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ピクミンシリーズの原生生物一覧 チャッピー系統
『2』、『4』に登場するものはまだ若い個体なのか『1』と比べて弱体化された形となっている上、背中のデメマダラタケがなく、体もアカチャッピーより少し大きい程度（ステージによっては、大きさが異なる場合もある）に小型化されているので、普通にピクミンを投げても顔面に届くようになっている。また、体は背中まで地中に隠し、普段は地表に目だけが見えている状態になっている。この時目の間を狙って紫ピクミンを連続で投げ続けると瞬殺できる。攻撃手段としては、高くジャンプして押し潰す攻撃法がなくなった代わりにピクミンを混乱させる雄叫び（同エリアにいる他のダイオウデメマダラを起こす効果もある）を発することがある。なお、『2』では目の前にバクダン岩があるとそれを捕食して爆発を食らい、一定時間動けなくなる（バクダン岩は『1』のそれより大きく、ピクミンが扱うことはできない）。『1』と違い、倒すと死体が残り、回収出来るようになっている。
特徴である舌は、脅威であると同時に美味でもあるらしく、ルーイメモによるとシチューにすると絶品とのこと。
『Hey!』に登場する個体は歴代シリーズに登場した中でも最大級の大きさを誇る。バクダン岩が弱点である点は『2』から変わっていない。
コウテイデメマダラ
【和名：ダイオウデメマダラ 長寿個体 科：イヌムシ科】
登場作品：4
運搬数：30
活動時間：昼
ダイオウデメマダラの長寿個体。『1』に登場したものに近い巨体で、背中だけ地上に出して潜んでいるなど共通点も多い。地中に潜伏する事で代謝を抑え、更に胃の中の酵母が栄養を作り出している為、長期間の絶食にも耐えられる。
ダイオウデメマダラは若いうちは群れで行動することもあるが、大きく成長すると群れを離れ、単独で行動するようになる。甲羅状に盛り上がった背中は年輪のような層になっており、中には100歳を超えるケースもある模様。
ルーイメモによると、背中のワラビは灰汁を抜いて前菜にするほか、舌、目玉、唇、肉、脂といった全てが一級品で、歳を重ねるごとに旨味が増していくらしい。
ハチャッピー
【和名：ヤドリピクミンとその宿主 科：ピクミン科】
【英名：Red Bulbmin】
登場作品：2
体長：未記載/50㎜
運搬数：7
アカチャッピーに寄生したヤドリピクミンの一種。
根を神経に伸ばして宿主を操るが、食欲に関しては宿主任せで、ピクミンの他生物と共生関係を持とうとする性質から、寄生というより共生に近いのでは、という説もある。
他のチャッピーより小型だが、クマチャッピーのように昼行性で子供のコッパチャッピーを連れて洞窟内を歩いている。自身のものも含め、親が連れているコッパチャッピーは襲わないが、オリマーたちが連れているものやピクミンは普通に捕食する。
他のチャッピーより耐久力は低く、運ぶ際の重量も軽い。
ルーイメモによると、葉の部分を天ぷらにすると美味らしい。
ピクミンとしての生態もあるので、それらはピクミンを参照。
ダンゴナマズ
【和名：アミダンゴナマズ 科：イヌムシ科】
【英名：Water Dumple】
登場作品：1、2、3、4
体長：約4cm/40㎜
運搬数：5（『1』『2』『3』）→3（『4』）
活動時間：昼夜
生活の場を水中に移したデメマダラの一種だが、水中に移行したのは比較的最近のようで、目と足が退化しているものの骨格は陸生のチャッピー系のものに近い。積極的にピクミンを捕食する点もチャッピー系に準ずる。
退化した目の代わりに全身に有する味覚で獲物の位置を把握し捕食活動を行う。
耐久力は低いものの、索敵能力と噛みつく範囲が広いので近づく際には注意が必要。水の中よりも浅瀬にいることが多い。
ルーイメモによると唐揚げにすると淡白な味だが、刺身にする時は寄生虫に注意しなければならない模様。
ナガダンゴナマズ
【和名：マダラダンゴオオナマズ 科：イヌムシ科】
登場作品：Hey!
ウナギのように長い身体を持つダンゴナマズ。エリア2「緑の水辺」のボス。水中を泳ぎ回り、分厚い唇でピクミンを捕食する。 目は退化しているが、頭部の前に突き出た2つの光る器官がセンサーになっている。
頭部を被う太い毛はピクミンをはね返してしまうため、攻撃するには背中側を狙う必要がある。体力が低下すると口から泥のようなものを吐き出す攻撃も行うようになる。
ミズゾコデメウツボウ
【和名：ミズデメマダラ 科：イヌムシ科】
登場作品：Hey!
水の底に住むウツボのような生物。食いしん坊で、頭上にいるピクミンやウオノコを一呑みにしてしまう。体力は多いが、倒すと大量のキラの実を吐き出す。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 パンモドキ系統
一対の眼、一対の後脚といったチャッピー系統と似た特徴の外見を持っている。小型のものが多く生息域がチャッピーと重なっているが、擬態や進化をしており生命・住処を追われてはいない。背中に対する垂直攻撃を弱点としているものが多い。
コチャッピー（アカコチャッピー）
【和名：デメマダラモドキ（『1』） → ベニデメマダラモドキ（『2』『3』『4』） 科：パンモドキ科】
【英名：Dwarf Red Bulborb】
登場作品：1、2、3、4
体長：約3cm/30㎜
運搬数：3
活動時間：昼
通称は『1』『3』は「小チャッピー」（コチャッピー）、『2』では「アカコチャッピー」。
アカチャッピーに擬態しているパンモドキの近種。デメマダラ系統には背中の斑紋の有無のみで同種成体を判断する習性があり、それを利用してアカチャッピーに擬態し、アカチャッピーの傍にいることで身を守っている。逆にイヌムシ科は斑点が確認できないと同種幼体さえも捕食することがある。
チャッピーのそばにいることが多く、『1』では危機が迫ると鳴き声を発してチャッピーを呼び起こす。なお、『2』以降ではこの習性はなくなっている。
一度に一匹しかピクミンを捕食できず、食べるのにも時間がかかる。なお、食べられている間にアカコチャッピーを倒せばピクミンは救出可能。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 パンモドキ系統
鉛直方向の打撃に対し極端に脆く、ピクミン一匹をぶつけるだけで即死してしまう。
ルーイメモによると調理の際はそのままスープやシチューに放り込んでしまうらしい。
ユキチャッピー
【和名：シラガデメマダラモドキ 科：パンモドキ科】
【英名：Snow Bulborb】
登場作品：2
体長：約3cm/30㎜
運搬数：3
アカコチャッピーの色違い。ケチャッピーに擬態しているが、最大の特徴である体毛を生やすことは出来なかった。しかし、ケチャッピーは体毛が抜けやすく、仲間の識別は他の種と同様に背中の斑点で行うので、この程度の擬態でも十分擬態が成立している。
アカコチャッピーより耐久力が低く、若干弱い。また、背中への攻撃で一撃死するのも同じ。
ルーイメモによると茹でたものをサラダの付け合わせにするらしい。
テンコチャッピー
【和名：ダイダイデメマダラモドキ 科：パンモドキ科】
【英名：Dwarf Orange Bulborb】
登場作品：2、3、4
体長：約3cm/30㎜
運搬数：3
活動時間：昼
アカコチャッピーの色違いで、その名のとおりテンテンチャッピーに擬態したパンモドキ科の一種。目もしっかりと黄色く充血させる徹底ぶりである。
テンテンチャッピーに擬態しているにもかかわらず、アカコチャッピーより索敵範囲が狭い。そのかわり耐久力が少々高いが、背中への垂直攻撃には弱い。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 パンモドキ系統
地下洞窟で上空から降ってくることが多い。
なお、『2』の生物図鑑の記述にて、オリマーはユキチャッピーの存在を確認した時点でこの小チャッピーの存在を既に予測していたことがうかがえる記述がある。
『4』では少し強化されており、背中への攻撃は紫ピクミン以外は2回ぶつけないと倒すことができなくなっている。
ルーイメモによると仕上がりの色みが良くないので色材としてはイマイチらしい。
ヤキコチャッピー
【和名：ヒノデメオボコマダラ 科：パンモドキ科】
登場作品：Hey!
