Jabarkan Garis Youssef dari Amid dari Gereja Katolik Kaldea

Babak baru bagi Patriarkat Khaldea dimulai pada 1672 ketika Mar Youssef I, Uskup Agung Amid, menjalin persekutuan dengan Roma, terpisah dari tahta patriakat Alqosh. Pada 1681 Tahta Suci menganugerahinya gelar "Patriark Umat Khaldea dialihkan dari patriarknya".

Semua penerus Youssef I menggunakan nama Youssef. Garis patriarkat ini mengalami kerumitan: mulanya akibat gangguan-gangguan dari kaum tradisional, di mana mereka merupakan subyek secara hukum, dan kemudian akibat kesulitan-kesulitan finansial oleh pajak yang dibebankan para penguasa Turki.

Meskipun demikian pengaruhnya meluas dari daerah asalnya Amid dan Mardin sampai ke wilayah Mosul. Garis Youssef pada 1830 melebur dengan patriarkat Alqosh yang pada masa itu masuk dalam persekutuan penuh dengan Roma.

Patriarkat Alqosh dalam persekutuan dengan Roma

Tahta patriarkat Gereja Timur yang terbesar dan tertua adalah biara Rabban Hormizd di Alqosh. Wilayahnya membentang dari Aqrah sampai Seert dan Nisibis, meliputi dataran subur Mosul di selatan. Selama rentang waktu yang singkat antara 1610 dan 1617, takta patriarkat ini masuk dalam persekutuan penuh dengan Roma, dan pada 1771 patriarknya Eliya Denkha menandatangani sebuah pengakuan iman Katolik, namun tidak membuahkan persatuan resmi apa pun. Ketika Eliya Denkha wafat, suksesinya diperebutkan oleh dua sepupu: Eliyya Isho-Yab, yang mendapat pengakuan dari Roma namun tak lama kemudian keluar dari persekutuan, dan Yohannan Hormizd, yang menganggap dirinya sendiri seorang Katolik.

Pada 1804 setelah wafatnya Eliyya Isho-Yab, Yohannan Hormizd tetap menjadi satu-satunya patriark di Alqosh. Dengan demikian pada masa itu terdapat dua patriarkat yang berada dalam persekutuan dengan Roma, yang besar di Alqosh dan yang kecil di Amid yang dijabat oleh Agustinus (Youssef V) Hindi. Roma memutuskan untuk tidak memilih salah satu dari keduanya, dan tidak menganugerahkan kepada kedua-duanya gelar patriark, meskipun sejak 1811 Agustinus Hindi dalam kenyataannya mengepalai Gereja ini. Setelah Hindi wafat, pada 5 July 1830 Yohannan Hormizd secara resmi diteguhkan sebagai patriark oleh Paus Pius VIII dengan gelar Patriark Babilonia Umat Khaldea, maka peleburan patriarkat Alqosh dan partiarkat Amid pun rampung.