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蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
中学校の保健医として、咲良と共に日々を送る。多くの戦いを経験して少年時代のお調子者の顔は影を潜め、責任感にあふれた立派な青年に成長している。大量の医学書を読み漁り、知識で直感による答えを補う事が出来るようになっている。戦闘後のパイロットたちや一騎の身体のケアも行っている。
同世代の中では真矢に次いで長期間パイロットを続けていたが、これはレギュラーパイロットの座を後輩たちに譲るのを少しでも先に延ばし、自分のように辛い想いをさせないという想いからである。広登や里奈も既に剣司の深い思いやりに気付いており、「互いに守りあって皆で生きて帰る」という彼の信念を強く受け継いでいる。
総士がマークニヒトに搭乗するようになってから、ジークフリード・システムによる戦闘指揮を引き継ぐ（システム適性があるという設定自体は小説版で示されていた）。戦略的観点から非情な決断をもやむを得ないとする総士や彗とは異なり、「全員で生き残る」ことを最優先として戦略を立てていく。システムの操作自体は総士も認めるほどにこなすが、パイロットたちの負担を過剰に引き受け、自身の痛みを顧みない傾向を総士や咲良に指摘されており、咲良からは背中にビンタなどキツいお仕置きを受けることも。その後も指揮官、医師として新同化現象の正体を探る中、新同化現象の正体がファフナーに最も近いパイロットの指と脳に関係することを突き止める。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
ウォーカー群の本格的な島侵食により、澄美が後遺症を再発し生命の危機に陥ったことを期に、彼女を安心させたいという思いから澄美へ咲良との結婚の許しを請い入籍・結婚式を挙げる。夫婦で生き残るという思いを新たにし、カノンの消滅による穴を埋める為にパイロットへ復帰、ジークフリードシステム内蔵型のマークアハトによって戦闘と指揮を同時に行うという、最も重要かつ危険な役回りを引き受ける。また第三次蒼穹作戦以降、島のミールからのカノンの姿をとったクロッシングを受ける役割を担うとともに、他者との接触によって損傷箇所修復や同化の肩代わりを行うSDPを発現した。新同化現象は感覚の消失であり、痛覚や温度感覚などを失っていく。ナレインや総士の合流後も、総指揮を引き続き担当し戦いに臨む。第四次蒼穹作戦では、ゼロファフナーの護衛や撃墜された仲間の回復に力を尽くした後、竜宮島のアルタイル封印を見届け、仲間たちとともに故郷への帰還を誓った。1期、劇場版、本作で行われた4度の蒼穹作戦全てにパイロットとして参加し、かつ生還している唯一の人物である。
【THE BEYOND】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
2年の間にパイロットを完全に引退し、咲良との間に息子・衛一郎が生まれている。第五次蒼穹作戦では再びジークフリード・システムの搭乗者として参加するも、セレノアのクロッシングを経由した同化で自身も同化の危機に瀕し、拮抗薬とクロッシングの強制解除で同化の危機を逃れるが、蒼穹作戦初の敗北を喫し、マークノイン改・イザナミを自爆により損失してしまう。
3年後にはジークフリード・システム搭乗者の任務を彗に引き継ぎ、総士救出作戦の際にはブリッジで史彦の補佐に就いているが、第二次L計画および第六次蒼穹作戦では海神島とLボートに部隊を分ける都合上彗がパイロットに回ったため再びLボートのジークフリード・システム担当に復帰する。
竜宮島に帰還後は死亡した千鶴に代わり、診療所を開業すると宣言している。
小楯 衛（こだて まもる）
声 - 斎賀みつき
家族構成：父・小楯保、母・小楯千沙都
【1期】
大人しく引っ込み思案な少年。剣司の親友であり、咲良を含め3人でいつもつるんでいる。剣司と同時にマークフュンフの搭乗者となる。大の漫画好きで、大粒あんこ作の『機動侍ゴウバイン』は特にお気に入りだが、後に「大粒あんこ」の正体が自身の父親だと知る。犬が苦手であり、甲洋からショコラを引き取ってくれるように頼まれた際は断っている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
恐怖心を抑えるため、ファフナー搭乗時は自作したゴウバインのヘルメットを被り、「俺がゴウバインだ」と自己暗示をかけている。お陰で普通は日常時とファフナー搭乗時に起こる性格の変化が、衛に限ってはヘルメットを被らない時と被った時に生じる。被った時は非常に強気であり、咲良と剣司を驚かせるほどだが、ヘルメットを外すと元の性格に戻る。また、ヘルメットを被っている時の記憶はない。『ゴウバイン』の作者が父だと知ってからはゴウバインのヘルメットをかぶることをやめ、強くなることを決意する。戦闘に関しての総士の評価は高く、ファフナー7機体制の際は一騎と衛の2人が中心になっていると衛に告げている（一騎とのツインドックを総士に提案されるが、衛は剣司・咲良とのトリプルドックを希望する）。
スカラベ型フェストゥムが襲来した際、後輩の広登にゴウバインのヘルメットを託して出撃、仲間を守るために自ら敵と共にルガーランスに突き刺さり、スカラベ型が断末魔に放出した黒い力場によって脱出したコクピットごと絞るように全身をねじ切られ死亡する。変形して落下したコクピットを眼前で目撃した剣司の心に大きな傷を残す。
天才症候群の兆候として、構造理解力に優れる。衛の修理した通信機とそれを通して子供時代の一騎らが応答したことが、後のフェストゥム来襲の遠因となっている。
【EXODUS】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
故人だが、島を守った英雄として後輩たちから尊敬され、遺品となったゴウバインのヘルメットはファフナーパイロットたちに勇気の証として受け継がれる。衛が託した広登を経て、美三香が3代目の所有者。ただ、織姫にオモチャにされるなど不憫な扱いを受けることも。
第三次蒼穹作戦の最中には、ミールが剣司と彗にクロッシングを行った際にカノンたちと共に現れる。会話こそ無かったものの、彼との再会により剣司は「強くなる」ことを改めて決意することになる。
蔵前 果林（くらまえ かりん）
声 - 白石涼子（本編）→木村亜希子（RIGHT OF LEFT）
【1期】
フェストゥム襲来時の竜宮島で、ファフナーに唯一搭乗できたパイロット。しかしマークツヴァイに乗り込む直前、ヴァーンツベックでの移動中に攻撃を受け、戦うことなく日野恵とともにフェストゥムに同化される。5年前の事件以降、一騎と疎遠になっていた総士にとっては唯一秘密と本音を明かせていた人物で、数少ない理解者である。特に本編前半は一騎らパイロット間との現実認識の差も絶望的であり、予期せぬ彼女の早すぎる死亡は大きな痛手だった。
【RIGHT OF LEFT】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
