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国鉄485系電車 国鉄時代の改造車
1978年より、信越特急「白山」の489系12両編成を6M6Tから8M4Tに変更するのに伴って、食堂車の連結が廃止され、サシ489形の余剰車が発生した。一方、1978年10月改正では奥羽本線特急「つばさ」が増発されることになり、「白山」の食堂車廃止で余剰となったサシ489形0番台3両を485系に編入し、横軽協調運転装置の撤去と485系1000番台相当の引き通し線追加等の改造を行ったサシ481形80番台が登場した。
1982年11月改正で「つばさ」への食堂車連結が廃止となり、1両が再び489系に改造された。残る2両は北陸特急「雷鳥」増発用に転用されたが、1985年に和風グリーン車「だんらん」のサロ481形500番台に改造されて消滅した。
1982年11月改正では奥羽特急「つばさ」の食堂車連結が廃止されたが、信越特急「白山」では食堂車の連結が復活し、不足する食堂車を補うこととなった。これにより、元「つばさ」用食堂車としてサシ489形からサシ481形に改造された3両のうちの1両であるサシ481-83が489系に再編入されたが、新造時のサシ489-12とはならず、サシ481形時代と同番号のサシ489-83となった。
国鉄485系電車 国鉄時代の改造車
1985年の北陸特急への食堂車連結廃止で運用を離脱したが、JR東日本に継承されて同社唯一のサシ489形となり、1988年に客車寝台特急「北斗星」用の食堂車スシ24形（スシ24 506）に改造されて消滅した。スシ24 506は2015年の「北斗星」運用終了後も保留車として、2020年現在でも車籍を有する。
1982年11月改正での上越新幹線開業で在来線特急「とき」の181系が運用を終了し、1982年 - 1983年にサロ181形1100番台6両を485系のサロ481形に編入する改造が盛岡・郡山・土崎の3工場で行われた。サロ181形1100番台は1978年10月改正で「とき」の3MG化に伴って登場したもので、将来の485系編入を前提に新製されたため、181系の編成では凹凸が目立っていた。
サロ181-1101 - 1106がサロ481-1501 - 1506に改造され、ジャンパ連結器の変更や幌の485系仕様への交換が行われた。行先表示器も使用されたが、181系時代に設置されたサボ受けはそのまま残された。1500番台新製車との関連は全くない。
国鉄485系電車 国鉄時代の改造車
改造落成後は青森運転所に配置されたが、1985年の「ひたち」増発時に勝田電車区へ転出し、JR東日本に継承された。1990年 - 1991年に1506を除く5両が「ひたち」のモノクラス7両編成化により、クハ481形1100番台に再改造された。残る1506はジョイフルトレイン「ニューなのはな」のクロ484-5へ改造され、本区分は消滅した。
1984年2月改正で九州特急から583系が撤退するのに伴い、昼行特急の短編成化と編成数増加によるグリーン車の不足を補うため、1982年11月改正で余剰となっていたサロ489形初期車2両がサロ481形に編入された。1983年にサロ489-6・8の2両が鹿児島車両管理所で横軽協調装置を撤去する改造を行い、基本番台新製車の続番であるサロ481-134・135となった。サロ481形0番台初期車と車体が同じなため、冷房装置はAU12形を搭載する。
2両ともJR九州に承継されたが、1990年に廃車されて消滅した。
九州特急「かもめ」の増結予備車確保のため、1983年3月に小倉工場でサハ489-251から横軽協調装置とCPを取り外しサハ481形へ復元した。
車番は元番号とはならず、新たに201が区分された。JR九州に承継されたが、1990年に廃車。
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1983年の東北新幹線開業で保留車となったクロ481-3 - 5へ、鹿児島車両管理所で施工された普通車化。国鉄時代に施工された本系列唯一の格下げ改造である。
3両ともJR九州に承継され、1980年代は1年おきに南福岡と鹿児島を交互転属したが、601は1995年に廃車。602は1988年にクロ481-4へ復元後1993年に廃車。603は廃車後、九州鉄道記念館にて静態保存されている。
1984年2月ダイヤ改正で、九州地区特急列車増発による先頭車不足解消のため、上越新幹線開業で保留車となっていたクハ181-109・クハ180-5を対象に、鹿児島車両管理所で施工した本系列化改造。
落成後、1980年代は1年おきに南福岡と鹿児島を交互転属するような動きをしたが、501は1993年に南福岡で、502が1991年に鹿児島で廃車された。
1985年3月改正において、北陸線特急の食堂車連結が廃止されたが、食堂車廃止で余剰となったサシ481形を種車に、9両がサロ481形500番台として和式グリーン車「だんらん」へ改造され、「雷鳥」へ投入された。車内はビュッフェと畳敷き和室に改装され、塗装は国鉄特急色の窓下に金色の帯が入れられた。
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505・507が鷹取工場で、他車が吹田工場で改造施工。1985年3月ダイヤ改正にて、「雷鳥」4号車のサロ481形0番台に続く5号車へ連結されたが、1989年に一部列車の「スーパー雷鳥」化により運用離脱。502 - 505・508・509の6両は「スーパー雷鳥」用ラウンジ付きグリーン車サロ481形2000番台へ再改造されたが、残りの3両は運用離脱後、向日町運転所で留置された後、1993年に廃車された。
1985年3月改正で鹿児島本線特急「有明」が基本5両編成に短編成化されることになり、クモハ485形0番台とクロ480形0番台が先頭車化改造により登場した。このうち、クモハ485形0番台はモハ485形15両に先頭車化改造とMG・CP設置改造を行ったもので、改造は1984年 - 1985年にかけて鹿児島車両管理所・小倉工場・幡生工場で施工された。
先頭車化改造では、モハ485形のトイレ・洗面所・デッキ部分を台枠ごと撤去して485系1000番台タイプの運転台ブロックを接合する工法が採用され、485系では初の制御電動車（クモハ）となった。運転台のすぐ後ろに機器室を設けたため、定員は56名に減少した。客用扉とデッキは機器室と客室の間に設置された。タイフォンカバーはスリットタイプである。
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短編成化後は、通常5両、多客期7両となるため、編成の反対側先頭車のクロ480形のMG・CPだけでは容量不足の可能性があった。これに対応するため、改造に際しては床下水タンク跡に容量110 kVAのMGが、運転台助士席下にCPが設置されており、機器室にはMG起動装置やAVR（自動電圧調整器）、床下から移設した空気タンクなどが設置されている。
分割民営化時には全車JR九州に承継され、末期は特急「にちりん」として2011年まで定期運用された。その後は保留車や波動用となったが、最後まで残存したクモハ485-5が2016年1月18日に廃車され、区分消滅した。
1984 - 1985年に「有明」「にちりん」短編成化に伴い、鹿児島車両管理所ならびに小倉工場でサロ481形に対して鹿児島方に連結される制御車化改造を施工した区分。クロ481形50番台とは異なり、クハ481形300番台車に準じた運転台を台枠ごと接合したことから外観および定員などは大きく異なるほか、MGは床下に容量210 kVAタイプを、運転台下にC2000形 CPを搭載する。また、台車は種車から流用されており、1 - 14はTR69E、15のみTR69Hを装着する。
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改造後は15両全車が鹿児島運転所へ配置。1986年に運用移管により、南福岡電車区へ再転出。1987年の分割民営化によりJR九州に承継されたが、1987年中に11・12は半室普通車化再改造により、クロハ480-51・52へ改番。1988年3月13日ダイヤ改正で再び鹿児島運転所へ転出したが、1991年5月 - 1992年3月にRED EXPRSS化ならびに座席配置の2+1列への変更を実施。さらに1992年7月にはクロハ480-52を1992年にクロ480-12へ復元し、2・4・6・8・10・12 - 15が南福岡配置となった。その後1993年2月に2・4と5・7を車両交換。以後南福岡配置車は「有明」「かもめ」、鹿児島配置車は「にちりん」で運用されたが、余剰老朽化により2000年までに廃車となった。
1985年の「くろしお」増発には、経費節減のため新幹線開業などで余剰となった本系列の転用が決定したが、4両という短編成のため、制御車不足が問題となった。これに際してはサハ481・489形を種車に、MG・CPは未搭載とした制御車化改造での対応となり、1984年 - 1985年にかけて、長野・広島・幡生の各工場と新津車両管理所（→新津車両製作所→現在：総合車両製作所新津事業所）での施工により落成した形式である。
国鉄485系電車 国鉄時代の改造車
貫通幌があるクハ481形200番台との正面併結が前提であるため、貫通幌設置時の美観を考慮しない構造である。
落成当初、貫通扉特急マークは標準的な立体型の物を一部車両は装着したが、貫通路構成時に通行に支障をきたすため、短期間で平面型の物に交換された。
冷房装置は種車により異なり、クハ480-1 - 3と9 - 11はAU12形5基、4 - 8はAU13E形5基である。クハ480-9 - 11はサハ489形200・250番台の改造車で、種車のMG・CPは短編成では不要なため撤去された。
1986年に「くろしお」が381系に再度統一されることになり、全11両のうち1 - 4・7・9 - 11が「みどり」「にちりん」用として南福岡電車区へ、5・6・8が「北近畿」用として福知山運転所（現在：福知山電車区）へ転出した。福知山転出の3両は1986年に8・6がクハ481-801・802へ、1987年に5がクハ481-851へ改造。801・851は1990年にクハ183形へ再改造された。南福岡転出の8両は、貫通扉埋込み時に立体型特急マークに変更されたが、2000年までに全車廃車された。
1985年3月改正での北陸特急「しらさぎ」「加越」「北越」の7両編成統一により不足する先頭車を補うため、サハ489-11を種車に先頭車化改造を行い、クハ481-701が登場した。改造施工は松任工場である。
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先頭車化改造に際しては、後位の客室を切断して485系1000番台タイプの運転台ユニットが接合され、空気圧縮機は床下から運転台助士席下へ移設し、床下には210 kVAのMGが新設された。冷房装置はAU13E形であるが、運転台すぐ後ろの1基がやや後方に寄っている。
分割民営化時にはJR西日本に承継された。2001年に金沢から京都総合運転所へ転出し、「雷鳥」用A編成に組成。2010年の「雷鳥」運用を最後に、2011年に廃車された。
1986年11月のダイヤ改正で福知山線・山陰本線電化による大阪 - 城崎間特急「北近畿」の新設、北陸特急「雷鳥」の増発によりクハ481形が必要となったことから、1986年に幡生車両所（現在：下関総合車両所）でサハ489形200番台2両・0番台中期車1両をクハ481形へ先頭車化改造し、750番台に区分された。
改造内容は700番台と同様であるが、MG出力は160 kVAとなり、床下の空気圧縮機は存置された。冷房装置は「北近畿」用の751・752は種車がサハ489-202・203のためAU12形5基、「雷鳥」用の753は種車がサハ489-5のためAU13E形5基を搭載する。
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国鉄分割民営化では751・752がJR西日本、753がJR東日本に継承された。JR西日本の751・752は183系のクハ183-751・752へ再改造、JR東日本の753は2001年にジョイフルトレイン「きらきらうえつ」のクハ484-702へ再改造され消滅した。
1986年の福知山線特急「北近畿」新設用として、元「くろしお」用の1枚貫通扉車クハ480形クハ480-8・6・5の3両に空気圧縮機とMGを搭載したクハ481形800番台801・802が1986年に、850番台851が1987年に登場した。番台区分はMG容量の違いによるもので、800番台が210 kVA、850番台が160 kVAである。改造施工は801・802が大宮工場、851が吹田工場である。
車体は両番台とも種車のクハ480形とほぼ同一で、冷房装置はAU13E形5基、定員は64名である。空気圧縮機はいずれも床下に搭載する。前面のタイフォン部分にはお椀型のカバーが設置された。
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JR西日本に継承され、1990年にはクハ481-802が183系のクハ183-801に、クハ481-851がクハ183-851にそれぞれ改造された。クハ481-801は1991年に金沢へ転出し「スーパー雷鳥」付属編成の自由席車となったが、2001年に京都総合運転所へ転出して2010年3月まで「雷鳥」で使用された。2010年8月20日付で廃車され廃区分番台となった。
1986年11月改正で特急「有明」に3両編成の博多 - 熊本間区間列車が設定されることになり、モハ485形中期・後期車の5両が1986年に先頭車化改造されてクモハ485形100番台となった。改造所は鹿児島車両管理所・小倉工場である。
先頭車化改造の内容は1985年実施のクモハ485形0番台に準じているが、短編成のためMG・CPの設置は省略された。機器室も省略され、客用扉とデッキは連結面側に移設された。定員は64名である。
全車がJR九州に継承された。102 - 105・108は「ハウステンボス」へ転用の際に、AU13E形冷房装置が1基増設された。末期は日豊本線「きりしま」「ひゅうが」で運用されたが、最後まで残存した102が2015年1月5日に廃車され、区分消滅した。
クロハ481形は特急列車の短編成化と少なからず要求されるグリーン車需要に対応すべく、クハ481形の客室前位にグリーン室を設置した形式である。
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1986年 - 1987年に熊本発着「有明」3両編成化によりクモハ485形100番台と編成組成することから、小倉工場でクハ481形200番台8両に改造施工。200番台区分だが、施工は0番台よりも先の国鉄末期時代であり、全車JR九州に継承。
