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ファイナルファンタジーIX ストーリー
リンドブルム城に到着したジタンたちは、国王シド大公と面会し、ダガーの誘拐計画が彼の命令によるものであったことを知る。シド大公はブラネ女王の様子がおかしいことに気付き、タンタラスのボスである旧友バクーに頼み、誘拐の名目で密かにダガーを保護しようとしていた。城下町へ繰り出したジタンは、そこで旧友の女竜騎士フライヤと再会するが、彼女の故郷ブルメシアが黒魔道士兵団に襲われ、壊滅的打撃を受け、ジタン・ビビ・フライヤはブルメシアへ向かう。一方、ダガーは皆の食事に眠り薬を盛り、母ブラネを説得するためスタイナーと共に一路アレクサンドリアを目指す。
ジタンたちは道中、大食漢のク族の若者クイナを仲間に加える。到着したブルメシアの王都は無残に破壊され廃墟と化していた。王宮に進むと、ブラネとともに、アレクサンドリアの常勝女将軍ベアトリクス、そして銀髪の謎の男クジャの姿があった。3人に詰め寄る一行だったが、大陸一の剣の使い手と言われるベアトリクスの圧倒的な実力を前に完敗を喫してしまう。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
リンドブルムを抜け出したダガーとスタイナーはアレクサンドリアを目指していた。その道中、ダガーたちはタンタラスの一員マーカスとの再会を果たした。直後、ダガーを追ってきた黒のワルツ3号と対決。正気を失い、執念だけで立ち向かってくる彼を見て「どうしてそこまで……」とショックを受けるダガー。黒のワルツ3号を倒した一行はブランクの石化を直すため、トレノへと向かう。トレノで石化を直すための道具を手に入れた一行は、ダガーのかつての家庭教師であったトットと再会する。一行はトットに導かれ、ガルガントという生物を利用した乗り物に乗り込み、アレクサンドリアへと急ぐ。しかし、アレクサンドリアにたどり着いた直後、一行は罠に掛かり、スタイナーとマーカスは幽閉され、ダガーはブラネに仕える双子の道化師ゾーンとソーンに捕らえられ、魔法をかけられて目を覚まさなくなってしまった。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
壊滅したと思われたブルメシアだが、ブルメシアの王たちはブラネたちが着くよりも早く聖地クレイラへと落ちのびていた。ジタンたちはクジャの言葉を聞き、聖地クレイラに先回りすることができた。しかし、程なく黒魔道士の襲撃にあってしまう。一行は再度現れたベアトリクスにまたも敗れてしまう。間一髪、敵の黒魔道士のテレポート魔法に便乗しクレイラを脱出したジタンたちは、騒動の中でクイナとはぐれてしまったものの、アレクサンドリアの軍艦レッドローズに忍び込む。上空からクレイラに向けブラネが宝玉をかざすと、空から召喚獣・オーディンが現れ、グングニルの一撃でクレイラを壊滅させてしまった。さらにブラネによれば、召喚獣の力はダガーから抽出したものであるという。ジタンたちは、さらなる力を抽出するために娘を手にかけようとするブラネから、ダガーを救うべくアレクサンドリアへ急ぐ。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
レッドローズに乗ってやってきたジタンたちと、檻から抜け出したスタイナーたちは合流し、ゾーンとソーンによって召喚獣を抽出されているダガーを助けに向かう。ゾーンとソーンを退けた一行はベアトリクスと遭遇。3度目の戦いも彼女に追い詰められてしまうが、ジタンの言葉によりベアトリクスは目を覚まさないダガーに気づく。そして今まで自分のしてきたことの間違いに気づき、ダガーにかけられた魔法を打ち消した。ベアトリクスはジタンたちを逃がすためブラネに反旗を翻し、フライヤがベアトリクスに加勢。スタイナーもまた、ジタンにダガーのことを頼むと頭を下げ2人に加勢する。石化から回復したブランクたちの援護を受けアレクサンドリアを脱出したジタン・ダガー・ビビは、ガルガントに乗り込みトレノへ向かおうとするが、モンスターに追いかけられてガルガントが暴走してしまい、トレノを通り過ぎてリンドブルムの東にあるピナックルロックスへ投げ出されてしまう。ピナックルロックスで召喚獣ラムウの試練を受け、ダガーは召喚獣の力を使いこなせるようになった。だがその直後に一行が見たものは、ブラネに召喚されたアトモスによって壊滅状態に陥ったリンドブルムであった。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
リンドブルムでシド大公と面会した一行は、クジャは外側にある大陸へ消えていったこと、ク族の沼が外側の大陸に通じているかもしれないことを聞き、ク族の沼へ急ぐ。ク族の沼でクイナと再会した一行は抜け道フォッシル・ルーを発見し、進んでいく。道中、ブラネに雇われた殺し屋ラニの襲撃を受けるも、一行はフォッシル・ルーを抜ける。そこに広がっていたのは、霧のない赤土の大地「外側の大陸」だった。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
ドワーフの住む里コンデヤ・パタで「クロマ族」の噂を聞いた一行は、森林地帯の深い森の中にある、枯れた森にたどり着く。そこは自我に目覚めた黒魔道士が集まってつくった黒魔道士の村であった。黒魔道士の村でクジャの居所を聞いたジタンたちは、ドワーフたちに聖地と呼ばれている場所に行くため、しきたりとなっている神前の儀を終え聖地を目指す。道中出会った召喚士の少女エーコに誘われ、一行は廃墟となった召喚士の村マダイン・サリを訪れる。エーコは友達のモーグリたちと暮らしていた。マダイン・サリを出発し、クジャの手がかりを探してイーファの樹を訪れた一行は、イーファの樹の奥深くで霧を作り出していたザ・ソウルケージを倒し、霧を消滅させることに成功する。だが、イーファの樹の出口にて、マダイン・サリの宝が盗まれたという知らせが入る。急いで戻ったのも束の間、エーコが宝を盗んだ泥棒に捕まってしまう。泥棒の正体はラニであった。しかし突如現れた「焔色の髪の男」の手により撤退。彼の正体はブラネに雇われた2人目の殺し屋であった。焔色の髪の男はジタンとの一騎打ちの末に敗れた。男はサラマンダーと名乗り、ジタンとの決着をつけるため旅に同行することを決める。また、エーコも村を出てともに旅をする決意をする。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
その頃、クジャがイーファの樹に現れたことを知り、一行はイーファの樹へと向かう。そしてブラネ率いる艦隊も姿を現す。もはやクジャを用済みと判断したブラネはクジャを抹殺し、そして外側の大陸の支配をも目論んでいた。バハムートを召喚し、ブラネ艦隊はクジャに攻撃を仕掛けるが、上空から現れた巨大な赤い目によって洗脳されたバハムートに攻撃を受け、返り討ちにあってしまう。今まで他国を滅ぼしたように艦隊もまた召喚獣によって滅ぼされ、クジャはまたもや姿を消した。近くの海岸に打ち上げられたブラネはダガーに「おまえの思うように生きよ」と言い残して息を引き取った。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
