徐階 生平
次年四月，宦官许义在宫外手持利刃吓人财物，碰到时任巡视中城御史的李学道后甚至谩骂对方，李学道非常恼怒，并没有等上朝时参奏便就地处罚鞭笞许义。后许义所党都十分愤怒，到司礼监哭诉希望可以抓住李学道报复，徐阶告诉他们说尽管李学道不知事理，但是中官私自出宫也是重罪，众人听后也暂时放弃继续追究此事。然而在次日早朝，李学道就上疏参奏许义，激怒了那些宦官，在午门外被百余宦官殴打。以王廷为首的一众言官见此决定上奏纠问中官，却被徐阶以以前皇帝袒护宦官的理由而拖延。徐阶后又让人去问文书官尚文道他们司礼监现在又该如何做，尚文提出说只要徐阶不偏袒外廷一方就行，却被徐阶吓唬说这样继续发展下去会被皇帝重责于司礼监，因此需要先行奏报，在王廷等人奏上前参奏参与进去的那些宦官。而后太监滕详按照徐阶所言参奏给隆庆，许义等十二人被锦衣卫捉拿并在东上门外受杖刑并充军，外廷因此士气大振。
隆庆在早年多次在军队、地方启用中官，即宦官。徐阶并不赞同对中官过于放权，所以多次上疏阻止。隆庆元年七月，太和山提督中官吕详因贪墨之罪被时任湖广巡按御史的陈省弹劾，兵部在覆奏时更是提出要将中官分守地方的职权永远裁革，并停止当地的贡品。在此疏通过后隆庆却又下旨说要司礼监刘进去替代吕详，却又因欧阳一敬谏言再换另一监丞柳朝，因此徐阶上《论太和山提督内臣敕书》疏劝阻隆庆，在奏疏内解释说这本来是宪宗时候就有的旧制而且这些中官在地方会为害一方，民心不稳，希望隆庆可以撤回中官之职。最终隆庆被说服，按照宪宗朝制拟敕，令柳朝只能提督太和山关防而不再分守地方。
九月癸丑，隆庆下旨令中官吕用、高相、陶金坐营团营，尽管兵部尚书郭乾试图上疏阻止，被隆庆以《大明会典》所载条例驳回。后以时巡视京营的兵科都给事中欧阳一敬为首的多位言官都上疏请求隆庆撤回成命，却被他把本章都送到了内阁令徐阶过览。徐阶了解此事后上《进拟科道谏止内臣坐营票贴》疏，在其中赞同了郭乾的提议，说团营本就没有，嘉靖后来也取消了这一制度，希望隆庆可以效法太祖、先帝，撤回成命。隆庆接到奏疏后十分不悦，下谕指责徐阶和言官都不尊上意，使得徐阶不得不再上第二疏《缴内臣坐营谕》解释说现在恢复三大营后事态良好，中官坐镇团营则需要再次变更先帝的种种法规，最终说服隆庆罢去此念。
隆庆三年二月，隆庆派遣中官李佑前往苏杭等地负责织造事物，尽管受到了工部和都察院的阻扰，却依旧被执行。徐阶在拟定敕书前再三警告李佑，告诫他不要争利，在得到李佑的保证说他会将成品送到隆庆御前而不是通过织染局后，徐阶才写定了敕书交由李佑。
由于嘉靖已经去世，徐阶先是按照遗诏所写起复了前朝因言获罪的诸臣，将为诸臣平反而被除名的陈瓒引为吏部给事中，直接上疏为杨继盛、罗洪先、杨最等人请恤，此举得到了天下士子的称赞。隆庆二年初，徐阶引新科进士、翰林院编修黄凤翔在内书堂教导宦官，他在《田亭草》中感叹他在教习很久后才发现徐阶对于当时宦官教育的贡献巨大，在书内黄凤翔提到徐阶早在嘉靖四十四年时就开始改革对于宦官的教育，他认为以前教习宦官的都是已经有过多年经历的人，门生过多，因此开始录用新晋翰林教习宦官。徐階執政時期，为民办了许多事，減輕百姓負擔，并着力纠正严嵩担任首辅期间的乱政、怠政现象，朝野稱之為“名相”。