ヤキチャッピーに擬態したパンモドキ科の一種。常に背中が燃えており、歩いた後の地面に火をつけてしまう。歴代シリーズの他の小チャッピーに比べてサイズが大きく、『2』のヤキチャッピーに並ぶほどである。
トビヒノマダラ
【和名：トビヒノマダラ 科：パンモドキ科】
登場作品：Hey!
ヤキコチャッピーが進化し、飛べるようになった種。落とす炎は剥がれた皮膚。ピクミンやオリマーに対して直接危害を加えてくることは無い。
パンモドキ
【和名：マキパンモドキ 科：パンモドキ科】
【英名：Breadbug】
登場作品：1、2、4
体長：約4cm/37㎜
運搬数：3
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 パンモドキ系統
ロールパンのような外見をしている生物。防御に特化した非常に厚みのある表皮を持っており、これで敵から身を守っている。この表皮の発達は生息域と食性を同じにするピクミンからの包囲攻撃に耐えうるための進化である。また、パンモドキはピクミン自体への直接的な攻撃はしないため、ピクミンはパンモドキを敵とは見なしておらず、包囲しても進んでパンモドキを攻撃しようとしない。
自分専用の巣を持っており、昼間、凶暴な夜行生物が寝ている間にペレットや生物の死骸を巣穴に運び込み、夜は巣穴で回収した物を食べて過ごす。
ピクミンと獲物の奪い合いが生じることがあり、このときは力の強い方が相手ごと引きずる形になり、ピクミンがパンモドキの巣穴に連れ込まれると死に、パンモドキがオニヨン（または探査ポッド）まで引きずられるとオニヨンにぶつかり大ダメージを与えられる。
硬い表皮を持つため包囲攻撃ではダメージを与えられず、背中への垂直攻撃でのみダメージを与えられる。ただし、『1』ではオリマーパンチで僅かにダメージを受けた。
『1』ではパンモドキはピクミン1匹で運べるもののみに手を出していたが、『2』ではそれ以上の重さのものや「お宝」にも手を出す。運びにくい地形に挟まると地中に潜って獲物を消してしまうことがある。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 パンモドキ系統
獲物が巣穴に運び込まれてしまうと倒しても獲物は戻らないが、『2』ではパンモドキが倒されると巣穴が消滅し、運び込まれたお宝のみ戻ってくる。『4』では巣穴が無くなった代わりに、一定の場所へ運び込むと砂をかけて隠すだけとなり、負けてもピクミンは死なずお宝以外も回収できるようになった。
パンの形をしているが、ルーイメモによると固くて身が少なく調理が大変な上、食べても美味しくないと記されている。その代わりに栄養価は高く、効果的な調理法が研究されているらしい。英語版では「余程厳しい状況に追い込まれない限り、食べなくてよい」とまで味を酷評されている。
オオパンモドキ
【和名：ショクパンモドキ 科：パンモドキ科】
【英名：Giant Breadbug】
登場作品：2、4
体長：未記載/75㎜
運搬数：10（『2』）→12（『4』）
活動時間：昼
地下洞窟『2』の「食神の台所」『4』の「ぶんどりレストラン」のボス。『2』のボスには共通のBGMが用意されているが、オオパンモドキのみ使用されていない。ただし、オオパンモドキが登場するフロア専用のBGMがある。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 パンモドキ系統
パンモドキ科の中では割と大型の種とされ、和名通り切り分けていない食パンの形をしている。巣穴の大きさもパンモドキより大きく、力も耐久力もパンモドキより増している。さらに真上からの攻撃も紫ピクミン以外では効果がないため、お宝や生物の死骸を取らせてピクミンに運ばせ探査ポッドにオオパンモドキごと運び込む戦法でなければ大きなダメージを与えられない。『4』では、背中に一定数のピクミンを乗せることでダメージを与えられるようになったが、その直後に突進で反撃してくる。
オオパンモドキは生まれたころにはパンモドキと餌の取り合いをするものの、成長しきると小さな獲物（パンモドキの獲物）には見向きもしなくなるため、それが餌と生息地が同じ両種族が共存できる要因になっている。生物図鑑では「むしろ2種の存在を脅かしているのは、ピクミンであろう」と推測されている。
食パンの形をしているが、ルーイメモでは「パンモドキより身は多いが味はさらに大味」と記されている。
ヒトクチパンモドキ
【和名：マキコパンモドキ 科：パンモドキ科】
登場作品：Hey!
パンモドキよりも更に小柄。表皮が厚くないのか、ピクミンを一発当てただけで倒せる。ただし、他のパンモドキと違いピクミンを捕食するため注意が必要である。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
ピクミンにはトックリの名が付く生物が多く登場する。
名前どおり徳利のような体をしており、主に口から様々な物を吐いて攻撃する。
ブタドックリ
【和名：ヒフキブタドックリ 科：ブタドックリ科】
【英名：Fiery Blowhog】
登場作品：1、2、3、Hey!、4
体長：約5cm/52㎜
運搬数：7（『1』『2』）→5（『3』『4』）
活動時間：昼
身体は白に近い灰色。名前の通りとっくりを横にしたような体型をしている。
常温空気中で発火する性質のあるリン化合物を吐き出し、さながら火炎放射のように火を噴き出して敵に応戦する。
小柄だが耐久力はそれなりにある。ピクミンやオリマーから攻撃を受けると前方に大きく振り払うため、狭い通路や水辺などでは特に注意が必要になる。
ピクミンを捕食するという行動を取らないため、振り払われても安全な場所では赤ピクミンに何も出来ずに倒されてしまう。
発火する物質を扱うというリスク上、化合物の生成プロセスは複雑である。そのため、死体は自然発火しない（ただしゲーム中では起きないが、死体の扱いは注意が必要らしい）。
ルーイメモによると刺身の他にカブなどと一緒に姿煮にすると良いらしい。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
『Hey!』ではエリア6「燃える枯地」のボスとして登場。歴代シリーズの個体と比べて圧倒的な巨体を誇る。炎を吹き出す前の吸い込み時にピクミンも吸い込んでしまうため注意が必要である。この際に爆弾岩を吸い込ませることで体内で爆発、攻撃チャンスを得ることができる。
コブタドックリ
【和名：ヒフキコブタドックリ 科：ブタドックリ科】
登場作品：Hey!
