Jabarkan 1991: Insiden Santa Cruz dari Timor Leste

1999: Referendum pemisahan diri Timor Timur diizinkan Presiden B. J. Habibie. Setelah pengunduran diri Presiden Soeharto, dibuat sebuah kesepakatan yang disponsori PBB antara Indonesia dan Portugal untuk sebuah referendum dalam pengawasan PBB pada bulan Agustus 1999. Mayoritas hasil pemungutan suara yang memilih dan menginginkan kemerdekaan Timor Timur disambut dengan kampanye kekerasan oleh milisi pro-integrasi. Dengan izin dari Indonesia, pasukan penjaga perdamaian multi nasional yang dipimpin Australia ditempatkan sampai situasi pulih. Pada akhir 1999, administrasi Timor diambil alih oleh PBB melalui Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor-Leste.