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機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
頭部にミサイル・ポッドを換装した他、底部にフロートを新設、頭頂部には通信用のケーブルが伸びている。「リグ」から逃げ出した救命艇を捕獲した。
FF-X7 コア・ファイター
従来のガンダムタイプMSの脱出ユニットとしてでは無く、ミデア輸送団の護衛戦闘機（パラサイト・ファイター）として登場。普段は折りたたまれた状態でミデアの主翼下に左右1機ずつ格納されており、対空戦が必要になり次第で投下・展開して戦闘を行う。スパルタンには迎撃機として数機が配備されており、ペカンバル基地での補給後は20機の収容が確認できる。
FFB-7Bst ジェット・コア・ブースター
コア・ブースターを大気圏内用戦闘機に再設計した戦闘爆撃機。原典の08小隊ではほぼ色違いのコア・ブースターだったのに対し、本機はより戦闘機らしい鋭利的な造形になっており、機体後部の上下には大型のレドームを備えている。
ファンファン
従来と基本形は同様だが、丸で形成されていた面が角ばっており、印象はかなり異なる。攻撃ヘリ的な運用をされており、哨戒及び地上・水中へのミサイル攻撃を行う。外伝では前線からの要人輸送にも使われたことから、兵員輸送能力もあることが分かる。
ゲター
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ジオンの「ド・ダイ」をモデルに開発されたMS用の航空支援機。可変翼を持つ全翼機としてデザインされている。飛行能力は高いが積載能力は通常機は2機が基準で、アトラスガンダム用の武器を満載したトラスト部隊の機体は1機ずつしか載せられなかった。OVA版では登場せず、コルベット・ブースターが代わりとなった。
フライ・マンタ
ド・ダイに乗るダリルのサイコ・ザクMk-IIを追い詰めるが、ジオン残党軍のドップに撃破された。
スパルタン
ペガサス級強襲揚陸艦。変型機能を持ち、突起部を収納した大気圏突入・高速移動形態や砲塔を展開したフォートレスモードへの変型機能、いわゆる前腕部の上にMS収納可能な揚陸艇が左右2隻ずつ計4隻の分離機能を持つ。全体的に六角形を意匠した形状になっている。
ホワイトベースと比較すると、大口径実体弾主砲や2連装メガ粒子砲、艦首ミサイル発射口などが無い反面、中・小口径砲はかなり充実しており、カタパルトも4基確認できる。それぞれの揚陸艇も含めればMSが20機以上の他、水中型ボールを多数搭載していることがうかがえ、更にコアファイターやガンペリーなど搭載機もかなり多く充実している。
搭載する揚陸艇は単独での飛行も可能、OVA版では水上航行を行っている。
艦内設備は充実しており、トレーニングルームやバーもある。作中のコーネリアスの台詞によれば、教会もあって結婚式もできるとのこと。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
その武装と艦載機はクローディアの言う「移動要塞」であり、戦力はタール火山基地の3倍。強襲揚陸艦に特化しており、単艦で基地攻略・都市占拠も十分可能な戦力を保持している。
ミデア
コアファイターの搭載機能などの違いはあるが、基本形は従来と同様。
ガルダ
四方から南洋同盟の支配地域に4隻侵攻した。それぞれの艦名は不明。
RX-77-4BG ブルG
ルナツーで試験されていたアナハイム社製の試作型MS。サム・シェパードが搭乗する高出力・重武装が売りのフルアーマー仕様の機体で、地球連邦軍の次期主力機有力候補の1つである。元々はガンキャノンIIの発展試作機として開発されており、頭部も当初はガンキャノン系列の物が搭載されていたが、一年戦争での試作ガンダムの活躍にあやかったことで、ガンダムタイプの頭部に変更されている。ガンキャノン系列の機体らしく高火力・重装甲の機体だが、大型ランドセルによって機動性も高く、近接格闘戦も可能で、次期主力MSの有力候補なのは伊達では無く、パーフェクト・ガンダム（試作ガンダムに偽装したサイコ・ザクマーク II）を上回る程の基本性能を持つ。コクピットは全天周囲モニターが採用されており、サンダーボルト作戦時にはマグネット・コーティングも施される。
RGC-83 ジム・キャノンII
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ガンキャノンの発展型。機体自体は原典に則したデザインだが、バックパックはガンキャノンと同型。ルナツーにてシェパードの同僚、ニックとホリーが主に搭乗してブルGの僚機として出撃。
MSN-02 パーフェクト・ジオング
宇宙に上がったスパルタン残存部隊の再編中に完熟訓練が行われていた機体。ア・バオア・クーの要塞内部で鹵獲した建造中のジオングを改修した。機体制御をイオ、火器管制をリリーが担当しており、胸部に地球連邦軍のエンブレムが付けられ、脚部に代えて巨大なブースター3基が下半身に装着されている他、肩部などにもスラスターが増設されている。ダリルとの戦闘中に発覚した機能としてIフィールドも搭載されているが、この機能はイオやリリーが発動した物では無く、ジオングの頭部に仕組まれていたブラックボックスであるカリストによって発動している。コックピットは全天周囲モニターを備えたタンデム複座仕様に改修されており、パイロットシートはキャノピー状のカバーが装備されている。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
マイトレーヤ作戦にてダリルのパーフェクト・ガンダムとブラウ・ブロの対決をし、コンペイ島宙域で激闘を繰り広げるが、その途中で予定外に照射されたソーラ・レイを2基のバリュートで下半身のブースターを犠牲になりながらも危機を回避した。その後は重武装したパーフェクト・ガンダムと再戦するも2挺のビーム・ライフルによって両腕のメガ粒子砲を破壊されて追い詰められるが、仲間達の協力もあってパーフェクト・ガンダムが被弾したことでダリルが翻弄しているその隙に特攻でソーラ・レイに迫り、南洋同盟のMS部隊をIフィールドで突破するもエネルギーが切れたところでパーフェクト・ガンダムのビーム・ライフルで背後から腹部を撃ち抜かれるが、爆発寸前に脱出機能によって頭部のみとなったその後にカリストによる交信でダリルを強制的に刻の間へ囚えた隙に頭部メガ粒子砲の反撃によって頭部を破壊したことで狙いが緩むことに成功した。管制塔の対空防御を回避してソーラ・レイの内部に侵入することに成功し、コアを破壊しようとするもその直後に原典のラスト・シューティングと同じようにビーム・ライフルを狙い撃つパーフェクト・ガンダムだったが、ソーラ・レイの内部によるサンダーボルト宙域と同様の激しい雷地帯であったために互いのビームが捻じ曲げられ、立て続けにその雷が両者のMSに直撃されるも、パーフェクト・ジオングは角が避雷針の役割を果たしたことで3人とも無事だったが、推進剤が切れて宙域になりかけるもソーラ・レイのコアの破片が周辺に爆発した余波でビグ・ザムの方に吹き飛ばされ、角が滑り止めのつっかえ棒の役割を果たしてビグ・ザムの放熱板の表面を引き裂きながらも減速し、ビアンカのアトラスガンダムが撃った不発の核ミサイル付近まで辿り着く。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
