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亚伯拉罕·林肯 总统任期
然而林肯却心照不宣地支持宪法的《科温修正案》；这一修正案在林肯入职前已经在国会通过，正等待各州签署，它将保护蓄奴州的蓄奴权利，并保证国会不会在南方不同意的情况下干涉奴隶制。在战争开始前几周，林肯向每个州长寄去信函，告知他们国会已经通过宪法的修正案。对于召开宪法会议以商讨进一步的宪法修正，林肯持开放态度。
在乘火车前往就职的路途上，林肯对北部的民众和议会发表演说。他在巴尔的摩躲过了暗杀的企图－他的安全首長阿兰·平克顿粉碎了这一阴谋。1861年2月23日，他便衣来到了华盛顿，然后受到军队的严密保卫。林肯在他的就职演说中将矛头指向了南方，再次宣称他没有意图，也没有废除南方奴隶制的意向：
南部诸州的人民看起来存在着疑虑：共和党执政意味着他们的财产、和平和人身安全将会出现危险。这种疑虑绝无明智的理由。真的，事实是最有力的证据，供大家去检视。你们可以从他几乎所有的演讲中发现这一点——就是现在在你们面前演讲的这人。我只能从这些演讲中挑选一篇，当时我发表宣言——我并不企图，直接地或间接地去干涉蓄奴州的惯例。我相信我没有这样做的合法权力，我也不倾向这样去做。——第一次就职演说，1861年3月4日
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他最后以向南方人民的呼告结束演说：“我们不是敌人，而是朋友。我们必须不成为敌人，回忆的神秘之弦，从每一片战场和爱国者之墓伸展开琴弦，在这宽广的国土上与每一颗搏动的心房、温暖的壁炉联结起来，当我们本性中的更为美好的天使——只要他们真的乐意——去再次触抚琴弦，我们仍将陶醉于联邦大合唱之中。”1861年和会的失败意味着妥协已经不再可能。到1861年3月，南方的领袖已经不再提议将以任何条件重返联邦。与此同时，林肯和共和党领袖一致同意，拆分联邦的行为是不可容忍的。在战争近结束时，林肯说到：双方都声称反对战争，但有一方宁愿发动战争也不愿让国家存留，而另一方则宁愿接受战争也不愿让国家灭亡，于是战争来临。
南卡罗来纳州萨姆特堡的指挥官罗伯特·安德森少校向华盛顿要求提供军需，而林肯同意了这一要求，分离主义者们视此为战争行为。1861年4月12日，邦联军队向萨姆特堡的联邦军队开火，迫使他们投降，内战由此开始。史学家阿兰·内文斯称新上任的林肯犯了三个错误：轻视了危机的严重程度、夸大了南方同情联邦的程度，以及没有意识到南方同情联邦的人坚持要求不要入侵。
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威廉·特库姆塞·舍曼在林肯就职的当周与他交谈，对他没有意识到“国家正安眠于火山口之上”和南方已经在为战争做准备感到“十分失望”。唐纳德说：“在就职和萨姆特堡走火之间的几个月里，他不停地试图避免冲突，这体现他对‘不洒下第一滴同胞的血’的承诺的坚持；然而他同样承诺堡垒不会投降。这相互矛盾的立场的结果便是邦联必须打响第一枪，而事实上他们也就这么做。”
4月15日，林肯要求所有州派出总共75,000名军人，重夺堡垒，保卫华盛顿，“保护联邦”——在他的眼中，联邦仍然存在。这一要求使各州必须决定立场。弗吉尼亚宣布脱离，作为奖励，邦联定都里士满，虽然里士满距离联邦相当近。北卡罗来纳、田纳西和阿肯色也在之后的两个月投票决定脱离。脱离的意向在密苏里和马里兰十分强烈，但最终没有成行；肯塔基则试图保持中立。
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在林肯发出命令之后，军队前往华盛顿保卫首都。4月19日，巴尔的摩控制铁路的分离分子攻击邦联军队。林肯暂停人身保护令，由此巴尔的摩市长乔治·威廉·布朗和其他马里兰州有嫌疑的政客在未被批准的情况下被逮捕和羁押。马里兰州一个分离主义团体的领袖约翰·梅里曼上书首席大法官罗杰·B·托尼，希望他开出人身保护令，并称不经审讯便关押他是非法的。托尼签署人身保护令，由此要求释放梅里曼，但林肯无视这一要求。在这之后和战争期间，林肯受到反战民主党人的强烈抨击，这些人被称为“铜头蛇”。
在萨姆特堡陷落之后，林肯意识到立即行政指挥战争以及制定反叛总策略的重要性。面临着前所未有的政治和军事危机，他作为总司令做出应对，前所未有地运用权力。他扩大自己的战争权力，封锁所有邦联港口，在国会同意之前拨款，并且在暂停人身保护令之后逮捕和关押数千名有嫌疑的邦联同情者。在这些行动上，林肯得到国会和北方民众的支持。除此之外，林肯还需要保证边缘蓄奴州对联邦的同情，并且使战争不要扩展成为国际冲突。
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战争使林肯逐渐受到蔑视，并占用了他大部分的时间和精力。从战争一开始，他意识到两党合作对于战争的胜利是必要的，但任何形式的妥协都会使双方不满，例如任命共和党人或民主党人担任联邦军指挥。铜头蛇们批评林肯拒绝在奴隶制上让步；而激进共和党人则批评他在废除奴隶制的道路上走得太慢。1861年8月6日，林肯签署《充公法案》，授权没收并释放被用于邦联战争的奴隶。事实上这一法令作用很小，但它体现了对在邦联中废除奴隶制的政治支持。
1861年8月末，1856年共和党总统候选人约翰·C·弗雷蒙特将军在未经请示华盛顿上级的情况下，宣布在密苏里州实施戒严。他宣布任何被发现携带武器的平民将被送上军事法庭并射杀，此外支持叛乱的奴隶将获自由。弗雷蒙特此前已经因为在军队中的渎职受到指控，并被控欺诈和腐败。林肯否决弗雷蒙特的法令，他认为弗雷蒙特释放奴隶的行为是政治行为，在军事上不是必须的，且也不是合法的。在这之后，联邦来自马里兰、肯塔基和密苏里的军人数目上升超过40,000。
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1861年末的特伦特号邮轮事件使美国和英国处于战争边缘。美国海军在公海上非法拦截英国商船特伦特号，并逮捕两名邦联公使；英国表示抗议，而美国则欢欣鼓舞。林肯释放这两人，成功避免同英国的战争。一开始由于经验不足，林肯的外交政策主要是不插手，他将外交决策基本交给国务卿威廉·苏厄德。苏厄德对于特伦特事件的最初反应太过激烈，由此林肯找到参议员、参议院外交委员会主席、英国外交专家查尔斯·萨姆纳。
为了学习军事术语，林肯从国会图书馆借得并学习亨利·哈勒克的书籍《军事艺术和科学的元素》。他十分费心地关注华盛顿战争部的电报；密切关注军事的每一个方面，与部长商讨，并根据过去的成绩（以及所在州和政党）任命将军。1862年1月，在对战争部的暴利和低效的控诉之下，林肯撤换西蒙·卡梅隆，任命埃德温·斯坦顿为战争部长。斯坦顿是保守民主党人（1860年支持布雷肯里奇），和许多保守民主党人一样，他后来在林肯任下成为反奴隶制的共和党。
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在战争策略方面，林肯认为有两者需要优先考虑：需要保证华盛顿防卫得当，以及积极出战，以满足北方对迅速和决定性胜利的渴求；主要的北方报纸认为应当在90日内赢下战争。林肯每周两次在下午同内阁会晤，玛丽·托德偶尔会要求他乘车，担心他工作得过于辛苦。林肯从参谋长亨利·哈勒克将军（欧洲军事策略家约米尼的学生）处学到控制战略要地的重要性，例如密西西比河；同时他也明白维克斯堡的重要性，并明白击败敌军要比占领土地重要。
