Jabarkan Negeri yang terkoyak dari Bosnia dan Herzegovina

Setelah menaklukkan Yugoslavia, Hitler menggabungkan bekas provinsi Kroasia, Bosnia dan Herzegovina ke dalam negara boneka yang disebut sebagai Negara Kroasia Merdeka (lebih dikenal dengan inisial Kroasianya, NDH). Negara tersebut dipimpin oleh Ante Pavelic, pemimpin organisasi nasionalis ekstrem Kroasia, Ustasa (pemberontak). Rezim NDH ini berusaha membersihkan wilayahnya dari orang Serbia, Yahudi, dan Gipsi.

Oleh karena besarnya jumlah penduduk Serbia di NDH, kaum Ustasa bersekutu dengan kaum Muslim guna mengimbanginya. Banyak orang Muslim yang bergabung dengan rezim tersebut, di mana bahkan wakil presiden, dan menlu NDH adalah tokoh-tokoh Muslim.

Kaum Muslim juga bergabung dengan Jerman dalam memerangi gerilyawan, baik Chetnik maupun Partisan. Dua divisi SS (Schutzstaffel, pengawal elit Hitler yang ditakuti) dibentuk dari kalangan kaum Muslim Bosnia, yaitu Divisi 'Handzar' dan 'Kama'.

Banyak orang Serbia yang selamat bergabung dengan gerilyawan Chetnik yang pro-raja, dan kemudian melancarkan pembantaian balasan terhadap orang Kroasia, dan Muslim. Konflik etnis berdarah ini memberikan keuntungan bagi kelompok Partisan pimpinan Tito. Oleh karena berhaluan komunis yang tidak membeda-bedakan latar belakang etnis, dan agama, kelompok ini menarik pendukung dari berbagai latar belakang yang tidak menyukai pertumpahan darah di antara sesama warga Yugoslavia. Dengan demikian, kaum Partisan berhasil merebut kekuasaan di seluruh Yugoslavia setelah usainya perang.