Jabarkan Topografi dari Prefektur Gifu

Di bagian utara (wilayah Hida) terdapat banyak gunung-gunung tinggi yang membentuk Pegunungan Alpen Jepang: Gunung Hodaka, Gunung Yarigatake, Gunung Kasagatake, Gunung Norikuradake, Gunung Kinkazan, dan Gunung Enasan. Di bagian selatan (wilayah Mino) merupakan dataran rendah yang subur untuk pertanian. Sebagian besar penduduk bermukim di wilayah Mino yang bertetangga dengan Prefektur Aichi.

Wilayah pegunungan Hida terdiri dari Pegunungan Hida, yang disebut sebagai "Pegunungan Alpen Utara", dan Pegunungan Kiso, yang dikenal sebagai "Pegunungan Alpen Tengah" di Jepang. Pegunungan Ryōhaku juga berada di wilayah Hida. Pegunungan utama lainnya adalah seperti Pegunungan Ibuki dan Pegunungan Yōrō.

Sebagian besar wilayah Mino terdiri dari dataran aluvial dari Tiga Sungai Kiso, yaitu Sungai Ibi, Sungai Kiso, dan Sungai Nagara. Sumber dari ketiga sungai tersebut berada di Prefektur Nagano dan akhirnya mengalir melalui prefektur Aichi dan Mie sebelum bermuara ke Teluk Ise. Sungai Nagara merupakan sungai utama yang terkenal dengan airnya yang bersih. Sungai-sungai lain yang mengalir di prefektur ini: Sungai Kiso, Sungai Ibi, Sungai Hida, Sungai Miyagawa, dan Sungai Itadori.