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アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士〜
修行の中で 錬金術士としての才能が開花していく。やがてその実力は師のイングリドや校長のドルニエすら超えるものとなり、さらなる高みを目指してアカデミーを離れ、旅立っていった。自身が主役の『マリーのアトリエ』のほか、続編となる『エリーのアトリエ』ではエリーの命の恩人であり、憧れの存在として登場。以降のシリーズにもゲストキャラクターとして登場し、人々から“錬金術士を自称する冒険好きな爆弾魔で騒動屋”と認識されている。
「ネルケと伝説の錬金術士たち」では、最初にパーティーメンバーに加入し、初代の池澤春菜が声優を担当。
シア・ドナースターク（Schia Donnerstage）
声 - 大沢つむぎ
19歳。ザールブルグでも5本の指に入るほどの資産家の令嬢で、マリーとは同郷の親友である。病弱で重い病気を抱えているが、マリーには秘密にしている。優しいが毒舌な面もある。
病気のせいで体が弱っているものの、隠れた戦闘能力があり、マリーの作った薬で体を治した後、ハタキを武器に圧倒的な力を見せつける。
クライス・キュール（Kreis Kuhl）
声 - 子安武人
17歳。アカデミーで最も優秀な生徒。嫌味な口ぶりで常にマリーと対立する反面、マリーの意外な才能に一目置いている面もあり、頼めば採取に同行してくれる場合もある。
ルーウェン・フィルニール（Ruven Filnir）
声 - 小杉十郎太
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士〜
17歳。マリーが最初に出会う冒険者。故郷のヴァイツェン村をドムハイト兵に滅ぼされて以来、生き別れた両親を探して旅を続ける。交友値が高くなった状態で雇用パーティーから外すと、生き別れた両親の新たな手がかりを得てザールブルグを去っていくイベントが発生し、以降は雇用する事が不可能になる。ただし、リメイク版では特定の条件でこのイベントを回避する事が可能となっている。
ハレッシュ・スレイマン（Hallesch Sleiman）
声 - 小杉十郎太
23歳。元は王室騎士隊の隊員だったが、堅苦しい騎士隊勤めに嫌気がさし冒険者に転じた。槍の使い手。酒場の娘フレアに恋心を抱いている。
ミュー・セクスタンス（My Sextans）
声 - 大沢つむぎ
20歳。南方の国から来た女性冒険者。陽気な性格で、南方生まれのため寒さに弱く、マリーに何か暖かくなるアイテムはないかと依頼をしに来る。アカデミー卒業後のマリーがザールブルグを去った後、彼女もザールブルグから去る。
エンデルク・ヤード（Enderk Jad）
声 - 小杉十郎太
26歳。聖騎士隊隊長。いつも堅苦しく融通が利かないが、最強の騎士でもある。冒険者として雇用するためのハードルは高いが、それに見合うだけの実力を備えている。
キリー / キルエリッヒ・ファグナー（Kyrie / Kirielich Fagnah）
声 - 佐々木るん
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士〜
23歳。魔界人と人間との間に生まれた魔力を持つ女性冒険者で、「紅薔薇のキリー」の異名を持つ。エアフォルクの塔に住む魔王を倒すことを目標にしている。実はそのエアフォルクにすむ魔王こそが彼女の父であり、父を倒した後はマリーに別れを告げ、ザールブルグから姿を消す。
クーゲル・リヒター（Kugel Richter）
声 - 立木文彦
45歳。王室騎士隊を引退した騎士で、冒険者に転じた。槍の使い手。実兄である酒場の親父・ディオとケンカ別れをしており、別姓を名乗っている。マリーの働きでディオと和解した後、冒険者も引退して酒場の仕事を手伝うようになる。
シュワルベ・ザッツ（Schwalbe Satz）
声 - 子安武人
22歳。盗賊団の首領。マイヤー洞窟という場所を根城にしていたが、マリーに敗れたのを機に冒険者に転じた。以降、パーティーメンバーとして雇用も可能になる。絶えず被っているターバンの下はエンディングの集合イラストで判明する。
ナタリエ・コーデリア（Natalie Kohdelia）
声 - 佐々木るん
16歳。「怪盗デア・ヒメル」を名乗る女怪盗。酒場に予告状を送り盗みを働こうとするが、マリーに捕まり改心して冒険者となる。以降、パーティーメンバーとして雇用も可能になる。
イングリド（Ingrid）
声 - 大沢つむぎ
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士〜
アカデミーの教師。30歳。オッドアイ。海を越えた大陸、エル・バドールの出身でドルニエと共にやって来た。魔法の能力や錬金術の素養は非常に高く、学長のドルニエに匹敵する。怒らせると非常に怖いためマルローネには恐れられているが、普段は温厚で聡明。
後のシリーズでも度々登場し、前日譚にあたる「リリーのアトリエ」では10歳の頃の彼女が登場。
武器屋の親父（ハゲル・ボールドネス / ゲルハルト）
声 - 立木文彦
