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日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
東海旅客鉄道（JR東海）東海道本線富士駅で下り貨物列車が、出発信号機の停止現示を見落として進行。東海型過走防止装置により停止したが、同駅始発電車列車に向けられた出発信号機の進行現示を自列車のものと勘違いし、ポイントの開通方向が違うのに気付かずATS停止を無断解除して出発した。駅側がそれに気づき、始発電車の防護無線を発報したが間に合わず、非開通のポイントを割り込んで破損した。
当日は貨物列車が約10分遅れだったことから富士駅始発列車を先行させることとし、貨物列車が到着する番線の出発信号機に「停止」を現示したが、この停止信号を見落として進行したため場内信号による注意現示速度以下の速度で出発信号80m外方の過走防止速度照査が動作して非常制動が働き、75m冒進して停止した。
運転士は4つのエラーを冒したが、特に指令の許可を得ずにATSを解除して出発したことで衝突が危惧される事態となり、JR東海は日本貨物鉄道（JR貨物）に再発防止を求めた。
背景として、ATS-Sxが冒進前提の防御で、停止後は運転士に停止理由が見えないことで遅れ回復の気持ちに押され見落とし、思い違いのままの行動が続いてしまったことが挙げられる。運転士が場内信号も見落としていた場合、注意現示以下に対応する東海型過走防止装置の防御対象外であることから宿毛事故のような高速冒進となる危険があることを示した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
2001年（平成13年）6月24日 18時頃（列車衝突事故）
京福電気鉄道越前本線（現・えちぜん鉄道勝山永平寺線）保田駅 - 発坂駅間で、勝山発福井行き上り普通列車（1両編成）と福井発勝山行き下り急行列車が正面衝突し、乗員乗客24名が重軽傷を負った。
事故原因は、本来途中駅で対向する急行列車とすれ違う必要があったのを普通列車の運転士が信号を確認せず早発したという人為ミスだった。2000年12月17日の事故の約半年後に再び衝突事故を起こした京福電気鉄道は厳しい批判を受け、福井地区各線の運行が停止に追い込まれた。
★2002年（平成14年）1月3日 10時頃（列車脱線事故）
岐阜県羽島市の名古屋鉄道羽島線新羽島駅構内で、笠松発新羽島行き普通電車（3100系3121編成・2両）が車止めに衝突、先頭車両の前部2.5mが高架橋終端から突き出て停止した。けが人はなかった。
原因は降雪時に耐雪ブレーキを使用せずに運転し、氷塊詰まりにより制動力が極端に落ちたものと推定された。この事故を受けて名鉄では耐雪ブレーキの使用基準などを改めた。また、ホームの長さを2両に短縮し、ドアカットを行う措置を一時的に行った。
★2002年（平成14年）2月22日 21時30分頃（列車衝突事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
福岡県宗像市の九州旅客鉄道（JR九州）鹿児島本線海老津駅 - 教育大前駅間で、門司港発荒尾行き普通列車（811系＋813系7両編成）がイノシシに衝突し車両点検のために停止中、無閉塞運転で進行してきた後続の門司港発荒木行き快速列車（813系5両編成）が追突し134名が重軽傷を負った。
後続列車が中継信号機の進行現示を自列車に対するものと勘違いし、無閉塞運転取扱規則に反して加速したのが原因。
車体はテレスコーピング現象による衝撃で各車とも車端部が破損しており、全車が廃車となった。なお先行列車の先頭車両の前頭部（811系）は九州鉄道記念館の運転シミュレーターとして活用されている。また、事故廃車になった813系は被害を受けていない部品がのちに製造された300番台に再利用されている。
★2002年（平成14年）8月1日 12時18分頃（列車脱線事故）
真岡鐵道真岡線（特殊自動閉塞・CTC付帯）久下田駅で、隣のひぐち駅で故障し走行不能となった営業列車（下館発茂木行き、モオカ63形気動車1両）を連結して救援した列車（同じくモオカ63形気動車1両）が久下田駅構内のひぐち駅方にある11号転轍器へ進入したところ脱線した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
原因は運転指令員が信号および転轍器に対しマニュアルと異なる誤った取り扱いをしたためであった。運転指令員はひぐち駅の両隣である久下田駅と折本駅の間を伝令法による運転に切り替え、ひぐち駅の3駅先の真岡駅から救援列車と要員を派遣し、故障車をひぐち駅から真岡駅まで牽引しようとしたが、救援列車をひぐち駅へ向かわせる際に久下田駅の11号転轍器鎖錠を手動解錠しなかったため、救援列車が通過した時に転轍転換器を破損して半開きのまま固着した。転轍器が破損して復位しないので久下田駅場内信号は停止現示のままになり、故障列車を牽引してひぐち駅から戻ってきた救援列車が再び久下田駅に進入できなくなった。運転指令員は久下田駅の場内信号が停止現示から切り替わらない理由が分からず、場内代用テコで強制的に場内信号を進行現示として救援列車を久下田駅に進入させた。救援列車は損傷した11号転轍機上を通過し、先頭車前方2軸が脱線した。
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救援列車の運転士は運転歴29年のベテランで訓練・検査も行われており、異常も無く正常に運転していたが、当時の運転指令員が運転士と兼務の上に運転士の仕事ばかりで全く訓練や検査も行われていなかった。指令業務に不安を覚えた運転指令員は、茂木駅で別の作業をしていた信号関係ベテランの工務区副長の助言を受けながら運転取扱をしていたが、工務区副長も助言を誤り、関係者が誰もその誤りに気づかなかったために誤った取扱が実施された。さらに人員不足で折本駅に臨時の駅長が派遣されなかったこと、久下田駅に派遣された派遣駅長も訓練を受けておらず代用手信号の現示や転轍機確認を怠ったこと、信号に関する知識の乏しい者を久下田駅派遣信号係としたことなど、複数の対応の誤りが招いた事故であった。
★2002年（平成14年）9月26日 8時32分頃（列車脱線事故）
名古屋鉄道名古屋本線新岐阜（現・名鉄岐阜）発豊橋行き特急列車（8両編成。1030系・1230系1134編成6両＋1800系1804編成2両。乗員3名、乗客約900人乗車）が、名古屋本線奥田駅 - 大里駅間にある大里8号踏切（稲沢市奥田堀畑町地内）付近の軌道内で普通乗用車（ホンダ・プレリュード〈4代目〉）と衝突。うち前2両が大きく脱線し、特に先頭車両は線路の東側に設けられていたコンクリート製暗渠の用水路に乗り上げた状態で停止した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
普通乗用車を無免許で運転していたスリランカ人1名が死亡、列車の乗客21名と運転士、車掌各1名の計23名が負傷した。通勤ラッシュ時間帯で脱線した特急列車には多くの乗客が乗っていたため負傷者が多数発生した。なお、事故当時対向列車が事故現場へ近づいていたが、脱線列車が架線柱をなぎ倒したことから停電となり、現場直前で停止したため、さらなる大惨事は免れた。
