Jabarkan Ekspansi universitas (1966–1999) dari Universitas Jenderal Soedirman

Pengembangan Unsoed baru dimulai beberapa tahun setelah pendiriannya sejak 1963 silam. Pada tahun 1966, didirikan Fakultas Peternakan yang merupakan hibah dari Universitas Islam Indonesia Yogyakarta yang sebelumnya adalah hasil pengembangan dari program Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan UII Cabang Purwokerto.

Kepemimpinan rektor kedua Unsoed, Soedaman Hadisoetjipto, menghasilkan pendirian Fakultas Hukum Universitas Jenderal Soedirman yang merupakan inisiatif pengembangan disiplin ilmu pengetahuan kemasyarakatan pertama di Unsoed setelah membandingkan keberadaan fakultas hukum di universitas lain yang sudah lebih dahulu berdiri, seperti Fakultas Hukum Universitas Gadjah Mada, Fakultas Hukum Universitas Padjadjaran, dan Fakultas Hukum Universitas Diponegoro. Tidak hanya itu, dalam periode ini juga Unsoed mendirikan program studi kejuruan, yakni Program Diploma Ahli Kesekretariatan, Ahli Administrasi, dan Ternak Unggas dan Perah. Di luar akademik, dalam periode ini Unsoed mulai merintis rencana induk pengembangan yang dimaksudkan untuk memapankan jati diri dan infrastruktur induk universitas, yakni lambang/segel universitas, identitas, lagu wajib/himne, dan gedung perkuliahan dan kantor kampus. Sampai pengujung jabatan rektor kedua ini pula menjadi akhir kepemimpinan rektor Unsoed dari tokoh berlatar belakang militer.

Raden Djanuar, guru besar Fakultas Peternakan, yang menjabat sejak 1982–1986 sebagai rektor ketiga Unsoed merupakan titik awal kepemimpinan Universitas Jenderal Soedirman oleh tokoh cendekiawan dan masyarakat sipil. Sejak periode kepemimpinan ini, pengembangan Unsoed menjadi lebih masif dengan pembangunan kampus baru di Karangwangkal, Purwokerto Utara, hanya berjarak beberapa blok ke arah tenggara dari kampus utama di Grendeng yang ada di sebelah barat laut. Di tahun-tahun kepemimpinannya pula dilanjutkan rencana pendirian program studi kejuruan pada tahun 1983, yakni Program Diploma Pendidikan Ahli Keuangan, Pendidikan Ahli Administrasi Perkantoran, dan Pendidikan Ahli Ternak Unggas dan Perah. Visi pendirian Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Jenderal Soedirman di akhir masa jabatan Raden Djanuar baru terwujud dengan didirikannya Program Sarjana Sosiologi dan Administrasi Negara sejak tahun 1984 yang masih harus menginduk pada Fakultas Hukum Unsoed.

Rektor keempat Unsoed sekaligus guru besar Fakultas Ekonomi Unsoed, Roedhiro, dalam masa kepemimpinannya memfokuskan pendirian Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Unsoed yang baru bisa diresmikan pada masa jabatan rektor berikutnya, Soebardi. Naiknya signifikansi pengembangan program ilmu pengetahuan kemasyarakatan dan animo masyarakat yang tinggi membuat izin pendirian Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Unsoed baru bisa tuntas di periode ini pada tanggal 21 Oktober 1993 berdasarkan Surat Keputusan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0377/O/1993 dan membuat Program Sarjana Sosiologi dan Administrasi Negara resmi memisahkan diri dari Fakultas Hukum Unsoed. Di masa kepemimpinan rektor Soebardi pula, Unsoed mulai merintis program studi pascasarjana yang ditandai dengan berdirinya Program Magister Manajemen sejak 1986.

Pengembangan akademik dan internasionalisasi (2000–2013)

Kepemimpinan rektor keenam dipegang oleh Rubijanto Misman yang merupakan lulusan Unsoed dari Fakultas Biologi dan menjadi salah satu guru besar pertama di Unsoed. Pengembangan program sarjana di bidang teknik mulai dirintis oleh Rubijanto Misman dalam masa jabatan keduanya yang diawali dengan nota kesepahaman antara Rektor Unsoed dengan Triyono Budi Sasongko, Bupati Purbalingga, dalam pendirian Program Sarjana Teknik di Blater, Purbalingga, dengan skema hibah lahan (land grant) seluas 13 hektare dalam tujuan pengembangan Purbalingga sebagai kawasan industri dan salah satu kota penyangga Purwokerto di wilayah Eks-Keresidenan Banyumas. Selain itu, di tahun 2001, Unsoed mulai merintis pendirian Program Sarjana Pendidikan Dokter dengan rencana pembangunan Fakultas Kedokteran di Kompleks Rumah Sakit Umum Daerah Margono Soekarjo. Pengembangan terakhir dalam kepemimpinan Rubijanto Misman adalah pendirian program pascasarjana secara masif di berbagai fakultas.

