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四天王 (ポケットモンスターSPECIAL) アローラリーグ四天王
ハウが特訓の際手に入れた「かがやくいし」をZリングにして託し、カキに修復されたZリングを届ける。ホクラニ天文台からラナキラマウンテンに向かうが山頂でザオボーの手下とUBの大群に待ち伏せされ交戦、その時現れた4匹のカプの内、カプ・コケコと共にアクジキングをメレメレ島へ誘導する。
手持ちポケモン
ルガルガン♀（まよなかのすがた）
技："ロッククライム"・"ワールズエンドフォール"
カヒリ
プロの女子ゴルファーでもありひこうタイプの使い手。エアームドの背に立ち乗りした状態で、空中から地上の一点まで正確にショットができる腕前がある。
カロス地方でゴルフ大会に出場した後、ハラから連絡を受けて地元のアローラ地方に帰還。その途中メレメレの花園にて、メレメレ島を捜索していた所をUBのマッシブーンとカミツルギに襲われ、ゴルフクラブを破壊された。その後グラジオと戦っているサンの元に助太刀に入り、Zリングを届ける。
UBとの対決に備え、半年かけて全てのZクリスタルを集めた。その後、テッカグヤをカプ・ブルルと共にウラウラ島に誘導する。
手持ちポケモン
エアームド
移動要員。
ドデカバシ
技："ドリルくちばし"
オドリドリ（めらめらスタイル）
四天王 (ポケットモンスターSPECIAL) アローラリーグ四天王
アセロラ
アローラ地方・ウラウラ島のキャプテンの一人。ゴーストタイプ使いの少女。フレンドリーな性格で、サンたちのことを「〜ちん」と呼ぶ。同じくフレンドリーなハウとは意気投合していた。
ウラウラ島の海岸に漂着したサンとリーリエを救助し、サンに試練を課した後で「ポータウン」でスイレンたちと合流し、スカル団のアジト「いかがわしきやしき」に乗り込むも、ボスのグズマが召還したUBに襲われ、交戦する。
半年後の作戦時はUBの分散のためカプ・テテフと共にアーカラ島にカミツルギを誘導、ハノハノリゾートで交戦する。
手持ちポケモン
スナバァ→シロデスナ

ダダリン
マーレイン
眼鏡をかけた男性。はがねタイプの使い手。ククイ博士とは親友で、従兄弟のマーマネとは「マーくん」「マーさん」と呼び合っている。
アローラ地方の島の人々がUBの被害に遭わないよう、ナッシーバスの輸送で展望台に避難させる。
ホクラニ天文台でキャプテン・キング・クイーンたちをラナキラマウンテンに送るための飛空挺をマーマネと作成し、マーマネとウツロイドを撃破する。
手持ちポケモン
アローラダグトリオ
技："ちょうぜつらせんれんげき"
四天王 (ポケットモンスターSPECIAL) ガラルリーグチャンピオン
第15章に登場。上記の通り、ガラル地方には四天王が存在しない。
ダンデ
ガラル地方ポケモンリーグのチャンピオンである青年。チャンピオンマントが特徴的。創人・シルドミリアのライバルのホップの兄で、マグノリア博士の孫・ソニアとは幼馴染。ブラッシータウン出身。
ガラルリーグで数年無敗を誇る。誰よりもチャンピオンという立場を理解しているので、横紙破りのような範にならないことは決してしない。実は極度の方向音痴という一面がある。
かつて「ブラッシータウンがガラル最強の町になる」とソニアと約束し、その約束通りにガラル地方のチャンピオンとなった。だが、故郷にいた頃は一度も勝てなかったソニアはアラベスクタウンで敗退して町を去り、それから長い間音信不通になっていた。口癖のように使っている「ガラル全体で強くなる」という言葉は、ソニアの思いを引き継いで「ポケモンバトルの強者が増えることで全体を強くする」という意味であったが、ローズが「力のない人、弱い立場の人も安心して暮らせる」と解釈したのに影響され、「助けを必要とする人を助ける力を持つ」という意味でも用いるようになった。
四天王 (ポケットモンスターSPECIAL) ガラルリーグチャンピオン
ジムチャレンジの特番に出演するためエンジンシティに向かう途中、ブラッシータウンでウールーの大群が電車を立ち往生させている事件に巻き込まれていた。その事件の原因だった野生のタチフサグマを売り込みを兼ねて協力を申し出た創人とシルドミリアが退治したのを見て、事態を迅速に収めた二人に興味を持ち、旧知のマグノリア博士の助手ということも手伝ってジムチャレンジに推薦した。チャンピオンが珍しく推薦したトレーナーというニュースは瞬く間に地方全体へ広がり、二人がジムリーダーやライバルのジムチャレンジャーから注目されることへつながった。なお、この後迷子になり、結局番組には出演できなかった。
ナックルシティ地下のエネルギープラントで爆発が起きた際には、事情をローズに問いただし、状況次第では救助しようと考えていたが、キバナに諭されて野次馬や住民の避難を任される。その後、ルートナイントンネル付近で倒れていたソニアを助けてナックルシティの病院へ搬送し、意識が戻った彼女と久しぶりに言葉を交わして、ジムチャレンジ後に姿を消した真意を聞かされた。そして信頼していたローズ委員長がブラックナイトを起こそうとしていることを知る。
ナックルシティでムゲンダイナと戦い、本気になったムゲンダイナの攻撃を受けそうになったが現れたザシアン・ザマゼンダに救われる。しかし、技がぶつかり合った時に発生したエネルギーの衝撃とムゲンダイナの毒を浴びたことで昏睡状態に陥る。
手持ちポケモン
リザードン（キョダイマックス）
技："キョダイゴクエン"
ドラパルト
四天王 (ポケットモンスターSPECIAL) パルデアリーグ四天王・チャンピオン
チリ
四天王。12話から登場する長身でボーイッシュな女性。コガネ弁で話す。専門タイプは「じめん」。
手持ちポケモン
バクーダ
ポピー
四天王。21話から登場する幼い少女。幼いため、彼女の台詞はほとんどひらがなで表記される。専門タイプは「はがね」。
手持ちポケモン
デカヌチャン♀

ダイオウドウ
アオキ
四天王兼チャンプルタウンのジムリーダーの男性。サラリーマン。専門タイプは四天王時は「ひこう」で、ジムリーダー時は「ノーマル」。17話から登場する。
手持ちポケモン
ネッコアラ

