Jabarkan Pemberontakan PRRI dari Burhanuddin Harahap

Pada bulan Januari 1957, Masyumi mundur dari koalisi pemerintah karena gesekan dengan partai-partai lainnya. Sebelum jatuhnya kabinet Ali II pada bulan Maret, Burhanuddin sempat mencoba mencari kompromi dengan mengusulkan agar Soekarno lebih aktif turun dalam pemerintahan sehari-hari. Pada akhir tahun itu juga, sidang umum PBB memutuskan untuk tidak membahas urusan Irian Barat, sehingga Soekarno memerintahkan nasionalisasi perusahaan-perusahaan milik Belanda. Hal ini diikuti percobaan pembunuhan Soekarno (Peristiwa Cikini) oleh sejumlah pemuda yang merupakan anggota organisasi Gerakan Anti-Komunis (GAK). Beberapa pemuda yang terlibat juga merupakan anggota Gerakan Pemuda Islam Indonesia, sayap organisasi pemuda Masyumi. Karena hubungan para tersangka dengan Masyumi, ditambah kebijakan Masyumi yang mendukung investasi asing, Burhanuddin dan tokoh-tokoh Masyumi lainnya seperti Mohammad Natsir dan Syafruddin Prawiranegara menjadi sorotan media. Sejumlah koran pro-PNI dan pro-PKI mulai menuding bahwa Burhanuddin dan rekan-rekannya terlibat dalam Peristiwa Cikini, dan para tokoh Masyumi mulai menerima teror psikologis. Burhanuddin didesas-desuskan telah meninggal, dan bahkan sejumlah anggota keluarganya dari Sumatra "melayat" Burhanuddin di Jakarta. Pada Desember 1957, Burhanuddin memutuskan untuk melarikan diri ke Sumatra begitu ia mendengar bahwa ia akan ditangkap. Tak lama kemudian, para tokoh Masyumi lainnya juga ikut mengungsi.

Burhanuddin sudah berada di Padang pada pertengahan Januari 1958, dan ia turut menghadiri pertemuan dengan sejumlah perwira militer yang berniat memberontak di Sungai Dareh, Kabupaten Dharmasraya, Sumatra Barat. Burhanuddin belakangan menulis bahwa para perwira tersebut berniat memisahkan Sumatra sebagai negara sendiri, sementara Burhanuddin beserta para pemimpin Masyumi lainnya ingin Sumatra tetap menjadi bagian Indonesia. Soekarno sedang berada di luar negeri pada waktu itu, dan Perdana Menteri Djuanda Kartawidjaja mencoba berunding dengan pihak-pihak di Sumatra. Tokoh Masyumi yang masih berada di Jakarta seperti Mohammad Roem juga mencoba membujuk Burhanuddin dan rekan-rekannya untuk tidak membentuk pemerintah tandingan. Meskipun begitu, pihak militer di Sumatra di bawah Kolonel Ahmad Husein mengirimkan ultimatum ke pemerintah pusat pada tanggal 10 Februari 1958, yang isinya menuntut pembubaran Kabinet Djuanda dan pembentukan kabinet baru di bawah Mohammad Hatta dan Sultan Hamengkubuwono IX. Setelah ultimatum tersebut ditolak pemerintah pusat, Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia dideklarasikan pada tanggal 15 Februari 1958 di Padang. Dalam struktur kabinet PRRI, Burhanuddin ditunjuk sebagai Menteri Pertahanan dan Menteri Keadilan. Menurut Burhanuddin, ia tadinya setuju menjadi Menteri Dalam Negeri dan masih ragu-ragu untuk membentuk pemerintah tandingan, tetapi sayap militer PRRI melakukan perombakan kabinet tanpa berbicara dengan Burhanuddin.

Tidak lama setelah deklarasi PRRI, operasi militer TNI mendesak PRRI ke luar dari kota-kota besar di Sumatra. Pada bulan Mei 1958, Padang, Medan, dan Pekanbaru sudah direbut kembali oleh pemerintah. Kinerja militer PRRI yang mengecewakan juga menyebabkan dukungan asing (khususnya Amerika Serikat) surut. PRRI mulai meluncurkan perang gerilya, dan Burhanuddin mendampingi Kolonel Dahlan Djambek di basisnya sekitar Kabupaten Agam. Operasi militer pemerintah pusat perlahan-lahan memaksa Burhanuddin dan Dahlan untuk mundur lebih lanjut ke hutan, sampai markas terakhir PRRI di Koto Tinggi direbut pemerintah pada bulan Juli 1960. Setelah tidak lagi bermarkas tetap, para pemimpin sipil PRRI tidak lagi mengendalikan pergerakan tersebut.

Mulai tahun 1961, KSAD Abdul Haris Nasution meluncurkan program amnesti sembari berunding dengan para perwira militer PRRI. Ahmad Husein menyerah pada tanggal 21 Juni 1961, dan setelah itu para pemimpin sipil menyadari bahwa PRRI sudah kalah. Pada peringatan hari kemerdekaan pada tanggal 17 Agustus 1961, Soekarno menawarkan amnesti untuk semua anggota PRRI yang menyerah sebelum tanggal 5 Oktober. Setelah mendengar tawaran tersebut, Burhanuddin bersama Syafruddin Prawiranegara dan Assaat memutuskan untuk menyerah. Pada akhir bulan Agustus, ketiga tokoh tersebut meminta pasukan PRRI untuk menyerah melalui siaran radio sebelum mereka sendiri turun gunung dan menyerahkan diri ke pihak pemerintah di Padangsidempuan. Pemberontakan PRRI berakhir tidak lama kemudian, setelah tewasnya Dahlan Djambek dan menyerahnya Mohammad Natsir pada bulan September.

Setelah PRRI berakhir, Burhanuddin awalnya tinggal di Medan sebagai warga bebas. Meskipun begitu, pada bulan Maret 1962 Burhanuddin beserta pemimpin sipil PRRI lainnya ditangkap dan dibawa ke Jakarta. Para pemimpin tersebut kemudian dipisahkan dan dipenjara masing-masing; Burhanuddin mendekam di penjara selama dua tahun di Kabupaten Pati. Ia kemudian dipindahkan ke Jakarta pada tahun 1964, dan baru dilepaskan setelah Soeharto berkuasa di bulan Juli 1966.