Jabarkan Sauber (2005-2006) dari Jacques Villeneuve

2005: Dikalahkan oleh Felipe Massa

Di tim Sauber, ia menggunakan sasis C24 dan menjadi rekan setim Felipe Massa. Kurangnya pengujian pra-musim dan uang untuk pengembangan mobil menyebabkan Villeneuve memiliki mobil yang sulit untuk dikendalikan. Dia tidak memiliki hubungan yang baik dengan tim karena dia tidak diizinkan untuk memberikan umpan balik tentang pengaturan mobil karena pengaruh dari Willy Rampf. Villeneuve finis di urutan keempat pada musim ini di Grand Prix San Marino setelah tim BAR, Jenson Button dan Takuma Sato didiskualifikasi dan dilarang tampil pada 2 perlombaan, yaitu Grand Prix Spanyol dan Grand Prix Monako, dan mencetak lebih banyak poin dengan menempati posisi kedelapan di Grand Prix Prancis dan posisi keenam di Grand Prix Belgia. Dia menempati urutan ke-14 di dalam Klasemen akhir Kejuaraan Dunia Pembalap dengan 9 poin.

2006: Akhir karier yang diwarnai dengan kecelakaan di Hockenheimring

Untuk musim , ia tetap berada di tim BMW Sauber yang berganti nama setelah BMW membeli tim tersebut. Nick Heidfeld adalah rekan setimnya. Suasana di dalam tim membuat Villeneuve merasa puas, dan ia merasa senang dengan keterlibatan BMW. Ia merasa bahwa mobil F1.06 yang tidak terlalu bergantung pada elektronik dan aerodinamika yang kurang halus lebih mudah untuk dikendarai. Kepala tim, yaitu Mario Theissen, mengkritik Villeneuve karena tidak mencapai hasil yang layak, sehingga gagal menyenangkan dewan direksi BMW. Meskipun sempat tersingkir sebanyak tiga kali, namun ia berhasil mengumpulkan 7 poin dari 11 balapan pertama, dan membuatnya berada di urutan ke-15 di dalam Klasemen Kejuaraan Dunia Pembalap. Di Grand Prix Jerman di sirkuit Hockenheimring, Villeneuve mengalami nyeri otot pada saat mengalami kecelakaan pada saat keluar dari tikungan. Tidak lama setelah itu, Theissen memutus kontraknya dan menggantinya dengan pembalap asal Polandia, yaitu Robert Kubica. Ia tidak ingin menjadi bagian dari adu penalti antara dirinya dengan Kubica, dan melihat pembebasannya sebagai pertanda masa depannya, dengan mengatakan bahwa "Persetan dengan hal ini, saatnya untuk melanjutkan sisa hidup saya." Villeneuve dua kali gagal untuk kembali lagi ke dalam ajang F1, pertama dengan tim Stefan Grand Prix pada musim , kemudian dengan timnya yang bekerja sama dengan Durango pada tahun berikutnya.