小柄なブタドックリ。火を棒のように長く吐く個体と弾のように短く吐く個体がいる。
ゾウブタドックリ
【和名：ヒフキブタドックリ 肥大個体 科：ブタドックリ科】
登場作品：4
運搬数：15
活動時間：昼
成長ホルモンの異常により、巨大化したヒフキブタドックリ。
発火物質を溜める臓器や口が大きく、その火力は圧倒的で赤ピクミンなら燃えないものの、火炎放射だけで大きく吹き飛ばされてしまう。
しかしその分内臓に大きな負担がかかるらしく、内臓も通常のブタドックリと同じ大きさであるため、通常のブタドックリに比べて短命で生殖能力も失っている。
また、餌を通じて発火物質を取り込む関係上、周囲の環境の影響を受けやすく、汚染された環境で発見されるケースが多いのも短命の理由の一つとして考えられている。
『4』のストーリーではラストダンジョンの「王の穴」に1体のみ登場する。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
ルーイメモによると大きな身体を切り分けるのが大変で調理が困難らしく、「デカけりゃいいってもんじゃない」と評されている。
ミズブタ
【和名：ヒフキブタドックリ 水吐変種 科：ブタドックリ科】
【英名：Watery Blowhog】
登場作品：2、3、4
体長：約5cm/52㎜
運搬数：7（『2』）→5（『3』『4』）
活動時間：昼
ブタドックリと同じ種類だが、遺伝子異常のためリン化合物の合成プロセスが不完全で、吐き出してくる液体は発火する数段階前の物である。そのため燃える事はなく、ただの水として排出される。とはいえ、青ピクミン以外のピクミンは、この液体を浴びると溺れてしまう。なお、オリマーたちが当たってもダメージは受けない（当たった際のリアクションはする）。
遺伝子異常のいわゆる「変種」なのだが、遺伝子異常が子孫に高い確率で遺伝するため、最近では数が増えてきている。
ブタドックリとの識別点は唇の色であり、ブタドックリが赤色なのに対しミズブタは青色である。
『3』のストーリーでは最終ステージ「哀しき獣の塔」に1体のみ登場する。
ルーイメモによると麺棒などでよく叩いてから刺身にすると美味らしい。
フブキブタ
【和名：フブキブタドックリ 科：ブタドックリ科】
登場作品：4
運搬数：5
活動時間：昼
体色や唇が水色のブタドックリ。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
大気中の二酸化炭素を体内に取り組んで氷嚢と呼ばれる器官で圧縮させ、ドライアイスを生成して、氷の息を吹き出す。
氷を吹くために体内に氷点下の状態を作り出しているが、厚い脂肪を持つことに加え氷嚢を細胞外凍結させることでほかの内臓の凍結を防いでいる。
ルーイメモによると氷嚢を新鮮な内に食べるとの事で、軽く塩をふると頭がキーンとするらしい。
ブリザードックリ
【和名：フブキブタドックリ 肥大個体 科：ブタドックリ科】
登場作品：4
運搬数：15
活動時間：昼
フブキブタが内分泌異常で巨大化した個体。
その名の通りブリザードの如く猛烈な氷の息を吹き出して、氷ピクミンすら弾き飛ばしてしまう。
短命なゾウブタドックリに対して、こちらは効率的にドライアイスを生成できるようになったためかむしろ寿命が延びている。
ルーイメモによると細長い口の内側をスプーンで削るとかき氷（肉味）ができるらしい。
フーセンドックリ
【和名：ワモントゲフウセンドックリ 科：ブタドックリ科】
【英名：Puffy Blowhog】
登場作品：1、2、3、4
体長：約18cm/180㎜
運搬数：2（『3』）→1（『4』）
活動時間：昼夜
生体パルスが帯となって体表面を流れており、生物図鑑では「ブタドックリ科の中でも特に美しい」と書かれている。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
常に水素によって体の浮き袋を満たしており、これによって浮遊している。体の横面に計八つついている気門から空気を噴出し、安定を保っている。
葉などを強い息で吹き飛ばし、その下の小虫を捕食する。ピクミンたちを捕食することはないが、ピクミンやオリマーに対しては距離をとりつつ強い息を吹きかけてくる。ピクミンを投げつけると身体を震わせて振り払うが、纏まった数が引っ付くと重さに耐えきれず落下してくる（なお、紫ピクミンならば1匹で落とすことができる）。
倒しても体内に溜め込んでいる空気を解放して逃げてしまうので、どうやって起爆性のある水素を体の中で安定させているのか、などの詳しいメカニズムは不明である。
『1』では、ピクミンがフーセンドックリに吹かれると花が散ったり、派手に巻き上げられたりするが、『2』で花は散ることなく、フリー状態になり、少し動かされるだけである。なお、紫ピクミンには無効である。
『1』『2』では瀕死の状態になると空気袋を開放し緊急離脱しているという設定があったが、『3』『4』では撃墜後に死骸が降ってくるようになった（但し『3』では、倒した際に魂が出るエフェクトが無いので、生きている可能性がある）。
ルーイメモによると皮を揚げてスナック感覚で食べる事が可能との事。
コオリフーセン
【和名：モンナシトゲフウセツドックリ 科：ブタドックリ科】
登場作品：4
運搬数：1
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
つるっとした印象で紋様が無いフーセンドックリ。冷気は、フブキブタと同じで圧縮された二酸化炭素である。また、呼吸用の気嚢に浮上用の浮嚢と冷気を溜める氷嚢の3つの肺をもつ。
ルーイメモによるとガムの様に噛む事が出来、口の中が涼しくなるらしい。
アオケダタラ
【和名：ミカゼアオケダタラ 科：ブタドックリ科】
【英名：Withering Blowhog】
登場作品：2、4
体長：約7cm/74㎜
運搬数：1（『4』）
活動時間：昼
フーセンドックリの近種。フーセンドックリより耐久力が低く、吹きかけてくる風は強くないが、エチレンに似た花を枯らす植物ホルモンを含んでいるため風に当たるとピクミンの花とつぼみはすべて枯れてしまう。ピクミン以外の植物も枯らすようだが、実際に他の植物にアオケダタラの息がかかっても枯れる様子は見られない。
ピクミンの花を枯らした際に笑い声のような鳴き声を上げる。倒すとフーセンドックリ同様、空気を開放して逃げる。
息の成分についての分析は出来ていないものの、解析され、化学合成ができればバイオプラントへの様々な用途が期待されるという。
『4』では、撃墜後に死骸が降ってくるようになった。さらに、真下にいるピクミンに対し風を吹いて上空へ逃げ、すぐ別の場所に降りてくるという新しい行動が追加されている。
ルーイメモによると天日干して炙ればちょっとしたおやつになるらしい。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
フタクチドックリ（成虫）
