Jabarkan Proyek Lain dari Amy Lee

Pada tahun 2000, Lee menyanyikan 2 lagu dari mantan pemain keyboard Evanescence, David Hodges, Breathe dan yang belum pernah dirilis, Fall Into You. Dia tampil vokal cadangan untuk "Missing You", sebuah lagu dari Big Dismal debut album, Believe pada 2003, dan menyanyikan vokal cadangan pada dua lagu dengan 'supergrup' The Damning Well, meskipun vokalnya di potong dari rilis akhir karena masalah label rekaman. Lee kemudian melakukan duet dengan mantan kekasihnya Shaun Morgan di lagu "Broken" untuk album Seether, Disclaimer II. Lagu ini juga sebagai bagian dari soundtrack untuk film 2004 The Punisher. Pada tahun 2004, Lee mengaku menulis lagu untuk The Chronicles of Narnia: The Lion, The Witch, and The Wardrobe, ditolak oleh studio karena "terlalu gelap." Namun, produsen Narnia menyatakan bahwa Lee tidak pernah diminta untuk menulis apapun untuk film, dan musik itu ditulis oleh Harry Gregson-Williams, mengatakan "Tidak ada musik Evanescence direncanakan untuk soundtrack." Sementara ada beberapa spekulasi bahwa salah satu lagu telah dipotong dan digunakan dalam beberapa lagu dari The Open Door, Lee menyatakan ini tidak benar kecuali untuk bagian dari itu digunakan untuk segue ke dalam lagu terakhir dari album, "Good Enough" .

Lee menjadi ketua Out of the Shadows Amerika pada tahun 2006. Organisasi ini merupakan fondasi internasional dengan tujuan memberikan pendidikan tentang epilepsi. Adik Lee, Robby, sebelumnya didiagnosis dengan kondisi ini. Penyanyi ini juga membuat penampilan singkat dalam video musik untuk Johnny Cash "God's Gonna Cut You Down" pada akhir tahun 2006. Karena setiap selebriti yang ditampilkan diizinkan untuk memilih apa yang mereka akan lakukan untuk video, Lee memilih untuk tampil meletakkan bunga di kuburan. Adegan nya direkam di Gereja Trinity di Manhattan, di mana ia mengenakan mantel beludru hitam yang sebelumnya milik Tim Burton.

Pada bulan Februari 2007, MTV merilis MTV Unplugged: Korn untuk televisi dan radio, di mana Lee adalah tampil selama lagu " A Freak on Leash". Lagu ini juga dirilis sebagai single pertama dari album.Pada bulan November 2007, VH1 memproduksi mockumentary dalam Behind the Music, berjudul Rock Band Cometh: The Rock Band Band Story, untuk mempromosikan video game Rock Band. Lee adalah salah satu yang berakting cemerlang.

Pada bulan Juni 2008, Asosiasi Penerbit Musik Nasional ' memberi penghargaan Lee dengan Songwriter Icon Award pada 2008 yang "mengakui penulis lagu yang luar biasa untuk prestasi pribadi mereka". [41]

September 2008, Walt Disney Records merilis Nightmare Revisited, Lee menyanyikan remake dari "Sally's Song". Album ini berisi materi baru dan sampul lagu dari soundtrack Nightmare Before Christmas. Lee melakukan tafsiran langsung dari "Sally Song" selama October 17 Nightmare Before Christmas rilis ulang perdana di Hollywood, dan 13 Oktober tampil di acara The Tonight Show with Jay Leno. pada tahun 2011, Lee meng-cover "Halfway Down The Stairs" untuk Muppets: Green Album dan pada tahun 2012 meng-cover "I'm So Lonesome I Could Cry" untuk tribut album "We Walk The Line: A Celebration of the Music of Johnny Cash."

Pada 2013, Lee menyanyi bersama musisi Paula Cole untuk lagu "Find A Way" pada acara Benefit Concert.