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マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
戦いを終え、再び5人で揃うことができたいろはたちは「チームみかづき荘」としての結束を新たにする。そしていろはは記憶に残る万年桜のうわさの調査を、マギウスたちはワルプルギスの夜の利用を考えて動き出す。
アナザーストーリー「みんなで分かち合えるなら」
まどかたちが「魔法少女の真実」について思い悩む最中、見滝原に突如として多数の魔女が現れる。それらを手引きしていたのはマギウスの翼だった。彼女らと相対したまどかたちはその理由を問いただそうとするが、そこに現れたマミとアリナによって、拘束されてしまう。
一方、単独でマギウスの翼に近付こうとしていた杏子は、無事に組織への侵入を果たしていた。杏子は事が順調に進みすぎていることに警戒心を覚えるが、そのまま潜入を続ける。
第8章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「偽りに彩られ神浜」
遊園地での計画を邪魔されたことで手段を選ばなくなったマギウスたちは、羽根たちを使って神浜の魔法少女たちを襲撃する。彼女らの目的が魔法少女の殲滅だと知ったいろはたちは、手分けをして魔法少女たちを保護し、調整屋へと避難させることにする。当初は中立の立場であるからと協力に難色を示すみたまだったが、ももこの説得を受けて覚悟を決め、集まった魔法少女たちにいま神浜で起こっていることと、「魔法少女の真実」を告げる。
一方、羽根たちの暴走にはウワサが絡んでいると考えたやちよは、十七夜と合流して異常の原因を知るべく黒羽根たちの後を追い、マミと戦闘になっていた。多勢に無勢で苦戦を強いられるやちよたちだったが、そこに鶴乃・フェリシアが駆けつけ、フラワースピーカーのウワサを倒すことで羽根たちの暴走を止める。マミと一対一となったやちよは死闘の末にマミからウワサを剥がすことに成功し、マミから剥離した神浜聖女のウワサも、増援に来た魔法少女たちによって倒される。
やちよたちの戦いと時同じくして。さなと共に「万年桜のうわさ」の場所へと向かったいろはは、そこで灯花・ねむと遭遇する。二人に対して自分が持つ記憶（うい・灯花・ねむ・いろはの四人で過ごしていた過去）は確かなものであると説くいろはだったが、頑として聞き入れられず、遅れて現れたアリナの手によって捕らえられてしまう。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
残された万年桜のウワサから、いろはがマギウスの翼の本拠地「ホテルフェントホープ」へと連れ去られたことを聞いたみかづき荘の面々と、ももこ・レナ・かえで、そしてみたまは、「魔法少女の真実」とどう対峙すべきかを悩みながらも、マギウスたちを止めるべく後を追う。
アナザーストーリー「ここからもう一度」
マギウスの翼に潜入していた杏子はそこで洗脳状態にあったマミと出会い、記憶にあるマミとはかけ離れた言動をとる彼女の姿に怒りを覚える。みふゆの手引きで見滝原へと戻った杏子は、マミによって囚われていたまどかたちを救出。自身は神浜の件からは手を引こうとするが、マギウスのやり方への怒りを抑えられず、あくまで自分自身のためだとして神浜へ戻る決意をする。
第9章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「サラウンド・フェントホープ」
ホテルフェントホープの地下牢に捕らえられていたいろははさなによって救出され、自身のソウルジェムの奪還のために行動を始める。一方、さなに遅れてホテルフェントホープへの侵入を果たしていたやちよたちは、ソウルジェムを奪われて仮死状態となっていたみふゆと天音姉妹を蘇生させるべく移送されていたソウルジェムを追い、別行動をとっていたももこやいろはたちと合流する。
各々のソウルジェムの奪還を果たし、みふゆらとも和解して全員が合流するが、発現した女王グマのウワサによって再度分断される。中に残されたチームみかづき荘と十七夜の6人は、マミの協力もあってマギウスとイブの元へたどり着く。外にはじき出されたみふゆたちと駆けつけた見滝原の魔法少女たちは女王グマのウワサと交戦。苦戦の末に、みふゆが自爆ともとれる禁じ手を使いホテルフェントホープを一掃。こうしてマギウスらの思惑通り、イブが外へと解き放たれる。
いろははイブと対峙し、その時突如として万年桜の蕾が花開く。いろは・灯花・ねむ・ういが居なければ開花しないはずのその桜を見て、いろははイブこそがういだったのだと直感する。
アナザーストーリー「この手を引いて、一緒に」
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
やちよとの一戦を経て正気に戻ったマミは、自身がしたことのけじめをつけるために戦いを続ける黒羽根たちの元へと向かう。マミは黒羽根たちにマギウスの計画がどういうものであるかを説き、黒羽根たちのもつみふゆへの信頼を思い出させて混乱を収める。そして自身も自分の弱さを認めると同時にまどかたちとの絆を再確認し、ホテルフェントホープへと向かう。
第10章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「浅き夢の暁」
解き放たれたイブと呼び寄せられたワルプルギスの夜による脅威が神浜を襲い、いろはたち神浜の魔法少女とほむらたち見滝原の魔法少女は、一致団結してそれらの討伐へと向かう。いろははイブに囚われたういを救うべく戦い、その際に小さいキュゥべえがイブと接触したことで、灯花とねむの脳裏に過去の記憶が蘇る。そして本来の記憶を取り戻した2人の加勢もあって、遂にいろははういを救出する。
イブを利用して世界の破滅を目論んだアリナ（ホーリーアリナ）は死力を尽くしたねむによって倒され、残されたイブも小さいキュゥべえの力によって消滅する。最後の脅威であったワルプルギスの夜も、別の時間軸で概念となっていたまどか（アルティメットまどか）の協力と、全員の力を合わせることで撃破される。
ういに関する記録が世界に戻った後、ういはみかづき荘に入居することになり、灯花とねむは神浜市の魔法少女たちにマギウスがやろうとしていたことを説明し、いろはは消えたはずの小さいキュゥべえと再会する。
アナザーストーリー「辿り着いた場所」
ワルプルギスの夜を倒したことでまどかを救うことができたほむらだが、それで全ての魔女が消えたわけではなく、これからも続く魔女との戦いでまどかを守り続けられるのか、この時間軸が自分の居場所なのかと悩んでいた。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
そんなある時、見滝原と風見野を転々とする魔女が現れる。ほむらたち見滝原の魔法少女はその魔女との戦いを通じて互いの思いを打ち明け、ほむらはこの時間軸を自分の居場所として受け入れる。
2019年3月から10月にかけて、第1部の後日譚となる『ユメミルサクラ』『巣立ちは空を見上げて』、第2部の前日譚となる『深碧の巫』『新たな息吹より』『Crimson Resolve〜深紅の決断〜』が期間限定イベントとして開催された。2019年10月28日、メインストーリー第2部の配信が開始された。また、2021年3月には第3章と第4章の間の出来事を描く『ディペンデンスブルー』が、2022年1月には第2部の前日譚となる『灰色革命』が期間限定イベントとして開催された。同年9月配信の第12章をもって完結している。
