光緒十三年（1887年）設臺灣三府增至雲林縣、苗栗二縣，雲林縣治雖然喺在林圯埔（今南投縣竹山鎮）但每年雨期濁水、清水兩溪氾濫，令交通經常中斷，而且縣址太過偏東幾不便，喺光緒十九年（1893年）搬去斗六。