김영삼 대통령이 되기 이전
8월 11일에는 김대중과 회동을 갖고 대통령후보 단일화 문제를 협의했으나, 김영삼의 조기 후보 단일화 주장과 김대중의 개헌 협상 후 조정 주장이 맞서서 별다른 성과를 거두지 못했다. 이후 9월 14일에는 김대중과 만났고, 김대중은 김영삼에게 36개 미창당 지구당 결성을 요청한다. 그러나 김영삼은 "대통령 선거를 앞두고 총선에서의 조직책 선정이나 다름없는 36개 지구당을 창당하는 것은 적전 분열을 일으킬 가능성이 있다. 그리고 경선을 하지 않을 바에는 굳이 잡음의 소지가 있는 36개 지구당 창당은 필요없는 것이다" 라고 주장하며 김대중의 주장을 일축한다. 계속된 토론에도 김대중과 의견일치를 보지 못하였다.
이후 9월 29일 김영삼 총재, 김대중 고문 간 후보단일화 회담을 하였으나 이견차이를 좁히지 못하고 실패하였다. 다음날인 9월 30일 김영삼은 김대중과 야당 후보단일화 협상을 벌였으나 양자간의 시각차이만 확인하고 결렬되었다. 야당 후보자들의 단일화를 촉구하던 재야인사들은 이를 '적전분열'이라며 강도높게 질타하였다. 10월 10일 통일민주당을 장악한 김영삼은 대통령 선거 출마를 발표하고 나서자 당내 경선에서 절대적으로 불리한 위치에 놓여있던 김대중은 10월 18일 통일민주당을 탈당하였다.
김대중과의 대선후보 단일화에 실패한 결과 1987년 11월에 김대중은 통일민주당을 탈당하여 평화민주당을 창당했다. 이후 김대중이 평화민주당을 창당하자 제13대 대통령 선거에서 2위로 28%의 득표율을 얻어 민주정의당의 노태우에게 패배하였다. 1987년 당시 노태우, 김영삼 대선 후보는 각각 광주 유세에 나섰다가 성난 시민들이 던진 돌과 화염병에 곤욕을 치렀다.
당시 김대중이 평민당을 창당하면서 젊은피 수혈이라는 정책을 펴서 학생운동권 중 민족 해방 계열 출신 청년 정치지망생들을 대량으로 영입하면서 언론 매체 등에서조차 통일민주당의 영향력은 감소했고, 충격을 받은 그 역시 다른 재야 인사 및 운동권 계열 인사 영입에 박차를 가하게 한다.
1988년, 제13대 국회의원 선거에서는 부산, 경상남도 지역에서만 압승을 거뒀을 뿐 수도권 지역에서는 김대중의 평화민주당에 패배하면서 제2야당의 당수로 밀려났다. 그해 3월에는 인권변호사로 유명한 김광일을 발탁하였다. 인권변호사인 노무현을 정치계에 발탁하기도 하였다. 이후 노무현을 전폭적으로 지원, 상도동 자택으로 수시로 불러서 면담도 하고 용돈도 넉넉히 지원해 주었다. 그러나 1990년 3당 합당과정에서 노무현이 반대하면서 결별하게 된다.
1989년 4월 27일 《이경현 살인폭력사태 국민대책위》 결성에 참여하여 폭력사태 진상규명, 평화시위 보장과 공권력에 의한 폭력중지, 공안합수부와 백골단해체 요구에 동참하였다. 87년 대통령선거 직전 김대중의 탈당에 대해 김영삼은 이를 '천추의 한'이라고 하기도 하였다.
