Jabarkan Anak perusahaan dari Kereta Api Indonesia

Yayasan Pusat Kesejahteraan Karyawan Kereta Api (Yayasan Pusaka), salah satu yayasan milik PNKA, mendirikan perusahaan bernama PT Karya Pusaka yang didirikan 5 Desember 1967 dan berubah nama menjadi PT Pusaka Nusantara pada 18 April 1970. Pusaka memfokuskan diri perusahaan restorasi, outsourcing, dan kebersihan prasarana dan sarana kereta api.

Anak perusahaan pertama PT Kereta Api pasca perubahannya menjadi persero adalah Reska Multi Usaha. Perusahaan ini memfokuskan diri pada layanan multibisnis penunjang operasi kereta api, seperti restorasi, perparkiran, kebersihan di atas kereta, restoran dan kafe, cuci kereta, serta pendukung kenyamanan. Perusahaan ini dibentuk tanggal 2 Juli 2003. Reska juga merupakan pemilik merek dagang Loko, sebuah jaringan restoran bertema transportasi rel yang banyak membuka gerainya di sekitar stasiun.

Pada tanggal 12 Agustus 2008, PT Kereta Api melakukan pemisahan Divisi Angkutan Perkotaan Jabotabek menjadi sebuah anak perusahaan dengan nama KAI Commuter Jabodetabek (KCJ). Sehubungan dengan rencana ekspansi, PT KCJ resmi berubah nama menjadi PT Kereta Commuter Indonesia (KCI) per 20 September 2017. Dengan demikian, layanan kereta komuter tidak lagi hanya berfokus pada wilayah Jabodetabek.

Pada tanggal 8 September 2009, tiga anak perusahaan dibentuk, yaitu Kereta Api Pariwisata (Kawisata, sebelumnya IndoRailTour), KA Properti Manajemen (KAPM), serta Kereta Api Logistik (Kalog). KAI juga membentuk patungan dengan PT Angkasa Pura II untuk mengoperasikan KA Bandara, yang kemudian diberi nama Railink. Railink didirikan tanggal 28 September 2006, tetapi baru memulai operasinya sejak 2013 dengan meluncurkan KA Airport Raillink Services dengan rute Medan–Bandara Kualanamu pp. PT KAI juga membentuk konsorsium dengan Wijaya Karya (Wika), PTPN VIII, dan Jasa Marga dengan nama Pilar Sinergi BUMN Indonesia untuk proyek kereta cepat Jakarta–Bandung yang dioperasikan oleh Kereta Cepat Indonesia–China (KCIC).

Kecuali KAI Bandara dan PSBI/KCIC, Yayasan Pusaka memiliki 0,1% hingga hampir 5% saham di seluruh anak usaha KAI.