Jabarkan Tuduhan plagiat dan pemberontakan dari Hamka

Kedekatan Hamka terhadap partai Masyumi menyebabkan Hamka ikut menjadi bulan-bulanan dari pihak PKI. Organisasi sayap PKI, Lekra menuduhnya sebagai "plagiator" dan pemerintah waktu itu menuduhnya sebagai orang yang akan berusaha melakukan makar. Pada September 1962, Lekra menuduh novel Hamka berjudul Tenggelamnya Kapal Van der Wijck adalah jiplakan dari karya pengarang Prancis Alphonse Karr Sous les Tilleus. Novel Sous les Tilleus diterjemahkan oleh Mustafa Lutfi Al-Manfaluti ke bahasa Arab. Pada tahun 1963, novel edisi Arab ini diindonesiakan AS Alatas dengan judul Magdalena.

Keadaan memburuk bagi Hamka ketika Panji Masyarakat memuat artikel Muhammad Hatta berjudul "Demokrasi Kita". Setelah penerbitan Panji Masyarakat berhenti sejak 17 Agustus 1960, tulisannya satu setengah juz dimuatkannya dalam majalah Gema Islam sampai akhir Januari 1962, yaitu dari juz 18 sampai juz 19. Ceramah-ceramah Hamka tiap subuh selalu dimuat secara teratur dalam majalah hingga Januari 1964.

Pada 27 Januari 1964, setelah Masyumi dibubarkan paksa akibat adanya para anggota partai yang ditangkap di pemberontakan PRRI, Hamka dan para anggota senior Masyumi turut dipenjara karena dianggap terlibat dalam pemberontakan.

Karena jatuh sakit, Hamka dipindahkan dari tahanan ke RS Persahabatan. Selama perawatan di rumah sakit ini, Hamka meneruskan penulisan Tafsir Al-Azhar. Ia mengaku wajah-wajah jemaahnya yang terbayang ketika ia mulai mengoreskan pena untuk menulis tafsir. Hamka ditetapkan sebagai tahanan politik selama dua tahun sejak 28 Agustus 1964, diikuti tahanan rumah dua bulan dan tahanan kota dua bulan.