Jabarkan Arsitektur dari Y.B. Mangunwijaya

Dalam bidang arsitektur, ia juga kerap dijuluki sebagai Bapak Arsitektur Modern Indonesia. Salah satu penghargaan yang pernah diterimanya adalah Penghargaan Aga Khan untuk Arsitektur, yang merupakan penghargaan tertinggi karya arsitektural di dunia berkembang, untuk rancangan permukiman di tepi Kali Code, Yogyakarta. Rancangan pemukiman ini sempat dipuja oleh Emil Salim.

Ia juga menerima The Ruth and Ralph Erskine Fellowship pada tahun 1995 sebagai bukti dari dedikasinya terhadap wong cilik. Hasil jerih payahnya untuk mengubah perumahan miskin di sepanjang tepi Kali Code mengangkatnya sebagai salah satu arsitek terbaik di Indonesia selain dipuji oleh Emil Salim.  Sebagai catatan, rumah-rumah penghuni pinggiran kali Code tersebut kebanyakan dibangun oleh Romo Mangun menggunakan dana sendiri bukan berasal dari dana LSM (Lembaga Swadaya Masyarakat).

Menurut Erwinthon P. Napitupulu, penulis buku tentang Romo Mangun yang diluncurkan pada akhir tahun 2011, Romo Mangun termasuk dalam daftar 10 arsitek Indonesia terbaik.