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エジプトの歴史 グレコ・ローマン期
だが、後期ローマ帝国における宗教的思想の発展やキリスト教の普及とともに古代エジプトの神々（ラー、アメン、プタハ、オシリス等）は忘れ去られて行き、伝統的な神殿の勢力も消滅していった。史上最後となるキリスト教徒迫害を行ったディオクレティアヌス帝は303年に退位し、313年にはキリスト教がローマ帝国で公認され、コンスタンティヌス1世がローマ帝国の唯一の支配者となって以降はただ1人の例外を除き全てのローマ皇帝がキリスト教徒であった。彼らは「異教」の神殿を封鎖し、その神々への儀式を禁じていった。皇帝がもはや「ファラオ」として振る舞うことがなくなった後、エジプトの神官たちはディオクレティアヌス帝の治世が永久に続いているものと見なした。ディオクレティアヌスは「ファラオ」としてその王名が記録されている最後の人物であり、現存する最後のカルトゥーシュは340年の「ディオクレティアヌスの治世57年」のものである。そしてフィラエ島で発見された、2014年現在知られている限り最後のヒエログリフ（エジプト聖刻文字）の碑文には「ディオクレティアヌスの治世110年（394年8月24日）」のオシリス神誕生祭が記録されており、同じく最後のデモティック（民衆文字）の碑文は「ディオクレティアヌスの治世169年（452年）」に作成されたものである。これらが作成されたフィラエ島のイシス神殿はエジプト最後の「多神教」の拠点であったが、これも遂にユスティニアヌス1世（在位：527年-565年）治世下の西暦550年に公式に閉鎖された。
エジプトの歴史 グレコ・ローマン期
ローマ帝国は3世紀には政治的・軍事的混乱と内乱の時代（3世紀の危機）を経験し、軍人皇帝と呼ばれる皇帝たちの時代を経て、4世紀には複数の皇帝によって分割統治される体制が常態化した。幾たびかの分割の後、395年に史上最後となる帝国の分割が行われた。エジプトは東帝国の管轄となり、東帝国の中枢はボスポラス海峡沿岸のコンスタンティノープル市に置かれた。この東帝国（東ローマ帝国）は一般にビザンツ帝国と呼ばれる。「ローマ帝国」と「ビザンツ帝国」の境界は明確ではないが、本記事では以降、ビザンツ帝国と呼称する（ビザンツ帝国の「開始」にまつわる問題は東ローマ帝国を参照）。
西帝国（西ローマ帝国）がフン族やゲルマン人（ゲルマニア人）諸部族の侵入と戦乱で実態を喪失していく中、ビザンツ帝国は強大な政治勢力として存続した。しかし、首都の教会であるコンスタンティノープル総主教庁の権威が増大する一方で、エジプト教会とコンスタンティノープル教会の対立は深刻化した。アレクサンドリア主教テオフィロス（在任：384年-412年）によって異端とされたエジプト人修道士たちが自分たちの正しさをコンスタンティノープルに訴え出たのを切っ掛けに、最初の本格的な対立が始まった。この最初の論争はアルカディウス帝（在位383年-408年）と皇后アエリア・エウドクシアを巻き込み、最終的にコンスタンティノープル主教ヨハネスの罷免と追放に至った。以降、5世紀前半には権力闘争と一体化した教義論争が繰り広げられた。
2度目の激しい対立は428年にコンスタンティノープル主教に就任したネストリウス（ネストリオス、在任：428年-431年）とアレクサンドリア主教キュリロス（在任：412年-444年）の間で発生し、神とキリストの「神性」と「人性」を巡って論争が行われた。これは単なる神学解釈の問題にとどまらず、「ローマ帝国の首都の教会」であるコンスタンティノープル教会と、福音書記者マルコに起源をもつ伝統的教会であるアレクサンドリア教会のどちらが格上であるか、という問題と結びついていた。キュリロスはローマ教皇ケレスティヌス1世とも連携してネストリウスを罷免に追い込んだが、もう一つの有力教会であるアンティオキア教会がネストリウス派であったため、自らコンスタンティノープルに乗り込んで政治工作を続け、435年にはネストリウスの見解を支持する人々（ネストリウス派）を異端と宣言させることに成功した。しかしこの結果としてアレクサンドリア教会とアンティオキア教会の間に大きな亀裂が残った。
そして単性説の登場によって3度目の対立が燃え上がった。これはキュリロスの影響を強く受けた修道院長エウテュケスが、キリストの神性と人性は受肉によって完全に合一され、ただ一つの本性たる神性のみになったとする教義を説いたもので、それを巡って再び激しい議論と闘争が行われた。この争いは451年のカルケドン公会議において教義の複雑な合成と妥協によって収められたが、一連の議論を通じてコンスタンティノープル教会の特権が確認され、アレクサンドリア教会はローマ・コンスタンティノープルに次ぐ第3の教会に落ちる結果となったため、アレクサンドリア教会にとっては実質的な敗北となった。以降のエジプト教会はエジプト外における影響力を大きく減じていった。しかしエジプト内においてはアレクサンドリア主教がなお大きな力を維持しており、アレクサンドリア主教位を巡って親ビザンツ派（カルケドン派）と反ビザンツ派（反カルケドン派）が激しい対立を続けた。結局、両派の争いは535年頃にそれぞれが別のアレクサンドリア総主教座を設置するという結末を迎え、このうち反ビザンツ派の建てた総主教座が今日も存続しているコプト正教会へと繋がっていく。
エジプトの歴史 サーサーン朝による占領
大規模な征服活動によって地中海における「ローマ帝国」を復活させて見せたユスティニアヌス1世であったが、その没後には帝国政治は混乱し、またバルカン半島におけるスラヴ人の侵入やイベリア半島での西ゴート王国の巻き返し、東方におけるサーサーン朝からの圧迫、イタリアへのランゴバルド人の侵入など各方面での外敵の脅威に晒された。エジプトにおける脅威となったのはサーサーン朝であった。ビザンツ帝国とサーサーン朝は恒常的に戦争を繰り返していたが、ビザンツ皇帝マウリキオス（在位：582年-602年）がフォカス（在位：602年-610年）によって暗殺されると、オリエント軍司令官（magister militum per Orientum）ナルセスが反乱を起こしてサーサーン朝を呼び込み、サーサーン朝の王、ホスロー2世（パルヴィーズ、在位：590年-628年）は機会を捉えてビザンツ帝国領に対する遠征を開始した。一連の戦いは当初サーサーン朝の圧倒的優勢の下で進展し、呼応してバルカン半島方面に侵入したアヴァール人の脅威も手伝って、サーサーン朝の軍団は610年までにアナトリア、メソポタミア、コーカサスの大部分を占領した。
エジプトの歴史 サーサーン朝による占領
ビザンツ帝国では一連の危機とフォカスの失政に対して、608年にカルタゴ（北アフリカ）のエクサルコスである大ヘラクレイオスの息子ヘラクレイオスが従兄弟のニケタスとともに反乱を起こし、ニケタスが陸路エジプトへ進軍した。ニケタスの軍勢が現れるとエジプト人たちは彼を支持し、軍の司令官やアレクサンドリアの高級官僚も同調してフォカス派のアレクサンドリア主教が殺害された。フォカスはエジプト奪回を試みて複数回の攻撃を行ったが失敗し、これによってエジプトからコンスタンティノープルへの食糧供給が遮断され窮地に立たされた。610年にはヘラクレイオスが艦隊を率いてコンスタンティノープルを制圧し、フォカスを処刑して帝位についた。
