HLA完全相同嘅兄弟姊妹或者啲冇血緣關係但HLA完全相同嘅捐贈者，佢哋通常會有唔同嘅基因蛋白（嗌做次要組織相容性抗原）呢一啲抗原可以由主要組織相容性複合體分子呈現畀捐贈者啲T細胞，而T細胞認為呢啲抗原係外來嘢，然之後就發生免疫反應。