Jabarkan Universitas Res Publika (1962–1965) dari Universitas Trisakti

Pemilihan nama Universitas Res Publica itu sendiri diambil dari kepingan pidato kepresidenan yang disampaikan oleh Presiden Soekarno yang berarti "Untuk Kepentingan Umum", sehingga Universitas Res Publica pada waktu itu adalah suatu wadah pendidikan yang didirikan dan bertujuan untuk mewakili kepentingan rakyat dan masyarakat banyak. Selang beberapa tahun setelah itu, Indonesia mengalami peristiwa G30SPKI pada tahun 1965, yang mengakibatkan dibubarkannya Baperki oleh pemerintahan Orde Baru pada tahun 1966. Kejadian tersebut secara langsung menyebabkan pengambil alihan URECA, kembali ke tangan pemerintah. Hal ini disebabkan karena URECA pada saat itu digolongkan sebagai salah satu kendaraan golongan Komunis Indonesia yang anti Pancasila, dan dianggap telah berkhianat kepada kedaulatan kehidupan kebangsaan dan bernegara.

Seiring dengan tergulingnya masa pemerintahan Presiden Soekarno, banyak mahasiswa URECA yang sebelumnya telah terdaftar di Universitas tersebut, tidak mau mendaftarkan kembali status kemahasiswaan mereka. Hal ini dikarenakan banyak dari mereka yang telah terdaftar menjadi anggota, partisipan maupun pengurus dari organisasi CGMI (Consentrasi Gerakan Mahasiswa Indonesia) yang mempunyai kecenderungan beraliran kiri (oposisi pemerintah) atau sekadar khawatir akan stigmatisasi kiri beserta paham komunisnya. Selanjutnya Universitas Trisakti berdiri setelah dibubarkannya Universitas Res Publica oleh masa pemerintahan orde baru, yang pada awalnya merupakan prakarsa dari ketua umum Baperki, Siauw Giok Tjhan

Setelah dibubarkannya Universitas Res Publica dan pengambilalihan gedung operasional oleh pemerintah masa Orde Baru, Universitas Trisakti terlahir dengan wujud dan bentuk yang baru. Pembentukan susunan kepengurusan dan keanggotaan dewan operasional yang dilakukan dan dipimpin langsung oleh pemerintah. Dari pembentukan tersebut maka disepakati bahwa universitas akan dipimpin oleh Presidium sementara yang terdiri dari tiga unsur, yaitu unsur Departemen PTIP, unsur ABRI dan unsur Lembaga Pembinaan Kesatuan Bangsa (LPKB).

Universitas Trisakti (1965 – sekarang)

Berdasarkan konsensus tersebut maka Universitas Trisakti merupakan unit perguruan tinggi swasta pertama dan satu-satunya yang didirikan oleh pemerintah Republik Indonesia. Pada awal berdirinya Universitas Trisakti hanya terdapat 5 Fakultas, yaitu Fakultas Teknik yang dibawahnya terdapat 5 jurusan (Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Sipil, Arsitektur & Seni Rupa), Fakultas Kedokteran Gigi, Fakultas Kedokteran, Fakultas Ekonomi dengan 2 Jurusan (Ekonomi Perusahaan, Ekonomi Akuntansi), serta Fakultas Hukum dan Pengetahuan Masyarakat.

Kampus Universitas Trisakti juga dikenal karena keterterlibatannya dalam peristiwa 12 Mei 1998 atau yang lebih dikenal dengan Tragedi Trisakti yang menyebabkan empat mahasiswa Universitas Trisakti meninggal dunia dalam baku tembak oleh aparat keamanan, sesaat para mahasiswa memutuskan untuk melanjutkan demo dan turun ke jalan. Mahasiswa yang telah gugur adalah: Elang Mulya Lesmana, Hafidhin Royan, Hery Hartanto dan Hendriawan Sie.