慕尼黑城市快铁 历史
2003年1月，作为实现10分钟间隔项目的一部分，还启动了另一个大型快铁建设项目：即在帕辛和洛伊希滕贝格环路之间的主线铁路上安装一套新的信号系统。为此，主线隧道至2004年2月之前，于夜间以及周末都无法通行，只能提供地面的巴士替代服务。此外，在多纳斯贝格桥附近和火车东站旁还建造了带有子中心的全新电子信号所（ESTW），并由多纳斯贝格桥附近的控制中心负责操作。
自2004年秋季以来，快铁主线上的列车运行已全面采用LZB CIR-ELKE系统。这种信号技术允许列车以非常密集的序列在电子视图上行驶。通过LZB驾驶室信号装置，主线隧道的通行能力从灯光信号的每小时24班提升至30班列车，对于计划在2004年12月就部分快铁线路实施高峰时段的10分钟间隔而言，这项扩容是非常必要的。
为了能够满足24秒至42秒的图定停站时间，主线上的全部13座站点都将在高峰时段各部署两名职员对旅客进行疏导。
随着2004年12月12日的运行图调整，S4线从迈萨赫至措尔讷丁以及S5线从盖默灵-下普法芬霍芬至代森霍芬区间在高峰时段都建立了10分钟间隔，列车通行的数量也从以往的每小时三班翻倍至六班。自2005年12月12日起，S2线的西段至达豪区间也提供钟面时刻的增倍。
至2007年，联邦政府、州政府及铁路部门共投入20亿欧元用于路线网络的改造。
2001年，原本由德铁区域运输运营的慕尼黑快铁在德国铁路集团内部成立为独立的有限责任公司，然而至2005年11月1日又重新并入德铁区域运输。
1998年8月，联邦政府、巴伐利亚州和德国铁路决定推进一项所谓的“2.66亿欧元一揽子计划（）”，于该项目的框架内商定了在可预见的未来引入十分钟间隔的可行性，并于1998年底签订融资协议。其核心是对帕辛至东站间的控制和安全技术进行现代化改造，包括安装线性列车控制系统。在2001年至2005年期间，作为2.66亿欧元计划的一部分，外部路线的复线改造工程也持续展开。此外，两座新的快铁车站分别于2001年6月10日在施塔恩贝格北（S6西线）和2005年12月11日在下门钦（S2西线）建成通车。在项目的财务框架内，外部路线上的一些既有站点仍然可以进行无障碍设施改造。2005年11月21日，S8机场线在约翰內斯基兴至伊斯马宁之间、即下弗灵境内的路段被迁移至地下，这是应该市镇的要求兴建了新的下弗灵地下车站。2009年12月13日，快铁主线在在莱姆和多纳斯贝格桥之间的鹿园旁设立了一座新的车站。
在2012年6月、7月和8月，主线铁路于七个周末封闭，以翻新地上区域的轨道设施。主线上27个轉轍器中的18个都配备了加热器，以防止冬天结冰。此外，一些隧道车站还更新了消防系统，在电动扶梯设立了新的玻璃结构，以避免在火灾发生时烟雾的蔓延。在封闭期间，则提供巴士替代服务，S8线也经由南环铁路迂回运行。由于缺乏资金，并非所有的转辙器都可以配备加热器，并且消防系统的安装尚未完成，因此在2013年的夏季和秋季，主线封闭仍然继续实施。这段时期主要是对多纳斯贝格桥站进行现代化改造和安装无障碍升降机。封闭于2013年7月22日开始，一直持续至同年12月20日。其中在夏季的六个周末，主线完全闭锁并提供巴士替代服务；其余的周末，则在帕辛至东站以及哈克桥至东站间维持20分钟一班的通勤快铁服务。多纳斯贝格桥站余下的工程于2014年3月至6月进行，需要在周末和晚交通期间再次封闭。为此，有两个周末在帕辛至哈克桥间除了通勤快铁服务外，还提供巴士替代服务。
2013年9月14日，弗赖哈姆站在S8线上建成通车，它将联结至新的弗赖哈姆居民区。站址位于已在1975年废弃的原弗赖哈姆站以东一千米处。这项建设工作是于2012年6月12日开始的。
2013年12月15日，从火车总站至代森霍芬的S27线停运，这段路程由巴伐利亚高地铁路半小时一班开行的梅里迪安列车接替，它们将在高峰时段经由霍尔茨基兴及曼格法尔河谷铁路延长至罗森海姆运行。此外，S20线的起讫站也由代森霍芬转移至伊萨尔河谷铁路上的赫尔里格尔斯克罗伊特。因此，慕尼黑－霍尔茨基兴铁路在索尔恩至代森霍芬区间将不再提供快铁列车服务。