序章「はじまりの記し」
転校して来たばかりの土地で使い魔に襲われていた少女、佐鳥かごめは、いろはによって助けられると同時に、人々を守る魔法少女たちの戦いが誰にも知られていないことに悲しみを覚える。その後かごめは魔法少女のことをよく知っているという男性との会話を経て、いろはたち魔法少女らの想いを伝える物語を記していくことを決意する。
第1章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「前書きは靴音と一緒に」
神浜市の復興が進む中、チームみかづき荘の前に、魔女でもウワサでもない謎の敵「キモチ」が現れ、それを倒したいろはの腕には「命を預けてもいいと思える相手にしか譲渡出来ない」と感じる謎のブレスレットが残される。そのブレスレットはイブが纏っていた宝石の欠片から出来ており、自動浄化システムを所有することにつながる強大な力を秘めた道具だった。
いろはが中心となって結成された「神浜マギアユニオン」では、中核メンバーであるいろはとやちよ、十七夜、そして南側のまとめ役である都ひなのがブレスレットについて善後策を協議していた。一方、神浜にはそのブレスレットと自動浄化システムを求め、神浜への復讐を誓う二木市の魔法少女たち「プロミストブラッド」（紅晴結菜、煌里ひかる、大庭樹里、笠音アオ）と、日の本の平和にその命をかけている「時女一族」の魔法少女（時女静香、広江ちはる、土岐すなお）らが訪れると共に、マギウスの翼の残党で構成される「ネオマギウス」（宮尾時雨、安積はぐむ）、絶対中立を誓う調整屋「ピュエラケア」（リヴィア・メディロス、篠目ヨヅル、佐和月出里）らがそれぞれの目的の元で活動していくようになる。
アナザーストーリー「流されず自分で選ぶ」
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
いろはたちによって結成された神浜マギアユニオンには、神浜市内の全ての魔法少女が参加したわけではなかった。フェリシアと仲の良い夏目かこと三栗あやめもユニオン加入の意志はあるものの、今後どうしようか悩んでいた。かこが属するチームを率いる常盤ななか、あやめと家族同然で長らく行動を共にしている静海このはと遊佐葉月の考えにより、いずれもチームとしてユニオンに一定の距離を置くようにしているためであった。
その最中、神浜でプロミストブラッドによる襲撃事件が多発するようになる。かこ同様ななかのチームに属する志伸あきらと純美雨は、この事態を重く見て、ななかに「ユニオンに加入するべきだ」と提案。そしてななかは個人加入のみを認め、このはもユニオンには所属しないものの何かあれば手を貸すことにした。
第2章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「微笑みと火花」
いろはたちはキモチの所在を探るために、スタンプラリーを利用して神浜市を巡回し始める。アオとひかるは一行を尾行するが、逆に北養区のモーモーファームに誘い出され窮地に陥り、結菜と樹里の助けで辛くも離脱。プロミストブラッドは神浜市の土地勘がある時雨とはぐむを脅して協力させ、キモチの所在地であるフェントホープ跡地に陣取ることに成功する。神浜マギアユニオンはみふゆの作戦でキモチの結界を見つけることを条件に決着を先延ばしにし、最終的に時女一族と協力してキモチを撃破、ブレスレットはフェリシアに取り付く。しかしその帰路でプロミストブラッドのスパイである有愛うららにより、ういが誘拐される。
一方、プロミストブラッドとの戦いで重傷を負い入院した御園かりんを見舞いに行ったももこは、そこで先の戦いの後行方がわからなくなっていたアリナと再会する。アリナは戦いの末に既に入院しており、しかも戦いの影響で魔法少女としての記憶を失っていた。
さらに、ネオマギウスに接触する藍家ひめな、父を探しに神浜を訪れた里見那由他、那由他の従者にして傍観者の立場に徹する氷室ラビ、那由他に協力するみたまの妹の八雲みかげも巻き込んで、物語は更なる動きを見せる。
アナザーストーリー「優しい繋がり」
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
時雨とはぐむは、神浜マギアユニオンとの今後の付き合い方について悩んでいた。二人は樹里から「神浜の東の魔法少女とプロミストブラッドが手を組んでいる」という噂を聞かされ、万が一事実なら東と西の魔法少女の対立が起こりかねないと考え、十七夜と共に真相を確かめに行く。
時雨とはぐむは東の魔法少女たちから歓迎されるものの、彼女たちを裏切った自責の念と魔法少女至上主義への固執から受け入れることができない。それを見かねた十七夜は、二人のために東の魔法少女たちと復帰記念の会を開催。はじめは気まずさを感じていた時雨とはぐむだったが、次第に打ち解けていき、ユニオンに所属しながらネオマギウスの再興を目指すことにする。
第3章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「内なる常夜の夜明け」
ういが小さなキュゥべえに託した暗号文を解読したいろはたちは、ういを救出すべく二木市に向かう。一方、神浜市南凪区では樹里とアオが率いるプロミストブラッドと十七夜たち神浜マギアユニオンがキモチを巡って交戦し、最終的にアオがキモチを倒す。二木への帰路で樹里たちは新たなキモチを発見し、現れた時女一族と争い、樹里がキモチを撃破する。一夜明けて二木では、いろはが「ういは魔女になった」というプロミストブラッドの嘘に騙され魔女化しかけるが、キモチの力に助けられる。いろはは、ういを救出したやちよたちと合流し二木を後にする。その後、魔法少女たちの前にキュゥべえが現れ、未発見のキモチの石が残り2つであることを告げる。
ネオマギウスに接触したひめなは、友人の栗栖アレクサンドラと共にユニオンとプロミストブラッドのキモチを巡る戦いに割って入り、戦いをかき回していた。ひめなはアレクサンドラと揃ってネオマギウスに入り、宝崎市で協力してくれる魔法少女を探し始める。一方、父・里見太助の手がかりを探す那由他は、従妹である灯花の協力を得て父からのメールの発信源を突き止めるが、それは宝崎市にある自身の旧宅から送られたものだった。
アナザーストーリー「覚悟を聞かせて」
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
プロミストブラッドの鈴鹿さくやは、いろは殺害計画が失敗したことで樹里に呼び出され、結菜に一線を越えさせないためにユニオンに情報を漏らしたことを正直に告げる。結菜は、ひかるにさくやを監視させ、もし自分たちを裏切るようであれば直接手を下すと樹里に伝える。さくやたちプロミストブラッドのメンバーは、二木市に神浜の魔法少女が侵入した場合は目的を探ったうえで始末するよう指示される。
