Jabarkan Peninggalan dari Johannes Latuharhary

Sepeninggal Johannes, ia dihargai pemerintah Indonesia dengan Bintang Mahaputera Utama. Sosoknya diabadikan sebagai nama suatu jembatan di Jakarta beserta jalan di Ambon dan Jakarta. KM Johannes Latuharhary, kapal kargo yang dibangun di Polandia, juga dinamakan atasnya. Ada pula yayasan Mr J. Latuharhary Foundation yang merupakan penerbit surat kabar Sinar Harapan di Ambon.

Menurut sejarawan Australia Richard Chauvel, Johannes merupakan tokoh pemimpin Ambon pertama yang mendorong agar Ambon (dan Maluku) termasuk dalam NKRI dan menganggap orang Ambon sebagai orang Indonesia. Penerus Muhammad Djosan, Muhammad Padang, menghargai jasa Johannes membangun kembali pemerintahan di Maluku seusai pemberontakan RMS, dan menurutnya: