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蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 アルヴィス
一期に引き続き、普段は春日井家が不在となった喫茶「楽園」のマスターとして一騎らと働いているが、調理は出来ないため給仕や出前に活躍している。第二次蒼穹作戦ではRボートの指揮を行う真壁史彦に代わり、竜宮島防衛司令官を任される。
【EXODUS】
真矢に戦闘機操縦の技術教官として彼女を鍛えている。島外派遣にも統率役として同行、アザゼル型襲来時にも危機を乗り越えて生存し、悪運の強さを証明する。
第二次脱出行でも苦しい状況を生き抜くが、そのさなかに、ただ命令されるがままに現実に同化されていない人間を撃つ人類軍に怒りを露わにする。オルガを初め多くの犠牲者を出してしまった結果に苦しみながらも生還し、真矢拉致後のヘスターとの交渉にも臨み、真矢および広登の遺体の奪還を成し遂げる。
第四次蒼穹作戦では海神島のCDCへ向かい、陣内やペルセウス中隊の隊員と共に指揮を執る。最終的には真矢への復讐を遂げようとしたビリーを射殺する。
【THE BEYOND】
人員不足も相まって現役を張り続けており、第五次蒼穹作戦でペルセウス中隊の生き残りと共にファフナー部隊の指揮を執る他にも、海神島の防衛指揮を任されている。なお第2種任務では「楽園 海神島店」の店長の座は甲洋に譲り、釣り道具屋店主と副校長を兼任している。
陣内 貢（じんない みつぐ）
声 - 鈴木達央
溝口の戦闘部隊に所属する男性。戦闘機ブルギリム隊のパイロットもこなす。舞とは恋人関係にある。
手塚 一平（てづか いっぺい）
声 - 新垣樽助
【1期】
眼鏡に書生頭で瓜実顔の好青年。アルヴィスのメカニックサブチーフで、保の補佐をしている。第二種任務はテレビアナウンサー。
衛の死のショックのあまり保が自宅に引きこもった時は、彼が陣頭指揮を取ってブルクの士気と仕事の質を保っていた。実は容子に密かに憧れていた様子。フェストゥムの襲来時、彼女をとっさにコクピットブロックに突き飛ばしてかくまうが、自身はそのまま同化されてしまい死亡する。
日野 恵（ひの めぐみ）
声 - 小宮和枝
【1期】
アルヴィスのスタッフ。日野道生の母、日野洋治の妻である。第1話で、蔵前果林に付き添ってヴァーンツベックで移動中に攻撃を受け、果林と共にフェストゥムの犠牲となってしまう。
【RIGHT OF LEFT】
L計画に参加するパイロットたちの訓練教育を担当する。
陳晶晶（チン・シャオシャオ）→貴志 シャオ（きし シャオ） / ベラ・デルニョーニ / オルガ・カティーナ・ベトレンコ
声 - 雪野五月（晶晶・1期）→小松美智子（晶晶・劇場版以降） / 東野里加（ベラ）→相川奈都姫（ベラ・EXODUS以降） / 沢井美優（オルガ）
【1期】
竜宮島を占領した人類軍がノートゥングモデルのパイロットとして選抜した3人。劇中では名前は明かされず喋らなかったが、設定のみされていた。
人類軍の精鋭パイロットだったが、ノートゥングモデルには適応できずに降りてしまう。その後、バーンズに見捨てられて道生やカノンと同様アルヴィスの一員となり、蒼穹作戦でもメカニックとしてサポートに回る。
【劇場版】
物語冒頭、島民が灯籠流しに出かける中、ジェレミーたちとともにCDCの留守を預かる晶晶とベラの姿が確認できる。その後、3人はイアン、ジェレミーと共に第二次蒼穹作戦ではRボートに搭乗して遊撃部隊に随行する。
【EXODUS】
3人とも、アルヴィスでCDCオペレーターの任に就いている。第6話以降はオルガが島外派遣メンバーとして島を離れることで、堂馬舞が臨時のCDCオペレーターに就くきっかけとなる。なお、晶晶は島民たちから晶（シャオ）という愛称で呼ばれ、最近アルヴィスで知り合った男性と結婚している。
脱出行の途中、人類軍の攻撃を受ける中で攻撃の中止を訴えたオルガは負傷した後、報告と治療を兼ねて高速機で帰還を試みる。しかし、島に到達する直前でベイグラントの誘導を受けたウォーカーの襲撃を受け、結果的に高速機は全て撃墜される。オルガは激しい戦闘機動によって傷口が開いて大量出血してしまい、報告のデータを送信し終えて島への感謝を告げた直後に彗の能力でファフナーのコクピット内に引き寄せられるが、既に手遅れであり、彗のすぐ側で血まみれになったまま息を引き取る。遺体が戻った後、犠牲になったもう一人の帰還者が発見され、翌日に合同で葬儀で行われる。この一件がきっかけで、彗は血の臭いと人の死を強く意識するようになり、第二次L計画に固執する母に逆らうこととなる。
その後、晶晶とベラは広登の死後に悲嘆に暮れる舞を気遣い、溝口と陣内への見送りの言葉をかけさせる。
【THE BEYOND】
晶晶は陣内の部下である貴志承平と結婚、正式に「貴志シャオ」と改名し娘のフェイを儲けている。シャオはマリスの手引きでCDCに強襲してきたべノン群グレンデルH型の襲撃を受け死亡、承平もその直後に戦死してしまう。
イアン・カンプ
声 - てらそままさき
【劇場版】
元人類軍兵士。メカニックを担当。島への恩義を感じており、島を守るためにL計画を模倣したプランを提案するが、生還を意図していなかったため、即座に却下される。
【EXODUS】
平時は千沙都に代わり、保が執筆している『ゴウバイン』のアシスタントを引き受けている。熱心な読者の美三香が実戦で実力を示したことから、パイロットの育成教材という行美の方便を真に受けている。また、保と共に一騎カレーを目当てに喫茶「楽園」の常連となっている。
オルガの遺体が戻った際には、彼女の遺体が島で葬られることに感謝する。
【THE BEYOND】
海神島移住後も引き続き保を支えており、第2種任務として漫画家アシスタントに加え、教師及び入浴剤研究家を兼任している。
ジェレミー・リー・マーシー
声 - 遠藤綾
【劇場版】
イアンと同じく、元人類軍兵士。オペレーターを担当。CDCで灯籠が流れる様子を聞き、いつか自分たちの名前が刻まれる時が来るかと感慨深げに眺めている。
【EXODUS】
引き続き、CDCでオペレーターを担当。冷淡な織姫の意志には困惑するが、自身の役目を全うし、第四次蒼穹作戦まで生き抜く。劇場版での独白は、オルガの灯籠が流されたことで現実のものとなる。
イアンと共に島の生活には馴染んでおり、浴衣や振り袖も着こなしている。
【THE BEYOND】
海神島移住後にはイアン同様、教師の第2種任務を帯びている。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 新国連
ヘスター・ギャロップ
声 - 藤田淑子（1期）→鳳芳野（EXODUS以降）
【1期】
新国連事務総長を務める壮年女性。好戦的な性格で、マークエルフが新国連に渡った際に、アルヴィスによるフェストゥムとの戦闘映像を新国連が行ったものとして全人類の士気向上のプロパガンダにするなど、政治家としての能力は高いが、反面、戦略においては無知なところがあり、ミツヒロが付け入る隙を与えてしまっている。漫画版ではミツヒロと一緒にフェストゥムに殺害されている。
【EXODUS】
ミツヒロの死後も新国連のトップとして活動している。ミツヒロの研究を引き継いでおり、ベイグラントとプロメテウスの岩戸による衛星通信およびフェストゥムの誘導、そしてザルヴァートル・モデル開発やパペットの生産・利用といった技術を、新国連本部とは別に拠点としているダーウィン基地にて独占・活用している。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 新国連
