Jabarkan Musim 2007–09 dari Wayne Rooney

Pada bulan Juni 2007, Rooney mendapatkan kaos nomer 10 yang sebelumnya dikenakan Ruud van Nistelrooy. Rooney beralasan bahwa dia selalu menyukai nomer tersebut. Rooney menderita cedera metatarsal kaki kiri pada waktu bertanding pada pembukaan liga melawan Reading pada 12 August yang berakhir dengan skor 0-0. Cedera yang sama pernah dia derita pada kaki kanan pada tahun 2004. Setelah menepi selama enam minggu, Rooney kembali bermain dan mencetak gol untuk Manchester United di babak grup Liga Champions melawan AS Roma pada 2 Oktober yang berkesudahan 1-0. Rooney mendapatkan cedera kembali pada 9 November dan secara keseluruhan kehilangan sepuluh pertandingan pada musim 2007–08 namun masih dapat membuat 18 gol (12 diantaranya di Liga Premier) dan membawa United menjuarai Liga Premier. Di Liga Champions, United berhasil masuk final dan mengalahkan sesama klub Inggris, Chelsea melalui adu pinalti 6-5 setelah dalam 120 menit berkedudukan imbang 1-1.

Rooney bermain di 2008 UEFA Super Cup ketika United kalah dari Zenit Saint Petersburg. Pada 4 Oktober 2008, pada saat bertanding melawan Blackburn, Rooney dinobatkan menjadi pemain termuda yang telah bermain dalam 200 pertandingan Liga Premier. Pada 18 Desember, Rooney berhasil dua kali mencetak gol dalam pertandingan semifinal FIFA Club World Cup melawan klub Jepang Gamba Osaka yang berkesudahan dengan kemenangan untuk Manchester United 5-3, dan, setelah mengalahkan LDU Quito 1–0 pada partai final di Yokohama, Rooney medapatkan penghargaan Golden Ball sebagai pemain terbaik dalam turnamen tersebut. Pada 27 Mei 2009, Rooney bermain melawan Barcelona pada final Liga Champions 2009 di Roma, namun United kalah 2–0. Selama musim 2008-09, Rooney berhasil mencetak 20 gol di semua kompetisi, 12 gol diantaranya di Liga Premier.