はたらく細胞 登場キャラクター
好気性細菌（こうきせいさいきん）
酸素を利用した代謝機能を備えた細菌。
第28話に登場。キョンシーにタコのような手足が生えた姿をしており、酸素を運びにきたAE3803に襲いかかろうとした所をU-1146に一掃される。
ウイルス
生物の最小構成単位である「細胞」を持たず、それでいて遺伝子を有するという、生物と非生物の中間のような存在。他の生物の細胞を利用して自己増殖を行う。
劇中では、帽子や仮面などの形で細胞（主に一般細胞）に憑りついてゾンビ化させる存在として描かれている。細菌と異なり、言葉を話す描写はない。
インフルエンザウイルス
声 - 植木慎英
第3話で初登場。細菌とは異なり、現実世界のウイルスそのままの姿をしている。帽子のように細胞の頭にピッタリとはまり込み、一般細胞をゾンビ化させて操る習性を持つ。
第22話には、抗原変異した進化体が再登場した。頭が尖った形に変異しており、感染細胞を屈強なゾンビに変えて体内を破壊しようとするが、樹状細胞の「鼓舞」＝「黒歴史の暴露」により奮起した免疫細胞群の総攻撃の前に全滅させられる。
ライノウイルス
声 - 古川慎
第11話に登場する風邪の原因ウイルス。一般細胞に取り付いて「キシャー」しか言えないゾンビにしてしまう。帽子に擬態し、下らないイタズラで一般細胞の興味を引き、ゾンビ化させようと目論む。
現実のライノウイルスは五芒星のような模様があり、作中では黄色い星が描かれた形の帽子の姿をしている。
ムンプスウイルス
声 - 福島潤
第13話に登場するおたふく風邪の原因ウイルス。おたふくの面の形をしており、一般細胞に取り付いて「フク〜」しか言えないゾンビにしてしまう。圧倒的な増殖力と結束力で白血球たちを追い詰めるが、過去の予防接種の獲得免疫を思い出した記憶細胞とB細胞の形成した抗体により全滅する。
デングウイルス
第16話に登場するデング熱の原因ウイルス。蚊によって運ばれる。天狗のお面のような形をしており、ランゲルハンス細胞に取り付いて天狗に変え、体内に大嵐を巻き起こす。
新型コロナウイルス
第29話に登場する、新型コロナウイルス感染症を引き起こすウイルス。作中でのウイルスは上記のインフルエンザウイルスと同じ形をしているが、感染した一般細胞はライノウイルス感染細胞に似た姿をしている。ウイルス自体は弱いが、様々な場所に潜伏して免疫系達を惑わしサイトカインストームを引き起こす。
その他
スギ花粉アレルゲン（スギかふんアレルゲン）
声 - 興津和幸
スギ花粉内部に存在するタンパク質。本来人体にとって特に害はないが、一部の人体は免疫細胞が過剰反応することでアレルギー（スギ花粉症）を引き起こす。
第2話に登場。埴輪のような顔をした準人型のゲル状生命体として描かれており、「スギ〜」と鳴く。図体は大きいもののこれと言って敵性はなく、体内をところかまわず徘徊するだけ。しかし、劇中の身体では「なんかしらトラブルの原因になる」と認識されており、免疫細胞はこれを殺すよう定められている。
アニサキス
魚介類に寄生する寄生虫で、稀に人体にも寄生して食中毒の原因となる。細菌とは全く異なる多細胞生物であり、細菌や免疫細胞とは比べ物にならないほど巨体。
第5話に登場。ウツボのような外見で描かれている。腸炎ビブリオとほぼ同時に来襲し、胃壁を食い破って大暴れするが、好酸球に撃破される。
がん細胞（がんさいぼう）
声 - 坂泰斗、芳野由奈（子供）
細胞の分裂エラーで生まれるできそこないの細胞。何の役にも立たず、無限に増殖し続け、やがて器官を乗っ取ってしまう。毎日何千個も生じているが、基本的には増殖する前に殺されている。
第8話で初登場。容姿は基本部分こそ通常の細胞と同じだが、髪が白く、全身を脈が走った不気味な姿をしている。
がん細胞の親玉
声 - 石田彰、諏訪彩花（子供）
第8話に登場するがん細胞の親玉。何もしていないにもかかわらず免疫細胞に追い回され殺されるという理不尽な境遇を恨み、人体全てを乗っ取ろうと画策する。一般細胞を装うが、NK細胞に正体を見破られる。NK・好中球U-1146・キラーT細胞の3人に対しても終始優勢に立ち回るほどに増幅・強化していたが、赤血球の呼び出した増援を受けた3人により討伐される。死の直前にも「僕はただ生まれてきただけなのに…」と己の出自を嘆き、「通常細胞のフリをしていた時、あんた（好中球）に優しくされたのはちょっと嬉しかったぜ」と語る。死に際、再来を宣言する。
