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ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
洞窟内に生息する個体は複数の巣穴を構えており、巣穴同士が地下で繋がっているため、潜った後に別の巣穴から顔を出すこともある。
原生生物図鑑によれば、大きな目玉は紫外線や赤外線だけでなく円偏光も感知していると考えられ、そのおかげで視界の悪い泥の中でも獲物の位置を把握できている。また、硬い殻のおかげで天敵が少ないこともあり、脱皮を繰り返して大きく成長した寿命50年を超える個体もいるらしい。
ルーイメモによると、炭火で網焼きにすると美味で、味噌もまた絶品の味との事らしい。
ツブラメケメクジ
【和名：ハンジュクケメクジ 科：ケメクジ科】
【英名：Toady Bloyster】
登場作品：2、3、4
体長：約10cm/105㎜
運搬数：3
貝類からケメクジに進化する途中の段階のもの。重要な器官を奥へ引っ込めるという貝類の名残がまだ残っており、目が小さい。えらもケメクジより大きい。
陸地でも活動できるが、陸上よりも水中のほうが活発になる。
性質は後述のケメクジに準じるが、光への関心は示さないため、回りこむのも攻撃も容易。しかし目の前に立っていると触手で攻撃してくる。
倒すと本体は溶けてなくなり、鰓（と持っていたお宝またはペレット）だけが残る（『3』では魂が抜け出るエフェクトが追加されている）。えらはオニヨンに運び込むとピクミンが25匹増え、『2』では最大の栄養価である。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
『2』の本編では「まどいの水源」の地上にしか出現しない。また、日にちが変わるごとに、地下洞窟に入ることでも再配置されるなど、復活が非常に速い。
『3』では触手の形状が変化した他、ピクミンを振り払う動作は行わない代わりに墨を吐き出す攻撃が追加された（『2』の毒に似た攻撃で全てのピクミンに効果があるが、混乱するだけで死ぬことはない）。
ルーイメモによると、背中のえらと目玉はどちらも美味で、特に目玉はプチッとした感触がたまらないとの事。
ハナガサケメクジ
【和名：デメハナガサケメクジ 科：ケメクジ科】
登場作品：4
運搬数：1+7
活動時間：昼
ツブラメケメクジやケメクジの原種。貝類としての特徴がよく残っており貝殻を背負っている。
頭や足はかたい筋肉で覆われていてダメージを受けないが、ケメクジの例にもれずエラが弱点で攻撃を受けると呼吸が出来なくなって貝殻が開いて傘のようになってしまい、柔らかい中身を晒してしまう。
性質は大人しく目に入るものは何でも構わず飲み込む事から、生ける掃除機とも呼ばれる。
ルーイメモによるとアシが早いので保存には向かず、脂がのったエンガワを生で頂くとの事。
ケメクジ
【和名：ヒトハナケメクジ 科：ケメクジ科】
【英名：Ranging Bloyster】
登場作品：2
体長：約20cm/211㎜
運搬数：3
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
地下洞窟「シャワールーム」のボス。地下洞窟「百戦錬磨の穴」でも中ボスとして登場する。
貝類から進化して殻を捨てた種類。背中についている花のようなものはえらであり、同時にケメクジの弱点でもある。ツブラメケメクジより移動が早く、陸地でも活発に行動できる。
粘着性のある7本の触手で獲物を捕らえ、捕食する。光るものに興味を示し、とりあえず捕食しようとする習性から、プレイヤーキャラのうちリーダーである方（識別灯が光っている方）に反応する。背中の鰓と目玉が、オリマーに反応している際は赤色、ルーイと社長の場合は青色に点滅する。旋回速度が非常に早く、普通に走って背中に回りこむことはほぼ不可能なため、リーダーをいつでも交代できることを利用して2人でピクミンを連れてケメクジを挟み込めば攻撃可能。7本の触手での攻撃の際は隙ができ後ろに回り込むことができる。紫ピクミンなら直接ぶつけてダメージを与えられる。またケメクジの性質としてリーダーを切り替えると赤にも青にもならず、2秒ぐらいケメクジがとまる。その2秒を利用して光ったら切り替え、光ったら切り替えをこまめに切り返して回り込めば、捕食や振り払いの隙を与えずに安全に早く倒すことができる。
ルーイメモによると、新鮮なえらをテンプラに出来る他、エンガワの刺身は酢味噌が合うとの事。
カニタマ
【和名：ネギボウズガニ 科：ネギガニ科】
登場作品：3、4
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
運搬数：8（『3』）→7（『4』）
活動時間：昼
玉葱のような姿をした巨大なカニで、右側のはさみのみが硬く大きく発達している。はさみは攻撃の他にも、盾として外敵から身を守ったり、メスに求愛する際に使ったりとまさに生命線ともいえるもの。その他にもピクミンの突撃は体を持ち上げて避けたり、ピクミンを振り払った後には泡を吐いて動作を封じてきたり（原生生物図鑑によれば、この泡は驚いて呼吸した際に空気とエラの中に残っている水分が混ざって出水孔から放出されたものらしい）と多彩な動きを見せる。
はさみは岩ピクミンを投げつけると破壊することが可能で、はさみを破壊されると途端に臆病になり泡を吐いて逃げ回るようになる。他生物と違い、岩ピクミンを投げ当てた際に振り払う動作は見せない。他にも、バクダン岩の爆風やイモガエルの踏みつけを利用することで一撃ではさみを破壊することもできる。また、バクダン岩を持ったピクミンを捕食しようとするとバクダン岩のみを飲み込んでしまい即死する。
ルーイメモによると、脚は殻を剥いてしゃぶしゃぶにし、華が咲いたら濃厚な味噌を漬けると良いらしい。
カニンコ
【和名：ネギボウズガニ 稚ガニ 科：ネギガニ科】
登場作品：4
運搬数：3
活動時間：昼
カニタマの稚ガニ。身体は小さいがほぼ大人のカニタマと同じ形をしていて、地面に潜って目だけを出して待ち伏せをしている。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
カニタマは通常のカニのように幼生の形から徐々に成長する過程を踏まず、玉ねぎ状の身体だけで生まれて地中に埋まり、土から栄養を摂取して成長すると言う植物のような生態があるため、ピクミンに近い種ではないかとの説がある。
ルーイメモによると山ほど鍋に放り込んで味噌汁にする模様。
ウオノコ
【和名：クチボソバナナウオ 科：バナナウオ科】
登場作品：3、Hey!、4
運搬数：1
活動時間：昼
群れで水中を泳ぐ、尖った口と巨大な目を持つ魚。こちらに気づくと突進してくる。水中に出現するので、青ピクミン以外では倒せない。
水中の青ピクミンや水上の氷ピクミンはもちろん、発達して尾ビレと一体化した腹ビレを使って水面からジャンプして、水上を飛んでいる羽ピクミンまでもを捕食しようとする。
狩りの成功率を上げるべく、基本的に群れで行動する事が多い。
原生生物図鑑によれば、作中に登場するのは既に成体であり、孵化後からほとんど大きさは変わらない。通常は和名と科の通り腹部側面に有る斑紋の周りは黄色だが、繁殖期には斑紋の周りが淡い桜色に染まる。ゲーム中に登場する個体は全て腹部側面にある斑紋の周りが淡い桜色に染まっている事から、繁殖期である模様。
ルーイメモによると、きめ細かい中トロの刺身が最高らしい。
トゲハゼ
【和名：ゴマダラトゲハゼ 科：トゲハゼ科】
登場作品：4
運搬数：7
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
干潟地域などの水中を漂うハリセンボンとハゼを掛け合わせたような魚。
顔部正面に鱗が変化した11本のトゲを隠し持ち、水や空気を一気に取り込むことで、体外に押し出したそのトゲで突き刺して攻撃してくる。