その後はリリーとカリストが核ミサイルの修理することに成功して、アトラスガンダムによって持ち連られながら爆発圏外まで避難させた。帰還後はカリストを撤去してアナハイム社に保管されている。
RX-78AL アトラスガンダム（宇宙戦仕様）
宇宙に上がった南洋同盟を追跡するために宇宙用に換装されたアトラスガンダム。重力下専用装備のサブレッグから2枚装備される専用の大型シールドを装備され、背部にブルGと同型の計4基のサブアームを搭載したバックパックを追加装備し、各部にはバーニアを追加され、パーフェクト・ジオングに乗り換えたイオからビアンカに代わって搭乗する。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
サンダーボルト作戦時にはビグ・ザムを確実に撃破するためにアンディーのコレクションから拝借された骨董品である核ミサイルを背部に追加搭載されたことで過積載になってしまうが、他の武装を減らせないためノズルを追加され、トラスト部隊と早く合流したいビアンカの要望もあって推進力を大幅に上昇している。トラスト部隊の合流とカウフマンのペズン・ドワッジやビリーのサイコミュ高起動試験用ザクの乱戦を掻い潜りもあって、ソーラ・レイの照射中にビグ・ザムの上空に辿り着き、対空砲火を避けながら撃ち込むもその直後に対空砲火を受けられてしまい、右腕・右脚・大型シールドを損壊させられ、核ミサイルはビグ・ザムに肉薄して命中させるもその直前にレヴァンの最後の力によって不発に終わり、ドミトリーと整備班によってビアンカごとビグ・ザムの捕虜にされる。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
その後、左腕を犠牲にしながらも脱出したビアンカが中破したこの機体を再起動して、ダリルとの決着でビグ・ザムから宙域に放り出されたイオを救出し、そのままイオが再び乗り換えると渾身の飛び膝蹴りでダリルとカーラ、レヴァンの遺体ごとビグ・ザムのコックピットを破壊して避難コロニーを標的としたソーラ・レイを発射を阻止することに成功し、その直後にリリーとカリストが搭乗する頭部のみとなったパーフェクト・ジオングを持ち連れながら爆発圏外まで避難させ、修理した核ミサイルの大爆発でビグ・ザムもろともソーラ・レイを消滅することに成功した。
フルアーマー・ガンダム・ヘッド
第1部のフルアーマー・ガンダムの設計思想を取り入れた機体。宇宙用に調整した陸戦型ガンダムを更に追加装備を施した事で重武装に換装したMS。
機体構成はフルアーマー・ガンダムに準じているが、増加装甲は形状の異なる物が装備されている。機体性能や武装面ではフルアーマー・ガンダムに及ばないが、大型バックパックはフルアーマー・ガンダムと同型の物に変更されており、量産機にしては高い火力と機動力を誇る。2基のサブアームには1基ずつに2枚重ねしたシールドを並べるように2枚の計8枚も保持している。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
オルフェとデントが搭乗しており、サンダーボルト作戦時にはマグネット・コーティングも施される。ビリーのサイコミュ高機動試験用ザクを迎え撃つが、オールレンジ攻撃によってまとめて撃墜された。（撃墜される前にデントがコア・ポッドで脱出し、オルフェとアリシアを合流・回収していたので無事だった。）
MS-14 連邦製ゲルググ
一年戦争後連邦軍が接収した開発データを基に新規製造されたゲルググ。基本的な外観はオリジナルと大差無いが、頭部センサーはモノアイでは無く連邦系MSの特徴であるバイザーに覆われている他、腕部も連邦系の直線的なデザインの物に代わっている。
武装はロングレンジ・ビーム・ライフルと大型バックパックに保持されたフルアーマー・ガンダム・ヘッド同様の8枚のシールドを装備している。
新たにトラスト部隊に加わったアリシアが搭乗し、サンダーボルト作戦時にはマグネット・コーティングも施される。ビリーのサイコミュ高機動試験用ザクを迎え撃つが、オールレンジ攻撃によってフルアーマー・ガンダム・ヘッド同様に撃墜された。（アリシアはオルフェ同様に撃墜される前にデントのコア・ポッドに合流・回収していたので無事だった。）
RGM-79N ジム・カスタム
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
デザインは他のMSに比べてほとんどアレンジされていないが、関節部はシーリングが施されており、バックパックは4基のスラスター付きアームが伸びた物となっている。また、特殊な兵装としてシールドの裏にワイヤー付きロケット・アンカーを装備した機体もある。サイド6に逃げ込もうとする南洋同盟のロシナンテ号を撃墜するため、ペガサス級「タイコンデロガ」を旗艦とする艦隊から12機が出撃するも失敗に終わる。ボルコフやバーバラ、トミーやリチャードなどの兵士が搭乗する。
RGM-79EW EWACジム
連邦軍の哨戒機「イーグルアイ01」として登場する。後頭部に巨大なセンサーレドームを装着し、ガンキャノンと同型の大型ランドセルを背負っている。
劇中では他にも哨戒専用で大型レドームを装備したボール、コア・ブースターやセイバーフィッシュなどもイーグルアイとして登場している。
ワイオミング、アーカンソー
ルナツーに配備されている新型巡洋艦。共に艦首に大口径リニアレールガンを搭載している。強奪したブラウ・ブロとドッキングしたパーフェクト・ガンダムに攻撃するが、メガ粒子砲によって撃ち落とされ、返り討ちにされた。
空母ビーハイヴII
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
元スパルタン隊の新旗艦。先代と同様にコロンブス級を増設した艦体。艦体上のレールを移動するガンタンクの上半身が主砲の代わりを務めている。MS隊用のデッキ2基とジオング用の収容デッキ1基を搭載している。
タイコンデロガ
『0083』に登場するペガサス級強襲揚陸艦アルビオンに似たデザインの戦艦であり、アルビオンではMSの搭載数は最大6機であるが今作ではイーグルアイ8機、ジム・カスタム12機を搭載しており原典艦よりも多くのMSを搭載できる。
バーミンガム
本作はMS運用能力がある上に次期主力艦として量産されており、フォン・ブラウン市の上空を守備する艦隊に10隻以上が配備されている。
ガン・バレット
試作機ロッソ・ガンダムを改修したユリーカの次期主力MS。タイタンズの独立を経て、地球連邦軍の主力機として急遽部隊にこの機体の配備が進められた。
本体はガンキャノンと酷似しているが、バックパックにはキャノン砲の代わりに3連装のミサイル・ランチャーが取り付けられ、両腕に搭載された2基のサブアームを介して機体の両側面をカバーするようにシールドを装備する。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
本来はブルGと同様にガンキャノン系の物だった頭部を地球連邦軍への売り込みのためにガンダム頭に換装しており、ルナツーへ持ち込まれた際に憤慨したボーマンは量産化の際に「ガンダム頭は縁起が悪い」と批判し、開発者側としてもパーフェクト・ガンダムに偽装したダリルのサイコ・ザク マークIIがルナツーを潜入を許してしまい襲撃された件もあったことから、彼の意向を受けてガンキャノン系の頭部へと差し戻されている。デントを始めとした地球連邦軍の兵士達が搭乗する。
