ザ・ペンギンズ from マダガスカル 登場動物
新人の親戚のおじさん。シーズン1では名前のみで、「人生で一番大事な船はフレンドシップ」という言葉を新人に教えていた。シーズン2で実際に登場した。レース編みと花が大好き。甥っ子の新人と同じく穏やかで優しい性格の持ち主だが、裏ではスーパー・シークレット・エージェントのスパイとして活躍している。アカリスとは因縁同士である。攻撃する時の掛け声は新人と同じく「チェストー」
バック・ロックガット（ペンギン） / Buck Rockgut
声 - 宝亀克寿 / クランシー・ブラウン
アカリスを追って地下にもぐり、47年間潜伏し続けた伝説のエージェント。新人以外の隊員は彼の存在を知っており、隊長の人生と任務のお手本。彼はアカリスに専念しすぎたため、赤というだけで反応してしまうほどになった。そのため、「アーカーリスイルスタン（Grrfurjiclestan）」に向かうようペンギンズに仕立てられ、姿を消した。
その後、アカリスによって洗脳され、ペンギンズと敵対した物の、彼らの戦略によってアカリスをとらえた。その後はクモザルを追って新人によって再び架空の地「マタデマカセーズバーグ」へと向かわされた。
デール（カタツムリ） / Dale
声 - 岡林史泰/ ルイス・ブラック
長時間かけて動物園に復讐のためやってきたカタツムリで、壁に新人らしきギョロ目で格好悪いペンギンの落書きを書いた。「つもり」の代わりに「つむり」と話し、「目」や「から」を混ぜた言葉を多用する。
ペンギンの分布について知っていたり、コワルスキーが発明した機械の操縦ができるなど、知性は高い様子。新人に踏みつぶされたと考えて彼を追い続け、その結果新人は立場を失うほど追い詰められることに。後に自分を踏んだのがコワルスキーの発明品によるものと判明し、新人に謝罪する一方、その時の操縦者のコワルスキーをその発明品で追い回した。
エルマー（イヌ） / Elmar
声 - 岩崎ひろし / パトリック・ウォーバートン
野良のイングリッシュ・マスティフ。町はずれのゴミ入れで暮らしている。野良猫が嫌いらしく、当初散歩中のジュリアン達を野良猫と勘違いして襲った。しかしモートが猿のまねをしたことで仲良くなった。コワルスキーに明日以降にでも「プレイデート」をする提案を当初受け入れたが、やはり別れたくないらしく強引に再度モートを奪っていった。その後ペンギンズによってモートは救出、一緒に来たマックスはおとりとなって消えていった。その後どうなったかは不明だが、エルマーはマックスのことをキツネザルと思い込み、同じ境遇を持つ者同士（どちらも野良で友達が欲しかった）の彼はマックスと友達となった。
マー・ママ（オポッサム） / Ma Mama
声 - タルタエリ / ジュリー・ホワイト
セントラルパークに住むオポッサム。ショックを受けるとオポッサムの特徴である死んだふりをする。ペンギンズがハンスに向けて放ったバズーカによって住んでいた木を爆破されたことからペンギンズの世話をするようになった。人一倍母性が強く、その母性によって甘やかされた結果、ペンギンズも少しずつ柔軟になっていったが、マリーンによって真相を知らされた隊長によって追い出された。その後ハンスによって捕らえられ、人質となり、ペンギンズのピンチを招くが、機転によりハンスを倒すきっかけを作ったことで隊長と和解した。いつでもペンギンズを甘やかしに来てくれて良いと言われたが、彼女はハンスを教育するためホーボーケン動物園に行った。
ホリとネズー
声 - 荻野晴朗、岩崎正寛
掘り鼠の兄弟。焦げ茶色の体をしたホリが兄で右目に眼帯をしている。弟のネズーは体の色が灰色で長い前髪によって目は隠れている。ミニゴルフが上手く、賭けミニゴルフに負けたアマリロ・キッドに伝説のパターを盗ませようとした。新人と長時間行動を共にすることでアマリロ・キッドが改心し、盗みに失敗する時のことも考えて隊長の同情を誘い、利用するなどずる賢い性格。パターを手に入れたのちペンギンズらとゴルフカートチェイスを繰り広げ、逃走まであと一歩のところでアマリロ・キッド阻止され、最後はゴルフバックに入れられて木から吊るされた。
クチクカン / Kuchikukan
声 - 高橋英則 / コナン・オブライエン
