Jabarkan Sekretariat Daerah dari Daerah Istimewa Yogyakarta

Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan, dan Energi Sumber Daya Mineral

Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan, dan Aset

Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olahraga

Dinas Perhubungan, Komunikasi, dan Informatika

Dinas Perindustrian, Perdagangan Koperasi, dan Usaha Kecil Menengah

Dinas Pertanahan dan Tata Ruang (Kundha Niti Mandala sarta Tata Sasana)

Dinas Tenaga Kerja, dan Transmigrasi

Badan Kerja Sama, dan Penanaman Modal

Badan Kesatuan Bangsa, dan Perlindungan Masyarakat

Badan Ketahanan Pangan, dan Penyuluhan

Badan Pemberdayaan Perempuan, dan Masyarakat

Badan Perpustakaan, dan Arsip Daerah

Sekretariat Komisi Pemilihan Umum DIY

Selain itu di DIY dibentuk Ombudsman Daerah sejak tahun 2004 dengan keputusan Gubernur. Dua dinas daerah di DIY memiliki nomenklatur dengan bahasa dan aksara Jawa, yaitu Dinas Kebudayaan disebut Kundha Kabudayan (Hanacaraka: ) serta Dinas Pertanahan dan Tata Ruang Kundha Niti Mandala sarta Tata Sasana (Hanacaraka: ). Nomenklatur ini juga digunakan pada dinas daerah tingkat kabupaten/kota di DIY.