自由民主党 (日本) 党史
10月に第102代内閣総理大臣に指名された石破は総裁選時の方針を転換し、同月中に衆議院を解散した。石破は選挙における勝敗ラインを与党での過半数とし、前述の政治資金パーティー収入の裏金問題に関与した一部の候補者（主に安倍派・二階派を中心とした候補者)については非公認や比例重複を認めない措置を行った。しかし、第50回衆議院議員総選挙での自由民主党の獲得議席は公示前から67議席減となる191議席にとどまり、安定多数、単独過半数を得られなかった。また、連立相手の公明党を合わせても合計議席は215議席となり、過半数の233議席に及ばない大敗を喫した。しかし、石破は自らは続投する意向を示した。選挙後、政治資金パーティー収入の不記載問題で自民党から公認されず当選した3人を含む無所属の6人に自民党会派入りを要請した。。
衆院選以降、選挙で躍進した国民民主党との政策協議を行い、自公国の3党で103万円の壁の引き上げ、ガソリンの暫定税率の廃止を決定した。しかし、2025年に入ると年収の壁問題において自公と国民民主の隔たりが大きくなっていった。石破内閣の支持率は低迷し、政治資金パーティー収入の不記載問題が自民党都議団にも波及した。また、高額療養費制度を引き上げを巡って二転三転し、最終的に同年8月の利用者負担上限額引き上げの方針を撤回した。さらに、石破本人に「政治とカネ」の問題が発覚し、石破に対する批判が与野党双方から強まった。。その一方で、日本維新の会と教育無償化や社会保険料の負担軽減策について同年2月に合意し、同年の新年度予算案は自公維の賛成で可決された。
6月の東京都議会議員選挙では過去最低の18議席に留自民党系無所属3人の追加公認を含めても21議席で過去最低となり、都議会第一党を都民ファーストの会に明け渡した。7月の第27回参議院議員通常選挙では、勝敗ラインを非改選議席とあわせて与党で過半数としたが、参政党の急伸もあり、改選前から13議席減の39議席の大敗を喫し、党幹部や大物議員が数多く落選した。比例においては議席数、得票率ともに過去最低だった。これで非改選を合わせて過半数を割り込み、。結党以来初めて自民党を中心とした政権が衆参両院でともに過半数を割り込むこととなった。しかし、石破は自らは続投する意向を示した。
参院選後、党内では石破の辞任や総裁選挙の前倒し実施を求める声が相次いだ。結果、両院議員総会で総裁選挙については総裁選挙管理委員会に対応を一任することを決定し、総裁選挙管理委員会は臨時総裁選の実施の是非を問うための手続きを開始した。総裁選の前倒しについては、麻生派・旧安倍派・旧茂木派・旧二階派などの非主流派や若手・中堅議員を中心に賛成の意見が相次いだ。9月2日の両院議員総会で森山幹事長は辞意を表明し、他の党四役も相次いで辞意を表明したが、石破は森山らの辞意表明に対し慰留する意思を示した。
臨時総裁選実施の是非を巡って党内部は二分されたが、徐々に石破内閣の閣内からも賛同者が相次ぐなど臨時総裁選実施を求める勢力の勢いが強まった。また、石破は解散も視野に入れていたが、公明党の斉藤代表から解散に反対を伝えられた。9月6日夜に石破は菅副総裁と小泉農水相に退陣を促され、翌7日夕方、自民党総裁の辞意を表明した。よって、8日に予定されていた総裁選前倒しの意思確認手続きは取りやめとなった。
10月4日に開票された自由民主党総裁選挙では、得票数1位の高市早苗と2位の小泉進次郎による決選投票の末、高市が自由民主党総裁に選出され、同党初の女性総裁となった。高市は、派閥の裏金問題に関わった議員についても再処分をする考えせず、登用する考えを示した。
公明党の斉藤鉄夫代表は4日、高市と会談し、
の3点に懸念を示した。会談後、斉藤は連立離脱を示唆し、タカ派の高市が総裁に就任したことによる自民党の右傾化を牽制した。その後、自民党の新執行部発足に伴う7日の会談でも「政治とカネ」についてのみまとまらず、連立合意は持ち越しとなった。