【和名：クロガネオオイシツツミ 科：イシツツミ科】
【英名：Armored Cannon Beetle】
登場作品：1
運搬数：30
活動時間：昼
大陸から飛来、帰化した外来種。大陸名は「ストロングアームキャノンビートル」。黒光りする強固な甲殻を持ち、頭部に上下二つの口がある。
食するものは鉱物であるためピクミンを襲って捕食するような行動はとらないが、自分のテリトリーを侵す者に対しては非常に攻撃的になる。
その際の基本的な攻撃パターンは、上の口から空気を吸い込み、下の口から岩を吐き出すというものである。この岩は打ち出されたときの方向にまっすぐ転がる。
上の口で空気を吸い込んでいる最中にピクミンを投げ入れて詰まらせると窒息してオーバーヒートを起こし、放熱のために背中の殻を広げて肉を空気中にさらけ出し、また同時に暴れ始める。この際、晒された部分に攻撃するとダメージを与えることができる。また、吐き出された岩はオリマーパンチで壊すことができる。
死体が運搬可能な全ての生物の中で最も重い。
フタクチカブト
【和名：クロガネオオイシツツミ  成虫 科：イシツツミ科】
【英名：Horned Cannon Beetle】
登場作品：4
運搬数：30
活動時間：昼
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
『1』のフタクチドックリと酷似した性質・姿をしており和名も共通するが、通称と英名が異なっている。本項では別途記述する。
岩を吐くための吸気口があるのがオスで、メスは成虫になると口が閉じ岩も吐かなくなる（ゲーム中に登場する個体は全てオスの個体）。繁殖の際はオスが吐く岩に卵を産み付け幼虫の餌とする。
ヤマトイシツツミとも交配し、孵化しない卵と交雑種が半分ずつ生まれるため在来種のフタクチドックリに深刻な遺伝子汚染を引き起こしている。さらには縄張り意識の強さからヤマトイシツツミの幼虫に攻撃することもあり、ヤマトイシツツミは絶滅の危機に瀕しているという。
ルーイメモによると丸ごと茹でると殻が自然に外れ、湯切りした身に岩塩を振りかけて食べるらしい。
フタクチドックリ（幼虫）
【和名：ヤマトイシツツミ （『2』『3』）→ヤマトイシツツミ 幼虫（『4』）科：イシツツミ科】
【英名：Armored Cannon Beetle Larva】
登場作品：2、3、4
体長：約10cm/100㎜
運搬数：7
活動時間：昼
フタクチドックリの幼虫。体色は鮮やかな緑色。幼虫であるため甲殻は無い。動き回るタイプと地面から顔を出した砲台タイプの2種類が存在する（『3』では砲台タイプのみが登場）。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
成虫と違い直接攻撃できるかわりに、ピクミンが張り付くと前方に振り払おうとする。砲台タイプは地面に潜っており、近づくと出てくる。動き回るタイプよりも耐久力が高め。
吐き出した岩は他の原生生物に当たると大ダメージを与えるため、オリマー単体で誘導して危険な敵を安全に倒すことが出来る。紫ピクミンの落下の衝撃で吐き出された岩を破壊することもできる。
生物図鑑によると、イシツツミ科の生物はショウヤムシ科の生物（後述のオオガネモチが属する）と同じく体内に住まわせたメタバクテリアの力で捕食した鉱物を消化する。成虫が出した岩にメタバクテリアが含まれていて、それを幼虫が食べることで体内にメタバクテリアを取り入れている。
なお、上記のフタクチドックリは和名が異なっており、『1』のエンディングでは「（#フタクチドックリ（成虫）は）大陸から飛来、帰化した外来種」と書かれていることから別種である可能性がある。
また、テリトリーを持ち個体で生息する成虫と違い、一つの生息域に複数生息していることがある。
これが成虫の幼体とオリマーが理解したとき、絶滅していなかったことを安堵している事をメモに記述している。
ルーイメモによるとよく砂を吐かせてから、生のまま殻をむいてそのまま食べるが、フライにしても良いらしい。
ミヤビフタクチ
【和名：ミヤビイシツツミ 科：イシツツミ科】
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
【英名：Decorated Cannon Beetle】
登場作品：2
体長：約10cm/100㎜
運搬数：7
フタクチドックリの変種。砂鉄を含む岩石を好んで食べるため体色は鮮やかな赤色をしている。その影響もあって吐く岩は磁力を帯びており、転がるスピードはフタクチドックリと比べると遅いものの、オリマー達の宇宙服の金属に反応して進路を変えてくる。オリマー達が寝ていればダメージを受けない。こちらは砲台タイプが存在しない。
岩の追尾性能はかなり高く、これを利用して別の敵だけではなく岩を吐いた本体までも攻撃することもできる。しかしあまり長い間転がしていると壊れてしまう。
砂鉄を好むという点以外フタクチドックリと差はないが、ルーイメモによるとフタクチドックリより脂が乗っているので生よりフライにした方が美味だという。
ユキフタクチ
【和名：ユキツツミ （『3』）→ユキツツミ 幼虫（『4』）科：イシツツミ科】
登場作品：3、4
運搬数：7
活動時間：昼
フタクチドックリの近種で、2種を比べるとこちらのが若干体色が薄い。
吐いてくるのは岩ではなく雪玉である点が異なる。当たっても引き潰されることは無いかわりに、巻き込まれてしまう。雪玉に巻き込まれると壁に当たって壊れるまで脱出できない。作中では砲台タイプのみ登場。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 ドックリ系統
生物図鑑によると、この雪玉は死滅した体内バクテリアの細胞を超低温の息で凍らせて生成したもの。超低温の息を吐くことができるのは、同種の生息地の気温が低いのはもちろん、体液を冷媒として圧縮した後に圧力を下げることで気化熱を奪い、体内に氷点下の状態を作り出している点も重要となっている。
ルーイメモによると吐き出させた雪に果汁をかけてかき氷にし、身はシャーベット状にして生で食べるとの事。
オオユキカブト
【和名：ユキツツミ 成虫 科：イシツツミ科】
登場作品：4
運搬数：30
活動時間：昼
ユキツツミの成虫。フタクチカブトと違って体色は白く、上の口が存在しない。これはエサの少ない寒冷地で効率的に捕食できるよう雪玉を吐き出す口で強力な吸引をするようになり、上部の吸気口が閉じているためである。
外敵を発見すると下の口から周囲の空気を吸い込んで雪玉を吐き出して攻撃する。フタクチカブトと同様に空気を吸い込む際に背中の甲殻が開かれて露わになる肉が弱点だが、吸い込みにピクミンが巻き込まれると捕食されてしまう。
ルーイメモによると身がぎっしりと詰まった手足を殻ごと茹でてレモン汁を垂らし、レモン汁が繊維の隅々まで行き渡ったら一気に啜るらしい。
ヒフキドックリ
【和名：ヒフキイシツツミ 科：イシツツミ科】
登場作品：Hey!
