Coba jelasin Kolonisasi singkat Britania Raya dari Indonesia dong

Sebagai akibat dari peperangan era Napoleon, bangsa Inggris yang membentuk Persatuan Kerajaan Britania Raya dan Irlandia berusaha untuk merebut koloni-koloni milik bangsa Prancis di seluruh dunia, termasuk koloni Hindia Belanda yang dikuasai oleh Kekaisaran Prancis setelah kedaulatan Belanda jatuh ke tangan bangsa Prancis. Pada tahun 1809, armada Britania di anak benua India, yang berafiliasi dengan Perusahaan Hindia Timur Britania (EIC), berangkat menuju Hindia Belanda dengan maksud untuk merebut wilayah tersebut dari tangan Prancis dan Belanda. Setahun setelahnya, armada Britania telah menguasai wilayah Kepulauan Maluku dengan kerugian yang minimal. Kemudian pada bulan Agustus 1811, armada Britania mulai menyerbu Pulau Jawa dan menduduki satu per satu pos milik pasukan Prancis dan Belanda di Jawa. Setelah perlawanan dari pasukan Belanda dan Prancis tidak membuahkan hasil, akhirnya pada tanggal 16 September, Jan Willem Janssens, Gubernur Jenderal Hindia Belanda yang lari dari Batavia karena penyerbuan tersebut, akhirnya menyerahkan diri di Salatiga. Lalu pada tanggal 18 September, pasukan Belanda melakukan penyerahan kekuasaan secara resmi atas Pulau Jawa kepada armada Britania di Tuntang. Setelah itu, Gilbert Elliot-Murray-Kynynmound dari Minto, yang menjabat sebagai Gubernur Jenderal India pada saat itu, menunjuk Thomas Stamford Raffles sebagai Letnan Gubernur Jawa.

Selama menjabat, Raffles merombak beberapa aturan Belanda yang memberatkan rakyat setempat, seperti Heerendiensten, kebijakan penyerahan hasil bumi paksa dan tanam paksa, sistem perbudakan, serta kebijakan penanaman paksa atas komoditas tertentu. Namun sebagai gantinya, Raffles menerapkan sistem land tenure (sewa tanah), yaitu penduduk membayar pajak sewa tanah kepada Pemerintah yang dipandang sebagai "pemilik sah" atas seluruh tanah jajahan, menaikkan pajak perorangan, dan memperluas kegiatan perdagangan. Di bidang pemerintahan, Raffles membentuk pemerintahan yang lebih terpusat, dengan mengurangi hak-hak penguasa setempat, tetapi juga membentuk keresidenan-keresidenan yang menjadi perpanjangan tangan Pemerintah Pusat. Dia tinggal dan menjalankan tugas pemerintahan di Buitenzorg (sekarang Istana Bogor), dengan menunjuk beberapa orang Britania sebagai petinggi, sembari tetap mempertahankan pegawai-pegawai negeri asal Belanda di tubuh pemerintahan. Sementara di bidang politik, Raffles berusaha untuk bernegosiasi dengan penguasa lokal demi mencapai perdamaian, tetapi tetap melancarkan operasi militer kepada penguasa-penguasa lokal yang membangkang, seperti pada peristiwa Geger Sepehi di Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat. Selain karena kebijakannya tersebut, Raffles juga dikenal sebagai seorang peminat sejarah, budaya, dan masyarakat Jawa. Di bawah pengawasannya, banyak situs monumen kuno yang ditemukan dan digali setelah sekian lama terkubur dan dilupakan penduduk setempat saat itu. Contohnya ialah Candi Prambanan di Sleman dan Klaten, Candi Borobudur di Magelang, dan struktur-struktur kota kuno di Trowulan. Ia juga menuliskan buku tentang sejarah dan keadaan sosiokultural di Pulau Jawa, yang berjudul The History of Java dan diterbitkan pada tahun 1817.

Setelah Belanda terbebas dari kekuasaan Prancis pada tahun 1813, pihak Belanda dan pihak Inggris merundingkan dan menandatangani perjanjian pada tahun 1814, yang secara garis besar menyebutkan bahwa Britania Raya mengembalikan koloni Belanda seperti pada tanggal 1 Januari 1803. Setelah peperangan era Napoleon berakhir pada tahun 1815, Britania Raya menyerahkan kembali Pulau Jawa ke Belanda, yang berhasil memegang kendali penuh atas Pulau Jawa dan bagian-bagian koloni lain di Hindia Belanda setahun setelahnya. Pada tahun-tahun berikutnya, Belanda mengirimkan armada militernya untuk menaklukkan negara-negara lainnya di Nusantara.

Sementara proses serah terima Hindia Belanda antara pihak Britania dan pihak Belanda sedang terjadi, Gunung Tambora di Pulau Sumbawa meletus dengan dahsyat. Gunung ini sebenarnya telah mengeluarkan gemuruh dan asap hitam sejak tahun 1812, tetapi pada tanggal 5 April 1815, gunung ini mulai mengeluarkan letusan dan gemuruh yang hebat, yang suaranya terdengar hingga ke Pulau Sumatra dan Kepulauan Maluku. Lalu pada tanggal 10–11 April, Gunung Tambora akhirnya mengeluarkan letusan terdahsyatnya kala itu, bahkan letusannya diperkirakan memiliki skala VEI sebesar 7, sehingga abu vulkanik yang dikeluarkan mencapai volume sekitar 100 km3, yaitu empat kali lebih besar dari letusan Gunung Krakatau pada tahun 1883. Abu tersebut bahkan mencapai Pulau Kalimantan dan Sulawesi dengan ketebalan 1 cm3. Setelah letusan dahsyat tersebut, aktivitas vulkanik gunung ini berangsur-angsur mereda hingga pada tanggal 17 April. Akibat letusan ini, sebanyak 71 ribu jiwa menjadi korban jiwa dari erupsi gunung ini, dengan 11–12 ribu jiwa diperkirakan menjadi korban langsung saat letusan. Sementara itu, letusan ini juga kemungkinan besar menjadi penyebab terjadinya tahun tanpa musim panas setahun setelah letusan (1816), yang memakan korban belasan ribu jiwa. Kaldera yang besar juga terbentuk akibat runtuhnya puncak Gunung Tambora setelah dapur magma menjadi kosong karena letusan, padahal gunung ini diperkirakan merupakan salah satu gunung tertinggi di Nusantara pada saat itu.

