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日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1980年代
1988年（昭和63年）4月29日12時15分頃（列車脱線事故）
津軽線内を走行中の快速「海峡7号」（ED79形電気機関車12号機＋50系客車5000番台10両編成、青森発函館行き）が、同線津軽宮田駅付近の川端通踏切で操重機付き4.5 t貨物自動車と衝突した。その反動により、先頭から2両目（機関車後位）の客車（オハフ50 5009）を貨物自動車が直撃し、客車は進行方向右側に脱線した。列車には、青函トンネルと北海道の旅行に向かう、大阪府方面などからの旅行者ら約580名が乗車しており、脱線した客車に乗車していた12名（うち2名は車内販売員）が軽傷を負った。事故後、乗客は代行バスで蟹田駅まで運ばれ、後続の快速「海峡9号」に乗車する手配が採られた。また、脱線した客車（オハフ50 5009）は修理された。
1988年（昭和63年）10月19日 14時25分ごろ（踏切障害・列車脱線事故）
東京都稲城市大丸の南武線大丸踏切（南多摩駅付近）で、川崎発立川行きの普通電車（101系電車6両編成）が、踏切内で立ち往生していたダンプ自動車に衝突した。衝突の衝撃で電車の先頭車両は脱線し、それにより破損した窓ガラスの破片などで乗客8名とダンプ自動車の運転手1名の合計9名が軽傷を負った。ダンプ自動車の運転手は事故当日中に業務上過失傷害罪、過失往来危険罪などの疑いで逮捕された。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1980年代
1988年（昭和63年）12月5日 （列車衝突事故）
JR東日本の中央緩行線東中野駅に停車中の津田沼発中野行き下り普通805C列車（103系電車10両編成）に後続の千葉発中野行き下り普通835B列車（201系電車10両編成）がブレーキ操作が遅れて衝突し、後続列車の運転士と乗客1名が死亡、116名が重軽傷を負い、両端の車両を除く18両が廃車となった。JR発足後初の死者の出た事故。
1988年（昭和63年）12月13日 17時5分ごろ （列車脱線事故）
函館本線駒ヶ岳 - 姫川間の下り急勾配急カーブで隅田川発札幌貨物ターミナル行き高速コンテナ貨物列車が脱線転覆し列車が分離する事故が発生した。
機関士の大量飲酒に因る居眠り運転で、下り20 ‰勾配により加速、60 km/h制限のR300カーブに推定100 km/hで進入し、コンテナ貨車は21両中19両が脱線転覆、機関車のみが16 km先まで走行。CTCが現場の在線表示が消えないことから機関車に抑止を掛けて停止させ単機になっていたことに気づく。寝台特急より高速運行の列車で同区間2度目の曲線過速度転覆事故だが、貨物の事故として軽視され、その次の、3度目に起きた1996年12月の大沼 - 仁山間高速貨物過速度転覆事故まで過速度ATSの設置は検討されなかった。
1989年（平成元年）4月13日 16時58分ごろ（列車衝突事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1980年代
JR東海の飯田線北殿駅で、停車中の天竜峡発長野行き下り普通537M列車（169系電車3両編成）に上諏訪発天竜峡行き上り普通248M列車（119系電車2両編成）が正面衝突。下校途中の高校生ら146名が負傷した。
原因は、上り列車運転士がATSロング地上子の警報を受け、確認扱いを行い、出発信号機の進行現示を場内信号機の停止現示から進行現示に変更したものと誤認、速度節制を行わず運転を継続、場内信号機の停止信号を冒進した。場内信号機のATS直下地上子による警報が作動したが、車両接触限界内に停車できず、下り列車の過走対策によりポイントが下り列車方向を向いていたタイミングだったため正面衝突した。
飯田線ではATS-Sが使用されていたが、このシステムでは、警報が鳴動し運転士が確認扱いを行った後は、停止信号を忘れて、あるいはこの事故のように信号を誤認して運転しても非常ブレーキが作動しなくなる、運転士の注意力に全面的に依存したものであり、この弱点を突かれた事故であった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1980年代
上記の東中野追突事故とこの北殿駅正面衝突事故を受けてJR各社はATS-Sの緊急改良を決め、非常停止機能を追加したATS-SN開発をJR東日本と東海が担当してJR全社が採用し、ATS-Sの場内信号機と出発信号機などの絶対信号機の直下地上子をこの非常停止地上子に換装、これをJR北海道はATS-SN、JR東日本はATS-SNとした。JR東海はさらに車上時素式速度照査機能を追加してATS-STとし、-STから列車番号通知機能を除き車上装置をMPU制御式としてJR西日本が再設計し（ATS-SW）、それをJR九州（ATS-SK）・四国（ATS-SS）が採用、追ってJR貨物（新ATS-SF）がST速度照査ボード追加で採用した（駅間に設置する閉塞信号機は停止信号警報のみのATS-Sのままである）。
1989年（平成元年）6月18日0時ごろ（踏切障害事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1980年代
神奈川県川崎市中原区小杉町にある南武線の踏切で、立川発川崎行き普通電車（101系電車6両編成）が、遮断機の下りている踏切へ侵入してきた乗用車と、時速およそ70 kmで衝突した。電車は衝突後、およそ130 m走行して先頭車両と先頭から2両目の車両が脱線し、先頭車両はさらに隣接の団地駐車場に突入、駐車されていた13台の自動車を押しつぶして止まった。その影響で、乗用車の運転手は頭を強く打ち重傷を負い、電車の乗客3名と乗用車に同乗していた1名の合計4名は軽傷を負った。電車の車両も廃車となった。
1989年（平成元年）8月22日 20時15分ころ（踏切障害事故）
山陰本線（嵯峨野線）嵯峨駅 - 保津峡駅間の天竜寺踏切で、嵐山で折り返し西大路四条へ向かっていた京都市営バスが踏切前方の道路渋滞に気付かず踏切内に進入し立ち往生したところに、京都20時00分発福知山行き急行「丹後11号」（キハ28・58形気動車6両編成）が衝突。その弾みで市バスは同じく踏切待ちをしていた他の車両にも衝突した。市営バスの運転士や乗客など29名負傷。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
1990年（平成2年）1月8日 8時40分ごろ（踏切障害事故）
香川県高松市木太町のJR高徳線中流踏切で、徳島発高松行きの特急「うずしお2号」（185系気動車2両編成）が、鋼材を積載した4 t貨物自動車に衝突した。列車は脱線しなかったが、貨物自動車に積載の鋼材が列車の側窓ガラスを突き破った。その衝撃により、乗客1名が頭の骨などを折り死亡、同11名が破られたガラスの破片などで重軽傷を負った。
1990年（平成2年）2月11日 2時ごろ（列車脱線事故）
