Jabarkan Dengan label Atlantic dari Dream Theater

Pergantian vokalis James LaBrie dan Images and Words (1991–1993)

Setelah kepergian Dominici, Dream Theater mengadakan audisi penyanyi dan menulis materi untuk album berikutnya. Dalam pencarian mereka untuk posisi vokalis, diikuti lebih dari 200 orang, di antaranya mantan vokalis Fates Warning John Arch. John akhirnya memutuskan bahwa komitmen pribadinya yang lebih penting, dan ia memilih untuk tidak bergabung dengan band. Pada pertengahan 1990, di sebuah acara di New York, Dream Theater memperkenalkan Steve Stone sebagai penyanyi baru mereka. Mereka telah berhasil merekam sebuah demo dengannya. Steve Stone hanya melakukan satu pertunjukan live dengan mereka, yang berakhir malapetaka, dan dipecat segera. Mereka mengatakan ia terlalu sering bergerak mengelilingi panggung dengan cara yang agak aneh, tampaknya melakukan kesan buruk bagi Bruce Dickinson. Ia sering berteriak "Scream for me Long Beach!" ("Berteriaklah untukku Long Beach!") (yang sering Bruce Dickinson teriakkan selama pertunjukan live nya) beberapa kali sepanjang acara, meskipun mereka tampil di Bayshore. Ini adalah lima bulan sebelum Dream Theater memainkan pertunjukan lain. Sampai tahun 1991, band ini tetap fokus dalam upaya untuk mencari vokalis dan menulis lagu. Selama periode ini mereka menulis sebagian besar materi yang akan menjadi album Images and Words (1992).

Pada bulan Januari 1991, Kevin James LaBrie, dari band glam metal Winter Rose, terbang dari Kanada ke New York untuk ikut audisi. James LaBrie melakukan audisi tiga lagu dengan band, dan segera dikontrak untuk mengisi posisi vokalis. Setelah direkrut, LaBrie memutuskan untuk menghilangkan nama depannya untuk menghindari kebingungan dengan Kevin lainnya di band, (Kevin Moore). Selama beberapa bulan, band ini kembali ke mengadakan konser (masih kebanyakan sekitar New York). Derek Shulman dari Atco Records (sekarang EastWest), sebuah divisi dari Elektra Records, menawarkan kontrak untuk tujuh album berdasarkan tiga lagu demo (yang kemudian dibuat sebagai "The ATCO Demos" melalui fan club Dream Theater).

Album pertama yang direkam dibawah kontrak label rekaman baru mereka adalah Images and Words (1992). Untuk promosi, label merilis singel dan video klip untuk lagu "Another Day", tetapi tidak membuat dampak komersial yang signifikan. Lagu "Pull Me Under", tanpa promosi terorganisasi dari band atau label mereka, berhasil diputar di radio. Sebagai tanggapan, ATCO membuatkan video klip untuk "Pull Me Under", yang sering diputar di MTV. Sebuah video klip ketiga diproduksi untuk "Take the Time", tetapi tidak berhasil seperti "Pull Me Under".

Keberhasilan "Pull Me Under", dikombinasikan dengan tur tanpa henti di seluruh Amerika Serikat dan Jepang, menyebabkan Images and Words mencapai sertifikasi gold di Amerika dan status platinum di Jepang. Sebuah tur di Eropa digelar pada tahun 1993, termasuk sebuah pertunjukan di "London's Marquee Club", yang direkam dan dirils sebagai album live pertama band, Live at the Marquee. Selain itu, sebuah video kompilasi konser mereka Di Jepang (dicampur dengan dokumenter rekaman dan tahap tur di belakang panggung) dirilis sebagai Images and Words: Live in Tokyo.

Album Awake dan keluarnya Kevin Moore (1994-1995)

Dream Theater masuk ke studio pada Mei 1994, untuk mengerjakan materi album selanjutnya. Awake, album studio ketiga Dream Theater, dirilis pada 4 Oktober 1994 di tengah-tengah badai kontroversi. Sesaat sebelum album tersebut pada proses mixing, Moore telah mengumumkan ke seluruh anggota band bahwa ia akan keluar dari Dream Theater untuk berkonsentrasi pada ketertarikan musiknya sendiri, karena ia tidak lagi tertarik pada tur atau gaya musik yang ada pada Dream Theater. Akibatnya, band ini harus berjuang untuk mencari keyboardist pengganti sebelum tur dijalankan.

