川辺川ダム 過去の計画
熊本県はこの基本方針に対し、川辺川ダムの必要性について県民への説明が不十分として説明を要求しており、2008年3月に熊本県知事に就任した蒲島郁夫は河川法に基づく基本方針への同意を判断するにあたって、川辺川ダムの費用対効果や生態系への影響を検証する有識者会議の設置を表明、半年後をめどに知事としての態度を明らかにするとした。有識者会議は8回の会議を経て「川辺川ダムに関する有識者会議報告書」 がとりまとめられたが、報告書では川辺川ダムによる治水対策について「地球温暖化を踏まえ、抜本的にはダムによる治水対策が有力な選択肢」としつつも、現行の計画の見直しの必要性に言及している。結果として賛成・反対双方の意見を取りまとめたものの、委員会として賛否を明確にしないものであった。有識者会議の意見書は国土交通省・反対派団体のどちらにも与するものではない評価であったが、反対派はこのような態度も厳しく批判し、従来通り川辺川ダム中止を求めていた。
このような状況において、2008年8月には川辺川利水事業は推進としながらも川辺川ダムへの対応を保留にしていた相良村の徳田正臣村長が「現状のダム建設には反対」とする姿勢を明らかにしており、人吉市の田中市長も「ダムは自然環境悪化につながりかねず、市民の多くが否定的だ」として反対の意思表明を行っている。
2008年9月11日の県議会において蒲島熊本県知事は、「住民のニーズに求めうる『ダムによらない治水』のための検討を極限まで追求すべき」として、現行計画を白紙撤回することを求め、球磨川河川整備基本方針への不同意の方針を表明した。この発表は、直後の世論調査で県民の85％が支持した。
そもそも治水とは、流域住民の生命・財産を守ることを目的としています。日本三大急流のひとつ球磨川は、時として猛威をふるい、そこに住む人たちの生命・財産を脅かすことのある川です。だからこそ治水が必要となります。そして、河川管理者である国は、その責任を全うするため、計画的に河川整備に取り組んでいます。このことは、まぎれもなく政治と行政が責任をもって果たすべきものです。
　しかし、守るべきものはそれだけでしょうか。私たちは、「生命・財産を守る」というとき、財産を「個人の家や持ち物、公共の建物や設備」と捉えがちです。しかし、いろいろな方々からお話を伺ううちに、人吉・球磨地域に生きる人々にとっては、球磨川そのものが、かけがえのない財産であり、守るべき「宝」なのではないかと思うに至ったのです。 — 蒲島熊本県知事、熊本県平成20年9月定例県議会 -3．私の判断
この判断について、蒲島知事は「『洪水を治める』発想から脱却し『洪水と共生する』という新たな考え方に立脚すべき」と述べており、ダム事業のみならず球磨川流域における治水事業への新たな指針を示すものであった。なお、蒲島知事は国土交通省から提示された穴あきダム案については「ダムによらない治水案を追求した結果提示されたものかどうか疑問」として、ダム事業の是非の判断材料とはしなかったとしている。
こうした人吉市・相良村の姿勢は従来「ダム推進」で一本化していた球磨川流域自治体の動向にも影響を与えた。山江村は「賛成」から「中立」へと態度を変え、あさぎり町や錦町は「人吉・相良の考えを尊重する」として同調する姿勢を見せた。推進を表明していた下流最大の受益地・八代市も2009年（平成21年）8月に行われた市長選挙で当選した福島和敏市長が「ダム建設反対」方針を明確にし、流域はダム建設に否定的になりつつあった。一方で最大の水没予定地となる五木村は熊本県や人吉市・相良村の対応に猛反発し、従来どおりダム建設の推進を五木村民大会において全会一致で訴えている。この中で「仮にダム建設が中止となった場合、五木村の立村計画を県が肩代わりしてくれるのか、財政の厳しい県が行えるのか甚だ疑問だ」として蒲島知事の姿勢を厳しく批判している。その一方で国土交通省が「ダム中止となれば、村再建対策を行うことが難しくなる」と発言したことにも村民から反発の声が挙がった。また球磨村は「慢性的に水害の被害を受けており、対策としてはダムによる水位低下しかない」として人吉市などに反発。水上村も「ダム推進で長年一致してきたのに、この一ヶ月で全てが崩れるのは悲しいことだ」と懸念を示している。徳田相良村長は五木村に対し「ダム反対」の姿勢に同調するよう訴えているが五木村との溝は深く、ダム問題は地域間に新たな対立を生み出す可能性も秘めている。
