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道格拉斯·麦克阿瑟 第一次世界大戰
1918年10月14日，協約軍發動默茲-阿戈訥攻勢，「彩虹師」被編入戰鬥序列，麥克阿瑟指揮的旅也在其中。攻勢期間，美軍透過航拍照片得知，德軍在沙蒂永蘇萊科特東北部的鐵絲網防線上有一處漏洞，美軍第5軍司令查爾斯·佩洛特·薩默爾將軍命令麥克阿瑟在兩天後的下午六點前將沙蒂永蘇萊科特攻佔。麥克阿瑟親率部隊實施夜間偵察以確認德軍防線存在破口，次日發起進攻後成功突破德軍陣地。在沙蒂永蘇萊科特的戰鬥中，「彩虹師」傷亡4000多人，第84旅的部份步兵營甚至傷亡超過80％。由於攻佔沙蒂永蘇萊科特的功績，潘興向陸軍部舉薦麥克阿瑟晉升為少將，並親自頒發傑出服役勳章給後者，這是當時對參謀軍官的最高獎勵。儘管晉升少將後來並未被核准，但麥克阿瑟還另外獲得了第二枚傑出服役十字勳章。「彩虹師」再次休整後，於11月4日最後一次投入前線，由於遠征軍作戰處長喬治·卡特萊特·馬歇爾上校經第1軍團參謀長休·阿洛伊修斯·德魯姆將軍同意發出要求美軍「勿錯過黑夜的有利時機、全力進攻色當」被麾下官兵理解錯誤，誤以為上級允許其進行攻下色當的競賽，因此麥克阿瑟的「彩虹師」正準備渡過默茲河時被接獲上述命令的第1師相撞，一時間場面擁擠混亂，由於麥克阿瑟的「奇裝異服」，被第1師的巡邏隊誤認為德國將軍而遭拘留。由於默茲河高地一戰的功績，麥克阿瑟獲得第七枚銀星章。11月10日，麥克阿瑟接任「彩虹師」師長。次日，德國簽署停戰協定，一戰結束。
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「彩虹師」在一戰佈署於前線224天、實際戰鬥162天、共傷亡4683人，是美國遠征軍立下大量戰功的主力部隊，一份1992年美國有關方面調查報告指出，當年遠征軍所有師中「彩虹師」就作戰天數、攻佔領地、俘虜敵軍數、獲得獎章數等標準中僅次於潘興親自指揮的第2師，而麥克阿瑟也在本次戰爭中迅速崛起，是大戰中授勛最多的軍官之一，也是最年輕的將軍之一。11月22日，麥克阿瑟解任師長，重任第84旅旅長執行萊茵蘭阿爾韋勒縣佔領任務。1919年4月25日，麥克阿瑟則搭乘「利維坦號」郵輪回到紐約。
道格拉斯·麦克阿瑟 戰間期
5月12日，陸軍參謀長佩頓·康威·馬奇的召見麥克阿瑟，指西點軍校已落後40年、急須改革，因此任命麥克阿瑟為新任校長；這項任命麥克阿瑟之母起到一定作用，後者在聽聞馬奇正物色校長人選時，「提醒」曾為麥克阿瑟父親屬下、且受到拔擢的馬奇勿忘了這層關係。麥克阿瑟接受這項任命，保持准將臨時軍階，而非如其他人都降回正式軍階（麥克阿瑟的正式軍階為少校），1919年6月12日，39歲的麥克阿瑟就任西點軍校校長，為自1871年就任的塞万努斯·塞耶尔之來最年輕者。此時的西點軍校因早先為歐洲戰場培訓大量軍官而成了短期訓練所，美國僅參戰兩年就有五屆學員畢業、教學品質下降、學員素質低劣、秩序混亂、時有酗酒鬥毆之事，教師對於此類現象不滿與失落，大批辭職離校，部份國會議員也對西點軍校的前景與存在價值產生疑慮，甚至主張停辦，麥克阿瑟注意到許多西點畢業生對於軍事以外的事物可說是一無所知，而就他本人在法國和萊茵蘭執行佔領工作的經驗，具備政治、經濟和社會問題的知識尤為重要。基於上述，麥克阿瑟開始對西點軍校實施大刀闊斧的改革。
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麥克阿瑟首先前往華盛頓，透過說服國會領導人將西點軍校課程從三年制恢復為四年制。其後，麥克阿瑟透過陸軍參謀長和陸軍部長的支持以及強硬的作風，壓制了學園內保守派的教員，特別是「學術委員會」的反對，麥克阿瑟將課程內容現代化，取消了南北戰爭時代的研究課程，增設對世界大戰的研究、空氣動力學、內燃機學和演講藝術等課程、計算尺的使用得到了認可、地形學的課時程減少、法語課程增加、增設了歷史系和一門綜合研究政府與經濟的課程。此外，麥克阿瑟還廢除諸如西點學生在校禁止吸煙、禁止看早報、禁止收郵包、禁止週末離營等規定，給學員增加每個月的5美金津貼（以往在學期間學員是禁止持有現金）、將以社交活動為主的克林頓堡夏令營更改為紐澤西州迪克斯堡基礎步兵訓練課程、限制危險性訓練、建立學生自治的榮譽制度。麥克阿瑟也非常重視體育活動，認為體育運動對現代軍官的培育和今後的發展有極為重要的作用，因而要求每個學員每學年要用六週時間進行各種球類和田徑訓練，他還大力推廣學院間的體育競賽，以增強學員們的競爭精神與凝聚力、振奮校內的士氣。另外值得一提的是麥克阿瑟在任期間試圖消除高年級學員的欺凌行為，成立反欺委員會、實施新準則禁止常見的侮辱行動，如要求新兵在裸露的刺刀上方做劈叉動作、禁止徒手拳擊，麥克阿瑟還下令以軍官、而非高年級學員負責入伍新生的訓練課程。
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1920年1月，麥克阿瑟正式軍階晉升為准將。1921年8月，潘興接替馬奇成為新任陸軍參謀長，而三個月後即通知麥克阿瑟準備將其調離西點軍校校長職務（一般任期為4年），潘興此舉除了受麥克阿瑟「目中無人」的印象影響、對其改革制度不滿外，有一說是因為當時麥克阿瑟與社交名流路易絲·克倫威爾·布魯克斯交往，而兩人後於1922年2月14日在佛羅里達州棕櫚灘的別墅結婚，遽聞潘興亦鍾情於布魯克斯，甚至有過一傳言稱潘興不惜威脅布魯克斯若與麥克阿瑟結婚，將會把後者流放至菲律賓。由於此說廣為流傳，潘興不得不親自出面否認，他向《紐約時報》記者稱：「都是他媽的胡說八道」」，然而潘興在麥克阿瑟的鑑定報告中，將他在西點軍校的表現僅列為「中上」，在陸軍46名將官中也僅列在第38位。1922年6月，麥克阿瑟離開了工作三年的西點軍校，其改革措施由於老校友和教授們的反對很快便被取消，幾年後麥克阿瑟的理念才為人所接受，其改革措施才陸續恢復。10月，麥克阿瑟抵達菲律賓，就任新設置的馬尼拉軍分區司令，同行的還有布魯克斯和她與前夫生的兩個孩子沃爾特（Walter）和路易絲（Louise）。
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菲律賓的馬尼拉軍分區司令下僅500名美軍，由於實際上沒什麼工作，麥克阿瑟這段時間將大部分精力用於家庭。1923年6月，麥克阿瑟被任命為新建的菲律賓師第23步兵旅旅長，自此項任命後，麥克阿瑟開始著重關注菲律賓的防禦問題，這相當程度地影響他日後的仕途。1924年7月7日，菲律賓偵察軍麾下士兵因不滿薪資待遇而譁變，超過200人被捕，麥克阿瑟平息了局勢，但後續改善其待遇的要求被因為財政緊縮和種族偏見而未果。1925年1月17日，麥克阿瑟以44歲年齡晉升為少將，為陸軍中最年輕者，同時麥克阿瑟也受命回國接任新職務。1925年5月2日，麥克阿瑟接任喬治亞州亞特蘭大麥克弗森堡的第4軍區司令。不久又調至馬里蘭州巴爾的摩麥克亨利堡任第3軍區司令。同年9月，麥克阿瑟接獲命令出任審理威廉·米切爾一案的軍事法庭成員，是13名法官中最年輕的。麥克阿瑟日後對這項任命評價為「一生中最令人感到厭惡的命令之一」，他與米切爾同為密爾瓦基人，是同鄉兼好友、父輩關係良好。米切爾行事激進，大力宣傳發展獨立空軍和空權論，在1925年9月的一次飛船失事意外後，米切爾公開指責陸軍部與海軍部無能與失職，陸軍部便以違抗上級罪對其提出指控。在審理過程中，麥克阿瑟反常地保持沉默，他事後稱投下了無罪票，並表示「一名高級軍官不應由於同上級意見相左或與現有教條有異而三緘其口」，米切爾最終於12月27日被判有罪，受到降職與減薪等處分，但麥克阿瑟採取的態度仍為對米切爾的懲罰起到了減輕的作用。