隆庆元年八月二十六日，隆庆下旨准备亲自于天寿山进行秋祭，徐阶得旨后并没有执行，而是先上《止驾诣天寿山》疏劝阻隆庆。徐阶在奏疏中解释尽管隆庆是因“圣孝”才想亲自去天寿山，但是天子之孝以社稷为重，这也是为什么礼制规定天子亲自去的只有太庙，山陵等之需要排遣官员就行；他还说宣大蓟辽四镇经常有警报，不适合天子外出。隆庆紧接着下旨让徐阶遵照之前的旨意执行，徐阶便于次日再上疏继续劝阻，他奏说边报紧急，而且沿路百姓由于天灾非常愁苦，如果隆庆一路走过去，难保没有什么意外。隆庆对此回应说他（徐阶）接到圣旨就应该执行，为何还要有这样的“烦言”，徐阶不得不继续回奏，引用了李世忠的回报，说喜峰口、古北口都有敌军要犯，继续劝说隆庆，隆庆最终放弃了在此时亲去，说等事态平稳后再议。
在隆庆二年二月，隆庆决定亲自去天寿山进行春祭，就在十三日，时卧病在家的徐阶被催促跟随前去，他更是被以“公独能高卧不一，扈跸奉俎豆于永陵之下乎？”所威胁，不得不在二十七日跟随隆庆一同春祭。二十八日到达天寿山后，隆庆本来想要出斋宫观看历代陵墓的形势，徐阶在旁以旅途劳累为由继续阻拦隆庆外出的念头，使得隆庆最后祭典完成后才得以一观。
在春祭结束后不久的三月十二日，隆庆因宦官提及南苑兴盛，下谕要去其南海上林苑视察。谕旨下达内阁后被徐阶留下，回奏说上林苑没有视学耕籍相关的事物，不值得他去视察；又说才从祭典回来不久，不宜再次出行。然而隆庆并未理睬，在二十五日下中旨通知了各衙门。以吏部尚书杨博、监察御史郝杰为首的一众官员都上疏请隆庆不要游幸，徐阶也根据他们的奏疏写了一篇奏疏呈上。却不想内阁传出说游观南海子是祖宗故事，行宫也还在，不需要多言什么。这引起了反对者的动摇，最后在傍晚奏疏才得以呈进。次日，隆庆起驾前往上林苑，到达后却发现那里一片莽荒，行宫治理不佳，也后悔来了，遂回程。而跟随隆庆的徐阶在路中因多有愤怒、惭愧之情，食不能咽，在归还后便生病了。因此他不得不请假在家调理，在奏中本还请求致仕，然而隆庆下旨派遣太医帮忙调养，并赐下不少酒肉，并婉言拒绝了徐阶的辞呈。
隆庆二年二月四日，徐阶一品考满十八年，他顺势上疏请求致仕，在疏内说他已经六十六岁，精力衰竭，体弱多病，希望可以致仕，并“不惟辅弼重任不玷于非人”。两天后，隆庆下旨说他九年再满十分高兴，不准辞职，还让吏部继续草拟徐阶的恩典。徐阶接到圣旨后又上《乞休并收回恩命》疏，说他这次历满九年并还有恩典的确不胜感激，然而他依旧年老体衰，最好请辞，吏部所拟的赏赐一概不要。隆庆以为徐阶前一次奏疏只是因为循例上疏请求恩典，所以在徐阶上第二疏的时候下旨垂问说已经让吏部重加恩赉，为什么还要继续请辞。随后他又下旨特为徐阶的俸禄加到伯爵一级，荫恩徐阶的一位儿子为锦衣卫正千户。在一个星期后被隆庆点为钦命九推大臣，但是徐阶在数日后上了第三疏致仕，又被隆庆拒绝，还遣人送他一套大红麒麟服及很多赏赐，并请他继续辅理朝政。事后徐阶则借由自己生病的机会，继续连上多道奏疏，想要致仕。
