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スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
突如として天空から現れた巨大な長剣。正体は武器世界の入り口であり、自我を持った怪物。コロコロコミック版及び学年誌版すべてに登場するが、明確に決着がついたのは小学4年生版のみとなっている。
コロコロコミック版では序盤に登場した際、マリオを吹っ飛ばして追い出した。その後はブッキタワー前でクッパと合流した後、マリオたちがクッパ城に突き刺さったカリバーを見るところで出たのが最後の登場となった。
小学3年生版ではカジオーの居場所を吐くようにとクッパの「毒ガスもくもく（ただのオナラ）」で脅され降参するが、そのままマリオたちを吸い込んで武器世界へ連れ去ってしまう。以後は登場しない。
小学4年生版ではラスボスとして登場。マリオたちを圧倒するがクッパの助力とマリオが全アイテムを放出して使ったことで倒された。この作品ではタイトルに「ガリバー」と誤記されている。
ドソキーユング
学年誌版に登場。クッパ城の内部でタルを投げてマリオたちの行く手を邪魔していた。見た目はドンキーコングに酷似している。
ブーマー
学年誌版に登場。カジオー軍団の一人。鎧をまとった武士のような人物で刀を使う。必殺の「つばめがえし」でマリオを痛めつけるが、飛んできたキラーをマリオたちが避けたため刀に突き刺さり、爆発して自滅した。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ブッキータワーに住むナゾの男ブッキーが率いる者たち。コロコロコミック版ではブッキーに敵対の意思は特にないように描写されているが、学年誌版では敵としての態度が強く出ている。
ブッキー
ブッキータワーの主でナゾの男。一人称は「ボキ」。ピーチ姫を監禁し、無理に結婚を迫る。
コロコロコミック版ではブッキタワーで結婚式を挙げようとするが、カジオーによって命を与えられたウェディングケーキ（ストロベリー&ラズベリー）とマリオたちの戦いで結婚式は頓挫。ケーキの怪物が倒された後はなぜか喜んでいたのでブッカーにツッコミを入れられた。以後登場しなくなる。
学年誌版ではゲーム通りメリー・マリー村で結婚式を挙げようとするがマリオたちに乗り込まれたのでピーチ姫を連れたまま逃走する。お供のブッカー隊とポピンが倒され、マリオに追いつかれるとピーチ姫をあっさり返して降参した。
なお、ゲームではブッカーともども結婚（式）の意味を理解しておらず、ただケーキを食べる場と思っている様子で、ラズベリーを食べた後、ピーチ姫を置いて帰っていく。
ブッカー（ブッカー隊）
ブッキーの部下三人組。ツッコミ担当のブッカーもいる。学年誌版では逃げるブッキーを守るためポピンと共にマリオたちに立ちはだかる。「でんげき」でマロを攻撃するが、逆に吸収されてお返しされ倒されてしまった。
キボット
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ブッキーの手下。相手をカカシに変える「ふしぎなおどり」を使うが、カカシになってもジャンプは使えることに気づいたマロの協力により、マリオの連続スーパージャンプに倒された。
クラウンブロス
名前の通りピエロの格好をした兄妹。ブッキーの部下。マリオたちの行く手を「ねむりだま」で眠らせて阻むが、無理やり目を開けていたジーノには通じず「ジーノブラスト」で兄妹まとめて倒された。
ポピン
学年誌版に登場。上述のブッカー隊と共にマリオの行く手を遮り、対象をキノコに変える胞子でマリオたちを無力化させるが、クッパのこうらだけは元のままだったのでそれをぶつけられて倒された。
クロコ
各地で盗みを働くワニの男性。マロからお金を奪ったがマリオが食料との交換を申し出たのであっさり返した（盗んだのはたったの1コインだったため）。このため戦闘はない。
ゲームでは序盤はボスとして二度登場するが、終盤では改心しており行商人としてクッパ城で武具やアイテムを売ってくれる。
ゲームと漫画ではキャラクターがまったく異なる。
ベロ～ム
4つの目と長い舌を持つ怪物。コロコロコミック版では登場はわずか5コマしかなく（しかも本体が映っているのは1コマだけ）、マリオが逃げたので戦闘にはならなかった。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
学年誌版ではキノケロ水路のボスとして登場。マリオたちを食べようと襲い掛かるが毒入りのクッパを喰わせられたためパワーダウンし、そのまま倒されてしまった。
ゲームでは序盤と中盤の二度に渡って戦う。ゲームでは食欲はあっても悪意は持たないが、本作では狂暴な敵としての側面が強く出ている。
タコロン
ドゥカティマウンテンの炭鉱でマリオたちが出会った怪物。「こうもりパタパタ」を二匹従えたタコ。それなりに手強い相手だったが、「ヨッシーのクッキー」で呼び出されたヨッシーにより1コマで包丁で切られ料理されて食べられてしまった。
ペパット
炭鉱の奥で爆弾作りに励んでいた怪物。自称「爆弾作りで有名なペパット」。ゲームとほぼ同じ役回りを演じ、マリオを倒して有名になろうとするがノコノコのこうらをぶつけられて敗北。悪あがきに巨大ボム兵をけしかけるがマリオによってうっかり着火され敵味方関係なく爆破されてしまう。爆破前から姿が見えなかったため消息は不明。
ストロベリー&ラズベリー（コミックスでは名前は出てこない）
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ブッキーとピーチ姫の結婚式のために作られカジオーに命を吹き込まれたケーキのモンスター。マリオと戦い圧倒するが、ヨッシーの持つオリジナルアイテム「ヨッシーなりきりセット」によってヨッシー型のスーツを着たマリオ・マロ・クッパによって食べられてしまった。小学四年生版ではコロコロコミック版のイラストを使い回しての1コマだけ登場するだけの背景キャラとして登場した。
ゲーム中では「なぜか動くケーキ」として描写され暴れたため戦闘になり、カジオーに命を吹き込まれたという設定は存在しない。また、ストロベリーを倒した後、ラズベリーはブッキーに食べられる。
ムクムク
星のふるおかでマリオたちが出会った怪物。イタチのような可愛らしい姿をしていて泣き虫だが、非常に攻撃的で凶暴。「いじめる？ いじめる？」「もう、いじめない」としか喋らない。
クッパが放った「毒ガスもくもく（ただのでっかいオナラ）」のショックで周囲の星の花が咲いたことで正体を現した。
正体は後述の「マンゾー」と合わせて一つのスターピースだった。これは本誌オリジナル設定であり、ゲームではただの敵キャラ（場合によってはアイテムで味方として呼べる）である。
マンゾー
ムクムクが呼び出した骨組みのマンモス。圧倒的なパワーでマリオたちを痛めつけるが、上述のように正体が判明し戦闘不能となった。
ロクデナシ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
大きなヒトデの怪物。触れただけで体調を悪化させる猛毒を持つ。マリオがスターピースと勘違いして触ったため毒状態にし、そのままマロたちも襲い掛かろうとしたがクッパが穿いていたくさいパンツの臭いに耐えられず逃げ出した。
