Jabarkan 1998: Musim mengecewakan dari Prost Grand Prix

Memasuki musim , tim Prost memperkenalkan mobil AP01 rancangan Loic Bigois dan Bernard Dudot yang diluncurkan pada bulan Januari. Tim melakukan penambahan karyawan seiring masuknya dana sponsor yang cukup besar. Selain itu, tim juga memindahkan kantor dan pabriknya dari Nièvre ke Guyancourt, yang berada di pinggiran kota Paris.

Sebelum musim dimulai, tim dihadapkan pada masalah sasis AP01 yang tidak lolos dalam uji tabrak wajib FIA. Hal ini nyaris saja membuat mereka tidak bisa ikut lomba pembuka musim di Australia. Selama musim berjalan, tim kemudian dihadapkan pada permasalahan girboks mobil yang ringkih, yang bahkan upaya perbaikannya tidak terselesaikan sampai musim berakhir. Pada musim ini, tim Prost hanya mampu meraih satu poin saja, melalui hasil finis keenam yang diraih oleh Jarno Trulli pada . Sementara itu, penampilan Olivier Panis kurang memuaskan selama musim berjalan dikarenakan dirinya harus membalap dengan baut pin penopang di kakinya yang masih terpasang setelah kecelakaan yang terjadi dalam Grand Prix Kanada 1997. Baut pin tersebut baru bisa ia lepas saat musim 1998 sudah selesai. Secara keseluruhan, baik Panis maupun Trulli lebih banyak terkena permasalahan teknis pada mobilnya yang kerap kali membuat mereka tersingkir dalam lomba berjalan.

1999: Podium terakhir pada Grand Prix Eropa

Memasuki musim , tim Prost berhasil mendatangkan perancang mobil John Barnard. Selain itu, perusahaan mesin Peugeot juga membuat mesin spek baru yang lebih bertenaga dengan kode nama A18. Namun, mobil AP02 ternyata masih belum bisa meraih hasil yang diharapkan dan kembali terkendala masalah reliabilitas. Catatan terbaik yang berhasil diraih oleh tim selama musim berjalan adalah saat Trulli finis kedua pada . Pada akhir musim, tim berada di peringkat ketujuh dalam klasemen akhir Kejuaraan Dunia Kontruktor dengan total 9 poin.

Di luar arena balap, konflik internal terjadi dalam internal tim Prost. Tim merekrut insinyur Alan Jenkins untuk diposisikan sebagai direktur teknis menggantikan Bernard Dudot yang dianggap kurang berpengalaman. Keputusan ini kemudian membuat Dudot kecewa dan ia memilih keluar dari tim sebelum musim berakhir. Sementara itu, perusahaan mesin Peugeot mulai kurang yakin dengan tim Prost seiring perolehan prestasi yang tidak sesuai harapan. Meski demikian, Peugeot memilih tetap melanjutkan kemitraan mereka dengan tim ini untuk musim . Prestasi yang minim dengan prospek masa depan tim yang belum jelas juga telah menyebabkan Panis dan Trulli hengkang. Panis kemudian memilih bergabung menjadi pembalap penguji untuk tim McLaren sementara Trulli bergabung dengan tim Jordan.