Jabarkan Pasca-revolusi dari Albertus Soegijapranata

Setelah Belanda mengakui kemerdekaan Indonesia pada tanggal 27 Desember 1949, yang diawali dengan Konferensi Meja Bundar di Den Haag, Soegijapranata kembali ke Semarang. Periode pasca-revolusi ditandai dengan meningkat tajamnya jumlah orang yang masuk di seminari; pastor pribumi yang ke-100 ditahbiskan pada tahun 1956. Namun, pemerintah Indonesia juga memberlakukan beberapa peraturan yang membatasi Gereja. Pada tahun 1953 Kementerian Agama memutuskan bahwa misionaris asing tidak akan diizinkan masuk Indonesia, sementara kebijakan lain melarang orang asing yang sudah di Indonesia dari mengajar. Untuk menghadapi hal ini, Soegijapranata membujuk klerus-klerus untuk menjadi warga negara Indonesia, sehingga mereka tidak terhalang kebijakan baru itu.

Selain mengawasi para klerus baru, Soegijapranata terus bertugas supaya anak dari keluarga Katolik mendapatkan pendidikan dan bahwa keluarga mereka makmur. Ia menekankan bahwa siswa harus menjadi bukan hanya orang Katolik yang baik, tetapi juga orang Indonesia yang baik; ia juga menerangkan bahwa siswa harus belajar di mana-mana, bukan hanya di sekolah. Gereja juga terus mengembangkan sarana pendidikan, dari sekolah dasar hingga universitas. Soegijapranata juga mulai mereformasi Gereja di vikariat apostoliknya, sehingga menjadi lebih Indonesia. Ia mengadvokasi penggunaan bahasa Indonesia dan daerah dalam misa; ini diizinkan mulai tahun 1956. Ia juga mendukung penggunaan musik gamelan saat misa, dan menyetujui penggunaan wayang untuk mengajar cerita Al Kitab ke anak-anak.

Dengan Perang Dingin yang semakin meningkat, terjadi perselisihan besar antara Gereja di Indonesia dan Partai Komunis Indonesia (PKI). Soegijapranata beranggapan bahwa PKI mendapatkan lebih banyak pendukung dari kalangan miskin karena menawarkan hak buruh melalui serikat pekerjanya. Untuk melawan ini, ia bekerja sama dengan orang Katolik lain untuk mendirikan kelompok pekerja yang dibuka untuk orang Katolik dan non-Katolik. Dengan memberdayakan buruh, Soegijapranata berharap agar PKI akan kehilangan kekuatannya. Salah satu kelompok yang didirikan ialah Buruh Pancasila, yang dibentuk pada tanggal 19 Juni 1954; organisasi tersebut juga merupakan salah satu cara Soegijapranata untuk mempromosikan falsafat Pancasila. Tahun berikutnya, Konferensi Waligereja Indonesia (KWI), yang mengakui bakti Soegijapranata untuk orang miskin, menentukan agar Soegijapranata menjadi pemimpin program bakti sosial di seluruh Nusantara. Pada tanggal 2 November 1955 Soegijapranata dan beberapa uskup lain mengeluarkan sebuah surat pastoral yang mencela paham komunisme, Marxisme, dan materialisme; mereka juga minta agar pemerintah memperlakukan setiap warga negara dengan adil dan bijaksana.

Ada pula gangguan di dalam hierarki Gereja. Hubungan antara Indonesia dan Belanda masih buruk, dan adanya konflik mengenai penguasaan Papua bagian barat - daerah itu secara historis dikuasai Belanda, tetapi diklaim oleh Indonesia. Soegijapranata dengan tegas mendukung penguasaan Indonesia atas daerah tersebut. Dalam sebuah surat Soegijapranata menulis bahwa orang Indonesia terus sengsara dan bahwa Katholieke Nationale Partij di Belanda adalah penyebab hubungan buruk antara dua negara itu. Papua bagian barat digabung dengan Indonesia pada tahun 1963. Ada pula gangguan pada tahun 1957 setelah Presiden Soekarno menyatakan bahwa dirinya merupakan presiden seumur hidup dan menentukan sistem Demokrasi Terpimpin. Faksi yang dipimpin Soegijapranata mendukung pemerintah, sementara faksi yang dipimpin Kasimo menentangnya. Soekarno lalu minta agar Soegijapranata bergabung dengan Dewan Nasional, sebuah permintaan yang ditolak Soegijapranata. Namun, ia tetap mengirim dua orang agar orang Katolik tetap diwakili. Ini, serta dukungan Soegijapranata untuk Dekret Presiden 5 Juli 1959 yang menentukan kembalinya ke Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945, membuat Uskup Jakarta Adrianus Djajasepoetra menyatakan bahwa Soegijapranata seorang penjilat. Namun, Soegijapranata sangat tegas menolak gagasan Nasakom, yang mendasarkan pemerintahan Indonesia pada komunisme.

