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任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
1989年4月、任天堂は横井軍平が手がけたゲームボーイを発売し、同梱ソフトとして名作『テトリス』が提供された。手ごろな価格、テトリスの魅力、そして（先行したミルトン・ブラッドリーのMicrovisionと異なり）耐久性の高さによって、ゲームボーイシリーズは最終的に世界で1億1800万台を販売する大ヒットとなった。また同年、『スーパーマリオランド』も本体と同時発売され、全世界で1400万本を販売した。さらに1989年には、ファミコンの後継機であるスーパーファミコンの開発が公式発表された。
スーパーファミコンは1990年11月に日本で発売された。発売は非常に好調で、日本全国で3日以内に完売し、1991年6月までに160万台が販売された。1991年8月には、「Super Nintendo Entertainment System（SNES）」の名前でアメリカでも発売され、続く1992年にはヨーロッパでも展開された。
スーパーファミコンはファミリーコンピュータと同様、当時としては非常に高い技術仕様を持っていた。スーパーファミコンのコントローラもファミコンより改良され、丸みを帯びたフォルムや4つの新しいボタンが加わり、現代の多くのコントローラの標準となった。このように、日本ではスーパーファミコンが簡単に市場の主導権を握った。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
1991年には、連邦取引委員会およびニューヨークとメリーランド両州の司法長官による価格固定疑惑について、任天堂が和解に応じた。任天堂は、システムの価格を値下げする小売店への出荷を打ち切ると脅したとされており、和解にかかった費用は約3,000万ドル未満だった。
1992年7月には、Nintendo of Americaがアーケード機器の製造から撤退することを発表した。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
1980年代から1990年代にかけて、任天堂は自社のIPをアメリカのDICエンターテインメント制作による5本のテレビ番組にライセンス供与した。そのうち4作品はNBCのサタデーモーニング・カートゥーン枠で放送された。具体的には『Captain N: The Game Master』（1989年から1991年）、『The Super Mario Bros. Super Show!』（1989年、アニメと実写のハイブリッド作品。『ゼルダの伝説』の短編アニメも含む）、『King Koopa's Kool Kartoons』（1989年。『ベティ・ブープ』などの古いアニメーションを紹介するブロック番組で、実写のクッパがバンパーとして登場した。ロサンゼルスのFOX系列のKTTVで放送した）、『The Adventures of Super Mario Bros. 3』（1990年）、そして『Super Mario World』（1991年）。このうち『Super Mario World』は、1990年にアメリカで制定された児童向けテレビ番組規制法の影響を最初に受けた作品であり、道徳的な教訓を盛り込むことが義務付けられた。この法律により、NBCは土曜朝のカートゥーン放送を取りやめることとなった。1993年には、ゲームを原作とした世界初の映画『スーパーマリオ 魔界帝国の女神』が劇場公開された。マリオ役をボブ・ホスキンス、ルイージ役をジョン・レグイザモが演じた実写映画であったが、商業的にも批評的にも失敗し、この反省から任天堂は長きにわたり映画化に慎重な姿勢を取るようになった。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
1990年代初頭、任天堂は世界のビデオゲーム市場の80%を占め、残りの20%を3社の競合他社が分け合っていた。フランク・シファルディは『Kotaku』で「その中で“最も有望だったのは、セガという小さくて活気ある新興企業だった」と記している。日本企業のセガは1988年に日本で新しい家庭用ゲーム機のメガドライブを発売した。1989年にはアメリカで「Genesis（ジェネシス）」として発売された。メガドライブは日本では「控えめながら名を上げつつあり」、一方で北米ではメディアの熱狂的な報道にもかかわらず、「任天堂の8ビット帝国にほとんど食い込めていなかった」。
セガは「表面的にはあまり失うものはなかった」。1990年、マーケティング担当としてマテル出身のトム・カリンスキーをSEGA of Americaのマーケティングチーム責任者として起用した。カリンスキーとマーケティングチームは異例で過激なキャンペーンを展開し、セガを有力な競争相手とすることに成功した。シファルディが「攻撃的な中傷キャンペーン」と呼ぶ、任天堂を標的としたキャンペーンに数百万ドルを投じた。チームは、任天堂の主なターゲット層である子供には注力せず、ティーンエイジャーにクールな印象を与えることに力を注いだ。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
キース・スチュワートは『ガーディアン』で、SEGA of Americaが「産業界の生意気な悪ガキ」のポジションを作り、「任天堂とその古風で家族向けゲーム機を貶めることを目的としたテレビ・印刷広告キャンペーン」を展開したと述べている。彼らのテレビCMは、「攻撃的でロック音楽を使い、ジャンプカット満載で、ティーンエイジャー向けに直球で仕掛けた」スタイルであり、「Genesis does what Nintendon't」といったキャッチコピーで任天堂を直接狙った。セガは全米のショッピングモールを巡り、任天堂と比較した自社ゲームのデモを行った。メガドライブの方がスーパーファミコンより高性能だと宣伝した「ブラストプロセッシング」というハードウェア機能を強調した。セガはこのフレーズを徹底的にマーケティングに使い、任天堂はこれに反論するためゲーム雑誌に見開き広告を出した。実際には、ブラストプロセッシングはメガドライブ独自の本物の機能だったが、セガが主張するほどスーパーファミコンに技術的な絶対的優位性をもたらすものではなかった。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
セガはアメリカのゲーム会社のアコレード、エレクトロニック・アーツ（EA）、スペクトラム・ホロバイトなどにメガドライブ独占タイトルの開発を働きかけた。Nintendo of Americaを上回る金額でNFLの選手であるジョー・モンタナの利用権を獲得し、EAの『ジョー・モンタナ・フットボール』（1990年）として発売した。開発会社がメガドライブに流れたことで、任天堂はファミコン時代から続いた厳格なライセンス基準、たとえば1タイトルを任天堂機と他社機両方で発売できない規則などを緩和することを余儀なくされた。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