38歳。元冒険者である筋骨隆々の男。非常に陽気な人物で、音痴ながらも歌を趣味とする。昔はあったが今は頭髪がないため、それをひどく気にしている。この時点では吉池真一が押し通したため、初出であるマリーのアトリエでは名前の設定はされていなかったが、「イリスのアトリエ エターナルマナ」から「ハゲル」という名前のみ設定されることとなり、「イリスのアトリエ グランファンタズム」では「ハゲル・ボールドネス」というフルネームが設定された。ゲルハルトという偽名と合わせ、後のシリーズにも容姿・設定の似たキャラクターがたびたび登場している。
ディオ・シェンク（Dio Shenk）
声 - 立木文彦
46歳。酒場の親父。娘・フレアを溺愛しているため、フレアがお店になかなか現れない原因となっている。マリーに仕事を紹介してくれる。後に弟のクーゲルと和解した。
フレア・シェンク（Flea Schenk）
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士〜
声 - 金月真美
20歳。酒場の娘。稀にディオの代理でカウンターに現れる。
アウラ・キュール（Aula Kuhl）
声 - 金月真美
24歳。アカデミー売店の女性店員で、アカデミー第1期卒業生であり、クライスの姉でもある。イヤミで鼻持ちならない弟に心を痛めている。マリーがザールブルグを去った後は結婚して退職している。
ブレドルフ・シグザール（Bredolf Schigsal）
声 - 子安武人
22歳。シグザール王国王子。お忍びで街に出るのが好きで、マリーと何度か鉢合わせになる事がある。
ヴィント・シグザール（Wind Schigsal）
声 - 村松康雄
58歳。シグザール王国・8代目国王。息子への譲位を考えているが、肝心のブレドルフ本人が王位継承者としての自覚に欠け、まだ子供気分でいる事に頭を悩ませている。
ドルニエ（Drnie）
声 - 村松康雄
60歳。アカデミーの学長。海を越えた大陸、エル・バドールの出身でイングリドと共にやって来た。オッドアイ。いつもは秘密の図書室で日々錬金術の研究に勤しんでいるため、新しい理論を求めて日々書斎にこもっている人物でもある。滅多に姿を見せず、入学式の時ぐらいに顔を見る程度である。マリーも顔をすっかり忘れていた。
ポックス、パテット、ピッケ（Pox、Patett、Pickue）
声 - 大沢つむぎ
「妖精の森」に住む妖精。ポックスは営業担当。パテットはポックスの親友で、食料や材料の行商担当。ピッケはパテットの弟で、掃除のサービス担当。それぞれ定期的に工房を訪れる。
妖精族長老
「妖精の森」に住む年老いた妖精。長老に話しかけると妖精さんの雇用ができるようになる。雇用は最大で7人まで可能。
普通のRPG同様、強大なボスキャラが出現するが、必ずしも倒さなくてもよく、それなりにストーリーは進んでいく。
シュワルベ・ザッツ
マイヤー洞窟を根城とする盗賊。倒せばその後ザールブルグに現れ、冒険者として雇用可能になる。
フラン・プファイル
ヴィラント山の山頂に出現する火竜。
ヴィルベル
ストルデル滝に出現する竜巻の精霊。
魔人ファーレン
エアフォルクの塔最上階に出現する魔人。この魔人を倒すことがキリーの望みである。
本作はガスト社内において二番手として位置づけられていたものの、女性からも人気を集め、後にシリーズ化された。
その一方で、一部のプレイヤーからは、失敗した際に材料がすべて台無しになるのが不満だという指摘が寄せられた。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
『エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜』（エリーのアトリエ ザールブルグのれんきんじゅつし2）は1998年12月17日に発売されたPlayStation用ソフト。アトリエシリーズでは初のコンビニエンスストア（デジキューブ提携）併売タイトルである。キャラクターデザインは山形伊佐衛門。
前作『マリーのアトリエ』の調合システムを強化し、アイテム毎に品質・効力のパラメータを設け、作成できるアイテムの増強や街の外の行動範囲を広げ、妖精の育成および恋愛要素を盛り込むなど、様々な要素に追加をしている。
新たに追加された調合は「ブレンド調合」と「オリジナル調合」で、条件を満たすと使用できるようになる。
今作から「錬金術LV」「冒険者LV」が分けられるようになった。以降のシリーズ作品でもこの方式が採用されている。
毎年8月1日にアカデミーで試験が行われる（下記主なイベント欄を参照）。採取地の数は前作の倍近くに増えており、往復日数が20日を超える場所もある。殊にカスターニェはそこから更に複数の採取地を抱えており、到達は高位エンディングの必要最低条件。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
エンディングパターンも前作の倍近くあり、隠しパラメーターとなるフラグが設定されているため一度や二度のプレイではそれらすべてを網羅することは事実上不可能。また、本筋にまったく関係のない調合アイテムが存在するためアイテム図鑑を埋めることも難しい。プレイ期間は基本が4年。留年による最大5年の延長と、マイスターランク進学による2年延長がある。前作から引き続き出演しているキャラが圧倒的多数を占め、特に前作の主人公マルローネに再会することがゲームの目的となっている。
