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2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 医院疫情应对相关争议
2月11日，湖北衛健委在官方微信發文，指疫情嚴峻，工作繁雜，一線醫護人員物資仍有較大缺口，刊出武漢20多間醫院接受捐贈公告，列出需求情況，請求社會各界捐贈支援。
2月13日，香港有線新聞《有線中國組》電話訪問到武漢雷神山醫院院長王行環，得知政府保障關鍵物資有供應，惟其他物資仍然要靠捐贈，另外訪問的兒童醫院及第一醫院都說缺物資，金銀潭醫院職員表示急救設備也缺。而武漢同濟醫院職員則稱武漢封城3個星期，儘管政府調動物資支援，問題依然未解決，被問及武漢曾說繞過紅十字會捐贈有機會違法，職員就說沒辦法，違規也要做，「不能讓醫護人員裸著上吧」。
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1月24日，有一位ID为魔女小希的网友在微博发布了一段带有解说的视频，视频中似乎展示了医院发烧病房的走廊挤满了病人，需要医护人员的照顾。录像还出现了穿着防护服的医护人员，以及小希称无人处理的尸体留在走廊的临时病床上无人处理。共青团中央官方微博1月25日发布的消息指，“经核实，相关视频为配音再制作，情况不属实”。不过在《南华早报》1月25日对当事人的采访中该网友仍称相关医院存在尸体无人处理的情况，“我把一包纸巾交给护士。她在哭泣，试图让一些人来搬走尸体，但没人回应”。1月30日及2月8日，《新京報》及財新網等多个媒体報道中提及病床上或屍袋中的患者遺體有時會需要十多個小時乃至1天才能被運走。
2月9日晚，《環球時報》記者跟隨武漢的重症病人轉運，發現過程混亂，有乘客沒有座位，運載巴士亦不符合防護標準，司機除了戴口罩外没有任何防护，且收到的指令前後不一，而工作人員未跟車協助及安撫，令患者情緒失控，患者在醫院附近下車後亦無人對接；工作人員對記者的解釋則是司機不聽指揮，病人無法及時入住是醫院手續繁雜。新華社報道，翌日，中央赴湖北指導組約談武昌區區長余松，指事件中未跟車的黨員幹部「行為十分惡劣」，要求區道歉及問責，隨後又約談副市長陳邂馨及洪山區區長林文書，指民眾反映的問題線索眾多，要求落實及整改。2月11日，武昌区政府领导来到武汉同济医院中法新城院区重症监护病房，向2月9日晚未能及时妥善安置的重症病人代表当面道歉。相关街道负责人也逐一对受影响患者电话道歉，对受影响患者家庭逐一道歉。
2月17日，《新华网》报道，在武汉、随州等地多家医院或被征用为发热病人收治医院，或为防止交叉感染而暂时关闭肿瘤科、血液科、血液透析中心等科室，一些急需化疗的癌症患者、急需输血的白血病患者、急需接受透析的尿毒症患者等非嚴重特殊傳染性肺炎危重病人，陷入了求医无门的困境。
2月19日，《每日经济新闻》报道，武汉的医疗资源因嚴重特殊傳染性肺炎过度承压，急危病人的正常诊疗被打乱。需要化疗的癌症患者，需要透析的尿毒症患者，急需手术的突发心梗病人……无法保障即时治疗。自2月2日以来，各个医院急诊大厅中一度塞满了疑似嚴重特殊傳染性肺炎患者，其他患者收治面临两难。交叉感染难以避免，“先抢救过来，再去治嚴重特殊傳染性肺炎”也成为不得已的现实选择。同时医疗资源挤压，医生几乎都去了一线，没有医生，急需手术的突发疾病患者很可能会耽误治疗，化疗和透析患者的需求也被压缩。
2月29日，《津雲》报道，武汉封城後，武汉市的艾滋病人因封闭管理无法到达金银潭医院等指定医疗机构领取药物。有志愿者代替领取但被警察拦住，执勤人员拒绝查看志愿者出示的疾控、医院提供的证明，“可能会被扣12分，并在车辆年检时进行处罚”。有艾滋病患者无奈之下向湖北省政务网和武汉市长热线打实名投诉电话。
1月2日，武汉市中心医院部分医生接到医院监察科警告，被批评“作为专业人士没有原则，造谣生事，……导致社会恐慌，影响了武汉市发展、稳定的局面”，要求医务人员间不许公开，不得通过文字、图片等方式谈论病情。3月该院一位在医学影像科室工作的医生对南方周末记者说，被叫去谈话的，远不止李文亮和艾主任。“我们医院很多人被院方叫去谈话，说不能发什么”。同时，院领导通知每个科主任，逐个电话告知每个同事，一律不得外泄病毒的任何消息。
1月3日晚，武汉市中心医院紧急召集各科室主任开会。会上强调要严明纪律，“讲政治、讲纪律、讲科学”，不造谣、不传谣，各单位看好自己的人，严明保密纪律，要求医务人员不得在公共场合透露涉密信息，也不得通过文字、图片等可能留存证据的方式谈论相关病情。同时医院领导在开会的时候批评了几个戴口罩的科室主任。“医院的一位部门主任劝我们说，不要跟领导对着干，不要戴口罩，不要乱说话，否则你们会像李文亮一样被开除”，武汉市中心医院医生赵辰称。许多在一线直观感受到事态严重性的医生，还是多次请求院领导在院区内开展预防工作并在医院内部示警，但院方始终没有采取任何措施。
1月中旬，武汉市中心医院领导不允许一线医护在接诊的时候穿防护服，戴防护面屏。“当科室主任因为戴着口罩开会而被医院领导训斥之后，我们急诊科的一些医生只能偷偷进行自我保护了”。
1月23日，武汉市中心医院全院物资告急，职工以个人名义去求援，受到了院方的阻拦，不许私人募捐。后来形势逼人，可以募捐，但物资分发混乱，出现各种乱象，比如拉来的东西收不进去、交接的人消失，甚至拉来的物资也不要。
1月24日，武汉市中心医院医生表示除夕夜查房，连鞋套都没有，是用垃圾袋套脚。口罩最紧缺的时候，里面戴个工业N95，外面再套个外科口罩。至于行政职工，不属于一线，领过一盒口罩后就什么都没有了，上班的口罩也是自己找人买的。
2月初，武汉市中心医院，一面是院方无法为一线医护提供充足的防护物资，一面院方又拒收一线医生自己去公开募集而来的防护物资，许多捐赠的防护物资，刚到医院就被院方给拒收了。“临床一线医生别说防护服，连普通外科口罩都没有了，那个时候我们的一位同事拉来了一批德国商会捐赠的防护物资，院领导以这批物资不符合红十字会要求为由拒收，沟通无果后，这批物资经华科校友会的协调，绝大部分被转送给了武汉市四医院和武汉市协和医院，他们欢天喜地的接收了，我们的心却在滴血”。
2月10日，武汉市中心医院一位医生在微信群里说，联系了一千斤大米，“医院竟然不要”。
2月中旬，武汉市中心医院有一个负责对接捐赠事宜的医生群，上述微信群中讨论的话题是如何把雨衣改造为防护服，“据说防水泼溅没有问题，就是看材料的透气性”，还有医生设计了一套“雨衣消毒方案”。“那阵子真是弹尽粮绝了，穿什么的都有。”有医生把家里的垃圾袋拿去医院当雨衣，用它裹住手脚和脖子。这个问题，直到外地复工、外地医疗队进入医院，才解决。
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對於有指中華人民共和國政府隱瞞疫情，曾去武漢考察的中國國家衞健委高級別專家組成員袁國勇認為中華人民共和國政府未隱瞞任何疫情。
1月21日，德國明镜周刊訪問柏林夏里特醫院病毒研究所所長德羅斯登，他称根據基因序列來看這是一種新型病毒，不然光從序列就看得出來，可知中國沒有隱瞞疫情。
2月5日，《金融時報》中文網報道世界衛生組織冠狀病毒疫情突發事件委員會成員、澳洲科廷大學名譽教授约翰·麦肯齐（John Mackenzie）批評湖北及武漢兩會期間，通報的新增病例數量一度未增加是不合邏輯，認為中國有隱瞞及應該受到譴責。香港電台則指世衛總幹事譚德塞被問及此番言論，回應若中國有隱瞞疫情，確診病例相信會較現時更多，同時認為現時檢討疫情初期有否犯錯是於事無補，世衛可在事件過後再調查檢討。
