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東京駅の歴史 戦中・戦後
1944年（昭和19年）も末になるといよいよ空襲が激しくなり、列車の運行が阻害されることが多くなっていった。特に1945年（昭和20年）3月10日に連合国軍機によって行われた東京大空襲では、翌日被災者が東京駅に殺到し、東京都職員の発行する罹災証明書を受けて地方への疎開が行われた。5月25日22時30分頃から約2時間半に渡ってB-29約250機による東京空襲が行われ、この際に丸の内駅舎降車口（北口）付近に焼夷弾が着弾して炎上した。駅員総出で消火活動に当たったものの火勢が強く駅舎全体に延焼したため、重要書類の搬出と旅客の避難に努めた。その後2時過ぎに第1プラットホームへ延焼が始まり、第2・3プラットホームへも広がっていった。鎮火したのは26日の朝7時頃で、最終的に丸の内駅舎、第1プラットホームのすべて、第2プラットホームの大半、第3プラットホームの事務室・待合室、第4ホームの一部、電車信号扱所などを焼失した。しかし駅員・乗客ともに1人の負傷者も出すことが無かった。即日復旧工事に着手され、翌27日には第3ホームを利用して5本のみであるが列車の運転が再開された。この日は乗車260人、降車350人、乗車券の発売7枚、収入117円であったと記録されている。28日には第2プラットホーム3・4番線の復旧が完了して電車の運転が再開され、長距離列車は15本が運転されたが中央線・横須賀線は運休のままであった。29日には単線運転で中央線が列車を使用して運転再開し、30日から中央線が複線での電車運転を再開した。31日には京浜線・山手線が所定運行に復旧し、横須賀線が運転を再開した。そして6月2日に始発から全列車が所定の運転に復旧することになった。乗車券の発売などはバラックを建てて行っていたが、駅舎もホームも屋根が無く、雨の日には傘を差して列車を待たねばならなかった。6月20日8時30分頃には1機のみで侵入したB-29が八重洲口から500 mほど離れた場所に250 kg爆弾を投下し、多くの窓ガラスが割れるなどの被害を出した。
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1945年（昭和20年）8月15日に終戦を迎えた時点で鉄道は戦時中の酷使や空襲被災で極端に疲弊した状態にあったが、残された数少ない交通機関として進駐軍輸送や復員輸送に取り組まなければならなかった。進駐軍対応としては東京駅でも、9月15日にまず乗車口にRTO（進駐軍の輸送事務所）を設置し、12月20日にRTO待合室と事務室が完成した。10月1日から戦災復旧工事に本格着手した。丸の内駅舎については、屋根組の鉄骨は焼けただれて垂れ下がり、床板コンクリートも穴だらけになっているような状態であった。被災度が激しく構造体の鉄骨や煉瓦の強度に不安の持たれるところであったが、東京大学教授の武藤清の総合診断を受け、最終的に当時の運輸省建築課長伊藤滋の裁断により、赤煉瓦部分をできるだけ残しつつ被害の大きな3階を取り壊して2階建てにし、乗車口・降車口のドーム丸屋根はピラミッド型に、屋根の複雑な塔を廃して直線的にし、入手困難な鉄骨のかわりに木の角材を用いて工事を行うことになった。屋根の復旧では陸軍から運輸省建築課に移ってきた高山馨が木造トラスの設計を行い、木材を組み合わせジベルと釘で接合した工法を採用している。屋根葺材はトタン板を亜鉛メッキして使用しペンキ塗り仕上げされたが、1951年（昭和26年）から1952年（昭和27年）にかけて登米産天然スレートで葺き替えられている。屋内天井では今村三郎の設計により、戦争終結で航空機用のジュラルミンを容易に入手可能であったことから鉄骨で裏打ちしたジュラルミン張りペイント仕上げとされた。4 - 5年、長くても10年持てばよいとの考えで設計されたものであったが、結局21世紀に入ってからの復原工事まで60年近くに渡って用いられることになった。この2階建てにする復旧工事は1947年（昭和22年）3月15日に完成し、以降内装などの復旧を順次進めて行った。
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丸の内駅舎の乗車口側にRTOの設備は応急で完成していたが、より本格的なものを造るように指示を受け、南口の旧三等待合室に本設を行うことになった。まだ完全な復旧のなっていない丸の内駅舎の中でここだけは別世界で、大理石張りのカウンターやゆったりとしたソファなどまばゆいばかりの設備を持っていた。特に浮彫の壁画は中村順平が原画を描き、本郷新率いる若手グループが彫り上げた作品で、RTOとしての使用が終わった以降も大切に保存された。RTOは1947年（昭和22年）5月1日に完成して使用開始されたが、講和条約後返還され特別待合室となり、その後駅務室などとして使用されてきた。壁画はその後丸の内駅舎復原工事に伴い保存展示されることになり、2012年（平成24年）9月24日から京葉線八重洲改札付近に移設されて公開されている。
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一方の八重洲駅舎は焼失を免れたため、駅機能はしばらくの間八重洲側に集中することになった。日本橋・京橋方面の復興が早く乗降客数の増加が著しかったこともあり、総工費2000万円余りをかけて当時としてはスマートな木造2階建ての駅舎が1948年（昭和23年）11月16日に完成し、面目を一新した。ところが完成して半年ほどの1949年（昭和24年）4月29日10時30分頃、駅舎内日本食堂の1階工事現場から工事人夫のタバコの火の不始末により出火した。工事用の壁により付近の通行人が発見できず、第5プラットホーム上の駅員が発見したときには既に手の施しようがないほど火が広がっており、消防車などが駆けつけて消火活動を行って1時間後の11時30分頃に鎮火したものの、駅舎のほぼ全部と東京車掌区、宿舎3棟を全焼してしまった。損害額は約1億円に達した。
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この他、第1プラットホームから第4プラットホームまでの運転事務室や信号扱所などが戦災で焼失していたため復旧工事が行われた。また終戦後まで八重洲側には外堀が残されていたが、戦災の残骸整理を行うために付近の住民が無秩序に外堀に瓦礫を捨て始めたことから、東京都で急遽瓦礫捨て場を指定してその範囲での外堀の埋立を行うことになった。大戦前には外堀の埋立ができれば理想的な駅舎および駅前広場を建設できるが到底許可が得られない、と関係者を嘆息させていたのであったが、こうして外堀の埋立ができることになり、1947年（昭和22年）11月20日に埋め立て工事が完成した。さらにこの埋め立て工事に際して、得られる用地を将来八重洲駅舎や線路の増設に利用できるように鉄道側から東京都に対して申し入れがなされ、結果的にこの時に確保した用地は後に新幹線に役立てられることになった。
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東京鉄道ホテルは、3階の床が残っており雨露をしのげることから、戦災後2日目から簡易ベッドを2階に並べて仮営業を開始した。運輸省は国鉄本体の復旧に集中する方針となったことから付帯事業は外部委託を進める方針とし、12月1日に日本交通公社に委託された。しかしそのまま使える状態ではなく、復旧しても連合軍に接収される恐れが強いとして、12月1日から当面の間休業とされることになった。その代りに1946年（昭和21年）3月20日から東京駅と丸ビルを結ぶ地下道に簡易ベッドを並べて宿泊所とし、後に「東京丸ノ内ホステル」と称した。この営業は1949年（昭和24年）1月下旬まで続けられた。