東方国境ではサーサーン朝の進軍が続いており、611年から614年にかけて、ダマスカス、アンティオキア、エルサレムなどのシリア地方の大部分の都市が陥落した。617年から619年、あるいは619年から621年の間にサーサーン朝の軍勢はエジプトにも進軍し、これを占領した。シリアではユダヤ人やネストリウス派キリスト教徒たちがサーサーン朝の到来を歓迎したが、エジプトにおいても長期にわたるコンスタンティノープル教会との対立と帝国政府による宗教的圧迫のために単性派のキリスト教徒たちが同じ反応を示した。
エジプトの歴史 サーサーン朝による占領
ヘラクレイオスは一時カルタゴへの遷都を考慮するほど追い詰められたものの、620年代には本格的な反撃に移った。サーサーン朝は626年にコンスタンティノープルを包囲したが、ヘラクレイオスはサーサーン朝の本国を直撃することで事態の挽回を試みて、628年にサーサーン朝の首都クテシフォン（テーシフォーン）に迫り、ホスロー2世を失脚に追い込んだ。その後のサーサーン朝との講和で、占領された全領土がビザンツ帝国に返還され、エジプトもまたコンスタンティノープルの下に戻った。しかし、エジプトがビザンツ帝国に復帰するとただちに単性説を巡る教義論争が再燃し、様々な妥協が図られたがたちまち幻滅が広がった。
エジプトの歴史 イスラームの征服
ビザンツ帝国とサーサーン朝が共に戦争で疲弊する一方、アラビア半島ではメッカ（マッカ）のクライシュ族に生まれたムハンマドが610年頃、神（アッラー）の啓示を受け、次第に神の使徒としての自覚を深めたとされる。彼に同調する人々はアラブ人の中に次第に増えていき、後にイスラームと呼ばれる宗教が形成されていった。メッカで迫害を受けたムハンマドは622年7月16日にメディナ（マディーナ）へと遷った。これはヒジュラ（聖遷）と呼ばれ、この日はイスラーム暦の起点となっている。ムハンマドが作ったアラブ人たちのイスラーム共同体（ウンマ）はメディナの支配権を握るとともに630年にはメッカを征服し、632年にムハンマドが死んだ後はアブー・バクル（在位：632年-634年）、次いでウマル・ブン・ハッターブ（在位：634年-644年）がカリフ（ハリーファ、代行者の意）としてウンマの指導を引き継いでアラビア半島全域に支配を確立した。イスラーム共同体は633年夏にはサーサーン朝の中枢部（イラク、アル＝イラーク）に侵入を開始し、637年のカーディシーヤの戦い、642年のニハーヴァンドの戦いでサーサーン朝の軍勢を打ち破りこれを崩壊させた。彼らは同時にビザンツ帝国領であったシリアにも襲い掛かり、641年のヤルムークの戦いの勝利によってビザンツ帝国からシリアを完全に奪い取った。
エジプトの歴史 イスラームの征服
シリア各地を転戦していたイスラームの司令官アムル・ブン・アル＝アースは慎重意見を圧して639年に独断でエジプトへの侵攻を開始した。シリアからエジプトへの入り口にあたるペルシウム（アル＝ファラマー）の城塞はサーサーン朝との戦争の後修繕されておらず、1か月で陥落し、641年4月には現在のカイロ南郊にあったバビロンがムスリムの攻撃を受けた。アレクサンドリア主教キュロスとビザンツ軍司令官テオドロスが救援に向かったが敗れ、キュロスはバビロン市内に封じ込まれテオドロスはアレクサンドリアへ後退した。ビザンツ帝国における宗教対立はサーサーン朝との戦いの時と同じようにムスリムとの戦いにも影を落としていた。エジプトの反ビザンツ派（反カルケドン派、コプト）の主教ベニヤミン1世はムスリムの軍隊を受け入れ、キリスト教徒たちは抵抗しないように事前に指示されていたと言われる。
エジプトの歴史 イスラームの征服
キュロスはアラブ人たちへの貢納の支払いに同意し、ムスリム側と会談を行って、提示された和平条件を皇帝ヘラクレイオスに伝えるべくアレクサンドリアに赴いたが、反逆罪に問われ追放された。まもなくバビロンは陥落し、周辺都市も制圧されて凄惨な殺戮と略奪が繰り広げられた。同年にヘラクレイオスが死去し新たにコンスタンス2世（在位：641年-668年）が即位するとキュロスが復帰したが、彼はエジプトの維持を諦めており、定額の貢納、ビザンツ軍の安全なエジプトからの撤退、エジプトの奪回を試みないことなどを約してムスリムと講和を結んだ。同年中にアレクサンドリア（アル＝イスカンダリーヤ）は引き渡され、ビザンツ帝国はエジプトを喪失した。
エジプトの歴史 イスラームの征服
アムル・ブン・アル＝アースがバビロン近郊に構築した野営陣地がエジプトの新たな行政的中心として整備された。これはフスタート（古カイロ、ミスル・アル＝アティーカ）と呼ばれ、その後300年余りにわたってエジプトの首都となった。フスタートという名称は恐らく「野営地」を意味するギリシア語がアラビア語に転訛したものと考えられ、アラブ人たちの初期の入植地の性質を良く示している。ムスリムはビザンツ帝国の行政機構を踏襲してエジプトから利益を得ようとしたが、アムルが十分な成果を上げていないと見たカリフ・ウマルはアムルを解任し、さらに644年に新たなカリフとなったウスマーン・ブン・アッファーン（在位644年-656年）はアムルをエジプトから召喚して乳兄弟のアブドゥッラーをエジプトの統括者に任命した。
645年、ビザンツ皇帝コンスタンス2世はムスリムに反抗するアレクサンドリア市民の請願を受ける形で海路アレクサンドリアへ派兵し、エジプトの奪還を試みた。アルメニア人マヌエルが指揮する300隻の艦隊はアレクサンドリアを奪還したが、ムスリム側はこの事態にアムル・ブン・アル＝アースを直ちに復帰させて対応した。両軍は646年にニキウ（現在のミヌーフィーヤ県にあった都市）近郊で遭遇戦を戦い、ムスリム側が圧勝した（ニキウの戦い）。これによってビザンツ帝国のエジプト支配は完全に終了し、エジプトは現在に至るまでムスリムを中核とする政権の統治下に置かれている。
エジプトの歴史 イスラーム帝国
アラブ人たちのイスラーム共同体はエジプトから中央アジアに至る広大な地域を征服したが、ウスマーン治世中には征服活動が一段落した。そのためウスマーンは戦争に伴う戦利品の分配という伝統的な兵士たちへの報酬形態を改め、メディナから各地に徴税官を派遣して税を集め、その歳入からアラブ人兵士たちに一定の俸禄（アター、`Aṭā'）を支払うという改革を行った。そしてこれを担当する官庁（ディーワーン、Diwan ）がメディナに設置された。しかし、急激な制度変更には不満の声が強く、兵士たちは貢献度に見合った報酬の分配を求めて反抗の機運を高めた。ウスマーンが自らの一族（ウマイヤ家）に要職を優先的に委ねていたことが不満をさらに増幅した。各地の急進派がメディナに向けて進発し、エジプトのフスタートにいた不平派も同じくメディナへと向かった。彼らはウスマーンを殺害し、混乱の中で変わってアリー（在位：在位656年-661年）がカリフ位についた。しかし、ウマイヤ家のシリア総督ムアーウィヤはウスマーンの報復を誓い、アリーと衝突した。両者は衝突の後、講和を話し合ったが、これに不満を抱いたアリー軍の一部兵士たちが離脱し（ハワーリジュ派）、彼らによって661年にアリーが殺害された。この一連の過程は第一次内乱と呼ばれ、アリーの殺害をもって正統カリフ時代の終わりとされる。ウマイヤ家のムアーウィヤは既に660年に自らをカリフと宣言しており、アリーの死亡によってムスリムの大半にカリフとして認められた（在位：661年-680年）。彼は自らの拠点であるシリアのダマスカスに都を定め、以降自らの子孫にカリフ位を世襲させた。これをウマイヤ朝と呼ぶ。さらに746年にはウマイヤ家に反対するアッバース家が反乱に踏み切り、750年にはアブー・アル＝アッバースがカリフとしてアッバース朝を建設した。
