Jabarkan Peninggalan jangka panjang dari Wolfenstein 3D

Situs 1UP.com menyebut Wolfenstein 3D "nenek moyang permainan tembak-menembak 3D", karena telah memopulerkan genre tersebut dan memulai adanya aksi serba cepat serta kemampuan teknis yang selanjutnya menjadi standar di genre ini. Walaupun sebelum itu telah ada permainan tembak-menembak di komputer, kebanyakan memiliki tipe penembak bergulir, dan Wolfenstein 3D menggeser pasar genre ini ke arah tipe penembak orang pertama. Selain itu, permainan ini mengukuhkan distribusi perangkat kongsi sebagai strategi bisnis yang serius dan menguntungkan pada saat itu. Pada September 1992, VideoGames & Computer Entertainment menyebut bahwa Wolfenstein 3D "menjadi pembenaran keberadaan perangkat kongsi", dan pada Juli 1993 Computer Gaming World menyebut bahwa "hampir seorang diri" permainan ini telah membuktikan kelayakan metode distribusi perangkat kongsi, dan memicu rentetan permainan tembak-menembak yang dirilis dengan cara tersebut. Pendapatannya yang tinggi dibandingkan dengan permainan-permainan 2D sebelumnya mendorong Apogee serta perusahaan lain ke arah permainan-permainan 3D dengan tim pengembang yang lebih besar.

Saat masa pengembangan, id Software mencoba bernegosiasi dengan Sierra Entertainment, yang saat itu adalah salah satu perusahaan permainan video terbesar dan tempat bekerja beberapa idola tim Wolfenstein. Setelah melihat Commander Keen dan versi awal Wolfenstein 3D, CEO Ken Williams menawarkan membeli id Software senilai 2,5 juta dolar AS dan menjadikannya studio pengembangan internal Sierra. Tim id Software sangat tertarik dengan tawaran ini, tetapi saat mereka mengunjungi Sierra mereka merasa ada perbedaan kultur antara kedua perusahaan tersebut dan menjadi ragu. Atas usul Romero, id Software meminta uang tunai 100 ribu dolar AS sebagai bagian dari perjanjian alih-alih menerima semua pembayaran dalam bentuk saham. Williams menolaknya dan id Software menganggap ini sebagai tanda bahwa Williams tidak sepenuhnya percaya pada potensi Wolfenstein 3D dan tim id Software. Negosiasi ini akhirnya gagal, dan id Software memutuskan tetap menjadi perusahaan independen untuk waktu dekat. Pada akhir 1993. setelah rilis Wolfenstein 3D dan menjelang rilis produk mereka selanjutnya (Doom), id Software menerima beberapa telepon dari perusahaan investasi yang ingin menjadikannya perusahaan terbuka akibat kesuksesan permainan ini. Namun, semua tawaran tersebut ditolak. Pada 1996, Computer Gaming World menempatkan Wolfenstein 3D pada urutan ke-97 permainan komputer terbaik sepanjang masa.

Di Jerman, Wolfenstein 3D menjadi penyebab utama dilarangnya permainan video yang menggunakan simbol-simbol dan gambar-gambar tertentu dari kelompok ekstremis seperti Nazi, yang berlaku hingga 2018 sesuai Strafgesetzbuch pasal 86a. Pasal tersebut memiliki pengecualian untuk karya seni, tetapi Pengadilan Tinggi Distrik Frankfurt memutuskan dalam sebuah perkara tahun 1998 bahwa permainan video tidak termasuk dalam pengecualian ini. Menurut pengadilan, karena permainan video menarik minat generasi muda, "hal ini dapat menyebabkan mereka tumbuh dengan simbol-simbol dan lambang-lambang ini sehingga menjadi terbiasa, yang kemudian dapat membuat mereka rentan dimanipulasi secara ideologi oleh gagasan-gagasan sosialisme nasional." Hingga 2018, lembaga sensor perangkat lunak Jerman Unterhaltungssoftware Selbstkontrolle (USK) menolak mengeluarkan klasifikasi usia untuk permainan-permainan yang menggunakan simbol-simbol dan gambar-gambar Nazi, sehingga Wolfenstein 3D praktis tidak bisa dijual di negara tersebut. Namun, pada Agustus 2018, kebijakan USK ini dibatalkan oleh pemerintah Jerman, yang memutuskan bahwa keputusan pengadilan tahun 1998 sudah tidak berlaku lagi karena USK kini telah menambahkan klasifikasi usia beserta peringatan-peringatan mengenai konten, dan bahwa permainan video seharusnya termasuk karya seni yang dikecualikan oleh pasal 86a.

Setelah rilis Wolfenstein 3D, id Software melisensikan game engine-nya ke pengembang-pengembang lain. Hal ini memang banyak dilakukan oleh id Software, termasuk dalam permainan Commander Keen yang dirilis sebelum Wolfenstein. Permainan-permainan yang menggunakan game engine ini ataupun turunannya di antaranya: Blake Stone, Corridor 7 dan Operation Body Count milik Capstone Software, serta Super 3D Noah's Ark. Apogee berniat membuat paket ekspansi berjudul Rise of the Triad: Wolfenstein 3D Part II yang rencananya dirancang oleh Tom Hall dengan game engine Wolfenstein 3D, tetapi permainan tersebut akhirnya menjadi permainan sendiri berjudul Rise of the Triad dengan game engine yang diperbarui. Selain itu, Softdisk membuat Catacomb Abyss menggunakan prototipe game engine Wolfenstein 3D yang dibuat dari Catacomb 3-D. Walaupun Wolfenstein 3D tidak dirancang sebagai permainan yang dapat dimodifikasi, para penggemar banyak mengembangkan editor level maupun karakter sehingga mereka dapat menambahkan hal-hal baru ke dalam permainan. John Carmack dan Romero, yang juga suka memainkan mod (versi modifikasi) dari permainan-permainan lain, menyukai hal ini dan menepis kekhawatiran tentang masalah hak cipta. Banyaknya mod yang dibuat penggemar Wolfenstein mendorong id Software untuk merancang produk-produk mereka selanjutnya, seperti Doom dan Quake agar mudah dimodifikasi oleh para pemain dan bahkan sampai merilis perkakas editor peta milik perusahaan tersebut. Id Software melepaskan kode sumber game engine versi asli Wolfenstein 3D untuk umum pada 1995, dan Carmack menggunakan beberapa modifikasi dari penggemar dalam game engine ini saat membuat membuat versi iOS pada tahun 2009. Berbagai inovasi teknologi yang terdapat pada Wolfenstein 3D juga memicu banyak permainan serupa seperti Ken's Labyrinth, Nitemare 3D, The Terminator: Rampage, Terminal Terror dan The Fortress of Dr. Radiaki.

Setelah rilis, id Software memusatkan fokus ke pengembangan permainan Doom dan setelah itu mereka tidak pernah mengembangkan kelanjutan Wolfenstein. Namun, beberapa perusahaan lain membuat permainan yang menggunakan nama Wolfenstein, kadang menggunakan game engine yang dibuat id. Yang pertama dirilis adalah Return to Castle Wolfenstein (2001) yang merupakan sebuah reboot. Permainan Wolfenstein: Youngblood dan Wolfenstein: Cyberpilot dirilis pada 2019.