中国攻め 経過
天正9年7月には、宮部継潤が塩冶高清の守る雁金城（鳥取市）を攻撃し、高清は丸山城（鳥取市）に逃亡した（雁金城の戦い）。包囲された鳥取城は、山陰地方における毛利方の難攻不落の要塞であったため、秀吉は後世、「鳥取の渇殺し」と呼ばれる兵糧攻めを採用した。先述した穀物買い占めにともなう価格上昇により、鳥取城中の貯穀さえ売り出す者がいたといわれている。
秀吉は鳥取城の周囲に深さ8メートルの空堀を全長12キロメートルにわたって築き、塀や柵を幾重にも設けて櫓を建て、夜間も入念に監視させたうえで河川での通交も遮断した。そのうえで、昼夜の別なく鐘や太鼓、鬨（とき）の声をあげさせ、不意に鉄砲や火矢を放つなどして城内の不安を煽り、また、多数の商人を集めて城外で市を開かせて衣食にかかわるものを売買させ、芸人を呼び集めて盛大に歌舞音曲をおこなうなどして城内の厭戦気分の醸成に努めた。
9月16日、鳥取への兵糧補給における水上交通の要地、因幡千代川（湊川）河口の海戦において、細川藤孝の家臣でもある松井康之が毛利水軍を破り、敵将鹿足元忠の首を斬った（湊川口の戦い）。これにより鳥取城は完全に食糧を絶たれ、水、草木、城内の犬・猫・鼠まで食い尽くし、死者の肉まで奪い合う修羅場となった。10月24日、毛利氏は秀吉方に丸山城を開城、翌25日は鳥取城も開城した。開城交渉では、自らの生命に代えて城兵の助命を主張する経家と、経家を生かして森下・中村の切腹で充分と考える秀吉との意見がかみあわず、結局、経家と城内の有力な将士がそろって自害した（鳥取城の戦い）。切腹に際し経家は「日本二ツの御弓箭の境（日本をふたつに分けるような重大な合戦の節目）において切腹に及び候事、末代の名誉たるべしと存じ候」と記した遺言状を故郷の石見に書き送っている。
秀吉はその後すぐさま伯耆に出兵し、羽衣石城の南条元続を救援しようとしたが、吉川元春が馬ノ山（鳥取県湯梨浜町）に布陣し、全面対決も辞さない構えを示したため秀吉はいたずらに激戦して多数の将兵を損耗する事態を避け、羽衣石へ兵糧・弾薬などの補給をおこなったうえで、10月28日に全軍に早期撤兵を命じた（馬ノ山の戦い）。
この年、秀吉は毛利氏の前線基地としての機能を担っていた淡路の平定にも乗り出している。11月中旬、秀吉は自ら池田元助と共に淡路に渡って、安宅清康を由良城の戦い（兵庫県洲本市）で破り、つづいて11月15日の岩屋城の戦い（兵庫県淡路市）に勝利して、最終的に淡路の制圧に成功し、播磨灘の制海権をにぎった。岩屋城を生駒親正にあたえ、淡路国全体の支配は仙石秀久に委ねた。なお、安宅清康の服属により、安宅氏の勢力圏内であった小豆島も信長政権に帰属することとなった。
この年はまた、但馬で国人一揆がおこっているが秀吉は配下の藤堂高虎を派遣して但馬一揆を平定している。領国経営の面では、秀吉は播磨国内に城割命令を発してかつての守護家の居城であった置塩城を廃城とした。破却された置塩城の建物や部材、石垣は自身の本拠地である姫路城に運び込まれた。
なお、前年からこの年にかけて、毛利氏と宇喜多氏の戦いが備前・備中・美作の各地で繰り広げられていた。そのうち最大の戦いとなったのは8月の八浜合戦（岡山県玉野市）である。この年（天正9年）2月に直家が病没し、1年間死が伏せられた中での戦闘であったが毛利主力は備前児島に兵を進め、麦医山（玉野市大崎）に拠る穂井田元清（輝元の叔父）に援軍を送って激しい戦いとなったが、村上水軍を動員した毛利氏によって宇喜多勢は総崩れとなって退却した。
秀吉は天正10年（1582年）3月、備前に入った。3月17日、当時は島であった備前児島で常山城の戦い（岡山市南区）があったが、これは「御次公」と呼ばれた信長の4男で秀吉の養子羽柴秀勝の初陣であった。4月中旬、備前岡山の宇喜多勢を加えてさらに大軍を率いることとなった秀吉は備中に侵攻して、備中日畑城の戦い（岡山県倉敷市）で日畑景親、備中冠山城の戦い（岡山市北区）で林重真、備中庭瀬城の戦い（岡山市北区）で井上有景、備中加茂城の戦い（岡山市北区）で桂広繁をそれぞれ破り、備中の境目七城と呼ばれた毛利方の諸城を次々と陥落させていった。なお、前年に死去した宇喜多直家の次男でまだ12歳であった嫡子八郎は、秀吉より「秀」の字を与えられ宇喜多秀家と名乗り、秀吉軍と合流した。