小柄なフタクチドックリの近種。壁の巣穴から身を乗り出し、火を吐く。
シシドックリ
【和名：ハイイロシシドックリ 科：シシドックリ科】
登場作品：4
運搬数：7
活動時間：昼夜
ヒフキブタドックリの原種に近い生物。
現実世界のイノシシに近い生態を持ち、強烈な突進攻撃で得物を狙ったり捕食者から逃げる際の時間稼ぎをする。
嗅覚が非常に発達しており、ある種のにおいを発する地下生のキノコが大好物。
ピクミンやオッチン、主人公を見つけると突進してくるが、その際ピクミンを口に含んで捕食する。
ルーイメモによるとジビエのように根菜、山菜、みそでトロトロに煮込むと濃厚で野性味のある味わいがするが、血抜きをしっかりしないと臭みがあるらしい。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
ピクミンにはクモの名が付く生物も多く登場する。形態、攻撃方法などさまざまだが、その多くに共通する特性として、「歩行脚が四本である」「胴体は（おそらく）頭部一つのみで、足から釣り下がっているような形態をしている」という二点が挙げられる。脚の本数から考えて、全てクモにあらずのクモであり、厳密なクモではない。これらの特徴を持つ種は全て「ダマグモ科」と「ショイグモ科」の２科に分類される。この他にも一部、これらの特徴を持たないクモ型の原生生物が存在するが、そちらは後述の「ムシ」の項目に記述している。
ダマグモ科には口、鼻、耳、目などのほとんどの感覚器官が見あたらない。捕食らしき行動も見受けられない。性格はおとなしく、これといった天敵もないとされている。また、現れた直後は、独特の鳴き声を発してから活動を開始する。
ショイグモ科には口、目とおぼしき部分、四本の足の他に二本の腕が存在する。また、このため前後左右を認識している。本来の性格はダマグモ科同様おとなしいが、ショイグモ科は背中に物を背負う習性があり、背負ったものによって性格が変化してしまうという特徴もある。草の汁などを食物として吸う。
ダマグモ
【和名：アシナガモクメツユハライ 科：ダマグモ科】
【英名：Beady Long Legs】
登場作品：1、2
体長：約27cm/240㎜
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
『1』ではステージ「樹海のヘソ」のボス。専用の戦闘BGMがある。『2』では地下洞窟「クモの根城」のボス。地下洞窟「百戦錬磨の穴」でも中ボスとして登場するほか、地上ステージ「まどいの水源」でも一定日数経過で出現する。倒しても1の付く日毎に必ず再配置されるなど、他のダマグモと比べて頻繁に登場する。
オリマーたちの目線には映らないほどの上空に巣をかまえて生息している。
体は金属質の物質で構成され、表面は蝋のようなもので覆われているため独特な模様とつやを持つ。胴体には目、鼻、耳、口などの器官はないが、ピクミン達を見つけると、頭上から落下し、さらには踏みつけようと迫ってくる。よく見ると、前後だけはあるようで、ある一定の面を前にして進んでいる。また、出現直後や、移動中に一時停止したりした際に独特の鳴き声のような音を発する（これは、ダマグモキャノン、ゾウノアシにも共通する）。
足には攻撃が通用しないため、胴体が弱点。ただしピクミンに張りつかれると大きく振り払い、振り払うとしばらくの間足踏みが高速になる。しかし『2』では高速足踏みがなくなっている上、耐久力も下がっているため弱体化している。膝に紫ピクミンを落下させてもダメージが行く。
体力が減ってくると体が徐々に崩れ始め、半分を切ると煙を上げ、体力が0になると胴体がくす玉のように割れて持っていたパーツやお宝を落とし、そのままバラバラと崩れ落ちる。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
作中でもとりわけて謎多き生物。何を捕食しているのかは不明であり、金属質である身体の成分からも推測できない。倒すと胴体が2つに割れ、足に電流が流れる。そして、ガラスが割れていくように消滅するので、解剖も行うことができない。だが、オリマーのメモによると凍らせてはどうだろうと書かれていたため、崩れるというより溶けて蒸発するのほうが正しいのかもしれない。しかし地上に登場するダマグモは倒すとペレットをたくさん落とすことから、ペレットを餌にしているとも考えられる。
『1』では洞窟の辺境にひっそりと住んでいたようだが、『2』では太陽光の射す洞窟内、太陽光の射さない洞窟内、さらには地上と様々な場所に出現し、生息地の分類が疎らではっきりとしていない。
『2』では他の生物をダマグモの踏みつけに巻き込ませてダメージを与えることが可能（『1』ではダマグモの下を他の生物が通ることがない）。威力は非常に高く、ほとんどの生物は一撃死する。
ルーイメモには「注意!食べられません」とあり、さらに英語版では「有毒」とまで言われる。
なお、名前にクモとついているが、実際にはクモ科とは別の系統である事が明かされている。
ダマグモキャノン
【和名：アシボソエンマツユハライ 科：ダマグモ科】
【英名：Man-at-Legs】
登場作品：2、4
体長：約17cm/170㎜
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
運搬数：不明
活動時間：昼
地下洞窟『2』の「地下の秘密基地」『4』の「最終兵器実験場」のボス。また、地下洞窟『2』の「百戦錬磨の穴」や『4』の「王の穴」では中ボスとして、『4』の「オリマー遭難記」ではラストボスとして登場する。
機械と融合しサイボーグとなってしまったダマグモ。前述の通りダマグモ科の生物は特に天敵がなく、強大な攻撃力を必要としていないことから、機械の方からダマグモにアプローチし、体を乗っ取ったものと思われる。実際、機械部分を開く際に、かなり無理な形で入り込んでいるのか、中の肉が裂けているのが確認できる。
他のダマグモとは違い、足が細く、ピクミンらを踏みつぶせない。代わりに、核となる球体の部分の下半分が連射可能なランチャー（と照準器用のレーザー探知機）になっており、これで敵を捕捉、エネルギー弾を発射し破壊を試みる。火器管制システムの性能がそれほど良くないため、目標の捕捉と発射までのラグが大きく、射撃が追いつかないことも多い。だが威力は凄まじく、撃たれたピクミンは即死してしまう。オリマーメモによると、ランチャーの使用はダマグモ自身が操作しているわけではなく、機械部分が自動的に敵を探知、追跡して攻撃をしているとされている。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
防御力も高く、赤ピクミンをもってしても中々ダメージを与えられず、ボスの中でもトップクラスの強敵である（ただし他の生物と違い、時間経過による体力回復がない）。
エネルギー弾の攻撃から逃れるには、壁や段差などの物陰に隠れて遮断させるのが有効。また、収まるまで常に移動し続けても回避は出来る。ただし移動している時に隠れても、すぐさま乗り越えられてしまう。『4』ではボスフロアに土の壁やオッチンの突撃で壊せる壺があるが、エネルギー弾の発射数と連射速度から直ぐに破壊されてしまうため、防壁としては役に立たない。出現直後にいきなり撃ってくる事もある。他のダマグモと違い倒すと、胴体から、白い煙を暫く吹き出した後、爆発して木っ端微塵に砕け散る。
『2』の地下洞窟「百戦錬磨の穴」では水辺があるため、青ピクミンが少ないと苦戦を強いられる。また、エリア自体が狭い事もあり、待機させる場所に気をつけないと、待機中のピクミンが狙われる危険性も高まる。
4本の足の内、1本が機械化されており、これが関節を無視した可動範囲を持つため、常にこの足を軸として先に移動させる。移動速度もかなり早い。
