카이두 칸 생애
나얀이 패한 이후 대부분의 반란 가담 세력들은 쿠빌라이에 항복하였다. 쿠빌라이가 동쪽 반란군을 상대하는 동안, 서부에서 카라코룸으로 진군했던 카이두는 쿠빌라이의 손자인 카말라군, 장군 바얀의 군대와 교전했다. 카이두가 카말라를 격파하는 등 우세한 전황을 유지했지만, 나얀을 평정한 부쿠빌라이가 온다는 소식을 듣고 본국으로 회군하였다. 1288년 1월 카이두는 다시 군사를 이끌고 몽골고원 서부를 점령했으며, 쿠빌라이 카안은 부마 창길(昌吉), 왕족 아지리(也只烈), 차크라(察乞兒), 카단(合丹) 등을 보내 카이두를 상대하게 했다. 이들은 카이두 군대를 몰아내지 못했다.  그해 4월 쿠빌라이의 손자 테무르의 군대에 패배하여 물러났다. 1288년 6월 카이두는 장군 암바이(暗伯)를 보내 몽골고원 서부를 공격했으나, 원나라의 장군 원수(元帥) 아리타이(阿里帶)에게 격퇴당했다. 그해 10월과 12월 다시 몽골고원 서부를 공략했지만 모두 격퇴당했다. 이 원정이 실패한 후 카이두는 산발적인 전투를 몇 번 더 벌였으나 바얀의 방어에 막혀 큰 성과를 거두진 못했다.
1289년 쿠빌라이는 친히 군사를 이끌고 카이두를 상대했지만, 체포하지 못하고 카이두 군대를 원나라 국경 밖으로 쫓아낸 뒤 되돌아갔다.
1289년 7월 4일 카이두는 군사를 이끌고 몽골고원으로 들어와 카라코룸을 공략했다. 쿠빌라이 칸은 투그투카와 진왕 카말라의 군대를 보내 진압하게 했다. 카이두는 항가이산맥 근처에서 카말라 군대를 격파하고, 투그투카의 군대를 카라코룸 인근에서 쫓아낸 뒤 카라코룸을 점령하였다. 쿠빌라이는 장군 바얀, 이슈투무르 등 장군들과 선위사(宣慰使) 기복(奇卜), 동지(同知( 나이만타이(奈曼岱) 등을 보내 교전, 그해 7월 카이두는 다시 카라코룸에서 퇴각하였다. 1292년 키르기스를 정벌, 복속시켰다. 그해 가을 킵차크인 투투카가 군대를 이끌고 알타이 산으로 오자, 알타이 주변의 카이두에게 복속한 3천여 호가 투투카에게 귀부했다. 카이두는 장군 파라차르를 알타이산으로 보내 투투카 군대를 몰아냈다. 1292년 10월 다시 군사를 이끌고 몽골고원으로 왔다가 다시 되돌아갔다.
1294년, 원나라를 건국한 쿠빌라이가 사망하고 그의 손자 테무르 올제이투가 제위에 올라 성종이 됐다. 쿠빌라이의 죽음을 계기로 다시 군사를 일으켜 원나라로 쳐들어왔으나, 테무르 올제이투에게 격퇴당했다. 즉위 직후 테무르 올제이투는 칙령을 내려, 자신의 지위, 재산을 지킬 목적으로 카이두에게 투항한 자들을 용서하겠노라고 발표했다. 이 발표 이후 카이두를 따르던 이들이 오랜 전쟁에 지쳐 원나라로 투항하면서 카이두의 세력은 급격히 줄어들었다. 1294년 12월 아사르 지역을 침공, 주민들을 포로로 잡아갔다. 1295년 카이두는 군사를 이끌고 일 칸국을 공략했으나, 기후와 환경 요인으로 성과를 거두지 못하고 되돌아왔다.
1297년 가을, 아리크 부케의 아들인 요부쿠르와 몽케의 손자 울루스 부카가 우구데이 칸국을 이탈하여 원나라로 귀환하였고 이로 인해 카이두의 세력은 크게 줄어들었다. 이들이 귀환하자 원 성종은 1298년 1월에는 지폐 천정을, 12월에는 쌀 1만석을 주어 이들을 회유했다. 이후 카이두는 지속적으로 원을 공격하였고 1298년에는 성종의 딸 조국공주 아야미시(爱牙迷失) 혹은 아야시리(爱牙失里)의 남편 고당왕(高唐王) 쾨르기즈가를 사로잡는 성과를 올리기도 했다.
두아, 체체투와의 전투에서 패하고 고립된 쾨르키즈를 사로잡아 그에게 귀순을 청했지만 쾨르키즈는 굴하지 않고 죽음을 택했다.
1297년 10월 원나라의 도지휘사 기철(奇徹)이 내몽골 자치구 파림지지(巴林之地, 현, 내몽골 자치주 빠린줘치)를 기습공격, 파림지지에 있던 카이두는 패주하였다. 1298년 카이두는 다시 원나라의 서부 지방을 공격하였다. 1299년 원 성종은 코코추 대신 쿨룩 칸 카이산에게 기갑부대를 딸려보냈고, 카이두와 두아 연합군은 카이산과 교전하였으나 성과가 없었다. 1299년 8월에는 카이두의 아들 오로스가 군사를 이끌고 알타이산맥을 넘었으나, 쿨룩 칸 카이산 군대에 패배하고 퇴각했다.
1300년 8월과 1300년 9월 카이두는 핫산(哈尚) 등과 다시 군사를 이끌고 카라코룸을 수복하려 했으나, 번번히 원나라 군대에 패배하였다. 카이산이 쏜 화살에 맞아 부상을 입은 카이두는, 일부 병력들의 육탄전으로 카라코룸을 탈출하였다.
