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オウム真理教の歴史 教団の武装化（1990年）
1990年7月頃に麻原は『南伝大蔵経』などパーリ語仏典の翻訳を開始した。最初は『阿含経』など北伝の経典翻訳を試みたが、ブッダ本来の教えとは思えない内容だと感じたらしく、南伝の経典を翻訳することに方向転換し、編集部から多くの人材を経典翻訳部門へまわして、『南伝大蔵経』をパーリ語の原典から翻訳するチームが結成された。教義編纂の中心だった編集部から主要な人材を移動させるほど、麻原は『南伝大蔵経』の翻訳を重要視した。
1990年8月、波野村役場が信者300人の住民票を受理しなかったが、8月中旬に麻原とマハームドラー修行者全員は、波野村に移住を開始した。波野村のシャンバラ精舎に幾棟かのプレハブ棟が建つ頃には、富士山総本部の多くの部署が波野村へ移動することになった。富士山総本部から波野村への移動には、ワゴン車が使われた。富士山総本部を出る時刻は、秒まで正確に決められていたが、麻原はカルマ落としとして「大宇宙真理占星学」で割り出した凶日・凶時を選んだ。
オウム真理教の歴史 教団の武装化（1990年）
建設途中のシャンバラ精舎は過酷な環境だった。夜は富士より寒く、昼間は蒸し暑く、火山灰を多く含む土地は、雨が降ればひどくぬかるみ、乾けば砂が舞い上がった。シャンバラ精舎は多くの部署に分かれており、一番人数の多い「建築班」をはじめとして、洗濯と食事を担当する「生活班」、水道がないため、毎日タンクローリーで水を汲みに行く「水班」、動物を飼育する「動物班」、石垣島セミナーの出家で増えた子供で構成される「子ども班」、「修行班」、「南伝翻訳チーム」などがあった。隔絶された環境であるため、食堂の一角には食の戒律が守れないサマナのために、頼めば食べたいものを作って提供する場所が設けられていた。麻原はそこを「動物コーナー」と命名して許可し、利用する信者もこっそりと利用するという感じだった。
県は教団に国土法届出を指導したが、教団は従わなかったために8月16日に県は県警に告発した。
オウム真理教の歴史 教団の武装化（1990年）
土地取得も難航し、地権者に更に500万円の負債が判明したため、地権者が届け出をしようとすると、教団側は拒否し、京都の信者からの借入金であるように見せかけるために虚偽の借用書にサインさせた。8月28日には麻原自らが地権者の自宅を訪れ、以前（薬事法違反で逮捕された時）20日間自白せずにいたが、自白してしまい、その後大変な目に遭ったとして、「自白をしないように頑張ってください」と説得したが、地権者は実際は負担付贈与でなく、売買だったと警察に打ち明けた。すると青山弁護士は「自供はいつでも覆せるので、他の土地の代金ということにして、この件は負担付贈与で通してほしい」と言ってきたが、地権者は「（嘘をつくことは）できない」と回答した。すると、教団は豹変し、「5千万円返すなら土地は返すが、これまでの開発費用4〜5億円を賠償せよ」と迫ってきたので、地権者は交渉を打ち切り、警察に全ての事情を話した。9月5日に教団は地権者が証言を変えなければ14億円の損害賠償を求めるという内容証明郵便を送り、さらに売買差益の3500万円も教団が貸し付けたものとして返還を求めた。
1990年9月にはホスゲン爆弾による無差別テロを計画した。
オウム真理教の歴史 教団の武装化（1990年）
強制捜査前日の1990年10月21日、教団は代々木公園で「守ろう！信教の自由」集会を開き、麻原は「（中東への自衛隊派遣に触れて）私が予言したように再軍備が始まった。国民を靖国神社に参拝させるような国家神道の道を歩ませるしか軍国主義はとれない。このような国家の意図からすれば、オウムは反国家的団体であることは間違いない。権力者にとってオウムは邪魔で、どうしてもつぶしたい宗教である」「キリスト、モハメッドへの弾圧、仏陀釈迦牟尼に対する誹謗中傷。世界的に発展した宗教は、必ず国家の弾圧を受けている。そして今、オウム真理教への弾圧が行われている。私も近々逮捕されるだろう。だが、これを機にオウム真理教は世界的に名を残す宗教へと発展していく」と演説した。
10月22日、熊本県警と山梨県警が、波野村の土地売買に関する国土利用計画法違反、道路運送車両法違反などの容疑でオウム真理教の強制捜査を開始した。以後教団幹部が続々と逮捕された。しかしオウムは熊本県警内の信者から情報を入手しており、強制捜査も1週間延期していたので、武装化設備を隠蔽することができた。会見で教団は、波野村の土地はお布施で贈与されたもので、地権者の負債を肩代わりして融資したと主張した。幹部の早川が出頭する日には、ワイドショーが始まる午後3時に麻原が報道陣の前で熊本地検に電話し、県警が早川らを逮捕しようとすると、早川は「痛い、痛い」と激しく抵抗し、女性幹部が「マスコミの皆さん！警察の暴力です！」と実況した。一方、教団も江川紹子らに暴力をふるっており、波野村では見張り役の信者に押し倒され、代々木公園では江川が引き倒され、信者の母親も小突き回された。また、写真をとった弁護士の腕を捻じ上げてフィルムを奪い取ったりした。強制捜査後、麻原は「戦前の状況とそっくり。まさに宗教弾圧」(大本教弾圧)と批判し、信者二人が公務執行妨害容疑で逮捕されると「オウムが社会に迷惑をかけることをしたか。何か法に触れることをしたか」と声を荒げた。
教団は地権者に対して1991年5月に金銭返還請求裁判を起こし、法廷で教団は土地は地権者からの布施だと主張したが、地権者は否定した。
1992年4月、波野村との裁判で教団側が和解を申し立て、和解金20億円を請求した。1993年10月、波野村の住民票受理拒否をめぐる裁判で教団側が勝訴すると、1994年に波野村はオウムが5000万円 で手に入れた土地を和解金9億2000万円で買い戻すことで合意した。年間予算が24億円の村でこの額を支払うことについては村民同士でのトラブルもあった。
1992年6月に熊本市春日の土地を長野松本市の男性が購入後、94年7月にオウム教団に所有権が移った。男性は教団松本支部長で、素性を隠しての購入だった。91年にも長野県松本市でオウムは食品会社と偽って土地を購入し、訴訟となった。
一方、教団が波野村に先がけて土地を入手した山梨県上九一色村では許可なくサティアンなどの施設の建設を進め、住民と衝突した。92年12月には、反対する住民に信者が「あんたにも家族がいるんだろう」「坂本弁護士のように（行方不明に）なってもいいのか」と脅したり、住民の襟首をつかんで「みんな拘束しろ」と叫んだりした。。上九一色村の住民は「我々も最初から反対を叫んでいたわけじゃない。しかし、オウムは融和しようとしない。それどころか、通学や畑仕事のために前の道路を通るたびにカメラを向ける。車のナンバーは控える。汚水を垂れ流して周辺の牧草を枯らす。畑の中にトラックを停める。深夜２時、3時まで大音響で工事をやる。教団の車はやたらとスピードを出してあちこちで事故を起こす。抗議に行くと「バカヤロー」「コノヤロー」「テメー」「帰れ」の四語しか言わない。信教の自由はわかります。でも私たちの平和に生活する権利はどうしてくれるんですか。自分たちの青春をかけて開拓した土地が、連中に乗っ取られるのを黙って見てろっていったって、そりゃ無理ですよ」と述べている。しかし、1992年5月に上九一色村は信者の転入届を受け入れ、山梨県富沢町でも和解が成立した。
