Jabarkan Wakil presiden dari Megawati Soekarnoputri

Sebagai wakil presiden, Megawati memiliki kewenangan yang cukup besar karena menguasai banyak kursi di DPR. Wahid mendelegasikan kepadanya masalah di Ambon, meskipun dia tidak berhasil. Pada saat Sidang Tahunan MPR diselenggarakan pada Agustus 2000, banyak yang menilai Wahid tidak efektif sebagai presiden atau sebagai administrator. Wahid menanggapi hal ini dengan mengeluarkan keputusan presiden, yang memberi Megawati kendali sehari-hari atas pemerintahan.

Kongres Nasional PDI-P tahun 2000

Kongres Pertama PDI-P diadakan di Semarang, Jawa Tengah, pada bulan April 2000, di mana Megawati terpilih kembali sebagai Ketua untuk masa jabatan kedua. Megawati mengkonsolidasikan posisinya dalam PDI-P dengan mengambil tindakan keras untuk menyingkirkan calon pesaing. Dalam pemilihan Ketua, muncul dua calon lain; Eros Djarot dan Dimyati Hartono. Mereka mencalonkan diri karena tidak ingin Megawati merangkap sebagai ketua dan wakil presiden. Pencalonan Eros dari cabang Jakarta Selatan batal karena masalah keanggotaan. Eros tidak diizinkan untuk berpartisipasi dalam Kongres. Kecewa dengan apa yang dia anggap sebagai kultus kepribadian yang berkembang di sekitar Megawati, Eros meninggalkan PDI-P. Pada Juli 2002, ia membentuk Partai Nasional Benteng Kerakyatan Indonesia. Meski pencalonan Dimyati tidak ditentang sekeras Eros, ia dicopot sebagai Kepala Cabang Pusat PDI-P. Dia mempertahankan posisinya sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), tetapi meninggalkan partai untuk menjadi dosen universitas. Pada April 2002, Dimyati membentuk Partai Indonesia Tanah Air Kita.

Hubungan dengan Wahid dan naik ke kursi kepresidenan

Megawati memiliki hubungan ambivalen dengan Wahid. Pada reshuffle Kabinet Agustus 2000 misalnya, Megawati tidak hadir untuk mengumumkan susunan baru. Pada kesempatan lain, ketika gelombang politik mulai berbalik melawan Wahid, Megawati membelanya dan mengecam para kritikus. Pada tahun 2001, Megawati mulai menjauhkan diri dari Wahid ketika Sidang Istimewa MPR mendekat dan prospeknya menjadi presiden meningkat. Meski menolak berkomentar secara spesifik, dia menunjukkan tanda-tanda mempersiapkan diri, mengadakan pertemuan dengan para pemimpin partai sehari sebelum Sidang Istimewa dimulai.