日本の鉄道事故 (1950年から1999年) 1990年代
1997年2月7日、JR北海道副支社長が1976年10月、1988年12月姫川事故に続く大沼付近での3度の過速転覆事故を承け、現場に速度照査装置設置を発表した。JR貨物は、この事故の後、それまでJR北海道のATS-SN区間では地上設備がなく使用されていなかったATS-SFの車上時素式速度照査機能を活用して、貨物列車の下り勾配過速度検知システムを開発し、函館本線の所要箇所に整備を行った。このシステムでは、事故箇所を含む函館本線の大沼 - 七飯間・駒ヶ岳 - 森間で、下り勾配の速度制限区間の開始地点と終了地点のそれぞれにATS地上子を2個連続して設置し、機関車にはこの地上子の間を0.5秒以下で通過すると非常ブレーキが作動する機能（ATS-SFに備わっていたが北海道内では使用されていなかった）を整備して過速度を防止する構成としており、地上子は85 km/hで非常ブレーキが作動する間隔で設置された。
その後、2016年（平成28年）までに当該区間を含む函館本線にATS-DNの整備が行われ、貨物列車はATS-DFによる連続速度照査を受けて運行されることとなり、速度超過事故の危険性は大きく低下した。
1997年（平成9年）4月7日 14時45分ごろ（列車脱線事故）
京浜急行電鉄本線の京急田浦 - 安針塚間の切り通しでがけ崩れが発生し、走行中の浦賀発神奈川新町行き上り普通・第1449列車（1500形1533編成4両）が突っ込んで3両が脱線した。この事故で、乗客乗務員19人が重軽傷を負った。事故発生時、下りの快速特急（快特）電車が接近中だったが、運転士が負傷しながらも防護無線を発報したため、防護無線を受けた快特は現場の手前で非常停車し二重事故を逃れた。
当事故で、脱線した車両が軌道を大きく逸脱したり横転したりしなかったのは、先頭車が重量の高い電動車だったためであり、この事故は、京浜急行が衝突事故対策や軌道回路を確実に動作させるために、先頭車を電動車にして来た慣例が有効に発揮した実例とされている。
なお、同区間は事故発生当日中に復旧作業を終えて翌日には運転を再開した。この際の関係者の尽力に感謝する書状が沿線住民から贈られ、京急本社に飾られている。
当該編成は先頭車（デハ1536）が代替新造となった。
1997年（平成9年）6月28日 19時10分ごろ（列車脱線事故）
京都府船井郡和知町（現在の京丹波町）。台風8号による大雨の影響で、山陰本線の安栖里と立木間で幅およそ5 m、長さおよそ30 mに渡って軌道下の盛土が流出した。そこへ、およそ50 名を乗せて時速65 kmで走行中の園部発福知山行き普通列車（113系電車4両編成）がさしかかり、列車の先頭車両と先頭から2両目の車両は脱線、最後部の車両は数 m下の田んぼに転覆、最後部から2両目の車両は横倒しとなった。乗客2名が腰の骨を折り重傷、同22名が軽傷を負った。
降雨時の列車の運行判断に用いる規制値のなかで最も低い「警備値」未満の降水量ではあったが、当該区間の建設時（1910年）より盛土に手が加えられていなかった点や、当該区間の地下水位が変動した可能性がある点など、複合的な要因がこの盛土崩壊と鉄道事故を引き起こしたと推測された。
1997年（平成9年）8月12日 23時18分ごろ （列車衝突事故）
JR東海の東海道本線沼津 - 片浜間で、停車中の泉発百済行き下り貨物67列車（電気機関車EF65 1139牽引）に三島発静岡行き下り普通839M列車（クハ111-549先頭、113系電車4両編成）が追突し、衝撃でコンテナ車（コキ104-1675）のコンテナ緊締装置が破損し、コンテナ2個が民家のすぐ近くに転がり落ちた。43名が負傷。クハ111-549は廃車になった。
無閉塞運転中における速度超過が原因である。何者かのいたずらと思われる踏切支障通報ボタンの操作で停止現示になったため、先行する67列車が停車していた。67列車に対する停止信号が、解除操作で進行に変わったことを、839Mの運転士は自列車に対するものと誤認した。さらに67列車の在線が、自列車の進路である本線でなく並行する側線に停車中のものと勘違いしたことにより、規定に反して次信号到達前に加速をした。
この事故を受けて、運輸省はJR各社に対応を求めた。JR東日本は無閉塞運転を廃止し、指令の許可を条件とする閉塞指示運転に改めた。北海道・四国も追随したが、九州など他の3社は運転方法に変化を持たせたのみで、本事故に類似した鹿児島線列車追突事故につながった。無閉塞運転による事故を参照。
1997年（平成9年）8月25日 13時40分ごろ（列車衝突事故）