東北本線仙台 - 東仙台間を走行していた上野発常磐線経由青森行き寝台特急「ゆうづる1号」（583系電車12両編成）が、ポイントの結線ミスで下り本線から仙台電車区への引き込み線に進入。400 m走行した後、7両が脱線した。乗員・乗客に負傷者は無かった。この影響で仙台電車区からの車両の出庫が不能となり、東北本線・常磐線・仙山線の列車に運休が出るなどの影響が出た。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
事故当時、仙山線の信号機増設工事に伴う信号機と分岐器の機能確認試験が行われていた。この試験は東北本線上り線のポイントを対象としていた試験であったため、この分岐器と信号扱所の制御板との回路を断ち、代わりに模擬装置を接続していた。この際、上り線のポイントが下り線のポイントと連動していたため、装置接続後、下り線も引込線側に切り替わった状態となっていた。「ゆうづる1号」通過前に信号てこを操作し、本線側信号を進行現示にしたが、分岐器が切り替わっていなかったのが原因。
この事故でモハネ583/582-59・95・サハネ581-53の5両が1990年7月23日付けで廃車となった。
1990年（平成2年）3月19日 17時44分ごろ
福岡県粕屋郡古賀町（現在の古賀市）花見のJR鹿児島本線の踏切で、博多発大分行きの特急「にちりん47号」（485系電車4両編成）が、小型貨物自動車と衝突した。この際に、小型貨物自動車の運転手ら2名と列車の乗客12名が重軽傷（うち1名は体調不良）を負い、列車の先頭から2両目の車両が脱線した。列車乗客の負傷は、衝突する直前の非常ブレーキの際に座席から投げ出されたことによるものであった。
1990年（平成2年）6月5日 14時32分ごろ
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
営団地下鉄（現東京メトロ）丸ノ内線新宿駅にある西新宿方の引上線で、同線に入った回送列車（02系6両編成）が所定の停車位置で停車せずに車止めを乗り越え、コンクリート壁に衝突した。この事故で先頭車は前部台車が脱落し窓ガラス1枚と連結器を破損したが、運転士にケガはなかった。
事故の原因はブレーキのかけ遅れであり、調べに対し運転士は「考え事をしていてブレーキを掛けなかった」と証言している。
事故の影響で丸ノ内線は6日の終電まで引上線が使用できなくなり、新宿駅折返しの列車は新中野駅まで回送する措置を取ったが、朝ラッシュ時はダイヤの調整がつかず運休とし、荻窪駅からの直通列車を増発することで対処した。
営団は事故当日に運輸省関東運輸局に事故の報告は行ったものの、警視庁などへの連絡はとらず、「乗客にはあまり迷惑を掛けなかった」として事故発生から2日経った6月7日夜になるまでこの事故を公表していなかった。
なお、6月12日夜には東急目蒲線目黒駅においてもオーバーランにより車止めに衝突した事故が発生したが、こちらの事故も6月14日まで公表されず、上記の事故に引き続き”事故隠し”として報道された。
1990年（平成2年）8月29日 11時ころ（踏切障害事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
愛知県海部郡弥富町（現・弥富市）又八新田江南にあるJR関西線の又八踏切（永和駅 - 弥富駅間。現在の白鳥信号場の弥富駅寄りにある踏切。ただし事故当時、白鳥信号場は未設置）で、立ち往生していた大型トレーラーの後部に松阪発名古屋行きの快速列車「みえ2号」（2両編成）が衝突した。列車にはおよそ40名が乗っており、そのうちの26名（子供6から7名を含む）が手を骨折したり頭を打つなどして重軽傷を負い、列車は制動系を損傷して動かなくなり、トレーラーと衝突した先頭車両（キハ58 765）は廃車となった。大型トレーラーは衝撃により弾き出され、隣接の水田に転落した。当該の大型トレーラーには、無免許で営業していた運送会社によって最大積載量を超える鉄くずが積載されており、運転手と運送会社の社長、および踏切の反対側出口をふさぐようにして停車していた別の大型トレーラーの運転手の合わせて3名が道路交通法違反および業務上過失傷害で書類送検となった。
1990年（平成2年）10月27日 10時14分ごろ（踏切障害事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
神奈川県茅ヶ崎市下町屋の東海道本線松尾踏切で、立ち往生していた国際興業観光川口営業所の観光バスに、東京発熱海行きの快速列車「アクティ」（15両編成）が衝突した。列車の乗客に負傷はなかったが、バスの乗員乗客合わせて27名のうち20名が軽傷、2名がやや重傷、1名が重傷を負った。バスは読売旅行が手配したもので、神奈川県横浜市の企業の社員24名を乗せて静岡県下田市へ慰安旅行に向かう最中、国道1号の混雑を避けてバイパス道路へ移動する際に当該の踏切を通過した。一旦踏切を通過したのち、先の丁字路を左折しようとしたが上手くいかず、切り返しで後退し、再び踏切内に入ったところで立ち往生してしまい、バス車両後部に列車が衝突した。バスの運転手は業務上過失傷害で事故当日中に現行犯逮捕された。
1990年（平成2年）10月30日 17時40分ころ（踏切障害事故）
田沢湖線盛岡駅 - 大釜駅間（前潟駅は未開業）の谷地踏切で、踏切上で立ち往生していた岩手観光バス（現在は岩手県交通に吸収合併）の観光バスに、盛岡発秋田行き特急「たざわ19号」（485系電車5両編成）が100 km/hで衝突した。観光バスはその衝撃により半回転、200 m先の水田に飛ばされ大破した。「たざわ」の車両は脱線しなかったものの、一部の窓ガラスが割れ、制動系も損傷した。バス運転士とバスガイドの2名が死亡、「たざわ」の乗客8名が軽傷を負った 。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
原因は観光バスが狭い道幅の踏切を渡ろうとして、踏切を渡りきれずに立ち往生したことによる。さらに踏切の手前の盛岡寄りの線路がカーブになっていて見通しが悪かったことも事故の遠因になった。観光バスは仙台空港へ団体客を運んだあと、岩手県滝沢村（現在の滝沢市）の営業所へ回送中であった。
現場の谷地踏切は秋田新幹線工事に伴って閉鎖、代替として谷地跨線橋が設置された。
1991年（平成3年）1月8日 11時14分ごろ（列車脱線事故〈踏切障害に伴うもの〉）
JR北海道の日高本線苫小牧と勇払間の市道勇払沼ノ端通踏切で、立ち往生していたタンクローリー側面に鵡川発苫小牧行き普通1636D列車（キハ130形気動車1両）が衝突した。列車は脱線転覆し、列車の乗員・乗客53名のうち、45名が重軽傷を負った。タンクローリーの運転手は車外にいて無事だったが、積み荷のガソリンのうちおよそ4 klが流出した。ガソリンは化学消防車などによる消火材の散布で炎上を免れ、タンクローリーの運転手は業務上過失傷害などに問われて現行犯逮捕された。
事故の原因は、タンクローリーが警報機が鳴り遮断機がおりてきているのを無理に渡ろうとしたことにある。さらに踏切内でハンドル操作を誤り脱輪して動けなくなり、車から出て手を振って列車に危険を知らせはしたが、列車は非常ブレーキをかけても間に合わず、タンクローリーに衝突したものである。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
