Jabarkan 2006—2008: Honda Racing dari Jenson Button

Di musim 2006, Jenson tampil sedikit lebih baik ketimbang di musim 2005. Kali ini nama tim B.A.R-Honda berubah menjadi Honda Racing F1 Team. Di GP Malaysia, Button berhasil meraih podium ketiga. Namun nasib sial menghinggapinya di Australia, setelah kehilangan posisi podium hanya beberapa meter saja menjelang finis akibat mesin Honda-nya meledak. Padahal sehari sebelumnya, ia sukses meraih posisi pole position.

GP Hungaria, tanggal 13 Agustus 2006, di kualifikasi, Jenson Button harus puas berada di posisi ke-14. Pada hari perlombaan, hujan deras melanda sirkuit Hungaroring. Saat balapan Button sedikit terbantu oleh Kimi Raikkonen yang terlibat insiden kecelakaan dengan Vitantonio Liuzzi, dan Michael Schumacher salah dalam menerapkan strategi pit. Selepas pit pertama, ia berada di belakang Fernando Alonso yang memimpin lomba. Ketika Alonso masuk pit kedua, Button memimpin. Alonso, yang saat pitstop kedua mekanik pemasang baut bannya salah mengencangkan mur, akhirnya harus tersingkir setelah bannya macet karena tidak bisa berputar. Button kemudian dengan santai menjalani pitstop kedua. Dan akhirnya ia pun menang di Hungaroring, setelah tanpa perlawanan berarti dari Pedro de la Rosa dan Nick Heidfeld yang harus puas di posisi kedua dan ketiga. Dengan kemenangan ini, Button mencatatkan diri sebagai pembalap asli Inggris pertama (di luar Skotlandia, Wales, dan Irlandia Utara) yang mampu memenangi lomba setelah kemenangan Johnny Herbert di Nurburgring 1999. Ia juga menyamai prestasi Damon Hill yang juga memenangi balapan pertamanya di Hungaria 1993.

Kemudian di Brasil, di saat Michael Schumacher menjalani balapan F1 terakhirnya, Jenson kembali meraih podium dengan finis di posisi ketiga. Ia pun mendapat konfirmasi bahwa ia akan tetap bertahan di Honda untuk 2007. Posisi Button di klasemen akhir musim 2006 adalah di peringkat keenam dengan 56 poin. Namun catatan luar biasa Button di paruh musim kedua sangatlah mengagumkan. Ia mampu meraih 35 poin dalam sisa enam balapan, saat para pembalap lain tidak bisa menyamai catatan dirinya.

Pada 2007, Jenson kembali harus merasakan tidak kompetitifnya mobil Honda. Di awal musim ia sempat kesulitan mengemudikan mobil karena masih menahan rasa sakit akibat kecelakaan saat mengendarai gokar. Namun, ia masih lebih beruntung dan mampu mencetak poin dibanding rekan setimnya Rubens Barrichello, yang tidak mampu meraih poin sedikitpun sampai akhir musim 2007. Kedatangan Lewis Hamilton yang sensasional di ajang Formula 1 tampaknya juga memberikan efek negatif bagi Button. Banyak fans F1 yang mencemooh dirinya sebagai Jean Alesi atau Olivier Panis baru (baik Alesi dan Panis hanya mampu memenangi satu balapan saja selama kariernya di F1). Di klasemen akhir, Jenson hanya mampu berada di posisi 14 klasemen dengan 6 poin.

Pada musim 2008, Button masih bergabung bersama dengan tim Honda. Nyaris sepanjang musim tersebut, ia kalah prestasi dibanding Rubens Barrichello yang berhasil meraup satu podium di GP Inggris. Sampai musim 2008 berakhir, Button hanya mampu berada di P18 klasemen dengan raihan 3 poin. Musibah lain kemudian datang ke hadapan Button, sebab pada pertengahan Desember 2008 secara mengejutkan tim Honda memutuskan mundur dari ajang F1 akibat imbas dari krisis global. Ia lantas sempat terombang-ambing posisinya di F1, sampai akhirnya datang penyelamat, yaitu Ross Brawn yang memutuskan akan mengambil alih aset tim Honda pada tanggal 6 Maret 2009.