Jabarkan 2000an dari American Airlines

Robert Crandall digantikan oleh Donald J. Carty, pada tahun 1998, ia pun mengusahakan pembelian TWA yang hampir bangkrut beserta pusat penghubungnya di St. Louis, pada bulan April 2001.

American Airlines mulai merugi pada awal dekade 2000an, terlebih lagi setelah adanya Peristiwa 9/11 yang menghancurkan dua pesawatnya. Pusat penghubungnya di St. Louis pun diperkecil, American juga meluncurkan program More Room Throughout Coach (dengan melepas beberapa baris kursi di pesawat), menghapus kelas ekonomi di beberapa penerbangan internasional, dan beberapa upaya pembenahan lainnya. Walaupun begitu, American tetap berekspansi ke negara baru, termasuk Irlandia, India, dan Tiongkok. Pada tanggal 20 Juli 2005, American mengumumkan laba kuartalan pertama, setelah 17 kuartal sebelumnya selalu merugi. America berhasil mencatatkan laba sebesar $58 juta di kuartal kedua tahun itu.

American juga mendukung pembatasan penggunaan bandara Dallas Love Field. Pada tanggal 15 Juni 2006, American menyatakan setuju dengan Southwest Airlines, pemerintah kota Dallas dan Fort Worth untuk mengusahakan agar Love Field tetap menjadi bandara domestik.

Krisis Finansial 2008 kembali memberi dampak yang cukup besar ke banyak maskapai penerbangan. Pada tanggal 2 Juli 2008, American pun memberhentikan sementara 950 pramugari, ditambah juga dengan pemberhentian sementara operasi 20 unit MD-80 miliknya. Penerbangan American ke pusat penghubungnya di Bandara Internasional Luis Muñoz Marin di San Juan, Puerto Riko juga dikurangi dari 38 ke 18 penerbangan dalam sehari. Pada akhir bulan Agustus 2009, semua Airbus A300 milik American juga diistirahatkan di Roswell.

American juga menutup fasilitas perbaikannya di Kansas City. Pada tanggal 13 Agustus 2008, The Kansas City Star melaporkan bahwa American akan memindahkan perbaikan Boeing 757 dan Boeing 767 dari Kansas City ke Tulsa, Oklahoma. Pada tanggal 28 Oktober 2009, American memberitahu pegawainya bahwa mereka akan menutup fasilitas perbaikan miliknya di Kansas City pada bulan September 2010, dan juga akan menutup atau mengurangi pegawai di lima fasilitas perbaikan lainnya, sehingga 700 orang akan diberhentikan.

American akhirnya resmi menutup fasilitas perbaikannya di Kansas City pada tanggal 24 September 2010.

American juga telah beberapa kali bermasalah dengan FAA mengenai perawatan MD-80 miliknya, bahkan pada bulan April 2008, American harus membatalkan 1.000 penerbangan guna mengecek sistem kabel di semua MD-80 miliknya, selama tiga hari. Pada bulan September 2009, Associated Press dan The Wall Street Journal melaporkan bahwa American dituduh oleh FAA telah menyembunyikan laporan perbaikan dari sedikitnya 16 unit MD-80 miliknya. American juga dituduh telah mempensiunkan satu pesawatnya agar lolos dari inspeksi FAA. American pun mulai mengganti MD-80 miliknya dengan Boeing 737, Airbus A319, dan Airbus A321.