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広島東洋カープ (ファーム) 社会人野球大会戦績
2002年 1回戦敗退（2-3 三菱三原硬式野球クラブ）
2003年 優勝（決勝戦:4-0 三菱重工広島）全国の社会人野球の大会でプロチームの初めての優勝だった
2004年 優勝（決勝戦:4-3 三菱自動車水島）
2005年 準決勝敗退（準決勝:4-6 デュプロ）
2006年 予選リーグ敗退（7-0 常石鉄工、1-4 JFE西日本 予選Bグループ2位に終わり、決勝トーナメントに進めず）
2007年 予選リーグ敗退（8-1 ツネイシホールディングス野球クラブ、2-3 伯和ビクトリーズ 予選Aグループ2位に終わり、決勝トーナメントに進めず）
2008年 優勝（決勝戦:8-1 三菱重工広島）
2009年 優勝（決勝戦:7-6 三菱重工広島）
2010年 優勝（決勝戦:2-0 ワイテック）
2011年 予選リーグ1位（7-0 シティライト岡山、7-0 伯和ビクトリーズ 予選1位として決勝トーナメント出場権を得たが、決勝トーナメントが雨天順延されたことからウェスタンリーグ公式戦と日程が重複し、出場権を辞退した）
2012年 優勝（決勝戦:4-3 三菱重工広島）
2013年 優勝（決勝戦:4-2 三菱重工広島）
スラムダンク 吠えろバスケットマン魂!! 花道と流川の熱き夏
「スラムダンク 吠えろバスケットマン魂!! 花道と流川の熱き夏」（スラムダンク ほえろバスケットマンだましい はなみちとるかわのあつきなつ）は、1995年7月15日に公開されたアニメーション映画。井上雄彦の漫画作品『SLAM DUNK』を原作とする劇場版第4弾。製作は集英社、テレビ朝日、電通、東映動画。配給は東映。カラー、ワイド。上映時間は39分。1995年夏の東映アニメフェアの上映作品の一つ。
時期的にはインターハイ予選決勝リーグ終了後からインターハイまでの約1ヶ月間の最中の出来事にあたる。
スラムダンク 吠えろバスケットマン魂!! 花道と流川の熱き夏 あらすじ
流川の後輩で、富ケ丘中学バスケット部主将の水沢イチローは、医者から右膝が関節結核であると宣告されバスケットを断念せざるを得なくなる。
「流川先輩ともう一度バスケがしたい」と願うイチローの想いを最後に叶えるため、彼の姉である茜は中学時代の同級生であった晴子に相談を持ちかけた。インターハイ全国大会を目前に控えていることもあり赤木はそれを一度は拒否するも、自身も海南戦で負傷したこととイチローには後遺症が残ることを思い考えを改め、安西に相談を持ちかける。安西も快諾し、イチローは湘北の紅白練習試合に参加するが、試合直前になって流川はイチローと同じチームでプレイすることを断り、敵同士で戦うことを選んだ。赤木もそれを認め、白のユニフォームが赤木、流川、木暮、潮崎、桑田の組み合わせ、赤のユニフォームが三井、宮城、花道、安田、イチローの組み合わせになり、試合を開始する。
スラムダンク 吠えろバスケットマン魂!! 花道と流川の熱き夏 ゲストキャラクター
水沢 イチロー（みずさわ イチロー）
中学3年、背番号4、パワーフォワード（PF）
流川の中学の後輩で、富ヶ丘中バスケ部主将。姉の茜から「恋人のようなもの」と言われるほど、流川に心酔している少年。
ある日突然「関節結核」という病に罹患してしまう。手術をしても完治が難しく、そのうえ後遺症が残る可能性があるだけでなく、バスケ選手としての選手生命も断たれてしまうために当初は手術を受けることを拒絶していた。しかし、家族の説得によりようやく手術を受ける決心をしたが、それはバスケを辞める決意を固めるため、湘北バスケ部との紅白戦に参加。当初、流川とはチームメイトとしてプレイすることを望むが、流川の意向により対戦相手として戦うこととなる。
試合ではその身のこなしと技量で赤木や三井を驚かせ、「中学の動きじゃない」と評される高い実力を見せる。途中では右膝に激痛が走るも花道の頭突きと喝、流川の言葉を受け試合終了まで戦い抜いた。また、流川のテクニックや花道の赤木以上のジャンプ力とリバウンドに驚愕する。
試合後、流川から背番号11番のユニフォームをもらい、彩子から、2代目のマネージャーとして勧められる。
花道からは「中坊君」、茜には「いっちゃん」と呼ばれる。
水沢 茜（みずさわ あかね）
イチローの姉で晴子の中学時代の同級生。結核により選手生命を断たれてしまう弟のために晴子にイチローにとって最後となる試合の相談をする。
スラムダンク 吠えろバスケットマン魂!! 花道と流川の熱き夏 主題歌
オープニングテーマ：ZYYG『ぜったいに 誰も』（作詞：高山征輝、作曲：織田哲郎、編曲：ZYYG）
エンディングテーマ：MANISH『煌めく瞬間に捕われて』（作詞：高橋美鈴・川島だりあ、作曲：川島だりあ、編曲：明石昌夫）
挿入歌：BAAD『ENDLESS CHAIN (CINEMA ver.)』（作詞：山田泰二、作曲：大田紳一郎）
INNOCENCE (藍井エイルの曲)
「INNOCENCE」（イノセンス）は、藍井エイルの楽曲。彼女の3枚目のシングルとして2012年11月21日にSME Recordsから発売された。
INNOCENCE (藍井エイルの曲) 概要
前作『AURORA』から約2か月でのリリースとなる2012年2作目のシングル。表題曲「INNOCENCE」は、テレビアニメ『ソードアート・オンライン』フェアリィ・ダンス編のオープニングテーマに起用された。
販売形態は初回限定盤・通常盤・期間限定盤の3種リリースで、初回限定盤と期間限定盤にはDVDが同梱されており、前者が表題曲のPVおよびメイキング映像、後者がフェアリィ・ダンス編のノンクレジットオープニングとなっている。期間限定盤のディスクジャケットには、キリトのイラストが描かれている。
また、11月3日には早稲田大学アニメ声優会のイベント『早稲田 de エイ エイ ルー!』に出演し、表題曲を熱唱した。
INNOCENCE (藍井エイルの曲) チャート成績
11月7日付けデイリーランキングでは「mora」、ドワンゴの「超!アニメロ」「アニメロ」、「レコチョクアニメ/ゲーム・フル」の4つの配信サイトで全てデイリー1位を獲得した。12月3日付オリコン週間シングルランキングでは6位を獲得し、1枚目のシングル『MEMORIA』で初週売り上げ1.4万枚を上回る2.5万枚で自己最高記録を更新した。その後、4.8万枚まで伸び2016年現在シングル売上としては過去最高を記録している。
INNOCENCE (藍井エイルの曲) 批評
Billboard JAPANの武川春奈は、「色鮮やかに響きあうサウンドスケープも美しく、凛とした力強さを放つ彼女にピッタリの作品。」と評した。
日本人
日本人（にほんじん、にっぽんじん）とは、日本国籍を有する人や、日本列島に居住する民族集団またはその構成員を指す名称である。より詳しい定義については、定義の章を参照。
本記事では、現代の日本国民の歴史的主体となっている民族の起源、形成、特徴に関する事柄を中心に解説を展開する。
日本人 定義
「日本人」という概念は文脈によって多義的に用いられ、主に法的（国籍）、人類学的（民族）、社会的・政治的（アイデンティティ）側面から定義される。以下では、それぞれの定義を紹介する。
