バイキンメカ メインメカ
スケート靴のように刃を出して氷上を滑走するように改良されたもぐりん。鼻のドリルで氷を割り、敵を水中に落とす。
スノーモグリンガー
初登場回 - 2005年TVスペシャル「アンパンマンのジンジンジングルベル」
雪の中を潜って進む、もぐりんの改良型。4本足が改造され円盤状となった。雪崩を起こして、雪に埋もれたクリスマスプレゼントを口から出すシャベルで掘り出す。4本足からスキー板を出して雪道を高速で滑走する事も可能。口からやみるんるんを吐き出す。アンパンマンやルドルフを追跡していた末に崖に激突し一度大破するが、ローソク島にて完全復活した状態で再び現れる。ブラックなだれおにと共にアンパンマン達を追い詰めるが、「クリスマスの炎」の力で格段にパワーアップしたアンパンマンの渾身のアンパンチによって破壊された。
飛行船もぐりん（ひこうせんもぐりん）
初登場回 - 映画第7作『ゆうれい船をやっつけろ!!』
バイキンゆうれい船の内部にあるもぐりん型の巨大飛行船。正面に巨大ドリルミサイル一つ、頭上部に大砲一門、竜巻を起こすマスト三本、両側面にビーム砲三門、回転のこぎりが一つずつ、口にはミサイルも装備してある。カレーパンマンから「かっこ悪い」と言われていた。アンパンマンたちと壮絶な空中戦を繰り広げるが、ロールパンナと飛行船アンパンマン号の救援により形勢が悪化。巨大ドリルミサイルで反撃するが投げ返され、串刺しになったところをトリプルパンチで破壊された。
ジャイアントモグリン
初登場回 - 映画第11作『勇気の花がひらくとき』
鉄の星の人々を騙して作らせたもぐりん型の巨大な戦闘機。鉄球に変える砲弾やミニモグリンを打ち出す。機体下部の大砲からはレーザーを発射する。町を火の海にするなど大暴れするが、右目の装甲が薄いことをこてつちゃんたちにばらされ、カレーパンマン・しょくぱんまんが変えられた鉄球を、ロールパンナのローリングハリケーンで投げ入れられ、コックピットが破壊されて撃墜される。しかしすぐにジャイアントベアリングロボが出現した。
ミニモグリン
初登場回 - 映画第11作『勇気の花がひらくとき』
ジャイアントモグリンから発射されるミサイル。ジャイアントモグリン同様、何でも鉄球にする弾を撃つ。勇気の花を全滅させてしまった。
もぐりんとよく似た姿と形の巨大なロボット。
モグラドン
初登場回 - TV第45話B「アンパンマンとモグラドン」
もぐりんを改造した地底戦車。鼻のドリルは3本に増えギザギザの歯がついた。クッキング村を襲うために作った。
ガブリン
初登場回 - TV第633話A「アンパンマンとガブリン」
もぐりんの改造メカ。ワニのような大きな口で何でもかじってしまう。学校や街中、チーズの犬小屋までもかじり取ってしまった。顎の力は非常に強く、アンパンマン号のノーズパンチすらも正面からなら受け止めてしまう。もぐりん同様、かびるんるんが動力源になっている。
サブマリンUFO（サブマリンユーフォー）
初登場回 - 映画第12作『人魚姫のなみだ』
厳密に言えばメカではなく、バイキンUFOの変形メカ。スクリューで動くもぐりん型の潜航艇。マジックハンドや、かびるんるんが乗る潜航艇を装備している。うずまき城を襲うが、ゴロンゴラにヒトデに変えられてしまい、尻尾で吹き飛ばされた。
スーパーモグリン
初登場回 - 映画第14作『ロールとローラ うきぐも城のひみつ』
1号（1ごう）
うきぐも城を乗っ取るためのもぐりん型の巨大な戦闘機。バイキン草を食べてエネルギーにする。口からバイキン草の力で作った光線やうきぐも城の黒い沼から吸い上げたバイキン水を吐き出す。バイキン水に触れた者は泥団子になってしまう。その他にミニモグリン（先述のものと違い、かびるんるんが操縦している）も搭載している。始めはアンパンマンにやられていたが、うきぐも城のバイキン草を見つけてそれを食べ、バイキン草の力で作った光線でロールパンナをブラックロールパンナに変えてしまう。さらに、うきぐも城からバイキン水を吐き、地上を黒く染め始めた。2号へと変形する。
2号（2ごう）
1号からの変形ロボット。腕と3本の足が生えている。しかし3本足にしたばかりにうまく歩けていなかった。上下を分離して攻撃をかわせる。アンパンマンと戦うが、邪魔に思ったブラックロールパンナによって地上に投げ捨てられてしまい、ほとんど活躍の場がなかったが絵本版ではラスボスになっている。
