高尾山古墳 道路建設と古墳保存
2016年（平成28年）2月2日、最終となる第3回目の協議会が開かれた。9つの案のうち、建物補償と再移転が多いことから墳丘西側を4車線のS字カーブで古墳を避ける方法と、費用が高額となることから4車線のトンネル案と上下2車線のトンネル案の、計3案が候補から外された。第二回の協議会と同様、4車線の道路で古墳の西側にT字の交差点を設ける方法を推奨する委員が多かったが、朝夕の通勤ラッシュ時などに交差点があることによって渋滞が発生する可能性があることや、道路が屈曲することによって衝突事故が起きる可能性が指摘された。また交差点に信号を設置する関係上、静岡県の公安委員会の了承も必要とされた。
協議会としては4車線のT字路案を候補として推薦することも考慮したが、この案は前述の交通面での懸念とともに、住宅の再移転が1件出てしまうことも問題視された。委員の中から再移転が必要となる案を協議会の推薦案とすることに強い反対があり、結局、6つの案についてそれぞれの評価をまとめた上で、5名の委員のうち3名が4車線のT字案を推薦案とすることでまとまった。
協議会の提案を受けて、栗原市長は3名の委員が推薦した4車線のT字路案を採用する意向を示し、案の実現のために必要となる県の公安委員会との協議に入った。
2015年（平成27年）8月6日、沼津市は高尾山古墳の解体方針を白紙撤回し、古墳保存と道路建設の両立を目指す方針に転換した。その後9月3日には古墳保存と道路建設の両立について考える第一回の協議会が開かれた。第一回協議会の開催後、沼津市は地元金岡、門池地区の連合自治会で、市の方針転換について説明会を開いたものの、両地区とも古墳保存と道路建設の両立という考え方自体に拒否感が強く、古墳を解体して道路工事を進めて欲しいという希望が強く出された。
協議会の議論を受けて4車線のT字路案を採用する方向となり、2016年（平成28年）2月12日に沼津市議会本会議で行われた栗原市長の施政方針演説の中で、高尾山古墳を国指定史跡とする取り組みを行い、古墳の活用方法の検討に入るとした。また同日より沼津市は高尾山古墳保存費用の寄付の受付を開始した。3月8日に沼津で行われた狗奴国サミットは会場がほぼ満席となる盛況となり、高尾山古墳の保存運動を展開している市民グループ代表からは、高尾山古墳に対する関心の高さが古墳保存の後押しをすると挨拶し、また古墳東側に道路を通す案は古墳活用にとって望ましくないとの意見が述べられた。
ところが4車線のT字路案の採用についての静岡県公安委員会との協議は難航した。問題となったのは協議会でも4車線のT字路案の課題とされた交通安全面の問題であった。県公安委員会はT字路方式では屈曲部の大型車の並進時などに危険があると判断し、許可を得るのは困難となった。また地元からの要望があった沼津南一色線に接続する東西方向の道路整備も困難であることもネックとなった。沼津市側としては県公安委員会との協議が難航する中でも4車線のT字路案の整備案を中心に進めたいと考えていたが、結局は断念することになり、協議会で話し合われた残りの5つの案を中心に道路整備案を練り直すことになった。
古墳保存と道路建設との両立が難航する中、地元の東熊堂、西熊堂の自治会対象に3回、説明会が開催されたが、やはり古墳と道路の両立を目指す方針に対する地元理解は得られていない状況が続いている。一方、高尾山古墳の保存を求める市民グループは、協議会で古墳と道路建設の両立について話し合われたのにもかかわらず、古墳保存の方針が決まらない中、結局、協議した内容が実現されないのではないかと憂慮した。またこれまで1000万円以上寄せられたという高尾山古墳保存の寄付金のことも考えると、古墳保存についての情報公開が必要であるとして、2017年（平成29年）5月11日に沼津市に質問状を提出した。沼津市側は質問状に対して、4車線のT字路案は断念したものの古墳の現地保存という方針に変更は無く、国史跡の指定を申請していきたいとの回答を行った。そして静岡県考古学会は6月11日に改めて高尾山古墳の保存と活用を求める声明を採択し、6月30日に沼津市側に伝達した。沼津市側からは4車線のT字路案は実現困難で他案を検討中であり、高尾山古墳の国の史跡指定を目指すとの回答があった。
