중세 대학 역사
그러나 그러한 사법사건과 마찬가지로 심각했던 문제는 바로 학생들이 볼로냐를 떠나려 하는 것이었다. 중세의 대학교에는 특정한 건조물이 없었고 법인의 재산도 거의 없었기 때문에 학생들이 공부할 장소를 찾아 이동하는 것이 관례였다. 1215년 볼로냐의 수많은 학생들이 이웃도시로 이주한 일이 있었는데, 이 사건 이후 볼로냐 시 의회에서는 우니베르시타스 회장에게 압력을 넣어 회장이 학생들에게 이주를 종용하면, 그 회장을 시민명부에서 출교(黜敎)시킬 것이라고 위협하였다.
볼로냐에서 학생들은 교원들을 상대로 큰 승리를 거두었다. 12세기까지 볼로냐의 수투디아 게네랄레에서 교육과 학술에 대한 일은 전적으로 박사조합에서 담당했다. 그러나 몇몇 반동적인 박사들과 강좌를 수강하는 학생들의 조직적인 수업거부로 학생들의 우니베르시타스는 교원들을 완전히 제압하였다. 교원들을 우니베르시타스 회장에게 복종할 것과 우니베르시타스의 학생 간부의 결정에 따라 강좌를 운영할 것을 서약해야했다. 교원들은 적당한 속도로 강의를 진행하면서 강좌의 모든 내용을 강의하고, 난해한 부분을 삭제하거나 생략할 수 없었다. 교원들은 정해진 정관과 학칙을 위반했을 때 벌금형을 선고받았고, 이에 계속 항거할 경우에는 그 자신이 소속되어 있는 교원조합에서 제명당해 강의를 할 수 없었다.
장기적으로는 학생 주도의 볼로냐 우니베르시타스는 그 자체가 붕괴원인이 되었다. 13세기 후반에 접어들어 볼로냐 시 당국은 학생들의 불만을 무마하고 대학교의 명성을 유지하기 위해 박사들에게 급여를 지급하기 시작하였다. 이를 계기로 시 당국은 대학교개혁위원회(Board of Reformatores studii)를 구성하게 되었고 교원의 임면권을 일부 행사하게 되었다. 이후, 조합의 횡포에 반하여 이 위원회는 대학 생정과 운영에 영향력을 행사하였다. 시간이 지날수록 학생의 우니베르시타스는 쇠퇴해갔으며, 18세기에 격변기를 맞이하여 볼로냐 우니베르시타스는 찬란한 명성을 뒤로하고 자취를 감추고 말았다.
파리에서의 대학교 발전은 볼로냐에서와는 상당히 다른 조건에서 이루어졌다. 파리 대학교의 중심을 이룬 문학부 학생들은 볼로냐 대학교의 학생들처럼 부유하지도 않았고 사회 경험도 적었다. 이 때문에 교원과 학생간의 갈등은 거의 없었고, 대학 기관과 시 당국 간의 갈등도 적었다. 파리 대학교의 체제가 확립되는 데 중대한 영향을 미친 것은 13세기 내내 계속된 교원조합과 노트르담 사원장 간의 갈등이었다. 원래 노트르담 사원장은 노트르담대성당부설학교의 교장을 겸하면서 파리 교육계의 최고 권위자였으며, 파리의 모든 교원들은 그 사원장이 발급해 주는 교원 자격증을 반드시 소지해야 했다. 노트르담 사원장은 임의대로 교원 자격증을 수여하고 박탈할 권리를 갖고 있었을뿐만 아니라 파리 내의 교원과 학생에 관련된 모든 일을 관장할 수 있었다. 교원들은 노트르담 사원장이 교원 자격증을 수여하고 박탈할 권리를 가진다는 데는 동의했지만, 굥원이수 있는 조건을 정하는 것은 교원들에게 위임되어야 한다고 주장했다. 이러한 주장에 따라 교원들은 자신들이 내세우는 조건에 부합하지 않는 자가 노트르담 사원장의 자격증을 소지하고 있다 하여도 교원조합의 가입을 승인하지 않았다.
교원들의 이러한 행동은 교회 간부들에게 공인된 권위에 대한 반란으로 간주되었으며, 그러한 움직임을 봉쇄하기 위해 총력을 기울였다. 13세기 초반의 10여 년간, 노트르담 사원장은 모든 교원에게 교회 기관에 대한 복종 서약을 강요하며 첫 포문을 열었다. 이 공격에 대항하여 파리 교원조합은 교황 인노첸시오 3세에게 노트르담 사원장이 제시하는 복종 서약이 타당한 것인지를 질의하였다. 이에 교황 인노첸시오 3세는 복종 서약이 타당하지 아니하다고 판정했으며, 1212년에는 정식 교지를 내려 노트르담 사원장은 교원과 교원조합에 복종 서약을 강요할 수 없고 노트르담 사원장은 교원조합에서 제출하는 명부의 모든 신규 교원에게 자격증을 발부해야 한다고 확정하였다.
