第2次インティファーダ 時系列
その後18日、IDFはラファの武装勢力のインフラと密輸トンネルを破壊し、9K32ミサイルと改良された対戦車ミサイルの輸送を阻止する目的として「オペレーション・レインボー (Operation Rainbow)」を開始した。この作戦では合計41人のパレスチナ人武装勢力と12人の民間人が殺害され、約45から56棟のパレスチナの建造物が取り壊された。イスラエル軍の戦車は彼らの陣地に近づいてきた数百人のパレスチナ人デモ隊に砲撃し、引き返すようにと警告しつつも結果的に10人を殺害した。この事件によってオペレーション・レインボーは世界中から反発を招いた。
9月29日、カッサムロケットがイスラエルの町スデロットを直撃し、イスラエルの子ども2人が死亡したことでイスラエル国防軍はガザ地区北部で「懺悔の日々作戦 (Operation Days of Penitence)」を実行した。この作戦の目的は、カッサムロケットの脅威を取り除き、それを発射しているハマスの過激派を一掃することであった。作戦は10月16日に終了したが広範囲に破壊をもたらし、100人以上のパレスチナ人（そのうち少なくとも20人は16歳未満）が死亡した。10月5日、IDFは閉鎖された軍事区域に迷い込んだ13歳のパレスチナ人少女イマン・ダルウィーシュ・アル・ハムス(Iman Darweesh Al Hams)を殺害。司令官は死亡を確認するために彼女の死体に向けて意図的に自動小銃を発砲したと告発された。この行為はIDFによって調査されたが冤罪であり、2010年にはエルサレム地方裁判所も名誉毀損であると認定し、この報道に責任のあるジャーナリストとテレビ会社に慰謝料30万NISと弁護士費用8万NISの支払いを命じ、両者に訂正放送を要求した。パレスチナの医療関係者によると、この作戦によって少なくとも62人の武装勢力と42人の民間人とみられるパレスチナ人が殺害され、ハアレツが行ったカウントによると87人の武装勢力と42人の民間人が殺害されてパレスチナ難民キャンプは大きな被害を受けた。また、IDFはこの作戦中にカッサムロケットの発射を少なくとも12回阻止し、多くのテロリストを殺害したと発表した。
10月21日、イスラエル空軍はハマスの爆弾製造者であり、カッサムロケットの発明者であるアドナン・アル・グールを殺害した。
11月11日、ヤセル・アラファトがパリで死去した。
パレスチナ諸派間の停戦合意とイスラエル人に対する攻撃を停止するようハマス指導部を説得するためにマフムード・アッバスがシリアを訪問している最中、ガザ地区の争いはエスカレートしていった。ハマス側は武力闘争の継続を宣言し、イスラエル南部のナハル・オズ近郊の野原に多数のカッサムロケットを撃ち込み、ガザ地区南部ガシュ・カティフの幼稚園を対戦車ミサイルで攻撃した。
12月9日、エジプトの国境付近で5人のパレスチナ人武器密輸業者が殺害され、2人が逮捕された。その日のうちに人民抵抗委員会創始者のジャマール・アブ・サムハダーナと彼のボディーガード2人がミサイル攻撃で負傷した。これはイスラエルにとって数週間ぶりの攻撃であり、イスラエルの無人偵察機がガザ地区南部のラファとハーン・ユーニス間を移動していたアブ・サマハダーナの車に向けてミサイルを1発発射した。
12月10日、ハマスがガザ地区のネヴェ・デカリム入植地に迫撃砲を発射し、8歳の男児を含むイスラエル人4人が負傷したことを受け、イスラエル軍兵士は迫撃砲の発射元であるハーン・ユーニス難民キャンプに向けて発砲。その結果7歳の女児が死亡した。イスラエル国防総省の情報源は部隊がハーン・ユーニスで発砲したことを確認したが、あくまでもハマスの迫撃砲クルーを狙ったものだと述べた。
12日、アラファトの死後最大規模の攻撃により、イスラエル軍兵士5人が死亡、10人が負傷した。ラファ近郊のエジプトとガザの国境にあるイスラエル軍管理下の国境交差点下のトンネルで約1.5トンの爆発物が爆発し、その影響でいくつかの建造物が全壊、他の建造物も半壊した。この爆発で前哨地の一部が破壊され兵士3人が死亡。その後、2人のパレスチナ人武装勢力が前哨基地に侵入し、他のイスラエル兵2人を銃殺した。一連の攻撃はハマスとファタハの新派閥"ファタハ・ホークス"が高度に組織化された組織的な攻撃を行ったと考えられている。スポークスパーソンのアブ・マジャドは、ファタハ・ホークスの名においてイスラエルによるヤセル・アラファト"暗殺"に対する報復であると主張した。
1月9日にパレスチナ大統領選挙が行われ、マフムード・アッバス（通称 : アブ・マーゼン）が新大統領に選出された。アッバスはイスラエルとの平和的交渉とパレスチナの目的を達成するための非暴力を綱領とした。アッバスはパレスチナ武装勢力にイスラエルへの攻撃を停止するよう求めたが、イスラエルの侵攻からの保護を約束し、武力による武装解除は主張しなかった。