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另一方面，麥克阿瑟夫婦間的裂痕日益加深，路易絲對軍旅生涯並無興趣，力勸麥克阿瑟退出軍界、轉往商場，最終兩人關係破裂，路易絲獨自搬到紐約，兩人最終於1929年9月離婚。1927年8月，由於美國奧委會主席威廉·克里斯托弗·普勞特突然死亡，委員會推選麥克阿瑟為新任奧運委員會主席，主要任務是為1928年參加荷蘭阿姆斯特丹的夏季奧運會作準備。麥克阿瑟非常重視這項任務，他組織運動員訓練，並經常與教練交談、觀看訓練、激勵運動員，稱奧運比賽是「沒有武器的戰爭」、「我們跨越3000哩不是為了優雅地輸掉」，最終美國代表隊取得其有史來最好的成績，創下17項奧運會紀錄和7項世界紀錄、贏得最多面獎牌，其金牌比其他任一個國家的兩倍還多，總獎牌數則為第二的德國與第三名的芬蘭之總和，亞瑟·赫爾曼稱麥克阿瑟為「美國現代奧運精神之父」。回國後，麥克阿瑟受命再度前往菲律賓，出任菲律賓美軍司令，繼續關注當地的防務問題。
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1929年3月，赫伯特·胡佛就任美國第31屆總統，由於與麥克阿瑟在一戰有過交情，上任後僅三個月，胡佛就透過陸軍參謀長徵詢麥克阿瑟是否願意擔任工程兵主任，這是他上任後向後者提供的第一個職務，主要任務是治理當時氾濫成災的密西西比河洪患，也是美國自挖掘巴拿馬運河後最大的工程。然而麥克阿瑟認為接任工程兵主任意味陸軍仕途的終點，在此之上的陸軍參謀長向來是從步兵中選拔的，還未有過從工程兵主任晉升的前例，另一方面，他也擔憂拒絕會被認為不忠，最終麥克阿瑟以工程專業度不足和菲律賓防務為由婉拒。與此同時，華盛頓方面也有人遊說麥克阿瑟任命為下任陸軍參謀長，包括現任參謀長薩默爾、前岳父愛德華·斯托斯伯里和戰爭部長派屈克·傑伊·赫爾利。1930年8月5日，麥克阿瑟獲任下一任陸軍參謀長。9月19日，麥克阿瑟離開菲律賓，短期指揮舊金山第9軍區。11月21日，麥克阿瑟就任陸軍參謀長，是美國陸軍史上最年輕的參謀長（50歲），為臨時上將軍階，也是全國唯一的陸軍上將。
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陸軍參謀長負責在戰爭部長下實施陸軍的各種政策，並確保各兵種、軍區和部門得以協調一致。在當時「大蕭條」的經濟危機下，美國失業率激增、社會動盪，主張裁減軍費和軍隊的呼聲不斷，大約53個軍事基地被關閉、大量軍官提前退休，也有國會議員提出議案，希望將軍官團從12,000人減少至10,000人。麥克阿瑟為保留日後擴軍的根基，將主要經費用於人員的確保，不斷的遊說，成功阻止了減少軍官團數量的議案，此外還推動不少改革，包括：
推動航空兵建軍，與海軍作戰部長威廉·普瑞特上將達成協議，解決了陸軍航空隊和海軍於海岸防禦的長久紛爭，為日後陸海軍就航空兵力運用的一系列談判的先例。麥克阿瑟還在任內大力擴充陸軍航空兵的規模，但也因為後者地位提高，其亦日趨要求成為獨立軍種，麥克阿瑟設置了航空兵總司令部作為讓步，該機關將統一控制以美國本土為基地的飛機，訓練和作戰由陸軍參謀長或遠征軍司令所指揮，而非野戰軍團司令。
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大約自參謀長時代開始，麥克阿瑟著手經營其公關形象、對外宣傳他個人的意識形態，如美國需要一個強人領袖應對共產黨人組織大量失業者發動革命的可能性、美國國運繫於亞太地區的觀點以及對大英帝國的仇視，他也開始以第三人稱自稱，如「麥克阿瑟將要做什麼」。1932年7月，美國發生「酬恤金進軍事件」，這是麥克阿瑟軍旅生涯中最受人爭議的一起事件，一萬多名退伍老兵與親屬因經濟困難而聚集於華盛頓請願，要求美國政府立即發放至1945年才給予的補償金。請願者聚集伊始，各種諸如暗殺總統，炸掉白宮的謠言充斥，部份激進人士亦利用本次機會鼓吹暴力革命，而這些資訊也隨之傳至胡佛處，後者決定對當地實施清場。7月28日中午，由於請願者與負責驅趕的警察爆發衝突，胡佛下令出動聯邦軍隊恢復秩序。
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麥克阿瑟執意親臨現場指揮，而副官德懷特·艾森豪勸說此地「不是陸軍參謀長該來的地方」，稱此事為政治性質，並可能會失去民主黨人對軍隊的支持，但麥克阿瑟答道：「麥克阿瑟已經決定要到現場指揮疏散行動」，並補充「反動革命已初露端倪。」勸阻不成後，艾森豪又勸麥克阿瑟應身著便服，但後者堅持穿著軍裝指揮。對於清場任務，陸軍部長對麥克阿瑟下過詳細的指示：胡佛總統希望出動軍隊清場，但不願引發暴亂，士兵必須有所節制，也不得越過安那考斯迪亞河（河對岸駐紮大量請願者居住的簡陋帳篷）。根據艾森豪的回憶，他曾明確提醒麥克阿瑟其任務，且胡佛還特地派傳信官交代具體指示，但麥克阿瑟卻說：「我不想聽什麼指示，把他給我打發走。」之後下令軍隊強硬鎮壓，第3騎兵團以軍刀刀背驅趕群眾、其他部隊則發射催淚彈。請願者被驅趕至安那考斯迪亞河對岸，麥克阿瑟又命令部隊過橋將請願者的居住區搗毀、放火焚燒，最終共2人死亡、55人受傷、135人被捕。儘管本次的清場行動死傷人數並不多，但仍引發一場嚴重的公關危機。艾森豪再度勸麥克阿瑟避開記者，由政界人士去對外說明，但後者執意參加，還在會上將退伍軍人稱作「暴徒」、「叛亂者」、擁護胡佛總統動用軍隊的決定，這個說法使美國公眾認定麥克阿瑟的舉動是出自胡佛命令所致，其政治生涯受到致命打擊。而另一方面，本次事件使麥克阿瑟成為共和黨極右派人士心中的英雄，他們認為將軍把美國自1932年由共產黨人引發的「革命」中拯救出來。
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1932年美國總統選舉中，胡佛連任失敗，富兰克林·德拉诺·罗斯福當選第32任美國總統，「酬恤金進軍事件」被認為是胡佛敗選的主因之一。羅斯福在一戰曾擔任過美國海軍助理部長，與麥克阿瑟共同工作過，雙方雖然政治理念有些分岐但仍長時間共事。麥克阿瑟透過由軍方負責「平民保育團」的行政管理來支持羅斯福的「新政」，讓為數27.5萬的失業青年從事築堤、植樹等水土保持工作，取得很大的成功，得到保守派的好評。不過，麥克阿瑟堅持維持軍隊規模、長期公開抨擊孤立主義和和平主義，使他在羅斯福政府中不受歡迎。至於麥克阿瑟與羅斯福本人最激烈的矛盾當屬新政府削減51％陸軍預算的議案，在一次會議中，麥克阿瑟針對此事對羅斯福罵道：「若我們輸掉了戰爭，當一個被敵人刺刀桶穿肚子的美國男孩，倒在泥水、被敵人鐵蹄踩著、奄奄一息地發出最後一聲咒罵時，我希望他罵的不是麥克阿瑟，而是羅斯福。」羅斯福則怒斥：「你不該這樣跟總統講話！」麥克阿瑟趕緊向其道歉，並請求辭去參謀長一職，但羅斯福作出讓步，否決了麥克阿瑟的辭呈，預算也留下了研議空間。儘管兩人曾有過上述過節，羅斯福還是在麥克阿瑟參謀長任期結束時後延長一年，直到1935年10月結束。
