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ニンジャスレイヤー 登場人物
ラオモト・チバの忠僕であり唯一全幅の信頼を置く存在。ソウカイヤ系列のヤクザ上がりのニンジャ。
ラオモト・カンの狂信者でありその姿を入れ墨として背負うほど。チバの護衛として常に傍らに立ち苦悩も理解しているため、彼を傀儡として利用するアガメムノンを憎悪している。
ユニーク・ジツは無いが、相手の反撃を許さないまま圧倒する強力なカラテが武器。
ニンジャネーム命名の経緯は「ライズ・オブ・アマクダリ」で語られる。
シャドウドラゴン（Shadow Doragon）
アマクダリ・セクト、アガメムノンの忠実なる配下。
竜人のような影に全身を包まれた謎のニンジャ。相手の影を縫いとめて動きを封じるシャドウピン・ジツや強酸性のブレスなど強力なジツを使うが、アガメムノンの命令を最優先に行動するため融通が利かず扱い辛い。
バスター・テツオ（Buster Tetsuo）
声 - 小西克幸
イッキ・ウチコワシの書記長。背中に「一揆」「打毀」と書かれた2本の旗を背負う。
その正体は謎に包まれているが、フェイタルによると、ニンジャではないらしい。
アンサラー（Answerer）
声 - 楠見尚己
鎌と槌が刻まれたメンポに赤い装束という出で立ちのニンジャ。
バスター・テツオに代わって演説を行うなど組織では上位におりアジテーション能力も高い。
ニンジャスレイヤー 登場人物
ドラゴン・ドージョーの出身者であり「バーニングハンド」という強力なチョップ技を使う。アマクダリのニンジャを一蹴し、ネコネコカワイイの機体ですらも一刀両断してしまうほどの威力を誇る。戦闘能力も高く、ナラクの力を引き出したニンジャスレイヤーとも互角に渡り合える。
アムニジア / マナメ
声 - 種田梨沙
記憶喪失となっていたユカノが、アンサラーにより革命闘士として染め上げられた姿。
イッキ・ウチコワシの戦闘エージェント、ラプチャー（声 - 西田雅一）と婚約している。アムニジア自身は一目惚れと言っているが、書籍版の名鑑では組織ぐるみの不可解な経緯を疑われている。記憶をなくしていることと洗脳されているためか、ニンジャスレイヤーの助言には耳を貸さなくなっている。
学生を革命運動に引き込む際は「マナメ」の偽名を名乗る。武器は弓で、その腕前はモーターヤブやモーターツヨシの関節や武装を狙って撃ち抜けるほど。ユカノと同じく、シャウトは「キエーッ！」。
モーティマー・オムラ（Mortimer Omura）
オムラの社長。47歳。アメフト選手のような体格。
大きく強力な兵器を推進する「モーター理念」を提唱するなど、子供じみた考えの持ち主。
アルベルト・オムラ（Albert Omura）
モーティマーの父でオムラの会長。体の衰えから車椅子に乗っている。
ニンジャスレイヤー 登場人物
会長職に退いてはいるが、社長室に来てはモーティマーの経営に苦言を呈している。
ネブカドネザル（Nebuchadnezzar）
オムラ・インダストリ専属のニンジャ。体の9割以上を改造しており自身を「所有物」と呼んでいる。名鑑では「決戦ニンジャ」と称された。
外付けの巨大な武装ユニットである「モーターツヨシ」による圧倒的火力と重装甲、秀でた戦術眼で複数のニンジャを同時に制圧する。
ネコネコカワイイ
声 - 五十嵐裕美（ネコチャン）、内山夕実（カワイイコ）
ネオサイタマにおいて人気のアイドルデュオユニット。2体のオイランドロイド「ネコチャン」と「カワイイコ」により構成される。売りとするジャンプは脚をW字に真横へ曲げる人間の骨格では不可能なもので、「ネコネコカワイイ姿勢」と表記される。「ネコネコカワイイ」として使われているオイランドロイドは1体だけではないらしく、複数のボディの存在が語られている。
モーターカワイイ
オムラ・インダストリ製暗殺用オイランドロイド。オイランドロイドとしてのAIのほか、モーターシリーズとしての戦闘用AIを併設する。モーターヤブやモータードクロよりAIの性能は上で、ボディガードに当たれる程度の性能はある。しかし、ニンジャには歯が立たない。
電子マイコ
声 - 能登麻美子
ニンジャスレイヤー 登場人物
ネオサイタマやキョートなどで広く使われている電子音声。マグロツェッペリンからの放送においても、電子マイコの音声が使用される。京都弁。
リー・アラキ（Dr. Lee Aaraki）
声 - 千葉繁
第1部の段階ではヨロシサン製薬からソウカイヤに派遣された科学者。劇中では敵味方問わず「リー先生（Dr.Lee）」と呼ばれることが多い(先生は敬称ではなく、肩書である)。
ニンジャに関する科学だけでなく歴史にも詳しいが、出で立ちや言動・行動は典型的なマッドサイエンティストである。一人に複数のニンジャソウルを憑依させる『ヨクバリ計画』や、ゾンビー・ニンジャの開発などの功績から、数々の失敗も見逃されている。
ソウカイヤの崩壊後も研究を続けており、第2部からはヨロシサンから独立して不死のニンジャ開発を目指す『イモータル・ニンジャ・ワークショップ（INW）』を創設。第3部の時点ではアマクダリの「12人」に数えられるまでに至り、第4部でもINWの拠点をフジサンの地下に移して研究を続けている。
あくまでニンジャの研究が第一目的であるため、協力対象は問わないので、結果的にニンジャスレイヤーの味方になることもある。
フブキ・ナハタ（Fubuki Nahata） / フォーティーナイン（Forty Nine）
声 - 水谷優子
リー・アラキの助手であり、愛人。自身も優秀な研究者である。
ニンジャスレイヤー 登場人物
髪はボブカットでオレンジ色。劇中ではシリコンによる豊胸と明言された唯一の人物。
リー・アラキに惹かれており、胸元を強調した白衣でたびたびアプローチをかける。
ニンジャ名鑑によれば、リー先生の49番目の被検体となったのが彼女であり、最後の、そして最高の作品だったとされる。第3部で致命傷を負い、リー先生の手でアンデッド・ニンジャとなった経緯を持つ。
アンデッド・ニンジャと化してなお生前の容姿を保つが実体は無く、触れた者からカラテを吸収するカラテドレインが発動してしまうため彼女自身もリー先生に触れられない。この実体のない存在とは別に「巨大な死肉と触手と目玉の塊」と表される物理的な肉体が存在しており、ツキジ下層部全域に潜んでいる。捕らえた生物をゾンビー化させる能力も有しているらしい他に、UNIXに干渉し操る能力も秘めているようで、誕生の瞬間にダンジョン内に居合わせたユカノとエーリアスはただならぬ気配に戦慄している。
憑依しているソウルは「ヨミ・ニンジャ」のものに加え、イカ・ニンジャ・クランの上位ニンジャソウルも半ば事故のような形で憑依させている。
ブルーブラッド（Blue Blood） / トリダ・チェンイチ（Torida Chenich）
リー・アラキの助手。気弱な性格。日本有数の頭脳を持っている。
ニンジャスレイヤー 登場人物
