Jabarkan 2001–2002: Era mesin Honda dari Jordan Grand Prix

Pada musim , tim Jordan beralih memakai mesin Honda, setelah sebelumnya mereka tertarik dengan penampilan mesin tersebut saat dipakai oleh tim British American Racing (BAR). Duet Frentzen dan Trulli masih dipertahankan untuk musim ini. Pada lomba di Kanada, Frentzen mengalami masalah dengan penglihatannya dan memilih untuk absen. Posisinya untuk sementara digantikan oleh pembalap penguji Ricardo Zonta, yang mengakhiri lomba tersebut dengan finis di urutan ketujuh. Memasuki Grand Prix Jerman, Eddie Jordan secara mendadak memecat Frentzen dan untuk sementara posisinya kembali digantikan Zonta. Frentzen kemudian mencoba mengajukan tuntutan hukum kepada Eddie dan timnya terkait hal tersebut, tetapi baik Eddie dan Frentzen membantah rumor yang menyatakan keduanya terlibat perselisihan pribadi yang berujung pada pemecatan tersebut. Dalam sebuah wawancara di tahun 2005, Eddie menuturkan keputusannya memecat Frentzen adalah karena tekanan dari Honda yang ingin agar timnya mempromosikan Takuma Sato untuk musim , sekaligus sebagai bagian dari negosiasi nilai kontrak dengan perusahaan Jepang tersebut. Memasuki Grand Prix Hungaria, tim merekrut Jean Alesi, yang sebelumnya pernah bekerja bersama Eddie Jordan saat tim masih turun di ajang Formula 3000. Alesi berhasil mencetak satu poin saat finis di posisi keenam di Belgia. Sementara itu, Trulli berhasil lima kali finis di posisi poin selama musim 2001 berjalan dan membawa tim Jordan finis di urutan kelima klasemen konstruktor, unggul satu peringkat diatas tim BAR yang sama-sama memakai mesin Honda.

Memasuki musim , tim merekrut kembali Giancarlo Fisichella sebagai pengganti Trulli yang pindah ke tim Renault. Takuma Sato juga masuk ke tim untuk kursi kedua, menggantikan Alesi yang pensiun dari arena balap F1. Karena penurunan dana yang diberikan oleh sponsor, tim mulai memperlihatkan penurunan performa selama musim berjalan. Fisichella mampu meraih posisi kualifikasi yang baik dengan menempati posisi keenam grid di Kanada dan kelima di Hungaria. Namun, karena faktor mobil yang kurang mumpuni, pembalap Italia tersebut sering kali mengalami kesulitan saat lomba berjalan dan ia hanya mampu meraih tiga kali raihan finis posisi kelima di Austria, Monako, dan Kanada, serta posisi keenam di Hungaria. Sementara itu, penampilan Sato kurang konsisten sepanjang musim berjalan karena kerap mengalami kecelakaan besar seperti yang terjadi di sesi latihan bebas Grand Prix Australia dan saat lomba di Austria yang turut melibatkan pembalap Sauber, Nick Heidfeld. Sato baru bisa menunjukan performanya saat finis kelima di Jepang. Meski mengalami penurunan performa, tim Jordan masih berada di urutan keenam dalam klasemen konstruktor, unggul dua posisi di depan tim BAR.

2003–2004: Kemenangan lomba terakhir dengan mesin Ford

Memasuki musim , Honda meninggalkan tim Jordan untuk berkonsentrasi pada kemitraan mereka dengan tim BAR. Keadaan ini memaksa Eddie Jordan untuk mengadakan kesepakatan kontrak pasokan mesin dengan Ford-Cosworth. Perjalanan tim selama musim 2003 pun tidak terlalu baik, dengan prestasi mereka yang hanya bisa mengalahkan tim Minardi di klasemen konstruktor. Meski demikian, tim berhasil memenangkan lomba Grand Prix Brasil dalam kondisi yang lain dari biasanya. Diawali kecelakaan besar yang melibatkan Mark Webber dan Fernando Alonso di garis start-finis akibat kondisi lintasan yang basah karena hujan lebat, perlombaan pun dihentikan. Setelah pihak pengawas lomba mengalami kebingungan dalam perhitungan jumlah putaran, mereka menyatakan Kimi Räikkönen sebagai pemenang lomba dan Giancarlo Fisichella finis kedua. Namun, melalui pemeriksaan ulang rekaman video dan pencocokan dengan data komputer, FIA merevisi hasil tersebut satu minggu sesudahnya dan menyatakan Fisichella sebagai pemenang lomba. Bagi Fisichella sendiri, kemenangan di Brasil ini adalah kemenangan lomba F1 pertamanya, meski ia tidak bisa merayakannya di podium perlombaan. Ia dan Räikkönen kemudian mengadakan acara seremonial tukar trofi pada lomba berikutnya di San Marino, dengan Ron Dennis dari McLaren yang menyerahkan trofi konstruktor kepada Eddie Jordan. Diluar kemenangan kejutan tersebut, baik Fisichella maupun rekan setimnya Ralph Firman tidak mampu meraih kesuksesan lainnya diatas mobil Jordan EJ13 yang kurang kompetitif. Setelah Firman mengalami cedera dalam sesi latihan untuk Grand Prix Hungaria, tim menurunkan pembalap lokal Hungaria Zsolt Baumgartner untuk menggantikannya. Firman kembali dalam dua lomba terakhir musim, tetapi tidak mampu menambah catatan poin yang pernah diraihnya di Spanyol. Fisichella hanya berhasil meraih dua poin tambahan melalui hasil finis ketujuh di Amerika Serikat, dan ia pun memilih hengkang di akhir musim untuk bergabung ke tim Sauber.

