Jabarkan Menteri Keuangan dari Zurab Nogaideli

Ia bergabung dengan pemerintahan Eduard Shevardnadze sebagai Menteri Keuangan pada Mei 2000. Pada tahun-tahun ini ia dianggap sebagai anggota dari tim politik dari para pembaharu muda yang dipimpin oleh Zurab Zhvania dan Mikheil Saakashvili dan terbukti sebagai menteri yang efektif.

Pada 2001, ia meninggalkan partai Uni Warga Negara Georgia yang dipimpin oleh Presiden, yang menjadi partainya sejak 1995. Ia dipecat pada 2002, tanpa penjelasan apapun, meskipun tampaknya ia bermaksud mengundurkan diri sebagai protes terhadap kebijakan-kebijakan pemerintahan Shevardnadze yang semakin korup (seperti yang dilakukan oleh Menteri Kehakiman Mikheil Saakashvili setahun sebelumnya).

Selama 2002-2003, ia terlibat dalam perbankan dan usaha investasi.

Setelah Shevardnadze digulingkan dalam Revolusi Mawar pada 21 November-23 November, 2003, Noghaideli kembali ke pemerintahan sebagai penasihat ekonomi terhadap penjabat presiden, Nino Burjanadze. Ia diangkat kembali ke jabatannya yang lama sebagai Menteri Keuangan pada Februari 2004 dalam pemerintahan Perdana Menteri Zurab Zhvania.