人類救済という方便のもと「トリプルプラン」を提唱・主導しているが、本当の目的は地上からのフェストゥム因子消滅と、フェストゥム因子に侵食されない特異体質者の選別。やがては選ばれた特異体質者5万人を除いた現存人類20億をフェストゥムもろとも殲滅・排除することで、残ったわずかな人類による「本当の平和」を実現するという第四プラン「赤い靴作戦」を遂行しており、それ故にミールとの対話・共存を唱えるナレインらエスペラントを敵視している。かつては合衆国大統領の令嬢であったが、父が人類軍創設に尽力したことでテロに遭い殺害されるという過去を経て、その意志を継いでの好戦的な姿勢と選民意識をもって新国連創設に貢献した過去が明かされている。
たび重なる交戦規定アルファ発令による犠牲者の増大や人類生存圏縮小といった、トリプルプランの表向きの破綻を招いているものの、それらを全く意に介さない独裁的方針から、バーンズやナレインといった人類軍将校から反感を買っている。しかしそれらの動きは敏感に察知しており、敵対勢力にジョナサンやディランといった内通を悟られる心配のないパペットを潜入させ、妨害工作員や2重スパイとして活用することで無力化するといった冷徹さ・狡猾さをもって対処している。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 新国連
その野望からシュリーナガルおよびペルセウス中隊といったエスペラントが、竜宮島との協力のもと宇宙からの飛来が予期されるアルタイルとの対話・協力を提唱したことを軽蔑、ジョナサンを中継したベイグラントによって誘導したアザゼル型や、交戦規定アルファ発令のもと行動する私兵・アルゴス小隊を利用して、執拗に排除を画策する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 新国連
アルゴス小隊がマークフュンフを鹵獲したことで、機体とそれに搭載されているフェストゥムのコアを利用してマークレゾンを完成させるが、新国連の技術では同化に耐えうるフェストゥム因子を持つパイロットが確保できないことからかつてのザルヴァートル計画であるマークザインとマークニヒトの時と同様に竜宮島パイロットの拉致を計画し、それにより確保したパイロットがミツヒロの娘・真矢であったことから、彼女をミツヒロの後継者として育て上げることを目論み、新国連中枢部が独占してきたプロメテウスのコアの存在やパペットの情報を開示する。その後、マークニヒトの引き渡しを対話のカードに真矢を取り戻しにダーウィン基地を訪れた溝口との会談の場を設けるが、その最中にプロメテウスのコアが蜂起、アザゼル型フェストゥム・クローラー群を呼び寄せたことから基地やプロメテウスの岩戸の放棄・撤退を余儀なくされる。後始末のためダーウィン基地を含めた都市全域に交戦規定アルファを発令しタイラント(核ミサイル)発射を命令するが、そのカウントダウン中に自分が搭乗している潜水艦ごと真矢のマークジーベンに捕らえられ、ジーベンのフェンリルによる自爆か交戦規定の停止かを迫られ、自己保身に加えて真矢の覚悟と行動にかつての自分を重ね合わせたことにより、交戦規定アルファを撤回し、脱出する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 新国連
第四次蒼穹作戦では状況を察知し、竜宮島ファフナー部隊との交戦にタイミングを合わせてベイグラントへの核ミサイル攻撃を指示する。その際に竜宮島への攻撃の可否を問われた際は「彼らには利用価値がある」と却下するが、自らの行動を「甘いかしら」とも独白している。
アレクサンドラ・ギャロップ
声 - 根谷美智子
【THE BEYOND】
へスター・ギャロップの孫娘であり、新国連事務次官を務める。先鋭的保守派である祖母とは異なり前進的かつ柔軟な考えを持つ。穏やかな性格で、第六次蒼穹作戦後に祖母に代わって竜宮島アルヴィスへ直接来訪した際は出迎えた真矢に対して笑顔で対面し、竜宮島・海神島両アルヴィス陣営の生存と健闘を称え、新たに生まれる空のコアに対しては必要ない限りは攻撃を行わないという真壁史彦の提言に全面的に同意。両アルヴィスと新国連と独立人類軍、4者間の和平を結ぶ大役を担った。
王 穀（ワン・イー）
声 - 高口公介
新国連の幹部。新国連事務総長であるヘスターの側近で、彼女と同じ思想を持つ。
シモン・ネタニヤフ
声 - 佐藤健輔
新国連の幹部。ヘスターに賛同的。ジョナサンの人格を消去した後に、覚醒した彼のすぐ近くにいたことで同化される。その後は亡霊のみが存在したが、総士には正体を感づかれ、完全に消滅する。
日野 洋治（ひの ようじ）
声 - 小杉十郎太
【1期】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 新国連
日野道生の父にして人類軍ファフナーの開発者。本編開始の5年前に道生を連れて島を出て新国連に参加するが、ミツヒロとは対照的にフェストゥムとの共存を望んでおり、彼にも黙ってミョルニアをかくまっていた。ミツヒロと逆に「一人でも多くの兵士を生き延びさせる」という設計思想を持ち、共同開発したザルヴァートル・モデル「マークザイン」は彼の設計思想に基づいて開発されている。
モルドヴァへのフェストゥム来襲時、ミョルニアにマークザインを、そのデータと道生への謝罪を真矢に託し、フェストゥムが情報という概念を理解したことを喜び、自爆する。
その後、ミョルニアを通じて洋治の設計思想に基づく機体改修のデータが蒼穹作戦前にアルヴィスへ送られる。フェストゥムの攻撃から機体を守る方法を見た保は、それが洋治の設計思想であることに気づき、これらのデータからアルヴィスでは蒼穹作戦の実行が適う。劇場版以降のアルヴィス製ファフナーには、洋治の設計思想が反映された改良が重ねられる。
ミツヒロ・バートランド
声 - 森功至
【1期】
千鶴の元夫で、アルヴィスにいた頃はファフナーの開発スタッフに在籍していた。紳士的な振る舞いをするが傲慢さを感じさせる性格。フェストゥムを憎み、フェストゥムに勝つために竜宮島を捨て新国連に参加した。
竜宮島に戻り、弓子が真矢のファフナー適性データを改竄していたのを口実に竜宮島から遠見一家を追放させ、真矢を新国連に連れ出そうと画策するも、島民の温情と自身の失言により失敗し、真矢にも「お父さんはフェストゥムとどう違うの？」と完全に拒絶されてしまう。
最終作戦「ヘヴンズドア」の立案者であり、ザルヴァートル・モデル「マークニヒト」を開発する。由紀恵をテストパイロットとして作戦前の最終実験を行っていた最中、フェストゥムに同化されたマークニヒトを目撃、ショックの余り狂ったように笑いながらマークニヒトの手にかかり死亡する。
ミツヒロの設計思想は「一体でも多くの敵を倒す」という、洋治とは正反対のものであり、島を出たのもフェストゥムに勝利する機体とパイロットを生み出すためであり、千鶴は「島で最初にファフナーに魂を同化された」と、半ば哀れんでいた。
【EXODUS】
息子のジョナサンからは「フェストゥムへの復讐だけの人生」、「実験動物のような気分にさせられた」などと回顧され、良い感情を抱かれていなかった。後にジョナサンは偽りの息子にして、正真正銘の実験動物であったことが判明する。
