Jabarkan Pembersihan Besar-Besaran dari Anastas Mikoyan

Pada pertengahan 1930-an Stalin memulai Pembersihan Besar-Besaran yang ditujukan kepada para anggota Partai Komunis Uni Soviet yang dianggap membangkang perintah partai. Sejarawan Simon Sebag-Montefiore menilai bahwa peran Mikoyan "sangat menikmati reputasi sebagai salah satu dari banyak pemimpin partai yang baik: Mikoyan selalu menolong para korban dan berusaha keras untuk membersihkan reputasi para korban setelah wafatnya stalin." Mikoyan juga berusaha untuk menyelamatkan beberapa teman dekatnya dari jeratan eksekusi. Bagaimanapun pada tahun 1936, Mikoyan secara antusias mendukung eksekusi Grigoriy Zinoviev dan Lev Kamenev dengan mengkomplain itu hanyalah sebuah dakwaan. Mikoyan menandatangani daftar ekskusi bersama dengan para pemimpin lainnya untuk kemudian diserahkan kepada Komisariat Rakyat Untuk Urusan Dalam Negeri Uni Soviet. Pembersihan yang dilakukan sering dilimpahkan kepada para pejabat yang dekat dengan Stalin untuk menguji kesetiaan mereka terhadap Stalin.

Pada bulan September 1937, Stalin mengutus Georgy Malenkov dan Mikhail Litvin untuk pergi ke Yerevan, Ibukota Republik Sosialis Soviet Armenia atas respon dari kematian Sahak Ter-Gabrielyan. Misi mereka untuk mengawasi pembersihan para anggota Partai Komunis Armenia dan Sekretaris Pertama Amatuni Amatuni, Kepala NKVD lokal Khachik Mughdusi yang merupakan loyalis Beria. Stalin juga mengutus Mikoyan untuk menguji kesetiannya dan mengirim sebuah sinyal kepada para pemimpin Armenia. Stalin tidak memercayai Mikoyan karena kelonggarannya terhadap persekusi. Dalam beberapa hal, Mikoyan mengintervensi eksekusi teman dan koleganya untuk menyelamatkan hidup mereka. Selama perjalanannya ke Armenia, Mikoyan berusaha meskipun gagal, untuk menyelamatkan Daniel Shahverdyan. Bagaimanapun atas perintah Stalin, Mikoyan memimpin sebuah serangan dalam sesi sidang Komite Pusat Partai Komunis Armenia pada September 1937 dan Amatuni menyebut Mikoyan sebagai seorang pembohong. Ribuan lebih orang ditangkap dan tujuh dari sembilan anggota Politbiro Armenia dicopot dari jabatan mereka.