河豚のように体内に強力な神経毒を持つがピクミンには影響が無く、毒すらもオニヨンで分解して栄養にしてしまう。この毒は微量な毒を持つ貝や藻類を餌として後天的に蓄積されたもので、毒と一緒に蓄積される類縁体が、フェロモンの代替として働くだけでなく、捕食回避にも寄与している模様。
ルーイメモによると毒のある内臓を取り除き、薄切りの刺身にするらしく、締まった身は旨味たっぷりらしい。
カワスミ
【和名：ハナイカモドキ 科：イカモドキ科】
登場作品：3
運搬数：5
水中を泳ぐイカのような生物。金魚のような鰭も見られる。
普段はゆっくりと遊泳しているが、ピクミンに気付くと直立体勢になり、捕食しようと近づいてくる。また、攻撃されると墨を吐いて抵抗するなど、攻撃的。墨はツブラメケメクジと同じものでピクミンが死ぬことはない。水中に出現するので、青ピクミン以外では倒せない。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
原生生物図鑑によれば、イカモドキ科の特徴として、虹色素胞のない透明な身体と腕が10本でなく2本である点が挙げられる。花のようなヒレ（えんぺら）を揺らしながら優雅に泳ぐ姿から、観賞用としても人気が高い。体内には褐虫藻が共生しており、光合成で得られる栄養や酵素の働きで軽度な傷を自然治癒してしまうなど、見かけによらず意外とタフな生き物である。
ルーイメモによると、身と墨を混ぜて炒めるとコクがあり病みつきになる味との事。
アワダコ
【和名：フクラダコ 科：フクラダコ科】
登場作品：3、4
運搬数：7
活動時間：昼
タコに似ているが、実際は陸水両棲のヒトデの近種。夜行性のため昼間は寝ているが、主人公達が近付いたり、ピクミンが攻撃を仕掛けると身体を膨らませた後、泡を吐いて威嚇をする。泡に触れたピクミンは一定時間泡に閉じ込められるが死ぬことはなく、ピクミンを投げ当てるか一定時間が経過すると救出できる。
原生生物図鑑によれば、泡は本来産卵の際に卵を包んで保護しつつ生態圏を拡大させるために使われている模様。
ルーイメモによると、現実のタコと同じく茹でた後ぶつ切りにして酢の物にすると美味との事。
オオゴロンガゼ
【和名：オオトゲゴロンガゼ 科：ゴロンガゼ科】
登場作品：Hey!
水中をウロウロと移動するウニのような生物で、知性は無い。全身が棘に覆われていて倒せないので、避けながら進む必要がある。
タコヒトデ
【和名：テヅルタコヒトデ 科：タコヒトデ科】
登場作品：Hey!
三本の腕を生やしたタコのようなヒトデのような生物。刺激を与えるとしばらくの間腕を引っ込める。ピクミンを捕食することは無い。
ヌマススリ
【和名：アゴナシムツメウナゴ 科：ムツメウナゴ科】
登場作品：4
運搬数：7
活動時間：昼
黄色の体色に茶色のぶち模様と赤い口、頭部に明るい黄緑色をした6つの感覚器を持った生物。骨は全て軟骨など原始的な特徴を残している。
沼などの濁った止水域に好んで生息し普段は泥の中に身を隠しているが、獲物の動きを感知すると飛び出し吸い込むことで捕食する。
ルーイメモによると泥抜き後、輪切りにして網焼きで食べるとのことで、噛めば噛むほど味が出るらしい。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
ピクミンには虫のような生物が多数登場する。一体一体では弱いが、他の生物と同時に現れることで脅威となるものも多い。
コガネモチ（1、2、4）
【和名：タテスジルリコガネモチ 科：コガネモチ科】
登場作品：1、2、4
体長：約3cm/30㎜
活動時間：昼
特定の場所に行くと地中から突然出てくる。動きはかなり素早く、青く光沢のある背中はかなり堅いため、ピクミンの攻撃は一切効かないが、ピクミンを背中に当てると大地のエキスあるいはペレットを出す。この習性から、ピクミンはコガネモチが好きで、コガネモチを見ると隊列を離れて追いかけていく。しかし、単独では背中に攻撃を当てられないので徒労に終わる。紫ピクミンを投げつけた場合は直接当たらなくても周囲に衝撃を加えることでひっくり返る。これらの要素は下記のオナラシ、オオガネモチにも共通する。
体内にためたペレットは特殊な皮膜で覆われ、完全な密閉状態で保存されている。この状態のペレットを6カ月放置し、皮膜を破いたところ、ペレットは元の鮮度を保ったままであったことから、少なくとも半年間は変化しないことが分かっている。
本来は昼間は草陰などでじっとしており、夜にペレットを集めるために行動するが、住処の上を通った時などは昼でも地上に出現する。
『2』では『1』より体が小さくなり、三回までしかひっくり返せなくなった。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
ルーイメモによれば、ホイル焼きにして風味が移ったペレットを食べるとおいしいらしい。
コガネモチ（ピクミン3）
【和名：マダラルリコガネモチ 科：コガネモチ科】
登場作品：3
『3』に登場するコガネモチはUFOのような体に2本の触覚が生えており、『ピクミン3 デラックス』の原生生物図鑑において和名の異なる別種である事が判明した。オリマーもこれに関して、以前見かけたものとは生息域によって模様の違う亜種がいると考えている。
背中にピクミンを当てると大地のエキスやペレットを吐き出す性質は変わっていない。
オナラシ
【和名：ミドリヒメオナラシ 科：コガネモチ科】
登場作品：2、4
体長：未記載/26㎜
活動時間：昼
黒い色見にハエが集っているという不潔でみすぼらしい外見を持つ生物。生態や行動パターンはコガネモチと同じだが、メタンガスと硫化水素を含んだ毒ガス同然の「おなら」を頻繁に放つ。白ピクミン以外がこれに触れると毒を浴びた状態になる。
これは、生理現象的に「おなら」を放っているだけであり、ピクミンや天敵に対する攻撃手段として故意に毒ガスをまき散らしているわけではない。
コガネモチのようにひっくり返すことで大地のエキスやゲキニガエキス(『4』ではシザイやバクダン岩やアイスバクダン)を出す。ひっくり返した際には「おなら」のような効果音を出す。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
不潔な印象の原生生物だが、ルーイメモによると、臭みのない脚を塩茹でにして中身を三杯酢で食べると、食用になることが示されている。海外版では、「匂いがお客さんを驚かせることが出来る」とは書かれているが、食用価値は不明となっている。
オオガネモチ
【和名：ショウヤコガネ 科：ショウヤムシ科】
登場作品：2、4
体長：約3cm/30㎜
活動時間：昼
上の2種同様地中から突然出てくる。金色に光っていて、外見はコガネモチと似ているが別種。
地中で鉱物を餌とし、イシツツミ科の生物（前述のフタクチドックリが属する）と同じように体内のメタバクテリアによってそれを消化する。生成された金属は排泄物として排出されるが、金やプラチナは体殻で結晶、積層し美しい輝きを放つ。
コガネモチ科の生物同様ひっくり返すことができ、コガネモチよりも多くのエキスを落とす。鉱物系のお宝を持っている個体もいるが、鉱物ではなくお菓子系のお宝を食べていたものもいる。
標本が高く売れるといわれているが、これは鮮やかな外殻の色や鉱物とともに摂取した貴金属に加えオオガネモチが地上で観察されることが極めて少ないからであり、ゲーム中でもコガネモチ・オナラシより登場頻度は低い。ルーイメモでも「あまり見かけない上に標本が高く売れるので…」と評しており、食用にはせずそのまま売り払った事が語られている。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
『4』ではコガネモチ・オナラシに比べて移動速度が速くなっている。
英語版のルーイメモでは商品価値が日本語版以上に強調されており、ルーイはこの生物が高く売れたことに歓喜し、色々と欲しいものが買えたことを報告していた。
『大乱闘スマッシュブラザーズfor3DS』ではフィールドスマッシュに敵キャラクターとして登場。攻撃を当てることでゴールドをばら撒く。
イワオシコガネ
【和名：テツコガネチカラモチ 科：コガネモチ科】
登場作品：Hey!