事故の原因は普通乗用車（盗難車）が遮断桿が下がっていた踏切内に進入、踏切内で脱輪した上に線路上を新名古屋（現・名鉄名古屋）方面に走行し、これに追突した列車が乗用車を巻き込んで脱線したためである。
事故車両のうち後方に連結されていた1800系2両はそのまま修理された。残りの6両のうち大破した1030系2両は事故廃車となったものの、1230系4両は豊橋寄りの中間車に運転台を取り付ける工事を行い、新たな固定編成の1380系として改造された。
→後部4両の改造については「名鉄1000系電車 § 1380系」を参照
★2002年（平成14年）11月6日 19時45分頃（鉄道人身障害事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
西日本旅客鉄道（JR西日本）の東海道本線（JR神戸線）塚本駅 - 尼崎駅間で、フェンスを乗り越え線路内で遊んでいて大阪発姫路行き新快速にはねられた中学生を救助中の救急隊員2名が、後続の京都発鳥取行き特急「スーパーはくと11号」にはねられ、1名が殉職、もう1名も重傷を負った。
当時のJR西日本に人身事故発生時の明確なマニュアルがなく、現場を監視していた同社社員と同社運転指令所との連携がうまくいかなかったため、運転指令所が現場の状況を正確に把握しないまま運行再開を指示したことが原因の一つであるとされている。なお、のちの裁判では社員に関しては無罪、指令所員に対しては有罪判決が下されている。
後にJR福知山線脱線事故が発生した際、同社の運行管理体制のずさんさを指摘する例としてこの事故が報道などで再び取り上げられることにもなった。
この事故ではきっかけとなった中学生の線路侵入による人身事故で運転抑止が長引くことによって、JR西日本が乗客からの苦情が殺到することを恐れていたことが指摘されている。なお、この事故以降、JR線人身事故時の警察による現場検証などによる運転抑止時間が、安全確保を理由に、それまでの平均20 - 30分から平均1時間以上を要するようになった。
現場付近には慰霊碑が設置されており、JR西日本の社員によって手入れがされている。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
外部リンク：JR東海道線で救急隊員轢死 - 失敗知識データベース
★2003年（平成15年）7月18日 21時45分頃（列車脱線事故）
長崎県諫早市のJR九州長崎本線肥前長田駅 - 小江駅間で、長崎発博多行き特急「かもめ46号」（885系SM3編成・6両。乗員2名、乗客76名）が大雨により線路横ののり面から線路上に崩れた岩石に衝突し脱線、転覆した。
この事故で運転士と乗客36名が重軽傷（2両目に乗っていた2名が重傷、運転士と1両目に乗っていた34名が軽傷）。脱線車両の落下場所が梅雨期の水田で衝撃を和らげたこともあり、負傷者は比較的少数で済んだ。岩石は直径80cm・質量約130kgで、線路脇の斜面にあったものが降雨による地盤の緩みで落下したものと思われ、線路周囲の法面の点検の徹底が国土交通省から指示された。
被災した編成のうち、特に損傷の激しかったクモハ885-3・モハ885-3・サハ885-3の3両は事故現場が水田で重機が搬入できないことから、そのまま現場で解体された。約半年後に885系400番台が代替製造されている。また、この事故の影響で長崎本線の湯江 - 諫早間が数日間運休になった。
★2003年（平成15年）10月18日 17時15分頃 （列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
岐阜県岐阜市の名古屋鉄道名古屋本線新岐阜駅構内で、豊川稲荷発新岐阜行き急行列車（3100系＋3500系・6両編成。乗員2名、乗客約60名）が所定位置で停車せずに5.7m通り過ぎてホーム端の車止めに衝突、1両目と3両目が脱線し乗客4名が軽傷を負った。
原因は運転士の体調不良による運転操作ミスとされる。運転士が駅進入の際に気を失って運転レバー（主幹制御器）に倒れ込み、加速の向きに操作したため。運転士は事故後の精密検査で睡眠時無呼吸症候群（SAS） の疑いがあると診断された。なお、運転士は新岐阜駅進入の前までは正常に減速運転を行っていたため、2年後に発生した土佐くろしお鉄道宿毛駅衝突事故のような最悪の事態は免れることができた。
この事故を受けて名鉄では以降導入する車両に対し、運転台の主幹制御器をボタンを押さないと力行側に操作できなくするものに変更した。また、事故現場となった新岐阜駅名古屋本線ホームには油圧式の車止めと過走防止用（速度照査用ではない）のATSが設置された。
★2004年（平成16年）10月20日 22時50分頃（列車脱線事故）
長野県上伊那郡辰野町のJR東海飯田線羽場駅 - 伊那新町駅間で、天竜峡発辰野行き普通列車（119系2両編成）が脱線転覆し約3m下へ落下、乗客乗員4名が軽傷を負った。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
事故当時は台風23号による大雨の影響で盛土が流出していた。事故車両は2006年3月28日付で廃車となった。
★2004年（平成16年）10月23日 17時56分頃（列車脱線事故）
17時56分頃に新潟県中越地震が発生。震央（いわゆる震源地）に近い上越新幹線浦佐駅 - 長岡駅間を走行中だった東京発新潟行き「とき325号」（200系K25編成・10両）のうち7・6号車を除く8両が脱線した。地震発生当時、同列車は長岡駅への停車のため約200km/hに減速して走行中だったが、早期地震検知警報システム「ユレダス」による非常ブレーキが作動し長岡駅の東京寄り約5kmの地点で停車した。
自然災害が直接の原因とはいえ、新幹線の営業列車が脱線した初の事例（回送列車では既に1973年の東海道新幹線鳥飼基地における冒進脱線事故などがある）となったが、高架橋が頑強に造られており倒壊を免れたこと、脱線はしたものの転覆に至らなかったこと、偶然にも対向列車が無かったことなどが幸いし、死者・負傷者は発生しなかった。
★2005年（平成17年）3月2日 20時41分頃（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
高知県宿毛市の土佐くろしお鉄道宿毛線宿毛駅構内で、岡山発宿毛行き特急「南風17号」（JR四国2000系気動車3両・乗客11名）が、同駅構内の場内信号が現示していた注意信号の制限速度である45km/hを大きく超えた速度で宿毛駅に進入し、頭端式（行き止まり式）ホームの車止めを突破して駅舎に激突して、地上に転落した。
この事故で運転士が死亡し、車掌1名、乗客10名が負傷した。事故車両は廃車となり、宿毛駅の駅舎が大破し、半年以上にわたって駅舎の使用停止・部分運休を余儀なくされた。
2005年（平成17年）3月15日 16時50分頃（踏切障害事故）
東京都足立区の東武鉄道伊勢崎線竹ノ塚駅南側の伊勢崎線第37号踏切で、女性4名が浅草行き上り準急（当時）にはねられ、2名が死亡し2名が負傷した。
当時、この踏切は手動式（第1種乙踏切）であり、東武鉄道の係員が操作していた。事故発生前の列車が通過後に列車の接近を知らせる警報ランプが点灯したが、次の準急列車通過までに余裕があると踏切警手が思い込み、遮断機のロックを解除して2 - 3メートル上げてしまうという操作が原因だった。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
