hpprc/llmjp-kaken huggingface dataset:
クッシング症候群における癌転移抑制遺蛋白NM23のコルチゾール合成に対する検討

前年度、我々がデザインしたRNAiで蛋白合成抑制を試みたが結果が安定せず、有意な結果を得ることが出来なかった。またRNAiを安定発現するベクターを作成し、トランスフェクション後にG418でセレクションして、RNAiを持続発現する細胞を作成したが、細胞が死滅するという現象がみられ、やはり安定した結果を得ることが出来なかった。そのため、本年度は目標RNAの別の配列でRNAiを作成し、トランスフェクションしたが、やはり同様の結果に至ってしまった。効果が確認されているvalidated RNAiも使用したが、こちらはコルチゾール分泌に対する効果が認められなかった。ACTH存在下でも検討したが、やはり有意な結果を得ることは出来なかった。我々の検討では、H295R細胞において、NM23の発現は細胞が生存し続けることに必要不可欠である可能性が高いと考えられた。しかしながら、我々のマイクロアレイの結果からは、クッシング症候群ではNM23の発現が低下しているという状況下で、コルチゾールの分泌が亢進していると予想される。もちろんその状況下では細胞は死滅していないという事実があることより、細胞内において何らかの機序が作用していると仮定し、現在NM23に対するRNAiの発現効率の調整を行い、少量の発現抑制で効果を確認できないか確認作業中である。およびNM23の周辺で作用する蛋白が、コルチゾール発現に影響を及ぼすのではないかと仮定し、その蛋白を探索しているところである。本年度、私はNM23のコルチゾール合成に対する作用を検討するために、私がデザインしたRNAiを用いて検討を行った。以前、一過性の発現系で検討したところ、結果が安定しなかったこと、および有意差を出すことが困難であったことより、安定発現系を用いた。RNAiを発現するように設計された2種類のプラスミドベクターを、副腎癌のcell lineであるH295R細胞にトランスフェクションし、G418で選択して、安定発現する細胞を得た。同時に、RNA合成に影響を及ぼすことのないとされる、コントロールベクターもトランスフェクションし、安定発現する細胞を得た。ウェスタンブロッティングにて、コントロールに比較してNM23の蛋白合成が低下していることを確認し、コルチゾール分泌に対する影響を検討した。まず基礎分泌を検討したところ、コントロールの細胞とNM23の蛋白合成を抑制した細胞とでは有意差を認めなかった。次にACTH存在下で検討したが、多少コントロールの細胞で分泌が高い傾向を認めたが、有意差を見いだすことが出来なかった。その後、継代を続けたところ、細胞死が増加する傾向がみられるようになった。RNAiの発現によってアポトーシスが誘導された可能性を考え、再度、別のベクターを作成し、トランスフェクションを行い、今後検討する予定である。また、NM23に対して遺伝子発現抑制効果が確認されているRNAi (validated RNAi)が最近販売されたため、前述のプラスミドと同様に、効果を確認する予定である。
有機ケイ素化合物の電子移動反応の合成利用

我々はケテンシリルアセタールのMukaiyama-Micheal反応がケテンシリルアセタールからルイス酸への電子移動により開始されることを提唱した。この過程でケテンシリルアセタールからカチオンラジカルが、エノンからルイス酸が酸素に結合したエノラートラジカルが生成するが、その際それぞれの二重結合が90度回転することが分子軌道計算により示された。一方、六員環化合物の構造は剛直であるのに対して大環状化合物は柔軟な構造を有していることはよく知られている。従って、これらの構造を有するケテンシルアセタールまたはエノンのMukaiyama-Micheal反応を行うと大環状化合物が優先的に反応するものと予想される。ここではこの仮定に基づいて行った実験の結果について報告する。(1)ケテンシルアセタールの競争反応求核反応条件下(Sil=BuMe_2Si;TiCl_4)では6および16員環ケテンシルアセタールの反応性には差が認められないのに反して、電子移動反応条件下(Sil=Et_3;LA=SnCl_4)では16員環ラクトンが優先的に反応する。(2)エノンの競争反応下に6員環エノンと12および15員環エノンとの電子移動条件下での競争反応の結果を示す。前者は全く反応せず後者のみが定量的に反応する。以上の結果は上に述べた仮説の妥当性を示すものである。さらにエノラートラジカルの生成を確かめるために不飽和エステルをラジカルカップリングさせることが知られているSmI_2とエノンの反応を検討した。その結果、6員環ラクトンは反応しないが12、15員環ラクトンでは共役ラジカル還元が進行することが分かった。明らかにラジカルが生成するためには炭素-炭素二重結合の回転が必要であることが示された。
プロトン伝導性電解質を用いた新規燃料電池システムの開発

今年度(平成24年度)は、昨年度得られた結果を受けて、中温域におけるアルコール電極酸化反応の反応機構の詳細な解析と高効率化に向けた指針の獲得に取り組んだ。250°C近傍の中温域におけるエタノール及びメタノールの電極酸化反応に関して、電気化学測定及び反応生成物分析の結果を基に電極反応の速度論的解析を行い、電極反応モデルを作成した。その結果、エタノール及びメタノールのいずれの燃料を用いた場合でも、中温域での電極酸化反応における主な表面吸着種はCH_3やCO等のC_1種であることがわかった。このことから、中温域におけるアルコール電極酸化反応では低電位域における反応とは異なり、C-C結合解裂反応が十分に速く進行する一方で、C_1吸着種の酸化・除去が律速段階であると考えられる。また、反応モデルにおける反応パラメータの感度解析の結果から、律速段階の促進に向けて水の吸着・解裂反応の活性化が有効であると示唆された。次に、中温域におけるエタノール電極酸化反応の更なる高効率化と非白金触媒の利用を目指し、電極触媒の探索を行った。特に水の吸着・解裂反応の促進を目指して白金触媒にルテニウムを添加したところ、白金触媒上での反応における副生成物(メタン)の生成を抑制することに成功した。さらに、反応中間体の吸着エネルギー等に着目して非白金触媒の設計を行った結果、中温域でのエタノール電極酸化反応に対してパラジウムとルテニウムからなる触媒が高い電極活性を示すことを見出し、中温域における非白金触媒の利用可能性が示された。プロトン伝導性電解質を用いた中温作動燃料電池(p-ITFC)は既存の燃料電池と比較して原理的に高効率なシステム設計が可能な新規燃料電池である。本研究ではp-ITFCにおける多様な燃料の高効率な直接利用を目指し、電極反応解析と新規電極材料の開発に取り組む。今年度(平成23年度)は中温域におけるエタノールの電極酸化反応について速度論的解析を行った。電解質には230-280°C程度で高プロトン伝導性を示すリン酸二水素セシウムを用い、電極には白金担持カーボン(Pt/C)を用いて250°C付近で電気化学測定と生成物分析を行った。その結果、中温域におけるエタノール電極酸化反応の特徴として、低温域に比較してC-C結合解裂反応の進行が大幅に促進される一方で副生成物としてメタンが生成することを確かめた。さらに、得られた結果をもとに電極反応モデルを作成し、速度論的解析を行ったところ、電極反応の反応速度や選択性を決定する重要な素反応として(1)エタノールの脱水素反応、(2)C-C結合解裂反応、(3)水からのOH生成反応があげられた。そこで、特にOH生成反応の促進を目指して電極触媒の探索を行った結果、電極触媒に白金ルテニウム担持カーボンを用いた場合にPt/C触媒と比較して副生成物のメタン生成の抑制と完全酸化反応の促進を確認し、電極触媒によって電極反応の選択性を制御できることを示した。これらの結果はp-ITFCにおけるエタノール燃料の高効率な直接利用の可能性を示すものである。今後は、電極反応の更なる高効率化に向けて、200-600°C程度にまで拡張した幅広い温度域での電極反応の解析と卑金属触媒の利用について検討を行う。250°C付近におけるエタノール電極酸化反応の解析では、電極反応速度及び選択性を決定する素反応の解明と触媒種による反応選択性の制御に成功した。一方、更なる電極反応の高効率化に向けてはより幅広い温度域での検討が必要であると考えられ、300-600°C程度で利用可能な新規プロトン伝導性電解質の開発に現在取り組んでいる。エタノールの電極酸化反応の促進に向けて、温度域を200-600°C程度にまで拡張して電極反応特性評価を行う。そのために新規プロトン伝導性電解質の開発に取り組む。さらに、副生成物であるメタンの反応機構について調べるために、メタンを出発物質として用いた電極酸化反応の検討も行う予定である。
大動脈瘤ステントグラフト治療:エンドリークが瘤内圧・瘤径に及ぼす影響に関する研究

