Jabarkan 2000an dari Frontier Airlines

Frontier mendapatkan pesawat Airbus A319 pertamanya pada tahun 2001. Pada saat yang sama, Frontier juga meluncurkan livery baru dan layanan DirecTV yang dapat dinikmati selama penerbangan. Pada tahun 2003, Frontier juga menjadi salah satu pengguna pertama Airbus A318. Pada pertengahan bulan April 2005, Frontier resmi menjadi maskapai yang hanya menggunakan pesawat Airbus, dengan mempensiunkan seluruh pesawat Boeing miliknya.

Sebagai bagian dari rencananya untuk tetap dapat bersaing dengan Southwest Airlines yang masuk ke Denver, Frontier melakukan reorganisasi pada awal tahun 2006. Pada tanggal 3 April 2006, Frontier akhirnya mendirikan sebuah perusahaan induk bernama Frontier Airlines Holdings (FRNT) di Delaware, untuk memanfaatkan hukum pajaknya yang longgar. Walaupun begitu, kantor pusat Frontier tetap berada di Colorado.

Pasa tanggal 11 Januari 2007, Frontier Airlines resmi menandatangani perjanjian dengan Republic Airlines. Dibawah perjanjian ini, Republic akan dapat mengoperasikan 17 unit Embraer 170 berkapasitas 76 penumpang untuk menggantikan operasi Frontier JetExpress, yang telah dihentikan. Dengan sebelumnya Republic Airlines telah mengoperasikan sebelas unit pesawat untuk Frontier Airlines, enam pesawat diharapkan dapat bergabung ke Republic pada bulan Desember 2008. Dengan integrasi ini, merek 'JetExpress' pun dihapus. Pada tanggal 1 April 2007, sebuah Embraer 170 milik Republic pun terbang perdana ke Louisville, Kentucky. Bersamaaan dengan dihentikannya penerbangan Horizon Air untuk Frontier pada bulan Desember 2007, seluruh penerbangan Frontier yang dioperasikan oleh Republic pun dipasarkan sebagai "Frontier Airlines, dioperasikan oleh Republic Airlines".

Penerbangan yang dioperasikan oleh Republic Airlines juga menawarkan camilan dan minuman selama penerbangan, sama seperti di penerbangan reguler Frontier Airline. Hanya saja pesawat milik Republic ini tidak menyediakan layanan LiveTV.

Pada tanggal 24 Januari 2007, Frontier resmi disebut sebagai "maskapai besar" oleh Departemen Transportasi Amerika Serikat.

Kebangkrutan dan Akuisisi oleh Republic

Pada tanggal 10 April 2008, Frontier resmi mengajukan Kebangkrutan Bab 11 sebagai respon terhadap keinginan pemroses kartu kreditnya, First Data yang ingin menahan seluruh uang yang didapat Frontier dari penjualan tiket mulai tanggal 1 Mei 2008. Frontier, dalam sebuah konferensi pers menyatakan bahwa "Perubahan ini akan menyebabkan perubahan terhadap strategi bisnis kami, karena jika tidak segera diatasi, hal ini juga akan sangat mengekang likuiditas kami". Operasi Frontier pun tetap dapat berjalan seperti biasa, karena Kebangkrutan Bab 11 menjamin keamanan aset perusahaan dan juga memperbolehkan diadakannnya restrukturisasi, untuk dapat menjamin keberlangsungan perusahaan tersebut.

Setelah berbulan-bulan merugi, Frontier Airlines akhirnya mencatatkan keuntungan pertamanya pada bulan November 2008. Frontier Airlines berhasil mencatatkan keuntungan sebesar $2,9 juta di bulan tersebut.

Pada tanggal 22 Juni 2009, Frontier Airlines mengumumkan bahwa Republic Airways Holdings, induk usaha dari Republic Airlines, akan mengakuisisi seluruh aset Frontier Airlines dengan harga $108 juta, sehingga Frontier Airlines akan tetap beroperasi di bawah naungan mereka. Tetapi, pada tanggal 30 Juli 2009, Southwest Airlines juga mengumumkan bahwa mereka berniat untuk membeli seluruh aset Frontier dengan harga $113,6 juta, sehingga Frontier dapat beroperasi di bawah naungan mereka hingga batas waktu tertentu.

Pada tanggal 13 Agustus 2009, Republic Airways Holdings akhirnya resmi mengakuisisi Frontier Airlines, dan divisi penerbangan regionalnya, Lynx Aviation. Sehingga kedua maskapai ini dapat beroperasi di bawah naungan Republic. Republic menyelesaikan akuisisi ini pada tanggal 1 Oktober 2009, dan Frontier pun resmi keluar dari kebangkrutan sebagai maskapai baru.

Pada akhir tahun 2009, Republic pun mulai mengonsolidasikan jabatan administratif di Frontier, dan juga memindahkan 140 orang dari kantor pusat Frontier Airlines di Denver ke kantor pusat Republic di Indianapolis. Pada bulan Januari 2010, Republic Airways mengumumkan bahwa mereka akan memindahkan seluruh petingginya ke Indianapolis. Pada bulan Februari 2010, Denver Business Journal menyatakan bahwa kantor pusat Frontier juga akan segera dipindahkan. Walaupun begitu, menurut Denver Business Journal, Frontier Airlines akan tetap membuka kantor lamanya di Denver sebagai kantor cabang, untuk dapat menaungi pegawainya hingga minimal tahun 2020.