ロッソ・ガンダム
ブルGと同じくルナツーで試験されていた試作型MS。
頭部は試作ガンダムと同じ頭部フェイスと後頭部に設けられた2基のアンテナを特徴とする。
RGM-179SP  ジム・スナイパーII
アナハイム社と決別した連邦軍が貴重な戦力と配備された狙撃特化型のMS。
TGM-79  ジム・トレーナー
アナハイム社と決別した連邦軍が貴重な戦力と配備された教習用MS。
RX-80RR レッドライダー
アナハイム社と決別した連邦軍が貴重な戦力と配備された試作型MS。
RX-80PR ペイルライダー
アナハイム社と決別した連邦軍が貴重な戦力と配備された試作型MS。
PMX-000 メッサーラ
木星帰りの男がユリーカに提供したジュピトリス製の宇宙用試作型可変MA。原典と異なり、本作では大量生産されている。
PMX-001 パラス・アテネ
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
木星帰りの男がユリーカに提供したジュピトリス製の火力重視試作型MS。メッサーラと同様に大量生産されている。
PMX-002 ボリノーク・サマーン
木星帰りの男がユリーカに提供したジュピトリス製の試作型偵察用MS。メッサーラ、パラス・アテネと同様に大量生産されている。
PMX-003 ジ・O
ユリーカに合流した木星帰りの男が自らの専用機として開発したジュピトリス製の試作型MS。
外見は原典とほぼ同じだが、脹脛はリック・ドムやゲルググに似た構造になっており、円型のバーニアノズルが覗く。新たに外縁に設けられた6基の砲口からビームを発射するパラス・アテネの物に似た円型のシールドを追加装備されている。
ワイオミングII
新型巡洋艦であるワイオミングの発展型。アナハイム社と決別した連邦軍に配備されている宇宙戦艦。
マゼラン級巡洋艦
アナハイム社と決別した連邦軍に配備されている巡洋艦。
ジュピトリス
第3部で連邦軍からの発注を受けたアナハイム社によって建造されていた全長2000mの超巨大輸送艦。ユリーカが木星帰りの男にこの艦隊と新型MSを提供・配備される。
RX-79[G] 陸戦型ガンダム（モニカ専用機）
外伝「砂鼠ショーン」に登場。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
墜落されたGアーマーに格納されていたモニカが搭乗する陸戦型ガンダム。本編に登場する機体と比較し、カラーリングが砂漠に合わせた茶色基調で頭部形状も異なり、四肢などの関節部には砂漠での運用を想定し、防塵処置が施されている。その続編「砂漠の掟」では改修機のガンダム・バウンサーへと換装される。
RX-79[G]BO ガンダム・バウンサー
外伝「砂漠の掟」に登場。
モニカ・エル・ビアンキの陸戦型ガンダムを現地改修した機体。陸戦型ガンダムを素体とした本体に、バックパックは取り外されて、機体前面と後面にホバーマントが新たに装着されている。武装はロングレンジ・ビーム・ライフルや格闘専用の長棍を持つ。ホバーマントはチューブの先端に推進器が搭載された装備で、パイロットの腕によってはチューブで攻撃を防ぐことも可能。また、機体本体の推進器と併用することでホバー移動も可能となっている。本機の支援機と同時に長距離移動と武装・物資運搬用にガンタンクのフレームを使用した巨大戦車「バウンサー・ビークル」を使っている。この戦車は装備の積載の他、ガンダム・バウンサーなどのMSが即座に戦闘態勢に移行しやすい状態になるように座る形で搭乗しながら砂漠を移動する。
RX-75 ガンタンク
外伝「砂鼠ショーン」に登場。
地球の砂漠で強盗へと落ちぶれた連邦軍の一団「砂漠の鷹旅団」の乗機として登場した。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
RGM-79SC ジム・スナイパーカスタム
外伝「The color of memories」に登場。
原典と比較し、上腕部が防塵カバーで覆われるようなデザインになっている。サンダーボルト宙域を制圧するリビング・デッド師団の狙撃部隊撃破に投入され、防衛エリア814でビッグ・ガン当直任務中のキース達を狙撃した。同任務に就いていたキースの同僚のマーザとエミリオを撃破し、キースも続けて撃墜しようとするが、サンダーボルト宙域の稲妻とキースの眼帯のせいで逆に狙撃を受けられてしまい撃墜された。
Gアーマー
外伝「砂鼠ショーン」に登場。
モニカの陸戦型ガンダムを格納していたGファイター。原典では収納時にガンダムの一部が露出していた中央部が本作では全て装甲によって覆われたデザインとなっており、外見からは収納しているかが解らないようになっている。砂漠の鷹旅団によってGファイター（Aパーツ部分）のコックピットを狙撃されて墜落した。
RGM-79GS ジム・コマンド宇宙用
外伝「ひまわり」に登場。
アナハイム・エレクトロニクス社の警備部防空隊の機体で、後期生産型はスペック的には試作ガンダムと同等と言われる。
フォン・ブラウン市から脱出するビリー達を阻止しようとするが、ベラ・ファミガ部隊のギャンに妨害される。
セイバーフィッシュ
外伝「成層圏スプリンターズ」に登場。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ガンダム・ヘッドと陸戦型ガンダムを操縦するマーカス、オルフェ、デントによるベテランMSパイロットのトリオが一年戦争時代に乗機していた戦闘機として登場している。
ビッグトレー
外伝「砂鼠ショーン」に登場。
「砂漠の鷹旅団」の母艦。撃ち落としたGアーマーを回収したサンドラッド号を追跡するが、Gアーマーを格納されていたモニカの陸戦型ガンダムに艦橋を破壊されて撤退する。
ハロ
外伝「サンダーボルト放送局」に登場。
連邦系MSに搭載されている探査用小型ドローンとして登場、デザインもほぼそのまま。ジムなどMSの頭部にバルカン砲に代わって搭載されている。複数を有線制御することでミノフスキー粒子が濃厚な領域内における艦隊の眼としての機能を果たす。
MS-05 ザクI
背部に小型バックパックが取り付けられており、1基のサブアームを持つ。足裏には機体固定用の爪が収納されており、戦闘より作業用や脱出艇護衛用として使われている。
MS-06 量産型ザクII
型番はMS-06のみ。装備した大型バックパックに、2基のサブアームとプロペラントタンクが取り付けられている。
第2部では南洋同盟に陸戦型も登場しており、バックパックは重力下での運用を考慮して小型の物を装備している。また、陸戦型のバックパックには小型サブアームが2基取り付けられている。
MS-06R リユース・P・デバイス装備 高機動型ザク
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ダリルの専用機としてリビング・デッド師団に配備された「リユース・サイコ・デバイス」 を搭載した高機動型ザクIIベースの実験機。名称が長いため、バロウズの発案により「サイコ・ザク」と呼称される。本来なら高い操縦技術が必要な機体で、狙撃兵だったダリルが操縦するにはある程度の訓練期間が必要だが、高機動型ザクIIにより訓練期間が短期間か皆無で実戦投入される。
多数の姿勢制御用ブースターが機体各所やプロペラントタンクに取り付けられており、バックパックも通常のザクの物より大型である。2本装備したロケットブースターには、多数の武器が取り付けられている。
