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ユニコーンガンダム 1号機
本武装はRX-0の専用装備として開発されているが、他の機体でも使用は可能である。ただし、反動が大きく、RX-0シリーズ以外のMSが使用すると腕部に稼働不良を引き起こすなど、互換性があったとは言い難い。アニメ版『ガンダムUC』では、リディ・マーセナスのデルタプラスが1号機から奪い取って使用したあとに右腕が動作不能となっている（一方で漫画『機動戦士ガンダム U.C.0096 ラスト・サン』では、ガンダムデルタカイが問題なく使用している）。外伝漫画『機動戦士ガンダムUC 獅子の帰還』ではガンダムMk-IIが右腕をドーベン・ウルフのものに換装したうえ、さらに補強を加えることでビーム・マグナムを使用可能としている。
ビーム・サーベル
バックパックと前腕部ホルダーにそれぞれ2基ずつ装備。バックパック側はデストロイモードでのみ使用可能となる。すべて同型のもので、一般的なサーベルと構造に大きな違いはない。ただし、デストロイモード時にパイロットの感情の高揚に応じてビーム刃が大型化する現象が見られ、その際には巨大なデブリを両断するほどの威力を発揮している。また、規格が合えば別の機体のビーム・サーベルも使用できる。
ユニコーンガンダム 1号機
さらにデストロイモードでのみ使用できる機能として、ビーム・トンファーが挙げられる。使用する際には前腕部ホルダーを180度前方に展開し、マウントしたままのビーム・サーベルからビーム刃を発生させる。この機能は、サーベルをマニピュレーターで保持する必要がないため、柔軟な戦闘が可能で即応性にも優れるという利点がある。
小説版におけるシナンジュとの最終決戦では、最大出力を超える巨大なビーム刃を展開した両腕のビーム・トンファーで決着を付ける。この時のビーム刃は数百メートルにも至り、最終的にサーベルの基部が溶解・爆散している。
ハイパー・バズーカ
ハイパー・バズーカ自体は地球連邦軍の代表的な代表的なMS用携行無反動砲で、同等の武装をユニコーンガンダム専用に仕様変更したものと考えられる。使用されるロケット弾は通常弾や散弾など数種類が選択可能で、デフォルトの弾頭には散弾が用いられる。特徴のひとつが砲身の伸縮機構で、収納時の利便性が考慮されている。また、砲身にレールマウントを備える点も特徴的で、他のオプション武装との連動が可能なウェポン・プラットフォームとしての機能を有している。なお、非使用時には砲身を縮めた状態でバックパックにマウントされ、予備のマガジンを腰部リアスカートに装着することも可能。ただし、リアスカートのウェポンラックはビーム・マグナムのマガジンと共用で、最大2基までしか携行できない。
ユニコーンガンダム 1号機
火器としての性能は標準的で、ロケット弾の弾速が遅いこともあって対MS戦闘において必ずしも効果的ではないという評価も見られる。しかし、直撃すればMSの四肢を吹き飛ばすほどの威力を有しており、火力過剰なビーム・マグナムに代わって用いられている。
60ミリバルカン砲
多くの連邦系MSの頭部に内蔵される小型機関砲。制式名称は「TOTOカニンガム ASG64-C1S 60mm近接防御機関砲」。5発に1発の割合で曳光弾が仕込まれており、発砲中の射線修正が可能。
小説版初期の設定画には描かれていないが、シナンジュとの初戦で使用される（チェック漏れに気付かず、小説の連載が開始してしまった）。このため、その後の設定画稿では新たに描き足された経緯がある。後年に製作されたアニメ版では最初から描かれている。
シールド
“変身”時に構造が変化する専用装備。Iフィールド発生器とサイコフレームを内蔵しており、デストロイモードでは上下のユニットがスライドしてIフィールド発生器が露出し、パネル状のサイコフレームがX字に展開。ユニコーンモードでもIフィールドは使用でき、その場合には一時的にシールドがスライドする。この中央部のIフィールド発生器により、ビーム攻撃に対しても高い防御力を発揮する反面、発生器のサイズの都合上、Iフィールドの展開面は限定される。
ビーム・ガトリングガン
ユニコーンガンダム 1号機
本来はクシャトリヤ用に新造された4銃身式の大型ビーム機関砲。パラオからの脱出時に1挺使用された（なお、アニメ版の初使用時にはデバイスドライバのインストールが完了するまで発砲できない描写がある）。アニメ版でパラオ脱出時に使用した際は、遭遇したドライセン（「袖付き」仕様）を一方的に撃破する威力を見せた。地上編で本機がクシャトリヤの母艦であるガランシェールに収容されて以降、ダカール（アニメ版ではトリントン基地周辺市街）での戦闘時から左腕シールドの裏側に2挺を固定装備されている。
ハイパー・メガ・ランチャー
アプリ『機動戦士ガンダム U.C. ENGAGE』の「クロスオーバーUCE」モードにて登場。ビーム・マグナムの代替武器として、アームド・アーマーBSのように右腕に装備している。
ソフトチェストタッチ
アニメ版『UC』にてネオ・ジオングとの最終決戦を決着に導いた“所作”。デストロイモード時にサイコフレームが最大共振し緑色に発光する状態で使用。
人の可能性を信じようとするバナージの「それでも…それでも！」という叫びに呼応してユニコーンが発した未知の“暖かな光”を、両方の掌で対象に接触し直接注ぎ込む。
ユニコーンガンダム 1号機
この“暖かな光”をユニコーンは全身から発し、自身の腕と脚を掴み拘束していたネオ・ジオングの巨大アームユニット4基を灰状に崩壊させ、そのコア・ユニットを担うシナンジュにも、胸部装甲に両方の掌で優しく接触してこの“暖かな光”を直接注ぎ込み、搭乗していたフル・フロンタルの中の「残留思念」を浄化、それに連動してネオ・ジオングも浄化されるように崩壊し灰塵となった。あくまで攻撃手段ではなく、バナージが自身の想いを言葉ではなく“熱”によってフロンタルに伝えようとして取った行動であったが、バナージの想いと、その想いを受け容れたフロンタルの心境の変化が、ネオ・ジオングの全身のサイコフレームに作用して、その機体を崩壊に到らしめる結果となった。
ユニコーンガンダム 1号機
古橋一浩監督はOVA版の最終章episode 7の見どころを問われた際に、ネオ・ジオングを崩壊させるいわゆる“決め技”となった、この「ソフトチェストタッチ」を挙げており、「『それでも』とあがき続けるバナージの“熱”がフロンタルの中の迷える魂を成仏させることで、『ニュータイプ』たる主人公としての役割をキッチリ果たせたのではないかと考えます」と述べている。また、この動作に到るまでの格闘戦で「正拳」→「手刀」→「貫手」と様々な手の型のバリエーションでユニコーンが攻撃したのは、劇中での設定的理由はマニピュレーターの関節保護のためだが、作品の演出的な理由で言うと“決め技”となる最後の「掌」へ到るコントラストのためとのこと。
小説版『UC』の外伝「不死鳥狩り」では3号機「フェネクス」も、相手機体の胸部装甲に掌で接触して波紋状のサイコ・フィールドを注ぎ込むという、これに類似した所作（こちらは右の掌のみ）を行うことで、ヤクト・ドーガを臨時のコア・ユニットに代用したネオ・ジオングを、浄化するように内側から瓦解させている。
ユニコーンガンダム 1号機
