XIII機関 キャラクター
長く続く草原を歩いていたソラの前に現れ、忘却の城へ誘う。それはXIII機関がソラを手に入れるための計画であったが、マールーシャはそれに便乗してアクセルやラクシーヌと組み、ナミネの能力でソラを操り手駒とした上で、機関を乗っ取ろうとしていた。ナミネによるソラの記憶の改変が進み計画は成功するかと思われたが、アクセルの裏切りや、それがきっかけで同志のラクシーヌが消滅するなど想定外の事態が続き、最終的に反逆計画は失敗、結果としてアクセルに反逆の証拠を掴まれる事になる。そこへナミネを助けるためにソラたちが現れ、無の世界にて決着を付けようとするが、戦いの末に敗れて消滅し、彼の野望は潰えた。
『KH2FM』の追加ムービーによるとシグバールの勧誘で機関に入ったとされ、小説では機関に入った理由は「退屈だったから」とされている。しかし入ってもその退屈は変わらず、同じく退屈を訴えたラクシーヌに親近感を覚える描写があった。『Days』ではロクサスの持つキーブレードに興味を示しており、反逆の片鱗を見せていた。新入りでありながら「レプリカ計画」の詳細を知っていた数少ない人物であり、さらにソラを手中に収めた暁にはその計画すら利用して機関を乗っ取ろうとしていた。記憶や心への執着はそれほど強くはないが、心を持ちながらその心の自由を捨てるソラや、嘘の約束を頑なに守ろうと命を掛けるリク=レプリカへの怒りを見せる場面がある。プロット段階では女性の予定だったが、同じく地上組で女性のラクシーヌとのバランスを考慮し男性に変更された。髪色はピンクだが小説版では茶色い髪と表記されている場合がある。
ラクシーヌ（Larxene）
声 - 宮村優子 / シャネル・ワークマン
機関員ナンバー12。称号は「非情の妖姫」。（非正規メンバーのシオンを除けば）機関の紅一点。複数のナイフを投げずに指で握りながら雷魔法と混ぜて使う。人の心を傷つけて喜ぶサディストで短気かつヒステリックな一面が目立つ。人を見下す態度をとり、ナミネのこともソラを陥れるための道具としか思っていない。デミックスをこき使っていたようで彼からは恐れられていた。
マールーシャ、アクセルと忘却の城の地上階を担当しており、マールーシャに加担して機関を乗っ取る計画を立てていた。ソラを挑発し、ナミネのことを「思い出させる」のに大きな役割を果たしている。アクセルの働きもあってナミネが勝手に動き、激昂したラクシーヌはソラにリク=レプリカの正体、ナミネの持つ能力、そして自分たちの計画を全て明かした上でソラを消そうとするも返り討ちにあい、自身の敗北を信じられないまま消滅した。
『Days』では新入りのロクサスに魔法を教える役目を担うが、ほとんどが投げやりな上に『COM』での反逆計画を心待ちにしているのでロクサスの事はどうでもいい扱いをしている。何度か会話する機会があるが、そこでもそっけない態度やあからさまな態度を取ってくる
ロクサス（Roxas）
声 - 内山昂輝 / ジェシー・マッカートニー
機関員ナンバー13。称号は「めぐりあう鍵」。『KH2』のプロローグ部分におけるプレイヤーキャラクター、および『Days』の主人公。『KH2』では彼の過ごす夏休みが物語のプロローグ兼チュートリアルとなっている。
かつてソラ（Sora）がハートレス化した際に誕生したソラのノーバディで、キーブレードが武器（メインはキングダムチェーンで、二刀流時には右手に「過ぎ去りし思い出」、左手に「約束のお守り」を持つ。「集積の庭園」でのシンボルは、後者の二刀を交差したものになっている）。ソラがハートレス化していた時期が極端に短かった上に、ロクサスを残したままソラがカイリの心を媒介に人間に再生した為、人間（ソラ）であった頃の記憶を持っておらず、誕生直後は会話も少ない。生れ落ちたトワイライトタウンでゼムナスに名前を与えられ、アクセルに引き連れられて機関のNo.13として迎え入れられた。デミックスに仕事を押し付けられ、アクセルやシオンと親しくなっていき感情や知識を身につけていく。やがて機関への不信感や、仄めかされる「ソラ」の存在、次第に募る自分は何者かという疑問の答えを見いだすために、機関を裏切り脱走する。リクとの戦いに敗れたことでディズの元へと送られ、記憶を改変された上で、ロクサスの記憶で形成されたデータの世界へ移される。
仮想トワイライトタウンではごく普通の少年として、友達と夏休みを満喫していたが、ナミネとの出会いや、機関より送り込まれたアクセルとの接触により、ロクサスは自分の過去を思い出す。ソラと同化する際には「俺の夏休み、終わっちゃった」と涙を見せ、姿を消した。ソラと一体になった後もロクサスの意識が消えた訳ではなく、アクセルの消滅に立ち会ったことによりソラの中のロクサスも強く影響を受け、ソラしか見ることの出来ない姿で現れ、一騎討ちを挑んだ。そしてゼムナスとの一応の決着が付いたのちに再びナミネと共に現れ、闇に消え行く筈の自分たちが本体であるソラやカイリの中でこれからも生き続けると告げて、完全にソラと同化した。『KH2』のエンディングではソラとカイリがデスティニーアイランドで再会を果たした時、ソラの中のロクサスもカイリの中にいるナミネとの再会を喜ぶ描写が見られた。
本来『KH2』ではロクサスもボスとしてソラと戦う予定であったが、結局ムービーだけの戦闘となってしまい、彼とのバトルが実現するのは『KH2FM』である。