性能を完全に引き出すにはパイロットの四肢の義肢化が必要であるため、ダリルは無事な右腕を命令で切断させられる。機体の性能とリユース・サイコ・デバイス、ダリルの力量が相まって鬼神の如くの戦闘能力を持ちながら単機でムーア同胞団艦隊を壊滅に追い込んだ上、イオのフルアーマー・ガンダムとの決戦に挑み、ほぼ相打ちに近い形で大破する。ダリルの脱出後、機体は爆散して失われる。
MS-09  リック・ドム
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
バックパックの形状はザクIIと共通で、肩アーマーはドム・トローペンを髣髴とさせるデザインや配色になっている。また、スラスターが露出している上、首や胸部に動力パイプが追加されたデザインになっている。ザクIと同様のバックパックを装備した機体もア・バオア・クー戦で登場している。その際にはスパイクシールドを装備している機体も存在している。
MS-14 量産型ゲルググ
物語初期のニュース映像に登場した後に、リビング・デッド師団の救援に駆け付けたクライバー率いる「セイレーン機動艦隊」の所属機として再登場する。スラスターがX字状に展開したバックパックを持ち、肘に装着されているサブアームでシールドを保持する。先述のニュース映像で装備していたビーム・ライフルは原典と同デザインだが、セイレーン機動艦隊の機体はバックパックに増設されたビッグ・ガンと同形状のジェネレーターから有線で結ばれた大型ビーム・ライフルを装備する。
MSN-01 サイコミュ高機動試験用ザク
ア・バオア・クー防衛戦のビリーの乗機。ビリーがサイコミュを使い熟せないために有線式アームが離れず、単なるメガ粒子砲として使用されており、OVA版ではオールレンジ攻撃を行い、連邦軍のMSを多数に撃破するが、右腕のメガ粒子砲を破壊される。デザインは従来のMSVからの差異は少ない。
MS-06K ザク・キャノン
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ア・バオア・クーの防衛戦に登場したジオン軍の試作機。連邦軍のガンダム・ヘッド部隊の物量戦によって突破された。
MS-14C  ゲルググ・キャノン
ア・バオア・クーの防衛戦に登場したジオン軍の試作機。連邦軍のガンダム・ヘッド部隊の物量戦によって突破された。
YMS-08A 高機動型試作機
ア・バオア・クーの防衛戦に登場したジオン軍の試作機。連邦軍のガンダム・ヘッド部隊の物量戦によって突破された。
MS-06F 親衛隊用ザク
頭部にブレード・アンテナを装備しており、ドズル・ザビ専用機と同色の塗装とエングレービングが施されているが、原典の大型バックパックと異なり、小型バックパックを装備されている。ア・バオア・クー内部に数機配備されており、ジオングの製造工場を死守するが、連邦軍のガンダム・ヘッド部隊の物量戦により、全滅されてしまった。
MSN-02 ジオング
ア・バオア・クーの要塞内部でこの機体の建造中、モニカの指揮を受けられた連邦軍の特殊部隊に鹵獲される。
第3部ではその中の1機がパーフェクト・ジオングへと改修された。
MA-05 ビグロ
ア・バオア・クー防衛戦に登場。クローアームに小型ビーム砲が備わっている。
MA-04X ザクレロ
ア・バオア・クー防衛戦に登場。ビーム砲とブースター部分がやや大型化している以外、差異は少ない。少なくとも4機が確認されている。
ビッグ・ガン
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
リビング・デッド師団が運用する長距離狙撃ビーム砲。MSサイズの三脚固定銃座の外見をしている。使用限界が存在する砲身には独自のジェネレーター3基が内蔵されているため、ゲルググ以前のビーム兵器非対応MSでも運用が可能となっている。大出力の故に発生する射撃時の反動を抑えるため、MSと同時運用されており、乗員はMSごと定期的に交代する。ガトルなどMS以外の機体でも有線接続することで発砲が可能であるが、発生する反動を抑えられない。開発時にはフルパワーでの射撃に砲身自体が耐えられないとされていたが、リビング・デッド師団による運用で砲身命数は20発までは保つことが証明されている。
外伝において地球に送られていた物が砂鼠によって発見され、三脚部に自走用のマゼラベースを加える改造がされた物がオークションにかけられている。古いマニュアルに従ったメンテと設定によってまったく出力が出ない状態だったが、乱入したショーンがジェネレーターのリミッターを全て解除し、フルパワーによる射撃を披露した。
ガトル
宇宙戦闘機では無く、兵員輸送や探知機の散布などを行う多目的宇宙艇として登場。
レイトンが搭乗しており、リビング・デッド師団のスナイパー達をビッグ・ガンまで送り届ける目的として使用している。ミサイルは装備されていないが機銃は装備しており、ビッグ・ガンとケーブル接続する事で射撃管制も取れる。
空母ドライドフィッシュ
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
リビング・デッド師団の母艦。パプア級補給艦改造空母。イオのフルアーマー・ガンダムによって撃沈される。
ムサイ級軽巡洋艦
近接防御用機銃や艦首下面に前と後向きの砲があったりなど、基本形は従来通りだがムサイ後期生産型に近くなり、盲点だった部分が補充されている。
チベ級重巡洋艦
セイレーン機動艦隊旗艦として登場。側面にアーガマのような開放式カタパルトが設置されており、従来よりはるかにMSの展開能力が高くなっている。
MSM-04 アッガイ
本作では12m級の潜入任務用小型MSとして設定されている。
収納式の爪では無く3本指のマニピュレーターに変更、片腕に2門ずつの機関砲を内蔵、マニピュレーターの間にはビーム・サーベルを内蔵、頭部にミサイル発射口兼フリージーヤード発射口を内蔵、足裏に膨張式のエア・クッションを内蔵する。エア・クッションを展開し、水上をホバーし、ホバークラフトのように高速移動することもできる。
操縦は1人だが、コクピット下側にはもう1人が同乗できるスペースが存在する。
ダリル機にはリビング・デッド師団の生存整備兵達によってパーソナルエンブレムが描かれている。
OVA版では装備が多数追加され、索敵型や火力型、重火力型、機動型などのバリエーションが増えている。
MSM-03 ゴッグ
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
マッド・アンクラー級を母艦とする部隊「シーホース隊」の隊長であるカウフマンが搭乗する水陸両用MS。原典と比較し、四肢が細く長いデザインとなっており、胴体は脚部、腰部、腹部に分かれており、コックピットのある腰部は球状となっている。
脚部を折り畳む機構が追加され、水中では折り畳むことで水の抵抗を軽減しており、更に脚部を折り畳んだ状態でソリのように氷上を高速移動できる。クロー部分はヒートクローが装備され、海氷を容易に切り崩していた。
作中では「カウフマン少佐専用ゴッグ」とされており、これらの装備が作中において標準なのかカスタムなのかは不明。
MSM-07 ズゴック
カウフマン率いるシーホース隊の主力機。ゴッグ同様に足を折り畳む機構が追加されている他、四肢には球体関節、肩部には増加装甲が導入されているため、原典のデザインより股関節部分が剥き出しで太く、肩は怒り肩となっている。また、寒冷地戦への想定から脚部が改修され、ホバー走行が可能となっており、ゴッグ同様に脚部を折り畳む機構も追加されている。武装としてはクローの内側2基をサーベル発振ユニットに換装できる他、クロー中央に機関砲を持つ。
