두 황제 문제 신성 로마 제국-비잔티움 제국 분쟁
콘스탄티노폴리스 황제의 로마적 성격을 포용한다는 것은 라틴 황제들의 제국 이전(translatio imperii)이라는 개념과 충돌했을 것이다. 더욱이 라틴 황제들은 신성 로마 황제들이 주장할 수 없는 권위인 Deo coronatus(이전에 비잔티움의 황제들이 그러했던 것처럼)을 주장했는데, 이 권위를 신성 로마 황제들이 주장하지 못했던 것은 대관식을 교황에게 의존하고 있었기 때문이다. 라틴 황제들이 신성 로마 제국을 진정한 로마 제국으로 인정했음에도 불구하고 그들은 적어도 신성 로마 황제들과의 동등한 지위를 주장했다. 1207~1208년 라틴 황제 앙드 1세는 신성 로마 제국에서 선출된 로마 황제(rex Romanorum)의 동생인 필리프 폰 슈바벤 공작의 딸과의 결혼을 제안했지만 신성 로마 제국 내부의 브라운슈바이크의 오토와의 지속적인 경쟁으로 인해 필리프 폰 슈바벤 공작은 신성 로마 황제가 되지 못했다. 필리프의 사절은 하인리히가 advena(낯선 사람, 외부인)이자 solo nomine imperator(이름뿐인 황제)이며, 필리프를 imperator Romanorum이고 suus dominus(그의 주인)으로 인정했을 경우에만 결혼이 승낙될 것이라고 대답했다. 결혼이 이루어지지 않았기 때문에, 라틴 황제들이 신성 로마 황제들에게 복종하는 것은 할 일로 여겨지지 않았을 것이다.
라틴 제국의 출현과 황제에 의해 촉진된 가톨릭 교회에 대한 콘스탄티노폴리스의 복종은 translatio imperii(제국의 이전)의 개념을 divisio imperii(제국의 분할)이라는 개념으로 수정하도록 만들었다. 교황 인노첸시오 3세에 의해 받아들여진 이 생각은 콘스탄티노폴리스를 제국의 권좌로, 그 통치자들을 합법적인 황제로 공식적으로 인정하는 것처럼 보였다. 라틴 제국은 서방에서 어떠한 종교적, 정치적 권위를 행사하려는 시도를 하지는 않았지만, 동유럽과 동지중해, 특히 라틴 황제들이 신성 로마 황제들의 영유권 주장을 반대했던 레반트 지역의 십자군 국가들에서 라틴 제국은 서방의 신성 로마 제국이 갖고 있던 것과 유사한 종교적, 정치적 지위를 강요했다.
1261년 미하일 8세 팔레올로고스 황제가 라틴 제국으로부터 콘스탄티노폴리스를 탈환하면서 교황권은 위신을 잃고 종교적 권위에 심각한 손상을 입었다. 다시 한 번 비잔티움인들은 로마 황제의 지위뿐만 아니라 로마를 중심으로 한 교회로부터 독립된 교회에 대한 권리를 주장했다. 미하일 황제의 통치 기간 동안 활동했던 교황들은 모두 비잔티움에 대한 종교적 권위를 주장하는 정책을 지속했다. 미하일은 교황이 서방에서 상당한 영향력을 행사하고 있다는 사실을 알고 있었기 때문에(그리고 1204년의 사건이 반복되는 것을 막기 위해서) 도시를 점령한 직후 당시 교황이던 우르바노 4세에게 사절단을 파견했다. 두 명으로 구성된 사절단은 이탈리아에 발을 딛자마자 즉시 투옥되어 한 명은 산 채로 가죽이 벗겨졌으며 다른 한 명은 간신히 콘스탄티노폴리스로 도망쳤다. 1266년부터 1282년 사망하기 전까지 미하일은 라틴 제국의 부활을 원하고 주기적으로 교황의 지원을 받던 시칠리아의 왕 카를루 1세로부터 지속적인 위협을 받았다.