アルベリヒド機関により誕生した皆城家の養子で、総士の義姉。マークツヴァイの搭乗者。総士とは義姉弟の関係にあるため、彼女も初めから島の秘密を知っていた。犠牲を払ってまで存続しようとする島のやり方を認められないものの、それしか道がないことも理解している。眼鏡はファフナーの起動実験を幾度も行ったことに伴う同化現象によって眼が紅くなったことを友達に隠すためのものである。僚がL計画に参加している間、愛犬プクを預かることになる。
【EXODUS】
第三次蒼穹作戦の最中、ミールが剣司と彗にクロッシングを行った際にカノンや衛、翔子と共に現れる。
一騎達の1学年後輩にあたる。また、年齢的にはカノンもこちらの年代に含まれる。1期時点ではパイロット候補生だったが、劇場版で正規のパイロットとなる。教官役の剣司が自信を持たせるためにわざと手を抜いていることを見抜けず剣司を侮る態度を取ったり、変性意識の影響もあり相互に助け合うことをしなかったりと、その未熟さは剣司らを悩ませるも、劇場版での過酷な実戦を経て、『EXODUS』の時点では引退した一騎や剣司らに代わる主力パイロットとなる。なお、1期で広登が衛からゴウバインのヘルメットを貰った際、その場には他に4人の候補生（里奈を除く）が待機していたが、芹と暉以外の2人については不明であり、その後は登場しない。
西尾 里奈（にしお りな）
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
声 - 白石涼子
誕生日：2132年4月20日 / 星座：牡牛座 / 血液型：B型  / 家族構成：祖母・西尾行美、弟・西尾暉
【1期】
暉の双子の姉。西尾行美の孫娘。翔子の後任としてCDCオペレータを担当し、同世代では最も早く戦いに接することになり、一騎の帰還後はパイロット候補生にも選ばれるなど本編への登場も最も早い。真矢のことを先輩として慕うだけでなく盆踊りで一緒に踊りたがったり、乙姫へ過剰なスキンシップに走ったりするため、芹に「女好き」と呼ばれたりもする。翔子の死に様を噂から知ったため、彼女を侮辱するとも取れる発言をし、一時真矢に怒りを向けられる。芹を通じて乙姫と友達になり、芹と共に彼女の最期を見届ける。
【劇場版】
蒼穹作戦後に建造されたファフナー「マークノイン」の搭乗員となる。その後、暉と共に「ゼロファフナー」に搭乗。第二次蒼穹作戦では剣司、咲良と共に敵本拠地への奇襲を担当する。変性意識としては「不安」「怯え」、そしてそれを誘発する敵の存在に対する攻撃性が発現する。
暉が戦うことには否定的で、本人に怒りをぶつけたりもするが、それは高齢の祖母に加えて弟までいなくなったら誰も帰らない家でひとりぼっちになってしまう、という弟への愛情と恐怖の裏返しでもある。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
当初、訓練で剣司が自信を持たせるために手加減していたことに気付かず軽蔑するような態度を取るが、実戦において機体が破壊され射出されたコクピットをフェストゥムに捕まれ同化を受ける寸前に剣司に救出され九死に一生を得ている。
第二次蒼穹作戦においては、Rボートでの対フェストゥム攻撃部隊として暉と共に封印されていたゼロファフナーへ搭乗。ボレアリオス艦のシールドを破り群れのフェストゥムをレーザーで一掃しつつ、ボレアリオス艦が竜宮島に仕掛けた同化攻撃をフィールドを発生させているシャフト状の結晶を破壊することで阻止し、作戦成功の一翼を担った。
【EXODUS】
中学、高校を卒業し、普段は西尾商店で店番をしている。もっとも本人はアルヴィス勤務を希望しており、やる気はあまりない。自覚はないが島の少年たちの間でアイドル的存在となっており、後輩の彗からも好意を寄せられているが全く気づいておらず、行美に呆れられている。一方で自身は命を救われた剣司に想いを寄せており、後に剣司と咲良の結婚を知った際には少なからず動揺している。1期から劇場版までは長髪を三つ編みにしていたが、本作ではばっさりと切り、暉とよく似た髪型になっている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
パイロットであることへのモチベーションは低いが、続く後輩たちのために続けなければならないという責任感は自覚しており、自身の命を軽く扱う彗に剣司から受け継いだ「互いに守りあって皆で生きて帰る」という言葉で叱咤する。また、後輩パイロットの模擬戦の相手を務め、剣司と同じく後輩に自信をつけさせるためわざとやられる役を引き継いだ。
過去2度にわたる島の消滅や占領という危機に見舞われたことで人類軍に対して強い不信感を抱き、詳しい事情を知らないとはいえ外界との接触を絶つ島の姿勢への疑念を口にしたビリーに掴みかかる。そのために暉の派遣部隊への参加には反対で、ナレインらエスペラントのことも信用していない。
戦闘の中でSDP「増幅（アクセル）」を発揮、マークザインと同様に武器を同化することによる莫大なエネルギー増幅現象を起こす。新同化現象として嗜眠症が発生、ファフナー搭乗時以外に強烈な睡魔が発生するようになる。入浴中や階段の上り下り時など、嗜眠症によって生命の危機に瀕することもあるが、そのたび彗の引き寄せるSDPが勝手に発動し難を逃れている。また嗜眠症中は、一騎や剣司ほどはっきりではないものの、夢の中で島のミールとクロッシングしており、のちの広登や暉の死も誰に知らされるまでもなく感知している。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
帰還した暉と脱出行の過酷な状況と広登の希望について語りあい、ウォルターとの出会いも知る。しかし、広登の死に関しては気付いていながらも、暉を気遣いそれを伝えることは出来なかった。暉の消滅後は暉にそれを渡して死んだ少女との二重の意味で形見となったお守りを持っている。
第三アルヴィス上陸作戦以降はゼロファフナーに再搭乗、ゼロの兵器出力や同乗者SDPを増幅させる役割を担う。第三アルヴィス上陸では暉とともに搭乗、アマテラスとのコンビネーションによってウォーカーを撃破、嗜眠により操縦不能に陥るも、暉が接続を解除し自ら同化の負担を引き受けたことで生還したが、それと引き換えに暉を喪うこととなる。眠りの中でミールを通して暉と広登と対面し、お守りと共にその中に込めるべき「未来への希望」を託される。第四次蒼穹作戦では彗と共にゼロへ搭乗、彗のSDP増幅や同化負担の肩代わりなど、作戦の要である彗のサポートに徹する。ベイグラントを地上に引き落とした後も眠りには落ちず、彗と二人でベイグラントの侵攻を食い止め戦い抜いた。
【THE BEYOND】
2年の間に彗との関係が進展し、彼を下の名前で呼んでいる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
暉が残したお守りを首から下げ、第五次蒼穹作戦に参加する。しかし、セレノアによるクロッシングを介した同化によって機体のコントロールを奪われスサノオとアマテラスを撃たされてしまい、完全に同化される前にフェンリルによる自爆を敢行する。暉に対し貰ったお守りに込める願いを見つけることができなかった事を謝罪し死を覚悟するが、彗のSDPでイザナミからアマテラスのコクピットへ引き寄せられて九死に一生を得るが、セレノアにより精神は肉体から引き離され、マリスの元に囚われ利用されることになる。
