スーパーマリオくんの登場キャラクター 各シリーズのキャラクター
ノワールが送り込んだ刺客。原作とは違って本心ではなく、勇者になりたかったためにノワールに忠誠を誓っている。投げ技でマリオを苦しめるが、トるナゲールの手助けによって阻止され、スーパーマリオ連続ジャンプで倒される。その後、勇者になりたかった本心を明かしたことでマリオに勇者の印として帽子を譲られ（同じ帽子を大量に持っていたため）、おまけに「勇者」と掛けたダジャレで「注射」を打たれた。
ディメーン
ノワールの手下。初登場の時はズンババの思考回路を魔法でショートさせ、マリオを倒そうとしたが、失敗する。本編最終話では改心したノワールを見限り、自らルイージを取り込んで「スーパーディメーン」となった。
マネーラ
ノワールの手下。サンデールを監禁し、彼女に成りすましたが、アンナに正体を明かされた。その後、戦闘形態に変形してマリオを苦戦させるが、バンケンが持ってきたブロックから出てきたおたすけドット隊によって足の動きを塞がれ、マリオのパンチで倒された。
ミスターL
緑色の貴公子。正体はノワールの改造を受けたルイージである（ゲームよりマリオとクッパは早く気がついた）。ルイージとしての記憶を失っており、マリオとクッパ二人掛かりでも苦戦するほど力も強くなっている。マリオに兄弟の思い出を訴えられるも、そもそもろくな思い出が無かったために怒り、戦闘メカ「エルガンダー」を使ってマリオとクッパを倒そうとしたが、マリオの奮闘によってピュアハートが齎したアイテム・ハッピーフラワーの力で元に戻った。しかし、結局マリオとクッパに袋叩きにされた。
スーパーディメーン
暗黒空間に飲み込まれたルイージをディメーンが取り込んで変身した敵で、本作のラストボス。その力で当初こそマリオ達を圧倒したものの、復活したピュアハートの力で巨大ドット姿になったマリオ、クッパ、ピーチの一斉攻撃を受けて消滅した。
ズンババ
古代の民が作ったロボであり、守り神であるドラゴン。マリオを勇者と確認し、ピュアハートを授けようとしたが、ディメーンにより思考回路をショートさせられて暴れ回る。マリオは信心深かったため、守り神という立場を利用してマリオを苦しめるも落としたピーチの写真に唾をかけたことがマリオの逆鱗に触れ、めちゃくちゃな攻撃で倒されて元に戻った。
カメレゴン
アンナをさらったカメレオン。ピーチに変装したマリオ（本人曰く「ヒゲのはえたピーチ姫はとってもレア」）を自分の城に持っていったが、後にマリオだと気付き、姿を消したり、舌を使ってマリオを苦しめたが、ピーチと勘違いして追ってきたクッパに妨害される。その後、マリオとクッパの喧嘩のドサクサに倒された。ゲームで見せたオタク趣味は、可愛いものを集めている、ゲーム機を大量に所持しているという程度に留められている。
シニガミダス
スカイランドを襲った魔物。冷気でマリオとルイージを氷付けにしたり、氷弾で苦戦させるが、最終的にピーチ姫の救援もあってマリオ達に倒される。
ロック人
ストンストン村に住む村人。ノワール伯爵によって飛ばされてきたピーチ姫を「神さま」と称え、ハナーンにさらわれた村人を助けてほしい、ボスのキングハナーンを倒してほしいとお願い事をする。その後、キングハナーンが元に戻った後はピーチ姫に感謝するが、自分達がキングハナーンを凶暴にした原因であるために彼女に怒られて川をキレイにする掃除をした。
キング・ハナーン
ハナーン族の女王。ロック人達が水を汚染したせいで狂ってしまい、ロック人達をさらっては奴隷にしていたが、ピーチ姫の涙で怨念が洗い流され、元の純粋で優しい女王に戻った。
ブブドー
モノノフ王国の100人衆。ゲームとは違い、ピーチ姫の回想の1コマのみの登場で、武術大会に参加した彼女にあっさり敗れていた。
エマ
ルミエールの恋人である人間の女性で、アンナが妖精に生まれ変わる前の本当の姿。ルミエールのことを愛称で「ルミちゃん」と呼んでいた。人間嫌いであるルミエールの父によって始末されてしまう。
デアール
魔法使いの老人。ゲームとは違い、マリオ達と関わることがなく、アンナの回想の1コマにのみ登場し、ルミエールの父によって異次元から追放されたエマを助け、彼女を妖精アンナへと生まれ変わらせた。
ルミエールの父親
ヤミ一族の長で、ルミエール（ノワール伯爵）の父。最終決戦の回想シーンにのみ登場し、人間が嫌いなために息子が人間の娘と付き合っていることが許せず、エマを始末した。
ロゼッタ
ほうき星天文台の主。うっかりで、やや天然ボケな一面もある。バリアを張ったり幻影を作ることができる。本作では、身長がピーチ姫と同じ。
チコ
