Jabarkan Priode 2000-an dari Stratovarius

Selama periode ini, ketegangan meningkat dalam grup ini, sementara pada tahun 2004 Stratovarius dibubarkan setelah Timo Tolkki menderita gangguan saraf. Beberapa bulan setelah Timo Tolkki masuk ke rehabilitasi untuk suatu periode. Selama ini Timo Kotipelto merilis album keduanya dengan sisi proyek solonya berjudul Kotipelto. Pada tahun 2005 Jari Kainulainen setelah rilis album karena alasan dari Timo Tolkki. Jari Kainulainen segera diganti dengan Lauri Porra, dan pada tahun 2006 band ini mulai bekerja pada sebuah album baru yang diberi judul Stratovarius, tetapi sebagai masalah internal meningkat proyek terhenti. Akhirnya band ini sepkat membagi dengan Johansson dan Porra mendukung Tolkki di satu sisi, dan Kotipelto dan Michael di sisi lain. Akhirnya, pada tanggal 4 Maret 2008, Tolkki secara resmi menyatakan bahwa ia mengundurkan diri dari Stratovarius.

Sebagai anggota lama Timo Tolkki memegang hak atas nama Stratovarius dan semua royalti, itu adalah niat awalnya untuk benar-benar membubarkan Stratovarius. Namun, pada 20 Mei 2008 ia setuju untuk menandatangani hak atas nama Stratovarius dan semua royalti untuk Timo Kotipelto, Stratovarius akhirnya menemukan seorang gitaris pengganti dengan Matias Kupiainen untuk segera mulai bekerja di album berikutnya.

Pada tahun 2009 mereka merilis album Polaris, yang mencapai No 2 album terbaik di Finlandia. Ini adalah album pertama setelah kepergian Timo Tolkki dan Jari Kainulainen, dan menampilkan dua musisi baru Matias Kupiainen (gitaris) dan Lauri Porra (bassis). Album ini menghasilkan dua single "Deep Unknown" dan "Tinggi We Go". Pada tahun 2010 album ini dirilis ulang bersama dengan bahan yang berbeda direkam selama Tour Polaris.

Pada bulan September 2010, Stratovarius mengumumkan dimulainya rekaman album kedua mereka dengan Matias Kupiainen pada gitar. Sebelum resmi meluncurkan album, EP Jam Darkest dirilis dengan lagu-lagu baru "Jam Darkest" dan "Infernal Maze", ditambah dua rekaman live dari lagu tua. Untuk mempromosikan album baru, Stratovarius melakukan tur bersama Helloween. Tetapi pada November 2010 drummer Stratovarius Jorg Michael menderita kanker, ia sementara digantikan oleh Alex Landenburg dalam tur bersama Helloween tersebut.

Pada tahun 2011 band ini merilis album baru mereka berjudul Elysium yang cepat mencapai No 1 di Finlandia. Lagu-lagu populer di album ini adalah "Darkest Hours"''' dan "Under Flaming Skies", dan 18-menit bertema Epik yaitu "Elysium", lagu terpanjang yang pernah tercatat Stratovarius.

Pada bulan Januari 2011 Jorg Michael telah mengumumkan rencananya untuk meninggalkan band karena alasan pribadi. Jörg memainkan semua jadwal tur yang tersisa sampai dengan tanggal 31 Januari di Guatemala City, dan tur di Finlandia untuk konser perpisahan Jorg dari tanggal 18 November sampai 26 November. Pada bulan Maret 2012 band ini resmi mengumumkan bahwa mereka sudah mendapatkan drummer baru, yaitu bernama Rolf Pilve.