Jabarkan Wafat, warisan dan keturunannya dari Abubakar bin Ali Syahab

Habib Abubakar menulis sebuah buku otobiografi yang diberi judul RIHLATUL ASHFAR.

Pada tanggal 18 Maret 1944 M, saat pendudukan Jepang, tokoh yang juga ikut dalam mendirikan Malja Al Shahab pada tahun 1913 bersama sejumlah pemuda Al Shahab ini, menghadap ke hadirat Allah SWT. Ia wafat di Jakarta dan dimakamkan di pekuburan wakaf Tanah Abang, tanah wakaf kakeknya Said Naum.

Di zaman Gubernur Ali Sadikin pada tahun 70-an pemakaman ini dipindahkan ke Jeruk Purut dan Karet, dan tidak ada yang mengetahui dimana jasad dia dipindahkan. Lahannya dipergunakan untuk membangun rumah susun pertama di Indonesia, berikut sebuah masjid lengkap dengan madrasahnya yang memakai nama Said Naum untuk mengabadikan wakafnya. Masjid ini pernah mendapat anugerah Agha Khan karena arsitekturnya yang orisinil dan menawan selaras dengan lingkungannya.

Habib Abubakar meninggalkan tujuh orang putra-putri, yaitu putra tertua Abdurrahman, serta Abdullah, Hamid, Idrus, Zahrah, Muznah dan Ali. Putra terkecilnya Ir. Ali A. Shahab, pernah menjabat Kepala Divisi Komunikasi dan Elektronika Direktorat PKK Pertamina. Seperti juga almarhum ayahnya, Ali Abubakar Shahab kini aktif di bidang sosial. Ir. Ali A. Shahab yang mantan anggota direksi Pertamina dan kini menjadi penasehat Malja Al Shahab, ketika baru-baru ini berkunjung ke Hadramaut telah menyaksikan masjid yang dibangun almarhum ayahnya. Di Jakarta, ada sebuah yayasan yang menangani pemeliharaan masjid ini yang diketuai oleh Ahmad bin Abdurrahman Shahab, salah seorang cucu almarhum.

Jamiat Kheir yang didirikan oleh Habib Abubakar bin Ali Shahab hingga kini diakui oleh pemerintah RI dan ahli sejarah Islam Indonesia sebagai organisasi Islam yang banyak melahirkan tokoh-tokoh perjuangan Indonesia. Mereka antara lain seperti KH. Ahmad Dahlan (pendiri Muhammadiyah), HOS. Tjokroaminoto (pendiri Sarekat Islam), H. Samanhudi (tokoh Sarekat Dagang Islamiyah), H. Agus Salim (tokoh Konferensi Meja Bundar), dan tokoh-tokoh perintis kemerdekaan lainnya yang merupakan anggota atau setidak-tidaknya mempunyai hubungan dekat dengan Jamiat Kheir.