ゴロンゴロ
声 - 山寺宏一→藤井恒久（映画・とばせ! 希望のハンカチ）→児嶋一哉（映画・かがやけ!クルンといのちの星）
初登場回 - 1990年TVスペシャル「みなみの海をすくえ!」
巨大ないも虫型のロボット。胴体を引きずって進行する。力が強く、体当たりや、マニピュレーターとしても使える長い舌、口から吐き出す黒い油、相手を繭のように包み込む粘着糸などが武器。地中移動や潜水も可能。TV第456話B『ばいきんまんとゴロンゴロ』では、胴体の一部を分離させる機能もついていた。時にはアンパンマンのアンパンチで分離機能が誤作動を起こし、バラバラになってしまう。映画第25作『とばせ! 希望のハンカチ』では、「ゴロンゴロー!」と鳴き声のようなコミュニケーションをとった。TV第1398話B「どんぶりまんトリオとおだんごちゃん」では、体が3色団子の色をした個体が登場した。映画第30作『かがやけ！クルンといのちの星』では、ロケットエンジンも搭載されていた。バイキンメカの中では登場頻度が高くオープニングアニメにもしばしば登場する。
成虫ゴロンゴロ（せいちゅうゴロンゴロ）
初登場回 - TV第671話A「フラワー姫とそらとぶゴロンゴロ」
通常のゴロンゴロから、繭の形態を経た上で蛾の姿に変化して出来た飛行メカ。大きな羽から花を弱らせる黒い粉を出したり、強風を起こしたりして攻撃する。アンパンマンの回転攻撃で、羽を破られたために敗北する。コウモリのような翼を装備し、羽を振って強風や津波を引き起こすバージョン（TV第456話B『ばいきんまんとゴロンゴロ』）もある。
うみのあくま
初登場回 - TV第17話A「アンパンマンとうみのあくま」
海中を自由に進める潜水艦メカ。容姿は鉄球に両目と帽子のつばのようなもの、頭部に1本の潜望鏡とハッチがついたようなデザイン。海にごみをまき散らす。最後はアンパンマンに鉄骨で突き刺されて舵が壊れてしまい、ばいきんまんの秘密基地がある島との激突で爆発した。
シーボーズ
うみのあくまを改造して作った潜水型のロボット。
1号（1ごう）
初登場回 - TV第37話A「アンパンマンとくじらのクータン」
うみのあくまにかにばさみの両手をつけて改造をした潜水メカ。色々な船を沈める。頭から渦潮を起こすスクリューとごみを出す。
2号（2ごう）
初登場回 - TV第90話A「アンパンマンとアイスマントリオ」
カニ型に改造されたシーボーズ。1号に口と六本の足をつけてできた。両手のかにばさみと口から吐き出す泡、頭部の潜望鏡から起こす渦潮などで攻撃する。シーボーズの中では登場頻度が多い。TV第468話A『ばいきんまんとシーボーズ2号』では、あと一歩でアンパンマンに完全勝利するところまで追い詰めた。映画『クリームパンダとおかしの国』（『アンパンマンとおかしな仲間』のBパート）では、ドキンちゃんが一人で操縦し、ばいきんまんの乗るだだんだんと協力しておかしの国を占領した。その後、クリームパンダが一人で操縦していることから、操縦は比較的容易といえる。
3号（3ごう）
初登場回 - TV第183話A「アンパンマンと水の精ルナ」
だだんだん風の頭部にかにばさみの両手と八本の足が付いたようなカニ型の潜水メカ。ヒトデ型のブロックを発射して攻撃を防ぐ。金槌も武器。
4号（4ごう）
初登場回 - TV第533話「SLマンとマイマイ王国」
巨大なタコ型の潜水メカ。鼻から水や墨を吹き出したり吸い込んだりする。脚には人に取り付く強力な吸盤が付いている。
バイコング
ゴリラ型の秘密兵器ロボット。万力型の両手と、グラマラスな逆三角形型の体型が特徴。巨大な岩を楽々と持ち上げるほどの怪力を誇る。
1号（1ごう）
初登場回 - TV第27話B「アンパンマンとあかちゃんまん」
体色は銀色で、顔の部分も作られている。力は強いが、初登場時はあかちゃんまんにあっさりと倒される。初期はバイコング2号並みのサイズだったが、2000年代に登場したものはだだんだん並みの大型になっている。
2号（2ごう）
初登場回 - TV第27話B「アンパンマンとあかちゃんまん」
