兩鐵合併後，美孚站合併為同一車站管理，港鐵公司之前喺美孚站搞咗一系列車站改善工程，包括拆除轉乘閘機，喺轉乘通道劃分為收費區、起多兩部升降機同埋客務中心等，工程已經喺2008年11月24號完成。