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2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 有關醫院管理的爭議
2月3日，醫學院內科及藥物治療學系心臟科副教授兼威爾斯醫院心臟超聲波實驗室主管李沛威回應醫護界就控制疫情要求政府封關罷工行動，在Facebook上載圖片，呼籲參與罷工的人「記得戴上白絲帶，好讓我記住你的名字和所作的事」（Remember to wear your white ribbon so I can remember your name and what you did），言論疑似在恐嚇參與罷工的醫護人員。醫管局員工陣線發言人其後回應，這是公然打壓，不應該出自任何一個醫管局的管理層或有下屬的上司。
2月13日，屯門富泰區議員何國豪接獲屯門醫院護士投訴，表示宿舍環境惡劣，多年來沒有人打理。如地面有大量污迹、牀褥，枱面和地墊佈滿灰塵和黑色污迹，而水龍頭更充滿鏽屑，開出來的都是鏽水。有護士表示「坐監都無咁差」。屯門醫院發言人回覆稱，對臨時員工宿舍的狀況欠佳深感抱歉，安排了未完成大清潔的房間予員工使用，表示已經聯絡相關同事更換房間。
3月21日，瑪麗醫院化驗室測試7個來自亞洲國際博覽館的入境人士樣本，其後在凌晨覆檢有關樣本後，才發現4名入境人士的樣本覆檢結果，與昨晚的初步報告不一致。醫管局承認樣本在化驗過程中被錯誤對調。表示已即時通報衞生防護中心, 安排兩人送院接受隔離治療。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 高危確診者缺乏支援不治
2022年初第五波染疫死亡人數連日攀升，事主女婿控訴政府只顧花資源「動態清零」，對高危確診者缺乏支援，認為外母並非死於新型冠狀病毒，而是求醫無門。他質疑有多少人因入院無期致死，促請政府公布死亡個案詳情。九龍區醫護稱，目前醫院缺乏人手，無法照顧病人飲水。有人入病房後因缺水而導致急性腎衰竭，血糖血壓全部超級差。更試過無醫護及時發現病人而心臟病發，量度血壓時才知悉病人已經離世。
到2022年3月16日，有4名來自安老院舍的長者送往亞洲國際博覽館後，先後被發現昏迷，送院後證實不治。有亞博職員揭露館內每日都有大量患者需要緊急送院，有陷入昏迷，呼吸、心跳停頓的病人更需要等候超過30分鐘才能有救護車接送，形容每天都有無助情況出現，如「人間地獄」。加上亞博分館由醫管局及社署管理，有部分場館只有床位，並沒有醫療設備，以及欠缺護理員下，結果沒有自理能力的長者並無設備和人手支援。而病人家屬表示親人入住後全無音訊。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 要求內地醫護協助
2020年7月中起，多個建制派政黨及親建制傳媒，提出向中央政府尋求協助抗疫。
2020年7月10日，工聯會建議內地可派醫療隊伍到香港進行檢測工作。
2020年7月23日，醫學會會長蔡堅表示，公立醫院醫生一直以英文書寫病歷、認為大陸醫護寫簡體字和說普通話，會難以合作。同日香港護士協會亦發聲明，指國內醫護人員來港不符合本港法例和專業守則。
2020年7月24日，醫學會傳染病顧問委員會主席梁子超接受香港親中報章《文匯報》時表示，若本港醫療系統「爆煲」，內地醫護人員可暫時來港協助，包括將部分病人送往深圳進行隔離和治療，不應該該將「內地醫護」拒於千里之外。有關言論引起不少爭議，香港醫學會發出聲明，指相關報道的言論與內容，純屬個人言論，並未經過會董討論，不代表醫學會立場。到7月25日中午，民建聯及工聯會約見中聯辦副主任何靖，要求中央支援香港，包括興建方艙醫院、協助本港私營醫療機構與內地檢測機構合作、儘快落實健康碼等。麥美娟表示大陸醫護來港不會違法，而中國曾派出醫療隊協助到海外抗疫，指市民應放下政治偏見和行業保護主義。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 要求內地醫護協助
其後，《香港商報》引述消息稱，特首林鄭月娥已向中央求助，若香港疫情惡化，緊急調動內地醫務來港協助，更指上海等地方的醫務人員已經接到指令。7月26日，林鄭月娥撰文批評「一些別有用心的人又藉此散播謠言，說什麼有內地醫療團隊到香港的公營醫院提供診治服務，或把港人的基因樣本送回內地等」，認為是抹黑中央和破壞特區和中央的關係。7月27日，中聯辦發言人指，將隨時應特區政府請求，提供一切必要支持。同時批評少數人不顧及市民安危，提出「毫無底線造謠」及對內地醫護充滿偏見。
2020年7月31日，港澳辦發表聲明，中央政府應港府的請求，派遣內地檢測人員赴香港協助開展大規模核酸檢測篩查，幫助香港加快建設臨時隔離及治療中心，以盡快控制疫情。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 要求內地醫護協助
2020年8月1日，行政長官林鄭月娥和政務司司長張建宗指臨時醫院由內地政府有份派員協助興建，更把中國常用的名稱「方艙醫院」用作稱呼此臨時治療設施。其中《中國日報》海外版宣稱該設施是「中央政府負責參與設計及營運」。而彭博通訊社，以「中國幫助香港建臨時醫院（China to Help Hong Kong Build Mobile Hospital）」作為標題，引起不少網民在Bloomberg Asia的Facebook專頁留言表達不滿，批評報道誤導。其後醫院管理局發布新聞稿澄清，位於亞博館的社區治療設施，是由醫管局負責籌劃建設，所需物資均由各公立醫院調配或採購；亞博館負責提供場地及搭建設施配套，在雙方團隊努力下，數天內完成安裝。黃埔區區議員鄺葆賢呼籲市民不應將該處名為「方艙醫院」，而是「社區治療設施」。
2020年8月2日下午，6男1女的內地核酸檢測先遣隊隊員抵港，到達九龍維景酒店入住，協助開展實驗室工作。其後多次到大埔的華大基因化驗所進行考察，但沒有回應工作進展。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 要求內地醫護協助
8月6日，「內地核酸檢測支援隊」隊長、廣東衛健委的余德文到港，而民主派區議員到九龍維景酒店外抗議，不滿政府委託中資公司為市民檢測。認為是借病毒檢測為由，背後是收集港人基因監測。醫委會病人組織業外委員林志釉就批評政府至今沒有公開支援隊的行程和隊員資歷，引起市民懷疑。
8月7日，政府交代「普及檢測」計劃，委任三間中國國家檢測機構提供檢測服務，記者會背景圖片顯示「中央全力支持　特區同心抗疫」。而特首林鄭月娥稱這是「中央給予我們的支援」，同時指市民不應該經常用陰謀論看待，作出故意詆毀、抹黑和製造矛盾的行為，更不應該破壞中央和特區關係。在問答環節時，更用了3分鐘花闡述中央對香港的支持、認為港人應該感受到中央的關愛，來回應中央廣播電視台的記者問題。
2022年3月，政府向中央請求將北大嶼山醫院感染控制中心和亞洲國際博覽館派出內地醫療團隊支援。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 沒有招標下 委託受爭議的化驗所作病毒檢測
2020年7月中，政府在沒有招標的情況下，向「中龍檢驗認證」、「華昇診斷中心」及「Prenetics」提供檢測合約。不過「中龍檢驗認證」被人揭發，該公司未有列入政府認可提供檢測的醫療機構列表，在醫務化驗師管理委員會網頁中，2019年「經營從事醫務化驗師專業業務的公司名單」公司名單上也沒有中龍或中國檢驗。另一化驗所「華昇診斷中心」的母公司「華大基因」，因其機構「新疆絲路華大基因科技」被指在新疆強取當地人基因，遭美國商務部列入黑名單。與此同時，華昇董事華壽恩曾任DR實驗室總監，曾在2012年DR醫學美容集團誤殺案中作供，案發時他是DR集團旗下實驗室總監。事件引起公眾關注。香港電台以每個樣本檢測收費300多元起推算，為高風險群組約50萬人進行病毒檢測，3間化驗所至少可收取1.5億元。