이후 여소야대 정국에서 위기감을 느끼던 노태우 대통령의 민주정의당, 제2야당의 지위에 불만족을 느끼던 중 측근인 서석재의 구속으로 마음을 굳힌 김영삼의 통일민주당, 그리고 내각제 개헌을 노리고 있던 김종필의 신민주공화당이 물밑 협상하였다. 3당합당에 참여하게 된 원인으로는 '분열된 야당으로는 집권의 소망이 보이지 않았고 3당 통합을 계기로 기득권세력이 누리는 기본적인 고정 지지표와 충분한 정치자금을 확보하게 된다면 차기집권의 가능성이 있다고 판단하였다. 협상 끝에 1990년 1월 전격적으로 합당하여 민주자유당을 창당하였고, 김영삼은 민주자유당의 대표로 취임하였다. 한편 3당합당으로 민주자유당에 입당하면서 그는 구국적 결단이라고 주장하였다. 그는 집권여당의 관리자가 됨과 동시에 노태우 대통령 다음가는 당내 2인자의 자리를 차지하였으나 구 군사정권 출신자들은 반발하였다.
1990년 2월 9일 민주자유당 대표최고위원에 선임되고 5월 9일 다시 민주자유당 대표최고위원에 선출되었다. 그러나 군사 정권 관계자들은 그의 민자당 대표 취임식장까지 찾아와서 취임을 반대했지만 입구에서 저지당했고, 그의 민자당 대표 취임식은 강행되었다. 김영삼 옆에는 그가 신민당 시절부터 발탁한 측근들이 30년 이상 그를 보좌하였다, 돌격대 역할을 자임하던 측근 김동영, 김덕룡, 최형우와 박계동, 1990년 3당 합당으로 결별한 노무현 등이 있었고, 인재를 영입하는 것은 김광일이 담당하였으며, 각종 정치자금의 관리는 서석재, 김덕룡 등이 맡아보았고, 책사로는 황병태 등이 있었다. 이들은 김영삼을 믿고 절대적으로 따랐다.
1990년 10월 8일부터 평화민주당 김대중 총재가 '내각제 폐기, 지방자치제 실시'등을 내걸고 단식 투쟁을 시작하자, 10월 29일 김대중 총재를 찾아 내각제를 폐기하고 지방자치제를 실시하도록 힘써줄 것을 약속하였다. 노태우, 김영삼, 김종필 3인이 서명한 소위 "내각제 합의문"(內閣制 合意文)은 같은해 5월 9일 민자당 제1차 전당대회가 개최되기 직전인 5월 6일에 작성된 것으로 그 내용은 1. 의회와 내각이 함께 국민에게 책임지는 의회민주주의의 구현, 2. 1년 이내에 의원 내각제로 개헌, 3. 이를 위해 금년 중에 개헌작업에 착수한다는 내용을 담고 있었다.
당시 민정당계 중진들은 내각제 합의는 사실이라고 거듭 확인했으나 당대표인 김영삼은 이것이 자신을 정치적으로 음해하기 위한 의도적인 행위라고 비난하면서 당무를 거부하고, 내각제의 완전 포기와 당 대표의 실질적 권한보장이라는 조건을 내걸고 노태우 대통령에게 단독면담을 요구하였다. 그러나 노태우 대통령의 반응이 없고, 사태 해결이 그의 의도대로 진행되지 않자 마산으로 낙향해 버렸고, 김종필 최고위원은 김영삼 대표의 이러한 행위를 공개적으로 비난하였다. 그러나 여권 내의 분열과 정국의 파행을 우려한 나머지 노태우 대통령은 김영삼 대표가 요구한 내각제 포기와, 대표최고위원을 중심으로 대북한정책에 당의 결속 등을 약속함으로써 사태는 반전되어 김영삼 대표최고의원의 의도대로 수습되었다.
당시 민정계가 이 합의각서를 폭로하게 된 배경에는 김영삼 대표를 정치적으로 궁지로 내몰고, 그가 차기 대통령 후보로 선출되는 것을 방해하기 위한 구 민정당 내의 반 김영삼 세력의 정치적 계산이 그 저변에 깔려 있었으며, 이러한 일부 민자당내 민정계 의원들의 집요한 공작에도 불구하고 김영삼은 특유한 배짱과 정치적 승부수로 정치적 위기를 극복하고 당 대표 자리를 굳히게 되었다. 1991년 1월 26일 한국여성단체협의회를 방문, 여성단체협의회는 그에게 지자제 선거법 개정 건의문을 전달하였다.
