Jabarkan 2008 dari Nicky Hayden

Donington Park menandai debut dari pneumatic-valve engine Honda, yang mana hanya Hayden yang menggunakannya awalnya. Di ronde berikutnya di Assen, Hayden berada di posisi ke-3 dari awal dan tadinya siap untuk finis disana sampai dia kehabisan bahan bakar di tikungan terakhir, karena masalah sistem elektronikal yang menghalangi pemantauan bahan bakar yang akurat. Colin Edwards merebut podium ke-3 Hayden sebelum Hayden melewati garis finis tanpa tenaga pada motornya, untuk finis ke-4. Cedera tumit yang didapatnya di kecelakaan motorcross membuatnya out dari dua ronde. Hubungan di dalam tim juga telah memburuk, dan ada pertentangan lebih lanjut ketika Pedrosa berganti pemasok ban pada pertengahan musim (dari Michelin yang kesulitan ke Bridgestone yang dominan) tanpa berkonsultasi dengan Hayden. Hayden menyatakan, "Aku tak pernah dimasukkan dalam kondisi untuk memilih. Mereka pernah bilang bahwa Aku hanya akan membuang-buang waktu jika aku berpikir tentang meminta ban Bridgestone... Aku tak terkejut mereka telah memberikannya padanya. Lagipula, di Misano Aku bahkan tak memiliki fork yang sama dengan yang Dani punya... Tak mungkin pula Aku berpikir mereka akan membiarkanku mencoba ban baru.".

Insiden ini memberikan bobot pada rumor bahwa Hayden dan Honda akan berpisah pada akhir musim. Rumor tersebut dikonfirmasi pada 12 September 2008, saat Hayden menyatakannya di sebuah konferensi pers Dorna, "Itu bukanlah rahasia. Semua orang tahu di mana perhentianku selanjutnya... Tapi sebenarnya kami sedang menunggu untuk melakukannya dengan benar, sampai rilisnya keluar, karena ada tim-tim dan sebagainya.".

Pada pertengahan 2008 telah diduga kuat oleh para fans, media, dan pedok MotoGP, dan kemudian didukung oleh pengakuan Hayden sendiri saat konferensi pers bahwa dia akan meninggalkan Honda, bahwa Hayden akan bergabung dengan Ducati Marlboro Team untuk membalap bersama Casey Stoner untuk musim MotoGP 2009. Hal ini dikonfirmasi pada 15 September 2008, dengan demikian mengakhiri hubungan sembilan tahunnya dengan Honda.