カリンスキーはまた、メガドライブのアメリカでの希望小売価格を引き下げ、「最も有望な新作ゲーム」として『ソニック・ザ・ヘッジホッグ』（1991年）を無料で同梱する施策を行った。これにより、1台売るごとにセガは大きな赤字を出したが、「できるだけ多くの家庭にメガドライブを届け、ソフト売上で損失を取り戻す」戦略をとった。『ソニック・ザ・ヘッジホッグ』はプラットフォーマーで、1991年にメガドライブ独占で登場した。青いハリネズミのソニックは超高速で走ることができるキャラクターで、ブリタニカ百科事典は「任天堂のマスコットであるマリオよりも現代的に見えるようデザインされた」と記している。初登場作が大成功した後、ソニックはセガのマスコットとなり、「任天堂との長きにわたるビデオゲームの覇権争い」が始まった。
最終的に、メガドライブはアメリカでもっとも人気のあるゲーム機になり、 任天堂の市場シェアは約35%にまで低下した。しかし数年後には、スーパーファミコンが北米でメガドライブを再逆転する。これは一部、スーパーファミコン独占のゲームラインナップによるものであった。スーパーファミコンの全世界累計販売台数は最終的に4,910万台となり、メガドライブは約4,000万台と推定されている。1993年5月時点で、任天堂は世界の有数企業トップ10入りしたと報じられている。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
1990年代、ゲームが暴力描写や性的な主題を一般的に描写するようになったことで、アーケードゲーム『Mortal Kombat』（1992年）やPCゲーム『DOOM』（1993年）のような作品が現れたため、アメリカの議員は、当時最大の消費者層であった子供たちへの業界の影響を懸念するようになった。ビデオゲームはすでにアメリカで「若い心を荒廃させるもの」としての評判を得ていたため、山内は1990年、任天堂に300万ドルをマサチューセッツ工科大学に寄付させ、「考えるゲームの創造」を助けることとなったと『AP通信』は書いている。その後まもなく、『Mortal Kombat』の登場を受けて、アメリカ議会の一部の議員はこのようなゲームを検閲すべきだ、あるいは上院議員のジョー・リーバーマンの言葉を借りれば「憲法で禁止すべきだ」と主張し始めた。それが1993年から1994年アメリカ上院におけるビデオゲーム公聴会につながった。任天堂とセガはこの問題に対して立場が異なった。メガドライブ版と異なり、『Mortal Kombat』と『DOOM』のスーパーファミコン版では、任天堂のファミコン時代の要件により血の表現を削除された。議会の主な問題となったのは『ナイトトラップ』（1992年）であり、これは10代の少女に対する性的動機の暴力を描写していた。このゲームはメガCDでプレイ可能だった。それに対し、Nintendo of Americaの会長のハワード・リンカーンは上院で「『ナイトトラップ』は任天堂のシステムには決して登場しない」、「それは女性への暴力を助長しており、そのようなものは我々の社会に居場所がない」と証言した
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
ゲーム内容が政府による監督から自由になることを望み、任天堂とセガは、北米のゲームパッケージへの年齢および内容レーティングを作成・表示するESRBという民間組織の設立に参加した。この団体は、ゲームパブリッシャーがESRBと協力することのみを議会に求め、議会が検閲的な法律を制定するのを防ぐためにロビー活動した。『Mortal Kombat』のようなゲームには「M」や「Mature」のレーティングがパッケージに表示され、それが18歳以上のみに販売されるべきだということを小売業者に知らせた。任天堂は、規制を一部緩和し、『Mortal Kombat II』（1993年）の1994年のスーパーファミコン版で血の表現を許可するようになった。『ナイトトラップ』は2018年にNintendo Switch向けに発売された。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
1987年ごろ、任天堂がスーパーファミコンを開発していた際、日本の技術企業であるソニーと提携し、ソニーの技術者である久夛良木健が率いるチームによって本体のSPC700サウンドカードが製作された。1988年には両社の協力関係が深まり、より大容量でグラフィックとサウンドを強化したゲームをプレイできるよう、コンソール用のCD-ROMディスクドライブ周辺機器の開発に着手した。1990年に任天堂とソニーはこの提携を公にし、1991年にはそのデバイスの名称が「Nintendo PlayStation」であることが発表された。この試作機は約200台ほどしか製造されなかった。
スーパーファミコンの開発が完了する前に、任天堂はソニーとのライセンス契約内容を再検討し、ソニーがCDベースのゲームから不当に多くの収益を得る可能性があると判断した。任天堂は契約の再交渉を試みたが、望む結果を得られなかった。ソニーがコンシューマー・エレクトロニクス・ショーで任天堂との協業を公表した翌日、任天堂は契約を破棄し、代わりにオランダの電子機器メーカーのフィリップスとCDベースのゲーム開発を進めていると発表し、ソニーを驚かせた。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
その後、Philips Interactive Mediaは任天堂IPを用いた4本のゲームを独自のマルチメディア機器のCD-i向けに開発。『Link: The Faces of Evil』（1993年）、『Zelda: The Wand of Gamelon』（1993年）、『ホテルマリオ』（1994年）、『Zelda's Adventure』（1995年）はいずれも批評家から酷評された。久夛良木健率いるソニーは、その後、Nintendo PlayStationの開発を継続し、単独のPlayStationとして1994年に発売した。任天堂の厳しいライセンス管理に不満を持つサードパーティー開発者が集まり、フル3Dグラフィックスが可能な新時代のゲーム機となった。2014年には本機の技術資料がネット上に流出し、2009年にはペンシルバニア州で実機の動作するプロトタイプが発見され、2015年にオーナーが詳細を公開した。
1994年、セガが32ビットのセガサターンを発売、ソニーも32ビットのPlayStationを発表し、熾烈な市場争いが始まることとなる。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