エジプトの歴史 イスラーム帝国
イスラーム時代初期のエジプトはムスリムによる西方へさらなる拡大のための拠点となった。既に第一次、第二次内乱以前から、ムスリムたちはエジプトを拠点にビザンツ帝国領北アフリカ（イフリーキーヤ）への遠征を行っていたが、内乱終結後には本格化した。また、アレクサンドリアの港はシリア（レヴァント）のそれとならんでムスリム艦隊の造船所及び拠点となり、ビザンツ帝国領への攻撃を支えた。
エジプトの歴史 イスラーム帝国
第二次内乱を経てエジプト総督となったアブドゥルアズィーズは彼自身の功績と出自（カリフ・マルワーン1世の息子であり、その次のカリフ・アブド・アルマリクの兄弟）のために各地の総督の中でも特に強力であり、カリフの意のままにならない存在であった。しかし、彼の死後にはカリフ権力はエジプトを統治する総督権力を分割することを試み、エジプトには軍指揮権を握る総督（wālī、またはamīr）と税務長官（ṣaḥib al-ẖarāg、またはṣaḥib al-ẖarāgi-hā）が別々に任命された。このような処置は正統カリフ時代から各地で見られるものではあったが、多くの場合それは一時的な処置であり、総督位と税務長官位の並立が長期にわたって継続したことはエジプトにおける大きな特徴である。
エジプトの歴史 イスラーム帝国
ムスリム支配地の拡大に伴って外敵の脅威が和らぐ一方で、エジプト内部ではコプト人の蜂起や、アル＝シャーム（シリア）・アル＝イラーク（イラク）の中央政権の政治紛争と結びついた闘争が常態化した。コプト人の蜂起の理由は主として徴税に対する不満であった。エジプトの征服の際、初代総督アムルは比較的寛大な条件の税（上納金）の支払いと、それが将来に渡って増額されないことなどを約束してエジプトの民心を掴み迅速な支配の拡大に成功したと伝えられている。エジプトの住民はほとんど全てキリスト教徒（コプト教徒、コプト人）であり、彼らはいわゆる契約の民（ahl al-dhimma）としてムスリムの「庇護下」に置かれ、人頭税（ジズヤ）と引き換えに自らの信仰を維持することを認められていた。こうした人々はズィンミー（庇護民）と呼ばれる。しかし、カリフの関心が主にエジプトの歳入にあったため時代とともに徴税強化・増税が押し進められていった。ウマイヤ朝末期には人頭税の回避やアラブ遊牧民の植民増加、婚姻などを通じてイスラームへの改宗が増加し始めた。しかし、アラブ人の統治者は人頭税の減少による税収減を嫌い、むしろイスラームへの改宗を抑制する場合すらあり、改宗者に対しても人頭税の納付を要求することも行った。とはいえ、705年に行政言語がアラビア語に改められ、718年には徴税官吏がムスリムのみに認められるようになるなど、ムスリムの社会的優位は明らかであり、ウマイヤ朝末期にはコプト社会に対するムスリム側の統制は本格化していった。そして、相当数のアラブ人がエジプトに移住し定着したが、原住地との部族的紐帯を維持していたこれらのアラブ人たちの存在は中央政府の政争とエジプトを結び付けた。このような状況を背景に、ウマイヤ朝末期からアッバース朝期にかけて、主に徴税に不満を持つ現地のエジプト人（コプト人）やアラブ人部族が反体制派として頻繁に蜂起した。
エジプトの歴史 イスラーム帝国
アッバース朝ではカリフ、ハールーン・アッ＝ラシード（在位：786年-809年）が息子であるアミーン（在位：809年-813年）とマアムーン（在位：813年-833年）にアッバース朝の領土を分割相続させようとしたことを端緒として、この両者がカリフ位を争う内戦が発生した。エジプトのアラブ人たちも二派に分かれて争い、彼らはその過程で軍事的・政治的地位を上昇させていった。マアムーンの勝利によって内乱が終わった後もエジプトの現地アラブ人たちは内戦中に手に入れた政治的地位を維持し続けた。9世紀初頭に総督位を得たアル＝サリ・ブン・アル＝ハカムやアブドゥルアズィーズ・ブン・アル＝ワズィール・アル＝ジャラウィーなどがこのような人物の代表例である。エジプトのアラブ人たちは徴税を拒否し、さらにアンダルス（イベリア半島）から到来したアラブ人（アンダルス人）たちがアレクサンドリアを襲うなどして、エジプトの統治機構は混乱した。この一連の政治不安は、特に下エジプトにおいてコプト人社会に大きな打撃を与えた。カリフ・マアムーンはエジプトの統制を回復すべく長期にわたる努力を続け、825/826年にマアムーンによって派遣されたイブン・ターヒルが、アレクサンドリアのアンダルス人を放逐するとともに、数年がかりでエジプトの秩序回復に成功した。コプト人たちはなお徴税に対する抵抗を続け、830年頃にはこうした抵抗運動の中で最大かつ最後となるバシュムール反乱が発生したが、カリフ・マアムーン自らが率いた軍による苛烈な破壊によって鎮圧された。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
9世紀に入るとアッバース朝のカリフを中心としたイスラーム世界の秩序は大きな転機を迎えていた。その要因の1つはマムルーク（白人奴隷兵士）またはグラームなどと呼ばれる奴隷兵士の台頭である。アッバース朝期の非アラブ人の役割の増大や内戦、中央アジアの「トゥルク人」奴隷兵士（マムルーク/グラーム）の大規模購入などを通じて、奴隷兵士（以下、全てマムルークと表記する。ただしマムルークを始めとした奴隷軍人の定義の問題は煩瑣であり、この用法は便宜上のものであることに注意されたい）たちがアッバース朝の軍事・社会において大きな役割を果たすようになっていった。
もう1つの要因はアッバース朝の中央政権の求心力が低下し、各地で自律的な政権が誕生していったことである。既にイベリア半島では後ウマイヤ朝（756年-1031年）、モロッコでイドリース朝（789年-985年）、イフリーキーヤでアグラブ朝（800年-904年）が成立してアッバース朝の統制を離れていたが、アミーンとマアムーンのカリフ位争いによる内乱がこの分裂傾向に拍車をかけた。イラン高原ではサッファール朝、サーマーン朝、ターヒル朝が成立している。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
