Jabarkan 1990-an hingga 2000-an dari Universitas Mulawarman

Sejak tahun 1990, Universitas Mulawarman mendirikan beberapa fakultas baru, yaitu: Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan pada tahun 1996, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam sebagai program studi pada 30 Agustus 2001 dan sebagai fakultas pada 3 Mei 2006, Fakultas Kedokteran sebagai program studi pada 25 September 2001 dan sebagai fakultas pada 7 Mei 2008, Fakultas Hukum pada tahun 2005, Fakultas Kesehatan Masyarakat pada tahun 2005, Fakultas Teknik pada tahun 2007, Fakultas Farmasi pada tahun 2008, dan Fakultas Ilmu Budaya pada tahun 2009.

Selain itu, pada tanggal 28 April 1997, Politeknik Universitas Mulawarman membentuk perguruan tinggi tersendiri yang disebut Politeknik Negeri Samarinda.

Sejak tahun 1997, Universitas Mulawarman dipimpin oleh Prof. Ir. H. Rachmad Hernadi, M.Sc sebagai rektor keempat yang menjabat selama 2 periode sejak 1997 hingga 2006 dan dilanjutkan oleh Prof. Dr. Ir. Achmad Ariffien Bratawinata, M.Agr sebagai rektor kelima Universitas Mulawarman mulai tahun 2006 hingga tahun 2010.