Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
ヨーロッパ級は2410年に就役した宇宙艦隊ニミッツ級の最新バリエーションである。アイコニア戦争などの度重なる連邦への脅威の遭遇により高まった、巡洋戦艦へのニーズに応えるために設計された。この規模の船としては攻撃性能・防御性能ともに抜きん出ており、戦闘の最前線で敵性勢力の戦力を削ぐ役割を持つ。また小艦隊の旗艦としても機能する。新型の構造維持フィールド・ジェネレーターを搭載しており、僚船と構造維持フィールドを共有する事により船体の剛性を高める事が出来る。
U.S.S.ヨーロッパ（NCC-97640）
ヨーロッパ級の一番艦。宇宙歴87751.8に進宙。2256年に連星系の戦いで自沈したブレット・アンダーソン大将の旗艦、ニミッツ級U.S.S.ヨーロッパの名を受け継いでいる。宇宙艦隊先進宇宙船設計局のS・J・ヘンプヒル中将によって名付けられた。
恒星の異常活動によるバリオン放射に飲み込まれ2259年に緊急放棄された、TL-9139星系の第39造船所に置き去りになった船が回収可能になった事から始まった、一連の23世紀中頃の技術の再評価によって誕生したクラスの一つ。
ジョージャウ級は、23世紀後半に運用されていた宇宙艦隊ウォーカー級の改装型。クリンゴン帝国との戦争を主眼に、400メートル級の宇宙船にどこまでパワーと兵器を積め込めるか、という命題を追及する設計がなされていたが、当時はキトマー条約によりクリンゴン帝国と和平が成立したため、計画通りには運用されなかった。2410年になって性能が再評価され日の目を見る。
U.S.S.ジョージャウ（NX-2100 → NCC-2100）
ジョージャウ級の一番艦。このクラスの試作艦としてU.S.S.エクセルシオールと同時期に建造されたが、キトマー条約の発効に伴いその武装の規模が条約中の軍縮条項に抵触したため、搭載兵器を大幅に削減し余剰パワーをセンサーシステムに振り分け、「強力なセンサーを持つ軽探査船」という名目で就航した。2293年にMissing In Action|作戦行動中行方不明となっていたが、船体はクリンゴン帝国に鹵獲されており、2410年に友好の証として惑星連邦に譲渡された。
シュラン級は、2410年に就役した宇宙艦隊マギー級の最新バリエーション。TL-9139星系の第39造船所から回収されたマギー級を再評価し、25世紀の技術で改装したクラスである。クリンゴン帝国から提供されたバード・オブ・プレイの操縦システムと標的センサーを搭載しており、同規模の船としては他に並ぶもののない高精度の操縦性と攻撃性を有する。船の前方に強力な重力の歪みを発生させる試作兵器を搭載しており、これによって捕らえた標的に船首周辺に集中配置されたフェイザー・魚雷で総攻撃を加える戦術を得意とする。
U.S.S.シュラン（NX-91413 → NCC-91413）
シュラン級の一番艦。2256年に連星系の戦いで撃沈されたマギー級U.S.S.シュラン（NCC-1413）の名を受け継ぐ。
ガガーリン級は、2410年に就役した宇宙艦隊シェパード級の最新バリエーション。TL-9139星系の第39造船所から回収されたシェパード級を再評価し、25世紀の技術で改装したクラスである。船体のモジュール構造や特殊なEPSネットワークなど、クルーの生存性を高める新しいアイデアが多数盛り込まれている。アイコニア戦争で多く失われた巡洋戦艦戦力を補充する役割を果たす。標的に向けて純陽子バーストを放射する試作兵器を搭載しており、標的のEPSネットワークにダメージを与える事が出来る。
U.S.S.ガガーリン（NX-97930 → NCC-97930）
ガガーリン級の一番艦。2256年にクリンゴンとの戦闘で撃沈されたシェパード級U.S.S.ガガーリン（NCC-1309）の名を受け継ぐ。
