Jabarkan Menjadi Perdana Menteri dari Marí Alkatiri

Sekembalinya ke Timor Leste pada 1999, ia terpilih sebagai Perdana Menteri pertama negara baru tersebut dan bertekad untuk membangun negaranya dengan prinsip sosialisme. Ia berusaha untuk menghindarkan negaranya dari ketergantungan utang luar negeri dengan mengandalkan kekayaan alamnya. Salah satu keberhasilannya adalah menekan Australia untuk membuat perjanjian bagi hasil yang lebih adil di Celah Timor.

Krisis 2006 dan pengunduran diri

Pada Maret 2006, Alkatiri memecat sekitar 691 anggota Angkatan Bersenjata Timor Leste yang dianggap tidak disiplin dan melakukan desersi. Tindakan keras ini kemudian menimbulkan kerusuhan di kalangan militer negara itu. Kelompok-kelompok bersenjata saling menyerang dan melakukan pembakaran rumah-rumah penduduk. Pada 25 Mei 2006 Menteri Luar Negeri José Ramos Horta meminta bantuan dari sejumlah negara asing untuk mengatasinya.

Pada akhir Mei Presiden Xanana Gusmao mengumumkan keadaan darurat dan mengambil alih kekuasaan sehingga menimbulkan perselisihan dengan Alkatiri. Namun Alkatiri bertekad untuk mempertahankan kedudukannya, sambil mengatakan bahwa hanya pemilihan umum sajalah — yang baru akan diadakan pada 2007 — yang dapat menyingkirkannya. Pada 21 Juni 2006 Presiden Xanana Gusmao memberikan dua pilihan kepada Alkatiri mengundurkan diri atau dipecat. Pada 26 Juni 2006, ia mengumumkan pengunduran dirinya, setelah sehari sebelumnya José Ramos Horta menyatakan mundur dari jabatannya sebagai menteri luar negeri dan menteri pertahanan dan tujuh anggota kabinet lainnya di bawah Alkatiri menyatakan siap mundur.