Jabarkan 1998-2005: Perguruan Tinggi Otonom dari Universitas Brawijaya

Pada masa kepemimpinan Rektor Prof Eka Afnan Troena (1998-2002) mulai menerima mahasiswa asing dan dimulainya era jaringan serat optik untuk pengembangan teknologi informasi (TI) di kampus dan pelaksanaan pembelajaran jarak jauh bekerja sama dengan Keio University, Jepang, serta memulai program pemberian beasiswa studi lanjut bagi staf administrasi. Pada tahun 2003, berdasarkan SK Rektor nomor 147/SK/2003 dibentuklah dan mulai disosialisasikan pelaksanaan Tim Evaluasi Diri (Persiapan BHMN-UB) untuk Pengembangan Otonomi dan Akuntabilitas Organisasi Universitas Brawijaya. Otonomi adalah salah satu pilar untuk menghasilkan SDM yang berkualitas berdasarkan hasil studi banding ke Universitas Indonesia, Universitas Gadjah Mada, Institut Teknologi Bandung dan Institut Pertanian Bogor yang telah berstatus perguruan tinggi BHMN (Badan Hukum Milik Negara). Universitas Brawijaya mendapat persetujuan Dirjen Dikti untuk menjadi perguruan tinggi otonom pada tanggal 29 November 2007, walaupun pelaksanaannya harus menunggu pengesahan Undang Undang BHP. Sementara menunggu pengesahan UU-BHPMN (Badan Hukum Pendidikan Milik Negara) oleh DPR, untuk itu telah dibentuk tim penyusun proposal BLU (Badan Layanan Umum) yang diketuai oleh Profesor Sutiman B. Sumitro.