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ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
1961年1月20日、第35代アメリカ合衆国大統領に就任した。このときジョン・F・ケネディは43歳8か月で、合衆国史上もっとも若くして選ばれた大統領であった。20世紀生まれ最初の大統領であり、初めてのカトリック教徒の大統領であった。当日のワシントンは冷え込んで雪が積もっていたが天気は晴れていた。
アール・ウォーレン最高裁長官 の立会いで就任宣誓式に臨み、「私、ジョン・F・ケネディは合衆国大統領の職務を忠実に遂行し全力を尽くして合衆国憲法を守り擁護することを厳粛に誓う」と宣誓した。
そして大統領就任演説において、冷戦で東西対立が厳しい時代に自由を守る決意を明らかにした。さらに「人類の共通の敵」である暴政、差別、貧困、疾病そして戦争との戦いにともに参加するように世界の国々に訴えた。就任演説はその多くが「自由」の価値と、自由を守り発展させるために人々がなすべき行動をアメリカ国民および世界の人々に問うものであった。
・・・我々は今この時、この場所から敵と味方の区別なく世界に伝えよう、たいまつの炎は今やアメリカの新しい世代に引き継がれたと。・・・我々に好意を持っている国も悪意を持っている国を問わず、あらゆる国に対して自由を守り、成就するために、如何なる代償も払い、如何なる重荷を背負い、如何なる苦難にも立ち向かい、如何なる友邦をも支援し、如何なる敵にも対抗することを知らせよう。・・・
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
またそれが困難さを伴うことも明確にした上で次のように呼びかけた。
・・・これらは全て100日で達成されるものではない。1000日かかっても、この政権の任期中にも、或いは我々が生きている間にも達成できないかも知れない。しかし始めようではないか。・・・
日本では演説の最後に語られた次の一句がよく引用されている。
・・・我が同胞アメリカ国民よ、国が諸君のために何が出来るかを問うのではなく、諸君が国のために何が出来るかを問うてほしい。・・・世界の友人たちよ。アメリカが諸君のために何を為すかを問うのではなく、人類の自由のためにともに何が出来るかを問うてほしい。・・・最後に、アメリカ国民、そして世界の市民よ、私達が諸君に求めることと同じだけの高い水準の強さと犠牲を私達に求めて欲しい。・・・
しかしこの日に、友人のシナトラのプロデュースでワシントンD.Cで行われた大統領就任パーティーに、黒人と白人の異人種間の結婚を差別していたケネディは、シナトラの友人であったサミー・デイヴィスJr.夫妻の出席を拒否した。シナトラは渋々これ承諾せざるを得なかった。
ケネディは、民主党大統領候補指名の受諾演説で提唱した「ニューフロンティア精神」に基づき、その国内政策を「ニューフロンティア政策」と総称した。この政策には7つの項目があり、以下のように名づけた。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
ケネディは、この7つの項目を政策として具体化したものを66にのぼる特別教書をもって議会に送り、立法措置を勧告した。景気回復と経済成長、国際収支と金の情勢、老齢健康保険、教育、天然資源、平和部隊、国防予算、税制改革、月探検計画、後進国援助に関するものであった。それは公立学校や教員給与の補助のため教育への連邦政府支出拡大、住宅施策の促進、高齢者医療の拡充、都市の再建、そして黒人や少数民族の地位向上や公民権法の制定などの野心的な公約であり、独立以来続いていた人種差別法案の撤廃も含まれた。そして1年目には不況対策、最低賃金引き上げ、平和部隊創設および軍縮協の創設、2年目には通商拡大法を成立させ、また人種差別についての取り組みはケネディの業績として高く評価されている。
しかし概して議会との調整はうまくいかず、連邦政府の権限拡大や選挙に直結するものについて連邦議会は否定的であった。ことにニューフロンティア政策の社会・経済立法計画は南部民主党と共和党保守派のいわゆる「保守連合」勢力の前に阻まれて難航し、公民権法も彼の在任中は議会を通過しなかった。これに加え、在任中の人気が高かったわりには実際に大統領の進歩的計画に対する支持が少ないことや、当時の与党民主党の院内指導部が弱体であったことなどの要因がその背景にあったとされている。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
しかし、ケネディ暗殺後に昇格したジョンソン大統領の時代に入ると、院内総務を歴任して議会との駆け引きを得意とした生粋の議会政治家であったジョンソンが1964-65年度会期中に公民権法や老齢健康保険法、住宅都市局の設置などを議会との折衝で次々と可決させた。
ソ連に遅れをとり劣勢であった宇宙開発競争では、初の有人飛行でガガーリンが地球を一周に成功した直後に挽回のための施策として1960年代の終わりまでに月に人類を送る計画を発表し、それは彼の死後もアメリカの大きな夢として推進され、1969年に実現した。
ケネディはアイゼンハワー政権末期から始まった不況への対策として、失業手当の13週間延長・失業者の子供への補助金・早期退職を奨励するための年金増額・最低賃金の向上・スラム再開発のための政府融資などの法案を通過させると共に各省庁の物資調達や公共投資の前倒しを行い、経済回復へと向かわせようとした。
経済政策では共和党の伝統的な財政均衡策を理解しつつもケインズに近い考え方を持っていた。経済諮問委員会委員長にケインズ主義者であったミネソタ大学のヘラー教授を指名し、積極的な財政・金融政策、とくに大幅減税による経済成長と完全雇用を目指した。
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しかし、就任当初に景気が上向きになったため経済に急進的な介入を行う必要がなくなった。失業率は依然として6%以上と高く、1962年3月にはニューヨーク株式市場が暴落するなど問題が生じている。ケネディはこの時点で企業と高所得者に対する減税政策を打ち出したが、議会で民主党から反対にあい挫折した。
またアメリカ主導の国際経済・金融体制を維持するために本格的なドル防衛策をとった。1960年代にはすでにアメリカは膨大な対外援助と海外での軍事支出、EEC（ヨーロッパ経済共同体） や日本の経済的台頭により1950年代後半から国際収支の赤字と金の流出に見舞われていた。貿易収支も1959年には10億ドルの黒字に減り、黒字額はその後好転したが、金保有額は1961年に169億ドルまで低下した。
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1962年1月にフランクリン・ルーズベルト時代以来の「互恵通商協定」に代わり、関税の大幅な一括引き下げの権限を大統領に与えることを骨子とする通商拡大法を提案し議会で成立した。この法律の大きな目的は、貿易の拡大を通じたアメリカの貿易収支の改善と、1950年代から悪化した国際収支の好転であった。そのために関係各国との関税引き下げ交渉をスタートさせた。いわゆるケネディ・ラウンドと呼ばれる大幅な関税一括引き下げ交渉である。これはEEC（ヨーロッパ経済共同体）の発展とそれにともなう世界貿易構造の変化に対処し、EECとの間の関税を引き下げ、貿易自由化を進めることが必要となったものである。
