일본국유철도 205계 전동차 전속
무사시노 선 ■□■: 0・5000번대 8량 편성, TcMM'TTMM'Tc' 또는 TcMM'MM'MM'Tc'
증비 및 103계를 퇴역시키기 위해 전입했다.
대부분의 모하는 5000번대화 개조를 시공했지만, 쿠하와 사하는 0번대이다. 증비용으로서 투입된 최초의 2편성은 주오·소부 완행선 편성에서 모하 유닛 1조를 염출한 것으로 외에는 야마노테 선 편성에서 모하 유닛 1조와 사하 204형을 염출한 것, 염출한 모하 유닛 2조로 비교적 젊은 번호의 쿠하 2량과 사이쿄 선 출신의 잉여 사하 2량을 조성한 것으로 일단 난부 선에 배속된 편성에 사이쿄 선 출신 잉여 사하 2량을 조성, 전용 계획 변경에 수반하여 원래 무사시노 선용이었던 모하 유닛 1조를 VVVF화해서 조성한 것(아래와 같이 M32편성)의 합계 5패턴이 존재한다. 따라서 출입문 창의 크기가 고르지 않은 편성도 존재한다.
원래 무사시노 선용은 원조 선두차(투핸들 마스콘 차)만 배치될 예정이었다. 그러나 전술한 계획 변경으로 사이쿄 선으로 원조 선두차를 포함 6M4T 편성을 충당(하치코 선·가와고에 선용 205계 3000번대 충당 차 2M2T편성 2개 분과 2M, 이 2M은 본 노선용 전동차 유닛 1조)하여 본 노선용으로 배치 예정인 전동차 유닛 1반으로 원조 선두차 1쌍이 부족했다. 이 때문에 원조 선두차(투핸들 마스콘 차량)로 개조 선두차(원핸들 마스콘 차량)이 혼재하는 난부 선으로 개조 선두차를 1편성 대거 투입했던 해당 노선의 원조 선두차(투핸들 마스콘 차)를 전출하여 배속된 것이 4패턴의 편성이다.
계획변경으로 2006년 현재 M32편성이 전입할 때에 모하가 1유닛 부족했기 때문에 같은 해 구 M61편성에서 모하 유닛 1조를 전출하여 부족분 2량을 트우 16편성의 사하 205-31과 사하 205-32로 교체한 다음 5000번대화 개조를 받고 있다. 이 때문에 구 M61 편성은 편성 번호도 5000번대 속번의 M35로 부여되었다. 구 M61편성은 원래 있던 모하 유닛 3개가 5000번대화 되는데 즈음하여 중간의 모하 204-393는 MG준비 공사로 보조 전원이 없었기 때문에 MG를 달고 있다.
2007년 3월 18일의 운전 시각표 개정으로 열차가 증비되었기 때문에 게이요 선의 게요 23편성에서 사하 2량을 뺀 다음 M66편성으로 전용되었다. 이 편성은 같은 노선에 전속된 야마노테 선 출신의 오리지널 전면 디자인으로 유일한 6M2T의 편성이 되고 있었다. 그 후 보류차가 되고 있던 게요 21편성 8량이 VVVF화 개조되어 M36편성으로 영업 운행을 재개했기 때문에 운용을 이탈하여 4M4T편성으로 조성을 변경한 다음 요코하마 선으로 전출되었다.
가와고에 선・하치코 선 ■■: 3000번대 4량 편성, TcMM'Tc'
야마노테 선 편성의 T, MM'(MG 탑재차량)을 전용했다. 103계 3000·3500번대를 교체하기 위해 7편성이 배속될 예정이었으나 앞에서 기재한 2004년 가을의 다이아 개정 시에 본 노선용 차량의 일부가 사이쿄선용으로 충당되면서 4량 편성 5편이 전속되었다. 부족한 4량 편성 2개는 도쿄 임해 고속 철도 70-000형를 개조한 209계 3100번대 2편성으로 보충되었다.
센세키 선 ■■(일부 편성은 ■■ + ■■ + ■■ + ■■): 3100번대 4량 편성, TcMM'Tc'
야마노테 선 편성으로부터 차출된 TMM'T를 이용하고 있지만, 일부 편성의 선두차에 사이쿄선 출신 사하를 종차로 하는 것이 있어 해당 편성은 출입문 창의 크기가 서로 일치하지 않았다. 게다가 최초로 개조된 M1편성만 양단 쿠하의 출신이 다르다.
