미요시씨 역사
미요시 산닌슈는 계속해서 노부나가에게 저항하였으나, 덴쇼(天正) 원년(1573년) 말까지 차례대로 패하고 흩어졌다(제2차 요도후루 성 전투). 또한 아시카가 요시아키를 숨겨주었다는 이유로 당주 ・ 미요시 요시쓰구까지도 같은 해 11월에 노부나가에게 공격당하였다(와카에 성 전투). 덴쇼 2년(1574년) 1월에 마쓰나가 히사히데가 오다 노부나가에게 항복하고 덴쇼 3년(1575년) 4월에는 혼간지의 지원을 받고 있던 셋쓰 니이보리 성(新堀城)의 소고 가즈유키(十河一行)、가자이 나가노부(香西長信)가 패사하고 가와치의 다카야 성에 있던 미요시 쇼간도 항복(다카야 성 전투), 미요시 씨는 미요시 나가요시가 쌓아올렸던 기나이에서의 세력을 완전히 상실하였다.
그 뒤 기나이로부터 완전히 철수한 아와 미요시 씨 당주 미요시 나가하루는 덴쇼 5년(1577년)에 조소카베 모토치카(長宗我部元親)의 조력을 얻은 호소카와 사네유키와 아와 아라타노(阿波荒田野)에서 싸워 전사하고, 나가하루의 죽음으로 아와에 남아 있던 아와 미요시 씨는 멸망하였다. 남아있던 미요시 일족은 사누키에서의 소고 마사야스(十河存保)뿐이었다. 그해 5월에 소고 마사야스가 아와 쇼즈이 성(勝瑞城)에 들어왔고, 동시에 미요시의 옛 영지였던 아와 ･ 사누키를 영유하는 것도 조소카베 모토치카나 오다 노부나가의 세력에 눌려 조소카베씨(長宗我部氏)에게 아와 일부를 침략당하였다. 거의 미요시 단독으로는 맞설 수 없을 정도로 세력을 떨치고 있던 조소카베 씨를 막을 수 없다는 것을 깨달은 마사야스는 오다 노부나가에게 항복, 오다 정권 산하의 다이묘가 되었다.
미요시 씨로써 살아남은 미요시 야스나가는 노부나가의 가신이 되어、가와치의 일부에 영지를 받았다. 야스나가는 당시 노부나가의 가신이었던 하시바 히데요시(羽柴秀吉)의 조카를 양자로 맞았는데、훗날 양자관계가 해소되어 이후 소식은 알 수 없게 되었다. 다카노 엣추(高野越中)、야스이 기나이(安井喜内)라고 하는 야스나가의 가신들은 와카에 8인중(若江八人衆)으로써 야스나가의 양자가 된 히데요시의 양자 히데쓰구(秀次)에게 출사하였다.
미요시 요시오키의 적남으로 원래대로 라면 미요시 적류 대우를 받아야했던 미요시 요시스케(三好義資)는 미요시 야스나가의 조카인 히라타 무라아키(横田村詮)를 의지해 미코(米子)로 옮겨갔다고 전해지고 있다. 그러나 미코 소동(米子騒動)으로 히라타 일족이 멸망당하고 요시스케의 아들 ・ 요시쓰구(義紹)도 이 전투 와중에 전사하였다고 한다. 살아남은 요시쓰구의 장남 ・ 요시노부는 성을 이나다(稲田)로 바꾸고 귀농했으며、둘째 아들 나가마사(長政)는 성을 바꾸고 조닌(町人)이 되었다고 한다.
소고 마사야스는 혼노지의 변(本能寺の変) 이후에 「미요시 요시카타」(三好義堅)로 이름을 바꾸고 미요시 씨를 계승할 의사를 표명하였으나 시코쿠 전역을 지배하고 있던 조소카베 씨의 공세를 버티지 못하고 덴쇼 12년(1584년) 6월에 소고 성(十河城)과 도라마루 성(虎丸城)은 조소카베 모토치카에 의해 함락, 마사야스는 오사카(大坂)의 하시바 히데요시를 의지해 내려갔다(제2차 소고 성 전투). 훗날 도요토미 씨(豊臣氏)에 의한 시코쿠 공격 이후의 국분(国分) 과정에서 사누키 국내에 영지를 받고 「소고 씨」(十河氏)의 이름으로 존속하게 되었는데 이는 동시에 히데요시의 방침에 의한 것으로 「미요시 씨」의 계승권을 부정한다는 것이었다. 그 지위도 도요토미 씨 휘하의 센고쿠 히데히사(仙石秀久)의 기기(寄騎), 라는 취급이었다. 그 뒤 마사야스는 덴쇼 14년(1586년)에 규슈 헤쓰기가와 전투(戸次川の戦い)에서 센고쿠 씨를 따라 종군하였으나 전사하고 개역당하였다. 마사야스의 적남 소고 지주마루(十河千松丸)는 사누키의 영지를 받은 이코마 지카마사(生駒親正)에게 길러졌으나 히데요시를 알현하고 나서 얼마 되지 않아 젊은 나이로 사망하였다. 게이초(慶長) 20년(1615년)에 마사야스의 아들 ・ 소고 마사히데(十河存英)는 오사카 여름의 진(大坂夏の陣)에서 전사하였다.
