Jabarkan Masa pembangunan (1949-1987) dari Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan

Sekembali dari pengungsian di Dukun, warga Seminari mendapati gedung mereka di Muntilan dalam keadaan rusak berat. Perabot dan perlengkapan sudah terampas. Karena itu, dalam waktu singkat, pada awal Januari 1949, Romo van der Putten SJ memindahkan Seminari ke Jalan Code Yogyakarta. Setelah situasi tenang, gedung Seminari dibangun kembali oleh Vikariat Apostolik Semarang dan berakhir Agustus 1952. Bangunan tersebut sekarang merupakan bagian dari gedung Domus Patrum dan Medan Madya dalam kompleks Seminari Menengah Mertoyudan. Setelah pembangunan selesai, para seminaris yang tersebar dikumpulkan kembali ke Mertoyudan. Untuk membiayai pembangunan ini, menurut kurator Amir Sidharta, salah satu dari tiga lukisan Basoeki Abdullah bertema Maria dilelang.

Pada 3 Desember 1952, gedung Seminari Menengah Mertoyudan diberkati Mgr Albertus Soegijapranata SJ. Lima tahun kemudian dibangun gedung tambahan yang dipergunakan untuk seminari, yaitu Medan Utama dan Medan Pratama. Sejak saat itu, semakin banyak murid tamatan SD yang diterima di Seminari Mertoyudan. Namun berdasarkan berbagai pertimbangan, mulai tahun 1968, siswa tamatan SD tidak diterima lagi, dan yang diterima hanya para siswa tamatan SLTP dan SLTA. Murid baru yang diterima hanya tamatan SLTP dan SLTA. Nama-nama kelas juga berubah, disesuaikan dengan tiga kelas SMA pada waktu itu (kelas I SMA atau kelas X sekarang, kelas II SMA atau kelas XI, dan kelas III SMA atau kelas XII), dan juga dikenal penjurusan Sosial-Ekonomi (Sos-Ek, atau IPS sekarang) dan Pasti-Alam (IPA). Setelah itu, ada kelas Propadeuse. Lulusan SLTP ditampung dalam kelas BC (bij cursus) Pertama lebih dahulu sebelum kemudian mengikuti sistem dan kurikulum SMA. Sedang lulusan SLTA ditampung dalam kelas BC (bij cursus) Atas.

Pada tahun 1971, siswa lulusan SLTA yang diterima Seminari tinggal di Yogyakarta, dan mengikuti kuliah di IKIP Sanata Dharma hingga menyelesaikan pendidikan sarjana muda. Namun pada tahun 1972 siswa tamatan SLTA juga ditampung di Seminari Menengah Mertoyudan. Pada tahun 1973 kelas Propadeuse dihapuskan, sehingga siswa kelas III SMA waktu itu atau kelas XII dalam sistem sekarang setelah lulus diperkenankan melanjutkan ke Novisiat atau Seminari Tinggi. Karena berbagai alasan, tahun 1974 di Wisma Realino Yogyakarta dibangun cabang Seminari Menengah Mertoyudan khusus untuk menampung siswa tamatan SLTA. Istilah BC (bij cursus) pada tahun ini diganti menjadi Kelas Persiapan. Maka ada Kelas Persiapan Pertama (KPP) untuk lulusan SLTP dan Kelas Persiapan Atas (KPA) untuk lulusan SLTA.

Di kompleks Seminari Menengah Mertoyudan sementara itu dilakukan penambahan gedung. Pada tahun 1976, dilakukan penambahan gedung, yang diresmikan dan mulai dihuni oleh Seminaris Medan Utama. Tahun itu juga Seminari Cabang Yogyakarta digabung lagi dengan Seminari Mertoyudan hingga sekarang.

Pada 27 April 1987, Seminari menambah satu bangunan lagi yakni gedung perpustakaan.