1861年，在联邦于第一次马纳萨斯战役中败北和年老的温菲尔德·斯科特宣布退役之后，林肯任命乔治·B·麦克莱伦为全联邦军队总司令。麦克莱伦是一名年轻的西点军校毕业生、铁路公司经理和宾夕法尼亚州民主党人。他花了数个月计划和实施半岛战役，比林肯希望的时间要长。战役的目的是将波多马克军团通过船运运上半岛，登陆并占领邦联首都里士满。麦克莱伦不断的延迟，以及他所持的华盛顿不需要军队防卫的观点使林肯和国会感到不满。林肯坚持要求麦克莱伦必须拿出一些军队来保卫首都；而始终高估邦联的军力的麦克莱伦则将半岛战役的失败怪罪于此。
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1862年3月，林肯撤换麦克莱伦，任命亨利·韦杰·哈勒克为总司令，原因是麦克莱伦在《哈里森登陆信》中向林肯建议在战争中应当谨慎。麦克莱伦的信件激怒激进共和党人，他们成功使林肯任命共和党人约翰·波普为弗吉尼亚军团指挥官。波普同意林肯从北攻击里士满从而保护首都的战略意图。
然而由于没有得到此时指挥波托马克集团军的麦克莱伦的支援，波普于1862年夏天在第二次马纳沙斯之役中大败，波托马克集团军被迫第二次保卫华盛顿。1862年，战争同时拓展到海上，邦联“弗吉尼亚号”于汉普顿锚地海战中在弗吉尼亚州诺福克击损三艘联邦舰船，然后被联邦“莫尼特号”击损。林肯仔细评估战况，并质问海军军官。
林肯虽然对麦克莱伦没有支援波普感到不满，但受情况所迫，将华盛顿附近所有军队的指挥权重新交给他，由此也使除苏厄德之外的所有内阁成员感到失望。两天之后，罗伯特·E·李将军的军队跨过波托马克河进入马里兰，导致1862年9月安提塔姆战役的爆发。这是美国历史上最为惨烈的战役，但联邦军的胜利使林肯得以在次年1月公布《解放奴隶宣言》。林肯已经在之前起草好宣言，只等待着一场胜利，由此才不会被认为这是走投无路之举。
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麦克莱伦拒绝林肯追赶李的军队的要求，而唐·卡洛斯·布尔将军也拒绝让俄亥俄军团攻击东田纳西的叛军。由此林肯撤换布尔，以威廉·罗斯克兰斯取代之；在1862年中期选举之后，他用共和党人安布罗斯·伯恩赛德取代麦克莱伦。这两人在政治上都属温和派，也都更支持林肯。
伯恩赛德拒绝林肯的建议，提前跨过拉帕汉诺克河，并于12月在弗雷德里克斯堡被李击败。伯恩赛德不只在战场上失利，他的军队同时也丧失士气和纪律。1863年的逃兵数量上千，而在弗雷德里克斯堡之役后这一数目增加。林肯起用约瑟夫·胡克，虽然后者曾出口不慎，声称需要实施军事独裁。
在1862年中期选举，共和党遭遇严重损失，主要原因是公众对于政府没能迅速结战争、通货膨胀、高税负、腐败传言、人身保护令的废止和义务兵役法感到不满，并且担心获得自由的奴隶会扰乱劳动市场。9月的《解放奴隶宣言》使共和党在新英格兰的乡村地区以及中西部北部获得选票，但在中西部南部和城市中则失去选票。
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共和党受到阻碍，而民主党则获得激励，在宾夕法尼亚、俄亥俄、印第安纳和纽约发挥出色。共和党得以在国会中和主要的州（除纽约）中占据多数。《辛辛那提公报》认为选民“对于无止尽的战争状况，以及国家资源快速消耗但国家却没有发展进步而感到沮丧。”
1863年春，林肯对于接下来的军事行动十分乐观，以至于他认为只要通过一系列的胜利就能尽快促成战争的结束；战争的计划包括胡克在里士满北部对李的进攻、罗斯克兰斯对查塔努加的进攻、格兰特对维克斯堡的进攻，以及对查尔斯顿的海上进攻。
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胡克在5月的钱斯勒斯维尔战役中被李击溃，但仍然继续指挥几周的军队。他无视林肯的命令，分散兵力，而这可能迫使李在哈珀斯费里也做出同样的决策；胡克提交辞呈，林肯也予以接受，并任命乔治·米德取代之。米德跟随李进入宾夕法尼亚，展开葛底斯堡战役并为联邦取得胜利，但没能捕获李的军队。与此同时，在初期遭遇失败后，格兰特对维克斯堡实行包围，而联邦海军则在查尔斯顿港取得一定程度的胜利。在葛底斯堡战役之后，林肯意识到他的军事决策如果通过战争部长或总指挥传达给将军，将会更加有效（将军们不喜欢林肯直接干预策略）。即便如此，林肯仍时常以总司令的身份向将军们作出详细的指示。
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林肯明白联邦政府废止奴隶制的权力是受到宪法限制的——在1865年前，这一问题被交由州自己处理。他在当选之前和之后都提到，禁止奴隶制扩张到美国新领土将会导致奴隶制的最终灭亡。在战争初期，他尝试说服各州接受“有偿解放”以使他们终结奴隶制。他认为通过这些方式来限制奴隶制会在经济上消灭之，就如国父们所设想的那样。林肯分别在1861年8月和1862年5月拒绝由约翰·C·弗雷蒙特和少将大卫·亨特提出的有地域限制的解放方案，理由是他们没有这样的权力，并且这样做将会激怒忠于联邦的边缘州。
1862年6月19日，在林肯的支持下，国会通过法案禁止在联邦土地上实施奴隶制。1862年7月，《第二充公法案》获得通过，这一法案将解放支持叛乱者所拥有的奴隶。林肯认为国会并没有权力在那些州中解放奴隶，但仍然服从国会签署法案。他认为这样的行动只有总司令在宪法授予的战争权力下才能采取，并且他自己也打算这么做。同月，林肯同内阁成员讨论一份《解放奴隶宣言》的草稿。在草稿中他写到：“根据事宜且必须的军事手段，1863年元月1日起，所有在联盟国为人占有而做奴隶的人们都应在那时及以后永远获得自由。”
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林肯私下决定邦联的奴隶制必须被摧毁。然而铜头蛇们认为解放奴隶将对和平统一产生阻碍。颇有声望的《纽约论坛报》的共和党编辑霍勒斯·格里利便为之所影响。林肯便在1862年8月22日直接写信驳斥，林肯说，尽管他个人希望所有人都能自由，但他作为总统采取这项措施的主要目的是要维护联邦：
我在这场斗争中的首要任务是维护联邦，而不是保存或摧毁奴隶制。如果我能够维护联邦而不需要解放任何奴隶，我会这么做，而如果我能够通过解放所有奴隶而维护联邦，我会这么做；而如果我能通过解放一些奴隶，不管其他奴隶而维护联邦，我也会这么做。我为奴隶制和有色人种所做的，是因为我认为这么做能够维护联邦；我不做的，是因为我不认为做了将会维护联邦。我已经根据我对公务的理解阐明我的目的；我也不准备对我时常提到的个人愿望，即所有地方的所有人都应自由，做出任何更改。
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1862年9月22日，林肯发布了《解放奴隶宣言》的初稿，并于1863年1月1日发布了正式的宣言，宣布在不为联邦所控制的10个州解放所有奴隶，但边境州地区除外。在接下来的100天里，林肯使军队和国家为解放做好准备；而民主党则在1862年的小年选举中警告选民解放奴隶对北方的白人可能存在威胁。
在反叛州废奴成为一项军事目标，联邦军队南下，一路解放奴隶，直至邦联领土内的所有300万奴隶都被解放。林肯对《宣言》的评论是：“在一生中，我确信，我未做过比签署此宣言更加正确的决定。”在一段时间内，林肯延续早先为解放奴隶建立殖民地的计划。他在《宣言》内对殖民计划积极的评论，但是这一举措最终失败。在《宣言》公布几日之后，十三个共和党州长在战时州长会议上会晤；他们支持《宣言》，但希望将乔治·B·麦克莱伦将军从联邦军总指挥位置上撤下。
