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悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
第7章・第8章に登場する悪の組織。表向きにはシンオウ地方に拠点を置く「宇宙エネルギー開発事業団」として活動している。“BOSS”ことアカギと数人の幹部の他、男女問わずおかっぱ頭にコスチューム姿の下級構成員“SHITAPPA”で構成されている。
団員同士は、常人には理解不能な言語でコミュニケーションを行う。トバリシティとハクタイシティにアジトを有する。
アカギ
ギンガ団のBOSS。強面の風貌に反して冷静沈着で、常に哲学的思想に耽り、それを基に多数の部下を従わせている知的な男。不完全に満ちた今の世界を消し去り、「完全なる宇宙」を創造することを至上目的とし、それに抗う者を一切許さず失態を犯した部下に対しては恐れられるほどに強くつねる。また自分の考えを他人に押し付ける傾向があり、初対面の相手に自分の考えを強く語ったり、自分と違う考えの持ち主をとにかく否定する。
人の心は「情」「意」「知」の三つが揃って初めて完全になるという考えを持ち、「意志を以って意志をくじき、制す」ことに特にこだわる。また、テンガン山やカンナギタウンの壁画など、シンオウ時空伝説に強い思い入れを抱いている。名前を書くことはその地に己自身を残すことと考えており、そのために愛用の羽ペンを常備している。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
初登場はテンガン山で自身のポケモンを進化しにきていた。そこに来た3人の騒がしさに苛立ち進化したばかりのジバコイルとダイノーズで生き埋めにした（その3人こそプラチナたちだったのだが、見向きもせずに攻撃したので互いに直接対面はしなかった）。
壁画の存在を知ったことでカンナギタウンに現れ、シロナのガブリアスの攻撃を利用してほら穴を破壊し中に侵入。そして壁画の謎を即座に解明した。そこでよからぬことを感じたダイヤから話しかけられるも無視し、壁画の写真を撮ってその場を離れようとする。しかしダイヤにカメラを奪われたことでダイヤ・パールと交戦し、彼らの感情と意志を貫く姿から部下としてスカウトする。パールにカメラを壊される形で断られると二人を退け、それぞれ「静かに思いやる感情」「強く固い意志」と評し、興味を示す。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
ギンガトバリビルで「赤い鎖」作成の時間稼ぎにシロナと戦い、激闘の末ガブリアスの体力切れの自滅も含めて実質戦闘不能に追い込むも、自分の手持ちも疲弊していたこと、当初の目的は果たされたことで自ら中断し引き分けに終わる。ダイヤたちによって湖の3匹が逃されたために2本目の赤い鎖を作れず、不完全な代用品を持って満身創痍となりながら、やりの柱に到着。ディアルガとパルキアを操り戦わせ、新宇宙創造を目論む。しかし、片方の鎖をジムリーダーたちに破壊され、彼らを倒すも今度はダイヤたちとレジギガスに妨害される。自身の邪魔をする理由をダイヤに問い掛け、その答えを否定するものの逆に自身の考えを否定される。さらに制御が不完全となった一瞬の隙を突かれ、ダイヤ・パールの全ポケモンによる総攻撃を受けて正気を取り戻したディアルガとパルキアの攻撃で意識を失う。自身が最も切望していた「情」「意」「知」の三つが合わさった「完全な心」をダイヤ・パール・プラチナから感じ取り、敗北の理由を悟るも、ギラティナによってやぶれた世界に連れ去られた。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
後にやぶれた世界でギラティナの攻撃でこちらの世界に飛ばされたダイヤと再会し、自分の間違いを認めて正すため、ダイヤと協力しギラティナによって幽閉されていたディアルガ・パルキアを開放。ダイヤたちのお互いの不完全な心を支え合い補うことこそ完全な心と称した。やぶれた世界からの脱出後、ギンガ団の解散を宣言し、ダイヤたちに感謝の言葉を残し3人の幹部と共に姿を消した。
実はナギサシティ出身で、子供の頃は機械いじりが好きだった。
手持ちポケモン
ドンカラス♂ Lv.63
特性：ふみん 性格：いじっぱり 個性：ちょっとおこりっぽい
技："きりばらい"・″つじぎり″
レアコイル→ジバコイル
特性：じりょく
技："チャージビーム"・"マグネットボム"・"ミラーショット"
エアカーがない時の飛行手段となる。
ノズパス♂→ダイノーズ♂
特性：じりょく
技："じゅうりょく"・"だいちのちから"・"でんじふゆう"・"マグネットボム"
マニューラ
特性：プレッシャー
技："かいりき"・"さしおさえ"
ギンガトバリビルで初登場。シロナのミカルゲと戦い、見えないほどの速さで「こおり」状態にした。
ギャラドス♂
特性：いかく
技："ギガインパクト"・"りゅうのまい"
切り札。巨体に似合わないすばやさで相手の攻撃を回避する。シロナのミロカロスを倒し、ガブリアスの未完成な"りゅうせいぐん"を耐えた。
マーズ
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
ギンガ団の女幹部。主にエネルギーの調達を担当。軽い口調だが、基本的に無表情。
「面白いこと」が好きで「面倒臭いこと」が嫌いな、掴みどころのない性格。しかし自身が面白がっていることを否定・妨害されると、一変して冷酷な一面を出し、その相手を容赦なく叩きのめす。サターンとよく衝突しているせいか、シャカピーの性能の悪さに文句を言っている。
谷間の発電所に現れた際、発電所の電気を奪うという悪事を面白がったことで、ダイヤの怒りを買った。その後、ギンガ爆弾投下当日にシンジ湖に現れ、偶然きのみを採りに来ていたダイヤの母・アヤコを人質に取り、ダイヤと交戦する。
エムリット捕獲後、サターン・ジュピターと共にやりの柱に向かい、ナタネ・マキシと交戦するも敗れる。戦いの後、再起を図るため他の幹部とその場を去った。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
その後、プルートと関わることを面倒くさがっていたが、サターン・ジュピターとやぶれた世界に入り、面白そうという理由でモミと交戦する。その時に、ギラティナと戦っていたデンジとオーバ（特にデンジ）を気に入った。
手持ちポケモン
ズバット♀
特性：せいしんりょく
主に人質を捕まえる役をする。
ドーミラー
技："かいふくふうじ"・"ジャイロボール"・"すなあらし"
ブニャット♀
技："いあいぎり"・"シャドークロー"