2014年，先前由A线行驶的达豪－阿尔托明斯特铁路完成电气化改造。此外，还在巴赫恩和施瓦布豪森间的的会让路段建造了复线以及在埃尔德韦格设立另一座换乘站。规划审批程序于2013年1月完成。从2014年4月28日至12月13日，达豪至阿尔托明斯特间的A线因电气化工程而停运，而原本由628型动车组担当的列车服务则改为巴士替代服务。改造完成后，路线于2014年12月14日开始通电。高峰时段的每小时1班频率自此可以提供30分钟间隔。该路线是作为S2线的支线运营。其最终的成本预计约为4700万欧元。工程原本规划于2012年开建，至2013年完工。
自2016年12月调图以来，原本已于周一至周四高峰时段提供的10分钟间隔也于周五提供。这意味着增加了总计逾100次或每条线路最多23次的额外行程。
自2024年12月15日起，全新的S5线服务开始在帕辛-十字街站之间运行，同时原S7线缩短至慕尼黑火车总站并改由施塔恩贝格翼站始发终到。
巴伐利亚铁路公司于2017年6月16日就慕尼黑快铁网络的运输服务展开全欧洲范围内的招标。在运营的第一阶段，最早从2019年12月开始，每年应提供约2130万车公里的运力。随着第二主线建成通车（推测约为2026年12月）而开始的第二运营阶段，运力将显著提高。确切的合同期限有待进一步磋商，约从2027年12月至最晚2034年12月结束。运输承办商将在期限内采购新车，所需资金由巴伐利亚州提供，并在合同结束后交予下一个承办商。初期允许使用自1993年以来交付的二手车。意向承办商的申请期截止日期为2018年3月23日。有批评称，招标条件是根据德国铁路的需求而制定。
423型动车组自2018年7月开始更新换代。所有动车组应至2020年底完成现代化改造。
对于旅客而言，现代化的车辆可以通过彩色的LED外部显示器、内饰的变化以及内部的大型显示屏幕来识别。列车进行现代化改造，是由于其之前的版本为旅客提供的空间太小。此问题将通过在每组座位中移除一个座位来解决。
在1988年的除夕，一名火车司机驾驶列车从慕尼黑驶至埃伯斯贝格后，未使用制动器便离开。这列没有载客420型动车组随即在大坡度的路线上溜动。它溜动至瓦瑟堡车站，调度员在那里能够将其引入一条停车线。
2003年8月16日，诺伊法恩发生了一起严重事故：一组S1线列车按计划拆编为两组，分别前往弗赖辛和机场。由于一连串不利情况（包括大雾、诺伊法恩车站在建工程的失误、由于主线施工而错误分配的控制代码等），后组列车以约50公里/小时的速度与前组列车相撞。约二十余名旅客受伤，碰撞端的列车司机被夹住并严重受伤。由此造成的经济损失达数百万。两组涉事动车组（423 225号及423 227号）经过约两年的维修后才重新投入使用。
2004年5月8日，一组快铁列车（423 190号）在洛伊希滕贝格环路站与一台工程车相撞，因后者忽视了多个停车指示信号。约110名旅客中有54人受伤，其中7人伤势严重。
2008年11月3日傍晚，第一个也是唯一一个婴儿在帕辛站附近的S8线快铁列车上出生。作为生日礼物，德国铁路赠予其终身免费搭乘慕尼黑快铁所有列车的权利。
2009年9月12日，多米尼克·布鲁纳在快铁索尔恩站遭两名年轻人谋杀。此前，他希望保护四名学生免受那些意图勒索的青少年的威胁。由于伤势严重，他在大哈登医院因心脏骤停而死亡。在接下来的几天里，布鲁纳获颁多项荣誉，之后还以其名字成立了见义勇为基金会。
2013年2月21日傍晚，一辆挂装的汽车运输车在埃默灵的平交道口上被S4线的一列快铁列车撞毁并撕成碎片。62岁的运输车司机被飞溅的碎块击中而致死。尽管两组快铁车辆（423 125号和423 143号）遭到了严重破坏，但驾驶员仍然完好无损。只有一名旅客受到轻伤，可就地进行护理。两组快铁车辆经过数月的维修后于2013年8月重新投入使用。
2014年5月7日，奥尔兴发生了一起严重事故：一列快铁列车与一台双向挖掘机的吊臂发生冲突。列车以大约100公里/小时的速度行驶，被挖斗击中并严重受损。由于当时是空驶，没有乘客受伤；但列车驾驶员身负重伤需要进行救护。受损严重的车辆（423 206号）在完成所有的调查措施后被解除管制，并可由制造商修复。经过广泛的试运行和路试后，该车辆自2017年9月起重新投入载客运行。