この大きな潮流の中、カリフとなったムウタスィム（在位：833年-842年）は、伝統が長く自分への忠誠心が疑わしいアッバース朝の旧来の主力軍団（ホラーサーン軍団）に代わる子飼いの戦力として大量のマムルークを購入したが、首都バグダードの市民やホラーサーン軍団の強い反発を受けたことから、手勢のマムルーク軍団を守るためにサーマッラーへの遷都を行った。この時サーマッラーにムウタスィムとともに移動したフェルガナ出身のマムルーク軍人の子供にアフマド・ブン・トゥールーン（イブン・トゥールーン）がいた。成長した彼は868年に総督の副官としてエジプトに派遣され、程なくして独立政権を打ち立てた。これがトゥールーン朝である。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
トゥールーン朝は短命な政権であったが、その成立によってエジプトは再び独立した政治勢力となった。これはローマ帝国にエジプトが併合されて以来のことであった。トゥールーン朝の成立はエジプトに大きな経済的繁栄をもたらすことになる。長期にわたり、徴税のみを主たる興味の対象とする短任期の総督たち（カリフ時代のエジプト総督の平均在職期間は2年強に過ぎない）によって厳しい徴税に晒され、生産物を「中央」に奪われていたエジプトは、イブン・トゥールーンによる自立と、彼のシリア・パレスチナへの勢力拡大によって逆に小帝国の中央となった。国外に搬出されることがなくなった富は内政の充実へと向けられ、新たなナイル川の水位計の設置をはじめとした灌漑の改善、フスタートの新たな街区（アル＝カターイ）の開発等が行われた。この時、アル＝カターイに建設されたイブン・トゥールーン・モスクは現存するエジプト最古のモスクである。この財力を背景とした大規模な軍隊がトゥールーン朝の支配を支えた。イブン・トゥールーンの下には7,000人のアラブ人自由民兵士、24,000人のマムルーク騎士、そして45,000人の黒人奴隷兵士がいたと伝えられる。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
884年にフマーラワイフ（在位：884年-895年）がイブン・トゥールーンの跡を継いだ。フマーラワイフは豪華な宮殿の建設、娘カトラ・アル＝ナダーのアッバース朝カリフへの輿入りの際の法外な持参金など、その放蕩ぶりを伝える多彩な逸話が残されている。イスラーム美術としては非常に珍しい生前の人物の彫像、即ちフマーラワイフ自身と妃たちの等身大の木像も造られたという。彼の存命中はなおトゥールーン朝は繁栄を謳歌していたが、その死後には軍への給与支払いが可能なだけの資金は残されていなかった。軍団からの支持を失ったトゥールーン朝は無政府状態へと陥り、905年にアッバース朝によって取り潰された。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
ほぼ同じ頃（9世紀末）、イスラーム教シーア派の一分派であるイスマーイール派がイフリーキーヤで宣教活動を行い、現地ベルベル人のクターマ族の支持を獲得することに成功した。イスマーイール派の指導者ウバイドゥッラー（アブドゥッラー）はシリアからチュニジア（イフリーキーヤ）に渡り、910年に自らがマフディー（救世主）かつカリフであると宣言した。彼は第4代正統カリフであるアリーの妻ファーティマ（預言者ムハンマドの娘）の血を引くと称しており、この新たな政権をファーティマ朝と呼ぶ。スンナ派を中核とするアッバース朝カリフに対し、シーア派の指導者がカリフを宣言して対抗姿勢を明らかにしたことはイスラーム世界における新たな出来事であった。当初、カリフ・ウバイドゥッラーはイフリーキーヤに打ち立てた政権をあくまでもアッバース朝に対抗するための当座の拠点であると位置づけており、最終目標としてアッバース朝の打倒を目指した。そのため、ファーティマ朝は成立直後から東進を企て、はやくも913/914年冬にはエジプトに遠征軍を派遣した。この遠征軍は当初アレクサンドリアを占領しフスタートに迫ったが撃退され、919/920年に再度攻撃をかけたもののこれも失敗に終わった。エジプトでの敗北によってファーティマ朝は短期間でのアッバース朝打倒を諦め、イフリーキーヤでの基盤づくりに方針を切り替えた。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
935年にアッバース朝のエジプト総督として派遣されたテュルク系軍人ムハンマド・ブン・トゥグジェは、翌年に行われた3度目のファーティマ朝の遠征を退けてカリフからイフシードの称号を得た。その後、彼はイブン・トゥールーンと同じようにマムルークと黒人兵士を集めて独立勢力化しアッバース朝の統制を離れた（イフシード朝）。しかし、ファーティマ朝の第4代カリフ・ムイッズ（在位：953年-975年）がシチリア島出身のジャウハルを司令官として再びエジプト遠征を開始すると、イフシード朝は有効な対応を取ることができなかった。969年7月にジャウハルがフスタートに入城し、イフシード朝は短命の歴史を終えた。ファーティマ朝は征服直後からフスタートの北に新たな都の建設を開始した。この都市はアル＝カーヒラ・アル＝ムイッズィーヤ（ムイッズの勝利）と命名され、カリフ・ムイッズは973年にここに拠点を遷した。以降アラブ人たちはこの都市を単にアル＝カーヒラ（カイロ）と呼んでいる。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
エジプトを征服したファーティマ朝はさらに東西へと勢力を広げ、第5代カリフのアブー＝マンスール・ニザール・アル＝アズィーズの時代には金曜礼拝のフトゥバ（説教）において彼の名前を唱える地域は大西洋岸からモロッコとシリア、ヒジャーズ（アラビア半島西南部）、さらに一度だけとはいえ北部イラクのモースルにまで広がり、名目上はこの全域にファーティマ朝の支配が及んだ。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
イスマーイール派政権であったファーティマ朝は成立当初、イフリーキーヤにおいてスンナ派への激しい攻撃を行い、数多くの亡命者や死者を出すなどしていたが、エジプトの征服に際してはシーア派の礼拝形式の導入を行うなどはしたものの、寛容な方針であたり、スンナ派住民の強制的な改宗などは行われなかった。カリフ・ハーキム（在位：996年-1021年）の時代に行われた過酷な弾圧こそ有名であるものの、キリスト教徒やユダヤ教徒はイスラーム期に入って以来かつてなかった程の寛容さを享受し、ファーティマ朝時代は非ムスリムの黄金時代であったともされる。ワズィール（宰相）を始めとした政府高官職にキリスト教徒が任命されることも珍しくなく、キリスト教やユダヤ教の施設に支援が行われ、カリフがそれを訪れることもあった。商工業や美術に対する統制も緩く、ファーティマ朝期のエジプトは経済的に繁栄し、工芸が栄えた。学術研究も盛んになり、アズィーズの時代に建設されたアズハル・モスク付属のマドラサ（学院）はその後エジプトを代表する教育機関へと発展した。これは今日でもアズハル大学として存続している。そして、ハーキムの時代には、シーア派の教義を普及させるという目的を帯びて、「学芸/英知の館」（ダール・アル＝イルム）と呼ばれる学術施設と基金が設立され、天文学や光学が発達した。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