列車の運転士は一命は取り留めたものの、全身打撲、両脚切断の重傷を負ったため、退職せざるを得なくなった。この事故はJR北海道の以後の車両で、乗務員保護策として運転席を高い位置に設ける高運転台仕様や、衝撃吸収構造を採用するきっかけとなった。 被災した車両（キハ130-8）は車体修復の上、運用に復帰している。
1991年（平成3年）1月10日 7時10分ごろ（踏切障害事故）
愛知県岡崎市宇頭町後久の名古屋鉄道名古屋本線矢作橋踏切で、立ち往生していた大型トレーラに、新岐阜発豊橋行き急行電車（6両編成）が衝突した。その衝撃で電車の先頭車両は脱線し、乗客8名が軽傷を負った。踏切を渡ろうとしていた大型トレーラが、対向車の存在に気づいて踏切内で立ち往生した（対向車は現場より逃走）のが原因であり、大型トレーラの運転手は過失往来妨害で現行犯逮捕され、電車の運転士や逃走した対向車の運転手も書類送検となった。
1991年（平成3年）2月16日 7時30分ごろ（踏切障害事故）
和歌山県伊都郡かつらぎ町中飯降の和歌山線嵯峨谷第二踏切で、脱輪して立ち往生していた大型貨物自動車に、王寺発和歌山行きの普通列車（4両編成）が衝突した。衝撃で列車の先頭車両は脱線し、大型貨物自動車が積んでいたパワーショベルのアーム部分が列車車両の側面窓を突き破り、乗客9名が軽傷を負った。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
1991年（平成3年）2月18日 10時ごろ（踏切障害事故）
大阪府柏原市高井田の関西本線谷川踏切で、立ち往生していた4 t貨物自動車に、大阪発奈良行きの快速列車（6両編成）が衝突した。その衝撃で貨物自動車は大破し、列車の乗客6名が軽傷を負った。貨物自動車が警報機の鳴っている踏切へ無理矢理侵入したところ、遮断機が下りて出られなくなったのが立ち往生の原因であり、貨物自動車の運転手は道路交通法違反で現行犯逮捕となった。
1991年（平成3年）5月14日 10時35分ごろ （列車衝突事故）
滋賀県の信楽高原鐵道信楽線・小野谷信号場 - 紫香楽宮跡間で、信楽発貴生川行きの上り普通列車（レールバスSKR200形 4両編成）と、京都発信楽行きのJR直通下り臨時快速列車「世界陶芸祭しがらき号」（キハ58系 3両編成・先頭車両はキハ58 1023）が正面衝突。上り普通列車の乗務員と添乗していた職員の5名、乗客37名の計42名が死亡、614名が重軽傷を負った。
信楽高原鐵道が閉塞方式の概念を軽視し、信楽駅の出発信号機が停止信号現示のまま列車を出発させたことと、信楽高原鐵道とJR西日本のそれぞれが信号装置の改造を双方に無認可で行ったことが原因とされた。なお、信楽線にはATSが設置されていた。
1991年（平成3年）6月25日 8時18分ごろ（列車脱線事故〈踏切障害に伴うもの〉）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
福知山線丹波竹田 - 福知山間の岡踏切で、大阪発城崎行きの普通列車（列車番号2525M、113系電車3両編成）が、踏切内に立ち往生していたショベルカーを積載した大型トレーラーと衝突した。列車の先頭車（クモハ112-801）は大破し、盛り土上の線路から転落した。乗客341名が重軽傷を負った。
原因は大型トレーラーが高さ制限をオーバーした上、踏切上で立ち往生したことによる。
大型トレーラーの運転手は過失往来危険の現行犯で逮捕され、業務上過失傷害、道交法違反などで禁固2年6か月、執行猶予4年の判決が言い渡され、JR西日本も大型トレーラーの運転手を雇用していた福知山市の建設会社に対して約6000万円の損害賠償を請求した。
この事故を受けJR西日本は、約77億円を掛け、管内全域の自動車通行可能な踏切6361箇所の約64 %にあたる、4078箇所の踏切に障害物検知装置もしくは非常ボタンの設置を行うなどの安全対策を実施した。
1991年（平成3年）9月30日
東海道新幹線の東京発新大阪行き最終列車「ひかり291号」（「シンデレラエクスプレス」）で発生した、車軸の駆動用モータ脇に設置されている駆動装置が油漏れにより破損し、車輪が固着した事故。
油漏れの原因はベアリングが破損したことによるものだった。
1991年（平成3年）10月3日（車両火災）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
宮崎実験線で、実験車両であるMLU002のタイヤが、パンクした状態を再現する装置が誤作動して、その状態で牽引車で引きずって回収しようとしたために車輪とガイドウェイの摩擦で炎上し、MLU002を焼失する事故が発生した。無人走行のため死傷者こそ出なかったものの、リニアモーターカーの焼失の影響は非常に大きく、長期の試験停止を余儀なくされた。
MLU002の代替に耐火性を強化したMLU002Nを新製した。
1992年（平成4年）4月8日 0時0分ごろ（鉄道人身障害事故、列車衝突事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
兵庫県神戸市須磨区一ノ谷町五丁目の国道2号で、四輪駆動車が突然Uターンしようとしたため、後続の大型トレーラーがハンドルを切ったところ、牽引車と荷台車の連結部分が折れ曲がる「ジャックナイフ現象」が発生し、制御不能に陥り四輪駆動車に衝突後、道路わきの山陽本線（須磨 - 塩屋間）に転落。その直後に走行してきた東京発長崎・佐世保行き下り寝台特急「さくら」（電気機関車と客車12両の計13両編成）が衝突。「さくら」を牽引していた電気機関車EF66 55が脱線転覆、客車12両のうち5両が脱線したうえに、トレーラーの荷台に積まれていた鋼材36トンの一部が客車側壁に突き刺さった。この時トレーラーの運転席が機関車に巻き込まれ炎上した。さらに隣線を走行してきた下り西明石行き普通電車（201系電車7両編成）運転士は、進路を支障している客車を発見して非常ブレーキを執ったが、停止及ばず接触・脱線した。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
この事故による負傷者は20名で、転覆した機関車などの撤去や復旧工事のため山陽本線のダイヤが復旧したのは20時間後であり、459本が運休し38万人の足に影響した。また、復旧作業に転覆した電気機関車を解体撤去するクレーン車が使用され、作業のために国道2号も全面通行止めになり、神戸市内の道路も渋滞することになった。なお、「さくら」の乗客は事故現場で停車した客車で一夜を明かした後、代行バスで西明石駅まで向かいそこから山陽新幹線の臨時便で西行した。現場は海と山が迫る地形であり、100 m程度の間にJR山陽本線、国道2号、山陽電気鉄道本線といった主要交通路線が並行して走っている一方、現場付近の国道2号は東西3 kmにわたって信号機がなく、深夜から未明にかけて長距離トラックなどが高速で通行することや、沿道にある深夜レストランなどに出入りする車との出合い頭の事故が多発していることなどから、自動車の運転者の些細なミスによる交通事故がこのような大規模な二次災害に直結する危険性があることが指摘されており、実際に1972年8月5日や1991年6月にも類似の事故が発生している。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