1992年6月、山内溥の意向により、任天堂はシアトル・マリナーズの過半数株式を取得した。マリナーズはワシントン州シアトルを拠点とするメジャーリーグベースボールの球団であり、多額の負債によって経営が危機に陥り、1991年12月に球団の売却を発表していた。外国企業がアメリカのスポーツチームを買収すること、さらに山内がマリナーズの経営権をアメリカ人経営陣に委ねることは、いずれも異例のことであった。山内はこの決断について「これはビジネスとして行うものではなく、苦境にあるアメリカ企業を助ける形での地域貢献である」と述べ、「日本は戦後の奇跡的な成長においてアメリカに大きく感謝すべきであり、また任天堂もアメリカで事業をさせてもらっている。アメリカには大きな恩義があるので、自分にできる限りの形でそれを返したい」と語っている。任天堂は2016年8月にマリナーズの経営権を売却し、10%の株式のみを保持している。
任天堂の歴史 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年）
日本のゲーム開発会社であるハル研究所は、1984年の任天堂のファミコン用ゲーム『ピンボール』の不具合修正を依頼されたことをきっかけに、任天堂と強い業務関係を築いてきた。1993年、経営危機に瀕したハルを任天堂が買収し、セカンドパーティとして傘下に迎える。条件として、プログラマー出身の岩田聡が社長に就任した。岩田はそれまでにファミコンの『バルーンファイト』や『アドベンチャーズ オブ ロロ』などを手がけていた人物で、その後も『MOTHER2 ギーグの逆襲』（1994年）、『ポケモンスタジアム』（1999年）、『ポケットモンスター 金・銀』（1999年）、『ニンテンドウオールスター!大乱闘スマッシュブラザーズ』（1999年）などの開発・発売に大きな役割を果たした。
1994年、任天堂は1985年のNES以来、長年にわたりマテルを通じてオーストラリアで製品を販売していたが、同年にオーストラリア本社を設立した。初代マネージングディレクターには、マテル・オーストラリアから引き続き就任したグラハム・ケリーと、Nintendo UK Ltd.の田中進が就いた。
1995年、任天堂はレアの一部株式を取得した。
1993年、任天堂はプロジェクト・リアリティ〈Project Reality）というコードネームのもと、新たに64ビットのコンソールを開発する計画を発表した。このハードウェアは、完全な3D環境やキャラクターを描画できる能力を備えていた。1994年、任天堂はプロジェクト・リアリティがアメリカではウルトラ64として改名されると発表した。ウルトラ64という名は、任天堂ブランドのアーケード向け格闘ゲーム『Killer Instinct』およびレースゲーム『Cruis'n USA』で初披露された。『Killer Instinct』は後にSNESでも発売された。その後まもなく、任天堂はコナミが「ウルトラ」という名称の権利を保有していることに気づいた。具体的には、コナミのみが新システム向けに『Ultra Football』や『Ultra Tennis』といった名前のゲームを発売する権利を持っていた。このため、任天堂は1995年に最終的なシステム名をNINTENDO 64に変更し、1996年に発売すると発表した。システムおよび複数のゲームは『スーパーマリオ64』を含め、メディアと一般に向けて披露された。
1995年7月、任天堂はバーチャルボーイを日本で発売した。本機は横井軍平によって設計されたバーチャルリアリティの卓上型ゲーム機であり、ヘッドセット状の本体内側にモニターが内蔵され、据え置きでプレイヤーが覗き込む形でプレイする。操作は従来型のコントローラを用いる。モニターは立体視3D表示に対応しており、2枚の「平面型・振動式ミラー」を使うことで、左右の目それぞれに異なる映像を投影し、3D感覚を生み出す構造になっていた。表示できる色は黒と4段階の赤のピクセルのみと、非常に限定的だった。
『ジ・エスケイピスト』のJohn Frisciaはのちに、バーチャルボーイについて「驚くべき点や本当に称賛すべき特徴は多かったものの、任天堂史上最悪のハードウェアの失敗作」と評しており、同社最大の商業的失敗として名を残している。立体視3Dと赤単色のビジュアルの組み合わせで、ユーザーの目の疲れや頭痛を頻繁に引き起こす問題があり、すべてのバーチャルボーイ用ソフトには15分から30分ごと自動でプレイを中断する機能と、長時間プレイによる頭痛や稀なケースとして発作を警告する注意書きが付属していた。ゲームソフト自体も評価は低く、全世界で発売されたタイトルはわずか22本にとどまった。日本では1995年12月に生産終了となり、その後も北米市場では数か月間のみ販売が続けられた。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
ゲームフリークは1982年に日本で設立され、当初はゲーム雑誌として始まった。1989年、共同創業者の田尻智がこの出版物をゲーム開発会社へと転換し、任天堂やセガの各種ゲーム機向けに『ヨッシーのたまご』（1991年）、『マリオとワリオ』（1993年）、『パルスマン』（1994年）などのゲームを制作した。1990年前後、田尻は『ポケットモンスター』というアイデアを思いつく。これは動物を集めて戦わせるゲームであり、自身が子供のころに森で昆虫やオタマジャクシを捕まえて遊んだ経験から着想された。田尻はこのゲーム案を任天堂に提案し、任天堂は当初は消極的だったものの、開発を許可した。田尻を中心に、ゲームフリークは宮本の助言も得ながら、『ポケットモンスター』のゲームボーイ向け開発に6年を費やした。1996年2月、『ポケットモンスター』は日本でゲームボーイ向けに発売され、わずかな違いのある2バージョン（『ポケットモンスター 赤・緑』）として店頭に並んだ。日本国外ではポケットモンスターの名称がPokémonに変更され、2バージョンは『Pokémon Red Version』と『Pokémon Blue Version』（日本版の緑に該当）として発売された。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
