Jabarkan Perang kemerdekaan dari Johannes Latuharhary

Dalam sidang PPKI tanggal 19 Agustus 1945, Johannes ditunjuk sebagai Gubernur Maluku, bersamaan dengan ketujuh gubernur provinsi-provinsi lainnya. Meskipun begitu, ia tidak dapat pergi ke Maluku yang sudah diduduki oleh tentara Australia seusai penyerahan Jepang, sehingga jabatan gubernur ini pada awalnya hanya ada di atas kertas. Johannes kemudian menjadi anggota badan legislatif Komite Nasional Indonesia Pusat sebagai wakil ketua. Ia tetap menjadi anggota pimpinan KNIP beserta Sartono dari golongan tua sampai mosi tidak percaya dari Sukarni dkk. (golongan muda) melengserkan pimpinan KNIP tanggal 17 Oktober.

Pada tanggal 5 September 1945, Johannes mendirikan organisasi Angkatan Pemuda Indonesia Ambon (API-Ambon), dan mengundang pemuka-pemuka dari komunitas Ambon di pulau Jawa untuk menyatakan dukungan mereka atas kemerdekaan Indonesia. Meskipun begitu, pandangan pejuang lainnya terhadap keturunan Maluku memburuk seusai Belanda kembali ke Indonesia dengan tentara KNIL yang banyak mencakup orang Ambon. Bahkan, banyak orang Maluku yang berjuang di pihak Belanda. Setelah tentara Australia menyerahkan kekuasaan di Maluku ke Belanda, perekrutan tentara KNIL langsung dimulai kembali. Di Jakarta, serdadu KNIL dari Ambon baku tembak dengan para pemuda, dan terjadi beberapa insiden penyerangan terhadap warga sipil dari golongan perantauan Ambon. Meskipun Johannes menghubungi para perantauan Ambon agar bergabung ke pihak Indonesia pada tanggal 9 Oktober, tak lama kemudian pada tanggal 13 Oktober organisasi pemuda "Tentara Rakyat Indonesia" malah mengeluarkan deklarasi sebaliknya yang mengajak rakyat untuk berperang gerilya dan ekonomi melawan komunitas Ambon dan Eurasia. Deklarasi ini merumitkan pekerjaan Johannes, karena banyak warga perantauan Ambon yang menjadi ragu untuk berpihak ke Indonesia.

Johannes kemudian meminta wewenang atas perantauan Maluku di Jawa dan Sumatra dari Soekarno. Awalnya, permintaan ini ditolak, tetapi setelah Hatta turun tangan, Soekarno setuju dengan syarat wewenang ini akan diserahkan ke orang lain begitu Johannes bisa berangkat ke Maluku. Pada bulan Desember 1945, Johannes membuka sejumlah kantor-kantor di kota-kota sekeliling Jawa untuk mengatur agar para perantauan dari Maluku dapat kembali dengan selamat.

Meskipun ada pemuda Maluku di KNIL, ada pula pemuda Maluku di pihak Indonesia seperti organisasi Pemoeda Repoeblik Indonesia Maloekoe (PRIM) yang turut serta dalam Pertempuran Surabaya. PRIM dirombak menjadi kesatuan Divisi Pattimura bulan Oktober 1946, dan Johannes ditunjuk menjadi ketua penasihat kesatuan tersebut. Johannes belakangan ikut mengatur suatu ekspedisi yang sempat merebut Namlea di Pulau Buru dari Belanda sebelum bala bantuan KNIL merebut kembali kota tersebut.

Setelah Republik Indonesia Serikat resmi berdiri sesuai dengan ketentuan Perjanjian Linggarjati, jabatan Gubernur Maluku dihapuskan oleh Soekarno pada bulan Juli 1947. Johannes ditunjuk sebagai anggota delegasi Indonesia yang dipimpin Mohammad Roem untuk perundingan Perjanjian Renville. Setelah Agresi Militer II dan gencatan senjata dari PBB, Johannes kembali turut serta dalam perundingan Perjanjian Roem-Roijen. Johannes juga meyakinkan pemerintah Indonesia untuk mengakui keberadaan Negara Indonesia Timur sebagai anggota Republik Indonesia Serikat, dan Johannes ditunjuk sebagai perwakilan RI ke NIT.

Pada masa perang kemerdekaan, Johannes awalnya merupakan anggota Partai Nasional Indonesia sebagai anggota dewan pimpinan partai. Ia dikenal sebagai anggota "grup Kaigun" yang kebanyakan bekas mahasiswa hukum di Leiden. PNI terpecah pada bulan Desember 1948 karena masalah perundingan antara Moh. Hatta dengan Belanda, sehingga Johannes pindah ke Partai Indonesia Raya rintisan Wongsonegoro.