またこの時2国間での通商に関する摩擦を起こす諸問題を調整する、その外国との間の調整の窓口としてアメリカ合衆国通商代表部を創設した。トップの通商代表は1970年代から1980年代に入るとアメリカを代表して通商外交と称されるほど絶大な権限を持ち、大統領に直属する閣僚級ポストとなった。さらに翌1963年、ケネディは国際収支の赤字是正のために外国企業のアメリカでの起債に課税する利子平衡税を導入し、さらに西欧や日本など同盟諸国に相応の負担を要請して対外軍事支出の軽減を図った。
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1963年に再び所得税減税を含んだ税制改革を提案したが、またもや議会で反対で改革案は宙に浮いた状態となった。東西対立が厳しい状況の冷戦下においてアイゼンハワー大統領の時代よりも170億ドルも増加した軍事費 や、ソ連に対抗して月に人類を飛ばす壮大なアポロ計画などへ対する支出の増加に対する明確な財源の確保が増税による税収増を狙うことしか施策を持ち合わせていなかったため、予算法案の多くが、ケネディの死後の1964年まで議会を通過することはなかった。この当時は会計年度が7月1日から翌年6月30日までで、1963年7月1日より1964年度の財政が始まっていたが、重要な13の予算法案のうち9つの法案が議会を通過せず、議会の議事妨害（フィリバスター）によってケネディ政権の国内政策は行き詰まっていた。
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ケネディの経済政策で特筆されるのが鉄鋼産業との対決であった。第二次世界大戦後から1960年にかけて、鉄鋼産業の労使交渉ではストライキ、大幅な賃上げ、鉄の価格引き上げというパターンが続いていたが、アメリカの輸出品目で農産物と並んで大きなシェアを占めるのは重機械、飛行機、自動車など鉄を主体としたもので、鉄の値段が上がることは輸出の国際競争力に影響し、この時代から国際収支が赤字になっている現状からしてどうしてもケネデイ政権にとって避けたい事態であった。そこでインフレーションを懸念したケネディは鉄鋼業界の経営陣と労組の幹部をホワイトハウスに招き、労組の幹部に「責任ある」要求をするよう説得、労組側もこれを受け、経営陣が鉄価格の値上げなしに飲み込めるだけの賃上げ率に抑えた。しかし1962年4月10日、USスチール会長のロジャー・ブローは大統領を訪ねて従来通り3.5パーセントの値上げを通告し、それに合わせるように他の大手鉄鋼各社も続々と値上げを発表した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
そのためケネディはこれを非難する演説を行い、司法省はこのような鉄鋼産業の値上げが独占禁止法違反に抵触するかどうかの調査を始め、国防総省は値上げに加わらなかった鉄鋼会社の材料を使ったメーカーのものを調達することを決定した。このような政府の動きを受けて、4月13日にはUSスチールをはじめ鉄鋼各社は値上げを撤回した。値上げを発表してからわずか72時間後であった。ケネディは「賃金や商品価格の設定は自由に行われるべきであるが、経済人には公共の利益に対する責任がある」と演説の中で訴えた。しかし『ウォール・ストリート・ジャーナル』は政府が経済に介入するこのような事態に対して「政府の力による抑圧」であると批判した。一方国民世論は歓迎し、保守的な『シカゴ・トリビューン』紙でさえ、大統領の決断を讃えている。またケネディと経済界との折り合いは良くなく、お互いに敵意を剥き出しにすることもあり、「ウォール街を敵にまわした」と見なされるようになった。
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また、国内企業で海外にある子会社の留保所得として課税を繰延べたり、あるいは子会社を税を免除および著しく軽減される租税回避地（タックス・ヘイヴン）に置いたりして、租税負担の回避を図る動きに対して、ケネディは税負担の公平を損なうことと国内への投資が影響を受けることを憂慮して、このような国内納税者が支配する外国法人の租税回避の動きを阻止するために、1961年に海外での留保所得の課税の繰延べを排除することを提案 した。議会での審議では、外国での子会社の留保所得まで課税することはアメリカの国際競争力に影響するとして反対が多く、その部分を除き、ケネディの最初の提案からすれば後退したがタックス・ヘイヴン対策税制に限定したことによって、1962年に議会との妥協でサブパート・エフ条項という形で実現した。
ケネディはまた1963年6月4日にフランクリン・ルーズベルト以来となる政府紙幣の発行も行っている。政府紙幣#アメリカ合衆国も参照の事。
ケネディは、アメリカが宇宙開発競争の先頭に立つことを熱望した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
1957年、ソ連はアメリカに先駆けて世界で最初の人工衛星スプートニクを打ち上げて地球の周回飛行に成功、アメリカ国民に「スプートニクショック」と呼ばれる衝撃を与えた。アイゼンハワー大統領は、翌1958年にそれまでの軍部によるロケット打ち上げを宇宙開発の名のもとに軍部と分離させ、NASA（アメリカ航空宇宙局）を設立した。そして、人間を宇宙空間に送り無事帰還させることを目標に「マーキュリー計画」を実行していた。しかしその後、1961年にソ連はガガーリン大佐を乗せてボストーク1号を打ち上げ初めて有人飛行で地球一周を成し遂げ、この時点ではアメリカはシェパード中佐やグリソム大尉を宇宙に送ったが、それは周回飛行ではなく大気圏外に15分程度滞在する程度の弾道飛行で宇宙開発については完全にアメリカはソ連に差をつけられた。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
「アメリカが宇宙開発競争で後れをとることはできない」と発言していたケネディは、1961年5月25日の上下両院合同会議の席で「10年以内にアメリカは人間を月に送り、無事帰還させる」と述べて、この壮大な計画（アポロ計画）を実行に移すために400億ドルと見積もられた巨額の予算の承認を議会に求めた。先に月に到達すれば、ソ連に宇宙開発で勝利し、アメリカ国民の自尊心と士気を高め国内経済を活性化させるとケネディは信じていた。この演説直後のギャラップの世論調査では、58%の国民が宇宙開発に反対であった。しかし宇宙開発に投じる費用は仕事を生み、雇用を生み、地域の発展にもつながる。ケネディはライス大学における演説で「なぜ月へ10年で行くのか。それがやさしいからでなく、難しいからだ。この目標が我々から最高の活力と技術を引き出すからだ」と語った。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
1962年2月20日、それまでに天候不順で2か月も順延されたジョン・ハーシェル・グレン中佐の乗った「フレンドシップ7」がアメリカとしては初の地球周回飛行で地球を3周し、4時間56分で帰還した。初めて宇宙を飛んだグレン中佐を招きホワイトハウス南庭で開かれた表彰式で、勲章を授与する直前にケネディ大統領が誤って勲章を足元に落とし、そのときに「宇宙から帰ってきたグレンに地上から上がった勲章を」とケネディが持ち前のウイットで参列者を笑いに包んだ場面は、その後長く記憶されている。そしてカーペンター、シラーを経て1963年5月にゴードン・クーパーが22周34時間20分の宇宙滞在を記録した。