東武伊勢崎線は北千住駅 - 北越谷駅間を複々線化する際、同時に西新井駅 - 竹ノ塚駅間の一区間を除き高架・立体交差化を行っていた。この区間は竹ノ塚駅のすぐ南側に東京地下鉄（東京メトロ）の千住検車区竹ノ塚分室が立地しているなどの理由により高架化が困難なため、踏切をそのまま残して平面交差のままとしていたと東武鉄道は説明した。その一方で、同分室への入出庫列車や駅北側でも当駅始発・終着列車用留置線との出入りが頻繁にあったため、どちらもいわゆる「開かずの踏切」となっており、自動化すると遮断時間が長くなる恐れがあったため手動踏切として残されていた。
しかしながら、輻輳するダイヤの影響で、踏切の待ち時間は長ければ20分以上に至ることもあり、列車が通過して遮断機が開いたかと思いきや、すぐさま警報機が作動して遮断機が再び降りるという現象も頻繁に発生していたため、利用客からの苦情が絶えなかった。さらに、悪質な者は詰め所のドアを蹴ったり、警手に対して罵声を浴びせていた。精神的圧迫を感じていた警手らは「一人でも多くの待ち時間を減らしたい」と考え、焦って踏切に駆け込んできた横断者に対して、違法であることを知りつつロックの解除を行った。この踏切を操作していた警手は2006年2月に業務上過失致死傷罪で、東京地方裁判所より禁錮1年6か月の実刑判決を受けている。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
事故後、東武線内に存在していた手動踏切はすべて自動化され、竹ノ塚駅の前後に存在する踏切では踏切道の拡幅や歩道橋の設置が行われた。また、京成電鉄京成高砂駅にあった手動踏切も自動化された。
さらに国土交通省もこの事故を踏まえて踏切対策のスピードアップを図る方針としている。
この事故をきっかけに現場付近は立体交差化されることになった。制度が改正されたことなどにより2011年3月31日には都市計画が決定し、12月20日には東京都から事業認可を取得、翌2012年11月4日に起工式を迎えた。事故発生から約7年7か月での工事着手は異例の早さである。その後、2022年3月に本線の高架化が完了し、現場を含む竹ノ塚駅前後の踏切も廃止された。
★2005年（平成17年）4月25日 9時18分頃（列車脱線事故）
兵庫県尼崎市のJR西日本福知山線（JR宝塚線）塚口駅 - 尼崎駅間の曲線で、列車の遅延回復のための速度超過運転などが原因となり、宝塚発同志社前行き上り快速列車（207系7両編成）が脱線・転覆。特に前方の2両目は脱線・転覆後、線路脇のマンションに激突し、さらに3両目から側面衝突されて耐震設計マンションの柱に巻きつく形で大破したため、1階駐車場へ突入した1両目よりも大勢の死傷者が出た。このとき、列車は制限速度70km/hのカーブに116km/hで進入していた。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
この事故で運転士1名と乗客106名が死亡し、562名が負傷した。死者の数は鉄道事故としてはJR発足以降および平成年間を通じて最悪で、鉄道事故全般では歴代7番目に多い。また国土交通省航空・鉄道事故調査委員会がまとめた事故報告の事実関係の記述だけで300ページ超と、1985年に発生した日本航空123便墜落事故報告書を上回り、日本の事故調査報告書としては過去最大の分量となる大事故となった。
この事故が日本国内でのトリアージの初の本格運用例となった。
事故車両のうち、損傷が激しかった進行方向前寄り4両は現地解体されたが、被害が少なかった後寄りの3両は、事故の風化防止に役立てるため、解体せず遺族の手記とともに鉄道施設に展示される予定とされた。そして2018年（平成30年）11月17日、事故の風化防止および社員教育活用のため当該車両を保存する意向が正式に発表された。
★2005年（平成17年）8月6日 13時42分頃（列車衝突事故〈逸走に伴うもの〉）
福岡県飯塚市のJR九州後藤寺線・新飯塚駅構内で、直方駅寄りにある引上線に留置されていた車両（キハ40形気動車1両編成）が下り勾配により逸走し、発車待ちをしていた田川後藤寺行き普通列車（キハ40形気動車1両編成）に低速（おおむね15km/h以下）で衝突した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
この事故で普通列車の運転士1名が負傷した。乗客には死傷者なし。逸走車両と普通列車双方の連結器が破損した。
留置車両に手歯止（車輪止ブロック）を使用せずに長時間留置されたため、自動ブレーキの定圧空気タンクの配管接続部分から圧縮空気が徐々に漏れ出し、ブレーキが自然緩解したのが原因とされた。
★2005年（平成17年）12月25日 19時14分頃（列車脱線事故）
山形県東田川郡庄内町榎木のJR東日本羽越本線北余目駅 - 砂越駅間の第2最上川橋梁で、秋田発新潟行き特急「いなほ14号」（485系3000番台6両編成）が橋梁通過直後に全車両が脱線し、先頭車両は沿線にある家畜共同団地内の養豚場に隣接する堆肥小屋に激突・大破した。
この事故により先頭車両に乗っていた5名が死亡、33名が重軽傷を負った。突風が原因とされている。
その後突風対策として余目駅にドップラーレーダーが設置され、線路沿いには防風フェンスが設置された。
2006年（平成18年）1月24日 13時20分頃（鉄道人身障害事故）
鳥取県日野郡江府町武庫のJR西日本伯備線の単線区間で、線路内で保線作業中だった同社米子支社の作業員5人が岡山発出雲市行き特急「スーパーやくも9号」にはねられ、3人が死亡、2人が負傷した。
事故を起こした「スーパーやくも9号」は岡山駅で遅れていた山陽新幹線の接続を待ち合わせたため15分程度遅れていた。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
この事故では、当時の米子支社の作業責任者が輸送指令から「スーパーやくも9号」の遅れを伝えられていたが、既に同列車が通過したと勘違いして当該列車とは逆方向に当たる上り列車を警戒するように見張員を誤って配置して作業を開始したことが一因とされる。
2008年3月、鳥取地方裁判所米子支部は作業責任者に対して禁錮3年・執行猶予5年の有罪判決を言い渡した。その上でJR西日本の安全対策の不十分さも指摘した。
なお、同線では1969年2月にも同様の接触事故が発生しており、この時には6人が死亡している。
★2006年（平成18年）4月21日 （軌道、列車衝突事故）
東京都武蔵野市の京王井の頭線吉祥寺駅で、渋谷発吉祥寺行き急行電車（3000系5両編成）が、終点の吉祥寺駅で過走防止装置の動作により正規の停止位置より手前に停車した。その後、正規の停止位置まで移動するため再起動したところ、制動操作が遅れ車止めの手前にある防護枕木に接触した。この事故により乗客1名が負傷し、1時間ほど運転を見合わせた。
事故後、京王電鉄の全乗務員に対し車庫内での実技訓練を実施したほか、正規の停止位置より手前に停止した場合でも、車掌の判断によりそのまま客の乗降を扱えるようにする決まりを設けた。事故現場の吉祥寺駅では、停車位置目標を今までより5m手前へ移設し、目立つ位置に設置するなどの対策を取った。
