Jabarkan Pengasingan di Inggris (1549–1551) dari Martin Bucer

Bucer menerima beberapa tawaran pengungsian, termasuk dari Melanchthon di Wittenberg dan Calvin di Jenewa. Ia menerima undangan Uskup Agung Thomas Cranmer untuk datang ke Inggris. Dari korespondensinya dengan beberapa orang Inggris terkemuka, ia percaya bahwa Reformasi Inggris telah maju dengan beberapa keberhasilan. Pada tanggal 25 April 1549, Bucer, Fagius, dan lainnya sampai di London dan disambut oleh Cranmer dengan kehormatan penuh. Beberapa hari kemudian, Bucer dan Fagius diperkenalkan kepada Edward VI dan penasihat-penasihatnya. Istri Bucer Wibrandis dan putri tirinya Agnes Capito (anak dari Wolfgang Capito) menyusulnya pada bulan September. Tahun berikutnya, Wibrandis mengatur agar anak-anaknya yang lain dan ibunya yang sudah tua dapat datang ke Inggris.

Bucer mengambil jabatan Profesor Regius Teologi di Universitas Cambridge. Pada bulan Juni ia memasuki kontroversi ketika Petrus Martir Vermigli, pengungsi lain yang mengambil jabatan Profesor Regius yang setara di Universitas Oxford, berdebat dengan Buc Katoliknya dalam hal Perjamuan Kudus. Martir meminta dukungan Bucer, tetapi Bucer tidak sepenuhnya setuju dengan pandangan Martir dan berpikir bahwa pemaparan perbedaan tidak akan menolong tujuan reformasi. Tidak mau konflik Perjamuan Kudus terulang di Inggris, ia memberi tahu Martir bahwa ia tidak memihak pada pandangan apa pun, baik Katolik, Lutheran, maupun Zwinglian. Ia berkata, "Kita harus bercita-cita dengan semangat yang paling tinggi untuk membangun sebanyak-banyaknya orang yang kita bisa di dalam iman dan kasih Kristus—dan tidak menyinggung siapa pun."

Pada tahun 1550, konflik lain muncul ketika John Hooper, uskup Gloucester yang baru, menolak untuk memakai jubah keimaman untuk pentahbisannya. Kontroversi vestimentum mengadu

Cranmer, yang mendukung jubah keimaman, melawan Hooper, Martir, dan Jan Laski, pendeta dari Gereja Orang Asing di London. Karena diketahui bahwa Bucer telah mereformasi kebaktian gereja di Strasbourg untuk mengikuti kesederhanaan gereja mula-mula, Hooper mengharapkan Bucer akan mendukung. Namun, Bucer berusaha untuk tidak terlibat, berargumen bahwa ada hal-hal yang lebih penting untuk diurus—kurangnya pendeta dan pelayanan pastoral, perlunya pengajaran katekismus, dan implementasi disiplin gereja. Hooper menolak untuk dibujuk, dan dipenjara di Menara London hingga ia menerima tuntutan Cranmer.

Bucer memiliki rencana yang ambisius dalam menyebarkan Reformasi di seluruh Inggris. Namun, ia kecewa saat pihak yang berkuasa tidak meminta nasihatnya dalam membawa perubahan. Setelah memelajari kebiasaan mengajukan sebuah memorandum kepada raja setiap tahun baru, ia mengerjakan sebuah risalah penting yang ia berikan dalam bentuk draf kepada temannya, John Cheke, pada tanggal 21 Oktober 1550.  merupakan puncak dari pengalaman Bucer bertahun-tahun, sebuah ringkasan dari pemikiran dan teologinya yang ia gambarkan sebagai warisannya. Di dalamnya ia mendesak Edward VI untuk mengambil kendali atas Reformasi Inggris, dan mengusulkan Parlemen memperkenalkan 14 peraturan reformasi yang meliputi hal-hal gerejawi maupun sipil. Dalam pandangannya, Reformasi tidak hanya berkaitan dengan gereja, tetapi dengan seluruh cakupan kehidupan. Mengingat keadaan sosial yang sulit di Inggris, ia mengajukan peran diaken untuk merawat yang miskin dan berkebutuhan. Ia menggambarkan pernikahan sebagai kontrak sosial dan bukan sebuah sakramen, sehingga ia memperbolehkan perceraian, sebuah gagasan modern yang dianggap terlalu maju bagi zamannya. Ia mendukung restrukturisasi sistem ekonomi dan administrasi dengan saran-saran untuk meningkatkan industri, pertanian, dan pendidikan. Masyarakat ideal menurut Bucer secara khas bersifat otoriter, dengan penekanan terhadap disiplin Kristen. De Regno Christi tidak pernah menjadi piagam dari Reformasi Inggris seperti yang diniatkan oleh Bucer: buku ini pada akhirnya diterbitkan bukan di Inggris tetapi di Basel, pada tahun 1557.

Sumbangsih besar Bucer yang terakhir terhadap Reformasi Inggris adalah sebuah risalah tentang Buku Doa Bersama edisi orisinal tahun 1549. Cranmer meminta pendapatnya mengenai bagaimana buku tersebut dapat direvisi, dan Bucer mengumpulkan tanggapannya pada tanggal 5 Januari 1551. Ia menyerukan penyederhanaan liturgi, mengingat adanya unsur-unsur non-esensial: beberapa hari besar dalam kalender liturgi, tindakan kesalehan seperti genufleksi, dan ritus-ritus seperti misa pribadi. Ia berfokus pada jemaat dan bagaimana orang-orang dapat beribadah dan diajar. Seberapa jauh kritik Bucer memengaruhi Buku Doa edisi kedua tahun 1552 tidak diketahui.  Para sarjana yakin bahwa meskipun pengaruh Bucer terhadap Gereja Inggris tidak boleh dilebih-lebihkan, namun ia menggunakan pengaruhnya yang terbesar terhadap Buku Doa tersebut.