Jens Johansson, yang menjadi anggota band Stratovarius, merupakan salah satu nama terbesar untuk audisi, namun anggota band bersemangat untuk mengisi posisi keyboard dengan keyboardist Jordan Rudess. Portnoy dan Petrucci telah menemukan Rudess di "Keyboard Magazine", di mana ia diakui sebagai "The best new talent" dalam jajak pendapat pembaca. Keduanya mengundang Jordan untuk memainkan pertunjukan dengan band di "Concrete Foundations Forum" di Burbank, California. Meskipun acara itu sukses, dan Rudess diminta untuk mengisi posisi keyboardist secara permanen, tetapi ia memilih untuk tur dengan The Dixie Dregs. Akhirnya, Dream Theater mengajak sesama alumnus Berklee, Derek Sherinian, yang sebelumnya telah melakukan tur dengan Alice Cooper dan Kiss, untuk mengisi posisi keyboard pada "Waking Up the World Tour". Akhirnya, ditengah-tengah tur, band memutuskan untuk mengontrak Sherinian sebagai keyboardist pengganti Moore.

A Change of Seasons, Falling into Infinity (1995–1998)

Setelah menemukan anggota baru, Dream Theater tidak segera mulai bekerja pada materi baru. Fans di seluruh dunia, yang tergabung di YtseJam Mailing List (bentuk komunikasi yang paling populer antara penggemar Dream Theater pada saat itu), mulai memberikan tekanan pada band untuk segera merilis ulang lagu "A Change of Seasons", yang telah ditulis pada tahun 1989 dan dimaksudkan untuk menjadi bagian dari album Images and Words, (tetapi dengan durasi hampir 17 menit, dianggap terlalu panjang untuk penempatan album studio), yang telah sering dimainkan secara live, dan terus merevisinya pada tahun-tahun menjelang 1995.

Petisi ini berhasil, dan band masuk ke "BearTracks Studios" di New York pada Mei 1995 untuk menulis ulang dan merekam lagu yang akhirnya menjadi 23 menit panjangnya, dengan Derek Sherinian yang memberikan kontribusi signifikan terhadap lagu tersebut. Band ini merilis "A Change of Seasons" sebagai EP bersama dengan koleksi lagu penutup dari pertunjukan live yang direkam di Ronnie Scott Jazz Club di London awal tahun 1995.

Setelah menjalankan konser singkat dan istirahat sejenak, band ini merilis CD Natal khusus melalui fans club resmi mereka, yang terdiri dari trek langka yang direkam pada awal-awal tahun band ini. Mereka terus merilis sebuah CD fans club baru setiap Natal sampai tahun 2005.

Sementara itu, ada beberapa perubahan pada EastWest, dan penghubung utama Dream Theater pada label dipecat. Akibatnya, tim baru di perusahaan tidak terbiasa berhubungan dengan Dream Theater, dan mereka menekan Dream Theater untuk menulis sebuah album yang lebih mudah didengar. Pada pertengahan 1997, mereka masuk studio untuk menulis album berikutnya. Selain menekan band untuk mengadopsi suara yang lebih menjual, EastWest merekrut penulis/produser Desmond Child agar bekerja sama dengan Petrucci untuk memoles lirik lagu "You or Me". Seluruh anggota band menulis ulang lagu, dan Desmond Child juga memunculkan dampak yang nyata pada album, dengan pergeseran ke arah komposisi yang lebih "radio-friendly".

Dream Theater telah menulis materi hampir dua CD, termasuk lanjutan untuk Images and Words "Metropolis-I: The Miracle and The Sleeper" yang panjangnya hampir 20 menit. Pihak label, bagaimanapun juga tidak mengizinkan peluncuran album ganda karena merasa bahwa durasi 140 menit tidak akan diterima dengan baik oleh masyarakat umum. James LaBrie juga merasa bahwa CD harus satu disk. Lagu-lagu yang tidak terpakai kemudian dirilis di YtseJam Records dengan judul Falling into Infinity Demos.

Materi yang terpakai, dirilis sebagai album Falling into Infinity, yang menerima sambutan beragam dari fans yang lebih akrab dengan suara band sebelumnya. Sementara album ini terdengar kurang progresif. Trek seperti "Hollow Years" dan "You Not Me" membawa nuansa baru pada lagu Dream Theater. Secara keseluruhan, album ini menuai kekecewaan. Meskipun Portnoy tidak berbicara secara terbuka pada saat itu, ia kemudian mengungkapkan dalam DVD dokumenter 5 Years in a Livetime pada tahun 2004, bahwa ia telah begitu putus asa selama periode tersebut dan dia telah menganggap Dream Theater bubar sama sekali.