『ポケットモンスター 赤・緑』は全世界で数百万本を売り上げる大ヒットとなり、その後も豊富なラインナップを持つ『ポケットモンスター』シリーズへと発展、やがてシリーズ展開の中心的存在となった。ポケットモンスター 赤・緑はアニメ化され、1997年に日本でアニメ版ポケットモンスターの放送が開始、各国でも番組販売 （ローカル局ネット）で放送された。1998年にはポケモンセンタートウキョーが開業し、をテーマにした国際的な小売店舗展開が始まったほか、アニメを原作とした映画『劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲』が日本で公開された。1999年には『ポケモンカードゲーム』が発売され、その後、『ポケットモンスター』関連グッズやサービスも急拡大した。2000年、日本の小売事業を管理していたポケモンセンター株式会社が株式会社ポケモンへと社名変更し、ブランド管理や商品化展開を担うようになった。2001年にはアメリカ現地法人「Pokémon USA, Inc.」が設立され、のちに「The Pokémon Company International」となって、日本国外全体のブランドおよび商品展開を統括する体制が構築された。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
『ポケットモンスター 赤・緑』の発売から何十年が経った現在もポケットモンスターシリーズは世界的な文化として存在し続けているが、特に1990年代後半の人気は非常に高く、一部メディアはこの社会的ムーブメントを「ポケマニア」と呼んだ。1999年の『タイム』誌はこの現象を以下のように表現している。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
欧米諸国では、『ポケットモンスター』シリーズの子ども層での人気があまりに高かったため、特に保護者など大人の間で否定的な反応が広範囲に生じた。文化人類学者のクリスティーン・ヤノは、こうした現象をモラル・パニックの一種と位置付けている。一方でこのような過剰な否定的反応は日本国内ではほとんど見られなかった。特にポケモンカードゲームは欧米で強い反発を招き、1999年の『ロサンゼルス・タイムズ』は、アメリカの多くの学校関係者の声として「カードが学習の妨げとなり、友人関係を壊し、子どもたちはカードの入手に夢中になるあまり宿題や授業を忘れ、バスにすら乗り遅れる」と報道した。アメリカの小学校ではポケモンカードがほぼ全面的に持ち込み禁止となり、他国でも同様の禁止措置が取られた。アメリカやイギリスでは、カードを巡る暴力事件や盗難も顕著に報告されていた。また2000年には、キリスト教信者の一部が『ポケットモンスター』を悪魔的だと主張したことを受け、カトリック教会所有のテレビ局のSat2000は「有害な道徳的副作用は一切ない」と公式に声明を出している。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
『ポケットモンスター』は現在、世界で最も収益を上げているシリーズとなっており、2024年時点で累計売上は1,470億米ドルに達している。なお、ゲームフリークや株式会社ポケモンは任天堂の子会社ではなく、ポケモンビジネスは任天堂、ゲームフリーク、クリーチャーズの3社による共同所有形態で運営されている。任天堂もこの知的財産から収益を得ている。ポケモンの共同創業者である増田順一は2017年に「ゲームフリークも理論上は任天堂以外のゲーム機向けに『ポケットモンスター』のゲームを制作できるが、任天堂への配慮からそうしていない」と語っている。
1996年6月、NINTENDO 64は日本で発売され、初日に50万台以上を売り上げた。北米では同年9月に発売され、出荷初回分の35万台が即日完売となった。発売当時はライバルメーカーとの競争が非常に激化しており、多くのサードパーティーが他社ハード向けに主力ゲームを即座に発売したことによって加速した。多くの会社の多くは、カートリッジ形式と比較して、CD形式の方が開発費と製造コストが安価であると主張した。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
ロンチタイトルの1つである『スーパーマリオ64』は、任天堂情報開発本部が開発した3Dプラットフォーマーで、シリーズ初の完全3Dのスーパーマリオ作品であり、ゲーム史上でも初期の3Dプラットフォーマーの1つである。長期にわたる開発期間の中で、宮本茂はまずキャラクターの3D空間における操作性を徹底的に追求し、納得がいくまで磨き上げた上で、ステージ設計に着手した。『スーパーマリオブラザーズ』以来、マリオの操作は現実の物理（質量、慣性、モーメント）を意識しつつも、空中での方向転換など現実離れした動きも可能で、プレイヤーはこれらの要素を考慮してジャンプや移動を行う必要があった。スーパーマリオ64以前の3Dプラットフォーマーはこれらを十分に再現できておらず、操作が難解になりがちだったが、本作では「2Dアクション同様に直感的な操作感」を実現させ、3Dアクションゲームの新たな基礎を築いた。リッチ・スタントンは後に『Eurogamer』誌で「本作は初めて2Dゲームと同じくらい気持ちよく操作できる3Dゲームだった」と評し、以降の3Dプラットフォーマー作品における動きのルールを確立したと述べている。最終的に『スーパーマリオ64』はNINTENDO 64において最も売れたタイトルとなった。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
1996年7月、任天堂は初代ゲームボーイの小型版であるゲームボーイポケットを発売した。このモデルは横井軍平が同社で手がけた最後の商品となった。ゲームボーイポケットの発売から1週間後、横井は任天堂での役職を辞任した。その後、彼は競合する携帯ゲーム機のワンダースワンの開発を支援した。
1997年10月、横井は56歳で交通事故により亡くなった。北陸自動車道の石川県能美郡根上町（現：能美市）付近を運転中、前方の車に追突した。車の損傷を確認するため降車したところ、通りかかった別の車にはねられ重傷を負い、事故から2時間後に死亡した。
1997年、欧州経済共同体（EEC）は、任天堂に対してサードパーティー製ライセンス契約を大幅に改訂するよう要求した。この判決により、任天堂はライセンスが発売可能なゲームの数を制限すること、ゲームに事前承認を要求すること、サードパーティー製ゲームを任天堂のみが製造することを義務付けることができなくなった。
1998年12月、任天堂はポルノ画像にリンクしていた「zelda.com」ドメイン名の所有者を訴えた。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
1999年12月、イスラエル系イギリス人のイリュージョニストであるユリ・ゲラーは、自分の肖像が『ポケモン』の種族「フーディン」に反映されていると主張し、任天堂を相手に6000万ポンドの訴訟を起こした。この訴訟は2003年に取り下げられたが、その後もゲラーは複数回訴訟を起こした。2020年、ゲラーはこの法的戦いについて謝罪した。
2000年3月、任天堂は、ニューヨーク州司法長官との間で、コントローラのジョイスティックを回転させる5つのミニゲーム（1998年の『マリオパーティ』内のミニゲーム）のプレイ中に子供たちが手に負った怪我に関して、8000万米ドルの和解を行った。同社は将来的な怪我を防ぐため、ゲーム用手袋を配布した。
