Jabarkan Masa Kekhalifahan dan Israel dari Masjidilaqsa

Kepemimpinan Yerusalem beralih kembali ke tangan umat Islam pada 1187 setelah kemenangan Shalahuddin Al-Ayyubi. Semua jejak dan bekas peribadahan Kristen di Masjidilaqsa dihilangkan dan kompleks tersebut kembali kepada kegunaan asalnya. Kewenangan umat Islam terhadap Masjidilaqsa cenderung tanpa gangguan hingga lepasnya wilayahnya Palestina dari Usmaniah. Setelah Perang Enam Hari, pemerintah Israel mengambil alih kepemimpinan Kota Lama Yerusalem, termasuk di dalamnya Masjidilaqsa. Kepala Rabi dari Pasukan Pertahanan Israel, Shlomo Goren, memimpin pasukan melaukan perayaan keagamaan di Masjidilaqsa dan Tembok Barat dan mengeluarkan maklumat untuk menjadikan hari tersebut sebagai hari raya “Yom Yerushalayim” (Hari Yerusalem). Beberapa hari setelah itu, 200.000 umat Yahudi berbondong-bondong mendatangi Tembok Barat dan ini adalah ziarah massal pertama umat Yahudi ke kompleks ini sejak tahun 70 M. Awalnya pihak berwenang Muslim tidak menghalangi Goren ketika dia beribadah di Masjidilaqsa, hingga pada hari Tisha B’Av dia membawa lima puluh pengikutnya sembari membawa dan mengenalkan shofar (trompet Yahudi) dan tabut portabel saat ibadah, membuat ini dipandang sebagai peringatan keras bagi Lembaga Wakaf Yerusalem yang menggiring kepada buruknya hubungan antara pemerintah Israel dan pihak berwenang Muslim.

Pada bulan Juni 1969, seorang Australia berusaha membakar Jami' Al-Aqsha. Pada 11 April 1982, seorang Yahudi bersembunyi di Kubah Shakhrah dan melepaskan tembakan, membunuh dua orang Palestina dan 44 terluka. Pada 1974, 1977, dan 1983, kelompok yang dipimpin Yoel Lerner merancang makar untuk meledakkan Kubah Shakhrah dan Jami' Al-Aqsha. Pada 26 Januari 1984, penjaga menemukan anggota B’nei Yehuda mencoba menyusup ke dalam kawasan Masjidilaqsa dan meledakkannya. Pada 8 Oktober 1990, pasukan Israel yang berpatroli di daerah tersebut memblokir jemaah untuk masuk ke Al-Aqsa. Gas air mata ditembakkan kepada jamaah wanita yang menyebabkan ketegangan meningkat. Pada tanggal 12 Oktober 1990, umat Islam Palestina memprotes keras niat beberapa orang Yahudi untuk meletakkan batu penjuru di lokasi Kuil Baru sebagai awal penghancuran masjid-masjid Muslim. Upaya tersebut dihambat oleh pihak berwenang Israel, tetapi para pengunjuk rasa dilaporkan secara luas karena telah melempari batu kepada umat Yahudi di Tembk Barat. Menurut sejarawan Palestina Rasyid Khalidi, jurnalisme investigatif menunjukkan bahwa tuduhan ini salah. Batu-batu akhirnya dilempar sementara pasukan keamanan melepaskan tembakan yang menewaskan 21 orang dan melukai 150 lainnya. Pada bulan Desember 1997, Badan Keamanan Israel mendahului upaya ekstrimis Yahudi untuk melempar kepala babi yang terbungkus halaman Al Qur’an ke daerah tersebut untuk menyulut kerusuhan dan mempermalukan pemerintah.

Antara tahun 1992 sampai 1994, pemerintah Yordania melapisi kubah dari Kubah Shakhrah dengan 5.000 pelat emas. Mimbar Shalahuddin juga dipulihkan. Perbaikan ini diperintahkan Husain, Raja Yordania, dengan anggaran pribadi sebanyak $8 juta.

Pada 28 September 2000, pemimpin oposisi Israel Ariel Sharon mengunjungi Masjidilaqsa bersama dengan utusan Partai Likud dan sejumlah polisi antihuru-hara Israel. Kunjungan itu dipandang sebagai isyarat provokatif bagi rakyat Palestina yang kemudian berkumpul di tempat tersebut. Unjuk rasa dengan cepat berubah menjadi kerusuhan dan ini menjadi pemicu terjadinya Intifadah Kedua.

Keadaan kembali memanas saat tiga pria keturunan Arab melakukan tembakan terhadap dua polisi Israel pada Jumat, 14 Juli 2017. Sebagai tanggapan atas peristiwa tersebut, dua pria itu ditembak mati setelah sebelumnya mencoba melarikan diri dan melakukan penutupan atas Masjidilaqsa dan melarang Muslim Palestina untuk salat di sana. Mufti Agung Yerusalem, Syekh Muhammad Ahmad Husain mengecam penutupan tersebut dan kemudian ditahan oleh polisi Israel setelah memimpin doa terbuka di dekat tempat kejadian perkara, meskipun kemudian dibebaskan dengan sejumlah jaminan.