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4月30日，世界衛生組織駐華代表高力接受天空新聞訪問，表示世界衛生組織多次向中華人民共和國國家衛生健康委員會等機構提出，請求加入中國正進行的病毒源頭調查工作，但均被拒絕且未提供合理理由，而根據世界衛生組織掌握的資料，病毒是源自中國武漢，相信為自然產生，非人造。他並質疑中國官方1月2日至1月16日期間，共41人確診的統計數字，指這類流行病的確診個案不太可能停留在這一數字，認為針對這段時間的調查是非常重要。
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6月2日，美聯社引用數十場訪問及取得的內部文件與錄音檔案，報道世界衛生組織內部官員對中國拖延公開疫情及提供的資訊不足感到不滿及受挫，他們選擇公開讚揚中國，是想滿足中國，以獲得更多資訊。報道取得的資料顯示，中國有3個不同的政府實驗室完全破解基因序列，卻在1個多星期後方選擇對外公開。錄音顯示，1月6日，世衛內部會議上有官員抱怨中國未提供足夠資料，難以評估病毒有效人傳人的程度，亦不能評估對全世界風險幾高，白白浪費時間。在另一場會議上，世衛駐華代表高力指中國政府直至中國中央電視台公布前15分鐘，才告知世衛相關資訊。世衛的衛生緊急項目技術主管克爾克霍夫則表示，他們獲得的資訊太少，無法做出適當規劃。
6月30日，世界衛生組織英文版官網更新內容，證實2019年12月31日世衛組織是根據武汉市卫生健康委员会的网站才得知武漢出現肺炎病例，而非中華人民共和國政府主動通報。中文版之后才更新相关描述。
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2020年1月26日，法国国际广播电台称，中国官方通报的新冠肺炎确诊数字一直低于专家评估是因为新冠肺炎病例需要通过三个阶段才算确诊。除了需要当地医院诊断为阳性以外，还需要通过专家组做出基于临床诊断的结论，最后将样本送到位于北京的中国疾病预防控制中心，检测为阳性后，才算为确诊。RFI认为，虽然过程看起来相当严谨，但是这其实是将诊断权交在国家卫生部门手上。如果没有中国疾控中心的确诊，病患只会被当做是疑似病患看待，一切医疗费用都得自行承担。其结果就是低估了确诊人数，以及有大量患者没有被及时隔离和治疗。武汉大学中南医院重症医学科主任彭志勇则向财新网表示，早期中国国家卫健委的诊断标准是“要有华南海鲜市场的接触史，要有发烧症状，全基因组测序，这三条标准都达到才能确诊。尤其是第三点，非常苛刻，实际上极少有人能去做全基因组测序”；1月18日中国国家卫健委调整了诊断标准，“确诊病人的数量就急剧增加了”。据中国青年报下属微信公众号冰点周刊报导，武汉的医生表示2020年元旦后，院领导曾拿着一本白色的手册向他们口头传达不明原因肺炎的上报标准。该手册由武汉市卫健委发布，但国家卫健委的专家表示早先并不知道该手册的存在。武汉市卫健委又发布过一本绿色的《不明原因的病毒性肺炎医疗救治工作手册》，由国家卫健委专家组和湖北当地专家大约在1月3日前后共同制定，但受访的武汉医生均表示未曾见过。白色手册相比于绿色手册多了一条《不明原因的病毒性肺炎入排标准》，受访医生均认为标准过于严苛。
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1月28日国家卫健委发布的第三版新冠肺炎防控方案首次提出无症状感染者的概念，与确诊病例分开报告。2月5日至7日的几天内无症状感染者被算入确诊，但此后又分开报告。早期无症状感染者数据均不公开，直至2020年4月1日才被列入每日通报。
3月3日，《香港01》评论称，无症状感染不等于确诊，有「搬龍門」之嫌。 3月22日，《南华早报》报道，至2月底中国有约43000名无病症确诊者被隔离，但这些确诊人数并未计入官方的确诊数字。
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自2022年12月7日中国卫生健康委员会推出「新十条」防疫措施后，官方通报的死亡病例数据和火葬场的实际情况严重不符，引发舆论质疑。北京大学第一医院感染疾病科主任王贵强在中国国务院记者会上表示，中国官方仅会将冠病阳性并死于呼吸衰竭的患者记作冠病死亡病例，死于其他基础疾病的感染者并不计入。美国约翰霍普金斯大学病理学助理教授马泽尔认为这样会遗漏很多病例。而亚太临床微生物学与传染病学学会会长Paul Tambyah表示，中国采取的标准和新加坡类似，这些国家对世界卫生组织的「冠病致死」定义采取了较为保守的诠释。相對於中國官方整個12月公佈的新冠死亡人數只有10人，英國醫療數據公司Airfinity則估計每日的死亡人數達9,000人 。
1月29日，由中國疾病預防控制中心、湖北省疾控中心等多单位共同完成的論文，发表于SCI医学期刊《新英格兰医学杂志》上，一時之間把該單位推到了风口浪尖。作者包括中国疾控中心副主任冯子健和湖北省疾控中心主任杨波以及国家卫健委高级别专家组成员、中国疾控中心主任高福等人。被廣泛質疑的原因在于这篇论文提到自2019年12月中旬以来，密切接触者之间已经发生了人际传播。
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這篇题为《新型冠状病毒感染的肺炎在中国武汉的初期传播动力学》的論文稱，2020年1月1日前发病的病例中，55%与武漢华南海鲜市场相关，而在此后发病的病例中，仅8.6%与武漢华南海鲜市场相关。且根据论文中的一张图表，大多数最早的病例均报告了华南海鲜批发市场暴露史，但从12月底开始，与华南海鲜市场不相关的病例便呈指数增长。研究得出的结论是：有证据表明，自2019年12月中旬以来，密切接触者之间已发生人际传播。上述研究还显示，2020年1月1日之前，并无医护人员受感染发病；1月1日-1月11日之间有7位医务人员感染发病；1月11日-1月22日又有8位医务人员感染发病。医务人员在确诊病例中所占的比例，在上述三个时间段内逐步增加。論文還提到，到1月22日前，武汉已有425例实验室确诊病例。
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这与武汉市卫健委当初的通告不符。武汉市卫健委的通报曾在2019年12月31日、2020年1月5日和1月11日三次称“调查未发现明显人传人现象”。直到1月16日，武汉卫健委通报才稍改措辞称，现有的调查结果表明，“尚未发现明确的人传人证据，不能排除有限人传人的可能，但持续人传人的风险较低”。1月20日，武汉卫健委通报里未再提及“不排除有限人传人”、“持续人传人风险较低”。武汉市卫健委对外披露情况时，曾在2020年1月5日和1月11日两次称“未发现医务人员感染”。到1月22日前，武汉已有425例实验室确诊病例，远超武汉卫生与健康委员会（武汉卫健委）公布的病例数。
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中國科技部发通知强调，「在疫情防控任务完成之前不应将精力放在论文发表上」。浙江大学教授王立铭在新浪微博质疑，疾控中心在推斷12月中旬可能人傳人，1月初確認已出现人传人的情況下，为何直至1月20日晚上才由钟南山透露病毒可以人傳人。不過這言論在各方也尚存討論空間，因為即使匯報數據有爭議，疾控本身並無權為決策負責，故中心不具備隱瞞動機，且科學下筆較為謹慎，是根據地方上報彙整的數據評論，中心人員其實並不把握實際疫情，放上境外期刊也可能只是為了方便披露疫情。
