Jabarkan Bangunan dan tata letak dari Stasiun Yogyakarta

Stasiun Yogyakarta terbagi menjadi dua emplasemen, yaitu emplasemen utara dan selatan, dan juga memiliki dua pintu masuk dan keluar, yakni pintu utama yang menghadap ke Jalan Margo Utomo—Jalan Pangeran Mangkubumi, termasuk wilayah Kelurahan Gowongan, Kemantren Jetis hanya untuk keberangkatan kereta api antarkota, dan pintu selatan yang menghadap ke arah Jalan Pasar Kembang—wilayah Kelurahan Sosromenduran, Kemantren Gedongtengen dikhususkan untuk keberangkatan dan kedatangan layanan kereta Bandara Internasional Yogyakarta, kereta api lokal, dan KAI Commuter; dan kedatangan penumpang kereta api antarkota saja. Stasiun ini memiliki bangunan khusus untuk loket di pintu selatan.

Pada tahun 1970-an, jumlah jalur Stasiun Tugu kemungkinan mencapai sebelas jalur—tidak termasuk jalur ke dalam pos langsiran di utara stasiun—yaitu emplasemen selatan memiliki lima jalur kereta api dengan jalur 5 merupakan sepur lurus dan emplasemen utara memiliki enam jalur kereta api dengan (kemungkinan) jalur 6 merupakan sepur lurus. Namun pada tahun 1999, peron di jalur 2 dibangun untuk mengakomodasi tinggi pintu kereta eksekutif saat itu.

Sebelum pembangunan jalur ganda dimulai sekitar tahun 2004, jalur 3 lama merupakan sepur lurus arah Surabaya/, sedangkan jalur 4 merupakan sepur lurus arah /Jakarta. Pada saat pembangunan jalur ganda hingga pengoperasiannya di segmen Yogyakarta–Maguwo per 8 Januari 2007 dan kemudian segmen Yogyakarta–Kutoarjo pada November 2007 hingga akhirnya diresmikan 22 Januari 2008, tata letak stasiun mengalami perubahan: jalur langsir yang masih utuh—walaupun sudah dicabut—diubah menjadi jalur 1, jalur 1 lama diubah menjadi jalur 2, dan jalur 2 lama diubah menjadi jalur 3 sebagai sepur lurus dari dan ke arah Bandung/Jakarta. Selain itu, peron tinggi ditambahkan pada jalur 3—menimbun jalur 3 lama—dan jalur 5. Saat ini, jalur 3 dijadikan sepur lurus arah Surabaya/Malang dan sepur belok dari arah Kutoarjo, jalur 4 dijadikan sepur lurus dari arah Bandung/Jakarta, dan jalur 5 dijadikan sepur lurus ke arah Bandung/Jakarta.

Di kawasan stasiun terdapat depo lokomotif dan depo kereta maupun gerbong yang berturut-turut terletak di sebelah barat laut dan barat. Pemutar rel berada di barat depo lokomotif yang terletak di sebelah barat laut stasiun.

Ke arah timur stasiun, terdapat perlintasan sebidang yang berupa gerbang geser dengan nomor pos jaga lintasan (PJL) 3A dan 3B yang dikhususkan untuk sepeda, becak, andong, atau pejalan kaki yang melintas di sekitar kawasan Jalan Malioboro. Selain itu, terdapat jembatan yang membentang di atas Kali Code yang dikenal dengan sebutan Jembatan Kewek yang melintang di atas Jalan Abu Bakar Ali.

Stasiun ini sering mengalami renovasi dan penataan ulang, antara lain dengan membangun peron tinggi serta penambahan atap kanopi. Sistem parkir juga mengalami perubahan: pintu timur dan selatan kini hanya digunakan untuk tempat antar-jemput dan parkir becak, sedangkan tempat parkir terletak di sebelah barat daya kompleks stasiun. Walaupun terowongan sudah dibangun pada tahun 1959, akses terowongan tersebut mulai mengalami renovasi besar-besaran untuk menyembrangi antara emplasemen utara dan emplasemen selatan agar meningkatkan keselamatan penumpang terutama penumpang kereta api antarkota, komuter, dan kereta bandara yang selama ini menyembrang antar emplasemen melalui rangkaian dan rel sejak tahun 2019, sekarang terowongan akses antar emplasemen telah diresmikan secara lengkap melalui panduan keselamatan dilakukan oleh PT Kereta Api Indonesia (Persero) pada tanggal 31 Juli 2023. Dalam rangka mewujudkan stasiun kereta api besar bertaraf internasional, stasiun ini sejak musim mudik lebaran 2016 telah dilakukan renovasi secara menyeluruh, antara lain merombak loket stasiun di pintu selatan, serta pemasangan lantai granit, pengecatan ulang, dan lain-lain. Di selatan stasiun terdapat banyak kios yang saling berimpitan, ekspedisi barang, dan kios penjualan tiket pesawat dan kereta api yang telah digusur pada tahun 2017 karena tidak memiliki izin dan dianggap kumuh oleh KAI.

Stasiun ini memiliki ruang tunggu eksekutif, Anggrek Executive Lounge, dioperasikan oleh KAI Wisata yang memanfaatkan bangunan pendopo belakang stasiun.

Terkait proyek pemutakhiran sistem persinyalan elektrik kereta api di stasiun ini, telah dilakukan pemasangan sistem persinyalan elektrik baru produksi Len Industri per April 2021 yang menggantikan sistem persinyalan elektrik lama produksi Siemens. Persinyalan ini telah aktif mulai September 2021.Bersamaan dengan itu, lintasan jalur rel antara stasiun ini dan Stasiun Lempuyangan dijadikan sebagai jalur-tunggal ganda atau sepur kembar.