센고쿠 시대 지역별 판도
규슈의 무가 가문은 전통적으로 다이라 씨(平家)에게 우호적이었기 때문에 미나모토 씨(源氏)로서 가마쿠라 막부를 개창한 미나모토노 요리토모(源頼朝)로부터 신뢰를 얻지 못하여, 요리토모는 규슈를 제압하기 위해 본향인 간토에서는 무명에 가까운 가문이었으나 자신 측근으로 발탁하여 중용하고 있던 쇼니 가문(少弐氏), 오토모 가문(大友氏), 시마즈 가문(島津氏)을 자신의 대리로 규슈 각지의 슈고로 임명하였다. 지쿠젠국, 히젠국, 부젠국은 쇼니 가문이, 지쿠고국, 히고국, 분고국은 오토모 가문이, 사쓰마국, 오스미국, 휴가국은 시마즈 가문이 통치하였고, 그 밑의 지토(地頭)로써 마쓰라 가문(松浦氏), 아키즈키 가문(秋月氏), 가마치 가문(蒲池氏), 기쿠치 가문(菊池氏) 등의 다이라 씨 측의 무가 가문이 그 지역을 통치하였다. 센고쿠 시대 초기에는 쇼니, 오토모, 시마즈 이들 세가문이 권익을 지키기 위해 자립하려는 호족들과 다투게 된다.
쇼니 가문은 무로마치 막부의 규슈 통치 기관인 규슈 단다이(九州探題)와 대립하였기 때문에 무로마치 시대 후기에는 상당히 쇠퇴하여, 지쿠젠, 부젠의 호족인 무나카타 가문(宗像氏), 아소 가문(麻生氏) 등은 주고쿠 지방의 오우치 가문(大内氏)의 영향권 아래에 있었다. 쇼니 가문은 히젠, 쓰시마의 병력을 이끌고 오우치 가문을 공격하였으나, 오히려 오우치 가문으로 이반한 슈고다이 류조지 가문(龍造寺氏)의 하극상으로 멸문되었다. 류조지 가문은 오우치 가문의 당주 오우치 요시타카(大内義隆)가 그의 중신 스에 다카후사(陶隆房)에게 살해당하자 히젠에서 자립하였고, 지쿠젠과 부젠은 오토모 가문의 간섭을 받게 되었다. 후에 주고쿠의 패권을 장악한 모리 가문(毛利氏)과 오토모 가문(大友氏)은 지쿠젠 북부를 두고 전쟁을 벌이게 된다.
오토모 가문은 분고 후나이를 거점으로 하였고, 그의 중신들은 지쿠고 남부의 호족 가마치 가문(蒲池氏)을 중심으로 지쿠고를 통치하였다. 나아가 오토모 가문은 히고의 아소 가문(阿蘇氏)과 사가라 가문(相良氏) 그리고, 휴가의 이토 가문(伊東氏)에게도 영향력을 미쳤다. 또 오토모 요시시게(大友義鎮)는 기독교를 보호하며 남만무역을 장려하였다. 휴가의 이토 가문이 시마즈 가문에 쫓겨 오토모 가문에 의탁해오자, 이를 기회로 삼아 오토모 가문은 휴가로 침공하여 시마즈 가문과 휴가 다카조가와라(高城川原)에서 일전을 벌였지만 대패하고 말았다(미미가와 전투(耳川の戦い)). 이 전투 이후 오토모 가문의 세력은 급속히 쇠퇴하였고, 히젠의 류조지 가문이 세력을 키워 류조지 다카노부(龍造寺隆信)의 지휘 하에 잠시나마 오토모·시마즈 가문과 자웅을 겨룰정도로 세력을 떨쳤다 그러나 시마즈 가문과의 오키타나와테 전투(沖田畷の戦い)에서 패배하여 당주 다카노부를 잃은 류조지 가문은 급속히 쇠퇴하고, 중신 나베시마 나오시게(鍋島直茂)의 손아귀에 들어갔다.
센고쿠 시대 초기에 시마즈 가문은 일족의 내부 권력다툼과 휴가의 호족 이토 가문의 공격 등으로 그리 순탄치는 않았다. 그러나 분가인 이자쿠 시마즈 가문(伊作島津家)의 시마즈 다다요시(島津忠良)의 아들 시마즈 다카히사(島津貴久)가 종가를 계승한 후 안정을 되찾았으며, 그의 아들 시마즈 요시히사(島津義久)의 지휘 아래 이토 가문과의 기자키바루 전투(木崎原の戦い), 오토모 가문과의 미미가와 전투(耳川の戦い), 류조지 가문과의 오키타나와테 전투(沖田畷の戦い)에서 각각 승리하여 규슈 전역을 거의 제패하였다. 하지만 도요토미 히데요시(豊臣秀吉)의 규슈 정벌에 패배하여 사쓰마, 오스미 2개국에 만족해야만 했다.
