足利義輝 生涯
永禄7年（1564年）3月、長慶はこの年の干支が甲子であったため、朝廷に改元を申請した。長慶は将軍と同様に改元を執り行うことで、将軍を凌ぐ自身の力を誇示しようとしたと考えられる。だが、朝廷はこれに返答せず、その後も公武間で改元の話が出ていないこととから、三好氏の申し出を拒否したと考えられている。朝廷が長慶に応じてこの改元を行ったならば、義輝を無視して改元を行うことになり、義輝と三好氏の関係悪化を避けるため、義輝に配慮してこの申し出を拒否する形を取った。明治時代に至るまで、甲子の年で改元が行われなかったのはこの年のみであり、朝廷は本来行うべき改元を見送ってまでこの政治判断を下した。このように、長慶の晩年にはその力に陰りが見えるようになった。
そのうえ、永禄年間に三好氏の側で「凶事」が続いたことも、三好氏の不安を増大させた。まず、永禄3年3月に長慶の三弟・十河一存が死去し、同5年3月には長弟・三好実休が戦死、さらに同6年8月には長慶の嫡子・義興が病没した。さらに、永禄7年6月に長慶は次弟・安宅冬康を逆心の疑いで誅殺したが、その殺害後に激しい後悔に襲われ、自身の病を悪化させた。
同年7月4日、三好氏の惣領たる長慶が病死した。長慶の死後、三好氏は長慶の甥で十河一存の息子・三好重存（のち義継に改名）が新たな惣領となり、三好三人衆や松永久秀、その長男・松永久通らが補佐にあたった。だが、長慶をはじめとする三好氏の主要人物が死んだことにより、三好氏の権威低下は決定的なものとなり、衰運に陥った。
一方、義輝は三好氏の傀儡としての立場に甘んじず、将軍としての立場を固め、幕府権力の復活に向けてさらなる政治活動を行なおうとした。義輝の権威上昇は、三好一門が連続した凶事によって凋落の道を歩んでいたのとは対照的であった。義輝はいよいよ、その政治的才能を開花させつつあった。
しかし、傀儡としての将軍を擁立しようとする三好氏にとって、意のままにならない義輝は邪魔な存在であり、またその権威の上昇は脅威でもあった。三好側は阿波の足利義維と組み、義維の嫡男・義栄（義輝の従兄弟）を新将軍にしようと画策した。一方で、義輝が頼みとする近江の六角氏は永禄6年10月の観音寺騒動以降、領国を離れられなくなっていた。
永禄7年10月、義輝は二条御所の大々的な増築を開始した。義輝は三好長慶の死によって畿内の情勢が流動化しつつあったことを鑑み、軍事的な緊張への備えとして、石垣や大堀を持つ城郭化された御所の建設を進めた。
永禄8年（1565年）4月30日、三好重存が上洛すると、5月1日に義輝は重存と謁見し、酒を与えて出仕を労った。その際、重存の求めによって、義輝から重存に「義」の偏諱と左京大夫の官位が与えられ、重存は義重と名乗った。また、松永久秀の嫡子・久通も義輝から偏諱を受け、義久と名乗った。
5月5日、端午の節句であるこの日、朝廷から将軍御所に勅使が下され、義重も松永義久とともに御所に参上している。
その後、5月18日までは京都において平穏な状況が続いた。公家の山科言継や勧修寺晴右の日記などを見ても、ただ事実が淡々と記載されているのみである。他方、宣教師ルイス・フロイスの『日本史』では、同日に義輝が危険を感じて二条御所を出たものの、近臣らに説得されて戻った、と記されている。
5月19日早朝、義重は三好三人衆や松永義久とともに清水寺参詣を名目として、約1万の軍勢とともに突如として二条御所に押し寄せ、「将軍に訴訟（要求）あり」と訴え、取次ぎを求めて御所を包囲した（永禄の変）。二条御所の完成間近を狙った攻撃であり、開戦は辰の刻（午前8時頃）であったという。
三好軍が二条御所に侵入すると、義輝は劣勢であることを悟り、死を覚悟した。そして、義輝は最後の酒宴を行い、近臣らに酒を与えて、皆で別れの酒を酌み交わした。この際、申次であった進士晴舎が御所への侵入を許したことを詫びて、義輝の御前で自害した。
