크로아티아 독립 전쟁 전쟁 경과
동시기 크라이나군은 보스니아에서 온 스릅스카 공화국군과 합세하여 비하치 포위전을 이어나갔다. 유엔 평화유지군의 마이클 C. 윌리엄스는 1994년 11월 말 크라이나군이 비하치 서쪽에 있는 베드로폴레를 함락하자 포위전이 거의 끝나간다고 말하기도 하였다. 또한 비하치 포위망 북쪽의 벨리카클라두샤에서는 중전차의 공격과 포격을 동원하여 크라이나군이 몰려들어오고 있다고도 말했다. 서방의 군사 전문가들은 비하치 포위망 주변 크로아티아 영토에 있는 세르비아군의 지대공미사일 중에서는 베오그라드에서 가져온 것으로 보이는 현대적인 SAM-2 미사일도 보인다고 말했다. 이에 유엔 안전보장이사회에서는 유엔 안전 보장 이사회 결의 제958호를 통과시켜 디나이플라이트 작전으로 배치된 나토군 항공기를 크로아티아에서도 작전할 수 있도록 허용하였다. 11월 21일에는 나토군이 우드비나의 크라이나군 비행장을 공격하여 활주로가 일시적으로 사용 불가능해졌다. 우드비나 공습 이후에도 나토는 인근에서 공습 작전을 이어나갔고 11월 23일에는 나토군 정찰기가 지대공미사일 시스템의 레이다에 감지되자 드보르 인근에서 AGM-88 함 대레이다미사일로 레이다 시스템을 공격하였다.
이후 전역에서 크로아티아군은 전격전의 변형형 전술을 사용하여 근위대가 적군의 전선을 뚫고 공세를 펼치는 동안 다른 지역의 타 부대는 전선을 유지만 시켜 놓아 적군을 포위시켰다. 또한 크로아티아군은 병력을 증강하기 위해 1994년 9월 군 장교와 NCO 양성 과정에 군사전문자원 주식회사(MPRI)와 계약하였다. 1995년 1월부터 MPRI의 업무가 시작되어 기본 장교 지휘기술 및 훈련관리 고문 15명이 초빙되었다. MRPI의 활동은 미 국무부가 사전에 유엔 무기금수조치에 위배되지 않는지, 전술훈련과 관계가 없는지 확인을 한 후 승인 하에 이루어졌다.
1995년 들어 크로아티아가 크라이나에 대한 압박 강도를 높이면서 긴장이 다시 고조되었다. 1월 12일 크로아티아의 프라뇨 투지만 대통령이 유엔 사무총장 부트로스 부트로스갈리에게 보낸 5페이지가량의 서신에서 3월 31일부로 크로아티아 내의 유엔보호군 주둔 허용 협정을 만료하겠다고 발표하였다. 이런 조치는 세르비아 및 세르비아가 주도하는 유고슬라비아 연방 공화국이 세르비아계의 크로아티아 점령에 도움을 주고 점령지역을 유고슬라비아로 편입시키러 시도하자 나온 것이었다. 이 문제는 유엔 총회까지 올라왔다.
... 크로아티아의 정세에 대하여, 또한 그 영토를 철저하게 존중하기 위하여 이러한 점에 있어서 크로아티아 점령지 내의 행정, 군사, 교육, 교통, 통신 시스템 등을 유고슬라비아 연방 공화국(세르비아 몬테네그로)로 합병시키는 것을 목표로 하는 활동은 불법적이고 무효이며, 즉시 중단하여야 한다. — 유엔 총회 결의안 제1994/93호, 크로아티아의 점령지에 관하여
국제적인 평화 협상 중재가 계속되면서 크로아티아와 크라이나 정부 사이 Z-4 계획이라는 새로운 평화안이 등장하였다. 초기에는 크로아티아는 무반응하였고 세르비아는 단호하게 거절했다. 유엔 보호군의 철수 시한이 다가옴에 따라 크로아티아의 국제적 인정 국경을 따라 순찰할 권한을 강화하는 새로운 유엔 평화유지임무단 제안이 나왔다. 처음 세르비아는 이런 움직임에 반대했고 세르비아에서 크로아티아 동부도 대량의 전차 병력이 이동하였다. 협상이 끝나면서 3월 31일 유엔 안전 보장 이사회 결의 제981호로 새 평화유지임무단이 창설되었다. 막판에 크로아티아 외무장관 마테 그라니치가 임무단 이름에 '크로아티아'라는 단어를 추가해야 한다고 주장하면서 막판 임무단 명칭 논쟁이 불거졌다. 협상에 따라 임무단 이름은 유엔 크로아티아 내 신뢰 회복 작전(UNCRO)으로 정해졌다.
1995년 5월 초 분쟁이 다시 격화되었다. 일부 국제적인 압력으로 크라이나 공화국은 세르비아 정부의 지지를 잃었다. 동시에 크로아티아가 플래시 작전을 진행하면서 서슬라보니아 지역을 완전히 점령하였다. 이에 보복으로 세르비아계 반군이 자그레브 로켓 공격을 가해 민간인 7명이 사망하고 200명 이상이 부상을 입었다. 유고슬라비아군은 동슬라보니아 점령지에 대한 공격을 막기 위해 크로아티아 국경을 향해 대량의 전차부대를 기동시켜 무력화하였다.
