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ファフナー (架空の兵器) アルヴィス製ファフナー
ファフナー・Mk.III（マークドライ） 搭乗者：近藤咲良
メインカラーはオレンジ。スレイプニール・システム搭載。
咲良のSDPにより、能動的にフィールドを発生しトルーパー・モデルの大量増殖を実現している。改修後もリンドブルムによる飛行戦闘を行っている。
ファフナー・Mk.IV（マークフィアー） アバドン 搭乗者：春日井甲洋
メインカラーは塗色は灰色（焦げ茶色に近い）。他のモデルと違いフェストゥムのコアは搭載されておらず、フェストゥムである甲洋自身のコアがファフナーのそれとして機能している。
本来はマークアハト（およびノイン・ツェン）と同型の陸戦・中距離支援型であるが、甲洋のフェストゥムとしての能力による飛行や、メデューサ、およびガンドレイクの刀身にフェストゥムを殺す「毒」のSDPの効果を持つワームをまとわせた攻撃で彗や操とのツインドッグにおける前衛・近接攻撃を担当するシーンが多い。
飛行能力についてはザルヴァートル・モデルであるザインやニヒトに及ばなかったが、第六次蒼穹作戦後の美羽とアルタイルの祝福を受け能力が向上したのか、一騎と甲洋が竜宮島から旅立つ際は背面スタビライザーがザルヴァートル・モデルと同じように発光し、マークアレスと同等の飛翔を見せた。
ファフナー・Mk.VII（マークジーベン） アズライール 搭乗者：遠見真矢
メインカラーはマゼンタ。
真矢のSDPによって多数の敵を一度に探知・識別し一度の射撃で複数の敵を撃ち抜く事が可能となり、またSDP発動時の超長距離射撃時には、ドラゴントゥースの砲身からアズライール本体へケーブルが接続され、それを介して機体からドラゴントゥースのスコープへ小規模な同化現象が発生する。
また、手甲部に内蔵型のブレードがすべて機体に配備されているが、実際に使用したのはジーベンとスサノオのみである。
ファフナー・Mk.VIII（マークアハト） 搭乗者：近藤剣司
メインカラーは緑。ジークフリード・システムおよびスレイプニール・システム搭載。指揮・戦闘・トルーパー・モデルの操作を同時に行う。
剣司のSDPにより、友軍機の損傷修復や同化の肩代わりを行う。
ファフナー・Mk.IX（マークノイン） イザナミ 搭乗者：西尾里奈
メインカラーはカーキ色。
里奈のSDPでアルヴィスから供給を受けたエネルギーを増幅することにより、敵コアにダメージを与えられるほどの超火力砲撃を可能とする。主武装が大型火器のため、腕部に内蔵式の機関砲が追加された。
また、第三次蒼穹作戦に於いては自らの火力を増幅するだけでなく、アマテラスのSDP増幅にも成功した。
第五次蒼穹作戦ではセレノアの干渉によりコントロールを奪われたためフェンリルを起動し自爆。里奈は自爆直前に彗のSDPで引き寄せられ回収された。
ファフナー・Mk.X（マークツェン改）アキレス 搭乗者：真壁一騎
メインカラーはグレー。
第五次蒼穹作戦以降の一騎搭乗機。グリムリーパーと同じSDPを使用可能。後にべノンとの決戦、そしてマークニヒトに搭乗した総士に対する備えとして初めて竜宮島の技術を投入してのザルヴァートル・モデル（アキレス改）への改修が行われ、ベノンによる竜宮島攻略作戦時に一騎がザルヴァートル化を敢行。大量の海水と大気、べノンのフェストゥム、ファフナー・艦隊群を吸収し、マークアレスへと再構成された。
ファフナー・Mk.XII（マークツヴォルフ） 搭乗者：立上芹
メインカラーはワインレッド。
スサノオとともに格闘戦を展開。芹のSDPにより、自機体の損傷修復や敵フェストゥムの同化を行う。
第三次蒼穹作戦では芹の変性意識が変化し、よりたくさんのものを同化したいという「食欲」により自らを飲み込んだリヴァイアサン型をその体内から同化した。
ファフナー・Mk.XIII（マークドライツェン、マークドライツェン改） クロノス 搭乗者：来主操
メインカラーは赤。第四次蒼穹作戦までは他の機体と異なりカノン式増幅機の搭載以外は元の外観のまま実戦投入されたが、第五次蒼穹作戦では外装が換装された。
操のSDPによって、周囲を100万分の1に及ぶスローモーションで認識することが可能。
カノン搭乗時と同様ルガーランスを用いた白兵戦を得意とし、仲間のエウロス型たちによるフィールド突破といった援護を受けながら、能力を生かした高機動戦闘を行う。
ファフナー・Mk.XIV（マークエルフ改） スサノオ 搭乗者：御門零央
メインカラーは紺青。
マークツヴォルフとともに格闘戦を展開。ルガーランスやレヴィンソードを使用した白兵戦を主体とする。それぞれを両手に持ち、二刀流で使用する事もある。零央のSDPにより、ワームスフィアを用いての空間跳躍を行う他、増幅したエネルギーを攻撃力に回して強固な防壁を突破する役割も担う。
ファフナー・Mk.XV（マークフュンフ改） ツクヨミ 搭乗者：水鏡美三香
メインカラーはピンク。
美三香のSDPにより防壁を展開するのは従前同様だが、その枚数・展開範囲が圧倒的に増加している。しかし、第三次蒼穹作戦では体長数ミリとあまりに小さすぎるグレンデル型がシールドの隙間から入り込む事態も発生した。
ファフナー・Mk.XVI（マークゼクス改） アマテラス 搭乗者：鏑木彗
メインカラーは白。
彗のSDPにより、改修前には不可能であったウォーカーのコアを引き寄せることをも可能とした。しかし、引き寄せた物体をそこに維持する間は無防備になる弱点があり、それ故危機に陥ることもあった。
ザルヴァートル・モデル
既存のザルヴァートル・モデルであるマークザイン・マークニヒト・マークレゾンの3機は全て人類軍によって研究・開発された機体だが、一騎は美羽の身の安全を守るため彼女にマークザインを譲っており、総士が第四次蒼穹作戦後に完全に沈黙していたマークニヒトを目覚めさせた事でそれに対する「壁」として、またベノン軍とその首魁であるケイオス擁するマークレゾンに対抗するための新たなザルヴァートル・モデルが必要となり、初めて竜宮島の技術を使ってのザルヴァートル・モデルの開発を行うこととなった。会議中ザルヴァートル開発が実現可能かを問われたブルク責任者の小楯保が「遺憾ながら即可能だ」と即答できる程度に研究そのものは進んでいた模様。
ファフナー・アキレス（改） Mk.Alles（マークアレス） 搭乗者：真壁一騎
【THE BEYOND】
べノンとの決戦、そして総士のマークニヒトに対する「壁」としてアキレスを竜宮島の技術を使用しザルヴァートル・モデルへと改修された機体。真壁一騎によってかつてのマークザインの時と同じく大量の海水、大気、そしてべノンのフェストゥムおよびファフナー、艦隊群を吸収・同化することでザルヴァートル化に成功。ザイン・ニヒト・レゾンに続く“全能”たる第4のザルヴァートル・モデル、マークアレスとして覚醒した。。
その能力は凄まじく、アレス1機の存在だけでベノンのプロメテウス・ミールの力である絶対停止領域に揺らぎを生じさせ、天と海に向けて放った一撃で海神島攻略戦に投入されていたベノン軍・フェストゥムの群れを消滅、空の赤い月すら一時撤退に追い込むほどの力を見せ、これを見た彗は勝利を確信し、敵として相対したレガートとセレノアの心に恐怖という感情を刻み込んだ。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
