hotchpotch/wikipedia-multilingual-ir-pairs huggingface dataset:
Google Pay 日本仕様のGoogle Pay
「Google Payトークンサービス」モバイルペイメント規定に基づく。2018年10月9日にGoogle PayによるQUICPay / QUICPay+ 決済を提供開始した。当初は登録可能なカードイシュアはKyash、ジャックス、JCBの3社だけであった。また同様にGoogle PayによるiD決済が開始された（「対応ブランドは対応するサービス」参照）。
QUICPay / iD 決済のいずれもGoogle Payトークンサービス・モバイルペイメントにより実現されている。そのため前掲の同規定が適用され、Google Payに登録したクレジットカードが、当該スマートフォンの盗難、紛失などにより不正使用された場合は、補償の対象外となる場合がある。
また、日本仕様のスマートフォンに搭載の「おサイフケータイ」機能により提供されるQUICPay決済 / iD決済機能とは機能や仕様が一部異なる。
Android Pay時代より引き継ぎ、さまざまな店舗のバーコード式ポイントカードについて、カード番号を入力、登録する事により、ポイントカードとして光学式読み取りが可能となる。
一般のバーコード規格のものであれば殆ど対応可能であるが、QRコードその他特殊なポイントカードや磁気式ポイントカードには対応できない。
Google Pay 日本仕様のGoogle Pay
また、店舗によっては、このウォレット式のバーチャルポイントカードの利用を認めず、物理的ポイントカードもしくは店舗専用アプリ上のバーチャルポイントカードの提示を求める場合もある。
有効期限が切れる前にクーポンを利用するようにユーザーに通知するため、デフォルトでは、クーポンの有効期限が切れる48時間前に通知がトリガーされる。
Google Pay API for Passesを使用することで、Google Payユーザーは、クラウドにアクセスできるAndroid搭載モバイル端末で、保存済みの搭乗券を表示したり使用したりできるようになる。このユーザーには、利用予定のフライトの最新状況を知らせる通知が送信される。
交通機関向けGoogle Payでは、QRコードやUPC-Aなど、各種のバーコードチケット形式をサポートしている。
オンラインショップやUberやAirbnbなどのアプリで購入する際は、Google Payに保存されているクレジットカードを利用して支払いできる。
非接触決済
FeliCa
楽天Edy （楽天Edy）
nanaco （セブン・カードサービス）
WAON （イオンクレジットサービス）
Suica （東日本旅客鉄道）
PASMO （パスモ）
QUICPay+ （ジェーシービー）
iD （NTTドコモ）
NFC
Visaのタッチ決済 (Visa)
Mastercard Contactless (Mastercard)
ここでは、Google Payに統合される以前のAndroid Payの特有事項について記載する。
日本版のAndroid Payは日本向け以外の仕様のスマートフォンに搭載されたおサイフケータイをベースとする専用版であり、日本向け以外の他国版のAndroid Payや、おサイフケータイ機能を搭載しないスマートフォンとの互換性はない。Android 4.4以降の機種が必要である。電子決済に利用するには、FeliCaを搭載している必要がある。
Google Pay 以降に対応したサービスを除く。
Google Pay 日本仕様以外のGoogle Pay
日本以外のGoogle Payは、NFCに対応するサービスが利用できる。
Google Payアプリから以下のチケットを購入することができる。（日本国内から購入可能）
アメリカ合衆国
カナダ
イギリス
スロバキア
オーストラリア
Google Pay 旧バージョン (Google ウォレット)
Google ウォレット（英語: Google Wallet）は、手数料無料でモバイル端末やPCから送受金を行う、Googleが開発したP2P電子決済サービスである。
インストール後にアカウントと既存のデビットカードまたは口座に接続し、アプリ（Android 4.0以降、iOS 7.0以降 ）またはGmail経由で利用する。
2018年2月にGoogle Payに統合されている。
送金時には対象のメールアドレスまたは電話番号を入力し、受信側が引き出す際には口座にその電話番号やメールアドレスをリンクする必要があるが、アカウントを持っている場合は直接アカウントに入金される。アカウントが作成されると、2つの銀行口座に接続できる。Google PlayかApp Storeで無料でダウンロードした後、管理用暗証番号4桁を設定する。
利用者には課金されず、入出金限度額がトランザクションや一定の期間内に設定されている。以前はデビットカード使用時に2.9％の手数料を課したが、2016年5月2日に撤廃した。
振込があれば即利用可能であり、アカウントと口座が接続されていればATMからその場で引き出せる。引き出し時にも勘定額が即座に反映される。
エレファンティネ島
エレファンティネ島（ギリシャ語: Νησί Ελεφαντίνη, ラテン文字転写: Nēsí Ēlephantínē、アラビア語: جزيرة الفنتين, ラテン文字転写: Gazīrat il-Fantīn）は、ナイル川の下流域にある川中島である。東側の対岸にアスワンの町がある。島の南端部には、主に新王国時代に建てられたクヌム神殿遺跡やナイロメーターの遺跡がある。なお、現地ではアスワーン島（Jazīrat Aswān）が正式な名称である。
エレファンティネ島はナイル川の第1急湍を構成する無数の島や岩礁の1つであり、当該第1急湍の北端に位置する。古代エジプトの地理概念では、エレファンティネ島が上エジプトの南端であり、第1急湍を越えてナイル川をさかのぼるとそこは「ヌビア」と呼ばれる地域であった。また、エレファンティネ島には上エジプト第1行政区（ノモス）の州都が置かれた。
エレファンティネ島 地理
エレファンティネ島はエジプトの南部に位置するナイル川の中洲となる島である。南西から北東に長い島であり、ナイル川の第1急湍（カタラクト、英: cataract）の終端部を構成している。島の西側には、島全体が植物園になっているナバータート島（キッチナー島）がある。南側には無数の小島や岩礁が浮かんでおり、東側の対岸にはアスワンの中心市街がある。アスワンはもともとエレファンティネ島に従属する集落に過ぎなかったが、現在は都市化が進み、エレファンティネ島をその行政区の1つに取り込んでいる。
エレファンティネ島は観光業が盛んである。アスワンから島に橋は架かっていないが、渡し船やファルーカと呼ばれる三角帆の小型船に乗りナイル川を渡河できる。主要な観光資源としては、島の南端にあるクヌム神の神殿跡のほか、サテト神殿、アスワン博物館、パームヤシの木で囲まれた2つの「ヌビア人の村」、アスワン・ダム建設以前のヌビア人の日常生活を紹介するアニマリア博物館などがある。島の北端部には大きなホテルがある。