マリオと一緒に冒険するパートナー。単体だとほぼ無力だが、マリオに入るとスピンアタックをすることができる。かわいらしい姿でツッコんだりボケたりずっこけたり、マリオやルイージのサポートをしている。主にツッコミ担当である。ボスカメックが倒された後、よぼよぼの瞬間移動が移ってバトラーのようにしわしわの姿になってしまったり、魚を食べすぎて、でぶになってしまったことがある。
マリオとともに冒険するチコの他、星船にはたくさんのチコがおり、お年玉をもらうときやクッパJr.に散らされた星を集めるときなどに見ることができる。
「ギャラクシー2編」の読み切りや「3Dワールド編」の宇宙でも登場。マリオの相棒と言う立ち位置に再びなれることを喜んでいた。
バトラー
ほうき星天文台にいるよぼよぼの長老。クッパとの最終決戦直前にパワースターに成長し、最後の1個のパワースターとして星船を動かす動力の一部となった。ゲームとは違い、姿がしわしわである。七夕の日に＜しわがなくなりますように＞とお願いしていた。
ハラペコチコ
食いしん坊の星の子。マリオに入るとボディプレスを炸裂させることができる。ゲームとは違い、勝手にスターピースを食べる上に変身しない。七夕の日には＜スターピースもっともっといっぱいたべたい！＞とお願いしていた。
キノピオ隊長
キノピオ探検隊の隊長。おやじギャグが大好きで、態度がでかい。頼りないが、勇気を見せる時もある。マリオと一緒にコウラを持ち上げて投げるほど力持ち。ギャラクシー編の最終回では親衛隊に昇格しキングボーネに苦戦するマリオの援護をする活躍を見せた。３９巻では、七夕の日にたんざくにかきおきしただけで全く出番がなかった。
巨大クリボー
ヘブンズドアに現れた巨大なクリボーだが、実はロゼッタがクッパに敗れて落ち込んでいたマリオの自信を取り戻すために作ったイリュージョンである。マリオのスピンアタックによって倒される。
タコボー
オタキングの手下。マリオが怪しまれないように「突撃!となりの星の晩ごはん」と書かれたしゃもじをかかげていた時は、すぐ信用して騙されていた。マリオのスピンアタックで倒され、タコ上げにされてしまう。
タコチュ
オタキングの手下。ちゅーちゅー攻撃でマリオを苦戦させるが、彼の策略に嵌まってスピンアタックで倒される。
ゴロゴロ岩
ルイージが迷いこんだ惑星のゴロツキで、複数いる岩石のモンスター。岩山のスターを独り占めにしており、マリオ達を苦戦させるが、読者の応援のお手紙によってパワーアップしたルイージに動きを止められ、マリオのジャンピングスピンアタックによって倒された。ゲームと違い顔がついているため赤い部分が狭くなっている。
クワカブト
ハニークイーンが体をムズムズさせる原因を作った張本人。ハニービーが集めてきたミツを横取りする悪いやつ。体はめっちゃ固く、おまけにむっちゃ重い。最後はチコが持ってきたファイアーフラワーで変身したファイアマリオによって倒される。
コテムシ
ハニービーキングダムギャラクシーにいた、ルイージのことが大好きだったメスの虫。ひっくり返ると自分で起き上がれない。あまりの乱暴ぶりをもてあましたルイージにふられパニックを起こし、彼を助けに来たマリオに八つ当たりをした。その後マリオがスピンアタックをあてたせいで岩崩れがおき、ピンチになっているところを、放っておけないと思ったルイージに助けてもらった。最後は助けてくれた嬉しさの勢いで起き上がりルイージを他の星にふっとばしてしまった。星くず祭りに招待され、ルイージと再会できた嬉しさに彼を噛んでいた。
ベビーベーゴマン
ベーゴマン一族の戦闘員だったがあまりに弱すぎたため不良品としてバトルロックギャラクシーの宇宙のゴミ捨て場に捨てられてしまった。ゴミを片付けに来たマリオ達と出会った。あるゴミ山だけは頑なにボム兵で片付けられることを嫌がっており、その理由はゴミ捨て場に咲いた一輪の花を守るためという敵キャラに似つかわしくない優しいものであった。星くず祭りの全員集合時にも登場。
トゲベーゴマン
バトルロックギャラクシーの円盤でルイージを捕まえる。コレクションマニアでキラーを飼っている。マリオの策で檻から抜けだしたルイージを再び捕まえようとするが、キラーに叛逆され敗北、コレクションも解放される。
テレサ夫婦
ファントムギャラクシーのおばけやしきに住んでいる夫婦。星くず祭りではおばけやしきを開いていた。
夫はオバケのくせに怖がりで妻やマリオ、さらには同僚のカボクリボーにまで驚く始末。妻には完全に尻に敷かれている。
妻は気が強く、テレサらしく驚かしに長けている他透過能力も自由に使える。オバケマリオにも優位に戦うがマリオが壁にぶつかりボコボコになった姿に初めて怖がり、マリオのことを好きになる。ポルタの事情や正体も知っており、マリオに彼の心を開かせようとしていた。
レーサーテレサ
