Jabarkan Menteri Negara (Pasal 17) dari Lembaga Negara Indonesia

Menteri Dalam Negeri, Menteri Luar Negeri, Menteri Pertahanan disebutkan secara eksplisit dalam UUD 1945 (Pasal 8 Ayat 3)

Komisi pemilihan umum yang bersifat nasional, tetap, dan mandiri, yang diatur lebih lanjut dalam undang-undang - Komisi Pemilihan Umum (Pasal 22E Ayat 5)

Bank Sentral yang susunan, kedudukan, kewenangan, tanggungjawab dan independensinya diatur lebih lanjut dengan undang-undang - Bank Indonesia (Pasal 23D)

Tentara Nasional Indonesia (Pasal 30 Ayat 3)

Angkatan Darat, Angkatan Laut dan Angkatan Udara disebutkan secara eksplisit dalam UUD 1945 (Pasal 10)

Kepolisian Negara Republik Indonesia (Pasal 30 Ayat 4)

selain enam lembaga yang disebutkan dalam UUD di atas, terdapat juga lembaga lain yang disejajarkan dengan organisasi lapis ke dua yakni lembaga negara yang dibentuk dengan UU, yang disusun antara DPR dan Presiden. Lembaga ini dapat dibubarkan apabila UU atau pasal yang mengatur lembaga tersebut dibatalkan melalui judicial review di Mahkamah Konstitusi. Beberapa contoh lembaga ini yaitu:

Kejaksaan Agung (UU 16 tahun 2004);

Otoritas Jasa Keuangan (UU 21 tahun 2011);

Lembaga Penjamin Simpanan (UU 24 tahun 2004);

Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (UU 39 tahun 1999);

Komisi Pemberantasan Korupsi (UU 20 tahun 2002);

Komisi Penyiaran Indonesia (UU 30 tahun 2002);

Komisi Pengawas Persaingan Usaha (UU 5 tahun 1999);

Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (UU 27 tahun 2004) - dibatalkan Mahkamah Konstitusi;

Komisi Perlindungan Anak Indonesia (UU 23 tahun 2002);

Ombudsman Republik Indonesia (UU 37 tahun 2008); dan lain-lainnya.

Kelompok ketiga adalah organ konstitusi yang termasuk kategori lembaga negara yang sumber kewenangannya berasal dari regulator atau pembentuk peraturan di bawah undang-undang. Artinya, keberadaannya secara hukum hanya didasarkan atas kebijakan presiden atau beleid presiden. Jika presiden hendak membubarkannya lagi, maka tentu presiden berwenang untuk itu. Artinya, keberadaannya sepenuhnya tergantung kepada beleid presiden. Contoh lembaga-lembaga ini yaitu:

Badan Pariwisata dan Ekonomi Kreatif (Perpres 6 tahun 2015)

Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan (Perpres 192 tahun 2014)

Lembaga Kebijakan Pengadaan Barang/Jasa Pemerintah (Perpres 106 tahun 2007)

Lembaga Ketahanan Nasional (Perpres 67 tahun 2016); dan lain-lainnya.