日本国内の法律によると、「日本人」とは、日本国籍を持つ人のことを指し、その対義語は「外国人」である（国籍法第4条）。「日本国民」ともいう。
日本国籍は原則として血統主義に従っている。ただし、許可制の帰化制度も存在する。
他方、日本人という語は、日本列島に起源を持つ下記の民族集団（「日本の民族」を構成する各々のエスニック集団）を指し、そこに分類される出自および言語・文化を現に有する人の呼称、あるいは、それを少なくとも部分的に有すると見なされる人の呼称でもある。
もっとも、大和、琉球、アイヌの3人類集団に関しては、「遺伝的近縁性」が判明している。また、同集団間の混合は相当程度に進んでいる。さらに、日本国内では、上記の民族を系譜に持つほとんどの人々は現在、言語や生活様式、習慣などのうえで、大和民族文化への同化の流れをうけて互いに非常に似ている。例えば日本語と全く異なる孤立した言語であるアイヌ語の母語話者は、存在してもごく僅かな人数か、あるいは消滅したと推定されている。
日本人 定義
したがって、文化的相違を込めた意味での著しい民族性の違いが残っている場合はむしろ例外的である。一方で、ルーツの違いを込めた意味での民族性の違いを意識する人もいる。
なお、移民として新大陸などへ渡った日本人の子孫のうち、日本語をはじめ日本の民族に特有な文化のほとんどを引き継いでいない人々に対しても日本人という呼称が使われることがある。ただし、この場合日本語では、一般に日系人と呼ばれている。
さらに、「日本民族」は、日本国を構成している人々の総体から成る政治的共同体すなわち「ネーション」を指すもう一つの意味をも持っている。ただし、現代における一般の文脈では「民族」はエスニック集団の意味を持つことから、本記事でネーションに言及するときには、エスニシティにかかわらない「日本国民」という呼称を採る。
日本人なる集団の境界線を日本への所属・帰属に係る意識すなわちアイデンティティ（同一性）に求めることができる。そのアイデンティティ集団は、以下のように民族的同一性・文化的同一性・国民的同一性の各観点別に分析できるが、各集合が大いに重なっているため、曖昧な認識を抱える人が多い。
日本人 概要
美称
前者は日本男性、後者は日本女性を指す。武士道、武芸、日本的道徳、教養、芸術、和裁、日本料理の技能などを備えていることの誉め言葉としてよく使われる。国際スポーツ大会で活躍した日本チーム・選手は、20世紀末からは「サムライ○○」と呼ばれるようになった。（例）サムライブルー、サムライジャパン。
他の言語
アイヌ語で、アイヌ人以外の日本人を、「自分のそば」「隣人」という意味のシサム（またはシャモ）という。琉球語（琉球方言）では、日本の古称である「大和」に由来する大和人（ヤマトンチュ）や、「内地の者」を意味するナイチャーという呼称が見られる。それ以外の言語では、おおむね「漢語の日本の現地発音、ジパングに類似した固有名詞」+「国民、住民を表す接頭語、接尾語」で表現される。
日本人 概要
日本民族（先述）は、人種的にモンゴロイドの一つ。旧石器時代または縄文時代以来、現在の北海道から沖縄諸島までの地域に住んだ集団を祖先に持つ。祖先はユーラシア大陸東部より複数回にわたって渡来。樺太を経由して北海道に至る北方ルート、朝鮮半島を経由する北西ルート、南西諸島などを経由する南方ルートなど複数の渡来経路が考えられる。大陸出身の集団がヤマト（日本国の旧称）に帰化した古墳時代までは相当の規模の渡来があった可能性があるが、本州以南、同時代の末から江戸時代までの長い期間は、大量移民による、民族の相違が現れるほどの変化は一切なかった。
また、近現代における人の国際的な移動に伴い、日本人（日本国籍者、以下この段落で同じ）の中に、海外にルーツを持つ者も含まれている。主な事例として、親の一人が外国人であるケースや帰化者のケースがある。この現象は、在日コリアンの帰化やバブル期以降の外国人流入の増加を背景に、戦後から顕著になった。ただし、総人口に比して有意の現象であることは必ずしも言えず、かつ、混血と文化的同化の影響で、海外ルーツの人々が日本民族に溶け込んでいることも珍しくない。2024年（令和6年）の時点で日本人の民族的構成が明治期よりはやや多様になったと考えられるが、他国と比較するとき、日本国民が明らかに多民族的になったという証拠はない。詳しくは、外国系日本人の節を参照。
日本人 概要
日本列島全体の歴史的先住民は縄文人である。地域等によって程度の差はあれど、以後発展した日本列島のどの民族も縄文人の血を引いている。これにより、日本人（大和）、沖縄人（琉球）、アイヌを、縄文文化圏と呼ぶ。
日本列島には蝦夷（えみし）や隼人（はやと）などの集団が居住していたが、ヤマト王権成立後は同化が進み、これらの集団が大和民族と呼ばれるようになった。詳しくは、民族としての形成についての節を参照。
いっぽう、ヤマト王権の統治が及ばない東北地方や北海道の蝦夷は、その文化を続縄文から擦文に発展させたのち、樺太（サハリン島）から渡来した、異質な文化を抱えるオホーツク人と混血した。アイヌは、擦文・オホーツクの文化が融合して12世紀から13世紀にかけて形成された民族である。日本政府はアイヌを「日本列島北部周辺、とりわけ北海道の先住民族」と認識している。アイヌ文化の振興などを目指して2019年（平成31年）4月に成立したアイヌ施策推進法に基づき、公的資金がアイヌ政策事業へ本格的に投入され始めた。アイヌが法律で先住民に認められた背景として、1950年代半ばより米国などで始まった「先住民族の権利」をめぐる各国での活動の広がりと、明治期以降行われた同化政策を否定的に捉える歴史観がある。
日本人 概要
大和民族については、本州、四国、九州などの先住民であることが自明の史実だとして、大和民族の先住性を政府があえて公認する動機が少ない。
日本国籍は、親から子が受け継ぐという血統主義に基づいて定められている。そのため、出生時に父または母が日本国民であるとき、もしくは出生前に死亡した父が死亡の時に日本国民であったとき、生来的に日本国籍を得る。手続き上は、出生届提出後、親の日本戸籍へ記録されると日本国民として認められる。ほかにも、日本国民によって認知された子の国籍の取得のための届出（国籍法第3条）や、国籍再取得のための届出（同法第17条）といった届出をもって、血統主義に基づいた国籍取得の手続きを行う場合がある。
もっとも、血統主義に対する例外もある。その一つは出生地主義的な国籍取得である。それは、父母が知れない場合（棄児など）または国籍を有しない場合に適用されるが、実際、極めてまれである。
日本人 概要
加えて、日本国籍を有しない者が日本への帰化を志望したときは、日本国籍が与えられることがある。しかし、日本の帰化制度は、日本生まれや日本人配偶者の存在といったいかなる国籍取得の権利が保証されておらず、あくまでも法務大臣の許可に基づいている（一方で、不許可になる申請は総じて少ないというのが実態である）。さらに、日本に特別の功労のある外国人に対して、日本政府が一方的に日本国籍を与えるいわゆる「大帰化」の規定も存在するが、実際には適用されたことが一度もない。
なお、原則として日本は重国籍を認めていないため、ほとんどの日本国民（帰化者を含む）は単一国籍保持者である。
