Jabarkan Awal tahun 2000an dari Lufthansa

Tahun 2000 Air One menjadi maskapai mitra Lufthansa dan hampir semua penerbangan Air One bertukar kode dengan Lufthansa. Bulan Juni 2003, Lufthansa membuka Terminal 2 di Bandar Udara Internasional Franz Josef Strauß, Munich untuk menghidupkan kembali hub utamanya, yang mengalami masalah kapasitas. Merupakan salah satu terminal pertama di Eropa yang dimiliki oleh suatu maskapai penerbangan.

Tanggal 17 Mei 2004, Lufthansa menjadi pengguna pertama untuk layanan komunikasi online dalam pesawat Connexion by Boeing.

Tanggal 22 Maret 2005, SWISS bergabung dengan Lufthansa Airlines. Pergabungan meliputi perjanjian bahwa pemegang saham terbesar (pemerintah Swiss dan perusahaan besar Swiss) diberikan bayaran bila harga saham Lufthansa melewati indeks maskapai selama tahun-tahun setelah penggabungan. Kedua perusahaan akan beroperasi secara terpisah.