Jabarkan Pengembangan lanjutan dari Boeing 747-400

Varian kargo yang mampu terbang lebih jauh, 747-400ERF, memasuki layanan operasional pada bulan Oktober 2002. Satu bulan kemudian, varian penumpang yang mampu terbang lebih jauh, 747-400ER, memasuki layanan operasional dengan Qantas, satu-satunya maskapai yang memesan 747-400ER varian penumpang. Qantas pada awalnya menggunakan 747-400ER pada rute Melbourne menuju Los Angeles dan Dallas menuju Sydney, yang memungkinkan kedua penerbangan tersebut diisi muatan penuh penumpang dan kargo. Sebelum kehadiran 747-400ER, Qantas harus mengosongkan kabin paling belakang dari 747-400 dan membatasi jumlah penumpang dan kargo. Interior kabin 747-400ER menggunakan desain Boeing Signature Interior yang kemudian tersedia pada 747-400 yang sudah diproduksi maupun yang baru diproduksi di pabrik.

747-400ER juga memperkenalkan peningkatan pada teknologi kokpit, termasuk penggunaan layar penampil kristal cair (LCD) yang menggantikan tabung sinar katode (CRT) pada 747-400. LCD kemudian menjadi standar pada 747-400 baru dan dapat dipasang pada pesawat yang sudah diproduksi. Tiga layar standby pada 747-400 juga digantikan oleh satu tampilan LCD, yaitu dengan layar standby terintegrasi (ISFD), yang juga menjadi standar pada seri 747-400 pada akhir tahun 2003.

Pada tahun 2000-an, sebagai bagian dari upaya untuk mempromosikan pengembangan bahan bakar alternatif yang berkelanjutan, dan juga emisi bahan bakar yang lebih rendah, sejumlah pengguna 747-400 melakukan studi terhadap penggunaan minyak dari tanaman jarak. Maskapai Air New Zealand melakukan penerbangan menggunakan minyak jarak sebagai pengganti avtur; salah satu mesin dari sebuah 747-400 membakar campuran 50% minyak jarak dan 50% avtur selama dua jam ketika penerbangan berlangsung dan mengumpulkan informasi dari uji coba tersebut. Jarak sangat mudah untuk tumbuh, memerlukan sedikit pupuk atau air, dan menghasilkan tanaman yang kaya akan minyak.

Pada tahun 2007, harga satu unit 747-400/-400ER adalah 234 atau 266,5 juta dolar AS, dan untuk 747-400F/-400ERF adalah 238 atau 268 juta dolar AS. Produksi 747-400 varian penumpang secara resmi berakhir pada 15 Maret 2007. Empat 747-400 dalam pesanan dibatalkan oleh Philippine Airlines yang menukar pesanannya dengan 777-300ER. Pesanan terakhir 747-400 dilakukan oleh China Airlines pada bulan November 2002, dengan 747-400 penumpang terakhir diproduksi pada tahun 2005 dan dikirimkan pada bulan April di tahun yang sama. Pesawat tersebut merupakan 747 ke-1358 yang diproduksi (MSN33737/B-18215). Pesawat seri 747-400 terakhir yang diproduksi adalah sebuah 747-400ERF yang dikirimkan kepada Kalitta Air pada 22 Desember 2009.