ノココッチ（ふたふしフォルム）

ムクホーク（テラスタイプ：ノーマル）
ハッサク
四天王兼、グレープアカデミーの教師。21話から登場（以前、コルサの台詞で名前に触れられていた）。一人称は「小生」で、コルサの恩人。専門タイプは「ドラゴン」。
手持ちポケモン
ドラミドロ
オモダカ
パルデアリーグのトップチャンピオンの女性。12話から登場する。
手持ちポケモン
キラフロル
赤い人
『赤い人』（あかいひと）は、吉村昭の長編歴史小説。『文芸展望』17号（1977年4月）および18号（1977年7月）に掲載され、筑摩書房より刊行された。
赤い人 概要
北海道における囚人たちによる開拓の実態を描いた歴史小説である。冒頭部分に「筒袖の着物を着、襦袢を身につけているが、すべて赤い」と書かれてあることから、タイトルの『赤い人』とは囚人を意味する言葉であると考えられるが、囚人たちよりも月形潔をはじめとする歴代の典獄たちの活躍に重点を置いた作品となっている。
会話が少なく、地の文が作品の大部分を占めた構成である。
赤い人 主な登場人物
月形潔
元内務省御用掛権少書記官。樺戸集治監の初代典獄。
集治監に収容される囚人には主として開墾の労役を課すべきと考え、部下の海賀に須倍都太（スベツブト）の地に適した農作物の研究を命じる。
海賀直常
月形潔の部下。看守長。
集治監の候補地を探すため、羊蹄山麓および十勝川一帯を視察した。
看守長を辞した後、月形村土功組合長として農耕に従事した。
安村治孝
元大警部囚獄署長。樺戸集治監の2代目典獄。
三等大警部として西南の役に参加し負傷。その後市ヶ谷監獄署に勤務し、内務畑で頭角をあらわす。
有馬四郎助
新設された網走分監の初代分監長。
北海道横断路開鑿の使命を託して登用してくれた長官の期待に添いたいと願い、異常な熱意を持って計画に取り組む。
西川寅吉（五寸釘寅吉）
囚人。
ここにくるまで3回の脱獄歴があるため、特に厳重に監視される。
樺戸でも逃亡し、のちに空知集治監へ移送される。
熊坂長庵
神奈川県生まれの絵師。
弐円紙幣の偽造をしたために逮捕。1882年（明治15年）12月8日、神奈川重罪裁判所で無期徒刑を言い渡され、上告するも棄却。樺戸集治監に押送される。
赤い人 主な登場人物
坂本慶次郎（稲妻小僧）
強盗常習犯。身長6尺、体重25貫と大柄。
足が驚くほど速く、1日に48里も逃げのびたことから「稲妻小僧」と称された。
出獄後も犯行を重ねたため、無期徒刑の判決を受けて樺戸へ押送された。
根谷新太郎（明治の鼠小僧）
常習の窃盗犯。追われると小柄な体を利用して軽々と身を躍らせて逃げるため「明治の鼠小僧」と称される。
窃盗専門で殺傷には無縁なため、本人は刑は軽いと予想していたが犯行回数が多いことから無期徒刑の判決を受ける。その処置に不満で収容された福島監獄から脱獄を試みたが捕縛され、樺戸に押送されてきた。
大沢房次郎（海賊房次郎）
明治2年埼玉県生まれ。妹のよしは「鬼神のお松」と呼ばれた女賊。弟の和十郎も窃盗の常習犯。
水泳がたくみで舟を利用して逃げることが多いため「海賊房次郎」と称された。
18歳のとき窃盗で投獄されて釈放された後、徴兵検査で合格し兵舎に入営するも脱走。盗みを重ねながら逃げ回るが、捕らえられて軍法会議により無期徒刑の判決を受けて北海道に送られる。仮出獄後再び強盗罪で15年の刑を言い渡され、樺戸監獄に送られる。
赤い人 主な登場人物
頭の回転が早く、囚人たちを威圧する胆力と体力を備えていたので、根谷新太郎とともに牢名主のような扱いを受ける。
奥宮健之
挙兵に必要な資金を得るため、民家で金品を奪うことを繰り返し、捕縛しようとした警察官を平田橋で殺害（平田橋事件）し、無期徒刑に処せられた。
樺戸集治監で服役。1897年（明治30年）の大赦令で放免された。
大逆事件で死刑判決を受け、処刑された。
レコンテ
アイヌの猟師。石狩港に近い生振村の出身。
須倍都太の地理に明るいため、月形たちを案内した。
調所広丈
開拓使本庁の大書記官。
農耕に適した沃地を備え、石狩川を利用した運輸も可能な須倍都太を候補地として推した。
金子堅太郎
太政官大書記官。
北海道開拓に囚人を積極的に使用し、しかもその作業は北海道発展の基礎となる道路開鑿に集中すべきだと建言した。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL)
悪の組織・勢力（あくのそしき・せいりょく）では、漫画『ポケットモンスターSPECIAL』に登場する悪の組織・勢力を紹介する。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
第1章・第2章・第3章・第5章・第9章と、作中において特に長期間主人公勢力と敵対する悪の組織。ポケモンを使った非合法な商売や生体実験など、幅広い悪事を行っている。
第1章ではカントー地方全土で暗躍し、各地で奪ったポケモンに生体実験を施し戦闘訓練を積ませた上でトキワの森に放ち、いずれはカントー全てのポケモンを手中に収めようとしていた。ミュウの細胞を利用したミュウツーの創造、伝説の三鳥一体攻撃を行うためのタイプ合成研究、離反したカツラの穴を埋めるためのオーキド博士の拉致、ポケモントレーナーの才能を持つ人間の拘束などを行ったが、図鑑所有者や正義のジムリーダーに妨害されたことで勢力を大きく減衰させ、ヤマブキシティのシルフカンパニー本社ビルで三幹部が敗北し、首領のサカキもレッドに敗れる。第2章でサカキが修行のため消息を絶ったことで瓦解し、第3章では仮面の男の傘下に入りジョウト地方にも活動範囲を広げていたが、トップが行方知れずとなりまたしても統率を失う。第4章でのサカキの帰還に伴い第5章ではナナシマを拠点に活動を再開するも、サカキが病に倒れたことで再び分裂。第9章開始時点でチャクラが再興させた直後に4将軍が指揮権を奪い取り、ジョウトで伝説のポケモンを求めて暗躍した末、病が完治したサカキを改めて首領に擁立する。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
組織名であるロケット団の「ROCKET」とは、「Raid On the City, Knock out, Evil Tusks.（町々を襲いつくせ、打ちのめせ、悪の牙たちよ）」というサカキの言葉に由来する。
サカキ
首領（ボス）の名に恥じぬ知力・体力を兼ね備えた実力者で部下からの信頼も厚く、敵対する人物にもその力量と人格に尊敬の念を抱く者がいるほど。組織の長として自ら認めた相手に全力の一騎討ちを挑み、負ければ敗北を認める潔さもある。トレーナー自身のスピードやパワー、そして力量こそがポケモントレーナーにとって重要であると考えており、秒単位での戦いを可能とする。作中でモンスターボールの「開閉スイッチ」に着目した初の人物でもある。
出身はトキワシティ。先代のトキワジムリーダーでもあり、最強と評されている。ポケモントレーナーとしては「大地のサカキ」の異名で知られ、その名の通り手持ちポケモンのほとんどがじめんタイプ。しかしそれ以外のタイプの扱いにも優れ、特にトキワの森で捕まえたスピアーには深い愛着を持っている。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
第1章でマチスとキョウを打ち破ったレッドに興味を抱き、化石発掘をしていると偽ってレッドと一時的に行動を共にしていた。その後トキワジムを訪れたレッドに正体を明かし、実力や性格を的確に評価し自らの部下に欲しいと勧誘した上で、レッドの挑戦を受ける。トレーナーとしての圧倒的な実力で追い詰めるが、故郷を悪事に利用されて怒りを爆発させたピカに敗れ、ジムの崩落に伴い行方不明になる。
第2章ではカンナに氷漬けにされていたレッドを助け、スオウ島の決戦でイエローに加勢した後は、マチスとナツメにそれぞれのジムに戻るよう告げ、修行の旅に戻る。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
それ以降姿をくらませていたが、第4章のエピローグで2つの宝珠を回収し、第5章でロケット団を再結成。三獣士を引き連れナナシマでデオキシスを捕獲し、昔ホウオウに誘拐されて生き別れになった息子・シルバーの行方を追う。数年前から体を病み、自分には時間がもう残されていないことを悟り、命が尽きる前にシルバーに会いたいと考えていた。また、デオキシスを従え「挑戦者」としてレッドに戦いを挑んだ。激闘の末レッドを追い詰めるもマサキが宝珠を回収したことでデオキシスが弱体化し、ミュウツーの一撃で敗北。戦いの後はサキにシルバーの下へと連れて行かれたがチャクラの裏切りで飛空艇が墜落し、デオキシスの力で逃げ伸びるもその先で炎に囲まれてしまい自身の肉体を焼かれながらもシルバーを助けて気絶し、病の影響もあり、シルバーのリングマと共に彼の隠れ家に運ばれた。そしてシルバーが石化から元に戻り三か月の時間を経て隠れ家を訪れる間に、シルバーのリングマを手持ちに加えて消息を絶つ。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
第9章ではシント遺跡にてロケット団4将軍と戦う息子たちの前に、ワタル、ヤナギと共に現れる。リングマと共にギラティナとの戦いを優位に進め、最終的には中隊長とセレビィから渡された薬で病を完治させ、ロケット団の再興を宣言。その際にシルバーも誘うが、「いつかロケット団を壊滅させ、サカキを改心させる」というシルバーの決意を聞き、強くなったシルバーと再会することを願い、笑みを浮かべながらその場を去った。また、息子を誘拐した真犯人であるヤナギはすでに許している様子だった。
第13章で再登場。支配を企む星の危機を救うべくホウエン地方に向かい、ゲンシグラードンとゲンシカイオーガに敗れたレッド・ブルーを救出する。メガシンカの継承者にもなっており、戦闘中でなければ起こらないはずのメガシンカが巨大隕石に対しても発動したことから隕石自体がポケモンなのではないかという推論を立て、一時休戦する形で隕石の破壊に協力。グランメテオΔが自分がかつて廃棄したデオキシス「個体・壱」によるものであり、デオキシスが自身を恨んで宇宙空間から攻撃をしかけていることにも薄々感づいていた。
2011年に行われた公式サイトの第1回人気投票では14位。図鑑所有者を除けば1位である。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
