功山寺挙兵 経過
諸隊は衆議の後、明木の藩政府軍へ戦書を持たせた使者送った。
その伝言は、『諸隊は君側掃清の為めに戦を開いた。諸君は上使の故を以て、之が罪を問はぬのである。因て速に帰りて、此旨を我が君公に上申されたい。併し本道は諸隊の行進する所。請ふ間道より帰途に就くべし』という挑発的なものであった。
その後諸隊は、太田市之進・駒井政之進らに御楯隊分隊（50人）を与え補給路確保のため小郡まで南下させた。
小郡では櫻井慎平、佐藤新右衛門、北川清介、秋元新蔵らが決起に加わる。また小郡の庄屋たちは多額の金銭や大量の食料、それを運ぶ人夫として1,000人以上の人員を提供し、諸隊は補給路の確保に成功した。
残存諸隊は絵堂を占領したが防御に向かない地形であり数でも劣勢のため放棄して南進し、大田川流域の大田（秋吉台の南東）に出た。
討伐軍は秋吉台と権現山の間を通じる本道の大田街道、権現山東縁を流れる大田川沿いの谷間道（川上口）を南下すると予測した諸隊は本道には八幡隊、膺懲隊、本道左は南園隊、本道左の高台にある鳶の巣は御盾隊を、狭い川上口は奇兵隊を、本道と川上口が合流する大田勘場（役所）に本陣を置きV路上に陣地を形成した。
1月8日、馬関の白石正一郎の下へ、絵堂の戦いの一報がもたらされる。
ただし詳報はなかったようで、高杉らは白石邸に集まり今後の動向を衆議するのみであった。
1月9日、小郡を占拠した御楯隊分隊は、さらに部隊を分けて駒井政之助に統率させ、山口へ派遣した。
山口に現れた御楯隊の下に吉富藤兵衛、杉山考太郎らが仲間を語らい続々と集結する。
とくに吉富は高杉から決起を聞いていたため事前に準備を進めており、200人の仲間を連れて御楯隊に参加した。
また吉富は駒井へ、高杉から井上聞多奪還を依頼されていた事を告げる。
駒井等は衆議し、高位の藩士でもある井上聞多を奪還し、分隊総督とする事を決める。
吉富は井上聞多の兄、井上光遠と共に、負傷して俗論派の監視下にあった親類預の井上聞多をその日の内に奪還した。
1月10日、午前十時頃より大田に布陣する諸隊400人に対し、藩政府軍が攻勢をかける。
藩政府軍は本道を攻めつつ、主力を川上口にまわした。
奇兵隊の指揮官だった三好重臣（軍太郎）は敵の急襲に支えられず退却したが、本営の金麗社にいた総大将の山縣らは、自ら狙撃隊をつれてV路上の真ん中にある竹薮の中を進み、左翼より敵を狙撃させた。
山縣は川上口を支えるように厳命を下すと、奇兵隊の別隊長である湯浅祥之助の隊を横撃させた。
湯浅隊は大田街道右側の小山を駆け下りて敵の側面より攻撃し撃退した。
この際に鳥尾小弥太、山田鵬介の両伍長が活躍を見せた。午後四時頃、藩政府軍は総崩れとなり退却した。
同日、山口の御楯隊分隊の下へ、多治比・吉敷・門田・朝倉・三田尻等より、家士、神官、僧侶、農兵らの志願兵が続々と集結する。
御楯隊分隊は井上聞多を総監とし鴻城軍と名を改めて農兵らを吸収して本陣を常栄寺に移した。
この処置は、正式な藩士を担がずに農民らが集まって武装すると、一揆と見做され罪に問われる為とされる。
1月11日、大田へ再び藩政府軍が大挙して襲来するも、諸隊はこれを防いだ。
同日、馬関にいた高杉と遊撃隊のもとに1月6日の勝利の詳報がもたらされる。高杉や伊藤らは、諸隊が立ち上がり、なおかつ勝利したことを非常に喜び、馬関に展開していた遊撃隊・力士隊を伊佐へ進め諸隊と合流する事を決意する。
高杉は山縣への返信書簡の端に以下の狂歌を書き添えた。
わしとおまへは　焼山かつら　うらはきれても　根はきれぬ
1月12日、征長軍副総督松平茂昭が小倉を離れ帰国の途につく。
1月14日、本道の呑水峠（のみずたお）で午前10時より午後2時に渡る大規模な戦闘となるも、諸隊は藩政府軍の撃退に成功する。
同日、高杉らが合流し諸隊の士気は大いに上がった。
