皇居の生物相 各生物相の特徴
平成8年度（1996年度）から平成11年度（1999年度）にかけての調査で、8科37種のチョウが確認され、平成13年度（2001年度）から平成17年度（2005年度）まで続けられたモニタリング調査の中で更に11種が確認されたため、皇居内では合計48種のチョウが確認されている。皇居内ではチョウの中には東京都区内で激減しているジャコウアゲハ、ツマキチョウ、トラフシジミが多く生息していることが確認され、皇居が貴重なチョウ類の生息地であることが明らかとなった。
東京都区内では皇居以外でもチョウ類の生息状況の調査が行われている。それによると自然教育園では47種、新宿御苑では24種、常盤松御用邸からは21種、足立区元渕江公園からは27種のチョウ類が確認されている。それぞれの緑地で確認されたチョウ類のうち14種が共通種であり、また大型緑地である皇居と自然教育園、新宿御苑の確認されたチョウ類も高い一致が見られた。これは東京都区内には大小の緑地が点在しており、チョウ類は各緑地間を移動しながら分布を維持していることを示していると考えられる。また大型緑地の明治神宮でのチョウ類が種数が少ないのは、常に公園管理が行われているために草原や林縁で成育する種が見られないためと考えられる。つまり皇居内で多くのチョウ類の繁殖が見られるのは、緑地としてある程度の面積がある上に、最低限の管理のみが行われているよく発達した森林、湿地、田畑や果樹園などといった様々な環境に恵まれているからであると考えられる。
平成8年度（1996年度）から平成11年度（1999年度）にかけての調査で、73科738種の甲虫類が確認された。東京都区内ではごく少なくなったノコギリクワガタが多数採集されたり、オオミズスマシなど東京都区内では絶滅した可能性が指摘されている水生甲虫類の生息も確認されたりしており、また湿地性の甲虫や、ゴミムシ類やコガネムシ類の中で低地ではまれである種も確認されるなど、高い生物多様性が見られることがわかった。
皇居の甲虫相の特徴としては伊豆諸島や三浦半島との関連性が高いと考えられる種が複数見つかっていることなど、武蔵野のクヌギやコナラ中心の落葉広葉樹林に分布する種よりも、カシやタブノキなど照葉樹林に分布する種が中心となっている。また海岸性の甲虫であるチャイロチビゲンゴロウが確認され、これはかつて皇居がある地は海のそばであったことを示す可能性も指摘されている。
皇居からは2科39種のカミキリムシが確認された。カミキリムシ相に関していえば、かつて武蔵野の雑木林に生息していた種がほとんどであり、都区内ではほとんど見られなくなった種が多く確認された。
皇居内で採集された甲虫類の中で、特徴的な結果が出たのがハネカクシ類であった。ハネカクシ類は平成8年度（1996年度）から平成11年度（1999年度）にかけての調査、そして平成13年度（2001年度）から平成17年度（2005年度）まで続けられたモニタリング調査の結果、5科161種が確認された。皇居内のハネカクシ類は落ち葉内に生息する種が多く、また湿地性の種も多く見出された。しかし後翅が退化して飛翔力を失った移動能力が低い種は全く観察されなかった。これは吹上御苑は江戸初期にはいったん宅地化され、その後も様々な利用のされ方をする中で森林性のハネカクシ類は姿を消し、現在、皇居に良好な森林環境が戻っても、移動能力の低さゆえに皇居に戻ってくることが非常に困難であるためと考えられる。
平成8年度（1996年度）から平成11年度（1999年度）にかけての皇居内での調査の結果、48科513種のハチ類が確認された。幼虫が植物の葉を食べるハバチ、キバチ類は7科60種が確認され、うちハバチ科の1種は新種であった。捕食寄生性のヒメバチ上科、ヤセバチ上科、カギハラバチ上科、コンボウヤセバチ上科、タマバチ上科では合計160種が確認され、うち9種が日本では初記録の種であった。小型の捕食寄生性のコバチ上科では日本での初記録種3種を含む103種が記録された。
