Jabarkan Bayern München dari Miroslav Klose

Pada 26 Juni 2007, presiden klub Karl-Heinz Rummenigge memberikan konfirmasi bahwa Bayern München telah mencapai kesepakatan dengan Werder Bremen terkait transfer pemain asal Jerman ini. Klose pun menjalani tes medis di Bayern pada 28 Juni 2007 sebelum akhirnya meneken kontrak berdurasi 4 tahun.

Klose tampil perdana di pertandingan kompetitif saat Bayern menang 4–1 atas mantan timnya, Werder Bremen, di babak pertama DFB-Ligapokal. Setelah absen di semifinal melawan VfB Stuttgart karena cedera, Klose kembali bermain di partai final melawan Schalke 04. Di laga tersebut, ia berhasil mencetak gol pertamanya bagi Bayern sekaligus mengantar timnya meraih gelar juara.

Klose menjalani debutnya di Bundesliga di laga melawan Hansa Rostock pada 11 Agustus 2007, yang pada pertandingan tersebut, ia berhasil mencetak 2 gol. Di akhir September, ia membukukan hat-trick pertamanya bagi club saat menang 5–0 atas Energie Cottbus. Klose menutup musim pertamanya dengan koleksi 21 gol di semua kompetisi, plus raihan titel Bundesliga dan DFB Pokal.

Pada musim keduanya, Klose menjadi pencetak gol terbanyak klub di semua kompetisi dengan mengoleksi 20 gol. Tujuh di antaranya dicetak di Liga Champions, yang menjadikannya pencetak gol terbanyak kedua di kompetisi musim tersebut, di bawah Lionel Messi yang mencetak 9 gol.

Klose dibekap dua cedera pada awal musim 2010–2011. Usai dari masa pemulihan, ia masih tetap dibangkucadangkan. Pada bulan Desember, saat melawan VfB Stuttgart di ajang DFB-Pokal, barulah Klose kembali bermain. Ia masuk sebagai pemain pengganti dan berhasil mencetak sepasang gol.

Pada tanggal 7 Juni 2011, dengan masa kontrak yang hampir habis, Klose tidak kunjung mencapai kesepakatan dengan pihak Bayern München. Ia pun meninggalkan klub pada akhir musim 2010–2011.