後日、さくやはイベント出演のため二木を訪れたアイドルの史乃沙優希と彼女についてきた阿見莉愛・梢麻友ら神浜の魔法少女たちを始末しようとする。だが、沙優希のファンであるプロミストブラッドのメンバーに阻まれ、その気持ちにほだされたさくやは沙優希たちを逃がす。さくやは結菜に呼び出され、「さくやが勝てたら話を聞く」という条件で結菜と戦うことになる。さくやは敗れはしたが、なんとか結菜に一撃を浴びせたことで「半殺し」という制裁で済み、結菜に気持ちを伝えることに成功する。神浜に復讐する結菜の気持ちは変わらないものの、自身の気持ちを汲んでくれた結菜のためにさくやは覚悟を決めるのだった。
第4章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「彼方の群青」
争いで互いに被害を出すことを望まないいろはは、プロミストブラッドとの和解に一縷の望みをかけ、交渉を持ちかける。結菜はういにキモチを見つけさせることを条件に話を聞くことにするが、結果的に交渉は決裂する。原因は、プロミストブラッドの急所を探るべく観鳥令が起こした単独行動だった。使い魔が成長することで果てなしのミラーズの結界が各地に拡大し、それを使ってプロミストブラッドが行き来していることを知った令は、ミラーズを通じて自らの記憶を探るアリナと共に調査を行う。令・アリナと、それを制止しきれなかったひなのたちは魔女の反応のある神浜監獄へたどり着く。だがアオがそれを目撃したことで、神浜マギアユニオンが交渉の裏で動いていたとプロミストブラッドに判断されてしまう。令は監獄内で重要な情報を発見するものの、外に出た途端アオと交戦し、ソウルジェムを砕かれ命を落とす。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
まさかの事態に令とはマギウス時代からの付き合いである牧野郁美が嘆き悲しんだ結果、キモチが出現する。いろはが自身が持つキモチの力を使うことで一撃を与え、郁美がとどめを刺し、8個の石が全て揃うことになる。結菜は街中に配置した部下にユニオンの魔法少女狩りを行うよう命令するが、彼女たちはキモチによって生成された結界に閉じ込められる。キモチはういを通じて、力の奪い合いに参加できる魔法少女を選抜したと宣言する。いろはたちみかづき荘の面々は、敵に居場所が割れており危険であることから、灯花の手引きで地下シェルターに移動、ここを拠点に今後の対策を練ることになる。
一方、南凪区のコンテナターミナルではキモチを巡る戦いの末、ユニオンと時女一族が連携してキモチを倒し、ちはるが石を得ることに成功していた。宝崎市でメンバーを増やしたネオマギウスがそこに現れ、プロミストブラッドとの決別を宣言。新たなリーダーとなったひめなは静香に手を組むことを持ちかけるが拒否される。ひめなの指示のもと、羽根の神楽燦と遊狩ミユリがちはるの腕を切り落とし、石を強奪する。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
那由他は伯父である灯花の父に手はずを整えてもらい、同じく父の行方を探っている離婚した母と再会。父に関する調査資料を入手し、「湯国市」に手がかりがあるとわかって行動しようとする。その矢先に届いた父からの手紙には「魔法少女を救う手立てはどこにもない」という諦めの一文が記されていた。
アナザーストーリー「安全圏の苦悩」
観鳥令の死の翌日、ピュエラケアのヨヅルと月出里はリヴィアから、前日の出来事の調査と出会った魔法少女のケアを指示される。二人はその過程で、ユニオンとプロミストブラッドの衝突や、キモチによる魔法少女の選抜を知る。二人が立ち寄った喫茶店で出会った保澄雫は、令の死へのショックを隠しきれず、ソウルジェムを濁らせドッペルを発動させてしまう。二人は雫の友人である毬子あやかと言葉を交わし、今の雫に対し自分たちができることはないと悟る。一方、市外でキュゥべえと会っていたリヴィアは、かごめの動向を見張るよう依頼される。
第5章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「揺れて恋歌に霞む理想」
時女一族は、魔法少女に対する考え方の違いを理由に神浜マギアユニオンとの同盟を解消。ひめなは、ネオマギウスと似たような思想を持つと見なした時女一族の取り込みを図る。一方、ひめなから不可解な行動の理由を問い詰められたアレクサンドラは、自らが元々午前0時のフォークロアというグループに属していること、戦いの成り行きを見守っていることを明かす。
時女一族のすなおと青葉ちかはネオマギウスの集会に潜入し、静香たちを拠点である神浜市民会館に手引きする。ひめなは演説に加えて、三輪みつねの「認識改竄」の能力を持つドッペルを使って時女一族を洗脳しようとする。だが、静香が固有魔法を用いてそれを阻止し、さらに自ら壇上から訴えかけることで一族の結束を取り戻す。戦闘の末、ちはるはひめなから奪われたキモチの石を奪還する。三浦旭によって狙撃され、死亡したと思われたひめなだったが、実際はみつねの能力によって難を逃れていた。だが、ドッペルを続けて使った影響からかみつねは倒れ、下半身不随となってしまう。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
ユニオンは、大学図書館で見つけた神浜監獄の地図と令が遺した写真を元に、監獄にあるプロミストブラッドの急所へのルートを割り出す。令の弔い合戦として監獄に入るが、迎え撃つプロミストブラッドの攻勢で窮地に陥り、さらにアオがキモチに身体を支配され暴走する。アオを何とか押さえ込むことはできたものの、ユニオンの作戦は失敗に終わり、株分けのミラーズによる神浜と二木を結ぶショートカットは他にもあることが判明する。
キモチを巡る戦いに参加できないみふゆたちは、アリナの記憶の在処を探るべくミラーズ内部の探索を行っていた。ある日みふゆとアリナ、居合わせたみかげと月出里がミラーズ内を探索していたところ、鏡が無数にある隠し部屋を発見。さらに魔力が集まることで強化された、他の地域から来たであろう魔女と遭遇することになる。
灯花とねむ、かごめは魔法少女の実態についてSNSなどを通じて拡散する計画を立てる。そして太助の助力を得るため、彼を探す那由他の協力を取り付ける。那由他はラビと共に、父の手がかりを求め湯国市へと向かう。また灯花とねむは、かごめが今後戦いに巻き込まれる危険を考え、彼女に憑依している風の伝道師のウワサを強化し、かごめは対話の末にウワサを完成させる。
魔法少女たちがそれぞれの思惑で動くその一方で、神浜では市長選挙も行われていた。その最中、演説中の灯花の父に観衆が石を投げつける騒動が起きる。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
アナザーストーリー「善悪に惑う」
ひめなから「ネオマギウスと時女一族は魔法少女を特別視しているという点で似ている」と言われたちはるは、自分たち時女一族は人を見下してなどいないと憤る。他者が時女一族に抱く印象について思い悩む静香だが、同盟解消直後の神浜マギアユニオンには相談できなかった。静香は友人の空穂夏希に励まされ、人々の日常を守りたいという自身の思いが一族外の人に伝わっていたことを知る。さらに水徳寺の住職から性善説について説かれ、静香は誤解に対しても胸を晴れる自信を取り戻す。
時は流れキモチの石奪還後、静香は旭に、ひめなを射殺した件が本当に最善の手だったかを問いただす。しかしその行動が、静香が抱いたひめなへの殺意を旭が理解していたゆえだったということに気づき、静香はひめなの言葉によって再び苦悩することになる。