バンダナレッド
ジョナサンの部下。沈没船の通路を守っておりマリオたちに戦いを挑むが、マリオのファイヤーボールであっさりやられた。
エドワード
上述のバンダナレッドと組んで通路を守っていたアンデッド系の怪物。一人称は「おら」で訛りのある話し方をする。アンデッドの特性でファイヤーボールは効かなかったが、聖水の代わりにマリオが放った「しょうすい（ションベン）」によって倒された。
イヴ
学年誌版に登場。花畑に現れた花の怪物。マリオたちを「ねむりのかふん」で眠らせてやっつけようとしたが、マリオがピーチ姫とキスをする夢を見ていたためキスをされてしまい、それでマリオが目を覚ましたため失敗に終わる。その後もツタを使った攻撃でマリオを痛めつけるが、ひどい花粉症だったクッパの鼻水をまともに浴びてしまい、動けなくなったところをマリオの「スーパージャンプキック」で倒された。
トンダリヤ
学年誌版に登場。戦闘中でも構わずクイーンフラワーに水をあげに来るヘイホーの亜種。ゲームではマルガリータの子分という設定。
クイーンフラワー
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
学年誌版に登場。最初は小さなパックンフラワーだったがトンダリヤによって水を与えられ3つに分かれ巨大化した。突如として現れたジーノから杖を借りたマリオの「マリオビーム」によって倒された。
マルガリータ
学年誌版に登場。ひらめのような横に広い顔を持つ女性。語尾に「ザマす」をつける。マシュマロの国へ着たマリオたちから法外な通行料を請求し、追い払おうとした。怒ったピーチから「おばさん」呼ばわりされたことでブチギレ戦闘になる。
クッパをにじいろシャボンで閉じ込めて眠らせ、マロをかかしに変えて無力化。更には墓穴を掘ったマリオまで倒そうとするがピーチ姫の「ちょービンタグローブ」で叩かれ、大泣きして一気に性格が変わってしまい戦意喪失した。その後はクッパに惚れ込み抱き締めていた。
本誌では正体不明の敵として描写されたが、ゲームではマシュマロの国の国王夫妻を幽閉し、手下のドドをマロ王子に仕立て上げ国を牛耳っていた悪党だった。マリオたちに負けた後は国から逃げ出し、終盤の隠しイベントではブッキタワーに辿り着いていたことが判明する。一方的にブッキーに惚れ、ブッキーには嫌がられていた。
ドド
学年誌版に登場。マルガリータが連れていた黒い大きな鳥。一人称は「おら」で語尾に「～ド」をつける。「連続ちん○○づき」という下品な技でマリオを痛めつけた。ゲームよりもサイズが小さく描かれている。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ゲームではマルガリータの配下としてマロ王子を演じていたが、見えないところでは小間使いとして働かされておりマルガリータに反感を持っていた様子。ゲームでは一切喋らないが、「なにかんがえてるの」で読むと語尾に「ズラ」を付けた話し方をする。
ソソクサ
学年誌版に登場。イガ谷にやってきたマリオたちに襲い掛かるが、「ほうでんげんしょう」の技をクッパに食べられ、逆流されたことで敗北。ひどい悪臭を放っている。
キャロライン
巨大なニンジンの姿をした怪物。見た目は凶悪だが女性的な口調で喋る。音を使った攻撃でマロとクッパを沈黙（喋れなくする）させるが、音痴のマリオには通じなかったので鐘を使った攻撃で痛めつけた。そこへヨッシーのクッキーで現れたヨッシーからのプレゼント「ヨッシーエキス」でパワーアップしたマリオに逆転され敗北した。最期はニンジンジュースにされてしまった。しかしソソクサも混じっていたので味はまずい。
赤ボム
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
赤いボム兵。絵の世界でのマリオの戦いに同行し、マリオが大砲を使う時には撃つ作業を担当。また、自らを爆破させて身を守ったり、マリオによって武器にされたりすることもあるが、何度爆破されても体の形はそのままである。クッパとの最終面での決戦時に、ステージの崩壊に巻き込まれたヨッシーとルイージを救出しようとするも、じゅうたんと共にクッパの火炎を受けて消息不明となっていたが、7周年記念エピソードで再登場してマリオ達と合流。敵キャラ達と同様に現実世界での活動が可能となった。「マリオパーティ編」にも登場し、祖父がいることが明かされた。
ボムキング
ボム兵の王様で、マリオと最初に戦ったボス。怪力でマリオを苦しめるが、ハートで体力が回復したマリオの反撃で敗北し、パワースターを渡した。マリオがクッパに完全敗北した後に他の敵キャラ達と共に現実世界に出現してマリオを「負け犬」と罵るが、終盤ではマリオの心意気に感動して仲間になり、クッパの手下達を次々と投げ飛ばした。
フワフワさん
雪の世界の住人。遭難しかかったマリオ達を助けておせち料理を提供するが、アイスどんけつの侵略の影響で食料が手に入らず、止む無くゴキブリの卵などを材料にしていた。マリオ達がアイスどんけつを倒したことに感謝し、最終決戦にも助っ人として加勢するが、あっさり敗北を喫した。
マンタ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
海のステージにいる巨大なエイ。パワースターを持つ者が主人だという理由でクッパ潜水艦に追われるマリオ達を助けた。
じゅうたん
空のステージでマリオ達を乗せた通称「江戸っ子じゅうたん」。マリオを気に入り、クッパとの戦いにも加勢した。最終面でクッパの火炎を受けて赤ボムと共に消息不明となっていたが、7周年記念エピソードで再登場し、キノコ城を囲んだ巨大パックンフラワーの茎を切り裂くが、無茶をした影響でその後は治療を受け、クッパとの再戦時には全身をメタルに加工して参戦した。
バッタンキング
巨大なバッタン。初登場は「バッタンキングのとりで」で、マリオ達の何倍もの大きさがあった。背中の×マークが弱点で、はねマリオに連続ヒップドロップを食らわされ敗北、パワースター（とキンタマ2つ）を落とした。
その後乗っ取られたキノコ城で再登場。大きさが少し縮んではいたものの背中の×マークを修正したため倒す術がなかった。実は家庭を持っていたらしく、妻のバッタンキンコと息子のバッタンキンゾー、祖母のバッタンキンと彼女の双子の姉妹のバッタンギン、ペットの猫のバッタンキンタマが登場した。その妻が隠し持っていたダイヤの指輪をマリオに使われたことで2度目の敗北を喫する。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
その後、2度目の最終決戦への道の途中で登場。マリオに二度も砕かれたため小石のように小さくなってしまい、クッパ軍から除名され、前述の家族にも逃げられてしまう。終盤ではボケで自分を庇ったヨッシーに恩を感じ、味方となりスーパースコープを渡した。さらに、クッパが山に陣取った際も他の仲間たちを率いてドッシーに乗り登場。マリオ達と共にメタルになり岩石部隊を倒した。
ドッシー
闇に溶ける洞窟の地底湖に住んでいる恐竜。マリオ達と初めて会った時は、マリオ達を見て怖がっていた。終盤では、ワンワンに苦戦していたマリオ達を助けた。
ガサゴソ、ウッキイ、フクロウ、ペンギン（赤ちゃん）、スローマン
