ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
第四次蒼穹作戦時にジョナサンと共に宇宙空間に放逐されたまま沈黙していたが、二年後には後に赤い月と呼ばれることになるプロメテウス・ミールのゴルディアス結晶に呑み込まれていた。宇宙に上がったマレスペロの手でジョナサンと共に回収され、第六次蒼穹作戦において周囲のゴルディアス結晶を溶解・同化する事で巨大なオーロラを発しつつ完全なザルヴァートル化を経て「憎しみの器」であるケイオスをパイロットとしてベノン最大の戦力として運用される。
その姿はEXODUSの時から大きく変容し、背面にはスタビライザーに替わり巨大な尾のようなマニピュレーターが追加され、近付く相手を自動的に迎撃するほか、敵機体に巻き付けて縛り上げ同化攻撃を仕掛ける事も可能。また両肩のホーミングレーザー発振器が大型化し、発射するレーザーも太くなっている。レーザーの追尾性能自体は以前より落ちているが、直径が増し連射も可能になった多数のレーザーを屈曲させ広範囲を多方向から薙ぎ払う事で相手の逃げ場を無くし直撃させるように運用する。また両肩のソード2振りは斬撃の他に刀身がルガーランス同様に展開し射撃による攻撃も可能(今回はベヨネットを失っているためEXODUS時とは逆でソードとしての運用が主体で、マウント状態で2本合わせてのビーム砲塔としては使用されなかった)。攻撃性能が格段に向上している一方でイージス発生装置が6基から2基に減っており、以前のようにウォールを広範囲に展開させることは出来なくなっているほか、ルガーランスを2本構えた総士のニヒトが全速力で突撃した結果1本はウォールを突破しレゾンの腹部を貫通する事に成功する等、防御性能の低下が見られる。
第六次蒼穹作戦時には宇宙空間のプロメテウス・ミールのゴルディアス結晶内から現出。単独・遮蔽物なしでの大気圏への再突入を行い、その位置エネルギーをそのまま母艦オリンポスに接近していた来主操のボレアリオス艦に叩き付け、ミール諸共文字通り粉砕した。その後は操のクロノスを“尾”によって捕捉・同化し、阻止しようとしたアレスとアバドンを両手に持ったソードで軽くあしらい、クロノスをフェンリルによる自爆に追い込んだ。それにより操のミールの群れであるエウロス型フェストゥムもすべて消滅し、海上の戦況をベノン有利に傾ける。
戦場に竜宮島が嵐と共に到来し、そこから出撃した芹のマークツヴォルフ、アバドンのツインドッグと交戦。その間に美羽と総士によるアルタイル・ミールとの対話が成就しその力がマークザインに宿った事をマレスペロに知らされ、破壊して奪うよう命令され襲い掛かる。ザインとニヒトによる連携でダメージを負うが、ソードの刀身を展開しプロメテウスの「光」の力を全力で放ち太陽の如きエネルギーフィールドで全てを呑み込もうとするが、ザインとニヒトの同化によってフィールドは崩壊、美羽とザインの同化によって尾と右腕を失い満身創痍の状態でオリンポスへと着艦・沈黙する。
「レゾン」の名とは裏腹に、本編中は最初から最後までマレスペロによって「理由なき憎しみ」を祝福として与えるために運用された悲運な機体だった。
トローンズ・モデル
『EXODUS』に登場。大隊指揮官機。メガセリオン・モデルの発展後継機であり、人類軍最新鋭ファフナーの一つ。モデル名は「座天使 （多くの目を持つ天使）」から来ている。
ジークフリード・システムとのクロッシング維持やシステムからのフィードバックによって各機の状況把握を行うため、パイロットへの負荷が激しい。メガセリオン・モデルがベースであるため、シナジェティック・コード形成時にも大きな心理的重圧がかかる。機体性能は高く、空戦型のラファエルはマークジーベンを易々と追い抜く機動性を有する。
作中では、基本カラーが薄緑で背部に棘状のスラスターを6基装備しており、ダスティン・モーガンやペルセウス中隊転属後のアイシュワリア・フェインが搭乗する空戦型の「ラファエル 」、本体はラファエルとほぼ同じだが棘状のスラスターの代わりに肩部に装甲板を装着し、ナレイン・ワイズマン・ボースやアルゴス小隊のハインツ・ビットナーが搭乗する陸戦型の「サンダルフォン 」が登場する。しかし、機体の特性上ドミニオンズ・モデルやパワーズ・モデルと比較して配備数は少ない。また、大隊指揮官機でありながら、その基本性能の高さから一般兵のパイロットも多い。
