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Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
「ケルヴィン・タイムライン」シリーズの映画で見られる特徴的なパルスタイプのフェイザービームやワープエフェクトなどが再現されている。また円盤部後端のインパルス・スラスター（赤い発光部）の形状は『イントゥ・ダークネス』のエピローグで改装されるより以前のU.S.S.エンタープライズと同じものである。
惑星連邦宇宙艦隊所属。元は科学調査船だったが、2256年にクリンゴンとの戦争が勃発すると戦闘艦に改造され、連邦の航路をパトロールする任務に就く。定期連絡が途絶えたニミッツ級U.S.S.タイコンデロガを捜索中、クリンゴンの襲撃を受けている宇宙艦隊アカデミーの訓練船を発見、救助に向かう。
Thy’kir Shran（声：ジェフリー・コムズ）
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
船長、アンドリア人男性、大佐。22世紀の宇宙艦隊提督・惑星連邦評議員シレック・シュランの曾孫にあたる。感情の起伏が激しく直情的なアンドリア人には珍しい物静かで学者肌な科学士官。伝説的英雄である曾祖父を若い頃から人生の師としており、船長の地位に至った現在でも彼の音声記録に学び、宇宙艦隊士官として、またアンドリア人としてどうあるべきか自分に問いかけ続けている。このため連星系の戦いにおいて曾祖父の名を冠したマギー級U.S.S.シュランが撃沈されたとの報には、強いショックを受けていた。アントン・シェイファー大佐とはかつて共にU.S.S.エンデバーに乗務していた事がある。なお演じているジェフリー・コムズは、『スタートレック:エンタープライズ』でシレック・シュランを演じていた俳優である。
クリンゴン・モカイ家の旗艦。船名はカーレスの妻として言い伝えられる伝説の女性戦士ルカラに因む。
J'Ula
当主、クリンゴン人女性。"忘れ得ぬ者"トゥクヴマの姉。2256年、宇宙艦隊U.S.S.グレンを襲撃しマイセリウム胞子に関する研究データを強奪、これを利用して開発された兵器を搭載。スターベース1の戦いにおいてこの兵器を使用した事で時空分裂を引き起こし、25世紀にタイムスリップする。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
エクスカリバー級は、2391年に就役した宇宙艦隊コンスティテューション級のバリエーションである。25世紀を目前にして宇宙艦隊の新たな時代を切り開く船としてコンスティテューション級をアップグレードする形式で開発された。船体装甲の素材には強化トリタニウム合金が採用されている。なお2410年ではこのクラスは既に旧式となっており、コンスティテューション級の最新バリエーションはエクセター級である。
U.S.S.エクスカリバー（NCC-94547）
エクスカリバー級の一番艦。2391年進宙。2410年でも現役で、艦長はゼネクシア人のマッケンジー・カルフーン大佐。クリンゴン帝国との境界沿いにあるK-7基地の警備にあたっている。
U.S.S.タッカー
一番艦と同じく2391年に進宙。艦長はバルカン人のストラン大佐。2408年にはキャスリン・ジェインウェイ中将の旗艦としてホバス星雲（ロミュラス崩壊の原因となった恒星系の残骸）を調査している。またU.S.S.エンタープライズFのサミュエル・ウィンタース副長はかつてこの船に配属されていた事がある。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
アーミテージ級は、攻撃型空母としての機能に特化させた宇宙艦隊アキラ級のバリエーションである。アキラ級よりもわずかに大きい。アキラ級における空母機能は円盤部の先端にカタパルトを装備する副次的なものに過ぎなかったが、アーミテージ級では円盤部下面に格納庫を兼ねた大型の専用フライトセクションを設けており、戦闘機による航空戦能力を強化している。また近接防御用の兵装として、船の全周囲に向けて大量のマイクロ光子魚雷を拡散射出するポイントディフェンスシステムを備えている。これは機能的にはRAM (ミサイル)であり、装備パーツのアイコンに描かれている外見も類似している。
U.S.S.アーミテージ（NCC-97300）
アーミテージ級の一番艦。スターベース1の宇宙港に停泊している。なお登場した当初は船体に書かれた登録番号が「NCC-92331」になっていたが現在は修正されている。
U.S.S.アカギA（NCC-62158-A）
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
ドミニオン戦争中に惑星連邦第9艦隊に所属していたライジェル級U.S.S.アカギの登録番号を引き継いでいる船。2409年にロミュラン共和国の母星ニューロミュラスがエラチ艦隊による大規模な攻撃を受けた際、惑星連邦から援軍として派遣されたバトルグループ・ファイに参加し、ロミュラン共和国軍・クリンゴン帝国防衛軍の艦隊と共にニューロミュラス軌道上の最終防衛線を守り抜いた。また翌2410年、アイコニア戦争の最終戦となった地球軌道上の戦いでは、惑星連邦第99攻撃航空団の一翼を担い獅子奮迅の活躍を見せた。
リージェント級は、宇宙艦隊ソヴェリン級のバリエーションである。ソヴェリン級よりわずかに大きく、円盤部と紡錘部の一体感が増して平べったい外見になっている。2375年にソーナ船と交戦したU.S.S.エンタープライズEの戦術（揮発性の極めて高いメトリオンガスを収集・敵船に向けて噴射してから着火し爆発させダメージを与える、ライカー副長の考案）に基づいて、メトリオンガスを詰め込んだ円筒弾を搭載している。またプロトタイプではあるが、従来のものより射角が広い新型量子魚雷発射管を装備している。就航以降はソヴェリン級に代わり、アサルトクルーザーのスタンダードモデルとなった。
U.S.S.リージェント（NCC-97310）
リージェント級の一番艦。リニューアル前のスターベース1の宇宙港に停泊していた。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
U.S.S.レナウン（NCC-96047）
艦長はバルカン人のVo'Lok大佐。「Victory is Life」以前の惑星連邦編（25世紀）のプロローグに登場する。何故か登録番号が一番艦よりも若い。
U.S.S.レゾリューション（NCC-97325）
スターベース1の宇宙港に停泊している。
U.S.S.リヴァイアサン（NCC-73966）
2410年に地球がウンディーネ（生命体8472）の艦隊による大規模な攻撃を受けた際、スターベース1の防衛に当たった艦隊に属していた。何故か登録番号が一番艦よりも若い。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
