خواجہ خلیل احإد شاہ کی وفات انیس سو پینسٹھ عیسوی میں ہوئی اور ہزاروں اور تدفین چھڑے شاہ تکیہ قبرستان نزد آزاد انٹر کالج میں ہوئی آپ کے بیٹے کا نام خواجہ شفیق احمد شاہ تھا.