Jabarkan Era pasca-Orde Baru dari Nahdlatul Ulama

Selama jatuhnya Soeharto, anggota Nahdlatul Ulama dan ulama Islam dibunuh oleh perusuh di Banyuwangi di Jawa Timur ketika perburuan terhadap dukun diduga lepas kendali. Menyusul jatuhnya Suharto dan digantikan oleh Wakil Presiden B.J. Habibie, pada Juli 1998 Gus Dur mengumumkan pembentukan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB). Pada 10 November, Gus Dur bertemu dengan tokoh-tokoh pro reformasi lainnya Amien Rais, Megawati Soekarnoputri dan Sultan Hamengkubuwono IX. Disebut Empat Ciganjur, dinamai sesuai lokasi rumah Gus Dur, mengeluarkan deklarasi yang menyebut pemerintahan Habibie "transisi" dan menyerukan pemilihan untuk dimajukan dan Militer Indonesia untuk mengakhiri peran politiknya.

Dalam pemilihan umum bebas pertama di Indonesia sejak 1955, yang diadakan pada 7 Juni 1999, PKB memenangkan 13 persen suara. Dalam sidang Majelis Permusyawaratan Rakyat berikutnya, Gus Dur terpilih sebagai Presiden Indonesia, mengalahkan Megawati dengan 373 suara berbanding 313. Namun, ia digulingkan hanya dua tahun kemudian. PKB kemudian terpecah menjadi dua faksi yang bertikai, satu dipimpin oleh putri Gus Dur, Yenny Wahid. Upaya Gus Dur pada 2008 untuk melibatkan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dalam menyelesaikan sengketa gagal, dan suara PKB pada pemilihan umum 2009 hanya setengah dari suara sebelumnya pada 2004. Pada konferensi 2010, yang diadakan di Makassar, NU memutuskan tidak  untuk membahas perpecahan, dan mengeluarkan resolusi yang melarang pejabat memegang jabatan politik, yang dilihat sebagai komitmen untuk menghindari keterlibatan politik di masa depan.

Setelah konferensi, kekhawatiran tentang peran jangka panjang NU terus menarik komentar di media nasional. Selama 2011, misalnya, diskusi terus berlanjut tentang peran nasional yang harus dimainkan NU dan tentang hubungan politik yang erat antara NU dan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB).  Komentar putri Gus Dur, Yenny Wahid, misalnya, mencerminkan keprihatinan ini ketika dia mengatakan bahwa NU terfragmentasi dan "meluncur menjadi tidak relevan".