Jabarkan Karya dari Joseph Theodorus Suwatan

Ia mengucapkan kaul pertama pada 31 Mei 1962, yang bertepatan dengan Pesta Santa Perawan Maria mengunjungi Elisabeth. Kaul kekal ia ucapkan tiga tahun kemudian. Ia ditahbiskan menjadi imam dari Ordo Misionaris Hati Kudus pada 8 Januari 1969 di paroki asalnya di Tegal. Setelah ditahbiskan, ia sempat menjadi pastor pembantu di Paroki Santo Josef, Purwokerto Timur. Setelah satu tahun bertugas di paroki, ia ditugaskan untuk studi lanjut di Universitas Katolik Leuven, Leuven, Belgia untuk mempelajari teologi dokmatik sejak tahun 1970 hingga tahun 1974.

Setelah lulus, ia diminta menjadi dosen teologi di Seminari Pineleng merangkap pembina para frater skolastikat. Selanjutnya ia ditugaskan menjadi superior skolastikat, pemimpin rumah bina para calon imam MSC di Pineleng selama tujuh tahun. Kapitel (rapat umum anggota) MSC Provinsi Indonesia tahun 1981 memilihnya menjadi Provinsial MSC Indonesia selama sembilan tahun atau tiga periode masa jabatan. Pada Februari 1990, Petrus Canisius Mandagi, M.S.C. terpilih sebagai Provinsial MSC.

Pada 8 Februari 1990, Paus Yohanes Paulus II menunjuknya sebagai Uskup Manado. Ia ditahbiskan menjadi Uskup Manado pada 29 Juni 1990 di Stadion Klabat. Bertindak sebagai Uskup Konsekrator adalah Uskup Agung Francesco Canalini, Pro-Nuncio Apostolik untuk Indonesia dengan gelar Uskup Agung Valeria, sementara Uskup Emeritus Manado Theodorus Hubertus Moors, M.S.C. bersama dengan Uskup Agung Semarang Julius Darmaatmadja, S.J..

Mgr. Suwatan menjadi Uskup Penahbis Pendamping bagi Mgr. Johannes Liku Ada' sebagai Uskup Tituler Amantia ketika ia diangkat menjadi Uskup Auksilier Ujung Pandang pada 2 Februari 1992.

Mgr Josef Suwatan dipilih menjadi Ketua KWI untuk masa jabatan 1997–2000. Dalam kedudukannya sebagai Ketua Konferensi Waligereja Indonesia (KWI) dan dalam kaitan dengan peringatan hari kemerdekaan Indonesia pada tahun 1999 ia menulis pernyataan keras mengecam para pemimpin negara yang gagal melayani kepentingan rakyat, serta menyerukan diakhirnya korupsi yang meluas di lingkungan pemerintah. Uskup Suwatan juga turut berperan dalam ikut meredakan kerusuhan di Poso, Sulawesi Tengah. Pada tahun 2001 ia mengimbau komunitas internasional agar mencegah terjadinya genosida di Poso. Ia juga memimpin perayaan Ekaristi untuk memberikan penghormatan terakhir kepada seorang imam Yesuit, Tarcisius Dewanto, S.J., anggota Serikat Yesus Provinsi Indonesia yang ikut menjadi korban tindak kekerasan di Timor Timur, di kompleks Gereja Nossa Senhora de Fatima, Suai pada awal September 1999.

Ia dikenal sebagai sosok yang mandiri, humoris dan suka anak-anak. Kepemimpinan Keuskupan Manado kemudian dilanjutkan oleh Mgr. Benedictus Estephanus Rolly Untu, M.S.C. yang terpilih pada 12 April 2017 dimana ia menjadi Penahbis pendamping bersama dengan Mgr. Johannes Liku Ada'.

Mgr. Suwatan menjadi Uskup Ko-konsekrator, bersama dengan Uskup Agung Makassar, Mgr. Johannes Liku Ada' dalam pentahbisan Mgr. Benedictus Estephanus Rolly Untu, M.S.C.. Duta Besar Vatikan untuk Nigeria terpilih, Mgr. Antonio Guido Filipazzi bertindak sebagai Pentahbis Utama.