Jabarkan Kristen dari Kerusuhan Poso

Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas (sisiru).

Kelompok lain yang terorganisir oleh warga Kristen di Poso adalah Angkatan Muda Sintuwu Maroso (ANSIMAR). Kelompok ini pada umumnya terdiri dari para kaum muda terpelajar di kota Poso. Para anggota ANSIMAR sebagian besar terdiri dari warga kelurahan Lombogia. Rumah-rumah mereka dibakar massa Islam saat fase kedua kerusuhan yang terjadi bulan April tahun 2000, sehingga sebagian besar dari mereka terpaksa mengungsi ke Tentena. Mereka tidak berpartisipasi dalam bentrokan fisik, melainkan lebih kepada upaya untuk mencari penyelesaian konflik.