Rektor ketujuh, Soedjarwo, dalam masa jabatannya berfokus pada perluasan program studi dalam jenjang diploma, sarjana, hingga pascasarjana.

Rektor kedelapan, Edy Yuwono, yang juga merupakan guru besar Fakultas Biologi, mulai mencanangkan misi penjenamaan Unsoed dalam mewujudkan universitas berstandar internasional atau world class civic university yang dilakukan dengan pengembangan kemitraan oleh Unsoed dengan perguruan tinggi dan institusi di luar negeri. Misi ini kemudian dilanjutkan oleh kepemimpinan rektor kesembilan, Mas Yedi Sumaryadi yang menjabat sejak 2013–2014. Di masa ini pula Unsoed mulai membangun rumah sakit gigi dan mulut pertama di Provinsi Jawa Tengah sebagai upaya pengembangan studi kedokteran.

Restrukturisasi dan transisi menuju badan hukum (2014–sekarang)

Kepemimpinan rektor kesepuluh Unsoed, Achmad Iqbal, yang sebelumnya merupakan Dekan Fakultas Pertanian Unsoed, menghasilkan kebijakan restrukturisasi universitas dengan menimbang 57 program studi, yang pada masanya tergabung hanya dalam enam fakultas, agar dipecah menjadi dua belas fakultas dengan disiplin ilmu dalam satu rumpun yang sama untuk memudahkan pengembangan akademik dan institusional, yang kemudian disahkan oleh Keputusan Menteri Pendidikan Nasional dan Surat Keputusan Rektor Unsoed Tahun 2014 Nomor 1600/UN23/OT.01/2014 tertanggal 24 Oktober 2014 tentang Penetapan Fakultas-Fakultas Baru Universitas Jenderal Soedirman.

Dalam kepemimpinan rektor kesebelas, Suwarto, Unsoed resmi menyandang akreditasi institusi "A" oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Di periode ini pula Unsoed mulai mengalami perkembangan infrastruktur seperti pembangunan fasilitas dan gedung perkuliahan, revitalisasi kampus, dan rencana pembangunan aset bendawi (tangible) seperti gedung dan aset tak benda (intangible) seperti paten atau bisnis universitas untuk meningkatkan penerimaan negara bukan pajak (PNBP), seperti rencana pembangunan hotel universitas Unsoed Inn, unit usaha dan ritel seperti Unsoed Campus Cafe dan Soedirman Adventure Coffee, pasar swalayan Koperasi Kampus Unsoed, kantor kas bank, gerai kewirausahaan mahasiswa, Lahan Pertanian Percobaan Pendidikan, dan Rumah Sakit Akademik seluas 5,7 hektare.

Dalam masa kepemimpinan rektor kedua belas, Akhmad Sodiq, pengembangan Unsoed difokuskan pada penjenamaan dan peningkatan rekognisi nasional dan internasional. Misi ini dilakukan dalam upaya memenuhi tuntutan Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi untuk mendorong kemandirian perguruan tinggi negeri di Indonesia menjadi badan otonom serta mengikuti jejak universitas negeri lain di Jawa Tengah yang sudah terlebih dahulu menjadi perguruan tinggi negeri badan hukum (PTN BH), yakni Universitas Diponegoro. Upaya penjenamaan Unsoed dilakukan dengan melanjutkan visi pusat keunggulan (center of excellence) Unsoed sebagai pusat pengembangan sumber daya perdesaan dan kearifan lokal yang diakui dunia tahun 2034. Pada tahun 2022, Unsoed mengalami rebranding dengan menggagas tagline "Merdeka, Maju, Mendunia" yang menandai awal fase ketiga Rencana Induk Pengembangan Unsoed tahun 2015-2034 sebagai universitas berkelas dunia.

Transisi Unsoed dari perguruan tinggi badan layanan umum (BLU) menuju badan hukum (BH) mulai dirintis dengan kandidasi Unsoed sebagai PTN BH dengan skor 300,66 (per 11 Maret 2023), pembangunan kampus cabang Unsoed di Kabupaten Pangandaran dan Kabupaten Cilacap, dan persiapan akreditasi internasional beberapa program studi oleh lembaga akreditasi internasional seperti ASIIN, FIBAA, dan IABEE.