Jabarkan Sejarah klasifikasi Monera dari Monera

Awalnya dalam klasifikasi Systema Naturae hanya ada hewan, tumbuhan, dan mineral. Mineral lalu dibuang dari klasifikasi makhluk hidup.

Setelah ditemukannya mikroskop, para ilmuwan mulai menggolongkan mikroorganisme ke dalam hewan dan tumbuhan. Tahun 1866 Ernst Haeckel mengajukan sistem tiga kingdom, yaitu menambahkan Protista sebagai kingdom baru yang berisi sebagian besar makhluk hidup microskopik. Salah satu dari 8 divisio Protista adalah Moneres, yang meliputi sekelompok bakteri seperti Vibrio. Kemudian para ilmuwan membuktikan bahwa kingdom Protista hampir tidak ada kemiripannya untuk dijadikan sebuah kingdom.

Meskipun kita bisa membedakan prokaryota dan eukaryota dari ada/tidaknya inti sel, mitosis atau fisi biner sebagai cara berkembang biak, ukurannya, dan ciri lain, tetapi monofilia dari Monera masih kontroversial selama beberapa dekade. Tahun 1937 Édouard Chatton mengusulkan klasifikasi dua kingdom, Eukaryota dan Prokaryota, meskipun papernya tidak banyak ditinjau ulang sampai tahun 1962, karena dia tidak menekankan pembeda antar dua kingdom itu, seperti para ahli biologi pada masa itu.

Roger Stanier dan C. B. van Niel percaya bahwa bakteri (pada saat itu alga hijau-biru belum masuk bakteri) dan alga hijau-biru berasal dari induk yang sama, yang kemudian membuat dia mengeluarkan pernyataan pada tahun 1970, "Alga hijau-biru tidak ada bedanya dengan bakteri".

Pada tahun 1949, E. G. Pringsheim dalam tulisannya mengatakan bahwa bakteri dan alga hijau-biru berasal dari induk yang berbeda.

Tahun 1974, Bergey's Manual mengeluarkan istilah cyanobacteria untuk mengacu pada alga hijau-biru, membuatnya diterima ke dalam kelompok Monera.

Tahun 1969, Robert Whittaker mengusulkan sistem lima kingdom. Sistem ini meletakkan sebagian besar makhluk hidup bersel satu ke dalam Monera (prokaryota) ataupun Protista (eukaryota). Tiga kingdom lainnya adalah dari eukaryota: Fungi, Hewan, dan Tumbuhan. Namun Whittaker tidak percaya bahwa semua kingdomnya monofilia.

Tahun 1977, sebuah paper dari PNAS ditulis oleh Carl Woese dan George Fox mengusulkan bahwa Archaea (sebelumnya dinamai archaebacteria) tidak lebih dekat dengan Bakteri daripada dengan eukaryota. Paper ini menjadi halaman utama di koran The New York Times dengan kontroversi yang besar. Karena diterima khalayak, kingdom Monera akhirnya diganti menjadi dua kingdom baru Bacteria dan Archaea. Akan tetapi, Thomas Cavalier-Smith tidak pernah terima dengan pembagian menjadi dua kelompok ini, dan mempublikasikan bahwa archaebacteria adalah bagian dari sebuah subkingdom dari Kingdom Bacteria.