キメラ級は、宇宙船同士の激しい砲撃戦を想定して設計された宇宙艦隊の重駆逐艦である。4基のワープナセルを持ち、プロメテウス級の第一船体を縦長の卵形にしたような外見をしており、大きさはアヴェンジャー級とほぼ同じ。魚雷戦よりもフェイザーの撃ち合いを重視しており、大きさの割りに多くのフェイザー兵器を装備している。このクラスを特異なものとしている点はタクティカル・モードへの変形機能（ダイナミック・タクティカルシステム）である。これはナセルとパイロンを可動させた上、円盤部が3つのブロックに分かれて外側へ展開し、円盤部の中心核をくるむように格納されている大型フェイザーアレイを露出し攻撃力を増強するものである。この大型フェイザーアレイにより全周囲への一斉射撃（ハスの花が開く様子に似ている事から「フェイザー・ロータス」と呼ばれる）が可能となる。なお25世紀の船としては珍しくワープ航行にもナセルとパイロンの可動が必要となる。バリエーションとしてマンティコア級がある。
U.S.S.キメラ（NCC-97400）
キメラ級の一番艦。艦長はフェレンギ人のノーグ大佐。アイコニア戦争中、地球の防衛などで活躍した。
U.S.S.スフィンクス（NCC-93469）
スターベース1の宇宙港に停泊している。何故か登録番号が一番艦よりも若い。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
元々は新しいエンタープライズのデザインを決定するために行われたコンテストの応募作の一つだった。採用はされなかったものの開発スタッフがそのデザインを気に入り、別の船として登場させた。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
アヴェンジャー級は、2400年代初頭に対クリンゴン戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊の最新型巡洋戦艦である。クリンゴンで主力となっているような高い攻撃力と機動力を併せ持った中型巡洋艦の配備を目的としており、その重武装に比して船体の全長はエクセルシオール級よりも一回りほど小さい程度である。また船体の剛性強化も試みられており、ドーサルネックやワープナセルパイロンが他の多くの宇宙艦隊船に比べて遙かに重厚な造りになっている。円盤部前面にずらりと並んだ7門ものフェイザーキャノン砲塔、オデッセイ級と同様のデュアル・ドーサルネック、長方形のメイン・ディフレクター盤など外見的にも目立つ要素が多いが、このクラスを最も特徴付けるのは搭載しているヴァリアブル・オートターゲッティング・アーマメント（通称「V.A.T.A.」、可変自動照準兵装）である。これは一種の無人攻撃機で、タキオンビームを撃つものやマイクロ・クロニトン魚雷を射出するものなどいくつかの種類があり、設定された条件に従って自動的に標的を選出し攻撃を行い、最終的にはこの兵器本体が標的に体当たりしてダメージを与える（『スター・トレック イントゥ・ダークネス』の劇中において、U.S.S.ヴェンジェンスが月軌道上でU.S.S.エンタープライズを攻撃しているシーンに同様の兵器が登場している）。なお改装型が存在しており、基本性能の向上以外の主な変更点は船体塗装（ホワイトからグレーへ）、ナセルパイロンの角度（上向きから水平へ）などである。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
U.S.S.アヴェンジャー（NCC-97500）
リニューアル前のスターベース1の宇宙港に停泊していた。
U.S.S.ベリポテント（NCC-97508）
スターベース1の宇宙港に停泊している。
コンステレーション級（refit）は、23世紀後半から就航している宇宙艦隊コンステレーション級の最新改装型である。フェイザーアレイではなくフェイザーターレットを装備している、円盤部下面のセンサードーム郡など、各部のデザインは旧来と同様だが、船体外壁の構造やシステム面が25世紀のスタンダードタイプにアップグレードされている。ピカード・マニューバー（残像を残して瞬間的に短距離ワープし敵のセンサーをくらます戦術）を再現する特殊なシステム（ワープバースト・キャパシター）を搭載している。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
パスファインダー級は、2409年にデルタ宇宙域での調査活動を目的として設計された宇宙艦隊イントレピッド級の最新バリエーションである。ダイソン球の調査解析で得られたアイコニアの技術を一部試験的に導入している。第一船体の輪郭が変わり菱形に近い形状になり、ナセルパイロンは下方および後方に向かって傾斜している。メインデフレクターはディッシュ状のものとドーントレス級に似たライン状の量子スリップストリームフィールド発生器を組み合わせた独特な形状となっている。またワープナセルはイントレピッド級のものよりほぼ倍の長さがあるため、船の全長はイントレピッド級とかなり差がある。
U.S.S.パスファインダー（NCC-97600）
パスファインダー級の一番艦、惑星連邦宇宙艦隊第403測量隊所属。モディフィアス社製テーブルトークRPG『Star Trek Adventures』を用いたイベントでは開発スタッフのトーマス・マローンの船であるとされており、クルー構成やパスファインダー級のマスターシステムディスプレイが公開されている。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
コンコルド級は、2409年にデルタ宇宙域での艦隊行動を指揮する目的で設計された旗艦型巡洋戦艦である。アルファ宇宙域同盟やデルタ宇宙域同盟の成立などにより多国間混成艦隊で活動する機会が増してきた宇宙情勢に対応すべく、多国間混成艦隊の旗艦の役割を果たせるよう設計されている。そのため個艦での戦闘能力よりも移動司令部としての艦隊指揮能力を重視しており、ブリッジである第一デッキの外側には通信アンテナ郡が設置されている。また第一船体後部のメイン・インパルススラスターの上部と第二船体の腹部にターンテーブル状の管制塔をもつ。設定資料では、これらは早期警戒機ホークアイが持つレドームのようなものであると説明されている。武装は標準的だが、巡洋戦艦でありながら弩級戦艦であるオデッセイ級に匹敵する船体強度を持ち、また旋回性能も同規模の他クラスの船より優る。本来は非武装であるタイプ8シャトルクラフトに武装を施して戦闘機化したものを搭載しており、ある程度の航空戦能力を持つ。大きさはソヴェリン級と同程度で、基本的な船体構造はオリンピック級や『Star Trek: Legacy』に登場したヨークタウン級などに類似している。卵型の円盤部の後部が延長されており、その延長部から伸びた左右一対のパイロンの端に各1基のワープナセルが接続され、それぞれのワープナセルの下に短いパイロンで各1基のワープナセルが吊るされている。この第一船体セクションの下に、エクセルシオール級のものに似たドーサルネックと第二船体が接続されている。ドーサルネックの横幅は第二船体の横幅とほぼ同一で、後ろは第一船体の延長部分にまで及んでいる剛健なものである。バリエーションとしてジェネバ級とプレシディオ級（全長1023メートル）が存在する。なおこのクラスの就役と同時期にクリンゴン帝国防衛軍ではウォーフ大使の父の名に因んだモーグ級新型巡洋戦艦を就役させている。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
U.S.S.コンコルド（NCC-47401）
