Coba jelasin untuk memperbaharui gereja; dari Konsili Vatikan II dong

untuk mengembalikan kesatuan di antara kaum Kristiani, termasuk meminta maaf akan kontribusi Gereja Katolik pada masa lampau terhadap perpecahan itu; serta

untuk memulai dialog dengan dunia modern.

Selama masa Sidang ini, para uskup menyetujui konstitusi tentang liturgi suci (Sacrosanctum Concilium) dan dekret tentang upaya-upaya komunikasi sosial (Inter Mirifica). Sidang dilanjutkan dengan skema mengenai Gereja, Uskup dan Keuskupan, serta Oikumenisme. Pada 8 November 1963, Joseph Kardinal Frings mengkritik Kongregasi Doktrin Iman (sebelum 1908 dikenal sebagai Holy Roman and Universal Inquisition), dan dengan segera dibalas oleh pembelaan diri yang berapi-api dari Sekretaris badan tersebut, Alfredo Kardinal Ottaviani. Silang pendapat ini dianggap sebagai kejadian paling dramatis selama Konsili. (Sebagai catatan, penasihat teologi Kardinal Frings adalah Joseph Ratzinger muda, sekarang Paus Benediktus XVI, yang kemudian menjadi Kardinal yang mengepalai Kongregasi tersebut di Tahta Suci). Sidang Kedua berakhir pada 4 Desember 1963.

Sidang Ketiga (Musim Gugur 1964)

Di antara periode Sidang Kedua dan Ketiga, proposal Skema direvisi kembali berdasarkan komentar-komentar dari para Bapa Konsili. Sejumlah topik dikurangi menjadi usulan pernyataan fundamental untuk disetujui dalam Sidang Ketiga, dengan Komisi Paskakonsili yang akan menangani implementasi peraturan-peraturan tersebut. Delapan pengamat religius wanita dan tujuh wanita awam diundang dalam Sidang Ketiga, bersama-sama dengan undangan tambahan pria awam.

Selama Sidang yang dimulai pada 14 September 1964 ini, para Bapa Konsili mengerjakan sejumlah besar proposal. Skema mengenai Oikumenisma (Unitatis Redintegratio), gereja-gereja Katolik Ritus Timur (Orientalium Ecclesiarum), serta konstitusi tentang Gereja (Lumen Gentium) disetujui dan diumumkan secara resmi oleh Paus.

Sebuah votum atau pernyataan mengenai sakramen pernikahan dimunculkan sebagai pedoman bagi komisi untuk merevisi Hukum Kanonik tentang isu-isu beragam akan yurisdiksi, seremonial, dan pastoral. Para uskup mengusulkan skema ini dan meminta persetujuan yang cepat, namun tidak segera diputuskan oleh Paus pada Konsili tersebut. Paus Paulus memerintahkan para Uskup untuk menunda topik kontrasepsi artifisial (keluarga berencana) yang akan dibahas sebuah komisi ahli kepastoran dan awam yang telah ditunjuknya.

Skema mengenai tugas dan pelayanan para pastor serta tugas misi Gereja ditolak dan dikembalikan kepada komisi-komisi untuk ditulis ulang sama sekali. Pekerjaan dilanjutkan untuk sisa Skema lainnya, terutama sekali untuk masalah Gereja di dunia masa kini dan kebebasan beragama. Terjadi kontroversi mengenai revisi dekret kebebasan beragama dan mengakibatkan kegagalan pengambilan suara akan dekret ini pada Sidang Ketiga. Paus Paulus menjanjikan untuk segera meninjau skema ini pada masa Sidang berikutnya.

Paus Paulus menutup Sidang Ketiga pada 21 November dengan mengumumkan perubahan tata cara Ekaristi dan secara resmi mengumumkan Maria sebagai "Bunda Gereja" seperti yang telah sering diajarkan.

Sidang Keempat (Musim Gugur 1965)

Sebelas Skema masih belum selesai pada akhir Sidang Ketiga dan komisi-komisi bekerja untuk melakukan finalisasi. Skema 13, mengenai Gereja di Dunia Modern (Gereja di Dunia Dewasa Ini) direvisi oleh sebuah komisi yang dengan dibantu oleh orang-orang awam.

Paus Paulus membuka Sidang terakhir ini pada 14 September 1965 dengan mendirikan sebuah Konferensi Para Uskup. Struktur yang lebih permanen ini ditujukan untuk mempertahankan kerja sama yang erat antara para uskup dengan Paus setelah Konsili berakhir.

