Jabarkan Instruktur AMN dari Rudini

Setelah ditugaskan di Sulawesi Selatan selama tiga tahun, pada tahun 1959 Rudini dipindahtugaskan ke pulau Jawa sebagai instruktur di Akademi Militer Nasional (AMN) Magelang. Rudini menduga bahwa pemindahtugasannya ini berkaitan dengan surat yang dikirimkan oleh ibunya kepada Mas Efendi, seorang teman Rudini, yang kemudian meneruskannya kepada komandan resimennya.

Selama menjadi instruktur, Rudini hanya mendapatkan gaji yang sangat sedikit. Menurutnya, gaji yang diterimanya pada masa itu—Rp 750 per minggu—hanya bisa dibelikan beras lima kilogram. Saking rendahnya, Rudini merasa bahwa selama menjadi instruktur, ia menjadi "dhuafa dalam baju tentara". Namun, Rudini tetap merasa bahwa dirinya harus tetap bisa menjadi teladan bagi anak didiknya. Beberapa anak didiknya yang mencapai pangkat jenderal adalah Edi Sudradjat, Feisal Tanjung, T. B. Silalahi, dan Basofi Sudirman.

Selain menjadi instruktur, Rudini juga menduduki sejumlah jabatan struktural di AMN. Beberapa jabatan yang dipegangnya diantaranya Koordinator Korps Taruna, Komandan Kompi Batalyon Taruna, dan Kepala Seksi II.

Pada tahun 1965, terjadi peristiwa Gerakan 30 September. Rudini tidak terlibat dalam penumpasan gerakan karena jabatannya sebagai instruktur. Dua tahun setelah peristiwa tersebut terjadi, dia dipindahkan ke unit tempur sebagai Wakil Komandan Batalyon (Wadanyon) 401/Banteng Raiders.

Wakil Komandan dan Komandan Batalyon 401/Banteng Raiders

Tugas pertama yang diberikan kepada Rudini sebagai wadanyon adalah melakukan pembersihan internal terhadap pengikut-pengikut PKI yang masih berada di dalam struktur batalyon tersebut. Ia pun harus memecat tiga orang yang terkena pembersihan tersebut.

Jabatan wakil komandan tersebut dipegangnya tidak lama karena beberapa saat kemudian, dia diperintahkan untuk mengikuti Kursus Lanjutan Perwira di Bandung. Setelah lulus dari kursus tersebut, ia dipromosikan menjadi Komandan Batalyon (Danyon) 401/Banteng Raiders. Pemilihannya sebagai danyon didasarkan pada pengalaman tempurnya di Sulawesi Selatan. Surono Reksodimedjo, Panglima Kodam VII/Diponegoro pada saat itu, memang menunjuk danyon berdasarkan pada pengalaman tempurnya.

Pada tahun 1968, beberapa bulan setelah Rudini menjadi danyon, batalyonnya tersebut dijadikan satuan organik dari Komando Strategis Angkatan Darat (Kostrad).

Kepala Staf dan Komandan Brigade Infanteri Linud 18/Kostrad

Setelah tiga tahun menjabat sebagai Komandan Batalyon 401/Banteng Raiders, Rudini diminta untuk mengikuti pendidikan di Sekolah Staf dan Komando Angkatan Darat (Seskoad). Setelah lulus dari Seskoad pada tahun 1969, Rudini dinaikkan pangkatnya menjadi letnan kolonel. Setahun kemudian, pada tahun 1970, Rudini dijadikan Kepala Staf Brigade Infanteri Linud 18/Kostrad. Karena brigade infanteri tersebut bermarkas di Malang, Rudini menyatakan bahwa ia merasa "pulang kampung" setelah menjadi kepala staf. Ia memperoleh jatah rumah dinas selama menjadi kepala staf.

Dua tahun kemudian, pada tahun 1972, Rudini dijadikan Komandan Brigade Infanteri Linud 18/Kostrad. Tak lama setelah itu, pangkatnya dinaikkan menjadi kolonel.  Selama menjadi komandan batalyon, pada tahun 1973, Rudini dipromosikan untuk mengikuti kursus Manajemen Pertahanan Internasional (International Defense Management) di Montgomery, Amerika Serikat. Setelah mengikuti kursus tersebut, Rudini pulang ke Indonesia pada tanggal 15 Oktober 1973. Beberapa hari kemudian, pada pukul 20.30 tanggal 4 November, Rudini ditelpon melalui interlokal oleh staf dari G-3 Hankam agar segera ke Jakarta. Keesokan harinya, Rudini diberitahu bahwa dia akan memimpin Kontingen Garuda VI dalam rangka gencatan senjata di Timur Tengah.

Kontingen Garuda VI yang dipimpin oleh Rudini terdiri dari satu batalyon lengkap. Wakilnya adalah Letkol Atmanto, sedangkan kepala stafnya, Mayor Basofi Sudirman, adalah Komandan Batalyon Infanteri 512 yang merupakan mantan muridnya di AMN. Pemberangkatan kontingen tersebut harusnya dimulai dari tanggal 12 November, tetapi karena persiapan logistik yang lengkap akhirnya pemberangkatannya ditunda. Gelombang pertama dari kontingen tersebut akhirnya diberangkatkan pada tanggal 26 Desember dipimpin oleh Rudini. Gelombang kedua dipimpin oleh Basofi Sudirman beberapa hari kemudian. Rudini dan pasukannya tiba pada musim dingin dan ditampung di daerah Heliopolis, Kairo, dengan pasukan dari kontingen negara lain.