그러한 교황의 조치로, 노트르담 사원장의 영향력은 문학부에만 한정되게 되었다. 그러나 교황의 여러 조치들에도 불구하고, 파리의 교회 기관들은 교원과 학생을 종속적인 지위에 두기 위해 끊임없이 노력 하였으며, 교원들이 대학교 운영 정관을 임의로 정했다고 하여 대학교 전체를 파문한 바 가 있다. 교원들은 계속해서 로마 교황에게 교회기관에 대항하는 청원서를 제출했고 교황의 결정은 대부분 대학교와 교원에게 유리하게 내려졌다. 결국 노트르담 사원장이 교원과 학생을 억압하기 위해 운영되던 감옥은 폐쇄되고, 대학교의 파문이 취소되었으며, 교황의 인준 없이는 대학교를 파문할 수 없게 되었다.
그러나 파리 대학교의 번민이 위와 같은 교황의 결정으로 종결된 것은 아니었다. 1229년 시민과 파리 대학교 학생 간의 갈등으로 파리 대주교의 묵인 하에 프랑스 국왕이 군대를 동원하여 많은 파리 대학생이 사망한 사건이 일어났다. 교원들은 이 사건 직후 강의를 중단했다. 그러나 강의 중단이 아무런 반향을 일으키지 못하자, 대학교를 자진 폐쇄하기에 이르렀다. 많은 교원들이 영국의 옥스퍼드 지역으로 이주 하였고 일부는 프랑스 내의 신생 대학교로 흩어졌다.
이러한 상황에서 교황 그레고리오 9세는 교원의 입장에서 파리 대학교와 파리 교회 당국 간의 중재를 시도했고, 1231년 「학문의 모체(Parens Scientiarum)」라는 교지를 발표했다. 이 교지에 의하여 교원들은 강의 거부를 통해 그들의 입장을 관철할 수 있는 정식 권한을 갖게 되었고, 교원들이 파리 대학교의 규정을 자율적으로 정할 수 있고, 그 규정의 준수를 구성원들에게 강제할 수 있는 완전한 권리를 갖게 되었다. 이와 동시에 노트르담 사원장의 사법권은 더욱 약화되었다. 노트르담 사원장의 형법에 대한 권한은 완전히 소멸되었고, 민법 또는 종교적인 문제에 대한 사법권도 상당히 축소되었다.
13세기 중반, 두 개의 탁발 수도사 교단(흑악의 도미니코 수도회, 회의의 프란체스코 수도회)이 점점 세력을 확대함에 따라 파리 대학교의 자유는 새로운 위협에 직면하게 되었다. 이 두 수도회의 탁발 수도사들은, 자신들은 파리 대학교의 교원 임용 규정에 예외를 인정받아 신학교원으로 채용되어야 한다고 주장하였다. 이들은 이전의 교황과는 반대되는 정책을 시행하는 교황 알렉산데르 4세를 배경으로 하여 모든 교원들의 반대를 뚫고 자신들의 주장을 관철하였다. 그러나 후임 교황들이 교황 알렉산데르 4세의 정책을 취소하면서 탁발 수도사들이 얻은 권리 또한 취소되었다.
13세기 전반에 걸쳐 계속된 투쟁은 파리 대학교의 조직과 체계에 막대한 영향을 미쳤다. 13세기 초만 하더라도 파리 대학교는 학부 별로 엉성하게 엮인 교원과 학생의 조합에 불과했고, 이 학부들은 노트르담 사원장의 교원 자격증으로 엮여있었을 뿐 이었다. 반면, 13세기 말엽에는 개별 학부들이 참여하는 협의체가 있었고, 문학부의 학장이 대학교의 총장을 겸하고 있었다.
노트르담 사원장에 공동으로 대항하는 과정에서 여러 개의 교원 우니베르시타스들이 하나로 통폐합 되었고, 그 중에서도 학사 과정 교육을 담당하는 문학부 우니베르시타스가 두각을 나타냈다. 이와 같이 문학부가 대두된 데에는 문학부 교원 대부분이 젊었고, 이 때문에 노트르담 사원장에게 가장 많은 괴롭힘을 받았으며, 결과적으로 문학부 교원이 가장 강한 결속으로 가장 강한 저항을 펼칠 수밖에 없었다. 문학부 교원들은 볼로냐 대학교 법학도들의 선례를 따라, 국가별로 4개의 조직으로 규합되었다. 이 네 국가 우니베르시타스의 간부와 문학부 학장이 문학부의 투쟁정책을 결정하였다.
파리 대학교와 노트르담 사원장 간의 갈등이 첨예화됨에 따라 문학부 교원들의 영향력이 꾸준히 증가하였고, 문학부 학장과 그 산하의 4개 우니베르시타스가 파리 대학교 특권 수호의 선봉장이 되었다. 문학부 문인들[artists; 문학부 소속 교원을 의미]이 전체 교원 중 다수를 차지했고, 빈번한 소송과 투쟁에 소요되는 비용 대부분을 문학부에서 부담한 사실은 문학부의 전체적 위상을 높여주었다. 결과적으로 문학부 우니베르시타스의 간부는 모든 학부의 협의체에서 우위를 차지했고, 문학부의 학장은 정관 상으로는 타 학부 학장과 동등한 지위에 있었으나, 파리 대학교 전체를 구성하는 7개의 우니베르시타스을 관장하는 총장을 겸하였다.