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港鐵 營運路線
港鐵市區綫為連接香港各區的主要鐵路網，在大部份日子提供每日約19小時的服務，其中東鐵綫及屯馬綫為19.5小時，大約由香港時間上午5時28分至翌日凌晨1時30分（而訊號系統會自動於每天凌晨2時重設一次，由此作為上下兩個車務日的劃分）。非行車時間則進行鐵路沿綫結構、路軌及其他固定裝置的維修保養，由港鐵公司基建維修部負責。在一些節日，例如平安夜、大除夕、中秋節及農曆新年前夕，或大型活動進行（如2008年奧運會馬術比賽、2008年夏季奧林匹克運動會香港區火炬接力、港鐵競步賽、香港馬拉松等），港鐵曾以往有特別服務安排，部分路綫甚至會提供通宵列車服務（迪士尼綫通常只會延長服務時間，東鐵綫過境路段及機場快綫則不會延長服務；而在兩個車務日之間行駛的通宵列車，由於需重設訊號系統，會額外在車站多停數分鐘才駛出）唯此上述特別服務安排因受禁制令及節省營運成本下自2024年起已永久取消通宵列車服務。
港鐵 營運路線
港鐵路綫不是利用數字或字母來命名，而是利用特定的站名（如觀塘綫、荃灣綫、將軍澳綫、東涌綫）、地理位置（如東鐵綫、港島綫、南港島綫、屯馬綫）或用途（如機場快綫、迪士尼綫）等來命名的，為方便乘客識別，各路線附以不同配色。
兩鐵合併前的地鐵於2006年12月22日冬至日，創下單日乘客量超過294萬人次的新高，2007年11月的平均每日乘客量有266.5萬，成為世界上最繁忙的鐵路系統之一，而最繁忙的五個地鐵車站依次序為尖沙咀站、銅鑼灣站、中環站、旺角站及九龍塘站。至2013年，每周日的乘客量為449.0萬人次。
機場快綫為專為機場而設的鐵路系統，連接市區至香港國際機場及亞洲國際博覽館。
現時，超級車務控制中心負責所有路綫車務運作。東鐵綫及馬鞍山綫（現屯馬綫烏溪沙至大圍段）車務運作在2013年3月28日前由火炭車務中心負責；西鐵綫（現屯馬綫紅磡至屯門段）在2013年6月24日前則由錦田車務中心負責。
港鐵現有轉線站21個（不包括下方帶^號的車站）：
輕鐵是香港一個位於新界西北運行的輕型鐵路系統，行駛於新界西的屯門區及元朗區，總長度36.15公里，68個車站。路線圖代表顏色為泥黃色。
港鐵 營運路線
港鐵接駁巴士是由港鐵委託九巴營運，往返各主要屋苑與東鐵綫車站，方便距離東鐵綫車站較遠的乘客前往港鐵車站轉車。前身為東鐵接駁巴士，由九廣鐵路公司於1985年起開始提供服務。
港鐵巴士是由港鐵直接營運，提供新界西北區內交通服務及協助乘客前往屯馬綫和輕鐵車站。前身為九鐵巴士，開辦原因是因為興建輕鐵時，政府在新界西北劃定輕鐵專區，不容許其他公司經營區內巴士路綫，九鐵遂開始在該區經營巴士路綫。
機場快綫接駁巴士則來往各主要酒店與機場快綫車站之間，方便旅客轉乘前往機場，凡持有乘搭當日機場快綫及高速鐵路的證明即可免費上車。不過由於客量低迷，港鐵已於2020年6月永久停運機場快綫接駁巴士。
昂坪360是一條由前地鐵公司的子公司昂坪纜車有限公司營運的纜車，來往東涌至昂坪，全長5.7公里。
廣深港高鐵南起於西九龍填海區香港西九龍站，北訖於香港與深圳市的邊界，總長26公里，途經大角咀、深水埗、長沙灣、葵涌以及新界的大帽山、石崗、雞公嶺、牛潭尾及米埔等地的地底。沿途不設站，最高營運時速為每小時200公里，每方行車方向每小時可以接載約10,000名乘客。該路段北端連接廣深港高速鐵路廣深段，並與38,000公里長的中國高速鐵路網絡相通。
高鐵香港段原定預計於2015年竣工及通車，後來延至預計於2016年竣工、並以2017年年底通車為目標，但因工程嚴重延誤而延遲至2018年9月23日通車。高鐵香港段通車後，成為香港繼城際直通車（廣九鐵路）後，第二條跨境鐵路。
同時为了配合广深港高铁香港段的開通，香港特別行政區政府委託港鐵公司招標採購高速动车组，經過一系列招標程序后，最終批出由中車青島四方機車車輛承造高鐵列車。港鐵公司將該系列高鐵列車命名為動感號。
港鐵 已停止營運路線
城際直通車曾是九廣鐵路公司（簡稱九鐵）最重要的服務之一，亦是當年興建九廣鐵路的主要原因之一。然而，隨著東鐵綫本地客運服務的大幅擴展，直通車在增加班次及縮短行車時間方面均遇到困難，預期需待廣深港高速鐵路通車後方有改善。
在停運前，城際直通車共設有三條路綫，均在香港境內沿東鐵綫行走，包括：每日9班往返的粵港直通車（廣東綫）、每兩日一班的京九直通車（北京綫）及滬九直通車（上海綫）。
受2019冠狀病毒病疫情影響，自2020年1月30日起，所有城際直通車服務暫停。至2022年，香港方面已顯示出逐步撤銷城際直通車相關營運機能的跡象，包括解散相關部門、停止列車維護以及下架相應服務應用程式等。及至2023年疫情過後，中國內地逐步以中國高速鐵路服務取代原有直通車所覆蓋目的地的普速列車服務。
2024年7月31日，內地方面關閉其境內對應的普速鐵路口岸，象徵著相關普速列車的城際直通車服務實質上正式終止。
港鐵 車資
港鐵鐵路綫、機場快綫、輕鐵、昂坪360、城際客運均設有各自的車票，港鐵巴士（新界西北）及港鐵接駁巴士上車時以現金繳費，而八達通也是乘客常用的車票。到2021年1月23日起，推出二維碼付費乘車服務，乘客可使用智能手機應用程式「MTR Mobile」綁定其AlipayHK帳戶，或直接使用AlipayHK內的「易乘碼」，可於港鐵掃描二維碼出入閘。目前已經有1000部出入閘機安裝了二維碼掃描器。
由2024年8月24日起，港鐵接受 Visa、Mastercard及銀聯感應式信用卡或扣賬卡（不包括銀聯扣賬卡）拍卡出入閘支付車費。不適用於機場快綫車站、輕鐵及港鐵巴士，其他港鐵提供的車費優惠及政府公共交通費用補貼計劃均不適用。
另港鐵亦設有多款推廣及旅遊車票，包括屯門—南昌全月通加強版、港鐵都會票、遊客全日通等。
港鐵 車資
有別於一些單一票價的鐵路系統，港鐵收費並非劃一，票價收費亦不一定完全根據路程長短而定，轉線次數亦有機會影響票價，票價的高低亦同時取決於是否過海（來往香港島與九龍）、連接邊境、乘車等級以及是否涉及合併前的不同網絡等因素。一般而言，乘客不能以所乘搭的距離越長，收費就會越高的常理推斷車資，在一些情況下，更有短程較長程貴的現象出現。
此外，一些同地區但合併前屬不同網絡之車站（如奧運站與旺角站與旺角東站、荃灣站與荃灣西站、九龍站與柯士甸站與佐敦站與紅磡站等），其收費存在明顯不合理差異，最高可相差超過5元。例如使用成人八達通由屯門前往荃灣收費$21.2，但前往荃灣西只需$14.5，兩者路面距離相若但相差$6.7。因為這樣更會出現短貴長平的現象，例如鑽石山前往何文田收費$8.9，但多一站前往紅磡只需$6.9。這是因為港鐵票價定價主要考慮乘客付費能力以及巴士服務競爭，而非成本。
雖然單程票經營成本比電子收費更高，但港鐵利用大多市民已經習慣使用八達通電子收費模式，現時輕鐵有70個車程組合（約0.15%）更出現使用單程票，收費比八達通更低情況。
港鐵 車資
由於車費結構的隨意性，整個系統的車資有逾百個不同的價目，沒有法則推算車費，故只能透過港鐵公司製作的「港鐵車費及優惠（页面存档备份，存于）」查閱特定車程的車費。
乘客如於旅途中乘搭東鐵綫享用頭等服務，需另繳交相等於該程東鐵綫車程普通等車費的「頭等額外車費」（學生則須支付成人頭等額外費）。
