Jabarkan A/chicken/Pekalongan/BBVW308/2007(H5N1) dari Flu burung

Klad merupakan kelompok taksonomi berupa gambaran pohon kladistika untuk mengetahui hubungan kekerabatan. Penetapan klad virus flu burung dilakukan dengan pengurutan antigen H5, yang kemudian dikelompokkan dan diberi kode berupa angka. Sebagai contoh, hingga tahun 2008, semua virus H5N1 di Indonesia digolongkan dalam klad 2.1 dengan tiga turunan, yaitu 2.1.1, 2.1.2, dan 2.1.3. Virus klad 2.1.3 selanjutnya menyebar di banyak daerah di Indonesia. Pada bulan September 2012, isolat virus subtipe H5 dari bebek di Jawa Tengah dilaporkan berhubungan erat dengan klad 2.3.2.1 yang sebelumnya baru ditemukan di Vietnam, Tiongkok, dan Hong Kong. Situs web Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menyediakan gambaran lengkap pohon kladistika virus flu burung subtipe H5.

Sifat alami dan perubahan antigen

Kelangsungan hidup virus di lingkungan dipengaruhi oleh berbagai faktor, di antaranya jumlah virus, temperatur, paparan sinar matahari, keberadaan materi organik, pH dan salinitas (jika virus di air), serta kelembapan relatif (pada permukaan padat atau tinja). Virus influenza A rentan terhadap berbagai jenis disinfektan, di antaranya natrium hipoklorit, etanol 60–90%, senyawa amonium kuartener, aldehid, fenol, asam, dan iodin povidon, juga bisa diinaktivasi dengan pemanasan 56–60 °C selama minimum 60 menit serta oleh radiasi ionisasi atau pH ekstrem (pH 1–3 atau pH 10–14).

Virus flu burung terus berubah dengan konstan. Ada dua cara mereka untuk berubah:

Antigenic drift, yaitu ketika gen virus influenza mengalami perubahan-perubahan kecil seiring dengan waktu saat virus bereplikasi. Perubahan genetik yang kecil ini akan berakumulasi perlahan-lahan sehingga sifat antigeniknya berbeda dan tidak dikenali lagi oleh sistem kekebalan tubuh. Hal ini menyebabkan komposisi vaksin influenza perlu ditinjau secara berkala agar dapat mengimbangi laju perubahan virus.

Antigenic shift, yaitu ketika terjadi perubahan gen yang besar dan mendadak yang menghasilkan jenis protein H yang baru dan/atau kombinasi protein H dan N yang baru. Kebanyakan individu tidak memiliki kekebalan terhadap virus influenza yang baru ini sehingga menyebabkan terjadinya wabah penyakit yang luas.