亞庇國際機場提供往返沙巴州山打根航線，其他國內航線有鬥湖、詩巫、美里、哥打巴魯、吉隆坡等地，國際直航線有中國大陸各地、香港、臺灣、菲律賓、曼谷、韓國、東京、柏斯等地。