腹部大動脈瘤に対するステントグラフト(SG)留置術は低侵襲的な治療法として普及しているが、瘤内圧あるいは瘤径の変化とSGの種類との関連性などについて解明すべき課題は多い。本研究では各種SGの差異について、実験的ならびに臨床的に検討した。血管モデルを用いてZ-stentをDacronでカバーしたZenith SGとイノウエSGの差異について検討した結果、両者ともSGのクロッティングでわずかな脈圧の減少が得られ、瘤内からのリークが多いほど瘤内圧は減少し、その減少の程度はイノウエSGの方が大きい傾向にあった。臨床的検討ではSG留置術を行った腹部大動脈瘤のうち、分岐型SGを用い、経時的に経過観察したSZ-SG;14例、ZE-SG;29例を対象として、瘤径の変化ならびにエンドリークの有・無と瘤径縮小との関係を両SGについて検討した。SZ-SG群では4/14(28.5%)で瘤径の縮小、6/14(43%)で瘤径の不変、4/14(28.5%)に瘤径の拡大がみられた。瘤径拡大群の4例中3例、瘤径不変群6例中1例にエンドリークがみられた。ZE-SG群では21/29(72%)で瘤径の縮小、7/29(24%)で瘤径の不変、1/29(3.4%)に瘤径の拡大を認めた。瘤径拡大群の1例と瘤径不変群7例中1例にエンドリークがみられた。エンドリークを認めなかった37例(SZ-SG;10例、ZE-SG;27例)について平均瘤径の推移を両群で比較検討したところ、SZ-SG群では有意な縮小を認めなかったが、ZE-SG群では1年後に有意な縮小を認めた(p<0.005)。ZE-SGはSZ-SGに比べてエンドリークが少なく、瘤径縮小が高率に認められ、両SG間での差異が示唆された。血管モデルを用いてSpiral Z-stentをDacronでカバーしたSpiral Z-stentgraft(SZ-SG)とSpiral Z-stepをPTFEでカバーしたSGの差異について検討した結果、後者で有意な瘤内の圧の減少が得られることが確認された。今後さらにZenith stentgraft(ZE-SG)、井上SGを用いて追加実験を施行し、各種SG間の差異について、検討する予定である。

瘤径拡大群の1例と瘤径不変群7例中1例にエンドリークがみられた。エンドリークを認めなかった37例(SZ-SG;10例、ZE-SG;27例)について平均瘤径の推移を両群で比較検討したところ、SZ-SG群では有意な縮小を認めなかったが、ZE-SG群では1年後に有意な縮小を認めた(p<0.005)。ZE-SGはSZ-SGに比べてエンドリークが少なく、瘤径縮小が高率に認められ、両SG間での差異が示唆された。大動脈瘤に対してステントを人工血管で被覆したステントグラフト(SG)を留置する治療は、低侵襲的な治療法として腹部大動脈瘤を中心に普及しつつある。しかし術前後の瘤内圧の変化と瘤径あるいはSGの種類との関連性などについては不明な点が多い。本研究では各種SGの差異について実験的ならびに臨床的に検討した。まず動脈瘤を想定した循環モデルを作成し、SG留置前後における瘤内圧を連続的に測定した。その結果、SGの留置により脈圧の減衰が認められたが、脈圧はSGの種類や動脈瘤モデルの壁の硬さに大きく影響されることが確認された。臨床的検討ではSG留置術を行った腹部大動脈瘤のうち、分岐型SGを用い、経時的に経過観察したSpiral Z-stentgraft (SZ-SG);14例、Zenith stentgraft (ZE-SG);29例を対象として、瘤径の変化ならびにエンドリークの有・無と瘤径縮小との関係を両SGについて検討した。SZ-SG群では4/14(28.5%)で瘤径の縮小、6/14(43%)で瘤径の不変、4/14(28.5%)に瘤径の拡大がみられた。瘤径拡大群の4例中3例、瘤径不変群6例中1例にエンドリークがみられた。ZE-SG群では21/29(72%)で瘤径の縮小、7/29(24%)で瘤径の不変、1/29(3.4%)に瘤径の拡大を認めた。瘤径拡大群の1例と瘤径不変群7例中の1例にエンドリークがみられた。
大気圧マイクロ波プラズマにより自動車エンジン燃焼改善

