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魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
辐鳍鱼纲 Actinopterygii
?†阿萨罗鱼目 Asarotiformes
?†目 Discordichthyiformes
?†目 Paphosisciformes
?†目 Scanilepiformes
†鳕鳞鱼目 Cheirolepiformes
†目 Paramblypteriformes
†目 Rhadinichthyiformes
†古鳕目 Palaeonisciformes
†古鳕科 Palaeoniscidae
地位未定 incertae sedis（曾一度被归为古鳕目）
†科 Acropholidae
†科 Atherstoniidae
†巴西鱼科 Brazilichthyidae
†中鳞鱼科 Centrolepididae
†粒鳞鱼科 Coccolepididae
†科 Commentryidae
†科 Cryphiolepididae
†杜依卡鱼科 Dwykiidae
†科 Holuridae
†伊戈恩鱼科 Igornichthyidae
†科 Irajapintoseidae
†科 Monesedeiphidae
†科 Rhabdolepididae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†科 Stegotrachelidae
†科 Thrissonotidae
†科 Tienshaniscidae
†科 Turseodontidae
†科 Uighuroniscidae
†科 Urosthenidae
†鳗鳕目 Tarrasiiformes
†鳗鳕科 Tarrasiidae
†褶鳞鱼目 Ptycholepiformes
†锥体鱼科 Boreosomidae
†重庆鱼科 Chungkingichthyidae
†褶鳞鱼科 Ptycholepididae
†雷氏鱼目 Redfieldiiformes
†属 Atopocephala
†属 Brookvalia
†属 Calaichthys
†乔恩鱼属 Cionichthys
†属 Daedalichthys
†?登伍德鱼属 Denwoodichthys
†属 Dictyopyge
†?属 Endemichthys
†属 Geitonichthys
†属 Helichthys
†雷氏鱼属 Hiascoactinus
†硬鳞鱼属 Ischnolepis
†拉萨尔鱼属 Lasalichthys
†?雷氏鱼属 Leighiscus
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†毛里塔鱼属 Mauritanichthys
†钼鱼属 Molybdichthys
†?帕科尔鱼属 Pacorichthys
†属 Phlyctaenichthys
†雷氏鱼属 Redfieldius
†?萨卡曼鱼属 Sakamenichthys
†裂网鱼属 Schizurichthys
†?新疆鱼属 Sinkiangichthys (疑难名)
†?属 Synorichthys
†疏鳍鱼目 Haplolepidiformes
†目 Aeduelliformes
†科 Aeduellidae
†扁体鱼目 Platysomiformes
†宁夏扁体鱼属 Ningxiaplatysomus
†扁体鱼科 Platysomidae
†古鲳目 Bobasatraniiformes
†古鲳科 Bobasatraniidae
†枪鳍鱼科 Dorypteridae
†目 Eurynotiformes
腕鳍亚纲 Cladistia
†吉尔戴鱼目 Guildayichthyiformes
†吉尔戴鱼科 Guildayichthyidae
多鳍鱼目 Polypteriformes
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
多鳍鱼科 Polypteridae
演化支 Actinopteri
†目 Elonichthyiformes
†显吻鱼目 Phanerorhynchiformes
†龙鱼目 Saurichthyiformes
†夜郎鱼科 Yelangichthyidae
†龙鱼科 Saurichthyidae
軟骨硬鱗亞綱 Chondrostei
†比耶鱼目 Birgeriiformes
†比耶鱼科 Birgeriidae
鲟形目 Acipenseriformes
†属 Hesperopsephurus
†新查拉鱼属 Neochallaia
†拟白鲟属 Psephuroides
†迷鲟科 Errolichthyidae
†?软骨硬鳞亚目 Chondrosteoidei
†?软骨硬鳞鱼科 Chondrosteidae
†北票鲟亚目 Peipiaosteoidei
†北票鲟科 Peipiaosteidae
†属 Gualolepis
†蝶鲟亚科 Spherosteinae
†北票鲟亚科 Peipiaosteinae
鲟亚目 Acipenseroidei
匙吻鲟科 Polyodontidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†原白鲟亚科 Protopsephurinae
†古白鲟亚科 Paleopsephurinae
匙吻鲟亚科 Polyodontinae
鲟科 Acipenseridae
†属 Dinectus
†原铲鲟属 Protoscaphirhynchus
鲟亚科 Acipenserinae
铲鲟亚科 Scaphirhynchinae
†扁鲟亚科 Priscosturioninae
新鳍亚纲 Neopterygii
†侧鳞鱼目 Pholidopleuriformes
†侧鳞鱼科 Pholidopleuridae
†肋鳞鱼目 Peltopleuriformes
†肋鳞鱼科 Peltopleuridae
†胸鳍鱼科 Thoracopteridae
†裂齿鱼目 Perleidiformes
†匙鳞鱼科 Cleithrolepididae
†头异鱼亚目 Cephaloxenoidei
†头异鱼科 Cephaloxenidae
†裂齿鱼亚目 Perleidoidei
†科 Polzbergiidae
†科 Gabanellidae
†异齿鱼科 Aethodontidae
†科 Colobodontidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†科 Pseudobeaconiidae
†裂齿鱼科 Perleididae
†目 Platysiagiformes
†科 Platysiagidae
†硬齿鱼目 Pycnodontiformes
?†属 Acrorhinichthys
?†古硬齿鱼属 Archaeopycnodon
?†属 Athrodon
?†属 Callodus
?†属 Cosmodus
?†属 Ellipsodus
?†钩齿鱼属 Grypodon