グリーン室座席は、当初新幹線0系の廃車発生品3列×3席を流用したが、分割民営化後の1989年に201を除いて0番台と同数の新型シート3列×5席に交換。全車がJR九州に承継されたが2012年までに廃車となった。
1986 - 1987年に福知山線特急「北近畿」用として、吹田工場で改造施工されたグループ。200番台は種車がクハ481形200番台、300番台がクハ481形300番台による区分であり、国鉄時代に改造施工が開始されたため九州地区向けとされた201 - 208に続く209から付番された。
グリーン席座席配置は2+2で、普通席との仕切部窓を縮小するなど、九州地区向け仕様車との差異がある。
1989年に301がクハ481-309へ、1991年に213がクハ481-201へ復元されたほか、クロハ183形800番台に改造された。
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1986年11月1日改正で奥羽本線・田沢湖線特急「たざわ」が短編成化されるのに伴い、モハ485形1500番台9両を先頭車化改造したクモハ485形1000番台が1986年7月 - 10月にかけて登場した。改造施工は土崎工場である。
先頭車化改造では運転台ユニットが接合され、短編成のためMG・CPの搭載は省略されたが、冬季豪雪地帯での故障対策として非常用電源と充電装置が搭載された。客用扉とデッキは乗務員扉のすぐ後ろに設けられ、定員は68名である。
9両全車がJR東日本に継承され、1988年3月13日付で青森から秋田へ転出した。1001・1009は1997年にジョイフルトレイン「ニューなのはな」のモロ485形へ改造され、一般車は「かもしか」運用を最後に2011年に廃車となり消滅した。
田沢湖線特急「たざわ」は、1985年3月14日改正以降モノクラス6両編成で運転されていたが、1986年11月1日改正では輸送力適正化による短編成化と同時にグリーン席が設置されることになった。1986年4月から10月にかけてクハ481形1000番台偶数車9両が半室グリーン車に改造され、クロハ481形1000番台となった。施工所は土崎工場である。最初期落成車はクロハ480形とされたが、早期に本形式へ改められた。
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定員はグリーン室12名・普通室44名である。グリーン席は発生品のR-27形が2 + 2列・1,210 mm間隔で3組配置されたが、窓は普通席時代のままのためピッチと窓割りは合っていない。
1001 - 1009の全車がJR東日本に継承され、JR東日本でも続番で1993年までに21両が改造された。1008・1009はJR化後の改造車に合わせてグリーン席16名・普通席36名に再改造された（グリーン席はレッグレストを装備する試作的要素の高いシートに交換）。
1001・1004・1008は3000番台にリニューアル改造された。なお、1001は方向転換とクハ481形復元を同時施工した。1005・1006は「はくたか」9両編成用としてリニューアル時に格下げされてクハ481形3000番台となった。新潟配置車はグリーン室部分冷房装置をAU13E形からAU112形への交換施工もある。
秋田に残留した1002・1003・1007は2010年の「かもしか」廃止に伴い2011年に廃車となった。2013年に新潟の1009が廃車となり、国鉄時代に改造のグループは消滅した。
クハ481-9・12・22
国鉄時代に簡易リクライニングシートへ交換。
クハ481-25・26・27・30
国鉄時代に郡山工場で下部前照灯をシールドビーム化。
国鉄485系電車 国鉄時代の改造車
羽越本線ならびに奥羽本線秋田 - 青森間の日本海に近い電化区間では、冬期の強い北西風による塩害で屋根上特別高圧機器に塩分が付着すると絶縁性能低下による短絡が懸念されたことから、同区間で運用される青森・秋田・新潟配置となる車両には碍子に緑色のシリコン樹脂塗料を付着させて対応した。
東北本線黒磯駅は、1959年の電化開業時は地上切切換方式の交直接続設備を有しており、1965年の483系運転開始時は同駅に必ず停車しパンタグラフを降下、地上側で電源切替後にパンタグラフを再上昇させ発車する形態を採用した。しかし1968年10月1日ダイヤ改正では、一部の特急列車が通過となったことから、下り1番線と上り5番線に従来の地上切換設備を残存させたまま、新たに車上切換が可能なデッドセクションを追設した。本設備は同時に信号動作も行う方式としたため、通過運用に充当される青森・秋田・仙台配置のクハ481形・クロ481形には列車選別装置を搭載する工事が施工された。なお、北陸・山陽・九州線向けの先頭車両についても、1968年度以降の製造車は将来の東日本地区への転配属を考慮して準備工事とした。
同改正後の電車特急は、同駅通過・停車問わず車上切換を行うことにより停車列車でも地上切換に比較すると停車時間を短縮できることから、基本的に1993年までは本装置を使用して運転された。
国鉄485系電車 国鉄時代の改造車
ヘッドマークの盗難防止ならびに交換作業省力化の観点から1970年代初頭に吹田工場で向日町運転所所属のクハ481-2 - 7・9 - 11・15 - 18・37・38へ施工された改造で、ヘッドマーク内側の照明部分に電気指令式方向幕システムを搭載した。
ロールマークで確認されている列車名
「つばめ」「はと」「しおじ」「うずしお」「みどり」「なは」「日向」「雷鳥」「しらさぎ」「北越」「はくたか」「有明」「白山」「かもめ」「にちりん」
仙台運転所に配置されたクハ481-19 - 30・101ならびにクロ481-1 - 5・51 - 57・101のタイフォンは元々スカート部設置で次の3タイプが存在した。
しかし東北地区では冬期の積雪ならびに氷着による動作不良防止やタイフォン保護の観点から、1970年代前半にボンネット部への移設が施工された。
100番台ではクハ481・クロ481-101が唯一スカート部へのタイフォンを設置して落成したが、1973年に他車と同じ位置へ改造された。このため名残としてタイフォン上部に手すりが残存する。
国鉄485系電車 国鉄時代の改造車
1000番台では3MG化が行われ、トラブル発生時には運転席から給電区分変更できるなどの設計変更が行われたため、編成組成するサシ481形では在来車に引通線増設などでの対応になった。このため、全車1000番台で構成される秋田運転区に転入した際、土崎工場で施工された改造である。サシ489形からの改造車を除き車番変更は未実施。サシ481形から改造のグループでは、1976年に57 - 59・61 - 63の6両、1978年 - 1979年に65 - 67・75・76で施工されている。
57 - 59・61 - 63は、「つばさ」電車化時に暫定投入された長崎・佐世保線用200番台車編成の組込車から改造された。1978年10月2日のダイヤ改正で「つばさ」が増発されたことに伴い、同年中に65 - 67の3両が改造施工された。さらに1979年7月1日ダイヤ改正では、同年に金沢運転所予備車1両（75）と編成変更で余剰となった仙台運転所所属車1両（76）へ追加改造を施工した。このほか、サシ489形の編入車3両（81 - 83）も用意された。
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1982年に「つばさ」の食堂車が廃止された一方で、「雷鳥」増発により向日町へ57 - 59が、「白山」に食堂車が復活した金沢へ61 - 63・65 - 67・75・76が転出したが、いずれも1985年3月14日のダイヤ改正で食堂車が外され、全車1986年2月 - 3月に廃車された。1986年3月31日付で廃車となった車両のうち、67・75・76は分割民営化直前の1987年2月から3月にかけて車籍復活ならびに「北斗星」用24系食堂車スシ24 501 - 503へ改造され、JR北海道が承継した。
1980年より、九州管内の一部の特急列車において、サービス向上の一環としてビデオ上映を実施することとなり、鹿児島車両管理所配置のクハ481-33・35・37・39へビデオ装置の設置改造が実施された。車内は床面を雛壇式化、運転台仕切に50インチスクリーンを設置し、車外の客用扉周囲に「ビデオ特急」のステッカーを貼り付けた。スクリーン設置に伴いスクリーン側の座席を8席分撤去したため、定員は48名となった。
主に「有明」で運用されたが、1985年に上映中止となり、ビデオ機器も後に撤去された。雛壇式の床構造はそのままであった。
短編成化による付随車の制御車化改造ならびに余剰となったグリーン車の転用が圧倒的に多く、24系客車化では不足した食堂車の転用が主になる。
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1978年10月改正で上越特急「とき」用181系の3MG化に伴う編成変更が行われることになり、MG・CP付きグリーン車は485系タイプの車体でサロ181形1000番台が新製されたが、MP・CPのないグリーン車は新製両数を抑えるため既存車の改造とされ、サロ481形初期車3両がサロ181形1050番台に改造された。ジャンパ連結器や幌枠、渡り板も181系仕様に変更されている。
編成構成は183系と共通化された。1982年の上越新幹線開業に伴って181系としての運用は終了したが、このうち2両が113系グリーン車に再改造された。
1978年10月改正では183系による「とき」が増発されたが、新製両数を抑えるためサロ481形に引き通し線設置などの改造を行って4両がサロ183形1050番台に改造された。また、信越特急「あさま」系統の増発に対応するためサロ481形3両がサロ189形50番台に改造された。
1982年11月改正での「あさま」増発では、東北特急で余剰となった485系が転用されることになり、モハ485・484形のユニットがモハ189・188形に編入された。車体は189系と同タイプのものが新製され、主制御器なども189系と同タイプとなった。
1985年3月改正以降は、183系・189系の特急列車の短編成高頻度運転化が図られることになり、必要となる先頭車がサハ481・489形の先頭車化改造で補われた。幕張電車区の183系による中央線特急「あずさ」は1985年3月改正で長野運転所へ移管されることになり、サハ489形2両をクハ183形100番台に、サハ481形2両をクハ182形に改造した。クハ183形1000番台タイプの運転台を接合し、運転台直後にもデッキと客用扉が増設された />。先頭車化改造車は、いずれも既存の客用扉のステップは存置された。
1986年11月改正では「あずさ」の短編成化が行われ、サハ481形の先頭車化改造車としてクハ183・182形100番台、サハ489形からクハ183形150番台への改造車が登場した。このうち、クハ183形150番台は183系1000番台タイプではなく485系1000番台タイプの運転台が接合されたため、全長が250 mm長くなっている。
同じ1986年11月改正で「あさま」が短編成化された際は、サハ481形4両がクハ188形100・600番台各2両に改造された。
国鉄分割民営化ではJR東日本に承継された。サロ183-1052・1053は1988年にグレードアップ改造と同時にサロ481-98・112へ復元施工された。サロ183-1051・1054は1989年にサハ481-305・304へ改造、サロ189-51 - 53は1989年にサハ481-306 - 308へ改造された。
近郊形電車113系のサロ110形0番台・1000番台およびサロ111形の老朽置き換えのため、余剰となっていたサロ481・489形を近郊型のサロ110形に編入したグループが1983年から1985年にかけて登場した。分割民営化後は各番台とも全車JR東日本が継承した。
東海道本線東京口では、1983年にサロ489形を113系に編入したサロ110形350番台が登場し、客用扉の増設やステップの埋め込みなどの改造が行われた。このほか、サロ481形より改造されたサロ181形1050番台からも2両がサロ110形300番台へ編入されている。
1985年には横須賀・総武快速線のサロ110形1000番台置き換えのためサロ489形・サロ481形を113系1000番台に編入したサロ110形1350番台が登場した。
1988年3月の津軽海峡線開業により、上野 - 札幌間寝台特急「北斗星」の運行が開始されるのに先立ち、国鉄時代の1987年にサシ481形3両が24系客車のスシ24形に改造され、スシ24 501 - 503となった。密着自動連結器への交換・ブレーキ装置のCL化・引通回路・車体色の変更が施工されたが、車体の基本構造や台車、屋根上機器などは485系のままであった。
スシ24 501 - 503は、1985年の廃車後も留置されていたサシ481-67・75・76・の3両を車籍復活の上で改造した。塗装は青20号に変更され、耐寒耐雪構造強化・青函トンネル通過に伴う出火対策・回送運転台撤去が行われた。当初は北海道内の団体列車に使用され、国鉄分割民営化でJR北海道に承継された。
1988年の「北斗星」運行開始時にはダイニング内装のグレードアップと食堂座席定員を40名から28名へ変更などの改造が施工された。「北斗星」向けには1989年までにJR東日本で504 - 507が、JR北海道で508が増備されている。
2008年の「北斗星」減便でJR北海道車による運用が廃止され、508を含むJR北海道車は全車廃車となった。この4両はミャンマー国鉄に譲渡されている。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
JR東日本ではモノクラス6両編成であった「はつかり」「いなほ」にもグリーン席設置を行うことになり、青函トンネル開業の1988年3月13日ダイヤ改正に向けて1987年 - 1988年にクハ481形1000番台奇数車11両・クハ481形1500番台1両の12両で半室グリーン車への改造が行われ、クロハ481形1000番台の1010 - 1021に付番された。国鉄時代の1000番台改造車とは逆向きの奇数向きである。配置は青森運転所、改造施工は土崎工場である。
国鉄時代の改造車よりもグリーン席が1列多く、定員はグリーン室16名・普通室36名である。グリーン席は新幹線100系のグリーン車に準じたリクライニングシートで、シートピッチは1,210 mmに拡大された。クロハ481-1012・1013・1015 - 1017・1019は「はつかり」函館延長運転のためATC-L搭載、CP床下移設などの青函トンネル通過対策を施工した。また、クロハ481-1020は種車が1500番台のクハ481-1501であり、屋根上の前照灯や尾灯の形状は1500番台のままであった。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
