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此時R2-D2向帕米通知了歐比王在基歐諾西斯遭遇的麻煩，雖然絕地議會令安納金按地不動，但在佩咪勸說下兩人仍違背指令前往基歐諾西斯營救歐比王，同時安納金也從家中帶走了C-3PO。但在基歐諾西斯的機器人製造工廠內吃盡苦頭之後，他們也被強格·費特抓獲。
共和國議會召開緊急會議，並授予白卜庭臨時最高決策權力，白卜庭宣稱自己將使用複製人大軍保衛共和國。
絕地大師魅使·雲度帶領絕地武士們來到基歐諾西斯阻止杜庫伯爵，與杜庫伯爵放出的機器人軍團大戰，基歐諾西斯戰役爆發。
戰鬥中絕地大師魅使·雲度砍下了強格·費特的頭，但在無數機器人士兵的圍攻之下，絕地武士們傷亡慘重，最後僅剩包括歐比王、安納金和佩咪在內的十幾人被團團包圍。杜庫正要下令開火之際，尤達大師率領複製人大軍及時趕到。複製人大軍與分裂主義分子的機器人軍隊展開戰鬥並逐漸取得優勢
而基歐諾西斯戰役中格里弗斯將軍（General Grievous）在吉奧諾西斯的地下墓穴中被釋放並殺死任何目擊到他的存在的絕地
而歐比王和安納金在一個山洞裡找到了杜庫伯爵，但他們在與杜庫的光劍對決中落敗，安納金的右手被砍掉；後來儘管尤達大師擊退了杜庫，事情卻遠沒有結束。
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基歐諾西斯戰役結束後，複製人战争正式爆發。
安納金·天行者與佩咪·艾米達拉舉行秘密婚禮
在基歐諾西斯戰役發生後四個星期內，Muunilinst戰役爆發。阿薩依·文翠絲（Asajj Ventress）向杜庫學習黑暗原力，成為西斯學徒
絕地將軍達克曼·巴雷克和他的第二個學徒在蒐集情報時發現，在外環星球海波里上有一個巨大的戰鬥機器人工廠。絕地委員會派遣一支精鋭絕地特遣隊——包括委員會成員奇·亞迪·蒙地、愛拉·賽庫拉和莎克·提等絕地大師一同前往海波里。但就在特遣隊幾乎一到達星球上空就中了埋伏，海波里戰役展開，數艘歡呼者級強襲運輸艦剛剛跳出超空間就觸動了軌道機雷，繼而墜落到星球表面，被迫降落的特遣隊隨即被海量的機器人部隊包圍，而複製人士兵幾乎全部陣亡。
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在海波里戰役中絕地將軍達克曼·巴雷克向歐比王發出求救信號時並報告目擊了外形恐怖的格里弗斯將軍（General Grievous）但之後卻被突然出現的格里弗斯將軍（General Grievous）給殺死，此時，格里弗斯將軍（General Grievous）已將巴雷克的部隊和絕地特遣隊幾乎全數殲滅。最後由先進偵察突擊兵（ARC troopers）趕來營救，帶走了奇·亞迪·蒙地、愛拉·賽庫拉和莎克·提。
在海波里戰役之後，由於戰爭的需要，絕地議會同意了歐比王的提議，將安納金正式升格成為絕地武士
安納金與歐比王護送支援物資到 克里斯托夫西斯(Christophsis )星，因為當時貝爾·歐嘉納參議員和他的人道救援團隊當時在那邊遇到問題。克里斯托夫西斯戰役爆發。
安納金和歐比旺在克里斯多福西斯星球帶領共和國士兵對抗分離勢力的機器人大軍。共和國遭到對方伏擊之後，他們開始意識到複製人軍隊內部出現勾結分離勢力的叛徒。安納金和歐比旺深入敵後展開調查。與此同時，雷克斯上尉和指揮官科迪找出叛徒，將他關進監獄，但共和國部隊大部分的軍械已被叛徒摧毀，僅剩的幾門重砲。
動畫星際大戰：複製人之戰 (電影)
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在得知共和國部隊的軍械被叛徒摧毀，分離勢力迅速發起進攻，卻被共和國僅剩的幾門重砲擊退，而此時為了迅速召回失去聯繫的安納金與歐比王，絕地委員會派出一位神秘的信使前去支援，滿心期盼迎來增援的安納金所見到的卻是要委派給他的一名名叫亞蘇卡·譚諾的學徒。
就在此時仍不死心的分離主義軍打開護盾展開推進，為了解決危機安納金帶領亞蘇卡前去炸毀護盾發生器，而歐比王則拖住敵軍，在眾人齊心協力的努力下，終於結束了克里斯多福西斯戰役。
為了爭取銀河系黑道的貿易路線來做戰略用途，獨立聯邦與銀河共和國開始跟賈霸談判，為了離間赫特人和絕地武士，杜庫伯爵聯合赫特人賈霸的叔叔，謊稱賈霸的兒子被絕地武士綁架。杜庫並派出凡翠絲暗中綁架賈霸的兒子 Rotta 企圖讓銀河共和國失去談判的優勢與籌碼。
亞蘇卡正式成為安納金的學徒，並一同解決這場人質危機。
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為了在托伊達裡亞星系建立一座共和國的補給基地，絕地大師尤達帶領一小隊複製人軍前往一個偏僻的中立衛星進行祕密談判。他們被西斯武士杜庫伯爵派遣阿莎潔·凡翠絲率領的機器人大軍伏擊。為了證明共和國有能力抵抗杜庫伯爵，尤達大師前往衛星與機器人大軍正面交鋒，並將意欲謀殺國王的凡翠絲擊敗。凡翠絲倉促逃走，共和國與該星球締結協議。
數十艘共和國軍艦皆被摧毀在敵人兇猛的奇襲之中，無人倖免於難。使各地傳聞分離勢力擁有了恐怖的新式武器。面對不斷蔓延的恐懼，絕地議會派遣普羅·空大師去剿滅此威脅，不讓它有再度禍害的機會。但連有所防備的普洛·孔大師也被分離勢力用離子主砲擊敗，軍艦也被擊毀。失去與普洛·孔大師的聯絡，亞蘇卡十分擔心其安危並且不惜頂撞帕爾帕廷議長，最後安納金還是帶著她偷偷前去展開搜救行動。另一方面，軍艦被擊毀的普洛·孔大師和幾名複製人正在逃生艙等待救援，卻發現分離勢力派出獵殺機器人清除逃生艙中的倖存人員，經過一番鬥智鬥勇，最終安納金·天行者與他的學徒亞蘇卡·譚諾找到普洛·孔以及倖存的複製人並逃脫分離主義軍的追捕，帶領他們返回絕地委員會。而新式武器的神秘面紗也終於被揭開。
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分離主義軍征服者級重型巡洋艦「毒牙號」闖入共和國疆域，如入無人之境，攔截軍艦無一倖免。安納金·天行者和亞蘇卡·譚諾從營救行動中虎口脫險後，準備向敵艦發動反攻。就在安納金等人還未出發的時候，這位狡猾的分離軍統帥接到杜庫伯爵襲擊共和國複製人秘密醫療站的任務。安納金等人得知後組成Y翼戰機戰隊前去援救也不得不從危險的「巴爾莫拉航線」圍堵格里弗斯，但其戰隊尚未交戰就已經損失慘重。其部隊損失和迫在眉睫的醫療站之危迫使安納金放棄直取毒牙號艦橋的計劃，轉而破壞其離子主砲，導致離子主砲發射時戰艦過載引起爆炸，同時破壞超空間引擎。失去了主砲和超空間引擎的「毒牙號」損傷嚴重只能緩慢逃跑。
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由於「毒牙號」征服者級重型巡洋艦(Subjugator-class heavy cruiser)企圖摧毀外環星域複製人醫療站的陰謀被粉碎，同時它也損失了重要的離子炮和超空間引擎損壞。所以絕地對逃竄的「毒牙號」緊追不捨，以期能將其徹底擊沉。為了拯救危急的「毒牙號」，杜庫伯爵再施一計，將前往與銀行業集團首席執行官會面的佩咪·阿米達拉議員騙到雙方交戰戰場，並且命令格里弗斯將其挾為人質。為此，共和國不得不停止追擊，轉而展開人質營救計劃。為解救佩咪，安納金·天行者和歐比王·肯諾比潛入「狼毒號」。安納金和歐比王與佩咪會合，R2-D2找到走散的C-3PO。他們乘飛船離開之前，安納金修改了「狼毒號」超空間引擎的導航程序將「毒牙號」的超空間座標定位於臨近的衛星，使分離勢力引以為傲的秘密武器就這樣撞毀在臨近的衛星上。
