ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
を提示し、この条件を了解すればアメリカは海上封鎖を解き、キューバを攻撃・侵攻しないと確約するものであった。これが送信されたあと、ロバート・ケネディは兄ジョンの求めで駐米ソ連大使アナトリー・ドブルイニンと密かに会うこととした。このドブルイニン大使との席でロバートは、この返書は大統領個人のものであり、軍部からの強硬な意見を無視した決断であること、米軍機の撃墜と操縦士の死亡は軍部を強く刺激してもはや平和的な解決を図るには時間がなくなったことを強調した。そして懸案のトルコのミサイル撤去について「キューバのミサイル撤去が確認された段階で必ずトルコから撤去する」とし、もしこの約束が漏れたら責任はすべてソ連側にあり、この提案すべてが反故になると強く告げることを忘れなかった。
このケネディの回答に対するフルシチョフの返事は、翌日の27日午前9時にワシントンに届いたモスクワ放送のラジオニュースで明らかになった。この中で、フルシチョフはアメリカがキューバに侵攻しないことと引き換えにキューバのミサイルを撤去することに同意した。そしてキューバ危機のあと、ケネディはトルコに配置してあるジュピター・ミサイルを撤去した。のちの歴史学者の間では、当時のソ連第一副首相アナスタス・ミコヤンからの強い進言がフルシチョフにキューバの核ミサイル撤去に踏み切らせたと考えられている。
なおアメリカは、このときにキューバのミサイル発射基地の建設の動きは見ていたが、本当に核ミサイルがソ連から運び入れられているとは考えていなかった。それはこれから起きる事態だと予想していた。しかし実際はこの時点ですでに核ミサイルが秘密裏に搬入されており、封鎖の動きに対抗してカストロはフルシチョフに核ミサイルの使用を呼びかけていたと、36年後にカストロとマクナマラが同席した懇談会の場でカストロが明らかにし、それを聞いたマクナマラは驚愕してもう一度聞き直す一幕があった。キューバ危機とは、すでに核兵器のうえでアメリカ、ソ連、キューバが踊り、計算違いが一つあれば核戦争に突入してもおかしくない事態であった。
ケネディとフルシチョフは、互いの陣営を巧みに操りながら核戦争の危機をうまく回避したことにより、世界中からの尊敬を集めた。しかしケネディは当初からソ連の狙いはベルリン問題にあると見ていた。そしてフルシチョフもベルリンとキューバを一体のものと捉えていた。ピッグス湾事件でケネディを過小評価し、ウィーン会談で脅しに近い形でベルリン問題に決着をつけようとして反発されたが、そのあとにベルリンの壁を作り、キューバに核ミサイルを置くことでケネディに対して有利な立場を築こうとした行動が今回のキューバ危機であった。ケネディは、このときに自分が柔軟に対応しようとすれば、逆にフルシチョフをますます強硬な姿勢にするだけだと学んでいた。もしフルシチョフが当初にケネディは弱いと受け止めていなければ、キューバのミサイル危機は起きなかっただろうと言われている。フルシチョフはのちに「アメリカはあのときに、自分の国土が、自分の国民が脅かされるとはどういうものか初めて学んだ」と回想している。
フルシチョフは、この2年後の1964年10月14日に同志たちの裏切りで突然失脚させられてしまった。日本では東京オリンピックが開催中で国中が沸いていたときであった。
キューバ危機が去ったあと、米ソ両国の指導者は核戦争を回避するための道を模索し始めた。実戦用ICBMやポラリス型ミサイル、長距離爆撃機は数の上ではアメリカが優位であり、前年のキューバ危機でケネディもフルシチョフもその教訓を得た。もはや軍備競争で勝者になろうとしても不可能であることを悟った。1962年11月29日、キューバからの帰途につく中でワシントンに立ち寄り、ホワイトハウスを訪ねたミコヤン第一副首相は、今後米ソ間でのすべての主要な問題について交渉することをケネディに伝えた。それからほぼ半年、米ソと英国のマクミラン首相を加えての水面下での交渉が始まった。そして1963年6月10日、ケネディはアメリカン大学の卒業式において冷戦を変える必要があることをアメリカ国民とソ連に呼びかけた演説を行った。のちにこの演説は『平和のための戦略（THE STRATEGY OF PEACE）』演説として歴史に残った。
・・・私の言う平和とは何か、我々が求める平和とは何か、それはアメリカの戦争兵器によって世界に強制されるパックス・アメリカーナではない。そして墓場の平和でもなければ奴隷の安全性でもない。・・・ ソ連への我々の態度を再検討しようではないか。・・・ 我々のもっとも基本的なつながりは、我々全てがこの小さな惑星に住んでいることである。我々はみな同じ空気を呼吸している。我々はみな子供たちの将来を案じている。そして我々はみな死すべき運命にある。・・・ 我々の基本的、長期的なジュネーブでの関心は全面的かつ完全な軍縮である。この軍縮は段階的に行われるよう計画され、平行した政治的な進展が兵器に取って代わる新たな平和機構を設立することを可能にするものである・・・他の国が核実験をしない限り、アメリカも再開することはない。・・・
