マスターチーフ 任務服暦
作戦中にライブラリアンというフォアランナーの遺した、彼女を限りなく近く模写したその魂の欠片とも呼べるAIと邂逅を果たし、彼女の口からフォアランナー、ダイダクト、そして人類とは何なのかを知ることになる。
遥か昔、銀河の覇権を握っていたフォアランナーは急成長した古代人類の侵略を受け宇宙戦争を始めた。この時に将軍としてフォアランナー軍の戦士ウォリアーサーバントたちを率いて人類に立ち向かったのがダイダクトである。ダイダクトは勝利をおさめ、罰として人類の文明を解体した。具体的には一度滅ぼしたのちに管理調整のもと再生させることで生物種としての力を奪って全く新しい種族といってもいいような劣化した状態に造り替えてしまった。
だがフォアランナーは戦争の最中に未知のパラサイトであるフラッドと遭遇。さらに古代人類がフラッドの脅威に追われ侵略戦争という手段で消耗される物資やコロニーを補充していたこと、戦争終末期にはもはや侵略の意図もなかったことが発覚。そして直後に疲弊した状態でフラッドを相手にすることになる。そこからフラッドへの対抗と研究が進み、ついにフラッドや人類を絶滅させる最終兵器ヘイローは作られたのだった。
この研究の過程でコンポーザーと呼ばれる装置が生まれていた。これは生体をAI状の電子生命体にデータ化し無限の命を得るべく産み出された装置だったがデータ変換後は人格を保てず元の有機生命体に戻すことも不可能だった。致命的な問題を抱えたこの研究は、古代人類からフラッドの対策法を聞きだすための拷問への利用など非人道的手段に使われたきり利用は中断されていた。
しかしダイダクトはこれに目を付け、データ変換したAIに機械の身体と武器を持たせディフェンスAIとして再利用する事を提案した。機械の身体にフラッドは寄生できないからである。そしてその材料として目をつけられたのが解体した人類だった。
ライブラリアンとの対話の中でマスターチーフはこれまで戦っていたプロメシアンこそがダイダクトの造りだした対フラッド用ディフェンスAIであること、つまり自分と同じ人類であることに気付く。
HALO計画に頼らずフラッドに対抗しながら先の戦争の腹いせも行えるコンポーザー計画はダイダクトにとって都合のよいものだった。しかし人類の庇護者だったライブラリアンはそれを快く思わずダイダクトをレクイエムに閉じ込め、コンポーザーを奪いインストレーション03に隠したのだった。そしてアークでヘイローが起動され、ライブラリアンはアークポータルの設置後に地球で死亡した。銀河には幾つかのフォアランナー天体が残された。その中には研究のため保存されたわずかな数のフラッドを隠したヘイローアレイとレクイエムを含むシールドワールドも含まれていた。
そして約10万年後、リクレイマーであるチーフがレクイエムに乗り込んだときにダイダクトは目覚め、人類との戦争を再開したのである。
ダイダクトを打倒すべくマスターチーフはライブラリアンによって遺伝子に埋め込まれた能力を解放された。
復活したダイダクトは再びコンポーザーで人類をデータ化して消去する作戦に出て、まずは『Halo 03』に隠しておいたコンポーザーの回収に向かおうとした。
しかも悪いことに、人類絶滅をもくろむコヴナントたちもまた諦めておらず、目的が一致したことでダイダクトとコヴナントは手を組むことになる。
チーフはダイダクトを止めるために協力を求めるも、インフィニティのデルリオ艦長は新たなる敵であるフォアランナーとの戦争に備えるために地球への帰還を優先した。
しかも”時代遅れの兵器”であるチーフとコルタナを排除しようとしたため、チーフは艦を降り、単独でダイダクトの発進を阻止する。しかしコルタナのミスにより失敗したため、チーフはコヴナントの船に飛び降りてダイダクトを追跡、03ことガンマヘイローにたどり着く。