ブラン級は、2410年に就役した宇宙艦隊カルデナス級の最新バリエーション。TL-9139星系の第39造船所から回収されたカルデナス級を再評価し、25世紀の技術で改装したクラスである。メインディフレクター盤は五重の集束アレイと特殊な機関を持ち、ディフレクターフィールドの形成以外にも人工的に兵器化したイオン嵐を発生させるなど様々な用途に用いる事が出来る。また、これまでの宇宙艦隊船ではイントレピッド級のように非常用のサブ・ワープコアを持つ船はあったが、本級ではメイン・ワープコアを二基持ち四基のワープナセルに強大なプラズマエネルギーを供給しているという特徴がある。
U.S.S.ブラン（NX-96400 → NCC-96400）
ブラン級の一番艦。船長はアンドリア人のTh'pev大佐。2256年にクリンゴンとの戦闘で撃沈されたカルデナス級U.S.S.ブラン（NCC-1422）の名を受け継ぐ。
エジソン級は、2410年に就役した宇宙艦隊フーヴァー級の最新バリエーションであり、戦闘艦タイプの新型タイムシップ。TL-9139星系の第39造船所から回収されたフーヴァー級を再評価し、25世紀の技術で改装したクラスである。アイコニア戦争後の艦隊再編成に向けて行われた惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン共和国・ドミニオンの技術交流で得られた成果を盛り込んで設計されている。ドーサルネックがフーヴァー級よりかなり短いため、ネビュラ級に近い外見になっている。ブラン級と同様にメインディフレクター盤は五重の集束アレイと特殊な機関を持う構造だが、常時フォースフィールドで覆われ防護されているという珍しい特徴がある。
U.S.S.エジソン（NX-95160 → NCC-95160）
エジソン級の一番艦。同プロジェクトで設計されたクリンゴン帝国・ロミュラン共和国・ドミニオンの新型タイムシップと共に艦隊を組んで通常ワープ速度で作戦行動をとったり、タイムトラベルのテスト中に2769年のニューキトマー星に現れた事が確認されている。2256年に連星系の戦いで撃沈されたフーヴァー級U.S.S.エジソン（NCC-1683）の名を受け継ぐ。
サマーヴィル級は、2410年に就役した宇宙艦隊ヘルナンデス級の最新バリエーション。TL-9139星系の第39造船所から回収されたヘルナンデス級を再評価し、25世紀の技術で改装したクラスである。クロスフィールド級に似たリング状の船体の両舷に、カヌーの様な形状のワープナセルがナセルパイロン無しで直接接続されている。宇宙艦隊船としては23世紀半ばのクロスフィールド級以来、約150年ぶりにマイセリウム胞子テクノロジーが組み込まれている。
U.S.S.サマーヴィル（NX-93200 → NCC-93200）
サマーヴィル級の一番艦、艦長は地球人のエッサー大佐。宇宙歴87724.4の進宙式では、U.S.S.エンタープライズFのヴァケル・ション艦長が招かれスピーチを行った。2252年に惑星連邦で初めてマイセリウム胞子を発見したヘルナンデス級U.S.S.サマーヴィル（NCC-1322）の名を受け継ぐ四隻目の船。
U.S.S.カーター（NCC-93202）
2410年、ケブレット提督が指揮するアンドロメダ級U.S.S.バーミンガム（NCC-92100）旗下の艦隊に参加し、キンジャー星系のマイセリウム胞子生息地をクリンゴン・モカイ家の攻撃から守った。
U.S.S.ホフマン（NCC-93206）
艦長はアンドリア人のシュマロイス大佐。2410年、クリンゴン・モカイ家による攻撃を受けたアンドリア星系を、アンドリア帝国防衛軍艦隊と共に守った。
