Jabarkan Reformasi dan Estonia Swedia dari Estonia

Reformasi di Eropa resminya dimulai pada tahun 1517 oleh Martin Luther (1483–1546) dan 95 dalilnya. Reformasi ini menghasilkan perubahan besar di wilayah Baltik. Gagasan-gagasan yang masuk ke dalam Konfederasi Livonia sangatlah cepat dan pada dasawarsa 1520-an mereka cukup terkenal. Bahasa, pendidikan, agama, dan politik bertransformasi besar-besaran. Pelayanan gereja disajikan menggunakan bahasa daerah, tidak lagi bahasa Latin, yang sebelumnya digunakan. Dalam Perang Livonia pada tahun 1561, Estonia Utara berada di bawah kendali Swedia. Estonia Selatan pada dasawarsa 1560-an berbentuk Kadipaten Livonia yang otonom dalam Persemakmuran Polandia-Lituania di bawah pengawasan gabungan Mahkota Kerajaan Polandia dan Kadipaten Agung Lituania, terdiri dari dua kepangeranan Estonia sekarang: Kepangeranan Dorpat (daerah Tartu) dan Kepangeranan Parnawa (daerah Pärnu). Pada tahun 1629, daratan besar Estonia seluruhnya menjadi berada di bawah kekuasaan Swedia. Estonia secara administratif dibagi menjadi Provinsi Estonia di utara dan Livonia di selatan Estonia dan utara Latvia, sebuah pembagian wilayah yang masih bertahan hingga permulaan abad ke-20.

Pada tahun 1631, Raja Swedia, Gustavus II Adolfus memaksa kaum bangsawan untuk memberi kaum tani hak-hak yang lebih besar, meskipun perbudakan masih dipertahankan. Pada tahun 1632, sebuah media cetak dan universitas didirikan di Kota Dorpat (dikenal sebagai Tartu sejak tahun 1918). Periode ini dikenal dalam sejarah Estonia sebagai "Zaman Swedia Tua yang Baik".

Pertumbuhan populasi yang stabil tetap bertahan hingga menjangkitnya wabah pada tahun 1657. Kelaparan besar pada tahun 1695–1697 telah menewaskan kira-kira 70.000 jiwa, atau hampir 20% populasi saat itu.