過去に存在したイトーヨーカ堂の店舗 転換・譲渡されず閉店した店舗
韮崎店（韮崎市字屋敷前1383-1）
1984年（昭和59年）10月3日開店 - 2004年（平成16年）8月29日閉店
敷地面積約4,282m2、鉄筋コンクリート造地下1階・地上3階建て塔屋1階、延べ床面積約15,238m2、店舗面積約7,318m2（直営店舗面積約4,298m2）、駐車台数約400台。
JR韮崎駅前のショッピングセンター「ルネス」の核店舗として出店し、開店当初から1992年度までは売上高約55億円から56億円を上げていたが、郊外型大型店の進出などで競争が激化して売上が低迷して閉店となった。
店舗の跡には2004年9月にオギノルネス店が核店舗として出店したが、売り上げが伸び悩んだため2007年8月26日に閉店となった。（後に、オギノは隣接の田んぼ＆工場跡地に再開発でで誕生したライフガーデンにらさきの核テナントとして事実上の再出店をしている。）
2009年3月末でショッピングセンタールネスも閉店となった。
ルネスの土地・建物は韮崎市が買収し、2010年10月から改修工事を行って2011年9月に韮崎市民交流センター「ニコリ」が開館した。
富士吉田店（富士吉田市松山331-1）
1975年（昭和50年）4月30日開店 - 2005年（平成17年）12月31日閉店
敷地面積約12,094m2、鉄骨鉄筋コンクリート造地下1階・地上6階建て塔屋1階、延べ床面積約19,052m2、店舗面積約11,228m2（直営店舗面積約8,148m2）、駐車台数約630台。
当店閉店後に、ビルの所有者である富士急行グループの富士急百貨店がテナント32店舗のうち23店舗を引き継ぐと共に新たにテナントを追加で入居させ、48店舗で構成される大規模核店舗のない複合商業施設Q-STAとして2006年（平成18年）3月31日に新装開店した。
新潟木戸店（新潟市東区下木戸1丁目4-1）
1993年（平成5年）11月2日開店 - 2007年（平成19年）2月25日閉店
地下1階・地上4階建てで地下1階から地上3階に約14,679m2の売り場があり、4階と屋上は駐車場という店舗だった。
敷地面積は約15,000m2に約400台を収容する駐車場を併設する延べ床面積は約32,200m2の建物で、土地・建物を新潟市が東区役所として使用するために購入して、2011年9月20日新潟市東区役所が移転・開所した。
直江津店（上越市西本町3丁目8-8）
1987年（昭和62年）6月11日開店 - 2019年（令和元年）5月12日閉店）
敷地面積約18,704m2、鉄筋コンクリート造3階建て塔屋2階、延べ床面積約27,353m2、売場面積約11,433m2（当社売場面積約6,000m2）、駐車台数約600台。
イトーヨーカドー丸大新潟店は新潟県内で唯一営業を継続。
店舗跡は核テナントとして、ピアレマートおよび無印良品が入居している（詳細はエルマールを参照）。
岡谷店（岡谷市中央町1-1）
1984年（昭和59年）3月20日開店 - 2001年（平成13年）7月8日閉店
売場面積約8,330m2（当社売場面積約5,008m2）。
駅前市街地再開発事業により完成したララ・オカヤの2階と3階に出店していた。1階には地権者である諏訪バスと同じアルピコグループの食品スーパーのアップルランド（現デリシア）が入居していた。
当店閉店後もアップルランドは営業を続けたが、当店退店後の後に入居した衣料品店や100円ショップなども販売不振で撤退するほど集客力が低下したため閉店となり、2004年6月にララ・オカヤの大半を岡谷市が取得する補正予算が可決成立して市の所有になった。
2021年度をめどに解体予定であったが、2025年時点も建物は現存している。2026年に解体が予定されている。
塩尻店（塩尻市大門一番町7-1）
1993年（平成5年）4月21日開店 - 2010年（平成22年）2月21日閉店
塩尻市の大門商店街の一角にある市街地再開発事業で建てられたビルに出店。
同じビル内に出店していたスーパーのアップルランドは当店の閉店後も営業を継続している。
また、店舗跡の土地建物の約70%を塩尻市が取得して改装し、2010年6月下旬から｢ウィングロード｣として開業した。
（初代）上田店×（上田市天神1丁目1894-1）
