Jabarkan Masa jabatan kedua (2001-2006) dari Yoweri Museveni

Pada 2001 Museveni memenangkan pemilu presiden dengan jumlah suara mayoritas yang cukup besar. Lawannya yang benar-benar serius hanyalah sahabatnya dan dokter pribadinya, Kizza Besigye. Dalam sebuah acara publisitas yang merakyat, Museveni dalam usianya yang 50-an tahun, mengendarai sebuah ojek motor bodaboda untuk menyerahkan formulir nominasinya untuk pemilu itu. Bodaboda adalah sebuah sarana transportasi yang murah dan agak berbahaya untuk membawa penumpang keliling kota dan desa-desa di Afrika Timur.

Ada banyak tuduhan dan kegetiran dalam pemilu presiden 2001. Berbagai kekerasan terjadi setelah hasilnya diumumkan – yang dimenangi oleh Museveni. Besigye menantang hasil-hasil pemilu di Mahkamah Agung Uganda. Dua dari lima hakim agung menyimpulkan bahwa dalam pemilu itu terjadi begitu banyak penyimpangan dan hasilnya harus ditolak. Tiga hakim lainnya memutuskan bahwa penyimpangan-penyimpangan itu tidak memengaruhi hasil pemilu itu secara berarti, namun mereka menyatakan bahwa “ada cukup bukti bahwa di sejumlah tempat pemungutan suara terjadi kecurangan” dan bahwa di sejumlah daerah di negara itu, “prinsip pemilu yang adil dan bebas tidak sepenuhnya dilakukan.” Besigye ditahan sebentar dan ditanyai oleh polisi, konon karena hubungannya dengan pengkhianatan. Pada bulan September ia terbang ke AS dan menyatakan bahwa nyawanya terancam.

Pluralisme politik dan perubahan konstitusional

Setelah pemilu, kekuatan-kekuatan politik yang bersekutu dengan Museveni mulai mengadakan kampanye untuk mengendurkan batas-batas konstitusional tentang masa jabatan presiden untuk memunginkannya bertarung dalam pemilu kembali pada 2006. Konstitusi Uganda 1995 menyebutkan bahwa masa jabatan presiden dibatasi hingga dua kali saja. Dengan sejarah rezim dictator Uganda, pembatasan ini dimaksudkan untuk mencegah sentralisasi kekuasaan yang berbahaya pada seorang pemimpin yang berkuasa dalam jangka waktu yang panjang. Pada masa ini terjadilan penyingkiran pendukung-pendukung Museveni yang penting dan berpengaruh dari pemerintahannya, termasuk temannya sejak masa kecil, Eriya Kategaya dan menteri kabinet Jaberi Bidandi Ssali.

Langkah-langkah untuk mengubah konstitusi dan upaya-upaya yang konon dimaksudkan untuk menekan kekuatan politik oposisi telah mengundang kritik dari para komentator dalam negeri dan komunitas internasional serta negara-negara pemberi bantuan untuk Uganda. Dalam sebuah siaran pers, partai oposisi utama, Forum untuk Perubahan Demokratis (FDC), menuduh Museveni terlibat dalam sebuah “proyek presiden seumur hidup”, dan menyogok para anggota parlemen untuk menolak amendemen konstitusi, demikian tuduhan para pemimpin FDC.

”Negara terpolarisasi karena banyak rakyat Uganda yang menentang [amendemen konstitusi]. Bila Parlemen jalan terus dan menghapuskan batas masa jabatan, hal ini dapat menimbulkan ketegangan yang serius, pergulatan politik dan membawa kepada pergolakan baik pada masa transisi maupun sesudahnya… Karena itu kami ingin mengimbau kepada Presiden Museveni agar menghormati dirinya sendiri, rakyat yang telah memilihnya sebagai Presiden pada 2001 ketika ia menjanjikan kepada negara dan dunia pada umumnya untuk menyerahkan kekuasaan dengan damai dan dalam cara yang tertib pada akhir masa jabatannya yang kedua dan terakhir. Bila tidak, tekadnya untuk bertarung kembali akan membuat dunia melihat dia seagai seorang penipu ulung dan pembohong politik terbesar yang pernah dikenal negara ini.

Seperti yang diamati oleh sejumlah komentator politik (mis. Wafula Okumu), Museveni sebelumnya telah menyatakan bahwa ia menganggap ide bertahan dalam jabatan selama “15 tahun atau lebih” bukan sesuatu yang baik, dan mengumumkan bahwa ia adalah “anggota dari kelompok pemimpin Afrika yang mabuk kekuasaan” – sambil membandingkan dirinya dengan Robert Mugabe dan Charles Taylor (yang oleh sebagian orang dianggap sebagai jagoan kepemimpinan Afrika). Komentar-komentar dari pencetus kampanye anti kemiskinan dari Britania, Bob Geldof memicu protes dari para pendukung Museveni di luar kantor Komisi Tinggi (Kedutaan Besar) Britania di Kampala. "Bangunlah Museveni. Waktumu sudah habis, pergilah," kata bekas bintang rock itu pada Maret 2005, sambil menjelaskan bahwa upaya-upaya untuk mengubah konstitusi akan merugikan rekor Museveni dalam memerangi kemiskinan dan HIV/AIDS. Dalam sebuah artikel opini dalam Boston Globe dan dalam sebuah pidato yang disampaikan di Wilson Center, bekas dubes AS untuk Uganda Johnnie Carson melontarkan lebih banyak kritik terhadap Museveni. Meskipun ia mengakui Presiden sebagai "pembaharu yang tulen " yang kepemimpinannya "leadership [telah] menghasilkan kestabilan dan pertumbuhan ", Carson juga berkata, "kita mungkin sedang menyaksikan terciptanya seorang Mugabe dan Zimbabwe yang baru". "Banyak pengamat melihat upaya-upaya Museveni untuk mengamendemen konstitusi sebagai pengulangan masalah umum yang melanda banyak pemimpin Afrika – ketidaksediaan untuk mengikuti norma-norma konstitusional dan menyerahkan kekuasaan".