おばけやしきの外でテレサレースを開いている。99戦99連勝中のレーサーだが卑怯な手を多く使う(爆弾付きの乗り物を使用させる、バットンやボムテレサを使うなど)。しかしボムテレサを出したことが仇となり爆風で逆にルイージにゴールされてしまう。星くず祭りにも来ていた。
ゴールドワンワン
『NGワード』を発言すると発言したものを球体に変えるたたりをもっている。名のとおり金色に輝いていて無敵である。しかし諦めなかったルイージの気持ちが勝りレインボースターでパワーアップしたルイージに倒された。
ツキダシドーン
雪山にいた敵キャラクター。壁から突き出るだけでなく他個体の中からも突き出る厄介さを持っている。雪だるまを破壊した。
砂風くん
星船からお年玉(とバトラーのカツラ)を巻き上げた。サンボヘッド親子に雇われていた。
サンボヘッド親子
サンドアイランドギャラクシーに住んでいる。砂風くんと共に各地でお宝やアイテムを盗むドロボー。本来ならば苦労せず倒せるザコキャラだが風邪を引いたルイージを親子で袋叩きにした。流砂に落とすまでは有利だったものの地中に隠していた戦利品の赤コウラにツッコんだルイージにぶつかって倒れた。
メットボー軍団
クッパJr.に従って奪ったスターをイカダへ運ぶ。
ディノパックン
エッグプラネットギャラクシーにある大きな卵の中に閉じ込められた大きパックンの恐竜。ライフUPキノコでパワーアップしたマリオのスピンアタックによって敗北した。
オタキング
タコボー、タコチュー、オタロック達のボス。巨大なタコの姿をしており、火の玉攻撃が得意 である。最後はマリオがやけくそで地面から出した土かんを見てタコの習性で穴に入り込んでしまい、詮で穴を塞がれてしまう。
マリオがパワースターをゲットした所を見て、実はタコ一族のお宝「金のタコつぼ」を彼が狙っていると思い込んでいて勘違いしていた。
ボスカメック
1万年生きているよぼよぼの魔法使い。初めはチコが少し息を吹いただけで倒れるほど弱かったが、マリオによぼよぼを瞬間移動 させて若返り、老体になったマリオを圧倒するが、キノピオ隊長とマリオの連係プレーによるコウラアタックで敗れる。
クモキング
スターダストギャラクシーの巨大なクモ。毒液や6本足キックを得意技とする。マリオたちを近づけさせないほど苦戦させたが、マリオの強い気持ちに応えて出現した幻の惑星ヨッシーの超強力なひっぱりマユによって飛ばされたマリオの体当たりで敗北した。
ポルタ
岩の怪物。元々はテレサと同じオバケだったが、姿が違う上に力が強すぎることで仲間外れにされ、心を閉ざしていた。後に自分の住処にやってきたマリオとの戦いの中で徐々に心を開くようになって最終的には超必殺技の「岩石演舞」で岩がはじけたことで本当の姿に戻った。その後、テレサ達と幸せに暮らせるようにもなった。
カチコチキング
アイスボルケーノギャラクシーにいた敵。親父ギャグで攻撃をし、一度は熱くなってパワーダウンするが、ルイージの寒いギャグのせいでパワーアップし、最後はマリオと和解し、溶けてしまったかと思われたが、マリオの寒い親父ギャグによって山のふもとの村で復活していた。ギャラクシー編の最終回でも登場し、キングボーネによって燃やされた建物を氷漬けにするという形で消火した。
モグキング
星ウサギを追いかけていた巨大なモグラ。外見に似合わず、めっちゃシャイな性格である。地中からの攻撃は得意だが、ヒップドロップには弱い。マリオが地中に注入した「おならガス」によって怒りモードが発動した際に星ウサギを追いかけていた本当の理由はウサギが大好きだからだと本心を明かす。ギャラクシー編の最終回で星ウサギと共に星くず祭りに招待された（足だけだが）。
キングボーネ
銀河のガイコツザメ。アホすぎて 最後まで出番が無く、最後でようやく登場し、キノピオたちを食べるが体が骨なのですぐ脱出されてしまい、コボーネを使って建物を全部火事にしようとするもカチコチキングによって阻止され、今度は自分で祭りを壊そうとしたが、キノピオ探検隊の手助けとマリオの連続スピンアタックによって敗北し、料理にされた（最後は出汁にもされていた）。
ハニービー
ハニークイーンに仕えるミツバチ王国の住人。女王のムズムズを治すためにミツを集めており、ミツバチの格好をしていたマリオをハチだと勘違い してミツ集めの協力に連れていった。その後、マリオに女王のムズムズの原因を探ってほしいと頼み、ハチキノコを渡した。殺虫剤には弱く、マリオがクワカブトを倒すために用意した「パルサン」の風向きが変わって、苦しんでしまう。
ハニークイーン
ハニービーキングダムギャラクシーのミツバチ王国に住む女王。ミツバチたちからは「女王さま」と慕われている。体のムズムズを止めてほしいとマリオに依頼し、ムズムズの原因である星のカケラを取り除いてもらい、一度は楽になるが、クワカブトのせいで再びムズムズになってしまう。その後、ファイアマリオがクワカブトに放った火が体に引火し、火事になったことで火傷を負ってしまい、火傷が治るまでパワースターをおあずけにし、マリオとチコをしばらく働かせた。