ブラネの死により、ダガーはアレクサンドリア女王に即位した。彼女が手の届かない存在になってしまったことを受け入れられないジタンは苦悶するが、ビビを始めとする仲間たちに励まされ立ち直る。一行は情報収集も兼ねトレノを訪れる。しかし、即位の混乱も収まらないまま、クジャが召喚獣バハムートを使ってアレクサンドリアを襲撃する。スタイナーとベアトリクスが霧の魔獣から国を守るべく奮戦する中、ダガーとエーコは不思議な音楽に引き寄せられて魔力を解放し、聖なる召喚獣アレクサンダーを召喚する。そこに突如として飛空艇インビンシブルが現れ、巨大な赤い目から放たれた赤い光によってアレクサンドリアに壊滅的なダメージを与える。その衝撃をまともに受けたジタンは数日にわたり意識を失ってしまう。
リンドブルムでジタンが目覚めたとき、ダガーは自責の念とショックのあまり、完全に心を閉ざし言葉を発することができなくなってしまった。巡洋艦ブルーナルシスに乗り、再び訪れた黒魔道士の村で、クジャの本拠地デザートエンプレスの情報を得た一行は、本拠地があるという蟻地獄に乗り込む。しかし、クジャの仕掛けた罠にはまり捕えられてしまう。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
ジタンたちは捕虜をとられ、クジャの要求するグルグストーンを手に入れるため、「忘れ去られた大陸」にある禁断の地ウイユヴェールへ向かう。魔法が使えず苦労するジタンたちだったがグルグストーンを手にいれ、デザートエンプレスへと戻る。一方捕虜となった仲間たちは、デザートエンプレスから脱出を図り、戻ってきたジタンたちと合流したものの、またしてもクジャの謀略にはまり、エーコとグルグストーンを奪われてしまう。クジャを追った一行は「閉ざされた大陸」のグルグ火山に突入し、激しい戦いの末エーコを救出する。また、シド大公の妻であるヒルダを発見し、彼女を保護して一路リンドブルムへ向かう。
アレクサンドリアに戻ったダガーは、母の墓前で決意を新たにし、長い髪をばっさりと切り、閉ざされた心を解き放ち、仲間たちに合流した。ヒルダの情報により、クジャの陰謀の実体が、この世界ガイアと異世界テラをつなぐことにあると判明。クジャの陰謀を阻止するため、飛空艇ヒルダガルデ3号を駆りイプセンの古城へと向かう。城内で鍵となる4つの鏡を手に入れた一行は、2人ずつ4手に別れ、それぞれの祠を守るガーディアンを倒して鏡を祠に収めた。ついに氷に閉ざされた輝く島に、異世界テラへと続く門が現れ、一行は門へと飛び込んだ。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
ジタンがテラで目にしたものは、自分とそっくりの外見を持つ人造人間ジェノムだった。そして、テラこそがジタンの記憶にあった「青い光」の場所であった。街を散策するジタンの前に、自分とそっくりの姿をした少女ミコトが現れる。彼女の案内を得て甲冑をまとった老人ガーランドと接触し、ガーランドの本拠地であるパンデモニウムに単身向かった。
ジェノムはガーランドが作り出したテラの仮の住人であり、黒魔道士のように自我が存在する個体はごくわずかであった。彼らはガイアから運び込まれた魂を注入するための器であり、やがてテラを繁栄させるための存在になるのだという。クジャとジタンも意志を持ったジェノムであり、二人は兄弟というべき関係であることが明かされる。クジャの正体はガイアに死を振りまく死神であり、テラへ魂を運び込むための使者だった。ジタンはクジャの後任を担うために生み出されたが、クジャの手でガイアへと捨てられ、更なる後継者としてミコトが作り出されたのだという。自分たちの世界に死をもたらすために生み出された存在という事実を知ったジタンは激昂し、無謀にも単独でガーランドを倒そうとするが敗北し、洗脳装置にかけられてしまう。脱け殻となったジタンをビビたちが発見するも、仲間たちの制止を振り切り気力だけで前に進もうとする。そしてついにダガーの願いが心に届き、本来の自分を取り戻した。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
パンデモニウム最深部で、ガーランドと雌雄を決したジタンたちの前にクジャが立ちはだかる。クジャはジタンたちとの戦闘の過程で「トランス」に成功し絶大な力を手に入れる。それもただのトランスではなく、ブラネを始めとする無数の魂を利用したものだった。究極魔法アルテマを放ちジタンたちを圧倒するも、ガーランドは無駄だと一蹴し、怒りに駆られたクジャによってガーランドは肉体を滅ぼされた。しかし精神のみの存在となったガーランドは言葉を続け、クジャ自身も知らなかった残酷な事実を告げる。クジャは旧型のジェノムであり、裏切ることがわかりきっていたため、黒魔道士のように寿命を短くされていた。自らの寿命が近いことを知ったクジャは猛烈な恐怖心から自暴自棄になり暴走を始める。クジャの魔法乱射により崩壊するテラからジタンたちは間一髪脱出した。しかしジタンたちが目にしたのは、全世界が霧に飲み込まれ変わり果てたガイアの姿であった。
ジタンたちは、助け出したジェノムたちを黒魔道士の村に預け、イーファの樹上空に生じた時空間のひずみから最終決戦の地「記憶の場所」を目指すが、無数の銀竜が現れジタンたちは進路を阻まれる。そこに、ジタンたちの援護をするべく、シド大公・タンタラス・ベアトリクスの飛空艇団が飛来し、銀竜を砲撃で撃ち落として進路を開く。ジタンたちは銀竜の統括者である神竜を倒し記憶の場所へ突入する。
ファイナルファンタジーIX ストーリー
クジャの手によりカオスとして復活した4体のガーディアンを倒し、深部へと進んでいくジタンたち。精神のみの存在となったガーランドから、道中ガイアとテラにまつわる様々な真実を聞かされる。この星を護りたいという思いは同じというガーランドの真意を聞き和解。最後に残った思念で星の未来をジタンたちに託して、ついにガーランドは完全に消滅した。
記憶の場所の最深部、宇宙から生命まですべてが生まれたはじまりの場所「クリスタルワールド」にて、ついにクジャと対峙するジタンたち。自身の破滅の道連れに強大な力を見せて戦うクジャだったが、「生きる」ために戦うジタンたちを前についに敗北を喫する。最後の力を振り絞ったクジャは自身をも巻き込み究極魔法アルテマを放ち、ジタンたちを道連れにしようとする。崩壊する足場から落下したジタンたちは「絶望の丘」にて、永遠の闇なる存在と対峙する。
永遠の闇は、創造のクリスタルが生まれたその時からずっと世界を見ており、生きとし生けるものすべてを「生きるという病に蝕まれた者」と考えていた。破滅や死こそが安息であり、「死の恐怖」が世界を脅かすと考え、誰かがその答えを出すのを待っていたという。その答えを出したクジャを見て行動を開始。彼に代わってクリスタルを破壊することで万物の消滅をはかろうとする。しかし、すべての力を結集したジタンたちの「生きる」思いの前に敗北。永遠の闇は「この世界に死の恐怖がある限り、私はいつでも復活する」と言い残し、消えて行った。
