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日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
試合で勝負を決した後、勝利校の校歌演奏と校旗掲揚が行われている。
これを発案した人物は、大阪毎日新聞の記者だった人見絹枝である。人見は1928年のアムステルダムオリンピックの女子800mで日本女子陸上初となる銀メダルを獲得しており、このときの表彰式での国歌演奏・国旗掲揚に感激してこれを発案、1929年春（第6回）から始められた。最初に校歌演奏と校旗掲揚を行った学校は、八尾中（大阪）だった。阪神甲子園球場での全国大会では、阪神園芸の職員が校歌のテンポ・長さに合わせてスコアボードの裏で手動で掲揚している。
夏の大会での勝利校の校歌演奏と校旗掲揚は、春の大会より28年遅れて、1957年（第39回）から始められた。最初に校歌演奏と校旗掲揚を行った学校は、坂出商（香川）だった。夏の大会では「校歌演奏」とアナウンスされるが、春の大会では「校歌斉唱」とアナウンスされる（初戦の2回攻撃前は「校歌演奏」とアナウンスされる）。なお、地方大会では、校歌演奏（斉唱）のある地区とない地区に分かれる。
雨天コールドで勝利した場合、雨に濡れた選手や応援団の体調を考慮し、校歌演奏を省略することがある。また引き分け再試合が決まった場合は両校の校歌は当然のことながら演奏されない。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
こうした校歌演奏等は勝利校のみを対象に始められたが、1999年春（第71回）から春・夏の各甲子園大会の初戦の試合中（2回表裏前）に両校の校歌が場内に流されている。千葉県など一部の地区ではこれに倣い、初戦のみならず全試合において2回に両校の校歌を流しているほか、試合前のシートノック中に校歌を流す地区もある。
7回裏の後、校旗が一旦降納され、試合終了後に勝利校の校旗が掲揚される。
夏の甲子園では主催者側が男声合唱による音源を用意するが、センバツや夏の地方大会では学校側のものが使われる。
センバツは勝利校の校歌はスコアボードに映像と歌詞が表示される。
済美（愛媛）のように、校歌が制定されているが別の応援歌や学園歌が演奏されることもある（済美は女子校から共学化したのを機に「学園歌」が制定された）。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
なお、大学の系列・係属・提携校で高校独自の校歌が未制定である場合、母体の大学の校歌が演奏されることがある（近大付や駒大高、駒大岩見沢、駒大苫小牧、日大東北、国学院久我山、国学院栃木、山梨学院、早稲田佐賀、東北学院等）。また同じく独自の校歌を持たない天理（奈良）の場合は「天理教青年会歌」（ただし、2009年から同歌が正式に同校の校歌に制定された）、聖隷クリストファー（静岡）の場合は「讃美歌393番」が演奏される。校歌未制定かつ大学系列校でもない場合、夏の選手権大会では大会歌の「栄冠は君に輝く」が演奏される。こうした学校や校歌に相当する楽曲の呼称が「校歌」ではない学校（済美、高知の「学園歌」、天理の「青年会会歌」、慶応義塾系列校の「塾歌」、国士舘の「舘歌」など）においてもアナウンス上は「校歌」で統一される。
校歌が一定の長さ以上の場合、省略したものを用いる場合がある。最近では済美、千葉経大付などが該当する。池田（徳島）は1番と4番（実質大サビ）をつなげたものを使用。また沖縄水産や鹿屋中央（鹿児島）は校歌3番を（鹿屋中央は、校名が3番にしか入っていないことが理由）、創価（東京）は5番を斉唱している。花咲徳栄（埼玉）の校歌は1〜4番でそれぞれ春夏秋冬を題材にしており、春の大会では1番、夏の大会では2番、秋の地区大会では3番を斉唱する。連合チームの場合は試合ごとに1校の校歌のみを演奏する。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
また甲子園大会において大会本部の不手際により、本来のものとは異なる校歌が流れたり、校歌が途中で止まってしまった場合がある。
現在では甲子園での最後となった試合の後に選手が土を拾って持ち帰ることが伝統となっているが、いつごろに定着したかははっきりしていない。定着する以前の具体的な持ち帰り事例には以下の3例がある。
1946年、夏の第28回大会では、準決勝にて敗れた東京高等師範附属中（現・筑波大学附属中学校・高等学校）の佐々木迪夫監督が、最上級生以外の選手達に（この中に竹田晃がいた）来年また返しに来るという意味で、各ポジションの土を手ぬぐいに包んで持ち帰らせた。ただしこれは米軍接収中の甲子園ではなく阪急西宮球場でのことである。これは新聞で記録されている最古の持ち帰りである。
学校や指導者の方針によっては土を持ち帰らないことがあり、監督として春夏通算10回出場した野々村直通は試合に敗れても選手に土を持ち帰らせなかった。また出場機会を残す選手が「次も来る」という意思表示で持ち帰らないケースもある。特に春の大会では常連校ほど持ち帰らない傾向にある。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
1958年当時の沖縄はアメリカ統治下にあった。その夏の大会で、春夏を通じて初めて沖縄から首里が出場。1回戦で敦賀（福井）に敗戦し、試合終了後に甲子園の土を拾った。しかし検疫の関係で沖縄に持ち帰ることができず、帰郷後処分されたという。外国の土・動植物を検疫を経ずに持ち込むことはどこの国でも法で禁じられているが、沖縄以外のもの（外国や日本本土も含めて）という理由での処分にも関わらず、那覇港の沿岸に捨てられている。それを知った日本航空の客室乗務員有志らが、球場周辺にあった海岸の石を拾い首里に寄贈。同校庭に、今も甲子園初出場を記念した「友愛の碑」というモニュメントとして飾られている。また、これがメディアで扱われ、沖縄返還運動を加速させる一端ともなったといわれている。
2020年6月8日、新型コロナウイルスの流行により同年夏の大会が中止になったことをうけ、阪神タイガースの矢野燿大監督の提案により、同球団と阪神甲子園球場から日本高野連に加盟する約5万人の3年生野球部員全員に、甲子園の土を入れたキーホルダーがプレゼントされることになった。翌年の大会以降は感染対策から土の持ち帰りが禁止され、後日出場校に土が寄贈されていたが、2023年の夏の第105回大会より、4年ぶりに土の持ち帰りが可能となった。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
敗者の儀式として有名であるが優勝校も持ち帰る。決勝戦出場校は表彰式等のその後のプログラムが全て終わった後、グラウンドから引き揚げるときに土を持ち帰る。
なお、土は定期的に補充されているため枯渇することはない。
日本のアマチュア野球では、その機能が設置されている野球場の場合、プレイボール時とゲームセット後の挨拶時に、ほとんどの場合モーターサイレンが吹鳴される。甲子園球場での高校野球大会では、春・夏を問わず球場の開場時間、プレイボールとゲームセット後に長吹鳴の、また試合直前のシートノック（守備練習）開始・終了時に短吹鳴のサイレンが吹鳴される。高校野球では決勝戦を除いて、最低でも1日に2試合を行うため、試合待ちの選手や担当係員への伝達のためにサイレンが必要となっている。なお、降雨コールドゲームが成立した時のサイレン吹鳴はない。