第6章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「薄氷のレゾンデートル」
ユニオンはプロミストブラッドが使うショートカットの位置を特定、2ヶ所から攻め込もうとするが、結菜の計略によって返り討ちに遭い、十七夜が重傷を負い、ユニオン内部にくすぶる東西間の不信感を払拭できないどころかさらに植え付ける結果となった。
ユニオンは改めて作戦を練り直し、プロミストブラッドが位置をずらす前に株分けのミラーズを破壊することを決定、明け方に決行することになったが、直前になってフェリシアがクレセントハウスから出て行ってしまう。過去に何かあると見た結菜が対象変更の魔法をかけたことで、フェリシアは両親が死んだのは自らの過ちによるものだと思いだし、惨状が残ったままのかつての自宅で自責の念に駆られ、キモチに囚われそうになる。いろはたちの説得を受けてもフェリシアは「両親から憎まれている」と考える中、かことあやめが連れてきた旭の降霊術で両親の霊が現れ、フェリシアを憎んでおらず大切に想っていることを告げ、フェリシアもその言葉を受けて生き続けることを決心する。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
ショートカットを巡る戦いは十七夜が迷いを振り払ったアオの攻勢によって瀕死の状態となる中、いろはたちが駆けつけたことで一命を取り留める。また、鏡屋敷からターミナルを経由して株分けにたどり着いた一団も合流、郁美がキモチの力を使って株分けの魔女を倒すことに成功するが、力を制御できない郁美はそのまま身体が崩壊し消滅する。
プロミスドブラッドは郁美のも含め4つのキモチの石を手中にするが、この時キモチに本来の魔女の姿に戻りたいという意志があることが判明する。また、ユニオンは立て続けに仲間を失ったひなのが戦線離脱を表明、プロミストブラッドもショートカットを失い二木と神浜を自由に行き来できなくなったことから善後策を練る必要が出てきていた。さらにアリナもかりんを伴って姿を消していた。
ラビと共に湯国市を訪れた那由他は、ラビの旧知であるアレクサンドラを伴って父が定宿としていた民宿を訪れ、そこで父と再会する約束を得る。神浜に戻った那由他は里見メディカルセンターに向かうと、灯花の父が那由他の父を監禁状態に置くのを耳にする。その夜、灯花の父が再選したばかりの神浜市長と密談、みたまと静香は密談場所に仕掛けられた盗聴器の電波を傍受し話を聞くことに成功するが、その中で選挙中に起きた一連の騒動は市長の謀略によって行われていたことを知る。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
魔法少女に起こる過酷な状況を目の当たりにしながらも、いろはは「あらゆる人を仲良くさせたい」という自らの信念は揺るぎないことをかごめに語っていた。それを立ち聞きしたラビはこのことを午前0時のフォークロアの会合の中で話し、墨家の思想に通ずると考えながらも、いろはの行動が一筋の光明だと思っていた。
アナザーストーリー「盾の隙間から変わる世界」
郁美の死後、以前より絵本作家を目指しているさなは夢を生み出す創作を現実逃避だと否定される夢を見てしまい、執筆が止まってしまう。そこにかごめが取材のために現れ、さなは現実と向き合うためにかごめの護衛を自ら引き受ける。
みふゆから情報を聞いた十七夜から行方不明となったアリナとかりんを探すべく、傷の浅い魔法少女たちが果てなしのミラーズを捜索しようとしていることを知ると、二人はミラーズへ。彼女たちはアリナと面識が無く、マギウスでの所業によりアリナを快く思っていないものの、郁美の死がきっかけでこれ以上の犠牲を増やさないために行動を起こした。結界内で魔女と遭遇し、さなの捨て身の特攻で撃破したものの、アリナとかりんは見つからず、一同は撤退。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
今日一日の行動に意味があったのかと思い悩むさなはすなおに電話。そこで静香が性善説を説かれて以来、偏った善悪に固執し現実逃避していることとすなおが見た映像作品のことを聞かされ、後者は監督の幼少期の体験から来たものだと知りさなは先ほどの捨て身の行動を幼少期に見た作品の影響であり、さらにねむとの対話で創作には現実を変える力があると知らされる。
第7章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「トワイライト・レムナント」
ショートカットを失ったプロミストブラッドはユニオンと時女一族を潰すべく彼女たちを二木市へと誘い込む。
地理の有利とキモチが定めたルールの穴を突いた人数差で相手を追い込み、総攻撃を仕掛けるも雫の空間結合能力によって失敗、逆に背後を突かれ窮地に追い込まれるが、結菜は4つのキモチの石の力を得ていろはたちを圧倒する。しかし、仲間であるさくやが時女一族の南津涼子との一騎打ちの末に死亡、それを知った結菜は見境なく暴走してしまう。これに対しいろはは単身キモチの石による精神への干渉を行い、結菜と相互理解を果たして戦いを終結させる。
ラビの手引きによって監禁から脱した太助は那由他と再会するも、連絡を受けて追いかけて来た灯花の話に応じ、灯花の父の元に戻る。灯花の父は魔法少女の存在を知ったことで何らかの企みを考えていたが、太助は灯花の父や市長などが集まる会合で魔法少女の存在を否定する発言を行い、そのまま立ち去ってしまう。
一方、鳴りを潜めていたネオマギウスは再び動き出し、静香、アオ、そして十七夜に接触、さらに小さなキュゥべえも狙い始めていた。
アナザーストーリー「水面下の企み」
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
ユニオンとプロミストブラッドの決戦前、ひめなは他のグループに生存を知られまいと宝崎市に潜伏しており、合成の固有魔法を他人から物体に応用しようと特訓するが、燦の助力があっても一行に成功しなかった。
そのころななかたちは決戦に巻き込まれるのを回避するため、美雨のツテで宝崎にある蒼海幇と親しい組織に身を寄せていた。組織の手伝いを買って出たななかたちは倉庫に向かい、偶然ひめなと出会う。このままではひめなの生存が神浜に伝わり、ネオマギウスの今後の行動に支障をきたすこととなる。一方のななかもネオマギウスからの報復を懸念し、美雨の持つ「事実の隠蔽」の固有魔法で互いの遭遇を無かったことにしようとする。ひとまずひめなの記憶から事実を隠蔽することには成功したものの、直後に燦が現れ、さらに合流したひめなも記憶が蘇った。再びひめなに事実の隠蔽を行おうとするも、ひめなが土壇場で固有魔法を完成させたことで美雨の力を使われ、ななかたちの記憶から出会った事実が無かったことにされた。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
固有魔法を完成させたひめなは拠点で検証を行い、合成の条件は魔力を保有する物同士でないと成功しないことを突き止め、後の計画が順調にいくと確信した。一方のななかは「美雨と同様の能力を持つ魔法少女がいると危ない」と、仲間たちと共に神浜に戻ることにしたが、宝崎を訪れたときに最初に感じた魔法少女の気配が変化しているのを感じ、言い知れぬ違和感を覚えていた。
