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脱氧核糖核酸 與蛋白質的交互作用
另一種酶脱氧核醣核酸連接酶，則可利用來自腺苷三磷酸或煙醯胺腺嘌呤二核苷酸的能量，將斷裂的脱氧核醣核酸長鏈重新接合。連接酶對於脱氧核醣核酸複製過程中產生的延遲股而言尤其重要，這些位於複製叉上的短小片段，可在此酵素作用下黏合成為脱氧核醣核酸模板的完整複製品。此外連接酶也參與了DNA修復與遺傳重組作用。
拓撲異構酶是一種同時具有核酸酶與連接酶效用的酶，可改變脱氧核醣核酸的超螺旋程度。其中有些是先使脱氧核醣核酸雙螺旋的其中一股切開以形成缺口，讓另一股能穿過此缺口，進而減低超螺旋程度，最後再將切開的部位黏合。其他類型則是將兩股脱氧核醣核酸同時切開，使另一條雙股脱氧核醣核酸得以通過此缺口，之後再將缺口黏合。拓撲異構酶參與了許多脱氧核醣核酸相關作用，例如脱氧核醣核酸複製與轉錄。
螺旋酶是分子馬達的一種類型，可利用來自各種核苷三磷酸，尤其是腺苷三磷酸的化學能量，破壞鹼基之間的氫鍵，使DNA雙螺旋解開成單股形式。此類酶參與了大多數關於DNA的作用，且必須接觸鹼基才能發揮功用。
脱氧核糖核酸 與蛋白質的交互作用
聚合酶是一種利用核苷三磷酸來合成聚合苷酸鏈的酶，方法是將一個核苷酸連接到另一個核苷酸的3'羥基位置，因此所有的聚合酶都是以5'往3'的方向進行合成作用。在此類酶的活化位置上，核苷三磷酸分子會與單股聚合苷酸模板發生鹼基配對，因而使聚合酶能夠精確地依據模板，合成出互補的另一股聚合苷酸。聚合酶可依據所能利用的模板類型來做分類。
在脱氧核醣核酸複製過程中，依賴脱氧核醣核酸模板的DNA聚合酶可合成出脱氧核醣核酸序列的複製品。由於此複製過程的精確性是生命維持所必需，因此許多這類聚合酶擁有校正功能，可辨識出合成反應中偶然發生的配置錯誤，也就是一些無法與另一股配對的鹼基。檢測出錯誤之後，其3'到5'方向的外切酶活性會發生作用，並將錯誤的鹼基移除。大多數生物體內的脱氧核醣核酸聚合酶，是以稱為複製體的大型複合物形式來發生作用，此複合物中含有許多附加的次單位，如DNA夾或螺旋酶。
依賴RNA作為模板的脱氧核醣核酸聚合酶是一種較特別的聚合酶，可將RNA長鏈的序列複製成脱氧核醣核酸版本。其中包括一種稱為逆轉錄酶的病毒酶，此種酶參與了逆轉錄病毒對細胞的感染過程；另外還有複製端粒所需的端粒酶，本身結構中含有RNA模板。
轉錄作用是由依賴脱氧核醣核酸作為合成模板的RNA聚合酶來進行，此類酶可將脱氧核醣核酸長鏈上的序列複製成RNA版本。為了起始一個基因的轉錄，RNA聚合酶會先與一段稱為啟動子的脱氧核醣核酸序列結合，並使兩股脱氧核醣核酸分離，再將基因序列複製成信使RNA，直到到達能使轉錄結束的終止子序列為止。如同人類體內依賴脱氧核醣核酸模板的脱氧核醣核酸聚合酶，負責轉錄人類基因組中大多數基因的RNA聚合酶II，也是大型蛋白質複合物的一部分，此複合物受到多重調控，也含有許多附加的次單位。
脱氧核糖核酸 遺傳重組
各條脱氧核醣核酸螺旋間的交互作用不常發生，在人類細胞核裡的每個染色體，各自擁有一塊稱作「染色體領域」的區域。染色體之間在物理上的分離，對於維持脱氧核醣核酸資訊儲藏功能的穩定性而言相當重要。
不過染色體之間有時也會發生重組，在重組的過程中，會進行染色體互換：首先兩條脱氧核醣核酸螺旋會先斷裂，之後交換其片段，最後再重新黏合。重組作用使染色體得以互相交換遺傳訊息，並產生新的基因組合，進而增加自然選擇的效果，且可能對蛋白質的演化產生重要影響。遺傳重組也參與脱氧核醣核酸修復作用，尤其是當細胞中的脱氧核醣核酸發生斷裂的時候。
脱氧核糖核酸 遺傳重組
同源重組是最常見的染色體互換方式，可發生於兩條序列相類似的染色體上。而非同源重組則對細胞具有傷害性，會造成染色體易位與遺傳異常。可催化重組反應的酵素，如RAD51，稱為「重組酶」。重組作用的第一個步驟，是內切酶作用，或是脱氧核醣核酸的損壞所造成的脱氧核醣核酸雙股斷裂。重組酶可催化一系列步驟，使兩條螺旋結合產生Holliday交叉。其中每條螺旋中的單股脱氧核醣核酸，皆與另一條螺旋上與之互補的脱氧核醣核酸連結在一起，進而形成一種可於染色體內移動的交叉形構造，造成脱氧核醣核酸鏈的互換。重組反應最後會因為交叉結構的斷裂，以及脱氧核醣核酸的重新黏合而停止。
脱氧核糖核酸 脱氧核醣核酸生物代謝的演化
脱氧核醣核酸所包含的遺傳訊息，是所有現代生命機能，以及生物生長與繁殖的基礎。不過目前尚未明瞭在長達40億年生命史中，脱氧核醣核酸究竟是何時出現並開始發生作用。有一些科學家認為，早期的生命形态有可能是以RNA作為遺傳物質。RNA可能在早期細胞代謝中扮演主要角色，一方面可傳遞遺傳訊息；另一方面也可作為核醣酶的一部分，進行催化作用。在古代RNA世界裡，核酸同時具有催化與遺傳上的功能，而這些分子後來可能演化成為目前以四種核苷酸組成遺傳密碼的形式，這是因為當鹼基種類較少時，複製的精確性會增加；而鹼基種類較多時，增加的則是核酸的催化效能。兩種可達成不同目的功能最後在四種鹼基的情形下達到最合適數量。
不過關於這種古代遺傳系統並沒有直接證據，且由於脱氧核醣核酸在環境中無法存留超過一百萬年，在溶液中又會逐漸降解成短小的片段，因此大多數化石中並無脱氧核醣核酸可供研究。即使如此，仍有一些聲稱表示已經獲得更古老的DNA，其中一項研究表示，已從存活於2億5千萬年古老的鹽類晶體中的細菌分離出脱氧核醣核酸，但此宣布引起了討論與爭議。
脱氧核糖核酸 技術應用
重組脱氧核醣核酸技術在現代生物學與生物化學中受到廣泛應用，所謂重組DNA，是指集合其他脱氧核醣核酸序列所製成的人造脱氧核醣核酸，可以质粒或以病毒載體搭載所想要的格式，將脱氧核醣核酸轉型到生物個體中。經過遺傳改造處裡之後的生物體，可用來生產重組蛋白質，以供醫學研究使用，或是於農業上栽種。
法醫可利用犯罪現場遺留的血液、精液、皮膚、唾液或毛髮中的脱氧核醣核酸，來辨識可能的加害人。此過程稱為遺傳指紋分析或脱氧核醣核酸特徵測定，此分析方法比較不同人類個體中許多的重複脱氧核醣核酸片段的長度，這些脱氧核醣核酸片段包括短串聯重複序列與小衛星序列等，一般來說是最為可靠的罪犯辨識技術。不過如果犯罪現場遭受多人的脱氧核醣核酸污染，那麼將會變得較為複雜難解。
首先於1984年發展脱氧核醣核酸特徵測定的人是一名英國遺傳學家阿萊克·傑弗里斯。到了1988年，英國的謀殺案嫌犯科林·皮奇福克，成為第一位因脱氧核醣核酸特徵測定證據而遭定罪者。利用特定類型犯罪者的脱氧核醣核酸樣本，可建立出資料庫，幫助調查者解決一些只從現場採集到脱氧核醣核酸樣本的舊案件。此外，脱氧核醣核酸特徵測定也可用來辨識重大災害中的罹難者。
脱氧核糖核酸 技術應用
另外，有保險公司利用DNA鑑識技術，以確認理賠責任歸屬。相關事例包括：年僅16歲的臺灣少年Lien-Yang Lee於2013年9月在澳洲遭遇車禍，他在申報保險理賠時聲稱，事故發生時他是坐後排乘客座上；不過，RACQ保險公司指駕駛座前安全氣囊上血跡的DNA，是屬於Lien-Yang Lee，故推斷在車禍發生時他是坐在前排駕駛座上；故此，RACQ保險公司指他涉及詐欺，拒絕支付相關醫療費用；隨後昆士蘭州高等法院亦於2017年3月確認，Lien-Yang Lee在事故發生時涉及無照駕駛。