ザルヴァートル・モデル以外にも、海神島のコアを利用したパペットをはじめ、フェストゥムを支配する研究も行っていたことがヘスターにより明かされるなど、死後も竜宮島と人類軍に悪い意味で影響を遺している。実際に、パペットとベイグラントは最悪の形で人類軍にその代償が跳ね返る結果に終わり、マークレゾンに至ってはマークニヒトと同じ結末をたどる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
日野 道生（ひの みちお）
声 - 堀秀行
【1期】
新国連のファフナー搭乗者。666（トリプルシックス）というコードネームを持つ優秀なパイロット。気さくな性格で兄貴分気質。ファフナー搭乗時は暴力的な性格となる。父の洋治に連れられて竜宮島を離れた後、孤児だったカノンと出会って上官になり、以後転戦を繰り返す。
弓子と由紀恵とは同級生。弓子曰く「幼少期は良いところを見せようとしては失敗を繰り返してばかりだった」らしい。いつも巻いているバンダナの下には弓子の写真が挟んである。想い人である弓子のいる島に何度も帰りたがっていたが、自分と同じ年頃の人間の兵士たちも手にかけてきた罪悪感から帰れずにいた。
竜宮島制圧作戦が失敗に終わり、島を離れる直前に由紀恵から、バーンズが潜水艦に仕掛けたフェンリルを起動させる作戦を企んでいることを聞き激昂、人類軍を脱走する形で離反し、島の消滅を阻止する。その後は竜宮島の島民に戻り、一騎たちと共に戦う傍ら、学校の用務員をしながら弓子と一緒に元の日野の家で暮らすようになる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
後に弓子から妊娠したことを告げられ、島と弓子と子供を護るために年齢から来るハンデを解消するため、同化促進剤を投与して千鶴に弓子との結婚の許しを得る。マークニヒト襲来の際に使用不能になったメガセリオンに代わり、マークアインで出撃、フェンリルを使用し自爆寸前のタイミングで脱出を図るも、マークニヒトに阻まれ戦死する。
【EXODUS】
鈴村神社の戦死者たちの写真の中に道生の写真もあり、また人類軍内で彼の名は666として一騎と同様に半ば伝説化している。竜宮島の日野家を訪れたジョナサンに美羽が道生の話をせがむ様子が描写されている。
ダッドリー・バーンズ
声 - 内田直哉
【1期】
人類軍大佐で、史彦や溝口とは顔見知り。竜宮島を占拠し陣頭指揮をするも、乙姫の意思による第1CDCの異常でフェストゥムに対抗できず、カノンほか一部兵士を残して撤退する。その際、竜宮島を潜水艦のフェンリルと戦略ミサイルで消し去る作戦を行うも、由紀恵と道生らに阻まれる。史彦から評価されている場面も見受けられ、指揮官としては有能である。最終話にて、総攻撃の指示を出したところをマークニヒトによって乗艦を破壊される。
【EXODUS】
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
ヘヴンズドア作戦後も生存し、失った右眼と四肢は機械で補修して、南太平洋生存圏を担った功績から将軍に昇進を果たしていた。敵対する者には非情であるが、決して冷徹な人間ではなく、「トリプルプラン」の破綻を顧みずに犠牲者と戦火を増やすだけのヘスターを「鉄の女」と非難し、ディランに内情を探らせている。また、主戦派ではありながらもナレインの影響力にも理解を示し、ヘスターの陰謀から救おうともしている。
内偵の末にヘスターの野望を看破、真矢の奪還を狙う溝口がヘスターと会談の場を設けることを知り、彼に罪を着せる形で彼女の暗殺を目論むが、その行動はパペットであったディランにより全てヘスター側に筒抜けであったため、身柄を拘束される。ジョナサンがクローラーを倒してヘスターがダーウィン基地を去った後に解放され、新国連から独立した人類軍のトップに据えられる。しかし、ディランを含む部下たちはプロメテウスに精神を支配されて発言力はあるはずもなく、「世界の王にする」という甘言に唆され、ベイグラント群フェストゥムと共に大艦隊を率いて海神島へと侵攻する。史彦からの通信にも耳を貸すことはなく攻め込ませるが、新国連から独立して日が浅いのが災いして、史彦から全ての真実を知らされた艦隊・爆撃隊は離反して竜宮島を援護、交戦規定アルファで離反部隊を攻撃しようとする前に艦を空母ボレアリオスに同化されたことで無力化される。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
【THE BEYOND】
独立人類軍ダーウィン艦隊の司令として旗艦イナンナを指揮し、ハワイでプロメテウスの群れと交戦する。
陳晶晶（チン・シャオシャオ） / ベラ・デルニョーニ / オルガ・カティーナ・ベトレンコ
アルヴィスを参照。
ナレイン・ワイズマン・ボース
声 - 大友龍三郎
人類軍大将。2150年にはハワイ生存圏の輸送基地の司令官、2151年にはエリア・シュリーナガルを統括する立場にある。壮年に差しかかっているが、エスペラントの能力を後天的に会得することを目的とした「部分同化実験」において自らを被験体とし、ミールの因子を移植したためファフナーの搭乗が可能となり、本人は「史上最高齢のファフナーパイロット」であることが（多少自嘲めかすが）ささやかな自慢。実験ではエスペラント能力は得られず、皆城総士と同じくフェストゥムと融合しかかった身体を有することになった。パイロットとしての技量は非常に高く、ザルヴァートル・モデルでもなければ対処もままならないディアブロ型を相手に、付け入る隙を与えず返り討ちにするほど。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
2150年6月25日、基地がフェストゥムの襲撃を受け、人類が飲食によって生命をつなぐこと（すなわち兵站の概念）をフェストゥムが理解したことを悟る。迎撃と民間人の避難を行う中で、新国連本部が交戦規定アルファを発令した際にはすぐさま中止命令を出すが、受理されずにハワイは死の島と化してしまう。壊滅後に生き残った部下と共に生存者を探しに出て、朽ちたスフィンクス型の手に守られていたエメリーを保護した。
その後、部分同化実験の被検体やエスペラントの能力者、フェストゥムとの共存に賛同する者を集めて、新たにペルセウス中隊を設立した。1年後、エメリーや当時の増援部隊であったジョナサンらファフナーパイロット勢と共に竜宮島へ向かう。
階級がほぼ意味を失いながらも、多くの地域の食糧危機を救ったことで、ハワイ生存圏確立の立役者として人類軍において大きな影響力を勝ち取っている。また、長年の戦いによる疲弊と竜宮島の存在から人類軍内部で彼の思想は多くの人間から支持を得ており、ダッカ基地司令のカマルは事実上の彼の抹殺命令を下した新国連に異議を唱えている。第二次脱出行では拮抗薬の不足から自らファフナーに搭乗する機会が増え、トローンズ・モデル（サンダルフォン）で指揮を執ることが多くなる。ハワイで数万の市民を犠牲にした経験から代償を支払う覚悟を持ち、エメリーと竜宮島のコアの対話の際には自らが消える覚悟をも示す。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
