, yang termuda dalam sejarah turnamen itu dengan sembilan gol. Messi juga memenangkan UEFA Club Forward Year dan UEFA Pemain Terbaik Klub sebagai tahun yang spektakuler di Eropa. Ini berarti kemenangan Barcelona telah memenangkan Copa del Rey, La Liga dan Liga Champions dalam satu musim, dan merupakan pertama kalinya sebuah klub Spanyol pernah memenangkan treble winner.

Musim 2009-10: Ballon d'Or pertama

Setelah memenangkan Piala Super UEFA 2009, Manajer Barcelona Josep Guardiola menegaskan bahwa Messi mungkin adalah pemain terbaik yang pernah dia lihat. Pada tanggal 18 September, Messi menandatangani kontrak baru dengan Barcelona, dan berjalan sampai 2016 dan dengan klausul buy-out mencapai € 250.000.000, membuat Messi bersama dengan Zlatan Ibrahimovic sebagai pemain dengan bayaran tertinggi di La Liga dan pendapatan sekitar € 9.500.000 per tahun. Empat hari kemudian, pada 22 September, Messi mencetak dua gol dan memberi assist saat Barca menang 4-1 atas Racing Santander di La Liga. Ia mencetak gol di Eropa untuk pertamanya di musim ini pada 29 September saat kemenangan 2-0 atas Dynamo Kyiv, dan kemudian membuat catatan untuk enam gol dalam tujuh pertandingan di La Liga termasuk kemenangan 6-1 dari Real Zaragoza di Camp Nou.

Messi dinobatkan sebagai pemenang Ballon d'Or 2009 pada tanggal 1 Desember 2009, mengalahkan runner-up Cristiano Ronaldo dari margin terbesar yang pernah terjadi yaitu 473-233. Setelah itu, majalah Prancis Football mengutip Messi mengatakan: "Saya mendedikasikan itu untuk keluarga saya, mereka selalu hadir ketika aku membutuhkan mereka dan kadang-kadang mereka merasa emosional karena momen tersebut bahkan lebih kuat dari saya."

Pada tanggal 19 Desember, Messi mencetak gol kemenangan di final Piala Dunia 2009 melawan Estudiantes Klub di Abu Dhabi, memberi klub gelar keenam mereka tahun ini. Dua hari kemudian, dia mendapat gelar penghargaan Pemain Dunia FIFA Tahun ini, mengalahkan penghargaan Cristiano Ronaldo, Xavi, Andres Iniesta, dan Kaká. Ini adalah pertama kalinya dia memenangkan penghargaan, dan ia menjadi pemain Argentina pertama yang pernah menerima kehormatan ini. Pada tanggal 10 Januari 2010, Messi mencetak hat-trick dan hat-trick pertama di musim ini saat menghadapi CD Tenerife dalam kemenangan 0-5. Pada tanggal 17 Januari ia mencetak gol ke-100 bagi klub dalam kemenangan 4-0 atas Sevilla.

Messi kemudian memulai tampil mengesankan lagi setelah mencetak 11 gol dalam lima pertandingan. Pertama dia mencetak gol pada menit ke-84 melawan Málaga untuk menang 2-1, kemudian ia mencetak dua gol melawan Almeria UD pada kedudukan 2-2. Ia melanjutkan pesta golnya dengan satu minggu yang mengesankan di mana ia mencetak delapan gol, ia mulai dengan mencetak hat-trick saat melawan Valencia di kandang dalam kemenangan 3-0, kemudian ia mencetak dua gol melawan Stuttgart, dalam kemenangan 4-0 sekaligus membawa Barcelona lolos ke perempat final Liga Champions, dan akhirnya ia mencetak hat-trick yang lain melawan Real Zaragoza dalam kemenangan tandang 4-2, menjadi pemain Barcelona pertama untuk mencetak back-to-back hat-trik di La Liga. Ia memainkan resmi pertandingan ke-200 nya untuk Barcelona melawan Osasuna pada 24 Maret 2010.

Pada tanggal 6 April 2010, untuk pertama kalinya dalam karier Messi, ia mencetak empat gol dalam satu pertandingan, banyak gol dalam kemenangan kandang 4-1 atas Arsenal di leg Liga Champions perempat final kedua. Hal ini juga membuat dia melewati pemain Barcelona Rivaldo sebagai pencetak gol terbanyak sepanjang waktu terbesar dalam kompetisi. Pada 10 April, Messi mencetak gol ke-40 musim ini ketika ia menyarangkan gol pertama di 2-0. menang melawan judul-saingan Real Madrid di El Clásico. Pada tanggal 1 Mei, Messi memainkan permainan ke-50 musim ini dan mencetak dua gol pada kemenangan tandang 4-1 melawan Villarreal. Hanya tiga hari kemudian, pada 4 Mei, Messi mencetak dua gol dalam kemenangan 4-1 di lainnya di kandang saat melawan Tenerife. Messi mencetak gol ke-32-nya di musim ini pada tanggal 8 Mei, selama kemenangan tandang melawan Sevilla, dan pada pertandingan final melawan Valladolid, ia mencetak dua gol di babak kedua untuk melampaui rekor klub yang pernah dilakukan Ronaldo dari 34 gol dalam satu musim di liga utama, ditetapkan pada tahun 1996-97, dan menyelesaikan empat gol di belakang rekor sepanjang masa yang dipegang oleh Telmo Zarra. Dia menjadi pemain terbaik La Liga dua kali berturut-turut pada 3 Juni 2010.