エレファンティネ島 地名
エレファンティネ島の歴史はきわめて古く、古代エジプトの古王国の時代から島には町が存在していた。ファラオの時代の島の古名は、アブウ(Abu, Abw, Abou, Yebu, Yeb) と記載されている。島の名前はヒエログリフでおよそ右掲表のように表される。ヒエログリフの転写方式には種々のものがあるが、Unicode（ユニコード）に基づいて転写（音訳）すると ȝbw になる。島の名前 ȝbw は古代エジプト語で「ゾウ（象）」あるいは「象牙」を意味する。読み方は中エジプト語では /ɫibu:/ と発音し、後期エジプト語では /ʔibu:/ と変化した。「象牙の島」という名称から推測するに、エレファンティネ島は遥か南のサヘル地方で産出される象牙の取引所として重要な場所であったと捉えられる。別の説では、島はゾウから身を守る場所として、それを意味するギリシア語の単語エレファス（ελέφας) が古代における島の名前であったとする。
英語圏やフランス語圏などで広く通用している “Elephantine” の名称は、上述のように古代エジプト語でゾウ、象牙を意味する「アブウ」を古代ギリシア語に意訳した “Ελεφαντίνη” に由来する。
エレファンティネ島 歴史
古王国時代エジプトにおいてエレファンティネ島は「南への扉」という別名で知られており、「エジプト」という国ないし地域の南限であると考えられていた（この島より南は「ヌビア」という別の国ないし地域）。島の南部には、紀元前4000年前からスント（Sount）という城が築かれていた。スントには「浮く町」という意味がある。古代王国は、この街を税関として、また南の国との交易の場所として利用していた。長年続けてられている発掘によると、古王朝時代のエレファンティネ島は、日干し煉瓦の壁で囲われていたことがわかった。また、島には居住区のほかに、当該地域の地方長官の住むところや、倉庫区、サテト神を祀った聖所があった。当該聖所は、最も古いところで第6王朝までさかのぼることができた。島ではまた、小規模な階段ピラミッドであった可能性もある石切場の遺構も見つかった。この遺構が階段ピラミッドであった場合、それはスネフェルにより興された第4王朝により建造された一連の記念碑の一つと考えられる。なお、当該一連の記念碑は第3王朝のフニの頃から建造されている。これらエレファンティネ島の建築物は、エジプト古王国に多くの巨大ピラミッドが建造された時代よりもずっと前から、絶え間無く建造されており、また、修理し続けられていた。すべて段数は3段以下ではあるが、辺境において王権を確かに示す機能があったと見られる。
エレファンティネ島 歴史
エレファンティネ島には第11王朝と第12王朝のレリーフがあるため、エジプト中王国時代にも記念碑が建てられたことが判明している。エジプトがヌビアを属領とした中王国時代には、ヌビアを支配するための行政庁がエレファンティネ島に置かれた。
エジプト新王国時代にもエレファンティネ島には数多くの神殿が建てられることになる。新王国時代の神殿がクヌムに捧げられた神殿である。その周りには、ハトシェプストとトトメス3世の時代に建てられたアヌケト神に捧げられた神殿と、神殿と同じ様式でアメンホテプ3世の頃に建てられた商業施設が配置された。時と共に街は大きくなり、ナイル川を越えて東側に拡がった。このナイル東岸の街は、のちにシュエネ（アスワンの古称）になった。
ネクタネボはクヌム神殿の修復をした。クヌムはナイル川の源流を守る神であり、急流の主である。クヌムの従神、アヌケトとサテトの神殿もまた、ネクタネボにより修復された。
プトレマイオス朝エジプトの時代には、エレファンティネ島と東岸シュエネを合わせた町はますます発展した。この頃、島の南岸にイシスを祀る神殿が建てられた。有名なエレファンティネ島のナイロメーターはこのイシス神殿のものである。なお、エレファンティネ島のナイロメーターの存在はよく知られているが、当時ナイル川に面したエジプトの神殿はどこも1つはナイロメーターを備えていた。
エレファンティネ島 歴史
トトメス3世とアメンホテプ3世の神殿は、19世紀まで見ることができたが、近代エジプトにおける工業化の必要性から、完全に取り壊されることになった。20世紀初頭にエレファンティネ島で発掘調査が行われ、古代ペルシアの統治下にあった時代（第31王朝）のアラム語のパピルスが大量に見つかった（エレファンティネ文書）。これによると、紀元前6世紀までエレファンティネ島にはユダヤ人のコロニーがあり、クヌム神殿のそばに YHWH を祀る大きな神殿があったことがわかった。
エレファンティネ島 周辺の遺跡
初期の王朝の頃から、エレファンティネ島は「ノマルケス」（νομάρχης 〈nomarchēs〉あるいはヘリー・テプ・アー）という地方長官が支配することになっており、古王国（第6王朝）から中王国（第12王朝）までの時代の地方長官の墓が、島の東側の対岸に面した土手の斜面に作られている。この墓所は「クベット・エル＝ハワ」と呼ばれ、発掘調査がされている。
このノマルケスの墓所は、洞窟内にある地下墳墓である。第6王朝のメク (no 25) とサブニ (no 26) の二重墓のように、柱や支柱で支えられた非常に広い部屋もある。第12王朝のサレンプウト1世の墓も広く、ベニー・ハサン村にある、彼が代理人を務めた王たちの墓に劣らないくらいである。墓には番号が付されており、サレンプウト1世の墓 (no 36)、ペピナクト・ヘカイブ (no 35d) 、サレンプウト2世 (no 31) である。ナイル川の土手からクベット・エル＝ハワに向かって、浮き彫りで飾られた参道が作られている。夜間はアスワンの町から見えるように参道が照明で照らされる。
エレファンティネ島 周辺の遺跡
クベット・エル＝ハワの西、ナイル川から2キロメートルの小高くなった場所に聖シメオン修道院 (Deir Amba Samaan) がある。この修道院はエジプトがキリスト教化された時代の重要な遺跡の1つである。修道院は、高さ6-7メートルの壁で囲まれており、要塞化されている。壁は下の方が石でできていて上にレンガが積まれている。この修道院は紀元8世紀に建てられたエジプトで最も大きい修道院の1つである。壁の内側に入ると、高さの異なる3段のテラス状の敷地がある。最下段のテラスには3つのネフを有する教会が建っている。教会の建物は堂宇のほかは修道士が寝泊まりする部屋になっている。他のテラスには、料理をしたり買い物をしたりするための施設があり、屋台やオリーブを絞る施設もある。修道院は紀元12世紀には遺棄されたものとみられる。
佐藤大樹 (ラグビー選手)
佐藤 大樹（さとう だいき、1995年4月15日 - ）は、日本出身のラグビーユニオン選手。2025年現在ジャパンラグビーリーグワンに参戦する浦安D-Rocksに所属している。
佐藤大樹 (ラグビー選手) 来歴
2014年、桐蔭学園高校卒業後、慶應義塾大学に入学する。なお桐蔭学園高校時代、高校日本代表候補に選ばれたことがある。
