国土交通省直轄ダム 各論
1949年の吉野川改訂改修計画において早明浦ダムが初めて計画された際に現在のさめうら湖を二分割する形でダム計画が立案され、吉野川と瀬戸川が合流する直下に桃ヶ谷ダム（吉野川）を計画したが、早明浦ダム計画に統合された。その後吉野川総合開発計画において、吉野川水系のダム計画は吉野川本流に早明浦ダムと、名勝である小歩危出口付近に計画された小歩危ダムを軸として銅山川には賢見温泉付近に岩戸ダムを建設し、それらの水を池田ダムより香川県へ導水するというものであった。
小歩危・岩戸の2ダムは何れも早明浦ダムに匹敵する規模の貯水容量を有し、殊に小歩危ダムは原案の通り完成すれば小歩危、大歩危のみならず県境を越えて高知県長岡郡本山町中心部まで水没する長大な人造湖を形成する。その後事業者の建設省、経済安定本部、電源開発により様々な案が提出、検討されたがこの中には小歩危・岩戸両ダムの統合案として大佐古ダム計画という超巨大ダム計画も存在した。これは吉野川と祖谷川合流点付近に高さ146メートルのダムを建設するものだが、貯水容量は実に6億7600万立方メートルと日本最大の人造湖を擁する岐阜県の徳山ダム（揖斐川）を凌駕する規模となる。
しかし最終的には早明浦・池田の両ダムを軸にした総合開発計画に修正され、小歩危ダム計画は電源開発が水力発電専用に規模を大幅に縮小したものの大歩危・小歩危水没に対する反対が強く、1971年（昭和46年）9月16日の第56回電源開発調整審議会において小歩危ダムを取水元とする吉野川第一・第二発電所計画が中止されたことで、ダム事業も中止された。また岩戸ダム計画は自然消滅したが、ダム上流部に新宮ダムが1975年完成している。
後者については那賀川本流上流部に計画された細川内（ほそごうち）ダムと吉野川本流下流部に計画された吉野川第十堰の可動堰化が特に知られている。細川内ダムは1972年に徳島県那賀郡木頭村（現在の那賀郡那賀町）に計画された特定多目的ダムであるが、計画発表当初より木頭村が官民一体で反対運動を繰り広げ、特に1994年（平成6年）より村長に就任した藤田恵は条例の制定などを通して激しいダム反対運動を指揮した。この結果、1998年に第2次橋本内閣の建設大臣だった亀井静香が事業凍結の方針を示し、2000年（平成12年）にはダム事業が中止された。細川内ダムの中止はそれまで「聖域」とされたダム事業の在り方に対して一大転機をもたらし、以後ダム事業の中止が急増する。
しかしダム中止後の那賀川流域では洪水・渇水被害が頻発。特に渇水については細川内ダム中止後の2000年からほぼ毎年発生し、2005年（平成17年）には工業用水・農業用水が完全に断水し取水制限も112日間におよぶなど流域に深刻な被害と経済損失をもたらした。このことが長安口ダムを国土交通省に移管させた一因となっている。
吉野川第十堰については、江戸時代に建設された現在の固定堰が老朽化し、かつ1976年（昭和51年）に施行された河川管理施設等構造令の整備基準に合致せず洪水流下の阻害要因となっていることから直下流に可動堰を建設して治水機能を強化する目的で、1988年（昭和63年）より事業に着手した。しかし吉野川の環境破壊や税金の無駄遣いなどを理由に姫野雅義など市民団体が反対運動を繰り広げ、日本共産党が組織的に関与・支援するなど運動が盛り上がった。
こうした反対運動は2000年に徳島市が堰建設の可否を問う住民投票実施にまで発展した結果、建設反対が10万人以上の票を集め大勢を占めたことで徳島市が反対姿勢に転換。2002年（平成14年）には建設反対を公約とした大田正が徳島県知事に就任したことで国土交通省も事業の凍結を発表し、2010年（平成22年）前原誠司国土交通大臣（当時）により中止が決定した。住民自治と公共事業の在り方に一石を投じた事業であるが、住民投票で賛成派が棄権し、かつ徳島市以外の流域市町村では30万人以上の賛成署名が集まっているのに徳島市の住民投票だけで決定した、また朝日新聞などマスコミの報道姿勢が反対派に肩入れしているなどの問題点が賛成派から指摘されている。