同年七月十四日，时任户科左给事中的张齐上《边事重大元辅不堪恳乞圣明大奋乾断亟赐议处以保安宗社事》疏弹劾徐阶，在疏内他举出徐阶早期支持嘉靖修道，然而在遗诏里面历数信道的过错，和严嵩结亲但是后来反而攻歼严家，这样的徐阶“为人臣不忠，与人交不信”。尽管隆庆随即就将张齐贬官出京，徐阶在七月十五日便上《被论乞休》疏，他在疏内借张齐所疏为由坚决请求致仕，但也在内详细解释了他被张齐所弹劾理由背后具体的原因。隆庆在犹豫两日后徐阶又上一疏请求致仕，他的辞呈被准许。此事在当时多有争议，多人记载徐阶的辞呈被同意是因为李芳的缘故。时任内官监太监的李芳和徐阶曾有结怨，他早初想要找徐阶的门路来当上司礼监太监，却被徐阶所拒绝；在徐阶上疏前又有吴时来弹劾刘秉仁勾结内侍，这导致李芳误以为徐阶想要斩杀他这个被刘秉仁所称赞的太监，由此更加怨恨。而在徐阶上奏后张居正向李芳透露了徐阶不想继续任职，因而李芳借此机会传旨同意了徐阶的辞呈。
谕旨下发后，内阁大学士张居正、李春芳等人上书想要穆宗挽留徐阶，穆宗解释徐阶已经多次递辞呈了，现在还照仿杨廷和旧事给予徐阶了很多赏赐。吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀等人也都上书请求将徐阶留下，被穆宗留中。这时，都察院左都御史王廷上奏说张齐如此弹劾徐阶的原因是因为他所勾结的盐商贿赂徐阶不成，利益收到损伤所致。穆宗很快下谕令将张齐下狱，并让锦衣卫去进一步定罪，徐阶因张齐所上的辞呈并没有因此被驳回。直到隆庆四年，张居正向徐阶致书，他在内向他老师说明了三件对不起徐阶的罪过，分别是在高拱被罢官时不帮助座师、徐阶致仕时也没有帮忙表明老师的诚节及在此后的三年中也没有为此表明清白。
徐阶在万历四年转告王锡爵的书信内对他的政绩进行了一番自我评论，他起头便解释了他之所以拒绝张四维为修《明世宗实录》的访问，是因为在此期间有很多难言甚至于不忍言之事。后他说嘉靖曾以为内阁阁臣无相名而有相道，他在内阁十七年，执掌朝政超过六年，对嘉靖恼怒、疑惑基本都可以转移解救；对朝廷士人，哪怕在被严嵩所黩贷之后，也能变贪为廉，通过诚、正使得官吏服气，能让他们大多不再放纵肆扰各个机构。对内的九卿及都察院，他以谦虚的态度对待他们，让他们各司其职；对外将帅他施以恩礼，使他们可以尽心守御。徐阶说这些事情通过他的拟票、所写诏敕还有奏对都可以看得出来，但是又有很多事情只是临时谋划，无法一一记住，也没办法写下来。徐阶认为他做的关系社稷的事情中最重要的是阻止了嘉靖南幸及保护穆宗，他觉得嘉靖父子之间的事情是不忍言之事，身为臣子需要仰护主上的盛美。
