Jabarkan Menata gereja Strasbourg (1529–1534) dari Martin Bucer

Ketika peristiwa-peristiwa ini berlangsung, para reformator di Strasbourg perlahan membuat kemajuan. Tekanan mereka terhadap dewan untuk melarang semua misa akhirnya berhasil. Pada tanggal 20 Februari 1529, Strasbourg secara terbuka bergabung dengan Reformasi ketika misa secara resmi dihentikan. Sebagai gantinya, dua kebaktian khotbah (Predigtgottesdienste) diadakan setiap hari Minggu di semua gereja paroki. Pada tanggal 5 Januari 1530, ketika Strasbourg bergabung dengan aliansi kota-kota Swiss, , dewan kota secara sistematis menghilangkan ganbar dan altar samping dari gereja.  Bucer awalnya menoleransi gambar-gambar di tempat ibadah selama mereka tidak dihormati. Ia kemudian yakin bahwa gambar-gambar harus dihilangkan karena berpotensi untuk disalahgunakan, dan ia mendukung penghilangannya secara teratur. Pertama, ia harus mendapatkan otoritas dari magistrat, dan kemudian rakyat diperintahkan untuk meninggalkan penghormatan gambar-gambar.

Prioritas Bucer di Strasbourg adalah untuk menerapkan disiplin moral di dalam gereja. Untuk tujuan ini, pengawas khusus (Kirchenpfleger), dipilih dari antara kaum awam, ditugaskan di setiap jemaat untuk mengawasi doktrin dan praktik.  Perhatiannya dimotivasi oleh akibat dari populasi pengungsi yang meningkat pesat, yang tertarik dengan kebijakan pengungsi Strasbourg yang toleran. Masuknya pengungsi, khususnya setelah tahun 1528, membawa serangkaian pengkhotbah revolusioner ke dalam Strasbourg. Para pengkhotbah ini terinspirasi oleh berbagai doktrin apokaliptik dan mistik, dan dalam beberapa kasus oleh kebencian terhadap tatanan sosial dan paham akan adanya gereja resmi. Sejumlah besar pengungsi adalah kaum Anabaptis dan spiritualis, seperti pengikut-pengikut Melchior Hoffman, Caspar Schwenckfeld, dan Clemens Ziegler. Bucer secara pribadi mengambil tanggung jawab untuk menyerang pengkhotbah-pengkhotbah ini dan pengkhotbah populer lainnya untuk meminimalisasi pengaruh mereka dan memastikan pengusiran mereka dan pengikut mereka. Pada tanggal 30 November 1532, para pendeta dan pengawas gereja mengajukan petisi kepada dewan untuk menegakkan standar etis, secara resmi mengizinkan iman reformed dan menolak doktrin-doktrin "sektarian". Pihak yang berwenang, yang telah mengizinkan jemaat-jemaat sektarian untuk berkembang di antara pengungsi dan masyarakat kelas bawah, hanya mengusir orang-orang yang jelas-jelas membuat masalah. Bucer bersikeras bahwa dewan harus dengan sangat segera mengambil kendali atas seluruh ibadah Kristen di dalam kota untuk kebaikan bersama.

Menanggapi petisi ini, dewan kota membentuk sebuah komisi yang menyarankan diadakannya sebuah sinode kota. Untuk pertemuan ini, Bucer menyediakan sebuah dokumen draf yang berisi 16 artikel tentang doktrin gereja. Sinode bersidang pada tanggal 3 Juni 1533 di Gereja Magdalens yang Bertobat untuk memperdebatkan naskah Bucer, dan akhirnya menerimanya sepenuhnya. Para pimpinan sektarian dibawa menghadap sinode dan diinterogasi oleh Bucer. Ziegler dibebaskan dan dibiarkan untuk tetap tinggal di Strasbourg; Hoffman dipenjara sebagai ancaman terhadap negara; dan Schwenckfeld meninggalkan Strasbourg atas kemauannya sendiri.