鉄のように硬い身体を持つコガネモチの仲間で、発達した後ろ足でフンコロガシのように岩を押す。岩を押す習性は求愛行動ともされるが定かではない。岩を押す力はピクミン4匹分。それよりも多い数のピクミンを使うことで押し返すことが出来る。身の危険を感じると飛んで逃げる。
ウジンコ
【和名：ヒラバヒメアギト 科：ヒメアギト科】
登場作品：1、2、3、Hey!（雄のみ）、4
体長：約2.5cm（雄）・約2cm（雌）/26㎜（雄）・20㎜（雌）
運搬数：1
活動時間：昼（雌）、昼夜（雄）
地中から数匹の群れで現れる小さな生物。羽や脚は退化しており、地面を這うように移動する。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
雄と雌がいる。雄は紫色で、発達した顎でピクミンを捕食する。雌はピンク色で、ピクミンが分泌する寒天状の物質を好んでいるらしく、自らピクミンに接近してくる。しかし雌は攻撃手段をもたないため、基本的にはピクミンの捕食対象である。どちらも耐久力は低く、大群による包囲攻撃で簡単に撃破できるほか、直接ぶつけることで即死させられる。
橋の近くに生息する個体は、水場などにかけた橋の木を食べて破壊してしまう（修復は可能である）。だが、水中では呼吸ができないので、水中にいるウジンコは体力が減っていく。
雄は、『1』ではピクミンを咥えると食べ終わるまでは直接ぶつける以外の攻撃が効かなくなり救出が非常に難しかったのだが、『2』以降は普通に攻撃すれば倒せるようになり、口に挟まれたピクミンを容易に助けられるようになった。
ルーイメモによると、雌は軽くソテーにするとの事で、産卵前が脂が乗っていて特に美味らしい。
雄はフライパンでタカノツメやニンニクと一緒に炒めるらしい。
『Hey!』では雄のみ登場。音もなく地中や天井から現れてピクミンを襲うため注意が必要。
マザーウジンコ
【和名：ヒラバヒメアギト 幼形成熱個体 科：ヒメアギト科】
登場作品：4
運搬数：10
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
未成熟なまま潤沢な栄養が得られるポイントから移動せず、数年かけじっくりと成長し10倍以上に巨大化したウジンコの雌。巨大化しても顎は柔らかいので、その巨体で飛び跳ねて押しつぶして捕食する形での狩りを行う（ただし、ゲーム中ではピクミンを捕食する様子は見られない）。
蛹にはならず体内で卵を育てて100匹以上の子を産み落とし、産卵後も生き続けるが、卵からは通常サイズのウジンコが生まれる。
ルーイメモによると丸々太った子持ちを塩焼きで食べるとのことで、ブリブリ、ネバネバの食感がクセになるらしい。
トビンコ
【和名：トビヒメアギト 科：ヒメアギト科】
登場作品：1、2、3、4
体長：約3cm/28㎜
運搬数：1
活動時間：昼夜
ウジンコと同じく地中から数匹の群れで現れ、ピクミンを捕食する。HPの半分のダメージを受けると空中に逃げ、体力を回復して地上に降りてくるが、空中にいる状態でピクミンを投げて当てられると即死する。ウジンコ同様水に弱く、水の中では体力が減っていく。
『1』ではウジンコのように橋を壊したが、『2』では橋を壊さない。ウジンコ同様、『2』では『1』と異なりピクミンが口に挟まれた場合でも助けられるようになった。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
『3』では、体力に関係なく空を飛び、空中からピクミンを襲撃するようになった。耐久力もやや上がり、飛んでいる最中にピクミンを投げ当てても即死はしなくなった。また捕食してからすぐにはピクミンを飲み込まず、少しの間は空中に持ち去ったままでいる。ストーリーでの登場エリアも最終ステージ「哀しき獣の塔」の脇道のみであるため、出会う機会は少ない。
『1』のゲーム中の解説ではヒメアギト科で唯一この種の雄のみが羽を持つとされていたが、『1』の公式ガイドブックおよび『2』以降の図鑑説明は「ヒメアギト科の大多数(多く)は羽を持たないが、この種ではオスの成虫のみが羽を持つ」と書き変わっており、『Hey!』では実際にこの種以外に羽根を持つクイーントビンコが登場した。シリーズを通してゲーム中に出てくるのは雄で、雌は土の中で一生を送る。サナギになるのは地表近くだが、成虫になっても羽化せずサナギの中で産卵する。
ルーイメモによると、脱皮したてのソフトシェルを姿煮にすると羽まで美味との事。
クイーントビンコ
【和名：グンタイトビヒメアギト 科：ヒメアギト科】
登場作品：Hey!
エリア5『風通る紅葉』のボス。 兵隊であるトビンコを統べる女王だが、過去作に登場したトビンコと和名が異なる。命令一つで兵隊達が高度な連携攻撃を繰り出すので、兵隊達を倒しながら女王にも攻撃を与えていく必要がある。
ブリコ
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
【和名：ムレヒメアギト 科：ヒメアギト科】
登場作品：3
運搬数：1
雌のウジンコに似た生物。群れで行動し、一生を地上で過ごし地面に潜ることはない。
ウジンコ♀同様アゴは小さく捕食は行わないが、運搬中の果実に飛び乗り、運搬の邪魔をしてきたり、大地のエキスを吸ってしまう。果実に飛び乗ると果汁を吸って栄養補給をし身体が大きくなるが、移動によるエネルギーの消費が激しいためかすぐにもとの大きさに戻ってしまう。
警戒心が高いようで、近づくだけなら速度は遅いが、攻撃するととてつもない早さで逃亡する。
ルーイメモによると、茹でた後一気に飲み込む事で喉越しを楽しむらしい。
マルデムシ
【和名：マルヒメアギト 科：ヒメアギト科】
登場作品：Hey!
ウジンコなどとは違い地上でも水中でも活動できる種。危険を感じると丸くなってトゲを出して転がる。
トゲデムシ
【和名：トゲヒメアギト 科：ヒメアギト科】
登場作品：Hey!
壁の穴から現れては別の穴に潜る。全身に鋭いトゲを生やしており、岩ピクミンを投げても倒せないほど頑丈。
オッコ
【和名：オトシヒメアギト 科：ヒメアギト科】
登場作品：Hey!
