石黒荘 歴史
一方、日野家出身の親鸞が開いた浄土真宗本願寺は、1375年（永和元年）に4代善如より5代綽如に代替わりしていた。この頃日野家の当主であった日野時光は娘（日野業子）を足利義満に嫁がせて権勢を振るっていたが、先祖累代の縁により綽如を猶子としていた。従来、綽如が越中国に下向した目的は純粋に教線を拡大するためであると考えられてきたが、久保尚文は6年前に日野資康が石黒荘山田郷の年貢徴収業務を請け負ったことこそが理由であるとする説を提唱している。
すなわち、久保は日野資康の意を受けて綽如は石黒荘山田郷の年貢徴収業務の代官を務めることとなり、1384年2月28日に息子巧如に譲状を与えた上で越中国に下向したものと推定する。そして、『賢心物語』によると後小松天皇の治世中に中国皇帝からの国書の解釈に寄与したことから、「山田郷の付与を検討された」が、綽如は出家の身であることから辞退し、代わりに阿弥陀堂の建立（＝井波瑞泉寺の前身）を認められたという。まさしく、綽如は石黒荘を巡る縁に導かれて井波地方に至り、瑞泉寺を建立することになったと言える。砺波郡に下向した綽如は野尻地方に住まう杉谷慶善なる人物に助けられたと伝えられるが、この人物も本来は京と石黒荘をつなぐ流通関連業者で、荘園の実務経営面で綽如を助けたものと考えられる。
足利義満の下で室町幕府による支配が安定期を迎える中、越中では康暦の政変により管領となった斯波義将に代わって、畠山基国が守護に任命された。それまで頻繁に守護が交替していた越中では以後畠山家による支配が固定し、遊佐氏・神保氏といった畠山被官の武士が新たに越中国内に土着した。特に遊佐氏は越中国の守護代を務めて荘務にも携わり、後に神保氏が射水・婦負郡守護代に、椎名氏が新川郡守護代になって以後も砺波郡守護代の地位を保ち、石黒荘の経営に大きな影響力を有し続けた。
1419年（応永26年）には、弘瀬郷の領家である仁和寺が「それまで代官請負を行っていた二宮信濃入道是信の没後、その後を継いだ代官が違乱に及んでいる（所定の年貢を納入しない）」ことを幕府に訴えるという事件が起こった。この訴えについて、当時の管領である細川勝元は「下地の沙汰付」を10月17日に越中守護の畠山満家に伝達し、畠山満家はこれを守護代の遊佐国盛に伝達し、更に遊佐国盛は小守護代の遊佐加賀守に伝達した記録が残されている。この記録により、この頃の越中には管領（在京）→守護（在京）→守護代（在京）→小守護代（越中）という命令系統が確立していたことが窺える。なお、室町時代前半には越中に在国する守護代にさえ越中国人が起用された形跡がなく、畠山氏による守護領国の中枢から土着の国人は排除されていたようである。
また、幕府政治が安定化する中で将軍家が荘園領主に対してその知行を安堵したり、あるいは臨時課税を免除したりするなどの保護を加えるようになり、1396年（応永3年）付足利義満御判御教書で課役免除・所領安堵された領地の中には石黒荘院林・太海郷も含まれていた。一方で、似たような立場にあった弘瀬郷では、1421年（応永28年）付け代官請分で「御代一度の天役（即位段銭）」が徴収されたことが記されており、院林・太海郷と違って臨時課税の免除を受けなかったことが分かる。なお、同代官請分では先述の二宮一族に代わって小野道阿なる人物が弘瀬郷の年貢の徴収・納入の請負契約を受けたことが記されており、契約内容からして荘園の管理に関して本所の指示に従う直務代官であったようである。
15世紀半ば以後、長らく記録の途絶えていた直海・大光寺両郷に関する記録が復活し、『康富記』1449年（文安6年）9月3日条には鷹司家が直海郷の領家職を幕府より安堵されたことが記録されている。同じく『康富記』1454年（享徳3年）9月3日条には直海郷の代官職を三宅新左衛門尉（守護畠山氏の被官か）が代官職請負を希望したとの記録があり、この頃の直海郷支配は直務ではなく代官請であったことが分かる。しかしこの後何らかの事情で直海・大光寺両郷は不知行になったようで、1462年（寛正3年）に僧清承が鷹司家領直海・大光寺郷を再興し、報酬として受けた30貫文を醍醐寺清涼堂に寄進したとの記録が残されている。しかし京の情勢悪化を受けたためか、1467年（応仁元年）に鷹司政平は直海・大光寺郷を担保物権としてて30貫文を政所被官の三上員光から借りることとなった。1480年（文明12年）から翌年にかけて五分の一徳政令が出されると、三上員光が直海・大光寺郷の債権が無効となることを恐れて債務確認の申請を1481年（文明13年）8月11日に賦引付に対して行ったことが記録されているが、これが直海・大光寺郷最後の記録となった。
15世紀後半に応仁の乱が勃発・長期化したことにより室町幕府の支配体制は揺らぎ初め、石黒荘にも影響が表れた。石黒荘弘瀬郷では先述したように、1421年（応永28年）の付将軍家御教書により下地は仁和寺雑掌に返付され、同年に小野左京入道道阿が領家方代官として年貢180貫を請け負っていた。ところが、1470年（文明2年）3月にかつて「違乱沙汰」を理由に地頭職を失っていた二宮家の人間が代官として年貢60貫文を請け負うこととなった。仁和寺がかつて「違乱沙汰」があった家に、元の3分の1の額で請負を依頼せざるを得なかったのは、各地の治安悪化を受け所領の知行が極めて困難な状況に陥っていたためと考えられる。