Oleh karena wilayah yang dikembalikan merupakan koloni Belanda sebelum tahun 1803, wilayah kolonial di Nusantara yang diklaim oleh Britania Raya dan bukan milik Belanda pada tahun itu secara otomatis masih menjadi milik Britania Raya, termasuk wilayah Bencoolen (sekarang Bengkulu). Raffles dikirim kembali ke Nusantara, tetapi kali ini sebagai Letnan Gubernur Bengkulu, kemudian melakukan ekspedisi ke berbagai tempat, seperti Padang, Achin (Aceh), Rhio (Riau), Melaka, dan Singapura, meskipun ia dan pasukannya beberapa kali berseteru dengan pasukan Belanda yang juga menginginkan wilayah yang sama.

Perluasan wilayah kolonial Hindia Belanda

Setelah Perjanjian Inggris-Belanda pada tanggal 13 Agustus 1814 di London dan berakhirnya peperangan Napoleon, Belanda secara perlahan-lahan mengambil kembali koloninya satu per satu. Pada tanggal 28 Agustus, Belanda membentuk angkatan militer untuk Hindia Belanda yang bernama Tentara Kerajaan Hindia Belanda (KNIL). Pada tahun 1816, Belanda berhasil mengambil alih seluruh koloni milik Belanda seperti sebelum peperangan Napoleon pecah. Setelah itu, Komisaris Jenderal Hindia Belanda, yaitu badan yang mengatur pengambilalihan wilayah Hindia Belanda, merestrukturisasi pemerintahan di Hindia Belanda dan membentuk Regeringsreglement (Peraturan Pemerintah) yang kemudian mengatur struktur pemerintahan Hindia Belanda selama beberapa dekade ke depan. Peraturan ini menyiratkan pandangan politik yang disebut Pax Nederlandica, yaitu upaya Belanda untuk menguasai dan menduduki wilayah Nusantara dengan praktik kolonisasi yang lebih keras dan pembagian masyarakat ke dalam sistem kasta. Sesuai pandangan tersebut, Belanda mulai mengerahkan KNIL ke wilayah-wilayah lain di Nusantara untuk memperluas wilayah Hindia Belanda.

Ekspansi koloni ke luar Pulau Jawa yang dilakukan oleh Belanda tentu saja mendapat perlawanan penduduk setempat yang diserang oleh armada Belanda. Misalnya, pemberontakan yang dilancarkan oleh rakyat Maluku di bawah kepemimpinan Pattimura mulai pada bulan Mei 1817 terhadap pemerintah kolonial Hindia Belanda yang sewenang-wenang dan menyengsarakan rakyat kecil. Pemberontakan tersebut berakhir dengan ditangkapnya Pattimura dan beberapa tokoh pejuang lainnya, yang kemudian dihukum gantung di depan Benteng Victoria di Ambon. Lalu pada tahun 1819, Belanda melakukan ekspedisi untuk menguasai negara Palembang, yang disebut Perang Menteng, tetapi dikalahkan oleh pasukan Palembang yang dipimpin oleh Mahmud Badaruddin II, Sultan Palembang saat itu. Kemudian dua tahun setelahnya, Belanda kembali melakukan penyerangan ke Palembang, tetapi kali ini dengan taktik serangan tiba-tiba. Taktik tersebut berhasil mengecoh pasukan Palembang, sehingga Palembang akhirnya berhasil dilumpuhkan oleh pasukan KNIL. Badaruddin dan keluarganya ditangkap lalu diasingkan ke Ternate, sementara negara Palembang resmi dihapuskan.

Konflik di negeri suku Minangkabau, khususnya di negara Pagaruyung, antara kaum Padri (pendukung penegakan syariat Islam dalam tatanan adat Minangkabau) dan kaum Adat (pendukung adat dan tradisi murni Minangkabau) akhirnya memicu pecahnya Perang Padri yang pecah pada tahun 1803. Setelah Pagaruyung direbut oleh kaum Padri pada tahun 1815, kaum Adat yang terdesak kemudian meminta bantuan kepada pemerintah kolonial Hindia Belanda, yang saat itu baru selesai menstabilkan pemerintahan kolonial di Hindia Belanda, dan akhirnya membuat suatu kesepakatan dengan pihak Belanda. Belanda mulai ikut ambil bagian dalam pertempuran sejak tahun 1821. Perlawanan kaum Adat bersama pasukan KNIL itu sempat mengalami kekalahan akhirnya melakukan gencatan senjata dengan pihak kaum Padri pada tahun 1825, setelah Belanda yang terpecah karena meletusnya Perang Diponegoro.

Sementara itu, ekspansi yang dilakukan oleh Belanda juga mendapat perlawanan dari sesama bangsa Eropa, yaitu armada pasukan dari bangsa Inggris yang juga telah mengklaim beberapa wilayah di Nusantara. Perselisihan tersebut diawali dengan pembentukan Singapura sebagai tempat bermarkasnya pasukan Britania, yang ditentang oleh Belanda pada tahun 1819. Oleh karena didesak oleh para pedagang yang menginginkan kejelasan batas wilayah kolonial di Timur Jauh, pihak Belanda dan pihak Britania akhirnya mulai melakukan perundingan pada tanggal 20 Juli 1820. Meskipun begitu, perundingan kemudian ditunda pada tanggal 5 Agustus 1820. Perundingan dilanjutkan pada tanggal 15 Desember 1823, hingga akhirnya perundingan tersebut menghasilkan perjanjian yang ditandatangani pada tanggal 17 Maret 1824, juga di London. Secara garis besar, perjanjian ini menyebutkan bahwa Belanda akan melepaskan seluruh wilayah jajahannya di Semenanjung Malaka, Singapura, dan Anak Benua India kepada Britania Raya, tetapi sebaliknya, Britania Raya akan melepaskan seluruh wilayah jajahannya di Pulau Sumatra, Riau-Lingga (sekarang Kepulauan Riau), dan Banka-Biliton (sekarang Kepulauan Bangka Belitung) kepada Belanda. Perjanjian tersebut secara tegas membagi wilayah kolonial di Nusantara menjadi Malaya Britania (diteruskan oleh Malaysia dan Singapura) dan Hindia Belanda (diteruskan oleh Indonesia). Perjanjian tersebut diratifikasi oleh Britania Raya pada tanggal 30 April 1824 dan oleh Belanda pada 2 Juni 1824. Kedua belah pihak kemudian bertemu kembali di London pada tanggal 8 Juni 1824 untuk saling menukarkan dokumen hasil ratifikasi.

