1996年，臺灣首次舉行總統大選全民直接選舉，爆發臺灣海峽飛彈危機，佢從美國束裝返臺，出任中央研究院經濟學研究所研究員兼所長，喺中央研究院服務時獲得人文組評鑑第一名，到2001年卸任。