Jabarkan Dipenjarakan dari Mordechai Vanunu

Vanunu diadili di Israel dengan tuduhan berkhianat dan spionase. Proses pengadilan, yang diselenggarakan secara rahasia, berlangsung di Pengadilan Distrik di Yerusalem di hadapan Hakim Kepala Eliahu Noam dan hakim-hakim anggota Zvi Tal dan Shalom Brener. Ia tidak diizinkan berhubungan dengan media, namun ia menuliskan rincian penangkapannya (atau "pembajakannya", demikian istilahnya) di telapak tangannya, dan sementara ia dipindahkan, ia memperlihatkan tangannya di jendela mobil yang membawanya kepada para wartawan yang menunggu sehingga mereka dapat memperoleh informasi (photo). Hal ini menyebabkan prosedur standar Israel untuk pengangkutan tahanan diubah agar tak terulang lagi.

Pada 27 Februari 1988, pengadilan Israel memvonisnya 18 tahun hukuman penjara sejak tanggal penangkapannya. Pemerintah Israel menolak mengeluakan salinan kasus pengadilan ini sehingga, setelah ancaman tindakan hukum, pengadilan setuju untuk membiarkan ringkasan yang disensor diterbitkan dalam Yedioth Ahronoth, sebuah surat kabar Israel, pada akhir 1999.

Hukuman mati di Israel dibatasi untuk keadaan-keadaan khusus. Pada 2004, bekas direktur Mossad Shabtai Shavit mengatakan kepada Reuters bahwa pilihan hukuman mati tanpa pengadilan pernah dipertimbangkan pada 1986, namun ditolak karena "Orang Yahudi tidak melakukan hal itu kepada sesama orang Yahudi" (lihat ).

Pemerintah Israel menahannya dalam isolasi yang hampir total selama lebih dari 11 tahun, konon karena khawatir bahwa ia akan mengungkapkan lebih banyak rahasia nuklir Israel dan karena ia masih terikat kontrak yang mengharuskannya merahasiakan masalah ini. Namun demikian banyak kritik mengatakan bahwa Vanunu tak memiliki informasi lain yang akan benar-benar menjadi ancaman bagi keamanan Israel, dan bahwa motivasi pemerintah Israel yang sesungguhnya adalah menghindari dirinya dan sekutu-sekutunya seperti Amerika Serikat dipermalukan. Ray Kiddir, yang saat itu seorang ilmuwan nuklir senior Amerika di Laboratorium Nasional Lawrence Livermore, mengatakan:

“Berdasarkan riset ini dan pengalaman profesional saya sendiri, saya siap untuk menantang pernyataan resmi manapun bahwa Vanunu memiliki sejumlah informasi nuklir teknis yang masih belum diumumkannya”.(.)

Upayanya yang terakhir untuk naik banding kepada Mahkamah Agung Israel pada 1990 gagal.

Sementara di penjara, Vanunu mengatakan, ia ikut serta dalam suatu pemberontakan kecil, seperti misalnya menolak berbicara kepada para penjaga, hanya membaca koran-koran berbahasa Inggris, dan hanya menonton TV BBC. Ia bahkan menolak makan ketika makanan itu diberikan kepadanya sehingga sebagian kecil dari hidupnya tidak dapat dikontrol oleh Israel. "Ia adalah orang yang paling keras kepala, berprinsip, dan keras, yang pernah saya jumpai," kata pengacaranya, Avigdor Feldman.