Jabarkan Kedatangan orang Eropa dari Ancol, Pademangan, Jakarta Utara

Ketika Imperium Portugis tiba pada akhir abad ke-16, Kerajaan Sunda Pakuan Pajajaran yang beragama Hindu menerima kedatangan mereka dan berharap bahwa orang Portugis akan melindungi mereka dari serangan Kesultanan Banten, Demak, dan Cirebon, yang beragama Islam. Persekutuan dengan orang Portugis tersebut terjadi, tetapi ketiga kesultanan tersebut yang berada di bawah kepemimpinan Fatahillah berhasil mengalahkan kerajaan Pakuan Pajajaran dan Imperium Portugis dengan cara menyerang pelabuhan ini dari daerah timur pantai Ancol. Sunda Kelapa kemudian diganti namanya menjadi Jayakarta.

Kemudian di akhir abad ke-17, pemimpin Jayakarta dikalahkan oleh Belanda. Kota ini kemudian sama sekali dihilangkan dan sebuah kota berbenteng baru, Batavia, didirikan di pesisir timur Kali Ciliwung. Untuk mengendalikan perairan Batavia, sejumlah kanal didirikan yang menghubungkan kanal Batavia dengan kali-kali di dekatnya, yaitu Muara Angke dan Kali Ancol. Kanal yang menghubungkan Batavia dengan Ancol dinamakan Antjolschevaart () dan sudah ada pada tahun 1650. Beberapa benteng dan pertahanan lainnya kemudian didirikan untuk melindungi kanal-kanal tersebut, misalnya sconce (semacam tanggul tinggi) yang disebut Zouteland () oleh orang Belanda. Sconce ini melindungi titik pertemuan Kanal Ancol dengan Kali Ancol. Pada abad ke-18, sconce ini dikembangkan menjadi sebuah benteng yang dinamai Fort Ancol. Pada akhir abad ke-18, terdapat dua benteng yang melindungi muara Kali Ancol: Slingerland di bagian timur dan Zeelucht di bagian barat.

Pada abad yang sama, di daerah ini pula, Gubernur-Jendral Jeremias van Riemsdijk (menjabat 1775) sempat membangun resor pantai liburan berbentuk vila pantai. Ia juga mereklamasi daerah sekitar vila pantainya dari rawa-rawa menjadi tanah produktif dan membangun areal pertanian. Gubernur-Jendral Adriaan Valckenier kemudian mengikuti juga membangun resor di sini. Resor-resor tersebut, yang terletak di pinggir timur Kali Ancol, dinamakan Slingerland atau Sanggerlang (kini menjadi daerah pemukiman di Ancol). Slingerland pernah menjadi daerah yang populer untuk liburan kaum elit Belanda. Sebuah kuil Tionghoa, Vihara Bahtera Bakti, yang dibangun pada tahun 1650, adalah salah satu bangunan yang pertama kali dibangun di Ancol.

Pada masa pemerintahan Gubernur-Jendral Herman Willem Daendels (1808–1811), daerah Batavia Lama () kemudian ditinggalkan secara bertahap dan dipindahkan ke Weltevreden (kini Lapangan Banteng). Semua bangunan di Batavia Lama, termasuk Kastel Batavia dan resor-resor Gubernur-Jendral sebelumnya, dihancurkan dan ditinggalkan. Setelah itu, daerah Ancol menjadi terpuruk dan ditinggalkan.

Pembangunan pelabuhan baru di Tanjung Priok pada akhir abad ke-19 menyebabkan Kanal Ancol yang pada waktu itu berumur 200 tahun diperpanjang hingga menjangkau Tanjung Priok. Jalur kereta api juga didirikan sepanjang Kanal Ancol yang menghubungkan Stasiun N.I.S Batavia dengan Stasiun Tanjung Priok. Meskipun ada infrastruktur baru seperti itu, daerah Ancol tetap kosong dan tidak dihuni.