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為偷襲位於卡米諾的複製人工廠，格里弗斯將軍派出一隊突擊機器人攻破由複製人新兵把守的一座哨站。這是共和國在該區的外環戰略要地，複製人指揮官雷克斯上尉和指揮官科迪（Cody）及時趕到援助，聯手倖存的複製人奪回基地。但是他們被隨後而至的機器人大軍再次擊敗。名叫海維(Hevy（Trooper Hevy）)的複製人新兵犧牲自己炸毀哨站，向控制中心發出入侵警報。使格里弗斯將軍無功而退。
佩咪帶著扎扎·賓客斯和C-3PO前往沼澤星球羅迪亞進行外交訪問。該星球的掌權者、共和國參議員奧納康達·法爾（Onaconda Farr）由於缺乏食物補給，已經與分離勢力結盟，他將佩咪軟禁，並通知紐特·岡雷總督。扎扎·賓客斯發覺佩咪有危險，他披著一件絕地戰袍，陰差陽錯地被分離勢力誤認為是絕地武士。也讓奧納康達·法爾（Onaconda Farr）發現紐特·岡雷總督無意解決他們的食物補給並決議反抗於分離勢力。在法爾和沼澤中的怪物幫助下，他們控制住紐特·岡雷總督，將他投進監獄。
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亞蘇卡和絕地大師盧米娜拉·昂杜利押解紐特·岡雷總督返回科羅森星球受審，中途遭遇凡翠絲的偷襲。杜庫伯爵派遣她來營救或殺死岡雷總督。在亞蘇卡聯合盧米娜拉與凡翠絲纏鬥之際，議會突擊隊的阿蓋斯隊長叛變共和國，與凡翠絲裡應外合將岡雷總督救走。為了獨佔功勞，凡翠絲在途中殺死阿蓋斯。也因貿易聯邦總督紐特·岡雷的情報泄漏，絕地議會得知了達斯·西帝的存在，一場針對西斯大帝的搜捕行動開始。
絕地大師基特·費斯托與舊徒納達爾·維布（Nahdar Vebb）追蹤逃跑的岡雷總督來到一個遙遠星球。消滅機器人士兵之後，兩人意識到進入杜庫伯爵的陷阱。岡雷總督不見蹤跡，這裡是格里弗斯將軍的巢穴。杜庫伯爵為了懲罰屢敗的格里弗斯，故意將絕地武士引至此地。崇尚武力的納達爾堅持不聽費斯托的勸阻，決意正面對抗格里弗斯來換取師傅脫逃此地的時間，最後被格里弗斯殺死並拿走其光劍。絕地大師基特·費斯托與格里弗斯短暫交鋒後拿回舊徒的光劍乘飛船逃離。
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共和國在那卜星發現分離勢力的生物武器實驗室。佩咪與扎扎·賓客斯率先前去調查，被機器人軍隊抓獲。安納金、歐比旺、亞蘇卡和雷克斯趕來援助，他們發現實驗室的首領是努沃·文迪博士（Nuvo Vindi），他研發出可以在空氣中擴散的致命藍影病毒，企圖危害人類和生物安全。安納金與眾人分頭行動，解救出佩咪，擒獲文迪博士。
忠於努沃·文迪的機器人在努沃·文迪博士的實驗室中成功釋放藍影病毒，雖然及時關閉所有出口，亞蘇卡、佩咪和眾多複製人被困於室內，感染少量病毒。安納金和歐比旺前往耶果星球找尋解藥，發現此地居民生活在被稱為幽靈統治者德羅爾的詛咒之中。在一個當地男孩的幫助下，安納金和歐比旺發現德羅爾是分離勢力佈置的迷局，他們拆除天空中的雷射能量場，順利離開這個星球，救下佩咪一行眾人。
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賴洛思戰役爆發。獨立聯邦大舉進攻賴洛思星球，獨立聯邦的軍艦組成了封鎖線，致使共和國防禦力量斷絕了一切支援，軍力日益削弱。儘管他們英勇作戰，並與提列克自由戰士査姆·辛杜拉聯手抗敵，絕地大師殆及其部隊仍然寡不敵眾，難以抵擋潮水般湧來的機器人大軍。共和國急需重新建立一條幫助賴洛思地面部隊的補給線，於是他們派遣德高望重的奧加納議員前往中立星球托伊達里亞，以求其能藉道給共和國為運輸艦提供補給。而與此同時收到消息的分離勢力則派出貿易聯盟的洛特·多德議員前去阻撓共和國的計劃。
表面上托伊達里亞人雖然同意了貿易聯盟的請求，回絕共和國支援賴洛思的要求，但托伊達里亞人的國王暗中答應奧加納拖住貿易聯盟，秘密允許共和國運輸補給，於是扎扎·賓客斯議員通過宴會雜耍成功分散了洛特·多德議員的注意力，而共和國的補給也成功運輸到了賴洛思。而為了給補給運達爭取時間，殆大師帶領彈盡糧絕的共和國部隊在狹窄的山谷與分離勢力決一死戰，雖然部隊英勇奮戰，由於孤立無援最終卻全數陣亡，不過他們的犧牲成功拖延了分離勢力的攻勢，拯救了撤離的提列克人，為解放賴洛思打下了基礎。
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解放賴洛思。在機器人野蠻的佔領下，被分離勢力艦隊封鎖的賴洛思人民忍飢挨餓。邪惡的分離勢力頭目沃特·坦伯實行著鐵腕統治。應議會要求，共和國軍為解放賴洛思星係發動了一次大膽的攻勢。安納金·天行者與學徒亞蘇卡·塔諾的任務是為歐比王的地面進攻掃清道路。這次安納金派遣亞蘇卡·譚諾指揮一隻中隊發起突襲。因是學徒亞蘇卡的初陣指揮，戰鬥中亞蘇卡違反安納金的命令，然而因為經驗不足使共和國的戰鬥機中隊落入狡詐的分離艦隊指揮馬爾·圖克的陷阱，損失慘重，致使大部分中隊成員犧牲。安納金幫助亞蘇卡從這次失敗陰影中走出，安納金果斷駕駛受損嚴重的軍艦對獨立聯邦艦隊實行神風特攻，成功搗毀了敵軍的指揮艦，而亞蘇卡則使用一種奇特的戰術擊潰了對方部隊的殘餘艦隻，兩人配合下擊敗分離勢力艦隊，解除了分離主義軍對於賴洛思的封鎖。
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絕地安納金·天行者和學徒亞蘇卡·塔諾擊敗了封鎖行星的艦隊後。絕地將軍魅使·溫杜和歐比王·克諾比發動大規模攻勢，以解救忍飢挨餓的人民。分離勢力為了阻止共和國部隊建立著陸點，設置了幾門重型防空火砲，同時為了避免共和國炸毀防空火砲，它們將賴洛思的村民作為肉盾，希望憑此阻礙共和國的進攻 歐比旺帶領一隻複製人小隊進入賴洛思星球，計劃破壞機器人軍隊的防空武器。機器人指揮官將當地的提列克人作為人質。面對分離軍在地面的重重阻攔，歐比王派遣手下最好的兩名士兵蠟將和沸騰前去尋找突圍的路線。兩個複製人士兵在執行任務期間遇到提列克小女孩努瑪，這兩名富有同情心的複製人很快就和這名小女孩建立了非同尋常的友誼，在她的幫助下，歐比旺帶著複製人士兵通過地道繞過了敵軍的防線潛入機器人軍隊的大本營，不但拯救了人質，也摧毀了敵軍的防空火力。擊破分離勢力的這個據點，解救了提列克居民。隨著努瑪親切的呼喊，共和國軍邁著堅定的步伐向著下一個戰場繼續邁進。
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在絕地的帶領之下，複製人士兵成功攻入被分離勢力佔領的賴洛思星球，安納金·天行者也在空中與敵人一決雌雄，歐比王·克諾比將軍則將各個村莊從卑鄙的分離勢力領導人沃特·坦伯手中解放出來。而現在，絕地將軍魅使·溫杜對敵軍防線發起總攻，以解放首都萊蘇。受限於萊蘇的地形，溫杜大師決定與當地的自由戰士査姆·辛杜拉聯手，意圖攻破敵軍的防守，一舉解決掉這場戰役。另一方面，杜庫伯爵得知是溫杜大師指揮進攻後，命令坦伯迅速撤離，毀掉所有帶不走的物件，並將此宣傳為共和國的慘敗。然而坦伯過於貪心，為了接收最後一批寶藏的他，最終落得個城破被俘的命運。賴洛思的人民終於迎來解放，賴洛思解放戰也告一段落。
由於其議員米·迪奇死於議會謀殺案，作為共和國重要補給線的昂巴拉星球倒向分離勢力。為了解決外環戰局的危機，共和國深入偏僻的幽靈星雲意圖打破分離勢力的封鎖。昂巴拉戰役爆發
阿薩依·文翠絲（Asajj Ventress）成為西斯學徒後，其黑暗原力日漸強大，但卻被受西帝之命的杜庫暗殺，最後離開成為賞金獵人。
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21 BBY
薩瓦其·奧普雷斯（Savage Opress）接替阿薩依的位置，成為杜庫的新學徒，不久卻背叛杜庫，與阿薩依聯手試圖暗殺杜庫，最終三人各自為營。