アマチュア野球にモーターサイレンが導入された経緯については、詳しくわかっていない。ただ、1937年夏（第23回）は盧溝橋事件が始まった直後に開会されたため、試合の開始・終了はサイレンを使用せず、進軍ラッパが代用された。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
その他、夏の全国高校野球選手権大会期間中の8月15日（終戦の日）の正午には、黙祷を行うため1分間にわたってサイレンが鳴らされる（1963年〈第45回〉から）。2020年の交流試合でも行われた。ただし、正午が試合中でない場合はこの限りではなく、観客の安全面を考慮して試合開始直前に鳴らされており、2010年（第92回）は12時7分、2014年（第96回）は12時15分、2016年（第98回）は12時6分に鳴らされた（各年とも、3試合開催日の第2試合開始前）。なお、当日の試合が中止になった時は黙祷は行われない。
2018年（第100回）ではレジェンド始球式と称して、大会期間中の第1試合前の全てにおいて始球式を行なったため、第1試合開始時にはプレーボールのサイレン吹鳴は行われなかった。
兵庫県大会や近畿大会でもかつては阪神甲子園球場が使用されたことがあり、全国大会出場歴がなくても地方大会として同球場でプレーしたことのある学校や選手も存在する。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
阪神甲子園球場が完成した翌年の1925年（第11回）から地方大会に使用されており、この年から1928年（第14回）までは兵庫県大会の試合全てが阪神甲子園球場で行われた。兵庫県の球児は本大会より一足先に完成されたばかりの阪神甲子園球場でプレーしていた。その後も兵庫県内の球場事情や立地条件が重なり、たびたび阪神甲子園球場が県大会の予選会場として使用されてきた（但し外野席は開放せず）。兵庫県高野連としても、甲子園が『聖地』という認識はなく、「どちらかと言えば、兵庫県としては明石が特別で、甲子園は『その他の県下の球場の一つ』」という認識であった。
ただ、元々地方大会が行われる7月は日本プロ野球・阪神タイガースが全国大会期間中に遠征に出る（いわゆる長期ロード）前に集中して主催試合を行うことから地方大会の会場としての日程の確保が難しかった上に球場使用料の問題があったこと、加えて後に（淡路島も含めて）兵庫県下各地に多数の野球場ができたことから、阪神甲子園球場を県大会で使用する必要性が薄れたことで頻度は徐々に減っていった。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
元々「なぜ地方大会を甲子園でやるのか」という声はあったが、決定的だったのは、2004年の県大会で阪神甲子園球場が使用された当日に試合をした学校がその日の全国放送の番組で取り上げられ、さらに試合風景として阪神甲子園球場が映っていたことだった。放送翌日は兵庫県高野連に抗議の電話が殺到したため、上記の2004年を最後に予選会場としては使用されていない。
選抜・選手権ともに大会の開幕前に、出場が決まった全代表チームによる阪神甲子園球場での事前練習（通称：甲子園練習）が行われる。大会開幕までに阪神甲子園球場のグラウンドの雰囲気を事前に確かめさせるという目的があり、大会開幕の概ね一週間前から、移動が容易な兵庫県や大阪府など主に近畿地方のチームから指名され順次行われている。1チームの練習に参加できる人数は選手・監督・部長・マネージャー等を含めて35人まで、割り当て時間は概ね30〜50分程度で、当日はバックネット裏の座席が開放されているため一般客も無料で練習風景を見学できる。ただし雨天などでグラウンドでの練習が中止となった場合は、代わりに隣接する室内練習場での調整となることもある（室内練習場には一般客向けの見学スペースはないため、この場合は非公開となる）。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
なお、夏の選手権大会については、プロ野球・阪神タイガースの公式戦日程との関係で、日にちによっては午前中のみとなる場合がある。また、1998年の第80回と2008年の第90回、2018年の第100回の各記念大会、および2015年の第97回（高校野球誕生100周年記念）では、それぞれ日程上の都合で甲子園練習が行われず、代わりに施設見学が行われた。第97回大会の施設見学会では出場チームごとに15分ずつの時間が与えられ、通常の甲子園練習と同じ要領のユニフォーム、またはその学校の制服を着用してグラウンドに下りてもらっての確認作業（ただし出場登録を済ませている選手に限る）と、球場各施設を見学する形を取っていた。第100回記念大会も同様に、各チーム15分ずつの時間が与えられ、選手たちがユニホーム姿でグラウンドに下りてその雰囲気を確認するなどした。
高校野球の全国大会は春と夏で年2回あるが、両大会の優勝校同士による決戦試合が1回行われたことがある。
1927年、春優勝校は和歌山中（和歌山）で夏優勝校は高松商（香川）だったが、阪神間のファンから「ホンマに強いのはどっちやろ。試合やらしてみればどうや」という声があがり、同年11月6日に大阪の寝屋川球場で両校による決戦試合が行われた。この試合は7対4で高松商が和歌山中に勝利した。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
翌年度のチームではあるが甲子園大会でも、1961年春（第33回）決勝で前年春優勝の高松商と前年夏優勝の法政二が対戦し、4-0で法政二が勝利し夏春連覇を果たした。
放棄試合・没収試合は全国大会での例はないが、地方大会で発生している。主な原因は一方的な試合展開による人数不足が原因であるが、下記のような例もある。
2020年3月に開催される予定だった第92回選抜高等学校野球大会と8月の第102回全国高等学校野球選手権大会は、中止となっているが、戦争および米騒動以外で初めての中止となった。
翌2021年の第103回全国高等学校野球選手権大会は前年冬から猛威を振るう、新型コロナウイルスの流行が収まらない中で開催された。しかし都道府県の予選大会で野球部員や同校の生徒の感染が相次ぎ、出場辞退する高校や参加辞退した高校が相次いだ。
鳥取県の米子松蔭は7月16日深夜に学校関係者がコロナウイルスに感染していることが判明。抗原検査の結果、部員の感染は認められなかったが、オーダー交換の締め切りである試合当日の午前8時10分までに抗原検査による陰性が証明できず、鳥取県高野連は不戦敗の判断をした。しかし、このことが全国に報道されると、全国から出場辞退撤回を求める声が各地から集まったうえ、学校も大会復帰の嘆願書を提出し、復帰が認められた。
日本の高校野球 試合にまつわる記録・エピソード
8月17日。宮崎県の宮崎商は滞在する兵庫県の宿舎でクラスター感染が発生し、出場辞退を発表。また1回戦を勝ち抜いていた宮城県の東北学院も野球部員の1人が感染、集団感染には該当しないため出場に差し支えはなかったが「感染した部員が特定されるおそれがある」として出場辞退を発表している。これにより宮崎商の対戦相手、智弁和歌山と東北学院の対戦相手、松商学園は不戦勝となった。1922年の第8回全国中等学校優勝野球大会において新潟商が選手の病気を理由に棄権しているが、出場校が17校だったため新潟商を外して開催しているため、甲子園での不戦敗は史上初となった。
