Jabarkan Hubungan dengan militer dari Reformasi Indonesia (1998–sekarang)

Ketika naik ke kursi kepresidenan, salah satu tujuan Gus Dur adalah mereformasi TNI dan menghilangkan peran sosiopolitik mereka yang dominan. Dalam usaha ini, Wahid bersekutu dengan Agus Wirahadikusumah, yang ia jadikan Panglima Kostrad pada bulan Maret 2000. Pada bulan Juli, Agus mulai mengungkap skandal yang melibatkan Dharma Putra, yayasan yang berafiliasi dengan Kostrad. Melalui Megawati, anggota TNI mulai menekan Gus Dur untuk mencopot Agus. Gus Dur mengalah pada tekanan ini tetapi kemudian berencana untuk mengangkat Agus sebagai Kepala Staf Angkatan Darat yang ditanggapi oleh para pemimpin TNI dengan mengancam akan pensiun dan Gus Dur sekali lagi mengalah pada tekanan tersebut.

Hubungan Gus Dur dengan TNI semakin memburuk ketika di bulan yang sama terungkap bahwa milisi Laskar Jihad telah tiba di Maluku dan dipersenjatai dengan senjata militer, meskipun Gus Dur telah memerintahkan TNI untuk memblokir masuknya mereka ke wilayah tersebut. Milisi telah merencanakan sejak awal tahun untuk pergi ke Maluku dalam rangka melibatkan diri dalam konflik sekretarian di sana.

Pada tahun 2000, Gus Dur terlibat dalam dua skandal yang mencoreng masa kepresidenannya. Pada Mei, Badan Urusan Logistik (Bulog) melaporkan hilangnya dana sebesar US$4 juta. Uang tersebut digelapkan oleh tukang pijat Gus Dur sendiri, yang menyatakan bahwa Gus Dur mengirimnya ke Bulog untuk mengambil uang tersebut. Meski uangnya telah dikembalikan, musuh-musuh politik Gus Dur mengambil kesempatan ini dengan menuduhnya terlibat dalam skandal yang disebut sebagai Bulog gate ini. Di saat yang sama, Gus Dur juga dituduh menyimpan sumbangan US$2 juta dari Sultan Brunei yang diberikan sebagai bantuan untuk Aceh. Skandal ini dikenal sebagai Brunei gate.