Jabarkan Kontroversi dari KRI Nanggala (402)

Kemungkinan kelebihan kapasitas juga sempat menjadi perhatian anggota Komisi I DPR, Mayjen (Purn.) TB Hasanuddin. Meskipun demikian, Kepala Staf Angkatan Laut, Yudi Margono, membantah hal tersebut dan mengatakan bahwa KRI Nanggala mampu mengangkut hingga 57 orang. Asisten Perencanaan Kepala Staf Angkatan Laut, Laksamana Muda TNI Muhammad Ali, juga mengatakan bahwa batas 33 orang hanya berdasarkan pada jumlah tempat tidur di dalam kapal selam.

Keluhan komandan terhadap kinerja PT PAL

Komandan KRI Nanggala, Letnan Kolonel Heri Oktavian, pernah mengutarakan kekecewaannya terhadap status perawatan KRI Nanggala kepada Edna C. Pattisna, seorang teman dekatnya yang juga berprofesi sebagai reporter Kompas. Dalam artikel yang ditulis oleh Edna, Heri menyatakan ketidakpuasan terhadap kualitas dan ketepatan waktu perawatan yang dilakukan oleh PT PAL Indonesia. Ia juga mengeluhkan sikap senior yang justru mempersulit seorang perwira karena melaporkan rendahnya kecakapan kerja PT PAL dalam perakitan KRI Alugoro (405).