Jabarkan Karier internasional dari Javier Zanetti

Zanetti debutnya untuk Argentina pada 16 November 1994 melawan Chili di bawah pelatih Daniel Passarella. Dia telah mewakili negaranya pada Piala Dunia tahun 1998 dan 2002. Dia juga bagian dari tim yang memenangkan medali perak di Olimpiade 1996 Atlanta, Amerika Serikat.

Pada Piala Dunia 1998, ia menyelesaikan dengan baik menjadi gol, umpan dari sebuah tendangan bebas Juan Sebastián Verón di babak 16 pertandingan melawan Inggris membuat skor 2–2. Argentina kemudian memenangkan adu penalti 4–3 tetapi kalah 1–2 dalam pertandingan perempat final melawan Belanda.

Zanetti bermain untuk tim nasional Argentina di bawah asuhan Marcelo Bielsa di Piala Dunia 2002. Namun, mereka tersingkir di babak penyisihan grup, meskipun memenangkan laga pembuka.

Zanetti merayakan cap ke-100 dengan membantu Argentina memenangkan semifinal Piala Konfederasi FIFA 2005 atas Meksiko pada 26 Juni 2005, di mana ia menjadi pemain terbaik pada pertandingan tersebut. Pada partai Final, Argentina kalah atas .

Setelah menjadi bagian dari tim selama putaran kualifikasi, Zanetti tidak dipanggil untuk Piala Dunia FIFA 2006 oleh pelatih José Pekerman yang menjadi sebuah keputusan kontroversial bagi pendukung dan media.

Dengan pelatih baru Alfio Basile, Zanetti dipanggil untuk pertandingan persahabatan melawan Prancis pada tanggal 7 Februari 2007. Ia bermain cemerlang dan membantu Javier Saviola mencetak satu-satunya gol yang juga memberi kemenangan pertama Argentina di bawah manajemen Basile. Pada tahun yang sama, Zanetti adalah wakil kapten dari skuat Argentina pada Copa América 2007, setelah sebelumnya ikut di turnamen tahun 1995, 1999 dan 2004.

Pada April 2007, Zanetti dianugrahi dengan penghargaan nasional Giuseppe Prisco. Sejak pensiunnya Roberto Ayala, Zanetti diberi ban kapten. Pada pertandingan kualifikasi Piala Dunia melawan Bolivia pada tanggal 17 November 2007, ia menjadi pemain paling banyak bermain menggunakan kostum timnas Argentina.

Zanetti menjadi pemain reguler di bawah pelatih baru Diego Maradona, meskipun gelandang bertahan Javier Mascherano mengambil alih peran kapten atas permintaan Maradona. Meskipun Inter Milan berhasil menjuarai Liga Champions 2010, Maradona tidak memanggil Zanetti dan rekan satu timnya Esteban Cambiasso untuk skuat Argentina pada Piala Dunia FIFA 2010, langkah ini sangat dikecam oleh para pengamat sepak bola tidak hanya dari Amerika Selatan tetapi juga Eropa. Tapi sebaliknya, secara mengejutkan Ariel Garcé dipanggil, setelah hanya bermain di dua kali pertandingan dalam lima tahun terakhir, tetapi akhirnya Garcé tidak bermain satu menit pun dalam Piala Dunia.

Pada tanggal 20 Agustus 2010, pelatih baru Argentina Sergio Batista memanggil kembali Javier Zanetti untuk pertandingan persahabatan melawan  yang dimainkan pada Selasa 7 September 2010 di Stadion Monumental kandang River Plate bersama legenda Gabriel Batistuta yang diberikan sebagai pertandingan penghargaan oleh Asosiasi Sepak bola Argentina atas karier luar biasanya, mereka bermain dihadapan lebih dari 48.000 orang. Dia dipanggil lagi untuk pertandingan persahabatan melawan  di Saitama, Oktober 2010 tetapi ditarik keluar pada menit terakhir karena cedera.