マリオ軍強化のために呼ばれた、作中出番の無かった敵・味方キャラの集まり。連携も悪く、ガサゴソが発射したマシンガンの銃弾がスローマンに大量に命中し、彼は仕返しとしてメタルブロックでガサゴソを殴った結果、ガサゴソはメタルに変身して暴れまわり、それに巻き込まれて弾き飛ばされたウッキーがはねブロックに命中すると帽子を装着し、武器の上にウンチをしてしまう。彼らは興奮状態となり、ペンギンも戦車を暴走させ、遂にマリオの怒りを買い、マリオカートのサンダーでようやく落ち着きを取り戻すが、散々迷惑をかけたことで結局はすぐにクビにされた。なお、フクロウは寝ているだけであり、出番も他のキャラと比べて少なかった。
ワンワン
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
鎖に繋がれていることが嫌いでマリオに鎖を解いてもらおうとしていた。解けたときには嬉しさでマリオに噛みつきそのままどこかへ飛んでいってしまった。最終決戦にも登場するがそれは別個体のようで、ドッシーに食べられてしまった。
ミップ
ワンワンに噛まれて犬になったマリオを元に戻すためのパワースターを持つウサギ。パワースターを渡す代わりにとヨッシーとキノピオに無理難題を吹っ掛けた挙句、渡さずに逃げたことでヨッシーの怒りを買い、最後にはアイテムで回復した2人とマリオに捕まった。
19巻の4コマ漫画にも登場。パワースターを持って逃げ回るところは同じで、マリオは雌のウサギでおびき寄せようとしたが、実際はバニーガールの女装をしたマリオ自身だったため、怒って爆弾を投げつけていた。
大ウツボ
難破船にいた巨大ウツボ。パワースターを飲み込み、マリオをも食べてしまう（そもそも赤ボムがマリオを足場から蹴落とした）が、すでに飲み込んでいたメタルブロックで変身したメタルマリオにより内側から破裂させられた。その後、キノコ城内で再び登場した際は喋っていた。
ジャンゴ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
パワースターを持つハゲタカ。マリオの帽子を気に入ると、それを奪って逃走し、マリオの戦闘力をダウンさせる。マリオはピラミッドの斜面を利用してコウラコースターで上空へとジャンプして体当たりし、帽子を取り戻した後にパワースターが出現。それの代わりに何かをくれるように要求し、マリオが「好きな物もってけよ」と言ったため、迷わず帽子を持って行った。
イワンテ
手の形の岩の塊。学年誌版では二体登場して階段に化けており、やって来たマリオと戦うが、掌の中央の目が弱点だということをマリオに知られ、弱点を突いてきたマリオに敗北した。その後、コロコロコミック版ではダウンタウンを訪れたマリオを倒すためにクッパ達が嗾けた敵として登場。分離して店のレンガに擬態していたところをノコノコの合図で元の姿へと形成し、その場で帽子の無いマリオ達を圧倒するが、当時使い方を知らずにルイージが投げたメタルブロックが弱点の目に命中して敗北した。7周年記念エピソードでも敵の一人としても登場。特技のヨーヨーを披露するがマリオの口車に乗せられ目を出してしまい、ヨーヨーをぶつけられて敗北。最終決戦ではクッパが用意した最強ディフェンスの岩石部隊の一員として登場するが、全員メタル化したマリオ軍の最強オフェンスに粉砕された。
どんけつ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
頭に2本のツノが生えた鉄球のような敵。「ほのおのうみ」のステージに登場。尻相撲に絶対の自信を持つが、マリオのオナラでダウンした。コロコロコミック版では金網の上で2体が見張り番を担当していたが、その内の1体が発したオナラが金網の下をぶら下がりながら進んでいたマリオ達を直撃し、彼らは溶岩へと落下。マリオ達が熱さで跳ね上がる姿を目の当たりにした時には、攻撃していないのになぜ熱がっているのか分からなかった。
ボスどんけつ
どんけつ隊の親分。マリオの攻撃を受け付けなかったが、はねマリオの羽でくすぐられ、力が抜けたところをマグマに叩き落とされたが、同時に持っていたパワースターも黒焦げになった。
アイスどんけつ
全身氷、額に1本ツノを生やした巨大などんけつ。吹雪を吐き、攻撃も受け付けなかったが、1回目の戦いでは下から持ち上げられたところをヨッシーの「スーパーコウラハリケーン」でマリオごと氷結した。2回目ではキノコ城を氷で覆い氷の迷路まで作るも、ヨッシーのオナラに引火した強烈な炎で倒された。
ホルヘイ
巨大な丸い体に車輪が付いた敵。マリオに「コブヘイ」と間違えられた。忍術を使うが、マリオの策略で肥らされてバランスが取れなくなったところを谷底に突き落とされた。その後、最終決戦直前にも登場するが、手元に戻ってくるヨーヨータイプの砲弾を撃ったため、戻ってきた砲弾に当たって自滅した。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ホルヘイの部下。手裏剣攻撃を仕掛け、なわしばりの術でマリオ達を取られるが、ヨッシーに部隊の大半を食われた挙句、強引に脱出される。それでも追跡するが、マリオの顔面変化の術（イッツミー、マリオの変顔）に驚いて落下、完全に逃げ切られた。結局、残ったメンバーが倒される描写は無かった。
ポポイ
チックタックロックコースでマリオの足止めのために呼び出された敵。時計メカ戦士を名乗る。前方の板にマリオを載せ、後方に投げ飛ばすことでステージの下へ落下させる役割だったが、マリオの「アホ」の一言で激怒し、時計メカ戦士としての真の実力を発揮し、目覚まし時計の爆音や鳩時計の鳩を飛ばしてマリオを圧倒。更には加勢しようとしたヨッシーを重りで潰して紙のように薄っぺらくするが、誤ってヨッシーが食べていたパワースターが力を発揮し、赤ボムのアドバイスでマリオがヨッシーを折りたたんで作ったハリセンの一撃を受け、倒された。
バクバク
ちびでかアイランドにいた魚。マリオ達を飲み込むが、体内を巨大なつまようじで刺され、マリオ達を吐き出した。
顔が付いた雲。口から強い風（息）を吹かせる。これによってマリオの帽子を吹き飛ばして妨害した。しかし、逆にホルヘイとの戦いで突き落とされたマリオを下から吹き上げて救ったこともあるため、敵なのか味方なのかよくわからないキャラでもある。
ボケモントリオ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
不良品としてゴミ捨て場に捨てられていたガマグチクン、キラーピアノ、キラーブックの3体。外見とは裏腹に目標を与えると強力になる性質を持つ。クッパ軍団への復帰というエサに釣られて超凶暴化してマリオ達を痛めつけ、給料の大幅アップというもう一つのエサに釣られると更にパワーアップ。最後は赤ボムが威力が強すぎて捨てたというリボルバー式連射大砲の砲撃を受けて敗北し、マリオの手によって墓に埋められた（ルイージも一緒に墓に埋められた）。
鏡の中のマリオ
鏡の世界にいるマリオ。自分のことをカッコいいと言っており、逆に本物のマリオを見下すような発言をする。本物のマリオに勝る力で圧倒したが、その力の源は頭に栽培しているパワーアップキノコで、キノコの効果を常時受けることが可能。現実世界で敵のテレサが鏡に映ったために、鏡の世界に出現した「マリオの味方のテレサ」によって、マリオカートのアイテムとしての要領でキノコを本物のマリオの頭に移され、そのまま叩きのめされて敗北、ヨッシーの叫び声で割れたカガミごと消滅した。