第8章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「夢のなごりに芽吹く花」
ユニオンとプロミストブラッドとの合流については、それぞれの内部対立を孕んだ状況ではあったものの、ユニオンには結菜が、プロミストブラッドにはいろはが、それぞれ出向いて話を行うことで内部での協調と互いの方向性の一致を見る。時女一族も合流に賛同するが、その一方で旭の古傷に疑問を感じた静香たちは本家での情報を手がかりに出身地の湯国市へと向かうが、そこで旭を始めとする魔法少女が一般人から迫害を受けていたことを知る。
旭も自らの口で残った4人によって午前0時のフォークロアを結成していることを明かし、自らの判断で静香たちの元から去っていった。那由他も太助とラビから直接事情を聞かされ、当初は憤りを感じるも、最終的に父やフォークロアの4人と行動を共にすることになる。そうした中、着々と体制固めを進めてきたネオマギウスは他勢力からの取り込みを図っていた。
一方、ミラーズ内部ではアリナが鏡の魔女の元となった魔法少女、瀬奈みことと対話し、彼女の過去、そしてなぜアリナの中で残留思念として生きているかを聞いていた。みことは自らの復讐心とアリナの滅びを求める状況に共通点を感じ彼女に寄生しており、アリナもみことから返された自らの記憶からみこととの利害の一致を見て、彼女と行動を共にすることを決める。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
3グループの会合の日、キモチの石をいろはに集約しようとしたその時にキモチが暴走、何とか倒して押さえ込むが、ういは異変を感じ取っており、それを示すかのようにキュゥべえが姿を見せる。キュゥべえは小さなキュゥべえから自動浄化システムの管理権限を簒奪、既にシステムを自らのコントロール下に置いていることを明かすとともに、キモチの力の制御にはイブのオリジナルであるういが必要であると語った。そこで改めてういに石を集約させようとするが、ネオマギウスの襲撃とともに、みたま・十七夜・静香・アオが自らの理想を実現させるべく自らのグループから決別しネオマギウスに加わると宣言する。これによりいろはを中心とした3グループの連合と4人を取り込んだネオマギウスの2大勢力の対立へと構図が変わっていく。
そのころ、灯花とねむは万年桜の元へ太助・那由他・フォークロアの4人・かごめを呼び出し、魔法少女の周知を実現させるべく万年桜のウワサ（柊桜子）の協力を得た作戦を実行、第一段階として自らの贖罪とこれからの希望をかけて、禁じられていた魔法少女への変身を行い自爆する。
アナザーストーリー「最後の引き金」
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
4人の魔法少女がネオマギウスに加わる前、十七夜とみたまはユニオンの魔法少女から鏡の魔女がみことの成れの果てであることを聞かされた。みたまは自分の願いが原因でみことが魔女化し、神浜の滅亡は回避できないのでいっそのこと願いを受け入れようと決意し、十七夜も身内が西の人々から迫害を受けたがためにネオマギウスへと加わる。
第9章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「光差す正機迷宮」
ネオマギウスの出方が分からず、迂闊に手を出せない状況でいる中、十七夜からやちよの元に内通の連絡が届き、罠だと警戒しつつ向かったもののみたまの力で無力化されてしまう。目的はクレセントハウスが無人になった隙に電波望遠鏡のセキュリティ通知が届くパソコンの破壊だった。
ネオマギウスは人々を恐怖と絶望で屈服させるべく電波望遠鏡を押さえ、計画に必要な魔法少女の拉致と敵であるプロミストブラッドの動向を掴もうと目論み、前者は美雨の固有能力に目をつけ、後者は月咲を引き込む。時雨とはぐむは電波望遠鏡のセキュリティ解除のためみつねを迎えに行くも、彼女からひめなの恐るべき真意を知り、みつねと共に逃亡を謀りユニオンに協力を求めた。また、ひめなを調整した際に心を見たリヴィアは、ひめなの意思が危険すぎる上にラビの見る諦念に突き進みかねないと、中立を破棄し魔法少女を守るべく調査を開始、そして背後にキュゥべえが関わっていたことを確認する。しかし、ひめなは心のよりどころとしていたアレクサンドラが離れていったことで歯止めがきかない状態となっていた。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
一方、ちはるとすなおは静香を連れ戻すべく、借り受けた樹里のキモチの石による対話を試みる。さなの描いた絵本を追体験する形で人がなぜ悪に落ちるかやどんな人が救いを求めているかを知らせ、静香は目を覚まし時女一族の仲間たちもこれからは静香を支えると決意する。
ひめなの計画を阻止しようと電波望遠鏡に魔法少女たちが集まったその時、ひめなは美雨の確保に失敗した代わりに燦とミユリによって拉致されたみふゆの眩惑の魔法を望遠鏡で発信してしまう。神浜市内の一般人は魔法の力によってネオマギウスに従わない限り飲食ができない状況となり、生殺与奪の権利を握られることになる。
那由他はフォークロアの4人、そして太助と湯国市に赴き、以前訪れた時女一族同様魔法少女への迫害に遭う。父からは魔法少女の存在を広めることは宇宙の意思に反する行為であり、絶望を生むだけだと説明されるも魔法少女の幸福を求める那由他は納得しなかった。
アナザーストーリー「見えずとも消えないもの」
湯国市にて那由他はラビと彼女の母との交流を見て、フォークロアの4人が撲滅派に居場所を追われたことに納得がいかず、彼らの説得を試みるも無意味に終わり、ラビたちによって事故が起こった現場へと案内されその辛い過去に涙する。しかし諦念を受け入れる彼女たちに対し那由他はそれを受け入れることができず、むしろ諦念を消し去ろうと決意した。
第10章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「疾走ドラスティックラバー」
ひめなの計画が実行され、彼女が魔法少女の存在を世間に伝えるまで残り11時間。このままでは魔法少女が人類に敵視されてしまうため、一行はそれまでに市内の放送網を押さえ、みふゆと天音姉妹が協力して人々にかけられた暗示を解くことに決める。一方みかげはみたまと十七夜を改心させるべく、既に月夜とともに始めていた東西の人々が手を取り合うための「仲良し大作戦」をももこに提唱する。
湯国市に向かったアオは撲滅派を痛めつける様を生配信する予定であったが、駆けつけたプロミストブラッドの面々はちはるから譲り受けたキモチの石でアオの恐怖の心を治すことで阻止した。また、みかげの考案した作戦を発展させた、東西対立改善のための「神浜市の未来のための学生会議」設立の署名活動に多数の学生が署名し、魔女に操られたところをみかげたちに救われた市長も記者会見を行い、報道特番にコメンテーターとして出演していたやちよも学生会議について語った。さらにみたまと十七夜に関わりのある人々が想いを告げることでみたまと十七夜は未来に希望を見出すことができた。
