Saya mau tau . dari John Frusciante

Meskipun pengalamannya sebagai seorang pecandu, Frusciante tidak melihat penggunaan narkobanya sebagai "periode gelap" dalam hidupnya. Ia menganggap hal itu sebagai masa kelahiran kembali, di mana ia menemukan dirinya dan menjernihkan pikirannya. Frusciante telah berhenti berlatih yoga, karena dampaknya terhadap punggungnya, tetapi ia masih tetap mencoba untuk bermeditasi setiap hari.

Pada awal tahun 1998, Red Hot Chili Peppers memberhentikan gitaris Dave Navarro dan berada di ambang pembubaran. Flea mengatakan kepada Kiedis, "satu-satunya cara yang bisa saya bayangkan agar dapat bertahan [dengan Red Hot Chili Peppers] adalah jika John kembali ke band."  Dengan Frusciante bebas dari kecanduan dan penyakit, Kiedis dan Flea pikir itu adalah waktu yang tepat untuk mengundangnya kembali. Ketika flea mengunjunginya di rumahnya dan memintanya untuk bergabung kembali dengan band, Frusciante mulai menangis terisak-isak dan berkata, "tidak ada yang membuat saya lebih bahagia di dunia."  Dengan Frusciante kembali pada gitar, Chili Peppers mulai merekam album mereka berikutnya,Californication, yang dirilis pada tahun 1999. Kembalinya Frusciante memasukkan kembali komponen kunci dari sound Chili Peppers, begitu juga dengan semangat yang sehat. Dia membawa bersamanya pengabdian yang mendalam untuk musik, yang berdampak pada gaya rekaman band sepanjang album. Frusciante telah sering menyatakan bahwa pekerjaannya di Californication adalah favoritnya.

Selama tur dunia Californication, Frusciante terus menulis lagu sendiri, banyak yang akan dirilis pada tahun 2001 di album solo ketiganya To Record Only Water for Ten Days. Gaya di album ini tidak seperti rekaman sebelumnya, lebih sedikit stream-of-consciousness atau avant-garde. Namun, liriknya masih sangat samar dan suaranya jelas sekali sudah dipreteli  Penulisan lagu dan produksi To Record Only Water for Ten Days lebih efisien dan tegas daripada rekaman sebelumnya. Album menyimpang dari rock alternatif yang baru saja ia buat dengan Chili Peppers di Californication, lebih fokus pada elemen electronic dan New Wave. Demi proses kerja gitarnya, Frusciante bereksperimen dengan berbagai macam synthesizer, suatu ciri khas dari sebuah rekaman.

Pada tahun 2001, Frusciante mulai merekam album keempatnya dengan Red Hot Chili Peppers, By the Way (2002); Ia menganggap saat itu sebagai salah satu saat paling bahagia dalam hidupnya  Dia menikmati kesempatan yang album berikan kepadanya untuk "terus menulis lagu-lagu yang lebih baik". Ketika bekerja di By the Way, ia juga membuat sebagian besar dari apa yang akan menjadi Shadows Collide with People, serta lagu-lagu yang dibuat untuk film The Brown Bunny. Tujuannya untuk meningkatkan permainan gitarnya di album ini sebagian besar didorong oleh keinginan untuk meniru pemain gitar seperti Andy Partridge, Johnny Marr dan John McGeoch; atau seperti yang ia katakan, "orang yang menggunakan akord-akord yang baik". Album ini menandai pergeseran Frusciante kepada mentalitas yang lebih berpusat pada grup di dalam Chili Peppers, melihat band sebagai unit terpadu daripada sebagai empat anggota yang terpisah.

2002-2007: 2004 rekaman dan Stadium Arcadium

Frusciante menulis dan merekam kebanyakan lagu-lagu selama dan setelah tur By the Way. Pada bulan Februari 2004, ia memulai sebuah proyek sampingan dengan Joe Lally dari Fugazi dan Josh Klinghoffer, bernama Ataksia. Kelompok ini berkumpul selama sekitar dua minggu, di mana mereka merekam material sepanjang sekitar sembilan puluh menit. . Setelah dua hari di studio rekaman, mereka memainkan dua pertunjukan di Knitting Factory di Hollywood, dan menghabiskan dua hari lagi di studio sebelum bubar  Belakangan pada tahun itu, lima lagu yang disediakan oleh Frusciante muncul di The Brown Bunny soundtrack.

