香港兒童醫院啟用之後嘅首階段，將會提供4個醫療專科服務，包括癌症、腎科、心臟科（包括心臟內科同埋心臟外科）同外科，專門負責接收來由各區醫院聯網所轉介嘅最嚴重同最複雜嘅兒童病症（即第三層醫療服務）。