Jabarkan Privatisasi dan merger dari MTR

Tanggal 5 Oktober 2000, operator jaringan MTR, MTR Corporation Limited (MTRCL), menjadi perusahaan kereta pertama Hong Kong yang diprivatisasi, menandakan awal inisiatif pemerintah Hong Kong di prasarana umum. Sebelum terdaftar di Bursa Saham Hong Kong, Mass Transit Railway Corporation (MTRC) dimiliki sepenuhnya oleh Pemerintah Hong Kong. Bulan Juni 2001, MTRCL dipindah ke Indeks Hang Seng.

MTRCL juga mengembangkan properti dekat stasiun untuk menambah bisnis kereta mereka yang sudah menguntungkan. Banyak stasiun-stasiun baru yang digabungkan dengan kompleks perumahan besar atau kompleks perbelanjaan. Misalnya, Tsing Yi dibangun bersebelahan dengan mal Maritime Square.

Tanggal 11 April 2006, MTRCL menandatangani memorandum of understanding tak mengikat dengan Pemerintah Hong Kong, untuk menggabungkan operasi 2 jaringan kereta di Hong Kong meski mendapat penolakan keras dari staf KCRC. Rapat umum luar biasa tanggal 9 Oktober 2007 memungkinkan MTRCL mengambil alih operasi jaringan KCR dan menggabungkan sistem tarif kedua jaringan tanggal 2 Desember 2007.

Tanggal 2 Desember 2007, Kowloon-Canton Railway Corporation (KCRC) memberikan konsesi 50 tahun jaringan KCR ke MTRCL, maka menggabungkan operasi kereta dibawah manajemen MTRCL. MTRCL kemudian mengubah nama bahasa Mandarinnya dari "地鐵有限公司" (Subway Limited Company) menjadi "香港鐵路有限公司" (Hong Kong Railway Limited Company), namun nama Inggrisnya tetap. Setelah merger, jaringan MTR bertambah 3 jalur, yaitu Jalur East Rail, Jalur West Rail, dan Jalur Ma On Shan, juga jaringan Kereta Ringan dan Guangdong Through Train ke Guangzhou.