Pada Juli 2005, Norwegia menjadi negara Eropa ketiga yang dalam beberapa bulan ini mengumumkan pemotongan simbolis terhadap bantuan asing untuk Uganda sebagai jawaban terhadap kepemimpinan politik di negara itu. Britania Raya dan Irlandia juga mengambil langkah-langkah serupa pada bulan Mei. "Departemen Luar Negeri ingin menyoroti dua masalah: perubahan konstitusi untuk menghapuskan batas masa jabatan, dan masalah-masalah dengan membuka ruang politik, hak-hak asasi manusia dan korupsi", ujar duta besar Norwegia Tore Gjos. Yang sangat penting adalah penangkapan terhadap dua anggota parlemen oposisi dari Forum untuk Perubahan Demokratis. Para pejuang hak-hak asasi manusia menuduh bahwa penangkapan-penangkapan itu bermotivasi politik Human Rights Watch menyatakan bahwa "penangkapan para panggota parlemen oposisi ini berbau oportunisme politik ". Sebuah laporan rahasia Bank Dunia yang bocor pada bulan Mei menyatakan bahwa para peminjam internasional mungkin akan mengurangi dukungannya terhadap program-program non-kemanusiaan di Uganda. "Kami menyesal karena kami tidak bias lebih positif mengenai situasi politik Uganda saat ini, khususnya mengingat catatan tentang negara ini yang sangat mengagumkan pada akhir tahun 1990-an", kata laporan itu. "Pemerintah pada umumnya telah gagal untuk mengintegrasikan rakyatnya yang majemuk ke dalam suatu proses politik yang tunggal yang bias bertahan untuk jangka waktu yang lama… Barangkali yang paling penting, kecenderungan-kecenderungan politiknya, sebagai akbiat dari tekad Presiden untuk tetap mencalonkan diri untuk ketiga kalinya, menunjukkan penurunan."

Museveni menjawab tekanan internasional yang meningkat itu dengan menuduh negara-negara donor ikut campur dengan politik dalam negeri, dan menggunakan bantuan untuk memanipulasi negara-negara miskin. “Biarkan negara-negara mitra memberikan nasihat dan serahkanlah kepada negara itu sendiri untuk memutuskan …negara-negara [maju] harus meninggalkan kebiasaan berusaha menggunakan bantuan untuk mendikte pengelolaan negara-negara kita." "Masalah dengan orang-orang itu bukanlah masa jabatan ketiga atau melawan korupsi atau sistem multi-partai,” tambah Museveni dalam suatu pertemuan dengan para pemimpin Afrika lainnya, "masalahnya ialah bahwa mereka ingin membiarkan kita tidak bertumbuh.".

Pada Juli 2005, sebuah referendum konstitusional menghentikan pembatasan yang telah berlaku selama 19 tahun terhadap aktivitas-aktivitas partai-partai politik. Dalam " sistem Gerakan" yang non partai (karena itu disebut "gerakan") yang dilembagakan oleh Museveni pada 1986, partai-partai tetap ada, namun calon-calonnya diwajibkan ikut dalam pemilu sebagai pribadi-pribadi, bukan sebagai wakil-wakil kelompok politik manapun. Langkah ini jelas dimaksudkan untuk mengurangi pembagian etnis, meskipun banyak pengamat yang kemudian mengklaim bahwa sistem ini tidak lain merupakan cara untuk membatasi aktivitas oposisi. Sebelum pemungutan suara, juru bicara Forum untuk Perubahan Demokratis (FDC) menyatakan, “Sektor-sektor ekonomi penting dipimpin oleh orang-orang dari kampung halaman presiden … Kita mempunyai rezim yang paling sektarian di dalam sejarah negara kita meskipun pada kenyataannya tidak ada partai.”  Banyak orang Uganda yang melihat perubahan Museveni yang kini menganut pluralisme politik sebagai sebuah konsesi kepada para donor – yang dimaksudkan untuk melunakkan pukulan ketika ia mengumumkan bahwa ia ingin bertahan untuk masa jabatan ketiga  Anggota parlemen oposisi Omara Atubo mengatakan bahwa keinginan Museveni untuk melakukan perubahan hanyalah sekadar "sebuah benteng dan di balik itu ia berusaha menyembunyikan ambisi-ambisinya untuk berkuasa seumur hidup".