Frusciante merilis ‘’full-length’’ album solo keempatnya Shadows Collide with Peoplepada 24 Februari 2004. Album ini mencakup penampilan dari beberapa teman-temannya, termasuk Klinghoffer, dan teman dari bandnya Chili Peppers Smith dan Flea. Pada bulan Juni 2004, ia mengumumkan bahwa ia akan merilis enam rekaman selama enam bulan: The Will to Death, Ataxia's Automatic Writing, DC EP, Inside of Emptiness, A Sphere in the Heart of Silence and Curtains. Dengan perilisan CurtainsFrusciante mengeluarkan video musik tahun 2004 satu-satunya, untuk lagu "The Past Recedes". Dia ingin untuk membuat rekaman-rekaman ini dengan cepat dan murah dalam pita analog, menghindari studio modern dan proses rekaman dengan bantuan komputer. Frusciante mengatakan, "Enam rekaman ini direkam dalam periode enam bulan setelah pulang dari tur dengan Chili Peppers selama satu setengah tahun. Saya membuat daftar semua lagu yang saya miliki dan mereka berjumlah seluruhnya sekitar tujuh puluh. Tujuan saya adalah untuk merekam lagu sebanyak yang saya bisa selama waktu istirahat yang saya miliki. Di tengah proses itu, saya menulis beberapa lagu terbaik saya, sehingga beberapa dari album ini memiliki lagu-lagu baru lagu-lagu lama. Saat itu sudah pasti merupakan waktu yang paling produktif dalam hidup saya.. "

Pada awal 2005, Frusciante masuk studio untuk mengerjakan album studio kelimanya dengan Chili Peppers, Stadium Arcadium. Permainan gitarnya menjadi dominan di seluruh album, dan dia memberikan backing vokal pada sebagian besar lagu.Meskipun bisaanya ia mengikuti gaya bermain gitar "sedikit lebih baik", ia mulai menggunakan mixer dua puluh empat lagu penuh untuk efek maksimum. Dalam pengaturannya, ia menggabungkan beragam suara dan gaya bermain, dari pengaruh funk Blood Sugar Sex Magik hingga ke yang lebih melodic seperti By the Way. Ia juga mengubah pendekatan terhadap permainannya, memilih untuk berkontribusi solo dan memungkinkan lagu yang akan terbentuk dari sesi nge’’jam’’. Beberapa tinjauan menekankan bahwa pengaruh Hendrix jelas dalam permainan solonya di album ini, dengan Frusciante dirinya sendiri sebagai ‘’backing up’’  Ia juga memperluas penggunaan efek gitar di seluruh album, dan menggunakan berbagai instrumen lainnya seperti synthesizer dan mellotron. Dia bekerja bersama dengan Rubin di sepanjang perkembangan proses pengisian suara gitar, mengubah harmoni dan menggunakan semua sumber daya teknis nya.

Frusciante mulai serangkaian kolaborasi dengan teman Omar Rodríguez-López dan band-nya The Mars Volta, dengan menyumbangkan instrumentasi gitar dan elektronik untuk lagu "Cicatriz ESP" dari album merekaDe-Loused in the Comatorium. dia juga mengkontribusikan permainan guitar solonya di album 2005 merekaFrances the Mute. Pada tahun 2006, ia membantu The Mars Volta menyelesaikan album ketiga mereka Amputechture dengan bermain gitar di tujuh dari delapan trek. Sebagai gantinya, Rodriguez-Lopez bermain di beberapa album solo Frusciante, serta menjadi bintang tamu di Stadium Arcadium.Curtains liner notes

2007-2011: Keberangkatan Red Hot Chili Peppers, The Empyrean dan kolaborasi lebih lanjut

Ataxia merilis album studio kedua dan terakhir, AW II pada tahun 2007.Setelah tur Stadium Arcadium (awal Mei 2006 hingga akhir Agustus 2007), Red Hot Chili Peppers setuju untuk absen dalam untuk lama waktu yang tidak ditentukan . Pada awal tahun 2008, Anthony Kiedis akhirnya menegaskan hal ini, mennyatakan bahwa kelelahan dari pekerjaan yang terus menerus sejak Californicationsebagai alasan utama . Frusciante keluar dari kelompok selama periode ini, tetapi tidak secara terbuka mengumumkan kepergiannya hingga Desember 2009, dua bulan setelah band mengakhiri masa absennya pada Oktober 2009 dan mulai bekerja di album berikutnya dengan Josh Klinghoffer sebagai gitaris baru mereka.