エレキブル
特性：でんきエンジン
谷間の発電所で奪った電気を運搬する役割をした。
メガヤンマ
技："きりさく"・"とんぼがえり"・"むしくい"・"むしのさざめき"
複数登場。羽ばたく際の羽音で相手の声をかき消すと同時に錯乱させ、衝撃に弱い体内にダメージを与える。戦闘中の飛行手段にもなる。
サターン
ギンガ爆弾の開発とそのための資金調達を担当。ネットゲーム好きで、爪を噛む癖がある。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
アジト内の自分の定めた範囲から出ることがない引きこもりで、任務やその際のポケモンバトルさえ、飛行カメラ「シャカピー」やSHITAPPAを利用した遠隔操作で行い、稀に現場に出向く際にもUFOのような小型飛行艇に搭乗し、地に足を踏みもしない。現地に出向かないがために作戦失敗も多い。陰湿かつ執念深い性格だが、飽きるのも早く、上手くいかないことがあるとヒステリーを起こす。さらには一時の感情で（計画に支障が出ない範囲とはいえ）勝手な行動を起こすこともある。それらの子供っぽい性格や行動からアカギからはよく叱られている（その際に言い訳をするためアカギからは内心呆れられており、パールとダイヤとの戦いでは二人のことを見習わせたいと述べていた）。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
アカギから資金集めの方法は任せると言われて金持ちの子供を誘拐して身代金を手に入れようと考え、その条件に当てはまるプラチナを捕まえるために行動。プラチナの写真が手に入らなかったのでその護衛であるパカとウージを探し、ロストタワーにて2人と交戦するも敗北。トバリシティにて再度パカとウージを襲撃するも、そこに同じくギンガ団と戦っていたパールとダイヤが合流したこともあって倒せず、痺れを切らしてギンガ爆弾の未完成品でパカとウージを消滅させる。しかし逆に二人からプラチナの居場所を聞き出せなくなったため飽きてしまい、ゲームをしていたが勝手な真似をしたことをアカギに叱られつねられた。
ギンガ爆弾投下当日にリッシ湖に現れ、パールと共に来ていたじんりきを湖に落とし、パールと交戦。ギンガ爆弾が自分の元に落ちたことからアカギからの信頼の証と喜び、アグノムを守ろうとするパールを圧倒し、アグノムを捕獲した。その後やりの柱でヒョウタ・メリッサと交戦するも敗れる。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
その後、マーズ・ジュピターを飛行艇に乗せてやぶれた世界に入り、ミルと交戦する。
手持ちポケモン
グレッグル♀→ドクロッグ♀
特性：きけんよち
技："どくづき"・"ふいうち"
特性「きけんよち」によって相手の技を見抜き、攻撃を受ける前に攻める。やぶれた世界の戦いでは進化していた。
ケーシィ
技："テレポート"・"ほのおのパンチ"・"れいとうパンチ"
"テレポート"によるヒット&アウェイを得意とする。
オクタン
技："オクタンほう"・"ダストシュート"
ジュピター
「ギンガ団幹部の真打ち」を自称する屈強な体格の女幹部。実際にジムリーダーや他の幹部と一線を隔てる実力の持ち主で、口数が少なくミステリアスな雰囲気を持っている。
他の幹部とは違い、目の前で起きている事態に一切の興味も示さず、アカギからの評価にも執着しないが、忠誠心は強い。寒冷な気候を嫌い、温熱サポーターを携帯している。
エイチ湖に現れプラチナ・スモモ・スズナと交戦し、SHITAPPAを連れることなく単身で3人を圧倒する実力を見せつけ、ユクシー捕獲の任務をこなす。その後やりの柱でスモモ・スズナと再戦するも、冷静沈着な性格ゆえにパルキアの発生させた空間の歪みの影響を強く受けて敗北した。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
その後、アカギを助け出すため、マーズ・サターンを叱咤しやぶれた世界に入りマイと交戦。戦いの後、アカギに「BOSSとしての責任をとって一緒に連れて行け」と怒鳴り、共に去っていった。
手持ちポケモン
ヤミラミ
技："おしおき"・"かげうち"
影を実体化させる先制攻撃が得意。モジャンボとの連携攻撃はかなり強力。
トリトドン（にしのうみ）
技："ストーンエッジ"・"どろばくだん"
"どろばくだん"で相手を埋め固めて身動きを封じ、急所を狙い強力な攻撃を繰り出す。
モジャンボ♀
技："しぜんのめぐみ"・"フラッシュ"
"フラッシュ"を自らのツルの隙間から放つことで、何条もの影を作ってヤミラミの"かげうち"を一度に幾つも増す。きのみを使う"しぜんのめぐみ"によって多彩な攻撃も可能。
プルート
ギンガ団研究班のトップで、「赤い鎖」の精製担当の老人。しかしギンガ団への忠誠心は皆無であり、その目的はシンオウ地方に伝わる伝説のポケモンの収集だった。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
その性格は他の幹部以上に非道かつ身勝手で曲がりなりにもアカギへの忠誠心から悪事を働いていた他の面々と違って、ただ伝説のポケモンが欲しいからと他者を傷つける外道。ギンガ団や自身のポケモンすらも捨て駒程度にしか見ていない。さらには常識も欠けており、平気でダイヤを倒したことにはしゃいだり、そのことに涙を流すパールを笑って煽ったり、それらの行動に怒ったロトムとレジギガス（ぎー）に責められても理解できていない様子を見せている。また、行動も言動も目的も小物っぽい。
ポケモンが種類ごとに嫌がる周波数の電波を放出し、ポケモンを強制的に意のままに操る特殊な機械を持ち歩いている。この機械の影響によって、バトルゾーン全域で大規模な電波障害が発生した。
ディアルガとパルキアによって作られる「中心」が宇宙ではなくやぶれた世界への入り口であることも知っており、ギラティナ欲しさに陰でディアルガとパルキアを操っていた。アカギの敗北後、プラチナにやぶれた世界の存在を話して逃げ去るが、トウガンに測定器を、ダイヤのりーに伝説のポケモンに関するメモを奪われる。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
第8章ではヒードランを狙いハードマウンテンに侵入。SHITAPPAを率いて、火山の置き石を探しているバクを尾行し、復活したヒードランを手に入れる。その後はギラティナを弱らせるために街に呼び出し、パールとダイヤと交戦。ヒードランの実力もあって最初は優勢だったが、ダイヤを傷つけられて悲しみと怒りに震えるぎーとロトムの猛攻を受け、やぶれた世界に撤退。しょうぶどころの3人組から逃げるために、口先で他の幹部を利用した。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
