現時南京巴士由南京公交集團營運，下面分爲六間全資公司，亦即負責主城巴士嘅江南公交客運有限公司、負責江北巴士嘅揚子客運有限公司、以及輪渡公司、公共單車公司，負責新城區有軌電車嘅南京新城現代有軌電車有限公司，再加個公交場站有限公司來管理站場同埋巴士之外嘅資產，而負責江寧、溧水、高淳巴士嘅東山客運有限公司由江寧政府控股、南京公交集團參股。