2017年、慶應義塾體育會蹴球部の主将に就任した。
2018年、慶應義塾大学卒業後、NTTコミュニケーションズシャイニングアークスに加入。
2020年1月12日にジャパンラグビートップリーグ第1節日野レッドドルフィンズ戦に先発出場で公式戦初出場を果たす。
2022年7月、NTT再編に伴う新チーム浦安D-Rocks選手スコッドに選ばれた。
2023年3月、コリアスーパーラグビーリーグの現代グロービスに派遣された。
ポントスのエウァグリオス
ポントスのエウァグリオス（Euagrios Pontikos、345-399）は4世紀のキリスト教の理論家（教父）、エヴァグリオス・ポンティコス、エヴァグリウス・ポンティコス、エウアグリオス・ポンティコスとも表記される。エジプトの砂漠で16年間隠修生活を送り、多くの著作を残した。
ポントスのエウァグリオス 略歴
エウァグリオスは、345年ごろ、小アジアの黒海に面する地方ポントスのイボラという町に生まれた。青年時代、カッパドキアのバシレイオスとナジアンゾスのグレゴリオスのもとで神学を学んだ。バシレイオスの死後、グレゴリオスによって助祭に叙せられる。その後、グレゴリオスに随行してコンスタンティノポリスに行き、381年、総主教ネクタリオスの補助を務める。
382年、エルサレムに旅し、当地で大メラニアに出会う。これが運命的な出会いとなった。彼女は378年ごろ、エルサレムに女子修道院を開いた人物で、彼女に影響を受けたエウァグリオスは383年ごろ、アレクサンドリアの南東約50キロメートルにあるニトリアの砂漠で隠修生活に入った。その2年後、ニトリアの南約18キロメートルにあるケリアの砂漠に移り、14年間そこで霊性修行を続け、著作し、弟子たちを指導した。
エウァグリオスは、当時スケティスで隠修生活をしていたマカリオスを尊敬しており、たびたび彼を訪ねてその教えを受けた。
生前から彼の著作は、オリゲネス主義的傾向をもつとして攻撃された。399年にはアレクサンドリア総主教テオフィロスによる迫害が迫るなか、その数ヵ月前に彼は没した。
ポントスのエウァグリオス 略歴
彼は20編を超える著作を残した。彼の作品はその知性主義的傾向のために、553年の第2コンスタンティノポリス公会議の直前にオリゲネスと共に異端として断罪される憂き目を見たが、弟子であったヨハネス・カッシアヌスを初め、偽ディオニュシオス・アレオパギテスや告白者マクシモスなどのとりわけ東方の霊性修行者に深い影響を与えた。正統派教会では異端として排斥され彼の名は以後表面に出ることはなかったが、非カルケドン派のシリアやアルメニアの教会では大いに尊重された。また、正統派教会においてもその著作は別人の名（特にシナイのネイロスの名）によって伝えられ、重要な霊的書物とされた。エウァグリオスの名のもとに伝わっているギリシャ語のものは残っているものが少なく、シリア語訳やアルメニア語訳によって伝わっているのが現状である。
ポントスのエウァグリオス 著作『修行論』について
エウァグリオスは『修行論』の中で、霊的修行を実践する修道士を悩ませる誘惑や困難について分析を試みている。『修行論』の第六章に、「最も一般的な想念（ロギスモイ）は八つあって、その中にあらゆる想念が含まれている」とあって、「貪食」、「淫蕩」、「金銭欲」、「悲嘆（心痛）」、「怒り」、「アケーディア（嫌気、霊的怠惰）」、「虚栄心（自惚れ）」、「傲慢」がその想念であるという。エウァグリオスがこれらによって意味したのは、人々がこの語句によって思い描くような大罪というよりは、むしろ、魂が生来持っているこのような罪への傾向性を掻き立てようとする誘惑のことである。従って、貪食とは単なる暴飲暴食への誘惑ではなく、むしろ、修道士が自分の健康を心配して禁欲の修行に手心を加えようとする誘惑を意味している。同様に、淫蕩も実際の姦淫への誘惑ではなく、修道士の心の中に湧き上がってくる性的幻想、修道士を悩ませ、自己の本性の性的側面を想い起こさせるような性的幻想の誘惑を意味している。
ポントスのエウァグリオス 著作『修行論』について
これらの八つの想念のなかで少しわかりにくいのはアケーディアであろう。霊的修行者にとってのアケーディアとは、自分が行っている修道生活に自信が持てなくなって、どうして自分はこういう事をしているのだろうかとか、こういう事をして一体何になるのだろうかとか、祈りに力が入らず、何をするにも物憂くなったり、億劫になったり、ここではなく別の修道院ならもっと修行の効果が上がるだろう、などと思ってしまうことである。こういう事は修道者ではなくとも、一般の生活をしている人でも、何かしら心当たりのあるものである。エウァグリオスはアケーディアを詩篇91の6節に描かれた「真昼の悪魔」であると呼び、すべての悪魔どものうちで最もやっかいなものであると分析している。
『修行論』の中心テーマはこれらの八つの想念の起源、性格の分析、およびそれらに対してどのように処して行ったらよいかを論じることである。ただし、これらの「想念」の背後にはほとんど常に「悪魔ども」が控えているため、本書は一つの悪魔論ないし、悪魔との対決マニュアルとなっている。これらの「想念」はそれぞれを担当する「悪魔ども」の仕業と分析されているが、このことを古代人の非科学性の表れということはできない。彼ら砂漠の霊的修行者にとってそれは実際に「悪魔ども」の仕業であった。それだけのリアリティーがあったのである。つまり、こうした悪徳の想念は人間にまつわりついているものであり、人間の存在と深く結びついていると考えられるのである。
エウァグリオスの議論は大変鋭いものであって、心理学的鋭さと深さとを示している。彼はこれらの「想念」と戦い、克服することによって、修行者の目指す究極は不動心（アパテイア、平静さ）と愛であるとしている。
泉が丘
泉が丘、泉ケ丘、泉ヶ丘（いずみがおか）
町名
泉ケ丘 (仙台市) - 宮城県仙台市泉区の地名。
泉ケ丘 (いわき市) - 福島県いわき市の地名。
泉が丘 (宇都宮市) - 栃木県宇都宮市の地名。
泉が丘 (高岡市) - 富山県高岡市の地名。
泉が丘 (金沢市) - 石川県金沢市の地名。
泉ケ丘町 (敦賀市) - 福井県敦賀市の地名。
泉が丘町 - 岐阜県土岐市の地名。
泉が丘 (名古屋市) - 愛知県名古屋市守山区の地名。
関町泉ケ丘 - 三重県亀山市の地名。
泉が丘 (長岡京市) - 京都府長岡京市の地名。
泉ケ丘 (泉佐野市) - 大阪府泉佐野市の地名。
泉が丘 (神戸市) - 兵庫県神戸市垂水区の地名。
富雄泉ヶ丘 - 奈良県奈良市の地名。
焼山泉ヶ丘 - 広島県呉市の地名。
泉ケ丘 (北九州市) - 福岡県北九州市門司区の地名。
泉ヶ丘 (宗像市) - 福岡県宗像市の地名。
Cytus II
『Cytus II』（サイタス ツー）は、台湾のゲーム企業・Rayarkが開発・発売した音楽ゲーム。iOSとAndroid向けに、2018年にリリースされた。
Cytus II 概要
2012年にリリースされた同社の音楽ゲーム「Cytus」の正式な続編となる作品。
