Jabarkan Pengangkatan sebagai Gubernur-Jenderal dari Jan Pieterszoon Coen

Kejadian tersebut, membuat karier J. P. Coen relatif melaju dengan cepat. Pada usia 31 tahun, tepatnya tanggal 18 April 1618, ia diangkat menjadi Gubernur Jenderal. Akan tetapi baru pada 21 Mei 1619 ia resmi memangku jabatan tersebut dari Gubernur Jenderal sebelumnya, Laurens Reael. Setelah menjadi Gubernur Jenderal, ia tidak tahan terhadap perlakuan orang Banten dan orang Inggris kepadanya di sana, maka ia pun memindahkan kantor Kompeni ke pelabuhan Sunda Kelapa di Jayakarta, di mana ia mulai membangun angkatan pertahanan sendiri untuk VOC. Pada tanggal 30 Mei 1619 akhirnya Coen menaklukkan Jayakarta dan namanya diubah menjadi Batavia (Batavieren).

Awalnya ia mau mengubah nama kota ini menjadi Nieuw Hoorn seperti kota kelahirannya, tetapi usul itu ditolak pimpinan VOC di Belanda. Nama Batavia diberikan untuk menghormati Suku Batavi yang dianggap sebagai leluhur bangsa Belanda dan digunakan sampai tahun 1942. Penduduk Batavia memberi julukan Mur Jangkung pada J. P. Coen, tetapi tidak jelas apa yang menyebabkan ia diberi julukan tersebut. Secara fisik, ia memang bertubuh kurus dengan tinggi di atas rata-rata. Pendapat lain menyebutkan bahwa julukan tersebut berasal dari karya sastra jawa pra-kolonial berjudul Moer Djang Koeng di mana orang pribumi melafalkannya sebagai Mur Jangkung.

Beberapa persoalan yang harus dihadapi oleh J. P. Coen pasca resmi menjabat sebagai Gubernur Jenderal diantaranya yaitu protes keras Maluku yang monopoli VOC, menaiknya harga lada di Banten akibat ulah Inggris dan Cina, perlawanan dari laskar pendukung Mataram Islam, dan konflik dengan Kesultanan Banten di Jayakarta yang melibatkan Inggris.

Sementara itu orang-orang Inggris tidak diam, mereka marah atas perlakuan orang Belanda terhadap orang Inggris di Maluku. Sebagai dendam mereka merebut sebuah kapal Belanda De Swarte Leeuw yang berisi penuh dengan muatan. Maka setelah itu pertempuran antara kedua kubu pun dimulai. J. P. Coen sebagai pemimpin Belanda, bisa memenangkan pertempuran melawan orang Inggris. Setelah menang melawan Inggris, ia merusak Jayakarta dan membangun benteng Belanda di kota itu. Di atas puing-puing kota Jayakarta ia membangun kota baru yang dinamakannya menjadi Batavia.