日本国籍を有する人々として定義される日本人のうち、2021年（令和3年）3月1日時点で、日本に住む者は122,948,477人であるいっぽう、2019年10月1日時点で、海外に住む者は1,357,724人となっており、日本人のうち約1%が海外に居住している。このように国籍により定義される日本人人口は、帰化した者の数、帰化以外の方法で日本国籍を取得した者の数、国籍法第13条の規定により国籍離脱をする者の数、戸籍法第103条または同法第105条により国籍喪失した旨届出または報告があった者の数によっても増減する。2020年における年間帰化者数は9,079人、国籍取得者数は772人、国籍離脱者数は705人、国籍喪失者数は891人である。
日本人 言語
日本人の大半が日本語を話すほか、沖縄県では琉球語（琉球方言、沖縄口、ウチナーグチ）がかつて話されていたが、伝統的な方言はほとんど衰退し、新方言として日本語の沖縄方言である沖縄大和口（ウチナーヤマトグチ）が知られるようになっている。本来、琉球語を個別言語とするか日本語の方言とするかで議論があり、琉球語の下位方言をさらに独立した言語とする場合もある。これらの言語・方言は「日本語族」あるいは「日琉語族」という語族に属している。アイヌ語は孤立した言語であり、母語として使用できる話者の数が極めて少なくなっている。
日本語族の起源については、孤立した語族とする説は支配的である。日本語は、膠着語であり、助詞、モーラ、高低アクセントなどの特徴を持っている。漢文の影響で、シナ語派由来の多くの字音語（漢語）が使われているが、文法の語順は異なる。また、近現代以降は、英語など欧州の言語を中心に外国語から多くの語彙を借用している（借用語・外来語）。
日本人 言語
社会言語学的に見ると、一部の日本人は明治以来、舶来崇拝、あるいは舶来コンプレックスにより、外国語を美化する感情から日本語に対する自己否定的な姿勢を持っており、甚だしくは英語やフランス語のような外国語を日本の国語として採用してはどうかという意見を持つ有識者（森有礼、志賀直哉、尾崎行雄）まで現れていた。大日本帝国期には外地で日本語教育が行われ、満州国では公用語の一つとなっていた。
日本人 宗教
日本在住の外国人を含んだ宗教の信者数は、2018年（平成30年）時点の日本の宗教法人に対する文化庁の宗教統計調査では、神道系が約8,721万人、仏教系が約8,433万人、キリスト教系が約192万人、その他約785万人、合計1億8,131万人と日本の人口の約1.5倍になっている。いっぽう、読売新聞が2008年（平成20年）に行った全国有権者へのアンケート調査では、「何らかの宗教を信じている」と答えた人の割合は26.1%、「何らかの宗教を信じていない」と答えた人の割合は71.9%という結果だった。河合隼雄は『対話する生と死』の中で、「日本人は宗教を毛嫌いしたり無宗教であることを公言する人が他国に比較し多いことを指摘し、キリスト教やイスラム教信者の信仰心は日本人の想像を超えるものである」と述べている。また、「日本では戦時中に宗教が国家権力と結びつき悪用されたことやもともと日本人は日常生活の中に、宗教性を入れ込んで生きる姿勢を保持していたため、特定の宗教を他の一神教の信者らが『信じる』ような態度で信仰しなかった」と指摘している。
日本人 自然人類学的特徴
以下、民族的分類による日本人について概説する。
皮膚の色はやや赤みがかった薄い黄色（いわゆる肌色）、頭髪は黒色か茶色で直毛もくせ毛もあり、瞼は一重・奥二重のものも二重のものもあり、身長は中位、また幼児期に蒙古斑が現れる。平均身長は1940年代末ごろから伸び、男性は171.7cmになっている。成人女性は通例として、成人男性より平均身長がほぼ8%低い。平均身長は男性女性ともに1978〜1979年生まれ以降、低くなっている。
日本人の形質変化
歴史的に日本人の形質が大きく変化してきたことは人類学者・鈴木尚らの研究によって明らかになっている。近代以降は下肢が伸びて身長が高くなる、顎が縮小して面長になるなどの変化（小進化）が著しい。歯の縮小と永久歯の減少が進んでおり、親知らずが生えない日本人が増えているが、それ以上に顎の退化が進み、歯並びが悪い日本人が増えている。歴史的には同様の現象は徳川将軍家を始めとする江戸時代の大名家にも顕著にみられ、柔らかい食べ物を好むようになったことが、原因と考えられている。
日本人 自然人類学的特徴
近年、埴原和郎や尾本恵市などが、W・W・ハウエルズの分類による「モンゴロイドの2型」を用いている。すなわち「古モンゴロイド」と、寒冷に適応した「新モンゴロイド」である。「初め日本列島に渡来した後期旧石器時代人ないし縄文人は古モンゴロイド」であり、「縄文時代終末から弥生時代に渡来した弥生人を新モンゴロイド」と呼ぶ。弥生人は主に米作を伝え、それに従事していたとされる。米作の普及が遅れ「新モンゴロイドの影響が及びにくかったアイヌや東北、山陰、九州および南西諸島の住民は、古モンゴロイド的特徴を今もなお残している」と解されている。縄文人とアイヌは古代東ユーラシア人から少なくとも3万年前に分岐しており、恐らくモンゴロイドの成立前であるため、そもそもモンゴロイドではない可能性もある。
かつては約3万年前に大陸から渡来して先土器時代・縄文時代の文化を築いた先住民を、大陸から渡来した今の日本人の祖先が駆逐したとする説があったが、現在は分子人類学の進展により置換説は否定され、混血説が主流となっている。
日本人 民族としての形成
以下、民族的分類による日本人について概説する。なお、近年の科学的研究の進展により従来の見方は大きく見直しが進んでおり、先史時代の日本人の形成については流動的な状況にあることに留意されたい。
日本列島には旧石器時代の4万年前に渡来してきたのではないかともいわれている。旧石器時代の遺跡は多数見つかっており、人骨については、新石器時代にあたる縄文時代になると多数見つかっている。石器時代の日本列島には、古いものとしては下記の人々が活動した記録がある。
人骨としては、古いものとしては石垣島で2万7千年前（白保人）、沖縄本島で2万2千年前（港川人）、静岡県で2万2千年前（浜北人）のものが見つかっている。2024年、夜見が浜で1969年に発見された旧石器時代のものともみられる人骨が早稲田大学で再発見され、2025年現在、調査が進められている。なお、1931年に兵庫県明石市で発見された古い化石人骨（明石人）は十分な調査が行われないまま、太平洋戦争中の空襲で焼失している。
日本人 民族としての形成
縄文時代から始まる縄文文化を持ち狩猟採集生活をしていた先住民の縄文人に続き、半島からの渡来してきた弥生文化を持つ弥生人が稲作をもたらすなどしながら混血していったという東京大学名誉教授埴原和郎が唱えた「二重構造モデル」（1991年）の登場以降、混血説が有力視されるようになった。2020年代に入り、最新のゲノム分析からさらに三重あるいはそれ以上ではないかという説が出ている。
金沢大、鳥取大、アイルランド・ダブリン大などの教授、研究員らで構成される国際共同研究グループの最新のゲノム解析では、旧石器時代に大陸から渡ってきた千人ほどの小さな集団が日本列島に適応して縄文人となり、弥生時代までに北東アジアを起源とする弥生人が渡来し、続いて古墳時代までに東アジアを起源とする古墳人が渡来し、以後、混血融和しながら現在の日本人を形成していったとする「三重構造モデル」である。
