国鉄205系電車 運用
2013年から、日光線で運用される107系および東北本線（宇都宮線）小金井駅・宇都宮駅 - 黒磯駅間で運用される211系の置き換え用として、リニューアル改造を施工したTc-M-M'-Tc'の600番台4両編成12本が配置されている。うち4本は日光線用となる。4号車（黒磯方先頭車）にはトイレ・車椅子スペースが設置されている。
2022年3月12日のダイヤ改正より、日光線および宇都宮線小山 - 黒磯間にE131系600番台が導入され、「いろは」を含めた205系600番台は一斉に置き換えられた。
仙石線へは103系の置き換えのため205系改造車の3100番台が投入され、Tc-M-M'-Tc'の4両編成を組成する。色は■■（一部編成は■■+■■+■■+■■）
山手線編成から抜かれた TMM'T を利用しているが、埼京余剰サハを種車とする編成は側扉窓の大きさが揃っていない。さらに、最初に改造されたM1編成は両端のクハの出自が異なる。
これらの投入で仙石線の103系は撤退したが、必要最低限の本数しか配置していないため、多賀城駅付近の高架化工事で一時的に車両必要数が増える間、保留車として残されていた103系1本を運用していた。しかし、この103系も老朽化が進行していることから、南武線から1200番台先頭車編成1本が3100番台化の上で仙石線に転用された。
東海道本線・山陽本線（京阪神緩行線）では明石電車区（現・網干総合車両所明石支所）に Tc-M-M'-T-M-M'-Tc' の7両編成が配置された。色は■。のち2011年3月14日より■□■。
1986年11月1日のダイヤ改正時の福知山線・山陰本線（福知山駅 - 城崎駅間）電化開業用として投入された。205系投入で捻出された103系は阪和線・関西本線を通じて転配され、関西本線で捻出された113系が福知山線・山陰本線城崎電化用に転用されている。この205系投入による103系捻出車は武蔵野線の輸送力増強用にも転用された。
この京阪神緩行線用は山手線用と大差ないが、保安装置にATCの搭載がなく（当時はATS-Sのみ搭載）、乗務員室内の機器が減少したため、乗務員室背面仕切壁を 130 mm から 80 mm へ薄くし、合わせて背面仕切窓を拡大している。
JR化後の増備・旧型車置き換えは主に207系で行われたため、7両編成4本（28両）という極めて小所帯となった。民営化後に201系と同様に運転範囲を拡大し、福知山線（JR宝塚線）などにも乗り入れるようになったたが、321系の投入によって2006年2月7日までに全車が京阪神緩行線運用を離脱し、阪和線へ転用された。
2011年のダイヤ改正から直通快速が207系・321系に置き換えられることによる車両補充を見越し、阪和線に転用されていた205系0番台の全車が2010年11月から12月にかけて宮原総合運転所（現・網干総合車両所宮原支所）に転出し、207系・321系に準じた帯色（■■）に変更された。転属に際し、全4編成がサハ205形1両を増結した7両編成となった。
2011年3月12日のダイヤ改正より朝ラッシュ時限定で東海道本線（JR京都線・JR神戸線）の京都駅・高槻駅 - 大阪駅・尼崎駅間で運用を再開した。所属期間内、前述の体質改善工事が4編成に施工されたが、サハ205形については転属の処遇を考慮して簡易的な工事に留まった。
1988年（昭和63年）3月13日ダイヤ改正時における阪和線輸送力増強用として205系1000番台4両編成 (Tc-M-M'-Tc') が製造され、ダイヤ改正より早い同年2月22日から営業運転を開始した。配置は日根野電車区で、色は■。
110 km/h運転対応のほか、随所にJR西日本独自の仕様を取り入れているが、5本のみの製造で打ち切られた。 前述の体質改善工事が施工されるまでは、各先頭車に前面排障器（スカート）が取り付けられ、クハ205・204-1003の運行番号表示器がLED化された程度で、比較的原形を保っていた。
