Jabarkan Karya dari Mustofa Bisri

Ohoi, Kumpulan Puisi Balsem (Pustaka Firdaus, Jakarta, 1991,1994).

Tadarus, Antalogi Puisi (Prima Pustaka Yogya, 1993).

Pahlawan dan Tikus (kumpulan puisi, Pustaka Firdaus, Jakarta, 1996).

Gandrung: Sajak-sajak Cinta ( Mata Air Publishing, 2000)

Negeri Daging (Bentang Pustaka, 2002)

Rubaiyat Angin dan Rumput (PT Matra Multi Media, 2008)

Lukisan Kaligrafi (kumpulan cerpen, Kompas, 2006)

Aku Manusia : Kumpulan Puisi (MataAir Publishing, 2016)

Konvensi (kumpulan cerpen, Diva Press, 2018)

Dasar-dasar Islam (terjemahan, Penerbit Abdillah Putra Kendal, 1401 H).

Ensklopedi Ijma (terjemahan bersama KH. M.A. Sahal Mahfudh, Pustaka Firdaus, Jakarta, 1987).

Nyamuk-Nyamuk Perkasa dan Awas, Manusia (gubahan cerita anak-anak, Gaya Favorit Press Jakarta, 1979).

Kimiya-us Sa'aadah (terjemahan bahasa Jawa, Assegaf Surabaya).

Syair Asmaul Husna (bahasa Jawa, Penerbit Al-Huda Temanggung).

Mutiara-mutiara Benjol (Lembaga Studi Filsafat Islam Yogya, 1994).

Mahakiai Hasyim Asy'ari (terjemahan, Kurnia Kalam Semesta Yogya, 1996).

Metode Tasawuf Al-Ghazali (tejemahan dan komentar, Pelita Dunia Surabaya, 1996).

Saleh Ritual Saleh Sosial (Mizan, Bandung, Cetakan II, September 1995).

Pesan Islam Sehari-hari (Risalah Gusti, Surabaya, 1997).

Al-Muna (Syair Asmaul Husna, Bahasa Jawa, Yayasan Pendidikan Al-Ibriz, Rembang, 1997).

Fikih Keseharian (Yayasan Pendidikan Al-Ibriz, Rembang, bersama Penerbit Al-Miftah, Surabaya, Juli 1997).

Kado pengantin (kumpulan nasehat untuk pengantin yang ditulis tokoh kiai dan cendekiawan, 1997).

Bingkisan Pengantin (antologi puisi tokoh penyair, 2002).

Cerita-Cerita Pengantin (kumpulan cerpen yang ditulis para tokoh cerpenis, 2004)

Sebagai cerpenis, Gus Mus menerima penghargaan “Anugerah Sastra Asia”''' dari Majelis Sastra (Mastera,Malaysia, 2005).

UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta memberikan gelar Doktor Honoris Causa dalam bidang Kebudayaan Islam kepada kiai kelahiran Rembang, Jawa Tengah. Acara pemberian gelar tersebut terjadi pada hari Sabtu (30/5/2009) dan dipimpin langsung oleh Rektor UIN Sunan Kalijaga, Prof. Dr. H. Amin Abdullah.

Presiden Joko Widodo atas nama negara memberikan Tanda Kehormatan Bintang Budaya Parama Dharma kepada dedikasi Gus Mus. Acara penyematan berlangsung di Istana Negara. Jakarta, 13 Agustus 2015.