1993年には「はつかり」での583系運用終了に伴ってクハ481-1029・1035・1041の奇数車3両が半室グリーン車に追加改造され、1028 - 1030が付番された。この3両のみ施工改造が青森運転所である。秋田地区向け改造車クロハ481-1022 - 1027に準じているが、グリーン車の座席は発生品のR27形が使用された。種車は上野発着「つばさ」「あいづ」充当のためATS-Pを搭載し、夜行急行「津軽」用に車内減光装置も搭載していた。青函トンネル通過には対応しない。1029は種車時代にシャッター式タイフォンカバーに取っ手が改造装着されていた。
1010・1011・1018は「いなほ」転用時に偶数向きへ方向転換改造された。1028 - 1030は2000年より上沼垂運転区に転出して方向転換され、1029は2000年に「いなほ」「北越」共通予備編成、1028・1030は2003年に「ムーンライトえちご」の165系置き換え用として投入された。1029は2001年に上沼垂色へ塗装変更されたが、2008年に国鉄色へ再変更された。1028・1030は新製時から廃車まで編成全車とも国鉄色から塗装変更がない。
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引き続き青森に所属した1012・1015 - 1017・1019 - 1021、また1997年に上沼垂に転出の1010は3000番台にリニューアルされた。3020（元1020）は2005年の羽越本線脱線事故で被災した3010（元1010）の代替として2006年に青森から新潟へ転出して方向転換されている。1014は2005年、1013は2006年に仙台車両センターへそれぞれ転出し、「あいづ」編成へのリニューアルと同時にクハ481形へ復元された。
1028 - 1030は新潟転出後に首都圏対応のデジタル列車無線機を搭載した。1030が2014年に、1028・1029が2015年に廃車となった。新潟車両センター所属の1029が2015年8月12日に廃車され、クロハ481形1000番台は区分消滅ならびに廃形式となった。
1988年3月のダイヤ改正では南秋田運転所の「つばさ」「いなほ」にもグリーン席を設けることになり、1988年 - 1989年にクハ481形1000番台偶数車6両に半室グリーン車化改造を行い、「はつかり」用改造車に続いて1022 - 1027に区分された。また、1989年に300番台からの改造車も1両登場し、クハ481-348を種車に車両番号は国鉄時代の「北近畿」用改造車に続いてクロハ481-303となった。改造施工はいずれも土崎工場である。
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改造内容は青森車と共通するが、青森車とは逆向きで「たざわ」と同じ偶数向きである。1000番台、300番台ともに定員はグリーン室16名、普通室36名である。このほか、「たざわ」で使用されていたクロハ481-1008・1009の2両もグリーン席を1列増やした定員16名とする再改造を行った。
当初はグリーン席16名グループを「たざわ」系統に投入し、捻出されたグリーン席12名グループを「つばさ」「いなほ」系統で使用した。1989年3月11日ダイヤ改正時点ではグリーン席16名グループが「たざわ」14往復と山形発着「つばさ」1往復に充当されていた。後にグリーン席12名グループと共通運用となり、「はつかり」「いなほ」「こまくさ」にも充当された。
1996年 - 1997年の「いなほ」運用移管により全車上沼垂運転区へ転出。1024・1027が3000番台化リニューアル改造を施工された。303は2000年にリニューアル改造と同時に全室普通車へ復元され、クハ481-3348となった。
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1988年3月13日の青函トンネルに伴うダイヤ改正では、盛岡 - 青森間で運転されていた「はつかり」の一部列車を津軽海峡線を経由し函館まで延長運転することになった。延長区間のうち海峡線新中小国信号場 - 木古内間は保安装置をATC-Lとしたことから、「はつかり」用編成のクロハ481形・クハ481形1000番台各6両を対象にATC-Lの設置改造が行われた。ATCは助士席下部に設置され、この位置に設置されていたCPを床下へ移設している。土崎工場で施工された。
また、1991年3月改正より青函トンネルでの最高速度140 km/h運転が開始されたため、1990年度よりモハ484形の第1パンタグラフが高速域での架線追従性に優れたPS26B形へ交換された。
1996年以降に本工事を施工した6編成中5編成に3000番台化工事を施工。対象から漏れたクロハ481-1015・クハ481-1016・モハ485・484-1032・1077は2006年に仙台車両センターへ転出し、磐越西線特急「あいづ」用に改造された。このほかモハ484形のPS26B形パンタグラフ交換は増結用MM'ユニットの3049・3051・3067へも施工された。
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JR東日本では「あずさ」用183系グレードアップ車に続き、新潟エリアでも「北越」「雷鳥」などの特急列車のイメージアップのために上沼垂運転区（現在：新潟車両センター）所属の485系で内装グレードアップ工事を行った。9両編成8本のうち各編成のグリーン車・普通車指定席車を合わせて48両が対象となり、1988年12月から1990年12月にかけて施工された。
編成は日本海縦貫線用9両編成であるT1 - T8編成で、大阪方1号車 - 3号車・5号車・6号車は普通車指定席、4号車はグリーン車、新潟方7号車 - 9号車は普通車自由席とされた。普通車指定席は1500・1000番台が主体で、自由席車は電動車ユニットでAU12系冷房車の初期車などが、先頭車はボンネット車やクハ481-753が使用された。
外部塗装は白地に緑と青の帯を配する通称「上沼垂色」へ編成単位で変更した。雪国のスノーホワイトを基調に日本海のマリンブルーと越後平野のプレイングリーンを配する。この色は後に上沼垂区配置車両のうちジョイフルトレイン・3000番台車・国鉄色車を除いた車両へ施工し、所属車の標準色ともいえる形で採用された。
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グリーン車・普通車指定席車は座席部分の床を70 mm嵩上げしてセミハイデッキ化され、窓を上方へ100 mm拡大した。グリーン車はC席を独立させた1 + 2配置の3列式とし、従来より座面横幅の広いシートへの交換により定員36名に変更した。普通車座席を背面テーブル付R55型リクライニングシートへ交換、シートピッチを970 mmへ拡大し定員4名減とした。普通車自由席はシートピッチ910 mmのままアコモデーション改善を実施した。
内窓カバーパネル（窓キセ）をFRP製に変更、荷棚を読書灯付の物に交換、仕切ドアを自動ドアに改造し上部にデジタル時計と案内表示器を設置した。また百円硬貨専用→テレホンカード式の公衆電話の新設、洗面所のリニューアルも行われた。
