Jabarkan Piala Citra dari Festival Film Indonesia 2006

Penghargaan Khusus Pengabdian pada Film - Mochtar Soemodimedjo

Penghargaan Khusus Njoo Han Siang - PT Sinemart Indonesia

Kritik Film Terbaik - Eric Sasono (Berbagi Suami dan Pertanyaan Dua Sisi)

Penobatan Ekskul sebagai Film Terbaik menuai kontroversi dari Masyarakat Film Indonesia (MFI). MFI yang terdiri dari sejumlah insan perfilman di antaranya Sutradara Riri Riza dan Mira Lesmana yang meraih Piala Citra Festival Film Indonesia 2005 untuk film Gie dan sebanyak 22 peraih Piala Citra dari tahun 2004 hingga 2006 memprotes penyelenggaraan FFI 2006 ini karena telah memberikan penghargaan Film Terbaik pada film Ekskul dan Sutradara Terbaik pada sutradaranya, Nayato Fio Nuala, yang menurut mereka sarat dengan unsur plagiat. Dalam pernyataan sikapnya, MFI menyampaikan pernyataan sikap mendesak pembubaran Lembaga Sensor Film, dan menolak hasil penjurian Festival Film Indonesia (FFI) tahun 2006.

Akibatnya kemenangan film ini dibatalkan berdasarkan Surat Keputusan (SK) bernomor 06/KEP/BP2N/2007, tentang Pembatalan Piala Citra Utama untuk Film Terbaik dan Piala Citra untuk Sutradara Terbaik Festival Film Indonesia 2006 itu ditanda-tangani oleh ketua Badan Pertimbangan Perfilman Nasional (BP2N), Deddy Mizwar.

Beberapa pertimbangan yang mendasari pembatalan kemenangan Ekskul dan Nayato antara lain karena adanya sejumlah polemik dipicu oleh tuduhan pelanggaran Hak Cipta atas penggunaan musik di dalam film tersebut, dan setelah mengkaji ulang dan komprehensif soal pelanggaran hak cipta, BP2N menganggap perlu mengambil tindakan terhadap EKSKUL dan Nayato. BP2N juga menetapkan untuk MENIADAKAN pemenang Piala Citra Utama untuk kategori Film Terbaik dan Piala Citra untuk Sutradara Terbaik FFI 2006. SK ini ditetapkan pada tanggal 15 Juni 2007.