OVA版ではルナチタニウム製の鎖のような拘束装置も装備している。
MS-06M ザク・マリンタイプ
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ジオン残党軍に配備されているザクベースの水陸両用MS。原典と異なり相当数が生産されており、ビーム・サーベルを装備している。
MSM-08 ゾゴック
ジオン残党軍の水陸両用MS。デザインは原典に近いがマニピュレーターがザク系と同じであるため、武装はザク・マリンタイプと共通で銃を持っており、原典で特徴的だったパンチを主体とした描写は無い。腕部に魚雷発射管を装備している。
MSM-10 ゾック
本作ではMSでは無く「モビルフォートレス（MF）」としての扱いで、4本の大型脚部にそれぞれアッガイを1機ずつ収容、内部で整備なども行えるミサイルなど搭載し火力も豊富で、小型移動基地、大火力砲台、MS母艦の機能を有する。
MAM-07 グラブロ
ジオン残党軍のブル少尉が搭乗する水中用モビルアーマー（MA）。
本作では宇宙用MSビグロと同様に、機首と同軸のメガ粒子砲を装備する。エネルギーチャージの関係上、メガ粒子砲の発射間隔は4分。この稼働情報は連邦軍（アトラスガンダムに乗るイオ）にも知られており、グラブロの標準装備となっていることが伺える。その他に垂直発射式のスーパーキャビテーション魚雷を装備する他、クローアームにも長時間放射し続けられるビーム砲が追加されている。同型機にクライバーと操縦者として副官のケールが搭乗した。
MAN-08 エルメス
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
連邦軍パイロットの回想として登場され、南洋同盟が一年戦争中に鹵獲したこの機体に搭載されたビットから得られたサイコミュデバイスの技術を基に開発したマイクロマシンはレヴァンの脳の損傷を常に修復することにより彼を延命する生命維持装置となった。
ドップ
ジオン公国軍が地球侵攻用に開発した大気圏内用戦闘機。ルッグンからの連絡でミデアの編隊を襲撃した。
ルッグン
ジオン公国軍の偵察機。哨戒中、スパルタンに向かうミデアの編隊を発見し、ドップ隊に連絡した。
デザインは従来と同様だが、エンジンの形状や配置などに違いがある。
コムサイ
大気圏外からスパルタンに向けて投下される特別攻撃機として登場。緊急出撃してきたアトラスガンダムにすれ違いざま、ビームサーベルで両断されたが、スパルタンの機関部に損傷を与えた。
ドロス
外形は原典と大差無いが、運用は全く異なり、潜水艦を艦内に格納できる程の巨大な海底基地として登場。クライバーが祝賀会の演説中にジオン残党軍を裏切ったシーホース隊が仕組んだ細工によって深海へと沈没された。
マッド・アングラー
カウフマン率いるシーホース隊の母艦（K631潜水艦）。南極大陸周辺の海洋を「狩猟場」として活動している。
潜入していた南洋同盟のリグから脱出してきたダリル小隊のアッガイを救助した。
ユーコン
諜報員回収のため、ダリル小隊を出撃地点まで送り届けた。
ガウ攻撃空母
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ガレ、ペトロやジャニスを始めとした元ジオン残党軍達が乗員した航空機。
MS-07B グフ・ショーン・カスタム
外伝「砂鼠ショーン」に登場。
バックパックにホバーユニットを装備し、ドムのように地表滑走が可能となったカスタム機。武装やカラーリングはOVA『機動戦士ガンダム 第08MS小隊』に登場するグフ・カスタムに似ており、ショルダーアーマーのスパイクが取り払われている。本編の宇宙用MSと同じく、関節部分がカバーで覆われている。
右腕の関節部にあるドラムに収納されたヒート・ロッドはワイヤー式で相手の進路に仕掛ける形式であり、使用時には両肩から放電用のボルトが展開する。
肩内部に仕組まれた巨大コイルで増幅した電流をヒート・ロッドの出力を上げることも可能で、2機のガンタンクをまとめて撃破したが、機体が一気にパワー切れになってしまうなど欠点も多い諸刃の剣にもなる。
YMS-15 ギャン・ロレンツォ・カスタム
外伝「砂漠の掟」に登場。
砂漠に落下したコロニーの残骸にできたオアシス都市「竜骨街」を根城とするならず者集団「ロレンツォファミリー」の首領であるボス・ロレンツォが搭乗する機体。
武装はビーム・サーベルと小型ミサイルを搭載したミサイル・シールド。バックパックは原典のギャンを踏襲しており、カラーリングは一部が金色で塗り分けられ、頭頂部のアンテナには赤く細い旗をなびかせている。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
入手したビッグ・ガンのオークションを滅茶苦茶にしたショーンのグフ・カスタムと交戦するが、加勢に入ったモニカのガンダム・バウンサーによって、頭部を損傷される。
MS-09 ドム・レゾナンス
外伝「男と女」に登場。
現地改修によってドムを強化した機体で、下半身をホバータンクに変更することで機動力が大幅に向上している。
MS-09 ドム・クーゲル
外伝「男と女」に登場。
ドムを現地改修で武装強化した機体で、バックパックにキャノン砲を搭載している。基本性能はノーマルのドムから変化していない。
MS-09 ドム・ヒート
外伝「男と女」に登場。
ドムを現地改修で武装強化した機体で、バックパックに2連装のキャノン砲を搭載している。基本性能はノーマルのドムから変化していない。
MS-06E ザク強行偵察型
外伝「死ぬにはいい日だ」に登場。
偵察型ザク。基本デザインは原典に則しているが、バックパックはザクIと同型。大型ライフルの形状をした手持ち式の大型レーザー通信機を装備。斥候部隊のジャニスが搭乗する。
MS-06E-3 ザク・フリッパー
外伝「死ぬにはいい日だ」に登場。
原典同様の三つの眼を持つ偵察型ザク。バックパックはザクIIやリック・ドムと同型。斥候部隊のケイトが搭乗する。
YMS-15 ギャン
外伝「ひまわり」に登場。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ゲルググと同型のバックパックを装備しており、銃身が槍状のビーム・ライフルを携行、シールドは6つの発射口からハイド・ボンブでは無く小型ミサイルを発射している。カラーリングは原典のギャンと同様に踏襲している。
ベラ・ファミガ部隊のチベから4機出撃され、月で12機のジム・コマンドと交戦するビリーのサイコミュ高機動試験用ザクを応戦した。
MAX-03 アッザム
外伝「砂漠の掟」に登場。
龍骨街のイエン老師が使用するMAとして登場。中華風の装飾がされているが、戦艦並みの出力は健在でアッザム・リーダーも使える。
ガトル
外伝「Rescue me」に登場。
戦時協定によって編成された特別救助隊所属の救助艇「ブレーメン号」として登場した。
サンドラッド号
外伝「砂鼠ショーン」に登場。
ブッチ・ファミリーの使うホバートラック。多数のシールドに覆われ、両サイドにギャロップ風の推進エンジン2基を持つ。作戦プランFでは砂煙を巻き上げて視界を塞ぎつつ、搭載したシールドをばら撒き、ショーンがそれを利用して戦うと言う戦法をとる（曰く「FはFIGHTのF」）。
RRf-06 ザニー
