의화단 운동 청나라 조정의 선전 포고와 동남자보 선언
톈진 함락 이후 연합군은 지휘권 문제로 대립하고 있었다. 우선 8개국 연합군의 통수권 문제였다. '각국 군의 지휘관 계급의 높고 낮음에 따르자'는 것과 '파견 군대 수의 많고 적음에 따라 하자'는 의견이 나왔으나 합리적이지 않았고, 영국은 시모어를 생각했으나 이미 한 번 톈진에서 패한 경력 때문에 고집할 수 없는 입장이며, 그렇다고 러시아 장군에게 통수권을 줄 수도 없는 입장이었다. 여기에 일본도 러시아를 반대하는 입장이었다. 이에 비하여 독일은 적극적이었다. 결국, 독일 장군 알프레트 폰 발더제(A. L. Waldersee)가 사령관으로 결정되었다. 또 하나의 문제는 '어느 때에 베이징으로 진군할 것인가?'에 대하여도 쟁론이 끊이지 않았다. 영국,미국,일본은 일본군이 많이 상륙하자 러시아를 압도하기 위하여 즉각 출발하기를 주장하였고, 당시 러시아는 '만주에 철도를 보호한다'는 구실로 수십만명의 병력을 파병, 만주에 군대를 주둔시키는 등 만주침략에 목표를 두고 있어 서태후에게 호감을 사기 위하여 천천히 진군하기를 희망하였다. 독일도 야심만만하여 국내에서 병력을 동원하고 있었으나 거리가 멀기 때문에 시간이 필요하므로 적극적으로 천천히 진군하기를 주장하여 그들의 대군이 오기를 기다리는 실정이었다.
톈진에서 각 국의 지휘관이 모여 7월 27일, 8월 1일, 8월 3일 세 차례에 걸쳐 협의하고,그 다음날 18300명이 베이징을 향하여 톈진을 출발하였다.(일-9000명, 러-3500명, 영-2500명, 미-2000명, 프-1000명, 독-200명, 오,이 - 100명) 다음날 이들은 송경, 직례 도독 섭사성, 총병마옥곤의 청 관군을 패배시키는 격전을 치렀으며, 또 다음날에는 양촌(楊村)을 점령하고, 10일에 마두(馬頭)를, 그리고 마침내 14일엔 베이징을 함락시켰고 공사관은 의화단에게 포위당한 지 55일 만에 풀리게 되었다. 공사관들은 거의 두 달 가까이 버텼는데, 이는 주로 북양대신인 영록이 서태후의 '선전포고' 명을 어기기 어려워 공사관을 공격하긴 했지만 겉만 떠들썩했지 실제로는 형식적으로만 공격을 가한 것 때문이었다. 베이징 공격 당시 8개국 연합군의 피해상황은 일본군이 제일 많았고, 그다음이 러시아였다. 사상자는 총 합쳐서 437명이었다.
연합군이 베이징을 점령하고 자금성으로 진격해 들어오자 8월 15일, 서태후와 광서제 및 소수 측근들은 베이징을 탈출했다. 이때 서태후는 감금하고 있던 진비(珍妃)를 영수궁(寧壽宮)의 우물에 밀어 넣어 죽였다. 황제 광서제는 자금성에 남아서 연합군에 강화를 모색하려 했으나 서태후는 그를 억지로 데리고 떠났다. 서태후는 자금성을 탈출할 때 머리를 한족의 모습으로 변장하고 수수한 옷차림에 서화문 밖에서 노새가 끄는 수레를 타고 베이징을 탈출, 태원을 거쳐서 길고 험난한 도주 끝에 10월 26일 시안으로 도주했다.
8월 13일에 8개국 연합군은 베이징에 입성함으로써 점령하였고, 15일에는 서태후가 시안으로 도주하면서 청나라 수도 베이징은 혼란의 상태가 되어버렸다. 연합군은 베이징을 점령한 뒤 3일 간, 의화단 색출을 명분으로 끔찍한 살인, 약탈, 강간 등 범죄를 자행했는데, 희생자의 대부분은 의화단과 전혀 무관한 민간인들이었다. 연합군들은 베이징 시내 거리와 집을 돌아다니며 사람들을 잡아갔다. 잡혀간 사람들은 각국 병사들이 주둔하고 있던 성 밖으로 보내져 수수와 옥수수,잡초 등을 가꾸고 군마(軍馬)를 돌보는 강제노역을 해야했다. 조금이라도 열심히 일하지 않는 눈치가 보이면 두둘겨 맞고 괴롭힘을 당했다.
