한신·아와지 대진재 피해
수송력 확보를 위해 재개통 직후부터 임시 열차를 운행하여 5시 30분부터 21시까지 1시간당 1대에서 2대 꼴로 임시열차를 최대 42대 운행하였으며 특급 "기타킨키"도 증편하였다. 오사카역에서부터 출발하는 특급열차는 도카이도 신칸센과의 접속 때문에 3왕복은 신오사카역 발착으로 운전하고 이밖에도 기타킨키 15호 열차는 후쿠치야마역에서 와다야마역까지 연장 운행해 반탄선과 접속했다. 또한 JR 고베선이 전 노선 복구된 4월 1일 이후에도 4월 17일까지 신오사카역 연장운전을 2왕복하여 와다야마역까지 연장 운정하였다.
JR 고베선에서 운행되던 화물 열차의 우회 운행도 시작되었다. 하지만 후쿠치야마선이나 산안 본선의 와다야마역-고야마역 구간은 화물 열차를 운행하지 않았기 때문에 무거운 화물 열차를 매일 운전하는 데 문제가 있어 승무원 양성 및 설비 일부 개량 문제가 있었지만 후쿠치야마선, 산인 본선, 하쿠비선을 경유하는 우회 운행을 2월 11일부터 시작하였다. 화물 열차가 운행되지 않던 구간의 우회 운행 임무는 JR 서일본이 담당했다. 또한 운행 계획 일정에 맞춘 신 차량의 갑종회송도 3월 14일부터 8편, 특대 화물 2편을 우회 운행하였다.
아래는 노선 복구 연표이다.
JR의 고베역에서 도야마역으로 가는 슈퍼 카미나리토리 1호 열차가 다카토리역까지 회송 중 스미쇼시역에서 지진을 맞아 산노미야역 앞 700 m 지대에서 정차하고 10량 중 8량이 탈선되었다. 또한 슈푸르 하쿠바·도가이케 6호 열차와 니시아카시역발 교토역행 보통열차가 스미요시역과 산노미야역 사이 구간에서 탈선하였다. 역사의 피해도 컸다. JR 고베선의 롯코미치역과 신나가타역은 지진으로 붕괴되었으며, 다카토리역도 반파되었다.
산요 신칸센도 지진으로 총 8곳의 다리가 붕괴하거나 넘어지는 사고가 있었는데, 조사 결과 부실공사의 흔적이 발견되었다. 산요 신칸센은 지진 81일 후인 4월 8일 복구를 완료하였다. 도카이 여객철도(JR 도카이) 구간에서도 도카이도 신칸센의 게이한신 구간 교각에 균열이 발견되어 지진 직후 교토역-오사카역 간 구간은 시속 170km로 서행 운전하였다.
재해 지역 내에 있던 철도 노선 중 가장 남쪽에 있던 한신 본선은 히가시나다구와 나다구의 고가도로 구간에서 큰 피해를 입었다. 특히 미카게역 서쪽 유치선에 있던 차량이 크게 흔들려 손상되는 피해를 입었다. 한신 전기 철도 이시야가와 차고도 붕괴되어 전날 밤부터 유치되었던 다수의 차량이 붕괴된 차고에 깔려 파손되었다. 이는 고가도로 구간이 고도경제성장 시기인 1967년 준공된 다리로 내진구조가 충분하지 않았던 것이 큰 원인으로 꼽히고 있다. 또한 인근 구간에서 철교가 지상으로 떨어져 남북을 통과하는 여러 도로가 막혔다. 신자이케역 지역에서는 고가도로 아래 구간의 토지를 임대하기도 했기 때문에 복구 과정에서 임차인에게 철거 허가를 받기 위해 피난소를 돌며 허가를 받거나 인근 주민들에게 고가도로와 함께 자택의 잔해도 치워달라는 요청을 받기도 하였다. 한신 본선의 큰 피해로 이후 일본 각지의 교량의 붕괴 방지를 위한 보강공사가 이루어졌다.
산노미야 인근 지하 구간에서 운행 중이던 차량을 포함해 총 41량의 차량이 지진으로 파괴되어 한꺼번에 철거되면서 차고 자체를 한번에 철거한 뒤 이듬해까지 복구 공사가 이루어졌다. 이 때문에 JR이나 한큐 전철과 달리 한신 전기 철도는 복구차량 및 신규 차량 도입도 아마가사키 차고의 한계 용량에 맞춰 증차해야 해서 감편한 채로 운행을 시작해야 했다. 다른 사철들도 선로와 역에 여러 피해가 발생했으나 차량이 차고 1개 급의 피해를 입은 것은 한신 전철이 유일하다.
