국가정보원 여론 조작 사건 조사·수사 활동
8월 21일 국정조사 특위 야당의원들은 청와대에 서한을 보내기로 하였으나 가로막혔다. 8월 22일 정청래 의원이 다시 서한을 전달하였다. 이 과정에서 경찰이 국회의원을 위해요소라고 지칭하여 소동이 벌어졌다. 서한속의 3·15 부정선거에 대한 문구에 대하여 18대 대선에 문제가 없다는 여당측과 국정원의 대선개입으로 지난 대선의 정당성이 훼손됐다는 야당측의 충돌이 빚어졌다. 한편 국정조사 특위는 보고서를 채택하지 못하였다.
민주당은 국정조사가 끝난 이후에도 이 사건에 대한 규명 활동을 하고 있다. 8월 22일 진선미 의원이 국정원의 여론조작 활동에 대한 특검을 요구하며 오늘의유머에서 73개의 아이디를 동원한 여론 조작의 실태를 공개하였다. 9월 6일에는 국정조사 과정에서 입수한 자료를 바탕으로 국정원이 여론조작에 동원한 트위터 계정 402개를 검찰이 확보해 추적중이라고 발표하는 기자회견을 하였다. 정치 개입, 대선개입, 북한관련, 이명박 대통령 옹호뿐 아니라 5·18 광주 민주화 운동을 비하하는 트윗도 있었다.
국정감사에서도 국정원 사건에 대한 문제가 제기됐다. 10월 14일 김광진 의원은 국방부 국정감사에서 국군사이버사령부 요원들이 대선기간 댓글작업을 했다고 질의했다. 김광진 의원은 해당 부대가 2000년 이후 국정원으로부터 예산을 받고 있다고 말하였다. 김관진 장관은 대선개입은 있을 수 없고 북한이 대한민국 정부의 실체를 부정하기 때문에 이에 대응하는 것이 있다고 말하였다. 10월 15일 신문을 통해 국방부 사이버사령부 소속 군무원 2명과 군인1명이 사용했다고 하는 아이디가 공개되었다. 10월 15일 아침 국방부는 이 사건에 대한 조사에 들어갔다. 군 조사 결과 사이버사령부 소속의 군무원 2명과 부사관 1명이 정치적 성향의 글을 올리거나 리트윗한 사실이 확인되었다. 10월 15일 국군사이버사령부에 대한 국정감사가 열렸다. 옥도경 국군사이버사령관이 증인으로 출석하였고 옥도경 사령관의 요청에 따라 업무보고를 비공개로 진행한 뒤 의원들과의 질의응답은 공개로 진행했다. 옥도경 사령관은 '사이버사령부는 그런 지시를 받은 적도 한 적도 없다','그에 상응하는 책임을 묻겠다'고 밝혔다. 민주당은 지난 대선 당시에는 현재 청와대 국방비서관인 연제욱이 사령관이었기 때문에 당시 사령관이 출석해야 한다고 요구하였다. 한편 사이버사령부 요원들이 국가정보원 심리전단의 트위터 계정 글을 리트윗한 사실과 평일 업무시간대에 활동한 사실도 드러났다. 또한 사이버사령부 요원 1명이 추가로 확인되고 사이버사령부 요원 2명은 문제가 제기되자 블로그의 글들을 삭제한 것이 드러났다.
10월 15일에는 안전행정위원회가 미근동 경찰청 본청에서 경찰청에 대한 국정감사를 열었다. 김용판은 국정조사에서처럼 또다시 선서를 거부하여 논란이 되었다. 진선미의원은 김하영의 남자친구이자 이정복의 사촌인 서울경찰청 경무과 소속 신동재 경위가 이규열 파트장과 조력자 이정복씨가 경찰에서 거짓진술을 하기로 대책 회의하는데 참여했다고 문제를 제기했다. 신동재 경위는 "같이 갔는데 내용은 잘 모른다"고 시인하였다. 새누리당은 김용판의 압수수색 신청 영장 철회 지휘는 문제가 없었다고 주장했다. 12월15일 저녁 8시 작성된 김하영에 대한 수서경찰서의 피의자신문조서가 2시간도 안되어 수사과장의 결재를 거치지 않고 서울경찰청 증거분석팀에 공유된 사실에 대한 문제가 제기되었다. 김병찬 전 서울경찰청 수사2계장은 수서경찰서 지능팀 실무자들이 공람조치를 한 것으로 알고 있고 경찰청 지침에 따르면 중요한 사건은 지방경찰청이나 경찰청에서 관련 서류를 열람할 수 있게 되어있다고 답했다. 이에 대해 권은희 당시 수서서 수사과장은 공람 사실이 당연히 수사팀에 보고되어야 하는데 보고받지 못했다고 답했다.