Uskup Agung Semarang dan kematian

Pada akhir dasawarsa 50-an, KWI sering mengadakan pertemuan untuk membahas perlunya hierarki Katolik Roma di Indonesia yang berdaulat. Pembahasan ini, yang diadakan setahun sekali, membahas soal administrasi serta kepastoran, termasuk penerjemahan lagu rohani ke dalam bahasa daerah. Pada tahun 1959, Kardinal Grégoire-Pierre Agagianian mengunjungi Indonesia untuk memeriksa persiapan Gereja. Pada bulan Mei 1960, KWI secara resmi mengajukan permohonan untuk dibentuknya Gereja Katolik Indonesia yang berdaulat; surat permohonan ini dibalas Paus Yohanes XXIII, dalam surat bertanggal 20 Maret 1961, yang membagi nusantara Indonesia menjadi enam provinsi gerejawi, yaitu dua di pulau Jawa, satu di Sumatra, satu di Flores, satu di Sulawesi dan Maluku, dan satu di Kalimantan. Semarang menjadi pusat provinsi Semarang, dan Soegijapranata menjadi uskup agung. Ia diangkat pada tanggal 3 Januari 1961.

Saat ini terjadi, Soegijapranata berada di Eropa untuk Konsili Vatikan II, mulai dengan sesi persiapan, termasuk sebagai anggota Komisi Persiapan Sentral; di komisi tersebut Soegijapranata merupakan salah satu dari enam uskup dan uskup agung dari Asia. Soegijapranata mengikuti sesi pertama Konsili dan menunjukkan keprihatinan akan keadaan kepastoran dan memohon agar sistem Gereja dimodernisasi. Dia lalu kembali ke Indonesia, tetapi dalam kesehatan yang kurang baik.

Setelah dirawat di Rumah Sakit Elisabeth Candi pada tahun 1963, Soegijapranata dilarang melaksanakan tugasnya. Justinus Darmojuwono, seorang mantan tahanan Jepang dan vikaris jenderal Semarang sejak tanggal 1 Agustus 1962, menjalani tugas uskup. Pada tanggal 30 Mei 1963 Soegijapranata meninggalkan Indonesia dan kembali ke Eropa untuk menghadiri pemilihan Paus Paulus VI. Ia lalu pergi ke Nijmegen dan dirawat di Rumah Sakit Canisius Hospital dari tanggal 29 Juni hingga 6 Juli; perawatan ini tidak berhasil. Soegijapranata meninggal dunia pada tanggal 22 Juli 1963 di sebuah susteran di desa Steyl, Belanda; ia mengalami serangan jantung tidak lama sebelum meninggal.

Karena Soekarno tidak ingin Soegijapranata dikebumikan di Belanda, jenazah Soegijapranata diterbangkan ke Indonesia setelah doa yang dipimpin Kardinal Bernardus Johannes Alfrink. Soegijapranata dinyatakan seorang Pahlawan Nasional Indonesia pada tanggal 26 Juli 1963 melalui Keputusan Presiden No. 152/1963, saat jenasahnya masih dalam perjalanan ke Indonesia. Pesawat yang membawa Soegijapranata tiba di Bandar Udara Kemayoran di Jakarta pada tanggal 28 Juli. Pada hari berikutnya jenasahnya diterbangkan ke Semarang dan, pada tanggal 30 Juli dikebumikan di Taman Makam Pahlawan Giri Tunggal. Darmojuwono dipilih pada bulan Desember 1963 sebagai Uskup Agung Semarang yang baru; ia dikonsekrasi pada tanggal 6 April 1964 oleh Uskup Agung Ottavio De Liva.