Jabarkan Konflik dengan Thaksin Shinawatra dari Sonthi Boonyaratkalin

Sebagai Panglima Angkatan Darat, Sonthi berulang kali memberi jaminan kepada masyarakat bahwa tentara tidak akan ikut campur dalam krisis politik, meskipun ia pernah mengatakan bahwa "Baginda tentu merasa sedih" karena masalah-masalah politik negara itu. Ia juga pernah memprotes usaha Thaksin untuk mempromosikan sejumlah besar bekas teman sekelasnya dari Kelas 10 Sekolah Persiapan Akademi Angkatan Bersenjata ke satuan-satuan militer yang bertanggung jawab atas keamanan Bangkok.

Pergantian pimpinan militer tahunan pada 2006 ditunda karena adanya krisis politik, sebagai Pjs. Perdana Menteri, Thaksin Shinawatra menyangkal bahwa ia berencana untuk menyingkirkan Jend. Sonthi sebagai Panglima AD. Meskipun demikian, Jend. Sonthi mulai mengkonsolidasikan posisinya dengan memindahkan 129 perwira menengah di bawah jenderal-jenderal yang dianggapnya setia kepada PM. Sebagian pengamat melihat hal ini sebagai pesan kepada Thaksin bahwa Sonthi masih menguasai AD.