보스니아 전쟁 전개
1994년 2월 28일 나토는 보스니아 중부 상공에서 세르비아 항공기 4기를 유엔 비행금지구역 위반 혐의로 전부 격추하였다. 3월 12일에는 유엔 보호군(UNPROFOR)이 나토의 공중 지원을 요청하였으나 승인 절차와 관련된 여러 지연 때문에 근접항공지원이 배치되지 않았다. 3월 20일에는 의료품과 의사를 태운 항공기가 1993년 5월부터 포위되어 미국 공군 항공기가 투하한 식량 공급으로 살아가고 있는 인구 10만명의 도시인 마글라이에 도착했다. 3월 23일에는 2차 호송대가 납치되어 약탈당했다.
1994년 4월 10일에서 11일 사이에는 유엔 보호군은 고라주데 유엔 안전지대를 보호하기 위해 공습을 요청하였고 미 F-16 전투기 2기가 고라주데 인근의 세르비아군 지휘부 전초기지를 폭격하였다. 이는 나토 역사상 처음으로 강행한 공습 작전이다. 이에 대한 보복으로 세르비아는 4월 14일 유엔 직원 150명을 인질로 잡았다. 4월 15일에는 고라주데 인근 보스니아군 방어선이 붕괴되었고, 4월 16일에는 영국군의 시 해리어 1기가 고라주데 상공에서 세르비아군에게 격추당했다.
1994년 4월 29일에는 투즐라에 있는 유엔 보호군 북유럽 대대의 일부로 파견된 보스니아 평화임무 수행 중인 덴마크 대표단(노르트바트 2)가 칼레시야 마을 인근에서 세르브계 보스니아인이 거주 중인 셰코비치 여단의 강력한 포격을 받고 있던 스웨덴 감시초소(탱고 2)를 구출하던 도중 매복에 당했다. 매복 작전은 유엔군이 뵐레방크 작전으로 알려진 대규모 포격 작전으로 보복하면서 전부 흩어졌다.
5월 12일에는 미국 상원에서 밥 돌이 발의한 보스니아에 대한 무기 금수 조치를 일방적으로 해제하자는 법안인 S.2042 법안을 통과하였으나 당시 미국의 대통령 빌 클린턴은 거부권을 행사했다. 10월 5일에는 미국 대통령이 공법 L. 103-337에 서명하여 세르브계 보스니아인이 10월 15일까지 연락집단의 제안을 받아들이지 않는다면 대통령은 무기 금수 조치를 종료시키기 위해 유엔 안전 보장 이사회 결의안을 즉시 제안해야 하며 11월 15일까지 결의안이 통과되지 않을 경우 안보리 결의안 제713호에 따라 모든 유엔 회원국이 요구하는 자금만으로 금수 조치를 시행할 수 있으므로 미국이 금수 조치에 필요한 자금 지원을 거부해 사실상 금수 조치를 종료시키기로 결정하였다. 11월 12일에서 13일 사이 미국은 보스니아 정부에 대한 무기 금수 조치를 일방적으로 해제하였다.
8월 5일에는 유엔 보호군의 요청으로 나토 항공기가 사라예보 인근의 무기고에서 세르브계 보스니아인이 무기를 입수했다는 첩보를 바탕으로 사라예보 안전지대 내의 목표물을 공습하였다. 1994년 9월 22일에는 나토가 유엔 보호군의 요청으로 세르브계 보스니아군의 전차 행렬에 공습하였다. 10월 25일에는 보스니아 헤르체고비나의 그라다차츠 인근 감시초소를 복구하는 목표로 덴마크 평화유지군이 지휘하는 유엔 보호군의 임무인 아만다 작전이 시작되었다.
1994년 11월 19일에는 북대서양이사회에서 크로아티아 내 유엔군 보호를 위해 크로아티아 지역의 근접항공지원 임무를 연장하는 안건이 통과되었다.11월 21일에는 보스니아 헤르체고비나의 비하치 지역을 향한 비행장에서의 공격에 대한 보복으로 나토 항공기가 세르비아가 장악한 크로아티아의 우드비나 비행장을 공습하였다. 11월 23일에는 보스니아 헤르체고비나 서북부의 오토카 남부에서 나토 항공기 2기를 향해 지대공 미사일 기지에서 공격해오자 나토가 오토카 지역의 방공 레이더 공습을 시행했다.
1995년 5월 25일, 나토는 중무기를 반환하지 않았다는 이유로 팔레에 있는 스릅스카 공화국군의 진지를 공격하였다. 스릅스카 공화국군은 투즐라를 포함한 유엔 안전구역 내를 포격하였다. 세르비아의 포격 테러로 투즐라에서만 71명이 사망하고 150명이 부상을 입었다. 4월에서 6월 사이엔 크로아티아군이 리프 1, 리프 2 작전으로 두 차례 공세를 펼쳤다 크로아티아의 두 공세로 리브노 계곡 전체를 확보하였고 스릅스카 공화국군이 장악한 보산스코그라호보를 위협하였다.