弘南鉄道弘南線館田駅で、交換列車の待ち合わせ駅を上り列車(7000系 7104編成)の運転士が勘違いし発車したため、下りの列車(7000系 7101編成との正面衝突事故が起こる。32名が重軽傷。
事故後、ATSの設置を行い全線で1999年より使用開始した。 当該編成のうち衝突した7104と7151が、1999年に廃車された。
1997年（平成9年）10月12日 20時ごろ （列車衝突事故）
JR東日本の中央本線大月駅構内で、下り本線を通過中の新宿発松本行き特急「スーパーあずさ13号」（E351系電車12両編成）の側面に、待避線から下り本線上に進入してきた入換車両（201系電車6両編成）が衝突し、特急列車（8号車は横転）の5 - 9号車と入換車両の前2両が脱線、特急の乗客77名が負傷した。
入換車両の運転士が、構内での入換作業のために自動列車停止装置 (ATS) の電源を切った後、下り本線の出発信号機の進行現示を入換車両に対する出発信号機現示と誤認し、入換信号機の停止現示を見落として発車したための事故。
ATS電源投入はハンドル連動改造中で、事故車が未改造だったことと、運転士が切替操作を勘違いして断にしたことで誤出発を止められず衝突に至ったと推認されている。
1998年（平成10年）6月11日 （列車衝突事故）
9時15分ごろ、土佐くろしお鉄道中村線西大方 - 古津賀間で窪川発宿毛行普通列車（1両編成・乗客約40人）が、エンジン故障で立ち往生した。この列車を救援するため、伝令法を施行した救援列車が中村から現場に向かったが、徐行が原則のところを60 km/hで進行したため、見通しの悪い曲線（R400 m）の先に止まっていた事故列車に気が付くのが遅れ、非常制動をかけたものの止まりきれず衝突し、38人が負傷した。
エンジン故障とは、踏切通過の際に、踏切改良工事のための仮設踏切舗装板が浮き上がり、列車車両床下にある変速機オイル冷却用配管と接触、これを損傷したもの。
故障列車の運転士は発炎信号または赤旗による防護措置を怠っていた。また、救援列車運転士に渡された運転通告券には故障列車の停止位置（現場のキロ程）が記載されていなかったため、故障列車の位置は不明だった。
1998年（平成10年）12月16日 （車両脱線）
相模鉄道本線相模大塚駅の引き込み線で回送列車（3000系 (2代)・乗客なし）がポイントを3箇所破壊する脱線事故が発生した。回送列車のため、けが人はなかった。
一部車両はダメージが大きく、3000系は1編成しかないため翌1999年にそのまま廃車され、3000系は廃形式となった。
この事故の代替に8000系1編成 (8713×10) が追加製造された。
1999年（平成11年）2月21日 0時15分ごろ （鉄道人身障害事故）
東京都品川区のJR山手貨物線大崎 - 恵比寿間の目黒駅付近で、信号保安装置の工事のため軌道内を資機材運搬中だったJR東日本の工事請負会社の作業員5人が品川発小淵沢行きの臨時回送9531列車（EF64 36＋お座敷客車「江戸」：計7両編成）にはねられ、5人全員が死亡した。
この事故では請負会社の工事指揮者が作業現場に遅刻した上、大崎駅の信号扱所に列車の運転状況を確認せずにJR信号通信指令室へ作業開始連絡をしたこと、作業前安全打合せ（作業内容・接近列車ダイヤの説明等）をせずに作業員に軌道内への立入りを指示したこと・列車見張員に臨時列車の記載された当日の列車ダイヤを渡さずなおかつ見張り位置を指示しなかったこと・また列車見張員も列車の接近方向とは反対側にいたことが原因とされる。
JR東日本ではこの事故が発生する前から列車運行と軌道内作業の分離を検討していたが、この事故により列車運行中の軌道内作業は原則禁止となった。
品川区の目黒駅と五反田駅間には慰霊碑が設置されている。
1999年（平成13年）7月27日13時10分ごろ
北海道上磯郡木古内町のJR江差線木古内 - 札苅間(現:道南いさりび鉄道線)の踏切を走行中だった快速「海峡5号」（ED79形電気機関車8号機+50系客車5000番台12両編成、青森発函館行き）の最後尾の客車1両（オハフ51 5002）が脱線し、後部台車が脱落した。当該列車はそのまま約200m走行して停止したが、脱線した車両は後部台車が脱落した状態で引き摺られたことで架線柱に接触し、窓ガラスと車体側面が破損した。乗客142名のうち2名が全身打撲などで軽傷を負った。他の乗客はバスで函館へ向かった。熱膨張のためレールが変形していたことが原因。オハフ51 5002は同年8月16日付で罹災廃車となった。