산요 전기 철도 히가시후타미역발 한큐 산노미야역행 6량 급행전철이 손님을 30명 태우고 운행하던 도중 고베고속선 동서선의 지하역인 다이카이역 90 m에서 지진을 맞아 시속 58 km로 주행 중 130 m 주행 후 정차하였다. 당시 "10초만 늦었더라도 붕괴된 터널에 깔렸을 것"이라는 증언이 나왔다. 또한 이 때 다이카이역이 완전 붕괴되었는데 고속도로와 마찬가지로 당시 "지하철은 지진에 강하다"는 인식이 있었지만 다이카이역은 연약지반 지대였고 진동에 흔들러 강한 진동으로 중간 기둥이 붕괴해 무너진 것으로 추정된다. 또한 한신 전기 철도 신카이치역발 오사카우메다역행 보통열차가 가스가노미치역에서 승하차 도중 지진을 맞아 승객 1명이 부사를 입기도 하였다.
한큐 이마즈선의 다카라즈카역발 니시노미야키타구치역행 보통열차가 다카라즈카역-다카라즈카미나미구치역 사이 구간에서 지진으로 탈선하는 사고가 발생했다. 무코강 교량 인근을 주행중이라 교량 위에서 지진을 맞았으면 큰 사고가 발생할 수 있었으나 큰 사고를 피했다. 또한 한큐 이타미선의 이타미역도 지진으로 역이 붕괴되어 역내 파출소에서 근무중이던 경찰관 1명이 사망하였다.
지진 직후 긴급하게 운행을 중단했던 각 사철들도 피해 복구 및 재개통을 시작하였다. 제일 먼저 호쿠신 급행 전철의 호쿠신선은 큰 피해를 입지 않아 지진 다음 날인 18일 재개통되었다. 고베 시영 지하철의 세이신·야마테선은 1월 18일부터 피해가 적었던 이타야도역-세이신추오역 구간이 재개통되었으며 2월 16일 일부 역을 통과 폐쇄시키면서도 전 선 재운행을 시작해 호쿠신선 직통선을 포함해 고베 시내에서 가장 빠르게 전 노선을 복구하였다.
고베 전철은 아오선(아오역에서 가코가와선과 연결)이 1월 19일 스즈란다이역-아오역 전 구간 재개통되었다. 아리마선(다니가미역에서 호쿠신선과 연결)은 1월 19일 스즈란다이역-아리마구치역 구간이 재개통되었으며 2월 7일 나가타역-스즈란다이역 구간이, 3월 31일 아리마구치역-아리마온센역 구간이 재개통되었다. 고엔토시선은 1월 19일 요코야마역-플라워 타운역 구간이 재개통되었으며 산다선도 1월 19일 아리마구치역-산다역 구간이 재개통되었다.
고베항은 시코쿠나 규슈 방면으로 향하는 페리들이 발착하는 지점이었지만 각 부두가 큰 피해를 입어 사용할 수 없었기 때문에 일시적으로 페리의 발착지를 오사카항 남항으로 바꿔 운행하였다.
육상 교통이 마비되어 시코쿠나 규슈 방면을 연결하는 주요 통로로 해상 교통을 사용하였다. 워터프론트의 지반이 함몰된 안벽에는 가설 부두를 설치하여 오사카-고베, 고베-니시노미야 간 단거리 임시항로도 정비해 대체 교통수단으로 피난민과 부흥지원자의 부담을 감소시켰다. 그 외에도 남아 있는 해안 부분을 이용해 의료 물자 반입 등도 활용하였다. 고베항은 지진 2년 후인 1997년 3월 31일 모든 부두 복구가 완료되었고 같은 해 5월 31일에는 '고베항 부흥선언'이 발표되었다.
흔들림이 심했던 오사카 국제공항에서는 지진으로 활주로와 유도로에 균열이 생겼으며 공항 터미널 건물도 외벽이 손상되었다. 지진 직전인 1994년 개항했던 간사이 국제공항에서도 공항 터미널 건물, 간사이 공항역, 주차장에 금이 가는 등 손상을 입었다. 하지만 두 공항 모두 항공기 운행에 큰 지장을 받진 않았다. 특히 피해 지역에 있던 오사카 국제공항에서는 경시청 및 도쿄 소방청, 자위대, 미군, 정부 전세기 기체 등이 구조 지원을 위해 착륙하였다. 또한 지진 당시 운용 제한 시간이었던 7시에서 21시 사이 외의 시간에도 21시 이후 임시편을 편성하는 특별조치를 시행해 복구물자를 받아냈다.