Jabarkan 1948–1967 − pemerintahan Yordania/Israel dari Yerusalem

Setelah berakhirnya Mandat Britania untuk Palestina, Rencana Pembagian Palestina oleh PBB pada tahun 1947 merekomendasikan "pembentukan rezim internasional khusus di Kota Yerusalem, membentuknya sebagai suatu Corpus separatum di bawah adminstrasi PBB." Rezim internasional tersebut (juga termasuk kota Betlehem) rencananya diberlakukan untuk jangka waktu sepuluh tahun, lalu setelahnya akan diadakan suatu referendum di mana masyarakat menentukan rezim di masa mendatang untuk kota mereka. Namun rencana ini tidak terlaksana karena terjadi peperangan pada tahun 1948, sementara Britania menarik diri dari Palestina dan Israel mendeklarasikan kemerdekaannya.

Bertentangan dengan Rencana Pembagian, yang mana bertujuan membentuk sebuah kota terpisah dari negara Arab dan negara Yahudi, Israel menaklukkan daerah yang nantinya menjadi Yerusalem Barat beserta bagian-bagian utama wilayah Arab yang dialokasikan untuk Negara Arab di masa mendatang; sedangkan Yordania mengambil alih Yerusalem Timur dan Tepi Barat. Perang tersebut memicu perpindahan penduduk Yahudi dan Arab dari kota ini. 1.500 penduduk Kawasan Yahudi di Kota Lama terusir keluar dan beberapa ratus lainnya dijadikan tawanan ketika Legiun Arab merebut kawasan itu pada tanggal 28 Mei. Penduduk Arab di Katamon, Talbiya, dan Koloni Jerman tersingkir dari rumah mereka. Pada akhir peperangan, Israel memegang kendali atas 12 dari 15 kawasan penduduk Arab di Yerusalem. Diperkirakan bahwa setidaknya 30.000 orang menjadi pengungsi.

Perang tahun 1948 mengakibatkan pembagian wilayah Yerusalem, sehingga kota lama yang bertembok tersebut sepenuhnya terletak di sisi Yordania dari perbatasan. Wilayah tanpa pemilik di antara Yerusalem Barat dan Timur menjadi jelas keberadaannya pada bulan November 1948. Moshe Dayan, komandan pasukan Israel di Yerusalem, bertemu dengan Abdullah el Tell mitranya dari Yordania di sebuah rumah kosong di Lingkungan Musrara, Yerusalem, dan menandai posisi mereka masing-masing dalam peta: posisi Israel berwarna merah dan Yordania berwarna hijau. Peta kasar ini tidak dimaksudkan sebagai suatu peta resmi, dan menjadi garis perbatasan final dalam Perjanjian Gencatan Senjata 1949 yang mana membagi kota ini dan menjadikan Gunung Scopus sebagai daerah kantong Israel di Yerusalem Timur. Kawat berduri dan pagar beton dipasang di tengah-tengah kota, melewati dekat Gerbang Yafo di sebelah barat Kota Lama, dan suatu titik persimpangan didirikan di Gerbang Mandelbaum —sedikit ke utara Kota Lama. Pertempuran-pertempuran militer skala kecil sering kali mengancam gencatan senjata tersebut.

Setelah pendirian negara Israel, Yerusalem dideklarasikan sebagai ibu kotanya. Yordania secara resmi menganeksasi Yerusalem Timur pada tahun 1950, memberlakukan hukum Yordania di wilayah itu, dan mendeklarasikannya sebagai "ibu kota kedua" Yordania pada tahun 1953. Hanya Britania Raya dan Pakistan yang secara resmi mengakui aneksasi tersebut, yang mana—berkenaan dengan Yerusalem—adalah atas dasar de facto. Beberapa akademisi meragukan pandangan yang menyatakan bahwa Pakistan mengakui aneksasi Yordania.