このユニコーンが発し、ネオ・ジオングの四本腕や本体を崩壊させた“暖かな光”の詳細は不明。だが、同じく“暖かな光”と呼称される現象としては、『ガンダムUC』より後年の宇宙世紀を舞台とした『機動戦士Vガンダム』にて、巨大サイコミュ兵器エンジェル・ハイロゥがシャクティ・カリンの想いを受けて放った「ウォーム・バイブレーション」が、浄化作用など特性が類似する現象として登場している。
ビデオゲーム『ガンダムブレイカー3』では「バーストアクション」として再現されており、拳や手刀や貫手による連続格闘攻撃を行い最後に掌から“暖かな光”を敵機に注ぎ込む。原作再現として命中した敵機のパーツをすべて分解する効果がある。
『機動戦士ガンダムUC』において
重要機密「ラプラスの箱」を解放するというカーディアスの意思で「袖付き」に譲渡されるはずだった。だが、宇宙世紀0096年4月7日、「ラプラスの箱」を巡る地球連邦軍、アナハイム社、ビスト財団、袖付きの各勢力の暗躍によって戦闘が発生、その混乱の中、瀕死のカーディアスの手によってインダストリアル7の工専学生で彼の息子であるバナージ・リンクスに託される。その際、ラプラスシステムに彼のバイオメトリクスが登録されたため、他の人間が操縦することは不可能となる。
ユニコーンガンダム 1号機
小説版
小説版の終盤では、バナージが地球圏有数の戦略兵器コロニーレーザーの光線を相殺できるほどの未曾有のサイコ・フィールドを、命を賭して発生させようとしたことによってニュータイプ能力が極限を超えたレベルで発揮された結果、過去・現在・未来に存在する無数の“思惟”がバナージのそれを核として融合したうえ、その集合的無意識（「全体」）がサイコフレームを介してモビルスーツと完全に融合し、複合生命体《ユニコーンガンダム》として新生する。その性能はもはやMSとすら呼べない、人の思惟を受け止め叶える“器”として、ゼネラル・レビルのMSの大部隊を前にしても、手をかざすだけで眼前のMS群の核融合エンジンを停止させてしまう。
自身が常から口にしていた「“可能性”という名の神」そのものと言えるほどの力を手にしたバナージだったが、最後には必ず帰ると約束した大切な存在オードリー・バーンが自身の帰りを待っている事を思い出し、これほどの力に再び到達することは自分には不可能なのかもしれないことを認識しながらも、万能の存在であることよりも再び“人間”として生きる道を選択したことで力は失われたのだった。
アニメ版における変更点は、下記にて逐次述べる。
ユニコーンガンダム 1号機
なお、この小説版におけるバナージは、ユニコーンガンダム1号機と融合して意識が複合精神体となっていた。同じく小説版『ガンダムUC』の外伝「不死鳥狩り」では、ユニコーンガンダム3号機「フェネクス（小説版）」パイロットの強化人間リタ・ベルナル（「不死鳥狩り」版）の肉体が消滅し、精神が全体の一部となった状態で機体に宿った状態になっていたが、関連性は不明。
『機動戦士ガンダムNT』において
宇宙世紀0097年頃には本機と2号機（バンシィ・ノルン）の二機が、宇宙世紀0096年時点の人類には扱いきれない 技術的特異点「シンギュラリティ・ワン」と呼称され危険視されている。このため地球連邦政府とミネバ・ラオ・ザビにより、サイコフレーム研究も含めて2号機と共に解体・封印の処置が施されたと公表されている。しかし1号機については同作内において、何処かのハンガーで未起動のまま保管されている。
ユニコーンガンダム 1号機
小説版およびアニメ版の最終決戦仕様。着想のもととなったのは『機動戦士ガンダム』のア・バオア・クー戦における、RX-78-2 ガンダムの両手にハイパー・バズーカ2挺、背部にシールドとビーム・ライフルを装備した最終決戦装備。ゲームやプラモデル等では、サイコフレームが緑色に発光した、いわゆる覚醒状態で描かれる場合が多い。しかし、『ガンダムUC』の小説・OVA共に全武装を装備した姿では、ユニコーンモードもしくはデストロイモードの赤く発光した状態で戦闘しており、覚醒状態になる頃にはほとんどの武器を使い切って手放した後であった。それゆえ、全武装を装備した姿で覚醒状態になる場面は、本編中には存在しない。だが、OVAシリーズをテレビフォーマットに再編集したテレビシリーズ『機動戦士ガンダムユニコーン RE:0096』のオープニングテーマ「Into the Sky」での映像では、サイコフレームが緑色に発光した状態で、上記の武装およびハイパー・ビーム・ジャベリンを装備して戦闘する姿が描かれた。
ユニコーンガンダム 1号機
ユニコーンガンダムの強化仕様。ビーム・マグナムやシールドといった通常装備のほか、6挺のビーム・ガトリングガンや2基のハイパー・バズーカ、ミサイル・ランチャーなど機種を問わずネェル・アーガマに保管されていた武装を可能な限り搭載した結果、合計17門の火砲を備えるに至る。また、94式ベース・ジャバーのスラスターを転用したブースターユニットによって機体重量の増加に対応。これらの装備は任意でパージできるため、デッドウェイトとなりにくいばかりか、デストロイモードへの変身を阻害しないように配置されている。
本仕様は制式なものではなく、発案したのはネェル・アーガマに収容されていた民間人の少年、タクヤ・イレイである。ユニコーンガンダムの一連の戦闘データを解析したタクヤは、同機の強化プランを独自に考案。それにAE社の技術者アーロン・テルジェフが緻密な調整を施すことで完成した、現地改修機に近い仕様と言える。なお、PlayStation 3専用ゲームソフト『機動戦士ガンダムUC』では、タクヤが夢で見た強化プランを後に実案にしたとされている。
ユニコーンガンダム 1号機
ユニコーンガンダムは決戦兵器の性格が強いNT専用機を狩るアンチ・サイコマシーンとして設計されたため、単機への瞬間的な戦闘力に優れる反面、対多数の継戦能力には問題があったといえる。フルアーマー・ユニコーンガンダムはその問題の解消を目的とし、多数の汎用オプション火器を装備することで集団戦に対応した満遍ない火力を獲得している。更に、背中の装備類も含めた全火器はリモートで使用可能となっており、 インテンション・オートマチック・システムと連動することで、パイロットによる目標の探知と呼応し、ある程度は自動で照準を行ってくれる上、複数の対象に対して複数の武装で同時攻撃する戦法も可能であり、本仕様は継戦能力の向上のみならず「瞬間的な最大火力の行使」という本来の攻撃特性をも強化させている。単純に大量の武装を装備させるだけならば通常のMSでも可能だが、通常のMSが搭載するメインコンピューターの情報処理能力では、これだけの武装を個別かつ最適にコントロールして運用することは不可能であり、量子コンピューターと同等とされるフル・サイコフレーム機の演算能力によって実現した運用方法と言える。
ユニコーンガンダム 1号機
なお、名称については、発案者であるタクヤの強い希望によって「フルアーマー」の呼ばれることとなった経緯がある。しかしながら、本仕様の主眼はあくまで火力の増強にあり、機体名称の「フルアーマー」は「armament＝武器、武装」の意だったといえる。
60ミリバルカン砲
本体装備。ネェル・アーガマに取りつこうとする「袖付き」各機への迎撃に用いられる。更にローゼン・ズールが展開したサイコ・ジャマーを撃ち落とそうとするが、6基中の2基を落とした時点で弾切れとなる。
