Jabarkan AC Milan dari Gennaro Gattuso

Gattuso dibeli oleh AC Milan seharga € 8 juta dari Salernitana pada musim panas 1999. Ia bermain pertama kali bersama klub pada 15 September 1999, di mana timnya meraih hasil imbang 0-0 atas  di Liga Champions UEFA; ia kemudian segera masuk ke starting line-up pada musim itu, dan juga memainkan pertandingan derby Milan pertamanya pada 24 Oktober 1999, di mana ia tampil bagus dan langsung disayangi para penggemar Milan karena kematangan dan keuletan yang ia tunjukkan ketika menghadapi striker Inter, Ronaldo, yang secara luas dianggap sebagai pemain terbaik di dunia pada saat itu.

Selama di Milan, tingkat kerja dan keserbagunaan Gattuso sebagai pemenang bola membuat manajer Milan, Carlo Ancelotti menempatkan playmaker lini tengah Andrea Pirlo di sampingnya dalam posisi menyerang yang lebih kreatif, sementara Gattuso mendukung Pirlo dalam peran yang lebih dalam, seperti seorang gelandang bertahan; kemitraan lini tengah ini sangat penting bagi keberhasilan domestik dan internasional Milan selama masa kepemimpinan Ancelotti, yang mana berhasil meraih Coppa Italia, Liga Champions UEFA dan Piala Super UEFA pada tahun 2003, serta gelar Serie A dan Supercoppa Italiana pada tahun 2004. Gattuso menandatangani perpanjangan kontrak dengan Milan pada Juni 2003 dan pada bulan Oktober 2004. Selama periode ini, Gattuso juga mencapai Final Liga Champions 2005 dengan Milan, akan tetapi dikalahkan oleh  melalui adu penalti, setelah awalnya memimpin 3-0 di babak pertama.

Gattuso memainkan pertandingan ke-300 untuk klub pada saat meraih hasil imbang tanpa gol di Liga Champions melawan Lille pada 26 September 2006, dan ia memperpanjang kontraknya dengan Milan hingga 2011 pada 1 Februari 2007. Pada 23 Mei 2007, Gattuso memenangkan Liga Champions untuk kedua kalinya selama berkarier ketika Milan mengalahkan Liverpool 2-1 di final.

Setelah memenangkan Piala Dunia Antarklub FIFA, pada tanggal 27 Desember 2007, Gattuso berlatih dengan mantan klubnya  untuk mendapatkan kembali kebugaran selama liburan musim dingin Serie A, sementara istrinya mengunjungi keluarga di Skotlandia selama Natal. Desember tahun berikutnya, Gattuso menderita cedera robek ligamentum cruciatum anterior pada saat timnya meraih kemenangan di liga 1-0 atas Catania. Meskipun cedera, Gattuso tetap bermain selama 90 menit sebelum didiagnosis oleh dokter klub setelah pertandingan. Ia menjalani operasi untuk memperbaiki kerusakan pada 19 Desember 2008 di Antwerpen, Belgia. Ia diperkirakan akan absen hingga enam bulan, tetapi berhasil kembali ke bangku cadangan Milan pada 10 Mei saat Milan melawan Juventus, sebulan lebih cepat dari jadwal.

Pada 22 Agustus 2009, ia tampil di pertandingan ke-400 bersama Milan dalam pertandingan pembuka musim Serie A 2009–10 melawan Siena, dan pada saat itu ia mengenakan ban kapten. Pada 14 Desember 2009, telah dikonfirmasi oleh Milan bahwa Gattuso akan tetap menjadi pemain Milan hingga 30 Juni 2012, setelah menambahkan satu tahun lagi kontraknya.

Musim 2010–11 bersama Milan adalah salah satu musim terbaik Gattuso dalam kariernya, ia berhasil mengakhiri puasa gol selama tiga tahun lewat gol yang ia cetak melalui tendangan kaki kiri dari luar kotak penalti, yang terbukti menjadi gol penentu dalam kemenangan 1-0 Milan atas Juventus pada 5 Maret 2011. Gattuso kemudian mencetak gol lain dalam kemenangan 4-1 melawan Cagliari dengan sundulan jarak jauh yang mengalahkan kiper, yang keluar dari barisannya. Gattuso merayakan kemenangan Scudetto ke-18 Milan setelah hasil imbang tanpa gol melawan Roma pada 7 Mei.

Gattuso mengalami masalah penglihatan pada awal September 2011, beberapa hari sebelum musim dimulai. Pada 9 September 2011, Gattuso menabrak rekan setimnya Alessandro Nesta saat bermain melawan Lazio di pertandingan pembuka Serie A Milan musim 2011-12. Ia digantikan secara langsung setelah itu di menit ke-20 dan didiagnosis menderita kelumpuhan saraf kranialis keenam, yang menghasilkan penglihatan ganda, cedera yang bisa mengakhiri karier sepakbolanya. Ia kemudian mengungkapkan bahwa dirinya melihat rekan satu timnya Zlatan Ibrahimović di empat posisi berbeda beberapa saat sebelum pertandingan, dan tidak dapat melihat Nesta, yang mengakibatkan tabrakan kedua pemain tersebut.

Pada 11 Mei 2012, Gattuso mengkonfirmasi bahwa ia tidak akan memperbarui kontraknya dengan klub yang akan berakhir pada 30 Juni, dan ia akhirnya meninggalkan Milan pada akhir musim.