市區綫、機場快綫、輕鐵、港鐵巴士及昂坪360的收費為各自獨立的系統，當中輕鐵及港鐵巴士屬開放式系統，不設閘機；乘客在不同的系統之間來往，必須在每個系統分別購買車票，車費獨立計算，但使用八達通於市區綫、機場快綫、輕鐵及港鐵巴士之間轉乘，可享有轉乘優惠。
港鐵 車資
尖沙咀站及尖東站為兩個獨立車站，單程車票／車票二維碼不可在尖沙咀站及尖東站轉車。由於兩站只由行人隧道連接以及沿途設有多個出入口，不能像香港站–中環站般設立封閉式收費區通道，故兩站間不實施免閘機轉乘，因此無法接受使用單程車票、車票二維碼、感應式卡或全國交通一卡通乘客在此於屯馬綫和荃灣綫之間轉乘；如單程車票乘客有需要在此轉乘，則必需分別購買車票；如車票二維碼、感應式卡或全國交通一卡通乘客有需要在此轉乘，會按兩段獨立車費計算車費。而使用八達通或港鐵都會票的乘客，於30分鐘內在該兩站轉綫（中途沒有使用八達通進行其他交易超過9次，或是乘搭過其他交通工具），則可連續計算旅程。
港鐵 車資
港鐵的收費主要分為成人、特惠和學生三種。成人車費適用於所有乘客，3至11歲的小童可於全綫繳付特惠車費乘車，而由繳費乘客陪同的3歲以下兒童無須繳費。65歲或以上長者則可於機場快綫以外繳付特惠車費乘車。年齡介乎12至25歲，並持有「學生身分」個人八達通的全日制學生，則可於機場快綫、東鐵綫過境路段以外繳付特惠車費。注意的是「學生身分」或「殘疾人士身分」個人八達通持有者雖可透過八達通享用優惠車資，但不能以特惠單程票／車票二維碼進行車程，否則將視作逃票，並須繳交附加費HK$1,000。
特惠車費原則上約為成人車費的一半，但部份車程的特惠車費高於成人車費的一半，尤其是短程（例如：美孚－荔枝角，成人$4.9，小童／長者／學生$3.2）的特惠車費，只有約三分之一的折扣。
港鐵 車資
為配合政府推行的「長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃」，由2012年6月28日起，長者使用長者八達通或個人八達通及合資格殘疾人士使用「殘疾人士身分」個人八達通使用港鐵本地服務（包括輕鐵、港鐵巴士（新界西北）及港鐵接駁巴士，但不包括機場快綫、往返羅湖及落馬洲站之車程和東鐵綫頭等額外費；港鐵接駁巴士則於同年8月5日起實施），任何時間車費為每程2元或原有特惠車費（以較低者為準）；而在2022年2月27日起，優惠擴展至60-64歲使用「樂悠咭」的香港居民。政府為打擊濫用長者八達通問題，由2024年8月25日起限制只有年滿60歲的香港居民必須使用「樂悠咭」和未滿60歲的合資格殘疾人士必須使用已加註「殘疾人士身分」個人八達通才可使用相關優惠。而使用長者八達通或個人八達通會被改回繳付上述的特惠車資。
港鐵 車資
八達通是香港的輕觸式電子收費系統，普通卡片的大小和信用卡相若，內置晶片，使用時把卡片放在接收器上即能完成付款過程。港鐵的前身，地鐵和九鐵，均為八達通始創者；本身即是最常使用八達通收費系統的業者。使用八達通乘搭港鐵可享受優惠，大部份車費比使用單程票便宜，例如來往金鐘和尖沙咀，成人八達通收費為HK$10.3，但單程票收費則需HK$12。
八達通亦提供了各類優惠的可行性（包括轉乘優惠、月票、第二程折扣優惠等），可替複雜的轉車組合準確計算單一車資，取代其未通用前派發及出示轉車券的做法；現時上水／烏溪沙－尖東全月通加強版、屯門－南昌全月通加強版、東涌－香港全月通加強版和東涌－南昌全月通加強版及由2009年12月起之屯門－紅磡全月通加強版的優惠都透過八達通使用，儲存記錄在八達通的晶片內。
2025年3月22日起，港铁开始支持使用交通联合卡乘搭重铁网络列车（僅限普通等），乘客可使用在香港以外城市发行的“全国交通一卡通”，在附有“交通联合”标志的指定闸机出入闸乘车。使用交通联合卡的车资与使用成人八达通相同，并实时以人民币汇率兑换港币完成车资结算。現時未支援任何車資優惠。
港鐵 車資
港鐵市區綫的單程票是一種智能車票，只須在讀卡器上啪一下至聽到嘟聲便可入閘，而附有磁帶的車票亦已經在2014年3月19日停用。
車票可在入閘前購買，並只限即日有效。各車站大堂設有自動售票機售賣各種單程票，另頭等單程票或前往過境車站的車票可於客務中心購買。機場快綫則使用塑膠及紙製智能車票，亦是港鐵唯一設有來回車票的系統。輕鐵是使用紙製車票，於車站月台購買。由於單程票是港鐵公司資產，除紀念車票外，出閘機會回收使用。如在車站內或街道上拾獲，一律歸還客務中心。
港鐵建議乘客如需前往較繁忙的車站，如中環、尖沙咀、尖東、旺角及旺角東等車站時，或前往馬場站前（因該站不設售票機，如需購票即需在客務中心排隊購買），可預先多購一張車票作即日回程之用。
2021年1月23日起，港鐵推出二維碼付費乘車服務，乘客可使用手機應用程式「MTR Mobile」綁定其AlipayHK帳戶，或直接使用AlipayHK內的「易乘碼」，可於港鐵掃描二維碼出入閘。而內地用戶可使用支付寶帳戶內的「乘車碼」乘搭港鐵，系統會自動將車費由港幣換算成人民幣。目前已經有1000部出入閘機安裝了二維碼掃描器。
港鐵宣佈在2022年2月20日起引入微信支付及銀聯雲閃付多兩款電子錢包付費乘車，乘客可使用手機應用程式「MTR Mobile」綁定其微信支付及銀聯雲閃付帳戶，亦可選擇透過微信支付內的「騰訊乘車碼」小程序或使用銀聯雲閃付內的「港鐵乘車碼」小程序於港鐵掃描二維碼出入閘。
2023年1月8日起，乘客可以使用“深圳地铁”App、“AlipayHK”App、“支付宝”App中的任意一个App，在香港扫码乘坐港铁重铁线路。扫码乘车互联互认范围不包括港铁的机场快线、轻铁及和港铁接驳巴士服务。此外，使用“深圳地铁”App扫码搭乘港铁的支付渠道仅限支付宝，且暂时无法累计里程。
另外，因為內地支付不可避免的是存在漏洞的問題，由於非實體卡，任何人只需要出示某個照片進行掃碼即可，因此可以透過他人二維碼來逃票，而另還有一種手法，只要使用兩個帳戶，透過操作入閘手法，互相將區間設置在臨站，就能透過較短的車資實現技術性逃票，而港鐵則警告，違者將處以罰款之外，濫用二維碼本有的設計缺陷、與他人共享二維碼等破解技巧，均可能面臨刑事指控。
由2024年8月24日起，港铁接受Visa、Mastercard及銀聯感應式信用卡或扣賬卡（不包括銀聯扣賬卡）拍卡出入閘支付車費。不適用於機場快綫車站、輕鐵及港鐵巴士，其他港鐵提供的車費優惠及政府公共交通費用補貼計劃均不適用。
港鐵設有不同的推廣車票，包括港鐵都會票、全月通1（上水／烏溪沙－尖東）、全月通2（屯門－南昌）、全月通2（屯門－紅磡）、全月通4（東涌－南昌）及全月通5（東涌－香港）。除全月通1（上水／烏溪沙－尖東）可與全月通2（屯門－南昌）或全月通3（屯門－紅磡）編錄於同一張八達通內之外，其餘全月通均不能編錄於同一張八達通內。
此外，港鐵亦有多項旅遊車票，專供留港少於14天的遊客購買，在購買時要出示身分證明。旅遊車票包括遊客全日通、遊客過境旅遊票及機場快綫旅遊票。
港鐵亦不時推出優惠，如搭十送一，乘客只需乘十程港鐵，即送免費單程票一張。
港鐵 設施
每個港鐵車站的設計各有不同，不少車站採用較為簡單的箱形結構，以2至3層的結構容納大堂及月台，亦有部份車站則採用較為複雜的佈局結構，月台設於鑽挖隧道內，而大堂則位於路面以下，更有多層的地庫結構，以提供更多空間給容納車站大堂售票設施、商店、控制室及機房等設施。
所有車站運作由港鐵公司車務部負責。
2010年尾，港鐵推出MTR Mobile，令乘客可以搜尋路綫資料及港鐵站設施。