自分たちのミールの祝福が命のあり方を根底から覆しかねないものであり、竜宮島のミールとは異なる成長をたどっていることを承知しながら、一騎に「永遠の戦士」になる可能性を示す。しかし、前述の一騎への提案も含め、ヒトの言葉を話すコア型フェストゥムである織姫の存在に狂喜する、息子を遣わしてくれた史彦への感謝からとはいえ、昏睡状態に陥った一騎を救うためにミールの因子の移植を提案するなど、人類軍として戦った経験や間もなく到来するアルタイルへの対応への焦りから性急過ぎる部分もある。とはいえ、平和への情熱とフェストゥムとの共存への希望は史彦にも劣っておらず、ヒトとしての存在を保ったまま共存を目指す史彦と比較した場合、ナレインはエスペラントの他にミールやフェストゥムの祝福で永遠に等しい命を持つに至った者と既存の人類をも交えた形での共存で、形は違えど史彦とは互いに認め合っている。
麾下のファフナー部隊を失ったこともあり、海神島上陸作戦及び第四次蒼穹作戦では剣司の指揮の下「トローンズ1」のコードネームで竜宮島部隊の一員として戦う。最後は第四次蒼穹作戦中に止める者のなくなったベイグラントに取りつき足止めを行いつつ、他のエスペラントや弓子と共にアショーカに自らの命を同化させ、人類の希望を謳いながら結晶化・消滅する。
ジョナサン・ミツヒロ・バートランド
声 - 岡本信彦
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
ペルセウス中隊のファフナー隊隊長。金髪・長髪の美少年。モーガン隊ではパワーズ・モデル（オリンピア・エンジェルス）、ペルセウス中隊ではドミニオンズ・モデル（ガブリエル）を愛機としている。ミツヒロ・バートランドの息子であり、弓子・真矢の異母弟である。母親は早くに亡くしている。アイやビリーとは訓練生時代からの仲で、部隊の仲間からは父の名でもあるミドルネームで呼ばれ、一騎たちからもそちらの名で呼ばれる。ハワイにおけるフェストゥム襲来時はモーガン隊所属で増援として出撃、同化を振り払いながらも戦い続けるが、友軍の攻撃で壊滅したハワイを目の当たりにし、戦った意義を見失ってしまう。その後アイやビリーとともに後方部隊に回されるが、同化に抵抗した姿を評価したナレインの計らいでペルセウス中隊に入隊した。勇敢かつ聡明な性格で、落ち着きと思いやりをもって他者に接する好青年だが、敵フェストゥム群への憎悪は父同様に強く激情にかられる場面もある。
竜宮島にはナレインやエメリーとともに来訪、父ミツヒロから真矢と島のことを聞かされたことがあり、アイやビリーと違って島の事情や立場にある程度理解を示す。また、自分の血縁者でもあり父と違う道を進むきっかけをくれた真矢や美羽に心から感謝し、遠見家の人間とは良好な関係になるが、千鶴を（性格的長所を挙げてではあるが）若い頃のミツヒロに酷似していると戸惑わせる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
その正体は、新国連がペルセウス中隊にスパイとして送り込んだパペットMB7型。第三アルヴィス・海神島（人類軍呼称・アトランティス）のコアの分身としてミツヒロの研究によって生み出された存在であり、真矢と弓子はもちろん、ミツヒロとの血縁関係もない。シュリーナガル帰還後、新国連によってプロメテウス（ミツヒロの肉体に寄生させていたグレゴリ型）を介したクロッシングにより位置情報だけでなく現地の天候などの詳細な情報を送っており、アショーカやエメリー達エスペラントはおろかミツヒロ自身も気付かぬうちにロードランナーやアビエイターによる襲撃を誘導し、自身が信じる希望を導く存在であるエスペラント達を抹殺する手助けをさせられていた。ペルセウス隊とシュリーナガル市民達を載せた輸送機と竜宮島との合流直前で現存するすべてのアザゼル型を呼び寄せ、ミツヒロ自身もプロメテウスよって操られ輸送機の翼を破壊して海上へ落とし、異変に気付いたアイを手に掛けてしまう。その後は真矢のマークジーベンの捕獲・連行といったアルゴス小隊の援護を強制させられる。その後、真矢やビリーと共にダーウィン基地へ連行され、プロメテウスの岩戸にいた真矢の前に引っ立てられ、真矢の目の前でパペットの人格抹消の実演の材料にされてしまう。その際、「いなくなった」ミツヒロの人格が宇宙にあるベイグラントのゴルディアス結晶に還り、プロメテウスのコアとクロッシングし「憎しみの器」として選ばれた事でフェストゥムとして覚醒。溝口と会談中だったヘスターに対し蜂起したプロメテウスの導くまま、マークレゾンを奪取しパイロットとして出撃し、時を同じくしてダーウィン基地に呼び寄せられたクローラーを人類軍兵士たちの眼前で撃破する（言うまでもなくプロメテウスによる人類軍掌握のためのマッチポンプである）。僅かに残っていたミツヒロの自我は真矢をはじめとした竜宮島の人々を憎みたくないがゆえに抵抗するも、ダーウィン基地から脱出する真矢達を見送った後プロメテウスに「理由のない憎しみ」を持つよう余計な記憶は全て消され完全に支配される。人類軍掌握後はプロメテウスにベイグラントによるウォーカー同化を指示し、同じく同化したクローラーと共に第三アルヴィス・海神島へ根付いたアショーカを消し去るために差し向ける。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
海神島への最初の攻撃が竜宮島ファフナー部隊に退けられた後は、バーンズと共に掌握した独立人類軍打撃艦隊群と共に、ファフナー大隊の指揮官としてマークレゾンを駆り、地上に堕とされたベイグラントを守るため竜宮島・海神島陣営の前に立ちはだかる。マークレゾンが展開するウォールは一騎のザイン・総士のニヒト・甲洋のフィアー・操のドライツェンによるクロスドッグ攻撃すら受け止める圧倒的な防御力を見せつける。戦いの中でプロメテウスが模ったアイの複製を喪ったことでさらに高まった凄まじい憎しみを原動力とし、竜宮島ファフナー部隊を一蹴。マークザイン、マークニヒトのツインドッグを相手にしてなお一歩も退かない戦いを見せニヒトを地上に堕とすが、一騎のマークザインによる同化を介した説得で、本来の記憶と正気を取り戻し、自らを消すよう一騎に懇願する。だがそれを否定したプロメテウスのコアによりマークザインもろとも虚無のフィールドに取り込まれるが、一騎とマークザインは甲洋のマークフィアーと操のマークドライツェンにより存在の側へと救出され、ミツヒロだけがマークレゾンと共にプロメテウスのゴルディアス結晶付近の宇宙空間へと放逐される。
アイシュワリア・フェイン
声 - 潘めぐみ
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
ペルセウス中隊のファフナー隊女性パイロット。愛称は「アイ」。高いパイロット適性と同化耐性を持ち、モーガン隊ではドミニオンズ・モデル（ガブリエル）、ペルセウス中隊入隊後は適性を認められトローンズ・モデル（ラファエル）を愛機としている。ジョナサンやビリーとは訓練生時代からの仲であり、ジョナサンには好意を寄せている。ハワイではモーガン隊所属として出撃、同化された味方を撃つという辛酸を味わい、泣き崩れてしまう。その後ジョナサンやビリーとともに後方部隊に回されるが、ナレインに素質を見出されペルセウス中隊に転属。礼儀正しいが、伝説のパイロットとされる一騎への憧れを隠せなかったり、ノリの軽いビリーに対しては口より先に手が出たりと、時折若さが露呈する。
シュリーナガルの戦闘ではディアブロ型に同化されるが、一騎の駆るマークザインの干渉で生還、その後の脱出行で一騎らと交流を築く。特に真矢とは親しくなり、自分がかつて同化された仲間を撃った過去を明かし、軍属ではない真矢に自分より辛い役回りを負わせてしまったことを詫びる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
