hpprc/llmjp-kaken huggingface dataset:
シガテラの発生機構解明を目指して－水深10m以深に発生する原因藻の生理・生態

定量PCRによる本属の有毒各種を特異的に定量可能な手法の開発前年度開発したGambierdiscus silvaeに特異的なプローブ・プライマーセットを用いて、定量PCRを行うことにより、本種の培養細胞ならびに現場海域由来の細胞内に含まれるrDNAのコピー数を求めた。その結果、その1細胞当たりの平均コピー数は、904,690±364,362 copies/cellであることが明らかになった。よって、現場試料に含まれるG. silvaeのrDNAコピー数を定量PCRにより定量し、これにより得られたrDNAコピー数を、上記した本藻の1細胞当たりの平均コピー数により除することにより、当該試料に含まれる本藻の細胞定量が可能となった。上記にて確立した定量PCR法を用いて、高知県幡多郡大月町ならびに沖縄県うるま市中城湾における水深3 m、水深15 mならびに30 mの各地点により3ヶ月に1回程度採取した現場試料に含まれるG. silvaeの発生量を求めることにより、その動態を解明した。その結果、本種はいずれの地点においても浅い水深のみならず深い水深においても発生すること、どちらかというと冬季に高頻度に発生すること、さらに大月町では水深3 m地点より水深15 m地点においてより高密度にて発生することが明らかになった。同時に、それぞれの試料が採取された現場環境条件(水温、塩分、光強度)について検討することにより、G. silvaeがどの様な環境条件の下で発生するのか解析した。その結果、本種は2025°Cのやや水温が低い条件でかつ光強度が300μmol photons/m2/sの低光強度条件の下で、比較的高密度にて発生することが明らかとなった。平成30年度が最終年度であるため、記入しない。高知県幡多郡大月町沿岸にて、表層、水深15 m、および30 mから、3ヶ月に1回程度、スキューバダイビングにより海藻試料を採取した。これにより得た試料より、付着している微細藻画分を調製し、これらに含まれるGambierdiscus属藻を観察・計数した。その結果、調査の期間を通じて、表層より有光層中部に相当する水深30 m地点において、Gambierdiscus属藻がより高密度で発生することが判明した。上記の方法により調製した微細藻画分を顕微鏡の下にて観察し、これに含まれるGambierdiscus属細胞をガラスキャピラリーにより単離した。単離した細胞を、IMK/2培地中にて、25°C、塩分35、光強度90-100 &micro;molphotons m-2 s-1,明暗周期12:12時間の条件の下で培養することにより、およそ20株の培養株を新たに確立した。2)次世代シーケンサーを用いた本属藻の網羅的群集組成の解明まずKohli et al. (2014)により報告された方法に従い、上記にて述べた深い水深および表層からそれぞれ調製した微細藻類画分を用いて、これらに含まれる微細藻のゲノムDNAを抽出した。これらを鋳型として用い、Small subunit ribosomal RNA遺伝子(SSU rDNA)の可変領域をPCR増幅させ、次世代シーケンサーを用いたパイロシーケンスを行うことにより配列を決定した。さらに、それらの網羅的系統解析を行うことにより、本属藻を含む付着性微細藻類の群集組成解析を行った結果、表層と有効中部にて発生する本属藻類の種組成は大きく異なる可能性が高いことが明らかになった。また、有光層中部にて発生していたものは、これまで報告がない種が占めていることが明らかとなった。Gambierdiscus属の動態に関して、高知県幡多郡大月町沿岸にて、表層、水深15 m、および30 mから、3ヶ月に1回程度、海藻試料を採取、これらに付着しているGambierdiscus属藻を観察・計数した結果、調査の期間を通じて、表層より有光層中部に相当する水深30 m地点において、Gambierdiscus属藻がより高密度で発生することを明らかにし、本項目について研究計画通りの成果を得ることが出来たと判断した。また、上記の方法により調製した微細藻画分を顕微鏡の下にて観察し、これに含まれるGambierdiscus属細胞をガラスキャピラリーにより単離し培養することにより20株の培養株を新たに確立することが出来た。これらの株に加えて、現在増殖中の分離細胞も多数存在することから、上記の結果も合わせて、本研究はおおむね順調に進展していると判断した。Gambierdiscus属の動態ならびに本属藻の単離・培養株の確立高知県幡多郡大月町沿岸にて、表層、水深10 m、20 mおよび30 mから、培養株を新たに20株確立した。次世代シーケンサーを用いた本属藻の網羅的群集組成の解明まずKohli et al. (2014)により報告された方法に従い、上記にて述べた深い水深および表層からそれぞれ調製した微細藻類画分を鋳型として用い、Small subunit ribosomal RNA遺伝子(SSU rDNA)の可変領域をPCR増幅させ、次世代シーケンサーを用いたパイロシーケンスを行うことにより配列を決定した。さらに、それらの網羅的系統解析を行うことにより、本属藻を含む付着性微細藻類の群集組成解析を試みた結果、水深30 m付近の微細藻類群集と表層付近の微細藻群集は異なることが示唆された。