由於每日有大量乘客使用港鐵，因此月台均設有大量扶手電梯，雖然早期有意見認為傷殘人士不適合乘搭鐵路而未設旅客用升降機，但因應機場快綫及東涌綫的開通，所有車站均最少有一部升降機；此外，另有個別車站亦已陸續安裝自助式輪椅升降台，以便解決部份車站未能加裝升降機的問題。
與此同時，為配合無障礙運輸，合併前的地鐵在1998年起作出多項改善措拖，以方便傷健人士使用地鐵。包括在車廂內加設輪椅專用位置、失明人士引導徑、闊閘機及升降機等。
港鐵 設施
車站大堂同時設有客務中心處理乘客票務問題。此外，每個港鐵車站亦設有收費電話、自動售賣機及自動照相機等自助服務。此外，有14個車站設有互聯網服務──iCentre，供予乘客瀏覽網頁，車站包括香港、中環、灣仔、銅鑼灣、鰂魚涌、金鐘、太古、九龍塘、九龍灣、旺角、太子、深水埗、葵芳及荃灣。2013年7月8日起，全綫港鐵車站均設置最少一個免費WiFi熱點，讓乘客每日可以享用最多5節，每節15分鐘的免費WiFi服務。
而月台各個車站在1979年地鐵通車時安裝雷達（RADO）時鐘，方便乘客。而該時鐘更是全世界只有香港地鐵獨有。不過到2020年，港鐵指相關公司的合約已經完結為由，決定陸續清拆已損壞的時鐘。
港鐵 設施
有別於世界各大地鐵系統，當時的前地鐵基於衛生及安全理由，除了機場快綫及迪士尼綫之外，大部份車站均不設洗手間設施，對乘客不便。現時乘客如有需要，可向職員提出，由港鐵職員帶領下使用職員洗手間。相反地，前九鐵的各個車站在興建時已包括洗手間設施（不包括馬場站），所以在2007年討論兩鐵合併時，有立法會議員建議港鐵在其原來路綫的車站加建洗手間。相隔9年，港鐵才表示在7個轉線車站陸續添置洗手間，爭取在2020年前完成。
為協助身體不適的乘客，自2015年每逢冬季，港鐵於星期一至五的繁忙時間（早上7:30至9:30及下午5:30至7:30）在九龍灣、彩虹、黃大仙、九龍塘、金鐘和北角站設立「乘客不適支援點」。到達後會有站員提供協助。
港鐵車站擁有不少商店，種類不斷增多。由初期的便利店和銀行，到現在的快餐店和成衣店，部份客流量高的車站已儼如小型商場。在大部份港鐵車站內，都有以下服務：
由於不少車站都有上面的設施或商店，遂成為等候親友的主要地標。例如相約朋友到「尖地恒」，意思就是在尖沙咀站的恒生銀行見面。
此外，港鐵在羅湖站、落馬洲站、九龍塘站及紅磡站設有免稅店，為過境乘客提供免稅商品的銷售服務。
港鐵 設施
站內的報刊派發處及客務中心，分別派送不同的免費報刊。早期有Recruit和JobMarket求職廣場招聘雜誌，到2000年代中免費報紙興起，都市日報、Metropop、都市盛世、頭條日報和am730在站內派發。不過近年智能手機和網上媒體發展成熟，已經減少了免費報刊。
在1979年通車時，由於前地鐵公司當時認為香港部份市民是文盲，因而透過車站顏色方便乘客知道自己身處的位置。車站顏色主要有4個原則作決定，包括車站名本身與顏色字有關（如黃大仙站採用黃色）、是否具意境（鑽石山站採用黑色，再加上少量白色，便展示鑽石在黑洞中閃爍）、根據周圍環境（如堅尼地城站靠近海邊，故採用湖水藍色；或海洋公園站為刻意配合其鄰近設施之主題而採用海洋藍色）和隨機決定（如西營盤站的紫色與相連的上環站的泥黃色形成對比）。而繁忙地區的大型車站、轉車站或終點站則傾向採用紅色，希望吸引乘客的注意力（如荃灣站、旺角站、中環站及紅磡站）。
港鐵其車站顏色的特色更被旅遊指南Lonely Planet介紹。
港鐵 設施
指示設計由前地鐵公司建築部門底下設計小組的工作，其中一部份為設計站牌的字體。當年採用「地鐵宋」是明體，曾令許多設計師費解，因為這是華人世界第一個城市大眾運輸系統所使用的字牌。設計者之一柯熾堅表示，地鐵是城市精神的表徵，而明體本身為帶有濃厚楷書基因的字體，用於站牌可彰顯中華文化的氣氛。對於香港這樣的國際都會來說，或許有宣示在地主體性的意味在。而且該字體雖然橫筆細，但關鍵的豎筆卻很粗，所以當作指示，並不會有看不清楚的問題，只要再把橫線加粗，就更好了。而英文字型為Helvetica。其後地鐵公司在1982年3月製成「指標規範手冊」，作為日後指示設計的準則。
到1995年，為了方便乘客認別出口位置，出口均加設英文字母並沿用至今。而指示牌在1998年起使用Myriad Pro Semibold，同時改良指示設計，棄用1979年沿用的紅黑底作背景，全面改為黑底。
港鐵列車上均貼有包括所有港鐵路綫的路綫圖，方便乘客。當中南港島綫、港島綫、荃灣綫、觀塘綫、將軍澳綫、東涌綫及機場快綫列車均安裝了閃燈路綫圖，供乘客留意列車的行駛方向、停靠車站及轉乘資訊。
港鐵 設施
此外，港島綫、荃灣綫、觀塘綫及將軍澳綫列車都裝有「港鐵資趣台」，除顯示列車訊息及報站提示之外，更提供由商業電台提供的文字新聞及其他廣告資訊。
東鐵綫、屯馬綫、港鐵中國製列車、港鐵屯馬綫中國製列車及港鐵南港島綫中國製列車列車則安裝了新聞直線（全稱「港鐵新聞直線列車資訊娛樂系統」），在車廂內播放包括由有線電視提供的新聞及娛樂節目、鐵路安全訊息及廣告的連續片段，讓乘客在旅程中得知最新資訊，同時帶來廣告收益。將來因應新列車的陸續引入，新聞直線亦會引入全市區綫。
雖然新聞直線系統在列車經過某些路段時會出現間歇信號中斷情況；但這系統在「2007香港資訊及通訊科技獎」中獲得「最佳無間斷網絡（流動資訊娛樂）銀獎」，也肯定了其系統的穩定性。
港鐵各個車站及行車隧道內鋪設了流動電話網絡，使乘客不論在地面或地下均可無間斷地使用流動電話。港鐵也是全球首個引入第三代流動通訊（3G）及Wi-Fi無線上網的鐵路系統，乘客可於車站及列車上使用流動電話、電子手帳等瀏覽互聯網或高速傳輸數據。
港鐵 安全
港鐵系統的治安以及保安由香港警務處以及港鐵轄下的保安公司 (當中包括附例特檢隊) 負責。港鐵系統一向被譽為全世界最安全的鐵路網絡之一，在港鐵發生的罪案，僅佔全港罪案的1.5%，相對港鐵每天近400萬人次的搭乘。
港鐵一直都舉行不少活動，確保乘客注意使用港鐵時的安全。例如在各個車站內有不少海報，月台及車廂亦有广播提醒乘客。宣導標語常以粵語口語表示，如「緊握扶手，企定定，照顧同行長者同小朋友。」（使用扶手電梯時，緊握扶手，不要亂行走」）或「聽到嘟嘟聲，停低你至精」（聽見嘟嘟聲（列車門在關閉時發出的警號）時，停下來是最聰明）、「搭港鐵，咪衝門，要小心」（乘搭港鐵時，不應衝門，要小心）等。此外，港鐵引入附例來防止乘客進行不當或危險的行為，例如禁止攜帶易燃物品，違規者可被罰款甚至入獄。港鐵禁止攜帶金屬氣球進入車廂範圍，以免影響架空電纜運作。
港鐵 安全
機場快綫、東涌綫、將軍澳綫、屯馬綫（前西鐵綫）和尖東站興建時的新建車站均在通車時已裝設了月台幕門。1992年，工聯會港島東地區服務處就西灣河站有乘客墮軌事件發起市民簽名行動，民建聯東區區議會議員亦聯名於區議會提出同樣要求，正式要求當時的地鐵公司加裝月台玻璃幕門，其時地鐵衹答允於計劃興建之機場鐵路沿綫研究設立月台門，同時表示在使用中及有弧度的地鐵站加建幕門存在技術和資金上頗大困難，衹作考慮。1997年11月19日，地鐵公司答覆工聯會和民建聯多位區議員要求時透露，正式決定耗資10億港元，陸續於全港28個地底車站加裝全高式月台幕門，以防再有乘客於該等車站意外墮軌或蓄意跳軌自殺，同時防止月台冷氣流失至路軌隧道內，但不包括10個地面或架空車站（因應該些月台不設空調，後來改為安裝半高式月台閘門），最初計劃幕門工程1999年動工、同年至2000年之間完成首對幕門安裝，後延至2002年8月起，港島綫、荃灣綫和觀塘綫各個地底月台才開始出現月台門，是全世界首條鐵路在營運中鐵路系統加建月台幕門，所有安裝工程於2005年10月全部完成。月台幕門能夠防止乘客墮軌，及防止月台的冷氣流失。迪士尼綫的欣澳站及迪士尼站車站設計以開放式為主，無安裝空氣調節，故此發明月台閘門。月台閘門高1.5米（約月台幕門的一半）。月台閘門能夠防止乘客墮軌，成本亦較便宜。
