Jabarkan Masa muda dari Johannes Leimena

Leimena dilahirkan di kota Ambon, Maluku pada tanggal 6 Maret 1905. Ayahnya, Dominggus Leimena, merupakan guru yang diperbantukan ke sekolah dasar di Ambon, dan ibunya Elizabeth Sulilatu juga merupakan seorang guru. Selama kanak-kanak, Leimena biasa tinggal di kota Ambon itu sendiri atau di kampung-kampung asal orangtuanya di Ema atau Lateri. Dominggus Leimena merupakan keturunan dari raja Ema, dan keluarga Leimena merupakan pemeluk agama Kristen. Dominggus meninggal saat Leimena berusia lima tahun dan Elizabeth menikah lagi, sehingga Leimena pindah ke rumah paman dan bibinya sementara ketiga saudaranya tinggal bersama ayah tiri. Selama di Ambon, Leimena bersekolah di Ambonsche Burgerschool yang berbahasa Belanda.

Pada tahun 1914, Leimena pindah ke Cimahi, Jawa Barat, karena pamannya diangkat menjadi kepala sekolah di sana. Setelah sembilan bulan, pamannya dipindahkan lagi ke Batavia, sehingga Leimena turut kesana. Di Batavia, Leimena sempat belajar di Europeesche Lagere School (ELS, setara sekolah dasar), tetapi kemudian pindah ke Paul Krugerschool. Leimena melanjutkan studinya ke salah satu Meer Uitgebreid Lager Onderwijs (MULO, setara SMP) yang dikhususkan untuk murid Kristen. Selulusnya dari MULO, Leimena berniat untuk lanjut ke Hogereburgerschool (HBS, setara SMA) atau sekolah teknik Koningin Wilhelmina School (KWS), tetapi bibinya melarang masuk HBS dan ia gagal seleksi KWS. Ia juga ditolak saat melamar kerja ke kantor pos dan kantor kereta api, sampai akhirnya ia diterima di sekolah kedokteran STOVIA.

Selama studinya di STOVIA, Leimena aktif dalam organisasi pemuda seperti Jong Ambon dan Christen Studenten Vereniging (Perkumpulan Pelajar Kristen). Ia menjadi tokoh yang berpengaruh dalam organisasi Jong Ambon, pada masa ketika banyak organisasi Ambon yang terbelah antara mendukung gerakan kebangkitan nasional Indonesia atau mendukung pemerintah Hindia Belanda (di bawah Leimena, Jong Ambon awalnya mengambil sikap netral). Karena pergaulannya dengan tokoh-tokoh Sumatra seperti Amir Sjarifuddin dan Mohammad Yamin, Leimena bergabung dengan Perhimpunan Teosofi. Pergeseran pandangan Leimena ke arah mendukung kemerdekaan Indonesia berlangsung selama pertengahan 1920-an, didorong oleh dibentuknya Partai Nasional Indonesia oleh Soekarno dan berkembangnya Perhimpoenan Indonesia di Belanda. Leimena menjadi salah seorang anggota panitia dalam Kongres Pemuda Pertama tahun 1926, dan juga Kongres Pemuda Kedua tahun 1928. Gerakan oikumene yang pada masa itu baru mulai masuk Indonesia juga menarik perhatian Leimena. Ia lulus dari STOVIA tahun 1930.