Jabarkan Komandan ABRI dari M. Jusuf

Pada bulan April tahun 1978, Jusuf diangkat ke posisi Panglima ABRI saat bersamaan mengambil posisi Menteri Pertahanan dan Keamanan.

Sebagai Komandan, Jusuf ditugaskan oleh Suharto untuk memulai proses mengintegrasikan (Memanunggalkan) ABRI dengan rakyat. Jusuf nanti akan mengatakan bahwa ia tidak yakin apa urutan ini berarti, tetapi mengambil hal itu berarti bahwa ia membuat ABRI netral dalam politik, bukan menggunakan Golkar samping. Dalam hal ini ia berhasil seperti dalam Pemilu Legislatif 1982, Golkar tidak mendapatkan dukungan aktif dari ABRI yang dinikmati di dua sebelumnya Pemilu Legislatif yang berkompetisi masuk

Jusuf juga bertanggung jawab atas ABRI Memasuki Desa (ABRI Masuk Desa). Dalam program ini, ABRI dikirim ke daerah pedesaan untuk membantu dengan pembangunan infrastruktur.

Selama masa jabatannya sebagai Panglima ABRI, Jusuf mengembangkan reputasi sebagai Jenderal yang memperhatikan kesejahteraan anak buahnya. Ia secara rutin berkeliling daerah untuk mengunjungi tentara dan menanyakan tentang keluarga dan kondisi mereka. Hal ini membuatnya sangat populer di jajaran ABRI dengan mengorbankan hubungannya dengan Soeharto, yang mulai melihat Jusuf sebagai ancaman.

Pada tahun 1982, sebuah pertemuan para pejabat tinggi diadakan dan dihadiri oleh Soeharto, Jusuf, dan Amirmachmud yang saat itu menjabat sebagai Menteri Dalam Negeri. Dalam pertemuan tersebut, Amirmachmud mengomentari popularitas Jusuf dan memintanya untuk menjelaskan dirinya kepada Soeharto. Merasakan tuduhan tersebut, Jusuf kehilangan kesabaran dan berjanji kepada Soeharto bahwa dia tidak pernah punya ambisi untuk kekuasaan dalam melakukan tugasnya. Kecurigaan Soeharto tampaknya telah menyakiti Jusuf dan sehingga dia tidak pernah menghadiri pertemuan Kabinet sampai ia diberhentikan dari posisinya di April 1983.