2008年の知事の意見表明を受け、川辺川ダムは現行の計画を進めることが極めて難しくなった。当時の国土交通事務次官である春田謙は知事の意見表明を受けた記者会見で「ダムがなくても治水対策がとれるかどうか詰めなければならない」として治水計画の抜本的見直しに言及し、当時の内閣総理大臣であった福田康夫も「地元の考え方は尊重されるべきこと」と発言する など、現在のダム計画から大きくシフトした治水計画となることは必至と見られていた。しかし一方で春田事務次官は同じ会見の席で「河川環境も大事だが、治水の問題が第一」とも述べており、この時点で川辺川ダム事業を完全に放棄したわけではないという立場も示していた。
そのような中、2009年に行われた第45回衆議院議員総選挙において民主党はマニフェストに「八ッ場ダムと川辺川ダムの建設中止」を明記。選挙の結果、民主党が第一党となって政権交代となり鳩山由紀夫内閣が発足、国土交通大臣に就任した前原誠司は9月17日の記者会見で「（利水、発電、治水という）当初の3つの大きな目的のうち（利水、発電の）2つがなくなった。事業を見直すのが当たり前」と述べ、川辺川ダム建設事業の中止の意向を明言、鳩山由紀夫首相も同様の意見表明を行った。その後の国交大臣に就任した馬淵澄夫も川辺川ダム中止方針を踏襲したことにより、川辺川総合開発事業の全面的見直し、すなわち川辺川ダム建設事業の中止が決定した。
一方で、生活再建に関する補償法や特措法の国会での成立は、前原大臣による事業中止直後から度々延期が繰り返されてきた。建設中に地元で進められていたダム本体以外の生活再建事業は、多目的ダム法や水特措法、河川法の下に進められているが、ダム計画中止によって現在進捗中のインフラ整備等の典拠となる法がなくなるため、ハード・ソフト両面での事業進捗の遅延が懸念されていた。
かつて五木村はダム中止を受け入れがたいという姿勢を示しており、補償法案見送りに対しても「信頼をなくすもの」として早急な法整備と、道路整備など現行法で対応できる事業の先行実施 を求めているほか、周辺自治体、熊本県、地元選出議員、ダム反対市民グループ等から政府に対しても、補償法や特別措置法等早急な法整備を求める要望が度々提出されていた。
川辺川ダムの建設が中止となった2009年以降、球磨川水系を管理する国土交通省は、川辺川ダム以外の治水対策の現実的な手法について「極限まで検討し、地域の安全に責任を負う者の間で認識を共有する場」として国・県・流域市町村による「ダムによらない治水を検討する場」を設け、12回にわたって検討を行ったが、ダム以外に検討されうる「直ちに実施する対策」による治水手法では実施後に得られる治水安全度が現状よりは向上するものの、（ダム建設を前提とした）河川整備基本方針で想定した「80年確率」より明らかに低い「5年確率」ないし「10年確率」にならざるを得ないことが示されたことに住民説明会での懸念が相次ぎ議論がまとまらなかったことも踏まえ、2015年に「検討する場」を終了させ、新たに「球磨川治水対策協議会」を開催し、以下の9つの治水案を示した。
しかし、一つの案で治水対策が完結しないことから複数の案を組み合わせを検討する必要があり、現実的な組み合わせ10案の中で最も安い「堤防嵩上げを中心対策案とした組み合わせ」でも（ダムの残事業費を大幅に上回る）2800億円を要し、最短で効果を発現する放水路建設案でも45年の工期が見込まれること、さらには「清流川辺川を守る県民の会」などの市民団体が（住民説明会ではなく）パブリックコメントを実施したことに強く抗議し、球磨川水系の既存4ダム（荒瀬ダム・瀬戸石ダム・幸野ダム・市房ダム）の撤去を引き続き主張するなど、案がなかなかまとまらず、9回の議論を経て令和になっても、球磨川水系の河川整備計画が策定できない状況が続いている。
2020年（令和2年）1月1日時点で一級水系で河川整備計画が策定されていないのは球磨川水系と新宮川（熊野川）水系だけである。なお、河川整備計画が策定されない中でも、国及び県は球磨川・川辺川で河道掘削・護岸補強など局所的な防災対策を継続して実施していた。