脱氧核糖核酸 技術應用
由於脱氧核醣核酸在經歷一段時間後會積聚一些具有遺傳能力突變，因此其中所包含的歷史訊息，可經由脱氧核醣核酸序列的比較，使遺傳學家瞭解生物體的演化歷史，也就是種系。這些研究是種系發生學的一部分，也是演化生物學上的有利工具。假如對物種以內範圍的脱氧核醣核酸序列進行比較，那麼群體遺傳學家就可得知特定族群的歷史。此方法的應用範圍可從生態遺傳學到人類學，舉例而言，脱氧核醣核酸證據已被試圖用來尋找失蹤的以色列十支派。DNA也可以用來調查現代家族的親戚關係，例如建構莎麗·海明斯與的後代之間的家族關係，研究方式則與上述的犯罪調查相當類似，因此有時候某些犯罪調查案件之所以能解決，是因為犯罪現場的脱氧核醣核酸與犯罪者親屬的脱氧核醣核酸相符。
脱氧核糖核酸 技術應用
生物資訊學影響了脱氧核醣核酸序列資料的運用、搜尋與資料挖掘工作，並發展出各種用於儲存並搜尋脱氧核醣核酸序列的技術，可進一步應用於電腦科學，尤其是字串搜尋演算法、機器學習以及資料庫理論。字串搜尋或比對演算法是從較大的序列或較多的字母中，尋找單一序列或少數字母的出現位置，可發展用來搜尋特定的核苷酸序列。在其他如文本編輯器的應用裡，通常可用簡單的演算法來解決問題，但只有少量可辨識特徵的脱氧核醣核酸序列，卻造成這些演算法的運作不良。序列比對則試圖辨識出同源序列，並定位出使這些序列產生差異的特定突變位置，其中的多重序列比對技術可用來研究種系發生關係及蛋白質的功能。由整個基因組所構成的資料含有的大量脱氧核醣核酸序列，例如人類基因組計畫的研究對象。若要將每個染色體上的每個基因，以及負責調控基因的位置都標示出來，會相當困難。脱氧核醣核酸序列上具有蛋白質或RNA編碼特徵的區域，可利用基因識別演算法辨識出來，使研究者得以在進行實驗以前，就預測出生物體內可能表現出來的特殊基因產物。
脱氧核糖核酸 技術應用
脱氧核醣核酸最早在運算上應用，是解決了一個屬於NP完全的小型直接漢彌爾頓路徑問題。脱氧核醣核酸可作為「軟體」，將訊息寫成核苷酸序列；並以酵素或其他分子作為「硬體」進行讀取或修飾。舉例來說，作為硬體的限制酶FokI可以搭載一段具有軟體功能的GGATG序列脱氧核醣核酸，再以其他的脱氧核醣核酸片段進行輸入，並與軟硬體複合物產生反應，最後輸出另一段脱氧核醣核酸。這種類似圖靈機的裝置可應用於藥物治療。此外脱氧核醣核酸運算在能源消耗、空間需求以及效率上優於電子電腦，且脱氧核醣核酸運算為具有高度平行（見平行運算）的計算方式。許多其他問題，包括多種抽象機器的模擬、布爾可滿足性問題，以及有界形式的旅行推銷員問題，皆曾利用脱氧核醣核酸運算做过分析。由於小巧緊密的特性，脱氧核醣核酸也成為密碼學理論的一部分，尤其在於能夠利用脱氧核醣核酸有效地建構並使用無法破解的一次性密碼本。
脱氧核醣核酸的分子性質，例如自我組裝特性，使其可用於某些纳米尺度的建構技術，例如利用脱氧核醣核酸作為模板，可導引半導體晶體的生長。或是利用脱氧核醣核酸本身，來製成一些特殊結構，例如由脱氧核醣核酸長鏈交叉形成的脱氧核醣核酸「瓦片」（tile）或是多面體。此外也可以做出一些可活動的元件，例如纳米機械開關，此機械可經由使脱氧核醣核酸在不同的光學異構物（B型與Z型）之間進行轉變，而使構形發生變化，導致開關的開啟或關閉。還有一種脱氧核醣核酸機械含有類似鑷子的構造，可加入外來脱氧核醣核酸使鑷子開合，並排出廢物脱氧核醣核酸，此時脱氧核醣核酸的作用類似「燃料」。脱氧核醣核酸所建構出來的裝置，也可用來作為上述的脱氧核醣核酸運算工具。
脱氧核糖核酸 歷史
最早分離出脱氧核醣核酸的弗雷德里希·米歇爾是一名瑞士醫生，他在1869年，從廢棄繃帶裡所殘留的膿液中，發現一些只有顯微鏡可觀察的物質。由於這些物質位於細胞核中，因此米歇爾稱之為「核素」（nuclein）。到了1919年，菲巴斯·利文進一步辨識出組成脱氧核醣核酸的鹼基、糖類以及磷酸核苷酸單元，他認為脱氧核醣核酸可能是許多核苷酸經由磷酸基團的联结，而串聯在一起。不過他所提出概念中，脱氧核醣核酸長鏈較短，且其中的鹼基是以固定順序重複排列。1937年，威廉·阿斯特伯里完成了第一張X光繞射圖，闡明了脱氧核醣核酸結構的規律性。
1928年，弗雷德里克·格里菲斯從格里菲斯實驗中發現，平滑型的肺炎球菌，能轉變成為粗糙型的同種細菌，方法是將已死的平滑型與粗糙型活體混合在一起。這種現象稱為「轉型」。但造成此現象的因子，也就是脱氧核醣核酸，是直到1943年，才由奧斯瓦爾德·埃弗里等人所辨識出來。1953年，阿弗雷德·赫希與瑪莎·蔡斯確認了脱氧核醣核酸的遺傳功能，他們在赫希-蔡斯實驗中發現，脱氧核醣核酸是T2噬菌體的遺傳物質。
脱氧核糖核酸 歷史
到了1953年，當時在卡文迪許實驗室的詹姆斯·沃森與佛朗西斯·克里克，依據倫敦國王學院的羅莎琳·富蘭克林所拍攝的X光繞射圖及相關資料，提出了最早的核酸分子結構精確模型，並發表於《自然》期刊。五篇關於此模型的實驗證據論文，也同時以同一主題發表於《自然》。其中包括富蘭克林與雷蒙·葛斯林的論文，此文所附帶的X光繞射圖，是沃森與克克闡明脱氧核醣核酸結構的關鍵證據。此外莫里斯·威爾金斯團隊也是同期論文的發表者之一。富蘭克林與葛斯林隨後又提出了A型與B型脱氧核醣核酸雙螺旋結構之間的差異。1962年，沃森、克克以及威爾金斯共同獲得了諾貝爾生理學或醫學獎。
脱氧核糖核酸 歷史
克克在1957年的一場演說中，提出了分子生物學的中心法則，預測了脱氧核醣核酸、RNA以及蛋白質之間的關係，並闡述了「轉接子假說」（即後來的tRNA）。1958年，馬修·梅瑟生與富蘭克林·史達在梅瑟生-史達實驗中，確認了脱氧核醣核酸的複製機制。後來克克團隊的研究顯示，遺傳密碼是由三個鹼基以不重複的方式所組成，稱為密碼子。這些密碼子所構成的遺傳密碼，最後是由哈爾·葛賓·科拉納、羅伯特·W·霍利以及馬歇爾·沃倫·尼倫伯格解出。這些發現代表了分子生物學的誕生。
為了測出所有人類的脱氧核醣核酸序列，人類基因組計畫於1990年代展開。到了2001年，多國合作的國際團隊與私人企業塞雷拉基因組公司，分別將人類基因組序列草圖發表於《自然》與《科學》兩份期刊。
花
花（flower，bloom，blossom）是被子植物的繁殖器官，其生物学功能的是结合雄性精细胞与雌性卵细胞以产生种子。这一进程始於传粉，然後是受精，从而形成种子并加以传播。对於高等植物而言，种子便是其下一代，而且是各物种在自然分布的主要手段。同一植物上着生的花的组合称为花序。
花 定义
在植物學中，花的狭义定义是：被子植物特有的生殖器官，由茎分枝，具有特适于生殖之特化叶片——“花叶”（floral leaf）；花叶为叶的变形，且由叶演化而来。花的主要生物學功能包括：吸引传粉者、承载配子体世代、生产花粉、受精、结果等。典型的花著生在短縮的莖軸上，普遍具有花萼、花冠、雄蕊、雌蕊等构造，但這些构造并非所有花的必要组成，因而并不构成花定义的严格标准，例如一些花为单性的物种的单朵花中可能不具雄蕊或雌蕊，而另一些物种的花萼或花瓣可能已经退化或高度简化。
