Jabarkan Kecamatan Lumbis dari Kabupaten Nunukan

Pada tahun 2003 terjadi tragedi kemanusiaan besar-besaran di Nunukan ketika para pekerja gelap asal Indonesia yang bekerja di Malaysia dideportasi kembali ke Indonesia lewat Nunukan. Sejak tahun 2012, kabupaten ini merupakan bagian dari provinsi Kalimantan Utara, seiring dengan pemekaran provinsi baru tersebut dari provinsi Kalimantan Timur.