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卸除陸軍參謀長一職後，麥克阿瑟轉往1935年成立、是時已為半獨立狀態的菲律賓自由邦，此時奎松已為菲律賓總統，後者前往華府委託美國政府派遣顧問監督菲律賓的建軍工作，以對應未來可能遭遇的日本侵略，在羅斯福的許可下，麥克阿瑟接過領導駐菲軍事顧問團的任務，除了領取美國陸軍少將職等薪金外，還享有菲律賓政府的額外報酬和津貼。此行是麥克阿瑟第五次被派往遠東，1935年10月，麥克阿瑟連同已高齡83歲的母親、兄長亞瑟的遺孀瑪莉、助手艾森豪與詹姆斯·巴塞維·奧爾德等人自舊金山搭乘「胡佛總統號」出發，航行中麥克阿瑟邂逅了年屆37歲的未婚女子琼妮·瑪莉·費爾克洛思，儘管雙方年齡差距18歲，互動仍相當投緣，以至於費爾克洛思放棄原計畫去上海遊玩的計畫，跟隨麥克阿瑟一同前往馬尼拉，關係也日益親密。然而與此相對的是，麥克阿瑟之母在航行至香港時健康狀況惡化，至1935年12月3日去世。
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關於菲律賓軍隊的建設工作與美軍早年對日作戰構想的「橙色計畫」有密切關係，後者旨在戰爭爆發後，將駐守呂宋島的美菲軍隊在亞洲分艦隊支援下堅持6個月，之後再撤退至多山的巴丹半島和要塞島嶼科雷希多死守，阻止日軍入侵馬尼拉灣，而同時美軍主力艦隊自本土前來支援，與日軍艦隊進行決戰。然而「橙色計畫」因日本在一次大戰後接管德國在太平洋的島嶼，使其能截擊援菲美軍艦隊而可行性存疑，麥克阿瑟在陸軍參謀長任內斥其為「一紙空文」而否定，然而美國軍方因為一時沒有更好的替代方案，仍將「橙色計畫」作為既定軍事戰略實施，麥克阿瑟只得設法補充其不足，並將重點置於組建菲律賓政府的軍隊上。麥克阿瑟於任職第二年的1936年8月24日，奎松在馬拉坎南宮代表菲律賓政府授予其陸軍元帥稱號，並贈予一套麥克阿瑟自行設計的元帥制服與金質元帥杖。
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麥克阿瑟計畫採用類似瑞士軍隊的模式整編菲律賓軍，原本的維持秩序的保安部隊被改編為少數的常備軍作為骨幹、以徵兵方式確保兵源，每年將訓練4萬人，預計將會在1946年菲律賓完全獨立時擁有40個師、共40萬人的兵力，並仿照西點軍校建立菲律賓軍官學校培育軍官，另外還計畫建設一支擁有250架作戰飛機的陸軍航空兵和由50艘魚雷艇組成的海軍。然而麥克阿瑟的整軍計畫推展並不順利，其所需的龐大資金使菲律賓政府增加賦稅，引起當地民眾的不滿，即使奎松對國民大力呼籲，菲律賓國會仍將預算自每年800萬美金減為600萬、受訓人員也減半，訓練營極其缺乏，第一批徵召的兩萬兵員直到1937年初才報到、被寄予厚望的空軍也到1939年才組織第一個中隊。華盛頓方面也不予支持，認為及早武裝菲律賓將引發類似1899年的武裝衝突，提供菲軍的裝備也陳舊過時。
1937年初，麥克阿瑟陪同奎松出訪日本、美國和墨西哥。在返回美國後，奎松要求羅斯福同意菲律賓較原計畫提早7年獨立，遭後者嚴詞拒絕，而麥克阿瑟也在同一時間竭力爭取陸軍部援助菲律賓的防務，但同樣不被理睬。4月30日，麥克阿瑟與費爾克洛思於美國紐約市政大樓結婚，兩人後於1938年2月21日有了獨生子——亞瑟·麥克阿瑟四世。1937年8月6日，參謀長馬林·克雷格通知麥克阿瑟其軍事顧問職務將於該年10月屆滿兩年，將會返國接受其他職務。然而麥克阿瑟選擇繼續留在菲律賓擔任奎松的顧問，於1937年12月31日正式從美國陸軍退役，結束其38年服役生涯，但他也告知克雷格若戰爭爆發隨時可接受徵召。
道格拉斯·麦克阿瑟 第二次世界大戰
1941年7月26日，因日美關係惡化，羅斯福宣佈菲律賓軍納入美軍指揮體系、召回麥克阿瑟以少將軍階回歸現役，任「美國遠東陸軍」司令，翌日晉升中將，12月20日再升上將。至1941年7月31日，菲律賓國防部共編列2.2萬名士兵，其中1.2萬來自菲律賓偵察軍，大部份編入喬納森·溫萊特指揮的「菲律賓師」下。美國預計戰爭爆發後將部隊撤至巴丹半島堅守至援軍到來，但麥克阿瑟將計畫改為守住整座呂宋島、以B-17轟炸機擊沉入侵的日軍船艦，他也說服華盛頓稱此計畫足以對日方形成威攝、遏止後者開戰。1941年7月至1942年1月12日間，美國遠東陸軍獲8,500名官兵補充，麥克阿瑟還計畫進一步動員菲律賓陸軍，預計將於1942年4月動員20萬人。然而日軍的南下進攻比預期的早，戰爭爆發時麥克阿瑟能掌握的部隊僅13.4萬人，其中美軍1.2萬人、菲律賓軍1.2萬人、民兵11萬人。1941年12月8日菲律賓當地時間3點30分，麥克阿瑟的參謀長理查德·萨瑟兰接獲珍珠港遭日軍轟炸的消息，隨即告知麥克阿瑟。5點30分，美國陸軍參謀長乔治·卡特莱特·马歇尔命令麥克阿瑟啟用「彩虹5號」戰爭計畫，該計畫內容為以美國太平洋艦隊保衛海上交通線、地面部隊堅持4至6個月，再由太平洋艦隊運輸大批增援部隊與日軍決戰。
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太平洋戰爭中麥克阿瑟極富爭議的一項決定是「為何沒有先制攻擊臺灣？」遠東空軍司令劉易斯·H·布里爾頓少將在8日上午曾三度根據麥克阿瑟戰前擬定的計畫，要求發起B-17轟炸機對日屬臺灣基地的空襲行動，但萨瑟兰拒絕批准，直到11點半麥克阿瑟才同意下午發動空襲行動，命令轟炸機升空轉移至克拉克機場裝彈。同日12點30分，停駐大量主力軍用飛機的克拉克機場與鄰近的戰鬥機基地伊巴機場遭日軍第11航空艦隊轟炸，美國遠東空軍損失了35架B-17轟炸機中的18架、107架P-40戰鬥機中的53架以及超過25架其他各式飛機，大多是毀於地面，機場也受到嚴重破壞，人員傷亡則有80人死亡和150人受傷，而日軍僅損失7架飛機作為代價。麥克阿瑟何沒有進行先制攻擊歷史學家諸說紛紜，他本人事後對此爭辯稱布里爾頓先制攻擊的建議並不是向他，而是向萨瑟兰提議，還表示這項提議早該向他本人提出，也曾批評以轟炸機沒有足夠的戰鬥機護航，轟炸行動等同於自取滅亡。麥可·沙勒在麥克阿瑟傳記中稱奎松曾告訴艾森豪在珍珠港被日軍攻擊的當下，麥克阿瑟基於一些奇怪的理由，認為菲律賓群島能在戰爭中保持中立而不被日軍攻擊，而唯恐發起主動的空襲將破壞中立，進而對許可布里爾頓的計畫猶豫不絕。沙勒也指出麥克阿瑟在當時的心態也可能是認為沒有國家膽敢攻擊菲律賓。
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在空中力量受到重大打擊後，麥克阿瑟將重點放在阻止日軍登陸，但同時又試圖保衛整個呂宋島、過度分散的美菲聯軍的兵力，同時也對一些危機跡象，如潛艦「鯁魚號」發現日軍主力正從林加延灣登陸的回報置若罔聞。12月21日，日軍主力登陸，隨即迅速推進至內陸，訓練不足與裝備短缺的菲軍很快被在中國戰場有豐富作戰經驗的日軍擊潰，幾經評估後，麥克阿瑟決定起用1941年7月時的計畫，於巴丹半島堅守至援軍的到來，因此下令全軍撤退至巴丹半島。雖然大多美菲士兵得以撤至該地，但由於過程倉促混亂，失去了大多數的補給品。12月24日，麥克阿瑟宣布馬尼拉為不設防城市，將司令部遷至科雷希多，25日時恢復了對華盛頓方面的聯絡。雖然美軍在巴丹半島仍持續抵抗，但麥克阿瑟一直期盼的援軍因華盛頓方面認為相較於歐洲、遠東屬次要戰場而未果，由於物資逐漸消耗，其麾下部隊疲憊不堪，還患上各種熱帶疾病，至2月中旬已非戰鬥減員近50％。麥克阿瑟本人在長達三個月的戰事中僅到過前線視察一次，其餘時間都待在防空隧道閉門不出，加之其承諾即將到來的資源屢屢落空，麥克阿瑟成了麾下士兵怨恨和調侃的對象，稱其為「縮頭道格」（Dugout Doug）。