Selama perundingan tersebut, Belanda tetap melakukan misi kolonialisme dan imperialisme di Nusantara. Pada tahun 1823, pemberontakan di Pulau Kalimantan bagian barat oleh orang-orang Tionghoa, karena berselisih paham dengan pemerintah kolonial, berhasil diredam oleh KNIL. Pada tahun 1824, pasukan KNIL yang dipimpin oleh Godert Alexander Gerard Philip baron van der Capellen melawat ke negara Bone, yang sebelumnya melakukan hubungan kerja saja dengan Belanda setelah Perjanjian Bungaya, untuk merundingkan pembaruan pengakuan perjajian tersebut dengan pihak Bone. Namun, Bone ternyata ingin tidak ingin lagi melakukan kerja sama dengan pihak Belanda. Belanda yang tidak terima kemudian mengerahkan pasukan KNIL untuk menduduki Sulawesi, tetapi mereka mengalami kekalahan karena kekurangan pasukan, dan bahkan beberapa pos Belanda direbut oleh pasukan Bone. Pada tahun 1925, Pemerintah Hindia Belanda mengirimkan sejumlah besar pasukan beserta beberapa artileri untuk menangkap keluarga kerajaan Bone. Namun, sultan Bone dan pembesar-pembesarnya ternyata telah meninggalkan istana dan mengungsi ke pedalaman. Akibat peperangan yang pecah di Jawa dan Sumatra, pasukan pengejar dari KNIL terpaksa ditarik untuk menyelesaikan pertempuran. Pasukan KNIL kembali dikerahkan setelah Perang Padri selesai pada tahun 1838, dan pada tahun yang sama, pihak Bone akhirnya menyerah dan bersedia mengakui kembali Perjanjian Bungaya.

Di Jawa, pemerintah kolonial Belanda merencanakan pembangunan jalan di sekitar Yogyakarta pada bulan Mei 1825, dengan memasang patok-patok di setiap tanah yang akan dibangun jalan tersebut. Namun, jalan tersebut ternyata melewati lahan makam leluhur Diponegoro di Tegalrejo. Diponegoro yang marah karena keputusan sepihak Belanda, ditambah faktor-foktor lain seperti penindasan sewenang-wenang Belanda terhadap rakyat Jawa dan ikut campur Belanda dalam keluarga keraton, membuatnya mengerahkan pasukan dari rakyat jelata dan beberapa bangsawan yang simpatik untuk memberontak melawan Belanda dan Yogyakarta. Awalnya, mereka menggunakan strategi gerilya yang berhasil mengecoh tentara KNIL. Sayangnya, pemerintah Belanda yang mulai menganggap serius perlawanan pasukan Diponegoro kemudian mengerahkan pasukan infanteri, kavaleri, dan artileri yang berhasil melumpuhkan dan memukul mundur pasukan Diponegoro. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, pasukan KNIL di bawah komando Hendrik Merkus de Kock berhasil menjepit Diponegoro dan membuatnya menyerah. Hampir seluruh penguasa lokal di Jawa tunduk menyerah pada Belanda, sementara Diponegoro yang ditangkap kemudian diasingkan ke Manado, lalu dipindahkan ke Makassar.

Setelah Belanda menyelesaikan perang di Jawa tersebut, Belanda kembali melanjutkan Perang Padri di tanah Minangkabau pada tahun 1931, dengan memulai operasi militer melawan kaum Padri. Semua berjalan sesuai rencana, hingga kaum Adat, yang tanpa disadari oleh pihak Belanda, mulai bersekongkol dengan pihak kaum Padri dan berkhianat kepada Belanda pada tahun 1933, dengan menyerang beberapa kubu pertahanan dan garnisun Belanda. Melihat hal ini, Belanda mulai menyadari bahwa mereka bukan hanya harus menghadapi kaum Padri, tetapi menghadapi orang Minangkabau secara keseluruhan. Sejak saat itu, Belanda mulai berusaha untuk menarik hati penduduk-penduduk sekitar sembari tetap menyerang pos-pos milik kaum Padri. Setelah pertempuran demi pertempuran yang berkepanjangan, Perang Padri akhirnya berakhir pada tanggal 28 Desember 1838, setelah seluruh benteng milik kaum Padri jatuh ke tangan Belanda dan negara Pagaruyung runtuh. Wilayah bekas kerajaan tersebut diserap ke dalam wilayah kolonial Hindia Belanda.

Setelah peperangan dan ekspedisi yang dilakukan oleh KNIL, Hindia Belanda telah mencakup sebagian besar Pulau Jawa, pantai barat Sumatra, Pulau Sumatra bagian selatan, Pulau Bangka dan Pulau Belitung, Makassar dan sekitarnya, bagian ujung utara Pulau Sulawesi, Maluku bagian tengah, dan Kupang. Namun akibatnya, keuangan Belanda semakin menjadi carut-marut  dan nyaris di ambang kebangkrutan. Gubernur Jenderal Hindia Belanda yang menjabat pada saat itu, yaitu Johannes van den Bosch, mengeluarkan kebijakan yang disebut Cultuurstelsel (Sistem Tanam Paksa) pada tahun 1830, yang pada intinya mengharuskan pribumi (inlander) memberikan 20% tanah pertanian untuk ditanami tanaman komoditas ekspor Belanda, atau memaksa petani untuk bekerja di tanah pertanian milik pemerintah selama 60 hari per tahun. Kebijakan tersebut terbukti berhasil menstabilkan kas pemerintah kolonial Belanda dan memajukan jumlah ekspor Hindia Belanda ke tingkat yang lebih tinggi dibandingkan ekspor masa VOC, sehingga Belanda terlepas dari jeratan kebangkrutan dan bahkan mampu membayar lunas utang-utang yang tersisa setelah VOC bangkrut. Walaupun demikian, kebijakan tersebut justru membuat keadaan penduduk lokal di Hindia Belanda semakin lama semakin terpuruk, hingga bencana kelaparan hebat dan wabah penyakit bermunculan pada tahun 1840-an. Perlawanan dari rakyat kecil dan bahkan dari para pedagang yang menginginkan sistem pasar bebas akhirnya menghilangkan kebijakan ini pada tahun 1870-an.

