Jabarkan Scuderia Ferrari dari Jean Todt

1 Juli 1993, dengan pengaruh Bernie Ecclestone, akhirnya Todt berlabuh ke tim Scuderia Ferrari yang saat itu sedang terpuruk. Pindahnya Todt ke Ferrari disebabkan karena lobinya agar Peugeot masuk F1 sebagai konstruktor penuh ditolak. Peugeot lebih memilih untuk menjadi pemasok mesin saja di F1.

Sukses pertama Todt di Ferrari adalah saat Gerhard Berger menjuarai GP Jerman 1994. Tahun 1996 Todt secara mengejutkan menarik Michael Schumacher dan Eddie Irvine sebagai pembalap Ferrari menggantikan Berger dan Jean Alesi. Kemudian di musim 1997 Todt menarik Ross Brawn dan Rory Byrne sebagai pimpinan teknik dan desain tim.

Sukses Todt di Ferrari mencapai puncak saat Schumi berhasil menjadi juara dunia F1 di musim 2000, dan kemudian berlanjut hingga 2004. Walaupun dalam beberapa kesempatan, Todt juga sering dikritik media karena tindakannya yang terlalu sembrono, seperti saat team order di GP Austria 2002.

Musim 2005, Todt membawa masuk putranya, Nicolas Todt untuk berkiprah sebagai manajer pembalap. Pembalap yang dimanajeri Todt junior adalah Felipe Massa dan Sebastien Bourdais. Akhir 2006, Todt kembali membuat kejutan saat berhasil menarik Kimi Raikkonen ke tim Ferrari. Sebenarnya Raikkonen telah lama diincar Ferrari, tepatnya sejak 2001. Tetapi karena pengaruh besar Schumi, Todt tidak kuasa menahannya.

Awal 2007, Todt memutuskan untuk mundur sebagai Team Principal Ferrari. Posisinya digantikan oleh Stefano Domenicalli. Meski begitu, Todt masih tetap dipertahankan oleh Luca Montezemolo dengan mengangkatnya sebagai Team Director Ferrari untuk road car, dan masih bertahan hingga akhir 2008 saat Todt terpilih menjadi Presiden FIA.