Jabarkan 1990-1999 dari Jodie Foster

Film pertama Foster setelah keberhasilannya dalam The Accused adalah film thriller The Silence of the Lambs (1991). Dia memerankan trainee FBI, Clarice Starling, yang dikirim untuk mewawancarai pembunuh berantai Hannibal Lecter (Anthony Hopkins) yang dipenjara untuk memburu pembunuh berantai lain, Jame "Buffalo Bill" Gumb (Ted Levine). Foster kemudian menyebut peran itu sebagai salah satu karakter favoritnya. Dia telah membaca novel itu setelah diterbitkan pada 1988 dan telah berusaha untuk membeli hak filmnya, karena menampilkan "pahlawan wanita." Meskipun antusiasme, sutradara Jonathan Demme awalnya tidak ingin memperkerjakannya, tetapi produsen menolaknya. Pandangan Demme tentang Foster berubah selama produksi, dan dia kemudian memuji dia karena membantunya mendefinisikan karakter.

Dirilis pada Februari 1991, The Silence of the Lambs menjadi salah satu hit terbesar tahun itu, meraup hampir AS$ 273 juta, dengan sambutan oleh para kritikus yang positif. Foster juga menerima banyak ulasan positif dan memenangkan penghargaan Academy, Golden Globe, dan BAFTA untuk perannya sebagai Starling. Film ini memenangkan lima Academy Awards secara keseluruhan, menjadi salah satu film yang menang di semua kategori utama. Sebaliknya, beberapa pengulas mengkritik film ini sebagai misoginis karena fokusnya pada pembunuhan brutal terhadap wanita, dan homofobik karena bagaimana mereka menggambarkan "Bill Buffalo" sebagai biseksual dan transgender. Terlepas dari kontroversi tersebut, film ini dianggap sebagai film klasik modern: Starling dan Lecter termasuk dalam sepuluh besar pahlawan dan penjahat oleh American Film Institute, dan film tersebut disimpan dalam National Film Registry. Kemudian pada 1991, Foster juga membintangi film thriller yang tidak begitu sukses, Catchfire, yang telah difilmkan sebelum Silence, tetapi dirilis setelah itu.

Pada Oktober 1991, Foster merilis film pertamanya dimana ia juga berkerja sebagai sutradara, Little Man Tate, sebuah drama tentang seorang anak ajaib yang berjuang untuk menerimanya bahwa ia berbeda dari oranglainnya. Peran utama dimainkan oleh aktor Adam Hann-Byrd yang sebelumnya tidak dikenal, dan Foster berperan sebagai ibu tunggal kelas pekerja. Dia telah menemukan naskah dari "tumpukan lumpur" di Orion Pictures, dan menjelaskan bahwa untuk film debutnya dia "menginginkan karya yang tidak otobiografi, tetapi ada hubungannya dengan 10 filosofi yang saya kumpulkan dalam 25 tahun hidupnya. Meskipun dia dipuji atas pilihannya untuk menjadi sutradara, banyak pengulas merasa bahwa film itu sendiri tidak sebagus harapannya, dan menganggapnya sebagai "kurang menarik dibandingkan dengan banyak film di mana [dia] telah bermain". Bagaimanapun, itu adalah kesuksesan box office yang biasa-biasa saja. Penampilan film terakhir Foster tahun itu datang dalam peran kecil sebagai pelacur di Shadows and Fog (1991) yang disutradarai oleh Woody Allen, salah satu orang yang ia inginkan untuk bekerja sama sejak 1970-an.

Tahun berikutnya, Foster mendirikan perusahaan produksinya sendiri, Egg Pictures, anak perusahaan dari PolyGram Filmed Entertainment. Dia dijadwalkan untuk memproduksi enam film, masing-masing dengan anggaran AS$ 10-25 juta, dalam tiga tahun berikutnya. Film-film berikutnya adalah film romantis dan komedi yang menurut sarjana film Karen Hollinger, menampilkannya dalam peran yang lebih "konvensional secara feminin". Dia bermain bersama Richard Gere di Sommersby (1993), menggambarkan seorang wanita yang mulai curiga bahwa suaminya yang kembali dari Perang Sipil sebenarnya adalah seorang penipu. Dia kemudian menggantikan Meg Ryan dalam komedi Maverick (1994), bermain sebagai penipu bersama dengan Mel Gibson dan James Garner. Kedua film tersebut sukses di box office, masing-masing menghasilkan lebih dari AS$ 140 dan AS$ 183 juta. Proyek pertama Foster untuk Egg Pictures, Nell, dirilis pada Desember 1994. Selain bertindak sebagai produser, ia juga bermain sebagai seorang wanita yang tumbuh terisolasi di Pegunungan Appalachian dan berbicara dalam bahasa ciptaannya sendiri. Film itu didasarkan pada drama oleh Mark Handley, Idioglossia, yang menarik perhatian Foster karena tema "keberbedaan", dan karena dia "menyukai gagasan tentang seorang wanita yang menentang kategorisasi, makhluk yang diberi label dan dikategorikan oleh orang-orang berdasarkan masalah mereka sendiri dan prasangka sendiri dan apa yang mereka bawa ke meja." Itu adalah keberhasilan komersial utamanya, meraup lebih dari AS$ 106 juta di seluruh dunia dengan anggaran $ 31 juta. Meskipun film ini mendapat ulasan beragam, kinerja Foster secara luas mendapatkan ulasan positif; dia memenangkan Screen Actors Guild Award dan dinominasikan untuk Academy Award dan Golden Globe.

