Promotion to the Bayernliga Three divisions: from 1963 to 2012 Three divisions: from 1963 to 2012

| Season | Bayernliga | Landesliga_Süd | Landesliga_Mitte | Landesliga_Nord |
|---|---|---|---|---|
| 1999-2000 | SpVgg Landshut | MTV Ingolstadt | 1. FC Bad Kötzting | SpVgg Bayreuth |
| 2000-01 | FC Kempten | SpVgg Unterhaching II | FC Linde Schwandorf | TSV Großbardorf |
| 2001-02 | FV Würzburg 04 | TSV Schwaben Augsburg | SpVgg Landshut | VfL Frohnlach |
| 2002-03 | SG Quelle Fürth | SV Gendorf | FC Passau | TSV Grossbardorf |
| 2003-04 | FC Passau | BCF Wolfratshausen | SG Quelle Fürth | 1. FC Bamberg |
| 2004-05 | SpVgg Ansbach | FC Kempten | ASV Neumarkt | FC Bayern Hof |
| 2005-06 | FC Kempten | TSG Thannhausen | Freier TuS Regensburg | 1. FC Eintracht Bamberg |
| 2006-07 | TSV Großbardorf | TSG Thannhausen | SV Schalding-Heining | Alemannia Haibach |
| 2007-08 | FC Schweinfurt 05 | FC Ingolstadt 04 II TSV Rain am Lech | SV Seligenporten DJK Vilzig | Kickers Würzburg SV Friesen |