Jabarkan Memasuki layanan dan operasional dari Boeing 747-400

Pesawat 747-400 pertama (N661US) dikirimkan kepada Northwest Airlines. N661US kemudian dioperasikan Delta Air Lines setelah Northwest melakukan merger dengan Delta hingga akhirnya dipensiunkan dan dipamerkan di Delta Flight Museum. Pada 31 Mei 1989, Singapore Airlines mengoperasikan penerbangan internasional pertama menggunakan 747-400 dari Singapura menuju London.

Pada bulan Mei 1989, satu minggu sebelum pengiriman perdana 747-400 kepada maskapai KLM, Boeing dikejutkan dengan keputusan Joint Aviation Authorities (JAA) yang menolak memberikan sertifikasi kepada 747-400. Penolakan tersebut disebabkan oleh kekhawatiran terhadap ketahanan lantai kabin dek atas yang dapat runtuh jika terjadi dekompresi. Meskipun Boeing menegaskan lantai dek atas 747-400 tidak berbeda dari 747-300, JAA menekankan model terbaru akan beroperasi hingga 2020 dan lebih lama, sehingga standar baru yang lebih ketat harus diterapkan untuk mencegah risiko dari alat peledak. Menjelang hari pengiriman perdana kepada KLM, negosiasi yang dilakukan Boeing, FAA, dan JAA menghasilkan keputusan dimana sertifikat operasi sementara akan diberikan kepada 747-400, namun Boeing harus mengembangkan peningkatan struktural terhadap pesawat dalam waktu dua tahun. Kesepakatan di saat-saat terakhir tersebut memungkinkan KLM dan Lufthansa untuk menerima 747-400 mereka tanpa penundaan lebih lanjut.

Setelah pengiriman awal 747-400, Boeing mulai memproduksi varian lain dari seri pesawat ini. Varian 747-400M "kombi" yang mampu membawa penumpang dan kargo diluncurkan pada bulan Juni 1989. Varian 747-400D "domestik", varian jarak pendek untuk penerbangan domestik di Jepang, melakukan penerbangan perdana pada 18 Maret 1991 dan memasuki layanan operasional dengan Japan Airlines pada 22 Oktober 1991. Varian 747-400F, khusus kargo, melakukan perdana pada bulan Mei 1993 dan selanjutnya dikirimkan kepada Cargolux. Pada akhir tahun 1990-an, Boeing memproduksi empat varian dari seri 747-400.