Jabarkan Penyerang dari Serangan 11 September 2001

Berjam-jam setelah serangan, FBI mengeluarkan nama-nama pembajak dan pilot yang dicurigai kepada umum, di samping informasi pribadi tertentu mereka. Mohamed Atta dari Mesir merupakan ketua 19 perampas dan salah seorang pilot. Atta tewas dalam serangan bersama semua pembajak yang lain, tetapi bagasinya (yang tidak terhubung dari penerbangannya dari Portland ke Penerbangan 11) mengandung kertas-kertas yang mengungkapkan identitas semua 19 pembajak dan petunjuk-petunjuk penting yang lain rencana, motif dan latar belakang mereka. Pada tengah hari, Badan Keamanan Negara memintas komunikasi yang mengarah ke Osama bin Laden, begitu juga dengan lembaga intelijen Jerman.

Pada 27 September 2001, FBI mengeluarkan gambar 19 perampas beserta informasi kewarganegaraan dan nama-nama lain yang mungkin digunakan oleh mereka. 15 dari mereka berasal dari Arab Saudi, dua dari Uni Emirat Arab, seorang dari Mesir (Atta), dan seorang dari Libanon.

Investigasi FBI terhadap kejadian yang bernama kode Operasi PENTTBOM, merupakan upaya investigasi yang terbesar dan paling rumit dalam sejarah FBI, melibatkan lebih 7.000 agen khusus. Amerika Serikat menemukan bahwa al-Qaeda pimpinan Osama bin Laden bertanggung jawab atas serangan ini, sementara FBI mengatakan bahwa "bukti yang mengaitkan al-Qaeda dan bin Laden dengan serangan 11 September adalah jelas dan tidak dapat disangkal". Inggris mendapat kesimpulan yang sama bahwa al-Qaeda dan Osama bin Laden bersalah atas serangan 11 September.

Pengarang Laurie Mylroie yang menulis dalam majalah siasah konservatif The American Spectator pada tahun 2006, berhujah bahawa Khalid Sheikh Mohammed sekeluarga merupakan perancang utama 9/11 dan serangan-serangan seumpamanya, manakala kaitan Khalid Sheikh Mohammed dengan Osama bin Laden adalah sampingan dan pengakuan bertanggung jawab al-Qaeda atas serangan itu datang selepas hakikat itu dan bersifat oportunis. Bekas pejabat CIA, Robert Baer, menuliskan pernyataan yang bertentangan dengan argumen Mylorie dalam majalah Time pada tahun 2007, dengan menegaskan bahwa pengungkapan pengakuan bertanggung jawab Khalid Sheikh Mohammed pada 9/11 dan tindakan-tindakan lain oleh pemerintah pimpinan George W. Bush merupakan cobaan yang berdusta untuk mengklaim bahwa semua pelaku utama 9/11 telah ditangkap.