Jabarkan Sosial dari Y.B. Mangunwijaya

Perjuangannya dalam membela kaum miskin, tertindas dan terpinggirkan oleh politik dan kepentingan para pejabat dengan "jeritan suara hati nurani" menjadikan dirinya beroposisi selama masa pemerintahan Presiden Soeharto. Meskipun dirinya selalu mendampingi dan melindungi kaum miskin, Ia menganggap dirinya bukan produk keluarga miskin. Ia berpendapat bahwa “Yang paling dibutuhkan orang miskin adalah harga diri,” serta “Untuk itu kan saya tidak perlu harus miskin. Saya  tidak miskin, paling tidak secara intelektual.” (Apa & Siapa Sejumlah Orang Indonesia, 1985 - 1986 (1986)).

Membina Warga Pinggiran Kali Code

Pada tahun 1980an (sekitar 1983-1984), Ia mulai mencurahkan perhatian kepada warga penghuni bantaran/ pinggiran kali Code yang terancam digusur untuk proyek penataan lahan hijau (sekarang berada di pinggir Jalan Faridan M. Noto, Gondokusuman, Kota Yogyakarta). Ia beralasan bahwa daripada warga penghuni bantaran kali sungai digusur dan tidak diberikan kepastian, lebih baik mereka didampingi dan dibina sehingga lingkungan tersebut menjadi jauh lebih aman daripada digusur dan dijadikan ruang terbuka hijau (RTH) yang justru menjadi tidak lebih aman di masa depan.

Akibat sengitnya perdebatan antara dirinya dengan pemerintah setempat (Pemerintah Kota Yogyakarta), Ia bahkan sempat melakukan mogok makan pada tahun 1986 (yang kemungkinan terinspirasi oleh tindakan mogok makan aktivis Irlandia Utara Bobby Sands).

Cara Romo Mangun mendampingi warga pinggiran Kali Code saat itu terbilang cukup unik dan berbeda dengan pendekatan yang dilakukan oleh beberapa orang saat itu bahkan oleh pihak Gereja Katolik sendiri. Salah satu pendekatannya adalah nasehat kepada anak-anak penghuni pinggiran kali Code yang kebanyakan berasal dari "dunia hitam" (pelacuran) sebagai berikut “Oleh wae ibumu lonte, tapi kowe ra oleh dadi lonte.” Boleh saja ibumu seorang pelacur, tapi kamu tidak boleh jadi pelacur juga”. Bahkan, di kawasan Kali Code Romo Mangun membangun sebuah masjid, bukan gereja yang merupakan binaan Pastoran Katolik, yang bernama Masjid Kalimosodo. Selain itu, di dalam memberdayakan masyarakat pinggiran kali Code, Ia juga mengadakan beberapa pelatihan seperti menjahit, berkebun, serta pelatihan lainnya yang dianggap memiliki nilai produksi yang tinggi. Selain itu, selama berkunjung ke setiap rumah warga pinggiran Kali Code untuk memperhatikan warga, Ia mengajarkan untuk tidak membuang makanan karena menganggap sebagai salah satu tindakan tidak bersyukur. Selain itu, Ia juga merancang rumah warga pinggiran Kali Code untuk dihadapkan ke kali karena jika setiap kali warga mengahadapkan diri ke kali dan berada dalam keadaan kotor maka warga yang memandang akan merasa perlu untuk selalu membersihkan kali karena menganggap sebagai halaman rumah mereka.