山縣は兵力が寡少である為これ以上の追撃に反対したが、高杉は決戦を主張した。
最終的に高杉の案が受け入れられ、赤村にある粟屋率いる前軍本営を夜襲する事に決まる。
同日、三條実美以下五卿が馬関より渡海した。
馬関に残存していた諸隊の留守部隊とそれを統括した伊藤俊輔は、五卿の渡海を邪魔しなかった。
五卿を止めなかった理由について、状況が不透明であり諸隊幹部としても挙兵成功を確約できず、万一の際は五卿へ多大な迷惑をかける可能性があったため、あえて五卿自らの判断に任せた為と言われる。
五卿の輸送は萩藩政府役人と、長府藩が実行した。
ただし五卿の長府滞留を強く願っていた高杉は後にこれを聞いて大いに怒り、深酒して以下の様に心境を歌った。
死をもって　お留め申すぞ　お留まりなされ　長門の国にも武士もある
1月16日、高杉等は遊撃隊を率いて街道沿いに進み、山縣は奇兵隊・御楯隊を率いて絵堂方面より進んだ。
そして粟屋の前軍が布陣する赤村を挟撃しこれを大いに破り、秋吉台周辺より敵を撃退した。粟屋は退却し明木の本軍と合流した。
この後、高杉は諸隊に向かって明木の討伐軍本営を衝くべきと主張したが、狭い山道を進むよりも山口に向かおうとした山縣は太田（御盾隊）、福田侠平（奇兵隊）、堀慎五郎（八幡隊）を集めて「もし諸君が明木に進軍するつもりなら私も異論はないが、それならば私を先鋒にしてもらいたい」と発言した。高杉は明木への進撃を撤回した。
大田・絵堂、赤村の戦いは元治の内乱における最大の激戦であり、戦死者は両軍合わせて40〜60名程度となる。
鎮静軍の敗北を知った俗論派の萩政府は、長州支藩ならびに岩国領の吉川経幹へ援軍を要請する。
同日、山口の鴻城隊は萩から来た探索を捕縛し、佐々並に藩政府軍の先鋒隊が少数派遣された事を知る。
衆議の後、所郁太郎ら20人前後の小隊で襲撃することが決まる。
所らは佐々並口に居た番兵を射殺し、先鋒隊が駐屯していた佐々並の家屋に向けて発砲すると、佐々並口の先鋒隊はすべて逃亡した。
この時期、萩には正義派にも俗論派にも与せず、両派の軍事衝突回避を目指す杉孫七郎ら中立の長州藩士達がいた。
東光寺に屯集していた彼らは鎮静会議員とも東光寺派とも呼ばれていた。
東光寺派は度々敬親にも拝謁し、諸隊討伐を中止して専横を強める俗論派幹部を革職するよう建言していた。
また東光寺派は諸隊からも俗論派とは別であることが認識されていた。
そのため東光寺派は山口と萩を行き来し、正義派に萩の情勢を伝えたり今後の藩政改革を論じるようになる。
俗論派は東光寺派を疎ましく思い、度々解散を命じたが杉孫七郎らは応じなかった。
1月18日、山口を拠点とした御楯隊（鴻城軍）は、萩へ続く要所である佐々並の藩政府軍を襲撃し、その一部を占領した。
この頃井上は、俗論派が鎮撫の名のもとに藩主敬親自身を出馬させることを危惧していた。
井上は赤村に屯する諸隊へ使者を送り、藩主が出馬した際の対応を相談した。
井上は、もし藩主が出馬した場合は馬上で切腹し、反乱したことをお詫びする他ないと伝えた。
山縣は、俗論派が藩主を奉じるならば、諸隊は洞春公（毛利元就）の霊牌を押立て猛追し、俗論派が発砲するならばこちらも応じるのみだと答えた。
高杉は、非常時に議論に明け暮れるのは大馬鹿者であると言い、藩主父子が出馬するなら周囲に従う兵を全て打倒し藩主父子を諸隊陣営に迎え入れればよいと答えた。
井上は高杉・山縣らの説得を受け入れ、引き続き鴻城隊を指揮した。
馬関・山口の住民は、藩に反抗した諸隊を積極的に支援した。
諸隊には多くの人士が入隊を希望して殺到し、それとは別に千人以上の人夫が諸隊の為に物資の運搬などを無償で行い、地主や豪商は兵糧や多額の金銭を積極的に寄附した。
勝利と住民の支援で勢力を増し自信を深めた諸隊は、明木の藩政府軍を放置して、諸隊と諸隊幹部の大半を山口へ向かわせる。