?†属 Mercediella
?†噬中齿鱼属 Piranhamesodon
?†伪硬齿鱼属 Pseudopycnodus
?†属 Tergestinia
?†属 Thurmondella
?†属 Uranoplosus
?†属 Woodthropea
?†科 Hadrodontidae
?†科 Gebrayelichthyidae
?†科 Gladiopycnodontidae
†属 Paramesturus
†小硬齿鱼属 Micropycnodon
†属 Arduafrons
†始中齿鱼属 Eomesodon
†拟锯脂鲤科 Serrasalmimidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†科 Mesturidae
†环角鱼科 Gyrodontidae
†布伦德齿鱼科 Brembodontidae
†压齿鱼科 Coccodontidae
†硬齿鱼科 Pycnodontidae
†卢加诺鱼目 Luganoiiformes
†卢加诺鱼科 Luganoiidae
全骨下纲 Holostei
近鲱形类 Halecomorphi
†副半椎鱼目 Parasemionotiformes
†裴氏鱼属 Peia
†副半椎鱼科 Parasemionidae
†科 Promecosominidae
†盘县鱼目 Panxianichthyiformes
†盘县鱼科 Panxianichthyidae
†预言鱼目 Ionoscopiformes
†亚洲鳞齿鱼属 Asialepidotus
†属 Placidichthys
†属 Subortichthys
†科 Ophiopsidae
†预言鱼科 Ionoscopidae
†科 Oshuniidae
弓鳍鱼目 Amiiformes
†贵州弓鳍鱼属 Guizhouamia
†斯特莫弓鳍鱼属 Stromerichthys
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†金尾鱼总科 Caturoidea
†科 Liodesmidae
†金尾鱼科 Caturidae
弓鳍鱼总科 Amioidea
?†属 Amiidarum
?†费尔干纳弓鳍鱼属 Ferganamia
?†雷曼弓鳍鱼属 Lehmanamia
†中华弓鳍鱼科 Sinamiidae
弓鳍鱼科 Amiidae
弓鳍鱼亚科 Amiinae
†亚科 Amiopsinae
†索伦霍芬弓鳍鱼亚科 Solnhofenamiinae
†维氏弓鳍鱼亚科 Vidalamiinae
铰齿鱼类 Ginglymodi
†提契诺鳞鱼属 Ticinolepis
†圣乔治鱼属 Sangiorgioichthys
†?平齿鱼目 Dapediiformes
†平齿鱼科 Dapediidae
†拱鱼目 Kyphosichthyiformes
†腊山鱼科 Lashanichthyidae
†拱鱼科 Kyphosichthyidae
新铰齿鱼类 Neoginglymodi
†半椎鱼目 Semionotiformes
?†属 Orthurus
†属 Aphanepygus
†侧鳞鱼科 Pleurolepididae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
?†巨半椎鱼科 Macrosemiidae
†半椎鱼科 Semionotidae
†科 Callipurbeckiidae
雀鳝目 Lepisosteiformes
†北渡鱼属 Beiduyu
†阿德里亚娜鱼属 Adrianaichthys
†呵叻鱼属 Khoratichthys
†澜沧鱼属 Lanxangichthys
†新半椎鱼属 Neoseminotus
†鳞齿鱼科 Lepidotidae
雀鳝亚目 Lepisosteoidei
†阿拉里佩雀鳝属 Araripelepidotes
†泰雀鳝属 Thaiichthys
†属 Pliodetes
雀鳝总科 Lepisosteoidea
雀鳝科 Lepisosteidae
†奥巴鱼科 Obaichthyidae
真骨形类 Teleosteomorpha
†目 Prohaleciteiformes
†科 Prohaleciteidae
†针吻鱼目 Aspidorhynchiformes
†针吻鱼科 Aspidorhynchidae
†厚茎鱼目 Pachycormiformes
†古腊鱼科 Archaeomaenidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†昆瓦拉鱼科 Koonwarriidae
†厚茎鱼科 Pachycormidae
真骨下纲 Teleostei
?†阿勒莱皮鳜目 Araripichthyiformes
†阿勒莱皮鳜科 Araripichthyidae
?†目 Ligulelliiformes
?†塞纳命运鱼目 Tselfatiiformes
†始满齿鱼科 Eoplethodidae
†满齿鱼科 Plethodidae
†始乌鲂科 Protobramidae
†叉鳞鱼目 Pholidophoriformes
†叉鳞鱼科 Pholidophoridae
†目 Dorsetichthyiformes
†科 Dorsetichthyidae
†薄鳞鱼目 Leptolepidiformes
†叉颌鱼目 Crossognathiformes
†叉颌鱼亚目 Crossognathoidei
†叉颌鱼科 Crossognathidae
†厚根齿鱼亚目 Pachyrhizodontoidei
†诺特鱼科 Notelopidae
†科 Raphiosauridae
†厚根齿鱼科 Pachyrhizodontidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†乞丐鱼目 Ichthyodectiformes
†乞丐鱼亚目 Ichthyodectoidei
†乞丐鱼科 Ichthyodectidae
†楚雄鱼科 Chuhsiungichthyidae
†异梭鳀科 Allothrissopidae
海鲢高群 Elopocephalai
海鲢目 Elopiformes
†阿纳鱼科 Anaethaliidae
海鲢亚目 Elopoidei
†原海鲢科 Protelopidae
海鲢科 Elopidae
大眼海鲢科 Megalopidae
北梭鱼目 Albuliformes
†叶齿鱼科 Phyllodontidae
北梭鱼科 Albulidae
长背鱼亚科 Pterothrissinae
背棘鱼目 Notacanthiformes
海蜥鱼科 Halosauridae
背棘鱼科 Notacanthidae
鳗鲡目 Anguilliformes
原鳗鲡亚目 Protanguilloidei
原鳗鲡科 Protanguillidae
通鳃鳗亚目 Synaphobranchoidei
通鳃鳗科 Synaphobranchidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
鯙亚目 Muraenoidei
异蝮鯙科 Heterenchelyidae
