Jabarkan Masa penjajahan dari Maluku

Setelah menaklukkan Melaka pada 1511, Portugis di bawah Francisco Serrão mencari Kepulauan Maluku. Serrão yang pada awalnya berlabuh di Ambon berakhir di Ternate sebagai sekutunya pada 1512. Sejak itu, Portugis berhasil menanamkan kekuasaannya di Maluku. Portugis membangun beberapa loji dan benteng di Ambon serta Banda di mana terjadi penginjilan dan perkawinan campur di permukiman yang tumbuh di sekitarnya. Banda berperan sebagai pusat perdagangan, sementara Ambon menjadi bandar. Kedudukan Portugis sempat terguncang oleh Spanyol yang tiba pada 1521. Kehadiran Spanyol yang bersekutu dengan Tidore menimbulkan pertikaian dengan Portugis, meski dapat diakhiri dengan penandatanganan Perjanjian Saragosa pada 1529 yang memaksa Spanyol untuk meninggalkan Maluku. Selama berkuasa di Maluku, Portugis mengenalkan teknologi pembangunan Eropa dan tanaman-tanaman asing seperti ketela serta merintis pendidikan barat di Maluku. Dua Sultan Ternate yang kala itu menguasai sebagian besar Maluku tercatat secara resmi menyerahkan Maluku kepada Raja Portugal, pada 1545 oleh Tabariji dan setahun setelahnya oleh Khairun. Namun demikian, pusat kedudukan Portugis berpindah dari Ternate ke Ambon sejak Portugis diusir oleh Baabullah pada 1575. Spanyol sempat kembali lagi ke Maluku pascapembentukan Uni Iberia di bawah Mahkota Spanyol pada 1580 juga dengan bersekutu bersama Tidore.

Belanda pertama kali menginjakaan kakinya di Maluku pada 1599 di bawah pimpinan Wybrand van Warwijck dengan mengunjungi Ambon dan Banda. Kedatangan Belanda disusul Inggris yang datang di bawah pimpinan James Lancaster pada 1601. Mereka membangun loji di Banda. Setahun setelahnya, Perusahaan Hindia Timur Belanda (VOC) dibentuk. Persaingan Inggris-Belanda pun terjadi pasca Inggris yang kini datang sebagai Perusahaan Hindia Timur Inggris tiba kembali di Maluku pada 1604. Namun, setahun setelahnya, Portugis menyerah tanpa perlawanan kepada Belanda di Ambon pada 1605 dan segera meninggalkan Maluku. Sejak itu, Ambon menjadi pusat VOC di Nusantara sebelum pindah ke Batavia pada 1619. VOC sempat mengizinkan Inggris mendirikan kantor dagang di Ambon pada 1920 karena urusan diplomatik, meski Inggris harus meninggalkan Maluku pada 1623 setelah Pembantaian Amboyna terjadi. Monopoli VOC menimbulkan perlawanan dari penghasil setempat dalam bentuk penyelundupan. Hal inilah yang menyebabkan Pembantaian Banda oleh VOC pada 1621 dan kekerasan VOC terhadap Ambon-Lease yang berakhir menjadi Perang Ambon pada 1624–1658 di mana banyak rakyat Maluku dijadikan budak.

VOC yang menerapkan kebijakan pelayaran hongi dan ekstirpasi membatasi penanaman cengkih hanya di Ambon-Lease setelah Perang Huamual antara Huamual dan VOC-Ternate berakhir pada 1658. VOC benar-benar menjadi kekuatan terdepan Eropa di Maluku setelah Spanyol diusir dari Tidore dengan bantuan VOC pada 1663.

Sebagai jajahan VOC, Kepulauan Maluku terbagi menjadi tiga kegubernuran: Ambon, Kepulauan Banda, dan Ternate.