鏡の中のルイージ・ヨッシー
同じく鏡の世界にいるルイージとヨッシー。ルイージは態度が大きく、ヨッシーは小食である。鏡の中のマリオと共に本物のマリオをいたぶるが、外の「味方のルイージとヨッシー」がマリオの指示で鏡に映らないところに移動したため、共に消滅した。
ドングル
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
学年誌版のピラミッドに登場した敵。回転攻撃でマリオを潰そうとするが先に目が回ってしまい自滅。コロコロコミック版では乗っ取られたキノコ城で登場するが、マリオ達には全く憶えられていなかった。門番としてマリオ達を阻み、横回転のローリングアタックで攻撃するも、キノコでパワーアップしたマリオに持ち上げられるが、急に無理なことをしたせいでマリオがぎっくり腰になってしまう。しかし、ヨッシーが投げた振動パック搭載のコントローラのプラグがマリオの鼻に刺さり、彼から伝わる強力な振動を食らって爆発、絵の中に戻った。
ベビークッパの魔法から逃れた6匹のチビヨッシーたちで、メンバーはリーダーの緑、熱血の赤、クールな青、お利口さんの水色、オカマのピンク、大ボケな黄色、黄色の一番の友達が「ヨッシーアイランド」にも登場したポチである。ベビークッパに奪われた「スーパーしあわせのツリー」を求めてマリオと共に旅立つ。その後、チビヨッシー達はパワーアップしてそれぞれ独自の必殺技を身に付け、ポチは水色によって改造された（結成日は4月4日）。「マリオパーティ編」では9周年記念でゲスト出演した他、「マリオストーリー編」の舞台の一つであるジャンボル島のヨッシー村に生息する5匹のチビヨッシー（緑・赤・青・水色・黄色）の姿や性格はT・C・Yに準拠している。尚、実際のヨッシーは性別の概念が無い。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
それぞれの性格及びパワーアップ後の能力は以下の通り。
みどり
チームリーダー。真面目な性格で、基本的に敬語で話すが、少しボケている所がある。能力は羽が生えて空を飛ぶ「フライング」（飛行能力の由来は「み鳥(どり)」だから）。
あか
喧嘩っ早い熱血野郎。ハチマキには彼自身の心情が表示される（普段は「あか」と書かれている）。能力は炎を吐く「ファイヤー」（腹部のツマミで火力を調整可）。
あお
クールな性格のへそ曲がり。常に冷静で、取り乱すことがほとんどないが、素直になれない時もある。能力は吹雪を吐く「フリーズ」。
みずいろ
眼鏡をかけているヨッシー。「みどり」同様敬語で話す場面が多い。また機械に強く、様々なものを発明する。能力は大量の水を噴射する「水芸」（股間から噴射するのでおしっこのように見える）。
ピンク
性格は一言で言えば夢見る乙女で、オカマ（実際のヨッシーは性別の概念が存在しないドラゴンであり、ニューハーフはいない。ちなみにボンボン版のヨッシーストーリーに登場するピンクヨッシーは本物の♀である）、能力は「ピンク」に恋愛感情を抱かせ、戦意を喪失させる「ラブラブファイアー」。
きいろ
チーム一番の大ボケ。のんびり屋で、反応がきわめて遅い。能力は「連発ウンチ」、好きな形で出すことができる（ゲンコツ、マリオの顔etc）。
ポチ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
デブで、大食いの犬。特に「きいろ」と仲が良い。ちび達がスーパーフルーツを食べた後に「みずいろ」に改造され、パワーアップ。尻尾を引っ張ることで様々な能力を発揮する（手品を披露、弾丸を発射、盾や掃除機に変化するなど）。
白ヘイホー
太ったヘイホー。優しい性格で戦うのが苦手であり、役立たずでゴミ捨て場に捨てられていた。マリオのクッパ城脱出に貢献する他、チビヨッシー達が城へ潜入するときの手助け模した。語尾に「～だな」をつけて喋る。
黒ヨッシー/白ヨッシー
伝説のヨッシー。初登場時の黒ヨッシーはマリオの変装だったが、後に実在していたことが判明。ちびヨッシー達からは立派なヒーローであるイメージを持たれていたが、正月休みに自宅でダラダラしていた姿には流石にショックを隠せなかった。ちびヨッシー達に懇願されて彼らに修行を付けるが、それが過酷であったために付いていけず、最終的にはスーパーフルーツを提供してパワーアップさせた。
ドラゴン
雲のワールドに表れてあほーどりに襲われたちびヨッシー達を助けたドラゴン。その後再登場しクッパ城や白黒ヨッシーの住処などに運んだ。ちびヨッシーからは「ドラゴンのおじさん」と呼ばれている。
イソズキン
海から上がりポチの口に挟まっていたところを「みずいろ」に海に返され元気になる。その後、海中でピンチになっているマリオ達のもとに現れ無事危機を脱する。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ヨッシーパラダイス編にはこれとは別個体と思われる『悪イソズキン』が現れる。
ピヨピヨ
きいろが育てたひよこ。ウンチの布団で温められ元気を取り戻し、その後固まったウンチで巨大化しマリオたちに加勢する。
ベビークッパ
ヨッシーストーリー編の黒幕で、冒頭にスーパーしあわせのツリーを奪い、ヨッシーたちを魔法で絵本の世界に閉じ込めてしまう。その際自分も魔法で閉じ込めてしまうなどまだ魔法の腕は未熟。その後黒ヘイホー（45歳で独身という設定）に変装してマリオとT・C・Yの前に姿を現す。ムシャムシャを投入するも返り討ちにあい敗北。その後、クッパ城にて再登場。おばけ玉に乗り、自らもファイヤーや爆弾攻撃をすることでマリオに大ダメージを与えるも、スーパーしあわせのツリーになったT.C.Yに返り討ちにあい、最後はマリオのパンチを受けて倒れる。
学年誌版では冒頭部分が異なるためしあわせのツリーを奪う際にマリオと会っている。その後しばらく登場しなかったため、読者はおろかマリオ達にまで忘れられていた。その後すぐ登場しフルーツを買い占めちび達を困らせた。最終決戦では『マリオパーティ』の「のっかれボール」でマリオと対決。ボールをおばけ玉にしていたものの激しい戦いの末マリオに落とされて敗北した。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
スーパーしあわせのツリーに関しては本編ではクリスマスツリーにする、4コマ漫画では世話をせず枯らすなどぞんざいに扱っている模様。
漫画オリジナルのヨッシーパラダイス編でもトラブルの根源として登場。
とうさんぞう
ちび達とマリオが最初に戦った敵。ヒップドロップでひっくり返されるのが弱点。再登場時はパンツの中に鉄球を2個入れており、弱点を克服している。
ケムちゃん
毛虫。胴体をバラバラにして攻撃する。頭に生えたキノコは毒キノコで取るとパワーダウンする。ポチに袋叩きにされ倒されメロンになった。
ビックリン
びっくり箱から飛び出した風船型のおばけ。強風でちび達を苦しめるも、お腹のバツマークに鋼鉄のブーツがぶつかり敗北する。
コミックス19巻収録の4コマではバツマークを修正しており弱点はないと豪語していたが、実際は全身が弱点となっており、木の枝が刺さり敗北した。
パオ
「あお」が拾ってきたボックスに入っていた敵キャラ。鼻から繰り出す弾丸でちび達を苦しめるも、花で回復したちび達に逆転され敗北。
ウフフちょう