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★2006年（平成18年）6月13日 9時35分頃（軌道、列車衝突事故）
東京都北区の東京都交通局都電荒川線で営業電車ダイヤ間に投入された試運転電車（7000形7020号）が、梶原停留場 - 栄町停留場間で、34km/hから常用ブレーキを最大まで効かせて停止させるブレーキ性能試験を予定どおり実施した。しかし、車間の詰まっていた後続の営業電車（7500形7505号）が止まりきれず追突し、乗客27名および試運転担当者3名が負傷した（うち乗客1名重傷）。
原因解析の結果、車間距離が100m以下に縮まっていたにもかかわらず、追突した電車は約33km/hに加速していたために、非常ブレーキを用いても10km/h程度で衝突してしまったことが分かった。
事故電車運転士を含む荒川線運転士の誰も、試運転電車のブレーキ性能試験を行うことはもとより試運転があると知らされていなかった。また「軌道運転規則」の「先行車両との距離が100ｍ以下のときの運転速度は15km/h以下とする」という規定は形骸化し、教育訓練で徹底されることもなかった。
追突した7500形は緩衝器等が修理されて運用に復帰したが、追突された7000形は緩衝器脱落、空気配管と電線管の損傷のほか、車体台枠の折れ曲がりで床面が盛り上がるなどのダメージが酷かったため、事故後廃車となった。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
また後続車から先行車の制動がわかりづらいことも原因のひとつと考えられたため、この事故を受けて荒川線に在籍する全車両に赤色のブレーキランプが取り付けられた。事故後に入線した9000形・8800形・8900形も新製当初から取り付けられている。そのほか、ブレーキ試験時に黄色回転灯を使うことになった。
★2006年（平成18年）9月17日 13時50分頃（列車脱線事故）
宮崎県延岡市のJR九州日豊本線延岡駅 - 南延岡駅間（南延岡駅構内）で、別府発宮崎空港行き特急「にちりん9号」が、徐行で南延岡駅に進入中に台風13号の接近によって発達した積乱雲に伴う竜巻にあおられ、先頭2両が脱線・横転。乗客と運転士あわせて6人が負傷する事故となった。
★2006年（平成18年）11月19日 5時32分頃（列車脱線事故、線路障害）
岡山県岡山市のJR西日本津山線玉柏駅 - 牧山駅間を走行中の津山発岡山行き普通列車（キハ120形気動車2両編成）が、運転士が前方の線路上に笹が倒れているのを視認したため非常制動を執ったが、その箇所で左側に傾き脱線・転覆した。乗客25名と運転士1名が乗車しており、重傷2人、軽傷24人と全員が負傷した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
脱線の原因は線路から100m上の斜面の岩盤から風化作用によって落石（推定110t）が発生し、落下の途中でレールに当たって損傷させたため。なお同区間は落石防止工事が必要となり、2007年（平成19年）3月18日まで不通になった。
★2007年1月21日 8時8分頃（列車火災事故〈踏切障害に伴うもの〉、列車脱線事故）
埼玉県さいたま市北区のJR東日本川越線指扇駅 - 日進駅間（現・西大宮駅 - 日進駅間）を走行中の川越発埼京線・東京臨海高速鉄道りんかい線直通新木場行き上り列車（205系電車10両編成、列車番号708F）が、日進第一踏切（起点の大宮から約4.1 km）で小型乗用車と衝突した。列車の運転士は時速約70 kmで走行中、遮断機が作動しているのにもかかわらず踏切の手前で進行方向左手から乗用車が踏切に進入してくるのを認め、非常ブレーキをかけるも間に合わず列車は乗用車に衝突した。乗用車を運転していた21歳の女性は死亡、列車は踏切を約160 m過ぎて停止した。乗用車の衝突により10〜7号車を損傷させ、乗用車は4号車（モハ204-388）の進行方向左側付近で激しく炎上した。これにより4号車の窓ガラスが破損し、列車の外板および客室内の座席などに類焼した。ブレーキ系統も損傷したため当該列車は自走不能かつブレーキ動作不能となった。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
被災車両後方から救援列車（205系電車10両編成）を連結の後、逆向きに走行して高麗川駅方面へ救援運転を実施するも、ATS-PのP開放スイッチを取り扱わず、代わりに列車司令の指示のもと60秒間だけATS-Pによるブレーキ指令を停止させるスイッチを取り扱うことで代用したため、ATS-P車上子が本来受信すべきでない（ATS-P地上装置の設定運転方向は池袋方面向きであり、線内に列車が在線する状態では設定運転方向は変更できない仕様だった）進行逆方向の信号を拾い、存在しない信号機に対する速度照査パターンを発生させた。このため13時1分頃、救援列車にはATS-Pによる常用最大ブレーキが作用したが事故編成はブレーキが作動しない状態のため、座屈を起こし救援列車の最後部台車が脱線した。これら連続2件の事故の影響で川越線は終日運転を見合わせた。乗用車と衝突した編成の中間車2両（モハ205-386・モハ204-388）は廃車され、代替として京葉車両センターの205系ケヨ21編成に組成されていた中間車2両（モハ205-277・モハ204-277）を組み込んで運用に復帰した。
2007年（平成19年）2月6日 19時30分頃（鉄道人身障害事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
東京都板橋区の東武鉄道東上本線ときわ台駅で、小川町行きの急行電車（10030系10両編成）が、60km/hでときわ台駅を通過する際に、自殺を図った女性（当時39歳）と女性を止めようとした警視庁板橋署常盤台交番の宮本邦彦巡査部長（当時53歳、二階級特例特進で警部に）に衝突。宮本巡査部長は重体に陥り、その後2月12日に殉職。女性は腰を骨折する重傷を負ったものの、一命は取り留めた。
★2007年（平成19年）3月1日 8時20分頃（列車脱線事故〈踏切障害に伴うもの〉）
北海道網走郡美幌町のJR石北本線美幌駅 - 緋牛内駅間の踏切で、網走発北見行きの普通列車（キハ54 520 1両編成）が木材を運搬中の大型トレーラーと衝突し、全ての車軸が脱線した。この事故で、列車は前面を中心に激しい損傷を受け、主幹制御器とブレーキ弁に両膝を挟まれて運転士が重傷を負うなど、列車側の乗客乗員合わせて51名が負傷した。事故車両は現場検証後に廃車となり、現地で解体されている。
事故原因はトレーラー側の運転手の前方不注意によるもので、運転手は積荷の状態について考え事をしていたと認めている。これにより、トレーラー側の運転手は業務上過失傷害などの疑いで北海道警察に逮捕され、後に執行猶予付きの有罪判決が確定している。
★2007年（平成19年）7月16日 10時13分頃（列車脱線事故〈新潟県中越沖地震によるもの〉）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
越後線柏崎駅0番線で停車中だった115系2両編成（S1編成）が地震で吉田寄りの1両が横転した。