国土法違反事件の影響で、1991年（平成3年）〜1992年（平成4年）はホスゲンプラント計画や生物兵器開発などの教団武装化を中断、テレビや雑誌への出演や文化活動などに重点を置いた「マハーヤーナ」路線への転換を図った。
だが1992年頃より、「宇宙衛星から電磁波攻撃を受けている」などといった麻原の妄想、幻聴が現れ始める。「シヴァ大神の示唆では仕方ないな」とつぶやき、「内なる声」が自らの進みたい道とは違うことに苦しみ始め「いっそ死んでしまいたい」と言ったのを3女麗華が聞いている。麗華は麻原を統合失調症などの精神疾患に罹患していたのではないかと推測している。
1992年春、スリランカに用地を取得して法人を設立、1992年夏にはブータンに行き、その後インドでダライラマとも会談した。92年秋、食料、医薬品無償援助のためザイールに行ったが、これは麻原の瞑想に黒人の神が出てきたためだった。
1992年11月12日には、ブッダ釈迦牟尼遺跡を200-300人で巡り、釈迦が菩提樹の下で悟りを開く瞑想に入ったとされる聖地、ブッダガヤの大菩提寺にある「金剛座」に座り、地元の高僧に下りるように言われたが従わなかったため、警官に引き摺り下ろされた。
麻原は日本では盛んにテレビ・ラジオ番組に露出し、雑誌の取材を受けたり著名人との対談などを行った。このほか講演会開催、ロシアや東南アジア諸国・アフリカ諸国などへの訪問や支援活動、出版物の大量刊行などを行った。また、この頃、早川は、麻原と鄧小平との会談を計画し、鄧小平の娘鄧隣と会食した。
オウムは図書館への寄贈・納本も行っており、麻原の著書を初めとするオウム真理教の出版物は現在も国立国会図書館等に架蔵されている。特に若い入信者の獲得を企図し、麻原が若者向け雑誌に登場したり、1980年代後半から行っていた大学の学園祭での講演会を更に頻繁に開催するなどした（東京大学、京都大学、千葉大学、横浜国立大学等）。1992年（平成4年）にはサリン事件後広範に知られるようになるパソコン製造などを行う会社「株式会社マハーポーシャ」を設立し、格安パソコンの製造販売を行うようになった。
オウム真理教の歴史 ロシアへの進出（1991年 - 1994年）
オウムとロシアとのコネクションは、創価学会名誉会長の池田大作のモスクワ大学講演を実現した斡旋業者が500万円の費用で提案してきたことで始まった。ソ連8月クーデター発生直後の1991年9月頃、この斡旋業者はオウムのミュージカル「死と転生」のボリショイ劇場上演と、麻原のモスクワ大学講演を提案し持ちかけ、教団は承諾した。しかし、業者の斡旋は所属するコンサルタント会社に無断の行動であることが分かり、業者は支払った経費も使い込んでいた。麻原はロシアでの企画を実現するようコンサルタント会社を説得した。
早川幹部は1991年秋、ボリゾフ・ニコラエヴィッチ一等書記官に接触し、ボリス・エリツィン政権の財政難を救うために衣料品やコンピュータなど5000万ドル（約50億円）の援助を申し出た。1991年末のソ連崩壊後、1992年2月に来日したオレグ・ロボフロシア連邦安全保障会議書記は日本の政財界に資金援助を求めたが全て断られていたが、オウムは500万ドルの援助を申し出、最終的に1000万ドル（約10億円）を援助した。ロボフは「苦しい時にオウムに助けてもらったことは忘れない」と語っている。
オウム真理教の歴史 ロシアへの進出（1991年 - 1994年）
1992年3月、ロボフが学長を勤める露日大学第一回国際企画として、教団は300人の信者を引き連れモスクワ訪問、ハズブラートフ最高会議議長やルツコイ副大統領と面会した。教団はモスクワ国立大学には印刷システムを、モスクワ国立工科大学とモスクワ工学物理学協会にコンピューター教室を、エイズ防止のための注射針などを贈呈した。麻原はロシアの各大学でヨーガ教室を開き、科学アカデミー・ノーベル賞受賞の物理学者でレーザー光線の研究者バーソフと接触、3月13日にはモスクワ物理工科大学で日本人初の講演会を開いて1000人の学生が集まり、同大学主任研究員やクルチャトフ研究所研究員にも信者を獲得した。A.ピオントコフスキー、V.エゴーロフなどの学者は、生態系の危機という問題意識から、オウムのハルマゲドンを回避するための教義に共感すると述べた。麻原はモスクワ府主教にも面会し、ロシア正教教会に聖書用の紙8万ドル分を寄付した。6000人収容できるクレムリン大劇場でのオウムミュージカル「死と転生」は超満員となり、大成功を収めた。
オウム真理教の歴史 ロシアへの進出（1991年 - 1994年）
1992年4月、ラジオ局マヤークと年間80万ドルで一日2回、各25分の放送枠を獲得、テレビ局2×2でも毎週日曜日午前中の30分の放送枠を獲得した。4月1日にはラジオ番組「エウアンゲリオン・テス・バシレイアス（オウム真理教放送）」（直訳すると「王国の福音」）を開始、当初は富士山総本部のスタジオで制作したテープをモスクワに空輸し、ウラジオストク中継基地から日本に向けて放送していたが、94年12月から衛星回線で生放送を開始し、ロシアの放送局は内容確認も十分にできず、教団は局やスポンサーに左右されないラジオ番組を入手できた。英語とロシア語で放送も行い、世界に向けた布教放送を行った。また、教団は年間11000ドルというそれまでの25倍の契約料で専属オーケストラ「キーレーン」を結成した。麻原は92年4月の取材に対してロシア人は「共産主義を経験でき、本当の意味での自由を経験でき」たことは幸せだったとし、「共産主義のイデオロギーを持ってる人たちが仏教の本質を理解できたら、それはそれでまた素晴らしい国ができるんじゃないでしょうか」と答えている。92年7月には宗教法人として認可され、9月にモスクワ支部を開設した。
オウム真理教の歴史 ロシアへの進出（1991年 - 1994年）
1992年秋、レーザーやプラズマ兵器の情報を集めていた村井、広瀬健一、渡部和実らがロシアを見学し、1993年2月にモスクワ軍事大学でAK-74や迫撃砲を調査後、AK-74を一丁入手した。1994年2月、麻原はAK-74を1000丁の製造を廣瀬と豊田に指示し、95年1月には試作品一丁を完成させた（自動小銃密造事件)。
オウムはロシア軍基地で自動小銃、機関銃、バズーカ砲の実射などの軍事訓練を信者らに行った。また軍用ヘリコプターミル17を購入し(1994年5月に横浜港に搬入）、ほか、ミグ戦闘機29、戦車T-72300台、魚雷艇、潜水艦などの購入計画もあった。
1993年12月には毒ガス検知器、防毒マスク、防護服を入手し、1994年4月には自動式毒ガス検知器、細菌検知器を入手したほか、LSDの原料となる酒石酸エルゴタミン5kgを2500万円で購入した、これにより遠藤がLSDを製造し、1994年6月から7月にかけてキリストのイニシエーションで信者らに投与された。