脱出行終了後は竜宮島唯一の人類軍製ファフナーとしてナレインがサンダルフォンで出撃している。
『THE BEYOND』では第六次蒼穹作戦に肉体を得たマレスペロが搭乗し、自らをアルタイルのコアとするため前線に立った。陸戦仕様で装備は両肩、両腿に追加装甲をマウントし武装はベヨネット、左腕のクロ―アームのみとシンプルなものだったが、その装甲で真矢のケイオスへの狙撃を防ぎ、機動力の面でも背面スタビライザーがザルヴァートル・モデルと同様に発光し飛行が可能で同モデルと遜色ないレベルのものを発揮した。またベヨネットにアバドンのSDPである『毒』の刃を纏わせて美羽のマークザインに斬りかかる等攻撃面でも高い性能を見せた。
ドミニオンズ・モデル
『EXODUS』に登場。中隊指揮官機。ザルヴァートル・モデルの大量生産機であり、人類軍最新鋭ファフナーの一つ（内蔵するコアのパワー不足のため、ザインやニヒトには及ばない）。モデル名は「主天使 （任務統制をする天使）」から来ている。
フェストゥム因子の移植が良好でかつ同化促進に耐えられ、さらには中隊クロスドッグの残り3機のパワーズ・モデルを率いて戦えるほどの継戦能力に長ける者だけが搭乗出来る。
背中のマウントラッチに予備の装備を搭載できるので、トローンズ・モデルに性能で劣る代わりに戦闘継続能力と配備数はトローンズ・モデルよりは上。
作中では、基本カラーが青緑で、収納式の翼を持ち、転属前のアイシュワリア・フェインやロブ・ウォーグレイヴ、転属後のジョナサン・ミツヒロ・バートランドとウォルター・バーゲスト、アルゴス小隊転属後のキース・ウォーターが搭乗する空戦型の「ガブリエル 」が登場し、その他に14話に登場する胴体や四肢はガブリエルと似通っているが翼はなく、頭部の形状が異なるほか肩部や胸部に装甲が追加されており、脚部にはミサイルランチャーを装備し、肩パーツからイージスを展開できるほかスラスターを搭載する陸戦型の「バルバトス 」や、同じく14話に登場するアルゴス小隊の赤色で、胴体や四肢はガブリエルと同様で翼もないが、頭部はガブリエルと同じで肩パーツに小型の装甲板になっているが胸部や脚部の追加装甲はない汎用型の「モンス・エンジェルス 」などのバリエーションが確認されている。
パワーズ・モデル
『EXODUS』に登場。一般機。グノーシス・モデルの発展後継機であり、人類軍最新鋭ファフナーの一つ。モデル名は「能天使 （悪魔の侵入を警戒して巡視する天使）」から来ている。
中隊クロスドッグ4機のうち3機が基本的にはこのモデルである。搭乗可能な人間を出来る限り増やすためのシステムを搭載しているため他の機体より大型。グノーシス・モデルと同じく、適正者以外でも因子の移植と同化促進剤で無理矢理乗せることが可能であり、最も多く配備されている。ただし、それ故パイロットが結晶化する確率が高く、対同化機能を発揮できずフェストゥムの餌食にされやすい（完全に同化される前にフェンリルが起動するようになっている）。大量動員が前提の機体であり、他の機体より大型となっている。また、主武装を腕部からハードポイントに変更したことで両腕が自由になり、ヒートソードを用いた近接戦闘も可能。
作中では基本カラーが茶色でモーガン隊(太平洋艦隊第三ファフナー大隊)時代のジョナサン・ミツヒロ・バートランドとビリー・モーガン、キース・ウォーター、ケイ・クレイソーンが搭乗する汎用型の「オリンピア・エンジェルス 」や基本カラーが深緑で、オリンピア・エンジェルスと似通っているが折り畳み式の翼がある空戦型の「アリエル 」が搭乗する（両者の違いは両肩の飛行ユニットで確認できる）。第2話ではビリー機がアリエルに換装されている。また、基本カラーが茶色で、オリンピア・エンジェルスと比べて肩パーツが盾のように大型化され、イージスを装備する陸戦型の「エイワース 」がシュリーナガルの防衛部隊やアルゴス小隊のキース・ウォーター機として登場する。