Setelah tahun 1948, sejak keseluruhan Kota Lama berada di bagian timur garis gencatan senjata, Yordania mengambil alih kendali atas semua tempat suci di wilayah tersebut. Tempat-tempat suci Muslim dipertahankan dan direnovasi, sedangkan, bertentangan dengan ketentuan-ketentuan dalam perjanjian gencatan senjata, kaum Yahudi tidak diberikan akses ke tempat-tempat suci mereka dan banyak di antaranya dihancurkan atau dicemarkan. Yordania hanya mengizinkan akses yang sangat terbatas ke tempat-tempat suci Kristen, dan berbagai pembatasan diberlakukan terhadap penduduk Kristen sehingga menyebabkan banyak di antaranya meninggalkan kota ini. Dari 58 sinagoge yang terletak di dalam Kota Lama, setengahnya dirobohkan atau dikonversi menjadi kandang kuda dan kandang ayam selama 19 tahun berikutnya, termasuk Sinagoge Tiferet Yisrael dan Hurba. Pemakaman Yahudi Bukit Zaitun yang berusia 3.000 tahun dicemari; dikatakan bahwa batu-batu nisannya digunakan untuk membangun berbagai fortifikasi tentara Yordania, jamban, dan jalan. 38.000 makam dalam Pemakaman Yahudi tersebut dihancurkan, dan orang-orang Yahudi dilarang dimakamkan di sana. Tembok Barat (Tembok Ratapan) diubah menjadi sebuah tempat suci khusus kaum Muslim yang dihubungkan dengan al-Buraq. Otoritas Israel menelantarkan makam-makam dalam Pemakaman Mamilla milik kaum Muslim di Yerusalem Barat, yang mana berisikan jenazah figur-figur dari periode Islam awal, memfasilitasi pembuatan sebuah tempat parkir dan toilet-toilet umum di sebagian besar area tersebut pada tahun 1964. Banyak bangunan penting keagamaan dan bersejarah lainnya yang dihancurkan dan diganti dengan bangunan-bangunan modern selama pendudukan Yordania. Selama periode ini, Kubah Shakhrah dan Masjid al-Aqsa mengalami renovasi besar.

Selama perang tahun 1948 tersebut, penduduk Yahudi di Yerusalem Timur diusir keluar oleh Legiun Arab dari Yordania. Otoritas Yordania mengizinkan para pengungsi Palestina keturunan Arab akibat perang tersebut untuk menetap di Kawasan Yahudi yang telah ditinggalkan penghuni sebelumnya itu, dan kawasan ini menjadi dikenal dengan nama Harat al-Sharaf. Pada tahun 1966, otoritas Yordania merelokasi 500 dari antara mereka ke kamp pengungsi Shuafat sebagai bagian dari rencana untuk mengubah kawasan Yahudi itu menjadi taman publik.

Dari 1967 − pemerintahan Israel

Walaupun Israel memohon supaya Yordania tetap netral selama Perang Enam Hari, Yordania, yang mana telah menandatangani suatu perjanjian pertahanan dengan Mesir pada tanggal 30 Mei 1967, pada hari kedua perang tersebut menyerang Yerusalem Barat yang berada di bawah kendali Israel. Setelah pertempuran jarak dekat antara tentara Yordania dan Israel di Bukit Bait Suci, Pasukan Pertahanan Israel merebut Yerusalem Timur dan seluruh Tepi Barat. Yerusalem Timur, beserta beberapa wilayah Tepi Barat di dekatnya yang terdiri dari beberapa lusin desa Palestina, selanjutnya dianeksasi oleh Israel, begitu juga tempat-tempat suci Kristen dan Muslim. Pada tanggal 27 Juni 1967, beberapa minggu setelah perang berakhir, Israel memperluas yurisdiksi dan hukumnya untuk Yerusalem Timur dan beberapa daerah di sekitarnya, menggabungkannya dengan Munisipalitas Yerusalem, kendati istilah aneksasi berusaha dihindarinya. Pada tanggal 10 Juli, Menteri Luar Negeri Abba Eban menjelaskan kepada Sekretaris Jenderal PBB: "Istilah 'aneksasi' yang digunakan oleh para pendukung suara tersebut tidaklah akurat. Langkah-langkah yang diambil [oleh Israel] berhubungan dengan integrasi Yerusalem di area-area munisipal dan administratif, serta berfungsi sebagai suatu dasar hukum untuk perlindungan tempat-tempat suci di Yerusalem." Israel melakukan sensus penduduk Arab di area-area yang dianeksasinya. Mereka diberikan status penduduk permanen dan opsi untuk mengajukan permohonan kewarganegaraan Israel. Sejak tahun 1967, berbagai area Yahudi yang baru bertumbuh dengan cepat di sektor timur, sementara belum ada pembuatan lingkungan Palestina yang baru.