考古遺跡から発見されている人骨から採取された『縄文人』『弥生人』『古墳人』のDNAは『現代日本人』に直接受け継がれている。
現代日本人では古墳人のゲノムが7割近くを占める。
日本人 民族としての形成
今後の研究次第では更に「三重構造以上」になる可能性もある。1970年に沖縄県で日本では少ない旧石器時代の人骨人が複数発見され、出土した場所の地名から港川人と名付けられたが、その一つのミトコンドリアDNAを調べたところ、分析した現代日本人約2千人の中に同じ遺伝子の特徴を受け継ぐ直系の子孫はいなかったものの、現代日本人・弥生人・縄文人に多く見られるタイプの祖先型の遺伝子を持つことが分かったという。これは港川人の集団が日本人の遠い祖先にあたる可能性を示唆しており、東南アジアのマニ族からは、縄文系日本人と近縁であることを示す遺伝子が検出された。
理研生命医科学研究センターゲノム解析応用研究チームの寺尾知可史チームリーダー、劉暁渓上級研究員や東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センターの松田浩一特任教授らは、各地の医療機関に登録された日本人3256人分のDNAの全配列を分析、結果、日本人の祖先は主に、沖縄県に多い「縄文系」、関西に多い「関西系」、そして東北に多い「東北系」の3つに分けられるとした。縄文人のゲノムは本土日本人、琉球列島集団、現代のアイヌのゲノムのそれぞれ約1〜2割、3割、7割を構成しているとされた。当初、これはそのまま金沢大の「三重構造モデル」をそのまま裏付けるようにもみえた。
日本人 民族としての形成
一方、国立科学博物館の篠田謙一館長らはDNA解析の専門家である沖縄科学技術大学院大学のスヴァンテ・ペーボ教授と、港川人よりも古いとみられる石垣島白保竿根田原洞穴遺跡から発見された2万7千年前の旧石器時代の人骨についての共同研究を行った。それによれば、縄文人はこの南にもいた旧石器人とロシア沿海州あたりの北東アジア人にいた人が日本列島で出会って生まれたもので、その後、弥生時代に入って東アジア人が渡来、彼らとの混血も進んでいったものの遺伝的には多様で、また、古墳時代に入っても東アジア人の渡来が続いたのではないか、これらの混血は長い期間をかけて進み、例えば鎌倉時代には離島にはまだ縄文的特質を残す者が住んでいたのではないかといった説を提唱している。篠田謙一によれば、島根県から出土したもののみが対象の調査であったが、古墳時代の人骨のDNAは現代日本人に近かったものの、縄文人のほうにより寄っていたとする。なお、古墳時代の人の頭蓋骨のみ下顎底部の両脇が外側に張っている等、他時代の人骨と異なる顕著な特徴があったが、この原因については今のところ不明としている。
日本人 民族としての形成
倭、倭人に関する記載は、もっとも古い文献では紀元前2世紀に中国の『山海経』と『論衡』にて登場するが、これらの記載は中国南東部の倭人のことを指しているとする説と日本列島の倭人のことを指しているとする説があり、日本列島住民との関わりは不明である。少数意見として、約7300年前の鬼界カルデラの噴火に伴う日本列島からの難民が倭人の源流になったとする説がある。
古墳時代、朝廷権力の拡大とともに現在の「日本」の枠組みの原型が作られ、文化的・政治的意味での日本民族が徐々に形作られていく。
現在で言うところの「日本人」「日本民族」という認識（民族国家の成員としてのアイデンティティ、同胞意識）が形成され浸透していく経緯については諸説あり、ヤマト王権の支配が広い地域に及ぶ以前の弥生時代から倭人として一定の民族的統合があったとする説、また律令制を導入し国家祭祀体制を確立させた7世紀後期の天武・持統期（飛鳥時代後期）にその起源を置く説、13世紀の元寇（鎌倉時代中期）が国内各層に帰属意識を浸透させていく契機となったとする見解などがある。「日本」の国号の制定の詳細については定かでない。
日本人 民族としての形成
大和盆地の大王を中心とした連合政権国家または中央集権国家であるヤマト王権（大和朝廷）が成立すると、本州、四国、九州の住民の大半は大和民族として統合された。東北の蝦夷や南九州の熊襲および隼人と呼ばれた諸部族は大和朝廷に服属せず抵抗したが、軍事的な征服事業や懐柔政策により、隼人は8世紀ごろ、蝦夷は10世紀〜11世紀ごろまでには完全に大和朝廷の下に統合されていった（隼人の反乱、日本の古代東北経営）。朝廷の支配が揺らいだ平安時代の東日本では、平将門の将門政権や奥州藤原氏の平泉政権など半独立政権が築かれたものの、東日本と西日本の民族的統合は保たれ、後に関東地方を基盤とした武家政権が全国を支配することとなった。
近代に入り、日本がネーションステート（国民 / 民族国家）として朝鮮半島や台湾島を領有していた時代には、日本人という語は、公式には、朝鮮人、台湾人など日本国籍を付与された民族を含む国籍的概念であった。これらの地域には日本本土と同じ法令（現行の刑法など）が施行された事実上の併合であった。朝鮮人からは数千名の貴族が叙爵（侯爵・伯爵・子爵・男爵）され東京の帝国議会貴族院に議席を有した。また、朝鮮高等法院などの裁判所の裁判例は、東京や大阪の下級審を拘束した（現在の東京地方裁判所も、朝鮮高等法院の裁判例に違反した場合、控訴理由になる）。以上から、日本本土は内地それ以外の地域は外地と呼ばれていたのは地理的概念である。
事実上の内地であった南樺太では、ロシア人、ポーランド人、ウクライナ人、ドイツ人、朝鮮人、ウィルタやニヴフの中には日本国籍を持っていた者もいた。そのため、第二次世界大戦後、ソ連によって日本人として北海道に強制送還、ないしは自ら進んで移住した朝鮮人、ウィルタ、ニヴフがいた。また、反ソ分子として抑留された者もいた。ポーランド系日本国民の多くはポーランド国籍を取得しポーランドに移住した。
日本人 遺伝子
以下、人類学的観点から、日本人の系統または起源に関する諸説について記述する。
形質人類学的観点から日本人は、過去の縄文人・弥生人や現在の日本国内に古くから住む住民がモンゴロイドに属する。「モンゴロイド」には朝鮮人やモンゴリア人などの東ユーラシア人全体が包括され、イヌイットやアメリカ先住民が含まれる。
だが遺伝子の研究が進むにつれ、便宜的に使用される分類名称としての各人種も、推定される起源地（原初の居住地）の地理的名称を基準とすることが多い。
なお、日本人の元となった集団を仮定する際、その集団（もしくはその集団と遺伝的に近い集団）が「どこで発生したか」、「どこを通って日本にやってきたか」、そして「現在の集団においてどの集団と近縁か」は分けて考える必要がある。
日本人 遺伝子
