Jabarkan Ke tahun 2000-an dari FC Girondins de Bordeaux

Pada musim 1999-2000, klub bermain di Liga Champions UEFA baru untuk pertama kalinya. Dalam dua musim, Bordeaux telah memenangkan emas lagi dengan mengalahkan Lorient 3-0 di final Piala Liga 2002. Klub bersisik kemudian mengalahkan Club Brugge 4-1 dua musim kemudian secara keseluruhan di babak 4 untuk maju ke perempat final. dari Piala UEFA 2004, di mana klub jatuh ke pemenang akhirnya Valencia. Bordeaux mencapai final lain pada tahun 2007, di mana mereka akhirnya menang dengan memenangkan Coupe de la Ligue tahun itu. Bordeaux kemudian memenangkan lebih banyak trofi saat mereka memenangkan gelar Ligue 1 dan Coupe de la Ligue di musim sepak bola Prancis 2008-09, mencapai ganda pertama dalam sejarah klub. Musim 2009-10 berhasil mencapai perempat final Liga Champions Eropa setelah dikalahkan Lyon dengan agregat 2-3. Pada tahun 2013, Bordeaux memenangkan Coupe de France mengalahkan Evian 3-2 di final.  Pada musim Ligue 1 2013-14, Bordeaux menempati peringkat ke-7 di klasemen.  Pada tahun 2015, Bordeaux menunjuk Willy Sagnol tetapi pada tahun 2016 Sagnol dipecat setelah hanya memenangkan satu pertandingan dalam delapan pertandingan pertama musim ini dan digantikan oleh Ulrich Rame.  Pada 27 Mei 2016, Rame digantikan oleh Jocelyn Gourvennec. Pada 20 Januari 2018, Gourvennec dipecat dan digantikan oleh Gus Poyet. Poyet memimpin Bordeaux ke posisi 6 di akhir musim.

Pada Juli 2018, CEO General American Capital Partners, Joseph DaGrosa, melakukan akuisisi tim profesional Prancis senilai 70 juta euro setelah 19 tahun kepemilikan M6.

Pada 18 Agustus 2018, Poyet diskors oleh Bordeaux setelah menyebut situasinya "memalukan" karena Gaëtan Laborde dijual ke Montpellier tanpa persetujuannya. Pada 5 September 2018, Ricardo Gomes diangkat sebagai 'manajer umum' - dia tidak memiliki lencana kepelatihan yang diperlukan untuk dipromosikan secara resmi menjadi pelatih tim utama.

Pada 23 April 2021, dengan alasan penurunan pendapatan karena pandemi COVID19 dan hilangnya pendapatan ketika pemegang hak TV Mediapro bangkrut dan gagal membayar tahun lalu, klub dimasukkan manajemen ketika pemilik American  King Street mengatakan mereka tidak akan lagi mendukung klub secara finansial.