Jabarkan Pelayaran kedua dari Vasco da Gama

Pada 12 Februari 1502, da Gama kembali beralyar dengan sebuah armada 20 kapal perang, untuk memaksakan kepentingan Portugis. Pedro Álvares Cabral telah diutus ke India dua tahun sebelumnya (ketika ia kebetulan menemukan Brasil, meskipun sebagian orang mengklaim hal itu dilakukan dengan sengaja), dan menemukan bahwa orang-orang yang ada di pos perdagangan itu telah dibunuh, dan ketika ia menemukan perlawanan lebih lanjut, ia membombardir Calicut. Ia juga membawa pulang sutera dan emas untuk membuktikan bahwa ia telah berkunjung ke India lagi.

Pada suatu saat, da Gama menantikan sebuah kapal yang kembali dari Mekkah, dan menyita semua barang dagangannya. Mereka kemudian mengeram ke-380 penumpangnya dan kemudian membakar kapal itu. Baru empat hari kemudian kapal itu tenggelam dan menewaskan semua penumpangnya, laki-laki, perempuan, dan anak-anak, ketika da Gama kembali ke Calicut pada 30 Oktober, 1502, pihak Zamorin bersedia menandatangani suatu perjanjian.

Da Gama menyerang dan menuntut upeti dari pelabuhan Kilwa yang dikuasai orang-orang Arab di Afrika Timur, salah satu pelabuhan yang terlibat dalam upaya melawan Portugis. Da Gama memainkan peranan sebagai pemilik kapal yang diberi izin untuk menyerang kapal-kapal dagang Arab. Akhirnya ia menghancurkan sebuah armada Calicut yang terdiri atas 29 kapal, dan pada dasarnya menaklukkan kota pelabuhan tersebut. Sebagai ganjaran untuk keamanan, ia memperoleh konsesi-konsesi dagang yang sangat berharga dan sejumlah besar barang sitaan, yan membuat ia sangat disukai oleh takhta Portugal.

Setelah kembali ke Portugal, pada September 1503, ia diangkat menjadi Count dari Vidigueira di tanah yang sebelumna dimiliki oleh keluarga Bragança. Ia juga dianugerahi dengan hak-hak feodal dan yurisdiksi atas Vidigueira dan Vila dos Frades.