アルヴィスとは別に、人類軍でも複数種のファフナーが開発されていたことが中盤で判明する。日野洋治とミツヒロ･バートランドがティターン・モデルとゼロファフナーの技術を新国連に提供することで開発された。しかし、当時の人類軍の技術不足も相まって、ザルヴァートル・モデル以外はフェストゥムのコアは使用されておらず、シナジェティックコードの形成はある程度可能であるが、その能力はノートゥング・モデルに劣る。
『EXODUS』以降はMAKABE因子の導入に伴い、ノートゥング・モデルとザルヴァートル・モデルの技術からコアとジークフリード・システムを用いた機体の実戦投入が適い、部分的な性能もノートゥング・モデルに匹敵する。しかし、パイロットの同化現象の負荷においてはノートゥング・モデルより遙かに高い。なおコア搭載機でもザルヴァートル・モデルを除いて変性意識は起こらない。
メガセリオン・モデル
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
主な搭乗者は日野道生。新国連製ファフナー。全高約43m。他2タイプと比べ重装甲。しかし、乗りこなすには精神的重圧に耐えられる必要がある。道生機の塗色は青で、専用のプラズマライフルを使用するが、人類軍脱退後はガルム44を使用したこともある。多大な戦果を上げている道生のために、機体の右側頭部に「666(トリプルシックス)」の刻印コードが描かれている。量産型はグレーの塗色で、最終話に登場。道生機の機体識別コードはJ-013。生産数800機。
機体名の由来はヨハネの黙示録に登場する「大いなる獣」のこと。道生の機体は一期第23話での新型種のスカラベ型との戦闘でマークフュンフと共に破壊された。
ベイバロン・モデル
主な搭乗者はカノン・メンフィス。新国連製ファフナー。全高約38m。軽量かつスマートなシルエットが特徴で、新国連製の他2タイプと比べ機動性に富む。女性パイロットが乗ることが多い機体のため、赤く塗装されることが多い。カノン機の塗色も赤で、機体と同じ赤色のルガーランスを使用するが人類軍脱退後はルガーランスにスコーピオンを加えて出撃する。量産型はグレーの塗色で、最終話に登場。カノン機の機体識別コードはJ-017。生産数200機と少ない。
由来はヨハネの黙示録に登場する大淫婦、または紅い衣の魔女を指す。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
一期第22話でのスカラベ型との戦闘で左腕を破棄し、イドゥン襲来の際には片腕のまま出撃。マークニヒトの翼状ワイヤーアンカーを破壊するとともにルガーランスで胴体に攻撃を加えたが、ワームスフィアーで反撃を受け大破、戦闘不能になり、マークニヒトに踏みつぶされて破壊された。
グノーシス・モデル
新国連製汎用ファフナー。擬似シナジェティック・コードを有しているため、成人でも訓練さえすれば誰でも乗ることが可能。他のモデルとは異なり、肩や大腿部の接続がなく、ニーベルング・システムのみの接続になっている。対フェストゥム戦での新国連の主力となるが、フェストゥムに対しては性能不足が否めない。全高約20mと他のモデルの半分程度の大きさ。右腕がガトリングガン、左腕がレールガンになっている。生産数30000機。
人類軍の捕虜となっていた一騎が非常事態の中で搭乗したことがある。このとき、イドゥンが人類軍の戦意喪失を狙って流した映像を見た総士が、その動きから一騎が操縦していると見抜いたことから、溝口と真矢が一騎を連れ戻しにモルドヴァへ向かうことになる。
塗色は濃緑色。グノーシスとは知識を意味するギリシャ語。グノーシス主義は「人間は知識によって魂を解放出来る」とする古代の宗教・思想。つまり、ある程度の知識と訓練によって、適性者でなくても模擬シナジェティック・コードが形成される機体、という意味でもある。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
ザルヴァートル・モデル
フェストゥムとの最終決戦に向けて開発された最新型モデル。3機が開発されそれぞれ別経緯でフェストゥムを同化→再構成されたため、常人の扱える範疇を超越した性能を擁する機体と化している。
ザルヴァートルは“救世主”を表すラテン語 “salvātor” のドイツ語読み。
ジークフリード・システムが内蔵され、同化現象をより加速させる副作用があり、搭乗者が同化しきった場合、即座にフェンリルが起動するようにセットされ破片すら残らない。また分解・奪取を試みても、機体が単独で外部機材やパイロットを同化し自己防衛を行ってしまう。なお、同モデルを開発した日野洋治とミツヒロ・バートランドとでは、設計思想が異なる。洋治は「兵士（搭乗者）をより多く（もしくは長く）生かすため」に設計したのに対し、ミツヒロは「より多くの敵（フェストゥム）を倒す」ことを目的としている。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
開発者2名が竜宮島出身の技術者だった事もあり通常のフェストゥムのコアではなくミールから直接分岐したコアを搭載することが前提となっており、最初の2機であるザインとニヒトには竜宮島のファフナーであるマークエルフとマークフィアーのコアを、マークレゾンには新国連アルゴス小隊によって鹵獲されたマークフュンフのコアが使われた。また、当モデルが起こす特有の現象として「ザルヴァートル化」と呼ばれる大規模な同化現象を伴う変容、およびすさまじいエネルギー放出現象が挙げられる。マークザインは複数のフェストゥムと大気と地面を同化・吸収する事ですさまじい熱を発し周囲をマグマの海に変え、その中から巨大なマグマで覆われた胎児のような姿で現れ、その姿が冷却後殻のように割れ、建造時とは全く異なるフォルムに再構成された。マークニヒトに関してはイドゥンにより機体を暴走させられ、開発者のミツヒロ・バートランドを含む多数の研究スタッフと研究施設を破壊と同化し、起動パイロットを務めていた狩谷由紀恵の抱いた憎しみをその命ごと同化する事で理解したイドゥンによって奪取され、その際に取り込んだ人々の負の記憶を怨念として纏い、憎悪と虚無を体現するようになっていく。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
「THE BEYOND」においてはエインヘリアルモデル・アキレスをベースに竜宮島アルヴィスによる新たなザルヴァートルモデル・マークアレスとして変容させた際、べノンの敵陣深くに単機で進攻後にザルヴァートル化を行い、周辺の大量の海水と共にべノンのフェストゥムの群れ、ファフナー部隊、艦隊群を巻き込んで同化する事で現象そのものを戦略兵器として運用した。変容後のマークアレスは両腕のルガーランスから海中と空に向けてすさまじい威力のビームを放ち、残った群れと上空のべノンの赤い月を打ち払った。
また、総士によるマークニヒトの2度目のザルヴァートル化（後に再ザルヴァートル化と呼称）の際は、ファフナーの全長を越えるサイズの巨大なワームスフィアを握り拳大まで圧縮して海面に放ち、海面を大きく削り取った後に大爆発を起こした。
マークレゾンについても、完全なザルヴァートル化により機体が変容した後に大気圏外からの自由落下のエネルギーと共に操のミールが根付くボレアリオス艦に激突し、隕石衝突レベルの巨大な爆発と共に艦とミールを粉砕した。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