崩壊する絶望の丘から脱出したジタンたちは、暴走するイーファの樹の惨状を目の当たりにする。何者かの声に導かれたミコトの案内により、シド大公の飛空艇に助けられる。しかし、「ジタン、生きるんだ！」というクジャの声を聞き、彼がまだ生きていることを知る。助けられる命を見捨てることはできず、ジタンは仲間たちを説得。ダガーに見送られた後、ただ一人クジャの救出に向かう。イーファの樹内部にて、うずくまっているクジャを発見、なぜ来たのかと問うクジャに対し、ジタンは一言。「誰かを助けるのに理由がいるかい？」ジタンたちの「生きる」ために戦う力の前に敗北し、「すべてを失った時に、生きることの意味が少しだけわかった」と本心を明かすクジャ。崩壊する絶望の丘からジタンたちを助けたのも、ミコトを案内したのもクジャだった。その時、暴走したイーファの樹の根が2人に襲い掛かる。ジタンはクジャをかばうように覆いかぶさり、2人は無数の根に押し潰されてしまった。
そして月日が流れた。
復興したアレクサンドリアを歩くビビ。そこにぶつかったのはブルメシアの王子パックだった。しかし当のビビは、まるで初めて会ったような反応をパックに見せていた。実はビビではなく彼の子供たちの一人だった。後からゾロゾロとビビそっくりの子供たちが現れ、パックは驚いて逃げてしまった。
ブルメシアにてフラットレイに寄り添うフライヤ。記憶がなくなったとしても生きてさえいればまたやり直せると信じ、恋人とのひと時を過ごしていた。
アレクサンドリアへ向かうサラマンダーの前に現れるラニ。どういう風の吹き回しなのかと問う彼女に「お前は行かないのか？」と言い、立ち去るサラマンダー。ラニは慌ててその背中を追うのだった。
アレクサンドリアの厨房へ戻ったクイナは、料理人たちに「心を込めて作ること」の大切さを説く。大切なトモダチならなおさら心を込めないといけない、と。
シド大公とヒルダに引き取られたエーコは、新たな父と母の三人でアレクサンドリアへ向かっていた。そこにはエーコから「おとうさん」と言われ、本当の親のように見てもらえたことに感動するシド大公とヒルダの姿があった。
愛剣セイブザクイーンを置き、一人アレクサンドリアを去ろうとするベアトリクス。その背中に呼びかけたのはスタイナーだった。「もう二度とお前を失いたくない」「これからも一緒に女王を守ってほしい」と告げられ、ベアトリクスは最愛の男性のもとへ駆け出した。
盗賊団兼劇団タンタラスは再び劇団員としてアレクサンドリアへ向かっていた。今度は誘拐のためではなく、仲間のために。
劇の始まる直前、ガーネット女王はかつての仲間たちとまた会えることに懐かしさを感じていた。過ぎ去った日々はもう戻ってこないと、涙をこらえて自分に言い聞かせながら。
そして、タンタラスが演じる「君の小鳥になりたい」が始まった。物語はコーネリア姫が黒衣をまとう主人公マーカスと駆け落ちを約束する場面から始まる。しかし船出の時間になってもコーネリア姫は現れない。それでも諦めずにマーカスは黒衣を脱ぎ捨てると共に言い放つ。
「会わせてくれ！　愛しのダガーに！」
そこにはマーカスに扮していたジタンの姿があった。彼の姿を認めるなり駆け出すガーネットの前にスタイナーとベアトリクスが立ちはだかる。二人は扉を開いて会いに行くように促してくれたのだ。こうして想い人と再会したジタンとガーネットは抱きしめ合い、大勢の人たちがその姿を祝福するのだった。
ファイナルファンタジーIX システム
アクティブタイムイベントシステムを略してATEと称する。「一方その頃…」といった形で操作中キャラクター以外の行動をイベントで見ることができる。複数のイベントが存在し、選択したイベントしか見られないものもある。
戦闘シーンでは各キャラクターに固有のコマンドが設定されているほか、ATBゲージの下にトランスゲージと呼ばれるゲージがある。トランスゲージは敵から攻撃を受けることで蓄積され、満タンになると一定ターンの間与えるダメージの量が1.5倍になり（スタイナーは3倍だが、ブラッドソード装備時は1.5倍）、キャラクター毎に異なる形のパワーアップが発生する（この状態をトランスと呼ぶ）。例えばビビであれば黒魔法を2回連続で使う、サラマンダーであれば奥義の効果が全体に及ぶ、など。
また弱点属性を突いた攻撃およびジャンプでのダメージ倍率が、それまでの2倍から1.5倍に軽減された。ディレクターの伊藤によるとバトルの難易度はやや高めに設定されているとのこと。
本作でのアビリティシステムは、魔法やアビリティなどはアイテムから抽出される物となっており、アイテムを装備することによって使用できる。アイテムを装備した状態で戦闘を重ねアビリティポイント（Ability Point,AP）をためることで、そのアイテムを外しても引き続き使えるようになる。
ファイナルファンタジーIX システム
基本的にキャラクターの個性ともいえる「コマンドアビリティ」は固定になっており『FFVIII』にあった「エンカウントなし」のアビリティも存在しないが、戦術や能力をカスタマイズできる「サポートアビリティ」を大量にセットできるので、プレイヤーによってキャラクターの戦い方は大きく異なり、戦術自由度の高い設計になっている。
一例としてジタンをあげると、
といった相乗効果がある。
上記のサポートアビリティは攻守バランス良くセットするのも、一点集中で性能を追求するのもプレイヤーの自由だが、レベルに比例する上限が設定されており、レベルを上げても全てをセットすることは不可能である。なおこのアビリティセットシステムは『キングダム ハーツ』に継承された。またアイテムからのアビリティ摘出システムは『ファイナルファンタジータクティクスアドバンス』に継承された。
数多くのミニゲームや現時点での上述のアクティブタイムイベント(ATE)など、物語の本筋以外の部分も充実している。
チョコボ
ファイナルファンタジーIX システム
チョコボに関しては“ここ掘れチョコボ!”というミニゲームが存在し、チョコボの森などでアイテムを掘りながらチョコボのクチバシを成長させることができる。また発掘したチョコグラフの地図を頼りにフィールド上の宝を探し当てると、レアアイテムやチョコボの新たな移動能力を得ることができる。全体的に一本道のシナリオが進む本作において、DISC3以降の自由度を大幅に上げる要となる。
モグネット
モーグリの間での手紙システム、「モグネット（MogNet）」を復活させるまでのイベントなどもサブイベントとして楽しむことができる。モグネットの手紙は届けた枚数がカウントされるが、それによる報酬やペナルティは存在しない（手紙を渡したあと、クポの実を所持していなければクポの実が貰える。クポの実はギザマルークの洞窟のモーグリにあげると代わりにアイテムがもらえる）。
カエル取り
ファイナルファンタジーIX システム
ガイアに無数に存在する、かつてク族が生息していた沼で行えるミニゲーム。パーティーメンバーにクイナがいる状態でのみ挑戦でき、沼のカエルを捕まえてクエール師匠に褒められるのが目的。隠しデータに生態系が記録されていて、生存するオスとメスのカエルの数や、突然変異の黄金カエルの存在が繁殖に大きく影響する。捕まえたカエルの数が一定に達すると報酬がもらえ、捕まえたカエルの数はクイナの青魔法「カエルおとし」のダメージに影響する。101匹捕まえてレベル99ならば、必ず9999ダメージを与えられることになる。99匹捕まえると、クエールと戦闘、倒したあとクイナ最強武器、ガストロフォークが貰える。
ブラックジャック
エンディング終了後、R2、L1、R2、R2、↑、×、→、○、↓、△、L2、R1、R2、L1、□、□を入力後STARTを押せばブラックジャックをプレイすることができる。
カードゲーム
前作にあったカードゲームをさらに発展させたものが収録されており、これをさらに拡張したものがPlayOnlineのサービスの一つ『テトラマスターFrom FINALFANTASY IX』（現在はサービス終了）である。詳しくは下記「#カードゲーム」参照。