スティクス級は、23世紀に運用されていたテラン帝国宇宙艦隊の弩級戦艦。全体的には宮殿船I.S.S.カロンのデザインを戦闘用にアレンジしサイズダウンしたクラスで、エネルギー源として背面主船体の中央にI.S.S.カロンと同様の小型恒星を持つ。
I.S.S.スティクス
スティクス級の一番艦。
クロスフィールド級は、23世紀に運用されていたテラン帝国宇宙艦隊の戦艦。一番艦は塗装が惑星連邦宇宙艦隊のクロスフィールド級と異なる他、ワープナセルが太く短いという相違がある。まマイセリウム胞子ドライブの代わりに、マイセリウム胞子の多次元共鳴特性を利用して超次元変動を引き起こす対艦戦術兵器を搭載しており、この兵器の起動に必要なエネルギーの練成と次元の歪みからクルーを保護するために円盤部が回転する。またクルーの任務配置に「戦術配置」と「科学配置（通常時）」があり、戦術配置の発令により一部の科学調査機能のオミットと引き換えに攻撃力や機動力が向上し、試作ディスラプター砲の使用が可能になる。この兵器は標的の宇宙船に継続的な物理損傷を与える事が出来、船体構造が悲鳴を上げる事から「アガナイズド（苦悶の）」と冠されている。
U.S.S.クロスフィールド（NCC-1029）
クロスフィールド級（鏡像）の一番艦。I.S.S.ディスカバリーなどの後続の姉妹船とはワープナセルの形状が異なり、ジャンプも出来ない。
パラディン級は26世紀で運用されている宇宙艦隊の巡洋戦艦。円盤部の後部が延長された双胴体とポッドで連結されたナセルに一対のパイロンと、基本構成は22世紀のNX級を踏襲している。26世紀の宇宙艦隊船の中では操縦が非常に難しく、パイロットには熟練の技術が求められる。無人フェイザー砲台を搭載しており、投下して戦闘に加える事が出来る。
一番艦は登録番号がNCVである事から、通常の宇宙艦隊船ではなく時間調査委員会所属のタイムシップであると分かる。ただし、プレイヤーがこのクラスを使用する場合には、NCVの登録番号は設定する事は出来ない。
クロノス級は31世紀で運用されている時間艦隊のドレッドノート。29世紀のウェルズ級を巨大化したような外見で、大きさは1000m級。時間冷戦における数々の戦場で時間艦隊の主力艦として活躍した。船体の表面に船名・登録番号の表示が無いという特徴がある。クロノタキオン・キャパシターの起動により、船体に当たった敵のエネルギービームを吸収し船体強度とシールド強度を回復する事が出来る。
パイオニア級は23世紀中頃に運用されていた宇宙艦隊のフリゲート。コンスティテューション級重巡洋艦よりも小型で、主に短距離の宇宙探査や僚船の支援任務などに用いられる。延長された円盤部の後部から左右斜め上方にパイロンが伸びその先に一対のワープナセルが接続されている。円盤部の下には短いドーサルネックと魚雷ポッドを挟んでコンスティテューション級のものの半分ほどの長さの紡錘部が接続されており、前方にパラボラアンテナ状のデフレクター盤が、後方にアンテナ状のセンサーアレイが取り付けられている。
レンジャー級は23世紀中頃に運用されていた宇宙艦隊の巡洋戦艦。双胴体・魚雷ポッドで繋がれたナセルパイロン・ワープナセルという構成で22世紀のNX級に似た円盤部の下に、コンスティテューション級と同タイプの紡錘部がドーサルネック無しで接続されている。当時の宇宙艦隊における軍事力の中核を成すクラスであり、クンリンゴン帝国やロミュラン帝国との戦いにおいて最前線で活躍した。フォトニック・デコイビーコンの起動によって敵船のターゲットスキャナーを撹乱する事が出来る。
アトラス級は23世紀中頃に運用されていた宇宙艦隊のドレッドノート。船体の基本構成は上述の25世紀のコンコルド級と同じで、いわば祖先とも呼べるデザインとなっている。戦闘機を搭載し航空戦能力を備えた初の宇宙艦隊船である。ダイナミック・パワーレジストリビューター・モジュールの起動により、船体構造維持フィールドを強化する事が出来る。