Jabarkan Nakhchivan di era pasca-Soviet dari Republik Otonom Nakhchivan

Heydar Aliyev, presiden masa depan Azerbaijan, kembali ke tempat kelahirannya di Nakhchivan pada tahun 1990, setelah digulingkan dari posisinya di Politbiro oleh Mikhail Gorbachev pada tahun 1987. Segera setelah kembali ke Nakhchivan, Aliyev terpilih menjadi anggota Majelis Agung Uni Soviet dengan suara mayoritas.

Aliyev kemudian mengundurkan diri dari Majelis Agung Uni Soviet dan setelah kudeta yang gagal pada Agustus 1991 melawan Gorbachev, ia menyerukan kemerdekaan penuh bagi Azerbaijan dan mengecam Ayaz Mütallibov untuk mendukung kudeta. Pada akhir 1991, Aliyev mengkonsolidasikan basis kekuatannya sebagai ketua Majelis Agung Soviet Nakhchivan dan menegaskan kemerdekaan hampir total Nakhchivan dari Baku.

Nakhchivan menjadi tempat konflik selama Perang Nagorno-Karabakh Pertama. Pada tanggal 4 Mei 1992, pasukan Armenia menembaki rayon Sadarak. Orang-orang Armenia mengklaim bahwa serangan itu sebagai tanggapan atas penembakan lintas perbatasan desa-desa Armenia oleh pasukan Azeri dari Nakhchivan. David Zadoyan, seorang fisikawan dan wali kota Armenia berusia 42 tahun di wilayah tersebut, mengatakan bahwa orang-orang Armenia kehilangan kesabaran setelah berbulan-bulan ditembak oleh pasukan Azeri. "Jika mereka duduk di puncak bukit kami dan melecehkan kami dengan tembakan, menurut Anda bagaimana tanggapan kami?"  Dia bertanya.

Pemerintah Nakhchivan membantah tuduhan ini dan sebaliknya menegaskan bahwa serangan Armenia itu tidak beralasan dan secara khusus menargetkan situs jembatan antara Turki dan Nakhchivan. "Orang-orang Armenia tidak bereaksi terhadap tekanan diplomatik," Menteri Luar Negeri Nakhchivan Rza Ibadov mengatakan kepada kantor berita ITAR-Tass, "Sangat penting untuk berbicara dengan mereka dalam bahasa yang mereka mengerti." Berbicara kepada agensi dari ibu kota Turki, Ankara, Ibadov mengatakan bahwa tujuan Armenia di kawasan itu adalah untuk menguasai Nakhchivan. Menurut Human Rights Watch, permusuhan pecah setelah tiga orang tewas ketika pasukan Armenia mulai menembaki wilayah itu.

Pertempuran terberat terjadi pada 18 Mei, ketika orang-orang Armenia merebut eksklave Nakhchivan di Karki, sebuah wilayah kecil yang dilalui jalan raya utama utara-selatan Armenia. Eksklave saat ini tetap berada di bawah kendali Armenia. Setelah jatuhnya Shusha, pemerintah Azerbaijan Mütallibov menuduh Armenia bergerak untuk mengambil seluruh Nakhchivan (klaim yang dibantah oleh Arm However, Heydar Aliyev mendeklarasikan gencatan senjata sepihak pada 23 Mei dan berusaha untuk mengakhiri perdamaian terpisah dengan Armenia. Presiden Armenia Levon Ter-Petrossian menyatakan kesediaannya untuk menandatangani perjanjian kerja sama dengan Nakhchivan untuk mengakhiri pertempuran dan kemudian gencatan senjata disepakati.

Konflik di daerah tersebut menimbulkan reaksi keras dari Turki. Perdana Menteri Turki Tansu iller mengumumkan bahwa setiap kemajuan Armenia di wilayah utama Nakhchivan akan menghasilkan sebuah deklarasi oleh Armenia. Para pemimpin militer Rusia menyatakan bahwa "intervensi pihak ketiga ke dalam perselisihan dapat memicu Perang Dunia III". Pada awal September, pasukan militer Rusia di Armenia membalas gerakan mereka dengan meningkatkan jumlah pasukan di sepanjang perbatasan Armenia–Turki dan memperkuat pertahanan dalam periode tegang di mana perang berada.

Ketegangan mencapai puncaknya, ketika artileri berat Turki menembaki sisi Nakhchivan di perbatasan Nakhchivan-Armenia, dari perbatasan Turki selama dua jam. Iran juga bereaksi terhadap serangan Armenia dengan melakukan manuver militer di sepanjang perbatasannya dengan Nakhchivan dalam sebuah langkah yang secara luas ditafsirkan sebagai peringatan untuk Armenia.

Namun, Armenia tidak melancarkan serangan lebih lanjut ke Nakhchivan dan kehadiran militer Rusia menepis kemungkinan Turki memainkan peran militer dalam konflik tersebut. Setelah periode ketidakstabilan politik, Parlemen Azerbaijan beralih ke Haidar Aliyev dan mengundangnya untuk kembali dari pengasingan di Nakhchivan untuk memimpin negara pada tahun 1993.