막부는 재정 확보를 위해 농업 진흥책을 강구했다. 그 결과 신전지가 늘어났으며, 여러 농기구가 발달하면서 농업 생산량은 이전 시대보다 증가했다. 또한 농업 기술도 발전하게 되었는데, 각 막부는 우마(牛馬) 경작법을 각 지역에 전국적으로 보급했으며, 농학도 발달하며 미야자키 야스사다의 『농업전서(農業全書)』가 쓰여지는 등, 각종 학문적 성과를 이루기도 했다.
옻나무·차·닥나무 이외에도 담배·창포 등이 각지의 특산물로서 재배되었다.
이전 시대에 비해서 화폐 사용량이 보편화된 시기였다. 때문에 연공으로서 수납된 쌀과 특산물 등을 주로 화폐로 교환했다. 초기에는 제번들이 자신의 근거지에 물자 창고를 설치하여 물자를 보관했고, 직접 거래 형식으로 물품을 판매했지만, 얼마 가지 않아서 전문 상인 집단인 구라모토(藏元)와 가케야(掛屋)가 생기면서, 간접 거래 형식이 활발히 일어났다.
상업 구조의 발달은 도이야(問屋)·나카가이(仲買)·고우리(小賣) 등의 전업 방식을 초래했다. 이 중에서도 도이야와 나카가이는 공동 이익 꾀하고 피해를 최소화하기 위해 동업회인 나카마(仲間)를 결성한다. 니카마는 당시 공급과 유통 체계를 독점했으며, 오늘날의 사규(社規)와 같은 동업 규칙을 만들어서 자신들이 이끌던 상공업 종사자를 효율적으로 통제했고 동시에 물가 조절의 한 축을 담당하기도 했다. 막부는 영업세를 받아서 군사를 정비하기 위하여 이 조직을 18세기 초에 공인하기에 이르렀고, 공인된 니카마는 가부나카마(株仲間)라고 불렸다. 이러한 상업의 발달은 일본의 도시와 교통이 발전하는 결과를 가져왔으며, 임업의 확대를 초래했다.
노예무역은 헤이안 시대 말부터 시작되었으나 발달된 시기는 센고쿠 시대였다. 이는 상대적으로 개발이 조금 되었고 만성적으로 노동력이 부족한 지방에 막부가 난립되면서 노예 수요가 상당히 높아진 것과 관련이 높다. 또한 당시 일본 전역에 포르투갈인들 과 네덜란드인 상인들이 있었는데, 이들 중 노예무역을 전문적으로 다루는 상인이 적지 않게 있었으며, 이들은 다른 지역에 비해 저렴한 값에 노예 거래를 할 수 있는 일본에서 노예무역을 했다. 막부는 이들에게서 화승총(조총)을 받는 대가로 노예 거래를 했다. 노예 거래는 주로 규슈 지역에서 활발했으며, 번주의 명령으로 암암리에 실행되었으나 전문적인 노예상도 또한 존재했다. 그러나 실제로 거래된 '노예'는 노예 신분이라기보단 각 막부에서 납치 등 인신매매를 통해 끌려온 평민들이 대다수였다. 또한 전문 노예상이 직접 인신매매에 가담하여 거래에 쓰일 사람을 납치하기도 했으며, 일부는 채권-채무 관계를 이용하여 채무자를 노예로 팔기도 했다.
또한 이 시기는 상업과 금융이 극도로 발달한 동시에 부자와 거지의 격차가 상당히 증가하던 시절로, 빚 또는 가난에 시달리던 평민 계층이 자식을 파는 행위가 흔했던 것으로 보인다.
이 시기는 과거 시대에 이어온 율령 체제가 붕괴되었던 시기였고 통일된 법 체계가 존재하지 않았기 때문에 저러한 행위를 처벌할 수 있는 방도는 없었다. 도쿠토미 소호가 저술한 『근세일본국민사』에 따르면, 이 시기 인신매매를 통한 노예무역의 실상은 참담한 것으로 보이며, 센고쿠 말 성노예로 팔려나간 여성들의 수만 해도 약 50만명에 달했다고 추정된다.