Jabarkan Pemenjaraan: 1954–1961 dari Jomo Kenyatta

Selama proses banding, sebuah penjara telah dibangun di Lokitaung. Kenyatta dan empat orang lainnya kemudian dijebloskan ke sana. Keempat tahanan lainnya dipaksa bekerja memecah batu di tengah matahari terik, tetapi Kenyatta karena sudah tua diangkat menjadi juru masak mereka. Ia setiap harinya menyiapkan makanan yang terdiri dari kacang dan mielie. Pada tahun 1955, P. de Robeck diangkat menjadi District Officer, dan setelah itu Kenyatta dan para tahanan lainnya diperlakukan dengan lebih baik. Pada April 1954, seorang panglima Mau Mau yang bernama Waruhiu Itote juga dijebloskan ke penjara tersebut. Kenyatta berteman dengannya dan mengajarkannya bahasa Inggris. Pada tahun 1957, para tahanan telah terbagi menjadi dua kelompok yang saling berlawanan. Kenyatta dan Itote berada di satu pihak, sementara anggota KAU yang lain (yang menyebut diri mereka "Partai Demokrat Nasional" berada di pihak lain. Pernah ada suatu kejadian ketika salah satu musuh Kenyatta mencoba menikamnya saat sarapan. Kesehatan Kenyatta memburuk di penjara; penggunaan borgol telah membuat sakit kakinya, dan ia juga mengidap dermatitis di sekujur tubuhnya.

Kenyatta sendiri menjadi martir politik di mata banyak orang Kenya. Seorang pegiat antikolonial dari suku Luo, Jaramogi Oginga Odinga, adalah orang pertama yang secara terbuka menyerukan agar Kenyatta dilepas, dan hal ini juga didukung oleh tokoh-tokoh antikolonial Kenya lainnya. Pada 1955, penulis Britania Montagu Slater (seorang sosialis yang bersimpati dengan Kenyatta) merilis buku The Trial of Jomo Kenyatta. Pada tahun 1958, Rawson Macharia, saksi kunci dalam pengadilan Kenyatta, menandatangani pernyataan bahwa kesaksiannya palsu; hal ini menarik perhatian media. Pada akhir dasawarsa 1950-an, Kenyatta yang berada di penjara telah menjadi simbol nasionalisme Afrika.

Setelah menjalani hukumannya, pada April 1959 Kenyatta dilepaskan dari Lokitaung. Pemerintah Kenya lalu membatasi pergerakannya dan memaksanya untuk tinggal di daerah terpencil di Lodwar. Di tempat itu pun ia harus melapor kepada komisioner distrik dua kali sehari. Di situ, istrinya, Ngina, juga ikut datang. Pada Oktober 1961, ia melahirkan seorang anak laki-laki yang bernama Uhuru, dan kemudian seorang anak perempuan yang bernama Nyokabi dan satu anak laki-laki lagi yang bernama Muhoho. Kenyatta menghabiskan waktu selama dua tahun di Lodwar. Gubernur Kenya Patrick Muir Renison bersikeras bahwa tindakan ini diperlukan; dalam pidatonya yang disampaikan pada Maret 1961, ia menyebut Kenyatta sebagai "pemimpin Afrika menuju kegelapan dan kematian", dan menurutnya jika ia dilepaskan, kekerasan akan merebak.

Penahanan tanpa ada batasan waktu ini dianggap oleh dunia internasional sebagai bentuk kekejaman imperialisme Britania. Seruan untuk membebaskannya dilontarkan oleh pemerintah Tiongkok, India di bawah kepemimpinan Nehru, dan Tanganyika di bawah Julius Nyerere. Presiden Ghana yang baru saja merdeka, Kwame Nkrumah (yang kenal dengan Kenyatta sejak dasawarsa 1940-an) secara pribadi membahas isu ini di hadapan Perdana Menteri Harold Macmillan dan pejabat-pejabat Britania lainnya, dan pemerintah Ghana menawarkan suaka kepada Kenyatta apabila ia dilepaskan. Konferensi Bangsa-bangsa Seluruh Afrika yang digelar di Tunis pada tahun 1960 dan Kairo pada tahun 1961 mengeluarkan resolusi yang menyerukan pembebasannya. Dari dalam negeri, seruan pembebasan Kenyatta juga disampaikan oleh Kenya Indian Congress, sementara jajak pendapat yang dilakukan oleh pemerintah kolonial menunjukkan bahwa sebagian besar penduduk asli kulit hitam ingin agar ia dibebaskan.

Pada saat itu, pemerintah Britania sudah bisa menerima bahwa kemerdekaan Kenya sudah tak terhindarkan lagi. Britania telah kehilangan banyak jajahannya di Asia, dan MacMillan juga sudah menyampaikan pidato "Wind of Change" (Angin Perubahan). Pada Januari 1960, pemerintah Britania menyatakan niatnya untuk melepaskan Kenya. Mereka mengundang perwakilan-perwakilan dari gerakan antikolonial Kenya untuk membahas proses peralihan di Lancaster House, London. Mereka sepakat bahwa pemilu akan digelar untuk memilih 65 anggota Dewan Legislatif, dan 33 kursi dikhususkan untuk orang kulit hitam, 20 untuk kelompok etnis lain, dan 12 untuk "anggota nasional" yang dipilih oleh pemilih dari segala latar belakang ras. Tampak jelas bagi semua orang pada saat itu bahwa Kenyatta akan menjadi tokoh penting dalam panggung perpolitikan Kenya.

Setelah perundingan Lancaster House, gerakan antikolonial telah terpecah menjadi dua kelompok yaitu Kenya African National Union (KANU) yang didominasi oleh suku Kikuyu dan Luo, serta Kenya African Democratic Union (KADU) yang dipimpin oleh anggota kelompok-kelompok etnis yang lebih kecil seperti Kalenjin dan Maasai. Pada Mei 1960, KANU mencalonkan Kenyatta sebagai kepalanya, tetapi pemerintah Britania memvetonya dan bersikeras bahwa Kenyatta adalah dalang di balik gerakan Mau Mau. KANU lalu menyatakan bahwa mereka menolak ikut serta dalam pemerintahan kecuali jika Kenyatta dibebaskan. Menjelang pemilihan umum Kenya 1961 untuk memilih anggota Dewan Legislatif, KANU berkampanye dengan menggunakan isu penahanan Kenyatta, dan akhirnya mereka mendapatkan suara terbanyak. Namun, KANU menolak membentuk pemerintahan, dan yang akhirnya bertindak adalah KADU dan partai-partai kecil lainnya. Kenyatta mengamati perkembangan ini, tetapi ia menolak memihak KANU ataupun KADU dan malah menginginkan agar kedua partai ini bersatu.