この演説の中でケネディは、米英ソの間で核実験禁止に関する話し合いを始めることを宣言した。この演説はノーカットでソ連の新聞やラジオで伝えられた。その後、6月20日に危機管理のためのホットラインが米ソ両国間で設置され、8月5日、米英ソの間で部分的核実験禁止条約（PTBT）を締結することになる。
この条約で大気圏内、大気圏外、海中における核実験は禁止された。この条約はその内容よりも、「核軍縮への第一歩としてのシンボルである」という点に重点を置かれていたため、実際にはこの条約は地下での核実験は禁止されていなかったために、その後も地下核実験はこれまで同様に行われた。さらに、この条約に調印しなかったフランスや、その後新たに核兵器を保有することとなった中国は、その後も大気圏内での核実験を行っていた。また通常兵器の削減もまったく考慮されていなかったために、ケネディは前述のようにベトナムでの軍事介入を続けたうえに、通常兵器に対する予算が削減されたわけでもないため、核兵器の製造や配備はその後も削減されずに継続された。
しかしこれ以降米ソは世界の安定、現状維持、危機管理の方法の確立、核不拡散などの点で共通の利害を有するとの認識が深まることで、デタントの流れを形成していった。
ケネディ政権がその短い政権期間に行った外交政策の中で、もっとも大きな議論を呼ぶとともに、もっとも大きく非難され、さらにその後のアメリカの外交政策だけでなく、内政に対しても長く深刻な影響を残したのが対ベトナム政策の拡大である。ちなみにケネディは、その生涯を通じて南北双方のベトナムに訪問したことはなかった。
アイゼンハワーの後を継いで大統領に就任したケネディは、就任直後に、東南アジアにおける「ドミノ理論」の最前線にあったベトナムに関する特別委員会を設置するとともに、統合参謀本部に対してベトナム情勢についての提言を求めた。これを受けて特別委員会と統合参謀本部はともに、ソ連や中華人民共和国の支援を受けてその勢力を拡大する北ベトナムによる軍事的脅威を受け続けていたベトナム共和国（南ベトナム）へのアメリカ正規軍による援助を提言した。
これらの報告を受けてケネディは、正規軍の派兵は「ピッグス湾事件」「キューバ危機」「ベルリン危機」などのほかの地域において起きていた対立を通じて、世界各地で緊張の度を増していたソビエト連邦や中華人民共和国を「過度に刺激する」として行わなかった。その反面、「（北ベトナムとの間で）ジュネーブ協定の履行についての交渉を行うべき」とのチェスター・ボウルズ国務次官とW・アヴェレル・ハリマン国務次官補の助言を却下し、「南ベトナムにおける共産主義の浸透を止めるため」との名目で、アメリカ軍の正規軍人から構成された「軍事顧問団」の派遣と軍事物資の支援を増強することを決定した。
この決定にあわせてケネディは、フルブライト上院外交委員会委員長に対し、「南ベトナムとラオスを支援するために『アメリカ軍』を南ベトナムとタイに送る」と通告した。また、この決定を正当化させるために、ジョンソン副大統領とマクナマラ国防長官をベトナムに派遣し情勢視察にあたらせた。ジョンソンはベトナム視察の報告書の中で、「アメリカが迅速に行動すれば、南ベトナムは救われる」として迅速な支援を訴え、同じくマクナマラも、その後南ベトナムの大統領となるグエン・カーンへの支持を表明し、「我々は戦争に勝ちつつあると、あらゆる定量的なデータが示している」と報告、ケネディの決定を支持した。
その後ケネディは、アイゼンハワー政権下の1960年にはわずか685人であった南ベトナムに駐留するアメリカ軍事顧問団を、1961年末には3,164人に増加させ、さらに1963年11月には16,263人に増加させた。
また、ケネディ政権はベトナムに1961年11月に枯葉剤の撒布を行うことを決定した。悪名高いこの作戦は、名目上はマラリアを媒介するマラリア蚊や蛭を退治するためとされたが、実際は南ベトナム解放民族戦線の隠れ場となる森林の枯死、およびゲリラ支配地域の農業基盤である耕作地域の破壊が目的であった。実際に枯葉剤はアメリカ軍事顧問団によりゲリラの根拠地であったサイゴン周辺やタイニン省やバクリエウ省のホンザン県などに大量に撒布され、その後1971年にニクソン政権により停止されるまで散布が続けられ、アメリカ復員軍人局の資料によれば確認できるだけで8万3600キロリットルの枯葉剤が撒布された。ベトナム政府によれば、最大300万人のベトナム人が枯れ葉剤にさらされ、21世紀の現在もなお先天性欠損を抱える子ども15万人を含む100万人が健康への深刻な影響を受けているとしている。