アニメ版では、この弾丸はネェル・アーガマで補給されなかったため以降は弾切れが続くが、逆にそのおかげでネオ・ジオング戦においてサイコシャードによる自爆（頭部損傷）から免れている。
シールド
裏面にビーム・ガトリングガン2基をマウントして運用され、両前腕部と背部に計3基を装備する。
通常時と同じくIフィールドによる高度な防御力を誇るが、アニメ版ではバンシィ・ノルンのバルカンで1枚（サイコフレームが赤く発光）を破壊されている。
ユニコーンガンダム 1号機
続くローゼン・ズール戦において、バナージの感応波がさらに強まったことでサイコフレームの発光は緑色に変化する。この状態では、本体とシールドのサイコフレームが共鳴したことで独立稼働が可能となり、推力を持たないにもかかわらずビット兵器のように自在に起動し、インテンション・オートマチック・システムに遠隔操作されている。シールド先端部による打突攻撃や、下記のビーム・ガトリングガンを用いたオールレンジ攻撃を行うこの遠隔操作状態は、各資料では「シールド・ファンネル」と呼称される。
アニメ版ではネオ・ジオング（シナンジュ）のモニターでも「FUNNEL」と識別されており、サイコフレームパーツが左右1片ずつ閉じた「／」型となった上で、3枚で風車のような陣形をとってサイコ・フィールド・バリアを発生するなど、更に高い防御力を発揮している。
このシールド・ファンネル（サイコフレームが緑に発光）となった後に1枚が、ローゼン・ズールのクロー（インコム）に捕捉・破壊されるが、ネェル・アーガマで再度3枚装備に補給され、メガラニカに潜入している。
ビーム・ガトリングガン
携行兵装としても用いることができるが、本仕様では尾部で連結した2基を一組とし、シールド裏にマウントした状態で運用される。3基のシールドにそれぞれ一組、計6基を装備。
ユニコーンガンダム 1号機
シールドと同様、バンシィ・ノルン、続くローゼン・ズールとの戦闘で4基を失うが、ネェル・アーガマでの補給により6基に装備し直される。しかし、ネオ・ジオングとの決戦において、サイコシャードの干渉を受けて全てが自爆している。
ハイパー・バズーカ
ネェル・アーガマで急造した背部マウント・アームの左右に2基が装備される。砲身部分のレールには後述のグレネード・ランチャー、3連装ハンド・グレネード・ユニット、3連装対艦ミサイル・ランチャーを装備しており、ウェポン・プラットフォームとしての機能を果たす。
バンシィ・ノルンとの戦闘では間合いを取って用いたが、接近を許し砲身を切断される。
グレネード・ランチャー
ジェスタ用のオプション装備で、ハイパー・バズーカの砲身に装着される。
マウント状態でも発射は可能だが、バンシィ・ノルンとの戦闘ではマニピュレーターで保持して二丁拳銃のようにして用いられる。
3連装ハンド・グレネード・ユニット
ジェガンやジェスタのオプション装備で、ハイパー・バズーカに各2基と両脚部に各2基の計8基を備える。小サイズのため設置個所を選ばない他、弾頭も推進機能を持つため運用性に優れる。
バンシィ・ノルンとの一騎打ち序盤での弾幕形成に用いられたが、直撃弾を与えることはできずに終わる。
3連装対艦ミサイル・ランチャー
ユニコーンガンダム 1号機
スタークジェガンの3連装ミサイル・ポッドの外装を取外し、内部のミサイルセルのみを流用したもので、2門のハイパー・バズーカに1基ずつ計2基を装備する。弾頭自体にセンサーが組み込まれており、高い命中精度を誇る。
ハンド・グレネードとの一斉射で、バンシィ・ノルンに対して厚い弾幕を形成したが、同じく有効な直撃弾は与えられないまま打ち切りとなり、そのままパージされている。
ビーム・サーベル
通常の仕様と同じくバックパックと両腕腕部ラックに2基ずつ、計4基を備える。ただし、両腕部にシールドを装備するためか、ビーム・トンファーとしては運用されていない。
プロペラントタンク兼大型ブースター
追加装備によって増大した重量を補って戦闘継続時間を高めるため、背部にマウント・アームを介して2基の大型ブースターを装備している。これは94式ベース・ジャバーのブースター部を流用したもので、プロペラントタンクを兼ねる。また、マウント・アームは可動構造を有しており、この大型ブースターもある程度の推力方向の変更が可能となっている。このため、直線的な機動力に限っては、本形態において向上している。
この大型ブースターは質量弾として敵機にぶつけたり、切り離したブースターを狙撃してその爆発で敵をけん制するといった運用も見せる。
リゼル用ビーム・ライフル
ネェル・アーガマの直衛にまわった際に、友軍の中破したリゼルから拝借して左手に装備。
敵軍勢に向けて放ったプロペラントタンクを撃ち抜いて爆発させたり、照射時間を延長してなぎ払うように撃ち出す高出力射撃モード「ギロチン・バースト」を他の武装と併用して上手く用い、敵戦線を崩し突破口を切り開く。
ビーム・マグナム
ユニコーンガンダムの主兵装として開発された専用装備。フルアーマー・ユニコーンの運用においては、最初の出撃時には装備されていなかったが、「袖付き」MS部隊の撃退後、メガラニカに侵入する際に1基を携行。ネオ・ジオングとの戦闘において、サイコシャードの干渉を受け自爆する。
アニメ版『機動戦士ガンダムUC』の最後に登場した形態。
劇中では、この状態のユニコーンガンダムの明確な名称が言及されていないため、アニメ版ではストーリーを担当した福井がインタビューにおいて「真ユニコーンガンダム」という仮称を用いていた。そのため、各媒体によって名称が多様化しており「ユニコーンガンダム（サイコシャード）」、「ユニコーンガンダム（光の結晶体）」、「ユニコーンガンダム（結晶体Ver.）」などの名称が用いられている。
アニメ版『UC』ストーリー担当、および劇場アニメ『NT』脚本としての福井のコメントは
ユニコーンガンダムと搭乗者の親和性が極限まで高まった結果、サイコフレームから結晶状の疑似サイコフレーム「サイコシャード」を白い装甲部も押し破るほどに生成させたユニコーンガンダムの究極の姿。「超覚醒したユニコーン」とする資料もある。
本機とバンシィ・ノルンの2機によるコロニーレーザーの劇的な減衰は、νガンダムの起こした小惑星アクシズの軌道変更に次いで、サイコ・フィールドによる代表的事例とされる。
サイコ・フィールド（人工物の分解）
RX-0シリーズの超常的な特性のひとつで、マニピュレーターから放たれた波動に触れたMSなど、人工物を分解する。後にユニコーンガンダム3号機 フェネクス、そしてフェネクスと接触したRX-9 ナラティブガンダムも同様の現象を発生させている。
「ラプラスの箱」隠滅を狙って放たれたコロニーレーザーからメガラニカを守るべく、バナージとリディはユニコーンガンダムとバンシィのサイコフレームを共振させ、2機のサイコ・フィールドにより、照射中のレーザーを相殺する。この際、バナージが過剰にユニコーンガンダムと共振したことでサイコフレームが結晶化し、この形態へと至っている。バンシィ・ノルンとの協力により1分間のレーザー照射からメガラニカの防衛（この際、ユニコーンガンダム（光の結晶体）が張ったバリアーはレーザーに貫通されている）に成功したユニコーンガンダム（光の結晶体）は、スラスターとは異なる輝きを放ちながら機動し、更にミネバ派の捕縛に迫る部隊規模の連邦MS群へとサイコ・フィールド（人工物の分解）を放つことで、各機の核融合エンジンを停止させる。このとき停止した機体のジェネレーターは「まるで、組み立て前に戻ったように」と評されるまで分解され、更に反応炉の炉心は、直前まで稼働していたにもかかわらず灯を入れた形跡が見られない状態に変化していたとされる。