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宇宙開発がほかの科学技術の発展に継がれ、また軍事的技術の発展を促すことを押さえたうえで、この計画の推進によって大きな利益を得ることになる大手軍事産業のロビー活動の後押しもあり、これを無事に通過させることに成功した。ケネディによって推進された宇宙開発は「マーキュリー計画」でまず地球を周回する軌道に乗せたあと、ケネディの死後、ジョンソン政権下で1965年から「ジェミニ計画」を開始。二人乗りの宇宙船ジェミニ号で長期間の地球周回飛行とドッキングやランデブー、そして船外活動を経験し、挫折しつつも、1968年から「アポロ計画」で宇宙船アポロ号で地球の引力圏を離れて月を目指した。そしてニクソン政権に引き継がれ、1969年にアポロ11号はついに月面に人類を送り届けることに成功した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
アポロ計画をはじめとする宇宙開発競争には、宇宙空間における探検や冒険、研究といった側面のほかに、冷戦下においてソ連との間で宇宙空間の軍事的覇権を争う側面や大手軍事企業へ利益を与える側面もあった。ケネディが議会を通過させたアポロ計画をはじめとする宇宙開発競争が、ジョンソン政権下で拡大したベトナムへの軍事介入の拡大とあわせて進んだ結果、マクドネル・ダグラスやノースロップ、ロッキードなどの軍産複合体の中心的存在である大手軍事産業は大きな利益を得た。しかし、同時にアポロ計画の莫大な開発費と、拡大するベトナム戦争による戦費支出の増加は、国家予算を圧迫して公共事業などへの投資の縮小をもたらし、また月へ到達したころからアポロ計画の縮小で不況を後押しすることとなった。
ケネディは、「我々は、閣僚に黒人を入れることを考えている」と明言したニクソン陣営とは違い、ケネディは自らの閣僚のメンバーに黒人が入閣することは一度もなかった。
またケネディは言論こそ巧みだが、閣僚のメンバーに黒人が入閣することがないばかりか、自分の結婚式で黒人と白人の夫婦の出席を拒否したこと、さらに友人のシナトラのプロデュースでワシントンD.Cで行われた大統領就任パーティーに、黒人と白人の異人種間の結婚を差別していたケネディは、シナトラの友人であったサミー・デイヴィスJr.夫妻の出席を拒否し。このことが大きな批判を浴びた。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
批判をかわすため、黒人の選挙権に対する2つの南部の悪習「ポール・タックス」（投票するために支払う税金）と「リテラシー・テスト」（黒人を選挙から締め出すことを目的としたテスト）を撤廃させるため、ポール・タックスを廃止する法案を通過させ、この法案は合衆国憲法修正第24条となったが、リテラシー・テストを廃止する法案は上院を通過できなかった。また大統領権限でできることとして、アフリカ系アメリカ人を積極的に連邦政府の幹部に任命した。その結果司法省では黒人の連邦検事は10人から70人に増え、また連邦判事もゼロから5人に増えた。また、企業や労働組合に対しても黒人を積極的に雇うよう働きかけた。連邦政府の補助金を受けている病院や図書館での差別は大統領府令によって禁止し、連邦雇用局に対しては白人だけを雇う企業の求人を拒否するよう命じた。
連邦最高裁は、1954年に公立学校の中での人種の分別を違憲とする判決（ブラウン判決）を下していたが、南部の州には、依然としてこの決定に従わない学校が多くあった。1962年、ジェームズ・メレディスという黒人学生がミシシッピ州立大学に入学しようとして拒否される事件が起き、ケネディは軍隊を動員して人種差別主義者の暴動を鎮圧した（メレディス事件）。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
この事件後、黒人学生を認めなかったほかの南部諸州も黒人学生を受け入れはじめたが、アラバマ州知事のジョージ・ウォレスだけは違った。ケネディは司法省幹部によるバーミングハムの地域リーダーの説得を続け、大学側に黒人学生の入学を認めさせた。1963年6月11日、2人の黒人学生ジェームズ・フッドとヴィヴィアン・マローンが司法次官ニコラス・カッツェンバックに付き添われてアラバマ州立大学の門前に到着した。司法長官ロバート・ケネディはウォレスに対して電話で妨害しないよう説得したが、ウォレスはこれを拒否し、州兵で大学の周囲を固めて自ら大学の門に立ちはだかった。ケネディは州兵を連邦軍に編入・指揮下に置くとともに大学周辺を関係者以外立ち入り禁止にし、バーミングハム郊外に連邦軍を集結させた。カッツェンバックが大統領布告を読み上げ、州兵の司令官が連邦政府の任務遂行を妨害するなら逮捕すると宣告し、ウォレスはようやく引き下がった。これにより全米50州の中で黒人学生を締め出す州はなくなった。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
ケネディは同日夕方、翌年に控えた中間選挙に勝つために黒人票を獲得すべく、公民権運動を助けるためにより強い処置を講ずる時期がきたと決断し、議会へ新しい公民権法案を提案、テレビで大統領執務室から直接国民に訴えかけた。「エイブラハム・リンカーンが奴隷を解放して以来100年間の猶予が過ぎた。彼らの相続人、彼らの孫は完全に自由ではない」と述べた。
しかしこの公民権法は、そもそもが黒人票集めに人種問題をやってるに過ぎなかった上に、内政より外交問題に忙しいケネディ政権下では成立しなかった。もしケネディが2期目に当選しても、ケネディ政権下では成立しなかったとも言われている。
ケネディ大統領の在任中は第二次世界大戦後の冷戦下で米ソ対立の非常に厳しい時代であった。まずキューバに対してピッグス湾事件では優柔不断な対応により大きな失敗を招いた。
1961年6月にソ連のフルシチョフ首相との首脳会談で互角にやりあったあとに、ベルリン危機やキューバ危機で硬軟取り交ぜた機敏な対応を取り事態を収拾した。また、混乱していた東南アジアのラオスでは武力介入せず、1962年6月に三派連合政府の樹立に成功した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
しかしベトナム情勢に対しては、南ベトナムのジェム政権と対立したまま、1960年以降の軍事援助の大規模な増加と、「軍事顧問団」名義でのアメリカ正規軍の増派を行い、ジェム政権の崩壊後に状況が悪化して、のちに泥沼化させるきっかけを作ることとなった。
大統領就任後にすぐにケネディは試練に立たされた。ピッグス湾事件の失敗である。カストロ政権の転覆を狙い、キューバ南部のビッグス湾（コチノス湾）のサパタ沼沢地に反カストロの亡命キューバ人部隊1,400人を輸送船で上陸させた（ピッグス湾事件）。しかし上陸部隊はキューバ軍に撃退され、この作戦は失敗した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
