소말리아 역사
모가디슈에서 쫓겨난 이슬람법정연합은 여러 분파들로 분화되었다. 더 급진적인 세력들, 알 샤바브 등을 포함한 세력들은 과도정부에 맞서 싸우기를 계속하였으며 에티오피아 군대를 소말리아에서 쫓아내기 위하여 노력하였다. 2007년과 2008년 사이에 알 샤바브는 소말리아의 중남부 지역의 마을과 도시들을 정부의 손에서 탈취하며 상당한 승리를 거두었고, 2008년에는 바이도아를 점령하였으나 모가디슈를 점령하는 데에는 실패하였다. 2009년 1월에 알 샤바브는 에티오피아 군대가 국경 밖으로 나가도록 압박하였고, 상대적으로 빈약한 아프리카 연합 다국적군만 남아 연방정부 군대를 돕도록 하는 데에 성공하였다. 재원과 인적 자원의 부족 탓, 그리고 소말리아 전체적으로 깔려있는 무기 제한 때문에 군벌이 득세하며 국가의 안정화를 막고 있는 것이다. 유슈프 대통령은 푼트랜드에서 모가디슈로 수천명의 군인들을 옮겨 파병하였는데, 이 때문에 정작 푼트랜드는 군대와 치안력의 부족으로 해적질과 테러 공격에 더욱 취약해지게 되었다.
2008년 12월 29일에 압둘라이 유슈프 아흐메드 대통령은 바이도아의 의회 앞에서 대통령직을 사퇴하였다. 그는 라디오 방송에서 17년 간의 노력 끝에도 국가를 통합시키지 못한 자신에게 후회하고 있다고 말하였다. 그는 또한 국제사회의 과도정부를 향한 지지 부족도 비난하였으며, 과도 헌장에 따라 의회의 대변인이 자신의 직을 승계할 것이라고 밝혔다.
2008년 5월과 6월 사이에 소말리아 과도정부와 소말리아 재해방 연맹(ARS)의 온건파가 UN의 중재로 지부티에서 만나 협의를 가졌다. 이 협의에서 에티오피아 군대가 국경 바깥으로 나가게 하는 것이 합의되었으며, 무장을 서로 해제하고 연립 정부를 구성하여 평화를 도모하고자 하였다. ARS의 대표들까지 모두 의회에 받아들이기 위하여 의원 정수도 550명으로 늘렸고, 이들이 포함된 의회는 전 ARS 의장이었던 셰크 샤리프 셰크 아흐메드를 대통령으로 선출하였다. 샤리프 대통령은 암살당했던 알리 셰르마르케 대통령의 아들인 오마르 압디라쉬드 알리 셰르마르케를 새로운 총리로 지명하였다. 연립 정부는 아프리카 연합 군대의 도움을 받아 2009년 2월부터 본격적으로 이슬람 극단주의자들이 장악하고 있는 남부 지방에 공세를 시작하였다. 정부는 이슬람 법정 연합의 온건파, ARS, 온건한 수니파 군벌들과 협력을 맺었고, 2009년 중반부터는 극단 단체 알 샤바브와 히즈불 이슬람이 이들에 맞서 싸우기 시작하였다. 2009년 3월에는 연립 정부가 샤리아법을 국가의 공식 사법제도에 포함시킬 것이라고 천명하였다. 허나 국가의 남부와 중부 지방에서는 여전히 소요가 지속되었고, 무능한 연립 정부는 패배를 계속하여 유슈프 내각에서 물려받은 남중부 영토를 대부분 잃었으며, 무려 80%에 달하는 분쟁 지역들을 극단주의자들에게 뺏기고 말았다.
이처럼 연립 정부가 이전의 성과들을 다 깎아먹고 영토들이 점차 군벌들에게 잠식되자, 소말리아는 2008년과 2013년 사이에 세계에서 가장 실패한 나라들 중 최상위권을 연이어 차지하였다. 2009년에 부패인식지수에서는 소말리아의 공공 부문에서조차 이미 부정부패가 만연함을 보여주었고, 2010년 중반에는 세계 평화지수에서 당시 전쟁 중이던 이라크와 아프가니스탄 다음으로, 거의 맞먹는 점수를 부여하며 세계 최악의 국가라는 오명을 씌우고 말았다.
