Jabarkan Masa setelah kemerdekaan Indonesia dari Marthen Indey

Setelah Belanda mengakui kemerdekaan Indonesia pada tahun 1949, isu mengenai Irian Barat masih menjadi sengketa bahi Indonesia dan Belanda. Sekitar akhir 1950an hingga 1960an, Indey tinggal di Hollandia dan dikenal sebagai pemimpin organisasi papua yang mendukung intregasi dengan Indonesia. Pada 1 Mei 1950, Marthen Indey dan lainnya dibebaskan dari tahanan Belanda. Sehingga dia bersama Petrus Wettebossy menggunakan kesempatan ini untuk bertemu dengan J. Latuharhary and Mohammad Yamin untuk terus mendukung PIM. Ketika mengetahui Belanda tidak mengikuti kesepakatan tentang Irian di Konferensi Meja Bundar, Indey bersama J. Teppy mendirikan organisasi untuk melawan Belanda.

Pada tahun 1962, Indey terlibat pada infiltrasi terkenal oleh RPKAD ke Papua dalam Operasi Trikora. Media internasional menduga Indey menyembunyikan pasukan Indonesia dan memberikan bantuan. Pada saat itu Marthen Indey berhasil menyembunyikan 9 anggota RKPAD dari pasukan Belanda dan menyembunyikan mereka di hutan Sabron Dosai. Dia dan Elly Uyo juga berhasil berhubungan dengan pasukan kapal selam yang mendarat di Papua pada Operasi Lumba-Lumba. Selain itu Indey berhasil menyembunyikan sekitar 400 orang pasukan Indonesia di gabron Dosai. Pada September 1962, Indey berhasil menyelundupkan Sujarwo Tjondronegoro, SR, K.J Teppy dan lainnya, yang merupakan tugas dari Dr. Soebandrio.

Lalu Marthen Indey juga menjadi perwakilan diplomatik Indonesia di PBB pada December 1962 untuk memperpendek masa UNTEA, pada misi ini dia juga ditemani oleh Elly Uyo, E.Y. Bonay, Kaleb Hamadi, Daniel Heumasse dan Kelion Kriapan. Lalu Indey juga berpartisipasi pada misi diplomatik yang melahirkan Perjanjian New York bersama Dr. Subandrio, J.A. Dimara, Albert Karubuy, Frits Kirihio, Silas Papare, dan Efraim Somisu. pada tahun 1963, dia bersama Lucas Jouwe mencetak selebaran di Hollandia/Jayapura yang menyerukan Papua untuk bergabung dengan Indonesia dan mendukung pengakhiran masa PBB di Papua.

Selama 2 tahun sejak 1 Agustus 1963, Indey menjadi residen untuk Kotabaru dan asisten untuk Gubernur Papua. Pada 1963 hingga 1968, Indey dipilih menjadi anggota Dewan Perwakilan Rakyat mewakili Irian Jaya. Dia juga berpartisipasi di Konferensi Asia-Africa di Bandung pada tahun 1964. Dia kemudian dipenjara sementara pada tahun 1965 karena terduga terlibat OPM, walaupun tuduhan ini terbukti salah.

Dia meninggal pada 17 Juli 1986, di Jayapura. Makamnya terletak di Sabron Yaru, Kampung Dosai, distrik Sentani Barat, Kabupaten Jayapura, dan diakui menjadi lokasi bersejarah.

Pada 14 September 1993, Marthen Indey diakui sebagai Pahlawan Nasional Indonesia. Rumah sakit tentara di Jayapura, yang sebelumnya bernama Rumah Sakit Dr. Aroyoko, diganti menjadi Rumah Sakit Marthen Indey 1998. kota Jayapura juga memiliki monumen untuk Marthen Indey di tengah kota.