ハーキムの死後、王朝の実権は次第にワズィールたちの手に移るようになり、またベルベル人、テュルク人（トルコ人）、アルメニア人、ユダヤ教徒、キリスト教徒、黒人（スーダン人）など様々な勢力が複雑な権力闘争を繰り広げ、政治は不安定化した。1073年にワズィールとして抜擢されたアルメニア人バドル・アル＝ジャマーリーがアルメニア人軍団（アル＝ジュユースィーヤ、al-juyūshiyya）の勢力を背景に一時的な混乱の収拾に成功したものの、その死後以降は各派閥に推されたワズィールたちの間で絶えることのない争いが続けられた。
同時に、東方のイラクでは新たな事態が発生していた。それは中央アジアから到来したセルジューク族（サルジューク）の活動である。セルジューク族の首長トゥグリル・ベクは1055年にバグダードに入場し、現地を支配下に置いていたブワイフ朝の勢力を放逐してアッバース朝のカリフを保護下に置いた。その後、ブワイフ朝のバグダード駐留軍司令官であったバサーシーリが1058年にバグダードを奪還し、アッバース朝カリフのカーイムに強要してファーティマ朝のカリフに全ての権利とカリフの聖器を譲渡するという文書に調印させるという一コマがあったが、間もなくトゥグリル・ベクがバグダードを再占領し、11世紀後半にはセルジューク族がシリアとヒジャーズ地方をファーティマ朝から奪取した。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
一連の内憂外患に幼少のカリフの即位が加わり、ファーティマ朝のカリフ権力は失墜した。カリフ・ハーフィズ（在位：1132年-1149年）が死没した頃には、カリフの支配は宮殿内部にしか及ばなくなっていた。そして権力を争うワズィールの地位も繰り返される暗殺によって目まぐるしく交代し続けていた。当時のファーティマ朝の宮廷で過ごした人物は渦巻く陰謀と嫉妬、権力争いの激しさを伝えている。
1095年のクレルモン公会議においてローマ教皇ウルバヌス2世はキリスト教徒たちに聖地奪還のための十字軍を呼び掛けた。これはアナトリアでルーム・セルジューク朝と争うビザンツ帝国の救援要請にローマ教皇が応えた結果であり、翌1096年に先遣隊が派遣されて以来、アナトリア、シリアが十字軍の攻撃に晒された。十字軍に参加した諸侯はシリアの沿岸地帯を中心に多数の植民国家を形成した。これは通常十字軍国家と呼ばれる。この十字軍はムスリム側の史料では「フランク（franj、ifranj）」と呼ばれる。シリアのムスリム勢力は相互に争っていて十字軍に対抗できず、アッバース朝とセルジューク朝による対応も限定的なものに留まった。
エジプトの歴史 イスラーム世界の多極化とエジプト
1167年、十字軍国家の1つエルサレム王国が弱体化したファーティマ朝に襲い掛かり、翌年にはフスタートに迫った。ファーティマ朝の実権を握っていたワズィールのシャーワルは占領を阻止するためにフスタートを焼き払い、カリフ・アーディド（在位：1160年-1171年）は北部イラクとシリアで十字軍と戦っていたザンギー朝のヌールッディーンに救援を求めた。ザンギー朝は既にこれ以前からファーティマ朝の権力闘争に介入を行っており、エジプトに派遣された経験のあるアイユーブ家のシールクーフと甥のサラーフッディーン（サラディン）が共にエジプトに入った。1169年、シールクーフはシャーワルを処刑し自らがファーティマ朝のワズィールの地位に就いたが、間もなく急死したためその地位はサラーフッディーンが引き継いだ。
サラーフッディーンはザンギー朝のヌールッディーンのエジプトにおけるナーイブ（代理、nā'ib）であると同時にファーティマ朝のアーディドによって任命されたワズィール（宰相）でもあるという複雑な立場となった。彼はエジプト統治にあたって、もはや死に体であるファーティマ朝の権威を否定し、アッバース朝のカリフの名のフトゥバで唱えさせた。1171年、最後のファーティマ朝のカリフ・アーディドの死と共にファーティマ朝の歴史は終焉を迎えた。サラーフッディーンはアッバース朝を奉ずることで正統性を確立し、さらに周辺へ勢力を拡張したが、その勢力拡大に脅威を覚えたヌールッディーンは貢納を要求し両者の関係は悪化した。1174年にヌールッディーンが死去し、幼い息子がその地位を継ぐと、サラーフッディーンはザンギー朝の乗っ取りを画策してシリアに侵攻し、1175年にザンギー朝の軍勢を破った。シリアを支配下に置いたサラーフッディーンはヌールッディーンの未亡人を娶りザンギー朝の後継者となると共に、アッバース朝のカリフから「シリア・イエメン・エジプトのスルターン」であることを承認された。
サラーフッディーンが打ち立てた政権はアイユーブ朝と呼ばれる。アイユーブ朝もまた比較的短命の王朝ではあったが、近代まで継続する諸制度を確立しエジプト国家・行政・社会に大きな影響を残すことになる。サラーフッディーンは、ファーティマ朝後期に大きな権力を振るったアルメニア人軍団と、ファーティマ朝を支えたもう一つの軍事力の柱であった黒人奴隷軍団も解体した。そしてクルド人やテュルク人を主体とする自らのマムルークを購入して新たな軍団を作り、それを支える財源として一族と取り巻きの家臣（アミール）たちにイクターを割り当てた。これがエジプトにおける本格的なイクター制の導入となる。これは旧来のアター（俸禄）に替えて、軍事的奉仕（ヒドマ、khidma、建設事業への普請なども含む）と引き換えに軍人に徴税権（イクター）を付与するものであり、ブワイフ朝期にイラク地方で始まり、ザンギー朝にも導入されたものである。その他、税制の改革や通貨の改鋳などの行財政改革、シーア派の排除、城砦の建設などを通じて新たなエジプトの政治体制が構築されていった。サラーフッディーンが1167年から1177年にかけてカイロとフスタートの間のムカッタムの丘に建設した城砦は近代のムハンマド・アリー朝時代までエジプト支配の中枢として機能することになる。
エジプト、シリアにおける支配を盤石のものとしたサラーフッディーンは1186年に本格的な対十字軍の戦いを開始し、翌年にはヒッティーンの戦いで勝利を収めエルサレムを制圧した。十字軍国家支配地が脅威に晒されたことで、キリスト教諸国は神聖ローマ皇帝フリードリヒ1世（バルバロッサ、赤髭）やイングランド王リチャード1世（獅子心王）らを中心に第3回十字軍（1189年-1192年）を実施した。一連の戦いは数々の伝説的な逸話を生み出し、サラーフッディーンはヨーロッパにおいてもアラブにおいても英雄として記憶されている。そして、1192年に海岸地帯をキリスト教徒が、内陸をムスリムが支配し、聖地エルサレムへの巡礼を妨げない、などの条件で講和が結ばれた。講和の翌年にサラーフッディーンは死去し、アイユーブ朝の領土は彼の息子たちによって分割相続された。
エジプトの歴史 マムルーク朝
サラーフッディーンの息子たちによって分割されたアイユーブ朝は緩やかな連合国家を形成したが、相互の利害は必ずしも一致せず、十字軍国家も巻き込んでの政争が行われた。そして、ヨーロッパから襲来する十字軍はこの時期、エジプトを主たる攻撃目標とした。1217年から始まった第5回十字軍はエジプトの重要な港湾都市ダミエッタ（ディムヤート）を1219年に占領した。エルサレムに入城した第6回十字軍（無血十字軍、1229年）を経て、第7回十字軍（1248年-1254年）を主導したフランス王ルイ9世が1249年にダミエッタを再占領した。
