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日本酒の歴史 上代以前
3世紀に成立した『三国志』東夷伝倭人条（いわゆる魏志倭人伝）の記述にも酒に関する記述が見られる。同書は倭人のことを「人性嗜酒（さけをたしなむ）」と評しており、喪に当たっては弔問客が「歌舞飲酒」をする風習があることも述べている。ただ、この酒が具体的に何を原料とし、またどのような方法で醸造したものなのかまでは、この記述からうかがい知ることはできない。ちなみに、酒と宗教が深く関わっていたことを示すこの『三国志』の記述は、酒造りが巫女（みこ）の仕事であったことをうかがわせる一つの根拠となっている。
水田稲作が伝わり、瓊瓊杵尊が初めて作った水田である狭名田で採れた茂穂で義父である大山祇神が天甜酒を造ったのが起源とされる。
その酒を醸したのが娘である木花咲耶姫と言われている。現在の宮崎県西都市で、母乳の代わりに甘酒を醸して３人の子に与え育てたといわれ、結婚式を挙げた都萬神社の境内には日本酒発祥の碑が建てられている。
『日本書紀』には、須佐之男命（素佐男尊とも。すさのおのみこと）が八岐大蛇（やまたのおろち）を退治するために八塩折之酒（やしおおりのさけ）という八度にわたって醸す酒というものを造らせる記述がある。実際の酒質がどのようなものであったか、重複して醸すという点でのちの貴醸酒に通じるものがあるのか、などの疑問点はいまだ解明されていない。
日本酒の歴史 上代以前
日本列島では、約3000年前の縄文時代の土坑から、また中国大陸では酒造りに用いられていた酒坑（しゅこう）が発見されている。そこには、発酵したものに集まるショウジョウバエの仲間のサナギとともに、エゾニワトコ、サルナシ、クワ、キイチゴなどの果実の断片が発見されている。
米から造られた酒ではなさそうなので、日本酒の直接の祖先と言ってよいかは議論を待つところだが、日本における醸造の原初的な段階を物語るものとしてこれらの遺構も貴重である。酵母は生き物であり、アルコールも蒸発してしまうものであるから、従来の考古学的手法ではあまり日本酒の起源に関する研究は進んでいない。
古墳時代中期以降（5世紀-）の遺跡からは、楽器として使われたとも酒などの液体を入れたともいわれる、須恵器の「はそう（はさふ、はぞう）」が出土している。
平城京跡地から出土した木簡には、様々な種類の酒の記述がある。
日本酒の歴史 上代
米を原料とした酒であることが確実な記録が日本に登場するのは、『三国志』の時代から約500年も後のことになる。その最古の記述は二つある。
口嚼ノ酒
一つは『大隅国風土記』逸文（713年（和銅6年）以降）である。大隅国（今の鹿児島県東部）では村中の男女が水と米を用意して生米を噛んでは容器に吐き戻し、一晩以上の時間をおいて酒の香りがし始めたら全員で飲む風習があり、「口嚼（くちかみ）ノ酒」と称していたという。口噛み酒は唾液中の澱粉分解酵素であるアミラーゼ、ジアスターゼを利用し、空気中の野生酵母で発酵させる原始的な醸造法であり、東アジアから南太平洋、中南米にも分布している。現代日本語でも酒を醸造することを「醸（かも）す」というが、その古語である「醸（か）む」と「噛（か）む」が同音であるのは、この口嚼ノ酒に由来すると言われている が、異説もある。詳細は「口噛み酒#「醸す」の語源」を参照。
カビ(麹)の酒
もう一つは『播磨国風土記』（716年（霊亀2年）頃）である。携行食の干し飯が水に濡れてカビが生えたので、それを用いて酒を造らせ、その酒で宴会をしたという記述が見える。こちらは麹カビの糖化作用を利用した醸造法であり、現代の日本酒のそれと相通じるものである。このように、奈良時代の同時期に口噛みによるものと麹によるものというふたつの異なる醸造法が記録されている。
日本酒の歴史 上代
のちの万葉集（759年以降成立）にも濁り酒、黒酒、白酒、糟湯酒などが歌の中で読まれている。
『播磨国風土記』には「清酒（すみさけ）」というものに関する記事もある。これを現在の清酒（せいしゅ）の初見とみなす説があるが、議論の分かれるところである。
古代の酒は、出雲や博多に現在も残る練酒（ねりざけ）のようにペースト状でねっとりとしたものが標準的であったようである。現在でも、皇室における新嘗祭（にいなめさい）では、古代の製法で醸造した白酒（しろき）、黒酒（くろき）という二種類の酒が供えられる。黒酒とは、白濁した白酒に、久佐木と呼ばれる草を蒸し焼きにし、その灰をまぜこんで黒くした酒である。これは、黒みがかった古代米で造った古代の酒の色を伝承していくための工夫の結果であろうと考えられている。
濁りを漉しとるだけならば、布、炭、砂などで濾過する原始的技術があったため、当時の日本で粘度の高い古代酒から、今日のような透明でサラサラとした清酒（せいしゅ）を精製することは決して不可能ではなかっただろうともいわれる。
しかし一方ではこの時代の古文書、たとえば天平年間の地方諸国の収支報告書である正税帳には「浄酒」（すみさけ/すみざけ）といった語も出現するため、「清酒（すみさけ）」は「清（きよ）め」など祭事的な用途に使われる酒を意味していた、という説もある。
日本酒の歴史 上代
いずれにせよ清酒（せいしゅ）は、やがて菩提泉に代表されるような平安時代以降の僧坊酒にその技術が結集されていくことになる。また、この菩提泉をもって日本最初の清酒とする説もあり、それを醸した奈良正暦寺には「日本清酒発祥之地」の碑が建っている。また兵庫県伊丹市鴻池にも「清酒発祥の地」の伝説を示す石碑である鴻池稲荷祠碑（こうのいけいなりしひ）が建ち、市の文化財に指定されている。
『古事記』には応神天皇（『新撰姓氏録』によれば仁徳天皇）の御世に来朝した百済人の須須許里（すすこり）が大御酒（おおみき）を醸造して天皇に献上したという記述がある。『新撰姓氏録』によれば、この献上を行なったのは兄曽曽保利と妹曽曽保利の二人ということになっており、この二人を酒の神として祀る神社もある。百済からの帰化人が用いた醸造法ということであれば、それは麹によるものであったとみられる。
醴酒
日本酒の歴史 上代
しかし、この献上より前にも麹による酒造法は日本に存在しており、応神天皇19年に吉野の国樔（くず）が醴酒（こざけ）を献上したという記述が見られる。「国樔」は「国主」「国栖」とも書き、奈良時代以前の日本各地に散在していた非農耕民で、その特異な習俗のため大和朝廷からは異種族扱いされていた人々である。『延喜式』の記述によれば、その国樔が献上した酒でも醴酒という米と麹を使用して造る酒であったことがうかがえるので、麹による醸造法は当時既に全国的に普及していたと見られる。養老1年（717年）には美濃国から献上された醴泉で醴酒を造ったとの記述も『続日本紀』にある。
また、麹の種類の問題もある。現在中国や朝鮮半島で酒造用に用いられているのは麦麹（餅麹）がほとんどであり、その中身はクモノスカビやケカビが中心であるが、日本酒は米麹（バラ麹）であり、その中身は純粋なコウジカビである。朝鮮半島経由で麹による酒造法が伝えられたのであれば、それは当然麦麹であったはずで、日本にマッコリのような麦麹を用いた酒が存在した記録がない以上、朝鮮半島起源説は成り立たない。
稲麹
日本酒の歴史 上代
