Jabarkan Perang Dunia II dari Anastas Mikoyan

Pada bulan September 1939, dibawah Pakta Molotov–Ribbentrop, Jerman Nazi dan Uni Soviet membentuk pengaruh mereka di Polandia dan Timur Eropa.  Otoritas Soviet menahan lebih dari 26.000 pejabat Polandia di bagian timur Polandia dan pada bulan Maret 1940, setelah melalui tahap deliberasi, Stalin dan lima orang anggota Politbiro lainnya termasuk Mikoyan menandatangani perintah eksekusi mereka dengan dakwaan sebagai "Nasionalis dan Kontra Revolusi". Saat Jerman menginvasi Soviet pada bulan Juni 1941, Mikoyan diberikan tanggung jawab untuk mengatur transportasi logistik perang. Anaknya Vladimir Mikoyan adalah seorang pilot di Angkatan Udara Uni Soviet meninggal dalam sebuauh pertempuran karena pesawatnya ditembak jatuh diatas langit Stalingrad. Tugas utama Mikoyan selama perang adalah menyuplai Tentara Merah dengan material perang, makanan dan kebutuhan-kebutuhan lainnya.

Mikoyan juga dikenal karena perannya yang signifikan dalam merelokasi industri Soviet dari wilayah Barat Soviet yang terancam akibat perang, seperti Moskwa dan Leningrad menuju daerah timur Pegunungan Ural, Siberia Barat dan Wilayah Volga dan daerah-daerah yang dianggap aman.

Pada tahun 1942 atas perintah Stalin, Mikoyan menjadi Perwakilan Khusus Komite Pertahanan Negara. Mikoyan tidak menjadi anggota sampai pada titik dimana Beria percaya bahwa Mikoyan lebih berguna jika ditempatkan dalam administrasi pemerintahan. Mikoyan juga diberikan penghargaan Pahlawan Buruh Sosialis di tahun 1943 karena usaha-usahanya. Pada tahun 1946 ia dilantik menjadi Wakil Perdana Menteri Uni Soviet. Sebagai Menteri Perdagangan Luar Negeri, Mikoyan bertanggung jawab atas pembongkaran industri dan infrastruktur di Jerman Timur yang diduduki Soviet untuk dikumpulkan sebagai reparasi perang.