細川内ダム、吉野川第十堰以外では香川県を流れる土器川支流の前の川の計画されていた前の川ダムが中止されている。1990年（平成2年）の土器川水系工事実施基本計画において計画が立案された特定多目的ダムであるが、財政的な問題があり2000年に事業が休止された。ところが慢性的な水不足に悩む香川県内の流域自治体から事業再開の要望が強く出され、再度検討されたが利水目的を実施する目処が立たず、2003年（平成15年）に事業が中止された。渡川水系では支流の檮原川に高さ102メートル、総貯水容量1億8300万立方メートルの特定多目的ダム・檮原ダムが計画されていたが地元や流域自治体の反対が強く予備調査段階で中止された。以後渡川水系の総合開発は支流中筋川流域で進められていく。
九州地方整備局管内では既設ダム・堰19基、工事中・再生事業中ダム4基の合計22基を直轄管理・施工している。なお沖縄県は沖縄振興特別措置法に基づき国直轄河川事業は内閣府沖縄総合事務局が担当しているため、九州地方整備局の管轄外である（後述）。
台風の常襲地帯である九州地方は、古くから加藤清正や成富茂安などによる治水事業が手掛けられており、流域の治水に寄与していた。だが1953年（昭和28年）6月に九州北部を襲った梅雨前線豪雨・昭和28年西日本水害はそれら営々と積み重ねた治水事業をご破算にし、死者・行方不明者1,001名を出す戦後九州最悪の水害となった。この水害を契機に、旧建設省や九州の各県は河川総合開発事業を計画し、多目的ダムの建設に乗り出した。
九州最大の河川である筑後川水系では1949年（昭和24年）に筑後川改訂改修計画が策定され、筑後川支流の玖珠川と津江川に治水ダムを建設する計画が立案された。しかし昭和28年の西日本水害を受けて全面改訂され、1958年（昭和32年）に筑後川水系治水基本計画を定め、大規模堤防建設・放水路整備などと共に多目的ダムによる治水計画が加わる。検討の結果、筑後川本流に松原ダムと支流津江川に下筌（しもうけ）ダムが計画され、1972年（昭和47年）に完成した。だがこの時期は高度経済成長期に当たり、九州最大の都市・福岡市を中心とする福岡都市圏の人口増加や北九州工業地帯の拡充、さらに筑後平野の農地拡大による農業用水不足といった利水に対する問題が発生。これに対処すべく1964年（昭和39年）筑後川水系は水資源開発促進法に基づく水資源開発水系に指定され、以降水資源開発公団（現在の独立行政法人水資源機構）が河川総合開発を主に担当し江川（小石原川）、寺内（佐田川）、筑後大堰（筑後川）、大山（赤石川）といったダム・堰を施工・完成させた。一方建設省は公団事業とは別に筑後川と佐賀県を流れる嘉瀬川を連結する導水路・佐賀導水事業に1974年（昭和49年）より着手した。これは筑後川、城原（じょうばる）川、巨勢川、嘉瀬川を水路でつないで内水氾濫防除を含む洪水調節と、流域市町村に対する上水道供給、さらに水質汚濁が進行した佐賀市内の河川へ河川浄化用水を供給するなどの目的を持った、河川の流量を用水路で調節する「流況調整河川事業」である。佐賀導水事業の中で、巨勢川や周辺の中小河川の洪水を貯留し、ポンプで嘉瀬川へ排水する治水目的を有した巨勢川調整池が建設され、2009年（平成21年）導水路と共に完成した。また日田市への上水道供給や筑後川の流量改善を図る目的で1977年（昭和52年）より松原・下筌ダム再開発事業が行われ、1986年（昭和61年）に完成している。
昭和28年西日本水害で大きな被害をもたらした筑後川以外の遠賀川、矢部川、山国川、嘉瀬川、六角川、菊池川水系といった一級河川では、上水道・工業用水道需要の増大に対処するため、利水目的の総合開発を治水事業と一体化して促進させる目的で建設省、農林省（現在の農林水産省）、通商産業省（現在の経済産業省）の地方支分部局、九州・山口経済連合会と地元経済団体、そして福岡県・佐賀県・熊本県・大分県が北部九州水資源開発協議会を1963年に結成。北部九州を流れる7水系の河川総合開発指針である北部九州水資源開発マスタープランを1969年（昭和44年）に策定した。マスタープランで提示されたダム計画候補の中で、後に治水事業計画である工事実施基本計画にも明記され直轄事業として施工、完成したダム事業としては遠賀川河口堰（遠賀川）、耶馬溪ダム（山移川）、嘉瀬川ダム（嘉瀬川）、六角川河口堰（六角川）、竜門ダム（迫間川）があり、平成大堰（山国川）を含め北部九州の治水・利水に資している。
