Coba jelasin Kembali ke Flamengo (1985–1989) dari Zico dong

Hanya satu bulan setelah kembali ke Flamengo, ia mengalami cedera lutut parah setelah tekel keras dari bek Bangu, Marcio Nunes, yang akhirnya mengganggu karirnya selama beberapa bulan, bahkan mempengaruhi penampilannya di Piala Dunia FIFA 1986. Sembuh dari cedera, hal-hal mulai membaik untuk Zico, pada tahun 1987 ia memimpin Flamengo untuk meraih gelar Copa União.

Desember 1989 menandai penampilan resmi terakhir Zico untuk Flamengo dalam pertandingan Kejuaraan Nasional Brasil melawan klub rivalnya Fluminense. Zico mencetak gol pertama dan Flamengo memenangkan pertandingan 5-0.

Dua bulan kemudian, di Maracanã, ia memainkan pertandingan terakhirnya sebagai pemain Flamengo menghadapi tim Piala Dunia Masters yang terdiri dari Eric Gerets, Claudio Gentile, Franco Causio, Alberto Tarantini, Jorge Valdano, Mario Kempes, Paul Breitner, Karl-Heinz Rummenigge dan Paulo Roberto Falcão. Dengan 731 pertandingan untuk Flamengo, Zico menjadi pemain dengan penampilan terbanyak ke-2 untuk klub. 508 golnya membuatnya menjadi pencetak gol terbanyak klub.

Pencapaian terbesar dalam sejarah Flamengo mengilhami penyanyi Brasil Jorge Ben Jor untuk menulis lagu untuk menghormatinya yang berjudul Camisa 10 da Gávea yang berarti membantu menciptakan mistik klub nomor 10.