野球規則では打者が安全進塁権を行使しなかった場合「進塁放棄（野球規則4.09b／得点）でアウトが宣告されることがある。また3アウト目と同時にホームを踏んでも、得点は認められないとあるため下記が発生したことがある。
2007年（第89回）茨城大会準々決勝・竜ヶ崎一対水戸葵陵。9回裏、水戸葵陵はサヨナラ押し出し四球の後、勝利に大喜びのナインがベンチを飛び出して抱き合うなか、打者もその輪に加わる。同じころ、サヨナラ負けにうなだれる竜ヶ崎一ベンチでは部長が「打者が（一塁に）進塁してないぞ」と叫んでいた。その言葉に「まだ終わったわけじゃない」とナインは冷静さを取り戻した。これに対し、水戸葵陵の監督も慌てて打者へ一塁への走塁を指示したが進塁放棄でアウトが宣告されサヨナラ勝ちは幻と消えた。試合は延長12回、水戸葵陵が2度目の押し出しサヨナラ四球を選び勝利した。
高校野球では、デーゲームが圧倒的に多いが、まれにナイターが行われることもある。
2018年の全国高等学校野球選手権京都大会では猛暑のため、準々決勝を当初の4連続試合から午前中に2試合行い、日中に休憩時間を設け午後4時から第3試合以降を開催する措置を取り、結果として第4試合がナイターとなった。7月23日のナイターで行われた準々決勝の立命館宇治－鳥羽の試合は、午後7時1分から10時37分まで行われ、延長11回の末6-5で立命館宇治が勝利を収め、当時では高校野球史上最も夜遅くまで行われた試合となった。
2025年の第107回全国高等学校野球選手権大会では、暑さが厳しい時間帯のプレーや観戦を避けるため、第1日～第6日で2部制を取り、第3試合以降を午後4時15分から開催する措置を取った。8月8日（第4日）、第3試合（横浜－敦賀気比）で天候不順のため1時間7分の中断があった影響で、第4試合の高知中央－綾羽の試合が大幅に遅れ、記録が残っている中で最も遅い午後7時49分開始となった。また、同大会では、午後10時以降は原則新たなイニングに進まない規定が存在したが、両校の同意を得て午後10時を超えても延長10回に限って試合を続行することになった。その結果、試合終了が午後10時46分となり、最も遅いゲーム終了時間を更新することになった。
日本の高校野球 誤審に関するエピソード
1961年夏（第43回）栃木県大会、宇都宮対馬頭、3回裏・二死後宇都宮高の打者が空振り三振をした後、ネット裏の審判員から「公式記録員のスコアブックでは三振前に四球になっている」と球審に注意、球審は三振を取消し、四球を宣告。納得がいかない馬頭側は抗議の意を示した。その後球審は「自分のゲージは四球になっていない」と主張、両チームのスコア・ブックも四球ではなく、打者も「2ストライク3ボールから6球目を空振りしたと思う」と主張したが、公式記録員の記録では三振前に四球となっていた。結局、当初の判定通り三振におさまったものの、「公式記録員や掲示板のスコア係を高校生に任せていた」ことから県高野連に対し運営の甘さを反省せよとの抗議が寄せられた。
1984年春（第56回）、佐賀商業対高島で、ラッキーゾーンのフェンス手前でワンバウンドしてスタンドインしたエンタイトル二塁打の打球を本塁打と誤審。試合後に高野連が会見して誤審を認め、誤審の原因となった選抜高等学校野球大会歴代優勝校ボード（白地に歴代優勝校の校章が描かれていたパネルボードであった。また、このパネルボードは夏の全国高等学校野球大会では掲出されていない）を全て撤去し、翌1985年春（第57回）から掲出されなくなった。
日本の高校野球 誤審に関するエピソード
当時の高野連会長・牧野直隆は試合後、誤審を行った審判と共同での記者会見を行い、誤審の原因を説明し「選手が判定に疑問を持ったらどんどんアピールしてよい」と発言している。
倉敷工業対金光大阪（2009年選抜） - 一死三塁の場面で倉敷工業がスクイズを敢行。突っ込んできた三塁走者に触球する際、ミットから球がこぼれ空タッチとなったが球審は正規触球後の落球としてアウトと判定。主将が抗議したが判定は覆らず。この判定に対し、試合を見ていた視聴者から抗議電話が殺到した。しかし試合は倉敷工業が延長12回サヨナラ勝ちし勝敗は左右しなかったが試合時間が長引く原因となった。
日本の高校野球 誤審に関するエピソード
花巻東対盛岡大付（2012年選手権岩手大会決勝） -3回表、一死一・二塁の場面で盛岡大付の選手が放った左翼ポール付近の打球を審判が本塁打と判定。花巻東の伝令が「ファウルではないのか」と猛抗議するが、試合は3－5で花巻東が敗退した。この試合は同大会準決勝でアマチュア野球史上初となる最速160 km/hを記録した注目右腕・大谷翔平（現ロサンゼルス・ドジャース）の最後の夏の甲子園出場をかけた試合だったため試合前から注目度が高く、この判定は全国的に知れ渡った。翌日のスポーツ紙は「大谷、誤審に泣く」「花巻東、誤審の前に消える」などと誤審と決めつける見出しを打ち、敗れた花巻東に同情する記事を掲載した。また、この一件に関して、この年の全国選手権大会の閉会式において高野連会長奥島孝康が講評の中で「とりわけ残念なのが、大谷投手を甲子園で見られなかったこと」と述べた。この発言に対し、高野連に「盛岡大付を侮辱し、失礼ではないか」などの批判が寄せられたという。
創志学園対玉野光南（2016年選手権岡山大会決勝）-9回表、一死一塁の場面で創志学園選手の自打球で投手前に転がったゴロを審判はインプレーと判断一度は併殺、試合終了を認めるが、創志学園側の猛抗議により審判が自打球と判定を覆す。試合はその後創志学園が逆転勝利を収め甲子園大会への出場を決めた。創志学園の監督は「相手がゲームセットまで行ってしまっているからかわいそうなことをしてしまった。大人がジャッジをつけてやっていかないといけない。相手（玉野光南）の気持ちを考えるとこれ以上は何もいえない」とコメント。岡山県高野連の審判委員長は「（自打球かどうかの）映像は確認していない。手際が悪かったことは認めます。両チームに対して失礼でした」と謝罪した。
日本の高校野球 幻の甲子園大会
過去に1918年の夏が米騒動のため、1941年の夏に関特演動員輸送のため、以降日中戦争の激化、太平洋戦争の開戦などが重なり1946年の夏の大会が開催されるまで大会自体が行われなかった期間が存在し、2020年の春と夏は新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行と感染拡大のため、春夏合わせて4回幻となった大会が存在し、合計7年大会が行われなかった年が存在する。中でも「幻の甲子園大会」として広く知られているのは、太平洋戦争中の1942年8月、文部省主催（本大会のみ朝日新聞社ではなかった）の大日本学徒体育振興大会の一つとして、全国から16代表を集めて開催された、全国中等学校錬成野球大会のことを指し、2010年8月のNHK「戦争と平和」特集で「幻の甲子園」として採り上げられた。
日本の高校野球 中継