一方、1470年代には越前国吉崎御坊に滞在した本願寺八代蓮如の布教活動によって北陸地方で急速に浄土真宗の教えが広まっていた。越中国においてもこの頃真宗門徒が激増し、これを危険視した福光石黒家・医王山惣海寺は1481年（文明13年）、砺波郡一向一揆の拠点たる井波瑞泉寺を討伐する事となった。しかし予想以上の兵力を動員した瑞泉寺方が逆に勝利を収め、この一戦を以て福光石黒家・医王山惣海寺は滅亡した（田屋川原の戦い）。この「田屋川原の戦い」によって井波瑞泉寺・土山御坊（後の勝興寺）による砺波郡支配が始まったとする見解もあるが、この時点での瑞泉寺・勝興寺支配体制はなお未成熟で、土着国人と共存体制にあったと見る説が主流である。1481年（文明13年）7月25日、佐竹式部丞勝家が小笠原備前守に文明11年の石黒上中両郷の歳入（200貫文）の5分の1（40貫文）を納入することで徳政令から債権を守ろうとした記録があるのは、その傍証となる。
1493年（明応2年）、京では細川政元が将軍の足利義材を退位に追い込むという明応の政変を起こし、一旦は虜囚の身となった義材は越中国放生津に逃れて再起を図った（放生津幕府）。足利義材は再起を図るため1498年（明応7年）9月には越中を離れたものの、一連の政変を通じて畿内の政局では足利義材-畠山尚順、足利義澄-細川政元という対立構図が生じるに至った。このような情勢下で、本願寺は細川政元との協力関係を結んだため、瑞泉寺・勝興寺ら越中一向一揆は畠山尚順-越中国人（神保慶宗ら）と本格的に対立関係に至ることとなった。1506年（永正3年）、加賀の本泉寺蓮悟は「能登の畠山義元が越後の長尾能景と申し合わせて仏法を絶やそうとしていること」を理由に一揆を呼び掛けたが、これは単なる自衛のための戦闘ではなく、畠山家に代表される反細川政元派を打倒するという目的も持った一揆であったと考えられている。
この「永正三年一揆」では本願寺が「寺社本所領還付」を掲げていた事が特筆されるが、これは本願寺が占領した地域における荘園を本所へ返還するという政策であった。この政策は一旦本所への返還を行うことで守護勢力を排除するという側面と、京における細川政元の政治的立場を強化するという側面を持つものであったと考えられている。これを受けて、石黒荘では広瀬（弘瀬）郷の領主である仁和寺菩提院が、永正三年六月付けで領地の還付を越中一向一揆に申請している。この還付申請がどのような結末を迎えたか記録はないが、翌永正4年に細川政元が死去して以後一向一揆は後退せざるを得なくなったこと、また越中一向一揆を主導したのは加賀国の寺院・国人であって畠山被官との対立を孕んでいたこと、などから実現には至らなかったと考えられている。
越中一向一揆にとって大きな転換点となったのが一向宗の内部対立である「享禄の錯乱」で、一連の内乱において越中一向宗を統括する立場にあった加賀四ヶ寺は没落した。これによって砺波郡の瑞泉寺・勝興寺は独立した地位を得ることとなり、更に続く天文一揆で石黒地域も含む新規の闕所地を大量に得ることとなった。そのため天文年間には、本願寺と石黒荘園の領主の間の折衝にかかる記録が本願寺10代証如の『天文日記』に多数残されている。
まず、1537年（天文6年）6月には醍醐寺三方院が太海郷では本来遊佐左衛門大夫が本来代官である所、加賀一揆の指導者である洲崎氏が押領を行っていることを訴え、返還を本願寺に要求した。この時本願寺は太海郷の差し押さえは解除されているはずであるが、代官職については旧主への返還はまず無理であろう、と回答したという。また同年7月には畠山方代官の井口美濃が越中入国（大光寺郷が目的か）を図るも9代実如の三十三回忌仏事を理由に瑞泉寺より拒否されたため、本願寺にも相談したところ本願寺は瑞泉寺の判断とは無関係であると回答を受けた。この事例にみられるように、本願寺は守護の代官を積極的に排除しようとはしなかったものの、瑞泉寺等の現地の有力寺院によって荘園の代官は排除されていったようである。1540年（天文9年）には醍醐寺三宝院が院林郷について、仁和寺が弘瀬郷について、それぞれ瑞泉寺・勝興寺が公用を妨害しているため便宜を図ってもらいたいと本願寺に要請したが、いずれも本願寺は要請を断っている。同時期の高瀬荘の案件で証如は「越中の事は、先年の錯乱以後、このような事は申し付けていない」と明言しており、享禄の錯乱を経て瑞泉寺・勝興寺が独立的な立場を得た事が石黒荘の存続に決定的な影響を与えた事が裏付けられる。
以上のように、瑞泉寺・勝興寺ら越中一向一揆は積極的に在地領主権や守護権を吸収・継承しようとしたわけではないが、荘園領主の代官を排除していく中でなし崩し的に「惣国」的支配を確立していったようである。こうして、石黒地方では一向一揆の浸透により従来のような荘園の経営は不可能となり、永正年間の「寺社本所領還付」のような機会に荘園領主は領主権の復活を図ったものの、結局石黒荘の経営を復活することはできなかった。この後、石黒地域は一向一揆による支配、佐々成政の征服を経て、加賀藩前田家による近世的支配に移行することとなる。