Jabarkan 200 M–1500 M dari Papua

Pada sekitar tahun 200 M, ahli geografi bernama Klaudius Ptolemaeus (Ptolamy) menyebut pulau Papua dengan nama Labadios. Sampai saat ini tak ada yang tahu, kenapa pulau Papua diberi nama Labadios. Sekitar akhir tahun 500 M, oleh bangsa Tiongkok diberi nama Tungki. Hal ini dapat diketahui setelah mereka menemukan sebuah catatan harian seorang pedagang Tiongkok, Ghau Yu Kuan yang menggambarkan bahwa asal rempah-rempah yang mereka peroleh berasal dari Tungki, nama yang digunakan oleh para pedagang Tiongkok saat itu untuk Papua.

Selanjutnya, pada akhir tahun 600 M, Kerajaan Sriwijaya menyebut nama Papua dengan menggunakan nama Janggi. Dalam buku Kertagama 1365 yang dikarang Pujangga Mpu Prapanca “Tungki” atau “Janggi” sesungguhnya adalah salah eja diperoleh dari pihak ketiga yaitu Pedagang Tiongkok Chun Tjok Kwan yang dalam perjalanan dagangnya sempat menyinggahi beberapa tempat di Tidore dan Papua.

Di awal tahun 700 M, pedagang Persia dan Gujarat mulai berdatangan ke Papua, juga termasuk pedagang dari India. Tujuan mereka untuk mencari rempah-rempah di wilayah ini setelah melihat kesuksesan pedangang asal China. Para pedagang ini sebut nama Papua dengan Dwi Panta dan Samudranta, yang artinya Ujung Samudra dan Ujung Lautan.

Pada akhir tahun 1300 M, Kerajaan Majapahit menggunakan dua nama, yakni "Wanin" dan "Sran". Nama Wanin, tentu tidak lain dari semenanjung Onin di daerah Fak-Fak, digunakan dalam beberapa nyanyian dan puisi bahasa lama di Kampung Wersar dan sekitarnya. Sedangkan "Sran" bisa mengacu pada Pulau Seram di Maluku, maupun mengacu kepada kerajaan Sran Eman Muun, kontemporer kerajaan Majapahit. Ada kemungkinan, budak yang dibawa dan dipersembahkan kepada Majapahit berasal dari Onin dan yang membawanya ke sana adalah orang Seram dari Maluku, sehingga dua nama ini disebut.

Pada abad ke-14, kepulauan Papua dikuasai oleh Kerajaan Tidore bermula dari ekspedisi Raja Tidore Ibnu Mansur dengan Gurabesi, Kapitan asal Biak, dan baru pada abad ke-16, Kesultanan Ternate dan Kesultanan Tidore memiliki wilayah dari Sulawesi dan Papua. Nama Papua sendiri berasal dari kata Papo-Ua, yaitu penamaannya oleh Kerajaan Tidore, di mana dalam bahasa Tidore, itu berarti tidak bergabung atau tidak bersatu, yang artinya di pulau ini tidak ada raja yang memerintah. Kerajaan Ternate, memiliki wilayah sebelah Barat; pesisir Timur Sulawesi, termasuk Sule dan Kepulauan Banggai, Seram Barat (jazirah Hoamal) dan Kepulauan Ambon. Sedangkan Kerajaan Tidore menguasai bagian Timur, dari Kepulauan Raja Ampat hingga perbatasan Papua dengan Papua Nugini sekarang. Peranan kedua kerajaan besar ini mulai menurun dikarenakan mulai masuknya para pedagang dari Eropa ke Nusantara yang menjadikan awal kolonialismenya. Tidore mengorganisir wilayahnya tersebut menjadi, Korano Ngaruha artinya Kepulauan Raja Ampat, Papo Ua Gamsio ( Papo Ua sembilan negeri) dan Mafor Soa Raha ( Mafor Empat Soa ).