春の選抜高校野球、夏の全国高校野球共にNHK地上波テレビ放送、及びNHKラジオ第1で全国中継がされる（国会中継などの特別編成により別媒体での放送あり）。このうちNHK地上波テレビ放送は時間帯によってNHK総合とNHK Eテレのリレーで放送される。原則として、午後0時台（土曜日は大河ドラマ再放送の関係で午後1時台も）は定時番組の視聴者確保のため、午後6時台は夕方の定時ニュース放送のためEテレにリレーする（国会等特殊番組のために本来総合で流すべき時間帯にEテレへ臨時移動する場合もある。選抜期間中は、大相撲春場所のため、幕内の時間に合わせてEテレヘリレーする。後述）。
リレー中継のきっかけとして、1974年（昭和49年）に開催された第56回全国高校野球選手権大会「鹿児島実業対東海大相模」の準々決勝の試合が延長戦にもつれ、午後7時以後定時番組を放送する都合で総合テレビでの放送を打ち切ることになってしまい（ラジオ第1は定時ニュースを休止して中継を続けた）、視聴者からNHK鹿児島放送局に抗議の電話が相次いでしまい、急遽7時のニュースを終えた同7:20から、NHK大阪放送局から裏送りをしてもらう形で、鹿児島向けの中継のみを行った。これがきっかけで、あくる1975年の第47回選抜高校野球選手権大会以後、総合-教育（Eテレ）の相互リレーを行うことになった。
日本の高校野球 中継
その他、毎日放送/毎日新聞社系列のGAORAでも全試合を全国に中継し、決勝は近畿ローカル（決勝進出校の地元局がネットする場合あり）でMBSテレビでも生中継されている（2002年までは全日程を放送していたが、後述の夏の大会とは違い、近畿地区の各独立テレビ局（非ネット）とのリレー中継は実施していない）。
また、夏の全国高校野球は近畿地区では全国高校野球選手権大会中継として朝日放送テレビ（ABC）でも中継される。これは夏の全国高校野球が朝日新聞社主催のためである。なお昼の一部の時間帯は近畿地区の各独立テレビ局とのリレー中継となる。BSではBS朝日4Kで、CSはスカイAで朝日放送テレビ制作の中継がノーカットで放送される（スカイAは当日ディレイ放送）。また朝日放送のホームページでインターネット配信によるライブ映像が無償で視聴できる。決勝戦と表彰式（閉会式）はテレビ朝日系列全局で放送されていたが、2015年の大会より同試合の地上波放送がネットワークセールス枠からローカルセールス枠へと変更されたことに伴い、同年はテレビ朝日のみ中継がされず、翌年以降は一部の系列局と衛星放送での放送となっている（BSは2021年まではBS朝日でも放送されていたが、2022年からはBS朝日4Kのみでの放送になった）。
日本の高校野球 中継
2010年夏の大会まではNHK衛星第2放送（1984年-1986年は衛星第1放送）でも放送された。当初は地上波との同時中継だったが、のちに開会式、開幕戦、決勝戦と、東京都と沖縄県の代表の試合に限り放送されるようになった。これは東京都の小笠原諸島と沖縄県の大東諸島に地上波の中継局がなかったことによるものである。
この他、独立テレビ局のある県ではその県の予選大会も中継され、地区大会の準決勝以上となると地元のNHKテレビ(放送エリアが複数地区にまたがる地区では総合テレビで愛知県大会、Eテレで岐阜県大会というようにチャンネルなどを分けて放送している。決勝も同様)が放送し、地区大会の決勝戦はNHKテレビに加えて地元のテレビ朝日系列局による中継も行なわれる場合がある。
なお、民放テレビでの中継は1957年 - 1958年の2年間、大阪テレビ放送（現在チャンネルとしては朝日放送テレビが系譜）が春・夏を通して独占して放送していた。大阪テレビは現在の朝日放送、毎日放送が合弁出資し、新聞社資本も朝日・毎日双方から受けていた関係による。
日本の高校野球 中継
NHKでは国会中継と大規模災害（2011年東日本大震災など）、及び夏季オリンピックと高校野球の日程が重複した場合、本来総合テレビ・ラジオ第1で放送すべき時間帯の放送はそれらを優先し、教育テレビ（Eテレ）とFM（一時期ラジオ第2）に迂回して放送する。特に、2016年8月9日のNHKラジオにおける夏の甲子園中継は、長崎平和祈念式典とも開催が重複する影響が出たため、10:55-11:30まで、ラジオ第1が「長崎平和祈念式典」、FMが「リオ五輪競泳決勝種目中継」を優先し、この間の高校野球中継が休止となる事態が発生した。
日本の高校野球 甲子園出場をした主な著名人
プロ野球選手経験者を除く。また学校名は出場当時の通称学校名で記述している。
日本の高校野球 禁止事項
高校野球では高野連や文部科学省が通達を出し禁止あるいは自粛となった事例がある。この項の内容は2007年に行われた高校野球特待生問題有識者会議で明らかにされたものである。
野球大会の主催
昭和20年代後半、山梨県の高校が県下の中学校を集めて野球大会を主催し有力選手をスカウトしていた。その後、文部省が事務次官レベルで全国に通達を出し、上位（高校）の学校が下位（小中学校）の学校の大会を主催することを禁止した。
佐伯通達
1955年、全日本ハワイ遠征の際、プロ野球関係者が選手たちの見送りに混ざり全日本の選手たちに「餞別」の名目で現金を渡していたことが発覚した。当時の高野連副会長佐伯達夫はこの行為に激怒し高校球児はプロ野球の札束攻勢に惑わされてはいけないとの理由で「通達」（佐伯通達）を出した。佐伯は高校側に罰則を設け、それに違反した学校には連座罰則を課すという強い態度で臨んだ。→詳細は「佐伯達夫」を参照
野球用具の商標規制・商品無償提供の禁止
日本の高校野球 禁止事項
昭和40年代、高校野球がマスメディアによって盛大に報道され始めると、宣伝効果を狙い、スポーツメーカーや商店が甲子園出場校に甲子園出場祝いの名目で、野球用具などを無償で提供するようになった。高野連はこれをすぐに禁止したが、今度は出場校の宿舎に商品の宣伝を主とした飲食物の無償提供までもが行われた。高野連は改めて商標規制や無償提供の禁止を通達、高校野球が商業主義に冒されることが無いよう関係各位に自粛、自戒を求めた。
優勝パレード・優勝セールの禁止
日本の高校野球 禁止事項
1980年夏（第62回）に横浜高校が優勝した際、新横浜駅に2万人の人だかりができ横浜高校ナインの到着を待った事に起因し雑踏警備の対策として優勝パレードの禁止や、商店街による「優勝セール」などの便乗商法も合わせて禁止する対策が必要になってきたとまとめている。2015年春（第87回）で優勝した敦賀気比に対し日本高野連が「出場校の手引き」の中で「華やかなパレードは高校生を英雄扱いし間違った心情を植え付ける」ことや「ファンの熱狂が無統制を招き思わぬ事故を誘発する」としており、また「日本学生野球憲章」においても「学生野球を商業的に利用することを禁じている」ため自粛を求めた。しかしその後も現実には、2025年夏(第107回)に沖縄尚学が優勝した際に地元の宜野座村の宜野座養殖場でクルマエビが最大4割引きとなる優勝セールが行われ、しかもそれが祝賀ムードの文脈でTBS系メディアに報じられるなど、少なくとも沖縄県では優勝セールの禁止が死文化している模様。
相手高校や関連団体へのヤジ・罵倒の禁止
以前は応援の際、『◇◇倒せ』『やっつけろ◇◇』のような応援や『打倒◇◇高校』のような横断幕などの使用が行われていたが、近年では日本高野連が『◇◇倒せ』『やっつけろ◇◇』のような応援や『打倒◇◇高校』のような横断幕などの使用を禁止。応援は自校のチームおよび選手の激励・賞賛とし、相手校に対しては、健闘を称えるものに限るという通達を出した事が明らかにされている。しかし、高野連が通達を出した時期や経緯・理由は一切明らかにされていない。ただし、保護者、教員、観客などによるヤジ・罵倒は行われており、松井秀喜5打席連続敬遠では観客やベンチ入りしなかった星稜高校の下級生の野球部員などが激怒したり、開星高校が出場した選抜大会（対向陽高校戦）にて敗北後「21世紀枠に負けたのは末代までの恥」と発言したことを受け、同校野々村監督が責任を取り監督を辞任したケースがある。
