Jabarkan Pertahanan dan keamanan dari Timor Timur

Sejak tahun 1979 hingga 1999, Timor Timur merupakan wilayah dari Kodam IX/Udayana yang bermarkas di Denpasar, Bali yang merupakan komando kewilayahan pertahanan dari TNI Angkatan Darat yang meliputi Kepulauan Nusa Tenggara. Wilayah satuan teritorial Kodam IX/Udayana di wilayah Timor Timur adalah Korem 164/Wira Dharma yang terbagi atas beberapa Kodim dan dua batalyon infanteri, yaitu Dili; Baucau; Lospalos; Viqueque; Manatuto; Aileu; Ainaro; Manufahi; Covalima; Maliana; Ermera; Liquiça; Ambeno; Yonif 744/Satya Yudha Bakti; dan Yonif 745/Sampada Yudha Bakti. Seluruh Kodim kemudian dibagi lagi menjadi beberapa Koramil yang berada di tingkat kecamatan.

Selain itu, hingga tahun 1996 wilayah hukum Polri yang berdiri di Timor Timur adalah Kepolisian Wilayah Timor Timur (Polwil Timtim) yang berada di bawah Kepolisian Daerah Nusa Tenggara (Polda Nusra). Pada tahun 1996, pasca likuidasi empat Polda di wilayah Polda Nusra, Polwil Timor Timur diubah statusnya menjadi Kepolisian Daerah Timor Timur (Polda Timtim (kini dialih fungsi menjadi Academia Policia Nacional Timor Leste)) hingga 1999.

Sejak tanggal 24 September 1999, militer Indonesia mulai ditarik mundur dan per tanggal 31 Oktober 1999 seluruh pasukan Indonesia meninggalkan Timor Timur setelah 24 tahun masa integrasi dan digantikan pasukan keamanan dari Perserikatan Bangsa-Bangsa yang mengontrol keamanan di wilayah ini.