Jabarkan 1980-an dari The Beatles

Lennon ditembak dan meninggal dunia pada tanggal 8 Desember 1980 di New York City. Sebagai ucapan personal, Harrison menulis All Those Years Ago, lagu tentang waktu-waktunya bersama The Beatles yang direkam sebelum kematian Lennon. Dengan istrinya Linda, McCartney berkontribusi dalam vokal latar, dan Starr pada drum. Lagu tersebut dinyanyikan ulang dengan lirik baru serta dirilis sebagai singel pada Mei 1981. Karya individu McCartney, Here Today, muncul dalam album Tug of War pada bulan April 1982. Pada tahun 1987, Harrison merilis album yang berjudul album Cloud Nine yang berisi When We Was Fab, sebuah lagu yang menceritakan masa-masa Beatlemania.

The Beatles diabadikan dalam Rock and Roll Hall of Fame pada tahun 1988. Harrison dan Starr menghadiri upacara beserta janda Lennon, Yoko Ono dan dua putranya Julian dan Sean. McCartney batal datang dengan melakukan konferensi pers, "Setelah 20 tahun, The Beatles masih punya banyak selisih urusan yang saya harap dapat diselesaikan mulai sekarang. Sayangnya, mereka tidak mau, jadi saya merasa seperti seorang munafik yang melambaikan tangan dan tersenyum pada mereka dalam reuni palsu" ("After 20 years, The Beatles still have some business differences which I had hoped would have been settled by now. Unfortunately, they haven't been, so I would feel like a complete hypocrite waving and smiling with them at a fake reunion.") Tahun berikutnya, EMI/Capitol mengabulkan tuntutan The Beatles yang sudah puluhan tahun mengenai royalti dan memberikan label resmi terhadap material yang tak terilis sebelumnya.

1990-an Live at the BBC, perilisan resmi pertama yang berisikan pertunjukkan The Beatles yang tidak dirilis dalam 17 tahun terakhir, akhirnya muncul pada tahun 1994. Pada tahun yang sama, McCartney, Harrison dan Starr melakukan reuni untuk proyek The Beatles Anthology, yang sebenarnya sudah dikerjakan mulai akhir 1960-an oleh Neil Aspinall. Awalnya sebagai manajer perjalanan dan kemudian asisten personal The Beatles, Aspinall mulai mengumpulkan material untuk film dokumenter setelah ia menjadi direktur Apple Corps pada tahun 1968. Mendokumentasikan sejarah The Beatles, proyek ini meliputi perilisan banyak rekaman-rekaman yang tak dirilis; McCartney, Harrison dan Starr juga menambah beberapa permainan alat musik dan vokal baru ke 2 lagu demo yang direkam Lennon di akhir 1970-an. Pada tahun 1995 dan 1996, proyek tersebut menghasilkan 5 seri televisi, video volume-8 dan 3 set box CD (berisi 2). Dua lagu demo Lennon, Free as a Bird dan Real Love masing-masing dirilis lagi sebagai singel. Box CD menyertakan karya Klaus Voorman, sang kreator sampul album Revolver pada tahun 1966. Penjualan mencapai kesukesasan besar dan seri televisinya telah ditonton lebih dari 400 juta orang di seluruh dunia.

2000-an 1, sebuah kompilasi album dari tiap lagu nomor satu di tangga lagu Britania Raya dan Amerika Serikat dirilis pada tanggal 13 November 2000. Album tersebut menjadi album dengan penjualan tercepat sepanjang masa, pada minggu pertama mencapai 3,6 juta kopi dan lebih dari 12 juta kopi dalam 3 minggu di seluruh dunia. Di 28 negara, album tersebut menduduki tangga lagu di nomor satu, termasuk di Inggris dan Amerika Serikat. Pada April 2009, album ini telah terjual lebih dari 31 juta kopi dan menjadi album dekade yang paling laris di Amerika Serikat.

Harrison meninggal dunia karena kanker paru-paru pada tanggal 29 November 2001. McCartney dan Starr bersama musisi-musisi lain ikut mengadakan Concert for George yang diorganisasikan oleh Eric Clapton dan janda mendiang Harrison, Olivia. Konser diselenggarakan di Royal Albert Hall pada hari peringatan satu tahun kematian Harrison. Selain lagu yang dikomposisikan untuk The Beatles dan karier solonya, konser itu juga mengikutsertakan musik tradisional India yang disukai Harrison dan ikut mempengaruhi warna musik The Beatles. Pada tahun 2003, Let It Be... Naked, versi baru dari Let It Be yang dikerjakan McCartney. Salah satu perbedaan utamanya dengan album asli adalah penghilangan aransemen alat musik gesek asli. Album ini masuk 10 besar dalam tangga lagu di Inggris maupun Amerika Serikat.

Lagu The Beatles digunakan sebagai lagu latar Cirque du Soleil Las Vegas. George Martin dan putranya Giles meremix dan menyambungkan 130 buah rekaman The Beatles untuk menghasilkan album berjudul Love, dengan cara "menghidupkan kembali semua periode musical The Beatles dalam peridoe yang sangat singkat" ("a way of re-living the whole Beatles' musical lifespan in a very condensed period"). Pertunjukkan tersebut dibuka secara resmi pada bulan Juni 2006 dan album Love dirilis pada bulan November. McCartney dan Starr menghadiri satu tahun acara dan muncul dalam acara Larry King Live bersama Ono dan Olivia Harrison. Pada tahun 2007, dikabarkan McCartney berniat menyelesaikan Now and Then, demo ketiga Lennon yang dikerjakan dalam sesi Anthology. Karya tersebut akan dikreditkan dengan komposisi Lennon/McCartney dengan penambahan versi baru, dan juga menyertakan lagu dengan gebukan drum oleh Starr dan rekaman gitar Harrison.

Pada bulan Maret 2008, pengacara The Beatles ditunjuk untuk mencegah distribusi rekaman-rekaman pertunjukkan Starr yang tak terilis pada saat pertunjukkan pertamanya di The Star Club, Hamburg pada tahun 1962. Pada bulan November, McCartney mendiskusikan keinginannya agar Carnival of Light, sebuah rekaman eksperimental berdurasi 14 menit yang direkam The Beatles di Studio Abbey Road pada tahun 1967 dapat dirilis secara resmi. McCartney mengadakan konser amal pada tanggal 4 April 2009 di Radio City Music Hall untuk David Lynch Foundation dengan penampilan berbagai musisi, termasuk Starr. The Beatles: Rock Band, sebuah video game musik dari serial Rock Band dirilis pada tanggal 9 September 2009. Pada hari yang sama, 12 buah album asli The Beatles yang sudah dipoles, Magical Mystery Tour dan kompilasi Past Masters dirilis secara bersamaan.