分子人類学の進展により、日本人に関してもDNAからルーツをたどる研究が行われるようになった。最初に発達したのが、母系をたどるミトコンドリアDNAハプログループの研究だった。しかし、ミトコンドリアDNAハプログループは人間を構成しているDNAの中で非常に少ない部分に過ぎず、すべての遺伝子を表すものではない。また、ミトコンドリアDNAのハプログループはアフリカで誕生した人類がどのように女系を通じて子孫へDNAを継承したかを示すのみであり、女系の継承と民族の移動は一致せず、女性は婚姻を通じて各方面へ移動し民族情報を持たない（民族固有の特徴を解析できない）ことが明らかとなった。その結果、ミトコンドリアDNAの解析は下火となり、世界的には男系を追跡することの可能なY染色体ハプログループの研究に主役の座を奪われた。にもかかわらず、日本のアカデミズムにおいてはY染色体の研究は微々たるもので、ミトコンドリアDNAの研究が依然として続けられた。その理由の一つにはミトコンドリアDNAは染色体にある核の外部構造で、情報量はY染色体と比べ非常に少ないが、それゆえに研究者本人が低予算で簡便に解析ができたからである。その後、世界の研究の潮流に抗えず、遅れて日本もY染色体ハプログループの研究を取り入れるようになった。Y染色体は蓄積された情報量がミトコンドリアDNAよりも多く、多様性があり長期間の追跡が可能であり、かつ歴史時代の情報と合致させるのに適していた。しかし、世界のY染色体研究から大きく取り残された差は埋め難く、2004年のヒトゲノムの解読を契機に、核内の常染色体を解析するゲノム研究に移行した。ミトコンドリアDNAとY染色体はそれぞれ母系・父系の一系を延々と遡源し先祖を辿る遺伝子を解析するものであるのに対し、常染色体はその人間を構成する遺伝子情報を解析するというもの（例えば、日本人固有の遺伝子を何%保有しているかなど）であり、そもそも何を目指した研究を行うのかの興味の範囲や方向性に違いがあるため、Y染色体と核ゲノムの研究を比較し一概にどちらが優れているかの評価はできない。
日本人 遺伝子
母系のみをたどるミトコンドリア解析に対し、父系をたどるY染色体は長期間の追跡に適しており、1990年代後半からY染色体ハプログループの研究が急速に進展した。注目すべきは日本列島においてM64.1のSNPによって定義される縄文系のD1a2a系統が日本人男性の3割ないし4割、さらにその中のCTS8093のSNPによる系統が今より約2000年前に発生したと推定されているにもかかわらず、現代日本人男性の約1割を占めるに至っていることである。O-CTS11986によって定義されるM176系統は日本人の弥生系の子孫であり、D-M64.1系統に次いで多数を占める。さらにM216のSNPを持つC系統を合わせると日本人男性の8割がこのいづれかに属しており、現在の日本人男性の大半を占める。C系統の内、F3393以下のM8のSNPを持つ系統は、非YAP（YAPの変異を持たない）縄文系であり、日本列島に最初に到達した系統であるともみられている。C系統の内、M217の痕跡を持つものは、モンゴル、女真、満洲などの北方遊牧民族と祖を同じくし歴史時代になって以降の渡来とみられる。漢民族に由来するM122のSNPを持つ系統は中国、朝鮮半島、ベトナム等においては最多を占め、東南アジア、インド北東部やネパールなどの南アジアでも広範囲に見られるO系統の最大のサブグループであるにもかかわらず、日本においてはD-M64.1,O-M176の両系統に次ぐことが特徴的である。O-M122系統は現在の日本人のY染色体ハプログループの中では、D-CTS8093やO-CTS11986のような父系の有力なクラスターを持たず、遺伝子的にみれば分岐系統が異なる雑多な寄せ集めであるため、散発的に日本列島に渡来したと考えられている。
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(出典)"ISOGG Tree"(Ver.15.73), "Y-Full"(Ver.12.00), "FTDNA Big Y Tree"
日本人のハプログループは、出アフリカ後、イラン、チベット、アルタイ山脈、樺太、北海道を経由した「北ルート」で到達したとする説、インドから東南アジアを経由した「南ルート」で到達したとする説がある。D-64.1系統（約35%）、O-M176系統（約30%）、O-M122系統（約20%）の上位3系統で日本人全体の約85%を占めるほど高頻度に見られる。他にC-M8系統、C-M217系統、N-M231系統、O-M119系統、O-F2320系統、Q-M242系統、I-M170系統、R-M207系統なども低頻度に見られる。
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ハプログループD-F6251は、チベット等に多いが、日本人にも見られるタイプである。ハプログループD-64.1は、日本列島に固有に見られるタイプで、アイヌが高頻度で約85%、次いで琉球民族で約40%、本土日本人にも35%ほど見られる。縄文人の血を色濃く残すとされるアイヌや一部の沖縄県民（特に糸満市や南風原町等がある島尻地区)で高頻度に見られ、反対に漢民族や朝鮮民族などの周辺諸民族にはほとんど見られないことから、ハプログループD-64.1は縄文人に特徴的なY染色体だとされる。現代韓国では平均して約2%の男性、中国では約0.02%（主に朝鮮族だが、満洲族、蒙古族、漢族の例も有り）の男性がハプログループD1a2aに属し、ミクロネシアやティモール島でも単一例が発表されている。アリゾナ大学のマイケル・F・ハマー (Michael F. Hammer) のY染色体分析でもD系統が扱われ、チベット人にも、約50%の頻度でこのハプログループDを持っていることを根拠に、縄文人の祖先は約5万年前に中央アジアにいた集団が東進を続けた結果、約3万年前に北方ルートで北海道に到着したとする仮説を提唱した。しかし、実際にどのような経路を通ったかは様々な学説があり結論には達していない。
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D系統は、現在世界で極めて稀な系統になっており、日本人 (D-64.1) が最大集積地点としてその希少な血を高頻度で受け継いでいる。遠く西に離れたチベット人 (D-F6251) やアンダマン諸島（D-Y34637）で高頻度である他は、アルタイ（D-M174*）、タイ (D-F6251)、ヤオ族 (D-F6251)、フィリピン (D-L1378)、グアム島（D-M174*） 等の南方地域にわずかに存続するだけである。しかしながら同じD系統とは言え、D-M64.1系統と東アジア（チベット等）のD-F6251系統は分岐してから4 - 5万年もの年月を経ていると考えられる（O系統が誕生したのが3 - 4万年前であるため、これよりも前に分岐しているD-M64.1とD-F6251等は別系統であるがともに日本列島で見られる）。