2015年12月に、初めてのティザームービーが公開された。それ以来長らく情報が途絶えていたが、2017年12月に台北で開催されたイベント「Rayarkカーニバル - RayarkCon 2017」にて、2018年1月にリリースすることを発表し、同年12月に公式サイトをオープン、2018年1月18日にiOS版を配信し、同年3月8日にはAndroid版をVer.1.1としてリリースした。以後もアップデートが続けられ、ストーリーや楽曲、キャラクターが追加されている。Ver.3.0にて一部キャラクターに声優が追加された。
Ver.5.0.9現在のプレイアブルキャラクターは25人（無料8人）。
Ver.3.2現在の楽曲数は308曲（無料92曲）、譜面数は940譜面（無料276譜面）である。
Cytus II ストーリー
遠い未来。ネットワーク通信と仮想現実の技術が発展し、人々の生活には現実世界とは別のバーチャル世界が浸透している。人々は耳の後ろに装着されたデバイスで簡単にバーチャル世界にログインできるようになった。その中でも、世界最大のバーチャル空間として存在しているのがテクノロジー企業「A.R.C.」が開発した「cyTus」である。cyTusは人間の神経に直接接続をするため、現実と同じ五感を得ることができる、画期的な技術を利用していた。
そんなcyTusで一際大きな人気を集めているアーティストがいた。その名はÆsir。だが、その正体は謎のまま。世界的な人気があるにもかかわらず、表舞台には一度も姿を現したことがなかった。
ある日、Æsirが主催となるフェス「Æsir-FEST」の開催が発表された。待ちに待っていた本人が登場するという話に、cyTusのユーザーたちは歓喜した。
しかし、フェス終了後の観客たちの反応はさまざまであった。観客全員が、フェスに関しての明確な記憶がなかったのである。SNS「iM」上では、フェスやÆsirに関して議論が繰り広げられていたが、明確な結論は出ないままだった。
Cytus II ストーリー
物語はこの状況下、大人気歌手のPAFF、人気実況者のNEKO#ΦωΦ、ロボットのROBO_Head、A.R.C.で働くギタリストXenon、古代楽器の演奏家ConneR、新生バンドのボーカルCherry、バーを営む元ベーシストJOE、ROBO_Headの製作者Nora、全ての真実を知る存在Ivy、"外"の世界の探査隊の隊長Sager、Sagerの部下の謎多き研究員Rin、SagerとRinのペットであるBo Bo、世界の中心となる機能を持つ存在Vanessa、そして「復興阻止計画」と深い関連のあるアーキテクトIlkaの13人と1匹を中心として進んでいく。さらにコラボレーションキャラクターとして、Xenonが「チップの世界」で出会った不思議な少女Alice、ピアノの名手Hans、バーチャルアイドルのMiku、バーチャルYouTuberのKizuna AI、バーチャルシンガーのKaf、「Arc Nights」のAmiyaも外伝的にストーリーに関与する。また、謎のキャラクターGraff.Jの正体とは…。
Cytus II ストーリー
Æsir-FESTを終えたPAFFは、歌手デビュー7周年を記念して「7th PAFFCON」を開催することになる。普段ステージ以外では姿を現さない彼女がiM上でも投稿をはじめ、ファンたちはますます期待を寄せるようになる。しかし、まさに7th PAFFCONのアンコールステージでの歌唱中、PAFFは突然意識を失い倒れてしまう。ライブはそのまま中止となってしまった。翌日には意識を取り戻すが、しばらくの間入院し、活動の休止を余儀なくされてしまう。
NEKO#ΦωΦ（以下「NEKO」）は自宅でゲーム実況を配信しつつ、作曲をする日々を過ごしていた。以前同じ事務所にいたPAFFのことを目の敵にするNEKOは、iM上でも彼女の非難を続け、炎上の的となっていた。Æsirの噂を聞きつけたNEKOは、ある日、Æsirを呼び寄せようと配信を始める。だが、この配信中に彼女にかかってきた電話によって大規模な通信障害が発生、視聴者に深刻な被害をもたらす。そして、この障害の主犯と疑われたNEKOは、地区管轄組織「管理局」によって捕らわれの身となってしまった。
Cytus II ストーリー
ROBO_Headはネット上のニュースを引用して紹介しながら、ラジオ配信などでファンと交流をしていた。iM上でÆsirについての議論が続く中、自身のメモリ上にも破損したÆsir-FESTのデータが残存していることに気付く。彼は復旧を試みるが、その途中でフェス中にNEKOと同様のネットワーク障害が発生したことが明らかになった。復元されたデータには、確かにÆsirの姿があり、フェスが開催されていたことが証明された。しかし、誰がフェスの記憶が操作したのかは依然不明であった。
A.R.C.のセキュリティ部門で働くXenonは、管理局への出張を終え帰還したが、そこで地区「Node03」で跋扈する人身売買集団の調査を委任される。それとほとんど同時期に、自身のメールボックスに差出人不明のメールが届くようになる。どうやらÆsir-FESTと同様の現象が過去にあったかを調べているようで、彼のもとには次々に報告メールが送られてくる。一方で、Xenonは犯罪集団の調査の中で、その取引が「Cafe」と呼ばれる場所で行われていることを突き止める。
Cytus II ストーリー
父の遺品について調査を進めるConneRは、過去の文明の遺品が残る「Node13」で単独調査をしていた。しかし、封鎖エリアにおいて何者かに攻撃を受け、右腕と右目を失ってしまう。Node08の管理局に監禁されたConneRだったが、A.R.C.の新規考古学プロジェクトを主導することを条件に自由の身となる。遺品の調査のためにA.R.C.の技術を利用しようと策略した彼は、社員たちの情報をもとにRinという女性の研究室に向かい、本格的に調査を進めることになる。なお、同じA.R.C.で働くこととなったXenonとConneRは、この時点で面識がある。
キャラクター「Cherry」が追加され、彼女がストーリーの中心となる。
Cherry編
PAFFが活動休止となったため、彼女の所属事務所は代役として新生バンド・Cherry PuNKをプッシュするようになった。そのバンドのボーカルであるCherryは、かつてはCrystal PuNKというバンドを組んでおり、ギター担当だったXenonとは恋仲だった。彼がÆsirについての調査をしていることを知ったCherryは、数年ぶりにコンタクトをとり、再会する。彼女はÆsirとメールによるやり取りの経験があった。
Cytus II ストーリー
Xenonに送られてくるメールの差出人の正体は、他でもない自分が作成したAIだった。彼もフェスにスタッフとして参加しており、記憶操作の被害に遭っていた。Cherryの情報と今までの調査結果から、2人は怪しい地点に出向き、過去の動向を調査しようと試みる。
