Jabarkan Abad ke-2000 (2000-2009) dari All Nippon Airways

Pada tahun 2004, ANA mengumumkan bahwa untuk pertama kalinya, laba ANA berada di atas laba JAL. Sehubungan dengan tersedianya surplus slot yang kosong akibat pembangunan bandara-bandara baru di Jepang, masih pada tahun 2004, ANA mengumumkan rencana memperbarui armadanya, termasuk mengganti pesawat besar dengan pesawat berukuran lebih kecil dalam jumlah banyak.

Masih pada tahun 2004, ANA mendirikan maskapai penerbangan bertarif murah Air Next untuk menerbangi rute-rute dari Bandar Udara Fukuoka yang dimulai pada tahun berikutnya (2005), dan ANA menjadi pemegang saham mayoritas di maskapai penerbangan Nakanihon Airline Service (NAL) yang bermarkas di Bandar Udara Nagoya. Pada 2005, ANA mengubah NAL menjadi Air Central, dan memindahkan kantor pusat Air Central ke Bandar Udara Internasional Centrair Chubu. Pada 12 Juli 2005, ANA mencapai kesepakatan dengan NYK untuk menjual 27,6% sahamnya di Nippon Cargo Airlines (perusahaan joint venture yang dibentuk dua perusahaan pada 1987. Penjualan saham tersebut dimaksudkan agar ANA dapat lebih memusatkan usaha mengembangkan divisi kargo sendiri. Pada 2006, ANA, Japan Post, Nippon Express, dan Mitsui O.S.K. Lines mendirikan ANA & JP Express (AJV) yang akan mengoperasikan pesawat-pesawat kargo. ANA adalah pemegang saham terbesar AJV. Operasi penerbangan kargo Air Japan juga sudah dialihkan ke AJV.

Pada tahun 2007, Air Transport World memberi penghargaan "Airline of the Year" untuk ANA. ANA pada tahun 2006 diakui oleh FlightOnTime.info  sebagai maskapai penerbangan berjadwal paling tepat waktu untuk rute London–Tokyo selama 4 tahun berturut-turut berdasarkan statistik resmi Britania Raya (gelar tersebut direbut Japan Airlines pada tahun 2007). Pada November 2009, ANA mengumumkan konsep penerbangan internasional "Inspiration of Japan" yang memperkenalkan desain kabin yang awalnya dirancang untuk pesawat 777-300ER.