レッドとのジム戦で登場したポケモンについては、ジムリーダーの「サカキ」の項を参照。
その他の手持ちポケモン
ボスゴドラ♂
特性：いしあたま 性格：やんちゃ
技："かわらわり"
クロバット♂
特性：せいしんりょく 性格：ずぶとい
第1章、第2章、第3章、第5章、第9章に登場した、自称「ロケット団エリート」。全員本作オリジナルキャラクター。元々はマチスら三幹部が率いるそれぞれの中隊でしたっぱの指揮を執る前線指揮官的な存在だった。三幹部がジムリーダーでもあるため、それぞれの中隊長は、その幹部と同タイプのポケモンを使う。首の白いスカーフがトレードマーク。名前は第3章にて判明し、第1章連載当時の学年誌編集部の担当編集者から取られている。
初期はそれなりに強敵として描かれ、伝説のポケモンの捕獲を任されるなどの重役も務めていたが、章が進むごとにやられ役に成り下がり、第3章では「仮面の男」の配下、第5章に至ってはモブ程度の出番しかなくなってしまう。サキの回想シーンではデオキシスの輸送を担当したが、輸送中にその内の1体である「個体・弐」を逃がす失態を犯した。
第9章ではサカキの命令によりウバメの森でセレビィと祠の警備を任され、最終的にサカキが完治した際は「ようやく任務が成功した」と喜んだ。
ケン
黒髪の男。タマムシシティを襲った。ロケット団の邪魔をする者は少女であっても容赦しない。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
第1章では、ミュウの捕獲、並びにミュウツーの開発を担当。ミュウを捕まえるために必要なディスクをブルーに盗まれ、苦戦しつつもディスクを奪還。ケンタロスにブルーを攻撃させようとするがレッドに妨害される。その後研究所に戻るがディスクが偽物だと分かり怒りのままにまたブルーたちを探し、今度はブルーのメタちゃんが変身したミュウに引きつけられ、メタちゃんに怪我を負わせる。最後はミュウを捕獲するためレッドたちを襲撃するが、ミュウに返り討ちにされた。
第2章では他の中隊長と共にイエローの乗っていた船に登場し、マチス中隊の中隊長であることが判明した。
手持ちポケモン
ケンタロス♂
野生の時はサファリゾーンの群れのリーダーであり、尻尾を鳴らす音で複数のポケモンを操れる。
ルージュラ♀
技："サイコウェーブ"
タマムシシティで登場したロケット団員と共にレッド・ブルー・ミュウを襲撃する。
ビリリダマ
技："ソニックブーム"・"スピードスター"
マルマイン
技："ソニックブーム"・"スピードスター"
エレキッド♀
特性：せいでんき
オクタン
特性：スナイパー
技："オクタンほう"・"れいとうビーム"
マネネ♂
技："まねっこ"
ハリー
後ろで縛った長い髪と長いスカーフが特徴の男。フリーザーの捕獲を担当しており、ふたご島に出向いた。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
レッドと出会い対決し、レッドのギャラの暴走もあって苦しめる。しかしギャラを守ろうと決意したレッドのポケモンにベトベトンが攻撃され、さらに現れたフリーザーに邪魔をされ最終的に逃げられる。
シルフカンパニーではエネルギー増幅機の保管場所の警備を担当していたが、ナツメに変装したブルーに騙されて持ち場を離れてしまった。
第2章でキョウ中隊の中隊長であることが判明した。
第3章ではスイクンを追う中でミナキと戦うが、ポケモン奇術に敗れ、水晶壁の対策に持っていた「とうめいなスズ」を奪われる。
手持ちポケモン
ベトベトン
暴走したギャラにまとわりつくも、レッドのポケモンに攻撃され、フリーザーに氷づけにされる。
アーボ
技："ようかいえき"
マタドガス
特性：ふゆう
技："ヘドロこうげき"
キリンリキ
技："サイコウェーブ"
スコルピ
技："つぼをつく"
リョウ
金髪でもみ上げの下部分が跳ねている男。裏切り者のカツラを制裁するためグレン島に出向いた。カツラに容赦なく制裁を加えたり、レッドを人質にするなど、冷酷な性格。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
カツラのポケモンを見つけた際に、傍にいた人影をカツラだと思って近づきそれがレッドだったため始末しようとしたが、カツラが登場。レッドを人質に取るもレッドのギャラの暴走によって失敗する。ロケット団がセキエイ高原で捕獲したファイヤーを使用して空中戦でカツラとギャラを圧倒するが、プテラを復元したレッドが戻り状況が逆転し撤退した。
シルフカンパニーにも登場し、ハリーと共に見張りをしていたが、ナツメに変装したブルーに騙されて共々に下の階へ行ってしまった。
第2章でナツメ中隊の中隊長であることが判明した。
シンオウ四天王のリョウと同じ名前だが、関係性はない。
手持ちポケモン
ゲンガー
特性：ふゆう
技："ナイトヘッド"
ヤドン
技："ねんりき"
スリーパー
技："すりかえ"・"ヨガのポーズ"
第2章では"ヨガのポーズ"で中隊長3人を浮遊させた。
イトマル
特性：むしのしらせ
技："いとをはく"・"クモのす"
一時手持ち
ファイヤー
ロケット団を裏切ったカツラを連れ戻すために使用。
幹部というよりは、三獣士と同じサカキ直属の親衛隊的な存在。それぞれが中隊を率いる。第1章においてマチス・キョウ・ナツメの3人がこの地位にいた。
ロケット団解散後、キョウはジョウト地方で四天王、ナツメはイッシュ地方で女優となり、それぞれ別の道を歩み出している。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
原作では三人は一般ジムリーダーでロケット団とは無関係だが、本作ではロケット団幹部という設定になっている。
マチス
元ロケット団三幹部の一員。クチバジムリーダー。
→詳細は「ジムリーダー (ポケットモンスターSPECIAL) § カントー地方」を参照
ナツメ
元ロケット団三幹部の紅一点。ヤマブキジムリーダー。
→詳細は「ジムリーダー (ポケットモンスターSPECIAL) § カントー地方」を参照
キョウ
元ロケット団三幹部の一員。セキチクジムリーダーでもあった。
→詳細は「四天王 (ポケットモンスターSPECIAL) § ジョウトリーグ四天王」を参照
第3章に登場する悪役。瓦解したロケット団の残党をまとめ上げ、主にジョウト地方で暗躍した。
仮面の男（マスク・オブ・アイス）
サカキの失踪により分裂したロケット団を再結成し、そのボスとして君臨した、第3章における事件の黒幕。その正体はチョウジジムリーダー・ヤナギであり、氷で作った巨大な人形と車椅子を合体させて体とし、白い仮面と黒マントで正体を隠している。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
ポケモントレーナーとしての実力は、伝説のポケモンすら圧倒するほど。それに加え、氷の体を自在に操り肉弾戦も行う。ヤナギ曰く、空気中の水分を利用し氷の凝固と融解を繰り返すことで動かしており、ヤナギ本人やポケモンが居なくても、またヤナギの意志がなくても動く。さらに氷人形をモールス信号による遠隔操作で操り、それを通してポケモンに指示を出すことも可能。その際、本人は杖に内蔵された特注品のポケギアで監視する。
自身の野望を叶えるため、捕獲したホウオウが選んだトレーナーとしての能力の高い子供たちを誘拐し、「マスクド・チルドレン」として訓練を施していた。ブルーとシルバーもその一員である。
原作ではヤナギは一般ジムリーダーだが、本作では黒幕という設定になっている。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
手持ちポケモン
セレビィの捕獲要員を兼ねるため、その弱点のポケモンを用いる。ヤナギが育てたこおりポケモンの作る氷は勝手に水分凝固を繰り返し、伝説のポケモン・エンテイの炎か、それと同じ特別な性質を持つ火でなければ溶かすことができない。
デリバード
技："ずつき"・"そらをとぶ"・"ふぶき"・"プレゼント"・"かみつく"
主力。怒りの湖では湖面を凍らせ、その場にいたギャラドス全てを撃退する、相性不利なホウオウを単体で捕獲する実力を見せる。
ゴース
特性：ふゆう
技："シャドーボール"・"のろい"
アリアドス
技："いとをはく"・"クモのす"
デルビル
技："アイアンテール"・"かえんほうしゃ"・"かみつく"・"ほえる"
"ほえる"で野生のデルビルを呼び集め、集団で"ほえる"ことによって相手の自由を奪う。
イツキ、カリン
自らの能力を発揮するために志願してマスクド・チルドレンになったトレーナー。詳しくは四天王の項目を参照。
シャム
マスクド・チルドレンの一員にして新生ロケット団の幹部。仮面の男に対して絶対的な忠誠心を抱いている。
第3章での年齢は23歳。ジムリーダー対抗戦の会場でゴールド・クリスタルと「本気」で戦うが敗れ、意味深な発言を残す。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
モデルは『金・銀・クリスタル』におけるロケット団の幹部（女）。なお、初登場時と再登場時では性格が大幅に変わっている。
手持ちポケモン
ヤドキング
技："いびき"
ニャース→ペルシアン
技："ひっかく"・"ほえる"
3匹登場。仮面の男のデルビルと同じく、"ほえる"で敵の動きを封じる。幼少期にニャースを1匹は連れていた。
カーツ
シャムのパートナー。やはり仮面の男に忠誠を誓っており、その下で新生ロケット団の幹部となる。
第3章での年齢は26歳で、チルドレンの中では最年長。エンジュシティを襲うが、ゴールドとシルバーに阻止される。その後ジムリーダー対抗戦の会場でゴールド・クリスタルと「本気」で戦うが敗れる。
モデルは『金・銀・クリスタル』におけるロケット団の幹部（男）。
手持ちポケモン
マグカルゴ
技："ねごと"
デルビル→ヘルガー
技："ひのこ"・"ほえる"
3匹登場。仮面の男のデルビルと同じく、"ほえる"で敵の動きを封じる。幼少期にデルビルを1匹は連れていた。
イノムー
特性：どんかん
技："いわくだき"・"とっしん"
エンジュシティを壊滅させるほどの地震を引き起こした。
中隊長
ロケット団の項目を参照。
ロケット団残党
使用ポケモン
カラカラ