其中「中龍檢驗認證」已經在慈雲山推行全民檢測。到8月6日擴大到黃大仙、觀塘、屯門及油尖旺46座樓宇，約8.6萬名居民，透過派發咽拭子採樣套裝進行檢測。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 沒有招標下 委託受爭議的化驗所作病毒檢測
8月4日中午，十多名於大埔太平工業園工作的人士和到場聲援的大埔區議員，反對華大基因在該大廈興建火眼實驗室。有員工因其身份證放在辦公室內，當他們請求警察准許，希望能返回辦公室取回身份證時，卻被拒絕，督察以「唔洗拗喇，總之你哋全部票控」回應。警察將他們帶走上警車送往大埔警署；區議員則被票控限聚令。區議員事後表示，警方曾表示不會阻撓和平示威，但最後警員封鎖現場。
民政事務署表示，為政府提供檢測的化驗所須符合本地法例，但沒有回應為何政府仍選擇「中龍檢驗認證」提供檢測服務。而多名區議員均對計劃表示憂慮，指決策完全沒有諮詢區議會，質疑當中涉及利益輸送，無法令市民安心。屯門區議員何國豪認為政府採用華大，惹來「DNA 送中」的憂慮。觀塘區議會主席蔡澤鴻指，政府應該交代會如何處理市民資料。同時質疑為何要委派國內機構負責，不選用香港本地機構。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 中國華大基因檢測接連出錯
中國華大基因是香港2019冠狀病毒檢測服務的主要承辦商，但檢測接連出現問題，包括出現假陽性或假陰性結果，造成假陽性者無辜入院，其密切接觸者亦被送往檢疫中心。對此，行政長官林鄭月娥表示特區政府會嚴肅處理，但她以擔心削弱香港整體抗疫能力為由，拒絕更換承辦商。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 全民檢測爭議
政府為推行普及社區檢測計劃，在全港設置141個社區檢測中心。不過香港電台發現，超過一半檢測中心地點，與過去兩次立法會和區議會選舉的投票站位置相同。公民黨立法會議員郭家麒斥政府抹黑選舉是高風險活動，反問為何出席政府簡介會就沒有問題，認為政府「搬龍門」和「只許州官放火」。公務員事務局聶德權沒有回應，其後發言人在晚上近11時發聲明強調，檢測計劃不能與和選舉相提並論。而地區人士認為部分社區檢測中心位置不理想。如政府徵作九龍灣國際展貿中心展覽廳「匯星Star Hall」作檢測中心。有商戶表示從未收到商場方面通知，擔心會影響生意，也不滿政府及商場從未諮詢及通知商戶。而顧客表示商場是人流多的地方，加上也有辦公室，並不適合作檢測中心。麥花臣匯的居民也批評檢測中心位於基座麥花臣場館，指廁所的排氣抽氣通道和地庫垃圾房是與場館相連共用，擔心會傳染病毒。業主考慮根據大廈公契申請禁制令。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 全民檢測爭議
另外，政府於8月29日在11份中英文報章的頭版及內頁刊登「為己為人 參與檢測」廣告，涉及開支約258萬元。
為了推行全民檢測爭議，政府向醫管局借用呼吸器型的口罩（Nano Mask），公務員事務局長聶德權回應，因全民檢測計劃在短時間內要為醫護人員提供N95口罩，於是醫管局向政府借出N95口罩，政府會歸還。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 全民強制檢測爭議
2022年2月22日，香港第5波新冠病毒疫情確診人數居高不下，過去一星期有5日錄得超過6千宗確診，累計確診超過41,000宗。特首林鄭月娥星期二傍晚公佈，將會在3月推行疫情持續超過兩年來，首次全民強制病毒檢測，當局將會按全香港市民的出生年份及身份證號碼，分批每人做3次強制病毒檢測。林鄭月娥強調，這次全民強檢有法律效力，不接受檢測會被罰款之類，她又表示，在中國支援下，將會大幅增加隔離檢疫設施，所有確診及初步確診者都要盡早隔離。有學者分析，很多香港市民質疑全民強制檢測的成效，強硬推行可能會引發社會不滿。
學者指全民強檢或引發社會不滿。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 全民強制檢測爭議
對於林鄭月娥宣佈推行全民強制檢測，香港民意研究所副行政總裁鍾劍華接受美國之音訪問表示，全民強檢在操作上有很多困難，加上很多香港市民質疑全民強制檢測的成效，強硬推行可能會引發社會不滿。
鍾劍華說：「我相信無論怎樣操作(全民強檢)，第一操作上都會好困難，第二你亦都要看到其實很多人對究竟這個檢測能夠產生甚麼效果，都是有很大疑問的，即是純粹全民檢測就沒有治療的效果的，你找到一些(受感染)的人出來，是不是全部送入禁閉設施呢﹖到時有多少禁閉設施可以用到﹖再加上現在慢慢香港人都清楚知道這個病、(Omicron)這個病毒本身很多人都可以其實透過喝多點水、在家裡休息幾日就會康復，用到這種手法(全民強檢)會令到香港市民更加反感，而且那個 "作秀"意味實在太重了，我覺得，很多人未必配合，甚至會有些抵觸，我覺得到時只會令到政府在執行上更加困難。」他表示，過去兩日香港已經錄得接近14,000宗確診個案，實行全民強檢的時候，可能10日內已經發現幾萬個感染者，新興建的隔離設施可能立即爆滿，他質疑根本不可能有足夠的隔離設施配合全民強檢。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 保險中介籲內地人來港
1月26日，保誠保險一名理財顧問（微信名稱為「任煒書 Winson 保誠(香港)」）呼籲湖北人來港躲藏及跟他買保險，引起關注，保誠即日終止這名理財顧問的代理合約。因为这名理財顧問此舉涉嫌違反保監局對跨境銷售的相關規定，嚴重者可被停牌。
1月27日醫管局質素及安全總監鍾健禮宣佈非香港居民若染上2019冠狀病毒病，隔離醫療費用全免，之後，網上多名香港保險公司中介在內地網上平台發文，呼籲內地居民「不要擔心醫療費，有不舒服盡快(來港)就醫」，討論引起市民憤怒，炮轟該些中介為做生意失去良心。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 強制外傭檢測及接種疫苗爭議
2021年4月30日，因應有兩名外籍家庭傭工確診變種新冠病毒，政府宣布全港37萬名外傭需要在5月9日之前接受病毒檢測，但如果外傭已注射兩劑疫苗，至今已相隔最少14日，就可獲豁免。政府又表示將會要求外傭續約前需先注射認可疫苗。香港亞洲家務工工會聯會批評強制外傭檢測是歧視政策，又認為並非所有外傭適合接種疫苗。菲律賓外長洛欽表示支持總領事的言論，質疑港府強制外傭接種疫苗有歧視成份。
2021年5月9日，平等機會委員會主席朱敏健在Now新聞節目《大鳴大放》表示，外傭或因健康理由等而無法打針，政府需提供接種疫苗以外的替代方案，否則措施容易受司法挑戰。
2021年5月11日，行政長官林鄭月娥宣布不會強制外傭簽新約或續約時強制接種疫苗，但全港近34萬未注射疫苗的外傭需再做新一輪強制檢測。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 警方執法爭議
2020年2月4日晚上，天水圍天瑞邨有人群聚集，抗議港府未有封閉較接近天水圍的深圳灣口岸，但結果演變成警民衝突。當晚約10時，一眾防暴警員於天瑞邨集結，向街坊、記者作出搜身甚至拘捕，當中大量前線警員不斷主動衝向人群，施放胡椒噴霧，又以催淚彈、橡膠子彈等公然在住宅範圍對市民施放。多名議員及急救員協助途人離開時，一名警員捉住元朗區議員伍健偉並對其眼部噴射胡椒噴霧，其後身體亦多處受傷，需要送院治理。明報記者一度被警員截查及以胡椒噴霧指向。
2020年2月27日傍晚，有一批樂富居民自發在樂富站出口派發酒精搓手液和消毒噴霧，要先打一眾高官小人。不過開檔不足10分鐘已經有警員到場，其中一名軍裝警員更帶同警犬到場，大聲呼喝在場市民「再嘈就咬你哋！」。有警員截查年輕人，其後獲得放行。而「香城公民媒體」記者正直播採訪期間，突然被防暴警員截查，並搶去記者電話。之後以「你揮手襲擊警察點算呀」和「唔好講咁多」等說話對待記者。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 警方執法爭議
2020年3月31日晚上，警方在旺角、太子拘捕54名市民，事後旺角東區議員林兆彬發現，有被捕人士進入警署後，警員聲稱作為證物為由，將他們佩戴的外科口罩沒收，其後派發極薄的口罩供他們使用，防疫效果成疑。有被捕人士的家屬批評警方無準則，連基本人權都沒有。林兆彬已經提交動議到油尖旺區議會，要求警方解釋為何沒收被捕人士口罩，交代警方為被捕人士提供的口罩規格和公開承諾為被捕人士提供合規格口罩。警方其後在facebook發帖文，表示過往曾發生被羈留人士利用口罩內的鐵線作自殘行為，故採用兩層結構及沒有鐵線的口罩。稱日後會為被羈留者提供由懲教工業生產的口罩。
2020年9月5日傍晚，有市民目擊一名男子在油麻地砵蘭街文明里休憩處用膳期間，被3名警員上前勸喻。男子不斷詢問警員「公園吃飯是不可以嗎?」隨後警員以「係呀！而家我係話唔食得嘢！」回應。而女警要求該男子戴口罩，否則票控。警員更一度威脅以「醉酒鬧事」罪名拘捕該男子，最後截查隨身物品及抄低身份證後便放行。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 警方執法爭議
2022年3月8日一名53歲牙醫涉在西九龍法院外送囚車時被警方票控「限聚令」。她否認一項「參與受禁羣組聚集」，案件在2023年8月底經聆訊後，暫委裁判官郭子丰指雖然有一致行為（奔跑追車、高舉手機燈等），但不能推論有共同目的，指情況有如 4 人各自在馬路前等紅綠燈，待轉燈時前行，分別與各自的朋友會合。而沒有跡象顯示「追車」人士認識對方，不能排除屬偶遇，裁定傳票控罪罪名不成立。
2023年2月初，47人初選案開審，社民連主席陳寶瑩、外務副主席周嘉發及成員曾健成，當日在西九龍裁判法院外拉橫額示威，周被指使用咪高峰時，拉下口罩約5秒而被票控違反口罩令。周否認傳票控罪，到同年10月20日，裁判官余俊翔裁定他罪成，罰款一萬元，兼付 500 元堂費。裁判官指，本案議題並非拉下口罩的時間長短，周案發時身處公眾地方，按規例須一直戴口罩。而他陳詞稱咪高峰未能正常運作，故拉下口罩令更多人聽見發言，但本案沒相關證供支持，其解釋不構成合理辯解。周對裁決結果感到無奈，原本罰款只需 5,000 元，但因上庭抗辯而另外被罰 5,000 元，合共一萬元，將再與法律團隊研究判詞，決定會否上訴。他亦批評，本案反映政府執法雙重標準，相當滑稽，形容自己因拉下口罩 5 秒被罰一萬元，相當於每秒罰 2,000 元，但事發前特首李家超等官員，在七人欖球賽期間到場「載歌載舞」，與市民合照，均沒有戴口罩。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
特區行政長官林鄭月娥在2020年3月27日公佈，3月28日清晨將香港法例第599G章《預防及控制疾病（禁止羣組聚集）規例》刊憲（有關《規例》亦被稱為「限聚令」），其中包括禁止4人以上的聚集，但在記者會上被問到為何限制4人以上而非其他人數，卻指「事實上係無咩科學基礎（事實上是沒什麽科學基礎）」。
在限聚令實施期間，警方選擇性執法，主要針對黃店和區議員助理，警方甚至票控免費派發口罩的青年。有律師已經援助其中10名遭無理票控的市民。不過眾新聞發現警方共發出5080張告票中，有606宗申請撤控，但只有9宗因證據不足能夠成功撤回。曾因蠔涌爆炸品案入獄的鄭偉成成立「599關注組」，他慨嘆在限聚令下市民需要食飯購物要索取單據和記錄到訪地點作為抗辯證據。
2020年3月31日，有防暴警察向1名市民發出傳票，指他違反「限聚令」。其後警方在太子及旺角一帶截查75人，並登記他們的個人資料，保留日後檢控的權利。有言論指警方藉此打壓831太子站事件的悼念活動和作政治檢控。民權觀察發言人王浩賢及沈偉男認為警方是剝奪市民行駛和平集會自由及表達自由的權利。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
4月19日晚上7時，旺角西洋菜南街有青年人派發口罩等抗疫物資期間，逾30名警員突然上前包圍3名年齡介乎12至34歲的人士，並登記他們身份證和發出2000元的定額告票，引起大批市民圍觀及叫口號不滿警方濫發告票。有被截查的青年表示，曾向警方解釋互不相識，但警員稱「眼見就係事實」及「有咩你自己同法官解釋」。
4月21日元朗襲擊事件發生9個月，大批防暴警員突然衝上青山公路行人天橋，截查多名路過的市民，被截查的市民表示只是2個人一起行，加上路人都只有3個人，但警員卻指她們超過4人，懷疑她們違反限聚令。其後在阜財街的截查，有單獨落街放狗的市民在表示與其餘2人互不相識，表明會在法庭上抗辯。三名義務急救員亦被票控，他們表示自己剛巧路過現場，不相識其他人士，警員的指控是無理。當日更有未成年人士的14歲小童被截查，事後批評警察態度惡劣，濫發告票，又拒絕出示委任證，並以「你唔好做埋啲戇X嘢」、「你唔夠我玩」等語言威脅他們兩人有非法集結。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
4月22日，網絡媒體Free HK Media在將軍澳尚德邨停車場採訪時，被警員與途人一起以「限聚令」為由截查，其間有警員向同僚大聲說：「限聚令呀嘛」，「擸多個過嚟咪夠囉」。警方回覆媒體時表示當日搜查3名人士，並承認胡亂發出定額罰款告票，認為任何人士若受到不合理對待，也無可奈何。
4月30日，一群市民在天水圍嘉湖銀座商場乘搭升降機離開時被警員包圍，之後被發出限聚令告票。
7月21日元朗襲擊事件一週年，警方以不受薪非工作、沒持有香港記者協會證件和商業登記證明為由，大規模截查和票控記者，業界批評此舉打壓採訪自由，目前法例無規定新聞工作者必須符合特定條件才承認為「記者」。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
8月21日晚上8時許，10多名市民在元朗YOHO MALL 形點商場集結，有人高叫「光復香港 時代革命」等口號。約5分鐘後，近100名防暴警突然衝入商場，並舉起違反《港區國安法》的紫旗。警員循多路包抄讓市民無法離開，至少11人收到限聚令告票。有收到告票的市民表示只是自己一個人行街，認為十分無辜。另一個收到告票的小姐表示，她和男友在商場逛街期間突然被警員包圍，並將附近的人拉在一起。她批評警方執法不公，無理票控市民，表明不會繳交罰款。
截至8月31日，警方表示共處理3498張定額罰款通知書，1948張已交罰款，逾四成人未繳款，只有3張定額罰款通知書經審視後成功撤回。成功撤回的一家三口表示5月10日母親節「和你SING」，在太古城中心被票控。當時「限聚令」上限為8人，但警員沒有理會下，連同另外一名陌生人，合共四人一起被票控。他形容當日經過了一個不快樂的母親節，認為交罰款只會鼓勵警察濫權。而曾經3次遭發告票的元朗區議員陳樹暉批評，警方濫用限聚令來打壓政治活動，同時浪費法庭資源。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
截至12月中，警方共處理7,530張定額罰款通知書，逾6000張已交罰款，有41張告票因證據不足而撤回，政府進帳逾1,240萬元。而網上更流傳警方會派人專責到Facebook及Instagram等社交媒體搜證，針對行山人士涉嫌違犯限聚令情況。警方回覆指會按既定程序及考慮實際違規情況執法。
2021年8月，《明報》報道一名25歲廚師在2020年5月，3日內連續被控兩張限聚令告票。第一次是自己在旺角買遊戲機手掣遇上警察進行驅散行動，他和另外8名途人被發出限聚告票。而他向警員展示購物收據，以「同個官講」回應。他批評警方濫發告票，勞民傷財，浪費市民時間。到5月10日，他約數名朋友到旺角飯敘，不過前往餐廳途中遇上警方推進，他被指因黑衫黑褲，而被警方認定有參與示威，再被票控。他上庭前向599關注組求助，最後首案獲判無罪，次案罪成被罰1.2萬元。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
2021年8月27日晚上，油尖旺區議員朱江瑋在其辦事處舉辦電影《幻愛》放映會，並邀請導演周冠威分享。不過其後混入會場「放蛇」的食環署人員指該處是公眾活動，並拍照記錄，警員隨後亦到場。在場的12男35女，包括《幻愛》導演周冠威被發出涉嫌違反「限聚令」的定額罰款通知書。朱江瑋稱該活動屬私人聚會，沒有對外宣傳，只限獲邀朋友和「朋友的朋友」出席。他對食環署人員派人混入會場「放蛇」感到驚訝。周冠威批評政府執法行動荒謬。相隔近1年，時任油尖旺區議員朱江瑋表示接獲警方通知，遭票控者可獲撤控，他批評最終無人需就事件負責，而警方拖拉近一年後主動撤控，形容獲撤控只是幸運，並非因為公義。而警方指經過徵詢律政司意見後，至今已撤回40張定額罰款通知書。而其餘7張定額罰款通知書，遭票控者亦可向警方中央交通違例檢控組聯絡。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
2022年5月，《明報》向8個獲授權執法部門查詢兩年來就第599G章「限聚令」及第599I章「口罩令」的執法數字，發現警務處就分別發出2.7萬張及10399張定額罰款通知書，為8個部門之冠，票控比率達68%至86%，而康文署「限聚」票控只有0.02%。而截至2022年3月，警方共處理27,035張「限聚令」定額罰款通知書，共收到1451人申請撤回，經審視後510張定額罰款通知書能夠撤回，佔發出告票總數約1.89%，是唯一曾撤回「限聚令」告票的部門。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
2020年4月1日勞動節，社民連梁國雄及工黨李卓人等8人以 4 人一組遊行到政總外請願，被控違反「限聚令」，被判囚14天和緩刑一年半。8人不服定罪及判刑提上訴，到2022年10月18日，高院法官黃崇厚駁回，並裁定控罪合憲。上訴方指「只要保持1.5米距離，便不構成羣組聚集」的說法，法官反駁指該標準只應用於「須解散羣組聚集」，例如外傭假日休憩的情況，但本案8人具「為勞工權益而示威的共同目的」，屬於受禁聚集，1.5米距離不適用。法官續指條文中，羣組聚集沒有以1.5米距離為條件，他同意原審裁斷，8人「有著為勞工權益而示威的共同目的」，帶備標語屬有備而來，案中沒證據證明是偶遇，又指各人距離，以防疫角度而言，「不論是多於或少於1.5米，都是很近的」，裁定8人屬於聚集。其中7人12月23日在高院申請至終院的上訴許可。上訴方形容，若外傭觀看世界盃為阿根廷打氣，將由合法被改為視作同一受禁群組，這是非理性和武斷。法官聽完陳辭押後裁決，預料一個月內頒下判辭。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
2020年9月10日，有市民在荔枝角收押所外聲援「快必」譚得志，警方向 23 人發限聚令告票，其中一人否認「參與受禁羣組聚集」，到2022年10月12日被裁定罪成，裁判官崔美霞指被告多番警告下未有散去，無視疫情擴散的風險，認為案情嚴重，判囚2星期。
2021年4月23日，中西區區議員葉錦龍、黃永志、彭家浩及梁晃維4人於預審前承認在2020年8月7日於中山紀念公園體育館外「參與受禁群組聚集」控罪，各被罰7000元。東區裁判法院主任裁判官羅德泉指他們4人已經在中山公園工作，形容他們之後站在一起接受訪問是一時大意，與他人在酒樓吃飯時違反限聚令無異。鄭麗琼則否認控罪，案件排期8月30日開審。其後鄭麗琼承認控罪，被判處罰款1萬元。
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2021年5月7日，3名天水連線成員（伍健偉、侯文健、林進）、陳樹暉、梁德明、區國權及黃卓賢，被控在2020年7月19日於元朗西鐵站地下G出口外組織受禁群組聚集。伍健偉和林進承認控罪，伍健偉表示自己有責任召開記者會。不過裁決官認為當時警員在場阻止聚集。而林進稱在記者聚集之前，已遭警方用橙帶包圍。裁決官卻指「說法比較牽強」。裁判官最後判伍健偉和林進罰款1萬港元。至於其餘5人罰款5000港元。
2021年5月17日，法庭審訊17歲學生在一年前於旺角擺設街站派發防疫物資的案件。發出傳票的警員不認同派口罩可獲限聚令豁免。九龍城裁判法院裁判官鄭念慈指被告收到傳票後並即時交罰款，罰款為2,000元。不過由於被告選擇開審前才認罪，認為是不珍惜機會和遲來的悔意，令案件需排期審訊，最後被判罰款8,000元。
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兩名25歲的男子被控在2020年5月10日母親節發起「和你Sing」活動中，在旺角與百多人高叫口號及聚集，違反8人限聚令而遭票控。2021年6月8日，裁判官鄭念慈認為當警員發出警告時，加上已經在場戒備一段時間，形容“任何與事件無關的人都會遠離聚集者”。而警方追截15人時，認為正常情況下不會有途人與他們一起逃跑，因此肯定該15人屬於早前100人的聚集群組之一，一早已經干犯限聚令。裁判官亦認為警方的記事冊無需記下所有事項，認同證供不是虛構，裁定兩名被告罪成。最後考慮到當時聚集人數眾多，會對疫情造成非常大的傳播風險，判兩人各罰款12,000元，是認罪金額6倍。
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2020年8月8日，「Lunch哥」李國永和一名62歲婦女被指在將軍澳唐明街及唐俊街的路口與另外兩人聚集談話2分鐘而被控違反限聚令。雖然辯方指被告和其餘兩名男女都沒有犯案行為，而警員供辭和錄影片段旁白時間不相符。不過裁判官劉淑嫻認為警員是誠實可靠證人，加上4人相距1米至1.5米，認為被告是有共同目的聚集和討論，最後兩人到2022年2月均被判罪成，各人罰款2,500元。其中李國永判處15個月感化，與早前置地廣場「和你sing」違限聚令案件的感化令同期執行。
2020年10月，前荃灣區議員林錫添和沙田區議會主席李志宏到泰國駐港總領事館外聲援泰國反政府示威者，之後多人被警方票控違反「限聚令」。林錫添承認控罪，裁判官余俊翔以組織比參與嚴重為由，判處林錫添罰款1.5萬元，為當時同類案件金額最高罰款。李志宏表示不認罪受審，到2023年6月8日，東區裁判法院暫委裁判官陳樨樨裁決時指，集會自由非絕對，須維持公共衛生等，而警方為涉案聚集設記者區，加上多次發出警告不果下才執法。下令罰款6,000元和限被告於 3 個月內繳交罰款。
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2021年9月24日，一名40歲網媒記者「美娜」和一名市民被控在2020年8月9日於觀塘站A出口外參與譚得志進行的「健康講座」街站，違反限聚令而遭票控。觀塘裁判法院裁判官鍾明新裁定控罪表證成立，指出被告現場不停游走拍攝和錄影，認為違反記者原則。包括責罵異見人士，沒有如實報道，加上她工作的專頁也沒有商業登記，當時沒有記者證，也沒有專業資格及經驗。而被告證供也有不同版本，與片段內容不符，也曾迴避問題，判處被告罰款5000元。
2022年1月5日，84歲男子被指在區域法院「送囚車」，票控「參與受禁群組聚集」，案件於2023年1月30日在東區裁判法院再訊。被告因年事已高、身體狀況轉差而沒有出庭，透過代表律師表示認罪。辯方指被告2022年因視力轉差而跌入沙井，導致雙腳重傷、需要植皮，希望法庭輕判。裁判官陳志輝聽畢求情後，判被告罰款10,500元，並須於30日內繳交。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
2020年五一勞動節，工黨李卓人、社民連梁國雄等8人，以4人一組遊行到政總外請願，被裁定違「限聚令」罪成，判囚14天、緩刑一年半，是首宗涉及示威、被告不認罪被裁罪成的限聚令案件。高院於 2022年拒批上訴至終審法院證明書，工黨4人直接向終審法院申請上訴許可。終院於2023年9月4日開庭處理，聆訊歷時約20分鐘，3名法官聽畢申請方陳詞，休庭商議約5分鐘後拒絕批出許可，擇日頒判詞。到同年9月7日頒判詞指，限聚令是政府因應緊急疫情所制定的公共衛生規例，現時已期滿失效，成為「一紙空文」，因此其正確詮釋，不再具重大而廣泛的重要性。就申請方指，若未來再出現疫情，會實施類似規例，判詞認為，政府採取甚麼感染控制措施，取決於疫情性質等因素，沒有任何基礎假設政府會發布相似規例。
「限聚令」生效後，多間黃店均報稱多次被警員巡查，有餐廳更在15分鐘內遭警5度巡查，逐張枱量度枱與枱之間的距離，擾攘近2小時才准許食客離開，藉此打壓黃色經濟圈。光榮冰室老闆批評警方做法無賴，引起多名食客不滿。而警察為剛上班的員工登記身份證資料，令員工受驚。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 限聚令爭議
2021年1月28日晚上，政府突然圍封北角東發大廈一晚。在封鎖區內的黃店「Villa Villa Cafe & Bar」在其facebook表示，圍封期間並沒有政府人員拍門要求餐廳7名職員進行檢測，一直到早上解封後前往檢測站查詢才獲安排進行檢測，並被政府人員指他們違反凌晨2時前必須進行檢測的規定，向每人發出5000元的告票。店員質疑政府人員通知混亂，表明不會遞交款項。
藝人王喜踢爆警員量度枱與枱擺位時，對黃店和藍店採用不同標準，嘲諷警員為「毅進尺」。
在2020年4月4日，無綫電視新劇《食腦喪Ｂ》約30多位藝員及工作人員在大坑拍攝外景時惹來一位街坊不滿，指他們違反「限聚令」，更將事情鬧上警署。對此，無綫接受傳媒查詢時指外景拍攝受規例豁免，但會盡量減少拍攝人多場面，而有份參與拍攝的何廣沛表示，劇組拍攝事前有向有關當局申請，当局也已经批准拍摄。其後拍攝《陀槍師姐2021》也如常進行。
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不過香港電影工作者總會會長田啟文（田雞）收到附屬商務及經濟發展局的「創意香港」通知，如在公眾地方4人以上聚集拍攝外景，事前須向電影服務統籌科申請「不反對通知書」才能拍攝。而《踩過界II》在「限聚令」下於終審法院外拍攝期間遭現場保安驅趕。
由於疫情仍然嚴重，無綫決定由7月29日起暫停所有劇集外景拍攝一星期，受影響劇集包括《七公主》和《換命真相》。
4月26日，警方闖入太古城中心驅趕在場市民。後來並自行「釋法」，稱任何出席公眾活動人士，如抱有共同聚集目的，不論聚集者是否相距1.5米，均屬於公眾地方進行群組聚集；而該公眾活動如有多於4人參與，所有參與者均屬違反限聚令。大律師何旳匡批評，群眾聚集的定義不清晰，按原本立法原意，不能不將距離計算在內。
限聚令原本在2020年5月到期，但香港政府在5月19日的記者會中指限聚令延長至6月4日，而學校、宗教活動能獲得豁免，康樂及文化事務署的公眾設施亦陸續重新開放，令人質疑是否想打壓三十年來每年舉辦的支聯會維園六四燭光晚會。支聯會申請集會，嘗試提出防疫距離、人潮管制與相關活動對策，但不獲港府回應，集會最終亦被警方發出反對通知書。6月2日，食物及衛生局局長陳肇始宣佈將限聚令再延長至6月18日。其後，在6月8日，商務及經濟發展局局長邱騰華指書展將在7月如期舉行，期間需要符合公共衛生條件的要求，有商戶指不明白書展在限聚令的情況下如何開展，沒有可能限制8人一組，擔心入場人士和員工的健康。另外，當局亦宣佈關閉5個月的海洋公園將在6月13日重開，並獲豁免限聚令限制，但其他屋邨公園、公眾公園、免費公園仍須受限聚令限制，立法會議員郭家麒認為這是政府以防疫為名打壓，是雙重標準。香港行政長官林鄭月娥其後回應指，限聚令只是禁止群組聚集，而唯一的目的是公共衛生。認為同一時間會有很多人去主題公園、戲院及超市，但他們只是各自去的，若有人號召、安排、組織去一個地方，才是群眾聚集，兩者沒有矛盾。
2020年6月16日，當局宣佈6月19日起，限聚令人數將放寬至50人，又進一步豁免餐飲處所，將酒吧、酒館的同桌人數放寬至16人，有效期至7月2日。食物及衛生局局長陳肇始被問到主題公園重開和書展舉辦是否與沒取消限聚令自相矛盾，陳回答指主題公園和書展都有主辦單位，認為他們會執行防疫措施，減低感染風險。另外，亦有多名記者指出，延長後限聚令的有效期將涵蓋多個反送中運動相關的日子，質疑是否有政治考慮，如希望禁止遊行集會。陳肇始則三度強調沒有政治考慮，指50人的人數是根據活動如婚宴而定，而辦婚宴基本要有50人，50人是可接受。
亦有觀點指出，政府有維持和延長限聚令的必要，事實上在6月17日父親節前大幅放寬「限聚令」及食肆規管的影響下，放寬防疫措施後市民鬆懈防疫（包括酒樓大型聚餐及表演活動這些高風險活動）再加上政府對外來海員及機員豁免檢疫及檢測的漏洞，導致6月21日起先出現較多輸入個案，到7月5日起出現第三波爆發兩周後香港由彬記粥麵出現的確診個案開始引致暴發的新一波疫情，7月7日起本地個案急增，同時首次出現院老人院舍爆發，同時大量源頭不明的本地確診個案，涉及多個地區、多個行業、的士司機及多個不同群組（安老院舍群組、彬記粥麵及新發茶餐廳群組、稻香慶回歸群組、富臨生日宴群組及貨櫃碼頭群組）。
2021年7月，香港傳媒揭露保安局副局長區志光、入境事務處處長區嘉宏、香港海關關長鄧以海，於同年3月接受恒大集團管理層的宴請，共有約10人同桌享用豪華晚宴，不但集體違反當時食肆不得超過4人同桌飲宴的防疫限聚令，更有出席者因為強姦一名女子而被撿控，三名保安局首長級官員接受豪華款待亦涉嫌公職人員行為失當，但香港特區政府及警方一直沒有披露事件，該罪案直至同年7月7日才被傳媒揭發，引起香港社會對政府官員的操守、社會廉潔及貪污腐敗的高度關注。
2022年1月，港區人大代表洪為民本周一（3日）舉辧逾百人生日派對，至少13名高官及20名議員出席宴會，包括警務處處長蕭澤頤、廉政專員白韞六及入境事務處處長區嘉宏等。為何林鄭政府治下的局長、立法會議員、以至公務員都有防疫守法意識薄弱問題，是林鄭政府的防疫措施太不近人情，還是根本不公平？事件中民政局局長徐英偉請辭，涉事餐廳和六名顧客需要罰款。
2022年2月14日，香港城市大學收回學生會會址。當日有14名學生在「民主牆」前拍照留念，之後被票控違反「限聚令」，指他們參與受禁多戶聚集。14人到2022年9月23日在九龍城裁判法院承認傳票控罪，最後判每人罰款7,000元。雖然辯方指他們聚集拍照的大堂空間闊落，全部有戴口罩拍照，而途人亦有保持適當距離，並沒有與他人互動，認為沒有嚴重傳播疾病的風險。不過裁判官崔美霞反駁指，既然已制定法例控制疫情，全部市民必然有責任遵守。裁判官亦批評學生「行為罔顧法律，嚴重影響公共衛生安全」，忽略作為市民維持公共衛生的責任。官接納案發時間短暫，考慮初犯、求情陳詞及經濟背景，認為適合判處罰款。
2022年3月6日下午，2名分別13歲和15歲小朋友，在鳳德邨籃球場打籃球期間，突然有2名便衣警員突然衝入球場，之後警員更推向小朋友心口，並將他們制服地上。父親指雖然警察有展示證件，但只有數秒，更不斷講粗口和對哥哥箍頸及壓在地上毆打。15歲哥哥被指襲警及拒捕被帶回警署。而兩人均收到一張限聚令告票。警方稱收到報案指球場有多人聚集，懷疑有人無戴口罩，並截停兩名男子。一名男子情緒激動手襲擊警員而被捕，獲准保釋候查，4月上旬向警方報到。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 口罩令爭議
根據口罩令的規定，市民做運動時仍然要戴口罩。而康文署的工作人員亦嚴密進行監察，提醒拉低口罩的市民在運動期間要戴上口罩。波友批評相關規定不合常理，質疑官員平常不會做運動，要求政府立即檢討及取消規定。到2022年中，全球多個地方已經繼續取消規定戴口罩，有口罩公司先後要求政府放寬入境檢疫安排和取消口罩令。
而政治團體社民連促請政府取消「安心出行」、「疫苗通行證」，口罩令及限聚令，當中出口罩令只適用醫院、院舍及公共交通。不過醫務衞生局副局長李夏茵指出口罩令是政府會檢視的防疫政策之一，希望在香港疫情受控的情況下才可作放寬。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 撲殺倉鼠及其他小動物
2022年1月18日，因香港一寵物店員工和顧客確診COVID-19，以及其環境樣本對病毒初步呈陽性反應，漁農自然護理署決定撲殺寵物店進口二千多隻倉鼠和小動物，又呼籲市民交出在2020年12月22日後從市面購買的倉鼠，讓署方「人道處理」，惹來大眾抨擊。事件導致坊間出現恐慌性棄養、任意遺棄、甚至虐殺倉鼠情況，當中有倉鼠被發現懷疑遭人從高樓大廈擲出街外死亡。香港愛護動物協會就事件發聲明回應指「表示震驚和遺憾，認為相關措施沒有關顧動物福利及人與寵物之間的感情」，並呼籲當局勿採取任何極端措施，並呼籲寵物主人不要過分恐慌和遺棄寵物。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 政府禁食肆晚市堂食爭議
2020年7月15日，因應疫情反彈，政府再度收緊防疫措施。其中規定食肆晚上6時至翌晨5時不可提供堂食。食客認為當局禁止顧客在食肆範圍內等候外賣，同時只能在站在食肆門外進食，批評措施沒有考慮上班人士感受、缺乏科學根據（晚間堂食散播病毒風險未見得特別高、病毒也不會選擇性只在晚間傳播）。而餐廳老闆表示禁晚市堂食令生意受打擊。敘福樓董事會主席兼行政總裁黃傑龍認為現時全港食肆幾乎進入「半宵禁狀態」，而顧客不能在餐廳範圍內等候外賣，而員工也不可以在樓面範圍用餐的要求荒謬，會降低防疫效果，更容易受感染亦不衛生。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 食肆全日禁堂食爭議大 兩日後煞停
2020年7月29日凌晨起，政府勒令全港食肆禁止堂食7日，多區不少工人要日曬雨淋的天氣下，跪地捱飯盒，亦有人在地盤內，甚至有清潔工要在廁所內食飯，衛生情況令人關注，同時被指失去應有的尊嚴。中午期間部分地區更突然下大雨，工人只能走避到有蓋地方下繼續進食。有工人批評政府根本不明白民間疾苦，只考慮在冷氣辦公室工作人士的感受，形容自己如乞兒仔一樣蹲在街道吃午飯，認為政府「一刀切」禁止堂食是不合理。另外，因康文署暫停開放所有戶外康樂場地，在公共空間欠缺下，市民難以找到合適的進餐地點。而規例實施不足一天，行政署向在金鐘政府總部工作的員工發電郵，由7月30日起，飯堂可供堂食，但每枱只限一人。職工盟主席吳敏兒批評政府思慮不周，只准政總食堂堂食是「極不公道」。政府也宣布在7月30日起於午膳時間，開放全港19間社區會堂或社區中心，供有需要的市民入內用膳，不過有關安排被受批評。有地盤工人表示不知社區會堂在哪裡，而且位置偏僻不方便，選擇繼續街上吃飯。有媒體發現銅鑼灣的社區會堂有櫈無枱，對市民不人性化。另外，民政事務總署沒有理會荃灣梨木樹社區會堂樓上的康樹樓出現確診個案，到早上才臨時更改地點，令市民非常狼狽。荃灣區議會主席陳琬琛表示，衞生防護中心前一晚已經發放疫廈名單，批評政府內部沒有協調。民政署回應稱，各社區會堂或社區中心將繼續開放，首天有逾500人使用。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 食肆全日禁堂食爭議大 兩日後煞停
港人繼續自救，有商戶、教育中心和教會主動開放會址作「午膳空間」，該處桌上設置間板分隔，讓市民用膳。九巴安排共1,000張摺櫈，在中午時段，於佐敦（西九龍站）巴士總站、屯門站公共運輸交匯處和大圍站公共運輸交匯處提供座位供市民進食。而香港逸東酒店在7月30日於官方Facebook宣佈，即日起開放二樓宴會廳予公眾用餐，有人大讚逸東酒店為「良心企業」。
最終政府以「理解市民不便及困難為由」，宣布由7月31日起恢復食肆日間堂食，惟限兩人一枱、餐廳入座率不超過一半。食物及衛生局副局長徐德義沒有就此致歉，只承認情况不理想。醫學會傳染病顧問委員會主席梁子超指，全面禁堂食作用不大。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 工聯會生產口罩爭議
2月19日，工聯會自設本地生產線成功生產首個口罩，應對目前香港的「口罩荒」，根據工聯會理事長黃國的說法，因不忍基層市民四出排隊買口罩，決定「自己口罩自己造」，并透露口罩過濾物料的供應商，是懲教署生產的CSI口罩物料供應商之一。
但次日的立法會財委會中，特區政府提出的300億「防疫抗疫基金」，大幅資助本地口罩生產，與工聯會宣布設立口罩工場只相差一日，被民主派議員質疑有利益輸送的嫌疑，隨後被陸頌雄反駁民主黨酸溜溜。2月23日，麥美娟在政府總部外請願時表示。工聯會生產口罩是得到社會人士支持，並非收取政府利益。不過，有人計算出若工聯會參加政府的資助，可以淨賺7-8億港元。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 專營巴士因應疫情而改動運作
當新型冠狀病毒出現後，九龍巴士曾於2020年1月11日在社交平台發佈《九巴Disco》影片，表示已要求車長在當值時配戴口罩，而車廠和巴士總站內亦放置酒精搓手液以供使用，並加強消毒空調巴士車廂，亦在新聞稿表示該公司在五個鄰近出入境管制站之巴士總站配備口罩供乘客索取以作自用，亦一度表示會在可行情況下增加早上繁忙時間之巴士班次，以減少乘客受交叉感染病菌之機會。
然而，當香港在2月份陸續出現感染個案後，因應政府建議的特別上班安排，九巴在2月3日宣布減少顧客服務中心之服務，並因應教育局宣布中小學停課及香港赛馬會停止於賽馬日開放公眾席，而於2月3日起停開21條在上課日行走之巴士路線特別班次及多條馬場特別路線。
及至2月1日，網上傳出截圖表示傳出九巴已向運輸署申請將242條路線改用假日時間表行車以縮減班次，其後亦被發現部份原以雙層巴士行走過海及長途路線改以單層巴士行走。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 專營巴士因應疫情而改動運作
