Jabarkan Air dari Kota Samarinda

Sebagai kota yang dibelah Sungai Mahakam, dalam sejarahnya sebagai kota sungai Samarinda memiliki transportasi air tradisional sejak dahulu, yakni Tambangan dan Ketinting. Tambangan biasa digunakan sebagai alat transportasi menyeberang sungai dari daerah Samarinda Seberang ke kawasan Pasar Pagi. Ketinting menjadi moda transportasi sungai utama untuk menyeberangi sungai maupun menuju wilayah tertentu yang hanya bisa dinaiki oleh manusia dan barang.

Sedangkan untuk mengangkut kendaraan, kapal feri sempat beroperasi menyeberangi sungai dari pelabuhan Harapan Baru, Samarinda Seberang ke pelabuhan Samarinda Kota. Namun, sejak pembangunan dan beroperasinya Jembatan Mahakam pada tahun 1987, tambangan dan ketinting mulai berkurang penumpangnya meski tak signifikan. Tetapi, yang paling merasakan kerugian adalah kapal feri hingga akhirnya pelayaran ditutup.

Selain Jembatan Mahakam, terdapat pula jembatan lain yang menjadi penghubung antara Samarinda Kota dengan Samarinda Seberang, yakni Jembatan Mahakam Ulu yang diresmikan pada tahun 2009 dan Jembatan Mahkota II yang diresmikan pada tahun 2018. Selain itu, bersebelahan dengan Jembatan Mahakam juga telah dibangun jembatan baru yang lebih tinggi yang diberi nama Jembatan Mahakam IV, yang telah diresmikan pada tahun 2020.

Terdapat pelabuhan peti kemas yang berada di Jalan Yos Sudarso dan sekarang sedang dibangun pelabuhan baru yang terletak di kecamatan Palaran untuk menggantikan pelabuhan yang sekarang sudah tidak sesuai dengan kondisi kota. Pada tanggal 26 Mei 2010, pelabuhan baru tersebut selesai dibangun dan diresmikan dengan nama TPK Palaran dan saat ini dalam tahap uji coba.