『マリーのアトリエ』の後の話。ロブソン村で恐ろしい流行り病が発生し、村人が次々と倒れる事態が発生。
村の少女エルフィール・トラウム（エリー）もまた病にかかり、懸命の手当てもむなしく容体は悪化し一時は命も危ぶまれたが、旅の錬金術士のマルローネに命を救われる。エリーがお礼を言う前にマルローネは去って行った。
数年後、エリーは憧れのマルローネと同じ錬金術士になるため、そしてマルローネと再会するためにザールブルグを訪れ、アカデミーの入学試験を受ける事にした。
憧れだけでなれる程錬金術士の道は甘くなく、エリーは補欠合格で何とか入学する事が出来たものの学生寮に入れず、自力で生活することを余儀なくされる。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
エリーはイングリドから「個人的に管理している空家（かつてマリーが使用していた工房跡）」を貸し与えられ、そこに工房を開き錬金術の仕事をしながら卒業を目指す。
依頼をこなし、町の人たちや学友たちとの交流を深め、外の世界を旅して採取や魔物との戦いを経験し錬金術の能力の伸ばし、アカデミーの卒業を目指す。
日食（6月18日）
空が闇に包まれ、画面が暗くなる。
シアの結婚式（初年度6月）
前作の主人公マルローネの親友シアの結婚式。フローベル教会で行われる。
定期試験（8月1日）
調合試験1問、筆記試験5問、実技試験1問からなる。7月末に発表される試験範囲の中から出題される。試験の結果はアカデミーの掲示板に張り出される。採取地へ出かけるなどしてすっぽかすと、最下位の成績となる。最高の結果を修めれば主席のノルディスを蹴落として見事1位に輝くことも可能。調合では、材料と分量を正しく指定する必要がある。知識では素材・道具・名称が出題対象となっており、すべての問題に正解するにはかなりゲームに通じている必要がある。実技では適正な威力の爆弾を見極め、中身を傷つけることなく樽を破壊する必要がある。
夏祭り（8月15日）
見て回るだけなので、見物しても採取地へ出かけたり調合を続けたりしてすっぽかしても構わない。
武闘大会（12月27日 - 30日）
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
腕に覚えのある者が武術を披露する大会。普段は頼もしい味方となっている冒険者たちと真剣勝負することになる。
護衛選択可能なキャラクタの紹介について、①恋愛対象、②強化後（レベル３５もしくは一部４０以上）、③友好的（友好度９０以上）、④通常時（その他）の４種類が用意されており、①②③④の優先度で表示される。
エリー / エルフィール・トラウム（Elfir Traum）
声 - 長沢美樹
本作の主人公。愛称はエリー。素直で前向きな性格で几帳面かつ頑張り屋だが、そそっかしい部分もありよく物を壊す。料理は得意だが掃除は苦手である。自分の事については嫌味や当てこすりを言われても、あまり気にしないなど、のんきかつおおらかだが、憧れの人であるマルローネのことを悪く言われてむきになるという面も持っている。甘い物には滅法目がなく、中でも大好物のチーズケーキにはこだわりを持つ。ワイン等を使いすぎて酔うと能力が低下する。条件を満たすと楽器を使って味方を支援する「えんそう」コマンドが使用可能となる。ひっさつコマンドは特定の装備以外は使えない。「トラウム」とは、ドイツ語で「夢」を意味する。。
マルローネ（Marlone）
声 - 氷上恭子
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
前作の主人公。ザールブルグのアカデミー卒業後、各地を放浪していた。現在はケントニスのアカデミーで錬金術の勉強をしている。25歳。エリーの命の恩人。今作では冒険者としての雇用も可能だが仲間にできるのは終盤。解雇するとケントニスに帰る。フラム系のアイテムを使わせると特殊台詞がある。
アイゼル・ワイマール（Eisel Weimar）
声 - 飯塚雅弓
アカデミーに属するエリーの同級生。15歳。中流貴族の令嬢であり、錬金術に関しても才能を発揮する優秀な才媛。いわゆる上流階級出身であるため、少々高飛車なところがあり、自分とは正反対の境遇である田舎者で劣等生のエリーに対しては特に嫌味な言動が目立つが、疲労のあまり倒れた彼女を気づかうなど、優しいところもある。ノルディスに恋心を抱いており、何かと行動を共にしようとする。そのため入学当初は、彼から特別気をかけられる存在としてエリーにライバル心を抱き、何かとちょっかいを出してくる。エリーの使う妖精さんたちを馬鹿にし、師のヘルミーナに倣いホムンクルスを使役するが、後にそれが騒動の原因となる。
ゲーム序盤から冒険者としての雇用が可能だが、ノルディスとは違い雇用費がかかり、初期状態のエリーよりも少し強い程度なので護衛には不向き。カスターニェへの同行は拒む。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
