Jabarkan Sebagai Menkes dari Johannes Leimena

Ketika perang kemerdekaan sudah usai, kondisi pelayanan kesehatan masyarakat di Indonesia berada di bawah harapan para pemimpin Republik, karena pemerintah kolonial yang kurang peduli, malnutrisi dan pengambilalihan rumah sakit selama pendudukan militer Jepang. Ditambah lagi oleh keributan selama masa perang kemerdekaan. Sebagai Menteri Kesehatan, Leimena memandang kesehatan masyarakat sebagai komponen penting untuk pembangunan Indonesia dan untuk memajukan sosioekonomi masyarakat, karena itu ia berfokus untuk mengembangkan sistem profilaksis (pencegahan) dan kebersihan di wilayah-wilayah pedesaan. Kebijakan ini bertolakbelakang dengan kebijakan zaman kolonial, yang memfokuskan pelayanan kesehatan di wilayah perkotaan.

Pada tahun 1950, pemerintah daerah Bandung merintis proyek kesehatan yang berdasarkan jaringan rumah sakit misionaris seperti tempat Leimena sempat bekerja, dengan sejumlah klinik di pedesaan yang mendukung jalannya pelayanan dari rumah sakit pusat di kota. Sistem ini dijalankan dengan sistemnya sendiri dan diarahkan oleh dokter kepala di tingkatan kabupaten. Sistem ini, yang dikenal dengan istilah "Bandung Plan" (alias "Leimena Plan"), didukung oleh Leimena, dan berdasarkan hasil kerjanya di RS Zending Imanuel. Bandung Plan ini awalnya direncanakan akan diimplementasikan di seluruh Indonesia pada tahun 1954, tetapi rencana ini batal karena masalah administratif dan ketersediaan anggaran. Di luar kedua masalah tersebut, ketersediaan dokter menjadi faktor lainnya. Banyak dokter warga Indonesia yang menjadi perwira militer atau politikus sedangkan dokter keturunan Eropa banyak yang meninggalkan Indonesia setelah perang kemerdekaan. Walaupun terhalang oleh rintangan-rintangan tersebut, Bandung Plan menjadi landasan dari sistem Puskesmas yang mulai diluncurkan pada akhir tahun 1960-an.

Selain itu, masalah angka kematian ibu dan anak yang cukup tinggi juga menjadi perhatian Leimena. Pada tahun 1951, statistik di rumah sakit besar menunjukkan angka kematian ibu melahirkan mencapai 12-16%, yang artinya ada 12-16 kematian per 1000 ibu melahirkan. Angka kematian bayi mencapai 115-300%, yang artinya ada 115-300 kematian per 1000 bayi yang dilahirkan. Angka mortalitas ibu dan bayi selain di rumah sakit besar diperkirakan lebih tinggi lagi. Sebagai menteri kesehatan, Leimena menginisiasi pendirian Balai Kesehatan Ibu dan Anak (BKIA) pada 1951.

Di bawah kepemimpinan Leimena, sejumlah UU yang berkaitan dengan kesehatan masyarakat disetujui Dewan Perwakilan Rakyat, termasuk UU yang mencakup aturan yang mewajibkan dokter bekerja sebagai dokter pemerintah minimal tiga tahun sebelum menjadi dokter swasta, memperbolehkan pemerintah melarang klinik-klinik swasta, dan memungkinkan pemerintah untuk mengambil alih jasa medis swasta dalam keadaan genting. Pada tahun 1952, Leimena juga merumuskan peraturan yang membatasi perizinan membuka praktek kesehatan hanya kepada dokter yang memenuhi kualifikasi dan bukan kepada praktisi medis lain seperti perawat atau bidan. Dalam hal gizi, Leimena membentuk Lembaga Makanan Rakyat yang berfungsi mendidik masyarakat mengenai nutrisi.

Pada tahun 1953, Leimena melakukan kunjungan kerja ke Eropa dengan pendanaan Organisasi Kesehatan Dunia (WHO). Di Eropa, ia mengamati sistem kesehatan publik di Norwegia, Britania Raya (National Health Service), dan Yugoslavia. Dalam perjalanan pulang, ia juga berkunjung ke Mesir, India, dan Singapura untuk berpartisipasi dalam kuliah dan diskusi publik selain juga mempelajari sistem kesehatan di sana. Leimena terkesan khususnya oleh sistem kesehatan di Norwegia yang mengaitkan pentingnya asupan gizi dan kondisi kerja dalam kesehatan publik. Dalam hal urusan luar negeri, Leimena khawatir akan kemungkinan bantuan kesehatan yang digunakan negara maju untuk mempengaruhi kebijakan luar negeri dan politik internal Indonesia, sehingga ia menyerukan agar bantuan kesehatan diberikan tanpa syarat. Periode pertamanya sebagai Menkes berakhir tanggal 30 Juli 1953. Leimena kemudian kembali menjabat sebagai Menkes dalam Kabinet Burhanuddin Harahap pada 12 Agustus 1955.

Dalam bulan-bulan terakhir Kabinet Burhanuddin Harahap, Leimena diutus ke Jenewa untuk merundingkan masalah Irian Barat dengan Belanda. Meskipun delegasinya berhasil mendapatkan persetujuan delegasi Belanda terhadap penghapusan Uni Belanda-Indonesia dan sejumlah konsesi ekonomisi lainnya, pergolakan politik di Indonesia mengakibatkan delegasi tersebut dipanggil kembali. Leimena tinggal di Jenewa selama beberapa waktu dan merasa frustasi, sampai ia sempat mempertimbangkan untuk mundur dari jabatannya karena merasa "seperti nelayan yang sudah menangkap ikan, disuruh dilempar kembali". Setelah jatuhnya Kabinet Burhanuddin Harahap, Ali Sastroamidjojo dengan sengaja tidak mengundang menteri-menteri dalam kabinet tersebut untuk kembali menjadi menteri, sehingga Leimena tidak lagi menjabat sebagai menteri kesehatan. Sekitar waktu itu, Leimena sudah terpilih menjadi anggota Dewan Perwakilan Rakyat dari dapil Maluku dan fraksi Parkindo seusai Pemilu 1955. Setelah DPR hasil pemilihan umum tersebut dibubarkan pada tahun 1959, Leimena ditunjuk kembali sebagai anggota DPR transisional oleh Soekarno. Namun, ia tidak hadir dalam pengambilan sumpah jabatan DPR pada tanggal 23 Juli 1959 dan ia pun mengundurkan diri dari DPR beberapa minggu kemudian. Leimena juga terpilih sebagai anggota Konstituante dari dapil Maluku dan menjadi wakil ketua lembaga tersebut, namun mengundurkan diri setahun kemudian karena ditunjuk sebagai menteri.

Di luar jabatan menterinya, Leimena turut serta dalam organisasi Dewan Gereja Indonesia (sekarang menjadi Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia, PGI) dan terpilih sebagai wakil ketuanya pada tahun 1950. Jabatan ini dipegang Leimena sampai tahun 1964 dan sejak tahun itu hingga ia wafat, ia memegang jabatan ketua kehormatan. Pada tahun 1950 juga, Leimena mendirikan Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia.