佛罗里达东海岸铁路 铁路网
在湖港，该支线连接了中南佛罗里达快运（South Central Florida Express）的主线，该铁路曾经先后属于大西洋海岸线铁路和CSX运输公司，后来于1994年起被中南佛罗里达快运公司接管。到了1998年，佛罗里达东海岸铁路公司决定对湖港支线的营运模式进行调整，并将其部分路段租赁给中南佛罗里达快运，从K15英里标以南的路段完全交由中南佛罗里达快运营运，而佛罗里达东海岸铁路仍然负责K15英里标以北的运输。此外，双方并达成了轨道使用权协议，允许其列车继续使用佛罗里达东海岸铁路的路段进入皮尔斯堡调车场（Fort Pierce Yard）。
卡纳维拉尔角支线（Cape Canaveral Branch）是一条具有特殊历史意义的支线，它不仅为美国航天事业提供了关键的交通支持，也见证了佛罗里达州航天产业的发展与壮大。位于布里瓦德县的卡纳维拉尔角支线始建于1963年，从佛罗里达东海岸铁路主线上的泰特斯维尔以北分岔，向东直抵卡纳维拉尔角（当时称为甘迺迪角）。这条支线的修建目的是为了服务于卡纳维拉尔角太空军基地以及后来的肯尼迪航天中心。该支线设有一座跨越印第安河的堤道和一座可开启桥梁，这使得铁路能够顺利跨越水域，直达卡纳维拉尔角。为了支援航空航天相关物资的运输，佛罗里达东海岸铁路在两处关键位置建立了铁路货场。第一处是位于支线与主干线交汇处的杰伊杰伊调车场（Jay Jay Yard），第二处则是位于卡纳维拉尔角的威尔逊货场（Wilson Yard）。在支线建成后的初期，美國陸軍工兵部隊负责建设了进一步通往威尔逊角（Wilson's Corner）之后的路段，通过这条延伸线直接连接了航天器装配大楼以及发射台，成为了美国国家航空航天局（NASA）重要的物流通道。特别是在阿波罗计划期间，佛罗里达东海岸铁路通过卡纳维拉尔角支线将所需的设备运输至肯尼迪航天中心。
1984年，佛罗里达东海岸铁路将其所拥有的卡纳维拉尔角支线部分出售给了美国国家航空航天局，后者则成立了NASA铁路来负责卡纳维拉尔角支线的营运事务，并对线路进行加固及改造，继续承担着为航天项目提供关键物资运输的任务。尤其在美国航天飞机计划期间，这条支线发挥了重要作用，航天飞机所需的固体火箭助推器均通过这条铁路运输。此外，在阿耳忒弥斯计划等新的航天任务中，卡纳维拉尔角支线依然是运送航天器零部件的重要铁路通道。
奥蒙德比奇支线起点位于佛罗里达东海岸铁路主线上奥蒙德比奇，横跨哈利法克斯河，最终通往奥蒙德酒店。奥蒙德酒店于1888年开业，亨利·弗拉格勒在同年收购了这家酒店，并将其扩建至600个房间，迅速成为一个重要的度假胜地。奥蒙德比奇支线由奥蒙德桥梁公司（Ormond Bridge Company）于1887年建设，最初作为圣约翰斯与哈利法克斯河铁路（St. Johns and Halifax River Railroad）的支线。除了服务奥蒙德酒店，这条支线还经过石油大亨约翰·D·洛克菲勒的冬季住所——凱斯門特。1932年，佛罗里达东海岸铁路开始用巴士取代部分低运量的铁路支线，奥蒙德比奇支线因而停运。
费尔斯米尔支线（Fellsmere Branch）起点位于塞巴斯蒂安，向西延伸至费尔斯米尔。这条支线最初由塞巴斯蒂安和辛辛那提铁路公司（Sebastian & Cincinnatus Railroad）于1896年建设，用于服务这一地区的农业和居民。随着时间的推移，费尔斯米尔的农业活动逐渐增长，尤其是柑橘种植业，这为支线提供了稳定的运输需求。1909年，费尔斯米尔农场公司（Fellsmere Farms Company）接管了这条线路，进一步推动了其发展。1924年，费尔斯米尔支线被转交给了跨佛罗里达中央铁路公司（Trans-Florida Central Railroad）。然而，由于农业生产模式的变化以及交通需求的下降，费尔斯米尔支线最终在1952年被废弃。
奥兰治城支线（Orange City Branch）也被称为大西洋与西部支线（Atlantic and Western Branch），它从佛罗里达东海岸铁路主线上新士麦那比奇分岔，向西延伸至奥兰治城和圣约翰河流域的蓝泉（Blue Spring）。这条支线由蓝泉、奥兰治城和大西洋铁路公司（Blue Spring, Orange City and Atlantic Railroad）于1888年建设，并于同年更名为大西洋与西部铁路公司（Atlantic and Western Railroad）。不久之后，这条支线成为了杰克逊维尔、圣奥古斯丁和印第安河铁路（Jacksonville, St. Augustine and Indian River Railway）的一部分，后者于1895年更名为佛罗里达东海岸铁路。在19世纪末到20世纪初，随着旅游业和农业的蓬勃发展，这条支线曾经是佛罗里达东海岸铁路运输网络的一个重要部分。奥兰治城支线在1930年停止营运。
托可支线（Tocoi Branch）的历史可追溯至1858年，由圣约翰斯铁路公司（St. Johns Railway）修建，连接圣约翰河沿岸的托可（Tocoi）和位于圣奥古斯丁以西的托可交汇站（Tocoi Junction）。随着铁路网络的扩展，杰克逊维尔、圣奥古斯丁与印第安河铁路于1894年接管了该铁路，并于1895年更名为佛罗里达东海岸铁路。然而，由于营运需求变化，托可支线在1896年4月被废弃，成为佛罗里达东海岸铁路历史上第一条被废弃的铁路。后来，这条废线的路权移交给佛罗里达州政府，并被改造成公路，最初为95号州道，后更名为214号州道，如今则成为214号县道。
弗拉格勒比奇支线（Flagler Beach Branch）是一条较晚建成的铁路，于1953年由利哈伊波特兰水泥公司（Lehigh Portland Cement Company）修建，连接弗拉格勒比奇与邦内尔以北的多雷纳（Dorena），用于运输水泥原料和成品。1963年，在一场因劳资冲突导致的大罢工后工厂关闭，铁路也随之被废弃。1970年代初，在建设华特迪士尼世界度假区期间，工厂部分空间被用于华特迪士尼世界单轨列车轨道梁的组装。如今，这条铁路的部分路段已被纳入铁路改造步道系统，其中的利哈伊绿道铁路步道（Lehigh Greenway Rail Trail）便是沿着原有线路修建。旧工厂的遗迹已被拆除，仅存的烟囱被改建成新开发项目中的“灯塔”，而铁路旧站场的一些遗迹仍可在步道东端的森林中找到。
圣马特奥支线（San Mateo Branch）建于1892年，作为圣约翰斯和哈利法克斯河铁路（St. Johns and Halifax River Railroad）的一部分。这条铁路的主要任务是连接主线上的东帕拉特卡与圣马特奥，提供本地货物运输和客运服务。然而，随着汽车和公路交通的兴起，这条支线的作用逐渐减弱。最终，圣马特奥支线在1942年被废弃。
梅波特支线（Mayport Branch）最初由杰克逊维尔和大西洋铁路（Jacksonville and Atlantic Railroad）修建，是一条3英尺（914毫米）轨距的窄轨铁路，连接杰克逊维尔与帕布洛海滩（今杰克逊维尔海滩）。这条铁路的主要功能是为海滨度假胜地提供交通连接，促进沿海旅游业的发展。1899年底，这条铁路被亨利·弗拉格勒收购，并进行大规模改造。他将铁路扩展至梅波特，并将原有窄轨改造为标准轨。新的梅波特支线于1900年3月正式投入使用。随着公路交通的发展和客运需求的变化，梅波特支线在20世纪初逐渐失去竞争力。最终，该线路于1932年10月被废弃，成为佛罗里达东海岸铁路较早终止营运的支线之一。