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戰局的惡化使麥克阿瑟壓力劇增，為求支援甚至寫信至莫斯科，以極富熱情的口吻讚揚蘇聯紅軍保衛莫斯科的成就，並請求蘇聯領導人約瑟夫·史達林立即加入太平洋戰爭；除此之外還寫信到華盛頓要求組織海軍船團前來營救，此時已是戰爭部戰爭計畫處處長的艾森豪認為麥克阿瑟已無法面對現實、正逐漸喪失勇氣，並指出其提議跟西點軍校剛入學的學生相差無幾、不適用現實的戰爭。1942年1月1日，菲律賓總統奎松贈與麥克阿瑟50萬美金，酬謝其戰前的貢獻，諸如萨瑟兰等幕僚也有份，此事僅馬尼拉和華盛頓極少數人，如羅斯福與戰爭部長史汀生知道，一直到1979年才由歷史學家卡洛·莫利斯·皮蒂略（Carol Morris Petillo）所揭露，儘管奎松的贈款在性質上屬於合法，但對麥克阿瑟本人的聲譽還是產生一定程度的負面影響。
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至1942年2月，日軍已逐漸縮緊包圍圈，麥克阿瑟於2月11日給羅斯福的信件中表示自己將會與守軍「共赴存亡」，使其將可能投降被俘或陣亡沙場。2月14日，馬歇爾勸告麥克阿瑟將家人送離戰場，但後者並未理會。2月15日，英國遠東重要的戰略據點新加坡宣佈投降，華盛頓方面開始認真考慮科雷希多被攻陷、麥克阿瑟被俘的可能性。在當時日軍在太平洋勢如破竹的攻勢下，美國公眾輿論注意到麥克阿瑟的部隊仍在巴丹堅守抵抗，成為舉國矚目的焦點，麥克阿瑟本人的形象也逐漸轉為當時對日作戰的第一位英雄。同時也因為戰局情勢丕變，日軍進攻印度迫使英國集中資源應戰，令原屬後者勢力範圍的澳洲必須仰賴美國協防，原先協調遠東盟軍作戰的「美英荷澳司令部」也即將垮台，盟軍不得不重新設置新的軍事單位統籌，而麥克阿瑟即被認為是該單位總司令唯一的人選，因此決意使後者撤離菲律賓。
道格拉斯·麦克阿瑟 第二次世界大戰
2月23日，麥克阿瑟收到馬歇爾的電報，指示羅斯福命令其立即前往棉蘭老島，再從當地前往澳洲赴任新職，第二天還額外告知可自行決定離開時間。麥克阿瑟將菲律賓戰區所有美軍的指揮權委任給溫萊特將軍，要求堅持抵抗，萬不得已則撤退至叢林中實施游擊戰。3月12日夜，麥克阿瑟搭乘由約翰·鄧肯·布爾克利指揮的「PT-41號」魚雷快艇離開，隨行的包括麥克阿瑟的妻兒、參謀長薩瑟蘭等幕僚，在躲過巡弋的日本軍艦和惡劣的海況後，麥克阿瑟等人成功抵達棉蘭老島的德爾蒙機場，在當地搭上B-17轟炸機飛往澳洲。3月21日，麥克阿瑟乘火車抵至墨爾本。途中，麥克阿瑟於南澳洲特勞伊火車站發表演說：「美國政府命令我突破日軍的防線，從科雷希多來到澳洲，按照我的理解，我此次之行是為組織美國對日本的反攻，其中最重要的目標是解救菲律賓。我現在脫險而來，但我將回去（I shall return）。」
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「我將回去」吸引了美國社會大眾的注意，成為太平洋戰爭中最著名的一句話，而同樣地，也是為麥克阿瑟最引起爭議的一句話，華盛頓方面曾要求麥克阿瑟將「我將回去」的承諾改為「我們將回去」，但後者無視此要求，批評者常引用此事作為麥克阿瑟狂妄自大性格的一個例子，而擁護麥克阿瑟的人則稱麥克阿瑟這句話不是對美國人，而是對菲律賓人說，認為菲律賓人對麥克阿瑟個人的誓言較對整個美國更具信心。根據威廉·曼徹斯特的說法，「我將回去」這句話實際上是出自於奎松前秘書、麥克阿瑟副官的卡洛斯·佩納·羅慕洛，薩瑟蘭曾在科雷希多提出盟軍將採用「我們將回去」作為反攻口號，而羅慕洛反對，稱菲律賓百姓認為美國已出賣自己，無法相信，但對麥克阿瑟本人依然有信心，若說的「我將回去」就會有人信。薩瑟蘭之後將此建議報給麥克阿瑟，而後者也予以採用。
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儘管麥克阿瑟人已在澳洲，但仍遠端向在菲美軍發布命令。4月9日，患病、受傷與飢餓不堪、超過7萬人的巴丹守軍投降，而麥克阿瑟對此事極為憤恨，怒斥該部應突破日軍防線，撤至山內實施游擊戰。5月6日，溫萊特率領科雷希多的守軍對日投降，麥克阿瑟聞訊後同樣予以責難，並延續到戰爭結束後，陸軍部決定授予溫萊特「榮譽勳章」時，麥克阿瑟仍強烈反對，直到最後馬歇爾與史汀生堅持才完事。曾與麥克阿瑟長時間共事的艾森豪也就此事在1942年5月6日日記中表露對溫萊特的同情和對麥克阿瑟的觀感：「可憐的溫萊特！是他在菲律賓群島中進行戰鬥的，而別人卻在演習中為公眾所發覺而獲得了榮譽。菲律賓群島到處的抵抗很快便將結束，這場對抗至此已拖延五個月了。麥克阿瑟的冗長指責，T·J·戴維斯和我在馬尼拉時是經常聽到的。現在這些指責之辭對公眾來說，聽上去好像是很愚蠢，就好像當年我們所感覺到的一樣。可是他究竟是一位英雄，唉！」沙勒也以此指出「沒有比這更能清楚顯露出麥克阿瑟此人在大眾和同僚眼中的差別了」。
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麥克阿瑟的「逃亡」被日本以及其軸心盟國用於進行負面宣傳，馬歇爾決定授予其「榮譽勳章」以抵銷其效果。艾森豪反對此案，稱麥克阿瑟並未有做出法律規範中的英勇行為，而馬歇爾則提出1927年時有過以特別法授予過查爾斯·林德伯格的前例。1942年3月26日，麥克阿瑟獲得榮譽勳章，他和父親小亞瑟·麥克阿瑟成為史上第一對被授予榮譽勳章的父子，並很長時間一直是唯一的一對，直到2001年國會追授西奧多·羅斯福在美西戰爭中的功績，後者才與其子西奧多·羅斯福三世才打破這項記錄。
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抵達澳洲的麥克阿瑟急欲組織部隊反攻菲律賓，但驚愕地發現當地並無原先預想的大軍，而是僅有兩個從國民衛隊抽調組成、未受過叢林戰訓練的美軍步兵師，海空部隊同樣未作好準備，美國軍部對太平洋戰區的指揮結構也進行了重組，由於美國海軍認為太平洋戰爭本質上是一場海上戰爭，拒絕受陸軍將領指揮其對日作戰，英美聯合參謀部協調後將太平洋戰區被分作「太平洋戰區」以及「西南太平洋戰區」，前者由海軍上將切斯特·威廉·尼米兹指揮，麥克阿瑟則指揮後者，範圍為澳大利亞、所羅門群島和菲律賓等。麥克阿瑟的地位遠比自己預料的要低得多，除了以菲律賓時期的部下組成司令部幕僚（通稱「巴丹幫」）外，不能直接指揮旗下屬的任何一國的部隊，由於戰區地面部隊由澳洲軍隊為主力，由澳洲將領托馬斯·布萊梅爵士擔任，海軍由赫伯特·萊利出任，空軍司令為喬治·布雷（1942年後由喬治·肯尼取代），麾下部隊為9月以遠東空軍改編的第5航空隊。此外，參謀長聯席會議（下簡稱聯參會）決定實施1942年以開闢歐洲第二戰場、盡快打敗納粹德國的大戰略，對於太平洋戰場的目標僅只於阻止日軍的進一步攻勢，使得麥克阿瑟手中能掌握的軍事資源實屬少數，長期以往，麥克阿瑟因此認為華盛頓存在「陰謀集團」來找他麻煩。
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自偷襲珍珠港後，日軍以「南方作戰」橫掃東南亞，攻佔了英美荷的廣大殖民地，但同盟國並未如其預期的準備談和，為此日軍下一步決定切斷澳洲與美國之間的聯繫，因而準備攻佔新喀里多尼亞、薩摩亞和斐濟群島，而新幾內亞的莫爾茲比港也在其預定目標內。3月，日軍已出兵新幾內亞的萊城、薩拉馬瓦。4月17日，麥克阿瑟就任西南太平洋戰區總司令，隨後便立即推翻澳軍總參謀部原預想退守至布里斯班以南的計畫，主張主動出擊日軍南太平洋要地拉包爾，但被聯參會駁回。5月與6月，日軍於珊瑚海海戰和中途島海戰接連失敗，海軍實力受到重創，只得放棄自海路、改以自新幾內亞北部登陸後，從陸上進攻莫港。美軍聯參會則於7月2日發布的第一階段作戰目標：尼米茲將指揮攻佔聖克魯斯群島，為攻佔日軍所羅門群島中部基地的圖拉吉島；第二，麥克阿瑟於新幾內亞島進行平行攻勢肅清島上的日軍，為第三階段：進攻新不列顛島、奪取拉包爾作準備。
