Jabarkan Wafat dari Fransiskus Xaverius

Pada tanggal 21 November, ia pingsan seusai merayakan Misa. Ia meninggal dunia di pulau itu pada tanggal 2 Desember 1552, pada umur 46 tahun, tanpa pernah menginjakkan kakinya di daratan utama Tiongkok.

Awalnya ia dimakamkan di sebuah pantai di Shangchuan. Jenazahnya yang masih utuh dipindahkan dari pulau itu pada bulan Februari 1553 dan disemayamkan sementara waktu di gedung gereja Santo Paulus di Malaka pada tanggal 22 Maret 1553. Sebuah makam terbuka dalam gereja itu saat ini menandai tempat jenazah Xaverius pernah disemayamkan. Pereira tiba dari Goa pada tanggal 15 April 1553, dan tak lama kemudian ia memindahkan jenazah Xaverius ke rumahnya.

Pada tanggal 11 Desember 1553, jenazah Xaverius kembali dibawa berlayar, diangkut dengan sebuah sampan berhias. Peti jenazah ditempatkan dalam sebuah kabin dikelilingi tirai sutera di tengah-tengah lilin-lilin bernyala dan wewangian yang dibakar, diiringi lambaian perpisahan dari seisi bandar Malaka. Ketika melewati selat antara Pulau Penang dan pantai, sampan itu sempat kandas pada gugus pasir namun tiba-tiba bertiup angin kencang yang mendorongnya kembali ke perairan dalam. Setelah singgah sebentar di Sailan, kemudian Cochin, akhirnya jenazah Xaverius tiba di Goa pada tanggal 15 Maret 1554.

Keesokan harinya seluruh masyarakat mengiringi pengantaran jenazah orang kudus itu ke katedral. Peti jenazah dibuka dan setelah 16 bulan isinya masih saja segar. Selama tiga hari dan tiga malam berikutnya masyarakat diijinkan memberikan penghormatan terakhir. Ribuan pria dan wanita menciumi kaki jenazah Xaverius dan banyak mujizat dilaporkan terjadi. Jenazah yang tidak membusuk itu kini disemayamkan di Basilika Bom Jésus  di Goa, dalam sebuah peti perak pada tanggal 2 Desember 1637. Peti perak itu diturunkan untuk dilihat oleh umum hanya dalam penyelenggaraan pameran umum  yang berlangsung selama 6 minggu, tiap 10 tahun sekali, terakhir kali diselenggarakan pada tahun 2004. Ada silang pendapat mengenai bagaimana jenazah Xaverius tetap utuh sedemikian lama. Beberapa orang berpendapat bahwa jenazahnya telah dimumikan, sementara yang lain menganggapnya sebagai suatu Mujizat.

Lengan depan (siku hingga pergelangan) sebelah kanan, yang digunakan Xaverius untuk memberkati dan membaptis orang, dipisahkan oleh Prefektur Jenderal Serikat Yesus Claudio Acquaviva pada tahun 1614 dan kini dipamerkan dalam sebuah relikuarium (Tempat penyimpanan Relikui) perak dalam gereja Il Gesù, gereja utama Yesuit di Roma.