本解析には、Roche社製のGS Juniorを用いていたが、年度の途中でその配列決定に必須となるキットならびに機器のメンテナンスの打ち切りが発表されたため、その解析の一部は次年度に先送りした。形態学的特徴による本属藻の種同定前述した方法により確立したGambierdiscus cf. silvae属培養株を用いて、それらの細胞の大きさや、その外殻鎧板の微細な形態学的特徴について、光学顕微鏡ならびに走査型電子顕微鏡(SEM)を用いて精査し、これがG. silvaeであることを明らかにした。本属藻の毒性の検討新たに確立したG. silvae培養株を、上記した条件の下でガラスシャーレ内にて培養し、これにより得られた藻体から毒成分を抽出した後、マウスを用いた毒性試験によりそれらの毒性を検討した結果、これらは本邦産のG. australesに次いで強いマウス毒性を有することを明らかにした。当該年度の達成目標について、「次世代シーケンサーを用いた本属藻の網羅的群集組成の解明」の研究項目を除いて順調に進捗した。次世代シーケンサーを用いた解析に関しては、これまで使用していた高知大学の全学共同利用施設であるRoche社製のGS Juniorが、年度の途中でその配列決定に必須となるキットならびに機器のメンテナンスの打ち切りがRoche社から発表されたことにより、その解析の一部を行うことが出来なくなり、これを次年度に先送りしたため、全体の進捗状況としては概ね順調に進展していると判断した。次世代シーケンサーを用いた本属藻の網羅的群集組成の解明まず、渦鞭毛藻に特異性が高いSSU rDNAのV8-V9領域に結合するプライマーセットを新たに開発した。これを用いて、沿岸海域より採取・調製した微細藻類画分を用いてSSU rDNAをPCR増幅させ、パイロシーケンスを行うことにより本属藻を含む付着性微細藻類の群集組成解析を行った。その結果、水深30 m付近の微細藻類群集と表層付近の微細藻群集は明確に異なること、水深30 m付近にはこれまで本邦沿岸域において見つかったことのないGambierdiscus属の種や、これまで国内外で見つかったことのない本属の新奇種が発生していることが明らかとなった。各種環境条件(水温・塩分・光強度)が本属藻の増殖に及ぼす影響評価深い水深より得られたG. silvae OHHG13株を、IMK/2培地中にて各種水温・塩分の培養系における増殖速度を求めた。その結果、本株は水温20-30°C,塩分25ー40 PSUの条件下で増殖可能であり、特に水温20°C・塩分35 PSU、水温25°C・塩分30ー35 PSUの各条件下にて良好に増殖することが明らかになった。また、本株は11.2610 μmol photons/m2/sの範囲の光条件の下で増殖可能であった。さらに、増殖至適光強度(Im)と増殖好適光強度(Iopt)を求めた結果、それぞれ115 μmol photons/m2/sと46-299 μmol photons/m2/sとなった。定量PCRによる本属の有毒各種を特異的に定量可能な手法の開発深い深度に棲息するGambierdiscus silvaeに特異的なDNA配列を検索し、これに結合するプローブ・プライマーセットを設計した。さらに、これらを用いて、本属各種の遺伝子を定量するために必要となる直線性の高い検量線を作成に成功した。
グロビン遺伝子の分子進化における遺伝子重複の研究

分子進化における遺伝子重複について,グロビン遺伝子を対象に3つの面から検討した.1)脊椎動物のグロビン遺伝子における遺伝子重複の初期像を推測するのに有用と考えられる魚類のグロビン遺伝子について解析を試みた.プローグとしては共に単離したコイのαグロビンcDNAを用いて,コイのDNAライブラリーからαグロビン遺伝子を単離した.現在その構造決定を行っている.さらに同様のプローグを用いてシーラカンスDNAのSouthernブロッティングを行ったところ薄いながらバンドが得られ,シーラカンスグロビン遺伝子のクローン化の可能性が示された.2)重複遺伝子の一方の不活化について,旧世界猿類のδグロビン遺伝子を対象に解析を行った.ミドリザルのδグロビン遺伝子には,バブーンやリーザスで見られたコドン55の1塩基挿入によるフレームシフト変異も,コスブスで見られたCapサイトの欠失も見られなかった.5 ́フランキング領域に上記4種の猿に共通な塩基置換がみられたが, in vitroおよびin rivoでの遺伝子発現系を用いた解析によると,これらの変異が発現に影響を及ぼすとは考えられなかった.一方, IVS2, 69位にC-G及び713位にA-G変異が共通にみられ,それぞれスプライシングのアクセプター及びドナーサイト類似の配列が形成されることが分かった.以上から旧世界猿類のδグロビン遺伝子の不活化の分子機構としては, IVS2内の塩基置換によるスプライシングの異常が考えられた.3)重複遺伝子の均一化について,ヒトGr及びArグロビン遺伝子を対象に解析を行った.その結果少なくとも終止コドンより6塩基下流から5 ́側217塩基の範囲にわたる遺伝子変換を見いだした.この遺伝子変換のため2個のRFLPが生じるが,これを用いた62個のクロモゾームの解析により,この遺伝子変換はノンアレリックでありしかも一方向性であることが分かった.分子進化における遺伝子重複について,グロビン遺伝子を対象に3つの面から検討した.1)脊椎動物のグロビン遺伝子における遺伝子重複の初期像を推測するのに有用と考えられる魚類のグロビン遺伝子について解析を試みた.プローグとしては共に単離したコイのαグロビンcDNAを用いて,コイのDNAライブラリーからαグロビン遺伝子を単離した.現在その構造決定を行っている.さらに同様のプローグを用いてシーラカンスDNAのSouthernブロッティングを行ったところ薄いながらバンドが得られ,シーラカンスグロビン遺伝子のクローン化の可能性が示された.2)重複遺伝子の一方の不活化について,旧世界猿類のδグロビン遺伝子を対象に解析を行った.ミドリザルのδグロビン遺伝子には,バブーンやリーザスで見られたコドン55の1塩基挿入によるフレームシフト変異も,コスブスで見られたCapサイトの欠失も見られなかった.5 ́フランキング領域に上記4種の猿に共通な塩基置換がみられたが, in vitroおよびin rivoでの遺伝子発現系を用いた解析によると,これらの変異が発現に影響を及ぼすとは考えられなかった.一方, IVS2, 69位にC-G及び713位にA-G変異が共通にみられ,それぞれスプライシングのアクセプター及びドナーサイト類似の配列が形成されることが分かった.以上から旧世界猿類のδグロビン遺伝子の不活化の分子機構としては, IVS2内の塩基置換によるスプライシングの異常が考えられた.3)重複遺伝子の均一化について,ヒトGr及びArグロビン遺伝子を対象に解析を行った.その結果少なくとも終止コドンより6塩基下流から5 ́側217塩基の範囲にわたる遺伝子変換を見いだした.この遺伝子変換のため2個のRFLPが生じるが,これを用いた62個のクロモゾームの解析により,この遺伝子変換はノンアレリックでありしかも一方向性であることが分かった.