このキューバ侵攻計画は前大統領のアイゼンハワー政権末期にCIAの主導で進められたもので、亡命キューバ人部隊の訓練もCIAが担当していた。大統領（当時）のアイゼンハワーはこの作戦にはほとんど関わらず、副大統領（当時）のリチャード・ニクソンが主導していた。大統領選挙期間中にケネディもキューバに関して「必要とあらばキューバ侵攻を認める」という姿勢を示していた。そしてケネディが大統領に当選すると、作戦を主導してきたCIA長官のアレン・ウェルシュ・ダレスや作戦局担当次官リチャード・ビッセルらはケネディにこの侵攻計画を説明した。当選したばかりのケネディは、この作戦計画の重要さと大胆さに仰天した。その後レムニッツァー統合参謀本部議長とバーグ海軍作戦部長の専門的意見を聞いたがいずれも成功する作戦として問題ないというものであった。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
1961年4月4日、この計画に関する最後の会議が国務省で開かれた。出席者はケネディ、国務長官ディーン・ラスク、国防長官ロバート・マクナマラ、財務長官C・ダグラス・ディロン、また国防次官クラスの閣僚のほか、上院外交委員長J・ウィリアム・フルブライト、アーサー・シュレジンジャーほか2人の大統領顧問とダレス（CIA長官）、ビッセル（CIA作戦局担当次官）、統合参謀本部議長ライマン・レムニッツァーであった。この席で大統領選挙中からキューバ侵攻の可能性を口にしていたケネディは、作戦計画の詳細までは把握できずCIA長官や参謀本部などの軍側の強い要請を受け入れて作戦の実行を命令したものの、「いかなる場合もアメリカ軍の“正規軍”は投入してはならない」こと、および直前の爆撃に関してもアメリカ軍が関わっていることを示してはならないという条件を提示し、出席者は全員ケネディの条件を承諾した。CIAはそれまでピッグス湾に上陸する亡命キューバ人部隊に対してアメリカ正規軍の援助を約束していたが、ケネディの出した条件を守るよう作戦の修正を余儀なくされた。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
1961年4月15日に、最初の作戦行動として亡命キューバ人グループによる飛行場への爆撃を行った。しかしこの最初の爆撃で予定していたほどの成果を上げられず、敵・キューバ空軍の40機近い戦闘機の内、わずか5機しか破壊できなかった。そして4月17日にピッグス湾に亡命キューバ人部隊1,400人が上陸したが、この時すでにキューバ軍は20万人の態勢で迎撃し事前爆撃でも損耗がなかったキューバ空軍の空からの攻撃で海岸に釘づけにされ、しかも沖合に待機した補給船が空軍機に撃沈されて弾薬不足をきたし、作戦終盤に反カストロ軍が爆撃機を出撃させた際に連絡ミスで護衛の戦闘機をつけられず爆撃機が撃墜されるなどの失態が重なり、作戦は上陸地点のピッグス湾で完全な失敗に終わった。
この作戦計画はあまりにも粗雑であった。事前に亡命キューバ人側から情報が洩れ、一部アメリカのマスコミまでが作戦計画の存在を知るほどで、キューバ側は事前に反撃の準備を怠らなかった。事前に国内のカストロ政権に対する不満分子を拘束して反乱の芽を摘み取っていた。この作戦がアメリカ政府の主導で実行されたことが世界中に知られるにいたり、ケネディ政権はラテンアメリカ諸国をはじめとする各国からの非難を浴びた。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
ケネディは記者会見を行い、失敗のすべての責任が計画の実行を命じた自分にあることを認めた。記者会見で「古いことわざにあるように、勝利した者には百人の生みの親が集まるが、敗北した者には一人も集まらない孤児（みなしご）だというのがある。私は政府の責任者であり、これはきわめて明白なことです」と語っている。のちにCIAに対しては軍事行動の失敗の責任を追及し、ダレスCIA長官、チャールズ・カベル副長官を更迭した。後任にはジョン・マコーンを就任させた。その後、彼は軍部とCIAをまったく信用しなくなった。そして軍事・情報分野の助言者に対しても懐疑的になった。以後、CIAと軍部との関係は冷え込んでいった。
この作戦の最終局面でアメリカ軍による爆撃をケネディが拒否したため、ケネディは亡命キューバ人団体やCIA、軍部から反感を買った。このあとにケネディに反感を募らせた亡命キューバ人グループは、2年後のケネディ暗殺事件での実行犯との疑いが持たれている。ロバート・ケネディは兄が撃たれたという第一報を聞いてCIAに疑いを持ち、マコーン長官に「CIAがやったのか」と詰問している。長官が即座に取り消して以降、亡命キューバ人グループへの疑いを深めている

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ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
ケネディはキューバへのゲリラ活動や空軍機による空中偵察活動をその後しばらく継続させたが、やがてこの偵察機がキューバにソ連が核ミサイルを持ち込んでいることを空中写真で発見し、米ソ関係に最大の緊張が訪れた。
1961年6月3 - 4日にウィーン会談で、ケネディはソビエト連邦首相ニキータ・フルシチョフ を相手に通訳のみで、一対一の首脳会談に臨んだ。議題は東西関係やキューバ、ラオス、核実験禁止、そしてベルリン問題に関してだった。
二人はラオスの中立化では合意したものの、核実験の禁止、第三世界、ベルリン問題では激しい応酬を展開した。このウィーン会談は結局は何ら成果もなく平行線に終わった。
特に2日目の会談でフルシチョフは、「第二次世界大戦の終結を受けて、西ドイツ（西ベルリンを管理している）、アメリカ、イギリス、フランスの四か国とソ連は、東ドイツと平和条約を結んで第二次世界大戦の戦後処理を終結すべきだ」と主張し、「もしそれがなされれば、米英仏の軍隊は西ベルリンから撤退せねばならない」と説いた。西側の西ベルリン撤退を要求し、ソ連は東ドイツと平和条約を結ぶと通告したのである。
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そんなフルシチョフに対してケネディは、「西側の権利は放棄しない」と反論し、もしフルシチョフがその主張を実行に移せば「冷たい冬」となるであろうと警告した。これに対しフルシチョフは、「西側が東ドイツと平和条約を結ぶつもりがないのなら、今年中にソ連は単独で結ぶ」と伝え、ケネディを揺さぶった。しかしケネディは、「西ベルリンの自由を妥協の対象にはしない」と通告。この会談は明日にも戦争が起きそうな緊迫感を帯びていたという。
当時、会談に同席していたフルシチョフの通訳は、のちに会談でのケネディの様子について「明らかに緊張しているのが見た目にも分かった」と証言している。会談終了後、ケネディは周囲の人間に、頑なに姿勢を変えなかったフルシチョフを罵ったとされる。この次の日にロンドンに飛んだケネディを迎えたマクミラン英国首相はのちに「ケネディは生まれて初めて自分の魅力に影響されない男に出会ったのだ」と語っていた。そしてジャーナリストのジョゼフ・オルソップは、ピッグス湾事件よりもこのウィーンでの首脳会談の方がケネディにより深刻な影響を与え、しかし彼が真にアメリカの最高司令官・真の完全な大統領になったのはこのウィーンであったと述べている。
