何建宗喺香港培正小學同香港培正中學畢業，之後喺香港中文大學新亞書院主修生物系，1979年理學士（榮譽）畢業，1980年獲英國University of Salford環境資源學碩士，1991年以在職兼讀方式獲得香港大學（植物學系）哲學博士。