馬來鱷對生境嘅要求幾特別，要有特定嘅漂浮植物叢同成蔭嘅水邊棲息地，一段時間嘅森林伐木、修築水壩、開闢新水道、非法捕獵，已經使佢嘅棲息地方大量咁消失。