之後薩瓦奇被塔爾津主母指引前去尋找自己失落的兄弟—達斯魔。而杜庫暗殺的失敗後讓文崔斯陷入反思，最終她決定放棄西斯之道，回歸暗夜姐妹的大家庭。
被多次暗算的杜庫伯爵惱羞成怒，派遣格里弗斯將軍（General Grievous）掃蕩達索米爾星，意圖徹底消滅這夥邪惡的女巫。被逼無奈的塔爾津啟動了護族的亡靈大軍並且通過巫術詛咒杜庫伯爵，希望以此迫使他退兵。狗急跳牆的杜庫伯爵命令格里弗斯趕緊殺光暗夜姐妹一個不留，解除詛咒。結果暗夜姐妹不敵分離勢力的大軍，整個部族被徹底剿滅，塔爾津主母也化為雲煙，最後文崔斯離開達索米爾星成為賞金獵人
薩瓦奇在小洛索星上找到了本應死去的西斯尊主達斯魔。原來當年在那卜戰役中被歐比王腰斬的魔依靠其黑暗面原力強大力量才保住性命，並帶回已遭格里弗斯將軍摧殘過的達索米爾星，接受主母塔津的治療，之後達斯魔更被賦予同格里弗斯將軍的金屬四爪獸型義肢。而達斯魔裝上義肢後與其兄弟薩瓦其·奧普雷斯成為活躍的第三勢力。
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薩繽·雷恩（Sabine Wren）在曼達洛（Mandalore）出生
琴·厄索（Jyn Erso）在瓦特（Vallt）出生
20 BBY
死星的雛型開始在吉奧諾西斯星建造。
索·葛瑞拉跟自己的妹妹成為自己家鄉星球的反抗軍對抗獨立聯邦，但由於銀河共和國因政治關係無法派大軍，所以派出複製人指揮官雷克斯、亞蘇卡、安納金和歐比王私底下去協助指導。雖然軍隊後來被訓練的有規畫，不過由於整個銀河系的戰況吃緊，導致只剩亞蘇卡一人協助，最後戰爭贏了可卻讓索·吉瑞拉失去自己妹妹而讓個性變得很偏激。
阿蘇卡被誣陷轟炸絕地聖殿，雖然最終真相解開，但對絕地議會和銀河共和國的不信任感到失望而離開絕地(這也成了師傅安納金不滿絕地議會的其中一個原因。)
達斯魔裝上義肢後與其兄弟薩瓦其·奧普雷斯成為活躍的第三勢力後擊敗了死神衛的Pre Vizsla並奪取其曼達洛的「暗劍」及死神衛的領導權，獲得了曼達洛的統治權，藉由讓阿爾梅克擔當傀儡領導人，但實際上將統治權掌握在手中。因此被達斯西帝視為威脅遭到追殺，薩瓦其在戰鬥中被西帝殺死，達斯魔則被西帝囚禁折磨。
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共和國與分離勢力在林戈溫達展開死戰，雙方為了爭奪環繞行星的巨大空間站派遣了大量部隊。就在阿納金·天行者將軍與絕地大師孿生姐妹蒂普利和蒂普拉即將獲得勝利的時候，複製人「鎚頭」突然射殺了蒂普拉大師。由於這意外的兵變，共和國的攻勢被打亂，被迫撤退。他似乎不知道自己究竟做了什麼，而且其健康迅速惡化。擔心這種疾病可能是分離勢力的陰謀有關，阿納金·天行者派遣雷克斯上尉以及ARC士兵「五號」將鎚頭押解至卡米諾的複製人培養中心，進行細緻的診斷
因複製人「鎚頭」誤殺絕地，使部分複製人發現預先66號命令並暗中取出控制複製人的行為控制晶片
絕地委員會突然收到一個求救信號。經過查實這個信號正是來自訂購了複製人大軍的已故絕地大師賽佛迪亞斯（Sifo-Dyas）。為了弄清事件的謎團，普洛·孔大師前去調查，卻只找到賽佛迪亞斯的光劍，之後尤達大師從前議長瓦洛倫那裡得知賽佛迪亞斯大師死前正好在進行對派克海盜的調停工作，與之同行的還有瓦洛倫議長的助手以及一位神秘的不知名絕地。
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在得知絕地正在調查賽佛迪亞斯的事情之後，達斯·西帝為了確保陰謀繼續執行，命令杜庫伯爵，即西斯尊主達斯·泰拉納斯，前去派克海盜彌補自己的過失。原來當初雖然賽佛迪亞斯大師身亡，然而瓦洛倫議長的助手卻僥倖存活。派克海盜將他秘密的收押起來，以防命令他們暗算賽福-迪亞斯的泰拉納斯中途變卦。就在瓦洛倫議長的助手西爾曼即將向安納金和歐比王透露出幕後黑手的時候，西爾曼被前來清理線索的杜庫伯爵擊殺。三人再次交手，派克海盜趕來幫助兩人，歐比王從派克海盜口中得知原來杜庫就是神秘的泰拉納斯，而杜庫也說出當年賽佛迪亞斯為銀河共和國組建複製人大軍來找他合作，然而在交手中兩人非但沒有抓住杜庫，而且連重要的證人派克海盜的領袖也被杜庫所殺。不過事情的迷霧已經開始散去，絕地得知原來複製人大軍已經成為西斯計劃的關鍵一環，因局勢所迫，絕地也只能按照西斯譜寫的劇本繼續走下去
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為了解決西斯所布下的迷局，尤達大師陷入冥想以其從原力中得到答案。卻聽到了一個意想不到的聲音——那就是本應該已經死去歸於原力的魁剛·金，絕地委員會的其他成員對此表示懷疑，而奇·亞迪·蒙地大師堅持認為這是西斯的陰謀，為了安全起見尤達被限制了自由。為了尋求追隨魁剛·金的指引，尤達在安納金的幫助下悄悄地溜出了聖殿。他跟隨魁剛·金的指引來到了達戈巴，在這裡他見到了未來的影像以及那個神秘西斯尊主達斯·西帝。魁剛·金告訴他只有學會了不朽之道才能挽救絕地，於是尤達根據原力的指引再次踏上旅程
絕地議會派出絕地大師昆林弗斯（Quinlan Vos）與阿薩依·文翠絲合作刺殺杜庫失敗。昆林弗斯被杜庫引誘進黑暗面，文翠絲為救他而死亡。但昆林弗斯將文翠絲的遺體安葬於達索米爾星，其靈魂在塔爾津主母和暗夜姐妹的亡靈幫助下，以對昆林弗斯的感情為代價讓她自己復活
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19 BBY
達斯魔逃至曼達洛，躲避西帝的捉拿，並放棄西斯頭銜，自稱魔尔（Maul）
已經退出了絕地的亞蘇卡·譚諾和雷克斯上尉率領501軍團的部分兵力和由博-卡坦·克里茲帶領的曼達洛的抵抗組織發動了旨在推翻達斯·魔統治的曼達洛圍攻，曼達洛圍攻戰爆發
星際大戰三部曲：西斯大帝的復仇（Star Wars Episode III: Revenge of the Sith）
受杜庫之命的分離份子指挥官格里弗斯将军率領机器人大军进攻科洛桑，科洛桑战役（Battle of Coruscant）展開，格里弗斯将军成功绑架了最高议长白卜庭。
歐比旺和安納金率領著一支小分隊展開營救。杜庫與歐比旺和安納金戰鬥，最後不敵，被安納金斬首死亡，兩名絕地救出白卜庭後。他們想要逃離時卻被格里弗斯將軍俘獲。
安納金和歐比王設法掙脫並加以還擊但格里弗斯將軍卻成功逃走，並將兩名絕地和議長困在格里弗斯將軍的旗艦惡意號（征服者級重巡洋艦）中。安納金被迫使船在科羅森的一條登機跑道上硬著陸。
帕德梅告知安納金自己懷孕
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安納金感到他的一個親人（佩咪，但沒向外公開）將會有危險，向尤達尋求意見，尤達希望安納金能「學會放棄掉那些你害怕失去的東西。(learn to let go of everything you fear to lose.)」但安納金並不滿意這答案。
由於獨立邦聯攻擊武技族母星的卡須克星（Kashyyyk），絕地大師尤達又與武技族（Wookies）的關係不錯，使尤達帶領複製人軍團的４１精銳師駐守此地，與當地的武技族一同抵抗敵人。卡須克戰役展開。
歐比王受差遣前往尤帕塔消滅殘餘的分離主義者。
格里弗斯将军在尤帕塔战役遭欧比旺击杀
白卜庭選擇利用歐比王離開科羅森的機會並向安納金揭露自己即是達斯·西帝，使安納金向魅使·雲度通報
魅使·雲度等四位絕地大師抓捕白卜庭失敗，全數死亡
安納金墜入黑暗面並帶領複製人501軍團進攻絕地聖殿，而白卜庭則向在戰場上的複製人大軍下令執行第66號密令，殺害大多數絕地武士，只有少數的絕地有逃過一劫，但絕地幾乎滅亡