星ウサギ
ウインドガーデンギャラクシーに住んでいるウサギ。語尾に「ピョン」をつけている。モグキングに追いかけられて困っていた所をマリオに助けを求めるが、モグキングが自分を追いかけている本当の理由がウサギが大好きだと判明した後は彼から改めて告白を受けるが、性別はオスである。
雪だるま
ツルツルアイスマウンテンにいた雪だるま。特殊な雪でできているため動ける。初日の出を見に行くところをマリオがたき火をしたせいで体の雪が溶けてしまったため、マリオたちはツルツルアイスマウンテンの頂上まで運ぶことになった。わがままな所がある。ピンチ状態のマリオを助けるためツキダシドンに突っ込んで砕け散ったが、中に入っていたスターリングでマリオたちを山の頂上まで運んだ。その後は初日の出にお願いをしたマリオによって復活している。
ペンぎゃらすじーさん
アイスボルケーノギャラクシーに長年住んでいるペンギン。マリオを待ちすぎて凍っていた ところを助けられる（電子レンジで氷を溶かされた）。マリオにカチコチキングの退治を依頼する。寒いギャグによる寒さが苦手。お礼として捧げたパワースターはパックに入れられていて冷凍にされていた。名前の由来は同誌連載のとあるキャラクターである。
ペンギン
グラスビーチギャラクシーにいたペンギン。泳げないのが特徴で海で溺れているところをマリオとチコに助けてもらった。
大事な物で家宝である「金のコウラ」を海に落としてしまったのでマリオに探してほしいと依頼する。
色々あって滝の上に置かれた金のコウラは風で飛ばされてしまうが、タイミングよく彼の手元に渡っていた。
大事なコウラを苦労して探してくれたマリオにお礼の金メダルとしてパワースター（砂浜に落ちていた）を渡した。
自分のサインをマリオにあげようとするがいらないと言われてしまう。最終的にマリオは彼の感謝の気持ちがこもったサインをもらう。
イエロースター
スターの精。スターパワーという力を持っている。
クリボー
クッパの手下で、今回はお供的存在。ブリロックに捕らえられているところをクッパに助けられ、それから少しの間はクッパのお供として登場した。
ゲラコビッツ
メタコロ病を広めた張本人でキノコ王国の支配を企んでいる。ラッキーキノコこと「バキュームキノコ」をクッパに与え、マリオ達をクッパの体内に閉じ込め、ピーチ城、クッパ城を乗っ取り目覚めたクッパも部下のメタボスに倒させた。最終決戦ではダークスターの力を取り込んでダークゲラコビッツに変身するが、直後にダークスターにパワーを取り返されて虫のような姿になった上にダークスターに食べられ、「おまけ」にされた。
メタボス
ゲラコビッツの手下。一度はクッパに勝利するものの、再戦ではあっさり敗れた。
トゲーバ
クッパの体の中に住み着いているモンスター。キノピオたちの店をめちゃめちゃにしたが、マリオのハンマーアタックによって敗れる。
ベタリーノ
ファイアパイプにいた敵。マリオとルイージのスペシャルアタック・ミドリこうらアタックによって敗れる。
タンパくん
キノじいを閉じ込めていた（本人曰く「腐る直前までねかせていた」）敵。ルイージのハンマーによって小さくされた（イエロースター曰く「打ちどころがよかった」）。
カラカラゲッソー/ミネラルゲッソー
普段は小さいが、水分を吸収することで膨らんだ姿となるゲッソー。マリオを相手に何度か攻撃したり、逆に圧倒されたりと繰り返し、最終的に膨らんだままの姿でいられたかと思われたが、実際は風船の中に隠れていただけで、そのことをイエロースターに看破され、最後はあっさりと降参した。
クッパ城
おなじみの最終ステージとしても扱われてきたクッパの城。今回はゲラコビッツに改造されたため敵として登場し、クッパとそのお供をしていたクリボーを攻撃するが、マリオたちのおかげで巨大になったクッパに敗れ、正気に戻った（その際にクッパ城には「正気」と書いた旗が立てられていた）。
ジューシー
カロリンと共に現れた肉の形をしたモンスター。攻撃されると相手はブクブクに太り、またカロリンが食べると分裂する。
カロリン
メタボルスペースに出現した敵。ルイージの持っていた胃袋型消火器によって一度は倒されるもジューシーを食べて分裂した。しかし、マリオたちのスペシャルアタック、スイーツバスケットによって敗れる。
アルカロテン&ベタカロテン
メタボルスペースに出現した敵。
クッパメモリーM&クッパメモリーL
