研究室ダイアリー | 植物分子育種分野：渡辺研究室【東北大学大学院｜生命科学研究科】

### 母集団、水面下、ササニシキ(5/8)

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2014年5月 8日 (木)

遺伝学の実験をするときに、一体、何個体を使って実験すればよいのか、そもそも母集団をどれくらいにしたら、目的の遺伝子をマップできるのかなど、母集団というのは、遺伝学の実験に限らず、重要な問題である。母集団が大きくなれば、マップする精度は上昇するが、その代わりそれだけの個体、植物体を維持・管理しなくてはいけない。。。結構大変な問題である。逆に小さくすれば、マップできた位置が本当にそこでよいのかという疑問が残ってくる。ただ、昔のようなマップをするのではなく、NGS(Next Generation Sequencer：次世代シークエンサー)が登場したことにより、ずいぶんと母集団は、小さくてすむとか聞いたことがある。技術革新がもたらしてくるものがあるにせよ、一定の数をこなすことは、何においても不可欠である。その小さくした母集団に技術革新を重ねて、よりおもしろいことをできるように考えること、そのことも大事なのかもしれない。
遺伝学をやると、2つの集団間での差異があるかを検定することが多い。平均、分散など検定の手法が異なることは、これまでもいくつかやったことがあるので、イメージはある。ただ、統計学には検定だけでなく、推定というのがあったような。。。母集団がどれくらいなのかを推定するというもの。実際に遺伝学をやり始めてからは使ったことがない。因子が多くなったとき、主成分分析のような因子分析はやることは知っていても使ったことはない。いずれこうした分析は、母集団全体を調べることができないので、その一部から、全体を理解したいというものと思っている。たしか、氷山の場合、水面の上にでているのは、1/10以下だったような。これも同じで、見えない水面下を予想することが重要となる。同じような意味では、地球上の大陸の部分の全部も理解できてないが、海洋の深海になると、。。。最近、ずいぶんたくさんの深海魚とかが捕獲されているが、本当の深海がどうなっているのか、いつも知りたいと思う。そうしたら、地震が起きるところがどうなっているのか、目視で判断できる。こんな風に水面下をもっと理解できる方法がないものだろうか。
水面下、つまり、見えないところでは、いろいろなことが起きている。トンネル工事であったり。もちろん、水面の上は普通見えるので、日々、こんなことが起きているのだと。そういえば、東京と上野の間が在来線で直通になるとか。東北本線、高崎線なら、埼京線経由で上野を通らずに、東海道本線に乗り入れている。ただ、常磐線はこのパターンが使えなかったのが、来年の春からは、在来線で直通になるとか。沿線の方々には、たしかに。自分で使うことがあるかと言えば。。。少し考える。ただ、たとえば、東海道方面のターミナルは東京、東北、上越方面は上野、長野方面というか、中央線は新宿というのがあったが。。。1ヶ所に集中するのは、便利かもしれないが。。。そんな見える、見えないでなくて、そういえばと言うのが、新聞に。1993年の大冷害の時に、栽培面積がササニシキからひとめぼれに転換して、ササニシキをスーパーで見かけることが少なくなった。作付面積は減っているのだろう。昔、大学の時のサークルで、ササニシキとコシヒカリのどちらがおいしいかというのを食べ比べたことがある。当時は、同じ炊飯器でなく、実際にはどっちもどっちだったような。。。ただ、聞いたことがあるのは、コシヒカリの方が水加減が比較的ゆとりがあるのに対して、ササニシキはそれがシビアだと。。。なので、ササニシキは上手に炊く必要が。。。で、見つけたのは、その両者の遺伝子を持った系統「東北194号」が育成され、ササニシキの食味で、コシヒカリ並の耐冷性とか。。。新聞のタイトルにもあったが、「禁断」のというか、「究極」のというか。。。育種をする上では、もちろん、母集団は大きいに越したことはない。と言うか、そうしないと、どこかで行き詰まる。なので、禁断であり、究極なのだろう。このあたりで、水面下に隠れたこれというものを見直す、そんな画期的なことをしないといけないのであろう。なにかといわれると。。。それを今回の出張では考えてみたい。。。
わたなべしする

### 連休の終わりに(5/6)

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2014年5月 6日 (火)

あと、4hrほどで、今年の連休も終わり。さほど暑くもなく、アブラナの花はいい具合にこれかも咲くであろうという天気。ただ。。。。明日から、気温が上がるとか。そうしたら、少し開花が速くなるのは、ちょっと。。天気のことは致し方ない。。。
で、昼から、あれこれと仕事をしていたが、。。連休に来客であったり、出かけていたlab memberからのお菓子を頂き物として。。。。いつもなら、小気味よい学生さんの文章かもしれないが。。。ちょっと、書いてみた。が、やっぱり、その当たりは「餅は餅屋」どうも、要領を得ない。「仙台駄菓子」、「東京カンパネラ」、「はちみつバターカステララスク」、「金萬」。いずれも銘菓である。明日から、おいしく頂きます。ありがとうございました。
明日から、また、いつもの気の利いたmemberが文章を書いてくれることを祈りつつ。..
わたなべしるす
PS. 午後からJ1のホームゲームを観戦。どれくらいぶりだろう。勝利の味。。。やっぱり、勝って、なんぼと思うのは、関西というか、愛媛というか、今治の人間だからだろうか。。。。