安納金前往穆斯塔法星去剿滅獨立聯邦的首腦，並關閉了獨立邦聯散布在各個星系的機器軍團
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尤達和歐比王在參議員貝奧·歐嘉納的幫助下前往絕地神殿並消滅神殿中的複製人501軍團的士兵，但看到絕地神殿內的慘狀後十分震驚，他們隨即修改絕地訊息並通知要其他絕地生還者不要前往絕地聖殿而是要保護自己躲起來。在歐比王查看保安紀錄時看到白卜庭是西斯尊主、安納金屠殺絕地幼徒與武徒以及安納金拜師於他的事情。
尤達決定自己前往消滅白卜庭，並指示歐比王前往消滅安納金。歐比王起先拒絕，要求改為去對付白卜庭，然因尤達對他說安納金已成為西斯武士的事實而只好答應。
白卜庭稱帝，正式成立銀河帝國，銀河共和國滅亡。在帝國統治時期這天被稱為帝國日（Empire's Day）
歐比王前往拜訪佩咪，說出安納金已投身西斯以及其在絕地聖殿中的屠殺。佩咪不信並與C-3PO搭乘飛船前往穆斯塔法星，歐比王趁機藏身在飛船之上
尤達與白卜庭對決，對決中二人均受傷不分勝負，最後尤達不敵白卜庭自行退卻而被迫逃亡
安納金與歐比王於穆斯塔法對決，最後安納金被斬斷左手及雙腳並被熔岩岸邊的高溫而受到了致命的燒傷，歐比王帶著安納金的光劍和佩咪，以及無限的悔恨和遺憾離開穆斯塔法，之後安納金被來到穆斯塔法的達斯西帝給救下並帶回科洛桑進行治療。
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歐比王等人將佩咪送往了一個設置在小行星上的隱秘的基地馬薩波利斯進行治療，但此時她已經失去了活下去的意志，最後帕咪生下路克和莉亞後難產而死，在死前堅持對歐比王說:安納金的內心中仍然存有善意。
科羅森上，安納金失去的三肢和破損的身體器官被替換成了機械的義肢和人造組織並穿上維生系統後，向白卜庭問起佩咪的情況時，白卜庭欺騙安納金，稱安納金自己殺死了妻子（及其腹中的胎兒），安納金得知後極度悲憤，由於他已經失去了自己原本想要保護的一切，使性格也比從前更加冷酷無情，使他正式成為西斯領主達斯維達
在坦特維四號飛船上，歐比王、尤達和貝奧·歐嘉納達成一致，為了不被皇帝和達斯維德察覺到雙胞胎，決定將雙胞胎分開暗中撫養，莉亞與路克分別由貝爾·歐嘉納和歐文·拉爾斯收養，尤達與歐比王也決定分別隱居至達可巴（Dagobah）與塔圖因（Tatooine）以靜候反擊時機來臨，為了防止C-3PO多嘴惹禍，貝奧·歐嘉納下令將C-3PO的記憶清除。
佩咪的遺體送返那卜星球，人們為她舉辦了一個盛大的葬禮(亞蘇卡·譚諾暗中參加)。
星球大战年表 星球大战年表(正史)
白卜庭、維達以及威爾霍夫·塔金注視著狩獵者級滅星艦的窗外，西斯的秘密武器——死星（the Death Star）已經開始建造。
19BBY
艾斯納·包利格（Ezra Bridger）於帝國日（Empire's Day）在洛塔（Lothal）出生。
達斯·維達為了制做出屬於自己的西斯紅色光劍，於是他找到一位躲過66密令的絕地大師 Kirak Infil'a，在差點被對方殺死的情況下得勝。
太空要塞死星在基歐諾西斯秘密興建。
動畫星際大戰：瑕疵小隊第二季
瑕疵小隊回到卡米諾星球，結識神秘女孩歐米茄。塔金上將為測試瑕疵小隊的忠誠度，安排他們前去奧德蘭星球執行一項任務。當瑕疵小隊發現他們需要殺死索·葛瑞拉和大量平民時，獵人選擇拒絕執行命令。為營救歐米茄，瑕疵小隊決定返回卡米諾星球，他們隨即與歐米茄被關押在一處。塔金上將對準星進行人體實驗。被改造後的準星開始效忠銀河帝國，與逃出牢籠的瑕疵小隊其他成員展開激戰。在歐米茄的幫助下，眾人駕駛「浩劫掠奪者號」戰鬥太空梭成功逃脫準星的追殺。
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瑕疵小隊和歐米茄來到薩魯卡米星球，與複製人逃兵卡特·勞昆會面。卡特告知獵人，複製人士兵體內安裝有「行為控制晶片」，因此接到第66號密令後，開始殺戮絕地武士。新建立的銀河帝國派遣大批帝國風暴兵陸續來到薩魯卡米，卡特決定與妻子蘇以及養女莎伊阿和養子傑克逃離此處。但搭乘大眾交通運輸工具時，需要向風暴兵出示「鍊碼」。如果親自登記來獲取鍊碼，會被當場逮捕。瑕疵小隊設法竊取五枚鍊碼，而在歐米茄的幫助下，將它們轉送給卡特及其家人，他們順利登上飛船。
但獵人認為歐米茄需要融入家庭，希望她帶著第五枚鍊碼跟著卡特離開。歐米茄在最後時刻下船，決定與瑕疵小隊在一起。眾人在風暴兵的火力攻擊下駕駛太空梭離開薩魯卡米。
在卡米諾星球，塔金上將和蘭帕特副上將任命準星為一隊新招募士兵的首領，將他們派遣至奧德蘭星球。索·葛瑞拉已經從該星球撤退，準星命令士兵殺死逮捕的反抗軍戰士和平民，並殺死一名不願執行命令的新士兵。塔金意識到徵召兵的潛力。
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瑕疵小隊接受西德提供的任務，前往科瑞利亞星球的退役機器人銷毀站，取回分離勢力的戰術機器人。機器人內藏戰鬥情報。小隊在站內遭遇機器人守衛以及同樣追蹤而來的姐妹拉法·馬特茲和翠西·馬特茲。但破壞者在戰鬥中不慎撞到頭盔，開始逐漸激發體內的行為控制晶片。
技師與馬特茲姐妹對戰術機器人進行重新編程，控制尚未被銷毀的機器人與守衛交戰，瑕疵小隊和馬特茲姐妹趁機逃脫。戰術機器人被守衛摧毀。馬特茲姐妹告訴小隊，她們原計劃將戰術機器人交給與銀河帝國作戰的客戶。獵人把技師複製的數據副本送給馬特茲姐妹。馬特茲姐妹告訴她們的客戶聯繫瑕疵小隊的方法。
由於瑕疵小隊未能帶回戰術機器人中的數據，西德稱小隊需要執行更多的任務來償還債務。雷克斯上尉正是馬特茲姐妹的客戶，他來到曼特爾兵站與瑕疵小隊會合。雷克斯得知小隊成員尚未移除體內的行為控制晶片之後，他稱這些晶片就像是「定時炸彈」，隨時可能被激活。
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為移除晶片，眾人來到布拉卡（Bracca）星球，這裡當前被廢品處理公會控制。眾人潛入一艘廢棄的絕地巡洋艦，開始使用醫療艙進行移除晶片的手術。此時，破壞者體內的晶片被激活，開始攻擊隊友和歐米茄。雷克斯製伏破壞者，他體內的晶片被成功移除。獵人、技師和回音體內的晶片也被移除。隨後，雷克斯獨立離開小隊。廢品處理公會的成員發現獵人的蹤跡。
廢品處理公會將獵人的蹤跡告知銀河帝國，蘭帕特副上將派遣準星前去剿滅瑕疵小隊。拉瑪·蘇首相為確保將歐米茄帶回卡米諾，暗中僱傭賞金獵人尋找她的下落。準星迫使瑕疵小隊離開飛船，他們嘗試駕駛絕地巡洋艦中的離子推力器逃離追捕。準星將瑕疵小隊困在艦內，他們使用軍械庫中炸藥成功逃脫。準星被發動機噴射出的離子擊傷。獵人和歐米茄遭遇賞金獵人卡德·班恩。班恩擊暈獵人，帶走歐米茄。瑕疵小隊的其餘成員救下獵人，帶他一起離開卜拉卡星球。小隊計劃尋找被綁架的歐米茄。
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瑕疵小隊甩掉準星的追擊，嘗試尋找歐米茄的下落。技師則發現歐米茄是賞金獵人強格·費特唯二的未經改造的複製人之一，因此歐米茄成為生產更多複製人的必要原材料來源。卡德·班恩帶著歐米茄來到卡米諾的一處廢舊工廠，等待與僱主完成交接。被關押起來的歐米茄欺騙班恩的服務機器人托多360，成功逃脫牢籠。拉瑪·蘇首相派遣來的助手湯·韋前來聯絡班恩。她同時命令娜拉·塞，計劃從歐米茄的體內提取基因樣本，然後消滅歐米茄。由於擔心歐米茄的安危，娜拉·塞再次派出賞金獵人芬妮克·尚德營救歐米茄。尚德殺死前來接頭的湯·韋。歐米茄趁著尚德與班恩混戰之際，發出求救信號，聯絡到瑕疵小隊並成功營救出歐米茄。
