アメイジング・スパイダーマン 出版物の歴史
マーベルは1999年1月号からアメイジング・スパイダーマンのナンバリングをボリューム2第1号に改めた。30号（2001年6月）にJ・マイケル・ストラジンスキがライターを引き継いだ。リランチではサンドマンが悪の道に戻り、またメリージェンの死（ただし後にファンの猛反発にあって覆された。）が描かれた。その他の要素として新たなスパイダーウーマンが誕生し（その上、短期間だがスピンオフシリーズが発行された）、同時期に刊行されたジョン・バーンによる問題作スパイダーマン:チャプターワン（初期エピソードを現代風にリライトしたシリーズ）に対して多くの参照をしたことなどが含まれる。マッキーの執筆期間はアメイジング・スパイダーマン・アニュアル2000で終了した。この号ではメリージェーンの帰還と、夫との再会と別離が描かれており、異論を呼ぶものとなった。
J・マイケル・ストラジンスキの到来によって失われた読者を取り戻せたと評価される一方で、ストラジンスキは付加的な異論を呼ぶストーリーラインを監督している。最も特筆すべきは彼の長編スパイダートーテムであり、スパイダーマンとストラジンスキが創った超自然的な力を基盤にした昆虫のヴィランとの連戦を通してスパイダーマンのパワーは魔術を基盤にしたものなのか否かを巡る論議を呼ぶ号を発表した。あまり議論を呼ぶものにはならなかったのは、メイおばさんは自分の甥がスパイダーマンである事を発見し（アメイジング・スパイダーマン36号）、メリージェーンがアメイジング・スパイダーマン50号では和解した夫婦として帰還した事である。ストラジンスキはスパイダーマンに新たな職業も与えている。ピーター・パーカーは母校で教職に就いたのである。
30号ではカバーにボリューム2でのナンバリングの脇にオリジナルシリーズでの号数である471号が表記され、二重のナンバリングシステムが始まった。この時期ファンタスティック・フォーなどのリブートされたマーベルの長期タイトルでデュアルナンバリングシステムが導入されていた。2000年10月、ジョン・ロミータ・ジュニアはジョン・バーンの後をアーティストとして引き継いだ。ボリューム2の58号（2003年11月）の後に刊行された2003年12月号からタイトルはオリジナルのナンバリングである500号に戻り、ボリューム2の1〜58号は442〜499号として扱われるようになった。マイク・デオダ―ト・ジュニアは2004年半ばから2006年まで本のペンシラーを務めた。
アメイジング・スパイダーマン誌を巻き込んだ2006年のクロスオーバーシビル・ウォーではスパイダーマンは当初アイアンマンと政府側の陣営についてスーパーヒューマン登録法の施行の後押しをし、正体の公表と政府への登録を拒むスーパーヒーロー達を捕えていた。テレビ中継をとおして、彼は自分の正体がピーター・パーカーであることを明らかにしたが、最終的には陣営を変え、キャプテン・アメリカたちの元に身を寄せ、登録法の敵と化し、その過程でアイアンマンのダーティーな秘密のいくつか（最も特筆すべき事は登録をしていないヒーロー達を集中キャンプ形式の牢獄に閉じ込めていた事である。）を暴いた。
アイアンマンはピーターが契約を破棄したためにメリージェーンとメイおばさんの警護を解除した。そのため、二人は奔走しスパイダーマンと合流するはめになった。しかし、極悪非道のキングピン＝ウィルソン・フィスクはパーカー一家の殺害を命じ、結果としてメイおばさんは生死に関わる怪我を負った。この事と、キャプテン・アメリカの死により、パーカーは再び長く使っていなかったブラックコスチュームを身に纏う事になった。（実際には、この復活は同じくブラックコスチュームをフィーチャーした映画『スパイダーマン3』へのタイインのためである。）メイおばさんを射殺する命令を下したのがキングピンだと知った彼は、刑務所に討ち入り、「自分の家族に手を出すな」という警告としてキングピンに屈辱的な打撃を与えた。
「ワン・モア・デイ」は4部構成のクロスオーバーストーリーであり部分的にJ・マイケル・ストラジンスキーが脚本を担当し、ジョー・カザーダがイラストを担当し、『アメイジング・スパイダーマン』544号から545号（2007年11月・12月）、『フレンドリー・ネイバーフッド・スパイダーマン』24号（2007年11月）、『センセーショナル・スパイダーマン』41号（2007年12月）にまたがって展開された。フレンドリー～とセンセイショナル～はこのエピソードをもって最終号となった。悪鬼メフィストはピーター・パーカーとメリー・ジェーン・ワトソン・パーカーに、死に瀕するメイ伯母さんの命を結婚したという事実を彼らの過去の一部を改ざんすることで完全に抹消することを条件に救うというファウスト的契約を持ちかけた。
