2015年開始，根據祕密組織SEELE嘅人類補完計劃劇本嘅安排，一種巨型人形嘅生物「使徒」(一共17個)開始喺日本登陸，並且向NERV總部發起進攻，而NERV就組織EVA嚟消滅使徒。