1602年重建好，意大利籍耶穌會會士卡洛斯·斯皮諾拉神父設計，並保留當初1602年重建嘅設計，由於教堂係奉獻畀聖母，又被稱為聖母堂，係當時遠東最大嘅天主教石建教堂。