翌年，連內閣飽受白案等政治風雨，馬英九提出「辭官退選」聲明，唔參選1998年嘅臺北市長選舉，在程序有爭議之下，取得政治大學法律系嘅專任教職，並承諾以後專心教育，唔涉足政事，但係無有過多久，1998年，在經多人勸進同其父馬鶴凌道德勸說下，馬英九終於打破沉默，出選國民黨臺北市長初選，佢在當時被黨內認為係唯一有希望擊敗陳水扁嘅強棒。