Jabarkan Hindia Belanda dari Papua (wilayah Indonesia)

Pada tahun 1826, Pieter Merkus, gubernur Belanda untuk Maluku, mendengar kabar angin bahwa Inggris mulai masuk pantai Irian di sebelah timur Kepulauan Aru. Dia mengutus rombongan untuk mengawasi dari pantai tersebut sampai Pulau Dolak. Dua tahun kemudian, Belanda membangun Fort Du Bus, yang sekarang menjadi kota Lobo, dengan tujuan utama menghadang kekuatan Eropa lain untuk mendarat di Irian Barat. Pada perayaan pembentukan Belanda mengangkat beberapa raja bawahan Tidore untuk mengatur wilayah tersebut seperti, Sendawan (Raja Namatota), Kassa (Raja Lahakia) dan Lutu ("Orang Kaya" dari Lobo and Mawara). Fort Du Bus sendiri ditinggalkan Belanda pada tahun 1835, akibat penyakit dan serangan penduduk lokal. Pemerintah Belanda mendelegasikan wilayah ini sebagai wilayah swapraja Kerajaan Tidore. Tidore sendiri terkadang mempercayakan raja bawahannya untuk memungut pajak di wilayah ini, seperti Raja Misool yang mengatasi kerajaan di wilayah Onin atau Raja Salawati di wilayah Utara Kepala Burung.

Pemerintah kolonial Belanda mulai memerintah langsung wilayah Papua sejak paruh akhir abad ke 19. Pada tahun 1850 ekspedisi Hongi dan perdagangan budak dihilangkan. Pada perjanjian tahun 1872, Tidore mengakui kekuasaan Kerajaan Belanda atasnya. Raja Tidore hanya berhak mengatur tentang masalah feodal kerajaan. Pada tahun Belanda baru kembali ke Irian pada tahun 1898, dimana dibentuk pemerintahan di Fakfak dan Manokwari, sebelum akhirnya di Merauke pada tahun 1902. Pada tahun 1905 terjadi kekosongan Sultan Tidore sehingga independensi kerajaan semakin berkurang. Pada tahun 1909 Kerajaan Tidore sudah tidak merdeka secara de jure, dan pada tahun 1910 Kerajaan Bacan dan Tidore menandatangani perjanjian yang membatalkan seluruh perjanjian lama mereka dengan Pemerintah Hindia Belanda. Walau Kerajaan Tidore masih memiliki beberapa hak di wilayah Irian sampai 1911 dimana kekuasaan tersebut juga akhirnya dibatasi.

Pulau Papua sendiri dibagi antara Belanda, Jerman (bagian utara Irian Timur), dan Inggris (bagian selatan Irian Timur). Garis busur 141 derajat diakui sebagai batas timur Irian Barat.

Pada tahun 1898–1949, Papua bagian barat dikenal sebagai Nugini Belanda (Nederlands Nieuw-Guinea atau Dutch New Guinea) yang merupakan bagian dari Hindia Belanda.

Perebutan antara Indonesia dan Belanda

Pada tanggal 17 Agustus 1945, negara Indonesia di proklamirkan. Indonesia pun menuntut semua wilayah bekas Hindia Belanda sebagai wilayahnya. Di dalam Konferensi Malino, perwakilan pengganti dari Papua Frans Kaisiepo juga menuntuk wilayah yang disebutnya Irian tersebut menjadi bagian dari negara Indonesia. Tadinya Belanda ingin mengirim Silas Papare, tetapi ia terlibat pemberontakan Soegoro pada akhir Desember 1945 yang mengakibatkan  250 eks-Heiho ditangkap dan ia sendiri diasingkan ke Serui. Selama Konferensi Malino, pada 17 Juli 1946 terjadi pula pemberontakan melawan Belanda yang dipimpin Panggoncang Alam untuk membebaskan Soegoro Atmoprasodjo, dengan sebelas orang Ambon yang bekerja sebagai tukang reparasi, tentara KNIL (Tentara Kerajaan Hindia Belanda), anggota batalion Papua milik van Eechoed, dan 30 pemuda Papua yang berasal dari sekitar Danau Sentani.

Kemudian, Belanda dalam Konferensi Denpasar yang tidak memiliki perwakilan Papua, ingin menjadikan Irian Barat sebagai negara terpisah dari Negara Indonesia Timur karena adanya masalah keuangan, perbedaan etnis, tempat pengungsian populasi Indo dan dorongan partai Katolik Belanda. Kebijakan ini ditentang Nicolaas Jouwe, Marthen Indey, dan Corinus Krey yang mengirim surat kepada van Mook di Denpasar pada tanggal 12 December 1946, walau tidak diindahkan.

Status Irian Barat tidak terselesaikan dalam Konferensi Meja Bundar di Den Haag dan diputuskan untuk ditunda pembahasannya selama setahun. Penyelesaian status Irian Barat menjadi berlarut-larut dan tidak selesai juga hingga tahun 1961, sampai terjadilah pertikaian bersenjata antara Indonesia dan Belanda pada Desember 1961 dan awal 1962 untuk memperebutkan wilayah ini. Melalui Perjanjian New York, akhirnya disetujui bahwa Belanda menyerahkan sementara Irian Barat kepada PBB melalui United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA) sebelum diberikan sepenuhnya kepada Indonesia pada 1 Mei 1963. Kedudukan Irian Barat menjadi lebih pasti setelah diadakan sebuah referendum act of free choice pada tahun 1969 dengan hasil rakyat Irian Barat memilih untuk tetap menjadi bagian dari Indonesia.