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奧恩·弗里·塔參議員向民眾宣布在賴洛思星球為銀河帝國建立新的精煉廠，並鼓勵賴洛思星球上的提列克人與帝國合作，上交武器。抵抗運動的首領查姆·仙杜拉並不十分讚成奧恩·弗里·塔的做法。戈比·格利帶著姪女希娜·仙杜拉與瑕疵小隊接頭，取回新武器。希娜在此過程中結識歐米茄。他們的行蹤被準星和帝國官員發現。格利返回賴洛思後，被帝國以叛國罪名逮捕。查姆和妻子埃萊妮帶領自由戰士襲擊帝國車隊，嘗試營救格利。準星射殺奧恩·弗里·塔，栽贓給查姆。查姆、埃萊妮和格利被帝國逮捕，希娜趁亂逃脫。
希娜聯繫到歐米茄，向瑕疵小隊求援，請求他們回到賴洛思星球營救自己的父母。獵人起初表示不值得去冒險執行這項任務，歐米茄說服他與希娜會面。歐米茄想出營救方案，她與希娜、技師和破壞者佯攻精煉廠，調走帝國風暴兵，獵人和回音趁機救出希娜的父母查姆和埃萊妮以及其他的自由戰士。準星發現了瑕疵小隊的蹤跡，設下陷阱準備抓捕他們。內心仍效忠於查姆的豪澤上尉向獵人等眾人指明另一條逃跑路徑。獵人等眾人駕駛飛船逃離賴洛思星球。豪澤上尉和效忠於豪澤的士兵被帝國逮捕。蘭帕特副上將意識到自己低估了瑕疵小隊的能力，批准準星追捕他們。
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瑕疵小隊接到雷克斯上尉的任務，前去達羅（Daro）星球營救複製人突擊隊的格里高爾上尉。獵人、技師和回音跟蹤格里高爾被捕前發出的求救信號，發現隱藏在森林之中的銀河帝國秘密基地。帝國正在此處訓練徵募的士兵，計劃取代複製人軍隊。獵人、技師和回音潛入基地救出格里高爾，破壞者和歐米茄留在飛船上作為後援。
在卡米諾星球，銀河帝國停止製造複製人軍隊。拉瑪·蘇和娜拉·塞暗中籌劃逃離卡米諾，被蘭帕特副上將抓獲。獵人等眾人逃離基地時觸發警報，大批帝國風暴兵前來圍堵他們。獵人跌入森林，被帝國風暴兵包圍，他在被逮捕之前要求其餘眾人乘坐飛船離開達羅。
獵人被準星帶至卡米諾星球的提波卡城（Tipoca City）。銀河帝國已將大多數關鍵人員調出卡米諾，並清除剩餘人員。準星設下陷阱，激活獵人的通訊設備，引誘其他的瑕疵小隊成員前來營救獵人。
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歐米茄找到隱藏在海底的秘密通道，進入娜拉·塞的實驗室。歐米茄稱包括自己和瑕疵小隊在內的複製人均是在此實驗室內製造。眾人發現躲藏在此處的機器人AZI-3。破壞者、技師和回音進入訓練室，與獵人和準星會面。獵人試圖說服準星重新加入小隊，稱他現在的行為受到體內植入的「行為控制晶片」影響。準星表示自己早已移除晶片，效忠銀河帝國是出自本心。獵人擊暈準星，準備帶著他一起逃離卡米諾。此時，塔金上將命令屬下集中火力摧毀提波卡城，瑕疵小隊的眾人被困於城中。
提波卡城被徹底摧毀並開始沉入，塔金上將率領部隊離開卡米諾。瑕疵小隊的眾人在城市完全沉沒之前開始逃離。歐米茄和機器人AZI-3從淹水的房間中救出準星。瑕疵小隊前往海底的秘密通道，發現這條通道已經被損壞。AZI-3建議眾人乘坐實驗室內的膠囊艙浮出水面。AZI-3在上升過程中電力耗盡，墜入海底。歐米茄離開膠囊艙，冒著溺水的危險解救AZI-3。準星在水面上的船中使用繩索將歐米茄和AZI-3打撈上船。得救之後，準星再次選擇與瑕疵小隊的其他成員分道揚鑣。與此同時，銀河帝國將娜拉·塞帶至一處實驗基地。
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卡须克遭到严重的生态破坏，大批武技族(乌奇族)被帝国歧视为低等动物并沦为帝国的奴隶。
在穆斯塔法被打敗後數星期，達斯·維達便出現於公眾場合，成為白卜庭的密使及執行官。整個銀河系都認為安納金·天行者是死於攻打絕地神殿時（維達也自稱安納金是被他殺害的）。維達的身世從來沒有公開過，但媒體普遍推測他是杜庫伯爵的門徒，或是一名替白卜庭鏟除絕地武士團的某位絕地武士。黑武士是西斯大帝的謠言開始散播每個角落。
奧森·克倫尼克少校邀請蓋倫·厄索加入帝國“天能計劃”，擔任研究中心主任。天能計劃由帕爾帕廷皇帝親自發起，表面上是為遭受戰爭破壞的星球提供持續能量，實際上是研製死星的超級激光炮。但不明就裡的蓋倫答應了。
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18BBY
帝國成立一年後，天能計劃研究中心正式開張。蓋倫得到了一塊巨大的凱伯水晶，據說是絕地從分離勢力那裡搶得的。
負責武器化蓋倫·厄索研究成果的天能計劃設施在行星馬爾帕茲。當然，當地人只知道那裡是一個為居民持續供能的帝國民用機構。另一方面，在吉奧諾西斯，戰鬥太空站的建設遇到了原料瓶頸。於是，奧森·克倫尼克少校和威爾赫夫·塔金總督密謀徵用一些工業企業的礦場。
動畫星際大戰：瑕疵小隊第二季
西德在收到她的朋友菲·基諾亞的情報後，指派了特種小隊去薩利諾星（Serenno）去偷取已故杜庫伯爵遺下的戰爭遺產，以賺取小隊的資金。縱然小隊對此有所存疑，但獵人最後決定參與，小隊到達薩利諾星，發現帝國已經開始搬運財產往他方。小隊在嘗試確保其中一副財產的貨櫃時，行蹤被帝國軍發現，雙方駁火期間，歐米茄、技師和回音被困在準備升空的貨櫃內。三人尋找逃生方向時，他們嘗試利用貨櫃的再進入推進器作安全著陸。與此同時，獵人和破壞者嘗試以炸彈甩開敵人，到達鄰近村落。
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貨櫃有驚無險地返回薩利諾土地，在歐米茄、技師和回音三人尋找回去掠奪者號的路上遇上了隱居深山中的當地倖存者羅馬·亞特爾，在雙方交談過程中，歐米茄三人開始意識到自由生活的重要性。在技師等人不為意之間，歐米茄偷偷出去企圖找方法取回戰爭遺產；技師和回音在尋找歐米茄時，遇上帝國軍搜索隊，繼而發生衝突，三人幸得羅馬的相助下成功逃出。同時，獵人和破壞者成功殺出重圍與隊員會合離開薩利諾星。蘭帕特副上將得知特種小隊從卡米諾生還後，因害怕殲滅對方失敗被高層懲罰，決定對塔金上將隱瞞此事。
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在帝國軍營，準星被指派到科迪指揮官（Cody）的小隊，前往前分離主義星球迪薛剋星（Desix）拯救被當地扣留作人質的葛魯頓總督（Grotton）。在攻入成功後，準星等人遇上了當地統治者塔尼·艾姆斯總督（Tawni Ames），對方提出了將迪薛剋星排除於帝國統轄範圍以外的要求，並指出戰爭時期共和國拒絕迪薛剋星要求與分離主義者建立和平作停戰，繼而對之失望。雖然科迪指揮官嘗試以和平方式游說對方合作，但準星盲目服從葛魯頓的指令將塔尼處決，令迪薛剋星被最終強制納入帝國統治。回到科羅森星基地，科迪對帝國的所作所為開始產生了質疑和混亂，最後決定逃離軍隊，自我流放。
在帝國參議院，蘭柏特上將迫切地要求通過帝國軍向民眾的徵兵令法案，這意味著複製人士兵將被迫退役。一心捍衛複製人士兵權益的參議員萊奧崔慈，被名叫史立的士兵聯絡，透露其同僚凱德因企圖揭發卡米諾星被摧毀的真相，而被蘭柏特上將指使殺害。崔慈開始向蘭柏特調查，但被對方派出刺客暗殺崔慈和史立。史立最終被殺害，而崔慈卻被史立要求救援而來的雷克斯及時救下。雷克斯和崔慈準備審問該刺客，揭發其同為複製人後，卻被對方啟動自殺機制而死亡。