最後は自らの不利を悟ってギラティナを操り、やぶれた世界にアカギたちや伝説のポケモンを閉じ込めようとするが、出口に先回りしていたシロナのガブリアスの一撃でギラティナ諸共倒される。諦めずに逃げようとするもプラチナたちに捕まり、手に入らないならばと八つ当たり気味に出口を閉じようとするもロトムによってポケモンを制御する装置を破壊され、助かろうとアカギたちに媚を売るも、当然見放される。そしてダイヤたちと和解し去ろうとするアカギの姿に、自分のことを完全に棚に上げて「一番の悪党をこのまま見逃していいのか⁉︎」と言い出すが、復活したハンサムに逮捕された。
手持ちポケモン
ヤドキング♂
技："きりふだ"・"サイコキネシス"
プラチナのパチリスとチェリムに敗北する。
一時手持ち
ヒードラン♂
特性：もらいび
技："マグマストーム"
ハードマウンテンにてバクが誤って解放してしまったところを、測定機でコントロール下に置いた上で捕獲した。操ったポケモンの中では唯一ボールに入れられるなど手持ち扱いをされ、ギラティナ捕獲のための尖兵として使われたが、Saqueが放していったダークライの技に巻き込まれる形で見限られた後は、プルートに敵対しギラティナの制止に加勢。戦いの後はハードマウンテンへと返された。
Saque（サキ）
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
ギンガ団の女幹部だが、ジュピターたちよりは格下扱いとされている様子。血色の悪い肌で、細目のミステリアスな女。「フンフフフ」という特徴的な笑い方をする。ギンガ団の中でも古参メンバーであるが、幹部でもジュピター以外彼女の存在を知らなかった。なお、"Saque"はポルトガル語で「略奪」を意味する。
第5章・第6章・第7章の事件の背後に存在していた黒幕的存在。アカギの新宇宙創造計画のため、「宇宙のパワーそのもの」とも言えるデオキシスを入手するべく、ロケット団にスパイとして潜入していた。ロケット団では大隊を取りまとめる幹部・三獣士に抜擢され、デオキシスの研究と捕獲計画の中核を担いながら、各地の悪の勢力を調査・把握し、その勢力調整を行っており、第6章におけるガイル・ハイダウトの暗躍にも一役買った。遺跡からのアンノーンの解放・使役、ガイルの装備品、人間の洗脳など、独自の技術を数多く有している。かつてレッドやイエローを苦戦させたカントー四天王のカンナに勝利するなど、バトルの実力も高い。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ギンガ団
ギンガ団内で自分の留守を預かる存在として後述の上級SHITAPPAを用意した上で、サカキにデオキシス「個体・弐」を捕獲させるところまでサポートするも、図鑑所有者やチャクラの妨害によりデオキシスは逃亡してしまう。さらに自らもカンナの氷攻撃を受け左足に後遺症を負い、デオキシスの追跡もミュウツーの追撃に遭い失敗した。その後レッドたちの石化現象に関する独自の調査を進め、テンガン山にてジュピターたちに合流し、波動を辿って駆けつけたゲンと交戦するも途中で姿を消した。その後ダークライを捨てていくなど、やぶれた世界に足を踏み入れてはいたが、幹部3人のアカギ奪還作戦には結局合流せず、その後の消息は不明。
やぶれた世界でも平然としていたり、部下を洗脳するなど普通の人間ではないと思わしき描写も多々ある。
手持ちポケモン
ペルシアン♀
特性：じゅうなん
技："きりさく"・"だましうち"・"どろぼう"
スターミー
技："ほごしょく"
"ほごしょく"で擬態し、相手の不意を突く奇襲戦法を得意とする。
ジュペッタ♀
特性：おみとおし
技："シャドーボール"・"すてみタックル"・"よこどり"
第5章ではロケット団の首領サカキが自分の父親と知って動揺するシルバーの心の隙を突き、ショックを与え気絶させた。
離脱
ダークライ
特性：ナイトメア
デオキシスを再び捕まえるために繰り出した。このダークライとミュウツーの技の衝突によりレッド・グリーン・ブルー・イエロー・シルバーが石化した。上級SHITAPPAを動かしていた際には彼に預けるなど、Saque本人はその力を持て余しており、上級SHITAPPA解放後再び自身の手持ちに戻すものの、結局はやぶれた世界に放した。
上級SHITAPPA
ギンガ団のSHITAPPAだが、人形のように動く他のSHITAPPAらとは異なり、自らの野心のために行動する切れ者で、黒いマントとマスクを身に着けている。「アカギ様に取り入っているSHITAPPA」として、サターンから妬まれていた。
その正体はSaqueの手駒として洗脳されたSHITAPPAで、Saqueの思考と行動を全てなぞるように設定されている。第5章で図鑑所有者に野望を打ち破られたことを憎むSaqueの心理を引き継いでいるため、自身もポケモン図鑑に異常な執着心を持ち、ダイヤたちを幾度となく襲撃する。
引きこもりがちなサターンを陰で見下す一方で、ゲームコーナーの遺失物を横領するなどといった小さな悪事も行っており、プラチナが落としたポケモン図鑑を見て気に入り、ギンガ団の情報網を通じて図鑑所有者についての知識を得る。
ロストタワーで破損したシャカピーの映像を利用し、ミオシティに滞在中のベルリッツ氏に「プラチナを誘拐した」と虚言を言い、身代金15億を要求し、ナナカマド博士諸共特殊な牢獄に閉じ込めた。その後、ダイヤのこうてつ島での修行を監視していたことをゲンが感知した「悪意のある波導」により明らかにされるが、操り人形であったことも察知される。
2本の赤い鎖の精製をプルートと共に取りかかり、1本は完成したが基地に潜入したダイヤたちによりユクシー・エムリット・アグノムを逃されてしまう。しかし同時に、3人からポケモン図鑑を奪い取った。その後はシロナに破壊されたギンガトバリビルの瓦礫に埋まっていたが、Saqueに回収され自我を消され、集団意志に戻されそうになり、ギンガ団から逃げ出す。
罪の意識に苛まれていたところ、その心に呼応してやってきた湖の3匹が「恩義」を感じて危険を顧みずに行動する姿を目撃し、また自己喪失の恐怖も相まってギンガ団を抜けることを決意。そして、ギンガ団から守ってもらうことを条件に、プラチナたちをパカとウージの所へ連れていき、奪い取った図鑑も湖の3匹を介して全て持ち主に返した。
手持ちポケモン
リーシャン
特性：ふゆう
技："さわぐ"
フカマル♀
特性：すながくれ
技："ドラゴンダイブ"
ムクホーク
特性：いかく
技："ブレイブバード"
ゴースト