セロトニン神経系の障害をともなう精神疾患における意思決定神経基盤の解明

精神疾患の中でも、強迫スペクトラム障害に分類される疾患は、セロトニン神経系の異常を背景とした予測と意思決定の障害が病態の基盤にあると推測されている。本研究では、共通の神経基盤が想定されているが、異なる症状を呈する神経性大食症と抜毛症を対象に報酬課題遂行中の脳活動を機能的MRIを用いて測定し、データを数理モデルに基づいて解析することで、短期、及び長期の報酬予測に関連する脳領域を明らかにし、健常者との違い、及び疾患毎の違いを明らかにすることを目的とした。また、同時に安静時機能的MRI、構造画像、拡散テンソル画像を撮像して数理モデル解析により得られた結果と合わせて解析することで、多様な精神症状がどのように予測と意思決定の障害と関連するかを包括的に解明することを目的としている。2015年度はこれまでに収集したデータのうち安静時fMRIについて解析した結果を論文として報告した。強迫性障害患者においては、健常者と比較して前頭前野から線条体への入力が過剰になっているという結果であった。これは、強迫性障害において健常者と比較して衝動的な意思決定がなされる傾向にあることに関連している可能性がある。われわれが先行研究で報告した、眼窩前頭皮質と背側線条体の安静時fMRIで測定した機能的結合が強迫性障害患者で強まっているという結果とも一致するものであると共に、その入力の方向が前頭前野から線条体の方向であることを新たに明らかにした。このような神経学的所見を参照しつつ連携研究者の田中と酒井を中心に強迫性障害の症状をモデル化して領域会議にてポスター発表を行った。27年度が最終年度であるため、記入しない。2014年度は、これまでに収集したデータのうちDiffusion Tensor Image (DTI)について解析した結果を論文として報告した。強迫性障害患者においては、健常者と比較して眼窩前頭皮質からの左線条体への投射線維の重心点が背側に偏移しているという結果であった。これは、強迫性障害において健常者と比較して衝動的な意思決定がなされる傾向にあることに関連している可能性があり、われわれが先行研究で報告した、眼窩前頭皮質と背側線条体の安静時fMRIで測定した機能的結合が強迫性障害患者で強まっているという結果とも一致するものである。このような報告に加えて、連携研究者の田中を中心に計算論により強迫性障害の症状をモデル化する検討、及び連携研究者の梅田による心理課題を用いて強迫性障害患者において発達障害傾向を有する患者とそうでない患者を鑑別する手法を検討し、研究計画を立てた。研究内容の一部について論文として発表することができ、また論文にまとめて投稿中である。また連携研究者との共同研究についても順調に計画が進んでいる。すでに収集した強迫性障害のデータについて、投稿中の論文の今年度中の受理を目指す。
トルコ農村部における社会慣習の変容と女性労働参加・農家行動に関する経済学的研究

本研究課題は,トルコ共和国農村部を事例に,社会慣習の変容と社会慣習が農家行動・家計内意思決定メカニズム,特に女性労働参加に及ぼす影響を明らかにすることを目的として,現地での聞き取り調査結果を基に経済学的に研究した.研究の結果,女性労働に関する社会慣習が生産環境の変化に伴う農家行動の変化に影響を及ぼすこと,このような社会慣習の変化に関係するであろう農家の意識変化が閉鎖性の高い村では抑制されること,などが明らかになった.経済学分野では家計内資源配分におけるジェンダー差別発生要因として捉える際などに社会慣習が取り上げられるが,社会慣習を中心問題として取り扱い,メカニズムを定量的に分析した研究は限られる.トルコ農村部でも経済発展の恩恵を受けることが想定される中,女性隔離の伝統的社会規範に基づく慣習が家計の意思決定・女性労働参加に及ぼす影響に関する定量的な経済分析が必要である.本研究課題は,トルコ農村部を事例に,社会慣習の変容と,社会慣習が農家行動・家計内意思決定メカニズム,特に女性労働参加に及ぼす影響に関する経済学的研究をおこなうことを目的としている.平成26年度は,9月にトルコ共和国アダナ県において農村・家計調査をおこない,データを収集した.また,調査データを用いて「社会慣習形成要因に関する分析」をおこない,その成果を2つの国内学会にて発表した.「社会慣習形成要因に関する分析」では慣習と農家意識の形成との関連に着目し,農村調査からは,慣習に変化を及ぼしうる外的刺激に対する社会の反応度を示す社会慣習であろう「村の閉鎖性」に差が発生する要因として,各村の成員の均質度や成立過程が考えられるという結果を得た.家計調査からは,女性労働慣習に関する農家家長の意識は各家長の個人的背景や社会慣習から影響を受けており,閉鎖性の有無によって経済的要因からの影響を受ける程度に差がある,という結果を得た.また,市街地より離れた農村部,その中でも閉鎖性が高い村では意識が変化しにくいことも示された.定量的分析により上記結果を明らかにし,女性の外部労働参加は当面停滞する可能性が高く,閉鎖性が高い村では女性労働参加を促す方向での変化が抑制される可能性が考えられること,また女性への教育が女性労働参加率向上のために有効な施策であることを示した点で,平成26年度の研究成果は政策決定上有意義な判断材料を提供したと考えられる.経済学分野では社会慣習は家計内資源配分におけるジェンダー差別発生要因の一つとして取り上げられるが,社会慣習を中心問題として扱い,メカニズムを定量的に分析した研究は限られる.本研究課題は,トルコ農村部を事例に,社会慣習の変容と社会慣習が農家行動・家計内意思決定メカニズム,特に女性労働参加に及ぼす影響を経済学的に研究することを目的とする.平成27年度は,平成26年度にトルコ共和国アダナ県にておこなった現地調査結果や研究課題遂行中に得られた知見を踏まえた論文3本を刊行した(平成28年度刊行分含む).「社会慣習形成要因に関する分析」に関する論文では慣習と農家意識の形成との関連に着目し,(1)慣習に変化を及ぼしうる外的刺激に対する社会の反応度を示す社会慣習であろう「村の閉鎖性」に差が発生する要因として村の成員の均質度や成立過程が考えられる,(2)女性労働慣習に関する農家家長の意識は閉鎖性が高い村では経済的要因からの影響を受けて意識が変化しにくい,という結果を得た.また女性への教育が女性労働参加率向上のために有効な施策であることを示した点で,政策決定上有意義な判断材料を提供したと考えられる.「社会慣習が農家行動・家計内意思決定メカニズムに及ぼす影響に関する分析」に関する論文では,社会慣習が女性労働参加を抑制する理論モデルを構築し,外的要因が生産環境・女性労働参加に及ぼす影響が社会慣習の存在によって変化しうることをシミュレーション分析により明らかにし,この種の分析をおこなう際には社会慣習を考慮することが重要であることを示した.この他,調査を基にした派生研究として,社会慣習の形成に影響を及ぼすと思われる,農家・農業労働者の持つ社会ネットワークに関する研究をおこない,仲介者が農業労働市場活性化に重要な役割を果たしていることを明らかにした.この研究は論文として平成28年4月に刊行した.研究課題の目的達成のために重要な家計調査の進捗状況については,現地情勢が悪化傾向にあったため,平成27年度の現地調査は中止となった.ただし,事前に平成27年度におこなう予定であった「社会慣習形成要因に関する分析」(調査データを用いた分析)を平成26年度におこなっていたので,平成26年度でおこなう予定であった「統計資料による分析」を平成27年度に回して対応した.この「統計資料による分析」に関しては,平成28年1月にTurkish Demographic and Health Survey (TDHS)の最新版である2013年の調査結果を新たに入手した.TDHSは2003年と2008年のものを事前に入手していたが,2008年の結果では社会慣習に関する変数に大きな変更が加わっていたため,分析結果が順当であるか判断が難しかった.TDHS 2013である程度の興味深い傾向が得られており,平成28年度前半には成果として公表していくことが可能であると考えられる.研究成果の公表という意味では「社会慣習形成要因に関する分析」に関して,農村・家計調査で得られた結果・知見を踏まえた研究をおこない,査読付論文として学会誌にて刊行した.この他,本研究課題の計画時には含まれていなかった派生研究もおこない,平成28年4月に査読付論文として刊行した.