その後当車両は長野総合車両センターに入場し、同年12月25日に出場、運用に復帰した。
2007年（平成19年）12月7日（鉄道人身障害事故）
愛知県大府市のJR東海道本線共和駅構内で、認知症の症状が出て徘徊していた当時91歳の男性が快速列車にはねられ死亡した。死亡した男性は、当時「要介護4」の認定を受けていたが、家族が目を離した隙に外出し徘徊していた模様である。
この事故でJR東海は、遺族との賠償協議が合意に至らなかったことから、2010年に名古屋地方裁判所に、運行に支障が出たなどとして提訴。一審は男性の長男と妻の双方の責任を認め、2人に合わせて720万円の支払いを命じ、遺族側が控訴。二審の名古屋高等裁判所は、長男への請求は退けたものの、男性の妻に359万円の支払いを命じ、遺族とJR東海の双方が上告。2016年3月1日に最高裁判所第三小法廷は「介護する家族に賠償責任があるかどうかは、生活状況などを総合的に考慮し決めるべき」とした上で「男性の妻と長男は監督義務者には該当せず、賠償責任はない」として、遺族側勝訴の逆転判決を言い渡した。
2008年（平成20年）6月30日 21時30分頃（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
徳島県海部郡海陽町の阿佐海岸鉄道阿佐東線宍喰駅から車庫に入ろうとした回送列車（ASA201）が、ブレーキが遅れたため、車止めを乗り越えて脱線。当該車両は廃車となった。
★2008年（平成20年）8月12日 23時45分頃（列車火災事故、電気火災事故）
三重県鈴鹿市の近鉄鈴鹿線鈴鹿市駅 - 三日市駅間を走行中の伊勢若松発平田町行き最終普通電車（1010系3両編成）の2両目（モ1062）の床下から発煙。三日市駅で停車中に発火して床下や座席が焼けたため運転が打ち切られた。死傷者はなし。
原因は、床下機器の断流器および断流器箱取付部の絶縁が低下して短絡状態となり、異常電流が流れたことによるものとみられる。
事故を起こした車両は復旧後の2011年1月2日にも同一区間で再び発煙するトラブルを起こしたため、後に編成から外され、電装を取り外して付随車化してサ8177に改番され、奈良線8600系サ8167（1972年の奈良線爆破事件被災車を復旧したもの）の差し替え更新に利用された。
→「近鉄1010系電車 § 改造」も参照
☆ 2008年（平成21年）8月28日 23時52分頃（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
京王高尾線高尾山口 - 高尾駅間を走行中の高尾山口発高幡不動行き各駅停車（8000系8728編成・8両）がトンネル出口付近に土砂が流入しているのを発見し、非常ブレーキを手配したが間に合わずに乗り上げ、先頭車が脱線し前面と右側面を損傷した。列車には乗客が乗っておらず、運転士と車掌にけがはなかった。
この事故で、京王線は高尾駅 - 高尾山口駅間で翌8月29日いっぱい運転を見合わせ、30日10時頃に運転を再開した。
国土交通省の運輸安全委員会は調査を実施し、事故から約半年後の2009年3月27日に調査報告書を発表した。事故当時高尾 - 高尾山口間では気象庁観測で1時間に約70mmの非常に激しい雨が降っていたが、京王社内には降雨による運転規制の具体的な基準がなかった。
事故編成の8728編成うちクハ8728が2009年3月に廃車となり、同年12月に8714編成（元8814編成）クハ8814を2代目クハ8728に改番し復旧した。また、8714編成は、12月に東急車輛で製造されたサハ8564がクハ8814の位置に組み込まれた。
★2008年（平成20年）9月8日 18時25分頃（列車脱線事故〈踏切障害に伴うもの〉）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
東京都青梅市のJR東日本青梅線青梅駅 - 東青梅駅間を走行中の青梅発立川行き各駅停車（E233系0番台・10両編成）と踏切内で立ち往生していたトラックが激突。トラックは大破し、電車も車体が損傷し先頭車の前台車第1軸が左側に脱線した。
被災したE233系の前寄り6両（青661編成・川崎重工業製）は大きく損傷しており、編成最後尾の1両以外の5両が新津車両製作所で車体を新製し修復扱いで復旧した。大きく損傷した前述した5両は東京総合車両センターで解体された。
トラックの運転者が軽傷を負ったが、E233系特有の衝撃吸収構造や、クラッシャブルゾーンが備えられていたこともあり、電車の乗務員・乗客に死傷者は出なかった。
国土交通省航空・鉄道事故調査委員会は同日、調査官2人を現場に派遣した。
事故後、南北の交差点の踏切側に大型貨物自動車等通行止めの標識が設置された。
★2008年（平成20年）9月20日（列車脱線事故）
阪急甲陽線の終点・甲陽園駅に列車（6000系3両編成）が進入途中、レールの摩耗変形が基準値を超えたことにより、2両目と最後尾の車両が脱線した。
この事故を契機に甲陽園駅は改良工事に着手し、棒線化された。
★2008年（平成20年）10月23日5時半頃（列車脱線事故）
名古屋臨海高速鉄道あおなみ線で、4両編成の列車が脱線した。原因は車輪にかけていた木製車輪止めを外さずに走行したため。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2000年代
2008年（平成20年）10月23日17時55分頃（列車脱線事故）
静岡県浜松市中区（現・中央区）のJR東海浜松工場の回送線で、試運転を終えて浜松工場で点検を受けるため、約5km/hで走行していたN700系先行試作車（Z0編成・16両）後方の2両2台車の車輪が脱輪・脱線した。原因は転轍機がフログ部分の摩耗により劣化していたことによる。負傷者は出なかったものの、回送線と市道とが交差する踏切上で当該の編成が立往生する形となり、市道が通行できなくなる影響が出た。なお、この事故は営業線内の事故ではないため、鉄道事故調査の対象にはなっていない。現場では2017年8月8日にも同様の脱線事故が発生している。
★2009年（平成21年）2月27日 5時30分過ぎ（列車脱線事故）
三重県津市白山町の近鉄大阪線東青山駅付近を走行中の名張発伊勢中川行き始発普通電車（1253系）が、東青山駅の西方約300mの下り線上で脱線し、架線を支える鉄塔に衝突した後大きく右に傾いて停止した。
事故は保線車両を留置する引き込み線が本線から進行方向向かって左へ分岐する部分で起きた。脱線の原因は26日深夜から27日未明に架線の部品交換作業を行った後、保線車両を引き込み線に収容する際に使用した3個の移線横取装置のうち、進行方向向かって右側のレール上の横取装置の取り外しを忘れたため、左右とで異なる方向に列車の車輪が導かれたことにより車両全体がバランスを崩したためとみられる。
この事故により乗客9名のうちの1名が右足首ねんざなどの軽傷を負ったほか、近鉄大阪線は青山町駅 - 伊勢中川駅間が27日終日に渡って不通になった。
事故後近鉄は、線路の確認を怠ったなどとして作業責任者と東青山駅助役を懲戒解雇とするなど関係者10人を処分し、同時に移線横取装置の運用箇所の削減、横取装置使用時の停止信号の表示、横取装置使用時に作動するATSの設置を行った。ATS設置完了までの期間は横取装置使用後に同箇所を最初に通過する列車を時速25キロ以下での徐行運転とした。