初期交友値が極めて低く、またその上限が半分の50であるなど攻略が難しい。交友値が下がるイベントも群を抜いて多く、同じ内容のイベントであっても交友度が高いか低いかで結果が左右されることが多い。エンデルク以上に仲良くなるために複雑な手順を必要とするキャラクターであり、彼女と親友になるためには選択肢のほとんどを彼女優先にし、ノルディスとの恋愛を諦めなくてはならない。逆に関係を冷え切らせることでも固有のイベントが発生する。ヴィオラートのアトリエにも登場。
ノルディス・フーバー（Nordis Fuber）
声 - 関智一
アカデミーに首席で合格を果たしたエリーの同級生。成績は優秀だが、それを鼻にかけることもなく気さくで穏やかな少年。同じイングリドに師事する生徒として、工房暮らしのエリーに初めから興味を抱き、初対面では最も好意的に接してくれる。その際立った優秀さや人柄から街の人々からの評判も高い。ただし優等生であること自体にそれなりのプライドがあるらしく、コンテストの成績が一番でないと精神的に打撃を受けたり、全くの門外漢となる武闘大会での盛り上がりを嫌うなど、インテリらしい神経質な面もある。アイゼルから好意を寄せられている。エリーとの恋愛イベントがある。15歳。
冒険者としては最初から交友値が高く、雇用費がかからない。所持金の少ない序盤の強い味方となってくれる。カスターニェへの同行は拒む。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
ダグラス・マクレイン（Dougllas Mcrain）
声 - 金丸淳一
聖騎士隊の隊員で王宮の門番を務めていることが多い。街にも王室広報を貼りに度々姿を見せる。剣と槍の使い手。礼節を重んじる騎士とは思えないほど、横柄な言動が目立つが、本人に悪気はない。ザールブルグへやってきた目的である火竜フラン・プファイルを討伐したエンデルクに憧れており、彼を上回る騎士になるのが夢。勝気で自信家だが、兄弟が多かったせいで目下の者に対しては面倒見がよく、子供達に好かれている。また裁縫や掃除がうまいなど意外な一面を持つ。どこか頼りないエリーに対しては親しみを抱いている分、遠慮がなく、工房へやってきては、勝手に調合材料を食べたり、依頼された品を飲んだりしてしまうなど、度々騒動を起こす。雪と氷の国カリエルからの移民で、地元にあたる東の台地の情報をくれる。エリーとの恋愛イベントがある。19歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
冒険に憧れていて、ゲーム開始時から冒険者としての雇用が可能となる。雇用費はやや高めだが、その実力はハレッシュと並び、強敵の多い遠方の採取地では必須の存在となる。騎士という立場上か、たまにエリーへの攻撃を身を挺して庇ってくれるなど、防御面でも頼りになる。また武闘大会では準決勝の相手として立ちはだかることも。ゲーム中では常に準優勝止まりだが、恋愛イベントをこなすことで、彼に自信を与え、優勝へ導くことも可能。必殺技は敵に大ダメージを与えつつ麻痺させる「シュベートストライク」。
エンデルク・ヤード（Enderk Jad）
声 - 小杉十郎太
聖騎士隊隊長。いつも堅苦しく融通が利かない男だが、最強の騎士でもある。武闘会決勝で対戦すると勝敗を問わず、雇用可能になる。犯罪者更生に使うためにあるアイテムを求めて工房に現れるのだが、結果によっては騒動を巻き起こすことに。31歳。
雇用条件を満たすためには、武闘大会準決勝にてダグラスもしくはハレッシュを倒さなくてはならないため、仲間に出来るのは中盤から終盤以降となる。低い交友値と相まって高額な雇用費とそれにも勝る実力は健在だが、そこに至るまでには他の冒険者が育ちきってしまっている。ダグラス、ハレッシュ同様、戦闘中にエリーを庇うことがある。必殺技は「アインツェルカンプ」。
ロマージュ・ブレーマー（Romauge Bremer）
声 - 冨永みーな
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
酒場の踊り子で5の倍数の日にしか会えない。妖艶で華やかな外見ながら、短剣使いで冒険者としても腕が立ち、その剣はモンスターさえも魅了する。歌と踊り、酒と恋愛をこよなく愛する一方、子供好きで結婚生活に憧れてもいる。エリーの音楽の才能を発見する。23歳。
旅人としての広い見識を持ち、マルローネの行方に関してなど、上位のエンディングを目指すためのヒントを多数もたらしてくれるだけでなく、冒険者の中で唯一、個別のエンディングを迎えられるなど、重要なキャラクターでもある。冒険者としてはハレッシュやダグラスに劣るものの、時折、敵を魅了して行動不能にする能力を持つ。雇用費用が高い。
ミルカッセ・フローベル（Millcassee Frobel）
声 - 井上喜久子
フローベル教会のシスター。次作・リリーのアトリエに登場するクルトの娘。心優しく落ち着いた性格。平穏な毎日に満足しつつも、それ以外の世界を知らない自分をこのままでいいのかとも思っており、自ら悩みを抱えているため、そんな自分が人々の悩みに答えて良いものかと悩んでいる。「聖なる力」を持ち怪物の魔力と対抗できる。杖以外に剣も装備する事が可能。16歳。
一定の条件を満たすことで冒険者としての雇用が可能になる。ノルディスと同じく雇用費は無料。また特定のイベントの依頼は、事前に知っていないとこなすことが出来ない程難易度が高い。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
