维特尔斯巴赫王朝 神圣罗马帝国境内的维特尔斯巴赫家族
1685年，卡尔一世路易的独子，普法尔茨选帝候卡尔二世死后无嗣，普法尔茨-西梅尔恩支宣告终结，取而代之的是信奉天主教的普法尔茨-诺伊堡支：在于利希爵位继承战争中获得于利希和贝尔格两公国的沃尔夫冈-威廉诺伊堡的普法尔茨伯爵的儿子、诺伊堡的普法尔茨伯爵和于利希-贝尔格公爵菲利普-威廉成为新的普法尔茨选帝候。然而这一安排遭到法王路易十四的反对。
1670年6月30日凌晨两点，路易十四的弟弟、奥尔良公爵菲利普一世的首任妻子、英王查理一世的小女儿英格兰的亨莉雅妲公主在喝完一杯冰镇的菊苣水后腹部剧痛而暴卒，时年26岁（当时盛传是遭其丈夫的“基友”洛林骑士菲利普下毒）。次年，菲利普一世续弦，娶普法尔茨选帝候卡尔一世路易长女伊丽莎白-夏洛特为第二任妻子。因此普法尔茨选帝候卡尔二世死后，路易十四提出应该由卡尔二世之妹、奥尔良公爵夫人伊丽莎白-夏洛特继承普法尔茨选帝候之位。事实上，由于选帝候之位历来是传男不传女，路易十四的行为只是为法国吞并莱茵-普法尔茨寻找借口。遭拒绝后法军不宣而战于1688年9月开入莱茵-普法尔茨，以法国为一方，1686年7月成立的由奥地利、西班牙、葡萄牙、巴伐利亚、勃兰登堡、萨克森、莱茵-普法尔茨、荷兰共和国、英格兰、苏格兰、爱尔兰、萨伏伊公国、瑞典（1691年后改为中立）等欧洲各列强所组成并得到教宗依诺增爵十一世秘密支持的反法联盟奥格斯堡同盟为另一方的大同盟战争（亦称九年战争，1688-97年）爆发。
10月24日，法军进占海德堡。由于莱茵-普法尔茨是法军开往德意志各战场的必经之路，且为了防止正集结军队的北德各诸侯（勃兰登堡、萨克森、汉诺威、黑森-卡塞尔）和正从与奥斯曼帝国作战的巴尔干前线回师的南德各诸侯（巴伐利亚、士瓦本地区各侯国和弗兰肯地区各侯国）以此为跳板进攻法国本土，法军决定系统性地破坏莱茵-普法尔茨境内所有的军事要塞，并誓言将此地化為一片废墟（法文：Brûlez le Palatinat!）。路易十四的战争大臣（相当于今天的国防部长）卢福瓦侯爵在1688年12月20日前就拟定了一份详细的清单，里面列明了要摧毁的城市，城镇、村庄、城堡、教堂、桥梁等。法军还破坏庄稼、偷走或屠宰牲口、赶走居民，彻底实行焦土政策。1689年2月16日，法军开始破坏海德堡城堡；3月2日法军撤离之际，用火药炸毁城堡的防御塔并纵火焚烧城堡，部分城区也被烧毁。六天后曼海姆被夷为平地，沃尔姆斯和施派尔也分别于5月31日6月1日蒙难。虽然菲利普-威廉的儿子普法尔茨选帝候约翰-威廉于1690年继位后修复了被毁坏的防御塔和围墙，但法军于1693年5月22日再次攻占海德堡并于次日进入城堡，这次他们有备而来，用地雷将城堡的防御设施悉数炸毁，城区也遭受大面积毁坏。遭同样厄运的还有莱茵-普法尔茨相邻的巴登侯国和符腾堡公国。
由于海德堡尤其是海德堡城堡在战争中遭受严重破坏，菲利普-威廉的儿子普法尔茨选帝候约翰-威廉决定将选帝候国的都城从海德堡转移至贝尔格公国的杜塞尔多夫，约翰-威廉之弟普法尔茨选帝候卡尔三世菲利普继位后于1718年将都城迁回海德堡但两年后又迁往曼海姆。这两兄弟的大姐，诺伊堡的艾琳娜·玛格达莱娜是神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世的第三任和最后一任妻子，育有哈布斯堡王朝的最后两位神圣罗马帝国皇帝约瑟夫一世和查理六世，也是哈布斯堡王朝末代君主和唯一一位女性君主玛丽亚·特蕾西亚的祖母。
