Saya mau tau Pada budaya populer dari Stasiun Yogyakarta

Lagu "Sepasang Mata Bola" karya Ismail Marzuki mengilustrasikan suasana senja hari menjelang malam saat tiba di Stasiun Tugu.

Stasiun ini merupakan salah satu lokasi syuting film Kereta Api Terakhir (adegan awal dan terakhir), Daun di Atas Bantal (latar tempat utama), dan Janur Kuning (saat terjadi penyerangan di Hotel Toegoe).

Stasiun ini dijadikan salah satu lokasi pengambilan video musik oleh grup musik rock Yogyakarta, Sheila on 7, dalam lagu yang berjudul "Tunggu Aku di Jakarta" pada tahun 2000 dan penyanyi asal Yogyakarta yang merupakan pemenang kedua (runner up) Indonesian Idol 2010, Citra Scholastika, dalam lagunya yang berjudul "Pasti Bisa" pada tahun 2012.

Stasiun ini menjadi sumber inspirasi bagi Dimas Tedjo "Blangkon" dalam menciptakan lagu campursari yang berjudul "Stasiun Tugu".

Stasiun Yogyakarta juga disebutkan dalam buku Kisah Tanah Jawa yang ditulis oleh tim content creator misteri, Kisah Tanah Jawa.