Pada bulan Juni 2003, Eddie Jordan mengajukan gugatan hukum kepada perusahaan telekomunikasi Vodafone sebesar GB£150 juta. Ia mengklaim bahwa perusahaan tersebut telah membuat kontrak lisan untuk menjadi sponsor timnya selama tiga tahun, tetapi malah mendadak beralih menjadi sponsor untuk tim Ferrari. Eddie menarik gugatannya tersebut dua bulan kemudian, serta menyetujui untuk membayar semua biaya perkara dan pemulihan nama baik untuk Vodafone. Langkah ini menjadi awal permasalahan keuangan tim yang berefek sampai musim-musim selanjutnya. Hakim pengadilan sebelumnya menyatakan bahwa tuduhan dan tuntutan Eddie kepada Vodafone adalah "tanpa dasar dan palsu".

Pada musim , tim Jordan mengalami kesulitan finansial dan status masa depan mereka di ajang F1 mulai dipertanyakan. Tim menurunkan Nick Heidfeld dari Jerman yang sebelumnya pernah membalap di tim Sauber dan tim Prost, serta pembalap pendatang baru asal Italia. Giorgio Pantano. Berbekal pengalaman yang cukup, Heidfeld menunjukan kemampuannya sebagai pembalap utama dalam tim, meskipun ia tidak bisa memberikan hasil yang lebih maksimal dikarenakan keterbatasan pengembangan untuk mobil Jordan EJ14. Sementara itu, Pantano menjalani musim dengan permasalahan uang sponsor. Karena masalah itu juga, ia terpaksa absen di Kanada dan digantikan sementara oleh Timo Glock. Baik Heidfeld maupun Glock berhasil finis dan meraih poin dalam lomba tersebut, meskipun hasil ini diperoleh setelah tim Toyota dan Williams terkena hukuman diskualifikasi akibat pelanggaran teknis pada sistem saluran rem. Pada Grand Prix Tiongkok, tim memutuskan mengganti Pantano dengan Glock sampai musim berakhir. Sama seperti musim sebelumnya, tim Jordan hanya mampu finis diatas tim Minardi pada klasemen akhir konstruktor dengan raihan 5 poin.

2005: Musim terakhir dengan mesin Toyota

Keputusan Ford Motor Company untuk menghentikan keikutsertaan dalam ajang balap F1 pada akhir musim 2004, yang ditandai dengan penjualan tim Jaguar Racing dan rumah pembangun mesin Cosworth membuat tim Jordan tidak memiliki mitra rekanan pemasok mesin menjelang musim . Namun, lagi-lagi kecerdikan Eddie Jordan dalam bernegosiasi membuahkan hasil. Ia berhasil meraih kesepakatan kontrak dengan Toyota untuk menjadi pemasok mesin bagi timnya di musim 2005. Toyota juga menjanjikan bahwa mesin yang mereka pasok ke tim Jordan akan memiliki spesifikasi yang sama persis dan setara dengan mesin yang dipakai oleh tim pabriknya sendiri, Toyota Racing. Pada akhir Januari 2005 dengan dibantu oleh Bernie Ecclestone, Eddie memutuskan untuk melepas kepemilikan timnya kepada Alex Shnaider, seorang pengusaha Rusia yang memiliki Midland Group. Nilai transaksi penjualan tim ini ditaksir sekitar US$60 juta, dengan Eddie yang dilaporkan menangis saat menandatangani surat perjanjian penjualan timnya. Pihak Midland memilih mempertahankan nama Jordan untuk musim 2005 sebelum nantinya diganti menjadi MF1 Racing mulai musim .

Memasuki musim berjalan, media mulai mempertanyakan komitmen Midland Group di ajang F1, termasuk mengenai pengelolaan tim Jordan yang telah mereka ambil alih. Beberapa rumor muncul mengenai penjualan tim kepada pihak lain yang berminat, dengan mantan pembalap tim Jordan Eddie Irvine sebagai salah satu nama yang muncul sebagai calon pembeli. Pada akhirnya rumor tersebut terbantahkan dengan Midland yang tetap mengelola tim tersebut sampai akhir musim 2006. Selama musim 2005 berjalan, tim menurunkan duet pembalap baru yaitu Narain Karthikeyan asal India dan Tiago Monteiro asal Portugal. Dalam masa transisi ini, tim lebih banyak berkutat di papan bawah, dengan penampilan terbaik mereka yang diraih pada Grand Prix Amerika Serikat saat seluruh tim pemakai ban Michelin memutuskan mundur terkait masalah keamanan ban. Dalam lomba tersebut, Monteiro dan Karthikeyan masing-masing finis ketiga dan keempat. Poin terakhir tim Jordan di ajang F1 diraih pada Grand Prix Belgia, melalui Monteiro yang finis kedelapan. Pada lomba perpisahan tim di Tiongkok, Monteiro hanya mampu finis di urutan ke-11 sementara Karthikeyan tersingkir di putaran ke-28 setelah mengalami insiden. Secara keseluruhan, tim kembali berada di posisi kesembilan klasemen konstruktor untuk musim ketiga berturut-turut, kali ini dengan raihan 12 poin.