2017年（平成29年）12月21日、沼津市は高尾山古墳の保存と道路建設について検討を重ね、また道路と文化財保護の関係者などとの協議を進めてきた結論として、都市計画道路沼津南一色線の西側車線（上り車線）は古墳の下をトンネルで、そして東側車線（下り車線）は古墳と熊野神社、高尾山穂見神社との間の地上を通す案を採用する方針を発表した。この案は高尾山古墳保存と都市計画道路（沼津南一色線）整備の両立に関する協議会で協議された中に含まれており、当初案では古墳の上を東側車線（下り車線）が通過する構造となるため、山砂、発泡スチロール、鉄板で古墳の保護措置を講じた上で道路を通すこととして、総工費は26億円と見積もられていた。
この案は地元からの強い要望があった東西方向への連絡道路の確保、そして走行車両の安全性という点で他案よりも優れていると判断された。また新たな建物移転の必要が無く、土地の追加買収も他案よりも少なく済む点も評価ポイントとされた。ただ、古墳上を道路が通過するという当初案では、地盤が軟弱であるため古墳ごと沈下してしまうおそれが高く、沈下を防ぐために地盤強化を行うと古墳を毀損してしまうため、東側車線（下り車線）については古墳を跨ぐ橋梁を設ける方針となった。その結果、工事費用は当初見込みの26億円から35ないし40億円と増大するが、当初案では課題とされた古墳と隣の熊野神社、高尾山穂見神社が分断され、古墳の一部が道路の路盤下になってしまう問題は、橋が古墳を跨ぐ構造とすることによって軽減されるとした。しかし東側に設けられる橋梁は、橋脚が古墳の周溝域に立てられることになる可能性が高く、古墳の一部が橋の下となることも景観上の点から問題となり得る。沼津市としては今後道路建設を進めるとともに、高尾山古墳の史跡指定を目指し、近くに駐車場を整備して古墳のガイダンス施設を充実させるなど、古墳の保存、活用を図っていくとした。
沼津市は平成30年度（2018年度）に、『都市計画道路沼津南一色線道路設計等に関する基本計画』を策定した。これは「道路と古墳を含む周辺までを一体的
な空間として設計し、質の高い意匠等を施すことで、良好な景観の形成を目指す」ことを目的としたものであった。この基本計画で都市計画道路沼津南一色線の東側2車線は橋梁、西側2車線はトンネルで古墳を避ける方式の工事計画を採用することによって古墳の活用と、地域において重要度の高い道路の整備の両立を図り、また橋梁とトンネルで古墳を避けるという技術的にも難易度が高い工事を進めるために、道路と高尾山古墳周辺の整備案について設計競技を行うことになった。
2019年7月に設計競技の募集要項が公表され、7件の案が提出された。10月20日に一次評価が行われ、4件の案が二次審査へと進んだ。2020年2月8日には公開のプレゼンテーション並びに質疑が行われ、同日に行われた評価委員会で高尾山古墳を毀損せず、工事中に重機を古墳内に設置する必要がない工法を採用し、また周辺整備に関しても安全面、利便性、景観との調和の面から優れていると判断された案が採用されることになった。
2022年4月23日、沼津市は『都市計画道路沼津南一色線及び高尾山古墳の整備スケジュール』を公表し、都市計画道路沼津南一色線の工事、高尾山古墳の史跡指定に向けての意見具申並びに保存活用のスケジュールを示した。2022年12月22日、文部科学大臣宛に高尾山古墳の史跡指定を求める意見具申書を提出した。文化審議会は2024年6月24日、文部科学大臣に高尾山古墳の史跡指定を答申し、10月11日付の官報号外第238号　文部科学省告示第142号により正式に史跡に指定された。