バトルコロシアムで登場したクッパの記憶にあるマリオとルイージ。マリオは自分の弱点は自分が知っているといったが、クッパの記憶にないため、まったく効かなかった。Lはテレサに追いかけられる際のアタックやスリップハンマーでマリオを攻撃、Mもスターダッシュでルイージを攻撃する。その影響ででコロシアムが崩れかけるが、クッパの記憶にマリオの勇敢さも残っていたため、巨大マリオで食い止めようとした。しかし、耐えきれずにコロシアムが崩れ落ち、クッパも腹を壊すこととなった。
ダークスター
キノコタウンの地下にねむっていた暗黒パワーたっぷりのスター。あんこくパワーを発動し、ゲラコビッツをダークゲラコビッツにパワーアップさせるが、結局はパワーを取り返し、虫のような姿になったゲラコビッツを食べて「おまけ」にした。その後、クッパのパワーを欲しクッパの体の中に浸入、そこでマリオたちと戦い、序盤は押され気味に見えたが全く効いておらず「すごいビーム」でマリオたちを倒した。その後はダーククッパに変貌するが、ピーチ姫によって叩き出され、更にクッパに吸い込まれてダークスターコアとしてマリオたちと再び対決、最後はキノコ王国中からやってきたスターの力によって敗れた。
ダーククッパ
クッパのパワーを取り込んだダークスター。クッパをダークファイア、岩石落下などで追い詰めるものの、ピーチ姫にハンマーで叩かれてコアであるダークスターコアが口から出たことで抜け殻になってしまい、最後はクッパに敗れた。
ブリロック
敵でもなく、味方でもないキャラクター。クッパにバキュームブロックと捕らえていたクリボー軍団をプレゼントするが、バキュームブロックの効果を確かめたクッパによって吸い込まれた。
パタメット
集団で登場した羽が付いたメット。ワールド7に登場し、ヨッシーが勝手に開いたアイス屋にやってきたのが、マリオ達との出会いでアイスを貰ったお礼にマリオ達を運んであげ、その後はマグナムキラーに苦戦していたマリオを助けた。
エイジロウ
ワールド5でマリオ達を運んでいたキャラ。最初は遅く、えさ（ヨッシー）のおかげで早くなったものの、早くなりすぎて荒っぽい着地をしてしまう。
子連れゲッソー
敵でもなく、味方でもないキャラ。1～4番の子ゲッソーを連れていた。
子ゲッソー1番
子ゲッソーの中で一番おバカ。母親（子連れゲッソー）のためにアコヤガイのどれかに入っている真珠を見つけて母親にプレゼントしようとし、そんな時にマリオと出会い、「一緒に探してくれたら大砲をあげる」と言ってマリオたちと真珠を探したが、なかなか見つからず、そのままアコヤガイを自分のものを言い張るフグマンネンと対決し、その中でマリオがファイアフラワーを取れない状況だったため、代わりに自分が取り、焼きイカになりながらもフグマンネンを倒した。その後、遂に見つけたアコヤガイの中には真珠ではなく「新種」のクリボーであるピカクリボー（漫画オリジナル）が入っていたためにショックを受けたが、やって来た母親から気持ちだけで十分だと言ってくれたことで元気を取り戻した。
パックン族
森で暮らしているパックン達。フリーマーケットをやっている者もいたが、マリオ曰く「どれひとついらない」ものである。超悪いパックンの出現で気が弱くなり、当初は怯えていたが、マリオの言葉で勇気を出し、一緒に超悪いパックンを倒した。
カニボー
ルイージ達の前に現れたカニ。ワールド4に登場し、ヨッシーやルイージ、キノピオ達と仲良くしようと近づくも手がハサミであることが災いして遊べず、一時は逃げ出す。その後、でかウニラに苦戦している彼らの前に現れ、得意の散髪を用いてウニラを追い返した後はキノピオからハサミ用安全手ぶくろをプレゼントされた。
ライトクラゲ
湖を明るくするのが役目であるクラゲ。カメックが湖を汚して真っ暗にしたせいで光れなくなっていたが、マリオが見つけたスターコインのおかげで光ることが出来るようになり、マリオ達を勝利へと導いた。
きいろヨッシー
願いごとを叶えてくれるハッピーなヨッシー。「幸せの黄色いヨッシー」と言われているが、笑わせないと願いごとが叶わない。
普段マリオ達といるヨッシーとは別個体で、丸々とした見た目で「はっぴ〜」と「うま〜」としか喋ることもない。性格はヨッシーと同じく食いしん坊で、食べ物関連のネタに笑う。体格は丸いが足は速く、ただ追いかけるだけではなかなか捕まえられない。
キノピオ一家
ワールド9に住むキノピオの一家で、家族構成はパパ、ママ、息子、じいさんの4人家族である。執着するほどキノコ料理が大好きで、キノコが生えている土地に長年住んでいる。本物のマリオやルイージを見たことがないため、ルイージ本人をマリオ、ヨッシーをルイージと思い込んで歓迎する。その後、自分達を追い出そうとした乱暴者のキングキラーに困っていたが、最後はルイージとヨッシーに助けられ、更に後からやって来た本物のマリオを変装している偽物だと勘違いしてしまう。
砂
ワールド2で登場した砂。流砂になったり、地面から吹き出したりする。マリオに「砂のくせに、そんなこと…。すなー!!!」と言われたことに激怒し、暴れた。