ウフフと笑う蝶で白い体色をしている。怒ると青くなり凶暴になる。白い状態で食べれば体力が回復するが、青い状態で食べると凶暴化してしまう。
ホネホネりゅう
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
3本の頭を持つ骨の竜。3本がそれぞれ独立した意識を持っている。「みずいろ」が掘り起こしたことで敵として登場。大きい胴体と力強い攻撃で圧倒するものの、マリオ扮する黒ヨッシーが頭の一つを粉砕、残る2つも黒ヨッシーに勇気付けられたT.C.Yによって壊された。
学年誌版でも登場するがわずか一コマで「ピンク」に倒されてしまった。
ウンババ
学年誌版に登場。地下の溶岩に住む竜。たまごポチが開けた穴から流れ込んできた地下水で消火され倒された。
ムシャムシャ
雲の上でマリオ達を襲った敵。本来のゲームでは舌で舐められると溶けて小さくなることで食べられるのだが、溶けないように改造されていた。体当たりでマリオ達を雲から落とそうとするが、溶けない理由が本体を「ヅラ」に変えたことで、動き回っている間にヅラがズレたためにバレてしまい、最後は「みずいろ」にヅラを取られた挙句、マリオに殴り飛ばされた。
Qちゃん
空の家に住む黒い鳥。頭の3本の髪の毛がトレードマーク。空から落ちてきたマリオ達に家を壊され、ご飯を食べられ、さらに髪の毛まで抜かれて激怒し、マリオ達を襲ってくる。みどりとポチとマリオ以外を落とすことに成功するも、バネを飲み込んだバネマリオアタックで敗れた。（原作ゲームでは倒せない敵。）
大ナメクジ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
地下道に登場した敵でジメジメしている。マリオを飲み込んだことでマリオと同化し、見た目がマリオに近くなり、さらにボケるようになった。弱点は光でちび達の頭突きによって生じた火花で倒された。
「マリオパーティ編」でも登場。ヨッシーの食べた弾丸を食らい敗北する。
ヘイホー海賊団
海に登場するヘイホー達。キャプテン・ヘイホー（キャホー）がボケで船員がツッコミ。砲弾攻撃でマリオ達の乗っていた船を壊すものの、海中からのリフトさんの奇襲に船ごと壊され敗北する。
「マリオパーティ編」や「マリオパーティ2編」にも引き続き登場しており、マリオ達を罠にかけ、樽に閉じ込めたり、浮島ごとマリオ達を倒そうとしたりとマリオ達を苦しめる。
ハンターヘイホー軍団
サンタの村と勘違いしたマリオ達が雪の村ににいたヘイホー。爆弾や石の入った雪玉でマリオたちを攻撃してくる。カマクラの中にいたワリオのパワフルタックルを食らい敗北する。
ウナボン
渦を吐くウナギのモンスター。弱点は渦の中心で真上から飛び込んだあかヨッシーとたまごポチによって倒される。
ドンババ
別転谷に住むパワフルな恐竜。その一方で男に目がなく、オシャレに凝ったり化粧をしたりと女性的な面を持っているため「ピンク」と仲がいい。正体はドン婆(ババァ)で500年生きた竜で超能力が使える。唇が弱点。
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
コミックス19巻収録の4コマ漫画にも登場するがこちらは男で、化粧崩れを起こしたピンクの顔に怯え逃げ去っていった。
ガボン
ジャングルにある家の主人。100万円の土羅エ門の壺、中国2000年のお皿、イタリア製のベッド、沢田ユキオのパンツなど、世界各国の高級家具や雑貨を「ガボンコレクション」と称して収集している。家を空けている間にちびヨッシー達が暴れまわった結果、コレクションをメチャクチャにされてしまい、マリオ達に弁償を求めるも、謝罪どころかボケ続ける彼らに対して我慢が限界に達すると、戦闘用のハチを使って襲撃し、マリオを気絶に追い込む。なお、コレクションの中にはマリオゲームのアイテムも含まれており、大量のファイアフラワーを「みどり」に取られ、それをちびヨッシー達が気絶したマリオの口に詰め込んだ結果、吐き出した火炎でハチ諸共倒されてしまう。だが、その火炎はあまりにも強力過ぎてジャングルを焼き尽くしてしまった。
ペロペロパックン
学年誌版に登場。ベビークッパの命令でマリオを襲った敵。ベビークッパに「ヒゲのある奴」を飲み込めと指示され、マリオを飲み込んで小さくした。しかし、それを聞いたマリオがベビークッパの顔に毛虫を2匹落としてヒゲのように見せたため、「ヒゲのあるやつ」と誤解してベビークッパまで飲み込み、小さくしてしまう。
ゼリーテレサ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
墓場にいたテレサの1種でなんでも吸収してしまう。ちび達やちびテレサ、ポチを吸収するも、なんでも吸収する性質を逆手に取られ爆弾を吸収してしまい四散する。
大ムカデ
巨大な暴れムカデ。パワーアップした直後のちび達に襲いかかる。ちび達の攻撃がそれぞれ不発や失敗に終わるも、「ピンク」の繰り出した『ラブラブファイアー』によって戦意喪失し、事なきを得る。
学年誌版にも登場。ポチに団子と勘違いされ噛まれて起きる。長い胴体でちび達やマリオを苦しめるもその長さが仇となり絡まってしまい敗北した。
ミエンデ
姿の見えない敵。見えないのをいいことにちび達を仲間割れさせようとしていたものの、その特性を「みずいろ」に見破られ正体を表す。見えないため苦戦していたが雪の降るステージだったため雪が頭に積もり位置を特定され捕まってしまう。大声で笑い転げたことで雪崩が起き、クッパ城の場所が分かった。
4コマ漫画でも登場。大声で喋ったことで場所がバレてしまう。
目隠しテレサ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
その名のとおり、目隠ししたテレサ。ベビークッパの城への道中に、罠として体が溶けるほど高温の温泉を用意し、「きいろ」以外のちびヨッシー達を溶かすことに成功。ちび達の塊ごと温泉を眼力で持ち上げると、粘土細工の要領で巨大なヨッシーの姿に改造し、思い通りに動かした。パワーアップしたちび達の能力もそのままとなっている。その後、元気になって飛んできたピヨピヨの周りで固まったウンチが、岩に当たった拍子で崩れ、その破片が目に当たって敗北した。
4コマでも別個体が登場。大きな耳を持っているため鏡をひっかく音で苦しんでいた。
おばけだま
ボールに目と口が付いた敵キャラ。自分の顔で怖がったり、歯が入れ歯だったりするなど他2キャラに比べてボケの印象が強い。戦闘よりベビークッパの乗り物になっていた。
4コマ漫画にも登場。自身がおばけのはずがおばけを怖がっていた。
にゅうどう
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
煙の怪物。一度はマリオとT・C・Y&ポチを一撃の下に吹き飛ばすほどの強さを見せた。S・C・Yにパワーアップした後の再戦時も、煙のためファイヤーなどほとんどの攻撃が効かなかったが、「きいろ」のウンチの匂いには流石に苦しんだ（マリオ曰く「これは効くのね」）。最終決戦ではベビークッパにパワーアップされ、T.C.Yと白ヘイホーをスーパーしあわせのツリーのフルーツと同化させ戦闘不能にし、炎攻撃や鉄球攻撃でマリオを追い詰めたものの、煙のボディが仇となり、「みずいろ」に改造されたポチが変身した掃除機に吸い込まれて敗北した。
ズター