これ以外では鹿児島県最大の河川である川内川に1965年（昭和40年）鶴田ダムが完成、九州最大の直轄ダムとして治水のほか多目的ダムに付随する水力発電所としては出力が九州では最大の川内川第一発電所（12万キロワット）による水力発電が行われている。また2018年には鶴田ダム再開発事業が行われたが、これは川内川流域に未曽有の水害をもたらした平成18年7月豪雨により鶴田ダムの治水機能が喪失し、水害の被害を受けた下流域住民からの強い要望を受けて実施された、治水容量増加を目的とした事業である。緑川には本流に緑川ダム、松浦川には支流の厳木（きゅうらぎ）川に厳木ダムがそれぞれ完成し、流域の治水と利水に貢献している。さらに塩害防除や河川流下能力の向上を図るため堰を新築・改修する事業なども行われ、瀬高堰・松原堰（矢部川）、嘉瀬川大堰（嘉瀬川）、松浦大堰（松浦川）、六間堰（加勢川）が建設または改築された。大分川水系には支流の七瀬川にななせダム（旧称大分川ダム）が水系唯一の特定多目的ダムとして建設されている。熊本市内を貫流する白川には直轄ダムとしては初となる流水型治水専用ダムとして立野ダムが本流に1979年（昭和54年）より施工が進められ、2024年（令和6年）に運用を開始している。
施工中のダムは4基ある。このうち川辺川ダム（川辺川）は1967年（昭和42年）より多目的ダムとして計画されたが水没予定地の球磨郡五木村・相良村で403戸・528世帯が移転対象となることで猛烈な反対運動が長期化。地元との補償交渉は1996年（平成8年）に妥結するものの市民団体や球磨川漁業協同組合が反対運動を継続、さらに灌漑事業者の農林水産省や電気事業者の電源開発が事業から離脱し治水ダム事業として縮小されたものの、2008年（平成20年）以降蒲島郁夫熊本県知事を始め人吉市・八代市・相良村がダム建設反対に方針を転換。翌2009年には鳩山由紀夫内閣がマニフェストに基づき川辺川ダム事業の中止を発表するなど、事業は錯綜した。その後はダム事業中止を前提にして、ダム建設中止に強く反発する五木村に対する生活再建対策事業について検討を進めていたが、令和2年7月豪雨による球磨川の災害を機に熊本県が建設容認に方針を再転換した。残る2ダム（城原川・本明川）は何れもダム事業再検証対象ダムとなったが、全て事業が再開している。一方宮崎県が管理する岩瀬ダム（岩瀬川）については、バイパストンネルを建設して放流能力を増強し治水安全度を向上させる岩瀬ダム再生事業に国直轄事業として着手している。
ダム事業と移転住民の軋轢については1958年から1971年（昭和46年）まで13年間続いた蜂の巣城紛争が著名である。松原・下筌ダム建設に際して建設省が取った高圧的な姿勢に室原知幸ら移転住民が反発し、下筌ダム右岸に「蜂の巣城」という砦を築いて頑強に抵抗。流血事件や法廷闘争にまで発展したこの反対運動は公共事業と基本的人権（生存権）の整合性を世に問い、水源地域対策特別措置法（水特法）を始めとするダム関連法規の改正など河川行政に多大な影響を与えた。
なお、管内の一級河川において大野川、番匠川、五ヶ瀬川、小丸川、大淀川、肝属川の各水系には直轄ダムが建設されていない。何れも流域自治体により補助多目的ダムや補助治水ダムといった国庫補助を受けたダム事業が小丸川では本流、他は支流で実施されている。ただし肝属川水系には支流串良川に高隈ダムが建設されているが、同ダムは南九州特定地域総合開発計画に基づき大隅半島にある笠野原台地に対する灌漑を目的として建設された農業用ダムであり、治水目的は有していない。
九州地方整備局管内で中止されたダム事業としては、旧建設省時代を含めると11ダム事業がある。筑後川、緑川、大野川水系に中止事業が集中しているのが特徴である。
九州最大の河川・筑後川水系では昭和28年西日本水害を機に筑後川改訂改修計画が全面変更になり、1958年に筑後川水系治水基本計画が策定された。これにより松原・下筌ダムが建設されたが、両ダム建設計画が決定するまで複数地点においてダム計画が立案されていた。これらの中で着手に至ろうとしていたダム計画に久世畑ダム計画（筑後川）がある。松原ダムよりも下流、現在の国道212号千丈橋付近に高さ79メートル、総貯水容量1億900万立方メートルのダムを建設する計画であり、筑後川上流のダム計画地点5箇所で真っ先に検討された地点であった。ところが水没戸数が573戸にも及び1953年10月には日田郡大山村（現在の日田市）が村民大会を開いてダム建設絶対反対を決議した。この結果、久世畑ダム計画は松原ダム計画へ変更となり、現在に至る。また下筌ダムの前身であった簗瀬ダム計画は、地質的な問題が解決できず調査自体が中断された。
