截至2009年，東鐵綫總共有16個車站，其中五個轉車站分別接駁、、（金鐘站）、（紅磡站同埋大圍站）同埋（九龍塘站）亦曾經可以轉乘沙頭角支綫、和合石支綫同，至於羅湖站同落馬洲站就分別接駁深圳地鐵一號綫羅湖站同四號綫福田口岸站。