そしてウィーン会談から2か月後、次なる試練であるベルリン危機が勃発した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
これより前の7月25日、ケネディはベルリン危機に関するテレビ演説を行い、改めて西ベルリンを守り抜く決意を表明した。そのために32億5,000万ドルの国防費増額、陸海空三軍の21万7,000人の増加、予備役の招集を発表した。このケネディの強硬姿勢に対して、1961年8月13日、フルシチョフはついにベルリンの壁を建設するという手段で対抗した。この日、東ドイツの警備隊がベルリンの東西を分ける境界にバリケードを築き、ベルリン市民の自由な行動を阻止した。昨日まで自由に東西を往来することができたが、この日から往来が不可能となって家族が離れ離れになる悲劇も生まれた。この日までに1949年以来約250万人の東ドイツ市民が西ベルリンを経由して西ドイツに流出しており、この流出を止めることなく東欧の共産主義体制の安定は不可能であった。バリケードは最初は塀であったが、やがて鉄条網にコンクリートをつけた壁となった。のちにこの壁を乗り越えようとして撃たれて死者が出る事態が生じている。
これに対してケネディは8月18日にジョンソン副大統領とクレイ将軍をボンに派遣し、そこから西ベルリンに飛んで「この島は決して孤立していない」と伝え、20日に西ドイツから陸路で東ドイツを通過してアメリカ陸軍の精鋭部隊1,600人が西ベルリンに到着した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
こうしてケネディは西ベルリン駐留軍を強化しただけで、結局ソ連と東ドイツの間に平和条約が結ばれることはなかったが、この後もベルリンをめぐって米ソの緊張は続いた。この間に8月30日にソ連は突如核実験を再開している。
10月27日には、ベルリンの壁の検問所にある外国人専用チェックポイント・チャーリーで、アメリカの司令官が妻とオペラの鑑賞で通過しようとしてパスポートの提示を求められて拒否したことから外交問題に発展し、米ソの戦車が18時間にわたって睨み合いを続け、もし戦闘が始まれば米ソの直接対決により第三次世界大戦の発端になりかねない事件が発生した。水面下でフルシチョフとケネディは連絡を取り、戦車を撤退させることに合意して危機は回避された。11月7日にソ連はすべての部隊を撤退させた。しかし多くのベルリン市民と西ドイツ国民は、アメリカ陸軍の増派以外何もしないケネディに対して「ベルリンは言葉以上のものを期待します。政治的行動に期待しています」と述べたが、これ以上の行動は行われなかった。
この翌々年の1963年6月26日、ケネディは最初で最後となった西ベルリン訪問をした。市内のパレードでアデナウアー首相、ブラント市長とともに100万人の市民の歓呼に答え、ベルリンの壁近くの市庁舎前広場で30万人のベルリン市民を前に演説した。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
まだ東西陣営が鋭く対立し、朝鮮やドイツ、キューバ、ベトナムで一触即発の事態が続く中で、自由を守る立場を就任演説で述べたケネディは、ここでまず次の一句から述べた。
・・・2000年前、最も誇り高き言葉は『Civis romanus sum キウィス・ロマーヌス・スム　私はローマ市民だ』であった。今日この自由な世界で誇り高き言葉は『Ich bin ein Berlinerイッヒ・ビン・アイン・ベルリナー　私はベルリン市民だ』である。・・・
そして共産主義を激しく批判し、最後にまたドイツ語で締めくくった。
・・・このベルリンの壁は共産主義の失敗を最も如実に示している。・・・自由世界と共産世界の差異が分からないという者が多数いる。彼らはベルリンに来てみるがいい。・・共産主義は未来の波であるという人もいる。彼らはベルリンに来てみるがいい。・・欧州でも他の地域でも共産主義者と協力できるという人がいる。彼らはベルリンに来てみるがいい。・・・共産主義は悪い制度だが経済的進歩をもたらすという人も少数はいる。彼らはベルリンに来てみるがいい。・・・
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
・・・民主主義は不完全ではあるが、自国民を囲い込んでおくために壁を建設したことは今だかって一度もありません。・・・自由になる、必ずその日はやって来ますが、その時20年以上も最前線に西ベルリン市民がいたという事実を静かに噛みしめるでしょう。どこに住んでいようと世界中のすべての自由を求める者は皆、ベルリン市民である。だからこそ私はこの言葉に誇りを持っている。Ich bin ein Berliner：イッヒ・ビン・アイン・ベルリナー・・・
この言葉はアメリカの西ベルリンに対する決意の強さを表すものとして、ソ連に対する強いメッセージとなった。やがてこの広場で行った演説は彼の政治活動のなかでもっとも成功したものだったと政権関係者は述べている。ケネディ暗殺後、この広場はジョン・F・ケネディ広場と改名された。
しかし実際は、西ベルリン駐留軍を強化しただけで具体的行為を何もしなかったケネディに対して、多くのベルリン市民やドイツ国民の目は冷ややかであった。ベルリン市民やドイツ国民が真に望んでいたベルリンの壁が崩壊したのはこれより26年後の1989年11月9日である。
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キューバ危機の回避は、おそらくケネディの大統領在職中の外交施策の中で数少ない、全面的に称賛されるものであった。巧みな政治手腕と側近からのサポート、そして運によって、ケネディは戦争を望んだ政権中の強硬派のコントロールと、ソ連の脅迫によって脅威が増すことを防ぐことの両方を試み、それに成功した。のちに、多くの人々がキューバ危機を「世界が核戦争にもっとも接近したとき」であると考えている。
1962年5月、フルシチョフはキューバに対してアメリカの侵攻に備えて核ミサイルを配備するように提案した。これはソ連側からみると西欧とトルコに米軍基地があって地上発射型ミサイルがあり、キューバに東側のミサイルを置くことの戦略的重要性を考えていた。一方キューバにとっては、前回のキューバ危機（ピッグス湾事件）の経験からアメリカの軍事侵攻が近いという判断で受け入れていた
。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
ケネディは、ピッグス湾事件の失敗以降もキューバがソ連と急速に親密な関係を築いていたことから、アメリカ空軍機によるキューバ軍施設の偵察活動を継続させていた。1962年8月29日に写真撮影されたカリブ海域でのソ連船に地対空ミサイル（防御用とされている）が積載され、軍事要員が大幅に増員されていることが分かり、ケネディは直後の9月4日に「攻撃用ミサイルがもし見つかったならもっとも憂慮すべき問題が生じるだろう」と警告した。このころにはソ連の人員と設備のキューバ向け輸送が増え、一部のキューバからの亡命者が攻撃用ミサイルがすでにキューバに持ち込まれているとの情報が流れていた。10月14日、アメリカ空軍のU-2偵察機が、キューバにソ連が核ミサイルサイロを建設しているところを発見し、写真を撮影した。ケネディは16日午前9時にマクジョージ・バンディ国家安全保障担当補佐官から報告を受け、11時45分から緊急に国家安全保障会議を招集する決定を下した。しかもこの会議にはいつものメンバーに加えて、それ以外の顔ぶれを集めたため、のちに国家安全保障会議執行委員会（エクスコム）と呼ばれることとなった。
