直至2010年9月，港鐵喺中期報告中修改咗走綫，新路綫同當年嘅《鐵路發展策略2000》提出嘅計劃相似，以「丫」型嘅分岔設計，一方面會同樣連接落馬洲支線嘅落馬洲站，並取消興建洲頭站，改為起另一條分岔線到古洞站作為以及北環綫嘅轉車站，以梅花間竹嘅方式前往落馬洲站或古洞站。