SHINee 歷史
2016年2月，SHINee再次登上韓國福布斯名人榜。3月，SHINee在上海舉行的第23屆東方風雲榜音樂頒獎盛典上獲得亞洲傑出組合獎，是唯一受邀出席並在該頒獎典禮上表演的韓國藝人。2016年初成員進行了少量的個人活動，例如泰民於2月23日發行個人首張正規專輯《Press It》。5月24日，鐘鉉發行個人首張正規專輯《She Is》。7月27日，泰民發行個人首張日本迷你專輯《再見一個人》，正式在日本solo出道。
2016年9月2日至4日，SHINee在首爾奧林匹克體操競技場展開第五次巡迴演唱會「SHINee WORLD V」，並在該演唱會上公佈了新專輯的部份歌曲。9月27日早上九點，SHINee宣佈將會回歸並發行正規五輯《1 of 1》，溫流因腳踝受傷而缺席宣傳活動。10月5日《1 of 1》正式開售，專輯受到90年代的新傑克搖擺風格的啟發，並嘗試在復古與摩登之間取得平衡。專輯年度總銷量為十七萬。11月10日，SM娛樂決定為SHINee推出第五張正規專輯改版《1 and 1》，並以抒情曲《Tell Me What To Do》作主打。11月14日發表MV預告，11月15日正式發行。《1 and 1》除了正規五輯《1 of 1》的九首歌曲外，還追加收錄五首抒情歌。12月21日，SHINee發行第14張日語單曲《Winter Wonderland》，開售後隨即登上Oricon 排行榜第二名，並在一周內售出超過80,000份。SHINee於2016年在日本一共舉行了28場音樂會，總共有五十萬觀眾入場，人數是第六多。
2017年2月22日，SHINee發行第五張日語專輯《FIVE》。為宣傳《FIVE》，他們於1月28日開始至4月30日在東京展開第五次日本巡迴演唱會「SHINee World 2017」，在10個城市舉辦25場演唱會。SHINee於9月在東京巨蛋以及京瓷巨蛋增加了四場額外的演出，同時SHINee亦是連續第三年在東京巨蛋開演唱會。成員溫流則因性騷擾指控而暫時不參與團體活動，因此未有於東京巨蛋以及京瓷巨蛋場次現身。SHINee後來憑《FIVE》獲日本金唱片大獎「最佳亞洲專輯」。
溫流醜聞
2017年8月，溫流被指控性騷擾，受害人稱在8月12日在江南區一家夜總會裡跳舞時溫流撫摸了她大腿。所屬公司SM娛樂在當天立即表示溫流是在喝醉酒後不慎碰觸到該名女子的身體而引發誤會，並向社會大眾謝罪。後來受害人承認此事有可能是在酒精的影響下而發生誤會，於是撤回指控，但案件依然「強制猥褻」的罪名在警方建議下以「不拘留起訴」移送至檢方調查。溫流亦因為此事而暫停一切演藝活動，直至12月在官方網站上傳親筆道歉信，表示己作出深切反省，未來會更嚴格地管理自己。但歌迷並不買賬，認為溫流在出事四個月後才公開道歉是「亡羊補牢」的行為，紛紛要求溫流退出SHINee。直至2018年4月，SM宣佈檢方撤銷對溫流的指控，事件才宣告平息。
鐘鉉逝世
2017年12月18日，成員鐘鉉在首爾清潭洞剛租下的套房內燒炭自殺身亡，終年27歲，經紀公司SM娛樂稍晚證實了此項消息。SM及其他韓國經紀公司宣佈暫停或延遲旗下所有藝人的活動。鐘鉉去世後，他的好友、樂隊Dear Cloud成員Nine在IG上公開了鐘鉉給她的遺書，鐘鉉於遺書中提到了「吞噬」、「名望」等字眼，稱「自己從內心開始出現問題」、「成名的生活不適合我」；Nine在收到紙條時十分震驚，曾試圖幫助鐘鉉，但無補於事。鐘鉉之死引起外界對於韓國娛樂業殘酷競爭以及韓國藝人心理健康的關注，而歌迷則在社群網站上發起帶有「#YouDidWellJonghyun」的話題進行發文，藉此來哀悼鐘鉉，當時該話題成為Twitter的熱門標籤。12月19日於首爾峨山醫院殯儀館設靈，大量歌迷及生前好友都到場悼念。12月21日鐘鉉被轉移至其他地方舉行私人葬禮，SHINee其餘四位成員均有出席並負責主持鐘鉉的葬禮。在得悉鐘鉉去世後，SHINee餘下成員身心大受打擊，四人更因此患上創傷後遺症。