しかし、彼女が敵側に利用されていることに美羽と総士が気付き、第六次蒼穹作戦ではこれを逆手に取り突破口となる。その後、美羽とアルタイルの祝福によって里奈の精神が囚われていたベノン旗艦オリンポスの結晶の封印が緩み、時を同じくして彗がセレノアに対してアマテラスで襲い掛かり全力の「引き寄せ」を行い里奈の精神を奪還したことで長い眠りから覚醒、竜宮島への帰還と親友・芹との再会を果たす。
西尾 暉（にしお あきら）
声 - 梶裕貴
誕生日：2132年4月20日 / 星座：牡牛座 / 血液型：B型  / 家族構成：祖母・西尾行美、姉・西尾里奈
【1期】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
里奈の双子の弟。ほとんど出番がなく、里奈やクラスメイトの近くに映っているだけである。設定では、両親がファフナーの起動実験で消滅して以来、失語症で口がきけず、里奈だけは話さずとも彼の思っていることが理解できたとのこと。また、真矢も話さずとも彼の思っていることが理解できたとのことで、真矢に恋心を抱くようになった。
【劇場版】
失語症であることが明確に描写されるが、里奈は理解者である一方で確執も見られる。長らく両親の死を受け入れられず、里奈の話では玄関の明かりをつけたままにしたり灯籠を流すのも拒んでいた。
芹や広登らと共に、ファフナーのパイロット候補に選出され、蒼穹作戦後に建造されたファフナー「マークツェン」の搭乗員となる。変性意識によって、ファフナー搭乗後に言葉を取り戻していく。冷静に任務をこなす一方でフェストゥムを撃破することに喜びを覚え、「もっと多く来襲したほうが良い」とまで口走り、真矢にたしなめられる。
フェストゥムによる同化を通して、会えると思った両親に会えなかったことから両親の死を受け入れ、里奈との関係も改善される。その後、里奈と共に「ゼロファフナー」に搭乗。第二次蒼穹作戦では敵本拠地への奇襲攻撃に参加する。
【EXODUS】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
里奈と共に高校を卒業し、喫茶「楽園」で調理を行っている。仕事の動機は真矢目当てでもあったが、当の真矢が溝口との航空訓練で不在なことを残念がっている。また、真矢が好意を寄せている一騎の恋のライバルを自称している。総士と違って真矢を譲る気はない、ということを総士本人に対しても口にしており、その意志は強固である。
里奈とは対照的に人類軍との協力には好意的であり、（真矢について行きたいという気持ちもあるが）世界を見たいという意志の元で広登・真矢と共に派遣部隊に参加する。広報担当の広登に協力して取材活動のカメラマン役を引き受ける。しかし、大量のフェストゥムの襲来から、ナレインの側に裏切り者がいるかもしれないという疑念と共に戦いの中で死に対する恐怖を吐露し、里奈の反対を聞き入れなかったことを後悔する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
その後の脱出行でも自分の無力さを嘆き、希望を見出していく広登からの励ましを受けるが、その広登が人類軍に撃墜されてしまい、その死に気付いていながらも受け入れられず、第二次脱出行にも広登の捜索やアルゴス小隊への復讐のために同行。引き続き広登に替わる旅の記録を担うが、毎日のように出る死者、人間同士の凄まじい憎しみ、同化現象拮抗薬の枯渇、そして愛する真矢が人殺しに手を染めていく姿を目の当たりにし、広登とクロッシングで会話する錯覚に見舞われる。加えて真矢と同じでありたいと共に人を殺すことに安らぎを求めるようにまでなる。
精神的に疲弊する一方でウォルターと交流を持つようになり、彼が過去に島を爆撃した指揮官だった事実を知り激昂するも、彼の人柄を知って島への移住を提案するなど複雑な感情を抱く。ウォルターとの交流を通して広登の希望が正しかったと悟り、「広登と共に竜宮島の平和を世界に伝えたい」という願いを胸に抱くようになった。最終的に同化現象は末期寸前まで進行、竜宮島合流時には結晶化で動けなくなるに至るが、間一髪で島から救援に来た里奈と剣司に救助される。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
竜宮島帰還後は、久しぶりの自宅で冷めた食事を手にしながらも命の暖かさを実感、旅の記録や里奈との会話で自分の願いを回顧し、同化現象でボロボロの体ながらも最後の「希望」に到達するまで戦い抜く決意を固める。のちに里奈と同じ『増幅』のSDPを発現し、第三アルヴィス上陸作戦では再び里奈と共にゼロファフナーに搭乗、新同化現象による嗜眠で戦闘不能となった里奈の接続を解除して単独でゼロを駆り、アショーカを同化しようとするベイグラントのフィールドを防ぐために単独で過剰な負荷を引き受けることで、同化現象により結晶化・消滅する。消滅の間際、ようやく広登の死を受け入れ、広登とウォルターのねぎらいを受けた最後の表情は安らかなものであった。
暉がシュリーナガルの少女から受け取ったお守りは、クロッシングでの別れの際に里奈へ託される（嗜眠中の里奈の夢として描写され、実物は目覚めた後に剣司から手渡されている）。
【THE BEYOND】
既に故人だが、彼の乗機になるはずだったエインヘリアルモデルのマークツェン改・アキレスを一騎が運用することになる。のちにマークアレスに転生する際、「暉、お前の器使うぞ」と一騎に言及されている。
立上 芹（たてかみ せり）
声 - 福圓美里
誕生日：2132年7月8日 / 星座：蟹座 / 血液型：A型
【1期】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
地上に出た乙姫が最初に出会い、最初の友達になり、また彼女の人格を定義づけることになった少女。基本的に相手を呼び捨てする乙姫が「ちゃん」付けで呼ぶ数少ない人物である。
中学校の生物部員で、特に昆虫がお気に入り。他の部員とは違い罠を使わず、観察を終えた昆虫は帰すなど優しい性格である。一方で、敵（フェストゥム）に情報を流したとして乙姫が史彦に詰問された際は、真正面から彼に抗議して乙姫を庇うなど気丈な一面を見せる。
後にファフナーのパイロット候補生としてアルヴィスに入る。里奈と共に乙姫の最期を見届ける。
【劇場版】
蒼穹作戦後に建造されたファフナー・ノートゥングモデル・マークツヴォルフの搭乗員となる。変性意識としては命を奪うことに対する忌諱から、「罪悪感」およびそれを誘発する攻撃者への「激しい怒りの衝動」が交互に発現、ファフナーで武装を無視しての頭突き攻撃を繰り出して保を驚かせるが、専用装備が必要とされ背中から頭部の先にブレードを展開し、その周りにイージスと同質のエネルギーフィールドを発生させ巨大な衝角として機能する「ショットガンホーン」が開発・装備される。これで体ごとぶつかった相手を突き刺し真上にすくい上げるように放り投げる戦い方は、芹が好きなカブトムシの戦い方に似ている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
島の防衛中にフェストゥムが何かを訴えていることに気づき、後に「いたい。たすけて。」と泣いていることを悟り、変性意識もあり号泣した後、それまでに倒したフェストゥムの墓を山に作るようになる。彼女の嘆きは後に広登もそれを悟り、広登自身もフェストゥムとの相互理解を意識していくことに繋がる。
