ビッグコア バリエーション
『グラディウスNEO』ステージ4のみに登場するボス。名前の通り超大型のコアを持ち、5つのレーザー砲を武装している。攻撃方法はレーザー砲からランダムにレーザーを放射し、一定時間ごとにコアから超大型レーザーを放つ。それだけでなく、数機のディエロ（戦闘機）が援護に来るため、レーザーを交わすのは難しい。グラディウスシリーズの中間要塞に当たる存在である。
セントラルサーバー
『グラディウスNEO』のみに登場する最終ボス。断面が細長い台形のようなタワーに3つのコアが配置されており、ひし形状の4つの護衛火器を浮遊させている。
ジェノサイドコア
『グラディウスNEO -IMPERIAL-』のみに登場する最終ボス。
パグミスフィッツ
パグライオネット
バグアバドン
エクストラステージのボス。雑魚キャラサイズにダウンサイズ化したグラディウス2の戦艦。攻撃パターンはオリジナルと同一。
電飾コア（ビバコア）
ステージ6のボス。モチーフはクリスタルコアで「VIVA CORE」と書かれた電飾がなされている。登場BGMはビッグコアの物だが、船体はパチンコのチューリップをモチーフにした派手な電飾に覆われており、その両脇に破壊可能な弾を発射する触手が生えている。船首部にイオンレーザー砲が4門付けられている。出現パターンはクリスタルコアのように自機の後ろから。遮蔽板を破壊するたびベルと同じように高得点が加算され、コアを破壊すると10000点。
『オトメディウス』のバーサスミッションでは「ビバコア」として登場。デザインがリファインされ、アルゴリズムはオリジナルを踏襲している。触手は破壊可能だがすぐに再生する。
デコレーションコア
ステージ3のボス。モチーフはビッグコア Mk-IIIで、攻撃は上下の腕部から搾り出される太いレーザー2門（を模した生クリーム）と中央部の二門の砲塔から抽出される反射レーザーによる挟撃と体当たり。開閉する唇型の中央ブロックにコアの役割を果たす食通小僧（妙な人型キャラクター）が3体、横一直線に揃って並んでいる。
クレイジーコア
ステージ4のボス。要塞ヴァリスと信号機がモチーフで、コアは赤黄青三色の三個。一見要塞型コアのように見えるが、上下に多数の脚がはえており、歩行によって移動する。機体後部から破壊可能なドリルミサイルを連射。上部には先端にレンチ、下部には先端にハンマーが装着されているアームが一本ずつあり、迂闊に接近すると危険。上下のアームを破壊してから攻撃することになるが、破壊されると飛び散るアームの破片にも当たり判定が存在する。
デコレーションコアMk-II
ステージ5のボス。デコレーションコアの強化型で、小型化されマニピュレーターを廃し搾り機が3つに増え、それらがボスの周りを回るように動く。また、SFC版のみ、弱点であるキャラクターの配置が横一列ではなく、円状に並んでいる。攻撃方法は搾り機からクリームを発射する。SS版・PS版では、通常の乱射・三本ずつの他に、波状攻撃が追加された。
撃破すると中央ブロックが分離し、両方のパーツが自機を挟み込むように体当たりを仕掛け道連れにしようとしてくる。さらに難易度によってはフェイントを仕掛けてくる。
要塞きんぎょやさん ※
最終ステージの中間要塞。縁日の金魚屋がモチーフで、コアはポイに乗った三匹の魚。元ネタは『III』の中間要塞ディスラプトだが、床は競り上がらず砲台が再生しないためSFC版のディスラプトに近い。
キャンディコア
ステージ5のボス。外見は白とピンクの渦巻き模様のキャンディそのもので、周りを緑色のアメ玉が高速回転している。アメ玉の回転が止まると同時にコインを出す(このコインを取ると、ミッションのコイン獲得にカウントされる)。BGMはビッグコアの「Aircraft Carrier」。
「もん」 ※
最終ステージで5回に渡って登場する中ボス。1回目・2回目は別の場所で、3回目・4回目・5回目は同じ場所で戦う。
1回目と2回目はコアが1つと大変シンプルだが、3回目では3つ、4回目では5つ、そして5回目では12個のコアと戦う事になる。
各コアには3枚ずつ遮蔽板が付いており、破壊する度に弾を打ち返してくる。更に3回目・4回目・5回目は地形に反射するボールを射出してくるため、プレイヤーは非常に厳しい戦いを仕入られることになる。
同作に登場するコア及びパワーアップカプセルは地球を模した紋様が刻まれ、それぞれ「ディメイションコア」、「ディメイションカプセル」と呼ばれている。また登場するコア系ボスキャラクターは「ライディングコア」と呼ばれている。バクテリアンがプレイヤー機である「戦闘騎（ライディングパイパー）」に対抗するためビッグコアをベースに小型化されたコアタイプである。コックピットは無く、コアであるディメンションコアに操縦者の意識を転送し遠隔操作するという設定である。