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在《解放奴隶宣言》出台之后，将前奴隶召入军队成为一项官方政策。至1863年春，林肯已经准备好大量招募黑人士兵。在写给田纳西州战时州长安德鲁·约翰逊的信中，林肯鼓励他领头招募黑人军人，并写到：“50,000名武装且受训的黑人士兵出现在密西西比河岸上，将能够立刻终结叛乱。”至1863年年末，在林肯的指示下，洛伦佐·托马斯将军已经从密西西比河谷招募20个团的黑人士兵。弗雷德里克·道格拉斯如此评论林肯：“在他身边，我从来没有想起我的卑微出身，或是我那不受欢迎的肤色。”
1863年联邦在葛底斯堡战役中取得重要胜利，而在秋天铜头蛇在俄亥俄州选举中败北，虽然同时还发生纽约征兵暴动，林肯在党内仍然拥有稳定的支持，并有机会重新为这场战争下一个定义。这为他于1863年11月19日在葛底斯堡公墓的演说搭建舞台。林肯预计这一演说“将不会为世界所注意，也不会为世界所记忆”，但它却成为美国历史上被最频繁引用的演讲。
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在三分钟内，使用272个词，林肯强调美国并非生于1789年，而是1776年，“孕育于自由，且致力于凡人皆生而平等此信念”。他将这场战争定义为“为自由和平等原则所进行的努力”。解放奴隶现在已经成为战争的一部分。他宣布军人英勇的献身将不会成为徒劳，而奴隶制将因这些牺牲而终结，而世界民主的未来将得到保有，“民有、民治、民享之政府当免于凋零”。林肯总结道，内战有一大意义深远的目标：一个国家自由的新生。
米德没能在李的军队从葛底斯堡撤退时擒获之，波托马克军团又一直处于被动状态，林肯决定应当撤换指挥。尤利西斯·S·格兰特将军在希洛战役和维克斯堡战役中的胜利给林肯留下深刻的印象，林肯将他列为联邦军总指挥的候选人。在希洛战役之后格兰特受到批评，而林肯说：“我不能放弃这个人。他在战斗。”林肯认为在格兰特成为统帅之后，联邦军将能够在多个战场展开一系列协调的攻势，并且能拥有一位愿意使用黑人士兵的统帅。
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即便如此，林肯还是担心格兰特可能考虑在1864年竞选总统，就如麦克莱伦一般。林肯派出中间人探访格兰特的政治意图，而在确定他没有此意图之后，向参议院正式提名格兰特作为联邦军统帅。他同时还从国会获得授权，授予格兰特中将军衔，这一军衔自华盛顿以来便没有人拥有过。
1864年，格兰特发动陆路战役。这场战役被称作是一场消耗战，联邦军在莽原之役和冷港之役中都损失惨重。邦联军虽然拥有防守优势，但他们的损失却几乎和联邦的比例一样高。巨大的损失使北方警觉起来；格兰特损失了近三分之一的军力，而当林肯询问他的计划究竟是什么的时候，他回答：“如果它要花费一整个夏天的话，我计划就这么打下去。”
邦联在增援方面较为匮乏，因此李的军队规模随着每一场战斗都在减小。格兰特的军队南下跨过詹姆斯河，在弗吉尼亚州彼得斯堡外展开围城战和战壕战。林肯到位于锡蒂波恩特的格兰特探访指挥部，并同格兰特和舍曼（舍曼恰好从北卡罗来纳来访）讨论局势。林肯和共和党通过从北部征兵动员，补充联邦的损失。
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林肯授权格兰特对邦联的基础设施，包括种植园、铁路和桥梁展开攻击，希望能够打击邦联的士气并削弱其继续战争的经济能力。格兰特对彼得斯堡的军事行动阻断里士满和南部之间的三条铁路运行，由此舍曼和菲利普·谢里登得以在弗吉尼亚州的谢南多厄河谷中攻击种植园和城镇。在1864年，舍曼横穿佐治亚向大海的进军造成的破坏局限于长60英里（97）的带状地带，但林肯和其他指挥官都不认为破坏是主要目标，击败邦联军队才是主要目标。尼利（2004年）总结道，与第二次世界大战不同，这时并没有对平民进行“总体战”的意图。
邦联将领具伯·安德森·尔利在北方展开一系列攻击，威胁首都。在尔利于1864年对华盛顿的袭击时，林肯从一个暴露的位置观看战情；小奥利弗·温德尔·霍姆斯上尉对他喊道：“快趴下，你这个蠢蛋，别被射中！”在多次要求格兰特保卫华盛顿之后，谢里登被授予这一职责，并化解尔利制造的威胁。
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格兰特继续消耗李的军力，同时和谈也开始了。邦联副总统亚历山大·H·史蒂芬斯一行在汉普顿锚地同会晤林肯和苏厄德等人。林肯拒绝与邦联任何对等的谈判；他的唯一目标是终结战事，因此会晤最终没有结果。1865年4月1日，格兰特成功在五叉战役中智胜李，并几乎包围彼得斯堡，邦联政府从里士满撤退。几天之后，里士满陷落，林肯来到里士满；当他走过街道时，南方人一脸冰冷，但自由人却致敬他为英雄。4月9日，李在阿波马托克斯向格兰特投降，战争事实上已经结束。
1864年，战争仍然进行中，而林肯则面临连任竞选。林肯是一位杰出的政治家，成功将共和党的主要不同阵营拉拢到一起，并引入埃德温·M·斯坦顿和安德鲁·约翰逊这样的战时民主党人。林肯每周花数小时时间同各地从政人士交谈，并运用他在战时得到扩大的权力，紧密团结不同阵营，为自己的政策吸引支持，并挫败激进分子阻止他参选的意图。在1864年共和党大会上，共和党选定来自南部田纳西州的战时民主党人约翰逊作为林肯的竞选伙伴。为了将竞选联盟扩大以包括战时民主党人和共和党人，林肯以一个新政党國家聯合黨的名义参加竞选。
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1864年，格兰特的春季战役陷入僵局，联邦的损失渐增，在军事上的不成功对林肯的连任竞选产生影响，全国许多共和党人担心林肯将会败北。于是林肯起草并签署一份承诺，表示如果他在大选中失利，他仍将击败邦联，然后交出白宫：
今天早晨，以及过去的几天，看起来这届政府愈发有可能无法获得连任。由此，我将与当选总统合作，在大选和就职之间保护联邦；因为，他只有在保护联邦的情况下才能保证自己最终当选。
林肯没有将这份承诺给内阁过目，但他仍然要求他们在信封上签名。
民主党的政纲遵循“和平路线”，称这场战争是“失败的”，但其候选人乔治·B·麦克莱伦将军支持战争，并否定这一政纲。林肯为格兰特提供更多的军队，并动员他的政党支持格兰特。舍曼于9月攻下亚特兰大，戴维·法拉格特攻下莫比尔，挫败失败论者；民主党内部分裂严重，一些领袖和大部分士兵支持林肯。而国家联邦党则十分团结，林肯将解放奴隶列为中心议题，而各州的共和党则着重强调铜头蛇们的背信弃义。林肯在连任选举中获得压倒性胜利，拿下除三个州之外的所有其他州，并得到78%的联邦军人选票。
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1865年3月4日，林肯发表了他的第二次就职演说。在演说中，他认为双方的惨重伤亡是上帝的旨意。史学家马克·诺尔认为这次演说是美国人认为的少数的近乎神圣的文本。林肯说：
我們殷切地希塑，熱忱地祈禱，但願這戰爭的重罰會很快過去。可是，假使上帝要讓戰爭再繼續下去，直到二百五十年來奴隸無償勞動所積聚的財富化為烏有，並像三千年前人們所說的那樣，直至被鞭笞所流的每一滴血為刀劍下流的每一滴血所償付為止，那麼，我也只好說：「主的裁判是完全正確而公道的。」我們對任何人都不懷惡意，我們對任何人都抱好感。上帝讓我們看到哪一邊是正確的，我們就堅信那正確的一邊。讓我們繼續奮鬥，以完成我們正在進行的工作，去治療國家的創傷，去照顧艱苦作戰的戰士和他們的遺孀遺孤，盡一切努力實現並維護我們自己之間以及我國與他國之間的公正和持久的和平。