1990년 10월 4일 오후 6시 40분쯤 한국외국어대학교에 재학 중 민학투련 출신이었던 탈영병 윤석양 이병의 폭로에 의해 국군보안사령부의 사찰대상 중 한 사람이 되어 노태우 정부로부터 감시당하였는 것이 밝혀졌다. 윤석양은 탈영 후 서울시 연지동 기독교회관 7층 한국기독교교회협의회 인권위원회 사무실에서 「양심선언」을 통해 탈영당시 보안사에서 갖고나온 동향파악대상자 개인색인표 신상철, 이들 내용이 입력된 컴퓨터디스킷을 공개했다. 보안사의 민간인 사찰문제를 논의하기 위해 민자당사에서 이상훈 국방부장관을 면담, 항의하기도 했다. 사찰 파장으로 국방부장관은 경질되었다. 10월 11일에 평민당사를 방문해 단식 중인 김대중 총재를 면회하였다.
한편 박철언은 내각제 개헌을 고수하였다. "전당대회 직전에 노태우 대통령과 김영삼, 김종필 최고위원이 내각제로의 개헌에 합의하고 각서를 만들었다." 1990년 10월 25일자 중앙일보는 다섯달 전 나갔던 이 기사의 약점을 완벽하게 보완하는 기사를 내보냈다. 합의각서의 복사본을 공개한 것이다.
김영삼 진영에서는 "합의 문서 공개는 김 대표(김영삼)를 궁지에 몰아넣어 대권을 주지 않으려는 정치공작이다. ...(이하 중략)... 국민이 원하지 않는 것은 절대로 할 수 없다." 그리고 "내각제를 백지화하라."며 저항했다.
한편 박철언은 내각제에 생사를 걸었다. 국회의원을 많이 거느린 사람이 권력을 움켜쥐는 내각제는 그를 위한 제도였다. 그는 다수파인 민정계의 실질적 리더였다. 그러나 내각제 개헌에서는 김영삼이 반대하면 실현할 방법이 없다는 치명적인 문제가 도사리고 있었다. 박철언은 내각제가 무너지면 자신도 무너지고 만다 고 보았고, 그는 무슨 수를 써서라도 김영삼이 내각제 합의에서 벗어나지 못하게 하려고 노심초사했다. 김영삼이 그렇게 꺼리던 내각제 합의 문서에 사인을 받는 것이 관건이었다. 박철언은 집착했고 결국 성공했다.
그러나 종이 한 장으로 김영삼의 발목을 잡을 수 있다고 생각했다면 단단히 오해한 것이었다. 1990년 10월 당시 김영삼은 울며 겨자먹기로 각서에 서명을 했지만, 그 합의를 지킬 생각은 처음부터 없었다. 대통령직은 실권이 사라진다는 점에 김영삼은 결사적으로 내각제를 반대했다.
1992년 3월 24일에 실시된 제14대 총선에서는 민주자유당내 각 계파간의 치열한 공천경합의 후유증 때문에 선거에서 단순 과반수도 확보하지 못하였다. 그가 이끌던 민주계는 부산을 제외한 전 지역에서 참패하였다. 민자당내의 다수파인 민정계는 당대표인 김영삼에게 총선 패배의 책임을 씌워 대표직에서 끌어내리려는 움직임을 보였다. 아러한 공세의 일환으로 민정계는 3당 통합 당시 3인의 총재들이 서명한 '합의각서 사본'(合意覺書 寫本)을 언론에 유출시켜 공개하였다.
노태우와 박철언은 김영삼이 없는 정권재창출의 묘책을 찾아야 했지만, 결국 성공하지 못했다. 노태우와 박철언은 전두환이 한때 후계자의 한 사람으로 고려했던 노재봉을 영입하였다. 노재봉 내각을 내세운 박철언의 공세는 마지막 발악이었을 뿐이었다.
