2008–09 3. Liga Cities and stadia Cities and stadia

| Team | Head_Coach | City | Stadium | Capacity |
|---|---|---|---|---|
| VfR Aalen | Rainer Scharinger | Aalen | Städtisches Waldstadion | 11183 |
| FC Erzgebirge Aue | Heiko Weber | Aue | Erzgebirgsstadion | 16350 |
| 1. FC Union Berlin | Uwe Neuhaus | Berlin | Friedrich-Ludwig-Jahn-Sportpark 1 | 19708 |
| Eintracht Braunschweig | Torsten Lieberknecht | Braunschweig | Eintracht-Stadion | 23500 |
| SV Werder Bremen II | Thomas Wolter | Bremen | Weserstadion Platz 11 | 5500 |
| SV Wacker Burghausen | Ralf Santelli (interim) | Burghausen | Wacker Arena | 8400 |
| Dynamo Dresden | Ruud Kaiser | Dresden | Rudolf Harbig Stadion | 23940 |
| Fortuna Düsseldorf | Norbert Meier | Düsseldorf | LTU-Arena | 51500 |
| Kickers Emden | Stefan Emmerling | Emden | Embdena-Stadion | 7200 |
| FC Rot-Weiß Erfurt | Henri Fuchs (interim) | Erfurt | Steigerwaldstadion | 20000 |
| FC Carl Zeiss Jena | Marc Fascher | Jena | Ernst-Abbe-Sportfeld | 15610 |