フィリピンの戦い (1944年-1945年) 経過
その後、6月にはルソン島北端のアパリにもアメリカ軍が空挺降下し、尚武集団は包囲攻撃を受ける状況となった。残存兵は陣地に篭って最後の抵抗をしたが、日本軍各師団の兵力は約20 %ほどにまで減少していた。食糧・薬品なども不足し、飢餓や病気に倒れる者が続出する惨状となって終戦を迎える。
日本軍としては有数の穀倉地帯であるカガヤン渓谷を扼し、中央山岳地帯で持久戦を展開する予定であったようだが、バレテ峠・サラクサク峠を失うとカガヤン平野の維持は困難となり、中央山岳地帯も棚田で知られる穀倉地域であったが、決して大部隊の運用・展開に適した地形でなかった。マニラ等から民間邦人らも共に避難していて、増えた人員数の食糧調達・自活等を講じるため、米軍の爆撃を避けるため、あるいは、避難の中での混乱により、日本軍将兵や民間人らは少数の部隊で山岳地帯の奥へと分散せざるを得なくなっていた。これにより先住住民らはもともと親米派が多かったこともあり、その襲撃も受けることとなり、各部隊はさらに孤立化の度合を深め、弾薬・食糧の補給もいっそう困難となっていった。
その結果、日本軍の多くの部隊は飢餓や病気、あるいは現地人ゲリラらの攻撃を受けた。また、USAFIP(NL)などは、日本軍進攻当初から投降を拒否した米軍将兵と現地フィリピン兵士らに現地志願者が加わって戦い続けていたゲリラ部隊で、武装も米軍から引継ぎ、かなりの装備を持っていた。このUSAFIP(NL)はマニラ島北部・西部やカガヤン渓谷等で活動、マニラ島北部で1945年5月から6月頃には正規米軍の進撃に先立って日本軍を敗走させる状況になっていた。マニラ攻撃の前、山下の部隊約8万がイフガオ州の山中に立て籠ったとも言われるが、最終的に生きて投降してきたのは3万人だったとされる。
レイテ沖作戦で海軍が神風特別攻撃隊を出撃させると、陸軍も日本本土で編成していた「万朶隊」や「富嶽隊」をフィリピンに進出させて第4航空軍の指揮下に入れ、陸海軍ともに多数の特攻機を繰り出し、フィリピン戦で海軍航空隊は特攻機333機を投入し、420名の搭乗員を失い、陸軍航空隊は210機を特攻に投入し、251名の搭乗員を失った。一方で連合軍は、特攻によりフィリピンだけで、22隻の艦艇が沈められ、110隻が撃破された。これは日本軍の通常攻撃を含めた航空部隊による全戦果のなかで、沈没艦で67 %、撃破艦では81 %を占める。フィリピン戦における日本陸海軍合計での特攻による損失機数は、戦闘における全損失機数約4,000機の14 %と戦果の割りに少ないと言われることもあるが、この比率には、特攻予定機であっても例えば敵艦遭遇以前に敵航空機等に発見され、特攻に至ることもないまま撃墜された機数等は含まれていないので、注意を要する。比較対象の出来るものとして、レイテ沖海戦前後の10月21日から25日の間、特攻を行わなかった数百機からなる第ニ航空隊がほとんど戦果をあげることなく多くの搭乗員が撃墜され戦死したことに対し、十数機の第一航空隊が11機の零戦の損失で護衛空母1隻、他5隻の損害を与えていることがあげられる。もっともこれも、第一航空隊は、25日まで複数の未帰還機（事故による？）を出しつつも一切会敵することがなかったため、艦船遭遇以前に敵航空機等に発見され攻撃を受けていれば、どの程度の数字になっていたかは分からない。米軍調査資料には、特攻は戦力の消耗に比し大きな成果をあげたことを示すものもある。
特攻が大きな戦果を挙げた要因はその命中率の高さにあった。アメリカ軍の公式資料によれば、フィリピン戦の期間中、航空機による通常攻撃の命中率はわずか3.3 %に過ぎなかったが、特攻の命中率は31.9 %と高い水準であり、単純な命中率でいえば通常攻撃の約10倍であった。とはいえ、命中1回当たりの特攻による機体の損耗率は当然100%となるが、通常攻撃による機体の損耗率は16%のため1機が平均6回以上攻撃を試みることができるため、最終的には1.6倍程度の効率にはなるものの、2倍といった効率にはならない。この命中率は、アメリカ海軍の対空装備の射程範囲内に入った航空機の命中率（目標に到達する前に米軍機に攻撃され撃墜あるいは追い払われたものまで入れれば約16％と見られる）で艦載機に撃墜された航空機も母数に入っているが、実際に攻撃してきた特攻機の命中率はさらに向上し、1944年10月から1945年3月までの平均で56 %にも上ったともいう。