김영삼은 내각제 개헌, 박철언에게 후계자를 주면 즉시 반정부 투쟁을 하겠다고 압박해왔고, 결국 노태우는 굴복했다. 1991년 4월 6일 박철언은 그의 지지 기반이던 월계수회의 고문직을 사임한다. 노태우의 명령이었다. 김영삼에 맞서 민자당 대통령 후보자가 되려고 했던 박태준과 이종찬의 운명도 박철언과 크게 다르지 않았다. 1992년 5월 19일 김영삼은 드디어 민자당 대통령 후보에 선출된다. '호랑이굴에 들어가 호랑이에게 잡혀 먹힐 것'이라고 김영삼을 조롱했던 사람들의 입에서 탄성이 흘러나왔다.
노태우, 김종필 등과의 3당 합당 과정에는 내각제 이면합의가 있었으나, 김영삼은 노태우를 압박하여 이를 백지화했다. 김영삼은 김윤환을 자기 편으로 끌어들임으로써 다른 경쟁자들을 물리쳤으며, 노태우가 박철언을 후계자로 삼으려 하자 강하게 반발하여 무산시켰다. 그 뒤 일부 민정계와 공화계 의원들의 반발을 누르고 민주자유당의 대통령 후보가 되었으며, 5월 18일에 민자당 대표 최고위원에 재취임했다.
결국 제14대 대통령 선거에 출마했으며, 1992년 10월 13일 부로 국회의원직에서 사퇴하였다.
제14대 대통령 선거에서 김영삼, 김대중의 출현을 못마땅하게 여기던 반공주의 세력과 군사 정권 세력은 야당 출신 인사들이 북한과 거래한다는 투의 의혹을 제기했다. 그러자 김영삼은 1960년 자신의 어머니 박부련이 무장공비에게 살해당한 점을 들어 위기를 모면하였다. 한편 민자당내 군사정권 출신 세력은 김영삼의 지도권에 반발하였으나, 대구·경북 출신의 군사정권 인사 정호용이 그에 대한 지지를 촉구하여 일시적으로 봉합시키기도 했다. 그러나 정호용의 ‘우리는 남이가, 같은 경상도이니 지지하자’는 만류에 의해 군사 정권 세력과 반공주의 세력은 김영삼 지지층과 김종필 지지로 나뉘었고, 그는 구 민주당계 인사와 경상남도, 부산 지역의 표심을 장악하여 대통령에 무난히 당선될 수 있었다.
1992년 14대 대선 당시 선거는 김영삼, 김대중, 정주영 후보의 3파전으로 격돌하였다. 김영삼측 선거대책회의 참석자들은 "우리가 남이가, 이번에 안 되면 영도다리에서 빠져 죽자"라는 등 지역 감정을 조장하는 발언을 해 크게 문제가 됐으며, 이런 사실을 폭로한 정주영 후보측은 불법 도청으로 인해 공격을 받았다. 이후 "초원복집 사건"으로 불린다. 지역감정을 부추기는 초원복집 사건에 대한 폭로가 오히려 영남표를 집결시키는 역풍을 일으켰다. 이때 김영삼을 못마땅하게 여겼던 대구, 경북 출신 군부인사인 정호용 등이 같은 경상도 임을 내세워 지지를 호소하였고, 일부 군사정권 인사들의 반발에도 불구하고 군정 출신 인사들의 표를 분산시켰다. 선거 유세과정에서 나온 "우리가 남이가"라는 말이 건배사 등에서 유행어로 크게 유행하였다. 시계판에 12시 자리에 0, 3시 자리에 3만 있는 판촉용 '영삼시계'가 선거 홍보물로 배포되다가, 선거일을 며칠 앞두고 선거관리 위원회에 대량 쌓여 있는 상태로 압수당하였다. 1992년 12월 18일에 열린 14대 대선에서 김영삼은 김대중을 193만 표차로 꺾고 대통령이 된다.
