Jabarkan Menjadi wakil presiden dari Gloria Macapagal-Arroyo

Pada 1998 Arroyo sempat mempertimbangkan pencalonan dirinya sebagai presiden, namun ia diyakinkan oleh Presiden Fidel V. Ramos untuk bergabung dengan Parati LAKAS yang memerintah sebagai pendamping kandidat presidennya, Ketua Parlemen Jose De Venecia. De Venecia dan Arroyo melakukan kampanye di seluruh negara, didukung oleh Ramos dan mesin LAKAS yang dahsyat. Arroyo menang sebagai wakil presiden dengan hampir 13 juta suara, lebih dari dua kali suara yang diperoleh lawan terdekatnya, Senator Edgardo Angara. Tetapi De Venecia dikalahkan oleh wakil presiden bertahan yang populer, Joseph Estrada.

Arroyo memulai masa jabatannya sebagai Wakil Presiden pada 30 Juni 1998. Tak lama kemudian ia ditunjuk oleh Estrada menjadi anggota kabinet dengan jabatan Menteri Kesejahteraan Sosial dan Pembangunan, dengan tugas utama mengawasi program-program sosial pemerintah untuk kaum miskin.

Ia mengundurkan diri dari Kabinet pada Oktober 2000, menjauhkan dirinya dari Presiden Estrada, yang dituduh korupsi oleh seorang bekas pendukung politiknya. Arroyo bergabung dengan masyarakat sipil dan banyak dari bangsa Filipina yang menyerukan agar presiden mengundurkan diri.

Pada 20 Januari 2001, setelah berhari-hari berlangsung gejolak politik dan protes di jalan-jalan raya, Mahkamah Agung menyatakan bahwa jabatan kepresidenan kosong. Militer dan polisi nasional yang sebelumnya menarik kesetiaannya kepada Estrada, kini mengalihkannya kepada Arroyo. Arroyo pun dilantik pada hari yang sama sebagai Presiden ke-14 Filipina oleh Ketua Mahkamah Agung Hilario Davide Jr dengan dukungan dari banyak pihak. Masa pemerintahannya diwarnai beberapa kali upaya pemberontakan–yang sering dikaitkan dengan orang-orang Estrada–untuk menjatuhkan pemerintahannya.

Penggulingan Estrada kelak dikenal sebagai EDSA II, mengikuti Revolusi EDSA 1986 yang menjatuhkan pemerintahan Ferdinand Marcos. EDSA adalah singkatan Epifanio de los Santos Avenue, sebuah jalan raya di kota metropolitan Manila yang merupakan tempat utama demonstrasi.