Jabarkan Pensiun dari Pieter Willem Botha

Botha pensiun di rumahnya di kota Wilderness, dekat dengan kota George di Western Cape, dan menghindarkan diri dari media. Ia tetap menentang banyak pembaruan F. W. de Klerk, dan menolak memberikan kesaksian pada Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi yang dibentuk oleh pemerintahan Mandela untuk mengungkapkan kejahatan-kejahatan pada masa apartheid. Pada Agustus 1998 ia didenda dan dijatuhi hukuman penjara yang ditunda karena ia menolak memberikan kesaksian sehubungan dengan pelanggaran hak-hak asasi manusia dan kekerasan yang diberlakukan oleh Dewan Keamanan Negara (SSC) yang ia, sebagai presiden hingga 1989, telah pimpin.

Botha meninggal dunia pada 31 Oktober 2006 akibat serangan jantung.

Ia tak memiliki hubungan keluarga dengan politikus Partai Nasional kontemporer Roelof Frederik "Pik" Botha, yang menjadi menteri luar negeri.