Jabarkan Pengepungan Yogyakarta dari Hamengkubuwana IX

Siang hari tanggal 19 Desember 1948, Tentara Belanda telah sampai di tengah kota Yogya. Sultan Hamengkubuwana IX memerintahkan untuk menutup seluruh gerbang keraton agar tidak ada mata-mata Belanda yang masuk. Ia tidak menerima tamu kecuali rakyat yang telah mengungsi di keraton sebelum perintah penutupan gerbang dikeluarkan. Sultan sempat bertemu dengan Kolonel van Langen dan Westerhof, seorang pejabat Belanda, yang menunjukkannya sebuah peta Yogyakarta yang telah diberi tanda-tanda tertentu. Peta tersebut memiliki arti bahwa Sultan bebas bergerak tetapi hanya di dalam area keraton. Satu demi satu pemimpin negara diasingkan. Soekarno, Sjahrir, dan Agus Salim diberangkatkan ke Berastagi, sebelum kemudian disatukan kembali bersama Hatta, Mohamad Roem, Ali Sastroamidjojo, dan Assaat di Bangka. Beberapa pemimpin negara yang selamat dapat meloloskan diri ke luar kota maupun hidup dalam penyamaran.

Bulan Januari 1949, Sultan Hamengkubuwana IX dan Sri Paku Alam VIII mengundurkan diri dari jabatan Gubernur dan Wakil Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta. Hal ini dimaksudkan agar urusan keamanan diserahkan kepada tentara Belanda. Selain itu, karena tidak lagi mengemban tanggung jawab pemerintah daerah, mereka tidak dapat melakukan apa pun untuk bekerja sama dengan Belanda, membuktikan bahwa rumor mereka bekerja sama dengan Belanda adalah salah. Belanda yang menyadari masih kuatnya pengaruh Sultan terhadap rakyatnya berusaha untuk merangkulnya. Letnan Gubernur Jenderal van Mook kemudian digantikan oleh Komisaris Tinggi Beel. Utusan-utusan Belanda dari kalangan bangsa Indonesia seperti Hussein Jayadiningrat dan Sultan Hamid II, juga pejabat-pejabat Belanda seperti Residen E.M. Stok, Dr. Berkhuis, dan Kolonel van Langen yang satu persatu datang ke keraton, semuanya ditolak. Pada masa itu, Menteri Koloni Maan Sassen merencanakan sebuah negara bagian Indonesia yang baru di Jawa Tengah yang mungkin akan dipimpin oleh Sultan.

Sultan dibujuk dengan tawaran daerah kekuasaan di Kedu dan Banyumas, tambahan wilayah di Jawa Timur, kemudian seluruh Jawa dan Madura sebagai "Super Wali Negara", dan bahkan sebagai Deputi (Wakil) Gubernur Jenderal Hindia Timur. Tak hanya itu, Sultan juga ditawari saham perusahaan kereta api hingga sejumlah besar uang. Meskipun demikian, utusan-utusan tersebut hanya dapat bertemu saudara Sultan seperti Prabuningrat, Mudaningrat, dan Bintoro dengan alasan bahwa ia sedang sakit. Mereka menerima utusan-utusan tersebut tetapi tidak memberikan jawaban atau balasan atas tawaran yang ada. Tak peduli dengan itu, Kabinet Belanda masih tetap berharap Hamengkubuwana akan memihak kepada mereka.

Serangan Umum 1 Maret 1949

Karena kondisi perang yang berkepanjangan, Sultan Hamengkubuwana IX memandang rakyatnya makin menderita dan melihat semangat para pejuang makin memudar. Dewan Keamanan PBB memutuskan resolusi atas Indonesia pada tanggal 28 Januari 1949. Sultan mengetahui bahwa pada awal bulan Maret, sebuah rapat Dewan Keamanan PBB mengenai Indonesia akan diadakan kembali. Ia mengambil kesempatan ini dengan mengusulkan kepada Soedirman sebuah serangan agar dunia tahu bahwa Republik Indonesia masih ada. Soedirman menyetujuinya dan menyarankan Sultan berbicara dengan komandan setempat, Letkol Soeharto. Pada tanggal 14 Februari 1949, Letkol Soeharto bertemu dengan Sultan. Ia menyamar sebagai seorang abdi dalem. Pertemuan yang membahas rencana Serangan Umum 1 Maret ini, diadakan di tempat tinggal Prabuningrat, kakak Sultan.Pada tanggal 22 Februari 1949, kompleks Kepatihan, kantor Sultan, dijarah oleh tentara Belanda. Mereka membawa beberapa dokumen, termasuk naskah tesis Sultan yang belum sempat dikumpulkan, dan menemukan beberapa instruksi rahasia. Oleh karenanya, para pejabat Belanda mulai tidak sabar. Mereka mulai berencana menggulingkan Sultan. Menteri Luar Negeri Belanda van Maarseveen setuju bahwa Komisaris Tinggi Beel dapat "menduduki keraton dan mengganti Sultan" jika situasinya memburuk. Beberapa sumber mencatat bahwa beberapa anggota keluarga Sultan sempat terbujuk, tetapi tidak berlangsung lama.

Pada tanggal 1 Maret 1949 pukul enam pagi, ditandai dengan bunyi sirene berakhirnya jam malam yang ditetapkan Belanda, pasukan Indonesia menyerang Yogyakarta secara serentak. Setelah serangan berlangsung selama enam jam, pasukan berhasil menduduki tempat-tempat yang telah direncanakan, kemudian dikomando untuk menarik diri dan kembali ke pangkalan masing-masing. Ketika bala bantuan Belanda datang dari Magelang, para pejuang sudah menarik diri. Sore harinya, Kolonel van Langen dan Residen Stok datang, menuduh bahwa ada tembakan dari dalam keraton selama Serangan Umum. Mereka juga memberi tahu bahwa Jenderal Meijer, Komandan Umum Jawa Tengah, akan datang menemui Sultan.

Keesokan harinya, 2 Maret 1949, Jenderal Meijer datang. Sultan ditemani Prabuningrat menerima mereka dengan pakaian sederhana, untuk menunjukkan keterpaksaannya, hingga taraf sesuatu yang tidak sopan untuk menerima tamu dalam adat Jawa. Di sini Sultan sempat berkata, "Saya tidak meminta Tuan-Tuan datang ke Yogya," yang dimaksudkan kepada seluruh tamu yang datang. Selain itu, Sultan bahkan telah menyiapkan satu tas penuh pakaian, karena menduga akan ditangkap, dan akan turun takhta apabila berbagai provokasi Belanda makin menjadi-jadi. Namun, Sultan meminta agar ia "ditinggalkan dalam kedamaian" dan bila Belanda akan mengacak-acak keraton, "Lebih baik saya mati dulu!" Rombongan tersebut akhirnya meninggalkan keraton dengan tenang dan sopan.