ユレイドル

一時手持ち
ダークライ
Saqueから預かっていた。一度もボールから出すことはなかったが、特性「ナイトメア」を発動して行く先々で悪夢を巻き起こした。上級SHITAPPAの解放後、Saqueに回収された。
SHITAPPA
一切の感情を破棄した機械のように無表情で無口。集団で一斉に同じ行動を取り、敵を追い詰める。
使用ポケモン
ムクバード

スカタンク
技："つじぎり"
ブビィ

ヘルガー
技："わるだくみ"
ゴースト

カイリキー

ベトベター

ニャース

マンキー

エビワラー♂

スリープ

リザード

ワカシャモ
はぐれ研究員
SHITAPPAではないが、ギンガ団の一員である。背の高い者と低い者の二人組で、リッシ湖を封鎖していた。213番道路からカバルドンの起こした竜巻で飛ばされてきたダイヤとプラチナを連行しようとするも、ダイヤに一瞬の不意を突かれ返り討ちにされた後に、フトマキに警察まで連行され、ハンサムの尋問を受ける。
手持ちポケモン
ドラピオン（背の低い研究員）
技："クロスポイズン"
フトマキによれば、いつもこき使われており、野生でいた方が良かったと思っているらしい。
コロトック（背の高い研究員）
特性：むしのしらせ
技："うたう"・"シザークロス"
ナイフのような腕は岩を切断するほどの切れ味だが、本質は"弾く"ことにあり即興で"うたう"のメロディーを作る。フトマキによれば、トレーナーにあまり頼りにされていないらしい。
スキンヘッズ
上級SHITAPPAに金で雇われ、こうてつ島を強襲した二人組。顎鬚ともみあげがそれぞれ特徴。上着の背中とベルトのバックルには手持ちポケモンのマークが描かれている。ゲンとルカリオの目と波導を封じるも、特訓の成果を出したるーに敗北した。
手持ちポケモン
ビークイン♀（顎髭のスキンヘッズ）
特性：プレッシャー
技："かいふくしれい"・"こうげきしれい"・"ぼうぎょしれい"・"パワージェム"
しもべによる攻撃は凄まじく、こうてつ島の野生ポケモンのボスでゲンすら苦戦したハガネールを倒し、ゲンとルカリオを襲うと同時に目にミツを付着させて視界を遮った。
ガーメイル♂（もみあげのスキンヘッズ）
特性：むしのしらせ
技："エアスラッシュ"
"エアスラッシュ"を放ちながら周りを旋回し、波導を大気ごと切り刻んで伝わりにくくする。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
第10章・第11章に登場する悪の組織。イッシュ地方の各地でポケモンと人間の関係についての演説をしており、イッシュではこの影響でポケモンを道具扱いしているのではないかという意識を抱いたトレーナーが手持ちポケモンを逃がしてしまう事件が頻発している。
しかし、その活動の裏で他人のポケモンを無理やり力ずくで解放させようとしたり、ポケモンの保護を名目にポケモンを傷つけるという矛盾した行動に出たり、ポケモンに犯罪の片棒を担がせる、あまつさえ「ひんし」状態になったポケモンを見捨てて逃げ出すなど、やっていることはこれまでの悪の組織と何も変わらない。本当にポケモンのことを思って所属していた団員もおり、アクロママシーンについても意見が対立していたらしく、やがて内部分裂を起こした。
第10章ではNを「王」として祭り上げていたが、彼が姿を消した第11章ではアクロマが新たなトップに就任する。
N（エヌ）
プラズマ団の頂点に君臨する「王」。普段は感情を全く持ち合わせていないかのような超然とした雰囲気を漂わせているが、根は繊細。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
幼い頃よりポケモンの声を聞く特殊な能力があり、周囲から疎んじられていたところをゲーチスに引き取られ、与えられた部屋から出ることなく人間に虐待されたポケモンに囲まれて育った過去を持つ。この偏った教育により、人間とポケモンの共存を否定し、全世界のトレーナーからポケモンを解放させようとしている。
ポケモンを想う心自体は本物で、純粋に慕う団員も少なくない。彼の夢を食べたムシャのけむりの映像を見たブラックからは、「プラズマ団とは異なるいいヤツ」と判断された。反面、人間に対しては徹底的なまでに冷酷で、特にポケモントレーナーやポケモン博士のことは「ポケモンの自由を略奪し、物扱いする者たち」とみなして敵意を隠さない。
カラクサタウンにて、プラズマ団の悪質な演説に激怒したブラックと交戦。ポケモン図鑑を所有しポケモンをモンスターボールに入れているブラックを断罪し、ブラックの手持ちポケモンも不幸だと決めつけていたが、「ポケモン図鑑もモンスターボールもポケモンと気持ちを通じ合わせるために必要である」と反論され「また解けない数式を見つけてしまった」と言いながら去る。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
ライモンシティの観覧車内ではポケモンミュージカルを終えたホワイトと対話し、ぶぶちゃんのバトルをしたい気持ちを認めようとしないホワイトの姿勢を批判。自らの意思でついてきたぶぶちゃんを連れて去った（その際、Nに同行していたジャノビー（後のあまんだ）がホワイトの元に来た）。
その後リュウラセンの塔を訪れ、ゲーチスからダークストーンを受け取ってゼクロムを復活させ、自分の手持ちにすると、チャンピオンを超えるためにアデクと戦い勝利し、ブラックがポケモンの声を聞いていないことを指摘してNの城へ飛び去った。
ブラックがリーグ優勝を成し遂げた直後に目覚めたレシラムの存在を感じ取って戦いを挑み、激闘の末に敗北。逃がしたと思っていたゾロアの意思を感じ取り、最後にブラック、そしてぶぶちゃんと共にその場に現れたホワイトとこれまでとは違う形で言葉を交わし、二人やゾロアに別れを告げてゼクロムに乗り去って行った。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
第11章では2年間ゼクロムと共にブラックを吸収したライトストーンの行方を追跡しており、行方不明扱いとなっていたが、実際は「しろのじゅどう」に滞在してアデク・アイリス・バンジロウ・アスラを相手に修行しながらゲーチスに対抗する力を磨いていた。なお、アデクの下にいた理由は、当時自分とのバトルにおいて勝つために打てる手を打たなかったアデクに感じた「解けない解」を解くため。その疑問を直接ぶつけたところ、彼から「ポケモンの解放も正しく思った」という答えをもらい、互いの誤った思い込みを正しあった。
キュレムが力を高め破壊活動を開始すると、それに引き寄せられたゼクロムに乗って決戦の地へ出発。途中ハイリンクでライトストーンを見つけたホワイトの前に現れ、自身の心がプラズマ団から「解放」され、イッシュを脅かすつもりは二度とないことを行動で示し続けるため、ゲーチスとプラズマ団、キュレムを食い止めるべくプラズマフリゲートへと向かう。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
ゼクロムがいずれキュレムに吸収されることを予測し、ライトストーンをホワイトに託してゲーチスと交戦するも、戦闘中「いでんしのくさび」を得たキュレムがゼクロムを吸収・合体したブラックキュレムから放り出され、ポケモンドリームワールドに引きずり込まれてブラックと再会。内部からブラックキュレムを攻撃しようとした途端、即座にポケモンドリームワールドの外へとはじき出され、気を失ったところをアクロマに確保されてプラズマフリゲートの内部へ監禁される。
自らを救出に来たファイツによって拘束を解かれ、5年前最初に奪ったチョロネコの居場所をファイツの母から聞いて乗り込んできたヒュウや、チャンピオンの責務を果たそうとするアデクと共にゲーチスを追い詰めるが、フリゲートを爆破され、落下しかけたゲーチスを助けようとして裏切られる。ゲーチスに何度も頭を殴られて昏倒するも、ダケちゃんが止血と麻酔を施したため間もなく意識を回復し、ファイツにぶぶちゃんと一緒にNの城の火を消すよう促した。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
事件後は国際警察によって逮捕されたが、プラズマ団員残党を統率させ、監視しやすくするための「象徴」として勾留期間が過ぎた後で保釈されると決まる。そして月日が流れた後、ファイツと共に略奪したポケモンを持ち主に返す旅に出た。