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對於日軍的動向，麥克阿瑟雖有察覺但未給予足夠的重視，雖然美軍情報部門早報告日軍將進攻莫港，但無論是麥克阿瑟本人還是其情報處長查爾斯·安德魯·威洛比都認為後者難以翻越其險惡的地形，日軍登陸莫納僅是修築機場，然而7月22日，日軍第8方面軍所屬的第17軍僅付出輕微代價便成功佔領了布納與戈納，接著試圖翻越歐文斯坦利山脈、穿過「科科達小徑」抵達莫港。由於麥克阿瑟的輕敵，未能即時以航空兵阻止日軍登陸，科科達小徑戰役初期澳軍只得以少量兵力阻擊日軍的攻勢，直到訓練有素的澳軍師抵達、補給改善後，日軍自9月18日開始後撤，欲退回布納與戈納。麥克阿瑟決定圍殲日軍以徹底解除對莫港的威脅，澳軍第7師一部沿著「科科達小徑」追擊，而美軍第32師與澳軍第7師自米爾恩灣向布納-戈納推進。
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8月25日至9月6日，澳軍成功挫敗日軍對米爾恩灣的進攻，是盟軍在太平洋戰爭中首次在大規模陸戰上挫敗日本陸軍的戰役。相較之下，美軍在對布納-戈納的決戰中表現拙劣，麥克阿瑟的情報部門對於日軍的動向再度做出錯誤判斷，認為後者不會堅守布納-戈納，因此不願搶在日軍之前進佔後者，但實際上日軍退至當地後憑藉其野戰工事和強大的火力據守，而盟軍因為天氣惡劣、補給不足、熱帶疾病等困擾而久攻不下。麥克阿瑟將此怪罪於澳大利亞人，他公開批評負責攻打戈納的澳軍第7師沒打過硬仗，更向馬歇爾指出澳軍不是日軍的對手，要求派遣美軍來清理戰場，使麥克阿瑟再度招致澳大利亞人的反感，而當第一支抵達該戰區的美軍部隊——第32步兵師投入戰鬥後，其缺乏叢林戰訓練和戰鬥經驗、在實戰表現拙劣，部隊經常受到日軍碉堡的襲擊、缺少裝備補給，還被友軍航空兵的轟炸，士氣低落，麥克阿瑟尤為尷尬。11月30日，麥克阿瑟授權第1軍軍長羅伯特·艾克爾伯格採取必要措施。12月9日，澳軍第7師攻佔戈納，而美軍第32師合圍了日軍在薩南達的據點。12月20日，日軍大本營宣佈取消巴布亞作戰，將新幾內亞防線退守西部至200多公里外的薩拉毛亞。美軍之後增派第41師投入布納作戰，於1月2日將其攻克。1月22日，盟軍完全肅清薩南達的日軍，控制了整個布納、戈納地區，美澳軍8000多人傷亡、超過美軍在瓜島損失的高昂代價獲得勝利，日軍則投入約1.7萬陸海軍兵力，約1.2萬人戰死。1943年春，日軍對瓜島和巴布亞的爭奪戰遭遇失敗後，喪失戰略主動權，被迫全面轉入戰略防禦，為保住巴布亞上僅存的萊城與薩拉毛亞兩據點，日軍集結從戈納、布納潰退的部隊加強當地的防務，並於3月1日自拉包爾向萊城派出運送補給和增援士兵的船隊，但同月3日至4日的俾斯麥海海戰被盟軍幾乎全殲，7300餘名陸海軍官兵約3,700人喪生、2700人被救回拉包爾、僅819人得以登岸萊城，而所有物資沉入海中，美軍的損失則僅有4架飛機。
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1943年1月，美英聯參會於卡薩布蘭卡會議上決定戰爭新一年的戰略，太平洋的戰略為確保新幾內亞和索羅門群島外，還要收復阿留申群島和進攻日軍在加羅林和馬紹爾群島的基地。至於盟軍的反攻有兩條路線：一是沿著西南太平洋，從新幾內亞通往菲律賓；另一條是通過中太平洋，從珍珠港西進的路線。以美國海軍作戰部長恩斯特·金恩和尼米茲為代表的美國海軍主張自中太平洋進攻，認為該戰區的一系列島嶼能將日本本土與東南亞、台灣和琉球群島連接，進而將日本與海外佔領地切斷原料與物資的補給線，而新幾內亞周圍的海域狹窄、難以運用快速航母特遣舰队。以麥克阿瑟為代表的陸軍則主張沿著西南太平洋路線，認為奪取日軍新近佔領的南方土地是取勝的最快捷徑，而中太平洋容易受到日軍佔領的一系列託管島嶼的攻擊。經聯參會協調，於3月29日宣佈美國陸海軍在太平洋任務為：一、於基里維納群島和伍德拉克島建立機場；二、奪取萊城、薩拉毛亞、芬什港、馬當和不列顛島西部；三、奪取索羅門群島，包括布干維爾島南部；四、準備最終奪取俾斯麥群島，陸海軍主張的兩條反攻路線則並行實施，但重點置於中太平洋方向，麥克阿瑟的南太平洋方向在反攻初期僅發動有限的攻勢。
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麥克阿瑟於1943年的主要目標是消滅新幾內亞上日軍的最後幾個據點以及攻佔拉包爾，其中後者尤為重要，在1943年3月巴布亞作戰一結束便派遣肯尼與薩瑟蘭前往華盛頓遊說，其麾下參謀於2月12日提出對應後者的「埃爾克頓一號」計畫（Elkton I）也在，基本構想為「南太平洋戰區」司令小威廉·海爾賽中將將從所羅門群島、麥克阿瑟從新幾內亞兩方向夾擊拉包爾。同年2月28日，計畫修改為「埃爾克頓二號」，以五階段實施行動：一、佔領休恩半島。二、佔領新喬治亞島。三、佔領新不列顛島與布干維爾島。四、佔領新愛爾蘭島的卡維恩。五、攻佔拉包爾。3月28日，聯參會通過該計畫。4月26日，麥克阿瑟與海爾賽制定了更為詳盡的「埃爾克頓三號」，代號「車輪行動」。為實施該作戰，「西南太平洋戰區」司令部進行了大規模的重整，布納戰役使麥克阿瑟對布萊梅爵士深感失望，且澳軍在戰役期間企圖干涉指揮也激怒麥克阿瑟，故後者向馬歇爾要求另組美軍軍團。1943年2月16日，瓦爾特·克魯格調入戰區，負責新建的第6軍團。26日，海爾賽的第3艦隊劃給了麥克阿瑟指揮。第7兩棲部隊（Seventh Amphibious Force）與第2特種工程隊也調至該戰區司令部，並與原有單位合併編為第7艦隊，由亞瑟·卡彭中將指揮，由於第7艦隊未編入航空母艦，因此海軍的行動都須仰賴第5航空隊（戰鬥機最大作戰半徑約560公里）。
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1943年6月，「車輪行動」開始，儘管並非完全按照預定計畫，但大致目標皆成功達成。首先第一階段，由「西南太平洋戰區」實施「編年史行動」攻佔幾乎沒有防禦的伍德拉克島和基里維納島，此戰也是麥克阿瑟戰區內的首次正式的兩棲登陸行動。隨後麥克阿瑟與日軍第18軍展開新幾內亞島的沿線交戰，即「車輪行動」第二階段：收復萊城、芬什港、馬當，以自左翼迂迴、建立機場來壓制拉包爾。9月18日，澳軍也收復了薩拉毛亞。1943年9月4日，盟軍發起「後門行動」收復萊城，10月也收復芬什港，隨後暫停沿著新幾內亞島進攻，轉而封鎖休恩半島而進入休整。麥克阿瑟攻勢期間盟軍戰略計畫也有所改變，美英聯參會於8月的「魁北克會議」中採納了金恩的意見，決定不攻佔拉包爾，轉而以封鎖令其陷入癱瘓，西南太平洋部隊則他處。麥克阿瑟對此表示強烈不滿，向聯參會表示此為「歷史上最嚴重的軍事失誤之一」，後來美軍以這種方式繞過日軍重兵固守的島嶼與據點、從而實施推進的行動被稱作「跳島戰術」，而日後麥克阿瑟又在回憶錄中自稱為該戰術的創造者，但事實上是在美英聯參會命令下才勉為其難的接受，初期還多次反對過「跳島」行動。12月15日，美國陸軍第1騎兵師渡過勇士號海峽登陸新不列顛島西南部的阿拉瓦，美國海軍陸戰隊第1師也在第7兩棲部隊支援下登陸該島西北部的格洛斯特海角。索羅門群島方面，海爾賽也於8月25日攻佔新喬治亞島、10月7日奪佔維拉拉維拉島、至1943年底控制了布干維爾島大部份地區。1944年初，紐西蘭第3師攻佔格林島、3月20日海爾賽部奪取拉包爾西北部的卡維恩，封鎖了其右翼。3月中旬，麥克阿瑟攻佔新不列顛群島，完成拉包爾的左翼封鎖，之後麥克阿瑟撤出美軍部隊，僅留下澳軍部隊來牽制拉包爾。至此，日軍的南太平洋重鎮拉包爾已陷入東西夾擊之下，13.5萬日軍陷入包圍、拉包爾向週邊日軍的海空增援與補給也遭到截斷、日軍以俾斯麥群島構築的海空防線被盟軍所突破。
