Jabarkan Poso III dari Kerusuhan Poso

Baru tiga minggu sejak fase kedua selesai, fase ketiga —yang menurut beberapa pengamat, merupakan yang terbesar dan terparah— dimulai. Periode ini didominasi oleh gelombang serangan balasan oleh kelompok merah Kristen terhadap warga Muslim. Di samping bentrokan langsung dengan kelompok putih Islam, ada juga penculikan dan pembunuhan orang-orang yang tidak berkepentingan. Hasil wawancara yang dilakukan Human Rights Watch mengonfirmasi bahwa para migran dari Sulawesi Selatan dan Gorontalo yang umumnya menjadi korban atas tindakan tersebut, namun kelompok etnis dan suku lainnya juga menderita.

Pada awal bulan Mei, muncul desas-desus bahwa banyak pemuda Kristen yang mengungsi telah melarikan diri ke sebuah kamp pelatihan kelompok merah di Kelei. Pasukan Kristen yang beroperasi pada fase ini disebut "kelelawar merah" dan "kelelawar hitam". Kelelawar hitam yang bertopeng seperti "ninja" ini, disebut-sebut menargetkan para Muslim di Kayamanya yang dianggap bertanggung jawab atas serangan di Lombogia pada fase sebelumnya. Pasukan ninja ini disebut-sebut dipimpin oleh Fabianus Tibo, seorang imigran sekaligus pekerja perkebunan beragama Katolik yang datang dari pulau Flores (Nusa Tenggara Timur), yang pernah dipenjara atas kasus pembunuhan seorang pria bertahun-tahun sebelumnya. Selain itu, seorang tokoh Kristen bernama Adven Lateka digambarkan oleh pers dan kepolisian sebagai otak, pemodal keuangan, atau "aktor intelektual" di balik kekerasan tersebut.