Jabarkan Salafi dan Anti-Syiisme dari Ja'far Umar Thalib

Pada peluncuran buku berjudul Mereka Bukan Thaghut, Ja'far menegaskan sikapnya bahwa ia adalah seorang Salafi sejati.

Sebagai hal yang biasa di kalangan para pengikut Salafi untuk menentang keras Muslim Syiah dan bahkan menganggap mereka kafir (lihat Anti-Syiisme), Ja'far pada Juni 2013 pernah mengatakan bahwa ia akan mendeklarasikan jihad melawan Muslim Syiah Indonesia yang dituduh mencoba mengintimidasi jamaah Sunni di Bekasi.

Demikian pula tatkala masjid Al-Arqom di Pekalongan yang merupakan masjid jamaah Sunni, sebagai tempatnya menyampaikan pengajian dan ceramah diputuskan oleh wali kota Pekalongan untuk ditutup masjid tersebut pada tanggal 25 Agustus 2017 maka Ja'far Umar Thalib memperingatkan dengan ancaman kepada wali kota Pekalongan atas keputusannya melakukan penutupan terhadap masjid Al-Arqom Pekalongan. Namun Wali Kota Pekalongan yang bernama Alf Arslan Djunaid atau yang kerab disapa Alex dari PDIP tetap menutup masjid Al-Arqom maka salah seorang ustadz dari murid Ja'far Umar Thalib mendoakannya, maka pada hari Kamis tanggal 7 September 2017 wali kota Pekalongan tersebut mati secara mendadak di dalam kamar mandi rumahnya.

Menyayangi Umat Islam dan Mencintai NKRI

Tidaklah Syekh Ja'far membentuk Laskar Jihad Ahlussunnah wal Jama'ah melainkan karena dia menyayangi umat Islam, saat dia mendengar bahwa umat Islam di Maluku dibantai oleh umat Kristen karena umat Kristen ingin pisah dari NKRI dengan mendirikan RMS maka nampaklah kasih sayang kepada umat Islam, dia marah karena saudara-saudarinya umat Islam di Maluku dibantai, dia serukan dan fatwakan jihad. Dia mendapat sambutan baik dari para pemuda hingga mereka terjun berjihad di Maluku.

Terlihat kecemburuan dan kasih sayang Syekh Ja'far terhadap umat Islam yang sebenarnya, Syekh Ja'far sangat marah Karena Gusdur tidak dapat memberi solusi dan juga tidak memberi izin, maka Syekh Ja'far bersama para pendukungnya memutuskan untuk tetap berangkat jihad ke Maluku, lalu Gusdur marah sambil berkata: "Saya tidak peduli mau jihad apa jahid, macam-macam saya sikat". Dengan melihat keberadaan Gusdur sebagai presiden NKRI saat itu lemah dan sudah kurang dukungan dari para pejabatnya, sementara sebagian para pejabatnya dan juga Prof. H. Muhammad Amien Rais M.A. Ph.D. sebagai ketua MPR telah mendukung Syekh Ja'far dan laskar jihadnya untuk ke Ambon. Dengan bertawakkal kepada Allah kemudian karena kasih sayang kepada umat Islam, berangkatlah Syekh Ja'far bersama Laskar Jihad Ahlussunnah wal Jama'ah ke Maluku.

Selain menyayangi umat Islam, Syekh Ja'far juga menginginkan NKRI tetap utuh, dia tidak menginginkan RMS memisahkan Maluku dari NKRI sebagaimana Timor Timur telah pisah dari NKRI. Dia memimpin laskar jihadnya siap untuk memerangi RMS dan berangkatnya ke Maluku untuk jihad sebagai bukti kecintaannya terhadap NKRI. Oleh sebab itu Jenderal Polisi Prof. Drs. H. Muhammad Tito Karnavian, M.A., Ph.D menyebutkan bahwa Syeikh Ja'far sebagai sosok yang cinta NKRI dan cinta umat Islam.

Salah satu bentuk kecintaan Syekh Ja'far kepada NKRI adalah siap berjuang dan rela berdakwah di Papua, dia prihatin dengan adanya hasutan supaya orang-orang Papua merdeka dan lepas dari NKRI.