Jabarkan Filogeni dari Makhluk hidup

Berdasarkan beberapa studi molekuler, lokasi akar pohon kehidupan yang paling umum diterima adalah antara domain bakteri yang monofiletik dan sebuah klad yang dibentuk oleh Arkea dan Eukariota yang disebut sebagai "pohon kehidupan tradisional". Sejumlah kecil penelitian menyimpulkan secara berbeda, yaitu bahwa akar kehidupan berada dalam domain bakteri, baik dalam filum Firmicutes maupun bahwa filum Chloroflexi merupakan dasar sebuah klad dengan Arkea dan Eukariota dan sisa bakteri lainnya, seperti yang diusulkan oleh Thomas Cavalier-Smith.

Penelitian yang diterbitkan pada tahun 2016, oleh William F. Martin, dengan menganalisis secara genetik 6,1 juta gen penyandi protein dari urutan genom prokariotik dari berbagai pohon filogenetik, berhasil mengidentifikasi 355 kelompok protein di antara 286.514 kelompok protein yang mungkin umum untuk LUCA. Hasilnya "menggambarkan LUCA sebagai organisme anaerobik, mengikat CO2, bergantung pada H2 dengan lintasan Wood-Ljungdahl (lintasan asetil-koenzim reduktif), mengikat N2, dan termofilik. Biokimia LUCA penuh dengan kluster FeS dan mekanisme reaksi radikal. Kofaktornya mengungkapkan ketergantungan pada logam transisi, flavin, S-adenosil metionina, koenzim A, feredoksin, molibdopterin, korin, dan selenium. Kode genetiknya memerlukan modifikasi nukleosida dan metilasi yang bergantung pada S-adenosil metionina." Hasilnya menggambarkan klostridia metanogenik sebagai klad basal dalam 355 garis keturunan yang diperiksa dan menunjukkan bahwa LUCA menghuni ventilasi hidrotermal anaerobik di lingkungan yang secara geokimia aktif kaya akan H2, CO2, dan besi. Namun, identifikasi gen-gen yang ada pada LUCA ini dikritik, dengan argumen bahwa banyak protein yang diasumsikan ada pada LUCA merupakan hasil dari transfer gen horizontal yang terjadi belakangan antara arkea dan bakteri.