在現代植物学中，“花”一词专指被子植物的生殖结构。然而，尤其在现代定义确立之前，其它陆生植物（如裸子植物）类群所具的类似生殖结构也曾被冠以带有“花”一字的中文术语，例如，尽管裸子植物都不具有花，但其大（雌）孢子叶球及小（雄）孢子叶球也常称作“雌球花”和“雄球花”，其可传播的雄配子体也被称为花粉。
在中文日常用语中，“花”亦称“花朵”或“花卉”。广义上的花卉可泛指一切具有观赏价值的植物，包括用于园艺栽培或盆景布置的植物。花卉因其多样的形态、绚丽的色彩与芬芳的气味，自古以来便受到人类的喜爱，广泛应用於觀賞、食用、工业等领域。
花 结构与形态
被子植物具异形孢子，亦即能产生两种生殖孢子。花粉（小孢子，雄性）和胚珠（大孢子，雌性）分别产生於不同器官，但典型的花则同时含有大小孢子，因为它两种器官兼有。
花可视为节间缩短并具繁殖能力的茎的变态，而其节结构也可看作是叶的高度变态。从本质上说，花的结构是由顶端分生组织的花芽和“体轴”分化形成的。花可以多种方式着生於植物上：如果花没有任何枝干，而是单生於叶腋，即称为“无柄花”，而其他花上与茎连接并起支持作用的小枝则称为“花柄”。若花柄具分支且各分支均有花着生，则各分支称为小梗。花柄的顶端膨大部分称为花托。
花的各部分轮生於花托之上，四个主要部分从外到内依次是：
雌蕊，又称雌花器：可有一枚或多枚。组成雌蕊的基本单位称为心皮，包含有子房，而子房室内有胚珠（内含雌配子）。一枚雌蕊可由一片心皮单独形成，称作单雌蕊；一枚雌蕊也可由数片心皮联合形成，称作複雌蕊。其中，複雌蕊又可依心皮间以合生或离生的联合样态，分型为合生心皮或离生心皮。雌蕊的黏性顶端称为柱头，是花粉的受体。花柱连接柱头和子房，是花粉粒萌发後花粉管进入子房的通道。
花 结构与形态
虽然上述结构体现了花的“典型”构造，但自然中各植物的实际构造具有很大的差异性。这些差异对於被子植物的进化具有重大意义，并被植物学家广泛用於确立各植物的种间关系。例如，被子植物的两个亚纲可以通过其花瓣数加以区分：双子叶植物通常有4或5（或者4或5的倍数）片花瓣，而单子叶植物多为3或3的倍数。
大多数植物的花都如上所述，同时具有花萼、花冠、雄花器、雌花器这四个花部；但不是每种花都具有花被，也不是每朵花都拥有雄蕊、雌蕊。花部四项一样不缺的，在植物学上称为“完全花”，缺少任何一项则称为“不完全花”。“单性花”是只有雄蕊或雌蕊的花，属于一种不完全花；而“两性花”或“雌雄同花”若没有花被中的某项，也是一种不完全花。
此外，在单性花中，如果雌花与雄花分别生长在不同的植株上，则称为“雌雄异株”。反之，如果单性的雄花和雌花同生於一植株，则称为“雌雄同株”。
花 结构与形态
有些花具有辐射对称性，亦即如果其花能有三個以上角度通过中央轴线一分为二，所得的两半都是对称相等的，称为“辐射对称花”或“整齐花”，例如月季和桃花。还有些花只能按一个角度切得两个对称面，则称“左右对称花”或“不整齐花”，例如金鱼草和大部分兰花。
有些植物的花单生於植株上，而有些植物的花则簇生於植株，对於後者而言，这些花若按照一定规律排列於花轴上，便形成了“花序”。在这一点上，必须要注意“花”的实际概念。从植物学角度看，一朵菊花或向日葵并不是一朵花，而是一头状花序，即由许多小花组成的花序，而且其中的所有小花都具有前文提及的结构。
花 标注方法
花程式使用符号和数字来表达花的各部分组成、排列、位置及彼此间的关系。书写顺序是性别、整齐与否、花被（花萼和花冠）、雄蕊群、雌蕊群。各个符号含义如下：
在花萼与花冠没有分化的花中，用花被（P）代替花萼（K）与花冠（C）。
通常两性花的符号可以省略，因为当雄蕊群和雌蕊群同时出现时，就表示该花为两性花。例如泡桐属的花程式为：
↑K(5)C(5)A4G(2:2:∞)
表示它的花为两性花，不整齐花，花萼五裂，花冠五裂，雄蕊四枚，子房上位，二心皮合生，二室，每室具有多数胚珠。
花图式（或稱為花式圖）是花的構造示意圖，使用特定的圖形表示各個花部的位置、數量、排列、甚至特徵。藉由花圖式這類的簡圖可幫助學習、研究上易於記憶，且可比較尋求演化序列。
圖形的結構乃由外而內各輪以圓圈表示，逐層顯示萼片、雄蕊等之數量及位置，中央為雌花器。
花圖式的利用由來已久，「在1916年以前已普遍出現在分類學教科書及系統學的文章書籍等」。绘制花图式的大致方法是：
花 演化
目前所知最早且广泛认可的被子植物（有花植物）化石记录为辽宁古果，其年代可追溯至约1.25亿年前。一些已灭绝的裸子植物类群，尤其是种子蕨类植物，被认为可能与被子植物的祖先存在演化关系，甚至被视作其祖先。然而，目前尚缺乏连续的化石证据能够明确显示花的形态和结构模式是如何在演化过程中逐步形成的。这种近似现代花朵的结构在化石记录中突现曾为演化生物学带来重大挑战，也被查尔斯·达尔文称为“恼人之谜”。近年来，随着更多类被子植物化石及裸子植物化石的陆续发现，被子植物特征演化起源的研究也获得了新的线索。尽管目前直接证实花朵在1.3亿年前就已存在的证据仍十分稀少，但间接的迹象表明，花的历史可能可以追溯至约2.5亿年前。例如，研究者在大羽羊齿类植物等古老的化石记录中发现了齐墩果烷这类化合物，该物质在现代植物中主要用于保护其花朵结构，可能代表着一种花早期演化过程中的化学适应。
花 演化
一般认为，花的生殖的过程自始便与动物关联密切。在植物的能量预算中，制造鲜艳的色彩和显著的形态结构需要植物体投入大量的能量。因此，若非具有生态上的优势，这类特征很难长期保留。实际上，花粉传播本身并不依赖于花朵的色彩或形态，除非这些特征在吸引传粉动物方面具有明确的功能，否则只会成为资源的负担，且也大概率不会多样化为现今的格局。
一种假说指出，花朵形态的突然多样化可能会起源于岛屿等孤立的生态环境。在这样的环境中，被子植物，可能与特定动物（如蜂类或是鸟类）建立起相互利用的共生关系。长期的共同进化压力可以促使双方形成高度特化的互利机制，从而推动花形态、颜色等性状的快速演化，最终导致具有显著外观的花朵在生态系统中稳定存在。
即使在今日，花的演化仍在持续进行之中。人类活动对有花植物的演化过程产生了深远影响，其中一些影响甚至已使部分花种失去了自然传粉的能力。在人类审美的长期作用下，那些具有鲜艳色彩与独特形态的花朵常因“美丽”而被记述、保留、栽培，进而逃过淘汰。这种偏好可能形成了一种特殊形式的人工选择压力，促使一些植物演化出更具观赏价值的特征，以“适应”人类栽培与审美需求。
花 发育
花是植物的繁殖器官，它先從花萼的保護中長出來，打開花瓣(花冠)，伸出雄蕊和雌蕊(有的花的雄蕊和雌蕊不太明顯)。雄蕊圍着柱頭(雌蕊)，有花粉，雌蕊在花的中間，下接子房，子房裏有胚珠。如果蜜蜂等來傳播花粉，花粉掉在另一朵花的柱頭上，花便會發生一連串大變化：
