Jabarkan Jenewa yang diperbarui dari Yohanes Calvin

Pad saat perang Utsmaniyah di Eropa, Yohanes Calvin sedang melakukan perjalanan ke Strasbourg dan melalui kanton-kanton di Swiss. Ketika singgah di Jenewa, William Farel meminta Calvin agar menolongnya dengan urusan gereja. Tentang permohonan Farel ini, Calvin menulis, "Saya merasa seolah-olah Allah sendiri dari surga telah menyuruh saya untuk menghentikan perjalanan saya." Bersama-sama Farel, Calvin berusaha melembagakan sejumlah perubahan dalam pemerintahan kota dan kehidupan keagamaan. Mereka menyusun sebuah buku katekismus dan pengakuan iman; seluruh warga kota itu mereka wajibkan untuk mengakuinya. Dewan kota menolak pengakuan iman Calvin dan Farel, dan pada Januari 1538 mereka mencabut kekuasaan kedua orang ini untuk melakukan ekskomunikasi, sebuah kekuasaan yang mereka anggap penting untuk pekerjaan mereka. Calvin dan Farel menjawabnya dengan memberlakukan larangan umum kepada semua penduduk Jenewa untuk mengikuti Perjamuan Kudus pada kebaktian Paskah. Karena itu, dewan kota pun mengusir mereka dari kota tersebut. Farel pergi ke Neuchâtel, dan Calvin ke Strasbourg.

Selama tiga tahun Calvin melayani sebagai seorang dosen dan pendeta sebuah gereja dari orang-orang Huguenot Prancis di Strasbourg. Pada masa pembuangannya itulah Calvin menikahi Idelette de Bure. Ia juga dipengaruhi oleh Martin Bucer, yang menganjurkan sebuah sistem politik dan struktur gerejawi yang mengikuti pola Perjanjian Baru. Calvin tetap mengikuti perkembangan-perkembangan di Jenewa, dan ketika Jacopo Sadoleto, seorang kardinal Katolik, menulis sebuah surat terbuka kepada dewan kota yang isinya mengajak Jenewa untuk kembali ke Gereja induk (Gereja Katolik Roma), jawaban Calvin atas nama kaum Protestan Jenewa yang sedang mengalami berbagai serangan, menolongnya mendapatkan kembali respek yang telah hilang sebelumnya. Setelah sejumlah pendukung Calvin memenangkan jabatan di Dewan Kota Jenewa, ia diundang kembali ke kota itu pada 1541.

Sekembalinya ke sana, berbekal wewenang untuk menyusun bentuk kelembagaan gereja, Calvin memulai program pembaharuannya. Ia menetapkan empat kategori dalam pelayanan gereja, dengan peranan dan kekuasaan yang berbeda-beda:

Doktor memegang jabatan dalam ilmu teologi dan pengajaran untuk membangun umat dan melatih orang-orang dalam jabatan-jabatan lain di gereja.

Pendeta yang bertugas berkhotbah, melayankan sakramen, dan menjalankan disiplin gereja, mengajar, dan memperingatkan umat.

Diaken mengawasi pekerjaan amal, termasuk pelayanan di rumah sakit dan program-program untuk melawan kemiskinan.

Penatua yaitu 12 orang awam yang tugasnya adalah melayani sebagai suatu polisi moral. Mereka umumnya mengeluarkan surat-surat peringatan, serta bila perlu menyerahkan para pelanggar ke Konsistori.

