Jabarkan Kekalahan dalam Sekigahara dari Mori Terumoto

Pada tahun 1600, salah seorang anggota dewan lima menteri (Go Tairō) yang bernama Tokugawa Ieyasu menjadi semakin berkuasa dan bertindak sewenang-wenang. Ishida Mitsunari yang merupakan salah satu anggota dewan lima pelaksana pemerintahan (Go Bugyō) bermaksud memecat sekaligus menghabisi karier politik Tokugawa Ieyasu. Mitsunari lalu membentuk Pasukan Barat dengan dukungan Ōtani Yoshitsugu dan Ankokuji Ekei.

Walaupun tidak bertempur dalam Pertempuran Sekigahara karena harus bertugas di Istana Osaka menjaga Toyotomi Hideyori, Mōri Terumoto mengutus saudara sepupunya yang bernama Mōri Hidemoto untuk memimpin pasukan Mōri di Sekigahara. Kikkawa Hiroie yang juga masih saudara sepupu Mōri Terumoto berkhianat dan membelot ke kubu Pasukan Timur membantu Ieyasu, akibatnya pasukan Mōri menderita kekalahan besar dalam Pertempuran Sekigahara.

Setelah kalah dalam Pertempuran Sekigahara, Terumoto yang mendengar janji dari Kikkawa Hiroie merasa agak tenang karena wilayah kekuasaan klan Mori tidak akan diganggu gugat, tetapi Ieyasu mengganggap perjanjian tersebut tidak ada. Tokugawa Ieyasu berniat menghukum klan Mōri dengan merampas semua wilayah klan Mōri. Hiroie dengan tergesa-gesa menemui Ieyasu untuk berunding. Ieyasu akhirnya meringankan hukuman untuk klan Mōri, wilayah klan Mori yang bernilai 1.200.000 koku harus ditukar dengan provinsi Suō dan Nagato yang hanya bernilai 370.000 koku.

Terumoto lalu pindah dan membangun Istana Hagi di delta sungai Abugawa (sekarang di Prefektur Yamaguchi). Terumoto mencukur habis semua rambutnya dan menjadi pendeta Buddha dengan nama Genan Sōzui. Jabatan kepala keluarga (katoku) diserahkan kepada sang putra pewaris Mōri Hidenari sedangkan Terumoto tetap menjabat sebagai penguasa wilayah han.

Di akhir hayatnya, Mōri Terumoto tercatat ikut serta membantu pembangunan Istana Edo dan turut menanggung utang besar akibat pembangunan rumah kediaman resmi di Edo. Terumoto memang pernah diam-diam mengutus pengikutnya yang bernama Naitō Motomori (cucu dari bibinya) dengan nama samaran Sano Michiyoshi untuk bertempur melawan Ieyasu dalam Pertempuran Osaka, tetapi akhirnya justru Terumoto sendiri mau menuruti perintah Ieyasu untuk bertempur untuk Pasukan Timur walaupun dirinya sedang sakit-sakitan.

Terumoto juga berusaha dengan keras untuk menyatukan perpecahan di kalangan pengikut klan Mōri akibat kekalahan dalam Pertempuran Sekigahara, tetapi tidak pernah berhasil. Pada tahun 1623, Mōri Terumoto mengundurkan secara penuh dari dunia politik setelah mewariskan jabatan penguasa wilayah han kepada putra pewarisnya Mōri Hidenari dan pelaksanaan pemerintahan kepada Mōri Hidemoto.

Pada tahun 1625, Mōri Terumoto wafat di usia 72 tahun.