Jabarkan Jalan menuju imamat dari Albertus Soegijapranata

Pada 1919 Soegija dan siswa lain pergi ke Uden, Belanda, untuk meneruskan pendidikan mereka; mereka berangkat dari Tanjung Priok di Batavia. Di Uden Soegija menghabiskan satu tahun untuk mendalami bahasa Latin dan Yunani, sesuatu yang diperlukan untuk menjadi romo di Hindia Belanda. Ia dan rekan kelasnya juga harus beradaptasi dengan budaya Belanda. Pada tanggal 27 September 1920 Soegija memulai periode novisiat untuk bergabung dengan Serikat Yesus; rekan-rekannya baru mulai pada tahun berikutnya. Selama menjalani novisiatnya di Mariëndaal di Grave, Soegija dipisah dari dunia luar dan menghabiskan waktunya dengan meditasi. Ia menyelesaikan novisiat pada 22 September 1922 dan dijadikan anggota Yesuit; Soegija bersumpah agar tetap miskin, murni, dan taat.

Setelah bergabung dengan Serikat Yesus Soegija menghabiskan satu tahun di Mariëndaal sebagai yuniorat. Mulai pada 1923 ia belajar filsafat di Kolese Berchmann di Oudenbosch. Dalam periode ini ia lebih mendalami ajaran Thomas Aquinas. Ia juga mulai menulis tentang agama Katolik. Dalam sebuah surat tertanggal 11 Agustus 1923 ia menulis bahwa orang Jawa belum dapat membedakan antara orang Katolik dan Protestan, dan bahwa cara yang terbaik untuk menambahkan jumlah orang Katolik ialah dengan perilaku dan bukti nyata, bukan hanya janji. Ia juga menerjemahkan hasil Kongres Ekaristi ke-27, yang diadakan di Amsterdam pada 1924, untuk majalah berbahasa Jawa Swaratama; ada pula tulisan yang dimuat dalam St. Claverbond, Berichten uit Java. Soegija lulus dari Berchmann pada 1926, lalu bersiap untuk kembali ke Hindia Belanda.

Soegija tiba di Muntilan pada September 1926 dan menjadi guru agama, bahasa Jawa, dan aljabar di Kolese Xaverius. Tidak banyak diketahui tentang masa Soegija menjadi guru di Muntilan. Menurut catatan dari sekolah, gaya mengajar Soegija berdasar kepada gaya van Lith, yaitu dengan menjelaskan konsep agama berdasarkan istilah yang ada dalam tradisi Jawa. Soegija juga mengawasi kegiatan gamelan dan berkebun. Selama di Xaverius, Soegija menjadi redaktur Swaratama, yang cenderung dibaca alumni Xaverius. Sebagai redaktur ia menulis resensi mengenai berbagai topik, termasuk serangan terhadap paham komunisme dan pembahasan kemiskinan.

Setelah dua tahun di Xaverius, pada Agustus 1928 Soegija kembali ke Belanda dan belajar teologi di Maastricht. Ia juga bepergian saat belajar. Pada 3 Desember 1929 ia dan empat Yesuit keturunan Asia lain mengikuti Pater Jenderal Wlodzimierz Ledóchowski dalam sebuah pertemuan dengan Paus Pius XI di Vatikan; paus itu menyatakan bahwa para Yesuit Asia itu akan menjadi "tulang punggung" untuk agama Katolik dalam negeri mereka sendiri. Soegija dijadikan seorang diaken pada Mei 1931; ia lalu ditahbiskan oleh Uskup Roermond Mgr. Laurentius Schrijnen pada 15 Agustus 1931, saat masih menjadi siswa teologi. Setelah ditahbiskan, Soegija menambahkan kata , yang artinya "doa" atau "harapan", di belakang namanya. ia menyelesaikan pelajaran teologinya pada 1932, dan pada 1933 menjalani masa tersiat di Drongen, Belgia. Tahun itu ia menulis sebuah autobiografi, berjudul La Conversione di un Giavanese (Pertobatan Seorang Jawa); karya tersebut diterbitkan dalam bahasa Italia, Belanda, dan Spanyol.