港鐵 安全
全線99座所有車站已經完成安裝幕門或閘門。
根據港鐵資料顯示，自月台安裝幕門後，發生的事故的數字明顯減少。
每個月台兩端均有壓力感應器，一旦有人經月台兩端的樓梯步行到路軌，感應器便會傳送信號到站長室，通知職員。此外，每個月台都設有緊急停車掣，防止有人墮到路軌而被列車輾過。東鐵綫因部份車站月台彎度過大及空隙較大，乘客可能會誤墮縫隙或被困於閘門與月台邊緣之間的空間，港鐵曾試驗安裝月台伸縮踏板。有關羅湖站伸縮板的工程已經完成安裝，分別於2009年4月14至5月25日以及同年8月21至10月15日內試用，期間列車抵達車站時需要額外時間15-20秒。因月台伸縮踏板令列車延遲而影響乘客及班次。2014年9月。港鐵就沙中綫二期安裝月台幕門及東鐵綫加裝月台閘門工程進行招標前的資格預審，工程範圍同時包括了為部份東鐵綫車站加建月台伸縮板，羅湖、大學及至旺角東站會合共加建約140個伸縮板。2017年12月底馬鞍山綫月台閘門安裝工程全部完成。
港鐵 安全
於2010年10月29日，港鐵宣佈於10個繁忙車站（紅磡站、羅湖站、中環站、金鐘站、旺角站、太子站、九龍塘站、銅鑼灣站、荃灣站及香港站）的站長室、客戶服務中心及月台監察亭設置共39部自動體外心臟去顫器，由香港消防處救護總區訓練港鐵前線職員，有需要時，由前者及鐵路警區警務人員優先負責處理操作。至此，有300名前線職員接受過訓練學習使用除顫器，港鐵會試驗1年，然後檢討成效，考慮是否推廣至全香港所有車站。
在試驗期間，在3次情況底下，站內有人成功利用自動體外心臟去顫器救回兩名心臟病發者。於2011年11月1日，港鐵落實將自動體外心臟去顫器裝置至全香港93座車站，包括2部置於城際客運的九廣通列車上，耗資350萬港元購置200多部相關的裝置，分布於站長室及月台監察亭，總數為237部，每站裝置兩部。配備自動體外心臟除顫器的客務中心和月台監察亭的玻璃窗上，都會被貼上特別標誌，方便識別。至2011年11月1日，有750名前線職員接受過訓練學習使用除顫器。屆時，救護總區亦會向所有督導級的員工教授急救知識。自2012年開始，全綫84個車站及城際客運的九廣列車上，已設有237部自動體外心臟去顫器。
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公眾認為兩鐵合併後會為乘客帶來更高效率的服務，但不少調查均指自合併以來，港鐵服務延誤個案有上升之勢。《文匯報》的調查指港鐵的延誤由2008年的240宗，逐步增至2010年278宗，上升近一成六，2011年錄得300宗延誤事故。其中逾半起因是機件故障，達169宗。其中2011年夏季，21日內更發生至少6宗事故。服務延誤逾一小時的嚴重事故亦持續發生，2008年累計至2011年9月底已有17宗。
有港鐵工會人士透露，港鐵近年削減維修資源，單是2010年保養及相關工程開支卻較2009年減少300萬元至9.12億元，引致前綫維修保養人手不足，並大量聘請外判公司負責維修保養工序，做成近年事故頻密。立法會議員亦批評賺大錢的港鐵只會加價，卻減少資源改善服務質素，將乘客安全置之不理。
而港鐵的事故通報機制亦受不少公眾批評，有媒體向港鐵查詢2011年第二季事故數字，發言人以資料未有公開為由拒絕提供。一群80後港鐵員工因而決定在twitter及facebook開設MTR Service Update，即時公布事故信息，至今吸引了逾3萬名網民關注。
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1993年4月27日，當時未與九廣鐵路合併的地鐵公司，曾發生全球首宗脫卡意外。事發時，一列荃灣綫載客列車由荃灣站駛往大窩口站途中，一個車卡的連接器鬆脫，導致最後3卡車廂與前面車卡分離，失去動力後停在隧道內。但車長未察覺列車脫卡繼續行駛，駛至大窩口站時，經月台職員通知才揭發事故。幸好當時沒有乘客站在車卡與車卡中間，所以沒有人命傷亡。
1994年1月28日晚上，一列觀塘綫載客列車由牛頭角站駛進九龍灣站2號月台時，其中兩節車卡出軌，服務嚴重受阻，為地鐵自啟用以來首宗載客列車出軌事件。
2004年1月5日，有精神病患者在荃灣綫列車上縱火，事件造成14人受輕傷，是地鐵自啟用以來首宗縱火案。事件使地鐵公司嚴厲執行禁止攜帶危險物品的禁令，以進一步保障乘客的安全。另一方面，地鐵當局亦定期進行意外演習，使員工保持危機意識。
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2012年5月3日早上8時上班時間，西鐵綫美孚站架空電纜發生電力故障，900名乘客被困車廂近兩小時，港鐵要疏散尾隨一部列車，由管道步行約100米返回車站月台。事件中有一名孕婦感不適，需戴上氧氣罩送院。屯門來往荃灣西維持5至10分鐘一班車，而紅磡來回南昌站亦維持5至10分鐘一班車。而荃灣西來回南昌站，港鐵則提供接駁巴士服務。服務受延誤約2小時，直至上午9時，工程人員確認高壓電纜運作正常，立即將肇事列車拖回車廠，所有列車服務於9時40分回復正常。
在荃灣西站及南昌站外一度有過百人排隊等候，部份乘客找不到港鐵的接駁巴士，職員亦是一問三不知。有市民不滿列車在尖東站和柯士甸站停車超過10分鐘。住在屯門的工聯會立法會議員王國興因為遇上西鐵綫故障，趕不及到立法會開會，他批評港鐵的處理手法，說一定會在立法會跟進，認為要設立懲罰制度。
港鐵董事局主席錢果豐出席股東週年大會後，對西鐵綫早上故障造成的不便，向公眾致歉，認為港鐵現時有200公里長的列車服務，無可避免會出現事故，最重要是找出事發原因，減少意外發生的機會，他認為港鐵員工今早處理事故的表現算是不錯。
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2012年7月23日晚上11時，因強颱風韋森特襲港，大埔墟站附近有大樹倒塌，導致電力故障，再加上其他路段亦出現跳電情況，引致東鐵綫全線暫停服務，共有8列東鐵綫列車受影響。其中4班列車停留在大圍站、大學站、大埔墟站及火炭站達8小時，亦有乘客半夜被迫滯留在沙田、大圍等車站大堂。逾千名乘客受事件影響，被迫在該處過夜。
有乘客不滿港鐵沒安排接駁巴士，亦有人鼓譟跟車站站長理論，不滿港鐵的廣播並無交待服務何時恢復。港鐵派職員向乘客講解情況。沙田站部份乘客不滿行程受阻，與職員理論，要求港鐵提供穿梭巴士或協助他們截的士。港鐵其後向這批乘客，每人派發200元。
直至2012年7月24日早上7時半，經搶修後，東鐵綫全線恢復通車。但在早上10點過後，8號風球除下，大批市民出門上班，港鐵觀塘綫九龍塘站往油麻地方向的月台上，非常擠迫，一般要等3班車才上到車。港鐵要實施人流管制措施，乘客鼓噪。