Pada saat menjalankan tugas di daerah Ismailia, Rudini dengan sopirnya menabrak sebuah bus. Rudini hanya lecet sedikit, tetapi sopirnya menderita luka parah. Ia pun membawa sopirnya ke sebuah rumah sakit di daerah tersebut.

Setelah sembilan bulan menjalankan tugas sebagai Komandan Kontingen VI, Rudini dan pasukannya akhirnya pulang ke Indonesia. Rudini memimpin kepulangan dari gelombang ketiga pasukannya pada tanggal 2 Oktober 1974.

Kepala Staf dan Panglima Komando Tempur Lintas Udara

Setelah menjalani jabatan di Brigade Infanteri Linud 18/Kostrad, pada tanggal 20 Januari 1975, Rudini diberi jabatan sebagai Kepala Staf Komando Tempur Lintas Udara (Kaskopurlinud, sekarang menjadi Divisi Infanteri 1/Kostrad). Rudini langsung dikirimkan ke Timor Timur dan ikut serta dalam Operasi Komodo, sebuah operasi rahasia dalam rangka invasi wilayah Timor Timur. Dalam penugasannya tersebut, Rudini hanya mengenakan baju batik dan sandal.

Beberapa bulan kemudian, pada bulan September 1975, terjadi perubahan rencana dan operasi rahasia tersebut berubah menjadi invasi besar-besaran. Operasi Komodo berubah menjadi Operasi Seroja dan Rudini kembali mengenakan seragam militernya. Rudini memimpin pasukan yang terdiri dari lulusan AMN tahun 1965 yang belum pernah bertempur. Akibatnya, sekitar 247 anggota Kostrad gugur dan 35 di antaranya tewas pada hari pertama pertempuran.

Selama operasi tersebut, Komando Tempur Lintas Udara (Kopurlinud) yang dipimpin oleh Rudini bertugas untuk menduduki sejumlah kota-kota strategis di Timor Timur yang masih dikuasai oleh Fretilin, seperti Dili, Ailiu, Maubesse, Bobonaro, Suai, Atsabe, Ainaro, Letepako, dan Ermera. Rudini menghadapi penghadangan berat dari Fretilin ketika berupaya menduduki Ailiu. Hal tersebut dikarenakan kesalahan pemberitahuan dari pasukanyang sudah lebih dahulu bahwa daerah tersebut sudah aman. Akibatnya, banyak anak buah Rudini yang menjadi korban jiwa dari Fretilin. Pasukan Rudini akhirnya bisa menduduki kota tersebut dan bergerak ke selatan Timor Timur. Rudini juga mampu menduduki sejumlah kota lain selama pergerakan tersebut, yakni Same, Ainaro, Maubisse, dan Soibada.

Sebagai balas jasa dari penugasannya, Panglima Komando Strategis Angkatan Darat (Kostrad) Mayjen Leo Lopulisa menaikkan pangkat Rudini menjadi brigadir jenderal pada bulan September 1975. Beberapa bulan kemudian, Rudini pun menjadi Panglima Komando Tempur Lintas Udara (Pangkopurlinud). Koran Kompas menulis bahwa dengan kenaikan pangkatnya sebagai brigadir jenderal, promosi karier Rudini terbilang cepat.

Selama menjadi Pangkopurlinud, Rudini ditunjuk sebagai Komandan Upacara HUT ABRI ke-31 pada tanggal 5 Oktober 1976.

Kepala Staf Komando Strategis Angkatan Darat

Dari Komando Tempur Lintas Udara, Rudini dipromosikan menjadi orang nomor dua di Kostrad, yakni sebagai kepala staf (Kaskostrad) pada bulan September 1977. Jabatan tersebut dipegangnya hingga November 1978. Meskipun singkat, tetapi Rudini menyaksikan pergantian tampuk kepemimpinan Kostrad dari Mayjen Leo Lopulisa ke Mayjen Wiyogo Atmodarminto. Selama menjadi Kaskostrad, Rudini menempuh pendidikan di Lembaga Ketahanan Nasional (Lemhannas). Setelah sembilan bulan menjalani kursus di Lemhannas, Rudini lulus dengan prestasi yang sangat baik dan menerima Piagam Wibawa Garuda Nugraha dari Gubernur Lemhannas Sayidiman Suryohadiprojo.

Panglima Komando Daerah Militer XIII/Merdeka

Pasca lulusnya Rudini dari Lemhannas, Rudini dipromosikan untuk menduduki jabatan Panglima Komando Daerah Militer XIII/Merdeka (Pangdam Merdeka). Penugasannya sebagai Pangdam Merdeka merupakan pertama kalinya Rudini bertugas dalam bidang territorial/kewilayahan. Rudini dilantik sebagai Pangdam Merdeka pada tanggal 16 September 1978 oleh Kepala Staf Angkatan Darat Jenderal R. Widodo menggantikan Brigjen Edi Sugardo. Rudini mengakhiri jabatannya sebagai Pangdam Merdeka pada tanggal 28 Januari 1981 dan menyerahkannya kepada Brigjen Susanto Wismoyo.