同（例如）運算物理學比起嚟，運算生物學比較傾向用個體為本模型（agent-based model）例如係進化論同生態學等領域上嘅研究都成日要分析一大柞個別噉做決策嘅個體（動物或者植物個體呀噉）之間嘅互動，以及係呢啲互動出嘅結果，而由於基因突變等嘅現象，生命呢家嘢本質上就實會有可能存在個體差異－因為噉，個體為本模型就啱嗮，例子可以睇嚇對物競天擇（natural selection）等嘅現象嘅模擬。