Jabarkan Kolese Xaverius dari Albertus Soegijapranata

Pada 1909 Soegija mulai belajar di Kolese Xaverius di Muntilan, sebuah sekolah asrama untuk calon guru. Ada 54 siswa lain dalam angkatannya. Anak-anak itu menjalani jadwal yang ketat. Mereka mengikuti pelajaran di pagi hari dan mengisi siang hari dengan kegiatan lain, seperti berkebun, berdebat, dan bermain catur. Anak-anak Katolik juga diwajibkan untuk rajin berdoa. Biarpun kolese itu tidak mewajibkan siswanya menjadi orang Katolik, Soegija merasa tertekan oleh teman-temannya. Oleh karena itu, sering terjadi perkelahian. Saat Soegija mengeluh kepada gurunya, Pater L. van Rijckevorsel bahwa para pastor Belanda sama seperti pedagang Belanda di kota, yaitu hanya memikirkan uang, romo itu menjawab bahwa mereka tidak digaji dan hanya mengharapkan yang terbaik untuk siswa-siswa mereka. Ini membuat Soegija lebih menghargai para guru, dan saat van Rijckevorsel memberi tahu siswa lain bahwa Soegija tidak ingin menjadi Katolik, anak-anak itu tidak lagi menekan Soegija.

Tahun berikutnya Soegija minta agar bisa mengikuti pelajaran agama Katolik. Menurut dia, ini agar ia bisa menggunakan fasilitas sekolah dengan sepenuhnya. Gurunya, Pater Mertens, menyatakan bahwa Soegija memerlukan izin orang tua sebelum ia bisa bergabung. Kendati orang tuanya tidak merestui, Soegija masih diizinkan mengikuti pelajaran. Soegija menjadi tertarik dengan soal Tritunggal, dan meminta keterangan dari beberapa guru. Van Lith mengutip karya-karya Thomas Aquinas, sementara Mertens membahas Tritunggal berdasarkan karya Agustinus dari Hippo. Mertens menyatakan bahwa manusia tidak dimaksud untuk benar-benar memahami Tuhan, sebab pengetahuan manusia terbatas. Soegija, yang menjadi semakin tertarik, minta agar dibaptis; ia mengutip cerita Yesus ditemukan di Bait Allah untuk menunjukkan mengapa ia tidak memerlukan restu orang tua. Para romo menyetujui pembaptisan itu, dan Soegija dibaptis pada 24 Desember 1910; ia mengambil nama baptis Albertus, berdasarkan nama Albertus Magnus. Saat liburan Natal, Soegija menceritakan hal ini kepada keluarganya. Meski ayah dan ibunya bisa menerima, dan bahkan mungkin merestui, keluarga besar Soegija tidak mau berurusan dengannya lagi.

Soegija terus melanjutkan pelajarannya di Xaverius. Menurut Pater G. Budi Subanar, seorang dosen ilmu teologi di Universitas Sanata Dharma, dalam periode ini salah satu guru mengajarkan Perintah Keempat dari Sepuluh Perintah Allah dengan pengertian bahwa seseorang tidak boleh hanya menghormati ayah dan ibu kandung, melainkan semua nenek moyangnya; ini memberi pengertian nasionalis kepada para siswa. Pada kesempatan lain, Xaverius dikunjungi seorang misionaris Kapusin – yang secara fisik jauh berbeda dari para guru Yesuit – membuat Soegija mempertimbangkan untuk menjadi seorang pastor, sebuah gagasan yang diterima orang tuanya. Pada 1915 Soegija menyelesaikan pendidikannya di Xaverius, lalu menjadi guru di sana selama satu tahun. Pada 1916 di masuk di seminari Xaverius; ada dua anak pribumi lain yang masuk seminari tahun itu. Soegija lulus pada 1919, setelah mempelajari bahasa Prancis, Latin, Yunani, dan sastra.