一方、いろはたちは燦と激突。無敵の防御を持つ彼女にみふゆが幻惑を見せることで戦意を喪失させ、ひめなの居場所を聞き出しそこに向かう。一方で月夜も月咲を発見し、十七夜とみたまとみふゆの説得によって月咲はネオマギウスを抜ける。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
ひめなのところに集まった一行は彼女を追い詰め計画を阻止しようとするも、頭の中の彼氏を認めてくれない環境に失望しており、最期に魔女化しようとした。しかしそこに駆けつけたアレクサンドラによってソウルジェムを浄化され、彼女の説得でようやく思いとどまり、フェリシアの忘却とみふゆの幻惑を合成し、さらにラビが天音姉妹を強化することで今回の騒動を無かったことにした。
神浜での騒動が収まり、午前0時のフォークロアの面々も未来に希望を見出せた一方で、太助はいつまた宇宙の意思が介入するかと不安を抱いていた。また、十七夜とみたまは責任を取るためどこかへと姿を消し、リヴィアたちはその足取りを追うことを決めていた。かごめは自身の願いの形が固まっており、キュゥべえからもこれまでの経緯から強い因果を持っていると告げられたが、今は願うときではないと契約を見送ることにした。
そのころ、かりんは鏡屋敷へと足を運ぶ。
アナザーストーリー「向こう側の水面に映る影」
竜城明日香・美凪ささら・木崎衣美里の3人はネオマギウスがばら撒いた魔女たちを片付けた直後、いろはと連絡を取った際に学生会議設立のための署名サイトの拡散を依頼される。ユニオン内のグループチャットで他の魔法少女同士と連絡を取り、知り合いの動画配信者がいる莉愛から協力は得られたものの、沙優希は事務所の意向により断られてしまう。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
美雨からはハッシュタグとトレンドの利用を提案されるも、関連づけ可能な話題が見つからない。その時、水樹塁から工匠区の橋の近くに魔女に操られた人々が東を迫害してきた罪悪感から自殺を図ろうと集まっていることを知らされ、一同は人々を抑える中で彼らの心の弱さや東への無知を知り、魔法少女たちはその強さや東西関係なく互いに交流し知識を得ていたことから、自然と東西の問題を回避していたことに気づかされる。
魔女が倒され、解放された人々は東の人を傷つけた罪滅ぼしのために署名サイトへアクセスし、さらに沙優希が自身のゲリラライブをファンに拡散させ、これに関連づけて署名サイトも拡散させたことでアクセス数の急増に繋がった。この時タグに使われた沙優希の新曲「#私も一緒、私が一緒」は莉愛が配信で語った「東西間での人それぞれに大きな差は無い、私も一緒」がヒントとなって思いついた曲名だったが、莉愛がこのように語ることができたのも「価値観の変化で容姿が良いだけではCMが取れなくなってきている」という現実から、「『美貌が欲しい』という自分を守るための願い・欲求が無自覚に他人を傷つける価値観となっていた」ということに気づかされたからだった。
第11章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「喜びと悲しみの終幕流転」
いろはたち各チームのリーダーはラビと太助から午前0時のフォークロアが諦念に至るまでの経緯を説明され、そこにやって来たピュエラケアの3人が十七夜とみたまの説得を引き受ける。密かに魔女化しようとしていた2人にリヴィアは自身の凄惨な過去を見せ、キモチから解放させた。いろはは再びキモチの石を集め、ういと小さいキュゥべえ、そして静香、結菜、ひめな、ラビ、かごめと共に自動浄化システムの中に入る。
一方、アリナを連れ戻しに来たかりんはみことによってミラーズの最深部へと案内され、人類が繰り返してきた滅びの歴史を見せられ、最後には戦国時代の神浜にて、西の水名露と東の千鶴の健闘も虚しく東西の争いが止まらなかった過去も見せられるも、かりんは人間は絶望と希望の両方を求めているグレーな存在だと主張。それを聞いたみことは神浜の現状の結末がどうなるかの実験としてひめなが放棄した未使用の仕掛けを発動し、3人でその様子を観察することなる。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
その頃、仕掛けが発動したことで自動浄化システムの外にいる魔法少女達は倒れてしまい、絶望したラビはキモチに支配される。いろははういと小さいキュゥべえと協力してラビの心の中に入り、キモチを受け止め融合した姿（∞いろは）となる事でラビをキモチから解放する。ういは自動浄化システムのコアと一体化する事をかごめに打ち明け、かごめはキュゥべえが二度と自動浄化システムに干渉できなくなる事を願って魔法少女となった。
それを見届けたみことはアリナに自身の人格を鏡の魔女に返還する事を求め、アリナはかりんに対しこれから神浜が滅べばこれからも滅びを追求し、滅ばなければ改心する事を約束する。
アナザーストーリー「交錯のルポルタージュ」
ネオマギウスの騒動が収まったタイミングで、かごめは各チームの魔法少女の現在を取材しに行く。プロミストブラッドは過去の自身の愚かさや過ちを胸に抱えつつも、未来を見て前に進もうとしていた。時女一族は世間の流行を学んでおり、それは日の本の未来と自身の願いを守る為である。ピュエラケアはヨヅルと月出里がリヴィアの過去を覗いた事でわだかまりが生まれており、かごめはリヴィアから直接過去を知らされなかったものの、リヴィアの闇を察する。ネオマギウスからはひめなの計画が知れたことで解散の危機が訪れたが、仲間と共に羽根達を説得して阻止した事を聞かされる。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
そしてラビと太助が湯国市の惨劇を語る直前、かごめは魔法少女になる覚悟を決めており、アルちゃんは灯花とねむが自爆した事で自身も身を投げ打とうとしたのではと推測する。
第12章
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
メインストーリー「結ぶ永久の彩り」
大勢の魔法少女を救うべく自動浄化システムを広げようとした矢先、みことと一体化し完全体となった鏡の魔女が結界を広げ、コピー体による攻撃によって作戦の要である小さなキュゥべえが消滅した事で阻止されてしまう。駆けつけたかりんや直後出現したアリナによれば、みことは現代との矛盾を修復できない程に過去を変え、タイムパラドックスを起こして宇宙ごと滅ぼそうとしているという。
みことの目論見を阻止するため、一番奥にある巨大な鏡の中に魔女がいると考えた一行はバリアを形成する他の鏡の破壊に乗り出し、倒れた魔法少女から合成能力で力を借りたひめなが一斉に破壊したが、もう1枚のバリアがあることが分かった。さらにかごめとアルちゃんの尽力やキュゥべえからの情報提供で、みことの真意は過去に遡って人類が誕生しない世界を作り上げること、そして巨大な鏡は過去へ向かうための入り口である事が判明する。
巨大な鏡を守るリーダー格のコピー体も苦戦しつつも、それぞれの元の魔法少女が倒したことでバリアを消すことに成功。ういによって回収されたエネルギーを使ったいろはの一撃で巨大な鏡の破壊に成功したが、その瞬間魔女によってういが殺され、自動浄化システムとういの持つ回収能力も魔女の手中に落ちてしまう。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