監督による抗議
高校野球では一部の例外を除き抗議は原則禁止されている。また、抗議は主将、伝令または当該選手のみが可能であり、監督が抗議を行うことは禁止されている。ただし、高校球児が出場する国際大会ではルール上、監督のみ抗議権が認められていることから監督の抗議禁止は高校野球（高野連）特有のルールであることには留意が必要である。
日本の高校野球 問題提起
単なる高校部活動の対抗戦に留まらず、時には社会的関心を集めるほど人気の高い高校野球であるが、学校関係者や保護者、主催する高野連やマスコミに対し様々な角度から問題提起が行われている。
日本の高校野球 問題提起
学校の部活動のひとつでしかない高校野球が、新聞やテレビなどのメディアにおいて、他のスポーツの部活動に比べて突出して扱われている（あるいは他の高校スポーツの取り上げられ方が高校野球に比べて少ない）ことを問題視する意見がある。実際マスメディアの高校の部活動で全国大会を主催している野球とそれ以外のスポーツの扱いには違いがある。スポーツライターの相沢光一は、NHKが2010年夏の大会では約130時間にわたって全試合を完全中継した（G・Eテレを合わせたテレビが朝9時、R1が朝8時から、一日最大10時間もの放送枠を設定し、通常の番組は全て休止）のに対し、同じ高校の総合大会であるインターハイの放送時間はNHK Eテレで10時間のダイジェストに過ぎなかったことを指摘し、NHKは他スポーツの放送をもう少し増やしてもいいのではないかとの意見を述べている。またネット上では「高校野球だけが地域代表じゃない、人気は主催する朝日新聞社や長時間放送をするNHKによる創作」「メディアと高野連が選手によるドラマを創り崇めている」という指摘もある。これらのネット上の批判に対し、産経新聞記者の出崎敦史は高校野球の記事が多いのは書く側から言わせてもらえば「読みたい」という読者のニーズが多いからだと反論している。
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新聞大手でも全国大会を主催する『朝日新聞』・『毎日新聞』と、両紙以外の中央紙では高校野球の扱いに対して著しい温度差がある。『読売新聞』はTwitterに高校野球専用のアカウントを開設する、隔月刊の『報知高校野球』を出すなどそれなりに力を入れているが、後述の報道干渉問題など、しばしばトラブルを起こしている。『産経新聞』・『日本経済新聞』は扱いが他紙と比べて少なく、特に『産経新聞』は審査室会議で処分対象になった指導者の実名を積極的に公表するなど高野連・学生野球協会と対立することがある。『日本経済新聞』に至っては個別の学校や選手をほとんど取材しない。
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トーナメント制で行われる選手権と選抜はそれぞれ夏休みと春休みに開催され、休暇期間中に大会の全日程を消化することが目指される。それ故に上位に勝ち進む学校は短期間に集中して試合を行うことになり、それに伴う選手への負担増大がしばしば問題視される。特に投手については「エースと同等の力量を持つ複数の投手を育てる余裕がない」という選手層の問題もあって1人の主戦投手に頼らざるを得ない（＝リリーフがいないので先に打たれ出した側が負ける）ケースが多く、地方大会や全国大会で勝ち進んだ学校などでスポーツ障害を引き起こしたり燃え尽き症候群になることがある。古くは王貞治も「もし5季連続出場を果たしていたら野球にけじめをつけて大学にいっていたと思う。最後に出られなかったことで気持ちが宙ぶらりんになった」と後年語っている。
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春の選抜は秋季大会の結果によって参加校を決定するため試合数・環境ともに比較的易しくなる傾向にあるものの（それでも春休みに入る前に開会し、出場校の野球部は授業も修了式も免除される）、夏の選手権では短期間のうちに地方大会・本大会と数多くの試合を高気温・強い日照の下で行わなくてはならないため選手は過酷な環境に置かれる。2011年には選手が熱中症で次々に倒れて試合続行が不可能となり没収試合となる例まで出た。また、2013年には埼玉大会で38度を超える猛暑の中で試合が行われ、選手だけでなく観客の一般生徒も熱中症の症状で病院に搬送される事態になった。実際、日本体育協会が推奨する熱中症予防のための運動指針では気温35度以上時の運動は特別の場合を除き原則禁止（対象が子供の場合は中止すべき）としていることから、「もう夏のスポーツはやめよう」といった意見まで出ている。このような批判が出ることに対しスポーツジャーナリストの玉木正之は「人気の裏返しでもあるのだろうが、長年マスコミが封印してきた高校野球への本音が、ネットでは言えるからだろう」と指摘、さらには「マスコミが大会を主催することで競技を発展させた面はあるが高校野球が商売と切り離せなくなった結果、開催時期などの問題点を指摘できず、健全なジャーナリズムが機能しなくなっている。（高野連は）選手がアマチュアであることに甘えている」とも指摘した。東北高校時代に本大会出場経験のあるMLBサンディエゴ・パドレスのダルビッシュ有は「見直すべきだと思うが、壁となるのが50年以上もの歴史」と発言した。
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対応策としては、2004年からは春・夏とも全国大会の準々決勝を2試合ずつ・2日に分けて開催されるようになり、やがて夏は2013年から、春は2015年から準々決勝を1日で4試合一括開催に戻し、準々決勝の次の日を休養日とする日程に見直した（なお、夏の大会の地方予選ではこれ以前からも準々決勝の翌日、あるいは、高校の1学期の終業式が行われる7月20日前後の平日を予め開催しない日に制定しているものも多くある）。また、2018年の京都大会では猛暑のため、準々決勝を当初の4連続試合から午前中に2試合行い、日中に休憩時間を設け16時から第3試合以降を開催する措置を取った。高野連は、地方大会における暑さ・熱中症対策として、地方大会を主催する各都道府県高野連に助成金として全国選手権の収益から15万円を支給。観客向けのミスト噴霧機や冷風機のリース、経口補水液の購入、理学療法士や看護士の増員などに充てられる。
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このような議論がたびたびなされているにも関わらず、2018年の選手権において、金足農（秋田）のエース投手・吉田輝星が地方大会・本大会を合わせた全11試合に登板、11試合目の本大会決勝で途中降板するまで一度も交代することなく全試合を1人で投げ計1517球という球数を投じるという事態に至り、これに対して批判意見や、「金農旋風」と称して金足農業の健闘を讃える一連の報道姿勢や各所での盛り上がりはこれらを「美談化」するものであるという指摘もあった。大会後、同年12月に新潟高野連が2019年4月の春季新潟大会において「1試合100球」を限度とする球数制限を導入することを決定。これを受けて2019年2月に日本高野連でも理事会が召集された後、日本高野連を中心とした「投手の障害予防に関する有識者会議」が発足することとなった。