2000年6月、任天堂は、香港で大量の海賊版任天堂ゲームを製造していた大手香港企業のApollo Ltd. （同社は任天堂ゲームの違法コピーの生産元）を、香港の法執行機関によって閉鎖させたと発表した。
任天堂の歴史 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年）
1998年、任天堂が当時は「Dolphin（ドルフィン）」というコードネームで次世代家庭用ゲーム機のの開発を進めていたとき、同社はアメリカのゲームプロデューサーであり、かつてアクレイム・エンタテインメント在籍、『Turokシリーズ』のパブリッシャーで活動していたジェフ・スパンゲンバーグと提携し、テキサス州オースティンを拠点とするゲーム開発スタジオレトロスタジオを設立した。スパンゲンバーグは同年初めにアクレイムを解雇された後、Nintendo of Americaと契約し、Dolphin向けの開発を行うことになった。任天堂はレトロの40,000平方フィートのスタジオに資金を提供した。その数年後には、スタジオの従業員数は約150人に達した。
1998年10月、日本でゲームボーイカラーが発売され、1か月後に北米およびヨーロッパでも発売された。ゲームボーイカラーは、従来のモノクロ表示しかできなかった初代ゲームボーイに対し、多彩な色付きピクセルの表示が可能となった改良版である。新しい本体向けに開発された専用ソフトだけでなく、従来のモノクロ版ゲームボーイ用カートリッジにも後方互換性を有しており、従来ソフトを使用する際はプリセットされた4種類のカラーパレットから選んで全体表示色を自動的に変更できる仕様となっていた。本体はベリー、グレープ、キウイ、ダンデライオン、ティールという5色展開で発売され、後に透明なプラスチック筐体を特徴とした「アトミックパープル」が追加された。
『ゼルダの伝説 時のオカリナ』は、NINTENDO 64向けに1998年に発売された完全3Dグラフィックスエンジンを初めて採用した『ゼルダの伝説』の作品である。これにより、「コンテキスト感応型ボタン」というゲームメカニクスが普及した。このメカニクスでは、ゲーム内のプレイヤーの場所に応じてコントローラのボタンが複数の異なる用途を持つことが可能となる。また、「カメラロックオン」も採用され、これにより特定の敵を中心としてカメラが3D空間で回転するようになり、敵との戦いが容易になった。『1Up.com』は2012年に、これらの追加要素が『時のオカリナ』を「直感的」に感じさせたと述べた。一方で「90年代中期から後期にかけての3Dアクションアドベンチャーゲームの大半はひどいプレイ感だった」と指摘している。ゲームは批評家から一斉に絶賛された。2025年現在、『ギネス世界記録』は『時のオカリナ』を「史上最も批評家に絶賛されたビデオゲーム」として評価し、『Metacritic』における批評家の平均スコアは100点中99点であると記録している。
1999年、任天堂は64DDを発売した。これはディスクストレージ型の周辺機器で、NINTENDO 64がディスクベースのゲームをプレイできるようにするものである。同社は国際的なゲーム雑誌で数年間にわたりこのデバイスを宣伝し、「ゲームの遊び方を変える」と主張していた。しかし、64DDは日本でのみ販売され、対応したゲームはわずか7本しか制作されなかった。この周辺機器は主に「ランドネット」というウェブサイトを通じて販売され、7本のゲームがすべてセットになったバンドルとして提供された。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
任天堂は2001年3月、日本で携帯型ゲーム機のゲームボーイアドバンスを発売し、6月には北米と欧州でもリリースした。ゲームボーイアドバンスは従来のゲームボーイシリーズよりも大きな画面を持ち、ゲームボーイカラーよりも多くの色を表示可能だった。また、ゲームボーイアドバンスはゲームボーイやゲームボーイカラーのカートリッジとも後方互換性を持ち、さらに「リンクケーブル」を使ってゲームキューブと接続し、対応ソフトではセカンドディスプレイのように利用することもできた。北米ではゲームボーイアドバンスの発売当初から大ヒットし、発売約1か月で50万台を売り上げ、当時任天堂史上最速の販売ペースとなった。
2000年代初頭、セガは1998年に発売され財政的に失敗した家庭用ゲーム機のドリームキャストの影響を受け、ゲーム機の製造を中止した。以降、セガはゲームの開発および販売に専念し、任天堂向けに開発会社のゲームをリリースするようになった。中でも注目すべきは、2002年にゲームボーイアドバンス向けに発売された任天堂ハード初の『ソニック』シリーズである『ソニックアドバンス』である。任天堂の主要な競争相手はソニーとなったが、両社は新たにマイクロソフトとも競争することになった。マイクロソフトは2001年に家庭用ゲーム機のXboxを発売した。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
DolphinはE3 1999で任天堂の次世代家庭用ゲーム機として正式に発表された。Nintendo of Americaの社長であるハワード・リンカーンは、このシステムが「ソニーのPlayStation 2（PS2）で実現されるものと同等か、それを上回るものになるだろう」と宣言した。2000年の任天堂の「スペースワールド2000」展示会では、ドルフィンに関するさらなる詳細が明らかにされ、その正式名称が「ゲームキューブ」であることが発表された。ゲームキューブは、従来の任天堂のゲーム機よりもエルゴノミクスに基づいた操作性の高いコントローラーを採用し、持ち運びを容易にするための取っ手も付属していた。ゲームソフトはディスク形式で提供され、理論上はNINTENDO 64の相対的な性能不足の後に、サードパーティーデベロッパーを再び呼び戻すのに十分な性能を備えていた。しかし、ミニディスク形式が採用されたのは、海賊版対策と、DVDフォーラム（ゲームディスクなどのDVD技術を策定した業界団体）へのライセンス料の支払いを回避するためであった。その結果、ゲームキューブのディスクは1.6ギガバイトのデータしか格納できず、再び任天堂の競合他社に比べて容量面で劣ることとなった。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
このシステムを開発する中で、任天堂はLCD画面を含む周辺機器を製作した。この周辺機器は、ゲーム機自体に接続されたモニターとは別にゲーム用のセカンドディスプレイとして機能し、3次元映像を表示することが可能であった。これはバーチャルボーイに似たものであった。任天堂の開発者は、この周辺機器上で『ルイージマンション』を動作させることに成功したが、大量生産は同社にとってコストが高すぎるため断念された。