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港鐵車務營運總管劉天成表示，解釋因天氣惡劣影響，東鐵綫列車服務在凌晨2時44分回復正常，但由於凌晨列車服務已停止，加上要進行維修工程，不能再發車接載滯留的乘客。港鐵亦強調，有廣播通知乘客，並已開放車站給乘客休息，並提供水和洗手間設備。
對於記者不斷質詢為何出現「大細超」派錢情況，即不同車站乘客有不同待遇，劉迴避不答，但承認有職員協助乘客乘的士，他又讚揚惡劣環境下仍在港鐵沿線加班當值的職員，重申希望受影響乘客諒解港鐵，拒絕向受影響的乘客道歉。
時任立法會議員鄭家富批評港鐵應變手法差劣，過去立法會曾多次討論港鐵在緊急事故提供接駁巴士的安排，但今次事件反映港鐵仍然準備不足。他敦促港鐵檢討事件，並加快在東鐵綫沿線加裝屏障，防止因塌樹損毀電力系統。
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2013年12月16日中午12時40分，觀塘線一列由調景嶺往油塘站方行駛的港鐵北車長客電動列車，駛至兩站之間的五桂山隧道時，一段30米長架空電纜鬆脫，列車車頂碰撞電纜後冒煙搶火，數名乘客稱聽到幾響爆炸聲，並見車身外有火花，車廂燈光一度半熄，遂報警求助。消防到場後，發現列車停在離油塘站約50米外的管道內，疏散車上150名乘客，由車頭的緊急出口離開車廂，徒步走到油塘站月台，事件中無人受傷。油塘站亦要全面封閉，油塘站至寶琳站及康城站服務完全癱瘓。2時許，港鐵抽調觀塘綫列車，有限度提供將軍澳綫過海服務。港鐵維持每8分鐘的列車在藍田站接載乘客後，使用藍田站後備行車隧道直接駛入將軍澳綫過海段，途經鰂魚涌站，以北角站作終點站（即等同2002年前將軍澳綫尚未通車時的觀塘綫列車行走路線）。此安排一直維持至當天下午5時35分，直至架空電纜維修完成，癱瘓5小時，是港鐵22年來最長時間的故障。
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由於將軍澳近年巴士重組大削跨區和過海線，地鐵成為區內最重要交通工具。發生事故時估計約10萬居民出入嚴重受阻，大批受影響乘客在車站內外等候，只可等港鐵安排接駁旅遊巴。其中觀塘站、寶琳站和坑口站的港鐵免費接駁巴士站外有數百人排隊，大批乘客冒寒風冷雨排隊兩小時才能搭到巴士。唯港鐵職員沒提供清晰指示，有夫婦排隊到上車一刻才發現上錯車，要重新排隊；將軍澳站職員更發出錯誤資料，派發的「乘車應變錦囊」小冊子列有2013年11月底已取消的692巴士線。與此同時，將軍澳隧道在半小時內發生兩宗交通意外，共10人受輕傷送院治理無大礙。連環車禍令區內交通「雪上加霜」，嚴重擠塞。
根據服務表現安排，若出現港鐵可控制範圍內的事故而導致服務中斷超過31分鐘，港鐵須繳交「罰款」，透過回程九折優惠安排回贈市民。今次事故令服務中斷4小時55分鐘，故港鐵或被罰款750萬元，估計提供5.7日的回程優惠。
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2015年3月21日，港鐵東鐵綫紅磡站附近的沙中綫地盤發生混凝土漿灌入行車路軌事件。當天下午三時半，工人正為隔音屏障工程灌漿，疑其間部份圍板破裂，大量混凝土漿由地盤溢出，一直湧入東鐵綫路軌範圍內，部份混凝土漿蓋着路軌，約80名工人接報到場清理。工人先用鐵鏟將路軌上的混凝土漿鏟走，並開水喉沖走混凝土漿，然後由其他工人用布袋盛載石屎，再一袋袋運走。北行綫往旺角東方向的路軌旁邊有圍板傾斜並明顯破損，相信該處是肇事圍板缺口，外邊堆積大量混凝土。
受事件影響，東鐵綫來往紅磡至旺角東站的列車，需採取單軌雙程行車，服務延誤。紅磡、九龍塘及沙田等多個車站的月台擠滿候車乘客，到站的列車亦極為擁擠，不少乘客需要等候兩、三班車才能上車。列車服務受阻約三小時，至晚上6:34才逐步回復正常。港鐵為事故向乘客致歉，肇事沙中綫地盤事後已暫時停工，以待作進一步調查。
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2017年2月10日晚上約7時15分，一列由金鐘開往荃灣的荃灣綫列車在開往尖沙咀站期間，有乘客在車廂內縱火，車上亦有濃煙冒出。列車開往尖沙咀站後停駛，所有乘客即時離開車廂及車站，而尖沙咀站的職員亦疏散乘客，車站其後封閉。事故發生期間所有荃灣綫列車不停尖沙咀站。而事件最後令19人受傷，包括1名台灣旅客。其後，縱火的乘客傷重不治，造成1死18傷。
2017年4月10日傍晚約6時，觀塘綫彩虹站至九龍灣車廠的軌道電纜裝置在下班繁忙時間出現故障，起初暫停觀塘站至彩虹站之間服務，其後工程人員需要擴大檢查範圍，佔用更多路軌，導致服務中止範圍由彩虹站延長至九龍塘站。有列車於九龍灣站至彩虹站之間的隧道故障停下，用了近2小時才可將所有乘客經路軌疏散至月台；部份列車照明系統局部暫停，空調亦暫停，多人不適甚至暈倒，要用氧氣罩協助呼吸，共有8人送往聯合醫院。由九龍塘至黃埔站班次減至10分鐘一班，來往觀塘至調景嶺站更需12分鐘一班。港鐵安排接駁巴士接載乘客來往九龍塘至觀塘站，共5,000多人乘搭。觀塘綫列車服務癱瘓近2個半小時至8時25分才恢復。
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2017年5月18日下午約3時，東鐵綫紅磡站至旺角東站的一座架空電纜力裝置斷裂，起初暫停紅磡站至沙田站之間服務。最終於晚上7時30分，服務全面恢復正常。
2017年8月5日早上11時，觀塘線牛頭角站與藍田站之間路段發生罕見的「聯鎖系統」故障，故障初期彩虹站至調景嶺站每15分鐘一班，到下午2時30分，觀塘線列車維持5分鐘一班，車程較正常延誤約5至10分鐘。港鐵同時安排免費接駁巴士，接載受影響乘客往來彩虹站至油塘站。根據服務延誤罰款機制的計算方程式，港鐵料罰2000萬元罰款，打破過往紀錄。惟運輸及房屋局以「影響鐵路安全」為由，港鐵只需罰款200萬，因為罰款機制僅以83分鐘計算罰款。立法會議員林卓廷不滿政府的說法等同「港鐵發言人」。
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2018年1月11日上午9時25分，負責控制東鐵綫信號系統的伺服器運作不暢順，工程人員轉換使用後備系統及改由人手操作，同時嘗試重新啟動伺服器，但仍不成功。為進行跟進修復，控制中心宣佈暫停東鐵綫全線列車服務，包括城際直通車也停駛。服務癱瘓兩小時至11時半列車服務才陸續恢復運作。故障期間港鐵加派接駁巴士疏導受影響乘客，惟指示不清晰引起混亂。在粉嶺站及火炭站曾有乘客被困車廂良久但得不到任何救援下打開車門沿路軌離開。後來港鐵調查發現故障源於訊號系統發出有問題指令，估計屬軟件運作有問題。同年3月12日，港鐵向政府提交事故調查報告，事件起因乃列車控制系統軟件存在編碼誤差，導致系統發出了「無效訊息」，使控制系統伺服器及所有工作站停止運作。
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2018年10月16日，發生自1979年啟用以來最嚴重故障，引致上班繁忙時間全港交通大混亂。荃灣綫信號系統在深夜更新後，由於兩個信號系統不配合，引致荃灣、觀塘及港島綫發生信號故障，控制中心不能傳送列車車速指令。為確保行車安全，列車改由人手操作，並需要慢駛。港鐵在清晨5時56分通知傳媒，同時稱維持12至15分鐘一班車，車程額外多40分鐘。但有乘客表示月台迫滿乘客，等了一小時都未有列車，職員在站內實施人流管制。大批趕上班市民轉乘其他交通工具，但巴士站、小巴站和的士站亦出現大批人龍。有乘客由上水來到九龍塘後轉搭的士，但結果也要等一個多小時才能上車。故障亦引致港九多條主要道路出現大塞車。
