Jabarkan Perdebatan mengenai kanonisitas dari Septuaginta

Seiring perkembangan karya penerjemahan, kanon dari Alkitab Yunani diperluas. Taurat (Pentateukh dalam bahasa Yunani) selalu dipertahankan keutamaannya sebagai dasar dari kanon tersebut; tetapi kumpulan tulisan nubuat atau kenabian, berdasarkan Nevi'im Yahudi, memiliki berbagai karya hagiografikal yang dimasukkan ke dalamnya.

Selain itu, beberapa kitab yang lebih baru dimasukkan dalam Septuaginta: yang disebut anagignoskomena dalam bahasa Yunani, karena kitab-kitab tersebut tidak termasuk dalam kanon Yahudi. Di antara kitab-kitab tersebut misalnya Kitab Makabe dan Kebijaksanaan Yesus bin Sirakh. Versi Septuaginta dari beberapa kitab biblika, seperti Kitab Daniel dan Ester, juga lebih panjang dari yang terdapat dalam Teks Masoret.

Tidak diketahui kapan Ketuvim ("tulisan-tulisan"), bagian akhir dari tiga bagian kanon Yahudi, disusun; meskipun beberapa macam proses selektif seharusnya telah diterapkan karena Septuaginta tidak memasukkan dokumen-dokumen Yahudi terkenal lainnya seperti Kitab Henokh, Yobel, atau tulisan lain yang tidak termasuk kanon Yahudi. (kitab-kitab ini sekarang digolongkan sebagai Pseudopigrafa)

Sejak Abad Kuno Akhir, pernah dikaitkan dengan Konsili Yamnia, kaum Yudaisme Rabinik arus utama menolak Septuaginta sebagai teks kitab suci Yahudi yang valid karena beberapa alasan. Alasan pertama, mereka memastikan adanya beberapa kesalahan penerjemahan. Alasan kedua, teks-teks sumber berbahasa Ibrani yang digunakan Septuaginta dalam beberapa kasus (terutama Kitab Daniel) berbeda dengan tradisi Masoretik teks-teks Ibrani, yang mana disahkan kanonisitasnya oleh para rabi Yahudi. Alasan ketiga, para rabi ingin membedakan tradisi mereka dengan tradisi Kekristenan yang baru saja terbentuk. Kemudian para rabi tersebut mengklaim bahasa Ibrani sebagai suatu otoritas ilahi, berbeda dengan bahasa Yunani atau Aramaik —kendati bahasa-bahasa ini merupakan bahasa sehari-hari kaum Yahudi selama periode tersebut. Namun, pada akhirnya, Aramaik juga diberi status sebagai bahasa suci, setara dengan bahasa Ibrani). Sebagai akibat dari doktrin ini, berbagai terjemahan dari Torah ke dalam bahasa Yunani Koine oleh para rabi Yahudi hanya terlestarikan berupa framen-fragmen langka saja pada masa kini.

Seiring berjalannya waktu, LXX menjadi identik dengan "Perjanjian Lama Yunani", yakni kanon dari tulisan-tulisan Kristen yang memasukkan semua kitab dari kanon Yahudi beserta teks-teks tambahan. Gereja Ortodoks Timur dan Katolik Roma memasukkan sebagian besar kitab-kitab yang termasuk dalam Septuaginta ke dalam kanon mereka; namun gereja-gereja Protestan pada umumnya tidak memasukkannya. Setelah Reformasi Protestan, banyak Alkitab Protestan mulai mengikuti kanon Yahudi dan tidak memasukkan teks-teks tambahan tersebut, yang kemudian disebut "Apokrifa" (awalnya berarti "tersembunyi", tetapi menjadi disamakan artinya dengan "yang keabsahannya dipertanyakan"). Apokrifa tersebut disertakan dengan suatu judul tersendiri dalam Alkitab Versi Raja James, yang merupakan dasar bagi Revised Standard Version.