Jabarkan Mersi dari Universitas Jenderal Soedirman

Kampus Mersi berada di Jalan Dr. Gumbreg No. 1, Kompleks Rumah Sakit Prof. Dr. Margono Soekarjo, Mersi, Purwokerto Timur. Kampus ini merupakan lokasi utama untuk Fakultas Kedokteran. Kampus ini terdiri dari tiga kompleks gedung, yakni:

Gedung A, berisi ruang kuliah untuk semester 5 dan 7, perpustakaan, dan laboratorium komputer yang biasanya digunakan untuk ujian CBT (computer-based test).

Gedung B, berisi ruang kuliah semester 1 dan 3, sekretariat Magister Ilmu Biomedis, sekretariat PPDTP.

Gedung C, berisi Dekanat Fakultas Kedokteran Unsoed, Gedung Aula, Ruang Bapendik Fakultas Kedokteran Unsoed, Medical Educational Unit, Laboratorium, Ruang Dosen, Ruang Tutorial (PBL) dan SOCA, Skill Labs, dan ruang OSCE.