アミダ草に生息するウジンコの変異体。ナワバリ意識が強く、近づくと毒ガスを噴出する。
ノミンコ
【和名：ベニトビサシ 科：トビサシ科】
登場作品：4
運搬数：1
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
感覚毛が生えた橙色の体、針状の口吻、跳ねながら移動し吸血・捕食するなどノミに近い生態を持つ。
また繁殖力が極めて高く、ゲーム中でも一度に複数の個体が群れで登場してくる。
ルーイメモによると体液を吸った生き物によって風味が違うらしい。
ハオリムシ
【和名：アカメモンツキバオリ 科：ハオリムシ科】
登場作品：2
体長：約7.5cm/75㎜
運搬数：8
甲殻の蛇の目模様が特徴的でハオリムシ科の代表とされる。ウジンコと同じく橋を捕食し破壊する。
地中に体の半分を埋めていてピクミンやオリマーが近くを通るとゆっくり追ってきて、口吻でピクミンたちを突き刺し捕食する。甲殻が筋肉を固定する役割をし、それが短い体長でも強力な一撃が可能な理由である。突き刺されてからピクミンが食べられるまでの時間がかなり長く、その間無防備になる。
耐久力はアカコチャッピーとほぼ同じだがアカコチャッピーよりも反応が早い。
殻は丈夫で、そこにピクミンをまとわりつかせてもダメージを与えることが出来ないが、紫ピクミンをぶつけられると気絶する。
ルーイメモによると殻つきのまま塩ゆでにし、タルタルソースでいただくのがお勧めらしい。
『大乱闘スマッシュブラザーズX』のステージ「とある星」の背景として登場している。また、ハオリムシとよばれる生物は実在するが、関係はない。
カブリムシ
【和名：サカサアカメバオリ 科：ハオリムシ科】
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
登場作品：3、4
運搬数：7
活動時間：昼夜
名前の通り青緑の甲羅を被っているような姿をした生物で、『2』に登場したハオリムシの近縁種。地中に潜り背中を出して待ち伏せている・針状の口吻で獲物を突き刺し体液を吸収する・甲羅に目の模様があるなど、生態や習性に関してもハオリムシとの共通点が多い。
ハオリムシの弱点が前面なのに対し、こちらは頭部に殻を被っており、弱点は腹部となっている。「カブリムシ」と呼ばれているのはこのような形態からである。
突き刺し攻撃は岩ピクミンには効果がないため、犠牲を出さず安全に戦うことができる。
原生生物図鑑によると、幼虫は数年間を土中で過ごすのが普通だが、長いものでは数十年という報告もある。
ルーイメモによると調理法はハオリムシと同様。
トビカブリ
【和名：サカサアカメトビバオリ 科：ハオリムシ科】
登場作品：3、4
運搬数：7
活動時間：昼夜
カブリムシと系統が分かれる前の原種に近い生物で、小さな羽を生やしている。甲羅の色は朱色。体力が減ると羽で飛行し、上空からピクミンの捕食を試みる。飛行中の攻撃を交わすと口吻が地面に突き刺さり大きなチャンスとなる。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
原生生物図鑑によると、特徴である頭部を守る赤い外骨格は、同じ量の鉄に比べても負けない強度を誇る。これは単純に殻を形成するクチクラ層に石灰質が沈着して硬化しただけでなく、細かい穴から分泌したワックス成分が衝撃を逃しているためと考えられている。
ルーイメモによると外骨格と羽を取り除き、軽く火で炙り良く磨り潰してペースト状になったら、スパイシーなドレッシングとしてサラダにかけると美味らしい。
ハナゲイモ
【和名：ハナゲムシ 科：ハナゲ科】
登場作品：2
体長：約3.5cm/30.5㎜
運搬数：1
ピキノツユクサの周辺の地中に生息し、その実を糧としている。ピキノツユクサの自生していない地下洞窟では出現しない。食料を植物に頼っていることから、一次消費者であり、生態系では植物に次いで低層に位置する生物である。ピクミンにすら捕食対象と認識されている。
ピクミンに対する攻撃手段は持たず、攻撃されると地中に逃げ込もうとする。ゲキニガスプレーで固めることが出来るが、ピキノツユクサの紫の実は平気で食べる。倒しても死なず、放っておいても復活しないが、運ばれている最中に悶え続ける。
『2』の時点では、成虫の姿は確認されていない。生物図鑑によると、生態内の観察では脱皮や変態している様子が見られていないため、成虫の姿を確認出来るのはまだ先との事。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
無害な生物で普段はフィールドを自由に徘徊するが、リーダーやピクミンが近寄ると、素早く地面に隠れ、遠ざかると再び顔を出す。また、没データにはマンタのような姿だが同じく「イモ」と付く「カクレイモ」も存在し、こちらも習性は同様である。
ルーイメモによると、バターソテーにしてホワイトソースで上品な味を楽しむらしい（海外では色合い的に紅白で対といえるレッドチリで食べるとの事）。
エレキムシ
【和名：キモンエレキムシ 科：エレキムシ科】
登場作品：2、4
体長：約3cm/33㎜
運搬数：5（『2』）→3（『4』）
活動時間：昼
グリコーゲンだけでなく電気エネルギーも生命活動に利用するハイブリッド昆虫の代表。脚に生えた毛の摩擦と筋肉によって電気を作り出し、デウスウキスマキナフィールド状の電池構造体にデウス帯電（Dトラップ）させ蓄電する。
群れで生息し、近くにいる仲間との間で放電を行い、仲間が近くにいない時にも帯電という形で放電を行う。これは蓄電された電力を調整するためで攻撃目的ではなく、ピクミン達が近くにいなくても定期的に行う。
背中は硬い殻で覆われており、そのまま攻撃してもダメージを与えられない。腹部が弱点で、背中にピクミンを当てるか、紫ピクミンの衝撃でひっくり返すことで攻撃できる。ただし、紫ピクミンを直接ぶつけても、ダメージは与えられない。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
『4』では放電しようとしている状態で触れてもピクミンが感電するようになり、ひっくり返っている際に紫ピクミンをぶつけるとダメージを与えられるようになった。
ルーイメモによると、時間をかけて放電させてから炭火で炙る。通はまだ帯電しているものを食べる模様（逆に英語版では帯電したまま食べるのは下策扱いとの事）。
オオグチエレキムシ
【和名：キモンオオグチエレキムシ 科：エレキムシ科】
登場作品：Hey!
大きな口でピクミンを捕食する大柄のエレキムシ。単独行動を好む攻撃的で危険な生物。エレキムシ同様上からピクミンをぶつけることでひっくり返り、攻撃を加えられるようになる。
デジゲジ
【和名：ヨコシマエレキイモムシ 科：エレキムシ科】
登場作品：Hey!