1969年の北部九州水資源開発マスタープランでは筑後川本流の杖立温泉付近に杖立ダム、支流玖珠川最上流部に猪牟田（ししむた）ダムと天ヶ瀬温泉下流付近に玖珠川ダム、花月川流域に日向野・横畑ダム、玖珠川支流高尾川に高尾ダムを建設する計画が立てられたが、玖珠川・花月川流域は地質不良が酷くダム建設が技術的に困難という理由によりほぼ全ての計画が予備調査時点で計画打ち切りとなった。唯一残った猪牟田ダムは1973年（昭和48年）より事業に着手したが灌漑用水供給域である国東半島の灌漑計画が進捗せず、加えてダム予定地の地質問題が他のダム計画と同様に解決できなかったことで2000年（平成12年）中止された。中止後ダム予定地跡に石碑が建立されている。このほか久留米市を流れる支流・高良川上流に高良川ダムの計画構想が1980年代初頭に持たれていたが、立ち消えとなっている。
緑川水系では高遊原（たかゆうばる）地下浸透ダム（加勢川）と七滝ダム（御船川）が中止されている。高遊原地下浸透ダムは直轄ダムでは唯一となる地下ダム計画で、加勢川の洪水調節と水源を全面的に地下水に頼る熊本市への上水道供給を目的とした事業である。上益城郡益城町、阿蘇くまもと空港付近を流れる加勢川の支流・木山川と布田川に堰を設け、堰より導水した河水を透水性の高い溶岩台地・高遊原に浸透させて地下ダムに貯水して治水・利水を図る計画だった。1989年（平成元年）に事業は着手されたが、2000年に中止されている。七滝ダムは1988年（昭和63年）御船川の水害を機に治水および熊本市などへの上水道供給を目的に計画されたが、水道事業者である熊本市などが需要性に乏しいとして事業から撤退。さらに緑川・御船川の治水も堤防整備や河床掘削で事業費を大幅に節減できることから2011年（平成23年）九州地方整備局が「ダム建設の緊急性が薄い」として事業中止を打ち出し、国土交通省によるダム事業再検証対象ダムでは初の直轄ダム中止例となった。
大野川水系では本流の柏野ダムと緒方川の知原ダム、平井川の矢田ダムが中止されている。知原ダムは1950年（昭和25年）の国土総合開発法に基づく阿蘇特定地域総合開発計画において、大野川流域の治水と灌漑、水力発電を目的に直入郡入田村（現在の竹田市）に計画された高さ79メートル、貯水容量9200万立方メートルの大規模ダム計画であったが、立ち消えとなった。その後1961年（昭和36年）に大野川流域を襲った水害、1964年（昭和39年）の第二次大分新産業都市計画を契機に大野川水系の総合開発計画が再燃し、1972年より大野郡大野町と朝地町（いずれも現在の豊後大野市）を流れる大野川本流に柏野ダム、平井川に矢田ダムが計画された。しかし両ダムは移転住民の強固な反対運動に見舞われ柏野ダムは予備調査で中止、矢田ダムは実施計画調査に着手したものの公共事業見直し政策により2000年に中止された。ダム中止後は反対運動を進めた地元団体が中心となって地域活性化を進めている。
内閣府沖縄総合事務局管内では既設ダム9基が直轄管理されている。
沖縄県は九州地方整備局の管轄外であり、直轄ダムの施工と管理は沖縄総合事務局が行っている。1972年（昭和47年）の沖縄返還により沖縄の施政権は琉球列島米国民政府より日本政府へと継承された。しかし日本本土に比べ沖縄県のインフラストラクチャー整備は遅れており、本土とは別に国の強力な支援による一体的な措置を講じる必要性が生じた。復帰前年（1971年）に現在の沖縄振興特別措置法の前身に当たる沖縄振興開発特別措置法が成立し、沖縄返還後の1972年5月15日には沖縄開発庁と地方支分部局である沖縄総合事務局が設置され、2001年（平成13年）の省庁再編により現在の内閣府沖縄総合事務局となった。沖縄総合事務局は北海道開発局と同様に道路、河川、農地開発などの施策を一体的に実施する役割を持ち、国土交通省地方整備局の業務は沖縄総合事務局開発建設部が担当している。