2001年の「白鳥」廃止後は9両編成が消滅して波動用の6両編成となり、後に勝田車両センターのK60編成や長野支社のジョイフルトレイン「彩（いろどり）」に転用された車両もあったが、MM'ユニット3組は新潟残留でそれぞれT14・T16・T17編成に組成され、定期運用終了する2015年まで充当された。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
「ひたち」で運用されていたクハ481形初期車置換えのため、1989年 - 1991年にかけてサロ481形1000番台・1500番台の先頭車化と普通車格下げ改造を郡山工場で同時施工した。グリーン車の窓配置がそのまま流用されたため客室窓は小さく、座席と窓割りは合っていない。乗務員室のすぐ後ろは荷物スペースとされたが、後に床置式冷房装置のAU203形が設置された。
1993年に1104の1両が「ビバあいづ」用にクロハ481-1501へ再改造された。常磐線ではE653系の投入に伴い「ひたち」運用が無くなり、2000年までに5両が廃車となった。残る1105・1107の2両は2001年にジョイフルトレイン「せせらぎ」のクロ485・484形に改造されて消滅した。
1989年の651系「スーパーひたち」運転開始と同時に通常の「ひたち」は短編成モノクラス化が実施された。そのため車販準備室装備普通車の必要が発生しサハ481形100番台が転用されたが、それでも不足したことから保留車となっていたサロ481形1050番台・サロ183形1050番台・サロ189形50番台を郡山工場で普通車化改造を施工し充当させることになり発生した番台区分である。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
種車はサロ183形・サロ189形も含まれるが、これらもサロ481形基本番台からの改造車であり、303を除いて差異はほとんどない。E653系投入による置換えで2000年までに廃車となり区分消滅。
JR東日本の信越本線特急「あさま」「そよかぜ」では189系のほか489系も投入され、両端貫通型先頭車でサロの1両入った9両編成3本が使用されていたが、1990年に常磐線特急「ひたち」モノクラス化で余剰となった勝田電車区のサロ481-1053・1052が「あさま」増結用として転用されることになり、横軽対策と協調運転対応によりサロ489形へ改造編入されてサロ489-1051・1052となった。改造は長野工場である。
この2両はVIP対応車で防弾ガラスなどを備えており、お召列車用としての運転にも備えていた。1995年5月12日に「90年代観光振興行動計画(TAP90's)」に基づく「栃木・群馬観光立県推進地方会議」の視察団が利用する臨時列車「臨時特急ほのぼの号」が中軽井沢-高崎間でジョイフルトレイン「リゾートエクスプレスゆう」を使用して運転された際、サロ489-1051が「ゆう」と同色に塗り替え編成に組込まれた記録がある。
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北陸新幹線長野開業前の1996年には長野総合車両所から上沼垂運転区に転出し、上沼垂色に変更されて「雷鳥」「北越」で使用されたが、2001年に編成から外され、2010年に廃車となった。
1991年にJR東日本では、乗務員を対象に定期的に行う異常時の取扱いや応急処置等の教育訓練のため保留車を訓練用に整備することになった。そのために本系列でもモハ484形を種車にしたモヤ484形訓練車が改造で落成した。
モヤ484-1がモハ484-60を種車に青森運転所で、モヤ484-2がモハ484-61を種車に郡山工場で改造施工。室内は座席を一部撤去して、テーブルとパイプ椅子を持込みミーティングルームとし、備品収納用ロッカーや視聴覚教育用モニタ、ビデオを搭載するためのラックを装備する。塗装は国鉄特急色に白線2本と「訓練車」の表記が追加されたものとなった。
訓練車編成は勝田電車区で保留車として残る両端ボンネット車の編成を4両編成2本に組み替え、モヤ484-1を含む編成が青森運転所に、モヤ484-2を含む編成が勝田電車区に配置された。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
2001年には勝田所属のクハ481-17が60 Hz仕様赤スカートに復元されたが、青森車が2005年に廃車、勝田車も2007年に廃車となった。勝田車うちの2両は解体されず、モヤ484-2はモハ484-61は復元工事を実施し、クハ481-26とともにさいたま市の鉄道博物館で静態保存された。
1993年以降に「ひたち」は2編成併結14両編成運転を開始したことから、その対応として勝田電車区所属のクハ481-31・32・34・36・38・40へ前面スカート一部を欠取り電車の連結器交換および制御回路用KE70形ジャンパ連結器を装備した改造である。
本改造は2編成間の総括制御が目的であり、高圧引通ならびにサービス電源用三相引通はそれぞれの編成内で完結させていることから、対応するジャンパ連結器は装備しない。
前面に装備される総括制御回線が片渡り構造となるクハ481形1000番台・1100番台に合せて、上り方は正面向って左側、下り方は右側にKE70形を装備したことから、方向が固定された。
下り方先頭となる車両にはジャンパ栓とジャンパ栓受けも装備されたが、これは同区の300番台・1000番台・1100番台車にも施工された。「ひたち」運用終了後に上沼垂運転区へ転出した4両のうち下り方に組成されていた332・333・1011の3両は栓受けがそのまま残された。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
1993年12月1日から磐越西線郡山 - 会津若松・喜多方間で特急「ビバあいづ」が運転開始されることになり、1993年7月・8月に勝田電車区所属の「あいづ」用7両編成からサロを外した6両編成を仙台運転所へ転出させ、アコモデーションを改造した専用編成が用意されることになった。改造は郡山工場で1993年11月までに施工した。
塗装はシルバーメタリックをベースとした専用塗装となり、両端先頭車の運転台上部前照灯は撤去された。クハ481-1104の運転室寄り客室を定員16名のグリーン室に変更してクロハ481-1501に改造され、6号車に組み込まれた。グリーン席、普通車指定席は255系と同タイプのリクライニングシートが搭載された。3号車に組み込まれたモハ485-1008は客席を撤去してフリースペース「インビテーションカー」に改造され、車内は会津若松市の歴史や観光案内、物産品の展示などが行われていた。
モハ485-1008は1998年12月に座席車に復元されて自由席車となったが、2002年11月末に定期運用を終了した。2003年4月4日付で電動車1ユニット（モハ485・484-1008）が廃車となり、4両編成で勝田電車区に再転出して波動用のK40編成として運用されたが、2013年に廃車となった。
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1993年の「ビバあいづ」運転開始により、クハ481-1104が同列車用の半室グリーン車として改造されクロハ481-1501となった。運転台寄りの半室がグリーン席となり、座席はグリーン席・普通席とも255系と同タイプのリクライニングシートである。定員はグリーン席16名、普通席24名である。