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在刺客死後，雷克斯隨即聯絡及要求瑕疵小隊加入行動保護崔慈，去揭發蘭柏特上將隱藏的真相。為了取得證據，雷克斯要求小隊共同前往正在維修中的蘭柏特的驅逐艦上，史立預先弄好的行動記錄數據複本。而歐米茄則與崔慈共同行動，爭取更多參議員盟友的支持。小隊有驚無險下成功奪得證據交予崔慈，並在翌日眾議院上揭發蘭柏特的暴行，蘭柏特因而被逮捕。此時皇帝白卜庭到場，卻利用了蘭柏特這份籌碼，令徵兵令法案得以被強行通過。事情塵埃落定後，回音決定留在崔慈的團隊，與小隊暫別，希望與崔慈和雷克斯等人為複製人爭取應有的權利和未來。
西德指派瑕疵小隊去她最近購入的礦場，去提取依西林金屬（Ipsium），但在開採期間，掠奪者號卻被人偷去。眾人被迫步行到就近的太空港口期間，被困在另一個礦場，並失去了剛開採的依西林。被困期間，歐米茄偶然發現了隱藏的依西林蘊藏地，但在開採時，她和技師失足墮入地下水池與眾人分開，歐米茄因此向技師坦露無法適應突如其來人生轉變的困難。不久眾人會歐米茄一行成功會合，並成功尋到出口步至早已被荒廢的港口。小隊成功與西德取得聯絡，卻被告知要等候數天，才有營救船隻到場。
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掠奪者號被當地一名礦工青年班尼·巴洛偷取，並將之給予其雇主莫高，企圖賺取酬金。在港口，歐米茄提出以追蹤機器人訊號方法，成功尋得掠奪者號的位置。特種小隊到達了訊號的位置，潛入莫高的開採礦場，兼逮住班尼並要脅其帶到飛船停泊地。班尼一心要獎金而快將背叛小隊之際，卻被莫高搶先一步捉拿眾人。歐米茄此時發現莫高一直欺騙礦工們，以過低的工資一直壓搾剝削眾人。得知真相的礦工們於是群起反抗莫高，莫高走投無路下失足墮斃，礦工們因而得以取回應有的報酬。瑕疵小隊亦因此得以取回及修好掠奪者號，與眾人道別後離去。
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萊斯·夏洛博士前往位於坦帝斯山脈的帝國研究基地與娜拉·塞會面，並游說對方加入帝國的複製人研究計劃，但被娜拉·塞一口拒絕。另一方面，一艘秘密運送到坦帝斯山脈基地的貨運飛船失事墜落，西德指派特種小隊去起回貨船的貨物。小隊到場視察時，發現該「貨物」原來是一匹未成熟但極具侵略性的澤洛獸（Zillo Beast），由帝國秘密以卡米諾複製技術而成的生物武器。澤洛獸（Zillo Beast）隨後跑到城內引起混亂，但到場的帝國軍突擊隊將澤洛獸（Zillo Beast）制服扣押，並扣留了城內眾多的目擊者，使得瑕疵小隊被迫撤退。不久，拉瑪·蘇亦被帝國軍帶到研究基地，並一同游說娜拉·塞合作。拉瑪·蘇亦向夏洛透露歐米茄的存在，以企圖換取釋放。
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隨住越來越多複製人士兵對帝國政權產生質疑，帝國軍拘禁了包括豪澤在內很多複製人士兵移送至秘密實驗基地，但在押送途中遇上了以回音和葛格為首的劫獄營救小隊攔截，複製人士兵得以被救回到科羅森星的隱藏庇護基地，並告訴了崔茲參議員帝國處置複製人的意圖。回音攜帶在劫獄期間複製押送船的加密數據，回歸到身處柏布星的特種小隊會合。在帝國坦帝斯山脈的秘密基地上，被拘留的準星被萊斯·夏洛博士迫供特種小隊（特別是歐米茄）的藏身之處，但準星成功看準時機，在被再次抓獲及折磨前，向特種小隊秘密傳送求救及警報訊號。特種小隊收到了準星的訊息，以及破譯了回音收回的加密數據資料後，最終得知了帝國的「高級科學研究部」的存在。
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為了找出研究部的活動和企圖，瑕疵小隊前往在艾利亞杜星（Eriadu）舉行的帝國高峰會議，以追蹤萊斯·夏洛博士的行蹤。會議期間，多人關注到帝國正在建立統治網絡以圖稱霸整個銀河，以及研究部秘密研究卡米諾人的複製人技術，企圖用以在計劃中。特種小隊在潛入會議大樓期間，發現了已變成極端反抗份子的索·葛瑞拉隊伍在大樓其中，他們企圖藉此會議刺殺聚首一堂的帝國高層。小隊和葛瑞拉一行人最後引起了帝國軍注意而逃走，但葛瑞拉引爆炸藥，破壞了連接大樓的運輸纜車線路，令瑕疵小隊被困其中。
技師雖然及時重新啟動了運輸纜車的電源，但他最終無法及時逃生而身亡，而纜車失控亦令倖存的特種小隊受傷，迫不得已撤回到曼特爾星的根據地進行治療。在悼念戰友身亡期間，西德最終為了自身安危利益而將小隊出賣。到場的夏洛博士拘捕了獵人和破壞者，迫使歐米茄現身企圖營救戰友但失敗告終。回音和AZI及時救回了獵人和破壞者，而歐米茄則被夏洛擄至坦帝斯山脈的研究部基地，而重遇準星和娜拉·塞。此時，研究部的科學家艾米莉·卡爾現身於歐米茄面前，並對之告訴了她們同是複製人姊妹關係的事實。
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哈斯·奧比特被安排進克倫尼克的陰謀中。帝國故意讓奧比特秘密運送一批軍火到薩莫瓦和瓦迪拉法兩顆行星。帝國軍以走私軍火為藉口沒收當地礦場。
蓋倫·厄索的研究成果使超級激光炮的第一次試射取得圓滿成功。
Antar 4 星暴行事件發生：銀河共和國自複製人戰爭勝利後轉變成的帝國為了消滅殘存的獨立聯邦勢力，於是開始相關的恐怖鎮壓，只是帝國控制了媒體所以很多人才不知道真相。其中 Antar 4 星就曾因要效忠銀河共和國還是獨立聯盟而分裂變成第一個開刀對象，塔金總督為了不錯殺任何一個分離主義分子，所以直接殺害許多生前反而是支持銀河共和國和帝國的人，不過有記者仍想公開其真相。
為了能讓帝國勢力擴展到 Wild Space（荒野宙域）的版圖，達斯維德派出在戰爭中失去了自己下顎（靠人工科技復原）但戰果輝煌的軍官 Visler Korda，去追捕繪製荒野宙域的製圖師 Graf 家族。
貝爾‧歐加納和亞蘇卡‧塔諾組成反抗軍網路。
動畫星際大戰：瑕疵小隊第三季
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自歐米茄被研究部擄獲後，過了半年，她被強制成為了其中一員對複製人進行實驗。當中的工作包括與艾米莉·卡爾一同抽取複製人血液樣本。但當卡爾亦對歐米茄抽取樣本時，歐米茄對此實驗產生了懷疑，而拉瑪·蘇亦秘密地將歐米茄的樣本銷毀。歐米茄亦借工作之便避過了守衛的監察，成功在牢房區與準星對話，但失去鬥志的準星對歐米茄的脫獄計劃大潑冷水。
另一方面，獵人與破壞者於杜蘭德家族交易中獲得情報後，啟程前往一個未知星球，偵查夏洛曾擔任主管的一座已被棄置的帝國研究所。獵人兩人在當地遇上莫斯、捷克和史特克三人少年複製兵，他們曾經成為夏洛捕捉為俘虜，在研究所被帝國摧毀前一刻及時逃脫。捷克願意協助獵人兩人前往研究所收復數據，期間一直要避開樹藤型生物的襲擊。與此同時莫斯和史特克找到了獵人的飛船掠奪者號，曾閃過一走了之的念頭。在研究所中，捷克收復數據期間，三人被生物攻擊，該生物後來被發現為一座大怪物，為當時帝國研究失敗的生物兵器產物。此時，莫斯和史特克駕駛掠奪者號，及時將獵人三人救起，並將生物兵器炸死。成功逃脫後，獵人向少年複製兵三人承諾送到柏布星安置。
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坦帝斯山研究所正迎接白卜庭大帝的駕臨，拉瑪·蘇於是要歐米茄立即逃出研究所。當艾米莉·卡爾對歐米茄抽取血液樣本後，拉瑪·蘇終於向歐米茄透露其樣本將是實驗的關鍵，並要歐米茄拿走她的數據板和必須盡快將樣本銷毀，否則會有生命危險。白卜庭到達研究所後，從夏洛得悉Necromancer計劃。歐米茄無法將樣本銷毀，但成功將準星救出。歐米茄兩人得知所有飛船被禁飛後，靈機一動以獵獸艙門通道逃出。艾米莉·卡爾到場企圖將兩人截停，但被準星制服，卻觸發了警報系統。歐米茄兩人成功將趕到的捕獲小隊制服後騎劫了其飛船，脫離時一度被追擊。夏洛指令準備將飛船擊落，但艾米莉·卡爾報告歐米茄樣本的情況，不得不停止追擊，令歐米茄兩人成功逃脫。