软糯鳗科 Myrocongridae
鯙科 Muraenidae
 Muraeninae
 Uropteryginae
拟鯙亚目 Chlopsoidei
拟鯙科 Chlopsidae
康吉鳗亚目 Congroidei
康吉鳗科 Congridae
康吉鳗亚科 Congrinae
渊油鳗亚科 Bathymyrinae
异康吉鳗亚科 Heterocongrinae
长颈鳗科 Derichthyidae
海鳗科 Muraenesocidae
鸭嘴鳗科 Nettastomatidae
蛇鳗科 Ophichthidae
油鳗亚科 Myrophinae
蛇鳗亚科 Ophichthinae
倭糯鳗科 Colocongridae
蚓鳗亚目 Moringuoidei
蚓鳗科 Moringuidae
鳗鲡亚目 Anguilloidei
鳗鲡科 Anguillidae
线鳗科 Nemichthyidae
锯锄鳗科 Serrivomeridae
囊鳃鳗亚目 Saccopharyngoidei
月尾鳗科 Cyematidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
宽咽鱼科 Eurypharyngidae
单颌鳗科 Monognathidae
囊鳃鳗科 Saccopharyngidae
骨舌鱼高群 Osteoglossocephalai
骨舌鱼总群 Osteoglossocephala
†狼鳍鱼目 Lycopteriformes
†狼鳍鱼科 Lycopteridae
月眼鱼目 Hiodontiformes
月眼鱼科 Hiodontidae
骨舌鱼目 Osteoglossiformes
齿蝶鱼亚目 Pantodontoidei
齿蝶鱼科 Pantodontidae
骨舌鱼亚目 Osteoglossoidei
巴西骨舌鱼科 Arapaimidae
骨舌鱼科 Osteoglossidae
†科 Singidididae
†科 Phareodontidae
弓背鱼亚目 Notopteroidei
†科 Ostariostomidae
†基帕拉鱼科 Kipalaichthyidae
†瓦金鱼科 Wakinoichthyidae
弓背鱼科 Notopteridae
光背鱼亚科 Xenomystinae
弓背鱼亚科 Notopterinae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
象鼻鱼总科 Mormyroidea
裸臀鱼科 Gymnarchidae
象鼻鱼科 Mormyridae
长颌鱼亚科 Mormyrinae
岩头长颌鱼亚科 Petrocephalinae
鲱头鱼总群 Clupeocephala
骨鲱群 Otomorpha
鲱形亚群 Clupei
†埃笠姆鲱目 Ellimmichthyiformes
†副鲚鱼科 Paraclupeidae
†科 Armigatidae
鲱形目 Clupeiformes
齿鲱亚目 Denticipitoidei
齿头鲱科 Denticipitidae
鲱亚目 Clupeoidei
鳀科 Engraulidae
鳀亚科 Engraulinae
鲚亚科 Coiliinae
锯腹鳓科 Pristigasteridae
宝刀鱼科 Chirocentridae
鲱科 Clupeidae
西鲱亚科 Alosinae
鲱亚科 Clupeinae
真亚科 Dorosomatinae
多棱圆鲱亚科 Ehiravinae
银带鲱科 Spratelloididae
圆腹鲱科 Dussumieriidae
黑头鱼亚群 Alepocephali
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
黑头鱼目 Alepocephaliformes
黑头鱼科 Alepocephalidae
管肩鱼科 Platytroctidae
骨鳔亚群 Ostariophysi
非耳鳔派 Anotophysa
†目 Sorbininardiformes
†科 Sorbininardidae
鼠目 Gonorynchiformes
鼠鱚亚目 Gonorynchoidei
†科 Apulichthyidae
鼠鱚科 Gonorynchidae
虱目鱼亚目 Chanoidei
†属 Aethalinopsis
虱目鱼科 Chanidae
尼罗鱼亚目 Knerioidei
尼罗鱼科 Kneriidae
坚喉鱼科 Phractolaemidae
耳鳔派 Otophysa
鲤形目 Cypriniformes
鲤亚目 Cyprinoidei
鲤科 Cyprinidae
鱊亚科 Acheilognathinae
鲤亚科 Cyprininae
(魚丹)亚科 Danioninae
亚科 Gobioninae
?野鲮亚科 Labeoninae
细须魮亚科 Leptobarbinae
雅罗鱼亚科 Leuciscinae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
原鲃亚科 Probarbinae
亚科 Smiliogastrinae
亚科 Tanichthyinae
丁鳜亚科 Tincinae
亚科 Torinae
鲴亚科 Xenocyprinae
鳅亚目 Cobitoidei
亚口鱼总科 Catostomoidea
亚口鱼科 Catostomidae
亚口鱼亚科 Catostominae
长背亚口鱼亚科 Cycleptinae
牛胭脂鱼亚科 Ictiobinae
胭脂鱼亚科 Myxocyprininae
双孔鱼总科 Gyrinocheiloidea
双孔鱼科 Gyrinocheilidae
鳅总科 Cobitoidea
颊须鳅科 Barbuccidae
蛇鳅科 Serpenticobitidae
沙鳅科 Botiidae
梵条鳅科 Vaillantellidae
鳅科 Cobitidae
爬鳅科 Balitoridae
腹吸鳅科 Gastromyzontidae
低唇鱼科 Ellopostomatidae
条鳅科 Nemacheilidae
裸吻鱼科 Psilorhynchidae
脂鲤目 Characiformes
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
琴脂鲤亚目 Citharinoidei
二列齿琴脂鲤科 Distichodontidae
琴脂鲤科 Citharinidae
脂鲤亚目 Characoidei
顶器脂鲤总科 Crenuchoidea
顶器脂鲤科 Crenuchidae
溪脂鲤亚科 Characidiinae
锯唇脂鲤亚科 Crenuchinae
鲑脂鲤总科 Alestioidea
鳡脂鲤科 Hepsetidae
鲑脂鲤科 Alestidae
虎脂鲤总科 Erythrinoidea
塔河脂鲤科 Tarumaniidae
虎脂鲤科 Erythrinidae
锯脂鲤科 Serrasalmidae
犬齿脂鲤科 Cynodontidae
露斯塔脂鲤亚科 Roestinae
犬齿脂鲤亚科 Cynodontinae
半齿脂鲤科 Hemiodontidae
