浙赣战役 作戰規劃
岩永支队于5日击退第75师后占领了将军岭，6日傍晚以一部兵力袭占东乡。第75师集中兵力组织反击，7日收复东乡。9日，第75师的第225团在东乡以东王尾山、马子岭之线阻击东进日军。经战斗后，日军进至白塔河西岸。守军炸毁铁路桥，与日军隔河对峙。11日，岩永支队强渡白塔河，攻占了邓家埠（今余江县城）。此时，浙赣路中段日军攻占常山、江山，玉山、上饶一带，兵力空虚，第三战区已将第100军的第19师调去沙溪、铅山，防守鹰潭地区的部队主要为第147师。
日军岩永支队攻占邓家埠的当日，日军第3师团等部正在南城（建昌）与第九战区第79军激战中。阿南惟畿认为南城于12日即可攻下，遂决定在攻占南城后将军主力转用于浙赣路方面。11日晚下达命令，命“第34师团于12日从抚州（临川）附近出发，再次调往浙赣线方面，攻击正面之敌，策应第13军；岩永支队归还34师团原建制”，同时命“第3师团截至15日在金溪附近集结，准备对鹰潭方面作战”。
日军第34师团根据军的命令，部署岩永支队从邓家埠方向进攻鹰潭，配属师团的独立步兵第61大队（古东支队）由金溪进攻鹰潭；师团主力12日由临川出发，向鹰潭、贵溪之间前进。1942年6月15日，日军第34师团在第29独立飞行队密切配合下分路进攻鹰潭。守军第100军在日军步、炮、航空兵联合猛攻下，部队失去控制，陷于混乱，16日晨纷纷溃退。日军于当日占领鹰潭。第100军军部退至贵溪东南约35公里的文坊收容部队。
1942年6月18日，日军大本营指示：“中国派遣军司令官根据需要可实施南昌以东浙赣线全线作战。”中国派遣军“于6月24日命令第13、第11两军，各以部分兵力于6月30日开始行动，共同配合，实施打通浙赣线作战”。至此，日军大本营原来预定的由第13军主攻、第11军仅仅策应的浙江作战正式发展为第13军和第11军东西对进、夹击第三战区、打通浙赣路的“浙赣会战”。第13军于25日命令第22师团“进攻横峰，与第11军的进攻相配合打通浙赣线，歼灭沿线残敌，摧毁敌军设施”。第11军则令第34师团完成这一任务。
日军第22师团编成谷津支队，于1942年6月30日晨从上饶附近出发，沿浙赣路西进。第34师团的岩永支队于1942年6月30日从贵溪附近出发。2个支队沿途仅遇轻微抵抗，于1942年7月1日10时许在横峰会合，完成了打通浙赣线的任务。1942年7月5日，这2个支队同时撤离横峰，分别返回上饶和贵溪。
临川地区战斗
日军开始向浙赣路东段发动进攻后，中国军事委员会判断日军第11军有在浙赣线西段发动进攻以策应其第13军作战的可能，1942年5月16日令第九战区将第79军夏楚中、第4军欧震从湖南东调至抚河、赣江间地区，以加强赣东方面的守备力量。但薛岳并未立即执行。当日军第11军在谢埠、沙埠潭等进攻出发地位展开时，军事委员会于1942年5月31日拂晓直接电令第79军：“着该军克日兼程驰往临川，参加赣东会战。”并令暂归第三战区司令长官指挥。该军于当日13时以暂6师为第一梯队，由株洲出发，经萍乡、宜春、分宜、清江向临川急进。军主力亦随暂6师后分2个梯队跟进。当时第58军防守丰城及拖船埠至樟树镇间地区。第79军在第58军掩护下渡过赣江。1942年6月3日下午，暂6师经杜家园进至展坪，与日军今井支队遭遇。经激战后，阻止住日军的进攻，双方相峙于展坪附近。此时第79军主力已进至新干，遂在暂6师掩护下冒雨向临川急进。迄4日夜，第98师的先头部队第294团从上顿渡过宜黄水，进入临川城西部，与突入临川城东部的日军第3师团进行激烈巷战。战斗至5日拂晓，日军在6架飞机直接支援下向第294团发动猛攻。该团因伤亡过众而主力又未到达，被迫退至城南七里店一带防守。此时第79军军部及第98师主力已到达龙骨渡附近，第194师到达东馆附近。
日军第13军发现第九战区的第79军等部已进至临川地区，为解除右侧翼威胁，立即令第34师团主力在进贤转向南进，企图从新余西渡过抚河，与刚到南昌的竹原支队及第3师团等在抚河以西地区围歼第79军。
1942年6月6日，日军第3师团及今井支队分别从临川、桐源向展坪暂6师阵地及第98师长里店阵地进攻；第34师团及竹原支队亦从三江口、仙姑山并列向水口庙、杜家园等第4军新编第11师阵地进攻。激战终日，第98师退守秋溪，暂6师及新11师被日军包围。暂6师伤亡惨重，残部于当夜突围去乐安；新11师于7日晚方突围至港头嘴、潘桥一带。1942年6月7日，日军第3师团攻占宜黄、崇仁，第34师团及竹原支队亦进至崇仁以北地区，抚河西岸形势严峻。第79军遂令第194师退守南城，第98师退守梨溪。
