Jabarkan AC Milan dari Andriy Shevchenko

Pada tahun 1999, Shevchenko bergabung dengan klub asal Italia, AC Milan dengan biaya kesepakatan $25 juta. Ia menjalani debutnya pada 28 Agustus 1999 saat imbang 2–2 kontra Lecce. Bersama 5 pemain lain — Michel Platini, John Charles, Gunnar Nordahl, Istvan Nyers, and Férénc Hirzer — ia berhasil, sebagai pemain asing, menjadi pencetak gol terbanyak Serie A pada musim debut dengan mengumpulkan 24 gol dari 32 pertandingan. Shevchenko melanjutkan performa apiknya pada musim 2000–01, dengan mencetak 24 gol dari 34 pertandingan.

Walaupun hanya berhasil mengumpulkan 5 gol dari 24 penampilan, kebanyakan disebabkan cedera, Shevchenko menjadi pemain kelahiran Ukraina pertama yang berhasil memenangi titel Liga Champions setelah Milan berhasil merebut trofi Champions keenam mereka pada musim 2002–03. Ia mencetak penalti kemenangan pada adu penalti kontra Juventus di pertandingan final. Setalah kemenangan di Liga Champions tersebut, Shevchenko terbang kembali ke Kyiv untuk menaruh medali di makam Valeriy Lobanovskyi, manajernya saat di Dynamo, yang meninggal pada tahun 2002. Ia kembali menjadi top scorer Serie A untuk kedua kalinya pada 2003–04, dengan catatan 24 gol dari 32 pertandingan, bersamaan dengan titel Scudetto yang berhasil diraih Milan untuk pertama kalinya dalam lima tahun. Ia juga mencetak gol penentu kemenangan pada Piala Super UEFA 2003 saat melawan FC Porto. Pada Agustus 2004, ia mencetak trigol ke jala Lazio yang membawa Milan memenangi Piala Super Italia 2004. Shevchenko menutup musim dengan memperoleh penghargaan Ballon d'Or dan menjadikannya pemain Ukraina ketiga yang memenangi penghargaan serupa setelah Oleg Blokhin dan Igor Belanov. Pada tahun yang sama, namanya masuk dalam daftar FIFA 100.

Ia mencetak 17 gol di musim 2004–05 setelah absen di beberapa pertandingan akibat cedera tulang pipi. Musim berikutnya, Sheva membuat sejarah di ajang Liga Champions; pada 23 November 2005, ia mencetak empat gol saat Milan menggilas Fenerbahçe 4–0 di babak grup, dan menjadi pemain kelima dalam sejarah yang mampu melakukan hal tersebut; bersama Marco van Basten, Simone Inzaghi, Dado Pršo dan Ruud van Nistelrooy (kemudian Lionel Messi yang juga berhasil melakukannya pada musim 2009–10 season), dan ia satu-satunya yang melakukannya pada partai tandang. Namun Milan urung meraih trofi akibat gagalnya eksekusi penalti Shevchenko di babak final kontra Liverpool. Pada musim 2005–06, ia mencetak gol terakhirnya di Milan saat mengalahkan Olympique Lyonnais 3–1 di leg kedua perempatfinal. Walaupun harus tersingkir oleh FC Barcelona di babak semi final, ia tetap menjadi pencetak gol terbanyak turnamen dengan koleksi 9 gol dari 12 pertandingan.

Pada 8 Februari 2006, ia masuk peringkat dua dari daftar pencetak gol terbanyak AC Milan sepanjang masa , satu tingkat di bawah Gunnar Nordahl, setelah mencetak gol ke jala Treviso. Shevchenko mengakhiri 7 tahun karier gemilangnya di AC Milan dengan torehan 175 gol dari 296 penampilan.