切斯特·威廉·尼米兹 太平洋戰爭
10月25日早上，不幸的消息開始接踵而來。4時12分，金凱德在其參謀多番催促之下，終於決定詢問海爾賽戰艦的行蹤。為免言詞過於直接，金凱德先向海爾賽報告蘇里高海峽海戰獲勝的消息，然後順道問及「第34特遣艦隊是否仍在守備聖貝納迪諾海峽？」，但海爾賽要到早上6時48分，才接到該段信息。而就在1分鐘前，克利夫頓·斯普拉格（Clifton Sprague）的一架反潛偵察機，猛然發現日軍的大和號戰艦及多架巡洋艦，正在高速迫近護航航空母艦。7時4分，金凱德接到史伯格遭栗田艦隊炮擊的消息，薩馬島海戰爆發；而7時5分，海爾賽回覆金凱德，稱第34特遣艦隊已跟隨航空母艦北上，附近沒有任何重型軍艦可以支援。7時27分開始，金凱德及史伯格先後四次以明碼向海爾賽求援，但當信息陸續傳抵海爾賽時，他的航空母艦正忙於恩加尼奧角海戰。當時李的戰艦完全沒有任務，但海爾賽沒有將之調回南方，而希望以之追擊小澤的伊勢號戰艦及日向號戰艦，故此僅在8時48分命老約翰·麥凱恩的航空母艦加速前往救援。麥凱恩的支隊原先正前往烏利西補給，根本不可能及時趕到。
尼米茲對海爾賽艦隊的行蹤，同樣沒有把握。一直以來，尼米茲均信任前線指揮官的判斷，放手讓其制訂作戰方案，而不作干預。不過，當薩馬島海戰的消息傳抵珍珠港後，尼米茲便面對一兩難困境：應該繼續放任前線指揮、還是保險地詢問海爾賽艦隊的動向？由於情況危急，到早上10時，尼米茲終於接受了其助理參謀長伯納·奧斯丁的建議，對海爾賽發出：「目前第34特遣艦隊在哪？」的訊息；然而兩人當時想法不一，尼米茲認為要發出一封具有鼓勵性質的訊息，意思猶如「目前第34特遣艦隊在哪？它應該儘快趕去吧？」，並深信海爾賽看得出他的用意；但奧斯丁卻認為這是單純的詢問，他口訊給文書士「第34特遣艦隊在哪？自尼米茲將軍發給第3艦隊司令，會金恩將軍與金凱德將軍」，後者聽出其強調之音，便在訊息中加註了「哪裡－重複」，接著又送到了通信部門，當時要發送此訊息的值勤少尉按照正常程序將人名換成職位名後，開始加諸其他文字，由於要掩飾文章的開頭與結尾，必須加入一些看來無意義的片語，同時也要以雙子音與正文隔開。這名少尉正好想到當天是1854年的巴拉克拉瓦戰役發生日，又想到了英國詩人丁尼生的作品《輕騎兵的衝鋒》，其中有一句：「全世界都想知道」就被少尉挪用於中，並在首段加上「火雞走向水」，整個訊息就變成了：
「TURKEY TROTS TO WATER GG FROM CINCPAC ACTION COM THIRD FLEET INFO COMINCH CTF SEVENTY-SEVEN X  WHERE IS RPT WHERE IS TASK FORCE THIRTY FOUR RR THE WORLD WONDERS」
送到海爾賽那裡整段信息的轉換流程為：主文前部份的首兩個詞與後兩個詞開首字母相同，如上文粗體標示。這段文字在解密時應予以刪除，而介乎GG及X之間的資料為發送與接收者元數據，「CINCPAC」代表尼米茲、「ACTION」表示「給」、「COM THIRD FLEET」指第3艦隊司令—海爾賽、「INFO」指轉達、「COMINCH」指美國艦隊總司令—金恩及「CTF SEVENTY-SEVEN」指第77特遣艦隊司令—金凱德，而在X後面才是正文，即「哪裡－重複，第34特遣艦隊在哪裡」（WHERE IS RPT WHERE IS TASK FORCE THIRTY FOUR），「RR THE WORLD WONDERS」則非正文的一部分。