近年では、稲こうじ病により稲穂に自然に発生したカビの塊、すなわち稲麹を利用したのが日本における麹の起源であるとする説もある。小泉武夫の調査によれば、問い合わせた25府県全部で、かつては稲麹をもとに麹を作っていたという話を聞いたことがあるという回答を得ることができ、山形県の麹屋からは第二次世界大戦以前までは実際に稲麹を得ていたという証言が得られた。小泉が実際に稲麹を用いて酒造を試みた結果、日本酒に近い風味のものを作り出すことに成功している．しかし稲麹はバッカクキン科の稲こうじ病菌が稲籾に作る胞子の固まりであり、コウジカビとは全く関係がない。たまたま稲麹にコウジカビが混入していたと考えるべきである．また，野生のコウジカビの類にはアフラトキシンやオクラトキシンを産生するものがあり、むやみに野外のコウジカビを利用すべきではない。
造酒司
持統3年（689年）には飛鳥浄御原令に基づいて宮内省の造酒司（さけのつかさ / みきのつかさ 「造酒寮」とも）に酒部（さかべ）という部署が設けられた。701年（大宝元年）には大宝律令によってさらに体系化され、朝廷による朝廷のための酒の醸造体制が整えられていった。酒部は部署の名称だけでなく、今日の杜氏（とうじ）にあたる醸造技術者をも指す。造酒司の建物は、酒を醸造する甕がならんだ酒殿（さけどの）、精米をおこなう舎である臼殿（うすどの）、麹を造るための麹室（こうじむろ）の計三宇という配置であった。造酒司で造られる酒は麹は現在の製法と同じ米から造るばら麹で、米と麹と水を甕に入れて混ぜ合わせ、醗酵期間は十日ほどの薄い酒であった。
また967年（康保4年）に成立した『延喜式』によれば、主に造られる酒質は米と麹を数回に分けて仕込む濃い味の酒になっており、後世の段仕込みの原型がすでにうかがわれる。また、小麦を使った酒、麹を多く使った甘口の酒、水で割った下級酒など、今日の麦焼酎、貴醸酒、低濃度酒の原型を想わせる製法が10種類ほどあった。さらに醪を酒袋に吊るして搾ったり、上澄みを採ったりという技術は、今日のものと同じといってよい。
日本酒の歴史 中古
『延喜式』（927年（延長5年））には宮内省造酒司の御酒槽のしくみが記されており、すでに現代の酒とそれほど変わらない製法でいろいろな酒が造られていたことがわかる。なかでも「しおり」と記される製法は、現代の貴醸酒が開発される基になった。平安時代初期に書かれた『令集解』によれば、宮内省の中に朝廷で消費される酒を製造する「造酒司」という役所があり、長官の「酒造正」（さけのかみ）は正六位の冠位であり、60人の酒部（さかべ）を指揮して酒造を行っていた。
その後は朝廷直属の酒造組織に代わって、寺院で造られた僧坊酒（そうぼうしゅ）が高い評価を得るようになっていった。
この時代の清酒は量的にも些少であり、有力貴族など極めて限られた階層にしかゆきわたらなかったと考えられる。
日本酒の歴史 中世
商業が盛んになり、貨幣経済が各地へゆきわたったことを背景として、酒は、米と同等の経済価値を持った商品として流通するようになった。京都、とくに伏見などを中心に、自前の蔵で酒の製造を行い、それを販売する店舗も持つ酒屋、いわゆる「造り酒屋（つくりざかや）」が隆盛し始めた。まだ十石入り仕込み桶が開発される前で、二石から三石入る甕（かめ）（もしくは「瓶」の字をあて「かめ」と読ませる場合も）を土間にならべて酒を造っていたようである。
また一方で、租税の確保や武家的な禁欲思想に基づいて、たびたび酒の売買、製造、移出入などを禁ずる政策が出された。建長4年（1252年）に幕府の出した沽酒の禁（こしゅのきん）は徹底しており、一軒につき一個のみを残して醸造・保管用の甕を破壊させ、破壊した甕の数は鎌倉市中のみで三万七千を数えたという。一方で、朝廷では14世紀に入ると、財源不足により酒屋を認めて代わりに壺銭を徴収した。このため、幕府の政策は徹底できなかった。
室町時代前期には、この傾向にはさらに拍車がかかり、応永32年（1425年）には洛中洛外の酒屋の数は342軒に達していたことが、京都北野社に残されている酒屋名簿という文書に記されている。
日本酒の歴史 中世
また灘に伝わる『柴田家文書酒造り始之由来』 には、「むかし大内裏（朝廷）で造酒之寮（造酒司）と呼ばれる御官人が祭祀のために酒を造っていたが、室町時代になると酒の需要が高まり、とても追いつかなくなったので、御官人の縁者が市中でも造り始めたところ、とりわけ摂州表で造る酒は出来柄がよかった。」と書かれ、室町時代が酒造業にとって急成長の時代であったことを裏付けている。
鎌倉幕府が布いた沽酒の禁は廃止され、室町幕府は反対に酒造業者たちに課税して幕府の財源として活用する道を選んだ。
当時の酒屋は資本力を持ち、土倉（どそう）といって金融業者を兼ねていることが多く、借金の取立てや財産の自衛のために用心棒たちを養っていた。なかでも五条西洞院にあった柳酒屋という酒屋は、規模だけでなく扱っている酒質も同業者の群を抜く存在で、その名声は全国に知られた。
こうして経済力をつけた酒屋が、それまで酒屋とは別個の職業であった麹造りにも進出し、従来の麹屋の座と対立した（前述の北野社は麹屋の座を取り仕切っていた）。この対立は文安元年（1444年）、文安の麹騒動という武力衝突にまで発展し、その結果、京都における麹屋という専門職は滅亡し、麹座も解散した。以後、麹造りは酒屋業の一工程へと吸収合併された形となった。
日本酒の歴史 中世
またこの事件は、争いに明け暮れる京都市中の商人たちとは無縁に坦々と生産が続けられた、奈良の『菩提泉（ぼだいせん）』『山樽（やまだる）』『大和多武峯（たふのみね）酒』、越前の『豊原（ほうげん）酒』、近江の『百済寺酒』、河内の『観心寺酒』などの僧坊酒がさらに評価を高める原因にもなった。
一方で、この時代から寺院で作る僧坊酒が盛んになり日本酒造りの革新が起こり、特に奈良の僧坊酒は高級酒として扱われ南都諸白として大いに名声を得た。室町時代初期に書かれた『御酒之日記（ごしゅのにっき）』では、奈良の正暦寺の酒造に関して、すでに今日の三段仕込みや、乳酸菌発酵の技術、火入れによる加熱殺菌、木炭による濾過などが行われていたとの記述があり、このため正暦寺は清酒（日本酒）発祥の地とみなされることが多い。酒造法としては、掛米だけに白米を使う従来の片白（かたはく）に加えて、新しく掛米と麹米の両方に使う諸白（もろはく）の製法が現れて、その上品な味わいが人気を集めるようになった。『菩提泉』を醸す菩提酛も正暦寺の発祥と考えられている。また僧坊酒の発展から、奈良酒や天野酒などの、のちの摂泉十二郷の各流派の原型にあたる技法の違いも現れた。『多聞院日記（たもんいんにっき）』には、先の火入れについての記述に加えて、こうした江戸時代まで続いた伝統的な酒造法について詳しく記されている。
日本酒の歴史 中世
やがて、京都以外の土地でも酒屋が出現するようになり、こういうところで造られた酒が京都の酒市場に出回るようになった。京都の酒屋は、他国から市中に入る酒を「他所酒（よそざけ）」または「抜け酒」と呼んで警戒し、排除しようと躍起になった。洛中洛外の酒屋や町組（ちょうぐみ）からは、価格の安い他所酒の販売差し止めを陳情する願い状が、たびたび幕府の奉行所に提出されている。