下口半脂鲤科 Parodontidae
原唇齿脂鲤科 Prochilodontidae
唇齿脂鲤科 Chilodontidae
无齿脂鲤科 Curimatidae
上口脂鲤科 Anostomidae
脂鲤总科 Characoidea
魣脂鲤科 Ctenoluciidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
鳉脂鲤科 Lebiasinidae
大鳞脂鲤科 Chalceidae
蜥形脂鲤科 Iguanodectidae
狼牙脂鲤科 Acestrorhynchidae
石斧脂鲤科 Triporthidae
石脂鲤科 Bryconidae
胸斧鱼科 Gasteropelecidae
脂鲤科 Characidae
细脂鲤亚科 Aphyocharacinae
纹吸鱼亚科 Aphyoditeinae
石脂鲤亚科 Bryconinae
桂脂鲤亚科 Characinae
宝莲灯鱼亚科 Cheirodontinae
裸脂鲤亚科 Gymnocharacinae
蜥形脂鲤亚科 Iguanodectinae
玫瑰脂鲤亚科 Rhoadsiinae
小脂鲤亚科 Salmininae
锯胸脂鲤亚科 Stethaprioninae
亚科 Stevardiinae
大眼脂鲤亚科 Tetragonopterinae
电鳗目 Gymnotiformes
裸背电鳗亚目 Gymnotoidei
裸背电鳗科 Gymnotidae
线鳍电鳗亚目 Sternopygoidei
大吻电鳗总科 Rhamphichthyoidea
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
大吻电鳗科 Rhamphichthyidae
短吻电鳗科 Hypopomidae
线翎电鳗总科 Apteronotoidea
线鳍电鳗科 Sternopygidae
线翎电鳗科 Apteronotidae
鲇形目 Siluriformes
†安第斯鲶科 Andinichthyidae
甲鯰亚目 Loricaroidei
丝鼻鯰科 Nematogenyidae
毛鼻鯰科 Trichomycteridae
桨齿鯰亚科 Copionodontinae
鳗形腺鳍鯰亚科 Glanapteryginae
肉鼻鯰亚科 Sarcoglanidinae
喜盖鯰亚科 Stegophilinae
鼻须鯰亚科 Trichogeninae
毛鼻鯰亚科 Trichomycterinae
叉齿毛鼻鯰亚科 Tridentinae
寄生鯰亚科 Vandelliinae
美鯰科 Callichthyidae
美鯰亚科 Callichthyinae
兵鯰亚科 Corydoradinae
视星鯰科 Astroblepidae
甲鯰科 Loricariidae
三角下口鯰亚科 Delturinae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
下口蜻鯰亚科 Hypoptopomatinae
下口鯰亚科 Hypostominae
石星鯰亚科 Lithogeneinae
甲鯰亚科 Loricariinae
新吸口鯰亚科 Neoplecostominae
耳孔鲶亚科 Otothyrinae
二须鯰亚目 Diplomystoidei
二须鯰科 Diplomystidae
†巴赫曼鲶科 Bachmanniidae
鯰亚目 Siluroidei
†高剑鲶总科 Hypsidoroidea
†高剑鲶科 Hypsidoridae
鲸形鯰总科 Cetopsoidea
鲸形鯰科 Cetopsidae
鲸鯰亚科 Cetopsinae
泽鯰亚科 Helogeneinae
鯰总科 Siluroidea
鯰科 Siluridae
巨鯰科 Pangasiidae
倒立鯰科 Mochokidae
脂鱨科 Claroteidae
北美鯰总科 Ictaluroidea
鳗鯰科 Plotosidae
北美鯰科 Ictaluridae
塘虱鱼总科 Clarioidea
塘虱鱼科 Clariidae
总科 Sisoroidea
科 Ailiidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
鮡科 Sisoridae
真鮡亚科 Sisorinae
纹胸鮡亚科 Glyptosterninae
鱨科 Bagridae
骨鮡科 Erethistidae
陶乐鯰总科 Doradoidea
蝌蚪鯰科 Aspredinidae
蝌蚪鯰亚科 Aspredininae
丘头鯰亚科 Bunocephalinae
棘鳗鯰亚科 Hoplomyzontinae
陶乐鯰科 Doradidae
项鳍鯰科 Auchenipteridae
项鳍鯰亚科 Auchenipterinae
棘杆亚科 Centromochlinae
长须鯰总科 Pimelodoidea
鼬鯰科 Heptapteridae
拟长须鯰科 Pseudopimelodidae
长须鯰科 Pimelodidae
地位未定 incertae sedis
矮甲鯰科 Scoloplacidae
粒鯰科 Akysidae
粒鯰亚科 Akysinae
副粒鯰亚科 Parakysinae
鈍頭鮠科 Amblycipitidae
准海鯰科 Anchariidae
海鯰科 Ariidae
海鯰亚科 Ariinae
雅首海鯰亚科 Galeichthyinae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
海鱨亚科 Bagreinae
平鳍鮠科 Amphiliidae
平鳍鮠亚科 Amphiliinae
细鱨亚科 Leptoglanidinae
杜鳅鯰亚科 Doumeinae
澳岩鱨科 Austroglanididae
连尾鮡科 Chacidae
锥吻鯰属 Conorhynchos
扁头鯰科 Cranoglanididae
囊鰓鯰科 Heteropneustidae
下眼鱨科 Horabagridae
秘鯰科 Kryptoglanidae
石狗鯰科 Lacantuniidae
电鯰科 Malapteruridae
科 Phreatobiidae
属 Rita
北非鯰科 Schilbeidae
正真骨鱼群 Euteleosteomorpha
鳞南乳鱼亚群 Lepidogalaxii
鳞南乳鱼目 Lepidogalaxiiformes
原棘鳍亚群 Protacanthopterygii
水珍鱼目 Argentiniformes
水珍鱼科 Argentinidae
深海鲑科 Bathylagidae
小口兔鲑科 Microstomatidae
后肛鱼科 Opisthoproctidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
南乳鱼目 Galaxiiformes
南乳鱼科 Galaxiidae
鲑形目 Salmoniformes
鲑科 Salmonidae
白鲑亚科 Coregoninae
茴鱼亚科 Thymallinae
鳟亚科 Salmoninae
狗鱼目 Esociformes
