Jabarkan Kepresidenan Habibie (1998–1999) dari Reformasi Indonesia (1998–sekarang)

Setelah pengunduran diri Soeharto, Wakil Presiden B.J. Habibie dilantik sebagai presiden dan melakukan berbagai reformasi politik. Pada Februari 1999, pemerintahan Habibie mengesahkan Undang-Undang Partai Politik yang mencabut pembatasan jumlah partai politik (parpol). Sebelumnya, pada masa Soeharto, hanya tiga parpol yang diperbolehkan. Parpol juga tidak diwajibkan berideologi Pancasila. Hal ini mengakibatkan partai politik bermunculan dan 48 di antaranya akan bersaing dalam pemilihan legislatif 1999.

Pada Mei 1999, pemerintahan Habibie mengesahkan Undang-Undang Otonomi Daerah yang merupakan langkah pertama dalam desentralisasi pemerintahan Indonesia dan memungkinkan provinsi-provinsi untuk lebih berperan dalam mengatur daerahnya. Pers lebih dibebaskan pada pemerintahan Habibie, meskipun Kementerian Penerangan tetap dipertahankan. Tahanan politik seperti Sri Bintang Pamungkas, Muchtar Pakpahan, dan Xanana Gusmão juga dibebaskan atas perintah Habibie.

Pada era Habibie juga dilangsungkan pemilihan umum legislatif 1999, yang merupakan pemilihan bebas pertama sejak pemilu legislatif 1955. Pemilu ini diawasi oleh Komisi Pemilihan Umum (KPU) yang independen, bukan komisi pemilihan yang diisi menteri-menteri pemerintah seperti yang terjadi pada masa Orde Baru.

Habibie juga menyerukan referendum untuk menentukan masa depan Timor Timur. Tindakan ini mengejutkan banyak orang dan membuat marah beberapa orang. Pada tanggal 30 Agustus, penduduk Timor Timur memilih untuk merdeka. Lepasnya provinsi ini merugikan popularitas dan aliansi politik Habibie.