ジェノサイドの脱走事件に巻き込まれ死亡するが、保管されていた遺体にアーチニンジャの「フジミ・ニンジャ」を憑依させられヴァンパイアニンジャ「ブルーブラッド」となり復活。アンデッドでありながら生前の記憶を有する稀有なニンジャとなり、以降は芝居がかったナルシストな性格になっているが、リー先生への忠誠は全く変わらない。
リー・アラキに心酔する一方、フブキを一番に嫌い、次いでニンジャスレイヤーを憎んでおり、またソウルがシ・ニンジャの眷属であったため、第4部の段階では本人の意思とは別にヤモト・コキに対しても忠節を尽くしがちである。
ヨロシサン製薬によって開発された、肉体改造の施されたニンジャ。ソウカイヤやザイバツに多数派遣されている。
両腕がハサミに置換されたロブスターのように生体部品を移植した後天的な者、培養槽で調整を施された先天的な者が存在する模様。後者は変幻自在の肉体や複数の腕などの特殊能力を有する。生存のためには「バイオインゴット」と呼ばれるヨーカン状の物質を定期的に摂取する必要がある。
ロブスター（Lobster）
声 - 津田健次郎
ヨロシサン製薬が放ったバイオニンジャ。両腕がハサミに置き換えられている。アニメイシヨンでは人間大のロブスターの姿をしている。ハサミからはハサミ型スリケンが発射される。
ニンジャスレイヤー 登場人物
ロブスターの登場する「デイ・オブ・ザ・ロブスター」はニンジャ名鑑によるとゴーストライター説がつきまとうとされ、名前やデザインも安直であることから読者の評判も悪いとの記述がある。人気投票や書籍版のイラスト募集でロブスターは無効票扱いされるなど、色々と曰く付きのニンジャである。
ニンジャスレイヤー公式ゲームであるAREA4643の終盤に西暦4643年の上記エピソードンを元にしたと思われるステージにて原作通り大量に出現する
フォレスト・サワタリ（Forest Sawatari）
声 - 関俊彦
ヨロシサン製薬の元研究員。憑依したソウルは「グエン・ニンジャ」。
ソウル影響で「未だにベトナム戦争が続いており、自分も従軍中、しかも立場がアメリカ兵だったりベトコンだったり」という狂気に囚われており、狂人じみた言動を繰り返すが、部下たちには慕われており、「大将」という愛称で呼ばれている。また、サワタリ自身もドージョーの面々を「家族」として、大切に思っていることが窺える。
ニンジャスレイヤー 登場人物
狂気に侵されながらも有事の思考・判断力は確かなうえ、優れたニンジャ耐久力やカラテの技量と総合的な実力は高く、タケヤリやマチェーテによるアンブッシュだけでなく、トラップを駆使したゲリラ戦の達人。枯山水の庭で、白布を被って待ち伏せ、ニンジャスレイヤーにも気付かれなかった潜伏能力を持つ。またノンラー風の編笠(防御にも攻撃にも使える)を被っていたり、シャウトが「サイゴン！」「ジェロニモ！」「ホーチミン！」であるなど、ベトナム戦争関連のネタが多い。
「不必要な無駄な殺し」を避け、「サヴァイヴに必要な最低限の殺し」のみにするよう心がけている。「必要最低限の殺し」であっても、殺されるのが、家族や人生のある「命」であることは意識しており、気晴らしの大量殺戮も辞さない登場人物が多い中で、その倫理観は一線を画している。
ニンジャスレイヤーからは、ドージョーの活動がモータルに害をなす可能性があるため仲間とは認められておらず、本人も不可解な言動から狂人と断定されているが、復讐とは無関係であり優先度は低く、利害が一致すれば共闘することもある。ナンシーのことは「ヨメにする」と執着している。
フロッグマン（Frogman）
声 - 後藤ヒロキ
ニンジャスレイヤー 登場人物
サヴァイヴァー・ドージョー所属のバイオ・ニンジャ。自身とバイオ管で接続され、休眠中はラグビーボールほどに縮小する巨大なバイオ・カエルに乗り、自在に操る。ジツやカラテの類似から、憑依したソウルは「ガマ・ニンジャ」ではないかと推測されている。
奇怪な紋様の描かれた鉄芯入りの巻物で敵を幻惑したり、打撃武器として利用する「マキモノ・ジツ」の使い手。
ヨロシサン研究員時代のサワタリがニンジャソウル憑依後、初めて仲間にしたバイオニンジャ。暴走しがちなフォレストや血の気の多いメンバーのストッパーになるなど、サヴァイヴァー・ドージョーの参謀的な役割。ただし、フォレスト不在時にはパニックに陥るなど、役に立たないこともある。
巨大な蛙に乗る、巻物を使うなど、本作では珍しい古典的な忍者のイメージが反映されている。
ディスターブド（Disturbed）
声 - 井口祐一
サヴァイヴァー・ドージョー所属のバイオ・ニンジャ。水銀様の流体金属でできた体は自由に液状化でき、どこにでも入り込める。体を武器に変化させて攻撃でき、一方で体に損傷を受けても攻撃を続行でき、かつ攻撃を受けた部分もまもなく再生する。全身が爆発四散しても再生できるため、物理攻撃には不死身に近い。
ノトーリアス（Notorious）
声 - 山本祥太
ニンジャスレイヤー 登場人物
サヴァイヴァー・ドージョー所属のバイオ・ニンジャ。左右2本ずつの腕を持つ巨漢。両手持ち2本の刀で繰り出す攻防一体の「バイオ・イアイド」はニンジャスレイヤーにも「隙がない」と評価された。
一方で無邪気に「バイオ・イアイド」を披露したがるなど、好戦的で、精神年齢が幼いところがある。
ハイドラ
サヴァイヴァー・ドージョー所属のバイオ・ニンジャ。高い肉体再生能力を持ち、細切れの状態でも破片さえ集めることができれば瞬時に再生することができる。
ユニーク・ジツの類は持たない。また、バイオインゴットが切れると再生不能になるのが欠点。その細胞は後のバイオ・ニンジャの研究基礎データとして利用されたとされる。第1部には登場しないが、その時点では眠っていたらしい。ディスカバリーとはそりが合わない様子。
デスドレイン（Death Drain） / ゴトー・ボリス（Goto Boris）
声 - 森久保祥太郎
キョートにあるガイオン中央拘置所に収容されていた凶悪犯罪者。
連続殺人や強盗、放火、強姦、死姦などを繰り返した罪により死刑の判決が確定した際に「ダイコク・ニンジャ」が憑依、裁判官や傍聴人を全て殺害して逃亡。その後偶然目にしたゼンダの新聞記事に興味を持ち、仲間にするため刑務所へ向かった。
自分の気の向くまま犯罪を繰り返しているが、罪の意識は全く無く、ピンチには「必ず神が助けてくれる」と考えている。
ニンジャスレイヤー 登場人物
カラテは一切身につけておらず、黒い粘液「暗黒物質」を操るユニーク・ジツ「アンコクトン・ジツ」のみで戦うという作中珍しい「ジツ特化ニンジャ」。暗黒物質は敵を捕らえたり盾になる他、可燃性であるため捕らえた相手をそのまま燃やすことも出来る。また体の欠損部分を埋めて治療する事も出来るなど汎用性は高い。
ランペイジ（Rampage） / ゼンダ（Zenda）
声 - 山野井仁
かつてはキョートで働く実直なソバ職人だった囚人。
メガコーポの工場建設に対し反対運動を起こしたが、企業の裏工作により反対運動に失敗、妻にも先立たれ職も失った。復讐のために自作の装甲車で工場の建設現場を破壊したことで逮捕され、ザシキ・ダンジョンに収監された。脱獄後は「ソバシェフ・ランペイジ事件」の記事を見たデスドレインに誘われ、共に破壊活動を繰り返す。