이러한 투입으로 센세키 선의 103계는 퇴출되었지만, 필요시 최소의 편성 외에는 배치하고 있지 않기 때문에 타가죠 역 부근의 연속 입체 교차화 공사로 인해 일시적으로 차량 필요수가 증가하는 동안 보류차로 남아 있던 103계 1편성을 병용하고 있었다. 그러나 이 103계는 노후가 진행되고 있는데다 난부 선 출신 1200번대 선두차편성 1편성이 3100번대화되어 센세키 선으로 전용되었다.
도호쿠 본선(우쓰노미야 선)·닛코 선
2013년부터 닛코 선에서 운용되었던 107계 및 우쓰노미야 선 고가네이·우쓰노미야 - 구로이소간에서 운용되었던 211계의 교체용으로 리뉴얼 개조를 시공한 4량 편성 12개를 배치할 예정이다. 내 4편성은 닛코 선 전용이다. 4호차(구로이소 측 선두차)에는 화장실과 휠체어 공간이 설치된다.
당초 예정하고 있던 지바 북부지구로의 배치에 대해서는 계획의 변경에 의해 배치가 보류되고 있다. 그 때문에 당초 이 지역을 위해 준비되어 있던 만큼은 무사시노 선 차량의 증비나 각 노선의 수송 개선용으로 사용되면서 결과적으로 많은 노선으로의 증비가 가능하게 되었다. 또한 지바 지구에서는 209계 2000·2100번대가 마쿠하리 차량센터에 배치되어 113계와 211계를 대체했다(2013년 3월 16일의 다이아 개정을 통해 교체 완료되었다).
2013년 현재 전속이 있었던 것은 0번대가 유일하며, 게이한신 완행선과 한와 선 운용이 바뀐다.
민영화 후에 201계와 같이 운행 범위를 확대했지만, 321계의 투입에 의해 2006년 2월 7일까지 201계보다 먼저 전차량 퇴역했다. 이미 본 계열 1000번대의 배치가 있는 차량 정비와 승무원 교육의 관점에서 전 편성이 아보시 종합 차량소 아카시 품질 관리 센터(현재의 아보시 종합 차량소 아카시 지소)에서 히네노 전차구(현재의 스이타 종합 차량소 히네노 지소. 이하 동일)로 전출했다. 한와 선에 7량 편성의 운용은 존재하지 않기 때문에 사하 205형을 조작해서 6량 편성과 8량 편성(각 2개)이 되었으며 같은 수의 103계를 교체했다.
다만 당초에는 2006년 1월 30일 및 같은 해 2월 16일부터 운용을 시작한 편성과 함께 사하 205형을 제외한 6량 편성으로 운용되었으며, 그 후 그 해 3월 30일 예정대로 편성에 조성되었다.
전보 시 201계와 같은 스커트의 강화, 스커트부 차번 표기 소거, 행선막의 교체와 같은 섬세한 개조가 이루어졌는데 201계에서 시행된 지붕의 통풍기 철거 공사와 1000번대에 있는 차량 외부 스피커의 설치는 아직 시행중이었다. 또 최고 속도가 100 km/h인 103계 교체용이므로 110 km/h 대응 개조 공사도 이뤄지지 않았다.
2010년 12월 1일까지 225계 5500번대가 히네노 전차구에 배속되어 0번대의 전차량이 11월부터 12월에 걸쳐 미야하라 종합운전소(현재의 아보시 종합 차량소 미야하라 지소)에 전출되어 207계·321계에 준한 띠 색깔로 변경되었다. 그 후 2011년 3월 12일의 다이아 개정으로 도카이도 본선(JR 교토 선·JR 고베 선) 교토 역·다카쓰키 역 ~ 오사카 역·아마가사키 역 사이에서 운용을 재개했다. 또한 그 해 7월 11일 스이타 공장을 출전한 편성은 좌석 모켓이 207계·321계에서 사용하는 녹색의 모켓으로 변경되었다.
2013년 3월 16일의 다이아 개정으로 도카이도 본선에서의 운용이 종료되었다. 같은 달 18일에는 C1편성이 사하 205를 제외한 6량으로 감소한데다 약 2년 만에 한와 선 운용에 복귀한 것이었다. 그 뒤 다른 3편성에 대해서도 비슷한 유형으로 한와 선에 다시 전속하여 해당 노선에 소속된 103계 6량 편성과의 공통 운용에 오르고 있다. 2014년 1월부터 스카이 블루 띠에 전면과 승무원실 문에 오렌지 라인을 추가한 것에서 차례차례 변경되었으며 그 해 2월 17일 전 4편성의 변경을 마쳤다. 오렌지 라인은 최고 속도가 다른 1000번대와 구별하기 위한 시인용의 것으로 6량의 0번대는 103계와 공통 운용이지만, 4량의 1000번대는 공통 운용이 계획되지 않았다.