### 片平の遺跡-5(5/4)

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2014年5月 4日 (日)

連休後半の2日目。研究室の卒業生の方が来てくれた。忙しい中、研究室を忘れないできて頂けるというのは、ありがたい限りである。新しい職場の話しであったり、そこでのヒトのつながり等々。不思議なご縁があるもので。。。。
こんな時に紹介できそうなこと。。。大学ができた当時からの「正門」でしょうか。なぜと言われても。。。正門から見て、すぐ右手に、渡辺の研究室があります。ただ、正門からは、徒歩、自転車などでないとは入れないので、来るときのランドマークとしては。。。普通の方は、一番町につながる「北門」からはいることの方が多いので。。。大学に入って、片平にきたのは、高校の後輩が受験した結果を見て、それを知らせるということをしたのが始まり。当時は、今のようにnetもないので。また、わざわざ見に来るのも大変という時代。もちろん、この時も、北門から来たような。正門の存在も知らなかったかも。知ったのは、大学院生になって、農研で講義があるようになってでしょうか。。。目立たないところにあるかもしれないですが、由緒正しきものの近くにlabがあるというのは、ありがたい限りで。。。
そんな日曜日ですが、片平の中を歩く日とも数が少ないのか。。。そういえば、大学のニュースに「「片平キャンパス散策マップ」を発行しました」というのが。。。5月中旬からとか。経費がかかっている分だけ、こちらより力作と思うが。。。。それに負けずに、。。。なにより、片平の住人になって10年足らずのものが、作文していますので。。。
わたなべしるす
PS. 先日、出張で三重大に。昔お世話になった方に連れて行って頂いたところが。市町村合併で、津市に。昔は、安芸郡安濃町だったような。電話番号も、市外局番が、05926という5桁だったのが、合併もあり、059の3桁に。。。時代がずいぶんと流れているのだと。。。。

### マンガ、life cycle、異分野(5/3)

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2014年5月 3日 (土)

今日から連休後半。休みのパターンがよくないと言われているが、植物を扱っていると、4日間もlabを開けるというのはなかなか難しい。また、アブラナはこのあたりがピーク。交配とか、様々な実験が立て込んでいたのを思い出す。学生、助手の頃は、雌しべの先端・柱頭のサンプリングで、アルバイトの方々にきて頂いたことともあった。20年近く前の話であるが。。。連休というとそんな思い出が。この前、本屋で立ち読みができたので、この連休はその本でもめくってと。。。渡辺の世代、あるいはその前後であろうか、本といえばマンガを読む世代。今でも読み返すことがあるが、そんなことができるのかと思う技が出たり、そんなことができればよいと思ったことも。「どこでもドア」はあれば、出張が楽になると思ったが、列車などからの風景がないというのは。。。どっちもどっちかもしれないと思う。ただ、最近は移動中もnetができたり、パソコンができるので、さほど、問題にも感じない。というか、あってもなくても。。。「パーマンのコピーロボット」は、あったら、出張している間に代わりに、labで仕事をしてもらえると。。。それとは仕掛けがちがうが、「分身ロボ」なるものが。。ちょっと、イメージは異なるが、出先にいても、labのパソコン画面で、渡辺が登場するというようなもの。。。これもちょっと。。渡辺が使うことと言うか、できないことでは、サッカーの技を実際にというのも。。。マンガで起きることは無理なことと思わず、やってみる。そんなことを考えてみるから、進歩があるのだろう。。。
普段はアブラナが実験材料である。もちろん、アブラナ科のシロイヌナズナを使っている。遺伝学をやる上で、life cycleというか、種子から種子までの時間が短い方が、実験をやる上では、より多くの世代を使って実験できるので、使いやすい。逆に、果樹などを実験に使うと、世代を超えてと言うのが、「桃栗三年柿八年」というように、開花も容易ではない。植物に限らず、動物も生物種によって1世代の長さはちがう。なにが世代の長さを決めているのか。。。植物生殖遺伝という研究室名であるが、ふと考えると、わからない。細胞が分裂できる回数は、染色体の端にあるtelomereが決めるとかというのを聞いたことがあるが、これとはちがう。。。こんなことをなぜに?????。疑問に思うことがサイエンスだからかもしれないが、こんな新聞記事を見つけたから。。。こんな小さなペンギンがあっという間に、親と同じに。。。どこにでもふとと思うことはあるのだと。。。
遺伝学なので、その生物が持っている全遺伝情報、ゲノムを決めたら、寿命の違いなどわかるかと思うが、そんな単純な図式ではないと思う。ただ、最近よく言われるbig data。たくさんというより大量のdataをこれまで解析してない方法とか、色々な解析をすることで、見えてくることも。。。たしかに、遺伝子発現を調べるのは、学生の頃なら、Northern blotと言っていたRNAを電気泳動して、膜状で検出する。これだと10個の遺伝子の発現になると大変だった。それが、Microarrayというのが出てきたら、10,000個の遺伝子でも解析できるようになった。いまは、次世代シークエンサーというので、ちょっとしか発現してないものまで見えてくる。Microarrayの時もそうだったが、少しは数学の知識が。。。昔なら、やったと思うが。。。今や、共同研究、学生さんの担当。せめて、少しかけるようになってみることを考えた方がよいのだろうか。この連休は4日も休みがあるので。。。と思ったが、新聞の記事くらいが。。。にならないように。。。
わたなべしする
PS. そういえば、きょうは憲法記念日。いつから、六法の最初にあった憲法の文言を見てないのであろう。。。共通一次の社会では、「政治・経済」を受験したくらい。。。ちょっと、そんなことも考えてみる1日だったのかもしれない。。。

