Jabarkan Akhir hayat dari Soekarno Djojonegoro

Ia digantikan Ajun Komisaris Besar Polisi Soetjipto Danoekoesoemo pada 30 Desember 1963 dan segera diangkat menjadi Menteri Penasihat Presiden untuk Urusan Dalam Negeri. Djojonegoro memasuki masa pensiun mulai 31 Juli 1966. Hari-harinya dinikmatinya dengan berkumpul bersama keluarga.

Djojonegoro meninggal dunia di Rumah Sakit Dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta. Ia meninggalkan istrinya, R.A. Sukatinah, dan lima orang anak. Sesuai permintaannya, jenazahnya dimakamkan di makam khusus untuk pemakaman keluarga Djojonagoro, "Kuwondo Giri" di Banjarnegara.