然而恰好的是，海爾賽有規定若有急電傳來，通信員不需要將其轉為公文形式，直接送到指揮艙即可。當尼米茲的急電被破譯出後，文書士立刻將他交給波頓·戈德斯坦少尉，後者看了知道是給海爾賽的急電，但覺得其結尾語雖然有以子音分開，卻很像正文的一部分。他交給了上級查爾斯·福克斯上尉過目，後者認為連同結尾片語一起交去給海爾賽較好，並認為交給指揮艙的聯絡軍官會告訴海爾賽後半部是附加的。但聯絡軍官一看到是給第3艦隊司令的訊息就直接送交了，沒有聲明正文訊息僅有前半段，故此當海爾賽接到信息後，其內文變成：「哪裡－重複，第34特遣艦隊在哪裡，全世界都想知道。」
這段信息使海爾賽極為憤慨，認為尼米茲正對他譏諷，並叫金恩與金凱德一起來看他受辱。他事後回憶道：「就像我臉上挨了一拳般，我感到震驚，這張紙在我手中抖動，我摘掉我的帽子，把它扔到甲板上，喊了些我沒臉記起來的東西，我根本無法相信尼米茲會這樣侮辱我。」要到10時55分，海爾賽才命波根的航空母艦及李一同轉往南方，而兩支支隊更要到11時15分才開始轉向。幸好栗田先是遭到史伯格的驅逐艦拼死衝擊，後又被麥凱恩逐漸密集的遠距艦載機攻擊，而調頭撤退，沒有威脅到威爾金森的登陸艦。雷伊泰灣海戰在26日正式結束。雖然尼米茲與海爾賽兩人很快便釋除誤會，並保住了兩人的友誼；但金凱德與海爾賽的關係卻逐步走向破裂。
11月2日，尼米茲准許海爾賽在5日空襲呂宋，以盡快支援麥克阿瑟的部隊。稍後奧爾莫克灣戰役及民都洛島戰役先後爆發，但海爾賽的艦隊卻因缺乏準確的天氣預警，在12月18日遭快速增強的颱風「眼鏡蛇」（Cobra）正面吹襲，三艘驅逐艦因此沉沒。軍事法庭在12月26日開始在烏利西審訊，最終判決海爾賽應為事件負上全責；但在尼米茲及金恩兩人的背書下，法庭同意海爾賽只是急於及時支援菲律賓戰役，故此無需受罰
12月19日，尼米茲晉升為五星海軍上將。當海爾賽即將受審時，尼米茲亦到了烏利西，並與海爾賽會面。期間海爾賽要求尼米茲准許派航空母艦入南中國海，以攻擊可能撤退到該處的日軍艦隊，並獲尼米茲准許。由於珍珠港離前線過於遙遠，尼米茲在1945年1月2日將太平洋司令部遷至關島。
雷伊泰戰事告終後，尼米茲打算將第7艦隊部分戰艦及驅逐艦調回第3艦隊，以集中艦隊兵力，按期在1945年1月中旬攻打下一個目標—硫磺島，該島對B-29轟炸機轟炸日本的行動重要性甚大，不但日軍可在此確認美軍轟炸機的行動而通報東京，亦可派遣截擊機攻擊轟炸機，美軍亦可利用該島進行對B-29的加油工作。但由於盟軍的仁牙因灣戰役及呂宋島戰役即將開始，金凱德與麥克阿瑟均不願意交出艦隻。金凱德指若果削減第7艦隊的巡洋艦及驅逐艦，則美軍登陸艦將容易受神風特攻隊攻擊；而麥克阿瑟則指尼米茲若調走受創的加利福尼亞號及新墨西哥號維修，第7艦隊將只有四艘戰艦可用，無法招架日軍殘餘的六艘戰艦。然而尼米茲卻指出，只要太平洋艦隊及早開始硫磺島及沖繩島戰事，聯合艦隊並不會干擾呂宋的美軍；保護菲律賓的最佳方法是由太平洋艦隊主動摧毀日軍戰艦，而非強化第7艦隊作被動防守；更何況受損的兩艘戰艦對麥克阿瑟的幫助有限。
