Jabarkan Newcastle United dari Michael Owen

Pada 24 Agustus 2005, Newcastle United mengumukan bahwa mereka telah sepakat memecahkan rekor transfer klub sebesar £16.8 juta untuk mendapatkan jasa Michael Owen. Liverpool dan rival sekotanya, Everton, sebelumnya ikut dalam perburuan pemiin ini. Namun keduanya munsur karena menolak besaran harga yang ditawarkan oleh Real Madrid. Dikarenakan jadwal Piala Dunia 2006 semakin dekat, Owen menginginkan lebih banyak waktu bermain untuk mengamankan posisi sebagai penyerang di timnas Inggris dan bergabung dengan Newcastle. Pada 31 Agustus 2005, Owen resmi meneken kontrak bermain untuk Newcastle United. Sekitar 20,000 fans hadir di St James' Park saat pengenalan resmi Owen sebagai pemain anyar Newcastle. Beberapa hari setelahnya, Owen mendapat cedera paha dan membuatnya absen dalam pembukaan musim 2005–06. Ia mencetak gol pertamanya untuk klub pada penampilan keduanya saat menang 3–0 atas Blackburn Rovers pada 18 September – kemenangan pertama Newcastle musim tersebut. Owen mencetak hat-trick pertamanya bersama Newcastle saat menang 4–2 atas West Ham pada 17 Desember. Trigolnya tersebut merupakan sebuah "hat trick sempurna"; masing-masing gol dicetak menggunakan kaki kiri, kaki kanan, dan kepala.

31 Desember 2005, Owen menderita patah tulang metatarsus di kakinya saat pertandingan melawan Tottenham Hotspur dan baru bisa bermain kembali beberapa bulan kemudian. Sebuah kerusakan ligamen krusiat anterior di lutut kanannya, di dapat saat berlaga di pertandingan babak grup Piala Dunia 2006. Hal ini membuat Owen absen dari lapangan hijau hampir satu tahun, tepatnya hingga April 2007. Keseriusan cedera yang diderita Owen saat Piala Dunia tersebut, memicu timbulnya apa yang disebut percekocokan 'klub-versus-negara' di Inggris, yang menyoroti pertanggungjawaban FIFA dan FA atas biaya pemulihan cedera yang didapat pemain saat bermain untuk negara.

Di akhir September 2007, setelah berusaha untuk bermain bagi Newcastle United dan Inggris, dilaporkan bahwa ia membutuhkan operasi untuk hernia ganda dan diperkirakan akan absen selama sebulan. Pada November 2007, ia menderita cedera paha yang mengharuskannya istirahat selama enam pekan. Walau diterpa berbagai cedera dan sempat puasa gol selama 3 bulan, Owen tetap bermain semaksimal mungkin dan terus berusaha mencetak gol. Total sebanyak 11 gol berhasil ia sarangkan pada musim tersebut. Pada musim 2008–09, Owen absen di seluruh pertandingan pra-musim dan beberapa pertandingan persahabatan internasional karena terkena gondongan. Ia juga kembali menderita cedera betis di awal-awal musim tersebut. Secara keseluruhan, pada musim ini ia bisa dikatakan tampil lebih konsisiten dibandingkan dengan musim sebelumnya. Ia mencetak 4 gol dari 12 kali penampilan.

Pada 22 Desember 2008, Owen menolak kontrak baru yang ditawarkan oleh Newcastle. Dengan semakin dekatnya batas akhir kontrak, ditambah kurangnya minat dari klub Liga Primer lain, muncul rumor bahwa karier Owen sudah tamat dan dirinya telah berniat untuk pensiun. Pada hari terakhir musim tersebut, 24 Mei 2009, Newcastle terdegradasi dari Liga Primer untuk pertama kalinya dalam 15 tahun terakhir. Pada 14 Juni, dilaporkan bahwa perusahaan manajemennya, Wasserman Media Group, telah mengirimkan brosur iklan setebal 34 halaman tentang profil Owen kepada beberapa klub potensial. Pada 22 Juni, Owen memberikan konfirmasi bahwa ia tidak akan memperpanjang kontrak dengan Newcastle, dengan pilihan pindah ke klub Liga Primer lain, atau klub papan atas di luar negeri. Dilaporkan pula bahwa Owen tidak akan memulai negosiasi dengan klub apapun kecuali setelah tanggal 30 Juni, saat masa kontraknya habis dan dirinya berstatus bebas transfer.