Jabarkan Lituania dari Chiune Sugihara

Pada 1939 ia menjadi wakil konsul pada Konsulat Jepang di Kaunas, Lituania (saat itu disebut Kovno

(bahasa Yiddish: קובנה, bahasa Polandia: Kowno). Tugas-tugasnya yang lain adalah melaporkan gerak-gerik pasukan-pasukan Soviet dan Jerman.

Menurut Dr. Ewa Palasz-Rutkowska, Sugihara tentu akan bekerja sama dengan intelijen Polandia, sebagai bagian dari kerja sama Jepang-Polandia yang lebih besar.

Setelah Pakta Molotov-Ribbentrop diikuti Invasi Polandia oleh Jerman pada 1 September 1939, dan pengambilalihan Lituania oleh Uni Soviet pada tahun 1940, banyak pengungsi Yahudi dari Polandia dan Lituania yang berusaha mendapatkan visa keluar. Tanpa visa itu, perjalanan akan berbahaya dan mereka tidak mungkin menemukan negara yang bersedia mengeluarkannya. Ratusan pengungsi datang ke konsulat Jepang di Kaunas, berusaha mendapatkan visa ke Jepang. Konsul Belanda Jan Zwartendijk telah memberikan kepada mereka izin perjalanan resmi ke negara tujuan ketiga yakni Curaçao, sebuah pulau Karibia dan koloni Belanda yang tidak membutuhkan visa masuk, atau ke Guyana Belanda (setelah kemerdekaan, Guyana Belanda berganti nama menjadi Suriname). Pada saat itu, pemerintah Jepang menganut kebijakan resmi netral terhadap orang-orang Yahudi, namun menuntut bahwa visa hanya dikeluarkan bagi mereka yang telah melalui prosedur-prosedur imigrasi yang semestinya dan mempunyai cukup dana. Kebanyakan para pengungsi itu tidak memenuhi kriteria-kriteria ini. Sugihara dengan taat menghubungi Kementerian Luar Negeri Jepang hingga tiga kali untuk meminta petunjuk. Setiap kali, Kementerian menjawab bahwa siapapun yang memperoleh visa Jepang harus memiliki visa ke negara tujuan ketiga untuk keluar dari Jepang, tanpa kecuali.

Dari tanggal 31 Juli hingga 28 Agustus 1940, Sugihara mulai mengeluarkan visa atas inisiatifnya pribadi, setelah berkonsultasi dengan istrinya. Berulang kali ia mengabaikan persyaratan-persyaratan memperoleh visa Jepang. Walaupun jelas-jelas melanggar perintah yang diberikan atasannya, Sugihara mengeluarkan visa transit 10 hari melalui Jepang untuk orang-orang Yahudi. Dengan jabatannya dan budaya dalam Kementerian Luar Negeri Jepang, tindakan Sugihara mengeluarkan visa atas inisiatif pribadi adalah tindakan luar biasa dan tidak pernah terjadi sebelumnya. Ia membujuk para pejabat Soviet yang setuju untuk mengizinkan orang-orang Yahudi bepergian melalui negara itu via Jalur kereta api Trans-Siberia dengan membayar lima kali harga tiket biasa.

Sugihara terus menulisi visa dengan tangannya sendiri (konon hingga 18-20 jam per hari, hingga jumlah visa yang diterbitkan setiap hari sama dengan jumlah rata-rata visa yang dikeluarkan dalam sebulan) hingga 4 September 1940, ketika ia harus meninggalkan posnya sebelum konsulat Jepang ditutup. Pada saat itu ia telah mengeluarkan ribuan visa kepada orang-orang Yahudi, banyak di antaranya adalah kepala keluarga yang dapat membawa serta keluarga-keluarga mereka. Menurut para saksi, ia masih mengeluarkan visa sementara ia transit di hotel dan setelah menumpang kereta api, melemparkan visa-visa itu kepada kumpulan pengungsi yang putus asa menantikan di luar jendela kereta bahkan sementara kereta mulai berangkat.

Jumlah keseluruhan visanya diperdebatkan, antara 2.139 hingga 10.000. Kemungkinan besar jumlahnya lebih rendah, meskipun visa keluarga memungkinkan beberapa orang bepergian dengan menggunakan satu visa saja, juga diterbitkan, sehingga jauh lebih banyak orang yang berhasil memanfaatkannya. Pihak intelijen Polandia menerbitkan sejumlah visa palsu.

Banyak pengungsi yang menggunakan visa mereka untuk pergi melintasi Uni Soviet ke Vladivostok dan kemudian menumpang kapal ke Kobe, Jepang; di sana ada sebuah komunitas Yahudi Rusia. Dari sana, 1.000 orang pergi ke tujuan lain seperti Amerika Serikat dan Mandat Britania atas Palestina. Sisa dari mereka yang bertahan karena visa Sugihara/Zwartendijk tinggal di Jepang hingga mereka dideportasi ke Shanghai yang dikuasai Jepang; di kota ini pun sudah ada sebuah komunitas Yahudi yang besar. Sebuah kelompok yang terdiri atas 30 orang yang semuanya bernama "Jakub Goldberg" tiba suatu hari di Tsuruga dan dikirim ke kota Nakhodka di Rusia. Kebanyakan dari sekitar 20.000 orang Yahudi lolos dari Holocaust di ghetto Shanghai hingga Jepang menyerah pada 1945.

Meskipun Jerman menekan pemerintah Jepang agar menyerahkan atau membunuh para pengungsi Yahudi itu, pemerintah Jepang melindungi kelompok itu. Dalam buku berjudul The Fugu Plan (sebuah buku tentang Rencana Fugu tahun 1930-an), Rabi Marvin Tokayer mengajukan sebuah hipotesis: itu adalah perwujudan rasa terima kasih atas pinjaman sebesar AS$196 juta yang diberikan oleh seorang bankir Yahudi dari New York, Jacob Schiff, kepada Jepang; dana itu menolong mereka menang dalam Perang Rusia-Jepang 1905. Sebuah hipotesis yang lebih luas, yang juga menjelaskan motivasi rencana tahun 1930-an itu, berkaitan dengan anggapan tentang kekuatan ekonomi orang-orang Yahudi (sebagian merupakan penafsiran yang dikembangkan para pemimpin Jepang yang telah membaca pamflet-pamflet antisemitisme yang menyebut orang Yahudi sangat kaya dan mempunyai kekuasaan besar) yang dianggap positif oleh Kekaisaran Jepang. Akhirnya, para pemimpin Yahudi menunjukkan bahwa gagasan ideal Nazi tidak mengikutsertakan "bangsa kuning", dan menegaskan bahwa seperti halnya bangsa Jepang, orang-orang Yahudi juga berasal dari Asia.