Jabarkan Estonia Soviet dari Estonia

Militer Soviet menaklukkan kembali Estonia pada musim gugur tahun 1944 setelah pertempuran-pertempuran sengit di timur-laut negara ini di dekat Sungai Narva, di atas Jalur Tannenberg (Sinimäed), di Estonia Tenggara, di atas Sungai Emajõgi, dan di Kepulauan Estonia Barat.

Dalam menghadapi negara yang diduduki kembali oleh Tentara Merah, puluhan ribu orang Estonia (termasuk sebagian besar pakar pendidikan, kebudayaan, ilmu pengetahuan, politik, dan sosial) (ditaksir sebanyak 80.000 orang) memilih mundur bersama-sama Jerman atau hijrah ke Finlandia atau Swedia. Pada tanggal 12 Januari 1949, Dewan Menteri Uni Soviet mengeluarkan dekret "tentang pengusiran dan pengasingan" dari negara-negara Baltik bagi "semua kulak dan keluarga mereka, keluarga para bandit dan nasionalis", dan lain-lain.

Lebih dari 200.000 orang diduga terusir dari kawasan Baltik pada rentang tahun 1940–1953. Selain itu, paling sedikit 75.000 dikirim ke Gulag. Lebih dari 10% penduduk dewasa Baltik diusir atau dikirim ke perkampungan buruh Soviet. Menanggapi kesinambungan pemberontakan melawan kekuasaan Soviet, lebih dari 20.000 orang Estonia dibuang ke perkampungan buruh atau Siberia (lihatlah Gulag). Dalam beberapa pekan berikutnya, hampir semua rumah tangga di pedesaan dikolektivisasi.

Setelah Perang Dunia II, sebagai bagian dari tujuan untuk menyatukan negara-negara Baltik secara utuh ke dalam Uni Soviet, pengusiran massal di negara-negara Baltik dihentikan, dan kebijakan penggalakkan imigrasi Soviet ke negara-negara Baltik dilanjutkan. Selain kehilangan jumlah manusia dan materi yang cukup besar karena perang, ribuan masyarakat sipil terbunuh dan puluhan ribu orang diusir dari Estonia oleh Otoritas Soviet hingga Joseph Stalin meninggal pada tahun 1953.

Setengah jumlah orang yang terusir tewas, setengah lainnya tidak diizinkan untuk kembali ke tempat asal mereka hingga permulaan dasawarsa 1960-an (setelah kematian Stalin). Berbagai macam penindasan yang dilakukan militer Soviet pada tahun 1940–1941 dan setelah pendudukan kembali menyulut perang gerilya melawan Otoritas Soviet di Estonia yang dilaksanakan pada permulaan dasawarsa 1950-an oleh "persaudaraan hutan" (metsavennad) yang sebagian besarnya terdiri dari veteran Estonia yang pernah menggabungi militer Jerman dan Finlandia ditambah dengan beberapa masyarakat biasa. Kerusakan material yang disebabkan oleh perang dunia dan dilanjutkan dengan campur tangan Soviet secara signifikan telah memperlambat pertumbuhan ekonomi Estonia, yang memperlebar kesenjangan ekonomi dibandingkan dengan negara-negara tetangganya, Finlandia dan Swedia.

Militerisasi adalah aspek lain dari rezim Soviet. Bagian-bagian besar dari negara ini, khususnya di kawasan pesisir adalah terbatas bagi semua pihak, kecuali militer Soviet. Sebagian besar pantai dan semua pulau (termasuk Saaremaa dan Hiiumaa) dinyatakan sebagai "zona perbatasan". Orang yang bukan penduduk setempat dilarang mengunjungi kawasan ini tanpa izin. Tempat penyiagaan militer tertutup yang terkenal di kawasan ini adalah kota Paldiski yang sama sekali terlarang bagi akses umum. Kota ini memiliki basis dukungan bagi kapal selam Armada Baltic Soviet dan beberapa pangkalan militer yang besar, termasuk pusat pelatihan kapal selam nuklir yang dilengkapi pesawat model berskala penuh kapal selam nuklir dengan reaktor nuklir aktif. Bangunan-bangunan reaktor Paldiski diambil-alih oleh Estonia pada tahun 1994 setelah serdadu terakhir Soviet meninggalkan negara ini. Imigrasi adalah dampak lain dari pendudukan Soviet. Ratusan ribu kaum migran dikembalikan ke Estonia dari bagian-bagian lain Uni Soviet untuk membantu industrialisasi dan militerisasi, yang menyumbangkan bertambahnya penduduk negara ini sebesar setengah juta jiwa dalam waktu 45 tahun.