ういを失って絶望するいろはだったが、かごめの説得によって与え合う優しさの大切さを思い出し目を覚ます。一方ヨヅルと月出里は二人の固有能力を用いてコピー体を従わせる事に成功し、コピー体からかりんがいつの間にか魔女になりかけの使い魔から奪っていた手鏡が、過去や別次元を繋ぐ役割があることを知る。いろははこの手鏡を使って過去からういと小さなキュゥべえを連れ、再び三人で融合して魔女を倒そうと決める。
魔法少女達が次々と魔女になり、神浜の各地が崩壊していく中、いろは達はこの出来事の起こりとなった北養区へと向かう。途中ドッペルを出したまま魔女に操られる仲間が立ちはだかるも、それを引き受けた静香達に未来を託され、いろはは先を急ぎようやく元の場所へたどり着く。しかしそこにリヴィア達ピュエラケアがいろはとかごめを魔女化させて物事を終結させようと攻撃したが、それは魔女の攻撃からいろはを守るための捨て身の作戦だった。
犠牲も出し、いろはとかごめは取り囲まれるなか、意識を取り戻したやちよ達がいろはの元にたどり着く。死に際の中でひめなの提案により各チームの魔法少女の命と希望をやちよに託すことで、やちよ達をいろはの元へ向かわせたのだった。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
やちよ達から最後の望みを託されたいろははかごめと共に過去へと遡ろうとするが、かごめが灯花の父と太助の犠牲を経て持ち込んだソウルジェムとキモチの石を介して繋がった灯花とねむから「過去から二人を連れてくればタイムパラドックスが生じ、世界は崩壊する」と告げられる。そこでいろはは鏡を通じて過去の自分達に今までに起きた出来事を伝え、起きうることを阻止し未来をやり直してもらうことを選択。かごめが得てきた情報を葉っぱに込めて過去に送り出そうとするも、自身を操っていたピュエラケアから解放されたコピー体によって阻止され、そのまま二人は命を落とす。
しかしいろはの最後の祈りが通じたことで、かごめの手にあった葉っぱが過去へと向かう。これから起こり得る出来事を知らされた過去のいろはとういは、その出来事を阻止するべく先手を打ってコピー体を倒し、小さなキュゥべえと融合した。更に灯花とねむもウワサの女王として目覚め、眠っていた魔法少女をウワサに変えて目覚めさせ、彼女達と共に魔女に戦いを挑む。途中見えない障壁と攻撃に阻まれ、少しずつ追い詰められていくものの灯花の変換能力によって攻撃を可視化させ、障壁を破壊する事で魔女は正体を表す。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
かごめがこれまで記録してきた中から魔法少女それぞれの未来への希望を元に力を得たことで、魔女の四本の腕をそれぞれのチームが破壊する。魔女はいろはに狙いを定めるが、死にあらがう必死な姿にアートを見たアリナが貼った結界による守護を受けたうえで、いろはは皆の希望にういと灯花とねむの能力を込めた一撃を頭部に与える。その時、いろはの前に魔女の元となったみことの思念が姿を表す。攻撃の手を緩めないみことだが、風の伝道師のウワサが鏡の向こうから様々な次元の魔法少女を集め、みことを追い詰めていく。
希望を説くいろはに対し、みことは大昔に死んでいった魔法少女の絶望を説き、力を貸したうえでいろはに救いを求める。そしていろはは魔法少女の足跡を見ていく過程で自身が些細な出来事で生き延びた過去を知り、自身の能力が「巻戻し」である事を認識、この力によってウワサとなった少女達を魔法少女に戻す。しかし一度に多数の少女を戻した事で灯花とねむを含め、周囲から存在を認識されなくなってしまった。そして自動浄化システムを世界中に広げ、いろはの中に宿ったみこと達の呪いは消えていった。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
その後、魔法少女たちはそれぞれの未来に向かって歩みを進み始める。それと共にやちよ達みかづき荘の住人は再びいろはに会える時を待つ日々を送ろうとしていた。一方いろはとういは世界中の魔法少女の記録を集め、灯花とねむはそれを編集していた。魔法少女の存在が世間に正しく伝わるその日まで。
2023年1月27日より展開を開始した、6つの時代の魔法少女たちにまつわるストーリー。各時代それぞれ期間限定イベントとして開催し、同年3月10日よりイベント終了後随時メインストーリーとして組み込まれるとともに、現代神浜編が平行して進行する。全ての時代をクリアすると、Pillar of Tomorrowに突入する。
現代神浜編
様々な時代の魔法少女達を記録するため、6つの時代を巡っていた∞いろはだったが、現代に戻った直後突然意識を失い姿を消し、さらにいろはに紐付いていた灯花も影響を受ける状況にあった。現代の神浜市でも自動浄化システムが正常に機能しておらず、いろはの魔力が感じられない事態が発生していた。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
危機的状況を察したかごめとやちよは万年桜に向かうと、桜子とねむが現れ事情を説明する。ねむによれば、いろはは時を超える鏡を作ったが、いろはの魂は自動浄化システムと繋がっているためそう簡単には動けない。そこでねむがいろはのソウルジェムを空間ごと運べるよう「魂の器」を作り、魂と肉体の距離をごまかすことで過去と現代を行き来できるようにしていた。しかし、現代に魂を置いて過去で行動することで時空のねじれが生じ、いろはの概念が崩れ、自動浄化システムにも影響を及ぼしていた。
いろはが消滅すれば自動浄化システムも消滅するため、ねむはいろはの概念を過去の時代から回収するよう依頼、やちよはみかづき荘の面々と各チームのリーダーを呼び出し協力を取り付けた。ねむは概念回収用の空の魂の器を準備、それによって回収した概念をういの持つ器に転送する手はずを整えた。そしてねむの分身が入った6つの時代の本を用意、それぞれの時代に魔法少女が向かうことになる。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
現代に残ったかごめはアルちゃんを使ってユニオンの魔法少女たちを呼び出し、やちよ・フェリシア・桜子・ねむと共に事情を説明、協力を取り付けるが、いろはの魂の器を守っていたやちよとフェリシアは魔力の消耗が激しく倒れたため、みたま及びピュエラケアが2人を回復させた。それでも事態の改善の兆しが見えないため、やちよとフェリシアの提案でミラーズ内部に巣くう魔女を狩ると同時に現代でのいろはの概念を集めることになる。その一助とすべくねむは今回の事態が起こったのはみことに原因があるのではないかと考え、桜子にみことを記録した本を持ってくるよう命じる。
持ってきたみことの本は開けようにも、いろはとアリナ以外心を開かないみこと本人のように開かない。そこでかごめが情報収集能力を使って本から情報を抜き出せるか試みる。その過程でみことの記録にたどり着くも探りを入れすぎるあまり、その記録からの干渉を受ける。かごめはみことの記録に今回の件への関与について問うが、みこと自身何もしておらず、むしろいろはが約束した過去と未来の魔法少女も救う事を信じているため力を貸して成り行きを見守っている、今後は探りを入れずにいろはの中にいる本物のみことと仲良くなってほしいと告げるとともに、付近に以前から何度も見ている魔女（象徴の魔女）がいることも明かした。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