一時手持ち
「モンスターボールに閉じ込めたらポケモンの声が聞こえなくなる」という理由で、Nはたとえ「ひんし」状態であろうともポケモンをボールに入れない。また、独自のジェスチャーで指示を出す。
レシラムとの最終決戦に挑むにあたってゼクロム以外は全て逃がした。しかし、ぶぶちゃんはフードマンに連れてこられたホワイトを感じて「Nの部屋」に戻り、ゾロアはNと共にいることを望んで戻ってきた。
ゾロア♂
特性：イリュージョン
特性「イリュージョン」を活かした陽動や騙し討ちなどを得意とする。イタズラ好きで人間の子供に化けることもあり、ヒウンシティやライモンシティジム、ホドモエの跳ね橋ではブラックの前に現れてイタズラをしたほか、直接姿を見せてはいないものの、カノコタウンのアララギ研究所をひそかに監視していた。アデクと戦い、去り際にオタマロと共にアララギ博士の父が持っていた図鑑を破壊する。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
「イリュージョン」はゲーム本編とは異なり、控えポケモンだけではなく戦闘中の味方ポケモンや敵ポケモン、果ては人間にまで適用される。加えて任意のタイミングで発動・解除ができ、非常に有用性の高い特性となっている。
2年後（第11章）にはロットの元に身を寄せており、「イリュージョン」でファイツの身代わりを引き受ける。Nたちのポケモンを返す旅にも同行。
ツタージャ♀→ジャノビー♀
特性：しんりょく 性格：しんちょう 個性：ちょっぴりごうじょう
アララギ博士の父の研究所から逃がした。ライモンシティに現れた時にはジャノビーに進化していた。バトルに疎いホワイトを尻尾で弾き、ぶぶちゃんの才能を開花させるためにバトルをした後、ホワイトに「ポケモンの声」を理解させるべくぶぶちゃんと交換する形で彼女の手持ちとなる。後にホワイトから「あまんだ」というニックネームを与えられた。
オタマロ♂ Lv.24
特性：すいすい 性格：ひかえめ
技："エコーボイス"
カラクサタウンにて連れていたポケモン。ブラックのポカと戦っていたが、根性を見せたポカに水流を突破され相打ちとなる。その後、リュウラセンの塔にてNと共にゼクロムを迎えた。口から噴射する水流でアララギ博士の図鑑を撃ち抜きウォータージェットのような痕を付けた。
チョロネコ♂ Lv.19
特性：かるわざ 性格：おくびょう
技："つじぎり"・"ふいうち"
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
カラクサタウンにてブラックのムシャと戦った。ブラック曰く「普通に強い」。
マメパト♂ Lv.20
特性：きょううん 性格：おくびょう
カラクサタウンにて連れていた。
ぶぶちゃん（ポカブ♀）
特性：もうか
元はホワイトに同行していたタレントポケモンだったが、46巻で自らの意思でNに着いていった（44巻でホワイトが「ぶぶちゃんはタレントポケモンであり、自分の手持ちではない」ことを公言していたため、手持ちとしない方が正しい）。Nや他のポケモンと共にゼクロムを迎えた後、アデクのアギルダーを倒し、勝利の立役者となる。
Nがレシラムに挑む際、バトルの道を行くか、芸能の道を行くか、最後は自分で選ぶように諭され、他のポケモンと共に逃がされるも、バトルの道を選んでNの下に留まる。その後、ホワイトに親はNという形で引き取られた。
第11章ではホワイトを通してファイツに渡り、彼女の手持ちになった。
ドテッコツ♂ Lv.55
特性：ちからずく 性格：うっかりや　
リュウラセンの塔にてNと共にゼクロムを迎えた。
ヒヒダルマ♂ Lv.59
特性：ダルマモード 性格：おだやか
技："サイコキネシス"
リュウラセンの塔にてNと共にゼクロムを迎え、その後のアデクとのバトルでも使用。
アーケン♂→アーケオス♂ Lv.57
特性：よわき 性格：ようき
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
リュウラセンの塔にてNと共にゼクロムを迎え、その後のアデクとのバトルでも使用。
ゼクロム Lv.50
特性：テラボルテージ 性格：やんちゃ 個性：かんがえごとがおおい
技："クロスサンダー"
イッシュ伝説において「理想」を司るポケモン。高威力の"クロスサンダー"を不特定なタイミングで放つ強敵。しかし技の特性上、対となる"クロスフレイム"より発動に時間がかかり、その間に電撃の軌道やタイミングを読まれてしまう弱点が存在する。
第11章の事件収束後にレシラムと共に去った。
アクロマ
「闇の科学者」という異名を持つ犯罪者で、ゲーチスが「盟友（とも）」と称する人物。本人曰く「ポケモンの力を余すことなく最大限に引き出す」研究のため、プラズマ団に協力している。
ピュアで無邪気な性格であり、喜怒哀楽を素直に表現する。根っからの悪党ではないが、倫理観は一般人とかけ離れている。
第10章ではフード付きのマントに仮面を被ったトレーナー「フードマン」と名乗り、イッシュリーグでベスト4まで残った。シズイ曰く「バッジ8つを集めていない」らしいのだが、バトルの実力は相当なものらしい。準決勝でチェレンに敗北した後は、決勝戦を観戦しながらヴィオと会話している所をホワイトやハンサムに妨害されるが、逃走時にオーベムの"テレポート"でホワイトと共にどこかへ瞬間移動した。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
第11章では、ゲーチスによってN無き後のプラズマ団の新しいリーダーとなり、ヒオウギシティでゲノセクトおよび「アクロママシーン」の実験を行っていた。その後自身に反旗を翻したヴィオを撃破してキュレムの支配権を強奪し、ヒウンシティでラクツ・ファイツをキュレムの力で氷漬けにするとプラズマフリゲートを起動させ、ヒウン・シッポウ・サンヨウを順に凍りつかせながら移動を開始する。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
キュレムがゼクロムを取り込んだ際に、前々から興味があったNを確保しプラズマフリゲートに監禁しつつ、キュレムが故郷とも言えるジャイアントホールに自ら向かっていく後を追い、その場所で強力になったブラックキュレムのオーバードライブでブラックやラクツたちを倒そうとするが、ロットにアクロママシーンを無効化され、ゼクロムと分離してレシラムを取り込んだホワイトキュレムに攻撃されたことでプラズマ団を見限って脱走を図る。ラクツに追われ、手持ちの赤いゲノセクトが先輩たちを凍らせた仇と知り「かくごのすがた」になったケルデマルの攻撃で「うつしかがみ」を破壊される。オーベムに持たせていたアクロママシーンをラクツの手持ちに破壊されながらも、彼に赤いゲノセクトの"テクノバスター"を1発浴びせるが、2発目を撃つ直前にラクツに新しく加わっていたシュバルゴの捨て身の行動で暴発させられ、直後にかつてブラックのウォーが助けたビクティニの"Vジェネレート"を受けた。負けを認めて投降しようとした所に現れたキュレムの"ぜったいれいど"に冷凍冬眠状態にされ、ハンサムの手でそのまま国際警察へ移送。拘束後に解凍・回復される。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
しばらく後、ラクツに協力していたマジシャンとある契約を結び、アローラ地方に旅立つ。そして第14章にて潜伏中にエーテル財団に雇われ、ルザミーネの依頼でウルトラビースト捕獲専用ボール「ウルトラボール」の開発に携わった。
手持ちポケモン
オーベム♂
特性：テレパシー
技："エナジーボール"・"じこさいせい"・"シャドーボール"・"テレポート"・"めいそう"・"ワンダールーム"
ジムリーダー5人とキダチのさらわれた時の記憶を塗り替えたり、トレーナーのポケモン解放を裏で手助けし、最後には一時的にゲーチスに預けられレシラムがライトストーンに変わっていく中にブラックを取り込ませ、ゴーラの"ストーンエッジ"に閉じ込められていたゲーチスを救った。
ラクツとの最終決戦ではゲノセクト同士の戦いの外でアクロママシーンを遠隔操作していたが、それを見抜いていたラクツのゲノセクトとシュバルゴ以外の手持ちに倒される。
ギアル

