政府有感嗰啲問題日漸嚴重，特別喺落馬洲支線事件中，環境保護署嘅環境評估報告否決九鐵起鐵路貫穿塱原濕地，楊啟彥公開表示「失望」，並表示可能要重新考慮其他東鐵支線（馬鐵同埋尖東站）嘅落成日期，令人感到楊啟彥視自己為「老闆」，九鐵公司運作如同「獨立王國」。