미하일 8세와 팔레올로고스가에 속한 그의 황제 계승자들은 로마 교회와 동방 정교회를 재결합시키기를 원했는데, 이것의 주요한 이유는 미하일이 오직 교황만이 시칠리아의 왕 카를루 1세를 막을 수 있을 것이라고 생각했기 때문이다. 이를 위해 비잔티움 사절단은 1274년 제2차 리옹 공의회에 참석했으며, 콘스탄티노폴리스의 교회는 공식적으로 로마 교회와 200년이 넘는 세월 만에 재통합되어 친교를 회복했다. 콘스탄티노폴리스로 돌아온 뒤 미하일은 "당신은 프랑크인이 되었다"라는 조롱을 받았는데, 이 말은 현재까지 가톨릭으로 개종한 사람들을 조롱하는 그리스어 용어로 남아 있다. 이렇게 형성된 교회 연합은 비잔티움 신민들, 정교회의 성직자들, 심지어는 황실 내부에서도 매우 강한 반대를 일으켰다. 미하일의 여동생 에울로기아(Εὐλογία)와 에페이로스의 왕 니키포로스 1세 콤니노스 두카스의 아내인 에울로기아의 딸은 교회 연합에 반대하는 이들의 주요한 지도자 중 하나였다. 니키포로스 1세의 이복형 요한 1세 두카스, 심지어는 트라페준타 제국의 황제 요안니스 2세 콤니노스마저 반연합주의에 합류하여 콘스탄티노폴리스를 탈출하는 교회 연합에 반대하는 이들을 도왔다.
그럼에도 불구하고 연합 설립은 미하일의 주요 목표를 성공시켰다. 그것은 서방의 관점에서 미하일과 그의 후계자들을 콘스탄티노폴리스의 통치자로서 합법화한 것이다. 더욱이 아나톨리아의 잃어버린 지역을 되찾기 위한 십자군에 대한 미하일의 생각은 공의회에서 긍적적인 반응을 얻었다. 그러나 그러한 계획은 실행되지 않았다. 1281년 미하일이 파문당했을 때 교회 연합은 분열되었는데, 이것은 당시 교황이었던 마르티노 4세가 시칠리아의 왕 샤를로 1세에게 압력을 받았기 때문이다. 미하일의 죽음 이후, 시칠리아에서의 만종 사건과 앙주 가의 침공 위협이 가라앉자 미하일의 계승자인 안드로니코스 2세는 비잔티움 내에서 혐오를 받던 교회 연합을 재빨리 부인하고 거부했다. 미하일이 죽은 후 교황은 주기적으로 콘스탄티노폴리스에 대한 새로운 십자군을 고려하며 다시 한 번 로마 교회의 통치를 강요했지만 그러한 계획은 실제로 실행되지 않았다.
미하일 8세는 이전의 비잔티움 황제들과 달리 교황이 서한과 공의회에서 그를 '그리스인의 황제'라고 부르는 것을 항의하지 않았음에도 불구하고, 그의 보편적인 황제권 개념은 영향을 받지 않았다. 콘스탄티노폴리스가 빠르게 팽창하는 오스만 제국에 둘러싸인 1395년까지만 해도 콘스탄티노폴리스 총대주교 안토니오스 4세는 모스크바 대공 바실리 1세에게 보낸 편지에서 여전히 보편 제국의 개념을 언급하면서, '황제'를 칭하는 비잔티움 황제 이외의 사람들은 '불법'적이고 '부자연스럽다'고 말했다.
오스만 제국의 위험에 직면한 미하일의 계승 황제, 특히 요안니스 5세와 마누일 2세는 교회 연합을 회복시키려고 노력했지만, 이런 활동에 신민들은 크게 실망했다. 1439년 피렌체 공의회에서 비잔티움 황제 요안니스 8세는 비잔티움에 얼마 남지 않은 영토들에 대한 오스만 제국의 공격이 임박했음을 고려하여 교회 연합을 재확인했다. 그러나 이와 같은 행위는 비잔티움 신민들 스스로에게, 오스만 제국에 대항하는 위대한 서방 십자군을 약속한 교회 연합은 그들의 제국에 대한 사형 집행 영장이었다. 요안니스 8세는 신민들의 신앙과 그들의 전체 제국에 대한 이념과 세계관을 배반했다. 요안니스 8세의 노력의 결실인 약속된 십자군 원정은 1444년 바르나 전투에서 오스만 제국에게 패배하면서 재앙으로 끝났다.