Jabarkan 1990-an dari Boeing

Boeing adalah salah satu dari tujuh perusahaan yang bersaing untuk menawarkan Pesawat Tempur Taktis Lanjutan. Boeing sepakat untuk bekerjasama dengan General Dynamics dan Lockheed, sehingga ketiga perusahaan akan berpartisipasi dalam pengembangan jika desain salah satu dari tiga perusahaan terpilih. Desain Lockheed akhirnya dipilih dan dikembangkan menjadi F-22 Raptor.

Pada bulan April 1994, Boeing memperkenalkan pesawat jet komersial yang paling modern pada saat itu, pesawat bermesin ganda 777, dengan kapasitas tempat duduk sekitar 300-370 penumpang dalam tipikal konfigurasi tiga kelas, di antara 767 dan 747. Pesawat bermesin ganda berjarak tempuh terpanjang di dunia, Boeing 777 adalah pesawat Boeing pertama yang memiliki fitur sistem "fly-by-wire" dan digagas sebagai tanggapan terhadap terobosan yang dibuat oleh Airbus ke dalam pasar tradisional Boeing. Pesawat ini mencapai tonggak penting dengan menjadi pesawat pertama yang dirancang sepenuhnya dengan menggunakan teknik computer-aided design (CAD). Boeing 777 juga merupakan pesawat pertama yang disertifikasi untuk 180 menit ETOPS saat masuk ke masa layanan oleh FAA. Juga di pertengahan 1990-an, perusahaan ini mengembangkan versi baru dari 737, dikenal sebagai 737 "Next-Generation", atau 737NG. Sejak itu, versi ini menjadi versi 737 yang paling cepat terjual dalam sejarah, dan pada tanggal 20 April 2006 penjualannya melampaui "737 Classic", dengan pesanan 79 pesawat dari Southwest Airlines.

Pada tahun 1995, Boeing memilih untuk menghancurkan kompleks markas di East Marginal Way South daripada memperbaruinya agar sesuai dengan standar seismik terbaru. Markas dipindahkan ke bangunan yang berdekatan dan fasilitas tersebut dihancurkan pada tahun 1996. Pada tahun 1997, Boeing bermarkas di East Marginal Way South, di dekat Bandara King County, di Seattle.

Pada tahun 1996, Boeing mengakuisisi unit kedirgantaraan dan pertahanan Rockwell. Unit bisnis Rockwell tersebut menjadi anak perusahaan Boeing, bernama Boeing North American, Inc. Pada bulan Agustus 1997, Boeing merger dengan McDonnell Douglas dalam pertukaran saham sebesar US$13 miliar di bawah nama The Boeing Company. Akan tetapi nama ini sebenarnya sudah menjadi nama resmi Boeing yang sebelumnya diadopsi pada 21 Mei 1961. Setelah merger, McDonnell Douglas MD-95 berganti nama menjadi Boeing 717, dan produksi MD-11 terbatas pada versi kargo. Boeing memperkenalkan identitas baru perusahaan dengan selesainya merger, menggabungkan logo Boeing dan versi stilasi dari simbol McDonnell Douglas, yang berasal dari logo Douglas Aircraft dari tahun 1970-an.

Analis kedirgantaraan Scott Hamilton mengritik CEO dan wakilnya, Philip M. Condit dan Harry Stonecipher, karena memikirkan keuntungan pribadi mereka lebih dulu, dan dengan itu menyebabkan masalah yang memukul Boeing bertahun-tahun kemudian. Alih-alih menginvestasikan cadangan kas besar untuk membangun pesawat baru, mereka memulai sebuah program untuk membeli kembali saham Boeing lebih dari US$10 miliar.