不過，就連第3艦隊亦無法及時準備硫磺島戰事。海爾賽在1月10日進入南海後，先後空襲了越南等地，但未有找到日軍的兩艘戰艦。接著海爾賽獲尼米茲批准，在15日及16日空襲香港、中國南部沿海及台灣三地，仍舊找不到日軍戰艦。兩日後尼米茲雖然得悉伊勢號及日向號正在蘇門答臘以東，但在權衡輕重後，命海爾賽盡快離開南海，以預備攻打小笠原諸島。不幸的是，海爾賽再次遭遇惡劣天氣，艦隊無法補油，結果被困在呂宋以西海域。由於天氣預報惡劣天氣要到19日才會緩和，海爾賽提議將艦隊取道菲律賓南部的蘇里高海峽，在補油後繞過菲律賓南部，再往北空襲台灣；但尼米茲指棉蘭老島的日軍必會因此發現第3艦隊，聯合艦隊便可能如麥克阿瑟所顧慮，由日本本土開赴呂宋，故此建議海爾賽稍作等待，在19日後穿越呂宋海峽。不過為免雷伊泰灣的誤會重演，尼米茲強調海爾賽有權自行選擇，而司令部絕對信任並支持其所有判斷。終於，海爾賽選擇了呂宋海峽路線，並在1月20日成功離開南海，再次空襲台灣，然後返回烏利西休整；而尼米茲與麥克阿瑟兩人亦互相讓步：加利福尼亞號及新墨西哥號在1月22日離開雷伊泰前往維修；而金凱德則可保留其巡洋艦及驅逐艦。1月26日，斯普魯恩斯接替海爾賽，第3艦隊再更名為第5艦隊。
雖然硫磺島戰役最終延遲至2月19日才開始，但尼米茲及其參謀均對戰事充滿信心。相比馬里亞納群島戰事，尼米茲不但大幅增派戰艦炮擊硫磺島，又與陸軍航空兵聯手，多次轟炸陸上設施；但在栗林忠道的指揮下，日軍利用火山灰和水泥建構了構築了堅固的工事，使美軍攻擊損害不大。硫磺島的機場往往在美軍空襲後數小時便可重新使用，再加上其以自殺式飛機攻擊美軍艦隊，擊傷美軍航母薩拉托加號，擊沉護航航母俾斯麥海號。美軍以火焰發射器緩慢地肅清躲在島上洞穴內抵抗的日軍，太平洋艦隊司令部發出公報表示：「截至2月21日晚上6點，美軍已有644人陣亡、4108人受傷和560人失蹤」某家報紙便建議「給我們子弟兵放個假，用毒氣幹掉日本兵。」但羅斯福與尼米茲皆不願違反《日內瓦議定書》上禁止毒氣的規範，即便日美兩國均非簽字國，尼米茲後來承認他的遲疑「使很多優秀的陸戰隊員喪生」。3月24日，尼米茲親自到硫磺島視察，而美軍在26日宣佈硫磺島戰役結束。
3月23日，第58特遣艦隊稍做歇息後即開始重擊沖繩島。雖然B-29轟炸機一直隸屬於阿諾德及李梅兩人指揮，但聯席會議同時准許尼米茲在「戰術或戰略緊急情況」下，直接調動兩人的轟炸機；而李梅認為轟炸沖繩只不過是普通任務。最終尼米茲成功派B-29轟炸九州，並使日本的天號作戰延期至4月6日才開始執行。
另一方面，英軍也在1945年1月派出了第57航空母艦特遣艦隊加入了對日作戰，並空襲了印尼南部地區。沖繩戰役爆發前夕，美國參謀長聯席會議打算派英軍繼續空襲印尼，並獲麥克阿瑟及金恩支持。然而，尼米茲及斯普魯恩斯均希望英軍可協助空襲琉球群島南部，減輕第5艦隊面對神風特攻隊的壓力。邱吉爾及英軍參謀大力支持尼米茲的計畫，讓英軍可以參與太平洋的重要戰爭。最終金恩准許英國航空母艦以第57特遣艦隊身份參與沖繩戰役，並受尼米茲的直接指揮；但他同時給予英軍航空母艦一定彈性，可在七日通知期限後撤走，它們於3月26日加入了對沖繩島的攻擊。