デスドレインとは逆にユニーク・ジツはなく、憑依した「アカラ・ニンジャ」による怪力だけで戦う。両腕を失った後に移植した巨大なサイバネアームによりさらに攻撃力が上昇したものの、小回りが利かない上、カラテをまったく習得していないため、あらゆる間合いに対応できるデスドレインとの連携が必須の能力となっている。
なおアメリカでは2004年にキルドーザー事件という類似した事件が発生しており、これが発想の元と思われる。
アズール（Azur）
ニンジャスレイヤー 登場人物
デスドレインが襲撃した施療院の経営者の娘。デスドレインに拉致され行動を共にするうち、ニンジャソウルが憑依した。足跡が人間の頭ほどもある巨大な「透明の狼」を操る。
ネザークイーン（Nether Queen） / ザクロ（Zakuro）
自治会に所属するニンジャで、普段はゲイバー「絵馴染」の経営者。長身は7フィート。
普段はオネエ言葉を話すが、激昂するとヤクザスラングが飛び出す。ニンジャには珍しく良心的で、行き場を無くしたヤモトを預かるなど義理堅い性格だが、マイノリティを迫害する者には敵意を見せる。
自身が受けた攻撃エネルギーをスリケンにして撃ち返すムテキ・アティチュードの一種を使う。またニチョームのために他の組織と不可侵協定を結ぶなど、交渉にも優れる。
ヤモト・コキ（Yamoto Koki）
声 - 雨宮天
キョートからネオサイタマに転校してきた女子高生。善良で優しい性格の持ち主。第2部からはニチョーム・ストリートのヨージンボとなる。スカウトやヨタモノに声をかけられるシーンがあり、美少女であるとされている。
「豊満」と形容される女性が多い中、登場する度に「華奢な体格」「平坦な胸」と描写される人物。ニンジャとして覚醒後は一人称が「アタイ」に変わった。暗い過去を持つ模様。
ニンジャスレイヤー 登場人物
かつてキョートで暮らしていた当時、飛び降り自殺を図ったショーゴー・マグチの巻き添えになり、瀕死の重傷を負う。しかし、ニンジャソウルに憑依されて奇跡的な回復を見せ、その後ネオサイタマのアタバキ高校に転校。憑依されても能力が目覚めなかったが、暴行事件に巻き込まれた際に覚醒してしまう。
覚醒直後にソウカイヤの抗争に巻き込まれたところをフジキドに助けられて以降、共闘したり教えを受けている。当初は宿無しで各所を放浪していたが、最終的にザクロの元に身を寄せた。
憑依したソウルはアーチ・ニンジャの「シ・ニンジャ」（声 - 田中敦子）。ニンジャ装束は着用せず、硬質さを備えたスカーフをメンポとする。オリガミを手を触れずに折り、意のままに飛行、爆発させる「サクラ・エンハンスメント・ジツ」を操る。ジツを武器に付与し、威力を向上させることも可能。当初はバタフライナイフやクローンヤクザの刀を武器としていたが、後にイアイドーの師となったニンジャ「シルバーカラス」の愛刀「ウバステ」を受け継ぐ。
「ヤモトのスカートの中は見えないようになっている」と公式にアナウンス されており、漫画版のアクションシーンでもオノマトペなどで遮られる演出になっている。
ニンジャスレイヤー 登場人物
第4部ではシ・ニンジャの力を更に使いこなせるようになり、黒髪が腰まで伸びたキモノのような装束の成人女性の姿と、力を抑制したかつての女子高生の姿を使い分ける。各地のシ・ニンジャクランのソウル憑依者達の暴走を抑えるため旅を続けている。
アコライト（Acolyte） / カンツァイ（Kantsai）
ボンジャン・テンプルのボンズ。
逃亡したグノーケを追う途中、ニンジャスレイヤーと出会う。
ユニーク・ジツはないが、ニンジャになる前から修行を続けている「ボンジャン・カラテ」の達人。テンプルの仏像内に秘匿されていたガントレットを武器にする。
第4部では消息不明。
スミス（Smith）
声 - 大羽武士
黒人のヤクザ。何かあるごとに「ワッザ!?」と叫ぶ。
ネオサイタマのヤクザ「ヨコハマロープウェイクラン」の親分だったが、ニンジャスレイヤーと出会ってNRSを発症、出家を決意してキョートへ向かう。しかしヤクザ稼業が忘れられず、ザイバツで働いていたところ、再びニンジャスレイヤーと遭遇、今度こそ足を洗うことを決意し、ボンジャン・テンプルで修行する。第3部でニンジャに射殺され死亡する。
劇中では初めて、ニンジャネームが英語であることに疑問を呈した。
スーサイド（Suicide） / ショーゴー・マグチ（Shougou Maguchi）
声 - 日野聡
ニンジャスレイヤー 登場人物
以前はキョートで暮らし、ネオサイタマのアタバキ高校に転校してきたアフロヘアーが特徴の高校生。
キョート在住時に劣悪な家庭環境に絶望して飛び降り自殺するも、ニンジャソウルに憑依されて奇跡的に助かった。この時、偶然下を通りかかったヤモト・コキを巻き添えにしてしまっていた。
憑依したニンジャはアーチ・ニンジャの「パンク・ニンジャ」（声 - 岩田光央）。憑依した際に「生まれはロンドン、死んだのは1979」 と語りかけたり、ニンジャ装束を着ることを拒むという特異なニンジャソウルである。使用するジツは、他人の生命エネルギーを抜き取って吸収する「ソウルアブソープション・ジツ」。
その強力なジツに目をつけたソウカイヤに軟禁されて「スーサイド」の名を与えられるが、抑圧されることに我慢がならず、師となるソニックブームとソウカイヤに反旗を翻す。その際重傷を負って死亡したかに思われていたが、フィルギアに救出されてシマナガシに加盟した。
フィルギア（Fylgjai）
声 - 立花慎之介
シマナガシの設立者。コヨーテ、蛇、梟に変身することが出来る。長髪にサングラス、ネイティブアメリカン風のアクセサリーを身につけドラッグに手を出すなどヒッピーのような出で立ち。
飄々とした性格で真意のつかめない発言を繰り返すが、暴走しがちなメンバーをまとめ対外交渉もこなす。
その正体は平安時代から生き延びたリアルニンジャである。
ニンジャスレイヤー 登場人物
マスター・トータス/マスター・クレイン
声 - 中尾隆聖（両方）
ダークニンジャの前に現れた所属不明の謎の2人のニンジャ。獅子舞めいた外見をした巨体を持ち、丁寧な口調で喋る。手の銃口から痺れ薬が塗られた手裏剣を大量に出し、瞬時的に別の場所に瞬間移動することも可能。
ブラックヘイズ（Black Haze）
フリーランスの傭兵ニンジャ。
2種類のヘイズネットと、爆弾や煙幕などを仕込んだ葉巻を駆使した変幻自在の戦法を得意とする。
自身の戦いをビジネスと割り切り、時には自らダメージを負うことで窮地を切り抜けるなど、冷静かつ的確な判断でニンジャスレイヤーを苦しめる。
雇い主がソウカイヤやザイバツであり、ニンジャスレイヤーとは幾度も対決しているが、あくまでフリーランスであるため、利害が一致すれば共闘することもある。
左腕を失ってからは「改造テッコV8型」を移植した。指先はライターになっており、葉巻を吸うときに使う。
第4部では重症を負ったため全身のほとんどをサイバネに入れ替えている。
インターラプター（Interrupter） / サカキ・ワタナベ
声 - 後藤淳一
暗殺カラテ「タタミ・ケン」とムテキ・アティチュードの一種「カラダチ」で、シックスゲイツ最強と謳われたが、現在は浮浪者キャンプの用心棒をしているニンジャ。
