Jabarkan Insiden dari Stasiun Yogyakarta

Pada 14 November 2003, tiga kereta penumpang dengan dua kereta kelas bisnis dan satu kelas eksekutif anjlok di Depo Lokomotif Yogyakarta. Insiden ini bermula saat rangkaian kereta tersebut akan dicuci sebelum dikirim ke Jakarta. Namun, wesel bergerak sendiri saat rangkaian kereta dilangsir sehingga menyebabkan anjlok.

Pada 23 April 2014, seorang pria tewas ditabrak kereta api semen dengan nomor perjalanan 8067 relasi Lempuyangan–Purwokerto. Korban diduga mengalami gangguan kejiwaan. Peristiwa ini terjadi di sebelah utara Taman Parkir Abu Bakar Ali.

Pada 4 Juli 2017, seorang siswi SMK menghilang setelah turun dari kereta api Senja Utama Yogya di Stasiun Tugu. Dua hari kemudian, pada pukul 15.00 sore, pihak keluarga ditelepon oleh pengantar bahwa siswi tesebut telah diantar pulang ke rumahnya.

Pada 18 September 2022, beredar video pendek yang merekam kejadian salah satu penumpang kereta api Bangunkarta relasi Jombang–Pasar Senen terjatuh dan terserempet kereta, lantaran tertinggal oleh kereta tersebut, dan memaksa masuk ketika pintu kereta sudah tertutup dan kereta dalam kondisi berangkat meninggalkan Stasiun Tugu. Penumpang tersebut mengalami cedera pada kaki kanan dan langsung mendapat perawatan.