その後、乙姫の人格形成を含め彼女と最も多く接した理由から、史彦からの頼みでコアの負荷を軽減する代替者を引き受け、戦線を離れてワルキューレの岩戸に入る。意識体となったことで乙姫と再会し、新たに誕生したコアが成長期を乗り越えた際に乙姫との本当の別れを迎え、見送った。
【EXODUS】
同級生たちの中では成長が最も顕著で、里奈とは逆に髪を伸ばしている。進路は新たなコア（この時点では乙姫と呼んでいた）が再び岩戸を出た際に彼女の世話をするため、特殊医療とドクターコースを掛け持ちし、彼女の「伯父」である総士とも交流が深まっている。一方で同期との交流が減ったため、これを心配した広登に連れ出されてアルヴィス広報部の番組制作の手伝いもしているが、里奈があきれるほど番組の数は多く、酷い目にあうこともあって、時折苦言を呈している。また実家の鈴村神社で巫女を務めており、新任のファフナーパイロットにお守りを手渡す以外に剣司と咲良の結婚式では里奈、織姫と共に巫女として立ち会う。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
一騎と総士の島外派遣の際に、新たなコアに生まれた日が七夕であることにちなみ"織姫"と名付ける。
戦闘の中でSDP「同化」「再生（リバース）」を発揮、周囲を同化することで、戦いで大破した機体と致命傷を負った自分を再生、ファフナー搭乗時には事実上不死身の存在となった。新同化現象はSDPと同じく、日常時においても体に触れる物全てが同化現象を引き起こす形で発現、戦闘時以外は隔離措置が取られるなど不遇な立場に置かれる。しかし、織姫が触れている間は同化が抑えられ、同化で済む食事も織姫に食べさせて貰うことでかなう。
第三次蒼穹作戦以降は、新同化現象によって普段まともに食事がかなわなくなった関係から変性意識に変質が見られ、フェストゥムの命を食べたい（同化したい）という強い欲求を発揮し、レヴィンソードで突き刺した相手を同化するほか、ショットガンホーンでワームスフィアを展開するなど敵を同化して食事をする感覚を得る。
第四次蒼穹作戦直前に広登の死を知るが、それを乗り越え総士と共に織姫に見送られて戦場へ立つ。プランデルタ実行に伴い、織姫を守るため剣司の制止を振り切り独断で竜宮島へと戻ったことで、アルタイルや澄美とともに竜宮島に封印され、海中で長い眠りにつくこととなる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
一騎が総士と深い縁があるように、芹も乙姫の最期を見届けるほか、コアの代替者など深い関わりを持ち、総士にもその点を指摘されている。転生した総士と何度も出会うことを一騎が誓ったように、彼女もまた転生を繰り返す乙姫の側にいる選択をする。
【THE BEYOND】
海神島との距離が近付いた事で竜宮島の新たなコアである輝夜・朔夜が目覚め、島のヴェルシールドを起動し準待機状態に移行させ空気を確保したと同時に眠りから呼び覚まされ、2人と共に総士と美羽の到来を待ち続けた。その間に島で最期を遂げた澄美の墓を作り、弔いを行っていた。海神島・Lボートと共に総士と美羽が到達した際に再びマークツヴォルフを駆りノルンを従え出撃。Lボートに食らいついていたリヴァイアサン型フェストゥムをほぼ一瞬で同化し、海神島を追撃する海上のべノンのミサイル艦隊群をノルンと共に壊滅させアズライールとアマテラスをフォローした後、ケイオスのマークレゾンを甲洋のアバドンとのツインドッグで迎撃し一騎を竜宮島に向かわせた。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
竜宮島と共に眠っている間に元々長かった髪がさらに伸び、さらにアルタイル・ミールの影響を受け白髪になっている。戦いが終わった後も伸びた髪はそのままにしているが、恐らく切っても芹自身のSDPで「回復」してしまうためだと思われる。また接触による同化を抑えるためEXODUSで織姫としていたのと同じように島内では常に輝夜・朔夜と共に行動している。
堂馬 広登（どうま ひろと）
声 - 佐々木望
誕生日：2132年12月15日 / 星座：射手座 /  血液型：A型
【1期】
里奈や芹のクラスメイトの男子で、東京でスターになる夢を持っていた。進路相談のための三者面談に端を発した放送室占拠事件を経て、アルヴィス歌謡部門担当に抜擢される。乙姫とも仲が良く、里奈や芹と一緒にいることが多い。
父親は食堂を経営している。後にパイロット候補生となり、衛からゴウバインのヘルメットを貰う。それ以来メットを持ち続け、蒼穹作戦開始時にもメットを手に一騎たちの出発を見送る。
【劇場版】
衛の搭乗していたマークフュンフに、同じく衛から託されたゴウバインのヘルメットを着用して搭乗する。変性意識は衛と同様に、ヘルメットによるものが大きい。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
ボレアリオス・ミールの群れとの戦闘で初陣を果たし、無事に敵を退けた事で勝鬨を上げるが、芹が自ら倒したフェストゥムが消える際に「いたい、たすけて」と呼ばわりながら消えていく事に気付き号泣する様を見て動揺する。
島を守るために壮絶な最期を遂げた衛への敬意からくるスタンドプレーを剣司やカノンに咎められることも多いが、二度目の戦闘で剣司が満身創痍となりながらも救出した里奈のコックピットを託しその後も島を守るため奮戦する姿を目の当たりにすると共に「仲間を守れ！！」という檄を受け、剣司の仲間への想いを心から理解し自らもその想いを強く受け継ぐようになる。第二次蒼穹作戦では操の操縦するマークニヒトからカノンを守り、島を取り込もうとしたミールのフィールドから身体を張って島を守りきる。
来主操と共鳴し人類軍の核攻撃から島を庇って墜落したエウロス型フェストゥムを抱き起こした際に、芹が見た個体と同様に人の顔を浮かべ「いたい、たすけて」と口を動かしながらも同化結晶もワームも発生させずただ炭化して「死んで」いくのを看取り、芹の心を理解しフェストゥムとも分かり合える可能性を信じ始めることになる。
【EXODUS】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
高校を卒業し、第二種任務としてアルヴィス広報部に所属する。竜宮島のアイドルを自称し、特撮番組でゴウバインになったり、怪しい探検番組の隊長になったり、果ては歌謡スターや緊急速報時のVTRでニュースキャスターに扮するなど、竜宮島のテレビ放送においてあらゆる番組に登場する。研究に没頭するあまり周囲との交流が減った芹を心配するがゆえ、番組作りに無理やり巻き込んでいるが、あまりに多くの番組を作りすぎているために芹を含め友人からは呆れられている。竜宮島でインタビュー番組に応じたナレインからは、ジャーナリズムが生きていると感心されている。芹との関係については、姉だけでなくビリーやアイにも恋人と思われているようであるが、本人は照れながらも否定している。
