毎月勤労統計調査 統計不正調査問題
1992年10月に出版された『毎月勤労統計要覧』（平成4年版）
には、(1) 第一種事業所は集計区分内で抽出率が一定なので復元不要だが第二種事業所ではこの前提が成り立たないので抽出率逆数をかけて復元をおこなう、(2) 500人以上規模事業所については標本誤差ゼロを目標精度とする、(3) 500人以上規模事業所は全数調査である、という記述がある。これ以降、2018年に出版の平成29年版
まで、『毎月勤労統計要覧』に同様の説明を毎年掲載。
2001年1月6日、中央省庁再編によって厚生労働省、総務省などが誕生。毎月勤労統計調査は労働省から厚生労働省の所掌となる。統計基準部は、総務庁統計局から総務省統計局へ移動。
2002年9月6日に、当時の統計法の規程に基づき、指定統計であった毎月勤労統計調査の承認事項の変更の申請を、厚生労働大臣が総務大臣に行った（平成14年9月6日付 厚生労働省発統第0906002号 毎月勤労統計調査に係る統計法第7条第2項の規定による承認事項の変更について（申請））。この承認事項（案）には、常用労働者規模500人以上事業所を全て調査するかどうかという項目はない。また、抽出率に関する項目もない。
2002年9月18日に、総務省統計局長から、「申請のとおり承認します。」という通知がなされた（平成14年9月18日付 総統審第342号 毎月勤労統計調査に係る統計法第7条第2項の規定による承認事項の変更について（通知））。
2003年5月までに、厚生労働省の担当課（室）は、課長以下の判断で、東京都の常用労働者500人以上の事業所の一部について抽出率を1未満とすることを決定。
2004年1月分の調査から、東京都の常用労働者500人以上事業所の一部の抽出率を引き下げた。この引き下げは2002年の承認事項の変更には当たらないので、承認事項の変更の申請は行われなかった。担当課（室）が作業手順を各都道府県に指示する毎月勤労統計調査の手引き（事務取扱要領）には、これ以降、2014年までは、「東京は抽出調査でよい」と記載。
当時、東京都の常用労働者500人以上事業所の数は増加を続けていた。
2005年8月15日、総務省は統計局統計基準部を廃止。公的統計制度の中で統計基準部が担ってきた総合調整などの機能は、総務省政策統括官（統計基準担当）に移管となる。
2007年5月16日、統計法全部改正。
2007年10月1日、新統計法にしたがって、内閣府に統計委員会を設置。従来の統計審議会は廃止。
2009年4月、新統計法施行にともなう移行措置により、毎月勤労統計調査は基幹統計調査となる（それまでは指定統計調査であった）。
2011年8月4日、厚生労働大臣は総務大臣に毎月勤労統計調査の承認事項の変更を申請し、承認される。その中では、30人以上の事業所については、「産業・規模別の層化無作為一段抽出」と記載。産業と事業所規模によって層にわけたうえで、ひとつの層内の事業所はすべておなじ抽出率でサンプリングをおこなう、との意味である。（これ以前に毎月勤労統計調査の承認事項として承認された申請書には、全国一律の抽出率であるという記載はない。）
2015年、厚生労働省が作成して都道府県に配布する事務取扱要領から、「東京は抽出調査でよい」との記述が削除される。
2015年5月18日、厚生労働省の姉崎猛統計情報部長が「毎月勤労統計の改善に関する検討会」 （以下「検討会」と呼ぶ）を招集。
2015年5月19日、各府省統計主管課長等会議による「統計調査における労働者の区分等に関するガイドライン」 で「常用労働者」の定義変更が決まる。
2015年6月3日、検討会の第1回会議を開催。阿部正浩中央大学経済学部教授が、委員互選により座長に就任。この第1回検討会の際の配布資料
では、全国調査の第一種事業所について「層化一段無作為抽出（産業・規模別に層化、層内では均一の抽出率）」と説明している。また、議事録
によれば、雇用・賃金福祉統計課の久古谷課長が「500人以上の事業所は基本的には１分の１で当てておりますので、500人以上の事業所は常に当たっている。それより小さいところが２年か３年で抽出替えで対象が変わってくることになっております」と説明している。
2015年8月7日、検討会第5回会議に、報告書素案となる「毎月勤労統計のサンプル入れ替え方法とギャップの補正方法の今後の方向性について（素案）」
が提出される。この素案1頁に「（一部の大規模事業所については継続的に調査）」との説明がある。
2015年9月16日、検討会第6回会議に、報告書素案を改訂した「毎月勤労統計の改善に関する検討会中間的整理（案）」
が提出される。この素案1頁では、常用労働者規模30人以上の調査対象事業所の入れ替えについて「（規模500人以上の事業所については全数調査）」との説明がある。議事録
によると、雇用・賃金福祉統計課の手計課長補佐が「素案の段階では継続的に調査となっていたのですけれども、500人以上の事業所については全数調査なので、そこを修正しています」と説明したことになっている。なお、この検討会は6回の会議を開催したあと、結論を出さずに解散した。
2016年4月1日、統計法改正 により、統計委員会を内閣府から総務省に移動。