이후 수 개월 동안 국제적 지원은 주로 보스니아 헤르체고비나 지역의 실패한 유엔 안전지대 문제에 집중되었으며 크로아티아에 대해서는 지속적인 정전에 관한 논의를 하고 있었다. 1995년 7월 보스니아 헤르체고비나 동부의 여러 안전지대가 함락되거나 위협받았으며 서부의 비하치도 위협받으면서 두 문제가 사실상 하나로 합쳐졌다. 1994년 크로아티아는 이미 비하치를 점령당하게 두지 않는다는 신호를 보냈으며 크로아티아군의 점령지 탈환 능력에 대한 신뢰도가 높아지면서 크로아티아 정부는 더 이상 휴전 협상을 할 수는 없으며, 점령된 영토는 크로아티아가 탈환할 것이라는 태도로 전환하였다. 앞선 전개와 보스니아 지역의 정전 협정인 워싱턴 협정 체결로 이후 7월 22일 크로아티아와 보스니아 헤르체고비나의 두 대통령이 회동을 가지면서 스필리트 협정이 체결되었다. 이 협정에서 보스니아 헤르체고비나가 크로아티아와 함께 참전하여 비하치 지역에서 군사 및 기타 여러 원조를 해주기로 약정하였다. 크로아티아는 이에 따라 무력 개입을 시작하였다.
7월 25일에서 30일 사이, 크로아티아 육군과 크로아티아 국방위원회(HVO) 부대는 디나라산 북쪽의 세르비아 점령지를 공격하는 여름 '95 작전을 시행하여 보산스코그라호보에서 글라모치 사이 지역을 점령하였다. 하계 공세로 바냐루카와 크닌 사이 마지막 주요 보급로가 차단되면서 크닌 주변의 세르비아 지역을 군사적으로 점령할 수 있는 길을 열어주었다. 8월 4일, 크로아티아는 스톰 작전을 시작해 주 전장과는 상당히 떨어진 도나우강 인근 지역을 제외한 크로아티아 내 크라이나 점령지를 모두 탈환하고자 했다. 스톰 공세에서 크로아티아군만 10만명이 동원되었으며 제2차 세계 대전 이후 유럽에서 벌어진 단일 지상 전투 중 가장 큰 규모를 기록하였다. 스톰 작전은 목표를 달성하였으며 8월 8일 작전 종료를 선언하였다.
점령지에 살고 있던 많은 민간인들은 공세 기간, 또는 공세 완료 직후 실향민으로 도망갔으며 나중에는 '추방'에서부터 '계획된 대피'에 이르기까지 다양한 용어로 이 상황이 묘사된다. 세르비아 크라이나 측(RSK 민간인 보호사령부 문서, 최고군사위원회의 코바체비치 Sekulić, 및 브르첼이 발간)에서는 세르비아인의 대피가 사전에 조직되었고 계획적이라는 것을 인정했다. 국제앰네스티에 따르면, "세르비아계 크로아티아군 전원을 포함한 세르비아계 20만명은 이웃한 유고슬라비아 연방이나 세르비아 통제 하의 보스니아 헤르체고비나 영역으로 피난을 갔다. 작전 이후 크로아티아 육군 및 경찰 등 작전에 있었던 인원이 세르비아계 크로아티아인 민간인과 철수하는 세르비아계 육군 병사를 살해하거나, 고문하거나, 강제로 추방하는 일이 일어났다."라고 말했다. 반면 ICTY는 작전 전후로 피난을 간 난민이 2만여 명이라고만 인정하였다. 영국의 BBC 방송에서는 한 때 세르비아계 난민이 20만명에 달한다고 보도하였다. 1991년 추방되었던 크로아티아인 난민들은 이 때가 되어서야 고향으로 돌아갈 수 있었다. 미국 난민 및 이주민 위원회에서는 1996년 한 해에서만 구 크라이나, 서슬라보니아로 돌아온 크로아티아인이 85,000명이라고 추산하였다.
이후 수 개월 동안 세르비아계가 점령하고 있는 보스니아 헤르체고비나 지역에서 두브로브니크 및 기타 지역을 향해 포격하는 등 간헐적인 충돌이 있었다. 크로아티아 내에서 마지막까지 남아있었던 세르비아계 장악 지역인 동슬라보니아, 바라냐, 서시르미움 지역은 양 군 사이 긴장이 있었다. 스톰 작전 이후 투지만 대통령은 지속적으로 공세 작전을 할 수도 있음을 언급하였다. 군사 충돌 위협은 10월 말 동슬라보니아 지역으로 병력이 이동하면서 고조되었으며 그 달 말까지 평화 협정이 타결되지 않으면 크로아티아군이 직접적으로 개입할 수 있다는 등 군사적 개입에 관한 여러 발언들도 계속되었다.
1995년 11월 12일, 유고슬라비아 연방 공화국 정부와 슬로보단 밀로셰비치의 지시로 크라이나 공화국 국방장관 권한대행인 밀란 밀라노비치와 크로아티아 사이 에르두트 협정을 체결하면서 전쟁이 완전히 끝났다. 협정에서 남은 세르비아측 점령지를 모두 크로아티아로 반환하기로 하였으며 2년간 과도기를 가지기로 합의하였다. 이에 1996년 1월 15일 유엔 안전 보장 이사회 결의 제1037호에 따라 유엔 동슬라보니아 바라냐 서시르미움 과도행정기구(UNTAES)가 세워져유엔 대리 과도통치정부가 통치하게 되었다. 협정 안에서는 세르비아계를 위한 공동체 합동위원회도 세워졌다.
협정 후 과도기가 1년 더 연장되었다. 1998년 1월 15일 유엔의 잠정통치기간이 끝나고 크로아티아가 완전한 행정권을 가지게 되었다. 신뢰회복작전을 과도행정기구가 대신함에 따라 이전에 신뢰회복작전단의 통제 하에 있던 프레블라카 반도는 유엔 프레블라카 옵저버 수행단(UNMOP)이 통제하게 되었다. 옵저버 수행단은 1996년 1월 15일 유엔 안전 보장 이사회 결의 제1038호에 따라 창설했으며 2002년 12월 15일 임무가 종료되었다.