Jabarkan Akhir hayat dari Origenes

Antara tahun 238 dan 244, Origenes berkunjung ke Athena, tempatnya merampungkan Ulasan Kitab Nabi Yehezhiel dan mulai menulis Ulasan Kidung Agung. Seusai kunjungannya ke Athena, ia mengunjungi Ambrosius di Nikomedia. Menurut Porfirius, Origenes juga berkunjung ke Roma atau Antiokhia, tempat ia berjumpa dengan Plotinus, tokoh pendiri filsafat Neoplato. Umat Kristen di kawasan sekitar Laut Tengah masih menghormati Origenes sebagai sosok yang paling ortodoks di antara semua teolog, dan manakala para waligereja Palestina mendengar kabar bahwa Berilus, Uskup Busra sekaligus salah seorang pemuka umat Kristen yang paling berapi-api kala itu, telah menyebarkan ajaran adopsionisme, yakni keyakinan bahwa Yesus terlahir menjadi manusia biasa yang baru menjadi ilahi sesudah peristiwa pembaptisannya, mereka pun mengutus Origenes untuk menginsyafkannya. Origenes menghadapi Berilus dalam suatu acara debat yang digelar di muka umum, dan berhasil mengungguli Berilus sampai-sampai Uskup Busra ini berjanji untuk seterusnya hanya mengajarkan pandangan teologi Origenes. Pernah pula seorang pemuka umat Kristen di Arab bernama Herakleides mengajarkan bahwa jiwa manusia tidaklah baka, dan turut binasa bersama jasadnya. Origenes menyanggah ajaran ini dengan menegaskan bahwa jiwa manusia bersifat baka dan tidak dapat binasa.

Sekitar tahun 249, Wabah Siprianus berjangkit di mana-mana. Karena yakin bahwa wabah ini muncul akibat keengganan umat Kristen mengakui ketuhanan dirinya,  Kaisar Decius pun mengeluarkan maklumat berisi perintah aniaya terhadap umat Kristen pada tahun 250. Kali ini Origenes tidak melarikan diri. Eusebius meriwayatkan betapa Origenes "menanggung siksa dan derita badani dengan kungkung besi pada lehernya di dalam penjara bawah tanah, dan dengan kedua kaki terpasung selama berhari-hari". Wali Kota Kaisarea mewanti-wanti agar Origenes tidak dibunuh sebelum dapat dipaksa mengaku murtad di muka umum. Origen dipenjarakan dan disiksa selama dua tahun, tetapi menolak murtad. Pada tahun 252, Kaisar Decius mangkat dibunuh dan Origenes pun dibebaskan dari penjara. Kendati demikian, kesehatannya telanjur memburuk akibat siksa badani yang ditanggungnya, dan akhirnya menghembuskan nafas terakhir pada umur enam puluh sembilan tahun, kurang dari setahun sesudah dibebaskan. Menurut salah satu legenda yang baru muncul belakangan dan diriwayatkan kembali oleh Hieronimus serta banyak penyusun buku panduan perjalanan, Origenes wafat dan dikuburkan di kota Tirus, tetapi legenda ini tidak begitu dapat dipercaya.