Jabarkan Pendudukan Jepang dari Hamengkubuwana IX

Tanggal 5 Maret 1942, Yogyakarta diduduki oleh Jepang. Tentara Jepang yang datang kemudian menyerahkan kekuasaan di Yogyakarta kepada Gubernur Adam untuk sementara. Gubernur Adam dan Hamengkubuwana IX selalu aktif memberikan pesan publik agar tidak terjadi kepanikan di masyarakat. Setelah keadaan Yogyakarta lebih tenang, Sultan Hamengkubuwana bersama Patih Danurejo mengunjungi beberapa daerah kekuasaannya. Sultan menyimpulkan bahwa rakyat tetap tenang dan tidak terlalu terganggu dengan keadaan perang. Hamengkubuwana yang mudah mengadaptasikan pemerintahannya dengan tentara Jepang, ditambah Gubernur Adam dan Patih Danurejo yang sangat aktif dalam mengumumkan dan mengimplementasikan sebagian besar isi dekret pemerintahan militer Jepang, membuat atmosfer pendudukan di Yogyakarta terasa lebih damai. Terlepas dari itu, Adam diturunkan jabatannya menjadi residen pada akhir bulan Maret dan diasingkan secara tiba-tiba pada tanggal 21 April oleh tentara Jepang.

Sultan Hamengkubuwana IX diberi otonomi untuk menjalankan pemerintahan di daerahnya di bawah Pemerintah Kolonial Jepang. Jabatan Pepatih Dalem yang sebelumnya harus bertanggung jawab kepada Sultan dan Pemerintah Kolonial Belanda kini hanya bertanggung jawab kepada Sultan saja. Pada tanggal 1 Agustus 1942, Panglima Besar Tentara Pendudukan Jepang di Jakarta menjadikan Yogyakarta sebuah Kooti atau Kochi, sementara Hamengkubuwana IX menjadi Koo (penguasa) wilayah tersebut. Jepang menganggap Sunan Pakubuwana sebagai primus inter pares di antara keempat penguasa Vorstenlanden; ketika ada undangan pertemuan dengan petinggi tentara Jepang, Sunan sering mewakili tiga penguasa lainnya. Jika Sunan dan Sultan bersama-sama hadir, Sunan mewakili Surakarta dan Mangkunegaran, sementara Sultan mewakili Yogyakarta dan Pakualaman. Bulan September 1944, Pakubuwana XI jatuh sakit, Hamengkubuwana IX menggantikannya menjadi perwakilan di antara para penguasa Vorstenlanden. Peran ini kemudian diambil kembali oleh Pakubuwana XII ketika naik takhta menggantikan ayahnya yang mangkat.

Di tengah banyaknya pengambilan penduduk menjadi romusa, banyak catatan mengatakan bahwa Sultan mampu mencegahnya dengan memanipulasi data statistik produktivitas pertanian dan peternakan. Sultan mengajukan pembangunan sebuah kanal irigasi yang menghubungkan Kali Progo dan Kali Opak agar pengairan sawah dapat dilakukan sepanjang tahun dari yang sebelumnya masih bersistem tadah hujan. Usulan ini diterima oleh pihak Jepang. Monfries mencatat bahwa pemerintah kolonial bahkan membantu pendanaan pembangunannya sebanyak satu juta gulden. Pembangunan saluran irigasi ini kemudian dijadikan alasan agar tidak banyak romusa yang diambil dari Yogyakarta, sehingga masyarakat lebih difokuskan di sini. Saluran irigasi ini kemudian disebut Selokan Mataram, sementara dalam bahasa Jepang dinamakan Gunsei Hasuiro atau Gunsei Yosuiro (Kanal Yosuiro). Saluran ini dinilai berhasil, ditandai dengan meningkatnya produktivitas pertanian sehingga sumbangan bahan pangan kepada tentara Jepang juga meningkat. Meskipun telah berhasil mengurangi jumlah romusa yang diambil kolonial, Romo Tirun mengungkapkan bahwa tetap ada penduduk yang diambil menjadi romusa, tetapi jika dibandingkan dengan daerah lain maka jumlah di Yogyakarta lebih sedikit. Klaim ini dibantah oleh Monfries yang menuliskan bahwa walaupun memang jumlahnya lebih kecil daripada keseluruhan Jawa, laporan tahun 1944 mengatakan bahwa jumlah romusa yang dikirim malah melebihi jumlah yang diminta Jepang.

Selama masa pendudukan Jepang ini, Hamengkubuwana IX melakukan beberapa reformasi di Kesultanan. Pada akhir bulan Juli 1942, ia mengganti nama-nama lembaga pemerintahan daerah yang sebelumnya berbahasa Belanda menjadi berbahasa Jawa. Pada tahun 1944, ia membuat layanan publik dapat diakses dari kelas dan kelompok masyarakat mana pun sehingga banyak pegawai negeri yang diterima dari kalangan biasa, membentuk komite daerah untuk membantu para panewu (camat), juga mengeluarkan instruksi agar pelatihan pegawai negeri dilakukan lebih intensif. Selain itu, ia menghapus distrik dan menjadikan kapanewon (kecamatan) sebagai lembaga administratif terbawah, juga menghapus pengadilan khusus bagi bangsawan. Selo Soemardjan mengungkapkan bahwa sebagian besar reformasi itu adalah uji coba, sehingga tidak semuanya berjalan dengan sukses.

Akhir tahun 1944, kesehatan Patih Danurejo yang merupakan sepupu ayah Sultan mulai menurun. Pada tanggal 17 Juli 1945, Patih Danurejo mengundurkan diri dengan alasan umur yang sudah lanjut dan telah mengabdi selama 12 tahun di jabatan tersebut. Hamengkubuwana IX mengambil alih tugas-tugasnya sejak 1 Agustus 1945 dan berkantor di Kepatihan, tempat para patih bekerja. Meskipun dalam dekret pembentukan Kooti dijelaskan bahwa Pemerintahan Tentara Jepang harus menunjuk seorang Somutyokan (Patih), pemerintah saat itu tidak mempermasalahkan hal ini. Sejak saat itu, jabatan Patih Danurejo dihapuskan.