Jabarkan Pendidikan di Belanda dari Hamengkubuwana IX

Sebelum menyelesaikan pendidikan menengahnya di HBS Bandung, ayah Dorodjatun dan Tinggarto memerintahkan mereka untuk belajar ke Belanda. Mereka berangkat melalui jalur laut bulan Maret 1930 dengan ditemani oleh keluarga Hofland, seorang direktur pabrik gula di Gesikan. Mereka berdua bersekolah di Gymnasium atau Lyceum Haarlem yang merupakan gabungan dari dua lembaga berbeda, yaitu Hoogere Burgerschool B (HBS-B) dan Stedelijk Gymnasium. Di Haarlem, mereka tinggal di kediaman kepala sekolah mereka, Mourik Broekman. Dorodjatun kerap dipanggil Sultan Henk ketika menuntut ilmu di sekolah tersebut. Karena perbedaan kualitas pendidikan dengan Hindia Belanda, ia harus turun dua kelas di Haarlem. Ia bukanlah siswa yang istimewa maupun cemerlang di sana. Meskipun beberapa nilainya tergolong baik, Dorodjatun harus mengulang di beberapa mata pelajaran, terutama hingga dua kali di pelajaran geometri dan trigonometri. Kakaknya, Tinggarto, juga mengalami hal yang sama di Haarlem. Keduanya berhasil lulus dari sekolah ini pada tahun 1934.

Dorodjatun dan kakaknya kemudian pindah ke Leiden. Mereka masuk ke perguruan tinggi Rijksuniversiteit Leiden, kini Universitas Leiden. Dorodjatun mengambil studi Indologi, studi yang mempelajari administrasi kolonial, etnologi, dan kesusastraan di Hindia Belanda; sementara Tinggarto memilih studi yang lebih populer, yakni bidang hukum. Belum sempat menyelesaikan tesis untuk gelar doktorandusnya, Dorodjatun bersama saudara-saudaranya yang berada di luar negeri dipanggil oleh keluarga di Jogja untuk kembali ke Hindia Belanda setelah terjadinya Penyerbuan Jerman ke Polandia tahun 1939. Tesis yang hampir selesai tersebut dibawa ke Jawa bersamanya dalam bentuk manuskrip dan belum pernah dikumpulkan. Naskah itu hilang dan hanya diketahui judulnya saja, yaitu "Kontrak Politik antara Sunan Solo dan Pemerintah Belanda". Hingga akhir hayatnya, Hamengkubuwana IX belum mendapatkan gelar apapun dari universitas karena belum sempat mengikuti wisuda kelulusannya.