決鬥者王國一戰結束，武藤遊戲嘅知名度瞬間上升，神祕嘅埃及石板來到日本展覽，牽扯出千年神器嘅祕密、三千年前嘅戰鬥、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中嘅無名法老王嘅記憶，海馬在一個機緣下得到了神之卡嘅其中一張、歐貝利斯克的巨神兵，而海馬為了得到剩餘嘅二張神之卡，在童實野市舉辦了戰鬥城市大賽，並且以賭牌當作規則，同時新嘅次世代決鬥盤也跟著亮相，而武藤遊戲為了尋找心中另一個自己嘅記憶，亦即係無名法老王嘅記憶，必須蒐集三張神之卡，也參加了這場大賽，各路好手為了蒐集六張拼圖卡，得到最後嘅參賽權，紛紛展開決鬥；