なお、事故を引き起こした運転者2名は過失往来危険罪などで逮捕、起訴され、執行猶予付きの禁錮刑を言い渡されたほか、乗用車の運転者とトレーラーの運送会社はJR各社から事故で喪失した電気機関車や復旧費用など15億円あまりの賠償を請求された。
被災した編成のうち、大破した客車先頭のスハネフ14 2は廃車され、5月末までに解体された。また、EF66 55は修理の後に運用に復帰したが、蛇行動など不具合の頻発により乗務員に忌避され、1997年（平成9年）2月22日付で廃車となっている。
1992年（平成4年）5月6日
デビューして3か月にも満たない300系「ひかり238号」（新大阪発東京行き・J4編成）が東海道新幹線名古屋駅 - 三河安城駅間を190 km/hで走行中に主電動機を固定するボルトが折損し、4時間立ち往生するトラブルが発生した。これは最悪の場合高速走行中にモーターが線路に脱落し、大惨事に繋がる恐れのある重大インシデントであった。
1992年（平成4年）6月2日 8時35分ごろ（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
関東鉄道常総線取手駅構内で、入線してきた同駅終着（新守谷発）上り第24列車（キハ300形気動車2両とキハ800形気動車2両の4両編成、乗客約900名）が減速せずに暴走、車止めを突破し、そのまま駅ビルボックスヒル取手店（現・アトレ取手）の2階の壁を突き破り、先頭車両が同店舗に突入して大破した。乗客1名が死亡し、250名以上が重軽傷を負った。運転士は列車の駅進入前に窓から飛び降りて脱出した（『朝日新聞』1992年6月3日朝刊）。運転士は、ブレーキが効かなくなったことを車内放送で伝えて、乗客に後方に移動するように指示したが、朝のラッシュ時の混雑した車内での移動は困難を極め、車内はパニックとなり、網棚に上りだした乗客もいたという。
原因はブレーキ故障であるとされている。非常ブレーキも一駅手前の西取手駅で作動させた後に、発車しようとしたところ、ブレーキが緩まなくなり、運転士がブレーキ締め切りコックを閉めてブレーキを緩め、元に戻さずに発車してしまい、常用・非常の両系統のブレーキが作動しなかった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
後になって判明したが、西取手駅でブレーキ不緩解となり、運転士は異常時の取扱として保安ブレーキ締切コックを閉とした。その際、車掌が扱った車掌弁を復位していなかったため常用の自動空気ブレーキ系統も、保安ブレーキ系統の圧縮空気も保安ブレーキ締切コックの側穴から外部へ排気されてしまって、ブレーキシリンダーに空気が供給されず、ブレーキ装置が動作しない状態だった。遠因としては制動装置点検中の運転士に対して乗客が運行再開を強硬に迫ったことも挙げられる。なお、事故を起こしたキハ300形は、国鉄の中古車両（キハ35系）を購入して使用していたものであるが、経年劣化は酷く、メンテナンスを行っていたものの、この事故車両に関してはブレーキ不緩解が時々あったという。しかし当時の同線は急激な乗客増加という環境もあり、修理しながらラッシュ時間帯を中心によく使われていた。さらに関東鉄道常総線は勾配が極めて少ない線区（最大が本事故の発生箇所にあたる西取手 - 取手間で3 ‰だった）であった。
事故以降、同社はキハ2100形をはじめとした新製車両を随時投入し、キハ300形の運用は2011年に終了した。
1992年（平成4年）6月16日（車両衝突）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
8時50分ごろ、営団（現・東京メトロ）日比谷線中目黒駅構内の引き上げ線ポイント上で、出庫中の営団3000系電車の後ろから3両目付近の側方に、入庫中の東武2000系電車が突っ込む形となった。引上線での衝突事故のため乗客への被害は無かった。
直接的な原因は東武2000系電車側に乗務の運転士の第2入換信号見落としであるが、従前は本線停止目標位置の第1入換信号で制御していたものを、折り返し時間を短縮して線路容量を増やすために入出双方向同時進入を許容し第2入換信号まで進出するよう改めたが、そこは引上線内であり、ATC非設区間であったことからATC防護を行えなかったため、支障限界まで10 mしかなく、誤って過走した場合に停められる余地がなかった。したがって本線ATC導入線区ではあるがATC制御下の事故ではなかった。
被災した営団3000系および東武2000系は、車両更新時期にあったため修復されず廃車（書類上は老朽廃車）された。
1992年（平成4年）6月28日 （列車衝突事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
7時ごろ、東海道本線来宮信号所（伊東線来宮駅構内）で出発待機中の品川行き回送列車（185系電車10両編成）の運転士が、上り本線の出発信号機5Lを自列車の上り1番線の出発信号機6Lと見誤って発車したところ、前方の分岐器46号が異方向に開いているのを認め、直ちに停止手配をとったが、出発信号機を約45 m通過し、隣の本線の車両限界内に侵入して、走行中の貨物第1066列車（電気機関車EF66 102＋コンテナ貨車19両編成）と衝突した。回送列車の先頭車両と貨物列車の機関車が脱線した。回送列車の運転士が負傷。
直接の原因は信号誤認であるが、10両編成の列車が15両の停止目標に停車して折り返したこと（これ自体は、事故の時点では正当な取り扱い）も間接的な原因とされた。すなわち、ATSは正常に作動したが、地上子までの距離が15両編成の場合と比べて5両分長く、その分加速が付いて、ATSが停められる速度を超えてしまったことである。
この事故を受けて、折り返し列車の両数が多種にわたる場所では、両数に応じて停止目標を細かく設定しなおす、という対策が採られた。他に、ATS直下地上子を当初位置からさらに16 m手前の位置に移設し、また信号機には番線表示標を設置した。
また、当該運転士は当該番線から出発するのは1年半ぶり、通算5回目だった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
1992年（平成4年）8月5日16時05分ごろ（踏切障害・列車脱線事故）
大阪府泉佐野市日根野の阪和線に設置されていた仮設の踏切（関西国際空港連絡橋の橋桁建設工事専用、日根野電車区敷地内）で、天王寺発和歌山行きの快速列車（113系電車4両編成）が10 tダンプカーに衝突し、列車の先頭車両は脱線した。その際に、列車の運転手が足などに重傷を、自動車の運転手と列車の乗客3名が軽傷を負った。
反対方向の列車が通過してから当該の列車が事故現場を通過する時刻まで1分ほどの時間があり、その間にダンプカーを後退で踏切に入れたものの、当該の列車が通過する時刻までに踏切からダンプカーを出すことができなかったらしい。
1992年（平成4年）8月25日17時40分ごろ
