Bavarian Cup Bavarian Cup era Bavarian Cup era

| Season | Oberbayern | Niederbayern | Schwaben | Mittelfranken |
|---|---|---|---|---|
| 2006 | FC Ingolstadt 04 | SpVgg Landshut | TSG Thannhausen | 1. FC Nuremberg II |
| 2007 | FC Ingolstadt 04 | SV Schalding-Heining | TSV 1861 Nördlingen | SV Seligenporten |
| 2008 | SpVgg Unterhaching | SpVgg Landshut | 1. FC Sonthofen | ASV Neumarkt |
| 2009 | SpVgg Unterhaching | SV Schalding-Heining | TSV Aindling | SC Eltersdorf |