生体部分に意思は無く、機械部分の動力源となっているが、それ以外は謎が多く、何の機械がどのように融合したのか、何を捕食しているのかなどは全く明かされていない。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
作中でドルフィン初号機は、この生物を「機械化怪虫」と呼んでおり、生物と機械が共生していた事を目の当たりにして「この星の生態系はとんでもない」と驚愕している。
日本語版のルーイメモや「最終兵器実験場」でのルーイの日誌には「ほとんど機械なんですけど……」「殆ど食べる所が無かった」と食用にできず諦めたことが分かる内容が記されていたが、英語版では「肉は少し金属面に残っていて、オイルがグレービーソースや滑らかなフレンチソースになる」とあり、全く食べるところが無い訳ではない模様。ダマグモは金属質だが、こちらは少量肉があることが確認できる。
ゾウノアシ
【和名：スソビロツユハライ 科：ダマグモ科】
【英名：Raging Long Legs】
登場作品：2
体長：未記載/270㎜
地下洞窟「百戦錬磨の穴」のボス。VSモードの「カクカクコース」にも登場するマップがある。
「象の脚」という名のとおり、ダマグモよりも大きな足と頭部を持つ。結果的に踏み潰しやすい形状になっているが、これは地ならしを目的としたものであるという説もある。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
大きな体が災いして極端に動きが遅く、胴体兼頭部が大きいため、紫ピクミンでも投げ付けが届きやすいが、ピクミンを振り払った直後のみダマグモを上回るかなりの速度で足踏みをしながら踏みつけてくる。また、耐久力はダマグモキャノン程ではないが、それでもダマグモとは比べ物にならないほど高い。
体を作る材質はダマグモと異なりシリコンを主とし、体表は黒い地色に毒々しい紫色の艶を持つ。
倒すとダマグモ同様、頭がくす玉のように割れてお宝を落とし、そのまま消滅してしまう。なお、お宝を回収済みの場合、大量のタマゴムシを撒き散らす。
ゾウノアシの足の攻撃当たり判定はダマグモと同様に他生物にもあり、カクカクコースにおいて、ゾウノアシに踏みつぶされた生物は即死する。
ルーイメモによると「煮ても焼いても錆臭さが抜けず、食べられたものではなかった」とのこと。だが、死ぬとすぐに消滅してしまうこの生物をどのように調理したのかは謎のままである。一方でオリマー曰く「冷凍することで消滅せず解剖できる」という可能性があるようで、そういった方法を用いて調理したとも考えられる。
ケダマグモ
【和名：オグシツユハライ 科：ダマグモ科】
【英名：Shaggy Long Legs】
登場作品：3
｢始まりの森｣、｢迷いの雪原｣の中ボス。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
その名の通り胴体部分と脚の関節部分が体毛で覆われたダマグモで、普段は木の上などでじっとしているが、地上の縄張りを侵すと上から降ってきて地面を踏み鳴らしながら威嚇を行う。本体を攻撃するには脚部分からピクミンを登らせ、体毛を引き抜いて胴体を露呈させる必要がある。胴体が露呈した後は胴体に直接ピクミンを投げ当てる事も可能。
常に動き回る上に関節を攻撃して体毛を全て剥がしてしまわないと決定的なダメージを与えられず、張り付けてもあまり多くピクミンを張り付かせられない上、すぐに払われてしまうため、前2作に登場したダマグモと比べ、苦戦しやすく長期戦になりがちである。
なお、「始まりの森」の個体は黒く、「迷いの雪原」の個体は白い色をしている。これは地域の特性によるもので、体色以外に大きな違いはない。
『ピクミン3 デラックス』のサイドストーリー「オリマーの冒険ふたたび」のラストステージでは、金色の個体が登場し、こちらは足の部分が巨大化している。
ルーイメモによるとダマグモ同様「注意!食べられません」と書かれている。
ハゲダマグモ
【和名：ハダカオグシツユハライ 科：ダマグモ科】
【英名：Baldy Long Legs】
登場作品：3、4
運搬数：不明
活動時間：昼夜
『4』では地上ステージ「追憶の原生林」の中ボスとして登場するほか、地下洞窟「王の穴」でも中ボスとして登場する。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
名の通り、毛が抜けたケダマグモ。抜け落ちた毛が生えることは無いため、別の名前で呼ばれ区別されている。ミッションモードでは最初から毛のない状態で登場する個体も存在する。
この状態になると姿形もダマグモに酷似するが、甲殻表面からロウが分泌されておらず独特の木目のような模様は見られない。また、くす玉状の胴体の割れる向きが横向きであるなど、両者を見分けるための特徴は比較的分かりやすい。
『ピクミン3 デラックス』のサイドストーリー「オリマーの冒険 ふたたび」のラストステージでは、金色の個体が登場するが、体色以外に大きな違いはない。
ルーイメモによると毛を毟っても食用に適さない模様。
ダマグモインフェルノ
【和名：スソビロボンオドリツユハライ 科：ダマグモ科】
登場作品：4
運搬数：不明
活動時間：夜
地下洞窟「スクラップディスコ」のボス。まるでミラーボールのように光っているが、これは一つ一つが光センサーで目の役割を果たしている。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
DJさながらに独自のリズムを刻みながら足踏みで攻撃し、黄色や赤色に変化するとより激しく早いリズムで足踏みをした後、ピクミンを洗脳する特殊なガスを噴射する。ガスを浴びたピクミンは言う事を聞かなくなり、笛も無視してひたすらダンスをするように激しい足踏みの中飛び跳ねる。倒すとレゲエホーンの様な断末魔をあげた後にクラッカーの様な音を立てて跡形もなく破裂し、残った脚も即蒸発して無くなる。
体は半機械半生体のような構造らしく、無機物の外殻と有機物の臓器とで構成されていてオリマーはこの星の生物は無機物と有機物の境界があいまいなのかもしれないと考察している。
ルーイメモによると「筋だらけで歯に引っ掛かる。焦げたビニールや金属の匂いがする」と書かれており、やはり食べられたものでは無い模様。
ショイグモ
【和名：セオイカナエグモ 科：ショイグモ科】
登場作品：2、4
体長：未記載/54㎜
運搬数：3（全種共通）（『2』）→2（全種共通）（『4』）
自分の数十倍の重さのものから仲間の死骸まで、動かせるものなら何でも背負う。捕食するものは主に草木の汁。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
普段はおとなしい性格で、草むらの中などに隠れていることが多い（生物図鑑より。実際に草むらに隠れている様子は見られない）が、危険になると攻撃する。その点は全てのショイグモに共通した特徴である。サクレショイグモ以外は、ピクミンから逃げるように動くという点も共通している。
背負う物は特に選り好みせず、背負える物なら何でも利用する。他生物の死骸も背負うことがあるが、餌にはしない。『4』ではサクレショイグモ以外（サクレショイグモは『4』には未登場）も爆弾岩を背負うようになり、その際には攻撃的な性格に変貌して特攻してくる。
なお、以下の7種は全て同一の種で、進化の過程においてそれぞれのタイプに分化、変化したものである。
また、ショイグモは以下7種の同一名称。
ベニショイグモ
登場作品：2、4
赤いショイグモ。
身の危険を感じると自衛のため可燃ガスを吐きだし、あごを火打石のように打ち着火し、炎を吐き出してくる。
死体は古くなると自然発火するらしい。
ルーイメモにも古くなると勝手に火がついて燃えてしまうので早めに食べなければならないとの事。
キショイグモ
登場作品：2、4
黄色いショイグモ。