ダークニンジャとの戦闘で傷付いたフジキドを保護する。
ニンジャスレイヤー 登場人物
シルバーカラス（Silver Karasu） / カギ・タナカ（Kagi Tanaka）
声 - 藤原啓治
フリーランスのニンジャ。
民間人を相手に非合法武器の実戦テストを行う「サイバーツジギリ」のプロ。「カギ・タナカ」は偽名であり、本名は不明。
フードを被って前を閉めると自動的にメンポが装着されるニンジャ装束を着用している。いかなる武器でも使いこなすイアイドーの達人で、ニンジャ相手でもリスクを抑えてツジギリを行える凄腕のツジギリストである。1エピソード中で名前のあるニンジャと複数回戦闘し勝利するほどの腕前を持つ。
信頼性の低い試作兵器のテストということもあり「ウバステ」という名の平凡な刀を最後の頼りとする。ウバステは後にヤモト・コキの手に渡ることとなる。
ザ・ヴァーティゴ（The Vertigo）
ピンク色の装束とシルバーのメンポという姿で、エターナル・ニンジャチャンピオンを自称する謎のニンジャ。
その正体は神話級ニンジャ「エメツ・ニンジャ」に憑依されたため精神が崩壊し、自分が何者かを覚えていない謎の人物。また物理的にも不安定であり、因果律を無視した特殊な存在となった。出現や消失時には0と1が空間に現れる。インドア派を自称し、好きなゲームはドラゴンズレアとスタークラフト。
ニンジャスレイヤー 登場人物
基本的に自ら戦いを仕掛けることはないが、戦闘ではキネシス能力と怪力、奪った盾を改造したテツノオノと戦車から剥いだガトリング砲、0と1で構成された強力なビームを発射するなど、カラテやジツの威力は他のニンジャと一線を画する。
連載アカウントのフォロワー数が4643（ヨロシサン）に到達した際に初登場、読者のインタビューに答えた直後に本編に登場する、連載アカウントをジャックして読者とコミュニケーションをとる、実況タグのトレンド入りをネタにした技を披露するなど、第四の壁を破るキャラクターであるが、その言動は登場人物たちには理解不能なため、しばしば狂人扱いされる。
2012年8月14日から「ザ・ヴァーティゴVS地底科学世界」というフォロワー連動型のサイドストーリーが連載され、終了直後に再開した本編にそのまま登場した。
書籍版でも、エピソードの合間にある読者質問コーナーの司会を務めており、彼が登場するエピソードが書籍版に掲載された際には、ページ下部のページ数表記を「01」で浸食しながら出現する演出になっている。
ジェノサイド（Genocide）
声 - 井上和彦
INWによって開発された3番目のゾンビニンジャ。名鑑では「スピンオフの主人公になる程の人気ニンジャ。」とされる。
ニンジャスレイヤー 登場人物
憑依した「ゼツメツ・ニンジャ」の影響から自我を得て、研究所を脱走。進行する肉体の腐敗を抑え、過去の記憶を取り戻すべく放浪の旅を続けている。
腐敗した体を隠すため包帯を巻いた上にキャソックと帽子を着用し、腐敗臭を消すために強い酒を浴びるように飲んでいる。生前は殺し屋であるが常識的な性格であり、ニンジャになった後も自分から無用な戦いを仕掛けることはない。
戦いではソウルの力で駆動するバズソーを鎖でつないだ二つの武器と、強力なネクロカラテで戦うため周囲に被害が及ぶことも多い。シャウトは「ゼツメツ！」。
エルドリッチ（Eldridge）
ジェノサイドを執拗に狙うアンデッド・ニンジャ。ズタズタのロングコート、山高帽、全身に巻かれた黒い包帯が特徴で外見はジェノサイドとの共通点が多い。鎖鎌を得物とする。
その正体はジェノサイドに憑依した「ゼツメツ・ニンジャ」のニンジャソウルの本来の持ち主。リーからソウルを摘出され死亡したと思われていたが、意識は残ったままアンデッド・ニンジャとして生きながらえていた。
第3部では一時、サークル・シマナガシに身を寄せていた。
レッドハッグ（Red Hag）
30代と見られる容姿の女ニンジャ。背中に「婆」の字が逆さまに描かれたジャケットを着用。タバコを二本同時に吸う癖があるが、頻繁にむせている。
ニンジャスレイヤー 登場人物
普段はカタナとバイオバンブーの鞘を使うが、ナックルダスターを使ったボックス・カラテによる近接格闘を得意とする。
以前所属していた組織を抜けてフリーランスの賞金稼ぎとなったが、ある事件に巻き込まれたことを切っ掛けにニンジャスレイヤーと共闘する。
マスター・ヴォーパル（Master Vorpal）
フジサンの麓の樹海にて暗殺カラテ・ドージョーを営んでいる老人ニンジャ。バジリスクとニーズヘグの師。
樹海だけでなく日本各地にドージョーなどの住処を構えており、気分次第で転々としている。
第3部時点ではフジサン山麓のドージョーではなく、ネオサイタマのドリームランド埋立地に住んでいる。
あるエピソードにてニンジャスレイヤーの第二の師となり「カラテとはエゴ」「エゴの強い方が勝つ」と説く。
サツガイ
第4部から登場。マスラダが追いかけるニンジャ。砂色のフードを被り、内側は宇宙のような暗黒が広がっているため、表情は窺いしれない。
ニンジャの手を自らの胸に挿し込むことで、強制的にジツを付与させる力を持つ。どのジツになるかはサツガイ自身にもわからない。八つの刃がランダムに飛び出ているハッポースリケンを使う。笑い方は「BWAHAHAHAHAHAHA！」
フジキド・フユコ ＆ フジキド・トチノキ
声 - 大原さやか（フユコ）、山下大輝（トチノキ）
フジキドの妻子。故人。フジキド・ケンジがニンジャスレイヤーとして復讐者となるきっかけとなった人物。
マルノウチ抗争に巻き込まれ、ダークニンジャによって殺害された。回想シーンや幻覚、名前だけしか登場しないが、死後もフジキドの行動原理の根幹を担う存在である。
アサリ（Asari）
声 - 金元寿子
ネオサイタマに暮らす少女。当初は女子高生で、後に試験に合格して大学生となる。
高校時代はオリガミ部に所属しており、転校してきたヤモトを気遣って部活動に勧誘、その後もヤモトを遊びに誘うなど奥ゆかしく心優しい少女。それらの交流を経て、ヤモトの親友となる。
シガキ・サイゼン
声 - 東地宏樹
サカイエサン・トーフ社の元従業員。プロの墨絵師を目指し研鑽を続けていたが、トーフプレス機の事故で右腕を失い、会社から保証として旧式戦闘用サイバー義手「テッコ」を与えられている。しかしテッコは力加減がきかず、それが原因で失業した上、莫大な賠償金を背負わされている。
ソウカイヤの工作に巻き込まれ、ビホルダーの扇動でサカイエサン・トーフ社襲撃に加わる。ビホルダーの洗脳でニンジャスレイヤーとも戦うが、敗れて窓から投げ飛ばされる（アニメ版ではテッコを破壊されている）。生存は明らかにされているが、その後の消息は不明（アニメ版では最終話にシガキとジェノサイドが登場している）。
ヤクザ天狗（Yakuza Tengu）
声 - 中田譲治
黒いスーツに天狗の面という出で立ちで、ニンジャスレイヤー誕生以前からソウカイヤと戦い続けてきた孤高のニンジャハンター。決め台詞は「ブッダエイメン！」。原作において数少ない、ニンジャと正面から戦闘して勝利したモータルである。
