Destiny 2 コンテンツのタイムライン
マヤは、自分の行動の真意を明かす。彼女は単に、自身の"チオマ・エシ"を見つけ出したいがためにベックスを操っていたのだった。ガーディアンはネッススの惑星核の座標を入手し、コンダクターの実験室へ突入。そこでは、マヤがチオマのコピーを次々と作り出し、忠誠試験を課していた非人道的な実験の痕跡を目撃する。やがて複数のベックス・マインド（パロドス、スタシモン、エクソドス）を倒し、マヤと再び対面。
セイントが残響の影響を完全に振り払ったことで、マヤはベックス・ネットワークへと逃走する。彼女は依然として残響を保持しているが、ガーディアンは惑星核に残された彼女の記憶断片に触れ、マヤ・サンダレシュという存在の真実――科学と愛に狂わされた、かつての人類の知性の象徴がいかにして歪み、孤独の中で暴走していったのかを知るのであった。
ナ・ヴェスキリスク──それは、かつてリースを大嵐にさらわれる以前のエリクスニーたちの記憶を封じ込めた「リースの残響」がもたらした新たなる恐怖だった。フィクルルはその残響を手中に収め、その力で生きたエリクスニーたちを変質させ、新たなスコーンの種族、すなわちレベナント・スコーンを生み出した。彼の狙いは古の預言を実現し、ケルの中のケルとなること。その野望に対し、ハンター・バンガードとなったクロウは、ヨーロッパでの異変への対応をガーディアンに託す。
リース＝リボーンにおいて、ガーディアンは捕らえられたエリクスニーと、かつてステイシスを授かった場所でフィクルルと対峙するエラミスの姿を見る。彼女は逃走するが、ガーディアンはトーテムを破壊し、蘇るレベナント・バロンを討伐することで、その脅威に一矢報いた。しかし、H.E.L.M.への帰還途上、フィクルルが襲撃を仕掛け、ケッチ内のハウス・サルベーション構成員をスコーンへと変貌させる。墜落したケッチは最終的にシティのマーケット区画に非常着し、そこでエイドが開くトニックショップを訪れる。彼女は、ネザレクの呪いに侵されたミスラックスを救う術を探っていた。
ミスラックスは自身の病を抱えながらも、スレイヤー・バロンの称号をガーディアンへと授け、フィクルルの野望から民を守るよう命ずる。こうして、トニック・カプセルと薬袋を携えたガーディアンの戦いが始まる。やがて彼らは、リーフに存在する旧サルベーションの拠点にて、クロウとともにフィクルルと再会。交渉は失敗して撤退することとなる。
同時期、モーニングスターの残骸がベスパー・ステーションへ衝突し、眠れるAIを目覚めさせる。AIは堕落したエクソの身体を依代とした。彼は避難してきたエリクスニーたちを自身の意識に取り込み、ステーション外にアノマリーを構築、宇宙への通信を試みる。これに対し、ガーディアンのファイアチームはスパイダーの指令で現地調査に赴き、アストレアという本来のAIと接触。最終的にアストレアはクロビスの制約を脱し、アノマリーを封印することを誓う。(迷宮: べスパーの宿主)
11月、ミスラックスはフィクルルが今や廃墟と化したエルダーズプリズンに狙いを定めたと知る。ガーディアンはプリズンに赴き、様々な勢力と交戦。フィクルルはそこにて、残響の力でかつてのスコラスを復活させていた。だが、バリクスからの情報により、この残響は記憶の実体であることが判明し、スコラス復活にも不満を抱いていた。スコラスと戦い一時退けるも、フィクルルは彼を再び蘇らせて逃走。ミスラックスの衰弱を受け、エイドはエラミスの釈放を提案。スパイダーへの黄金時代の書物献上により、彼女は解放される。
翌年1月、フィクルルはスコーン・バロンを復活させ、スコラスに指揮を任せる。エラミスは残響がエーテルの極性を変化させる力を持つと明かし、その応用でミスラックスを救える可能性を示す。一方、ガーディアンはエイドから託されたフレームをもとに《スレイヤーの牙》を製作。リベナントの要塞へと突入する。そこで彼らは残響の力で生まれた鏡像世界に入り込み、玉座の間でフィクルルと対峙。リクシス・ヴァーンとの戦闘を経て退却し、エイドは最後のトニック"エーテル清澄の秘薬"を完成させる。
