Jabarkan Pasca kemerdekaan dari Carlos Filipe Ximenes Belo

Setelah kemerdekaan Timor Timur pada 20 Mei 2002, tekanan dari berbagai peristiwa dan kecemasan yang berlanjut yang ditanggungnya mulai memukul kesehatan Uskup Belo. Paus Yohanes Paulus II menerima pengunduran dirinya sebagai Vikar Apostolik Dili pada 26 November 2002.

Setelah pengunduran dirinya sebagai Vikar Apostolik, Uskup Belo pergi ke Portugal untuk menjalani perawatan kesehatan. Pada awal 2004, ia menerima panggilan berulang-ulang untuk kembali ke Timor Leste dan mencalonkan diri menjadi presiden. Namun pada Mei 2004, ia mengatakan kepada televisi pemerintah Portugal, RTP, bahwa ia tidak akan membiarkan namanya dicalonkan. "Saya telah memutuskan untuk menyerahkan politik kepada para politikus," katanya. Sebulan kemudian, pada 7 Juni, 2004, Pascuál Chavez, pemimpin Serikat Salesian, mengumumkan dari Roma bahwa Uskup Belo, yang kini telah sehat kembali, akan mendapat penugasan baru. Dalam persetujuan dengan Takhta Suci, ia akan pergi ke Mozambik sebagai misionaris, dan akan tinggal di negara itu sebagai anggota dari Serikat Salesian.

Dalam sebuah pernyataan yang dikeluarkan pada 8 Juni, Uskup Belo menjelaskan: "Setelah dua pertemuan pada 2003 dan 2004 dengan Yang Mulia Kepala Kongregasi bagi Penginjilan, saya menawarkan diri untuk melayani Kerajaan Allah dalam pelayanan misi, di luar Timor Timur, di Mozambik. Lebih tepatnya lagi di Keuskupan Maputo. Pergi dalam sebuah misi adalah impian yang selalu saya simpan sejak masa remaja saya. Selain itu, selama 19 tahun pelayanan saya sebagai uskup di Dili (1983-2002), salah satu pokok yang paling sering saya bicarakan adalah tentang misi dan pentingnya menjadi misionaris. Hari ini waktunya telah tiba untuk menjalankan apa yang saya katakan kepada orang-orang Kristen di Timor Timur."

Pada Juli 2004, Uskup Belo memikul tugas misinya di Maputo, Mozambik.