ばいきんまん キャラクター
恋多き男でもあり、前述のとおり、可愛らしい女の子や容姿端麗な美女にはめっぽう弱く、ドキンちゃん以外にも、りんごちゃんを筆頭に、ポットちゃん、ナプキンさん、おダンゴちゃん、おことちゃんなど、数多くの女性キャラクターに一目惚れをしてきた。しかし、その恋が成就することはなく、現在では好意を抱くことなく他のゲストキャラクターと同様の態度で接していることが多い。OVA『いっしょにおべんきょう』シリーズでは、巻毎に登場する女性ゲストキャラクター全員に恋心を抱いており、最後まで心の内が伝わることは無かったものの、それぞれと友達としての関係を築いていた。映画『くろゆき姫とモテモテばいきんまん』では、くろゆき姫と終始いい雰囲気になっていたが、最終的には呪いの解けた彼女の誘いを「おれさまは悪役だから」と潔く断っている。
か弱い女の子、お転婆な女の子（ドキンちゃん、ルビーなど）、何をするか分からない子（コキンちゃん、ミントちゃんなど）、自分を叱責するみみせんせいには弱い。自分を警戒しなかったり欲求を素直に聞き入れてくれたりすることを嫌う。そのため、プリンちゃんとエクレアさんやしらたまさんなどの押しの強い子や、自分の悪事を全て良くとってしまう極端にポジティブな考えの人（おくらちゃん、マダム・ナン、おしんこちゃんなど）も苦手としており、彼女らから「いい人」と思われてしまうエピソードも多い。女の子の涙に弱い節もありもらい泣きしてしまうことも。
シチューおばさんやチーズフォンデュさんなどの年配の女性からも好印象を持たれている。ミス・マリーネやさくらもちねえさんなど、大人っぽい雰囲気を持った女性からは「坊や」と呼ばれることがある。本人はそれを嫌っている。てんどん母さんからは「あたしがあんたのおっ母さんになってやるよ」と言われ、散々説教を受けたため、やはり苦手としている。ちびぞうくんの母親であるでかこ母さんも苦手だが、彼女の持つ母性に甘えるエピソードや、ゆきんこゆきちゃんやメロンパンナと仲良くしているエピソードもある。
自分の手でアンパンマンを倒すことを夢に見ているが、アンパンマンに助けられたり顔を食べさせてもらったときは協力するなど、潔い一面がある。これは、「アンパンマンに助けられた」イコール「負けた」ことを認めたくないというのが理由の一つ。しかし、ばいきんまんはアンパンマンのことを永遠に敵だと思っているため、一度借りを返せばまた元の関係に戻る。
TV第4話B「アンパンマンとおむすびまん」では、悪さをした罰としておむすびまんに岩を投げられてしまうが、「こっちも助けてください」と素直に頼んだため、アンパンマンに助けられる。また、初めてアンパンマンに協力したのは、TV第11話A「アンパンマンとイタイノトンデケダケ」である。ばいきんまんは、奪ったイタイノトンデケダケを持ってアンパンマンから逃げる際に洞窟の川に落ちてしまう。アンパンマンは、最初は川に流されているばいきんまんを無視して、ばいきんまんと共に川に流されているイタイノトンデケダケのみを拾おうとしたが、アンパンマンに何度も助けを求めるばいきんまんを結局は放っておくことが出来ず、ばいきんまんを助ける。ばいきんまんはアンパンマンに無事に助けられるが、イタイノトンデケダケは滝に流されてしまう。疲れて気絶したアンパンマンを最初は嘲笑したが、自分を助けてくれたアンパンマンを放っておけなかったのか、洞窟の中で別のイタイノトンデケダケを見つけ、それをアンパンマンの元に置いて隠れる。その後、目を覚ましてそれに気づいたアンパンマンは、ばいきんまんへのお礼を口にしながら帰って行き、それを隠れて聞いていたばいきんまんは「礼を言われたくてやったんじゃないやい、バーロー」と頬を染めながらつぶやいていた。
TV第48話B「アンパンマンととぶ木馬」では、自分が作った飛ぶ木馬にドキンちゃんが乗って遊ぼうとしたが、その木馬をドキンちゃんが壊してピンチになり、アンパンマンの協力を拒否して一人で助けようとする。しかし、バイキンUFOが岩場にぶつかって壊れて助ける方法がなくなり、アンパンマンもドキンちゃんを助ける途中で滝の水をかぶって顔を濡らしてしまう。このことで、ばいきんまんは悔しがっていたが、ドキンちゃんを助けられるのはアンパンマンしかいないと判断し、自らジャムおじさんたちのいるアンパンマン号の元に向かい、アンパンマンの新しい顔を受け取り、アンパンマンを助けるという一面を見せた。このおかげでドキンちゃんはアンパンマンに無事救出される。アンパンマンは自分を助けてくれたばいきんまんに感謝し、ジャムおじさんたちも彼にお礼を言い、ドキンちゃんも自分を助けてくれたアンパンマンにお礼を言った。ばいきんまんは、「これぐらいのことで、アンパンマンと仲良くなると思うなよ。」と呟き、ドキンちゃんと共にUFOに乗って去って行ったが、その去り際にはまんざらでもないような笑顔を見せていた。
自分がピンチに陥って、その場にアンパンマンがいるとつい助けを求めてしまうこともある。映画第1作目『キラキラ星の涙』では、さかさまんの糸で縛られた際、アンパンマンに「アンパンマーン！助けてー！」と助けを求め、偶然通りかかったアンパンマンの隣を飛んでいたひのたまこぞうのお陰で助かった。カバオくんたちがばいきんまんが新しく作ったもぐりんに興味を持ち、もぐりんを乗っ取られた時は、自らアンパンマンたちと手を組んでもぐりんを取り返そうとすることもあった。
