Coba jelasin Richard Abanes menulis: dari The Da Vinci Code dong

Novel ini dibuka dengan klaim oleh Dan Brown bahwa "Biarawan Sion–sebuah masyarakat rahasia di Prancis yang didirikan pada 1099–adalah organisasi nyata". Penegasan ini diperdebatkan secara luas. Beberapa kritikus mengklaim bahwa Biarawan Sion adalah sebuah hoax yang diciptakan pada tahun 1956 oleh Pierre Plantard. Sang penulis juga mengklaim bahwa "semua deskripsi karya seni, arsitektur, dokumen... dan ritual-ritual rahasia dalam novel ini adalah akurat", tetapi klaim ini dibantah oleh banyak pakar akademik dari berbagai bidang.

Dan Brown sendiri mengemukakan gagasan bahwa beberapa aspek yang lebih kontroversial adalah fakta di dalam situs webnya, dengan menyatakan bahwa halaman "FAKTA" di awal novel ini hanya menyebutkan "dokumen, ritual, organisasi, karya seni dan arsitektur", tetapi bukan satu pun teori kuno yang dibahas oleh para karakter fiktif, dengan menyatakan bahwa "Penafsiran gagasan-gagasan tersebut diserahkan kepada pembaca". Brown juga menyebutkan, "Adalah keyakinan saya bahwa beberapa teori yang dibahas karakter-karakter ini mungkin memiliki kelayakan" dan "rahasia di balik The Da Vinci Code juga terlalu baik didokumentasikan dan signifikan bagi saya untuk mengabaikannya."

Dalam berbagai wawancara pada tahun 2003, ketika mempromosikan novel ini, Brown ditanya bagian-bagian sejarah mana dalam novelnya yang benar-benar terjadi. Ia menjawab, "Mutlak semua itu." Dalam suatu wawancara pada tahun 2003 dengan Martin Savidge dari CNN, ia kembali ditanya seberapa besar latar belakang sejarah dalam novelnya yang benar. Ia menjawab, "99% benar... latar belakangnya semua benar." Elizabeth Vargas, dalam sebuah program spesial ABC News, bertanya apakah novel ini akan berbeda jikalau ia menulisnya sebagai nonfiksi dan ia menjawab, "Saya tidak berpikir itu akan [berbeda]."

Pada tahun 2005 Tony Robinson, seorang tokoh dari UK TV, menyunting dan membuat narasi suatu bantahan terperinci argumen-argumen utama Dan Brown dan para penulis buku The Holy Blood and the Holy Grail, yaitu Michael Baigent, Richard Leigh, dan Henry Lincoln, dalam sebuah program bernama The Real Da Vinci Code di TV Britania Channel 4. Program tersebut menampilkan wawancara panjang dengan banyak tokoh utama yang dikutip Brown sebagai "fakta mutlak" dalam The Da Vinci Code. Arnaud de Sède, putra Gérard de Sède, menyatakan dengan tegas bahwa ayahnya dan Pierre Plantard telah menciptakan eksistensi Prieuré de Sion (Biarawan Sion) yang menjadi landasan teori garis keturunan Yesus, katanya: "sesungguhnya itu omong kosong".

Timbulnya teori ini diawali dari seorang sejarawan dan rahib Sistersian abad ke-13 bernama Pierre dari Vaux de Cernay yang melaporkan kalau kaum Katar meyakini bahwa sisi 'jahat' dan 'duniawi' Yesus Kristus memiliki hubungan dengan Maria Magdalena dengan menggambarkannya sebagai selir Yesus (dan bahwa 'Kristus yang baik' adalah tidak berwujud dan hadir secara rohaniah dalam tubuh Paulus). Program The Real Da Vinci Code juga menyinggung keraguan mengenai hubungan antara Kapel Rosslyn dengan Piala Suci dan cerita terkait yang lain seperti dugaan keberadaan Maria Magdalena di Prancis.

Menurut The Da Vinci Code, Kaisar Romawi Konstantinus I menekan paham Gnostisisme karena menggambarkan Yesus sebagai murni manusia. Novel ini berargumen bahwa Konstantinus ingin agar Kekristenan bertindak sebagai agama pemersatu untuk Kekaisaran Romawi dan ia berpikir bahwa Kekristenan hanya akan menarik bagi kaum pagan jika menampilkan sosok setengah dewa yang serupa dengan para pahlawan pagan. Menurut novel ini, Injil Gnostik menampilkan Yesus hanya sebagai seorang nabi insani, bukan setengah dewa. Oleh karena itu, untuk mengubah citra Yesus, Konstantinus menghancurkan Injil Gnostik dan mempromosikan Injil Matius, Markus, Lukas, dan Yohanes, yang mana menggambarkan Yesus sebagai sosok ilahi atau semiilahi.

Namun demikian Gnostisme tidak menggambarkan Yesus sebagai manusia. Semua tulisan Gnostik menggambarkan Yesus sebagai sosok yang murni ilahi, tubuh manusia Yesus dianggap sebagai suatu ilusi saja (lih. Doketisme). Sekte-sekte Gnostik melihat Yesus dengan cara demikian karena mereka memandang hal-hal materi sebagai sesuatu yang jahat, dan karena itu mereka meyakini bahwa roh ilahi tidak akan pernah mengambil rupa suatu tubuh jasmaniah.