「マリオパーティ編」に登場した不良品で出来損ないの黒いスター。クッパにズタズタに引き裂かれかけて逃亡し、マリオ達の元に辿り着く。当初は役立たずと見なされて邪魔者扱いされていたが、クッパの居場所までの案内役を引き受けようとすると、あっさり仲間に迎えられた。方向音痴な面があり、それは学年誌版でも共通して描かれている。スタークッパとの決戦では自分なりに奮闘を続け、何度攻撃されても諦めずに立ち向かい、クッパに従うスター達を涙ながらに説得する中で本物のスターへと覚醒し、クッパからスター達が離反するきっかけを作った。
レインボーキャッスル編では臆病で強い方にすぐ寝返ろうとするなど卑怯な面が目立つ。また、最終的にスターにも変身することはない。
エリザベス
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
「マリオパーティ編」のジャングルステージに登場したスリーサイズは全て350のドンキーの恋人。ドンキーといちゃついていたが、ワープブロックでマリオとドンキーの場所が入れ替わったことで、ドンキーよりもいい男と言ってマリオに惚れてしまう。その後はドンキーと再びいちゃついており、彼もエリザベスと一緒に過ごすことを選んだ事でスーパースター決定戦から離脱した。
「マリオカート64編」の4コマ漫画にもこれに似たメスゴリラが登場する
ホージロー
「マリオパーティ2編」に登場するサメ。人を乗せて海を渡る仕事をしているが、5コインの代金を踏み倒されてばかりだった。ヨッシーがしっかり代金を払うと感激のあまり号泣し、マリオ達に恩を感じ、キャプテン・ヘイホーに捕らわれたマリオとヨッシーを救出した。その後助けた代金として100万コインを要求した。
「マリオパーティ3編」にも登場。クッパによって沈没した潜水艦を着せられてしまう。
コロ
「マリオパーティ3編」に登場したステージの案内役。ゲームとは違い、頭の中に本物のミレニアムスターが隠れているという設定は無い。
ミレニアムスター
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
1000年に一度だけ生まれるヒゲの生えた伝説のスターで、実際のゲームでは偽者だがこの漫画では本物である。宇宙一のスーパースターを決めさせるためピーチ城をおもちゃにしてマリオたちを競わせた末、最終的にスタンプを1番集めたマリオと直接対決することとなる。
流星群を使った技でマリオを圧倒したが、援護に来たクッパがくれたスーパーキノコによりパワーアップしたマリオによって倒された。
ワリオロボ
「マリオパーティ編」に登場した黒ボム軍の科学者が作ったロボット。人質にとったワリオの能力を取り込んでおり、「ウンチミサイル」や「鼻糞ボンバー」といった攻撃でマリオ達を苦戦させた。実は大事なネジを1本締め忘れていたために耐久力が大幅に低下しており、ルイージが投げたコウラの着ぐるみを着せたマリオが命中すると、その一撃であっさりと壊れてしまった。
トゲロー
「マリオパーティ編」に登場したワリオのバトルキャニオンでクッパの宝箱を守っている敵。マリオ達をハゲ頭で目をくらませた所を、延びるトゲで止めを刺そうとしたが、ゲスト出演したちびヨッシーズにNINTENDO 64のコントローラのポーズボタンで動きを止められ、彼らの特殊能力で全員倒された。
ミニクッパ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
「マリオパーティ編」に登場したクッパの分身。マリオたちを倒すために特殊訓練されている。全部で7人おり、合体することで本物のクッパと同じ姿となり、他にも電車、大砲、銃、ロボットに変身合体できる。また、その中の1人は他のメンバーと違い、導火線のような髪の毛で、一人称は「俺」、更に関西弁で話す特徴を持ち、合体後は弾丸に変身してしまうため、攻撃後はマリオ達共々ボロボロになってしまう。弾丸役が体がもたないと言って抜けてしまい、その結果攻撃ができなくなり、最終的にはマリオのキックで倒された。なお、ゲームでの一人称は「オイラ」だが、本作では弾丸役を除いて「ボク」となっている。
おやじテレサ
「マリオパーティ編」に登場した空飛ぶ船の見張りをしているテレサ。本人は「長い間見張りをしている内に、気付いたら親父になってしまった」と言っており、マリオからは「おばけが歳をとるんかい」と突っ込まれた。説教や匂いでマリオ達を苦戦させたが、「女子高生と綺麗なお姉ちゃんがいっぱい」というウソを真に受けた所をマリオ達に袋叩きにされて敗北。その後、空飛ぶ船で飛び立つマリオ達を笑顔で見送っていた。
スタークッパ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
「マリオパーティー編」のラスボス。クッパが無数のスターの力を取り込み大幅なパワーアップを果たした姿。顔から星型のように角が突き出ているのが特徴。この姿にはマリオ達も歯が立たず、彼らの反撃も許さないまま終始圧倒し、遅れてやって来たワリオも一撃で倒したりと、作中全体を通して最強格の敵となっている。しかし、ズターの説得と覚醒によりスターたちが離反。ベビークッパの姿まで一時的に退化した後に元の姿に戻ってしまい、大量のスターの力でパワーアップしたマリオの「スーパースターアタック」で倒された。
やじるしあんこう
「マリオパーティ3編」に登場したクッパが用意したチョウチンアンコウに似た敵。ブクブクしんかいでマリオ達を飲み込んだが、最終的にはアイテム「キーマン」を使ったマリオ達に脱出を許した。
クリオ
マリオに憧れるクリボー。有名なマリオに憧れるあまり、毎日ボケとツッコミの練習をしていた。帽子が特徴で頭が良く、敵やステージの情報も教えてくれるが、地図やバッジはお尻から出し、中にはあまり役に立たない情報もある。『スーパーマリオッさん』ではマリオストーリーの回想及び本編の回想にわずかに出演した。
カメキ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
マリオに助けられ、共に旅に出たノコノコ。友人には郵便配達員のパレッタがいる。寒がりで、チョロボンに甲羅を取られたときはまともに動けず、またクリオと合流した直後は仲間のポジションを巡って彼とよくケンカをしていた。また、情に厚く、マリオが倒したストーンワンワンを助けて装備一式をもらったり、迷子になったチビヨッシーを探そうとしないマリオを説得したり、更にはゲッソー一家と戦い、瀕死になった母を父が庇った時は涙を流して思わずマリオをハンマーで殴り倒した上、懸賞がかかったマリオをその一家に差し出すこともするほど敵味方問わずお人好しである。
後のシリーズに登場する同じノコノコの仲間ノコタロウとは逆で、勇敢で強い。
ピンキー
小学三年生、小学四年生版にのみ登場したノコブロスの砦に捕らわれたボム兵の女の子。赤ボム同様に爆発してもすぐに元に戻る。また、本人は美容に気をつけており、バクグロになることを激しく拒んでいたが、マリオに無理矢理爆発させられた。
パレッタ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
カメキの幼なじみで、郵便配達をしているパタパタ。普通のパタパタと同じく、上から踏まれるとノコノコになってしまう。クリじいからの手紙と回復アイテムの「くりくりマロン」が入った小包をクリオに届けるためにマリオ達の元を訪れてカメキと再会。その後、ハイパーパタクリボー部隊の襲撃を受けて1度は羽を失うが、「くりくりマロン」を食べた後、大切な手紙を粗末にしたハイパーパタクリボーに激怒して羽を復活させ、みだれとびアタックで見事に倒した。