コンコルド級の一番艦。スターベース1に寄航している履歴がある。
U.S.S.ベルン
ジェネバ級。トム・パリス大佐が率いる機動艦隊「デルタ・フライト」に所属、臨時艦長はミラル・パリス少佐。
アンドロメダ級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊ギャラクシー級の最新バリエーションである。パスファインダー級で蓄積された経験を踏まえ、アイコニアの技術を本格的に導入しており主に防御性能の強化に成功している。メインデフレクター盤は茶釜のような形状で大型化し、ドーサルネックは第二船体の船尾近くまで延長され剛性が高められている。またワープナセルは角張った形状になり、これも大型化している。搭載しているモレキュラー・コヒージョン・ナリフィアー（分子凝集度無力化装置）は船を中心に特殊なフィールドを展開し、フィールド内に入った敵船の船体強度を徐々に低下させていくと同時にあらゆる種類の攻撃を減衰させる機能がある。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
マーキュリー級は、2410年に機動性能を追求を目指して設計された新機軸の護衛艦である。ディファイアント級など旧型のエスコートよりも高い機動性を持ち、宇宙船でありながら戦闘機並みの高度な空中戦闘機動が可能となっている。船体はディファイアント級と同様のワープナセル一体型だが、ナセルは船体に完全に埋まっており、船体の左右にはフェイザーキャノンを内蔵した主翼が設けられている。ワープナセルを覆っているスライド式カバーの下にはマイクロプロジェクトリー・バレージランチャー（多連装ミサイルランチャー）が収納されており、一斉射撃により弾幕を張る事が可能である。バリエーションとしてアジャックス級とイカロス級が存在する。
U.S.S.マーキュリー（NCC-47802）
マーキュリー級の一番艦。艦長はトム・パリス大佐で、デルタ・フライトの旗艦。アイコニア戦争中に多くの戦場で活躍した。
レゾリュート級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊エクセルシオール級の最新バリエーションである。コンコルド級のバリエーションの一つであるプレシディオ級の各部をエクセルシオール級と同じ構成に組み替えた様な外見をしている。搭載しているクティカル・マニューバリング・マトリックスを起動する事により、機動力と防御力のブーストが可能。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
アリタ級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊アキラ級の最新バリエーションである。基本的にはアーミテージ級の性能を向上させたクラスで、フライトデッキもアキラ級の様に円盤部先端ではなくアーミテージ級と同様に船体腹部に持つ。デスタビライズド・タキオンエミッターは船の周囲にタキオンバーストを発生させ、範囲内の敵船のシールドにダメージを与える事が出来る。
アキラ級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。
ヘスティア級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊プロメテウス級の最新バリエーションである。基本的にはプロメテウス級の性能を向上させたクラスで、プロメテウス級と同様に船体をアルファ・ベータ・ガンマの三つのセクションに分離する事により、多方向攻撃モードへの移行が可能。ワープナセルの全長がプロメテウス級よりもかなり長くなっている。
プロメテウス級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。また本クラスの開発設計に纏わるショートストーリー『Utopia Planitia Report 1』が公式サイトに掲載された。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
ヤマト級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊アンドロメダ級の最新バリエーションである。アンドロメダ級をギャラクシードレッドノートと同様の形態にカスタマイズしたクラスで、それぞれの上面にフェイザーアレイを持つ三基のワープナセルや、ブリッジ周辺の連装フェイザーキャノン・増加魚雷発射管、円盤部下面のフェイザーランスなど装備も同等である。サプリメンタル・サブシステムの起動により、敵が使用したエネルギー兵器によって受けたエネルギーの一部を蓄積し、これを利用した電磁パルスを放射し標的の全サブシステム系統をダウンさせる事が出来る。
ギャラクシー級およびギャラクシードレッドノートの3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。また本クラスの開発設計に纏わるショートストーリー『Utopia Planitia Report 2』が公式サイトに掲載された。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
ヴァリアント級は2410年のアイコニア戦争後に、惑星連邦がアイコニア戦争と同規模の危機に見舞われた場合に備えて設計された宇宙艦隊ディファイアント級の最新バリエーションである。基本的にはディファイアント級の性能を向上させたクラスである。船体左右のワープナセルはディファイアント級より大きく外側へ張り出しており、ロミュランのバード・オブ・プレイのようなフォルムになっている。量子弾頭モジュールの使用により量子魚雷の余剰弾頭を船首に蓄積していき、最大六発を任意に一斉発射する事が出来る。
ディファイアント級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。なお外見は、『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』では採用されなかったディファイアント級の初期デザインの一つを流用している。また本クラスの開発設計に纏わるショートストーリー『Utopia Planitia Report 3』が公式サイトに掲載された。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
ジュピター級は2410年のアイコニア戦争後に、艦隊単位での作戦行動の中核となるべく設計された惑星連邦宇宙艦隊の正規空母である。純粋な宇宙艦隊デザインの空母としては初となる（これまで惑星連邦プレイヤーが使える空母は、連邦加盟国の船として登場したカイティア人のアトロックス級のみだった）。全長はオデッセイ級ドレッドノートの約1.4倍もあり、宇宙艦隊では最大。アキラ級などの軽空母よりも戦闘機の運用能力が高い事はもちろん、その巨体に複数隻の軽護衛艦も搭載している。第二船体を持たないデザインで、ホッキョククジラの様な船体の後部上下からそれぞれ斜め左右にナセルパイロンが伸び、その先にソヴェリン級の物に似たワープナセルが計4基接続されている。船体両舷の中ほどが戦闘機用のフライトデッキとなっており（幅は船体全長の3分の1ほど）、船体上面の中ほどにはカリスト級軽護衛艦用のドックがある。どちらも物理的なハッチやシャッターではなく、フォースフィールドによる封鎖で気密を保っている。機動力が低いこの規模のクラスとしては珍しく、パルスフェイザーキャノンを船体先端のメインディフレクター盤の両脇に装備している。フリートコーディネイション・マトリックスの起動により、自軍艦隊に所属する船の能力を強化する事が出来る。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
