Jabarkan 2006–2008: Honda F1 dari Rubens Barrichello

Musim 2006 Rubinho memperkuat tim Honda bersama Jenson Button. Sesaat sebelum berlangsungnya GP Australia, Jense setuju untuk memberikan nomor 11 pada Rubinho, di mana nomor 11 tersebut merupakan nomor kesayangan Rubinho sejak ia masih diajang karting. Walaupun tidak ada podium yang berhasil ia raih, Rubinho tampil cukup konsisten. Posisi finis tertingginya adalah di GP Monaco dan Hungaria saat ia berhasil finis keempat, di akhir musim ia berada di P7 klasemen akhir dengan raihan 30 poin. Momen unik terjadi di GP Monaco, di mana saat itu Barrichello setuju untuk menukar helmnya dengan Tony Kanaan, seorang pembalap Indy asal Brasil, di mana untuk GP Monaco Rubinho mengenakan helm Kanaan, dan sebaliknya di Indianapolis 500 Kanaan mengenakan helm Barrichello.

Musim 2007 merupakan musim terburuk Rubens. Ia gagal meraih satu poin pun selama musim 2007. Satu-satunya kesempatan Rubens untuk meraih angka adalah saat di GP Monaco ketika ia sempat berada di P6 sebelum akhirnya tersingkir. Kendati demikian kursinya tetap aman untuk 2008 walaupun ada gossip ia akan ditukar dengan Anthony Davidson.

Setelah tampil buruk di 2007, Barrichello bangkit di 2008. Ia meraih poin perdananya di GP Monaco saat finis di P6, dan berkat kepiawaiannya dalam menaklukkan cuaca hujan, Barrichello berhasil finis ketiga di GP Inggris, setelah sebelumnya sempat memimpin jauh. Rubens Barrichello lantas memecahkan rekor sebagai pembalap paling berpengalaman di F1 dengan 257 start di GP Turki, memecahkan rekor sebelumnya 256 start atas nama Riccardo Patrese. Walaupun keabsahan dari rekor ini sempat dipertanyakan karena ia gagal start di beberapa lomba seperti di Barcelona dan Prancis 2002. Di akhir musim Barrichello berada di P14 klasemen akhir dengan raihan 11 poin. Lagi-lagi kabar buruk menimpa Barrichello, tim Honda F1 secara mendadak mundur dari ajang F1 pada pertengahan Desember 2008, Barrichello sempat dilanda masa ketidakpastian soal masa depannya di F1, sebelum akhirnya ia bisa bernapas lega setelah Ross Brawn menyelamatkan posisinya di F1 dengan tetap mempercayakannya sebagai pembalap di tim barunya, Brawn Grand Prix.