Jabarkan Majelis Pekerja Harian dari Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia

Kegiatan sehari-hari PGI ditangani oleh Majelis Pekerja Harian yang terdiri atas Ketua Umum, beberapa ketua, Sekretaris Umum, Wakil Sekretaris Umum, Bendahara, dan Wakil Bendahara, serta sejumlah anggota. Roda organisasi juga dibantu oleh Badan Pemeriksa Perbendaharaan (BPP) dan Majelis Pertimbangan (MP).

Pada Sidang Raya XVI PGI di Nias pada 11-17 November 2014, PGI mencatat sejarah baru dengan memilih seorang perempuan untuk menjabat Ketua Umum PGI periode 2014-2019 yakni Pdt. Dr. Henriette Tabita Hutabarat-Lebang dari Gereja Toraja, sementara jabatan Sekretaris Umum dipegang oleh Pdt. Gomar Gultom, M.Th. dari Huria Kristen Batak Protestan (HKBP).

Jabatan Ketua Umum PGI untuk periode 2019-2024 dipegang oleh Pdt. Gomar Gultom, M.Th. dari Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) dan Sekretaris Umum dijabat oleh Pdt. Jacklevyn Frits Manuputty dari GPM.

Dalam menjalankan roda organisasinya, MPH PGI dibantu oleh sejumlah Bidang dan Biro, yaitu Bidang Keesaan dan Pembaharuan Gereja (Koinonia), Bidang Keadilan dan Perdamaian (Koinonia), dan Bidang Kesaksian dan Keutuhan Ciptaan (Marturia). Adapun biro yang membantu adalah Biro Perempuan dan Anak, Biro Pemuda dan Remaja, dan Biro Penelitian dan Pengembangan (Litbang), serta Biro Hubungan Masyarakat (Humas). Dalam pergerakan ekumenis, PGI juga dibantu oleh Yayasan Komunikasi Masyarakat (Yakoma), yang membantu PGI dalam hal publikasi, media, dan pengembangan sumber teknologi.