Jabarkan Anggota BPUPKI dan PPKI dari Johannes Latuharhary

Jepang mulai menjanjikan kemerdekaan Indonesia pada awal 1945 dan Latuharhary ditunjuk menjadi anggota Badan Penyelidik Usaha-usaha Persiapan Kemerdekaan (BPUPKI) untuk mewakili Maluku. Dalam kapasitas ini, pemerintah Jepang melalui Johannes meminta perantauan Ambon untuk berhenti bergerilya atau berseteru dengan Jepang, dan berfokus untuk meraih kemerdekaan. Dalam rapat-rapat BPUPKI, Johannes mengajukan bentuk negara serikat, tetapi karena hanya 2 dari 19 anggota panitia UUD yang setuju, bentuk negara diputuskan sebagai negara kesatuan. Gagasan Johannes mengenai negara Indonesia, diterbitkan surat kabar Asia Raya edisi 9 Mei 1945, mendasarkan Indonesia atas: Persatuan Rakyat Indonesia, Rumah Tangga Desa, Perguruan, dan Agama.

Johannes juga tidak menyetujui Piagam Jakarta (tepatnya tujuh kata dengan kewajiban menjalankan syariat Islam bagi pemeluknya), yang dianggapnya diskriminatif dan berdampak untuk masyarakat non-Muslim. Ia merasa khawatir bahwa tujuh kata ini akan memaksa orang Minangkabau untuk meninggalkan adat istiadat mereka dan juga berdampak terhadap hak atas tanah adat di Maluku. Ia juga menolak keras usulan K.H. Wahid Hasyim yang mengusulkan bahwa hanya pemeluk Islam yang diperbolehkan menjadi Presiden dan Wakil Presiden, karena wilayah-wilayah bermayoritas Kristen di Indonesia tidak akan mau menjadi bagian negara Islam. Usulan Hasyim ini juga ditolak oleh sejumlah pejuang beragama Islam seperti Wongsonegoro dan Husein Jayadiningrat. Setelah dibujuk Soekarno, ia beserta A.A. Maramis (anggota BPUPKI Kristen lainnya) setuju atas Piagam Jakarta apa adanya. Johannes ditunjuk kembali sebagai perwakilan Maluku dalam Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia. Ia turut serta dalam upacara proklamasi kemerdekaan Indonesia, dengan setelan jas putih dan berdiri tepat di belakang Soekarno dan Muhammad Hatta.

Ketujuh kata terkait syariat Islam dalam Piagam Jakarta beserta sejumlah pasal-pasal terkait lainnya belakangan dikeluarkan dari UUD 1945 dan Pancasila. Hal ini disebabkan kunjungan malam seorang perwira angkatan laut Jepang (Kaigun) ke Muhammad Hatta pada tanggal 17 Agustus, dan ia memesankan ke Hatta bahwa perwakilan beragama Kristen dari Indonesia Timur dapat saja memutuskan untuk memisahkan diri dari Indonesia apabila ketujuh kata tersebut tidak dicabut. Hatta menyiapkan suatu pertemuan darurat, dan para pemimpin Islam setuju untuk mencabut kata-kata tersebut, beserta sejumlah istilah dan pasal-pasal yang dianggap terlalu condong ke Islam. Johannes menolak juga adanya Kementerian Agama dan mengusulkan urusan Kemenag sebagai suatu dirjen dibawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Awalnya, memang tidak ada Kemenag dalam pemerintah Indonesia, sampai bulan Januari 1946.