Jabarkan Musim 2013–14 dari Lionel Messi

Messi dinominasikan untuk Pemain Terbaik UEFA di Eropa Award, bersama dengan Cristiano Ronaldo dan Franck Ribéry, untuk tahun ketiga secara berturut-turut. Franck Ribery memenangkan penghargaan dengan 36 suara. Messi berada di urutan kedua dengan 14 suara, sementara Cristiano Ronaldo selesai di tempat ketiga dengan 3 suara. Pada tanggal 18 Agustus 2013, Messi membuka musim 2013-14 La Liga dengan dua gol dan satu assist melawan Levante UD, dan Barcelona pergi untuk memenangkan pertandingan 7-0. Pada tanggal 28 Agustus, Barcelona merebut gelar Supercopa de España mereka kesebelas atas Atletico Madrid dalam gol tandang.

Pada tanggal 10 November, Messi mengalami cedera dalam kemenangan tandang 4-1 melawan Real Betis, yang akan membuatnya absen sampai Januari 2014. Ini adalah cedera ketiga dalam musim ini.

Pada 13 Maret 2014, Barcelona mengalahkan Real Madrid 4-3 dengan hat-trick dari Messi, yang kemudian menambah 21 gol dan mengungguli Di Stéfano (18) sebagai pencetak gol sepanjang masa di El Clásico.

Untuk pertama kalinya dalam lima tahun, Barcelona mengakhiri musim tanpa trofi utama: pada 9 April, mereka tersingkir di perempat final Liga Champions setelah kalah 1-0 melawan Atlético Madrid, mereka dikalahkan 2-1 pada 16 April di final Copa del Rey.

Setelah spekulasi panjang tentang masa depannya dengan klub, pada bulan Mei ia memperbarui kontraknya hingga 2018, yang meningkatkan gajinya menjadi €20 juta euro per tahun, gaji tertinggi dalam sepak bola.

Musim 2014–15: Trebel kedua dan kesuksesan trio MSN

Di bawah pelatih baru Luis Enrique, mantan kapten tim, Messi mengalami sebagian besar musim tanpa cedera. Pada tanggal 15 Februari, dalam pertandingan La Liga melawan Rayo Vallecano, ia mencetak dua gol dalam kemenangan 6-0 atas Barcelona. Dengan demikian, ia mencapai 337 gol dengan klubnya, melampaui Telmo Zarra (335 dengan Athletic Bilbao) sebagai pencetak gol terbanyak untuk klub Spanyol di berbagai turnamen. Pada 16 Maret, dengan dua gol dalam 7-0 melawan Osasuna, ia mencapai 371 gol (344 dalam pertandingan resmi dan 27 dalam pertandingan persahabatan) dan menjadi pencetak gol terbanyak Barcelona, ​​rekor yang menjadi milik Paulino Alcántara (142 ofisial dan 227 dalam pertandingan persahabatan) sejak 1917. Dengan hat-trick melawan Sevilla pada 22 November, ia menjadi pencetak gol terbanyak sepanjang masa di La Liga, dengan 253 gol, ia melampaui rekor Zarra sebanyak 251 gol setelah lima puluh sembilan tahun. Pada 24 November, dalam pertandingan Liga Champions 2014-2015 melawan APOEL di Siprus, ia mencapai 74 gol dengan hat-trick, menjadikannya pencetak gol terbanyak sepanjang masa di turnamen itu dan di Piala Eropa. Dia mencapai rekor itu dalam 91 pertandingan, sementara starter sebelumnya, Raúl, membutuhkan 142 untuk mencetak 71 gol. Dengan hat-trick ketiga dalam hasil imbang 5-1 melawan Espanyol pada 7 Desember, ia melampaui 12 gol César sebagai pencetak gol terbanyak dalam derbi Barcelona.

Pada awal tahun 2015, Barcelona dikabarkan akan mengalami musim buruk lagi dan muncul spekulasi di media bahwa Messi akan meninggalkan klub. Pemain tersebut, pada bagiannya, berasal dari tahun di mana ia telah menjadi pusat kritik karena penampilannya yang tidak terbaik. Namun, pada 11 Januari, dalam kemenangan 3-1 atas Atlético de Madrid, masing-masing anggota trio penyerang yang terdiri dari Messi, Luis Suárez dan Neymar, yang dijuluki "MSN", mencetak gol, menandai awal dari periode kesuksesan besar.

Setelah lima tahun bermain sebagai false nine, Messi kembali ke posisi lamanya di sayap kanan pada akhir tahun sebelumnya. Dari sana, dia kembali ke performa terbaiknya, mungkin yang terbaik dalam karirnya, sementara Suárez dan Neymar mengakhiri ketergantungan ofensif tim pada pemain bintang mereka. Dengan 58 gol dan 31 assist dari Messi, ketiganya mencetak total 122 gol di semua kompetisi musim itu, sebuah rekor di sepak bola Spanyol.

Pada 28 April, Messi mengonversi dua gol dalam kemenangan 6-0 melawan Getafe, yang kedua dari penalti, yang pertama dicetak dengan gaya Panenka. Dalam sebuah wawancara dengan RAC1, Antonin Panenka mengatakan bahwa tembakan ini adalah "yang terbaik yang pernah saya lihat". Pada tanggal 17 Mei, Barcelona memenangkan La Liga, dengan gol dari Messi dalam kemenangan tandang 1-0 atas Barcelona. Atlético Madrid. Di final Copa del Rey pada 30 Mei, Messi mencetak dua gol dalam kemenangan 3-1 atas Athletic Bilbao. Dia memulai gol pertamanya sebagai pemain sayap kanan di dekat lini tengah dan menggiring bola melewati empat bek sebelum mencetak gol di ruang sempit. Gol tersebut dipilih sebagai yang terbaik dalam karirnya dalam survei yang dilakukan oleh surat kabar Olahraga, sedangkan di La Vanguardia digambarkan sebagai "gol yang mustahil" yang "akan tercatat dalam catatan sejarah kompetisi". Messi dinominasikan untuk penghargaan Puskás, tetapi berada di posisi kedua. Klub ini berhasil mencapai ganda keenam dalam sejarahnya.

Di babak kedua, perempat final, dan semifinal Liga Champions, Messi menjadi penentu permainan timnya. Pada 6 Mei, di leg pertama semifinal di kandang, dia mencetak dua dari tiga gol yang membuat Barcelona mengalahkan Bayern Munich 3-0. Gol keduanya, dikonversi dari Vaseline setelah menghindari Jerôme Boateng, terpilih dalam pemungutan suara yang diselenggarakan oleh UEFA sebagai yang terbaik dalam kompetisi. Di final tanggal 6 Juni di Berlin, dengan mengalahkan Juventus 3-1, Barcelona memenangkan treble kedua mereka dan menjadi tim pertama dalam sejarah yang melakukannya. Di Liga Champions keempat mereka menang, Messi, top assister (6) dan, bersama-sama dengan Neymar dan Cristiano Ronaldo, pencetak gol terbanyak (10) di turnamen, menerima penghargaan Pemain Terbaik Eropa untuk kedua kalinya dengan mayoritas suara (49, melawan tiga untuk Luis Suárez dan dua untuk Cristiano Ronaldo).