Jabarkan 2006 dari Nicky Hayden

Untuk 2006, Hayden menjadi ujung tombak aspirasi kejuaraan untuk Repsol Honda, dan merupakan satu-satunya pembalap yang diberikan penuh motor Honda 2006 selama tes pra-musim. Dia memimpin kejuaraan dari balapan ke-3 dan terlihat siap untuk mematahkan rantai juara beruntun Valentino Rossi. Merebut kejuaraan itu bukanlah tanpa risiko: pada ronde ke-2 terakhir di Estoril di Portugal, rekan setimnya, Dani Pedrosa, kehilangan cengkeraman ban depan pada pengereman (sebuah lowside) untuk menghindari tabrakan dengan Hayden. Hasil dari kecelakaan lowside itu menjatuhkan kedua motor tersebut. Hal ini membuat Hayden tertinggal 8 poin di belakang Rossi dalam kejuaraan dengan satu balapan lagi yang tersisa. Di balapan terakhir dalam musim itu pada 29 Oktober 2006, Rossi jatuh pada putaran 5 saat mencoba untuk memperbaiki start-nya yang buruk. Hayden memenangkan gelar 2006 dihari itu dengan finis ke-3 (9,3 detik) di belakang sang pemenang, Troy Bayliss, dan Loris Capirossi.