Jabarkan Konfrontasi Akatsuki dari Sakura Haruno

Sakura hanya muncul sebentar di bagian ini. Dia datang sebagai tim bantuan tim Kakashi bersama Yamato, Naruto dan Sai.

Pada hari yang cerah Pain datang tiba-tiba ke Konohagakure dan menyusup masuk saat Sakura sedang bersama dengan Shikamaru untuk memecahkan misteri Pain. Begitu mengetahui apa yang terjadi, Sakura berhasil membunuh salah satu lipan summon tubuh Chikusodo. Ia mengobati orang-orang di rumah sakit Konoha, sebelum akhirnya Pain menghancurkan desa dengan Shinra Tensei. Di saat ia keluar dari tubuh Katsuyu, ia mendapati seluruh desa telah hancur dan memohon Naruto untuk kembali dari latihannya.

Sakura mengobati Hinata yang terluka parah akibat keberaniannya sendiri melawan Pain untuk menyelamatkan Naruto, dan ia sempat memeluk Naruto dan mengucapkan terima kasih setelah Naruto bernegosiasi dengan Nagato, wujud asli Pain yang akhirnya menghidupkan kembali seluruh penduduk desa.