研究分担者の所属機関において実際に自動車エンジンの燃費改善に用いられているのと同様の放電方式で得られるマイクロ波プラズマの電子温度,電子密度,ガス温度,および,ガス密度を測定するため,YAGレーザーを光源に用いたトムソン散乱/ラマン散乱計測システムを整備した。東京大学より借用した2重回折格子分光器を用いた本システムでは,迷光レベルが大きく,トムソン散乱信号を得ることができなかったが,窒素分子の回転ラマン散乱信号が明瞭に観測された。窒素分子の回転ラマン散乱信号の解析から,本大気圧マイクロ波プラズマに関して,平成20年度の発光分光計測では把握できなかった以下の特性が確認された。まず,プラズマ中のガス温度(窒素分子温度)は放電開始後の時間に比例して増加するが,放電開始後1msの時点においては,プラズマ中心部に近い領域におけるガス温度は500K未満と低い。プラズマの中心から離れた領域でのガス温度の増加は緩やかであり,放電開始後3msが経過した時点でも450K程度である。したがって,放電をパルス化してその持続時間を1ms以下とすれば,ほとんどのプラズマ領域でガス温度の上昇を抑制でき,自動車エンジンへの適用に際して窒素酸化物の発生を防止できる。一方,ガス密度(窒素分子密度)の測定では,放電開始後の時間経過に従ってガス密度が低下することが観測された。プラズマの中心に近い領域では,ガス密度とガス温度の積は時間的に一定値を示し,ガス密度の低下がガス温度の増加によるものであると理解できる。しかし,プラズマの中心から離れた領域では,ガス温度の低下が顕著でないにも関わらずガス密度の低下が顕著であり,低温度下における窒素分子の顕著な解離を示している。このことは,プラズマの中心から離れた領域では電子温度の高い非平衡プラズマが得られており,ラジカルの生成が活発であることを示唆するものである。プラズマから放射される発光を分光計測したところ,マイクロ波アンテナ起源の金属原子の発光スペクトル,および,放電ガスおよび不純物起源の2原子分子からのバンドスペクトルが見られた。金属原子の発光スペクトル分布からプラズマの励起温度を評価したところ,空気放電では6000K程度の値が得られた。また,2原子分子のバンドスペクトルに基づき,空気放電中の窒素分子の回転温度を評価したところ,励起温度と同じ6000K程度の値が得られ,空気放電は熱平衡プラズマに近いことが確かめられた。当初の研究計画に従い,パルス放電におけるプラズマパラメータの時間変化を調べた。パルス化された空気放電の初期(放電開始後20ms未満の時間帯)において,窒素分子の回転温度と振動温度の間に非平衡性が見られた。パルス放電の初期において非平衡プラズマが得られる可能性があることがわかった。ヘリウム放電を生成し,不純物起源のOHラジカルの回転温度を調べたところ,1000Kと低いことがわかった。また,不純物起源のH原子のバルマーベータ線のシュタルク広がりからプラズマの電子密度を評価したところ,2×10^<14>cm^<-3>程度の値が得られた。この電子密度は1000Kの熱平衡条件でサハ方程式より評価される電子密度より桁違いに高く,ヘリウムプラズマは非平衡プラズマであることがわかった。ヘリウムに水素を1.3%混入すると,プラズマが著しく熱平衡状態に近付くことが見出された。プラズマの電子温度を直接計測するためのレーザートムソン散乱計測の準備を開始した。
エネルギーの変換技術に関する研究

1.将来のエネルギー資源の多様化と需要の大幅な変動に対処するため、種々のエネルギー間の高効率変換を実現できる新素材と新プロセス開発をめざし、次の5研究班を組織して、先導的・基礎的研究を推進した。2.(1)燃料電池班:種々の燃料を直接電力に変換する高性能燃料電池を実現するために、溶融炭酸塩型高温燃料電池、高温型固体電解質燃料電池、直接型アルコール燃料電池のそれぞれについて高活性で安定な電極と電解質導電体の種類と使用条件を明確にすると共に、電池内の熱収支とエネルギー変換効率の関係を明らかにした。(2)太陽電池班:従来の太陽電池の効率を格段に向上させるために、湿式太陽電池については界面の超微細構造と電気化学的活性の関係を解明し、乾式太陽電池に関しては、太陽光の全スペクトルを利用してエネルギー変換効率を向上させることをめざす多層タンデム構造太陽電池構成のための薄膜材料およびヘテロ界面の形成法を究明した。また、キャリア閉じ込め効果による高効率化の可能性を明らかにした。(3)熱化学班:Br-Ca-Fe系反応サイクルで水を水素と酸素に分解する連続操業のための触媒、装置用金属の耐食性材料による被覆法、高性能水素分離膜が著しく改良された。またケミカルヒートポンプ用触媒と反応器製作の見通しがついた。(4)光化学班:植物の光合成を模範とする人工光合成系の実現をめざして光励起で発生させた高活性ラジカル対の電荷分離技術を確立すると共に炭酸ガスからメタンなどへの変換が可能であることを実証した。また、高歪化合物によるエネルギー蓄積系のモデル装置の試作と運転に成功した。(5)高温熱直接発電班:鉄シリサイドなどのアモルファス構造膜が非常に高い熱起電力を有する新素材であることを発見した。熱電子発電では、ハフニウムなどのホウ化物がエミッター電極として有用であり、アルカリ金属熱発電に有用な炭化物・窒化物も見出された。
月尾部プラズマ構造に関する計算機実験

月尾部の真空領球と太陽風領域の境界部分においては、太陽風電子と陽子の熱速度差により太陽風は分極し、電位構造が生成される。この電位差は、過去の間接的な観測によって400V程度であると推定された一方で、計算機実験では40V程度と結論されている。この不一致は過去の計算機実験におけるいくつかの仮定によって生じるものであると考えられる。特に月の真空領域につながる磁力線に沿って熱的太陽風電子の10倍以上(strahl成分)のエネルギー帯に双方向流の電子が観測されている(Futaana et al.,2001)ことから、過去の計算機実験では無視されてきたこの非熱的電子が、電位差生成に影響を及ぼしていると考えられる。そこでこの非熱的成分を加えた計算機実験を行なった。昨年度作成したコードによって、月尾部真空領域での計算機実験の有効性が示されたが、本年度はより現実の物理に近い状況を想定し計算を行なった。昨年度行なった熱的電子を用いた計算で比較的大きな電位構造が見られていたが、strahl成分の電子を加えることにより、さらに大きな電位構造が再現された。また、このstrahl成分の電子が反射される様子も見られ、観測された太陽風電子の速度分布関数と同様の分布が再現された。一方、これまで真空領域が形成されると考えられていた比較的月に近い領域にも非常に薄いプラズマが進入することが可能であり、その領域において、音波モードと考えられる波動が存在することが今回の計算機実験により初めて示唆された。これは予想していた新たな電位構造の生成機構には直接結びついていないが、より下流における動的なプラズマ不安定構造の発展に寄与していると考えられることから、月尾部における電位生成に対して、間接的な影響を及ぼしている可能性があることが示された。月尾部の真空領域と太陽風領域の境界部分においては、太陽風の電子と陽子の熱速度差により太陽風は分極し、電位構造が生成される。この電位差は、過去の間接的な観測によって400V程度であると推定されている一方で、計算機実験による検証では40V程度と結論されている。特に月の真空領域につながる磁力線に沿って熱的太陽風電子の10倍以上(strahl成分)のエネルギー帯において双方向流の電子が観測されている(Futaana et al.,2001)ことから、過去の計算機実験では無視されてきたこの非熱的電子が、電位差生成に影響を及ぼしていると考えられる。そこで月尾部真空領域における電磁プラズマ環境、特に電位構造や電子の分布関数を詳細に検討するために1次元静電粒子コードを作成し、計算機実験を行なった。まず、作成したコードの精確性を確認するために、プラズマ波動伝播実験を行ない、波動の伝播方向に矛盾がないことや系全体でエネルギーが保存されることなどを確認した。続いて、作成したコードを用いて月尾部真空領域を再現するための計算機実験を行なった。その結果、比較的大きな電位構造と太陽風領域へ反射される電子を確認した。また、strahl成分の電子を加えて計算を行ない、双方向流電子の生成を確認した。しかしながら上記計算においては計算時間短縮のため、電子と陽子の質量比を20ないし200と仮定しており、生成される電位差が一意に定まらない。よって定量的な議論は今後の課題となるが、定性的には過去の観測結果と一致しており、月尾部真空領域周辺における非熱的電子の重要性が認識された。
ベルクソン『物質と記憶』の総合的研究―国際協働を型とする西洋哲学研究の確立