有事の際は、ファフナーパイロットとしても戦う。第1話での出撃時、ゴウバインのヘルメットを後輩である美三香に譲った。目立ちたがりは変わらないものの、同時に「島のアイドル」としてどんな時も努めて明るく振舞い周囲を鼓舞するムードメーカーに成長しており、変性意識の影響もみられなくなっている。剣司のことも劇場版での戦いを通して衛と同様深く尊敬するようになり、パイロットを続けることへの責任感も自覚しているとともに、「フェストゥムとの相互理解」を望むようになっていく。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
シュリーナガルとそこのミールの様子を記録するべく、取材特派員とパイロットを兼ねて、「みんなにとっての希望を持ち帰る」という約束を芹と交わした上で派遣部隊に参加する。ロードランナーとの戦闘後も惨状を記録し、暉と対照的に島の外を見たことを後悔せず「互いに憎み合っていては人間もフェストゥムもいなくなる」と暉を諭している。脱出行でも合流のために事態を割り切るビリーを見て、人類軍が戦ってきた厳しい状況を理解しながらも、同時に危機的状況下で支え合う人たちの強い姿の存在から精神的に成長を遂げていく。そして、「自分が知る平和を世界に伝える」使命感を持つと共にその過酷さとやりがいを実感する。
しかし、その志から交戦規定アルファのもと現れたアルゴス小隊を真っ先に出迎えたがゆえ、ダスティンにコクピットを狙撃され戦死する。焼け残った遺体の一部はマークフュンフとともにアルゴス小隊に回収されたが、溝口がヘスターとの交渉の末に奪還し、竜宮島へ無言の帰還を果たす。
カノンは広登の死をSDPで見ており、里奈は睡眠中に広登の命の分のゴルディアス結晶の成長を感じ取っている。暉も派遣部隊の中では真っ先に気付いていたが、両親の時と同様に受け入れることが出来ずにいた。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
第二次脱出行でその死を受け入れたくないあまりに疲弊した暉が、クロッシングで会話をする錯覚をしていたが、その志は暉に強く刻まれ、暉を通じて里奈にも伝えられる。暉が消滅の間際に見た走馬燈でウォルターと共に暉をねぎらった後、クロッシングで里奈に別れを告げ、暉と共に旅立っていく。
年齢的には里奈たちの後輩であり、中学校では剣司や咲良の生徒にあたる。『EXODUS』開始時点ではパイロット候補生で実戦未経験であったが、エメリーの干渉によるコアの大量発生を期に正式なパイロットとなる。たび重なる遺伝子操作の成果か、全員が高い適性と能力を持つ。
『THE BEYOND』では、第五次蒼穹作戦時は3人ともパイロットであるが、3年後には剣司が史彦の補佐に就くことで、彗は当初の予定通りジークフリード・システムの搭乗者となる。
御門 零央（みかど れお）
声 - 島﨑信長
2136年8月10日 / 血液型：AB型 / 身長・体重：152cm・46kg → 178cm (THE BEYOND)
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィスのファフナー搭乗者
生真面目で男気に溢れる少年。実家の「御門や」を手伝う。「零央」の名は「強い子に育って欲しい」という母の思いから、ベルギーに留学した父によってベルギーの国章から付けられた。菓子作りを父親から習っており、作ったケーキを喫茶「楽園」に客用として届けるなどそれなりに腕前も良い様子。美三香に恋心を抱いており、鈴村神社のお守りに美三香の写真を入れている。
身体能力だけでいえば美三香には及ばないものの、格闘技能に特化した能力を持っており、格闘技術では一騎でさえ一本取れるか不明という実力を持つ。実戦でも、抜きん出た戦闘力を示した。剣の技量でフェストゥムにライバル視的な感情を抱くなど、負けず嫌いな面も見せる。変性意識としては真矢のものと似た「機械的な冷酷性」が発現、躊躇や恐怖心がなくなることから得意の格闘戦において無駄のない動きを発揮できるほか、出撃時について細かく記憶することにもつながっている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人間とフェストゥムの融合個体
皆城 乙姫（みなしろ つばき）
声 - 仲西環
誕生日：2133年3月5日 / 星座：魚座 / 血液型：O型 / 身長・体重：143cm・39kg / 好きな物：プリン、三色カレー / 家族構成：兄・皆城総士
【1期】
総士の妹。竜宮島の守り神という過酷な運命を背負わされた少女。自分の置かれた立場を知り抜いているがゆえに、老成して達観したところはあるが、好奇心旺盛で明るく元気な性格も持ちあわせている。他人には冷徹な態度で接することが多いが、兄の総士をからかったり甘えたり、遠見千鶴を母のように慕うなど、歳相応の子供らしい面も持ち合わせている。芹たち中学校での同級生に対しても、普通に女の子らしく振る舞う。
胎児期に瀬戸内海ミールの暴走を受け、半同化状態となった母・皆城鞘の胎内から、人工子宮に移され出生した。人類に数人しかいない人間とフェストゥムの融合独立個体。もともと人工子宮の中で過ごすことが前提の身体の造りとなっているので、長期間の外での活動には耐えられない。乙姫の場合は、3か月が人間として生きられる期間であり、その少ない時間を精一杯生き抜くことを選択する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人間とフェストゥムの融合個体
竜宮島のコアとして12年間、人工子宮ワルキューレの岩戸の中で島の機能を管理していた。序盤で一騎の前に幻影のように姿だけを見せ、まだ事態を受け止めきれず、気持ちが揺らいでいる一騎に、総士と一緒に戦って、支えてやって欲しいと地下の岩戸へと導く。
物語中盤で、人類軍による竜宮島の占領の先手を打つかのように覚醒し、ワルキューレの岩戸を出て島内を自由に移動、人間としての生活を始める。人類軍の撤退後、一人の生徒として中学校の2年生のクラスに編入される。その際、生徒たちに彼女の素性がどのように説明されたかは不明であるが、甲洋がさまよい出た騒動（実は乙姫が甲洋を解放した）の際、乙姫も同様にフェストゥムと融合していることを、自身から芹や里奈、広登に初めて明かしている。しかしそれ以前も以後も、彼らは平時には普通のクラスメイトとして乙姫に接し、戦闘時に乙姫が外で見届けようとする際には芹から普通の人間と同様に身の危険を心配されている。
人間でもフェストゥムでもあるため、どちらの存在にもこれからの行く末を自分たちで選択させようとする。そのために自身の目と足で情報を集め、戦闘時もそれを見届ける。また、独立していてもコアとして竜宮島の様々な管理機能や戦力は使用可能で、同時に島の全てを知る「生き神様」のような存在であり、島民から崇敬される。総士を救出する際には、何も使わずに一騎とたやすくクロッシングを行っている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人間とフェストゥムの融合個体
「人として生きたい、一人ぼっちになりたくない」という思いは強く、島との最後の同化により親しい人たちとの別れを迎えたとき、思わず足が竦んで泣き崩れてしまう。ひたすら抱きとめてくれた千鶴の温かさに、亡き母を感じ取った乙姫は「私もこんな風に皆のお母さんになればいいんだ」と、自分の運命を心の底から受容。岩戸に入り肉体を消失させる。瀬戸内ミールが生命の循環を完全に理解したため、ミールの分身として無限に輪廻転生を繰り返し、学習しながら岩戸を出入りする存在、真なる「島の女神」となる。