至於日軍的反應，3月25日，豐田副武就展開了對美軍艦隊攔截的天號作戰，但因為機場狀況不佳與調度不順而執行速度緩慢。4月1日，美軍開始登陸沖繩島後，日軍才集結了355架的自殺飛機與世上最大的戰艦大和號，進行對第58特遣艦隊的特攻作戰。4月7日，大和號在缺乏空中掩護的情況下被美軍轟炸機擊沉。沖繩島的進展同硫磺島般地緩慢，尼米茲一度懷疑是否陸軍存心以緩慢而小心的挺進，犧牲支援的海軍部隊，他也因此與指揮地面作戰的西蒙·巴克納將軍激烈的爭吵。長期執勤也使前線指揮官極為疲憊。5月17日尼米茲先命哈利·希爾（Harry W. Hill）取代屠納，指揮第5艦隊的兩棲軍；到5月28日海爾賽也接替斯普魯恩斯，艦隊再次更名為第3艦隊。不過海爾賽的艦隊在6月5日再次遭到颱風正面吹襲，多艘艦隻損毀。15日軍事法庭在關島審判事件，斥責第3艦隊沒有汲取教訓，改善天氣預報，更指海爾賽應為事件負上主要責任，並建議尼米茲考慮將海爾賽及麥凱恩「調到其他職務」。海軍部長詹姆斯·福萊斯特一度希望尼米茲勒令海爾賽提早退役，但不欲因此打擊美軍士氣；而金恩則讓海爾賽向福萊斯特申冤，最終使海爾賽可繼續指揮艦隊。
6月21日，美軍佔領沖繩島，為了拿下該島，海軍付出了相當重的代價，包括英軍船艦在內共有13艘驅逐艦被擊沉、37艘受損、9艘艦隊航空母艦受損。但美軍也因此完成了對日本的包圍網，讓尼米茲自4月起實施對日本進行的海空打擊補給線的「飢餓行動」效果更佳。沖繩戰役結束後，尼米茲命令海爾賽自7月開始空襲日本本土。
尼米茲深信可以海軍封鎖日本而迫使其投降，他個人雖不贊成美軍進攻日本本土的行動，但還是與幕僚們討論與麥克阿瑟合作的事宜。美軍先前就擬定了進攻日本本土的「沒落行動」，並分作「小王冠」與「奧林匹克」兩方向的進攻計畫。早在3月拿下呂宋島後，麥克阿瑟的作戰範圍僅剩該島以南，與尼米茲的本土攻勢相比可說是毫無重要性，陸軍為此提出抗議。原先在4月3日，參謀長聯席會決議兩人都不擔任總指揮，令尼米茲指揮包括第7艦隊的海軍部隊，麥克阿瑟則指揮所有陸上部隊（含海軍陸戰隊），但補充了要兩方在舊有指揮架構下完成現在的作戰，並要在相互同意下、漸進地轉移到新指揮架構。然而在4月13日，麥克阿瑟的屬下蘇瑟南將軍與其幕僚前來尼米茲的關島指揮所，向後者高傲地表示麥克阿瑟希望儘快完全接掌尼米茲手下的陸軍部隊，並不會再有海軍將領指揮陸軍部隊之事，而尼米茲表示則予以拒絕。麥克阿瑟也同樣拒絕前來關島討論進攻計畫，尼米茲遂於5月15日前往馬尼拉直接會談。兩者很快地就屏除了「海軍將領不得指揮陸軍部隊」的問題，也拋棄英軍在歐洲戰場「登陸前後各交由一名將領擔任總指揮」的作法，建立日後許多協同作戰的基礎；最終，尼米茲將指揮第3與第5艦隊，前者負責掩護，後者則搭送兩棲部隊。
在制定計畫期間，尼米茲也得知了原子彈的存在；在7月15日時，他觀看了世上第一枚原子彈試爆的影片，認為其並非適當的作戰武器，希望美軍不須使用它。8月6日，美國於廣島投擲了小男孩原子彈，而日本政府仍舊沒有回應；8月9日，美軍再投擲了胖子原子彈於長崎；同日，蘇聯紅軍也加入了太平洋戰爭，擊潰了駐於滿州的日本關東軍，打破了國內主戰主和派之間的僵局；8月15日，日本接受《波茲坦宣言》，宣佈投降。
9月2日，盟國與日本於停泊在東京灣的海爾賽艦隊旗艦—密蘇里號戰艦上簽署和平協定—《降伏文書》，麥克阿瑟代表同盟國，尼米茲則代表美國在和約上簽字。