「時間論の観点から心の哲学を解明する」というベルクソン『物質と記憶』の着想は長らく難解とされてきたが、近年著しい発展を見せた「意識の諸科学」や「分析形而上学」の発展を踏まえることで、その内実を具体的な水準で明らかにできた。この取り組みのため、狭義の哲学者だけでなく、神経科学者、病理学者、人工知能研究者などの研究者らを取り込んだ新しい学際的な研究ネットワークの構築が不可欠であったが、「意識と時間」という『物質と記憶』に固有な明確な論点を定めることで、この研究体制は最大の成果を得ることができた。三度の国際シンポジウムは論集としてすでに二冊が既刊であり、三冊目も2018年度中に出版予定である。国際協働を型とする哲学研究を次の段階に引き上げるべく、また、ベルクソンの主著『物質と記憶』固有の学際的アプローチに対応するべく、従来までのフランス語ではなく英語使用による国際シンポジウムを2015年12月に開催し、英語圏の研究者・非フランス哲学系の哲学者を交えた新しい共同研究形態を構築した。具体的には、いわゆるベルクソン研究者としても科学哲学に造詣の深いポール=アントワヌ・ミケル氏(仏)および相対論的時間論に通暁するエリー・デューリング氏(仏)以外に、現代分析形而上学における時間論哲学者としてバリー・デイントン(英)、伊佐敷隆弘の両氏、ギブソンのアフォーダンス知覚論の専門家としてスティーブン・ロビンズ(米)、河野哲也の両氏、現代の生命研究、心身問題研究、認知科学に携わる研究者(郡司ペギオ幸夫氏、ジョエル・ドルボー(仏)氏、セバスチャン・ミラヴェット(仏)氏)、また当時の記憶研究の背景に詳しい三宅岳史氏など、『物質と記憶』での哲学的争点に深く関わる多様な分野の理論家たちを結集し、具体的個別の論点について深く掘り下げる討議を行った。このことは単純に思想史研究を脱却して学際的研究を標榜するという一般的な意味以上に、じっさいに当時の実証科学から心身問題という哲学的難問に取り組んだ『物質と記憶』という書物の特性からして、不可欠なことであった。とくに、最新の神経科学や分析形而上学の知見に照らし合わせることで、これまでなされなかった水準の徹底的な批判的検討を行った点は特筆に値する。その成果は目を見張るもので、海外研究者たちからも高い評価を得、ミケル氏・デューリング氏によって新しいベルクソン研究を謳う宣言文が寄稿され、フランス本土でも新たな枠組みが立ち上げられるにいたった。なお日本語版および英語版の論集出版に向けて、すでに着手している。「研究実績の概要」で触れたように、非ベルクソン専門家を多く招き、英語によって議論をする今回の形式は、従来とまったく異なる新しい試みであり、ともすれば議論の深化を妨げるリスクも懸念されたが、発表者・事前の原稿共有や、特定質問者による共通論点の析出など、より実質的で効率的な議論深化のための方策も功を奏し、またなにより『物質と記憶』の現代的重要性に関して認識を共有する各専門家の熱意ある貢献のお陰で、シンポジウムは大きな成果を収めた。現在準備中の論集も、シンポジウムでの議論を採録するのみならず、それに触発された上述宣言文、新規論考・コラム・リプライ論文などを含めた形になる予定である。2015年度の国際シンポジウムにて打ち出した新しい研究の方向性は、フランス人研究者たちの力強い賛同を得、彼らによるマニフェスト文として結実した。2016年度では、これを収録する日本語版論集の編集を迅速に進め、秋の国際シンポジウム前の刊行にこぎ着けた(平井靖史・藤田尚志・安孫子信編著『ベルクソン『物質と記憶』を解剖する』書肆心水)。発表原稿のみならず、上記マニフェスト、解説的コラム、リプライ論文などを完備することで、狭義のベルクソン哲学研究の範疇に閉じることなく、広く学際的な関心を引き込めるよう努めた。11月には第二弾となる国際シンポジウムを開催し、前年度に引き続き中心的人物としてバリー・デイントンを招いたほか、神経科学や人工知能の分野からも積極的に招き入れ(ジャン=リュック・プチ、兼本浩祐、太田宏之、デイヴィッド・クレプス)、思想史的・テクスト内在的読解(カミーユ・リキエ、藤田尚志、檜垣立哉、村山達也)、また応用的展開(ユリア・ポドロガ、マイケル・R・ケリー)との融合を試みた。前年度の議論を受け継ぎつつ、非ベルクソンニアンのみならず非哲学の分野からも論者を巻き込むことでより各論的な掘り下げを行うことが出来た。また、次世代の育成への布石とすべく、新たに「若手セミナー枠」として、6名の博士課程などの若手研究者の外国語による発表の機会を設けた。2015年度に引き続き、2016年度も論集の刊行を決定し、すでに編集作業も佳境に入っている。外国人(ケリー)にもコラム執筆に積極的に協力いただき、9月には出版の予定である。先述の通り、第一回の国際シンポジウムは予想以上の成果を収めたのみならず、マニフェストの存在により、「拡張ベルクソン主義」という旗印が定まったことで、より参加者の方法論的な問題意識の足並みが揃ったおかげで、ダイレクトに争点の共同的批判的究明の作業に入ることが出来、シンポジウムでの討議は非常に充実したものとなった。シンポジウム終了後も、迅速な刊行のための原稿の修正など、多くの点で学術的な信頼関係に基づいた積極的な協力を得ることが出来、本研究の主題の一つでもある国際協働研究ネットワークの質的な増強を図ることが出来た。

