Jabarkan Era Reformasi (1998–sekarang) dari Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia

Setelah berjaya memenangkan enam kali Pemilu, Orde Baru pada akhirnya sampai pada akhir perjalanannya. Pada tahun 1998, Indonesia diterpa krisis politik dan ekonomi. Demonstrasi besar-besaran pada tahun tersebut berhasil memaksa Presiden Soeharto meletakkan jabatannya. Kabinet pertama pada era reformasi adalah kabinet hasil Pemilu 1999 yang dipimpin Presiden Abdurrahman Wahid. Pada masa ini, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan diubah menjadi Departemen Pendidikan Nasional dengan menunjuk Dr. Yahya Muhaimin sebagai Menteri Pendidikan Nasional. Pada tahun 2001, MPR menurunkan Presiden Abdurrahman Wahid dalam sidang istimewa MPR dan mengangkat Megawati Soekarnoputri sebagai presiden. Di era pemerintahan Presiden Megawati, Mendiknas dijabat Prof. Drs. A. Malik Fadjar, M.Sc.

Masa Pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono

Pada pemilihan Umum 2004 dan 2009, rakyat Indonesia memilih presiden secara langsung. Pada dua pemilu tersebut, Susilo Bambang Yudhoyono berhasil terpilih menjadi presiden. Selama kepemimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, jabatan Mendiknas secara berturut-turut dijabat oleh Prof. Dr. Bambang Sudibyo, MBA. dan Prof. Dr. Ir. Mohamad Nuh. Pada tahun 2011 istilah departemen diganti menjadi kementerian dan pada tahun 2012 bidang pendidikan dan kebudayaan disatukan kembali menjadi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Kebijakan pendidikan pada era reformasi antara lain perubahan IKIP menjadi universitas, reformasi undang-undang pendidikan dengan lahirnya Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003, Ujian Nasional (UN), sertifikasi guru dan dosen, Bantuan Operasional Sekolah (BOS), pendidikan karakter, dan lain-lain.

Masa Pemerintahan Presiden Joko Widodo

Pada Kabinet Kerja (2014–2019), kementerian ini dirombak dengan mengeluarkan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi ke dalam Kementerian Riset dan Teknologi yang berubah namanya menjadi Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi. Sementara itu, direktorat jenderal lainnya (Ditjen Pendidikan Anak Usia Dini, Nonformal, dan Informal; Ditjen Pendidikan Dasar; Ditjen Pendidikan Menengah; dan Ditjen Kebudayaan) tetap berada di Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Saat pembentukan Kabinet Indonesia Maju (23 Oktober 2019), Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi kembali dimasukkan dalam struktur Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.

Pada tahun 2021, saat perombakan kedua Kabinet Indonesia Maju, Kementerian Riset dan Teknologi digabungkan ke Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan menjadi Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi  (Kemendikbud-Ristek). Kementerian ini dipimpin oleh Nadiem Makarim yang dilantik oleh Presiden Joko Widodo pada 28 April 2021.