Jabarkan Borromeo dari Katedral Milan

Setelah Carlo Borromeo naik takhta uskup agung, semua monumen awam dipindahkan dari Duomo. Pemindahan tersebut termasuk makam Giovanni, dan Filippo Maria Visconti, Francesco I dan istrinya Bianca, Galeazzo Maria, yang dibawa ke tujuan yang tidak diketahui. Namun, intervensi utama Borromeo adalah penunjukan, pada tahun 1571, Pellegrino Pellegrini sebagai chief engineer— sebuah langkah kontroversial, karena untuk mengangkat Pellegrino, yang bukan saudara awam dari duomo, memerlukan revisi undang-undang Fabbrica.

Borromeo dan Pellegrini mengupayakan penampilan baru Renaisans untuk katedral, yang akan menekankan sifat Romawi / Italia, dan menaklukkan gaya Gotik, yang sekarang dianggap asing. Karena fasadnya sebagian besar masih belum lengkap, Pellegrini merancang gaya "Romawi", dengan kolom, obelisk, dan timpani besar. Ketika desain Pellegrini terungkap, sebuah kompetisi untuk desain fasad diumumkan, dan ini menghasilkan hampir selusin entri, termasuk satu dari Antonio Barca.

Rancangan ini tidak pernah dilakukan, tetapi dekorasi interiornya berlanjut: pada tahun 1575-1585 pastoran dibangun kembali, sementara altar baru dan tempat pembaptisan ditambahkan. Kios paduan suara kayu dibangun pada tahun 1614 untuk altar utama oleh Francesco Brambilla. Pada tahun 1577 Borromeo akhirnya menguduskan seluruh bangunan sebagai gereja baru, berbeda dari Santa Maria Maggiore dan Santa Tecla lama (yang telah disatukan pada tahun 1549 setelah perselisihan yang berat).