Jabarkan 1998 dari J1 League

Satu klub mendapatkan promosi dari JFL (lama). Jumlah anggota liga kini adalah 18 klub

Dua klub dari kota Yokohama, Yokohama Marinos dan Yokohama Flügels, bergabung menjadi Yokohama F. Marinos

Dibentuk J.League Divisi 2 (J2). Sembilan klub dari JFL (lama) bergabung

J2 menggunakan format satu putaran dengan saling bertemu bertemu empat kali (dua kali kandang dan dua kali tandang)

Consadole Sapporo terdegradasi dari J1 ke J2 yang baru terbentuk

Jumlah klub di J1 sekarang adalah 16 klub dan di J2 adalah 10 klub

Adu penalti dihapuskan di kedua divisi dan diberlakukan aturan penilaian yang baru; 3 poin untuk kemenangan pada waktu reguler, 2 poin untuk kemenangan pada waktu tambahan, dan 1 poin untuk seri

JFL (lama) juga mengalami restrukturisasi dan menjadi Japan Football League (JFL) yang baru. Untuk membedakannya, nama JFL yang baru dalam bahasa Jepang adalah .