Jabarkan 2003 dari Universitas Surabaya

Meneruskan kepemimpinan dan program yang telah dilaksnakan oleh rektor sebelumnya. Pada era ini UBAYA mendirikan fakultas baru yaitu Teknobiologi (2005) dan membangun UBAYA Training Center (UTC) di Trawas (2010) Sebagai kampus ke-3 setelah kampus di Ngagel dan Tenggilis. Dari sisi Akademik, pada era Prof. Wibisono Hardjopranoto inilah lahir Guru Besar-Guru Besar dari lingkungan Universitas Surabaya sendiri antara lain Prof. Drs. Ec. Wibisono Hardjopranoto (2007), Prof. Drs. Indrajati Kohar, Ph.D (2007), Prof. Dr. Dra. Lanny Kusumawati, S.H., M.Hum. (2008), Prof. Ir. Joniarto Parung, MMBAT, Ph.D (2010) dan Prof. Dr. Yusti Probowati Rahayu (2008). Pusat Studi Energi Terbarukan (PSET) terbentuk pada tahun 2011 sebagai sumbangsih UBAYA mendukung pengelolaan sumber-sumber energi terbarukan dan mengambil potensi dari alam untuk pembangunan Indonesia. beberapa prestasi diraih pada masa kepemimpinan Prof. Wibisono, antara lain UBAYA Pemenang Kategori Peduli Prestasi Olahraga 2008, UBAYA Berprestasi di Bidang Tata Kelola 2009, Berprestasi di bidang Kemahasiswaan (2009), Berprestasi di bidang Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (2009). Pada tanggal 11 Maret 2008 dalam peringatan Dies Natalis ke-40, UBAYA mencanangkan menuju sebagai World Class University (WCU). Prof. Wibisono mengahiri masa jabatannya pada 31 Mei 2011 dan digantikan oleh Prof. Joniarto Parung, MMBAT., Ph.D (2011-2019).