寶琳站係一個地面車站，月臺層裝咗冷氣，月臺採用側式月臺開放式設計，並設有月臺幕門，而售票大堂層同出口都喺地面月臺嘅同一層，喺將軍澳區鐵路車站中，係較少見嘅設計。