一方で動揺する毛利水軍への調略もおこない、4月14日には毛利水軍に帰属していた伊予の来島氏を帰順させた。これによって村上水軍は毛利方と織田方に分裂し、塩飽諸島が秀吉に属することとなった。
秀吉は、5月7日、毛利方の勇将清水宗治の守る備中高松城（岡山市北区）を攻めあぐね、水攻めにすることを決した。折しも、同じ5月7日は信長が三男の神戸（織田）信孝に四国出陣の条規を与えた日であった。
高松城は、三方が深い沼、一方が広い水堀となっていて、難攻不落の要害であった。城の周囲に築かれた堤防は、5月8日に造成工事が始まり、19日に終え、作戦は、堤防内に城の西側を南流する足守川の流れを引き込もうというものであった。秀吉は、救援に駆けつけた吉川元春、小早川隆景らを将とする５万の毛利軍主力と全面的に対決することとなったが、折からの梅雨で城の周囲は浸水し、毛利軍は手が出せない状況となった。こうしたなか、秀吉は主君信長の出陣を請い、信長は明智光秀の援軍派兵を決めたほか、自らも中国・四国平定のために出陣しようとしたが、その矢先の天正10年6月2日（ユリウス暦1582年6月21日）、京都本能寺において明智光秀の謀反によって自害した（本能寺の変）。
この報を得た秀吉は、信長の死を秘匿しつつ、急遽、高松城主清水宗治の切腹と毛利領国のうち備中・美作・伯耆の3か国の割譲を条件に、毛利氏とのあいだで講和を結び、兵を明智光秀追討に向けるために撤収した。秀吉側は内藤広俊、輝元側は安国寺恵瓊を講和の使者に立てた。秀吉のこの時の撤兵は、きわめて迅速かつ大規模であったために、後世「中国大返し」と称せられている。
本能寺の変を伝える報せが毛利方にもたらされたのは秀吉撤退の日の翌日で、紀伊の雑賀衆からの情報であったことが、吉川広家の覚書（案文）から確認できる。この時吉川元春は秀吉軍への攻撃を主張したが、弟の小早川隆景がこれを制し、交戦には至らなかった。
講和後の秀吉は6月13日の山崎の戦いで光秀を撃破、翌天正11年（1583年）3月にはかつての同僚柴田勝家と対立して賤ヶ岳の戦いで闘うこととなった。その際、輝元は秀吉・勝家の双方から同盟を申し込まれたが、中立を保っている。賤ヶ岳戦勝後の5月、秀吉は、東海・北陸地方での戦果と旧武田氏領をのぞき信長の旧版図が秀吉の支配下にはいったことを小早川隆景に書面で報じ、輝元が自分に従う覚悟をするなら、「日本の治、頼朝以来これにはいかでか増すべく候や」と述べ、信長から自立した独自の政権づくりによって天下一統を推し進めていく抱負を示した。
秀吉は、領国割譲に関する毛利氏側の要請をいれて西伯耆・備中高梁川以西を毛利領として画定した。天正11年8月、毛利氏もこれを受諾して人質を秀吉に送ったことで境相論は解決し、中国国分がなされた（その直後、秀吉は大坂城築城を開始している）。毛利氏はこれにより中国地方9か国を有する大大名となった一方、秀吉政権に服属することとなった。しかし、天正12年（1584年）3月、秀吉は宇喜多秀家に対し毛利氏への備えを命令しており、必ずしもすべての警戒を解いたものではなかった。
天正12年12月末には、秀吉は、輝元の娘を養子の羽柴秀勝に娶せ、毛利氏とのあいだに縁戚関係を結んだ。天正13年（1585年）正月、秀吉は毛利氏との境界画定交渉により領土について大幅に譲歩し、南海道方面での協力を要請した。同2月には、小早川隆景にみずからの3月の紀伊攻めの意向を報じ、分国中のすべての警固船を和泉岸和田に集結している。この後、毛利氏は、羽柴秀長を総大将とする紀州攻め、四国攻めに協力した。同時に秀吉政権に深く組み込まれることとなり、秀吉は天正14年（1586年）、輝元に毛利領内の城割（城の破却）を命じている。