2009年（平成21年）4月19日 22時13分頃（本線逸走）
三重県津市白山町のJR東海名松線家城駅で、車両の入換準備作業中に運転士がおよそ5分間列車を離れたところ、列車（キハ11形気動車1両）が無人で下り坂を走り始め、およそ8.5km離れた井関駅 - 伊勢大井駅間の踏切付近で停止した。けが人はいなかった。
無人で走り出した原因は担当運転士が列車のエンジンを始動後、ブレーキの効きを確認しないまま列車を離れたことによるものと見られる。
同駅では2006年8月20日にも、手歯止めを忘れたことで今回とほぼ同地点まで無人車両が流転するという事故が起きており、同事故を受けてJR東海では停泊車両へ手歯止めを装着した後の報告の義務化や、エンジンを停止すると同時にブレーキがかかるよう車両を改良するなど対策を講じていたが、今回は入換作業中のため機能しなかった。
2009年（平成21年）9月9日 4時10分頃（車両衝突、輸送障害）
東京メトロ東西線東陽町駅に留置されていた始発の西船橋行き各駅停車（05系01編成）に保線用機器が正面衝突し、走行不能になった（保線用機器にはATC車上装置は搭載されていない）。そのため東西線は始発から高田馬場駅 - 葛西駅間で運休となり、途中高田馬場駅 - 九段下駅間では運転を再開するものの、衝突された営業電車の先頭車両が連結器破損のため牽引できず、深川車両基地までの登り勾配を人力で移動せざるをえなかったこともあり全線で運転再開するまで5時間以上を要した。けが人はいなかったものの、通勤ラッシュの時間帯を直撃したため29万人に影響した。
この事故の影響を重く見た国土交通省関東運輸局は、東京メトロに対して早期の原因究明と再発防止を求める警告文書を発出した。
★2009年（平成21年）12月28日 21時40分頃（鉄道人身障害事故）
北海道富良野市の北海道旅客鉄道（JR北海道）富良野駅構内で、滝川発新得行き快速列車と除雪車が衝突した。この事故で、快速列車の乗客9人と除雪車の乗務員3人が負傷した。
北海道警察は12月30日に、被疑者不詳の業務上過失傷害容疑で、JR北海道本社を家宅捜索した。民営化後のJR北海道本社に家宅捜索が入るのは初めてのことであった。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
★2010年（平成22年）1月29日 12時21分頃（列車脱線事故〈踏切障害に伴うもの〉）
北海道深川市深川町6号線のJR北海道函館本線深川 - 妹背牛間の踏切（函館駅起点389.721km）で、砂利を積載したダンプカーが雪道をスリップして踏切内に進入。踏切にある踏切支障報知装置を作動させて発報したが間に合わず、そこに旭川発札幌行き特急「スーパーカムイ」24号（789系5両・HL-1005編成）が衝突した。非常ブレーキを作動させた列車は204m行き過ぎたところで停止したが、全車両が大破、脱線・転覆する被害を受けた。ダンプカーは運転台部分と荷台部分が引きちぎられ、荷台部分が20mほど飛ばされたが、火災は発生しなかった。この事故で特急の運転士・車掌・乗客42人とダンプカーの運転手の計45人が重軽傷を負い病院に搬送された。残りの乗客はバスで代替輸送を行った。この事故により、18時までに54本の列車が運休し、約8,200人に影響が出た。
事故当日、列車は深川駅を定刻（12時17分）の1分遅れで発車していた。事故地点は複線区間で線形は直線、2パーミル（‰）の下り勾配。当時、スーパーカムイを始めとするJR北海道の特急列車の営業運転最高速度は130km/hであった。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
原因はダンプカーがスリップしたことにより踏切内に侵入したためであるが、ダンプカーの運転手の証言によると、普段の通行で踏切があることは分かっていたが、事前の速度やブレーキを踏んだ地点は覚えておらず、また、当日は風速4 - 5 mの吹雪が吹いていたが、前が見えないほどではなかったという。一方、当時の報道では、踏切警報機の音が聞こえなかったとしているものもある。事故調査報告書では、踏切見通し距離は道路側が250 m、列車側が600 mであり列車運転士からダンプカーは見えていたものの、ダンプカーの踏切進入が列車の通過直前だったために衝突が生じたものと推定している。
その後789系HL-1005編成は、2011年（平成23年）3月24日付で廃車となった。
789系電車は、1991年の日高本線での踏切事故を教訓に、JR北海道が採用してきた高運転台仕様と衝撃吸収構造のため、運転台へのダメージや客室への衝撃が最小限に抑えられた。
この事故を受けて、JR北海道は安全対策として、キハ261系・キハ281系・キハ283系などにも存在する、同様の高運転台タイプ特急形車両にある貫通路や「クリスタルエクスプレス」などの臨時列車運用編成にあたる先頭車両を全て立入禁止とし、座席も撤去された。
2010年（平成22年）1月29日 13時50分頃（電気火災事故、輸送障害）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
神奈川県のJR東海東海道新幹線・新横浜駅 - 小田原駅間で、東京発名古屋行き「こだま659号」（300系）12号車のパンタグラフが走行中に破損、その破片が架線に接触してパンタグラフへ電気を供給するトロリー線を吊っている補助吊架線が切断され、その際発生した火花により線路横の法面の枯れ草が燃える火災が発生。火災はすぐに消し止められたが、品川駅 - 小田原駅間で停電した。「こだま」659号は三島駅まで走行したが、停電区間で立ち往生した上下5本に乗車していた乗客計約3,100人が缶詰め状態になった。16時30分には停電区間は新大阪駅まで拡大。17時13分に全線で運転を再開したが、この事故で東海道新幹線区間だけで56本が運休し、直通運転する山陽新幹線にも余波が及んだことで14万9,000人に影響した。
原因はパンタグラフの集電舟を交換した際に集電舟と上枠を留めるボルトを締め忘れたことにより走行中に集電舟が落下し、上枠と補助吊架線が接触したため。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
同線では翌々日の31日6時頃に、停電を起こした区間と同じ新横浜駅 - 小田原駅間でATCに異常があり、7時15分まで運転を見合わせた。上下線14本が最大で76分遅れ、約3,800人に影響が出た。JR東海によると、下り始発の新横浜発広島行き「ひかり493号」（N700系）が新横浜駅を発車した直後、前方に列車がないのに走行しているよう誤認させる表示が出た。これは変電所内の電源装置に異常があったといわれているが、関連は不明である。
2010年（平成22年）7月22日 4時20分頃（鉄道物損事故、車両衝突、輸送障害）
兵庫県のJR西日本山陽新幹線新神戸駅 - 西明石駅にある須磨トンネル内で、前を走っていた8両編成の軌道工事用機械車両に、後ろから接近した2両編成のレール削正車が追突した。
この車両には、前方の工事用機械車両との距離が300m以下になると自動的にブレーキがかかる衝突防止装置が付いていたが、運転していた作業員は「砂ぼこりで前が見えにくく、ブレーキをかけたが間に合わなかった」、今回は136mに接近するまで作動しなかったので、間に合わず衝突した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