人们目前已较为清楚决定花器官特征的分子调控方式。在一个简单的模型中，三类基因共同作用决定分生组织中花器官原基的发育特征，分别称作A类、B类和C类基因。花器官的第一轮仅有A类基因表达，控制花萼的发育；第二轮由A类和B类共同表达，控制花瓣的发育；在第三轮中，B类和C类基因共同作用形成雄蕊；而C类基因则在中心单独控制心皮的发育。该模型的建立为基於对拟南芥和金鱼草的同源异形基因突变体的研究。例如，当B类基因的功能出现缺损，突变花产生的花萼一如往常，但在花瓣层也会发育出多餘的萼片。而在第三轮B类基因的缺失会致使C类基因单独表达，使得原本因出现在第四轮的心皮也同样产生在第三轮。
该模型中的大多数基因均属於MADS盒基因，并且是为各花器官调控基因表达的转录因子。
花 发育
成花诱导是植物生命周期中的一个重大变化。这一过程必须发生在特定的时间，以利於受精和种子的形成，从而确保繁殖的最大成功。为了满足这些需求，植物能够感受重要的内源和环境信号，例如植物激素水平、适时的温度和光周期变化等。许多多年生和二年生植物需要经过春化作用方能开花。这类信号从分子学角度解释，是由名为成花素的复杂信号的传递引起的。其中涉及到多个基因，包括CONSTANS、FLOWERING LOCUS C和FLOWERING LOCUS T等。成花素会在适宜的生殖条件下形成於叶片中，并作用於芽和生长锥，诱导形成一系列的生理和形态变化。成花诱导完成後，下一步便是花原基的形成，使茎端分生组织转变为花分生组织。简而言之，就是使叶、芽和茎组织的细胞分化为能形成生殖器官的组织的生物化学变化过程。花芽顶端的生长点停止叶原基分化并横向扩大，随後形成多个螺旋状的突起，这些突起日後能形成萼片、花瓣、雄蕊和雌蕊。对於大多数植物而言，虽然成花的起始条件与环境信号密不可分，但这一过程是不可逆的。成花过程一经开始，即使再除去相应的信号，茎端依旧会继续发育为花器官。
花 发育
由於植物无法随意移动，因此，许多花依靠吸引动物帮助其在大自然进行种间授粉。利用昆虫授粉的花称为虫媒花，这些花可能会和授粉昆虫高度地协同进化。利用生物媒介的植物的花通常都有蜜腺，用以吸引寻找花蜜的动物接触。有些花上还有称为蜜源标记的图案，为传粉者指示出花蜜的位置。花也会用颜色吸引授粉者，鸟类和蜜蜂都有色觉，可以看到色彩斑斓的花朵。花卉还能用香味吸引授粉，其中有些香味会让人们感到愉悦。不过并不是所有的花香都能让人类觉得好闻，有些花为了吸引喜食腐肉的昆虫授粉，会散发出类似的腐臭味，例如大王花、巨花魔芋、泡泡果等。夜间藉由蝙蝠和飞蛾授粉的花，则更多地是通过气味来吸引授粉，且这类花大多为白色。
此外，还有一些花卉能利用拟态吸引授粉。例如，蜂兰的花朵与雌蜂的颜色、形状和气味类似。雄蜂会为了寻找配偶往来其间，花粉由此得以传播。
花 发育
花是植物的繁殖器官，其主要目的在於繁殖，即令花粉中包含的精子和位於子房的胚珠得以结合。授粉是花粉从花药到柱头的移动过程，精细胞和卵细胞结合的过程则称为受精。花粉通常是从一株植物传播到另一株，但许多植物能自花授粉。受精胚珠能发育成下一代的种子。为了适应自然，有性繁殖产生的後代都各具遗传独特性。
有花植物通常面临着自然选择压力，因而会使用最适合其的传粉方式，这点鲜明地体现在花的形态和植物的行为上。花粉可通过一些“媒介”在植物间传播：有些植物利用非生物媒介，如风（风媒）或较罕见的水（水媒）；而其他植物则利用生物媒介，包括昆虫（虫媒）、鸟类（鸟媒），蝙蝠（蝙蝠媒）及其他动物。有些植物能利用多种媒介，但大多都不是高度特化的。在这一过程中，花完全开放并发挥作用的时期称为花期。
花 发育
风媒传粉：使用风力帮助传粉，例如草、桦树、杨树和枫树等。由於它们无需吸引他人传粉，因此花朵往往不太引人注目。风媒花一般是雌雄异花或异株，雄性花花丝细长，末端为裸露的雄蕊，而雌性花则具有长长的羽状柱头。一般而言，藉由动物传播的花粉颗粒较大，具黏性，并含有丰富的蛋白质（算是对授粉者另一种“奖励”）； 而风媒花粉通常是小颗粒，很轻，而且对动物没什么营养价值。此外，风媒花传播的花粉还可能引起部分人类的花粉过敏症。
还有些花可以自花授粉，即同一朵花中，雄蕊的花粉落到雌蕊的柱头上。自花受精能增加种子产生的几率，但也会限制遗传变异的产生。闭花受精花就是自花授粉，之後其可能会开花，也可能不会，已知堇菜科和玄参科中的许多种含有此类花。另一方面，许多物种的植物都有阻止自花受精的方法。有些植株上的单性雄花和雌花的不会同时出现或成熟，此外对於有些植物，来自同一植株的花粉由於含有化学阻挡层而无法为其胚珠授精，这种特性称为自花不孕或自交不亲和性。
许多花和某些授粉生物有着密切的关系，例如，很多花只会引来某种特定的昆虫，因而也很依靠这种昆虫得以成功繁殖。这种密切关系往往可以作为协同进化的例子，因为人们认为经过很长的时间，花和授粉者都会共同地进化，以配合对方的需要。
不过，这种密切关系也会带来灭绝的负面影响。在这一关系下，任何一名成员的灭绝也几乎必然导致另者步其後尘。一些濒危植物种即是因授粉者的减少而致其濒危的。
花 用途与文化
许多花在东西方文化中都被赋予了特定的内涵。在中国传统文化中，不少花卉都被赋予了美好的性格特征：梅花象徵着民族之风骨，菊花象徵着文人之高洁，牡丹象徵着富人之华贵，兰花象徵着君子之气节。而在西方文化中，对各种花赋予的各种象征意义称为花语，比如红玫瑰象徵爱情、美丽和热情，罂粟花象徵对死亡的悼唁，鸢尾和百合花在葬礼中象徵着“复活”和“生命”等。此外，在世界上的许多文化中，花同样是女性的象徵。
花 用途与文化
大自然无数美丽的花朵同样激发了众多文人墨客的创作灵感。在中国文学中，早在《诗经》里就有了“桃之夭夭，灼灼其华”等描写花卉的诗句，再如陶渊明所作《饮酒》之“采菊东篱下，悠然见南山”，周敦颐所作《爱莲说》之“出淤泥而不染，濯清涟而不妖”等，中国古典文学中描写花的词句不胜枚举。此外，许多词牌名、曲牌名也与花有关，如《一剪梅》、《木兰花》、《醉花阴》等。而在西方文学中，与花相关的作品同样数量众多，且尤以18至19世纪浪漫主义时代最盛，知名的作品包括威廉·华兹华斯的《我似流云天自游》（I Wandered Lonely as a Cloud，又作“咏水仙”），以及威廉·布莱克的《啊！向日葵》（Ah! Sun-Flower）。
花 用途与文化
花不仅仅受到文学家的青睐，还同样让艺术家们关爱有加，花卉也向来就是绘画创作中一个重要的主题。在中国画中，花鸟画是其中一个重要题材，梅、兰、竹、菊所组成的花中四君子也一直是中国画创作的传统题材。王冕的梅、恽寿平的荷等，均是其中的杰出代表。西洋画中同样也能找到大量与花有关的画作，例如梵高的《向日葵》和莫奈的荷花等等。而对於实体的花，人们将它们与枝、叶等搭配起来，经过一定的艺术加工，亦形成了独有的插花艺术。
花卉与宗教之间亦有着不解之缘。莲花是佛教与印度教中重要的精神象征，众神佛往往均脚踏莲花，抑或跏趺於莲花座上。印度教把莲花和毗湿奴神联系起来，受其影响，佛教亦把莲花奉为圣花。在佛教经典中，花还经常用来阐述佛法教理，《华严经》之“一花一世界，一叶一如来”，以及“拈花微笑”、“天女散花”等词汇典故，如今也早已为大众所熟知。
花 用途与文化