山陰本線出雲市駅の1番ホームで、浜田発東京行き寝台特急「出雲4号」（24系客車）の付属編成客車7両を基本編成客車6両に連結する際に、付属編成客車が速度を落とさずに基本編成客車に衝突した。この際に、乗客6名（うち1名は車内販売員）が軽傷を負った。衝突の衝撃で一部の付属編成客車の連結器が破損したため、3両を切り離し、約2時間遅れで出発した。
1992年（平成4年）9月14日 （踏切障害事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
JR東日本の成田線久住 - 滑河間の大菅踏切（千葉県道103号江戸崎下総線）で、遮断機が下りていた踏切に進入していた大型ダンプカーの側面に千葉発佐原行き下り普通1457M列車（113系電車4両編成）が衝突。先頭車のクハ111-1038は前面が大破し、列車の運転士が死亡、乗客65名が負傷した。その後、当該編成のクハ111-1038は廃車になった。
殉職した運転士は直前に衝突を覚悟し、非常ブレーキをかけるのは勿論、パンタグラフ降下による電源遮断などの安全措置をとっていた。
事故の原因は、ダンプカーが過積載（最大積載重量8,750 kgの4倍もの山砂を積んでいた）のためブレーキが効かず、踏切の停止線で停止できなかったことに起因するものである。法律上はダンプカー側の道路交通法違反であり、JR東日本は被害者的立場ではあったが、この事故は先の東中野事故と合わせて、当時のJR東日本の上層部を含む社内にも多大なショックを与えた。
この事故を受け、車のドライバーにテレビCMやポスターなどで注意を呼びかける「踏切事故防止キャンペーン」を実施することになる。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
運転士は衝突時点では存命であったが、大きく潰れ変形した運転室からの救出は困難を極め、結果として運転士は病院への搬送途中で死亡した。房総地区ではこの事故以前にも同様の踏切事故で運転士が死亡する事故が発生していたため、本事故を教訓に113系など既存車両の前面に鋼板を追加で貼り付けて強度を高める工事（通称「鉄仮面」化）を実施したほか、事故以降に登場した209系量産車やE217系、E131系では運転席背面仕切り壁への脱出口の設置や、運転室自体を拡大し、衝撃吸収構造（クラッシャブルゾーン）の採用と生存空間の確保に踏み切るきっかけとなった。
事故後、この道路は町道から県道に格上げされ、1995年（平成7年）から踏切を立体交差化する工事が始まったため、1996年（平成8年）からこの踏切は車両通行止めとなった。そして、1998年（平成10年）2月25日に大菅跨線橋が開通し、踏切は廃止された。
この当時、本事故に代表されるような大型車の過積載による重大事故が多発していたため、翌1993年（平成5年）に道路交通法が改正され（1994年5月施行）、過積載に対する取り締まりと罰則が強化された。ダンプカーの運転手は業務上過失致死傷罪で逮捕された。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
また、この事故に際しJR東日本は、ダンプカーの運転手らを相手に大破した車両の損害や復旧費用など総額1億3000万円余の賠償を求める民事訴訟を起こした。この裁判は、1998年（平成10年）10月26日千葉地裁で判決が下され、運転手、山砂の運搬を依頼した荷主、山砂を積み込んだ砕石会社、砕石会社従業員2名に対して1億円余の賠償を命じている。
1992年（平成4年）10月15日および12月28日（車両脱線）
営団地下鉄（現・東京メトロ）半蔵門線鷺沼車庫内で回送列車が3か月の間に2度脱線する事故が発生。カーブでのせり上がり脱線とみられ、軽量車体とボルスタレス台車への危惧が言われ軌道区と検車区合同の社内調査委員会を設けて検討され、翌年5月輪重バランス測定の必要性を報告、さらに測定機器の導入見積もりを行った。しかしながら営団上層部は対策を特に取らず、半蔵門線車両のみの輪重調整に留めたことで日比谷線中目黒事故を防げなかった。
軽量車体では台車対角線の重量の差が比率として大きくなり脱線係数を大きくするので、軽量化に見あった輪重バランス調整が求められるが横浜駅事故後の東急を除き鉄道各社ともまったく行っていなかった。
1992年（平成4年）11月3日 19時30分ごろ（列車衝突事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
島原鉄道・阿母崎 - 吾妻間で、加津佐行き下り列車（2000形気動車1両編成）と諫早行き上り列車（2000形気動車1両編成）が正面衝突し、乗客74名が負傷（うち1名は事故後2週間後に死亡）。事故車両は2両とも廃車となっている。
原因は、上り列車運転士が、別の列車を運転していると思い込み、また車掌も出発信号機の現示を確認しないまま出発合図を出したことにより、所定の交換駅である吾妻駅で下り列車の到着を待たずに出発信号機の停止現示を冒進して発車してしまったため。事故当時、同線にATSは設置されていなかった。
当時同線は、前年に発生した雲仙普賢岳の噴火災害により一部区間が不通になるなど甚大な被害を受けた最中での事故で、同社の経営に深刻なダメージを与えた。作家の種村直樹は、雲仙噴火被害発生以来、島原鉄道への救援カンパ呼び掛けの活動を行っていたが、この事故をきっかけに、輸送機関としての基本である安全を守る姿勢に問題ありとの立場から支援を中止した。
事故後同線はダイヤの改正を実施、交換駅の統一を進めたほか、事故から1年後の1993年12月までにATSの整備を完了している。
1993年（平成5年）8月6日 4時50分ごろ（列車衝突事故）
JR東海の東海道新幹線浜松 - 掛川間の上り線（浜松駅から東約4 kmの地点）で、停車中のレール削正車にバラスト散布車が追突。両方とも脱線し、作業員が負傷した。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
この事故で東京 - 新大阪間が一時全面ストップ。その後、東京 - 静岡間と豊橋 - 新大阪間で「こだま」の運転が再開されたが、「のぞみ」と「ひかり」は事故から約13時間後に運転再開した。新幹線は145本が運休、約32万人の乗客に影響を受けた。
事故原因はバラスト散布車の居眠り運転によるもの。列車の追突を防止する接近警報装置も切られていたことが判明した。
なお、同日にナゴヤ球場で予定されていた中日-巨人戦はこの事故が原因による東海道新幹線の不通により、巨人の選手らが球場入りに間に合わないため中止となった。
1993年（平成5年）8月6日 16時53分ごろ（鉄道災害）
平成5年8月豪雨によって、日豊本線竜ヶ水駅近くで崖崩れが発生した。同駅の駅舎が埋没したほか、停車中の列車2本（キハ40系、キハ200系）が土石流に飲み込まれて大破した。
崖崩れが起こると判断した乗務員は現場にいた警察官とともに、崖崩れの発生直前に車内の乗客約300人を車外に避難させた。避難に従わなかった乗客を除き乗客、乗務員ともに全員が無事であった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
なお、救助活動に従事した乗務員はこの年のシチズン・オブ・ザ・イヤーで表彰された。乗務員のうち1人は事故から3週間後に喘息発作を起こして過労死し、最終的に労災認定された。また、乗客や国道の避難者を最後まで誘導し続けた警察官2人は同年8月31日に警察庁長官賞詞を受賞し、9月1日付で1階級特進した。
