Jabarkan Kepresidenan Megawati (2001–2004) dari Reformasi Indonesia (1998–sekarang)

Pada masa pemerintahan Megawati Soekarnoputri, putri pendiri Indonesia sekaligus presiden pertama Sukarno, proses reformasi demokrasi yang dimulai pada periode Habibie dan Gus Dur terus berlanjut, meskipun berjalan lambat dan tidak menentu. Megawati mengumumkan susunan Kabinet Gotong Royong pada 10 Agustus 2001 untuk membantunya mengatur negara. Selama kabinet ini bertugas, Megawati tidak pernah melakukan perombakan kabinet dan hanya mengangkat beberapa pelaksana tugas karena beberapa menteri mengundurkan diri sehubungan dengan pencalonan mereka pada Pilpres 2004.

Munculnya ikon oposisi terhadap rezim Suharto ke kursi kepresidenan pada awalnya disambut secara luas, tetapi segera terlihat bahwa kepresidenannya ditandai dengan ketidaktegasan, kurangnya arah ideologis yang jelas, dan "dikenal pasif dalam urusan kebijakan penting". Sisi baik dari lambatnya kemajuan reformasi dan menghindari konfrontasi adalah bahwa Megawati menstabilkan proses demokratisasi secara keseluruhan dan hubungan antara legislatif, eksekutif, dan militer.

Meskipun pada tahun 2004 ekonomi telah stabil dan cukup pulih dari krisis 1997, angka pengangguran dan kemiskinan tetap tinggi. Konstitusi Indonesia kemudian diamendemen agar presiden dipilih langsung oleh rakyat, dan Megawati mencalonkan diri untuk masa jabatan kedua. Ia secara konsisten tertinggal dalam berbagai jajak pendapat. Sebagian penyebabnya adalah pemilih Muslim yang cenderung memilih kandidat laki-laki dan kinerja Megawati dipandang biasa-biasa saja selama menjabat sebagai presiden. Meski tampil lebih baik dari perkiraan pada putaran pertama pemilu presiden 2004, tetapi di putaran kedua ia dikalahkan oleh Susilo Bambang Yudhoyono, mantan Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan pada masa pemerintahan Megawati.

Kepresidenan Susilo Bambang Yudhoyono (2004–2014)

Pemilu Presiden Indonesia 2004 merupakan pemilu pertama yang memilih pasangan presiden dan wakil presiden secara langsung. Pasangan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Jusuf Kalla memenangi pemilu setelah melewati dua putaran pemilihan. Pada 21 Oktober 2004, SBY mengumumkan susunan Kabinet Indonesia Bersatu.

Dua bulan setelah SBY menjabat, gempa bumi dan tsunami Samudra Hindia 2004 melanda Aceh dan negara-negara lain di sepanjang garis pantai Samudra Hindia. Tiga bulan kemudian, gempa susulan memicu tsunami di Pulau Nias. Pada tahun 2006, Gunung Merapi meletus dan disusul gempa bumi di Yogyakarta.

Indonesia juga mengalami wabah flu burung dan semburan lumpur Sidoarjo. Pada tahun 2007, banjir besar melanda Jakarta. SBY mengizinkan Gubernur DKI Jakarta Sutiyoso membuka pintu air Manggarai dengan risiko membanjiri Istana Kepresidenan.

Pada 1 Oktober 2005, bom bunuh diri terjadi di pulau Bali. Kelompok Islam militan Jemaah Islamiyah diduga berada di balik serangan tersebut, meskipun penyelidikan polisi masih dilakukan. Kelompok tersebut juga bertanggung jawab atas bom Bali 2002. SBY mengutuk serangan itu serta berjanji untuk "memburu para pelakunya dan membawa mereka ke pengadilan".

Pada tahun 2005, pertumbuhan ekonomi mencapai 5,6% yang kemudian menurun menjadi 5,5% pada tahun 2006. Inflasi mencapai 17,11% pada tahun 2005, tetapi menurun menjadi 6,6% pada tahun 2006.

SBY juga mengalokasikan lebih banyak dana untuk mengurangi kemiskinan. Pada tahun 2004, 18 triliun rupiah dalam APBN dialokasikan untuk mengentaskan kemiskinan, yang meningkat menjadi 23 triliun pada tahun 2005 dan 51 triliun pada tahun 2006. Pada bulan Maret dan Oktober 2005, SBY membuat keputusan untuk memotong subsidi bahan bakar yang menyebabkan kenaikan harga bahan bakar. Masyarakat miskin diberi kompensasi dengan Bantuan Langsung Tunai (BLT), tetapi pemotongan subsidi kemudian menurunkan popularitas SBY. Pada Mei 2008, kenaikan harga minyak turut mendorong keputusan SBY untuk sekali lagi memotong subsidi BBM, yang menjadi penyebab protes masyarakat pada Mei dan Juni 2008.

Pada pemilu presiden 2009, SBY terpilih untuk masa jabatan kedua bersama Boediono, mantan Gubernur Bank Indonesia. Mereka mengalahkan dua kandidat: Megawati Soekarnoputri–Prabowo Subianto dan wakil presiden saat itu, Jusuf Kalla–Wiranto. Pasangan SBY–Boediono memenangkan pemilu dengan lebih dari 60% suara nasional pada putaran pertama. Mereka lalu mengumumkan susunan Kabinet Indonesia Bersatu II pada 21 Oktober 2009.

Pada Oktober 2010, Gunung Merapi meletus, menewaskan 353 orang. Sementara itu, gempa bumi dan tsunami juga melanda Kepulauan Mentawai.