その後、義輝と近臣らは三好軍に立ち向かい、突撃して斬り込んだ。やがて、近臣らは皆討ち死にし、牛の初刻（午前11時頃）までに義輝も力尽き、三好の兵に討たれた。享年30（満29歳没）。
義輝の最期に関しては、下記のように諸説ある。
この時、義輝とともに多くの幕臣が討死・自害にしたが、三好軍は義輝の生母である慶寿院も自害に追いやり、弟の照山周暠、さらには側室の小侍従局までも殺害している。殺戮が終わると、三好軍は二条御所に火をかけ、多くの殿舎が炎に包まれたという。この日の夕刻、御所の焼け跡には夕立の雨が降ったと伝えられる。
義輝の死後、5月20日に三好方によって近衛家や久我家、高辻家も討たれるという噂が流れたが、21日には三好長逸が参内して正親町天皇から天盃を下賜されると騒ぎも収まり、朝廷は事態をひとまず追認する形を取った。また、三好氏の当主・三好義重は義輝を討ったのちに名を「義継」と改めたが、この改名を「義」を通字とする足利将軍家を「継ぐ」という意志の主張とする見方もある。
だが、三好氏による主君弑逆は世間を憤慨させた。特に義輝と親しくしていた大名らは激しく憤り、上杉輝虎は「三好・松永の首を悉く刎ねるべし」と神仏に誓ったほどであった。また、河内の畠山氏の重臣・安見宗房も「前代未聞で是非も無いこと。（略）無念の至りだ」と怒りをあらわにし、上杉氏の重臣である河田長親と直江景綱に弔い合戦を持ちかけている。朝倉義景の重臣らも同様に、「誠に恣の行為で、前代未聞、是非なき次第で沙汰の限りだ」と怒りをあらわにしている。
朝廷は政変を一時的に追認したものの、義輝の死に悼惜し、6月7日に義輝に従一位・左大臣を追贈したばかりか、正親町天皇も政務を3日間停止して弔意を示した。公家の山科言継は義輝の殺害を、「言葉がない。前代未聞の儀なり」と日記に記している。また、天皇に仕えていた女官も同様に、「言葉もないことだ」と嘆き悲しんでいる。朝廷もまた、三好・松永の義輝殺害に強い怒りを感じていた。
義輝殺害に対する怒りは、支配層ばかりではなく、一般庶民にも広まっていた。永禄10年（1567年）2月10日には、上京の真如堂で義輝追善の六斎踊が挙行され、京都の内外はもとより、摂津や近江からも貴賤を問わず多くの男女が集まり、2,800人が鉦鼓を鳴らし、総勢7、8万人の群衆が義輝の死を悼んだ（『言継卿記』2月10日条）。また、同年10月7日にも真如堂で安芸から来た600人が義輝の奉公衆や女房衆に扮し、行列を組んで風流踊を行っている（『言継卿記』10月7日条）。今谷明は、「町の人々が義輝を追悼する踊りによって三好三人衆政権への抵抗を示した」と解釈している。 山田康弘はこれらの事実から、「三好は世間を敵に回した」と評している。
永禄8年6月9日、将軍家の菩提寺である等持院において、義輝の葬儀が実施された。このとき、三好側は葬儀を阻害することもなく、滞りなく行われた。
同年8月、妙満寺が義輝のために千部経の仏事を催行すると、三好側は「御大義、是非に及ばず」として褒詞を下し、惣領の三好義継が寄宿免除（寺に兵の駐屯を禁ずる）の特権を与えた。ほかにも、三好側は義輝を弔うため、相国寺などに仏事料として田地を寄進している。だが、それらは義輝の鎮魂のためではなく、支配層から一般庶民にいたるまでが義輝の死を嘆き、三好氏への怒りを示したことを見て、三好側が世間の反発を和らげるために行ったと考えられる。
天正17年（1589年）5月18日、毛利輝元が非命に斃れた義輝の二十五回忌に際して、鹿苑院塔主・西笑承兌にその仏事を依頼した。これは、「鹿苑院塔主が導師を勤めれば、昌山（足利義昭のこと）も喜ばれるだろう」と考えた輝元の配慮でもあった。