Jabarkan FC Bayern München dari Lukas Podolski

Pada tahun 2006, beberapa klub seperti Liverpool, Bayern München, Hamburger SV, Werder Bremen, dan Real Madrid menunjukkan ketertarikan pada Podolski, meski dia masih terikat kontrak dengan 1. FC Köln hingga 2007. Pada 1 Juni 2006, Podolski mengumumkan bahwa kesepakatan transfer telah dicapai bersama Bayern München, memungkinkannya untuk bergabung dalam klub Bavaria untuk musim 2006–2007. Detail anggaran pada kesepakatan transfer tidak diumumkan, tetapi biaya transfer diperkirakan sekitar €. Dia memulai debut Bundesliga bersama Bayern pada 11 Agustus 2006 sebagai pemain pengganti pada pertandingan yang berakhir kemenangan 2–0 atas Borussia Dortmund. Pada 9 September, dia bermain sebagai pemain pengganti di babak kedua dalam pertandingan DFB-Pokal melawan FC St. Pauli. Hanya dalam waktu 26 detik setelah babak kedua dimulai, dia mencetak gol penyeimbang, mengakhiri pertandingan dengan skor 1–1. Pada 14 Oktober, bersama dengan gol pertamanya di Bundesliga untuk Bayern, Podolski membantu mengamankan kemenangan 4–2 atas Hertha BSC. Pada 26 Oktober, Podolski menderita cedera serius pada sendi pergelangan kaki kanannya yang disebabkan oleh rekan setimnya, Mark van Bommel, selama sesi latihan. Akibatnya, Podolski melewatkan lebih dari lima pekan pertandingan. Dia pulih dari cedera dan mencetak gol dalam pertandingan melawan Alemannia Aachen.

Setelah Bayern memborong pemain penyerang Italia Luca Toni pada tahun 2007, Podolski menerima waktu bermain yang lebih sedikit karena keputusan Ottmar Hitzfeld yang lebih memilih duet antara Miroslav Klose dan Luca Toni. Akan tetapi, Bayern mengakhiri musim 2007–2008 dengan memenangkan Bundesliga dan DFB-Pokal, memberikan kemenangan perdana di kompetisi utama dalam karier Podolski.

Meski mantan pelatih tim nasional Jürgen Klinsmann mengambil alih kepelatihan Bayern untuk musim 2008–2009, Podolski kembali gagal masuk ke dalam daftar pemain lini utama tetap. Setelah menjalani karier yang kurang baik bersama Bayern, dia kembali ke klub lamanya Köln pada tahun 2009.

Kembali ke 1. FC Köln

Setelah Podolski diyakinkan oleh pelatih Jerman Joachim Löw bahwa kembali ke FC Köln tidak akan mengurangi kesempatannya untuk berlaga bersama tim nasional, sebuah kesepakatan transfer dilakukan antara Bayern München dan Köln pada Januari 2009, meski dia tidak akan kembali ke Köln hingga permulaan periode transfer musim panas. Pada 1 Juli, Podolski kembali ke Köln dengan kontrak selama empat tahun, dengan nilai transfer sekitar €10 juta, setara dengan nilai transfer yang dibayar Bayern untuk memborong Podolski pada tahun 2006. Köln membuat situs web yang dapat digunakan banyak orang untuk membeli piksel dari gambar Podolski dengan harga €25 per kotak berukuran 8×8 piksel dalam rangka mengumpulkan €1 juta untuk menutupi defisit biaya transfer; Pembalap Formula 1 sekaligus suporter Köln Michael Schumacher membeli beberapa piksel senilai €875.

Setelah pindah dari Bayern München, Podolski mengakhiri musim pertama yang kurang baik di Köln, dengan hanya mencetak tiga gol sepanjang musim. Salah satu dari tiga gol berasal dari tendangan bebasnya pada pertandingan melawan klub sebelumnya, menghasilkan gol penyeimbang dan pertandingan berakhir imbang.

Pada musim 2010–2011, Podolski mencetak gol ke-50 di Bundesliga dalam pertandingan melawan Hannover 96 pada Maret 2011. Sepanjang musim 2010–2011, Podolski mencetak 13 gol dan memberi tujuh assist.

Musim 2011–2012 adalah musim terakhirnya dalam karier keduanya bersama Köln. Meski terdegradasi ke 2. Bundesliga, Podolski mencetak 18 gol dalam 29 pertandingan di Bundesliga.

Untuk menghormati loyalitas dan prestasinya bersama klub, 1. FC Köln memilih untuk memensiunkan nomor punggung 10 selama dia aktif sebagai pemain sepak bola. Akan tetapi, Köln mulai kembali menggunakan nomor punggung 10 pada permulaan musim Bundesliga 2014–2015.