なわとび
ファイナルファンタジーIX システム
アレクサンドリア城下町で女の子に話しかけるとビビが挑戦できる。跳んだ回数によってアイテムが貰える。20、50、100回目にスピードが上がる。200回以降はタイミングがバラバラになる。ゲームの序盤以外でもプレイできる。
オークション
色々なものが買える。毎回4種類の珍しいアイテムが競売に賭けられている。中にはオークションでしか入手できないアイテムもある。
その他
ちゃんばら、だるまさんが転んだ、コーヒー豆探し、家探しなど、膨大なミニゲームが本筋とサブイベントに存在する。
『FFVII』から続く手法で、プリレンダによる1枚絵の2DCGをフィールドマップにしている。大幅に進化した点として、先にホノルルスタジオがムービーと同一解像度の3Dフィールドを作り上げてから、写真のように画面のアングルを決めて2Dカットを撮る形式を採用している。そのため画面の奥行き・立体感が増し、同一フィールドでもシーン毎に別アングルのカットに視点が変わる。またフィールドを移動するキャラクターポリゴンも常に計算処理されているため、近くに気になる物があるとキャラクターが移動しながらでも勝手に見つめるといった演技も演出されるようになった。今回はフィールド移動中の仲間の表示は採用されていないが、ベアトリクスが一時的にプレイヤーに追尾して行動するイベントが存在する。
ファイナルファンタジーIX システム
この3Dフィールドの2D化技術はハードの進化によるポリゴン描画力の進歩で無用と化したが、『FFX』の一部2Dフィールドや、ゲーム映像を2Dからフル3Dに進めるための過渡期での大きな土壌となった。
登場キャラクターの増加に伴い武器系統も12種類に増えたが、武器はすべて4種のカテゴリー内に分別されている。追加効果という設定が存在し、攻撃後に一定確率で追加の状態異常が発動する。
基本的に攻撃力は武器への依存度が高いが、4カテゴリーに共通して倍率式はキャラクターLvと力の影響が大きい。
「物理ダメージ＝（武器攻撃力-敵の物理防御）×武器専用倍率式」
物理ダメージは上記の式で計算されており、武器専用倍率式は下記の4種のカテゴリー別に依存するステータスと計算式が異なる。
物理ダメージはすべて上記の式の範囲で、下限から上限までの幅でランダムに倍率が決まる。さらに様々な条件からもダメージ計算式に倍率処理され、アビリティの有無・属性影響・状態異常・隊列・クリティカルなどが影響する。
『FFVI』以前のように防具の種類が大幅に復活した。装備者は「軽装備」「重装備」「女性装備」「ローブ」から得意な分野を装備できる（「アクセサリ」は一部を除きほぼ全員が装備可能）。盾は存在しない。主に「物理防御・回避」「魔法防御力・回避」「能力値補正」「属性補正」「アビリティ」のデータに影響する。
ファイナルファンタジーIX システム
ジタン、サラマンダー「帽子」「服」「腕輪」
基本的に二人の防具カテゴリーは同じだが、サラマンダーだけ装備できない物が多い。魔法を無効化できる耐性を持った装備が多いのも特徴。
ビビ、ダガー、クイナ、エーコ「帽子」「服」「ローブ」「腕輪」
基本的に全員が同じ装備をできるが、「クイナ、ビビ」「ダガー、エーコ」と装備が区分けされることがある。「黒魔法」と「召喚魔法」の全属性を強化ができるのも特徴。ローブは火属性に弱くなる欠点がある。クイナは一部の女性用装備も可能。
スタイナー、フライヤ「兜」「鎧」「小手」
騎士である二人は重装備が可能。フライヤが女性装備がある代わりかスタイナーに専用防具がある。物理防御に優れている反面、魔法を無効化できる防具が極端に少ないのも特徴。
キャラクター固有の必殺技システムが登場しない代わりに、本作ではアクションアビリティ欄に物理攻撃技が登場する。
ジタン、フライヤ、クイナが修得するアビリティ。特定の行動で内部カウントした数字が蓄積され、無属性の固定物理ダメージを与えることができる。条件さえそろえば少ないMPの消費で容易に大ダメージを与えられるため、3大奥義とも呼ばれる。
ファイナルファンタジーIX システム
スタイナーの技。ビビとのコンビネーションで使用できる、物理攻撃にボーナスと魔法属性を得られる技。敵の弱点魔法属性だった場合は1.5倍増しになる。物理攻撃力につくボーナスは5から60まで範囲の5進法で各魔法剣毎に決まっている。
※魔法剣の属性は対応する防具によってさらに強化できるが、スタイナーが装備できる防具では「雷」「風」「聖」「闇」の4属性しか強化できない。
アビリティ内から選択できる技。通常の物理攻撃計算式の「武器攻撃力」を各アビリティ毎に1.5倍から4.0倍まで倍増することができる。トランスしている場合はさらに1.5倍増し（スタイナーの場合は3.0倍、ただしブラッドソードのみ1.5倍）される。
裏技
フリーエナジー：1.5倍
タイダルフレイム：敵全体：1.5倍
スクープアウト：2.0倍
シフトブレイク：敵全体：2.0倍
ストラサークル5：2.5倍
ミールツイスター：敵全体：2.5倍
ソリューション9：3.0倍
グランドリーサル：敵全体：4.0倍
の補正が各技に付く。
剣技
暗黒剣：1.4倍
ストックブレイク：敵全体：1.5倍
クライムハザード：敵全体：2.0倍
ショック：3.0倍
の補正が付く。
竜技
竜剣：1.2倍
桜華狂咲：敵全体：1.5倍
の補正が付く。
奥義（絶技）
雑魚ちらし：1.7倍（絶技のときは対象が全体になり、倍率も1.6倍になる）
ファイナルファンタジーIX システム
の補正がつく。また、この「雑魚ちらし」は前作『FFVIII』で一時的に仲間になるサイファーの特殊技でもある。
シリーズ伝統の「白魔法（聖白魔法）」「黒魔法」「召喚魔法」「青魔法」の4形態で登場。
基本的に白・黒・召・青の攻撃系魔法には魔法攻撃力が設定されており、ステータスの魔力や特定アイテムの所持によってダメージは大きく変動する。
「魔法ダメージ＝（魔法攻撃力-敵の魔法防御）×魔力〜魔力+（魔力+キャラクターLv）÷8」
魔法ダメージは上記の式で計算されており、魔力による倍率補正は魔力のみの数字を下限とし、最大で魔力とLvを足した値を8で割った数までの範囲をランダムに魔力にプラスする。また属性強化装備をすれば対応する魔法がさらにダメージを1.5倍できる。
黒魔法
上記の共通式で重要な「魔力」の値を、「アビリティ：ためる」を使用することで99になるまで1.25倍することができる。また「トランス：W黒魔法」によって連続で任意の黒魔法を2回撃つこともできる。
白魔法（聖白魔法）
唯一の攻撃系魔法はホーリーのみであり、そのホーリーも「魔法攻撃力」がトップクラスに高いのみで、魔力以外にダメージを増加できるシステムは存在しない。「トランス：W白魔法」によって連続で任意の白魔法を2回撃つこともできる。
召喚魔法
黒魔法が任意に「魔力」の値を上げることができるのに対し、召喚魔法は対応するアイテムを集めることで「魔法攻撃力」の値に対応アイテムの所持数が加算される。
特定アイテムの装備で召喚魔法の内容や属性も変化する特徴があり、「トランス：幻獣」によって一定時間毎に攻撃召喚魔法を連続発動することもできる。
青魔法
