Jabarkan Bayern Munich dan Santos dari Zé Roberto

Pada bulan Mei 2002, dia bergabung dengan Bayern Munich dengan biaya transfer yang dilaporkan sebesar €12 juta, menandatangani kontrak tiga tahun, dan bermain bersama bakat muda Jerman yang sedang naik daun, Sebastian Deisler, serta mantan rekan setimnya di Leverkusen, Michael Ballack. Bersama Bayern, dia berhasil meraih gelar juara Liga dan Piala Jerman sebanyak tiga kali antara tahun 2002 hingga 2006. Namun, posisinya sebagai pemain inti terancam setelah adanya pelatih baru, Felix Magath, sehingga dia meninggalkan klub pada tahun 2006. Setelah pengumuman bahwa dia tidak akan kembali ke Bayern Munich, dia secara terbuka mengkritik gaya permainan klub dan meramalkan kesulitan jika tidak ada perubahan yang dilakukan.

Sebagai seorang agen bebas, Zé Roberto menandatangani kontrak tiga tahun dengan Club Nacional de Football di Montevideo melalui agennya Juan Figer, tetapi dia tidak pernah bermain untuk klub tersebut. Pada tanggal 31 Agustus 2006, diumumkan bahwa dia akan bergabung dengan Santos FC di Brasil selama satu tahun. Dia membantu tim tersebut memenangkan Campeonato Paulista 2007. Kemenangan itu menjadi gelar pertamanya di kompetisi Brasil. Dia mencetak tujuh gol dalam Copa Libertadores 2007, di mana Santos mencapai babak semifinal.

Selama bersama Santos, dia tampil dalam 48 pertandingan resmi dan mencetak 12 gol, bermain untuk pertama kalinya dalam karier sebagai gelandang serang.

Pada tanggal 22 Juni 2007, diumumkan bahwa dia akan kembali ke Bayern Munich, yang membayar satu juta euro kepada Nacional untuk peminjaman selama dua tahun.

Dia menyatakan, "Rasanya seperti saya tidak pernah pergi", dan membantu Bayern meraih gelar ganda domestik keempat. Selama musim 2007-2008 di Bayern, dia mencetak lima gol dan berperan penting dalam ganda domestik Bayern. Zé Roberto yang bangkit kembali menunjukkan semua kemampuannya dengan mencetak lima gol dan membentuk kemitraan yang solid dengan Mark van Bommel dalam peran barunya sebagai gelandang tengah bertahan.

Dia memulai musim 2008-2009 dengan sukses - mencetak empat gol dalam 11 pertandingan pertamanya. Dia menyelesaikan periode keduanya di klub Bavarian dengan tampil dalam 59 pertandingan liga dan mencetak sembilan gol.

Zé Roberto meninggalkan klub pada akhir musim 2009 setelah eksekutif Bayern menolak menawarkan kontrak baru selama dua tahun.