また、出版社(書肆心水)の理解と協力により、普及しやすい形で第一段シンポジウムの論集を刊行することが出来たため、その後の学会・研究会・読書界などにおける研究普及活動において多大なメリットがあった。最終年度となる2017年度では、締めくくりとなる国際シンポジウムを10月に開催し、多様なジャンルから13名の登壇者と6名の特定質問者を招き、『物質と記憶』を軸とした「拡張ベルクソン主義」に具体的な実質を与える豊富な成果を得た。研究分担者の他に、時間経験の分析哲学者バリー・デントン、「マニフェスト」の執筆者の一人であるポール=アントワーヌ・ミケルに加え、90年代からのフランスにおけるベルクソン再興の火付け役にして、フランス哲学会の重鎮であるフレデリック・ウォルムスの参加により、従来の解釈の伝統との発展的な結合を試みた。ベルクソン研究者である平光哲朗・永野拓也両氏のほかに、社会心理学者のスティーヴン・ブラウンや、現象学的な質的研究の村上靖彦氏、シモンドンの専門家であるアンヌ・ルフェーヴル、最先端の人工知能の分野からは谷淳・三宅陽一郎の両氏を迎えたことで、思想の根幹となる「持続の多元論」や「意識の遅延テーゼ」、「純粋記憶」について多角的に掘り下げることができた。2015年度に引き続き2016年度のシンポジウムの論集も、11月に『ベルクソン『物質と記憶』を診断する』として刊行し、引き続き2017年度論集も鋭意編集中で2018年度中に刊行の予定である。そのほか、関連イベントとして、4月には2015年度登壇者にして「拡張ベルクソン主義・マニフェスト」のもう一人の著者であるエリー・デューリングを再び招いて現在の新しい実在論の動向をめぐってワークショップを開催した。2018年3月には、三年間のプロジェクトの総括として、日仏哲学会ワークショップ「拡張ベルクソン主義は何をなしえたか・なしうるかPBJ 2015-2017『物質と記憶』の総括と展望」を設け、若手研究者を含む関係者を交えて、成果とその発展的射程について議論を深めた。「時間論の観点から心の哲学を解明する」というベルクソン『物質と記憶』の着想は長らく難解とされてきたが、近年著しい発展を見せた「意識の諸科学」や「分析形而上学」の発展を踏まえることで、その内実を具体的な水準で明らかにできた。この取り組みのため、狭義の哲学者だけでなく、神経科学者、病理学者、人工知能研究者などの研究者らを取り込んだ新しい学際的な研究ネットワークの構築が不可欠であったが、「意識と時間」という『物質と記憶』に固有な明確な論点を定めることで、この研究体制は最大の成果を得ることができた。三度の国際シンポジウムは論集としてすでに二冊が既刊であり、三冊目も2018年度中に出版予定である。今年度の成功を継承しつつ、この流れを軌道に乗せるためにも、本年度も昨年度に劣らぬ成果を出すことが不可欠である。同じく英語を基調言語とし、国際的・学際的な協働研究のあり方を質的により洗練させていく。本年度は現時点で、昨年に引き続きバリー・デイントン氏、同じくイギリスから複雑系科学からベルクソンを読み解く単著を昨年出版したばかりのデイヴィッド・クレップス氏、フランスから『物質と記憶』校訂者であるカミーユ・リキエ、国際的に活躍する医師でありながら病理の観点から心身問題に深い関心を寄せる兼本浩祐氏、時間論の観点から脳神経を研究する太田宏之氏、日本を代表する若手ベルクソン専門家である村山達也氏などの参加が決まっている。入念な準備を重ねることで、『物質と記憶』の現代的射程を最大限に引き出せるよう努める所存である。
ラット拘束ストレス反応に対する母子分離の影響について

平成18年度は,実験群にimmobilization stressを与え,経時的に採血を行い,血中コルチコステロンを測定する拘束ストレス実験を行った。1.実験群母子分離群4群(1)早期分離12時間群(12E:6匹),(2)早期分離3時間群(3E:6匹),(3)後期分離12時間群(12L:6匹),(4)後期分離3時間群(3L:6匹))と(5)対照群(6匹)の計5群とした。ラットの身体をテープでボード上に固定して実施した。拘束時間は30分間とした。3.採血とコルチコステロン測定採血は拘束ストレス直前とストレス開始15分後,30分後,60分後,120分後,180分後,240分後,300分後,360分後の計9回行い,遠心分離した血漿は冷凍保存し,蛋白競合法にてコルチコステロンを測定した。【結果および考察】早期分離群(12E群と3E群)では,拘束ストレス開始直後から血中コルチコステロン濃度は急激に増加し,その後の減少は他群と比較して遅く,他の3群(12L群,3L群,対照群)が360分経過後には基礎値と有意差がなくなったのに対し,360分経過しても基礎値に戻らなかった。一方,後期分離群(12L群と3L群)の血中コルチコステロン濃度変化には,対照群との間に有意差は認められなかった。早期分離群間の比較では12E群の方が3E群よりも変化の程度が大きく,ピーク後の減少も遅かった。今回の結果から,生後早期(1週齢)に行われた母子分離が,ラットのストレスに対する視床下部-下垂体-副腎皮質系の反応性に長期的影響を与える可能性が示唆された。平成17年度は、幼若期の母子分離によるストレス反応への影響を検討するために以下の予備実験を行った。1.測定システムの確立(1)カテコールアミン測定システムの確立(2)コルチコステロン測定システムの確立2.母子分離群ラットの作製と体重測定(1)母子分離ラットの作製母子分離群は、分離を行った時期(初期:生後1-6日,後期:生後16-21日)と分離時間(12時間:6-18時、3時間:6-9時)により、初期分離12時間群(MD12E)、初期分離3時間群(MD3E)、後期分離12時間群(MD12L)、後期分離3時間群(MD3L)の4群に分類した。(2)体重測定母子分離の成長発育への影響を調べるために、生後直後から生後60日まで体重測定を行った。【結果および考察】対照群と比較して、母子分離後MD3L群が生後35日目で、MD12L群が生後56日目で有意差がなくなったのに対し、MD12E群とMD3E群は実験期間中、有意差が存在した。母子分離を行うことにより、仔ラットの成長が抑制されることが推察された。平成18年度は、実験群にimmobilization stressを与え、経時的に採血を行い、血中カテコールアミンおよび血中コルチコステロンの測定を行う予定である。
紀の川流域における中世荘園の地域環境史的研究

