Jabarkan Pendukung dan pendanaan dari Abu Sayyaf

Rekrutan pertama Abdurajik Abubakar Janjalani adalah tentara MNLF dan Front Pembebasan Islam Moro (MILF). Namun, baik MNLF dan MILF menyangkal hubungan dengan Abu Sayyaf. Keduanya secara resmi menjauhkan diri karena serangannya terhadap warga sipil dan dugaan pencatutannya.

Militer Filipina telah mengklaim bahwa elemen dari kedua kelompok memberikan dukungan kepada Abu Sayyaf. Kelompok ini pada awalnya tidak dianggap menerima dana dari sumber luar, tetapi laporan intelijen dari Amerika Serikat, Indonesia dan Australia menemukan hubungan yang terputus-putus dengan kelompok teroris Jemaah Islamiyah Indonesia,dan pemerintah Filipina menganggap Abu Sayyaf sebagai bagian dari Jemaah islamiyah . Pemerintah mencatat bahwa dana awal untuk ASG berasal dari al-Qaeda melalui saudara  Osama bin Laden, dan Mohammed Jamal Khalifa .

Teroris yang berafiliasi dengan Al-Qaeda, Ramzi Yousef beroperasi di Filipina pada pertengahan 1990-an dan melatih tentara Abu Sayyaf. Edisi 2002 Pola Terorisme Global Departemen Amerika Serikat menyebutkan tautan ke Al-Qaeda. Hubungan yang berlanjut dengan kelompok-kelompok Islam di Timur Tengah menunjukkan bahwa al-Qaeda mungkin akan terus memberikan dukungan. Pada pertengahan 2005, personel Jemaah Islamiyah dilaporkan telah melatih sekitar 60 kader Abu Sayyaf dalam merakit dan meledakkan bom.