Jabarkan TK/PAUD/RA/KB dari Kabupaten Ende

TK Pelita Hati Bunda Onekore

RA Al Hikmah Ahmad Yani

SD Katolik St. Theresia Ende 3

SD Katolik Santa Ursula Ende

SD Katolik Onekore 1 Ende

SMP Negeri 1 Atap Woloara

SMP Negeri 1 Atap Nuamuri

SMP Katolik Santa Ursula Ende

SMP Katolik Maria Goreti Ende

SMP Negeri 1 Ende Selatan

SMP Katolik St. Fransiskus Xaverius Wolotopo

SMP Katolik Yos Sudarso Ende

SMA Katolik Frateran Ndao Ende

SMA Katolik St. Petrus Ende

Sekolah Tinggi Pembangunan Masyarakat (STPM) Santa Ursula

Sekolah Tinggi Pastoral Atma Reksa (STIPAR) Ende

Akademi Bahasa Asing Santa Mary Ende

Akademi Manajemen Informatika dan Komputer Mataram

Kabupaten Ende Lio mempunyai 3 Rumah Sakit, 1 RS Bersalin, 24 Puskesmas, 52 Puskesmas Pembantu dan 6 Balai Pengobatan. Tiga rumah sakit masing-masing adaalah RSUD Ende Lio, Rumah Sakit Misi Ende Lio, dan RS St Antonius Jopu. Sedangkan RS Bersalin yakni RS Bersalin SSPS Ende. Rencananya akan dibangun rumah sakit baru bernama RSU Pratama di Kecamatan Wewaria. Terdapat 443 orang tenaga medis meliputi dokter umum, dokter gigi, bidan, Perawat / SPK, Perawat Gigi, Akademi Perawat maupun Sanitarian (SPPH).