1912年做陸軍總長，1913年代理總理職務，1916年到1918年三次出任國務總理，段祺瑞掌握咗實權之後，借咗日本一大筆錢，1917年，段祺瑞喺鎮壓咗張勛復闢之後，認為自己已經「再造共和」，廢止咗1913年選出嚟嘅國會。