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1944年1月2日，麥克阿瑟發起收復新幾內亞全島的行動。美軍第32師登陸賽多爾，與對休恩半島發起正面進攻的澳軍相配合，切斷澳軍當面的日軍退路，賽多爾也提供作為第5航空隊的前沿基地，奠定了往後作戰的空中保障基礎，而為阻止被封鎖於俾斯麥—索羅門群島的日軍第18軍轉赴增援新幾內亞方面，麥克阿瑟決定攻佔海軍部群島，既可用於支援新幾內亞方面海軍作戰，又能打擊加洛林和馬里亞納群島、支援中太平洋方面作戰。2月29日，美軍發動「釀酒人行動」登陸群島中最大的洛斯內格羅斯島，於3月底佔領海軍部群島全域，盟軍以此取得天然良港與多處機場，日軍則約有8萬官兵被困於俾斯麥-新不列顛-索羅門群島而進退不得。
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由於海軍部群島戰事的順利，使麥克阿瑟決定直接繞開日軍第18軍主力駐紮的馬當至韋瓦克地區，直接攻向800公里之外的荷蘭迪亞，該地為日軍在喪失南太平洋戰略主動權後作為第18軍主力的供應補給基地，麥克阿瑟寄望以此作為進攻呂宋島的第一步；相對的，由於距離超過第5航空隊作戰航程，日軍判斷荷蘭迪亞不會受到麥克阿瑟的攻擊，僅僅駐紮少量守軍。麥克阿瑟雖自從尼米茲處借調航空母艦取得海軍航空兵的空中支援，但因為後者僅同意其停留於新幾內亞水域4天，勢必要另闢一陸航基地，然而若貿然發起進攻將使日軍意識到美軍的意圖，從而強化荷蘭迪亞的防禦，麥克阿瑟因而決定雙管齊下，同時以兩個主力師登陸荷蘭迪亞，還實施「迫害行動」攻打該地以東240公里艾塔佩（亦在賽多爾第5航空隊作戰航程內），由此在尼米茲的航艦撤離前，麥克阿瑟便成功將陸航轉進到新佔的艾塔佩，為荷蘭迪亞方面的戰鬥提供不間斷的空中支援。3月30日，第5航空隊對韋瓦克和漢薩灣轟炸、澳軍同時發動西進攻勢，令日軍錯判美軍的目標，不僅第18軍就地堅守，甚至反將荷蘭迪亞的守軍東調增援之，同時麥克阿瑟還將登陸艦隊實施欺騙性的迂迴行動，於4月22日對荷蘭迪亞發起突襲登陸。4月24日，艾塔佩被美軍攻佔，並在26日尼米茲的航艦撤走時陸航飛機已能從當地增援荷蘭迪亞方面。4月27日，美軍東西兩側登陸的部隊會合，基本結束了荷蘭迪亞的戰鬥，美軍僅付出100人陣亡、1000人受傷的代價，而日軍陣亡5000人，另有5000人逃入內陸叢林。歷史學家愛德華·德雷亞將荷蘭迪亞之戰稱作麥克阿瑟在二戰中表現最好的一刻，並歸因於其大膽的決策和有效運用情報的能力。
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荷蘭迪亞的迅速勝利，加強了麥克阿瑟一舉收復新幾內亞全島的決心，於5月17日發動了對荷蘭迪亞以西200公里的瓦德克島的進攻，至5月底以消滅當地日軍部隊。其後，麥克阿瑟又將目標轉向比亞克島，於5月27日登陸該島。然而由於情報判斷失誤，麥克阿瑟原估計日方守軍應僅有3000人以下，但實際上將近1萬人，且日軍採用日後在沖繩和貝里琉島實施的戰術，允許盟軍在無抵抗的情況下登陸，後於內陸推進時發動猛烈反擊，使盟軍在一步步推進的過程中付出沉重代價。6月29日，美軍殲滅了日軍的主力，控制該島，但對日軍殘部進行掃蕩與肅清持續至8月。7月底，麥克阿瑟進攻日軍在新幾內亞的最後一處據點——鳥頭半島，未受到日軍的抵抗便佔領。至此，麥克阿瑟就此結束了曠日費時、作戰環境險惡的新幾內亞之戰，在一年多的時間裡，麥克阿瑟率部西進3000公里、北進1000公里，運用相當有限的兵力、以較小的代價完成收復全島的戰略目標。
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在麥克阿瑟沿著新幾內亞東岸突襲俾斯麥島、尼米茲的海軍部隊也在馬紹爾群島戰役中突破日軍「絕對國防圈」的同時，聯參會同樣也研究下一階段的進攻目標，於1944年3月命令麥克阿瑟與尼米茲分別提出對呂宋、台灣和中國沿海三角地帶的入侵計畫。3月12日，聯參會再向兩人發布指示，要求在1945年前致力完成四項目標：一、麥克阿瑟應孤立拉包爾；二、沿著新幾內亞北岸西進，於11月15日前攻佔民答那峨；三、尼米茲應繞過特魯克，於6月15日前攻佔馬里亞納群島、孤立加羅林群島、於帛琉建立基地，支援麥克阿瑟對民答那峨的進攻；四、尼米茲應於1945年2月15日攻佔台灣，而若需支援對台灣的進攻，麥克阿瑟應先在2月15日進攻呂宋島。同年7月，美軍攻克馬里亞納群島，得以從塞班島起飛B-29轟炸機對東京進行轟炸，太平洋兩大戰區的進攻路線也將在菲律賓會合，因此進入下一階段目標的選擇：進攻上述提及的三角地帶。然而其進攻順序與目標的選定，應以菲律賓南部島嶼、主島呂宋島以及台灣何者為先成了聯參會、戰區陸海區將領爭論的中心，大致可分成三種意見：一、以聯參會成員為主，繞過菲律賓群島；二、收復菲律賓中部與南部島嶼以建立空軍基地，再進攻台灣，此意見以尼米茲為代表；三、僅收復菲律賓群島，或收復菲島後再考慮進攻台灣，此以麥克阿瑟為首、戰區實際作戰的將領為主。
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為取得共識，羅斯福於7月下旬在珍珠港召開會議，出席的除了總統本人外，還有麥克阿瑟、尼米茲與總統的參謀長威廉·D·李海。會上尼米茲與麥克阿瑟輪流陳述方案，前者提出海軍的觀點（而非自己的），指盟軍應繞過菲律賓群島直取台灣與硫磺島、沖繩等島嶼，完成佔領後便可實施進攻日本本土的行動，而為奪取上述島嶼，「西南太平洋戰區」除保留兩個師與數個空軍中隊外，其他的美軍部隊應全歸屬至其指揮的「中太平洋戰區」（隸屬「太平洋戰區」司令部下），至於如何牽制或削弱菲律賓的30萬日軍則未提。麥克阿瑟當即對尼米茲的計畫提出反對，不僅戰略上菲島為日軍南方交通線之樞紐，盟軍若予以繞過直撲台灣、硫磺島和沖繩，其損失將會大大超過佔領這些前哨島嶼所帶來的利益，也無法打擊日本的抵抗意志。
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相比之下，盟軍收復菲律賓所需付出的代價小得多，在心理層面的也比台灣更能打擊日本。麥克阿瑟另外還從政治面切入，稱1700萬的菲律賓人仍忠於美國，進攻台灣則不會有強大的游擊隊支援，且「菲律賓人認為自己在1942年被人出賣」因此有必要率領大軍反攻，否則將損害美國的國家威望，若對菲島繞開不理，被封鎖於當地的日軍勢必將奪取島上人民的糧食，使平民大眾蒙受悲慘與飢餓。會上羅斯福還提及進攻呂宋島的傷亡問題，而麥克阿瑟激烈地否認，並保證不會比過去嚴重。當天會議並未做出結論，而之後麥克阿瑟又與羅斯福單獨進行約十分鐘的會談，據曼徹斯特所稱，麥克阿瑟以帶有威脅性的口吻警告羅斯福，若採取金恩繞開呂宋島的計畫「美國人在今年秋天必會對你表示出最大、十足的憤懣而投票反對你」，當晚羅斯福跟私人醫生說道：「我這輩子從來沒有人像麥克阿瑟那樣跟我講話的。」
