Jabarkan Kepresidenan dari Megawati Soekarnoputri

Pada tanggal 23 Juli 2001, Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) mencopot Wahid dari jabatannya dan kemudian mengangkat Megawati sebagai presiden baru. Dengan demikian, dia menjadi wanita keenam yang memimpin negara berpenduduk mayoritas Muslim. Pada 9 Agustus 2001, dia mengumumkan Kabinet Gotong Royong.

Munculnya ikon oposisi terhadap rezim Soeharto ke kursi kepresidenan pada awalnya disambut secara luas, namun segera menjadi jelas bahwa kepresidenannya ditandai dengan keragu-raguan, kurangnya arah ideologis yang jelas, dan "reputasi untuk tidak bertindak dalam isu-isu kebijakan penting". Sisi baik dari lambatnya kemajuan reformasi dan menghindari konfrontasi adalah dia menstabilkan keseluruhan proses demokratisasi dan hubungan antara legislatif, eksekutif, dan militer.

Dia mencalonkan diri untuk pemilihan kembali dalam pemilihan presiden langsung 2004, berharap untuk menjadi wanita pertama yang terpilih sebagai kepala negara di negara mayoritas Muslim. Namun, dia dikalahkan secara telak oleh Susilo Bambang Yudhoyono di putaran kedua, dengan selisih 61 persen berbanding 39 persen, pada 20 September 2004. Dia tidak menghadiri pelantikan presiden baru, dan tidak pernah mengucapkan selamat kepadanya.

Pasca-kepresidenan sebagai Ketua Umum PDI-P