ギギギアル
技："ギアソーサー"・"ギアチェンジ"・"ボディパージ"
飛行手段。"ギアソーサー"による空中戦も可能。
トルネロス♂・ボルトロス♂・ランドロス♂
四天王の戦闘力の調査とれいじゅうフォルムへの化身の実験のため、ダークトリニティより手渡された。発掘した「うつしかがみ」の力でフォルムチェンジが可能。
バルジーナ♀

赤いゲノセクト
技："テクノバスター"
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
色違いの個体。第10章ではダークトリニティに貸し出され、コバルオン・テラキオン・ビリジオンの3匹をフリーズカセットを用いて凍結させ撃破している。フードマンとして行動する際の飛行手段でもあり、ギギギアルより高速で飛行可能。アクロマ自らが手塩にかけて絆を結び育て上げているので、アクロママシーンの有無に関係なく言うことを聞く。
洗脳したポケモン
ゲノセクト
通常色の個体。第11章においてアクロママシーンで洗脳していたが、自身の手持ちではないことを見抜かれラクツに捕獲される。
ペンドラー
七賢人の逮捕のためイッシュに戻ってきたハンサムを始末するようゲーチスに言われて襲撃させたが、ラクツのフタチマルに倒される。
キュレム←→ブラックキュレム・ホワイトキュレム
特性：プレッシャー←→テラボルテージ（ブラックキュレム）、ターボブレイズ（ホワイトキュレム）
技："コールドフレア"・"こごえるせかい"・"ぜったいれいど"・"フリーズボルト"
イッシュ地方の第3の伝説のドラゴン。ヴィオが捕獲していたが奪い取り、イッシュの街を凍てつかせるためのエネルギーを吸収する。
ゲーチス
本名「ゲーチス・ハルモニア・グロピウス」。プラズマ団の最高幹部「七賢人」のリーダー格で、第10章・第11章における事件の事実上の黒幕。異常なほど常に淡々としており、落ち着いた喋り方をする。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
カラクサタウンで演説を行い、トレーナーたちにポケモンを逃がすよう唆した。その後シッポウシティで下っ端をハチクに変装させ、ダークストーンの在処を見つけたブラックを気絶させ、ダークストーンを奪ってNに渡した。
レシラムに負けて眠りに落ちたNとブラックの前に現れ、Nに理想を追わせ、伝説のポケモンを現代によみがえらせたのは「ポケモンの解放」という「理想」の実現のため絶対の権威をプラズマ団に持たせ、イッシュ地方民に力を見せつけるためだったと全てを明かす。しかし、Nが独断でレシラムに戦いを挑み敗れたため、「理想のために不都合な事実」、つまりプラズマ団の王であるNの敗北をなかったことにするため、レシラムに指示を与えていたブラックに襲いかかる。
しかし、その真の目的は従わない人間を権威と数の力で潰していき、最終的にプラズマ団のみがポケモンを独占する世界を築くことであり、Nはただの飾りでしかなかった。しかも、内心ではNを「バケモノ」と蔑んでおり、肉親の情など最初から持ち合わせていなかった。
ブラックのポケモンが苦手なタイプで追い詰めるも、ブラックの機転に敗れ、Nが去った後アクロマのオーベムでブラックをライトストーンに戻っていくレシラムに取り込ませ、姿を消した。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
第11章では盟友と慕うアクロマをプラズマ団の新たなリーダーとし、洗脳したキュレムでイッシュ支配を企む。だが、プラズマフリゲートでアデクの相手を手持ちに任せて逃走。Nに追われ、かつてトレーナーから略奪した大量のポケモンのボールを見せつける。
ラクツを追ってきていたハンサムに逮捕されそうになると「虜囚の辱めを受けるより夢と共に潰えよう」とフリゲートを自爆させ、落下しそうになったところをNに助けられるが、蔑んでいたNに嫌悪感を爆発させ、罵りながら痛めつけた。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
結局はゼクロムに捕まり、ハンサムに逮捕される。そして「自分の夢を食い破ったブラックたちも極悪人だ」と指摘するも、ホワイトに「自分を粉飾し、他人をだまし、利用し身も心も壊れるまで追い込まなければ叶わないものはただの野望だ」と糾弾され、それでも「苦い真実を直視できない衆愚は甘美な理想を見せてくれる指導者を求める」と抗弁するが、ファイツから「人間はだませてもポケモンたちは利用されて傷つけられたことを忘れない」と反論される。そして「解放」として略奪したポケモンが自分を睨みつけていることに気づき、完全に心が折れ、逃げるように自分から国際警察のヘリに乗り込んでいった。
手持ちポケモン
サザンドラ♂
特性：ふゆう
主力。ウルガモスとの連携により、相手を炎に閉じ込めて行動を封じる。チュラの"シザークロス"で倒された。
シビルドン
特性：ふゆう
技："ほうでん"
通常個体とは異なり、常に笑顔である。ダークストーンのありかを見つけたブラックを気絶させ、最終決戦時にはウォーとゴーラを同時に相手にする実力を見せたが、僅かな隙を突かれ逆転の一手を与えてしまった。ブオウの"フレアドライブ"に敗れる。
ガマゲロゲ
特性：すいすい
技："ハイドロポンプ"
度々プラズマ団の作戦を阻止してきたブラックを警戒したゲーチスにより、ブオウへの対策として投入された。ムシャの"めざめるパワー"で倒された。
デスカーン
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
特性：ミイラ
ムシャへの対策として投入された。ウォーの"フリーフォール"で倒された。
ウルガモス
古代の城で捕獲された。太陽に紛れて身を隠すことができる。ブラックとの戦いでは、燐粉から発せられる炎でフィールドを埋め、チュラを苦しめたが、ゴーラの"ストーンエッジ"で倒された。
ドラピオン
第11章での新しい手持ち。アデクに倒される。
ドクロッグ
第11章での新しい手持ち。アデクに倒される。
一時手持ち
オーベム
アクロマから貸与。
アスラ
七賢人の一員。青い帽子とマント、釣り目と福耳が特徴。
伝説のドラゴンについての情報収集を担当していた。シッポウシティで博物館から展示品を盗み出し、さらにプラズマ団の活動を妨害するブラックを倒そうとした。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
第11章ではゲーチスがキュレムを利用してイッシュ制圧に乗り出した場合に備え、シャガに情報の提供と対策を講じ、ロットと共にホワイトたちに協力。N・アデク・アイリス・バンジロウと共にホワイトフォレストの「しろのじゅどう」で修行に努めた。その後、ジャイアントホールに向かい因縁あるブラック・ラクツと出会う。
手持ちポケモン
デスカーン♂
特性：ミイラ
技："ガードシェア"
棺桶に擬態し、敵の目を欺く。ヤグルマの森での戦いでは、ドラゴンポケモンの骨格を操ってアーティを捕え、橋梁を破壊した。
シンボラー
技："アシストパワー"
第11章で登場。「しろのじゅどう」でアイリス・バンジロウらと修行していた。
スムラ
七賢人の一員。茶色の帽子とマント、紳士的な顔立ちが特徴。
ヒウンシティで下っ端に命じてポケモンを誘拐していたが、下っ端の一人の失策によってブラックに根拠地を突き止められ撤退。あまり部下を信用していない様子だった。
第11章ではリョクシと共にアクロマ派閥に与している。ヒウンシティの下水道でポケモンの「解放」を行っていたが、ラクツに同時逮捕される。後に二人共アクロマからは「老害」と酷評されている。
手持ちポケモン
モロバレル♂
特性：ほうし
ベルを襲撃しヒトモシを奪ったが、チャオに倒された。
リョクシ
七賢人の一員。緑色の帽子とマント、目の色が明るいのが特徴。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
古代の城でウルガモスの捜索・捕獲を担当していた。
手持ちポケモン
ペンドラー♂
ジャロ
七賢人の一員。黄色の帽子とマント、カールした髪が特徴。
トルネロス・ボルトロス・ランドロスを狙う。ホワイトが手も足も出せなかった3匹を一度に捕獲する実力を持ち、四天王シキミからも「見事」と評される。
第11章ではアクロマを新たなプラズマ団のリーダーとして認めておらず、アクロマ派の下っ端から追われており、うつしかがみの実験がてらかつて捕まえたトルネロスをけしかけられる。ラクツがトルネロスを撃破した直後、逮捕された。
手持ちポケモン
ワルビアル♂
ジャロの主力だが、トルネロスには敵わなかった。
ヴィオ
七賢人の一員。薄紫の帽子とマント、顎髭、こけた頬が特徴。
厚着をしているがかなりの寒がりで、変装すると人が変わる一面を持つ。3年以上前（第11章時点から5年前）から独自にイッシュ伝説の第3のドラゴンについて調査を行っていた。
冷凍コンテナを拠点とし、したっぱを使ってホドモエシティの人々からポケモンを奪っていた。ブラック・チェレンの実力を見極め撤退し、その後残ったチェレンをプラズマ団へ導く。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
リーグ戦では「グレイ」と名を変えてベスト8に入りアイリスと戦うが敗退。決勝戦を見ながらフードマンと会話しているのをホワイトに目撃され彼女を捕らえるが、自分がプラズマ団員だと話したところでハンサムによって捕らえられる。
その後は逃亡に成功し、2年間に渡って各地を転々としていたがアクロマに見つかる。切り札のキュレムを繰り出しアクロママシーンの確保を狙ったが、伏兵のボルトロスとランドロスに不意を突かれ敗北し、キュレムの支配権をも奪われ、吸収合体の知識を利用するためオーベムのサイコパワーによる拷問で知り得た情報を自白させられる。
手持ちポケモン
フリージオ
技："れいとうビーム"
離脱
キュレム
第10章時点ですでに捕獲していた。
ロット
七賢人の一員。赤色の帽子とマント、明るい顔立ちが特徴。
比較的穏やかな性格で、第11章での回想では、自分より年下の団員であるファイツに対して優しく接している。
現場に直接出てはいないものの、リバティガーデン島でビクティニの調査を行わせたり、ダークトリニティとジムリーダーの戦いをゲーチス・リョクシ・ヴィオ・ジャロと共に観戦していた。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
第11章ではN派に所属し、アクロマ派と対立している。自身の賛同者と共にアクロマ派を止めるための行動を起こし、ファイツに託したメモリーカードの捜索を行う。ファイツの母親からの連絡を受けて自身も逮捕される危険を冒しながら氷漬けにされたヒウンシティに現れ、Nのゾロアにファイツの身代わりを任せたが、目の前で自分を狙っていたアクロマのバルジーナによってファイツを攫われる。その後、ヒュウを救助してトレーナーズスクールに戻り、アクロママシーンの無効化に必要なメモリーカードの返却を求めプラズマ団の現在を教えた。
ゲーチスが逮捕されたと同時に国際警察に拘留され、面会に来たファイツに、Nは勾留期間が過ぎた後にプラズマ団員の監視のための「象徴」として保釈されることを教え、結論を急がず自分たちの轍を踏まずに生きるよう忠告する。
手持ちポケモン
ランプラー♂→シャンデラ♂
技："たたりめ"・"れんごく"
第11章で進化。
ココロモリ