しかし、この他所酒こそが、のちの日本の酒文化の中核をなす地酒の出発点でもあった。文明年間（1469年～1487年）には西宮の『旨酒』、堺の『堺酒』、加賀の『宮越酒』などが、弘治3年（1557年）には伊豆の『江川酒』、河内の『平野酒』などが盛んに取り引きされたことが記録からうかがえる。また、厳密にいえばこれは日本酒ではないが、天文3年（1534年）には「南蛮酒」として今日でいう泡盛の『清烈而芳』が酒市場に入っていた。
なお、米価が高騰すると、その対策として米を原材料として大量に消費する酒造りを制限して食用の米の価格の維持・引き下げを図ろうとした。後醍醐天皇は建武の新政の際に酒の価格を制限することで、酒屋の生産活動の抑制を図ろうとした。また、室町幕府も撰銭令に米価抑制のための規定を設けて、それを直接酒屋に伝達したのも酒屋による米の大量買い付けとそれに伴う米価高騰を防止する意図があったとされている。
日本酒の歴史 中世
日本にキリスト教を伝えたフランシスコ・ザビエルは1552年、イエズス会の上司へ宛てた手紙の中で、「酒は米より造れるが、そのほかに酒なく、その量は少なくして価は高し」と、日本酒に関してヨーロッパ人として最初の報告を書いている。もちろんザビエルは、これを自文化における酒であるワインを基準として日本酒を評価している。また織田信長に接して多くの記録を残した宣教師ルイス・フロイスも天正9年（1581年）に「我々は酒を冷やすが、日本では酒を温める」などの情報を本国に書き送っている。
天正10年（1582年）『多聞院日記』によれば奈良で十石入り仕込み桶が開発された。これによって地方においても酒の大量生産が可能になり、さらに地酒文化を花開かせることにつながっていく。戦国時代の群雄割拠が諸国に文化的な独自性を持たせたことも追い風となって、それぞれの土地の一般庶民の食文化との相互補完をベースとしながら、各地に数々の新しいローカルブランドが誕生し、味、酒質、製造量などの点において多様化が進んでいった。
日本酒の歴史 中世
このころ以前は、新酒よりも、古酒が圧倒的に高級とされ値段も高かった。古酒は茶色がかって現代の紹興酒のように醤油のような香りがあったと推定される。しかし酒の大量生産が可能になると、酒を輸送するのに用いられるコンテナも、壺や甕ではなく樽が主流になっていった。古酒は密閉されてこそ酒質が保たれ、壺や甕はそのために工夫されて発達してきた醸造器であったが、樽では密閉が効かない。このため古酒が流通しにくくなっていき、人々は新酒をしだいに飲むようになっていった。新酒への需要が高まり、値段も相対的に高くなっていった。
16世紀（1500年代）半ばには蒸留の技術が琉球から九州に伝えられ、焼酎が造られはじめたが、これらも芋酒（いもざけ）などとしていち早く当時の酒の中央市場であった京都に入っている。
日本酒の歴史 中世
織田信長、伊達政宗、大友宗麟ほか有力大名の海外との通商、豊臣秀吉の南蛮貿易により南蛮酒として古酒（くーす）と称される琉球泡盛や、桑酒、生姜酒、黄精酒（おうせいしゅ）、八珍酒、長命酒、忍冬酒（にんどうしゅ）、地黄酒（じおうしゅ）、五加皮酒（うこぎしゅ）、豆淋酒（とうりんしゅ）などなどの中国・朝鮮の珍酒や薬草酒、さらにヨーロッパからのワインも入ってきた。「アラキ」と記される南蛮酒もあり、これにはアラビアから地中海方面に広く現在も存在するアラックとする説や、戦国武将荒木村重の城下である摂津伊丹の銘酒とする説などがある。
こうした国際色豊かな酒の交流は、江戸時代初期の朱印船貿易へと引き継がれていった。
一方、織田信長の比叡山焼き討ちや石山本願寺攻撃に代表されるように、この時代の支配者たちは、それまでさまざまな意味で強い力を持っていた寺院勢力を恐れ、執拗に殲滅していった。これによって平安時代中期から培われた僧坊酒の伝統は衰滅していき、のちに寺そのものが再建されても、もはや醸造技術が寺院に復活することはなかった。かたわらでは、鴻池流や奈良流など各地の造り酒屋や杜氏の流派が、僧坊酒の技術に改良を加えながらこれを承継していくことになる。
日本酒は、こうして中世の末までにいちおう濁り酒から清酒への移行を完了したと考えられるが、だからといって、これ以後に濁り酒がなくなるというわけではないし、清酒も今日のそれと同じものというわけでもない。濁り酒は、農民たちが自家製するどぶろくを含めて、清酒よりも安価で手軽な格下の酒として製造、流通されつづける。また清酒に関しても、一般的には片白（かたはく）や並酒（なみざけ）が主流であったため、ほとんどの清酒はまだ玄米の持つ糠が雑味として残る、黄金色がかった、今日の味醂（みりん）のようにこってりした味であったと考えられる。
日本酒の歴史 江戸時代
僧坊酒を継ぐように台頭してきたのが、室町時代中期から他所酒を生産し始めていた、摂津国猪名川上流の伊丹・池田・鴻池、武庫川上流の小浜（こはま）・大鹿などの酒郷であった。これらの酒郷は、のちに摂泉十二郷と呼ばれる上方の一大酒造地として発展していく母体となった。池田郷については「遠く飛鳥時代などに朝廷で造酒司の酒部たちが細々と酒を造っていたが、室町時代に酒の需要が高まったためそれでは追いつかなくなり、縁者が摂津で酒造りを始めたところ良い出来であったので、その子孫が池田郷に住んで酒造家になった」と古文書にある。
奈良流の諸白を改良し、効率的に清酒を大量生産する製法が、慶長5年（1600年）に伊丹の鴻池善右衛門によって開発され、これが大きな契機となって次第に酒が本格的に一般大衆にも流通するようになっていった。
日本酒の歴史 江戸時代
また日本酒は、朱印船貿易により東南アジア各地に作られた日本人町やその国の王族などへ、「サッキ」という名前で輸出された。とくにオランダ東インド会社（略称VOC）の根拠地であったバタヴィア（現インドネシアの一部）では、日本酒は定期的に入荷され、人々の暮らしの一部として欠くべからざるものとなったが、ヨーロッパ（おもにオランダ）から届けられるワインに対して日本酒はアルコール度数が若干高いがために、バタヴィアを始めとした東南アジアにおいては、日本酒は食前酒、ワインを食中酒として飲むという独自の食文化の伝統が生まれた。
江戸時代初期には、後世から四季醸造と名づけられる技術があり、新酒、間酒（あいしゅ）、寒前酒（かんまえざけ / かんまえさけ）、寒酒（かんしゅ）、春酒（はるざけ）と年に五回、四季を通じて酒が造られていた。
日本酒の歴史 江戸時代
酒造りは大量の米を使うために、米を中心とする食料の供給とつねに競合する一面を持っている。そこで幕府は、ときどきの米相場や食糧事情によって、さまざまな形で酒造統制を行なった。まず明暦3年（1657年）、初めて酒株（酒造株）制度を導入し、酒株を持っていなければ酒が造れないように醸造業を免許制にした。寛文7年（1667年）伊丹でそれまでの寒酒の仕込み方を改良した寒造りが確立されると、延宝1年（1673年）には酒造統制の一環として寒造り以外の醸造が禁止され（寒造り以外の禁）、これにより四季醸造はしばらく途絶えた。こうして酒造りは冬に限られた仕事となったので、農民が出稼ぎとして冬場だけ杜氏を請け負うようになり、やがて各地にそれぞれ地域的な特徴を持った杜氏の職人集団が生成されていった。