为了加强维特尔斯巴赫家族各旁支之间的团结，卡尔三世菲利普于1742年1月17日举行了一场婚礼，将其长外孙女和二外孙女分别嫁给了普法尔茨-苏尔茨巴赫支的卡尔·泰奥多尔和巴伐利亚选帝候马克西米利安二世埃玛纽埃尔之孙巴伐利亚的克莱蒙特-弗朗西斯公爵，而在数天之后的皇帝选举中，卡尔三世菲利普更是把手里的选票投给了巴伐利亚选帝侯卡尔·阿尔布雷希特，助其当选为神圣罗马帝国皇帝查理七世。1742年卡尔三世菲利普死后无男嗣，普法尔茨-诺伊堡支宣告终结，继承选帝候之位的是其长外孙女婿、普法尔茨-苏尔茨巴赫支的卡尔·泰奥多尔。随着1777年巴伐利亚选帝候马克西米利安三世约瑟夫死后无嗣，维特尔斯巴赫家族幼支绝后，普法尔茨-苏尔茨巴赫支的卡尔·泰奥多尔作为长支的族长继承了巴伐利亚选帝候之位，维特尔斯巴赫家族这两块分离了四个半世纪的领地再次合到了一起。
然而，由于卡尔·泰奥多尔已经是莱茵-普法尔茨选帝候，因此根据1648年威斯特伐利亚条约的规定，他在继承巴伐利亚前必须把莱茵-普法尔茨传给自己的继承人。事实上，尽管巴伐利亚无论从面积还是国力上都超过莱茵-普法尔茨，但由于卡尔·泰奥多尔素来对政治不感兴趣，而把时间精力都花在建造剧院、博物馆，收集艺术品，打猎和与其众多情妇（大多是法国女演员）幽会上，他更喜欢呆在气候更加温和的莱茵-普法尔茨首府曼海姆，而对迁往慕尼黑热情不高。苏格兰著名哲学家和历史学家托马斯·卡莱尔曾给予他这样的评价：“一个整天无所事事的可怜虫，自大、浮夸、浅薄而喜欢炫耀，沉迷于戏剧和繁育私生子而不能自拔。”尽管卡尔·泰奥多尔有很多情妇和私生子却没有合法的子嗣（他曾有过一个儿子，但出生第二天就死了），因此他自己的后代无法继承莱茵-普法尔茨和巴伐利亚，他需要得到一些他的私生子女们能够继承的领地，以便让他们从平民变成贵族。与此同时，巴伐利亚选帝候马克西米利安三世约瑟夫的妹夫、神圣罗马帝国皇帝约瑟夫二世则对巴伐利亚觊觎已久。
1778年1月3日，卡尔·泰奥多尔与约瑟夫二世达成密约，以将下巴伐利亚割让给奥地利为代价换取皇帝支持其保留莱茵-普法尔茨的同时继承巴伐利亚剩余地区。同时，卡尔·泰奥多尔希望从皇帝那里获得奥属尼德兰和前奥地利的部分土地以便死后传给他的私生子们，但这一条并没有写入条文中。这一损害巴伐利亚领土完整的计划立即遭到了巴伐利亚选帝候马克西米利安三世约瑟夫的遗孀萨克森的玛利亚·安娜·索菲亚和卡尔·泰奥多尔的第一顺位继承人、长支普法尔茨-茨魏布吕肯-比肯费尔德支的茨魏布吕肯公爵卡爾二世·奧古斯特的反对。普鲁士（唯一有实力和意愿与奥地利对抗的德意志诸侯）、萨克森（萨克森选帝候弗里德里希·奥古斯特三世 跟卡尔二世奥古斯都娶了对方的妹妹为妻）和大多数其他德意志诸侯也反对这一领土交换，就连1756年以来改与哈布斯堡家族结盟的法国都不支持，因为法国当时正集中精力于美国独立战争，不希望在欧洲爆发大规模战事。在短暂的巴伐利亚王位继承战争（1778-79年）后，巴伐利亚将因河西南岸与上奥地利接壤的因河地區割让给奥地利，却没能在奥属尼德兰和前奥地利得到任何有价值的土地，领土交换计划无果而终。虽然1784-85年卡尔·泰奥多尔又尝试了一次，试图以巴伐利亚交换奥属尼德兰并从皇帝那里获得勃艮第国王的头衔，但因普鲁士的干预终未能如愿。
