Jabarkan Orde Baru dari Syafruddin Prawiranegara

Sebelum Syafruddin dibebaskan, para pemimpin Masyumi yang dilepaskan lebih dahulu mencoba untuk mendirikan kembali Masyumi, tetapi upaya ini gagal karena ABRI melarang Masyumi dan PSI. Karena itu, Syafruddin cenderung mengekspresikan dirinya melalui agama. Ia merupakan anggota kepengurusan sejumlah organisasi Islam, seperti Korps Mubaligh Indonesia dan Yayasan Pesantren Islam (Al Azhar). Ia juga tetap berkarya dalam bidang ekonomi, dengan mendirikan Himpunan Usahawan Muslimin Indonesia pada Juli 1967. Secara umum, Syafruddin mendukung kebijakan ekonomi Orde Baru di bawah kepemimpinan menteri-menteri teknokrat seperti Widjojo Nitisastro dan Mohammad Sadli. Dengan bantuan Oey Beng To, ia menulis buku Sejarah Moneter. Meskipun begitu, Syafruddin menentang korupsi yang terjadi selama era Suharto, dan ia menggunakan sarana dakwah sebagai media dalam meluncurkan kritikannya. Syafruddin juga tidak setuju monopoli ibadah haji oleh pemerintah pusat, dan ia bahkan sempat mendirikan Yayasan Dana Tabungan Haji dan Pembangunan (YDTHP) pada 9 Oktober 1970. Walau yayasan tersebut sempat berjalan, pada tahun 1976 pemerintah melakukan intervensi karena masalah keuangan yang menyebabkan lebih dari 300 orang jemaah haji terlantar.

Di sisi politik, Syafruddin menentang pendirian Partai Muslimin Indonesia (Parmusi). Syafruddin bahkan berkomentar bahwa Parmusi lebih buruk dari PKI. Kritikannya membawanya kembali ke penjara pada April 1978. Syafruddin berikutnya menjadi salah satu tokoh yang mendorong dan ikut menandatangani Petisi 50 pada 1980, beserta tokoh-tokoh eks Masyumi/PRRI seperti Mohammad Natsir dan Burhanuddin Harahap, serta sejumlah tokoh militer seperti Abdul Haris Nasution dan Hoegeng Imam Santoso. Petisi tersebut mengkritik hubungan erat Angkatan Bersenjata Republik Indonesia dengan Golkar, pemerkayaan diri Suharto, serta penolakan penggunaan Pancasila sebagai senjata politik. Pada masa itu, kebijakan pemerintah menekankan penggunaan Pancasila satu-satunya pedoman bagi semua jenis organisasi, termasuk kelompok keagamaan. Meskipun Syafruddin tidak menentang Pancasila itu sendiri, dan menerimanya sebagai dasar negara dan sumber dari Undang-Undang Dasar, Syafruddin tidak dapat menerima Pancasila untuk seluruh kelompok masyarakat. Dalam surat terbuka untuk Suharto tertanggal 7 Juli 1983, Syafruddin menentang kembali kebijakan pemerintah tersebut, dengan dasar argumen dari pidato Sukarno setelah pengusulan Pancasila pada 1 Juni 1945. Sukarno pada waktu itu melandaskan negara atas asas gotong royong, dan dari sisi pandang Syafruddin, asas ini berarti bahwa masyarakat Indonesia dapat memiliki identitas masing-masing, sementara Pancasila sebagai landasan semua organisasi akan merusak keragaman ini.

Syafruddin juga turut menulis "lembaran putih" seusai Peristiwa Tanjung Priok 1984, yang menuduh kebijakan represif pemerintah terhadap kelompok keagamaan dan pemaksaan Pancasila sebagai akar kerusuhan yang terjadi. Karena aktivitas-aktivitasnya tersebut, Syafruddin dicekal keluar negeri, kecuali untuk urusan berobat. Meskipun begitu, Syafruddin tetap mengkritik pemerintah, dan sempat diperiksa karena isi khotbah Idul Fitri di suatu masjid di Tanjung Priok pada Juni 1985.