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戦災復興後も赤煉瓦は焼けた状態のままとなっていたが、赤煉瓦を磨き上げて綺麗にする工事がサンフランシスコ講和会議を目前に始められた。しかしこの際に、工事中の物価上昇により予算不足となってしまい、追加予算が認められなかったことから、表側のみ磨き上げて線路に面した側はモルタルで塗り潰すことになってしまった。当時の建築家からも、表さえよければ裏はどうでもよいという日本人のさもしい考え方を日本の代表駅に表現してしまったと、手厳しい批判を浴びることになってしまった。これについて、戦災復旧工事に携わった関係者は、単に戦災復旧は一時的なものだと考えていたから、後で本復旧するまで仮の復旧でよいとしてこうなったものであって、予算不足だったからではないと主張している。ただし予算不足が理由と記述している『東京駅々史』では、この作業は戦災復旧のときではなく、その後別に外装工事をするときの話であると説明しており話が食い違っているところがある。結果的にこのモルタルは、21世紀に入ってからの復原工事によって撤去されるまでそのままであった。
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丸の内駅舎では、南側を乗車口、北側を降車口とする一方通行を続けてきたが、混雑緩和のために1948年（昭和23年）6月20日、どちら側からでも乗降できるように変更した。ただし乗車口・降車口という名前はそのままであり、これを丸の内南口、丸の内北口、そして従来の中央口を丸の内中央口と改めたのは1959年（昭和34年）11月1日となった。
1949年（昭和24年）6月1日、国鉄は運輸省の一部門から独立し、公共企業体の日本国有鉄道が発足した。戦災復興作業が一段落すると、国鉄は電化区間の延伸や特急の運転再開・増発などに取り組み始め、またそれまで主流であった機関車が客車を牽引する方式（動力集中方式）から電車方式（動力分散方式）に転換を始めるなど、高度経済成長へ向けて高速大量輸送を支える新しい技術とサービスの導入が進んでいった。この時代は国鉄黄金時代と称される。
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1949年（昭和24年）9月15日から、戦後初の特急列車として「へいわ」が東京 - 大阪間に運転開始された。翌1950年（昭和25年）1月1日には「つばめ」に改称され、5月11日からは「はと」も運転開始されて2往復となった。また機関車牽引方式の列車では機関車の付け替え作業に手間がかかることも一因となり、1950年（昭和25年）3月1日から東京 - 沼津間および東京 - 伊東間に80系電車を使用した湘南電車の運転が開始された。当初は度重なる故障から「湘南電車」ならぬ「遭難電車」の汚名を受けることになってしまったが、以降の電車方式での発展に大きな足跡を記すことになった。一方、1946年（昭和21年）4月22日から上野 - 札幌間で運転を開始した連合軍専用列車「ヤンキー・リミテッド」は同年7月15日から東京駅始発となり、東京 - 上野間の列車線を使用する珍しい列車となった。講和条約発効後日本人も乗車できるようになり第1201・1202列車となり、1954年（昭和29年）10月1日ダイヤ改正で「十和田」と愛称が付けられたが、1956年（昭和31年）11月19日ダイヤ改正で上野始終着に戻った。
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東京駅の設備に関しては、大戦前に着工されて戦時中に途中まで完成して中断していた拡張工事が、大戦後再開された。以前の計画では、東京 - 田町間に増設する線路は横須賀線を東海道本線から分離し、また京浜東北線の急行運転を行うために用いる計画であった。線路の増設は完成して、そちらに東海道本線と横須賀線の運転を移転し、旧列車線を改修する工事の段階で中止となっていた。大戦後は、山手線・京浜東北線の輸送量増加が激しく通勤地獄が出現してしまい、その対策が焦眉の急であったことから、大戦前の計画を放棄して新設線路は山手線と京浜東北線を分離するために充てられることになった。またこの通勤問題への救済として1946年（昭和21年）8月1日から東北本線・常磐線・高崎線の一部列車が列車線を経由して新橋駅まで乗り入れるようになった。これは当初蒸気機関車牽引であり、電化が進むと電車化されたが、通勤輸送の増強が進んだ後も継続され、最終的に新幹線用ホーム増設工事に伴って1973年（昭和48年）4月1日に中止となった。
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まず最初に着手されたのは東京駅北側に列車用の引き上げ線を増設する工事であった。この時点では山手線と京浜東北線の分離は決定されていなかったため当初は第6プラットホームの増設と一緒に工事を行う計画であったが、通勤輸送事情が逼迫してきて山手線と京浜東北線をホームだけでもとりあえず分離を行う必要に迫られたことから、工事の手戻りを避けるために第7プラットホームも同時に着工する方針となった。1949年（昭和24年）に引き上げ線工事に着手され、1951年（昭和26年）12月1日に使用開始された。この引き上げ線はその後東京 - 上野間に線路を増設する際に転用する計画であったため、その後秋葉原駅付近までさらに延長工事が行われている。
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第6・7プラットホームは、幅12 m、長さ340 mで、第4プラットホームに比べて1.67 m、第5プラットホームに比べても0.4 m高く構築された。当時朝鮮戦争により深刻な鋼材不足が発生しており、ホームを支える桁に高価な鋼製桁は採用困難で、また単純な鉄筋コンクリートを採用すると安価になるものの戦前構築の第5高架橋への負担が増加してしまうという問題があった。そこで当時はまだ新しかったプレストレスト・コンクリート (PC) を採用することになり、慎重な試験を繰り返し東京駅手小荷物扱所通路における実験的な適用を経て採用された。線路を載せる高架橋については、第6プラットホームに面する12番線までは戦時中の高架橋工事で完成しており、13番線と14番線を載せる高架橋および15番線と16番線を載せる高架橋を2線2柱式で建設した。第7プラットホームの方が先に1953年（昭和28年）7月1日に東海道線列車用に供用開始され、続いて同年9月1日に第6プラットホームの横須賀線・湘南電車への供用が開始された。
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またこの高架橋の下を一部利用し、八重洲口南側よりもさらに南に手小荷物扱所が建設された。約6900平方メートルの建物が3億5000万円を投じて建設され1952年（昭和27年）7月1日から使用開始された。その後取扱量はさらに増加を続けていたが、輸送改善のために旅客輸送と荷物輸送を分離することが検討されるようになり、東海道新幹線開業に合わせて汐留駅に設置された設備に一部を移行し、さらに汐留駅の設備の改良と共に移転を続けて東京駅での扱いは縮小していった。後にトラックに押されて荷物輸送は完全に廃止となっている。