1993年12月にはモスクワ郊外に66万平方メートルの土地を入手し、道場、病院、学校、アパート、パスタ工場などの「ロータスビレッジ」を計画し、衣料品店の経営にも乗り出した。サンクトペテルブルク、ニジニ・ノヴゴロド、ウラジオストク、ハバロフスク、ウクライナ、ベラルーシ、モルドバ、北オセチアなどでも支部設立準備を進め、北オセチア共和国の首都ウラジカフカス支部を1994年1月開設し、ウクライナには兵器や情報通信機器の貿易を行うマハーポーシャ・ウクライナを設立した。1994年2月、麻原によるグルヨーガマイトレーヤイニシエーションではオリンピックホールに12000人が参加した。
オウムはロシア各地に7つの支部を作り、ロシアの信者数は最大5万人に上った。崩壊直後のロシアではソ連と共産主義が否定される中、50近い新興宗教団体が活動しており、迷信やUFOなども流行していた。また、ロシアではトヨタやパナソニックなど日本製品への品質への信頼があり、オウムも日本の宗教ということで信用され受け入れられていった。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1992年（平成4）、麻原は「またヴァジラヤーナを始めるぞ」と話した。1992年には油圧シリンダー等を製作する年商40億のオカムラ鉄工の社長がオウム在家信者で、社長が教団に経営難を相談すると、経営陣に麻原らオウム幹部が就任、乗っ取りに成功した（オカムラ鉄工乗っ取り事件）。
1993年（平成5年）前後から再び麻原は教団武装化の「ヴァジラヤーナ」路線を再開。新アメリカ安全保障センター（CNAS） によれば、1993年初め頃には、「オウム軍」創設のための会議が開かれ、X線兵器、プラズマ兵器、UFO、核兵器などの開発も提案された。このほか、AK-74の生産を試みたり（自動小銃密造事件）、NBC兵器の研究を行うなど教団の兵器の開発を進めた。
1993年2月、インテグラル・ロケット・ラムジェットなどの兵器情報収集のために信者らはロシアに赴き、軍施設や研究所で兵器の説明を受け、さらに自動小銃AK-741丁を入手し、帰国後AK-74を模倣した自動小銃の製造に取り組んだ。
この頃、アメリカにおいて新興宗教団体ブランチ・ダビディアンに対して1993年2月28日に警察が強制捜査に入り、銃撃戦となった。膠着後、当局は4月19日に強行突入、ほとんどの信者は焼死し、81名の死者が出た（ウェーコ包囲）。麻原はブランチ・ダビディアンの次にオウムが襲撃されると説法で述べており、この事件を強く意識していた。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1993年4月10日、福岡支部で麻原は「この93年から2000年にかけてハルマゲドンは必ず起こるし、そしてそれへの準備をしているものが勝利する」、ハルマゲドンで使われる兵器は光の波の合致によって生じる電圧の力によって生じるプラズマを用いたプラズマ兵器であり、既にアメリカは湾岸戦争でプラズマ兵器を使用し、イラク兵9万2000人が蒸発したと説いた。麻原によれば、第三次世界大戦で使われるプラズマ兵器は電子レンジの強烈なもので、体の水元素にプラズマを発生させ、体を蒸発させる。アメリカのプラズマ兵器は、人工衛星でプラズマを反射させるプラズマ反射衛星砲である（アニメ『宇宙戦艦ヤマト』に反射衛星砲が登場する）。これに対して、ロシアの恒星反射砲は、3kmの鏡を宇宙空間に打ち上げて太陽エネルギーを地上に反射させる。第三次大戦では、人類が三分の二消滅するのも不思議ではない、という。ニコラ・テスラが原理を発明したとされるプラズマ兵器では人工衛星とアメリカ本土から発信された電波とが焦点を結び、至る所に自由にプラズマを発生させ、低周波数体系の場合は炎となり、高周波数体系の場合は水元素、人間で言えば人間の水元素が蒸発すると麻原は説いた。1993年春、麻原は、オカムラ鉄工所のプラズマ切断機を参考に、マイクロ波を発生させて物を溶かすプラズマ兵器の製造を指示した。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1993年4月に核兵器の材料ウラン鉱石の国内調査を実施。さらにウラン発掘のためにオーストラリア西部の土地購入を井上らが開始、購入した牧場地で1993年9月8日から18日までウラン採掘調査をしたが発見できなかった。早川元教団幹部によれば、ウラン鉱脈は見つけたが、1993年9月に麻原一行が危険物持ち込みにより空港で足止めを受け、入国はできたが、一行へのビザが下りなくなったために、ウラン開発はできなくなり牧場は1994年秋に売却された。
1993年5月にもロシアに赴き、弾丸の製造法や火薬プラント、自動小銃の金属表面への窒化処理法について調査、窒化炉の図面等を入手、帰国後設計を始めた。
1993年以降は麻原がオウム真理教放送等を除くメディアに登場することはなくなり、国家転覆を狙った凶悪犯罪の計画・実行に傾斜してゆく。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
土谷正実、中川智正、滝澤和義らによって、サリンなど化学兵器の合成にも成功した。1993年6月頃、第1サティアン4階でサリンの生成実験を始め、ダミー会社が購入したメチルホスホン酸ジメチルの反応を得て、1993年8月にサリンの生成に成功した。麻原はこのころ「私の今生の目標は最終完全解脱と世界統一である」と話し、第7サティアンに70tのサリンを生成するプラントの建設を指示した（サリンプラント建設事件）。サリンをヘリコプターで散布しようとして信者を1993年9月にアメリカに派遣しヘリ免許を取得させた。1993年10月18日には広報技術部の名称を真理科学技術研究所に変更した。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
サリン合成後の1993年秋、麻原は、フリーメイソンが米軍や公安やJCIAに命じて教団にサリンやイペリットを撒いているが、フリーメーソンのボスはロックフェラー家とロスチャイルド家で、後者が上だとする。麻原は自分が近代フリーメイソンを創り、アメリカ独立戦争の時にもフリーメーソンのリーダーであったとしながら、現在のフリーメーソンは際限のない欲望を肯定する物質主義となっており、フリーメーソン国家のアメリカとオウムは将来戦うことになるだろう、と述べ、様々な兵器開発は、上九一色村に攻めてくる米軍との戦争への準備であった。また、麻原が敵視していた創価学会の池田大作を標的とし、1993年11月と12月18日に池田大作サリン襲撃未遂事件を起こした。また、坂本弁護士の業務を継承した滝本太郎弁護士を狙った滝本太郎弁護士サリン襲撃事件も1994年5月9日に起こし、敵対者の暗殺を試みた。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
生物兵器の開発も再開し、遠藤誠一が炭疽菌を開発した。1992年から猛毒の炭疽菌やボツリヌス菌などの研究室を作り、1993年5月には8階建ての亀戸道場内に大量培養施設を建設、同年6月28日と7月2日に屋上から周辺に炭疽菌を噴霧した。この時の散布計画の総責任者は上祐だった。しかし、高圧で菌が死滅しており、異臭騒ぎにとどまった（亀戸異臭事件）。その後、炭疽菌培養施設を第二上九に移転し、1993年7月8月、東京都内で噴霧車から細菌を散布した。
