Jabarkan Shinichiro Watanabe—asisten sutradara dari Macross Plus

Yoko Kanno—komponis dan pengaransemen musik

Sekitar kurang lebih 30 tahun sesudah perang besar antara manusia dan Zentradi, manusia telah berhasil melakukan perjalanan antar bintang dan mulai mengembangkan koloni di berbagai planet di luar tata surya kita. Di antara sekian banyak planet koloni manusia tersebut adalah planet Eden, sebuah planet indah dengan kondisi alam dan masih asri.

Planet Eden juga merupakan planet tempat berlangsungnya proyek rahasia pemerintah yang disebut sebagai Project Super Nova. Proyek tersebut merupakan proyek uji coba dua buah pesawat eksperimen milik pemerintah.

Kedua pesawat tersebut adalah "Alpha One" dan "Omega One". Alpha One atau dikenal juga dengan kode YF-19, adalah sebuah purwarupa pesawat hasil produksi Shinsei Industries dan dikemudikan oleh pilot Isamu Alva Dyson. Sementara Omega One adalah sebutan untuk pesawat YF-21 produksi General Galaxy yang dikemudikan oleh pilot Guld Goa Bowman.

Tujuan Project Super Nova tersebut adalah untuk mencari pesawat yang paling handal untuk menggantikan skuadron pesawat VF-11 yang sudah mulai berumur.

Selain menceritakan mengenai Project Super Nova, anime Macross Plus ini juga menceritakan persaingan pribadi antara Isamu dan Guld. Perseteruan kedua pilot tersebut makin diperparah ketika mereka bertemu Myung Fan Long, yang ternyata merupakan teman masa kecil mereka. Myung sendiri datang ke planet Eden dalam rangka promo-tour artis virtual Sharon Apple, dimana Myung bertindak selaku produsernya.

Tetapi di luar dugaan, keberadaan Sharon Apple malahan semakin memperuncing konflik di antara Isamu, Guld, dan Myung.