ゲームキューブは、2001年9月14日に日本、2001年11月に北米、2002年5月にヨーロッパで発売された。システムは発売当初は好調であり、任天堂はPS2やXboxを上回るスタートだったと述べたが、その後の数か月間の売上は予想を下回った。これは、初期のライブラリに同梱されていた『ルイージマンション』（2001年）が期待外れと見なされたことや、システムのゲームラインナップが少なかったことが一因であった。さらに、ゲームキューブには内蔵のDVDプレイヤーが搭載されておらず、PS2にはDVD再生機能が含まれていた。一方で、DVDを再生できるゲームキューブの特別版『パナソニックQ』は、日本限定で発売された。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
岩田聡は『ニンテンドウオールスター!大乱闘スマッシュブラザーズ』の発売後、2000年にハル研究所の社長を辞任し、任天堂の本社の経営企画室長に就任した。ただし、その直後は『大乱闘スマッシュブラザーズDX』（2001年、ゲームキューブ向け）のデバッグ作業でも中心的役割を担っていた。2002年5月、山内は岩田に対し、任天堂の社長への就任を打診し、岩田はこれを受諾した。同月中に任天堂の社長へ就任した。岩田は山内家以外で初めて選出された任天堂の社長となった。山内は2005年まで社外取締役に留まり、10%の株式保有で死去（2013年9月）まで最大個人株主でもあった。2013年4月の『フォーブス』推計では、純資産が21億ドルで日本13位の富豪となっている。
2002年1月、荒川實がNintendo of Americaの社長を辞任し、後任として君島達己が任命された。2003年、レジナルド・フィサメィ（後のNintendo of Americaの社長兼CEO）が、同社のアメリカ部門において営業およびマーケティング担当上級副社長として入社した。それ以前は、パンダエクスプレス、ピザハット、プロクター・アンド・ギャンブルなどの企業でマーケティングチームに所属していた。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
任天堂がNINTENDO 64から技術的に大きな進化を遂げたにもかかわらず、ゲームキューブには依然としてサードパーティが寄りつかなかった。任天堂はシステム発売前の段階で、サードパーティー開発者へのソフトウェア開発キットの提供が遅れていた。Gavin Laneは『Nintendo Life』で、ゲームキューブが不振だった理由の1つとして、任天堂が以前の任天堂ハード所有者という年長の層を抱えていたにもかかわらず、依然として若年層を主なターゲットにしていたことを挙げている。一方でソニーは「子供じみたものから距離を置きたがる思春期の若者たちを巧みに取り込んだ」と述べている。さらに、ゲームキューブ用タイトル『ゼルダの伝説 風のタクト』（2002年）のアニメ調のビジュアルや、本体に持ち運び用ハンドルが付いていたことも、「子供向けハード」という印象を強め、サードパーティが敬遠する一因となった。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
ゲームキューブは、競合する他のコンソールと比べて大きく際立った特徴はなく、『大乱闘スマッシュブラザーズDX』や『スーパーマリオサンシャイン』（2002年）といった高く評価された専用タイトルを除けば、目立った差別化要素は存在しなかった。レトロスタジオの初作品『メトロイドプライム』（2002年）は、複数の中止プロジェクトで崩壊寸前だった同社を救うことになった。任天堂はスタジオに『メトロイド』シリーズを任せる賭けに出たが、『プライム』は大成功を収め、後に多くのメディアで「史上最高のゲームの1つ」と評された。こうしてレトロスタジオの存続が確保され、続編『メトロイドプライム2 ダークエコーズ』（2004年）の開発が始まった。また、任天堂と「非常に親しい関係」にあったカプコンは、2005年に『バイオハザード4』をゲームキューブ独占タイトルとして発売した。当初これは、「カプコンファイブ」と呼ばれる、カプコンが2002年12月に発表した5つのゲームキューブ独占タイトルの1つだった。しかし『Kotaku』のLuke Plunkettによると、2003年1月の段階でこの発表は「任天堂への善意ではなく、PR上の誤解」であったことが判明し、『バイオハザード4』以外の4タイトルはマルチプラットフォームとして発売されることになった。その後『バイオハザード4』もPlayStation 2で発売された。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
2002年9月、任天堂はレアの株式49％をマイクロソフトに売却し、レアはXbox向けのゲーム開発を行うようになった。当時『Eurogamer』の業界アナリストは、この売却について「セカンドパーティ開発に依存しないという任天堂の新たな戦略の一環であり、同社は今後ハル研究所などの子会社をより有効に活用し、また退任前の山内が積み上げていた資金的な「戦闘資金」を用いてサードパーティ開発を支援する方針に転換するものだ」と述べている。レアの2001年と2002年の任天堂への利益貢献は小さく、後年、業界関係者やレアのデザイナーであるマーティン・ホリスは、売却を批判した。彼らは、レアのXboxおよびXbox 360向け作品の質が低かったと評価する立場、もしくは任天堂が貴重な資産を手放したと見る立場に分かれている。
2002年10月、任天堂のヨーロッパにおける強引な販売戦略が問題となり、欧州委員会は同社が少なくとも1990年代初頭から価格カルテルを含む反競争的商行為を行っていたと認定した。結果として同社には、史上最大級の独禁法違反罰金のひとつである1億4900万ユーロの制裁金が科された。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
ゲームキューブが商業的に不振であったにもかかわらず、この時期の任天堂は携帯ゲーム機市場で得られる安定した収益により経営を維持していた。同市場は任天堂が「ほぼ独占」していた。2003年1月、ゲームボーイアドバンスの改良版であるゲームボーイアドバンスSPが発表され、日本では2月、アメリカでは3月に発売された。同年10月、フィンランドのノキアが開発した携帯型ゲーム機のN-Gageがゲームボーイアドバンスの競合として発売されたが、商業的には失敗に終わった。