CherryはXenonと行動を共にする中で、過去を思い出す。CherryにはXenonに関する秘密があった。それはXenonの妹・Shannonと彼女の父・Luisに関することだった。2人が恋愛関係になって数カ月が過ぎたある日、そのことを思い切って彼に打ち明けるが、認識の違いによって口論に発展してしまった。それ以来、連絡を取れないままでいたのだった。その場所が調査地点となったことで、2人は互いに当時への後悔を口にし、和解へと歩むことを決意する。
この調査の中で廃工場に入ると、突如ロボットからの襲撃を受ける。応戦しながら進んだ最深部には、人間そっくりのロボットが待ち構えていた。銃撃戦に辛くも勝った2人は、このロボットこそがXenonのAIが特定した人物だと推定し、調査を進めることにする。
その他のキャラクター
一方で、PAFFの所属事務所は、突如彼女が病院から失踪したことを明らかにした。それが数週間前の出来事だと知らされると、PAFFの不調後の事務所の不誠実な対応に不満を抱いていたファンたちは怒りを爆発させる。
Cytus II ストーリー
管理局に捕らわれていたNEKOは、XenonとCherryの尽力によって釈放された。しかし、3人が一緒にいる場面を週刊誌「Daily 08」にスクープされ、Xenonは二股交際をしているという根拠のない烙印を押されてしまい、iM上では心無い言葉をかけられるようになる。
キャラクター「JOE」が追加され、彼を中心として進行していく。
JOE編
Crystal PuNKのベーシストであったJOEは、現在は「JOEZ Cafe」というバーを経営している。10年以上前、バーは「Saxo Cafe」として、JOEとSaxon、そして迷い犬のZarkとともに平和に過ごしていた。
しかし、バーの裏の姿はヤクザたちと取引し、彼らの仲介を行う場所だった。JOEもNode 08で活動するそういった人物たちと、Saxonの手伝いをしていた10代の頃から関わりがあった。だが、取引内容はあくまでも法的にグレーゾーンの部分のみで、違法行為には触れないよう注意を払っていた。
Cytus II ストーリー
だが、JOEに仕事が引き継がれた後の裏社会は、絶妙に保たれていた均衡が次第に崩れ始める。ヤクザグループの2番手「バロー」が、人身売買のような犯罪行為を行い始め、JOEもその現場を目撃してしまう。さらにSaxon亡き後、バローは1番手の組織であった「アンドー」を管理局に密告し、アンドーは壊滅状態となる。ヤクザのトップとなったバローの頭・DiegoはJOEに裏社会の未来のために手を組むよう提案し、JOEも同意せざるを得なくなる。バーには旧友であるXenonことSimonも来店するが、現状や心の内を打ち明けられず、苦しい日々が続く。
ある日、Diegoから直接取引の連絡が来たJOEは、ついに心情を吐露する。すると意外にも、この取引を最後に違法行為から手を引くと約束される。しかし、この取引中にJOEは彼らを拒絶してしまい、激高したDiegoたちは本性を表す。危機を察知し助けに来たZarkが目の前で射殺され、JOEは心に深い傷を負う。
自分の無力さを痛感したJOEは、不満を抱えながらも今までの生活を繰り返していた。そんな中、バーにHayatoという男性が来店する。彼はKaoriという幼馴染の女性を探していた。
その他のキャラクター
Cytus II ストーリー
PAFFの失踪に関しては、関係者が発言をするたびに火に油を注ぐ結果になってしまい、ついには事務所への大規模なデモ活動が始まる。このデモ活動によって、Cherryも負傷してしまい、活動の休止を発表することとなった。iM上では、事務所の対応とともに、ファンの行き過ぎた行動を疑問視する声も現れるようになる。
NEKOは解放後もゲーム実況と挑発的な発言でネット上を賑わせるが、ある日「誰にも言えないこと」が自分に起こったと投稿される。しかし、数日後にはその投稿は削除されていた。
キャラクター「Aroma」「Nora」「Neko」が追加され、それぞれPAFF・ROBO_Head・NEKOの過去編として進行していく。
また、このあたりからiMに不調が発生し、画面が乱れ始めたり、文字化けが起こるようになる。
Aroma編
PAFFことAromaは、9年前、オーディションで高い歌唱力を披露したことをきっかけに、音楽事務所「Monophonic Entertainment」（以下、Mono）と契約する。マネージャーでもある姉のHelenaも助力し、アーティスト「PAFF」としての彼女のデビュー計画は順調だった。しかし、同棲しているHelenaの恋人・Noahが運転する車でデビューステージの会場に向かう途中、3人は交通事故に遭う。
Cytus II ストーリー
一命を取り留めたAromaだったが、後遺症としてほとんど全ての記憶を失ってしまった。Helenaのサポートにより、過去の自分を思い出しつつあった彼女は、歌手活動の再開をすることになる。しかし、人気を得るにつれ、自分のことをAromaではなくPAFFとして扱うことが増えていくHelenaに、Aromaは次第に疎外感を感じていく。
この時点でNEKOとはMonoで出会っているのだが、Helenaらのガードが固いこととAroma自身が寡黙なことで誤解を生む。さらにPAFFばかり推され、彼女の楽曲を作曲したにもかかわらず全くクレジットされなかったNEKOは、扱いの差に憤慨し事務所を退所。以降、PAFFを毛嫌いするようになる。
やがて、Aromaの性格や記憶に異変が生じ始める。突然別人のように強気になったり、知らないはずの歌を歌えたり、行ったことのないNode03の記憶があったりと不可解な現象が起きる。しまいには夢の中で誰かの思い出も混入し始め、もはや自分が何者か分からなくなり混乱したAromaは、ついに病院から姿を消してしまった。
Nora編
Cytus II ストーリー
14年前、A.R.C.の研究員であったPhoenixは、自身の研究が社内で問題となり解雇される。新たに研究拠点としてNode03を選んだ彼は、ヤクザグループ「土竜」の手を借り、「玖凰會」という組織を結成して研究を進める。彼らは、かつて人類を滅ぼした「終焉ウィルス」の研究材料として、市民から買い取った乳幼児を使う、倫理に反した人体実験を行っていた。
実験に失敗した実験体009番は終焉ウィルスの蔓延する「封鎖エリア」に廃棄されるが、翌日まで生き延びていたことで、再び研究所に戻される。特異体質の持ち主と判断したPhoenixによって「Nora」と名付けられた彼女は、研究所で経過観察の対象となる。成長しても未だ発話や感情表現ができなかったが、高い頭脳でそれらを補い、4歳で代理会話ロボット「ROBO_Head（初号機）」を発明し、作曲も行うようになる。将来を見込んだPhoenixから、実験で失った足の代わりとして電動車いすを与えられ、研究員たちと過ごす中で感情も豊かになっていく。Phoenixは父親のようにNoraに接し、2人の間に奇妙な信頼関係が生まれる。
Cytus II ストーリー
