Jabarkan Terpecahnya Mataram dari Kesultanan Mataram

Situasi politik yang masih belum stabil setelah pemberontakan Sunan Kuning, membuat Pakubuwana II mengumumkan sebuah sayembara untuk menumpas Raden Mas Said dan dijanjikan sebuah hadiah. Konon, saat itu Raden Mas Said adalah panglima perang yang tak terkalahkan, bahkan dijuluki Pangeran Sambernyawa.

Tantangan ini diterima oleh Pangeran Mangkubumi, adik Pakubuwana II yang juga menjadi paman dari Raden Mas Said. Ia pun berhasil menumpas Raden Mas Said dan seharusnya bisa mendapatkan hadiah tersebut. Namun, Pakubuwana II dihasut oleh Patih Pringgalaya dan Baron van Imhoff, gubernur VOC saat itu untuk tidak memberikan hadiah tersebut demi menurunkan derajat Mangkubumi yang dikenal anti-VOC.

Kemelut tersebut semakin menjadi-jadi setelah dilakukannya perubahan dalam Perjanjian Panaraga oleh VOC, yang dimana perubahan tersebut mengharuskan Susuhunan untuk menyerahkan wilayah pesisir kepada VOC. Hal ini membuat Mangkubumi kecewa, dan situasi pun berbalik di mana ia keluar dari keraton pada tanggal 19 Mei 1746 dan bergabung dengan Raden Mas Said. Meski begitu, keluarnya Mangkubumi dari keraton bukan untuk memusuhi dan memberontak, melainkan untuk mempertahankan wilayah Mataram, khususnya wilayah pesisir.

Perlawanan dari Mangkubumi dan pengikutnya terus berlanjut hingga mangkatnya Pakubuwana II dan digantikan oleh anaknya, Pakubuwana III. Sepeninggal kakaknya, atas usul Raden Mas Said, Mangkubumi diangkat oleh pengikutnya menjadi Susuhunan di wilayah Kabanaran (Sukowati) menandingi Pakubuwana III, dengan Raden Mas Said sebagai patih. Sebab itulah Mangkubumi pernah dijuluki sebagai Susuhunan Kabanaran. Bergabungnya Mangkubumi dan Raden Mas Said menimbulkan kekuatan yang luar biasa, terbukti dengan ditaklukkannya kembali daerah-daerah pesisir yang sebelumnya telah dikuasai oleh VOC, bahkan wilayah-wilayah di bagian timur seperti Surabaya dan Madura pun juga ditaklukkan.

Kegagalan VOC melawan pasukan Mangkubumi menimbulkan berbagai tekanan. Akhirnya, mereka kembali memainkan intrik politik adu domba untuk memecah belah kekuatan Mangkubumi dan Raden Mas Said. VOC berhasil menghasut Raden Mas Said melalui Tumenggung Sujanapura untuk melepaskan diri dari pasukan Mangkubumi. Alhasil, Mangkubumi kelak harus berjuang sendirian melawan pasukan VOC, Surakarta, dan Raden Mas Said.

Disisi lain, situasi perang yang kurang menguntungkan membuat VOC menawarkan perjanjian damai kepada Mangkubumi. Maka ditandatanganilah Perjanjian Palihan Nagari yang dilakukan di Dusun Kerten, Desa Jantiharjo, Karanganyar, Jawa Tengah pada 13 Februari 1755. Perjanjian ini menghasilkan kesepakatan damai antar kedua belah pihak serta membagi Mataram dalam dua kekuasaan wilayah, dengan Nicholas Hartingh, Gubernur Pantai Timur Laut Jawa sebagai penengah. Pakubuwana III berhak atas wilayah timur Mataram dan tetap mempertahankan Surakarta dengan gelar Susuhunan Pakubuwana, sedangkan Mangkubumi berhak atas wilayah barat Mataram di seberang Sungai Opak yang kelak menjadi Yogyakarta dengan gelar Sultan Hamengkubuwana. Perjanjian ini juga mengakhiri kejayaan Mataram Islam selama beberapa abad.

Rupanya, perjanjian Giyanti tidak diterima dengan baik oleh Raden Mas Said, sehingga melakukan perlawanan terhadap VOC, Surakarta, dan Yogyakarta. Raden Mas Said berhasil memenangkan perlawanan ini, dan memunculkan Perjanjian Salatiga pada tahun 1757. Dari perjanjian tersebut, ia diangkat menjadi pangeran merdeka dengan gelar Adipati Mangkunagara, serta mendapat sebagian wilayah Surakarta bagian timur, yang kemudian dinamai dengan Kadipatèn Mangkunagaran.

Sekitar lima puluh empat tahun kemudian, wilayah Mataram kembali terpecah. Kali ini, kekalahan Yogyakarta dalam Geger Sepoy pada tahun 1813 membuahkan keputusan diangkatnya Pangeran Natakusuma, putra dari Hamengkubuwana I menjadi pangeran merdeka dengan gelar Adipati Paku Alam oleh pemerintah Inggris. Natakusuma berhak atas wilayah kemantren di timur Keraton Yogyakarta, dan beberapa bidang di pesisir Kulon Progo atau Karang Kemuning, dengan nama Kadipaten Pakualaman.