Jabarkan Janji Sepasang Merpati (2000–01) dari Yuni Shara

Album berikutnya dirilis tahun 2000 dengan judul Janji Sepasang Merpati.

Pada tahun 2001, Yuni meluncurkan album Ost. Meteor Garden yang menghadirkan versi Indonesia dari lagu “Ni Yao Te Ai”, yakni lagu “Cinta yang Kumau”. Album ini dirilis bertepatan dengan demam serial Meteor Garden yang dibintangi F4 yang kala itu tengah melanda Indonesia.

Isi Hati & Belaian Sayang (2002–04)

Pada tahun berikutnya, Yuni menelurkan album pop terbaru bertitel Isi Hati, disusul tahun 2004, album Belaian Sayang yang menjagokan lagu lama milik Bing Slamet, "Belaian Sayang".

35 & grup vokal 5 Wanita (2007–08)

Setelah lima tahun vakum, Yuni mengeluarkan album 35 yang dirilis bersamaan dengan sebuah buku tentang dirinya, 35 Cangkir Kopi Yuni Shara pada ulang tahun Yuni yang ke-35, tanggal 3 Juni 2007. Buku itu ditulis oleh Tamara Geraldine yang berkolaborasi dengan Darwis Triadi. Di antara 9 lagu yang diusung Yuni, hanya terdapat satu lagu baru, yang berjudul "Sepi". Lagu tersebut diciptakan musisi Melly Goeslaw.

Bersama dengan Rieka Roeslan, Nina Tamam, Andien, dan Iga Mawarni, ia membentuk kelompok vokal beranggotakan 5 orang dengan nama 5 Wanita.

Lagu-Lagu Hits Karya Is Haryanto & James F. Sundah dan Jalan Terbaik (2009–11)

Dua tahun berikutnya Yuni mengeluarkan album recycle terbaru berjudul Lagu-Lagu Hits Karya Is Haryanto & James F. Sundah. Sesuai judulnya, album ini memuat lagu-lagu terbaik karya musisi Is Haryanto dan James F. Sundah.

Pada tahun yang sama, Yuni menelurkan album terbaru, yang merupakan album terakhirnya sejauh ini, yakni Jalan Terbaik.

Berkarier bersama Krisdayanti & Iis Dahlia (2011)

Pada tahun 2011, Yuni bersama adiknya, Krisdayanti serta Iis Dahlia membentuk grup yang tidak dinamai dan merilis single recycle “Nurlela” yang dulu dipopulerkan oleh Rumpies.

Album Tuhan Jagakan Dia (2014)

Pada tahun 2014, Yuni kembali mengeluarkan album Tuhan Jagakan Dia, dengan lagu andalan berjudul sama.