同日，科學技術部在官網上證實已下發通知，要求將研究投入攻關任務中，把論文寫在抗擊疫情的第一線。翌日，財新網報道科技部已發出通知，要求各科技攻關單位將論文「寫在祖國大地上」，疫情防控任務完成前不應將精力放在論文發表。
對此，在1月31日中国疾控中心則是发布《中国疾病预防控制中心关于在新英格兰医学杂志发表文章的说明》解釋，澄清论文是根据此前已公佈的病例所做的回顾性分析，也由來自多個不同單位的專家分別擔任作者撰寫，並表示「所有病例在论文撰写前已向社会公布」等。此外，论文中提及的15名医务人员感染病例，最後是分别由国家卫健委高级别专家组组长钟南山于1月20日晚、武汉市卫健委于1月21日凌晨公布。不过，按說明的說法，论文若是根据截至2020年1月23日上报的425例确诊病例（包括15名医务人员）才開始計算數據，並火速撰寫文章內容而且通過審稿，修訂時間相對短，仍引發部分網民质疑。即到了1月29日成功發表外网之後，此人傳人相關研究的結論才回報給國人了解，也被懷疑作者意圖。这篇說明也并未回应，中国疾控中心是在什么时候得出“2019年12月份即在密切接触者中发生了人际传播”这一判断的時間點。
1月3日，国家卫生健康委员会办公厅发布《关于在重大突发传染病防控工作中加强生物样本资源及相关科研活动管理工作的通知》（国卫办科教函〔2020〕3号），表示“针对近期不明原因肺炎病例样本，依据目前掌握的病原学特点、传播性、致病性、临床资料等信息，在进一步明确病原信息之前，暂按照高致病性病原微生物（第二类）进行管理，相关样本的运输应当按照原卫生部《可感染人类的高致病性病原微生物菌（毒）种或样本运输管理规定》要求进行；病原相关实验活动应当在具备相应防护级别的生物安全实验室开展”，“已从有关医疗卫生机构取得相关病例生物样本的机构和个人，应立即将样本就地销毁或送交国家指定的保藏机构保管，并妥善保存有关实验活动记录及实验结果信息；疫情防控工作期间，各类机构承担病原学检测任务所产生的信息属于特殊公共资源，任何机构和个人不得擅自对外发布有关病原检测或实验活动结果等信息”。财新网报道称，该通知使未经授权的商业科研机构无法进行相应检测。财新网并引述一位专家话说，“甚至中科院武汉病毒所都一度被要求停止病原检测，销毁已有样本”。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 检测公司相关争议
2022年1月12日，中国第三方医学检验行业的龙头企业金域医学旗下的郑州金域临床检验中心公司的区域负责人因引起传播病毒行为，被河南许昌警方立案调查并采取强制措施。
2022年，北京查处了部分未按规定进行核酸检测的核酸实验室。朝安医检所“时间精准、拿证快速”引发质疑。
6月7日，国家药监局官网发布《关于进一步加强新冠病毒检测试剂质量安全监管工作的通知》，要求各级药品监管部门对新冠病毒检测试剂，持续加强产品研制环节质量监管，严格落实企业和使用单位主体责任，严格落实地方政府属地监管责任。新冠病毒检测试剂注册人要切实加强产品全生命周期质量管理，对研制、生产、经营、使用全过程中产品的安全性、有效性依法承担责任。
截至2022年7月中旬，全国有40家机构资质被暂停，近350家被责令整改，并有多个第三方核酸检测机构被立案调查，相关人员被追究刑事责任。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 社区大型文化活动相关争议
根据《楚天都市报》的报道，武汉市江岸区百步亭社区居民委员会于1月18日举行“百步亭万家宴”万人团圆饭活动、百步亭社区在疫情期间举行大型文化活动引起争议。1月21日，中共武汉市委副书记兼市长周先旺在接受记者采访时，就1月19日百步亭社区办万家宴一事回答道：“百步亭是中国群众自治非常好的一个样本，他们每年春节前都有万家宴的习惯。今年之所以继续举办这个活动，是基于之前我们对这一次疫情传播是对人与人之间有限性传播的这个判断，所以对这件事预警不够。后来确认人与人的传播已经出现了，就迅速采取各种措施，要求各种活动‘非必须不举办’。这一次百步亭聚集活动，虽然目前还没有交叉感染的情况，但确实给我们敲响了警钟。对这件事预警不够。”
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 社区大型文化活动相关争议
2月5日，《新京報》報道曾舉行「萬家宴」的百步亭社區有居民發熱，社區已公布一批發熱門棟，同時引述一位匿名免疫學專家指潛伏期已過，推測應該與萬家宴無關。稍後，《經濟觀察報》了解到社區的一個單元網格已有至少10人確診，CT顯示高度懷疑的有30多人，輕症在家的有數十人，某屋苑55棟樓共有33棟出現發燒病人。
2月12日，澎湃新聞報道，1月15日曾有百步亭社區的工作人員看到官方通報開始提及「不排除有限人傳人」，擔心肺炎可能會如2019年12月在武漢一度流行的甲型流感一樣傳染，向居民委員會領導層申請取消萬家宴，未獲批准。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 慈善组织物资發放争议
1月30日一篇題為「山東壽光援助武漢350噸蔬菜，武漢市紅十字通過超市低價售賣」的文章在微信和微博上流傳。據澎湃新闻报道此事，查到此次山东寿光市捐赠的蔬菜将由武汉市商务局组织武商、中百、中商三大商超集团按照低于市场价进行销售，扣除力资、运杂等费用后，所获款项全部上缴红十字会用於疫情。縣民捐助的菜卻用銷售的形式送出，銷售方與所得交由紅十字會處理的爭議瞬間引爆討論。
武漢市紅十字會則在官方微博發聲明澄清，稱從未接收任何單位、任何個人捐贈的「壽光蔬菜」，更沒有參與該批蔬菜的分配、售賣。BBC中文記者事後查閲發現，武漢市政府為實際低價出售捐贈蔬菜的主體，販賣的行為主要是考慮1100萬人的大城市為了有效分配易腐敗物資而做的決定。武漢政府最初決定將所得款項捐給紅十字會，但武漢紅十字會主要接受物資捐贈，所以最終決定捐贈給慈善總會。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 慈善组织物资發放争议
此售賣事件的當事人之一，慈善總會則在2月1日回應財務狀況。他們表示已在網上公開了所有善款的查询功能，並承諾后续捐款使用情况将持续发布，确保每一笔捐款及使用公开、透明，歡迎各界從嚴監督，外界建議地方分支機構的慈善工作需要更加體系化、清晰化、並利用雲工具更新，並保證不被篡改，來贏得捐獻者的信任。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 科學研究相關争议
2020年2月4日，中國科學院武漢病毒研究所在官網發文，提及「對在我國尚未上市，且具有知識產權壁壘的藥物瑞得西韋，我們依據國際慣例，從保護國家利益的角度出發，在1月21日申報了中國發明專利（抗2019新型冠狀病毒的用途）」。《明報》報道，瑞德西韋是美國吉利德科學研發中的未上市藥物，引發網民質疑中國是否惡意搶註專利，《中國科學報》引述知情人士稱不申報則難以保證供應及價格，且申請的不是產品專利，只是運用上的用途專利，認為是無可厚非，全球健康藥物研發中心主任、清華大學藥學院院長丁勝則對《新京報》表示申請成功可能性不大，又認為中美臨床合作背景下提出其他訴求是不合時宜。對此，吉利德則回應「公司的核心关注在于病人，不希望卷入专利纠纷」。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 科學研究相關争议