2018年1月23日，SM娛樂官方發表鐘鉉個人專輯遺作《Poet Artist》。
2018年1月9日，SM娛樂在SHINee官方網站發表成員親筆信，宣布組合以後會以四人體制活動，並表示經成員討論後，原訂二月舉行的日本演唱會《SHINee WORLD THE BEST 2018～FROM NOW ON～》會如期舉行。3月26日，SHINee發行日語單曲《From Now On》，4月28日發行第一張日語精選輯《SHINee THE BEST FROM NOW ON》。《SHINee THE BEST FROM NOW ON》在推出當天即時以售出62,630張獲得Oricon專輯日榜冠軍，專輯週榜中則以售出89,489張取得冠軍，成為首組同時間獲得Oricon專輯榜和數位下載榜冠軍的韓國男子團體，另外作品也在十六個國家與地區獲得iTunes綜合專輯榜冠軍。
5月15日，SHINee官網釋出兩張預告照，宣布即將迎來出道10週年的SHINee會在28日攜正規六輯《The Story of Light》回歸韓國樂壇，並且是首次以四人體制籌備專輯和回歸活動。《The Story of Light》由三張專輯構成，之所以分三個部份來發行是因為成員希望呈現SHINee還在努力工作，雖然因鐘鉉之死感到十分痛苦但依然能很好地應對現狀。5月18日，SHINee官網釋出一張預告照，公開三張專輯的主打歌歌名，分別是EP1《Good Evening (데리러 가)》、EP2《I Want You》與EP3《Our Page (네가 남겨둔 말)》，其中《Good Evening》延續了2015年《View》的Deep House風。EP1於5月28日發行、EP2於6月11日發行、EP3則於6月25日發行。其中EP1在Billboard Heatseekers專輯排行榜上排名第二，是SHINee在該排行榜上的最高排名，另外EP1和EP2同時登上Billboard 世界專輯榜，十分罕見。8月1日，SHINee發行第十五張日語單曲《Sunny Side》，收錄了日語版本的《Good Evening》以及《I Want You》。9月10日，SHINee推出第六張正規專輯《The Story of Light: Epilogue》，此專輯收錄《The Story of Light》全部15首歌曲以及一首新歌《Countless (셀 수 없는)》。《Countless》是一首以熱帶浩室為基礎的R&B歌曲，並使用韓文數字 (하나、둘、셋、넷) 與韓字 (가、나、다、라) 組成如魔咒般的歌詞。
在結束《The Story of Light》宣傳期與十週年相關紀念活動後，隊長溫流宣佈將會入伍，在接受基礎軍事訓練後以現役的身份履行兵役義務，成為組合裡第一個入伍的成員，代表SHINee短時間很難以四人完整體形式呈現在大眾面前。由於想要安靜入伍，所以溫流並不公開入伍的具體時間和地點。溫流為了在入伍前公開新專輯以安慰歌迷便加快專輯的製作速度，最終在12月5日推出個人出道首張迷你專輯《VOICE》，12月10日正式入伍。
隨著隊長溫流入伍，其餘兩位成員Key、珉豪亦開始到達必須入伍服兵役的年齡，於是有意跟隨隊長的步伐。1月17日SM娛樂宣佈Key申請了軍樂隊，同時珉豪亦在為入伍做準備，兩人將會在相近的時期入伍。為了給歌迷帶來安慰，Key和珉豪先後參加「SM STATION」企劃第三季並發表新歌曲。其中Key於1月25日證實軍樂隊申請獲批，將於3月4日入伍，而為歌迷準備的禮物、Repackage專輯《I Wanna Be》則入伍當天發售。SM則於3月宣佈另一位成員珉豪將於同年4月15日前往慶尚北道浦項的海軍陸戰隊基礎訓練中心報到。
隨著隊內大部份成員均入伍，所以SHINee正式暫停所有團體活動。而泰民由於年紀尚未到達必須入伍服兵役的年齡因此未有跟隨其他三位成員的決定，並於2月11日推出第二張迷你專輯《WANT》，繼續進行個人活動。