違法薬物密造に成功したのはLSD、メスカリン、覚醒剤で、PCP、ブフォテニン、マクロマリン、コカインを研究し、一部は完成した。サボテンに含まれる天然物質メスカリンは警察の捜査に備えて、「儀式に使っただけで、麻薬成分があるとは知らなかった」と言い逃れをする予定だった。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1994年（平成6年）2月22日から数日間、麻原は信者80名を引き連れて中国へ旅行し、自分の前生とする朱元璋ゆかりの地を巡った。旅の途中、ホテルで信者に対し、善のために財を使うならば盗み取っていい、悪業を積んでいる魂は長く生きるほど地獄での苦しみは大きくなるので早くその命を絶つべきだといった五仏の法則について説き、「1997年、私は日本の王になる。2003年までに世界の大部分はオウム真理教の勢力になる。」と予言し、「真理に仇なす者はできるだけ早く殺さなければならない」と説いた。 帰国直後の2月27日、麻原は「私や教団が毒ガス攻撃を受けている。このままでは殺されるからホテルに避難する」と言って都内ホテルに移動、「このままでは真理の根が途絶えてしまう。サリンを東京に70tぶちまくしかない」と言い、サリンによる壊滅後の日本を支配して、オウムが生き延びるための食糧調査の必要を訴えた。その翌2月28日、千葉市内のホテルに移動し、自動小銃1000丁を1、2か月で完成させ、また自衛隊を取り込むために自衛隊員の意識調査、及び東京壊滅後の理想社会を作るための作業としての日本社会の調査などを信者らに指示した。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1994年3月10日、麻原は幹部に対して「警察官全員をポアするしかない。警察組織がある限り、救済は成功しない」「ゲリラで警察を全滅させよう」と語った。翌3月11日に仙台道場において麻原は「日本を闇からコントロールしている組織やそれと連動する公安」が毒ガスを富士山総本部、第2・第6サティアンに対し噴霧し続けてきたと述べ、「オウム真理教がこのままでは存続しない可能性がある。オウム真理教が存続しなくなるとするならば、この地球は、そしてこの日本は完全なる壊滅の時期を間もなく迎えるであろう。私の弟子たちや信徒は立ち上がる必要がある。皆さんの周りの多くのまだ無明に満ちた魂をしっかりと真理に引き入れ、この日本を、この地球を救う必要がある」と説き、「もともと私は修行者であり、じっと耐え、いままで国家に対する対決の姿勢を示したことはない。しかし、示さなければ私と私の弟子たちは滅んでしまう」と対国家戦争に言及した。3月中旬には沖縄で「もうこれからはテロしかない」と麻原は言い、自衛隊出身や武道経験のある出家信者十数名に軍事訓練キャンプをさせた。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1994年4月6日から数日間、沖縄での軍事訓練を受けた信者から選抜した約10名をロシアに派遣し、ロシア軍特殊部隊スペツナズ指導の厳しい軍事訓練を受けさせた。この中には平田信も含まれていた。帰国した信者らに対して、訓練を撮影したビデオに表れた浮ついた態度に腹を立てながら「お前たちはこれから死んでもらう、オウムから抜け出したら殺す」と言った。1994年9月にもロシアでの射撃訓練は行われた。1994年5月には映画のエキストラと称し募集したホームレスを「白い愛の戦士」部隊として編成し、1994年10月まで山間部の施設で訓練を施した。早川紀代秀は1994年にロシアから一時帰国した際、「尊師が大変なんですよ。過激で」と上祐に語っている。
1994年頃には、アメリカからも毒ガス攻撃を受けていると主張するようになり、車には空気清浄機を付け、ホテルでは大真面目に隙間に目張りをしていた。ヘリコプターが通過すると毒ガスだと言って車に駆け込み退避を命じた。中川智正によるとこの被害妄想は1993年10月頃に第2サティアンの食物工場から二酸化硫黄を含む煙が出た事故を、毒ガス攻撃と思い込んだことから始まったという。1994年10月25日の清流精舎説法で、この1週間教団は毒ガス攻撃を受けたと麻原は述べる。
1994年8月10日、教団の文化祭「雄叫び祭」が開催される。そこではこのような意味深な演劇が披露された。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
「法皇内庁」長官・中川智正「厚生省」大臣・遠藤誠一「化学班」キャップ・土谷正実サリン製造の中心人物とされる幹部らが舞台に上がって、劇の幕は開いた。 村井秀夫が率いる「真理軍」の兵士らが本物のバーナーを使って、舞台で鉄材の溶接を始めた。周囲からは数十人の「敵」がじわじわ攻めこんで来る。村井が叫ぶ。「早く作れ。時間がないぞ」出来上がったのは、巨大なパチンコだった。「真理軍」がゴムを引っ張ってボールを飛ばす。それが当たると、「敵」はばたばた倒れて全滅した。「高い、高い世界に、生まれ変われ……」村井が、浪曲のような歌をうたった。（省略）村井と遠藤と土谷は、中川の率いる「法皇内庁」の劇にも出演した。「戦場」を模した舞台を、村井ら四人は狂ったように走りまわった。敵の攻撃をかわすように四人は伏せる。しばらくして立ち上がった村井は、また、かん高い声で歌った。「耐えに耐えたこの時代、弟子の体はぼろぼろだ。毒ガス攻撃耐えかねて、真理の宝刀抜き放つ……」「第七サティアン」で危険な仕事をしている信徒だけに教えられていた、「進軍」という歌だった。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1994年、五仏の法則の「徳のためには他人の財産を盗むことは正しい」という教えに基づき強引な布施集めが激化し、ハルマゲドンから救済されるには出家か、在家なら全財産をお布施するかと問うた。出家でも全財産を差し出すので、いずれでも財産の提供が求められた。「オウム銀行に預金する」との名目でお布施を信者の親から出させる場合もあり、また「ハルマゲドンで銀行は倒産するから返済しなくて良くなる」と説いて銀行に借金させる場合もあった。この1994年頃には、全国各支部の担当者が「身ぐるみ剥ぎ取って丸裸にするぞ！」「徹底的にお布施させるぞ！」という決意の詞章を唱え、教団法務部は「国家に税金は払わないぞ！」と決意していた。資産家の信者で1億円の布施を出した事例もあった。
オウム真理教の歴史 教団の再武装化（1992年 - 1995年）