2020年4月13日，now新聞台報道，上海復旦大學及中國地質大學（武漢）4月初曾在官網發出通知，指因應中國國務院應對新型冠狀病毒肺炎疫情聯防聯控機制的科研攻關組輿論專班3月尾會議要求，論文若涉及疫症病原體嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的源頭問題，需要由學校學術委員會審核後上報，經當局審核，「從嚴從緊管理，重點審核論文的真實性以及是否適合發表」後，才能發表。中華人民共和國教育部科技司職員承認有此指令，但指這是內部文件，否認公眾應該知道。有匿名科研人員擔心做法是不容許透過研究追查病毒源頭，避免外界將源頭指向中國，並擔憂若研究成果不同於官方論述，有機會遭打壓或阻礙重要研究。2月在《新英格蘭醫學雜誌》與中國大陸專家共同發表研究成果的香港中文大學許樹昌指中國大陸當時未有額外審查，而《中國流行病學雜誌》編輯則透露一向有類似操作，所有有關這病毒的論文均涉及重大議題，發稿前必須「過足三關」。另有研究人员担忧，审查可能推迟重大研究成果的发布。
2021年11月12日中华人民共和国四川省政府发布新闻稿称，根据该省对2.2万例社区居民中药预防对照研究显示，中药对整体人群的保护率为91.8%，对16-60岁人群保护率则达到95%，保护能力均优于国药集团北京生物制品研究所所研发的眾愛可維2019冠狀病毒病疫苗。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 外交部言論相关争议
嚴重特殊傳染性肺炎疫情後，中國大陸官方和民間都有將該疫情與美國的流感相比較，例如外交部發言人華春瑩批評美國流感造成逾萬人死亡，比嚴重特殊傳染性肺炎高，她引用美國疾控中心的報告指出，2019至2020年流感季美國總共有1,900萬人感染，至少1萬人死亡，而中國嚴重特殊傳染性肺炎疫情死亡人數雖多，但中國的人口是美國的近五倍，以此凸顯美國公共衛生防控失策、民眾的生命健康得不到有效保障。又以此批評美方沒權利對中國的事指手畫腳。2月下旬，一篇流傳甚廣的文章在中國大陸各大社交平台轉發，文章表示，據美國疾病管制中心最新統計，截至1月25日，估計在當季流感季美國至少有1,900萬人染病，18萬人住院，1萬人死亡，其確診人數及死亡數遠高於嚴重特殊傳染性肺炎的感染及死亡人數。該文又質疑為何外界的注意力卻大多放在嚴重特殊傳染性肺炎上。而據2019年復旦大學和北京疾病預防控制中心等機構聯合調查，中國每年死於流感的人數在2010至2015年間平均達8.81萬人，相關數據和相關論文都發表在國際權威醫學刊物《柳葉刀》上。在死亡率方面，據中國國家統計局官網上數據，中國每年在1,000萬人中有629人死於流感，而美國近年來的流感是每1,000萬人約305人死亡。在全球約75億人口中，中國大陸佔14億人，美國3.3億人，在正常年份，全球流感死亡率為萬分之0.63，中國為萬分之0.63，美國為萬分之0.3，即是中國每年流感死亡率和全球死亡率相同，而美國的流感死亡率是全球和中國的一半以下。此外，中美兩國統計流感死亡的方式不同，美國統計方式的理由與世界衛生組織相同，比如患有肺炎、心臟病的病人因患上流感導致病情惡化而死亡，美國會將之歸為死因系「流感」，而中國大陸則將其死因歸為肺炎、心臟病。
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2020年1月14日，香港專家組前去武漢考察，香港媒體追訪期間，now新聞台、香港電台、商業電台、無綫電視等多家香港傳媒機構的記者，於早上前往武漢市金銀潭醫院採訪肺炎疫情時被公安帶走扣查，被要求刪除在醫院內拍攝的新聞片段。記者被要求交出電話和攝影器材檢查，公安又記錄記者證。扣查約一個多小時後獲放行。
1月22日，國務院新聞辦公室、國家衛生健康委員會联合召開記者會交代事件。有香港記者戴上口罩去發布廳，被國務院新聞辦公室職員以拍攝為由要求除下口罩，又要求戴口罩的離開，只可以去其他房間看直播，此举被批评与衞健委此前呼籲民眾戴口罩的建议不符；《星島日報》報道職員當時稱房間有新風系統，又指記者會現場有人咳嗽。1月26日，國務院新聞辦公室再舉行記者會，職員沒有再要求記者取下口罩，大部分記者及職員都戴上口罩，且所有人入大樓前均須測量體溫。
1月27日，《人民日報》及《環球時報》發文介紹火神山醫院首建築落成時使用的建築照片，被BuzzFeed批評是網絡上一間公寓的資料圖片，指配圖屬錯誤資訊，BuzzFeed更將報道歸入網站的假新聞標籤。《環球時報》的相關報道網頁之後被刪除。
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1月29日，香港有線新聞《有線中國組》報道指，《北京青年報》等一些傳媒關於肺炎疫情的調查报道遭刪除。節目亦訪問到2間傳媒機構記者，他們指感覺報道的「紅線」在收緊，其中一位說負面稿件，如一些病人治療不當或是指出交叉感染風險的稿件難以獲批，上級要求以正面宣傳為主；而另一位後方支援記者就指有些「敏感」稿件明知會被刪，還是會先試著發出，期待社交網絡可以廣傳相關報道的截圖，雖然知道新聞審查，但還是會有喪氣感。
2月7日，英國廣播公司（BBC）報道李文亮之死時，提及中國一名新聞編輯向BBC中文網透露，任職傳媒「不意外」地收到命令，要求不得評論或「炒作」李文亮死訊，這名編輯還說收到指令時就確信李文亮已死。翌日的報道又提及，深入一線的中國傳媒《三聯生活周刊》微博賬號被禁言7日，引述知情人士指周刊已接到上面命令，要求「轉換下方向」。
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2月10日，环球网记者白云怡在新浪微博上称，武汉市中心医院难以收到医疗物资捐赠：“一大原因是，民间现在很多捐赠者和企业因为对李文亮医生的事情感到愤怒，点名说‘不捐给武汉中心医院’……但现在这些一线的医生，却恰恰成为了愤怒的社会舆论的二次伤害对象。社会上的一些言论和行动，可能都是出于单纯的爱憎，或毫无心机的‘正义’，他们也可以理解……但一些言行现在已为李文亮的同事、一线的医护人员们造成了身体与精神的二次伤害。”该微博引发关注讨论。同时，环球网发表其署名，题为“因李文亮医生之死遭迁怒 武汉中心医院受捐防护物资告急！”的报道。一些新浪微博用户质疑白云怡的报道是“挑拨医院和捐赠者之间的矛盾”，也有质疑认为该报道没有提及应为物资提供主导的政府调拨。
另有微博用户要求白云怡提供“医院证词、物资对比、或将矛头指向武汉市中心医院的企业现身说法”的证据，并向微博官方和环球时报主编胡锡进的微博帐号投诉其涉嫌造谣。在微博评论中，有人指出白云怡在此前的香港抗议事件中的报道中已存在污点。
目前，白云怡原微博，凤凰网报道及新浪网、新浪微博转载都已被删除，仅东方新闻网转载存在。
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2月11日，《新京報》查證事件，受訪的多名醫護人員均表示他們確實缺物資，但就認為與李文亮事件無關，是物資供不應求及不少民間捐贈不合標準的緣故。
同日，《環球時報》報道廣州援鄂醫療隊負責人張挪富晤傳媒時，請求媒體不要再渲染醫護人員受感染問題，指這個階段已過，現時嚴格防護，無需放大問題，否則會對援助的醫護造成身心負面影響。《北京日報》記者在報章刊文支持刪除「渲染悲情」的自媒體文章，指這類文章會對隔離病區的患者帶來巨大影響，形容是除病毒感染外再受到「輿論感染」，又指作為記者有責任「守住輿論陣地」，「為患者們還原一個最真實的武漢」。
同日，湖北媒体《长江日报》评论文章《相比“风月同天”，我更想听到“武汉加油”》、《汉网》评论文章《“疫”流而上，何不多给武汉市长暖暖心》引发争议。前者說日本捐贈物資的「山川異域，風月同天」字樣很暖心，但更希望聽見「武漢加油」，「奧斯維辛之後，寫詩是殘忍的」；對此，《人民日報》微評論認為現在不是爭論表達問題的時候。