而在政治上，许多国家会选定一个或多个植物作为代表其特定地理区域的象征，例如象征某一国家的国花，或是代表某一城市的市花等。国花或市花多是经由相关政府的行政程序确立的，不过也有一些确定於非正式的公众调查。例如，美国的国花是月季，荷兰的国花是郁金香，日本则是菊花和樱花（非正式）。中华民国的国花是梅花，而中华人民共和国的国花则并无定论，目前以牡丹和梅花呼声较高。香港的市花是洋紫荆花，而澳门在回归前已将市花确立为毛稔，但现时公众与媒体多将莲花视作澳门市花。
在现代社会，世界各地的人们经常因为鲜花宜人的外观和香味而以各种方式购买和佩戴新鲜或干燥的切花，这些切花也被用于各式活动和场合中：
鮮花受人喜愛，自古以來已發展出多種保存方法及技術，當中包括：
由于花的观赏价值，住宅、园林及街道等地点常会种植花卉，人们也会专门将空间辟作花园，采摘野花。而花卉生产和销售产业也由此应运而生。
与植物的其他主要部分（种子、果实、根、茎、叶）相比，花的食用价值较少 ，但其也是一些重要食物和香料的来源之一。西兰花、花椰菜和洋蓟等都是常见的花菜类蔬菜，而番红花的柱头则可提取出全世界最为昂贵的香料。丁香和续随子也可以用来提取香料。此外，蛇麻（啤酒花）和蒲公英可用於酿酒，万寿菊可作为鸡饲料，以使蛋黄呈现更宜人的金黄色泽。蜜蜂采集花粉酿造的蜂蜜也被不少人认为是健康食品，其往往以所采集的花的类型命名，例如荆花蜜、枣花蜜、苜蓿花蜜等。
可供食用的花卉数以百计，但其中作为食物得到广泛推广的却很少，而往往只是用於点缀颜色和给沙拉调味。南瓜花可以蘸上面包屑油炸，其他的食用花卉有西洋菜、菊花、香石竹、香蒲、金银花、菊苣、矢车菊、美人蕉和向日葵等等。一些食用花卉还可加工为蜜饯，例如菊花、月季和三色堇等。
花亦可用於冲泡花茶，利用茶吸收异味的特点，将香花与新茶同闷，茶将香味吸收後再把干花筛除，包括茉莉花茶、玉兰花茶、珠兰花茶等。
花也是提煉精油的重要原料，如薰衣草或玫瑰，都是常見的芳療精油，除了能散發出獨特香味外也對人體有特定功效。
同時，花卉亦成為21世紀的時裝設計元素之一。亦有人用花來模仿球鞋。
花 延伸阅读
[在维基数据编辑]
《欽定古今圖書集成·博物彙編·草木典·花部》，出自陈梦雷《古今圖書集成》
DNA复制
在分子生物学中，DNA复制（DNA replication）是指DNA双链在细胞分裂间期阶段进行以一个初始DNA分子产生两个相同的DNA复制品的生物过程。DNA 复制发生在所有真核生物体中，是生物遗传中最重要的机制；除了对于生长和受损组织修复过程中的细胞分裂至关重要，它还确保每个新细胞接收到自己的 DNA 拷贝。
真核細胞的DNA複製發生於細胞核內（粒線體與葉綠體內於基質亦有此現象）；原核細胞則發生於細胞質內。
对于双链DNA（即绝大部分生物体内的DNA）来说，在正常情况下，这个过程开始于一个亲代DNA分子，最后产生出两个相同的子代DNA分子。亲代双链DNA分子的每条单链都被作为模板，用以合成新的互补单链，这一过程被称为半保留复制。细胞的校对机制确保了DNA复制近乎完美的准确性。
DNA复制
在细胞当中，DNA复制起始于基因组的特殊位点，称为“复制起点”。起始于复制起点的DNA解链和新链的合成会形成复制叉。除了DNA聚合酶外，一些酶（引发酶、DNA连接酶）通过添加和模板相配的核苷酸来合成新DNA，一些和复制叉连接的其他酶或蛋白（拓扑异构酶、解旋酶、单链DNA结合蛋白、引发酶、DNA连接酶）对DNA的复制起始、稳定、延伸起辅助作用。
DNA复制也可以在体外（即人工地）进行，从细胞中分离的DNA聚合酶和人造的DNA复制引物可以用来启动以已知序列的DNA分子为模板的复制，聚合酶链式反应（PCR）是一种常见的实验室技术，这种采用了循环方式的人工合成，在一个DNA池中扩增出特定的DNA片段。
DNA复制 DNA的结构
DNA通常是一个双链的结构，两条单链互相盘绕从而表现出双螺旋结构。脱氧核糖核苷酸是DNA的单体。DNA的每一条单链都是由四种碱基不同的脱氧核糖核苷酸构成的，这四种碱基即：腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）、鸟嘌呤（G）和胸腺嘧啶（T）。一个核苷酸可以是一磷酸、二磷酸或者三磷酸的，也就是说，一个脱氧核糖连接着一个、两个或者三个磷酸基团。每条单链中相邻的脱氧核糖核苷酸都通过化学反应生成磷酸二酯键相连接，以此形成了DNA双螺旋结构中由磷酸基团和脱氧核糖组成的骨架，而骨架里面即是碱基对。两条单链之间的核苷（即碱基）通过氢键形成碱基对相连。一般情况下，A只与T相连，而C只与G相连。
DNA链是具有方向性的，对于DNA的一条单链来说，它的两个末端分别被命名为“3'端”和“5'端”。DNA两条单链的结构之所以被描述为“反向平行双螺旋”，其中的“反向”即指两条单链中，一条链的方向是从3'端到5'端，而另一条则相反，是从5'端到3'端。5和3指的是在一个脱氧核糖中连接着相邻的磷酸基团的两个碳原子。方向性对于DNA合成有重要的意义，因为在DNA合成的过程中，DNA聚合酶只能向3'端的方向添加新的脱氧核糖核苷酸。
DNA复制 DNA的结构
DNA中两条链的碱基是通过氢键连接实现一一配对的，这意味着一个DNA中的两条单链都包含着完全相同的信息。这样，一条单链中的核苷酸可以用来重建互补链中预期相对的核苷酸。
DNA复制 DNA聚合酶
在所有形式的DNA复制中，DNA聚合酶都是必需的一类酶。不过，一个DNA聚合酶只能根据模板股，延长已经存在的DNA链，并不能直接开始合成一条新链以起始DNA复制。要起始DNA复制，必须先合成一小段与模板股配对的，被称之为引物的DNA或者RNA链。
之后，DNA聚合酶会通过磷酸二酯键的连接，添加与模板股配对的核苷酸，从而向引物股的3'端方向合成DNA。每一个未结合的碱基都连着三个磷酸基，DNA合成的能量即来自于其中的两个磷酸基。（自由的碱基和与之相连的磷酸基团统称为三磷酸核苷）当一个核苷酸被添加到正在延长的DNA链上时，它的两个磷酸基团将脱落，释放的能量将会生成一个磷酸二酯键把剩下的磷酸基团和DNA链连接起来。这样的能量机制也可以用来解释复制的方向性——如果DNA是从3'端向5'端合成的话，那么能量就会通过5'端提供而不是自由的核苷酸了。
DNA复制 DNA聚合酶
一般来说，DNA聚合酶是相当精准的，每添加7007100000000000000♠107个核苷酸，发生的错误不超过一个。即使是这样，有些DNA聚合酶也具有校对的能力，他们可以移除错配的碱基。如果5'端核苷酸在校正的过程中需要被移除，那么三磷酸末端就会丢失。因此，用于提供添加新核苷酸的能量来源也就丢失了。
DNA复制 预测和实验
DNA复制是透过名为半保留复制的机制来得以顺利完成的。半保留複製是由沃森與克里克所預測，並且由马修·梅塞尔森（Matthew Meselson）和富兰克林·斯塔尔（Franklin Stahl）於1958年進行研究而得以證實。
