Jabarkan 1990–1991: Scuderia Ferrari dari Alain Prost

Alain Prost masuk menggantikan Gerhard Berger di Ferrari dan bermitra dengan pembalap Inggris Nigel Mansell untuk tahun 1990. Sebagai juara dunia bertahan, Prost mengambil alih posisi sebagai pemimpin tim dan ia saat itu mengaku sudah lebih relaks dan rendah diri dibandingkan Mansell. Mansell sendiri sempat teringat satu peristiwa di Grand Prix Inggris 1990, ketika ia menyetir mobil yang tidak sama seperti biasanya. Mekanik mobil Prost kemudian melihat hal itu dan berprasangka bahwa Mansell memiliki mobil lebih bagus ketimbang Prost. Prost yang tidak tahu hal ini secara ajaib berhasil memenangkan lima balapan untuk Ferrari tahun itu, di Brasil, Meksiko, Prancis, Inggris dan Spanyol. Prestasi paling mengagumkan adalah di Grand Prix Meksiko, di mana ia menang setelah memulai start dari posisi 13. Dalam kedua balapan yaitu di Meksiko dan Spanyol, ia memimpin Mansell dan Ferrari di posisi 1-2 sampai lomba selesai. Prestasi Prost yang bagus kembali mengantarkannya masuk ke dalam kandidat juara dunia. Tapi kembali lagi kisah GP Jepang 1989 terulang, dan Prost kembali lagi bertabrakan dengan Senna di Jepang, kali ini di tikungan pertama selepas start. Prost hanya berada di posisi kedua klasemen pembalap dengan selisih tujuh poin dari Senna dan Ferrari berada di P2 klasemen akhir konstuktor di belakang McLaren.

Pada tahun 1991, Mansell meninggalkan tim Scuderia, karena hubungan yang tidak stabil dengan Prost, dan ia bergabung kembali ke tim lamanya, Williams. Pengganti Mansell adalah pembalap Prancis lainnya, Jean Alesi, yang telah memukau seisi grid F1 selama dua tahun sebelumnya di tim Tyrrell. Ferrari tampak memasuki masa penurunan, sebagian di antara masalah mereka adalah karena mesin V12 tidak lagi kompetitif terhadap mesin yang lebih kecil, yaitu versi V10 yang terkenal akan efisiensi bahan bakar dan juga berat yang lebih ringan. Sasis Ferrari, meskipun telah berulang kali di revisi besar-besaran sejak GP Prancis masih juga tidak mampu selevel dengan McLaren dan Williams. Prost tidak satupun memenangkan lomba di 1991, dan ia hanya mendapatkan posisi podium lima kali. Ia melampiaskannya kekesalannya pada tim Italia dan kemudian emosi Prost ini pun dibalas balik oleh kritikan dari publik Italia dan Prost malah berbicara lantang dengan mengatakan bahwa mobil Ferrari-nya tidak lebih baik daripada truk. Sebagai akibatnya, ia lantas dipecat secara tidak hormat sebelum akhir musim, tepat sebelum Grand Prix Australia. Posisi Alain Prost kemudian digantikan oleh Gianni Morbidelli untuk balapan akhir musim 1991, dan oleh Ivan Capelli untuk musim berikutnya. Meski dipecat, Ferrari tetap membayar gaji sesuai kontrak yang masih berjalan untuk Prost.

1993: Williams F1 (akhir karier)

Gagal mendapat tim dengan performa kompetitif, Prost memutuskan untuk cuti sementara di musim 1992, yang didominasi oleh Nigel Mansell di Williams-Renault. Setelah mendengar bahwa Prost akan kembali pada tahun 1993, Mansell meninggalkan Williams untuk membalap di seri CART. Prost dengan klausul kontraknya yang semakin rumit, meminta agar Williams tidak menarik pembalap sekaliber seperti Ayrton Senna pada tahun yang sama. Akhirnya sebagai mitra dipilihlah Damon Hill untuk menemani Prost di 1993. Pembalap sebelumnya, Riccardo Patrese memilih hengkang ke Benetton karena muak mendengar permintaan Prost tersebut meskipun Patrese sebetulnya masih memiliki peluang untuk bertahan di tim.

Di musim terakhirnya di F1 ini, Alain Prost akhirnya berhasil memenangi gelar juara dunianya yang keempat kali, sekaligus yang terakhir, setelah membalap tanpa persaingan berarti dari Ayrton Senna dengan mobil McLaren-Ford yang buruk. Damon Hill sempat beberapa kali merepotkan Prost, tetapi atas persetujuan tim, ia dilarang untuk mengalahkan seniornya tersebut. Di akhir musim di GP Portugal, Prost mengumumkan bahwa ia tidak akan menetap bersama Williams untuk 1994, dan Senna diumumkan sebagai penggantinya untuk musim 1994. Prost sendiri memutuskan untuk pensiun sebagai pembalap F1. Di balapan terakhir di Adelaide, Prost memeluk mantan rekan setimnya Ayrton Senna, dan meminta maaf apabila selama mereka bersaing dulu ada tindakkan dari Prost yang tidak berkenan di hati Senna. Prost sendiri kemudian dianugerahi gelar OBE dari Ratu Elizabeth II pada akhir tahun 1993. Rekor mengagumkan Prost adalah 51 kemenangan balapan (Michael Schumacher memecahkan rekor Prost tersebut di musim 2001). Selain itu, Sang Professor juga masih memegang rekor sebagai pembalap terbanyak yang melakukan start dengan mesin turbo (126 kali), dan menjadi pemenang paling banyak di GP Prancis untuk kategori pembalap tuan rumah. Sampai saat ini pun hanya Alain Prost-lah satu-satunya pembalap Prancis yang memenangi balapan di kandang sendiri.