Jabarkan MotoGP dari Daniel Pedrosa

Pedrosa memutuskan pindah ke kelas utama MotoGP di musim balap 2006, bergabung dengan Repsol Honda. Kritik kepada Pedrosa bahwa tubuh mungilnya tidak akan cukup kuat untuk menunggangi sepeda yang besar dan berat di kelas utama MotoGP. Pedrosa ingin menunjukkan bahwa kritik yang ditujukan kepadanya salah, dibuktikan dari prestasinya yang menempati posisi kedua di seri pembuka di Sirkuit Jerez pada tanggal 26 Maret 2006. Pada penampilan keempat MotoGPnya pada 14 Mei 2006, ia memenangkan seri MotoGP pertamanya di Sirkuit Shanghai, Cina. Kemenangan ini membuatnya menjadi pemenang termuda ke-2 bersama Norick Abe di Kelas Premier setalah Freddie Spencer. Ia memenangkan balapan MotoGP keduanya di Donington Park dan menjadi kandidat kuat untuk Kejuaraan MotoGP. Itu adalah kemenangan mengesankan bagi Dani, yang berbagi podium pertama dengan Valentino Rossi di tempat 2. Dia juga mengambil dua posisi pole di paruh pertama musim. Sampai Grand Prix Malaysia di Sepang, Pedrosa berada di posisi 2 di Kejuaraan hanya di belakang rekan setimnyanya yang lebih berpengalaman, Nicky Hayden. Ia mengalami kecelakaan saat Free Practice dan menderita luka parah pada lutut, yang praktis membuat dia tersingkir. Pedrosa berada pada posisi start kelima pada grid di lomba yang karena pembatalan sesi kualifikasi karena hujan deras. Dia secara ajaib berhasil selesai di posisi ke-3 dalam lomba itu, hanya di belakang Rossi dan Ducati yang dikendarai Loris Capirossi.

Namun, di balapan berikutnya,dia mengalami kecelakaan yang membuatnya turun ke peringkat 5 di klasemen sementara MotoGP. Kecelakaan selanjutnya terjadi di Estoril. Setelah awal yang menjanjikan, Pada lap 5, ia dan Hayden terlibat dalam kecelakaan. Pedrosa membuat kesalahan sambil mencoba untuk menyalip Hayden, meluncur dan jatuh keluar dari perlombaan bersama Hayden. Kecelakaan ini membuatnya memiliki kemungkinan tipis untuk memenangkan kejuaraan dan Hayden juga menyebabkan kehilangan keunggulannya dalam klasemen kejuaraan, setelah Rossi berhasil selesai di posisi 2. Namun, dua minggu kemudian, Hayden bangkit untuk memenangkan kejuaraan sementara Pedrosa berhasil finis di posisi ke-4. Hasil ini membuatnya berada di tempat ke-5 di klasemen akhir di musim debutnya, memenangkan gelar sebagai Rookie of the Year dalam kategori MotoGP, mengalahkan rookie rekan dan saingannya di kelas 250 cc Casey Stoner. Pada tes (pasca musim 2006) tiga hari tahun 2006 di Jerez Spanyol, Pedrosa menempatkan 800 cc RC212V di bagian atas timesheets (di kualifikasi ban) selisih dengan Valentino Rossi 0,214 detik. Rossi menjadi yang tercepat untuk dua hari pertama tes. Pedrosa mencatatkan waktu 1 menit 39,910 detik di Sirkuit Jerez.