Jabarkan Zaman Edo dari Istana Himeji

Pada tahun 1617, penerus sisa-sisa klan Ikeda adalah Ikeda Mitsumasa yang masih kanak-kanak. Dengan alasan tidak percaya diri menanggung beban menjaga daerah penting yang dipercayakan kepadaya, Mitsumasa minta dipindahkan ke Istana Tottori di Inaba. Honda Tadatomo (yang berasal dari Kuwana, Ise) dipindahkan ke Istana Himeji dengan menerima 150.000 koku. Seluruh bagian Nishinomaru hampir selesai dibangun ketika Honda Tadatoki menikahi Putri Sen pada tahun 1618.

Dengan alasan posisinya yang strategis, pimpinan wilayah feodal Himeji hanya dipercayakan kepada klan yang masih keluarga dekat Tokugawa dan klan yang secara turun-temurun sudah menjadi daimyo. Penguasaan Himeji secara berputar-putar bergantian dipercayakan kepada klan Okudaira Matsudaira yang menjadi penerus klan Honda, disambung klan Echizen Matsudaira dan klan Sakakibara, lalu kembali ke klan Echizen Matsudaira, dan sekali lagi kepada klan Honda, kemudian dikembalikan ke klan Sakakibara, dan sekali lagi kepada klan Echizen Matsudaira.

Keadaan menjadi stabil dan klan yang memimpin Himeji untuk sementara tidak berganti-ganti sejak klan Sakai dari Istana Maebashi di Kozuke (sekarang Prefektur Gunma) masuk ke Istana Himeji pada tahun 1749. Beban berat memerintah wilayah Himeji menyebabkan klan Sakai hampir bangkrut. Wilayah Himeji ternyata tidak cukup diperintah dengan anggaran sebanyak 150.000 koku, apalagi sebagai daimyo turun temurun klan Sakai sering dibebani tugas-tugas berat dari pemerintah Bakufu.

Istana Himeji juga mengalami berkali-kali pemugaran pada zaman Edo, tetapi keadaan teknik bangunan pada saat itu tidak dapat menghentikan amblasnya fondasi dari batu yang tidak kuat menahan beban berat menara utama. Tiang-tiang penyangga dan balok penopang bahkan sudah sangat lapuk, sampai-sampai di paruh akhir zaman Edo ada lagu rakyat yang antara lain liriknya berbunyi "Istana di Himeji yang miring ke timur, apakah engkau sedang rindu pada Edo."

Di akhir zaman Bakufu semasa Perang Toba-Fushimi, penguasa Istana Himeji adalah Sakai Tadato yang berkedudukan di Edo karena memegang jabatan Roju (tangan kanan sekaligus pelaksana pemerintahan) untuk shogun Tokugawa Yoshinobu. Pada saat itu, shogun berada di pihak Bakufu yang dimusuhi kaisar. Sebagai akibatnya, Istana Himeji dikepung oleh 1.500 prajurit gabungan di bawah pimpinan penguasa wilayah Okayama dan penguasa wilayah Tatsuno. Dalam keadaan terjepit, para menteri senior yang disebut Karo yang dipercayakan menjaga wilayah Himeji sudah memutuskan untuk menyerahkan istana. Tapi pada saat yang sama, pemimpin pasukan Okayama bernama Ikeda Shigemasa yang masih keturunan Ikeda Terumasa (pendiri Istana Himeji) melepaskan beberapa kali tembakan artileri peluru kosong ke arah istana Himeji dengan tujuan untuk menakut-nakuti. Di antara peluru-peluru kosong yang ditembakkan ternyata tercampur peluru mortir sungguhan yang salah satunya tepat mengenai sasaran menghantam pintu gerbang Fukuchu-Mon di bagian barat daya istana. Pada akhirnya memang semua berakhir dengan damai, istana diserahkan tanpa perlawanan dan perang perebutan Istana Himeji dapat dihindari.