2003年の夏、任天堂は倉庫に在庫が溢れていたため、ゲームキューブの生産を一時停止した。同時期、岩田は、2002年の業界全体のビデオゲーム売上減少を受けて、「過度に複雑で時間のかかるゲームの開発をやめる」と発表した。また任天堂は、このころからXboxとの競合にも直面し始めていた。Nintendo of Americaは、2003年のホリデーシーズンに向けてゲームキューブ販売促進に1億ドルを投じ、アメリカでの価格を99.99ドルに引き下げた。これはXboxやPS2の179.99ドルを大きく下回る設定だった。しかしこれらの施策にもかかわらず、ゲームキューブは世界的に見て任天堂の据置型ハードとして最低の販売台数に終わり、最終的にPS2との差は1億1800万台にも及んだ。任天堂は2007年にゲームキューブ向けの自社制作ソフトの開発を終了した。
任天堂の歴史 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年）
2003年、任天堂は中国系アメリカ人の科学者のウィ・イェンと共同で、iQueという会社を設立した。この会社は、任天堂の公式ゲームを中国本土内で製造および販売するための合弁事業であった。2000年、中国の文化部が国内でゲーム機の販売を禁止していた。この結果、国内のビデオゲーム販売は偽造ゲーム機上で動作する海賊版ゲームに占められるようになった。任天堂は自社ゲームの海賊行為に対抗するため、iQueを設立し、中国独占のゲーム機である「iQue Player」向けに合法的なゲームを販売するため政府と協力した。しかし、iQue Playerで発売されたゲームはわずか14タイトルにとどまり、販売面でも海賊行為への対抗という面でも成功を収めることはなかった。しかし、iQueは現在も中国で任天堂のゲームを販売している。2011年までに文化部による禁止はほとんど形骸化し、ソニーやマイクロソフトは他国と同様に自社のゲーム機を販売し始めた。
2004年、岩田により任天堂は大規模な組織再編を実施し、従来の4つの研究開発部門（R&D）を廃止して新たな4部門体制へ移行した。このうち任天堂情報開発本部は引き続き存続し、宮本茂のもとでEADは8チーム（情報開発本部は1から8）に細分化され、各チームが独立してタイトル開発を担当する形になった。旧R&D1・R&D2でゲーム開発に携わっていたスタッフもEADに移籍した。また、ハードウェア開発専任の新部門として「統合開発本部（IRD）」がゲーム機（据え置き機）を、「開発技術部（RED）」が携帯機を担当する体制に。4つ目の新部門「ソフトウェア企画開発本部（SPD）」は、情報開発本部よりも小規模なタイトルや、京都本社外に拠点を置く社内チームによる開発監修・サポートを担った。この4部門体制は2015年まで維持された。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
2004年、岩田聡は任天堂の組織を再編し、それまで存在していた4つの研究開発部門を廃止し、新たに4つの部門を設立した。この中で、宮本が引き続き率いる任天堂情報開発本部（EAD）は存続し、8つのチーム（情報開発本部は1から8）に分割され、それぞれが独立してゲーム開発を行う体制となった。それ以前の研究開発1部と2部に所属していた社員は情報開発本部に統合された。また、ハードウェア開発を担当する2つの部門が設立された。統合開発本部（IRD）は据置型ゲーム機を、研究開発本部（RED）は携帯型ゲーム機を担当した。さらに、企画開発本部（SPD）が設立され、情報開発本部チームよりも小規模なタイトルの開発や、京都本社外に拠点を置く社内チームによる外部第一パーティー開発の監督を行った。この組織構造は2015年まで続いた。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
任天堂のE3 2004プレスカンファレンスで、岩田が「Revolution（革命）」というコードネームを持つゲームキューブの後継機を発表した。この後継機は最終的に「Wii」と命名された。Revolutionの開発はゲームキューブの発売直後に始まり、「小型で静かで手頃な価格」のゲーム機として設計された。グラフィック性能を優先したものではなかった。岩田は、ゲーム機にとってグラフィックは重要ではなく、そのタイトルのゲームプレイこそが「ゲーム革命」を引き起こすと主張した。任天堂はまた、E3でニンテンドーDSという携帯型ゲーム機を発表した。このシステムは上下に配置された2つの画面でゲームを表示することができ、一方または両方の画面を使用可能である。使用しないときは折りたたむことが可能である。このDSは以下の特徴を持つと発表された。Wi-Fiを利用して近くの15台のデバイスと無線で通信可能である、新しい3Dグラフィックスエンジンをサポートする、近くのデバイスがゲームを実行している場合は無線接続を通じて所有していないゲームのマルチプレイヤーモードがプレイ可能である、近くのデバイスからメッセージを受信可能である、そしてゲームボーイアドバンスのカートリッジもプレイ可能である。また、マイクが搭載されており、DSのゲームと音声でやり取りできる機能も詳細に説明された。トニー・スミスは『The Register』で、この新しい接続性の特徴が「任天堂がゲーム機を超え、一般的な若者向けの通信デバイスを目指していることを示唆している」と記した。任天堂によれば、100の開発会社がこのDS向けにゲームを開発する契約を結んでいるという。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
2004年9月の時点で、任天堂はDS向けに20本のゲームの開発を開始しており、同年11月21日にまずアメリカ、その後に日本、そして2005年第1四半期までにヨーロッパとオーストラリアで発売すると発表した。『IGN』は、アメリカでのDS発売は同国における消費者の大きな期待を受けたものであり、2004年のアメリカのホリデーシーズンの販売機会を狙ったものだと報じた。また、任天堂はDSがゲートボーイアドバンスソフトをプレイできるものの、リンクケーブル用のポートを備えていないため、ゲームボーイアドバンスソフトのシステムリンクによるマルチプレイヤーモードは利用できないと説明した。前述の無線通信機能の一形態として『PictoChat』が発表された。これは、近距離にあるDS同士でテキストや手書きメッセージをやり取りできるアプリケーションで、すべての本体にあらかじめインストールされていた。任天堂はDSをティーンエイジャーおよび若年層を主なターゲットとし、この新しい層が従来の子ども向け製品だと感じないよう配慮した。アメリカでは発売前に「Touching is Good（タッチすることは良い）」という標語を掲げ、性的なニュアンスを含むテレビCMを放送した。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
