Jabarkan Málaga dari Ruud van Nistelrooy

1 Juni 2011, van Nistelrooy bergabung dengan Málaga usai meneken kontrak satu tahun dengan status bebas transfer.

Pada 1 Oktober 2011, saat bertanding kontra Getafe, ia berhasil mencetak gol pertamanya untuk Málaga. Pada 21 Desember, melawan klub yang sama di ajang Copa del Rey 2011–12, ia membuka keunggulan dengan tendangan volinya sehingga Málaga menang agregat 3–2. Setelahnya, van Nistelrooy mencetak dua gol lagi di ajang liga ke gawang Espanyol dan Racing de Santander, yang merupakan gol terakhir dalam kariernya. Hanya satu hari sebelum masa pensiunnya, van Nistelrooy tampil di laga terakhirnya, saat menggantikan José Salomón Rondón, pencetak gol tunggal pada laga kontra Sporting de Gijón tersebut, pada menit 75.

Pada 14 Mei 2012, di usia 35 tahun, ia membuat pernyataan diri untuk pensiun dari karier sepak bola.