【劇場版】
意識体として残ったまま史彦に語りかけ、美羽とミールの対話を促す。その後、芹が代替者となった際に再会し、コアが成長期を乗り越えたことで完全に消滅し、コアを芹に託していく。
【EXODUS】
灯籠流しの夜に翔子や衛、オルガを初めとした派遣部隊の帰還者の分と共に、芹と織姫によって彼女の灯籠が流される。織姫が目覚めてからはたびたび名前が出ており、特に芹や史彦が引き合いに出す。
【評価】
『アニメージュ』の企画「第28回アニメグランプリ」では「女性キャラクター部門」で第27位にランクインした。
皆城 織姫（みなしろ おりひめ）
声 - 仲西環
【劇場版】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人間とフェストゥムの融合個体
乙姫のいわば娘にあたる島のコア。この頃はまだ命名されていない。胎児状態から成長期に入り、島を支えるコアとして不安定状態となり、島民、特に真壁史彦らかつての戦争で放射線障害を持っている者たちの健康状態が悪化する。
【EXODUS】
引き続き竜宮島最深部で眠り、島を守っていた。以前の胎児状態から幼児状態まで成長をしている。島に飛来してきた人類軍ナレインと少女エメリーに呼応するかのような反応を見せ、さらにエメリーが接触する際には1期の乙姫と同世代程度にまで肉体を成長させる。
派遣部隊の出発から間もなく目覚め、一騎たちに派遣部隊の危機を伝える。乙姫の記憶は有しているが、同じ名前で呼ばれることを嫌い、芹に自分の名前を決めるよう命令し、七夕に生まれたことに由来して「織姫」と名付けられる。
他人には高飛車な物言い、かつ冷徹な態度で接し、乙姫に比べて口数も多い。その一方、総士や千鶴には甘えた態度を見せる。また、芹の家に同居して寝食を共にし、態度は高飛車ながらも甘えており、芹が同化現象で隔離されてからは頻繁に訪れており、特に心を開いている。口調とは裏腹に日常での行動は無邪気そのもので、行美は「人懐っこいコア」と評している。芹の影響で昆虫採集が趣味であり、昌幸の影響でさきいかが好物である。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人間とフェストゥムの融合個体
乙姫がフェストゥムに呼びかける能力を有していたのに対し、織姫は島の未来を見通す能力を持つ。そのためにSDPの出現も全てが未来に必要なものと称し、特に発現時のカノンのSDPは待ち望んでいたものであった。後に剣司と甲洋もSDPを発揮したことで未来に必要な力が全て揃った模様。また、いずれ芹が島を去る可能性や、総士とマークニヒトが第三アルヴィスで生まれ変わる未来も暗示している。
最終的に第四次蒼穹作戦にて、美羽を介してアルタイルと交信することで、アルタイルを竜宮島へと封印することに成功。島民との別れと、自分をただ一人助けに来た芹を前にして、最終的に抑えていた涙を流した末、乙姫同様島へと還っていく。
真壁 紅音（まかべ あかね）→ミョルニア
声 - 豊口めぐみ
【1期】
史彦の妻で一騎の母。一騎の幼少時にフェストゥムに同化しており、人間としてはすでに存在しない。かつては日本自衛軍第2混成団特科大隊のエースパイロットであり、史彦の上司でもあった。陶芸を通じて土、すなわちシリコン（フェストゥムと同じ物質）に触れ、フェストゥムのことを知ろうとするなど、独特の考え方を有していた。皆城公蔵がミールを分析中だったにもかかわらず、ミールを本質的に理解した最初の人物である。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人間とフェストゥムの融合個体
史彦を助けようと、フェストゥムに自ら進んで同化し、フェストゥムに時間と存在を与え、ミールの共鳴核となる。
ミョルニアとなってからは日野洋治にかくまわれて部下として振舞っており、モルドヴァ基地壊滅の際にマークザインを操って一騎のピンチに駆けつける。
自分のコアを助ければ、フェストゥムと共存するためのデータとまだ生存している皆城総士の両方が手に入ることを伝えるため、ミョルニアとして竜宮島に現れ、この時には紅音の記憶に導かれて山に現れており、記憶という概念についても理解している。データという概念を持たないながらも乙姫を通して洋治の設計思想に基づく機体の改良方法および同化現象の緩和薬のデータを送り、絶望の淵に立たされたアルヴィスに希望をもたらす。
【劇場版】
戦う術、生まれるということを知ろうとする操のミールに捕らえられていた。艦内にいるフェストゥムたちの痛みに苦しむ操に存在する理由を問いかける。第二次蒼穹作戦の中、ファフナーの攻撃で自身を捕らえていたフィールドが消えたことによって解放され、コア（のちの織姫）の生命を維持するために島に戻り、コアと島を守りきり完全に消滅する。また、コアの生命を維持する際に竜宮島が自身の帰る場所と悟っていた。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人間とフェストゥムの融合個体
史彦の回想に結婚前の紅音が登場しており、フェストゥムがケイ素で構成された生命体であることからフェストゥムも土、すなわち帰る場所を探しているという可能性も考えていることを史彦に語っている。
【EXODUS】
第四次蒼穹作戦の中、意識体として皆城鞘とともにワルキューレの岩戸に還ろうとした織姫を迎える。その後3人でアルタイル・ミールと相対し、島に封印する。
ルヴィ・カーマ
声 - 佐々木りお
誕生日：2151年11月23日
エメリーが転生した海神島のコア。第四次蒼穹作戦の2年後の時点で既にディランと共に活動し、総士たちがマリスに連れ去られる未来を予見する。
さらに3年後には未来への試練を見据え、マークニヒトに乗るように告げる。
皆城 輝夜（みなしろ かぐや）
声 - 松田颯水
【THE BEYOND】
竜宮島のコアたる黒髪の少女。朔夜や芹と共に封印された竜宮島内で活動を開始しており、総士とクロッシングを行いつつ海神島との合流を図っている。
皆城 朔夜（みなしろ さくや）
声 - 松田利冴
【THE BEYOND】
竜宮島のコアたる白髪の少年。竜宮島に封印されたアルタイルの力の余波の影響で、「輝夜を守る」役割のもと双子として誕生した。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
イドゥン
声 - 真殿光昭
1期で竜宮島が発見した島に存在したコア（声 - 白鳥由里）が同化された存在。竜宮島が接触した際に目覚め、以後はマスター型として活動する。人型ではあるがあくまで北極ミールに属するフェストゥムの一個体であり、人間に対し自らの存在を説明する際は「我々」と一人称複数を用いる。
ミョルニア同様に北極ミールの分岐の可能性としてモルドヴァに潜入していた。紅音の意志を継いだミョルニアよりも優先された分岐として、人類と敵対を継続する。部分的ではあるが人間の感情と共に情報という概念を理解して、モルドヴァ基地のシステムを無効化してフェストゥムの襲来を手引きすると共に、衛星回線でモルドヴァがフェストゥムに襲われる映像を世界に公開するなど、フェストゥムなりの情報戦を仕掛けるようになる。