このころは全国各地で、一般的に造り酒屋によって製造・卸売の兼業が行われていたが、とくに江戸では人口が集中して大消費地になったために、酒についても専門問屋仲間が成立した。そして江戸に着いた荷をさばく問屋の寄合いも形成された。いっぽう大坂では、従来の造り酒屋が問屋を兼業していたので、江戸のような専門酒問屋は出現しなかった。このように江戸時代に入り商品化された酒は「商人の酒」といわれるようになった。
日本酒の歴史 江戸時代
一方、酒によって多大な利益を得る商人から、いかにして租税をとりたてるかが幕府にとって頭の痛い問題でもあった。幕府から見れば、酒株制度には酒造石高をめぐって一つの弱点があり、酒屋ら商人たちがそこをうまく利用すると、幕府に入る酒税が先細りになっていく恐れがあった。そのため幕府は寛文6年（1666年）を始めとして何回か酒株改めをおこなった。ことに元禄の酒株改め（1697年）は徹底的におこなわれ、このときから宝永6年（1709年）まで酒屋には運上金も課せられた。
伊丹酒や池田酒の評判はつとに高まり、元文5年（1740年）には伊丹『剣菱』が将軍の御膳酒に指定された。江戸市中の酒の相場でも、伊丹酒や池田酒は他の土地の酒に比べはるかに高値で取引されていた。
しかしこのころから神戸・西宮あたりの灘目三郷が新興の醸造地域としてすでに注目を集め始める。後世、銘醸地の代表格となる灘が、最初に文献に登場するのは正徳6年（1716年）であるが、享保9年（1724年）の下り酒問屋の調査では、灘目三郷の名が伊丹酒を追い上げる酒の生産地として報告書に記載されている。これが江戸時代後期の灘五郷である。
日本酒の歴史 江戸時代
これら摂泉十二郷（せっせんじゅうにごう）と呼ばれた、伊丹や灘やその周辺地域で造られた酒は、天下の台所といわれた集散地大坂から、すでに人口70万人を擁していた大消費地江戸へ船で海上輸送された。こうして上方から江戸へ送られた酒を下り酒と呼ぶ。
時代により変動があるが、下り酒の7割から9割は、摂泉十二郷産のもので、それ以外では尾張、三河、美濃で造られ伊勢湾から合流する中国もの、他には山城、河内、播磨、丹波、伊勢、紀伊で造られた酒が下り酒として江戸に入っていった。いっぽう関東側では、中川と浦賀に幕府の派出所があり、ここで江戸に入る物資をチェックしていた。この調査結果は江戸入津と呼ばれ、幕府が江戸市中の経済状態を市場操作したり、国内の移入移出の実態を調べるのに活用された。下り酒は、はじめは菱垣廻船で木綿や醤油などと一緒に送られていたが、享保15年（1730年）以降は樽廻船として酒荷だけで送られるようになった。
宝暦年間初期は豊作が続いたため、幕府は宝暦4年（1754年）に勝手造り令を出し、新酒を造ることも許可した。このため四季醸造は復活の機会があったのだが、もはや生き証人としてその技術を心得ている杜氏がいなかったこと、また消費者もうまい寒酒の味に慣れ、酒郷ではよりよい酒質を求めて熾烈な競争をくりひろげていたことなどから復活に至らなかった。こうして幕府の酒造統制が緊緩を揺らいでいくうちに、四季醸造の技術は江戸時代の終わりまでに消滅した。それが復活できたのは、じつに昭和時代の工業技術によってであった。
天明3年（1783年）に浅間山が大噴火し天明の大飢饉が起こると、幕府は、天明6年（1786年）に諸国の酒造石高を五割にするよう減醸令を発し、天明8年（1788年）には酒株改めをおこない、その結果にもとづいて三分の一造り令などが示達された。松平定信は寛政の改革の一環として天明の三分の一造り令を継続するとともに、「酒などというものは入荷しなければ民も消費しない」との考えのもとに下り酒の江戸入津を著しく制限した。
享和2年（1802年）水害などに起因する米価の高騰により、幕府は酒造米の十分の一を供出させた。この米のことを十分の一役米という。酒屋たちは抵抗、反発し、十分の一役米は享和3年（1803年）に廃止された。
文化文政年間は豊作の年が続き、幕府は文化3年（1806年）にふたたび勝手造り令を発し、酒株を持たない者でも、新しく届出さえすれば酒造りができるようになった。こうして酒株制度はふたたび有名無実化したが、このことはやがて江戸後期から幕末にかけ、酒屋たちのあいだに複雑な内部抗争を起こさせることになる。
天保8年（1837年）、山邑太左衛門によって宮水（みやみず）が発見されると、摂泉十二郷の中心は海に遠い伊丹から、水と港に恵まれた灘へと移っていった。
日本酒の歴史 明治時代
明治5年（1872年）、オーストリア万国博覧会に日本酒が出品された。日本酒のヨーロッパへの初めての「輸出」とされている。しかし、日本酒の日本国外への輸出は江戸時代初期に朱印船貿易によって東南アジアに輸出されており、オランダ東インド会社の根拠地バタヴィア（現インドネシアの一部）では日本酒の飲用がその地の独自な食文化の一部として定着したことなどもあり、さらにオランダ経由で日本酒がすでに江戸時代にヨーロッパにもたらされた形跡があるとの指摘もある。また、江戸時代後半にはカムチャツカからシベリア経由でロシア帝国がヨーロッパに日本酒を紹介していたことなども明らかになっている。しかしながら日本酒が政府公認のお墨付きと後押しを受けてヨーロッパに紹介されたことは事実であるといえよう。
鹿鳴館時代に来日したイギリス人アトキンソンは、1881年（明治14年）に日本各地の酒屋で火入れの様子を観察し、すでに1862年にルイ・パスツールが加熱殺菌を発見していた西洋の近代的方法と異なり、温度計のない環境で、杜氏が酒の表面に「の」の字がやっと書ける熱さとしてぴったりと華氏130度（約55℃）をあてることに驚いている。また、火入れの技法そのものは平安時代後期からあったものの、それを施さなかったときに起こる腐造のことを火落ち、あるいはそれを起こす菌を火落菌と呼ぶようになったのは、このころ以降のことである。
日本酒の歴史 明治時代
近代最初に実施された全国統一の酒税則は、1871年（明治4年）7月に行われた廃藩置県と同じ7月に布達された「清濁酒醤油醸造株鑑札収与」である。さらに1875年（明治8年）、明治政府は、江戸幕府が定めた複雑に入り組んだ酒株に関する規制を一挙に撤廃し、酒類の税則を酒造税と営業税の二本立てに簡略化して、醸造技術と資本のある者ならば誰でも自由に酒造りができるように法令を発した。このためわずか一年のあいだに大小含め30000場を超える酒蔵がいっきに誕生した。のちに禁じられる自家製酒（どぶろく）も、製造量は1年につき1石までという規制はあったものの、どの家庭でも自由に造ることができた。1882年（明治15年）には、自家製酒を造る者は製造免許鑑札を申請し、鑑札料金80銭を納めることが義務づけられたが、販売を目的としないかぎり、ちゃんとした清酒であっても1886年（明治19年）まで自家醸造は自由であった。
日本酒の歴史 明治時代
一方では、輸出先に対して関税自主権を持てなかった明治政府は、外国からめったに輸入されないため関税について頭を悩ませる必要がなく、しかも国内消費が大きかった日本酒から徴収する酒税に、主たる歳入としての目星をつけた。こうして政府は、酒蔵への課税をどんどん重くするようになり、明治政府は国家歳入のじつに3割前後を酒税に頼るにいたった。こうした重税化の動きに対し酒蔵側は、1881年（明治14年）に高知県の酒造業者が、同県出身の自由民権運動の指導者植木枝盛の助力を得て、酒造税引き下げの嘆願書を政府に提出したのを皮切りに、各地で抵抗に立ち上がった。政府側は嘆願書に署名した蔵元を処罰するなどして鎮静化を図ったが、酒造税をめぐる酒蔵たちと明治政府のあいだの攻防は収まる気配をみせず、以後三十年近くにも及ぶことになる。なかでも代表的な事件が1882年（明治15年）の大阪酒屋会議事件である。