夏の日中に集中して行われる大会運営に対しては野球に批判が集中しがちではあるが、全国高等学校総合体育大会（インターハイ）においてもその状況に大差はなく過度な批判は前項「メディアの扱いに関する問題」とも関連した問題となる。
2020年代に入ると選手(特に投手)の負担の観念から高校野球の試合を7イニングスに短縮すべきではないかという意見も聞かれるようになったが、プロに通用する体力があるかどうかの査定などの観点からプロ野球スカウトの中にはイニング短縮に否定的な立場を示す者も見られた。
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高校野球そのもの自体が商業化、ビジネス化されているとの問題や指摘がある。甲子園大会の初戦に流れる学校紹介VTRはNHKや高野連が作成、出場校の負担は0円のためもっとも費用対効果の高いCMとの指摘、批判もある。しかも紹介VTRは大会ごとにNHKが作り直していること、年末にNHKが放送している全国高等学校駅伝競走大会とは出場校の紹介方法の扱いが全く違うこと（数秒程度、またはテロップ）から制作費用、NHK受信料の使用用途問題から一部学校の宣伝になっているのではないか、同じ内容を再利用できないのか、と国会で問題視されたこともある。特に大学野球との差は顕著であり、東京六大学、関西六大学、東都大学リーグなど大学野球の試合がテレビ中継されることはほとんどなく、高校野球で活躍後、大学へ進学した選手たちの試合もスポーツニュース等で軽く触れることがある程度であることは留意が必要である。実際、後述するような、生徒の父母らによる監督への干渉や視聴者による判定に対するクレーム問題等も高校野球が商業化されているゆえにおこる問題とされている。
日本の高校野球 問題提起
学校側は上記紹介VTR以外にも、甲子園に出場することで、OBや父母会からの寄付金増加、野球部達の進学や就職に好影響が出ることによる生徒数の増加、収益改善、費用対効果を見込み、学費免除等をうたい優良生徒を囲い込むなどの事態が横行。その結果、高野連が特待生制度について通達が出ることとなった。
高野連側は甲子園大会で得た収益に課税されることはなく無税であることも留意が必要である
こういった商業化の流れは高校野球に限ったことではなく、高校野球とほぼ同時期にスタートした東京箱根間往復大学駅伝競走（以下：箱根駅伝）においては1987年に日本テレビが協賛し全国放送で全区間の生中継（電波を途切れさせない完全中継実施は1989年から）を開始、商業化路線に進んで以降、正月の風物詩（国民的スポーツ大会）として認知され関東地方以外でも知名度・注目度が格段に向上、かつては廃止論まであった箱根駅伝は現在、番組名もメインスポンサーを務める企業を冠名にした『★SAPPORO新春スポーツスペシャル第○回東京箱根間往復大学駅伝競走』となり留学生選手からも認知され、箱根駅伝を走りたいと願う留学生選手と本線出場による学校の知名度アップを図ろうとしている学校は少なくない。
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1992年8月16日に行われた明徳義塾対星稜の試合では明徳義塾の監督は星稜の4番松井秀喜に対し5打席すべてを敬遠するという作戦に出た。試合は明徳義塾が勝利したが試合終了直後から試合内容に納得のいかない観客から「帰れ」コールやブーイングが起き、これによって校歌斉唱の声が潰されただけではなく、高野連が異例の声明を発表する事態になる。監督は試合終了後に「高校生の中に一人プロが混じっていた。勝つために（敬遠を）指示した」と記者団に答えた。スポーツ紙、テレビニュース、一般紙は明徳義塾の行動に対する非難を行い、プロ野球経験者は非難、擁護と意見が二分した。
2000年鹿児島大会の鹿児島玉龍対樟南戦（7月12日）飛球を巡る審判の判定に樟南の監督枦山智博が主将青野毅を通じ30分にわたり抗議。最終的に審判がマイクで観客に説明した。試合後の会見で枦山は「判定が覆らないのはわかっていたが自軍選手の鼓舞、相手高校の良い流れを断ち切るための作戦として抗議を行った」と説明。当時、枦山は県高野連の理事を務めていたが、試合後抗議をした責任を取り理事辞任を申し出た。県高野連は7月20日に理事会を開催して枦山の辞任を了承、同時に再発防止策として枦山に始末書の提出を求めた。
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2006年に行われた高校野球県秋田県予選準決勝の本荘対秋田戦で行われた、雨天ノーゲームを巡る遅延行為と故意遅延プレーの発生。9-1と本荘がリードしていた5回裏に、雨天による一時中断があった。高野連のルールでは7回が終了しない状態では雨天ノーゲームとなるため、秋田は雨天ノーゲームを狙い、打者が一球ごとに打席を外す、投球テンポを遅くする、送球されたボールを盗塁したランナーを故意にタッチせず進塁させるなどの遅延行為を行った。本荘はそれに対抗し、監督の指示でわざとアウトになるようなプレー（敬遠球への空振りや無謀な盗塁）を行った（試合は本荘がコールド勝ち）。この試合では本荘の行為のみが問題とされ始末書の提出を県高野連から求められたが、秋田へは何の処分もなかった。
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数々の問題が指摘されるなか、高校球児自身やその保護者の対応を批判する声もある。横浜高校監督・渡辺元智は報知新聞社から上梓した「高校野球って何だろう？」の中で「教育としての高校野球」「人を育てるのも人」を強調。その上で最近の生徒たちを「（昔の生徒に比べ）あいさつができない」「（悪い事をしても）謝らず言い訳をする」「口のきき方を知らない」「一般常識が欠けている」と批判。保護者についても「（他校の監督より）高校野球に熱が入るあまり、肝心な生徒さんの教育にはそっちのけで監督にかけあう、お届けものをする、監督や選手の人事に口を出す保護者、父母会まであると聞いている」と苦言。「生徒さんを強豪校へ入学させたりプロを目指したいならまずは野球の技術よりも生徒さんの教育（人間形成）が一番必要ではないのか」と批判した。
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また、高校球児が刑事事件を起こし逮捕され学校や高野連が謝罪や釈明に追われるケースが急増している。特に2012年夏の選手権大会では甲子園出場校の高校球児が大会期間中に刑事事件を起こし逮捕されたことを受け高野連が緊急の会見を開く事態となった。これら刑事事件を起こした高校が出場を辞退したケースはなく、問題を起こした者を外し大会に出場している。また2012年の地区大会ではサヨナラ負けを喫した高校の野球部員が判定を不服として整列を拒否したりインターネット掲示板「2ちゃんねる」で審判を批判する書き込みや、Twitterを通じて対戦校の関係者や女子生徒への脅迫、強姦予告、殺害予告などが行われたため、学校側が野球部の活動自粛を決めた例もある。
