パワプロクンポケット3 表サクセス（サイボーグ編）
主人公の高校時代の先輩。主人公の嘘を即座に見抜き、死んでいたが復活したという事情を知るがサイボーグであることは知らない。記憶喪失になった主人公の面倒を色々と見てくれる。たこ焼き屋になったことは第1作で明かされていたが、今作ではバイト先としても登場する。この仕事をすると若干記憶が戻る。極亜久高校のうろつきイベントをかなり進めると主人公の記憶を荒療治で大幅に戻させるイベントがある。
平山 紀之（ひらやま のりゆき） 23歳
主人公の高校時代の同級生。現在は実家の酒屋で働いている。高校をうろつくと登場し、極亜久高校が廃校になったことを教えてくれる。主人公が生き返ったことは知らされていない。イベントではチームメイト達の近況を教えてくれる。サクセス内ではチームに加わらないが、アレンジチームでは火星オクトパスの投手として登録されている。
三鷹光一（みたか こういち）
主人公の高校時代の同級生。プロペラモグラーズの選手となっていたが、プロペラ団を批判したため、ケガで1シーズンを棒に振ることとなった。『5』でも他プロ球団の投手として登場している。
ダイジョーブ
スポーツ医学の天才。今作は主人公が人間ではないのでおなじみの改造手術は行えないが、代わりに試作サイボーグ用パーツの実験台になることができる他、エネルギー回復や病気の治療も行える。今作では博士の昔話を聞くこともできる。
元々はある組織でロケットの研究開発をしていたが、当時の宇宙ロケットの打ち上げ能力は低かったため、成功率を上げるために乗員を強化しようと考え（低酸素や衝撃に耐える身体に）、人体改造を始めたという。当初の人体実験は本人の許可のもと行っていたが、戦争が始まると同僚は「ロケットに爆弾を積め」と上層部に要求され、博士は「戦車より強い兵士を造れ」と命令された。このとき、多くの被験者が本人の意思と関係なく集められ、人体実験に使われたという。戦争に利用されることに嫌気がさした博士は研究所を爆破してドイツから逃亡した。
荒井三兄弟（あらいさんきょうだい）/荒井 金男（あらい かねお）、荒井 銀次（あらい ぎんじ）、荒井 晴男（あらい ぱるお）23歳
シリーズの常連キャラクター。本作でもモグラーズの球団職員として働いている。ランダムイベントで登場し、主人公の記憶が戻る助けとなるが、わけのわからないことばかりしてストレスも溜まる。最終的には主人公がサイボーグであることを知り、主人公の腹の中にキムチを入れてショートさせる。
荒井 紀香（あらい のりか）
主人公の夢の中のみにランダムイベントで登場。紀香が夢に現れるイベントが発生すると記憶は戻るがストレスも溜まる上、イベントの回数を重ねるにつれてストレスの増加量も大きくなってしまう。
大谷 健（おおたに たけし）
プロペラ団を調査している新聞記者。後に主人公に協力してプロペラ団の実態を世間に公表した。後の作品にも登場。
チャン
ジャンク屋を経営する中国人風の男。唐沢博士が研究費用欲しさに大量に横流ししたというサイボーグ用パーツ（特殊能力パーツ・消費アイテムパーツ）を売ってくれるほか、時折おまけしてくれることもある。ネオプロペラ団関係者以外で主人公がサイボーグであることを知っている数少ない人物。後の裏サクセスでもたびたび登場する。
犬（いぬ）
野良犬。唐沢博士に目を付けられてサイボーグにされそうになり、イベントの展開次第ではトラックに轢かれてサイボーグにされてしまう。
チンピラ
街で主人公から金を巻き上げようとする若者。サイボーグの主人公を再起不能寸前まで追い込むほどの強者。対人ミサイルがある場合はそれを使うことで撃退できる。また、ネロを仲間にしているとネロが倒してくれる。
森田 健一（もりた けんいち）