被災車両のうち、キハ40系2両（キハ40 2106・2124）とキハ200形1両（キハ200-1007）が廃車となった。キハ200-1007は落成から約9か月で廃車となった。
事故後、乗務員と警官の活躍が『プロジェクトX〜挑戦者たち〜』や『奇跡体験!アンビリバボー』などのテレビ番組で紹介された。現在、竜ヶ水駅構内に災害復旧記念碑が建てられている。
1993年（平成5年）10月5日 17時30分ごろ（無人運転車両による脱線事故）
大阪市交通局（現・大阪市高速電気軌道）の新交通システム（AGT路線）である南港ポートタウン線（ニュートラム）住之江公園駅構内で、中ふ頭発住之江公園行きの列車（100系電車第13編成）が本来の停止位置から50 mも暴走し、約30 km/hで車止めに衝突して停止。乗客217人が負傷した。
事故の原因は、ブレーキ指令信号を伝える中継継電器内の一部のリレーが通電不良を起こし、ブレーキが作動しなかったものとみられるが、警察の検証実験では再現ができなかった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
事故後、南港ポートタウン線は全線運休となり、バスによる代行輸送が行われ、その後同年11月19日に配線の組み換えや二重化を行うなどの対策を施した上で、添乗員を乗せて運行を再開し、2000年2月19日には無人での運行を再開した。
第13編成の先頭車両は修復不可能なダメージを受けており、他の車両も塩害による老朽化が進行していたため、100A系に置き換えられ、そのまま廃車となった。
また、2006年4月14日に同様のAGT路線であるゆりかもめで発生した車輪脱落事故の直後は、事故に対する警戒のため一時的に有人手動運行を行っていたが、同年4月17日に無人運行を再開した。
なお、後に100A系の置き換え用として登場した200系では、本件事故の当該編成である編成番号の13が欠番となっている。
1994年（平成6年）2月22日 17時45分ごろ（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
JR北海道根室本線西新得信号場 - 広内信号場間で釧路発札幌行き特急「おおぞら10号」（キハ183系気動車7両編成）が強風にあおられ、3両が脱線、先頭車両が転覆する事故が発生。これにより、乗客ら25名が負傷し、3両（キハ183-502、キハ182-33、キハ184-11）が廃車となった。現場付近の風速計は1993年8月から故障していたにも関わらず事故が起きるまで放置されており、現場付近を1時間半前に通過した運転士から強風が吹いているとの報告があったものの当時の輸送指令長が列車の運行停止を行う等の措置を取らなかった。
1997年2月に当時の輸送指令長が業務上過失傷害および業務上過失往来妨害の罪で略式起訴され、罰金40万円の略式命令を受けた。
この事故をきっかけに現場付近では25 m/sを超える風速を記録した場合は運転を停止する措置を取ったが、強風での運休等が多発することとなり、防風柵整備による規制の見直しを行ったほか、北海道と共同で両信号場間に鉄道林の整備を実施している。
1994年（平成6年）2月22日 15時20分ごろ（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
岩手県の三陸鉄道南リアス線小石浜 - 甫嶺間の矢作川橋梁上で36-100形（36-108）と36-200形（36-204）の2両編成の盛発久慈行き普通列車が突風にあおられ転覆、5名が負傷した。2両とも同年3月23日付で廃車されたが、予備車が不足したため36-500形を代替製造することになった。
乗客が車窓を撮影している最中、事故に遭遇した映像はニュース番組でも使われた。
1994年（平成6年）7月22日 13時40分ごろ（列車脱線事故〈踏切障害に伴うもの〉）
愛知県豊川市久保町の名鉄名古屋本線の踏切でトラックと下り特急電車が衝突し、脱線した。
トラックは大破したが、運転手は車の外に出ていて無事だったほか、列車に乗っていた乗客も無事だった。
豊川警察署の調べによると、踏切に入ったトラックの速度が遅く、遮断機が降りてしまったため、運転手が車外に出て非常ボタンを押した。
電車の運転士は700 - 800m手前でトラックを見つけ、非常ブレーキをかけたが、間に合わず衝突し、トラックを引きずりながら約120m進み、停車した。
トラックの速度が落ちた要因はトラックの重量制限である2トン以上の土砂を積んでいたからではないかと見られた。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
この事故で、名鉄名古屋本線は当初豊橋駅 - 国府駅間で運転を見合わせ、後に名古屋本線豊橋駅 - 本宿駅間と、豊川線国府駅 - 豊川稲荷駅間に不通区間が拡大したが、18時50分に運転を再開した。
また、JR東海道線で振替輸送が実施されたほか、豊橋駅 - 東岡崎駅間でバス45台による代行輸送が実施された。
1994年（平成6年）8月3日 13時ごろ （列車脱線事故〈踏切障害に伴うもの〉）
兵庫県三田市の福知山線（JR宝塚線）新三田 - 三田間の川除中踏切（第3種踏切）で新三田発大阪行き普通列車（103系電車6両編成）が、踏切上で立ち往生していた廃油回収の2トントラックを発見した。運転士が非常ブレーキをかけたが間に合わず、トラックを120 m引きずって普通列車の前2両が脱線し、先頭車（クハ103-839）は台車が完全に外れて水田に転落、2両目（モハ103-781）も先頭車に押し潰されて妻面が変形した。乗客1名とトラックを運転していた運転手の2名が死亡し、乗客1名が負傷した。
先頭車であるクハ103-839は事故から1週間後の1994年（平成6年）8月10日付で廃車となり、1981年（昭和56年）3月17日に日本車輌製造で新造されてからわずか13年での廃車となった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
現場となった川除中踏切には後に遮断機が設置され第1種踏切となり、2014年現在は踏切が廃止になり道路が線路の下を通る立体交差となる。
1994年（平成6年）10月17日 9時47分ごろ（踏切障害・列車脱線事故）
福島県会津若松市北町上荒久田の磐越西線六丁道踏切で、積み荷の建設機材のアームが高さ4.5 m制限のゲートに引っ掛かって立ち往生していた大型トレーラに、郡山発喜多方行きの快速列車「ばんだい1号」（455系電車3両編成）が衝突した。その衝撃により、列車の先頭と前から2両目の車両が脱線し、先頭車両は踏切付近の水路に転落、前から2両目の車両は横倒しとなった。列車の運転士と乗客あわせて11名が衝撃で転倒するなどして病院へ搬送され、うち運転士を含む5名が軽傷を負って治療を受けた。
1994年（平成6年）12月7日 7時35分ごろ（列車衝突事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
