Jabarkan 1599 dari Sejarah Nusantara (1509–1602)

Ekspedisi Belanda di bawah Van Neck tiba di Maluku, mulai melakukan perdagangan yang sukses di Banda, Ambon dan Ternate.

Juni terbunuh De Houtman dalam konflik dengan Sultan Aceh.

Gereja-gereja Belanda mulai menyerukan pekerjaan misi di Hindia Belanda.

Ekspedisi Van Noort menyerang Spanyol di Guam.

Portugis membangun sebuah pos perdagangan di Jepara, yang kini telah menjadi objek wisata yang dikenal dengan nama Benteng Portugis.

Tiga orang ulama Minangkabau, Abdul Makmur (Dato ri Bandang), Sulaiman (Dato Patimang), dan Abdul Jawad (Dato ri Tiro) menyebarkan Islam di Kerajaan Gowa-Tallo(Makassar).

September Admiral Belanda Van den Haghen mengadakan aliansi dengan Hitu dalam menghadapi Portugis di Ambon.

31 Desember, Elizabeth I dari Britania mengesahkan didirikannya Perusahaan Hindia Timur Britania.