課税に耐えられない酒蔵はどんどんつぶれていき、1882年（明治15年）には16000場にまで減少した。やがて8000場前後を推移しながら昭和時代を迎え、太平洋戦争によって打撃を受け4000場ほどになる。さらに平成時代は消費低迷期を迎え、2008年（平成20年）現在では約1500場を下回っている。
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課税に耐えて生き残ることができた酒蔵は、富裕な大地主によって開かれたものが多かった。それまで大地主たちは不作や飢饉の時にそなえて、毎年の収穫から一定量の米を備蓄するのが通例であったが、不作や飢饉がなければ備蓄米はそのまま古くなって無駄になるリスクがつきまとった。また、大豊作の年には米が余って米価が暴落するというリスクもあった。そこで彼らは、備蓄米や余剰米を自分がやっている酒蔵へ原料として回した。こうした酒蔵のなかには、そのまま発展して今日の日本酒業界でいわゆる「大メーカー」となっている会社も多い。
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米の使途の比重として、酒造りが大きくなってきた地方では、食用でなく酒造りに向いている米の探究が盛んに行なわれるようになった。1860年（万延元年）にすでに伊勢国多気郡の岡山友清が在来品種である大和から醸造適性のある品種伊勢錦を純系分離したのに範をとって、1866年（慶応2年）岡山県では岸本甚造が在来品種より備前雄町を、1877年（明治10年）に兵庫県の丸尾重次郎が在来品種程吉（程良・程好ともいう）から神力（しんりき）を、1889年（明治22年）に山口県の伊藤音市が兵庫県の在来品種都より穀良都を、1891年（明治24年）に鳥取県の渡邊信平が在来品種より強力（ごうりき）を、それぞれ選抜・純系分離し、酒造好適米として品種特性を固定していった。また起源には複数説があるが、のちに日本を代表する酒米となるものとして、明治時代前期に兵庫県で山田穂が品種特性を固定されている。しかしながら、まだ科学的再現性というものが導入されていなかったこのころの醸造業界では、今日に比べると技術が拙なく、いかに良い酒米を用いても醸造しているうちに腐造してしまうことも多かった。このような状況が、政府主導によって全国規模で酒造りに関する情報を交換し、酒造場相互の技術の向上を図る必要を生み、やがて明治時代後期の品評会や鑑評会へとつながっていった。
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酒米の開発はその後も意欲的に続けられ、1895年（明治28年）滋賀県立農事試験場が備前雄町から渡船を、1897年（明治30年）島根県では御原岩次郎が在来品種晩稲大関より早大関を、1893年（明治26年）から1897年（明治30年）ごろにかけて山形県にて阿部亀治が在来品種惣兵衛早生より亀の尾を、それぞれ選抜・純系分離し、酒造好適米として品種特性を固定していった。
明治維新とともに数多くのビール醸造メーカーも酒造業界に参入したが、酒造業者（酒蔵）と酒問屋は自分たちの商品と競合するビールの進出を好まなかったため、従来からの酒問屋・酒小売店はビールを取り扱わなかった。そのためビールは酒屋ではなく薬種問屋などで売られるようになり、日本酒とは異なる流通網が構築された。
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また明治政府は、欧化政策の一環として国民に西洋の酒類をより多く消費させようとして、当初ビールやワインに対しては、日本酒に対するような重い課税を行なわなかったため、日本に急速にビールが浸透した。1901年（明治34年）、ビールも課税対象になったが、ワインは無税であった。それ以後太平洋戦争末期にかけて、日本酒には造石税・物品税・庫出税などさまざまな課税がなされていくが、ワインは醸造免許にかかわる税のみで、商品に対する酒税は免除されていた。このことがビール・ワイン業界の基礎体力ともいうべきものを温存し、戦後の復興もスムーズとなった。昭和時代後期から現在におけるビール・ワインの酒類消費シェアの拡大の裏には、明治初年の欧化政策が尾を引いているのである。
1890年代から1920年代にかけては、酒造りにおいて急速な近代化の時代を形成する。これを伝統技法の逸失ととらえる立場もある。
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近代以前はいわゆる科学的再現性が酒造りにおいてはつねに大問題であった。たとえ生酛によって良い酒ができても「同じものをまた造る」ということが不可能に近かったのである。1890年代でも、仕込んだ醪のうち10%はできあがる前に腐ったり（腐造）、火落菌によってだめになったり（火落ち）、おかしくなったり（変調・変敗）、すっぱくなったり（酸敗）することを前提として仕込みを行なっていた。醗酵を進める酵母については、酒蔵では空気中に自然に存在する酵母や、昔から住みついている酵母（蔵つき酵母・家つき酵母）の力に頼っていたが、株が一定せず、雑菌と混同しやすく、醸造される酒は品質が安定しなかった。また、ひとたび腐造が起こると、それを起こした菌は木樽や木桶のなかに浸透するため、何年にもわたって影響をおよぼし、酒蔵にとっては長い災禍となった。
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このような災禍の恐れのない醸造環境のことを安全醸造といい、これは酒造りそのものが腐造と隣り合わせだった昭和時代中期まで、醸造業における重要な概念となる。1895年（明治28年）に日清戦争に勝利した明治政府は日清戦争で獲得した賠償金などの余力を、酒税による国庫の財源の基盤確保を盤石にするために安全醸造の行なえる醸造業の近代化に投資した。醸造業の近代化は国家戦略の一部としてとらえられ、西洋の微生物学を導入して積極的に支援した。当時、国家歳入の酒税に頼る割合は高く、1897年（明治30年）には33.0%に達し、税制の健全化を図るに酒税の安定が先決であると考え、国家レベルの投資の一環として、清酒の品質向上と安全醸造のため、醸造業の近代化に取り組んだ。
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1904年（明治37年）には大蔵省の管轄下に国立醸造試験所（現・酒類総合研究所）が設立され、1909年（明治42年）には同試験所で山廃酛が開発され、翌1910年（明治43年）には速醸酛が考案された。1907年（明治40年）に日本醸造協会が主催する第1回全国清酒品評会が、1911年（明治44年）には国立醸造試験所によって第1回全国新酒鑑評会が開催された。醸造試験所では酵母やカビ（麹菌など）の研究が重要であると掲げられ、銘醸地とされる灘・伏見・広島などの酒造場の酒母から、優良な酵母の分離、実用化が試みられた。その結果が優秀と評価された酵母を、1906年（明治39年）に設立された醸造協会が純粋培養し、全国の酒造場に頒布するという仕組みも整えられていった。
