Jabarkan Train of Thought (2003–2004) dari Dream Theater

Pada tahun 2003, Dream Theater masuk studio untuk menulis dan merekam album lain. Tidak seperti Metropolis Pt. 2: Scenes from a Memory, yang telah ditulis dan direkam secara bersamaan di studio, band ini mengambil pendekatan yang berbeda dengan menyisihkan waktu tiga minggu untuk menulis lagu sebelum rekaman. Di tengah sesi rekaman untuk album, tur khusus dengan dua band metal progresif lainnya, Queensryche dan Fates Warning, diadakan di Amerika Utara. Dimaksud dalam materi promosi band sebagai "Escape from the Studio American tour", tur gabungan dari Queensryche dan Dream Theater dengan Fates Warning sebagai band pendukung. Sebagai akhir untuk setiap konser ada encore yang diperpanjang di mana Dream Theater dan Queensryche tampil di atas panggung secara bersamaan, memainkan lagu-lagu penutup.

Setelah tur selesai, Dream Theater kembali ke studio untuk menyelesaikan rekaman album ketujuh mereka, Train of Thought. Berbeda dengan lagu-lagu di album mereka sebelumnya, suara musik metal lebih banyak terdengar di album ini, yang terdengar agak asing bagi banyak penggemar, yang telah terbiasa mendengar suara rock progresif dari band. Dalam waktu ini mereka juga kembali merilis ulang dua video live pertama dalam format DVD, berjudul "Images and Words: Live in Tokyo/5 Years in a Livetime" pada tanggal 29 Juni 2004, melalui Rhino Records. Rilis ini bersertifikat Platinum pada tanggal 22 Maret 2006.

Tur dunia pun digelar, bernama Train of Thought Tour. Mulai saat itu mereka mengadakan tur yang bertajuk "An Evening with Dream Theater". Dream Theater juga merekam konser mereka di Nippon Budokan Hall yang terkenal di Tokyo, Jepang dan dirilis dalam bentuk CD/DVD berjudul Live at Budokan, yang dirilis pada tanggal 5 Oktober 2004, dan telah mendapat sertifikasi Platinum di Amerika Serikat pada tanggal 26 Januari 2005.