ルイーゼ・ローレンシウム（Luise Lawrencium）
声 - 野上ゆかな
アカデミー売店の女性店員。天然ボケな面もあるが、おっとりとした美人でアカデミー生からの評判も良い。眼が悪くなってきたことを気にしており、眼鏡をかけてはどうかといわれるが、本人曰く「かけた姿をアウラに爆笑されたので、二度とかけないと決めた」との事。彼女にアイテムを売却した際にごく稀にレアアイテムのシグザール金貨が混じっていることがあり、隠しパラメーターの一つである“正直度”に関わるイベントとなっている。21歳。アカデミー時代はとろくさく、調合は壊滅的な腕前で二留しているとのこと。
イングリド（Ingrid）
声 - 大沢つむぎ
前作と同じくアカデミーの教官。エリーとノルディスの師。ドルニエ校長の一番弟子と言われており、彼女が執筆した書物がドルニエ校長の秘密の図書室に置かれている。毎年のコンテストでは出題を行い、調合・知識で好成績をあげていると最終試験科目である魔力テストでは破壊目標となる「たる」の中に大事な品を隠している場合（ランダム）、誤って破壊してしまうと怒られる。36歳。
ヘルミーナ（Hermina）
声 - 高橋美紀
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
修行の旅から帰ったというアカデミーの教官。毒薬やホムンクルスなどの怪しげな魔術研究を行っている。イングリドとは子供の頃からの因縁のライバルでそりが合わず、彼女がドルニエ校長の一番弟子ということが気に食わない。アイゼルはヘルミーナに師事する。見た目の印象は陰湿な悪人そのものだが、心優しく面倒見が良いところもある。しかし、ろくでもない研究と教育方針のせいで愛弟子のアイゼルは不平を漏らし、エリーがとばっちりを食らうことも。「エーデルトーン」という楽器の演奏を得意としている。次作『リリーのアトリエ』ではイングリド同様に10歳の彼女が登場し、その後のシリーズでも度々登場している。36歳。
ドルニエ（Dornier）
声 - 村松安雄
前作同様、アカデミーの校長。今作でも彼の秘密の図書室に訪れることができるが、前作でマリーが見つけてしまったため場所を移している。図書室の幽霊と噂されている。66歳。
武器屋の親父
声 - 立木文彦
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
前作より引き続き登場。日数経過でグラセン鉱石の買い取りをしてくれるようになる。また条件を満たすと、毎月3の倍数日に地下工房が出現する。地下工房では武器・防具の改造強化を行えるほか、彼が関わるイベントのフラグとなっている。極度の音痴が元で、のど自慢大会を追放されている。そのことで住民と口論となり、その後の展開によっては、エリーがのど自慢に出場するか、親父が悲惨な目に遭うかの選択となる。44歳。
ブレドルフ・シグザール（Bredolf Schigsal）
声 - 子安武人
シグザール王国王子。外出癖は未だ治らず、町で何度かエリーと顔をあわせるが泥棒と勘違いしてしまうこともある。彼とのフラグを立てていると、あるアイテムを調合しなくても国王謁見に必要な通行許可証が貰える。更に国王の悩みを解決することにより王位継承イベントが発生し、エリー専用の「陽と風の杖」が入手できる。28歳。
ハレッシュ・スレイマン（Hallesch Sleiman）
声 - 堀内賢雄
前作に引き続き冒険者として登場。元は騎士だったが、堅苦しい生活を嫌い、聖騎士になる前に退官した。29歳。酒場の娘フレア・シェンクに恋心を抱いており「酔っぱらいオヤジと何日続けて店に通えるか競っている」という体で飛翔亭に入り浸っている。優しくおおらかな性格だが、今作では恋心を募らせるあまり胡乱な行動に走る一場面も。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
元騎士としての実力は確かで、初期に雇用可能な冒険者の中では特に戦闘能力が秀でている上、雇用費も比較的安く、序盤から終盤まで頼りになるキャラクター。ダグラス、エンデルク同様、エリーを時々庇ってくれる。武闘大会では準決勝の相手として登場する事がある。縦一列の敵に大ダメージを与える彼の必殺技は「面倒くさくて名前がない」。
シア・ドナースターク（Schia Donnerstag）
声 - 大沢つむぎ
ドナースターク家の令嬢で、マルローネの親友。本作中で結婚する。天然な毒舌は相変わらずである。実家のドナースターク家はクーゲルの扱う「裏」の依頼者のひとり。25歳。
ディオ・シェンク（Dio Schenk）
声 - 立木文彦
酒場の親父。娘・フレアを可愛がっている。今作では仕事の依頼を紹介するだけでなく、彼自身からの依頼が発生することもあり、前作で重要な役割を果たしたうわさ話の数も増えている。52歳。
クーゲル・シェンク（Kugel Schenk）
声 - 鈴木英一郎
元・冒険者。本作では引退し兄の酒場で働き、エリーに「裏」の仕事を紹介する。前作にてディオと仲直りを果たし、シェンク姓に戻っている。51歳。
フレア・シェンク（Flea Schenk）
声 - 金月真美
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