アリ類に関しては49種が確認された。アリ類に関しては東京都区内で比較的調査が進んでおり、大田区、中野区、板橋区などで確認されたアリ類の種数よりも皇居で確認された種数が多く、また都心部に多く見られる人為的に分布を広げていると考えられる種が皇居内ではほとんど確認されなかったことが皇居のアリ類の特徴として挙げられる。またセイボウ上科に属するハチ類は3科18種確認され、うち3種は未記載種であると考えられる。スズメバチやミツバチなど、針を持つ有剣類のハチ類は18科128種が確認された。皇居内の有剣類に属するハチ類の特徴としては、大型のスズメバチ類が多く、逆にアナバチ類が少ないことが挙げられる。アナバチ類が少ない理由はアナバチは都市化による自然環境の撹乱に弱い種であると考えられ、東京の中心部にある皇居はやはり都市化の影響を受けているものと考えられる。しかしかつては東京都内でも観察されたが、現在埼玉県の平野部でも見ることができないムネアカアリバチが確認されるなど、かつての武蔵野に生息していた種の遺存種とも考えられる種も観察されている。
皇居内で見られるミツバチはその多くがニホンミツバチである。皇居内では複数のニホンミツバチの巣が確認されているが、セイヨウミツバチは数が少ない。これは養蜂の巣が皇居近くに無いうえに、スズメバチが多い皇居ではスズメバチを防御する手段を持つニホンミツバチの方が生存に有利であるためと考えられている。
ハエやカなどの双翅類（ハエ目）は、平成8年度（1996年度）から平成11年度（1999年度）にかけての皇居内での調査の結果、525種が確認された。東京都区内では見られなくなった日本脳炎を媒介することで知られるコガタアカイエカの生息が確認され、ユスリカ科では74種が確認され、うち4種が日本での初記録種であった。また74種のユスリカはこれまで多摩川流域全体で確認された種数に匹敵する数である。
ハエ類の調査結果からは、東京郊外の多摩丘陵の雑木林で見られる種との同一性が高いが、暖地である照葉樹林帯に生息する種が混じっていることがわかった。また街中のゴミなどで繁殖する種は少なかった。ハエの中でショウジョウバエは77種が確認された。東京都内の中心部にある皇居からは人家周辺に多く分布するショウジョウバエも多数採集されたが、その一方、皇居のショウジョウバエ相は千葉県清澄山にある東大演習林で行われたショウジョウバエ相の調査結果とよく一致していることが判明した。これは清澄山の演習林と皇居が同じ照葉樹林帯にあるとともに、演習林内の森林、草地、水系といった多様な環境と同じような環境を皇居が備えていることを示している。皇居のショウジョウバエ相からは、皇居の環境は全体としては森林的な環境であり、その中に草地や水辺という環境が含まれていると考えられ、そのような環境が豊かな生物多様性を維持していることを示唆している。
また皇居のショウジョウバエの調査からは、マキオショウジョウバエ、フタスジショウジョウバエ、ヒトクシショウジョウバエの3種については皇居内では秋の10月末から翌年の5月頃までは観察されるものの、夏季は高地帯へと移動するためにほとんど見ることが出来ず、また秋季になると皇居に戻ってくることが確認された。そして人工的な環境を好むショウジョウバエの多くも、春から夏にかけて低地から高地へと分布を拡大することがわかってきた。つまり皇居は東京の都市部に囲まれた閉鎖的な自然環境であることは事実であるが、外の自然環境とのつながりも維持されており、皇居の自然環境の維持ばかりではなく皇居外の生態系の維持もやはり重要であることを示している。
皇居では3科16種のカマアシムシ類が確認された。皇居で確認されたカマアシムシ類は日本の暖温帯、温帯に広く分布している種であったが、これまでの東京都区内で行われたカマアシムシ類の調査で確認された種の数を上回っており、やはり皇居の森の環境が豊かな自然を保っていることを示している。
また皇居のカマアシムシ類には、安定した湿潤な環境を好むカマアシムシ科は少なく、乾燥した環境に適応できるクシカマアシムシ科が多く見られるという特徴が見られる。これは大都市である東京都区内の中心部にある皇居の環境によるものである可能性が指摘されている。そして皇居内で採集されたカマアシムシ類の中には個体内に同一の種としては大きな差異が見られる種が複数見られる。これは皇居内に外部から移植された樹木に伴い、異なった場所から同一種が持ち込まれたことによって、皇居内のカマアシムシ類の中に同一種としては大きな差異が見られるようになった可能性がある。
トビムシ類は12科74種が確認されている。自然林や人為的影響が小さい二次林で確認されるトビムシ類は50-80種とされ、皇居で確認された74種というトビムシ類は皇居の良好な自然環境を示している。皇居の調査によって確認されたトビムシ類の中には、日本で初めて記録された種が2種確認されたとともに、明治38年（1905年）に横浜で発見されて以降、確認されていなかったタマトビムシが再確認された。