Jabarkan Juventus dari Filippo Inzaghi

Setelah musim yang hebat bersama Atalanta, dia kembali dan menyadari bahwa tidak ada tempat untuknya di Parma. Ia pun menuju klub keenamnya dalam tujuh tahun terakhir, Juventus yang membelinya seharga 23 milliar Lira. Disini ia memiliki tandem hebat, Alessandro Del Piero yang membuat duet mereka dijuluki Del-Pippo dan Zinedine Zidane berada di belakang mereka.

Di musim ini, ia mencetak 18 gol dari 31 pertandingan di liga dan menjadi penentu Scudetto Juventus lewat hattrick nya ke gawang Bologna. Sayangnya, di final Liga Champions mereka harus menyerah 0-1 dari Real Madrid. Selama di Juventus, Inzaghi menjadi pemain pertama yang mencetak 2 Hattrick di Liga Champions ke gawang Dynamo Kyiv dan Hamburg SV.