酒場の娘。親父が忙しい時には、親父に代わって接客にあたることもある。前作では稀にカウンターに現れていたが、今作ではカウンターに現れる頻度が多くなっており、毎月3の数字がつく日にカウンターに立っている。26歳。固有のイベントは少ないが、ハレッシュとの交友を深め、彼のイベントを追っていくことでエンディングにて彼女の動向が変化する。
クライス・キュール（Kreis Kuhl）
声 - 子安武人
マイスターランクに進学している優秀な学生。本作でもマルローネとは顔を突き合わせる度に激しい言い争いをしてしまうなど表面上は犬猿の仲に思えるが、その実、彼女のことを慕っている。マルローネに差をつけられた原因を求めて彼女の行方を追っていた。23歳。前作とは異なり、冒険者として雇用はできないが、マルローネの後を追おうと苦労している彼のイベントをいくつか見た上でマルローネとの交友を深めると、エリーをマルローネの友人と見込んで、ある依頼をしてくるサブイベントが発生する。
妖精族長老
妖精の森に住む助っ人ワーカー集団をまとめる長老。しかし最近ボケてきたのか、時折トンチンカンなことを言ったりする。
ユーリカ・イェーダ（Julika Jeder）
声 - 南央美
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
カスターニェの漁師の娘。初対面では辛辣なセリフを言われるだけでその時点では雇用は出来ない。何度か会話をすることで彼女の秘めた目的である、亡き父の悲願でもあった伝説の海賊が残した宝を探すことを明かしてくれる。彼女を後押しすることで共に「つぶて島」と呼ばれる島に赴き、石碑を発見するも、宝らしきものは見つからず、一度は落胆するが、以降は彼女の言葉を信じてくれたエリーに無償で協力してくれるようになる。ケントニスに渡航するには彼女を仲間にして船を貸して貰い、海竜「フラウシュトライト」を倒す必要がある。彼女専用のイベントで海賊の宝を探す事ができるが手間と時間がかかる。
いくつか条件を満たすことでしか冒険者としての雇用が可能とならないが、雇用費もかからない中では最も護衛向き。戦闘では必ず逃げられるという特性を持つが、解雇するとカスターニェに戻ってしまう。
オットー・ホルバイン（Otto Holbein）
声 - 岩田光央
カスターニェで雑貨屋を営んでいる。1のつく日は定休日。一度でも買い物をすると、食べ物を主体としたレシピが載った参考書をおまけしてくれる。宅配便も引き受けているので、カスターニェ地方で採取した材料をザールブルグの工房へ送ることができる。フラウシュトライトを倒すという野望を抱いている。
シュマック・ホルテン（Schmack Horten）
声 - 石川ひろあき
アトリエシリーズ (ザールブルグ) エリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士2〜
カスターニェで武器屋を開いている。ザールブルグの武器屋とは違った品揃えの店で、取引回数が増えると武器の種類も増えていく。ドムハイト王国出身。グラセン鉱石の武器防具を複数売ると一度挑戦してみるが、扱いが難しくて諦めるイベントがある。
ボルト・ルクス（Bord Lx）
声 - 堀内賢雄
カスターニェの元漁師。海で怪物に大怪我をさせられ、宿屋兼酒場のマスターをしている。
ミュー・セクスタンス（My Sextans）
声 - 大沢つむぎ
南方の国から来た女性冒険者。前作でマリーがアカデミーを卒業して旅立った後、町に面白いことがなくなったという理由でザールブルグを出た。彼女とは遠方のカスターニェで出会うことが出来るが、狙ってプレイしないと最初に会う事が難しい隠しキャラクター的な存在。一度会うと登場する確率が大きく上がる。彼女の必殺コマンドの「南国うに」は強力。
ルーウェン・フィルニール（Ruven Filnir）
声 - 真殿光昭
生き別れた両親を探して旅を続ける冒険者。カスターニェで姿を見かけることが出来る。レベルが低いうちは少し頼りないが、必殺技が強力になると頼もしい存在になる。エリーとの恋愛イベントがある。ミュー同様、前作にも登場した冒険者。
イクシー（Xe）
声 - 川上とも子
ケントニスにある売店の女性店員。沈着冷静ながら商品を買わないとイヤミを言う。目を開けたまま眠ることが得意だが、本人は眠っていないと言い張る。売っている品物は全て貴重な品ばかりだが、ここでしか入手できないという物はない。
ファウ（V）
声 - 冨永みーな
ケントニスにあるホテルの女性フロント員。何度も話しかけると、街の歴史を教えてくれる。宿泊者には親切だが、宿泊しないと悪口を言う。だが、その言動からは遠方からの来訪者を労る気持ちが窺い知れる。
妖精さん
声 - 大沢つむぎ
前作同様、行商や掃除に現れたり、雇われて採取や調合を手伝いをしてくれたりする。最低賃金最低クラスの黒妖精では採取しか出来ない。本作から採取や調合の経験値を積むことで、レベルアップしても賃金は雇用時のまま能力がレベルアップするようになった。ただし、最高の虹妖精にするには相当の時間と経験値と素材が必要となる。顔も声も同じな彼等の見分けをきちんと付けられるのは、三作通してエリーだけである。今作では調合しながらゴロゴロ転がったり踊ったりするため作業状況の確認が必要。