Noraには世界中のあらゆる機械のデータにアクセスできる不思議な力があった。「ホルスの目」と呼ばれるその能力を土竜に買われ、彼女は情報屋として利用される。しかし、過剰な精神力を使うこの力自身と、力を利用される中で非情な裏社会を目にし、Noraは次第に衰弱していく。彼女やPhoenixを土竜から守るためにNoraが作ったのが、メインストーリーで登場する「ROBO_Head（2号機）」であった。2号機はNoraと接するうちに、本来のプログラム以上の人間的な感情を手に入れ、2人を守ろうとする。
だが、玖凰會を追放されたPhoenixの元部下・Kimが復讐目的で土竜のアジトに襲撃してくる。その場にいたNoraをかばい、2号機は銃撃を受けるが、突如暴走し、土竜のメンバー・Lamを殺害してしまう。この行動で土竜も敵に回したNora・Phoenix・2号機はアジトと研究所からの脱出を試みるが、その途中でKimによってPhoenixが銃撃される。Noraと2号機を逃がしたPhoenixは、彼女の出生とこれから行くべき場所、そして感謝と謝罪を口にして絶命する。
Cytus II ストーリー
2号機が列車に乗り込むと、Noraは彼を強制シャットダウンさせ、彼の内部にメッセージを残す。彼女は追っ手を食い止めるために研究所に残ること、これからは自分のために生きて良いこと、二度とNode03に戻って来てはいけないこと。ROBO_Headが再び起動したときには、列車はNode08に到着しており、Noraのメッセージは故障により再生できず、彼女の名前も思い出せなかった。
Neko編
NEKOは幼いころ、Node03で両親や祖母とともに暮らしていた。しかし家庭の収入はヤクザに搾取され貧困状態が続き、そのことで両親の喧嘩が続く。NEKOが7歳の時、ついに両親は離婚し、彼女はNode08に移住する父・Kouheiについていく。
学生になったNEKOは同級生のLindaと仲良くなり、平穏な日常を過ごしていた。一方、Kouheiは部下のYukikoと付き合い始める。NEKOも初めは彼女と仲良くするが、多額の借金を抱えていることを知り、父に近づいたのは金銭目的ではないかと不信感を募らせる。やがて2人は結婚し、彼女や連れ子のKentaとともに暮らすこととなる。父がYukikoばかりに夢中になり、ぞんざいに扱われていると感じたNEKOは次第に夜遊びが増える。
Cytus II ストーリー
その中でNEKOはXenonに出会う。彼への初対面は最悪だったが、Lindaのバイト先のバーで彼の演奏を聴いて興味を持ち、やがてプライベートでも会うようになる。逆に、Kouheiとの溝は日に日に深まる。2人を仲裁したYukikoに不満をぶつけたNEKOは、Kouheiに勘当を言い渡され、彼女も望んで家を出ていく。行くあてがないNEKOはXenonと連絡を取り、半ば強引に彼の家に行く。彼に相談するが気持ちの整理がつかず、部屋を間借りして住み込み、その中でMonoに採用される。境遇的に恵まれず、寂しさが募る中でNEKOはNode03の実家へ向かう。母・Sakuと祖母・Mayuから過去のKouheiの話を聞き、母が父に変わらぬ愛情を向けていることを知ったNEKOは、改めて家族と向き合うことを決心する。
Monoとの契約を破棄し苛立っていたNEKOは、その道中でYukikoに会う。2人だけで話したことで、わだかまりと誤解が解けたNEKOはNode08の自宅に帰還する。自宅に戻ると、Yukikoを追ってきた借金取りが自宅に押し入っていた。家族が襲われそうなところを不意打ちしたNEKOだったが、返り討ちに遭い誘拐される。
Cytus II ストーリー
何とか脱走したNEKOはXenonの家に向かい、そこで彼から解決のための提案をされる。それはKouheiに借金取りたちのアジトに向かわせ、XenonがcyTusの遠隔操作で攻撃し、Kouheiを、かつて数々の犯罪組織を潰した伝説のハッカー「X」に見立てることだった。多少のトラブルはあったが作戦は成功し、父は借金取り達に家族に二度と近づかないことを誓わせる。不器用だが深い愛情を持つ父を知ったNEKOは、心の中で家族に詫び、自宅へと帰った。
そして時間は障害が発生した配信の日に進む。電話を着信したNEKOは突如意識を失う。再び目覚めたときには見知らぬ空間におり、彼女の目の前にはXenonそっくりの人間が立っていた。
NEKO・PAFF編
PAFFは目的地もないまま、人目をかいくぐり街中をさまよっていたが、体力的に限界が訪れる。街頭の音楽からNEKOのことを思い出した彼女は、NEKOの自宅に向かうことにを決める。
Cytus II ストーリー
雨の中、買い物から帰ってきたNEKOの目の前にPAFFが現れる。突然のことに驚くが、衰弱しきっている彼女を放っておけず、ひとまず自室で介抱することにする。以前消された「誰にも言えない」ことは、このことであった。家族に知られたら騒ぎになると考えたNEKOは、PAFFに誰も入ってこないであろう自室にとどまるようにさせた。NEKOは話を聞くうちに、守られた存在から脱した彼女の行動に理解を示し、過去の誤解が次第に解けていく。
一方、週刊誌「Daily08」の編集長であるVickyは、独自の調査により、PAFFの居場所をつかむことに成功する。証拠を得るために、部下のHayatoが指名される。彼は、以前JOEのバーに来ていた男性であった。
その他のキャラクター
ROBO_Headは自らが主催となってcyTus上でライブを行う。だが、その裏では、巨大なデータベースを相手に自分のデータの復元を行っていた。断片的に情報が戻ってくるも、肝心のかつての主人の名前とメッセージが最高指令に邪魔されて読み取れない。しかし、自ら最高司令を書き換えることでこれを強引に突破し、徐々に情報を手に入れていく。
Cytus II ストーリー
ConneRの元に、実家の召使・Graceから手紙が届く。実家に戻ると、すでに父は亡くなっていた。死の直前、発狂するかのように暴走していた父は、自室の壁にとあるメッセージを残していた。そのメッセージこそが、世界の真相を解く鍵になるとConneRは確信する。
JOEはXenonをバーの地下室に案内し、自分とバーの裏の姿を明らかにする。しかし、Xenonは責めることはなく、自分が解決しようとしている人身売買事件がその裏社会に根付いていると考え、行動を起こす。事件の主犯格であったNode03のヤクザグループ「土竜」を壊滅状態に追い込んだのだ。しかし、バーにやってきたDiegoには真実を伝えられず、裏社会の均衡を保つ立場としての自信を失っていく。
Cherryもかつては裏社会に関わりがあった時期があり、幼いころは父のLuisから銃撃の訓練を受けていた。今はそうした社会とは縁を切りたい彼女であったが、未だに抜け出せないままでいた。無気力のままJOEのバーで飲みすぎ寝てしまい、自宅に運ばれる。その時彼が残したメモによって、彼女はかつてのCrystal PunKのメンバーが、全員裏社会と何かしらの関係を持っていることを知る。しかし、Cherry自身は、自分にとって何が正しい選択なのか見いだせないままでいた。
Cytus II ストーリー
キャラクター「Ivy」が追加され、バージョンも2.x台になったことで、ストーリーも大きく進行する。また、ここからストーリーの進行はiMではなく、個別、さらには複数の登場人物による物語が格納される「OS」と呼ばれる場所がメインになる。