これらの超常的な力を目の当たりにした地球連邦政府は、コロニーレーザー相殺、部隊単位のMS群の核融合エンジン停止に続く、ユニコーンガンダムによる「三度目の“奇跡”を警戒する連邦軍の及び腰」が理由でメガラニカの追撃を断念したとされている。
そしてバナージは完成されたニュータイプになりつつあったが 、その“思惟”が亡父カーディアスと出会い、彼の導きで「必ず帰る」と約束したオードリー（ミネバ）の存在を思い出したことで意識を取り戻し、機体もまたユニコーンモードへと戻っている。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
デザイナーは1号機に引き続きカトキハジメ。2号機が敵に回ることになったため、白い主人公機と対をなす“黒い同型機”というガンダムシリーズに限らないロボットものの定番のパターンを踏襲したとのこと。サイコフレームとアンテナの色は、誰もが好むコントラストを検討する中で、黒に対する差し色として黄色ないし金色がおのずと決まっていった。頭部のデザインは敵側イコール「ジオン」のイメージで、隊長機のツノ的部品に見えるシルエットにしたとのこと。アニメ版では、画面での視認性を考慮して襟元に金色の装甲が追加された。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
本機体は作品媒体によって若干仕様が異なり、原作小説の『ガンダムUC』に登場した際の仕様である「小説版」と、アニメ版『ガンダムUC』（OVAおよびテレビシリーズ）に登場した際の仕様である「アニメ版」が存在する。アニメ版『ガンダムUC』で本機体が登場して以降は、プラモデルや各種ゲームでは特に何も注釈がない場合は「アニメ版」を扱い（小説版仕様を扱ったゲーム自体が存在しない）、小説版仕様の際には「小説版」と記載されるようになった（本稿では混同を避けるため、小説版仕様には関連商品同様「小説版」と、アニメ版仕様にも関連商品のように無記載ではなく「アニメ版」と機体名の後に記載する）。他にもアニメ版には総合性能向上仕様である「バンシィ・ノルン」が存在し、またイベント上映作品『機動戦士ガンダムUC One of Seventy Two』には「U.C.0095Ver.」が登場している（双方とも詳細は後述）。漫画版となる『機動戦士ガンダムUC バンデシネ』ではアニメ版のデザインで登場している（詳細はバンシィ（アニメ版）を参照）。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
地球連邦軍のオーガスタ研究所での重力下試験後、1号機の空間機動性能をフィードバックして調整された機体。1号機が単に「ユニコーン」と呼ばれるのに対し、本機は「バンシィ」の通称で呼ばれる。「バンシィ」とは、死の到来を告げる“嘆きの妖精”の名称。その姿は、カーディアスが所有していたタペストリー「貴婦人と一角獣」に描かれた、貴婦人の傍らで神獣ユニコーンと対をなす猛獣のライオンをモチーフとしており、ユニコーンを模した純白の装甲を持つ1号機とは対照的に、漆黒の装甲を持ち禍々しい雰囲気を漂わせる。
1号機同様NT-Dを搭載しているが、全身の装甲色が黒、サイコフレームの発光色が金（1号機同様、最大共振時は発光色が緑に変化し、全身に虹色のオーラを纏う）、La+を搭載していない点が相違している。頭部アンテナは何本かの金色の角が一列に並ぶ鶏冠もしくは黒馬の立った鬣状となっており、フェイスカバーの顎部には牙のような形状が見て取れる。1号機で得られた空間機動データが反映されているため、大気圏内での機動性は1号機を上回る。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
バンシィ（小説版）は上記のように、頭部アンテナの形状、装甲色、サイコフレームの発光色などは1号機と異なるが、武装は同一となっている。地球連邦軍の捕虜となりオーガスタ研究所で「プルトゥエルブ」として再調整を受けたマリーダ・クルスがパイロットを務める。ロンド・ベル隊の旗艦ラー・カイラムに収容されるが、調整や整備はすべてビスト財団直属のメカニックとオーガスタ研究所の者によって行われる。ユニコーン1号機と対決するも、バナージとジンネマンによる必死の説得と、自身の敵であるはずの「ガンダム」に搭乗しているという矛盾に気付き、マリーダの洗脳が解けたことで機能を停止する。
マリーダがジンネマンによって救出されて以降は、ゼネラル・レビルにてリディ・マーセナスがパイロットを務めることとなる。バナージが駆る1号機との死闘を繰り広げるが、マリーダの命を賭けての導きにより、リディが本来の自分を取り戻し人間が持つ可能性を信じるに至り、バナージに協力を誓う。その後は、フロンタルのシナンジュを倒すため、1号機と共闘して最終決戦を挑んでいる。
アニメ版『ガンダムUC』（OVAおよびテレビシリーズ）では原作小説から武装とデザインが一部変更され、襟元の装甲が独自の形状になったほか、配色も金色となった。武装は右腕に射撃兵装のアームド・アーマーBS、左腕に格闘兵装のアームド・アーマーVNを装備する。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
1号機と同じくフル・サイコフレーム機として開発された2号機。先行して地上に下ろされた本機はオーガスタ研究所での重力下試験の実施に加え、1号機の空間機動性をフィードバックするなど、最終調整が行われたことでユニコーンガンダム（1号機）よりも高いレベルで完成するに至っている。
機体の基本構造は1号機と同じくするが、ブレード・アンテナの増設により形状が変化している。これはサイコミュの送受信能力の向上、そしてセンサー性能の強化を狙ったものとも言われており、事実、センサー有効半径のカタログ値は広がっている。兵装の構成は大きく異なり、ビーム・マグナムに代表されるユニコーンガンダムの基本装備によって対単機の瞬間最大戦力を追求した1号機に対し、本機は継戦能力を重視しつつ、「前腕部の機能を一部限定してまで攻撃性能を伸ばす」という方向性の下、2種のアームド・アーマーを搭載したことで、総合的な戦闘能力は1号機から格段に向上している。
なお、デストロイモード時のサイコフレームの発光色は、1号機が赤であるのに対し、本機では金となっているが、特に性能差はない。
パイロットはマーサ・ビスト・カーバインにより再調整が施され、アルベルト・ビストをマスターに設定された強化人間マリーダ・クルスが務める。
アームド・アーマーBS
右腕に装備。詳細後述。
アームド・アーマーVN
左腕に装備。詳細後述。
60mmバルカン砲
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