有隸屬九巴荔枝角車廠的車長向報章記者反映，表示受停課及局部封關影響，即使是平日上下班的繁忙時間的客量亦大幅減少，該車廠自2月5日起突然減少派出近100部巴士到街上接駁載客，大部份路線的班次亦被縮減以減少營運虧蝕，部份車長只能於車廠內閑坐以至自由活動，亦有車長被安排作路線訓練，由於此前巴士車長的實際工作時間往往超出每更八小時的每天標準工作時數而獲發津貼，倘若無須安排駕駛巴士便會只能獲發底薪，而車長亦被要求於2020年2月多放取一天無薪假期，加上個别乘客因不滿巴士路線班次減少而使車長被針對，引起多名車長向工會表達對管方之不滿。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 專營巴士因應疫情而改動運作
有工會代表批評九巴管方只會在電話通傳車務調動而不會發出任何通告，加上管方在大幅削減班次前沒有跟員工商討，影響員工作息時間及家庭生活，形容九巴單方面削減班次的舉動是違反合約，即使九巴希望前線車長共渡時艱，但管理層卻未有減薪，而車長、外勤人員及維修部員工卻因薪酬被扣減而引致收入減少，質疑安排是十分奸狡和不公平，有工會表示會向勞工處投訴僱主單方面更改合約非法扣減工資，亦有工會表示因83%受訪員工在問卷中反對新措施令員工無加班「零補水」而要求與管理層談判，故提出全體員工每日有1小時補水或推出自願無薪假，不排除發起大型工業行動及按章工作以作回應。
九巴表示受到肺炎疫情影響，巴士客量較過往大幅減少逾40%，故因應防疫情況及載客量變化，向運輸署申請調減部分路線班次，以善用資源。而該公司亦將員工工作安排暫時調整，安排車長等前線員工毋須加班之措施乃因應實際需求，形容此舉乃為在嚴峻環境下為保障全體員工穩定就業之方法，該公司亦沒有調減員工薪酬，並承諾在市况恢復正常後回復工作安排，同時會繼續審視各區路線的服務，再因應實際情況而調節，然而該公司並未有回應有關向運輸署申請削減巴士班次及是否獲得該署批准之提問。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 專營巴士因應疫情而改動運作
而主營港島區專營巴士的新創建巴士服務，旗下新巴城巴亦表示由於肺炎疫情導致客量大幅減少，該公司已按照各條路線客量需求同營運狀況而向運輸署申請調整班次服務。
運輸署回應時表示，由於政府實施了多項防控新型肺炎疫情的措施，以減少人流及互相接觸，盡量減低疫情在社區擴散的風險。自農曆新年假期後，整體巴士乘客量均較平日減少。個別專營巴士公司檢視其營運及服務安排後，向當局提交申請暫停或調整部分巴士路線的服務，以善用資源。該署現正審批有關申請，並會確保巴士公司維持足夠的巴士服務以照顧乘客需求，惟該署並無明確回應，九巴是否已申請減班次。
3月20日，運輸及房屋局長陳帆出席立法會交通事務委員會會議後表示，對新大嶼山巴士公司在未有向運輸署申請下，偷步削減7條路線班次感到遺憾，署方已向公司發出警告，並會跟進投訴。同時要求巴士公司載客量不可超過七成，以保持乘客之間的距離。九巴發言人稱，七成載客率相當於取消企位，而根據目前法例巴士從業員無權阻止乘客登車。新巴城巴稱會作適時調整。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 無家者失去容身之處
自3月18日起，康文署各康樂場地的更衣室及沖身設施亦會暫停開放，令一班無家者無法洗澡。有無家者表示曾逾一個月沒有沖涼，只能在公廁用毛巾沾濕水抹身。社區組織協會要求康文署重開硬地足球場浴室。但康文署向媒體回應時以基於衛生考慮才進行有關安排，對會否考慮開放部分康樂場地浴室，以「沒有補充」作回應。
其後連鎖快餐店宣布暫停晚市堂食服務兩個星期後，一批麥難民流離失所。到3月28日，郊野公園範圍內的燒烤地點及露營地點也要關閉，無家者被迫遷。立法會社會福利界議員邵家臻和多名區議員多次去信民政事務局局長劉江華和相關政府部門，要求民政事務總署和康樂及文化事務署開放臨時庇護中心。不過署方回信拒絕，重申在現時機制下，臨時庇護中心機制只限在惡劣天氣下開放，而署方政策範疇並不包括為無家者人士提供臨時居所。邵家臻和大埔區議員譚爾培批評政府處事官僚，沒有考慮被趕絕無家者人士的感受。至4月9日連鎖快餐店恢復堂食服務及在凌晨時段營業時，政府仍一直拒絕開放臨時庇護中心。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 非法賭博、社區聚賭惡化
在政府2020年3月起頒布各項限制聚集、強制關閉公共活動場所規定下，香港體育、文娛活動及設施，以至合法博彩活動大部分停止（香港賽馬會場外投注處停止辦工、賽馬只接受電話及網上投注、馬場停止對公眾開放，六合彩攪珠停止，足球博彩因海外多國主要聯賽、盃賽暫停賽事而無法受注，持牌麻將、天九館被勒令停業）。在正當娛樂、康樂、體育活動幾乎全面被禁制下，有市民轉為到街頭賭檔、地下賭場、非法麻將館、網上賭場等場所消遣，使非法賭博、聚賭問題惡化。
即使不同體育、文娛場所及合法博彩自2020年9月起一度陸續有限度恢復運作，但隨著2022年2月第五波疫情爆發，政府再次收緊禁令，勒令強制關閉絕大部分文娛、康樂、體育活動場所，聚賭歪風更趨地下化、隱蔽化、難以遏止並衍生大量家庭、社會以至治安問題。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 林鄭應船東會要求豁免海員檢疫
2020年2月在全球疫情擴大後，特區政府原本只准許來港從事貨運的輪船可以在香港更換船員，避免船員不必要的登岸，減低病毒由外地傳入的機會，然而特區政府在6月宣布，自6月9日起，所有來港的船員，不論從事貨運與否，均可獲豁免強制檢疫，船員只需自我檢測，發現病徵才需要通報衛生署，政府稱豁免船員檢疫並不會影響公共健康，又稱此做法可繼續維持香港作為國際航運中心的地位，並成為其他國家效法的對象。海洋新聞網站《Seatrade Maritime News》在2020年6月9日報導，由前特首董建華為贊助人的香港船東會曾寫信向特首林鄭月娥游說，並與特區政府多個部門首長接觸，包括運輸及房屋局局長陳帆及海事處處長王天予，要求特區政府放寬限制，及後林鄭月娥運用其特首權力准許豁免。香港在7月下旬出現第三波疫情，平均每日增加超過一百宗確診個案，衛生署在7月24日終承認目前有6艘來港貨船均各有1名海員確診，有140個海員須在南丫島附近的海面隔離。中大醫學院呼吸系統科講座教授許樹昌表示，豁免海員及機組人員檢疫，是導致香港出現第三波疫情的主要原因，許稱「這些人進入社區後坐的士，感染了的士司機，結果的士司機成為一個感染群組，在全港九新界四圍把病毒散開。」他更相信過往香港本地一些找不到感染源頭的零星個案，也極可能由這些漏網之員所引起。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 訂購疫苗爭議
2020年12月11日，政府公布向內地疫苗生產商科興控股生物技術公司（Sinovac），以及由美國輝瑞及德國BioNTech合研的輝瑞疫苗，在中國的代理商復星醫藥簽訂採購協議，首批100萬疫苗將於2021年1月到港。當記者問及市民是否能自由選擇接種哪款疫苗，特首林鄭月娥卻表示市民不能選擇。指市民應用客觀科學去睇，又稱「事實上，市民平常都好少問呢隻是什麼疫苗」。其後有記者指出科興疫苗在過往曾引起嚴重不良反應的例子，不過特首和港大感染及傳染病中心總監何栢良均指市民應以科學態度考慮，不要將接種安排「政治化」。
