Jabarkan Hubungan dengan Xenosaga dari Xenogears

Saat Xenogears belum pernah mempunyai lanjutan resmi ataupun prequel, banyak yang mengira permainan yang dikembangkan oleh Monolith Soft dan dirilis oleh Namco berjudul Xenosaga di PlayStation 2, disebut prequel dari Xenogears. Tetsuya Takahashi adalah direktur dan penulis baik Xenogears maupun Xenosaga, berkata bahwa Xenosaga bukanlah prequel asli dari Xenogears karena Square Enix lah yang memegang hak-hak Xenogears'.

Ada cukup banyak perdebatan dalam Xenogears fanbase tentang bagaimana secara akurat garis waktu Xenogears di Perfect Works diikuti oleh Xenosaga, yang berisi elemen yang mirip, seperti Zohar, yang diperkenalkan di Xenogears.

Wawancara resmi agak tidak jelas atas persoalan ini, meskipun Tetsuya Takahashi sudah menyebutkan bahwa "Mungkin lebih cocok untuk mengatakan bahwa mengikuti petunjuk dan gaya Xenogears." begitu juga "Kami sekarang berada dibawah perusahaan yang berbeda, kami memutuskan sebaiknya kami memulai segalanya dari awal kembali. Meskipun ada muka yang akrab yang menjadi karakter penting di Xenosaga, orang lain lebih seperti penambah, oleh sebab itu kami benar-benar tidak ingin penggemar Xenogears bereaksi terlalu keras. Seperti film, kadang-kadang anda mempunyai direktur film atau teman aktor utama yang muncul sebagai batu permata timbul berlatar warna lain, oleh sebab itu mirip. Sekarang, tetapi, secara umum dipercaya bahwa permainan sudah menyimpang jauh dengan kehilangan Soraya Saga dan anggota utama lain dari proyek, yang orang yang meraut seri dari enam permainan ke tiga.