베이징을 점령하고 머물렀던 연합군의 수는 늘어 9월에는 약 11만명이나 되었다. 이어 '의화단을 색출한다'는 명분하에 '의화단 잔당 소탕 작전'을 전개했다. 이는 보복성을 띄고 있어서 약탈과 폭행은 광분에 달할 정도로 심각했는데, 특히 독일군이 가장 심했다. 이는 독일 외교 공사관 케텔러 남작이 살해당한 이후 독일 원정대가 출정할 당시 황제 빌헬름 2세가 연설에서 청나라를 '야만국으로 취급하라'는 이른바 '훈족연설'에서 자극받은 영향이 컸다. 영국, 프랑스, 러시아, 이탈리아, 오스트리아 등도 독일에 못지 않은 약탈과 민간인 학살 행위를 자행하였고, 미국과 일본이 비교적 기율을 지켰다. 베이징을 점령한 연합군은 1901년 9월 신축 조약이 체결되기까지 13개월간 주둔했다.
연합군은 베이징에 군영을 설치하고 황궁과 아문, 왕부 앞에 있었던 돌사자를 공사관과 병영의 정문 앞으로 옮겨 놓아 자신들의 위신을 내보이려 하였고, 독일과 프랑스는 서로 다투어 직경이 2m가 되는 흠천감의 천문 관측기기를 탈취하려고 하자, 지휘관 알프레트 폰 발더제가 중재하여 일부는 독일에 일부는 프랑스가 갖는걸로 협약을 맺었고, 일부는 프랑스공사관에 일부는 베를린으로 운반해갔다.
연합군이 베이징에 입성한 다음 자금성은 일본군의 보호아래 들어갔다. 일본군은 이 기회를 이용하여 궁 안에 전해오던 역대로 전해오는 보물을 닥치는대로 약탈해 갔다. 당시 한림원(翰林院)에서 소장하고 있던 '영락대전'을 비롯하여 귀중한 전적(典籍) 4만 6천여 본을 대부분 일본, 영국, 프랑스, 독일 4개국이 청나라의 문화재를 약탈해갔다. 뿐만 아니라 각 아문(관청기구)에서 보관하고 있던 은 약 6000만 냥과 각 창고에 보관되어있던 은전을 비롯하여 녹미(祿米)까지 남김없이 약탈해갔다. 또한 서태후가 복원한 이화원도 이때 연합군이 약탈했다.
한편, 베이징에서의 전투가 끝난 뒤에도 의화단은 각 지역에서 저항을 계속했다. 특히 러시아군이 침입한 동북 각지에서는 의화단이 교회를 부수고 철도를 파괴했다. 이어 의화단은 각지로 흩어져 소규모 전투를 벌였다.
의화단이 베이징과 톈진등 일대를 점령하고 철도, 전신등 공격했을 무렵, 러시아 제국은 의화단 전쟁을 빌미로 20만명의 러시아군을 만주로 내려보낸다. 러시아 제국은 1900년 7월 23일 아이훈을, 8월 30일에는 치치하르를, 10월 1일에는 센양을 점령했다. 11월 30일 랴오둥반도의 러시아 총독이었던 알렉세예프(Alexeiev) 제독은 성징 장군 증기(曾祺)에게 강제로 '임시 협약'에 서명하도록 했는데, 이 조약은 사실상 만주에서 청나라의 통치권을 배제하는 것이었다. 청나라는 증기에게는 서명할 권한이 없다고 하면서 이 협약의 비준을 거부했다. 그리하여 상트페테르부르크에서 시작된 협상에서 러시아는 1901년 2월 16일 12개 항의 조약을 제안했는데, 이 조약은 명목상으로는 만주를 청나라에 반환하고 있지만 실제로는 '철도 경비'라는 이름으로 러시아군의 만주 점령을 공인하는 것이었다. 이 조약은 러시아의 동의 없이 청나라가 군대를 파병하고 만주의 철도 운영권과 채굴권을 타국에 양여하는 것을 금지했다. 또한 만주 점령과 동청철도 파괴에 대한 청나라 측의 배상금 지불과 함께 러시아가 만리장성까지 철도 연장 부설권을 부여하도록 규정했다. 이렇게 러시아는 자신들의 영향권인 만주 내 '철도 보호'를 이유로 주둔하게 되었는데, 이는 만주 진출을 노리는 일본 제국과 충돌하게 되어 훗날 1904년 2월 러일 전쟁이 터지게 되는 계기가 된다.