Jabarkan Perkembangan politik di Indonesia dari Republik Maluku Selatan

Penduduk Maluku Selatan mayoritas beragama Kristen, tidak seperti wilayah-wilayah lain di Indonesia yang didominasi Muslim. Republik Maluku Selatan juga didukung oleh Muslim Maluku pada masa-masa awalnya. Saat ini, meski mayoritas penganut Kristen di Maluku tidak mendukung separatisme, ingatan akan RMS dan tujuan-tujuan separatisnya masih bergaung di Indonesia. Umat Kristen Maluku, saat kekerasan sekte 1999-2002 di Maluku, dituduh memperjuangkan kemerdekaan oleh umat Islam Maluku. Tuduhan ini berhasil membakar semangat umat Islam untuk melawan dengan mendirikan Laskar Jihad. Situasi tersebut tidak diperparah oleh fakta bahwa umat Kristen Maluku di luar negeri memang memperjuangkan berdirinya RMS.

Di Maluku, Piagam Malino II ditandatangani untuk mengakhiri konflik dan menciptakan perdamaian di Maluku. Penduduk Maluku mengaku "menolak dan menentang segala jenis gerakan separatis, termasuk Republik Maluku Selatan (RMS), yang mengancam kesatuan dan kedaulatan Negara Kesatuan Republik Indonesia". Akan tetapi, saat presiden Indonesia berkunjung ke Ambon pada musim panas 2007, sejumlah simpatisan RMS melancarkan provokasi dengan menari Cakalele dan mengibarkan bendera RMS.

Sejak 1999, sebuah organisasi baru bernama Front Kedaulatan Maluku (FKM) beroperasi di Ambon, mengumpulkan senjata, dan mengibarkan bendera RMS di tempat-tempat umum. Pemimpin FKM, Alex Manuputty, mengungsi ke Amerika Serikat dan terus memperjuangkan kemerdekaan.