†古狗鱼科 Palaeoesocidae
狗鱼科 Esocidae
泥狗鱼科 Umbridae
巨口鱼亚群 Stomiati
胡瓜鱼目 Osmeriformes
†科 Spaniodontidae
后鳍鱼亚目 Retropinnoidei
后鳍鱼科 Retropinnidae
胡瓜鱼亚目 Osmeroidei
胡瓜鱼科 Osmeridae
香鱼科 Plecoglossidae
银鱼科 Salangidae
巨口鱼目 Stomiiformes
钻光鱼亚目 Gonostomatoidei
钻光鱼科 Gonostomatidae
巨口鱼亚目 Stomiatoidei
光器鱼科 Phosichthyidae
褶胸鱼科 Sternoptychidae
穆氏暗光鱼亚科 Maurolicinae
褶胸鱼亚科 Sternoptychinae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
巨口鱼科 Stomiidae
新真骨鱼亚群 Neoteleostei
辫鱼下群 Ateleopodia
辫鱼目 Ateleopodiformes
辫鱼科 Ateleopodidae
宽鳍下群 Eurypterygia
圆鳞派 Cyclosquamata
仙女鱼目 Aulopiformes
帆蜥鱼亚目 Alepisauroidei
帆蜥鱼科 Alepisauridae
法老鱼科 Anotopteridae
齿口鱼科 Evermannellidae
锤颌鱼科 Omosudidae
魣蜥鱼科 Paralepididae
珠目鱼科 Scopelarchidae
†多椎鱼科 Polymerichthyidae
青眼鱼亚目 Chlorophthalmoidei
深海似蜥鱼科 Bathysauroididae
深海九棍鱼科 Bathysauropsidae
青眼鱼科 Chlorophthalmidae
炉眼鱼科 Ipnopidae
大鳞蜥鱼科 Notosudidae
†矛齿鱼亚目 Enchodontoidei
†甘松王鱼属 Nardorex
†塞里鳞鱼属 Serrilepis
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†耶卜鲁德鱼属 Yabrudichthys
†迷鳞鱼科 Apateopholidae
†白垩鱼科 Cimolichthyidae
†鲸咽鱼科 Dercetidae
†层齿鱼科 Stratodontidae
†矛齿鱼科 Enchodontidae
†科 Halecidae
†科 Ichthyotringidae
†锯鳞鱼科 Prionolepididae
巨尾鱼亚目 Giganturoidei
深海蜥鱼科 Bathysauridae
巨尾鱼科 Giganturidae
合齿鱼亚目 Synodontoidei
仙女鱼科 Aulopidae
副仙女鱼科 Paraulopidae
拟毛背鱼科 Pseudotrichonotidae
合齿鱼科 Synodontidae
栉鳞派 Ctenosquamata
灯笼鱼亚派 Scopelomorpha
灯笼鱼目 Myctophiformes
灯笼鱼科 Myctophidae
新灯笼鱼科 Neoscopelidae
棘鳍亚派 Acanthomorphata
月鱼类 Lampridacea
月鱼目 Lampriformes
†属 Bathysoma
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†巴哈鱼属 Bajaichthys
†甘松旗月鱼属 Nardovelifer
†属 Palaeocentrotus
†土庫曼魚科 Turkmenidae
旗月鱼科 Veliferidae
月鱼科 Lamprididae
亚目 Taeniosomi
冠带鱼科 Lophotidae
异尾带鱼科 Radiicephalidae
粗鳍鱼科 Trachipteridae
皇带鱼科 Regalecidae
须鳂类 Polymixiacea
†目 Pattersonichthyiformes
†栉棱鳀目 Ctenothrissiformes
†管鳞鱼科 Aulolepidae
†栉棱鳀科 Ctenothrissidae
须鳂目 Polymixiiformes
†属 Cumbaaichthys
†科 Boreiohydriidae
†科 Digoriidae
须鳂科 Polymixiidae
副棘鳍类 Paracanthomorphacea
鲑鲈目 Percopsiformes
†属 Percopsiformorum
†属 Lateopisciculus
鲑鲈亚目 Percopsoidei
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†科 Libotoniidae
鲑鲈科 Percopsidae
奇肛鲈亚目 Aphredoderoidei
奇肛鲈科 Aphredoderidae
洞穴鱼科 Amblyopsidae
†楔头鲈目 Sphenocephaliformes
†楔头鲈科 Sphenocephalidae
海鲂目 Zeiformes
科 Cyttidae
菱的鲷科 Grammicolepididae
高的鲷科 Oreosomatidae
准的鲷科 Parazenidae
†科 Sorbinipercidae
的鲷科 Zeidae
甲眼的鲷科 Zeniontidae
鞭尾鱼目 Stylephoriformes
鞭尾鱼科 Stylephoridae
鳕形目 Gadiformes
海鰗鳅科 Bregmacerotidae
多丝真鳕科 Euclichthyidae
鳕科 Gadidae
江鳕科 Lotidae
鼠尾鳕科 Macrouridae
底尾鳕亚科 Bathygadinae
鼠尾鳕亚科 Macrourinae
卵头鳕亚科 Macrouroidinae
颞孔鳕亚科 Trachyrincinae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
黑鳕科 Melanonidae
梭鳕科 Merlucciidae
稚鳕科 Moridae
南极鳕科 Muraenolepididae
褐鳕科 Phycidae
真棘鳍类 Euacanthomorphacea
金眼鲷亚类 Berycimorphaceae
金眼鲷目 Beryciformes
金眼鲷亚目 Berycoidei
金眼鲷科 Berycidae
大鳞鲷科 Melamphaidae
奇鲷亚目 Stephanoberycoidei
须仿鲸科 Barbourisiidae
仿鲸科 Cetomimidae
红口仿鲸科 Rondeletiidae
奇鲷科 Stephanoberycidae
吉伯鲷科 Gibberichthyidae
粗鳞鲷科 Hispidoberycidae
燧鲷目 Trachichthyiformes
狼牙鲷科 Anoplogastridae
黑银眼鲷科 Diretmidae
灯眼鱼科 Anomalopidae
松球鱼科 Monocentridae
燧鲷科 Trachichthyidae