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2月11日，《环球时报》《新京报》《香港01》等多家中文媒体报道，美国总统唐纳德·特朗普预测嚴重特殊傳染性肺炎疫情在四月会消失。而《Newsweek》《Metro》等多家英语媒体引述推文指出，特朗普称习近平认为疫情将在4月份消失。
2月12日晚的《新闻联播》中，受访者“武汉汉江方舟医院首批出院患者 张芬”表示“住进来之后住得还不想走了”“担心自己变胖”，招致一定的质疑。
疫情期间出现较多民众进入政府、派出所、医院等地，扔下钱款或物资后不加解释拔腿就跑的新闻。2月20日，光明网评论员文章指出多数公众对于此类新闻或是将信将疑，或是不信且质疑，新闻引发的社会效应与推出新闻本意所期望的社会效果大相径庭。文章认为「扔了就跑」不论动机为何，均是不值得提倡的，公权力机关收取公民个人财物受到法律法规禁止，公民也不能以钱物来表达对公权力的意愿。
3月2日晚，湖北卫视《众志成城战疫情》特别报道刊登采访者信息时，出现了“江苏省合肥市”的错误，一度引发争议。除了湖北卫视，湖北广播电视台旗下的湖北经视、湖北公共等频道联动推出的疫情特别节目，亦出现了多处错误。一些网友认为，湖北新闻媒体从业者总体素质处于低下水平。
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3月10日，中国《人物》杂志在网上发布了3月刊文章《发哨子的人》，内容是对武汉市中心医院急诊科主任艾芬的专访——艾芬在嚴重特殊傳染性肺炎疫情中率先向外界披露疫情，由此遭到了“前所未有的、非常严厉的斥责”。由于文章发布当日恰逢习近平在疫情以来首次视察武汉，这篇文章发出后不久在微信公众号及多个新闻网站被删除，《人物》杂志本期出刊也受到影响；不过有网民接力，将该文转化成各种文字各种版本（如倒排、侧排、繁体字、英文、甲骨文、颜文字、摩斯密码、火星文、盲文等），不断挑战网络审查底线。
随着全球疫情的发展，英国的“群体免疫”策略備受爭論，《三联生活周刊》的袁越摘文，認爲英國政府是根據自己國情做出的決斷，是「更高级的人道主义」，引起國内批評，認爲這是拿民衆生命賭博，消極無為、不負責任，將造成難計其數的民眾傷亡，冷血而殘酷的「人道主義災難」。
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2月26日，中国中央电视台的《新闻联播》报道了中共中央宣传部、国务院新闻办公室指导，五洲传播出版社和人民出版社联合编辑、出版的《大国战“疫”》一书即将推出，内容介绍在以习近平同志为核心的党中央集中统一领导下，中国人民抗击肺炎疫情的情况。此书在书评网站豆瓣的页面一度评分极低，不少网络用户表达了质疑，之后其版面关闭了评论。包括湖北省作家协会主席方方在内的一些民众认为，在疫情尚未得到完全控制的情况下，出版这样大唱赞歌的书是不合时宜的，无视了人民所经受的苦难。
3月14日，《人民日报》在微博等平台发布两张《纽约时报》Twitter截图的对比。《人民日报》指出，两条推文发布时间相距二十分钟，对中意两国采取的封锁措施的评价却带有褒贬评判，构成“双重标准” 。事发的第二天，纽约时报中文网发布了观点文章批评意大利政府的封锁措施对居民生活造成影响。
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5月8日，歐盟駐華代表團在官網發文，指歐盟駐華大使及27個歐盟成員國大使在中歐建交45周年時撰寫紀念文章《在全球危机中纪念中欧建交45周年》，發給《中國日報》及《人民日報》後，被要求刪去提及病毒起源及傳播的句子，否則中華人民共和國外交部就不准發表。代表團向中國外交部提出反對，並對《中國日報》刪改文章深表遺憾，而《人民日報》就未有刊登文章。聲明並指，文章及後發給另一些中國傳媒，當中部分傳媒刊登時未有刪改。
6月，在北京新发地爆发聚集性疫情后，部分媒体在报导新增病例时提到病例均为外省户籍。
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11月26日，哈勒大学医院病毒学家凯库勒（Alexander Kekulé）在德国电视二台一個以德国应对新冠措施为主题的節目中說，目前在世界传播的新冠病毒99%是首先出现在意大利的一种变异体，称之为G变异体（G-Variante），又說新冠病毒最初是来自中国，後來传播到意大利发生变异。11月28日，中国环球电视网截取了节目片段，删去了凯库勒认为新冠病毒源于武汉的表述，并将凯库勒的原意「目前在世界传播的新冠病毒99%是首先出现在意大利的一种毒株而非在武汉的毒株」曲解为「新冠病毒并非来源于武汉」。被曲解的视频片段在中国的互联网上广泛流传，凯库勒对这一宣传手法感到吃惊。
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2021年7月30日，中国新闻网报导称瑞士生物学家威尔逊·爱德华兹(Wilson Edwards)在其社交媒体上发文指出，有世卫组织内部消息人士和一些科学家向其表示由于他们支持中国和世卫组织的新冠溯源报告结论而受到美国的施压恐吓。类似的内容也见于参考消息，并被央视网评论引用。2021年8月10日，瑞士驻华使馆在微博表示，瑞士并无姓名登记为Wilson Edwards的公民，生物学界也没有署此名的文章，并且发表评论的脸书帐号于2021年7月24日开设且仅有一条评论，认为关于「瑞士生物学家威尔逊·爱德华兹」的新闻不实。
2022年上海疫情期间，部分媒体被指“报喜不报忧”，引发争议。
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2022年8月，海南省爆发聚集性感染，有8万名游客滞留三亚，这些游客多数来自上海。上海媒体澎湃新闻连续几天头条报导游客滞留期间酒店涨价，离岛机票一票难求，其中「吃一顿7000」刻意夸大事实，和网传消息不符。8月8日，自媒体「职场观知局」在微信公众号发文，斥责澎湃新闻片面报导、带节奏，质疑澎湃新闻嫉妒海南经济增速高于上海、海南自贸港威胁上海的地位。海南日报和海南网络广播电视台均转载了这篇文章，引发争议。部分网友指责澎湃新闻常常刻意制造负面话题，部分网友认为新闻中的乱象在三亚真实存在，也有网友认为指责澎湃新闻的文章完全在宣泄情绪，并未指出新闻中的报导错误。随后海南日报将转发删除。
2022年9月初，在微博“#伊犁超话”、“#伊犁疫情（新疆伊犁聚集性疫情）”两大话题下，新疆伊犁哈萨克自治州的许多网民接连发声，讲述/控诉伊犁封城近40天来的种种防疫乱象，并向外界求助，引发网民关注。其中，多名发声的伊犁网民收到了来自当地警察或社区的警告，要求删帖。有多位微博网友称，伊犁疫情等内容持续遭到了压制，即便网民关注度很高，也迟迟上不了热搜。当地民众无奈采取向其他博主私信、借用其他地区疫情话题（#成都疫情、#贵阳疫情）的方式寻求关注。新疆伊犁疫情网民求助遭封锁。然而9月7日，新疆官方新闻媒体天山网宣布伊犁景区重新开放，更引起当地网民不满。几天中，有大量内地网友也参与进来，帮助转发、重制被404的帖子，借助各种渠道帮助新疆发声。有网友说，因为自己经历过上海封城，所以更能体会他们的绝望。9月9日晚，伊犁哈萨克自治州人民政府新闻办公室召开疫情防控新闻发布会，称经有关部门调查核实，关于老人因饥饿上吊自杀的帖子不属实，是别有用心的人通过张冠李戴编造的谎言，有关部门正在依法依规予以严肃处理。
