Jabarkan Permulaan konflik dari Filioque

Klausa Filioque tiba-tiba menjadi pokok bahasan utama dalam kontroversi seputar Photius dari Konstantinopel. Pada tahun 858, Patriark Ignatius dari Konstantinopel tidak disukai Kaisar Byzantium Mikhael III dan dilengserkan dari kedudukannya. Dia digantikan dengan seorang awam bernama Photius, seorang sarjana ulung, sekretaris kekaisaran, dan duta besar Byzantium untuk Baghdad. Ignatius dibuang ke Terebinthos dan dipaksa menanggalkan jabatannya. Kelak Photius bahkan menggelar sebuah sinode yang menyatakan bahwa jabatan Ignatius sebagai patriark itu invalid. Baik Photius maupun Kaisar Mikhael serta para pendukung Ignatius naik banding kepada Paus Nikolas, yang dengan segera memecat dan mengekskomunikasi Photius serta mengakui Ignatius sebagai patriark yang sah pada tahun 863.

Photius, dengan dukungan Kaisar Mikhael, menolak keputusan Paus. Untuk menarik keberpihakan Gereja-Gereja Timur, dia mengeluarkan Ensiklik kepada Para Patriark Timur yang mengutuk Gereja Latin karena perbedaan-perbedaan adat-kebiasaan, dan terutama karena klausa Filioque, yang dinilainya bidaah. Klausa Filioque menjadi unsur terpenting, karena mengalihkan isu dari yurisdiksi dan adat-kebiasaan ke salah satu dogma. Pada tahun 867, dia menghimpun sebuah sinode yang mengekskomunikasi Paus Nikolas dan mengutuk "kesesatan" Gereja Latin.

Tindakan Photius sangat memengaruhi relasi antara Gereja Timur dan Gereja Barat, karena dialah teolog pertama yang mengangkat klausa Filioque menjadi sebuah isu perdebatan dan menunding Roma sebagai bidaan dalam permasalahan tersebut. Alur kritikan ini selanjutnya makin bergaung dan menjadikan rekonsiliasi antara Timur dan Barat sulit dicapai. Photius diakui sebagai seorang santo oleh Gereja Ortodoks Yunani.