ユニコーンガンダムの基本装備として頭部に2基を装備している。標準的な近接戦闘用内蔵火器で、牽制用途で設置されている。
ビーム・サーベル
前腕部とバックパックにそれぞれ2基を装備。1号機と同じくデストロイモード時に前腕部ホルダーを展開させてビーム・トンファーとしても使用可能。なお、アームド・アーマーVNを装着した状態でもビーム・トンファーは展開できる。ユニコーンモード時には展開した前腕部ホルダーからサーベルがポップアップし、（右腕）マニピュレーターで保持する。
宇宙世紀0096年4月30日に、トリントン基地を襲撃した公国軍残党による襲撃が終結に向かいかけた頃、連邦軍上層部の指示を受けたベースジャバーによって投下される。シャンブロとの戦闘直後であったデルタプラスを威嚇する一方、ロニ・ガーベイを救えなかったことで茫然と立ち尽くす1号機のコクピットを打突し、バナージ・リンクスを昏倒させ鹵獲を遂行。そのまま1号機ともどもラー・カイラムに帰艦する。ラー・カイラムでLa+プログラムを解析しようと待ち構えていたマーサ・ビスト・カーバインらビスト財団の面々だったが、バナージがシステムにロックを掛けていたため叶わずに終わる。艦での解析作業には限界があることを理解したマーサは、1号機のより精密な解析を行い、バナージの協力なしに「箱」の座標を入手するため宇宙に上げることを決定する。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
5月1日には武装解除させた1号機を拘束しながら、シャトルを搭載したガルダへと移送する任務に就くが、ブライト・ノアの計によって情報をリークされたガランシェールから、ミネバとユニコーンガンダム奪還のため強襲を受ける。この混乱の隙をついて拘束から逃れた1号機を再度拘束するために、ガルダ機上においてユニコーンガンダム同士で激突。戦闘序盤は、武装を持たない1号機に対してアームド・アーマーを駆使して優位に立つが、バナージの決死の説得と、ガルダ機内にゲリラ戦を仕掛けてきたスベロア・ジンネマンと出会ったことでマリーダの精神が混乱してしまう。ガンダムに対する強い怨念が刷り込まれているマリーダは混乱のまま友軍機であるデルタプラスに標的を転じ、圧倒的な戦闘力で相手を大破させる。機能を停止したデルタプラスに更なる攻撃を加えようとするバンシィだったが、機体の前に飛び出て来たジンネマンの説得により、マリーダは裡に押し込められていた記憶を蘇らせる。結果、パイロットであるマリーダは、意識を失ってコックピットから放り出され、迎えに来たガランシェールへ戻り、機体は回収されて後述のバンシィ・ノルンへと改修を受けることになる。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
漫画版『機動戦士ガンダムUC バンデシネ』では、襟元のデザインはアニメ版と同じだが、ダカールでの戦闘では両碗のアームド・アーマーは未装備で登場。武装を持たない「素手」の状態で、ユニコーンモードのままリディのデルタプラスの右腕を破壊し、機体をビルに叩きつけて戦闘不能にする。トリントン基地でのミネバやマーサを乗せたミデア輸送機の護衛以降はアームド・アーマーを装備するが、ガルダでの1号機との交戦でアームド・アーマーBSを破損、バイアラン・カスタム2号機への攻撃時にアームド・アーマーVNも破損している。
ガンダムフロント東京限定イベント上映作品『機動戦士ガンダムUC One of Seventy Two』に登場。小説版のように首周りの形状が1号機と同型だが、武装は異なり、右腕にアームド・アーマーVN、左腕にビーム・マグナムを装備している。これらの武装配置の違いは、搭乗していたパイロットの操縦特性によるものだとされている。
宇宙世紀0095年12月3日にアナハイム社のマーサ・ビスト・カーバインの指揮の下、連邦軍が独自に組み上げた3号機「フェネクス」との合同評価試験に参加。「袖付き」のニュータイプ専用分離可変機リバウと交戦するが、フェネクスとのサイコフレームの共鳴により、フェネクスとも交戦状態になる。この戦闘で胸部を破損したため、アニメ版の襟元のパーツへと改修されることとなる。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
漫画版『機動戦士ガンダムNT』では、この時点で襟元のパーツはアニメ版と同一のものとなっている。また、アームド・アーマーはVNではなくDEを装備している。評価試験の最中に遠隔操作でリミッターをかけられており、デストロイモードにはならない。暴走したフェネクスとの戦闘で左腕を切断され、共鳴によるデストロイモードの発動で開きかけた頭部アンテナを掴まれて首をはねられる。
ユニコーンガンダム 2号機 バンシィ
OVA版『ガンダムUC』のepisode 6にて初登場。新たにパイロットとなったリディ・マーセナス用に改修された総合性能向上仕様。「ノルン」とは古ノルド語で北欧神話に登場する“運命の女神”の名称。汎用性などに難があった両腕のアームド・アーマーを撤去し、装備選択で柔軟な運用が可能なリボルビング・ランチャー搭載型ビーム・マグナム、機動性と防御力を同時に高めるアームド・アーマーDE、機体とパイロットの親和性を高めるアームド・アーマーXCを装備している。機体の基本性能も向上しているため、防御力では1号機を完全に上回り、アームド・アーマーDEをブースターとして背部にマウントした状態では、XCとの相乗効果によって瞬間移動と見紛うほどの空間機動性を発揮する。さらに非ニュータイプ、非強化人間であってもNT-Dを含む本機の能力を発揮できる仕様となっている。パイロットを務めたリディは、地球連邦軍には非ニュータイプパイロットとして査定されていたが、バナージとの戦闘の中でニュータイプとして覚醒している。
サイコフレームの発光色はプルトゥエルブ操縦時と同じく金色。フルアーマー・ユニコーンやネオ・ジオングとの戦闘中にリディのニュータイプ的素養が高まった際には、サイコフレームの輝きがさらに増して発光色は金色からレッドゴールドへ変化した。「ラプラス事変」最終局面では、ユニコーンガンダムとの二機でサイコ・フィールドを展開してコロニーレーザーを防いでおり、この時、バンシィとリディの親和性はさらなる域に達し、サイコフレームは緑色に輝いている。
アニメ版『UC』後を描いた『獅子の帰還』ではレーザー無効化後にネェル・アーガマに帰艦し、そのまま地球連邦軍へ戻っている。さらに『NT』の宇宙世紀0097年頃には、1号機（ユニコーンガンダム）と同じく「現在の人類には扱い切れない」という意味で技術的特異点「シンギュラリティ・ワン」と認定されており、1号機解体の交換条件として同じく解体・封印処置を受けている。
武装
リボルビング・ランチャー
ビーム・マグナムの銃身下部に追加装着された、回転式弾倉を模した多目的ランチャーである。初代ガンダムのスーパーナパームを強化したイメージで設定された。
円筒状の発射機に4つのウェポンベイを備え、その内部に下記のカートリッジユニットを装填できる。ランチャーはビーム・マグナムのバレル下部にフレームを介してマウントされ、腰部リア・アーマーに予備のランチャーを装備することも可能（ビーム・マグナム用Eパックと選択式）。