アイスブロス
ワールド3に出てきた敵。氷まつりのチラシ でマリオ達をおびき寄せ、マリオ達を倒そうとアイスボールでルイージ、キノピオ2人、ヨッシーを凍らせ、更にマリオのミスで氷の像から敵キャラが解放され、そこからマリオを追い詰め、マリオを崖の下に突き落とすが、ペンギンスーツをゲットして駆け上がってきたペンギンマリオによって敵キャラは全滅、アイスボールを食らわせようとするもマリオの「大サービスの超ドでか盛りアイスボール」によってワールド3ごと凍らされて敗北した。
氷（アイス）スネークブロック
レミーによって氷ブロックから姿を変えられた敵。敵も味方も関係なく暴れまくり、最後はマリオとレミーのコンビネーションによって倒された。
ワンワン
ワールド5の城で1ヶ月も金網にはまっていたワンワン。かなりやつれていたが、ヨッシーによって救出され、ヨッシーに「クリボーのほし肉」を貰う。その後、イギーによって巨大に戦闘用に変えられ、マリオ達を追い込むが、ヨッシーの懐からこぼれたクリボーのほし肉を見たことでヨッシーのことを思い出し、イギーを倒した。
マグナムキラー
ワールド7で出てきた敵。マリオを下へ落とそうとしていたが、最後はアイスフラワーでパワーアップしたマリオに凍らされて敗北した（最終的にはヨッシーにかじられていた）。
でかテレサ
おばけやしきのテレサ達の親分。マリオをブロックに突き刺して追い込んだが、マメキノコで小さくなったマリオがスターコインを動かしているのを見て「おばけだ～!!」とビックリし、降参した。再会時には、「帰しま10」を実行し、お化け屋敷に迷い込んだマリオ達を驚かせた。
カメック
おなじみであるマリオの敵。久々の登場なので初戦時には気合の入った衣装を着ていた。マリオとヨッシーを追い詰めるが、ルイージ達が乗っていたほねコースターの体当たり で敗北し、マリオ達に近道を教えると偽ってワープ大砲に入らせ、ワールド3まで逆戻りさせた後は、ワールド8の湖の中でマリオ達と再び対戦し、まっ暗の中で圧倒したが、スターコインをはめたライトクラゲ達の光に場所を照らされたことで居場所を知られ、最後はマリオ達に袋叩きにされて敗北し、クリスマスツリーみたいに明るく飾られた。その後、クッパJr.を魔法でメカクッパJr.に変え、マリオ達を苦戦させるが、ルイージ達によって大ボケ作品に変えられたメカクッパJr.の中に閉じ込められた。
フグマンネン
真珠探しの最中に現れた敵。全てのアコヤガイは自分のものと言い張り、マリオ達やゲッソーの子供に攻撃を仕掛けたが、最後はゲッソーファイアミサイルで倒された。
超悪いパックン
パックン族の暮らしている森にやってきた超悪そうなパックン。マリオを追い詰めるが、最後は「マリオ&パックンローリングかみかみアタック」で敗れた。
メガブロス
ハンマーブロスの弟。体はとてもでかいが、恐がりかつ戦うことが嫌いである。楽しみにとっておいたケーキをヨッシーに食べられたことで怒りスイッチが入り、敵味方関係なく凶暴になってマリオ達を追い詰めるが、最後はピーチ姫が送ってきたパワーアップアイテム（写真）によってパワーアップしたマリオ達に敗れる。
ハンマーブロス
メガブロスの兄。弟と共にパワーアップしたマリオ達に敗れる。
でかチョロボン
チョロボンたちの親玉。ぞりぞり攻撃などでルイージとヨッシーを苦しめるが、うっかり口を滑らせて炎が弱点だということを言ってしまい、それが原因でルイージとヨッシーの超巨大炎玉に敗れる。
チョーチン
名前の通りにチョウチンアンコウのようなおじさん。カメックによって操られ、マリオ達を攻撃した（ゲームでは攻撃しない）。
パタクリボー
ルイージ達の前に現れた敵。賞金目当て（マリオは1000000コインもの賞金だったが、ルイージはたったの5コインである）でルイージと戦ったが、それは貧乏で、生活苦になっている家族を助けるためである。
クリボーの家族
ママクリボー、ババクリボー、ジジクリボー、パパクリボー（失業中）のクリボー一家だが、正体は4体に分裂していたでかクリボーである（ゲームと同じく、でかクリボー、こでかクリボー、クリボーの順番）。ルイージとヨッシーの見つけたPOWブロックで倒され、再び分裂した。
でかドッスン
クッパに指名されてやってきたでかいドッスン。橋を壊してマリオ達の行く手を阻み、追い詰めるが、最後はペンギンマリオの急降下アタックで周りを削られて形が丸くなり、更に性格も丸くなって和解した。
クラッシャー
自称クッパ軍団最強のボクサー。マリオ型の練習代人形でマリオを倒す練習をしており、またゲームとは違ってボス並みの強さを持っている。ピーチ姫から送られてきたピーチ姫型チョコに入っていたたくさんのスーパーキノコによってメガでかになったマリオに踏み潰された。
