Jabarkan Demokrasi Terpimpin dari Johannes Leimena

Setelah Kabinet Ali Sastroamidjojo II jatuh, Leimena menyatakan bahwa kabinet-kabinet kedepannya harus bersifat lebih inklusif dan mencakup partai-partai yang sebelumnya tidak masuk dalam pemerintahan. Leimena sendiri diikutsertakan dalam Kabinet Djuanda, awalnya sebagai Menteri Sosial ketika kabinet tersebut diumumkan tanggal 9 April 1957, tetapi ia ditunjuk sebagai Wakil Perdana Menteri (Waperdam) tahun itu juga. Sejak bulan Mei 1957, Leimena menjadi anggota Dewan Nasional dan masih di tahun itu ia ditunjuk sebagai anggota Panitia 7 orang yang bertugas untuk menangani permasalahan dalam TNI Angkatan Darat beserta Presiden dan Wapres Soekarno dan Mohammad Hatta, Perdana Menteri Djuanda Kartawidjaja, Kasad TNI AD Abdul Haris Nasution, Sultan Hamengkubuwono IX, dan Menkes Abdul Azis Saleh. Leimena dianggap seorang loyalis Soekarno yang masih mendukung Soekarno seusai Dekret Presiden 5 Juli 1959. Dikarenakan kesibukan Leimena dalam pemerintahan, jabatan ketua umum Parkindo didelegasikan ke Albert Mangaratua Tambunan.

Seusai Dekret 1959, Leimena ditunjuk menjadi Menteri Distribusi, lalu kembali menjadi Waperdam. Dalam kapasitasnya sebagai Menteri Distribusi, Leimena memandang pentingnya memperbaiki asupan gizi untuk meningkatkan produktivitas pekerja, sehingga ia bertekad untuk mencapai swasembada beras. Untuk mencapai target ini, ia mendorong memajukan pertanian intensif di pulau Jawa, dan memperluas lahan pertanian di luar Jawa. Meskipun rencana Leimena dianggap ambisius, implementasinya menghadapi masalah karena perlunya koordinasi dengan kementerian-kementerian lainnya.

Selama Operasi Trikora, Leimena menjadi anggota Komando Operasi Tertinggi. Dalam kapasitas ini, ia diberikan pangkat tituler sebagai Laksamana Madya pada tahun 1962 dan Laksamana (bintang empat) pada tahun 1964. Djuanda mendadak wafat pada bulan November 1963, sehingga presiden Soekarno membentuk presidium beranggotakan tiga orang yang terdiri dari Leimena, Subandrio dan Chaerul Saleh untuk memimpin kabinet. Selama masa demokrasi terpimpin ini, Leimena yang dikenal berpihak ke Soekarno dinilai berbakat dalam menangani kalangan politikus dan elite lainnya, meskipun ia tidak begitu sukses dalam menggalang dukungan masyarakat umum. Ia sempat tujuh kali menjabat sebagai penjabat Presiden selama masa ini.