Setelah sinode selesai, dewan kota menunda beberapa bulan. Komisi sinode, yang di dalamnya termasuk Bucer dan Capito, memutuskan untuk mengambil inisiatif dan menyusun sebuah draf ordonansi untuk regulasi gereja. Komisi tersebut mengajukan bahwa dewan mengambil kendali hampir sepenuhnya atas gereja, dengan tanggung jawab untuk mengawasi doktrin, mengangkat pengawas gereja, dan menjaga standar moral. Namun, dewan kota tetap menunda, membuat para pendeta hampir mengundurkan diri. Hanya ketika pengikut Hoffman merebut kekuasaan di Münster, dalam Pemberontakan Münster, dewan mulai bertindak, menakuti hal yang serupa dapat terjadi di Strasbourg. Pada tanggal 4 Maret 1534, dewan kota mengumumkan bahwa Pengakuan Iman Empat Kota karya Bucer dan 16 artikelnya sekarang menjadi pernyataan iman resmi gereja. Semua Anabaptis harus menerimanya atau meninggalkan kota. Keputusan tersebut mendirikan sebuah gereja baru di Strasbourg, dengan Capito menyatakan, "Bucer adalah uskup gereja kami."

Pendukung utama kesatuan Protestan (1534–1538)

Pada tahun 1534, Bucer telah menjadi tokoh utama dalam Reformasi Jerman. Ia berulang kali memimpin inisiatif untuk mengamankan kesepakatan doktrinal antara Wittenberg, kota-kota Jerman selatan, dan Swiss. Pada bulan Desember 1534, Bucer dan Melanchthon mengadakan pembicaraan yang produktif di Kassel, dan Bucer membuat draf 10 tesis yang diterima para teolog Wittenberg. Pada bulan Oktober 1535, Luther menyarankan sebuah pertemuan di Eisenach untuk menyelesaikan kesepakatan penuh di antara faksi-faksi Protestan. Bucer membujuk perwakilan Jerman selatan untuk hadir, tetapi faksi Swiss, yang dipimpin oleh penerus Zwingli Heinrich Bullinger, mencurigai niatnya. Sebaliknya mereka bertemu di Basel pada tanggal 1 Februari 1536 untuk membuat rancangan pengakuan iman mereka sendiri. Bucer dan Capito menghadirinya dan mendesak para teolog Swiss untuk menerima pembahasaan kompromi tentang Perjamuan Kudus yang tidak menyinggung kaum Lutheran. Kehadiran nyata Kristus diakui, sedangkan persatuan natural atau lokal antara Kristus dan unsur-unsur disangkali. Hasilnya adalah Pengakuan Iman Helvetik Pertama, yang kesuksesannya memberikan harapan besar bagi Bucer terhadap pertemuan mendatang dengan Luther.

Pertemuan tersebut, yang dipindah ke Wittenberg karena Luther sakit, dimulai pada tanggal 21 Mei 1536. Mengejutkan bagi perwakilan Jerman selatan, Luther mulai menyerang mereka, menuntut mereka untuk menarik kembali pengertian mereka yang salah tentang Perjamuan Kudus. Capito mengintervensi untuk menenangkan keadaan, dan Bucer mengklaim bahwa Luther salah memahami pandangan mereka. Kaum Lutheran bersikeras bahwa orang tidak percaya yang berbagian dalam Perjamuan sungguh-sungguh menerima tubuh dan darah Kristus. Bucer dan teolog Jerman selatan percaya bahwa mereka hanya menerima unsur-unsur roti dan anggur. Johannes Bugenhagen merumuskan sebuah kompromi, yang disetujui Luther, yang membedakan antara orang yang tidak layak (indigni) dan orang yang tidak percaya (impii). Para teolog Jerman selatan menerima bahwa orang yang tidak layak menerima Kristus, tetapi pertanyaan mengenai apa yang diterima orang yang tidak percaya masih tidak terjawab. Kedua belah pihak berhasil mencapai kesepakatan dalam isu-isu lainnya dan pada tanggal 28 Mei menandatangani Konkorda Wittenberg. Strasbourg dengan cepat mendukung dokumen tersebut, tetapi Bucer harus memberikan banyak bujukan untuk meyakinkan kota-kota Jerman selatan. Kota-kota Swiss menolak, khususnya Zürich. Mereka bahkan menolak pernyataan halus yang menyiratkan persatuan Kristus dengan unsur-unsur Perjamuan. Bucer menyarankan agar kota-kota Swiss mengadakan sinode nasional untuk memutuskan hal ini, berharap ia dapat setidaknya membujuk Bern dan Basel. Sinode diadakan di Zürich dari tanggal 28 Mei hingga 4 April 1438, tetapi Bucer gagal membujuk satu kota pun. Kota-kota Swiss tidak pernah menerima atau menolak Konkorda Wittenberg.