ジュピター級のデザインは、公式サイトで行われたユーザー投票によるトーナメントで8種類の候補の中から勝ち残ったもの。開発コードはOMEGA。サービス開始当初からNPC専用でプレイヤーが使用する事が出来ないままになっていたジュピター級ドレッドノートをリファインしている。
ワズィール級は2370年代から就航している宇宙艦隊ソヴェリン級の最新改装型である。船体のペイントやバサードコレクターなどの発光色が従来のソヴェリン級とは異なる他、リージェント級で試験運用されていた広射角量子魚雷発射管が正式に採用されている。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
次項のアーコン級と同じく、ソヴェリン級の3Dモデルがより『ネメシス/S.T.X』での設定（第一次改装型）に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。アメリカのWizkids社が展開している宇宙船のミニチュア模型を用いたボードゲーム「Star Trek Attack Wing」とのコラボレーション企画でもある。WAVE27（第27弾）にラインナップされたU.S.S.エンタープライズEのリペイントモデルに付属しているコードを所定の手続きで入力する事で使用が可能になる。これまでパッケージ予約やダウンロード販売などの特典として『スタートレック』シリーズに登場した既存の宇宙船が付属してくる事はあったが、コラボレーションで他社デザインのオリジナル船を模したものが実装されたのは初めてである。
アーコン級は2410年に就航した宇宙艦隊ソヴェリン級の最新バリエーション。船全体に占めるメインディフレクター盤とワープナセルの割合が大きく、ケルヴィン・タイムラインのコンスティテューション級に似たプロポーションになっている。効果は短く不完全ながら、位相遮蔽装置を標準搭載した宇宙艦隊で初のクラスである。
Star Trek Online 作中に登場するオリジナルの船とクラス
サザーランド級は2410年に就航した宇宙艦隊ネビュラ級の最新バリエーション。基本的に上述のアンドロメダ級の各部をネビュラ級と同じ配置に組み替えたデザインだが、ナセルパイロンがネビュラ級よりも外側へ張り出している上にナセル自体が長いため、ケンタウロス級にミッションポッドを背負わせたような外見になっている。
パラティーン級は2410年に就航した宇宙艦隊ヴェスタ級の最新バリエーション。全体的に鋭角的なフォルムになり、船首のサブディフレクターが大型化している。ディフレクターシステムに組み込まれた放射線照射マトリックスの起動により、標的に対し致死レベルの放射線を照射する事が出来る。
リライアント級は2411年に就航した宇宙艦隊ミランダ級の最新バリエーションである。基本的にはミランダ級の性能を向上させたクラスで、アーチは小型化してパルスフェイザーキャノンがオミットされた他、イントレピッド級のようにサブデフレクター盤を持っているという特徴がある。
ミランダ級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。また同時にU.S.S.サラトガ（Ncc-31911）タイプへのカスタマイズも可能となった。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
『宇宙大作戦』の主役船。2268年のいくつかの時点で時間冷戦に巻き込まれ、惑星連邦プレイヤー（25世紀および23世紀のどちらでのプレイでも）と遭遇する。
Spock（声：レナード・ニモイ）
バルカン人と地球人の混血男性。惑星連邦大使で、かつてはU.S.S.エンタープライズでジェームズ・T・カーク艦長の副長を務めていた。惑星連邦編のオープニングムービーでStar Trek:Countdownやゲームの舞台となる2409年の情勢について語る他、プレイヤーが23世紀にタイムトラベルするミッションにも当時の姿で登場する。またレナード・ニモイは、プレイヤーが惑星連邦内で新しいセクターブロックに入った際にその界隈についての概略を説明する音声ガイダンスも担当している。
Pavel Andreievich Chekov（声：ウォルター・ケーニッヒ）
地球人の男性。惑星連邦宇宙艦隊の士官で、2260～2280年代にかけてコンスティテューション級U.S.S.エンタープライズの航海士（少尉）や保安部長（大尉～中佐）を務め、2370年代のドミニオン戦争中には宇宙艦隊最高司令官（元帥）の職にあった。大佐時代にダニエルスにスカウトされ時間エージェントとなる。2555年のプロシオン5号星の戦いでは、U.S.S.エンタープライズJから「時間艦隊」の指揮を執った。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
Montgomery Scott（声：クリストファー・ドゥーアン）
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
地球人の男性。惑星連邦宇宙艦隊の士官で、2260～2280年代にかけてコンスティテューション級U.S.S.エンタープライズの機関士（中尉）や機関部長（中佐）を務め、2370年代にはソヴェリン級U.S.S.エンタープライズE（モーガン・ベイトソン大佐の指揮による処女航海）の機関部長（大佐）、次いでベイトソン大佐が指揮したソヴェリン級U.S.S.ボーズマンAの機関部長（大佐）も勤めた。更に2380年代にはギャラクシー級U.S.S.チャレンジャーの艦長職（大佐）にあった。U.S.S.エンタープライズの機関部長時代、未来から来たプレイヤーとチェコフと遭遇し彼らの任務に協力する。この際、チェコフが落としていった時間ビーコンを拾って起動してみたところ、なんとプロシオン5号星の戦いの真っ最中のU.S.S.エンタープライズJの船内に時間転送されてしまい、再びプレイヤーとチェコフに協力した。なお演じているクリストファー・ドゥーアンはオリジナルキャストである故ジェームズ・ドゥーアンの実子（双子の兄弟はモンゴメリー・ドゥーアン）で、『Star Trek: Continue』でもスコット役を演じている他、2009年の『スター・トレック』（エキストラ）や2013年の『スター・トレック イントゥ・ダークネス』（転送士官役）にもゲスト出演している。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
上記の他にも、ジェームズ・T・カーク、レナード・マッコイ、ウフーラ、ヒカル・スールーが登場するが、いずれもわずかなシーンのみで音声は『宇宙大作戦』放送時のセリフを一部トリミングしたものが使用されている。カークに至っては気絶して床に倒れている1シーンの登場だけでセリフ自体が無い。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