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
地球連邦軍がMSの開発過程で鹵獲したジオン公国軍のザクIIを連邦軍仕様に改造したMS。本作では主に漂流者や廃棄MSの回収を行う作業機として登場し、第2部においても南洋同盟では量産化されているようで、戦力の一端を担う。ジム系の頭部・腰部・ランドセル以外はザクIIと同様で、マニピュレーターもザクと同型である。
第3部ではロシナンテ号の防衛戦にもドミトリーと整備班の努力によって戦闘用へと改良したこの機体をビリーが搭乗して自らの操縦技術で地球連邦軍最新鋭機であるジム・カスタムと渡り合ったが、12機のジム・カスタムと渡り合うのに必要な武器の弾薬が足りなかったこともあって最終的には撃墜寸前まで追い詰められた。マイトレーヤ作戦時でもペズン・ドワッジやガルバルディαの予備弾薬も運用して補給をすると言った作業用MSの活用がされている。
SRf-06 ダーレ
OVA版における南洋同盟の主力MS。上記ザニーと同一の機体だが、こちらは南洋同盟が独自に開発したと言う設定になっている。
RB-79 ボール
ザニーと同じく、漂流者や廃棄MSの回収を行う作業機として登場した。
RGM-79 ジム
南洋同盟がア・バオア・クー宙域で回収したジムの残骸を修理・陸戦用に改造したMS。バックパックがジム改陸戦型と同型の2基のサブアームが取り付けられた小型になっている。
MS-06 ザクII
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
南洋同盟がア・バオア・クー宙域で回収したザクIIの残骸を修理・陸戦用に改造したMS。重力下での運用を考慮して、バックパックは2基のサブアームが取り付けられた小型の物になっている。第1部でジオン公国軍に配備されていた宇宙用も保有されている。
MS-09 ドム
南洋同盟がア・バオア・クー宙域で回収したリック・ドムの残骸を修理・陸戦用に改造したMS。バックパックが陸戦型ザクIIと同型の2基のサブアームが取り付けられた小型の物になっている。
RGM-79C[G] ジム改陸戦型（フロート装備）
南洋同盟が入手したジム改陸戦型を基に独自開発した機体。両脚の膝部分に固定装備されている水上移動用のホバークラフトを用いることで水陸両用MSと同等の機動力を出しながら水上を高速滑走することが可能。また、ジム改陸戦型以外のMSのジャンクパーツなども用いられており、両肩にはザクIIの物を転用したシールドが装備されている。
武装はマシンガンとバズーカ、4連装ロケット・ランチャーを装備されており、4連装ロケット・ランチャーからは射出後に展開され、地上・水面方向にニードル散弾をばら撒くと言う特殊な対水中戦用弾を用いていた。
MS-07 グフ
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
一年戦争終結後に南洋同盟が改修・配備されたグフ。背部に2基の大型プロペラユニットを備わったホバークラフトを装着した飛行型MSであり、長距離移動にはサブフライトシステム (SFS) を用いる。バックパックには兵員輸送能力を持つ。
武装はフィンガー・バルカンの代わりに手の甲側に取り付ける着脱式の三連装バルカン、ザクと同型のマシンガンとバズーカによる重武装が施されており、手首の内側から射出するワイヤー式のヒート・ロッドも備えている。
MS-06M ザク・マリンタイプ
水上都市「リグ」周辺に配備されているザクベースの水陸両用MS。女性水陸両用MS部隊「マーメイド隊」にも配備されている。
MSM-08 ゾゴック
水上都市「リグ」周辺の海中に配備されている水陸両用MS。ザク・マリンタイプと同様にマーメイド隊にも配備されている。
MSM-04 アッガイ
ジオン残党軍に配備されていたダリル小隊のアッガイと同一。クライバー率いるジオン残党軍を殲滅し、南洋同盟へと寝返った。
MSM-03 ゴッグ
ジオン残党軍に配備されていたカウフマンのゴッグと同一。クライバー率いるジオン残党軍を殲滅し、南洋同盟へと寝返った。
タール火山基地から生存者を救出後、宇宙へ向かうために水陸両用のMSは上陸地点で遺棄することを決定し、自爆処理された。
MSM-07 ズゴック
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ジオン残党軍に配備されていたシーホース隊のズゴックと同一。クライバー率いるジオン残党軍を殲滅し、南洋同盟へと寝返った。
タール火山基地から生存者を救出後、ゴッグ同様に宇宙へ向かうために上陸地点で遺棄することを決定し、自爆処理された。
EMS-05 アッグ（水中戦仕様）
タール火山基地防衛隊として登場。上半身は原典通りだが脚部は巨大な水中用ユニットになっている純然たる水中用MSで、大きさやフォルムからザクレロに似た形となっている。
MSM-04N アッグガイ
タール火山基地防衛隊として登場。
MSM-04G ジュアッグ
タール火山基地防衛隊として登場。
MS-06V ザク・タンク
タール火山基地に配備されている車両型MS。両腕の替わりにキャノン砲を装備している他、マニピュレーターが取り付けられた下半身の車両部が原典以上に大型でクローラーや各種装備のレイアウトが異なる。コクピットは操縦席と車長席の複座式になっており、操縦席にドニー、車長席にレヴァンやクローディアがそれぞれ搭乗する。
MS-06R サイコ・ザク マークII
タール火山基地にて量産化されているサイコ・ザクの後継機。全34機が生産され、装甲が取り付けていないフレーム状態の試作1号機（アトラスガンダムとの戦いで撃破）及び、装甲を取り付けた完全体の2号機にはダリルが搭乗し、残り32機を搭載した9機のシャトルを防衛に貢献している。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
MSM-10 ゾック
ジオン残党軍に配備されていたモビル・フォートレスと同一。クライバー率いるジオン残党軍を殲滅し、南洋同盟へと寝返った。
ビッグ・ガン
リビング・デッド師団が運用されていた長距離狙撃ビーム砲と同一。南洋同盟が宇宙で回収していた物をタール火山基地に投入され、再びダリルのサイコ・ザク マークII1号機の手に渡る。スパルタンの左舷MSデッキと揚陸艇2隻を狙撃するが、水面から現れたアトラスガンダムに気を取られた隙にデントの陸戦型ガンダムによるレールガンの砲撃で破壊されてしまった。
ユーコン
ジオン残党軍に配備されていた潜水艦と同一。クライバー率いるジオン残党軍を殲滅し、南洋同盟へと寝返った。
61式戦車
MBT。アッガイの攻撃によって殲滅される。
ド・ダイ
SFS。原典以上に全翼機として描かれている。
ワッパ
タール火山基地から脱出したメンバーが補給デポから回収した。
マゼラアタック
タール火山基地から脱出したメンバーが補給デポから回収、負傷者を運搬するのに使用した。
ダブデ
ジオン軍の大型陸戦艇。本作では南洋同盟の所属機として登場され、脱出するダリル達に対して長距離砲撃を行う。
ブローバー
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
海上都市「リグ」に秘匿されていた高速潜航艇。大戦中はこの機種のパイロットをしていたビビが操縦し、流れで同乗したフィッシャーが火器管制を行った。内部は広くキャビン以外にもそこそこスペースがある。