「社会慣習が農家行動・家計内意思決定メカニズムに及ぼす影響に関する分析」に関しては,本研究課題を遂行する過程で得られた知見を踏まえた研究を査読付論文として学会誌にて刊行した.なお,この論文は本研究課題開始前に開始していた分析であり,本研究課題における当該分析のベースとなるものである.平成28年度には家計区分をより細かく設定した分析を予定しているが,当該分析の核となる結果は研究課題遂行中に得られた知見を踏まえた当該論文にて得られたといえる.全体としての研究達成度という意味では,3本の査読付論文を公表した点を踏まえると順調に計画は進展しているといえる.経済学分野では社会慣習は家計内資源配分におけるジェンダー差別発生要因の一つとして取り上げられるが,社会慣習を中心問題として扱い,メカニズムを定量的に分析した研究は限られる.本研究課題は,トルコ共和国農村部を事例に,社会慣習の変容と社会慣習が農家行動・家計内意思決定メカニズム,特に女性労働参加に及ぼす影響を経済学的に研究することを目的としている.また,Turkish Demographic and Health Survey (TDHS)の調査結果を用いた分析を進めている.女性が厳しい状況に置かれている程度を示すディスエンパワメント指標を作成し,地域や年代,民族による違いやその変遷を確認した.総じてイスタンブールをはじめヨーロッパに近い西部地方の方がディスエンパワメントの程度が低いが,イスタンブールでは近年ディスエンパワメントの程度が高くなっており,これは東部地方出身者が集まるスラム地区の存在とそこでの親イスラム的考え方の広まりによる影響の可能性がある,といった知見が得られている.しかし,現地調査による確認をおこなって検証することが望ましいと考え,平成28年度中に現地調査をおこなう予定であったところ,調査対象地域であるトルコ共和国において現地調査の直前にクーデター未遂が発生したため,現地情勢の悪化による平成27年度の現地調査中止に引き続き,平成28年度の現地調査も中止となった.このような事情から,事業年度を一年延長して平成29年度も引き続き研究をおこなうこととなった.研究課題の目的達成のために重要な家計調査の進捗状況については,調査予定時期の直前に現地でクーデター未遂が発生したため,現地情勢の悪化による平成27年度の現地調査中止に引き続き,平成28年度の現地調査も中止となった.ただし,事前に平成27年度以降におこなう予定であった分析を前倒して平成26年度におこない,平成26年度でおこなう予定であった統計資料による分析を平成27年度以降に回して対応していたため,当初予定していなかった分析テーマに関する成果も含めて既に3本の査読付論文を公表することができている.また,統計資料による分析も現地調査を実施してまとめる段階にまで来ている点を踏まえると,全体として進捗状況に大きな遅れはないと考える.経済学分野では社会慣習は家計内資源配分におけるジェンダー差別発生要因の一つとして取り上げられるが,社会慣習を中心問題として扱い,メカニズムを定量的に分析した研究は限られる.本研究課題は,トルコ共和国農村部を事例に,社会慣習の変容と社会慣習が農家行動・家計内意思決定メカニズム,特に女性労働参加に及ぼす影響を経済学的に研究することを目的としている.平成29年度は,当初の予定通りトルコ共和国アダナ県にて現地調査を現地のカウンターパートと共におこなった.
ＳＬＥおよび抗リン脂質抗体症候群における自己抗体の病態形成活性検出法の検討

全身性エリテマトーデスや抗リン脂質抗体症候群における病態形成性自己抗体の選択的検出を目指して,まず,抗DNA抗体や抗リン脂質抗体がどのように病態形成に関わっているのかを検討した。その結果,リン脂質と交差反応する抗DNA抗体の一部は単球に組織因子の発現を誘導すること,マクロファージ様細胞にBAFFやIL-1βの発現を誘導することなどが明らかになり,自己抗体が病態形成にも関わっている可能性が示唆された。今年度は,1.全身性エリテマトーデス(SLE)の疾患活動性と相関する抗dsDNA抗体の生物活性に関する検討,および2.炎症性サイトカインIL-1βの産生に関わるNLRP3インフラマソームの機能に関する検討を行った。まず1.に関しては,抗dsDNA抗体が単球に作用して組織因子の発現を誘導すること,マクロファージに作用してBAFF,IL-1βなどのサイトカインの産生を誘導することなどを示唆する結果が得られた。組織因子の発現は血栓形成傾向をもたらし,従来はβ2-glycoprotein I依存性抗リン脂質抗体の関与が指摘されていたが,今回の検討で,抗dsDNA抗体にも同様の活性があることが明らかとなり,興味が持たれる。また,BAFFの産生は自己抗体産生細胞の不死化につながるため,抗dsDNA抗体がSLEの病態の悪循環をもたらしている可能性が示唆される。さらに,IL-1βは組織において腎炎,血管炎,皮膚病変などを惹起している可能性が示唆された。2.はそのIL-1βの産生機構に関する基礎的検討で,CARD8という蛋白質がNLRP3インフラマソームを抑制的に制御していることを証明することができた。自己炎症症候群のクリオピリン関連周期熱症候群にみられる変異NLRP3は,CARD8による抑制を受けないことが見出され,それが発症機構と関連していることが示唆された。一方,NLRP3インフラマソームはSLEなどの膠原病における炎症性病態にも関わっていることが予想されるが,抗dsDNA抗体などによってNLRP3の活性化が生じることは未だ確認できていない。本研究では,膠原病の病態形成に関わる自己抗体または他の血清中の因子を特定して,病態診断に有用な臨床検査法を開発する基礎データを得ることを目的としている。平成24年度には2つの重要な発展があった。第一は,皮膚筋炎,多発性筋炎において,血清中のケモカインCX3CL1が健常人より高値を示し,疾患活動性とも相関していることの発見である。血清中のケモカインと膠原病病態との関連については未知の部分が多いが,本研究成果は皮膚筋炎,多発性筋炎の病態形成にCX3CL1が重要な働きをしていることを示唆する画期的な発見であり,かつ,簡便なELISA法で測定できる事から臨床検査への応用も可能な,意義深い成果と言える。第二は,抗リン脂質抗体症候群(APS)のin vivoモデルの作出に成功し,抗リン脂質抗体がAPSの病態形成に関わっている事を証明したことである。