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このエクスコムの会議には14 - 15人が集まり、おもな顔ぶれはジョンソン副大統領、ラスク国務長官、ボール国務次官、マクナマラ国防長官、ギルパトリック国防次官、マコーンCIA長官、ロバート・ケネディ司法長官、ディロン財務長官、スティーヴンソン国連大使、テイラー統合参謀本部議長、バンディ補佐官、オドンネル大統領特別補佐官、ソレンセン大統領顧問、アチソン元国務長官、ラヴェット元国防長官などであった。この席でケネディは当面する危険とこれに対処するあらゆる行動コースを即時徹底的に調査するように命じた。そして徹底した機密保持も命じた。この10月16日から13日間が歴史に深く刻まれ核戦争の寸前までいったキューバ危機の期間である。
ソレンセンの著書ではこの16 - 19日までの96時間が午前・午後・夜間を問わず会議の連続であったという。その間に新しい空中写真の分析が進み、近距離用攻撃用ミサイルが配置された地点が6か所に上り、中距離用ミサイル（IRBM）用の基地にするために掘られた箇所が3か所見つかった。これより前の9月11日にソ連は声明を発表しキューバに対する如何なる軍事行動も核戦争を引き起こすであろうと警告していた。そしてメンバーが行動に移す可能なコースとして、
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の6つの選択肢を挙げた。そして1.の外交交渉のみと6.の何もしないは最初から真剣に討議された。18日夜の段階でも、外交交渉のみの案を支持するメンバー（おもに国務省関係者）もいたが、ケネディは1.と6.のどちらの選択肢も却下した。そして2.のカストロへのアプローチも、相手はキューバではなくソ連であることで却下となった。そして5.の軍事侵攻も1人 を除いて積極的な意見は出てこなかった。ケネディが「侵攻は最後の手であって最初の手ではない」との意見がほぼ全体のコンセンサスとなった。残るは3.の海上封鎖か4.の空爆で、最初は空爆が有力であった。ソレンセンは少なくとも17日の段階までケネディも空爆に傾いていたと述べている。この17日にアドレー・スティーブンソン国連大使は「平和的解決手段がすべて無駄に終わるまで空爆などはしてはなりません」と大統領に強く主張した。
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ここで空爆の前に事前警告の必要が議論の焦点となった。統合参謀本部のメンバーはキューバへの空爆を支持していたが、マクナマラやロバート・ケネディは海上封鎖を主張した。マクナマラは、16日夕方の会議で海上封鎖をしてキューバの動きを見守り、その反応によってはソ連と戦うと述べた。ロバート・ケネディは事前警告なしの空爆は真珠湾の裏返しであり歴史に汚名を残すと述べ、この事前警告をした場合は逆にソ連に反撃のチャンスを与え、かつフルシチョフが反撃に乗り出さざるを得ない状況に追い込んで返って危険な状況となることが予想された。18日の会議でロバート・ケネディは以下の5つの選択肢を提示した。
ラスクは1.に反対し、国防省関係者は2.に反対した。国務省関係者は3.に賛成であったが、空爆の前提ではなく監視強化が前提であった。4.と5.には意見はなかった。この18日から急速に海上封鎖が有力な案になった。ここまで強硬に空爆を主張してきた軍も最初は封鎖して、ソ連の出方によっては空爆か軍事侵攻も視野に入れることでその主張を後退させた。そして封鎖の場合に撤去させるのは攻撃用ミサイルだけとすることで、10月18日にはケネディは封鎖の選択に傾いた。
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しかし19日朝になると統合参謀本部との協議で、テイラー議長はキューバへの軍事行動はベルリンを危険にし西欧諸国から批判を浴び、アメリカを孤立させかねないとする大統領の立場を認めながら、早急な軍事行動が必要とする意見を曲げなかった。そして参謀総長らが空爆や侵攻を強く主張し、空軍参謀のカーチス・ルメイは封鎖は弱腰と判断されるとしてケネディを苛立たせた。この日午前の会議（大統領は中間選挙遊説で欠席）ではアチソン元国務長官、ディロン財務長官、マコーンCIA長官、マクジョージ・バンディ補佐官が空爆に賛成、ラヴェット元国防長官は封鎖に賛成した。午後の会議でマクナマラの空爆を認めながら海上封鎖を優先させるべきとの意見と、ロバートの「会議で空爆と結論を出しても大統領は受け入れないだろう」との意見が通り、海上封鎖を実行し事態が進まない場合は空爆実施という折衷案がまとまった。
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10月20日午後2時30分からの正式な会議（国家安全保障会議の第505回会議）でケネディは海上封鎖の実施を決断し、ケネディがその次に打つ手を自由に選べることと、フルシチョフにも選択の余地を残す利点があることで、封鎖での力の誇示がソ連に考え直す機会を与えることになることが決め手になり、何よりも悪いのは何もしないことであると述べている。ここから外交ルートで米州機構への申し入れ、各国首脳と西ベルリン市長あての手紙、フルシチョフへの簡単な通告文書の作成にかかった。ここで封鎖（Blockade）という言葉が好戦的で戦争行為と解釈されるため、以後は隔離（Quarantine）を言葉として使用することも決まった。
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22日になるとトルーマン政権での国務長官だったディーン・アチソンをフランスのシャルル・ド・ゴールのもとに派遣するとともにイギリスのハロルド・マクミラン、西ドイツのコンラート・アデナウアーのもとに国務次官を送り、NATO主要国である彼らの支持を得た。また、OAS諸国には現地のアメリカ大使から政府に事態を知らせた。元大統領のフーヴァー、トルーマン、アイゼンハワーに対してはホワイトハウスから電話でケネディ自身が状況説明を行い、さらに午後5時から議会指導者に対しても自身で状況説明を行った。この議会指導者との会談でJ・ウィリアム・フルブライト、リチャード・ラッセル・ジュニアの両上院議員は海上封鎖に反対し、キューバ爆撃を主張した。ソ連のドブルイニン大使が国務省に招かれたのが午後6時で、ほぼ同じ時刻にモスクワでコーラー駐ソ大使がクレムリンに向かった。国内の軍隊をアメリカ南東部に移動、空軍戦略航空軍団を最高の警戒レベルに引き上げ、180隻の海軍艦艇をカリブ海に展開させて海上封鎖の準備を整えた。
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10月22日午後7時、これらの準備が整ったうえでケネディは演説を行い、キューバに攻撃用ミサイルが持ち込まれた事実と米国によるキューバ海上封鎖措置を発表。ソ連およびキューバ国民に対して、攻撃用ミサイルは何の利益にもならないと強調した。この演説は合衆国海外情報局（USIA）を通してスペイン語に訳され、中南米諸国に放送された。この演説の翌日、OASは全会一致で米国による海上封鎖措置の支持を決議した。ケネディの演説から2日後の朝に海上封鎖が発効し、潜水艦に守られていたソ連船18隻のうち16隻が洋上で停船・またはUターンし、翌日にはこれら16隻すべてがUターンした。