그는 자신의 영지 내 관료, 백성, 정복지 주민들에 대해 종교적으로 관대했고, 이슬람에 다소 우호적인 태도를 취하였다. 유목민의 삶의 방식을 지키면서도, 차가타이 한국군과 원나라군과의 전쟁 중에도 마우수드 베그 치하의 부카라와 사마르칸트 등 중앙아시아의 몽골 도시들의 약탈을 금지하고 도시를 보호하였다. 카이두는 암말의 젖을 발효시킨 마유주나 포도주, 소주를 전혀 입에 대지 않아 자신의 아버지 카시, 할아버지 오고타이와도 달랐다.
카이두는 오고타이 가문이 몽골 제국의 대칸 자리와 권력을 회복하려는 야망을 포기해야 했지만, 차가타이 울루스에서 자신의 영향력을 유지할 수 있었다. 카이두에게는 14 명의 아들이 있었고, 라시드 알딘에 의하면 카이두의 아들은 24명이지만, 그는 아들들 대신 딸 쿠툴룬을 신뢰하여 그의 자문을 얻었다 한다. 일설에는 쿠툴룬이 자코모 푸치니의 오페라 투란도트의 모델이 되었다는 설이 있다.
만년에 카이두는 요통을 앓았다. 하지만 몽골 제국 내에서 자신의 세력과 영향력이 지속적으로 줄어드는 것에 위기감을 느끼고 있던 카이두는 1301년 아리크 부카의 차남 멜릭 테무르, 차가타이 칸국의 칸 두아와 함께 카라코룸을 점령하러 대규모 원정에 나섰다. 카이두와 두아 등은 알타이산맥을 넘어 카라코룸에 도착, 전쟁 초기엔 카이두의 군대가 우세하여 진왕 카말라와 그의 아들 예순 테무르군대를 압도했지만, 카이샨의 군대가 전장으로 지원되면서 전황은 급속도로 변했다. 그해 8월  카이산이 야밤에 소수의 병력을 이끌고 그의 막사를 급습, 카이두는 카이산이 쏜 화살을 뺨에 맞았다.
1301년 9월 차가타이 칸국의 칸인 두아는 전투 중 원나라 장군 아시(阿失)가 쏜 화살에 맞아 부상을 당해 본국으로 퇴각했고, 카이두는 예순 테무르군과의 전투 중 카라코룸 전투와 타밀 전투에서 입은 중상이 악화돼 퇴각하던 중, 1301년 9월 26일 카라코룸 근처에서 부상 후유증과 요통 합병증으로 사망하고 말았다. 혹은 타이칸 호수 근처에서 사망했다는 설이 있다. 사망일자는 1302년 8월 25일에 사망했다는 설도 있다. 일설에는 그가 3월 혹은 1303년 3월에 사망했다는 설도 있다.
군사적 재능이 뛰어나 아버지를 따라 전장에 나갔던 그의 딸 쿠툴룬이 그의 뒤를 잇고자 했으나 장수들이 따르지 않았다. 카이두는 죽기 전에 자신의 차남인 오르스를 후계자로 지명했지만 차가타이 칸국의 두아는 이를 무시하고 1303년 5월 혹은 6월에 서출 장남인 차파르를 옹립하였다.
카이두는 몽골인들로부터 최소한의 자원으로 전투를 수행했으며, 용기와 군사적 장점을 지닌 인물로 추모되었다. 그러나 카이두-쿠빌라이 칸의 오랜 전쟁으로 중국에서 중앙아시아를 거쳐 유럽, 중근동으로 가는 역참과 무역로는 대부분 폐쇄되었고, 원나라와 서방의 경제, 문화 교류는 차단되었다. 그 시신은 우구데이 칸의 자손들 일부가 묻힌, 일리강과 추강 사이에 위치한 손크루리크 산에 묻혔다. 딸 쿠툴룬과 그의 남편 아부 타쿨이 근처에 살면서 카이두와 일가의 묘지를 수호하였다.
카이두의 저항은 실패했으나, 카이두의 저항과 원나라에서의 연이은 테무르 칸의 사망, 테무르의 아들 테이슈의 요절, 퀼리그 칸 카이샨의 사망 등으로 중앙아시아는 몽골의 영향력에서 벗어났고, 몽골 황제의 권력으로부터 분리 독립되었다. 쿠빌라이 칸 정통론자들은 카이두를 군주로 인정하지 않고 신장 웨이우얼과 키르키스탄 일대, 간수성 서북쪽 일대를 점거한 반란군으로 보기도 한다. 서양의 문헌에서는 종종 그와 그의 삼촌 카단을 혼동하여 기록하기도 한다.
그의 뒤를 이어 즉위한 지 얼마 안 되어 차파르는 차가타이 한국의 두아와 대립하였고, 1306년에 두아의 군대와 원나라의 지원군에게 협공을 받았다. 양국 군대의 압박을 버티지 못한 차파르는 두아에게 항복했고 두아는 원나라와 함께 우구데이 칸국의 영토를 나눠가졌다. 그로부터 4년이 지난 1310년, 차파르는 다른 우구데이계 왕자들인 오르스, 얀기차르, 투그메와 함께 반란을 일으켰지만 진압당하고 나서 원나라로 망명했다. 차파르가 원나라로 망명하면서 우구데이 가문은 사실상 몰락하고 말았다.
그의 후손들 중 일부는 차가타이 한국으로 망명, 서차가타이 한국의 괴뢰 칸으로 추대된 다니시멘지는 카이두의 손자였다. 혹은 아들이라는 설도 있다.
신장 위구르 자치구의 바인골린 몽골 자치주에 있는 옌치에는 그의 이름을 따서 지은 카이두 강(開都河)이 있다.