1974年曾文水庫管理局成立，正式接管水庫及工程設施並開始營運，後喺1998年曾文水庫管理局、水利局南部水資源開發工程處同阿公店水庫管理委員會合併成立臺灣南區水資源局、1999年改隸為經濟部水利處南區水資源局、2002年再經組織修編係「經濟部水利署南區水資源局」。