Jabarkan biawak (Varanus salvator) dari Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu

Burung pecuk ular (Anhinga anhinga),

Raja udang biru kecil (Halcyon chloris)

Ular taliwangsa atau ular cincin emas (Boiga dendrophila)

Suaka margasatwa di Pulau Rambut dan Pulau Bokor

Di dalam laut terdapat keragaman jenis hewan laut tropis Indo-Pasifik yang tinggi, terutama jenis koral, moluska, ekinodermata dan ikan. Jenis koral yang sering kali ditemukan adalah karang daging (Porites lobata) yang kebanyakan berwarna ungu, coklat dan kekuningan; berbagai species koral dari genus Acropora yang berbentuk seperti tanduk rusa, kipas atau semak–jenis koral ini juga dibudidayakan dalam skala yang relatif besar di Pulau Pramuka dan pulau lainnya untuk konservasi dan perdagangan internasional akan warnanya yang indah; koral-koral ini termasuk (tetapi tidak terbatas) Acropora formosa, A. valida, A. hyacinthus, A. echinata, A. humilis, A. millepora, dan A. cytherea. Bisa juga ditemukan koral api (Millepora spp.) yang berwarna kuning sampai jingga kecoklatan yang mempunyai daya sengat yang tinggi.

Ekinodermata yang sering ditemui adalah bintang laut biru (Linckia laevigata), roti-roti (Culcita novaeguineae) yang merupakan bintang laut yang menyerupai bantal bersegi lima, bintang pasir (Archaster typicus), bintang bulu (Oxycomanthus bennetti) dan bulu babi berduri panjang atau bulu djane (Diadema setosum) yang menutup daerah yang luas di perairan dangkal. Bulu babi ini memiliki duri yang rapuh dan akan patah di dalam bila tertancap di kulit.

Kelompok moluska diwakili oleh tedong-tedong (Lambis spp.), lola susu bundar (Trochus niloticus), konus wajik (Conus marmorata) berbagai jenis kima (Tridacna spp.), kima pasir (Hippopus hippopus), gurita (Octopus spp.) dan sotong (Sepia latimanus). Walaupun demikian, kima pasir dan kima-kima lainnya yang sebelumnya ditemukan banyak di berbagai pulau menjadi terancam secara lokal karena koleksi yang melampaui batas. Sekarang, hanya sedikit kima pasir yang ditemukan di Pulau Pramuka dan hanya kima penggali (Tridacna crocea) yang dapat ditemukan di perairan pulau tersebut. Ikan-ikan dapat ditemukan secara beragam, termasuk sersan mayor (Abudefduf saxatilis) dan betok (Pomacentrus spp.). Akhir-akhir ini, overkoleksi untuk akuarium dan perdagangan ikan pangan telah membuat populasi berbagai spesies turun drastis di tempat-tempat dengan tekanan penangkapan tinggi.