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对美国的重建在战争期间便已经开始；林肯和幕僚们预料到他们将面临将南方州重新纳入联邦的问题，以及邦联领导人和获得自由的奴隶的命运问题。在李投降之后，一位将军向林肯询问应当如何对待战败的邦联军，林肯回答：“宽容对待他们。”在这方面林肯言行一致，在重建政策上亲自领导温和派，并受到激进共和党人诸如撒迪厄斯·史蒂文斯、查尔斯·萨姆纳和本杰明·韦德的反对（他们支持林肯的其他政策）。为了找到能够重新统一国家但不疏远南部的办法，林肯呼吁在战争期间更快地举行选举。1863年12月8日，林肯公布《特赦宣言》，特赦处理那些没有在邦联政府中任职过、没有虐待联邦战俘且愿意宣誓效忠的人。
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在南方州被击败后，应当对领导问题作出关键决策，并且改革其政府。需要特别关注的是田纳西和阿肯色，林肯分别在两个州任命安德鲁·约翰逊和弗雷德里克·斯蒂尔为军事州长。在路易斯安那，林肯要求纳撒尼尔·P·班克斯将军推动一项计划，当10%的选民同意时，该地将重新成为一个州。林肯的民主党政敌们抓住这一机会，控告林肯运用军队来达成他和共和党的政治目标。同时，激进派共和黨人认为他的政策过于仁慈，并于1864年通过自己的计划《韦德-戴维斯法案》。林肯否决这一法案，于是激进派拒绝为来自路易斯安那、阿肯色和田纳西的选举代表提供席位。
林肯的任命决定旨在同时控制温和派和激进派的共和黨人。为了填补首席大法官托尼的席位，他任命激进派共和黨人选萨蒙·P·蔡斯。他认为蔡斯能够支持奴隶解放和纸钞发行的政策。
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在实施《解放奴隶宣言》（并不对每个州都有效）之后，林肯向国会施压，希望通过宪法修正案在全国范围内取缔奴隶制。林肯宣布修正案将会“彻底解决这一问题”。1863年12月，修正案已被送至国会。1864年6月15日的众议院第一次投票中，由于没能达到指定的三分之二多数，修正案没能通过。在1864年选举中，通过修正案成为共和党的政纲内容。在众议院经过长期辩论之后，1865年1月31日，第二次投票通过这一修正案，并将之送往各州签署。签署生效之后，1865年12月6日，这一修正案成为美利坚合众国宪法第十三条修正案。
战争临近结束时，林肯对于南方的重建仍然有变数；他认为联邦政府对数百万自由民的责任似乎有限的。他签署查尔斯·萨姆纳的《自由民局》法案，建立一个临时的联邦机构用于满足前奴隶的即刻物质需求。法案提供能够租赁三年的土地，并使自由民享有购买地权的权利。林肯称他对路易斯安那的计划并不对所有重建的州都适用。在他被刺之前，他宣布他对于南方的重建有新计划。林肯的内阁表示林肯计划在短期内军事控制南方州，直至它们为南方联邦派控制之后再重新纳入联邦。
史学家表示他们无法猜测假如林肯活下来之后他会做出什么，但根据他已知的政策立场和他的政治才能做出一定的预测。
根据大卫·林可夫所说，林肯的传记作者詹姆斯·G·兰道尔和理查德·N·库伦特提出：
假如林肯活下来，他很可能会延续和约翰逊相似的政策，并且会同国会中的激进派发生冲突，但他将为自由民带来更好的结果，并且他的政治才能将使他不会犯约翰逊所犯的一些错误。
埃里克·福纳则提出：
与萨姆纳和其他激进派不同，林肯不认为重建是在解放奴隶基础上的一次政治和社会大革命的机会。他长期以来都反对没收和重新分配土地。他和大部分共和党人在1865年4月都认为投票权应当为各州所决定。他假设南方的政治控制将转移到联邦派的白人、不情愿的分离派以及有远见的前邦联派人手中。然而在战争期间，在一开始受到一定反对之后，林肯逐渐支持最初由废奴主义者和激进共和党人提出的立场。林肯必然会认真听从前奴隶要求更多保护的呼告。很可能林肯和国会将会同意一项包括联邦保护基本民权而限制黑人投票权的重建政策，并与林肯在死前提出的路线一致。
国家的重新统一对其名称产生影响。“合众国”（）一名在历史上被使用，有时候使用复数（“”），有时候使用单数，在语法上没有定数。在单数至19世纪末成为主流这方面，南北战争是十分重要的一个因素。
近几年，史学家如哈里·雅法、赫尔曼·贝尔茨、约翰·迪金斯、弗农·波顿和埃里克·福纳都着重强调林肯对于共和主义价值的重新定义。早在1850年代，在政治语言强调宪法的神圣性时，林肯便将重点转移到《独立宣言》上，称它是美国政治价值的基石，共和主义的“大锚”。《独立宣言》对自由和人人平等的强调与宪法对奴隶制的宽容形成对比，并转移辩论的重点。迪金斯对1860年初的《库伯联盟演说》评论道：“林肯向美国展现一个历史上理论，而这对于这一理论以及共和制的命运都做出巨大的贡献。”他的立场之所以有力是因为他强调共和制的道德基础，而非法制基础。不过在1861年，林肯仍然通过法制概念试图为战争正名（《宪法》是一部契约，假如一方希望退出契约，必须获得其他人的同意），然后以国家责任的角度阐释每个州都应当有一个共和制的政府。波顿（2008年）提出林肯的共和主义思想在自由民获得解放之后为他们所采纳。
1861年3月4日，在他的第一次就职演讲中，林肯探索民主制度的本质。他认为分裂国家是无政府主义的行为，并解释多数派统治的原则需要通过美国体制中的宪法限制来平衡。他说“一个受着宪法的制衡，总是随着大众意见和情绪的慎重变化而及时改变的多数派，是自由人民的唯一真正的统治者。”
林肯坚持辉格党的总统理论，即国会拥有主要的立法权力，而总统则有执行的权力。林肯只否决国会通过的四个法案；唯一一个重要的法案是《韦德-戴维斯法案》，这一法案的重建政策十分严酷。1862年他签署《宅地法》，使联邦在西部拥有的数百万英亩土地可以以低价购买。《摩利尔土地拨赠法案》在1862年签署，为每个州的农业大学提供拨赠。1862年和1864年的《太平洋铁路法案》为美国的第一条横贯大陆铁路提供联邦支持，并于1869年完工。《宅地法》和《太平洋铁路法案》的通过得益于南方国会议员的缺席（他们在1850年代反对此类政策）。
其他的重要立法包括两项提升联邦政府收入的措施：关税（有先例）以及新的联邦收入税。1861年，林肯签署第二和第三《摩利尔关税法案》（第一法案在布坎南任上立法）。同年，林肯签署《1861年税收法案》，创立第一项美国收入税，对于收入高于$800（约为今日$28,000）的实施固定的3%税率，而在《1862年税收法案》中则改为累进税率。
林肯任内，联邦政府的经济影响在其他一些领域也得到扩大。《国家银行法案》创立国家银行体系，为美国建立强大的金融网络，并确立本国货币。1862年，在林肯的支持下，国会立法建立农业部。1862年，林肯派出约翰·波普将军镇压明尼苏达的“苏族起义”。303名苏族人被控屠杀无辜农民而被判处死刑，但林肯对每一个人重审，并最终批准39个人的死刑（有一人后来得到缓刑）。林肯还计划对联邦的印第安人政策改革。
在格兰特对李的战役产生巨大损失之后，林肯曾考虑颁布总统令再一次征兵，但最终没有这么做。然而面对此类传言，《纽约世界报》和《商业周报》刊登虚假的征兵令，由此使这两家报纸的编辑和其他人员能够抄底黄金市场。林肯对此的反应十分强硬：他要求军队直接查抄这两家报社。查抄持续两日。
林肯使感恩节成为美国全国的节日。在林肯任总统之前，感恩节自17世纪以来是新英格兰的地区性节日，但联邦政府只偶尔并不定期宣布其为节日。最后一次宣布节日是在50年前詹姆斯·麦迪逊的任期内。1863年，林肯宣布当年11月的最后一个星期四为感恩节。1864年6月，林肯批准国会的《约塞米蒂拨赠》，为今日的约塞米蒂国家公园区域提供前所未有的联邦保护。