従来,抗リン脂質抗体が血栓形成傾向をもたらすことを示唆するin vitroのデータは沢山報告されており,私たちも発表して来たところであるが,血栓形成のメカニズムは複雑で多くの要因が絡み合っているため,抗体の作用については実際にin vivoで血栓形成を観察しなければ確定的なことが言えない。そのための手段としてのモデルを確立したという点で,意義の深い成果であると言えよう。全身性エリテマトーデス(SLE)および抗リン脂質抗体症候群(APS)では,抗DNA抗体や抗リン脂質抗体をはじめとして様々な自己抗体が産生されるが,それらの抗体が病態形成にどのように関わっているのかについては未だ不明の点が多い。本研究では,それらの自己抗体が種々の細胞に与える影響を解析し,病体形成に関わる抗体と,あまり関係なさそうな抗体とを区別して検出する臨床検査法を開発することを目指している。2012年度からの3年間で進展したことは大きく分けて以下の2点である。1. DNAとカルジオリピン-β2グリコプロテイン-Iに交差反応性を示すモノクローナル抗体WB-6の性質に関する検討。私たちは先行研究でAPSのin vivoモデルマウスを作出したが,今回の研究期間中にそのマウスを使って,WB-6が血栓形成傾向をもたらすことを確認した。これはWB-6という抗体が細胞に何らかの作用を及ぼして,APS様の病態を引き起こすことを裏付けている。そこでさらに抗体と細胞との作用様式を明らかにするために,2014年度には培養細胞にWB-6を添加した後,電子顕微鏡で観察することを試み,本抗体が生細胞の細胞質と核に侵入できることを見出した。自己抗体のこのような作用のために,細胞がどのような影響を受けるのか,今後分子レベルで解析してゆく予定である。2.炎症の分子メカニズムに関する検討。上記のように詳細はまだ不明であるものの,自己抗体の作用を受けた細胞には炎症に関連した活性化が生じるはずであり,2014年度は特にIL-1βなどの炎症性サイトカインの産生に関わるNLRP

3インフラマソームの機能に関して検討した。その結果,CARD8という蛋白質がNLRP3インフラマソームの活性化を抑制していることが示唆された。今後はSLEやAPSの病態におけるインフラマソームの機能を明らかにしてゆきたい。免疫血清学抗dsDNA抗体の中には,単球に作用して組織因子の発現を誘導したり,マクロファージに作用してBAFF,IL-1βなどのサイトカインの産生を誘導する抗体があることを示唆する結果が得られた。このような病態形成に関わる生物活性をもっている自己抗体を特定すれば,すぐれた臨床検査法の開発にもつなげることができる。皮膚筋炎,多発性筋炎における血清中のCX3CL1,および抗リン脂質抗体症候群における抗リン脂質抗体の病態形成との関わりについて,研究の進展をみた。一方,当初計画していた全身性エリテマトーデスにおける抗DNA抗体等の作用に関する検討は,現在進行中ではあるが,まだまとまった成果が得られていない。抗dsDNA抗体の中には,単球に作用して組織因子の発現を誘導したり,マクロファージに作用してBAFF,IL-1βなどのサイトカインの産生を誘導する抗体があることを示唆する結果が得られた。これらの抗体がどのようにして細胞に結合して細胞の活性化を引き起こすのか,抗体の精製法の工夫や,電子顕微鏡などを用いた検討によって詳細を検討する予定である。特に抗DNA抗体と抗リン脂質抗体の病態形成における役割に関して,重点的に研究を進めてゆく方針である。すでにモデルマウス由来の種々のモノクローナル抗体は樹立されており,倫理審査委員会の承認も得られたため,今後は患者血清中の抗体の精製も進めてゆくことができる。種々の抗体と,標的とする種々の細胞との組合せで,抗体が細胞に与える影響を,real-time RT-PCR法,western blotting法等を駆使して解析する予定である。ほぼ申請した計画どおりに使用しており,若干の端数が残ったに過ぎない。次年度の消耗品購入に充当する。基本的な実験設備は整っているので,研究費は当初の予定通り,主に試薬類とディスポーザブル実験器具など,消耗品に充当する。
米国の電子工学及び, 光電子工学に関する調査研究

今後より一層の発展が期待される電子工学・光電子工学に関して,基礎研究に優れた実績を持つ米国の第一線の研究者と直接会って議論することにより,この分野における問題点と今後の有望な研究課題を明確にする.IIIーV化合物半導体材料では,多くの可能性を秘めた新しい結晶成長技術であるガスソースMBE(MOMBE,又は, CBE)の研究が盛んになりつつある.この方法による光半導体素子用材料のInGaAsP,InPの成長にはほとんど問題がないが,高速素子や光素子に広く用いられているGaAsーAlGaAs系では問題がある.特にAsGaAs中のC不純物の低減が難しいようである.しかし,高価格にもかかわらず,ガスソースMBE装置を導入しようとしている大学・研究所が多く,ここ23年にうちに多くの研究成果が得られるものと予想される.光デバイスに関しては,超広帯域・長矩離光ファイバ通信システムを実現することを目的とした,発光・受光素子の10GHzを超える広帯域化,半導体レーザの狭スペクトル線幅化,及び,高速光変調器の開発がこの分野の主な研究テーマになっていた.そのため一つの有効な手法として,量子井戸構造の検討が進められている.光デバイス作製手段として,ガスソースMBEやMPCVDなどの結晶成長技術やイオンビームエッチング法等の微細加工技術の研究が活発である.光コンピュータ・アーキテクチャについては,アレイ状に配列した論理ゲート素子(単一機能のものから多機能のものまで)と光の自由空間伝播によって接続する並列アーキテクチャが研究の主流である.また,新しいアーキテクチャとして,神経回路網を模倣した光ニューラル・コンピュータの研究も活発である.この場合,各論理ゲート素子間の接続パターンはスペース・バリアントになるが,その目的には体積ホログラムが有望視されている.光通信・光計測に関しては,光子計数型光通信が,コヒーレント光通信とならび重要な次世代光通信技術となるとの確信が得られた.今後より一層の発展が期待される電子工学・光電子工学に関して,基礎研究に優れた実績を持つ米国の第一線の研究者と直接会って議論することにより,この分野における問題点と今後の有望な研究課題を明確にする.IIIーV化合物半導体材料では,多くの可能性を秘めた新しい結晶成長技術であるガスソースMBE(MOMBE,又は, CBE)の研究が盛んになりつつある.