سنہ انیس سو بانوے سے لے کر انیس سو ستانوے تک تاجکستان کی خانہ جنگی کے دوران عبد اللہ نوری افغانستان میں روپوش رہے اور وہیں سے اس جنگ میں نہضت اسلامی اور اس کے اتحادیوں کی قیادت کرتے رہے۔