牡丹江站經歷過變遷，原先嘅牡丹江站喺南啲嘅位置，後來1934年圖佳鐵路鋪到呢度時，設咗個寧北站，1935年通車後，寧北站改叫牡丹江站，而舊牡丹江站叫做南牡丹江站。