レサレサ
テレサの屋敷のお嬢様。初登場時はドガボンの襲撃を防ぐために身を潜めた生活を続けていたことに加え、その間にお菓子を大量に食べていた影響で大きな体格になっていた。ドガボンに捕らえられた仲間たちを助けるためマリオ達についていく。
セバスチャン
レサレサのお付きの執事でマリオ達をテレサの屋敷まで導く。テレサの屋敷内ではドガボンとの戦いにマリオ達が相応しいかどうか、最終的に己が戦いテストをする。すきとおりで姿が見えなかったがカメキが漏らしたウンチにより居場所が発覚、袋叩きにされ合格を認める。レサレサやマリオ達がドガボンと仲良くなった後、そのまま屋敷に帰ってこなかったため、マリオ達が食べられてしまったと勘違いしていた。
アカリン
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ケセランの赤ちゃんで、カメキ曰く「明るくて元気な電気ベビー」。「ビリビリアタック」、「シビレフラッシュ」などの電気技が得意である。ビックカンテラくんのカンテラの中に閉じ込められていたが、彼が倒された後にカンテラを壊すようにマリオに頼み、助けてもらったお礼として協力する。その後、しょうぐんヘイホー戦で大活躍し、マリオを勝利まで導いた。
おプク
太った体格のプクプクのおばさん。チョール曰くナイスバディでとってもラブリーなお姉さんだが、これはマリオにやる気を出させるための嘘だった。それでも若い頃はピチピチギャルだったらしい。マリオ達から名前を呼ばれる際は「さん」付けされている。水を吹いて攻撃し、水は元気ドリンクにもなる。マリオにパワーを与えた際に痩せたが、ネールに回復のキスをされた際は前よりも太ってしまう。
ポコピー
強がっているが、実は寂しがり屋のジュゲム。最初は暴走族のバイク音などの音を声で出しながら登場した。クリオやカメキには目もくれずにマリオだけを執拗に狙うが、最終的には彼らのチームワークに敗北。マリオの仲間になってからはマリオを兄貴と慕う。
星の国で「スターの杖」を守っていた精霊。クッパの手によってパワーを封印されてしまう。
チョール
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
白髭を生やした精霊。ノコブロスの砦でマリオに助けられた後はおかしなタイミングで登場し、ツッコまれる。見かけによらず抜け目の無い性格で、囚われているのにもかかわらず、マリオの夢に現れて神のお告げのように助けを求めたり、それを信じようとしないカメキをハンマーで殴ったりした。マリオたちがジャンボル島に行っている間は相談所を開き、マリオに変装してコインをもらっていた。
マール
リボンを付けた精霊。アラビン遺跡でカメキとストーンワンワンに助けられる。
ハール
メガネをかけた精霊。テレサの屋敷周辺の迷いの森で倒れていたところをセバスチャンに救出される。
ニール
帽子をかぶった精霊。ゲーム版とは違い、少しおバカなため、たまにボケる。しかし、後半からはセリフがないため、全くボケなくなった（目がチグハグしているだけ）。
ネール
羽衣を羽織った精霊。キスをしてもらうと体力が回復する。パワーをマリオに提供して痩せていたおプクを回復させるが、何故か彼女は太ってしまった。
テール
蝶ネクタイをつけた精霊。いつも本を持ち歩いている。
ダール
黒髭を生やした精霊。カメキとサムイサムイ村の村長、星の子たちに助けられた。
ティンク
星の子。捕らわれていたピーチ姫の手助けをするが、半人前のためにしばしば失敗することがある。
チョロボン
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ミョ～んと語尾につけて話す。カメキからコウラを奪った。パワー吸い取りが得意技で、すばしっこいためなかなか捕まえられない。コウラになったマリオとカメキの合体技でコウラを取り戻したカメキの攻撃に敗れる。
サンボ
オアシスに現れたサボテンのモンスター。頭にレモンが刺さったことで怒り、胴体を飛ばして攻撃してくる。カメキとクリオも刺さってしまうがマリオのハンマーナゲールにクリオ達ごとダウンする。
ストーンワンワン
アラビンいせきにいた石のワンワン。3つの石を守っているが2体は寝ており残った1体もマリオに倒される。その際頭部が欠けてしまったが可哀想に思ったカメキに手当てをしてもらった。その後カーメン戦にてカメキにツラヌキナグーリとスーパーハンマーをプレゼントする。
ビッグカンテラくん
ヘイホーのおもちゃ箱の中におり、カンテラを持った敵で暗闇から攻撃してくる。逆に暗闇じゃなければ弱い。常に頭巾を被っているがそれは彼自身がとても明るいためだった。マリオとカメキに命乞いをするが、逆襲されて撤退した。
ハイパーパタクリボー
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
郵便ポストに化けてパレッタの手紙を奪った。ゲームでの体色は緑色だが漫画では白黒のため見分けがつかず、マリオに突っ込まれていた。仲間を呼びさらに手紙についていたアイテムを使いパレッタを攻撃、彼は一度羽を失うが、手紙を攻撃したことでパレッタが怒り羽が復活、『パレッタみだれとびアタック』で敗れた。
ホワイトカメック・ポイズンパックン
ジャンボル島のジャングルでマリオとちびヨッシー達を襲ってきた敵。マリオ達はダウンさせたがちびヨッシー達を甘くみていたせいで「かみなりドッカン」を打たれ敗北した。
ゴロン
グツグツ火山内部にいた尖った石のモンスター。転がり続けてマリオ達を襲うがおプクのみずでっぽうで粉砕される。ゲームでは倒せないキャラクターである。
カメック(青)
普段登場するカメックでキノコタウンに戻ってきたマリオ達の前に現れた。クリオを石頭にしマリオにも魔法で攻撃するが、ティンクが持ってきたラッキースターによってラッキーアタックの連撃を食らい敗北。
バケバケ
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
クリスター神殿に現れたモノマネをする敵。バサバサチュルルを使いマリオの体力を奪おうとするが自身がマリオに変身していたため勘違いされパワーを吸い取られ正体を表す。後にクッパ城でも再登場し、ピーチ姫の姿になりマリオを別室へと誘き寄せて、クリオ・カメキと分断させることに成功。2人はマリオが不在の中でクッパに立ち向かうも、為す術もなく敗北してしまった。
エルモス
宇宙に現れた炎のモンスター。マリオ達を阻むもマリオの新技「スターフラッシュ」を食らい敗北する。
クリキング
クッパに頼んで王様になったクリボー。拾ってきた王冠を被り、体臭がきつく、服のセンスが無い。マリオにジャンピングキックを噛まされそうになるがアッカンベーしながら避けて城壁を蹴らせた。結局はハンマー投げにより倒される。
クリレッド/クリブルー
クリキングの側近の兄弟。あまり出番が無い。
ノコブロス
ノコレッド、ノコグリーン、ノコイエロー、ノコブラックから成り立つ4人組。ノコイエローがかなりのボケで、悪気がないとはいえ余計なことばかりマリオに話すため、他の3人は手を焼いている。マリオ達と戦うが、最終的にはノコイエローが弱点をばらしたことで敗北した。