1994年3月には宮崎県資産家拉致事件が発生した。宮崎県小林市の旅館経営者の次女夫婦と三女がオウムに入信し、勝手に両親の入信届けを出した。その後、経営者の妻が脳内出血で倒れると、次女らは妻（次女らの母）名義の旅館の布施を要求した。経営者は拒否したが、次女らは妻をオウム真理教附属医院に入院させて、「オウムのおかげでよくなったから」と布施を要求した。経営者名義の別の土地が9000万円で売れると、信者らが旅館に来て布施を要求したが、経営者は拒否した。3月27日、三女が経営者に睡眠薬入りの茶を飲ませ、オウム真理教附属医院に連行、次いで第6サティアンに監禁した。その間、三女は経営者の銀行口座から金を引き出そうとするが、事前に拘束措置を講じていた。監禁された経営者は何度も帰宅を懇願したが、次女は「薬のいらない体になるまで頑張って」と繰り返すだけだった。脱出を考えたが、捕まったら殺されそうだったので、入信のふりをして修行し、「オウムはいい所」とテープに録音させられた。次女の要求に応じて経営者が1100万円の布施を約束すると、8月21日に解放された。9月1日、旅館経営者は次女夫婦と三女、教団関係者らを誘拐、私文書偽造同行使、詐欺未遂で告訴した。会見には次女夫婦と三女らが乱入し、経営者に協力していた長女の夫を平手打ちして「お父さんの遺産目当てなのよ！」とか、「だまされないで！」とか、警官に排除されるまでわめき散らした。のち、宮崎地方裁判所は三女や四女、教団福岡支部長らに懲役2 - 3年の実刑判決を宣告した。
過激化とともに社会との軋轢が増すにつれ、教団内部に警察などのスパイが潜んでいるとしきりに説かれ、信者同士が互いに監視しあい、密告するよう求められるようになる。麻原は信者に対して「教団の秘密を漏らした者は殺す」「家に逃げ帰ったら家族もろとも殺す」「警察に逃げても、警察を破壊してでも探し出して殺す」と脅迫していたという。教団内の締め付けも強くなり、男性信者逆さ吊り死亡事件（1993年6月）、薬剤師リンチ殺人事件（1994年1月）が発生した。
1994年7月10日の男性信者リンチ殺人事件では、水運び班の信者Tがイペリットを入れたとされた。拷問を受けながら信者Tは「自分は絶対に違います、麻原尊師は（神通力で）わかっているはずだから会わせてください」と懇願したが、スパイチェック（ポリグラフ検査)で陽性と出ていたため聞き入れられず、絞殺され、遺体はマイクロ波焼却装置で焼かれた。
1994年から教団が密造した違法薬物のLSDや覚醒剤をつかったイニシエーションを在家信者に対して盛んに行われた（LSDは麻原自身も試している）。費用は100万円であったが、工面できない信者には大幅に割引され、5万円で受けた信者もいる。「キリスト」と呼ばれたLSDを用いた「キリストのイニシエーション」は出家信者の殆どに当たる約1200人と在家信者約200〜300人が受けた。覚醒剤は「ブッダ」と呼んで、LSDと混ぜて「ルドラチャクリンのイニシエーション」として在家信者約1000人が受けた。
また、林郁夫によって「ナルコ」という儀式が開発された。「ナルコ」は、チオペンタールという麻酔薬を使い、意識が朦朧としたところで麻原に対する忠誠心を聞き出すもので、麻原はしばしば挙動のおかしい信者を見つけると林にナルコの実施を命じた。麻原は林に、信者達の行動を監視するよう命じ、信者が自分の仕事の内容を他の信者へ話すことすら禁じていた。林郁夫はさらに自白剤に用いられるチオペンタールナトリウムを投与後電気ショックを加える「ニューナルコ」を開発した。字が書けなくなったり記憶がなくなっている信者が見つかっている。他にも、村井秀夫によりPSIという奇妙な電極付きヘッドギアが発明され、教団の異質性を表すアイテムとなった。
洗脳は出家信者の子どもにも及び、PSIを装着させたり、LSDを飲ませたり、オウムの教義や陰謀史観に沿った教育をしたりしており、事件後に保護されたオウムの子どもたちが口を揃えて「ヒトラーは正しかった、今も生きている」などと語っている光景も目撃されている。
麻原本人は言葉巧みに若い女性信者を説得し、左道タントライニシエーションと称して性交を行っており、避妊も行っていなかったため妊娠・出産に至る女性も数多く現れた。
オウム真理教の歴史 連続テロの実行 （1994年 - 1995年）
1994年5月ころ、オウムでも日本や米国のような省庁制、及び日本壊滅後のオウム国家の憲法草案を起草するよう青山吉伸に指示し、1994年6月ころの草案「基本律」には、主権は「神聖法皇」である麻原に属し、国名は太陽寂静国とされた。1997年に年号を「真理」として、真理元年となるとした。
1994年6月27日、東京都内のうまかろう安かろう亭で省庁制発足式が開かれ、これにより教団内に「科学技術省」「自治省」「厚生省」「諜報省」などといった国家を模したような省庁が設置された。3女松本麗華によれば、1994年6月に麻原の体調が悪化し、教団運営ができなくなる恐れが出たために、省庁制が敷かれたという。各省庁の責任者や大臣が大きな権限を持つようになり、3女は、11歳にして法皇官房長官に任命される。任命時に麻原は麗華に「お前はもう11歳だから大人だ」と言ったが麗華がふてくされていると「法皇官房は、私のことを一番に考える部署なんだ。お前は長官だから、私の世話をしっかり頼む」と言った。
オウム真理教の歴史 連続テロの実行 （1994年 - 1995年）
同日、オウムの土地取得を巡る裁判が行われていた長野県松本市において、裁判の延期と実験を兼ねてサリンによるテロを実行。死者8人、重軽傷者600人を出す惨事となる（松本サリン事件）。当初はオウムではなく第一通報者の河野義行が疑われ厳しい追及が行われるなど、後に捜査の杜撰さが指摘された。またマスコミによる報道被害も問題になった。教団は松本サリン事件はフリーメーソンやアメリカの仕業だと主張。
1994年（平成6年）と1995年（平成7年）には特に多くの凶悪事件を起こす。そのうちいくつかの事件では当初より容疑団体と目され、警察当局の監視が強化された。オウム内ではビデオ「戦いか破滅か」や雑誌「ヴァジラヤーナ・サッチャ」などで危機感を煽った。ビデオ「戦いか破滅か」で教団はアメリカに毒ガス攻撃を受け弾圧されているとし、またフリーメーソンがハルマゲドンを起こそうとしていると説法した。
オウム真理教の歴史 連続テロの実行 （1994年 - 1995年）
「信徒用決意」という決意文にはこうある。「泣こうがわめこうがすべてを奪いつくすしかない」「身包み剥ぎ取って偉大なる功徳を積ませるぞ」「丸裸にして魂の飛躍を手助けするぞ」「はぎとって、はぎとって、すべてを奪い尽くすぞ」。さらに、決意Ⅲ-2にはこうある。「たとえ恨まれようと、憎まれようと、どんなことをしてでも、真理に結び付け、救済することが真の慈愛である」「救済を成し遂げるためには手段を選ばないぞ」「そして、まわりの縁ある人々を高い世界へポワするぞ」。
1994年には教団は拉致・監禁を平然と連続して行うようになった。1994年3月27日には宮崎県資産家拉致事件、1994年12月には鹿島とも子長女拉致監禁事件（1994年12月5日〜1995年1月23日）とピアニスト監禁事件（1994年12月10日〜1995年3月22日）などの拉致監禁事件を起こし、サティアンに作られた独房や監禁用コンテナ、一日中麻原の説法テープを聞かせる部屋（ポアの間）に被害者を監禁した。
1994年8月頃には早川が担当した皇居サリン散布計画のために、千代田区平河町に5箇所、中央区銀座に3箇所、港区赤坂に2箇所のテナントやマンションを借りていた。井上嘉浩によれば、目的は武力クーデターによる政権奪取で、皇居周辺の国家中枢の破壊を狙っていたと証言した
オウム真理教の歴史 連続テロの実行 （1994年 - 1995年）
さらに1994年夏に土谷正実が猛毒VXの合成に成功し、これを用いた襲撃を計画し、実行していった。同年9月に滝本太郎弁護士VX襲撃事件、12月には駐車場経営者VX襲撃事件や会社員VX殺害事件、1995年1月4日にはオウム真理教被害者の会会長VX襲撃事件を起こした。
