Jabarkan Mikrosatelit sebagai penanda genetik dari Mikrosatelit

Karena terdapat variasi dalam cacah pengulangan motif (polimorfisme), dan cacah ini tetap untuk setiap individu atau populasi/kultivar tertentu, mikrosatelit dapat dipakai sebagai penanda genetik. Mikrosatelit sangat berlimpah dalam suatu genom, meskipun hanya sedikit dijumpai pada genom prokariota. Suatu gen dapat memiliki lebih dari dua mikrosatelit.

Sebagai penanda, mikrosatelit bersifat kodominan dan dapat diketahui lokasinya pada DNA. Dengan demikian, SSR sesuai untuk mendeteksi heterozigositas. Pemanfaatannya tidak memerlukan waktu lama (dua hari). Karena berbagai keuntungan ini, mikrosatelit disukai sebagai penanda.

Mikrosatelit merupakan penanda berbasis PCR, sehingga memerlukan primer. Pembuatan primernya memerlukan informasi urutan basa sebelum dan sesudah mikrosatelit. Bangunan primer ini menjadikan penanda mikrosatelit dapat dilacak posisinya dalam suatu genom namun menjadikannya bersifat spesifik spesies (sukar dipertukarkan antarspesies) karena urutan basa yang mengapit mikrosatelit berbeda-beda untuk setiap spesies.