やちよたちは鏡の魔女と戦った場所を訪れるがいろはの概念は感じ取れなかった。一旦グリーフシードをもって万年桜に戻ると、かごめから近くに魔女がいることを告げられる。みたまが探ると微弱な反応があり、指示された空間をやちよが切り裂くと結界が出現するが、そこにいたのは使い魔だけだった。倒すと調整の際に使う魔力の塊を落とすことから、みたまとリヴィアは調整が元で特定の魔女の魔力反応に気づけなくなっている可能性があると推測。それとともに使い魔を倒したことで概念が戻ったことから、以前からその魔女によって概念が奪われている可能性が浮上し始めた。さらにかごめがみことからの情報として、この魔女は古代から存在し、株分けの魔女も世界中で数を増やしながら広がってきたこと、親の魔女は自分の分体を作り出し、それを時間を超えて操りながら自身が生き抜く力を得ようとしていること、時間に干渉し続けたことで力を消耗しているため歴史を改変できる力までは持ち得ていないこと、そして水名城の地下に巣くって魔女化した露を喰らい、今もなお生き続けている魔女がいることを告げる。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
この魔女がいろはの概念を奪っていたと断定したやちよとフェリシアは桜子を伴い、他の魔法少女たちとともに魔女を倒すため水名城へ向かい、魔女を倒し概念の回収に成功。また万年桜には過去へ向かっていた各チームが戻っており、概念も揃ったところでいろはが姿を現し再会を果たす。それもつかの間、魔女の本体にいろはとやちよは取り込まれ、過去の分体を吸収したことで巨大な姿を現し、辺りは魔女の結界と化していた。
神浜の戦神子編
最初に過去に向かったのは鶴乃とさな。そこは1540年頃、相磨の国と呼ばれていた戦国時代の神浜一帯だった。そこで現代においてやちよと鶴乃がドラマで演じた「梶の葉伝説」の主人公である、水名の当主水名正綱の娘、戦神子の水名露と出会う。
露によれば相磨の国は守護の隅谷とその一門が悪政をしき、それに反発する正綱は対立、縁組みの話を断ったことから外様扱いを受け、本来の水名から北養に配置換えされ、代わりに守護代の熊井が水名の地を治め、あわせて隅谷が狡猾だった先代から臆病な当代に代替わりした事で相磨全体も代わって統括していた。また、当時飢饉も起こり、農民達は徳政を求め一揆を起こすまでに困窮していた。さらに水名は「泰党」と呼ばれる東側の山賊団が妖魔（魔女）を操っているとされることから何百年も対立関係にあった。
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そんな折り、露は鶴乃・さなとともに凪津の浜辺で妙な声が聞こえるという噂を調べにやってきた。そこで妖魔の気配を感じるとともに、泰党の頭領万守山右衛門の娘である戦神子の千鶴に出会う。露と千鶴は妖魔を巡って対立するも、落ちていた貝殻から不思議な声が聞こえたことで興が冷め、千鶴は去って行く。2人が仲違いしたままでは史実と異なる結果になりタイムパラドックスも起きかねないため、伝承上のカササギに成り代わって2人の仲を取り持つべく行動を起こし始める。
しばらくして、戦いの中で露と千鶴が直接相まみえることになるが、消耗の果てに露が拾った貝殻から声が再び聞こえたことで、千鶴は山右衛門が燃やそうとした書状を露に託す。それは水名の群印が押された紛れもない本物であり、そして水名と水徳寺、泰党は遙か昔に同盟を結んでいたことが判明する。ここから水名と泰党は裏で手を結ぶことになった。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
その後隅谷は徳政を行おうと考え始めるも、その実施前に巧生と水徳寺が徴税を始め出す。徴税を始めた者たちは「泰党が軍備を整え始めている」と証言、ついには隅谷が泰党討伐に乗り出し始めた。状況が不穏さを見せるなか、千鶴は水徳寺に潜入、住職の玄雲の密談を聞いて真実を知るも、捕らえられてしまうが、露によって助け出され、知り得た真実を露を通じて正綱に伝えた。それは熊井が隅谷を殺害して下克上を図り、泰党を滅ぼしその地を領地にしようと考えていた玄雲と利害の一致を見て結託していた、というものだった。
正綱は泰党攻めに加わった他の領主たちに密書を送り狼煙をあげた。戦いの場では軍勢に囲まれた山右衛門が降伏を告げようとしたとその時、隅谷を狙う矢が放たれ露がそれを防ぎ、熊井と玄雲は泰党を攻めろと命令するも、企みが露見した状況では軍勢は動こうとしなかった。観念した熊井と玄雲は処分を受けるが、玄雲については水名からの助命嘆願もあったことから追放処分となった。正綱は本来の領地である水名に戻り、改めて山右衛門とも手を結ぶことになる。いろはの概念を回収し終えた鶴乃とさなは、この後歴史上起こること、東西対立や水名城の落城、露と千鶴の魔女化を憂慮しながら現代に戻る。
アレクサンドリアの蜃気楼編
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
時女一族は紀元前31年の古代エジプトのアレクサンドリアへと向かう。この時代ではいろはが女王クレオパトラ7世の周囲を調査していたことから、静香達もクレオパトラに接近しようとした所、女王に仕える魔法少女エボニーと出会い対立。共倒れを防ぐべく停戦状態に持ち込むも、騒ぎを大きくする訳にもいかず静香達は一旦町を離れて情報を集めることとなる。
その後再びエボニーと対峙するが、静香達と別行動を取っていた旭の援護で難を逃れ、静香は自分達が調べたメトの一族の情報が正しいかをエボニーに確認をとったところ、概ね正解であった。エボニーが所属するメトの一族は歴代のファラオの為の願いを一族の少女にキュゥべえに願わせ、ファラオに出奔する事で庇護してもらっていた。当代のファラオであるクレオパトラに至ってはその美貌も頭脳も少女たちの願いで得たものであり、エボニーはファラオの為だけの自分の人生を自嘲する。
マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝 あらすじ
しかし静香達も大人によって強制的にキュゥべえと契約された身であり、歴史が変わるリスクを背負いつつもエボニーを宿命から解放しようとする。メトの一族の長老との話し合いの末、女王に感謝と詫びを伝える事を条件に解放の許可を貰い、一同は女王の囚われている館へと潜入。だが女王は多くの願いを叶えてもらった影響で身も心も歪んでおり、後をつけてきたメトの一族の刺客によって毒殺されてしまう。それを目の当たりにしたエボニーは急速に汚れを溜め込んだため、静香達の必死の呼びかけで魔女化を防いだ。
事の真相を長老に問い詰めると、彼は魔法少女の心を壊せば魔女化する事を知ったうえで刺客を送り込み、醜態を晒した女王の始末とエボニーの魔女化を目論んでいた事、そして女王の息子であるカエサリオンに取り入って一族の命脈を保つ旨を明かした。だが魔女に操られていた長老はその場で自害し、静香達は魔女を倒しいろはの概念の回収を完了させる。こうして宿命から解放されたエボニーは静香達と別れた後、新たな人生を歩むために一人砂漠へと旅立っていった。
ヴィークのワルキューレ編