岩手県の東北本線（現・いわて銀河鉄道線）滝沢駅構内で、八戸発盛岡行き普通522列車（ED75 716牽引＋50系客車4両）が、後続の特急「はつかり2号」を待避して滝沢駅2番線を発車した直後に、約100 m先の横取装置に乗り上げて機関車と客車前2両が脱線。そこに下り線を走ってきた梶ヶ谷貨物ターミナル発札幌貨物ターミナル行き貨物列車（ED75形重連牽引）が普通列車の機関車に接触し、双方の機関車2両が大破し、特に補機のED75 127は右側面車体がえぐれるなどの損傷を受けた。
滝沢駅構内で1時から6時まで行われていた保線作業が終了し保線用機械を保守基地に収容する際に、2番線から保守基地線へ向かう横取装置の取り外しを忘れたのが原因。当日2番線を使用する初列車だった522列車が乗り上げ脱線した。
この事故で現場責任者であった盛岡第一保線区の施設技術主任は翌年略式起訴され、罰金50万円の略式命令を受けた。
事故によって損傷した機関車は修理復帰することなく、ED75 716は平成8年3月29日付で、ED75 127も平成10年11月19日付で、どちらも廃車となった。
1994年（平成6年）12月10日 22時50分ごろ
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
東京都新宿区のJR新宿変電所で火災が発生し、翌12月11日 5時47分に鎮火が確認されるまで燃え続けた。三鷹発新宿行き回送電車の運転手が新宿変電所近くに差し掛かったところ信号機が滅灯したため列車を停止させたところ新宿変電所直流変電所の方から火煙が噴き出しているのを発見。隣に高尾発新宿行きの列車も停止し、22時54分に輸送指令に火災を通報した。23時05分には給電中央司令による変電所の遠方制御が不能となるが、列車の運行を優先する観点から隣接変電所は手動での直接運転に切り替え電車線への饋電は継続された。特別高圧回路が隣接変電所とループ構成であったことから新宿変電所の完全停電は 2時48分と大幅に遅れ、5時47分の鎮火確認まで消防隊は長時間の活動を余儀なくされた。新宿直流変電所 1階および2階の計 357 m2が焼損し建物半壊、154 kV受電の交流変電所建屋に2台ある容量 100 MVA の主変圧器のうち、2号主変圧器が絶縁破壊を起こして破損し変圧器油の大半が流出、また中性線および中性線接地用の接地抵抗器が地絡電流で破損した。66 kVを扱うもう一つの交流変電所建屋も配線が焼け、さらに屋外配線も焼損した。火災により新宿変電所が使用不能に陥ったことから、駅務用の配電線も停電し駅構内が停電するところが出た。隣接変電所からの延長饋電その他により運転は仮復旧させたものの翌朝の山手線をはじめ首都圏のJR各線、それにJRと相互乗り入れをしている営団地下鉄東西線 高田馬場駅 - 中野駅間のダイヤが麻痺状態に陥った。架線の電圧低下による饋電停止を避けるため間引き運転を強いられ、計1,007本が運休、約21万人に影響が出た。各発電所・変電所・中央指令所の遮断器等の開閉記録や電圧変動のデータ分析から、22時50分に主変圧器1号の3次 22kV系統で二相短絡から三相短絡に至る事故が起きたと推定され、検証で同系統につながる所内用変圧器 OT1 へのケーブルヘッド上部の壁面にはモルタル片が剥離した状況が観察されたことから、再現実験によりモルタル片の落下でケーブルヘッドからの銅線が曲がってアークが発生し、三相短絡に至ったと結論づけた。ちょうどこのケーブルヘッド上部には遮断器等の各種制御線が通っており、火災によりその機能を失ったと推定され、所内至るところで短絡・地絡を起こすもととなったとされた。なお新宿変電所・新宿交流変電所が完全復旧したのは8か月後の1995年8月であり、復旧にあたり制御線には難燃ケーブルを使用するとともに、特別高圧回路と交差する箇所にはケイ酸カルシウム製の耐火ボードを間に入れ制御線への延焼防止対策とした。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
1995年（平成7年）1月17日 5時46分ごろ（鉄道災害）
この日発生した兵庫県南部地震により、兵庫県を中心に鉄道施設に甚大な被害が発生した。東海道本線・山陽本線（JR神戸線）では営業運行中の列車を含む多数の列車が脱線したほか、阪神本線・神戸高速鉄道東西線でも営業運行中の列車に被害が生じた。また列車以外では、鷹取工場や阪神電気鉄道石屋川車庫などで多数の鉄道車両が被災した。
1995年（平成7年）6月24日 6時10分ごろ（列車衝突事故）
銚子電気鉄道線・本銚子 - 笠上黒生間で、下り列車（1両編成）と上り列車（同）が正面衝突し、両列車の運転士2名と、出勤のため下り列車に添乗していた笠上黒生駅長、および上り列車の乗客4名が負傷した。
上り列車の運転士が、自分の運転していた列車を下り列車との交換を行わない始発列車と勘違いし、下り列車の到着を待たずに発車したため。事故当時、同線にはATSは設置されていなかった。
同線では、通常は仲ノ町 - 笠上黒生間を票券閉塞、笠上黒生 - 外川間をスタフ閉塞として取り扱っているが（銚子 - 仲ノ町は単線自動閉塞式）、事故当時は合理化のため笠上黒生駅の場内信号機は併合閉塞の取扱により使用停止状態だった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
本来のダイヤでは、下り始発列車が、笠上黒生駅に到着後、当務駅長が上り場内信号機を進行現示に操作し、当該上り列車が到着、その後上下列車の携行するタブレットを交換し、当務駅長の出発合図によって上下列車が出発する手順になっていたが、事故発生時は当該上り列車が下り始発列車より先に到着しており、下り列車が入線していなかったことから、上り列車の運転士が自分の運転する列車をタブレット交換を行わない始発列車と誤認したと見られた。
事故後同線では併合閉塞の取り扱いを中止し、全列車が笠上黒生駅でタブレットを交換する運用に改めた。
1995年（平成7年）12月14日11時30分ごろ（踏切障害事故）
函館本線の岩見沢・峰延の間にある踏切で、雪で脱輪して立ち往生していたダンプカーに、180名の乗客を乗せて走行中の札幌発旭川行き特急「スーパーホワイトアロー7号」（785系電車4両編成）が衝突した。その衝撃により、ダンプカーの運転手1名と列車の乗客16名、合計17名が負傷した。
1995年（平成7年）12月25日 17時30分ごろ （列車脱線事故）
JR西日本の福知山線（JR宝塚線）藍本駅で、篠山口発大阪行きの快速電車（207系電車4両編成）が停車する際に停止位置を行き過ぎ安全側線を150 m走行した後、車止めの石に乗り上げ前3両が脱線。乗客10人に怪我はなかった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
運転士は「非常ブレーキをかけながら駅に進入したが止まらなかった」と証言。後日の報道で事故当日の雪によりブレーキシューに雪が挟まり非常ブレーキが機能しなくなったのが原因だと判明したと報じられた。この事故がきっかけで福知山線内を走行する電車にも耐雪ブレーキを装備する事となった。
1995年（平成7年）12月27日 18時30分ごろ （鉄道人身障害事故）
JR東海の東海道新幹線三島駅で、東京発名古屋行き「こだま475号」（0系16両編成）の6号車に駆け込み乗車しようとしてドアに指を挟まれた乗客の男子高校生が、発車した列車に引きずられた後にホーム下に転落、死亡した。
