Jabarkan Masa Jepang dari Kementerian Dalam Negeri Republik Indonesia

Selanjutnya pada Zaman pendudukan Jepang (tahun 1942-1945). Departement van Binnenland Bestuur oleh pemerintah Jepang diubah menjadi  yang bidang tugasnya meliputi juga urusan agama, sosial, kesehatan, pendidikan, pengajaran, dan kebudayaan. Badan Urusan Internal atau Kementerian Dalam Negeri berkantor di Jalan Sagara Nomor 7, Jakarta, sampai Proklamasi tanggal 17 Agustus 1945.

Pada tanggal 19 Agustus 1945, Naimubu dipecah menjadi:

Kementerian Dalam Negeri termasuk urusan agama, yang dalam perkembangan lebih lanjut urusan agama dilepaskan dari Kementerian Dalam Negeri