ガザ地区では紛争が続き6人のイスラエル市民が武装勢力によって殺害されると、アリエル・シャロンはパレスチナ自治政府との外交・安全保障上の接触をすべて凍結した。アサフ・シャリブ報道官は、「イスラエルは今日、国際的な指導者らにアッバスがテロを止めるための真の努力をするまで彼との会談は行わないと通告した。」と宣言した。接触凍結はアッバスが当選してから1週間も経たないうちに、しかも就任式の前日に行われた。パレスチナの交渉官であるサエブ・アリカットはこのニュースを確認し、「まだ就任もしていないのに、アッバスに責任を負わせることはできない。」と反論した。
国際的な圧力とイスラエルによるガザ地区への広範な軍事作戦の脅威を受け、アッバスはイスラエル人居住区へのカッサムロケットや迫撃砲の砲撃を防ぐため、予防治安部隊をガザ地区北部に配備するよう命じた。イスラエル人への攻撃は完全には止まらなかったが、この配備で被害は激減した。2月8日、エジプトのシャルム・エル・シェイクでエジプトとヨルダンを含む4カ国首脳会談シャルム・エル・シェイク首脳会議2005が開催され、シャロンとアッバスはイスラエルとパレスチナ自治政府の相互休戦を宣言。しかし、ハマスとイスラム聖戦は、休戦は彼らのメンバーを拘束するものではないと述べた。また、イスラエルは平和のためのロードマップを進める前にテロリストのインフラを解体するという要求を撤回しなかった。多くの人々が、この休戦は脆弱なものであるため休戦と静寂が守られることを確認しながら、ゆっくりと前進していかなければならないと警告した。
2月9から10日の夜、25から50発のカッサム・ロケットと迫撃砲の弾幕がネヴェ・デカリム入植地を襲い、正午にも別の弾幕が直撃した。ハマスによれば、これはイスラエル人入植地の近くでパレスチナ人1人が死亡した攻撃に対する報復であった。迫撃砲攻撃への対応として、アッバスはパレスチナの治安部隊に今後このような攻撃をやめるよう命じた。アッバスはまた、パレスチナ治安組織の上級指揮官を解雇した。2月10日、イスラエル治安部隊は、エルサレムのギヴァト・シャピラ（通称 : フレンチ・ヒル）でバスによる自爆テロ攻撃を行おうとしていたナブルス在住のパレスチナ人を逮捕した。
2月13日、アッバスはイスラム聖戦とハマスの指導者たちと会談し、支持と休戦の尊重を求めた。ハマスの指導者であるイスマイル・ハニヤ(Ismail Haniyah)は、「静穏に関する立場は変わらず、新たな違反や侵略の責任はイスラエルが負う。」と述べた。
6月中旬、パレスチナの過激派グループはスデロット上空で即席のカッサムロケットによる砲撃を強化した。この攻撃により、パレスチナ人とイスラエル人2人ずつと中国国籍の民間人1人が犠牲になった。相次ぐ攻撃により、イスラエル国内ではガザ地区等撤退の支持は低下した。 7月に入るとイスラム聖戦とアル・アクサ殉教者旅団によるイスラエルへの攻撃が増加し、12日に自爆テロ攻撃が海岸沿いの都市ネタニヤを襲い、5人の市民が死亡した。14日、ハマスがガザ地区内外のイスラエル人入植地を数十発のカッサムロケットで砲撃し始めイスラエル人女性が死亡した。15日、イスラエルは「標的殺害政策(Targeted Killing Policy)」を再開し、ハマスの武装勢力7人の殺害と施設およそ4カ所を爆撃した。一方、ハマスもイスラエル人入植地にロケット弾を撃ち込み続け、ハマス過激派とパレスチナ警察官との間でも街頭戦が発生し、2005年のシャルム・エル・シェイク首脳会議で合意された休戦協定が崩れる恐れがあった。さらにイスラエル国防軍もガザ地区周辺に装甲部隊を増強し始めた。
第2次インティファーダの終了日については議論がある。終結を表す明確な出来事がなかったからだ。2005年に終結したというのが一般的な見方だが、インティファーダの出来事や統計を2007年まで含めている資料もある。
イスラエルのジャーナリストであるセヴェル・プロッカー(Sever Plocker)のように、インティファーダは2004年末に終結したと考える論者もいる。2004年11月のアラファトの死によって、パレスチナ人は過去30年ほど国際的に認められていた指導者を失い、その後インティファーダでは勢いを失い、ファタハ内部の対立だけでなくパレスチナ諸派間の内部抗争（特にファタハ-ハマス紛争）に発展した。
2005年2月8日を第2次インティファーダの正式な終結とみなす見方もあるが、それ以降も依然として散発的な暴力はPAの管理下でも管理外でも続いていた。この日、アッバスとシャロンはシャルム・エル・シェイクで会談し、互いへの攻撃を終わらせることを誓い合った。さらに、シャロンは900人のパレスチナ人囚人の釈放とヨルダン川西岸の町からの撤退にも同意した。一方で、ハマスとパレスチナ・イスラム聖戦は停戦はパレスチナ自治政府の立場のみであるとして合意の当事者になることを拒否した。その5日後、アッバスは反対する2つの組織と、イスラエルの違反には報復があるという条件付きで停戦を約束することで合意に達した。
ハドソン研究所の中東平和安全保障センターで国際安全保障、戦略、外交を専門に研究するジョナサン・シャクター(Jonathan Schachter)主席研究員は、このインティファーダの終結時期を決定することの難しさを取り上げた。彼は、「自爆テロが第2次インティファーダに関連する暴力の最も重要な要素であることは間違いなく、この基準によればインティファーダは2005年中に終結した。」というのが最良の基準であると推論した。