Jabarkan Penghargaan dari Johannes Leimena

Ia mendapatkan tanda kehormatan, diantaranya;

Grand Cross of the Order of the Condor of the Andes

Grand Cross of the National Order of Merit

Commander of the Order of Sikatuna, Rank of Lakan (CS)

Order of 23 August 2nd Class

Order of the Yugoslav Flag with Sash

Menurut Soekarno dan Mohammad Roem, Leimena merupakan seorang politisi yang jujur dan diplomat yang berbakat. Menurut Sutan Sjahrir, hubungan antara Leimena dan Soekarno berjalan dengan Leimena menyampaikan pikirannya "secara tulus kepada Bung Karno, tetapi dia tak akan pernah melepaskan Bung Karno sendirian." Ia dianggap sebagai tokoh senior oleh sejawatnya, sehingga ia tidak dijuluki "Bung" sebagaimana biasa, tetapi lebih umum dijuluki "Om Jo".

Pada tahun 2010, 33 tahun setelah wafat, Leimena dianugerahi gelar Pahlawan Nasional Indonesia oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Di Ambon, RSUP Johannes Leimena mengambil namanya. Di Universitas Pattimura, terdapat patung Leimena yang diresmikan tahun 2012. Institut Leimena milik Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia diresmikan pada tahun 2004, dan sebelumnya dikenal sebagai Akademi Leimena sejak tahun 1984.