杏林覺醒於facebook發文，質疑做法違反醫生專業守則，加上科興至今仍未發表第三期臨床研究報告，認為疫苗成效及安全資料成疑，擔憂醫生為病人接種疫苗是否會構成專業失德。政府指有關傳言純屬造謠，批評造謠者居心叵測並罔顧公眾利益，形容「言論散播虛假消息或企圖將公共衞生議題政治化」，政府表示極度遺憾。
到同年12月23日，曾表示「不能說有一個自由可選擇」的林鄭月娥，改口稱市民可自由選擇疫苗，指同一地點不會提供多於一款疫苗，但市民可在在知情下，選擇接種地點與時間進行接種。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 訂購疫苗爭議
2021年1月13日，巴西聖保羅布坦坦研究所發布科興疫苗臨床測驗的最終報告，科興疫苗有效率為50.4%的剛剛符合世衛50%最低標準，而且科興未有提供完整的第三期臨床測試報告，引起國際醫學界關注，而特區政府之前宣稱科興疫苗將最早使用亦因而落空，並由復星代理由輝瑞藥廠及BioNTech合研的輝瑞疫苗最早獲批準在香港使用，親共的建制派議員則催促特區政府要購買其他如中國國藥生產的中國疫苗，民建聯主席李慧琼更宣稱「只有外國疫苗港人會水土不服」，前議員湯家驊則宣稱無須臨床報告，應盡快買中國疫苗，惟醫學界指出「國藥疫苗」也沒有第三期報告，如果政府直接採用而不經醫學界專家的審批，不如解散疫苗顧問專家委員會。1月28日，香港大學公佈香港市民接種疫苗的民意調查報告，結果顯示1千人中只有46%的人士可能會接種新型肺炎病毒疫苗，又以由輝瑞與BioNTech合作研發及在德國生產，現由復星代理的疫苗接受度最高，有56%受訪者願意接種，阿斯利康和牛津大學開發的「牛津疫苗」有35%，而中國科興疫苗只有29.5%。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 接種疫苗安排爭議
政府於2021年2月18日安排接種科興疫苗，唯因系統出錯而令非優先接種人士成功預約。
自開始接種科興疫苗計劃後已出現多宗非預期嚴重異常個案，甚至出現死亡個案。澳門相關計劃已在預約平台提供接種者健康評估，並安排醫院接種疫苗，並提供健康評估服務；反觀香港，當局卻拒絕為接種人士在接種前提供健康評估服務，並將有關責任推給接種者的家庭醫生。
對於有人先後在新加坡和香港接種共四劑疫苗，聶德權指，接種超過兩劑疫苗的風險未明，市民應跟從衞生當局和專家建議，接種兩劑疫苗便可。曾在香港以外地方接種疫苗者，應在接種前如實向工作人員報告。
另外，政府在規定目前抵港入境者須完成接種至少兩針新冠疫苗的情況下，導致有部分未接種疫苗的港人一直滯留外地。有市民和立法會議員希望政府能夠取消限制，認為政府並非強逼所以人打疫苗下，不應「懲罰」身在外地未接種疫苗的港人。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 科興及復必泰疫苗接種者死亡爭議
2021年3月3日，據路透社報道，香港一名男子接種科興新冠疫苗兩日後死亡。該男子63歲，有長期病患及呼吸道病史。香港衛生署表示尚未能確定事件與疫苗有關。中国媒体引述疫苗制造商科兴生物回应称，疫苗经过大规模接种证明安全。
2021年3月3日，一名71歲男子於私家診所接種科興疫苗後感到不適，於3月7日到聯合醫院求診，當晚不治。
据《香港经济日报》2021年3月6日报道，一名55歲女子，於3月2日接種科興疫苗3日後出現中風，並入住廣華醫院接受治療，當晚不治。據了解，死者在官涌體育館接種疫苗。醫院正審視其病歷，已按照機制即時呈報衞生署。
至2021年3月9日香港已錄得45宗非預期嚴重異常個案，其中3死2危殆。到2022年9月18日，政府指有120宗涉及曾經於離世前14日內接種疫苗，沒有死亡個案顯示與接種疫苗有關聯。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 疫苗通行證爭議
除教育界和部分立法會議員外，社會普遍疫苗通行證的推行表示難以適從和非常不便。到2022年5月更有專家對疫苗通行證有不同立場，其中香港大學醫學院高本恩教授及陳德光教授認為認為「疫苗通行證」已無必要對年輕成年人實施。不過特首林鄭月娥仍然認為接種第2針疫苗未到9成，需要繼續實施。她又指如果有新變種會需要使用另一種疫苗，疫苗通行證將會繼續一段日子。而食衞局局長陳肇始指出「動態清零」為目標下，疫苗通行證屬必要的疫情防控措施，更指有助市民和社會回复正常社交經濟活動，反之會對已打針市民不公平。
到2022年9月初，有內地居民在「小紅書」稱可以在無接種疫苗下來港後取得臨時疫苗通行證，「安心出行」亦顯示「藍碼」，可出入受疫苗通所限的處所，包括到主題公園和堂食。特首李家超指有關措施一直實行，又指內地疫情風險屬全世界最低，暫未發現有任何輸入個案，會視乎疫情檢討。到9月17日凌晨，醫務衛生局起劃一要求年滿12歲來港人士須完成接種兩劑疫苗，方可獲發「臨時疫苗通行證」，不過未有計劃要求內地來港人士必須接種疫苗。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 疫苗通行證爭議
到2022年12月29日，政府宣布取消疫苗通行證。有不接種疫苗的市民形容「終於捱過」了，並馬上預約日式燒肉店，一嘗久違的堂食感覺。而部分零針者表示取消疫苗通行證只是取回本來市民應有的自由，並批評措施太遲，質疑措施只為配合誰人「大家都睇得好清楚」。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 市民呼籲反疫苗被判監禁
一名38歲男售貨員涉2021年11月於Telegram呼籲參與「世界性反疫苗集會」及駕車慢駛，被控一項煽惑他人參與未經批准集結罪及一項煽惑他人導致公眾地方遭受阻礙罪，被告早前認罪。到2022年7月5日，九龍城裁判法院裁判官莫子聰判刑時指，雖然辯方求情稱集會無人響應，不過認為呼籲已構成「煽惑」罪行，而被告行為對政府防疫工作構成打擊，增加傳播風險。最後被判監禁6個月。
2022年2月24日，警方國安處拘捕旺角一間外賣茶品店「初凝．芝茶」兩名負責人，並在25日落案起訴兩人一項「作出具煽動意圖的作為」罪。案情指兩人涉嫌在社交媒體煽惑他人違反防疫規例，包括呼籲不要接種疫苗等。到同年6月28日，國安法指定法官羅德泉判刑時指煽動者在疫情期間作出針對政府的煽動行為，會是黃金時機。又稱各被告只是發洩內心抑壓的不滿和憎恨，並非科學或醫學意見，是「不同地方燃點新火頭，產生漣漪效應，令抗疫工作雪上加霜」。特別是要求學生欺騙家長及學校有關疫苗副作用，而惡化因素。雖然被告求情指自己母親打針後不適，因而一時衝動呼籲杯葛疫苗。不過法官認為並非減刑因素。最後分別判囚6及7個月。
2019冠狀病毒病香港疫情相關爭議 警方就濫發「免針紙」展開拘捕行動
2022年9月初起，警方就濫發「免針紙」展開拘捕行動。在9月5日，元朗一名女醫生涉嫌濫發新型疫苗接種醫學豁免證明書（俗稱「免針紙」），涉嫌偽造虛假文書被捕。行政長官李家超指行使虛假文書或發放虛假文書是嚴重罪行，如有任何醫務人員涉嫌專業失德，一定會將其個案通知香港醫務委員會嚴肅跟進，並要求有關人士負責。到9月21日至22日警方先後分別在油麻地、元朗、天水圍及柴灣的4間診所採取行動，拘捕4名涉嫌濫發「免針紙」的醫生。其中油麻地的診所被指在未有向市民診症或檢視病歷紀錄下，濫收4000至5000元診金，另外有22名應診者被捕。警方指會交由專業醫護人員作評估是否濫發。而政務司長陳國基指有關情況相當嚴重，反映醫生唯利是圖，“只為個人利益，不顧社會利益”，強烈譴責有關行為間接妨礙香港經濟恢復正常，傷害全體香港市民。他又批評取「免針紙」的市民讓社會整體利益受損。他表明必須追究到底，要求保安局從嚴跟進所有使用這些「免針紙」的人，追究他們的刑事責任。