Jabarkan Tuduhan dari José María Sison

Bekas Senator Jovito Salonga menuduh Sison sebagai otak Pengeboman Plaza Miranda pada waktu Konvesi Partai Liberal untuk memaksa Marcos menunda habeas corpus dan menandatangani Proklamasi No. 1081 yang mengawali kehadiran Undang-undang DArurat di Filipina. Tuduhan ini telah diverifikasi oleh bekas anggota CPP seperti Víctor Corpus, Alex Magno dan lainnya.

Ia juga dituduh sebagai otak dari pembersihan intern berdarah terhadap rekan-rekan sesama anggota CPP/NPA yang dicurigai sebagai agen-agen militer yang menyusup pada tahun 1980-an dan 1990-an. Pembersihan in menyebabkan matinya ribuan orang. Bukti-bukti pembersihan berdarah ini mulai bermunculan dengan ditemukannya kuburan massal di Provinsi Quezon, Laguna, dan di sejumlah wilayah Mindanao. Bekas anggota CPP/NPA, Robert Francis Garcia menulis sebuah catatan yang mengganggu tentang pembunuhan liar dalam gerakan komunis itu dalam bukunya yang banyak dipuji, To Suffer Thy Comrade.

Ia dilaporkan sebagai otak di balik pembunuhan terhadap lawan-lawan ideologisnya seperti Popoy Lagman, Romulo Kintanar, Hector Mabilangan dan sejumlah bekas anggota CPP yang dipandang Sison sebagai ancaman terhadap dominasinya di lingkungan gerakan komunis dan kelompok-kelompok yang sealiran di Filipina seperti Bayan Muna, Gabriela, dan Kilusang Mayo Uno (Gerakan 1 Mei).