林肯在司法任命方面的公开立场是“我们不能去询问一个人他要怎么做；如果我们这么做，他也回答了，我们便应当由此蔑视他。因此，我们应当选择一个观点为大家所知的人。”林肯五次任命最高法院。诺亚·海恩斯·斯维恩作为一个支持联邦而反对奴隶制的律师，于1862年1月21日被提名，1月24日上任。萨缪尔·弗里曼·米勒在1860年选举中支持林肯，并且是一个坚定的废奴主义者，于1862年7月16日被提名并在同日得到任命。大卫·戴维斯是1860年林肯竞选团队的经历，也在伊利诺伊州巡回法庭从事过，于1862年12月1日被提名，12月8日上任。史蒂芬·约翰逊·菲尔德先前是加利福尼亚州最高法院法官，于1862年3月6日被提名，3月10日上任，在地域上和政治上（民主党人）实现平衡。萨蒙·P·蔡斯是林肯任下的财长，于1864年12月6日被提名为首席大法官并于同日得到任命。林肯认为蔡斯是一名优秀的法律工作者，他将支持重建时期的立法，他的上任将会团结共和党。
林肯总共任命32位联邦法官，包括四位最高法院大法官和一位首席大法官，以及27位美国联邦地区法院法官。林肯在任内没有任命巡回法庭法官。
西弗吉尼亚州于1863年6月20日加入联邦。它包括原弗吉尼亚州西北端的几个县，在弗吉尼亚州宣布脱离联邦后，这几个县宣布脱离弗吉尼亚州。作为加入联邦的条件，西弗吉尼亚的宪法中规定将逐渐废除奴隶制。内华达州于1864年10月31日作为自由州加入联邦，它也是位于北美洲偏西部地区的第三个州。
亚伯拉罕·林肯 遇刺身亡
约翰·威尔克斯·布斯是来自马里兰州的著名演员和邦联间谍；他从未加入邦联军，但与邦联的特务机关有来往。1864年，布斯计划（与托马斯·N·康拉德在邦联授权下的计划类似）绑架林肯以换取释放邦联战俘。
1865年4月11日，在参加一次林肯旨在为黑人争取投票权的演说之后，愤怒的布斯改变计划，决定刺杀总统。听说总统、总统夫人、统帅格兰特将会来到福特剧院后，布斯与人一同谋划刺杀副总统安德鲁·约翰逊、国务卿威廉·H·苏厄德和格兰特将军。4月14日，林肯没有带上首席保镖沃德·希尔·拉蒙便前往观看《我们的美国兄弟》一剧。格兰特和夫人此前临时决定前往费城，没有一同观赏戏剧。
林肯这时的保镖约翰·帕克在幕间休息时离开剧院，同林肯的马车夫在隔壁的沙龙一起饮酒，林肯毫无保卫的坐在总统包厢内。趁此时机，布斯约于晚10时13分潜至林肯背后，瞄准脑后近距离开枪，林肯重伤。亨利·拉斯本少校同布斯缠斗，被布斯刺伤。然后布斯逃走。
在逃亡十日之后，布斯被发现躲在弗吉尼亚州一处位于华盛顿南70英里（110）的农场里。4月26日，在同联邦军交火后，布斯被波士顿·科贝特中士击毙。
亚伯拉罕·林肯 遇刺身亡
在刺杀发生时，军医查尔斯·李尔也在剧院内，立刻急救。他发现林肯没有任何反应、呼吸几乎停滞且无法察觉脉搏。在确定林肯是被射中头部而非原先设想的刺中肩部之后，他试图清理头部血块，之后林肯开始能够相对自然地呼吸。他被送过街安置到彼得森住所。在昏迷九小时之后，林肯于4月15日早间7时22分离世。在场的长老会牧师菲尼亚斯·丹斯摩尔·格利为他祷告，战争部长斯坦顿向他致敬，并说道：“现在，他属于千秋万世。”
此后，林肯为国旗所包裹的遗体在雨中为脱帽的联邦军官护送至白宫，全城教堂钟声响起。在林肯逝世不到三小时之后，早上10时，约翰逊宣誓就职。林肯的遗体于4月19日至4月21日先是置於东厅，然后陈列在大厅。他和儿子威利的棺材被装在“合众国”车厢内；接下来三周，以黑色旗帜装饰的“林肯特别号”列车运载着林肯的遗体缓慢迂回地由华盛顿驶向斯普林菲尔德，在北方许多城市停留，成千上万人参加追悼，而许多人则在铁轨边奏乐、点篝火以及唱圣歌，或沉默而充满敬畏地脱帽目送火车驶过。
亚伯拉罕·林肯 宗教和哲学信仰
年轻时的林肯对宗教持怀疑观点，而在一位传记家的笔下甚至是“破坏偶像者”。在此后，林肯频繁使用宗教意象和语言，这可能反映了他的个人信仰，也可能是他吸引听众（他的听众多为福音派）的手段。他从未加入教会，但时常与妻子一同参加教堂活动。然而，他对《圣经》十分熟悉，从中引用语段，并赞扬它。对于个人信仰的问题他较为缄默，并尊重其他人的信仰。林肯从未明确宣布自己的信仰，但他的确相信塑造事件的全能自然神，1865年，他已开始在演说中表达此类观点。
1840年代，林肯支持需要主义，这一主义认为人的思想是为某种更高的力量所控制的。1850年代，林肯认可广泛意义的“天命”，鲜少使用福音派的语言或意象；他对国父们的共和主义思想的尊崇几乎达到虔诚的程度。在儿子爱德华死后，林肯更频繁地承认自己有依靠于上帝的需要。1862年2月威利的死可能使林肯向宗教寻求答案和慰藉。在威利死后，林肯从神的角度思考为何战争的严酷性是必须的。他在这时写道上帝“本可以不需要人类斗争便拯救或毁灭联邦。然而斗争却开始了。而在斗争开始之后，神可以在任何一日将胜利赋予任何一方。然而斗争却继续。”在他被刺的那天，他反复告诉妻子自己希望能够造访圣地。
亚伯拉罕·林肯 健康
许多人认为林肯在被刺之前健康状况便在走下坡路，这多是基于他照片上的模样——他体重减轻且肌肉萎缩。有人认为他患有一种罕见的遗传障碍MEN2b，这导致他受甲状腺髓样癌、粘膜神经瘤和类马凡氏综合征的影响。有人则根据他的身高和细长纤弱的手指，潜在的织脉瓣闭锁不全导致头部的跳动（德谬塞氏征——林肯在照片中头部较为模糊，而当时的照片曝光时间较长）直接称他有马凡氏综合征。费城的共和国大军博物馆至今拒绝对他的DNA检测。
亚伯拉罕·林肯 历史声誉
在1940年代以来学界对美国总统的排名中，林肯稳居前三位，甚至时常位列第一。2004年的一项研究表明，历史和政治学界的学者将林肯排在第2位，而法律界学者则将他排在华盛顿之后，位列第二。在自1948年以来的大部分总统排名投票中，林肯都被排在第二位：1948年施莱辛格、1962年施莱辛格、1982年穆雷布莱辛、1982年芝加哥论坛报、1996年施莱辛格、1996年CSPAN、1996年莱丁斯-迈克伊弗、2008年时代周刊、2009年CSPAN。多数时候，前三名为林肯、华盛顿和富兰克林·D·罗斯福占据，只是林肯与华盛顿或是华盛顿与罗斯福的位置时常对调。
林肯的遇刺使他成为了国家的殉道者，并赋予他近乎神话一般的評價。对于废奴主义者来说，林肯是人类自由的捍卫者。共和党人将林肯的名字与自己的政党联系在一起。许多美国人，虽然并非全部南方人，认为林肯是一个有杰出才能的人。
亚伯拉罕·林肯 历史声誉
施瓦茨提出林肯的声望在19世纪末提升缓慢，直至进步时代（1900至1920年代），他成为美国历史上最受尊崇的英雄人物之一，甚至南方白人也同意这一点。这一风潮在1922年林肯纪念堂在华盛顿开放达到顶峰。在罗斯福新政时代，自由派对林肯作为自力更生者或战时总统的崇敬稍減，但认为他是平凡人的代表，必然会支持福利国家的构想。在冷战时期，林肯的形象成为自由的象征，为那些在共产主义政权之下受到压迫的人带来希望。
亚伯拉罕·林肯 历史声誉
到1970年代，林肯成为美国政治保守派的英雄人物，原因是他支持民族主义、支持商业、坚持阻止人类奴役的扩张、基于自由和传统的洛克和伯克式的原则，以及他对国父所立原则的坚持。作为辉格党活动家，林肯是商业利益的代言人，支持高关税、银行业、内部提升和铁路建设，反对杰克逊民主。威廉·C·哈里斯认为林“对国父、宪法、宪法下法律、共和制和其体系的尊崇加强他的保守主义立场。”詹姆斯·G·兰道尔强调他的容忍，尤其是他的温和主张，“对有序进步的偏向、对危险躁动的不信任，以及对难以消化的改革方案的不情愿”。兰道尔总结道：“在他完全回避所谓的‘激进主义’（即对南方欺压、对奴隶主的愤恨、对复仇的渴望、党派阴谋和希望南方体制在一夜之间为外人所改变）这方面，他是保守主义的。”