第二次脱出行では訳も分からず人間に追われる上に来ない援軍と分からない目的地に疲弊し、ジョナサンにすがる。竜宮島との合流地点での戦闘中にジョナサンの異変を察知し救援に向かうも、強引に操作されたジョナサンの手で撃墜され戦死してしまう。その後、パペットの応用でジョナサンへの報酬たる「愛する人」として彼女のコピーが作られる。目覚めた彼女はビリーにダスティンの仇を討つよう真矢の銃を渡し、竜宮島と敵対する。最後はジョナサンを庇ってマークザインの攻撃を受け、瀕死の中で一騎を道連れにすべくフェンリルを起動し、その身を散らせる。
その後、一騎の力でジョナサンは、自分が本物のアイを殺したことを思い出す。
ビリー・モーガン
声 - 森田成一
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
人類軍少尉。ペルセウス中隊のファフナー隊男性パイロット。高い同化耐久値ゆえにパワーズ・モデルを愛機とし、モーガン隊時代は陸戦型のオリンピア・エンジェルス、ペルセウス中隊以降は空戦型のアリエルに搭乗している。ダスティンの実弟であり、彼に憧れて人類軍に志願した。ミツヒロやアイとは訓練生時代からの仲。ハワイでは兄ダスティン率いるモーガン隊として出撃。交戦規定アルファ発令により壊滅したハワイの惨状に泣き崩れた。その後、ダスティンの計らいでジョナサンやアイとともに後方部隊に回されるが、ジョナサンに付いていく形でペルセウス中隊に転属する。純朴かつ明るい性格で、周囲のムードメーカー的存在だが、若干短絡的なため、場の空気を読まず周りを傷つけてしまうこともしばしば。
竜宮島では、年相応に真矢に興味を示すなど無邪気に振舞うが、失言によってジョナサンにたしなめられたり、アイに鉄拳を受けたりする羽目になる。シュリーナガルおよび脱出行では同行した暉や広登と親しくなるも、純朴さと共に死地をくぐり抜けてきたシビアさをも垣間見せ、暉や広登に竜宮島の外の人類が置かれている現状をつきつけることになる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
脱出行でダスティンが追撃部隊にいることを知り、自分とダスティンの関係を知られるのを恐れる。やがて竜宮島との合流時ダスティンに保護され、「アルゴス小隊から送り込まれた工作員」という名目でアルゴス小隊に異動扱いで生還を果たす。兄の非情な行動に疑問を抱くも、真矢が辱めを受けるのを見ていることしかできないなど状況に流されていく。ダーウィン基地におけるクローラー群襲来ではマークレゾンの回収にあたっていたことで撃墜を免れるが、それにより兄が真矢に殺されるのを目撃してしまう。
その後はジョナサン同様に支配されたアイから復讐を促され、アイやキースと共に人類軍ファフナー大隊へと加入、竜宮島部隊と敵対する。兄やジョナサン、アイなど信じる人がいなくなっていく流転の状況下ゆえ、真矢を兄の仇と認識することでしか自我を保つことができず、キースと共にマークジーベンを道連れにフェンリルでの自爆戦法を図るが、真矢にコクピットを摘出され失敗する。戦闘終了後は混乱で精神が破綻寸前となり、コクピットを降りたその場で真矢へ銃を向けるが、「何が正しいのかわからない」という想いから逡巡し、その隙に溝口に射殺される最期を迎える。
同じような心境の暉も、かつて島を爆撃したウォルターを憎みながらも憎みきれずに竜宮島へ招く結論にたどり着くが、ビリーは憎みきれない真矢を強引に憎むという、暉と対照的な道を辿り、命を落とす結果になる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
ウォルター・バーゲスト
声 - 置鮎龍太郎
人類軍少尉。ドミニオンズ・モデル（ガブリエル）に搭乗し、ペルセウス中隊第4守備隊隊長として竜宮島の派遣部隊やシュリーナガル基地の護衛・警備を担当する。かつてはサジタリウス爆撃隊に所属、少佐にして爆撃機副操縦士というエリート兵士であったが、誠実な人柄ゆえに交戦規定アルファのもと生存者をも犠牲にする任務にストレスを溜めており、ハワイにて交戦規定アルファ発令による市街地への核爆弾の投下を止めようと軍の命令に逆らったため権限を剥奪・降格され、その後ペルセウス中隊の噂を聞き転属を願い出た経緯がある。
爆撃隊所属時代は第二次蒼穹作戦に乱入し、竜宮島をボレアリオスミール群とともに核ミサイルで攻撃した過去を経ていたことから、派遣部隊の面々と出会ってから謝罪したいと願い続けており、第二次脱出行で疲弊する暉にその真実を明かす。落ち着きもあり、攻撃を受けた時にはダッカ基地制圧を主張する意見を窘める。
竜宮島との合流ポイントの戦闘にて、アルゴス小隊に捕まりそうになった真矢を助け、暉に対し島を見ることが叶わないことを詫びながらフェンリルを起動し、ハインツと潜水艦1隻を道連れに自爆・戦死する。彼の生き様・行動は暉に大きな影響を与え、暉が同化によって消滅する際にも走馬灯の中で暉を労う。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
アニラ・オーロビンド・ゴーシュ / マデリン・ゾーン / マルコス・プラド / アイザック・アレンスキー
声 - 櫻井智（アニラ） / 鷄冠井美智子（マデリン） / 佐藤健輔（マルコス） / 遠藤大智（アイザック）
アグラ基地のオペレーターたち。ブリゲード・コントロールでもオペレーターを務め、シュリーナガルからの長い旅路を最後まで生き延びて無事に竜宮島と合流する。第四次蒼穹作戦では溝口や陣内に随行し、海神島のCDCに就く。
【THE BEYOND】
生き延びた他の隊員と共にアルヴィスのクルーとして任務に就いている。アイザックは第五次蒼穹作戦でLボートで参加、アニラは総士救出時に溝口の指揮下で海神島で待機している。
後のべノン襲撃時にアニラはグレンデル型に襲われ、千鶴やシャオと共に命を落とす。
ダスティン・モーガン
声 - 中村悠一
人類軍少佐。ビリーの兄。トローンズ・モデル（ラファエル）を愛機としている。ハワイで増援のファフナー部隊を率いるモーガン隊隊長として対フェストゥム戦に赴くが、アザゼル型・ロードランナーの圧倒的な戦力の前に敗北する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
ハワイでの戦闘時にディアブロ型に味方の機体が同化され同士討ちとなった事や味方を解放できず撃たねばならなかった事が実直な軍人だった彼の心を変えてしまい、2151年には同化された人間は速やかに殺し被害を最小限に留めるという考えの下、交戦規定アルファ発令後にフェストゥムに同化された人類を殺す任務を担う「アルゴス小隊」の隊長に就任。弟・ビリーを後方任務へ付くよう根回しした上で任務に当たっていたが、ビリーがナレインによってペルセウス中隊に転属したことは知らされていなかった。交戦規定アルファを必要悪としているが、カマル司令からは事実を一切確認せず盲目的に同胞殺しの命令を遂行する姿勢を「フェストゥムと何ら変わらない新国連の狗」と非難される。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