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ハプログループO-M175は東アジアから東南アジアにかけて最多を占めるグループである。O系統は今より約40,000〜約45,000年前（41,750 (95% CI 30,597 <-> 46,041)年前、44,700年前或いは38,300年前、45,300 (95% HPD interval 39,400 <-> 51,900）年前）に東アジアにてハプログループNO-M214から誕生し、今より37,200年前頃から30,000年前頃にかけて多くの現代東アジア人や東南アジア人の父系に繋がる五つの大系統を生み出した。今より約35,000年前の日本列島の旧石器時代初期頃に日本列島にまで到達したと考えられるD系統と比べると、O系統はその後から東ユーラシア全域に広がり、誕生時期的には比較的若い系統であるものの、西ユーラシア系のハプログループRと並んで現代人類において最も帰属人口の多い系統となっている。日本で主に見られる詳細系統はO-M176系統とO-M122系統である。O-M176系統は、日本列島のほか、朝鮮半島でも日本と同程度見られ、東アジアのその他の地域や東南アジアでも稀に見られる。O-M176系統は今よりおおよそ31,108年前に現代東南アジア人男性の多くが属すO-M1304/K18との最も近い共通祖先であるO-M268から分かれ出て、今より約7、8千年前から朝鮮半島またはその近くの地域で急速に帰属人口が増え始め、やがて日本列島や中国大陸へ拡散をしたと見られる。日本のO-M176保有者の約7割（85/127 = 67%、525/761 = 69.0%、64/90 = 71%、57/77 = 74%、66/88 = 75%、38/46 = 83%、11/13 = 85%）で見られるO-47z(K7)というサブグループは、今よりおおよそ8,000年前に発生したと推定されており、朝鮮半島及び中国で多く見られるO-F2868(K4)というサブグループとはその時点で血筋がわかれたということになる。O-M122系統は、中国、朝鮮、ベトナム等においては最多を占め、東南アジア、インド北東部やネパールなどの南アジアでも広範囲に見られるO系統の最大のサブグループであるにも関わらず、日本においては低頻度であることが特徴的である。
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ヒトのY染色体のDNA型はAからTの20系統がある。複数の研究論文から引用したY染色体のDNA型の比率を示す。全ての型を網羅していないため、合計は100%にならない。空欄は資料なしで、必ずしも0%の意味ではない。
独立系研究者の崎谷満の査読論文ではない一般書による、あまり検証されていない主張によれば、最初に日本列島に到達し、後期旧石器時代を担ったのは、4万-3万年前にやってきたD-M64.1系統である。D-M64.1は日本に多く見られる系統であり、アイヌ88%（但しサンプル数は16人のみ）、沖縄県約40%（4% - 56%)、本州約35% (31% - 39%)で、日本国外では韓国で平均して2%ほどの男性に観察されるほか、中国、ミクロネシア、ティモール島などで散発的に観察されている。遠縁のD-F6251が多数のチベット人で見られるほか、少数のウイグル人、モンゴル人、アルタイ人、イ（彝）人、ミャオ（苗）人、ヤオ（瑶）人、漢人などでも確認されている。D-CTS11577系統の下位系統は5万年以上前に分岐し、日本列島に至り誕生したのがD-M64.1であり、アルタイ-チベット付近にとどまったグループがD-F6251であると考えられる。
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渡来時期については諸説あるが、後期旧石器時代及び新石器時代のヨーロッパ（クロマニョン人）、そして少数の現代ヨーロッパ人、ベルベル人、アルメニア人、ネパール人でわずかに見られるC-V20と姉妹系統のC-M8系統もかなり古い時代に日本列島に入ってきたと考えられる。崎谷満はC-M8の祖型はイラン付近からアルタイ山脈付近を経由し朝鮮半島経由で日本に到達したとしている。他にも華南から海流に乗って日本列島に到達した南方経由説、樺太から北海道に流入後、日本列島各地へ流入した説など様々な意見がある。渡来年代についてはD-M64.1より早い4万年以上前という説もあり、C-M8が日本列島最古層という可能性もある。現代日本人男性の約20人に1人（5%）がこのC-M8系統に属していると見られ、韓国・朝鮮及び中国でも散発的に観察されている。
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C-M217系統は現在、カザフ人、モンゴル人、エヴェンキ人等のアルタイ系諸族、極東ロシア（ニヴフ人、コリャーク人等）及び北アメリカ大陸北西部の原住民（例えば北部アサバスカ諸語話者等）に多い。崎谷はC2系統は細石刃石器を用い、ナウマンゾウを狩っていたと考えている。ただし、C-M217系統も渡来時期については諸説あり、朝鮮民族や漢民族などの周辺民族にも一定頻度見られることから、後述のO-M122系統やN系統やQ系統等と共に渡来してきた可能性もある。ちなみにアルタイ系民族（チュルク系民族、モンゴル系民族、ツングース系民族）で高頻度なC-M217系統はC-M407という若いサブクレードに属すものを除けばほぼ全てC-L1373系統であるが、日本人や漢民族、朝鮮民族などで観察されるC2系統はC-F1067系統が大半で、C-L1373はわずかである。（C-M217に属す日本人130人中111人即ち85.4%がC-F1067 > C-CTS3297に属すのに対して、わずか19人即ち14.6%がC-F1396に属し、河北省邯鄲市漢族730人のサンプル中79人がC-F1067に属すのに対してわずか13人がC-L1373に属し、韓国ソウルで採取された573人のサンプル中70人がC-F1067に属すのに対してわずか5人がC-L1373に属し、韓国大田で採取された133人のサンプル中14人がC-F1067に属すのに対してC-L1373に属す人が1人も観察されなかった。) また現代の日本で観察されるハプログループC-M217に属すY-DNAは幾つもの異なる下位系統に属しており、一概にC2系統といっても、そのルーツや渡来時期は複数存在したことが想定される。現代日本人に於けるC2-M217の頻度については、各研究によって差があり、少ないものでは2%、3%ほど、多いものでは6%、7%ほどとなっている。
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O-M119系統は台湾の原住民の男性に非常に多いので、新石器時代の台湾または対岸の中国本土沿岸部が起源であろうと推測されている。崎谷満はオーストロネシア語族との関連があると想定している。台湾に近いにもかかわらず、日本列島の男性ではO1aは全体の約1%（0%〜3%）に過ぎない。中国復旦大学・黄穎、李輝、高蒙河らの研究によれば、中国春秋時代・百越(粤)のY染色体は、O-M119系統である。
O-F2320系統の下位系統の一つであるO-M95は現代の東南アジアの男性に多いが、元々は新石器時代の中国から拡散していったと見られている。O1a-M119と同様、現代日本人の全体の約1%（1%〜4%）がこのO-F2320系統に属していると見られる。
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O-M176系統について、崎谷満は従来の研究結果とは異なる主張を提示し、長江文明の担い手だと考えている。今までの研究結果とは逆にO-M176系統が移動を開始したのは約2800年前で、長江文明の衰退に伴い、O-M176は南下し、百越と呼ばれ、残りのO-M176は西方及び北方へと渡り、中国東北部、朝鮮半島から日本列島へ渡ったと崎谷満は主張している。O-M176系統は中国江南から水稲栽培を持ち込んだと考えられ、日本列島への流入は弥生人と関連し、則ちO-M176系統の到来と共に縄文時代から弥生時代へ移行しはじめたと考えられる。O-M176系統は日本列島のほか、朝鮮半島や中国東北部の一部でも比較的多く見られる。しかし、池橋宏はO-M176が長江文明の地域である中国南部に殆ど発見されていないことと、日本列島の一部地域の土層から稲のプラントオパールがみつかってはいるが、これが必ずしも長江から移動を意味するものではなく、稲の品種や技術が人々の間で伝来したと考えられると主張した。