第22話にて、細胞情報流出に伴い復活を遂げ、制御性T細胞を傀儡として再び人体征服を目論み、悪玉菌コロニーが生成した毒素で得た力により免疫細胞を滅ぼそうとする。しかし乳酸菌の活躍により毒素の供給を絶たれ、メモリーT細胞（上記のキラーT細胞）から吹き飛ばされ、最後は喉元をU-1146に切り落され絶命。「キラーTとNKは大嫌いだがあんたはそれなりに好きだった」「だから満足だ」と言い残して事切れる。
アニメ第2話において、すり傷から侵入した細菌から逃げている際に転倒したAE3803を助けた一般細胞は彼である。
善玉菌（ぜんだまきん）
腸内細菌の3グループのうちの1つで、人体に益をもたらす菌の総称。乳酸菌、ビフィズス菌、ガセリ菌などがある。
乳酸菌（にゅうさんきん）
声 - 吉田有里（クロ）、高橋李依（アカ）、藤原夏海（パンダ）、久保ユリカ（ブチ）
初登場は第20話。複数種登場しており、いずれも起き上がりこぼしとペンギンを足したような外見で、種類によって色や模様が異なる。「にゅー」と鳴く。大人しい性格で、悪玉菌退治に加勢したり、プリン体を好んで食べたりするなど、人体の健康には欠かせない細菌の一つ。頭部の左右に角（多糖体）を生やすことができ、また活性化することで巨大な姿となる。
日和見菌（ひよりみきん）
声 - 田村ゆかり、ファイルーズあい
腸内細菌の3グループの1つで、人体にとって益にも害にもならない菌の総称。名前の通り、善玉菌と悪玉菌の優勢な方に味方する。
劇中では第22・23話に登場する。狐のような見た目をしたものをはじめ複数種登場しているが、バクテロイデス菌（声 - 地蔵堂武大）以外の菌の名前は不明。当初は優勢な悪玉菌に味方するが、乳酸菌が呼び寄せた善玉菌が多数出現したことで即座に寝返る。その後、好中球に命乞いをするも、不法侵入者として問答無用で処分される。
ステロイド
超強力な抗炎症作用と免疫抑制作用を持つホルモンの一種で、副腎皮質ホルモンとも呼ばれており、人体でもわずかながら生産されている。
劇中では医師から投与された薬剤として登場し、レーザー砲を備えた頭部とガトリング砲になった両腕を持つ白いロボットとして描かれている。また、原作漫画では額や肩のマークが赤十字（厳密にはモノクロページなので色は不定）となっているが、アニメ版では「S」の字が入った紅白カプセルのマークに変更されている（赤十字の標章及び名称等の使用の制限に関する法律も参照）。他の細胞たちはステロイドのことは知らなかったが、記憶細胞からは「世界に異変が起こった時にどこからともなく現れる」「騒動に関わった奴を一掃するタイプ」と言われる。
第2話に登場。スギ花粉アレルギー発症の責任が誰にあるかで体内の細胞同士が喧嘩する中、AE3803の赤血球が持ってきた「薬用」と書かれた黒い球体の中から現れる。動き出すや否や、誰にも止められない強さで敵味方関係なく攻撃し暴れ回って体内を破壊、最後は「電池切れ」（アニメ版では「有効成分切れ」）で沈黙する。アレルギー反応で変形した建物などもまとめて破壊したため、結果的に種々のトラブルには終止符が打たれ、なし崩しに細胞たちの喧嘩も収まるが、荒れ果てた世界（体）を前に、揃って呆然とすることとなる。
『BLACK』にも登場しており、 T細胞の暴走を阻止している。
循環くん（じゅんかんくん）
声 - 石上静香
アニメ1期第8話に登場。心臓のモニター画像内にマスコットキャラとして登場。肺循環と体循環についてエンドレスで赤血球たちに説明していたが、AE3803は「何度見てもよく分からない」と言っていた。
このキャラのデザイン自体は読み切り作品『細胞の話』での白血球が持つスタンプカードが初出で、原作第1話でも一般細胞の集合住宅の看板や気管支ピタゴラ装置の看板に描かれている。
ユーグレナ
声 - 釘宮理恵
WEB限定動画「はたらく細胞 ユーグレナ編」に登場。藻の一種で、人間に必要な59種類の栄養素や「パラミロン」と呼ばれる食物繊維を持っている。