0能者ミナト 登場人物
10年前、浅野家で誕生した際は、その予言で友哉を死に追いやった。それから10年後、小野寺の死がきっかけで自分を追ってきた湊に「4つの災いの後死亡する」と予言する。湊を追い詰めるが、4つ目の災いが起こる直前に彼に同行していた沙耶が偶然流星を観測したことで湊は死を免れる。予言から解放された湊の指示で脳梁を外科的に切断され、2つの人格が生じ、果てのない読み合いの末脳の処理が追いつかなくなって死亡する。その後転生するも、2分化された意識も継続されたことで「件の予言は外れる」というパラドックスを永遠に続けるだけの存在となった。
七人ミサキ
四国や中国地方に多く目撃される怪異。7体1組で出現し、7日ごとに人間を1人襲い、その人間を仲間に取り込む代わりにだれか1人が成仏するという習性を持つ。姿を見ただけで殺すという危険な特性を持つが、僧侶が複数いれば難なく消滅させられるためそれほど脅威的な存在とはされていない。ただし、数が非常に多く、全体で年間1000人を超える被害者を出すと推定され、行方不明や失踪の一部はこの怪異によるものとも言われており、一説には2000人以上の被害を出しているという。
1人当たり49日で成仏するという厳格なルールのもとに行動する。そのため、法力僧の祈祷などで群の個体数が減少すると上限が減少後の数に固定され出現頻度が変化する(例えば5人ミサキになれば9.8日=約10日ごとに1人を殺害するようになる)。詳細は不明だが、狙われる人間には一定の条件があるとみられている。また、湊によって、「かつては7以外の数のミサキもいた可能性があるが、生存競争によってもっともこのシステムに適した7人だけが生き残りそれ以外のミサキは絶滅した」という仮説が立てられた。
かつては七人ミサキを完全に消滅させることでその被害を減らす努力をしていたが、湊の発案であえて何体かのミサキを残しておくことで生存競争を誘発させその個体数を減少させるという方法がとられた結果、わずか3年で被害者数が約4分の1にまで減少した。
ターボ
谷地村に住む化け狸。まだ幼いころに父母を御蔭神道の手の者に殺され、自身も命を狙われていたところを宗一郎に助けられ、それ以降彼と共に暮らしていた。変化の能力を持つが不完全で、極度の集中による副作用でくしゃみを多発してしまう。人の言葉をある程度理解できるほど高度な知能を持つが、怪異としての力は弱くほとんど普通の狸と変わらない。自分のことを獰猛な獣だと思っているが、可愛らしい外見で少々間の抜けたところがあるため初見で怯えられることは皆無。
村民消失の謎を解きに来た湊たちの前に現れ、前述の経緯から霊力・法力を持つ子供2人を警戒する一方で、ただの人間である湊に懐く。種まきの形跡がないこと、全ての人間の筆跡が全く同じであること、20年間埋葬の形跡が一切ないことなどの違和感から、湊が導き出した集団神隠しの真相は「20年前の土石流で宗一郎を除く村人全員がすでに死亡しており、時計の付喪神の力を借りてターボが20年ごと（土石流の直後〜宗一郎の死の1日後）に時間遡行し、総勢309名の村人全員に化けていた」というものだった。湊たちが出会ったターボこそがこれからまさに初めて時間遡行しようとする最初の1体であり、そのことを湊の口から聞いたことでかつて命を救ってくれた宗一郎を20年間悲しませないために時間遡行する決意を固めて旅立つ。それから宗一郎を完全に化かしぬき、優に6,000年を超える時間の旅を終え、彼の家の軒下で静かに息を引き取った。
有耶無耶（うやむや）/有（ゆう）
人間と交配する怪異の血を引く人間である一一と白銀スズの間に生まれ、人間では劣性形質となる因子を発現した史上初の怪異同士のハイブリッド。大蛇と鬼の因子を持つ。父母が法力僧と巫女であるため、法力や霊力に対して高い耐性を持つ。
生まれた時は肉の塊にしか見えない状態だったが、時間経過によって目鼻が分かるような顔立ちに変化した。人間よりも移動速度は遅いが人一人を取り込んで余りある巨体になることができ、産まれたてとは思えないほど高い知能を持つ。母体がウイルスに感染していたことで、飛沫感染により人間を怪異に変化させるウイルスを保有していたため討伐対象とされたが、表向きは双子という形で生き残り「有」と名付けられた（名付け親は湊）。