シーランス
海上都市「リグ」を脱出する高速艇として登場。
パーフェクト・ガンダム
ルナツーに潜入するため、ダリルが搭乗する陸戦仕様のサイコ・ザク マークIIの装甲をガンダムの装甲に差し替え、宇宙戦用に性能強化とガンダムに偽装した機体。換装元になったガンダムの装甲はクライバーがサンダーボルト宙域でダリルのサイコ・ザクとの戦闘で大破・鹵獲されたイオが乗機していたフルアーマー・ガンダムの素体を小惑星帯にある専用の宇宙要塞で再生を進めていた物。腕以外の装甲を差し替え、スラスターを換装。性能は装甲強度200パーセント増、脚部スラスター反応速度30パーセント増、推力150パーセント増となり、ビーム兵器も使用可能となっている。ガンダムの頭部バルカン砲とビームサーベルを装備する。外観は原典ガンダムの配色と同様のトリコロールで、サイコ・ザク マークIIの腹部、脚部、バックパックの動力パイプは剥き出している。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
貨物船に偽装した高速艇アーケロン号に積載され、連邦軍の試作MSとしてルナツーの宇宙港に侵入。圧倒的な機動力で守備隊のMSを蹴散らし、ビーム・ライフルとシールドを奪って多数を撃破する。新型試作MSであるブルGと2機のジム・キャノンIIに迎撃されて防戦一方となるが、作戦目標であり連邦軍に接収されていたブラウ・ブロを発見して、前部にあるドッキング・アームと合体・強奪し、Iフィールドを発生しながらメガ粒子砲によるオールレンジ攻撃で駐留艦隊にも壊滅的な被害を与えて、仲間の乗るアーケロン号と暗礁宙域を離脱し、その後に連邦艦隊に追われるカウフマン達が乗員したロシナンテ号の窮地に駆け付けながら合流し、タイコンデロガのメガ粒子砲の一斉射撃をブラウ・ブロのIフィールドで無効化して撤退に追い込んだ。
マイトレーヤ作戦にてイオとリリーのパーフェクト・ジオングとの対決をし、コンペイ島宙域で激闘を繰り広げるが、その途中で予定外に照射されたソーラ・レイに巻き込まれるが、その直前にブラウ・ブロが庇ったことで撃墜される危機を避けた。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
ブラウ・ブロ喪失後は一度補給に戻り、2挺のジャイアント・バズとビーム・ライフル、両腕は裏側にジャイアント・バズの弾倉とヒート・ホーク、サブアームを懸架したゲルググのシールドによる持てるだけの射撃武器を装備した重武装になって再出撃し、通常のMSの4倍以上の速度で瞬時にビーハイヴⅡに致命的な打撃を与え離脱。パーフェクト・ジオングと交戦しながらホットロッド艦隊を次々撃沈し、迎撃に来たジム・カスタム部隊もまとめて瞬殺。他のMSも次々と撃破し、2挺のビーム・ライフルでパーフェクト・ジオングの両腕のメガ粒子砲を破壊して追い詰めるが、吹き飛ばされたガンタンクからの狙撃弾を喰らいシールドごと左腕を破壊され、反撃しようとするが、被弾された影響で姿勢制御が崩れてしまい、その隙に残った艦隊の一斉射撃の弾幕を受けられ、中破したブルGのアトラスのレールガンでバズーカごとシールドが破壊される。残ったビーム・ライフルでソーラ・レイに迫るパーフェクト・ジオングを背後から狙撃して腹部を撃ち抜くが、その直後に脱出機能による分離で頭部のみとなったパーフェクト・ジオングのカリストから交信で一瞬的な刻の間に囚われた隙に、頭部メガ粒子砲で頭部が破壊され、ソーラ・レイの内部でコアを破壊しようとするパーフェクト・ジオングを原典のラスト・シューティングと同じようにビーム・ライフルを狙い撃つが、ソーラ・レイの内部がサンダーボルト宙域と同様の激しい雷地帯であったために互いのビームが捻じ曲げられ、立て続けにその雷が両者のMSに直撃されて、パーフェクト・ガンダムは右腕と右脚、ビーム・ライフルとビーム・サーベルを失われ、最終的には残った胴体と左脚による満身創痍の状態のままビグ・ザムの格納庫に辿り着き、ダリルはこの機体からそこに残された1機のザクIへと乗り換えた。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
MSN-03 ブラウ・ブロ
一年戦争中に開発されたニュータイプ兵器。原典では有線制御式だったメガ粒子砲塔だが無線式となっている他、原典では連装型と単装型が2基ずつであった今作では全て連装型となっている。前部にMSと合体するドッキング・アームを装備しており、Iフィールド・ジェネレーターを搭載しているのが大きな相違点となっている。戦後、地球連邦軍に接収されてルナツーに運び込まれたが、サイコミュを稼働させられるパイロットがいないため、死蔵されていた物をダリルが強奪した。パーフェクト・ガンダムとドッキングした状態で運用され、強力なメガ粒子砲はルナツーの岩盤を撃ち抜いて脱出した他、仲間の乗るアーケロン号をIフィールドで守りながらオールレンジ攻撃で駐留艦隊にも壊滅的被害を与えてルナツー宙域を離脱。その後、連邦艦隊に追われるカウフマン達が乗員したロシナンテ号の窮地に駆け付けながら合流し、タイコンデロガのメガ粒子砲の一斉射撃をIフィールドで無効化、撤退に追い込んだ。
マイトレーヤ作戦にてイオとリリーのパーフェクト・ジオングとの対決をし、コンペイ島宙域で激闘を繰り広げるが、その途中で予定外に照射されてしまったソーラ・レイに巻き込まれる直前にバリュートを持たないパーフェクト・ガンダムを庇って大破・機能停止した。
MS-06R 量産型サイコ・ザク マークII
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
シャトルで宇宙に打ち上げたフレーム状態の32機のサイコ・ザク マークIIを宇宙用の調整と同時に装甲が取り付けられ、第1部のサイコ・ザクに準じた重武装になっている。
廃棄コロニー内による訓練の最中にビビが搭乗する7号機がスパルタン残存勢力による陽動作戦に引っ掛かってしまい、パーフェクト・ジオングと交戦状態に入るが、高機動戦闘中に廃棄コロニーの残骸へと衝突して動きを封じられてしまい、その隙にメガ粒子砲によって撃破されてしまった。応戦したハンクの5号機とエイプリルの6号機もコロニー落としに巻き込まれた後に隙を突かれて撃墜され、全32機の約1割である3機が作戦前に失うことになってしまったが、これが切っ掛けにその危機感で逆に訓練が進んだ上にサイコ・ザク軍団のパイロット達の意志と結束がより強くなった。
その後、マイトレーヤ作戦で残存した29機が全機参加され、先陣として出撃したフィッシャー、ボリスとマシューの3人によるサイコ・ザク部隊がジェット・ストリーム・アタックでコンペイトウの防衛ラインをたった3機で破壊してみせた上に、ソーラ・レイの制圧に向かった26機のサイコ・ザク マークIIが増援として駆け付けたトラスト部隊すら押し返した。
この機体の頭部には、ビグ・ザムに搭乗するカーラの遠隔操作によって高電圧を流して感電されたパイロットが脳破壊による死亡後、遠隔操作に変更する機能が組み込まれている。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
これによる被害を受けなかったのは整備と補給のために帰艦しており、サイコ・ザクから離れていたフィッシャー、ボリス、マシュー（サイコ・ザク マークII自体は乗っ取られている）と、パーフェクト・ガンダムに改装する際に本来の頭部を外してたダリルの4名のみ。