박남춘 의원은 10월 15일 서울지방경찰청으로부터 권은희 당시 수서경찰서 수사과장이 쓴 수사지휘서를 공개했다. 10월 17일에는 서울지방경찰청에 대한 국정감사가 열렸다.진선미의원은 12월 16일 밤 11시 직전 몇몇 경찰 간부가 '고맙다'라는 취지의 문자메시지를 받았다고 문제를 제기했다. 이병하 수사과장은 그런 취지의 문자가 아니라고 답하였다. 박남춘 의원은 수사지휘서와 전보이후의 미진한 추가수사를 근거로 검찰에 송치되기전 권은희 과장을 전보한 것이 수사 왜곡을 위한 것이라며 문제를 제기했다. 김정석 서울청장은 전보조치는 원칙에 따른 것으로 알고있다고 답하였다. 강기윤 새누리당 의원은 12월 15일에 하드디스크 분석 범위를 확대한 부분이 있다며 축소은폐가 없었다고 주장하였다.
김정석 청장은 '국정원 직원과 수사 중인 경찰의 통화가 잘못된 것 아니냐'는 질문에 네라고 답하였다. 새누리당 의원은 김용판의 재판에 영향을 미칠수 있다며 유의해야 한다고 반발하였다. 민주당의원들은 답변에 가이드라인을 제시하려는 것이라고 새누리당에 반발하였다.
이날 국정감사에서 당시 김용판 서울지방경찰청장이 점심식사 의혹에 대해 법원에 보낸 해명자료가 공개되어 논란이 되었다. 2012년 12월 15일의 점심식사를 지인들과 했다는 소명자료로 제출한 사진인데 12시45분에 촬영된 사진이었다. 민주당 김민기 의원은 대선을 앞둔 시기인데 집무실에서 지인을 불러 사진 촬영을 한 것이 문제일 뿐 아니라, 1시 이후 4시간 동안의 행적은 소명되지 않는다고 발언했다. 김용판은 2012년 12월 15일 청와대 인근 '백송'이라는 식당에서 점심 식사를 했고 식사대금은 오후 5시에 카드로 결제됐다. 김정석 서울경찰청장은 이에 대해 "윗분들이 와서 식사를 같이 한 내용으로 보고받았다, 김용판 전 청장도 그렇게 진술했다"고 답하였다.
국정감사 기간이었던 10월 18일 검찰은 국가정보원 직원들이 올린 트위터에 대해 추가 기소를 했다. 10월 20일 법제사법위원회 소속 야당의원들은 공소장 변경허가 신청서를 제출받아 국정원 심리전단이 올린 트위터를 공개했다. 야권비하, 여당 찬양등의 내용이 있었다. 지역비하표현이나 입에 담기 어려운 정도의 저열·저속한 표현도 발견됐다. 여당 홍보에 대하여 박근혜 대선캠프의 ARS 후원전화를 홍보하는 트윗도 발견됐다. 이들은 국정원의 대선개입에 참여한 것으로 김하영 직원이 지목된 이후 활동이 급감했다.
새누리당의 윤상현의원은 10월 20일 트위터 수사에 대해 2233건만이 직접적인 증거라고 주장하였다. 윤석열 당시 수사팀장과 검찰은 2233건은 심리정보국 직원중 17일 체포된 두명이 작성 또는 리트윗했다고 자백한 선거 관련 트윗이라고 확인했다. 이에 따라 수사내용이 새누리당에 누출됐다는 논란이 일었다. 국정원은 이에 대해 다른 직원들의 트위터에서 트윗을 올리거나 리트윗 활동을 합쳐 총 2만8317건이지 5만5689건이 아니라는 입장을 밝혔다. 검찰은 국정원 직원이 아닌 트윗이라면 국정원에 의해 사실상 고용됐던 외부 조력자가 쓴 것이라고 보았다. 이 문제에 대해서 검찰은 11월 추가 수사를 하는 과정에서 국정원으로부터 자금을 전달받은 사실을 입증하지 못하여 2만7천여건은 공소에서 제외하고, 국정원 직원으로 확인된 110만여건을 추가 기소했다.