エジプトの歴史 マムルーク朝
戦いの最中、アイユーブ朝のスルターンとしてカイロ政権を率いていたサーリフが陣中で病死（1249年）すると、妻のシャジャル・アッ＝ドゥッルは軍の士気が崩壊するのを恐れ、夫が生きているかの如く振る舞って文書を発行し続けたという。そしてメソポタミアからサーリフの前妻の息子トゥーラーン・シャー（在位：1249年-1250年）が帰国し、スルターンとなった。サーリフが購入し組織したマムルーク軍団（バフリー・マムルーク軍団）とそれを指揮するバイバルスらによってフランス軍（第7回十字軍）は撃破され外敵の脅威は除かれたが、トゥーラーン・シャーは継母シャジャル・アッ＝ドゥッルと折り合いが悪く、またバフリー・マムルーク軍団出身のアミール（将軍）たちを次々と逮捕して軍団の弱体化を図った。このためバイバルスらは1250年5月、クーデターを起こしトゥーラーン・シャーを殺害するとともに、シャジャル・アッ＝ドゥッルをスルターンに推戴した。これがマムルーク朝の成立であり、バフリー・マムルーク軍団が政権中枢を占めた初期マムルーク朝時代はバフリー・マムルーク朝とも呼ばれる。またシャジャル・アッ＝ドゥッルは、イスラーム史上初の女性のスルターンとなった。しかし女性スルターンの誕生には広範な反発が巻き起こり、情勢不穏を感じ取ったシャジャル・アッ＝ドゥッルはバフリー・マムルーク軍団の総司令官（アター・ベグ）イッズッディーン・アイバクと結婚し、即位から80日後にこの新たな夫にスルターン位を譲渡した。
エジプトの歴史 マムルーク朝
このマムルーク（奴隷）の政権に対しても、国土の正統な所有権を主張するアラブ遊牧民の反乱などが続き政権は安定しなかった。最終的に転機が訪れたのは中央アジアから到来したフレグ率いるモンゴル軍がシリアに侵入した時であった。これを迎え撃つため、バイバルスの指揮でバフリー・マムルーク軍団がシリアに向かい、1260年9月にアイン・ジャールートの戦いで圧勝を収めた。この勝利によってマムルーク朝は自らこそがイスラーム世界の真の防衛者であることを内外に強く印象付けることができた。また、ファーティマ朝期から継続していたバグダードからの知識人や商人の流入により、マムルーク朝時代にはエジプトがアラブ世界の政治・文化をリードする中心地としての地位を確立していくこととなる。モンゴルに追われたアッバース朝のカリフもマムルーク朝に逃げ込みその庇護を受けた。これはイスラーム世界におけるバグダードからの重心の移動を象徴する出来事であった。
エジプトの歴史 マムルーク朝
紆余曲折を経つつも、マムルーク朝は血統原理による世襲ではなく、スルターン所有のマムルーク軍人の中から次代のスルターンを選抜するという特異な王位継承制度を発展させていった。マムルークはその来歴やスルターン所有のマムルークかアミール（将軍）所有のマムルークか、といった要素によって区別された。マムルークたちは幼い頃に奴隷商人を通じてスルターンやアミールに購入されて軍人養成所に入れられ、武芸学問の教育を受けた。そして成人後には主人の下で軍人として職務についた。彼らの養育費は全て主人の負担であり、主人とマムルークの関係は親子のようなものと見なされていた。また、同じ軍人養成所を出た仲間たちは同窓意識（フシュダーシーヤ）を強く持ち、マムルーク軍人たちにとって同窓関係は強い意義を持った。スルターン位を継ぐものは慣例としてスルターン所有のマムルークの中から選ばれ、たとえスルターンの子供であってもマムルークとして購入され軍人養成所を出たという経歴を持たないものはマムルーク軍団に入ることができず、スルターン位を継承することもできなかった。このためスルターンの子弟は自由身分出身者やマムルーク子弟からなる格下のハルカ騎士団に所属するか、軍人以外の道を選ばなければならなかった。
エジプトの歴史 マムルーク朝
マムルーク朝の歴代スルターンはそれぞれに子飼いのマムルーク軍団を編成したため、時代の進展とともにマムルークとその子弟の人員は増大し13世紀末頃までにはイクターを付与する土地の枯渇が重大な問題として浮上するようになった。13世紀末にアミールたちの傀儡として即位したスルターンのナースィル・ムハンマドをマンスール・ラージーン（フサーム）が排除し、彼によって1298年に検知（ラージーン検知、フサーム検知）とイクターの再分配が試みられたが、スルターンのマムルーク軍団に著しく偏重した配分のために他のマムルーク軍団やハルカ騎士団の強い反発を受け、1299年にブルジー・マムルーク軍団の総司令官クルジー（Saif al-Din Kirji）らによって1299年にラージーンは殺害された。ブルジー・マムルーク軍団は、スルターン・カラーウーン（在位：1279年-1290年）が編成したマムルーク軍団である。その後、スルターン位を追われたナースィルが激しい権力闘争の中で玉座を奪還し、その後も退位と即位を繰り返して3度スルターンとなった。ナースィルもまたイクターの再分配を試み、史上名高いナースィル検知によって抜本的な税制改革を行うとともに、ジズヤ（人頭税）のイクターへの組み込みなどとあわせてバフリー・マムルーク朝の国家体制を一新した。
エジプトの歴史 マムルーク朝
ナースィルの改革によって統治は安定したが、14世紀半ばに入ると黒死病（ペスト）の記録的な流行がエジプトを襲った。ペストはモンゴルによって中東地方に伝染したとも言われ、当時ユーラシア大陸の広い範囲で大流行となっていた。エジプトでも1347年の最初の流行以降、マムルーク朝の滅亡に至るまで、平均して8-9年に1度の割合でペストの流行が断続的に続き、総人口の4分の1から3分の1が失われたとされる。激しい人口減は兵力の減衰、税収の低下という形でマムルーク朝の支配体制を揺さぶり、税収の分配をめぐってスルターンやアミール間での争いも激化した。
エジプトの歴史 マムルーク朝
ナースィルが1341年に死去した後、スルターン所有のマムルーク軍団から新スルターンを選定するというマムルーク朝の伝統は後退し、ナースィルの血族（ナースィルの父カラーウーンの子孫）がスルターン位に就くべきであるという意識が共有された。しかし実態はスルターンは傀儡と化して実権は有力なアミールたちの手に握られるようになり、やがて複数のアミールの合議による集団指導体制が形成された。その後もアミールやマムルーク軍団たちの権力闘争はやむことはなく、クーデターや武力蜂起が繰り返された。やがて、争いの中でブルジー・マムルーク軍団が優勢となり、その長バルクーク（在位：1382年-1389年、1390年-1399年）がスルターンに推戴された。これによりカラーウーンの子孫たちによるスルターン位の継承も終わり、以降の時代はブルジー・マムルーク朝と呼ばれる。また、このブルジー・マムルーク軍団の主要構成員がチェルケス人奴隷であったことから、チェルケス朝とも呼ばれる。
エジプトの歴史 マムルーク朝
