手裏剣戦隊ニンニンジャー 牙鬼軍団
倒されると元の手裏剣に戻り、帯びていた妖気が浄化される。融合していた器物は普通に倒すと消滅するが、体表からはみ出た手裏剣を攻撃すれば分離が可能。
デザインは、武部の要望により牙や角を多めにつけわかりやすい怖さを表現している。
上級妖怪
幻月の力を注がれた封印の手裏剣2枚により誕生した妖怪。通常の妖怪よりも強力なパワーなどを持つ。他の者でも封印の手裏剣2枚さえあれば上級妖怪を生み出すことができ、さらに萬月は封印の手裏剣4枚を用い超上級妖怪を生み出した。また忍びの36に登場したオボログルマは晦が、忍びの45に登場したオボログルママークIIは久右衛門が複数のガシャドクロを融合して誕生させたものである。
西洋妖怪
忍びの23終盤で有明の方の意向により来日した西洋三大妖怪。有明の方は「助っ人モンスター」、正影は「南蛮妖怪」と呼んでいる。有明の方は頼りにしている一方、晦はあまり彼らのことは良く思っていない様子であった。
デザインは、当初は日本の妖怪との差別化から器物モチーフはなく西洋甲冑を統一モチーフとしていたが、最終的に器物モチーフも加えられた。
巨大妖怪ガシャドクロ
忍びの3から登場。九衛門が小槌にセットしたガシャドクロ妖シュリケンを用いたガシャドクロ召喚の術で誕生させることが出来る巨大妖怪兵。
大小さまざまな骸骨が寄り集まったような外見が特徴で、両刃の大剣を武器とする。また2体が強い衝撃を受けた際、それぞれの体組織を構成する骨が分解・合体し、一本の巨大な大剣・粉骨砕身に変化することもあり、忍びの12では蛾眉雷蔵が使用した。ごくまれに眉毛のついた個体（キンジ曰く「レア」）もいる。
デザインは各話の妖怪と同様にK-SuKeが担当した。当初は他の妖怪と同様にビルをモチーフに入れることも検討されていたが、デザインが難航したためパターンからは外すこととなった。カラスが骸を啄ばんでいるというイメージから、カラスの尾に見立てた前掛け、肩や腰、背中に頭蓋骨、黒い羽根・背中の嘴・両腰の足などの意匠が盛り込まれている。一般的な伝承で野に打ち捨てられた獣骨が集合して生まれたというものがあったため、たくさんの獣骨が積み上がったような姿となっている。粉骨砕身は、ヌキを部分的に設けて骨っぽさを強調している。
牙鬼の忍者（十六夜流忍者）
忍びの28から登場の九衛門が率いる闇の忍者軍団。
九衛門などが小槌を使い忍び招聘（しのびしょうへい）の術で絵巻物から誕生させた、ハヤブサ・イッカクサイ・クロアリ・ムジナ・スズメバチの5人の忍び。無機物を元にしていた妖怪たちと違い、生物が元になっている。召喚した九衛門に対しては、ハヤブサのように忠実な者もいればムジナのように従わない者もいる。本来は幻月に仕える御庭番であるため、正影に召喚されたスズメバチは「十六夜流」ではなく「牙鬼流」を名乗っている。
全員固有の武器とは別に忍邪百妖刀という刀を持っており、黒い手裏剣をセットすることでシュリケン忍法に似た忍術を発動させることができる。
デザインは、テレビ朝日プロデューサーの井上千尋が書籍『「スーパー戦隊」徹底解析』（宝島社刊）に掲載されていた『星獣戦隊ギンガマン』に登場する怪人・闇丸のデザインを気に入ったことから、サメがモチーフで忍び装束の闇丸と同じく動物モチーフの忍者となった。共通の忍者装束は巻物から現れた際に立ち上がる煙がモチーフとなっている。ディテールは九衛門のデザインから拾って取り入れ、動物が掛け軸などに描かれているイメージから、体にモチーフとなる動物を丸ごと組み込んでいる。妖怪のデザイン画は劇中にも登場する巻物の元絵でも使われているが、タッチを筆のように変更して背景を黒くしていたが、十六夜流忍者のみはすべて白地で描かれている。
スッパラゲ
忍びの28から登場。十六夜流忍者に仕える乱破。狐の面をしている。「ラッパ」と発声する。
デザイン画では面のみ描かれ、胴体は忍者装束である。民芸品の狐面ということだったが、普通に見えるのを避けるため、丸眼鏡のように窪んだ目の縁を金色にしたり、戦闘員風のマスクに狐面の要素を加えている。
雑兵
牙鬼軍団の戦闘員。普段は形態ごとに異なる叫び声と「ゾーヒョー」としか発声しないが、人語を話すこともできる。
ヒトカラゲ
封印の手裏剣から漏れ出た妖気から生まれる足軽型雑兵。「ジッパ」と発声する。武器は槍と火縄銃。また、ジュッカラゲと共に現れて戦うこともある。