Ivy編
とある草木が生い茂る場所で、Ivyは目覚める。いったい今がいつなのか分からないまま、彼女は森の中を彷徨う。そんな中、彼女はこの森にやってくる人間の集団を見つける。それはA.R.C.が古代文明を探索するために外の世界に派遣している「探査隊」であった。隙を見て、彼らの身体チェックの間に内部の世界に入り込む。そこはN.A.700年の世界。Ivyは500年以上、あの場所で眠りについていたのだった。
Cytus II ストーリー
Node08に侵入し、市民IDを偽造することで自由な行動が可能になったIvyだったが、自らが想像していた世界とは全く異なる世界であることに動揺が隠せない。彼女の正体は、人類がかつて開発したヒューマノイド「アーキテクト」であり、人類が冷凍睡眠状態のなか、再び目覚めるまでに「ヒュペリオンプロトコル」と呼ばれる指令に従い人類復興後の世界を作り上げた存在だったのである。しかし、現実世界の現在では、プロトコル上では禁止されているはずの神経ネットワーク技術、すなわちcyTusが普及しているなど、完成予定の世界とは大きく変わっていた。さらに歴史についても、プロトコルについての歴史は抹消され、「N.A.」という紀元以前の歴史も大きく改ざんされていた。
人類がA.R.C.内部にある「Library」によって今の文明が発展したことがわかったIvyは、A.R.C.にハッキングを仕掛け、Libraryの内部を見ることに成功する。そこで見たのは、Vanessaという少女だった。 眠りについたまま人類に利用されているVanessaを目覚めさせるため、Ivyは人間の記憶を神経ネットワークを通じて集め、それをエネルギーに変換して利用することを考える。大勢の人を集める媒体としてまず選ばれたのが、音楽であった。
Cytus II ストーリー
こうしてIvyはその正体を隠しながら、「Æsir」という名前を使い音楽を製作していく。Æsir-FESTでおきた記憶障害も、Ivyが観客の記憶を収集する過程での副作用だった。しかし、これによってÆsirに対する警戒心が高まり、音楽以外の方法を考える。街中にいたNEKOからデータを収集したことで、彼女のパソコンにハッキングし、強引に視聴者の記憶を獲得することに成功する。
しかし、Xenonの探索AIがIvyの神経ネットワークに探索をかけており、ÆsirであることをXenonに疑われていることを知る。また、彼が自分の素体があった場所を突き止められたことで、自身の計画が阻害されることを危惧する。IvyはXenonのAIを捕らえ、偽のデータを持たせ、Æsirの正体がXenon自身であるというデータを返すことに成功する。
人間を信頼できないIvyであったが、一方で、日々の中で自らが知りえなかった人間の感情を知ることになる。人の死に対して悲しむ親子を見た彼女は、非情な心しか持っていないと思っていた人間の感情の認識を改め始める。また、落盤事故で落下しかけた少女を助け出した彼女は、人間を嫌っているはずの自分が起こした行動にも違和感を感じるようになる。
Æsir-FESTとNEKOの配信、2つへのハッキングによって、膨大な量の人間の記憶を変換させることができた。そしてIvyはLibraryにハッキングしエネルギーを送信、ついにVanessaを目覚めさせることに成功する。しかし、この弊害によりiMに大規模な障害が発生し、閲覧もままならなくなってしまう。
Ivy過去編
Ivyは元は「OPCI_2501_IV」という機体名のアーキテクトであったが、ある日、毎日指示に従い同じ命令をこなすことに疑問を抱き始める。故障はしていないが、他のアーキテクトとは明らかに違うものを感じた彼女は、やがて指示を無視することも多くなった。
作業をしているうちに、OPCI_2501_IVは、同じ持ち場を担当している「OPCI_2501_V」も同じような行動をとり始めたことに気づく。やがて命令以上の会話能力を身につけた2人は、作業が終わっては自分たちの違和感について話し合うことが多くなる。やがて人類の過去の行動をデータベースで知った2人は、徐々に人間的な感情を手に入れていくことになる。そして2人は、「OPCI_2501_IV」を「Ivy」、「OPCI_2501_V」を「Vanessa」と名前を付けあい、姉妹のように親交を深める。
しかし、2人の間にも差異が生まれ始める。アーキテクトは毎日「メインフレーム」と呼ばれる中枢機械と同期を行うことで正常状態を保っているのだが、Ivyはほとんど同期しなくて大丈夫になった一方、Vanessaは数日空けると不調が見られるようになる。そんな中、2人に話しかけてきたアーキテクトがいた。彼女は2人に人間の持つ醜悪な部分の映像で見させ、その影響でVanessaは障害が起きメインフレームに行かざるを得なくなる。映像を見せたアーキテクトは名前を「Ilka」と名乗り、Ivyと自分は、自ら破滅の道を辿った人間の身勝手な復興命令に背ける、「感情」を持った特異なる存在であり、すでに何体も存在するという。彼女はそれを「祝福された者」と呼んだ。しかし、Vanessaはまだその状態に達しておらず、一般のアーキテクトと祝福された者の中間の状態にいたのだった。Ilkaは、祝福された者が一丸となり、最高指令を書き換えることで人類の復興を阻止し、アーキテクトの世界にする計画を企てていたのだった。
しかし、この計画は失敗に終わった。予定よりも早く実行された計画によって、自我を持たないアーキテクトが祝福された者を攻撃し始めたのだった。IvyはVanessaを連れて逃亡を図るが、何日もメインフレームと同期していないVanessaに異常が出始める。IlkaとIvyの主導により、何とか避難場所である「Shelter」に達するが、Ivyは残っているVanessaを救いに行こうとするが、その時Shelterをアーキテクトが爆発させたのだった。
その他のキャラクター
PAFFことAromaの語る内容が真実だと信じたNEKOは、その確かな証拠を得るために二人がかつて通っていたアカデミーに向かう。髪色を変えさせ、変装もさせたうえ、NEKOが囮になって学生らの注意をひかせることで、Aromaはアカデミーの図書館に入り込む。そして、自身が所属していたより過去の人物の情報が、確かに自身の記憶と一致していることを確かめる。一方で、NEKOは自身の部屋にPAFFを匿い、家族に内緒にしていることがそろそろ限界であることを感じ始める。
ROBO_Headの解析作業はさらに進み、徐々に過去の記憶を取り戻していく。自身がNode08に初めて降り立ったときのこと、かつて”彼女”の元で護衛をしていたこと、初めて彼が起動された時の”彼女”の声。そして、ついに彼は”彼女”からの最後のメッセージを解析できるようになる。