Akses kaum Kristen dan Yahudi ke tempat-tempat suci di dalam kota lama yang bertembok tersebut dipulihkan. Israel membiarkan Bukit Bait Suci tetap di bawah yurisdiksi wakaf Islam, namun membuka Tembok Barat untuk akses kaum Yahudi. Kawasan Maroko, yang mana letaknya berdekatan dengan Tembok Barat, dievakuasi lalu dihancurkan demi pembuatan ruang untuk sebuah plaza bagi mereka yang mengunjungi tembok tersebut. Pada tanggal 18 April 1968, suatu perintah pengambilalihan properti oleh Kementerian Keuangan Israel menjadikan Kawasan Yahudi lebih dari dua kali lipat besarnya, mengusir para penduduk Arab di sana dan mengambil dengan paksa 700 bangunan yang hanya 105 di antaranya merupakan milik penduduk Yahudi pra-1948. Dengan demikian kawasan lama itu diperluas ke Mughrabi Harat Abu Sa'ud, serta kawasan Arab dan Palestina lainnya yang bersejarah. Perintah tersebut memperuntukkan area-area ini untuk keperluan umum, tetapi hanya ditujukan untuk kaum Yahudi. Pemerintah Israel memberikan 200 dinar Yordania bagi setiap keluarga Arab yang dievakuasi.

Setelah Perang Enam Hari, populasi Yerusalem meningkat 196%. Populasi Yahudi tumbuh sebesar 155%, sedangkan populasi Arab meningkat 314%. Proporsi populasi Yahudi turun dari 74% pada tahun 1967 menjadi 72% pada tahun 1980, dan 68% pada tahun 2000, lalu menjadi 64% pada tahun 2010. Menteri Pertanian Israel Ariel Sharon mengusulkan pembangunan suatu lingkar permukiman Yahudi di sekitar tepi timur Yerusalem. Rencana tersebut dimaksudkan untuk membuat Yerusalem Timur lebih bercorak Yahudi dan mencegahnya supaya tidak menjadi bagian dari suatu blok perkotaan Palestina yang terentang dari Betlehem sampai Ramallah. Pada tanggal 2 Oktober 1977 Kabinet Israel menyetujui rencana tersebut dan selanjutnya tujuh lingkungan permukiman dibangun di tepi timur kota ini. Semuanya itu kemudian dikenal sebagai Pemukiman Lingkar. Lingkungan permukiman Yahudi lainnya dibangun di Yerusalem Timur, dan kaum Yahudi Israel juga bermukim di lingkungan-lingkungan Arab.

Aneksasi Yerusalem Timur ditanggapi dengan kecaman internasional. Kementerian Luar Negeri Israel membantah kalau aneksasi Yerusalem merupakan suatu pelanggaran hukum internasional. Status akhir Yerusalem telah menjadi salah satu hal terpenting dalam perselisihan antara para juru runding Israel dan Palestina untuk mencapai perdamaian. Hal-hal yang menjadi perselisihan antara lain mencakup apakah bendera Palestina dapat dikibarkan di area-area dalam perwalian Palestina serta kekhususan batas-batas wilayah Palestina dan Israel.