Jabarkan meninggalkan band. dari Fates Warning

Tiga anggota yang tersisa - Alder, Matheos dan Zonder - merilis A Pleasant Shade of Gray pada tahun 1997. Album ini juga menampilkan karya dari musisi tamu Joey Vera pada bass dan Kevin Moore pada piano dan keyboard. Ditulis sebagai album konsep, A Pleasant Shade of Gray mengungkapkan suasana yang jauh lebih gelap dan suram dalam gaya penulisan lagu daripada yang telah didengar pada album sebelumnya. Album ini terdiri dari single lagu 53 menit yang dibagi menjadi dua belas bagian.

Sebuah album live, Still Life, dirilis pada tahun 1998, yang berisi lagu dari album A Pleasant Shade of Gray yang keseluruhan dibawakan secara live. Joey Vera (bass), Bernie Versailles (gitar) dan Jason Keazer (keyboard) menemani band di album ini.

Pada tahun 2000, Moore dan Vera kembali lagi sebagai musisi tamu untuk tampil di album berikutnya, Disconnected. Pada tahun 2003, Frank Aresti diminta untuk mengisi tur dengan Dream Theater dan Queensryche, dan kemudian bergabung dengan band.

Rekaman album studio kesepuluh mereka, FWX dirilis pada tahun 2004. Drummer Mark Zonder menyatakan itu akan menjadi album terakhirnya dengan band, karena ia ingin mengejar kepentingan lain, dan meninggalkan band pada tahun 2005. Meskipun menjadi anggota resmi lagi, Frank Aresti tidak muncul di kredit karena kontrak telah ditandatangani saat proses penulisan telah selesai.

Dalam "liner note" edisi expand dari album Awaken the Guardian, drummer Dream Theater Mike Portnoy mengatakan bahwa, "sangat sering penggemar dan kritikus mencatat bahwa Dream Theater menciptakan sebuah genre baru, musik metal progresif di akhir '80 -an/awal 90-an,... tetapi kenyataannya adalah Fates Warning melakukan hal itu sebelum kita".

Reuni Lineup Parallels dan Proyek Lain (2009-2012)

Fates Warning bermain dengan line up Parallels (Alder, Matheos, Zonder, Aresti dan DiBiase) untuk merayakan rilis ulang, remaster, dan peluncuran edisi album klasik Parallels pada tahun 2010.

Pada awal 2011, diumumkan bahwa Matheos dan vokalis asli John Arch telah membentuk band bernama "Arch/Matheos". Album debut mereka dirilis pada musim gugur tahun itu, juga menampilkan Joey Vera pada gitar bass, Bobby Jarzombek pada drum dan Frank Aresti pada guitar.

Darkness in a Different Light (2013−sekarang)

Setelah beberapa kali penundaan, Fates Warning merilis album studio kesebelas Darkness in a Different Light pada tanggal 27 September 2013. Ini adalah album pertama band sejak FWX tahun 2004.