港島綫列車於9時20分回復正常，但到早上10時20分，將軍澳綫亦出現信號系統故障到下午1時才完成緊急維修。
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港鐵常務總監金澤培連同車務總監劉天成表示今次故障是自90年代後期營運以來從未發生過，會成立調查委員會調查事件，同時會選擇一天為乘客提供半價乘車優惠。10月29日，港鐵在11月3和4日（周六和周日）推出優惠，以感謝乘客故障期間的體諒。使用成人八達通的乘客可以享有小童票價優惠、長者小童及學生則可一元搭車。港鐵車務總監劉天成形容為「一點心意」。但多位議員批評和不滿港鐵的安排，應在平日推出優惠。而乘客認為優惠只在周末推出，不覺得開心。
2019年3月18日凌晨3時，在測試新訊號系統時，一列由中環站開往荃灣的列車在駛出車站不久，與另一列開往中環站的列車擦撞，幸當時列車沒載客，只有一名列車上司機受傷。事後，暫停荃灣綫來住中環站和金鐘站的服務。列車服務維持3.5分鐘一班。港鐵表示已暫停測試新訊號系統，直至事故查到水落石出。
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2019年9月17日早上8時半，東鐵綫一列港鐵中期翻新列車（E21/E81編組）從旺角東站駛入紅磡站一號月台期間突然脫軌，導致第4、第5及第6卡車廂偏離路軌，以及第4至第5卡車廂之間接駁位斷開，部分車廂的車門因列車脫軌衝力而飛脫，繼1994年後第二宗港鐵載客列車出軌嚴重事故。事故造成8人受傷。受事故影響，東鐵綫紅磡站至旺角東站服務全日暫停，旺角東站至羅湖站服務維持6分鐘一班，旺角東站至落馬洲站服務維持18分鐘一班，另安排免費接駁巴士往來大圍站至鑽石山站，而19班城際直通車班次取消。經過一輪復修工作，紅磡站於9月18日可使用1個月台服務。免費接駁巴士於上午6時半取消，而6班城際直通車班次取消。
2019年10月4日，香港經歷了接近4個月的反修例運動，部分示威者嘗試透過影響港鐵車站運作及對其進行大規模破壞，以進行全港大罷工。港鐵表示，由於大量車站遭到嚴重破壞，為顧及所有乘客和員工安全，港鐵宣佈全線暫停服務，港鐵巴士亦暫停。
2019年10月5日，港鐵宣佈全線全日繼續暫停服務，該日下午2點半起僅維持機場快綫香港站及機場站兩站服務。
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2019年10月6日，港鐵關閉48個車站，其中馬鞍山線全線暫停，重開45個車站。晚上8點22分，港鐵表示，由於大量車站遭到反修例示威者暴力破壞，港鐵宣佈全線暫停服務，僅維持機場快綫香港站及機場站兩站服務。
2019年10月7日，港鐵關閉54個車站，其中荃灣線及馬鞍山線全線暫停，重開39個車站，並預告晚上6點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月8日，有市民發現港鐵站關閉後，凌晨時分有黑衣人破壞港鐵站內設施，然而一名蒙面人手持強光手電筒照向閘外圍觀的人，並對閘外圍觀的人態度惡劣，人們隨即把該名不明身份的蒙面人拍下。同日港鐵關閉13個車站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月9日，港鐵關閉7個車站，包括觀塘站、旺角站、將軍澳站、坑口站、車公廟站、沙田圍站、石門站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月10日，港鐵只關閉將軍澳站，並預告晚上9點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月11日或以後日子，港鐵所有重鐵車站正常開放，並預告晚上10點後全線提早暫停服務以便搶修。
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2019年10月23日，港鐵預告平日晚上11點後全線提早暫停服務，但周末仍維持晚上10點後全線提早暫停服務。
2019年11月24日，因應2019年香港區議會選舉，港鐵打破過往周末晚上10點結束服務的規律，於晚上11時才結束服務。
2019年12月2日，港鐵所有路線回復正常服務，惟維持風險評估需會在特別情況下關閉車站。
2021年12月2日傍晚近6時，當時正值下班高峰時間，港島線一列西行列車駛至銅鑼灣站時，首卡列車一對面向廣告牌的車門整幅脫落，跌入路軌，門頂的路線圖亦鬆脫，脫落的車門其後在第二卡車廂的路軌被發現，車門玻璃粉碎；而路軌旁一個廣告箱下部邊緣有撬起，大量散落的玻璃碎片布滿路軌上。
列車服務在晚上9時前陸續恢復正常，而灣仔至鰂魚涌站列車服務因此暫停近三小時。
港鐵期後表示事件涉及一種供燈箱和大型貼紙共享的「可轉換廣告板」，因廣告牌用作更換廣告的部件移位，與車門碰撞，導致首卡一對車門脫落，與車門沒有關係。
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2022年11月13日9時33分，一列荃灣綫列車往中環的列車駛向至油麻地站時；轉向架遷離導致車門飛脫，車門飛脫的車廂停在玻璃幕門顯示第6卡車廂5號門及第7卡1號門的位置上。事故發生後，荃灣綫荔景至佐敦站區間暫停服務。
2022年11月16日，港鐵向政府提交油麻地站有列車偏離路軌及車門脫落的初步調查報告。當日有約150名乘客事發後，經車尾緊急出口斜道，行路軌折返旺角站，港鐵車務總監李家潤表示，原意是安排乘客疏散到油麻地站月台，但因廣播問題，以致部分人往車尾緊急通道離開。
李家潤又說，由於車頭的駕駛室受損，車尾出口打開後，警報沒有傳到車長，幾分鐘後站內職員察覺到情況，向控制中心匯報，中心啟動應變安排，指示觀塘綫往黃埔方向的列車暫停服務，並協助乘客到達旺角站月台。但由於有時間差，乘客在路軌期間，觀塘綫曾有列車在旺角往黃埔方向開出，相信有乘客見到列車。李家潤認為，讓乘客有此經驗是絕不理想，對此致歉，承諾港鐵會深入調查及跟進，亦感謝當日乘客有序前往旺角站。
港鐵將軍澳綫有列車 ( 港鐵市區綫韓製列車 ) 其中兩卡的接駁位機件出現故障，列車啟動安全防護裝置，列車服務一度暫停，1500名乘客從漆黑的路軌疏散。立法會鐵路事宜小組委員會副主席張欣宇指，港鐵用較中性字眼去形容今次事故，但他推斷是兩卡車之間出現鬆脫，用「甩卡」形容較為合適。港鐵代表在記者會上被問及事故是否因「甩卡」導致，港鐵回應指列車已返回車廠深入調查接駁裝置，並沒有正面回應。因本次事故，來往調景嶺站至寶琳站及康城站服務暫停約4小時，期間大批市民需排隊轉乘港鐵免費接駁巴士或其他交通工具，認為形容排隊情况混亂，當中包括市民排錯隊白等，有人更稱由康城步行了一小時出來到調景嶺站。列車服務到中午後才恢復正常。兩名女乘客包括一名孕婦，報稱不適要送院。