本研究は、11世紀から16世紀頃にかけて、現在の和歌山県海草郡紀美野町付近に存在した紀伊国神野・真国荘地域の詳細な現地調査に基づき、その歴史的景観を明らかにするために行われた。。本研究では、水利灌漑の現状記録、および生業に関する聞き取り調査などを行った上で、それらの成果を文献史料から窺えるこの荘園の歴史過程の中に位置づけ、改めてこの荘園が地域環境の中でどのように適合的に展開を遂げたかを考察することが出来た。また、この荘園の景観を描いた著名な荘園絵図の解釈にも、新たな知見を加えることが出来た。なおこれらの成果の詳細については、『紀伊国神野・真国荘地域総合調査』として報告書にまとめ、刊行した。主要な調査対象地として設定している和歌山県紀美野町(中世の神野真国荘の故地)の福田・安井・野中地区および赤木地区において、基幹的な灌漑水利体系の把握を行うための現地調査を2012年8月・9月と2013年3月に実施した(参加者延べ13名)。これは、前年度における現地調査が、同じく紀美野町中田・梅本・福井地区を対象とし、荘園の西側境界地域における水利灌漑調査により、荘園の境界地帯での実態把握を目指す調査であったのに対し、荘園の中心地域に近い、荘園内随一の穀倉地帯と考えられる地域における水利灌漑の実態を把握し、荘園全体の灌漑体系の全体像を系統的に理解するために必須の作業であり、研究分担者による植生調査・民俗生業調査と相まって、この荘園の成立と展開過程の一端を具体的に知ることができた点で大きな成果であった。すなわち、この荘園では、地形条件や気象条件(降水量の多い大台ヶ原に源流を持ち、山と谷が複雑に入り組む)により、たびたび洪水を起こして荘域内を乱流しているため、荘園の中心部を流れる基幹河川(貴志川)の水を灌漑に使用することはできず、そのために支流の中小河川や谷あいに構築した溜池などを主要な水源とする灌漑体系が形成されていた。したがって、荘園の中心部に近い地域においても、限られた推領を時間制で使用する時間分水のシステムを発展させたり、支流の中小河川の水を尾根を大きく迂回させて貴志川沿いの耕地に導水するなど、高度な水利灌漑秩序を構築していた。そうした秩序の構築過程で、水源を共有する村落内での結びつきが強固になる一方で、荘園内で村落を越えた連帯や共同性が高まる契機は稀薄であった可能性が考えられることが分かってきた。これは、荘園の成立過程を考える上ではきわめて重要な視点であり、最終年度において、これら現地調査の成果をふまえ、荘園制の成立過程を実態的に復元する作業に取り組みたい。和歌山県北部の紀の川流域は、日本中世史の概説書等に紹介される著名な荘園が多く点在し、なおかつ伝統的な農村景観や共同体的慣行がよく残存していることから、これまで多くの現地調査が行われてきた地域である。また、当該の地域は著名な荘園絵図によって当時の荘園景観を視覚的に理解できる地域としてもよく知られている。しかし、カセ田荘を除いて、絵図の景観を復元しうるような十分な荘園調査がまだなされておらず、とくに神野・真国荘の故地である和歌山県紀美野町域では、過疎化・高齢化による耕地の耕作放棄が進む現状に鑑みれば、早急にこうした荘園調査が行われる必要があると考えられた。さらにまた、近年、環境問題への社会的関心の高まりの中で、棚田や里山への関心が急速に高まりつつあるが、紀の川流域は「棚田」地名の初見史料がある地域であり、紀美野町の中でも中田・梅本地区および三尾川・赤木地区などは、壮大かつ良好な棚田景観が展開している地域である。こうした理由から、本研究では、主に農業水利・生業民俗の二つの観点より、神野・真国荘地域の徹底した現地調査を行い、その現況を記録するとともに、荘園が展開した中世における歴史的景観の復元に取り組んだ。調査は、本科研費以外に私費などで行った調査も含めて27回に及び、現状で記録しうる限りの歴史的情報の記録を行い、その成果の一部を『紀伊国神野・真国荘地域総合調査』としてまとめ、印刷・刊行し、地元協力者や関係の公共機関、自治体の関係部局、全国の公共・大学図書館などに送付した。この調査により、溜池灌漑におけるこの地域独特の時間配水慣行や、中世にまで遡り得る用水路による棚田灌漑の実態、荘園絵図の現地比定とその新たな読解など様々な新知見が得られたことは幸いであった。また、生業面でも、民俗調査により、この地域独特の生業に関わる民俗誌を記述し得た点も大きな収穫として特筆できよう。。

研究代表者は、6月17日に調査対象地となる和歌山県紀美野町へ赴き、町教育委員会において調査趣旨の説明を行い、同日、和歌山市内において研究分担者とともに調査の具体的なすすめ方について打ち合わせを行った。8月2627日には、予備調査として、研究分担者の海津一朗氏とともに調査対象地である紀美野町福井地区へと入り、水利灌漑調査として、棚田における灌漑の現況を地形図上に落とし込んでいく作業を開始した。この際には、4人の大学院生を研究協力者として参加させ、上記の作業を地区ごとに分担して進めた。9月22日24日には、本調査として研究分担者の海津一朗氏・高須英樹氏とともに上記地区に入り、予備調査にて完了しなかった地区について、上記同様の作業を行うとともに、地元の農業者の方からの聞き取り調査や、現地での立ち会い調査を行った。この際にも、8人の大学院生・大学生を研究協力者として参加させ、地区ごとに作業を分担した。なお、研究分担者の藤井弘章氏も、この間、紀美野町域における民俗調査を1回、行った。その後、東京にて、現地で記入した地形図の清書作業を進めた。清書はGoogle Earthを活用した航空写真上に現況を記入していくパターンと、従来型の地形図(縮尺2500分の1)に記入していくパターンとの2パターンを試みたが、航空写真の場合、地目の変化や土地の造成などの現況をそれなりに反映していて、清書が進めやすい反面、現段階では解像度がそれほど高くなく、調査成果としては公開しにくい面があることが分かった。一方、地形図の場合は、その作成が古く、地目などの現況が反映されていない反面、成果物としての仕上がりがよく、公開に向いているものと思われた。調査対象地は歴史的に重要な地域である一方、過疎化と耕作放棄が急速に進んでいる地域であり、今回の調査によって灌漑状況が記録できたことは大きな成果であった。昨年度において調査をほぼ終えた中田・梅本・福井地区に加え、今年度新たに福田・安井・野中・赤木地区の調査をほぼ終了できたことで、現地調査に関する所期の目的はおおむね達成されつつある。また、予備的な調査ではあるが、荘園の中核的な町場である神野市場地区に関しても、町並みの調査と、基幹的な灌漑水利体系の把握に関しては終えており、次年度以降に本格的な調査をする準備はおおむね整っているという状況である。なお、昨年度、若干やり残している中田・梅本・福井地区での未調査地域の現地調査は、今年度上記地区の調査を優先させたため、まだやり残したままであるが、次年度以降の補充調査で十分達成可能であり、次年度、最優先で取り組むことにしたい。また、当初予定していた中間報告会についても、10月に和歌山市内で開催し、研究分担者と進捗状況および成果の共有化を図るとともに、研究グループ以外の研究者の参加も得て、活発な意見交換を行うことができた。当初の研究計画では、調査初年度の今年度においては、紀美野町福井地区の灌漑概況を把握し、それを地形図上に再現することを目標としていた。福井地区はさらに細かく、中田・梅本・奥佐々・坂本・東福井・西福井より成るが、奥佐々・坂本を除く地区において、調査作業を終了した。奥佐々・坂本地区については未着手だが、耕作が維持されている水田はきわめて僅少で、わずかな作業量で調査を終了できるものと見込まれる。ただ、ほぼすべての地区で、耕作放棄が昨年よりもさらに進んでいることをふまえるならば、調査はなるべく早く終了しておくことが望ましい。また、和歌山県立博物館において、2011年10月22日から12月4日までの会期で、今回の調査成果の一部を取り込んだ特別展「中世の村を歩くー紀美野町の歴史と文化ー」が開催された。
アマゾン熱帯雨林の保全と開発の革新に向けて～農村共同体の内生的立地と貧困の罠