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第4プラットホームは第5プラットホームより1.27 m低い位置にあったが、今後東海道線・横須賀線用として使用していく上では第5プラットホームと同じ高さにあることが望ましかった。そこで第6・第7プラットホームが供用開始して、山手線と京浜東北線の分離工事が完了する前の時期に第4プラットホームを一時使用停止してかさ上げする工事が行われることになった。また電車用に転用される第3プラットホームについても多少のかさ上げが行われることになった。このため1953年（昭和28年）7月1日の第7プラットホーム使用開始時に10・11・12番線を使用停止してかさ上げ作業を開始し、さらに9月1日の10・11・12番線使用再開、第6プラットホーム使用開始時に7・8・9番線を使用停止して配線変更と第4プラットホームかさ上げ作業を行い、11月1日に9番線使用再開と5・6番線使用停止し第3プラットホームかさ上げ作業を行うなどと順に作業を進めて行った。翌1954年（昭和29年）2月16日には8番線を使用再開し、3月30日にはそれまで4番線を使用していた山手線外回り・京浜東北線南行を6番線に移した。この間、ますます混雑が激しさを増してきたことから、上野駅におけるプラットホーム増設工事完成を機に1954年（昭和29年）4月15日から常磐線の電車が列車線を経由して有楽町まで乗り入れを開始した。東京から有楽町までは、既に完成していた後に京浜東北線南行に用いられる線路を利用した単線運転で、朝夕のピーク時間帯に10分間隔で運転された。この列車は東京駅では7番線を使用した。
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こうして順次工事が進められてきて、また東京 - 田町間の橋桁や橋台などの改修・架設工事、プラットホームの整備、東京 - 田端間の2線増設などの工事も進み、1956年（昭和31年）11月19日に供用開始され、ここに山手線と京浜東北線の分離工事が完成した。これにより、東京駅のプラットホームは第1プラットホーム（1・2番線）が中央線電車発着、第2プラットホーム（3・4番線）が山手線内回り・京浜東北線北行、第3プラットホーム（5・6番線）が山手線外回り・京浜東北線南行、第4プラットホーム7番線が列車到着、東北・常磐・高崎線方面列車出発、8番線が列車到着、第5プラットホーム9番線列車到着、10番線列車発着、第6プラットホーム12番線湘南電車発着、13番線横須賀線発着、第7プラットホーム（14・15番線）が列車出発、11・16番線はプラットホームに面しない回送線となった。
この間、日本交通公社に営業委託することになっていた東京鉄道ホテルを東京ステーションホテルに名称を戻して運営を再開する方向になったが、GHQの指令で交通公社による国鉄乗車券発行への手数料が削減されることになり経営問題に発展したことから、日本ホテルを設立して営業再開することになった。1951年（昭和26年）1月17日に起工式が行われ、同年11月15日に営業を再開した。
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また、中央通路は従来丸の内側から第1・2プラットホームまでだけつながっており、その幅も5 mしかなかった。しかし位置的に乗換にも八重洲側への行き来にも便利であったことからこれを八重洲側まで貫通させる方針となった。これは戦前からの計画であり、第5プラットホームの高架橋建設時にもそれが考慮されていた。1953年（昭和28年）1月6日に着工され、1954年（昭和29年）2月16日に開通した。新しく建設された部分は幅8 mとされたが従来部分はそのままで、また丸の内側からだと第1プラットホームの前で階段で上がり、第2プラットホームの八重洲側で下り、第4プラットホームのところでまた上って第6プラットホームのところでまた下るという4か所の階段を抱えた構造となってしまった。これに加えて東京駅付近では約750 mにわたって東西方向に通り抜けできる通路が無いという問題があったため、北側の旧手小荷物通路を転用して第1自由通路として利用することになり、1953年（昭和28年）7月1日に開通した。
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一方八重洲口は1949年（昭和24年）の焼失以降、仮駅舎を設置して営業してきたが、第6・7プラットホームの整備や手小荷物扱所の建設などで駅の整備が進んできたこともあり、本格的な駅舎建設に乗り出すことになった。当初は外堀通りに面するところまで駅舎を前に出し、さらにその東側の土地を買収して広大な駅前広場を建設する構想もあったが、地元の反対運動により頓挫し、約38.0 m後退させて駅舎を建設することになった。国鉄だけの資本では実現困難であったことからいわゆる民衆駅として民間資本を導入する目的で鉄道会館が設立された。1952年（昭和27年）10月14日の鉄道開通80周年記念の日に鍬入れ式が挙行された。建設に当たっては第7プラットホームとの間にさらに2面のプラットホームを増設可能なように配慮して位置が決定された結果、駅舎の前面の線がかつての外堀の線に一致することになった。正面幅132.0 m、奥行きは南側で25.0 m、北側で45.0 mとされ、本来は地下2階、地上12階として計画されたが、建築基準法改正前であったためとりあえず第一期工事は6階までとなり、1954年（昭和29年）10月14日に竣工した。東京の百貨店各社は、あまり駅ビルに興味を示さなかったことから、東京進出に熱心であった、関西を地盤とする大丸（現：大丸松坂屋百貨店（J.フロント リテイリング傘下））が進出することになり、同年10月21日営業を開始した。またこれに先立ち、第6・7プラットホームの高架下を利用して1953年（昭和28年）7月1日に東京駅名店街が開設され、1955年（昭和30年）7月20日には八重洲駅舎と第7プラットホームの間を結ぶ連絡上屋が完成してここに待合室なども設置された。この間、1953年（昭和28年）7月1日に八重洲乗車口と八重洲北口、9月1日に八重洲中央口と八重洲南口が開設されている。
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山手線と京浜東北線の分離運転が開始されたのと同じ1956年（昭和31年）11月19日、東海道本線の全線電化が完成し、特急「つばめ」「はと」はEF58形電気機関車が全線を通して牽引するようになった。また九州との間を夜行で結ぶ「あさかぜ」も運転を開始したが、当初は各種の寝台車や座席車の寄せ集めであり、1958年（昭和33年）から20系客車による固定編成となっていわゆる「ブルートレイン」となった。さらに1958年（昭和33年）11月1日から、20系電車（後に151系）による初の電車方式の特急「こだま」が運転を開始した。この時期は電車急行も大増発され、夜間は10分おきに夜行列車が出発するなど、東京駅は優等列車の発着で1日中賑わっていた。これに加えて1957年（昭和32年）10月15日からは準急「日光」が日光へ向けて運行を開始し、以降東京駅に発着する東北本線・高崎線・常磐線の特急・急行列車は増加していった。一方、東北・常磐・高崎線方面からの普通列車の東京乗り入れでは順次電車化・電気機関車牽引化がすすめられていったことから、1961年（昭和36年）5月31日の常磐線第435・424列車牽引のC62形蒸気機関車を最後に、東京駅における蒸気機関車定期運行が終了した。