야스나가의 가신이었던 미요시 후사카즈(三好房一)도 히데요시에게 출사하여 세키가하라 전투(関ヶ原の戦い) 이후에는 에도 막부(江戸幕府)의 하타모토(旗本)가 되어 2,300석을 영지로 거느렸으나 후사가 없어서 폐절되었다.
마사나가의 계통인 미요시 이잔(三好為三, 미요시 마사카쓰三好政勝、미요시 가즈토三好一任）는 도쿠가와 씨(徳川氏)에 출사해 그 자손도 하타모토로서 존속했다. 그 형인 미요시 산닌슈의 한 사람 ・ 미요시 소이(三好宗渭)는 노부나가에 의해 기나이에서 쫓겨난 뒤의 동향을 알 수는 없지만 미요시 요시쓰구의 누이동생의 아들(친아버지는 다라오 쓰나토모多羅尾綱知)에 해당하는 미요시 이카쓰(三好生勝)를 길렀다고 전하고 있다. 이카쓰는 오다 노부나가에 이어 도요토미 히데요시에게 출사한 뒤에 구로다 나가마사(黒田長政)의 가신이 되어 그 자손은 아자이 씨(浅野氏)에 출사해 히로시마 번(広島藩)의 번사로써 막부 말기까지 존속하였다. 이밖에도 다이묘 가문에 출사하여 살아남은 서출 계통의 미요시 후손도 존재하고 있다.
또한 가가와 현(香川県)의 전승에 따르면 본류인 미요시 요시쓰구의 적남 ・ 요시카네(義兼)、차남 ・ 요시시게(義茂) 형제는 사누키 국 이부키 섬(伊吹島)으로 달아나서 그곳에 토착하였다고 한다. 이코마 씨(生駒氏)가 사누키를 다스리던 시대에 요시카네의 손자 ・ 요시키요(義浄)는 이코마 씨로부터 만도코로(政所)가 발급한 오스미쓰키(お墨付き)을 받았고 이후 대대로 사쿠고에몬(作右衛門)이라는 이름을 써 왔다고 한다. 이부키 섬의 이부키 하치만 신사(伊吹八幡神社)에는 오늘날에도 80기(騎)까지 줄어든 요시카네 주종(主従)이 이부키 섬에 와서 신궁에 맹서의 글을 바쳐 올리는 모습을 그린 에마(絵馬)가 남아 있다.
또한 요시쓰구의 셋째 아들인 미요시 나가모토(三好長元)가 있어 그 아들 미요시 나가쓰구(三好長継)는 미요시 나가야스(三好長逸)의 딸을 계실로 맞이하였다. 나가쓰구와 나가야스의 딸 사이에 태어난 미요시 와카사노카미(三好若狭守)는 사에키 번(佐伯藩) 번주 모리 다카마사(毛利高政)에게 출사해 모리라는 묘지(名字)를 사용하는 것을 허락받고 그 중신이 되었다. 와카사노카미의 자손은 사에키 번사 미요시 씨로써 이어졌다. 다만 연대적으로는 맞지 않는 부분도 있어서 나가모토는 요시쓰구의 셋째 아들이 아니라 미요시 집안 서류 일족 사람으로 보는 설도 있다.
따로 유키 히데야스(結城秀康)의 다섯째 아들 ・ 마쓰다이라 나오모토(松平直基)의 어머니 ・ 후료인(品量院)은 「미요시 에치고노카미 나가토라」(三好越後守長虎)라는 자의 딸이었다고 전하고 있다. 에치고노카미 나가토라가 나가야스의 아들 나가토라(長虎)와 동일인물이라는 설도 있으나 알 수 없다.
미요시 씨는 아니지만 그 성을 빌린 자로써는 사나다 노부시게(真田信繁)의 셋째 아들 ・ 미요시 유키노부(三好幸信)가 있었다. 유키노부의 어머니 료세이인(隆清院)은 미요시 야스나가(三好康長)의 양자가 되기도 했던 도요토미 히데쓰구(豊臣秀次)의 딸이다. 사나다 성(真田姓)을 쓰는 것을 꺼려서 외할아버지인 히데쓰구의 옛 성인 미요시 씨를 칭한 것으로 미요시 사지로(三好左次郎)라 하였다. 그 뒤 이와시로 노부타카(岩城宣隆)에게 출사하여 미요시 사마노스케 유키노부(三好左馬之介幸信)라 칭하였다.