레콩키스타 역사
한편 무와히드 칼리파조가 내전에 휩싸인 동안 힘의 공백을 감지한 레온-카스티야 왕국과 포르투갈 왕국은 1225년부터 무와히드 칼리파조의 알안달루스 영토를 잇달아 침공해왔다. 하지만 무와히드 칼리파조는 이를 막을 여력을 이미 상실해버린 상태였고, 숫적에서 압도적인 열세였던 알안달루스의 도시들이 공격을 받자 곧바로 항복한 덕분에 1225년 말에는 이미 포르투갈의 군대가 이베리아 최남단의 세비야까지 도달했다. 이러한 일이 발생하자 알안달루스의 도시들도 무와히드 왕조를 신뢰하지 못하게 되었다. 기독교 왕국들은 계속해서 이베리아 반도 내의 무와히드 알안달루스 영토를 조금씩 빼앗았고, 무와히드 칼리파조가 이베리아 반도를 제대로 지켜내지 못하면서 분노한 민중들이 알 안달루스 곳곳에서 봉기를 일으켰다. 결국 1228년 말에 이르면 사실상 알안달루스 대부분은 무와히드 칼리파조의 영향력에서 이탈했고, 다시 타이파 시대가 시작되었다(제3차 타이파 시대).
알안달루스의 무와히드군 역시 이를 지켜보기만 했던것은 아니었지만, 1230년 알랑게 전투에서 대패하여 궤멸적인 타격을 입었다. 알 안달루스 총독부는 필사적으로 저항했으나 이미 궤멸된 군대로는 무리였다. 안달루시아 지방의 최후의 이슬람 도시들은 절망적인 상황에서 마지막으로 베르베르인들에게 도움을 청하였으나, 무와히드 칼리파조는 다시는 이베리아로 돌아오지 못했다. 내전과 쇠퇴를 거듭하던 무와히드 칼리파조는 1269년 휘하에 있던 마린 부족(Banu Marin)에게 멸망하고 말았다. 그뒤 모로코 지역에는 마린 술탄국, 알제리 지역에는 자얀 왕조, 튀니지 지역에는 하프스 왕조가 각각 건국되었다.
그 후 카스티야 왕국의 페르난도 3세가 1236년 한 때 알안달루스의 중심지였던 코르도바를 함락하고 12년 후인 1248년 여세를 몰아 세비야까지 함락시켰다. 무와히드 칼리파조의 알안달루스 패권 붕괴 이후 또다시 등장한 타이파들은 이미 강력한 세력으로 성장해버린 기독교 왕국들의 상대가 전혀 되지 않았다. 1228년부터 1248년까지, 레콩키스타는 전례없는 엄청난 진전을 보였다.
1249년 포르투갈의 아폰수 3세가 포르투갈의 마지막 이슬람 거점이던 파루를 함락시켜 알가르브 지역을 완전히 장악하면서 포르투갈 왕국의 레콩키스타는 끝을 맺었고, 무르시아나 니블라와 같은 잔존 타이파들 역시 1270년대까지 모두 카스티야 왕국 및 아라곤 왕국에게 정복당하여 그들의 영토로 편입되었다. 다만 이슬람 세력이 완전히 축출되지는 않았는데, 1232년 무함마드 이븐 나스르가 카스티야 왕국에 예속되는 것을 조건으로 이베리아 최남단인 그라나다에 나스르 왕조를 창건했기 때문이었다. 나스르 왕조는 이후 1492년까지 존속하여 알안달루스의 명맥을 이어나갔다.
무와히드 칼리프조를 멸망시킨 마린 술탄국 역시 레콩키스타의 성공에 가만히 있지 않았다.
1275년, 마린 술탄국은 지브롤터 해협 너머의 알헤시라스 지역을 나스르 왕조로부터 양도받은 이후로 이베리아 반도 남부에 수 차례 개입하기 시작했다. 그들은 1310년에 카스티야의 공세를 가볍게 격파했으며 뒤이어 알메리아에 행해진 아라곤 왕국의 공세 역시 격퇴해내는 등 기독교 왕국들의 레콩키스타 저지를 성공적으로 수행하고 있었다. 그 결과 기독교 세력은 1340년 리오살라도 전투를 통해 이베리아 반도에서 마린 술탄국을 완전히 축출할 때까지 레콩키스타에서 이렇다할 성과를 거두지 못했다. 결국 명목상의 이유 뿐만 아니라 마린 술탄국으로 대표되는 이슬람 측의 반격이 나름 성공을 거두고 있었던 것도 레콩키스타의 종료가 훗날로 미뤄지는데 한몫을 했던 것이다.
13세기 중반부터 15세기 후반까지, 알안달루스의 유일한 영토는 이베리아 반도 최남단인 그라나다를 중심으로 하는 그라나다 토후국밖에 남아있지 않았다. 이들은 비록 기독교 왕국들에게 포위당하는 형세를 띠고 있었기는 했지만 지중해 무역 네트워크에 긴밀하게 연결되어 있어 매우 부유했으며 상당한 수준의 문화적, 경제적 번영을 누렸다.
