Jabarkan Kostrad dari Leonardus Benyamin Moerdani

Langkah Moerdani dari RPKAD ke Kostrad adalah hal yang tiba-tiba dan belum ada posisi yang disiapkan untuknya. Posisi pertamanya adalah sebagai seorang perwira Operasi dan Biro Pelatihan. Peruntungannya berubah ketika Letnan Kolonel Ali Moertopo mengetahui bahwa ia adalah bagian dari Kostrad. Setelah berkenalan dengan Moerdani selama operasi di Irian Barat, Ali mengakui potensi Moerdani dan ingin lebih mengembangkan hal itu. Kebetulan, Ali pada saat itu adalah Asisten Intelijen Komando Tempur 1, salah satu unit Kostrad yang ditempatkan di Sumatra dalam persiapan untuk menginvasi Malaysia. Ali merekrut Moerdani menjadi Wakil Asisten Intelijen dan memberinya pengalaman pertama kerja intelijen.

Selain menjadi Wakil Asisten Intelijen, Moerdani juga menjadi bagian dari tim intelijen Operasi Khusus (Opsus). Tugasnya adalah untuk mengumpulkan informasi intelijen di Malaysia dari Bangkok ia menyamar menjadi penjual tiket Garuda Indonesia.

Setelah Gerakan 30 September hancur pada 1 Oktober 1965 oleh Pangkostrad Mayjen Soeharto, kegiatan Moerdani diintensifkan. Dia bergabung dengan Ali dan bersama-sama mereka mulai bekerja meletakkan dasar untuk mengakhiri Konfrontasi tersebut. Upaya mereka memuncak pada tanggal 11 Agustus 1966 ketika Pemerintah Indonesia dan Malaysia menandatangani kesepakatan untuk menormalkan hubungan antara kedua negara.