しかし逆に、先のアメリカ軍の公式資料によれば、1944年10月から1945年1月までの成功率に比し、1945年2月から同年5月までの成功率は下がったとされている。対ゼロ戦空戦戦術「サッチウィーブ」の考案者でもあり、フィリピン戦時は航空参謀であったジョン・サッチ少佐は、特攻について「我々が誘導ミサイルを手にする以前の誘導ミサイルであった」「人間の脳と目と手で誘導され、誘導ミサイルよりさらに優れていた」「時代の先を行く兵器であった」と語ったという。ただし、サッチは、特攻機対策である「ビッグ・ブルー・ブランケット」という方法の考案者でもあり、こちらは「サッチウィーブ」ほど名高くならなかったため、自身の業績を自賛し、評価を上げんがための発言だった可能性も強い。
特攻で被った損害を重く見たアメリカ軍の司令官たちは、それぞれに特攻が戦局に与える影響を懸念し始めた。連合軍太平洋方面軍・アメリカ太平洋艦隊司令チェスター・ニミッツ元帥は「神風特別攻撃隊という攻撃兵力はいまや連合軍の侵攻を粉砕し撃退するために、長い間考え抜いた方法を実際に発見したかのように見え始めた」と憂慮し、ハルゼーは「いかに勇敢なアメリカ軍兵士と言えども、少なくとも生き残るチャンスがない任務を決して引き受けはしない」「切腹の文化があるというものの、誠に効果的なこの様な部隊を編成するために十分な隊員を集め得るとは、我々には信じられなかった」と衝撃を受けて、マッカーサーも「カミカゼが本格的に姿を現した。この恐るべき出現は、連合軍の海軍指揮官たちをかなりの不安に陥れ、連合国海軍の艦艇が至るところで撃破された。空母群はカミカゼの脅威に対抗して、搭載機を自らを守る為に使わねばならなくなったので、レイテの地上部隊を掩護する事には手が回らなくなってしまった」と指摘した。
しかし、陸軍の第4航空軍が、特攻に加えて、飛行場や揚陸基地といったアメリカ軍の弱みを巧みについた作戦を展開していたのに対して、海軍は特攻を主体としてアメリカ軍空母部隊を主要目標としていたため、特攻はアメリカ軍に大きな損害を与えたものの、進撃を撃退するまでには至らず、アメリカ軍はレイテ島、ミンダナオ島、ルソン島と進撃を続けたので、特攻は結局のところは遅滞戦術のひとつに過ぎなかった。マッカーサーは特攻機とアメリカ艦隊の戦闘を見て「ありがたい。奴らは我々の軍艦を狙っているが、ほとんどの軍艦は一撃をくらっても耐えうるだろう。しかし、もし奴らが我々の軍隊輸送船をこれほど猛烈に攻撃してきたら、我々は引き返すしかないだろう。」と日本軍の攻撃目標選定の誤りを指摘した。アメリカ軍の公式記録でも、「特攻が開始されたレイテ作戦の前半には、レイテ海域に物資を揚陸中の輸送艦などの「おいしい獲物」がたっぷりあったのに対して、アメリカ軍は陸上の飛行場が殆ど確保できていなかったので、非常に危険な状況であったが、日本軍の航空戦力の主力は通常の航空作戦を続行しており、日本軍が特攻により全力攻撃をかけてこなかったので危機は去った。」と評価していた。もっとも、これらは日本機の機体数やパイロット数を把握してない見解で、例えばレイテ沖で米軍の船団を見た零戦パイロットの角田和男は、そもそも米国側の船舶量が異なり、日本軍の戦闘機やパイロットの数では1機1艦が成功してさえとても勝てる状況ではなかったと評している。
フィリピンの防衛には失敗したものの、日本軍はレイテ戦における特攻の成功から、特攻の効果に自信を持った。また、フィリピンを失い、いよいよ日本本土にもアメリカ軍が迫るといった追い詰められた状況では、特攻にしか頼る道はないとの日本軍の窮状もあって、沖縄戦では特攻戦法を軸にして戦うという方向性が示され、日本軍内の特攻に対する反対意見は次第に封殺されていくこととなった。一方で、フィリピンで異常な体当たり戦法に思わぬ損害を被ったアメリカ軍は、数々の特攻対策を講じてそれを迎え撃ち、沖縄戦では第二次世界大戦でも最大級の空海の激戦が繰り広げられることとなった。