スリープ

キュウコン

レディアン
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
第5章に登場。マチスら三幹部に代わるサカキの新たな親衛隊。部下からは「大隊長」と呼ばれており、ジムリーダーや四天王に匹敵する実力者ばかり。
サキ
三獣士の紅一点で、リーダー格。正体はデオキシスを狙って潜入したギンガ団員・Saque。
モデルは「ポケモンカードゲーム拡張パック ロケット団の逆襲」収録のサポートカード『ロケット団の幹部』に描かれている女性。
チャクラ
三獣士の一員で、小柄な騒々しい少年。語尾に「〜じゃん」「〜ですから」をつけて喋る。主にはがねタイプを使用する。
ロケット団でも随一のプログラミングテクニックを持つ。捕まえたポケモンに暴力を振るい、自分のフォレトスを捨て駒のように扱うなど、非情な性格。サカキから、ロケット団次期首領は三獣士の中から選出すると言われており、それを期待していた。しかしサカキの真の目的が息子であるシルバー（=次期首領）の捜索だと知り、約束を反故にされたことに怒り反旗を翻した末、サキ・オウカを倒して逃亡。
第9章で再登場。3年間かけてロケット団を再興させ自ら首領の座に就こうとしたが、「サカキの意志を継ぐ者が指揮を執るのがロケット団」として4将軍によって阻止される。その後は牢に閉じ込められていたが、ラムダが変装で提示したシルバーの顔を見てサカキの息子だと教えた。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
初登場時に乗っていたマシンは、「ポケモンカードゲーム拡張パック ロケット団の逆襲」収録の『逆転!マジックハンド』に描かれているマシンと同じデザイン。
手持ちポケモン
ハガネール
技："アイアンテール"・"りゅうのいぶき"
フォレトス♂♀
特性：がんじょう
技："だいばくはつ"
複数使用。時限爆弾として荒い扱いを受けていた。
エアームド