1942年6月9日，日军第3师团从宜黄向梨溪第79军进攻，第79军向南城转移，日军跟踪追击。1942年6月10日，第79军军长夏楚中令第194师附江西保安第2团固守南城，军部及第98师撤至南城西南约30公里的里塔圩附近。暂6师突围后仅余1000余人，亦从乐安再撤至南丰。
日军第3师团分两路由西、南两个方向包围南城，展开猛攻。激战至11日晚，日军已迫近城垣。一部日军向城东迂回，其先头分队与位于东门外第194师指挥所的警戒分队战斗。第149师师长郭礼伯竟放弃指挥，率领特务连向东逃走，守城各团发现师长及指挥所已带头逃走，便各自突围退走。但防守北门外的第582团突围后在睹江西岸又被日军包围，仅少数官兵泅水脱险，大部被歼（战后统计，归队官兵仅200余人，牺牲人数达1500余人）。南城于1942年6月12日晨为日军占领。第79军转移至洋墩、硝石一带集结整顿。
日军攻占南城后，认为在抚河以西打击第79军夏楚中的目的已经达到，遂命第34师团向临川以东集结，准备转用于浙赣路方面；同时令第3师团进至南城以东的金溪地区。临川、南城以及宜黄、崇仁、三江口等各要点的据守部队仅有今井、竹原及井手支队，抚河以西地区日军兵力十分薄弱。
第九战区见日军主力东移，东调的第4军亦已于13日到达新干一带，遂决定以第4军欧震担任主攻，第58军孙渡在第4军左翼担任助攻，向崇仁、宜黄及临川等地实施反攻。第4军以第59师、第90师为第一线部队，第102师为预备队，从新干东南向崇仁、宜黄进攻；第58军以新10师、新11师从樟树镇以南向临川进攻；第79军因损耗过大，战斗力微弱，仅以一部兵力实施佯动，牵制南城日军。 
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為免主力部隊作不必要的損耗，國軍變更部署，避免與日軍在衢州附近決戰。6月3日，國軍主力撤離鐵路正面至南側山地，準備在日軍沿鐵路突進時分斷截擊；第八十六軍則守備衢州，與日軍展開激烈的攻防戰，後於6月6日突出重圍。第三战区派预备第5师在富春江北岸独立作战，阻敌前进，并掩护大军撤离。战区总司令部的命令是：预备第5师必须死守建德三天，若擅自撤退，按军法惩办；因司令长官部、总司令部在转移中，三天内不联系。
6月7日至16日，一直西進的日軍攻克玉山、廣豐、上饒、貴溪，並於7月1日在橫峰與進攻東南的部隊會合。之后，转为对机场、铁路的破坏和对战略物资的掠夺。日军由于战线长兵力分散，处处遭到国军的反击,于8月中旬开始在浙赣战线缩短防线。至8月底，浙赣西段之日军全部撤回原防,浙江地区日军撤至新登、兰溪、金华、东阳、奉化之线，战役遂告结束，國民政府在浙赣两省的机场被彻底破坏。
國軍在富春江東岸及浙南地區展開游擊戰，不斷襲擊牽制日軍，主力撤回金華和撫河西岸等地區。在撤退過程中，中日雙方於常山、華埠和仙霞嶺交戰。國軍最後在日軍遭受損失而退回金華、蘭溪一角之地時，駐守撫河東岸而與敵對峙。
从江西到衢州一路，日军部队在城乡居民区的水井、水塘和食品中投放了霍乱、伤寒、炭疽菌以及跳蚤细菌。1942年8月31日，日军全体撤离衢州。据当时被捕的农民回忆，在1942年8月，日军将装有细菌的水滴在饭里，然后分发给战俘食用，还有日军强迫战俘喝带细菌的水后放他们离开，导致疫情不断扩散。据统计，1940年至1945年期间，日军在衢州进行的细菌战导致该地区连续八年爆发传染病大流行，患病人数达到30万以上，死亡人数超过4万。1941年下半年，鼠疫传播到了义乌，当时居住在义乌城区北门的金祖惠突然发烧，出现淋巴肿大等症状，口渴难耐，不断地饮水。由于当时信息传播不畅，义乌居民不知道疫情是由日本人传播的，只知道有瘟疫爆发。为了避免被隔离，每户人家都不敢公开宣称家中有人死亡，都是悄悄地在半夜将尸体埋掉。
相較起其它中國戰場戰役，本次戰役出現特殊狀況，非戰鬥人員遭大規模殺戮現象；起因於日軍為了報復當地軍民協助美軍，731部隊在戰役中有計畫性的散播霍亂、傷寒、腺鼠疫及痢疾病原體。但731部隊在這場大規模生化戰實踐過程中並不成功，雖然有效對當地軍民實施生化屠殺，友軍卻也遭池魚之殃；後世統計日軍約有1700人死於生化攻擊、超過1萬日軍出現戰病案例，導致日軍雖然在戰術上成功，但戰果上卻出現與既往有異之傷亡比。主導這次大規模生化攻擊的石井四郎在1942年8月1日遭撤換。