日緬関係 歴史
しかし、2月17日、日本政府はSLORCを公式に承認すると発表し、大鷹大使はSLORC議長のソーマウン将軍に直接その旨を伝えた。この方針転換の理由は不明だが、これに先立つ1月25日、当時、大鷹大使の妻・大鷹淑子が会長を務めていた日本ビルマ協会（現・日本・ミャンマー友好協会）が、日本政府にミャンマーとの国交回復と援助再開を求める嘆願書を提出しており、その関連性が疑われている。嘆願書には、援助が無期限に停止された場合、ODA事業に携わる日本企業が莫大な経済的損失を被ること、日本がミャンマーから撤退すれば他のアジア諸国がミャンマーに対して援助を再開する可能性があること、そしてSLORCを公式に承認しなければ、2月24日に予定されていた大喪の礼にミャンマー代表団が出席できない旨が記されていた。この日本政府の方針転換は欧米諸国、ミャンマーの民主派から激しく批判され、アウンサンスーチーも「特にビルマのような人権問題が切迫した国においては、人々が経済問題よりも人権問題を優先することができれば、はるかに良かっただろう」と批判した。
しかしSLORCが1990年5月27日に実施された総選挙の結果を反故にすると、さすがにこれは見過ごせないと見たのか、8月30日、日本政府は渡辺美智雄議員をミャンマーに派遣し、ソーマウンSLORC議長と会談してスーチーの解放を強く求めた。10月には上智大学教授・緒方貞子を代表とする国連人権委員会一行が人権状況を調査するために訪緬。しかし、一行はインヤーレイク・ホテルに滞在する予定だったのに、武装警備員に囲まれた政府のゲストハウスに収容され、報道関係者とも一般市民とも接触できず、一行が希望していたインセイン刑務所訪問もスーチーとの面会も拒否された。唯一、キンニュン第1書記との会談だけ実現したが、あとは重要度の低い場所を案内されただけだった。後年、緒方はこの任務を「もっとも難しかった任務の1つ」と述懐している。緒方の後任の国連人権調査官・国際基督教大学教授・横田洋三は入国を再三拒否され、ようやく入国が許可された後も、スーチーとの面会は拒否された。ただ1995年7月10日にスーチーが自宅軟禁から解放され際、真っ先に日本大使公邸を訪れたことから、日本政府が水面下で積極的に働きかけていたことが推測され、まったくの無駄骨ではなかったようである。
日本政府はSLORC/SPDCを承認したが、ODAが本格的に再開することはなく、「人道支援」目的だけに限られるようになった。その理由は、1992年に宮澤喜一内閣が閣議決定した、民主主義と人権の価値を重視する「政府開発援助大綱(ODA大綱)」で、これがミャンマーにも適用されたからである。
しかし「人道支援」という基準がはなはだ曖昧だったため、時折物議を醸すことがあった。たとえば1998年、日本政府がヤンゴン国際空港の改修工事に、25億円という単独案件としては過去最大の円借款を発表した際、当時の駐緬日本大使・朝海和夫は、「空港の年間利用者数は1988年の30万人から160万人に増加している…日本は人道的観点から、計画されている融資によって空港の安全を確保しようとしている。悲惨な事故が起きてしまっては手遅れだ」と述べたが、後述するようにスーチーにも批判された。また2001年には、日本政府はバルーチャン水力発電所の改修工事に35億円の支援をすることを発表し、これも「人道支援」と称されたが、実際は中国が同盟国のユーゴスラビアを通じて改修工事費用の融資を申し出たという情報を入手した日本政府が先手を打ったものであり、アメリカ国務長官・コリン・パウエルは「これらの資金は現政権に対して、現時点で行うべき適切な投資ではない」と批判した。
しかし2003年5月30日、サガイン地方域・モンユワ近郊のディーペン村で、遊説中のスーチーが連邦団結発展協会（USDA）のメンバーに襲撃されて多数の死傷者が出、三度、スーチーが拘束されると、さすがに日本政府はすべてのODAを停止した。ただしSLORC/SPDC時代を通じて、日本は欧米諸国とは一線を画し、ミャンマーに経済制裁は課さなかった。
一方、経済界ではクーデター直後の1989年10月、当時東京都品川区にあったミャンマー大使館の土地を、小野寺紘毅が社長を務めていた三松建設が600億円で購入した。これは当時のミャンマー政府の1年分の国家予算に近い金額で、欧米諸国の経済制裁により財政難に陥っていたSLORCにとっては、非常にありがたい申し出だった。しかし、大半の日本企業はSLORC/SPDCと関わることで人権侵害に加担しているというアメリカやスーチーの批判をおそれ、ミャンマーへの投資や企業活動に慎重になった。おかげで1988年から2005年の外国直接投資において、皮肉にも日本は、より強硬な対ミャンマー経済制裁を主張していたイギリスやアメリカの後塵を拝した。代わりにこの時期、SLORC/SPDCと政治的・経済的に深く関わるようになったのは中国だった。
