Jabarkan Orde Baru dari Ali Moertopo

Ali berperan besar dalam melakukan modernisasi intelejen Indonesia. Ia terlibat dalam operasi-operasi intelejen dengan nama Operasi Khusus (Opsus) yang terutama ditujukan untuk memberangus lawan-lawan politik pemerintahan Soeharto.

Pada tahun 1968, Ali menggagas peleburan partai-partai politik, yang saat itu sangat banyak jumlahnya, menjadi beberapa partai saja agar lebih mudah dikendalikan. Hal ini kemudian terwujud pada tahun 1973 sewaktu semua partai melebur menjadi tiga partai: Golkar, PPP (penggabungan partai-partai berbasis Islam), dan PDI (penggabungan partai-partai berbasis nasionalis).

Pada tahun 1971, bersama Soedjono Hoemardani, asisten pribadi Soeharto, ia merintis pendirian CSIS (Centre for Strategic and International Studies) yang merupakan lembaga penelitian kebijakan pemerintahan. Pada tahun 1972, ia menerbitkan tulisan Dasar-dasar Pemikiran tentang Akselerasi Modernisasi Pembangunan 25 Tahun yang selanjutnya diterima MPR sebagai strategi pembangunan jangka panjang (PJP).