TV第899話A「ばいきんまんとハテナのとう」では、夢の中とはいえアンパンマンに勝利したが、「自分はアンパンマンと戦うのが一番の楽しみだった」と気づき、虚しくなっていた。その後、倒したはずのアンパンマンが駆けつけた時はうれしそうな反応をしていた。
「アンパンマンに一度も勝ったことがない」とばいきん仙人やドキンちゃんたちに言われているが、初めてアンパンマンと会った時では全身を泥だらけにしてダメージを与えるなど、事実上勝利したこともある。自身は毎回のように吹っ飛ばされて退散しているが、アンパンマンを吹っ飛ばして退散させたこともある。ただし、話の最後でアンパンマンのアンパンチを喰らう、他のキャラクターに悪事の邪魔をされたり戦意喪失の状態にされたりする、災害の発生や他の強敵によって戦いが不成立になるなど、ばいきんまんが優勢のまま物語が終わるのは極めてまれである。
CDブック『手のひらを太陽に 50周年記念CD』に収録されているばいきんまんとカビルンルンコーラスが歌った『手のひらを太陽に』には、「オレさまがいなきゃアンパンマンは活躍できない」「影が無ければ光もない」といった台詞があり、ばいきんまんとアンパンマンの両者の存在が互いに敵対しながらも、持ちつ持たれつの関係で共存していることを肯定している。本来明るい歌を嫌うばいきんまんが『手のひらを太陽に』を歌った理由として、自身が前述のような存在であることで世の中の役に立つ黴菌として“生きている”から、と台詞の中で説明している。
また、映画の予告編などで普通に会話していたり、知育ビデオや番外編などで敵対せず一緒に行動していたりするなどと本編以外では仲良くしていることが多く、周囲からは素直じゃないのを指摘されたことがある。テレビアニメのエンディングアニメーションでもアンパンマンたちと仲良く体操を踊っている。アンパンマンもアニメ本編では敵対していることが多いが心の奥底から憎んでいるわけでもなく、クラスメートみたいな存在だと語っている。
JAの「こども共済」のテレビコマーシャルではアンパンマンと一緒に落ちそうな赤ん坊を助けて共に喜ぶ一面を見せている。
アンパンマンをやっつけるばいきんまんだが、他力本願なところもあり、これまで、色々なキャラクターと共にアンパンマンたちを困らせたことがある。エピソードによっては、ばいきんまんと絡まなければ悪事を働くことのなかった者も少なからず存在する。この節では、映画版での悪役に関する記述は省略する。
怪獣・怪物・巨人
かぜこんこん、アンコラ、へどろまん、すなおとこ、ゴミラ、こおり鬼など、愛嬌があり本質的に性格は温厚、単純なキャラクター。ばいきんまんは、何らかの手段（虚言、挑発、催眠術、脅迫、誘惑等）を使って彼らを利用する。その時のばいきんまんは強気であることが多い。主な結果として、彼らもばいきんまんと一緒にアンパンマンたちに制裁されるパターン、もしくはアンパンマンと彼らが和解（ばいきんまんは制裁のみ）するパターンが挙げられる。
魔王、女王
氷の女王、バイキン大魔王、黒バラ女王、化石の魔王など、高慢で不遜な態度をとり、普段からアンパンマンを敵視しているキャラクター。ばいきんまんは、利害が一致になる理由（阿附、虚言、取引等）を申し出て彼らと手を組む。その時のばいきんまんは敬語を用いることもある。主な結果として、一緒に空の彼方へ飛ばされたり、仲間割れになったり、アンパンマンと一緒に彼らの被害に遭ったりする。彼らがアンパンマンたちと和解することはないが、ばいきんまんやドキンちゃんたちは制裁を逃れることもある。
ばいきんまんとは無関係に悪事を働くキャラクター
雪鬼、ラッピー、くらやみまん、黒雪姫など、無差別的に他人を攻撃ターゲットとするキャラクター。ばいきんまんは、自分たちが無事だと分かれば逃げたり隠れたり等、戦いには消極的になる。主な結果として、アンパンマンに戦わせるつもりが結果的にアンパンマンと協力して彼らをやっつけるというケースが挙げられる。まれに、雪鬼やくらやみまんに関しては、前述の黒バラ女王や化石の魔王たちのように接して味方にすることもある。
仙人
きりふき仙人、ゆげ仙人など、能天気でとぼけたキャラクター。ばいきんまんは、彼らの能力を買って対等な立場で接する。主な結果として、怪獣たちと同様にばいきんまんのみ制裁される（まれに一緒にやっつけられる）。
おばけ
ホラーマン、バケルくん、かさおばけ、まくらこぞう、ストローこうもりなど、怖がらせたり、驚かせたりするキャラクター。ばいきんまんは、彼らを騙したり単純に仲間として接する。主な結果として、悪戯の加減を知らないという理由で彼らから制裁されたり、一緒にアンパンマンたちにやっつけられたりすることがある。彼らがアンパンマンと和解することはあるが、通常ばいきんまんサイドに身を置く者もいる。
科学者
ドクター・ヒヤリ、ふけつまん
ばいきんまんと波長が合う。主な結果として、失敗した責任のなすり付け合いなどで喧嘩になる。
バイキン大軍団
登場回 - TV第1190話「アンパンマンとバイキン大軍団」
ばいきんまんとドキンちゃんが中心となって結成した悪の軍団。アンパンマンをやっつけるという目的で、黒バラ女王、化石の魔王、こおり鬼が手を組んだ。のちに偶然居合わせたかぜこんこんも加わる。