일본국유철도 103계 전동차 JR분사 후의 상황과 각 회사마다의 개조
3500번대는 쿠모하 103형 유닛의 반대측의 모하 102형에 운전대가 설치되어 조성되었지만, 이 그룹은 체질 개선 40N 공사 시공이 끝난 중간 모하 유닛에서 개조되었다. 이것은 이 시기 체질 개선 공사는 간략화한 체질 개선 30N 공사로 이행하고 있던 후 3500번대에 개조되지 않고 남아 있던 쿠모하 103형 유닛은 연식이 오래된 차량이 많고, 게다가 후술대로 전면 형상으로 변경이 있기 때문에 기존의 운전대가 그대로 사용할 수 없는 사정이 있었기 때문이다. 따라서 기존 차량 염출을 위해 모리노미야 전차구나 나라 전차구의 103계 편성에서 중간 모하 유닛이 염출되어 양단에 운전대가 설치되었다. 운전대 형상은 지금까지의 개조차에서 큰 폭으로 변경되고, 전조등이 창 아래에 배치되어 2편성 연결 시에 승객이 통행할 수 있도록 관통문이 설치되어 #1500번대에 가까워졌다. 이 조치는 같은 시기에 개조된 쿠모하 115형 1600번대와 비슷하다. 또한 쿠모하 102형에 JR 서일본의 103계로는 처음으로 화장실이 설치되었다. 이것은 서양식이지만 휠체어 대응은 아니다. 게다가 쿠모하 103형의 일부는 동계의 가선 서리 제거용으로 운전 대상부에 팬터그래프가 증설(이하 2팬터차로 표기)되어 있다. 스이타 공장에서 개조된 차량과 시모노세키 차량센터에서 개조된 차량에서는 바닥 면 비닐 크로스의 색이나 처면 부분 화장판의 고정 방법 등 세세한 부분에서 사양이 차이가 난다. 또한 완성이 전철화보다 빨라 등장 후 얼마간 아보시역 등에 유치되고 있었다. 3500번대와 함께 비교적 분할·병합이 많은 노선으로 배치되지만 어느 쪽도 전기 연결기 등은 탑재되지 않았다.
2005년 4월 25일의 후쿠치야마 선 탈선 사고로 인해 파손된 207계의 일부 폐차 및 기존 차량의 띠색 변경 공사, 117계의 ATS-P형 탑재로 인해 해당 노선에서 퇴역하는 상황이 겹쳐 차량이 부족하게 되었다. 요즘은 신차 투입으로 인한 아보시 종합 차량소의 113계나 미야하라 종합 운전소의 103계의 폐차·전출이 거의 완료되어 일시적으로 대체차가 부족하여 필요 차량을 JR 동일본에서 구입해 조달하였으며 무사시노선에서 사용되고 있던 8량 편성 1편을 같은 해 7월 28일자에 양도했다. 덧붙여 도착까지의 사이는 모리노미야 전차구가 대출한 오사카 순환선의 차량이 부족분을 보충하고 있었다. 이러한 차량은 기존의 서일본차와 편성을 새로 짜넣을 수 있어 선두 2량이 히로시마 지구, 나머지의 중간차 6량이 간사이 지구에 배치되어 현재까지 뿔뿔이 흩어져 사용되고 있다. 차량 부족이 해소되면서 차례차례 도어 포켓창 폐쇄 공사를 했지만, 관통문은 작은 창문을 계속 탑재했기 때문에 더 이상의 연명 공사는 이뤄지지 않았다.