ナレインの影響力と思想に多少なりと理解を示す様子もあったものの、交戦規定アルファに従わずナレインを受け入れようとしていたダッカ基地・カマル司令を暗殺し基地の指揮権を継承、味方増援が来たと出迎えた広登を射殺し、竜宮島アルヴィス製ファフナーの鹵獲とアショーカ・ミールの庇護下にあるナレイン将軍率いるシュリーナガル市民を爆撃により殺害、およびそれを守るペルセウス中隊を（ビリーだけは保護した上で）殲滅すべく襲撃するが、総士が見せたザルヴァートル・モデルの力と真矢による爆撃機撃墜の前に撤退を余儀なくされる。その後もナレイン将軍追跡の任務に当たるがナレインの策の前に再三足止めをされ最終的には竜宮島との合流を許すことにはなったが、アザゼル型2体との戦闘およびパペットとして操られたジョナサンがもたらした混乱に乗じ、ビリーを「アルゴス小隊が送り込んだ工作員を回収した」という名目で保護する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
溝口が真矢奪還のためにヘスターとの会談にダーウィン基地を訪れた際には、警護のためビリーを加えた部隊を率いて出撃、ニヒトを載せた輸送機を包囲し警戒に当たる。クローラー群襲来時には交戦規定アルファを受命するが、その際もフェストゥムへの迎撃よりも先に竜宮島の輸送機に武装解除を要求するなどへスターの命令を優先する対応をしており、これを一蹴されている。その後は真矢のマークジーベンにキースとチェスターが撃墜されたことに激昂し彼女に襲い掛かるが、自らの痛みを厭わない真矢の機転によって返り討ちに遭い、マインブレードをコクピットへと突き立てられて乗機が爆散、戦死する。
元々は高潔な軍人だったが、ハワイ圏でのディアブロ型、アザゼル型との戦いで心に刻み付けられた無力感から、大を生かすために小を切り捨てる考え方に変化してしまった、ある意味ミツヒロ・バートランドと同じく心をフェストゥムに捕らえられてしまった人間と言える。同化された（人類に友好的なミールの庇護下にある）人間は無慈悲に排除する一方で自分の弟だけは擁護するなど、大義と私情を都合よく使い分ける中でその正義感も歪なものになっていった。彼の変化とその最期はビリーの心に昏い影を落とす結果となる。
キース・ウォーター
声 - 宇乃音亜季
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 人類軍
アルゴス小隊の女性隊員。モーガン隊時代はパワーズ・モデル（オリンピア・エンジェルス）、アルゴス小隊以降はドミニオンズ・モデル（ガブリエル）を愛機としている。ダスティンとは概ね同格の立場で、フランクに接する。元々はジョナサンたち同様モーガン隊に所属していたが、ハワイへの増援にて核攻撃をものともしないアザゼル型を見てフェストゥムに勝てないという絶望感を抱く。
「フェストゥムを口説きかねない」と称されるほど大らかだが、汚れ役のような任務も意に介さず楽しげに殺しに臨むなど破綻した性格で、同化されていない者も同化されたと決めつけ、真矢が捕虜となった際にも侮辱的な発言・行動を嬉々として行っている。一方で仲間意識は強く、汚れ役の責任を一人で背負い込もうとするダスティンを軽いノリながらも諭すといった、性格は歪んでいるが仲間にだけなら気を遣える面も持っている。
脱出行メンバー始末の際は、命令には反するがビリーだけは保護したいというダスティンの考えを「ずるいやつが生き残る」と肯定し協力を表明する。ダーウィン基地におけるクローラー群襲来時には、真矢のマークジーベンと交戦し撃墜されるも生還、己への屈辱とダスティンを死へ追いやった真矢への身勝手な憎悪と殺意を募らせる。その後は支配されたジョナサンに復讐を促され、アイやビリーと共にファフナー大隊へと加入し、竜宮島部隊と対峙する。その頭にはもはや真矢への復讐心しかなく、ビリーと2人でマークジーベンを道連れにフェンリルでの自爆戦法を図るが、真矢にハッキングでカウントを止められる。コクピットから外へ出てケーブルを破壊しフェンリルを再起動するも、ジーベンに振り払われ落下、最後は哄笑をあげながらフェンリルの爆発に巻き込まれて戦死する。
ダスティンとは違う形で、人類軍の疲弊と腐敗の末期症状を強調する人物であったと言える。
ハインツ・ビットナー
声 - 泉大智
アルゴス小隊の男性隊員で、元メカニック。トローンズ・モデル（サンダルフォン）に搭乗する。戦場では嬉々として戦う好戦的な性格だが、生還率の高い所属を希望してアルゴス小隊入りした経緯があり、そのためには味方殺しすら厭わない卑劣さを持つ。ペルセウス中隊と竜宮島合流地点にて真矢を捕まえようとするが、ウォルターに防がれ、さらに彼のフェンリルを使った自爆に巻き込まれて戦死する。
チェスター・ゲイン
声 - 栗原吾郎
アルゴス小隊の男性隊員。ハインツの同僚の黒人系。パワーズ・モデル（エイワース）に搭乗する。同化された者の始末に対しある種の義務感を抱き、利己的なキースやハインツと比べてまだまともである。ダスティンが増援として駆けつけたハワイ基地ゴールド隊の唯一の生き残りでもある。ハインツの戦死後、彼に代わって真矢を捕える。ダーウィン基地にて、マークジーベンに乗る真矢との戦闘で撃墜され、戦死する。
ディラン・バーゼル
声 - 勝杏里
太平洋艦隊総司令部に所属するバーンズの副官。36歳。彼の密命のもと新国連に幹部として潜入しており、ダーウィン基地でヘスターの側近の座に付いて動向を報告している。自身は穏健な性格で、ヘスターの冷徹さに懐疑提言をする場面も多いが、その都度一蹴されている。真矢が新国連に拉致された際には、彼女へ同情的な言葉をかけている。
正体は、ジョナサンと同じヒト型パペットN-310型であり、ヘスターの不満分子と内通し、炙り出すための二重スパイであった。ヘスターと溝口との会談の場を利用して、溝口に罪を着せた上で彼女を爆殺しようとするが、逆にそれを証拠とされてバーンズの失脚の片棒を担がされた後、人格を抹消処分される。しかし、直後にプロメテウスに乗っ取られ転移、人格を取り戻すもジョナサン同様強い憎しみに支配され、上官であるバーンズを逆に監視する立場へと収まる。
【THE BEYOND】
バーンズの元を離れ、海神島でルヴィの側近として活動している。パペットとしてのフェストゥムの転移能力は健在である。
海神島へ連れてこられた総士を、マークニヒトの元へ案内する。
カマル・デクスター
声 - 園部好德
ダッカ基地司令で、ナレインの理解者。交戦規定アルファに反発しており、それによりダスティンの手で粛清され基地を乗っ取られる。殺される直前にダスティンの非人間性を「新国連の狗」と称して非難している。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
第四次蒼穹作戦後、マレスペロによって同化されたフェストゥムの群れ、人類軍兵士やファフナー・艦隊群等あらゆる勢力によって混成・組織された“軍隊”。マレスペロの憎悪によって世界を祝福するためあらゆる人類の生存圏に対して全面戦争を仕掛けている。人類側は新国連、独立人類軍、海神島アルヴィスがそれぞれの防衛圏を守りつつ三者間での協議を行いながらこれに対処している。
ワダツミノミコト→プロメテウス→マレスペロ
声 - 石川静（少年）、櫻井孝宏（青年）