事故が発生したのは営業運転開始時間前で、事故による死傷者はなかったが、衝撃嵌合（かんごう）してしまった事故車両の切り離し撤去回送に手間取り、山陽新幹線は6時から14時30分まで8時間半にわたって新大阪駅 - 姫路駅間で上下97本の列車が運休し、約6万2,500人に影響した。
事故を受け、国土交通省近畿運輸局はJR西日本に警告文書を発し、JR西日本はこの事故の原因を調査し、ウェブサイトで公開した。
★2010年（平成22年）7月31日 7時35分頃（列車脱線事故）
岩手県のJR東日本岩泉線・押角駅 - 岩手大川駅間を走行中の茂市発岩泉行き普通列車（キハ110-133・1両編成、盛岡車両センター所属）で、運転士が前方の落石シェルター付近で土砂崩れが発生しているのを視認したため非常制動を執ったが、間に合わず土砂へ突っ込み脱線転覆した。乗員2名と乗客7名のうち、運転士と乗客3名が軽傷を負った。当該車両は、ガラス窓が全て破損し、11月18日に撤去されるまで4か月間にわたり現場に残された。
岩泉町内では、29日から30日18時にかけて、120mmの雨量を観測していたが、事故当日は雨量が運行規制値に達していなかったため、通常の速度で運行していたという。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
この土砂災害の影響で岩泉線は全線運休となり、8月2日よりバスによる振替輸送が行われた（翌2011年3月11日 - 3月19日の間は東北地方太平洋沖地震〈東日本大震災〉の影響により振替輸送休止）。
かねてより輸送人員が特に僅少な路線であったことから、JR東日本は復旧に消極的で、2012年3月30日には岩泉線廃止の意向を表明。自治体側との調整が難航したものの、最終的に2013年11月8日、JR東日本から廃止届が提出され、翌2014年4月1日付で復旧することなく廃止された。第三セクター鉄道転換を除けば、JR東日本発足以来初の全線廃線となった。
キハ110-133は後に運用に復帰している。
2010年（平成22年）12月17日 21時50分頃（鉄道人身障害事故）
兵庫県神戸市垂水区のJR西日本・山陽本線（JR神戸線）舞子駅で、女性が先頭車両同士を連結した部分の隙間に転落。これに気づかなかった乗務員が列車を発車させてしまい、女性は列車にひかれて死亡した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
この事故を重く見たJR西日本は、死角対策および注意喚起として、一部の車種（国鉄時代に製造された気動車など）や他社線に乗り入れる列車を除き、編成の中間に挟まれる全ての先頭車の前照灯を点灯する措置を行った。一部の先頭車両には音声による警告放送装置が取り付けられている。521系・227系といった短編成を組む車両には先頭車間転落防止幌を取り付けた。207系・221系・223系・225系も、他の先頭車と連結することが恒常的にある車両は先頭車間転落防止幌が順次検査時などに取り付けられている。
★2011年（平成23年）2月1日 12時12分頃（踏切障害事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
JR東日本飯山線森宮野原駅 - 足滝駅間を走行中の長野発十日町行き下り普通列車（キハ110系200番台1両編成）が、新潟県中魚沼郡津南町の大根原踏切に差しかかったところ、踏切内に進入したライトバンの乗用車と衝突。乗用車の運転者の男性が頭を強く打ち死亡した。列車内の乗員乗客は無事であった。原因は、故障により遮断かんが降下したままとなっていた本踏切に、現場に配備された踏切監視役の社員が、列車在線状況の確認をしないまま、遮断かんを上げたためとされた。当該列車は定刻より10分ほど遅延していたが、踏切監視員の役割をしていた電気係の一方が、上り下りの列車間隔が10分以上あり本列車がすぐに通過することはないと思い込み、他方が他の電気係の作業工程の指示からこの列車の通過時刻を12時30分ごろと思い込んだことによるものと考えられる。
十日町署と新潟県警捜査一課は、同年7月19日に現場で故障した踏切の復旧作業にあたっていたJR東日本の作業責任者と副責任者を、業務上過失往来危険罪および業務上過失致死罪で新潟地検長岡支部に書類送検した。また、JR東日本は平成24年1月25日付けで2人を懲戒解雇した。
JR東日本では、2005年の羽越本線脱線事故と共に風化させてはならない重大な事故として扱い、毎年2月1日になると、東京駅で掲げられているJR東日本の社旗が半旗で掲げられる。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
★2011年（平成23年）3月10日 12時35分頃（列車脱線事故）
千葉県成田市のJR東日本成田線滑河駅を走行中の東京貨物ターミナル発鹿島サッカースタジアム行き貨物列車（EF65形電気機関車＋コキ106・107形コンテナ車＋コキ200形コンテナ車・10両編成）のうち、後方のコキ200形2両が脱線し、1両が転覆。乗務していた運転士1名にけがはなかった。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
脱線の原因は軌道の平面性変位とコキ200形の輪重抜けとされた。脱線箇所の軌道には基準値範囲内ながら若干のゆがみが検出されており、JR東日本はマルチプルタイタンパーで修正する計画であった。一方コキ200形は海上コンテナ用貨車で、台車の枕ばねが大きな海上コンテナの重量に対応するために硬く設定されており、軸ばねとして使用されている積層ゴムは経年劣化によりやや硬化していた。しかも空荷（空の酸化エチレン専用UT17Cコンテナ1個を積載）で重量が軽かったため、線路への追従性が悪い状態であった。このため、線路のゆがみにより発生した大きな揺動が収まらず、9両目の台車の車輪のフランジが乗り上がって脱線し、これに引っ張られて10両目も脱線した。さらに脱線したことに機関士が気づかないまま走行した結果、転轍機で後台車が本線と異なる線路に乗り上げて斜行し転覆した。コキ200形の台車は輪重抜け対策として空車時に軸バネの定数を小さくする機構が採用されていたが、それでも事故は発生した。事故を受け、JR貨物は対策としてコキ200形の枕バネの設定を柔らかくし、コキ200形への空コンテナ積載を禁止した。
成田線は翌日11時頃に運転を再開したが、14時46分に発生した東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）の影響により再び運転を見合わせた。
2011年（平成23年）3月11日 14時46分頃（鉄道災害）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
この日発生した東北地方太平洋沖地震およびこの地震によって引き起こされた津波により、太平洋沿岸部を中心に鉄道施設に甚大な被害が発生した。常磐線や仙石線、石巻線などでは、列車が津波に巻き込まれて脱線大破したが、乗務員の適切な避難誘導により、人的被害は最小限にとどめられた。
★2011年（平成23年）5月27日 21時56分頃（列車脱線事故、列車火災事故）