美羽とアルタイルの祝福を受けたマークザインの再ザルヴァートル化については変容は一瞬で終わり他機のようなエネルギー放出はなかったが、その後のマークニヒトの同化による強化を受けてべノンの赤い月に向けて放ったルガーランスの射撃は、同じく同化によって強化されているルガーランスの刀身が自壊するレベルのエネルギー放射となり大気圏外の赤い月を砕いた。
人類軍によって最初に開発された2機は紆余曲折を経て共に竜宮島の手に渡り、人類軍は擁していた2名の開発者を喪い研究方針の修正もままならず、当初の設計のままアルヴィスのファフナーを鹵獲し、その機体とコアを流用しなければ建造すらかなわないのが現状である。『EXODUS』におけるマークレゾン開発においても機体が完成目前になっても人類軍のパイロットではすぐに同化されてしまうため起動実験すらままならず、フェストゥム因子が遺伝子に組み込まれているアルヴィスのファフナーパイロットが不可欠という、人類軍のファフナーとしては致命的な欠点を多く抱えたまま計画が進められている。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
ザルヴァートル・モデルはコア格納ブロック周囲に常気性の永劫導電回路を形成している。これによって大気中の物質を同化し、エネルギーに変換する機能を有している。このため機体本来の電源を消耗することなく活動可能で、機体そのものに活動限界時間は存在しない。加えて、全機が装甲材質にシリコンを導入したこともあり、フェストゥムに限りなく近い性質を有している。
桁外れの性能と引き替えに機体からパイロットへの同化現象の負荷もノートゥング・モデルを大きく上回り、アルヴィスのパイロットといえどもザルヴァートル・モデルの同化現象には長く耐えられない。カノン曰く、「人の命を欲しがる」機体。
『EXODUS』の竜宮島においてはザインとニヒトを保有はしているものの運用すること自体が危険な上に、上述の理由により分解・コア摘出も不可能な状態にあるため、初期時は2機ともに封印処置を施されていた。しかし島にフェストゥムが来襲しジークフリード・システムが起動された際にパイロット未搭乗の状態でシステムにクロッシング要請信号を発するなど、不穏な行動を見せる。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
『EXODUS』時点での人類軍ファフナーパイロットにも「まともに戦えば絶対に勝てない」と認知されており、後発機体であるエインヘリアル・モデルをも凌ぐ最強の機体である。
ファフナー・Mk.Sein（マークザイン） 搭乗者：真壁一騎（無印15話 - EXODUS）→日野美羽（THE BEYOND）
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
日野洋治とミツヒロが開発した新型ファフナー。機体の特性から暴走した時の為にノートゥング・モデルの3倍の自爆用フェンリルを搭載されている。建造当初の塗色は緑がかった白。ミョルニアによって真壁一騎に託される。初期は背部に翼状のアンカーユニット(同化ケーブル)とホーミングレーザー発振器を装備していたが、コアの単独再生(ザルヴァートル化)に伴い背部の装備が消え、開発時よりもシンプルかつスリムな形状に変化した。それ以降、フェストゥムの同化に対する耐性や機体の自己修復、また手にした武器を同化することで莫大なエネルギー増幅とそれに耐える構造強化が可能になった。表面も光沢のある銀白色になっている。
主に手にした武器を同化し威力を大幅に上昇させることによって戦闘を行う。その際は武器を握る手首部分が結晶化する。
プレアデス型との戦闘後は、同化したルガーランスの二刀流を主に使用する。
従来のファフナー（ノートゥングモデル）は「違う自分になる」ことで操縦が可能であるが、この機体は「違うモノ」にならないと同化機能を発揮できない（たとえば「腕が銃になる感覚を受け入れられるか」といったところ）。つまり「存在そのものが別のモノになる」感覚を受け入れられることで真の力を発揮する。
遠見真矢のパイロット適性に関する査問委員会（一期第18話）以後、「蒼穹作戦」前までマークザインの力は大幅に制限されることになる。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
名称のザイン (Sein) は、ドイツ語（以下独語）で、英語の「be（ - である）」にあたる「存在」を意味している。マークザインの綴りは『EXODUS』にて独語同様であることが確認可能。一方、公式の資料にはMARK.ZEINと表記されているものがある。
【劇場版】
一期のラスト以降、竜宮島の切り札としてリミッターが掛けられた状態ながらいつでも搭乗可能な状態でファフナーブルクに格納されていた。同化現象の悪化が原因で一騎の操縦技術が低下していたものの、他のモデルとは一線を画す機動性と運動性、同化現象による莫大なエネルギー増幅によりルガーランスの規格を超えるパワーでの射撃等、機体性能自体は健在。一期では背後の推進ユニットのスラスター口からの噴射で飛行していたが、今作中では背面のスタビライザーそのものがスラスターの役割を兼ねており、飛行時には発光するなどの変化が見られる。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
ニヒトのようにワームは使用しないが、同化能力による前述のようなエネルギー増幅現象による攻撃および味方ファフナーの能力強化(広登のマークフュンフに触れてイージスの出力を同化現象で引き上げ、ボレアリオスミールによる島の同化を阻止した)や、パイロットへの同化現象の肩代わりを行う。またフェストゥムとしての「心に侵入する」能力は絶大で、ニヒトに砕かれた両手を触れてそこから同化によって操に対するボレアリオス・ミールの支配に介入し、ニヒトへの束縛から解き放った。
【EXODUS】
一騎がパイロットの座を退いて以降、特殊すぎる操縦可能条件ゆえに誰も(安全に)乗ることが出来ないことに加え、マークニヒトとの共鳴によって未知の反応を行う危険性から、コア摘出を目標に封印措置を施されていた(カノンらブルクの面々は廃棄を主張していたが、総士はニヒトの解体プランさえ成功すれば機体の共鳴が無くなり最強の戦力として再配備が可能であると考えていた。一騎は「呼ばれている気がする」としばしば格納庫を訪れていた)。機体の解体プランを進めるにあたり、リミッターはすべて外された状態になっている。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
島外へ出た美羽たちに危険が迫っている事を島のコア・織姫に告げられ、一騎は再びザインに乗る事を決意。泣いて止めるカノンに詫び、そして礼を告げ、ニヒトに乗った総士と共に島から大陸間弾道ロケット推進機「キャリースラスター」のコンテナに搭載され旅立つ。シュリーナガルでは地上とその上空での迎撃を総士に指示され、同化したルガーランスによる大出力のビームで上空の敵を薙ぎ払う、広範囲の地面を介した同化で地上でディアブロ型に同化された機体のコントロールを奪い返す、展開したルガーランスの刀身から光の雨を降り注がせフェストゥムのみを狙って無に還すなど超常的な能力でアザゼル型・ロードランナー群を蹂躙、ロードランナー本体もニヒトと共に撃退する。
