Jabarkan Ekosistem dari Pulau Weh

Selama tahun 1997-1999, Conservation International melakukan survei terhadap terumbu karang di wilayah tersebut. Menurut survei, keanekaragaman terumbu relatif sedikit, tetapi keanekaragaman spesies ikan sangat besar. Beberapa spesies ditemukan selama survey termasuk di antaranya Pogonoperca ocellata, Chaetodon gardneri, Chaetodon xanthocephalus, Centropyge flavipectoralis, Genicanthus caudovittatus, Halichoeres cosmetus, Stethojulis albovittatus, Scarus enneacanthus, Scarus scaber dan Zebrasoma desjardinii.

Pada 13 Maret 2004, spesimen langka dan tidak biasa dari spesies hiu bermulut besar, terdampar di pantai Gapang. Hiu bermulut besar memiliki mulut besar yang khas, hidung yang sangat pendek dan lebar. Spesimen tersebut merupakan penemuan yang ke-21 (beberapa mengatakan ke-23) dari spesiesnya sejak penemuannya pada tahun 1976. Hiu jantan yang berukuran panjang 1,7 meter (5,58 kaki) dan memiliki berat 13,82 kg (30,5 pon) yang membeku dikirim ke Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) untuk penelitian lebih lanjut. Sampai tahun 2006, hanya terdapat 36 penemuan hiu bermulut besar di Samudra Pasifik, Hindia, dan Atlantik.

Gempa bumi dan tsunami tahun 2004 memengaruhi ekosistem di pulau tersebut. Di desa Iboih, petak tanaman bakau yang besar hancur. Puing dari daratan ditumpuk di karang-karang sekitarnya sebagai akibat tsunami. Pada tahun 2005, sekitar 14.400 bibit bakau ditanam kembali untuk menyelamatkan hutan bakau tersebut.

Selain daripada ekosistem bawah laut, pulau Weh merupakan satu-satunya habitat dari spesies katak yang terancam, bernama Bufo valhallae (genus "Bufo"). Spesies ini hanya dapat diketahui dari ilustrasi dari pulau ini. Karena penggundulan hutan di pulau Weh, jumlah populasi dari spesies tersebut tidak dapat dipastikan.