Urusan pertama dalam Sidang Keempat adalah pertimbangan mengenai dekret kebebasan beragama, merupakan yang paling kontroversial di antara semua dokumen konsili. Hasil pemungutan suara dalah 1.997 yang menyetujui dan 224 menolak (selisihnya kemudian semakin melebar ketika para uskup menyetujui dekret kebebasan beragama Dignitatis Humanae tersebut). Pekerjaan utama selama sisa periode Sidang adalah untuk 3 dokumen, yang seluruhnya disetujui oleh para Bapa Konsili. Dokumen Konstitusi Gereja di Dunia Dewasa Ini (Gaudium et Spes) dengan revisi-revisi pastoral dan menghasilkan dokumen lebih meluas, diikuti oleh Dekret tentang Kegiatan Misioner Gereja (Ad Gentes) dan Dekret tentang Pelayanan dan Kehidupan para Imam (Presbyterorum Ordinis).

Konsili juga menyetujui dokumen-dokumen lainnya yang telah dibicarakan dalam Sidang-Sidang sebelumnya; termasuk Dekret tentang Tugas Pastoral para Uskup dalam Gereja (Christus Dominus), Dekret tentang Pembaharuan dan Penyesuaian Hidup Religius (Perfectae Caritatis), Dekret tentang Pembinaan Imam (Optatam Totius), Pernyataan Pendidikan Kristen (Gravissimum Educationis), serta Dekret Kerasulan Awam (Apostolicam Actuositatem).

Salah satu dokumen yang paling kontroversial adalah Nostra Ætate, yang menegaskan kembali dokumen Konsili Trente abad keenambelas, bahwa para Yahupada masa Kristus (tanpa pandang bulu) dan para Yahupada masa kini tidak memikul tanggung jawab akan pembunuhan Kristus lebih besar daripada kaum Kristen (lihat Catechism of the Council of Trent, Article IV).

Petikan terkenal dari Nostra Ætate :

"Meskipun para pemuka bangsa Yahudi pada masa itu beserta para penganut mereka mendesakkan kematian Kristus, namun penderitaanNya tidak dapat begitu saja dibebankan sebagai kesalahan semua orang Yahudi pada masa itu tanpa pandang bulu, maupun orang Yahudi zaman sekarang.

Sekalipun Gereja adalah umat Allah yang baru, namun jangan sekali-kali menyimpulkan bahwa Kitab Suci menggambarkan bahwa orang Yahudi itu dibuang atau dikutuk oleh Allah.

Gereja mendorong agar semua berusaha supaya dalam berkatakese dan mewartakan Sabda Allah jangan mengajarkan apa pun yang tidak selaras dengan kebenaran Injil dan semangat Kristus.

Selain itu, Gereja juga menolak setiap penganiayaan terhadap siapapun juga. Gereja mengingat pusaka warisannya bersama-sama dengan bangsa Yahudi, dan tergerak bukan oleh alasan-alasan politik melainkan tergerak oleh cinta kasih Injil, Gereja menyatakan menentang segala kebencian, penganiayaan, sikap anti-Semit, yang dilakukan terhadap bangsa Yahudi, kapan pun dan oleh siapa pun."

Lebih lanjut mengenai topik ini dapat ditemukan di artikel Rekonsiliasi Kristen-Yahudi.

Peristiwa penting pada hari-hari terakhir Konsili adalah tindakan Paus Paulus dan Patriark Athenagoras dari Ortodoks yang mengekspresikan penyesalan akan hal-hal yang telah lalu yang menyebabkan Skisma Besar gereja barat-timur. Deklarasi ini dikenal sebagai Pernyataan Bersama Katolik-Ortodoks 1965.

Pada 8 Desember, Konsili Vatikan Kedua secara resmi ditutup, dengan para uskup menyatakan ketaatan mereka terhadap segala dekret Konsili. Untuk memperlancar pelaksanaan hasil karya Konsili, Paus Paulus:

telah membentuk sebelumnya Komisi Kepausan untuk Media Komunikasi Sosial, yang akan membantu para uskup dan penggunaan pastoral akan media-media ini;

mendeklarasikan hari peringatan selama 1 Januari hingga 26 Mei 1966 untuk mendorong kaum Katolik mempelajari dan menerima keputusan-keputusan konsili dan mempergunakannya sebagai pembaharuan spiritual mereka;

mengubah pada 1965 nama dan prosedur untuk Holy Office, menggantinya dengan nama Kongregasi Doktrin Iman (CDF), dan nama-nama dan wewenang dari departemen lainnya pada Kuria Romawi.

membuat permanen lembaga sekretariat Promotion of Christian Unity bagi agama non-Kristen dan bagi mereka yang belum percaya.