Jabarkan Milošević menutupnya dengan mengatakan: dari Slobodan Milošević

"Biarlah kenangan heroisme Kosovo hidup selama-lamanya! Hidup Serbia! Hidup Yugoslavia! Hidup perdamaian dan persaudaraan antara semua bangsa!"

Slobodan Milošević mula-mula terpilih sebagai Presiden Serbia oleh Dewan Nasional pada 1989.

Pada Kongres ke-14 Liga Komunis Yugoslavia pada Januari 1990, delegasi Serbia yang dipimpin oleh Milošević mendesak agar Konstitusi 1974 dikembalikan – yang mengandung kebijakan yang memberikan kekuasaan kepada republik-republik Yugoslavia – ketimbang memperkenalkan kebijakan "satu orang, satu suara ", yang akan memberdayakan penduduk mayoritas, orang-orang Serbia. Hal ini menyebabkan delegasi Slovenia dan Kroasia (yang masing-masing dipimpin oleh Milan Kučan dan Ivica Račan) meninggalkan Kongres sebagai protes dan menandai memuncaknya perpecahan dalam partai yang berkuasa di Yugoslavia.

Milošević memimpin transformasi Liga Komunis Serbia menjadi Partai Sosialis Serbia (Juli 1990) dan diterimanya sebuah Konstitusi Serbia yang baru (September 1990) yang memungkinkan diadakannya pemilu langsung dengan presiden yang memiliki kekuasaan yang lebih besar. Milošević kemudian terpilih kembali sebagai presiden dari Republik Serbia dalam pemilu langsung Desember 1990 dan Desember 1992.

Dalam pemilu parlementer pertama yang bebas pada Desember 1990, Partai Sosialis Milošević memenangkan 80,5% suara. Etnis Albania di Kosovo pada umumnya membokot pemilu itu, dan praktis melenyapkan oposisi yang paling sedikitpun yang dihadapi Milošević sebelumnya. Milošević sendiri memenangkan pemilu kepresidenan dengan persentase suara yang jauh lebih besar lagi.

Naiknya Milošević ke panggung kekuasaan terjadi di tengah-tengah berkembangnya nasionalisme di semua republik bekas Yugoslavia setelah runtuhnya pemerintah komunis di seluruh Eropa timur. Yang perlu dicatat, orang-orang Slovenia memilih sebuah pemerintahan nasionalis di bawah Milan Kučan, dan orang-orang Kroasia melakukan hal yang sama dengan Franjo Tuđman. Kaum politikus Bosnia juga berorientasi nasionalis.

Yugoslavia yang sosialis pada waktu itu diperintah oleh sebuah Kepresidenan dengan delapan orang anggota dan empat di antaranya cenderung mendukung gagasan-gagasan Slobodan Milošević (seperti misalnya pengumuman undang-undang darurat), sementara empat lainnya cenderung menentang. Karena keputusan-keputusan penting pada akhirnya macet, kepala negara pun tidak berfungsi.

Pada Juni 1991, Slovenia dan Kroasia memisahkan diri dari federasi, diikuti oleh republik Makedonia (September 1991) dan Bosnia dan Herzegovina (Maret 1992). Minoritas Serbia yang besar di Kroasia (580.000) dan Bosnia (1,36 juta) menuntut untuk tinggal di Yugoslavia berdasarkan hak untuk memutuskan nasib sendiri yang diklaim oleh tetangga-tetangga Kroasia dan Muslim (Bosnyak) mereka.

Orang-orang Serbia di Kroasia mulai mengorganisasi otonomi mereka sendiri sejak pertengahan 1990, dan mereka didukung dalam hal ini oleh pemerintah Yugoslavia. Sepanjang 1991 dan awal 1992, bersama-sama dengan Tentara Rakyat Yugoslavia, mereka terlibat dalam perang melawan pemerintah Kroasia. Pemimpin Serbia pertama di Kroasia, Milan Babić, telah menyatakan bahwa Milošević bertanggung jawab untuk semua ini, sementara penggantinya Goran Hadžić secara terbuka membanggakan dirinya bahwa dia adalah "perpanjangan tangan Slobodan Milošević".

Pada 1992, hal serupa terjadi di Bosnia dan Herzegovina, ketika Tentara Rakyat Yugoslavia memindahkan sebagian besar pasukan-pasukannya ke sana. Pada 1995, Milošević ikut perundingan dalam Kesepakatan Dayton atas nama orang-orang Serbia Bosnia (sama halnya dengan apa yang dilakukan Tuđman untuk orang-orang Kroasia Bosnia). Ketika perjanjian itu akhirnya menghentikan peperangan di Bosnia, Milošević dipuji oleh Dunia Barat sebagai salah satu tiang perdamaian Balkan.