青魔法を所持した敵を「アビリティ：たべる」で倒すことでのみ修得できる。一部青魔法にのみ共通計算式が採用されており、ほとんどの青魔法は発動条件やダメージ式が異なる。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
担当声優は、『ディシディア ファイナルファンタジー』や「キングダム ハーツ シリーズ」などの客演作品での配役。ゲーム本編ではボイスはない。
ジタン・トライバル（Zidane Tribal）
声 - 朴璐美
本作の主人公。年齢は16歳。一人称は「オレ」。二人称は「おまえ・あんた・君」。
リンドブルムを拠点とする劇団兼盗賊団「タンタラス」の若き団員。後ろで括っている長い金髪と、臀部から生えた猿のような尻尾が特徴。
シド大公の依頼でガーネット王女を誘拐する作戦に参加したが、彼女に本気で惚れたためタンタラスを脱退してまでガーネットに付き添った。以降も彼女の存在は行動指針と原動力となり、大切なパートナーとなっていく。Disc3終盤では自身の出生と生まれた目的を知り自暴自棄になってしまうが、彼女の支えにより本来の自分を取り戻し、仲間たちと共に再び立ち上がる。
性格は明るくお調子者で女好きだが、困っている相手を見過ごせない優しい性格でもある。スケベで女好きで、ガーネットのお尻に触って手痛い反撃を受けている。軽い言動は多いものの実際は他者を思いやる優しさの持ち主である一方、自分の心の奥底には踏み込まれたくないという弱さも持つ。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
正義感と優しさ、そして行動力によってパーティーのリーダーとなっていき、仲間たちに大きな影響を与えていくことになる。大切なものをたくさん失ったガーネットの支えとなり、自分の出生に悩むビビに勇気を与え、「盗賊」ということだけで侮蔑をあらわにしていたスタイナーから偏見を取り払わせ仲間として認められ、孤独を貫くサラマンダーには仲間の大切さをその行動によって教えてきた。そして最終決戦後は、悲しみと絶望に打ちひしがれていたクジャの心を開き改心に導いた。
その正体は青の惑星テラの支配者ガーランドによって生成された最強のジェノム。ジェノムとはテラの原住民たちの魂を受け入れるための器に過ぎなかったが、ガーランドやジタンなどは例外で自意識を持つ。また作中における敵であるクジャもまたジェノムであり、ジタンにとって兄と呼べる存在である。生成目的は「ガイアに死を振り撒く死神になること」。この役目はクジャが任されていたもののジタンのほうが優秀であったためガーランドに重用されるようになる。そのことに劣等感を抱いたクジャにより捨てられ（詳細はクジャの項で解説）ガイアに放逐されたことで孤児となり、4歳のときに盗賊団タンタラスの頭領バクーに拾われる。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
4歳以前の記憶がないため、ジタンは自分の名前とテラの特徴とも言える「青い輝き」以外は自身の素性を知らなかった。13歳の時に盗賊団タンタラスから黙って去り、記憶を頼りに故郷となる「帰るべき場所」を捜していた。その際にフライヤと会って親交を結んでいる。しかし、霧の大陸中を旅しても青い輝きは見付からず、ジタンは再びバクーと仲間たちの元へと帰還。バクーはジタンを殴り飛ばしたが、それからは何も言わずにジタンの帰還を受け入れた。その時に「ここが自分の帰るべき場所なんだ」とジタンは悟った。
なお、ジェノムは元々成人として肉体が創造されており年を取ることがないが、ジタンだけは例外で意志や肉体の成長など最初から設定されて生み出されたという。ビビやクジャと違い寿命についての言及は無いが、作中でガーランドに「悠久の時を星と共に生きればいい」と言われるシーンがあることから、かなり長寿に設定されている模様。
クジャとの決戦の後、真の最後の敵である「永遠の闇」を打ち倒すが、暴走したイーファの樹内部に取り残されたクジャを救うため仲間たちを先に脱出させ一人残る。クジャのもとへ駆けつけ彼と和解するが、暴走するイーファ樹の根から彼をかばい、消息不明となってしまう。しかし無事に生存しており、エンディングにてガーネットの前に現れ仲間たちと再会する。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
武器は短剣と盗賊刀（棒の両端に刃が付けられた武器）を用いる。初期装備はダガー。「ぬすむ」および「秘技」（トランス時は「裏技」）を使いこなす。トランス時には後頭部で結んでいた髪が解けるほか、全身がピンクのオーラによって覆い尽くされる。さらに類人猿にも似た体毛が生え、より猿に近い外見となる。
ガーネット・ティル・アレクサンドロス17世（Garnet til Alexandros XVII）
声 - 能登麻美子 / 歌 - 白鳥英美子
本作のヒロイン。年齢は16歳。一人称は「わたし・わたくし・私」。二人称は「あなた・おまえ」。ジタン・エーコからは「ダガー」、スタイナーからは「姫・姫様」、ビビからは「（ダガーの）おねえちゃん」と呼ばれている。
アレクサンドリアの王女で長く艶のある黒髪を持つ美少女だが、Disc3中盤でジタンのダガーを使って髪を切るため、以降はショートヘアーとなる。Disc1中盤にて「ダガー」（任意で変更可能）という偽名を名乗る。バストサイズは83c。
与えられた環境で何不自由なく暮らしてきた。そんな生き方を変えたいという漠然とした理由で、自分らしい生き方を求めて住みなれた城を飛び出す。物腰は上品でおしとやかだが、城育ちのせいか世間知らずな一面もある。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
実は召喚士の生き残りであり、召喚士の一族が住まうマダイン・サリの出身だが、ガーネットが幼少の頃にガーランドによって故郷を滅ぼされてしまう。その当時の記憶は失ってしまうが、小船に乗って大陸の外に逃がされた際に、暗雲の中に潜む巨大な真紅の眼（インビンシブルの一部）が記憶に焼きついている。
当時アレクサンドリアの王妃であったブラネに引き取られた際に、召喚士の特徴である額の角は除去された。捨て子という事実を隠され、ブラネに溺愛されてきたガーネットだが、夫を失って憔悴して精神に異常をきたしたブラネに近付いたクジャによって、ガーネットの持つ召喚獣の力を狙われることになる。Disc4のマダイン・サリのサブイベントで、本名は「セーラ」であることが判明する。
またマダイン・サリの召喚士一族は、500年前にアレクサンダー（制御しきれぬ力）を召喚したことで甚大な被害をもたらしたため、アレクサンドリアから離れた歴史がある。
「召喚」（トランス時は「幻獣」となり、一定時間ごとに同じ召喚獣を自動で呼び出す）および「白魔法」を使用する。ゲーム開始時は召喚の消費MPが本来の4倍であるため使用はほぼ不可だが、あるイベントで召喚獣を奪われた後は本来の数値になる。トランスするとレオタードのような衣装を纏う。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
オンラインゲームの『TM FFIX』ではカードの数字を大幅に上げてくれるマスコットとして登場する。設定画集の対比表や天野喜孝のイラストでは銀髪となっている。
ビビ・オルニティア（VIVI Ornitier）
声 - 大谷育江
黒魔道士の少年。外見年齢は9歳。一人称は「ボク」。二人称は「キミ」。