そして、ガーディアンは注射器を用いてフィクルルをエリクスニーの姿へと戻す。だが、ネザレクに一時的に憑依されたミスラックスとエラミスがそれを見届ける中、残響はエラミスを新たな適格者と認める。彼女はミスラックスを救うためその力を使うよう願うも、彼は辞退。結果として、ミスラックスが真のケルの中のケルとして選ばれる。エラミスは太陽系からの撤退を決意し、ガーディアンは再びエルダーズプリズンへ向かい、復活したスコラスを討ち果たすのだった。
第三の残響がドレッドノートに落着し、オリックスが降りたちし邪神として台頭した直後から子供たちを持つまでの記憶を帯びていた。この残響の影響により、ドレッドノートから太陽系各地に「異端の錨」と「不吉な宿られた兵」が出現。ガーディアンはエリスと放浪者の要請で地球EDZの異端の錨を調査、ドレッドノートとの繋がりを発見。
ガーディアンは亜空間を経てドレッドノートで戦闘中のエリスと放浪者と合流。「ケイト=エール」との戦闘で、エリスは命を落とす。ガーディアンは「破滅の石板」を取得し、探索を始める。途中、「目」に遭遇し、「息詰まる恐怖」に侵されるも、儀式を阻止し放浪者のエリスへの哀悼を目撃。彼女の住居を訪れ、エリスの残したメッセージを受け取り、スロアンから任務を継承。
ドレッドノートの防御が強化され突破不能となると、スロアンは夢見る都市への移動を指示し、そこで「決意の道」の教義を授ける。異端の錨への干渉を通じて力を高め、「欲望の書」を取得。次なる異端の錨をサバスンの玉座の世界で発見するが、彼女からの警告を無視して潜入。ドレッドノートでハイヴの死体を用いて内部の生体兵器と接触すると、残響が語りかけてくる。魂の間にて残響と対面し、そこにシヴ・アラスとサバスンも現れる。残響を巡り両者の思想が対立し、ガーディアンは襲撃を受けつつ撤退。スロアンは放浪者の離脱を知りつつも調査の継続を促す。
目撃者によって与えられた形態に満足できない「ドレッド」の一派が、力を求め沈んだピラミッドへ侵入。内部のハイヴ勢力と共闘し、ルラクの保管庫の秘密を解明しようとする。ガーディアンは潜みし者の指示で潜入。数々の謎解きと迷宮を突破し、ドレッド改造シュリーカーを撃破。保管庫内部でケレヴを倒し、最終的にオリックスが破滅の石板を刻むのに使った「彫刻用のノミ」を発見。潜みし者が警戒のため監視線を張る。(迷宮: 経典の遺滅)
エリスはサバスンを倒し、シヴ・アラスの王座から彼女を追放したことで、自身の玉座の世界「ハイヘラシー」を創造。ガーディアンにウィルブレイカーの断片の回収を依頼し、「高き戦争」の資格を問う残響と対峙。ガーディアンはドレッドノートからの信号を辿り「野心の道」を学ぶ。月面での儀式中、残響とサバスンの対話を盗み聞きし、目撃者の嘘が明かされる。エリスは残響を囚えようとし、スロアンはこれに反対。最終的にケイト=エールに殺された地点での儀式により残響を捕獲。その後、スロアンはドレッドノート奥深くからの奇妙な信号を察知。オッセオス・フラグメントの収集により、宿られた兵とドレッドの衝突を目撃。信号は「ディープ」由来と判明し、武器「バローダイアド」を取得。異形の存在と交戦するも、ディープによって変容され、撤退を余儀なくされる。
ハイヴの神々が残響奪取を開始。まずシヴ・アラスが侵攻を開始し、ガーディアンを瀕死に追い込む。ドレッドノートでの儀式を阻止し、宿られた「オバク=ハル」を撃破しウィルブレイカーの柄を回収。次にサバスンが動き、マロックの死体から最後の断片を回収。スロアンはドレッドノートでウィルブレイカーを再鍛造するが、ディープの誘惑に抗う。
そして、エリスが残響の監視を続ける中、ガーディアンが再び残響と対峙。サバスンの投影、シヴ・アラスの声、そしてケイト=エールとの戦闘を経て、ウィルブレイカーで残響を完全に破壊。エリスとスロアンは勝利を祝うが、サバスンは気を悪くした。