公明党内では連立離脱を求める声があがる事態となり、10日に行われた自公両党の党首会談の末、「政治とカネ」を巡って決裂し、斉藤は連立離脱の方針を高市に通告し、26年間に渡る自公連立は幕を閉じた。
10月14日、両院議員総会・懇談会を開催し、高市が公明党との連立解消に至った経緯を説明した。
同月15日、高市は立憲民主党代表の野田佳彦、国民民主党代表の玉木雄一郎、日本維新の会代表の吉村洋文・共同代表の藤田文武とそれぞれ党首会談。このうち、維新と連立に向けた政策協議を翌16日から開始することで合意。代表の吉村は維新が掲げる「副首都構想」などの政策実現を条件に自民と一致できれば、首相指名選挙で維新が高市に投票すると明らかにした。
同月16日、日本維新の会との連立政権樹立に向けた協議を開始。維新側は条件として「副首都構想の実現」「食料品の消費税の2年間ゼロ」「企業・団体献金の廃止」など12項目の政策の実現を要求。一方、自民は維新から閣僚を出す形での閣内協力（フルスペック型の連立）を提案した。また維新との協議前には、参政党代表の神谷宗幣と党首会談し、高市は参政党に対し首班指名選挙での協力を要請した。また、所属議員が参議院の1人のみとなっていたNHKから国民を守る党の齊藤健一郎が同月15日付で自民党会派に入会し、参議院の会派名を「自由民主党・無所属の会」に改めた。さらに衆議院会派の有志・改革の会などにも協力を要請しており、これらの動きは高市の首相指名に際して少数政党と連携し協力を要請する動きと見られている。なお、有志・改革の会はこの対応を巡って意見がまとまらず、再び有志の会（所属4人のうち3人が首相指名選挙で高市以外に、1人が高市に投票）と改革の会（所属3人いずれも首相指名選挙で高市に投票）に分裂している。なお、約1か月後の同年11月11日に齊藤が（NHK党党首の立花孝志（非国会議員）が名誉毀損容疑で兵庫県警に逮捕された事態を受けて）会派を離脱したため、再び参議院会派は「自由民主党」に戻っている。
そのような流れで、自民党と日本維新の会は維新が求めていた食料品の消費税率0%への引き下げと企業・団体献金の廃止について、自民が実現に向け努力する方針を示すことや、維新が主張する議員定数の1割削減についても衆議院比例区を対象とする方向で事実上の合意に達し、当面は閣僚を出さずに閣外協力に留めるとした。一方、立憲民主党や国民民主党などを中心とした野党は統一候補の擁立が難航し、維新が離脱して自民との連立に向かう方針となったため、国民民主党代表の玉木雄一郎を首班指名の野党統一候補とする計画は霧散霧消に終わり、各党はそれぞれ自党候補への投票が濃厚となった。こうして同月21日に予定される内閣総理大臣指名選挙において高市が日本の憲政史上初の女性首相に選出されることが確実な情勢となったと報じられた。
同月20日、高市は日本維新の会代表の吉村洋文と電話会談。吉村が両党の連立交渉について「連立政権樹立に合意した」と表明。同日、総裁の高市と日本維新の会代表の吉村洋文・共同代表の藤田文武は連立政権を締結する文書に調印し、正式合意した。当面の間は閣外協力に落ち付き、維新側から調整要員として国会対策委員長の遠藤敬を内閣総理大臣補佐官として起用することとなった。
同月21日、第2次石破内閣は総辞職。国会での内閣総理大臣指名選挙において、衆参両院で高市が内閣総理大臣に指名された。これにより高市は第104代内閣総理大臣に就任し、日本史上初の女性首相が誕生。高市内閣（自維連立政権）が発足した。国務大臣、副大臣、大臣政務官の政務三役いずれも自民党所属国会議員が就き、特に国土交通大臣は2012年の政権奪回以降は公明党に譲り渡してきたため、2009年の下野による民主党への政権交代以来約16年ぶりに自民党が国交相ポストを獲得した。
11月28日、日本維新の会を離党した斉木武志、阿部弘樹、守島正が国会内で鈴木俊一幹事長と面会し、自民会派に加わる意向を伝えた。鈴木も受け入れる考えを示し、会派入りで正式に合意した。3人の加入により、自民党は再び衆議院で過半数に達した。