Jabarkan Kudeta dan Kepala Eksekutif dari Pervez Musharraf

Pada 1997, Nawaz Sharif terpilih menjadi perdana menteri setelah Partai Liga Muslim Pakistan yang dipimpinnya memenangkan pemilihan umum dengan mayoritas besar. Partai ini mendapatkan cukup kursi di parlemen sehingga cukup memiliki kekuatan mengubah konstitusi dengan Amendemen ke-14 Konstitusi Pakistan. Ini akan menghapuskan checks and balances demi membatasi kekuasaan perdana menteri.

Meningkatnya ketegangan antara pemerintahan Perdana Menteri Nawaz Sharif dan militer memberi alasan untuk mempercayai pasukan, tetapi ternyata merencanakan kudeta. Tantangan terhadap kekuatannya kian meningkat. Presiden (sipil) Farooq Leghari dan Ketua Mahkamah Agung Sajjad Ali Shah dipaksa mundur. Ketua Mahkamah Agung mengundurkan diri setelah Gedung Mahkamah Agung diserbu oleh pendukung-pendukung Sharif. Kepala Staf Angkatan Darat Jehangir Karamat mengusulkan dibentuknya Dewan Keamanan Nasional sebagai forum interaksi antara para pemimpin sipil dan para kepala staf militer. Kamarat dipecat oleh Perdana Menteri Nawaz Sharif dan menuunjuk Jnderal Pervez Musharraf untuk menggantikannya.

Dengan naiknya Musharraf persoalan justru semakin meruncing. Pada 12 Oktober 1999, Sharif berusaha memecat Musharraf dan mengangkat direktur Intelijen Antar-Angkatan Khwaja Ziauddin untuk menggantikannya. Musharraf yang berada di luar negeri berusaha kembali ke Pakistan dengan menumpang pesawat komersial. Para jenderal senior Angkatan Darat menolak menerima pemecatan Musharraf. Sharif memerintahkan bandara Karachi mencegah pendaratan pesawat yang kemudian berputar-putar di udara di atas Karachi.

Dalam sebuah kudeta, para jenderal menyingkirkan pemerintahan Sharif dan mengambil alih bandara. Pesawat itu mendarat hanya dengan bahan bakar yang tersisa cukup untuk beberapa menit saja dan Musharraf mengambil alih pemerintahan. Dengan posisi sebagai Kepada Eksekutif, Pervez Musharraf menjadi Kepala Pemerintahan de facto. Ia memiliki kekuasaan yang luas di Pakistan setelah sebuah kudeta tidak berdarah pada 12 Oktober 1999. Nawaz Sharif dikenai tahanan rumah dan diasingkan ke luar negeri. Presiden Muhammad Rafiq Tarar yang menjabat sejak 1 Januari 1998 harus mengakhiri jabatannya pada 20 Juni 2001. Sejak itu, selain sebagai Kepala Eksekutif, secara resmi ia mengangkat dirinya sebagai presiden. Ini terjadi hanya beberapa hari sebelum kunjungan yang dijadwalkan ke Agra untuk pembicaraan dengan India.

Mahkamah Agung, pemilu, dan referendum

Pada 12 Mei 2000, Mahkamah Agung memerintahkan Musharraf mengadakan pemilihan umum selambat-lambatnya 12 Oktober 2002. Untuk melegitimasi kepresidenannya dan menjamin kelanjutannya setelah pemulihan demokrasi makin mendekat, ia mengadakan referendum pada 30 April 2002. Situasi ini memungkinkan memperpanjang masa jabatan kepresidenan hingga lima tahun setelah pemilu Oktober 2002. Tetapi, referendum ini diboikot oleh kebanyakan kelompok politik, sehingga jumlah pesertanya hanya 30% atau mungkin lebih rendah menurut perkiraan pada umumnya.

Pemilu yang diadakan Oktober 2002 dan partai yang baru dibentuk Musharraf yaitu Liga Muslim Pakistan (Q) memenangkan kursi di parlemen. Partai-partai yang menentangnya praktis melumpuhkan Dewan Nasional selama lebih satu tahun. Kemacetan ini berakhir pada Desember 2003, ketika Musharraf melakukan tawar-menawar dengan partai Muttahida Majlis-e-Amal, dengan persetujuan bahwa ia akan meninggalkan Angkatan Darat pada 31 Desember 2004.

Dengan dukungan partai itu, para anggota parlemen pro-Musharraf dapat menguasai dua-pertiga super-mayoritas yang dibutuhkan untuk meloloskan Amendemen ke-17 yang secara retroaktif melegalisasikan kudeta Musharraf tahun 1999 dan banyak dekret yang dikeluarkan sesudah itu. Dalam sebuah mosi percaya pada 1 Januari 2004, Musharraf memenangi 658 dari 1.170 suara di Dewan Pemilih Pakistan dan menurut Pasal 41(8) dari Konstitusi Pakistan, ia "dianggap terpilih" menjadi Presiden hingga Oktober 2007.