南越國宮署遺址入面發現咗嘅重點遺址包括咗南越國宮殿、六朝嘅高臺建築、唐朝嘅磚砌路面、五代南漢國嘅宮殿同苑池、宋代大殿、明清布政司署、法國領事館同埋民國時期嘅日本神社，及胡漢民公園嘅遺跡。