トレノ東の洞窟でクワンに拾われ、育てられる。気弱な性格だが、誰かを助けるために恐怖を乗り越える強さも秘めている。ジタンやガーネットと出会い旅をする中で、自らの出生に関わる過酷な事実も乗り越える心の強さを手に入れる。
その正体は、クジャの持つ技術により霧から生成された存在「黒魔道士」である。戦争の駒として生み出されたため、黒魔道士が活動していられる時間は短く、自我も持ち合わせていない。しかし、時が経つに連れて突然「目覚める」ため、自我を得ることができる。ビビは初期に作られた黒魔道士のため、魔法の出力自体は後継機に劣るが、その分活動していられる時間が長くなっている。エンディングにて「停止」してしまうが、その前に自分と旅してきた仲間たちの素晴らしさと、生きることの意味を教えてくれたことを黒魔道士たちに伝えている。その思いはしっかりと、ビビの子供たちに受け継がれている。
「黒魔法」（トランス時は「W黒魔法」）および「ためる」を使う。容姿はこれまでのシリーズに登場する黒魔道士に酷似している。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
パラレルワールドである『キングダムハーツII』の世界では『FFVIII』に登場するサイファーの子分となり、ノーバディが作り出したビビのコピーが敵として登場する。
アデルバート・スタイナー（Adelbert Steiner）
声 - 広田みのる
アレクサンドリア王国男兵騎士団「プルート隊」の隊長。年齢は33歳。一人称は「おぬし」。二人称は「お前・貴様・猿」。ジタンからは「（スタイナーの）おっさん」、ビビからは「（スタイナー）おじちゃん」、それ以外のパーティメンバーからは「スタイナー」と呼ばれている。
プルート隊は規模こそ決して大きくないが、いずれも一芸に秀でた男性によって構成されている。武器は両手で扱う巨大な剣および騎士剣を用いて、強大な威力のある一撃を繰り出す。
四角四面で頑固な性格。他人のことを「○○殿（主に同作パーティメンバー、ビビ・エーコなど）」と呼び、しばしば語尾に「〜である」や「〜であります」とつく。主君に対してどこまでも尽くす典型的な武人タイプ。それ故に、盗賊であるジタンの存在を忌み嫌っており、彼を名前で呼ばず「貴様」や「猿」と呼んだり、嫌味を言うこともある。しかしDisc2中盤、追いすがってくる敵からガーネットを守るために、自分が敵の足止めをして、ガーネットを守る役目をジタンに任せて以降は彼を仲間と認め、「盗賊風情」という色眼鏡を外している。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
女性優位のアレクサンドリアにて、将軍であるベアトリクスを気に入っておらず、互いに対立していた。しかしDisc3序盤にて、エーコがジタンに渡そうとした恋文の手違いにより、犬猿の仲から一転して恋仲になる。
実はかつて先代プルート隊に命を助けられたことがあり、その恩義から騎士を志した過去がある。しかしプルート隊は解散してしまい、それでも諦めずわずか16歳で騎士となり、23歳の時に御前試合でベアトリクスを破り、その褒章としてプルート隊再結成を許された。
「剣技」およびビビと協力して発動させる「魔法剣」を使う。トランスすると肉体と鎧が同化し、全身に鎧を纏ったような姿となり、通常攻撃の威力が3倍になる。
開発段階では「エドワード」という名前になっており、2000年4月（本作発売の3か月前）に発売されていたファイナルファンタジー・コカコーラスペシャルフィギュアコレクションにも、発売初期は「EDWARD」と記載されていたことがある。
フライヤ・クレセント（Freija Crescent）
声 - 折笠愛
ブルメシアの女竜騎士。年齢は21歳。一人称は「私」。二人称は「おぬし」。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
ネズミ族の亜人であり、容姿端麗と呼ばれる美貌である。落ち着きがあり、「〜じゃな」「〜じゃのう」といった老婆のような古風な口調が特徴。クレイラで巫女と共に魔力の込められたダンスを披露する美しさを見せる一方、アレクサンドリアでサラマンダーとあわや決闘を起こしかけるといった血の気の多さも併せ持つ。
強者を追い求めるために旅に出た恋人フラットレイを追って旅に出たことがあり、旅先でジタンと知り合い、一時は行動を共にした。
ブルメシアに向かったと思われるガーネットを追うジタンとビビに同行する形でパーティーに加入。ガーネット救出後は、アレクサンドリア城地下にてスタイナーとベアトリクスに加勢し、敵の追撃を止めるためパーティーから外れる。その後生存が明かされ、クジャの目的を阻むべく再びジタンたちに合流した。
Disc2中盤にフラットレイと再会するも、彼は記憶を失っており、フライヤのことも含めすべてを忘れており、記憶が戻ることはなかった。しかしエンディングでは共に寄り添い、「思い出などなくてもまた作り直せば良い」と前向きに生きることを述べている。
槍を用いて戦い、その跳躍力を生かした戦法を得意とする。「ジャンプ」（トランス時は「ジャンプ」が全体化、連続化する）および「竜技」を使う。
海外版では年齢が30代、名前の綴りもFreijaからFreyaに変更されている。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
クイナ・クゥエン（Quina Quen）
声 - 宮田幸季
ク族の若者（推定年齢は70代〜90代だが長命な種族のためまだ若い）。一人称は「ワタシ」。
頭にコック帽をかぶっている。何をするにも食欲優先。大好物のカエルのこととなると我を忘れて行動してしまう。食べることが好きで、それが生きがいでもある。食の道を究めるため、師匠であるクエールに見送られてジタンたちと旅をすることになる。性別は不明。
「世の中には、食べられるものと食べられないもののふたつしかないアルヨ」というのを信条としており、見たこともないものがあればとりあえず食べようとしたり、舐めてみたりする。語尾に「〜アルヨ」といった協和語を話す。
ストーリーに深く関わる場面は少ないが、カエルをたくさん捕まえるとクエールとの師弟対決が発生したり、クエールの師匠であるクワンと会うなど、サブイベントは多い。
モンスターを「たべる」（HPが残り1/4以下になった敵を強制的に倒す。トランス時は「調理」となり、HPが残り1/2以下になると食べられる）ことで「青魔法」を習得し、以降の戦闘で使用できるようになる。巨大なフォークを武器として使う。攻撃力はかなり高いが、ダメージに大きな振れ幅がある。
ジタンたちと出会うまでは、食の修行の旅としてアレクサンドリアのコック長として働いていたり、リンドブルムにて行われる狩猟祭に参加したりしていた。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
エーコ・キャルオル（Eiko Carol）
声 - 金元寿子
召喚士一族の生き残り。年齢は6歳。一人称は「エーコ・あたし」。二人称は「あんた」。
マダイン・サリでモーグリたちと共に暮らす。6歳とは思えないマセた行動が特徴的。しかし、それは1人で暮らしていた寂しさを紛らわすための強がりであった。ジタンと出会った際に助けられ、彼に好意を寄せるようになる。そのためガーネットをライバル視していたが、彼女とは次第に姉妹のような仲になっていく。