諸隊は山口へ入ると諸隊会議所を開き、高杉晋作を統理に推挽して軍政を敷いた。
維新志士として不動の地位を占める高杉だが、名実ともに最高司令官であったのはこの時のみであり、またこの統理の地位もすぐに自ら手放すこととなる。
三田尻・小郡その他の各地の代官はことごとく俗論派に与した者であったが、彼らもすぐに恭順し、萩を除く防長すべてを正義派である諸隊が掌握するようになる。
1月21日、佐々並において、高杉らとも親しい清末藩藩主毛利元純が藩政府代表となり、諸隊と休戦条件について会談を行う。
藩政府は諸隊に佐々並から撤退することを要求したが、諸隊は拒否した。しかし両者は28日迄の休戦に合意した。
1月25日、藩主父子は東光寺派の建言を入れ、再び清末藩藩主毛利元純を山口の諸隊へ派遣し和平交渉を行わせようとするが、俗論派が大挙して押し寄せこれを阻止しようとした。
しかしこの日、諸隊鎮静総奉行毛利宣次郎は兵を率いて萩へ帰陣する。
また藩政府が支藩に求めていた援軍要請についても、正義派に同情的な長府藩藩主毛利元周らは最初から無視した。
岩国領の吉川経幹は要請に応え兵を挙げたが、和平使者として毛利元純が諸隊と交渉中だと聞くと岩国へ帰陣した。
継戦を望む俗論派の求心力は失われてゆく。
1月28日、藩政府は休戦の延長を申し入れたが諸隊は拒否した。
1月30日、奇兵隊は篠目口より榎木谷へ、遊撃隊は福江口より西市へ進撃を開始した。
また諸隊に属していた癸亥丸を萩城城外の海上に進出させ示威行動を行わせる。
この事態に敬親父子は主だった俗論派の重臣を革職した。
さらに諸隊に使者を送り、俗論派を革職したことと藩政改革を行う用意があることを伝えた。
これにより諸隊は進撃を止めた。
2月2日、諸隊幹部は敬親父子へ停戦の合意と謝罪の手紙を送った。
2月5日、藩政府は萩城内の戒厳を解いた。
この時、俗論派の実戦部隊である撰鋒隊に不穏な動きがあった為、敬親はこれを召し出し解散させた。
同日、江戸幕閣は慶勝に、尾張藩兵を用いて毛利藩主父子を江戸へ護送すること、また総督として九州五藩に五卿もまた江戸へ護送することを命じるよう指示した。
慶勝はそんなことをすれば天下の大乱になると反駁し、一兵たりとも出兵させなかった。
そののち慶勝は朝廷に参内し、朝廷は凱旋の祝酒を送った。そして慶勝は朝廷に帰藩の暇を請い、承認されたため幕府の意向を無視して尾張藩へ帰った。
2月9日、長州支藩藩主の毛利元周と毛利元純が萩城に登り、藩主敬親、重臣と一堂に会して会議を行った。
毛利元周は諸隊追討を速やかに取り消し、諸隊の建白書を受け入れ、国内の統一を図るべきことを提案した。敬親父子はこれを了承した。
2月10日、東光寺派の香川半助、桜井三木三、冷泉五郎、江木清次郎らが山口に至り、高杉に萩の情勢を伝え将来の計画を協議した。
この時、高杉は香川ら東光寺派に諸隊と同一行動を取ることを求め、香川らはこれを了承した。
その夜、萩への帰路の明木付近で香川らは俗論派に襲われた。
江木は重傷を負いながらも助かるが、残る香川らは全員が殺害された。
俗論派は香川らの殺害を正義派によるものと喧伝した。
これを知った高杉ら諸隊幹部は俗論派に罪を擦り付けられるのを嫌い、萩を攻略して俗論派を完全に打倒することを決した。
2月14日、奇兵隊・八幡隊は松本より東光寺へ、南園隊・御楯隊は峠坂より大谷へ（うち一隊は明木を横切り川上へ）、遊撃隊は深川より玉江へ進軍し、萩城周辺を制圧した。
諸隊が明木に侵入したとの報せに接すると俗論派の幹部らは逃亡した。
癸亥丸が海上から空砲を撃ち示威活動をする中、諸隊は萩城へ入城する。
城内と萩市内は非常に混乱していたので、敬親が癸亥丸へ使者を遣わし発砲を止めさせた。
高杉らは野山獄に囚われた正義派を釈放した。
逃亡した俗論派の首魁である椋梨藤太、中川宇右衛門らは石州で捉えられた。
