Jabarkan 2000: Musim yang gagal dari Prost Grand Prix

Pada musim 2000, tim Prost masih melanjutkan kontrak pasokan mesin dengan Peugeot. Tim kali ini menurunkan pembalap senior Jean Alesi yang dipasangkan dengan pembalap rookie asal Jerman, yaitu Nick Heidfeld, yang baru saja menjuarai ajang Formula 3000 musim 1999. Sekali lagi, masalah reliabilitas menjadi momok untuk mobil baru AP03 yang membuatnya tidak bisa tampil kompetitif. Pada lomba , Heidfeld terkena hukuman diskualifikasi setelah mobilnya berada di bawah bobot minimal yang diperbolehkan dalam peraturan. Pada lomba di Austria, kedua mobil Prost saling bertabrakan satu sama lain yang membuat keduanya tersingkir. Pada lomba di Jerman, Alesi terlibat kecelakaan dengan pembalap tim Sauber Pedro Diniz, meski ia selamat tanpa cedera sedikit pun.

Secara keseluruhan, musim 2000 menjadi musim yang buruk untuk tim Prost. Mereka tidak mampu meraih satu poin pun selama musim berjalan. Dalam klasemen Kejuaraan Dunia Konstruktor, tim ini berada di posisi terakhir klasemen di bawah tim Minardi. Hasil buruk ini membuat perusahaan mesin Peugeot memilih keluar dari tim karena kecewa dengan prestasi yang diraih selama tiga musim bermitra.

2001: Musim terakhir serta masuknya investor baru

Memasuki musim , tim meluncurkan mobil AP04 karya Henri Durand yang ditenagai oleh mesin V10 dari perusahaan mesin Ferrari. Mesin ini selanjutnya dinamai ulang sebagai Acer, yang juga bertindak sebagai sponsor utama untuk tim. Tim Prost menjadi satu dari lima tim yang beralih memakai ban Michelin asal Prancis yang kembali turun dalam arena balap F1 sejak terakhir kali pada musim . Hasil pengujian musim dingin yang baik membuat mantan pembalap Pedro Diniz mengadakan negosiasi untuk membeli sebagian saham tim dan Alain Prost pun menyetujuinya. Jean Alesi tetap dipertahankan sebagai pembalap dengan didampingi pembalap Argentina, yaitu Gastón Mazzacane, yang mendapatkan dukungan finansial dari jaringan televisi PSN.

Selama musim berjalan, tim berada di barisan papan tengah dengan Alesi yang berhasil meraih total empat poin, hasil dari finis keenam di Monako, kelima di Kanada, dan keenam di Jerman. Setelah Grand Prix Jerman, Alesi pindah ke tim Jordan dan bertukar kursi dengan Heinz-Harald Frentzen, yang sebelumnya dipecat mendadak oleh tim asal Republik Irlandia tersebut. Di sisa musim, Frentzen sempat meraih posisi start keempat di , meski akhirnya ia terlempar ke posisi start paling belakang saat start diulang karena mesin mobilnya mendadak mati beberapa detik sebelum lomba dimulai.

Untuk mobil kedua, ada tiga pembalap yang bergantian mengisinya. Mazzacane diganti setelah mendapat hasil negatif dalam empat lomba awal musim dan digantikan oleh Luciano Burti yang ditarik dari Jaguar Racing. Burti membalap bersama tim sampai Grand Prix Belgia, tetapi ia tidak mampu meraih poin. Burti juga terlibat dalam dua kecelakaan besar, yang pertama saat ia menabrak mobil Ferrari Michael Schumacher di Jerman yang mengalami masalah transmisi dan yang kedua saat menabrak mantan rekan setimnya di Jaguar, yaitu Eddie Irvine, di Belgia. Efek dari kecelakaan yang dialami di Belgia membuat Burti menderita gegar otak dan ia disarankan untuk beristirahat selama sisa musim. Posisi Burti diambil alih oleh pembalap Ceko Tomáš Enge untuk tiga lomba terakhir musim, dengan hasil terbaik finis ke-12 pada lomba di Italia.

Penutupan dan upaya akusisi oleh Phoenix Finance

Pada bulan September 2001, Alain Prost menolak penawaran akusisi penuh tim oleh Pedro Diniz. Diniz yang kecewa selanjutnya menjual kembali 40% saham tim yang sudah ia miliki kepada Alain dan memilih hengkang sepenuhnya. Kondisi ini membuat keuangan tim Prost menjadi terganggu, terlebih Alain juga kesulitan untuk mendatangkan investor atau sponsor yang baru. Informasi desas-desus mengenai kemungkinan bangkrutnya tim Prost yang sudah beredar di akhir tahun 2001 akhirnya menjadi kenyataan pada tanggal 28 Januari 2002, saat Pengadilan Niaga Paris secara resmi mengumumkan status kebangkrutan tim dengan jumlah utang sebesar $30 juta.

Menjelang musim 2002 dimulai, sebuah konsorsium bernama Phoenix Finance yang dipimpin oleh Charles Nickerson berupaya untuk mengakusisi aset berikut hak keikutsertaan tim di ajang F1. Bernie Ecclestone selaku pimpinan Formula One Management mengkonfirmasi bahwa Phoenix hanya membeli aset tim Prost tapi tidak termasuk hak keikutsertaan untuk berlomba. Phoenix menyiapkan skuad tim utuh yang berencana untuk mengikuti lomba  dengan memakai mesin Hart yang pernah dipakai tim Arrows pada musim 1999 serta duet pembalap Tarso Marques dan Gaston Mazzacane. Namun, FIA melarang mereka untuk tampil di sirkuit dikarenakan hasil putusan Pengadilan Niaga Paris yang menyatakan bahwa "hak keikutsertaan berlomba yang dimiliki oleh tim Prost tidak termasuk dalam objek yang bisa dipindahtangankan, baik itu kepada Phoenix Finance ataupun kepada Pak Nickerson". Pada akhirnya, upaya Phoenix memasuki ajang F1 mengalami kegagalan dikarenakan mereka juga tidak bersedia untuk membayar biaya masuk tim F1 baru, yang pada saat itu (2002) nilainya sebesar $48 juta.