Jabarkan Meninggal dunia dari Johannes Latuharhary

Johannes meninggal dunia pada tanggal 8 November 1959 di Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta Pusat. Ia sebelumnya jatuh koma sebelum berangkat ke gereja pada 6 November, sepulangnya dari kunjungan kerja ke Riau. Menurut biografer I.O. Nanulaitta, pekerjaan Johannes di Kemendagri tidak memuaskan batinnya dan menciptakan tekanan psikologis. Hal yang serupa juga ditambahkan oleh seorang ipar dari Johannes, yang menyatakan bahwa ia sering terlihat merenung sendiri setelah dicopot dari jabatan gubernur. Sebelum meninggal dunia, ia ditempatkan di bagian belakang rumah sakit, di kelas "barak rakyat".

Pada tanggal 9 November 1959, Johannes Latuharhary dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata. Johannes Leimena, sesama pejuang kemerdekaan dari Ambon, memberikan pidato eulogi untuknya. Keluarga Johannes tinggal di rumah sewaan, sehingga warisan harta untuk keluarga mencakup dua mobil saja. Istri Johannes belakangan bekerja mengurus Wisma Indonesia di Mesir untuk menghidupi keluarga, dengan sejumlah bantuan tokoh-tokoh lainnya.