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1935年（昭和10年）時点で1日約12万8000人であった東京駅の乗降客数は第二次世界大戦後も増加し続けて1955年（昭和30年）時点で1日約49万8000人に達した。中央線においても通勤客が激増しており、大規模な線増計画なども検討されていたが短期間での対応は困難であった。一方で、東京駅では第2 - 第7のプラットホームがいずれも幅12 mであるのに対し第1プラットホームのみ幅9 mで、朝ラッシュ時2分間隔で到着する列車からの降車客が溢れて開扉制限を行わなければならない状況があり、2分間隔の維持に支障をきたしていた。そこで、2番線と3番線の間に留置線が1線あったことを利用して、2番線を撤去し従来の留置線を新たな2番線とし、その分4 mホームを広げて幅13 mにする工事を行うことにした。あらかじめホーム擁壁を留置線脇に造っておき、ホーム用のプレストレスト・コンクリート板を準備しておいて、1957年（昭和32年）7月14日の夜に一晩で拡幅工事を施工した。さらに乗車口へ通じる通路（南通路）を拡幅し、これへ降りる階段も拡幅した。中央通路についても、5 m幅で残っていた部分を拡幅して8 m幅として、丸の内から八重洲まで統一した幅を確保し、かつ第1・2プラットホーム下にあった2か所の階段を撤去して階段を残り2か所とした。降車口へ通じる通路（北通路）についてもこの機会に階段の付け替えや拡幅を実施した。これらの工事の際に、将来第1プラットホームより丸の内側に追加のプラットホームを増設することを考慮した配置としている。これに加えて、1953年（昭和28年）7月1日に開通した第1自由通路だけでは処理しきれないくらい通り抜け利用者が増えてきたことから第2自由通路に着手することになり、もともと郵便地下道として利用されていた通路を転用する工事が1958年（昭和33年）1月14日に始まった。この通路はもともと八重洲側から第2プラットホームまでしか通じていなかったので、丸の内側まで貫通させる工事を実施し、総工費2400万円をかけて1959年（昭和34年）3月10日に開通した。
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こうした東京の輸送需要の救済を図るためにも、第二次世界大戦後は地下鉄網の整備が進められた。東京駅にかかわるものとしては、帝都高速度交通営団（営団地下鉄、後の東京地下鉄（東京メトロ））丸ノ内線が1956年（昭和31年）7月20日に淡路町駅から当駅まで開通した。さらに1957年（昭和32年）12月15日には西銀座駅（後の銀座駅）まで延長されている。この丸ノ内線東京駅は丸の内側駅前広場の地下に建設されており、地下通路で丸の内南口、丸の内北口との連絡が図られた。また中央線の混雑緩和が課題となっていたが都心部の線増工事はほとんど不可能となっていたため、地下鉄への直通乗り入れが行われることになり、東西線の建設と中央・総武緩行線から乗り入れが決定された。東西線は、丸ノ内線の淡路町 - 東京間の開通と同時に開設されていた大手町駅に1966年（昭和41年）10月1日に乗り入れた。大手町駅と東京駅の間は地下通路が建設されて連絡を果たすようになり、中央線の快速電車の混雑率緩和や秋葉原駅の乗換混雑の緩和に大きな役割を果たした。こうした地下鉄建設もあり、東京駅の国鉄の乗降客数は1965年（昭和40年）の1日約82万6000人でほぼ頭打ちすることになった。
東京駅の歴史 戦中・戦後
高度経済成長を背景に東海道本線の輸送需要も増加を続け、いよいよ限界に達しつつあった。このため戦前の弾丸列車計画を受け継いで新幹線計画が開始されることになり、1959年（昭和34年）4月20日に新丹那トンネル東口において起工式が行われた。一方東京におけるターミナル駅をどこにするかは決定が遅れた。東京駅における混雑がさらに激化することを懸念する意見もあったが、周辺交通への乗り継ぎの便を考慮し、また八重洲駅舎建設時に第7プラットホームとの間にさらに2面のプラットホーム建設余地を残してあり乗り入れる余地があったこともあり、東京駅をターミナルとすることが決定された。こうして1960年（昭和35年）11月12日に東京駅構内の工事に着手された。東京駅へ乗り入れる東海道本線の線路はこの当時横須賀線の電車が共用していたが、輸送力の逼迫を背景に戦災復興時に入手しておいた線増用地を利用し横須賀線用の線路増設を行う工事が検討され、実際に基礎工事も開始されていた。しかし新幹線建設が決定したことにより、この用地は新幹線用に流用することになった。新幹線が開通すれば東海道本線の輸送力に余裕が出るので、横須賀線との分離工事は先送りできると判断されたためである。有楽町付近においては土地を確保できていなかったが、道路をまたいで高架橋を建設することで解決された。建設には東京駅開業以来建設を請け負ってきた大林組に加えて鹿島建設が参加し、高架橋工事と幅10.2 m、長さ360 mのプラットホーム2面を増設する工事を行った。またその下部に広い旅客コンコースを設置し、それまでここにあった名店街を地下に移設した。こうして1964年（昭和39年）10月1日、東海道新幹線が開通し、第8・9プラットホームの17・18・19番線（2面3線）が供用開始となった。
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この新幹線ホームは、当初16番線を含む2面4線として計画されていたが、16番線は在来線の機回り線として既に使用されており、開業当初の新幹線の列車本数では2面3線で十分であったことから、開業後の需要を見ながら必要に応じて増設するということになり、16番線はそのまま在来線用に存置されていた。しかし新幹線開業後の旅客需要の増大は急激であり、1967年（昭和42年）3月に列車増発を実現することを目指して、新幹線用に16番線を転用する工事が1965年（昭和40年）10月に開始された。また1969年（昭和44年）から新幹線の16両編成化が計画されていたため、当初全長360 mで建設されていたプラットホームを南側に70 m延長する工事を行った。在来線側の建築限界に支障されてホーム幅が狭くなっていた南側についての拡幅も実施されている。転用に関しては、新幹線のレール面は在来線に比べてさらに1.9 mほど高かったため、在来線用の高架橋の上に鉄桁を挿入してレール面をかさ上げする工事を行っている。この他、16番線に支障されて建設していなかった部分の高架橋の建設工事が行われている。新幹線用の16番線は、1967年（昭和42年）3月10日に供用開始された。
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新幹線の始発駅として社会的・経済的な重要性が増していく中で、東京駅を標的としたテロも発生した。1967年3月31日、みどりの窓口（新幹線当日切符売り場）近くのゴミ箱に仕掛けられた爆弾が爆発、14人が重軽傷を負う事件が発生した。丸の内警察署に特別捜査本部が置かれて捜査が行われたが、手掛かりは乏しく進展はしなかった。