『宇宙大作戦』シーズン3エピソード9「異次元空間に入ったカーク船長の危機（The Tholian Web）」および『スタートレック:エンタープライズ』シーズン4エピソード18・19「暗黒の地球帝国・前後編（In The Mirror Darkly, Part I・II）」に登場した船。時空の狭間にはまり込んでいたところを鏡像宇宙のソリア人に鹵獲され、後にテラン帝国女帝ホシ・サトウの旗艦となった。2268年に未来からやって来たナクール艦隊がソリア人のコロニー艦隊を襲いソリア市民を虐殺している最中、ソリア人からの救難信号を受信して救助に駆け付けた。後から現れたパイオニア級宇宙船（プレイヤー船）と共に（本来のタイムラインでは単独で）ソリア人市民を守るためナクール艦隊と戦うが、壊滅的打撃を受けたソリア旗艦がナクール旗艦に体当たりしてこれを巻き添えに自爆した際、エンジンの損傷が原因で十分なスピードが出せず爆発に巻き込まれて時空渦に囚われてしまい、Gil Morrison船長以下クルー400人はその後鏡像宇宙への転移の際に全員死亡した。U.S.S.ディファイアントの犠牲はタイムラインにおいて重要なポイントであったため、救助すべきでないとするダニエルスの意見に従ってパイオニア級宇宙船（プレイヤー）が去った後、しばらくして捜索にやって来たジェームズ・T・カーク船長のコンスティテューション級U.S.S.エンタープライズが鏡像宇宙に転移する直前のU.S.S.ディファイアントを発見する事になる。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
Gil Morrison
船長、地球人男性、大佐。豊かな髭をたくわえた豪胆な性格の初老の男性で、センサーレンジ内に存在していなかったにも関わらず突如出現したパイオニア級宇宙船（プレイヤー船）を初めは訝しむも、「まずは協力してソリア人を助けるべきで、話は後だ」というその船長（プレイヤー）をすんなり信じて共闘した。
『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』の主役船（U.S.S.サンパウロから船名と登録番号を更新された二代目のU.S.S.ディファイアント）。ディープスペース・ナインに配備されているが、度々遠方の任務にも派遣されており、惑星連邦編のプロローグで描かれるヴェガ9号星の戦いにも参加している。なお未来では艦隊登録番号を受け継いだナハトヘキセン級巡洋戦艦U.S.S.ディファイアントCがプロシオン5号星の戦いに参加しており、ナクールの艦隊旗艦N.V.ジェネラル・ヴォスクを撃沈した船として恐れられている。
James Kurland
艦長、地球人男性、大佐。DS9の司令官を兼ねる。Karen Andrews副長とは個人的にも親しい友人であり、ポーカー仲間である。
Karen Andrews
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
副長、地球人女性、中佐。ディープスペース・ナインの副司令官を兼ねる。DS9が過去から来たドミニオン艦隊に襲撃された際、指令室から防衛と市民の避難の指揮を執ったが、侵入して来たジェムハダーファーストKar'ukanによって殺害されてしまった。
『スタートレック:ヴォイジャー』の主役船。「オペレーション・デルタライジング」で中心的役割を果たす。またスターベース1が生命体8472艦隊の襲撃を受けた際に奮戦した。
Tuvok（声：ティム・ラス）
艦長、バルカン人男性、准将。2370年代頃は同艦の保安部長であった。アイコニア人が建造したダイソン球の調査のために結成された惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン共和国の合同調査隊において、Jiro Sugihara連邦大使の下で惑星連邦の現場責任者を務める。
The Doctor（声：ロバート・ピカード）
医療部長、男性型ホログラム、少佐（ECH起動時は大佐）。『Path to 2409』では2395年に正式に宇宙艦隊少佐の階級を与えられているが、ゲーム中では階級章は何もつけていない。なお緊急用司令ホログラム起動時は勝手に大佐の階級章がついた艦長専用制服を着ている。
VanZyl
情報士官、トリル人女性、少佐。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
『スタートレック:エンタープライズ』シーズン3エピソード18「爬虫類族の攻撃（Azati Prime）」でダニエルスがNX級エンタープライズのジョナサン・アーチャー船長に見せたプロシオン5号星の戦いに登場した、「時間艦隊」の旗艦。25～31世紀の惑星連邦艦隊に護衛されてプロシオン5号星の球体創造者（テューテリア人）領域の中枢部に突入、艦載型に改造した超兵器「トックス・ウタット」を用いて指令球体の破壊に成功した。
Dax
艦長、トリル人女性、大佐。特にストーリーには絡んで来ず、「衝撃に備えろ！」と艦内放送で叫ぶのが唯一の登場シーンである。
CGモデルの制作にあたり、オリジナルデザインを担当したダグ・ドレックスラーから設定資料の提供を受けている。また当初ユニバース級はこのU.S.S.エンタープライズJ（NPC船）専用のクラスであったが、2017年3月9日のアップデートからプレイヤーもこのクラスの船を使用出来るようになった。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
『スタートレック:ヴォイジャー』シーズン5エピソード6「過去を救いに来た男（Timeless）」で、U.S.S.ヴォイジャーが量子スリップストリームドライブ航行に失敗し地球に帰還出来なかったタイムラインの未来に登場した船。本作ではプライム・タイムラインでの存在が確定している。登録番号からも分かる通りかなり古い船で本作での登場時点では進宙から40年が経っており、艦内設備も2370年代のままでアップデートされていない。2410年、ロタネヴ星系に出現したネクサス・リボンの近くから2332年に行方不明になったU.S.S.フォレスタルの救難信号が発信されU.S.S.マディソンが救助に向かったが、両船とも音信が途絶えたためプレイヤー船と共に調査のため派遣された。
Geordi La Forge（声：レヴァー・バートン）
艦長、地球人男性、大佐。2397年より前任のモンゴメリー・スコット大佐の後を引き継ぎ艦長を務める。なお妻のミカエラも宇宙艦隊士官であり、同船の機関部長を務めている。
Star Trek Online 既存作品にも登場した船
惑星連邦宇宙艦隊所属。U.S.S.ディスカバリーの姉妹船。2256年、デルタ・ヴォラニス星雲の観測基地がクリンゴンの襲撃を受けた際に救援に駆け付けるが、その戦いの最中にジュラ率いるモカイ家の戦士達に侵入されマイセリウム胞子に関する研究データを奪われる。その後、『スタートレック:ディスカバリー』シーズン1エピソード3「支配する者（Context Is for Kings）」でマイセリウム胞子ドライブに巨大クマムシ型宇宙生物を組み込む実験に失敗しクルーは全員死亡、船体は機密保持のためU.S.S.ディスカバリーによって破壊された。
