ロリコン漫画 歴史
一方、同じ茜新社からは『ひな缶』というロリータ系アンソロジーが2002年より刊行されており、同じく2002年より刊行されていた別のロリータ系アンソロジー『小鳥館』（茜新社）の作家を受け入れる形で、2003年11月に月刊誌『ひな缶Hi!』（茜新社）として創刊される。表紙の担当は、『はるのあしおと』（2004年）のグラフィッカーとしてちょうど『カラフルピュアガール』（2003年11月号）の表紙を飾っていたKIMちー。『ひな缶』は「萌え」に全振りしており、懐の深さゆえにサブカルの雰囲気すらあった『COMIC LO』と全く雰囲気は違うものの、「ハイクオリティ美少女Hコミック」を標榜しており、やはりエロゲー世代のロリ漫画雑誌という点は同じであった。『カラフルコミックピュアガール』誌の「恋愛&H満載のハートフルコミック」というコンセプトはこちらが継承しており、巻田佳春、ほっけうるふ、ベンジャミンなど、何人かの作家が『カラフルピュアガール』『カラフルコミックピュアガール』から移籍して来ている。ネット絵師（当時「CGネットワーカーズ」と呼ばれた）から引き揚げられた巻田佳春を初めとして、作家陣は基本的にデジタルとの親和性は高く、『宵待姫』（2006年）などのグラフィッカーとしても知られる瑞井鹿央や、『街角のブーランジェ』（2005年）などのグラフィッカーとしても知られるあらきかなおなど、執筆陣にはエロゲの原画をしていた人もいたが、パソコンすら持っていなかった『COMIC ZIP』（フランス書院）系の影乃いりすなど、アナログ世代からデジタル世代への過渡期ということもあって、ある程度幅があった。また、当時「電撃文庫」編集部の三木一馬が「ハイエンド系」からイラストレーターを吸い上げており、2005年に『灼眼のシャナ』のコミカライズに抜擢された笹倉綾人や、『夢みたいな星みたいな』のあらきかなおなど、電撃に吸い上げられた人も多かった。
『ひな缶Hi!』は7号まで出たところで休刊し、『comicバニラ』（茜新社）の作家を受け入れる形で2004年に『COMIC RIN』にリニューアル。表紙は引き続いてKIMちー。『ひな缶』および『COMIC RIN』は、ロリ漫画を主に掲載する美少女漫画雑誌ということで、『COMIC LO』とジャンルが重複する部分があったものの、編集方針は全く違い、読者層も執筆陣もほとんどかぶっていなかった。ただし交流はあったようで、2008年に『COMIC RIN』でデビューしたクジラックスは後に『COMIC LO』に移籍している。
『LO』よりも年齢層が高めの『ひな缶』『COMIC RIN』に対し、『LO』よりもさらに年齢層が低めの乳園児（ペド漫画）を扱うムックとして、2003年に『園ジぇる』（茜新社）が創刊される。表紙の担当は、当時『快楽天』の主力だった西安（同誌ではハードなエロスの熟女漫画を主に描いていたが、ロリータも上手かった）。いかがわ四郎やきくらげなどといった、『COMIC LO』の執筆メンバーも参加した。特に目高健一の作品は読者と書店に衝撃を与えた（当時は一般の書店でもこの手の書籍の取り扱いをしていた）。やはりニッチだったようで、2006年発売の9号をもって終刊した。最終号では後継誌の構想を匂わせていたが、結局出なかった。『COMIC LO』から来たメンバーは、そのまま『LO』に帰った。また、緋鍵龍彦は電撃に吸い上げられた。なお、2012年頃にAmazonなどの主だった書店ではこの手の書籍が排除され、発表の場が極めて限定されることになった。
余談だが、茜新社は当時『好色少年のススメ』というショタ漫画ムックも出していた。上記のロリ漫画雑誌と共通して参加していたのは笹倉綾人や猫玄くらいで、あまり作家はかぶっていなかったが、女性向けではなく明確に男性向けで（「男の娘」）、かなり近い立ち位置にあった。
東京三世社は、2002年に隔月刊のロリコン漫画雑誌「コミックミニモン」（2002年 - 2006年）を創刊。同時に、それまで刊行されていたロリコンアンソロジー『リトルピアス』は「コミックミニモン」の増刊雑誌という扱いなり、互いに隔月ごとに刊行された（「ミニモン」は偶数月、「リトルピアス」は奇数月）。ほりほねさいぞうやたまちゆきなどが執筆しており、『リトルピアス』の流れを汲んだハードな誌風には一定のファンがいた。「コミックミニモン」の誌風は旧来の「リトルピアス」とほぼ同じだったが、そのうち「リトルピアス」は何かテーマを設けた「特集号」という形で差別化されるようになった。「コミックミニモン」は（末期の数か月だけ非ロリコン漫画雑誌の「コミックフェロモン」となった後）2006年に休刊。「リトルピアス」も同時期に終刊。元々はガチガチの凌辱だったたまちゆきは和姦寄りに作風を改め、『COMIC RIN』に移籍した。なおアブノーマルな性癖の漫画を得意とした東京三世社は、2008年12月、Amazonが「鬼畜系」「ドラッグ」「残虐」「食糞」などを規制することを通達したこともあって経営が苦しくなり、2009年に漫画から撤退、2010年に倒産した。
あまとりあ社（久保書店）は、ロリコンアンソロジーの『貧乳シリーズ』（1999年～2007年）および『ぺたふぇち』（2008年～2014年）を刊行していた。1998年に休刊した『レモンピープル』の流れを汲み、画風は相当緩かったが、プレイはハードだった。流星ひかる、てるき熊、かにかに、ほしのふうたなどが執筆していた。なお、ほしのふうたやてるき熊は東京三世社の『リトルピアス』『コミックミニモン』にも執筆しており、誌風は似たところがあった。
