Jabarkan Daftar Rektor Seminari dari Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan

Romo A. Soenarja, SJ (1960-1965)

Pater Carolus Carri, SJ dan Tan Soe Ie, SJ

Romo M. Soenarwidjaja, SJ (1981-1987)

Romo JB. Sugiyarto, SJ (1988-1991)

Romo I. Warnabinarja, SJ (1997-2000)

Romo F.X. Adi Susanto, SJ (2000–2005)

Romo Antonius Gustawan, SJ (2005-2011)

Romo Ignatius Sumarya, SJ (2011 - 27 Oktober 2013)

Romo Thomas Becket Gandhi Hartono, SJ (2013 - 18 Agustus 2018)

Romo Leo Agung Sardi, SJ (18 Agustus 2018 - 28 Agustus 2020)

Romo Hilarius Budiarto Gomulia, SJ (28 Agustus 2020 - 16 Januari 2023)

Romo Markus Yumartono, SJ (16 Januari 2023 - sekarang)

Pada tahun 2012, Peringatan 100 Tahun Seminari Menengah St Petrus Canisius Mertoyudan (1912-2012) Magelang diselenggarakan dengan tema "Setia Menyemai: memersiapkan bibit imam yang multi-kultural dan berwawasan lingkungan sebagai kader pemimpin Gereja dan bangsa". Perayaan diwujudkan dalam pelbagai kegiatan mulai dari sosialisasi pada awal Januari 2011, novena dengan Misa bulanan yang dipersembahkan oleh Uskup-uskup alumni Seminari Menengah Mertoyudan dengan tema yang berbeda-beda sejak Mei 2011

Misa Novena I, Mei 2011, oleh Kardinal Julius Darmaatmadja, S.J. bertajuk Keluargaku Seminari Kecil

Misa Novena II, Juni 2011, oleh Mgr. Herman Joseph Sahadat Pandayaputra O.Carm, Uskup Keuskupan Malang, bertajuk Keluarga Bahagia, Keluarga Misioner

Misa Novena III, Agustus 2011, oleh Mgr. Yustinus Hardjosusanto MSF, Uskup Keuskupan Tanjung Selor, bertajuk Remaja Masa Kini: Cerdas, Sehat, Suci

Misa Novena IV, September 2011, oleh Mgr. Aloysius Sutrisnaatmaka MSF, Uskup Keuskupan Palangkaraya, bertajuk Beriman Dengan Berakar pada Budaya Setempat

Misa Novena V, Oktober 2011, oleh Mgr. Julianus Sunarka, SJ, Uskup Keuskupan Purwokerto bertajuk Berbagi Kekayaan Iman, Berbagi Kelimpahan Hidup

Misa Novena VI, November 2011, oleh Mgr. Nicolaus Adi Seputra MSC, Uskup Agung Keuskupan Agung Merauke bertajuk Menjadi Green Priest, Mengapa Tidak?

Misa Novena VII, Februari 2012, oleh Mgr Ignatius Suharyo, Uskup Agung Keuskupan Agung Jakarta bertajuk Beriman Untuk Bertindak Adil

Misa Novena VIII, Maret 2012, oleh Mgr. Blasius Pujaraharja, Uskup Keuskupan Ketapang bertajuk Beriman: Tangguh dan Mendalam

Misa Novena IX, April 2012, oleh Mgr. Johannes Pujasumarta, Uskup Agung Keuskupan Agung Semarang bertajuk Pastor Pelayan dan Motivator Kharisma.

Juga dilakukan "Pertemuan Akbar Seminari Regio Jawa-Bali pada bulan Juni 2011; berbagai lomba-lomba menulis, membuat karikatur, melukis; Training for Trainers untuk pembimbing iman anak dan remaja; bakti sosial pengobatan gratis dan seminar kesehatan; serta Misa Syukur 100 Tahun Seminari Menengah Mertoyudan pada 2 Juni 2012, dilanjut dengan aneka pentas seni dan malamnya ditutup dengan pagelaran wayang kulit dengan dhalang Ki Radya Harsono, dengan lakon Dewa Ruci.