この頃、八重洲側の整備がさらに進展していた。狭い八重洲駅前広場の旅客を捌くために地下街と地下駐車場を設ける構想となり、1963年（昭和38年）6月に着工した八重洲地下街は1965年（昭和40年）6月に1期工事が竣工し、さらに1969年（昭和44年）2月に2期工事竣工となった。この地下街は地下1階に店舗が、地下2階に駐車場が設置され、一部設けられた地下3階に機械設備類が収められている。この地下街の駐車場は、首都高速八重洲線と地下での連絡が可能な構造となっている。また当初から八重洲の駅舎は12階建てを目指して計画されていたものであったが、建築基準法の高さ31 m制限により暫定的に6階建てで竣工していた。1964年（昭和39年）に建築基準法が改正されて高さ制限が緩和されたため、当初予定の12階建てに増築する工事に1967年（昭和42年）1月に着手し1968年（昭和43年）6月30日に竣工した。
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横須賀線はこの当時、東京から大船まで東海道本線に乗り入れて運転を行っており、両線の列車が競合して列車の増発は困難な状況にあった。通勤圏の郊外への拡がりによって横須賀線の混雑は深刻化し、1930年（昭和5年）の横須賀線電車運転開始時には5両編成の列車が20分間隔であったのが、この頃には13両編成で7 - 8分間隔にまで輸送力を増強していたが、混雑率は300パーセントにも達する状態であった。混雑緩和のために横須賀線を東海道本線から分離する目的で、実際に一度は東京 - 品川間での線増工事に着手されたが、新幹線に線増用地を転用されることになってしまった。新幹線により東海道本線の長距離輸送需要が移転すれば、しばらくはしのげると判断されたためでもある。一方の総武本線についても、戦前には住宅開発が遅れた地域であったのがこの時代になって急速に住宅が増加し、混雑が激化していた。地下鉄東西線の建設によって一旦は総武本線の混雑が緩和されたものの、それがまた新たな住宅開発を招いて再び混雑が激化しつつあった。その対応として、通勤五方面作戦の一環として横須賀線や総武本線についても線増が行われることになった。総武本線を複々線化し、錦糸町から地下線で東京駅へ入り、品川へ抜けてそこから貨物線を転用した路線に抜けて大船までを完全に別線化することで、総武本線と横須賀線は直通運転を行えるようにすることになった。これにより結果的に、バルツァーの提案した総武本線の東京駅乗り入れが実現することになった。
東京駅の歴史 戦中・戦後
1968年（昭和43年）1月10日に東京地下駅の工事が着手された。この地下駅は東京駅の丸の内側の駅前広場の下に、地下鉄丸ノ内線東京駅よりさらに下をもぐって建設された。地下5階の構造で深さは25 - 26 mあり、長さ300 mのプラットホームを2面4線として建設した。営業を続けたままの丸の内駅舎および地下鉄の下で建設を行う難工事であったが、この工事により丸の内北口と丸の内南口は地下でつながり、広大な地下広場が形成された。横須賀線が使用することになる貨物線から貨物列車を移す先になる新たな貨物線建設工事が、沿線住民の反対運動で大きく遅延したことから、総武本線の方が一足先に開通することになった。こうして1972年（昭和47年）7月15日、総武本線の東京乗り入れが開通して東京地下駅が利用開始され、東京駅は総武本線の起点ともなった。当初は地下駅のうち1 - 3番線のみの使用で、4番線の使用開始は1975年（昭和50年）3月10日となった。その後1976年（昭和51年）10月1日から品川までの地下線が開通して総武本線の電車が延長運転を開始し、1980年（昭和55年）10月1日に当初の予定通り横須賀線の分離（SM分離）が完成して横須賀線と総武本線の直通運転が開始された。
東京駅の歴史 戦中・戦後
1969年（昭和44年）6月10日には、東京駅八重洲南口に東名ハイウェイバスの乗り場が新設され、東京駅は高速バスによっても名古屋や大阪と結ばれるようになった。
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一方、東海道新幹線は予想を上回ってさらに利用客の増加が続いていた。さらに1970年（昭和45年）に予定されていた日本万国博覧会（大阪万博）対応の輸送を考えれば、2面4線でも不足すると見込まれるようになり、在来線のホームを新幹線用に転用する検討に入った。しかし工期的に大阪万博に間に合うように建設することは困難であり、万博輸送は2面4線で乗り切ることになった。その後総武・横須賀地下ホームが開業して横須賀線が地下に移転すれば地上プラットホームの負担が減るため転用が可能となると見込まれた。そこで山陽新幹線が博多まで開通する1975年（昭和50年）をめどに新幹線への第7プラットホームの転用工事を行う方向となった。一方1970年（昭和45年）5月に全国新幹線鉄道整備法が成立して、翌1971年（昭和46年）1月には東北・上越・成田の3新幹線について基本計画が制定された。これらの新幹線の東京側のターミナルの場所についても検討が行われたが、最終的に東京駅に乗り入れるほかはないと結論され、1971年（昭和46年）10月14日に東北・上越新幹線の工事実施計画が運輸大臣承認を受けた。これにより東京駅では新幹線用に4面8線が必要とされることになり、第7プラットホームだけでなく第6プラットホームも新幹線への転用が必要となった。横須賀線の地下駅への移転は遅れていたものの、博多開業までに間に合わせるためにまずは早急に第7プラットホームの転用工事に着手することになった。
こうして1971年（昭和46年）11月28日に東京駅構内で東北新幹線の起工式が挙行された。まず在来線用の第7プラットホームを使用停止する準備の工事が1972年（昭和47年）3月から開始された。この頃は東京駅に東北・高崎・常磐線方面の優等列車や一部普通列車が乗り入れてきていたが、これを上野で打ち切りとするために上野駅の信号扱所の改良や上野 - 秋葉原間に留置線の設置などを行った。また東海道本線でも東京駅へ乗り入れできなくなる一部の列車を収容するために品川駅の第4・5プラットホームの有効長の延伸と東京側での配線変更を実施した。これに加えて南側に荷物電車の留置線があったために到着のみしか処理できず、折り返すには一旦神田側に引き上げる必要があって効率が悪かった第4プラットホーム7番線について、留置線を整理して7番線から直接出発できる配線に変更し、これにより引き上げ・回送の回数が大幅に減少して効率的となった。東京 - 上野間の列車線の整理や東京駅構内の支障移転なども実施した。こうした工事を終えて、1973年（昭和48年）4月1日に第7プラットホーム（14・15番線）が使用停止となり、東北・高崎・常磐線からの優等列車および中距離列車の東京駅乗り入れは廃止となった。また東海道・横須賀線の発着番線については、東海道本線の優等列車は減少していたこともあり、第4プラットホーム（7・8番線）を湘南電車に、第5プラットホーム（9・10番線）を横須賀線に、第6プラットホーム（12・13番線）を優等列車に使用するように変更された。その後、横須賀線の地下への移転完了により第6プラットホームの13番線が廃止となり、優等列車の発着は9・10番線に変更となった。さらに12番線も1988年（昭和63年）3月13日に廃止となり第6プラットホームの使用が停止されている。