普通のRPG同様、強大なボスキャラが出現するが、倒さないと先に進めないボスキャラと、倒さなくてもかまわないボスキャラに分けられる。
ヴァンパイア（フォン・シュテルンビルト伯爵）
ヘウレンの森に棲む吸血鬼。元は貴族だったが、妻に先立たれ妻の墓を守るうちに吸血鬼と化した。出現はランダムで、一度倒すと再出現することはない。
フラウ・シュトライト
カスターニェ沖に住み着いた巨大海竜。その名は“喧嘩婦人”の意。パーティ全体に大ダメージを与える「大津波」の攻撃を持つ強敵である。船上での戦闘となるためカタパルトを利用した攻撃が基本となる。
ドッペルゲンガー
エアフォルクの塔最上階に出現する3体の妖怪。エリーと同じ姿をしており、物理攻撃・魔法攻撃・回復補助等3体それぞれ得意の技で攻撃してくる。ゲーム中最強クラスのボスであるため、相応の冒険者レベルに達していないと倒すのは厳しい。逃げることもできるが、倒すとシグザール金貨を入手できる。
うに魔人
特定の条件を満たした場合に登場する隠しボス。うにを粗末に扱う者に襲い掛かってくる。
挿入歌「まわれロンド」
作詞 - 松林香絵 / 作曲 - 山西利治 / 編曲 - 山西利治・Thousand sketcheS / 歌 - 長沢美樹
エンディングテーマ「明日になれば」
作詞 - 吉池真一 / 作曲 - 土屋暁 / 編曲 - 土屋暁・Thousand sketcheS / 歌 - 長沢美樹
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
『リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜』（リリーのアトリエ ザールブルグのれんきんじゅつし3）は2001年6月21日に発売されたPlayStation 2用ソフト。アトリエシリーズで初のEPSONのカラープリンター『カラリオシリーズ』対応ソフト。コンビニエンスストア（デジキューブ提携）限定プレミアムボックスも同時に発売されている。キャラクターデザインは山形伊佐衛門。
2002年4月4日には通信対戦機能やイベントを追加した『リリーのアトリエプラス 〜ザールブルグの錬金術士3〜』がPlayStation 2用ソフトで発売された。
2005年5月6日には、フィギュアが付属した『リリーのアトリエプラス〜リミテッドエディション〜』が発売された。なお、これは2005年10月27日の『アトリエ マリー＋エリー〜ザールブルグの錬金術士1・2』の発売に合わせて、数量限定で発売されている。
前2作が「アカデミーから卒業する」というのが基本的な目的なのに対し、本作は時代を遡り「アカデミーを建設する」というのが目的となる。前2作では教師であった二人が主人公の生徒（兼手伝い）として登場する。年1回行われる王室主催の展覧会・特選会に入賞することで王国から資金の融資を受けることができるが、融資を受けずに自力で資金を貯めて建設することも可能である。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
『エリーのアトリエ』から引き続き「ブレンド調合」が登場する他、新たに「ラフ調合」が追加された。
本作品ではゲームとしてのエンディングの他、男性キャラクターとリリーとの「恋愛エンディング」が特徴となっている。
『マリーのアトリエ』の20年ほど前のお話。錬金術を広めるため、ケントニスから海を渡りザールブルグへやってきたリリー一行。錬金術に懐疑的な国王に錬金術を認めさせるため、王室主催の展覧会に参加しながら資金を稼ぎアカデミーの建設を目指す。
リリー (Lilie)
声 - 那須めぐみ
身長159cm、体重50kg。2月14日生まれ（水瓶座）17歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
本作の主人公。ケントニスでの錬金術ブームで、その魅力に取りつかれた少女。若かりし頃のドルニエの弟子でイングリド、ヘルミーナの親代わりを務めていた。独学で錬金術を学ぶ。ケントニスの出身だが、ドルニエらとは異なりオッドアイではない。ケントニス・アカデミーは彼女の努力・才能を認め、東の王国へと行くよう勅命を出す。ただし、弟子であるイングリドやヘルミーナの方が錬金術の知識は豊富。「ペンデル」というクッキーが大好物。あまり裕福な家ではなかったため、せめて名前だけは女の子らしくと、父親により「百合（リリー）」と名付けられた。性格は明るく子供の面倒をみるのも上手だが、理性的で大人の落ち着きを備えている。また、街で評判になるほどの美人。しかし酒癖が悪く、深酒が過ぎると絡んで暴れる事がある。ザールブルグに錬金術アカデミーを創設するため資金繰りに奔走する。後に苦労のかいあってアカデミーを建設するが、錬金術を自分の意思で一から学びたい為に旅に出る。
リリーのその後については、本編後に消息不明となったことでヘルミーナがその行方を捜している（『ユーディーのアトリエ』より）。GBA版『マリー、エリー&アニスのアトリエ 〜そよ風からの伝言〜』のエンディングにて、三人目の主人公・アニスの通っていた学校の校長をしており、マリーとエリーの執筆した本を高く評価して教師として招聘するという形で特徴的な後姿が登場する。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