2011年にテインセイン政権が成立して民政移管が実現すると、日本の対ミャンマーODA・民間投資は復活した。2012年10月、日本の主導で東京でミャンマー支援国会合を開催し、26か国と5つの国際機関が参加、国際社会がテインセイン政権を支援する体制を築いた。また同年、日本ミャンマー協会が設立され、会長の渡邉秀央がテインセイン政権との、盟友の仙谷由人が民主党政権との調整に当たり、日本企業に当時「最後のフロンティア」と呼ばれたミャンマーへの進出を促した。
日本政府は2012年と2013年の2度にわたり計約5,000億円の対ミャンマー債務免除を行ってODA再開の道筋をつけ、ミャンマーのほぼすべての省庁に専門家を派遣し、インフラ整備と経済開発に重点を置いた有償、無償、技術協力、海外投資等のあらゆるスキームを駆使して、その計画から設計、建設、運営までを支援した。SLORC/SPDC時代も続いていた、国際協力機構（JICA）の人材育成奨学計画（JDS）で日本留学経験があったミャンマーの若手官僚が、日本の専門家と協力して大いに活躍したのだという。結果、この時期の日本の対ミャンマーODA供与額は、2019年までに有償、無償、技術協力合わせて、1,893億円（約13億米ドル）に達し、ミャンマー最大のODA拠出国に帰り咲いた。
また官民一体の貿易・投資・経済協力の三位一体の開発戦略により、ミャンマーへ進出する日本企業は、2011年には53社だったものが、2012年には85社、2014年には222社、2016年には388社、クーデター直前の2020年には426社へと急増した。2015年には日本の官民が総力を上げて建設した、ミャンマー初の経済特区・ティラワ経済特区が開業した。
また技能実習生・特定技能・留学生等で来日するミャンマー人も増加し、2024年6月までに在日ミャンマー人の数は11万306人に達した。
日本財団の笹川陽平は、1970年代半ばにミャンマーでハンセン病制圧活動を行ったことをきっかけに、ミャンマーに関わるようになり、以来、保健衛生、人材育成、学校教育、障害者、紛争被害者の支援活動を行ってきた。2013年には、政府からミャンマー国民和解担当日本政府代表に任命され、ミャンマー政府と少数民族武装勢力との和平に尽力するようになった。自らミャンマー奥地へ何度も足を運び、少数民族武装勢力の代表者たちと膝を詰めて話し合い、和平実現への協議を重ねてきたのだという。そして2015年10月15日、全国停戦合意の署名式に出席し、証人として署名を行った。
2016年には、日本政府は、ミャンマーの和平、国民和解、経済発展に向けた努力を支援するため、5年間で8,000億円（54億8,000万米ドル）を拠出する計画を発表した。
2021年2月1日に軍事クーデターが発生し、国家行政評議会（SAC）が成立すると、日本政府は衆議院で非難決議をし、対ミャンマー新規ODAを凍結した。2022年9月20日には、防衛省が毎年受け入れていた国軍からの留学生の新規受け入れを停止すると発表した。ただし人道支援は継続し、2023年までに食料、医療、避難民支援など計4,700万米ドル以上の支援を行っており、民主派の国民統一政府（NUG）を公式には承認していない。
またキリンビール、ENEOSなどミャンマーから撤退する日本企業も相次ぎ、2025年5月には住友商事と豊田通商がティラワ経済特区から撤退した。三菱商事、トヨタ自動車、伊藤忠商事など有力企業の日本ミャンマー協会からの脱会も相次いでいる。日本貿易振興機構（Jetro）の調査によると、2023年の時点で日本企業の約4割が撤退・縮小を決めているのだという。
また日本でも在日ミャンマー人によるクーデター抗議デモが起きたが、その際、国軍との「太いパイプ」とも称された渡邉秀央、笹川陽平の両氏が批判の槍玉に上がった。2022年11月25日、笹川の仲介により、国軍とアラカン軍（AA）が一時停戦したが、戦犯を父親に持つ笹川を嫌う中国は、各少数民族武装勢力に笹川と一切関わらないように圧力をかけているのだという。
2024年9月27日、クーデター発生時に駐緬日本大使だった丸山市郎が離任したが、後任の大使は置かれず、吉武将吾公使が臨時代理大使に就任し、対ミャンマー外交における日本の影響力低下が懸念されている。
一方、情勢不安か日本への就労・就学を希望するミャンマー人は急増しており、日本語能力試験（JLPT）の受験者も急増している。ただし2025年1月から18歳～35歳のミャンマー人男性の海外就労は禁止となっている。
2025年11月24日、高市早苗による台湾有事発言を受けて在ミャンマー中国大使館は、ミャンマーのゾーミントゥン報道官が日本について「歴史の教訓がない」と批判をしたとフェイスブックで紹介した。