任天堂はDSの事前予約数の多さに対応できず、2004年11月上旬には予約受付を停止した。この時点で予約台数は200万台に達していたが、発売時に用意されたのは100万台のみであった。DSは中国の2つの工場で生産されていたが、発売直前には3つ目の工場を追加して需要に対応した。DSのローンチタイトルは7本で、そのうち2本が任天堂の作品であった。『Super Mario 64』のリメイク版と、『Metroid Prime: Hunters』（2006年）の体験版が同梱されていた。その1か月後、ソニーがPlayStation Portable（PSP）を発売し、任天堂は携帯ゲーム機市場で初めて本格的な競合に直面した。
任天堂はニンテンドーDSの予約注文数の多さに圧倒された。2004年11月2日、同社はシステムの追加予約を停止した。11月15日に報じられたところによると、200万台のハンドヘルドが予約された一方で、任天堂は発売時点で100万台しか用意していなかった。この時点で、中国の2つの工場がDSの生産に割り当てられていたが、11月16日に任天堂は需要に対応するため第3の工場を追加したと報じられた。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
DSは7本のローンチタイトルと共に発売された。そのうち2本は任天堂が開発したもので、『Metroid Prime Hunters: The First Hunt』（2006年のゲーム『メトロイドプライム ハンターズ』の体験版）と、『スーパーマリオ64』をリメイクした『スーパーマリオ64 DS』である。その直後、ソニーが2004年12月に日本でPlayStation Portable（PSP）を発売し、ハンドヘルド分野での競争が始まった。
2005年5月、任天堂は一般顧客が利用可能な初の小売店舗のNintendo World Storeをニューヨークのロックフェラーセンターに開設した。この店舗は2階建てで、ゲームキューブ、ゲームボーイアドバンス、ニンテンドーDSのゲームが多数プレイ可能なキオスクが設置されていた。また、任天堂の歴史を感じられる展示ケースには、花札なども含まれていた。オープンを祝うため、ロックフェラープラザでブロックパーティーが開催された。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
5月のE3では、「Revolution」（後のWii）のデザインが初公開されたが、最終的なモーション操作対応コントローラはまだ披露されなかった。同社はこのゲーム機が2006年に発売されると発表したが、これは2005年末に発売されたXbox 360やPlayStation 3の後になることが注目された。RevolutionはWi-Fiを介したオンラインゲームを提供し、ゲームキューブのゲームもプレイ可能であるとされた。岩田は、システムは「大きな予算よりも大きなアイデアが勝る場所になる」と述べた。Neal Ronaghanは後に『Nintendo World Report』で、振り返ってみるとこれはシステムのモーション操作対応ゲームを指していた可能性が高いと記した。同社はDSとRevolutionの計画について、任天堂の伝統的なユーザー層だけでなく、より広いカジュアルゲーマー層をターゲットにしたゲームを作ることを目指していると述べた。また、ゲームボーイミクロも発表された。これはより小型化され、より明るい画面を持つゲームボーイアドバンスのバージョンで、フェイスプレートが簡単に取り外され、異なるデザインに交換可能な特徴があった。ミクロはその秋に発売されるとされた。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
2005年9月、東京ゲームショウにおいて、任天堂はRevolutionのコントローラのデザインを公開した。このコントローラは後にWiiリモコンと命名され、リモコンのような形状をしており、取り付け可能なジョイスティックと併用することができた。このジョイスティックは後にヌンチャクと呼ばれることになった。コントローラは、テレビのリモコンのように縦に持つことも、従来型のゲームコントローラのように横に持つことも可能であった。任天堂はこれが従来のゲーマーとカジュアルゲーマーの双方に理解されやすいように設計されているとし、内蔵されたジャイロスコープによりゲーム内で動きを操作できるようにすると述べた。『The Register』は、このコントローラが任天堂がソニーやマイクロソフトとの競争から離れ、「ハードコアゲーマー向けに強く訴求されるであろうコンソール」から距離を置く方向を示しているように見えると記した。
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
2006年1月、任天堂はニンテンドーDSの新バージョンであるニンテンドーDS Liteを発表した。このバージョンはハンドヘルドの発売以来開発されていたもので、オリジナルモデルよりも3分の2小型化され、20%軽量化されており、画面もより明るくなっていた。また、画面の明るさは4段階から調整可能である。DS Liteは2006年3月2日に日本で発売され、アメリカでは6月11日、ヨーロッパでは6月23日に発売された。
2006年4月、任天堂はRevolutionを正式名称「Wii」として発売することを発表した。この名前は、ゲーム機全体と同様に、カジュアルな観客にアピールすることを意図しており、発表当初は任天堂ファンの間で非常に物議を醸した。『IGN』のルーカス・トーマスは2011年の記事で「任天堂は、2006年のE3ショーの何か月も前にこの名前を発表することで、名前の奇妙さが論争を巻き起こすと賢明に予測していた」[...]「もしE3ショーの場で発表していれば、この名前がシステムの他のすべてをかき消してしまっただろう」と述べた
任天堂の歴史 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年）
2006年5月、任天堂はE3でのプレスカンファレンスにおいて、Wiiを年末までに発売すると発表した。同時に、モーションコントロールを活用したいくつかのゲームを公開した。これには『エキサイト トラック』（2006年）、『Wii Sports』（2006年）、『スーパーマリオギャラクシー』（2007年）が含まれていた。ルーカス・トーマスは、これらのゲームのE3デモについて「手軽であり、本質的に異なる」モーション操作の実装を示しており、それがWiiの「驚きに満ちたコンセプト」に対するゲームコミュニティの懐疑心を和らげたと記した。さらに彼は、同年のソニーのプレスカンファレンスが「悪評高い失敗」をしたことが、任天堂のE3でのポジティブな評価につながったとも述べた。
2006年5月25日、レジナルド・フィサメィがNintendo of Americaの社長兼CEOに昇進した。同部門の前任社長である君島達己は取締役会会長兼CEOに昇格した。さらに同年7月7日、任天堂は韓国のソウルに新しい現地法人「任天堂コリア」を設立し、大元メディアに代わって韓国での任天堂製品の公式ディストリビューターとなった。