到1960年代末，自由派诸如史学家勒容·本内特则有不同的看法，尤其是在林肯对待种族问题的方面。本内特由于在1968年称林肯为白人至上主義论者而受到广泛关注。他注意到林肯使用种族蔑称，说嘲讽黑人的笑话，强调自己反对社会平等，并建议将解放奴隶送到外国。林肯的支持者，例如作家德克和卡辛则说林肯要比与他同一时代的大多数政客好得多，并且他是一个“道德远见者”，巧妙地推动废奴主义事业，在政治上做到最快。而他对反对平等的强调则将问题的重心从“解放者林肯”转移到黑人身上，由此显得黑人是自己挣脱奴隶制的枷锁，或者至少这能够在解放奴隶方面对政府施压。史学家巴里·施瓦茨在2009年写道林肯的形象在20世纪末受到“侵蚀、褪色和温和的嘲讽”。而唐纳德则在他1996年的传记中写到林肯的性格是“消极能力说”的代表，这一说法为诗人约翰·济慈所定义，用于描述那些“在不确定和怀疑中能保持安心，并不被迫向事实或理性前进”的杰出领袖们。
林肯经常为好莱坞所描绘，形象几乎一直都是十分积极及正面的。
亚伯拉罕·林肯 纪念地
林肯的头像出现在两种面值的美国货币上——1美分硬币和5美元纸币。他的相貌还出现在许多邮票上，并为许多城镇和县的名字所纪念，例如内布拉斯加州的首府。
最为著名且访问量最大的纪念地是华盛顿特区的林肯纪念堂；拉什莫尔山上的林肯像；华盛顿的福特剧院和彼得森住所以及伊利诺伊州斯普林菲尔德的亚伯拉罕·林肯总统图书馆和博物馆，以及附近的宅邸及墓园。
社会学家巴里·施瓦茨研究美国的文化记忆，提出在1930年代和1940年代，对林肯的记忆是十分神圣而实用的，它为国家提供“一个道德标志，鼓励和引导美国人的生活”。富兰克林·D·罗斯福在备战期间引用林肯的话语，来表明德国和日本带来的威胁。美国人问道：“林肯会怎么做？”然而他还发现在二战之后林肯的象征性力量减弱了，而这“褪色的英雄恰好是人们对国家的伟大失去信心的象征”。他认为后现代主义和文化多元主义在一定程度上稀释“伟大”这一概念。
詹姆斯·诺克斯·波尔克
詹姆斯·诺克斯·波尔克（英語：，1795年11月2日—1849年6月15日），第11任美国总统，任期自1845年3月4日至1849年3月4日。波尔克出生于北卡罗来纳州梅克伦堡县的派恩维尔，但他大部分时光是在田纳西州度过的。民主党人士。就任总统前曾当过众议院议长（1835-1839）和田纳西州州长（1839－1841），是唯一擔任過眾議院議長的美國總統。
波尔克是安德鲁·杰克逊的坚定支持者，亦是美国内战之前最后一位“强势”总统。波尔克因其成功的外交政策而出名。他曾扬言要与不列颠开战，之后退而与英国瓜分了西北地区的所有权。由于成功领导了美墨战争，知名度进一步上升。他降低了关税，并制定了一套一直沿用到1913年的财政制度。他作为黑马在1844年选举赢得一届总统任期，之後他成为第一位没有寻求连任而直接退休的总统。在其任期结束三个月後因染霍乱去世。
詹姆斯·诺克斯·波尔克
作为一位致力于领土扩张（或“昭昭天命”）的民主党人，他不顾辉格党人的反对，坚持推行了对美国领土而言第二大规模的扩张。波尔克稳固了俄勒冈地区（包括华盛顿、俄勒冈和爱达荷），总计285000平方英里（738000 km²）；并通过美墨战争末期的《瓜达卢佩-伊达尔戈条约》购入了525,000平方英里（1,360,000 km²）的领土。
领土扩张引发了关于是否在新领土内允许奴隶制的争议，1850年妥协案为争论作出了不适当的仲裁，最后其问题不得不在合众国内战的战场上才得到最终解决。波尔克批准了沃克关税，这使得1861年之前整个美国处于近乎自由的贸易时期。他监督了美国海军学院和史密森尼学会的建立、华盛顿纪念碑的动土，以及美国第一批邮票的发行，这批邮票是由他的邮电部长卡夫·约翰逊引入的。他还是首位在职时经常拍照的总统。鉴于他制定这些议程、并将它们全部付诸达成，对其能力的认可使学者们将他在美国最伟大总统排名中排在第8到第12位。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 早年生活
作为十个孩子中之长子，波尔克于1795年11月2日出生在今北卡罗来纳州夏洛特市附近派恩维尔的一所农舍中。他的父亲塞缪尔·波尔克是个有苏格兰-爱尔兰血统的奴隶主、农场主兼测量员。他的母亲简·波尔克（娘家姓诺克斯），是苏格兰宗教改革家约翰·诺克斯一个兄弟的后代，她将她的长子以她的的父亲詹姆士·诺克斯的名字命名。简信奉长老宗，而塞缪尔的父亲信奉自然神论，所以当詹姆士被送去接受洗礼时，塞缪尔因与牧师观点不同而拒绝让他的儿子受洗。1803年，波尔克的大部分亲戚移居田纳西中部的杜克河地区（即现在的摩利县），但波尔克的家人直到1806年才跟去。塞缪尔·波尔克成了当地最重要的种植园主之一并当上了县法官，他的家族开始繁荣兴旺。
在童年时代，詹姆士身体虚弱，这对他的早期学业产生了消极影响。1812年他快17岁时，他的父亲设法带他乘大篷车到费城拜访菲力普·辛·费西克医生。然而他的疼痛变得难以忍受，只好转而去看较近的丹维尔的伊弗列姆·麦克道尔医生，他取出了波尔克的肾结石。然而这次手术可能导致了詹姆士不育，因为波尔克从未有过小孩。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 早年生活
波尔克痊愈后，他于18岁开始了正式教育，那时他在自己家附近的锡安教堂学习。随后他参加了默弗里斯伯勒学院，在那儿他可能遇到了他未来的妻子莎拉·柴尔德里斯，不过没有确凿证据表明这一点。1815年，他的弟弟威廉·霍金斯·波尔克出世，威廉后来成为波尔克政府驻两西西里王国的临时代办，之后又成为美国众议院议员。之后他进入北卡罗来纳大学成为大二学生。波尔克家族与这所当时只有80人的学府有渊源：山姆·波尔克是他们在田纳西的地产经纪人，他的堂弟威廉·波尔克则是保管委员。在那儿波尔克接触了社会，学会了演说的艺术。他是社会人士中出来选总统的第一人。在大学中他认识了室友威廉·邓恩·摩斯利，他后来成为首任佛罗里达州长。波尔克于1818年5月以优异成绩毕业。
毕业后，波尔克来到纳什维尔跟随著名律师费利克斯·格兰蒂学习法律。当跟格兰蒂做事时，他在1819年至1822年给田纳西州参议院作办事员，在这个位置上他熟悉了立法机关的日常事务。1820年6月他进入了律师业自己在哥伦比亚进行实践，那时参议院正休假。他第一个案件是帮自己父亲和一个受政府接济的人打官司，最后他赢得了诉讼。他的搭档是亚伦·V·布朗，未来的田纳西州长和美国邮电部长。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 政治生涯
波尔克被培养成一名杰弗逊派民主党人，因为他的父亲和祖父都是托马斯·杰弗逊的强烈支持者。他最初担任的公职是田纳西参议院办事员（1819－1822）。他辞去了这个职位以便去州立法院活动，在那他击败了一名在职者。波尔克的演说广受欢迎，这使他赢得了“演说台上的拿破仑”的绰号。
他向莎拉·柴尔德里斯求婚，之后他们于1824年1月1日结为夫妻。波尔克当时28岁，柴尔德里斯20岁。他们的婚姻没有孕育出孩子。他们的婚姻一直持续到波尔克1849年逝世。在波尔克的政治生涯中，据说莎拉为她丈夫的讲演提供协助，在政治问题上给他建议，这对他的竞选活动大有裨益。一个老故事讲道安德鲁·杰克逊曾起到撮合这对男女的作用。
波尔克成为了田纳西当时最主要的政客安德鲁·杰克逊的支持者。1824年，波尔克竞选众议院议员并胜出，但他支持的杰克逊在总统选举中竞选失利；虽然杰克逊赢得了普选票，但他和其他候选人（约翰·昆西·亚当斯、亨利·克莱和威廉·H·克劳福德）都没有赢得过半选票，众议院从中选出亚当斯为优胜者。波尔克在其首场演说中表示，他相信众议院选择了亚当斯就违背了人民的意愿，他甚至提议废止选举团，但没有成功。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 政治生涯