バブル
クッパ城に住んでいるバブル達で、畑をつくっている（なす火、すい火、火まわりなど）。何匹かヨッシーに食べられ、残ったバブルは合体して大火炎（ビッグバブル）になり、ルイージ達を追い詰めるが、最後はルイージの寒いギャグに反応して発芽したアイスフラワー（自分たちが植えていたのを知らなかったらしい）を取ったアイスルイージに敗れる。
ロックガボン
クッパ城でクッパのマネ（影だけ）をして出てきた敵キャラで、投げの名人。マリオ達をあと一歩まで追い詰めたが、最後はヨッシーのおにぎりに入っていたマメキノコを採ったマリオ達のスーパーマメマメ戦隊の作戦によって溶岩に落ちて敗北した。
サンボ
ワールド2の敵。複数のサンボと合体し、「サンボール」になるも最後はマリオのおならで合体を解除され、ヨッシーに食べられた（サンボを食べたヨッシーもボールになった）。
クッパ軍団のお笑い部門
こでかクリボーを中心とするお笑い部門。マリオに「ネタを見てほしい」と言ったが、本当の目的は「油断しているうちに倒す」ことで、一時は追い詰めるも最後はペンギンマリオのボケに呆れつつ、倒された。
超大ボケのパックンフラワー
まさに大ボケのパックンフラワー。大ボケ花粉を撒き散らし、ボケの要素を強く持つ者を戦えないくらいの超大ボケにする。マリオやヨッシーに効いたが、最後は風向きが変わってクッパにも効いていた。
ケロンパ（大）
大きいケロンパ。マリオにかかった大ボケ花粉を治す薬を手に入れようとしたルイージとヨッシーに昼寝から無理矢理起こされるなど散々な目に遭ったが、最終的には薬である自分の炎でマリオを治した。
でかウニラ
ワールド4でルイージ達の近くに現れた敵。ルイージがちょっと人気が出て天狗になったことに激しく激怒し、彼らを攻撃したが、実際は「魚介類ビューティヘアコンテスト」でビリになったために機嫌が悪かっただけで、最終的にはカニボーの介入で自身の髪型を気に入って感謝し、海に戻って言った。
メット
ワールド4の地下道の工事現場の監督で、大の踊り好きの親父。作業員にKARO（KARAのパクリ）やチョロザイル（エグザイルのパクリ）やマグナムキラー（不発弾）などがいる。クッパのわがままで働かされているため、反感を持っているものも多く、最終的にはマリオ達をワールド8まで連れて行き、マリオに全てを託した。
キングキラー
ワールド9の乱暴者で、最後に出てきた敵。自身の「キラーキラーランド」を作るためにキノピオ一家に立ち退きを勧告するために強襲し、マリオと偽っているルイージを追い詰めるが、最後は岩を食べて重量級になったルイージとヨッシーに動きを封じられ、アーマーが取れて超巨大なフィッシュボーンという正体を現した後にルイージの超重量級でぶアタックで粉々にされて倒された。
キノピオ
マリオと共にクッパ城へ向かうが、たまにマリオにひどい目にあわされる。
ルイージ
砦にさらわれていたが、自力で脱出した。その後マリオと再会したが、結局ひどい目にあわされるばかりである。
ゲッソー
海で溺れていたところをマリオが助けたお礼に「Newスーパーマリオブラザーズ2お試しゴールドセット」を渡し、お試しした。そしてお試しが終了した時、煙を放ち、マリオが歳をとってしまった。
チョロプー達とプー子
一年に一度のもぐらまつりを開催したモグラたち。しかし開催場所がゴロプーの縄張りでいつも祭りの邪魔をするが、地蔵マリオとルイージで制裁された。
タワークリボー
このシリーズで最初にマリオを立ちはだかった敵で、4匹積まれたクリボーである。チームワークでマリオを追い詰めるが、たぬきマリオのしっぽアタックで倒された。
インクパックン・でかしっぽクリボー
マリオを店におびきよせた犯人。彼らの店にはいろいろ罠が仕掛けられている。キノピオ全力発射や連続尻尾アタックで倒され、売り物にされてしまった。
しっぽクッパ
しっぽが生えてしまった本物のクッパ。手下たちに雑に利用され、更にはサンボ達に触られみごとに腫れてしまい、怒り任せにしっぽを振るった結果、自身の城を破壊してしまった。
W1のしっぽクッパ
W1の城のボス。眉毛が細く牙も少ない。言動もおかしく、語尾に『クリ』とつく、マリオに執拗に怯える、ザコと聞いて怒る、自身の吐いた炎で火傷するなど怪しさが目立つ。正体はこのはを使って化けていたクリボーで油断して顔を出してしまったことでマリオにもバレてしまう。体格と力だけはクッパ並で、橋の奥のスイッチを踏ませまいとマリオを妨害していたが、隙をついてキノピオにスイッチを押させたマリオ共々マグマの海へ落ちた。
メラゴン
火を吹く敵で特技は着ぐるみ作り。周囲から「新入り」と言われ、最強の敵キャラになるため、マリオを倒しにいく。最初はキノピオに化けており、正体がバレたためメラゴンデラックスに変身するが、着ぐるみであったためにファイアーボールに焼かれてしまった。その炎をマリオに消火してもらい助けられたことでマリオに感化され、冬限定でマリオの仲間になった。
