Jabarkan Restorasi Meiji dari Hakodate, Hokkaido

Pada tahun 1854, armada lima kapal perang Amerika Serikat melakukan survei di Pelabuhan Hakodate berdasarkan hasil perjanjian Konvensi Kanagawa yang diusulkan Komodor Matthew Perry.

Pelabuhan Hakodate dibuka sebagian untuk perbekalan kapal-kapal asing pada tahun berikutnya. Pelabuhan ini dibuka sepenuhnya untuk perdagangan asing pada 2 Juni 1859 sebagai salah satu dari lima pelabuhan terbuka Jepang sebagaimana tercantum dalam Perjanjian Persahabatan dan Perdagangan yang ditandatangani Jepang dengan Amerika Serikat pada tahun 1858.

Seorang pelaut dari kapal armada Perry meninggal dunia ketika bertugas ke daerah ini. Ia menjadi warga negara Amerika Serikat pertama yang dimakamkan di Jepang.

Pedagang sekaligus naturalis dan mata-mata Inggris bernama Thomas Blakiston menetap di Hakodate pada musim panas 1861 untuk mendirikan bisnis penggergajian kayu. Ia memperkenalkan kebudayaan Barat kepada penduduk kota. Blakiston tinggal di Hakodate hingga tahun 1884. Semasa berada di Hakodate, ia mencatat keadaan lingkungan hidup setempat, mendirikan stasiun meteorologi, dan menjual senjata api kepada pemberontak Perang Boshin.

Sebagai salah satu dari sedikit kota di Jepang yang berhubungan dengan dunia luar, kantor-kantor konsulat asing segera didirikan di Hakodate. Konsulat Rusia memiliki sebuah kapel tempat Nikolai Kasatkin menyebarkan Kekristenan Timur di Jepang (sekarang Gereja Ortodoks Jepang). Gereja Ortodoks bertetangga dan beberapa gereja misionaris bersejarah lainnya, termasuk gereja Anglikan dan Katolik.

Hakodate menjadi tempat pertempuran terakhir dalam Perang Boshin antara Keshogunan Tokugawa dan pendukung Kaisar Meiji. Pemberontak dari pihak keshogunan di bawah pimpinan Enomoto Takeaki melarikan diri ke Hakodate bersama sisa-sisa angkatan laut keshogunan dan sejumlah kecil penasihat militer Prancis pada musim dingin 1866, termasuk di antaranya Jules Brunet. Mereka secara resmi mendirikan Republik Ezo pada 25 Desember 1866. Republik Ezo tidak berhasil memperoleh pengakuan internasional dari perwakilan asing di Hakodate, termasuk dari Amerika Serikat, Prancis, dan Rusia.

Para pemberontak menduduki benteng Goryōkaku dan menggunakannya sebagai basis pertahanan di Hokkaido selatan. Pasukan pemerintah mengalahkan pemberontak dalam Pertempuran Hakodate 1869. Kota Hakodate dan benteng Goryōkaku jatuh ke tangan pasukan kaisar. Pemimpin militer Hijikata Toshizō termasuk salah seorang yang tewas dalam pertempuran ini.