Pengaruh Bucer terhadap kota-kota Swiss pada akhirnya dirasakan secara tidak langsung. Pada musim panas 1538, ia mengundang John Calvin, yang kelak akan menjadi reformator Jenewa, untuk memimpin jemaat pengungsi Prancis di Strasbourg. Bucer dan Calvin memiliki banyak persamaan teologis dan menjalin pertemanan yang panjang. Seberapa jauh Bucer memengaruhi Calvin adalah sebuah pertanyaan terbuka di antara sarjana modern, tetapi banyak reformasi yang nantinya diimplementasikan Calvin di Jenewa, termasuk liturgi dan tata gereja, awalnya dikembangkan di Strasbourg.

Nasihat kepada Philip dari Hessen (1538–1539)

Ketika peraturan Philip mengenai perlindungan orang Yahudi di dalam wilayahnya kadaluarsa pada tahun 1538, ia menugaskan Bucer untuk menyusun kebijakan yang baru. Philip memberinya draf yang bersikap toleran dalam mengatur urusan orang Yahudi. Bucer menolak peraturan yang menguntungkan orang Yahudi tersebut dan menyarankan agar mereka dilarang dari semua perdagangan kecuali untuk mencukupi kebutuhan mereka secara minimum. Judenratschlag karyanya juga meliputi penggunaan pertamanya akan stereotip negatif terhadap orang-orang Yahudi. Ordonansi Philip tahun 1539 mewakili sebuah kompromi. Ia mengizinkan orang Yahudi untuk terlibat dalam perdagangan dan perniagaan tetapi juga meliputi aturan yang ketat dalam hubungan mereka dengan orang Kristen. Kebijakan baru yang berpotensi untuk diterapkan secara arbitrer sangat mengerikan bagi orang Yahudi, sehingga banyak dari mereka yang memilih untuk meninggalkan Hessen. Untuk hal ini, Bucer dapat juga dipersalahkan.

Pada bulan November 1539, Philip meminta Bucer untuk membuat pembelaan teologis untuk bigami, karena ia memutuskan untuk menjalankan pernikahan bigami. Bucer dengan berat hati setuju, dengan syarat pernikahan tersebut tetap dirahasiakan. Bucer meminta nasihat Luther dan Melanchthon, dan ketiga reformator itu memberikan sebuah pernyataan nasihat kepada Philip (Wittenberger Ratschlag). Kemudian, Bucer menyusun argumen-argumennya sendiri baik yang mendukung maupun yang menentang bigami. Meskipun dokumen itu menyatakan bahwa bigami dapat diizinkan hanya dalam kondisi yang langka, Philip menganggapnya sebagai persetujuan bagi pernikahannya dengan dayang adik perempuannya. Ketika rumor tentang pernikahannya mulai tersebar, Luther meminta Philip untuk menyangkalinya, sedangkan Bucer menyarankan agar ia menyembunyikan istri keduanya dan menutupi kebenarannya. Beberapa sarjana memerhatikan sebuah motivasi yang memungkinkan bagi nasihat yang terkenal ini: para teolog percaya bahwa mereka menasihati Philip seperti seorang pendeta menasihati anggota jemaatnya, dan sebuah kebohongan dapat dibenarkan untuk menjaga privasi dari konseling pengakuan mereka. Skandal yang mengikuti pernikahannya membuat Philip kehilangan pengaruh politik dan Reformasi di dalam Kekaisaran sangat dikompromikan.