暗闇を好む黄色いイモムシのような生物。天井や壁を自由に移動。ピクミンをぶつけても倒すことは出来ないが、危険を感じて放電する。
タマゴムシ
【和名：タママユダマシ 科：タマゴムシ科】
登場作品：2、4
体長：未記載/30.5㎜
運搬数：1
活動時間：昼
卵に寄生する虫。成虫になると、ある種の雌が好む匂いのフェロモン（ピクミンはこの匂いが苦手で混乱するが、『2』の紫ピクミンのみ平気である）を出し、自分を丸のみにさせる。そうして体内に侵入した先で見つけた卵に自分の卵を産みつける。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
主にタマゴの中に10匹前後で寄生しているが、地中から群れでわき出してくることもある。また、ゾウノアシを倒した時に出現する場合がある。
自力ではタマゴの殻を割れないため、タマゴを壊してもらう存在に依存している。また、ダマグモ系の体内にいる場合は宿主が死ぬまで寄生し続ける。
『2』の個体は体表が固く、ピクミンの直接攻撃とオリマー達のパンチは通用せず、ピクミンを投げ当てる事で倒せる。また、紫ピクミンの落ちる衝撃で一掃することができる。倒すと大地のエキスを落とす。
『4』ではピクミンの直接攻撃や主人公のパンチでも倒せるようになった。また、大地のエキスの他にゲキカラエキスやシザイも落とすようになっている。
ルーイメモによると、フライパンでさっと炒めてチーズなどを振りかけるとの事。
サライムシ
【和名：テナガドウガネサライムシ 科：サライムシ科】
登場作品：1、2、3、Hey!、4
体長：約3cm/30㎜
運搬数：3
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
元々地を這って生活し羽が退化した虫であったが触角の発達、肥大化に伴い、再び活動の場を空に戻した珍しいムシで、ピクミンをさらう習性を持つ。さらっても殺したり食べたりする訳ではなく、土に埋めるだけである。しかし、水の中に落とされると青ピクミン以外は埋まらずに溺れてしまうほか、バクダン岩を持ったピクミンがさらわれると投げ落とされた際に爆発して死んでしまう。また、『2』の地下洞窟では足場のないところにピクミンを落とすことがある。
サライムシ科の生物は習性が面白いものが多いが、前述のさらう理由のように習性に関しては不明な点が多い（生物図鑑より）。
離れて観察していると「手もみ」をしている姿が見られる。
『1』ではオリマーと等速で飛んでいてどこまでも追いかけて来る上、普段の高さは黄ピクミンしか届かなかったが、『2』ではスピードが遅くなり、容易に逃げられるようになった他、どのピクミンを投げても届くようになっている。『3』では、『2』に登場するトテツチホカシ同様にリーダーキャラクターもさらうようになった。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
ピクミンにまとわりつかれると落下する。飛び上がった際に振り払うが、紫ピクミンが一匹でもまとわりつくと絶対に振り払うことができないため、飛び上がっては落ちるといった行動を死ぬまで繰り返す。さらに『4』では紫ピクミンをさらうと重さで落下してしまうようになった。『3』では岩ピクミンをぶつけると確実に落下してくる。
ルーイメモによると、新鮮な個体の中身を吸うと、滋養強壮の効果があるらしい。
『Hey!』では捕まえたピクミンを投げ捨てずに上空へと連れ去ってしまう。
トテツチホカシ
【和名：トテツチホカシムシ 科：サライムシ科】
登場作品：2
体長：未記載/35㎜
運搬数：3
サライムシの近種。ピクミンではなくオリマー達をさらう。しかしよほどの不注意でなければさらわれることはなく、この虫にさらわれることは恥ずかしいということから「サラシムシ」という異名を持つ。オリマー達をさらうと、しばらく飛行した後、地面にたたき落とす。
ピクミンには無害だが、オリマー達が捕まると連れていたピクミンに命令が出せなくなり、強制的にフリーピクミンとなる。そのため、近くに生物がいたり、起爆した爆弾岩があったりすると非常に危険な相手と化す。
サライムシと同じく、紫ピクミンに一匹でもまとわりつかれると振り落とすことができない。
また、サライムシ同様「手もみ」をしている姿が見られる。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
名前の由来は「取って土にほかす（関西の言葉で、「捨てる」という意味）」から来ている。
ルーイメモによると、羽を毟ってからフライにし、アツアツなのにレモン汁をかけて食べると美味らしい。
ヘソクリムシ
【和名：ミドリヒメモチサライムシ 科：サライムシ科】
登場作品：Hey!
背中のプロペラのような器官で飛行しているサライムシの仲間。ピクミンやキラの実を運んでおり、しばらく経つと画面外に消える。お宝などを運ぶ大柄の個体も存在する。稀にピクミンたちの広場に迷い込むこともあり、ピクミンが近づくと持っているキラの実を落として逃げる。
トビトゲムシ
【和名：ムラサキトビトゲコムシ 科：サライムシ科】
登場作品：Hey!
ヘソクリムシの亜種で、全身がトゲだらけ。守りが強くなり倒せなくなった代わりに、物を運べなくなった。
キノミドラゴムシ
【和名：キノミドラゴムシ 科：サライムシ科】
登場作品：Hey!
長い尻尾に集めたキラの実をぶら下げ、巣に運んでいる。こちらを襲うことはない。
サクレウラメ
【和名：カギタマサクレウラメ 科：オトシムシ科】
登場作品：2
体長：未記載/47㎜
運搬数：3
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
バクダン岩を作ることが出来る敵。風船（のような器官）で低空をゆっくりと飛んでいる。非常に攻撃的で、敵を発見するとすぐさまバクダン岩を精製・投擲してくる。こちらから逃げるとある程度は追跡するが、距離があくと追跡を止める。サクレウラメが出現するステージには爆弾岩が落ちており、攻撃を加えると起爆する。なお、この爆弾岩は『1』の物より大きく黄ピクミンは持つことができないが、対戦モードではオリマー／ルーイが持つことができピクミン同様ポイントした所に投げられる。
単体だとそれほど強くははないが、足場が悪い場所に生息する、ショイグモやサライムシなどと共に登場するなど一筋縄での駆除はいかない条件下にいることが多く、やっかいである。
ピクミンに一匹でも貼りつかれると風船が割れてしまうが、張り付けても、しぶとく振り払ってなかなか落ちない場合もある。風船を膨らまし、飛び上がった後に振り落とすが、他の飛行生物と同様紫ピクミンは振り払えない。
風船らしき器官で浮遊する、バクダン岩を作れるなど、他の種と共通点のない謎の多い生物の1つで、オリマーはどこかの生態系から迷い込んだ外来種なのではないかと推測している。
バクダン岩はサクレウラメの一部とプログラム上認識されるのか、ゲキニガスプレーが有効である（バクダン岩の発生源がサクレウラメであるかどうかに関係なく有効）。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
ルーイメモによると、殻のままミキサーにかけ肉団子にする事でシチューに良く合うらしい。
カマドフマ
【和名：フエフキカマドフマ 科：カマドフマ科】
登場作品：2
体長：未記載/40㎜
運搬数：3
暗いところを好む虫。いつもは天井に張り付いているが、時々下りてきた後に再び大ジャンプで天井に戻る。
特殊な周波数の鳴き声でピクミンを混乱させてくるが、これはピクミンから逃げるためで、攻撃に用いられることはない。混乱したピクミンはカマドフマをリーダーと勘違いし、たとえカマドフマが水中に入っても追いかける。
カマドフマが存在するとお宝探知機が正常に作動しなくなる。
ルーイメモによると、蒸してそっと殻を剥いてからフライにするらしい。
ハンボ
【和名：ミドリコノハムシ 科：コノハムシ科】
登場作品：2、3、4
体長：約5cm/56㎜
運搬数：1
活動時間：昼
羽を捨てて地上で暮らすことを選んだアメンボの仲間で、それが擬態生活に適応進化したもの。かつての面影はなく、飛ぶことはおろか、水に浮くことさえも忘れている。背中に木の葉を背負っているように見えるが、これは羽が退化（擬態のための進化ともいえる）したものである。