1億5千万人のジオン国民を満載した7基の避難コロニーへと向かい、民間人の虐殺を狙ったが、ソーラ・レイ発射時にカーラが制御を離した隙にレヴァンが最後の力を発動したことによって、カーラに遠隔操作された26機のサイコ・ザク マークIIを機能停止し、その直後にジオン駐留の連邦軍守備隊の一斉射撃によって26機のサイコ・ザク マークIIが全て破壊された。
マイトレーヤ作戦を終え、帰還後は戦死したフィッシャーを含めた3機のサイコ・ザク マークIIを持ち帰って、その復活を進めていた。
MS-05L ザク・スナイパー
原典と比較して、ランドセル下部にザクIと同型のプロペラントタンクを備えたスラスターが追加されている。南洋同盟によって運用されており、量産化されたサイコ・ザク マークIIの訓練に使用されている廃棄されたスペース・コロニーに飛来するデブリを除去していた。
MS-10 ペズン・ドワッジ
南洋同盟が宇宙で使用した新型MS。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
本作と比較して、ランドセルはリック・ドム等と共通の大型化されており、モノアイレールがドム系列機と同じ十字型となっている。胸部形状は左右対象でジャイアント・バズを主兵装とし、白兵戦ではヒート・ホークを使用する。
フィッシャーやカウフマンなどの南洋同盟の兵士が搭乗する。
MS-17 ガルバルディα
ペズン・ドワッジと同じく、南洋同盟が宇宙で使用した新型MS。
本作と比較して、前腕部にサブアームが追加されており、シールドやバックパックはゲルググと同型になっている。ビーム・ライフルもゲルググより小型化されており、取り回しが向上した物が採用されている。
ビビやチャウ・ミンなどの南洋同盟の兵士が搭乗する。
MS-05 ザクI
第1部でジオン公国軍に配備されていたザクIと同一。ガレがパゾクの運送作業用として3機保有しており、サイコ・ザク マークIIが使用不能になったフィッシャー、ボリスとマシューやパーフェクト・ガンダムとブラウ・ブロを喪失したダリルがこの機体へと乗り換えた。
MA-08 ビグ・ザム
マイトレーヤ作戦でレヴァンとカーラが操縦する南洋同盟の最終兵器。ジオン公国軍が一年戦争末期に開発した大型MAとなっているが、全高はソーラ・レイ及びスペース・コロニーの直径に匹敵するぐらいの超大型で、連邦軍からも「ドロス級の機動要塞並み」と言及されている。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
このビグ・ザム1隻で艦隊の総攻撃をも匹敵する戦力を有しており、機体中央部に搭載された大型メガ粒子砲と機体各部に内蔵された連装メガ粒子砲、ミサイル・ランチャー、対空ビーム砲、4連装式対空砲による多数の武装以外にも母艦としての機能も備わっている。
機体全周にはカタパルトを備える他、機体内部にMSデッキを複数有し、MSの整備や武装等の補給が可能で、機体両舷には2基の核パルスエンジンが搭載されており、ソーラ・レイを移動させられる程の強大な推進力とソーラ・レイに乗って機体を固定する程の脚部クロー、大型メガ粒子砲の直撃でさえ無効化する程のIフィールドを持つ。
これらの機能を制御するためにパイロット以外にも多数の人員が搭乗しており、MSデッキや管制室、右舷と左舷の核パルスエンジンの制御室などを運用している。コクピットは球形のコクピットが2基備わる物となって、操縦方式も変更されており、レヴァンがニュータイプ能力で制御している。そのため彼に何か異常が発生した場合に機体の制御が不安定になる危険性も持つが、レヴァンが射殺された後には5基の球状ホログラムコンソールによる従来通りの操作マニュアルでの操縦も可能である。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 登場兵器
レヴァンの指揮やサイコ・ザク軍団を始めとした兵士達の奮迅で南洋同盟の勝利は目前に思われたが、ジオンへの復讐に執着したカーラの裏切りによってレヴァンの脳、ビグ・ザムとソーラ・レイを含めた南洋同盟の全てが彼女に掌握される。
新国家タイタンズを設立したアナハイム社による5隻の量産型ビグ・ザムが大型レールガンの一斉射撃によって、ソーラ・レイ発射管制塔と右舷の核パルスエンジンを破壊され、管制塔が破壊寸前にこの機体に発射キーを接続されるも本体とソーラ・レイ自体にも大損傷を受られたことで発射されたソーラ・レイの発射角度を狂ってしまい、標的目標のアナハイム社から大きく逸らしてしまった。
その後、ダリルとカーラ以外の南洋同盟の兵士達がスペース・ランチでビグ・ザムから脱出を行った後、残ったソーラ・レイのエネルギーでカーラはジオンの避難コロニーを標的としてジオン国民の大量虐殺を目論んだが、ダリルの制止とイオのアトラスガンダムの飛び膝蹴りによってダリルとカーラ、レヴァンの遺体ごとビグ・ザムのコックピットが破壊されたことでソーラ・レイが停止されてしまった。リリーとカリストが修理した核ミサイルの大爆発によりソーラ・レイごと消滅されてしまった。
パゾク
ジオン残党軍に配備されていた補給艦。
ザンジバル
南洋同盟が保有している機動巡洋艦。
ロシナンテ号
機動戦士ガンダム サンダーボルト Web外伝
『機動戦士ガンダム サンダーボルト外伝』
2015年12月15日よりウェブサイト「eBigComic4」でフルカラーWEBコミック『機動戦士ガンダム サンダーボルト外伝』を配信。hobbyJapan誌「サンダーボルトメカニクス」とのコラボとして企画された。
ホビージャパン2014年9月号に掲載された、プロモデラーのWildRiver荒川直人による本編とのコラボレーションジオラマ「円形劇場」に作者が感化され、2ページの短編作品を描いたことが原点となっている。
「砂漠の掟」編は「砂鼠ショーン」の直接の続編にあたる。
『機動戦士ガンダム サンダーボルト外伝 MS STORIES』
『eBigComic4』配信の複数のストーリーテラーによるコラボレーション。監修は太田垣康男。作画は石口十、スタジオ・トア。
機動戦士ガンダム サンダーボルト 書誌情報
太田垣康男（漫画）、矢立肇・富野由悠季（原案）『機動戦士ガンダム サンダーボルト』 小学館〈ビッグコミックススペシャル〉、全27巻（最終巻、2025年12月19日発売予定）
2012年11月4日発行、ISBN 978-4-09-184810-9
2013年6月4日発行、ISBN 978-4-09-185307-3
2014年3月5日発行、ISBN 978-4-09-186080-4
限定版　2014年3月5日発行、ISBN 978-4-09-159174-6
2014年12月3日発行、ISBN 978-4-09-186718-6
2015年3月4日発行、ISBN 978-4-09-186855-8
限定版 2015年3月2日発行、ISBN 978-4-09-941855-7
2015年11月4日発行、ISBN 978-4-09-187269-2
2015年12月30日発行、ISBN 978-4-09-187538-9
限定版、ISBN 978-4-09-941865-6
2016年6月29日発行、ISBN 978-4-09-187705-5
2017年2月4日発行、ISBN 978-4-09-189446-5
限定版、ISBN 978-4-09-941885-4
2017年9月4日発行、ISBN 978-4-09-189634-6