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由於太空梭受損，歐米茄和準星迫降在勞星球。在附近的一個太空港，準線想要使用武力劫持一艘太空船，但歐米茄堅持要賄賂一名職員來獲取他們所需的資金。當歐米茄利用她的賭博技巧來獲取金錢時，巴徹被帝國軍隊帶走。歐米茄追趕她，準星不情願地跟在後面。當他們被帝國逼入絕境時，歐米茄同意讓準星使用他的技能以他的方式解決問題；他們擊敗了軍隊，釋放了巴徹，並乘坐一艘被盜的貨輪逃跑了。兩人與獵人和破壞者會合，他們很高興看到歐米茄，但看到準星卻不太高興。
回音（Echo）返回帕布，瑕疵小隊討論在坦蒂斯進行的實驗。歐米茄有一個來自該設施的數據板，可以給他們一些答案，十字線建議他們使用巴頓四號前哨站的帝國計算機終端訪問它。發現基地被遺棄後，他們將其防禦週邊的電力轉移，以便連接到數據板。這使得大型生物能夠攻擊基地。準線和獵人分散該生物的注意力，而其他人則重新打開防禦範圍。壞批次帶著從數據板和十字線中恢復的訊息離開地球，再次贏得了隊友的信任。
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在雷克斯和他的盜賊複製人同伴的保護下，前參議員辛格與參議員丘奇會面，討論他們反對帝國的努力。他們遭到複製人刺客 CX-1 的攻擊，並被雷克斯抓獲。 CX-1 攜帶的目標暫存器包括 歐米茄（Omega），因此雷克斯將壞批次召喚到他在泰斯的基地。歐米茄和十字星揭示了他們對 ASD 實驗和克隆 X 刺客計劃的了解，該計劃剝奪了複製人的身份，使他們成為完美的刺客。另一位刺客 CX-2 被派去殺死被俘虜的 CX-1，他也這麼做了。隨後，CX-2 看到了歐米茄並呼叫由複製人指揮官沃爾夫率領的增援部隊。
瑕疵小隊、雷克斯和一些倖存的複製人試圖逃離基地，但遭到沃爾夫的手下和 CX-2 的追擊。 CX-2 擊落了逃亡者的逃亡太空梭，這讓沃爾夫感到沮喪，因為需要歐米茄活著。逃亡者開始艱難跋涉前往撤離點，他們計劃在那裡與艾科和格雷戈爾會面。 CX-2 追擊他們並與準星戰鬥，然後從瀑布跌落，隨後他從瀑布中生還。在撤離點，沃爾夫驚訝地發現他的老朋友雷克斯還活著。雷克斯告訴沃爾夫帝國對複製人做了什麼，沃爾夫讓他們離開。雷克斯告訴亨特，他們需要找出為什麼歐米茄對帝國如此重要。
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瑕疵小隊要求菲調查帝國的 M 計數實驗，她報告說，賞金獵人已被雇用來尋找 M 計數較高的對象。獵人和破壞者相信尚德可能知道更多這件事，於是去找她。歐米茄和準星留在帕布，歐米茄試圖幫助準星克服影響他狙擊技能的心理障礙。尚德主動提出，如果獵人和破壞者能幫助她捕捉當前的目標塞拉·薩里斯，他們就會向他們提供資訊。尚德表示，在他們抓獲薩里斯後，她將聯繫相關資訊。然後，她秘密地向另一方通報了瑕疵小隊和他們的問題。
Shand 的聯絡人阿薩依·凡翠絲(Asajj Ventress)來到帕布。她告訴瑕疵小隊，M 計數代表了一個人與原力的天生聯繫，並開始使用絕地技術測試歐米茄的能力。當瑕疵小隊意識到凡翠絲是複製人戰爭期間的分離主義刺客時，他們感到擔憂，但歐米茄信任她。在海上的最後測試中，凡翠絲無意中召喚了一隻攻擊他們的海怪。她安撫了這個生物並拯救了歐米茄，贏得了瑕疵小隊的信任。凡翠絲告訴歐米茄她的 M 數值很低，但後來向其他人表明她在這件事上撒了謊。她還警告他們，他們在帕布可能不安全。
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萊斯·夏洛囚禁了娜拉·瑟，認為她幫助歐米茄和準星逃脫，並不情願地晉升艾米莉為死靈法師計劃的新首席科學家。艾米莉得知，接受測試的對像是 M 指數較高的兒童，這些兒童是由貝恩等賞金獵人送到坦蒂斯的。當她目睹孩子們受到冷酷和限制性的對待時，她慢慢對帝國不再抱持幻想。塔金威脅說，如果 ASD 不能取得預期的結果，他將取消萊斯·夏洛的所有資助。 CX-2 向萊斯·夏洛報告說，在透過折磨西德（Cid）後得知歐米茄（Omega）與 Phee 的聯繫後，他即將找到歐米茄（Omega）。
CX-2 偷偷登上 Phee 的船，並從導航電腦中檢索 Pabu 的位置。由於擔心留在帕布的風險，瑕疵小隊準備在 CX-2 抵達並確認其存在時離開星球。 但CX-2 提前抵達並摧毀了掠奪者號，重傷了破壞者，還呼叫增援。由於逃生途徑被切斷，瑕疵小隊的其餘成員躲避了追捕者，而獵人則試圖偷走一架帝國武裝直升機。他被 CX-2 擊落。歐米茄決定投降，以饒恕帕布的人民，並希望壞蛋能跟著她前往坦蒂斯。然而，隨著 CX-2 與 Omega 一起離開，準星植入追蹤器的嘗試失敗了。
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CX-2 將歐米茄送回坦蒂斯，艾米莉測試了她的血液並確認這就是他們所需要的。萊斯·夏洛博士帶著歐米茄與其他年輕的死靈法師計畫測試對像一起執行。帝國軍隊離開帕布後，克羅斯建議獵人和破壞者從蘭柏特處獲取坦蒂斯的位置，而蘭柏特被囚禁在埃里伯斯的帝國勞改營中。在菲的幫助下，他們潛入埃里伯斯，劫持一輛監獄轉運車，並與蘭柏特一起逃脫。在菲的船上，蘭柏特解釋說，沒有人知道坦蒂斯的真正座標，但他願意幫助他們找到其設施，以換取不被送回勞改營的條件。
歐米茄認識了她的死靈法師計畫測試對象同伴：伊娃、賈克斯、薩米和拜恩。她告訴他們，她以前曾逃離過坦蒂斯，並計劃利用牢房牆後的通道再次逃脫。壞批次和障礙與迴聲和一架被盜的帝國太空梭會合，他們用它滲透到科羅森的一個帝國中繼站，尋找坦蒂斯的座標。由於無法從太空站的資料庫中提取信息，回音（Echo）決定偷偷登上開往坦蒂斯的科學太空梭並禁用其接近感測器。這使得其他人可以在被盜的太空梭進入超空間時停靠在飛船上。
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萊斯·夏洛接到通報「瑕疵小隊」已滲透到中繼站，並派出V翼戰機前去攔截即將到來的船隻。獵人、破壞者、準星和蘭柏特被迫在坦蒂斯山附近墜毀，並繼續步行，並遭到衝鋒隊巡邏隊的追捕。基地處於高度戒備狀態，歐米茄利用分散注意力的機會偵察她計劃的逃生路線，並在地下圍欄中發現了澤洛獸（Zillo Beast）。在叢林中，破壞者意外喚醒了攻擊他們的大型生物，與其他生物分開並被捕獲。回音潛入基地並遇到了艾米莉，後者告訴他其他孩子被關在歐米茄身邊。
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在孩子們逃脫並釋放了在設施中橫衝直撞的澤洛獸（Zillo Beast），然後找到了回音和艾米莉。 獵人（Hunter）、破壞者（Wrecker）和準星（Crosshair）潛入基地，但被 Hemlock 的 CX 特工抓獲。回音和歐米茄釋放了娜拉·塞、拉姆帕特和其他複製人囚犯，而艾米莉則將其他孩子帶到了安全地帶。娜拉瑟前去銷毀該設施的數據，以保護歐米茄並阻止帝國使用她的研究成果，但蘭柏特殺死了她，併計劃利用該研究成果對帝國施加影響。娜拉瑟臨終前用手榴彈摧毀了數據並殺死了蘭柏特。夏洛博士試圖將獵人、破壞者和準星轉變為特工，但艾科、歐米茄和其他複製人釋放了他們並擊敗了現有的特工。夏洛博士劫持了歐米茄作為人質，但她幫助獵人和十字準星殺死了他。他們都逃到了帕布。塔金下令關閉坦帝斯山研究所、終止死靈法師計畫並將其資金轉移到星塵計劃。艾米莉決定與迴聲一起幫助其他複製人，而歐米茄和瑕疵小隊則留在帕布。多年後，成年歐米茄離開帕布並加入了反抗帝國的叛亂。