VSミッションに登場するボスキャラクターは、往年の巨大戦艦をベースに攻撃力はそのままに小型化された機動兵器で、完全に無人化されているという設定。公式サイトおよび『G』収録のギャラリーモードにて参照できる設定資料中には、作中には登場しないコア系ボスのバリエーションとして「ミラードコア」「デスコア」等というものも見ることが出来る。
太陽の船＆スカラベユニット
アレキサンドリアステージのボス。
操縦者は「ティティ14世」。
最初は太陽の船を迎え撃ち、太陽の船を撃破するとそこからスカラベユニットが現れる。ただし難易度HARDの時だけはスカラベユニットとは交戦しない。
スカラベユニットはビッグコアと似た動き方で画面右端の上部、中部、下部と三箇所を俊敏に移動しながら弾を大量にばら撒いてくる。その激しい攻撃の代わりに防御力が無く、通常攻撃でもたやすく隔壁やコアを破壊でき、キャラによっては本作のボムの一種である「ドラマティックバースト」を上手く当てることで速く撃破することが可能である。正式名称は「ビッグコア・デルソル」。
クリスタルコア・D-X02
南極ステージのボス。
雪の結晶をベースにした感じのデザインで、触手が6本になっている。攻撃パターンはクリスタルコアをベースにしているが、一度に大量の弾をばら撒いたり、90度回転して隔壁またはコアに撃ちこみにくい姿勢になったり、触手をたたんで突進するなどオリジナルよりパターンに富む。低難易度でも隔壁を破壊すると撃ち返し弾が来るが、大部分は触手や本体に阻まれて消滅するためこれはあまり脅威にならない。なお触手はレーザー系の兵器ならば敵味方問わず屈折する。
登場時はオリジナル同様に画面後方から登場するが、自機より3D画面の手前を通過するため、登場時に画面後方にいてもぶつかってダメージを受けることはない。
ライディングコア・フギン&ライディングコア・ムニン
東京ステージのボス。
操縦者は「ゴーファー姉妹」。LB・ゴーファーは「ムニン」を、RB・ゴーファーは「フギン」を操縦する。
初めはフギンが雑魚ばら撒きと太い直線レーザーを絡めて攻撃を開始する。雑魚は攻撃を当てると巨大化し、かつステージ難易度によっては撃ち返し弾も来る。フギンを撃破、あるいはしばらく戦うとムニンに交代する。こちらは巨大なエネルギーの塊を発射してくる。
ムニンとしばらく戦うか撃破すると支援ユニット「アイゴール」と合体し、様々な攻撃を繰り出す。その攻撃はフギン、ムニンの単体の時よりも激しいものになる。アイゴールを破壊するとステージクリアとなるが、合体後のフギン、ムニンを先に破壊することも可能である。
ただし、アイゴールより先に破壊されて画面左に流れていくフギンかムニンにぶつかるとダメージを受ける。
ブラックビッグコア
『オトメディウスG』のゴージャスモード3面、カナディアンロッキーステージのボス。
操縦者は「メタ・リューム」、彼女専用のビッグコアである。
外観はオリジナルのビッグコアと変わらないが、名称通りの黒いカラーリングが特徴。機体後部から誘導ミサイルを発射し、更に小型のビッグコアが後方上下に2機（高次周もしくは難易度により変化）現れ、護衛機として小型のレーザー砲で攻撃してくるなどVSミッションのビッグコアより多彩な攻撃パターンを有す。対決場面は画面上下に壁がある。
『オトメディウスX』ステージ4にて「BIG CORE」の名前で出現する。
オーディン・コア
『オトメディウスG』のゴージャスモード最終面、ヴァルハラステージのボス。
操縦者は「ゴーファー姉妹」。
平たい半球状のパーツが何枚も重なって、ビッグコアを模したかのような形状をしており、攻撃時には必要に応じて変形する。大きく拡散する多連装ビーム砲、本体を画面いっぱいに展開してのビーム砲平行連射、多連装反射レーザー、巨体を活かしての体当たり、追尾性能のある砲撃の連射など、激しい攻撃を仕掛けてくる。
ビッグコア・エグザミナ
プレイヤーキャラ「ティタ・ニューム」が搭乗する戦闘騎。
初代グラディウスのビッグコアを彷彿とさせる概観であり、高い戦闘能力を有するとされる。詳細は『オトメディウス』の該当項を参照。
ミラードコア
ステージ1ボスとして登場。基本はレーザー砲6門以外は、通常のビッグコアとほぼ同じ攻撃および撃墜方法である。
オールドビッグコア
ステージ4ボスとして登場。通常のビッグコアの何十倍もの大きさであり、グラディウス等で破壊する中央の遮蔽板の中で戦う。破壊するとビッグコアの中であったことがわかる。