背中の木の葉で擬態しており、オリマー達にとってはもう一歩と思わせる変装だが、ほとんどの捕食者には擬態中のハンボを見つけるのは難しいらしい。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
ほぼ完全に擬態しているため泳ぎは苦手で、溺れはしないが水に入ると動きが遅くなる。ピクミンには攻撃してこないが振り払うことはできる。ピクミンをフリーにすると勝手に追いかけていくことから、ピクミンはハンボを捕食対象と認識している。
ルーイメモによると、丸ごとテンプラにするとの事で、身よりも葉の所が美味らしい。
なお、コノハムシ科はナナフシの仲間に実在する。
カレハンボ
【和名：トゲカレハモドキ 科：コノハムシ科】
登場作品：3、4
運搬数：1
活動時間：昼夜
ハンボと同じように、枯葉に擬態したコノハムシ。ハンボと違い、葉っぱの先端に顔がついている。ハンボに比べて攻撃的でタガメのような発達した鎌状の前脚でピクミンを捕らえ、極めて早いスピードで捕食する。そのためリーダーキャラクターの知らない所で運搬中のピクミンが襲われる事もある。扁平な後脚は移動や遊泳に使われる。
特に「交わりの渓流」では、地形に同化している事が多く見つけ難いため、非常に厄介な存在となる。
『3』では動き出すのはピクミンが近づいた時だけであり、リーダーキャラクターが近づくと襲ってこない習性があったが、『4』ではプレイヤーのみが近づいても動き出し、襲ってくるようになった(ただし図鑑での解説は変わっていない)。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
原生生物図鑑によれば、枯葉に擬態しているのは捕食を有利にするためだけでなく、枯葉を主食とする大型の原生生物に捕食されることで卵を運んでもらい、生態圏を拡大する目的もあると考えられている。
ルーイメモによると、そのまま食べる事ができ、旨味がありパリッとしているとの事。
サンショクシジミ
【和名：モンナシモリシジミ 科：モリシジミ科】
登場作品：2
体長：未記載/26㎜
運搬数：1
チョウの仲間。マーガレットなどの花を揺らすと出てくることがあるほか、地下洞窟で大量に飛んでいたり、ミウリンに止まっていたりすることがある。しかしピクミンが近づくと数十秒後に上空に飛んでいってしまう。
足が無いため花に止まるのは苦手で、蜜を求めて花から花へ渡る習性を持つ。
ピクミンを投げて当てると倒すことができ、死骸とともに大地のエキスが落ちることもある。
黄色のサンショクシジミが最も多いが赤色や紫色のものもいる。赤と紫は存在が珍しい上、倒すと低確率でその色に対応した色のエキスを落とすことがある。
ゲーム中には登場しないがオレンジ色のものや緑色のものなどもいるようで、紫 → 赤 → 黄と微妙な色の違いを並べたサンショクシジミの標本は蝶コレクターにはたまらない逸品で、オークションで高値がつくこともあるという。
ルーイメモによると、身が少なく食べるには向かないが、羽は刺身のつまにはなるとの事。
シロシジミ
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
【和名：モンシロイエシジミ 科：イエシジミ科】
登場作品：3、4
運搬数：1
活動時間：昼
フィールド上を飛び回る蝶。サンショクシジミの属するモリシジミ科とは近縁種だが、前翅や後翅に紋が見られることや、綿毛状の体に一対の後脚が生えていることがイエシジミ科の特徴である。ピクミンを当てると一撃で倒すことができる。倒すと稀にペレットを落とす。
特定の縄張りに執着する習性があり、飛び立ってもしばらくすると近くに戻ってくる。チャッピーと共に登場するマップでは、たまにチャッピーの背中に止まる姿も見られる。
羽の大きさの割りに体が重いため飛ぶのが苦手であり、長時間飛び続けることが出来ない。
『4』では倒すと稀にシザイを落とすようになった。
『Hey!』のショートムービー内でも同じ姿の生物が登場するが、図鑑には登録されない。また、アゲハチョウのような模様の個体も確認できるが、こちらも図鑑には登録されない。
ルーイメモによると、羽を取り素揚げにすればカラッとした歯応えとの事らしい。
キシジミ
【和名：モンキイエシジミ 科：イエシジミ科】
登場作品：3、4
運搬数：1
活動時間：昼
黄色いイエシジミで、後翅にのみ丸い目のような模様がついている。倒すと大地のエキスを落とす。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
原生生物図鑑によると、アカシジミと交配すると25%の確率でオレンジ色の丸い目の様な模様のついた個体が羽化することが分かっているらしいが、ゲーム中には登場しない。
ルーイメモによると、焦げないよう弱火で甘露煮にするらしい。
アカシジミ
【和名：ヤマトベニイエシジミ 科：イエシジミ科】
登場作品：3、4
運搬数：1
活動時間：昼
赤いイエシジミで、前翅と後翅に眼状紋がある。倒すとこのゲキカラエキスを落とす。
ストーリーではヌマアラシを倒した後の「再開の花園」の沼地に現れるのみで、普通に進めていると遭遇せずに終わることも多い。「ピクミン3 デラックス」で原生生物図鑑を埋める際には見落とさないように注意したい。
原生生物図鑑によると、鱗粉に微量のゲキカラ成分が含まれており、花の蜜を吸う際に唾液と混ざり合うことで体内にゲキカラエキスが生成される。エキスは卵の成長促進に使われるのだが、成分の副作用から繁殖性が極めて低いため、上述の通り生息数も非常に少なくなっている。そのため、蝶コレクターの間では驚くほど高値で取引されることもある。
その希少性故にルーイメモでも「数が少ない貴重な珍味」と評しており、揚げると辛みが飛んで甘みが引き立つとの事。
エレキシジミ
【和名：ウスバケエレキシジミ 科：イエシジミ科】
登場作品：Hey!
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
暗い洞窟に住み、何も無い空中に突然現れ電気を放った状態で上空から体当たりをしてくる。
シラユキアゲハ
【和名：シラユキアゲハモドキ 科：ユキミノガ科】
登場作品：4
運搬数：15
活動時間：昼
外気中の水分を体内に取り入れアンモニアを冷媒とした体内の冷却サイクルで過冷却状態にすると、腹部の気門から噴出して微細な氷でできたまゆを作り出す。
チョウのような巻かれている口吻は上あごが進化したもので、触手のように表面の細かな毛で獲物をからめとると象のように口に運び込んで捕食する。
元はとあるチョウ類に擬態していたガの仲間だったが、寒冷な気候に対応できずチョウ類の方は絶滅してしまったらしい。
体は氷のまゆで覆われているため攻撃が通らないが、種火をぶつけてまゆを剥がすと攻撃が通るようになる。
ルーイメモによるとみじん切りにして、お肉のシャーベットにするといいらしい。羽と触角は毟って飾りにするとオシャレとの事。
ゴロムシ
【和名：オオダンゴロムシ 科：コロガリムシ科】
登場作品：2
体長：未記載/210㎜
運搬数：20
地下洞窟「混沌の魔窟」のボス。
大型の甲虫。しかし甲虫らしい要素は少なく、「ダンゴロムシ」という和名のとおりダンゴムシに近い。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
右手が発達した左右非相称な生物で、青い甲殻と赤い表皮をもち、どちらも艶がある。発達した右手には棘がついているが、専ら転んだときに起き上がるためピクミンを振り払うことを目的に使われ、棘自体に攻撃性はない。だが、ピクミンが振り払われると必ず花が散ってしまう。
一見おとなしそうだが実はかなり攻撃的な性格を持っていて、ピクミンに対して転がって押しつぶそうとする。転がっているときに壁にぶつかると仰向けに倒れるが、そのときに見せる赤く光る腹部が弱点。
ゴロムシが壁にぶつかると落石が発生する。そのとき、たまに卵が落ちてくることがある。また他の生物と比べて体力の回復が速く、倒しにくい。
ルーイメモによると、柔らかな腹部をえぐっだ後にシチューに入れて煮込むとの事。内臓を焼いて食べるのも苦味はあるが美味らしい。
オオダマヨロヒウロコ
【和名：ヨロヒカブリゴロムシ 科：コロガリムシ科】
登場作品：Hey!
