馬英九做為臺北市長，唔贊成採取體制之外嘅諸如發動羣眾集會遊行之類嘅活動來抗議選舉結果，而當時嘅中國國民黨黨主席連戰則實際參同抗爭，兩人於呢事之看法，顯有唔同。