1994年9月20日にはオウムを追っていたジャーナリストの江川紹子が何者かに毒ガスホスゲン攻撃を受ける（江川紹子ホスゲン襲撃事件）など、オウムと毒ガスの関係性が噂され始めた。
麻原は「100人くらい変死すれば教団を非難する人がいなくなるだろう。1週間に1人ぐらいはノルマにしよう」「ポアしまくるしかない」などと語っていた。
松本サリン事件後に「サリン事件は、オウムである」などと書かれた「松本サリン事件に関する一考察」という怪文書が出回っている。1994年11月には強制捜査接近の噂迫が教団内に流れ、サリンプラントの建設を中断するなどの騒ぎとなっていた。
1995年（平成7年）1月1日、読売新聞が上九一色村のサティアン周辺でサリン残留物が検出されたことを報じ、オウムへのサリン疑惑が表面化した。教団は「上九一色村の肥料会社が教団に向けて毒ガス攻撃をしているため残留物が発見された」と虚偽の発表をするとともに、隠蔽工作に追われた。
オウム真理教の歴史 連続テロの実行 （1994年 - 1995年）
1995年1月8日、教団ラジオで「占星学で予測する95年」と題して、麻原は村井との対談を放送、1月から4月にかけて前哨戦が始まり、11月に宗教戦争（武力革命）が発生すると予測した。1995年1月、麻原は信者らに「この中に警視庁に突っ込んで、警視総監の頭を殴ったり首根っこを捕まえて振り回せる奴はいるか」と問い、信者の一人が名乗り出ると、「今すぐやるということではない。やる時には私が耳元で囁くから」と述べた。地下鉄サリン事件の実行後にも「11月には戦争だ」と麻原は上祐に語っている。後に発見された井上ノートには「11月Xデー」とあり、自衛隊（現役・退役）信者50人、信者特殊ゲリラ部隊200人、資金援助している暴力団や過激派グループの協力を得て、完全防護服着用のゲリラ工作隊で首都を占拠し、新潟からは医師を装ったロシア軍特殊部隊が強襲揚陸艇で上陸、ゲリラ部隊と合流するなどの計画が記録されていた。
また、この1月8日の放送で教団信者が神戸で地震があると予言。1995年1月17日に阪神・淡路大震災が発生すると、教団は予言が的中したと宣伝した。
ヴァジラヤーナ・サッチャでの宣戦布告
オウム真理教の歴史 連続テロの実行 （1994年 - 1995年）
震災直後の1995年1月25日に出版された教団の雑誌「ヴァジラヤーナ・サッチャ 6号」は「恐怖のマニュアル　完全世界征服　ユダヤの野望」を特集し、「ヴァジラヤーナ・サッチャは人類を代表して正式に宣戦布告する」「人類を大量虐殺し、洗脳支配を計画している闇の世界政府に対して」「目覚めよ、日本人、立ち上がれ、世界人類、国連は我々の災いである。三百人委員会を超えよ！」と称した。同紙では、ロスチャイルド、ロックフェラー家が議長をつとめる三極委員会と外交問題評議会が米国を操る黒幕とされる。フリーメイソンはユダヤ教の一派だから、メイソンの池田大作はユダヤ人で、創価学会も統一教会もユダヤ系とされた。また、「彼ら」は自分たちの象徴に目を使うとし、1ドル紙幣のプロビデンスの目、毎日新聞、フジサンケイグループの目玉マーク、1984年に定められた五千円紙幣には「フリーメイソン」の新渡戸稲造、富士山の湖に写った山はユダヤの聖山シナイ山とされた。タルムードでは、非ユダヤ人は家畜・汚れた者で、その財産を奪い取ってよく、殺してもよい、ユダヤ人でも異教に改宗した者やトーラーを否定する者は殺さねばならないと教えられていると、説く。ナチスのユダヤ人虐殺はなかった。『シオン賢者の議定書』をユダヤ人は偽書だというデマを流しているが、本物で、ダーウィン主義、マルクス主義、ニーチェ主義はユダヤ人が仕掛けた、太平洋戦争、ベトナム戦争、パナマ侵攻、湾岸戦争も軍需産業に仕組まれた、日本への原爆投下はロックフェラーとモルガン財閥の利益のためで、デュポン家も儲けた。サイラス・ヴァンスはグローバル2000報告で戦争や飢餓による30億人の大量虐殺計画を出し、ローマクラブが実行しており、彼らはABC兵器、核兵器、生物兵器、化学兵器、プラズマ兵器、マインドコントロール兵器を用いて、人類を家畜奴隷として奉仕させることを目指している、と説いた。
オウム真理教の歴史 連続テロの実行 （1994年 - 1995年）
麻原は震災で強制捜査が立ち消えになったものと考え、1995年2月28日、東京都内で目黒公証役場事務長だった男性を拉致した後監禁し、3月1日にチオペンタールナトリウム投与により殺害した（公証人役場事務長逮捕監禁致死事件）。この事件で教団信者松本剛の指紋が発見され、警視庁は全国教団施設の一斉捜査を決定した。
3月15日には霞ケ関駅で自動式噴霧器が発見された。これを受けて3月19日には警視庁機動隊員300名と捜査一課捜査員20名が陸上自衛隊朝霞駐屯地に派遣され、毒ガスによる抵抗を想定して防護服の装着訓練を受けた。
しかし教団は警察より早く動き、1995年3月20日に地下鉄サリン事件を決行。13人の死者と6000人以上の負傷者が発生する大惨事となった。この事件は強制捜査を遅らせるためともされる一方、地下鉄サリン事件が決定されたリムジン謀議の内容を詳細に証言している井上嘉浩によると「サリンをまいても、強制捜査は避けられないという結論で、議論が終わっていた。しかし松本死刑囚は、『一か八かやってみろ』と命じた。自分の予言を実現させるためだった」、「『宗教戦争が起こる』とする麻原の予言を成就させるために、事件を起こした」と証言 しており、麻原は自身の「ハルマゲドン」の予言を成就させるために事件を起こしたという説もある。
ナチスドイツによって開発されたサリンはその後、ソ連や米国で生産されながら実際に使用さなかったが、イラン・イラク戦争末期の1988年、イラクがイラン側に協力したとの理由でクルド人を攻撃したハラブジャ事件で使用され、3200人〜5000人が死亡、7000人〜1万人が負傷した。オウムによる連続サリン事件はハラブジャ事件に次ぐものとなった。
オウム真理教の歴史 強制捜査から麻原逮捕まで（1995年）
いずれにせよ強制捜査延期には至らず、事件2日後の1995年（平成7年）3月22日には、山梨県上九一色村（現・富士河口湖町）を中心とした教団本部施設への一斉捜索が行なわれた。サリンプラント等の化学兵器製造設備、細菌兵器設備、散布のためのヘリコプター、衰弱状態の信者50人以上等が見つかり、オウム真理教の特異な実態が明らかになった。また、富士山総本部の金庫から7億4600万円と金の延べ板10キロが見つかった。
翌日の3月23日に滋賀県安土町で逮捕された信者の車からは、信者名簿、教団の科学技術者名簿、暗号放送、自動小銃、サリン自動噴霧装置、火炎放射器、ロシアプラズマ兵器、ジェット戦闘機、水爆、トリウム爆弾、原子炉用レーザー技術、三菱重工業のCOレーザーなどのデータや設計図、各企業の特許技術データが入ったMOディスクが発見され、印刷すると200万ページを超えるこれらの資料は教団の武装化を裏付けるものだった。
以降、同事件や以前の事件への容疑で教団の幹部クラスの信者が続々と逮捕された。
オウム真理教の歴史 強制捜査から麻原逮捕まで（1995年）
