Jabarkan Reformasi 1998 dari Nurcholish Madjid

Namun, ia juga berjasa ketika bangsa Indonesia mengalami krisis kepemimpinan pada tahun 1998. Cak Nur sering diminta nasihat oleh Presiden Soeharto terutama dalam mengatasi gejolak pasca kerusuhan Mei 1998 di Jakarta setelah Indonesia dilanda krisis hebat yang merupakan imbas krisis 1997. Atas saran Cak Nur, Presiden Soeharto mengundurkan diri dari jabatannya untuk menghindari gejolak politik yang lebih parah. Ia juga menjadi salah satu pendiri Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan, sebuah lembaga swadaya masyarakat yang berusaha mewujudkan tata pemerintahan yang baik di Indonesia secara berkelanjutan.