ロードランナー撃破後に真矢たち島外派遣組に合流し、美羽の望みに従いナレイン将軍やエスペラントたちを守るため、共に脱出行の護衛を行う。脱出行最終局面にてアビエイターを無理に同化したことから、ほぼ相打ちとなる形で機体が溶解・黒い岩塊へと成り果ててしまった（一騎はサルベージされた）が、竜宮島ミールの祝福を受けエレメントへと覚醒した一騎に共鳴する形で復活、第三アルヴィスにおけるベイグラント群との戦闘に参戦し、ディアブロ型による同化で半壊滅状態だった仲間を一度に救い出し、ベイグラントによるアショーカ・ミールの同化を暉のゼロファフナーと共に阻止した。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
第四次蒼穹作戦でも海神島上空のフェストゥムの群れを一掃した後、上空で総士のニヒトと共にマークレゾンと激突。お互いの機体にルガーランスを突き刺し相討ちになりかけるが、そこからマークレゾンへ手を触れ、同化によりジョナサンの心へ直接語り掛け、同時にプロメテウス・ミールのゴルディアス結晶へ干渉することでジョナサンに元の記憶を取り戻させ、戦いを止めた。その後ベイグラントのコアにレゾン諸共虚無の空間に取り込まれるが、マークフィアーとマークドライツェンの助けにより一騎と共に帰還した。
【THE BEYOND】
成長した美羽の安全を確保するため、パイロットが美羽へと引き継がれており、美羽のエスペラントとしての「おはなし」する能力を増幅し敵対するフェストゥムの群れに作用、一時的に沈静化させることが可能。ただし、時間が経てば再度敵対状態になる。しかし「おはなし」が通じたのも第五次蒼穹作戦の時点までで、その三年後の総士奪還後の海神島防衛戦の時にはベノンに属するフェストゥムやソルダート達はマレスペロの憎しみに染まり切っており美羽の「おはなし」を届かせる事が出来ず、攻撃や同化によって無に還さざるを得ない状況になっていた。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
第六次蒼穹作戦にて竜宮島へと帰還し、美羽とアルタイル・ミールとの対話に使用される。対話によりアルタイルの祝福を受け、アルタイルを宿すに足る力を得るために再ザルヴァートル化される。過去のザルヴァートルモデルらと違い、変化は一瞬で完了し、パイロットへの負荷もなかった模様。頭部はシンプルだった形状がエインヘリアル・モデルに似たものに変化し、腰部側面に新たな装甲が現れた結果女性的なシルエットとなり、各部装甲にニヒトと同じような緑色の結晶の部分が現れ、両腕にマークアレスと似たルガーランスを内蔵した装甲が追加された。セレノアが変容したアザゼル型クローラーの胴体をルガーランスの突撃で貫通し撃破し、再ザルヴァートル化に伴い強化されたザインの力で美羽の「おはなし」が再び届くようになり全フェストゥムとソルダート達をマレスペレロの支配から解き放ち、鎮静化させた。その後同じくアルタイルの祝福を受けた美羽と共にマレスペロと対話し、ケイオスのマークレゾンの発した太陽の如く強大なエネルギーフィールドを総士のニヒトと共に同化能力で打ち破り、ニヒトとザインによる同化で強化されたルガーランスが自壊するレベルのエネルギーを天に放つことでプロメテウスの赤い月を砕き、最後に残ったコアと対話を行った。
ファフナー・Mk.Nicht（マークニヒト）
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
マークザイン（初期）とほぼ同型（外見は塗装が違うだけ）。ミツヒロは当初、真矢を新国連に連れ出して搭乗させようとしていたようであるが、真矢が拒否したため、新国連にいた狩谷が搭乗することになった。名称のニヒト (nicht) は、独語で、英語の「not（ - でない）」にあたる「否定」を意味している。
一期における塗色は黒。標準武装は初期のマークザインと同じで、翼状の同化ケーブルアンカーユニットとホーミングレーザー発振器が装備されている。マスター型フェストゥム「イドゥン」によって同化され、ワームスフィアなどフェストゥムの攻撃能力が加わり、竜宮島や人類軍を大いに苦しめるも、蒼穹作戦の末にマークザインによって同化され、機体の中に封印された。
【劇場版】
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
一期本編後、肉体を失いフェストゥムの無の次元に行った総士が来主操によって心を繋ぎ留められた状態から2年間クロッシングで一騎の助けを借りつつ、マークザインの中に封印し続けていた。そのため常時クロッシングに晒され続けた一騎の肉体にはかなりの負荷がかかり、同化症状の治療がなかなか進まない一因となっていた。しかし、人類軍の核攻撃作戦により暴走した新たなミールの接触により、封印を打ち破り外界へ再臨する。来主操が乗り込み竜宮島の次代のコアである皆城乙姫の娘(のちの織姫)の入ったポッドを掴んで同化しようとするが、すんでのところで止めに入った一騎のザインと激闘を繰り広げ、今度は逆にザインを打ち破り一騎ごと体内に封印する。一時撤退後、来主のミールが眠るボレアリオス艦からおびただしい数のフェストゥムの群れと共に竜宮島を消すために出撃、防衛に当たっていたファフナー隊を圧倒した。
一期とは異なり、塗色は紫系に変色し、形状も鋭角的になり、各部に結晶体のような装甲が追加され、生物的でまがまがしい姿になっている。以後は『EXODUS』までこの形態で活動する。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
ワームスフィアと共に、両腕から紫電とともにエネルギーフィールドを展開し、広範囲の敵を丸ごと消滅させる能力を持つ。さらにザインと同様の同化能力も健在で、背部から発射するアンカーを突き刺すことで対象を強制的に同化、破損した武装・兵器、さらには敵フェストゥムをも同化し自らの手足として操る。
【EXODUS】
過去幾度も島を危機に陥れた危険で忌むべき機体として、格納庫の一つを「石棺」状態にし封印措置を施されていた（この頃より総士はニヒトを指して、「虚無の申し子」という二つ名じみた形容で呼ぶことが多くなる）。機体は封印状態でなお高熱を発し続けており、防護服なしでは近付く事も許さない状態だった。
機体に対して危害を加える人間や機械を同化してしまうために、唯一それに抗える総士以外搭乗することができず、竜宮島で幾度となく実施される解体プランに抵抗しながらジークフリード・システムにクロッシングを図るなど不気味な自律起動を見せる。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
