Jabarkan Awal karier di kabinet dari Hamengkubuwana IX

Hamengkubuwana IX ditunjuk menjadi Menteri Negara di Kabinet Sjahrir III, pertama kalinya ia masuk ke dalam jajaran kabinet. Kala itu, ia ditugasi dalam urusan mengenai daerah istimewa di Indonesia. Semasa menjabat jabatan tersebut, ia memberi saran dan mencoba memecahkan masalah yang terjadi di daerah-daerah istimewa yang lain. Ia mengunjungi Surakarta setelah terjadinya pergolakan antarpihak pemerintahan di sana pada bulan Oktober 1946. Ia juga mengunjungi beberapa kota di Sumatra pada bulan Maret 1946 untuk melihat keadaan pemimpin adat dan keluarga mereka yang ditahan oleh revolusionis di sana. Bulan April 1947, ia kembali lagi ke Sumatra mengunjung Pematangsiantar, Bukittinggi, dan Medan. Ia mencoba menyelesaikan masalah revolusi sosial Sumatra, yang disebutkan Monfries sebagai "usaha yang hampir mustahil". Dalam kunjungannya ke Pematangsiantar, Hamengkubuwana sempat menegaskan bahwa Perundingan Linggarjati tidak menjamin kemerdekaan sepenuhnya, menekankan bahwa perlu adanya kesatuan antara tentara, pemerintah, dan masyarakat.

Pada tahun 1948, Hamengkubuwana IX ditunjuk menjadi Menteri Negara Koordinator Keamanan dalam Kabinet Hatta I. Hatta pada awalnya menginginkannya menjadi Menteri Pertahanan, tetapi ia menolak sehingga Hatta yang mengisi jabatan itu. Bulan September 1948, terjadi Pemberontakan PKI di Madiun. Sri Sultan kemudian berdiskusi dengan Soekarno dan mengutus Abdul Haris Nasution ke Madiun. Nasution menganggap pemberontakan tersebut harus cepat ditumpaskan, ia khawatir komandan-komandan lain di Jawa Tengah dan Jawa Timur akan bergabung dengan pemberontak. Pada pertemuan kabinet setelahnya, Soedirman diberikan kuasa "untuk mengambil tindakan yang diperlukan demi menjaga negara". Soedirman menempatkan Nasution dalam komando strategis operasi itu. Hamengkubuwana IX membuat siaran agar rakyat mendukung Soekarno dan pemerintahan Hatta, menegaskan bahwa pemerintahan ini dibentuk untuk membangun negara dan pihak komunis hanya ingin menghancurkannya. Hamengkubuwana, Gubernur Soerjo, dan Kepala Kepolisian Provinsi Jawa Timur lantas pergi ke Madiun. Hamengkubuwana IX jauh di depan meninggalkan mobil Gubernur Soerjo dan Kepala Kepolisian yang kemudian diketahui terbunuh di Walikukun. Hamengkubuwana IX mengatakan bahwa ia dilaporkan hal tersebut oleh seorang kurir setengah jam setelah melewati daerah tersebut, kontras dengan klaim Nasution yang menyebutkan bahwa pembunuhan tersebut baru diketahui olehnya dua hari setelah jasad mereka ditemukan.

Dalam kapasitasnya sebagai Menteri Negara Koordinator Keamanan, Hamengkubuwana IX mengusulkan bentuk pemerintahan baru di Surakarta. Ia secara terbuka menyamakan Surakarta sebagai 'Barat yang Liar' (The Wild West). Ia melapor kepada Hatta bahwa pendekatan terbaik untuk menyelesaikan masalah di sana adalah dengan menggunakan organ administratif yang masih layak dengan tetap memasukkan para pangeran agar kalangan monarki tidak menjadi "kekuatan antirevolusioner". Ia mengusulkan Daerah Istimewa Surakarta dengan identitasnya sendiri tetapi dipandu undang-undang yang diberlakukan di Jawa Tengah. Struktur pemerintahan yang ada adalah daerah tersebut akan dipimpin seorang gubernur yang dipilih Presiden; dibantu tujuh orang dewan pemerintahan: lima orang dipilih badan legislatif daerah, satu dipilih Sunan Surakarta, dan satu dipilih Adipati Mangkunegara; dan juga dibantu oleh Dewan Penasihat yang terdiri atas Sunan dan Adipati. Keputusan ini dianggap lumayan memuaskan Republiken yang antifeodal tanpa menghilangkan pengaruh monarki demi menarik sentimen lokal karena penggabungan Surakarta ke Jawa Tengah yang belum begitu umum bagi rakyat Surakarta.