2022年11月1日，甘肃省兰州市七里河区一男孩系因“一氧化碳中毒”，经送医，抢救无效死亡。11月1日晚间，一位目击者透露，孩子晕倒，在救护车迟迟未到的情况下，孩子家人欲自行送医，但遭遇防疫卡口工作人员的阻拦，后在周围人的帮助之下，才得以送医
。3岁童因封控失救死亡有关事件的视频等发帖在社交媒体上立刻引起关注，迅速冲上微博热搜，但很快就被撤下。相关的评论很多也被屏蔽，男童父亲回应事件经过的话题也被删除。该事件引发当地民众愤怒，西园和临近的小西湖社区民众纷纷聚集抗议当局的野蛮封控。视频显示，当晚大量特警手持盾牌棍棒，列队进驻当地社区，镇压民众抗议。后续网传消息显示，事发地七里河上西园附近11月2日凌晨突然断网，官方通知“系统升级”。3日凌晨当地大量居民的手机夜间微信被其他设备偷偷登录，紧随其后乌鲁木齐、呼和浩特、郑州、深圳以及青海等地的网友也纷纷爆料，自己的手机也被半夜登录。这些城市都因为长期封控导致民怨沸腾。此前11月2日，联通创投与腾讯创投新设合营企业获批的消息引发关注。3日下午，微信官方被迫回应此事。微信团队的声明证实微信确实会出现“未知设备”登录的情况，并试图为此给出“合理解释”。但其説法备受质疑。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 涉疫人员个人信息泄露争议
2020年2月9日，国家互联网信息办公室发布了《关于做好个人信息保护利用大数据支撑联防联控工作的通知》。通知第3项规定，为疫情防控、疾病防治收集的个人信息，不得用于其他用途。任何单位和个人未经被收集者同意，不得公开姓名、年龄、身份证号码、电话号码、家庭住址等个人信息，因联防联控工作需要，且经过脱敏处理的除外。但仍有多起涉疫人员个人信息被泄露的事件发生。
2020年春节期间，多地武汉或湖北返乡人员在接受流行病调查后，个人信息被泄露。含有姓名、住址、电话、身份证号、返乡车次、下榻酒店及房间号、每日体温统计等信息的返乡人员情况摸排表格在各微信群里广泛传播。不少人反映收到陌生人的电话或微信骚扰，让他们感到恐惧。有返乡人员要求停止传播，但遭到群友回应「非常时期还谈什么隐私啊」。媒体表示返乡人员的个人隐私受法律保护，即使是在特殊时期，也不例外。政府应当只索取必要信息，并加大保护力度，严惩故意泄露信息的行为。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 涉疫人员个人信息泄露争议
2020年上半年，湖南省益阳市赫山区、广西壮族自治区富川瑶族自治县、云南省文山州、浙江省平湖市、山西省晋城市、浙江省宁波市北仑区、山东省胶州市、河北省三河市等地都发生了涉疫人员个人信息被泄露的事件。一些医护人员、警务人员、社区工作人员或疫情防控人员，利用职务之便，将新冠患者、疑似患者或密切接触者的个人信息传到微信群，并导致其在当地扩散。涉事人员均已受到训诫、停职、行政拘留、罚款等处罚。
11月9日，上海市宣告一起新增病例。随后，可能是病患同事的流行病学调查报告被广泛传播，内含其姓名、身份证号、电话、住址、身高、体重、行动轨迹等详细信息，以及其父母、女友的身份信息。11月12日，上海市静安区疾控中心的工作人员表示在核查此事，并表示内部已发文重申信息安全问题。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 涉疫人员个人信息泄露争议
2020年11月，随着天津市滨海新区发现新的本地确诊病例，一份来自非正常渠道的《关于天津市泰达医院报告一例新冠肺炎阳性检测病例的初步调查报告》开始在社交媒体传播，里面记录了确诊病例杨某和其家人的详细家庭住址、手机号等信息，以及杨某近14天全部行程，包括他在不同场合接触过的人的姓名和手机号码等。而杨某的朋友赵明（化名）与杨某接触的细节，包括赵明的住址和手机号也在其中，导致赵明的手机不断有陌生人的来电。赵明也认为此次疫情暴露出来当事人身份信息遭泄露的问题，应该得到重视。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 涉疫人员个人信息泄露争议
2020年12月8日，在成都市公布了3例新冠肺炎确诊病例后，确诊患者赵某的个人隐私信息在多个社交平台上被泄露，涉及的图片包含了其姓名、身份证号码、家庭住址、照片等信息。成都市公安局网络安全保卫支队表示已对此展开调查。而一张坐在车内、穿白色裙子的女子的照片更被网传为赵某本人，其后照片中的人物辟谣称她在三亚游玩，自己并非此次疫情的当事人。此事件引发网民争议，认为曝光隐私的行为已经构成了网络暴力。《成都商报》微博亦对此发表评论，强调“保持平和心态和理性态度，消除内心恐惧，才能更好地缓解焦虑情绪，汇聚起做好常态化疫情防控的正能量”。中国中央电视台新闻主播海霞更为此发表评论，指出「她的個人隱私被洩露，很多網友對她的個人生活評頭論足，甚至公開謾罵。我想說的是，她對疫情的傳播該負什麼樣的責任，這需要調查認定。另外，如果她真的有責任，這也不是曝光她個人信息的理由，這事情一碼歸一碼，而且人肉曝光個人信息涉嫌違法。至於個人生活，這不該是公共話題，防疫才是」。海霞還稱“我們的敵人是病毒，不是感染病毒的人”。12月9日，赵某在今日头条头条号發文，表示自己之前的工作是在酒吧負責氣氛和營銷，發現確診後第一時間配合調查。她还说，隔離期間看到網絡上關於自己的流言蜚語、誹謗和謾罵，不理解為什麼被那麼多人攻擊，自己亦都是一個受害者，并在此向成都市民道歉。同日上午，中共四川省委书记彭清华在前往成都市调研指导疫情防控工作时指出要注意保护患者隐私，坚决制止网络暴力。同日，成都警方通報，散布洩漏趙某私隱的男子王某已被行政處罰。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 涉疫人员个人信息泄露争议
2020年12月11日，重庆彭水县报告1例境外输入无症状感染者，其家所在的九龙坡区中昂彩云台小区4栋被全面实行封闭管理，居民已进行核酸检测。12日上午，该名无症状感染者徐某某的个人信息遭到了泄露，徐某某表示自己心情不好，电话已经被打爆。其后徐某某报警处理此事，警方正在通过网络溯源查明泄露人。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 涉疫人员个人信息泄露争议
2020年12月下旬，重庆市渝北区人民法院受理并审结一起涉疫情侵犯公民隐私权纠纷案，判决被告重庆某营销策划有限公司在其注册管理的公众号及权威报纸刊登书面道歉信，向原告赵某道歉，并赔偿赵某精神损害赔偿金1元。该案件的起源为2020年7月14日，重庆市沙坪坝区西部物流园一冷冻仓库部分厄瓜多尔进口冻南美白虾外包装新冠病毒核酸呈阳性，相关部门对涉事产品及购买人员进行核酸检测。不久后，重庆某营销策划有限公司却将一份名为《重庆已购进口白虾顾客名单》的文章发布在其管理的公众号供下载。该名单包括原告赵某在内的重庆各区县一万多名购买进口白虾人员的姓名、家庭住址、身份证号码、手机号码等详细个人信息。原告赵某一纸诉状将被告重庆某营销策划有限公司告上法庭，要求被告在案涉公众号及权威报纸刊登书面道歉信，并赔偿原告精神损害赔偿金1元。
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2020年12月23日，在沈阳市通报1例确诊病例后，患者尹某某及其家人的個人私隱信息，包括姓名、身份證號、手機號碼、家庭詳細地址等在網絡上傳開，並遭到言语攻击。尹某某的家屬表示自己的精神處於完全崩潰狀態，尹某某表示希望有關信息不要再繼續轉發擴散，並表示有關部門應該對洩露資料的人一查到底。而瀋陽警方已經就事件展開調查。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 涉疫人员个人信息泄露争议
