Jabarkan Indische Kerk dari Gereja Masehi Injili di Minahasa

Sejarah GMIM tidak dapat dipisahkan dari pembentukan de Protestantsche Kerk in Nederlandsch-Indie atau Indische Kerk (sekarang dikenal sebagai Gereja Protestan di Indonesia) yang pada 27 Februari 1605 melaksanakan ibadah untuk pertama kalinya di Benteng Victoria Ambon. Tahun 1619 pusat Indische Kerk dipindahkan ke Batavia sehubungan dengan berpindahnya pusat pemerintahan Gubernur Jenderal Hindia Belanda dari Ambon ke Batavia. Indische Kerk mewarisi jemaat-jemaat yang ditinggalkan oleh Portugis, Spanyol serta karya Belanda dengan wilayah pelayanan meliputi Maluku, Minahasa, Kepulauan Sunda Kecil, serta Sulawesi, Jawa, Sumatera dan lainnya. Karena wilayah pelayanan semakin meluas, maka wilayah-wilayah Indische Kerk mengalami berbagai persoalan. Pada tahun 1927 disepakati bahwa keesaan gereja harus tetap dipertahankan, namun wilayah yang memiliki kekhususan diberi status mandiri yang lebih luas untuk mengatur pelayanannya secara sendiri-sendiri.