2010년 10월 14일, 모하메드 압둘라이 모하메드 외교관이 새 총리로 임명되었고, 이전 총리였던 오마르 알리 셰르마르케 총리는 샤리프 대통령과의 정책 갈등으로 스스로 사임하였다. 모하메드 총리는 과도 헌법에 따라 새로운 내각을 2010년 11월 12일에 구성하였고, 국제 사회의 비준을 받아 합법성을 받았다. 그는 각부 부처의 수를 39개에서 18개로 줄였다. 그는 새로운 헌법을 준비하기 위하여 소말리아 헌법학자, 종교계 인사들, 전문가들을 초빙하여 위원직을 맡겼으며, 몇몇 지역에 창권하고 있는 부족 간 분쟁을 막기 위하여 강력한 중재 정책을 펼쳤다. 소말리아 총리에 의하면, 정부의 투명성을 강화하기 위하여 내각 각부 장관들은 그들의 자산들을 모두 동결해야 하며 윤리 지침에 서명해야만 직을 맡을 수 있다고 전해진다. 반부패위원회가 설립되어 공식적인 수사권과 정부 정책 심의권을 맡았으며, 모든 공무원들이 감찰을 공식적으로 받아야만 하게 하였다. 또한 정부 요인들이 불필요한 여행을 떠나는 것을 최대한 줄이도록 하였으며 특히 장관급 이상의 고위급 공무원은 여행 일정을 떠나기 전에 총리의 허락을 받아야만 하도록 하였다. 2011년 예산안은 삼권분립을 따라 의회의 승인을 받았으며, 공무원들의 월급에 대한 예산안을 최우선으로 하였다. 추가적으로 정부 재산과 예산에 대한 감찰도 정기적으로 이루어졌다. 분쟁 지대에서는 새로운 정부군과 ANISOM 군대를 투입하여 2011년 8월에 수도 모가디슈의 통제권을 가져갔으며, 아프리카 연합과 정부에 따르면 막대한 군비 강화로 의하여 분쟁 지대에서도 빠른 속도로 평화와 안정이 정착되고 있다고 하였다.
2011년 6월 19일, 모하메드 압둘라이 모하메드는 소말리아 총리직에서 사퇴하였다. 다만 과도 정부의 대통령과 의회 대변인, 의원들의 임기는 2012년 8월까지 연장하였다. 모하메드 내각에서 계획과 국제협력부 장관으로 일했던 압디웰 모하메드 알리가 이후 종신직 총리에 임명되었다. 2011년 10월에 소말리아와 케냐 군대, 그리고 다국적군대가 알샤바브에 맞서 남부 소말리아에서 작전을 벌였다. 2011년 10월에 소말리아와 케냐, 그 외 다국적군이 모여 알 샤바브와 이슬람 극단주의자들의 군대를 상대로 남부 소말리아에서 린다 은치(Linda Nchi) 작전을 펼쳤다. 소말리아 군대가 주축이 되어 작전을 이끌었고, 2012년 9월 쯤에 이르자 소말리아 정부군은 알 샤바브의 마지막 주요 도시였던 항구 도시 키스마요를 회복하였다. 2012년 7월에 유럽 연합과 소말리아가 합작하여 EUTM 소말리아, 아틀란타 작전, EUCAP 네스터와 같은 군사 작전들을 실시하기도 하였다.
2012년 8월 20일에 소말리아는 드디어 과도 정부 체제를 끝내고 공식적인 헌법과 의회제도를 도입하여 소말리아 연방 공화국으로 출범하였고, 9월 10일 하산 셰흐 마하무드가 대통령 선거에서 당선되어 9월 16일 공식 취임하였다. 소말리아는 연방 정부의 지도 하에 안정을 조금씩 되찾아가기 시작하고 있으며, 2014년부터는 취약국가지수에서도 점차 순위가 내려가며 남수단 다음으로 2위를 차지하였다. UN 특별 대표인 니콜라스 케이, 유럽연합 상임대표 캐서린 애슈턴, 그 외 여러 국제 전문가들은 여전히 소말리아를 세계적인 취약국가로 분류하고 있기는 하나, 점차 안정화되고 있는 단계로 분석하고 있다. 2014년 8월에는 소말리아 연방정부 차원에서 인도양 작전을 실시하여 지방의 해적과 소규모 군벌들을 소탕하려 하였고, 이 작전은 2017년까지 지속되었다. 2017년 10월, 수도 모가디슈에서 폭탄 테러가 일어나 500명이 넘는 사람들이 사망하였다.