Jabarkan Keluarga dari John Napier

Pada tahun 1572, Napier menikahi Elizabeth yang berusia 16 tahun. Ia adalah putri James Stirling, Laird Keir dan Cadder ke-4. Mereka memiliki dua anak. Setelah Elizabeth meninggal pada tahun 1579, Napier kemudian menikah dengan Agnes Chisholm dan memiliki sepuluh anak.

Ayah mertua Napier, Sir James Chisholm dari Cromlix, adalah salah satu dari sekian banyak yang diekskomunikasi (dikucilkan) oleh partai General Assembly of the Presbyterian menyusul peristiwa konspirasi Spanish blanks plot. Napier duduk di General Assembly yang mengucilkan komplotan, dan mengajukan petisi kepada Raja James VI dan I untuk menegakkan hukuman pada komplotan. Namun petisi ini akhirnya diabaikan karena Raja percaya para menteri bertindak kejam, dan memilih untuk membuat kebijakan lebih menenangkan.

Saudara tirinya (melalui pernikahan kembali ayahnya) adalah Alexander Napier, Lord Laurieston.