この方法による光半導体素子用材料のInGaAsP,InPの成長にはほとんど問題がないが,高速素子や光素子に広く用いられているGaAsーAlGaAs系では問題がある.特にAsGaAs中のC不純物の低減が難しいようである.しかし,高価格にもかかわらず,ガスソースMBE装置を導入しようとしている大学・研究所が多く,ここ23年にうちに多くの研究成果が得られるものと予想される.光デバイスに関しては,超広帯域・長矩離光ファイバ通信システムを実現することを目的とした,発光・受光素子の10GHzを超える広帯域化,半導体レーザの狭スペクトル線幅化,及び,高速光変調器の開発がこの分野の主な研究テーマになっていた.そのため一つの有効な手法として,量子井戸構造の検討が進められている.光デバイス作製手段として,ガスソースMBEやMPCVDなどの結晶成長技術やイオンビームエッチング法等の微細加工技術の研究が活発である.光コンピュータ・アーキテクチャについては,アレイ状に配列した論理ゲート素子(単一機能のものから多機能のものまで)と光の自由空間伝播によって接続する並列アーキテクチャが研究の主流である.また,新しいアーキテクチャとして,神経回路網を模倣した光ニューラル・コンピュータの研究も活発である.この場合,各論理ゲート素子間の接続パターンはスペース・バリアントになるが,その目的には体積ホログラムが有望視されている.光通信・光計測に関しては,光子計数型光通信が,コヒーレント光通信とならび重要な次世代光通信技術となるとの確信が得られた.
外国人の現場ツイートと意見構造分析による日本の交通システムの国際評価手法

本研究では,外国人の視点を観光や交通政策,交通まちづくりへ反映するために,SNS(Social Networking Service)上の発言に着目し,その質と量から政策に活用できるかを検証することが目的である.分析に用いたデータは,2017年2月の1ヶ月間の日本国内でSNSに投稿された6万7千件のデータから居住者と考えられるユーザーを削除してたものである.その結果,交通や移動に関する投稿は少ないこと,写真での投稿や場所のみの投稿等が意外に多いこと,写真との関係も考慮しないとコメントだけの分析では判断が難しい場合があること,位置情報から周遊行動の把握の可能性があることが明らかとなった.本研究の目的は、外国人の視点を観光や交通政策、交通まちづくりへ反映する手法を構築することである。人間は順応する生物であるため、最初は不思議に思ったり、不合理に感じた交通システムでも、徐々に慣れ、交通システムにあわせて行動を順応させることができる。そのため、観光客等不慣れな人でもスムーズに移動できる交通システムについて考えようとしてもなかなか良い案が出てこないことも多い。そこで、ここ数年交通や観光、都市計画への活用方法が着目されているSNS(Social Networking Service)上の発言に着目し、その質と量の検証と方法論について分析を行う。今年度は、SNSを都市計画や観光、災害時の行動分析に活用した事例や言語分析手法について既往文献を整理した。また、都市の規模と外国人旅行者数などの統計データから対象とする市町村を決め、Twitter社のAPI(Application Programming Interface)を用いてデータ収集を行った。いくつかのキーワードでデータを収集しており,どのようなキーワードが妥当なのかを検討する必要がある.また,これらのデータでは,日本に定住している人なのか旅行者なのかは不明であるため,分析方法について検討する必要がある.次年度は得られたデータをトピックモデル等を用いて分析を進める予定である.ツイートデータの収集に苦戦したが概ね順調に進んでいる。本研究では,外国人の視点を観光や交通政策,交通まちづくりへ反映するために,SNS(Social Networking Service)上の発言に着目し,その質と量から政策に活用できるかを検証することが目的である.Twitter社のAPI(Application Programming Interface)を用いて,都市名,駅名や交通手段等をキーワードにしてデータ収集を行ったが,日本に定住している人なのか旅行者なのかが判別できないことや,想像以上に都市や交通システムを評価するツイートが少ないことが分かった.そのため,株式会社ナイトレイが公開したinbound insightのSNSデータを用いて分することとした.2017年2月の1ヶ月間のデータには,15ヶ国から2万3千人の6万7千件の投稿があった.投稿された場所は東京が最も多く2万7千件,次いで大阪が1万件,3位は京都で7千件,続いて,北海道,千葉,神奈川となっている.これらのデータには外国人居住者のデータも含まれているため,1ヶ月間同じ都道府県から発信されているデータは旅行者ではない仮定し,削除して分析を行った.その結果,交通や移動に関する投稿は内容はほどんど含まれていないこと,写真での投稿や場所のみの投稿等が多く,コメントだけの分析では旅行者の分析は難しいこと,位置情報から周遊行動の把握の可能性があることが明らかとなった.本研究では,1ヶ月間のデータのみを使用したが,長期間のデータを利用する場合は,居住者と旅行者を識別するアルゴリズムが必要となると考えられる.本研究では,外国人の視点を観光や交通政策,交通まちづくりへ反映するために,SNS(Social Networking Service)上の発言に着目し,その質と量から政策に活用できるかを検証することが目的である.分析に用いたデータは,2017年2月の1ヶ月間の日本国内でSNSに投稿された6万7千件のデータから居住者と考えられるユーザーを削除してたものである.その結果,交通や移動に関する投稿は少ないこと,写真での投稿や場所のみの投稿等が意外に多いこと,写真との関係も考慮しないとコメントだけの分析では判断が難しい場合があること,位置情報から周遊行動の把握の可能性があることが明らかとなった.集めたツイートデータをトピックモデル等を用いて分析を進める.土木計画研究を補助する技術補佐員を雇用予定であったが,採用が遅れたため.技術補佐員や研究アシスタントの雇用に使用予定.