運転席上部の前照灯はクハ481-345とともに撤去された。クハ481-1104時代に乗務員室後ろに設置された床置き式のAU203形が引き続き搭載されており、乗務員扉と側窓の間には通風用のルーバーが存在する。
181系電車として落成し車体も使用する最後の1両で、2002年の「ビバあいづ」廃止後は勝田車両センターK40編成に組み込まれ臨時列車などで運用されたが、2013年に廃車され消滅した。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
JR東日本では経年20年が経過した485系1000番台を中心に1996年より大幅なリニューアル工事が施工され、車両番号を3000番台に変更した。青森運転所所属車は1995年度から1999年度にかけて「はつかり」用6両編成7本・増結用MM`ユニット3組の48両、上沼垂運転区所属車は1996年度から2000年度にかけて「はくたか」用9両編成2本・「いなほ」「北越」用6両編成5本の48両の計96両に施工された。改造工場は土崎工場（現在：秋田総合車両センター）とMM'ユニットの一部のみ青森運転所東派出所（最終塗装は土崎工場）である。
モハ485・484形、クロハ481形、クハ481形、サロ481形の5形式が改造されている。改造種車は大半が1000番台であるが、先頭車には1000番台のほかに1500番台や300番台からの改造車も存在した。1000番台・1500番台からの改造車は元番号に2000を、300番台からの改造車は元番号に3000を足している。クロハ481形1000番台・300番台からクハ481形3000番台に改造された車両は、種車のクハ481形時代の番号を元に改番された。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
前面は運転台屋根部分の鋼体がすべて取り替えられ、運転台窓は大型の1枚窓に変更された。前照灯は上部にプロジェクション灯が2灯、腰部左右にシールドビームとHID灯が1灯ずつ配置された。尾灯はLED化され、同じくLED化された愛称表示器の上に横1列で配置された。前頭部にはFRP製マスクが取り付けられている。またワイパーは運転席側2連 + 助士席側1連の3本となり、空気式から電気式に変更された。スカート部にはカバーも取り付けられた。
側窓はサロを除いて下方に90 mm、上方に15 mm拡大された。側引戸もハニカム構造で軽量化されたタイプに交換され、側面行先表示器もLED化された。
塗装は「はつかり」用が白地に下部をブルーバイオレットで塗り分け、白との境界部が濃い青のライン、前面FRPマスク部分がイエローとなった。「はくたか」「いなほ」「北越」用は上沼垂色に準じて白をベースに側扉周りとFRPマスクをプレイングリーンとし、車体下部はマリンブルーで塗り分けられた。「はつかり」用では前面と前頭部側面に「North East Express 485」のロゴが、「はくたか」用では前頭部側面に翼のエンブレムが設けられ、「いなほ」「北越」用ではロゴがない。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
内装は化粧板を貼り替え、天井は平天井化し冷房吹出し口もラインフロー化された。出入台照明をダウンライト化、扉ストッパーをキャッチャ式化、客室仕切戸を電気式パルサーチ検知採用により自動化した（ドア挟み防止センサー内蔵）。出入台と運転室の床敷物をノンスリップタイプに交換した。トイレは真空吸引式洋式に交換、従来の洗面所を撤去しユニット式男子トイレと小スペース用洗面所を新設した。
各車両の仕切戸と妻引戸上部に案内・号車番号・禁煙などの各種情報を提示する電光式装置が設置され、同じ場所にLEDスクロール方式の案内表示機（次停車駅表示、新聞ニュース表示、天気予報表示等）も併設した。車内放送のオルゴールにクラシック音楽を採用した。
グリーン車では新幹線200系と同様の荷棚へ交換、カーテンキセを含めたカバーはFRP製へ交換した。クロハ481形は4列のまま新型シートに交換、サロ481形は種車が3列シートのグレードアップ車のためモケット張替を施工した。普通車では、シートピッチは910 mmのままフリーストップリクライニングと座面のスライドが可能なタイプに交換、荷棚を新タイプへ変更、喫煙車へは空気清浄機を設置した。
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モハ484形のうち6両編成4号車と9両編成5号車はバリアフリー対応車とされ、車いす対応大型洋式トイレ・多目的室・客室出入台側に車いす対応座席2脚を設置した。モハ485形の一部ではトイレ・洗面所が撤去され、車販準備室・電話室へ変更された。座席配置は種車と比べて大きな変化はなく、クハ481形は全室普通車で定員64名、クロハ481形はグリーン室16名・普通室36名、モハ485形は定員72名である。モハ484形の定員は通常車が64名、バリアフリー対応改造車は58名である。サロ481形は2+1配置の3列シートのため36名である。
補助電源はMGからSIVに換装され、出力210 kVAのSC54形が搭載された。機器は東洋電機製造製で、209系で使用している昇降圧チョッパ式SIVを基本に、交直流対応としたものである。さらに豪雪地帯を走行することから、耐雪仕様とした。CPは2,500 L/minへ容量増大し、三相交流誘導電動機駆動スクリュー式コンプレッサーのMH3099-C2500MLが床下に搭載された。遮断器はメンテナンスフリーのため空気式（ABB）から真空式（VCB）に換装された。制御装置・方式などは在来車と共通である。青函トンネル通過対応車からの改造車は先頭車助士席下にATC-Lを搭載、モハ484形のパンタグラフはPS26Bに換装されている。
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「はつかり」用編成は青森運転所（2004年より青森車両センター、2016年より盛岡車両センター青森派出所）に配置され、1996年より運用を開始した。2002年の東北新幹線八戸開業後は「はつかり」が廃止され、八戸 - 函館間の「白鳥」用となった。2010年の東北新幹線新青森開業では「白鳥」が方向転換され、秋田 - 青森間特急「つがる」用に4両編成も投入されたが、「つがる」運用は2011年にE751系へ置き換えられた。2016年の北海道新幹線開業による「白鳥」廃止で運用を離脱し、2019年1月22日付で最後まで在籍したA6編成6両が廃車となった。
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「はくたか」用編成は北越急行ほくほく線開業の1997年から翌1998年にかけてATS-P搭載・サロ481形組み込みの9両編成2本（R1・R2編成）が上沼垂運転区（2004年より新潟車両センター）に投入された。間合い運用の「雷鳥」などで大阪駅へ入線した実績もある。2005年の「はくたか」運用終了後は6両編成化されて「いなほ」「北越」用編成に編入され、それぞれR26・R27編成に改められた他、クハ481-3026・3037の2両がクロハ481形3000番台に改造された。以後も波動用で首都圏乗り入れがあり、夜行快速「ムーンライトえちご」および臨時快速「フェアーウェイ」の予備車として新宿駅にも入線している。前頭部側面の「はくたかエンブレム」は2011年までに撤去された。
