Jabarkan Anatomi internal dari Megalodon

Fosil-fosil megalodon yang telah ditemukan sejauh ini meliputi fosil gigi, vertebra, dan koprolit. Seperti hiu-hiu lainnya, kerangka megalodon terbentuk dari tulang rawan dan bukan dari tulang, alhasil spesimen-spesimen fosilnya tidak terjaga dengan baik. Agar dapat menopang pergigiannya yang besar, rahang megalodon kemungkinan lebih besar dan kuat daripada rahang hiu putih. Kondokranium (tengkorak dari tulang rawan) pada megalodon kemungkinan juga terlihat lebih kuat daripada hiu putih. Siripnya sendiri kemungkinan proporsional dengan ukuran tubuhnya yang besar.

Beberapa fosil vertebra megalodon telah ditemukan. Salah satu koluma vertebra yang masih terjaga sebagian telah ditemukan di Cekungan Antwerpen di Belgia pada tahun 1926. Di vertebra tersebut terdapat 150 centra vertebra dengan diameter yang berkisar antara 55 mm hingga 155 mm. Vertebra megalodon mungkin sebenarnya jauh lebih besar, dan hasil penyelidikan terhadap spesimen menunjukkan bahwa mereka memiliki jumlah centra vertebra yang jauh melebihi spesimen-spesimen hiu lainnya, kemungkinan lebih dari 200 centra; hanya hiu putih yang dapat mendekati angka tersebut. Koluma vertebra megalodon lainnya yang terjaga sebagian telah digali dari Formasi Gram di Denmark pada tahun 1983, dan vertebra ini terdiri dari 20 centra vertebra dengan diameter yang berkisar antara 100 hingga 230 mm.

Koprolit (sisa kotoran) megalodon berbentuk spiral, sehingga terdapat kemungkinan bahwa hiu ini memiliki katup spiral, yakni bagian dari usus bawah seperti yang dapat ditemui pada hiu-hiu lainnya dari ordo Lamniformes. Sisa-sisa koprolit dari kala Miosen telah ditemukan di Beaufort County, South Carolina, dan salah satunya memiliki panjang 14 cm.

Gottfried et al. telah membuat reka ulang kerangka megalodon yang kemudian dipamerkan di Museum Laut Calvert di Amerika Serikat dan juga di Museum Afrika Selatan Iziko. Hasil reka ulang ini memiliki panjang 11,3 m dan merupakan rekonstruksi megalodon jantan, berdasarkan perubahan ontogenetik yang dialami oleh hiu putih dalam rentang kehidupannya.