JR北海道で相次いだ一連の事故と不祥事のうちの1件。石勝線占冠駅 - 新夕張駅間を走行中の釧路発札幌行き特急「スーパーおおぞら14号」（キハ283系・札幌方からキハ283-9、キハ282-101、キハ282-1、キロ282-7、キハ282-3001、キハ283-1の6両編成）が清風山信号場内で脱線、信号場構内の第1ニニウトンネル内に停止後に全車炎上した。
248名の乗客は車掌の指示で発煙があった車両から別の車両に避難したが、その後乗務員が状況確認や運輸指令との連絡に手間取り、車内に煙が充満した。乗客が自らの判断で非常ドアコックを使用して外へ避難。煙を吸い込むなどして39名が病院に搬送された。運輸安全委員会鉄道事故調査官並びに北海道旭川方面富良野警察署による事故原因調査も実施されている。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
その後行われたJR北海道による事故現場調査では、3号車（キロ282-7・札幌方先頭から4両目）の台車にある減速機を支える「吊りピン」と呼ばれる金属部品の脱落を確認し、次位の2号車（キハ282-3001・先頭から5両目）はトンネルに入る以前から脱線していたことが判明している。事故2日前に行われた目視検査では異常はなかった。道警は事故後、釧路駅 - 札幌駅間を捜索したが、脱落した部品は事故から10年以上経過した2023年現在も見つかっていない。
乗務員の指示を待たずに非常ドアコックを使用して外へ避難した乗客に対して社員が激怒したことが問題になったが、これは当時の異常時マニュアルで運輸指令の指示がないと乗客を外へ避難させることができなかったことが理由とされている。しかし、このマニュアルが避難誘導を遅らせる原因となった。さらにこうした異常時マニュアルが部署別に多数作成されており、内容もそれぞれ異なっていることが発覚したため、国土交通大臣より事業改善命令を受けている。後にマニュアルは改訂・一本化され「現場の判断」での避難も可能とされた。
事故車両は廃車となり、代替車両として機能を簡素化したキハ261系気動車が新製された。事故の4か月後の同年9月には、JR北海道の中島尚俊社長が安全意識の向上を社員に促す遺書を残して自殺した。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
2013年（平成25年）5月31日、運輸安全委員会は、車輪の剥離やへこみにより生じた異常な振動により部品が脱落したことが、事故の原因になったとする調査報告書を発表した。4両目の車輪の踏面が長さ40センチメートルにわたって剥離し、4.5ミリメートルのへこみが生じたことにより、異常な振動が発生し、減速機を固定していた吊りピンが脱落。減速機が垂れ下がって枕木に衝突したり、その衝撃で推進軸など周辺の部品が脱落したことにより、脱線および火災を招いたと推定している。JR北海道は、運輸安全委員会の求めに応じ、再発防止策をまとめ、7月31日に委員会に提出した。また、車輪の異常摩耗が事故の原因となったことを受け、すり減った車輪を修正する在姿車輪旋盤の増設などの対策に取り組んでいる。
★2011年（平成23年）12月24日 16時39分頃（列車脱線事故、線路障害）
西武鉄道新宿線東村山駅構内で、ホームに入る直前の西武園発西武新宿行き各駅停車（20000系20156編成・8両）のうちの7号車（モハ20956・西武新宿側から7両目）が脱線した。乗客450人を含めけが人はなかったが、同線が全線で運転を見合わせたほか、小平駅 - 所沢駅間は終日運休となり、クリスマスの時期であったこともあり約72,000人に影響が出た。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
本事故では7両目のみが脱線しており、他の車両が無傷であった。先頭車両に影響がないため、置石などの障害物が脱線の原因ではなく、当初は原因が分からなかったが、事故から5か月後の2012年5月16日になってトングレールの磨耗が原因と推定されると発表した。また、運輸安全委員会による調査も同時に進められ、分岐器の通過列車本数が直線進路側と分岐進路側で大きく異なることでトングレールの摩耗が生じ修正されていなかったほか、分岐器通過の際に通過速度が低かったことも重なり乗り上がり脱線が生じたとの調査結果を公表した。なお、事故翌日の始発列車から新宿線は運転を再開しているが、12月30日より平日の競輪開催時と土曜・休日に運転している西武園線から新宿線への直通運転を取りやめ、それぞれ東村山駅で乗り換える形となった。
★2011年（平成23年）12月27日 21時51分頃（列車脱線事故）
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
JR貨物岐阜貨物ターミナル駅で、着発線から出発し本線へ進出していた、名古屋貨物ターミナル発福岡貨物ターミナル行き貨物列車が、機関車を含む27両編成のうち、12、13両目が本線合流部で脱線した。脱線した車両は傾斜したまま走行し、信号機に衝突して停止した。この事故で、後続の貨物列車や、東海道本線の列車に遅れや運休が生じた。本線上に進出していた10両を切り離し、28日1時50分頃運転を再開した。東海道本線で上下24本が運休、27本に最大4時間の遅れが発生した。原因は、岐阜貨物ターミナル駅でコンテナの荷扱いをしていた際、コンテナ緊締装置の開放を失念したまま荷役作業を行って、フォークリフトで12両目の貨車ごと持ち上げ脱線させたのに気付かず発車させたため。
★2012年（平成24年）2月16日 20時50分頃（列車脱線事故）
JR北海道石勝線東追分駅構内で、釧路貨物発札幌貨物ターミナル行き貨物列車（DF200形ディーゼル機関車56号機牽引、貨車15両の16両編成）が所定停止位置をオーバーランし、安全側線に乗り上げ脱線・転覆した後、スノーシェルターの壁を突き破って停車した。死傷者は出なかったが、雑誌の発売に大幅な遅れが出るなど、道央と道東を運搬する物流に支障が出た。
日本の鉄道事故 (2000年以降) 2010年代
当該貨物列車は通常ダイヤでは東追分駅で停車しないものの、事故当時は減速運転により遅延していた対向列車とすれ違うため、東追分駅で運転停車を行う予定だった。このため、赤信号でブレーキをかけたものの、「ブレーキの効きが悪かった」と運転士はコメントしており、運輸安全委員会の調査の結果、最終的な事故原因は「貨車のブレーキ装置に雪が固着してブレーキ装置の作動を阻害し、列車を停車させるための十分なブレーキ力が得られなかったため」と推定された。
この事故により石勝線は追分駅 - 新夕張駅 - 夕張駅間が2月18日まで終日運休となった。当該区間を走行する特急は復旧までの間は札幌駅 - 新夕張駅間をバス代行、普通列車もバス代行が行われた。
★2012年（平成24年）7月28日 14時45分頃（列車脱線事故）
富山地方鉄道上滝線上堀駅付近で、岩峅寺発電鉄富山行き列車（14760形電車2両編成）が上堀駅に進入する際に、車両の全車軸が脱線した。当該列車には乗客20人が乗車していたが、負傷者は発生しなかった。事故後に現地へ鉄道事故調査官が派遣され、調査の結果、枕木の老朽化によってレール間隔（軌間）が過大となり脱線に至ったことが判明した。