1977年（昭和52年）3月3日開店 - 2011年（平成23年）4月10日閉店
延べ床面積約13,492m2、売場面積約8,609m2。
JR上田駅お城口前に出店していたが、上田駅北西側の上田市天神にある日本たばこ産業跡地に大型商業施設「アリオ上田」に（2代目）上田店を2011年（平成23年）4月21日に開店するのに伴い閉店することになった。
浜松駅前店（浜松市千歳町145-26(現:中央区) ）
1987年（昭和62年）7月2日開店 - 2007年（平成19年）1月14日閉店
敷地面積約6,200m2、鉄筋コンクリート造地下1階地上6階建て、延べ床面積約31,300m2、店舗面積約16,200m2（当社店舗面積約12,432m2）、駐車台数約700台。
「かじ町プラザ」の核店舗として売り場面積は約16,700m2で出店していたが、郊外へ相次いで競合する大型店が出店したことなどで売り上げが伸び悩んだことから閉鎖になった。
浜松宮竹店×（浜松市東区(現:中央区) 上西町1020-1）
2000年（平成12年）11月30日開店 - 2015年（平成27年）1月18日閉店
売場面積約18,360m2（開店時）→約22,000m2（閉店時）。
浜松市内の郊外型店の草分けで、旧東棉紡績浜松工場跡地に整備された「浜松プラザ」の核店舗として出店していた。
最盛期の2003年（平成15年）度には売上高100億円強を上げたが、近隣に2005年6月24日に開業のイオン浜松市野ショッピングセンター（現・イオンモール浜松市野）など商圏内への競合店の進出が相次いで売り上げが低迷したことから閉鎖になった。
建物は2015年（平成27年）10月に解体され、跡地にはコストコ浜松倉庫店が2017年9月に開店。
小牧店（小牧市小牧3丁目555）
1995年（平成7年）9月21日開店 - 2007年（平成19年）9月2日閉店
名鉄小牧線小牧駅の西側に市街地再開発事業で建てられた地下2階・地上5階建て延べ床面積約49,000m2の「ラピオ」のうち約15,940m2を約55億円で取得し、その核店舗として1階から4階の約8,243m2の店舗を出店していた。
近隣にあるアピタ小牧店（現：MEGAドン・キホーテ）やイオン小牧店との競合もあり、食品以外が苦戦して売り上げが伸び悩み、最盛期の1996年度に約76億円だった売上がその約60%に落ち込んだことなどから閉店となった。当店の閉店時まで残っていた約40店の専門店の多くは引き続いて営業することになった。
店舗跡には2007年11月8日に平和堂東海が愛知県内初出店となる「アル・プラザ小牧」を新たな核店舗として出店した。平和堂もその後撤退し、現在は小牧市に本社のある食品スーパー「三河屋」が入居している。
豊橋店（愛知県豊橋市藤沢町141）
1978年（昭和53年）10月5日開店 - 2017年（平成29年）1月9日閉店
敷地面積約58,342.70m2、鉄筋コンクリート造地上2階建て塔屋1階、延べ床面積約18,801m2、店舗面積約7,371m2 → 約7,643m2（直営店舗面積約4,726m2 → 約4,950m2）、駐車台数約1,500台。
売場面積17,130m2。
愛知県内1号店であり、ホリデイ・スクエアの商業施設部分の核店舗であった。
店舗跡には2017年10月13日にMEGAドン・キホーテ豊橋店が開店した。
刈谷店（愛知県刈谷市高倉町2-50）
1979年（昭和54年）11月21日開店 - 2021年（令和3年）9月5日閉店
敷地面積約7,715m2、鉄骨鉄筋コンクリート造地下1階地上2階建て塔屋1階、延べ床面積約15,737m2、店舗面積約10,281m2（直営店舗面積約5,575m2）、駐車台数約1,300台。
エルシティ刈谷の核店舗。
建物はバローによってルビットタウン刈谷としてリニューアルし、2022年（令和4年）4月15日にオープン。
各務原店 (岐阜県各務原市蘇原青雲町4-1）
1981年（昭和56年）3月6日開店 - 2011年（平成23年）1月16日閉店
敷地面積約34,000m2、鉄筋コンクリート造地上2階建て、延べ床面積約16,400m2、店舗面積約8,849m2（直営店舗面積約6,400m2）、駐車台数約900台。