Para pengkritik sering kali menganggap Konsistori sebagai lambang pemerintahan teokratis Calvin. Konsistori adalah sebuah dewan gerejawi yang terdiri atas sejumlah penatua dan pendeta, yang diberikan kuasa untuk mempertahankan ketertiban di dalam gereja dan di antara para anggotanya. Pelanggaran merentang dari menyebarkan doktrin yang salah hingga pelanggaran moral, misalnya berdansa dengan liar dan menyanyi dengan buruk. Bentuk-bentuk penghukuman biasanya lunak—pelanggar dapat disuruh menghadiri khotbah-khotbah yang disampaikan secara terbuka atau kelas-kelas katekisasi. Perlu diingat konteks geopolitik yang lebih luas dari lembaga ini sebelum kita menilainya. Kaum Protestan pada abad ke-16 sering kali dikenai tuduhan oleh pihak Katolik bahwa mereka menciptakan doktrin-doktrin baru dan bahwa inovasi seperti itu mau tidak mau menyebabkan kemerosotan akhlak dan, pada akhirnya, kehancuran masyarakat itu sendiri. Calvin mengklaim bahwa ia ingin menegakkan legitimasi moral dari gereja yang diperbarui sesuai dengan programnya, namun juga meningkatkan kesehatan dan kesejahteraan individu, keluarga, dan masyarakat. Dokumentasi yang baru-baru ini ditemukan mengenai jalannya Konsistori memperlihatkan setidak-tidaknya perhatian terhadap kehidupan rumah tangga dan kaum perempuan pada khususnya. Untuk pertama kalinya kaum laki-laki yang serong dihukum sama kerasnya dengan kaum perempuan, dan Konsistori sama sekali tidak memperlihatkan toleransi terhadap pemukulan atau penyiksaan terhadap pasangan (khususnya istri). Peranan Konsistori ini kompleks. Badan ini membantu mentransformasikan Jenewa menjadi kota yang digambarkan oleh reformator Skotlandia John Knox sebagai "sekolah Kristus yang paling sempurna yang pernah ada di muka bumi sejak zaman para Rasul."

Namun, tampaknya Calvin tidak bermaksud menggunakan Konsistori untuk mencapai tujuan-tujuan politiknya dan untuk mempertahankan kontrolnya terhadap kehidupan sipil dan keagamaan di Jenewa. Calvin bergerak dengan cepat untuk menjawab pertanyaan apapun yang diajukan tentang tindakan-tindakannya. Kejadian yang paling menonjol adalah kasus Pierre Ameaux dan Jacques Gruet. Calvin enggan menahbiskan orang-orang Jenewa, karena ia lebih suka memilih pendeta dari arus para imigran Prancis yang masuk ke kota itu dengan maksud semata-mata mendukung program pembaruan Calvin. Ketika Pierre Ameaux mengeluh tentang praktik ini, Calvin menganggapnya sebagai serangan terhadap kewibawaannya sebagai seorang pendeta, dan ia membujuk dewan kota untuk memaksa Ameaux untuk berjalan mengelilingi kota dengan berpakaian rambut dan memohon belas kasihan di lapangan-lapangan terbuka. Jacques Gruet memihak dengan sejumlah keluarga Jenewa lama, yang menentang kekuasaan dan metode-metode Konsistori. Ia dipersalahkan dalam suatu insiden di mana seseorang menempatkan sebuah plakat di salah satu gereja di kota itu, yang berbunyi: "Bila orang telah terlalu banyak menderita, balas dendam pun akan dilakukan." Calvin menyetujui bahwa Gruet disiksa sampai mati, dengan tuduhan bahwa ia telah bersekongkol dengan sebuah komplotan Prancis untuk menyerang kota itu.

Pada 1553, dengan persetujuan Calvin, Michael Servetus (Miguel de Servetus) dijatuhi hukuman mati pada sebuah tiang atas tuduhan menyebarkan ajaran sesat. Servetus dipandang banyak Unitarian sebagai salah seorang pendiri agama mereka. Calvin sendiri meminta dewan - namun gagal - agar hukuman mati itu diubah dari hukuman bakar dengan hukuman mati dengan pedang. Rincian historis dapat ditemukan dalam Schaff . Calvin tetap pada posisinya hingga ia meninggal. Hukuman mati Servetus merupakan sebuah argumen utama yang digunakan untuk menyerang Calvin sejak masa hidupnya hingga sekarang, meskipun sejumlah sejarahwan percaya bahwa "Calvin hanya sial, dan bukannya bersalah besar karena intoleransi di antara para Reformator. Ia dan Servetus adalah orang-orang yang paling banyak diserang pada abad ke-16. Nama baik Calvin telah dijelek-jelekkan, sementara Servetus telah terlalu jauh dibersihkan dari kesalahan jauh melampaui titik tolak abad ke-16, bukan abad ke-19." .

Pada 1559 Calvin mendirikan sebuah sekolah untuk mendidik anak-anak serta rumah sakit untuk merawat orang miskin.