1995년 7월 11일에는 라트코 믈라디치 장군이 이끄는 스릅스카 공화국군이 보스니아 동부의 유엔 "안전지대"인 스레브레니차를 점령하고 스레브레니차 내 남성 8,000명 이상을 학살, 여성과 어린이는 보스니아가 장악한 영토로 강제 추방한 스레브레니차 집단학살 사건이 발생하였다. 당시 스레브레니차 내에 주둔하던 유엔 보호군인 네덜란드 평화유지군인 400명 가량의 더치배트는 스릅스카 공화국군의 마을 점령과 뒤따른 대학살을 막지 못했다. 구유고슬라비아 국제형사재판소(ICTY)는 크르스티치 재판에서 스레브레니차에서 일어난 행위가 집단학살이라고 판결했다. 1995년 7월 25일엔 세르비아는 유엔이 지정한 동부 보스니아의 또 다른 안전지대인 제파를 점령하기 위한 "스툽차니차 '95 작전"을 시작했다. 제파도 7월 25일 함락되었으며 뒤이은 학살로 보슈냐크인 116명이 사망했다.
7월 22일 투지만과 이제트베고비치 대통령 간에 체결된 스플리트 협정에 따라 크로아티아군과 크로아티아 국방위원회는 보스니아 서부에서 합동 군사 공세 작전인 여름 '95 작전을 시작하였다. 크로아트계 군사는 글라모치와 보산스코그라호보를 장악하고 크닌과 스릅스카 공화국 사이를 완전히 갈라놓았다. 8월 4일에는 크로아티아군이 스톰 작전을 시작하여 작전 며칠만에 세르비아 크라이나 공화국이 완전히 붕괴되었다. 이로써 보슈냐크계-크로아트계 동맹이 전쟁의 주도권을 쥐었고 9월에서 10월 사이에 스릅스카 공화국이 가지고 있던 보스니아 서부 지역 대부분을 빼앗는 데 성공했다. 1995년 9월 18일에는 노비그라드에서 크로아티아군이 우나 작전을 개시하여 우나강을 도하해 보스니아 내로 입성하기 시작했다. 2006년 크로아티아 정부는 우나 작전 기간 자행된 전쟁 범죄 혐의, 특히 보산스카두비차 지역에서 제2근위여단 제1대대가 민간인 40명의 살해한 혐의에 대해서 조사하기도 하였다.
크로아티아군과 크로아티아 국방위원회는 9월 8일부터 15일까지 미스트랄 2 작전으로 스릅스카 공화국이 점령하던 보스니아 중부의 야이체, 시포보, 드르바르 등의 마을을 점령하고 2,500 km²에 달하는 영토를 탈환하였다. 이와 동시에 보스니아 공화국군은 보스니아 서북부에서 사나 작전을 시작해 보산스카크루파, 보산스키페트로바츠, 클류치, 산스키모스트 등 여러 도시를 점령하고 스릅스카 공화국을 북쪽으로 밀어냈다. 9월 23일에서 24일에는 스릅스카 공화국이 보스니아 서부의 보스니아 공화국군을 향한 반격 작전을 시작하였다. 작전 2주만에 스릅스카 공화국군이 클류치 인근까지 진격하였다. 보스니아는 크로아티아에게 군사 지원을 요청하였고, 10월 8일 안테 고토비나 장군이 지휘하는 크로아티아군을 중심으로 크로아트계 군사의 남향이동 작전이 시작되었다. 이 공세로 스릅스카 공화국은 므르코니치그라드를 잃고 크로아티아 국방위원회 부대가 바냐루카 남쪽 25 km 지점까지 도달하였다.
8월 28일에는 스릅스카 공화국군이 사라예보의 마르칼레 시장을 박격포로 공격하여 43명이 사망하는 제2차 마르칼레 학살이 발생했다. 제2차 마르칼레 학살에 대응하여 나토 사무총장 윌리 클라에스는 세르브계 보스니아군 진지에 대한 광범위한 공습 작전인 딜리버레이트 포스 작전 개시를 발표했으며 유엔 보호군도 긴급대응군의 포격으로 공습 작전을 지원하였다. 1995년 9월 14일에는 나토의 공습 작전이 사라예보 인근의 중화기 철수 협정을 이행하기 위해 일시적으로 중단되었다. 12일 후인 9월 26일에는 보스니아 헤르체고비나, 크로아티아, 신유고 연방 3국의 외무장관이 미국 뉴욕에서 모여 평화협정의 기본원칙에 대한 합의가 이루어졌다. 10월 12일에는 60일간의 휴전이 발효되었고, 11월 1일에는 미국 오하이오주 데이턴에서 평화 협상이 시작되었다. 1995년 11월 21일에는 데이턴 협정이 체결되어 보스니아 전쟁이 종전하였으며, 12월 14일 파리에서 평화 협정의 최종안을 서명하였다.
데이턴 협정에 따라 보스니아 헤르체고비나 전역에 나토의 평화이행군(IFOR)이 배치되었다. 8만명 규모의 평화임무 수행 부대인 나토 평화이행군은 보스니아 내 평화유지임무를 시행하고, 인도적, 정치적 원조에 대한 지원을 제공하며 재건 사업을 도우며 피난민이 집에 돌아올 수 있도록 지원하며 무기를 수집하고 지뢰를 제거하며 피해 지역의 불발탄 및 군수품을 수거하는 임무를 맡았다.