Jabarkan Kompetisi Asia dari Persipura Jayapura

Dalam beberapa kesempatan Persipura tampil di Piala AFC dan Liga Champions Asia, yang diawali dari Liga Champions Asia 2010. Mereka menghadapi Jeonbuk Hyundai Motors, Changchun Yatai F.C. dan Kashima Antlers dan finis di peringkat terbawah dengan hanya sekali menang melawan Changchun Yatai. Di tahun selanjutnya, Persipura mengikuti Piala AFC 2011 dan mampu melaju hingga perempatfinal sebelum dikalahkan tim Irak Arbil SC. Pada Liga Champions musim 2012, mereka tak lolos ke fase grup karena ditekuk Adelaide United (Australia).

Pada tahun 2014, Persipura lolos ke fase grup Piala AFC menggungguli Churchill Brothers S.C., Home United dan New Radiant S.C. Kemudian, mereka melawan Yangon United F.C. di babak 16 besar yang dapat dikalahkan dengan skor 9-2 dengan Boakay Eddie Foday mencetak lima gol. Merekapun menang atas Kuwait SC di perempatfinal dan lolos ke semifinal untuk menghadapi Qadsia SC. Namun, Persipura dikalahkan tim asal Kuwait tersebut dengan agregat 10-2.

Persipura kembali tampil di Piala AFC pada musim 2015 berkat finis kedua pada LSI 2014 dan langsung lolos ke fase grup. Di fase tersebut, mereka menjadi juara dari grup yang terdiri dari Bengaluru FC, Maziya S&RC dan Warriors FC. Pada babak 16 besar, mereka akan melawan Pahang FA namun tim dari Malaysia tersebut tidak dapat hadir dikarenakan masalah visa dan pertandigan dianggap WO atau walkover. Pada akhirnya, Persipura terhenti akibat FIFA membekukan PSSI yang diintervensi pemerintah sehingga semua kegiatan persepak bolaan di Indonesia tak bisa dijalankan.

Persipura dijadwalkan bertanding di Piala AFC 2021, namun kompetisi tersebut gagal digelar akibat Pandemi Covid-19.