Jabarkan GNOME 3 dari GNOME

Sebelumnya GNOME menggunakan metafora desktop tradisional, tetapi di GNOME 3 ini diganti dengan GNOME Shell, sebuah metafora yang lebih abstrak dimana beralih antara berbagai tugas dan ruang kerja virtual terjadi di area terpisah yang disebut Overview. Juga, karena Mutter menggantikan Metacity sebagai window manager default, tombol minimize dan maximize tidak lagi muncul pada titlebar secara default. Adwaita menggantikan Clearlooks sebagai tema default. Banyak Aplikasi Core GNOME juga melakukan desain ulang untuk memberikan pengalaman pengguna yang lebih baik.

Perubahan besar ini pada awalnya menimbulkan kritik luas. Lingkungan desktop MATE  bercabang dari basis kode GNOME 2 dengan maksud mempertahankan antarmuka GNOME 2 tradisional sambil tetap kompatibel dengan teknologi Linux modern, seperti GTK+ 3. Tim Linux Mint membahas masalah ini dengan cara lain dengan mengembangkan "GNOME Mint GNOME Shell Extensions "yang berjalan di atas GNOME 3 dan memungkinkannya digunakan melalui metafora desktop tradisional. Hal ini pada akhirnya menyebabkan terciptanya antarmuka pengguna Cinnamon, yang bercabang dari basis kode GNOME 3.

Pada tahun 2005, di milis pengembangan GNOME resmi, Linus Torvalds mendorong pengguna untuk beralih ke KDE 3 daripada menggunakan GNOME. Pada tahun 2009, dia mencoba GNOME lagi namun, yang tidak puas dengan kehilangan produktivitas yang dirasakannya, dia beralih ke Xfce, membuat posting keras lainnya melawan GNOME. Pada tahun 2013, dia kembali ke GNOME 3 yang menyatakan bahwa "semakin tidak menyakitkan" dan "semuanya lebih baik dari setahun yang lalu".

Pada tahun 2015, penerimaan kritis jauh lebih positif. Sebagai contoh, Debian, sebuah distribusi Linux yang secara historis menggunakan GNOME 2, beralih ke Xfce ketika GNOME 3 dirilis namun membuka GNOME 3 pada waktunya untuk merilis Debian 8 "Jessie". [63] [64]

Pada bulan Maret 2017, Proyek GNOME merilis GNOME 3.24, memberikan perbaikan bug dan juga fitur utama baru. [65]

Kontroversi pada Platform yang Didukung

Pada Mei 2011 Lennart Poettering mengusulkan systemd sebagai kerangka utama dalam perilisan GNOME selanjutnya. Systemd hanya tersedia di Linux, pembicaraan selanjutnya mengarah kepada kemungkinan dicabutnya dukungan pada beberapa platform. Usulan itu menuai kritik yang sangat banyak, beberapa orang lebih suka GNOME didirikan di atas Kernel Linux.

Diskusi tersebut diakhiri tanpa kesimpulan, tetapi pada peluncuran GNOME 3.2, diumumkan bahwa GNOME 3.4 akan diliris dengan systemd.