醸造試験場では、「よい酒質はよい酵母から」という考えに則り、まず1906年（明治39年）に全国各地の酒造場から60株あまりの酵母を分離し、その中から優良とされた酵母が第1号酵母として頒布された。この酵母は江戸時代後期から名声の高かった灘の『櫻正宗』の酒母から分離された。ついで明治末年（1908年（明治41年） - 1911年（明治44年）ごろ）に京都伏見の『月桂冠』から分離された酵母が第2号酵母として、そして1914年（大正3年）に広島県三原の『醉心』から分離された酵母が第3号酵母として、頒布された。
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大正末期には、広島県下の酒造場から分離された第4号酵母、第5号酵母が果実様の芳香（いまでいう吟醸香）を発する酵母として実用化された。これは、1907年（明治40年）の第1回全国清酒品評会で広島県の酒が第1位・第2位を占め、その後も品評会・鑑評会で県としての入賞率が抜群であったことによる。1921年（大正10年）および1924年（大正13年）の品評会では、1位から3位までを広島県勢が独占するという快挙を遂げた。この広島の酒造りの先覚者が、軟水醸造法を開発した『花心（はなごころ）』の蔵元三浦仙三郎と、広島県の技師橋爪陽である。広島には江戸時代から瀬戸内海の沿岸に灘の酒が押し寄せていて、これを防ぐには品質をもってするしかないという気風があり、1891年（明治24年）には県の清酒品評会がはじまっていた。大正期には広島杜氏は灘・伏見はもちろん、九州・四国・関東そしてハワイや樺太（サハリン）にまで広島流の甘口酒のつくりを伝えて、各地に影響を与えた。品評会・鑑評会において、灘・伏見の主産地を凌駕する広島の成績に、地方の酒蔵はおおいに驚くとともに鼓舞され、各地で自分たちの水と米に適合した酒造りの研究が盛んになり、広島に継いで秋田、熊本、山形といった県の酒造場が名声を高めていった。昭和50年代以降の地酒ブームや吟醸酒ブームは、この流れの延長線上にあるといってよい。
以前は、江戸へ下り酒として大量輸送される灘のような大ブランドを例外として、基本的に日本酒とは地産地消であり、祭礼などの場に地元の酒が四斗樽で運ばれて皆で自由に飲むか、比較的に裕福な階層が自前の徳利などを携えて酒屋へ行き、酒屋は店頭に並べた菰（こも）かぶりの酒樽から枡で量り売りをするのが通例であった。このため、今でいう地酒はその町や村から外へほとんど出ることがなかった。しかし、明治後期から徐々に酒は瓶で売られるようになり、生産された町や村を離れて流通するようになった。1901年（明治34年）には白鶴酒造から一升瓶が登場し、大手メーカーでは日本酒が瓶詰めで売られるのが普及していった。いっぽう、量り売りをする酒屋は戦前昭和時代まで見られた。酒が瓶詰めになったことは、人の酒の飲み方、すなわち消費形態や食生活にも変化をもたらした。それまでの日本酒の飲み方が、年に数回だけ振る舞い酒を枡の角に盛った塩を舐めながら飲み、飲んだからにはとことん泥酔するような様式から、酒屋から瓶で買ってきた自分の好みの銘柄を晩酌や独酌として、食事や肴とともにたしなみ、そこそこに酔う（当時の表現で「なま酔い」という）様式へ変わっていった。このような消費様式の変化は、明治後期から昭和初期にかけてゆっくりと浸透したが、戦中戦後の闇市の時代をまたいで、現在の消費形態の土台ともなっている。
明治以前の酒樽は木製で、樽壁の中に雑菌が生息している可能性もあり、不衛生だという意見があった。この問題を解決するために、今日のような琺瑯（ほうろう）で表面を加工した鉄製の酒造タンクも開発され、政府もこの普及を推進した。
これに対して、木樽造りは長い伝統的実績を経た醸造技術であり、それが生み出す木香もまた日本酒の魅力であるとする酒蔵が、平成時代になって木樽造りを復活させたが、一方では琺瑯タンクによる酒造りも、製造される酒質はそれ以前のものと比べて何ら劣るものではなく、あえてコスト高と不衛生のリスクを冒して木樽造りにこだわる意味を見出さないとする意見もある。
政府は、1899年（明治32年）自家製酒税法を廃止し、これを以って自家製酒（どぶろく）の製造と消費を禁止した。違法化されると、「どぶろく」という語も「密造酒」という意味を帯びていった。この措置も、政府の歳入獲得が目的であった。酒類の消費の大勢を占めるどぶろくを禁止すれば、国民の需要は酒税のかかる清酒へと向き、それがそっくり歳入にはねかえってくるだろう、というのが明治政府の予測であった。ところが実際はそのようには運ばず、これ以後、酒税の歳入に占める割合は増加することはなかった。
どぶろくの禁止に関しては、国民の食生活への国家の介入であるとしてその後も根強い反論を招き、1980年代後半のどぶろく裁判などを経て、2002年（平成14年）の構造改革特別区域でいわゆる「どぶろく特区」が設けられるまで続いた。どぶろく特区以外では2006年（平成18年）現在も家庭でどぶろくを作ることは法的に禁止されている。
醸造業の近代化とは酒の「工業的生産」の始まりでもあった。陸軍砲兵本蔽火薬製造所で開発された、純度の高いアルコールを蒸留する技術が、アルコール飲料の開発に応用され、工業生産されたアルコールに水を加えた新式焼酎として、1911年（明治44年）日本酒精より発売された。
飲用に使われるようになって、官能的に感知される不純物を除去するため、アルコールの蒸留技術はさらに進化していき、それを応用して1920年（大正9年）に鈴木梅太郎が合成清酒の製法で特許を獲得した。「ほんらい食用に回すべきお米を酒にしてしまう」との発想から、酒が不届きなぜいたく品のようにも考えられた当時は、「成分中のアルコールが米に由来しない」ということが近代的で良いこととして解釈され、合成清酒は新清酒とも呼ばれて、大和醸造から科学の酒『新進』として発売された。これがやがて昭和時代の三倍増醸酒へと至る技術の一端である。
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1926年（大正15年）には、国家歳入の酒税に頼る割合は24.4%にまで下がってきていたが、依然として所得税を抜き首位であった。主要な輸出品でなかった日本酒は、1929年（昭和4年）の世界大恐慌の打撃をまともに受けることはなかったが、かえってビール業界の伸長に圧迫され、1929年（昭和4年）から1931年（昭和6年）まで連続年10%の減産を余儀なくされた。
1928年（昭和3年）、1930年（昭和5年）、1932年（昭和7年）と3回連続で全国清酒品評会で優等賞を取った秋田県秋田の『新政』（あらまさ）の秋田流低温長期醗酵が注目を集め、ここから分離された新政酵母が1935年（昭和10年）に第6号酵母となった。第6号酵母は現在も使われている酵母としては最も古い清酒酵母であり、また低温長期醗酵はのちの吟醸造りの原型となった。
1930年（昭和5年）ごろ、広島県西条町（現在の東広島市）の佐竹利市（精米機メーカーのサタケの創業者）が米の形を保ったまま高度精米ができる竪型精米機を発明し、果実様の吟醸香を持つ酒の製造が容易になった。これにより吟醸酒造りが飛躍的に発展する機運が高まった。