金鳞鱼亚类 Holocentrimorphaceae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
金鳞鱼目 Holocentriformes
金鳞鱼科 Holocentridae
鲈形亚类 Percomorphaceae
鼬鱼系 Ophidiimopharia
鼬鱼目 Ophidiiformes
鼬鱼亚目 Ophidioidei
隐鱼科 Carapidae
鼬鱼科 Ophidiidae
深海鼬鱼亚目 Bythitoidei
深海鼬鱼科 Bythitidae
裸鼬鱼科 Aphyonidae
副鬚鼬魚科 Parabrotulidae
蟾鱼系 Batrachoidimopharia
蟾鱼目 Batrachoidiformes
蟾鱼科 Batrachoididae
蟾鱼亚科 Batrachoidinae
小孔蟾鱼亚科 Halophryninae
光蟾鱼亚科 Porichthyinae
海蟾鱼亚科 Thalassophryninae
虾虎鱼系 Gobiomopharia
钩头鱼目 Kurtiformes
钩头鱼科 Kurtidae
天竺鲷科 Apogonidae
天竺鲷亚科 Apogoninae
拟天竺鲷亚科 Pseudaminae
虾虎鱼目 Gobiiformes
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
丝鳍鱚亚目 Trichonotoidei
丝鳍鱚科 Trichonotidae
虾虎鱼亚目 Gobioidei
溪鳢科 Rhyacichthyidae
沙塘鳢科 Odontobutidae
澳洲大口塘鳢科 Milyeringidae
塘鳢科 Eleotridae（包含旧有的扁头鰕虎科 Xenisthmidae）
海塘鳢科 Thalasseleotrididae
背眼虾虎鱼科 Oxudercidae
背眼虾虎鱼亚科 Oxudercinae
近盲虾虎鱼亚科 Amblyopinae
拟虾虎鱼亚科 Gobionellinae
双盘虾虎鱼亚科 Sicydiinae
虾虎鱼科 Gobiidae（包含原有的蚓鰕虎科 Microdesmidae、沙鰕虎科 Kraemeriidae及辛氏鱼科 Schindleriidae）
瘤虾虎鱼亚科 Benthophilinae
虾虎鱼亚科 Gobiinae
鲭形系 Scombrimopharia
海龙鱼目 Syngnathiformes
海龙鱼亚目 Syngnathoidei
沟口鱼科 Solenostomidae
海龙科 Syngnathidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
海马亚科 Hippocampinae
海龙亚科 Syngnathinae
管口鱼科 Aulostomidae
烟管鱼科 Fistulariidae
虾鱼科 Centriscidae
鹬嘴鱼科 Macroramphosidae
䲗亚目 Callionymoidei
蜥䲗科 Draconettidae
䲗科 Callionymidae
须鲷亚目 Mulloidei
须鲷科 Mullidae
飞角鱼亚目 Dactylopteroidei
飞角鱼科 Dactylopteridae
海蛾鱼科 Pegasidae
鲭形目 Scombriformes
澳洲鲑鲈科 Arripidae
乌鲂科 Bramidae
鬣鱼科 Caristiidae
叉齿鱚科 Chiasmodontidae
蛇鲭科 Gempylidae
贫骨鱼科 Icosteidae
扁鲹科 Pomatomidae
长鳍带䲠科 Scombrolabracidae
带鱼科 Trichiuridae
等鳍叉尾带鱼亚科 Aphanopodinae
叉尾带鱼亚科 Lepidopodinae
带鱼亚科 Trichiurinae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
鲭科 Scombridae
腹翼鲭亚科 Gasterochismatinae
鲭亚科 Scombrinae
鯥科 Scombropidae
阿玛鲳科 Amarsipidae
长鲳科 Centrolophidae
圓鯧科 Nomeidae
無齒鯧科 Ariommatidae
方尾鯧科 Tetragonuridae
鯧科 Stromateidae
鲹形系 Carangimopharia
攀鲈亚系 Anabantaria
攀鲈目 Anabantiformes
南鲈亚目 Nandoidei
棕鲈科 Badidae
南鲈科 Nandidae
锯鳞鲈科 Pristolepididae
鳢亚目 Channoidei
鳢科 Channidae
攀鲈亚目 Anabantoidei
攀鲈科 Anabantidae
沼口鱼科 Helostomatidae
丝足鲈科 Osphronemidae
格斗鱼亚科 Belontiinae
梭头鲈亚科 Luciocephalinae
斗鱼亚科 Macropodinae
丝足鲈亚科 Osphroneminae
合鳃目 Synbranchiformes
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
甲棘背鱼亚目 Indostomoidei
甲棘背鱼科 Indostomidae
棘鳅亚目 Mastacembeloidei
裸鳅科 Chaudhuriidae
棘鳅科 Mastacembelidae
合鳃鱼亚目 Synbranchoidei
合鳃鱼科 Synbranchidae
鲹形亚系 Carangaria
鲹形目 Carangiformes（并系群）
鲹科 Carangidae
鱰科 Coryphaenidae
䲟科 Echeneidae
丝帆鱼科 Nematistiidae
海鲡科 Rachycentridae
旗鱼目 Istiophoriformes
剑旗鱼科 Xiphiidae
旗鱼科 Istiophoridae
†海明威鱼科 Hemingwayidae
†古喙鱼科 Palaeorhynchidae
†波氏鱼科 Blochiidae
鲽形目 Pleuronectiformes
鳒亚目 Psettodoidei
鳒科 Psettodidae
鲽亚目 Pleuronectoidei
棘鲆总科 Citharoidea
棘鲆科 Citharidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
鲽总科 Pleuronectoidea
菱鲆科 Scophthalmidae
牙鲆科 Paralichthyidae
鲽科 Pleuronectidae
鲆科 Bothidae
鳎总科 Soleoidea
牙鲽科 Pleuronectidae
瓦鲽科 Poecilopsettidae
菱鲽科 Rhombosoleidae
无臂鲆科 Achiropsettidae
冠鲽科 Samaridae
无臂鳎科 Achiridae
鳎科 Soleidae
舌鳎科 Cynoglossidae
地位未定 incertae sedis
金梭鱼科 Sphyraenidae