2016年10月27日〔28日?〕、厚生労働大臣は、毎月勤労統計調査の承認事項の変更を申請。「諮問第97号毎月勤労統計の変更について」 にこの承認変更の文書「基幹統計調査の変更について（申請）」が添付されている。この中に、常用労働者の「規模が500人以上事業所については、全数調査とする」という内容が含まれていた。（これ以前の毎月勤労統計調査の承認事項として承認された申請書には、全数調査を指定する記述はない。）
2017年2月13日、総務大臣は上記変更を承認した。このとき、500人以上事業所の全数調査の規定は2018年1月分調査から適用するとされた。
2017年6月頃、当時の室長Fは、第一種事業所のローテーション・サンプリング導入にともなうシステム改修にあわせて東京都の大規模事業所に関する「復元」処理も行おうと考え、そのための抽出率逆数表を交付。
2017年11月頃から2018年1月頃、室長Fは当時の統括官Hに、500人以上規模事業所の一部で抽出調査になっていることを報告。統括官Hはそれについて「然るべき手続きを踏んで修正すべき」旨の指示をした。しかし、室長Fは総務省に報告せず、公表資料の訂正もしなかった。
2018年1月調査分より、次の変更がなされた：(A) ベンチマークの更新、(B) 調査対象事業所の入れ替え、(C) 常用労働者の定義変更、(D) 東京都と他道府県との第一種事業所の抽出率のちがいに関する「復元」処理の開始、(E) 母集団労働者数推計方式の変更。ただしこれらのうち、(D) (E) は非公表であった。この1月分調査から、賃金等の推移に大きな段差が発生。
2018年5月25日に成立した「統計法及び独立行政法人統計センター法の一部を改正する法律」 により、統計委員会の権限と機能の強化が図られる。
6月分調査で、現金給与総額の前年同月比が3.3％と21年ぶりの高い値を記録。
9月12日、公表される賃金の前年比伸び率が過大となっている可能性が指摘される
。
9月28日、統計委員会は、この毎月勤労統計による賃金の伸びは実態を示していないという見解を示す
。
12月13日、厚生労働省の職員が、統計委員会に対し、東京都の500人以上規模事業所が全数調査でなくなっていることを報告。厚生労働省は神奈川・愛知・大阪でも抽出調査に変更する計画を進めていたが、翌日これを撤回。12月20日に根本厚生労働相に問題を報告した。
12月28日、複数の新聞がこの件を報じる 。
2019年1月11日、厚生労働省はプレスリリース を公表。東京都での事業所の抽出の問題のほか、抽出率のちがいを補正する「復元」に関する問題、調査対象事業所数が公称より少なかった問題を報告する。
1月16日、厚生労働省が特別監査委員会を発足させる。委員長には、厚生労働省所管の独立行政法人である労働政策研究・研修機構理事長の樋口美雄が就任。
1月17日、データを「復元」していなかった期間のうち、2004-2011年分については、「復元」の処理をしたうえで集計をやりなおすために必要な資料の一部が、保存期間が満了していて紛失もしくは廃棄されており、再集計が困難であることが判明。
1月22日、特別監査委員会が報告書を公表。
1月24日、基幹統計の約4割に何らかの問題があったとの点検結果。
1月25日、特別監察委員会の報告書の問題点について、必要に応じて行うと答弁していた根本匠厚生労働相は、再調査を決定。
2月1日、政府は厚生労働省で統計を担当していた局長級の大西康之政策統括官を同日付で官房付とし更迭。
2月12日、衆議院予算委員会において、毎月勤労統計の改善に関する検討会の第4-6回会議の議事録が非公表である問題がとりあげられる。
2月22日、総務省は、統計委員会の西村清彦委員長は多忙のため、国会審議には協力しない、という趣旨の文書を作り、野党に提示。しかし、西村氏に無断で総務省が作成していたことが分かり、西村氏は「極めて遺憾だ。支障のない限り国会には協力する」と書面でコメントした。
2月27日、特別監察委員会は2回目の報告書（追加報告書）を公表。
4月26日、厚生労働省は、未修正のままデータ公表をとりやめていた2004-2011年の期間について、データを補完して推計する考えを示す。
5月16日、総務省統計委員会の点検検証部会 が行った公的統計全体についての追加調査の結果、288統計のうち問題があったのは6割強の178統計に上ったと発表。
6月14日、参議院は2017年度決算を承認した。この際、7項目からなる「警告決議」を採択し、内閣に対して警告をした。毎月勤労統計の問題のほかに、2018年7月の西日本豪雨で政府からの情報伝達が不十分であった問題などを含む。
7月2日、政府は中央省庁幹部人事を発表。統計不正問題に絡み、職員への聞き取り調査への同席と、国会での不正確な答弁などが問題となった厚労省官房長定塚由美子を格下ポストとされる人材開発統括官へ異動させ事実上の更迭とした。次官級の宮川晃厚労審議官は辞職。但し、鈴木俊彦厚労事務次官は留任となった。
10月8日、毎月勤労統計について、システムの刷新などを含めた改革の工程表を厚生労働省がまとめた。厚生労働省は古いシステムを使っていたことも不正を見抜けなかった要因の一つと考えている。
2020年6月2日、政府は不正の再発防止に向けて、公的統計の整備の方針を定めた基本計画を変更することを閣議決定した。
2020年8月11日、2004-2011年についての「時系列比較のための推計値」の公表を開始。翌年8月24日までかけて完成させる。