さまざまな戦況に対応可能な補助兵装だが、使用するカートリッジごとに切り替える操作が必要であり、その隙につけこまれるケースも。劇中ではクシャトリヤ・リペアードとの近接戦において、敵機の目前でカートリッジ切り替えを行ってしまったために弾き飛ばされている。
瞬光式徹甲榴弾 （MGaAP）
着弾後、一拍おいてから閃光を放って爆発する、小型弾頭を発射する。ジェガンD型のシールドを粉砕したが、ハルユニットにドッキングしたシナンジュには効果が見られず終わる。
ボップ・ミサイル
4基ひと組みとなったミサイルを発射。発射後、弾体は分裂して標的に向かう。
ビーム・ジュッテ
砲口から小型のビーム・サーベルを露出させる。攻撃用ではなく、防御や受け流しが目的の兵装だが、ハイパー・ビーム・ジャベリンのビーム刃を受け止めている。
マイクロハイド・ボンブ
小型機雷。
ビーム・サーベル／ビーム・トンファー
ユニコーンガンダム（1号機）と共通の兵装で、左右の前腕部に1基ずつ、バックパックに2基の計4基が装備されている。バックパックのビーム・サーベルはアームド・アーマーXCの基部にマウントされる構造。
ユニコーンガンダムのシールドのIフィールドを突き破るほどの威力はない。
シールド
1号機と同型の、Iフィールド・ジェネレーターとサイコフレームを搭載したシールド。本機は当初アームド・アーマーDEを増設した上で装備しているが、クシャトリア・リペアード戦でDEが破壊される。最終的にはネオ・ジオング戦において、ビーム・マグナム用Eパックの爆発に巻き込まれて失われる。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
メカニカルデザインは引き続きカトキが担当。1号機が白、2号機が黒というミニマルな選択だったので、3号機は思い切ってエキセントリックな方向に振ろうと金色に決めた（のではなかったかと思う）とのこと。金色から不死鳥をモチーフとし、アンテナは閉じた状態では鶏冠に、広げると翼に見えるようデザインしたという。
劇場アニメ『機動戦士ガンダムNT』では、プロデューサーの小形尚弘はカトキに本機のデザインのリニューアルを依頼したが、「鳳凰といえば尾だけど、それがなかったよね」というカトキの提案があり、「尾」を付けただけに留まっている（詳細はフェネクス（ナラティブVer.）を参照）。
なお、デストロイモードへの“変身”におけるバックパック側ビーム・サーベルの展開には、背部アームド・アーマーDE（の接続フレーム）が邪魔になるため、マスターグレード等のプラモデルではいったんこれらを取り外してから背部サーベルを展開→フレームとDEを付け直す方式となっている。このためアニメ設定においても「接続アームが表面を塞いでいるため、変身時にビーム・サーベルがどのように展開されるかは不明」とされている
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
『機動戦士ガンダムUC』本編には登場しない機体であり、ガンダムフロント東京限定イベント上映作品『機動戦士ガンダムUC One of Seventy Two』が初出。通称となる「フェネクス」とは、「ソロモン72柱の悪魔」の一角を担う邪悪な不死鳥の名称であり、作品のサブタイトル「One of Seventy Two」の由来にもなっている。「不死鳥」をモチーフとした頭部アンテナの形状や黄金のカラーリングは、ユニコーンやバンシィと同様に「貴婦人と一角獣」に描かれた動物からコンセプトを得ており、その絵に描かれた鳥をイメージしている。背部にアームド・アーマーDEを2基標準装備していのも特徴である。
宇宙世紀0095年、試験用に先行納入されたフル・サイコフレームの素体を元に、ユニコーンガンダム1号機と2号機の建造データを反映させて連邦軍が独自に組み上げたユニコーンガンダム3号機。その出自にはUC計画にビスト財団が関わることを良しとしないとある地球連邦軍参謀の思惑が深く作用している。建造に関わった参謀Aは「これこそ真のRX-0だ」と自負するなどかなりの自信を抱いていたが、準備稿のシナリオでアナハイム社のマーサ・ビスト・カーバインから「軍の沽券かなにか知らないけど、つまらない意地で勝手に3号機を造った人に言えることかしら。」と皮肉を言われる。なお決定稿でこのマーサの台詞はカットされている。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
関節部や踵などの部位を除き、その人型はほぼ金一色で、鏡のように宇宙の星々を映す磨き抜かれた黄金の色をしている。フェネクスと会敵したシェザール隊隊長イアゴ・ハーカナ（不死鳥狩り版）曰く「全身の金色の装甲塗装は意外とステルス効果が高い」。全身の金色の装甲塗装は耐ビーム・コーティングのためのエマルジョン塗装だが、そちらの方は気休め程度の性能しかないとされる。コクピット内は耐G機能を強化した特性のリニア・シートとオールビュー・モニターが設置されており、コックピットの造りは標準的な連邦軍機のものと大差ない。
サイコフレームの発光色は青で、覚醒状態は他の機体と同様に緑。暴走状態ではツイン・アイの発光色が黄色から赤色に、サイコフレームの発光色は青色からオレンジ色に変化するとも言われる。また当初は、サイコフレームの発光色を黄色に想定し、装甲色を白と黒を基調とするνガンダムを彷彿させるカラーリングを予定されるが、耐ビーム・コーティング塗装を試作することになり、廃案となっている。フェネクスはRX-0の特徴であるNT-Dを発動させると、本体装甲と背面部のアームド・アーマーDE2基を同時に展開する。広げた両翼を想起させる人形のシルエットは、青いサイコフレームの輝きと共に、自身が不死鳥モチーフのガンダムであることを完全に表す。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
映像作品『機動戦士ガンダムUC One of Seventy Two』
宇宙世紀0095年12月3日にマーサの立ち会いのもと、バンシィとの合同評価試験を実施。「袖付き」のNT専用MSリバウとの交戦中、NT-Dを発動させたバンシィの優位に焦る連邦軍ラーソン中将の指示により、NT-Dのリミッターを解除される。その後、バンシィとのサイコフレームの共鳴によって暴走し、標的をリバウからバンシィへ変更して撤退させた後も暴走は治まらず、最後にはラーソン中将の座乗するアイリッシュ級戦艦「エシャロット」のブリッジを破壊し、多くの死者を出す。その後、本機は行方不明となる。
漫画『機動戦士ガンダム U.C.0096 ラスト・サン』
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
宇宙世紀0096年1月、サイド7宙域での輸送艦「アンヴァル」およびアイリッシュ級「オアシス」と、ジオン軍残党のムサイ級「メイルメル」との戦闘終了直後に突如出現。子供たちの乗るスペース・ランチに発砲し1隻撃墜、他のランチや、サン・プレースを救出したズオムをも狙う（EWACジェガンを通して観戦するロック・ホーカー大佐は、その中にニュータイプの子供たちが存在していると確信する）。ガンダムGファーストとの近接戦闘中、装甲を解放しデストロイ・アンチェインド状態になるが、GFタンクとの合体によるGファーストDXのパワーの前に機能を停止。本機はロック麾下の新生フレスベルク隊によって回収される。月の裏側にあるナイトロ研究施設でコックピットを強制解除するが、内部は無人であった。