锯盖鱼科 Centropomidae
乳香鱼科 Lactariidae
滨鲑科 Leptobramidae
眼眶鱼科 Menidae
马鲅科 Polynemidae
射水鱼科 Toxotidae
卵附亚系 Ovalentaria
银汉鱼总目 Atherinomorphae
银汉鱼目 Atheriniformes
银汉鱼科 Atherinidae
拟银汉鱼科 Atherinopsidae
皮杜银汉鱼科 Bedotiidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
牙银汉鱼科 Dentatherinidae
虹银汉鱼科 Melanotaeniidae
浪花鱼科 Notocheiridae
精器鱼科 Phallostethidae
似鲻银汉鱼科 Pseudomugilidae
沼银汉鱼科 Telmatherinidae
鳉形目 Cyprinodontiformes
单唇鳉亚目 Aplocheiloidei
單唇鱂科 Aplocheilidae（包含假鰓鱂科 Nothobranchiidae、溪鱂科 Rivulidae）
鲤齿亚目 Cyprinodontoidei
底鳉总科 Funduloidea
深鳉科 Profundulidae
谷鳉科 Goodeidae
底鳉科 Fundulidae
瓦伦鳉总科 Valencioidea
瓦伦鳉科 Valenciidae
鲤齿鳉总科 Cyprinodontoidea
鲤齿鳉科 Cyprinodontidae
花鳉总科 Poecilioidea
四眼鱼科 Anablepidae。
花鳉科 Poeciliidae
鹤鱵目 Beloniformes
异鳉亚目 Adrianichthyoidei
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
异鳉科 Adrianichthyidae
鹤鱵亚目 Belonoidei
秋刀鱼总科 Scomberesocoidea
鹤鱵科 Belonidae
秋刀鱼科 Scomberesocidae
飞鱼总科 Exocoetoidea
飞鱼科 Exocoetidae
鱵科 Hemiramphidae
异鳞鱵科 Zenarchopteridae
鲻形总目 Mugilomorphae
鲻形目 Mugiliformes
鲻科 Mugilidae
慈鲷总目 Cichlomorphae
慈鲷目 Cichliformes
慈鲷科 Cichlidae
裸鳗鳚科 Pholidichthyidae
鳚形总目 Blenniimorphae 
鳚形目 Blenniiformes
鳚科 Blenniidae
旗鳚科 Chaenopsidae
矶鳚科 Clinidae
柄眼鱼科 Dactyloscopidae
新矶鳚科 Labrisomidae
三鳍鳚科 Tripterygiidae
喉盘鱼目 Gobiesociformes
喉盘鱼科 Gobiesocidae
地位未定 incertae sedis
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
双边鱼科 Ambassidae
鳗鲷科 Congrogadidae
海鲫科 Embiotocidae
蓝纹鲈科 Grammatidae
后颌鱼科 Opistognathidae
鮗科 Plesiopidae
叶鲈科 Polycentridae
雀鲷科 Pomacentridae
拟雀鲷科 Pseudochromidae
真鲈形系 Eupercaria
银鲈目 Gerreiformes
银鲈科 Gerreidae
䲢形目 Uranoscopiformes
玉筋鱼科 Ammodytidae
冬鱚科 Cheimarrhichthyidae
虎鱚科 Pinguipedidae
䲢科 Uranoscopidae
隆头鱼目 Labriformes 
隆头鱼科 Labridae
狼鲈目 Moroniformes
白鲳目 Ephippiformes
帘鲷科 Drepaneidae
白鲳科 Ephippidae
蝴蝶鱼目 Chaetodontiformes
蝴蝶鱼科 Chaetodontidae
鲾科 Leiognathidae
刺尾鲷目 Acanthuriformes
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
刺尾鲷科 Acanthuridae
鲯鲭科 Luvaridae
镰鱼科 Zanclidae
笛鲷目 Lutjaniformes
石鲈科 Haemulidae
笛鲷科 Lutjanidae（包含乌尾鮗科 Caesionidae）
松鲷目 Lobotiformes
拟松鲷科 Datnioididae
髭鲷科 Hapalogenyidae
松鲷科 Lobotidae
鲷形目 Spariformes
龙占鱼科 Lethrinidae
金线鱼科 Nemipteridae
鲷科 Sparidae（包含长身鲷科 Centracanthidae）
金钱鱼目 Scatophagiformes
金钱鱼科 Scatophagidae
大眼鲷目 Priacanthiformes
大眼鲷科 Priacanthidae
赤刀鱼科 Cepolidae
菱鲷目 Caproiformes
菱鲷科 Caproidae
鮟鱇目 Lophiiformes
鮟鱇亚目 Lophioidei
鮟鱇科 Lophiidae
躄鱼亚目 Antennarioidei
躄鱼科 Antennariidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
四臂躄鱼科 Tetrabrachiidae
鱇躄鱼科 Lophichthyidae
臂钩躄鱼科 Brachionichthyidae
单棘躄鱼亚目 Chaunacoidei
单棘躄鱼科 Chaunacidae
棘茄鱼亚目 Ogcocephalioidei
棘茄鱼科 Ogcocephalidae
角鮟鱇亚目 Ceratioidei
刺鮟鱇科 Centrophrynidae
角鮟鱇科 Ceratiidae
鞭冠鮟鱇科 Himantolophidae
双角鮟鱇科 Diceratiidae
黑角鮟鱇科 Melanocetidae
奇鮟鱇科 Thaumatichthyidae
梦角鮟鱇科 Oneirodidae
新角鮟鱇科 Neoceratiidae
长鳍鮟鱇科 Caulophrynidae
巨棘角鮟鱇科 Gigantactinidae
须角鮟鱇科 Linophrynidae
魨形目 Tetraodontiformes
†刺箱魨亞目 Plectocretacicoidei
†白堊三刺魨科 Cretatriacanthidae
†刺箱魨科 Plectocretacicidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
†原三刺魨科 Protriacanthidae
三齒魨亞目 Triodontoidei
三齒魨科 Triodontidae
三棘魨亞目 Triacanthoidei
擬三棘魨科 Triacanthodidae