一時手持ち
キングラー、ゴルバット、ニューラ
レッドとグリーンの奇襲にいてだきの洞窟で捕まえたが、カンナのパルシェンに倒され、捨てられる。
オウカ
三獣士の一員で、語尾に「〜だな」を付けて話す大男。屈強な体格に反してのんびり屋の上、可愛らしい見た目のポケモンを好み、集団で耐久力や変化に富んだ技を活かして追い詰める持久戦が得意。
家族というものに思い入れがあるようで「全ての生き物は家族」と広言するが、その言葉とは裏腹に罪もない一般市民を痛めつけていた。
チャクラに飛行艇を乗っ取られて振り落とされ、その後の生死や行方は不明。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
なお、チャクラとオウカは容姿のモデルのいない本作オリジナルキャラクターである。
手持ちポケモン
ハネッコ
複数匹でゴンドラのような乗り物を宙に浮かべ、オウカを運ぶ。
ツボツボ♂
特性：がんじょう
技："がまん"・"どくどく"・"まきつく"
野生のツボツボに指示を出す。
ワタッコ
風に乗って世界を一周し、相手に「どく」「まひ」「ねむり」の効果を与える綿毛を身につけた。
第9章に登場。サカキに次ぐ権限を持つ最高幹部で、その地位に見合う実力者。チャクラが再興させかけていたロケット団の指揮権を奪い、アルセウスを入手してサカキを迎え入れるべく行動を開始する。
事件終結後は、全員がロケット団の再興を宣言したサカキについていった。
アポロ
4将軍の実質的なリーダー格であり、指揮官としての能力も高い男。
性格は非常に厳格であり、たとえ同じ4将軍であったとしても、失敗は絶対に許さないため、他の4将軍からは一目置かれると同時に内心では恐れられている。担当する役割はアルセウスそのものを見つけ出すこと。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) ロケット団
サカキに対しては狂信的な忠誠を抱いており、「サカキ様あってこそのロケット団」と考えている。アルセウスにディアルガ・パルキア・ギラティナの3匹も加えた最強の軍団を作り上げた際には号泣しながら狂喜乱舞したが、そのサカキが自分の意に反する行動に出たショックから見限り、アルセウスを捕獲しようとした結果軽くあしらわれてしまう。
手持ちポケモン
ヘルガー
ラムダの回想で使用。プレートを奪われる重大なミスをしでかしたラムダへの懲罰を行う。
クロバット
アテナ
4将軍の紅一点。常に扇子を持っている、貴婦人のような口調の中年女。ゲーム版と比べて、若干ふくよかな体型をしている。
4将軍屈指の武闘派であり、邪魔者をあらゆる手段で排除する。高飛車な性格で狡猾な作戦を好み、図鑑所有者を泳がせて最終的にアルセウスを横取りする作戦も、高笑いしながら歓迎している。
サカキに対する忠誠心は強く、アルセウスによってディアルガ・パルキア・ギラティナが誕生した際には、歓喜の涙をハンカチで拭いていたが、アポロの行き過ぎた信奉心までは受け入れられなかった模様。
手持ちポケモン
アーボック♀
技："どくばり"・"へびにらみ"
海中や地中を通りシルバーとクリスタルを追った。苦手なじめんタイプの技にもビクともしない耐久力を持つ。
クサイハナ♀
通常個体と違い目を開いている。苦手なほのおタイプの技を耐える打たれ強さを持つ。
ヤミカラス
技："そらをとぶ"
ラフレシア♂
ランス
4将軍の一員で、帽子を被った優男。常に敬語で話し、表情を変えることはほとんどないが、最高幹部だけあってロケット団やサカキへの忠誠心は強く、目的のためには手段を選ばない。
アルセウスに関する情報を入手すべく、合理的な調査と分析でシント遺跡の所在地を探っている。自身に与えられた役割を確実にこなすため、他の団員の任務やその成果にはあまり関心を示さない。
手持ちポケモン
ズバット♂
ラムダ
4将軍の一員で、紫色の顎髭を持つ中年男。変装を得意とし、ベルトに付けたメイク道具で数秒のうちにどんな顔にも変化できる。4将軍の中では最も立場が低いようで、他の3人とは違いサカキへの忠誠心は薄い。
プレートを探す役割を担う。まず手持ちのドガースをうずまき島に送り込み、「こぶしのプレート」を奪おうとするがシルバーの妨害で失敗。その後、プレートを取り返すためサファリゾーンでシルバーとミナキを襲撃するが、逆に自分が持っていた「もうどくプレート」と「だいちのプレート」を奪われ、勝ち目がないと見て逃走。帰還後、プレートを3枚も奪われたことを知ったアポロに容赦のない折檻を受けるも、敢えて泳がせてプレートを集めさせると言いくるめてその場は許しを得る。
その後、牢獄に捕らえていたチャクラから、偶然にもシルバーがサカキの息子だという情報を入手。それを利用してサカキの帰還後にアポロたちを失脚させ自らがNo.2の地位を得ようと目論んだが、シント遺跡でサカキ直々に叩きのめされ、失敗に終わる。アルセウスが去った後もツクシに変装して逃亡しようとしたが、失敗した。
手持ちポケモン
ドガース♂
特性：ふゆう
複数登場。ガスを利用した戦法を得意とする。ラムダの指示を受けずに行動することも可能。
ラッタ
技："ひっさつまえば"
ドガースのガスの中に隠れて奇襲を仕掛ける。
ゴルバット
技："エアカッター"・"したでなめる"
飛行要員。
したっぱ
第1章に登場。三幹部と中隊長を中心とするロケット団に所属する。
使用ポケモン
カイリキー

サワムラー

イシツブテ

ゴローン

サイホーン

サイドン
カツラ
グレンジムリーダー。第1章にてロケット団に研究員として在籍していた。カスミのギャラドスやレッドのブイを実験材料にしたり、ミュウツーを作り出したが、ポケモンを守ろうとするレッドの行動を見て考えを改め、ロケット団から抜ける。
ジムリーダーとしてのカツラについては、ジムリーダーの「カツラ」の項を参照。
r（アール）
第5章に登場するコンピュータ。7の島のトレーナータワーにある。
意思を持ち、言葉で人間と意思疎通が可能だが、プログラミングをチャクラが担当したせいで言動が下品。究極技など一部の例外を除くほとんどのポケモンの攻撃を無効化するシールドを完備している。
女性部隊
第9章で4将軍体制に移行したロケット団に所属する、女だけで構成された部隊。両耳にピアスをつけている4人の団員は隊長格にあたり、中隊長であるケン・ハリー・リョウへの態度からも、彼らと同格か、あるいはそれ以上の地位にいる。
4将軍の指示を無視して勝手な行動をする中隊長を裏切り者と疑って詰め寄り、そこにセレビィまで現れたことで、彼らがセレビィを使って謀反を起こそうとしていると判断し揉み合いになる。しかしその後、セレビィの調合した薬によって回復したサカキがロケット団再興を宣言したため、4将軍や中隊長と共にサカキに従い去っていった。
使用ポケモン
オタチ

