2004年8月，由於第一軍醫大學改名做南方醫科大學，醫院內部名按國務院同中央軍委嘅命令而改名做南方醫科大學第二臨牀醫學院，但對外醫院冇改到名，加上醫院亦加入咗廣東省直屬嘅綜合教學醫院。