김영삼은 최초의 서울대학교 출신 대통령으로 기록됐다.
12월 22일 그의 고향 마을에서는 성대한 기념행사가 열렸다. 그는 당일 당선 통지서를 들고 고향으로 내려가 아버지 김홍조 장로에게 알리고, 어머니 박부련의 묘소에도 통지서를 들고 가 참배하며 눈시울을 붉혔다. 친목 모임을 표방했지만 민주산악회도 그의 든든한 지원군이었다.
그러나 군사정권 출신과 일부 보수 세력에서는 그의 등장을 인정하기를 거부했다. 김영삼의 사생활이 본격적으로 도마에 오른 것은 1992년 민자당 대선후보 때였다. 그 해 2월 20일자 LA매일신문에 '김영삼 씨의, 숨겨둔 딸 가오리, 뉴욕에 거주하고 있다.'는 기사가 실린 것을 시작으로 국내외 언론에서 동시다발적인 보도가 나왔다. 이 과정에서 LA매일신문 발행인 손충무가 긴급 구속되기도 했다. 당시 국내에서는 'ys의 숨겨둔 딸 가오리 양'의 이야기가 널리 회자화됐다. 나중에는 의혹이 눈덩이처럼 커져 "숨겨진 딸뿐만 아니라 아들도 있다더라"는 소문도 나돌았다. 군사 정권 출신 인사들은 이를 호재삼아 김영삼을 비난하는 근거로 활용했다.
김영삼이 대통령 집권 후 역사바로세우기와 과거사 청산을 발표, 조선총독부를 철거하고 금융실명제로 군사정권 인사들의 차명계좌를 동결시켰으며, 신군부와 하나회를 숙청하고, 광주민주화 운동을 격상, 전두환, 노태우의 비자금 수수를 폭로하게 한 뒤, 광주학살과 12.12의 책임을 물어 사법처리시키는 등의 일련의 행위들을 보이자 보수 세력은 그의 사생활을 들먹이며 집권기간 중 공격을 가하였다. 또한 보도된 LA매일신문의 편집책임자인 극우 언론인 손충무 기자의 구속과, 석방후 미국으로의 정치망명 역시 극우세력의 김영삼에 대한 악감정을 촉발시키는 계기가 됐다. 극우세력은 그의 사생활을 비난하면서 동시에 손충무의 구속과 망명을 언론탄압으로 규정하여 공세를 가하였다.
아들은 모르지만 딸 소문이 사실이라고 믿는 사람이 많아진 것은 김영삼이 임기를 끝마친 지 2년 가량이 지난 2000년 1월이다. 당시 자신을 '가네코 가오리(한국명 주현희, 일명 김현희)'라고 밝힌 여성이 김영삼 전 대통령을 상대로 친자확인 소송을 낸 것이다. 특히 가오리 양의 생모인 이경선 씨는 그해 미국 LA에서 '로스엔젤레스 선데이저널'과 인터뷰를 갖고 1960년대 초반 김영삼과의 만남, 가오리 양의 출산 이후, 일본인에게 양녀로 입양시킨 사연 등을 적나라하게 공개하기도 했다.
또한 이경선은 "김영삼 대통령이 취임한 직후인 1993년 가을부터 1998년 퇴임 직후까지 김기섭 안기부 기조실장으로부터 모두 23억 원을 받았다"고 폭로해 충격을 줬다. 뒤에 김대중의 숨겨둔 딸 의혹이 제기되었을 때 당시, 국회 정보위에 출석한 고영구 국정원장은 'DJ 딸의 존재가 사실이냐'는 기자들의 질문을 받고 처음에 "누구? YS의 딸"이라고 능청을 떨기도 했다.
다만 해당 숨겨둔 딸 의혹은 증명된바 없다. 그러나 혼외아들 의혹이 나중에 사실로 증명되었다.