オオタチ
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) 四天王
第2章に登場する悪役。カントー地方で選ばれたトレーナーとポケモンのみの理想郷を作ることを目的とし、そのために、ポケモンに害をなす人類を滅ぼそうとしている。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) マグマ団
第4章に登場する悪の組織。特定のアジトは持たず、頭領と三頭火と呼ばれる幹部以外はっきりとした階級も存在しないなど、アクア団に比べて奔放な面が目立つが逆に実体が掴みにくいという一面を持つ。
マグマ団員の装束の頭についている角はライターになっていて、記憶の炎を発して情報を得られ、それをあぶりだしで紙に現せる。
第13章では新生マグマ団が登場し、ヒガナの下で新生アクア団と協力体制を敷くサファイアを迎え撃ったが、駆けつけたフロンティアブレーンたちに敗北。その後は方針変換によって迎撃部隊に協力する。
マツブサ
マグマ団の頭領（リーダー）。グラードンを操って陸地を増やそうと画策する。自由奔放かつ豪胆な性格で、部下に細かい指示を出さず、成り行きに任せて思うがまま暴れさせているが、トレーナーとしての腕前は高い。
第4章では潜水艇の特別起動部品を手に入れたアオギリに一時共闘を持ちかけ、海底洞窟に到達。さらにホカゲが手に入れた宝珠でグラードンを制御しようとするも宝珠の力に呑まれ、正気を失ってしまう。ルビーたちによってグラードンが再び眠りにつくと、邪魔者を全て排除した上で再度グラードンとカイオーガを衝突させるためアオギリと結託し襲い掛かるもルビーとサファイアに敗北、ミクリのエアカーを奪い逃走。しかし、プラスルとマイナンが放った電撃で動きを止められ、セレビィにより宝珠を奪われた。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) マグマ団
第6章ではその後サキによって助け出され、「瞬の剣」と「永の鎧」を手に入れるためにアオギリと対決し敗北したことが明かされる。その後の生死は不明だったが、敗北直後に「やぶれた世界」へ飛ばされ肉体を失った状態で存在しており、第6章の事件後遅れて「やぶれた世界」に来たアオギリと融合していたことが第13章で判明した。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) マグマ団
ディアルガ・パルキアによって追い返されたギラティナがやぶれた世界へと帰ってきた時に何者かの声を聞き、その声に導かれるようにシント遺跡に帰還、第13章にて再登場を果たす。ゲーム版『オメガルビー・アルファサファイア』に準拠した姿になり、キーストーンをはめたメガメガネをかけている。やぶれた世界の影響でアオギリと精神が混ざり合い、性格が入れ替わっていた。赤と青の二つの宝珠が2匹を操るだけでなく、2匹の体内に取り込むことで原始回帰を起こすと説明。星の壊滅を回避すべく、ゲンシグラードンに"だんがいのつるぎ"を習得させるため流星の滝で修行を積む。習得後はアオギリと共に小隕石の一つを迎撃するが肉体を維持できる限界を迎えてしまい、ホカゲにそれまで自分の身に起きたことを話すと星の未来を託して消滅した。
手持ちポケモン
バクーダ♂←→メガバクーダ♂ Lv.68
特性：マグマのよろい←→ちからずく 性格：れいせい 個性：かんがえごとがおおい
技："オーバーヒート"・"ふんか"
通常特性の「マグマのよろい」によって「こおり」状態にならない。アオギリのトドゼルガの牙と発せられる冷気を耐えながら"ふんか"を浴びせた。第13章ではメガシンカし、メガシンカしたブルーのカメちゃんと戦うが敗れた。マツブサの消滅間際にホカゲに託された。
オオスバメ
特性：こんじょう
飛行要員。
ヘルガー
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) マグマ団
複数登場。ミクリのスーパーボールを破壊し、ポケモンを出せなくさせた。
カガリ
マグマ団幹部「三頭火」の紅一点。よくフーセンガムを膨らませている。マグマ団の目的そのものには興味が無く、マグマ団に入ったのはただ暴れたいという理由からだった。
ポケモンバトルでは小細工を使わず、主にキュウコンの火力でひたすら焼き尽くす戦法を好む。きのみに詳しく、その特性を生かした戦法も得意であり、手袋にはきのみの汁などの液体を噴射する機能が付いている。
かつてポケモンコンテストに出場していた過去を持ち、グリーンの姉のナナミと共にコンテストに出ている描写がある。
カナシダトンネルの戦いではルビーに敗れた上に、キュウコンの"ほのおのうず"によって、逆に自身の制服を燃やしてしまう。以降ルビーに興味を持ち、ルビーとその父センリのことを調べ上げた（この時にトクサネ宇宙センターを襲撃したことが、第5章の事件の発端となる）。
ツツジとの戦いでは民宿の客を人質にとり、勝利する。2匹の超古代ポケモンが目覚め、ホウエン地方が壊滅に追い込まれていく現状を見て、自分たちもアクア団もやり過ぎたと感じ、最終決戦ではルビーと共にグラードン・カイオーガの静止に挑む。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) マグマ団
第4章での最終決戦では、目覚めの祠が崩れる際、ルビーを庇い、記憶のライターをガムの風船に乗せルビーに届けて一度命を落としたが、ルビーが連れていたセレビィの力で蘇生。事件収束後は再びコンテストに出場する決意をし、去っていった。なお、記憶のライターはルビーが持ち続けている。
モデルはゲーム版『ポケットモンスター ルビー・サファイア』でのカガリ。
読者からの人気は高く、第1回公式人気投票では11位にランクインした。
手持ちポケモン
ロコン♀→キュウコン♀
特性：もらいび
技："かえんほうしゃ"・"しっぽをふる"・"はかいこうせん"・"ほのおのうず"
コンテスト時代からの手持ち。進化後は目つきが悪くなっている。戦闘力が高く、9本の尻尾から同時に9発の火球を放つ。
オオスバメ
特性：こんじょう
飛行要員。
きのみの汁の使用
マトマのみ
非常に辛い汁。すてられ船でサファイアの目を潰した。
ザロクのみ＋ネコブのみ
粘性の高い天然の接着剤。カナシダトンネルでルビーを拉致した。
タポルのみ＋ロメのみ
ウツドンの体液も混ぜた特殊な溶解液。民宿の襖を溶かし、客に向けてツツジを脅迫した。
サンのみ＋スターのみ
フーセンガムの強度と浮力を上げる特殊液。
ホムラ
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) マグマ団
三頭火の一員で、ワカメにも見える癖毛の長髪と割れた顎が特徴的な筋肉質の男。炎のパワーを生かした豪快な戦法を好むが、一方でコータスの煙で相手を状態異常にさせるなど、テクニカルな手段も用いる。悪の組織に属しているが、人情味も持ち合わせている。
カガリと共にすてられ船へ探知機を探しに来たのが初登場。えんとつ山の事件では、アスナと協力して休火山と化したえんとつ山の火口に炎を撃ち込み、一時的ながら火山活動を復活させた。ミクリとの交戦中に藍色の宝珠に触れた影響で一時的に我を失い暴れまわるが、後からやって来たダイゴに倒されて正気に戻る。
ホウエンの大事件が解決した後は、フエン温泉に足を運ぶ姿が見られる。
ゲーム『ポケットモンスター ルビー・サファイア』でのホムラをモデルにしたキャラクターであるものの、容姿はゲーム版とは大きく異なる。
手持ちポケモン
コータス♂
特性：しろいけむり
技："あくび"・"ねっぷう"
特殊な煙を出し、相手を眠らせる。
オオスバメ
特性：こんじょう
飛行要員。
ホカゲ
三頭火の一員で、片目の隠れた髪型が特徴の男。カガリとは付き合いが長いらしい。潜水艇を操縦したり探知機の調整を自力で手がけるなど、高い技術力を有する。普段は口にしないものの、リーダーのマツブサへの執着心は強い。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) マグマ団
おくりび山でトクサネジムリーダーのフウとランを抑え、紅色の宝珠と藍色の宝珠を奪った。ミナモシティでのトウキとの戦いでは得意の幻覚攻撃で苦しめるも、トウキの猛攻によって引き分けになる。事件後は姿を消す。
組織崩壊後の行方は三頭火の中で唯一不明だったが、第13章で再登場。ロケット団が宝珠の欠片を拾うところを目撃し、4年間一般人（服装はキャンプファイヤー）の中に身を潜め、探知機で宝珠の行方を確認していた。宝珠の欠片を手に入れるために侵入したアクア団のアジトで同じ境遇のシズクと手を組む。マツブサが消滅した後、その志を継ぐことを決意し、マツブサのメガメガネを着用する。
ゲームには登場しない、本作オリジナルキャラクターである。
手持ちポケモン
マグマッグ♂
特性：ほのおのからだ 性格：れいせい
2匹登場。身体から発せられる炎熱で幻覚を見せる精神攻撃が可能で、一度受けると脱出が困難になる。『ホカゲ』のコードネームはこの戦法が「火の影」を意味することから付けられた。
オオスバメ
特性：こんじょう
飛行要員。
アーマルド
特性：カブトアーマー
海に沈んだホムラとシズクを救う。
バクーダ♂←→メガバクーダ♂
メガメガネと共にマツブサから受け継いだ。
ホムラ（第13章）
『ホムラ』のコードネームを襲名した、新生マグマ団の幹部。細目で肥満体の男。
イズミと同様、デボンコーポレーションで研究員として働いていた過去を持ち、現在のデボンの方針には不満を抱いている。サファイアのことを「チャイルド」と呼ぶ。
モデルはゲーム版『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』のホムラ。
カガリ（第13章）
『カガリ』のコードネームを襲名した、新生マグマ団の幹部。小柄な少女で、一人称は「ボク」。口数が少なく無表情で淡々とした性格。
モデルはゲーム版『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』のカガリ。
手持ちポケモン
ドンメル
したっぱ
フードを被った男女。大半はマツブサと共に海底洞窟に向かったが、大事件後の消息は不明。
手持ちポケモン
サンドパン