『BbS』にはシークレットエンディングにも登場し、アクセル、シオンと共に時計台でシーソルトアイスを食べつつ「ソラ」と言葉を発した。　ロクサスは容姿や声などが『BbS』に登場するヴェントゥスと酷似しているが、その理由は『BbS』での一件で傷ついたヴェントゥスの心はソラと同化しており、そのソラのノーバディであるロクサスはソラの中のヴェントゥスに酷似した顔立ちになった為である。そのためゼムナスは、意識不明のロクサスに「お前はまた眠るのか…」と、昔を思い出すかのように呟いている。
『coded』ではデータのロクサスがラストボスとして登場。「ジミニーメモ」の世界の「目覚めの園」でデータソラの覚醒を見届けた後姿を消していたが、「忘却の城」で再び登場し、データソラを挑発することで彼が痛みの記憶を受け入れられる強さを持つか試していた。そして彼と一戦交えた後はナミネに続く道を示し、データソラに同化していった。彼自身も痛みの記憶のひとつであり、彼の痛みは「夏休み最後の日を、ハイネ・ピンツ・オレットと一緒に過ごせなかった事」であった。
『KH3』ではヴィクセンが密かに製造していたレプリカ体にソラから解放されたロクサスの心が入る事で復活。キーブレード墓場での決戦に駆けつけ、「親友に触るな」の一言と共にアクセルの危機を救い、アクセルとシオンとの再会を喜んだ。戦いの後は機関時代のようにトワイライトタウンの時計台にリア（アクセル）、シオンと共に座り、そこにシーソルトアイスを持って来たアイザ（サイクス）、嘗ての「夏休み」同様に友達となったハイネ、ピンツ、オレットを加えた7人で過ごしていた。
シオン（Xion）
声 - 内田莉紗 / アリソン・ストーナー（Days）→ヘイデン・パネッティーア（BbS、3D）
機関員ナンバー14。ロクサスが機関に加入してから7日後、新たに機関に加わった14番目のメンバーである少女。『Days』の実質的なラストボス。
ロクサスと同じく光属性を司り、キーブレードを使う。フードを外したその顔はカイリと酷似している。境遇の似たロクサスと意気投合し、またロクサスの親友であるアクセルと共に、任務終了後に3人でトワイライトタウンの時計台でシーソルトアイスを食べるのが日課になっていく。
その正体は「レプリカ計画」に基づいてヴィクセンが作成したレプリカ人形の一つで、シオンはその中でも一番の成功作「No.i」である。そのため実際はノーバディではなく、機関のメンバーとしては正式にはカウントされていない。ロクサスの能力をコピーさせることでキーブレード使いの「予備」を機関が確保することを目的に作られたが、ソラのノーバディであるロクサスと接するうちに自我が芽生え、さらに記憶修復中のソラの記憶の欠片がロクサスを通じてシオンに流れ込み、その中のカイリについての記憶の影響を強く受け、カイリに酷似した顔となった。シオンがキーブレードを使えるのは、ロクサスの力を吸収しその能力をコピーしているからであり、リクからは「偽物」と見破られている。
リクに敗北した事をきっかけに自分の生い立ちに疑問を抱くようになり、「忘却の城」で自分の正体を知ってしまう。機関を脱走し、自分の今後を考える為にしばらくリクと行動を共にしていたが、アクセルによって連れ戻される。彼女自身はロクサスとアクセルといつまでも一緒にいたいと思っていたが、自分が存在することでロクサスの力を吸収していることに気付き、ソラの元に帰る決意をして再度機関を脱走しナミネと会う。しかし、シオンがソラに帰ることを納得できなかったアクセルに連れ戻され、ゼムナスによって人形として完成させられてしまう。そして、完全な人形としてロクサスを吸収するようにとゼムナスに命じられた彼女は、最早ゼムナスの野望を阻止するには自分がロクサスに倒されるしかないと悟り、機関を脱走したロクサスと互いの存在を掛けた戦いを繰り広げ、思惑通り敗北。最期はロクサスの腕の中でキングダムハーツの解放を願いながらソラに帰って行った。
名前の由来はNo.iにXのアナグラム。この「i」は数学で実在しない数とされている虚数の記号からつけられている。もう一つの由来でもある紫苑は花言葉で「キミを忘れない」「思い出」といった意味がある。またカイリの「海」とナミネの「波」からシオンの「潮」と、海にちなんだ名前でもあり、漢字表記は「潮音」となるトリプルミーニングとなっている。見る者のシオンに対する関係によりシオン自身の外見は変化して見えるが、彼女との関係性が変わることで彼女の顔はシオンではない「別の顔」に変わって見えてしまう。物語序盤のイベントにてロクサス視点とアクセル視点ではフードを被っているかいないかが分かれており、後に友達になった後はアクセルにもシオンの顔が見えていた。しかし物語が終盤になり人形として完成が近づくと、シグバールにはヴェントゥスに見えたり、ロクサスにはソラに見え、小説版ではアクセルは時折ナミネに見えていた。最初からシオンの正体を知っていた為に機関員としての資格はないと見下していたサイクスは、最後まで人形にしか見えていなかった。また様々な人物との繋がりがあるゼムナスには、基本的にはシオンの顔が見えている状態であるものの、時折ヴェントゥスに見えていた様子。
野村によれば、「ロクサスが機関を抜けたのは身近な同世代の女の子の影響があった」という構想が『KH2』の頃からあったという。そのためXIII機関のナンバー14というイレギュラーなキャラにはなったが、前述の通りシナリオ中で機関メンバーにシオンは含まれないと説明されている。
『coded』では、ナミネが見つけた「痛みの記憶」に触れたときに、映像のみ映し出された。『BbS』のシークレットエンディングにも登場し、ロクサス、アクセルと共に時計台でシーソルトアイスを食べつつ「ソラ」とつぶやいた。