Jabarkan Abad pertengahan dari Denominasi Kristen

Meskipun gereja secara keseluruhan tidak mengalami perpecahan besar selama berabad-abad sesudah itu, Gereja Timur dan Gereja Barat semakin berjauhan hingga pada suatu saat para patriark dari kedua keluarga saling mengekskomunikasi satu sama lain sekitar tahun 1054 —dalam peristiwa yang dikenal sebagai Skisma Besar. Alasan-alasan politik dan teologis dalam skisma ini sangat kompleks, namun satu hal yang dianggap sebagai kontroversi besar adalah dimasukkannya filioque oleh pihak Barat ke dalam Kredo Nicea, di mana oleh pihak Timur dipandang keliru.

Kontroversi lainnya adalah keutamaan kepausan, di mana Gereja Barat menuntut bahwa Paus (sebagai Patriark Roma) memiliki wewenang atas yurisdiksi yang lain di antara kelima patriark (empat lainnya: Alexandria, Antiokia, Konstantinopel, dan Yerusalem); sementara Gereja Timur menganggap bahwa keutamaan Roma bukanlah dalam hal kekuasaan untuk mengatur yang lain, tetapi hanya dalam hal "kehormatan". Berbagai upaya dialog antar kedua Gereja terus diusahakan, dan langkah-langkah signifikan untuk memperbaiki hubungan kedua belah pihak baru mulai tercapai sekitar tahun 1960-an pada masa Paus Paulus VI dan Patriark Athenagoras I.

Dalam Kekristenan Barat, ada segelintir gerakan yang terisolasi secara geografis, yang mendahului semangat Reformasi Protestan. Kaum Kathar adalah suatu gerakan yang sangat kuat di Prancis barat daya pada abad pertengahan, tetapi gerakan ini tidak bertahan hingga masa modern. Di Italia utara dan Prancis tenggara, Peter Waldo mendirikan gerakan Waldensian pada abad ke-12. Gerakan ini umumnya telah diserap oleh kelompok Protestan pada masa modern. Di Bohemia, suatu gerakan pada awal abad ke-15 oleh Jan Hus yang disebut kaum Hussit menolak dogma Katolik Roma dan masih ada hingga sekarang (juga dikenal sebagai kelompok Moravian).