その他
どれがどの七賢人のポケモンかは不明。
バルジーナ♀

ガマゲロゲ

ジヘッド
ダークトリニティ
仮面をつけた黒ずくめの3人組。仮面はそれぞれ、形がバオップ・ヒヤップ・ヤナップの顔の模様と一致しており、ポケモンもそれに因んだタイプになっている。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) プラズマ団
シッポウシティに運ばれたダークストーンを監視していたが、ジムリーダーたちが仕掛けた罠にかかり、交戦。ハチクによって身を捕らえられるが、トルネロス・ボルトロス・ランドロスの3匹の圧倒的な力で逆転。アロエの作戦によりダークストーンを奪うことはできなかったが、ハチク以外のジムリーダー6人とキダチを捕らえ、どこかへ連れ去った。その後は「P2ラボ」で何かの実験をしていたところに現れたデント・ポット・コーンと戦い、三剣士の乱入により彼らを氷漬けにした。
2年後の第11章で、服装を変えてプラズマフリゲートにて再登場した。ラクツが残していった手持ちを退け、サザナミタウンでプラズマフリゲートに乗艦し、ジャイアントホールでかつて氷漬けにした三剣士と戦闘。れいじゅうフォルムのトルネロス・ボルトロス・ランドロスを使うが、うつしかがみが壊されてけしんフォルムに戻った3匹が返り討ちにされ、三剣士の報復を受ける。
手持ちポケモン
メラルバ♂
特性：ほのおのからだ
バオップ型の仮面。古代の城で増やしたウルガモスのタマゴから孵った。
バスラオ♂（あおすじのすがた）
特性：てきおうりょく
技："アクアテール"
ヒヤップ型の仮面。
ドレディア♀
特性：ようりょくそ
技："ちょうのまい"・"はかいこうせん"・"メガドレイン"
ヤナップ型の仮面。通常個体とは違い、かなり凶悪な顔つきをしている。
一時手持ち
トルネロス♂・ボルトロス♂・ランドロス♂
「いざという時のための戦力」としてジャロから託される。第11章でコバルオンたちに倒された後、支配から解放されて逃げ出した。
愛の女神 バーベナ&平和の女神 ヘレナ
リュウラセンの塔でゼクロムを迎えるNを見ていた二人の女性。Nが幼い頃は世話係を務めており、その過去をホワイトに話した。
全てが終わった後は略奪されたポケモンたちを持ち主に返す旅を始めたNとファイツに付き添っている。
アスラ配下
女の団員3人。「プラズマ団」に属していながらも自分たちのポケモンを平然と見捨てる非情な性格。
女団員の一人はスムラ配下の男性団員と共に、カラクサタウンでゲーチスの演説の舞台の設備をしていた。ゆめのあとちの周辺でブラックと戦った。その後シッポウシティでドラゴンの化石やダークストーンを盗もうとする。
第11章ではファイツ曰く、プラズマ団に所属する以前はポケモンセンターに勤めていたことが明かされた。
使用ポケモン
ミルホッグ
特性：はっこう
暗い場所を利用してブラックたちに襲い掛かるも、ムシャの"サイコキネシス"によって倒される。用無しとして見捨てられ、その後はマコモ博士が引き取っている。
ロット配下
ふくよかで常に笑った顔をしていて厚い唇が特徴の男と、ゴチミルのような顔立ちをした女の2人組。リバティガーデン島をサイコパワーで覆ってビクティニを捕らえようとしていたが、ブラックによって止められ失敗する。
第11章ではゴチミルのような顔立ちの女団員2人はN派のプラズマ団に所属しており、ロットと共に新生プラズマ団を止めるために行動している。ファイツの回想シーンにも登場している。
使用ポケモン
ゴチルゼル
技："さいみんじゅつ"
ビクティニの後押しを受けたウォーの反撃を受け敗北。
ゴチミル×2
スムラ配下
男の団員。アスラ配下の女団員一人と共に、カラクサタウンでゲーチスの演説の舞台の設備をしていた。その後スムラのモロバレルを使ってベルを襲い眠らせ、ヒトモシを「解放」しようとした。ヒウンシティでアーティのジムの向かいのビルをアジトにしていた。
リョクシ配下
男の団員。リョクシの元に向かうはずだったが、予期せぬイッシュ四天王のギーマと戦いに敗れる。
使用ポケモン
マラカッチ
技："コットンガード"・"はなびらのまい"
ヴィオ配下
眼鏡にちょび髭を生やした小柄な中年男と、ふくよかな中年女の二人組。冷凍コンテナでチェレンのポケモンを奪おうとした。
第11章でのファイツの回想シーンにも登場している。
使用ポケモン
バニプッチ
特性：アイスボディ
氷で鏡を作り出す。ブラックを鏡部屋に閉じ込めたが、チャオに氷を溶かされたうえ反撃されて敗北。
ツンベアー×2
技："つららおとし"
チェレンのツタージャを相性の有利さで侮っていたが、チャオとの合体技による"ほのおのちかい"を受けて敗北した。
ジャロ配下
若い男女の二人組。5年前（第10章から3年前）、ヒオウギシティでヒュウと交戦し、ヒュウの妹のチョロネコを奪った。
第11章ではゲーチス派の新生プラズマ団に所属している。プラズマフリゲートで因縁のあるヒュウと再会し、ツタージャがヒュウに懐いてしまい、あっさり降参する。
使用ポケモン
プルリル♀（女）