警察官。道端でエネルギー切れになって動けない主人公を等身大の人形と思い、粗大ゴミとしてゴミ捨て場に運ぶ役目を務める。
たかし
帽子を被っている野球好きの少年。大宮由佳里の友人。序盤の定期イベントでまさると共に「モグラーズはひっかけだよな」とプロ野球界のヤラセを見抜いており、そのことを主人公に教える。『6』でも登場する。
まさる
たかしと同じく野球好きの少年で大宮由佳里の友人。「～でしゅ」と喋る。
来図 枢由（きず すうゆ）
プロペラ島大会の対戦相手「ドリームドルフィンズ」の監督。高利貸しもしており主人公が借金をした際にも取り立てにやって来る。ビジネスに失敗しており、株と外車を転がす優雅な生活に戻ることを夢見ている。主人公からは「山師」扱いされる。名前はセガのゲーム開発者のアナグラム。
おばちゃん
初期シリーズ常連。本作では主人公をゴミの分別に付き合わせたり、主人公に水をかけてショートさせたりと迷惑な存在。
フラップ教団の信者
服部が教祖を務める「フラップ教団」の信者。モブなので全員同じ外見。服部のミニゲームで敗北すると主人公を袋叩きにする。
ゾンビ
立花が病院で実用化を目指していたゾンビ。立花曰く「球場の作業員や売り子をやらせて人件費を節約するつもりだった」とのこと。
ネオプロペラ団
亀田光夫が唐沢博士と共に作り上げた、打倒プロペラ団を目指す組織。構成員は前述の2人と唐沢が蘇らせた主人公を含む3人。資金が常に不足しているため、主人公のアルバイト代や火星オクトパスからの報酬で活動している。本部はボロアパートの一室であり、唐沢の様々な実験器具が所狭しと並んでいる。
火星カンパニー
垣内善治が火星の土地を手に入れたことから、火星に行くことを目的に活動する企業。プロペラ団の主催する大会で賞金を得るために社員で野球チーム火星オクトパスを構成している。社員は全員帽子にサングラス、スーツに髭の生やし方まで全て同じ格好なために主人公も見分けがつかないらしい。一見すると柄の悪いチンピラばかりだが、社長と似て人情に厚く野球にも真剣な者が多い。
プロペラ団
『1』『2』にも登場した世界最大のプロモーター企業。ボスはMr.リッチモンド。本部はアメリカにある。世界中に支部を持ち規模の拡大を続けているが、それ故に資金不足に陥っており、組織の財政は破綻寸前と言われている。鋼曰く「死病の鯨」。この組織は、ボスを倒しても別の人物がボスになり、本部を潰しても別の場所に本部が出来るだけで、そう簡単に壊滅できない組織だが、この組織が生き延びるには、資金が絶対的に必要となっているため、毎年12月に行われるプロペラ島の裏野球大会が必要不可欠で、その島が消滅すると組織は完全に崩壊することになる。
元々は世界の娯楽スポーツを健全に保つことを目的とした善良でまともな組織だったが、その中に眠る利権や暴力に対抗するために利権を上回る利権、暴力を上回る暴力を追求し続けた結果、悪の組織へと変貌していった。太平洋の真ん中にあるプロペラ島と呼ばれる人工島で毎年12月に裏野球大会を開催しており、多くの草野球チームが莫大な賞金を求めて集まり、プロペラ団は「プロペラデストロイヤーズ」というチームで出場し、負けは絶対に許されないとされており、大会はプロペラ団が必ず優勝を果たしていたが、第3章で「火星オクトパス」に敗れ、優勝を逃してしまった。
サイボーグ技術を始め数々のオーバーテクノロジーを所有しているが、本作でネオプロペラ団の活躍と世界中でのプロペラ団の混乱により組織は崩壊する後、サイボーグ技術などのオーバーテクノロジーと組織の規模は『4』以降登場する「大神グループ」（後期作品では「オオガミ」）引き継がれ、シリーズ全体に影響を与え続けることになる。なお、それらのオーバーテクノロジーの本来の所有者と真の目的は後期の作品で明らかにされる。