Selama "Touring into Infinity" ke Eropa, dua konser telah direkam untuk album live berjudul Once in a LIVEtime, di Prancis dan Belanda. Album ini dirilis sekitar 1998 hampir bersamaan dengan rilis video 5 Years in a Livetime, yang meliputi tahun dari kepergian Kevin Moore hingga promo tur Falling into Infinity.

Masuknya Jordan Rudess dan Metropolis Pt. 2: Scenes from a Memory (1999-2000)

Pada tahun 1997, Mike Varney dari Magna Carta Records mengundang Mike Portnoy untuk membentuk sebuah "band supergrup progresif" untuk menciptakan sebuah album, dan ini menjadi yang pertama dalam serangkaian panjang proyek sampingan untuk anggota Dream Theater. Anggota band terdiri dari Mike Portnoy pada drum, John Petrucci pada gitar, Tony Levin pada bass, dan Jordan Rudess pada keyboard, yang telah selesai dengan Dixie Dregs. Band ini diberi nama Liquid Tension Experiment, dan akan menjadi media bagi Portnoy dan Petrucci untuk mendekati Jordan Rudess agar mau bergabung dengan Dream Theater. Pada tahun 1999, ia menerima tawaran untuk menjadi keyboardist permanen Dream Theater, menggantikan Derek Sherinian.

Dengan anggota baru lagi, Dream Theater mulai menulis dan merekam album berikutnya di BearTracks Studio. Sebagai hasil ultimatum dari Portnoy, label memberi band kebebasan untuk berkreasi. Band ini mulai menindak lanjuti "Metropolis Pt. 2", yang telah ditulis selama sesi Falling into Infinity tetapi tidak dimasukkan pada album itu. Mereka memutuskan untuk memperluas lagu dari 20 menit menjadi album konsep yang lengkap, dengan cerita berputar di sekitar tema-tema seperti reinkarnasi, pembunuhan dan pengkhianatan. Pada tahun 1999, Metropolis Pt. 2: Scenes from a Memory dirilis. yang dipuji sebagai masterpiece band, meskipun hanya mencapai Nomor 73 di chart album Amerika Serikat.

Tur dunia Metropolis 2000 adalah tur terbesar mereka sampai saat ini, dan menghabiskan waktu lebih dari satu tahun. Konser mencerminkan aspek teatrikal dari album, dengan paruh pertama dari setiap acara yang terdiri dari seluruh lagu dari album Scenes From a Memory disertai dengan sebuah film yang menunjukkan bagian cerita yang diproyeksikan ke layar video di belakang panggung. Pada tur terakhir di Amerika Utara, tepatnya di Roseland Ballroom, New York City, difilmkan dan dirilis pada awal tahun 2001 sebagai rilis DVD pertama band, Metropolis 2000: Scenes from New York, yang bersertifikat Gold di Amerika Serikat pada 8 November 2002. Band ini juga merilis seluruh acara pada live CD Live Scenes from New York.

Six Degrees of Inner Turbulence (2001–2002)

Dream Theater sekali lagi memasuki BearTracks Studios untuk merekam album studio keenam mereka. Empat tahun setelah mereka pertama kali mengajukan petisi ke EastWest untuk memungkinkan mereka merilis album ganda, mereka akhirnya mendapat kesempatan dengan Six Degrees of Inner Turbulence. CD pertama terdiri dari lima lagu berdurasi 7-13 menit, dan disc kedua yang berisi lagu berdurasi 42 menit, yang menjadi lagu terpanjang yang pernah ditulis oleh Dream Theater. Banyak dari melodi lagu dan tema musik yang berasal dari sepotong instrumental, ditulis oleh Rudess, yang pada akhirnya menjadi lagu "Overture". Tema tersebut kemudian diperluas oleh anggota band untuk membentuk masing-masing bab dalam sebuah cerita yang utuh.

Six Degrees of Inner Turbulence diterima dengan baik oleh para kritikus dan pers. Yang menjadikan album ini paling dipublikasikan sejak album Awake, memulai debutnya di tangga lagu Billboard di urutan ke 46, dan tangga lagu Billboard Internet di urutan pertama.