松文館は、ロリコンアンソロジー「コミックエロスマン」（2002年）「幼女○○」（2004年-）などを刊行していた。邑澤広士（Littlewitchのグラフィッカーで『白詰草話』（2002年）などに参加）、塩野干支郎次、翻田亜流（ほんだある）などが執筆していた。
ヒット出版社は、『COMIC 少女天国』（2002年-2008年）および『comic ino.』（2008年-2009年）を刊行していた。『少女天国』はあらきあきらや犬星などが主力で、本家に当たるCOMIC阿吽で描いていた田倉まひろなどの作家も執筆していた。表紙はあらきあきらが担当していたが、後期にはいぬぶろが定着し、『ino.』も引き続いていぬぶろが表紙を担当。『comic ino.』は当初はアンソロジーとして発売されていたが、『COMIC 少女天国』の廃刊と同時に、その後継誌として、2008年6月号より月刊誌として刊行された。しかし2009年2月号をもって休刊した。
『COMIC RIN』は2012年に休刊し、2013年に『Juicy』（茜新社）が創刊される。表紙の担当は松竜。作家も作風も『COMIC RIN』の系譜を継承し、「いちゃラブ」がメインだった。既に一般誌で活躍するビッグネームとなった笹倉綾人なども参加していた。『COMIC RIN』はファンタジーなロリコン漫画も多かったが、『Juicy』は明確に「女子中学生」をテーマとした。2017年4月号（vol.17）をもって休刊し、『ひな缶』から続いた幸せな夢は終わった。
また、2013年には「女子高校生」をテーマとした『COMIC高』（茜新社）も創刊される。エグい作品が目立ち、特に『COMIC高』2017年9月号（Vol.16）でデビューした花咲つつじ（大横山飴）のエグさは読者に衝撃を与えた（田中圭一は「平成の山本直樹」と評した）。同誌は2018年11月号（Vol.30）をもって休刊。その後、後継誌『COMICアオハ』（2019年 - 2021年）が創刊された。
一方、「ロリコン漫画」というジャンルでは『COMIC LO』が独走した。
『COMIC LO』はさらに、「ロリコン漫画」の新たなジャンルを開拓するために、『LO』増刊として実験的な雑誌も刊行した。
2012年に『COMIC LO』の増刊として『Girls forM』が創刊される。創刊号のキャッチコピーは「女の子上位。」。女性上位に特化した「ドM向け」雑誌ということで、「おねショタ」物がメインでかなり年齢の高い女子が多く、ロリコン漫画はほとんどなかったが、ロリコン漫画としては「メスガキ」「ロリビッチ」と呼ばれるジャンルの作品が主に掲載された。サキュバスなど「人外」物（見かけはロリ）も目立ち、『Girls forM』vol.10（2015年10月号）で「ロリババア」が初登場。2019年発売のvol.20をもって休刊した。
ロリコン漫画の中でも特に「ロリババア漫画」と呼ばれるジャンルの人気が高まっていたことから、2016年には『COMIC LO』の増刊として『永遠娘』（茜新社）が刊行。好評を得て刊行が続いている。2023年には類似誌として『ロリババア専門アンソロジー 千代娘』（一水社）が創刊された。
1980年代より同人の主流であった「エロパロ」であるが、2010年代後半に入ると電子書籍の一般化による電子書籍/同人配信サイトの影響拡大もあって、配信に法的リスクがあるエロパロではなくオリジナルを描く人が増えた。電子で単話で読む上では、「商業誌による配信」と「同人作家による配信」は区別がつかず、しかも後者の方が作家の利益が大きいので、同人作家はオリジナル作品を商業に持ち込まず、同人で完結するようになった。特に「ニッチ」であるロリコン漫画はこの影響を如実に受け、2020年代において唯一の商業ロリコン誌である『COMIC LO』も苦境にあえぐようになった。
『COMIC LO』が2023年8月号をもって月刊から隔月刊になった。『LO』は原稿の催促をしない（作家が描きたいものを載せ、描きあがり次第掲載される。少なくとも猫男爵は編集から依頼を受けて描いた作品は一本もないという）、作家の定着率が悪い、商業だけでは生活できなくなっている（例えば大塚子虎は『LO』2019年11月号に掲載したのが最後の商業で、生活の為に同人に移行した）、などと言った理由で、2020年代に入ると原稿が不足することが多くなっていた。原稿募集の告知では「親切な編集者」「固定収入」「LO作家というステータス」「ただ単に楽しい」など、商業誌である『LO』に掲載されるさまざまなメリットをアピールしていたが、作家にはなかなかメリットが見えず、漫画を描くなら『LO』よりも同人の方が自由だし稼げる、また漫画以外にskebやPIXIV FANBOXなど作家が独自にマネタイズできるツールも整ってきたので、何とかしないといけない、と作家の堀出井靖水なども常々訴えていた。しかし改善されず、『ろりとぼくらの。』（2012年）のヒットで『LO』を代表する作家となったクジラックスの最新作『歌い手のバラッド』（2015年-）も、『LO』2020年11月号に掲載された「最終話」をもって『LO』を離れ、同人に移行した。藤坂リリックや鬼束直、不動の巻末うさくん、（竹下けんじろうと絵がそっくりな）猫男爵など、ベテランが誌面を支えていたが、号によっては紙幅が薄くなったり、2023年5月号に至っては丸々再録本になるなど、苦境が続いていた。