Jabarkan Masa periode kemerdekaan Indonesia dari Poerbatjaraka

Sekembalinya ke Batavia pada tahun 1927, ia diberi pekerjaan di Museum Gajah sebagai kurator naskah manuskrip dan diberi tugas untuk mengkatalogisasi semua naskah Jawa.  Sebenarnya, ia ingin mengajar pada AMS Surakarta tetapi tidak diberi kesempatan, dan walaupun saat ketika fakultas sastra dibuka, kesempatan tersebut tetap tertutup baginya. Menurut Poerbatjaraka, pihak Belanda memang sengaja menyimpannya di museum, agar ia tidak dapat mengembangkan kemampuannya dengan mengajar.

Tetapi Poerbatjaraka tetap menantang batasan-batasan yang dikenakan  padanya. Ia tekun menyelidiki buku-buku dan prasasti kuno dan hasil karyanya terus terbit berupa tulisn dalam majalah ilmiah atau berupa buku-buku. Tidak kurang dari 50 (lima pulu) buah karya ilmiah Poerbatjaraka berada dalam perpustakaan Museum Gajah.

Poerbatjaraka juga merupakan salah satu anggota Kongres Bahasa Indonesia I di Surakarta, pada 25—27 Juni 1938. Pada tahun 1940an, saat teater Pasifik Perang Dunia II pecah dan mulainya ekspansi Kekaisaran Jepang ke Asia Tenggara, Poerbatjaraka dan keluarganya meninggali Batavia yang memiliki risiko tinggi menjadi zona perang, dan kembali ke kediaman Poerbodipoeran di lingkungan Keraton Surakarta, Surakarta.

Di Surakarta, Poerbatjaraka mengajarkan Prof. Dr. RM. Soetjipto Wirjosoeparto dan Prof. D.R. RM. Koentjaraningrat. Sambil bekerja di Museum Surakarta mereka menerima pelajaran dari Poerbatjaraka mengenai Jawa Kuno dan Sansekerta. Kemudian Prof. Soetjipto pindah mendalami ilmu sejarah, sedangkan Prof. Koenjaraningrat mengambil jurusan antropologi.

Poerbatjaraka, yang ayahnya dulu merupakan sentono dalem (kerabat keluarga) kesayangan Pakubuwono X, menasehati penerusnya, Pakubuwono XI, akrab waktu kecil dipanggil Raden Mas Antasena, yang ia sering dampingi ke sekolah ELS. Kedua anak Poerbatjaraka tumbuh besar bersama anak-anak Pakubuwuno XI. Kecantikan putri Poerbatjaraka, RAy. Ratna Himawati, yang luar biasa membuat para aristokrat keraton terpesona, dan menjulukinya sebagai Mawar Keraton Solo. Keluarga Poerbatjaraka hadir dalam penobatan Pakubuwuno XII pada 11 Juni 1945, penerus Pakubuwono XI yang gemar dipanggil Bobbie oleh RAy. Ratna Himawati dan kerabat dekat lainnya. Sampai tahun 1950, Poerbatjaraka dan keluarganya tinggal di kediaman keluarga nDalem Poerbodipoeran sampai selesainya Perang Kemerdekaan Indonesia pada 27 Desember 1949.

Masa Republik Indonesia dan kematian

Poerbatjaraka dan keluarganya pindah ke Jakarta pada tahun 1950, dan tinggal di kediaman baru di daerah Menteng, Jakarta. Ia menjadi anggota Panitia Lambang Negara yang dibentuk Presiden Soekarno pada 10 Januari 1950. Anggota lainnya yakni Sultan Hamid II (ketua panitia), Ki Hajar Dewantara, Mohammad Yamin, Mohammad Natsir (ketua partai islam terbesar, yaitu Masyumi), dan juga MA Pellaupessy selaku menteri penerangan yang juga mewakili Indonesia Timur karena beliau berasal dari Ambon. Poerbatjaraka merupakan tokoh yang mengusulkan lambang pohon beringin di dada lambang negara Garuda Pancasila.

Pada masa ini, ia juga menjadi profesor di Universitas Indonesia, Jakarta, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta dan Universitas Udayana, Denpasar, Bali. Bahkan di Denpasar, ia lah yang mendirikan Fakultas Sastra.

Di masa pensiunnya, ia terus menulis tentang sejarah dan sastra Jawa untuk jurnal di Indonesia dan Belanda. Pada tahun 1952, ia menerbitkan koleksi studinya dalam sebuah buku berjudul Kapustakaan Djawi. Pada tahun 1957, Pemerintah India mengundang Poerbatjaraka ke India untuk menghadiri peringatan Buddha Jayanti. Peristiwa tersebut merupakan salah satu lembaran bahagia dalam kehidupan Poerbatjaraka, karena kepuasannya yang terletak pada kemampuannya untuk menerjemahkan buku-buku indah penuh pelajaran mulia seperti Ramayana, Arjunawiwaha, Suluk Wijil, dan Dewa Ruci.

Poerbatjaraka diangkat menjadi anggota kehormatan Institut Studi Asia Tenggara dan Karibia Kerajaan Belanda pada tahun 1963. Pada tahun 1964, Jurnal Kajian Budaya Indonesia menerbitkan dua puluh enam artikel untuk menghormatinya yang berulang tahun ke-80. Pada tanggal 3 Mei, civitas akademika Universitas Nasional Jakarta memberinya gelar "Mpu" atas jasa-jasanya di bidang penelitian dan pengembangan ilmu sastra di Indonesia. Pada 25 Juli pada tahun yang sama, beliau tutup usia pada umur 80 tahun di Jakarta. Poerbatjaraka dimakamkan di Karet Bivak, Jakarta.

Pada 17 Agustus 1969, atas pengabdiannya kepada budaya Indonesia, terutama dalam bidang sastra, sejarah, arkeologi, dan filologi, Poerbatjaraka diberikan kehormatan anumerta Bintang Maha Putera Utama oleh Presiden Soeharto, lima tahun setelah ia meninggal dunia.