本研究は、ペルーアマゾンにおいて最大規模のフィールド調査(流域全村調査5支流域919村、農村・家計標本調査235村、約4000家計)を実施し、リモートセンシング・GISデータ分析と組み合わせて、熱帯雨林の保全と開発に向けた革新的な研究を行うものである。4年目の今年度は、主に次を実施した。1.流域全村調査データをもとに、汎用性の高い様々な変数(生物資源指標、農村厚生指標等)を作成、分析した。第1回農村・家計調査データの校正を行った(現地確認作業を含む)。また、変数作成を開始した。2.ペルー国勢調査データの整備を行った。3.リモートセンシング分析を行い、汎用性の高い農村(バッファー)レベル・グリッドセルレベルのGISデータベース(氾濫原の河川地形特性、洪水脆弱性、森林被覆、地質等)を作成した。特に、洪水脆弱性についての新しい指標を開発した。4.流域全村調査データを用いて個別テーマごとの分析を行った。主なテーマは、生物資源の枯渇、河川災害への脆弱性、農村市場の構造と特性、自然保護区の影響、天然ゴムブームの歴史的影響、生物資源指標に関する方法論、農村ネットワークと市場、種子ネットワークの形成、市場アクセスと環境、市場と非市場取引の関係である。生物資源の枯渇、河川災害への脆弱性について、国際学会で発表した。また、研究テーマの見直し、選定を行い、研究テーマの広がりに合わせて、一部の個別テーマについて複数の新しい共同研究者との共同研究体制を構築した。歴史要因データの収集、ならびに空間・統計分析手法の検討に、当初の計画に較べ多くの時間を要した。1.第1回農村・家計調査データの校正を引き続き行い、汎用性の高い変数を作成し、データベースを作成、整備する。2.リモートセンシング分析を引き続き行い、GISデータベースを拡張する。3.各個別テーマごとに、流域全村調査、GIS・リモートセンシングデータ、第1回農村・家計調査データの分析を行い、成果を発表する。4. 3つの主要テーマ1)農村立地と地理特性の内生性、2)貧困の罠と環境、3)内生的共同体による保全と開発について、文献調査、個別テーマ分析の統合、分析手法の開発を行う。本研究は、基盤研究(A)「農村貧困の罠と熱帯雨林における共同体による保全と開発農村立地を内生化する試み」(平成23年度26年度)を、農村・家計パネル標本調査を中心とする研究に再構築することで、より発展性の高い研究を行うものである。1年目の今年度は、主に次を実施した。1.理論・方法論研究(特に貧困の罠について)を、前課題から継続して行った。また、継続して地図情報(GIS)データベースを作成し、予備的分析を行った。2.収集済みの流域全村調査データ(5流域全体約900村)を使って、個別テーマについて分析を行った。具体的には、これまで第1流域の一部を対象にしていた農村社会ネットワーク分析(サッカー、種子・育苗、共同労働の村レベルのネットワーク構造と空間分布)を、第1流域全体に拡張した。同じく、これまで第1流域の一部を対象にしていた生物資源の変遷に関する分析(村レベルの野生動物・水産資源・木材資源が、地域、農村形成時期、土地属性(高地・低地)、村属性(原住民・混血民)によって、どのように変遷したか)を、5流域全体に拡張した。また、新たに、ショックと農村の移動について、5流域全体について予備的分析を行った。3.前年度から継続して、第1回農村・家計標本調査の準備を進めた。具体的には、農村・家計調査票をデザインし、コンピュータ支援面接(CAPI)ソフトを用いた構造的調査票を作成した。流域全村調査データをもとに、調査村・家計のサンプリングを行った。試験調査を実施した。そして、前期本調査を実施した。収集したデータの一部につきデータ校正を行い、データベースを作成、予備的分析を行った。本研究は、ペルーアマゾンにおいて最大規模のフィールド調査(流域全村調査5支流域919村、農村・家計標本調査239村、約4000家計)を実施し、最新のGISデータ、分析と組み合わせて、熱帯雨林の保全と開発に向けて革新的な研究を行うものである。2年目の今年度は、主に次を実施した。1.第1回農村・家計標本調査フェーズ2を、前年度のフェーズ1に引き続き実施した。多くのフィールドでの困難、障害(下記に詳述)を乗り越えての成果である。また、第1回農村・家計標本調査フェーズ1, 2のデータ校正を行い、予備的分析を行った。2.既存の関連GISデータを収集し、流域全村調査の空間情報と統合することで、様々なGISデータベースを構築した。新しいGIS分析手法の検討、開発を行った。特に、河川ネットワーク距離測定方法を開発した。また、ペルーアマゾン全域に拡張可能なGIS分析手法を検討した。4.流域全村調査データ、GISデータ、第1回農村・家計標本調査データを用いた研究テーマ(継続、新規、計20テーマ)を選定し、研究計画を策定した。継続テーマの一部について分析を行った。調査農村へのアクセス(低水位による水上交通の制約)、調査村家計の一時的移住(都市への出稼ぎ)、現地調査体制の再整備(調査員の補充)、現地調査員の健康管理(伝染病疾病)等により、第1回農村・家計標本調査は、当初の計画に較べ格段に多くの時間を要した。