織姫の啓示により総士がパイロットとして乗り込み、一騎のザインと共に島から旅立つ。シュリーナガルではアザゼル型・ロードランナーを相手に、手から発する黒い放電でシュリーナガル中心市街地上空のフェストゥムを一瞬で無に還し、地上の上空で力を使うと下の人類ごと消しかねないとポイントを一騎に譲り、海上でディアブロ型と交戦。変性意識である「あくなき征服欲」が発現しディアブロ型から読みとった情報で丸鋸型のワームを生成、座礁した人類軍艦艇に同化ケーブルを突き刺して主砲を同化し海中の敵を一掃、スカラベJ型種にも同化ケーブルを突き刺す事でコントロールを奪取、地下にその触手を伸ばさせアショーカ・ミール本体とエメリー達エスペラントに迫っていたロードランナー群を文字通り一網打尽にした後、ザインと共にロードランナー本体も撃破する。その後は島外派遣組と合流、美羽の望みに従いナレイン将軍やエスペラントたちを敵から守るため、共に脱出行の護衛を行う。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
装備・武装については旧作群と同様であるが、ディアブロ型に同化ケーブルを突き刺して読み取った情報から「ワームスフィアをリング状に形成して投擲する」事を学び、またアザゼル型・アビエイターやロードランナーが行ったような「ワームスフィアを用いた空間跳躍」を行うなど、その挙動は一段とフェストゥムじみたものとなっている。また同化現象も、存在が変質した総士を侵蝕・結晶化させるほど苛烈なものとなっている。第四次蒼穹作戦では第三次蒼穹作戦前に竜宮島をヴェルシールドごと咥え込んだのと同じ全長60キロメートル級のリヴァイアサン型を、それに匹敵する大きさの丸鋸型ワームで顎を切断し、巨大なワームスフィアの一撃の下に一蹴した。続けざまに甲洋・来主と共にクローラーを撃破、一騎のマークザインと共にマークレゾンに立ち向かうがワームウェッジの直撃を受け地上まで墜落。剣司によって機体の修復と共にポイント更新要請を受け、ベイグラントをローンドッグで撃破し、コアの力を奪った。ベイグラント撃破後に生存限界を迎えた総士の消滅・転生により完全に沈黙。海神島に定着したアショーカ内部に取り込まれた。
【THE BEYOND】
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
第四次蒼穹作戦以降、アショーカ・ミール＝世界樹の根元に建造された石棺で『死んだ機体』として封印されていたが、転生し海神島へ帰還した総士がニヒトの外部に接続されたコックピットに搭乗し、機体に遺されたかつての自分の声を聞くと共に再び覚醒した。総士の敵意と激情を受け海神島を破壊しようとするが、力のすべてを引き出すには至らず、海神島のファフナーパイロット達に軽くあしらわれ取り押さえられてしまう。
その後、島のパイロットたちの訓練を受け成長した総士によって海神島の新たな戦力として、竜宮島のコアからのクロッシングで総士にのみ開示された竜宮島の座標に向かう先導役を務める。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
真壁一騎によるアキレスからマークアレスへのザルヴァートル化を目の当たりにした総士の「ゴウバインプログラム、起動！」の叫びに呼応し、スサノオとツクヨミの2機のエンヘリアル・モデル、そして周囲の大量の海水を同化・吸収する事で二度目のザルヴァートル化を決行。ホーミングレーザー発振器は半ば肩と一体化し、同化ケーブルのバインダーは翼のような形状へ変化し、より禍々しいフォルムへと進化を遂げた。力も増大しており、巨大なワームスフィアをファフナーの掌サイズまで圧縮して放ち、着弾した海面を削り取るばかりか大爆発を引き起こすという超常的なまでの破壊力を得るに至り、その一撃で発生した海流でLボートを囲んでいたベノンのフェストゥムの群れを吹き飛ばし、Lボートを追ってツクヨミとスサノオが戦っていた群れも全て同化によって無に還した。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
転生後の総士の初搭乗時および再ザルヴァートル化時以外では転生前の総士が行っていたニヒトの能力を力の限り振りかざすような戦い方は鳴りを潜め、総士自身が訓練によって得た戦い方や戦闘中の意志を忠実に反映するようになった。ただ、総士自身が転生によりフェストゥムの世界への理解を失ったためか、転生前の総士が行っていたようなフェストゥムに同化ケーブルを突き刺して情報を読む、実体化を妨げる因子を流し込み動きを止める、個体の機能の乗っ取り等の戦法は使用されず、同化による無への還元のみ行った。ただ、ハッキングの知識は持っていたため自爆フェーズに入ったスサノオとツクヨミにケーブルを突き刺しハッキングでフェンリルのカウントを止める事は出来た。また、アーキタイプ・ゼロの情報を読み取った後のマークアレスとの戦闘でゼロと同じように掌からビームを放ち奇襲に使用した。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
その力の発現はあくまでニヒトのコンセプトである「一体でも多く敵を消す」に則ったものであり敵対したものは徹底的に破壊し、ザインのように同化による相手の心への侵入(による対話)や、味方機パイロットの同化現象や痛みの肩代わりなどは行えなえず、第二次L計画実行の際、戦端を開く前に総士が美羽を真似てフェストゥムに対し「止まれ！」と呼びかけたがその言葉は届かずフェストゥムによるワームスフィアの集中砲火を浴びる結果となった。第六次蒼穹作戦では美羽のマークザインを竜宮島へ導き、すべてのリミッターを外して立ち塞がったマリスのグリムリーパーに対してルガーランスでは火力不足だと総士が判断した際に皆城輝夜、朔夜からのクロッシングでアーキタイプ・ゼロの機体の位置を示され、同機をザインと共に同化による強化で砲台として使用しグリムリーパーを撃破、一度は美羽を送り出すが、美羽の行おうとしていた「対話」の内容を知り止めようとした総士に割り込んだ一騎のマークアレスと激闘を繰り広げ、海神島で学んだ事全てを体現し、一騎の技術を気迫で上回った総士により勝利した。その後美羽とアルタイルの対話に同行し、美羽の接触に対するアルタイルの防衛反応によるマークザインへの攻撃を身代わりになり受け止めた。アルタイルとの対話後、竜宮島からマークザインと共に浮上。甲洋のアバドンを同化によって消そうとしていたマークレゾンに対し直下からルガーランス二本を構え全速力で突撃し、一本はレゾンのウォールを突破し腹部を貫通。それにより与えた痛みによって一時的にレゾンとケイオスの動きを止め、美羽とマークザインによる「おはなし」の時間を稼いだ。その後アルタイルを奪おうと襲い掛かってくるレゾンに対しザインとのツインドッグで相対し、連携によってダメージを与える。追い詰められたレゾンがソードを展開し太陽の如きエネルギーフィールドで周囲一帯の空間ごと二機を呑み込もうとするがザインと共に一歩も退かずにフィールドに対し同化を仕掛け、崩壊させる。なおも憎しみを祝福として与えんと襲い来るレゾンを、転生前の総士と同様に「マークザインを同化によって強化する」事で消し去る戦法を使用した。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
レゾンを撃退後、美羽に請われザインと手を繋いだ状態で共に宇宙空間近くまで上昇し、美羽による「祝福」を手伝い、転生前の総士の望み通り「希望を未来に導い」た。
【ゲーム版】
新国連軍基地でフェストゥムに乗っ取られたという設定。形状は無印テレビ版そのもの。機体色は黄金で武装はホーミング・レーザーやワーム・スフィアを駆使して戦う。なお、ゲーム版では狩谷由紀恵が裏切ることはないのでパイロットは不明。
