Jabarkan Menjadi anggota DPR dari Saifullah Yusuf

Pada Pemilu 1999 ia menjadi anggota DPR dari PDIP. Ia dianggap sebagai lambang aliansi dari Abdurrahman Wahid dan Megawati Soekarnoputri karena Saifullah adalah orang kepercayaan Gus Dur dan ditempatkan di PDIP. Ketika hubungan Gus Dur-Megawati merenggang maka pada tahun 2001, Saifullah mengundurkan diri dari PDIP dan juga DPR serta bergabung dengan PKB.

Pada muktamar PKB tahun 2002, Saifullah terpilih menjadi Sekretaris Jenderal PKB, itu merupakan hasil yang optimal setelah sebelumnya ia bersaing dengan Alwi Shihab memperebutkan posisi ketua umum.