2月22日、敬親父子は先霊社の臨時祭を納め、霊社に参拝し、騒乱の責任を先祖の霊に謝罪し、維新の政治を敷くことを誓った。
2月27日、敬親父子は萩城を出立し地方巡視に出る。絵堂方面の戦地を視察し2月28日に山口に帰り、3月22日、高田殿を諸隊会議所と定めた。
3月15日、この時期、長州には奇兵隊・遊撃隊など叛乱前から存在する諸隊、鴻城軍など叛乱中に結成された有志隊などが混在していた。
この日、諸隊と有志隊は合流・整理され、奇兵・御楯・鴻城・遊撃・南園・膺懲・八幡・集義・萩野・第二奇兵の十隊にまとめられ、他は解体されることが決まる。
御楯隊は三田尻、遊撃隊は高森、膺懲隊は徳地、奇兵隊は馬関、八幡隊は小郡、集義隊は船木、鴻城隊は山口、南園隊は萩に屯し、四散した俗論派の撰鋒隊に備えると定められた。
東光寺派は福原良通を総督として干城隊を結成した。
干城隊は正式な藩士を中心とした隊であり世録隊とも呼ばれた。
高杉晋作は干城隊の結成を歓迎した。
高杉は、身分が低いにもかかわらず自分の決起に賛同せず、勝手に戦端を開き、一時は山口進撃にも反対した諸隊に不安感を持っていた。
毛利家家臣を自認する高杉は、非常時は仕方ないとしても、なるべく早めに封建制度を回復し、上の身分に下の身分が従う体制を取り戻すことが望ましいと考えていた。
そのため諸隊の上に干城隊が立ち、干城隊が諸隊を指導・統制する体制を目指そうとした。
高杉は知人に宛てた手紙に「農は農に帰し、商は商に帰し」と述べており、諸隊の廃止も考えていた。
しかし功山寺挙兵・元治の内乱をほぼ自力で勝ち抜いた諸隊と諸隊幹部は自信を深めていた。
各地に分散を命じられたにもかかわらず、諸隊は御親兵と称して藩主の側に兵を送り、積極的に藩政に関与するようになる。
結局、高杉は最初から最後まで諸隊を御しきれなかった。
高杉は諸隊を隷属させることを諦め、統理の座を降りて無役となり、伊藤と一緒にイギリス留学を志す。
しかし井上聞多が、諸隊の専横が強まっており残留するよう高杉に泣きつき、このイギリス留学も中止となった。
その後も幕府の征討軍を迎え撃つ長州は身分ではなく能力主義を採用し、元村医の大村益次郎の指導のもと諸隊を中心に軍備を整え、高杉はその一方面司令官となった。
3月17日、敬親は諸隊の総督と長州三支藩の家老を召し、武備恭順の対幕方針を確定した。長州藩は第二次長州征討へ備えることとなる。
慶応元年閏5月28日、野山獄にて椋梨藤太は息子とともに斬首され、二日後に中川右衛門らが切腹した。東光寺派を襲撃した俗論派も順次捕縛・処刑され俗論派は完全に潰えた。
ただ内訌戦終了後、複数の俗論派が捕縛されたが当初は野山獄には送られず他家預けとされていた。
俗論派は正義派からポストを奪う事に熱心であったが、同時期に生じた天狗党の乱のように、老若男女を問わない虐殺はしなかった。
わずか49石取りで俗論派首魁と唾棄された椋梨藤太は、正義派の取り調べに対し「私一人の罪ですので、私一人を罰するようにお願いします」と言った。
三家老や正義派高官の処刑、諸隊鎮静部隊の派遣についても総督府巡見使長谷川敬の意向であったことを知った正義派幹部は、俗論派の処置に躊躇したようである。
最終的に捕縛から2ヶ月経った5月に処刑されたが、この時の長州は武備恭順を決心しており、次なる戦争への戦意高揚という側面があった。
一連の元治の内乱は、内戦に至ったとはいえ幕府との戦争は回避しており、同時期の天狗党の乱と比較しても被害は少なかった。
内戦回避に尽力し、長州を救った脱藩浪士や福岡藩士、薩摩藩の西郷隆盛のその後の運命は過酷である。
脱藩浪士の中岡慎太郎、淵上郁太郎らは暗殺された。
加藤司書、月形洗蔵、喜多岡勇平、筑紫衛、建部武彦ら福岡藩士らは、乙丑の獄で全員刑死した。
西郷隆盛も、返しきれぬほどの恩を与えた山縣有朋に追い詰められ、西南戦争時に自決した。