不過，其後遭特別預算凍結，執行階段又先後發生景觀同建築顧問等標案違約終止契約所衍生嘅履約糾紛，以及莫拉克颱風沖毀院區部分基地土堤造成損害等諸多問題，致使計劃一再延宕而做通盤檢討修正。