Deb Underwood
船長、地球人人女性、大佐。「機密事項」という言葉が嫌いだが、マイセリウム胞子ドライブの開発という機密任務に就いている事に皮肉を感じている。
Justin Straal
科学士官、地球人男性。U.S.S.ディスカバリーのポール・スタメッツ大尉と共にマイセリウム胞子の研究を行っている。開発中のマイセリウム胞子ドライブによる超超光速推進システムに巨大クマムシ型宇宙生物を組み込む事を考案。
テラン帝国宇宙艦隊所属。鏡像宇宙へジャンプしたU.S.S.ディスカバリーと入れ替わりで主要宇宙に現れた。クリンゴンの大艦隊に襲撃され、退却のために行ったジャンプの事故でクリンゴン艦隊もろとも2409年にタイムトラベルしてしまう。時空の異常を調査しに来たプレイヤーの協力を得て大破しながらも元の時代に戻るが、クリンゴン艦隊もジャンプに巻き込んだため、ジャンプアウト後に2256年の主要宇宙で撃沈された。
Sylvia Tilly（声：メアリー・ワイズマン）
船長、地球人人女性、大佐。「Killy（殺し屋）」の異名を持つ残虐な性格。テラン帝国を手中におさめるという野心に溢れており、ジャンプ事故に乗じてパーヴォのクリスタルを兵器転用しようと試みるが、プレイヤーに阻止されパーヴォのクリスタルをトランスワープ転送機に転用していずこかへ逃走した。なお鏡像宇宙のプレイヤー（ディスカバリー）は、彼女にスプーンで目を突き刺されて殺されている。
惑星連邦宇宙艦隊所属。2256年6月、クリンゴンとの戦争における最初の反攻作戦となった「オペレーション・リポスト」の旗艦を務め、作戦成功後はプライオアーズ・ワールド星系の確保に当たっていた。しかし再び星系の占領を狙うクリンゴン艦隊との戦闘中に鹵獲されそうになったところ、何者かが起動した自爆システムによって自沈、かろうじてシャトルで脱出したガブリエル・ロルカ船長、捕虜の護送のため船を離れていたエレン・ランドリー副長と三名の保安部員の合わせて五名を除き、クルーは全員死亡した。
Gabriel Lorca（声：ジェイソン・アイザックス）
船長、地球人男性、大佐。優秀な戦略家であり、また人情味のある士官として同僚や部下からの信頼が厚い。「オペレーション・リポスト」での戦闘を指揮し作戦を成功に導いた。その後、再び来襲したクリンゴン艦隊の攻撃をかわすためU.S.S.ブランをイオン嵐に突入させた際、鏡像宇宙においてイオン嵐の中で転送を行ったI.S.S.ブランのロルカ船長と入れ替わってしまう。ロルカ（鏡像）は正体を隠すためにU.S.S.ブランを自爆させて自分一人だけ脱出して生き残り、U.S.S.ディスカバリーの船長の座におさまった後は婚約者を失ったランドリーの復讐心を利用して彼女を手駒とし、策謀を巡らせていく。なお、本物のロルカは鏡像宇宙でテラン帝国の捕虜となっている。
Ellen Landry（声：レッカ・シャルマ）
副長、地球人女性、中佐。部下のパテルは婚約者でもある。パテルと共に三名の保安部員を伴ってクリンゴン捕虜移送の任務で僚船（プレイヤー船）に移乗していたためU.S.S.ブランの悲劇を免れるが、シャトルで衛星に墜落したロルカ船長を救出すべく地上に降下、追跡してきたクリンゴンとの戦闘で保安部員三名に加え最愛のパテルまでも失ってしまう。その後は性格が豹変し、クリンゴンへの復讐のためロルカ（鏡像）に利用されているとも知らず盲目的に彼に協力していく。
Amna Patel
保安主任、地球人女性、少佐。ランドリーの婚約者。ランドリーと共に三名の部下を伴ってクリンゴン捕虜移送の任務で僚船（プレイヤー船）に移乗していたためU.S.S.ブランの悲劇を免れるが、シャトルで衛星に墜落したロルカ船長を救出すべく地上に降下、追跡してきたクリンゴンとの戦いで三名と部下と共に死亡した。なお鏡像宇宙のパテルは、”殺し屋”ティリー船長の下でI.S.S.ディスカバリーの保安主任を務めている。
Star Trek Online 主な登場人物
Elisa Flores
地球人の女性。プレイヤーとは宇宙艦隊アカデミーの同期で友人。Taggart艦長指揮下の訓練航行で上級戦術士官を務める。ヴェスタ級の艦長になる事が将来の目標。プレイヤーとは特に親しい仲であるらしく、時折プレイヤーの事を「相棒」と呼んでいる。Taggart艦長の死亡後は、艦長となったプレイヤーの副長を務めた。チュートリアルの進行中にブリッジ要員として使用出来るようになる。なおチュートリアルのリニューアル以前にゲームを開始している場合でも、後から配布を受けることが出来る。
Zarva
ボリア人の女性。プレイヤーとは宇宙艦隊アカデミーの同期で友人。Taggart艦長指揮下の訓練航行で上級技術士官を務める。チュートリアルの進行中にブリッジ要員として使用出来るようになる。
T'vrell
バルカン人の女性。プレイヤーとは宇宙艦隊アカデミーの同期で友人。Taggart艦長指揮下の訓練航行で上級通信士官を務める。チュートリアルの進行中にブリッジ要員として使用出来るようになる。
Masc Taggart
Star Trek Online 主な登場人物
デノビュラ人の男性。宇宙艦隊の大佐で艦隊アカデミーの教官。惑星連邦編のチュートリアルに登場。アカデミー2409年クラス最後の訓練航行に使用されるミランダ級宇宙船の艦長を務め、成績優秀なプレイヤーを副長に指名した。貨物船の救助中に船がクリンゴンのKadek艦長が指揮するネグヴァー級I.K.S.Chotに襲撃された折、ブリッジに侵入してきたクリンゴン兵によって拉致され捕虜になってしまう。脅しに屈せず徹底抗戦を指示したため、Kadekによって刺し殺された。若い頃に仕えた事がある某艦長の真似をして、副長の事を「ナンバーワン」と呼び、またワープ開始を命じる際には「エンゲージ」と掛け声を発する。ジャン＝リュック・ピカードと同様の癖を持っているが、彼が真似ている人物がピカードなのかは不明。
Vo'Lok
バルカン人の男性。宇宙艦隊の大佐でリージェント級U.S.S.レナウンの艦長。惑星連邦編のチュートリアルに登場。クリンゴンの襲撃を受けたプレイヤーらの救難信号に応じ、駆け付けた。その後、ベガ9号星軌道上でのボーグとの戦いまでプレイヤーと行動を共にする。
Jay Yim
地球人の男性。宇宙艦隊の大佐でノーブル級U.S.S.キトマーの艦長。惑星連邦編のチュートリアルに登場。普段はスターベース1内のバー「クラブ47」にいる。
Khitomer EMH（声：ザッカリー・クイント）
Star Trek Online 主な登場人物
U.S.S.キトマーに配備されている緊急用医療ホログラムのドクター。バージョンはMk6で、Mk1やMk2とは異なる地球人青年男性の姿をしている。なお音声を担当しているザッカリー・クイントは、2009年公開の映画『スタートレック』で若いスポックを演じている。
Willa Post
地球人の女性。ベガ9号星コロニーの行政長官。惑星連邦編のチュートリアルに登場。コロニーがボーグの襲撃を受けた際、一人でも多くの市民を助けようと地上に留まり避難の指揮を執り続けた。
Kolez
ソーリア人の男性。生まれ故郷のベガ9号星コロニーで研修中の艦隊アカデミー訓練生。コロニーがボーグの襲撃を受けた際、同化された友人知人が襲い掛かってくる中でPost長官を守り勇敢に戦った。チュートリアルの進行中にブリッジ要員として使用出来るようになる。
