Jabarkan Hokuto di sebelah barat dari Hakodate, Hokkaido

Shikabe di sebelah timur laut

Menurut klasifikasi iklim Köppen, Kota Hakodate beriklim subtropis basah, namun cenderung ke iklim lautan dan iklim benua lembap. Sebagai akibatnya, meski dingin pada musim dingin, kkota ini tidak sedingin kota-kota lain di Hokkaido, dan hangat tidak panas pada musim panas.

Musim dingin di Hokkaido sangat dingin dengan suhu rata-rata -2.5 derajat Celsius pada bulan terdingin. Di Hakodate juga turun salju cukup banyak, rata-rata 380 cm setiap tahunnya. Musim semi biasanya dimulai dengan sedikit salju, namun sedikit demi sedikit menghangat sejalan dengan perjalanan musim. Musim panas umumnya hangat tetapi tidak panas, suhu rata-rata tertinggi pada bulan terhangat (Agustus) sekitar 26 derajat Celsius. Musim gugur awalnya masih hangat tetapi menjadi makin dingin sejalan dengan perjalanan musim. Salju tidak jarang sudah turun pada akhir musim semi.