Jabarkan Era Meiji dari Mutsuhito

Walaupun keshogunan terusir, para pemberontak tidak sempat menyusun pemerintah pusat yang efektif. Pada 23 Maret 1868, utusan negara-negara asing untuk pertama kalinya diizinkan mengunjungi Kyoto dan beraudiensi dengan kaisar Pada 7 April 1868, kebijakan dasar pemerintah Meiji dinyatakan dalam Sumpah Tertulis Lima Pasal yang isinya berupa lima butir pernyataan tentang karakteristik pemerintah baru, dimaksudkan untuk merangkul pihak-pihak yang belum mendukung rezim baru. Dokumen tersebut kemudian diumumkan secara resmi oleh kaisar, isinya menghapus feodalisme dan menyatakan pembentukan pemerintah demokrasi modern di Jepang. Sumpah Tertulis Lima Pasal nantinya dikutip oleh Kaisar Hirohito dalam Deklarasi Humanitas sebagai dukungannya untuk perubahan yang ditetapkan dalam Pemerintah Jepang setelah Perang Dunia II. Pada pertengahan Mei, untuk pertama kalinya sejak masa kecilnya, Kaisar Meiji keluar dari kompleks istana di Kyoto untuk menjadi komandan tentara yang mengejar sisa-sisa tentara keshogunan. Perjalanan dilakukan dalam iring-iringan yang lambat, perjalanan dari Kyoto ke Osaka memakan waktu tiga hari, melalui jalan-jalan yang sudah dipenuhi oleh barisan penonton. Di Osaka sedang tidak ada perang, pemimpin pemerintah baru ingin kaisar lebih banyak tampil di depan rakyatnya dan utusan negara asing. Pada akhir Mei, setelah dua minggu di Osaka (dalam suasana yang kurang formal dibandingkan di Kyoto), kaisar pulang ke Kyoto. Tidak lama setelah tiba kembali di Kyoto, istana mengumumkan bahwa kaisar akan mulai memimpin semua urusan negara, sedangkan studi sastra lebih lanjut akan dilakukan pada waktu luang. Baru mulai tahun 1871, buku-buku pelajaran kaisar berisi materi mengenai urusan kontemporer.

Pada 19 September 1868, kaisar mengumumkan penggantian nama kota Edo menjadi Tokyo, atau "ibu kota timur". Ia secara resmi dimahkotai di Kyoto pada 15 Oktober (upacara yang ditunda dari tahun sebelumnya akibat ketidakstabilan dalam negeri). Tidak lama sebelum naik takhta, ia mengumumkan era baru atau nengō (nama zaman) yang disebut Meiji atau "pemerintahan terang". Sebelumnya, nama zaman sering diganti berulang kali sepanjang masa pemerintahan seorang kaisar. Mulai saat itu, ia mengumumkan hanya akan ada satu nengō untuk satu masa pemerintahan.

Tidak lama setelah naik takhta, kaisar melakukan perjalanan ke Tokyo lewat jalan Tōkaidō, sekaligus kunjungan pertamanya ke Tokyo. Ia tiba pada akhir November, dan mulai memperpanjang masa tinggalnya di Tokyo. Kaisar menghadiahkan sake kepada penduduk Tokyo yang menanti-nantikan kunjungan kekaisaran. Tokyo (Edo) adalah ibu kota keshogunan, dan penduduk khawatir kotanya mengalami kemunduran setelah dihapuskannya keshogunan. Namun baru pada tahun 1889, keputusan akhir diambil untuk memindahkan ibu kota ke Tokyo. Sewaktu berada di Tokyo, kaisar untuk pertama kalinya menaiki kapal angkatan laut Jepang, dan keesokan harinya memberi instruksi untuk mempelajari cara-cara memperkuat angkatan laut Jepang. Segera setelah tiba kembali di Kyoto, sebuah titah dikeluarkan atas nama kaisar (tapi kemungkinan besar ditulis oleh pejabat istana). Isinya menunjukkan niat kaisar untuk terlibat dalam urusan pemerintahan, dan memang ia menghadiri rapat-rapat kabinet dan tugas-tugas pemerintahan yang jumlahnya tidak terhitung, meskipun jarang berbicara, hampir hingga hari kematiannya.