保護區包括臺南市安南區臺17線以西嘅三個區域，包括喺東北方嘅高蹺鴴繁殖區54.653公頃、東南方嘅鹽水溪河口東岸嘅北汕尾水鳥保護區337.3052公頃、西面嘅鹿耳門溪河口西岸嘅竹筏港水鳥保護區131.8898公頃，總面積達523.848公頃。