Jorel Quinn
トリル人の男性。宇宙艦隊の元帥で地球軌道上にあるスターベース1司令官。プレイヤーの才能を見出し異例の抜擢をした人物。
Jiro Sugihara
Star Trek Online 主な登場人物
地球人の男性。惑星連邦大使。惑星連邦とロミュラン共和国との同盟協議や、アイコニア人が建造したダイソン球の調査のために結成された惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン共和国の合同調査隊などにおいて、惑星連邦の代表を務める。他種族からも尊敬されている有能な外交官であるが、話が無駄に長く喋り始めるとなかなか止まらない。
Harry Kim（声：ギャレット・ウォン）
地球人の男性。宇宙艦隊の大佐でロードアイランド級U.S.S.ロードアイランドの艦長。当初デルタ宇宙域への再進出には反対だったが、トヴォックに説得されて派遣艦隊に加わった。彼と彼のクルーはコバリ星の前線に配属されている。なおU.S.S.ロードアイランドは2555年のプロシオン5号星の戦いにも参加している。
Seven of Nine（声：ジェリ・ライアン）
地球人（元ボーグドローン）の女性。ボーグ関連のスペシャリストとして活躍している。かつて不用意に蘇らせてしまったバードワー人がデルタ宇宙域の脅威となり多くの犠牲が出ている事に責任を感じている。
Tom Paris（声：ロバート・ダンカン・マクニール）
Star Trek Online 主な登場人物
地球人の男性。宇宙艦隊の大佐でマーキュリー級U.S.S.マーキュリーの艦長。アイコニア帝国との開戦に際して編成された機動艦隊「デルタ・フライト」の司令官も務める。2370年代頃はイントレピッド級U.S.S.ヴォイジャーの主任操舵士官だった。
Miral Paris（声：リサ・ロシセーロ）
地球人とクリンゴン人の混血女性。惑星連邦宇宙艦隊の大尉で、U.S.S.カークの保安部長。地球暦2378年にテラ星系への帰還を果たした直後のU.S.S.ヴォイジャーで生まれた、トム・パリスとベラナ・トレスの娘。2410年に少佐に昇進しジェネバ級U.S.S.ベルンの臨時艦長に就任、父パリス大佐が率いる艦隊に配属された。
Nog（声：アーロン・アイゼンバーグ）
フェレンギ人の男性。宇宙艦隊の大佐でキメラ級U.S.S.キメラの艦長。フェレンギ連盟の盟主であるグランドネーガス・ロムの息子。アイコニア戦争中、豊富なエンジニアリングの知識を生かしてクレニム人と協力し時空兵器の完成に貢献した。「Victory is Life」以降では、惑星連邦編（25世紀）のプロローグでタガート艦長を失ったプレイヤー達をガイドする役どころを振り替えられている。
Kira Nerys（声：ナナ・ヴィジター）
Star Trek Online 主な登場人物
ベイジョー人の女性。宇宙艦隊の大佐でディファイアント級U.S.S.ディファイアントの代理艦長。長らくベイジョーのカイ（宗教指導者）として預言者に仕えていたが、カイ・オパカが救出されベイジョー星に帰還した事によりその地位を辞し、宇宙艦隊の大佐として復職した。ベイジョー星系防衛任務のためDS9を離れられないジェームズ・カーランド司令官に代わりU.S.S.ディファイアントを指揮し、ガンマ宇宙域でハークの調査を行う。
Julian Bashir（声：アレクサンダー・シディグ）
地球人の男性。宇宙艦隊の少佐。一時期は宇宙艦隊を休職しトリル星で家庭を築いていたが復職。ハークの生態を解明した。
Kal Dano
Star Trek Online 主な登場人物
シルナ人の男性。地球人・バルカン人・ルカリ人など多くの種族の混血であるが、出身はルカリ星である。31世紀の惑星連邦の科学者で、24世紀頃に伝説の超兵器「トックス・ウタット」として知られていた量子位相反応抑制機の発明者。2410年にタイムラインに反して故郷のルカリ星がソリア人に滅ぼされたため、これを阻止するためタイムトラベルしてくる。なお彼と彼が乗っているタイムシップは、『スタートレック:エンタープライズ』シーズン2エピソード16「沈黙の漂流船（Future Tense）」に登場（既に焼死体になってしまっているが）している。恒星ナクールをトックス・ウタットで攻撃しているソリア人を阻止しようと戦ったがタイムシップが大きな損傷を受けて暴走し、22世紀に飛ばされたあげく炎上した船内で焼死してしまった。彼の人柄を知る事が出来るショートストーリー『A Single Step』が公式サイトに掲載されており、これによると社交に長けたデノビュラ人の同僚がうんざりするほど爽やかな人物である。
Benjamin Walker
Star Trek Online 主な登場人物
地球人の男性。29世紀の宇宙艦隊の大佐で時間統合委員会に所属するウェルズ級U.S.S.パスタクの艦長。主にソリア人が絡むタイムトラベル関係のエピソードでプレイヤーの窮地を救う援軍として登場する。『スタートレック:エンタープライズ』シーズン2エピソード16「沈黙の漂流船（Future Tense）」でNX-01エンタープライズの機関主任チャールズ・タッカー三世中佐が起動させた救難ビーコンの信号を受信して、謎のタイムシップとパイロットの遺体を時空転送で回収した人物である。
Philip Crey
地球人の男性。惑星連邦時間調査局のエージェントで、宇宙艦隊少尉でもある。元は『新スタートレック』シーズン5エピソード18「恐怖の宇宙時間連続体（Cause and Effect）」に登場したソユーズ級U.S.S.ボズマンのクルー。
Akira Sulu
地球人の男性。ヒカル・スールーの曾孫。宇宙艦隊の中佐でスターベース1副司令官だったが、後に大佐に昇進しU.S.S.ポセイドンの艦長に就任、ディープスペースミッションに出る。
Naomi Wildman
地球人とクタリア人の混血女性。惑星連邦宇宙艦隊の中佐で、ディープスペースK7の司令官。地球暦2372年にU.S.S.ヴォイジャーで生まれた、サマンサ・ワイルドマンの娘。
Franklin Drake
Star Trek Online 主な登場人物
地球人の男性。惑星連邦宇宙艦隊の大佐で、セクション31の工作員。惑星連邦プレイヤーには一目置いている。なおクリンゴン帝国編のチュートリアルにも登場している。
D'Vak
クリンゴン人と地球人の混血男性。父親はクリンゴン帝国の外交官アレキサンダー・ロジェンコである。惑星連邦宇宙艦隊の提督で、ドレッドノートタイプのギャラクシー級U.S.S.ヴィクトリーの艦長。惑星連邦宇宙艦隊とクリンゴン帝国防衛軍が共同で設立した対ボーグ特殊部隊、「バトルグループ・オメガ」の宇宙艦隊側指揮官。
Daniels（声：マット・ウィンストン）
Star Trek Online 主な登場人物
地球人（異星人の血も混じっているがほぼ地球人）の男性。『スタートレック:エンタープライズ』に登場した31世紀の時間エージェント。「Agents of Yesterday」プレイヤーを時間エージェントにスカウトし、時間冷戦における戦いをサポートしていく。『スタートレック:エンタープライズ』のいくつかのエピソードで詳細が描かれなかった背景（顔や体が異様に捻じれた状態でNX-01エンタープライズに現れた理由など）も本作で語られている。なお『Star Trek: Department of Temporal Investigations』シリーズでは、本名は「ティモット・ダンレン」で「ダニエルス」というのは時間エージェントとして潜入活動を行う際の偽名であり、役職は惑星連邦時間局の局長補佐官であるとされている。