惑星の破壊者。「ルナコーンの黙示録」に登場。一人称は「ワレ」。語尾に「ナリ」をつけて話す。700年前にスモークチーズに乗り移って惑星を6つ破壊した。シンゲンによって壺に封じ込められ、壺は博物館の呪われた工芸品のコーナーに展示されていたが、ペンギンズが同コーナーに展示されていたシンゲンの刀を見学しに行った際、新人の持っていたルナコーンが展示台にぶつかったことによって壺が落下、破壊されたため、再び自由の身となった。「霊魂は閉じ込められた牢獄を壊したものに取り憑く」という呪われた工芸品の法則に従って新人のルナコーンに取り憑き、ルナコーンの設定を利用して力を身につけ、巨大化して地球上のルナコーン人形を操るなど大暴れしたが、ペンギンズの作戦によりルナコーンの設定を利用され、最後は電光掲示板に噛みついたことで電気が体中を走り取り憑いたルナコーンの人形が爆発、抜け出た霊魂はリコが出した掃除機に吸い取られた。
名前の由来は破壊者という意味の英語「デストロイヤー」のもう一つの意味である「駆逐艦」の日本語読みから来ていると思われる。
シンゲン（ニホンザル） / Shingen
声 - 荻野晴朗 / クライド・クサツ
かつて日本にいた伝説の武将ザル。シーズン2ではドクター・シオフキーの襲撃で隊長の記憶が奪われた際、数ある師の中の一人として初登場。その後「ルナコーンの黙示録」で、惑星の破壊者クチクカンを倒すために現れた。博物館には生前の彼のものと思われる像が展示されており、愛刀も共に展示されていた。クチクカンと同様に霊魂はほかのものに乗り移ることが出来、刀が破壊された際にはモートに乗り移った。乗り移ったモートの体を使い、コワルスキーが打ち直した愛刀でクチクカンと戦い、必殺技「バクハツ」によってクチクカンに留めを刺そうとしたが、ルナコーン人形に足を攻撃されるキング・ジュリアンが視界に入ったせいで、モートの人格が戻り、「バクハツ」はキング・ジュリアンを襲ったルナコーン人形に放たれてしまい、隙を突かれてモートもろともクチクカンに踏み潰された。ペンギンズによってクチクカンが倒された後は、モートから抜け出て霊魂となり、再び悪が目覚めた時のために大切に守るように隊長に伝え愛刀の中へと戻っていった。
アレックス（ライオン） / Alex
声 - 花輪英司 / ワリー・ウィンガート
『マダガスカル』シリーズの主人公の一人。「続・ドクター・シオフキーの逆襲」で隊長の記憶が奪われた際、数ある師の中からシンゲンの次に選び出されたスピリチュアルガイド。映画同様、隊長のことはよく知っており、彼の失われた記憶の修復を務めた。だが本物ではない為、姿は隊長以外の者には見えておらず、新人には「想像上の友達」と称された。最後に隊長の記憶が戻ると光りながら消えていった。
ドリス（ハンドウイルカ） / Dris
声 - 宮島依里 / キャリスタ・フロックハート
シリーズ内で度々名前の出てきたハンドウイルカ。名前自体はシーズン1・2の時点でも出ていたが、実際に登場したのはシーズン3の「私を愛したペンギン」にて。コワルスキーの求愛を何度も断り続けていたことが、様々なキャラクターから語られている。兄のフランシス（ドクター・シオフキー）の救出の為に現在の恋人パーカーを通してコワルスキー本人とペンギンズに助けを求める。兄が悪党でありドクター・シオフキーと名乗っていたことは知らなかった。ペンギンズの形勢逆転時には自身を利用したパーカーを追い出し、潮を吹いて彼とは正式に別れた。その後コワルスキーと改めて結ばれた。
パーカー（カモノハシ） / Parker
声 - 伊藤健太郎 / タイ・バレル
ドリスの現在の恋人であるカモノハシ。ペンギンズにドリスの兄 フランシスの救助を依頼する。実は彼はフリーの仕事人でフランシスことドクター・シオフキーの手先であり悪友でもあった。ペンギンズ襲来時はコワルスキーと取っ組み合いになり、返り討ちの際にはリコとバズーカを向けられてそそくさと逃げて行った。ペンギンズの潜水艦に乗ろうとしたが、ドリスの返り討ちにあいアジトに取り残された。その後無事生還してもなおも取り立てを続けた。
ハンター（ヒョウアザラシ） / Hunter
声 - 藤村歩 / シアラ・ブラヴォ
2人組の密猟者に捕獲され、魚と一緒にニューヨークまで運ばれたヒョウアザラシの女の子。本来アザラシはペンギンの天敵なのだが「ペンギンは食べない」と言い張る。新人に南極まで連れ帰ってもらい、父親である群れのリーダーに紹介する。ペンギンズの他の3羽は彼女に対して警戒心を解こうとしなかったが、新人を追って南極に来たところをアザラシたちに捕まったのち、父親アザラシの機転で見逃してもらう。
オルソン（ヒョウアザラシ） / Orson
声 - 荻野晴朗 / エド・オニール
南極に住むヒョウアザラシ達の群れのリーダーでハンターの父親。彼を始めほとんどのヒョウアザラシ達はペンギン達を「食いもん」とあだ名を付け食べようとしたが、新人に身体を張って助けてもらったことから考えを改め、仲間のいない間に新人を逃がしてあげた。
ゴキブリ
ペンギンズの基地に来たゴキブリ達。害虫駆除業者に就職した局員Xに追い詰められ、基地に避難した。