10月25日にはアメリカの国連大使アドレイ・スティーヴンソンがキューバに持ち込まれたミサイル基地の航空写真を用いてソ連のワレリアン・ゾーリン国連大使と対決し、劇的な効果を収めた
。
スティーヴンソン大使「ゾーリン大使にお伺いします。ソ連がキューバに準中距離および中距離弾道用ミサイルを装備し、たった今も増強していることを否定するのですか」
ゾーリン大使「私はアメリカの法廷に立っているわけではない」
スティーヴンソン大使「あなたは今、世界世論の法廷にいるのです。イエスかノーでお答え下さい」
ゾーリン大使「そんな検事のように質問されてもお答えすることはできない」
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スティーヴンソン大使「地獄の火がすっかり凍るまで待てというなら、私はここで返答があるまで待っていよう」
しかしこの後もキューバ国内では、すでに持ち込まれた資材をもとにミサイル基地建設が急ピッチで進んでいた。この間、10月26日と10月27日に、ニキータ・フルシチョフから続けて書簡が届き、前者は柔軟、後者は強硬な内容であった。10月26日に届いた書簡は、ミサイルをキューバに置いたのはキューバを侵攻から守るためで、もしアメリカがキューバを攻撃・侵攻しないと約束すれば国連の監視下で撤去する旨の内容であった。この内容の書簡はウ・タント国連事務総長にもゾリン国連大使から届けられている。
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ところが翌27日に来た書簡では、前日の内容にまったく触れずトルコにあるミサイルの撤去を交換条件として要求してきた。これは東西対立の厳しい状況の中でヨーロッパでは東欧の共産圏があって、ソ連にとっては東欧が緩衝地帯で直接アメリカの核ミサイルが脅威ではなかった。しかしトルコはソ連と境界を接し、トルコ国内の核ミサイルが直接ソ連領内に向けられているため、この時代のソ連はトルコのアメリカ軍のミサイルは脅威であった。この前年のベルリン危機でも、アメリカはトルコがソ連の攻撃目標になることを常に念頭に置かなければならない状況であった。しかし、1960年代に入ってトルコに配備しているミサイルはすでに旧型であり、アメリカでは原潜などに移動型ミサイルの配備が進み、さらに米ソ間のミサイルの保有数で圧倒的にアメリカが優位で 必ずしも核ミサイルの固定基地が絶対必要という時代ではもうなかった。しかし、簡単に撤去を了解するとソ連の圧力に屈したことを印象づけ、ほかの同盟国との信頼が低下することをケネディは懸念していた。
この10月27日は混乱と緊迫に包まれた1日となった。
ジョン・F・ケネディ 第35代大統領就任
この日、ルドルフ・アンサーソン少佐が操縦していたU-2偵察機がキューバのSAM（地対空ミサイル）により撃墜される事件が起こった。16日以降の最初の時期の会議で、もし偵察飛行中に米軍機が撃墜されるような事態が生じた場合はSAM（地対空ミサイル）基地に1回だけ報復攻撃を加え、その後も相手が攻撃を加えてきた場合は全面的に叩き潰す方針を決定していた。従って、これに対する行動はエクスコムのほぼ全員がSAM基地の破壊で一致した。しかしケネディは彼らを引き戻し、キューバに対する攻撃は、ベルリンやアメリカのジュピター・ミサイルが配置されているトルコに対するソ連の攻撃を誘発しかねないとしてきわめて慎重な姿勢を示し、すぐに反撃するのではなく1日待つこととした。しかし参謀本部は一気に態度を硬化して即時空爆を主張し、29日の時点で大規模空爆を仕掛け、即侵攻部隊を送り込むべきとの意見が強まった。そして基地建設が進み、海上封鎖の封鎖線にソ連船舶6隻と東側の3隻の船舶が向かっているとの情報が入った。
ケネディはフルシチョフからの書簡について、26日に届いた柔軟な内容の方にのみ回答する方針を決め、ロバート・ケネディと大統領顧問テッド・ソレンセンにその回答の起草を命じた。そしてスティーヴンソン国連大使が推敲して同日午後8時に公表した。この回答の内容において以下の3つの条件、
ジョン・F・ケネディ ホワイトハウスの1日
ケネディが大統領に就任してホワイトハウスに入ってから、ホワイトハウスでの1日の過ごし方はほぼ以下の通りであった。
毎朝午前7時に目を覚まし、ベッドの中ですぐにその日の新聞に目を通した。『ニューヨークタイムス』『ワシントンポスト』『ウォールストリート』などの主要紙で、速読が得意であったので15分くらいの時間であった。その後、ベッドで朝食をとり、オレンジジュースにベーコン、マーマレードをたっぷり塗ったトースト、半熟卵2個、そしてクリーム入りコーヒーと、ほぼ毎日同じ朝食であった。午前8時にバスタブに浸かった。そして午前9時に大統領執務室に入る。デスクでまずケニー・オドンネルがその日の行動スケジュールを伝え、その後、デイブ・パワーズ、アーサー・シュレジンジャー、セオドア・ソレンセン、ピエール・サリンジャーなどの各補佐官から最新の国際情勢についての報告を受けた。午後1時に本館と西棟の間にある室内の水温32度の温水プールに滑り込む。これは腰の痛みを和らげるためで、温水と30分の平泳ぎは治療の一環であった。
ジョン・F・ケネディ ホワイトハウスの1日
水泳を終えるとプライベートフロアで簡単なランチを済ませる。時にはハンバーガー1個であったり、非常に少食であった。そしてきっかり45分間の睡眠をとった。ケネディにとって午睡は回復の時であった。大統領の日々のスケジュールは、集中的に仕事に取り組む時間帯を中心に体力の回復を図る休憩が挟まれていたのである。そしてジャクリーン夫人に起こされて再び大統領執務室に戻る。夜8時ごろまで執務を行い、プライベートフロアに戻ってディナーとなる。このときにジャクリーン夫人が思い立って何人か呼びディナーパーティーを催すこともあった。
このあとはプライベートな時間となるが、ホワイトハウスには映画館があり、ケネディは第二次世界大戦の映画と西部劇をよく見ていたといわれる。
しかし、1980年代後半に公表されたFBIの報告によると、ホワイトハウスを監視していたFBI当局は、在任2年10か月の間に大統領がホワイトハウスで親密な関係を持った女性を少なくとも32名リストアップしている。もちろんこれらはこのスケジュールに入っていない。
ジョン・F・ケネディ 暗殺
1963年11月22日、翌年の大統領選挙キャンペーンとしてテキサス州を訪れ、この日フォートワースからダラスに到着して、市内をオープンカーでパレード中に、多くの市民が見ている前で何者か（リー・ハーヴェイ・オズワルドであると言われている。彼はダラス警察に捕まり、署内でジャック・ルビーによって射殺されたため、真相は明らかではない）に狙撃され死亡した。43歳で大統領に就任してから、わずか2年10か月と2日の在任期間であった。
ケネディとジャクリーン夫人はこの日、午前11時40分にテキサス州ダラス郊外のラブフィールド空港に到着（このとき、夫妻に渡されたのはダラスの象徴である「黄色いバラ」ではなくなぜか「赤いバラ」であった。)「ケネディ側近の依頼で防弾ハッチが取り外された（これが間接的にケネディの命を奪うことになった）」と誤解されているが、この当時のバブルトップは雨だけを防ぐプラスチック製のものであり、当日は雨が上がったので使用する必要がなかった。大統領専用車に乗ってコナリー州知事夫妻とともに市内をパレードした。
