Jabarkan Stoke City dari Michael Owen

Pada 4 September 2012, Owen bergabung dengan Stoke City lewat kesepakatan kontrak satu tahun. Ia mengenakan nomor punggung 10 dan menjalani debutnya kala berhasil menahan imbang Manchester City 1–1 pada 15 September 2012. Permulaan kariernya di Stoke City sempat terhambat oleh cedera hamstring. Owen mencetak gol pertamanya untuk Stoke – gol satu-satunya saat bermain untuk Stoke – pada 19 Januari 2013 saat menang 3–1 atas Swansea City. Ini merupakan gol pertamnya sejak 25 Oktober 2011. Pada 19 Maret 2013, Owen mengumumkan bahwa ia berencana untuk pensiun dari karier sebagai pemain sepak bola pada akhir musim 2012–13. Ia hanya tampil sebanyak 8 kali di Premier League selama berkarier di Stoke City. Seluruh penampilannya tersebut, berawal dari bangku cadangan, termasuk penampilan terakhirnya pada 19 Mei 2013 saat melawan Southampton. Di pertandingan perpisahan tersebut, para pendukung kedua klub berdiri memberikan standing ovation kepadanya.