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酒米は、後に「酒米の王者」として全国に君臨することになる山田錦が、兵庫県立農事試験場において1923年（大正12年）に山田穂と短稈渡船を交配させ、1936年（昭和11年）に兵庫県奨励品種として登場した。ただし、山田錦が普及したのは1940年（昭和15年）の臨時米穀配給統制規則により県をまたがる米の移出入が制限されるようになったため、灘の大手酒造場が兵庫県産米を使用せざるを得なくなってからのことである。戦前の品評会・鑑評会の上位を占める酒には、雄町がもっとも使われていた。
1937年（昭和12年）、日中戦争が始まると日本酒を取り巻く状況は暗転した。酒も原料の米も戦略物資とされ軍需用が最優先となり、品質の良い酒が市場に出回らなくなった。さらに食用米を確保するため、1938年（昭和13年）国家総動員審議会によって酒造米200万石が削減させられ、生産は半減した。1939年（昭和14年）の勅令789号によって米穀搗精制限令（通称「精米制限令」）が公布され、精米歩合が65%以上に規制された。縦型精米機の発明により飛躍的な発展の可能性がみえた吟醸酒であったが、これにより、本格的な普及にはなお三十年近い歳月を待つことになった。
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1939年（昭和14年）4月1日、日本酒は政府の定める公定価格によって卸売価格と小売価格が固定化された。このことが太平洋戦争末期から戦後の混乱期にかけて別個に存在する実勢価格（闇値）で取引される素地を、すなわち闇市場を作った。この公定価格制度は1960年（昭和35年）まで残った。
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こうして日本酒の需要と供給は大きくバランスが崩れ、酒小売店では酒樽を店頭に出す前に中身へ水を加えてかさ増しするところが続出し、金魚が泳げるくらい薄い酒ということで金魚酒と呼ばれた。このような酒を取りしまるために、1940年（昭和15年）にアルコール濃度の規格ができ、1943年（昭和18年）には級別制度が設けられた。級別制度の目的は、「品質に応じて級別にあてはめ、それぞれ異なる酒税を課す」というものであった。当初、制定された級別は「第一級」から「第四級」の4段階であった。そのなかの第一級は、酒税法で「別表に掲ぐる酒類製造業者が製造し、同表に掲ぐる“商標”を付したる清酒にして、アルコール分16度以上、原エキス分32度以上の成分規格を有し、品質につき中央酒類審議会の認定を経たるもの」と定められ、当初は37の酒類製造業者の40の商標（銘柄）が指定された。級別の分け方は1944年（昭和19年）に一級～三級、1945年（昭和20年）一級～二級、そして1949年（昭和24年）に特級・一級・二級となり、この級別制度は1992年（平成4年）まで続いた。
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日本人が多く入植した満州は寒冷の地であり、また入植者には青年層が多いために内地（日本本国）と比べて一人あたりの清酒消費量は2倍とされていた。そのため、内地から相当量の清酒を移入するとともに、満州国内でも酒造用米を朝鮮より移入するなどして清酒を製造した。しかし、現地の水が硬水だったこと、辺境部の酒造場や小規模の酒造場では酒造適性の乏しい満州産米を使わざるを得なかったこと、設備の貧弱な酒造場が多く腐造や火落ちなど品質に問題のある酒が後を絶たなかったこと、既成の日本酒は現地の極寒の気候では凍ってしまうことなどの理由から、それら問題点を解決する酒が、満州国経済部試験室を中心に研究されていた。この研究には満州や北支（中国の華北地方）に進出した日本の大手酒造場の技師や杜氏も参画した。1939年（昭和14年）には、甘味果実酒へ行なわれていたアルコール添加の技法にヒントを得て、北支・青島市の『千福』青島工場で技師田中公一が清酒醪にはじめてアルコールを添加する実験を行った。1940年（昭和15年）、満州では原料米の統制が行われたため朝鮮からの移入が途絶し、また内地の清酒製造量が半減したため清酒の移入もできなくなった。このため満州国経済部試験室の奥田美徳室長の指導の下、試験室員の長島長治、菊地敬、佐藤友清、久高将信らが、高粱（コウリャン）、陸稲、粟（あわ）、アルコールなど各種の代用原料の実験を行った。そのなかで唯一の満足いく結果を収めたのが新京（現在の長春市）の『菊蘭』丸三興業株式会社にて実施したアルコール添加の試験で、これによってアルコール添加酒の標準的な製造手法を確立した。この手法では、添加するアルコールは30度まで希釈して、過マンガン酸カリウムと活性炭濾過によって精製したものを、上槽の4・5日前に、白米10石の醪につき3石から5石を加えるというものであった。アルコール臭はほとんど感じることなく火落ち菌による変敗も認められなかったと報告されたため、1941年（昭和16年）には満州全土の酒造場で実用に移された。これを満州では「第一次酒」と呼んだ。また、「第一次増産酒」という名称も使われた。
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1941年（昭和16年）、太平洋戦争が始まり米不足に拍車がかかった内地では、1942年（昭和17年）食糧管理法が制定され、酒造米も配給制となった。このような中『白鶴』嘉納合名会社の嘉納純社長が、満州の自社工場（奉天市の嘉納酒造）におけるアルコール添加酒の実績を当時の賀屋興宣大蔵大臣に進言し、日本政府も清酒増産のためにアルコール添加が最も近道と考えるに至った。そこで醸造試験所で1942年（昭和17年）11月に試験醸造を行い、昭和17酒造年度に55の酒造場で試験醸造を行った。このときの当局から各酒造場に対する指示事項によれば、白米10石の醪につきアルコール30度換算のもの5石以内（白米1トンあたり100パーセントのアルコール180リットル）を限度とした。これに伴い、1943年（昭和18年）、政府は清酒の原料にアルコールを追加できるよう酒税法を改正、またアルコールを酒類製造業者へ売り渡しできるようアルコール専売法を改正するなど関係法令の整備をおこなった。このようにしてアルコール添加による清酒増量（増醸）が実用化されたが、アルコールの精製が悪いと香気を損じ、アルコール味を残し酒の旨味やゴク味が乏しくなる。また、割水すると酸が希薄になり、従来に比べて ph の値がアルカリ性に傾くため、市販酒には火落ちするものも出るといった欠点が生じた。これを補うため、甘味成分の増強を目的とする四段添加や、乳酸・コハク酸・クエン酸などを添加する補酸が行われた。四段添加は、留までの総米に対して1割から2割程度の分量の粳（うるち）米または糯（もち）米を醪の最高温度が余り下がらないうちに掛ける「粳四段」「糯四段」、および熟成酛（もと）を添加する「酛四段」の手法があった。同1943年には酒類もすべて配給制となり、同時に日本酒はもっぱら闇市場で取引されるようになった。酒の闇値はほぼ半年で2倍の割合で上昇していった。横流しの酒のほかに、家庭に配給された酒までが換金のために闇へ流されるようになった。酒蔵は、隠れて仕込んでいる酒が発覚すれば、醸造設備すべてをスクラップとして供出しなければならなかった。