改造手術で強化しているとはいえ身体能力はニンジャに劣り、基本的にはニンジャの習性を逆手に取った奇襲が中心であるが、LAN直結で引き金を制御する二丁のオートマチック拳銃「リデンプション」と「アブソリューション」による圧倒的な火力と、背負ったジェットパックによる高速立体機動で下級ニンジャ程度なら互角に戦い撃破することができる。
その正体は謎に包まれているが、自分がニンジャソウルを現代に解放してしまったと語っており、全てのニンジャソウルを地獄に送り返す事を「贖罪の聖戦」と語り、自身は「神々の使者」「贖罪の天使」と名乗っている。このような異常な信念の一方で、ニンジャとは距離を取って銃撃戦に徹したり格上と判断した場合は戦闘を避ける、戦闘以外でも助けた人間に「聖戦のためのドネート（寄付）」を要求することで活動資金を確保したり、盗聴器を仕掛けて情報源とするなど、極めて合理的な一面もある。
第3部に登場した時点で通算二十人以上のニンジャを撃破しており、交戦・接触したニンジャ数はそれを上回るであろうことから、モータルとしては異常ともいえる戦歴を持っている。しかしその戦いは常に紙一重の勝利で、全身をサイバネ化してさえ格闘戦では一方的に攻撃され、瀕死の重傷を負う事がしばしばである。その過酷な生活もあってか精神は狂気に侵されており、ニンジャを倒した後に「復活を阻止する儀式」を執り行うなど異様な言動・行動が目立ち、地の文にも「彼は狂っていた」と記述される。これらの描写がモータルとニンジャの圧倒的な格差、そして、なおも戦い続けるヤクザ天狗の狂気と強さを際立たせている。
作者へのインタビューでは『ロケッティア』や『ヴァンパイア/最期の聖戦』、『ダークナイト・リターンズ』など、「泥臭く弱いヒーロー」をイメージし、そのヒーロー像にヤクザと天狗を加えて出来上がったという。
ヤマヒロ（Yamahiro）
声 - 伊丸岡篤
キルエレファント・ヤクザクランを経営するグレーターヤクザ。クローンヤクザの導入を拒否し任侠を重んじた経営方針を続けたため、レッサーからはソンケイを集めるも業界的にはマケグミになってしまった。
クローンヤクザの押し売りと一方的なみかじめ料増額に端を発する騒動でソウカイニンジャから制裁を受けるが、そこに強制介入したヤクザ天狗と遭遇する。ニンジャの殺害と儀式の目撃、金を強制的に徴収されるなどのショックを受けフリーランスとして再出発するも、再度のピンチにやむをえずヤクザ天狗を呼ぶ。人間観察力に優れており、ヤクザ天狗との会話の中から彼の孤独を見抜いた。
その後はスガモ重犯罪刑務所に収監されたが、囚人達に共通する秘密に感づいて所内に仲間を作るなどその人間観察力や洞察力は健在。第3部でヤクザ天狗とともに天狗の国へ向かった。
アガタ・マリア（Agata Maria）
声 - 後藤邑子
フリーの女性ウキヨエ絵師。37歳。幼少期から悲惨な境遇を生きるが、強い精神力の持ち主。独自にウキヨエ技術を身に着け、セックス・ビズから足を洗って画業で身を立てている。素顔は美女であるが、性犯罪者の目を引かないよう貧相な老婆のシルエットを作っている。
かつての恋人ダイゴ（声 - 後藤淳一）のドメスティックバイオレンスにさらされるも、フジキドに救われた事をきっかけに親交を持った。無為に日々を過ごすフジキドの夢にも現れている。
ラッキー・ジェイク（Lucky Jake）
ネオサイタマで活動する外国人男性。「ラッキー・ジェイク」は自称であり本名は不明。
ネオサイタマでLAN端子をインプラントするためにキョートを経由し入国したが、支払いのトラブルで金を失い賞金までかけられ、帰国のための資金確保と箔を付けるために非合法な仕事に手を染めている。
脳にインプラントしたUNIXの翻訳機能により日本語による自然な会話が可能だが、スラングの翻訳に難があり「貴方自身を前後しなさい！（Go fuckyourselfの直訳）」「庶子！（Bastardの直訳）」「ヤギ前後！（Goat fuckの直訳）」など奇妙な叫びを上げる。
ストーリーの大筋には関わらないが、登場する度にニンジャスレイヤーとニアミスを起こす。
ニンジャスレイヤー 刊行情報
現行版は複数の雑誌で個別に掲載されたエピソードをまとめたもので、Ninja Entertainmentから発行されたが、発行部数が非常に少ないため入手は困難だという。1996年に発行された初期版の「the Ninja Slayer」は「プロトニンジャスレイヤー」と呼ばれており、現行版とはストーリーやキャラクター設定が異なっている。また著作権上の問題があるため公開を禁じているという。一部の翻訳を許可されたというファンサイトの情報では、2000年の時点で9巻まで出版されておりAmazon.comでも取り扱っていたという（現在はデータベースに存在せず）。またフィギュアなどの商品展開もあったとされる。書籍の現物は2021年現在でも確認されていない。
「ゼロ・トレラント・サンスイ」のサウンドドラマ公開に合わせ、公式Facebookに原文の一部が公開されている。2014年4月からは日本のコンテンツを海外に紹介するTokyo Otaku Modeのサイトにおいて、原語版の「マシン・オブ・ヴェンジェンス」の連載された。
2012年にはエンターブレインが日本語版書籍の独占出版権を獲得、イラストにわらいなくを起用した第1部の日本語版が出版された。翻訳チームでは当初から書籍出版をめざしており、アカウントの開設から18ヶ月目に最初のオファーがあったとされる。
ニンジャスレイヤー 刊行情報
2021年4月現在、第1部は全4巻、第2部は全8巻、第3部は全9巻で完結。また、第3部と第4部の間を描いたスピンオフ作品「スズメバチの黄色」が出版されている。
書籍版ではTwitter連載版に改訂・加筆修正が加えられている。また、書籍版書き下ろしエピソードがほぼ全巻に存在する。巻末にはわらいなくのイラスト入りニンジャ名鑑のほか、第1部4巻以降はファンから募集したファンアートが掲載されている。
B6サイズで無線綴じされており、カバーを外すと左綴じになった表紙が現れるなど、洋書のペーパーバックをイメージした装丁が施されている。
ニンジャスレイヤー 刊行情報
第1部 「ネオサイタマ炎上」
「ネオサイタマ炎上 1（NINJA SLAYER Neo-Saitama in Flames 1）」2012年10月11日初版発行（9月29日発売）、ISBN 978-4-04-728331-2
「ネオサイタマ炎上 2（NINJA SLAYER Neo-Saitama in Flames 2）」2012年12月12日初版発行（11月30日発売）、ISBN 978-4-04-728480-7
「ネオサイタマ炎上 3（NINJA SLAYER Neo-Saitama in Flames 3）」2013年2月12日初版発行（1月31日発売）、ISBN 978-4-04-728481-4
「ネオサイタマ炎上 4（NINJA SLAYER Neo-Saitama in Flames 4）」2013年4月11日初版発行（3月30日発売）、ISBN 978-4-04-728690-0
「ネット限定版」同日発売、ISBN 978-4-04-728858-4
