Jabarkan Sebelah timur: kelurahan Pekayon dari Kalisari, Pasar Rebo, Jakarta Timur

Pada tahun 1990 sampai 2004

Namun sejak diberlakukan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia nomor: 60 tahun 1990 tanggal 18 Desember 1990, tentang pembentukan kecamatan Kelapa Gading dan Pademangan di Kotamadya Jakarta Utara, kecamatan Palmerah, Kalideres dan Kembangan di Kotamadya Jakarta Barat, kecamatan Johar Baru di Kotamadya Jakarta Pusat, kecamatan Duren Sawit, Makasar, Cipayung dan Ciracas di Kotamadya Jakarta Timur dan kecamatan Pancoran, Jagakarsa dan Pesanggrahan di Kotamadya Jakarta Selatan dalam wilayah Daerah Khusus Ibukota Jakarta, maka wilayah ini memasukkan kelurahan Kelapa Dua Wetan ke wilayah kecamatan Ciracas.

Wilayah kelurahan Kelapa Dua Wetan sudah berada di wilayah kecamatan Ciracas, serta kelurahan Kalisari dan kelurahan Pekayon tetap berada di wilayah kecamatan Pasar Rebo. Akibat pembentukan wilayah kecamatan Cipayung dan Ciracas, luas wilayah kecamatan Pasar Rebo telah menyusut.

Pada tahun 2004 sampai sekarang

Namun sejak diberlakukan Undang-undang Republik Indonesia nomor: 32 tahun 2004 dan Peraturan Daerah Khusus Ibukota Jakarta nomor: 11 tahun 2004 tanggal 22 Juli 2004 tentang pembentukan 30 kampung dalam wilayah Daerah Khusus Ibukota Jakarta, perubahan nama kampung, pemindahan kampung dari wilayah Bodetabek ke wilayah Daerah Khusus Ibukota Jakarta dan pemindahan kampung dari wilayah Daerah Khusus Ibukota Jakarta ke wilayah Bodetabek, maka wilayah kelurahan Kalisari mengalami perubahan batas wilayah dan bertambahnya dari semula terdiri atas 6 kampung, yakni: Kampung Kalisari Lor, Kampung Kalisari Kidul, Kampung Bebesan, Kampung Jalangkoting, Kampung Kalijampang dan Kampung Kali Cijantung dengan memasukkan kampung-kampung ke wilayah kelurahan Pasir Gunung Selatan