Jabarkan Pelabuhan dari Kota Ternate

Kota ini juga memiliki pelabuhan laut A. Yani dengan jalur pelayaran yang dilalui kapal Pelni dua kali perminggu. Dua perusahaan ekspedisi kapal angkutan adalah Mentari dan Tanto. Untuk menyeberang ke pulau-pulau sekitar seperti Halmahera, Tidore, Hiri, Moti, Meitara, dapat menggunakan perahu kecil dari fiberglass yang umum di sebut Speed dengan tarif mulai Rp.8.000,-