その後、第7プラットホームと15番線を約2.0 mかさ上げして新幹線対応に転用する工事を行い、目標としていた新幹線博多開業には遅れたものの、1975年（昭和50年）7月18日に第7プラットホームと15番線が新幹線用に使用開始され、東京駅の東海道新幹線ホームは3面5線となった。さらに新幹線の運転距離が長くなり事故・雪害等での遅延対策に必要とされたことから、14番線についても工事が行われ1979年（昭和54年）12月1日に使用開始された。これにより東京駅の東海道新幹線ホームは3面6線となった。第7プラットホーム（14・15番線）の神田寄りが丸の内側へ湾曲しているのは、上野方から旅客列車が乗り入れていた東海道本線のホームを転用したためである。当初の計画では、第8・9プラットホームが東海道新幹線用で、第6・7プラットホームを東北・上越新幹線用に充てる予定となっており、相互直通運転も想定されていたが、実質的に第7プラットホームが東海道新幹線用に使われることになってしまい、東北・上越新幹線の乗り入れが困難となってしまった。これは、上野駅にサブターミナルとして2面4線の設備を整備することにつながった。
また相変わらずコンコースや通路の混雑は激しく、特に中央通路は総武・横須賀線地下ホームの開設以来その利用客が八重洲側と行き来するのに使用されたことから非常に混雑してきていた。そこで、従来の幅8 mを一挙に3倍の25 mに拡幅する工事を行うことになった。また丸の内側には地下鉄の駅や総武・横須賀地下ホームがあり、八重洲側には地下の名店街や駐車場などがあってこの間の行き来もあったことから、中央通路の地下にも通路を設置することにした。1975年（昭和50年）3月に着工され、まず1979年（昭和54年）4月1日に中央通路の拡幅工事が完成した。さらに中央地下通路についても1980年（昭和55年）9月30日に開通となった。
在来線と新幹線を乗り換える改札付近の混雑も激しく、将来的に第6プラットホームを新幹線に転用すると乗換改札がさらに丸の内側に押し出されてきて、乗換客の滞留スペースがほとんどなくなってしまうことになる。そこで、東京駅開業以来盛土の高架であった第4プラットホームの下を高架橋に改築して乗換コンコースに充てることになり、1976年（昭和51年）3月に着工された。既存のホームや線路の脇から仮の柱を地下まで打ち込み、これによりホームや線路を仮受けしたうえで、下部の盛土を撤去し、本設の高架橋を工事した。この工事により拡大されたコンコースは、1980年（昭和55年）10月に使用開始された。この工事に伴って第1自由通路が使用できなくなったため、第2自由通路よりさらに神田側に新しい自由通路を設置する工事を行い、1981年（昭和56年）3月1日に使用開始された。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
1987年（昭和62年）4月1日、日本国有鉄道は分割民営化されてJRグループが発足した。分割方法に関しては様々な意見もあったが、結局東海道新幹線は東海旅客鉄道（JR東海）が一括して営業することになり、東京駅は在来線部分を引き継ぐ東日本旅客鉄道（JR東日本）との間で分割されることになった。新幹線の財産に関しては、各社の収益を調整するために設置された新幹線鉄道保有機構に帰属することになったが、どの部分をどの会社に帰属させるかが問題となった。最終的に、東海道新幹線が使用する線路やプラットホームがある範囲の上下の空間と土地はJR東海に帰属させることになった。これは、東海道新幹線の設備から雨だれが落ちてくる範囲はJR東海に帰属する、ということで「雨だれ方式」と呼ばれた。ただし第7プラットホーム（14・15番線）については、建設時には東北新幹線用として計画されたという経緯があったためにJR東日本に帰属するのが本来であるという考えがある一方、当時東北新幹線はまだ東京まで開業しておらず現実には東海道新幹線用に使用されていたことから、様々な議論が行われた末に、土地はJR東日本が所有するが設備は新幹線鉄道保有機構に帰属し、土地を無償で機構が使用できる地上権を設定することになった。こうして土地と空間はJR東日本とJR東海に帰属し、新幹線専用の設備については新幹線鉄道保有機構の所有となった。後に1991年（平成3年）10月に新幹線鉄道保有機構からJR各社が設備を買い取り、東京駅の設備はJR東日本とJR東海が所有するようになっている。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
民営化後の東京駅では、これまでと変わった取り組みも始められた。1987年（昭和62年）7月21日から丸の内北口においてJR東日本東京駅と東日本鉄道文化財団の主催で「とうきょうエキコン」というコンサートイベントが毎週火曜日に開催されるようになった。このイベントは、コンサートが珍しくなくなったことを理由に2000年（平成12年）11月9日夜の開催を最後に打ち切られた。しかし2004年（平成16年）10月13日から「赤煉瓦コンサート」として、毎年春と秋にコンサートイベントが開催されている。2006年からは東京駅の保存復原工事に伴い休止となり、上野駅と仙台駅において「上野の森コンサート」「杜の都コンサート」と称して開催している。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
1987年（昭和62年）12月17日から23日にかけて、東京駅の貴賓通路をギャラリーとして利用する美術イベントが開催され、守屋多々志による「百人一首」の絵が展示された。これが好評であったことがひとつのきっかけとなり、駅を単なる通過点ではなく文化の場として提供したいという意図に基づき、1988年（昭和63年）4月1日には東京駅丸の内駅舎内に「東京ステーションギャラリー」が開館した。2006年（平成18年）に東京駅復原工事に伴い休館となるまで105本の展覧会が開催された。丸の内駅舎復原工事完成に伴い、2012年（平成24年）10月1日に再開館している。一方、1992年（平成4年）からは日本に赴任した駐日大使の信任状捧呈式に際して、東京駅の貴賓室から馬車によって皇居に向かうようになった。この際には新任大使は貴賓室において馬車を待ち、その間東京ステーションホテルの職員が日本茶でもてなすことが慣習となっていた。しかしこれも東京駅工事に伴い、2007年（平成19年）4月5日から明治生命館発に変更となっている。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
