Jabarkan Tersandung Kasus korupsi dari Nazaruddin Sjamsuddin

Meski Pemilihan Umum 2004 dinilai sukses di kalangan internasional, para anggotanya yang kebanyakan berasal dari kalangan akademisi, banyak terseret pada kasus korupsi, yang salah satunya menimpa Nazaruddin Sjamsuddin. Pada 20 Mei 2005, Nazaruddin ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus dugaan korupsi di KPU. Oleh Pengadilan Tindak Pidana Korupsi, ia dituntut hukuman penjara selama delapan tahun enam bulan, membayar denda sebesar Rp 450 juta, serta mengganti uang negara sebesar Rp 14,193 miliar. Pada 14 Desember 2005 Pengadilan Tindak Pidana Korupsi lalu menjatuhinya hukuman penjara selama tujuh tahun pada 14 Desember 2005. Ia juga diharuskan membayar denda sebesar Rp 300 juta dan membayar uang pengganti Rp 5,03 miliar secara tanggung renteng dengan Hamdani Amin, Kepala Biro Keuangan KPU karena dianggap merugikan negara dalam kasus pengadaan asuransi kecelakaan diri yang dibayarkan untuk para pekerja pemilu.

Pada 8 Februari 2006, para pengacara Nazaruddin melaporkan Majelis Hakim kepada Komisi Yudisial. Para pengacara tersebut mengatakan bahwa dalam memutus perkara, Majelis Hakim telah melanggar Kode Etik Perilaku Hakim. Antara lain disebutkan bahwa Majelis Hakim telah menyalahi ketentuan KUHAP (Kitab Undang-undang Hukum Acara Pidana) serta Undang-Undang No. 31 tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Undang-Undang No. 20 Tahun 2001 tentang perubahan atas Undang-Undang No. 31 tahun 1999 dan KUHP. Laporan tersebut sampai kini (2011) tidak pernah mendapat tanggapan dari Komisi Yudisial. Nazaruddin bebas bersyarat pada Maret 2008.