東映や巨人で投手としてプレーし、引退後は数々のプロ球団でコーチを歴任、また母校・中央大学でも監督を務めた高橋善正も「野球部はプロ養成所ではない。規律や社会のルールを破った者には以後1年間活動を認めない、部も一定期間活動停止にする、この位の厳しさが必要だ。高校野球部の不祥事は起きるべくして起きている」と論評している。
高校野球も他のスポーツと同様に「勝利至上主義」基づく体罰などの「過剰な指導」、根性論に根ざすしごき、「指導者・先輩への絶対服従、上意下達」、「連帯責任」的な処分が存在する。
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しごきの一例として黒田博樹は上宮高時代、夏の府大会で、自分の起こしたミスに対し監督から朝6時から夜9時まで15時間、ポールとポールの間のフェンス際を、水さえ与えられず際限なくただ「走れ」と命じられたという内容を2012年7月、ニューヨーク・タイムズで告白、掲載された。このようなしごきがエスカレート、地方・全国大会の出場を辞退したケースや先輩の暴行による後輩部員の死亡事故まで起きている。連帯責任は1960年代から70年代にかけては野球部とは全く無関係の在校生徒が起こした問題を受け連帯責任で甲子園出場を辞退したケースもあった（佐伯達夫の項も参照）。1980年代から対象が在校生徒から野球部関係者と範囲が狭くなり、問題を起こした者を外すのみと対象範囲が縮小されていっている。
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氏原英明は高校野球全体の傾向としてオーバートレーニングであると指摘しており、2019新型コロナウイルス感染拡大の影響を受けて練習量が減ったことで却って「選手の体格、打撃の飛距離、投球の球速が向上した」という声があると紹介している。高校生に限らず根本的に日本のアマチュア野球はオーバートレーニング傾向で、中学生の段階から練習のし過ぎで骨端線が早期に閉鎖し、身長が本来より伸びなくなるケースが多い。その点ドミニカのアマチュア球界の指導者はMLBに教え子を送り出すことが最終目標となっており、少年期はのびのびと楽しく野球をやらせる方針が一般的。また、アメリカでは選手を練習で故障させると保護者に将来プロ球界で得られたはずの逸失利益の補填を巡って告訴されるリスクがあるため、成長期の選手に無理をさせないのが一般的である。
田中将大がニューヨークヤンキースに移籍した際に、地元の新聞ニューヨーク・タイムズが1面トップで大特集を行ったが、記事中では田中の高校時代の野球生活を紹介し、チームへの絶対的な献身や規律の厳守を要求する日本の野球チームの実態を伝えている。この記事を自身のコラムで取り上げた国際ジャーナリストのロバートソン黎子は、アメリカの青少年に日本の高校の野球部で行われている苦行僧的日々の強制は、まず無理だろうし、児童虐待という声も上がりかねないだろうと指摘している。
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体罰に関してはプロ野球経験者の間でも意見が二分している。松坂大輔はリトルリーグ時代「野球でミスをしても怒られないが、悪い事をすれば尻をバットで叩かれること位は当たり前だった」と回顧。松井秀喜も中学時代、度重なる敬遠四球にふてくされた態度をとったところ試合後、監督から体罰を受けたと証言するが、一方で監督の体罰が無ければ今の自分はいなかったと回顧。逆に桑田真澄は、自らが殴られた経験を踏まえ「体罰は不要。子どもの自立を妨げ、成長の芽を摘みかねない」と指摘している。
2013年1月、社会問題化した大阪市立桜宮高等学校バスケットボール部の体罰問題を受け、翌2月高野連は、加盟校全校に体罰根絶の徹底を求める通達を出した。また選抜大会開会式のスピーチで下村博文文部科学大臣が体罰根絶を改めて訴えるなど体罰根絶に努めた。しかし同年6月、高野連が野球部指導者にアンケートを行った結果、指導者から部員への体罰問題の項目では、全体の9.7%が「（体罰は）指導する上で必要」と回答したことを発表。アンケート結果を受け、西岡宏堂・審議委員長は「間違った考えの人がまだこれだけいることはショックだ。体罰がなくなるまで言い続けないといけない」と厳しい口調で語り体罰根絶に改めて努めていく旨を示した。
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鍛治舎巧（取材時点で県岐阜商硬式野球部監督）は、「引き出しの少ない指導者は生徒を型に嵌めたがる。個性を尊重し奔放にやらせると自分が対応できなくなるから」競技経験のない部活の顧問を任される教員も多い。高校球児の頭髪に限れば周囲の固定観念が根強い。九州地方のチームが甲子園に立った時、監督は選手の頭髪を自由化すると、OBやファンから「球児らしくない」と苦情が殺到した。頭を丸めることを強制することは明確な体罰（暴力）と定義されている。
高校野球における相次ぐ暴力事件は高校野球に限らずスポーツ全体に根付く問題である。里崎智也はこれについて「その行為や問題が起きるのってほぼ団体競技じゃない?」と指摘しており、要因を「レギュラー、補欠がある」「監督、コーチを選手自身が選べない」の2点に絞っている。アマチュア野球において引き抜き防止のために設けられている「止むを得ない理由以外で移籍するとその選手は1年間出場停止」という規則もこの問題を難しくしていると解説しており、監督やコーチを自分で選べる個人競技からこうした問題に対して否定的な声を上げる者が多いと主張している。
高校野球では選手やコーチに抗議権が認められ、監督に抗議権がない。しかし抗議権のない者による抗議として次の事例がある。
日本の高校野球 問題提起
明石商対加古川北（2009年秋季兵庫大会） - サヨナラ打の判定をめぐり両校の監督が審判に抗議した結果、審判の判断が二転三転した。県高野連は9月25日にベンチを出て抗議した明石商の監督と部長に注意を、試合後選手に整列を指示しなかった加古川北の監督、部長に厳重注意をそれぞれ言い渡した。また、県高野連審判部が二転三転した判定について県高野連に謝罪し、「再発防止に努める」とした。
横浜対関東一（2012年選抜大会準々決勝） -　5回裏一死一、三塁の場面で横浜がセーフティースクイズを敢行。同点かと思われたが、関東一より「三塁走者が本塁を踏んでいない」とのアピール。球審がアピールを認めたため、同点スクイズは幻となった。球審がマイクを握り「三塁走者が本塁を踏んでいないとアピールしたので、アウトにしました」と宣告後、横浜の監督・渡辺元智が身ぶり手ぶりを加え、球審に「走者はベースを踏んでいる」と猛抗議した。しかし、大会本部の総務委員から「監督に抗議権はない」ことを告げられ口頭で注意を受けた。横浜の三塁走者は試合後、記者団に「踏んでなければスパイクの裏の感触でわかる。ガッツリ踏んだと思いました」と語り、ダルビッシュ有（当時テキサス・レンジャーズ）はTwitterで「横浜高校渡辺監督に注意って。てかいつも思うけど何で抗議がダメなの？　高校野球やってた時から色々と謎な決まりが多かった記憶が。」と渡辺監督を擁護し、高野連の体制を批判した。
