Jabarkan Hamburger SV dari Ruud van Nistelrooy

Pada 23 Januari 2010, van Nistelrooy meneken sebuah kontrak berdurasi 18 bulan dengan klub asal Jerman, Hamburg, hingga Juni 2011.

Ia tampil perdana untuk klub, saat masuk menjadi pemain pengganti di dua menit terakhir pertandingan saat Hamburg imbang 3–3 dengan Cologne pada 6 Februari. Van Nistelrooy mencetak dua gol pertamanya pada 13 Februari 2010, saat melawan Stuttgart pada menit 75 dan 77, yang membuat Hamburg menang 3-1. Pada 11 Maret 2010, van Nistelrooy mencetak gol pertamanya di ajang Liga Eropa UEFA, pada menit 40 ke gawang Anderlecht.

Pada 15 Agustus 2010, van Nistelrooy mencetak satu-satunya hat-trick selama berseragam Hamburg, saat menang 5–1 atas Torgelower SV Greif pada ajang DFB-Pokal 2010–11. Di pertandingan kontra Hannover pada 16 April 2011, van Nistelrooy mendapat cedera betis yang membuatnya harus istirahat hingga akhir musim.

Di musim keduanya bersama Hamburg tersebut, Van Nistelrooy berhasil mengumpulkan 7 gol dan 2 umpan dari 25 penampilan .