Sementara kebijakan Cultuurstelsel diberlakukan, Belanda juga masih tetap melakukan ekspedisi dan penyerangan ke wilayah-wilayah luar Jawa untuk memperluas cakupan wilayah Hindia Belanda. Pada tahun 1831, Belanda mulai mengirimkan pasukan KNIL untuk menyerang wilayah pesisir bagian barat di Sumatra, sebagai respons dari kenekatan orang-orang Aceh yang menduduki pos-pos milik Belanda di wilayah tersebut. Setahun kemudian, Amerika Serikat (AS) juga mengirimkan pasukan ke Aceh, terutama daerah Kuala Batee, untuk membantu pasukan KNIL, karena merasa dirugikan setelah penduduk Kuala Batee merompak kapal Friendship milik AS dan membantai anak buah kapal tersebut. Pertempuran berhenti setelah orang-orang Aceh menyerah.

Akibat kebijakan Cultuurstelsel, rakyat Batipuh yang dihasut oleh oleh Datuk Pamuncak kemudian melakukan pemberontakan terhadap Belanda, yang dimulai pada tanggal 22 Februari 1841. Pemberontakan tersebut menyulut pemberontakan lain di seputar daerah suku Minangkabau, hingga ke kawasan Fort de Kock (sekarang di Bukittinggi) dan Fort Van der Capellen (sekarang di Batusangkar). Dalam pemberontakan tersebut, beberapa tentara KNIL dari kalangan Belanda dan pribumi tewas. Pemberontakan berhasil diredam seminggu setelahnya oleh Andreas Victor Michiels. Setelah pemberontakan tersebut, penduduk Batipuh dihukum kerja paksa.

Pada tahun 1846, Hindia Belanda mengerahkan pasukan KNIL ke negara Buleleng di Bali utara untuk menguasai daerah tersebut, dengan dalih bahwa pihak Buleleng tidak mengindahkan kerja sama dengan pihak Belanda dan bahwa pihak Belanda menentang hak tawan karang milik raja-raja Bali, yaitu hak merampas kapal yang karam di wilayah Bali beserta muatannya, yang dianggap melanggar hukum internasional. Belanda mulai menguasai wilayah Buleleng dan Karangasem dengan kekuatan militer, hingga akhirnya tentara KNIL menduduki Singaraja, ibu kota Buleleng pada awal tahun 1848. Orang Bali utara bersedia untuk menandatangani perjanjian dan membiarkan Belanda mendirikan markas di Buleleng. Namun, setelah KNIL kembali ke Jawa, orang Bali melanggar perjanjian tersebut dan bahkan melakukan penyerangan di bawah komando I Gusti Ketut Jelantik, seorang patih Buleleng. Pasukan KNIL kembali dikerahkan untuk menumpas pemberontakan pada pertengahan tahun 1848, tetapi pasukan Buleleng, yang berpindah markas ke Jagaraga setelah pasukan KNIL berlabuh di Bali, kali ini berhasil mengalahkan dan mengusir tentara KNIL. Belanda yang tidak terima kemudian mengirimkan armada dengan jumlah pasukan yang jauh lebih besar di bawah komando Andreas Victor Michiels. Kali ini, mereka memilih menyerang melalui gabungan jalur laut dan darat. Buleleng yang dengan cepat dikuasai oleh tentara KNIL membuat sejumlah orang Buleleng melakukan ritual bunuh diri massal (puputan), yang saat ini dikenal dengan peristiwa Puputan Jagaraga. Sisa pasukan Buleleng kemudian melarikan diri ke negara-negara lain, salah satunya Karangasem. Namun, wilayah Karangasem akhirnya juga dikuasai dengan mudah berkat bantuan dari pasukan dari orang-orang dari Pulau Lombok, yang bermusuhan dengan Karangasem. Dalam penyerangan ke Karangasem, Jelantik beserta I Gusti Ngurah Made Karangasem, raja Buleleng saat itu, gugur dalam pertempuran, sementara I Gusti Ngurah Gede Karangasem, raja Karangasem saat itu dan saudara sepupu dari Made Karangasem, melakukan puputan. Pasukan KNIL kembali mengejar pasukan Bali yang melarikan diri ke Jembrana dan Klungkung. Namun, pengejaran ini terbukti tidaklah mudah bagi KNIL yang dihadang oleh pasukan Bali dari negara-negara selatan, yang kemudian diperparah dengan terbunuhnya Michiels dalam serangan mendadak di Kusamba, Klungkung. Pihak Belanda dan pihak negara-negara Bali yang tidak menginginkan adanya pertumpahan darah lebih lanjut akhirnya menyetujui Perjanjian Kuta pada tahun 1850, yang membuat Hindia Belanda berhak memonopoli perdagangan di kerajaan-kerajaan Bali, sementara Buleleng dan Jembrana jatuh ke tangan Belanda, serta Karangasem menjadi negara vasal Belanda yang dikuasai oleh orang-orang Lombok, terutama oleh orang Bali-Mataram.

Dalam beberapa tahun ke depannya, Belanda lebih gencar lagi melakukan penaklukan di beberapa wilayah Nusantara. Pada tahun 1850–1854, Belanda melakukan penyerangan terhadap orang-orang Tionghoa di Pulau Kalimantan bagian barat yang menolak membayar pajak dan melawan pemerintah kolonial. Pada tahun 1851–1859, Hindia Belanda mengirimkan tentara KNIL untuk menaklukkan sisa-sisa pengikut negara Palembang yang telah runtuh. Antara tahun 1855–1864, Belanda melancarkan beberapa penyerbuan ke Pulau Nias untuk menaklukkan daerah tersebut. Pada tahun 1858, Belanda memadamkan pemberontakan di Bali yang dikepalai oleh I Gusti Nyoman Ide Gempol. Pasukan pemberontak tersebut ditangkap dan Gempol diasingkan. Kemudian pada tahun 1859, Bone kembali memberontak dan berperang melawan pemerintah kolonial. Pasukan KNIL yang dikerahkan untuk melakukan agresi militer awalnya gagal menaklukkan Bone karena banyaknya prajurit KNIL yang tewas dan pasukan ditarik untuk sementara waktu, tetapi setahun setelahnya, pasukan KNIL yang lebih besar dikerahkan dan Bone berhasil ditundukkan. Sebagian wilayah Bone direbut oleh Belanda dan menjadi wilayah Hindia Belanda.