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O-M122系統について崎谷は、その一部は縄文時代から弥生時代にミレット農耕をもたらしたが、大部分は弥生時代よりも更に後、特に4世紀から7世紀頃に中国大陸及び朝鮮半島から到来した渡来人による流入が多かったであろうとしている。O-M122は現代の中国人（約53.35%）、朝鮮民族（42.1%、44.3%）、ミャンマー（ビルマ族 35.4%、ビルマ族 35.6%、ラカイン族 38.7%、ビルマ族 42.3%、チン族 65.4%、ナガ族 94.7%）及び北東インドのチベット・ビルマ系諸族（ガロ族 54.5%または59.2%、ナガ族 76.5%、アパタニ族 81.8%、アディ族 89.1%、ニシ族 94.1%）に於ける最多の系統であり、現代のタイ王国（中部タイ人 39.5%、バンコク 29.3%）、ベトナム（キン族 30.0%、キン族 31.9%、ハノイ市キン族 34.2%、ハノイ市 37.5%、40.0%、ホーチミン市キン族 47.8%）、フィリピン（30.8%、35.4%、35.9%、60.7%）、マレーシア（21.5% コタキナバル、27.8%、34.4%）等に於いても首位を争う程の高頻度で観察されている。
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N-M231系統はウラル系民族に高頻度で、日本では約2%（0%-7.7%）の男性に見られるが、具体的な渡来経路などは明らかでない。N1(xN-M128,N-P43,N-M46/N-Tat)が青森で採取された26人のサンプルのうち2人のサンプル（即ち7.7%）に観察され、遼河文明の遺跡人骨からもN1(xN-M128,N-P43,N-M46/N-Tat)が高頻度で見つかっており、かつ三内丸山遺跡と遼河文明の関連性が指摘されている。なお、現代日本で観察されているN-M231の下位系統は、主に中国で観察されているN-M128とN-M1819とN-CTS962、並びに韓国・朝鮮を中心として中国等でも観察されているN-Y23747/N-F4063であり、ウラル系民族等北アジアの男性に多く見られるN-F1419/M2017とN-P43ではないため、現代日本で見られるハプログループNはハプログループO2-M122やハプログループC2-M217やハプログループQ-M242等と共に渡来してきた可能性もある。（総人口に占める割合を取って見ても、O2-M122、C2-M217、N-M231、Q-M242はどれも日本人よりも中国人と韓国・朝鮮人に占める割合の方が大きい。ちなみに漢族や日本人に比較的多く見られるN-M128はネネツ人、ガナサン人、マンシ人、ハンティ人等東寄りのウラル系民族に多く見られるN-P43とは今より約10480年前に、朝鮮民族に比較的多く見られるN-F4063はフィンランド人、サーミ人、エストニア人等西寄りのウラル系民族に多く見られるN-F1419とは今より約12500年前にそれぞれ最も近い共通祖先をもっていると推定され、更に、これら全ての系統の最も近い共通祖先であるN-F1206は今より約17600年前の者と推定されている。）Wangら、2023のモデルでは古代ユーラシア人のmtDNA Rの分岐である東アジアのmtDNA pre-F*に関連した人口と相互作用したy 染色体N-M231の枝に属するWatahikiら、2024で言及されている日本の人口のy 染色体N-M231の東アジアの性質は、後述する脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが共著した論文から観察できます。DNAに関しては、男性は母親から約51％を受け継ぎ、父親からはわずか49％を受け継ぎますため、脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが共著したYangら、2020のモデルでは、後李文化の博山遺跡のy染色体N-F2905に属する古代男性標本が中国の長江流域の湖北省だけの同時にY染色体O-M119やO-M134やO-IMS-JST002611に属する標本たちに同等なDNAの約49%を持っていました（後李文化が河姆渡文化の土器といくつかの特徴を共有した「陶釜」という丸底土器を主体を持中に马家浜文化の形成に貢献しました）、後李文化の小荊山遺跡にはPCA上の博山遺跡の古代標本の近くにクラスター化されたY 染色体N-F2905に属する1つの古代標本があり、小荊山遺跡にも、y 染色体N-L729（N-F1206）に属する4つの標本で正確な遺伝的系統を形成する1つの古代標本があった、さらに、X染色体の組換え中に男性の減数分裂に参加したy 染色体N-L729に属する祖先が存在する場合のように、これはy染色体N-M231のすべてのタイプに関連した小荊山遺跡の個人たちの集団の相対的な均一性を示してあり、全体的にこれらの小荊山遺跡の個人たちが中国の福建省の亮島遺跡の古代標本のDNAとおおよそ類似したDNAの100%を持つものとしてモデル化できます。y染色体N-M1819はWangら、2023のモデルでは台湾の「選択された」オーストロネシアのタイヤル族のy染色体との主な類似性が示されました、さらに、中国の河南の省龍山文化の平粮台遺跡のy染色体 N-M1819に属する古代男性標本のy染色体には中東の要素もウスト・イシム人に関連した要素もありませんでしたが、その代わりに、古代平粮台遺跡で後期石家河文化のタイプに属した、すなわち良渚文化の瑶山遺跡から報告された翡翠の加工技術を組み合わせたタイプに属した翡翠のアーティファクト発見されたことを考慮して、平粮台遺跡のy染色体N-M1819に属する古代男性標本がPCAには澎湖諸島の翡翠のアーティファクトや炭化米を発見された锁港遺跡のY染色体O-F871*や O-M175*に属する古代標本たちと良渚文化の影響を受けて稲作を取り入れた昙石山文化の古代標本たちで遺伝的系統たちを形成しました。Rootsiら、2007に記載されている日本、フィジー諸島などに分布する「祖先パラグループN*」については（比較のために、Hammerら、2006では、y 染色体 NO*/Nの両方に属する標本が徳島と九州に存在していました）、脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが共著したWangら、2021のFigure2Bの日付指定可能なモデルやFigureS3Dの同等の時間スケールを持つ最初のモデルでは、38100年前の系統と38000年より少し若い系統の17%と18%が広西のY 染色体O-M188>O-M7に属する古代独山の標本に分離されていて、古代独山の標本は宝剑山「縄文人と同様に東アジア人との遺伝的類似性を示す」広西の宝剑山の古代標本に貢献し、古代独山の標本に関連した広西のmtDNA B4a1eはフィジー諸島の人口の mtDNA B4a1a1nと突然変異を共有しています、さらに、「古代のゲノムと現生人類の進化の道筋」では、脊椎動物古生物学・古人類学研究所の研究者らが南シナ海の島々などを含む農業革新の独立した中心地を設置ましたが、その代わりに、最終モデルでは、若いy染色体N-M231のに属するの博山の古代標本の独立した遺伝的要素が古代独山や亮島や奇和洞遺跡に代表されるY染色体O-M122やO-M119やO-M268に属する標本たちに関連した人口と共存し続け、Y染色体O-M122やO-M119やO-M268に属する標本たちに関連した人口の分裂前にわずかに分離しましたが、他のモデルによると、分裂後に得られた集団たちと個別に相互作用し続けました。