ニンジャスレイヤー 刊行情報
第2部 「キョート殺伐都市」
「ザイバツ強襲！（NINJA SLAYER Shadow of Zaibatsu）」2013年7月11日初版発行（6月29日発売）、ISBN 978-4-04-728945-1
「ドラマCD付き特装版」同日発売、ISBN 978-4-04-728946-8
「ゲイシャ危機一髪！（Ninja and Geisha）」2013年9月12日初版発行（8月31日発売）、ISBN 978-4-04-729120-1
「荒野の三忍（Three Dirty NINJA Bond）」2013年11月12日初版発行（10月31日発売）、ISBN 978-4-04-729253-6
「聖なるヌンチャク（Nunchaku of Destruction）」2014年1月9日初版発行（2013年12月28日発売）、ISBN 978-4-04-729261-1
「ドラマCD付き特装版」同日発売、ISBN 978-4-04-729353-3
「ピストルカラテ決死拳（Reboot Raven）」2014年4月24日初版発行（4月12日発売）、ISBN 978-4-04-729362-5
「マグロ・アンド・ドラゴン（Maguro and Dragon）」2014年7月18日初版発行（7月9日発売）、ISBN 978-4-04-729755-5
ニンジャスレイヤー 刊行情報
「キョート・ヘル・オン・アース（上）（Kyoto: Hell on earth）」2014年10月24日初版発行（10月14日発売）、ISBN 978-4-04-729932-0
「ドラマCD・サウンドトラック付き特装版」同日発売、ISBN 978-4-04-729933-7
「キョート・ヘル・オン・アース（下）（Kyoto: Hell on earth）」2015年2月5日初版発行（1月24日発売）、ISBN 978-4-04-730189-4
ニンジャスレイヤー 刊行情報
第3部 「不滅のニンジャソウル」
「秘密結社アマクダリ・セクト（Amakudari Sect）」2015年4月28日初版発行（4月16日発売）、ISBN 978-4-04-730418-5
「死神の帰還（Who Killed Ninja Slayer?）」2015年8月6日初版発行（7月25日発売）、ISBN 978-4-04-730606-6
「キリング・フィールド・サップーケイ（Killing Field Sappukei）」2015年12月11日初版発行（11月30日発売）、ISBN 978-4-04-730790-2
「ケオスの狂想曲（Tunnus Thunderbolt）」2016年4月12日初版発行（3月31日発売）、ISBN 978-4-04-734021-3
「開戦前夜ネオサイタマ（Dark Side of the Moon）」2016年6月10日初版発行（5月30日発売）、ISBN 978-4-04-734176-0
「リフォージング・ザ・ヘイトレッド（Reforging the Hatred）」2016年11月30日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-734409-9
「ロンゲスト・デイ・オブ・アマクダリ（上）（The Longest Day of Amakudari）」2017年6月30日発売、ISBN 978-4-04-734176-0
ニンジャスレイヤー 刊行情報
「ロンゲスト・デイ・オブ・アマクダリ（下）（The Longest Day of Amakudari）」2017年12月28日発売、ISBN 978-4-04-734952-0
「ネヴァーダイズ（Never Dies）」 2019年4月30日発売、ISBN 978-4-04-735245-2
ネオサイタマ炎上 4の特典としてオーディオドラマダウンロード権を記載したカードが付属された。また「ザイバツ強襲！」「聖なるヌンチャク」「キョート・ヘル・オン・アース（上）」にドラマCD付きの特装版が存在。YouTubeでは「ゼロ・トレラント・サンスイ」のサウンドドラマが公開されている。特定書店での先着特典としても「マグロ・アンド・ドラゴン」購入者にドラマCDが配布されたことがある。
担当声優
主要担当声優は上述。ここではそれ以外のキャラについて記す。
ナレーション（地の文） - ゴブリン
コッカトリス - 金光宣明
ホゼ - 斎藤寛仁
ミニットマン - 菅原正志
イクエイション - 三浦祥朗
ソニックブーム - 黒田崇矢
シ・ニンジャ - 田中敦子
ウミノ・スド - チョー
ジャイゴ - 稲田徹
ベツリキ - 中國卓郎
ダイコク・ニンジャ - 家弓家正
ジャイアントマンティス - 喜多田悠
ジェイドソード - 山下誠一郎
クラミドサウルス - 深町寿成
エクスキューショナー - 斉藤壮馬
オカヨ - 菅谷弥生/ 諏訪彩花（フロムアニメイシヨン）
マチ - 松井恵理子
ブナコ - Lynn
ヤンク - 前田一世
ヤンク - 矢野正明
ヤンク、チンピラ - 烏丸祐一
ヤンク - 斉藤寛仁
笑い爺 - 稲葉実
ノナコ - 名塚佳織
タオシ・ワンツェイ - 大木民夫
クラミドサウルス - 深町寿成
ナッツクラッカー - 拝真之介
バズキル - 鴨田翔平
エレクトリックイール - 佐々木義人
ソードダンサー - 高口公介
サードアイ - 古川慎
マイコ - 高野麻里佳/ 湯浅かえで（フロムアニメイシヨン）
老婆 - アサコ
アナウンサー - 宮本誉之
バジリスク - 置鮎龍太郎
トラッフルホッグ - 桜井敏治
バーバヤガ - 谷育子
オフェンダー - 江川大輔
スキャッター - 水島大宙
ミュルミドン - 下山吉光
ニンジャスレイヤー 漫画
2020年現在、3種類のコミカライズが存在している。2013年まではエンターブレイン（KADOKAWA系列）での展開だったが、2014年からは講談社でもスタートするなど出版社を横断した展開がなされている。雑誌連載だけでなく、Twitter上でも無償連載された。エピソードごとの独立性が高いことを活かし、原作と同じく時系列に縛られない連載となっている。
余湖裕輝作画、田畑由秋脚本。
2013年6月27日、『コンプティーク』が2013年7月10日発売号からリニューアルするのに合わせ、で漫画版の連載がスタートすることが告知された。これに先立って、2013年6月24日に新設されたアカウントで「マシン・オブ・ヴェンジェンス」の冒頭が公開された。なお、当初は同じエピローグが『コンプエース』にも再度掲載されていたが、2016年4月号以降は並行して別のエピソードが連載された。
『コンプエース』2016年11月号にて「ゲイシャ・カラテ・シンカンセン・アンド・ヘル」の連載が完結するとともに同誌での連載は終了。以降は『コンプティーク』のみで連載が続き、2018年1月号で最終回となった。
ニンジャスレイヤー 漫画
その後、KADOKAWAから秋田書店に移籍することが告知され、同社の『チャンピオンRED』にて、2018年6月号より連載再開。あわせてタイトルは「ニンジャスレイヤー キョート・ヘル・オン・アース」に改題された。以降はTwitter上での無償連載は行われていない。
