Jabarkan Awal masa Revolusi Nasional dari Hamengkubuwana IX

Karena banyaknya jumlah laskar pemuda setelah kemerdekaan, termasuk di Yogyakarta, Hamengkubuwana IX meminta para pemuda melapor kepadanya di kantornya (Kepatihan) agar lebih mudah mengorganisasikan mereka. Ia kemudian membentuk Laskar Rakyat Mataram, yang kemudian dikenal dengan sebutan Tentara Rakyat Mataram, gabungan dari laskar-laskar yang telah ada. Sri Sultan menjadi panglimanya, sementara Selo Soemardjan menjadi kepala stafnya. Setelahnya, Hamengkubuwana diterima menjadi perwira kehormatan senior Tentara Keamanan Rakyat, menjadi anggota dewan tertinggi tentara bersama tiga penguasa Catur Sagotra yang lain, serta menerima pangkat jenderal kehormatan pada bulan November 1945.

Bulan November 1945, saat Pertempuran Surabaya terjadi, Sri Sultan melawat ke Surabaya. Ia bertemu dengan Gubernur Soerjo di Mojokerto sebelum tiba di pinggiran Kota Surabaya. Sultan mengatakan kepada wartawan bahwa pertempuran ini menunjukkan kekejaman Inggris serta kebijakan diplomasi bukanlah hal yang tepat untuk kasus ini. Terdapat cerita terkenal dari kunjungan ini, yaitu ketika Sultan mencapai daerah sekitar Madiun, ia dicegat sekelompok warok yang menanyakan, "Mana Dorodjatun?" Sultan menjawab, "Saya Suyono," dan lolos.

Yogyakarta menjadi ibu kota negara

Pada tanggal 3 Januari 1946, sidang kabinet memutuskan ibu kota dipindahkan dari Jakarta ke Yogyakarta. Pemindahan ini pada awalnya merupakan tawaran Sri Sultan dalam sebuah surat yang dikirimkan melalui kurir ke Jakarta. Sore tanggal 4 Januari 1946, Soekarno, Mohammad Hatta, dan para pejabat negara kala itu berangkat dengan perjalanan kereta luar biasa ke Yogyakarta. Kedatangan mereka di Stasiun Tugu disambut oleh Sri Sultan.

Untuk kebutuhan pemerintahan RI, banyak gedung di Yogyakarta dijadikan kantor-kantor pemerintah. Salah satunya adalah Gedung Agung menjadi kantor presiden yang hingga saat ini masih menjadi Istana Presiden Indonesia. Selama Yogyakarta menjadi ibu kota, Sultan Hamengkubuwana membantu pendanaan operasional pemerintahan RI.

Selama Yogyakarta menjadi ibu kota, Hamengkubuwana memulai beberapa reformasi. Ia menetapkan seluruh bisnis resmi dilakukan dengan bahasa Indonesia, bukan lagi bahasa Jawa. Ia memberikan sebagian keraton untuk digunakan Universitas Gadjah Mada (UGM), juga menghibahkan lahan di Bulaksumur yang menjadi kampus UGM saat ini. Ia dinilai berhasil mengantisipasi adanya revolusi—seperti yang terjadi di Surakarta dan sebagian besar Sumatra—di Yogyakarta yang dikhawatirkan akan melengserkan dirinya.