馬來西亞憲法亦限制咗穆斯林法庭嘅權利，如果穆斯林事務法庭唔可以對犯人做出監禁、死刑、鞭刑等判決，穆斯林法庭亦唔可以用伊斯蘭教法中嘅刑罰。