エリア3『輝きの迷宮』のボス。背中を鎧で覆い、あらゆる攻撃を跳ね返す。ウロコ状の足で壁と天井も自由に移動できるが、腹部と後部は目立つピンク色でむき出しになっており、ここにピクミンをぶつけることでダメージを与えることが出来る。
ハチスズメ
【和名：ワタリハチスズメ 科：ムシドリ科】
登場作品：3
運搬数：1
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
常に群れで行動している社会性の高い小型のハチのような生物。後述のタテゴトハチスズメが率いる個体群ととそれとは別で群れている個体群が存在するが、後者は倒した際に死骸が残らない。
天敵は羽ピクミンで、突撃が有効。逆にピクミンを普通に投げつけると針状の口で捕らえられ、一定時間が経過すると捕食されてしまう。
全てがメスであるが産卵することはなく、女王蜂であるタテゴトハチスズメに一生を捧げて働く。タテゴトハチスズメの率いる個体群は女王の発する特殊な音によってまるでひとつの生命体のような統率の取れた動きを展開する。
ルーイメモによると、こんがり焼いてスナック感覚で食べる模様。また、軽く塩を振ればおつまみにぴったりらしい。
タテゴトハチスズメ
【和名：ワタリハチスズメ 科：ムシドリ科】
登場作品：3
運搬数：10
「交わりの渓流」のボスで、ハチスズメの女王蜂にあたる存在。名前の通り嘴の部分が竪琴のようになっており、それをかき鳴らして無数のハチスズメを操り、陣形を組んで襲ってくる。常にハチスズメに守られており、普通に攻撃しようとしても取り巻きのハチスズメが妨害し攻撃が届かない。しかし、裏を返せば攻守共にハチスズメに依存しているということでありハチスズメをこちらに突撃させた後は無防備になる。ボス本体は一切ピクミンを攻撃してこない。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
ストーリーではハチスズメ達を率いてルーイを捕らえ、「タントタネギシリ（パパイア）」も隠し持っていた。
原生生物図鑑によると、特定の巣は持たず、和名にもあるように餌を求めて海を越える「渡り」を行う。春ごろに冬眠から女王蜂が目覚め、夏が始まる前にパートナーとなるオスと共に餌が豊富で涼しい秋の大陸へと渡る。オスは女王蜂と比べ、小型で身体が白い・足先、背中、触覚が青い・羽がなく飛ぶことが出来ないといった特徴があるようだが、劇中には登場しない。護衛のハチスズメが女王蜂に従うのは特殊なフェロモンを分泌しているためであるが、女王蜂が倒れフェロモンが無くなると護衛も共倒れとなりコロニーが全滅してしまう。
余談だが、作中でルーイを捕らえた理由はタテゴトハチスズメのオスと勘違いしたためだと思われる。
ルーイメモによると「油を引いてカリッとするまで炒める。サクサク香ばしい味」との事。
ムシスズメ
【和名：マダラコバチスズメ 科：ムシドリ科】
登場作品：Hey!
鳥の頭に虫の羽を生やしたような生物。いきなり上空に現れては攻撃をしかける。
ミズンボウ
【和名：タテジマミズンボウ：ヒケシムシ科】
登場作品：3、4
運搬数：2
足先が超疎水性の皮膜で被われており、水面を滑るように高速移動する3本脚のアメンボのような生物。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
頭部の貯水袋に水を溜め込んでおり、ピクミンに気付くと口から水を吐いて攻撃してくる。水がなくなった際は、ストローのように水を吸い上げ再び蓄える。運搬中のピクミンが攻撃されることも多い。ピクミンを投げ当てると一撃で倒すことができ、特に吸水中はチャンスとなる。
原生生物図鑑によると、水を撃ち出し水面の小虫を落としたり縄張りを守ったりすると同時に、吸水と同時に水中の微小なプランクトンを吸い込むという非常に合理的な捕食行動を取っているよう。
ルーイメモによると、筋が多い為食用には適しておらず、中の水を飲む位しか活用できないとの事。
ドロンボウ
【和名：タテジマミズンボウ 泥吐型 科：ヒケシムシ科】
登場作品：4
運搬数：2
活動時間：昼
ミズンボウが泥湿地の環境に適応したもの。吐き出すものは胃液と混ざった泥水となり、これに当たったピクミンは地面に埋まってしまう。
ルーイメモによると泥抜きをしてもシャリシャリ感が残り、噛み続けていたら歯が綺麗になったらしい。
マリグモ
【和名：ヨコスジタマモドキ 科：コダマグモ科】
登場作品：3、4
運搬数：3
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
黒と黄色の縞模様を持つクモ。普段は高い場所にある小枝の間に不規則な巣網を張ってた上で身体を丸く収納して獲物を待ち伏せており、巣に張り付いた生物を見つけては捕食しに回る。このような性質を持つ為、しばしば羽ピクミンの運搬作業の邪魔になる存在である。
巣に張り付いてしまったピクミンは笛で呼べば助けられる。マリグモ自体は容易に倒すことが出来、倒すと巣も自然消滅する。
分類がコダマグモ科であり、くす玉状の胴体の上部から放射状に足が生えている姿などからも、ダマグモに比較的近い種の可能性もある。原生生物図鑑によると、ダマグモ科やショイグモ科と違い雌雄同体で、別々のオスとメスが繁殖の効率を上げるために融合しているという説もあるらしいが、現状単独での生殖や足が4本の単性個体は確認されていない。
ルーイメモによると、脚を一本ずつ割いて糸に絡めて食べると甘くて美味らしい。
ブッパナシグモ
【和名：アシナガアザミグモ 科：ワタグモ科】
登場作品：Hey!
綿のような胴体に八本の脚を生やすクモ。お尻から出している糸で天井からぶら下がり、ゆっくりと降下してくる。雄と雌が存在し、灰色の雄は横に並んだ獲物に向けて毒を含んだ綿を飛ばし、ピンク色の雌は獲物を見かけると脚を伸ばして攻撃する。生まれた時は全て雄だが、成長に大きくなると全て雌に性転換するらしい。
エボシトバシ
【和名：ハラビロコハジキ 科：ハジキムシ科】
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ムシ
登場作品：3、Hey!、4
運搬数：3
活動時間：昼
水晶の塊を背負って投げて攻撃する生物。水晶を背負っている様子が烏帽子を被っているように見えることから「エボシトバシ」と呼ばれている。投げられた水晶に当たると岩ピクミン以外は即死である。
水晶を背負っていない時の動きは素早いが、近くに水晶が無いと逃げることしかできない丸腰になる。
『Hey!』では壁や天井も歩ける。水晶が無くなると大きな水晶の塊に潜り込んで補給をするが、この水晶の塊は岩ピクミンで破壊することが可能。
原生生物図鑑によると、大人しい性格でコケを主食としており、外敵から縄張りを守るために水晶を飛ばしている。飛ばしている水晶はホシオトシの幼生が夜間に脱皮した殻。両者は共生関係にあるようで、安定供給のためにホシオトシの幼生が脱皮した場所の近くによく生息している。
『4』では新たにバクダン岩を背負うようになり、バクダン岩を投げて起爆させて攻撃するが、仲間や投げた個体が爆発に巻き込まれることも多い。
ルーイメモによると独特の苦味は慣れると病みつきになるらしい。
ビックリトバシ
【和名：タイラハネトバシ 科：ハジキムシ科】
登場作品：Hey!