モノズ（男）
これが原因でヒュウの妹はモノズが苦手になってしまう。
ツタージャ
元の持ち主から「解放」され、ゲーチスから預かっていた。だが、出した瞬間にヒュウに懐き、以降は彼と行動する。
ハチクに変装した団員
眉毛がなく頬のこけた男の団員。シッポウシティでブラックの目を欺き、ゲーチスのシビルドンを使って気絶させ、ダークストーンを奪った。
第11章ではゲーチス派の新生プラズマ団に所属しており、ヒウンシティの下水道でポケモンを「解放」しようとしていた。
下っ端たち
使用ポケモン
ドッコラー（複数）
カラクサタウンで、ゲーチスの演説のステージを作っている最中、外で寝泊りしていたブラックたちまで巻き込んでしまう。
チョロネコ
ポケモンリーグでジムリーダーたちと交戦。
ファイツ
ファイツの母
母娘。母親は育て屋で働いていたが、傷つけられたポケモンたちが預けられるのを見て心を痛め、プラズマ団に参加した過去を持つ。第10章では、演説によってトレーナーから解放されたポケモンの世話をしていたが、Nが旅立った後、他の団員たちと共に離脱。第11章ではロットに協力しており、Nが捕われたプラズマフリゲートへロットとヒュウを送り出す。ファイツの正体が国際警察に知られた後も、罪はないとして逮捕はされていない。
スムラ&リョクシ配下
第11章でのスムラ・リョクシの配下。アクロマ派閥の戦闘員で、新しいデザインの制服を着ている。
ヒウンシティの下水道に潜伏し、ポケモンの解放を行っていた。ラクツたちを襲うが返り討ちにされた。
手持ちポケモン
ベトベトン
技："ダストシュート"・"とける"
新生プラズマ団の下っ端
ゲーチス派の新生プラズマ団に所属。
手持ちポケモン
ダゲキ♂
技："ローキック"
ナゲキ♂
技："ともえなげ"
バルジーナ♀
技："バークアウト"
ダストダス

ズルズキン

ペンドラー

ミルホッグ

フリージオ
技："こおりのいぶき"
タブンネ
技："シンプルビーム"
ホイーガ
技："ハードローラー"
ギギアル
技："まもる"
ハブネーク

ワルビアル

ドガース

ニューラ

ヤブクロン

ゴルバット

ラッタ
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) フレア団
第12章に登場する悪の組織。伝説のポケモンとメガシンカのアイテムを強奪することが主な目的。伝説のポケモンの捕獲を担当するA班（チーム・ア）、メガストーンとキーストーンの確保を担当するB班（チーム・ベ）に分かれている。ワイの母親・サキを含むアサメタウンの住人を捕まえ、ギルガルドの洗脳で「大樹」の運搬をさせている。
歴代でも群を抜いた影響力・支配力を持っており、カロス地方のマスメディアや警察幹部、有名企業の社長などといった上流階級の人間を全て取り込んでおり、一般市民もまた、カロス地方中に普及しているホロキャスターを常に盗聴され、監視下に置かれているなど、一般市民たちの自覚のないままカロス地方を完全に征服してしまっている。その影響でカロスのマスコミや警察も全てフレア団の息が掛かっており、虚偽の報道でジムリーダーや四天王などのカロスリーグの面々を社会的に抹殺し、半ば壊滅状態に追い込んだ。つまり、第12章におけるフレア団とは、カロス地方そのものであると言っても過言ではない。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) フレア団
最終決戦の末、組織の野望はエックスたちによって食い止められ、主だった科学者は逮捕されたが、フレア団を壊滅させることは今あるカロス地方を滅ぼすことに等しいと言えるため、支援者や地方中に散らばった団員・幹部たちまでは司直の手が出せず、完全には壊滅できずにいる。そして、最終決戦後もジムリーダー・四天王たちへの嫌疑と風評被害は晴れておらず、カロスリーグは事実上抹消状態となっている。
なお、メンバーが身につけている赤スーツは500万円もする高級品で、最終兵器のエネルギーから着用者を守る防御機能が備わっている。
フラダリ
フレア団のボス。「フラダリラボ」のトップにしてホロキャスターの開発者でもある。プラターヌ博士とは知り合いで、彼からは「フラダリ氏」と呼ばれている。3000年前のカロス王族の子孫だという。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) フレア団
独特の考えの持ち主で、ホロキャスターの利益はすべて慈善事業に充てられており、研究内容と引き換えにポケモン研究家たちに資金援助を行うなど元は人格者であったが、私財を投げ打ってまで行った善意がカロスの人々の無関心によって汚されたことで絶望感と徒労感を抱くようになり、冷酷かつ独善的な人間へと変わってしまった。現在では自分にとって不利になりそうな写真を持つトロバたちに手持ちを繰り出して詰め寄る、イクスパンションスーツのリミッターを解除して被験者であるマチエールを廃人間際まで酷使するなど、相手が子供であっても容赦しない面を見せている。自分には美しい世界を作る役目が与えられたと考えており、3000年前に作られた最終兵器によってカロス全土を「浄化」する計画を立てる。自らが「選ばれた者」と見込んだ物には一定の敬意を払っている。トレーナーとしての実力も高いが、メガシンカにやや依存している傾向がある。
下っ端の男が手に入れた「ギャラドスナイト」とコルニから奪った「キーストーン」を取りつけたメガリングでギャラドスのメガシンカに成功する。フレア団のアジトに攻めて来たエックスに敗北した上、最終兵器を起動させカロス地方を滅ぼそうとするも、エックスたちやジムリーダーの活躍により被害は爆風程度で収まってしまう。