Jabarkan Malaya Britania dari Johor Bahru

Pada permulaan pemerintahan Abu Bakar, Inggris hanya mengakuinya sebagai maharaja ketimbang sultan. Pada 1855, Kantor Kolonial Inggris mulai mengakui statusnya sebagai sultan setelah pertemuan Abu Bakar dengan Ratu Victoria. Setelah terjadinya sebuah perang saudara, Abu Bakar berhasil merebut kembali wilayah Kesang dengan bantuan dari Inggris, dan ia lalu membenahi infrastruktur dan ekonomi pertanian kota tersebut. Infrastruktur seperti Masjid Negeri dan Istana Besar dibangun dengan bantuan dari Wong Ah Fook, yang telah membina hubungan yang erat dengan sultan semenjak kedatangannya pada masa kekuasaan Temenggong. Abu Bakar lalu memerintah dengan mengikuti contoh Inggris, dan juga menerapkan sebuah konstitusi yang dikenal dengan nama Undang-undang Tubuh Negeri Johor (Konstitusi Negari Johor). Meskipun Inggris telah lama menjadi penasihat Kesultanan Johor, wilayah tersebut belum dikendalikan secara langsung oleh pemerintah kolonial Inggris. Kekuasaan secara langsung baru dimulai pada tahun 1914 (pada masa pemerintahan Sultan Ibrahim), setelah status penasihat diangkat menjadi status yang mirip dengan "Residen" di Negeri-Negeri Melayu Bersekutu.

Di Johor Bahru, proyek perpanjangan jalur kereta api Semenanjung Malaya diselesaikan pada 1909, dan pada 1923 pembangunan Jalan Layang Johor–Singapura juga telah dituntaskan. Johor Bahru mengalami perkembangan yang biasa-biasa saja pada masa antara Perang Dunia Pertama dan Kedua. Gedung sekretariat yang disebut Gedung Sultan Ibrahim diselesaikan pembangunannya pada 1940, karena pemerintah kolonial Inggris berupaya menyederhanakan sistem pemerintahan Johor.