ブルジー・マムルーク朝の立役者となったバルクークが死去した後、マムルーク朝では再びクーデターと反乱が頻発し世相が安定しなかった。バフリー朝時代からのペストの流行は変わらず猛威を振るっており、このことは政治・社会に大きな影響を与えた。スルターン・バルスバーイ（在位：1422年-1438年）はペストの流行を人々の罪に対する神の罰と解釈し、異教徒への課税の強化や戒律の厳格な実践を要求する一方、イクターからの税収減を補うために様々な代替制度が準備された。既に、バフリー・マムルーク朝末期から、有力なアミールたちは減少するイクターの収入を補填するために国家がハラージュ（地租）を徴収する直轄地を「賃借地」として手中に収め、私有地も含めて私財の獲得にまい進していた。スルターンもまた元来はアミールの一員であったことから、このような私財を蓄え、広大な私領を抱えていった。また、バルスバーイは香辛料、砂糖、織物などの専売制を敷き、スルターン自身がこれらの商品をヨーロッパ商人に割高の価格で販売することを定めたことが知られている。ブルジー朝期においては、アミール時代からの資産獲得活動の一環として、スルターンという地位を利用しての国家資産からスルターン私財への転用も頻繁に行われた。しかし、スルターン私財の多くが国家資産の転用となったことで、スルターン私財と国家資産の区別は曖昧となり、やがてスルターン私財はスルターン就任者が直接掌握する地位に付属した財源に発展していった。
マムルーク朝が財政難や様々な政治的混乱を乗り切るべく大きな変化を遂げている最中、中東ではオスマン帝国が急速に勢力を拡大し、政治地図を大きく塗り替えつつあった。オスマン・ベイ（在位：1299年-1326年）率いる小集団から出発したオスマン帝国は、15世紀にはビザンツ帝国を滅ぼし（1453年）、アナトリア半島のテュルク系諸侯も次々と制圧するとともに、バルカン半島にも勢力を拡張していた。15世紀半ば以降、マムルーク朝支配下にあったシリアにオスマン帝国が侵入するようになり、その軍事的圧力はマムルーク朝の財政難を一層深刻化させた。銃火器を多用するオスマン帝国軍に対抗するためにマムルーク朝でも銃砲の導入が進められたが、騎乗して戦うことを重視したマムルークたちがこれを忌避したため、新編の軍団や傭兵という形で銃砲を装備した歩兵軍団が整備された。
また、マムルーク軍団は元来、軍事奉仕の引き換えに割り当てられたイクターによって武装を自弁するのが建前であったが、イクターによる収益の縮小はそれを不可能なものとし、この頃にはスルターンに集中した財政からの俸禄の支払いが重要になるとともに、軍事力は弱体化していた。しかしこの俸禄も女性や子供を含む戦闘能力を持たないマムルーク子弟たちの間で単なる収入源として受給するものが増えていた。スルターン、カーイトバーイ（在位：1468年-1496年）の時代には、シリア周辺における相次ぐオスマン帝国との戦闘によって巨額の遠征費用と俸禄が必要とされたため、財政を回復させるべく俸禄の支給対象者の軍事能力審査などの改革を行われ、財政再建が図られた。
しかし、最終的にマムルーク朝はオスマン帝国の圧力に対抗することはできなかった。スルターン・ガウリー（在位：1501年-1516年）は1516年8月にシリアのアレッポ北方にあるマルジュ・ダービクの戦いでオスマン帝国のスルターン・セリム1世（在位：1512年-1520年）に敗れて戦死し、次いで最後の抵抗を試みたトゥーマーンバーイ（在位：1516年-1517年）もカイロ近郊で敗れ、1517年1月にオスマン帝国軍がカイロに入場した。トゥーマーンバーイは逃亡を図ったが捕らえられて殺害され、ここにマムルーク朝が滅亡しエジプトはオスマン帝国の一属州となった。
エジプトの歴史 オスマン帝国支配下のエジプト
オスマン帝国による征服後、ハーイルバク（ハユル・ベイ）がエジプト統治者として送り込まれたが、ジャーニム・アル＝サイフィー（Jànım al-Sayfì）とイーナール（Inàl）の反乱（1522年）、そして「反逆者（al-Khà"in）」ハイン・アフメト・パシャ（A˙med Pasha）の反乱（1523年-1524年）が相次いで発生した。これを鎮圧した後に、スレイマン1世（壮麗王）によって派遣された大宰相パルガル・イブラヒム・パシャが1525年に規定したカーヌーン・ナーメ（Qānūn Nāmeh、地方行政法令集）により、諮問会議（ディーワーン）およびオスマン帝国軍と現地軍から支援を受けたパシャの称号を持つ総督（ワーリー）によってエジプトが統治されることが定められ、安定した。
エジプトの歴史 オスマン帝国支配下のエジプト
オスマン帝国によるエジプトの征服は、現地におけるマムルークたちの権力を失わせることはなかった。エジプトの行政機構はイスタンブル（コンスタンティノープル）から派遣された官吏によって率いられていたが、官・軍いずれにおいてもマムルークたちから供給された人員が入り込んだ。ブルジー・マムルーク朝をリードしたチェルケス人のマムルークは、引き続きオスマン帝国が編成する現地エジプト軍の主要構成員の1つであり、軍人として高い地位を確保していた。マムルーク朝時代の地方総督（カーシフ）による地方統治という基本的な構造はカーヌーン・ナーメの規定でも継承されていた。カーヌーン・ナーメには下エジプトから中部エジプトにかけてと、西部砂漠にカーシフが統治する13の県（sub-province）がリストアップされている。アスユート以南の上エジプトではアラブ人のシャイフ、バヌー・ウマル（Banū 'Umar）が支配を維持しており、カーヌーン・ナーメの規定では下エジプトのカーシフたちと同じ権能を果たすことが期待されていた。上エジプトの半自律的なアラブ部族の支配は1576年にオスマン帝国が上エジプトの支配者としてベイ（有力者たちが用いた称号）を任命するまで継続した。
エジプトの歴史 オスマン帝国支配下のエジプト
16世紀末になるとオスマン帝国の財政難やインフレーションの影響を受けて駐留軍への俸給に問題が生じ、不満を強めた兵士たちによる示威行動や騒乱が頻発するようになった。1604年にはエジプト総督イブラヒム・パシャが蜂起した兵士たちによって殺害される事態となり、1607年6月に新総督となったクルクラン・メフメト・パシャは状況を調査した上で、総督殺害に関与した者たちをカイロから追放し、その報酬を没収した。その後の締め付けに対し、1609年1月には広範な反乱が発生し、反逆者たちは自分たちの中からスルターンの選出を行い、大軍を集めた。メフメト・パシャは同年中にこの反乱軍を撃破し首謀者たちを処刑、または追放した。この出来事は17世紀の年代記作家イブン・アビー・スルールによって「オスマン帝国による第2のエジプト征服」と呼ばれている。
エジプトの歴史 オスマン帝国支配下のエジプト
オスマン帝国の支配は再建されたが、17世紀に入ると、ベイと呼ばれる有力軍人たちがエジプト政治における発言権を増大させていった。ベイの地位に就く軍人にはアナトリアやバルカン半島出身の自由身分の軍人や、チェルケス系マムルークらがおり、彼らはマムルーク軍人を中心としたフィカーリーヤと非マムルーク系軍人を中核としたカースィミーヤという2大派閥を形成していった。この両派閥の対立は17世紀のエジプト政界の中核をなした。17世紀前半にはフィカーリーヤの有力者リドワーン・ベイが25年にわたってアミール・アル＝ハッジ（巡礼長官）を務めて大きな権力を振るい、17世紀半ば以降はイスタンブルから送り込まれたボスニア系のアフマド・ベイがカースィミーヤを率いて優位に立った。この間、オスマン帝国が任命するエジプト総督の権威は継続的に低下し続け、しばしば現地の反対によって就任が拒否されたり、現地が推す総督をイスタンブルが追認する事態も発生した。