バイキンUFOからの変形ロボット。頭部はUFOのキャノピー部分で、体色はバイキンUFOと共通している。バイコングの中では登場頻度が多い。ロケットパンチで攻撃できる。空を飛んだり、泡で敵の動きを止めたり、泥水鉄砲を装備するなど、登場のたびにさまざまな改造が施されている。通常はペンチ型になっている両腕の先端をボクシンググローブやマジックハンドに換装したタイプもあり、ハンマーやレイピアも使用する。強すぎる衝撃をあたえられたり、アンテナをショートさせられるなどの不具合が起きるとバイキンUFOからうまく変形できないこともある（TV・『アンパンマンとちいさなバイオリン』『アンパンマンとバイキン占い』など）。映画『つきことしらたま〜ときめきダンシング〜』では、剣士のような外見をしたミュージカル仕様に改造され、しらたまさん一行を襲う。剣士に扮したアンパンマンとフェンシングの剣戟を繰り広げた。
3号（3ごう）
初登場回 - TV第421話A「アンパンマンとでかこ母さん」
1号の頭の上がバイキンUFOのキャノピー部でできたようなバイコング。体色はバイキンUFOと共通している。爆発すると水が出る爆弾が武器。初登場時はでかこ母さんのパンチにやられる。
スーパーバイコング
初登場回 - TV第862話「ばいきんまんとドクター・ヒヤリの島」
1号を改造して大型化、かつ強化したバイコング。ドクター・ヒヤリの島へきたアンパンマンたちを襲うために作った。ドラミングで敵を威嚇する。装甲やパワーが数段強化され、万力型の腕部でアンパンマンの顔を歪ませ、さらにしょくぱんまんのしょくパンチを食らってもビクともしない。トリプルパンチを食らい、爆破四散はしなかったものの、坂を転がされ、火口に落ちて爆発した。
バイキングコング
初登場回 - 映画第29作『ブルブルの宝探し大冒険』
オニツノ島でバイコングを破壊されたばいきんまんがコアのメカに塔の瓦礫を寄せ集め、合体させて作った最強のバイコング。バイキンUFOが頭部に合体する事で制御される。とてつもなく巨大かつ頑丈であり、通常のパンチは全く効かない。手に持った同じく塔の瓦礫から形成された棍棒や、目から出す当たった物を塔の姿にする光線で戦い、崩れた体を組みかえる事も出来る。序盤はアンパンマン達を塔に変えて追い詰めるが、勇気を手に入れたブルブルとカレーパンマンとの作戦で誤って操縦席のバイキンUFOを棍棒で潰してしまう。さらにいいかげんに城やしょくぱんまん達に光線と動きを封じられ、最後にはアンパンチでコアのメカを破壊されて大破した。
スーパーオクトパス
初登場回 - TV第114話「光れ!ぼくらのクリスマスツリー」
タコ型の4本足のロボット。脚の力は強く、口から出す汚れた雪・バイキンスノーで凍らせる。
タコロボット
初登場回 - TV第250話「消えたジャムおじさん」
スーパーオクトパスを水中戦用に改良した潜水メカ。タコの脚と、口から放出する墨で攻撃する。バイキンUFOを格納している。
バイキンエンピツロボ
声 - 小林和矢
初登場回 - TV第241話A「アンパンマンといろえんぴつの島」
いろえんぴつ島を汚す鉛筆型のロボット。手先から墨を出す。オープニング・エンディングテーマで流れるアニメにもよく登場している。『アンパンマンとブラッククリスマス』では、ばいきんまんのソリから変形し、町を真っ黒にしてクリスマスをめちゃくちゃにする。腹部からサンタのかびるんるんとやみるんるんを出す。
絵本『アンパンマンとえんぴつじま』ではばいきんまんの製作ではなく、らくがきこぞうが作ったらくがきロボットとして登場。らくがきこぞうの筆で操縦できる。ばいきんまんとドキンちゃんに奪われ、ドキンちゃんが適当にスイッチを押したため暴走してしまう。
TV初登場時は単に「バイキンロボット」と呼んでいた（上記のバイキンロボットとは無関係）
アメンボメカ
初登場回 - TV第307話A「ばいきんまんとシャボンダマン」
アメンボ型のロボット。水面を滑走して移動する。黒い泡を出して相手の動きを邪魔したり、ボートや快速艇に変形する。
アメンボバイキンロボ
初登場回 - 映画第18作『いのちの星のドーリィ』
アメンボメカのバリエーション。これにばいきんまん達が乗り込んで、スーパーかびだんだんを操作している。相手をかびるんるんの姿に変える玉を発射する。ひょんなことからレバーの取り合いになり、その末にドキンちゃんがレバーを引っこ抜いてしまい、暴れ始めたスーパーかびだんだんに踏みつぶされた。その際、爆発でばいきんまん達もかびるんるんになり、そのまま空の果てまで吹っ飛ばされ、退散してしまった。