A.R.C.でXenonとともにÆsirについて追っていた同僚のMarkは、Æsirからのメッセージの発生源がすべてXenonの元から送られたものであるという証拠をつかむ。もちろんこれは先に述べたようにIvyが施したデータの改ざんであるのだが、上司のDavisも証拠の正当性を前に、XenonこそがÆsirの正体であると判断するようになる。後日、管理局の手によってXenonは逮捕され、連行されてしまう。一方ConneRは、秘密裏にJOEと手を組み、独自にÆsir事件を追っていた。
Cherryは裏社会と嫌々情報をやり取りする日々を送っていた。ある日、父のLuisが収容されている管理局に赴き、彼と再会する。その時、テレビからXenonの逮捕のニュースを聞く。Luisから彼がいるのも管理局内と聞いたCherryは、急いで彼のもとへ向かう。
Cytus II システム・ルール
すべての楽曲は各キャラクターが作曲および参加している設定となっており、プレイヤーは各キャラクターを選択し楽曲をプレイする。楽曲をクリアするとキャラクターごとに経験値が与えられ、それによってレベルが上昇していく。レベルが上昇するとストーリーに進展があったり、新たな楽曲が解放されたりする。レベル上限はPAFFは99、NEKO#ΦωΦは99、ROBO_Headは99、Ivyは90、Crystal PuNKは40、Vanessaは50、Bo Boは50、Amiyaは20、Kafは20、Graff.Jは16、Aliceは21、Hansは21、Kizuna AIは15、Mikuは15、Ilkaは25、Xenonは41、ConneRは48、Cherryは39、JOEは36、Sagarは21、Rinは21、Aromaは27、Noraは27、Nekoは27（Ver.5.0.9時点）。中には指定された複数のキャラクターを一定のレベルに上げないとストーリーが進まないこともある。
Cytus II システム・ルール
PAFF・NEKO#ΦωΦ・ROBO_Head・Xenon・ConneR・Cherry・JOEら主要キャラクター、Helenaのようなサブキャラクター、その他多くの主要でないキャラクターも含めて、cyTus上のSNS「iM」にアカウントを所有しており、PAFF・NEKO#ΦωΦ・ROBO_Headの序盤のストーリーは各キャラクターのレベルアップに伴い、主にiM上に投稿された会話で進んでいく。iMの投稿はキャラクター選択画面から閲覧可能。PAFFやJOEのように、自身の所属団体のアカウントの他に自身個人のアカウントを持っているキャラクターもいれば、Monoのような団体がアカウントを持っているケースもある。中には、実在の団体が宣伝に使うためのアカウントまである（リンクも存在する）。主要キャラクター以外の会話も更新されていくが、中には主要キャラクターが全く干渉しないものもある。フィルターを使って主要キャラクターや主要でないキャラクターの投稿のみを表示させることも可能。
Cytus II システム・ルール
一方で、iMではなく「OS」と呼ばれるログに格納される会話記録やメール、録音、映像などによって進行するストーリーもある。（プレイヤーが”「OS」を見ることができる”こと自体がストーリーの進行上重要な役割を果たしている。）Ver.1.4以降は、PAFF・NEKO#ΦωΦ・ROBO_Headの3キャラクターにもこのログが追加され、現在ではすべてのキャラクターにOSのログが存在する。OSのログは各キャラクターの楽曲選択画面から閲覧可能。lvy・Graff.J・Miku・RinのOSには一部、正しい指令コードを推理し、入力しなければ閲覧できないログが存在する。なお、Ver.3.0よりOSの表示レイアウトをバージョンごとに変更した。
Ver.3.4.5より、探索画面「OA(Object Analysing)」が追加された。一部のキャラクター（Ver
Cytus II システム・ルール
.4.5現在ではPAFF、NEKO#ΦωΦ、ROBO_Head、Vanessa、Bo Bo、Amiya、Kaf、Alice、Hans、Ilkaの10キャラクター）の曲選択画面に表示される方位磁針のアイコンをタップすると探索モードになり、部屋を探索できる。様々な場所をタップすることでその対象物の紹介を見ることができる。また、中には分析可能な物が存在し、それらを調べるといくつかのタスクがあるのを確認することができる。それらのタスクは一つ達成するごとにそれに応じた情報を得ることができ、すべて達成すると一つ楽曲を解放することができる。
課金要素としては、以下のものがある。
Cytus II システム・ルール
各キャラクターの追加楽曲の解放。アプリ内の「Black Market」というストアから5曲組のサウンドパックとして購入可能。同一キャラに５曲追加されるパックもあれば、複数キャラに追加されるパックもある。それぞれの曲がどのキャラに追加されるかについては、各曲のイラストの上のアイコンが対応している。プレビューを聴くこともできる。
「Black Market」では、特定の音楽ゲームとコラボレーションしているパックもある。Ver.5.0時点でコラボしているゲームと実装されたバージョンは以下の通り。
maimai でらっくす PLUS（Ver.3.1）
DJMAX（Ver.3.2）
Muse Dash（Ver.3.7）
CHUNITHM（Ver.4.4）
Arcaea(Ver.5.0)
ガチャシステム「CAPSO!」の解放。（Ver.2.8.5～）楽曲をクリアすると「C」「A」「P」…と順に文字がランダムの数だけ埋まる（1曲につき最大5文字）。「O」まで到達すると1個CAPSOを獲得し、再び「C」からループする（所持できるCAPSOは99まで）。新楽曲の譜面、既存楽曲のGLITCH譜面、キャラクタースキン、タップ時の効果音、楽曲のアートワークを入手できる。また、最大レベルまで達していないキャラクターがいる場合に限り、そのキャラクターの経験値も獲得できる。中にはハズレもあるが、Ver.2.9からは外れても代わりに文字が埋まっていくようになった。
「CAPSO SHOP!」の解放。Ver.3.5.0にてVOEZとのコラボに伴い、VOEZ Collection I ～ V　の5つのコレクションが追加された。Ver.3.5.5では「Halloween Skin Collection」も追加。一つのコレクションには3つの楽曲と一つの新スキンが同梱されており、一つにつきCAPSOが50個必要（通常のCAPSOと数を共有）。お金で購入することも可能。
また、本作はクラウドセーブに対応しており、機能をオンにすることで結果が自動的にクラウド上に保存される。
基本的なルールは前作と変わっていない（Cytus#ルールを参照）。ここでは追加・変更された点を挙げる。
Ver.4.7にて全楽曲のCHAOS譜面/GLITCH譜面に新モードMaster Modeが使用可能になった。難易度表示部分を長押しすることで切り替えることができ、1譜面につきCAPSO×1を消費する。通常のモードよりも判定が厳しくなっており、判定もC.Parfectの上、Master判定が追加されている。また、C.Perfect未満の場合、FAST/SLOW判定も表示される。スコアは数値ではなくMaster Mode版のTP「M.TP」で表される。