2020年12月底，北京健康宝被曝发生个人信息泄露事件，其照片、身分證號碼及相關核酸檢測信息被放上網售賣，包括3元打包「時代少年團」7人的健康寶照片、2元打包70多名藝人健康寶照片，以及1元出售1000多名藝人身分證號碼等。有關買賣交易最先出現在明星「代拍」行業的群組，只需在“北京健康寶”小程序中註冊本人信息，通過「健康服務預約查詢」中的「他人核酸檢測結果代查」，輸入明星姓名與身分證號碼，毋須再次人臉識別，即可獲得相關明星的健康寶照片，甚至可得到該人的檢測結果、檢測機構及檢測時間。随后经媒体查证，部分明星的資料屬實。而負責研發北京健康寶的北京中關村科學城城市大腦公司一名公關稱，該公司正跟進事件，有相關信息會及時公布。此前，北京市政府曾表示「北京健康寶」的個人信息以脫敏形式呈現，非常安全。2020年12月30日，健康寶查詢他人信息功能已加密。
2021年1月4日，北京市公安局通报，某航空安保公司员工因传播患者初步流调报告，造成患者及其家属、同事的隐私被泄露而被处以行政拘留。
2021年1月6日，在杭州市通报一例境外输入复阳无症状感染者后，发现该无症状感染者身份信息、联系电话等个人信息在互联网上大面积传播。翌日，杭州市政府官方微信号“杭州发布”发布通报，西湖区某医院院感科医师因故意泄露流调报告内容，侵犯他人隐私，被行政拘留5天。同日，黑龙江省黑河市公安局发布消息，于1月5日、6日处理两起疫情期间故意散布他人隐私信息治安案件，3人被行政拘留，4人受行政罚款。
2021年1月8日，云南省丽江市宁蒗彝族自治县纪委监委通报，西布河乡工作人员马海某某在处置疫情流调过程中，擅自将公函发在微信群中，导致密切接触者梁某等人的个人信息在微信朋友圈泄露，造成了不良影响。宁蒗县纪检监察机关已对纪律意识不强、处理方式不当的马海某某给予党内警告处分；对落实纪律不严谨，党员管理教育疏忽、监管不到位的西布河乡党委进行通报批评。
2021年1月10日，河南省偃师市公安局发布消息称，1月7日上午，偃师市居民高某（男，城关镇人）未经市疾控中心工作人员同意，私自将通过非法途径获取的有关疫情防控的相关人员信息发送到微信家庭群中，其姐姐高某某查阅后在微信工作群散播。公安机关依法对二人行政罚款500元、行政拘留5日。
2021年1月23日，随着上海市出现新的本土确诊病例，当日卫健部门公布的疫情流調報告仅提及了主要活动场所，并未提及病例的性别和年龄。北京市也在翌日公布的流調報告隱去確診病例的年齡、性別等信息。事后中国大陆官方媒体对此做法表示支持，认为此举“在於把握好信息披露的分寸，拿捏好公權與私權的邊界”。
2021年9月，福建省莆田市和黑龙江省巴彦县的病例先后遭到网络暴力，其隐私通过流行病学调查报告被部分网友打探并传播。澎湃新闻发表评论称流调报告不应成为窥探隐私的工具。
2022年1月，一大学生从天津返回大连，在其核酸检测阳性后，因个人流调信息泄露而遭到网络暴力。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 对感染者及康复者的歧视
由于对传染病固有的偏见，不少感染者及康复者受到歧视。部分患者个人信息被泄漏后遭到网络暴力，也有部分患者在康复后被周围人冷落嫌弃或是被单位解除劳动合同。2020年4月，中华人民共和国最高人民法院明确不得以新冠肺炎为由解除劳动合同。
2022年，中国多地爆发新一轮感染，网络上对感染者的称呼也发生了变化。阳性病患被戏称为「小阳人」、「羊」甚至「两脚羊」，而对病患的隔离管控措施也相应地被称作「抓羊」。健康时报表示这一类去人性化的称呼并不尊重病患和防疫工作者。
2022年5月底，知名博主「我是小妖怪的人」称自己因曾感染新冠肺炎而失去了第一份工作。
2022年夏，中國多地出現歧視新冠康復者的事件；浙江13家博物館等規定參觀需「歷史無陽」；新冠康復者求職時被企業歧視。因此也有地方要求不得歧视新冠阳性康复者。也有專家表示新冠康复患者并不具备传染性。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 对感染者及康复者的歧视
2022年7月8日，广东佛山大剧院发布公告，要求曾罹患新冠肺炎的民众不得入场，遭质疑是歧视确诊过的人而引起舆论挞伐。当地时间11日晚上，“佛山大剧院”在微博道歉，表示将立即更改相关规定，不过，中国媒体第一财经记者发现，这一涉及歧视的规定早已在7个多月前即公告。
2022年8月1日，人力资源和社会保障部、国家卫生健康委员会发布《关于坚决打击对新冠肺炎康复者就业歧视的紧急通知》，严禁用人单位、人力资源服务机构以曾经新冠肺炎病毒核酸检测阳性为由，拒绝招(聘)用新冠肺炎康复者。2022年8月16日，人力资源和社会保障部、最高人民法院发布《关于加强行政司法联动保障新冠肺炎康复者等劳动者平等就业权利的通知》，再次重申严格禁止歧视新冠肺炎康复者等劳动者，并就加强就业歧视案件审理工作作出部署。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 中国政府被世卫独立专家小组批评的争议
2021年1月18日，由世界卫生组织总干事谭德塞委托的一个独立专家小组针对疫情发布了调查报告，批评中国政府在疫情初期应该更有效压制疫情扩散，却没有及早采取遏制措施，导致疫情在全球扩散。该独立小组也在报告中强调，这些失误不该成为他国领导人在防疫上屡屡失误的藉口。报告指出，即使卫生官员发出了明确的警告信号，但是“在太多的国家，这一信号被忽视了”。
中国外交部发言人华春莹19日回应这个报告时说，“我们当然应该努力做得更好，我想不仅是中国，美国、英国、日本或者任何一个国家都应该努力去做得更好，因为我觉得在事关公共卫生这样的问题上，永远都是没有最好，只有更好。”
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 中国拒绝调查新冠病毒起源争议
世卫组织认为，病毒从武汉一个实验室泄露出来的可能性仍然存在，将继续调查实验室理论。世界卫生组织总干事谭德塞于2021年7月15日公开敦促中国对世卫第二阶段调查给予更多配合，提高透明度，并提及在中国溯源的第一阶段调查遭遇了挑战，关于病毒最初传播阶段的原始数据没有得到分享。
7月19日，中国外交部发言人赵立坚主持例行记者会。 有记者提问称2020年6月中国网民曾发出一封公开信，呼吁世卫组织调查德特里克堡实验室。赵立坚认为应该在下阶段的新冠病毒溯源工作中应对美国德特里克堡以及其他同样存在泄漏隐患的美国病毒实验室进行调查。而不是在未得到进一步线索和确凿证据的同时反复针对中国进行调查。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 中国拒绝调查新冠病毒起源争议
8月13日，中国外长马朝旭拒绝世卫组织关于进一步溯源调查的呼吁，批评世卫组织的调查计划「对常识的不尊重和科学的傲慢态度」。同年12月，谭德塞再次敦促中国须更加积极地提供与冠状病毒来源有关的数据和信息。
2022年2月4日，来自法国，美国，印度，日本，德国，英国，澳大利亚的20位学者在北京奥运开幕之日联名发表公开信，呼吁遵守奥运会宪章，尊重人类尊严，彻底调查新冠病毒的来源。并谴责中国政府阻止对病毒源头的调查，以及颁布法令禁止中国科学家在未经政府批准的情况下发表关于该大流行病起源的研究等等。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 其他争议