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Q-M242系統はアメリカ大陸の先住民族及びシベリアの一部の先住民族（ケット人、セリクプ人、コリャーク人、チュクチ人等）で多く見られるハプログループである。東アジアでは北方漢族男性（約4%〜5%）で比較的多く見られ、日本ではわずか約0.40%の男性に観察されている。
ミトコンドリアDNAのハプログループ構成を東アジアの集団で比較すると、本土日本人・山東、遼寧の集団、韓国の集団は互いにかなり類似しており、沖縄の集団はハプログループM7aが多いなどの相違があるが依然本土日本人と近縁で、台湾・広東の集団は離れているという結果になった。
いっぽう、Y染色体による比較では、主にハプログループDが日本人において優勢であり、他の集団にはほとんど見られないことで、中国・韓国・モンゴルといった東アジアの集団から日本人は大きくかけ離れている。また、アイヌ、沖縄においてもハプログループDは頻度が高い。
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この相違について篠田謙一は、母系と父系の子孫の残し方の違いに原因があると考えている。すなわち、女性は一生に産むことのできる子供の数が限られているのに対し、男性は一人で多くの子供を作ることができるといった事情に起因するという説である。特に、支配者層の父系DNAは短時間で爆発的に増加することがある。日本列島では縄文人の遺伝子とみられるY染色体ハプログループDが広範囲に温存されていることから、縄文系の支配者層が長きにわたって王者として君臨し、その後日本に流入し弥生時代を開始した集団がそれを補佐する形で平和裏に共存し、その後も王朝交替することがなかったか、同じ縄文系の中での交替にとどまったのではないかと推測している。
斎藤成也は、ミトコンドリアDNAやY染色体もそれぞれ母系、父系単系の系統樹を知るのに適しており、その構成要素を知るゲノムワイドな分析と役割の違いを指摘している。
以下にミトコンドリアDNAによる人類集団を類似性を系統樹様にして表したものを記す。人類集団は常に混合しているため、多数の遺伝子を用いた分析においては一元的な系統関係は存在しないことに留意する必要がある。この図はあくまで他集団との類似性を示すものである。
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下図左では、日本人集団に最も近いのは朝鮮人集団であり、その次にカンボジア人集団であるという結果となっている。下図右では、日本人集団は朝鮮人集団、マレーシア人集団、ポリネシア人集団などと近縁で、「アジアのモンゴロイド」としてまとめられている。「アジアのモンゴロイド」と近縁なのが「アメリンド」、次いで、「オーストラロイド」、「コーカソイド」の順で、「ネグロイド」とは最も離れている。
1980年代からのミトコンドリアDNAハプログループ（母系）の研究の進展により、ヒトの母系の先祖を推定できるようになった（ミトコンドリア・イブ参照）。これにより、アフリカ単一起源説がほぼ証明され、民族集団の系統樹も作成されるようになった。ミトコンドリアDNAやY染色体のようなゲノムの組換えをしない部分を用いた系統樹の作成は、集団の移動とルーツを辿るのに用いられる。たとえば日本人のミトコンドリアDNAのハプロタイプの割合と、周辺の集団つまり各ハプログループを比較することで、祖先がどのようなルートを辿って日本列島にたどり着いたかを推測できる。分析に用いられるのは、ミトコンドリアDNAの塩基配列のうち、遺伝子の発現に影響しない中立的な部分である。形態の生成等に関与せず、選択圧を受けないため、分析に用いることができる。
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日本人に特徴的なミトコンドリアDNAハプログループとして、ハプログループM7aがある。
また、篠田謙一は2007年の著書で、ハプログループM7の発生を四万年前、さらのそのサブグループの発生を二万五千年前と推定し、M7の起源地を当時海水面の低下によって陸地となっていた黄海から東シナ海周辺とした。
これに対して崎谷満は2009年の著書で、M7aは極東・アムール川流域にも見られるほか、シベリア南部（ブリヤート）、東南アジアにも見られるとし、発生したのはシベリア南部 - 極東あたりと予想するいっぽう、台湾先住民にも台湾漢民族にも存在せず、台湾から北上して日本列島に入ったものではないと記している。なお崎谷は上記の著書において、ミトコンドリアDNA・Y染色体といった分子人類学的指標、旧石器時代の石刃技法という考古学的指標、成人T細胞白血病ウイルスやヘリコバクター・ピロリといった微生物学的指標のいずれにおいても、東アジアのヒト集団は北ルートから南下したことを示し、南ルートからの北上は非常に限定的で日本列島には及ばなかったと述べている。
その他、日本人によくみられるタイプとして、ハプログループD (mtDNA)、ハプログループA (mtDNA)、ハプログループG (mtDNA)、ハプログループN9 (mtDNA)、ハプログループB (mtDNA)、ハプログループF (mtDNA)が挙げられる。
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HLAハプロタイプについては、日本人には大きく以下の4タイプの流れが認められる。
1. は中国北部、モンゴルの一集団に高頻度のタイプで、国内では九州北部から本州中央部にかけて多い。
2. は満族、韓国人に高頻度タイプで、国内では日本海側に多い。
3. は中国南部に多いタイプで、国内では沖縄や太平洋側に多い。
4. は国外では満族と韓国人のみに多くみられ、国内には九州北部から本州中央部にかけて多い。このタイプの姉妹タイプB46-DR9が東南アジアで最も高頻度でみられる。
さらにこれとは別に縄文系と想定される別の複数のハプロタイプが南九州や北東北に存在する。またアイヌは日本人と異なる型が多いという。
ミトコンドリアDNAの塩基配列の多様性の度合いを比較分析することによっても系統関係を計測できる。塩基多様度のネット値 (DA) 分析によって求められた集団間の遺伝距離をもとにした系統樹では、まずアフリカ人より西ユーラシア人（ヨーロッパ人）と東ユーラシア人（東アジア人）とが分岐し、次いで東ユーラシア人からアメリカ先住民が分岐し、次いでアイヌと東アジア人クラスターが分岐、次いで東アジア人が分岐、次いで沖縄と本州とが分岐する。