額に召喚士特有の角が生えている。「白魔法」（トランス時は「W白魔法」）および「召喚」を使う。トランスすると背中に小さな翼が生えて天使のような雰囲気になる。
エンディングにて、リンドブルム大公シドと妃ヒルダの養女に迎えられ、ガーネットと同じく王女となった。
『DQ&FF いたストSp』ではマスコットとして登場するが、性格が大幅に幼くなっている。
サラマンダー・コーラル（Salamander Coral）
声 - 咲野俊介
孤高の用心棒。年齢は26歳。一人称は「俺」。二人称は「お前」。無口な性格をしている。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
右手に装着した爪を武器に戦う格闘家。他人との協力や協調を「馴れ合い」とみなし、誰にも頼ろうとはしておらず、絆を大切にするジタンの考えを当初は否定していた。しかし、Disc3後半、イプセンの古城にて単独行動の際に負傷してしまい、ジタンに助けられたことで「仲間」や「絆」について考え始め、再びパーティーに参入する（以降は戦闘勝利時のポーズが変化）。
通り名は「焔色のサラマンダー」。トレノの貴族の護衛として雇われた際に、盗みに入ったジタンと遭遇。強者との対決を求めていたサラマンダーは、ジタンとの戦いを望んでいたが、彼はあっさりと武器を収めて走り去った。ジタンの行動が理解できないサラマンダーは、呆然とその場に佇んで、依頼主の問いかけを無視して立ち去ってしまう。これによってサラマンダーもジタンの一味だと思われ、賞金首となってしまった。なお、ジタンは当時のことを覚えていない。またサラマンダーもジタンを恨んでいないという。
「奥義」（トランス時は「絶技」となり、「奥義」の効果が全体化する）および武器を投げて攻撃する「なげる」を使う。
ブラネ・ラザ・アレクサンドロス16世（Brahne Raza Alexandros XVI）
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
アレクサンドリア王国の第16代女王で、ガーネットの母（実際は義母）。年齢は39歳。王家専用の巨大飛空艇レッドローズの持ち主。元々は心優しい性格だったようで、娘ガーネットにも「優しいお母様」として慕われている。
詳しくは描かれていないが、夫の死とクジャの登場を境に徐々に精神の異常をきたし、世界征服の野心に取り付かれるようになる。この時ガーネットすら平然と殺めようとした。その一方で、内政はきちんと行っていたらしく国民たちには慕われていた。
召喚獣という絶対的な力を手にし、それによって用済みとなったクジャを倒そうとするが、逆に返り討ちに遭い、バハムートの光弾によって致命傷を負い、海岸へ流れ着いた際にガーネットと再会。死の直前、ガーネットに「私は思いのまま生きた。お前も思うように生きよ」と言い残し、最期を看取られた。
ベアトリクス（Beatrix）
声 - 小松由佳
アレクサンドリアに仕える隻眼の女将軍。年齢は28歳。一人称は「私」。二人称は「あなた・おまえ」。
「セイブザクイーン（Save The Queen、「女王に加護あれ」という意味）」という銘の剣を愛用している。配下はすべて女性で構成されている。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
「泣く子も黙る冷血女」「100人斬りのベアトリクス」などの異名を持ち、当初は敵対関係にあったとはいえジタンたちを見下した高慢な態度が見られるが、実際は忠義に厚く守るべき主君と国民のために剣を振るう、誇り高く美しい女性である。その剣技は大陸一といわれ「聖剣技」「聖白魔法」を使い、たった1人でジタンたちを何度も退けている女傑。
ブルメシア・クレイラ・アレクサンドリア城と3度に渡って戦うことになる。いわゆる「負けバトル」だが全滅するとゲームオーバーになる。HPを0にすることもできるが、その場合はベアトリクスの反撃により全員がHPを1にされ、強制的に敗北となる。作中でジタンたちが唯一勝てなかった相手である。
どの戦いもジタンたちを劣勢に追い込むが、ブラネがクレイラを滅ぼしたことで迷いを抱き始める。その後、アレクサンドリア城の戦いにてガーネットを犠牲にしようとしているブラネのやり方をジタンに咎められ、剣を振るうべき相手は彼らではないと悟る。そして、道化師ゾーン&ソーンによって永遠の眠りにつかされたガーネットを魔法によって助けた。ジタンたちをアレクサンドリアから逃がすため、フライヤ・スタイナーと共に敵の足止めに協力する。
パーティーメンバーにはならず、スポット参戦のみで加入する。Disc2中盤およびDisc3序盤に参加。トランスは使えない。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
過去に一度だけ、御前試合でスタイナーにまぐれで敗れたことがある。特に男性の立場が弱い国ということもあり、スタイナーと確執があった。しかしDisc3序盤にて、エーコがジタンに渡そうとした恋文を落としてしまい、それを拾ったベアトリクスが、スタイナーが自分に宛てたものと勘違い。これをきっかけに犬猿の仲から一転して恋仲となる。その後、スタイナーと共闘してクジャの呼び出した霧の魔獣を退け、アレクサンドリアを護るために戦う。しかし、バハムートとアレクサンダーの対決、インビンシブルの襲来によってアレクサンドリアは崩壊。ベアトリクスは行方不明となるが、後に生存していることが判明する。
ラストダンジョンとなる記憶の場所に突入する際、レッドローズを率いて登場し、銀竜との戦いに参戦。ジタンたちがこれまでに出会った登場人物たちも応援に駆けつけ、銀竜の群れと戦い、ジタンたちの道を切り開いた。
エンディングでは、セイブザクイーンを置いてアレクサンドリアを去ろうとする。だがスタイナーから「お前が必要だ」と愛情を示され、彼の腕の中へと跳び込んでいった。ラストシーンでは彼女とスタイナーが一緒にセイブザクイーンを掲げる姿が映し出されていた。
ベアトリクスの使う強力な剣技は、Disc3後半以降にスタイナーが習得することが可能。
トット（Tot）
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
トリと人間が合わさったような外見の学者。年齢は52歳。元はアレクサンドリアに仕えており、ガーネットが幼い時から家庭教師を勤めていた。周囲の人々からはトット先生と呼ばれている。
一年前にブラネに理由も無く解雇され、トレノで隠居生活しながら考究の日々を送っていた。偶然トレノに来ていたガーネットたちに出会い、アレクサンドリアに行くのを手助けする。ブラネの死後、ガーネットを補佐するためアレクサンドリアに戻った。
ラニ（Lani）
サラマンダーとコンビを組んでいる暗殺者。年齢は19歳。褐色の肌の女性。「美の狩人」と自画自賛するほど己の美貌と実力に自信を持っている。周囲の人々が見惚れるほどの美女だが、気が強く好戦的な性格。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