高校野球がおもに「対象試合の勝敗予想」「優勝校の予想」など対象に賭博対象となっている問題。かつては暴力団が胴元となり一試合に数百万から数千万円が動いたケースもあったが、高校野球賭博が暴力団だけでなく一般市民や身内のグループ、会社のサラリーマン内で横行し検挙された例や2015年プロ野球選手が野球賭博に関与していた問題では高校野球の勝敗に現金を賭けていたことも明らかにされた
主催する高野連が学校や周辺に過度な干渉をしているという問題。部の場合、ユニフォームはともかくマネージャーの服装だけでなく、抽選会に出席する責任教師や監督、選手の服装に至るまで指定され、過去に出場校のユニフォームに入っている刺繍が好ましくないとして説明を求めた結果、学校側が刺繍をはずした事例がある。部外では当時の長野県知事（田中康夫）の応援に対して干渉した例、開会式当日、広島への原子爆弾投下の時刻にあわせて他の出場校とともに開会式前に室内練習場で黙祷を捧げようと計画した選手を制止し、自校のみで黙祷させた例もある。
報道への干渉例として読売新聞が2007年8月1日から2007年8月3日にかけ、3回シリーズで連載した高野連の在り方や問題点を取り上げた特集記事「高野連ってなに？」を掲載。高野連が読売新聞に対し、記事の訂正と謝罪を求めたが読売新聞は回答をしていない。
高校野球においては各校の吹奏楽部などがアルプススタンドにて応援することが通例となっているが、2011年の選手権大会前に発売された雑誌『週刊朝日増刊 甲子園2011』において、作戦の一環として「習志野の攻撃中はナインの背中を押すため管楽器のベル（音が出る部分）をバッターボックスに向け、相手校が『タイム』をかけてマウンドに集まる時はマウンドに向きを変え、相手ベンチからの指示を聞こえなくしたり、マウンド上での会話をしにくくしたりする」などとする習志野高校（千葉）の吹奏楽部顧問・石津谷治法のインタビュー記事が掲載された。習志野は同大会初戦の静岡戦において7回に2死満塁からホームスチールを成功させたが、これに関連して静岡県の地元紙である静岡新聞社は試合後に、プレーとの直接的な因果関係には言及していないものの、習志野の応援を「ごう音のような吹奏楽による応援」と評し、「グラウンド上では、声による意思疎通ができなかった」とする静岡高の選手の感想を報道した（習志野の吹奏楽部は“美爆音”の異名を取る大音響の演奏で知られる）。またTBSテレビアナウンサーの安住紳一郎も試合の直後に放送された安住紳一郎の日曜天国(TBSラジオ)で、情報源を明らかにしなかったもののこの発言に言及。同番組での安住の発言を受け日刊ゲンダイが学校に取材するなどした結果、習志野の教頭はフェアプレー精神に反する意図を否定したものの、2回戦以降は相手のタイム中は演奏を停止するなどの措置を取った。前述のインタビューを執筆した柳川悠二は翌2012年、「高野連が顧問の発言を問題視し、大会中に学校関係者や野球部・小林徹監督を呼び出し厳重注意していた」とも述べている。
習志野は2019年の選抜でも2回戦の星稜戦において太鼓の音に対して近隣住民からの苦情を受け、一番大きな太鼓の使用を自粛、他の太鼓もサイズの小さいものに代える措置を取った。高野連側はこの対応は「一時的な措置」であり、次回からは従来通りでよい、としていたものの、実際には次戦以降も太鼓の数を減らす事態となった。なお習志野は同大会において応援団優秀賞を受賞している（同賞は初戦の応援が対象となる）。
熱心な高校野球ファンのコミュニティである「8号門クラブ」によってバックネット裏席が占拠されるということがたびたび問題視されており、2016年からのドリームシート設置に影響しているのではないかとの声もある。
1992年の松井秀喜5打席連続敬遠の際にはグラウンドに大量のメガホンが投げ込まれたり、明徳義塾高校の校歌斉唱の際に球場全体から「帰れ」コールや勝利直後から脅迫の電話や手紙が送られる等の嫌がらせが発生し、一時はパトカーや警備員から守られながら行動せざるを得ない事態となった。
試合の展開などから、観客の応援がいわゆる「判官贔屓」的な一方的にものになることがあり、たびたび議論となっている。
1980年の選手権大会に、都立高校として初めて国立高校が甲子園に出場し、開幕前から大きな注目を集めていた。1回戦、前年度に公立校として初めて春夏連覇を達成した箕島との試合では、箕島側のアルプス以外ほとんどが国立を応援し、ボールカウントが国立の打者に有利になっただけで手拍子が起こる異様な状況で試合が行われた。そのような状況でも箕島は本来の実力を発揮し5 - 0で勝利した。国立を3安打完封に抑えた箕島先発の宮本投手は試合後「二度と国立高校とはやりたくない」と語った。
また、学校や選手に対する偏見、臆測やデマが発生することがある。例えば、学校が県外の生徒で固められている（全国から生徒を集められる私立校に多い）と「第二○○代表」と揶揄されることが多くあり、鍛治舎巧監督（上述）時代の秀岳館は試合に勝利しても冷たい視線や罵声を浴びることがあった。第99回選手権大会では1回戦の中京大中京 - 広陵戦の試合結果に不満を持った愛知県内の男性がインターネット掲示板に中京大中京高に対する爆破予告を書き込み、威力業務妨害罪により逮捕される事態も発生している。
日本のプロ野球選手はほぼ全員が高校野球経験者であり、高校野球で勝ち残るための戦術や育成方法を指導される。しばしばバントの過剰な信仰などの甲子園のような短期決戦向きの選手ばかり育っている。そのため、プロ野球で長く活躍できない選手も出てきている。また、育成方法も過剰な左打ち偏向が多く、プロ野球で活躍する右打ちの選手が少なくなっている。
水戸事件
水戸事件（みとじけん）は、1995年に茨城県水戸市で発覚した知的障害者に対する暴行・強姦事件。
水戸事件 概要
茨城県水戸市の段ボール加工会社の有限会社アカス紙器（有限会社水戸パッケージを経て現・有限会社クリーン水戸）は積極的に知的障害者を従業員として雇用し、従業員全員を会社の寮に住まわせていた。アカス紙器社長のMは、障害者雇用に熱心な名士として地元では尊敬されていた。
しかし1995年10月、アカス紙器が障害者雇用により国から交付される特定求職者雇用開発助成金を受け取っていながら、実際には知的障害者の従業員に対してほとんど賃金を支払っていないことが発覚し、翌年Mは詐欺容疑で逮捕された。
詐欺容疑でMの近辺を捜査する過程、Mが長年にわたり、従業員の知的障害者に対して虐待・暴行を行っていたことが判明した。その内容は、角材や野球のバットで殴る・両膝の裏にジュースの缶や角材を挟んで正座させ、膝の上に漬物石を乗せて長時間座らせておくといった拷問ともいうべきものであった。知的障害者の従業員たちは満足に食事を与えられておらず、時にはタバスコをふりかけた飯や腐りかけたバナナなどを食べさせられることもあったという。さらに知的障害者の女性従業員に対する強姦も頻繁に行われ、被害者は10人近くにのぼると言われている。
水戸事件 概要
水戸警察署は、詐欺事件だけでなく知的障害者に対する暴行・強姦事件に関しても捜査を開始したが、被害を受けた日時や状況を正確に証言出来る被害者が少なく、「公判を維持できない」という理由で警察も水戸地方検察庁も立件に消極的であった。結局、Mは詐欺罪および暴行2件・傷害1件で起訴され、それ以外の暴行・強姦事件はすべて不起訴となった。
1997年3月28日、水戸地方裁判所はMに対し、「懲役3年執行猶予4年」の判決を下した。松尾昭一裁判長が実刑をつけない理由として、Mが「障害者雇用に熱心に取り組んだ」ことをあげた。