Perebutan takhta Banjar di antara Tamjidillah II (ditunjuk menjadi sultan Banjar oleh Belanda) dan Hidayatullah II (diangkat sebagai mangkubumi pada saat itu) membuat rakyat Banjar terpecah. Pada awal 1859, Perang Banjar di antara kedua kubu pendukung masing-masing tokoh tersebut meletus, dengan KNIL memposisikan diri di pihak Tamjidillah. Tetapi tidak lama kemudian, Tamjidillah turun takhta pada bulan Juni 1859, dan karena Belanda melihat bahwa tidak ada penerus yang dapat menggantikan posisinya, maka Belanda secara sepihak membubarkan negara Banjar. Namun, rakyat Banjar mengangkat Hidayatullah sebagai sultan Baru, lalu ia memimpin rakyat dari suku Banjar dan Dayak untuk memberontak terhadap pemerintahan kolonial. Setelah beberapa tahun bertempur melawan Belanda, pada bulan Maret 1862, Hidayatullah menyerah kepada pasukan KNIL dan kemudian diasingkan ke Cianjur. Antasari diangkat pemimpin pemerintahan tertinggi Banjar dan melanjutkan kepemimpinan pasukan pemberontakan. Namun setelah beberapa bulan, ia meninggal karena penyakit cacar pada tanggal 11 Oktober 1862. Pada tahun 1863, Belanda menetapkan bahwa perang telah berakhir, tetapi beberapa pemberontakan sporadis yang dipimpin oleh Muhammad Seman masih terjadi hingga kematiannya pada tahun 1905.

Pada tahun 1864–1868, pemerintah Hindia Belanda mengirimkan pasukan KNIL untuk menaklukkan suku Basemah yang meneror Palembang dan Benkoelen (Bengkulu). Kemudian pada tahun 1868, pihak Belanda dan pihak Britania Raya kembali berembuk untuk menentukan wilayah-wilayah kolonial tambahan yang belum disepakati dalam perjanjian tahun 1824. Pada tanggal 8 September 1870, dua perjanjian Inggris-Belanda ditandatangani, salah satunya merupakan Perjanjian Siak yang berisi persetujuan pengintegrasian wilayah Siak Sri Inderapura ke dalam wilayah Hindia Belanda. Sebenarnya pihak Belanda juga ingin memasukkan wilayah Aceh ke dalam klausa perjanjian, tetapi niat tersebut dihalangi oleh pihak Britania yang menginginkan wilayah Pantai Emas Belanda di Benua Afrika, yang saat itu dikuasai oleh Belanda, sebagai gantinya. Dewan Perwakilan Belanda menolak meratifikasi Perjanjian Siak, sehingga pihak Belanda dan pihak Britania kemudian melakukan perembukan ulang. Pada tanggal 2 November 1871, kedua pihak menandatangani Perjanjian Sumatra, yang juga menambahkan klausa penggabungan Aceh dan seluruh Pulau Sumatra ke dalam wilayah Hindia Belanda, selain klausa-klausa yang telah disepakati dalam Perjanjian Siak.

Setelah perundingan tersebut, Belanda mengerahkan pasukan untuk menyerang dan menguasai Aceh pada tahun 1873. Di bawah pimpinan Johan Harmen Rudolf Köhler dan Eeldert Christiaan van Daalen, pasukan KNIL berlabuh di Aceh dan mulai menyerang wilayah tersebut pada bulan Maret, tetapi sebulan kemudian, Belanda terpaksa menarik pasukan tersebut karena kurangnya persiapan. Pada akhir tahun yang sama, Belanda kembali menyerang, kali ini, dengan jumlah pasukan yang sangat besar. Pada bulan Januari 1874, pengikut setia, keluarga kerajaan Aceh, dan Sultan Aceh saat itu, Mahmud Syah, yang tidak sanggup membendung pasukan KNIL akhirnya melarikan diri dari Kutaraja (sekarang Banda Aceh), ibu kota negara Aceh, dan bersembunyi di pedalaman. KNIL yang tidak menyia-nyiakan kesempatan ini langsung menduduki Banda Aceh dan mengumumkan secara sepihak pembubaran negara Aceh dan pengintegrasian wilayah Aceh ke dalam Hindia Belanda. Setelah Mahmud Syah meninggal karena penyakit kolera tidak lama setelah ia melarikan diri, Muhammad Daud Syah diangkat sebagai sultan dan pemimpin pejuang Aceh. Pasukan Aceh yang bersembunyi masih melancarkan beberapa perlawanan kecil terhadap pasukan Belanda yang menguasai Kutaraja. Pada dekade 1880-an, para ulama yang juga ikut dalam pasukan Aceh melawan Belanda, khususnya tokoh Teungku Chik di Tiro, mulai mempropagandakan Perang Aceh sebagai perang jihad melawan pasukan Belanda yang dipandang sebagai "para penjajah kafir", sehingga peperangan ini mulai dipandang sebagai simbol perlawanan umat Muslim terhadap imperialisme Barat.

