Jabarkan Lyon dari Juninho Pernambucano

Pada tahun 2001, Juninho pindah ke luar negeri untuk bermain untuk klub Prancis Olympique Lyonnais. Sebelum kedatangannya di Lyon, klub tidak pernah memenangkan Ligue 1 Prancis kejuaraan. Pada tahun pertamanya di klub, kejuaraan ini diamankan, dan kemudian memenangkan tujuh musim berturut-turut. Di Lyon, Juninho, membuat dirinya terutama dicatat untuk potongan akurat, kuat dan bervariasi set-nya.

Setelah dianggap sebagai salah satu pengambil tendangan bebas terhebat di dunia dan mungkin salah satu yang terhebat sepanjang masa, di samping itu, ia adalah seorang pelintas yang efektif, telah memberikan membantu banyak, dan kemampuan kepemimpinannya diminta Lyon manajer Gérard Houllier untuk nama dia kapten tim.

Pada tanggal 26 Mei 2009, Juninho, mengumumkan bahwa ia akan meninggalkan Lyon pada akhir musim sebagai agen bebas. Ketua Lyon Jean-Michel Aulas menjelaskan kepada media bahwa klub dan Juninho sepakat untuk membatalkan tahun terakhir kontraknya. Selama konferensi pers, Juninho duduk di samping Aulas dan meninggalkan konferensi pers tanpa mengucapkan sepatah kata pun.