喺當選副總統後，由於民進黨同新黨合流，為免行政院長人選俾人否決，所以李登輝喺佢嘅請辭信上批示，仍然保留行政院長一職，引起社會輿論嘅強大反彈，甚至俾民進黨列為唔受歡迎人物，唔能夠到國會進行施政報告。