Kedatangan Belanda ke negeri suku Batak dengan maksud untuk menguasai wilayah tersebut sekaligus melakukan misi Kristen di tanah Batak membuat rakyat setempat, khususnya Sisingamangaraja XII, merasa terancam dengan kehadiran mereka. Pada tanggal 16 Februari 1878, Perang Batak antara pasukan Batak di bawah komando Sisingamangaraja dengan pasukan KNIL meletus. Pasukan Sisingamangaraja menyerang pasukan KNIL di pos-pos pertahanan milik Belanda. Pada bulan Desember, pasukan Sisingamangaraja membentuk aliansi dengan para pejuang dari Aceh yang juga sedang berperang dengan Belanda kala itu dan mereka bersama-sama melakukan taktik gerilya untuk menyulitkan Belanda. Selama satu dekade setelahnya, pertemputan antara pasukan Sisingamangaraja dan pasukan KNIL berjalan seimbang. Pasukan Sisingamangaraja berhasil merebut beberapa pos pertahanan milik Belanda, sementara Belanda menangkap dan menyiksa prajurit dari pasukan Sisingamangaraja. Pada tahun 1889, Belanda yang mulai melihat jalan buntu dalam peperangan tersebut akhirnya mengirimkan pasukan dengan jumlah yang lebih banyak lagi. Sejak saat itu, pasukan Sisingamangaraja mulai mengalami kekalahan dan jumlah prajurit semakin berkurang, hingga pada tanggal 17 Juni 1907, Korps Marechaussee te Voet (Marsose) dari KNIL berhasil mengepungnya dan sisa pasukannya di suatu desa bernama Sionom Hudon. Sisingamangaraja bersama kedua putranya gugur dalam pertempuran tersebut.

Selagi Belanda memperluas wilayah kolonial Hindia Belanda, bencana berupa letusan dahsyat Gunung Krakatau terjadi pada tahun 1883. Sebenarnya, aktivitas seismik yang intens telah tercatat mulai dari beberapa tahun sebelumnya. Mulai pada tanggal 20 Mei 1883, Perbuwatan, yang merupakan puncak utara Gunung Krakatau, mengeluarkan asap dan uap yang kuat, yang terbawa hingga ke Batavia (sekarang Jakarta). Mulai pada tanggal 16 Juni, erupsi yang lebih kuat dengan awan dan kabut asap berwarna hitam tebal keluar dari Krakatau, dan pada tanggal 24 Juni, kawah baru, yang terbentuk di antara Perbuwatan dan Danan karena erupsi kuat tersebut, juga mulai mengeluarkan erupsi, sehingga kedua erupsi membentuk seperti dua pilar awan hitam yang besar. Pada awal bulan Agustus, pilar ketiga terbentuk dari erupsi Danan, sementara beberapa kawah kecil di sekitanya, yang mengeluarkan asap dan uap dalam jumlah banyak, terbentuk beberapa hari setelahnya, sehingga vegetasi di sekitar Gunung Krakatau mulai rusak dan hancur. Pada tanggal 25–26 Agustus, erupsi semakin intens dan dahsyat, hingga menimbulkan tsunami kecil. Akhirnya, empat letusan sangat dahsyat yang menandakan puncak erupsi gunung berapi ini terjadi pada tanggal 27 Agustus. Letusan ketiga, yang menjadi letusan terkuat di antara keempatnya, menghasilkan suara dengan intensitas hingga 180 dB Sedemikian lantangnya suara tersebut sehingga gendang telinga sebagian besar awak kapal RMS Norham Castle milik Britania Raya, yang kebetulan sedang berlayar di perairan Sumatra dekat Kepulauan Krakatau, pecah karena gelombang suara yang hebat, dan bahkan suara mirip tembakan meriam masih dapat terdengar dari Perth di Australia dan Pulau Rodrigues dekat Mauritius. Tiap letusan menghasilkan tsunami yang mencapai tinggi hingga 30 m, yang menyebar hingga sampai ke Benua Afrika dalam bentuk gelombang yang relatif besar dan Selat Inggris dalam bentuk gelombang kecil. Seluruh vegetasi di sekitar Selat Sunda rata dengan tanah akibat awan panas dan gelombang tsunami, sementara korban manusia yang berjatuhan akibat letusan gunung dan tsunami berjumlah sekitar 36 ribu jiwa. Setelah letusan dahsyat keempat tersebut, dua pertiga bagian utara Pulau Rakata runtuh ke dasar laut, serta menyisakan sepertiga bagian selatan pulau dan tebing curam yang merupakan sisa kaki Puncak Rakata yang tidak runtuh. Setelah letusan dahsyat tersebut, erupsi berkurang secara drastis hingga dinyatakan selesai pada bulan Oktober 1883, meskipun aktivitas seismik masih terasa di sekitar daerah tersebut hingga bulan Februari 1884. Letusan ini diperkirakan berkontribusi pada musim dingin vulkanis yang terjadi selama empat tahun setelah letusan terjadi dan pemandangan-pemandangan langit spektakuler yang diakibatkan oleh abu vulkanik.

Belanda tetap memperluas wilayah tundukan mereka di wilayah Aceh sedikit demi sedikit, termasuk di antaranya adalah daerah Meulaboh pada tahun 1883. Teuku Umar, sebagai penguasa lokal di Meulaboh, tunduk dan berdamai dengan pihak Belanda, sehingga ia dipercaya sebagai pemimpin pasukan yang membantu KNIL dalam perang melawan pasukan Aceh. Namun, penyerahan diri tersebut ternyata merupakan siasat Umar untuk mengelabui Belanda. Ketika Belanda kembali menyatakan perang terbuka dengan para pejuang gerilya Aceh pada tahun 1884, Umar dan pengikutnya merampok kapal dan senjata yang dipercayakan Belanda kepadanya dan membagikannya kepada para pejuang Aceh, sementara seluruh tentara dan awak kapal Belanda mereka habisi. Sejak saat itu, Teuku Umar ikut berperang bersama pejuang kesultanan melawan pasukan KNIL. Belanda menjadikan Umar sebagai buron dengan uang imbalan yang besar. Setelah berperang melawan Belanda selama kurang lebih satu dekade, pada bulan September 1893, Umar yang melihat bahwa perang yang berkepanjangan tersebut membuat rakyat kesulitan akhirnya berusaha sekali lagi mengelabui Belanda dengan menyerahkan dirinya dan beberapa anak buahnya kepada pemerintah kolonial Hindia Belanda, dan bahkan bersandiwara seakan-akan ia sangat setia kepada Belanda. Hal ini bahkan mengelabui istri sekaligus teman seperjuangannya, Cut Nyak Dhien. Umar bergabung ke dalam dinas militer Belanda, dan dalam kurun waktu tiga tahun Umar mempelajari taktik dan siasat perang Belanda, mengumpulkan pasukan dan persenjataan, berhubungan dengan pejuang-pejuang Aceh lainnya secara diam-diam, serta mengirimkan uang dan gaji yang diterimanya kepada pasukan Aceh. Pada tanggal 30 Maret 1896, Umar menyatakan diri keluar dari dinas militer dan berbalik mendukung pejuang Aceh, setelah ia membawa lari 800 pucuk senjata, 25.000 butir peluru, 500 kg amunisi, dan uang dalam jumlah besar. Hal ini membuat pemerintah kolonial pusat sangat marah, sehingga Belanda melancarkan operasi militer besar-besaran untuk menangkap Teuku Umar, tetapi para pejuang Aceh yang kini telah dilengkapi persenjataan yang didapat dari Belanda sendiri membuat pasukan KNIL kewalahan menangani mereka. Teuku Umar muncul sebagai kepala armada yang menyatukan pasukan-pasukan Aceh yang terpecah-pecah dan berhasil memukul mundur pasukan Belanda. Joannes Benedictus van Heutsz, komandan pasukan KNIL yang melawan Aceh saat itu, akhirnya menggunakan mata-mata untuk melacak lokasi dan stategi perang Umar. Setelah mendapat kabar bahwa Umar akan menuju ke Meulaboh, Heutsz menyusun strategi serangan tiba-tiba untuk menangkap pasukan Umar. Akhirnya pada tanggal 11 Februari 1899, Belanda berhasil menangkap pasukan Umar, sementara Teuku Umar sendiri gugur dalam penyerangan tersebut. Cut Nyak Dhien kemudian melanjutkan kepemimpinan Umar dalam melawan pasukan Belanda.