1789年7月法国大革命爆发后，法军在第一次反法同盟战争期间于1792年攻入莱茵-普法尔茨，1795年让·维克多·莫罗率领的法军莱茵-摩泽尔军团更是攻入巴伐利亚境内，占领慕尼黑并围困英戈尔施塔特，卡尔·泰奥多尔在留下一个看守政府后匆忙逃亡萨克森。1796年9月，看守政府被迫与让·维克多·莫罗签订停战协议，并向法军提供巨额军费。第二次反法同盟战争期间，奥地利军队为与法军开战做准备于1799年初占领巴伐利亚。1799年2月卡尔·泰奥多尔逝世后，长支的普法尔茨-苏尔茨巴赫支亦宣告终结，入替的是茨魏布吕肯公爵卡爾二世·奧古斯特之弟茨魏布吕肯公爵马克西米利安-约瑟夫。当时维特尔斯巴赫家族长支只剩下普法尔茨-茨魏布吕肯-比肯费尔德支（由马克西米利安-约瑟夫领导）和普法尔茨-比肯费尔德-格尔恩豪森支（由比肯费尔德-格尔恩豪森的普法尔茨伯爵威尔汉姆领导）。马克西米利安-约瑟夫继承了卡尔·泰奥多尔的巴伐利亚选帝候之位，史称马克西米利安四世约瑟夫。作为补偿，威尔汉姆得到了“巴伐利亚里的公爵”头衔。之所以使用巴伐利亚里的公爵而非巴伐利亚公爵是因为兰茨胡特爵位继承战结束后，巴伐利亚公爵阿尔布雷希特四世吸取历史教训，为防止他死后出现几个儿子分家而致领地四分五裂的局面而于1506年确立了长子继承制，因此在任何时候都只能有且仅有一位巴伐利亚公爵。威尔汉姆于是成为首任巴伐利亚里的公爵，他也是大名鼎鼎的茜茜公主的曾祖父。
尽管马克西米利安四世约瑟夫同情法国大革命，但巴伐利亚的军事和财政状况让他根本无法摆脱奥地利的控制。1800年12月，法军在霍恩林登戰役中击败奥地利-巴伐利亚联军后，让·维克多·莫罗率领的法军再次占领慕尼黑。1801年2月9日，法国与神圣罗马帝国签订《吕内维尔条约》，巴伐利亚失去了莱茵-普法尔茨、茨魏布吕肯公国和于利希公国（虽然条约第七款中提到要给予巴伐利亚领土补偿）。奥地利这种完全不把巴伐利亚的利益放在眼里的行为促使巴伐利亚于同年8月跟法国秘密签订了和平同盟条约，转而与法国结盟，而当时担任第一执政的拿破仑则承诺用于补偿巴伐利亚的领土将从神圣罗马帝国获取。
1803年巴伐利亚在德国政治地图重组过程中获得了维尔茨堡、班贝格、奥格斯堡和弗赖辛等主教国和帕绍主教国的一部分，以及12个修道院、17座城市和村庄的零散土地。这些土地加起来足够补偿之前失去的莱茵河西岸的土地。1805年第三次反法同盟中，巴伐利亚军队首次与法军并肩作战，同年12月奥斯特里兹战役后，神圣罗马帝国被迫与法国签订普雷斯堡和约并出让大片领土：1801年《吕内维尔条约》规定，神圣罗马帝国皇帝弗朗茨二世之弟托斯卡纳大公费迪南三世将自己的领地让给法国，但获得萨尔茨堡选侯国（含萨尔茨堡大主教国、贝希特斯加登以及部分艾希施泰特主教国和帕绍主教国的领土）作为补偿。普雷斯堡和约则规定，肢解萨尔茨堡选侯国，萨尔茨堡大主教国和贝希特斯加登归奥地利，其余部分归巴伐利亚。
巴伐利亚则将1803年获得的维尔茨堡选侯国（次年8月神圣罗马帝国解散后被升格为维尔茨堡大公国）让给费迪南三世作为补偿。此外，巴伐利亚还从奥地利获得了蒂罗尔、福拉尔贝格、布尔高侯国、霍恩埃姆斯和柯尼赛格-罗腾菲尔斯伯爵国、阿根、泰特南和林道等领土。条约还规定神圣罗马帝国须承认巴伐利亚和符腾堡为王国并尊重其主权。1806年1月1日，巴伐利亚选帝候马克西米利安四世约瑟夫即位为首任巴伐利亚国王（史称马克西米利安一世约瑟夫）。作为政治交换，他不太情愿地把女儿奥古斯塔公主许配给拿破仑第一任妻子约瑟芬皇后与前夫所生的独子欧仁·德·博阿尔内。此外，长支的另一个旁支普法尔茨-茨魏布吕肯-比肯费尔德支-克里伯格支在继承瑞典王位的同时统治不莱梅-费尔登公国（1654-1719年）。