2023年9月7日深夜，當日香港受到低壓槽影響而出現暴雨，天文台發出黑色暴雨警告，期間黃大仙站出入口的樓梯及扶手電梯有大量雨水湧進車站大堂甚至月台而導致水浸。而港鐵於翌日（2023年9月8日）凌晨約12時宣佈黃大仙站需要關閉，期間觀塘綫列車不停黃大仙站；其後亦在凌晨約12時30分宣佈觀塘綫黃埔站至觀塘站的列車服務暫停。而在當日日間，位於黃大仙中心北館外的車站B3出口幾乎被雨水掩沒。直到同日晚上，港鐵表示會在翌日（2023年9月9日）重開黃大仙站，但部分扶手電梯、升降機、入閘機、月台幕門以及廣播設備等因損壞而未必能全數恢復使用。然而在重開當日早上9時許車站有電纜發生故障，事故期間車站須進行緊急疏散，而觀塘綫石硤尾站至彩虹站的列車服務亦須暫停。其後有消防員及警員到場並進入月台視察，而經初步檢查後發現是車站往調景嶺方向的隧道頂部有輕微滴水，初步相信與早前暴雨水浸有關。
2025年5月22日下午5時15分，港鐵將軍澳綫油塘至北角站之間的列車隧道有架空電纜出現跳掣並傳出火光巨響，導致電力供應受阻，北角至調景嶺站服務先暫停。後來康城至寶琳站信號系統亦受阻，將軍澳綫全綫服務暫停。其後港鐵立即進行搶修，晚上約8時40分恢復部分服務：調景嶺來往寶琳及康城分別6及10分鐘一班；調景嶺來往北角繼續停駛。至晚上10時33分，港鐵搶修完成，將軍澳綫全綫恢復服務，事故歷時逾5小時。
因事發正值傍晚繁忙時間，受影響人流眾多，港鐵提供免費接駁巴士疏導人流，九巴、城巴及渡輪等交通工具亦加強服務。惟期間將軍澳隧道亦曾發生交通意外，導致將軍澳一帶的交通頗為擠塞，並有市民反映安排欠佳。運輸及物流局局長陳美寶表示高度關注事件，機電署已派人跟進，要求港鐵盡快遞交報告。港鐵就事件向受影響乘客致歉。
2011年5月，觀塘綫九龍灣站正逐步安裝月台半身閘門於5月15日曾發生故障，部份已安裝的閘門未能開啟，要人手操作打開閘門讓乘客上落車。到了同年8月2日早上上班繁忙時間，九龍灣站往調景嶺方向的月台閘門發生故障，要由月台助理及乘客合力拉開閘門讓乘客上落。故障時列車須改為人手操作，入站時要慢駛，導致沿綫列車服務受阻兩小時，大批乘客要在彩虹站落車轉乘列車，彩虹站非常擠迫。有乘客不滿「港鐵職員以廣播粗暴喝令乘客落車」，對港鐵安排混亂大表憤怒，但港鐵至今並沒有交代。
2011年8月3日早晨上班繁忙時間，港島綫天后至金鐘段出現電力跳掣，列車由銅鑼灣站開往灣仔站途中，電力系統突然故障跳掣，近車尾底部傳來一聲巨響，繼而有煙冒出，列車隨即停下，車內電力則告中斷，後備電力啟動，提供基本照明及開動抽氣機。列車跳掣後，觸動電力保護裝置，使天后站至金鐘站供電系統亦跳掣，未能向列車提供電力，港鐵隨即檢查沿线列車情況，發現除跳掣列車故障外，尾隨其後正駛近銅鑼灣站的列車亦有故障。合共造成2,000多名乘客被困在無冷氣車廂10多分鐘，服務受阻逾20分鐘，多個港鐵站擠滿乘客，逾萬人受影響。約8分鐘後，港鐵安排兩列車先後進入灣仔站及銅鑼灣站，乘客疏散返回月台。消防員抵達灣仔站，向冒煙列車進行檢查，證實未有發生火警，無人受傷。兩列車其後駛往金鐘站避車處進行檢查。港鐵發言人指，事發期間共有4列列車受影響，其中2列列車顯示電力故障，要在銅鑼灣及灣仔站分別落客，返廠檢查，疏散乘客約2,200人；另兩列列車則一度停在隧道內，至9時20分系統才回復正常。
2019年3月24日凌晨零時許，東涌綫一列開往香港站的列車，行駛途中因架空組件鬆脫，令車頂的集電弓墮下，列車慢駛至欣澳站停下。受事件影響，機場快綫來往香港站和機場站的列車服務暫停，來往機場站及博覽館站，維持15分鐘一班車，市區預辦登機服務現已暫停。東涌綫來往香港站至欣澳站列車服務維持10分鐘一班車，來往欣澳站至東涌站列車服務暫停。機管局未有收到因機場快線列車服務而不能登機的投訴。
港鐵 爭議事件
2014年8月20日早上約9時50分，一隻啡黃色的中型唐狗突然闖入上水站南行線路軌，當時有乘客發現後即通知車站職員。有目擊者指出，車站職員曾暫停列車行駛，走入路軌嘗試驅趕唐狗，擾攘約6至7分鐘後，卻未能成功將唐狗帶離路軌，但車站職員仍重啟列車服務。最後該唐狗跑到粉嶺站路軌，遭一列當時駛入月台的城際直通車直接輾斃。
多名目擊意外的乘客在網上發放事發圖片，質疑港鐵在利潤優先前提下，避免列車延誤延遲引致通報政府及巨額罰款，所以於明確知悉有狗隻在路軌範圍仍決定繼續讓列車行駛。
有媒體就事件向港鐵查詢，港鐵回覆時指事發時有月台乘客發現唐狗，通知月台上車務人員，但職員經搜索後一直未有發現唐狗，直至20分鐘後屍體出現於粉嶺站路軌上，狗屍交漁護署處理。
港鐵發言人無正面交代唐狗被輾斃的原因，以及為何唐狗未離開路軌便重啟列車服務。港鐵當時更表示無法證實狗隻死亡和來自中方的跨境直通列車有關。
港鐵 爭議事件
有網民發起聯署，要求港鐵交代列車輾斃唐狗意外真相，至8月21日中午已有逾4萬人參加聯署，及後有近9萬市民網上簽名要求港鐵解釋事件。港鐵回應市民要求，於事件約35小時後，再發出另一份聲明，內容提到：昨日早上約9時50分，港鐵職員於上水站發現有狗隻進入了路軌範圍。車務控制中心即時停止列車駛入該路段，而車站職員則嘗試引領該狗隻到安全地點，然而他們並不成功，狗隻匿藏在月台底部，職員隨即進入路軌範圍，嘗試將狗隻抱起帶走，但過程中因狗隻掙扎，一位港鐵職員受傷。《蘋果日報》更向食環署及漁護署求證，兩個部門均聲稱沒有處理過有關動物屍體。港鐵最後承認狗屍已棄垃圾站。
港鐵發表詳盡版解釋後，有市民上載當時錄影片段，證實港鐵補充聲明內多處不盡不實，包括：兩名職員進入上水站的路軌範圍欲將狗隻驅離路軌範圍，但無直接與狗隻接觸，職員並無將唐狗抱起；唐狗沒有掙扎過；兩名職員並沒有受傷；職員離開路軌時狗隻仍在路軌上，並非匿藏在月台底。片段更証實職員曾警告，阻止月台乘客協助狗隻返回月台。
港鐵 爭議事件
港鐵車務總監金澤培於8月22日記者會上為未能救狗道歉，並應要求向狗隻遺照獻花，但仍然未有承認狗隻被列車撞死，亦沒有解釋為何控制中心施壓上水站於一分鐘內解決事件。車務總監金澤培於會上亦承諾徹查事件，並於一周內公開調查報告。直至翌年3月，港鐵方公開調查報告，但仍拒絕就此事而道歉。
九鐵車務員協會則發表聲明譴責公司高層未完成調查就向公眾道歉，堅持事件並非鐵路員工處理失當，認為此舉影響鐵路員工的專業形象和使前線員工受到壓力。對此事件，中國官方媒體《環球時報》批評港人「小題大做」，但《南方都市报》發表文章指出事件源於香港這個高度發達社會對於生命的重視及對動物權益保護有着悠久的傳統，文章並分析了小狗死亡引發軒然大波的深層次原因。
「香港十八區動物保護專員」召集人麥志豪及「爭取成立動物警察大聯盟」向香港警察舉報港鐵在事件上觸犯第169章《防止殘酷對待動物條例》刑事罪行，但香港警察只將事件列為求警協助案，案件最後獲警方不了了之方式處理。
港鐵 爭議事件
前亞運金牌選手、現任香港桌球總會教練陳國明，於2015年7月14日由上水乘港鐵前往火炭香港體院教波時，在上水站被港鐵職員截停，並指他的桌球棍盒為160厘米，違反「攜帶行李不可超過130厘米」的規例，不僅被禁止乘車，更當場收到警告信，如有再犯將罰款2千元，甚至入獄。陳國明坦言雖明白港鐵職員只是執行職務，但亦理應視乎實際情況才採取行動：「其實有好多桌球員、甚至世界女子冠軍吳安儀，都試過好多次搭火車因桌球棍盒長度問題被逐，不過有部分被檢查過知道盒內是桌球棍就獲放行，但我今次講得清清楚楚都不得要令。」他將事件放上Facebook，引起極大迴響。有網友反應激烈，直指港鐵職員矯枉過正，更有人說「捉水貨客又唔見你哋咁落力」，另有網民希望港鐵方面可以聽取各方意見，妥善處理同類情況。
港鐵 爭議事件