逃亡したガーネットを連れ戻すため、サラマンダーと共にブラネに雇われた。ただし優先されるのはガーネットの身柄ではなく、彼女が持っているペンダント（宝珠）の奪還である。戦闘では巨大な斧を武器としてジタンたちに襲い掛かる。目的のためには手段は選ばず、初登場時には不死身のモンスター「アーモデュラハン」やダンジョンに仕掛けられたトラップを利用したが、突破された後に直接対決となり敗北を喫する。その戦いの後しばらく姿をくらましていたが、マダイン・サリにて、エーコを人質に取って再登場。しかし、その手口をサラマンダーに咎められ、阻まれたことで渋々その場を立ち去った。Disc4でマダイン・サリに行くとラニがおり、アレクサンドリアに帰れなくなりフラフラになっていたところをモーグリたちに助けられていたことが判明する。以降はジタンたちに敵意を見せることなく接してくる。
恋愛に対しては素直になれない性格。エンディングではアレクサンドリアに向かうサラマンダーから「お前は来ないのか?」と聞かれ、怒ったような言い方をしながらもその背中にくっついてきている。
Disc1中盤のイベント「狩猟祭」に参加しており、モーグリがうるさかったと宿屋のノートに苦情を書き込んでいる。
ゾーン&ソーン（Zorn & Thorn）
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
アレクサンドリア女王ブラネに仕える宮廷道化師の双子。語尾に「おじゃる」「ごじゃる」とつくのが特徴。年齢は88歳。
ガーネットを永遠の眠りにつかせたり、召喚獣を抜き取るなど奇怪な魔法や力を持つ。
当初はブラネ派の人間で、ガーネットから召喚獣を摘出した張本人。ブラネが死亡した後は行き場をなくし、ガーネットに取り入ろうにも侮辱した態度を取った後だった。後ろ盾がなければ生きていけないと考え、後にクジャの仲間入りを果たす。
しかし、クジャからは使い捨ての駒程度にしか思われておらず、エーコから召喚獣を奪うために利用されているに過ぎなかった。グルグ火山の戦いでエーコに敗北した後は融合させられてモンスターに変異する。変異後は「メルティジェミニ」という名前になり、ゾーンとソーンの体と頭部がいびつに組み合わさったおぞましい異形の形態となる。クジャが言うように「もう双子ではなく」「ひとつの怪物」と成り果て、ジタンたちに倒された。
黒のワルツ1号（Black Waltz #1）
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
クジャの技術によって精製された強力な黒魔道士兵「黒のワルツ」の1番手。鈴を鳴らすことで猛烈な吹雪を呼び出し、氷属性魔法を得意とする。またシリオンという氷のモンスターを召喚して使役する。黒のワルツの中では比較的他の黒魔道士兵に似た姿をしており、身長も他の個体と比べると低い。氷の洞窟にて吹雪でガーネットたちを弱らせ気絶させるが、ジタンとの対決に敗れて命を落とす。
黒のワルツ2号（Black Waltz #2）
ガーネットを取り戻すべくブラネが放った黒のワルツの2番手。長身で細身という、黒魔道士兵の中では珍しい姿をしている。瞬間移動の能力を持ち、低空飛行も可能。1号以上の優秀さを持つことをジタンたちに誇っていた。
カーゴシップに乗り込もうとしたジタンたちの前に現れ、ガーネットを奪い返すべく対決する。火属性魔法を使用する他、瞬間移動による格闘攻撃も使う。ガーネット以外の味方が倒れるとスリプルを使用し、これを受けると自動的にゲームオーバーとなってしまう。
黒のワルツ3号（Black Waltz #3）
ブラネが送り込んだ黒のワルツ最後にして最強の刺客。傲岸不遜で、任務遂行のためには仲間の犠牲も辞さない非情な性格。
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
高速飛行が可能なほか、強力な雷属性魔法を行使する。カーゴシップに乗り込んだジタンたちを追跡し、戦いを挑んでくる。ジタンたちを始末しようとした矢先、カーゴシップにいた黒魔道士たちがかばうように現れたことで攻撃を開始。仲間であるはずの黒魔道士兵を「意思を持たない黒魔道士兵」と見下し、雷魔法で一掃。この行いは特にビビとスタイナーの怒りを買い、ビビがトランスした状態で戦闘開始となる。
戦いの最中、蓄積したダメージによって暴走を初め、手当たり次第に周囲の物を破壊するようになってしまう。ゾーンとソーンの小型飛空艇を奪い取り、そのままカーゴシップを追跡。雷魔法でビビを狙うが、咄嗟に放ったビビの魔法に押し返され、ダメージを受けてしまう。リンドブルムとの国境にあるゲートが閉じゆく中で放った雷魔法が、小型飛空艇のエンジンを破壊して自爆した。
死亡したと思われたが、アレクサンドリアを目指すガーネットたちの前に再度登場。既に正気を失っており、ただひたすらガーネットを連れ戻すという執念だけで戦いを挑むも敗北。今度こそ機能停止した。
なお、2戦目でガーネット以外が戦闘不能になると台詞と共にダメージを受け続けるだけになり、放っておくとそのまま倒れてしまう。
プルート隊
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
女性優位の風潮があるアレクサンドリアにて、男性のみで構成される部隊。御前試合でベアトリクスに勝ったスタイナーに対する褒賞として設立され、スタイナーが隊長を務めている。
かつては男の憧れだったが、現在ではうだつの上がらない男の集まりと化している。
ブルツェン
隊員No.2。細身の体格。情報収集を得意とする。Disc1序盤にジタンに装備を奪われる。
コッヘル
隊員No.3。太めの体格。情報収集を得意とする。Disc1序盤にブランクに装備を奪われる。
ラウダ
隊員No.4。心を打つ文章を書かせれば当代一。脱退したいと考えている。
ドジェボン
隊員No.5。三国一の大砲の名手。常に走り回っている。
バイロイト
隊員No.6。プルート隊最古参の老人。
ワイマール
隊員No.7。ナンパ師。城下町の若い女性の名前を全て覚えている。
ハーゲン
隊員No.8。熱血漢でやる気だけはある。城下町の地理に明るい。
メルゲントハイム
隊員No.9。砲弾運びレースで優勝したことがある。
シド・ファブールIX世（Cid Fabool IX）
ファイナルファンタジーIX 登場キャラクター
リンドブルム公国の現大公。年齢は35歳。アレクサンドリア先王（ブラネの夫）と親交があり、ガーネットにもしものことがあったら面倒をみてほしいと頼まれていた。後にブラネによって戦争へ突き進むアレクサンドリアの不穏な空気を感じ取り、親交のあるバクーを介して、誘拐の名目でガーネットを保護する。年齢の割に白髪が多く、ヒゲも白い。発明家や技術者としても有名であり、常に飛空艇の開発に余念が無い。
一方で浮気癖があり、酒場の女性と浮気した（色目を使った）ことが妻ヒルダにばれて、彼女の魔法でブリ虫の姿にされてしまう。Disc3序盤、アレクサンドリアの学者トットに頼み、人間の姿に戻る手段を模索してもらうが、彼の提案した実験が失敗し、今度はカエルの姿に変わってしまう。Disc3中盤、グルグ火山の最深部で、クジャの手から救出されたヒルダのキスにより元の姿に戻った。
非常に親しみやすい人柄であるだけでなく、思慮深さも併せ持ち、ガーネットの身の安全を確保した後はブラネに和平を提案し、平和に尽力するなど一国の主としての器も十分。ヒルダのことも心の底から愛しており、浮気も軽い気持ちでやっただけらしい。
エンディングではエーコを養女にしており、「おとうさん」と呼ばれて感激していた。
ヒルダガルデ・ファブール（Hildagarde Fabool）