流經臺南市楠西區、玉井區、大內區、山上區、善化區、官田區、麻豆區、安定區、西港區、七股區、最後喺安南區同七股區之間，流入臺灣海峽，全長138.5km，流域面積1,176.7km2，源頭海拔高2,440m，主要支流有塔乃庫溪、普亞女溪、草蘭溪、後堀溪、菜寮溪、官田溪等。