隨成員溫流、Key及珉豪於2020年先後退伍，SM娛樂於2021年1月7日宣布SHINee正在準備新專輯。1月31日SHINee舉行特別直播「The Ringtone: SHINee is Back」，並在直播中稱將於2月22日發行第七張正規專輯《Don't Call Me》。這張專輯取得商業上的巨大成功，除了在Gaon專輯排行榜上排名第一、登上了Billboard世界專輯榜第七名外，還獲得KMCA的白金唱片認證，售出超過250,000份。另外《Don't Call Me》空降45國iTunes專輯排行榜冠軍，證明人氣依然未減退。4月4日，SHINee使用Beyond Live平台舉行首場線上演唱會《Beyond LIVE - SHINee : SHINee WORLD》，也是SHINee三年來以團體名義舉辦的首場演唱會，吸引了超過130,000名觀眾。SHINee正規7輯後續專輯《Atlantis》於4月12日各音樂網站上公開，並於15日發行實體專輯，收錄3首新歌《Atlantis》、《Area》、《Days and Years》。
5月23日，SHINee舉行了「～Bistro de SHINee～」線上粉絲見面會，慶祝在日本出道十週年，並於見面會中公佈新日語單曲「Superstar」，該單曲於次日在音樂平台上發布。5月31日，泰民因為已到達必須入伍服兵役的年齡便宣佈入伍，並到陸軍軍樂隊報到，是SHINee最後一位入伍的成員。
7月28日發行日語專輯《Superstar》，此專輯一上架在十九個國家與地區獲得iTunes專輯榜冠軍，刷新SHINee日專在iTunes專輯榜的紀錄，同時亦登上Billboard Japan專輯下載榜單第一名。《Superstar》亦是SHINee第四張登上Oricon專輯榜榜首的專輯，並因銷量超過100,000份而被RIAJ認證為金唱片。
2022年1月14日，泰民因憂鬱症和恐慌障礙等病症惡化，離開原服役單位軍樂隊，轉服公益勤務要員，2023年4月4日泰民完成兵役退伍，是SHINee最後一位完成兵役成員，SHINee長達4年4個月的兵役期宣告結束。
十五週年紀念
2023年，SHINee迎來成團的第十五年，在泰民退伍後，SHINee隨即展開出道十五周年紀念活動。5月27至28日，SHINee於蠶室室內體育館舉行「Piece of Shine」粉絲見面會，並舉行了全球直播，以慶祝出道十五周年，SHINee還在見面會上公開新曲《The Feeling》。6月23日至25日，SHINee於首爾奧林匹克公園舉行演唱會「 SHINee WORLD VI［PERFECT ILLUMINATION］」，為SHINee時隔六年再度舉辦現場演唱會。SHINee於6月26日發表第八張正規專輯《HARD》正式回歸樂壇，為組合時隔兩年再度推出音樂作品。同名主打歌《HARD》是一首90年代老派嘻哈風格的歌曲。《HARD》一經發行就空降全球40区iTunes專輯榜冠軍，反應熱烈，並且證明了SHINee出道多年依舊受到大眾歡迎。而隊長溫流宣佈因身體問題暫停活動，將不參與第八張正規專輯相關活動。
2023年9月，SHINee在日本舉行巡回演唱會。而出道15週年紀念電影《My SHINee World》亦於同月上映，內容主要為回顧SHINee出道15年有意義的時刻，導演為李虎彬（音譯）。
2024年3月，溫流和泰民宣佈和SM娛樂的個人合約結束，並將不再續約；而在4月，key和珉豪宣佈將會續約。雖然成員所屬的娛樂公司不同，但SHINee的團體活動會繼續由SM娛樂負責。於溫流宣佈正式回歸後，SHINee特別於5月24日至26日在仁川舉行三場安可演唱會，而門票於開售5分鐘後全部售罄。
2025年5月25日，在組合出道十七周年之際，發行單曲專輯《Poet | Artist》，專輯收錄同名主打曲和收錄曲《Starlight》，此專輯以鐘鉉遺作《Poet | Artist》命名，主打曲也為鐘鉉生前遺作。此外，在5月23日至25日，組合在首爾奧林匹克體操競技場舉辦演唱會<E.S.S.A.Y>。