社會對普及社區檢測計劃有唔少質疑嘅聲音，譬如響無居家令配合下檢測成效大減，亦有人擔心當局趁機收集檢驗者嘅DNA資料，同時有區議員批評全民檢測中心選址太近民居，又無做諮詢。