北海道の近代以前における和人とアイヌ民族の建築活動に関する研究

本研究は、近代以前における和人の建築活動とアイヌ民族の建築文化を総合的に研究することによって、北海道の建築史を、日本における建築史の内で正当に位置づけるための基礎的研究とする事を大きな目的とした。具体的な成果として、近世期の蝦夷地における和人の建築活動について、その実相の一端を明らかに出来たことや同時期の建築活動にかかわる史料を集成したことなどが成果としてあげられる。本研究は、近代以前におけるアイヌと和人の建築活動を総合的に研究することによって、北海道の建築・民家に関する歴史研究全体を、日本における建築史・民家研究史の中に正当に位置づけるための基礎的研究とする事を大きな目的としている。具体的には以下の点を解明することを目的とする。(1)既往研究・研究蓄積を踏まえて、アイヌの建築文化を建築史の立場から系統的に再整理し、その変遷史を解明する。(2)主に文書資料から近世期の和人による建築活動の変遷を系統的に整理し、近代以前の北海道における和人の建築活動の実態を解明する。(3)前記、1,2の研究をふまえて、従来、個別に考えられてきた北海道における近代以前のアイヌと和人の建築活動・建築文化について、あらためて同時代の本州文化、あるいは周辺諸国を加えた「関係史」の中で捉え直し、系統的に整理し、考察することで北海道の近代以前における建築文化の歴史を解明する。本年度はアイヌ民族の建築に着目し、その特徴についてアイヌ文化成立期(13世紀前後)から近世期末(19世紀後半)における建築活動とその所産である建築の特徴を明らかにし、同時に近代以前の建築と既往研究や現代の復元された建築の共通する点と異なる点についても検証した。研究対象資料としてアイヌ民族の建築を描く近世期の絵画資料とアイヌ文化期を対象とする発掘成果(発掘報告書)を集成・整理し、アイヌ文化成立期から近世期末のアイヌ民族の建築を研究するための基礎資料を構築した。本年度に明らかになった近代以前のアイヌ建築の特徴は以下の通りである。(1)住居は平地式、住居に付属する建物は高床式が主体で、住居と倉の高床上本体の外観・材料は共通する点も多い。(2)平地住居の平面形は付属屋を伴わない単室形住居が先行し、その後、付属屋を伴う平面形が現れ、両者は併存し、付属屋を伴った住居が主体となって行った。(3)住居の柱配置は短辺の柱間が奇数のものが多く、短辺中央の柱間が出入口や神窓であった可能性が考えられる。(4)柱の建立方式は住居が全て打込形式、住居に付属する建物は堀込形式と堀込と打込を併用する形式がある。(5)柱間寸法は住居では人体寸法による基準寸法の存在が想定できるが付属建物では確認できない。(6)小規模な住居は地上で小屋組を組み立て柱上に乗せ、大規模な住居は柱の上で小屋組を組み立てる建築構法である。(7)住居は小径木材で軸組・小屋組を組立て、小屋構造形式は多様で、室内に梁を架けないものも多い。以上の研究を基礎として、北海道工業大学大学院へ学位請求論文(「アイヌ文化成立期から近世期末におけるアイヌ民族の建築に関する研究」)を提出し、平成20年3月に博士(工学)の学位を授与された。平成20年度は、北海道の近世期における和人の建築活動に関する記録史料を中心に、資料収集・分析を実施した。主要な成果は以下の通りである。19世紀初頭の北海道島東部(太平洋沿岸)に設定された20ヵ所の「場所」に関する記録史料である『東蝦夷地各場所様子大概書』(文化8年:ひがしえぞち・かくばしょ・ようす・たいがいしょ)および『東行漫筆』(文化6年:とうこう・まんひつ)から、建築群に関する記録を集成・整理し、前期幕領期(1799・寛政11年1821・文政4年)における北海道島東部(太平洋沿岸)の建築活動の様相を分析した。各場所に共通すると思われる特徴を挙げると以下の通りである。「場所」の中心施設である会所建物は各場所で最大規模であること、会所元(場所の中心地)には基本的に会所、通行家・下宿所(宿泊施設)、蔵(板蔵・萱蔵)、神社が所在すること、会所、通行家・下宿所、蔵については、梁間数にはそれぞれ標準的柱間数があり、桁行柱間数が規模(建坪)の大小に影響している傾向が強いこと、板蔵、萱蔵は構造(仕様)に差があり、板蔵がより上質の蔵と位置づけられていること、番屋は基本的に各場所の会所元以外に所在し、旅宿・休所を兼ねるものもあること、小休所・昼休所などの休所は各場所で確認出来るものの、その数には粗密があり、規模や構造(仕様)にも差があることなどが挙げられる。同時に「大概書」および「漫筆」の記載は各場所毎に精粗があることから、全場所を俯瞰出来る要素は、建物名称、建物数に限定され、規模や構造(仕様)についての定量的分析には限界があることも明らかになった。

2009年度に行った調査研究の成果の概要は、以下のとおりである。(1)アイヌの建築文化変遷史の解明平成8年度以降継続してきたアイヌの建築・住居(チセ)に関する研究によって得られた研究成果・蓄積を基礎に、その成果を再整理し、さらに近代以降の民俗事例についても調査を進め、擦文文化からアイヌ文化への移行過程および近代以降の建築文化の変化も含めて、研究成果をまとめ、日本学術振興会研究成果公開促進費の助成を受け「アイヌの建築文化再考-近世絵画と発掘跡からみたチセの原像-」として学術図書を刊行し、研究成果の公表をおこなった。(2)和人の建築活動の実態解明おもに文書資料から、近世期の和人による建築活動に関わる史料の収集整理を進め、和人の建築活動を示す史料として有力と考えられる巻子本(絵巻物)の所在確認調査を実施した。今後はその内容調査を進めていく予定である。(3)アイヌ・和人の建築活動と本州文化・周辺国との関係史本州立化については、草戸千軒遺跡(福山)、一乗谷朝倉家遺跡(福井)、海外の事例としては、アイヌとの比較の視点から、中国黒竜江省の黒竜江周辺に居住する赫哲族(ホジェン)の建築文化との比較検討をおこなった。今後、それらの地域の比較検討を進め関係史としての分析を進める。2010年度の調査研究実績の概要は、以下のとおりである。(1)アイヌの建築文化変遷史の解明2009年に刊行したアイヌの建築文化に関する研究成果を踏まえて、新たな発掘遺構事例の収集・分析、絵画資料の収集・分析。(2)和人の建築活動の実態解明近世期の和人による建築活動に関わる史料の収集整理を進め、和人の建築活動を示す史料として有力と考えられる巻子本(絵巻物)などの資料の複写・整理・分析。現存する近世期建築物の調査。(3)アイヌ・和人の建築活動と本州文化・周辺国との関係史本州文化との関連性の視点から、中世期の遺構調査を実施。(4)研究成果のとりまとめ平成19年から22年まで4カ年の研究成果のとりまとめを行った。本研究の成果については、別途研究成果報告書のとおりであるが、その概要を以下に述べる。1,和人の建築活動に関する資料としては、特に近世期の場所・会所に係わる具体的資料の収集・整理分析に大きな成果を得た。これによって、従来、和人の建築活動については「和人地」の様相が語られる程度であったが、本研究によって年代は限定的であるものの「蝦夷地」における和人の具体的な建築活動の様相を把握することが出来た。2,一方で、本研究の主題の一つである、和人とアイヌ民族の関係性の視点から見た建築活動については、前記の和人の建築活動へのアイヌ民族の関与・参画の事例は一部確認できるものの、具体的な事例については必ずしもその全容を確認することは出来なかった。