沃森和克里克在提出DNA的双螺旋结构模型时就对DNA的复制过程进行了预测。由于DNA碱基对的配对原则，两条链是互补的，因此，双链中的任意一条链都含有完整的遗传信息。沃森和克里克推测，在DNA复制过程中氢键首先断裂，双螺旋解旋并被分开，每条链分别作为模板各自合成一条新的互补链。这样就产生了两个与原来DNA分子的碱基顺序一样的新的DNA分子。而新DNA分子的一条链来自亲代DNA分子，另一条链是新合成的，因此，这种复制方式称为半保留复制。
1958年，马修·梅塞尔森（Matthew Meselson）和富兰克林·斯塔尔（Franklin Stahl）用同位素标记法和氯化铯密度梯度离心法证明了沃森和克里克的半保留复制模型。这个实验被称作梅瑟生–史達實驗。
DNA复制 过程
复制可以分为以下几个阶段：
细胞分裂一般需要先复制其DNA。这个过程在DNA上的一个特殊位点上开始，这一位点被称之为复制起点（英語：, ori）或起始位点，該序列被歸類為共同序列（英語：），因為此處核苷酸序列基本上都相同，相关的解螺旋酶作用于这个位点，DNA的双链被分开，复制随即开始。复制起点包含一段可以被复制启动蛋白（比如大肠杆菌中的dnaA以及酵母菌中的起始点识别复合物）识别的DNA序列。这些启动蛋白吸引其他的蛋白质把DNA的双链打开并开启复制叉（replication fork）。
启动蛋白吸引其他相关蛋白组成了前复制复合物，它可以在复制起点打开DNA链并形成一个泡。复制起点的序列倾向于富含A-T碱基对，这有益于启动的实现，因为A-T碱基对只有两条氢键相连（C-G碱基对有三个），一般来说，这样的结构使得打开双链更加容易，因为氢键的数量越多则打断它们需要的能量也越多。
所有已知的DNA复制系统在复制开始前都需要一个自由的3'羟基。现在已发现四种不同的复制机制。
DNA复制 过程
这些机制中被了解最深入的是真核生物的复制机制。DNA首先解开螺旋，双链被打开，RNA引物与模板链结合。特别来说，前导链的活动区域只结合一个RNA引物；而后随链则结合几个，这几个RNA引物生成的断断续续的后随链称之为冈崎片段，以其发现者命名。
DNA聚合酶在合成前导链时是持续合成的，而在后随链时却是不连续合成的（这是因为合成的方向性，请参考冈崎片段）。RNA水解酶（RNase）会水解那些曾用于使DNA聚合酶起始复制的RNA片段，另一些DNA聚合酶会进去缺口并生成DNA填补缺口。当这一步完成时，前导链的一个缺口和后随链的数个缺口都会被填补上。DNA连接酶将会填补这些缺口，从而完成新DNA分子的合成。
古菌、真核生物在这个过程中使用的引物酶，和细菌使用的有所不同。细菌用的引发酶属于DnG蛋白质超家族含有一个TOPRIM折叠型的催化域。TOPRIM折叠包含一个α/β核心和四条保守链，以罗斯曼拓扑结构存在。这种结构同时在许多酶的催化结构域中发现，如拓扑异构酶I a,拓扑异构酶II,OLD家族核酸酶，与RecR蛋白有关的DNA修复蛋白。
DNA复制 过程
比较而言，古菌和真核生物中的引发酶含有高度派生的RNA识别模式。这种引发酶在结构上和许多参与DNA复制与修复的酶相似，如：依赖于RNA的RNA聚合酶，反转录酶，核苷酸生成循环酶，A/B/Y家族的DNA聚合酶。所有这些蛋白质共有一个催化机制：双向金属离子介导的核苷酸转移，其中在第一条链末端和RRM-LIKE单位的第二条链和第三条链之间分别附着着两个酸性核酸残基，由二价阳离子螯合。
随着DNA合成的继续，原始DNA链继续沿复制泡两边解旋，形成具有两个叉子的复制叉结构。在细菌的环形染色体上只有一个复制起点，复制过程最终形成一个θ结构。比较起来，真核生物具有较长的线性染色体，可在多个位点进行复制起始。
复制叉（replication fork）是细胞核内DNA复制时形成的结构。这是由解旋酶创造的，解旋酶用来打断连接两条DNA链的氢键。复制叉有两个由DNA单链组成的“叉子”。这两条打开的单链将会作为前导链和后随链的模板，前导链和后随链将会由DNA聚合酶按碱基互补配对原则依照模板链合成。模板链的信息可以被严格地复制到前导链和后随链上。
DNA复制 过程
合成后的前导链（英語：）作为新DNA的模板链，所以复制叉沿3'向5'移动。从而使新合成的链与原始链互补，在新链沿着5'到3'合成DNA，这和复制叉移动的方向相同。
在前导链上，一个聚合酶不断地“阅读”被复制的DNA并向前导链添加核苷酸。这个聚合酶就是原核生物中的DNA聚合酶Ⅲ（DNA Pol III）；在酵母菌中，推测是聚合酶ε。在人体细胞中，前导链和后随链在细胞核中是由聚合酶α和聚合酶δ合成，在线粒体中由聚合酶γ合成。在特殊情况下聚合酶ε可以替代聚合酶δ。
后随链（英語：）是新DNA双链的编码链，所以复制叉沿5'向3'移动。因为它的方向性和DNA聚合酶Ⅲ从3'到5'的工作方向相反，复制过程在后随链上比前导链更为复杂。
在后随链上，引物酶“读”DNA并添加数小段分开的RNA引物。在真核生物中引物酶是聚合酶α。DNA聚合酶Ⅲ或聚合酶δ延长引物片段，形成冈崎片段。之后引物的去除也由聚合酶α完成。而在原核细胞中，DNA聚合酶Ⅰ（DNA polymerase I）将RNA引物去除后再用对应的脱氧核糖核苷酸替换。最后DNA连接酶再将片段连接起来。
四庫全書
《四庫全書》是中國古代最大的叢書，由清朝乾隆帝於乾隆三十八年（1772年）開始編修，至乾隆四十六年（1783年）编成第一套，历时11年。:25-37整书一共收书3,503种、79,337卷，约9.97亿字。《四庫全書》當中之書籍以傳統的四部分類法分類，包括「經」、「史」、「子」、「集」四部；每部之下又另以「屬」作分類，整書一共有44類、66屬。封面按其所屬的部使用了不同的顏色：經部為葵綠色、史部為紅色、子部為藍色、集部為灰色。《四庫全書》每頁16行21字，用楷书。
四庫全書
乾隆三十七年（1772年）起，乾隆帝多次詔令各省督撫、學政收集書籍，翌年建立了四庫全書館以編寫《四庫全書》。四庫館以皇六子永瑢等人為總裁，總理其事；其下有總纂官紀昀、陸錫熊、孫士毅三人實際主編《四庫全書》，下設纂修、總校、分校、總目協勘、督促、收掌、監造、繕寫等職位，動員近四千人。在編纂《四庫全書》的過程中，編纂者將書籍分為「應刊」、「應抄」、「應存」三類：「應刊」印刷流傳，即《武英殿聚珍版叢書》；「應抄」收入《四庫全書》，即《四庫全書總目提要》中的「著錄」者；「應存」者收於《四庫全書總目提要》，「只存其目」（存目），為其編寫提要但不收錄，「存目」者有6,793種、93,551卷。另外，「抵觸本朝」之書一概「禁燬」，約有3,100種。據統計，在禁書過程中，文字獄發生四十餘起:80-84。
四庫全書
《四庫全書》一共制作了七套副本，並存放於七間藏書閣中，即四库七阁。第一部存于北京紫禁城皇宫文淵閣，第二部存于奉天故宫（今瀋陽）文溯閣，第三部存于北京郊區圓明園文源閣，第四部存于承德避暑山莊文津閣，合稱“内廷四閣”（或稱“北四閣”）:122。後又以江浙地區為人文淵藪，文風鼎盛，再鈔有三部，分別存在鎮江金山寺文宗閣、揚州大觀堂文匯閣及杭州西湖行宫孤山聖因寺文瀾閣，即“江浙三閣”（或稱“南三閣”），各藏抄本一部，「為便於士子入院鈔閱」:122。《四庫全書》各本之中有四套因太平天國之亂和英法聯軍火燒圓明園受到損壞。文淵閣藏本與薈要現藏於臺北國立故宮博物院、文津閣藏本存於北京中國國家圖書館、文溯閣藏本藏於蘭州甘肃省图书馆、文瀾閣部分原本與抄本存於杭州浙江省圖書館，另外文源閣僅存散本則分別存於香港大學馮平山圖書館、廣東省立中山圖書館與日本東洋文庫。