当社の岐阜県下1号店として開業し、最盛期の週末などには郡上市や飛騨地域からも集客して年間約350万人の来店客を集めたが、施設の老朽化と土地・建物の賃借契約の期間が満了したため閉店となった。
店舗跡には2011年11月24日にバロー各務原中央店、バローホームセンター各務原中央店が開店した。
六地蔵店×（京都府宇治市六地蔵奈良町67-1）
1998年（平成10年）2月20日開店 - 2017年（平成29年）2月19日閉店
敷地面積約13,241m2、延べ床面積約55,550m2、店舗面積約13,000m2（直営店舗面積約10,400m2）、駐車台数約1,220台。
敷地の大半は宇治市に属しているが、店舗面積の大半は京都市に属していた。
地下1階から地上2階までが店舗で、3階から6階と屋上が駐車場となっていた。JR奈良線六地蔵駅から約100m、京阪宇治線六地蔵駅から約500mの場所に出店していた。
京都府唯一の店舗であった。
跡地はマンションを建設。
堺店×（大阪府堺市堺区戎島町2丁62-7）
1986年（昭和61年）9月25日開店 - 2011年（平成23年）2月13日閉店
敷地面積約14,400m2、鉄筋コンクリート造地下1階地上5階一部6階建て塔屋付、延べ床面積約38,900m2、店舗面積約18,135m2（当社店舗面積約11,700m2）、駐車台数約500台。
南海堺駅前に出店しており、東口から約200mにあった。
1986年に関西一号店として開店、当初は大阪、奈良、京都などからの集客もあった。
同市内への2004年（平成16年）4月22日にJR阪和線津久野駅西約500mのところにイトーヨーカドー津久野店が開業し、同年10月28日にダイヤモンドシティ・プラウ（現：イオンモール堺北花田）が開業、さらに2008年（平成20年）3月31日にイトーヨーカドーを核店舗とするアリオ鳳店が開業したほか、自社を含む競合する大型店が相次いで出店したことから閉店となった。
店舗跡には2014年（平成26年）3月14日にライフ堺駅前店が開店した。
東大阪店×（東大阪市吉田下島1-1）
2000年（平成12年）11月29日開店 - 2019年（平成31年）2月17日閉店
敷地面積は32,481m2、4階建て・延べ床面積は62,692m2、直営店舗面積約11,200m2。駐車台数約1500台。
朝日ナショナル照明の工場の跡地に建つ東大阪花園ショッピングセンター（平和不動産所有）の核店舗。
跡地はSGリアルティによって物流施設を建設された。
奈良店（奈良県奈良市二条大路南1-3-1）
2003年（平成15年）7月10日開店 - 2017年（平成29年）9月10日閉店
敷地面積約41,516.47m2、鉄筋コンクリート造地下1階地上7階建て、延べ床面積約75,507.01m2、店舗面積約35,000m2。
奈良県唯一の店舗で、関西6店舗目として、奈良そごう跡地に開業。長屋王の邸宅の跡地に立地していた。
閉店後は東京都に本社を置く商業コンサルタント会社「やまき」に土地と建物を売却し、同社の運営により、2018年4月24日に観光型複合商業施設「ミ・ナーラ」としてグランドオープンし、奈良をテーマにしたテーマパークやアミューズメント施設とし「ROUND1」がオープンする。
岡山店×（岡山市北区下石井2-10-2）
1998年（平成10年）11月6日開店 - 2017年（平成29年）2月28日閉店
地下1階地上4階建て、店舗面積約15,700m2（直営店舗面積約13,500m2）、駐車台数約1,350台。開業時のテナント数26店。
JT岡山工場跡地に建設された「ジョイフルタウン岡山」の核店舗として出店した。
中国地方における第一号店だったが、都市型モールのイオンモール岡山開業の影響で業績が低迷したため閉店となり、この岡山店の閉店で岡山県の店舗は完全撤退した。
跡地には2022年（令和4年）9月23日に杜の街グレースが開業。
十里堡店→新十里堡店 (北京市朝陽区十里堡)
1998年 (平成10年) 4月28日開店 - 2016年 (平成28年) 10月31日閉店
地下1階・地上4階、延べ床面積約24,764m2（開店時）、売場面積約14,241m2（開店時）、駐車台数約330台
北京の中心部から東へ約9㎞の郊外住宅地に出店していた。
衣食住を取りそろえた総合スーパーで、ゲームセンターやファーストフードなども併設していた。