ゲーハー
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ゴツゴツ山に佇んでいるハゲタカ。クッパに「マリオをやっつけたらスターの杖で毛を生やす」と言われており、マリオ達を苦戦させたが、最終的には敗れ、クッパによって体中の毛を全部抜かれてしまう。
カーメン
アラビン遺跡に潜んでいた魔法使い。岩落としや超能力を使ってマリオを圧倒したが、ストーンワンワンがあげたスーパーハンマーとバッジ「ツラヌキナグーリ」を装備したカメキに倒される。
ドガボン
ピューピューヒルの頂上にそびえ立つ城に住む巨大なガボン。悪役として登場せず、友達が欲しい寂しがり屋として登場しており、マリオ達と遊ぶ形でマリオ達と戦い、最後は皆と仲良くなる。
しょうぐんヘイホー
ヘイホーたちのリーダー。一人称は「わし」になっている。自分は戦車に乗り、電球から電撃を放つ。アカリンによりパワーを送られ、パワーアップしたマリオによるハンマーアタックで戦車を大破される。マリオに敗北後、電気を悪用した罰としてコロコロ電力から電気を止めることを通達されてしまう。マリオ達がクッパ城に向かうために搭乗した「星の船」が発する光を目にした際は彼らを応援する意味で敬礼していたが、「敵だろお前!!」と突っ込まれていた。
ファイアパックン
グツグツ火山に潜んでいるパックンフラワー。火炎を吹いてマリオ達を攻撃したが、おプクがマリオに与えた水のジェットふんしゃにより鎮火された。
プチパックン
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ファイアパックンが放ってきた小さなパックン。1コマしか登場していない。
ゲッソー一家
地下道に住むビッグゲッソー（母）、ビリビリゲッソー（父）、チビゲッソー（子）からなる3人家族。父があまりにも虚弱なため、母に尻に敷かれており、更に父の稼ぎが少なく、電力を自分の電気で補わなければならないほどの貧乏である。マリオに100万コインの懸賞がかかっているのを見て偶然入ってきたマリオを倒そうとするが、父が弱すぎるために傷一つ与えられず、代わりに母が戦うことになり、パワーで終始圧倒する。しかし、クリオがクリ村でもらってきた「ガツーンジャンプ」で瀕死になり、ハンマーで止めを刺されそうになるが、父が母を庇うことで一家としての絆が深まった。その後、そのことに感動したカメキがマリオを殴り倒したことで強引ながらも勝利し、最後にはカメキから賞金を貰うようにとマリオを渡された。
オズモーン
フラワーランドの雲にいる雲の怪物。地震カミナリと子分のクモクモーンを使った攻撃が得意で、ゲームでは鹿児島弁だが、この漫画では関西弁で話す。連載11周年記念のゲストで出演したルイージとワリオ、ヨッシーの協力を受けたマリオに倒される。
パラレラー
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
クリスター神殿の奥に潜んでいる氷の王。オプションや吹雪、冷凍光線で攻撃してくる。分身も使うがマリオにすぐに見抜かれてしまった。カメキを氷付けにし、吹雪でマリオ達の体力を奪ったが、ファイアコウラを習得したカメキによって体を溶かされた。
コワッパ
ゲームでは度々登場するキャラクターだがコミックスでは最終回間近に別冊にて登場。それについては作中でも言及され、本人も出番がないことを憂慮しており作者にツッコんでいた。ポコピーの星のかけらを奪い執拗にバトルを迫るがどの技も失敗する。最後にはファイアで身を包みパワーアップするが、直後におプクさんとアカリンが現れ みずでっぽうとビリビリアタックの連撃を食らい敗北する。マリオストーリー編で出番があまりなかったためか『スーパーマリオサンシャイン編』の前日譚にも仲間たちに混じって登場している。
カメックババ
クッパの側近とも言える魔法使い。クッパ戦の最中にマリオ達を侮辱し、それを見かねたピーチ姫に頬を抓られ「この小娘め!」と頭を叩くが、キックと張り扇で1発ずつ反撃され、杖で倍にして仕返ししたが、ピーチの願いを受け取ったティンクのピーチフラッシュで倒された。「ペーパーマリオRPG編」にも登場し、クッパに変身してキノコタウンを襲ったが、クッパに成り済ますのに無理があり、ヨッシーの万有引力により倒されてしまう。
なすび白菜（なすび はくさい）
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
マリオとヘイホー軍団の野菜掘り対決で審査員を務めた謎の人物。掘った数はヘイホーチームが多かったものの、「珍しい野菜を掘った」という理由でマリオチームに勝利の判断を出した。その後は激怒したビッグヘイホーに踏み潰された。
ビッグヘイホー
スーパーマリオアドバンス(スーパーマリオUSA)からゲスト出演した巨大ヘイホー。野菜畑を潰してビル建設を企んでいたが、工事を巡ってマリオ達と野菜掘り対決を繰り広げる。野菜を多く掘り当てたが、珍しい野菜を掘ったことによるマリオ達の勝利に激怒し、約束を反故にしてメカキャサリンを仕掛けたが、スーパーマリオUSAの要領でマリオに持ち上げられて投げられ、メカキャサリンに直撃したことで倒された。
メカキャサリン
ビッグヘイホーが嗾けたキャサリン型ロボット。口から鋼鉄のタマゴを発射し、マリオ達を追い詰めたが、最終的にマリオが投げたビッグヘイホーが直撃して爆散した。
ポンプ
今作のマリオの相棒的存在。ゲームとは違い、いつでもノズルチェンジができるが、メカなのに風邪気味の時もある。最終のクッパ戦では調子が悪くなった上、水が無くなってピンチとなったが、マリオの汗と涙で水を補充して復活、見事クッパを倒した。
初登場回の雑誌掲載時はべらんめぇ口調の江戸っ子だったがその後の回ではゲーム準拠のキャラに直された。またコミックス版ではすべて修正されている。
キノじい
スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
本作が初登場のピーチ姫の執事。ピーチ姫を気にするあまりマリオ達にきつく当たったり、ピーチ姫が連れ去られた際には大慌てだったりと何かと忙しい。長期に渡りドルピックにいる羽目になり一度ホームシックをおこしている。特別編ではピーチ姫のいない間にピーチ姫の服を着て遊ぶなど少しお茶目である。
モンテ族の男の子
おねしょをしたため捕まった男の子。最初はマリオを島を汚したラクガキ犯と見ていたが、すぐに間違いだと気づきマリオにおいしい水を与えてくれた。その後のドロドロパックン戦でもカンチョーをして援護するなど何かとストーリーに登場している。
ゲッソーの一家
リコハーバーに住んでいるゲッソーたちで、父、母、子供三人の5匹家族である。母ゲッソーはニセマリオの手で顔を汚され、凶暴な性格（ボスゲッソー）になったが、マリオによって元に戻った。その後、2度目の戦いでは鉄のアーマーに改造されたが、ヨッシーや子供たちの奮闘で元に戻っている。
父ゲッソーはマーレのいりえの王の墓にいてクッパJr.に「3年間ここでじっとしていたらゲームボーイをあげる」と言われてそこにいたが、それは宝物を横取りされないように利用されていただけだった。
木の芽マニア
マンマビーチの砂山の芽が好きなマーレ族。砂山の芽からどんな砂山ができるかが分かり、おおすなどりについても詳しい。
モンテ族の女性