強制捜査の際、どこの現場でも「捜索令状をじっくり読む」「立会人を多数要求する」「警察官の動きをビデオや写真に撮る」という光景が見られた。また報道陣に対してもしつこくカメラを向け、突然の捜索に驚き慌てる様子は全くなく、事前に準備され訓練された行動のようであった。実際に弁護士で信者の青山吉伸から「絶対に警察の手に渡ってはいけない違法なものに限り持ち出し、露骨な持ち出しをしないように」「令状呈示のメモ及び録音で時間を稼ぎ、私服警察官に対しては警察手帳の呈示を求める」「水際で相手を嫌にさせて、捜索意欲をなくさせる」「排除等の暴行に及んで来たらビデオで記録化する」「施設の電源を落とす」「内鍵をして立て篭る」「勝手に触ると修法が台なしになると主張する、ほとんどのものを修法されているとする」という通達と、警察との想定問答が極秘に出されていた。もちろんこれは刑法104条の証拠隠滅罪に該当する。オウムの犯罪行為は一部の信者以外には秘密であったうえ、「オウムは米軍に毒ガス攻撃されている被害者」「不殺生戒を守り虫も殺さぬオウム信徒が殺人をするはずがない」と教わっていたため、事件を陰謀と考える信者の抵抗は大きかった。
オウム真理教の歴史 強制捜査から麻原逮捕まで（1995年）
強制捜査後、上祐史浩らがテレビに出演して釈明を続け、サリンはつくっていないなどと潔白を主張した。一部の幹部は逃走し、八王子市方面に逃げた井上嘉浩、中川智正らのグループは村井秀夫から捜査撹乱を指示され、4月から5月にかけて新宿駅青酸ガス事件、都庁爆弾事件を起こした。また、その村井秀夫は1995年4月23日に東京南青山総本部前に集まった報道陣を前にして刺殺された（村井秀夫刺殺事件）。
この他、4月15日予言などオウムに関するデマも飛び交った。同年3月30日には警察庁長官狙撃事件が発生し、オウムの関与が疑われたが、2010年に公訴時効が到来した。同年4月19日には、教団とは無関係の模倣犯による横浜駅異臭事件が発生したが、異臭原因物質は不明だった。
また、事件後の95年4月に出版された著書で麻原は自分のポリシーは社会党に近く、村山富市首相に期待すると述べ、ときの首相に言を弄した。逮捕直前の95年5月中旬頃、麻原は「私の身に何が起きても決して動揺しないように」と尊師通達を出し、一部の弟子には「私は逮捕されるだろう。しかし、1年か2年、長くても3年以内に釈放されるだろう」と予言した。
1995年5月16日には再び、自衛隊の応援を得て付近住民を避難させた上で、カナリアを入れた鳥かごを持つ捜査員を先頭に、上九一色村の教団施設の捜索を開始。第6サティアン内の隠し部屋に現金960万円と共に潜んでいた麻原彰晃こと松本智津夫（当時40歳）が逮捕された。また、証拠品の押収や、PSI（ヘッドギア）をつけさせられた子供たちを含む信者が確保された。
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
逮捕後の取調で麻原は「目の見えない私がそんな事件をやれるでしょうか。信じてもらえないでしょうが……。」と語るなどし、1995年5月27日に取調室を出る際には「武士は言い訳しないものだ」と武士道のようなことを呟いた。
1995年暮れ、麻原の「どうすれば、私の真実を明らかにできますか」との問いに、安田好弘弁護士は、法廷での空中浮揚を提案、麻原は初公判に向けて東京拘置所で修行を重ねたが、「修行により体内にためたエネルギーが、看守に体を触られて消えてしまう」と述べ、結局、空中浮揚はできなかった。麻原は、時間と空間を超えて2003年に飛んだら、米国が最終宗教戦争を引き起こし、広島に二度目の原爆が落とされていたことを現実に見聞してきた、これは予言ではない、と安田に話した。また、麻原は弁護人との接見でスピッツの歌「空も飛べるはず」を歌うこともあった。
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
麻原は私選弁護人の横山昭二を解任し、95年11月、東京地方裁判所は渡辺脩、安田好弘ほか12人の国選弁護団を選任した。1人の被告に12人の国選弁護人が選任されたのは初めてだった。東京地検は、死者26人を数える一連の17事件の容疑で麻原彰晃こと松本智津夫を起訴した。事件に関与して逮捕された信者は403名、そのうち起訴183名（1996年1月18日時点）。裁判は検察側立証だけで25年かかるとも予測された。検察は、裁判の迅速化を図るため、1997年12月に両サリン事件の重傷者18人を除く3920人の殺人未遂を起訴内容から外し、さらに2000年（平成12年）10月5日にLSD・メスカリン・覚醒剤・薬物密造に関わる4事件について起訴を取り下げ、13事件とする異例の対応をとった。
麻原は警察・検察から『容疑を認めれば、教団の解散命令や破防法適用を止める』と司法取引を持ちかけられ、自白を始めたが後で、そんなことはあり得ないと思い直し検事に自白の撤回を求めたが、通らなかった。弁護団も黙秘をアドバイスし、その後、麻原は黙秘に転じた。
1996年（平成8年）4月24日初公判
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
麻原被告は人定質問で「麻原彰晃」と名乗り、本名の松本智津夫という名前は「捨てました」と述べ、職業は「オウム真理教の主宰者です」と答えた。麻原は各事件の罪状認否について「いかなる不自由、不幸、苦しみに対して一切頓着しない、聖無頓着の意識。これ以上のことをここでお話しするつもりはありません」と述べただけで、事実については語らなかった。麻原は、96年4月頃には「寝たきり老人になります」「私がやっていることはレジスタンスです」と述べ、5月15日には「拘置所の壁は厚く、洞窟に似ている。絶好の瞑想の機会を得ている」「瞑想修行を完成させたいので今の環境に満足している」と述べた。
1996年10月4日の公判で、広瀬健一は、逮捕後も帰依心は揺るがなかったが、被害者の調書を読んでぐらついたと述べ、「（麻原は）本当は自分の力（無力）に気づいている」「直視して、真実を見極めてもらいたい」と述べた。翌11月、広瀬への反対尋問が始まると、「この裁判は異常」「ここは劇場じゃないか。死刑なら死刑でいい！」と麻原は呟き、退廷となった。
岡崎が坂本事件での麻原の殺害（ポア）指示を証言すると、麻原は「完全に嘘だ」「裁判長を出せ」と大声で妨害、退廷となった。早川も端本も坂本弁護士事件での麻原による殺害指示を証言した。
1996年10月18日第13回公判
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
検察側証人としてリムジン謀議を証言した井上嘉浩被告への反対尋問を弁護団が開始すると、麻原は「アーナンダ（井上）は私の弟子であり、偉大な成就者である。このような人に反対尋問すると、尋問する者だけでなく、それを見聞きする者も害を受け、死ぬこともある。この事件についてはすべて私が背負うこととします。」と尋問中止を求めた。休廷後、麻原「私は全面無実です。修行を成就した井上嘉浩君を苦しめるだけで、皆さんに苦しみの業を与えることになる。（略）私の真意としては反対尋問を中止していただきたい」と述べた。弁護団は尋問中止を求めたが、裁判長は尋問を続行した。安田弁護士は、麻原を説得、反対尋問を続けた。以降の反対尋問では、麻原の事件への関与がより印象づけられ、麻原は弁護団に不信感を強めた。閉廷間際、麻原は「井上証人。精神状態が悪いと思われるかもしれないけど、そこで飛んでみてくれ。」といった。井上の7回の証言中、麻原は「そんなことばっかりいっていると来世は地獄に落ちるぞ」「何のために村井が死んだか考えろ。お前が喋らなければそれで済んだじゃないか」などと繰り返し井上に聞こえるように囁いたが、井上の離反が強まるだけだった。
