Jabarkan 2000-an dari Aeroméxico

Pada awal tahun 2000-an, maskapai ini merencanakan masuk Bursa Saham Mexico, namun akhirnya ditunda akibat Serangan 11 September 2001, yang juga memengaruhi dunia penerbangan, di mana banyak maskapai penerbangan mengalami kerugian sebagai dampak langsung tragedi ini.Dalam periode antara 2000-2005 Aeromexico memiliki armada rata-rata dari 60 pesawat di jalur utama, ditambah 20 di Aerolitoral, serta lima CEO selama waktu ini. Pada tahun 2003, maskapai menerima Boeing 737-700 pertama sebagai pengganti Boeing 717. Pada tanggal 29 Maret 2006 CEO Aeromexico, Andrés Conesa mengumumkan peresmian penerbangan langsung antara Jepang dan Mexico City melalui Tijuana.

Pada 29 Juni 2006, International Lease Finance Corporation (ILFC) dan Aeromexico mengumumkan bahwa maskapai ini akan mengoperasikan tiga pesawat Boeing 787. Aeroméxico akan menyewa tiga dari 787-8s ILFC dengan pengiriman dijadwalkan akan dimulai pada awal tahun 2012, dua pesawat disewa dari ILFC akan berada dalam layanan tahun 2013.

Pandemi COVID-19 sangat mempengaruhi industri penerbangan global, termasuk Aeromexico. Saham Aeromexico turun selama paruh pertama tahun 2020 dan rumor tentang kebangkrutan muncul, namun perusahaan membantah rumor tersebut. Pada tanggal 30 Juni, Aeroméxico secara sukarela mengajukan kepailitan Bab 11 kebangkrutan di Amerika Serikat. Namun, operasi sehari-hari akan terus berlanjut seiring perusahaan memulai perombakan keuangan. Penumpang masih tetap bisa terbang menggunakan tiket yang ada, dan karyawan akan tetap dibayar seperti biasa, menurut manajemen.

Pada 1 Juli 2021, pemegang saham Delta Air Lines telah mengumumkan akan membeli $185 juta dari utang Aeroméxico.