Jabarkan Dekrit Kutná Hora dari Jan Hus

Formasi oposisi ini pada akhirnya berujung pada Dekrit Kutná Hora pada tahun 1409, yang secara fundamental mengubah distribusi suara di universitas. Dengan mayoritas suara dari negara-negara Jerman, posisi netral berhadapan dengan dua paus di Avignon dan Roma tidak akan mungkin terjadi. Oleh karena itu, Wenceslas memberikan tiga suara kepada bangsa Bohemia, sementara "bangsa Jerman" (Bavaria, Polandia, dan Sachsen digabungkan) hanya memiliki satu suara. Orang-orang Bohemia, bersama dengan Raja Wenceslaus, menyatakan diri mereka netral, sementara orang-orang Jerman, bersama dengan Uskup Agung Zajíc, berpegang teguh pada Gregorius XII.

Karena perubahan dalam struktur pemilihan, pada 1409 dekan dan rektor Jerman digulingkan dan digantikan dengan orang Bohemia, dan Hus menjadi rektor. Akibatnya, Elektor Palatine memanggil orang-orang Jerman ke Universitas Heidelberg miliknya, sementara Markgraf Meissen memulai sebuah universitas baru di Leipzig. Diperkirakan lebih dari seribu mahasiswa dan dosen meninggalkan Praha. Para emigran juga menyebarkan tuduhan bidat Bohemia. Dengan demikian, Universitas Praha kehilangan kedudukannya yang penting di dunia internasional dan menjadi sebuah sekolah Bohemia.