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
10月18日の公判が終わって拘置所へ帰所後、麻原は「俺の弟子は…」「くそー」と泣き叫びながら、チーズを壁に投げつけたり、翌早朝まで独り言を言った。10月21日早朝には、独居房の扉を叩いて「私は出たい」と大声を出し、「早く、精神病院に入れてくれ」と叫び、扉を足で蹴るなどしたため、保護房に収容された。2日後、独居房に戻ったが、その翌日、「ここから出せ」と刑務官に頭から体当たりをし、押し倒そうとしたため、再び保護房に収容された。11月には職員に「ここから出れるんですか?」と質問を繰り返した。1996年10月21日から11月20日にかけて弁護団が21回接見を求めたが、14回は拒否した。弁護人の接見で、麻原は、鼻水や涙を流しながら錯乱していたり、終始うつむき、反応も心もとなく、以降は、たまに言葉が通じたが、面会拒否されるようになり、1997年以降は弁護団は麻原と意思疎通できなくなった。安田弁護士によると、以前の松本被告はジョークも言うし、相手の心を読んで話を引き出すような問いかけをしたり、教団や信者の相談にも威圧的でも断定的でもなかったという。
1997年4月24日第34回公判
麻原は英語を交えてはぐらかすように意見陳述し、一連の事件の責任を弟子に転嫁し（弟子の暴走）、無罪を主張した。
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
地下鉄サリン事件：「弟子たちが起こしたもので、(略）私自身の共同共謀につきましては、3月18日夜、村井秀夫にひと袋でストップを命令しましたが、3月19日にもう一度、これは井上嘉浩が正しく話していれば、ストップを命令し、結局、私は彼らに負けた形になり、結果的には逮捕されるんだろうなということで、これは検察庁も裁判長も無罪として認定しています。」と、自分はサリン散布を止めたが、弟子に負けた（暴走した）。
1997年5月16日に石井久子が「麻原さんは間違っていた」と意見陳述した。
1997年6月17日林郁夫公判
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
麻原は初めて証人として出廷した。麻原は「マイ・ネーム・イズ・アサハラ……」「ザット・イズ・ディセンバー……」など拙い英語で小さな声で答えたり、喚きながら、宣誓書への指印を拒否した。裁判長が「正当な理由なく宣誓を拒否すると制裁を受けることになる」と尋ねると、麻原は「いい加減にしろよ」と言い放った。林が「（石井久子が「麻原は間違っていた」と陳述したことを引いて）あなたの態度は、石井被告の心にも及ばない」と言うと、麻原は「いい加減にしろよ！お前のエネルギーは足から出ているのがわからないのか！」と言い、林は「まだそんなことを言っているんですか！そんな大きな声が出るなら、証言すればいい！」と捲し立てた。麻原は「ふざけるなよ」と言い放った。麻原が英語を小声で呟くのを再開すると、林は「そうやって英語を話していれば、その世界に逃げていられるから、いいかも知れない。でも、あなたは、死が怖くて生きていられないから、転生すら信じていないのだろう。宗教はあなたにとって道具に過ぎなかった」と言い、検察官が証言の意思を聞くと、麻原は「林自体、アメリカだから…」と呟くだけで、退廷となった。他の報告では、松本被告は「ここはアメリカだから」と言い、検察官が「質問に答えられないのか」と言うと「バット・アサハラ……」と英語でつぶやいた。
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
1998年5月、林郁夫、無期懲役判決（控訴せず確定）。同年10月23日、岡﨑一明初の死刑判決（2005年確定）。
1998年12月2日豊田・廣瀬・杉本公判
麻原は宣誓すると言い出したが、署名や指印を拒否し、代筆は「OK」と英語で言った。裁判長は日本語での返事を求め退廷を言い渡すが、弁護人が抗議し、裁判官忌避を申し立て、裁判官は簡易棄却して閉廷となった。
1999年9月22日豊田・廣瀬・杉本公判
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
麻原は「豊田君は、亡くなったあとロシアで別の身体に生まれ変わり、今は中国に行っているが、やはり天才ですが、別の努力を重ねています。杉本君は、天界でオウムの教えは正しかったんだと、別の観察を進めています」と述べた。麻原は宣誓文を書いて宣誓手続きが終わった。「ボツリヌス菌はオウム真理教にはないです」、遠藤が大腸菌を培養していたが、「遠藤がオウム真理教、日本を統治したかったのかもしれませんね。私の奥さんを巻き込んで、88年か89年かな、遠藤と佐伯（岡崎）が肉体関係があって」、地下鉄サリン事件は井上が持ち込み、村井も否定的だったとし、「地下鉄サリン事件の話を聞いたことは、私はないです。」「私は地下鉄の『ち』の字も話していない」と、答えた。このほか、1985年か86年に麻原が行った空中浮遊は第三次世界大戦のきっかけとなっているとし、弁護人に脳波でその映像を送信したと称した。自分は徳川慶福、徳川慶喜の直系であり、天皇家直系の藤原で、統一教会の文鮮明と血縁関係にあり、韓国、朝鮮、イラン、ユダヤ各王の関係者が選挙の後押しをしたから、落選するはずがなかったと述べた。
1999年9月30日、横山真人死刑判決（2007年確定）
1999年11月10日豊田亨・杉本繁郎公判
オウム真理教の歴史 麻原逮捕後（1995年 -）
麻原は、前に大腸菌と言ったのは間違いで、ブドウ状球菌だとし、「私は宇宙全体を動かす生命になってますが、動かす脳が破壊されているから、動かせなくなっています」と言い、英語や小声で話した。杉本繁郎が直接尋問で「もういい加減目を覚まして、現実を見つめたらどうですか。いつまで最終解脱者、教祖と言っているつもりですか」と言うと、麻原は「もうちょっと、黙ってた方がいいと思うけど。石井とか知子とかに黙って、LSDを最初に使ったこと、わかってんだよ！」と答え、杉本は「結局何も答えられないんですか。最終解脱者の能力はどうしたんですか。（略)私はあなたを信じて、大馬鹿者だったと思っている。そういう気持ち、わかりますか！」と泣きながら発言した。その後、豊田亨が「何も言わないつもりでしたが、今日のあなたの態度を見て考えが変わりました。（略)質問にも答えないで。あなたの裁判を見ていると、流れるがまま、長引くまま、逃避しているとしか思えない」「地下鉄サリン事件は村井と井上が起こしたと言った。つまり止める力もないわけです」と述べると、麻原は沈黙した。