Jabarkan Kerusuhan dan naik takhta dari Mutsuhito

Pada awal 1860-an, keshogunan berada di bawah sejumlah ancaman. Perwakilan dari negara-negara asing ingin meningkatkan pengaruhnya di Jepang. Daimyo makin banyak yang tidak puas dengan cara keshogunan menangani urusan luar negeri. Sejumlah besar samurai muda yang dikenal sebagai shishi atau "pria bertujuan luhur" mulai mengadakan pertemuan dan menyuarakan perlawanan terhadap keshogunan. Para shishi menghormati Kaisar Kōmei dan memilih aksi kekerasan langsung untuk menyembuhkan penyakit sosial. Meski pada awalnya mereka menginginkan kematian atau pengusiran semua orang asing, shishi kemudian berubah menjadi lebih pragmatis, dan mulai menganjurkan modernisasi negara. Keshogunan melakukan sejumlah upaya untuk menyenangkan berbagai kelompok, dan berharap dapat mengadu domba antara shishi dan daimyo.

Kyoto adalah pusat utama berkumpulnya shishi yang memiliki pengaruh terhadap Kaisar Kōmei. Pada tahun 1863, mereka berhasil membujuk kaisar untuk mengeluarkan "perintah mengusir orang barbar". Perintah tersebut menempatkan keshogunan dalam posisi sulit, karena mereka kekurangan tenaga untuk melaksanakannya. Beberapa serangan dilakukan terhadap orang-orang asing atau kapal-kapal mereka, dan pasukan asing membalasnya. Pasukan keshogunan berhasil mengusir hampir semua shishi dari Kyoto, dan upaya mereka untuk kembali pada tahun 1864 berhasil digagalkan. Meskipun demikian, kerusuhan sudah menjalar ke seluruh Jepang.

Tidak diketahui pasti apakah Mutsuhito muda sadar tentang adanya kemelut politik. Pada waktu itu, ia sedang belajar puisi tanka, pertama dari ayahnya, lalu dari pujangga-pujangga istana. Sewaktu ia meneruskan pendidikan klasiknya pada tahun 1866, Tokugawa Yoshinobu terpilih sebagai shogun baru. Shogun Yoshinobu adalah seorang reformis yang ingin mengubah Jepang menjadi negara ala Barat dan menjadi shogun terakhir Jepang. Yoshinobu mendapat perlawanan dari kalangan keshogunan sendiri, sejalan dengan berlanjutnya aksi-aksi militer dan kerusuhan. Pada pertengahan tahun 1866, tentara keshogunan dikirim untuk memadamkan pemberontakan di Jepang selatan, namun berakhir dengan kekalahan tentara keshogunan.

Kaisar Kōmei memiliki kondisi kesehatan yang prima, dan baru berusia 36 tahun pada Januari 1867 ketika ia jatuh sakit parah. Meskipun ia tampaknya agak sembuh, tetapi keadaannya tiba-tiba memburuk dan meninggal dunia pada 30 Januari 1867. Sebagian sejarawan percaya Kaisar Kōmei diracuni, perkiraan yang lumrah pada zaman itu: Diplomat Britania Raya Sir Ernest Satow menulis, "sulit untuk disangkal bahwa menghilangnya [Kaisar Komei] dari panggung politik, meninggalkan seorang anak laki-laki berusia lima belas atau enam belas [sebenarnya empat belas], sebagai penggantinya adalah yang paling tepat".

Putra Mahkota Mutsuhito secara resmi naik takhta pada 3 Februari 1867 dengan sebuah upacara singkat di Kyoto. Sebagai kaisar baru, ia meneruskan pendidikan klasik yang tidak memasukkan urusan politik. Pada saat bersamaan, Shogun Yoshinobu sedang berjuang untuk mempertahankan kekuasaan. Ia berulang kali meminta persetujuan kaisar untuk tindakan-tindakannya, yang akhirnya ia terima. Namun, tidak ada indikasi kalau kaisar yang masih muda itu ikut serta dalam pengambilan keputusan. Sementara itu, para shishi dan pemberontak lainnya terus membentuk visi mereka untuk Jepang baru. Meski mereka mendukung kaisar, mereka tidak berpikiran untuk membuatnya berperan aktif dalam proses politik.