ファフナー・Mk.Raison（マークレゾン） 搭乗者：遠見 真矢（『EXODUS』23話）→ジョナサン・ミツヒロ・バートランド/ケイオス・バートランド（『EXODUS』23話 -）
【EXODUS】
新国連が新たに開発したザルヴァートル・モデル。ミツヒロ・バートランドの研究成果を引き継いだヘスター・ギャロップ新国連事務総長主導のもと開発された。機体コードのレゾン（Raison）はフランス語で「理由」を表し、“存在理由”“存在意義”“生き甲斐”などを意味する成句“レゾン・デートル（raison d'être）”の構成要素として知られる単語。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
機体カラーは淡い金色をメインに、細部にえんじ色を差し色としており、飛行時は背面のスタビライザーがマゼンタに輝き、ザインやニヒトと同じく空中に光の軌跡を描く。両前腕部、胸部、背中に2つずつ装備されたイージス発生器により強固かつ広範囲に展開する防壁や、両肩のホーミングレーザー、背面に倒立マウントされた2本のソード(ルガーランスと同様の射撃機構が内蔵、EXODUS本編中ではマウントを上に押し上げ、両肩越しに頭部を挟むように切っ先を前方に向ける事で強力なビームを発射する、ソードとしてはマークザインとの一騎討ちの際に相打ちの形でザインの腹部を貫いた)など、上半身に装甲・装備が多数搭載されており、同じザルヴァートル・モデルとして開発されたマークザインおよびマークニヒト（それぞれ初期型）と比較してマッシブなシルエットが特徴。先発2機のようにフェストゥムによる再構成こそされていないものの、ベイグラントがゴルディアス結晶に蓄積した「憎しみ」の器であるジョナサンをパイロットとしたことで、再構成前のニヒト同じく飛行、ワームスフィアやワームウェッジ、二次元フィールドによる空間捻転、武器の同化によるエネルギー増幅といった先発ザルヴァートル・モデルと同じ能力を見せ、主武装であるイージス発生装備によって展開されるツクヨミのものと同質の「ウォール」は、一騎・総士・甲洋・操の同時攻撃すら防ぎ切り、総士を驚愕させた。またベイグラントの「光による同化能力」によるバックアップを受けることで、赤い二次元エネルギーフィールドを機体前面に多層構造で展開、そこから強大なレーザー光を放出しその「光」によって同化を行うことでマークニヒトをも上回る同化能力を発揮する。
ファフナー (架空の兵器) 人類軍製ファフナー
アルゴス小隊によって鹵獲された広登のマークフュンフとそのコアをベースに機体そのものは完成間近まで建造が進むが、起動に耐えるパイロットがおらず頓挫していた。マークジーベンごと略取され捕虜となった真矢に対してヘスターがその存在を明かし、彼女をテストパイロットとして起動させることで完成をみる。その後、ベイグラントのコアが蜂起し、「憎しみの器」として支配したジョナサンにより奪取される。ベイグラントによって誘導され新国連本部に来襲したアザゼル型クローラー群を一瞬で全滅させる力を見せつけた。第四次蒼穹作戦ではファフナー部隊を率いて出撃、ゼロファフナーをも含めた竜宮島ファフナー部隊を一蹴する圧倒的な力を見せつけ、マークニヒトとマークザインの連携を相手に一歩も退かない戦いを見せた。最終的には相打ちの形でソードでザインの腹部を貫くが、総士のニヒトがベイグラントを撃破しプロメテウスの支配が弱まったところに、一騎のザインの同化による「語り掛け」によりジョナサンが記憶を取り戻した事で鎮静化、ジョナサンは一騎に自らを消すことを請うがプロメテウスの干渉で宇宙空間へ放逐された。
【THE BEYOND】
ファフナー (架空の兵器) 武装
ルガーランス
主にマークエルフ、ベイバロンモデル、マークザイン、マークドライツェンが使用する刀剣武器。小説版では「雷撃槍」。
マークエルフが持つものは全長36mあり、中世の騎兵が使う馬上槍に似た形状の刀身を標的に突き刺し、展開機構を展開して強引にコアを露出させ、レールガンの荷電式の弾でコアを直接破壊する。ただし柔軟な金属フレームと樹脂やゲル等の柔らかい素材を硬く割れやすいセラミックで包んで製造されるため、強い力が加わると構造的に壊れやすく扱いが難しい。
『RIGHT OF LEFT』では原型ともいうべきものが主武装として使われ、『HEAVEN AND EARTH』や『EXODUS』では内蔵火器が核融合プラズマを放つ改良モデルで遠近両用となる。
マークザインが使用すれば、機体と同化させることで一撃でプレアデス型を粉砕する威力を発揮するが、『EXODUS』では「同化作用の制御機構として用いる」「全方位へビームを放ちフェストゥムの群れを薙ぎ払う」、『THE BEYOND』でも「対話の媒介」など、従来の用法を大きく逸脱した方法で駆使する。
なおこれらの使用法に関する技術的バックグラウンドについては作中に明確な説明がない。
マインブレード
ノートゥングモデルの基本装備。
柄の中にナイフ状の刀身が3本収納された短刀。
ファフナー (架空の兵器) 武装
次の刃が自動的に出てくる。突き刺して折ると炸薬式の時限爆弾になるが、威力はさほど期待できない。
小説版で一騎が愛用し、『EXODUS』ではダスティン・モーガンの乗るラファエルに対する止めの一撃となった。
レージングカッター
ノートゥングモデルの腕部から発射されるワイヤーアンカー。対象を絡め取り、ワイヤーを介した熱伝導によって対象を溶断する。主に敵を束縛するときに使用する。巻き付いた後は地面や壁に刺さるが、空中では敵に刺さる。
『EXODUS』では主にマークジーベンが使用し、アルゴス小隊撃墜に大きく貢献した。
デュランダル
マインブレードと同じくノートゥングモデルの基本装備のハンドガン。普段は左右の腕に1つずつマウントされている。引き金を引き続けると3点バーストになる。劇中では主にマークゼクスが使用していた。マインブレードと同様で威力はさほど期待できない。『EXODUS』では、マークノインがマークツェンの左腕に刺さったフェストゥムの一部を破壊する他、マークジーベンがエイワースの撃破に成功しており、直撃箇所次第で最新鋭の人類軍ファフナーを破壊できるまでに強化されている様子。
レールガン
ファフナー (架空の兵器) 武装
主にノートゥングモデルが使用する兵器。電磁誘導方式のレールから高速の弾丸を発射する。加速器のサイズから銃身は大きいが、その分射程が長い。ファフナーからエネルギーを供給されるが、一期第1話では緊急時だったため1発しか撃てなかった。
ピラム
羽のない矢のような形状をした特殊な武装。先端に刃があり、それをワイヤーで射出して全体に高磁圧を発生させることができ、刃の部分で敵を貫いたりワイヤーで敵の動きを封じたりする。ワイヤーは巻き取り可能。咲良の搭乗するマークドライはよくこれを装備していた。
なお、ピラム（ピルム）とは古代ローマの投げ槍のこと。
ゲーグナー
マシンガン型のレーザー銃。充分な火力を保有しており短いインターバルで連射が可能だが、一定ごとにエネルギーの再装填が必要。劇中では、マークエルフ、マークフィアーが使用。
ロングソード
折りたたみ式の長剣。マインブレードの強化型であり、機体の全長を上回るプラズマの刃を形成する。フェストゥムを易々と切り裂く威力を持つ。
主にマークエルフ、マークアインが使用。リンドブルムにも収納されている。