Sementara berperang melawan pasukan Aceh dan Batak, Belanda tetap melakukan ekspedisi ke wilayah-wilayah Nusantara lainnya demi perluasan wilayah kolonial Hindia Belanda. Pada tahun 1970-an, Belanda berhasil menguasai Jawa, hampir seluruh Pulau Sumatra, Kupang, pesisir selatan Pulau Kalimantan, Makassar dan sekitarnya, Manado dan sekitarnya, serta sebagian besar Kepulauan Maluku. Penaklukan tersebut tentu saja menimbulkan gejolak perlawanan dan pemberontakan. Pada tahun 1885, penduduk Jambi melakukan pemberontakan terhadap Belanda dengan membunuh beberapa pejabat dan tentara Belanda, serta menyerang kapal-kapal Belanda yang berlabuh di pesisir Jambi. Pemberontakan dapat diredam setelah pemerintah kolonial mengirimkan beberapa armada kapal untuk menundukkan para pemberontak. Kemudian pada tahun 1888, para petani Banten, khususnya petani yang mendiami Cilegon dan sekitarnya yang mengalami kesengsaraan akibat bencana dan wabah penyakit, melakukan pemberontakan terhadap Belanda dengan melakukan kerusuhan di kediaman para pejabat Belanda, tetapi pemberontakan tersebut dengan cepat diredam oleh pasukan KNIL dalam waktu beberapa hari.

Pada tahun 1891, rakyat suku Sasak yang mayoritas beragama Islam melakukan pemberontakan terhadap kelompok Bali-Mataram (orang-orang suku Bali yang mendiami Pulau Lombok) beragama Hindu Bali yang telah menguasai seluruh Pulau Lombok sejak tahun 1839. Pemberontakan tersebut dapat diredam oleh pasukan Bali-Mataram yang memiliki persenjataan yang lebih modern. Melihat bahwa pemberontakan yang mereka lakukan tidak membuahkan hasil, pada bulan Februari 1894, pihak Sasak mengirimkan utusan untuk meminta bantuan kepada pemerintah kolonial Hindia Belanda. Belanda yang melihat konflik ini sebagai kesempatan untuk memperluas pengaruh di Bali dan Lombok akhirnya membantu pihak Sasak dengan melakukan blokade perdagangan dan memberi perintah agar orang-orang Bali-Mataram menyerah. Namun, kelompok tersebut tidak mengindahkan ancaman tersebut, sehingga Belanda akhirnya turun tangan dengan mengirimkan pasukan ke Pulau Lombok pada bulan Juli 1894. Pada bulan Agustus, pasukan Bali-Mataram menentang kehadiran Belanda dengan menyerang pasukan KNIL secara tiba-tiba, hingga akhirnya pasukan tersebut harus menarik diri karena kehilangan banyak prajurit. Pada bulan November, Belanda kembali mengirimkan pasukan KNIL dengan jumlah yang lebih besar ke Lombok. Pasukan tersebut dengan cepat berhasil menundukkan seluruh perlawanan dari orang-orang Bali-Mataram, sebagian terbunuh dalam pertempuran, sebagian memilih melakukan ritual puputan, dan sebagian menyerahkan diri. Akhirnya, Karangasem dan Pulau Lombok menjadi wilayah kolonial Hindia Belanda, dan seluruh kekayaan kerajaan direbut oleh Belanda. Belanda kembali melanjutkan usaha penaklukannya di Bali, sehingga tidak lama kemudian, negara Bangli and Gianyar menyerah kepada Belanda, sementara negara-negara di Bali selatan masih tetap bertahan.