學者對於《四庫全書》的評價較為兩極。一方面，《四庫》禁毀書籍甚多，甚至有不留原文而直接修改內容的情况，被視為一大書厄；另一方面，以《永乐大典》為中心展開的輯佚工作保存了不少已佚的文獻，而《四庫全書總目提要》開創了中國目錄學，有相當的文化意義。
四庫全書 徵收書籍
於乾隆六年（1741年）以及十五年（1750年），乾隆帝就兩次下詔，希望搜羅書籍。但是當時的效果不佳，官員並未認真執行。:4-5乾隆三十七年正月四日（1772年2月7日），乾隆帝正式頒詔求書，詔文目的是為了「副在石渠，用儲乙覽」（在皇家圖書館收藏副本，以供皇帝閱覽），以得「稽古右文」（考察古代，弘揚文化）之名。在諭旨中他明確規定了搜集範圍，認為應該要先檢收「闡明性學治法，關係世道人心」的書籍，其次是「發揮傳注，考核典章，旁暨九流百家之言」的書籍，再次是歷代名文的詩文專集，而對於族譜、尺牘等則不作收錄。在諭旨中他又定了具體的收錄方式，並要求各省督撫「先將各書敘列目錄」，注明作者，要旨以供檢核。:23-24
四庫全書 徵收書籍
此諭旨並沒有得到各省督撫重視。貴州巡撫奏報，指該省「鮮有撰述，歿邀聖明采擇」，其他省份則「未見一人將書錄奏」。乾隆帝見此，於三十七年十月十七日再次下令，令督撫們「恪遵前旨，飭催所屬，速行設法訪求」。在十一月至次年二月底，各省才先後回報查訪情況，但是效果都不佳，如廣東、廣西、雲南、貴州都無書可采，奉天、直隸、湖北所得也只得數部，所得書籍最多的浙江省也不過116種，而且大多也是「近人解經論詩文私集」，收集工程不見成效。:24-25
有見於此，在乾隆三十八年（1773年）三月二十八日，乾隆帝再之下詔訪求圖書，當中見上次地方官大多觀望不前，這次特意說明他「豈有下詔訪求書籍，顧於書中尋摘瑕疪，罪及藏書之人乎」，說明他收集書籍不會怪罪於藏書者。此外，他又再次強調官府徵集書籍保證歸還，並擴大收集書籍範圍，以及說明收集書籍限期，並予之半年期限。次日，他又專諭兩江總督高晉、江蘇巡撫薩載、以及浙江巡撫三寶，指「其所隸州群藏書什倍於別省」，並點名訪求，特意責成他們收集藏書。:26-27
四庫全書 徵收書籍
在此半年期間，各省官員和朝廷使用了不少方法以收集書籍。在搜求方面，當地的官員會按當地的郡邑志乘所記述的書籍訪購，又或者利用當時的書商以收買書籍。私人藏書家所收藏的書籍甚多，是徵求書籍的重要對象。為了鼓勵他們進書，朝廷設立了以下辦法：
是次收集書籍得到了良好的成果。進書最多的是江蘇，達4,808部；其次是浙江，達4,600部。進書最少的是雲南和奉天，只有四部。貴州、廣西無書可采。合計一共得書籍13,501種（含272重本）。:25-36
乾隆三十九年（1774年）八月，乾隆發佈了禁書的諭令，當中指「明季末造，野史甚多，其間毀譽任意，傳聞異詞，必有詆觸本朝之語」，希望「正當及此一番查辦，盡行銷毀（詆觸本朝之書籍），杜遏邪言，以正人心而厚風俗」。是次禁書詔令下發之後，沒有得到各省督撫的重視，至十一月為止，只有兩廣總督李侍堯奏稱屈大均著作數種，其他省份都無書上奏。乾隆帝見此，於三十九年十一月連發兩諭，「今李侍堯等既從粵省查出屈大均詩文，不應江浙等省轉無明末國初存留觸礙書籍」，再次責成各省認真辦理。是諭下發之後，各方官員才開始留心收集禁書。:40-45
四庫全書 徵收書籍
內容方面，吳晢夫指出，乾隆帝主要禁止的是包括「華夷之辨」的文字、詆毀清人的文字、涉及明清史事的文字等三類:217-240。此外，還包括一些清初三藩之亂的書籍、兵法、不尊重儒家思想的書籍、明末閹黨的書籍、迷信書籍。部份文人因為害怕文字獄而對自己的書籍作「挖空」、「塗墨」希望避禍，而這些書籍同樣被禁燬。另外，《查辦違礙書籍條款》亦指明，書籍內容涉及「錢謙益、呂留良、金堡、屈大均等，除了伊等自著書籍應燬除外，若各書內有載入其議論者，將書內所引各條，簽明抽燬」，只留其書。:240-250
書籍類型方面，禁書以明季末造的野史筆記為主。此外也包括了明代歷朝的碑刻、語有違礙的劇本話本、地方志、天文占卜書籍。:45-52在查繳禁書的同時，乾隆帝連自己祖父康熙帝御批的《通鑒綱目續編》都沒有放過，認為他書後所附周禮所撰的《續通鑒綱目發明》、張時泰的《續通鑒綱目廣義》各條中於「於遼、金、元三朝時事多有議論偏謬及肆行詆毀者」，認為「《通鑒》一書關係前代治亂興衰之迹，至《綱目》祖述麟經，筆削惟嚴，為萬世公道所在糊不可偏私」，下令查繳各省的《綱目》作刪改。:68-69
四庫全書 徵收書籍
查繳方法方面，乾隆帝初時只是要求各省督撫派員至藏書家中令他們自行交出。但至中後期禁書活動大規模展開後，在乾隆三令五申之下，各省督撫為了澈查書籍使用了各種辦法，包括宣告諭令、檢查各藏書家的書藏、設立禁書目錄等等。四庫館定立了《查辦違礙書籍條款》，以供地方官員排查書籍。搜得書籍之後，都需要「將原書封固進呈」，「交軍機處奏聞銷毀」，不得在地方自行銷毀，以免地方人員認為「新奇可喜，妄行偷看，甚或私自抄存」。:59-68據黃愛平所估計，在乾隆三十九年（1774年）至五十八年（1793年）間，禁毀書籍大約有3100多種，15萬1千多部，書板銷毀達8萬塊，當中還不包括文人百姓自行毀掉的書籍。:77-78
四庫全書 徵收書籍
即使部份書籍認為有收錄的價值，在編纂的時候也會被抽毀、改易、重編。如顧炎武所著的《日知錄》，雖然《總目》中認為其「學有本原，博贍而通貫，每一事必詳其始末，參以証佐，而後筆之於書」，認可其編寫態度嚴謹，但是因為當中的部分條目包括了民族意識，和南明史事，因此被當中部份的內容被整條掣出，如卷六「素夷狄行乎夷狄」、卷二十八「胡服」、「左衽」等等。改易方面，陳垣指出四庫館臣在輯校時有十忌：忌虜、忌戎、忌胡、忌夷狄等等，並指館臣會對這些字眼會作出修改。重編方面，乾隆帝認為一些書籍雖然有所違礙，會要求對之重編以作使用，明末諸人文集的奏疏最初雖被認為是「字句狂謬，詞語刺譏」，理應查禁。但後來乾隆帝認為這些奏疏可見明末「主暗政昏，太阿倒置，閹人竊柄，權倖滿朝」等的問題，繼而「曉然於明之所以亡與本朝之所以興」，故此乾隆帝命人刪減當中的抵觸字句，並編錄成《明季奏疏》一書。:130-138
學者對於乾隆帝禁毀，纂改書籍的行為多有批評，但也有學者認為其影響沒想像中大。魯迅認為《四庫全書》「不但搗亂了古書的格式，還修改了古人的文章」，並認為「清人纂修《四庫全書》而古書亡」。周錫侯認為，「乾隆之為此（修纂四庫全書）也，帶有狎弄士子，查辨禁書之陰謀，貽害典籍之烈，至足驚人！中國書厄，自秦火之後，大厄凡十有一，而乾隆時禁燬的一厄，較以前各項更為慘烈」。相反，《劍橋中國史》認為，乾隆帝針對南明材料的禁書政策對「清初以來幸存的作品的影響微不足道」，指書籍不太可能因不一的禁令而在數年之間消失，反而「大大地刺激了學者对各种旧书的兴趣」。江慶柏指出，雖然四庫館臣雖會對於當中字句作改寫，但改動未必被嚴格執行。如張孝祥《六州歌头》中「洙泗上，弦歌地，亦膻腥」在雖在張孝祥的個人文集《》中被改動為「洙泗上，弦歌地，亦凋零」，但在其他詞集、詞選、詞話等卻沒有改動此詞，保留「亦膻腥」的原貌。:11-12