『EXODUS』では改良発展型の「レヴィンソード」として登場する。こちらはマークツヴォルフ、スサノオが使用。
プラズマライフル
連射力の高い中距離武器。道生の搭乗するメガセリオンモデルが装備していた。
ドラゴントゥース
ファフナー (架空の兵器) 武装
大型スナイパーライフル。高い攻撃力と射程を誇る。炸薬式のためファフナー本体のエネルギーを消費せずに済み、信頼性も高い。基本的には、発射時に地面に一脚式のアンカーを刺して使用する。劇中ではマークジーベンが、劇場版ではマークツェンが使用した。
『EXODUS』では飛行状態での射撃を考慮した改良型が登場した。
ガルム44
優れた連射能力を持つ機関砲。銃身下部にミサイルを2基装備している。必要に応じてフル・セミオート、3点バーストに切り替え可能。主にマークアハト、マークフュンフが使用。
『EXODUS』でもトローンズ・モデルとドミニオンズ・モデルの基本兵装に類似した武器がある。
スコーピオン
連射性に優れた機関銃。ガルム44に比べるとやや小型で片手での運用が可能。レールガンタイプのため、薬莢はない。マークドライ、ベイバロンモデルが使用。
メデューサ
両肩に装備する大口径ビーム砲。内部に燃料タンクと酸化剤タンクがあり、燃焼ガスからレーザーを取り出す。オープニングではマークフィアー、蒼穹作戦でマークアハトが使用。『EXODUS』では前述の2機に加え、マークノインが装備している。
イージス
ファフナー (架空の兵器) 武装
マークフュンフの標準装備。光学シールドを展開し、フェストゥムのワームスフィアを弾くほどの高い防御力を有する。機体から分離することも可能。連続使用には一定時間のチャージを必要とする。蒼穹作戦では小型化したものをマークドライとマークアハトが使用した。劇場版ではゼロファフナーにも搭載されており、ミールのバリア中和に使用された。
『EXODUS』では可変シールド、部分解除、エネルギーをプラズマ火球として放つ、シールドをブレードに見立てた斬撃、足場として使用するなど、防御以外にも多彩に使用される。
人類軍でも実用化され、パワーズ・モデル《エイワース》の両肩、ドミニオンズ・モデルの陸戦型の背面に装備されていることが確認されている（パワーズ・モデルは第14話で展開しようとするが、フェストゥムの集中攻撃によって展開前に機体が破壊された。ドミニオンズ・モデルは第15話で装備を展開、ダッカ基地部隊からの攻撃を防いでいる描写が確認できる）。マークレゾンに至っては出力増大により、ツクヨミ同様の超広範囲展開を実現している。
リンドブルム
ファフナー本体および各種装備を輸送する支援航空機。通常はジークフリード・システムを通した遠隔操作だが、直接人が搭乗して操縦することも可能。さらには30mmガトリングガン、後部の200mm砲、12発の小型誘導弾を備え、オプションに大型アームで空戦もこなす。
ファフナー (架空の兵器) 武装
劇場版ではマークドライの主装備になっており、専用のカラーリングもされている。
『EXODUS』ではマークドライが引き続き使用しているほか、マークツヴォルフ用の2機目も登場。それぞれ装備するファフナーと塗色が揃えられている。
フェンリル
ファフナー各モデルに装備される気化爆弾。
フェストゥムを殲滅するのに十分な威力があるが、絶望的な状況で使用されることが多く、使用時には犠牲が付きまとう時限式の自爆装置。
人類軍の艦船などにも装備された。
一期では羽佐間翔子と日野道生、『RIGHT OF LEFT』では将陵僚、『EXODUS』ではウォルター・バーゲストらが壮絶な死を遂げる。
なお、ザルヴァートルモデルはノートゥングモデルの3倍のフェンリルを搭載している。
サラマンダー
劇場版で登場。フェストゥムの身体組成を崩壊させる気化燃料を放出する火炎放射器。拡散度と射程の調整が自由に行える武装であるが、大型ゆえに取り回しに難がある。作中ではマークノインが使用。
ショットガンホーン
劇場版で登場。背部ユニットに格納した刀身を展開し、それにエネルギーフィールドを纏って突撃する特殊兵装。頭から相手に突っ込み頭突きをする形になる。刀身自体もルガーランスのように展開することができ、内部に火器を備えている。作中では芹の変性意識に合わせてマークツヴォルフが装備している。
ガンドレイク
ファフナー (架空の兵器) 武装
『EXODUS』より新たに登場した新装備。ルガーランスをさらに射撃に特化させたような武器。ルガーランスのように槍状に変形することも出来る。従来のルガーランスのような使用方法に加え、フェストゥムに投擲しワイヤーをトリガーに引っかけ射撃をしながら回収したり、ワイヤーに引っかけたまま鞭のようにしてフェストゥムを斬りつけるといった使い方もされている。元はティターン・モデルの主兵装であり、ノートゥング・モデルの規格に合わせて小型化・改良して実戦配備された。ルガーランスに比して刀身が短いが、その分取り回しに優れている。
作中では主にアマテラスが使用する。第20話以降ではマークフィアーと春日井甲洋が同装備に「島の力を借りて」ワームスフィアで体長の数倍以上に達する刀身を形成、大太刀として使用しているシーンがたびたび見られる。
ベヨネット
『EXODUS』より新たに登場した新装備。人類軍の機体に配備されている兵装で、主にドミニオンズ・モデルの基本兵装。　機能的にはガンドレイクと同様に機体からのエネルギー供給によって稼働するため実弾を消費せず、継戦能力に優れるものの、射撃時の反動が大きく連射性に劣る。特にジョナサンが愛用している。
グングニル
ファフナー (架空の兵器) 武装
『EXODUS』より新たに登場した新装備。人類軍の機体に配備されている兵装で、主にドミニオンズ・モデルの基本兵装。　楔形のミサイルを射出するブレード。刀身に沿ってミサイルが鋸歯状に配置されており、射出するごとにレーンを回転させることで高い連射力を持つ。非使用時は背面のマウントラッチに装備されている。
ソードフィッシュ
『EXODUS』より新たに登場した新装備。人類軍の機体に配備されている兵装で、実弾タイプの弾丸を連射するガルム44と同タイプのライフルで、トローンズ・モデルの基本兵装。銃身の上下に合計４門のミサイルユニットが装備されるタイプとスコープが装備される2タイプが存在する。
ルガーグリップ
『EXODUS』より新たに登場した新装備。人類軍の機体に配備されている兵装で、ドミニオンズ・モデルとトローンズ・モデルの基本兵装。平時は折りたたまれた状態で機体に内蔵されており、使用時は刀身部分を変形させる。２本１対の刀身とビーム弾の発射機能を備えている。
次元砲
ゲーム版のみ登場。ファフナーのコアから直接エネルギーを取り出して発射する大型砲。総士の説明によると試験段階で1発撃っただけで砲身が崩壊するらしい。発砲すると画面が瞬間的に色調反転する。マークザインが手に入らなかったルートのみ入手可能。
アームブレード
ゲーム版のみ登場。マークザインとゲームに登場するマークニヒトが装備している。使用時は緑に光り同化した状態の右拳から生えてくる。別の武器を選択すると収納される。デザインがあるがマインブレードやルガーランスとは決定的に異なる。
なお、一期第17話におけるカノンの説得時にマークザインが前腕部の装甲を鋭利な形状に変形・延長させているが、これと同一のものなのかは不明。
ファフナー (架空の兵器) 名前の由来
