Jabarkan 2000-2009 dari Jodie Foster

Proyek pertama Foster pada tahun 2000, adalah film oleh Keith Gordon berjudul Waking the Dead (2000), yang ia produksi. Dia menolak untuk mengulangi perannya sebagai Clarice Starling di Hannibal (2001), kemudian perannya dimainkan oleh Julianne Moore, dan memutuskan untuk berkonsentrasi pada proyek sebagai sutradara dalam Flora Plum. Film yang berfokus pada sirkus dan bintang pada 1930-an yang dibintangi oleh Claire Danes dan Russell Crowe, tetapi harus dibatalkan setelah Crowe terluka di set dan tidak bisa menyelesaikan syuting sesuai jadwal; Foster gagal untuk menghidupkan kembali proyek ini beberapa kali pada tahun-tahun berikutnya. Secara kontroversial, ia juga menyatakan minatnya untuk mengarahkan dan membintangi film biografi sutradara Nazi, Leni Riefenstahl, yang tidak menyukai gagasan itu. Selain itu, Foster menutup Egg Pictures pada 2001. Produksi terakhir perusahaannya, The Dangerous Lives of Altar Boys, ditayangkan perdana di Sundance Film Festival pada Januari 2002.

Setelah Flora Plum dibatalkan, Foster mengambil peran utama dalam film thriller oleh David Fincher dengan judul Panic Room setelah Nicole Kidman, harus keluar dari proyek itu karena cedera pada set. Sebelum pembuatan film dilanjutkan, Foster hanya diberi waktu satu minggu untuk mempersiapkan diri untuk berperan sebagai seorang wanita yang bersembunyi di ruang panik bersama putrinya ketika pencuri menyerbu rumah mereka. Film ini meraup lebih dari $ 30 juta pada akhir pekan pembukaannya di Amerika Utara pada Maret 2002. Selain menjadi film box office yang sukses, film ini juga mendapat ulasan positif.

Setelah penampilan kecil dalam drama periode Prancis A Very Long Engagement (2004), Foster membintangi tiga film thriller lagi. Yang pertama adalah Flightplan (2005), di mana ia memerankan seorang wanita yang putrinya menghilang selama penerbangan. Film yang menjadi sukses box office secara global, tetapi menerima ulasan beragam. Itu diikuti oleh Inside Man (2006) oleh Spike Lee yang sukses secara komersial, tentang perampokan bank di Wall Street, yang turut dibintangi oleh Denzel Washington dan Clive Owen. Film thriller ketiga, The Brave One (2007), Foster memerankan seorang warga New York yang main hakim sendiri setelah tunangannya dibunuh. Foster kemudian meraih nominasi Golden Globe keenamnya karena peran tersebut.. Peran film terakhirnya adalah dalam film petualangan anak-anak Nim's Island (2008), di mana ia memerankan seorang penulis agorafobik bersama Gerard Butler dan Abigail Breslin. Itu adalah komedi pertama yang dibintanginya sejak Maverick (1994), dan merupakan kesuksesan secara komersial tetapi tidak mendapatkan ulasan yang baik dari para kritikus. Pada 2009, ia memberikan suaranya untuk Maggie dalam episode tetralogi The Simpsons berjudul "Four Great Women and a Manicure".