イコラ・レイは地球の辺境で奇妙な干渉を感知し、ガーディアンを太陽系外縁天体ケプラーへ派遣する。調査の結果、ケブラーは小型の特異点を内包する天体であり、そこにはフォールンのハウス・オブ・エグザイルと、長らく地球と断絶していた人類の末裔 「アイオン」が共存していた。ガーディアンとイコラは現地で「ロディ」と名乗る男に出会う。彼は後に“時の狭間から来た人間”であることが明かされる。一方、アイオンの指導者レベッカは、彼らの文化と言語を通じてガーディアンと協力関係を築こうとする。
ガーディアンとロディは協力して、エグザイルが運用する巨大エーテル発電施設を破壊する任務に挑む。ロディは和平を模索するが、交渉は決裂。ガーディアンが施設を停止させる。やがて、地球の「ナイン」のであるIII (スリー)が、ガーディアンをケブラーへ誘った存在であることが判明。エグザイルのアルコン 「レヴァスク」は、特異点への入信(吸収)を目指す狂信者であり、ガーデイアンは彼らのプライム・サービターを破壊して一時的に勢力を鎮める。
イコラはケブラー各地で見つかる時間超越物に注目し、それらが並行世界のものではなく、“我々の過去の時間”からのみ出現していると指摘する。ロディは時間逆行の可能性を問うが、イコラはそれを否定。ロディは自分がどの時代から来たのか、徐々に記憶を取り戻していく。ガーディアンは現地の学者フィヨラ教授やマルサス史学者と協力し、アイオンが黄金時代以前に地球を離脱した人類の末裔であることを掴む。
ベックスが特異点の観測を開始し、現地に干渉を始める。アイオンの研究施設が襲撃され、ガーディアンは救出任務にあたる。イコラは、アイオンたちが大崩壊以前、もしくは黄金時代の前にケプラーへ移住した可能性を提示。この時代差により、ロディは数千年単位で未来へ飛ばされた存在であることが暗示される。同時に、ベックスの攻撃が激化し、特異点の中心に向けた“呼び声”が強まっていく。
ロディは自らの体にナインの意識が侵入していることに気づく。特に「II (ツー)」が彼を通して実験を行い、彼の精神を“媒介体”として利用していた。ガーディアンはダークマター由来の菌類を採取し、その過程でロディが時空の断片を見る能力を得る。ベックス、フォールン、ナイン、そしてアイオンがそれぞれ異なる目的で特異点を研究していることが明らかになり、イコラとオリンは倫理的葛藤に直面する。
ロディは自らの存在の異常性を悟り、「自分は何のために呼ばれたのか」を問う。ガーディアンが最後のストレンジレットを集める過程で、ナインの「II」 が語る―― 「かつて、ナインは“イコラ・レイとなる女”を一度殺した」。イコラが問いただすと、ロディは彼女を「ネラ・デイヴィス」として知っていたと明かす。これは、ナインと人類の過去が交錯していることを意味していた。
ガーディアンとオリンは、特異点の中心へ進むためにベックスの防衛線を突破。その過程でナインの目的が明確になる。「ガーディアンを“武器”とし、ロディを“使者”とする」こと。オリンはナインの残響と会話し、かつてナインがガーディアンを蘇生させた存在であることを知らされる。
ナインの評議会が招集され、ロディとガーディアンの運命が議題となる。投票結果、ガーディアンは「武器」として正式に定められ、ロディは3の答えを求めるため、ケプラーの中心へと向かう。
ガーディアンは特異点の最深部に到達し、そこでIIIがすでに死亡していることを知る。その死体はレヴァスクに利用され、特異点を増大させる装置として機能していた。最終戦でガーディアンはレヴァスクを撃破するが、IIIの死は避けられない。放浪者は「ホール」 をIIIの遺体へと吸収させ、意識を一時的に蘇らせる。IIIは最後の言葉を残す: 「我が死こそ、絶滅への始まり。生き延びたければ、 ナインを縛れ」。ロディは正式に新たなナインの使者となり、ガーディアンに時を越えて呼ばれた武器「グラビトン・スパイク」を再構築させる。
その後、ベックスがIIIの遺骸をネットワークへ取り込もうとする事態が発生し、シミュレーション空間内でマヤ・サンダレシュとチオマ・エシの幻像が再会。彼女たちはガーディアンに、“コンダクター”と呼ばれる新たな知性体の陰謀を警告する。
ケプラーの特異点は安定を取り戻すが、ナインの構造は崩壊寸前となる。ロディは時間の狭間へと消え、ガーディアンは新たな“武器”としての宿命を背負う。