Antara tahun 1891–1892, Christiaan Snouck Hurgronje, seorang peneliti Dunia Barat melakukan penelitian atas budaya dan penduduk di tanah Aceh. Hurgronje menyimpulkan bahwa Belanda sebaiknya mengurangi operasi militer melawan orang Aceh dan membuang fokus mereka terhadap sultan, serta sebaliknya harus menaruh perhatian mereka untuk membentuk praktik spionase yang terorganisasi dan juga menarik hati para ulèëbalang, yaitu pemegang kekuasaan lokal di Aceh. Namun, ia juga memperingatkan bahwa beberapa kaum ulama tidak dapat diajak kerja sama dan hanya dapat ditundukkan dengan kekerasan. Joannes Benedictus van Heutsz, gubernur militer atas pasukan KNIL yang menyerang Aceh, mulai mengimplementasikan saran Hurgronje tersebut dalam kebijakan-kebijakannya, yaitu dengan menawarkan suatu kemudahan perdagangan dan jaminan jabatan tetap sebagai penguasa wilayah kepada para ulèëbalang yang tunduk kepada Belanda. Kebijakan tersebut terbukti berhasil dengan mulusnya kegiatan ekspedisi pasukan Belanda ke Pedir (sekarang Pidie) pada tahun 1897–1898, serta ekspedisi Belanda ke daerah Idi pada bulan Juli 1898. Beberapa ulèëbalang yang menyerahkan diri kemudian menjadi mata-mata bagi Belanda untuk melacak para pejuang Aceh. Kegiatan spionase mereka memberi andil terhadap keberhasilan pasukan KNIL dalam mengepung dan menggugurkan Teuku Umar pada tahun 1899, serta menangkap tokoh-tokoh Aceh yang penting, seperti Muhammad Daud Syah, Panglima Polem, Tuanku Raja Keumala, dan Tuanku Mahmud pada tahun 1903. Dengan tertangkapnya tokoh-tokoh penting tersebut, Belanda menyatakan bahwa Perang Aceh telah selesai. Pada tahun 1904, Belanda melakukan operasi militer besar-besaran ke tanah Gayo, Alas, dan Batak, serta ke daerah-daerah lainnya yang masih melakukan perlawanan. Sekitar tiga ribu jiwa penduduk Aceh tewas dalam operasi ini. Berkat keberhasilannya dalam "membawa kedamaian" di tanah Aceh, Heutsz dianggap sebagai pahlawan di negeri Belanda dengan gelar "Pembawa Perdamaian Aceh", serta diangkat sebagai Gubernur Jenderal Hindia Belanda oleh Pemerintah Belanda pada tahun yang sama, yaitu tahun 1904. Sementara itu, Cut Nyak Dhien, yang juga melakukan perlawanan terpisah, ditangkap oleh Belanda pada tanggal 4 November 1905. Meskipun Belanda telah menyatakan bahwa perang telah usai, beberapa tokoh ulama Aceh masih tetap melakukan perlawanan, dengan tanah Gayo sebagai pusat perlawanan, hingga mereda sekitar tahun 1913–1914.

Keberhasilan Belanda dalam menyelesaikan Perang Aceh yang telah berlangsung selama lebih dari tiga dekade tersebut juga mendorong semangat pemerintah kolonial Belanda untuk menundukkan negara-negara merdeka lainnya yang masih tersisa di Nusantara. Belanda berhasil melakukan ekspedisi untuk menguasai wilayah di daerah Kerinci (September 1903) serta menduduki wilayah Sulawesi bagian selatan dan membubarkan negara Gowa dan Bone (1905). Pada tanggal 15 Juni 1908, pemberontakan yang dilakukan oleh penduduk Kamang melawan Pemerintah Hindia Belanda pecah dan menyebar ke daerah-daerah lain di Keresidenan Pesisir Barat Sumatra, seperti Manggopoh dan Lintau Buo. Pemberontakan tersebut terjadi akibat penerapan pajak (belasting) yang memberatkan masyarakat, sehingga pemberontakan ini disebut juga Perang Belasting. Pemerintah meresponsnya dengan mengirimkan korps marsose KNIL yang mampu menundukkan semua gelombang pemberontakan tersebut dalam waktu sehari.

Belanda yang telah berhasil menaklukkan Bali bagian utara mulai melakukan penyerangan ke negara-negara selatan yang masih bertahan melawan pengaruh Belanda. Pada tanggal 27 Mei 1904, kapal sekunar asing bernama Sri Kumala terdampar di perairan Sanur dan dijarah oleh orang-orang Bali menurut adat tawan karang Bali. Belanda menggunakan alasan ini untuk mengultimatum Badung, Tabanan, dan Klungkung agar menyerah. Akhirnya pada bulan September 1908, Belanda mengirimkan armada dan pasukan KNIL untuk menyerang kerajaan-kerajaan tersebut, Ketika pasukan tiba di negara Badung, Rakyat Badung yang tidak gentar melihat musuk kemudian menyerang pasukan mereka bersama I Gusti Ngurah Made Agung, raja mereka saat itu. Beberapa penduduk lokal juga melakukan ritual puputan atau melempari pasukan dengan perhiasan dan koin untuk mengolok-olok mereka. Kisah heroik raja dan rakyat Badung tersebut saat ini dikenal dengan peristiwa Puputan Badung. Setelah negara Badung berhasil ditundukkan, pasukan KNIL melanjutkan penyerangannya ke Tabanan, tetapi raja dan pengikutnya pun melakukan ritual puputan di dalam kurungan. Setelah itu, pasukan Belanda pergi ke Klungkung dan mempertimbangkan untuk menyerang Dewa Agung Jambe II, penguasa Klungkung dan penguasa nominal seluruh Bali saat itu, tetapi mengurungkan niat mereka setelah Dewa Agung menyerah dan setuju untuk menandatangani perjanjian dengan Belanda. Belanda akhirnya mampu menguasai seluruh Pulau Bali. Namun, monopoli yang dilakukan oleh Belanda di tanah Bali akhirnya menimbulkan pemberontakan dari Dewa Agung, sebagai penguasa nominal Bali, dan pengikut-pengikutya pada bulan April 1908. Pemberontakan ini berakhir dengan kemenangan pihak Belanda, sementara Dewa Agung terbunuh dan pengikut-pengikutnya melakukan puputan, yang saat ini dikenal dengan peristiwa Puputan Klungkung.

Berkat peperangan demi peperangan yang telah dimenangkan oleh pasukan Belanda serta keberhasilan penundukan daerah-daerah yang memberontak kepada pemerintah kolonial, sebagian besar wilayah di Nusantara dapat dianeksasi ke dalam wilayah kolonial Hindia Belanda. Akibatnya, beberapa penguasa negara berdaulat (pada saat itu) yang takut akan kekuatan militer Belanda, seperti penguasa-penguasa di negara Tidore di Maluku, Pontianak di Kalimantan, dan Palembang di Sumatra, menyerah kepada Kerajaan Belanda demi menghindari penaklukan atas wilayahnya oleh pasukan Belanda dan agar mereka mampu merundingkan perjanjian damai yang lebih baik di bawah kekuasaan kolonial. Pada tahun 1920-an, wilayah barat Pulau Papua dimasukkan ke dalam kelola administrasi kolonial Belanda, sehingga sejak masa ini Hindia Belanda telah mencakup seluruh wilayah yang kelak menjadi negara Republik Indonesia modern.