体内に発電器官を持ち、身の危険を感じるとその電気を放電する。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
ルーイメモによると、カリカリに揚げたのをレモンを搾っていただくとのこと。英語版では免許のいる食材という設定で、理由は「感電ならまだいい方だが、最悪爆発する為」との事。
ルリショイグモ
登場作品：2、4
青いショイグモ。
身の危険を感じると、金属の酸化を促進する液体を吐き出す。オリマー達が液体に当たると、ダメージは受けないが移動以外は一時的に行動不能となる。
ルーイメモによると、他のショイグモに比べて水っぽく味が薄いので塩を多めに振りかけて食べるとのこと。英語版では食用にできない設定であり「食べた場合、腕の震えの症状が出る」と有毒性を指摘されている。
ムラサキショイグモ
登場作品：2
紫色のショイグモ。
身の危険を感じると、混ざると毒性を持つようになる2種類の液体を体外で合成して毒ガスとして放つ。他のタイプのショイグモに比べ、耐久力が高め。
ルーイメモでは「火にかけてもガスの成分は消えにくく、食用には向かない」とのこと。
『4』では毒ガスを放つポジションが下記のミドリショイグモになったため登場していないが、生物図鑑では「以前は紫色の子もいたらしい」と、存在自体は示唆されている。
サクレショイグモ
登場作品：2
黒い体に黄色と黒の縞模様の脚を持つショイグモ。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
敵を見つけると、背中に背負ったバクダン岩に点火した上で迫ってくる（体力ゲージがタイムになっており、ゼロになると爆発し、死亡する）。非常に攻撃的な点で、他のショイグモ科の生物とは性格が大きく異なる。
ショイグモ科は背負ったものにより性格を影響されやすいためバクダン岩という危険物に影響されていると考えられる。
天井から突然落下してきてピクミンたちを襲うもの、待機していてオリマーやピクミンが近づくと襲ってくるもの、死角から突然現れて襲ってくるものがいる。
生物図鑑で爆発する瞬間にZボタンを押すと画面がフリーズする。
日本語版のルーイメモでは「軽く炒めると辛い上に口の中でパチパチ弾ける刺激的な味」と食用になるが、英語版では食用にできない危険物扱いとなっている。
ハクショイグモ
登場作品：4
水色のショイグモ。
身の危険を感じると、冷気ガスを吐き出す。体色を変化させる色素を作る共生細菌の働きが弱く、元々の白色の身体をしているが温かい地域でベニショイグモのエサを与えると色素が増えて桃色になるらしい。
ルーイメモによると足に果汁を染み込ませてアイスバーにする模様。
ミドリショイグモ
登場作品：4
緑色のショイグモ。
ムラサキショイグモと同様に身の危険を感じると、混ざると毒性を持つようになる2種類の液体を体外で合成して毒ガスとして放つ。
ルーイメモはムラサキショイグモの時と同様。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 クモ系統
ヘラクレスオオヨロヒグモ
【和名：ヤタシオオヨロヒグモ 科：ショイグモ科】
【英名：Titan Dweevil】
登場作品：2
体長：未記載/322㎜
地下洞窟「夢の穴」のボス。
『2』のラストボス的生物で、ルーイを捕まえていた（ドルフィン初号機は「ルーイがこのクモの脳をジャックしていた」と説明している）。他のボスのものとは異なる専用のBGMがある。
ショイグモ科の中で最大の生物で、さらにゲーム中に登場するものは、偶然兵器のような4つのお宝「フレア・キャノン」「モンスター・ポンプ」「マイナスイオン・コンバータ」「ケミカル・ウエポン」を背負い、それらから何らかの影響を受け、突然変異した種である（生物図鑑でオリマーは「背中に背負った薬品瓶が遺伝子に影響を与えた可能性がある」とも記している）。
その影響として、元から大きな体躯がさらに異常発達・巨大化し、また元来は温厚だった性格が大変凶暴なものになった。本来は巨体のため外敵がおらず、草食性のため狩りをする必要もないので、背負ったものに性格が影響されるというショイグモの特性による性格の変化だと推測される。
選り好みしない他の種に比べ、つやのある物を好んで背負う傾向がある。
背負ったもののそれぞれは、火・水・電気・毒という、ゲーム中に登場するピクミンにとっての全ての無機的脅威であり、ピクミンの掃討には非常に適した形となっている。
武器はあまりに強力なため、強化された宇宙服でも、ダメージは受けないが防ぎきれずに一瞬ひるんでしまうほど。
武器があるうちは最強のボスであるが、全ての武器を失うと腕を使った振り払い以外、これといった攻撃ができない最弱のボスとなる。また、武器を背負った状態であれば、体色が黒みがかった銀色になっているが、武器を失うと薄い茶色に変わる。
倒されると、大量の泡のようになり、地面に落ちていく。ゲキニガスプレーで石化させて倒すと、ウジャダニほどではないがゲキニガとゲキカラのエキスを大量に落とす。
作中では「悪夢の大怪虫」とも呼ばれており、オリマーも「一個体の生物としてはまさに万能だった」と語っている。この事から同ゲームにおける最大の強敵である。
ルーイメモによると脚は煮ても焼いてもどう調理しても美味らしく、英語版では「風味豊かで歯応えも良い」とのこと。
公式サイトの人気投票（敵キャラ部門）ではダマグモキャノンと並び人気で、その結果1位に輝いた。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
ピクミンには水中や浅瀬にいる生物も多い。また、ダンゴナマズなど、他の系統に分類した生物の一部も水中にいることがある。
イモガエル
【和名：ダルマイモガエル 科：イモガエル科】
【英名：Yellow Wollywog】
登場作品：1、2、3、Hey!、4
体長：約4.5cm/46㎜
運搬数：7（『1』『2』）→5（『3』『4』）
活動時間：昼
卵のような形をした体に黄色の体色と、目から平行に並ぶ緑色の斑紋が大きな特徴である。跳ぶことに特化したため、泳ぎは上手でない。
おもに浅瀬に生息している。産卵前後の時期は特に攻撃的になり、自分よりも小さく動くものを何でも押し潰そうとする習性がある。この押し潰しは捕食行為でもあり、潰した生物の体液を皮膚から吸収している。
イモガエルは卵や幼生を捕食する敵（ダンゴナマズ・青ピクミンなど）からの捕食を防ぐため、水の上にせり出した木の枝などに産卵する。卵が孵った幼生がオタマ、オタマがイモガエルに成長する途中の個体がコイモガエルである。
『2』では洞窟内の水気が少ない所にも出現することがある。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
ピクミンを押し潰そうと跳んでくる。『2』まではこの攻撃でピクミン以外の敵が死ぬことは無かったが、『3』では他の生物にも当たり判定が追加された。その威力は凄まじく、カニタマのハサミを一撃で粉砕してしまうほどである。『2』までは押し潰し時の衝撃で体に張り付いたピクミンを振り払っていたが、『3』以降では他の生物と同様に体をゆすって振り払うようになった。
なお、『1』『3』では、多数のピクミンで囲み攻撃を行ったり、身体に張り付かせれば、飛び上がりを阻止できるが、『2』では囲み攻撃をしても関係なく飛び上がる事が出来るなど、若干の強化がなされている。『3』『Hey!『4』』では跳ぶ際に体を膨らませる。
ルーイメモによると、脚以外は水っぽく調理には向かないらしい。海外版ではビール衣揚げにすると美味とされている。
『Hey!』に登場する個体は歴代シリーズに比べて体が一回り大きいが、こちらから攻撃を仕掛けない限り襲ってくることは無い。
コイモガエル
【和名：ダルマイモガエル 科：イモガエル科】
登場作品：Hey!
