Jabarkan Taksonomi dari Megalodon

Berdasarkan catatan-catatan dari zaman Renaisans, gigi raksasa yang berbentuk segitiga telah ditemukan di formasi-formasi batu, dan awalnya gigi tersebut dikira sebagai lidah naga atau ular yang telah membatu. Kesalahan ini dibenarkan oleh naturalis Denmark Nicolas Steno pada tahun 1667; ia mengenali fosil tersebut sebagai gigi hiu, dan kemudian membuat gambar kepala hiu yang memiliki gigi semacam itu. Ia mendeskripsikan temuan-temuannya di dalam buku Canis Carchariae Dissectum Caput ("Kepala Hiu Dibedah"), yang juga berisi penggambaran gigi megalodon.

Seorang naturalis asal Swiss yang bernama Louis Agassiz memberikan nama ilmiah Carcharodon megalodon dalam karyanya dari tahun 1843 yang berjudul Recherches sur les poissons fossiles, berdasarkan sisa-sisa gigi yang telah ditemukan. Paleontolog Inggris Edward Charlesworth dalam makalahnya yang diterbitkan pada tahun 1837 menggunakan nama Carcharias megalodon sembari menyebut Agassiz sebagai pencetusnya, sehingga menyiratkan bahwa Agassiz sudah mendeskripsikan spesies tersebut sebelum tahun 1843. Paleontolog Inggris Charles Davies Sherborn pada tahun 1928 menganggap sejumlah artikel yang ditulis oleh Agassiz dari tahun 1835 sebagai deskripsi ilmiah pertama megalodon. Nama spesifik megalodon dapat diterjemahkan secara harfiah menjadi "gigi besar", dan istilah ini berasal dari  (megas, "besar") dan οδόντος (odontús, "gigi"). Gigi megalodon secara morfologis mirip dengan hiu putih (Carcharodon carcharias). Oleh sebab itu, Agassiz memasukkan megalodon ke dalam genus Carcharodon. Walaupun istilah "megalodon" jika berdiri sendiri merupakan nama yang tidak resmi, hiu ini di luar ranah ilmiah juga diberikan julukan "hiu putih raksasa", "hiu gigi mahabesar", "hiu gigi besar", atau "Meg".

Pada tahun 1881, terdapat pula deskripsi hiu megalodon yang menyebutnya dengan nama Selache manzonii.