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1944年（昭和19年）には、内地の全酒造場でアルコール添加酒が製造されるようになったが、識者から日本酒の純粋性と品質低下を招くとの根強い批判があったために、大蔵省は、アルコール添加酒を原則として清酒三級として取り扱うよう通達を出した。添加するアルコールは、航空燃料や火薬等の原料になる専売アルコールが転用された。当初はおもに芋から作られる醸造アルコールだったが、やがて芋も不足してくると、野山に動員された小学生が拾ってくるドングリまでもがアルコール製造に使用された。
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1942年（昭和17年）、満州ではさらに酒造用の原料米の割り当てが減らされたが、一方で清酒の需要が益々増してきたので、アルコールをもっと多量に入れて増量する必要に迫られた。そうなると四段添加では甘味が追いつかないため、糖類を直接添加するという方法が満州国経済部試験室で考案された。これは、既に実用化されていた合成清酒を参考にしたものである。試験醸造は、第一回が奉天（現在の瀋陽市）の『千福』満州千福醸造と『千代の春』千代乃春酒造、第二回が開原の『源氏』東洋醸造の、計2回に分けて行われた。第一回目には、白米10石の醪に対して30度のアルコールを15石まで加えて、アルコール度数21～23度の約30石の清酒を得た。第二回目には、白米10石の醪に対して25度のアルコールを30石まで加えて、アルコール度数21～23度の約45石の清酒を得た。これを満州では「第二次酒」 また「第二次増産酒」とも呼ばれた。この結果にもとづいて1943年（昭和18年）9月に満州の主要な酒造場から技師・杜氏を集めて清酒技術会議を開いて討論会を行い、議論百出したが酒不足・原料米不足の折から、関東軍倉庫部隊長の生地大佐の決断により、1943年（昭和18年）の冬から第二次酒を製造することになった。酒造用米は極端に減らされたが第一次酒・第二次酒を採用したため製造石数はさほど減石せずにすみ、各酒造場の製造能力を十分に発揮し、満州国政府の酒税収入もさほど減らなかったため、長島長治、菊地敬、佐藤友清の3技師が政府より表彰された。
満州で実用化された標準的な手法では、白米10石の醪に対して、純度75%以上のブドウ糖 130～150 kg と 75%の醸造用乳酸 6 kg を溶解した16石の調味アルコール（アルコール度数約 24.8%）を加えて、市販酒としては従来の（アルコール添加をしない）清酒の約2.5倍の増量となった。また、乳酸が不足したため一部ではクエン酸も使用した。
満州では以上の方法により、1943年（昭和18年）・1944年（昭和19年）と終戦まで糖類添加酒の製造を行った。いっぽう、内地では敗戦後の酒造用米不足の打開策として、日本酒造協会の副会長でもあった『大関』長部商店の長部文治郎社長が、鞍山市の満州大関にあった自社工場にて醸造した第二次酒の製造法を発表したことを契機にして、1949年（昭和24年）に全国150の酒造場で試験醸造が行われた。このとき、市販酒としては従来の（アルコール添加をしない）清酒の約3倍の増量となったため、「三倍増醸清酒」と呼ばれるようになった。その結果、翌1950年（昭和25年）より全国的に三倍増醸酒が製造されるようになった。
日本酒の歴史 戦後
1945年（昭和20年）には鑑評会・品評会ともに行なわれなかったが、1946年（昭和21年）には鑑評会と品評会が両方ともかろうじて再開された。しかし当時の食糧難を反映して、精米歩合も70%までと規制が設けられた。戦前の1932年（昭和7年）から品評会で連続して好成績を収めていた長野県の『真澄』が、戦後すぐの鑑評会・品評会でも上位を独占し、この酵母が分離され協会7号酵母として全国に頒布され、出品酒の8割以上に使われるようになった。
戦争によって醸造業も壊滅的な打撃を受けた。戦火に焼かれた酒蔵だけでも223場にのぼり、昭和20酒造年度（1945年（昭和20年） - 1946年（昭和21年））の全製成量の17%の酒が失われ、杜氏や蔵人などの人的損失もたいへん大きかったが、わけても深刻だったのが食糧難、とくに原料となる米の絶望的な不足であった。1946年（昭和21年）5月19日の「飯米獲得人民大会」（いわゆる「米よこせメーデー」）を抑えこんだ連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）は、日本国政府へ酒類の製造を禁止する命令を下した。しかし、過去アメリカ合衆国における禁酒法が実効をあげなかったこと、闇酒が多くの犠牲者を出していたこと、大手ビール会社が確保していた大麦の一部を供出したこと、などの要因によって、命令は実施に至らなかった。
日本酒の歴史 戦後
兵士たちの復員などによって飲酒人口が急増し、また暗い世相を反映して酒類への需要が高まり、供給が追いつかなかったためメチル、カストリ、バクダンなどの密造酒が大量に横行した。どぶろくなどの従来の密造酒と比べてアルコール濃度が高く、激烈で有害なのが特徴で、闇市場で売買されることから闇酒ともいう。「酔えば何でもよい」という闇酒によって、多数の死者が出た。
メチルとは、戦争中に石油燃料の代用とするために製造されたエチルアルコールを水で希釈したものに、人が間違えて飲まないようにわざわざメチルアルコールを混ぜ、目立ちやすいように桃色に染めたものであったが、戦後の食糧難のなかで人々は、危険を半ば承知でこれらに手をつけた。それも必ずしも下層階級ばかりでなく、分別も教養もある人々が酒への渇望から飲み、失明したり死亡したりした。新聞では「目散/命散（めちる）」などと書かれた。
1947年6月には、密造酒の製造基地のひとつであった川崎市の在日朝鮮人集落を摘発した税務署員が殺害される神奈川税務署員殉職事件が発生した。1947年9月の密造酒生産量は50万2000キロリットルで、正規の酒の生産量34万3000キロリットルを大幅に上回っていた。
日本酒の歴史 戦後
1949年4月には、菊正宗などの有名酒の偽ラベルを印刷、所持していたブローカーが逮捕されている。少なくとも40万枚のラベルが印刷され、安い酒瓶に一級酒のラベルを貼り流通させていた。
闇酒の横行は国民の健康を損ねるだけでなく、治安を悪化させ、日本国政府にとっても酒税の税収の低減につながるため、合法的でなおかつ米を原料としない酒が真剣に研究された。清酒と合成清酒を混ぜた混和酒が考案されたが、政府が採用したのは、第二次世界大戦中に満州国の関東軍が命令して開発された第二次酒を応用した、三倍増醸清酒であった。三倍増醸清酒（三増酒）とは、醪をしぼる前に、その醪から生成すると見込まれる清酒の2倍量のアルコールに、あらかじめ調味料を入れて調味アルコールとし、醪に加えて圧搾にかけ、結果的に約3倍の製成酒を得るというものであった。合成清酒や混和酒と区別するために、調味料として使える原料はブドウ糖、水飴、乳酸、コハク酸、グルタミン酸ソーダ、無機塩類にかぎられた。