이상과 같은 개조를 받으면서 많은 차량이 지금도 운용을 계속하고 있지만, 교체도 진행되고 있어 단편성화로 잉여가 된 사하를 시작해 WAU102형 탑재차나 노후화된 초기차, 또한 유닛 창문의 1971년 ~ 1972년 제조차 일부에도 폐차가 발생하고 있다. 가타마치선(갓켄도시 선), 도카이도·산요 본선(JR 교토·고베 선), 후쿠치야마선(JR 다카라즈카 선)은 JR 도자이선으로의 입선 대응이나 고속화를 위해 207계로 교체되어 이미 소멸되었다. 산요 본선 오카야마 지구도 롱시트인 점이나 화장실이 없는 점이 혹평을 받았기 때문에 213계 등으로 교체되어 일단은 소멸했지만 2006년 들어 히네노 전차구 및 나라 전차구의 잉여차(모두 4량 편성)가 도장을 그대로 유지한 채 행선 표시막을 변경 후 전속하였으며, 오카야마 지사 관내의 전철화 구간에서 운행을 재개하였다. 2006년 ~ 2007년에는, JR 교토·고베·다카라즈카선 계통에 신형 통근형 전동차인 321계가 투입되어 201계가 오사카 순환선·사쿠라지마선(JR유메사키 선)·간사이 본선(야마토지선), 205계가 한와선에 전용된 관계로 서일본 전역으로 대규모 103계의 전속과 폐차를 실시했다. JR 동일본의 경우와 달리 JR 서일본에서는 향후 당분간 103계를 사용한다는 방침때문에 편성 대체에 의한 연명 공사 시공차나 후기 제조차로 상태 불량차를 교체하는 103계 간의 교체도 많이 볼 수 있었다. 이에 따라 이전보다 수가 줄어들었지만, 현재도 초기 제조차, #연명 공사 미시공차도 재적된 채로 영업 운행이 계속되고 있다.
지쿠히선의 낮 시간대 일부 편수가 3량 편성으로 운행되면서 원래 6량 편성인 편성을 2개로 분할하고 중간 운전대를 설치하는 개조를 실시했다. 원래 선두차 방향에 따라 '쿠하 103형 모하 103형-개조 쿠모하 102형(홀수 편성)'과 '개조 쿠모하 103형 모하 102형 쿠하 103형(짝수 편성)', 두 가지 방법의 편성 패턴이 존재한다. 쿠하의 전면 관통로가 비상용인데 비해 개조 선두차는 병결 시 통로를 만들기 위해 105계 사양의 전면이 설치되었다. 또한 자동 통로막이나 전기 연결기가 설치되어 있는 점과 ATC가 설치되어 있지 않은 점에 차이점이 있다. 6량 편성 9편 중 4개 편성이 개조되어 3량 편성 8개 편성이 되고 있지만, ATC를 탑재한 선두차(쿠하)의 방향의 차이에 의한 운용은 2종류로 나눌 수 있다. 현재 역에서 운임을 수수하는 1인 승무를 실시하고 있다. 또한 1인 승무 대응 편성에는 차량 외부 스피커를 추가 설치한 것 외에 출입문 개폐 시의 안전 확인 대책으로 액정 모니터를 장착하여 역 승강장 설치의 카메라로부터 영상을 확인하며 승무원이 출입문의 개폐를 실시하고 있다. ATC를 사용하기 때문에 니시가라쓰 ~ 치쿠젠마에바루 간 1인 승무의 3량 편성으로서 운행하고 지하철 공항선으로 직결운행할 때에는 치쿠젠마에바루에서 쿠모하를 중간에 연결하여 홀수 편성+짝수 편성으로 6량 편성을 조성하여 입선하는 운행 형태이다.
JR 규슈에서는 일본국유철도 시대에 일어났던 건널목 사고에 대한 대책으로 일부에만 선두차에 스커트를 설치했지만, JR화 후에 전 차량 설치를 완료했다. 또한 2002년도 하반기에 103계로서는 처음으로 화장실을 설치했다. 모든 편성의 가라쓰 측 선두차(쿠하 103형 홀수 번호차 또는 쿠모하 103형)의 차단부의 끝 측에 신체장애자용 대형 서양식 화장실을 설치하였으며 화장실 설치 부분의 측창·처창을 매입하여, 휠체어 공간으로 바뀌고 화장실도 측창이 4분의 1정도로 축소되었다. 이 개조로 JR 규슈의 전동차 편성 화장실 설치율이 100%가 되었다. 현상이지만 부식 대책도 타 번대와 달리 철저하여 차량 상태는 좋기는 하지만, 자동 열차 운전 장치를 지원하지 않는 점 등에서 본래의 제조 목적인 지하철 구간 직통운행은 1일 18왕복으로 감소하였다. 또한 VVVF 인버터 제어의 303계에 비해 저항제어로 회생제동이 없는 103계는 정지·기동을 돌려주지 않는 것이 에너지 효율 측면에서 유리하다고 말하는 이유이며 쾌속 열차로는 당분간 303계가 아닌 본 형식이 충당되고 있고, 그 쾌속 운용도 일부를 303계에 양보하고 있다. 그러나 3량의 1인 승무 운행도 본 형식만이 대응하고 있어 당분간은 교체되지 않는다. 105계 서일본 여객철도의 기반으로 제작 되었다.