在众议院中，波尔克是杰克逊派民主主义的坚定支持者，反对美国第二银行，支持纸币与金银挂钩而不信任银行，重视农业而不是工业。这些行为使他得到了“小胡桃”的绰号，影射杰克逊的绰号“老胡桃”（意为“硬汉”）。杰克逊在1828年美国总统选举中击败亚当斯后，波尔克的际遇开始飞黄腾达，他成为众议院管理集团的领袖以及筹款委员会主席，亦是杰克逊取消国家银行的得力助手。
1835年12月，波尔克击败约翰·贝尔成为众议院议长，任期四年，从第24届一直担任到第25届。杰克逊两年后去职，继任的是民主党人马丁·范布伦。波尔克领导的是一个分裂的众议院：民主党和辉格党间的纷争、其它政党的代表的参与，以及民主党辉格党内部本身的派系林立。
波尔克为杰克逊及其继任者范布伦的政策出力，他在一系列民主党人占大多数的委员会指定了民主党的主席，包括让纽约激进派分子C·C·坎布雷伦作主席的筹款委员会，不过他让两党维持了传统的正面合作。在那时解决经济问题是主要任务，包括1837年大恐慌，波尔克防止了反通货膨胀的使用硬币通告被取消，并试图通过独立金库计划，该计划是让美国国库自己控制国家收入而非将其贷款给私有银行，但计划遭到失败。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 政治生涯
波尔克尝试将众议院变得更有秩序，他主张实施限制言论规定以反对废奴主义者的诉求，但他亦反对用以牙还牙的方式应对辉格党人的人身攻击，尽管在当时很盛行。
1835年民主党人第一次在党的历史上丢掉了田纳西州长的职位，这样的形势说服了波尔克返回本地以拯救他的党。1839年波尔克离开了众议院成为田纳西州长候选人，他在约105,000票中获得超越對手逾2700票（54,102:51,396），从而击败了辉格党的牛顿·坎农。虽然他使民主党在田纳西州获得新生，他的胜利卻没能阻止民主党人在这个国家其它地方的政治下滑。
在1840年美国总统选举中，范布伦被广受欢迎的辉格党人威廉·亨利·哈里逊以压倒性优势击败。这次选举中，波尔克被来自田纳西的一张选举团选票提名副总统。波尔克失去了连任州长的机会，以稍大些的差距输给了辉格党的詹姆士·C·琼斯。1843年他再次挑战琼斯，但仍遭失败。三次选战中，他始终关注辉格党和民主党人之间经济政策的差异。在这些选战中他不断攻击辉格党在经济方针方面的政纲，这帮助他站到了民主党的前台，最终帮助他赢得了1844年的总统提名。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 1844年大选
波尔克最初是希望在1844年5月27日召开的民主党全国大会被提名为副总统。当时总统的主要竞选者是前总统马丁·范布伦，他试图阻止奴隶制的扩张。其它候选者包括詹姆士·布坎南、刘易斯·卡斯将军和利瓦伊·伍德伯里。竞选中政治争议的要点涉及1836年从墨西哥独立的得克萨斯共和国，它要求加入合众国。范布伦反对这次合并，因此丧失了许多民主党人的支持，包括仍然保持着很大影响的前总统安德鲁·杰克逊。范布伦在全国大会第一次投票上获得刚过半的选票，但没达到获提名所需的三分之二票数。之后的六轮投票表明范布伦无法赢得必要的票，使波尔克被作为“黑马”候选人被推上前台。第八轮投票情况不甚明朗，但到了第九轮，大会一致通过推荐波尔克作总统候选人，他被杰克逊所支持。
大会之前，杰克逊曾把他叫到自己家。杰克逊告诉波尔克他是自己最看好的人选。虽然得到这个支持，波尔克仍然让他的干事们支持范布伦，但仅仅是在当范布伦确实有机会当选的情况下。这保证了如果出现僵局，范布伦最初的支持者会支持波尔克作民主党候选人作为妥协。由于波尔克支持向西扩张，这种情形确实发生了。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 1844年大选
考虑到自己的提名，波尔克回应道：“我良好的考察过美国总统这个职位，它既不应去刻意追求，也不应放弃，我从未刻意追求它，也没有理由拒绝它，如果追随我的公民将他们的票自愿投给我的话。”由于民主党已分裂成许多小派别，波尔克许诺若当选则只担任一个任期，以期那些反对他的民主党人在知道四年后总统将改选别人的情况下能够团结起来。
波尔克在1844年美国总统选举中的竞争对手是肯塔基的辉格党人亨利·克莱。曾在民主党大会浮出水面的得克萨斯合并问题在选战再次中起到支配作用，波尔克是合并的坚决支持者，克莱的态度则看起来很暧昧。
其它选举论题也与西部扩张有关，包括俄勒冈地区问题，当时该地区被美国和大不列颠一起占有。民主党人拥护扩张事业，他们非正式的将得克萨斯合并与主张完全占有俄勒冈地区联系起来，这对北方和南方的扩张主义者都有吸引力。波尔克对西部扩张的坚定支持——民主党人后来称之为“昭昭天命”，在他的胜利之路上扮演了重要角色，也是亨利·克莱爬上总统之位的障碍。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 1844年大选
这次选举中，波尔克和他的竞选搭档乔治·M·达拉斯在南部和西部都取得了胜利，而克莱获得了西北部的支持。波尔克丢掉了他自己家所在州田纳西和他的出生地北卡罗来纳。但是波尔克赢得了至关重要的纽约州的选票（那里有很多范布伦的支持者，因为那是他的家乡），在那儿克莱的支持者流失到了第三党候选人、自由党的詹姆士·G·伯尔尼处，他是奴隶制度的反对者。新移民也将票投给了波尔克，他们对辉格党的政策很愤怒。在总共260万票中以39,000票的差额赢得直选，并以170票对克莱的105票赢得了选举团的支持。波尔克拿下了15个州，而克莱只拿下11个。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 总统任期
1845年3月4日，波尔克在49岁那年正式成为总统，他是当时最年轻的总统。根据几十年后乔治·班克罗夫特所述，波尔克定了四个明确目标：
他在四年任期中完成了全部这些目标。他希图以获取俄勒冈（无奴隶制度）及得克萨斯（存在奴隶制）领土的方式使北方和南方人都满意。
1846年，国会批准了沃克关税（以美国财政部长罗伯特·J·沃克命名），它大幅降低了辉格党在1842年通過的高關稅。新的法案抛弃了“按价”关税；税率不与商品的货币价值挂钩。波尔克的政策在南部和西部受到欢迎；然而许多宾夕法尼亚的贸易保护主义者也因此对他抱有敌意。
1846年，波尔克提出了一项恢复独立金库制度的法案，在这种制度下政府资金全部由国库把持，而不是流散到银行或其它金融机构中。独立国库存款部得以建立，它独立于私人或国有银行，并接受所有政府资金。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 总统任期
波尔克对于奴隶制的观点使得他在支持奴隶制者、反对奴隶制者和折衷主义者中都很不讨好。在他的任期内，许多废奴主义者批评他是奴隶主集团的工具，并声称得克萨斯合并和之后的美墨战争加速了奴隶制的膨胀。波尔克在日记中称奴隶制不应在从墨西哥赢得的领土中存在，但拒绝签署威尔莫特条款以禁止它。作为替代措施，波尔克赞成延长密苏里州协定线至太平洋，它可以阻止奴隶制扩张到西密苏里36° 30'纬线以上，但允许在那条线以下的公民拥有奴隶。William Dusinberre 认为他的日记是為日后发表而写，并不能表示波尔克的真正方针；大多历史学家认同这点。