第四次蒼穹作戦後の2年間は姿を消し、裏から自らの憎しみで染め支配下に置いた世界中のフェストゥム群を新国連軍・独立人類軍と戦わせ続け、ハワイ・太平洋地域を支配下に置いていた。海神島から離叛し、自らの下に降ったマリスと結託してマークアイン改・スペクターと皆城総士、そして2人のエスペラントの子供を略取すると共に、「絶望」を意味するマレスペロを名乗るようになる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
皆城総士奪還のために発令された第五次蒼穹作戦ではセレノアによるクロッシングを介した同化によるバックワード部隊の同士討ちや、奪取したスペクターに搭乗したレガートのSDPとフロロによるフォワード部隊への足止めが奏功し、パイロットの真壁一騎がSDPの代償である眠りに落ち無人となったマークツヴァイ改・グリムリーパーの奪取と、ハワイ宇宙港からマリス達とミールの欠片を載せたロケットの打ち上げに成功する。衛星軌道上を経由してマリス達を北極圏の偽の竜宮島へ送り届けると共に、マレスペロ自身とミールの欠片はゴルディアス結晶とマークレゾンの元へ合流し、空に「赤い月」を構築する。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
EXODUSでの竜宮島攻略時には攻め手が切れてしまい敗退したことを教訓に、世界中のフェストゥムの群れと、降伏した人類軍兵士をパペットの技術を推し進めたと思われる「ソルダート(通常の同化結晶ではなく黒い泥のような物質で同化する事で肉体と精神を変容させ、フェストゥムの個体と同じように自我を持たず命令に忠実に従う人形のような状態。マリスは「もう元へは戻れないね」と評していた)」として支配下に置き、無尽蔵に近い戦力を保有する。ソルダートは人類軍から鹵獲した攻撃艦隊の操艦や爆撃機の操縦による艦砲射撃やミサイル攻撃を行い、ファフナーに搭乗して竜宮島ファフナー部隊との戦闘に参加する等、人類の攻撃手段を用いる上、フェストゥムの群れと同様に海上に発生させたフィールドから自由に転送、逐次戦線に投入できるため戦況を読み辛くしている。ファフナーのシステム上は「人間」として扱われるため必要に応じて命令されるがまま機体のフェンリルを起動して美羽のマークザインを葬ろうとした。ソルダートの起用に伴い、EXODUS本編にてファフナーの機体とパイロットを直接同化して操ったりシーモータル型フェストゥムへ変化させるディアブロ型は統廃合された模様(ディアブロ型の同化の場合、その場限りでパイロットの命は消えてしまうためあくまで即席の戦力だった)。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
また、竜宮島から提供された情報をもとに強化された人類軍ファフナーをも一撃の下に葬れる攻撃力と、核ミサイルの直撃にも耐える防御力を備えた疑似アザゼル型とも言える新型フェストゥム・ギガンテス型を生み出し人類に対し互角以上の戦いを繰り広げる。
第五次蒼穹作戦を退けた後に衛星軌道上に構築した「ベノンの赤い月」から人類全体を見渡し戦いを有利に進めつつ、自らが統率する群れに人間の感情を学ばせるため、美羽とマリスの記憶を元に北極圏に築いた偽の竜宮島で、総士と共に過ごさせる。
皆城総士奪還作戦にて総士が奪還され、偽の竜宮島とフロロが失われた後はマリス、レガート、セレノアらと共にベノン軍旗艦オリンポスにて捕らえた人間の捕虜をソルダートへ変え自らの戦力に加えつつ、自らも青年の姿で肉体を作り、来るべき竜宮島・海神島陣営との戦いに備えていた。
セレノアの力で肉体から引きはがした西尾里奈の精神を、マリスと共に離反したエスペラントのメイ・アーナンドとノエル・グランデの力でオリンポスの同化結晶に封じ込めており、彼女の精神と肉体のリンクを介して海神島の場所や、彗が里奈に語り掛けた作戦内容を知り、常にその一手先で動きマリスやレガートを尖兵として再三海神島を攻略するが、一騎によるマークアレスの覚醒、そして総士によるマークニヒトの再ザルヴァートル化等で攻勢を撥ね退けられる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
最終的な目標は竜宮島に眠るアルタイルにケイオスを同化させることで憎しみで染め、その後自らをアルタイルのコアとしその力ですべての人類を滅ぼすことであった。これには美羽が先にアルタイルと対話し、彼女が同化される事も前提として組み込まれた作戦であったが、美羽がアルタイルと同化せずに共存を選んだことでその作戦は瓦解し、アルタイルを奪われた怒りで美羽のマークザインに襲い掛かる。しかし武装を解除され、ザインと美羽の能力で心に触れられた際には「僕は対話さえ許されなかった!」と本心の一端を吐露しフェンリルの自爆でザインを葬ろうとするが、総士のマークニヒトに阻まれる。
肉体を失った後も赤い月から怒りと憎悪を降り注がせるが、ケイオスのマークレゾンが敗退し、ザインとニヒトの一撃で赤い月も崩壊する。その後、美羽の祝福によってアルタイルの力を分け与えられたすべてのフェストゥムの群れが赤い月を覆い尽くし、彼らの介在によって再度美羽の心との対話を行い、自ら憎しみを鎮め、全てのフェストゥムと共に存在を消し、共に新たな存在へと生まれ変わる道を選択した。
マリス・エクセルシア
声 - 斉藤壮馬
・誕生日：7月18日 / 身長：172cm
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
美羽とエメリーに匹敵する高い能力を持つエスペラントの少年。最初にアショーカ・ミールが根差したシュリーナガル出身。両親は故人で、EXODUSでの脱出行の中で喪った模様。海神島で次世代のファフナーパイロット候補かつエスペラントの一人として暮らす中で「ある未来」を幻視しアルヴィス陣営に深い絶望を抱き、「その未来を消す」ことと「誰かが生きるために誰かが犠牲になる世界を捨てて平和に生きる道」を選択。海神島アルヴィスからマークアイン改・スペクターを奪取し、まだ幼い総士とパイロット候補だった2人のエスペラントの子供も略取。本来は敵であるマレスペロの元へ降り（マレスペロ自身も彼の叛意は承知しつつ看過している）、マレスペロが築いた偽の竜宮島の中で生徒会の副会長として総士と暮らす。
ベノン結成後は、第五次蒼穹作戦で奪ったグリムリーパーのパイロットとなり、海神島アルヴィスによる総士奪還作戦で島が襲撃された際は敵の能力やあらゆるエネルギーを無効化するSDPで偽竜宮島を防衛するが、一騎によって総士を奪還され、その後戦力差で押し切られ島は沈められる。その後はベノン軍艦隊旗艦オリンポスでマレスペロの庇護下に入る。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
同じエスペラントである美羽と、親友として共に生活した総士に対しては特別な感情を抱いており、それがマリスの行動の原点になっている。袂を分かった後も美羽と総士を気にかけて続けており、自らの陣営に引き込むためレガート、セレノアと共に独自の判断で行動している。
総士を再度連れていくためセレノアとレガートと共に海神島に潜入した時は総士に拒絶され、ベノンの来襲を告げ降伏を勧告して去り、海神島攻略戦でマークアレスによって撃退された後にも再び海神島へ特使として訪れ（島の位置がなぜ追跡出来るのかを看破されていないか確認するためでもあった）、多数の人的被害が生じた島民の憎しみを煽る言動をとりマレスペロの祝福を受けるよう提示するが、真壁史彦に降伏も、憎しみに憎しみで相対する事もないと退けられる。