Film kedua yang disutradarai Foster adalah Home for the Holidays dan dirilis pada 1995. Film ini dibintangi oleh Holly Hunter dan Robert Downey Jr dan digambarkan sebagai komedi hitam dalam Thanksgiving terburuk. Dirilis pada November 1995, ia menerima tanggapan beragam dan merupakan kegagalan komersial. Tahun berikutnya, Foster menerima dua penghargaan kehormatan, Crystal Award, diberikan setiap tahun untuk wanita di industri hiburan, dan Berlinale Camera di Festival Film Internasional Berlin ke-46. Setelah Nell pada 1994, Foster tidak bermain dalam proyek baru sampai 1997, selain dari menyuarakan karakter dalam episode Frasier pada 1996, dan The X-Files pada 1997. Dia kemudian terlibat dalam pembicaraan untuk membintangi film thriller oleh David Fincher dengan judul The Game, tetapi perusahaan produksi, Polygram, kemudian menolaknya dari proyek setelah ketidaksepakatan tentang perannya. Foster menggugat perusahaan tersebut, dengan mengatakan bahwa dia memiliki perjanjian lisan dengan mereka untuk membintangi film tersebut dan akibatnya ia tidak dapat bekerja untuk proyek film lainnya. Kasus ini kemudian diselesaikan di luar pengadilan. Foster akhirnya kembali ke layar lebar di Contact (1997), sebuah film fiksi ilmiah berdasarkan novel karya Carl Sagan dan disutradarai oleh Robert Zemeckis. Dia bermain sebagai ilmuwan yang mencari kehidupan di luar bumi di proyek SETI. Karena efek khusus, banyak adegan difilmkan dengan layar biru; ini adalah pengalaman pertama Foster dengan teknologi tersebut. Film ini dinilai berhasil dari segi komersial. Foster kemudian mendapatkan Saturn Award dan nominasi untuk Golden Globe. Dia juga memiliki asteroid yang dinamai 17744 Jodiefoster untuk menghormatinya pada 1998.

Proyek Foster berikutnya adalah memproduksi film televisi oleh Jane Anderson berjudul The Baby Dance (1998) untuk Showtime. Bercerita tentang pasangan kaya dari California yang berjuang dengan infertilitas dan memutuskan untuk mengadopsi dari keluarga miskin di Louisiana. Mengenai keputusannya untuk memproduksi untuk televisi, Foster menyatakan bahwa lebih mudah mengambil risiko finansial dalam medium itu daripada dalam film layar lebar. Pada 1998, ia juga memindahkan perusahaan produksinya dari PolyGram ke Paramount Pictures. Film terakhir Foster pada 1990-an adalah drama periode Anna and the King (1999), di mana ia bermain bersama Chow Yun-Fat. Film itu didasarkan pada biografi fiksi guru Inggris Anna Leonowens, yang mengajar anak-anak Raja Mongkut dari Thailand yang ceritanya dikenal sebagai musikal The King and I. Foster dibayar $ 15 juta untuk memerankan Leonowens, menjadikannya salah satu dari aktor wanita dengan bayaran tertinggi di Hollywood. Film ini menjadi kontroversi ketika pemerintah Thailand menganggapnya secara historis tidak akurat dan menghina keluarga kerajaan dan melarang distribusinya di negara tersebut. Film itu meraih keberhasilan komersial moderat, tetapi menerima ulasan negatif. Roger Ebert, menyatakan bahwa peran itu menuntut Foster "untuk bermain di bawah kecerdasan [nya]" dan The New York Times menyebutnya "salah langkah".