Jabarkan 2005 dari Troy Bayliss

Tahun 2005 Bayliss pindah ke tim Honda bersama tim Camel Pons Honda. Di akhir klasemen ia ada di peringkat ke 15 dengan poin 54.

Kembali ke Kejuaraan Dunia Superbike, 2006-2008 dan sekali penampilan di MotoGP

Musim 2006 ia kembali berkarier di World Superbike. Pada tahun tersebut, Bayliss menjadi juara dunia. Musim berikutnya ia gagal mempertahankan gelarnya. Namun, di musim terakhir balapannya, ia berhasil meraih juara dunia yang ketiga kalinya. Ia mengakhiri musim 2008 pada usia 39 tahun. Dia juga sempat menggantikan Sete Gibernau yg mengalami cedera ditim Ducati dan di GP Valencia ia menjadi pemenang diikuti rekan setimnya Loris Capirossi.

2015, Comeback kembali ke WSBK

Pada 2015, Bayliss kembali ke ajang Superbike menggantikan Davide Giugliano yg sedang cedera untuk 2 seri yakni di Australia dan Thailand.