혼노지의 변 경위
또 다른 이설로 작가 아베 류타로(安部龍太郎)와 역사학자 야마구치 미노루(山口稔)에 따르면 니시야마 혼몬지(西山本門寺, 시즈오카 현 후지노미야 시)의 사찰 전승으로 혼노지의 변 때에 노부나가의 곁에서 수행하고 있었던 시마노카미(志摩守) 하라 무네야스(原宗安)가 혼인보 산소(本因坊算砂)의 지시로 노부나가의 목을 절로 옮겨서 공양하였다는 기재가 있다고 한다.
《스후쿠지 문서》(崇福寺文書)에 따르면 노부나가의 측실 가운데 한 명이었던 고운인(興雲院, 오나베 마님)이 6월 6일 미노(美濃)의 스후쿠지(崇福寺)에 노부나가 ・ 노부타다의 영패(霊牌, 위패)를 들여 왔다고 하며, 이 절에도 오다 노부나가 공 부자묘(織田信長公父子廟)가 있는데 (앞에서 언급된 것처럼 '비공인'이라는 것을 제외하면) 최초로 조성된 노부나가의 묘이다.
북북동으로 1.2km 떨어져 있는 곳에 있었던 묘카쿠지(妙覚寺, 옛 땅은 上妙覚寺町에 있었다)에 있던 노부타다는 미쓰히데 모반 소식을 듣고 혼노지로 구원하러 나섰으나, 무라이 사다카쓰(村井貞勝) 등 부자 세 명이 달려들어 말렸다. 무라이 저택(산조 교고쿠三条京極 ・ 옛 슌초지春長寺)은 현존 혼노지 문앞에 있었는데, 당시의 혼노지는 현존 혼노지와는 장소가 달라 동쪽으로 약 1km 떨어진 곳에 있었다. 앞에서 서술한 대로 혼노지는 외곽 전체를 해자로 둘러쳤고 특히 니시토인 강(西洞院川)에 가로막혀 있는 동쪽에서의 접근은 어려웠으며, 사면의 문을 아케치 군세에 둘러싸인 뒤로는 쉽게 들어갈 수 없었다. 그래서 그들은 니조토오리(二条通) 쪽으로 해서 묘카쿠지로 들어 올 수 있었다.
《신초코키》에 따르면 쇼초켄(春長軒) 즉 무라이 사다카쓰가 "혼노지는 이미 패했고, 고텐도 불에 타버렸습니다. 적은 필시 이쪽으로도 공격해 올 것입니다. 니조고신조는 그 지세가 견고하여 농성하기에 좋을 것입니다."(本能寺は早落去仕、御殿も焼落候、定而是へ取懸申すべく候間、二條新御所者、御構よく候、御楯籠然るべし)라고 말했고, 노부타다는 이를 따라 인근의 니조 고신조(니조 신고쇼二条新御所)로 옮겼다. 노부타다는 니조고신조의 주인인 동궁(東宮) ・ 사네히토 친왕(誠仁親王)과 그 아들인 와카미야(若宮) ・ 가즈히토 왕(和仁王, 훗날의 고요제이 천황)에게 이곳이 전쟁터가 될 것이라며 당장 대궐(다이리)로 탈출하라고 촉구했다. 쇼초켄이 교섭하여 일시 정전하고 아케치 군세는 가마를 쓰지 못하게 하였으나 걸어서 탈출하는 것은 허락하였다. 니조고신조를 탈출한 뒤에도 길거리에서 어찌할 바를 모르고 있던 친왕 일가를 걱정하여 마치슈(町衆)인 렌카시(連歌師) 사토무라 조와(里村紹巴)가 조잡하게 급조한 가마를 가지고 와서 친왕 일가를 대궐(다이리)까지 모셔 갔다고 한다. 아챠노 쓰보네(阿茶局)나 두 왕자, 곁을 따르던 구교나 뇨칸(女官)의 무리들까지 모두 탈출하는 것을 지켜보고 나서 노부타다는 군의를 시작했다. 측근 중에는 퇴거를 권하며 교토를 탈출해 아즈치로 향할 것을 진언하는 사람도 있었지만, 노부타다는 "이 정도의 모반을 일으켰으니, 적이 만에 하나라도 우리를 놓칠 일은 없을 것이다. 잡병의 손에 잡혀 죽는다면 두고두고 불명예가 될 일이다. 여기서 할복하기로 하자"(か様之謀叛によものがし候はじ、雑兵之手にかゝり候ては、後難無念也。ここに而腹を切るべし)라고 차분하게 말했다. (《당대기》에 따르면) 노부타다가 이렇게 모리 요시카쓰(毛利良勝), 후쿠토미 히데카쓰(福富秀勝), 스가야 나가요리(菅屋長頼)와 의론하고 있는 사이에 아케치 군세는 고신조를 모두 포위했고, 탈출할 수 없게 되었다.