Album solo Frusciante yang kesepuluh, The Empyrean, dirilis pada tanggal 20 Januari 2009 melalui Record Collection. Rekaman itu —sebyah album konsep—diproduksi antara Desember 2006 dan Maret 2008  The Empyrean menonjolkan sekumpulan musisi termasuk mantan teman bandnyadi Chili Peppers flea, teman-teman lainnya Josh Klinghoffer dan mantan gitaris Smiths Johnny Marr, serta musisi tamu termasuk Sonus Quartet dan New Dimension Singers. Frusciante menyatakan: "Saya sangat senang dengan [rekaman ini] dan saya mendengarkannya lebih banyak untuk pengalaman psikedelik yang ada di dalamnya," menyarankan album ini "agar dimainkan sekeras mungkin dan cocok untuk ruang tamu yang gelap pada larut malam "

Setelah merilisThe Empyrean, Frusciante terus berkolaborasi dengan seniman lain.Seiring dengan terus melanjutkan kerja gitarnya untuk album-album studio The Mars Volta, The Bedlam In Goliath, danOctahedron, Frusciante juga mulai sebuah duet elektronik dengan Aaron Funk dengan nama Speed Dealer Moms. EP pertama mereka dirilis pada bulan Desember 2010 Planet Mu Records.

Seiring dengan Speed Dealer Moms, Frusciante juga memberikan bantuan permainan gitar untuk Swahili Blonde, sebuah proyek perkusion/vokalis Nicole Turley. Proyek ini merilis album debutnya Man Meat pada tahun 2010. Pada tahun yang sama, Frusciante berfungsi sebagai produser eksekutif untuk debut film arahan Omar Rodríguez-López, The Sentimental Engine Slayer. Film itu ditampilkan di Rotterdam Film Festival pada February 2010 . Bersamaan dengan pekerjaan di film, Frusciante dan Rodríguez-López merilis dua rekaman kolaborasi pada bulan Mei 2010. Yang pertama adalah album Omar Rodriguez-Lopez & John Frusciante, sebuah album dengan hanya mereka berdua di dalamnya, yang lainnya adalah sebuah rekaman kuartet, Sepulcros de Miel, terdiri atas Omar Rodríguez-López, Juan Alderete, Marcel Rodríguez-López, dan Frusciante. Frusciante juga berkontribusi musik pada film dokumenter, Little Joe, berdasarkan pada kisah Joe Dallesandro.

Pada tahun 2009, Frusciante muncul di sebuah dokumenter, "The Heart is a Drum Machine." Interview penuhnya sepanjang empat puluh lima menit tersedia di fitur khusus dalam DVD yang telah dirilis.

Pada tahun 2011, Frusciante memberikan kontribusi gitar untuk lagu "Prends-moi" di album Ring n' Roll oleh penyanyi Prancis Catherine Ringer, dan menyediakan permainan gitar untuk album studio kedua Swahili Blonde, Psycho Tropical Ballet Pink.

Pada 7 Desember 2011, Red Hot Chili Peppers ditunjuk sebagai bintang di Rock And Roll Hall Of Fame tahun 2012. Dalam sebuah interview pada hari yang sama, Anthony Kiedis berbicara tentang Frusciante and tentang apakah ia akan menghadiri upacara tersebut. Kiedis menyatakan, "Merupakan sebuah teka teki bagi saya apakah ia akan dating atau tidak. Tidak bisa saya bayangkan kalau ia bisa, tetapi ini tentang sesuatu yang ”kamu tidak akan pernah tahu”. Saya sudah cukup lama belum berbicara dengannya. Saya tidak tahu dimana dia akhir-akhir ini. Dia jelas akan menjadi lebih dari diterima, dan saya mendukung jika ia ikut. Jika ia tidak ikut, juga tidak apa-apa." Flea juga berbicara tentang Frusciante dengan berkata "Dia meninggalkan kita hadiah luar bisaa yang sangat banyak. Dia adalah musisi yang fenomenal dan penulis lagu yang memberikan sesuatu yang sangat banyak untuk band kami. Semua perasaan yang saya rasakan untuknya ketika tidak lagi berada di band... Dia benar-benar membawa kami ke tingkatan yang lebih tinggi.”