その後アームド・アーマーXCを装備（前日譚に当たる『機動戦士ガンダム U.C.0094 アクロス・ザ・スカイ』のエピローグでも同様のエピソードが描かれている）。なお、この時期にユニコーンガンダム1号機の初の実戦参加が報告されている。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
「袖付き」・連邦軍の混成部隊との決戦の際には、ナイトロ隊の1機として出撃。ザナドゥによって拉致されナイトロに精神を侵されたGファーストのパイロット、ジョリオン・デイ中尉が搭乗。ジョリオンに替わってガンズ・ランがパイロットを務めるGファーストDXと交戦し、リバウがアームド・アーマーXCを破壊することにより機能を停止する。ジョリオンがコックピットから救出されると、本機は無人のまま飛び去っている（イング・リュードの残留思念体の発言によれば「俺みたいな先客がいた」とのこと）。
短編小説「機動戦士ガンダムUC 不死鳥狩り」
本作はあくまで小説版『機動戦士ガンダムUC』の設定に沿った外伝小説であるが（小説版本編にネオ・ジオングは登場しない）、のちの劇場アニメ『機動戦士ガンダムNT』は本作をモチーフとしている。
宇宙世紀0096年の「ダカール事件」が起こって1週間ほどのち、連邦軍の特務部隊「シェザール隊」が行方不明となっている本機を捜索・捕獲する作戦を開始。3日目に本機と遭遇するも翻弄され、見失う。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
『One of Seventy Two』で描かれた評価試験の際に本機に搭乗していたのはリタ・ベルナル（「不死鳥狩り」版）であることが本作で明らかになるが、暴走により肉体を失っており、本機を代わりの「容れ物」として約半年もの間宇宙を漂う。リタは、幼馴染でありシェザール隊に所属するヨナ・バシュタ（「不死鳥狩り」版）中尉を導き、本機の力を用いてフル・フロンタルの手に渡る前に「今の人の世界に存在してはならないもの」であるネオ・ジオングを破壊しようとする。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
L1ジャンクション跡でシェザール隊はふたたび本機と遭遇するが、本機はヨナのスタークジェガンを曳航する形で、近くでネオ・ジオングを輸送する「袖付き」のムサカ級巡洋艦のもとへ連れて行く。ヨナ機はムサカ級の撃沈に成功するが、ヤクト・ドーガをコア・ユニットとしてネオ・ジオングが起動。交戦の末、ヨナは乗機が大破する直前に本機に乗り移り、本機はデストロイモードに変身。ネオ・ジオングのサイコ・シャードの「効果」によって武装のすべて（アームド・アーマーDE、ビーム・サーベル、頭部バルカン砲）を破壊されるも、本機の右手でヤクト・ドーガの胸部に触れるとサイコ・シャードは砕け散り、本機の背後に100メートルを超える巨大な「翼」を形成。その翼がネオ・ジオングを抱くように閉じ合わされると、同機は細かなパーツに分解され、翼がまばゆく輝くと同時にそれらは蒸散される。その後、本機はヨナを残して姿をくらまし、ヨナはシェザール隊の同僚たちに救助される。
劇場アニメ『機動戦士ガンダムNT』のために、設定とデザインを再編集されたフェネクス。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
これまでのデザインと異なり、2基のアームド・アーマーDEの下部に鳳凰の尾をイメージしたテール状の姿勢制御用スタビライザーが追加されている。また、スタビライザーとのバランスを取る形でアームド・アーマーDEの取り付け位置も上寄りに変更された。上記『One of Seventy Two』で描かれた「エシャロット事件」の『NT』劇中での記録映像でもスタビライザーは装備した状態で描かれており、本機が行方不明になる以前からもともと装備されていた設定となった。しかし、重量の数値は従来設定のままとなっている。
パイロットがリタ・ベルナルであった事、最終決戦で主人公ヨナ・バシュタが一時的に搭乗するのは『NT』のモチーフに当たる短編小説「不死鳥狩り」と同様。リタは感応波により、サイコフレームを介して魂をフェネクスと一体化させている。その有り様は、ヨナ・バシュタ曰く「意識みたいなものは残っているが、命ではない」、ゾルタン・アッカネンには「生きた人間を媒介にしなければ何も出来ない、抜け殻、影のようなもの」と表現された。
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
ユニコーンモード時にもサイコフレームの燐光が装甲の隙間から常に漏れているという表現も、ナラティブver.の特徴である。劇中では、青い燐光を揺らめかせながら、推進剤を使わずサイコフレームの力によって変幻自在の機動を見せる。フェネクスの機動性はまさに常識外れで、クラップ級宇宙巡洋艦ダマスカスのレーダー手が「光の速さ……」と驚嘆するほどの高速を見せている。このため劇中では、ナラティブガンダムA装備のみがフェネクスに迫る機動性を有し、再加速をかけたフェネクスに対して追随を可能としていたレベルであった。そして、本機が新サイド6のヘリウム3貯蔵施設において、臨界爆発を事前に収めた現象はユニコーンガンダム（光の結晶体）にも匹敵するものだったとされる。
これらの「能力」について脚本の福井は、フェネクス（ナラティブver.）は天界から力を得て動いており、それはいまの世には行きすぎた力。オーパーツであると述べている。リタの意思によって動いている際は基本的にユニコーンモードで動作し、フェミニンで軽やかな仕草や動きで演出されており、前述のテール状のスタビライザーもリタの髪をイメージにだぶらせるような動きがつけられている。過去のエシャロット事件の場面、およびヨナが搭乗する場面でのみデストロイドモードとなるが、両者の場面ではツインアイの色が異なる演出となっている。
サイコ・フィールド（人工物の分解）
ユニコーンガンダム 3号機 フェネクス
フェネクス（ナラティブver.）の掌から放たれるサイコ・ウェーブ（感応波）がサイコフレームを媒介として生み出される力場。
ラプラス事変を経て「シンギュラリティ・ワン」と呼ばれるようになったRX-0シリーズの特性を具現化しており、人工物を分解する効果がある。劇中ではナラティブガンダム A装備の複合特殊兵装「サイコ・キャプチャー」（側面被弾時）、ナラティブガンダム B装備のインコム、そしてIIネオ・ジオングのアームユニット2基をこの能力で分解している。
不可思議な効果を発するが、上記のサイコ・キャプチャー（キャプチャー・フィールド）により相殺される場面もみられる。
宇宙世紀0095年、性能評価トライアルとして地球連邦軍とAE社との間で模擬戦闘訓練を実施したとされており、この戦闘でフェネクスはNT-Dを発動して制御不可能な暴走状態へ突入。試験評価員が乗ったアイリッシュ級戦艦「エシャロット」のブリッジに攻撃を加え撃沈。戦闘空域から離脱し、パイロットであるリタも含めて機体は行方不明となる。その後、ラプラス事変時を含めて幾度か目撃されるものの、鹵獲には至らず時が過ぎる。