エジプトの歴史 オスマン帝国支配下のエジプト
17世紀末になると、エジプトに駐留するオスマン帝国の歩兵軍であるイェニチェリとアザブがカイロの商工業者と結びついて勢力を拡大し、同時にアナトリアから流入した自由身分の兵士たちを吸収して軍事的にも影響力を拡大していった。両軍はそれぞれにフィカーリーヤ、カースィミーヤと結びついて派閥抗争を繰り広げ、1711年には武力衝突の結果カースィミーヤとアザブ軍が勝利した。エジプト総督はフィカーリーヤを支持していたが、この戦いの結果新任の総督に交代させられることとなり、オスマン帝国はこの「反乱軍」を黙認した。主導権を握ったカースィミーヤでは間もなく内部対立が始まり、この争いに勝利したイスマーイール・ベイはオスマン帝国政府からシャイフ・アル＝バラド（カイロの長）という称号を授与された。以降、エジプトの政策決定には総督と並んでこのシャイフ・アル＝バラドが重要性を増していくことになる。その後、フィカーリーヤが盛り返し、1724年にフィカーリーヤのシルカス・ベイがシャイフ・アル＝バラドに昇格したが、彼もまた間もなく地位を追われた。
エジプトの歴史 オスマン帝国支配下のエジプト
両派の争いの中で、1730年代に入ると、イェニチェリ軍団内に登場した党派カーズダグリーヤがその勢力を増した。1736年にカーズダグリーヤの主導権を握ったイブラーヒーム・カトフダーは、派閥抗争に最終的な勝利を収めていたフィカーリーヤの勢力を一掃し、カーズダグリーヤによるエジプト支配体制が形成された。イェニチェリ軍団内の派閥から発達したカーズダグリーヤはアナトリア系の自由身分兵士を中核としていたが、政権獲得以降にはその人員構成はチェルケス系マムルークを中心とするものに置き換わっていき、このチェルケス系のマムルーク・ベイたちがエジプトの支配者となった。
18世紀後半、グルジア系のアリー・ベイ・アル＝カービル（以下、アリー・ベイ）がカーズダグリーヤの首領アブドゥッラフマーン・カトフダーから主導権を奪いエジプトの支配権を握った。アリー・ベイは19世紀にエジプトの支配権を握るムハンマド・アリーの先駆者とも言われ、1769年に露土戦争（1768年-1774年）に苦しむオスマン帝国の弱みを突いてエジプトの独立を図った。ロシア帝国と呼応したアリー・ベイはパレスチナで同じように自立を目指していたアクレ総督ザーヒル・アル＝ウマルと結び、旗下の将軍を上エジプトやシリアに派兵して広大な地域を支配下に収めた。しかし、アリー・ベイの構想はシリア遠征軍を任せていた将軍ムハンマド・アブー・アッ＝ザハブの裏切りによって頓挫した。アブー・アッ＝ザハブはオスマン帝国と密約を結んで自らの地位の保証を得ると、エジプトに戻ってアリー・ベイを攻撃し、1773年に完全にこれを打ち破った。その後エジプトの支配者となったアブー・アッ＝ザハブも1775年に急死し、その配下であったムラード・ベイとイブラーヒーム・ベイがエジプトの二頭支配体制を確立した。
1786年、オスマン帝国本国で、露土戦争で海軍を率いて活躍した大宰相ジェザイルリ・ガーズィ・ハサン・パシャが有名無実化していたエジプトに対する中央政府の支配権を回復すべく行動を取った。ハサン・パシャはエジプトに遠征を行ってこれを平定し、一時的にオスマン帝国によるエジプト支配体制を再建することに成功した。だが、露土戦争（1787年-1791年）が再び勃発するとハサン・パシャはエジプトを去ることを余儀なくされ、上エジプトに逃れていたムラード・ベイとイブラーヒーム・ベイが再び支配権を回復した。両者は1798年のナポレオン・ボナパルトによるフランス軍のエジプト遠征までエジプトの支配者の地位に留まった。
エジプトの歴史 近代エジプト
1789年に始まったフランス革命と、その後の混乱・戦争を通じて頭角を現したナポレオン・ボナパルトは、対仏大同盟の中心となっていたイギリスに打撃を与えるため、イギリスとインドの中継交易路であったエジプトの制圧を目論んだ。表向きには実権を握るマムルーク・ベイらを排除しオスマン帝国の権威を回復するという名目の下、1798年にフランス軍がエジプトに上陸し、7月21日にムラード・ベイやイスマーイール・ベイが指揮する軍勢を寡兵をもって打ち破った。フランス軍はそのままエジプトを占領し統治下に置いたが、ネルソン提督率いるイギリス艦隊によってアブキール湾に停泊中のフランス艦隊が壊滅させられ、形勢挽回を狙ったシリア侵攻も不首尾に終わったことから、ナポレオンは1799年に本国に引き上げた。現地に残されたフランス軍は1801年まで持ちこたえたが、イギリス軍・オスマン帝国軍・現地エジプト軍などからの攻撃によって降伏に追い込まれ、フランスによるエジプト支配は終了した。
エジプトの歴史 近代エジプト
フランス軍が去った後、エジプトではオスマン帝国軍や、オスマン帝国が送り込んでいたアルバニア人不正規部隊、舞い戻ってきたマムルークたち、そしてイギリス軍などが主導権争いを演じ、その中でムハンマド・アリー（メフメト・アリ）が急速に存在感を増した。元々アルバニア人不正規部隊の一分隊長としてオスマン帝国によってエジプトに送り込まれていたムハンマド・アリーは、フランス軍との戦いの中で頭角を現した。その後の権力闘争にも勝利して権力を握り、1801年にカイロ市民からの推戴を受ける形でオスマン帝国に自らをエジプト総督に任命することを認めさせた。その後、ムハンマド・アリーは1811年に息子のアフマド・トゥーソンの司令官任命式の名目でマムルークたちをカイロのシタデルに呼び集め殺戮した。これによって数百年以上にわたってエジプトにおける上層階層として君臨してきたマムルークという階層がエジプトの歴史の表舞台から去ることになった。ムハンマド・アリーは実質的に独立した君主としての地位を確立していったが、名目的にはエジプトはなおオスマン帝国の一属州であり、その法的地位はオスマン帝国の滅亡に至るまで紛争の種としてくすぶり続けた。
エジプトの歴史 近代エジプト
ムハンマド・アリーは内政においては主要産品の専売制の確立、税制の改革、灌漑事業などを通じて大幅な歳入増を達成し、それを背景に交通路の整備、軍需産業と紡績を中心とした工業の発展、学校教育の普及などが試みられ、エジプトの国力は大幅に拡充された。軍事的にはムハンマド・アリーはサウード王国（1811年-1818年）や東スーダン（1820年-1823年）での戦いを通じて旧式のマムルークや傭兵を中心とした軍隊の戦闘能力の不備が明らかになったことや、ムハンマド・アリーの強大化を警戒したオスマン帝国の妨害によって人員の補充が困難となっていたことなどから、ファッラッヒーンと呼ばれたエジプトの農民たちに対する徴兵制を導入し、ヨーロッパ式の新式軍隊「ニザーム・ジェディード（新制度）」の編成、海軍の組織を行った。