屯馬綫分別可以喺沿綫各座車站轉乘輕鐵（屯門站、兆康站、天水圍站及元朗站）港鐵巴士（屯門站、兆康站、天水圍站、朗屏站及元朗站）東鐵綫（紅磡站、大圍站）荃灣綫（美孚站、尖東站→尖沙咀站）觀塘綫（何文田站、鑽石山站）東湧綫（南昌站）高速鐵路（柯士甸站→香港西九龍站）城際直通車（紅磡站→香港紅磡站）。