Jabarkan Kesulitan saat pelaksanaan dari Budi Utomo

Aktivitas membantu pelajar merupakan sebagian program pekerjaan Boedi Oetomo

Meskipun para pelajar STOVIA merupakan pendiri awal dari Boedi Oetomo, mereka menyerahkan kepemimpinan kepada orang-orang yang lebih tua dan berpengalaman sebagai bentuk penghormatan dan untuk menyelesaikan beban studi di STOVIA, terutama Soetomo yang masih harus menjalani pendidikan selama 3 tahun. Akhirnya, kongres tersebut menunjuk Tirtokoesoemo sebagai ketua umum dan Wahidin Sudirohusodo sebagai wakil ketua. Kongres tersebut juga mencetuskan tujuan Boedi Oetomo, yaitu menjamin kehidupan sebagai bangsa yang terhormat serta arah organisasi sebagai organisasi yang berfokus pada pendidikan, pengajaran, dan kebudayaan. Para pelajar STOVIA ditunjuk sebagai pengurus cabang Betawi dan kantor pusat ditetapkan berada di Yogyakarta. Hingga diadakannya kongres yang pertama ini, Boedi Oetomo telah memiliki 7 cabang di beberapa kota, seperti Batavia, Bogor, Bandung, Magelang, Yogyakarta, Surabaya, dan Ponorogo. Hingga tahun 1909, anggota Budi Utomo mencapai 10.000 anggota.