駅の工事もさらに続けられた。京葉線はもともと東京外環状線の一環として、東京湾岸沿いの貨物線として計画された。しかしオイルショックの影響により貨物需要は減少し、沿線の工業用地の住宅用地への転用が進められ、東京ディズニーランドなども立地したことから、沿線の自治体の要望により旅客転用されることになった。まず西船橋接続で京葉線は運転を開始したが、これは総武本線や地下鉄東西線への負担が増すことを意味していた。これを抜本的に解決するためには京葉線を直接都心へ乗り入れることが必要とされた。一方で計画されていた成田新幹線は沿線住民の反対運動のため中止となっていた。そこで、成田新幹線乗り入れ用に計画されていた鍛冶橋架道橋付近の地下スペースを京葉線の乗り入れに転用することが決定された。1983年（昭和58年）7月5日に都心乗り入れの認可を運輸大臣から受けて工事が進められた。設計に際しては、首都高速や既存の鉄道高架橋、地下鉄丸ノ内線、そして横須賀線の地下トンネルなどの位置が考慮され、将来的に皇居方面へ延長することも可能なように横須賀線トンネルを下に潜る位置が選ばれ、レール面で28.590 mの深さにある。京葉線東京地下駅は従来の東京駅の約350 m南にあり、旧東京都庁（現在の東京国際フォーラム）の前の地下4階に京葉地下1 - 4番線の2面4線の設備が15両編成対応、プラットホームは有効長310 m、最大幅10.5 mで建設された。八重洲側において東京駅南通路との間が改札内で結ばれており、また丸の内側では自由通路で丸の内地下広場へと通じている。この東京駅南通路と結ぶ連絡通路は、もともと成田新幹線計画に際してその東京乗り入れ駅（通称鍛冶橋駅）との連絡用に、第7プラットホームを東海道新幹線用に転用した際に建設した高架橋が連絡通路を兼ねるように考慮して用意されていたもので、京葉線建設時に転用されたものである。1990年（平成2年）3月10日に京葉線東京駅乗り入れが開業した。翌1991年（平成3年）3月16日のダイヤ改正により、内房線の特急「さざなみ」および外房線の特急「わかしお」は総武本線経由から京葉線経由に変更され、3月19日からは総武本線経由で「成田エクスプレス」の運転が開始されている。また東京駅南口通路はもともと幅が6.9 mしかなかったが、京葉線の開業に合わせて新しい通路が建設されて供用された。新通路は旧通路の北側にあった手小荷物用通路のスペースを含む長さ74 m、幅15 mに及ぶもので、このため従来は南口ドームからまっすぐ東に通路が伸びていたのが、新通路供用後はやや北に通路の位置がずれることになった。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
東北・上越新幹線については、当初の工事実施計画では東京駅発着を実現することになっており、上野駅は計画に含まれていなかった。これに対して上野駅周辺住民からは上野駅を設置するよう運動が行われていた。しかし上野駅を追加すると800億円ほど費用が余計にかかることから国鉄当局は難色を示していた。ところが東北新幹線に充てるはずであった東京駅第7プラットホームは東海道新幹線用に使用が開始されてしまい、東北新幹線用に東京駅第6プラットホームのみの1面2線ではターミナル容量が不足することになり、上野にサブターミナルを建設することが現実的と考えられるようになった。これにより工事計画が変更され、1985年（昭和60年）3月14日に上野まで東北新幹線が開通した。一旦上野まで新幹線が開通すると、その後巨額の工事費を投じてまで東京駅へ延長する必要はないのではないかという声が国鉄部内からは上がり始め、方針が決定しないまま国鉄分割民営化を迎えることになった。民営化後、東北地方からの新幹線東京駅乗り入れへの要望が相変わらず強かったこともあり、JR東日本は新幹線の東京駅乗り入れを1989年（平成元年）に決断した。神田駅付近では、新たに線路用地を入手することは不可能であったため、東京と上野を結ぶ列車線の用地を新幹線用に転用することになったが、将来的な東海道線と東北・高崎線の直通運転の可能性を残すためにさらに上に在来線の高架を載せられる強度で新幹線の高架橋が建設された。こうして1991年（平成3年）6月20日に東京駅へ東北新幹線が乗り入れ、第6プラットホーム（12・13番線）が新幹線用に供用開始された。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
東北新幹線の東京駅乗り入れが完成して一息ついたようにみえた東京駅であったが、北陸新幹線高崎 - 長野間の先行建設が決まって再び大規模な工事に着手することになった。東京駅では東北新幹線は1面2線のみで取り扱っており、北陸新幹線に伴う列車増発を受け入れる余地がなかった。高崎で上越新幹線と列車を分割併合する方法も運転計画上困難であるとされ、また上越新幹線計画時に検討されていた大宮から分岐して新宿に乗り入れる方法は工事費が約7000億円に上ると見積もられてやはり困難であった。このため、上野駅に1面2線のプラットホームを増設する案、東京駅に1面2線のプラットホームを増設する案、東海道新幹線に乗り入れて品川駅に1面2線のプラットホームを設置する案の3つが検討された。上野駅での増設案は、地下での工事となり約1500億円の工事費がかかると見込まれ、在来線との乗換が不便という難点があった。品川駅への乗り入れ案は、東海道新幹線の線路容量が限界に達しているという問題があり、また電気設備や車両の対応等まで合わせると約2000億円の費用がかかると見込まれた。このため、在来線に支障するという問題はあったが他の2案より工事費が安いと見込まれた東京駅増設案が採用されることになった。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
この結果東京駅第5プラットホーム（9・10番線）を新幹線に転用する必要が出てきた。丸の内駅舎については既に保存の考えになっていたため取り壊すことができず、第5プラットホームを新幹線に明け渡すために必要な在来線の移転余地がなく、結局従来の第1プラットホームより丸の内駅舎側にそれまでよりも約9 m高い位置に新しく第01プラットホームを増設（中央線重層高架化）し、ここに中央線電車の発着を移して、以下順次在来線を順送りに丸の内側へ移転することで新幹線への転用プラットホームを生み出すことになった。第01プラットホームは、既設の第1プラットホーム直上に設置することも検討されたが、コンコースとの旅客流動が第1プラットホーム上で重複して競合することになるため、丸の内側にずらして設置することが選択された。これにより、新設される2番線は第1プラットホームの新3番線（旧1番線）の上部、やや東側にはみ出した位置に設置されることになった。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
当初は在来線側から順次工事を進めていく予定であったが、行政機関との中央線重層高架化工事に関する協議が遅れて、1998年（平成10年）の長野オリンピックまでに工事を間に合わせることが困難となってしまった。そこで新幹線工事中東海道本線を2面3線で運行することにし、東海道本線用の第4プラットホームの幅を縮小して空いたスペースに仮プラットホームを設置することで第5プラットホームを使用停止して新幹線の施工スペースを生み出し、在来線と新幹線の工事を同時並行で進めることによって、長野オリンピックに間に合わせることになった。1990年（平成2年）11月9日に東京駅改良工事に着工した。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