あわせて1962年2月にケネディは「南ベトナム軍事援助司令部（MACV）」を設置し、爆撃機や武装ヘリコプターなどの各種航空機や、戦車などの戦闘車両や重火器などの装備も送るなど、「軍事顧問団」を、その規模・内容ともに「実質的にはアメリカ軍の正規軍と変わらない」ものとさせた。さらにケネディは、1962年5月に南ベトナムとラオスへの支援を目的に、タイ国内の基地に数百人規模の海兵隊を送ることを決定した。また日本の沖縄には正規軍の基地と、数千人の海軍と海兵隊が常駐していた。
このようにケネディは、アメリカ軍事顧問団の増派とその後の南ベトナム軍事援助司令部への拡大、南ベトナム軍への軍事物資支援の増強と枯葉剤の散布という形の軍事介入拡大政策を通じてベトナム情勢の転換を図ろうとしたものの、ケネディやジョンソン、マクナマラの思惑に反して、アブバクの戦いで南ベトナム軍とアメリカ軍事顧問団が南ベトナム解放民族戦線に敗北するなど、一向に事態は好転しなかった。しかももともとカトリック教徒であるゴ・ディン・ジェムは仏教を徹底的に弾圧して、これに抗議する仏教徒が焼身自殺を図り、これに対してゴ・ディン・ジェムは仏教寺院を徹底的に攻撃するなど南ベトナム国内の政情が次第に不安定となり、悪化していった。
その後、ケネディ政権を完全に敵対視するようになった南ベトナム大統領ゴ・ディン・ジェムに対して、ケネディは1963年9月2日にウォルター・クロンカイトとのインタビューの中で「サイゴン政府（南ベトナム）が国民の支持を得るためにより大きな努力をしなければこの戦争には勝てない。最終的にはこれは彼らの戦争だ。勝つか負けるかは彼らにかかっている。我々は軍事顧問団を送り、武器を援助することはできる。しかしこの戦争で実際に戦い勝たねばならないのは彼ら自身なのだ」とジェムに対して警告した。
さらにケネディは「『アメリカは（南ベトナムから）撤退すべきだ』という人たちには同意できない。それは大きな過ちになるだろう」と述べ、南ベトナムからのアメリカ軍「軍事顧問団」の早期撤収を主張する国内の一部の世論に対して反論した。これはケネディ政権内部でのゴ・ディン・ジェムに対する見方が分かれていたことも起因していた。
続いて、ジェム率いる南ベトナム政府への単純に軍事支援を続けることに限界を感じていたケネディとマクナマラは、対立が深まりアメリカ政府によるコントロールが利かなくなっていたジェムへの揺さぶりをかけることも踏まえて、これまでのような軍事顧問団の増強方針から一転して、10月31日に「1963年の末までに軍事顧問団から1,000人を引き上げる予定」であることを発表した。また「1965年12月31日までには完全撤退させる計画がある」と明言し、ジェム政権に揺さぶりをかけた。しかしジェム政権は意に介す様子はなかった。
ケネディはもう一つの方策を指示していた。ケネディが上院議員選挙でマサチューセッツ州の対抗馬であったヘンリー・カボット・ロッジ・ジュニアを南ベトナム大使に任じ、そのロッジはジェム政権のナンバー2で弟のゴ・ジンヌー夫妻を「排除（事実上の外国首脳の殺害）」することを要望していたが、事態はケネディの求めるとおりにジェム政権の排除へ動いていた。そして11月1日、南ベトナムでケネディ政権のアメリカ政府および軍の「黙認（事実上の承諾）」を受けた軍部のクーデターが起き、ゴ・ディン・ジェムとゴ・ジンヌーは殺害された。その後、南ベトナム軍部での権力闘争が激化して短期間で最高指導者が変わり、ベトナム情勢はより複雑となった。
なお、後に泥沼化したベトナム戦争からのアメリカ軍の完全撤収を決めた「パリ協定」調印に向けた交渉を行ったヘンリー・キッシンジャーは、ケネディ政権による「軍事顧問団の完全撤収計画」の存在を否定しており。このケネディ政権による「軍事顧問団の完全撤収計画」の発表は単なるジエム政権に対するブラフであり、これ以降も軍事介入拡大政策を取り続ける意向であったことが明らかになっている。
ケネディはまた、イスラエルの核開発に対し強硬に対応した数少ない合衆国大統領として知られている。建国直後からアメリカやイギリス、フランスなどから陰に陽に協力を得て核開発に邁進したイスラエルだが、ケネディは大統領就任直後から「イスラエルが核を取得することは中東に大きな戦禍をもたらすことになる」という考えをもとに何度も外交勧告を行い、ついには査察団まで送り込んでいる。
ケネディが最初に行ったことのうちの1つは、1961年3月1日に大統領令10924号に署名し、「平和部隊」（Peace Corps）を創設することだった（同年9月22日に議会により承認）。志願した人々によって開発途上国で実行されたプログラムは、「教育、農業、ヘルスケアおよび建設の部門で友好国の支援にあたる」とされ、一部からは「アメリカによる過剰な他国への介入の象徴」として批判された。アメリカ企業の進出の地盤固めとして機能しているという指摘も多いが、発足から50年を経て延べ21万人のアメリカの若者が計139か国に派遣された。この平和部隊の実施は、日本にものちに青年海外協力隊の発足につながった（平和部隊参照のこと）。
進歩のための同盟参照のこと。