Jabarkan Ayyubiyyah dan Mamluk dari Kubah Shakhrah

Kepemimpinan Yerusalem diambil alih kembali oleh umat Islam di bawah kepemimpinan Shalahuddin pada hari Jumat, 2 Oktober 1187, dan kompleks Masjid Al Aqsha dikembalikan kegunaannya seperti sediakala. Salib di atas Kubah Shakhrah diganti menjadi bulan sabit emas. Keponakan Salahuddin al-Malik al-Mu'azzam Isa (615-24/1218-27) melakukan perbaikan lain di kompleks Al Aqsha dan menambah serambi muka pada Masjid Al Qibli.

Kesultanan Utsmaniyah 1517 - 1917

Pada masa kekuasaan Suleiman Al Qanuni (1520–1566), bagian luar Kubah Shakhrah dilapisi ubin dan pengerjaannya membutuhkan waktu sekitar tujuh tahun. Bagian dalam kubah dihias dengan megah dengan mosaik, tembikar, dan marmer, yang membutuhkan waktu beberapa abad hingga selesai. Bagian dalam juga dihias dengan kaligrafi ayat Al Qur'an. Surah Yasin dihiaskan di ubin atas dan dikerjakan pada abad keenam belas pada masa Sultan Suleiman. Surah Al Isra' yang menerangkan peristiwa isra' mi'raj juga dipasangkan di atasnya. Pada tahun 1620, dibangun juga monumen yang bernama Kubah Nabi, sebuah kubah mandiri yang didirikan di dekat Kubah Shakhrah. Renovasi berskala besar dilakukan selama era kekuasaan Mahmud II tahun 1817.