このクロスオーバーは2001年から2007年までの6年半、75号分に及ぶ『アメイジング・スパイダーマン』誌での活動に終止符を打つものとなった。
これ以降、マーベルは『アメイジング・スパイダーマン』をスパイダーマンの単独タイトルにし、刊行ペースを月3回とし、シリーズはback to basicsというストーリーの続編に「ブランニュー・デイ」のバナーをつけ、仕切り直しとなった。「ブランニュー・デイ」シリーズではピーターは彼とメリージェーンの結婚が『なかったこと』になった改変後の世界に存在している。この世界では誰も彼らの結婚を記憶しておらず、『なかったこと』になった事による影響がドミノ倒しのように発現している。レギュラーライターは交代制でダン・スロット、ボブ・ゲイル、マーク・グッゲンハイム、ゼブ・ウェルズらが、アーティストにはクリス・バチャロ、マイク・マッコーン、ジョン・ロミータ・ジュニア、マルコス・マーティンらがローテーションに加わった。583号では、バックアップストーリーにアメリカ合衆国大統領バラク・オバマがゲスト出演した。
ライターのマーク・ウェイドは「The Gauntlet」というストーリーラインを『アメイジング・スパイダーマン』612号で発表した。648号（2011年1月)からは
ダン・スロットがレギュラーライターとなり刊行ペースを月2回とした。この号から8ページが追加され、この刊行形態は第700号まで続いた。
700号ではDying Wishというストーリーラインが展開され、この号のストーリーでピーター・パーカーの精神はドクター・オクトパスと入れ替わってしまい、オクトパスの体に入ったピーターは死亡し、ピーターの体のオクトパスが生き残るという結末を迎えた。
アメイジングスパイダーマンはこの号で終わるが、ドクター・オクトパスのスパイダーマンが主人公の新シリーズThe Superior Spider-Manが2013年から刊行された。
2013年12月アメイジングスパイダーマン700.1 ～700.5が刊行される。ライターはDavid MorrellでアーティストはKlaus Janson
2014年1月マーベルは、2014年4月30日からアメイジングスパイダーマンが1号からリブートされピーターパーカーが復活することを発表した。
この創刊号はダイアモンド・コミックス・ディストリビューターズにより「21世紀のベストセーリング・コミック」とされた。
1〜6号は「Goblin Nation」の直後に起こった「Lucky to be Alive」というストーリー・アークであり、4号と5号はOriginal Sinのストーリーラインとのクロスオーバー。
4号では、ピーター・パーカーと同じ蜘蛛に刺された新しいヒロインのシルクが初登場した。
7号～8号でミスマーベルでとスパイダーマンはチームアップし、この号ではEdge of Spider-verseに関連したバックアップストーリーがかかれた。
さまざまな次元のスパイダーマンたちが集結して戦うスパイダーバースが9号で始まり 、15号で終わりった。15号ではモールンに狩猟されている次元を越えてすべてのスパイダーマンを集結させ、モールンを止めるチームを結成する。再リリースされたシリーズのAmazing Spider-Man Annual＃1は、2014年12月にリリースされ、「Spider-Verse」とは無関係のストーリーを特集している。
2015年のシークレット・ウォーズの後、数多くのスパイダーマン関連のタイトルが「All-New, All-Different Marvel」イベントの一部としてリニューアルされ、
アメイジングスパイダーマンは2015年10月7日に１号が発売された。
同号はピーター・パーカーがパーカー・インダストリーズの経営を継続し、世界中で事業を展開させ、成功を収めているビジネスマンになることを描いている。
その後、Civil War IIが起こり、「Dead No More」などのイベントも展開され、ベン・ライリー（かつてのスカーレット・スパイダー)が復活した。