比島作戦ではレイテ島やルソン島以外の島でも激しい戦闘が行われた。マッカーサー大将の強い希望を受けて連合軍はフィリピン全島を攻略する方針を決め、中南部フィリピン攻略の「ヴィクター作戦（Operation VICTOR）」を開始した。ルソン戦中の2月にベルデ島、ルバング島、パラワン島へ上陸し、3月にはミンダナオ島、プルアス島、セブ島、4月にホロ島、ボホール島ほかにも上陸した。これらの戦闘に連合軍側は、アメリカ軍5個師団などを投入し、大規模かつ徹底的な攻撃を行った。ボルネオ島にも5月にオーストラリア軍2個師団が侵攻した。対する日本軍はレイテ島とルソン島に戦力を集めており、連合軍侵攻時点で防衛担当の第35軍及び第37軍指揮下に残っていたのは戦闘力のない兵站部隊や飛行場部隊などが多かった。戦闘部隊は額面上は4個師団と3個旅団あったが、いずれもレイテ戦で消耗した部隊や第二線級の治安部隊であった。それでもトンネルなどを活用した陣地を構築しており、各部隊は非戦闘部隊も一丸となってしばしば果敢な抵抗を試みた。
残る地域のうちミンダナオ島に日本軍は最大の兵力を残していた。第30師団（レイテ戦で半減）と第100師団を主力として、他に独立混成第54旅団、第2飛行師団地上要員、海軍の第32特別根拠地隊などが配備されていた。これに対して連合軍は、米第24師団、第31師団、第40師団を上陸させ、現地にいた米比軍ゲリラ部隊（ユサッフェ）約33000名と共同作戦を行った。まず連合軍は西部のサンボアンガへ3月10日に上陸して、独混第54旅団を撃破した。つづいて4月に南岸へ上陸してダバオ攻略を目指したのに対し、日本軍は主力の第100師団がダバオ西方で約2ヶ月間防戦を続け、6月にアポ山へと後退して自活態勢に移った。第30師団は北部区域において戦闘していたが、6月頃に東部へ撤退した。
ビサヤ諸島（ヴィサヤ諸島）にはレイテ島以外にも日本軍の航空基地が多く存在したが、すでに機能停止状態だった。守備兵力は第102師団（レイテ戦で2個大隊と砲兵隊喪失）が、セブ島やパナイ島、ネグロス島、パラワン島に分散配置されていた。パラワン島が最初に占領され、以後、各島への侵攻が続いた。防衛の中心のセブ島には3月26日に米軍のアメリカル師団が上陸した。後方部隊中心の約14500名からなる日本軍は上陸直後に激しく抵抗し、その後も第14方面軍司令部の指導により玉砕は避けて持久戦に移行した。ネグロス島などにもアメリカ軍が上陸した。
スールー諸島のホロ島では、4月9日のアメリカ軍第41師団上陸に対し、日本軍の独立混成第55旅団（レイテ戦で1個大隊喪失）が迎え撃った。独混第55旅団は約半数を失って山中に撤退したが、そこでもゲリラによる攻撃を受けて終戦までにほぼ全滅した。
ボルネオ地区にはイギリス軍及びオーストラリア軍第2軍（第7・第9師団）が侵攻し、日本側の独立混成第56・第71旅団と交戦した。5月1日のタラカン島上陸を皮切りに、7月1日には第二次世界大戦最後の大規模上陸作戦であるバリクパパン上陸などが行われ、各地で終戦まで激戦が続いた。
フィリピン方面の日本軍で最初に終戦を知ったのは、8月15日に情報を得た第14方面軍司令部である。司令部は1人でも多くの将兵を日本本土へ帰還させることが最後の任務と考え、18日に終戦の詔書の文面をコピーして各部隊に渡すことを始め、24日に慰霊祭を行い、31日に下山して、その後は転々と連合軍の軍事施設を回った後、バギオの基地へと移動した。そして9月3日、山下奉文大将はマッカーサー元帥と共に降伏文書調印式に参加して降伏文書に署名した。ここに比島攻略作戦を含む一連の捷一号作戦が幕を閉じたのである。
ルソン島北部の山岳地帯に撤退し山中に篭もるような戦術をとったことについては、日本では表立っては米軍が台湾戦等で打撃を受ければ反撃のチャンスが来るからと説明された。また、武藤章は、その遺著で、米軍を引きつけることにより、米軍の日本本土への進攻を遅らすためであったと主張している。しかし、その結果として、一部でこそ米正規軍とのかなりの戦闘もあったものの、むしろ山中での飢餓・病気・ゲリラ襲撃によりいつの間にか兵力が消え去り、当初は二十数万人いたともみられる戦力が戦争が終わったときには生存者が5万人となっていた。これほどの大軍が何もしないまま消え去ったことは戦史上かつて例を見ないと評する意見もある。
1958年（昭和33年）、フィリピンにおける遺骨収集および現地追悼を目的とした政府派遣団が出発、同年3月に帰国。同月11日、九段会館において厚生省主催によるフィリピン方面戦没者追悼式が執行された。追悼式に当たり、昭和天皇、香淳皇后から生花が贈られた。