정오 무렵(오시) 아케치 군세 1만이 고신조로 쳐들어왔다. 노부타다의 수세는 500여 명 정도였고, 나아가 여기에 교토에 머무르고 있던 노부나가의 수행원들이 달려와 가담하여 1천에서 1,500명 정도가 되었다. 노부타다의 수세에는 팔 힘이 센 호로슈가 몇 명이나 있어서 사자와 같이 분전하며 싸웠다. 한 시간 이상을 싸우고 《렌세이인 기록》(蓮成院記録)에 따르면, 노부타다의 군세는 문을 열고 치고 나가 세 번까지 기수를 물리쳤을 정도로 분전하였다. 오자와 로쿠로자부로(小澤六郎三郎)라는 자는 인근의 민가에 기숙하고 있다가 노부나가가 이미 자결했다는 소식을 듣고 주위에서 말리는 것도 듣지 않고 서둘러 노부타다가 있는 곳으로 달려갔는데, 아케치 군세를 가장하여 포위망을 빠져나와서 노부타다에게 인사하고 대문 방위에 가담하였다고 한다. 가지와라 가게히사(梶原景久)의 아들 마쓰치요(松千代)는 인근 민가에서 병으로 드러누워 있었는데 급보를 듣고 게닌(家人) 마타에몬(又右衛門)과 함께 고신조로 달려왔다. 노부타다는 감격하며 그에게 장도(長刀)를 주고 두 사람이 함께 분전하다 전사하였다. 아케치 군세는 고노에 사키히사의 저택 지붕에 올라가 활과 철포를 쏘아 때문에, 노부타다측의 사상자가 늘어나고 맞서 싸울 사람이 줄어들어갔다. 이윽고 아케치 군세는 니조 고신조 경내로 돌입하여 건물에 불을 질렀다.
노부타다는 할복할 테니 툇마루를 떼어내서 자신의 유해를 그 밑에 숨기도록 지시했고, 가마타 신스케(鎌田新介)에게 가이샤쿠(介錯)를 명하였다. 이치몬슈나 긴쥬(近習), 노토(郎党)들은 나란히 죽거나 전사하여 시체가 즐비하고 불길은 바싹 들이닥친 상태에서 노부타다는 배를 갈랐고, 가마타는 노부타다의 목을 친 뒤 그의 지시대로 시신을 툇마루 밑에 숨겼다. (《당대기》에 따르면) 가마타는 자신도 뒤따라 추복을 해야 한다고 생각했지만 어찌된 일인지 끝내 죽지 않았다. (고신조가 불타 버려서) 노부타다의 유해 역시 아버지와 마찬가지로 '무상한 연기'(無常の煙)가 되어 사라졌다.
노부타다 측근의 분전과 전사자
묘카쿠지에서는 이치몬슈(一門衆)나 아카호로슈(赤母衣衆)가 많이 머무르고 있었는데, 그들은 노부타다와 함께 니조 고신조로 옮겨 앞의 서술과 같이 분전하였으나 중과부적으로 사이토 도시하루(斎藤利治, 신고新五)를 중심으로 후쿠토미 히데카쓰 ・ 스가야 나가요리 ・ 이노코 효스케(猪子兵助) ・ 단 다다마사(団忠正) 등이 불을 놓으며 막고 있는 사이 노부타다는 자결하였다. 측근들도 각각 뒤따르듯 전사했다. 《난보쿠 야마시로 군기》(南北山城軍記)에는 "반구용무(班久勇武)를 기록할 것은 이루 다 헤아릴 수 없고 또한 여러 기록에서 밝혀져 있으되, 마침내 충성스러운 뜻을 다하여 덴쇼 10년 임오 6월 2일 미시에 경사(京師)의 니조 성(二条城) 안에서 깨끗이 전사하매, 주군의 은혜를 황천까지 알렸고, 무사의 이름을 일역(日域)에 빛냈으니"(班久勇武記するに遑あらず且諸記に明らけし、終に忠志を全ふして天正十壬午六月二日未刻、京師二条城中において潔く討死して、君恩を泉下に報じ、武名を日域に輝かせり)라고 하였다.
다른 게닌(家人)들도 노부타다에게 충의를 다하여 전사하였다고 기록은 전한다. 안도 모리나리(安藤守就)의 가신으로 마쓰노 헤이스케(松野平介)라는 자가 있었는데, 안도가 쫓겨났을 때 마쓰노만은 노부나가에 의해 그대로 중용되었으므로 평소 노부나가에 대해 큰 은혜를 품고 있었고, 혼노지의 변이 발생했을 때 먼 곳에 있었기에 소식을 듣고 달려오다 묘켄지(妙顕寺)에 다다라서야 모든 것이 끝났음을 알게 되었다. 마쓰노는 사이토 도시미쓰의 지인으로부터 아케치 집안에 출사하는 것이 어떠냐는 권유를 받았지만, '주인이 위기를 맞이했을 때조차도 이를 늦게 알고 돕지 못했는데, 이제 와서 또 주인을 친 적에게 항복한다는 것은 원통한 일'이라며 노부나가의 뒤를 따라 자결하였다. 히지카타 지로효에(土方次郎兵衛)라는 자도 똑같이 혼노지의 변이 발발하였을 때 제시간에 맞춰 도착하지 못해 노부나가를 구하지 못한 것을 원통하게 여기고 뒤따라 자결하였다.