### 趣味の野菜の様子と水耕栽培器の自作

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2014年5月 2日 (金)

4月のはじめにメンバーで植えた野菜達は、温室の鉢に植え替えられ、元気に育っています。

最近暖かいので、急に大きくなった気がします。ズッキーニ（ダイナー）は、簡易マルチをしています。時々寒いからー。早く大きくなって、皆の家計を助けておくれ！

今回、野菜を温室に植えるだけではなく、水耕栽培にもチャレンジしてみることにしました。色んな本やHPを参考にし、先日、ペットボトルで簡易に水耕栽培器を自作しました。しかし、栽培器作成や植え込み中、余裕が無かったため、殆ど写真を撮ってませんで。自分の備忘のためにも、一部イラスト（お昼休みに手癖で書いた落書き）でお送りしたいと思います。

れっつごー。

自作水耕栽培器の作り方。

①ペットボトル（2リットル：今回はおーいお茶のを使用）をよく洗い、上部を切り取ります。ハサミを書いていますが、カッターの方が切りやすいと思うよ。

②次に、切り取った上部の部分、両側に切り込みを入れ、残りの下部にスポッとはめます。切り込みを入れた方が、収まりがいいんだよ。これで本体が出来ました。早ッ！

③ポットを準備します。今回は育苗用黒ポットに細工したものを使用しました。黒ポットの穴をハサミで広げ、鉢底用のネットを取り付けます。ここだけ写真撮ってたんで掲載。

イラストの通り、ポットにらせん状に不織布（今回はキムワイプ）が回るようにして、最後、鉢の下に垂れるよう設置します（培地を吸い上げさせるため）。ここに、植え込み剤であるバーミキュライトを入れて苗を植え込みます。バーミキュライトには栄養が無いため、培地に影響しないそう。パームビートや、ロックウール、スポンジ、ハイドロボールでもOKらしいけど、研究室にあったもので適当に使いました。ある程度の通気性が大事なのねん。

苗には、ミニトマト・チェリーメイトを使いました。土は全て洗い流して植え替えます。根を傷つけないよう注意が要ります。今回は、造粒してある培養土で育てていたため比較的楽に洗い流せました。

④水耕培地の用意をします。今回は肥料としてハイポネックス微粉を用いました（液体では微量元素が入ってないからダメ）。ホームセンターでスティックタイプ（5g×20本）500円。これを1000倍希釈で用います。遅効性の肥料が含まれており、水に完全には溶けない仕様になっているため、溶かした後も良く振って（沈殿が攪拌された状態で）使用します。今回は、空のガロン瓶に2リットル分、溶かして使用しました（他、ハイポニカ液肥、大塚ハウスも水耕栽培に適していますが、一番手に入りやすいハイポネックスを用いました）。最後に数滴ほどメネデールを加えております。おまじない的な意味です。

⑤セッティングします。液体培地を上部の口まで浸らない位の水位（1～1.5リットル位？）にし、腐敗予防のため10円玉を培地に沈め、上部に鉢をセットします。不織布を垂らして培地に浸るようにします。培地は1週間に1度、全部取り替えます。写真だと、こんな感じになります。いずれ、根が下まで生えるのだそうですが・・・。

⑥最後の仕上げ。コケが生えないように、アルミホイルで全体を巻きます。こんな感じで巻きました。なんか巻きすぎた感があるけど、まあいーや。これを窓辺に置いて、様子を見ます。

今回の装置は簡易なつくりですので、作成も簡単です。培地用の肥料もホームセンターで手に入りやすものですし。本格的にやろうとすると、ポンプで培地に空気を送りこんだり、色々大変なんですが、今後の様子次第で考えたいと思います。

何しろ初挑戦ですし、本当に育つのか、培地をちゃんと吸い上げてくれるのか心配です。この子が連休あけまで生きていたならば、次の子も植え替えようと思っています。がんばって生き延びて、いずれ鈴なりのトマトを成らし、家計を助けてちょうだい！

増子