民政總署設有管理委員會負責領導民政總署嘅所有工作、諮詢委員會，其大部分成員都係由原來嘅臨時澳門市政議會同臨時海島市政議會嘅議員過渡至該委員會內，以及監察委員會，負責該署嘅財政同財產的監督工作。