ジョン・F・ケネディ 暗殺
ヒューストン通りからエルム通りに左折してデイリープラザに入った12時30分、あたりに銃声が鳴り響き、後方のテキサス教科書倉庫ビルを含む複数個所から数発の銃弾が発射されたらしく、あたりは混乱の坩堝と化した。その間に2発がケネディに命中し、最初の一発が喉を撃ち抜き、苦痛で前かがみになりかけたケネディの頭部にあとの1発が命中して致命傷となり、後方でオートバイに乗っていた警官にまで脳漿が飛んだ。急いでパークランド記念病院に担ぎ込まれたもののすでに頭部を砕かれて心肺停止の状況であり、手の施しようの無いまま午後1時に死亡が確認された。病院から大統領専用機に遺体が運ばれ、ジャクリーン夫人が同席して副大統領のジョンソンが第36代大統領に昇格、就任宣誓が行われた。
ジョン・F・ケネディ 暗殺
当時ダラスで婦人向け衣料の販売店を経営していたエイブラハム・ザプルーダーによって撮られた、暗殺の瞬間を映した8ミリ映像（ザプルーダー・フィルム）では、ケネディの頭部は致命的と見られる射撃によってひどく破壊され、後方に動いている。その致命的な射撃は前方から行われたようにも見えることから、この映像はリー・ハーヴェイ・オズワルド以外の狙撃者の存在についてさまざまな議論を生んだ。直後にジャクリーン夫人が動揺した様子で後方に目を移し、オープンカーの後方部分に這い出て、シークレットサービスにすぐ引き戻されている映像が独立した複数の映像から確認できる。ただし、ジャクリーン夫人自身はその後のウォーレン委員会でそのことはまったく覚えていないと証言している。彼女はケネディの頭部の骨片を医師に渡している。
ジョン・F・ケネディ 暗殺
ケネディ暗殺事件に関しては、直後に最高裁長官アール・ウォーレンを委員長とした調査委員会（ウォーレン委員会）が設置された。翌1964年9月、大統領暗殺に関する公式な政府報告書（ウォーレン報告）がまとめられ、犯人とされたオズワルドの単独犯行と結論づけられた。しかし結論に至るまでの記述が結論ありきな部分が見られた為に、多くの人々から様々な疑惑を提示された上、証拠物件の公開が政府によって2039年(現在は短縮されている)まで不自然に制限されたり、大規模な証拠隠滅が行われたと推測できる事象が多くあるため、13年後に設置された特別委員会（下院暗殺調査委員会）の報告でオズワルドが犯人であるという結論を出しつつ、単独犯でなく共犯者のいる可能性を否定できないとしている（しかし、特定の団体が関係しているとはいえないと結論づけている）。
ジョン・F・ケネディ 暗殺
特に重要なことはケネディが撃たれた場所の前方の丘の上（グラシー・ノール）での不審な事象について、複数の一般人の証言 が見られたことである。これらは射撃がすべて「後方から」オズワルド一人によって行われたとするウォーレン報告の内容とは矛盾しており、陰謀の存在が指摘される理由となっている。そしてキューバに対するケネディの対応に不満や反感を持つCIAや亡命キューバ人グループあるいはマフィア、カストロ暗殺計画を進めたことに対して反応したキューバ政権、および南ベトナム情勢が悪化してもいっこうに動かないケネディに対して反感を持つ軍産複合体などの謀略説など、さまざまな主張が存在する。
暗殺犯とされたオズワルドは、警察の尋問に対し一貫して「はめられた」と主張するのみだった。事件の2日後の11月24日の午前中、ダラス市警察本部から郡拘置所に移送するため市警本部の地下通路を護送中に、市内のナイトクラブ経営者でマフィアと（そして、ダラス市警察の幹部の多くとも）関係が深いジャック・ルビーに射殺された。この射殺事件にもケネディの暗殺事件の真相の隠蔽行為（口封じ）であるとする意見がある。ルビーは1964年3月に殺人罪で有罪判決が下されるが、事件について多くを語らないまま4年後に肺塞栓症により病院で死亡した。
ケネディ暗殺はアメリカ史上でも最暗部に属する事件であるが、それが唯一法廷上で検討されたのがクレイ・ショー裁判であった。ニューオーリンズの検事ジム・ギャリソン（民主党員）はクレイ・ショーを大統領暗殺に関わる陰謀罪で逮捕した。この裁判において、上述のザプルーダー・フィルムが初めて一般公開され、大衆の目に留まることになった。のちに裁判の経緯を記したギャリソンの原作をもとに映画『JFK』がオリバー・ストーン監督によって製作された。
ギャリソンはショーがCIA経由で暗殺事件に関わっており、事件はCIA、軍部、国家の関与したクーデターであると主張した。最終的に裁判はギャリソン側が敗訴するが、のちにCIAがウォーレン委員会の批判者たちへ圧力をかけていたこと、ショーが実際にCIAのために働いていたことが公的に示され、 ギャリソンの主張を荒唐無稽と断ずることが出来ないと指摘する研究者も多い。
なお、ケネディ暗殺事件を調査していた人々から取材の為の証人探しの時に、多くの目撃者、関係者が変死しているとの報告が相次いでおり、事件後に証人達を組織的に暗殺する動きがあったとする陰謀説がある。
ジョン・F・ケネディ 国葬
ケネディの国葬は暗殺事件の3日後の11月25日（月）に行われ、全国民が喪に服した。この国葬には92か国から首脳・政府高官ら220人が参列した。
フランスから大統領のドゴールと外相のクーヴ・ド・ミュルヴィル、イギリスからエリザベス女王の夫エジンバラ公フィリップと首相であるヒュームおよび労働党党首のウィルソン、西独から首相のエアハルトと西ベルリン市長のブラント、日本から首相の池田勇人と外相の大平正芳
、韓国から大統領の朴正煕、ソ連から第一副首相のミコヤン、そして国連事務総長のウ・タントなど。国内では元大統領トルーマン、元大統領アイゼンハワー、前副大統領ニクソン、ニューヨーク州知事ロックフェラー、上院議員のゴールドウォーター、アラバマ州知事ウォレス、マーティン・ルーサー・キング、ジョン・グレンなどであった。
ジョン・F・ケネディ 国葬
車で国会議事堂からホワイトハウスに進み、そこから参列者全員がセント・マシュー大聖堂まで歩いた。ホワイトハウスからの葬列は、スコットランドのバグパイプ隊がアイルランドの曲を奏でる中を、まず海軍が先導して、カトリック司祭が2名、その後ろから6頭の馬に引かれて大統領の棺を載せた砲車、大統領旗を持った旗手、誰も騎乗しない馬、その後をジャクリーンとロバートとエドワードの3人が先頭で歩き、その後を米国政府首脳（その中には新大統領であるジョンソンも含まれた）、そして各国首脳が距離にしておよそ2キロメートルの行程を歩き、セント・マシュー大聖堂に到着した。教会で告別のミサが行われ、セント・マシュー大聖堂の階段下で葬列が出発する際に、ケネディ大統領の長男であった当時3歳のジョン・フィッツジェラルド・ケネディ・ジュニアが目前で砲車に載せられて曳かれゆく父の棺に対し挙手の敬礼をした。棺は埋葬のために葬送のドラムの音とともにアーリントン国立墓地に向かった。墓地で埋葬式が行われ、3台の礼砲が21発の轟音を放ち、礼装の兵士たちがそれぞれ3発の銃声を響かせ、陸軍軍曹が葬送ラッパを吹き、その悲しみの音が暮色のアーリントンの丘に吸い込まれた。そして永遠の炎にジャクリーン、ロバート、エドワードが松明で点火し、棺を覆っていた国旗がジャクリーンに手渡されて葬儀は静かに終わった。