その後、竜宮島を通じてジークフリード・システムの存在を知ると共に、ミールの意志でミツヒロがファフナーの開発を行った基地に潜入、基地の構造を理解し終えると、最終テストに入っていたマークニヒトを由紀恵を同化して操る事でニヒトのコントロールを奪取。ミツヒロを彼女の目の前で葬り、彼を愛していた由紀恵から「憎しみ」の感情を学ぶ。その後マークニヒトで竜宮島を襲撃し、島に大損害を与え、日野道生を葬った後に総士を彼が搭乗していたジークフリード・システムごと同化し、連れ去る。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
北極で同化による強制的なクロッシングを行い総士から人間と戦うための戦術を引き出すが、総士がフェストゥムに与えたのは敵味方双方に多大な犠牲を強いる「消耗戦」の概念であり、フェストゥムに「痛み」を与え理解させるのが総士の狙いであった。
蒼穹作戦が発令され、総士を取り戻すべく北極に進軍する一騎たちをマークニヒトで迎え撃つが、孤立した剣司に襲い掛かったところ思わぬ反撃に遭いに痛打を受け、剣司の元へ駆け付けたカノンとの連携、真矢の狙撃でさらなるダメージを負い、それまでいた「無」ではなく「存在」する故に感じる痛みや苦しみ、死＝消える事への恐怖と死から逃れた際に感じた安堵＝存在することの喜び等、未知の感覚に苛まれ「我々を無に戻せ！」と恐慌状態に陥る。その後一騎と真矢によってミールを砕かれ狂乱状態となり、マークニヒトで一騎たちとファフナーを搭載し帰投する輸送機のハッチを突き破って現れ、竜宮島部隊を同化し自身も消えようとするが、総士の判断で直接捕まった一騎のマークザインと総士が輸送機から離れたため、二人だけを道連れに機体ごとフェストゥムの世界へ落ちる。しかし既にフェストゥムの世界に居た甲洋が一騎と総士をイドゥン諸共存在の側へと引き上げたため北極の地上で再実体化し、マークニヒトはマークザインに機体の内部から同化され、イドゥンは「“私”はここにいる――！」と己の存在を叫びながら無に還ることとなる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
しかし、北極ミールが自らの消滅と引き換えにその時存在していた全てのフェストゥムに個体としての「存在」を与えると共に、彼が学んだ憎しみは他のフェストゥムにも影響を与え、戦いをさらに長引かせることとなる。
来主 操（くるす みさお）
声 - 木村良平
身長：173cm (THE BEYOND)
【劇場版】
劇場版に登場するキーパーソンの一人。外見は10代の少年の姿をしている。
第一次蒼穹作戦の後、砕かれたポラリス・ミールから分化し北極で群れを形成していたミール（のちのボレアリオス群ミール）の元で自然発生によって初めて「個体」としての自我を持ち自ら存在することを望んだスフィンクス型フェストゥム。その後フェストゥムの側に居た皆城総士と対話を行い、ミールに従いながらも自らの意志で総士の存在をミールから隠匿し、彼の肉体の再生を行っていた。その後群れに対する人類軍による核攻撃で多大な損害と痛みを負い、再び生まれる事を拒んだミールからその意志の代行者としてスフィンクス型でありながらヒトを模した姿を与えられた（それまでヒトとの同化・融合によって生まれたコア型・スレイブ型・マスター型とは異なり体の構造はヒトと同一だが、染色体は存在せず、竜宮島のソロモンによる判定もスフィンクス型）。「来主操」の個体名は、彼と共鳴・対話した総士が見出したフェストゥムとしての可能性を言語化し日本語で名付けたもの。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
一人称は「俺」。フェストゥムとして生まれたがゆえの、ボレアリオス群ミールから引き継いだヒトと異なる認識・行動原理と、個として生まれたがゆえのヒトの子供のような純粋さを併せ持っている。マスター型のように自らが属するミールや群のフェストゥムを「我々」といった一人称複数形ではなく、「俺達」「俺達のミール」「仲間」といった第三人称で形容する。ボレアリオス群ミールの使者としての役割を拒絶はできないが、個として最初に感じた「空が綺麗」という感情を他者と共有できるかどうか積極的に尋ね、同意した相手と出会った際は「分かり合える」と喜び、屈託なく接する。対して会話が出来ずに思考も読めない動物が苦手で、作中では自分を警戒し吠えかかってきたショコラには怯えて近づくこともできなかった。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
先述の人類軍による北極への核攻撃の折りに再生半ばだった総士を守り、その後総士と半同化状態で肉体を形成するため眠った状態で人類軍艦艇に乗せられ竜宮島へとやってくる。その後眠りから目覚め、ボレアリオス・ミールの「特使」として真壁史彦と会談。竜宮島のコアを操に同化させる事、そしてボレアリオス・ミールの群れと竜宮島との共同戦線による人類軍や他のミールの群れの殲滅と平和維持を語った。これまでのフェストゥムとは異なる、人類に近しい思考へと至った変化がアルヴィスの面々を驚嘆させる。目覚めてからは総士のアルヴィス制服を与えられ着用しているが、総士よりやや小柄なため袖と裾が少し余っている。また、日野美羽と引き合わされた際はフェストゥムと同じ情報伝達手段で「会話」出来る存在である事に驚嘆を示した。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
自身とミールの関係を「人間(の脳)と手」あるいは「神」と例え、ミールには決して逆らえない事と、一騎たちに消えてほしくないという個としての想いの二律背反に苦しみながら、ボレアリオス・ミールの攻撃によって封印から解かれたマークニヒトのパイロットとして搭乗させられ、竜宮島の新たなコアを同化しようとする。操を止めるため再びマークザインへ搭乗した一騎と戦闘になるが、一騎はニヒトを島から引き離すこととボレアリオス・ミールの力で従属させられている他の群れのフェストゥムの解放を優先したためマークニヒトは一騎ごとマークザインを同化し、ニヒトの中に封印する。
ボレアリオス艦へ帰還した後は、ミールが受けた痛みによって再び生まれる事を拒否したため正常な姿で生まれる事が出来なかったフェストゥムの個体と彼らの背負った痛みだけが増えていく事に自らの存在が耐えられないと悲嘆し、島と人間達を滅ぼして痛みを消したら自分の存在も消す事を心に決める。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