沖縄県の河川は全て二級河川であり本来特定多目的ダム法の適用範囲外であるが、先の理由もあり沖縄振興特別措置法第107条（沖縄の河川に係る特例）を設けて対処した。すなわち河川法第10条の特例措置として二級河川であっても沖縄県では必要に応じて国土交通大臣が直轄で河川改修を実施できると定め、直轄ダムについては第107条第6・7項に準拠し河川法第10条や特定多目的ダム法の特例として二級河川であっても国土交通大臣が事業者である特定多目的ダムの施工・管理が可能であることが定められた。この法規定により沖縄県では沖縄総合事務局が直轄ダム事業の施工と管理を国土交通省から代行する形で実施しているが、直轄ダムの所有権者は国土交通大臣であり内閣府ではないため「内閣府直轄ダム」にはならない。
沖縄県には大河川が無く、台風常襲地帯であるため大雨が降れば本土に比べ洪水到達時間が早く水害の危険性が高い河川が多い。しかし少雨になれば元来水量が乏しいため容易に水不足に陥る。沖縄県における河川総合開発事業は利水、特に上水道供給などの水資源開発を重視して行われたがその萌芽となったのは1963年（昭和38年）にアメリカ陸軍工兵司令部が沖縄本島北部を流れる新川（あらかわ）川、安波（あは）川、普久（ふん）川の3河川にダムを建設するマスタープランである。また琉球水道公社は逼迫の度合いを強める沖縄本島の水需要に対処するため同じく県北部を流れる福地川に水道専用ダムの計画を1969年（昭和44年）に立てた。こうしたダム計画は1971年より琉球列島米国民政府建設局による多目的ダム事業として統合され進められた。一方日本側は1970年（昭和45年）より当時の建設省水資源開発調査団がダム事業についての調査を行い積極的な財政措置の必要性を報告、1972年の本土復帰後は名護市に沖縄総合事務局北部ダム事務所を設置してこれらの事業を継承し沖縄北部河川総合開発事業として本格的な施工を開始した。
沖縄北部河川総合開発事業は福地（福地川）、新川（新川川）、安波（安波川）、普久川（普久川）、辺野喜（辺野喜川）の5ダムを建設してダム湖間を導水路で連結して貯水を相互に融通することで沖縄本島の水需要に対処すると同時に治水安全度を高めることを目的とし、1990年（平成2年）の福地ダム再開発事業完成により概ね完了した。しかしこの間にも給水制限延べ326日に及ぶ沖縄県大渇水（1981年 - 1982年）を始め渇水が頻発。さらなる水資源開発の必要性が生じ新規の直轄ダム事業が計画され、漢那（漢那福地川）、倉敷（与那原川）、羽地（羽地大川）、大保（大保川）の各ダムが建設され、最後に金武ダム（億首川）が建設された。沖縄県企業局が管理する水道用ダムの再開発事業としてダム直下に建設され、2013年（平成25年）完成した金武ダムは当初重力式コンクリートダムとして計画されたが、事業コスト縮減と環境保護の観点から型式を変更し、世界で初めて台形CSGダムとして施工が開始された。ただし完成については北海道の当別ダム（当別川）が先となる。以上10ダムのうち完成後沖縄県に管理が移管された倉敷ダムを除く9ダムは1983年（昭和58年）に発足した沖縄総合事務局北部ダム統合管理事務所による統合管理下にあり、効率的・一体的な管理が実施されている。
施工中のダム、国土交通省によるダム事業再検証ダムは存在せず、水源地域対策特別措置法（水特法）に指定されたダムも存在しない。沖縄県における直轄ダム事業は、金武ダムの完成により一区切りが付けられた状態になっている。
沖縄総合事務局管内で中止されたダム事業は3ダム存在する。
最初に中止された座津武（ざつん）ダム（座津武川）は1992年（平成4年）より計画されたが、2003年（平成15年）に国土交通省が事業再評価を行い中止された。比地ダム（比地川）と奥間ダム（奥間川）は沖縄本島北西部を流れる比地川水系と大保川水系に3箇所の多目的ダムを建設し、沖縄本島の水供給を補強する目的で計画された沖縄北西部河川総合開発事業において、比地川水系の治水と沖縄本島への利水供給を目的に1987年（昭和62年）より計画された。しかし利水事業者である沖縄県企業局が事業から撤退、2010年（平成22年）に両ダムは事業が中止された。ただし残る大保ダムについては両ダムが中止された翌年の2011年（平成23年）に完成している。