チョロプー・ザ・ピカソ
看板画家のチョロプー。W2-1に登場し多数の看板を使う「かんばんマジック」でマリオを翻弄する。匂い付きの看板や声をそのまま看板にしたり、背景すら看板だったりともはや何でも看板にしてしまう。しまいにはマリオやキノコも看板にしコレクションに加えたが、そのキノコの看板をマリオが食べたことで復活、その勢いで上空から噛まされたヒップドロップで倒れる。その衝撃で2-1全てのものが倒れ看板だったことが明かされる。実は看板だったと言う微妙なオチでストーリーが終わる。
パタテンテン
赤、青、黄、ピンク、緑が結成した「パタテンジャー」という戦隊でマリオを倒しに行くが、簡単に倒される。やられた時でもいちいちポーズをとる。パタテンロボに乗り込み、パンチやカンチョー、キックをくりだし、修正液ハンドでマリオを消そうとする。弱点は頭にある自爆スイッチ。
ガマネー
コインを食べる敵。コイン全部吐き出すとぺちゃんこになってしまう。
ブンブン
飛行船のボス。大きな手を振り回して攻撃する。後ろから闇討ちする、毒キノコをマリオに食べさせるなど、かなりの卑怯者である。諦めなかったマリオにピーチ姫が届けた光るブロックで変身した白タヌキマリオに殴られ敗北した。
ドンピョン
迷子になってしまったらしく、マリオと一緒に彼の家に連れていった。家で彼の父「チチピョン」と再会した。しかし父はマリオを誘拐犯だと誤解してしまった。
ハッチン
ハチ子の彼氏で、彼女の要望でマリオを連れていこうと考えていたが、罠を仕掛けてもルイージがかかるばかりだったため、結局ルイージを連れてきてしまった。その後マリオを連れていくため必死になるも捕まえられず、先述の訳をマリオに伝えたところ、納得した上でマリオを連れて行くことができた。
ハチ子
ハッチンの彼女でマリオが好き。ハッチンに連れてこられたルイージを最初は嫌っていたが時間が経つに連れ好きになってしまっていた。
プンプン
愛称は「プリりん♡」。アイドルのAKG48所属ですごく人気であるが、見た目はかわいくなくメタボになっている。魅力はウインク。マリオが「かわいくないメタボ」と侮辱したことで怒り、ブーメランで襲ってきた。甲羅にこもった状態であれば無敵で、甲羅アタックやその重量でマリオたちを苦しめる。その後、応援の花束の中に紛れていたブーメランフラワーで変身したブーメランマリオで倒された。そして余分な「ところ」を削られて顔も可愛く、体も身軽になった。
マネック
全身が黒く、マリオに似ている。マリオに憧れ、マリオを真似することに異常に固執しており、マリオを倒すことでマリオになり替わろうと画策していた。原作とは違い、身体に触れると電流が流れるほか、マリオたちよりも足が速い。終盤でブロックから出現したスーパーキノコをマリオがダッシュキノコと勘違いした大ボケを見せるものの、ボケが本当になり大ダッシュで逃げられたことで敗北。この後マネックは「僕には真似できない」と感心した。
ほねクッパ
自滅して溶岩に落ちたクッパがカメックの魔法で骨となって復活した姿。ファイアーは効かず、自身のファイアブレスも骨の隙間から出るなど厄介さも増していた。しかし地蔵アタックを食らいバラバラになってからはそのバラバラが癖になってしまい、大きい声や少し触っただけでもバラバラになってしまった。バラバラしないためにカメックが瞬間接着剤でくっつけてしまったため動けなくなり、しっぽ軍団を呼ぶがあまりの容姿の変貌ぶりに気づかれす、さらにマリオたちがしっぽクリボーに化け、「その骨が大王を倒した」と嘘をついたためしっぽ軍団に制裁された。
ズングリ
マリオたちが木にぶつかったとき登場したムササビの敵キャラ。マリオに2DK（Kは木になっている。）の家を壊されたので、家の修理代と彼の治療費でマリオに巨額のコインを請求。無論払えなかったため、マリオ達に攻撃を仕掛けた。最後はムササビマリオとルイージの連携技「ムササビマリオめっちゃタンコブアタック」で倒された。2回目の登場はムササビマリオがまともに飛べなかったため100コインで飛ぶ練習を教えた。
ボスK.K.
巨大なK.K.。
トッテン
口の絵が描かれたスカーフを身につけている盗賊。「オークションで高値がつく」との理由で「マリオのボケ」を盗み取った。
ゴロー
歯車の敵キャラ。生まれた時から転がり続けており、まともに生活できないため、マリオ達に助けを求めた。「止まれ」の標識や溶岩に落ちそうになったところをヨッシーに助けられたことで一瞬だけ止まるものの、またすぐに転がり始める。最終的にマリオに体当たりされ、倒れたことでようやく止まった。
ダイゴロー
ゴローの父。