第二次蒼穹作戦時はマークニヒトに再度縛り付けられ、多数のエウロス型と共に竜宮島を攻撃。防衛部隊であるカノンのマークドライツェン、真矢のマークジーベンを圧倒するが、甲洋のマークフィアーによる同化攻撃と、時を同じくして竜宮島Rボート部隊によるボレアリオス艦への攻撃によって生じたさらなる痛みをきっかけにニヒトに封印されていたマークザインと一騎が解放され、再び上空で相対する。一騎との激突と対話の末、彼がザインを介してボレアリオス・ミールによる操のニヒトへの束縛を解き、その反動で結晶化寸前にまで陥った際、一騎に消えてほしくないと願った操はザインとニヒトを中心に未知のフィールドを発生させその中からミールへ「俺はもう戦いたくない！」と叫び、初めて自らの意思をミールに伝えた事で一騎の同化は止まり、発生したフィールドは拡散し竜宮島上空を覆っていたミールのフィールドを解除させ、発した光はエウロス型や従属させられていた他の群れのフェストゥムにも共鳴を起こし、戦いを止めた。同時にRボートの日野美羽とボレアリオス・ミールの対話も成った。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
その直後、現れた人類軍の攻撃機により竜宮島へ向けて発射された核ミサイルをマークザインと共に止めに向かうが、攻撃を感知したボレアリオス・ミールが痛みへの恐怖から対話していた美羽を反射的に同化しようとした際に「彼女を消すな、ミール！！」と再び呼びかけ、美羽を消滅の危機から救った。
核ミサイルを体当たりで止めようとしていたザインとニヒトだったが、操は衝突の寸前に半同化状態だった総士から分離し、ニヒト内部からスフィンクス型の姿で飛び出してミサイルを受け止め、残った総士を乗せたニヒトはザインと一騎を守った。ボレアリオス群や解放された他のフェストゥムも島を爆発の影響から守り、ワームスフィアも同化結晶も生じさせず、ただ炭化し「死んで」いった。操も爆炎によって肉体が消滅するが、その寸前に自らのミールを存在する事への喜びで祝福し「生まれよう、一緒に」と呼びかける。竜宮島へ戻りザインからコックピットを降ろした一騎に総士を介して「いつか自分がいるところに一騎がくるかもしれない。その時一騎が空を見えないのは悲しい」と伝え一騎の視力を回復させ、その意識は途絶えた。そして操の命はボレアリオス・ミールの元へ還り、艦の中枢部でコア型フェストゥムとして胎児の姿へと転生を遂げ、艦は偽装鏡面を展開し去っていった。
【EXODUS】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
物語開始時には操の属しているボレアリオス・ミールは余計な戦闘を避けるためアザゼル型・フローターとして擬態しており、大気中を浮遊しながら群れの増殖とコアである操の成長を進めていた。
アルゴス小隊の攻撃により孤立無援での脱出行を続けていた竜宮島島外派遣部隊とペルセウス中隊への援軍として、美羽とエメリーによって交信、援護要請を受ける。やがて竜宮島との合流地点を目前にしてアザゼル型・アビエイター群とクローラー群の襲撃を受けていたペルセウス中隊とシュリーナガル市民の元へ到着。アザゼル型・フローターとしての擬態を解いたボレアリオス艦の甲板に転生前と変わらぬ少年期の姿で現れ、エウロス型を操り美羽達を守って人類軍及びウォーカーと交戦。追撃を退けた後、竜宮島と合流する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
先代を「前にいた存在」と区別はしているが、竜宮島のコアとは違い人格は先代のものをそのまま受け継いでおり、フェストゥム寄りの価値観を残しつつも相互理解を望む人懐っこく明るい性格や、犬が苦手といった嗜好、「空が綺麗」といった原初の感情を持つことは変わらない。ゆえに本作では、エスペラントやヒト型フェストゥムといった自分と近い存在と接する機会も多いが、フェストゥムのような交信ではなく、人間と同じように言語による対話を用いた相互理解を望んでいる。記憶という概念も理解しており、島民の強い記憶を残した喫茶「楽園」やマークドライツェンを気に入っている。
「美羽を同化する」という交換条件を受けて救援に応じるが、「世界に平和が到来し、誰も痛くなくなるまで」はそれを待つことを了承、以降は竜宮島に滞在する。その後、喫茶「楽園」にて織姫、甲洋、総士といったフェストゥムに近いメンバーと会話を楽しみ（先代と直接交戦した甲洋のことは好きになれないが、ショコラを恐れるがゆえに何もできない）、コアでありながら自らも竜宮島を守るべく戦線に立つ事を表明する。これによりマークドライツェンを与えられ、第三アルヴィス上陸作戦以降はエウロス型を率いて出撃する。タキサイキア現象のように周囲をスローモーションで認識するSDPを発現、「今をたくさん見せてくれる」と喜び意気揚々と戦闘に臨む。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
第四次蒼穹作戦では、総士のマークニヒト、甲洋のマークフィアーとのトリプルドッグでアザゼル型・クローラーを撃破。第三アルヴィスのコアに取り込まれかけた一騎を竜宮島のミールと共に救い、マークレゾンとの最後の戦いの後に第三アルヴィスのコアによってフェストゥムの世界に落とされた一騎とマークザインを甲洋と共に存在の側へと引き上げ救い出す。その後、3人でアショーカの根元で沈黙したマークニヒトのコックピットから赤子の姿に転生した総士を保護する。
【THE BEYOND】
正式にマークドライツェン・クロノスに搭乗しつつ、ボレアリオス・ミールのコアとしてエウロス型の群れを率い第五次蒼穹作戦や総士奪還作戦に参加する。操とその群れは敵であるマレスペロの群れやベノンとの戦力差を埋めるのに欠かせない存在となっており、一騎・甲洋とともに『3人のエレメント』の一人としてベノンからも警戒されている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
なかなか平和にたどり着けず、ベノンの赤い月によって綺麗な空を見る事が出来ない事を悲しみ、それを変えられない自分の力の至らなさを痛感している。美羽を同化できないことをぼやきながらも一騎たちとの友好関係自体は気に入っており、海神島ではカノンを失った容子の養子となり、海神島を訪れた際は第二種任務として「楽園」海神島店でアルバイトに入るなど、正式に島民として扱われている。羽佐間家で暮らしたことでクーを通じて猫が好きになり、島の野良猫たちとも遊ぶようになっている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 フェストゥムの個体
言葉での相互理解を重視しているが、人間の感情への理解についてはまだ浅く、偽の竜宮島を沈めた際に総士にとってはその島が「本物」であったという感情については理解が及ばず、甲洋に窘められている。自らのミールからの啓示で自らの死のビジョン(大破したクロノスの姿)を幻視した際は、「子供が死ぬ事に慣れている容子を養母に選んでよかった。自分も前の2人(翔子、カノン)のように飾ってほしい」と語る。しかしその言葉に堪らず激昂した容子に叱責された事で深く落ち込み、本当は自分が消えたくないと思っている事を自覚し衝動的に美羽に同化を要求した。その後のベノンによる海神島攻略作戦の戦いでも容子を案じながら自らの群れを率いアバドンと共に島を守るため戦う。一騎のマークアレスの覚醒により死を免れ帰還した際は、操の言葉の真意(子供という大事な存在を喪っても、彼女たち、そして操が存在していた事を忘れずずっと覚えていてくれるという信頼を「子供が死ぬことに慣れている」という言葉で伝えてしまった)を真矢に説かれ操の思慕の念を理解した容子に抱擁とともに温かく迎えられ、今ある命の価値と愛情を理解した。