Jabarkan Ketua MPR (2004-2009) dari Hidayat Nur Wahid

Sempat digadang-gadang menjadi calon presiden, Hidayat mencalonkan diri untuk kursi DPR lewat daerah pemilihan DKI Jakarta II pada pemilihan umum 2004, dan terpilih mewakili PKS dengan meraih 262.019 suara, tertinggi di dapilnya.

Ia diajukan sebagai Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat lewat Koalisi Kerakyatan yang diusung fraksi PKS, Partai Demokrat, Partai Amanat Nasional, Partai Kebangkitan Bangsa dan Partai Persatuan Pembangunan. Hidayat didampingi tiga orang calon wakil ketua, yaitu AM Fatwa (anggota DPR dari PAN), Aksa Mahmud (anggota DPD) dan Mooryati Soedibyo (anggota DPD). Paket ini akhirnya terpilih menjadi pimpinan MPR setelah mendapat 326 suara, hanya berbeda dua angka dengan Koalisi Kebangsaan yang mengusung politisi Sutjipto asal Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan sebagai calon ketua dan Theo L. Sambuaga dari Golkar sebagai calon wakil ketua. Hidayat dilantik pada 20 Oktober 2004, di hadapan sidang paripurna MPR.

Hidayat tercatat sebagai pejabat tinggi negara dengan kekayaan terkecil, yaitu hanya sebesar Rp. 233 juta dan 15 ribu dolar Amerika Serikat, menurut data yang diumumkan Komisi Pemberantasan Korupsi pada bulan Desember 2004.

Selama menjabat, Hidayat sempat beberapa kali mengeluarkan pernyataan yang cukup kontroversial, seperti menyerukan pengadilan in-absentia terhadap mantan presiden Soeharto  dan meminta Majelis Ulama Indonesia untuk mengeluarkan fatwa pengharaman golput.

Ketua BKSAP dan memimpin PKS di parlemen (2009-kini)

Meskipun kembali terpilih ke DPR pada pemilihan umum legislatif Indonesia 2009 mewakili daerah pemilihan Jawa Tengah V (meraih 106.251 suara, tertinggi kedua setelah Puan Maharani), Hidayat tak lagi menjabat sebagai Ketua MPR. Posisi tersebut dijabat oleh Taufik Kiemas dari PDI-P.

Ia menjabat sebagai Ketua Badan Kerjasama Antar Parlemen (BKSAP) DPR dari 22 Oktober 2009 hingga 22 Mei 2012, ketika digantikan oleh Surahman Hidayat karena pencalonannya di pemilihan gubernur DKI Jakarta. Selama masa kepemimpinan Hidayat sebagai Ketua BKSAP, Indonesia dipercaya sebagai pimpinan Persatuan Parlemen Negara Anggota Organisasi Konferensi Islam.

Setelah kegagalannya di putaran pertama pemilihan gubernur Jakarta, Hidayat kemudian dipercaya menjadi ketua fraksi PKS di DPR, menggantikan Mustafa Kamal mulai 25 September 2012.