Jabarkan Perubahan menjadi KWI kini dari Konferensi Waligereja Indonesia

Pada tahun 1982 yang sama, istilah "Panitia Waligereja Indonesia" (PWI) diganti menjadi "komisi". Demikian pula istilah "bagian" dalam Kantor KWI diubah menjadi "departemen". Pada tahun 1985, MAWI menyetujui pembentukan Komisi Muda Mudi KWI.

Puncaknya pada tahun 1987, dalam putusan sidang tahunan, Majelis Agung Waligereja Indonesia (MAWI) berganti nama menjadi Konferensi Waligereja Indonesia (KWI). Presidium MAWI juga beralih menjadi Presidium KWI. Istilah "Konferensi Waligereja Indonesia" tersebut disesuaikan dengan nama lembaga ini dalam bahasa Latin dan mengikuti bahasa-bahasa lain di seluruh dunia. Perubahan nama ini dilaksanakan bertepatan dengan berlangsungnya proses penyusunan Statuta KWI yang baru yang diselaraskan dengan Kitab Hukum Kanonik 1983 terbaru, serta diundangkannya Undang-Undang No. 8 tahun 1985 tentang Organisasi Kemasyarakatan. Statuta KWI yang baru ini disahkan oleh Takhta Suci pada tanggal 24 April 1992.

Pada tahun 1991, dibentuk Komisi Teologi. Pada tahun 1994, Lembaga Katolik untuk Kesejahteraan Keluarga Indonesia (LK3I) dihapus dan digantikan dengan Komisi Keluarga KWI.

Kemudian pada sidang tahunan KWI tahun 2001, diputuskan bahwa Sidang KWI tahun 2002 akan dilaksanakan sebanyak dua kali, yaitu pada bulan April dan bulan November. Pada Sidang KWI bulan April 2002, tepatnya pada tanggal 23–26 April 2002, beberapa keputusan penting telah diambil. Salah satunya adalah pembubaran Lembaga Penelitian dan Pembangunan Sosial (LPPS) dan persetujuan Jaringan Mitra Perempuan (JMP) menjadi sebuah sekretariat dalam struktur KWI bernama Sekretariat Gender dan Pemberdayaan Perempuan (SGPP).