Jabarkan Pendirian di Guangzhou dari Zhou Enlai

Zhou kembali ke Tiongkok pada akhir Agustus atau awal September 1924 guna bergabung dengan Departemen Politik Akademi Militer Whampoa, mungkin karena pengaruh dari Zhang Shenfu, yang sebelumnya telah bekerja di sana. Jabatan apa yang dipegang Zhou serta kapan persisnya tidak ada catatan yang jelas. Beberapa bulan setelah kedatangannya, mungkin Oktober 1924, ia menjadi wakil direktur Departemen Politik Akademi, dan kemudian, mungkin sekitar November 1924, menjadi Direktur Departemen. Meskipun secara teknis bertanggung jawab kepada pemerintah pusat, departemen politik Zhou beroperasi di bawah mandat langsung untuk mengindoktrinasi para taruna Whampoa dengan ideologi KMT guna meningkatkan loyalitas dan moral. Saat ia bertugas di Whampoa, Zhou juga diangkat sebagai sekretaris Partai Komunis Guangdong-Guangxi, dan menjabat sebagai perwakilan PKT dengan pangkat Mayor Jenderal.

Pulau Whampoa terletak sepuluh mil (16 Km) ke arah hilir Guangzhou, merupakan jantung dari aliansi Partai Nasionalis-Soviet. Dikenal sebagai pusat pelatihan Tentara Partai Nasionalis, yang kemudian dijadikan sebagai basis pangkalan militer di mana nantinya kaum Nasionalis akan meluncurkan kampanye penyatuan Tiongkok, tempat ini terbagi menjadi lusinan divisi militer. Sejak awal sekolah ini didanai, dipersenjatai, dan sebagian dikelola oleh Uni Soviet.

Zhou bekerja pada divisi Departemen Politik, ia bertanggung jawab atas proses indoktrinasi dan pengendalian politik. Tidak heran jika Zhou menjadi sosok yang terkenal pada acara-acara pertemuan di Akademi, ia orang yang paling sering berbicara di akademi setelah komandan Chiang Kai-shek. Dia sangat berpengaruh dalam membangun sistem perwakilan politik / perwakilan partai (komisaris), suatu sistem yang nantinya diadopsi oleh angkatan bersenjata Nasionalis pada tahun 1925.

Bersamaan dengan pengangkatannya di Whampoa, Zhou menjadi sekretaris Komite Partai Komunis Provinsi Guangdong, dan di beberapa titik lainnya sebagai anggota Seksi Militer Komite Provinsi. Zhou dengan penuh semangat menyebarkan doktrin Komunisme di Akademi ini. Dia segera mengatur sejumlah Komunis terkemuka lainnya untuk bergabung dengan Departemen Politik, termasuk Chen Yi, Nie Rongzhen, Yun Daiying dan Xiong Xiong. Zhou memainkan peranan penting dalam mendirikan Asosiasi Tentara Muda, sebuah kelompok pemuda yang didominasi oleh Komunis, dan Sparks (kelompok garis depan Komunis yang ternyata tidak bertahan lama). Dia banyak merekrut taruna baru dari partai Komunis, dan akhirnya dia mendirikan cabang Partai Komunis terselubung di dalam Akademi itu untuk memberikan arahan lebih lanjut kepada para anggota barunya. Ketika Nasionalis mulai khawatir dengan meningkatnya jumlah anggota dan organisasi Komunis di Whampoa, mereka membentuk organisasi "Perhimpunan Sun Yat-senisme", Zhou berusaha untuk memadamkan organisasi bentukan Nasionalis ini. Konflik yang sering terjadi antara kelompok-kelompok siswa ini yang menjadi latar belakang dikeluarkannya Zhou dari Akademi Militer Whampoa.