怪異化ウイルスは弱毒性でしばらくすれば治るうえ感染力も低いが、湊の手で無限令のあぶり出しと敵戦力の低下、人を化け物と呼ぶ者たちを戒めるという3つの目的のために意図的に蔓延させられた。実は無限令によりダイダラボッチに対する戦力として作り出された怪異である。
ダイダラボッチ
国造りを行ったともされる巨人の姿をした神話上の怪異。
身長は2000mを超え、咆哮を目視してから音が届くまで数秒のタイムラグがあるほど。人間に比べれば動きは緩慢に映るが、規格外の巨体を持つため歩く速さは音速越えの約1100km/h、パンチの速さはマッハ4と軽く動くだけで衝撃波が発生する。火器や法力による強力な攻撃も痛痒すら感じさせず、手をついただけで複数名の法力僧が張った防御障壁をたやすく破るほど。好奇心があり、大きな物体に興味を示す。量子力学に基づく動きをするということが判明し、霊能力者が観測することで現実の存在となる。霊能力の過多によって実体化するかどうかが決まり、強力な霊能力者が観測者ならば1人でも実体化してしまうが、霊力が少ない者が観測者となるとダイダラボッチによっておこる被害の可能性だけが見られることとなる。その肉体は40桁近い数の原子から構成される単一の超高分子で構成される。
日本中の総本山および御蔭神道に属する霊能力者が集まる場所に出現し民間人を含め数百名単位での死傷者を出す。湊の策で観測者を減らすために総本山および御蔭神道の人々を一カ所に集めたうえで麻酔で眠らせたことで被害を制御され、観測者役の沙耶とユウキによって半年前に出現した淤能碁呂島の前におびき寄せられ、CERNから取り寄せた反物質を打ち込まれて肉体を構成する原子の一部が対消滅し、「神の奇跡」ともいうべき絶妙な分子のバランスが崩れたことで自壊した。
淤能碁呂島でもあるもう1体のダイダラボッチを探していたのではないかと推測されており、地形を変えるのも捜索の一環である可能性がある。
結鬼（ゆうき）
かつて赤羽夏蓮が退治した馬頭鬼の息子の鬼。その存在を隠蔽するため秘術によりユウキと同じ名前を付けられ気配を消していた。ユウキの実の父である弦に育てられていたが、ユウキの記憶だけでなく莫大な法力の一部が流れ込んだせいでかなり衰弱しており、孝元が死亡した弦から彼の世話を引き継いだときにはすでに余命わずかだった。一生の最後に本物らしい体験をさせたいという孝元の願いによって「ユウキ」として学校に通っていたが、社会科見学で訪れた国立博物館で鬼を喰う神虫に襲われ致命傷を負う。本物と協力して神虫を退けた後に彼らが入っていた掛け軸の中に封印されることで命を長らえることになった。
神虫（しんちゅう）
神の化身で人に仇なす鬼を喰う8本脚の虫。雅に憑依した餓鬼に反応して国立博物館の掛け軸から復活し、結鬼にも襲いかかるがユウキに攻撃され致命傷を負って逃亡、雅の体から追い出された餓鬼を捕食して役目を果たしたことで消滅した。
餓鬼（がき）
憑依した人間に飢餓感を与える怪異。憑依された者はカエルのような顔になり、腹が出て手足がやせ細る。雅に取り憑き瑠璃を食い殺そうとしたがユウキ達に妨害され、まだ人のものしか食べていなかったおかげで体から追い出され、そこを神虫に食われて死亡した。
空怪（くうかい）
湊が提唱した「空気の怪異」。厳密には「生き物の感情に同調して怪異の形を作るもと」に相当するものとされ、原初の地球で様々な生命を生み出した有機物のプールにも例えられている。神仏の加護が強い、いわゆる「清浄な空間」以外のあらゆる場所に存在しているものの、そのせいで感覚が慣れてしまっているためよほど強力な霊能力者でなければ知覚すらできないとされる。自我があるのか不明で、基本的には人類にとって無害な存在。ただ、事故などで生じた脳腫瘍が原因で後天的に霊感に目覚めた人間の場合、空怪との同調で様々な怪異を周囲に生み出してしまう。このケースでは被害者が想いを維持するのが難しい上に拒絶の意識も持つことから出現した怪異もすぐに消えてしまい、加えて怪異の出現を知覚するのも困難なので事実確認が非常に難しい。一応信頼できる事例が2例確認されたため対処法も考案できる状態ではあるが、人類より昔から存在するかもしれないものを駆除したときの影響が測れないことから基本的に不干渉という扱いになり、同様の事例が発生した場合のみ対策を取るという方針になった。