10월 21일에는 서울고등검찰청과 그 산하의 일선 지방검찰청에 대한 국회법제사법위원회의 국정감사가 서울고등검찰청에서 실시되었다. 서울중앙지방검찰청은 물론 윤석열이 여주지청장을 맡고 있는 수원지방검찰청도 국정감사 대상이다. 윤석열은 여주지청장으로서 국정감사에 출석하였다.
윤석열은 체포영장과 압수수색 영장 신청에 대해 조영곤 중앙지검장의 자택에 10월 15일 찾아가 보고를 했다고 증언했다. 공소장 변경 문제는 구두로 4번이나 승인받았다고 증언했다. 조영곤 서울중앙지검장은 절차에 문제가 있다는 입장을 밝혔고 윤석열 지청장은 문제가 없다는 입장을 밝혔다. 체포영장이나 압수수색영장의 결재 권한에 대해서는 조영곤과 윤석열의 해석이 엇갈렸다. 서울중앙지검의 내부지침인 위임전결규정에서는 주요 사건일 경우 체포영장은 차장검사가 결재한다. 특별수사팀장은 차장검사급이다. 윤석열은 차장검사급도 전결할 수 있다고 주장했고 조영곤은 직제상 차장검사가 해야 한다는 입장으로 갈렸다. 윤석열은 원세훈에 대한 수사 초기부터 외압이 있었고 국정원이 다른 기관과 달리 조직 배치표를 주지 않는 등 수사에 비협조했고 트위터관련 조사 과정에서 국정원측 변호사가 국정원장의 진술 불허 지시를 주입시킨 것에 대한 문제를 제기했다. 윤석열은 트위터 수사에 대해 십알단의 트윗과 국정원 심리전단의 트윗이 서로 리트윗된 사실을 보고받았다고 증언했다.
국정감사 기간중 국정원 트위터의 분류에 대한 여야의 공방이 있었다. 새누리당 홍문종 사무총장은 10월 27일 국정원 트위터 추가기소의 분류가 잘못됐다고 주장하며 77개의 트윗을 자료로 제시했다. 그러나 자료를 분석한 결과 첫 번째 트윗부터 새누리당의 주장이 잘못된 것으로 드러났다. 민주당 서영교 의원실이 확인한 결과 마지막 부분에 야당 후보를 비방하는 내용이 있었거나, 같은 시간대에 긴글을 끊어서 올린 글중 하나인 것으로 확인됐다.
 새누리당은 이에 대해 긴글을 끊어서 올린 글을 하나의 반대글이라고 하여 5만6000여건이라고 발표한 것이 잘못됐다는 입장을 밝혔다.
11월 1일에는 법사위의 법무부 국정감사에서 수사팀에 대한 외압 여부에 대한 논란이 벌여졌다.
11월 2일로 대부분의 국정감사가 종료되었지만 정보위원회는 의원들이 다른 상임위를 겸직하고 있어 계속 국감을 진행했다. 11월 4일 국회 정보위원회의 국정원에 대한 국정감사가 열렸다. 이날 국정원은 이정복에게 11개월간 280만원을 지불한 사실을 시인했다. 또 이종명 3차장과 김하영직원에게 직원들의 월급에서 6000만원을 걷어 전달한 사실을 시인했다. 사이버사령부와의 연계에 대해서는 국정원이 편성권을 가진 점과 문서를 20여건 주고받았다고 시인했다. 트위터 활동 직원이 체포됐을 때 진술을 거부하라고 지시했다는 의혹은 부인했다. 트위터 계정을 사용했다는 국정원 직원 22명에 대해서는 확인 중이라며 7명을 검찰 조사에 보내기로 했다. 5만여건의 공소장변경서에 기재된 트위터에 대해서는 남재준이 처음에 2만여건이 직원이 맞고 선거에 관련된 것이 2000여건이라고 답하였다. 국정원 2차장은 국정원 직원으로 확인된 것이 2300건이라고 번복하자 남재준은 2차장 말이 맞다고 답하였다. 11월 6일에는 정보위의 경찰청 국정감사가 열렸다. 김용판이 퇴임직전 수사자료를 들고 나간 사실이 확인됐다. 김하영 직원에게 전달된 돈과 관련, 11월 6일 이 돈이 처음에는 국가정보원 공금으로 나간 뒤 나중에 직원 모금으로 나간 사실이 확인됐다. 이후 국정원 직원들은 활동비(월초비)에서 모금액을 낸 사실이 드러나 모금도 공금 유용인지가 논란이 되었다. 민주당은 월초비 모금도 공금 유용이라는 입장을 밝혔다.