「いなほ」「北越」用編成は2000年 - 2001年に6両編成5本（R21 - R25編成）の48両が上沼垂運転区に配置された。2005年12月25日に発生したJR羽越本線脱線事故では「いなほ14号」で運転中のクハ481-3506ほか6両編成が突風で横転大破し、2007年3月31日付で全車廃車となった。「いなほ」は2010年の東北新幹線新青森開業で秋田以南のみの運用となり、2014年にE653系1000番台へ置き換えられた。「北越」は2015年の北陸新幹線金沢開業で廃止された。
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「北越」廃止後に運行されていた新潟 - 糸魚川間の臨時快速1往復は2017年3月3日に定期運用を終了し、3月19日のR28編成による団体列車によるラストランを最後に運用を終了した。その後は新潟車両センター配置車両は2017年4月までに全車廃車となった。R26編成は2017年3月13日から翌14日にかけて長野総合車両センターへ配給回送され、4月3日付で廃車。R28編成は4月4日に長野総合車両センターへ配給回送され、4月6日付で廃車された。
2012年には青森車両センターの「白鳥」用車両のうちモハ485・484-3014の同番号ユニットがジョイフルトレイン「ジパング」用中間車に改造され、盛岡車両センターに配置されていたが、2022年10月14日付で廃車となった。
2010年12月3日までの編成
新潟所属R1・2編成の「はくたか」運用終了後は、青森・新潟車共に6両編成で車両構成は同じになったが組成は異なる。青森基準で見た場合、編成的にはクロハが先端で同じ位置になるが、MM'ユニットと号車名が逆向きとなる。
2010年12月4日以降の編成
表中の施工工場・配置車両基地は竣工当時の名称で記載し、以下に読み替える。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
2005年の「あいづデスティネーションキャンペーン」開催に合わせて、新宿 - 喜多方間の特急「あいづ」を運転することになり、485系6両編成1本をリニューアル改造の上で充当した。種車は「ビバあいづ」編成置き換えのため2002年11月8日付で青森運転所から仙台運転所へ転入した元A7編成で、2002年12月1日より「あいづ」「ホリデーあいづ」、2003年10月1日改正で格下げされた快速「あいづライナー」に使用されたが、2004年10月15日の同列車廃止後は事実上の休車となっていた。改造は2005年6月までに郡山総合車両センターで施工した。
クロハ481-1014は全室普通車に復元され、元番号のクハ481-1017に復帰した。前面は運転台からノーズ部分が切り落とされた形になり、前照灯は愛称表示器の両脇に移設、尾灯はLED化の上でノーズ切り落とし部に移設された。座席は新品に交換のうえでシートピッチが1,100 mmに拡大され、定員は改造前の380名から改造後は319名となった。
塗装は会津の伝統を示す赤帯と温かみのある白・オレンジの配色とされた。東武100系電車と同色塗装であり、後に東武直通特急「日光・きぬがわ」用へ転用改造することを前提としていた。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
2005年7月1日は「オープニングあいづ」として会津若松→喜多方を片道運行。翌2日から新宿 - 喜多方間の特急「あいづ」1往復ならびに郡山 - 会津若松・喜多方間の特急「アクセスあいづ」2往復が運転された。2005年9月まで運転され、翌2006年からは東武鉄道乗り入れ用に再改造されて特急「日光」「きぬがわ」に投入された。
「あいづ」用2005年度改造車は、東武鉄道乗り入れ特急への転用のため2005年12月15日付で小山車両センターへ転出した。小山転出後に東武乗り入れのための再改造を郡山総合車両センターで施工した。
先頭車正面の列車愛称表示器の撤去・運転台部分を3000番台に準じた1枚窓の新しい構体へ交換・3号車の業務用室を多目的室へ変更した。乗務員交代は栗橋駅で行うことになり、JR・東武両者の保安装置や機器類を一斉切替可能なスイッチが設置されている。東武形ATSと列車無線、自動放送装置も搭載された。
2006年3月18日から新宿 - 東武日光・鬼怒川温泉間特急「日光」「きぬがわ」に投入された。253系1000番台の投入に伴い2012年2月10日付で仙台車両センターへ再度転出し、「あいづライナー」運用に充当されたが、老朽化により2015年7月3日付で廃車された。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
2006年も「この夏も会津へ2006キャンペーン」が開催されることになり、上野 - 喜多方間の特急「あいづ」運転のため元青森運転所A3編成が2006年3月23日付で仙台運転所へ転入、2006年7月26日までにリニューアル工事が施工された。
クロハ481-1013は全室普通車に復元され、元番号のクハ481-1015に復帰した。また、海峡線用ATC-Lを撤去した上でATS-Psを追加搭載、塗装は会津大学短期大学部学生によるデザインをベースとした、赤と黒の2色に「あいづデスティネーションキャンペーン」のマスコットキャラクター「あかべぇ」を纏う専用塗装となった。
2006年7月29日より、上野発着の「あいづ」、仙台発着の「仙台あいづ」に2006年9月まで充当された。以降も仙台所属のまま、引き続き快速「あいづライナー」運用へ充当されたが、2007年 - 2010年の夏期キャンペーン期間のみ「あいづ」へ充当された。2011年6月には国鉄色への塗装変更を施工。2012年2月に「あいづライナー」へ元東武直通車編成が再転入して以降は、波動対応ならびに元東武直通車編成の予備として運用されていたが、老朽化により2016年8月4日付で廃車された。
国鉄485系電車 JR各社の改造車
1988年3月改正で北陸特急「北越」を従来の7両編成から6両編成（金沢運転所O編成）に短縮することになり、1988年にサロ489形5両を吹田工場で先頭車化改造してクロ480形1000番台に区分された。種車がサロ489形1000番台のために210kVAのMGおよびCPを搭載するほか、台車はTR69Hを装着する。0番台同様に前位側トイレ・洗面所区画を台枠ごとカットし新たに別途製造済の運転台を接合したほか、後位側に車掌室・車販準備室のほか電話室を設置する。
クロ480-1002は1991年に「かがやき」「きらめき」用グリーン車としてクロ480-2301に改造された。残る車両は2004年の「加越」「しらさぎ」統合ならびに683系化で余剰となり廃車された。
「スーパー雷鳥」用パノラマグリーン車クロ481-2101への改造が予定されていたサハ481-118にMGを、サロ481-2006へCPを供出するため、1988年にサロ489-1004に松任工場で撤去工事を施工した。サロ489形1000番台は本車を除いてすべて制御車化改造が施工されたため新製時の車体を維持する唯一の車両である。
改造後も引き続き新製配置の金沢運転所で「しらさぎ」「加越」「北越」などに充当されたが、681系電車・683系電車への置換えで運用離脱となり2003年に廃車。