四庫全書 纂修
乾隆三十七年（1772年）十一月二十五日，安徽學政朱筠上《謹陳管見開館校書摺子》，提出了四項搜索遺書的事項，包括：
為此，軍機大臣劉統勳奉旨研辨，得到清高宗的同意，「令將永樂大典內，原載舊本，酌錄付刊，仍將內府所儲，外省所採，以及武英殿官刻諸書，一并彙齊，繕寫編成四庫，垂示無窮」。劉氏按指示研究方針，於乾隆三十八年（1773年）二月十一日提出了具體輯佚《永樂大典》的方式，得乾隆帝批准，并命名為「四庫全書」。四庫館於同月開館。:19-21
張昇《四庫全書館研究》中將四庫全書館的結構表述如下:43：
四庫全書館的最高職務是總裁、副總裁，大多由皇室郡王、大學士以及六部尚書、侍郎兼任，主要是負責領導和監督四庫館的工作，他們在總辦處工作。其下則分為纂修，繕書、監造三大處。纂修處負責校理、勘定全部書籍。纂修官也大多兼任分校，對繕寫處的書籍作校閱。:46在此之上尚有總纂官和總校官，總纂官負責實際主編的工作，總纂官陸費墀則負責整體的校閱工作。
四庫全書 纂修
據《四庫全書總目提要》卷首，參與了《四庫全書》編修的主要人員包括有360人。據郭伯恭、黃愛平、張昇等考證，《總目》所收的編纂人員有不少的缺漏。而據張昇的不完全統計，前後在館的館臣有達476人。:122-132
編纂《四庫全書》所用的書籍可以分為六個途徑，包括有各省采進本、私人進獻本、敕撰本、內府本、《永樂大典》本。:77-82:145-146
四庫全書 纂修
進呈書籍是《四庫全書》最主要的來源，當中可分作三類：各省采進本，各省在當地購買或借抄的書籍；私人進獻本，藏書家主動或者奉旨送館的書籍；通行本，當時最為流行的版本。:77-82這些書籍在收集之後會先由纂修官作清理甄別，然後由纂修官作進一步的校閱，經版本鑒別、辨偽、考證工作之後，會選擇當中較好的版本作底本，編寫提要，考訂文字得失等工作，然後再「詳細校正」，「將各書大旨及著作源流詳悉考證，詮疏崖略，列寫簡端」，最後決定是應刊、應抄、應存。書籍和提要會上交給總纂官作審閱，一般還會交給總裁官作審閱，他們會對於提要和書籍的存留再給予意見。乾隆帝也會給審閱進呈的書籍，當中包括兩種情況，一是由乾隆帝為了獎勵獻書之人，為其書籍作題詩，這類書籍經乾隆帝御覽，決定擬抄、刊後，將會由纂修校辦，總纂、總裁審閱後，由武英殿錄副，再交還書主；二是纂修官校辦過的書籍在抄成前上呈給乾隆審閱，其給予意見後再發還。:65-69
四庫全書 纂修
內府書籍（宮中收藏以供皇帝閱讀的藏書）和奉敕編撰書籍方面，《四庫全書》開館之後，這些書籍被送至翰林院西齋房作集中處理。當中，一些「舊刻顯然訛誤，應行隨行改正」的官刻舊本以及一些不夠完善的敕撰書籍會送至校閱（流程大致如進呈書籍），其他書籍則在編成提要後則大多都直接送到武英殿繕寫。另外，在編寫《四庫全書》的時候，乾隆帝亦有命令編寫一些書籍，這些書籍在編成完成後才會補入《四庫全書》中。:123-124:65-69
當時《永樂大典》藏於翰林院的典籍庫中，經朱筠的提議之後，開始了輯佚的工作。纂修官會先簽出《永樂大典》中的佚文，將會將可以輯出的書目粘貼標識，然後由繕寫官抄出當中的散片。因為《永樂大典》不便移出移入，因此繕寫的工作都在翰林院裡進行。其後會將繕寫的散本粘連成稿本，然後將由纂修官校對、補輯佚文，再繕抄出修改稿，由原纂修校對之後，再由總纂、總裁校正為正本。和進呈以及內府書籍不同，《大典》本是由總纂官和總裁官決定應刊、應抄、應存。此外，提要是決定應刊、應抄、應存再編寫提要。:69-84
四庫全書 纂修
學者雖然認可四庫館臣在輯佚史上的意義，但也批評他們的輯佚工作尚未完善。梁啟超指：「吾輩尤有一事當感謝清儒者，曰輯佚.......乾隆中修《四庫全書》，其書之採自《永樂大典》者以百計，實開輯佚之先聲」。孫楷第批評，於《大典》本中，只有少數書籍會以《永樂大典》以外書籍以校勘、輯佚之外，其他都因個人散便，只是按章辦公，沒有按照其他書籍補充，引致佚文並不全面，「以《大典》所載為足，實自欺欺人」:293-294。史廣超批評，四庫輯本出現沒有注明出處，出現漏輯，誤以為他書為本書佚文，編排不當四項問題。:157-181
《四庫全書》的收錄標準有以下數點：
四庫全書 纂修
學者對於《四庫全書》選書的態度多有批評。郭伯恭認為，《四庫全書》所選的書籍偏而不全，指《四庫全書》重視程朱之學，加上收書上「貴古殘今」，因此寧可收集「元明以降程朱（程頤、朱熹）一派的無聊著述」，也不願意收錄陸王（陸九淵、王守仁）一派和其他非程朱一派的書籍。:226-228吳哲夫指《四庫全書》中充滿了尊經崇儒的衛道觀念，只考慮延續思想聖賢的思想，指《四庫全書》的選書態度未夠公允。:296-300楊晉龍認為，《四庫全書》忽視了民間的通俗文獻，如小說、戲曲、善書等都不作收錄，而宗教如佛藏、回教和其他宗教的資料也未能收錄。:221-222
四庫全書 纂修
乾隆五十二年（1787年），南三閣的三部四庫全書即將完成。乾隆帝抽閱進呈的書籍，發現在李清所撰的《諸史同異錄》中，有稱清世祖「與明崇禎四十子相同，妄誕不經，閱之殊堪駭異」的語句。乾隆帝命令其書應該全部撤出《四庫全書》（包括《南北史合注》、《南唐書合訂》、《歷代不知姓名錄》）。軍機大臣商討之下，決定以其他書籍或者是餘紙取代撤出的空缺。同年五月，乾隆五十二年五月，清高宗駐蹕熱河。他閱讀文津閣《四庫全書》的時候，發現當中的訛謬甚多，再加上以前在南三閣的《四庫》中都發現有「妄誕不經」之處，於是便下令復校內廷四閣的《四庫全書》。:193-195:173-175
四庫全書 纂修
文淵、文源兩閣方面，乾隆帝則命令當時在京的官員都要參與協助復校的事宜。尚書、侍郎要每人每日各看一匣；六阿哥永瑢、八阿哥永璇及工作不多的尚書、侍郎則各看兩匣。文淵閣由六阿哥、阿貴所負責；文源閣由伊齡阿、巴寧阿所負責。由五月底開始，至七月底校畢，歷時兩個月，當中發現了很多錯處，「各書繕寫草率，訛錯換篇亦頗不少」。清高宗見此大為震怒，指總纂官紀昀、陸錫熊「所辦書籍竟如此舛錯」，令他們賠償文津、文源、文津三閣裝訂挖改的工價，並且帶人去校勘文津、文溯兩閣的書籍，並處罰了相關謄寫、分校人員，達二千人以上。:200-203:177-178
文津閣的書籍，則最初由乾隆隨行的阮文淵、阿肅等人負責，但因為受乾隆帝停留在避暑山莊的時間限制，完成了三分之一後便中止。五十二年（1787年）六月初，文津閣的《四庫》發現「閻若璩《尚書古文疏證》內有引用錢謙益、李清諸說未曾刪除」，並令紀昀自行賠寫。十月初，紀昀奉旨帶領受罰的人員往熱河文津閣看書，至次年正月二十六日完成，發現抄寫錯誤，字句偏謬計六十一部，檢出七部書籍應毀，一部書重複抄寫。:203-208