Jabarkan 1986: Membangun reputasi dari Ayrton Senna

Posisi Elio de Angelis di tim Lotus digantikan oleh Johnny Dumfries dari Skotlandia, setelah Senna memveto rencana tim untuk merekrut Derek Warwick, dengan alasan bahwa tim Lotus tidak akan dapat menjalankan mobil kompetitif untuk dua pembalap top pada saat yang sama. Pada awalnya, Senna mencoba mereferensikan mantan teman kost sekaligus rekan senegaranya asal Brasil, yaitu Maurício Gugelmin, untuk bergabung bersama dengan tim ini sebagai pembalap nomor dua murni. Hal ini kemudian ditolak oleh sponsor utama tim ini, yaitu John Player & Sons (JPS), yang tetap bersikeras bahwa tim ini minimal harus punya pembalap asal Inggris, yang mengarah ke perekrutan Dumfries. Senna kemudian mengakui, "Bahwa saya sempat berprasangka buruk. Sampai saya akhirnya memiliki hubungan yang baik dengan Derek." Senna memulai musim ini dengan baik, ia berada di urutan kedua di Brasil di belakang mobil Williams-Honda yang dikendarai oleh Nelson Piquet. Senna kemudian berhasil memenangkan Grand Prix Spanyol dengan selisih hanya 0,014 detik saja dari rekan setim Piquet, yaitu Nigel Mansell, yang juga menjadi salah satu finis terdekat di dalam sejarah ajang F1 untuk mendapati dirinya memimpin klasemen sementara Kejuaraan Dunia Pembalap setelah dua lomba berjalan. Namun, reliabilitas mobil yang buruk, terutama di paruh kedua musim, membuatnya harus puas terjatuh di belakang pasangan tim Williams (Mansell dan Piquet), serta juara dunia bertahan, yaitu Alain Prost. Meskipun demikian, Senna sekali lagi menunjukkan kualitasnya sebagai spesialis kualifikasi, dengan raihan delapan kali posisi pole. Dengan total raihan enam podium termasuk kemenangan lain di Detroit, Senna menyelesaikan musim ini di posisi keempat klasemen akhir kejuaraan dunia pembalap, dengan total 55 poin.

Setelah berhasil memenangkan Grand Prix Detroit – yang terjadi hanya sehari setelah Brasil harus rela tersingkir dari Piala Dunia FIFA 1986 – Senna meminta bendera Brasil kepada pendukungnya di pinggir lintasan, dan ia mengendarai mobil selama satu putaran sambil melambaikan bendera Brasilnya. Setelahnya, kebiasaan ini menjadi ritual rutin setiap Senna berhasil memenangi sebuah lomba. Senna juga menjajal reli singkat, di mana ia mengendari mobil Vauxhall Nova, MG Metro 6R4, Ford Sierra RS Cosworth, dan Ford Escort di sebidang tanah yang tertutup untuk umum.

1987: Membangun hubungan baik dengan Honda

Team Lotus memiliki kesepakatan mesin baru pada tahun , dengan menjalankan mesin Honda V6 turbo yang sama seperti yang digunakan oleh tim Williams untuk memenangkan kejuaraan dunia musim sebelumnya. Senna pun mendapat rekan setim yang baru, yaitu seorang pembalap asal Jepang berusia 34 tahun, Satoru Nakajima. Tim ini menjamin Senna perlakuan preferensi kontrak atas Nakajima dalam alokasi peralatan lomba. Senna memulai musim ini dengan hasil campuran: podium di San Marino, disusul oleh kontroversi pada lomba berikutnya di Spa-Francorchamps, di mana ia bertabrakan dengan Mansell, dan kemudian di garasi pit, Mansell yang marah mencekik Senna, sebelum kemudian berhasil dipisahkan oleh para mekanik tim Lotus. Senna kemudian berhasil memenangkan dua lomba berturut-turut, yang membawanya memimpin di klasemen sementara Kejuaraan Dunia Pembalap: Grand Prix Monako (kemenangan pertama dari enam kemenangan Senna di negara kecil ini) dan Grand Prix Detroit, yang juga menjadi kemenangan kedua dalam dua tahun beruntun di sirkuit jalanan Michigan. Kemenangan Senna di Detroit pada tahun  ini juga menjadi yang pertama untuk suspensi aktif yang diterapkan di sebuah mobil F1. Memasuki pertengahan musim, tim Williams mulai mendominasi dan unggul jauh atas lawan-lawannya. Jarak antara sesama tim bermesin Honda menjadi sangat jelas di Grand Prix Inggris, di mana Mansell dan Piquet mampu mengungguli Senna dan Nakajima yang berada di urutan ketiga dan keempat dengan selisih satu lap. Akibat dari hal tersebut, Senna menjadi tidak puas dengan peluangnya di Lotus, dan pada saat lomba di Monza, diumumkan bahwa ia akan pindah ke tim McLaren untuk tahun . Senna menyelesaikan musim ini dengan kuat, dengan finis di urutan kedua dalam dua lomba terakhir di Jepang dan Australia. Namun, pemeriksaan pasca-perlombaan di lomba terakhir menemukan bahwa saluran rem mobil Lotus-nya menjadi lebih lebar dari yang diizinkan oleh aturan, dan ia didiskualifikasi, dan membuat akhir musim Senna di tim Lotus berakhir dengan mengecewakan. Senna berada di peringkat ketiga dalam klasemen akhir kejuaraan dunia pembalap dengan 57 poin, dengan enam kali naik podium dan hanya satu kali posisi pole. Musim ini menandai titik balik dalam karier Senna, karena sepanjang tahun ia membangun hubungan yang mendalam dengan Honda, yang membayar dividen besar, karena tim McLaren telah berhasil mengamankan kontrak mesin Honda yang pindah dari tim Williams untuk musim 1988.