本研究は、ペルーアマゾンにおいて最大規模のフィールド調査(流域全村調査5支流域919村、農村・家計標本調査239村、約4000家計)を実施し、最新のGISデータ、分析と組み合わせて、熱帯雨林の保全と開発に向けて革新的な研究を行うものである。3年目の今年度は、主に次を実施した。1.第1回農村・家計標本調査フェーズ3を、前年度のフェーズ2に引き続き実施した。多くのフィールドでの困難、障害(下記に詳述)により大幅に遅れたものの、第1回農村・家計標本調査は完了した。第1回農村・家計標本調査全3フェーズのデータについて、データ校正作業の一部を行った。2.様々なGIS、リモートセンシング分析を行った。特に、グリッドセルデータベースの一部を構築し、氾濫原の河川地形特性について分析手法を考案した。3.流域全村調査データを用いて個別テーマごとの分析を行った。主なテーマは、生物資源の枯渇、河川災害への脆弱性、農村市場の構造と特性、市場アクセスと環境、市場と非市場取引の関係である。生業選択の農村環境・経済決定要因、農村社会ネットワーク分析、河川ネットワーク距離分析、熱帯雨林と社会不平等について論文を作成した。4.流域全村調査データ、GIS・リモートセンシングデータ、第1回農村・家計標本調査データを用いた研究テーマの見直し、選定を行い(継続、新規、計25テーマ)、研究計画を策定した。研究テーマの広がりに合わせて、一部の個別テーマについては複数の新しい共同研究者(海外の大学院生、シニア研究者および国内の大学院生、若手研究者)との共同研究体制を構築した。調査農村へのアクセス(低水位による水上交通の制約)、調査村家計の一時的移住(都市への出稼ぎ)、現地調査員の健康管理(伝染病疾病)等により、第1回農村・家計標本調査フェーズ3は、前年度のフェーズ2同様、当初の計画に較べ多くの時間を要した。本研究は、ペルーアマゾンにおいて最大規模のフィールド調査(流域全村調査5支流域919村、農村・家計標本調査235村、約4000家計)を実施し、リモートセンシング・GISデータ分析と組み合わせて、熱帯雨林の保全と開発に向けた革新的な研究を行うものである。4年目の今年度は、主に次を実施した。1.流域全村調査データをもとに、汎用性の高い様々な変数(生物資源指標、農村厚生指標等)を作成、分析した。第1回農村・家計調査データの校正を行った(現地確認作業を含む)。また、変数作成を開始した。2.ペルー国勢調査データの整備を行った。3.リモートセンシング分析を行い、汎用性の高い農村(バッファー)レベル・グリッドセルレベルのGISデータベース(氾濫原の河川地形特性、洪水脆弱性、森林被覆、地質等)を作成した。特に、洪水脆弱性についての新しい指標を開発した。4.流域全村調査データを用いて個別テーマごとの分析を行った。主なテーマは、生物資源の枯渇、河川災害への脆弱性、農村市場の構造と特性、自然保護区の影響、天然ゴムブームの歴史的影響、生物資源指標に関する方法論、農村ネットワークと市場、種子ネットワークの形成、市場アクセスと環境、市場と非市場取引の関係である。生物資源の枯渇、河川災害への脆弱性について、国際学会で発表した。また、研究テーマの見直し、選定を行い、研究テーマの広がりに合わせて、一部の個別テーマについて複数の新しい共同研究者との共同研究体制を構築した。
ｐｏｌｙｍｉｃｒｏｂｉａｌ　ｄｉｓｅａｓｅのメタゲノム解析とその臨床応用

ウシ趾乳頭腫症は難培養菌を含む複数の細菌による感染症であり、新しい疾患概念であるpolymicrobial diseaseの1つである。本研究では、メタゲノム解析用のDNA抽出法やアッセンブラーの開発とこれらを用いた本症病変のメタゲノム解析により参照メタゲノム配列の取得に成功し、主要起因菌群のゲノムが再構成できる見通しとなった。唯一培養可能なTreponema phagedenisについては、本症由来株とヒト由来標準株の完全配列、5株の本症由来株の高精度概要配列を取得し、IS・MITEの爆発的な増加、ファージ獲得、IS・MITEによるゲノム再編成等を介した本菌の進化・多様化過程を明らかにした。ウシ趾乳頭腫症Papillomatous Digital Dermatitis (PDD)は難培養性細菌を含む複数の細菌による感染症で、新たな疾患概念であるpolymicrobial diseaseの1つである。本研究では、メタゲノム解析を中心としたアプローチにより、本症原因菌群の同定とその生物学的性状を明らかにし、polymicrobial diseaseとしてのPDDの本質を解明し、得られたゲノム情報を基に、難培養菌の分離・培養法の確立や早期診断法やサーベイランス法などの開発を目指している。本年度はPDD新鮮検体を6検体収集し、一部から直接DNA(ウシDNAを含む)を回収して16S rRNA配列を利用したポピュレーション解析を行うとともに、病理組織標本の作成、病変の進展ステージおよびグラム陽性・陰性菌とトレポネーマの組織内分布を確認した。さらに、細菌DNAがエンリッチされたDNA標品調整法の改良を行った。改良法を用いて典型的なPDD標品からDNAを調整し、ポピュレーション解析を再度実施して問題のないことを確認した上で、メタゲノム解析を開始した。これまでに、Illumina MiSeq 5ラン分のショットガン配列とRoche 454 2ラン分のmate pair配列(約8kbサイズ)を取得した。また、Illumina MiSgq 1ラン分のデータを用いた予備的な検討により、ウシDNAのフィルタリング法およびアッセンブリ法をほぼ確立した。一方、分離法が確立できているT.phagedenisについては、完全配列を決定しているYG3903R株のゲノム配列の詳細な解析を行うとともに、分離地域・年の異なるPDD由来株(3株)とヒト口腔由来の標準株(1株)の概要配列を取得し、現在YG3903R株とのゲノム比較を進めている。本年度は、共同研究者らと共に、メタゲノム配列用のアッセンブラーの開発を進め、前年までに取得したメタゲノム配列の解析を進めた。また、宮崎県内で口蹄疫終結後にPDDが集団発生していることが判明したため、その解析を優先することとし、前年に引き続いて、県内のPDD検体収集を実施した。この中の2サンプルについて、細菌由来DNA濃縮サンプルの調整と16S rRNAによる菌相解析を実施し、新たなメタゲノム解析用サンプルを選定した。このサンプルについて、ペアエンドとメイトペアー(3, 5, 8および10 kb)のイルミナシーケンシングを行い、現在、バージョンアップしたメタゲノム配列用アッセンブラーを用いたアッセンブルを進めているが、1番目のサンプルよりも高品質のレファランス配列が取得できる見通しとなった。一方、分離培養可能なT. phagedenisについては、完全配列決定済みのPDD由来株(YG3903R)とは分離地域・年の異なるPDD由来株(5株)とヒト由来標準株(1株)のゲノム解析を進め、標準株の完全配列とPDD由来株の概要配列を取得した。これらの菌株とYG3903R株とのゲノム比較から、IS・MITEの獲得と爆発的なコピー数増加、ファージ獲得、PDD系統の分離、IS・MITEによるゲノム再編成の過程が明らかになった(論文作成中)。本年度は、前年度に開始したメタゲノム解析を継続し、イルミナMiSeq(ペアエンド及びメイトペア)15ラン分及びロッシュ454 (4kbと8kbのメイトペア)5ラン分の配列(93.4 Gb)を取得した。次いで、ウシDNAをフィルタリングして得たイルミナ配列(11.9 Gb)を用いたアッセンブリ、454配列等を用いたscaffolding、scaffoldのクラスタリングを行い、100クラスターからなる約240 Mbの参照配列を取得した。16S rRNA配列を用いたポピュレーション解析については、99%に閾値を上げた再解析により精度を改良した。PDD新鮮検体の収集については、宮崎県内で口蹄疫終結後にPDDが集団発生していることが判明したため、メタゲノム解析による感染経路の解明等を優先的に実施することとし、40検体を収集した。分離培養が可能なT. phagedenisについては、完全配列決定済みのYG3903R株とは分離地域・年の異なるPDD由来株(5株)とヒト由来標準株(1株)の概要配列を取得した。