子供の状態のイモガエルで、まだ尻尾が生えており脚も二本しかない。ピクミンを直接ぶつければ一撃で倒すことが出来る。ジャンプでピクミンを押し潰すが、厳密にはジャンプ中でなくとも足元には当たり判定が存在する。
ヌシガエル
【和名：ダルマイモガエル 長寿個体 科：イモガエル科】
登場作品：4
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
運搬数：15
活動時間：昼
イモガエルの仲間は、成体になったあと通常は繁殖を機に急激に成長が落ち込むが、天敵がいない安全な環境下で、繁殖活動をしないまま成長を続ける事があり、ヌシガエルはそうして2～3倍ほど巨大な姿になった個体。
元々イモガエルは細胞の老化を防ぐテロメラーゼと言う酵素が活発で、条件が合えば50年以上生きる事も珍しくなく長寿も相まって通常個体に比べてかなり大きく成長している。繁殖活動や冬眠は行わず、暖かい場所で越冬を行う。
捕食に必要な跳躍が維持されているため、より高く連続しての跳躍が可能となっている。
ルーイメモによると大量の塩で水抜きすれば食べられるが目玉と脚だけをいただく方がいいらしい。
オタマ
【和名：ダルマイモガエル （『1』『2』『3』）→ダルマイモガエル 幼生（『4』） 科：イモガエル科】
【英名：Wogpole】
登場作品：1、2、3、4
体長：約4cm/37㎜
運搬数：1
イモガエルの卵から孵った幼生。水中を泳いでいる。陸地に上がると跳ね、水中に少しずつ戻ろうとする。
『1』では「希望の森」で後ろ足が生えているオタマが登場したが、『2』の地形が同一の「めざめの森」ではそのオタマがいた水場がなくなり、同ステージの別の場所でイモガエルを見られ、さらに別の場所で足の生えていないオタマも見られる。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
『2』では仲間にする前の野生の青ピクミンがオタマを捕食しようとしていたことから、オタマは基本的にピクミンに狩られる捕食対象である。
春先に成体のイモガエルがよく跳ねまわるのは、捕食者を近づけさせないためとの説がある。
ルーイメモによると、三杯酢の中に泳がせて踊り食いにするとの事。
マロガエル
【和名：マロイモガエル 科：イモガエル科】
【英名：Wollywog】
登場作品：1、2、4
体長：約5cm/48㎜
運搬数：7（『1』『2』）→5（『4』）
活動時間：昼
地下水脈に流され、そのまま洞窟に棲みつき、体が洞窟生活に適応するように変化したイモガエル。岩の隙間に潜れるように体が平たく変化している。長い洞窟生活のためイモガエルのような鮮やかさはなくなり、体色は白くなった。ゲーム中でも洞窟にしか生息しない。
イモガエルとマロガエルの強さは身長差などを含め『1』ではイモガエルの方が上だが、『2』以降はマロガエルの方が強くなっている。
ルーイメモによると臭みが少なく身も締まっているので、刺身にすると良いらしい。海外版では、挽いてパティにしてトマト、レタス、玉ねぎ、ケチャップと共にパンに挟んでハンバーガーにしている。
ヤキコイモガエル
【和名：ダルマヤキイモガエル 科：イモガエル科】
登場作品：Hey!
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
炎をまとったコイモガエルで、イモガエルが炎の中でも生きられるように進化した種。作中では成長前の子供の状態でしか登場しない。
ヒヤシイモ
【和名：ボタユキイモガエル 科：イモガエル科】
登場作品：4
運搬数：5
活動時間：昼
大きく跳び上がって獲物を押し潰す際に硝酸アンモニウムと尿素、水を含んだ混合液を体外へ放出し、吸熱反応による急激な冷却で凍らせている。獲物は、つぶして腹から吸収するが食べずに微凍結状態のまま保存もできる。そのため、餌が少ない環境にも適応している。
着地する際の混合液は、氷ピクミン以外が触れると凍ってしまう。
ルーイメモによると目の周りをくりぬき、醤油で煮込むととろっとろのコラーゲンがたっぷりらしい。
ヤマシンジュ
【和名：ハエトリヤマシンジュ 科：オトリガイ科】
【英名：Pearly Clamclamp】
登場作品：1、4
運搬数：3（『1』）→10（『4』）
活動時間：昼
二枚貝で、移動は一切できない。中に真珠を持っている（宇宙船パーツを持つものもいる）。真珠に宝石としての価値はないが、栄養価は高く運ぶとピクミンが50匹増える。
真珠は餌をおびき寄せるための囮で、この栄養価の高い真珠に誘われて貝の中に入り、粘液に包まれた真珠を取り外そうとしている内に殻を閉じて捕食、消化する。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
『1』では、真珠を取り出すと他の生物を倒したときと同じく魂が抜け出るエフェクトが表示されるが、ヤマシンジュは死んだわけではなく、ピクミンを貝の中に立たせると貝を閉じて捕食しようとする（宇宙船のパーツを取り出された場合は魂が抜け出るエフェクトが無い）。
『4』では、真珠を取り出すと絶命するためピクミンを捕食されることはなくなったほか、真珠の代わりに貝殻が死骸として残る。
ただ貝殻を閉じるまで時間がかかり、その間に逃げられてしまうせいかエサにありつけない事も多く、共生関係にある藻類の光合成でも栄養を摂取しているため、日当たりのいい場所で貝殻を開けている事が多い。
ルーイメモによると殻ごと強火で加熱し旨味の強い出汁を取り、身とヒモを刻んだらつけ麺のスープにするらしい。
シャコモドキ
【和名：アメリケシャコガニ 科：アナジャコ科】
【英名：Hermit Crawmad】
登場作品：2、3、4
体長：約7cm/68㎜
運搬数：5
活動時間：昼
見た目はシャコの仲間のようだが、「モドキ」とあるようにシャコの仲間ではなく、実際にはヤドカリの仲間。カマのように見えるものはハサミが変化したものである。巣穴を持ち、自分の巣穴の近くに来た小動物を引きずり込んで食べる習性がある。
生息域は広く、水中・水辺・水が全くない陸地などどこでも生息しているが、基本的には水気の多い所にいる。
ピクミンシリーズの原生生物一覧 水中の生物
弱点は背中だが、ピクミンを捕まえ損ねると巣穴に戻るときに後ろ向きになり、大きな隙となる。しかしピクミンがつかまると、巣穴に戻るときに後ろ向きにならずバックするように戻る上、捕まえ損ねたときよりも早く巣穴に戻るため攻撃があまり効かなくなる。基本的に巣穴に引き込まれるまでピクミンを食さないが、巣穴に戻られると一切攻撃はできなくなる（なお、巣穴に戻っても、アルフ、チャーリー、ブリトニーが一発だけならパンチ攻撃できる）。
サイズの大きさにバラつきがあるが、強さや重さ、金額は変わらない。
ルーイメモによると、形の小さいものを天ぷらにすると美味らしい。
なお、アナジャコ科は実在する。
デメジャコ
【和名：タイリクシャコガニ 科：アナジャコ科】
【英名：Bugeyed Crawmad】
登場作品：3、4
運搬数：10（『3』）→15（『4』）
活動時間：昼
『3』の再会の花園に登場する中ボスで『3』では唯一同じステージに複数体が存在する中ボスである。シャコモドキ同様地面の穴を住処とするヤドカリの仲間で、シャコモドキをそのまま大きくしたような容姿と習性を持つ。大きく異なるのは背中も甲羅で覆われている点で、ダメージを与えるには大きく発達した目を攻撃してひっくり返して腹部を露呈させる必要がある。目には乾燥を防ぐための、まぶたのような襞がある。