2005年からの321系投入で余剰となった東海道・山陽緩行線の205系は、阪和線に転用されることになった。すでに本系列1000番台の配置があり、車両メンテナンスや乗務員教育の観点から、全編成が網干総合車両所明石品質管理センター（現・網干総合車両所明石支所）から日根野電車区（現・吹田総合車両所日根野支所。以下同じ）に転出した。
阪和線に7両編成の運用は存在しないため、サハ205形を組み替えて6両編成と8両編成（各2本）とし、同数の103系を置き換えた。ただし、当初は2006年1月30日および同年2月16日から運用を始めた編成ともにサハ205形を抜いた6両編成で運用され、その後同年3月30日に組み替えられた。
転属時に201系と同様のスカートの強化、スカート部の車番表記消去、方向幕の交換といった細かな改造がなされたが、201系で施行された屋根上の通風器撤去工事や1000番台にある車外スピーカーの設置は未施工であった。また、最高速度が100 km/hである103系の置き換え用であるため、110 km/h対応改造工事も行われなかった。
2010年12月1日までに225系5000番台が日根野電車区に配属された。205系0番台は2011年に東海道本線へ再転用され宮原総合運転所に転出したが、2013年3月16日のダイヤ改正で東海道本線での運用を終了し、阪和線へ再転用されて吹田総合車両所日根野支所へ順次転入した。
2013年3月18日にはC1編成がサハ205を抜いた6両に減車のうえ、約2年ぶりに阪和線の運用に復帰している。その後、他の3編成についても同様の形で阪和線に再び転属し、同線に所属する103系の6両編成との共通運用に就いている。
4編成とも当初は引き続き東海道本線時代のままの帯色（■■）で運用されていたが、2014年1月より順次、スカイブルーの帯（■）に戻され、その際前面の帯下部と乗務員室扉には、細いオレンジのラインが新たに2本追加された。同年2月17日に全4編成の変更を終えている。
オレンジのラインは、最高速度の異なる0番台と1000番台を区別するための視認用のもので、6連の0番台は103系と共通運用であるが、4連の1000番台は共通運用を組んでいない。また運転台には「この編成は205系0代」と書かれたシールが貼付されている。
なお、編成から外れたサハ205形4両は2015年9月9日付で廃車された。
2016年夏からの225系5100番台導入により順次置き換えられ、1000番台は同年12月までに全編成が運用を離脱した。2017年10月から2018年2月にかけて1000番台全編成が吹田総合車両所奈良支所に転属され、2018年3月17日ダイヤ改正から奈良線で運用を開始している。
2018年3月17日のダイヤ改正で、阪和線の全快速・普通列車が3扉車（223・225系）で統一されたため、残る0番台も阪和線での運用を終了した。0番台も4両編成に短縮して奈良線に転用された。
阪和線での運用を終了した1000番台は、2017年10月から2018年2月にかけて吹田総合車両所奈良支所に転属され、2018年3月17日のダイヤ改正より4扉車運用の一部を置き換える形で奈良線および大和路線木津駅 - 奈良駅間での営業運転を開始。同年10月28日のダイヤ改正以降、平日朝の下り1本のみだが奈良駅 - 王寺駅間の乗り入れを開始した。また、阪和線時代とは異なり、103系と共通運用となっている。
0番台も長らく日根野支所に留置されていたが、元HI601編成がモハユニット2両を2018年6月20日付で廃車した上で、同年7月14日付で奈良支所へ転属。NE401編成に編成番号を変更し、2018年7月26日より奈良線で運行を開始した。帯色は103系・201系電車のようなウグイス帯（■）に変更されておらず、阪和線時代の青帯（■）のままとなっている。2018年8月16日付で元HI602編成が、同年8月31日付で元HI603編成が、それぞれ4両化の上で奈良支所へ転属し、NE402・NE403編成となっている。余剰となったモハユニット4両は2018年8月31日付で廃車された。2018年10月6日付で最後まで残っていた元HI604編成も4両化の上で奈良支所へ転属し、NE404編成となっている。余剰となったモハユニットは2018年10月9日付で廃車された。