2月2日，中華人民共和國駐以色列大使館臨時代辦戴玉明在以色列特拉維夫的記者會上認為各國限制中華人民共和國公民入境做法錯誤，令人聯想二戰猶太人遭遇，指猶太人大屠殺時，很多國家對尋求幫助的猶太人關閉大門，只有中國等少數國家伸出援手。中華人民共和國駐以色列大使館隨後發聲明，說無意將大屠殺的黑暗歷史與現時局勢及以色列政府保護公民的努力相比較，如有人錯誤理解訊息，大使館願意致歉。《明報》提及以色列已因應疫情，1月30日起拒絕2星期內到過中國的非公民入境。
中國外交部發言人華春瑩2月3日在記者會上表示，中華人民共和国政府“自1月3日起，共30次向美方通报疫情信息和防控措施。两国疾控中心就疫情相关情况多次进行沟通。”香港《蘋果日報》将上述发言理解为，華春瑩“失言洩露”從2020年1月3日起已經通報美國當局2019新型冠狀病毒“疫情嚴重”。台湾中央廣播電臺则认为，“網罵你給美方說30次、給國民說幾次”，“但由於中國人民普遍在鐘南山於1月20日作出警告後才知道事態嚴重，因此引發了國內的怒火”。但外交部网上记者会原文并无表述“1月3日起已經通報疫情嚴重”。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 其他争议
2月9日，中國山西衛視停播電視劇《紅高粱》並改播其他節目，有網民向電視台官方微博查詢，獲回覆劇集後20集涉及抗日情節，考慮到日本友好援助中國抗擊疫情，決定暫停播出，今後再播。
2月20日，原央视主持人邱孟煌（阿丘）在新浪微博留言：“此时，虽然东亚病夫的牌匾早已踢碎了一个多世纪了，但我们可不可以说话语调稍温和并带些歉意，不怂也不豪横地把口罩戴起来，向世界鞠个躬，说声：对不起，给你们添乱了。”该微博一经发表，立即引发了中国大陆部分网民的强烈不满，例如一篇被中国大陆网民广泛转发的文章指称邱孟煌“为全球跃跃欲试的排华行为提供道德依据”。事后邱孟煌虽然删除了涉事微博，不过仍然持续遭到中国大陆部分网民的谩骂与攻击。该事件发生后，新浪网援引中国中央电视台总编室知情人士说法，称邱孟煌已被彻底封杀，其主持的一档节目于2019年年底就由央视进行了调整。
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2月27日，游戏《瘟疫公司》被发现在中国区App Store下架，游戏开发商Ndemic Creations随後发表声明称《瘟疫公司》“经中国国家网信办审查存在违反国内法律内容”而从中国 App Store 下架。3月2日，《瘟疫公司》在Steam中国区下架。
2020年3月，意大利著名調查記者蓬皮利（Giulia Pompili）在Il Foglio發表報道指義大利政府購買由中國代表團帶上31噸醫療物資。並引述消息指：迪馬約此前致電中國國務委員兼外交部長王毅、並提出採購，並由其協調聯絡可供貨的中國廠商。同時，蓬皮利（Giulia Pompili）批評迪馬約感謝中國施以援手，旨在誤導民眾，配合中國官媒近日的“慈善中國”主題展開，並非中意兩國官方所宣傳的「捐贈」。
3月13日，纽约时报报道，称在世界各国面临严重疫情情况下，中国作为口罩出口国囤居口罩；并引用加拿大口罩制造商Medicom高管的话，称中国未能为口罩出口提供许可。
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4月21日，美國密苏里州总检察长、共和党人艾瑞克·施米特在美國密苏里东部联邦地区法院对中華人民共和國政府、中国共产党、中華人民共和國國家衛生健康委員會、中国科学院和武汉病毒研究所發起訴訟。艾瑞克·施米特称，中華人民共和國政府对全球谎报了嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型的危险性和传染性，让吹哨人噤声，对病毒的传播几乎没有采取任何措施，导致疫情全球蔓延，從而使得密苏里州居民承受了可能数百亿美元的经济损失。4月22日，中国外交部发言人耿爽表示，密蘇里州的诉讼纯属是恶意滥诉，中国各地政府在疫情防控方面所采取的主权行为也不受美国法院管辖，美方应驳回滥诉。
4月27日，演员姚晨在微博转发“一位南京民营单位护士自愿援助武汉，援汉结束后也没有掌声和优待，就连返回的车票都是自己默默买的”的文章，并附言“谢谢你，贾晓月”。其后，贾晓月本人对此篇文章否认。同日晚，姚晨发文致歉，指出其转发的本意仅仅是希望能够有更多人看到这些闪光的志愿者。经网友指正，原文章内容中有不符合事实的信息，于是删除了转发内容。
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5月上旬，美国威斯康辛州居民桑德拉‧安德瑞加-莫爾与數十名其他美國染疫者及公司行號联合指控中國必須對嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型傳播承擔責任。
2021年12月16日，华尔街日报报道称，中华人民共和国中央人民政府在今年年中曾有官員提議指中國的防疫策略应当由「清零」轉為「與病毒共存」，此举令習近平感到十分生氣。
2022年3月26日，联合早报评论称中国防疫措施城乡差距仍然很大。
2022年5月，中國大陸多地發生入戶消毒事件，引發網友擔憂。
2022年11月，部分高校学生为了缓解封控压力，开始制作「纸盒狗」，并举办爬行大赛。据传爬行大赛由社交媒体上流行的明日方舟游戏中「阴暗的爬行」文案演变，最早出现在中国传媒大学，并很快风靡至其他高校。中国传媒大学称爬行活动是学生自发行为。但也有部分高校的活动被叫停。
配音行業方面，受奥密克戎变异株在2022年11月下旬蔓延，再加上12月7日国务院颁布《新十条》的影响，有諸如李兰陵、叶知秋、赵爽等不少配音員在2019冠狀病毒病核酸檢測呈陽性。
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议 观点
冠狀病毒病疫情发生后，中共中央总书记习近平多次反复强调自己亲自指挥防疫工作，并表示早在2020年1月7日已经在中央政治局常委会上提出防疫要求。但是從疫情以來，習近平遲遲未到武漢視察疫情，直至3月10日疫情緩和後習近平才去武漢視察疫情。中国国务院总理李克强则在2020年1月27日已亲自前往湖北省武汉市，考察指导新型冠狀病毒肺炎的防控工作。
香港《明报》认为，中央领导人初期对疫情并不重视，甚至要求不要造成民众恐慌，影响即将到来的春节气氛，結果湖北省和武漢市黨委和政府沒有及時採取有效的防疫措施，造成疫情在1月下旬大規模。
美国之音及纽约时报中文网认为中国大陆媒体不应当批评美国等国政府的疫情应对措施，認爲這些是中國政府的宣傳攻勢，批评網絡上部分鼓吹中國抗疫的言論是“盲目自大的扭曲自满情绪缺乏反思”。
2020年4月3日，国际法律家委员会與全印度律師協會向聯合國人權理事會控告中國隱瞞疫情，並追討20萬億美元的賠償。
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2020年4月，美聯社根據中國內部文件報導，中國領導人在北京遲了6天公佈肺炎疫情擴散的消息。其中一份備忘錄指出，國家衞健委主任馬曉偉在2020年1月14日與省級衞生官員舉行秘密電話會議，傳達中共中央總書記習近平、國務院總理李克強和副總理孫春蘭關於肺炎疫情的非公開指示。直至1月20日，習近平等才發出公開指示，要求民眾加強防疫。報導亦指出如果公眾在一週前被警告採取如保持社交距離、戴口罩和限制旅行等行動，病例最多可減少三分之二。