ストーリーや設定、キャラクターデザインなどは原作小説に準拠している。KADOKAWA版時代は第1部のエピソードを時系列シャッフルで連載していたが、途中で第2部のエピソードを挟むなど変則的な構成。最終エピソードは原作同様ラオモト戦のため、第1部としては完結に至っている。秋田書店版からは第2部を時系列順に追っているが、途中でKADOKAWA版を読むことを推奨するなど、やはり変則的である。
当初は「コミカライズ」や「漫画版」と呼ばれていたが、現在では他作家の漫画版と区別するため「無印」と呼ばれている。
作画はさおとめあげは。全3巻。
漫画化第2弾。pixivコミック内のB's-LOG COMIC2013 Jul. Vol.6（2013年7月1日）に第1話が先行掲載。その後、B's-LOG COMIC誌上で2013 Aug. vol.7（2013年8月1日）から2015 Sep. Vol.32（2015年8月31日）にかけて連載された。
ニンジャスレイヤー 漫画
「グッドルッキングガイズ重点」が謳われている。ストーリーに大きな変更はないが、キャラクターに関しては、わらいなくのデザインをベースにしつつ女性向け作品を彷彿とさせる大幅にリファインされた。男性キャラ達の関係や、フジキド以外のキャラ視点による心情描写の補完が特徴。第1部、第3部のエピソードをより抜いている。
略称は「グラキラ」。
作画は関根光太郎。全5巻。
漫画化第3弾として、『月刊少年シリウス』がニコニコ静画で展開しているWeb雑誌『水曜日のシリウス』において、2014年1月22日から2016年12月28日まで連載された。
特撮や少年漫画のようなアクションとわかりやすさを重視し、原作ではボカされていた時代設定が明確に「2019年」と提示されるなど、先行する二作のコミカライズとは違いストーリーや設定の一部が独自に変更されている。登場するニンジャの装束や各種サイバネ、ギミックなどについても関根の独自解釈によるサイバーパンク的な描写と技術考証がされており、原作の比較してメカニカルなデザインとなったニンジャも多く登場する。原作第1部を時系列順に再構成していたが、第1部中盤となる「ベイン・オブ・サーペント」をもって終了した。
略称は「キルズ」。
ニンジャスレイヤー 漫画
『ニンジャスレイヤー』 KADOKAWA〈角川コミックス・エース〉、全14巻
「マシン・オブ・ヴェンジェンス」2013年12月10日初版発行（12月9日発売）、ISBN 978-4-04-120942-4
「ラスト・ガール・スタンディング（イチ）」2014年5月10日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-121114-4
「ラスト・ガール・スタンディング（ニ）」2014年11月10日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-101674-9
「アトロシティ・イン・ネオサイタマシティ」2015年4月10日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-102912-1
「ワン・ミニット・ビフォア・ザ・タヌキ」2015年7月10日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-103400-2
「スリー・ダーティー・ニンジャボンド」2015年12月10日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-103402-6
「メナス・オブ・ダークニンジャ」2016年4月9日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-104062-1
「メリー・クリスマス・ネオサイタマ」2016年7月9日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-104420-9
ニンジャスレイヤー 漫画
「ゲイシャ・カラテ・シンカンセン・アンド・ヘル（イチ）」2016年9月26日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-104818-4
「ゲイシャ・カラテ・シンカンセン・アンド・ヘル（ニ）」2016年12月10日発売、ISBN 978-4-04-105029-3
「フィスト・フィルド・ウィズ・リグレット・アンド・オハギ」2016年12月10日発売、ISBN 978-4-04-105031-6
「ストレンジャー・ストレンジャー・ザン・フィクション」2017年6月9日初版発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-105654-7
「ネオサイタマ・イン・フレイム（イチ）」2018年2月10日発売、ISBN 978-4-04-106490-0
「ネオサイタマ・イン・フレイム（ニ）」2018年2月10日発売、ISBN 978-4-04-106490-0
ニンジャスレイヤー 漫画
『ニンジャスレイヤー キョート・ヘル・オン・アース』 秋田書店〈チャンピオンREDコミックス〉、既刊18巻（2025年11月20日現在）
2019年1月18日発売、ISBN 978-4-253-23916-5
2019年1月18日発売、ISBN 978-4-253-23917-2
2019年6月20日発売、ISBN 978-4-253-23918-9
2019年11月20日発売、ISBN 978-4-253-23919-6
2020年4月20日発売、ISBN 978-4-253-23920-2
2020年10月20日発売、ISBN 978-4-253-23921-9
2021年3月18日発売、ISBN 978-4-253-23922-6
2021年8月19日発売、ISBN 978-4-253-23923-3
2022年1月20日発売、ISBN 978-4-253-23924-0
2022年6月20日発売、ISBN 978-4-253-23925-7
2022年11月18日発売、ISBN 978-4-253-23926-4
2023年4月20日発売、ISBN 978-4-253-23927-1
2023年9月20日発売、ISBN 978-4-253-23928-8
2024年3月18日発売、ISBN 978-4-253-23929-5
2024年7月19日発売、ISBN 978-4-253-23930-1
2025年1月20日発売、ISBN 978-4-253-32376-5
2025年6月19日発売、ISBN 978-4-253-32377-2
2025年11月20日発売、ISBN 978-4-253-00756-6
『ニンジャスレイヤー殺（キルズ）』 講談社〈シリウスKC〉、全5巻
2014年10月14日発売、ISBN 978-4-06-376501-4