2015年8月13日，有網民在facebook群組「香港機場實況討論區」上載照片，指其同事的朋友昨在荔枝角站內飲水，被港鐵發警告通知書，呼籲其他乘客小心。該通知書照片顯示涉事乘客前日下午約四時，在荔枝角站一號月台，違反港鐵附例第27b條「飲食」，聲明港鐵會紀綠該次違例事件，並指若乘客再犯可被檢控及處以罰款2,000元的最高刑罰。不少網民指天氣炎熱，乘客須飲水相當正常，否則若中暑，後果可大可小，諷刺港鐵「嚴過班房（即是嚴過課室）」。港鐵回應指，由於涉及個人私隱，未能提供上述個案資料，但指已透過告示及廣播提醒乘客入閘後切勿飲食，職員會不時巡查，若發現乘客違例飲食會勸喻、警告或有需要時作出檢控，呼籲乘客為他人着想，入閘後切勿飲食，保持港鐵清潔。
港鐵 爭議事件
2015年9月16日，facebook「大圍聯盟」群組於15日晚上載一張照片，一名身高約1.6米、身穿校服的女學生，背著一個與她身高相約的古箏，站在港鐵大圍站。當時，她正被3名港鐵職員包圍，疑因攜帶體積大的深啡色古箏盒，而遭截停查問。有網友指，事件發生於傍晚6時許，該名女生被指古箏太大，不獲進入月台。該相片在網上瘋傳，網民紛紛「洗版式」抨擊港鐵處理乘客攜帶大型物件的條例時，「雙重標準」及「執法不公」。他們以水貨客事件作比較，指港鐵對水貨客寬容，卻嚴禁乘客攜帶大型樂器上車。當中更有不少音樂愛好者坦言「身同感受」，促港鐵檢討現行條例。有網民亦隨即在Facebook上載多張攝於港鐵車廂的相片，相中可見乘客帶著關刀、長槍及洗衣機等上車，但未見有職員阻止，有網民質疑港鐵雙重標準，欺善怕惡。
港鐵 爭議事件
其後不准學生乘客攜帶樂器乘搭列車的風波愈演愈烈，一名香港浸會大學音樂系學生，攜帶大提琴在大圍站上車後，被「追蹤」到九龍塘站轉車時，遭兩名港鐵職員截停。男生被帶到房內量度大提琴高度，發現大提琴高134厘米，超出港鐵行李規定的標準4厘米，向他發出警告信，並警告他若再犯，港鐵法律部再發警告信就會正式控告他，由法庭決定罰款額。事件再惹網民不滿。
到9月25日，香港管弦樂團和教聯會發出聲明，對港鐵的限制表達關注，前者認為措施影響音樂愛好者，要求探討解決方案，後者深表不滿，認為措施對學生學習樂器構成嚴重不便，妨礙體藝發展。9月25日晚於香港站中環行人隧道表演的「香港眾樂團」，有樂手於演奏時在譜架及樂器上展示「請尊重音樂人攜帶樂器的權利」、「樂器不是貨物」等標語，向港鐵抗議。有市民在網上號召全港中西樂學生、老師、樂手，於10月3日（周六）晚上6時，攜帶大型樂器到大圍站抗議，期望爭取港鐵酌情容許攜帶大型樂器的市民使用港鐵。最後，港鐵態度軟化，承諾會檢討行李規定。
港鐵 爭議事件
2015年10月3日傍晚6時許，逾百市民於大圍站大堂示威，抗議港鐵禁止攜帶大型樂器及縱容水貨客，當中數十名為音樂人，分別㩦帶大型樂器如大提琴、結他、手風琴等到場，成功入閘乘車。抗議亦吸引大批市民到場，對港鐵執法不一表示不滿，認為港鐵「放生」水貨客。港鐵事務總監蘇家碧表示有關人士利用該場合，於車站範圍內作出不恰當及破壞行為，滋擾其他乘客，又對港鐵職員無理指控，影響車站整體運作，對此非常遺憾。
《中國好聲音》香港區冠軍、音樂人劉卓軒於2015年9月26日晚在港鐵觀塘站，近APM商場出口的行人天橋唱歌，被港鐵職員阻止，港鐵職員其後報警。音樂人自稱是測量師，質疑該地屬公共空間，指職員無權干涉。翻查地政署資料，創紀之城第五期連接港鐵站出口、橫跨觀塘道的行人天橋「位於政府土地」。立法會議員田北辰表示，政府土地也可以由港鐵管理，若政府批准該處為《港鐵附例》管轄地方，港鐵便有權要求停止表演。若政府只是委託港鐵清潔該地點，港鐵行動前要先聯絡政府相關部門。
港鐵 爭議事件
2016年9月10日，《明報》取得一封由港鐵車務營運總管李聖基於2016年9月5日傳送予其他管理層的內部電郵，內容提及名為Michael Tien的人表明打算在港鐵車站內感謝支持者，要求港鐵站主管行使「合理彈性」（exercise reasonable flexibility），並在電郵末段稱，若發現任何「傳媒敏感的事情」（media sensitive issue），需通知客戶服務部。
《明報》記者於9月8日傍晚發現田北辰與助理在輕鐵兆康站轉乘西鐵站的範圍內謝票，其間未有港鐵職員干預。不過根據港鐵車站平面圖，該處為港鐵附例適用的鐵路處所。任何候選人都不可在港鐵的鐵路處所及管理範圍內進行任何競選活動，派發單張或任何印刷品，否則有可能違反相關附屬法例。
港鐵 爭議事件
2016年12月5日，屋宇署在港鐵北角站B4出口張貼告示，指港鐵在該出口的上蓋大廈之簷篷底一個懸掛式港鐵標誌招牌及支架屬於僭建，事前並無根據《建築物條例》事先向屋宇署申請及獲得批准，署方按照《建築物條例》命令港鐵在30日內展開拆除工程，事件是由署方委聘的顧問公司在北角七姊妹道進行「大規模違例招牌清拆行動」時揭發。署方續指任何人若在指定日期內仍未遵從命令，又無合理辯解，即屬違法，當局將提出檢控。一經定罪，可處罰款20萬港元及監禁1年，更可就罪行每持續一天另外罰款2萬元。
2016年12月18日早上時分，港鐵調景嶺站入閘機曾一度出錯，四百多名乘客的八達通卡被多扣八角車資，港鐵表示正跟進相關事件。
港鐵 爭議事件
2017年3月初，港鐵為針對車廂擠迫問題，製作短片及海報宣傳呼籲乘客上車時放下背囊，以免阻礙其他乘客。不過短片上載到facebook專頁後，引起大量網民激烈批評，認為是醜化及變相帶頭公審、針對帶背囊的乘客，卻忽視了行李篋違規的嚴重，認為要解決車廂過於擠逼的問題，應從分流入手，以及阻截超過許可尺寸的行李篋。梁金成計劃發動「戒背囊、齊拖篋」行動抗議。港鐵董事局主席馬時亨回應指，有關呼籲只是「希望方便乘客」，「大家將就下」，希望市民明白其出發點。
西鐵綫車站大堂空間廣闊，但港鐵一直未有設置座位讓市民休憩。有市民更會在坐在走廊玻璃幕牆地台休息和涼冷氣。不過由2021年3月開始，港鐵稱有人投訴車站環境造成影響為由，在天水圍站、元朗站及朗屏站大堂近玻璃幕牆位置加裝了鐵鍊，禁止市民坐下。市民批評港鐵沒有人性，也認為鐵鍊十分核突（醜）。
港鐵 爭議事件
2021年4月17日早上，一名21歲有精神病紀錄的男子手持一張殘疾人士身分個人八達通和公立醫院精神科醫療紀錄文件證明，在杏花邨站出閘時突然被在場港鐵職員要求查票。男子情緒激動，網媒拍攝到港鐵職員以跪頸動作，按地制服該男子。警員接報後持盾到場把他拘捕。被捕男子受傷與5名受傷職員同送東區醫院治理。港鐵未有正面回應為何要使用跪頸方式制服乘客，只表示會在致力可行情況下維持車站秩序，於安全情況下截停拒合作和逃跑的逃票人士。香港復康聯盟主席張健輝批評港鐵做法離譜，認為不必要派出五名職員截查一個乘客，並使用壓頸方法制服，加上使用殘疾人士八達通的人士可能樣子與平常人無異，不排除事件因誤會引起，港鐵應加強培訓員工。事後該名青年患上橫紋肌溶解症和強迫症，至今亦不敢獨自乘搭港鐵，同時需定期服藥及接受心理輔導。
港鐵 爭議事件
到2023年7月12日，被告否認3項襲擊致造成身體傷害罪、兩項普通襲擊罪及一項刑毀罪。案件審訊期間控方一度質疑醫生的專業資格，但裁判官對於控方的指控感到不解。裁判官曾宗堯裁定被告5項襲擊罪名不成立，刑毀職員眼鏡則罪成，被判罰款2,500元及賠償2000元。裁判官曾宗堯指出雖然港鐵附例列明職員有權查核乘客車票，但無賦予使用合理武力的權力，並無公民逮捕權。法官又指4名港鐵職員口供出現矛盾、遺漏關鍵情節，而片段與事實是違背。形容被告在職員人多勢眾的環境以不堪手法按壓被告。