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第二天會議結束後，羅斯福向麥克阿瑟表示：「好了道格拉斯，你贏了。不過為了這件事，我就得回去對付金恩了。」，並在之後的對話中多次表示將收復菲律賓。儘管之後聯參會仍保持台灣-呂宋島兩目標並行準備的方案，但後續調查又發現，駐於台灣的日軍較尼米茲等人估計的多，而由於航程過遠得不到陸軍航空隊的支援，這使得海軍需為攻台方案「堤道作戰」動用更多兵力與裝備，且預計將在歐戰結束後才能滿足。相反的，若進攻呂宋，現有兵力即可執行。另外自1944年春季起，日軍於中國發動「一號作戰」致使華東一帶機場與港口盡數被攻佔，進而降低了攻台的戰略意義，連同麥克阿瑟主張的政治因素，聯參會終於10月3日發布決議進攻呂宋、擱置進攻台灣一案（最終放棄）。
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在攻台案尚未完全擱置前，麥克阿瑟與尼米茲取得共識，即台灣位於當前陸航基地航程之外，故須先在菲律賓南部取得一空軍基地，才能以此支援無論是呂宋還是台灣的進攻行動。在麥克阿瑟正準備進攻聯參會規劃的菲律賓中南部島嶼時，因為第3艦隊司令海爾賽對雷伊泰島實施空襲，日軍卻僅有微弱的抵抗，使海爾賽向尼米茲提報該島防禦能力脆弱，建議跳過中部其他前沿島嶼、直接進攻雷伊泰島，此構想獲得尼米茲、麥克阿瑟與聯參會的認可。1944年10月20日，克魯格率第6軍團登陸雷伊泰島，而麥克阿瑟則從輕巡洋艦「納什維爾號」監督行動，當天下午，因為缺乏登陸艇，麥克阿瑟只得涉水登陸，在踏上菲律賓後隨即發表演說：
菲律賓人民！我回來了！托萬能之主的福，我們的軍隊又站在菲律賓的、灑著我們兩國人民鮮血的土地上了。我們為摧毀控制你們日常生活的殘餘敵人，為恢復不屈不撓的力量的基礎，你們民族的自由，回來了！
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雷伊泰島戰役並非美方原預期的順利，事實上日軍航空兵力並非被消滅而是向後退卻，而雷伊泰島在肯尼陸航的航程之外，麥克阿瑟只得仰賴海軍航艦的艦載機掩護，而在雷伊泰島登陸期間日本海軍也做出反擊，因為海爾賽對日軍實力錯誤的認知，下令第3艦隊北上追擊日軍作為誘餌的航艦部隊，使金凱德的登陸艦隊受到日軍戰艦艦隊襲擊的風險，一度形成重大危機，事後麥克阿瑟為海爾賽辯護，並將此事歸咎於指揮權為自己與尼米茲瓜分所致。
道格拉斯·麦克阿瑟 第二次世界大戰
雷伊泰島的地面戰鬥未如預期的順利，豪雨與泥漿地面使陸航飛機無法進駐起降，而日軍大批增援，使美軍滯難於行、戰鬥曠日費時，麥克阿瑟甚至一度想換下第6軍團，由8月新建的第8軍團（由艾克爾伯格指揮）取代之，至12月底，克魯格估計島上尚有5000名日軍，而麥克阿瑟即於12月26日發布公報宣佈「除了稍微的掃蕩外，本次戰役已經結束」，但實際上艾克爾伯格率第8軍團至1945年5月真正結束戰鬥期間又擊斃額外27,000名日軍。1944年12月18日，麥克阿瑟緊接在馬歇爾之後，晉升五星上將，之後艾森豪與阿諾德也同樣獲此晉升。該軍階根據美國國會法第78-482號於1944年12月14日設立為臨時軍階，而在戰爭結束後六個月將受階者恢復為永久軍階，至1946年6月23日該軍階才透過第79屆國會第333號議會法改為永久軍階，該軍階退役者還享有全額工資與津貼。
由於雷伊泰島的作用遠不如預期，麥克阿瑟進攻民都洛島，佔領後10天內便完成修築機場跑道，肯尼的陸航作戰半徑相當於向前推進了500公里，整個呂宋島都在盟軍作戰半徑內。1945年1月9日，在實施多起欺騙措施後，麥克阿瑟的部隊大舉登陸林加延灣，由於日軍戰略為在內陸與盟軍決戰，故美軍登陸過程未受到抵抗。13日，麥克阿瑟將司令部移至菲律賓岸上，由於他先前曾向聯參會保證兩個月內解放馬尼拉外，戰前尼米茲也要求原借給金凱德的艦隻要在2月上旬歸還、投入硫磺島戰事，否則行動只能向後推遲，麥克阿瑟不願承擔此一責任，只能要求部隊大膽穿插，向克拉克機場與馬尼拉突進。
2月4日，第6軍團第1騎兵師已攻抵馬尼拉市區邊緣，陸續解放關押在當地各處的戰俘，而日本海軍將領岩淵三次決定死守馬尼拉，與美軍進行慘烈的巷戰，以至於馬尼拉戰役時長三週，期間為了保護菲律賓民眾，麥克阿瑟禁止進行近距離空中打擊，但美軍仍動用155公釐榴彈砲轟擊街壘與建築物。2月26日，日軍防線崩潰，岩淵自殺，而在敗象漸露的同時日軍也對馬尼拉平民展開大規模屠殺，即「馬尼拉大屠殺」，估計整場馬尼拉戰役中有10萬名菲律賓平民死亡。3月3日，馬尼拉作戰結束。
馬尼拉戰役結束後麥克阿瑟將重心置於掃蕩退居呂宋島中部和北部山區的日軍殘部，日方司令山下奉文大將實施防禦戰，而克魯格推進緩慢，一直到日本宣佈投降時山下部隊仍舊繼續抵抗，使亟欲在戰爭結束前解放菲律賓全境的麥克阿瑟非常惱火。1945年9月2日，山下奉文率殘存的10萬軍隊向美軍投降。
硫磺島戰役後不久、準備進攻沖繩時，美軍內部由誰擔任進攻日本本土作戰——「沒落行動」的總司令而起了爭議。1945年4月3日，羅斯福命令太平洋各戰區進行重新編組，原西南與太平洋戰區廢除，麥克阿瑟被任命為「美國太平洋陸軍總司令」（AFPAC），指揮全部的地面部隊以及除了第二十航空隊外的陸軍航空隊，海軍則由尼米茲指揮。不過這種結構並未使麥克阿瑟滿意，羅斯福於4月12日去世後又再度要求重新分配。根據海軍部長詹姆斯·福萊斯特的說法，麥克阿瑟要求把持全太平洋的所有陸軍、航空部隊的指揮權，而把海軍打成僅作支援的小角色。尼米茲與第二十航空隊司令柯蒂斯·李梅皆強烈反對，麥克阿瑟因此懷疑海軍試圖在戰後壟斷所有海外行動的權力，而陸軍則將只用來保衛本土。最後因尼米茲的強硬態度，麥克阿瑟還是撤回了要求。
「沒落行動」由入侵九州南部的「奧林匹克行動」和進攻關東平原的「小王冠行動」組成，前者將由克魯格率領約766,700名官兵於1945年11月1日執行，後者則將由麥克阿瑟指揮親自指揮，預計將於1946年3月1日發起。在「沒落行動」準備期間，美軍持續評估預計傷亡人數，並以沖繩戰役受到重大傷亡為鑑，決定動用研發完成不久的原子彈。1945年8月6日與8月9日，美軍分別在日本廣島與長崎投下原子彈。8月8日，蘇聯對日宣戰。8月15日，日本宣佈投降。
對於蘇聯出兵、原子彈又或是其他因素最終促成日本選擇投降，一直以來都是歷史學家爭論不斷的議題，其中蘇聯參戰便是麥克阿瑟早在1944年就曾屢次提出的主張，還曾告訴屬下小保羅·拉馬爾·弗里德曼：「如果蘇聯不出兵攻打日本的關東軍，我不會考慮進攻日本的任何島嶼。」而在戰爭結束後數年，麥克阿瑟因為與國內右翼勢力走得很近，試圖掩蓋曾向蘇聯求助的過往，於1950年代初期的多次在採訪中公開表示若自己有權決定二戰末期的重大決策，他肯定不會讓蘇聯參戰。如此行為使後來的艾森豪共和黨政府難以忍受，警告麥克阿瑟注意言行，否則將公佈太平洋戰爭時的原始資料，使其難堪。
道格拉斯·麦克阿瑟 駐日盟軍總司令
