儘使疫苗接種計劃大多數情況下可以順利運作，但係計劃仍然受到好多爭議同問題，即使馬來西亞政府已經購買超過馬來西亞人口所需嘅疫苗，但係疫苗供應仍然不足而導致疫苗推出速度緩慢。