新港東站係分開咗南北兩個站廳（同樣喺新港東路嘅琶洲站同埋磨碟沙站都係噉）兩個站廳同兩個月臺都係俾條路軌隔開咗，但喺免費區定收費區，路軌下面都有條通道將兩邊連埋一齊。