筋萎縮・肥大関連遺伝子発現を次世代シークエンサー（RNA-Seq）で解析する

筋萎縮には、遺伝子制御系、エネルギー代謝系、タンパク質合成・分解系、細胞内シグナル系など様々な要因が関与する。本研究では廃用性筋萎縮モデルのひとつである座骨神経切除前後で筋組織に発現している全遺伝子の種類と発現量を網羅的に解析できるトランスクリプトーム解析RNA-Seqから、筋萎縮前後の転写産物の全体像を明らかにすることを目的として研究を行った。多くの筋萎縮研究では萎縮が進行している状態を研究対象としている。そこで本研究では、ほとんど注目されてこなかった"筋萎縮がそれ以上進行しないステージ"に着目をして検討を実施した。筋萎縮のマーカー分子として知られるAtrogin-1は、萎縮が進行している除神経後1週間までは急激に増加するが、萎縮率が低下する14日目からは処理前のレベルに戻ることが知られている(Sachcek et al. 2007)。【平成27年度の研究成果】我々はまず、マウスの大腿部に走行する座骨神経を外科的に切除したのち、下腿部を中心とした下肢の筋サイズがどのように推移するかを小動物用X線CTスキャン装置を使って35日間にわたり解析した。その結果21日目以降、筋のサイズはほぼ一定となった。従って除神経35日後は筋萎縮が十分平衡に達した時期と判断した。除神経後35日間経過した筋組織(長趾伸筋、ヒラメ筋)を取り出し、RNAを抽出した。続いて、バイオアナライザーを用いてRNAの品質チェックを行い(RIN 8.0以上)、いくつかのマーカー遺伝子の発現をリアルタイムPCRでチェックした後、次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム解析RNA-Seqを行った。シーケンス作業は完了し、現在このシーケンスデータを解析ツールを用いて、まとめている段階である。今後、萎縮後の筋サイズを規定する遺伝子等が同定されると期待される。骨格筋は不活動により速やかに萎縮するが、その詳しいメカニズムは未だに不明である。不活動の実験的モデルとして除神経やアキレス腱切除が用いられる。一方、低栄養状態においても筋重量は減少し、タンパク質の制限は明確な筋重量の低下を誘導することが報告されている。本実験では筋萎縮で発現変動する遺伝子の網羅的解析の前段階として、除神経、腱切除、低タンパク質食を施したマウスの筋萎縮関連遺伝子の発現変化を比較することを目的として、以下の実験を行った。10週齢の雄性C57BL/6Jマウスを用いて実験を行った。予備飼育後に坐骨神経切除、アキレス腱切除、5%低タンパク質食(対照食は20%タンパク質)の処理を施した。処理後0,7,14日後に後肢の骨格筋(ヒラメ筋、腓腹筋、足底筋、長趾伸筋、前脛骨筋)を摘出し、筋重量を測定した。ヒラメ筋からRNAを抽出し逆転写を行い、Real-time PCRに供して筋萎縮関連遺伝子であるMuRF1, Atrogin-1およびHDAC4の発現量を測定した。除神経処理後7日目にHDAC4の発現量が有意に上昇した。腱切除後7日目ではMuRF1発現量の有意な上昇が見られた。低タンパク質食群では摂取14日目にAtrogin-1の発現の有意な上昇が見られた。低タンパク質食群では筋重量は低下しなかったが、筋萎縮関連遺伝子の発現量は増加していることがわかった。除神経群、腱切除群、低タンパク質食群においてそれぞれ異なる筋萎縮関連遺伝子の発現上昇が見られたという結果から、筋萎縮という同じ現象でも、筋細胞内では異なる制御系あるいはシグナル経路を通じて筋萎縮が誘導されることが示唆された。

本研究と並行して核内受容体PPARδアゴニスト投与により発現変動するマウス骨格筋遺伝子をトランスクリプトーム解析RNA-Seqを用いて網羅的に解析することに成功したことから、本研究を推進するための重要な研究基盤の一つであるRNA-Seq解析法を修得できたものと考える。RNA-Seqの解析に向けて、種々の筋萎縮誘導処理後の筋萎縮マーカー遺伝子の発現変動を明らかにした。この結果から、RNA-Seqに供する除神経後の最適な時間を見つけることができた。また、このとき萎縮し、重量が減った骨格筋でも、解析に要する量の高品質なRNAを抽出できることを見いだしている。さらにAPOBEC2欠損マウスも繁殖を進め解析に必要な数まで増やすことができた。RNA-Seqに向けて事前の準備がおおむね順調に進展している。バイオアナライザーを用いてRNAの品質チェックを行い(RIN 8.0以上)、TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation Kit (イルミナ社)で処理後、次世代シークエンサーでシーケンスを行う。得られたデータは、バイオインフォマティクスの手法を使って解析する。このRNA-Seq解析により筋萎縮前後に発現している全遺伝子の種類と発現量を網羅的に解析するとともに筋肉特性変化と筋組織の遺伝子発現の関連性を明らかにする。また、正常およびAPOBEC2欠損マウス間での発現プロファイルの違いから、APOBEC2の機能(特にオートファジー、筋分化との関連)を推定する。さらに筋萎縮・肥大に関連する未知の遺伝子も探索する。C2C12細胞株を使った未知遺伝子のsiRNA実験を行う。本実験は筋萎縮前後で発現変動が最も高かった遺伝子から実施する。筋分化マーカーMyoD, Myogenin, Myosin HeavyChainの遺伝子及びタンパク質発現をそれぞれRT-PCRとウェスタンブロッティングで調べる。極めて顕著な効果が認められた遺伝子についてはその機能解析を行う。