宇宙世紀0097年、新サイド4近傍の暗礁宙域にて、地球連邦軍のシェザール隊によって捕獲作戦が行われる中、ルオ商会によって投入されたナラティブガンダム A装備と交戦状態に入る。フェネクスのパイロットがリタであることを知っているナラティブのパイロットのヨナは、攻撃を一時中止してワイヤーによる接触通信で呼びかけを試みるが応答はなく、そのままナラティブガンダムを振り切って宙域を逃走する。
その後、新サイド6の学園都市コロニーメーティスにおいて、袖付きのゾルタン・アッカネン大尉が操るシナンジュ・スタインとナラティブガンダム B装備のサイコフレームの共鳴に惹かれ現れる。スタインを攻撃しナラティブを助けるが、その場でナラティブのNT-Dが発動したことで同機から攻撃を受け、無線インコムによるサイコ・キャプチャーによって、完全に機能停止へと追い込まれる。だが、暴走してIIネオ・ジオングをサイコミュ・ジャックしたヨナを救うためフェネクスは再起動し、ヨナを静めた後にコロニーから飛び去っていく。
そしてゾルタンがIIネオ・ジオングを伴って新サイド6のヘリウム3備蓄基地に現れると、これを阻止するためにフェネクスも姿を現す。戦場に駆けつけた ゼネラル・レビル残存部隊のジェガンと共闘するものの苦戦し、最終的には捕獲されてしまう。そこへ更なる援軍としてナラティブガンダム C装備、シェザール隊、そしてミシェル・ルオが現れたことで徐々に形勢を覆し、ヨナはナラティブからフェネクスへ乗り換える。フェネクスのコックピットにはリタの姿はなかったが、彼女の意思を感じ取ったヨナはIIネオ・ジオングとの対決を決意。その想いにリタとミシェルの意思が呼応し、フェネクスのサイコフレームがオーバーロード状態となる。デストロイモードに“変身”したフェネクスは圧倒的な力でIIネオ・ジオングを滅し、ついに戦いに終止符を打つ。
だが、ゾルタンの今際の際の怨念はシナンジュ・スタインから溢れ出して周囲のヘリウム3貯蔵タンクをすべて爆破し、その余波でスペースコロニー3基を破壊しようとする。破壊されたコロニーの破片が落着すれば地球に壊滅的被害がおよぶことを悟ったリタは、フェネクスから巨大な翼状のサイコ・フィールドを出現させて周辺宙域を包み込み、ヘリウム3を基底状態へと戻して地球圏に平穏を取り戻す。
目的を果たしたフェネクスはヨナを降ろし、幼い頃のリタの「生まれ変わったら鳥になりたい」という願いを叶えるかのように、最後は銀河の中心へと旅立っている。
ユニコーンガンダム アームド・アーマー
RX-0シリーズ用の増加装備。サイコフレーム同士の共鳴性に着目した技術者によって試験的に開発された増加サイコフレーム兵装で、ユニコーンモードでもすべての機能が使用可能とされる。いずれも、装備する機体に合わせて塗装され、サイコフレームも機体と同じ色に発光する。
原作小説版には登場しない装備であり（追補小説には登場）、アニメ版『UC』の設定創作を担当した関西リョウジによれば、ストーリー後半で昔のMSだけでなく映像オリジナルのMSでのインパクトが必要と考え、単純に新規武装で終わらない、RX-0専用に作られた継続性のある装備としてアームド・アーマーが設定されたという。さらに、バンシィがアームド・アーマーをエピソードごとに各部位に装着し、最終的にそれらすべてを1号機が装着するという「パーフェクト・ユニコーンガンダム」ともいうべき計画もあったが、アニメでは実現しなかった（のちにゲームでフルアーマー・ユニコーンガンダム・プランBとして結実）。脚部に装備するパーツは登場していないが、ある程度の方向性は模索されていたとのこと。
ハイパー・ビーム・ジャベリン / アームド・アーマーHJ
ユニコーンガンダム アームド・アーマー
プラモデル『マスターグレード フルアーマーユニコーンガンダム Ver.ka』に付属したのが初出。福井からのイメージ（『機動戦士ガンダム』放送当時、クローバーが発売した玩具『ガンダム DX合体セット』に付属した武器の「ソードジャベリン」をもとにしている）を受けてカトキがデザインした。「アームド・アーマーHJ」の名称はユニコーンガンダムPFDの設定で付けられ、"HJ" は "Hyperbeam-Javelin" の略である。
アームド・アーマー・シリーズのプロトタイプ。斧と槍の機能を合わせたハルバードに類する武装であり、MSの頭頂高ほどある長い柄をもつが、柄から伸びるグリップを握る形となっている。先端にはジャベリン型とアックス型の2種のビーム刃を発生させるビーム発振部をそれぞれ備え、これらにはサイコフレームが内蔵されており、展開時にはスライドして一部露出する。柄を折り畳むことで収納形態になるが、2つ折りのショート・ジャベリン形態でシールドに取り付けることも可能。ジャベリン型のビーム発振部は取り外して柄尻部分へ移動させたり、ビーム・マグナムへの取り付けも可能。
ユニコーンガンダム アームド・アーマー
アニメ版でネェル・アーガマに保管されていた1基（ビーム発振部は1号機に合わせた白でサイコフレームは赤、柄はグレー）が柄を切り詰め、クシャトリヤ・リペアードの失われた左前腕部の替わりに接合されて戦場に投入される。宇宙世紀0096年代では最高ランクの近接格闘武装とされるが、劇中ではバンシィ・ノルンのビーム・ジュッテにビーム刃を受け止められている。さらに、その後の戦闘において、右腕のひと振りで柄を叩き折られてしまう。
小説版には登場しない。また、アニメ版本編で1号機は装備しないが、テレビ版『Re:0096』のオープニング映像ではフルアーマー・ユニコーンガンダムが装備する姿が描かれた。漫画版『バンデシネ』では、バンシィ・ノルンが装備しており、第14巻表紙によれば柄の部分も含め機体色に合わせた黒で塗装されている。
アームド・アーマーBS
バンシィ（アニメ版）が右腕に装備する射撃武装。"BS" は "Beam-Smartgun"（ビーム・スマートガン）の略。カトキの「もっと凶暴なキャラクター性を出したい」との提案から、Vダッシュガンダムのビーム・スマートガンやνガンダムのフィン・ファンネルを参考にしている。
ユニコーンガンダム アームド・アーマー
通常は前腕部甲に2つに折り畳まれており、この状態でも内蔵されているセンサー・ユニットからサイコミュで随時データをパイロットに伝達することでセンサー能力が大きく向上する。射撃時には手を覆うように展開し、センサー・ユニットから得られた空間データを伝達し、その感応波をインテンション・オートマチック・システムを介してフィン状のビーム偏光器と連動させることで高精度の「予測照準」を可能とする。νガンダムのフィン・ファンネルと同じ開放式バレルを採用しており、ビーム・マグナムより威力は低いが、必要十分以上の性能をもち、照射時間も長い。また、ビームを歪曲しての射出も可能。射撃時にはマニピュレーターに被せるかたちで砲身を展開するため、他の携行兵装との併用は不可能となっている。
アームド・アーマーVN
バンシィ（アニメ版）が左腕に、バンシィ（U.C.0095ver.）が右腕に装備する近接格闘用武装。"VN" は "Vibro-Nail"（ヴァイブロ・ネイル）の略。