Perjuangan politik mencapai klimaksnya pada akhir 1867. Pada bulan November, persetujuan dengan keshogunan tercapai. Yoshinobu masih dapat mempertahankan gelar shogun dan sejumlah kekuasaannya, tetapi kekuasaan legislatif akan diberikan kepada badan legislatif bikameral berdasarkan model Britania. Pada bulan berikutnya, perjanjian tersebut batal setelah para pemberontak berbaris ke Kyoto, dan mengambil alih Istana Kekaisaran. Pada 4 Januari 1868, kaisar secara seremonial membacakan sebuah dokumen di hadapan istana memproklamasikan "restorasi" atau pemulihan kekuasaan kekaisaran. Pada bulan berikutnya, dokumen-dokumen tersebut dikirim ke negara-negara asing:

Kaisar Jepang mengumumkan kepada penguasa dari semua negara-negara asing dan rakyat mereka bahwa izin telah diberikan kepada Shogun Tokugawa Yoshinobu untuk mengembalikan kekuasaan pemerintah sesuai dengan permintaannya sendiri. Mulai saat ini kami akan melaksanakan kekuasaan tertinggi untuk urusan-urusan dalam dan luar negeri dari negara ini. Maka dari itu, semua penyebutan Taikun dalam perjanjian-perjanjian yang telah dibuat harus diganti dengan perkataan Kaisar. Pejabat-pejabat sedang ditunjuk oleh kami untuk melaksanakan urusan-urusan luar negeri. Perwakilan-perwakilan dari negara-negara penandatangan traktat hendaknya memaklumi pengumuman ini.Mutsuhito

Yoshinobu mencoba untuk melawan untuk waktu singkat, namun baru pada akhir tahun 1869, kubu pertahanan terakhir keshogunan akhirnya dikalahkan. Pada bulan sembilan tahun berikutnya, nama zaman diganti menjadi Meiji, atau "pemerintahan terang" yang nantinya dipakai sebagai nama anumerta Kaisar Mutsuhito. Peristiwa ini menandai dimulainya tradisi penamaan zaman di Jepang sesuai dengan masa pemerintahan kaisarnya, dan menyebut nama kaisar yang sudah meninggal dunia dengan nama era pemerintahannya.

Segera setelah naik takhta, pejabat-pejabat istana mencalonkan Ichijō Haruko sebagai calon permaisuri. Ia adalah anak perempuan dari seorang pejabat istana yang berusia tiga tahun lebih tua dari kaisar yang masih harus menunggu hingga selesai gembuku (upacara kedewasaan) sebelum dapat menikah. Keduanya menikah pada 11 Januari 1869. Istri dari Kaisar Meiji, setelah meninggal dunia disebut Permaisuri Shōken, sekaligus permaisuri kaisar yang pertama kali menerima gelar kōgō (arti harfiah: istri kaisar, diterjemahkan sebagai Permaisuri) setelah ratusan tahun sebelumnya. Meski Permaisuri Shōken bukan permaisuri kaisar yang pertama kali menjalankan tugas kenegaraan, ia tidak dikaruniai keturunan. Lima belas anak Kaisar Meiji dilahirkan oleh lima selir resmi. Hanya lima anak di antaranya yang hidup hingga dewasa: seorang pangeran anak dari Putri Naruko (1855–1943, anak dari Yanagiwara Mitsunaru), dan empat putri yang dilahirkan Putri Sachiko (1867–1947, anak tertua Pangeran Sono Motosachi). Nama anak-anak Kaisar Meiji:

Putra Mahkota Yoshihito (Haru-no-miya Yoshihito Shinnō), anak laki-laki ke-3, (31 Agustus 1879–25 Desember 1926) (naik takhta sebagai Kaisar Taishō).

Putri Masako (Tsune-no-miya Masako Naishinnō), anak perempuan ke-6, (30 September 1888–8 Maret 1940) (lihat Putri Masako Takeda).

Putri Fusako (Kane-no-miya Fusako Naishinnō), anak perempuan ke-7, (28 Januari 1890–11 Agustus 1974) (lihat Fusako Kitashirakawa).

Putri Nobuko (Fumi-no-miya Nobuko Naishinnō), anak perempuan ke-8, (7 August 1891–3 November 1933) (lihat Putri Nobuko Asaka).

Putri Toshiko (Yasu-no-miya Toshiko Naishinnō), anak perempuan ke-9, (11 Mei 1896–5 Maret 1978) (lihat Toshiko Higashikuni).