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16BBY
帝國成立第三年，海洋星球蒙卡拉的李·查爾國王受到了一位躲過66密令名叫Ferren Barr神秘絕地武士的影響，讓李·查爾國王拒絕帝國的苛刻條件。使皇帝白卜庭派威爾霍夫·塔金、帝國外交大使泰爾瓦與李·查爾國王進行談判。帝國外交大使泰爾瓦與李·查爾進行會談時，李·查爾對於帝國以較低價格購買高價值的藻型鏈樑(Kelpite strand beam)的行為感到憤怒，也不滿意帝國軍隊在和平時期的活躍。讓泰爾瓦大使答應李·查爾國王向上級提出這些問題。為了調查在蒙卡拉上是否有絕地的參與可能性，達斯·維達和三名帝國判官前來調查。剛登陸時被指揮官阿克巴阻止，當阿克巴指揮官他拒絕接受維德來調查的理由時，泰爾瓦大使的飛船遭到Barr的破壞使泰爾瓦被殺死，讓塔金認為這是一種反叛行為，並派兵空降入侵蒙卡拉。李·查爾國王隨後警告Barr即將到來的帝國進攻。
除了歐比王及尤達等絕地大師知道外，其餘逃過66密令的絕地武士都開始認定皇帝白卜庭就是西斯大帝
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14BBY
為了將當年的複製人戰爭英雄查立·仙杜拉（Cham Syndulla）率領的賴洛思(Ryloth)星球反抗軍給引誘出來好一舉消滅，於是達斯·維達和白卜庭皇帝親自去該星球當誘餌，同時帝國上校 Belkor Dray 則為了要抹黑自己的上司－女總督 Delian Mors 而偷偷協助這場反抗運動。
由於反抗軍認為是暗殺掉兩個重要帝國大人物的好機會而全體出擊，反而因此中計導致慘敗，不止 Belkor 戰死，甚至是查立的妻子在戰爭中也被帝國軍給殺害，使得這位戰爭英雄開始非常執著於對抗帝國，而跟他的女兒也就是《反抗軍起義》其中一位主角希娜·仙杜拉的關係進而產生不好影響。
前銀河共和國的情報幹員 Berch Teller 所率領的反抗勢力，在達斯維德和塔金總督的兩人合作下給殲滅。
塔金開始宣傳帝國必要性的塔金主義論點，讓不少民眾相信這套銀河共和國要轉變成銀河帝國的必要性其說詞。
死星計畫開始從吉奧諾西斯星移開去別處繼續進行。
電子遊戲星際大戰 絕地：組織殞落
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當年逃過66號密令並倖存的絕地學徒凱爾·克堤斯躲在布拉卡的船隻拆卸場當工人，在這裡他結識了同是工人的普勞夫。但是有一天監工機器人要求卡爾和普勞夫去處理運輸船故障，因運輸船二次故障，使卡爾和普勞夫從高處滑落。而在普勞夫快要摔死的時，為了救好友，卡爾還是忍不住使用了原力，這將使他的身份暴露在發現了絕地武士的蹤跡後，帝國判官二姐和九妹帶兵來獵捕
12BBY
艾斯納·包利格的父母因為在洛塔星成立一個反帝國的地下電台卻錯信了高爾·崔維斯而被帝國逮捕。使艾斯納·包利格從七歲開始便獨自生活，住在洛塔星的街道上並以偷竊維生
希娜·仙杜拉離開母星去對抗帝國。
之後會成為俠盜一號成員的保全機器人 K2SO 在這時被製造出來。
銀河帝國建立後7年，原本為銀河共和國建立複製人軍隊的卡密諾人因不願再被帝國統治，再次製造複製人且發動「複製人革命」。這場叛亂革命遭到鎮壓，而鎮壓後，白卜庭不再相信外星種族並強迫大多數的複製人退役，僅保留少數的複製人軍隊。
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11BBY
韓蘇洛在18歲時被帝國飛行學校給退學，主因:不聽從命令，並把他丟到第224帝國裝甲師參加鎮壓明坂星戰區的叛亂
年幼的路克因不滿賈霸要在大乾旱時期收取＂水稅＂而被抓，歐比王偷偷去將他給救回，並在路克醒來前離開。歐比王知道這個小男孩的勇氣後，相當開心的認為希望還是存在的。
一個小型反抗軍與帝國爆發了名為 Gorse 衝突的事件，這讓凱南和希娜認識並變成同夥，同時這也是被帝國喻為天才軍官的 Rae Sloane 第一次感受到恥辱的大失敗。
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10BBY
賈霸派出武技族賞金獵人 Black Krrsantan 找尋誰阻礙水稅問題，於是襲擊路克一家，結果被＂班＂肯諾比擊退。
星際大戰外傳：韓索羅
韓蘇洛在第224帝國裝甲師參加鎮壓明坂星戰區的叛亂時，巧遇三位假扮帝國軍官的罪犯團，於是拜託其領袖托拜斯·貝克特讓他加入團隊，不然會揭發他們的身份。但貝克特搶先以假軍官身份命令韓丟進地下籠子裡作為「野獸」的食物，一隻名叫丘巴卡的武技族。
韓蘇洛與成为奴隶的丘巴卡聯合逃生並追上貝克特，而缺人手的貝克特賞識他的決心才讓他們登船離開星球。丘巴卡因韓蘇洛讓他從帝國手中逃生而发誓一生效忠于韩。
貝克特因債務問題受僱於「赤色黎明」高層德瑞登·沃斯，使他想準備截下並搶走凡道一號星的帝國運輸列車的車廂中科亞烯的任務，但因星際海盜「雲騎士團」從中搗亂，使其任務失敗。還失去隊友里歐·杜蘭和其妻子瓦爾，韓和丘巴卡決定跟他去跟沃斯協商來還債。
在沃斯的私人艦艇上，韓意外重遇綺拉，其已經加入赤色黎明並成為沃斯的左右手。韓向眾人提出一個危險性極高的計劃：前往採礦星球凱瑟星偷取未精煉的科亞烯。沃斯同意這項計劃，但命令綺拉跟他們一同前去監視。
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由於未精煉的科亞烯如不盡快處理將會爆炸，因此綺拉介紹號稱銀河系速度最快的走私客藍道·卡利森。韓跟藍道在一盤賽巴卡牌賭局上互相競爭到最後一輪，賭注升為兩方自己的宇宙船，最終藍道靠隱藏的牌出老千而賭贏，但因先前欠下貝克特人情債而同意出任務。
眾人搭乘藍道的千年鷹號穿過星團抵達凱瑟星，眾人混進去以後，藍道身邊的機器人L3-37釋放奴隸掀起起義製造混亂，而丘巴卡途中協助一些被奴役的族人逃跑後重新趕上韓，而韓等人偷到指定數量的科亞烯立刻離開星球，但L3卻因中槍受損嚴重而停機。
撤離途中，眾人不巧碰上一艘帝國滅星者來鎮壓叛亂，遭到幾艘鈦戰機追捕，藍道將L3的主機核心輸入千年鷹號的導航系統而得到最全面的星際圖，韓駛入星團裡經過黑洞、花費12秒差距就飛完凱瑟通道。眾人在科亞烯爆炸之前抵達薩弗林星重新將其穩定，就要精煉完時突然遇見雲騎士團。
藍道獨自開千年鷹號溜之大吉，恩菲斯摘下面罩揭示她的隊伍其實是義軍，所做的一切是為了防止帝國或赤色黎明征服銀河系。韓因為對她們產生同情而準備向趕來的沃斯騙走賞金，但貝克特搶先背叛他而為沃斯上報。沃斯剛派傭兵去殺恩菲斯時卻中計，所有派去的衛兵全被伏擊反殺。
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貝克特劫持丘巴卡為他搬走所有科亞烯。綺拉背叛並殺害沃斯，讓韓離開去救丘巴卡，她隨後親自跟赤色黎明最高領袖達斯·魔爾聯絡，謊稱貝克特殺害沃斯後接替沃斯的位置；但她最終沒有向魔爾供出韓的參與。
韓追上貝克特後搶先拔槍射中他，而貝克特臨死前向韓表示他這次「做出明智之選」。綺拉在高處最後望一眼昔日情人韓後離開星球去跟魔爾會合，韓和丘巴卡將所有科亞烯交給恩菲斯，她也將其作為組建反抗軍同盟的強心針。當韓拒絕加入她們後，恩菲斯將其中一顆科亞烯送給他們作為感謝。
韓和丘巴卡找到藍道並重新賭一輪，再次用千年鷹號做賭注。當藍道準備故伎重演時，韓搶先偷走他的決勝牌而一雪前恥，赢到了传奇的飞船——千年隼（Millennium Falcon）。
韓蘇洛與丘巴卡駕駛駕駛千年鷹號前往塔圖因星，前往加入貝克特所提到的「首腦」正在組織的計劃。