最高のエスペラントとされる美羽や総士すら強制的に眠らせる程の強い干渉力と高いファフナーパイロット適正、強力なSDPを持つが、御門零央曰く「一つの事に気を取られると周りが見えなくなる」故に「スキが多い」と評されている。また戦闘経験の面から大局観に欠けており、常に圧倒的戦力差を以て戦ってきたことからくる驕りも祟り、竜宮島陣営の作戦を読み切れず大損害を被る。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
第二次L計画では自らのSDPでスサノオとツクヨミ、アマテラスのSDPを無効化してスサノオとツクヨミをLボートのシールド圏内から分断するがSDPなしのスサノオにフェストゥム群を全滅させられ純粋な白兵戦で圧倒されるが、撃破される寸前に零央に同化現象の末期症状が訪れ間一髪で生還する。その後総士がセレノアのクロッシングを撥ね退けマークニヒトを再ザルヴァートル化するのを目の当たりにし、もはや総士の奪還は叶わない事を痛感する。
第二次L計画に続き発令された第六次蒼穹作戦では航空母艦・ポセイドンを旗艦とした艦隊群とペルセウス隊を与えられ海神島を圧倒的有利な状況で包囲するが、西尾里奈の精神から作戦を読んでいた事を逆手に取られ、フェンリルを満載したRボートの自爆によりポセイドン艦隊とペルセウス隊を共に喪失してしまう。その後マレスペロから残ったフェストゥム群と共に海神島を追撃し滅ぼすよう命令されるが、その命令に背き、竜宮島に到達した総士と美羽の前にリミッターをすべて外したグリムリーパーで立ちはだかり、ニヒトのルガーランスの射撃をしのぎ切り、逆にSDPでザインとニヒトの機体を機能不全に追い込み総士を気絶させエスペラントとしての力で美羽を眠らせるが、竜宮島のコアの導きでアーキタイプ・ゼロの機体を同化したニヒトと、総士の呼びかけで目を覚ました美羽のザインによって機体を破壊され敗れる。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
未来を変えられなかった事を悲嘆しつつ、総士に自分が見た「未来」のビジョンを伝えたが、マリスの行動の真意を悟った総士に機体ごと思い切り殴り飛ばされ「早く言え、バカ！」と言い捨てられ美羽の元へ向かう総士を泣きながら見送る。
竜宮島から総士と美羽が導いた未来を目にし「こんな未来があったなんて」と再び涙を流す。アルタイルの祝福を受け復活したグリムリーパーとレガートのスペクターと共にオリンポスへ帰還。セレノア、ケイオス（ジョナサン）と共に身を隠しつつ自分たちのように世界から弾き出された人を受け入れ、自分たちなりの平和を新たに築いていく事を誓い合う。
ケイオス・バートランド
声 - 岡本信彦
べノン総帥であり、母艦オリンポスの玉座に君臨し指揮をとる。パペットMB7型＝ジョナサンから進化したマイスター型フェストゥムで、ジョナサン時代と外見は同一だが記憶は保持していない。
第六次蒼穹作戦ではオリンポスの甲板に立ち戦況を見守っていたが、ボレアリオスと共に現れた一騎・甲洋・来主の3人に対処するため宇宙空間の赤い月まで転送され、ゴルディアス結晶の中に取り込まれていたマークレゾンに搭乗、機体周囲のゴルディアス結晶を溶解し同化し完全なザルヴァートル化を遂げたレゾンで大気圏に再突入し、その自由落下の位置エネルギーをそのままぶつける事でボレアリオス艦とそのミールを文字通り粉砕した。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
その後動揺した来主のクロノスを同化し自爆へ追い込み、アレスとアバドンの攻撃をも退け「憎しみの器」としてマレスペロの祝福を与えるために海神島アルヴィス陣営の前に立ち塞がる。
美羽がアルタイルとの対話を行い、その存在を消さず、共存する道を選んだ際はマレスペロにザインを破壊しアルタイルを奪うよう命令され襲い掛かるが、ザインとニヒトの連携の前に撃退される。
満身創痍のレゾンでオリンポスへ着艦、美羽とアルタイルの祝福を受け、マレスペロが消えた事で憎しみから解放され、ジョナサンだった時の記憶をも取り戻す。帰還したマリス、レガート、セレノアと共にこれからは身を隠しつつ、全員で話し合いながら新たな平和を築いていく事を誓い合う。オリンポス艦のケイオスの玉座の背後の空間には、マレスペロのものとは別の新たなゴルディアス結晶が成長し始めていた。
セレノア
声 - ゆかな
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
アザゼル型・クローラーの姿を本体に持ち、美羽の記憶から母・弓子の姿を模倣したフェストゥム。群れの統率や、ジークフリード・システムのクロッシングを通してファフナーパイロットとシステム搭乗者と同時に同化し、「つながる」能力を持つ。システムによって意識を共有するファフナーにおいてこの能力は天敵であり、第五次蒼穹作戦時には里奈のイザナミのコントロールを奪い同士討ちさせスサノオとアマテラスが中破に追い込まれ、ジークフリードシステム担当者だった剣司を重度の同化現象に陥らせた。アルヴィス陣営にとっては完全に未知の攻撃だったため、対処法がクロッシングの強制解除しかなく、その後はパイロットたちが独自の判断で動くしかなかった。特に直接クロッシング侵入の基点にされたイザナミの里奈はクロッシングを解除しても「つながり」は解かれず、里奈は味方への攻撃を止めるためフェンリルによる自爆を選択する他なかった。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
第五次蒼穹作戦ではこの能力を駆使して、同化で真矢の右目の視力とSDPを奪いイザナミを同化して同士討ちを行わせるが、里奈がフェンリルで自爆（自らの存在を消そうとする行為）を敢行したことには動揺している。その際に里奈の肉体は彗のSDPでコックピットから引き寄せられ救助されたが精神はセレノアの「つながり」により肉体から引き離され、以降は里奈の肉体と精神を介して島の位置と作戦を読み、終盤まで海神島陣営に気付かれずにベノンによる追撃が行われ続けた。
つながりの力以外に特筆すべき能力として人間態時の非常に強固な個体防壁が挙げられる。アズライールの砲弾やスサノオの全力の斬撃を受けても小揺るぎもせず、マークザインのルガーランス射撃すら意に介さなかった。必要となればクロウラーの姿で戦うことも可能で、マレスペロ配下の群れを多数呼び出して統率し、海一面を氷に変える凍結能力も発動可能になる。ただしクロウラーの巨体では防壁は薄くなり、真矢のアズライールが側面下方に回り込んで撃ち込んだ射撃は胴体に命中している。
蒼穹のファフナーシリーズの登場人物 ベノン
第五次蒼穹作戦で竜宮島部隊を退けた後、マレスペロによって北極圏に築かれた偽の竜宮島で総士と乙姫（フロロ）の“母親”、そして道生（レガート）の妻として、島の医師を務める。3年間の母親役を通じて人間の心を学び、レガートやフロロ同様に総士やマリスを家族として心から大切に思うようになる。竜宮島部隊によって偽の島が破壊され総士が奪還された後はレガート、マリスと共にオリンポス艦へ移りベノンの尖兵として戦いに身を投じる。
マリスと共に海神島を訪れた際は甲洋と操と対峙し、海神島を島民ごと沈めマレスペロの元に降れば海神島と同じ島を作って平和に暮らせる、と誘うが甲洋からは「どんなに強大な力でも同じ命は作れない」と拒否され、来主からは逆に「マレスペロから自由になりたくなったら呼べ」と諭される。総士の奪還が叶わなかった時には「寂しさ」を感じていた。