Jabarkan Wakil presiden dari Atiku Abubakar

Sejak menjadi Wakil Presiden pada 1999, Abubakar telah memimpin Dewan Privatisasi Nasional. Pada masa ini, ratusan perusahaan publik yang merugi dan dikelola dengan buruk dijual dengan cara yang menimbulkan lebih banyak pertanyaan daripada menjawabnya. Ada berbagai tuduhan bahwa Abubakar terlibat dalam praktik-praktik curang dalam proses privatisasi terhadap sebagian dari perusahaan-perusahaan negara ini. Anak lelaki Presiden Obasanjo, Gbenga, merujuk kepada tuduhan ini dalam sebuah wawancara dengan sebuah jurnal yang berbasis Internet, Elendu Reports. Di situ ia mengatakan bahwa Atiku Abubakar "menjual Pentascope kepada dirinya sendiri". Tuduhan-tuduhan ini, masih belum terbuka, meskipun banyak analis politik melihat Abubakar, dengan rasa simpatik, bahwa ia adalah orang yang cenderung terlibat masalah daripada persekongkolan.

Atiku kadang-kadang menghadapi masalah karena ulahnya sendiri. Oleh banyak surat kabar dilaporkan bahwa sejumlah besar orang menyaksikan ia memerintahkan pembantu-pembantunya untuk menyerang secara fisik Akintunde Akinleye, seorang wartawan foto Daily Independent karena telah menulis artikel yang menjelek-jelekkannya. Beberapa minggu setelah kejadian ini, Atiku membuat pernyataan publik yang isinya, bukannya meminta maaf, malah membenarkan tindakannya ini dan mempersalahkan sang wartawan atas kejadiant ersebut. Meskipun demikian, Abubakar menawarkan penggantikan kamera Akinleye yang rusak. Kejadian ini dan yang lain-lainnya telah membuat ia tidak disukai oleh Persatuan Wartawan Nigeria, yang telah bangkit melawannya.

Di luar itu, masa depan politik Atiku tetap tidak pasti. Presiden Obasanjo telah meminta Senat untuk memeriksa laporan investigasi mengenai praktik-praktik curang yang dituduhkan kepada Wakil Presiden.

Pada 18 September 2006, Abubakar dituduh oleh Komisi Kejahatan Ekonomi dan Finansial, bahwa ia telah menggelapkan dana kampanye sebesar ₦71.123.250.000 dan melakukan berbagai suapan.