中央線重層高架化にあたっては、神田側で国道・都道・区道の上空にアプローチの高架を建設する必要が出てきた。本来道路上空に線路を建設することは認められていないが、鉄道事業法の例外規定を利用して道路管理者との協議を行い、できるだけJR用地内に収めることを条件として道路上空占用許可が得られることになった。そこで一旦道路上空に高架を建設してそこに中央線を切り替え、空いた旧中央線線路敷に本設の橋脚を建設して、その後高架桁をJR用地内に可能な限り振り戻すことにした。これにより日本橋川の橋梁の少し北側で既設線路から分岐し、首都高速都心環状線の高架をくぐったところから34パーミル勾配で登って、東京湾中等潮位に対して+17.3 mの高さのホームに入る設計とした。京浜東北・山手線のレール面高さ+9.1 mに対して8.2 m高い位置である。またホーム有効長は257 mとし幅は最大12.5 mで、一階コンコースと結ぶエスカレーターを設置した。なおこの工事に際して丸の内側で中央通路と南通路の間を遮っていた特別通路（貴賓通路）を一部地下に移転させることで、この間を開通させてコンコース化した。ホームの上屋については、皇居側から丸の内駅舎を見た時にできるだけその屋根の上にはみだして見えないように配慮して設計し、はみだす部分については塗装や形状での工夫を行っている。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
中央線重層高架化工事は、1992年（平成4年）12月1日に着工された。1995年（平成7年）7月2日に切り替え工事が行われ、中央線快速電車を新宿および御茶ノ水折り返しとして東京 - 御茶ノ水間は運休にして10時10分までかけて工事を行い、この日から新設された第01プラットホーム（新1・2番線）に中央線電車が発着するようになった。さらに道路上空を占有していた高架橋を本設位置に振り戻す工事を1996年（平成8年）11月17日に行い、この日も中野・新宿・御茶ノ水で電車を折り返して東京 - 御茶ノ水間を深夜23時過ぎまで運休とし、橋桁を所定の位置に移動させた。
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一方その他の在来線については、新幹線増設プラットホームを工事するスペースを生み出すために東海道線の2面3線化の工事から開始された。まず1992年（平成4年）10月4日から第4プラットホームの8番線を使用停止した上で、第4プラットホームの幅を12 mから8 mに縮小する工事を開始した。この縮小された部分に仮設の8番線を建設して、1993年（平成5年）7月4日から使用を再開し、これにより第5プラットホームの9番線を使用停止した。この9番線のあった場所に仮設の第5プラットホーム（幅4 m）を建設してこれに面して仮9番線を設置し、1994年（平成6年）4月10日から使用開始するとともに、第5プラットホームと10番線を廃止とした。これで第5プラットホームが空いたため、このホームを新幹線用に転用する工事が開始された。その後中央線の重層高架への移転が行われて第1プラットホームと旧1・2番線が空くのを待ち、1995年（平成7年）の10月29日から京浜東北線北行を旧3番線（第2プラットホーム）から新3番線（第1プラットホーム）へ、11月5日から山手線内回りを旧4番線（第2プラットホーム）から新4番線（第1プラットホーム）へ、12月17日から山手線外回りを旧5番線（第3プラットホーム）から新5番線（第2プラットホーム）へ、12月24日から京浜東北線南行を旧6番線（第3プラットホーム）から新5番線（第2プラットホーム）へと順送りで切り替えていった。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
また新幹線ホーム増設に伴い、第5プラットホームの下も新幹線への乗換改札内に取り込まれて乗換コンコースのスペースが不足することから、第3プラットホームの下を高架橋に改築することになった。当初は第2プラットホームの下も改築予定であったが、工期の都合で第3プラットホームのみとなっている。山手線外回り・京浜東北線南行を第2プラットホームへ切り替えて第3プラットホームが使用停止されたのち、プラットホームの撤去、高架橋への改築、約1.2 mのレール面のかさ上げ、新設プラットホームと上屋の設置、有効長を約80 m延長といった工事を半年で施工し、1996年（平成8年）8月23日の線路切り替えにより第3プラットホームの使用が再開された。この際に新7・8番線が使用開始され、また第4プラットホームの旧7番線が新9番線となり、仮設の8・9番線が使用停止された。仮設の第5プラットホームは不要となったので撤去され、新10番線を敷設しまた第4プラットホームの幅を12 mに戻す工事を行って、1997年（平成9年）3月1日に10番線が使用再開され第4プラットホームの幅が12 mに戻った。この際に9番線を使用停止して軌道の改築工事を行い、これも1997年（平成9年）9月7日に使用再開されて、これで東海道線が2面4線使用に復旧した。また第4プラットホームから中央通路に降りる北側の階段は、乗換コンコースの旅客流動への配慮のためこの際に撤去されている。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
新幹線用に明け渡された第5プラットホームについては、旧プラットホームを一旦撤去した上で新幹線用の新しいプラットホームを工事した。1997年（平成9年）10月1日に北陸新幹線（高崎 - 長野）が先行開通すると同時に第5プラットホーム（20・21番線）が供用を開始した。この際に第6プラットホームの旧12・13番線は22・23番線に改称されている。20・21番線は上越・北陸新幹線用、22・23番線は東北・山形・秋田新幹線用と使い分けられることになったが、2005年（平成17年）12月10日からこの使い分けは廃止され区別なく発着するようになっている。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
東京駅の丸の内駅舎は第二次世界大戦後何度も建て替えの計画が出ていた。1958年（昭和33年）には地上24階、地下4階、高さ88 mの高層ビルに建て替える構想が出たが、当時の建築基準法の高さ31 m規制のために実現不可能であった。東海道新幹線建設に合わせた計画も、新幹線に予想以上の予算がかかったことや、国鉄の中心駅を民衆駅として民間に委ねてしまうことへの国鉄部内の抵抗などから実現しなかった。1981年（昭和56年）には35階建ての超高層ビルに建て替えホーム上部を広場にするという構想が発表されたが、当時の経営破綻状態の国鉄にこれを実現する力はなかった。一方1977年（昭和52年）3月16日の美濃部亮吉東京都知事と高木文雄国鉄総裁の会談において東京駅の建て替えに言及され、これが報道されたことから、東京駅を巡って広く反響を巻き起こすことになった。同年10月21日には、日本建築学会から東京駅を慎重に取り扱うことを求める要望書が国鉄総裁に提出された。さらに1987年（昭和62年）12月11日には再度日本建築学会から、「東京駅丸の内口駅本屋の保存に関する要望書」がJR東日本社長に提出された。12月12日には「赤レンガの東京駅を愛する市民の会」も発足して、復原を目指した要望書の提出などの活動が始まった。
東京駅の歴史 国鉄民営化後
国鉄部内においても、1978年（昭和53年）頃から駅舎を巡って複数の案の検討が行われていた。赤レンガ駅舎を移転保存して全面新築する案、全面保存する案、ファサードのみ保存する案などに高層ビルの建築計画と合わせて検討されている。1988年（昭和63年）に八十島東京大学名誉教授を座長とする東京駅周辺地区再開発調査委員会では「東京駅周辺地区総合整備基礎調査」を発表し、丸の内側駅舎については現在地での形態保存が適当との報告がまとめられた。この際に駅舎上空の容積率を地区内の他の敷地に移転する方法に言及している。1990年代には引き続き東京駅丸の内駅舎の復原や活性化に関する様々な構想が打ち出されるとともに、保存を考慮した具体的な調査が行われるようになった。