マグカルゴ

ドンメル

カゲボウズ

タツベイ
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) アクア団
第4章に登場する悪の組織。表向きはホウエン地方で自然保護団体を装っている。マグマ団とは対照的に明確な縦割り構造組織になっており、総帥を筆頭に、SSS（Subleaders of Sea Schemeの頭文字。「海の組織の統率者たち」の意味。スリーエスと呼称）と呼ばれる幹部が存在する。
自分たちの悪事が露見した場合、容赦なくその目撃者を抹殺しようとする。また、ミナモシティ沖に大規模なアジトを有する。メンバー全員が、階級に関係なく敬語で喋り、互いに敬称をつけて名前を呼ぶ。
第13章では新生アクア団が登場し、ヒガナの下で新生マグマ団と協力体制を敷きサファイアを迎え撃ったが、駆けつけたフロンティアブレーンたちに敗北、その後は方針変換によって迎撃部隊に協力する。
アオギリ
アクア団の総帥（リーダー）。カイオーガを操って海を増やそうと目論む。部下に細かく指示を出し、ホウエン地方のテレビ局の局長に就任して報道統制を行うなど計算高い性格で、厳つい顔に似合わず上品な敬語で話す。その反面、目的のためには手段を選ばず、役立たずや用済みになった者は平然と切り捨てる冷血漢。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) アクア団
潜水艇を手に入れたマツブサから一時共闘を持ちかけられ、海底洞窟に到達。さらにシズクがマグマ団から奪った宝珠でカイオーガを制御しようとするも宝珠の力に呑まれ、正気を失ってしまう。ルビーらによってカイオーガが再び眠りにつくとマツブサと結託し、挑んできたミクリに対してはナギを人質に取り執拗に痛めつけた。劣勢になり逃走を図るもマツブサ同様エアカーに閉じ込められ、セレビィに宝珠を奪われる。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) アクア団
第6章で甲冑の男ことガイル・ハイダウトとして復活。エメラルドを加えた十人の図鑑所有者に敗れ消滅するが、ディアルガ・パルキアによって追い返されたギラティナがやぶれた世界へと帰ってきた時に何者かの声を聞き、その声に導かれるようにシント遺跡に帰還、第13章にて再登場を果たす。ゲーム版『オメガルビー・アルファサファイア』に準拠した姿になり、キーストーンをはめたメガイカリを首から下げる。やぶれた世界の影響でマツブサと精神が混ざり合い、性格が入れ替わっていた。赤と青の二つの宝珠が2匹を操るだけでなく、2匹の体内に取り込むことで原始回帰を起こすと説明。星の壊滅を回避すべく、ゲンシカイオーガに"こんげんのはどう"を習得させるため流星の滝で修行を積む。習得後はマツブサと共に小隕石の一つを迎撃するが肉体を維持できる限界を迎えてしまい、シズクに星の未来を託して消滅した。
手持ちポケモン
トドゼルガ♂ Lv.69
特性：あついしぼう 性格：さみしがり 個性：とてもきちょうめん
技："ぜったいれいど"
マツブサのバクーダの"ふんか"のダメージを特性「あついしぼう」によって防いだ。実は複数存在している。
ドククラゲ
触手で拘束した人質を締め付け、振り回して岩や地面にぶつけるなど、アオギリに似て冷酷非道。計画を阻止しようとしたルビー・カガリ・ミクリ・ナギを苦しめた。
サメハダー♂←→メガサメハダー♂ Lv.68
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) アクア団
特性：さめはだ←→がんじょうあご 性格：がんばりや 個性：にげるのがはやい
第13章で登場しメガシンカする。メガシンカしたレッドのフッシーと戦うが敗れた。アオギリの消滅間際にシズクに託された。
イズミ
アクア団幹部「SSS」の紅一点。バトル中に「みずのいし」を使い進化させるなど、石やポケモンの進化に詳しい。ルンパッパの"しぜんのちから"によって多様な攻撃を可能とする。
アオギリ同様、丁寧な口調ながらも海を増やすためなら多少の犠牲は当然と考えている冷酷な性格で、ホウエン地方の異常気象に関しても無関心である。
アスナとのバトル中にルンパッパが"しぜんのちから"を使えなくなり、ウシオを「自分のことは自分で何とかしてください」と見捨てて逃亡し、姿を消す。SSSでは唯一、アオギリに見捨てられていない。
モデルはゲーム版『ポケットモンスター ルビー・サファイア』でのイズミ。
手持ちポケモン
ハスブレロ♀→ルンパッパ♀
技："しぜんのちから"
ハスブレロの時は背中にアクア団のマークを付けていた。ツワブキ社長に怪我を負わせた。
ビブラーバ
特性：ふゆう
飛行要員。
一時手持ち
ツチニン
シズクに渡した。
ウシオ
SSSの一員で、大柄な体格の男。水道局員を装ってデボンコーポレーションの社長から潜水艇「かいえん1号」の特別起動部品を奪った。実力は確かにあるのだが、戦闘において慢心する悪い癖がある。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) アクア団
えんとつ山のロープウェイでアスナを人質に取りサファイアを追い詰めるも、敗北してアオギリから見捨てられる。さらにナギにも敗北した結果、同僚のイズミにまで見捨てられた。その後の生死や消息は不明。
モデルはゲーム版『ポケットモンスター ルビー・サファイア』でのウシオ。
手持ちポケモン
サメハダー
特性：さめはだ
技："かみくだく"・"ちょうはつ"
額の十字模様の部分にアクア団のマークがある。
マリルリ♂
技："ハイドロポンプ"
通常個体とは違い、とても凶悪な顔と性格をしている。ゴンドラの中で大量の水を吐き、ウシオに酸素入りの泡を被せた。
ビブラーバ
特性：ふゆう
飛行要員。
シズク
SSSの一員で、スキンヘッドが特徴の男。
アオギリに忠誠を誓っていたが、海底洞窟での戦闘でアオギリにあっさりと見捨てられる（ホムラと共闘して死を免れた）。そのような仕打ちを受けても、思い違いだと自分に言い聞かせてアオギリへの忠誠を守ろうとしたが、後に「かいえん1号」の航行記録（=アクア団のアジトの場所）をジムリーダーたちに与え姿を消す。
テッセンとの戦いではその時点で唯一の手持ちだったペリッパーが倒されるも、イズミに渡されたツチニン（テッカニン）とヌケニンの戦法で勝利する。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) アクア団
第4章以降消息を絶っていたが、第13章で再登場。組織崩壊後は堅気に戻っていた（服装はつりびと）が、アクア団のアジトを訪れた際、同じ境遇のホカゲから「アオギリが宝珠の欠片を持ってホウエン地方に来ている可能性がある」と聞き、手を組む。ホカゲと共にサカキに助けられ、アオギリの復活の真相を知る。アオギリが消滅した後、その志を継ぐことを決意し、アオギリのメガイカリを身に着ける。
ゲームには登場しない、本作オリジナルキャラクターである。
手持ちポケモン
ペリッパー
特性：するどいめ
技："たくわえる"・"のみこむ"・"ハイドロポンプ"・"はきだす"
飛行要員。
ツチニン→テッカニン
特性：ふくがん→かそく
テッセンとの戦いの際にイズミから渡される。進化によって恐るべきスピードで攻撃をことごとく回避し、特性「かそく」で攻撃する度にスピードが増加していく難敵。
ヌケニン
特性：ふしぎなまもり
ツチニンがテッカニンへ進化した直後、海底洞窟にペリッパー以外の手持ちを置いてきて手持ちに空きがあったため加わる。
サクラビス♂
特性：すいすい
技："ハイドロポンプ"
第13章での新しい手持ち。水たまりに水滴を落とし、その波紋の広がりから生じるうねりを利用して通常の"ハイドロポンプ"に匹敵する威力に高めると同時に射出する「恐怖の一滴（ひとしずく）」という攻撃が可能。この技は攻撃地点とタイミングの特定が困難で、水辺であれば距離も関係なく届く。また、『シズク』のコードネームはこの戦法から付けられたと判明。
サメハダー♂←→メガサメハダー♂
メガイカリと共にアオギリから受け継いだ。
離脱
キバニア
特性：さめはだ
技："いちゃもん"・"ひみつのちから"
アゴの下の十字模様にアクア団のマークがある。"ひみつのちから"で草地や岩場に空間を作り出す。この空間は視認困難であり、待ち伏せや敵の誘い込みに利用された。海底洞窟に置き去りにされた。
バルビート♂
技："シグナルビーム"・"トリック"・"ほたるび"
3匹登場。全て海底洞窟に置き去りにされた。
イズミ（第13章）
『イズミ』のコードネームを襲名した、新生アクア団の幹部。褐色肌で姉御肌の女。
ホムラと同様、デボンコーポレーションで研究員として働いていた過去を持ち、現在のデボンの方針には不満を抱いている。
モデルはゲーム版『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』のイズミ。
ウシオ（第13章）
『ウシオ』のコードネームを襲名した、新生アクア団の幹部。豪快な大男で、片言の言葉で話す。
モデルはゲーム版『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』のウシオ。
手持ちポケモン
キバニア
したっぱ
バンダナが特徴の男女。大半はアオギリと共に海底洞窟に向かったが、大事件後の消息は不明。
手持ちポケモン
ハスボー