Isaac Garrett（プライム・タイムライン）（声：ヴィック・ミニョーニャ）
地球人の男性。惑星連邦宇宙艦隊の大佐で、プレイヤーが乗務しているパイオニア級宇宙船の船長。後に提督に昇進した。温厚かつ気さくな人物で、部下であるプレイヤーの事を「友」と呼んでいる。惑星連邦時間局編の23世紀エピソードに登場。
Tarsi
Star Trek Online 主な登場人物
アンドリア人の女性。惑星連邦宇宙艦隊の少尉で、プレイヤーが乗務しているパイオニア級宇宙船の保安部員。クリンゴン帝国艦隊が用いている暗号の解析にかけては自信がある。タウラス2号星への上陸任務後も提督に昇進したIsaac Garrett船長と交代で船長となったプレイヤーの下で勤務し、副長を務めた。ケイレブ4号星の戦いの後でプレイヤーと共に25世紀へタイムトラベルし時間エージェントとなる。
Mears
Star Trek Online 主な登場人物
地球人の女性。惑星連邦宇宙艦隊の少尉で、プレイヤーが乗務しているパイオニア級宇宙船の機関部員。2267年頃はコンスティテューション級U.S.S.エンタープライズに乗務しており、ムラサキ現象を調べるためにシャトル・ガリレオ7号でタウラス2号星に降下したメンバーの一人だった。現地の未開文明種族タウラス人に襲われ同僚二人が犠牲になった事がトラウマとなっており、プレイヤーの上陸班に加えられ再びタウラス2号星へ降りなければならない状況で不安に苛まれていたが、プレイヤーに励まされて一念発起し無事に任務を果たした。任務を遂行出来ると信じてくれたプレイヤーに感謝と信頼の念を抱き、直後にパイオニア級宇宙船内で発生したクリンゴン人との白兵戦では自ら進んでフェイザーライフルを手にとって戦いプレイヤーをサポートした。地球帰還後、地球軌道基地へ異動になった。『宇宙大作戦』シーズン1エピソード14「ゴリラの惑星（The Galileo Seven）」では故フィリス・ダグラスが演じていた。
Sylvia Tilly（声：メアリー・ワイズマン）
Star Trek Online 主な登場人物
地球人の女性。宇宙艦隊アカデミーの三年生。2256年、三年生でありながら四年生に混じってアントン・シェイファー大佐が指揮する訓練航海への参加が認められた上、機関主任に抜擢される。モカイ家の襲撃による恩師シェイファーの死を乗り越え、コルヴァン2号星の戦いでは大きな貢献を果たした。地球に帰還しプレイヤーと別れた後は、訓練航海での活躍が高く評価され憧れていた最新鋭のクロスフィールド級U.S.S.ディスカバリーに訓練乗務、さらにクリンゴンとの停戦成立後には正式に少尉の階級を与えられる。
Evelyn Savea
地球人の女性。宇宙艦隊アカデミーの四年生。2256年、アントン・シェイファー大佐が指揮する訓練航海で戦術主任を担当。シェイファー船長が殺害された後はプレイヤーの副長を務め、共に25世紀へタイムスリップする。
Anton Schaefer
Star Trek Online 主な登場人物
地球人の男性。宇宙艦隊の大佐で艦隊アカデミーの教官。2256年初め頃、連星系の戦いの翌日にクリンゴンとの戦争勃発を知らされ、宇宙探検を夢見て訓練に励んできた教え子達が戦場へ送られる事に暗澹とするも、底抜けに前向きなシルヴィア・ティリーのような若者に希望を見出していた。アカデミー2256年クラス最後の訓練航行に使用されるマラコウスキー級宇宙船の船長を務め、成績優秀なプレイヤーを副長に指名。貨物船S.S.フォーチュナの救助中にクリンゴン・モカイ家の女当主ジュラが指揮するクゥグ級I.K.S.ルカラに襲撃された折、ブリッジに侵入してきたクリンゴン兵によって拉致され捕虜になってしまう。脅しに屈せず徹底抗戦を指示したため、ジュラによって「まるでクリンゴンのような話しぶりだ」と評されながら刺し殺された。シカー・シュラン大佐とはかつて共にU.S.S.エンデバーに乗務していた事がある。
Kensington
地球人の女性。宇宙艦隊の提督で地球軌道上にあるスターベース1の司令官。シェイファー大佐の死後、プレイヤーに大尉の階級を与えマラコウスキー級宇宙船の指揮を引き継がせた。2256年、スターベース1がモカイ家の襲撃を受けた際に防衛の指揮を執るが、圧倒的戦力差に撤退を決意。総員退避の指示を出した後にコンソールの爆発に巻き込まれたところまでは確認されているが、生死は不明。
Star Trek Online 主な登場人物
Paul Stamets （声：アンソニー・ラップ）
23世紀の宇宙艦隊士官ポール・スタメッツ少佐の人格を再現したホログラム生命体。2410年、マイセリウム胞子ネットワークをクリンゴン・モカイ家の攻撃から守る必要が生じたが、惑星連邦ではマイセリウム胞子に関する技術データは最上級機密であり実務専門家が存在しないため、宇宙艦隊の歴史上最後の専門家であったクロスフィールド級U.S.S.ディスカバリーのポール・スタメッツ少佐をモデルに急遽製作された。プレイヤーらと共にマイセリウム胞子ネットワークを訪れた際、マイセリウム胞子内にバックアップされていたポール・スタメッツの人格を取り込み、「本物のポール・スタメッツ」として覚醒した。
Kadek
クリンゴン人の男性。帝国防衛軍の大佐でネグヴァー級I.K.S.Chotの艦長。惑星連邦編のチュートリアルに登場。連邦領域内で罠を仕掛け、付近を航行する船を襲い略奪を行っている。訓練航行中のミランダ級宇宙船を襲いTaggart艦長を殺害するが、プレイヤーが指揮したミランダ級宇宙船と救援に駆け付けたU.S.S.レナウンによって船を撃沈され、戦死。
Jurek
Star Trek Online 主な登場人物
クリンゴン人の男性。クリンゴン帝国防衛軍の大佐で、プレイヤーが第二副長として勤務するブレル級バード・オブ・プレイの艦長。クリンゴ帝国編のチュートリアルに登場。捕虜護送中に宇宙艦隊の攻撃を受けた際に戦いを避ける判断をとったために臆病者とみなされ、Doran副長の挑戦を受けこれを返り討ちにするが、続いて挑戦してきたプレイヤーに敗れ殺害された。
Doran
クリンゴン人の女性。クリンゴン帝国防衛軍の中佐で、プレイヤーが第二副長として勤務するブレル級バード・オブ・プレイの副長。クリンゴン帝国編のチュートリアルに登場。捕虜護送中に宇宙艦隊の攻撃を受けた際に戦いを避ける判断をとったJurek艦長を臆病者となみし挑戦するが、返り討ちにされてしまった。
K'Gan
クリンゴン人の男性。クリンゴン帝国防衛軍の大尉で、プレイヤーの忠実な部下。クリンゴン帝国編のチュートリアルに登場。Jurek大佐を殺し艦長となったプレイヤーに忠誠を誓い、副長に任命された。チュートリアルの進行中にブリッジ要員として使用出来るようになる。
Ch'gren
クリンゴン人の男性。ファーストシティで勤務しているクリンゴン帝国防衛軍のエンジニアで、Doran中佐の夫。クリンゴン帝国編のチュートリアルに登場。プレイヤーが妻の仇を討ってくれたことを知り、プレイヤーの部下となる。初期に使用出来るようになるブリッジ要員の一人。