Jabarkan Sains dari Hindia Belanda

Kekayaan alam dan budaya Hindia Belanda menarik para intelektual, ilmuwan, dan peneliti Eropa.  Beberapa ilmuwan terkemuka yang melakukan sebagian besar penelitian penting mereka di kepulauan Hindia Timur adalah Teijsmann, Junghuhn, Eijkman, Dubois, dan Wallace.  Banyak lembaga seni, budaya, dan ilmu pengetahuan penting didirikan di Hindia Belanda.  Misalnya, Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen (Masyarakat Seni dan Sains Kerajaan Batavia), pendahulu Museum Nasional Indonesia, didirikan pada 1778 dengan tujuan untuk mempromosikan penelitian dan mempublikasikan temuan di bidang seni dan sains.  khususnya sejarah, arkeologi, etnografi, dan fisika.  Kebun Raya Bogor dengan Herbarium Bogoriense dan Museum Zoologicum Bogoriense merupakan pusat utama penelitian botani yang didirikan pada tahun 1817 dengan tujuan mempelajari flora dan fauna Nusantara.

Manusia Jawa ditemukan oleh Eugene Dubois pada tahun 1891. Komodo pertama kali dideskripsikan oleh Peter Ouwens pada tahun 1912, setelah kecelakaan pesawat pada tahun 1911 dan rumor tentang dinosaurus yang hidup di Pulau Komodo pada tahun 1910. Vitamin B1 dan hubungannya dengan penyakit beri-beri ditemukan  oleh Eijkman selama bekerja di Hindia Belanda.

Dengan meningkatnya minat dalam penelitian ilmiah, pemerintah Hindia Belanda mendirikan Natuurwetenschappelijke Raad voor Nederlandsch-Indië (Dewan Ilmu Pengetahuan Hindia Belanda) pada tahun 1928.[139]  Ini beroperasi sebagai organisasi penelitian utama negara sampai pecahnya Perang Dunia II di Asia Pasifik pada tahun 1942. Pada tahun 1948 lembaga ini berganti nama menjadi Organisatie voor Natuurwetenschappelijk Onderzoek (Organisasi untuk Penelitian Ilmiah).  Organisasi ini adalah cikal bakal Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia saat ini.[140]