Jabarkan Masa ad experimentum (1988-2004) dari Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan

Pada tahun 1988, Seminari menerbitkan Pedoman Pembinaan Seminari Menengah St. Petrus Canisius Mertoyudan yang masih diberlakukan secara percobaan (ad experimentum) hingga tahun 2004. Pada tahun-tahun ini, jenjang pendidikan seminari mengikuti jenjang pendidikan SMA pada umumnya.

Pada tahun 1994, model kurikulum pendidikan sekolah umum berubah menjadi sistem caturwulan.

Pada Juni 2004, Pedoman Pembinaan Seminari Menengah Mertoyudan yang muncul tahun 1988 disahkan sebagai Pedoman Pembinaan yang baku digunakan bagi para seminaris.

Sejak tahun 2005, Seminari dipimpin Romo Antonius Gustawan, SJ (2005-2011). Pada masanya muncul pertemuan-pertemuan pembina seminari regio yang diselenggarakan Komisi Seminari KWI Indonesia. Seminari juga menambah dua bangunan baru: Kapel Medan Pratama (Kapel Maria) tahun 2007 dan Rumah Musik tahun 2008.