隆庆二年七月二十一日，徐阶正式从京城出发回家，九月初四抵达华亭。后来隆庆下褒美之敕，徐阶诵读后感激涕下，谒祖茔后刻辞于石。十二月十四日为世宗祭日，徐阶以素食竟日，这也成为他每年的习惯。徐阶在回到华亭后主要以享受生活为主，很少再阅读经籍，转而和好友共同钓鱼、咏诗。不久后由于长时间没有居住于南方，水土不服而患脚疾，不得不称病谢客，卧床在家听晚辈诵读诗文。在此期间，徐阶的思想观念多有转变，他以孔孟程朱为例，认为将自己的著述流于后世比之官爵更加有价值。
隆庆三年六月，时任佥都御史的海瑞巡抚应天，在其任期内颁布了《督抚条约》，清查当地政务。徐家由于拥田众多，海瑞清理土地的诉讼案件、勒令豪门大家清退田土时他们也受到了极大的影响。徐阶在了解到海瑞的施政意图后，他先是致书时为松江知府的衷贞吉，指出海瑞尽管为人民着想非常恳切，根据新法这样下来奸民就会坑害富户，并又向衷贞吉提议了一种新的借贷办法，认为这个方法可以一举两得使得“庶恤贫安富”。徐阶同时也支持海瑞当时的政策，即刻退还家族名下部分田地，是当地最早退田的人家之一。海瑞后再次复书徐阶，认为徐家还需要清退更多土地。时任内阁首辅的李春芳也致书海瑞，却想不到，海瑞坚持要徐阶继续清退土地，他在回复的书信内例举了徐阶以前在当地针对水灾等事的功劳，说为了徐阶“百年后得安静”，最好清退一半的土地，以免“群小”的骚扰。徐府此时也因大量诉讼者而被烦扰不堪。后来给事中戴凤祥等人也上疏弹劾海瑞，戴凤翔在疏内认为海瑞“鱼肉缙绅”，尽管有为国为民之心，但是做事太过急躁。最后海瑞被罢免。
徐家在海瑞就任时所拥有的土地数目有多种记载，少则二、三万亩，多则四、五十万亩。
仅仅半年后，高拱再次入阁并兼领吏部尚书一职。据记载，当时他曾说其做事要“正大磊落”，明言摆脱他与徐阶之恩怨。然而于九月初六，高拱就上《正纲常定是以仰裨圣政》疏，以唐枢、王俊民的事情为例，试图抨击徐阶恩恤嘉靖朝因直言获罪之臣一事。高拱在疏内指出徐阶这样大量为那些被世宗所贬官的人平反是“悖君臣之义，伤父子之恩”。不久于九月十六日，高拱又上《辨大冤明大义以正国法》疏，以嘉靖享年六十岁、聪明睿智等为由，以希推翻王金案，尽反徐阶之政，认为徐阶“诬先帝以不得正终”。在阅览其奏疏后，穆宗下旨令刑部、锦衣卫再次会审，最后推翻了原判。尽管有多人上疏反对此判决，这依旧使徐阶不得不致书曹贞庵为他解除困境。
隆庆五年，王元宾以孙克弘之案牵连至徐阶，在疏中极言诋毁徐阶，而两个月后苏松兵备副使蔡国熙也以此治罪徐阶诸子。徐璠、徐琨都被罢官充军、徐瑛更是被削籍为民；时值徐陟也去世，徐阶被迫向高拱书请宽释。不过就在次年四月，蔡国熙便被调职，高拱在神宗登基一月后被罢，徐阶为此朝天拜谢天子（万历），说：“天子圣明，念老臣无罪，何以报塞大恩”。而后有人问他以前的这些事情，都被他以“老而好忘，忘之久矣”回答。
万历三年，徐阶大病，在致书李见罗时说道自己已经七十三岁，夏天这次大病虽然没死，但是也已经是废人了。秋天时海潮倒灌淹没了很多田野，徐阶请托巡按御史上疏请减免漕粮和常赋。万历十一年二月，徐阶以八十一高寿因剧病在月末与世长辞，李廷机后为徐阶请上文贞谥号：
万历批准后又追赠徐阶为太师，他的孙子徐元春也升官为光禄少卿。