Jabarkan Menjadi presiden dari Islam Karimov

Pada 1995, Karimov memperpanjang masa jabatannya sampai 2000 melalui suatu referendum yang banyak dikritik. Ia terpilih kembali dengan 91,9% suara pada 9 Januari 2000. AS mengatakan bahwa pemilihan ini "tak bebas dan tak wajar dan tidak memberikan pilihan yang sebenarnya kepada para pemilih Uzbekistan".

Kandidat oposisi tunggal Abdulhasiz Dzhalalov mengakui bahwa ia hanya ikut dalam pemilihan umum itu hanya sekadar membuatnya tampak demokratis, dan bahwa ia sendiri memilih Karimov. Pada 27 Januari 2002, Karimov memenangkan referendum lain untuk memperpanjang masa jabatan kepresidenan dari 5 tahun menjadi 7 tahun. Masa jabatan Karimov yang sekarang, yang mestinya berakhir pada 2005, telah diperpanjang parlemen, yang menjadwalkan pemilihan berikutnya pada Desember 2007.

Karimov mengangkat Ergash Shaismatov sebagai Wakil Perdana Menteri Uzbekistan.

Catatan Karimov pada hak-hak sipil dan kebebasan pers telah bertemu dengan kritik sungguh-sungguh pada komunitas internasional. Secara khusus, terang-terangan Duta Besar Inggris di Uzbekistan Craig Murray telah telah berkata pada rezim Karimov mendidihkan orang sampai mati, dan PBB telah menemukan siksaan "dilembagakan, sistematis, dan menjadi-jadi" dalam sistem peradilan Uzbekistan. Karimov tetap kawan karib dan setia sebagai sekutu George Walker Bush, yang mengundang tiada jalan mengkritik atau melawan pelanggaran HAM-nya yang kurang ajar.

Setelah Serangan 11 September 2001 Uzbekistan dianggap sebagai sekutu strategis dalam kampanye AS untuk Perang melawan Terorisme karena sama-sama menentang Taliban. Uzbekistan menjadi tuan rumah bagi kehadiran pasukan AS sebanyak 800 orang di pangkalan Karshi-Khanabad, yang juga dikenal sebagai "K2", yang mendukung upaya yang dipimpin AS dalam invasi Afghanistan 2001. Langkah ini dikritik oleh Human Rights Watch yang mengatakan bahwa pemerintah AS menomorduakan promosi hak-hak asasi manusia dibandingkan bantuan dalam Perang di Afghanistan. Hubungan AS-Uzbek memburuk pada Mei 2005 ketika pemerintah AS mengkritik reaksi pemerintah Uzbek terhadap protes di Andijan. Pada Juli 2005 pasukan AS meninggalkan Karshi-Khanabad.

Presiden Karimov baru-baru ini menyatakan di Axborot News bahwa ia akan mempertimbangkan untuk tetap berkuasa setelah 2007 dengan persetujuan lewat pemilihan umum untuk menyelamatkan Uzbekistan dari kelompok-kelompok ekstremis yang kini siap mengambil alih negara itu. Pemilihan umum akan diselenggarakan pada Januari 2008.