Jabarkan Liga Champions AFC (2002-sekarang) dari Liga Champions AFC Elite

Persita Tangerang (kalah agregat 0-1(0-1&0-0) dari Osotsapa  dibabak kualifikasi 3 / tidak lolos ke babak kualifikasi 4)

Petrokimia Putra (kalah agregat 4-6(3-1&1-5) dari Shanghai Shenhua dibabak kualifikasi 3 / tidak lolos ke babak kualifikasi 4)

Persik Kediri (peringkat 3 grup G babak grup(28 besar) dengan 4 poin / tidak lolos ke babak perempat final)

PSM Makassar (peringkat 4 grup F babak grup(28 besar) dengan 6 poin / tidak lolos ke babak perempat final)

Persebaya Surabaya (peringkat 3 grup G babak grup(28 besar) dengan 4 poin / tidak lolos ke babak perempat final)

PSM Makassar (peringkat 3 grup F babak grup(28 besar) dengan 4 poin / tidak lolos ke babak perempat final)

2006 : Arema Malang dan  Persipura Jayapura (dicoret AFC karena terlambat mendaftarkan pemain)

Arema Malang (peringkat 3 grup F babak grup(28 besar) dengan 4 poin / tidak lolos ke babak perempat final)

Persik Kediri (peringkat 3 grup E babak grup(28 besar) dengan 7 poin / tidak lolos ke babak perempat final)

2008 : Tidak ikut serta karena terlambat mendaftar

PSMS Medan (kalah 2-1 dari Singapore Armed Forces dibabak playoff 2 / tidak lolos ke babak grup(32 besar) dan masuk ke Piala AFC 2009)

Sriwijaya (peringkat 4 grup F babak grup(32 besar) dengan 3 poin / tidak lolos ke babak perdelapan final)