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在他的整个生涯中，波尔克都是一个奴隶主。他的父亲塞缪尔·波尔克留给波尔克超过8000英亩（32 km²）土地，并在死后将53名奴隶分给自己的遗孀和孩子。詹姆士从父亲和已故的兄弟那裡继承20名奴隶。1831年，他成为一名外居的棉花种植园主，他派奴隶打理父亲留给他的萨默维尔附近的种植园。40年后波尔克卖掉了萨默维尔种植园，并和他的姐夫一起买了920英亩（3.7 km²）的土地、科菲维尔附近的一片种植园。他把余生都花在经营这片庄园上，最后它由他的姐夫完全接管。波尔克很少卖奴隶，虽然当他成为总统后有更好的资本，他买了一些奴隶。波尔克保证他们的奴隶在他妻子莎拉死后会被释放，然而在他的妻子于1891年去世前，1863年的解放奴隶宣言和1865年的美利堅合眾國憲法第十三條修正案已经解放南方叛乱各州所有现存的奴隶。
波尔克专心致力于领土扩张：民主党人确信为自耕农场主开辟新的土地对于共和国力量的成就来说必不可少（参见昭昭天命）。像其它南方人一样，他支持合并得克萨斯。為平衡南方和北方的利益，他也要求占有俄勒冈地区。他设法购得了加利福尼亚，墨西哥对它并不在意。
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泰勒总统认为波尔克的胜利是合并得克萨斯的需要。因为害怕英国对得克萨斯的图谋，泰勒敦促国会通过两院共同决议批准得克萨斯加入联邦；1845年2月28日，国会照做了。得克萨斯迅速接受了这个议案并在1845年12月29日正式成为美国的一个州。这次合并激怒了墨西哥，它在1836年失去了得克萨斯。墨西哥的政治人物再三警告这次合并会导致战争。
波尔克向不列颠施加了很大压力已解决俄勒冈边界争议。从1818年开始，这个地区被置于大不列颠和美国的双重控制之下，早先的美国管理部门曾提议以北纬49度线划界，但不为英国所接受，英国对哥伦比亚河很感兴趣。虽然民主党的政纲上要求得到整个地区，波尔克准备好作冷静的妥协。但当英国再次拒绝49度纬线划界方案时，波尔克终止了谈判，并重新回到了民主党政纲所提出的“完全的俄勒冈”立场，这加剧了边境线上的紧张状态。
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扩张主义者在1844年大选后打出“Fifty-Four Forty or Fight!（以北纬54度40分划界，否则开战！）”的口号。这句口号经常被与波尔克联系在一起，但实际上是波尔克在民主党内的竞争对手提出的，他们希望波尔克在俄勒冈问题上像兼并得克萨斯那样强硬。波尔克希望能扩大领土，但不希望战争，并对英国外交部长乔治·汉密尔顿-戈登作出了让步。1846年的俄勒冈条约将俄勒冈地区以49度纬线划界，这与美国最初的提议相一致。虽然还是有很多人叫嚣着要求整个地区，参议院批准了这个条约。由于波尔克满足于以49度纬线划界，波尔克激怒了许多中西部民主党人。 这些民主党人相信波尔克仅仅要求在49度纬线处划界，当初他们相信他要求以54度纬线划界是受到了愚弄。美国要求的那部分俄勒冈地区后来组成了华盛顿、俄勒冈、爱达荷州，以及部分的蒙大拿和怀俄明州。
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在得克萨斯并入美国后，波尔克将注意力转移到加利福尼亚身上，他希望抢在欧洲列强之前从墨西哥手上夺取它。最主要的是旧金山湾是与亚洲进行贸易的关键港口。1845年，他派外交官约翰·斯里戴尔到墨西哥，希望以两三千万的价钱美元买入加利福尼亚及新墨西哥。斯里戴尔的抵达引发了政治混乱，当墨西哥人知悉他不是来为墨西哥失去得克萨斯做补偿而是要求新的领土时。墨西哥政府拒绝接见斯里戴尔。1846年，为向墨西哥施加压力，波尔克派扎卡里·泰勒将军的军队向纽埃西斯河及格兰德河之间的地区进发——这一地区是美国和墨西哥的争议领土。
斯里戴尔于1846年5月返回了华盛顿。波尔克将此当作一种侮辱，并且是“发动战争的充分理由，于是他准备向国会提议宣战。这时泰勒穿过了格兰德河并短暂占领了塔毛利帕斯州的马塔莫罗斯。泰勒持续的封锁马塔莫罗斯港以阻止船只进入。在波尔克起意向国会提出宣战的要求几天之后，他听到有消息称墨西哥军队穿过了格兰德河并杀死了11名美国士兵。波尔克于是将这作为“战争借口”，他声称墨西哥“进犯了我国领土并让美国人在自己的土地上洒下了鲜血。”
国会中的一些人表达了对波尔克对那些事件描述的怀疑。
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但是国会还是以压倒性多数批准了向墨西哥宣战。许多辉格党人害怕反对它会给自己扣上不爱国和不支持战争努力的帽子。
议院中，反奴隶制的以约翰·昆西·亚当斯为首的辉格党人投票反对战争；在民主党人中，参议员约翰·C·卡尔霍恩是这次宣战的最出名的反对者。
1846年夏，史蒂芬·W·肯尼将军指挥的美国军队占领了新墨西哥。这时，军队上校約翰·福瑞蒙特带领北加利福尼亚的殖民者（在熊旗起义中）颠覆了所诺玛的墨西哥守军。扎卡里·泰勒也在格兰德河上取得了胜利，虽然波尔克没有派援军。美国还与1844年被推翻的墨西哥独裁者安东尼奥·洛佩斯·德·桑塔·安纳进行密谈。桑塔·安纳同意了美军条件，即在得以安全返回墨西哥的情况下，他会劝说当权者将加利福尼亚和新墨西哥卖给美国。但当他回到墨西哥时撕毁了协议，宣布自己为总统，并试图赶跑美国侵略者。然而桑塔·安纳的努力都是徒劳，因为泰勒将军和温菲尔德·斯科特击败了所有的抵抗力量。斯科特于1847年占领了墨西哥城，泰勒在墨西哥北部赢得了一连串胜利。即使在这些战斗后墨西哥仍未投降，直到1848年才接受了波尔克的提出的和平条约。
詹姆斯·诺克斯·波尔克 总统任期
波尔克派外交官尼古拉斯·特里斯特于墨西哥人谈判。由于没什么进展，总统命令特里斯特回到美国，但这位外交官没有理睬这个指示，继续留在墨西哥进行交涉。特里斯特在1848年成功与墨西哥签订了瓜达卢佩-伊达尔戈条约，波尔克批准了，没有理睬民主党人要求兼并整个墨西哥的呼声。这个条约使使美国增加了120万平方英里（310万km²）的领土，墨西哥的国土缩小了一半，而美国版图则增加了三分之一。加利福尼亚、新墨西哥、亚利桑那、内华达、犹他、科罗拉多的一部分、怀俄明都是这次墨西哥割让的领土。条约还承认了得克萨斯合并并承认了美国对纽埃西斯河和格兰德河之间争议领土的控制。墨西哥则得到了1500万美金。这场战争夺走了超过50000墨西哥人的生命。美国却只损失了少于20000人。它可能花费了美国人一亿美金。最后，威尔莫特条款将奴隶制引入了新兼并的领土，但波尔克在日记中坚持那从来不是战争的目标。
条约需要参议院的批准，1848年3月，反对波尔克政策的辉格党人突然改变了立场。三分之二的辉格党人赞成波尔克的条约。1848年晚些时候，辉格党人提名战争的英雄扎卡里·泰勒作总统，泰勒说未来不会再有战争了，但他拒绝指责波尔克。
这场战争为波尔克及民主党人带来了严重后果。辉格党人公然抨击一场由总统滥用权力导致的不道德的侵略战争。1848年，众议院因发动战争谴责波尔克。另一后果是波尔克在健康上也付出了代价。由于在战争期间过度操劳，使他在总统后期健康严重下滑。
1848年夏，波尔克总统授权他的西班牙大使罗慕洛斯·米切尔·桑德斯商讨购买古巴的问题，他提供西班牙一亿美金，这在那时是笔大数目（相当于现在的26亿）。古巴靠近美国，并存在奴隶制度，所以买入古巴的想法对南方有吸引力，但在北方不受欢迎。西班牙政府拒绝了桑德斯的建议。
波尔克在总统任期内最后的举措之一是签署了创立内政部的议案（1849年3月3日）。这是共和国早期之后创立的第一个内阁部门。
波尔克任命了以下人士为美国最高法院|最高法院法官
（波尔克还在1846年提名了乔治·W·伍德沃德，但被参议院否决）。
29届国会（1845年3月4日 －1847年3月4日）
30届国会（1847年3月4日 －1849年3月4日）