Jabarkan Karier Moskwa awal (1996–1999) dari Vladimir Putin

Pada 1996, Sobchak kehilangan kesempatannya untuk terpilih kembali di Sankt-Peterburg. Putin dipanggil ke Moskwa dan pada Juno 1996 menjadi Ketua Deputi Departemen Manajemen Properti Presidensial yang dikepalai oleh Pavel Borodin. Ia menduduki jabatan tersebut sampai Maret 1997. Pada masa jabatannya, Putih bertugas untuk mengurusi properti luar negeri dari negara tersebut dan mengadakan pemindahan aset-aset lama Uni Soviet dan Partai Komunis ke Federasi Rusia.

Pada 26 Maret 1997, Presiden Boris Yeltsin melantik Putin menjadi ketua deputi Staf Presidensial, sebuah jabatan yang ia pegang sampai Mei 1998, dan kepala Direktorat Kendali Utama Departemen Manajemen Properti Presidensial (sampai Juni 1998). Pendahulunya pada jabatan tersebut adalah Alexei Kudrin dan penggantinya adalah Nikolai Patrushev, keduanya adalah politikus berpengaruh pada masa depan dan orang sejawat Putin.

Pada 27 Juni 1997, di Lembaga Pertambangan Sankt-Peterburg, dipandu oleh rektor Vladimir Litvinenko, Putin memberikan disertasi Kandidat Sains-nya dalam bidang ekonomi, yang berjudul "Perencanaan Strategis Sumber Daya Regional di Bawah Pembentukan Hubungan Pasar". Disertasi tersebut menjelaskan tentang kebiasaan kaum muda di rusia untuk menulis sebuah karya sarjana pada pertengahan karier di Rusia. Saat Putin kemudian menjadi, later became president, ceramah tersebut menjadi target dakwaan plagiarisme oleh kalangan Institusi Brookings; meskipun disertasi tersebut memiliki rujukan, para anggota Brookings menyatakan bahwa disertasi tersebut berisi plagiarisme yang tak intensional. Komite disertasi tersebut membantah dakwaan tersebut.

Pada 25 Mei 1998, Putin dilantik menjadi Kepala Deputi Pertama Staf Presidensial untuk kewilayahan, menggantikan Viktoriya Mitina; dan, pada 15 Juli, dilantik menjadi Kepala Komisi untuk persiapan persetujuan terhadap delimitasi kekuasaan kewilayahan dan pusat federal yang diserahkan kepada Presiden, menggantikan Sergey Shakhray. Setelah Putin dilantik, komisi tersebut tidak menyelesaikan perjanjian semacam itu, meskipun pada masa jabatan Shakhray sebagai Kepala Komisi, terdapat 46 pejanjian yang ditandatangani. Kemudian, setelah menjadi presiden, Putin menunda seluruh perjanjian tersebut.

Pada tanggal 25 Juli 1998, Yeltsin menunjuk Putin sebagai Direktur dari Dinas Keamanan Federal (FSB), badan intelijen dan keamanan utama Federasi Rusia dan sebagai penerus KGB.

Masa jabatan perdana menteri pertama (1999)

Pada 9 Agustus 1999, Vladimir Putin dilantik menjadi salah satu dari tiga Deputi Perdana Menteri, dan kemudian pada hari tersebut dilantik menjadi pelaksana jabatan Perdana Menteri Pemerintah Federasi Rusia oleh Presiden Yeltsin. Yeltsin juga mengumumkan bahwa ia ingin melihat Putih menjadi penggantinya. Masih pada hari yang sama, Putin setuju untuk menjalankan kepresidenan.

Pada 16 Agustus, Duma Negara menyatakan pelantikannya sebagai Perdana Menteri dengan 233 suara setuju (84 menentang, 17 abstain), menjadikannya Perdana Menteri Rusia kelima dalam waktu kurang dari delapan belas bulan. Pada pelantikannya, beberapa orang menganggap Putin, yang masih tidak diketahui masyarakat umum, menjabat lebih lama ketimbang para pendahulunya. Ia awalnya dianggap sebagai loyalis Yeltsin; seperti perdana menteri lainnya dari Boris Yeltsin, Putin tidak memilih para menterinya sendiri, kabinetnya ditentukan oleh pemerintahan presidensial.

Lawan utama dan orang-orang yang akan menjadi penerus Yeltsin siap berkampanye untuk menggantikan presiden yang ada, dan mereka bertarung keras untuk mencegah Putin menjadi penerus potensial. Citra hukum dan ordo Putin dan keputusannya untuk tidak berurusan dengan Perang Chechen Kedua, menambah ketenaran Putin dan membuatnya dapat mengalahkan seluruh pesaingnya.

Meskipun tak secara resmi terkait dengan partai manapun, Putin melayangkan dukungannya kepada Partai Bersatu yang baru dibentuk, yang memenangkan persentase suara populer terbesar kedua (23.3%) pada pemilihan Duma Desember 1999, dan membuat partai tersebut mendukungnya.