Jabarkan Aktivitas dari Ja'far Umar Thalib

Ja'far bergabung dengan Mujahidin di Afghanistan selama perang melawan Uni Soviet pada tahun 1987. Dia berjuang dan belajar selama dua tahun di bawah bimbingan Jamaah al Dawa al Quran Syekh Jamilurrahman di provinsi Kunar, dekat perbatasan Pakistan. Ja'far bertemu Osama bin Laden pada tahun 1987 di Peshawar, di perbatasan antara Pakistan dan Afghanistan. Meskipun Jafar mengikuti aliran pemikiran Salafi radikal, ia menentang dirinya sendiri dari Osama Bin Laden dan dengan kuat meninggalkan kekerasan dan ideologi terorisme Osama. Dia lebih jauh mengatakan bahwa Al-Qaeda adalah organisasi teroris dengan ideologi Khawarij.

Pada Januari 1990, Ja'far menyatakan bahwa ia sepenuhnya telah beralih kepada manhaj Salafi dan menanggalkan pemahaman lamanya yang ia anggap menyimpang.

Jafar kembali ke Indonesia sekitar tahun 1989 dan kemudian mengajar di Perguruan Al-Irsyad Al-Islamiyah sekolah asrama di Salatiga yang dijalankan oleh Yusuf Usman Ba'isa sebelum berangkat ke Yaman. Sekembalinya dari Yaman pada tahun 1993 dengan bantuan beberapa pengikut Salafi, ia kemudian mendirikan sebuah pondok pesantren yang bernama Ihya Sunnah ("Menghidupkan Sunnah Nabi") di Dusun Degolan, Sleman, Yogyakarta di tanah Wakaf yang diwakafkan oleh keponakan petinggi TNI pada saat itu.

Pada tahun 1999, ia mendirikan Forum Komunikasi Ahlussunnah Wal Jama'ah (FKAWJ), sebuah kelompok yang dimaksudkan untuk mendorong reformasi politik. Secara khusus, tujuannya adalah untuk mengecam kampanye calon presiden perempuan, karena menurut interpretasi mereka, hukum syariah secara tegas melarang perempuan untuk memiliki wewenang.

Dia menyatakan pembentukan Laskar Jihad sebagai kelompok paramiliter FKAWJ pada 30 Januari 2000 sebagai upaya untuk membela dan melindungi Muslim Maluku dari kekerasan oleh umat Kristen di Maluku selama konflik sektarian Maluku. Kelompok ini memulai perekrutan anggota yang ingin melakukan jihad di Ambon. Meskipun Jihad adalah salah satu prinsip terpenting kelompok itu, itu tidak pernah dimaksudkan untuk menjadi agresor perang. Ini membatasi jihad pada tindakan defensif untuk melindungi Muslim dari serangan Kristen. Itu bukan juga untuk mengurangi pemberontakan terhadap pemerintah yang sah.

Menanggapi serangan 11 September, dia mengatakan:

Pada tahun 2001 kepolisian menangkapnya karena diduga memimpin pengadilan syariah sementara yang memerintahkan seorang pemerkosa dilempari batu sampai mati, yang ilegal menurut hukum Indonesia. Dia diduga memimpin eksekusi itu sendiri, meskipun dia tidak pernah dituntut atas tindakannya. Kemudian, POLRI menuduh Ja'far menebar kebencian terhadap orang-orang Kristen, khususnya di Ambon, di mana sekitar selusin pria bertopeng dengan senjata, granat dan belati menyerang desa Soya dekat Ambon, membakar sekitar 30 rumah dan sebuah gereja dan menewaskan sedikitnya 12 orang Kristen, di mana Ja'far membantah Laskar Jihad terlibat.

Mantan Wapres Hamzah Haz pernah menjenguk Ja'far ketika ia mendekam di sel pada awal tahun 2002.

Jafar ditangkap pada 4 Mei 2002 di Surabaya saat ia dalam perjalanan dari Ambon. Pada Oktober 2002, Laskar Jihad Ahlussunnah wal Jamaah resmi dibubarkan oleh staf dan dewan pembina FKAWJ (Forum Komunikasi Ahlussunnah wal Jama'ah), setelah rapat maraton sejak tanggal 3—7 Oktober 2002. Ja'far Umar Thalib tidak setuju, karena masih berurusan dengan Pengadilan Negeri Jakarta Timur untuk kasus makar, menghasut, dan menghina Presiden Megawati Sukarnoputri. Namun, Ja'far terpaksa mengumumkan pembubarannya ketika dikonfirmasi wartawan beberapa saat setelah terjadinya peristiwa bom Bali I, yakni tanggal 16 Oktober 2002. Ja'far tampaknya masih memerlukan pasukan untuk melakukan demonstrasi sehingga bisa menekan pemerintah, dalam hal ini Pengadilan Negeri Jakarta Timur, agar tidak memberatkan hukumannya. Kendati demikian ternyata dengan bubarnya Laskar Jihad, Ja'far Umar Thalib justru divonis bebas. Menurut majelis hakim, Ja'far tidak terbukti menghina Presiden Presiden Megawati Sukarnoputri, menghasut massa, dan mengobarkan rasa permusuhan dalam ceramahnya Masjid Al-Fatah Ambon, Maluku, 26 April 2002. Sehingga tanggal 30 Januari 2003 adalah hari kebebasannya.

Pada 28 Februari 2019, Direktorat Reserse Kriminal Umum (Ditreskrimum) Polda Papua, resmi menetapkan Ja'far dan enam orang anggotanya, sebagai tersangka atas kasus pengancaman dan perusakan rumah warga, yang terjadi pada 27 Februari 2019, dikawasan Koya Barat, Distrik Muara Tami, Kota Jayapura, Papua.

Ja'far Umar Thalib kemudian dikenakan pasal berlapis, yakni Pasal 170 ayat (2) KUHP dan Undang-undang Darurat No. 12 Tahun 1951 Pasal 2 ayat (1).