ジュッカラゲ登場以降、テレビシリーズからは徐々に姿を消したがショーなどには登場している。
幹部の帯から派生して格子状の処理となっており、当初は青いタイル状に覆われたイメージの全身だったが、青くなりすぎたためタイツ部分のみ配色を入れ替えている。怖くなり過ぎないように、顔は下腫れの丸顔となっている。三角陣笠は風を受けやすく、破損の可能性が高かったため、修理・交換が容易なようになるべく手を加えないものとなった。
ジュッカラゲ
忍びの9から登場。幹部の呪文によって変化するヒトカラゲの強化形態。戦闘力や知能は高い。妖怪や幹部の作戦をサポートし、「ヒャッパ」と発声する。また、ヒトカラゲの隊長として共に戦うこともある。新たな武器として大鉈を使う。
デザインイメージは野武士。獅子舞の頭にしたり、仰々しい兜の陣笠にしており、顔はそれらに合わせて最も軽装にしており、弱々しく見えないように頭部の鉢を鬼の顔にして角を大きく突き出させている。
ヒャッカラゲ
忍びの21から登場。有明の方または萬月専属の上級兵。「センパ」と発声する。白い袖なしの陣羽織を着ているという点以外はジュッカラゲと同じ容姿だが、戦闘力は通常のジュッカラゲよりも大幅に上回っている。
デザインはジュッカラゲの作業時に設定のみ起こしていた陣羽織を着せたものを発展させたものである。ヒトカラゲの身体に白い箇所があったため、白い羽織にして色数を抑えている。
センカラゲ
巨大雑兵。姿はヒャッカラゲと同じであるが、陣羽織には「千」と文字が入っている。
妖シュリケン（ようシュリケン）
十六夜九衛門が小槌にセットして使用する手裏剣型のアイテム。
五トン妖シュリケン（ごトンようシュリケン）
九衛門が妖怪を巨大化させる際などに使用する妖シュリケン。シリーズ後半に入ってからは晦も用いる。
見た目は五トン忍シュリケンに似ているが、コアの下部には「邪」の文字が書かれている。周囲に書かれた「あ」・「い」・「う」・「え」・「お」のいずれかの口の絵を五トン妖シュリケンの上部に表示させるとそれに応じた忍術が専用の音声と共に使えるようになる。
「あ」 - 妖怪融合の術
妖怪の力を注入し人間を妖怪と融合させる。
「い」 - 肥大蕃息の術
対象の者を巨大化させる。
巨大化対象は牙鬼軍団に限らず、アカニンジャー超絶やロイミュードが巨大化したこともある。
「う」 - 忍び招聘の術
絵巻物の忍者を実体として出現させる。
カラクリキュウビを召喚する十六夜忍法 召喚の術も使用できるほか、幻月を復活させた際にも「う」を使用している。
「え」 - 鬼道送還の術
剣状態の小槌にセットして使用することで、「恐れ」の力を幻月の元に送り届ける。
「お」 - 遊離吸収の術
忍タリティを奪い吸収する。
ガシャドクロ妖シュリケン（ガシャドクロようシュリケン）
封印の手裏剣を変化させて作り上げた、巨大妖怪ガシャドクロを召喚するための妖シュリケン。コアの下部には「砕」の文字が書かれている。
コアは月夜に舞うカラスの羽根とガシャドクロの顔をあしらっている。
小槌
九衛門が妖シュリケンを使用する際にその力を解放するツール。先代の伊賀崎忍術道場にて保管されていたが、九衛門により盗み出された。基部先端から刃を伸ばし、刀として扱うことも可能。九衛門が一時期消息不明になった後は正影や萬月が所有していた。また、妖怪ムジナや妖怪マタネコなどが直接使用するケースもある。
カラクリキュウビ
忍びの31・32に登場。九衛門が操縦するキツネ型のオトモ忍。長剣を武器として使用しており、背中部分から9体の小型カラクリメカコギツネで相手を一斉射撃する十六夜流忍法コギツネ乱舞という必殺技を持つ。
十六夜流忍者たち4人から九衛門が集めたオトモ忍の抗体を宿したコア歯車を各部にセットすることによりニンニンジャーの全ての巨大ロボの攻撃を寄せ付けない能力を持ち、一度は戦闘不能に追い込んだが、新たに登場したゲキアツダイオーの前に敗れ去った。
デザインは篠原保が担当。普通の狐面の顔で、カラクリ人形っぽくという指定だったため、ニンニンジャーのロボットと釣り合うように、古めかしい和風の機械ではなく、80年代のアニメロボットのようにしている。尻尾は遠隔操作の子狐にしている。
アカイキュウビ
ヒャッカラゲが操縦するカラクリキュウビと同型の巨大カラクリロボット。基本的なスペック・攻撃手段はオリジナルと同じだが、装甲が赤く塗られている点が異なる。また、カラクリキュウビに搭載されていたコア歯車がないため、防御面はオリジナルより劣っている。