ファフナー（ファフニール、Fafnir）、イドゥン (Idun) とミョルニア（ミョルニル、Mjollnir）、ガルム (Garm) 、フェンリル (Fenrir) 、エインヘリヤル (Einherjar) は北欧神話からの引用。ファフニールは「ニーベルングの指環」では巨人ファフナー（Fafner）として登場し、英語表題はこれと同じ「Fafner in the azure」と綴られている。
諸古村
諸古村（もろこむら）は、かつて愛知県海東郡にあった村。
現在の愛西市の一部（諸桑町）と津島市の一部（古川・古川町など）に該当する。
村名は、前身となった村の名から一文字ずつとった、合成地名である。
諸古村 教育
諸古尋常小学校（現・愛西市立北河田小学校の前身校のひとつ）
勝幡村
勝幡村（しょばたむら）は、かつて愛知県海東郡にあった村。
現在の愛西市の北東部（勝幡町・佐折町・千引町・古瀬町など）に該当する。
リンカーン (ロードアイランド州)
リンカーン（英: Lincoln）は、アメリカ合衆国ロードアイランド州のプロビデンス郡にある町。人口は2万2529人（2020年）。州都プロビデンスの北に位置している。
リンカーンは17世紀に入植され、現在の町内には植民地時代のストーンエンダーと呼ばれる家屋が幾つか今も残っている（下のアーノルド邸の図を参照）。リンカーンの森州立公園が町内にある。元もこの地域にはハサクァンセット族インディアンが住んでいた。
植民地時代からライムロックのビレッジで石灰岩の採石が始まった。リンカーンは1871年までスミスフィールド町の一部だったが、この年に分離して町となり、エイブラハム・リンカーンにちなんで名付けられた。リンカーンは19世紀後半に重要な工業町となり、ブラックストーン川沿いで多くの繊維工場が操業していた。リンカーンにはマンビル、アルビオン、ライムロック、ロンズデール、フェアローン、クィンビル、セイルズビルのビレッジが入っている。
近年リンカーンはCNNの雑誌「マネー」で「住みたい場所」リストの第63位に挙げられた。
リンカーンはロードアイランド州のブラックストーン・バレー下流にあり、ニューイングランドの歴史的国立公園地域であるジョン・H・チャフィ・ブラックストーン川バレー国立歴史遺産回廊に位置している。
リンカーン (ロードアイランド州) 地理
アメリカ合衆国国勢調査局に拠れば、市域全面積は18.9平方マイル (49 km2)であり、このうち陸地18.2平方マイル (47 km2)、水域は0.7平方マイル (1.8 km2)で水域率は3.80%である。
リンカーンの町内にはリンカーンの森州立公園とツイン川カジノ（元リンカーンダウンズおよびリンカーン公園と呼ばれた競馬場）がある。
リンカーン (ロードアイランド州) 人口動態
以下は2000年の国勢調査による人口統計データである。
リンカーン (ロードアイランド州) 経済とインフラ
リンカーン教育部はロンズデール、セントラル、ノーザン各小学校の3か所に幼稚園前の初期学習センターを持っている。全体では4つの小学校があり、全日制、幼稚園児から5年生までを教えている。上記3校に加えてセイルズビル小学校がある。中学校が1校、高校はリンカーンシニア高校の1校がある。以前は中学校と高校が同じキャンパスを共有していたが、2006年に新しい中学校がジェンクスヒル道路沿いにオープンした。高校は教室を追加する必要があり、元の中学校の場所まで拡張した。ロードアイランド・コミュニティカレッジのフラナガン・キャンパスがリンカーン町内にある。
リンカーンには品質保証審査センターがあり、毎年数多くの放射線療法審査を行っている。その主要な支援は国立がん研究所での連邦政府認証からきており、薬品業界と契約している。アメリカ国内と海外にある約1,000の病院から放射線療法データを得ている。センターはマサチューセッツ州ウースターにあるマサチューセッツ大学医学校と戦略的連携を採っており、ジョージ・ワシントン・ハイウェイ沿いにある。
リンカーン (ロードアイランド州) 経済とインフラ
リンカーン町内には、アミカ相互保険会社がある。1907年に設立され、最初はボストンとプロビデンスにあったが、1994年にリンカーンに移転してきた。資産と損害保険について保険契約を受けており、自動車、家屋、個人負債が含まれている。また1846年に設立され世界に聞こえた筆記具のペンの会社A・T・クロスもある。
ロベルト・デ・ヴィッサーニ
ロベルト・デ・ヴィッサーニ（Roberto de Visiani、クロアチア語表記、Robert Visiani、1800年4月9日 - 1878年5月4日）は現在のクロアチアのシベニク生まれのイタリアの植物学者、博物学者である。イタリアの近代植物学のパイオニアの一人である。
ロベルト・デ・ヴィッサーニ 略歴
現在のクロアチアのシベニクに生まれた。少年のころから植物学に興味を持ち、パドヴァ大学で当時植物学も教えられていた医学を学んだ。1827年にダルマチア地方に戻り、医師となるが植物学への興味から患者の家に行く途中でハーブを採集するのを好んだ。その頃、ボナート教授（Giuseppe Antonio Bonato）によってパドヴァ大学で植物学が独立した教室で教えられるようになった。
ヴィサーニはドイツのレーゲンスブルクの植物学雑誌"Botanische Zeitung"の編集者にいくつかの植物を送り、その後雑誌の編集に協力するようになった。1928年から1930年の間に、自分で発見した50以上の植物の分類と記載を発表した。1836年にボナートが没すると、後継として庭園管理者（"Prefetto dell'Orto"）の職を継いだ。当時パドヴァはオーストリア領だったので、ウィーン大学の教員と競った選考試験に合格し、パドヴァ大学に新設された植物学の教授職に選ばれた。
ロベルト・デ・ヴィッサーニ 略歴
多くの論文を執筆したが、主著は "Flora Dalmatica sive Enumeratio Stirpium Vascularium quas hactenus in Dalmatia lectas et sibi observatas descripsit digessit rariorumque iconibus illustravit" （通常「ダルマチアの植物」"Flora Dalmatica"と呼ばれる）で1842年から1845年に出版された。2500のダルマチアの植物が記載された。
ヴィッサーニが園長の時代にパドヴァの植物園は拡充され、各国の植物が植栽された。ピエール・アンドレア・サッカルドとともに"Società del Veneto a promuovere la coltura dei fiori"を設立した。文芸の分野でも13世紀の哲学者、Brunetto Latiniなどに関する著書もある。
モクセイ科の属名 Visiania（イボタノキ属　Ligustrumのシノニム）に献名された。
ロベルト・デ・ヴィッサーニ 著作
Flora Dalmatica : sive enumeratio stirpium vascularium, quas hactenus in Dalmatia lectas et sibi observatas descripsit, digessit, rariorumque iconibus illustravit. F. Hofmeister, Leipzig 1842–1852.