死亡した高校生は、閉まりかけていたドアに無理矢理手をかけたことで指挟みに至ったものであり、また列車の車掌とホームの係員が指挟みに気付かず、ドアの隙間がわずかだったため、運転席の戸閉ランプが点灯したことで運転士も気が付かず、そのまま列車が発車したことが主な原因である。
東海道新幹線で初めての旅客死亡事故となった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
なお、東海道新幹線黎明期の昭和40年頃にも似たような事故は起きており、とある土曜日（月日は不詳）に東京駅で出発しようとしたこだま号に慌てて乗ろうとした青年がコートを挟まれ40ｍほど引き摺られ、偶然これを目撃した当時運転車両部長だった齋藤雅男が防護スイッチを入れたことで緊急停車し、ケガなどはなかった（ニュースにもならなかった）が、以後こういう時のために非常ボタンを増設し、場所も即座に分かるように目印（黄色いバンド）をつけようということになったという。
1996年（平成8年）1月12日、9時ごろ（列車火災事故〈踏切障害に伴うもの〉）
日高本線の勇払 - 浜厚真間の踏切で、雪道をスリップして踏切内に進入したダンプカーに様似発苫小牧行き普通列車（キハ130形気動車）が衝突。列車は脱線転覆したうえ、先頭部は大破（特に進行方向右側部分はドアまでたわむほどにまで変形）した。また、衝突した際、ダンプカーの燃料タンクが列車に巻き込まれ炎上し、列車の運転士と乗客45名とダンプカーの運転手が火傷を負うなどして重軽傷を負った。
罹災したキハ130-5は車体の損傷状況などから修理不能と判断され、同年の2月に廃車となり、翌年にキハ160形気動車が代替製造された。
1996年（平成8年）6月25日 21時20分ごろ（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
JR東海高山本線下呂駅から南3キロ地点、三原トンネル出口で名古屋発高山行きの特急「ひだ15号」（キハ85系気動車5両編成）が落石に衝突し、飛騨川沿いの竹やぶに転落した。1両目と2両目が脱線し、1両目が大破、2両目も横転した。16名が負傷。この事故でキハ85-107が廃車となり、その代替車両としてキハ85-119が1997年（平成9年）に製造された。
1996年（平成8年）11月24日17時05分ごろ（列車衝突事故）
JR東日本信越本線長野駅構内、駅ホームから本線高崎方面に向かって約100 mの地点で、同駅（7番ホーム）発上野行きの臨時特急「あさま88号」（489系電車9両編成）の後部4両の進行方向左側面に、待避線から出発した回送列車（189系電車9両編成）の先頭部が衝突した。両列車とも脱線は免れたが、衝突された特急列車の後部4両は側面がへこみ、窓ガラス十数枚も破損した。この衝撃で、特急列車の乗客およそ220名のうち8名が前の座席に手や足をぶつけたり、割れた窓ガラスの破片で足を切るなどの軽傷を負い、特急列車の車両は廃車となった。
日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
回送列車の運転士がわき見をしたことにより赤信号を見落とし、そのまま進行し、特急列車の存在に気づいて非常ブレーキを掛けたが間に合わなかったことが原因とされている。回送列車の運転士は業務上過失傷害などの罪で書類送検された。なお、特急列車の側面に衝突した回送列車は、衝突された列車が発車したのと同じ長野駅7番ホーム入線後に、折り返しで続行の特急「あさま32号」上野行きになる予定であった。
1996年（平成8年）12月4日 5時49分ごろ（列車脱線事故）
JR北海道函館本線大沼 - 仁山間下り急勾配の曲線で、札幌貨物ターミナル発梅田行きのJR貨物運転士が運転していた貨物列車のコンテナ貨車20両がすべて脱線、転覆した。
制限速度が60 km/hだったR300曲線の事故現場を、下り急勾配で加速されて115 km/h前後で進入したため（タコグラフによる）。
日本の鉄道事故 (2000年以降)
日本の鉄道事故（にほんのてつどうじこ）では、2000年以降に発生した日本の主な鉄道事故について記述する。運輸安全委員会（2008年10月1日以降、2008年9月30日以前は航空・鉄道事故調査委員会）の調査案件には★を付す。
なお、明確な正式名称がなかったり、同名だが別の事故が起きたりした場合、便宜上独自の事故名表記としている箇所がある。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
2000年（平成12年）3月8日 9時1分頃（列車脱線事故、列車衝突事故）
帝都高速度交通営団（現・東京メトロ）日比谷線の東急東横線直通列車が中目黒駅直前の急曲線で脱線、対向電車の側面をえぐる形で衝突し、死者5名、負傷者64名を出した。この事故で、日比谷線03系1両（03-802）が廃車になった（2001年に代替新造）。ほぼ同位置で1965年にも事故が発生し、さらに同駅付近の引き上げ線で1967年と1992年に事故が発生している。
2000年（平成12年）12月17日 13時頃（列車衝突事故）
京福電気鉄道永平寺線の上り列車（1両編成）がブレーキ故障により分岐駅である東古市駅（現在の永平寺口駅）に停車せず、越前本線に進入し越前本線下り列車と正面衝突、上り列車の運転士1名が死亡、両列車の乗客ら24名が重軽傷を負った。
ブレーキ故障は、車体中央のブレーキシリンダから前後台車の基礎ブレーキ装置へブレーキ力を伝達する引ロッドの改造接続箇所の溶接に欠陥があり、溶接箇所が疲労破断したのが原因であり、同社の車両検査体制が問われた。
2001年（平成13年）1月26日 19時14分頃（鉄道人身障害事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
東日本旅客鉄道（JR東日本）山手線新大久保駅でホームから線路に泥酔した男性が転落し、その転落者を助けようとして2名の男性がホームから線路に飛び降りたものの、折からホームへ進入してきた電車と接触し、3名とも死亡した。
2001年（平成13年）4月8日 21時35分頃（列車脱線事故）
福島交通飯坂線福島駅で、飯坂温泉発福島行き列車（7000系、東急7000系の譲渡車両）のブレーキが作用せずホームを通過、車止めを乗り越え12m先の駅ビル・イーストビルに突入し乗員乗客4名が負傷した。この影響で当該車両は廃車となった。
この列車は2駅手前の美術館図書館前駅を発車後、一時車内照明が消えるなど停電に見舞われた後にブレーキ装置が故障、非常用ブレーキ装置も扱ったがこれも作用せず曽根田駅を通過、暴走状態となり事故に至った。この列車は始発前の点検では異常が見つからなかった。現代の車両では、通常は複数の独立したブレーキ装置を備えているが、これらすべてが作用しないという稀有な事例であり、原因は究明されていないが、電源装置の不良によるブレーキ装置の動作不良が疑われている。
この後、東北運輸局は福島交通に対し事故原因の早期究明と再発防止策を求める警告書を出し立ち入り検査を実施した。4月13日深夜に試験運転を行い、翌日の始発から運転を再開した。
2001年（平成13年）4月18日（信号違反、線路障害）