2015年4月16日発売、ISBN 978-4-06-376534-2
2016年3月25日発売、ISBN 978-4-06-390612-7
2016年9月9日発売、ISBN 978-4-06-390642-4
2017年2月9日発売、ISBN 978-4-06-390675-2
ニンジャスレイヤー アニメ
2014年4月にアニメ化が発表された。『ニンジャスレイヤー フロムアニメイシヨン』のタイトルで、2015年4月から10月までニコニコ動画などの動画配信サービスにて配信され、2016年にスペシャル・エディシヨン版と銘打ったTVシリーズがTOKYO MX・BS11他で同年4月から7月にかけて放送された。原作で地の文に相当するナレーションはオーディオドラマと同じくゴブリンが担当。原作の第1部を描く。
2015年7月から、英語吹き替え版も公開されている。
作品仕様
ニンジャスレイヤー アニメ
配信（オリジナル）版

キャラクターのデザインはわらいなく版を原案としているが、今石洋之、芳垣祐介両名による改変が行われている。ヒロインキャラクターのみ専任のデザイナーが就いており、ヤモト・コキはsaitom、ナンシー・リーは稲戸せれれ、ユカノは信じろがそれぞれデザインを担当した。
各話 約15分　全26話
作中の背景に登場する看板には製作委員会に出資する企業名が書かれている。
配信版は4:3画角（第26話のみ途中から16:9画角になる）、本編はモノラル音声になっている。
セルソフト版Blu-rayでは映像特典として「本編舞台袖公開版」と冠した16:9画角、ステレオ音声の本編も収録。
FLASHアニメ風の作画と一般的な作画が併用されている。
オープニング映像は原作の「バック・イン・ブラック」を基にしている。このエピソードはアニメの本編としては作成されていない。
エンディングテーマは毎回別なアーティストが担当し、配信版では本編終了後に担当したアーティストへのインタビューを中心とした無国籍風番組「ザ・TVショウ」が放送される。
ニンジャスレイヤー アニメ
スペシャル・エディシヨン（TVシリーズ）版
キャッチコピーは「規制ナシで大丈夫か！？？」。
1回2話立てで放送（前半は「Aパート」として配信版の奇数話を、後半は「Bパート」として配信版の偶数話を放送）。
配信版にあったシーンや台詞が一部変更。また、一部シーンがカットされている。
配信版とは異なり放送禁止用語に該当する台詞（「マッポ」「ファック」「ベトコン」）に規制音が入っている。
配信版と同様、エンディングテーマは毎回別なアーティストが担当している。
メインテーマ
「BACK IN BLACK」
作詞・作曲・歌 - BOOM BOOM SATELLITES
第1話〜第25話のオープニングで使用され、第26話では挿入歌として使用された。
エンディングテーマ
配信（オリジナル）版
ニンジャスレイヤー アニメ
「キルミスター」（第1話、第26話）
歌 - Boris
「Halo Of Sorrow From Animation」（第2話）
歌 - Melt-Banana
「劇場支配人のテーマ」（第3話）
歌 - THE PINBALLS
「SRKEEN」（第4話）
歌 - 8otto
「RADIO」（第5話）
歌 - 6EYES
「Ninja Slayer」（第6話）
歌 - ELECTRIC EEL SHOCK
「Ninja Prayer」（第7話）
曲 - Shinichi Osawa
「Suicidal Bunny」（第8話）
歌 - taffy
「Hide」（第9話）
曲 - 80KIDZ
「Jag Jag」（第10話）
曲 - Sawagi
「Aurashi No Ken」（第11話）
曲 - Boris
「NEO CYBER MADNESS」（第12話）
曲 - skillkills
「Purple My Ghost」（第13話）
歌 - Drop's
「もんだな(NINJA MIX)」（第14話）
歌 - 赤い公園
「Fantastic Magic」（第15話）
歌 - TK from 凛として時雨
「NINJA SOUL」（第16話）
歌 - GEEKS
「TEAR OF THE PIERROT」（第17話）
歌 - MINE
「Dr.K」（第18話）
歌 - taffy
ニンジャスレイヤー アニメ
「Alone」（第19話）
歌 - SCAM CIRCLE
「泥の雨」（第20話）
歌 - 人間椅子
「Hight Speed」（第21話）
歌 - MOJA
「sick hack -忍殺 ver.-」（第22話）
歌 - memento森
「Body」（第23話）
歌 - Lillies and Remains
「KHAKKHARA」（第24話）
歌 - Sawagi
「JETT REASON」（第25話）
歌 - ギターウルフ
スペシャル・エディシヨン（TVシリーズ）版
「Locomotion, more! more!」（第1話）
歌 - the pillows
「サヨナラ！フラッシュバック！」 （第2話）
歌 - カラスは真っ白
「SCREAM」（第3話）
歌 - Large House Satisfaction
「おーまいがー」（第4話）
歌 - ドミコ
「Funky Monkey Ladies」（第5話）
歌 - PIGGY BANKS
「Nightseeing」（第6話）
歌 - Klan Aileen
「Bird Of Paradise」（第7話）
歌 - LEO今井
「サイコインターネットマジック」（第8話）
歌 - SPARK!!SOUND!!SHOW!!
「怒りの筆先」（第9話）
歌 - チリヌルヲワカ
「Black Nightmare」（第10話）
歌 - MO'SOME TONEBENDER
「合法的トビ方ノススメ -SPARK!!SOUND!!SHOW!!ブチ上げ♂ Cherry boy REMIX!!!!」（第11話）
歌 - Creepy Nuts(R-指定& DJ松永)
「SONG 5 #NINJYA SLAYER Ver」（第12話）
歌 - KING BROTHERS
「Hey Everyone」（第13話）
歌 - Boris
※ 地上波・BS局では前述通り「スペシャル・エディシヨン」版を放送。
※ 一部配信サイトでは本編と連動する「無国籍バラエティー番組」・『ザ・TVショウ』も随時公開。
『ニンジャスレイヤー フロムラジオステイシヨン』と『ニンジャスレイヤー フロムネットテレビジヨン』の二つがwebサイトで公開されている。
『ニンジャスレイヤー フロムラジオステイシヨン』は2015年4月16日から10月1日まで音泉にて配信されていたWebラジオ番組。隔週木曜に更新。パーソナリティは森川智之（ニンジャスレイヤー役）が務めた。ニコニコ生放送でも公開されていた。
『ニンジャスレイヤー フロムネットテレビジヨン』は2015年4月23日から10月8日までニコニコ生放送で配信されていた生放送番組。ニコニコ生放送では「フロムラジオステイシヨン」と隔週で交代する形で放送された。メインパーソナリティは五十嵐裕美と湯浅かえで。