儘管參議員湯姆·康納利於8月10日警告杜魯門勿「鑄下大錯」，委任麥克阿瑟為盟軍對日受降代表、使其日後有了在1948年參選的聲望，但杜魯門出於政治考慮仍決意任命，向中華民國、英國、蘇聯3國領袖徵求同意。在美、英、中、蘇4國政府同意下，杜魯門於8月14日任命麥克阿瑟為「盟軍最高統帥」，負責主持和安排日本受降，並實施隨後的日本佔領工作。麥克阿瑟要求日本政府派出軍方代表團前往馬尼拉商討受降事宜。8月19日，以參謀次長河邊虎四郎為首的代表團乘塗成白色、畫有綠十字的專機抵達馬尼拉，麥克阿瑟的參謀長薩瑟蘭前往迎接，後者宣讀了指定各戰區日軍應向各地盟軍代表投降的「一般命令第一號」，並告知將於9月2日舉行正式的投降儀式、第一批盟軍進駐日本之計畫等。8月28日，美軍第11空降師先遣隊佔領日本厚木機場。30日下午2點19分，麥克阿瑟與幕僚乘標記「巴丹號」的C-54運輸機專機抵達厚木機場。
道格拉斯·麦克阿瑟 駐日盟軍總司令
9月2日，根據美國陸海軍間妥協的結果，投降儀式於代表海軍主場的「密蘇里號」戰艦上舉行，麥克阿瑟乘「布坎南號」驅逐艦於早上8點43分抵達；8點55分，日本代表團抵達。9點，麥克阿瑟讓溫萊特與英國白思華中將站在身後，並親自宣讀致詞：
在這個莊嚴的時刻，我們將告別充滿血腥屠殺的舊世界，迎來十分美好的新世界。在這個新世界中我們將致力於維護人類的尊嚴，實現人類追求自由、寬容和正義的最美好願望。這是我的真誠希望，實際上也是全人類的希望。
隨後，由日方重光葵和梅津美治郎分別代表其政府和軍方簽完降書，麥克阿瑟接著代表同盟國上前，掏出五支筆簽名，分別用來寫下「道格」、「拉斯」、「麥克阿瑟」，最後兩支筆則寫下官銜，這五支筆分別被他贈給溫萊特、白思華、西點軍校、美國檔案館和妻子。
道格拉斯·麦克阿瑟 駐日盟軍總司令
麥克阿瑟選擇東京「第一生命館」大樓作為盟軍總司令部（下簡稱盟總）位址，杜魯門賦予他在美國歷史上前所未有的大權以實施對日佔領政策，9月6日參謀長聯席會議發布文件，規範麥克阿瑟擁有的最高權限：「天皇和日本政府統治國家的權力從屬於你之下。……由於你的權力至高無上，在權限上無須接受日方的任何異議。」且與被分裂成四個佔領區分而治之的德國不同，美國允許日本作為單一國家繼續存在，並早在8月10日國務院－戰爭部－海軍部協調委員會（或稱「三方協調委員會」）發布的SWNCC21/3號文件中表明美國將單獨佔領、控制日本。形式上，麥克阿瑟需顧及由多個戰勝國代表組成的「遠東委員會」與「盟國對日委員會」提出對日佔領政策的意見，但這兩個機構在麥克阿瑟有著華盛頓的支持下僅具顧問性質，實際上對日政策多由美國以「中間指令」的形式下達給麥克阿瑟，或是麥克阿瑟透過臨時命令來實施，而不受他人干預。
道格拉斯·麦克阿瑟 駐日盟軍總司令
麥克阿瑟與日本政府和天皇建立了一定程度的信任與合作關係，特別是對於天皇制的存廢問題早在1942年便為美國政府研究與討論，軍方多對天皇本人與其制度嫌惡，認為應將其列為戰犯，而前駐日大使約瑟夫·格魯則基於過去經驗認為只有天皇能使日本實現投降，並維持社會秩序。中情局遠東作戰副處長、中國問題專家歐文·拉鐵摩爾則認為天皇制乃日本軍國主義的根源，應與財閥一同解散、廢除。8月15日，昭和天皇裕仁宣佈接受投降詔書後，美國政府見日本軍隊在其敕令下有秩序的解除武裝，國內社會也基本穩定等重大作用，協調委員會於8月21日向麥克阿瑟發布《日本戰敗後初期美國對日本方針》，確立後者透過天皇實行間接統治日本的正式方針。
道格拉斯·麦克阿瑟 駐日盟軍總司令
根據麥克阿瑟本人的回憶，早在其抵達日本時就有參謀人員建言他「召見」天皇以示權威，但他認為此舉將使天皇成為一位「殉道者」，而天皇將會親自登門拜訪。1945年9月27日，昭和天皇前來美國大使館會見麥克阿瑟，會見房間僅麥克阿瑟、天皇和日方翻譯奧村勝藏三人，麥克阿瑟事後回憶天皇在一開始便說：「我對國民進行戰爭時在政治和軍事方面所作的一切決定和行動負完全責任。我就是以這樣的身份，為了聽任貴方所代表的各國對我的裁決而來拜訪。」之後麥克阿瑟又表示「天皇決心承擔並有被處死的危險的責任，使我深受感動。按照我所了解的種種事實，這一責任顯然不應由天皇承擔。這種充滿勇氣的態度，確實感人肺腑。在那一瞬間我深深感到，坐在我面前的天皇作為個人來說，也是日本最高尚的紳士。」不過雙方實際談話內容真偽不明，根據奧村的回憶錄，天皇並沒有主動提出承擔戰爭責任，反而是麥克阿瑟表現得有些逢迎，對天皇表達了關切與親善，兩人首次見面時麥克阿瑟稱天皇為「您」（You），而要求奧村翻譯時則略帶壓力地稱「告訴天皇」（Tell The Emperor），但兩人會面後開始將天皇改稱做「陛下」（Your Majesty）。此外，麥克阿瑟的回憶中還有描寫天皇從他手中接過香煙時「手抖得很厲害」此一描寫，但事實上天皇是不抽煙的。會後不久，盟總發布麥克阿瑟與天皇會面的照片，照上兩人並肩站立，但天皇身形矮小、僵硬，麥克阿瑟則身材高大、姿態隨意而輕鬆，使麥克阿瑟從照上看來有著比天皇還要高的權威。日本政府認為照片對天皇「大不敬」，下令禁止公開照片，但盟總立即向日本外務省抗議，命令刊登照片，並撤銷所有出版社的限制。這張照片對日本國民影響巨大，大多數日本人以此徹底了解國家的戰敗、美方的權威，以及麥克阿瑟將支持天皇的立場。
道格拉斯·麦克阿瑟 駐日盟軍總司令
麥克阿瑟對天皇的政策很大程度上受其軍事秘書和心理戰行動負責人邦纳·費勒斯影響，認為日本自1931年奉天事件（即「九一八事件」）後即被軍國主義的極端份子所挾持，天皇本人則是親西方的溫和派，但因無力出手制止軍部，所以對日本自1931年至1945年期間的戰爭罪行不具責任。美國歷史學家赫伯特·比克斯描述麥克阿瑟與昭和天皇兩人間的關係：「盟軍最高統帥將利用天皇，而天皇將以被人利用的方式提供合作。他們之間形成了一種既利己又相互保護的關係，一種政治上更有益於裕仁的關係。因為裕仁方面要失去得更多——所有權威的象徵、為使皇位正統化的全部道具。」麥克阿瑟為保護天皇，還曾於1946年3月6日派出費勒斯聯絡前日本海軍大將、同時也是日本政壇要人的米內光政，商議將戰爭責任轉嫁給東條英機，迫使後者主張：「在開戰前的御前會議上我已決定哪怕天皇反對，也要發動戰爭。」麥克阿瑟保全天皇的作法獲得巨大的成功，東條被處絞刑、天皇也未退位，麥克阿瑟此舉引起了相當的批評，比克斯認為這對日本人在戰敗的歷史認知產生深遠和持久的扭曲性影響。
道格拉斯·麦克阿瑟 駐日盟軍總司令
麥克阿瑟在日本二戰戰爭罪行的嫌疑人甄別與定罪起到相當的作用。截至1945年底，美軍對日佔領當局便對共5700名日本、台灣和朝鮮籍戰犯嫌疑人進行審判，其中約4300人被判處有罪、約1000人被處以死刑、數百人被判無期徒刑，涵蓋南京大屠殺、巴丹死亡行軍和馬尼拉大屠殺等事件。在諸多案件中以馬尼拉軍事審判中審理日軍將領山下奉文與本間雅晴兩案引起相當的爭議。1945年，菲律賓戰役期間岩淵三次實施對馬尼拉城內的大屠殺，而山下奉文身為菲律賓的日軍戰區司令官並未下達屠殺命令，甚至在事件發生時其率部遠在240公里之外的碧瑤指揮作戰、可能也對此渾然不知。岩淵在戰役後期自殺身亡，而山下在戰後被盟軍逮捕，對於其應負之責任有相當的爭議性，而麥克阿瑟屢次介入其中，催促主審法官盡快將山下定罪，最後得出有罪並處以絞刑的判決。然而山下的律師將本案呈交美國最高法院，使戰爭部長建議麥克阿瑟同意，但遭後者拒絕，戰爭部長隨後反而直接否決麥克阿瑟的權限，下令暫緩山下的死刑。經確認後，美國最高法院以6比2投票結果做出不參與本案的結論，但兩位反對的法官發表強烈抗議，其中一位是前菲律賓總督弗蘭克·墨菲，稱這場審判是「合法外衣下的私刑」，兩位法官還對本案寫了長達45頁的備忘錄，抨擊麥克阿瑟出於私憤操控審判、剝奪被告的基本權利。1946年2月23日，山下被處絞。本間則是涉及巴丹死亡行軍事件，是否知情屬下虐待戰俘同樣倍受爭議，最終判處死刑，但在本間夫人向麥克阿瑟求情後，後者將其自侮辱性質的絞刑換作槍決。