そのヘイローは人類がすでに発見しており、発掘と研究の作業が軌道上の宇宙ステーションイヴァノフ研究所で進められていた。コンポーザーもまたこの宇宙ステーションに保管してあったのである。
ステーションの職員を助けつつ、責任者にコンポーザーの破壊を求める。最初は拒否されるもチーフの説明により承諾した。それから兵士や職員脱出のため防衛システムを再起動するが、コブナントの猛攻とダイダクトの不可思議な力により、コンポーザーはダイダクトの手に渡ってしまう。
ダイダクトは手始めに宇宙ステーションの職員たちをデータ化し、ステーションは壊滅してしまう。その後地球の位置を割り出したダイダクトは、地球へ向けてワープの準備をする。しかしチーフはライブラリアンによってコンポーザー耐性を得ていたためこの攻撃を生き延びた。その後ステーションから持ち出したハボック核爆弾を手に宇宙戦闘機「ブロードソード」でダイダクトを追跡、ダイダクトの乗る宇宙戦艦がスリップスペースを行うのに間一髪紛れ込んだチーフは、コンポーザーの破壊を目指した。地球へジャンプ後、インフィニティの支援を受けて内部に突入、そしてコンポーザーの前まで辿り着くが、ついにコンポーザーが起動され、地球に照射されてしまった。
急いでセキュリティ機能を解除しコンポーザーを吹き飛ばそうとするが、ダイダクトに阻まれ、フォアランナーアーマーの引斥力操作能力により造られた見えざる巨大な掌（トラクタービーム）に捕縛され粉々に握りつぶされそうになる。
だが船のシステムに置き去りにされたコルタナが命がけの特攻を試みた。ライトブリッジを変化させダイダクトは束縛、チーフはパルスグレネードを埋め込み起爆、船をスリップスペースへ突き落とした。そして手動で核爆弾の起爆に成功したチーフは、またしても人類を助け、彼もまた無事にインフィニティへ帰還することに成功したのである。だがコルタナはここで力を使い果たし、残された力で実体化しチーフと抱擁を交わすと闇の中へ消えていった。
スーツを新調し、しばらくインフィニティに所属し任務を遂行していたチーフだが、ブルーチームのフレデリック（フレッド）、ケリー、リンダらと共にコブナントからONI研究施設「アージェントムーン」確保を遂行している最中にコルタナから「メリディアンへ向かえ」とのメッセージを受け取る。
しかし、アージェントムーンにコブナントの大艦隊が迫ってきたため任務を施設の確保から爆破に変更、その後インフィニティにコルタナを追うと連絡すると「別チームが当たるため帰還せよ」と指示を受けるがチーフらブルーチームはこれを拒否、無断でメリディアンに向かった。
その後UNSCでは無許可離隊が宣言され、チーフはファイアチームオシリスに追われることとなった。
チーフは惑星メリディアンのアポジステーション内部の鉱山、ガーディアンの手前でチーフを拘束するために追ってきたオシリスらと出会い一戦交えるも、ガーディアンに乗り込み惑星ジェネシスへやってきた。そこでコブナント、プロメシアンとウォーデン・エターナルの三つ巴を突破、コルタナと再開する。彼女はダイダクトの船に取り残され、船がスリップスペースジャンプをしてジェネシスにたどり着いたのだった。そしてAIが7年を超えると発症する「ランパンシー」が、フォアランナーの全銀河系をつつむネットワークシステム「ドメイン」につながったことにより直ったのだとチーフらに説明した。コルタナを追い、探索を続けるチーフらだが、その間にチーフはコルタナの継承(AIによる人類の支配)への手伝いをさせられていたのだった。会話を重ねるうちにコルタナが危険であることを感じ、任務をチーフらの身柄確保から救助に切り替え追ってきたオシリスの一人ロックとも和解するが、ウォーデンとコルタナにより人工冬眠装置「クリプタム」に囚われる。しかし、オシリスに救出され、その後惑星サンヘリオスへ帰還しアービターやハルゼイ博士と再会、「遅かったわね」と言われた。