Jabarkan Hubungan dan anak-anak dari Gillian Anderson

Anderson menikah dengan suami pertamanya, Clyde Klotz, an X-Files asisten direktur seni, pada Hari Tahun Baru 1994, di Hawaii di Buddhis upacara. Putri mereka, Piper Maru, lahir pada 25 September 1994. Pembawa acara Chris Carter, Ayah baptis Piper, bernama an X-Files episode setelah dia. Anderson dan Klotz bercerai pada tahun 1997. Pada tanggal 29 Desember 2004, ia menikah dengan Julian Ozanne, seorang dokumenter, di Lamu Island, lepas pantai Kenya. Dia mengumumkan perpisahan mereka pada 21 April 2006. Anderson and former partner, businessman Mark Griffiths, have two children. Dia mengakhiri hubungan mereka pada tahun 2012.

Pada Maret 2012, Anderson memberi tahu Out majalah tentang hubungan jangka panjangnya dengan seorang gadis di sekolah menengah. Dia kemudian mengatakan CBS News bahwa dia berkencan dengan wanita lain, meskipun sebagian besar hubungannya dengan pria.  Dalam sebuah wawancara dengan London Evening Standard pada bulan Desember 2014, dia menyatakan: "Saya seorang wanita heteroseksual aktif yang merayakan namun orang ingin mengekspresikan seksualitas mereka." Dia juga diidentifikasi sebagai heteroseksual dalam wawancara Januari 2015. Dalam sebuah wawancara dengan The Daily Telegraph pada Maret 2015, Anderson mengatakan dia tidak tertutup untuk gagasan memasuki hubungan sesama jenis lainnya, menambahkan: "Bagiku sebuah hubungan adalah tentang mencintai manusia lain; jenis kelamin mereka tidak relevan." Dia mengulangi ini untuk The Times pada tahun 2018, mengatakan "Saya bisa bersama seorang wanita tahun depan." dan "Ini hanya siapa saya. Saya sama sekali tidak memiliki masalah dengan itu, dan saya tidak terlalu peduli jika orang lain memiliki masalah dengan itu." Saat bermain untuk Plead the Fifth di Watch What Happens with Andy Cohen, Gillian mengatakan terakhir kali dia bersama seorang wanita adalah setelah dia pindah ke New York setelah kuliah..

Anderson tinggal bersama ketiga anaknya di London, tempat dia tinggal sejak 2002. Dari 2016 hingga Desember 2020, dia menjalin hubungan dengan penulis skenario dan dramawan Peter Morgan.