三棘魨科 Triacanthidae
箱魨亞目 Ostracioidea
†棘刺魨科 Spinacanthidae
六稜箱魨科 Aracanidae
箱魨科 Ostraciidae
鱗魨亞目 Balistoidei
†波卡鱗魨科 Bolcabalistidae
†Moclaybalistidae科
鱗魨科 Balistidae
單棘魨科 Monacanthidae
四齒魨亞目 Tetraodontoidei
†Avitoplectidae科
†Balkariidae科
†始辮魨科 Eoplectidae
翻車魨科 Molidae
四齒魨科 Tetraodontidae
二齒魨科 Diodontidae
†略魨科 Zignoichthyidae
拟金眼鲷目 Pempheriformes
发光鲷科 Acropomatidae
扁棘鲷科 Banjosidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
深海鲱科 Bathyclupeidae
鳄齿鱚科 Champsodontidae
無棘䲁科 Creediidae
深海天竺鲷科 Epigonidae
叶鲷科 Glaucosomatidae
尖棘鲷科 Howellidae
花鲈科 Lateolabracidae
巨棘鲈科 Ostracoberycidae
拟金眼鲷科 Pempheridae
五棘鲷科 Pentacerotidae
鱸鰧科 Percophidae〔此科为多系群，原模式属鲈䲢属（Perchophis）现被归入鲈形目的南极鱼亚目，还有许多属被归入双犁鱼科（属于鲀形目）及鲬状鱼科（属于鲈形目），其余的属也将继续归入新的科。〕
多锯鲈科 Polyprionidae
愈齿鲷科 Symphysanodontidae
双犁鱼科 Hemerocoetidae
狭视鱼科 Leptoscopidae
日鲈目 Centrarchiformes
日鲈亚目 Centrarchoidei
太阳鱼科 Centrarchidae
倭太阳鱼科 Elassomatidae
姥鲈科 Enoplosidae
鳜科 Sinipercidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
䱵亞目 Cirrhitoidei（=䱵總科 Cirrhitoidea）
單指䱵科 Aplodactylidae
唇指䱵科 Cheilodactylidae
絲鰭䱵科 Chironemidae
䱵科 Cirrhitidae
婢䱵科 Latridae
真鲈亚目 Percichthyoidei
真鲈科 Percichthyidae
九斑鲈亚目 Percalatoidei
九斑鲈科 Percalatidae
亚目 Terapontoidei
双帆鱼科 Dichistiidae
鱾科 Girellidae
汤鲤科 Kuhliidae
舵鱼科 Kyphosidae
石鲷科 Oplegnathidae
鯻科 Terapontidae
蝎鱼科 Scorpididae
真鲈形目 Perciformes
鲬状鱼亚目 Bembropoidei
鲬状鱼科 Bembropidae
杜父鱼亚目 Cottoidei
裸盖鱼下目 Anoplopomatales
裸盖鱼科 Anoplopomatidae
杜父鱼下目 Cottales
八角鱼科 Agonidae
杜父魚科 Cottidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
圆鳍鱼科 Cyclopteridae
乔氏杜父鱼科 Jordaniidae
狮子鱼科 Liparidae
隐棘杜父鱼科 Psychrolutidae
钩吻杜父鱼科 Rhamphocottidae（包含旋杜父鱼科 Ereuniidae）
鲉杜父鱼科 Scorpaenichthyidae
毛齿鱼科 Trichodontidae
棘背鱼下目 Gasterosteales
管吻鱼科 Aulorhynchidae
棘背鱼科 Gasterosteidae
裸玉筋鱼科 Hypoptychidae
六线鱼下目 Hexagrammales
六线鱼科 Hexagrammidae
栉鳍鱼下目 Zaniolepidoales
栉鳍鱼科 Zaniolepididae
绵鳚下目 Zoarcales
狼鳚科 Anarhichadidae
深海鳚科 Bathymasteridae
隐棘鳚科 Cryptacanthodidae
锦鳚科 Pholidae
线鳚科 Stichaeidae
船首鳚科 Zaproridae
绵鳚科 Zoarcidae
美冠鳚科 Eulophiidae
翎鳚科 Ptilichthyidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
蝮鳚科 Scytalinidae
诺曼鱼亚目 Normanichthyoidei
诺曼鱼科 Normanichthyidae
鲈亚目 Percoidei
东洋鲈科 Niphonidae
河鲈科 Percidae
龙䲢科 Trachinidae
牛尾鱼亚目 Platycephaloidei（=鲬亚目 Bembroidei）
赤鲬科 Bembridae
针鲬科 Hoplichthyidae
短鯒科 Parabembridae
牛尾鱼科 Platycephalidae
平头鲉科 Plectrogeniidae
鲉亚目 Scorpaenoidei
须蓑鲉科 Apistidae
绒皮鲉科 Aploactinidae
前鳍鲉科 Congiopodidae
埃氏绒鲉科 Eschmeyeridae
红绒鲉科 Gnathanacanthidae
新平鲉科 Neosebastidae
奇矮鲉科 Pataecidae
大吻前鳍鲉科 Perryenidae
鲉科 Scorpaenidae
平鲉科 Sebastidae
囊头鲉科 Setarchidae
毒鲉科 Synanceiidae
魚類分類表 有颌下门 Gnathostomata
真裸皮鲉科 Tetrarogidae
镰吻鲉科 Zanclorhynchidae
鮨亞目 Serranoidei
鮨科 Serranidae
南極魚亞目 Notothenioidei
阿氏龙䲢科 Artedidraconidae
渊龙䲢科 Bathydraconidae
牛鱼科 Bovichtidae
鳄冰鱼科 Channichthyidae
油南极鱼科 Eleginopsidae
棘劫鱼科 Harpagiferidae
南极鱼科 Nototheniidae
拟牛鱼科 Pseudaphritidae
鲈䲢科 Percophidae
魴亞目 Triglioidei
黃魴鮄科 Peristediidae
魴鮄科 Triglidae
地位未定 incertae sedis
丽花鮨科 Callanthiidae
拟鲉鲈科 Centrogenyidae
谐鱼科 Emmelichthyidae
弱棘鱼科 Malacanthidae
银鳞鲳科 Monodactylidae
狼鲈科 Moronidae
盖刺鱼科 Pomacanthidae
金钱鱼科 Scatophagidae