Jabarkan Masa Pemerintahan Indonesia (1945-sekarang) dari Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan

Pada tahun 1945, Jepang mengalami kekalahan dalam melawan Sekutu. Indonesia mengambil kesempatan itu untuk memproklamasikan kemerdekaannya. Pada tahun itu, gedung Seminari Mertoyudan ditempati oleh Tentara Keamanan Rakyat (TKR). Pada tahun 1946, 49 seminaris yang tersebar di pelbagai tempat dikumpulkan di kompleks Sekolah Guru Ambarawa. Mereka diasuh oleh Romo C. Soetapanitra SJ (imam yang masuk Seminari Kecil tahun 1927). Pada September 1947, Ambarawa menjadi medan palagan (Clash I); karena itu sebagian seminaris dipindahkan ke Ganjuran. Di sana, mereka diasuh oleh Romo J. Darmojuwono Pr. Sebagian yang lain dipindahkan ke Muntilan pada bulan Oktober 1947, dan diasuh oleh Romo Th. van der Putten SJ. Sejak tanggal 21 Juli 1948, para seminaris yang ada di Ganjuran pun dipindahkan ke Muntilan, dan diasuh oleh Romo Th. van der Putten SJ dan Romo R. Sandjaja Pr. Hadirnya karya misi di Muntilan dan kembalinya Seminari ke Muntilan ini menimbulkan perasaan tidak suka pada tentara Hisbullah terhadap pihak Katolik.