ヘイガニ

ヨマワル
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) 甲冑の男
ガイル・ハイダウト
第6章に登場する悪役。常に「永の甲冑」という鎧を身に纏っており、戦闘ではこの甲冑とポケモンの攻撃を反射する「瞬の剣」（ダツラ曰く、"リフレクター"と"ひかりのかべ"両方の特徴を持った、特殊なバリアアイテム）を使って自ら戦う。ジラーチを捕らえ、人の願いを叶えるジラーチの力を利用してカイオーガよりも強大な「海の魔物」（姿形はカイオーガそのもの）を出現させ、世界を海の底に沈めることを目的として行動していた。
その正体は、元アクア団リーダーのアオギリ（意図的に正体を隠していることが示唆されている）。アクア団総帥時代と比べて、口調がかなり変わっている。
第4章の最終決戦後、マツブサと共にその「悪の素質」を惜しんだSaqueに助けられたが、宝珠を取り込んだ影響で肉体は崩壊直前であった。そのため、内部の時の流れが外界と比べはるかに遅い（ゆえに肉体の崩壊までのわずかな時間を引き延ばせる）永の甲冑を求めてマツブサと対決、勝利しそれを装着することで肉体の崩壊を防いでいる。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) 甲冑の男
ジラーチを捕まえるために一部のポケモンを凶暴化させたり、バトルファクトリーのポケモンを奪うなど裏で暗躍していた。その存在に気づきかけたダツラを情報を入手するついでに襲い、ジラーチを追ってアトリエの洞窟に向かう。そこでエメラルドやフロンティアブレーンと相対し圧倒するも、気を取られた隙にジラーチには逃げられてしまった。バトルドーム終了直後に会場に現れ、ジラーチを捕まえて願いを叶えるためにバトルタワーに向かうも、第三の目について知らなかったため失敗する。そして洗脳したリラをエメラルドと戦わせ、ルビーとサファイアに自身の正体を明かした。その後駆けつけたダツラから情報を奪い取り、ジラーチに「すべてを飲み込む海の魔物を生み出す」願いを叶わせる。さらにそのまま全員を始末しようとするも駆けつけたゴールドとクリスタルに妨害され、願いを三つ叶えられると知らずにジラーチも手放す。そしてジラーチがエメラルドを認めたことで歴代の図鑑所有者が復活し、それに対して支配下においたポケモンを使用して交戦。しかし、レッドとゴールドの連携で鎧を破壊され、操ったポケモンもエメラルドによって鎮められる。
悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL) 甲冑の男
「海の魔物」も12匹のポケモンが放った究極技で倒され、本人も衰弱して弱りきったところをエメラルドに声をかけられる。そこで独りを自ら望んだと自虐めいた独白を述べ、自分を助けようとするエメラルドの手を払い、鎧に駆けつけるもゴールドの用意した偽物とすり替えられていたため、崩壊した本物の鎧を再び身に着けようとした直前に消滅した。
ガイルの名は漢字で書くと「鎧流」となり、海を求めるアオギリに対してSaqueが「鎧をまとい荒ぶる海の流れのごとく」として与えたもの。
手持ちポケモン
アメタマ♂→アメモース♂
特性：すいすい→いかく 性格：ずぶとい
技："サイケこうせん"
粘液で敵の足元を固定する、"サイケこうせん"でモンスターボールの開閉を妨げる、人やポケモンを操る、触角で威嚇し敵を足止めするなど多彩な戦法を持つ。作者によると、ガイル＝アオギリのアメタマはタマゴから生まれ、愛情を込めて育てられたという。
トドゼルガ

スターミー（複数）

ドククラゲ