プレートのような身体を持つ6本足の生物。普段は眠っているが、何かが上に乗るとそれを落とそうと大きくジャンプする。
ウスバミツモチ
【和名：ツルクチウスバミツモチ 科：ミツモチヤンマ科】
登場作品：3
4枚の透明な翅とゼンマイ状に渦巻いた口を持つムシで、数珠状に連なった胴体には大地のエキスが溜めこまれている。
普段はピクミンに危害を加えることなく空を飛んでいるが、ピクミンを当てると大地のエキスを落として逃走する。手に入れられるエキスの数は胴体のどの部分に当てたかによって変化し、最大で5個入手できる。
原生生物図鑑によると、幼生のヤゴは腹腔内にエラを持ち、水中でオタマなどの小さな生物を捕食するが、地上で羽化すると突然肉食性を失い、花のミツなどを吸うようになる。ミツを吸うほど腹の節の数が多くなっていき、劇中に登場する腹の節が5つの状態が繁殖を控えた完全な成虫の姿である。成長過程の状態見ることは劇中に限らずあまりないよう。ストロー状の口吻が上を向いているのは、溜め込んだミツの逆流を防ぐためである。
ルーイメモによると、腹を小分けにちぎってそのまま食用が可能で、身の苦みがミツの甘さを引き立てるとの事。
ワタオトシバチ
【和名：ドクワタオトシバチ 科：ワタボウシ科】
登場作品：Hey!
ハチには珍しい単独行動の種。上空をフラフラと飛び回り、時折下半身の白い綿のような器官から毒の綿を落として縄張り内の生物を殺そうとする。ピクミンをぶつけると一撃で倒すことができ、本体が死ぬと同時に落下中の綿も消滅する。
デンキワタボウシ
【和名：デンキワタボウシ 科：ワタボウシ科】
登場作品：Hey!
エリア4『さびついた空気』のボス。綿の胴体から目とストロー状の口を伸ばした親と、全身が綿に包まれた子供8匹が協力して攻撃してくる。子供は親の周りを回ることによって発生した電気を使い地上の獲物を感電させ、親は感電し気絶した獲物を吸い込む。子供は一切の攻撃を受け付けないが、電撃を放つ際に親の体から離れることがあるため、その隙に親に攻撃を与えることが可能。親が倒されると子供も自然と消滅する。
一見すると虫には見えないが、ワタオトシバチと同じ科に分類される。
ハナビムシ
【和名：イロナシキノミムシ 科：キノミムシ科】
登場作品：Hey!
大きな身体に似合わず、近づくと地中に逃げ出すほど気弱な生物。逃げられる前に急いで倒すと体内に溜め込んだ大量のキラの実を落とす。
オオスズナリ
【和名：スズナリキノミムシ 科：キノミムシ科】
登場作品：Hey!
黄色い袋に四本の脚を生やしたような生物。ゆっくりとジャンプを繰り返し、着地した時には鈴のような音が鳴る。冬を越すために体内にキラの実を溜め込んでおり、ジャンプした時の衝撃でお尻から撒き散らす他、倒した時にも大量に落とす。
ウサムシ
【和名：アカメトビハネムシ 科：ハネムシ科】
登場作品：Hey!
二本足で地上を跳ね回る小柄のバッタのような生物。赤い目などから、名前の通りウサギにも見える。背中のハネは飾りで飛べない。
フグムシ
【和名：コフグゴムマリムシ 科：フグムシ科】
登場作品：Hey!
寒冷地帯を飛び回るゴムのように弾力性のある身体を持つ生物。細かい毛が生えているため、寒さに強く身軽。ぶつかってもダメージを受けることはないが、弾き飛ばされてしまうため注意が必要。
フグスベリ
【和名：オオフグユキスベリムシ 科：フグムシ科】
登場作品：Hey!
フグムシの仲間で、雪深い地に住んでいる。分厚い表皮であらゆる物を弾き返すが、皮膚の中の本体は小さくて弱い。倒すことは出来ないが、ピクミンをぶつけるて押し返すことが可能。穴などに落としてしまえばジャンプ台としても利用できる。
ムカデトンボ
【和名：サクラムカデトンボ 科：ムカデトンボ科】
登場作品：Hey!
6枚の翼を生やしたトンボの子供で、成長するとオオムカデトンボになる。身体が丈夫で、飛び乗っても平気。
オオムカデトンボ
【和名：サクラムカデトンボ 科：ムカデトンボ科】
登場作品：Hey!
成長し、更に身体が長くなったムカデトンボ。黄緑色の個体と、ややオレンジがかった個体が存在する。子供を作るパートナーを求めて長距離移動するといわれ、「8-D」ではこの生物の背中に乗ってエリアを移動する。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 その他生物
コマンマン
【和名：オボコクラゲ 科：ホトクラゲ科】
登場作品：2、4
体長：未記載/60㎜
活動時間：昼
空中を浮遊しているクラゲ。体色は半透明な水色。
普段は一定の範囲をフラフラしているが、こちらを発見するとゆっくり接近してくる。ピクミンを口柄から吸い上げ消化するのだが、吸い上げられてから消化されるまでにはかなり時間がかかるため、ピクミンが捕らえられても一気に攻撃を仕掛ければ助けることは十分可能。『4』では吸い上げるだけで消化・捕食することはなくなったため、倒せば確実に救出できるようになった。
他の飛行生物同様、ピクミンにまとわりつかれると地面に落下する。ただし、落下中は横方向からの包囲攻撃は無効化されるため、効率よくダメージを与えるためには上に投げつけなければいけない。『4』では凍結させないと落下しなくなったが、その際は落下と同時に体が割れてそのまま倒すことが可能(オオマンマンも同様)。
最近は外来種（オオマンマン）に押されて生息域を狭めている。
ルーイメモによると、天日干しにし、食べる時に水で戻してサラダなどと一緒に食べるとの事。
「オボコ」とは関西の言葉で「幼い」を示す「おぼこい」から来ている。
『２』ではこの原生生物が地下洞窟のフロア内にいると不気味な音楽を奏でる。という小ネタがある。
オオマンマン
【和名：ヨミノホトクラゲ 科：ホトクラゲ科】
登場作品：2、4
ピクミンシリーズの原生生物一覧 その他生物
体長：約9cm/93㎜
活動時間：昼
コマンマンと同じく浮遊している。体色は半透明な桃色で、コマンマンより一回り大きく、耐久力も高い。
ピクミンを吸い上げる性質はコマンマンと同じだが、こちらはピクミンだけでなくオリマーまでも吸い上げる。オリマーが吸い込まれたときにはオオマンマンはすぐ地面に落下する。ピクミンを消化するまでの時間はコマンマン同様に長い。
コマンマンも含め、クラゲ特有の刺胞がないのも特徴のひとつである。ごく最近、風に乗ってどこからか飛来、定着した外来種であり生息域を拡大しつつある。
両者とも死亡時は破裂して消滅してしまうため、死骸は残らない。
ルーイメモによると、コマンマンに比べ臭みがあるらしいので、十分に水洗いしてから天日干しにする事が推奨されている。
トビマンマン
【和名：ソラノホトクラゲ 科：ホトクラゲ科】
登場作品：Hey!
コマンマンよりさらに小柄。普段はフワフワと浮遊しているだけだが、敵を見つけると押しつぶしにくる。
トロロタラシ
【和名：シロワタトロロタラシ 科：オカクラゲ科】
登場作品：3
運搬数：6
ゼラチン質の半透明で柔らかい身体を持った、てるてる坊主のような姿の生物。頭部の綿毛の様なもので浮遊している。