그라나다 토후국은 시에라 네바다 산맥을 자연 방벽으로 삼으면서 레콩키스타에 항전하고, 마린 술탄국의 도움을 받거나 기독교 왕국들 사이의 내분을 유도하여 자신들의 통치를 연장시켜 나갔다. 또한 수도 그라나다는 무슬림 난민들을 대거 수용하면서 15세기 즈음에는 유럽에서 가장 큰 대도시 중 하나로 성장했으며, 대서양과 지중해 사이의 무역 허브로서 타국의 상인들을 끌어들였다.
유수프 1세(1333~1354)와 무함마드 5세(1354~1359, 1362~1391)의 통치 하에서, 그라나다 토후국은 14세기 말까지 대내외적으로 전성기를 구가했다. 이 시기에 이븐 알 카티브, 이븐 잠락, 이븐 칼둔과 같은 위대한 인물들이 그라나다 궁정에서 활동을 하며 그 이름을 알렸다. 한편 이 무렵에 세워지고, 오늘날 스페인에 남아있는 그들의 유산 중 가장 유명한 것은 그라나다에 있는 요새화된 궁전 복합단지인 알람브라 궁전이다.
1469년, 아라곤 왕국의 왕자 페르난도와 카스티야 왕국의 공주 이사벨이 결혼하며 양국의 연합이 가시화되었다. 그리고 1474년에 이사벨이 카스티야 왕이 되자 페르난도는 공동왕이 되었고 1479년, 페르난도가 아라곤의 왕으로 즉위하면서 카스티야-아라곤 연합 왕국이 탄생하였다. 교황은 그들에게 가톨릭 군주라는 칭호를 주며 그라나다에 대한 십자군을 선포하였다. 그리고 1482년, 그라나다 토후국의 술탄 핫산에게 페르난도 2세는 평화를 대가로 조공의 양을 늘리라 요구했다.
애초 강경파에 속했던 핫산은 이에 불복하였고 조공을 바치는 비용으로 무기를 제작했다. 이에 카스티야 군대가 그라나다 겨우 30여 km 떨어진 알하마를 공격했다. 그러자 그라나다에서 반란이 일어나 핫산이 추방되었고 그의 아들인 보압딜이 무함마드 12세로 즉위했다. 한편, 핫산은 동생 엘 사갈의 영지인 말라가로 피신했다. 이후 그라나다와 말라가 사이에 내전이 벌어졌고 핫산은 가톨릭 군대와 연합해 보압딜을 패배시킨 후 복위하였다. 혼란을 틈타 카스티야 군대는 그라나다 왕국 깊숙히 진격하여 1484년 6월에 알하마, 같은 해 9월에 세테닐을 함락시켰다. 동시에 페르난도 2세는 보압딜을 석방하면서 그라나다의 내전을 재차 유도하고자 했다.
1485년 5월, 그라나다 왕국의 서부 요충지인 론다가 함락되었고 이에 핫산은 다시 폐위되었다. 그리고 그의 복위를 도왔던 동생인 엘 사갈이 무함마드 13세로 즉위했다. 하지만 그 역시 1486년에 로하, 그리고 결정적으로 1487년 8월에 그의 세력 기반이던 말라가를 상실하자 폐위되었다. 따라서 그의 조카인 보압딜이 복위하였고 카스티야 군대를 막기 위해 노력했지만 역부족이었다. 1489년에 바자와 알메리아까지 함락되며 무함마드 12세의 영토는 그라나다 일대로 축소되었다. 무함마드 12세는 페르난도 2세에게 자신을 왕으로 세워주겠다는 약속을 상기시켰으나 돌아온 대답은 무조건 항복이었다.
그라나다의 도움 요청은 이베리아 반도를 넘어 이슬람권 각지에 전해졌고 특히 이집트의 맘루크 술탄은 관심을 보이기도 했으나 결국 파병하지는 않았다. 그런 절망적인 상황에서 1491년 4월에 그라나다 포위가 시작되었고 8달이 흘렀다. 그라나다의 식량이 떨어지자 무함마드 12세는 더이상의 저항은 무의미하다는 것을 인지하고는 은으로 십자가를 만들어 항복했으며, 11월 25일에 가톨릭 군주들과 그라나다 조약을 체결하였고 페르난도 2세는 무함마드 12세가 그를 따르는 사람들을 이끌고 스페인을 떠나는 것을 허락했다. 그리고 1492년 1월 2일에 성문을 나와 선조들의 땅인 북아프리카로 향하니, 782년간 지속된 스페인에 대한 이슬람 지배의 종결이었다.
1415년, 마린 술탄국이 재정적 어려움을 겪는 틈을 타서 포르투갈 왕국은 지브롤터 해협 너머의 세우타를 점령하였다. 1418년 마린 왕조는 탈환을 시도했지만 실패하였다. 이것을 서구 제국주의의 첫 출발이자 대항해시대의 시작으로 평가하기도 한다.