ドルニエ (Dornie)
声 - 菅原正志
身長169cm、体重57kg。生年月日不明（星座不明）40歳。
ケントニス・アカデミーの中心部、元老院の一人で後のアカデミー校長。左右の瞳の色が異なる民族の住むエル・バドール大陸の出身。リリー、イングリド、ヘルミーナの3人を連れてシグザール王国へとやってきた。目的は錬金術の普及とアカデミーの創設。諸方面との折衝のため多忙で、工房の手伝いは不可能。常に顎に手を当てて何かを考えており、彼の最終的な決断によりゲームの進行およびエンディングが分岐する。ヘルミーナ、イングリドのいずれか選ばなかった方の面倒をみていることになっているが、実際には二人ともリリーが面倒をみている。リリーの実力が上がれば二つの調合法を伝授してくれ、高度な参考書も見せてくれる。
イングリド (Ingrid)
声 - 白石妙子
身長138cm、体重33kg。10月26日生まれ（蠍座）10歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
幼少時のイングリド。8歳からアカデミーに所属しており、錬金術の知識、技術においてかなり高いレベルの素質を持ち、「神童」と呼ばれていた。同じくエル・バドール大陸出身。性格は勝ち気で活発。細かい作業が苦手で、よくヘルミーナにからかわれている。将来、アカデミーの先生になるがとんでもなく出来の悪い生徒をみることになると、イルマに占われた。両親のいないイングリドはリリーが母親代わりで、まだまだ甘えたい年頃。イベント後、冒険者として雇用も可能。また、ヘルミーナといずれか選んだ方が弟子として調合の手伝いをしてくれる。
ヘルミーナ (Hermina)
声 - 釘宮理恵
身長140cm、体重34kg。1月14日生まれ（山羊座）10歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
幼少時のヘルミーナ。イングリドと同様、8歳からアカデミーに所属しており、彼女も「神童」と呼ばれている。同じくエル・バドール大陸出身。やや身体が弱く、性格は大人しめだが、イングリドとの口喧嘩の時はいつも一枚上手を行く。彼女も両親を亡くし、リリーが母親代わり。将来、性格を変えてしまうようなことが起きるとイルマに占われた。普段あまり笑顔を見せない彼女も、リリーの前では素直になれる。後のヘルミーナとは違い穏やかだが、危険な薬品の調合に長けるのと、面倒見が良いところはこの頃から健在。イベント後、冒険者として雇用も可能。後述の「ヘルミーナとクルス」でも登場し、クルスの母親的存在として面倒を見る事になる。
ゲルハルト (Gerhard)
声 - 置鮎龍太郎
身長170cm、体重70kg。8月30日生まれ（乙女座）18歳。
冒険者だが、武器屋を持つことを夢見ている。名前は偽名で、本名ではない。自身の黒髪を自慢おり、趣味は歌を歌うことだが、とんでもない音痴と街の評判。使用武器は長槍。恋愛対象キャラ。劇中中盤にてレオから店を受け継ぎ、念願の武器屋となった。また、前2作の「武器屋の親父」はGBAソフト『アニスのアトリエ』の攻略本にてゲルハルトと断定されている。
イルマ・ヴァルター (Irma Walder)
声 - 中原麻衣
身長160cm、体重49kg。12月6日生まれ（射手座）17歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
南方から旅をしてきたキャラバンの一人。珍しい物品を販売する他、祖母仕込みのカードを使った占いを得意として的中率は100%を誇る。ザールブルグに来て間もないリリーとは、同い年ということもありすぐにうち解けて仲良くなる。リリー曰く、「随分とセクシーな服装をしている」らしい。使用武器は曲刀。雇用費が安く、腕前もそれなりに備わっているため他のキャラが雇用可能になるまでは重宝するが、好感度が高いと発生するイベントにより一時期雇用不可能となってしまう。
イルマのバア様
声 - 荘司美代子
占いと呪いを解くのを仕事にしている。いつも広場で座っているだけだが、重要なイベントに対処するときに鍵になる人物でもある。
ハインツ・マドック (Heinz Maddok)
声 - 大塚明夫
身長180cm、体重70kg。2月19日生まれ（魚座）47歳。
酒場「金の麦亭」の主人。仕事を紹介する。陽気で人好きのする性格であり人望も厚い。楽器演奏もでき、大の甘い物好き。リリーの評判が高くなると自分の店からの依頼に物足りなくなって工房に直接依頼を持ち込むようになる。
シスカ・ヴィラ (Ziska Villa)
声 - 夏樹リオ
身長168cm、体重54kg。8月21日生まれ（獅子座）20歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
女性冒険者。王室騎士隊入隊の夢に挑戦し続けている。冒険者のみならず、リリーにおしゃれや身だしなみについてアドバイスする女性としての一面もある。かなりの酒豪。得意とするのは長槍。
クルト・フローベル (Kurt Frobel)
声 - 増岡太郎
身長174cm、体重60kg。5月2日生まれ（牡牛座）24歳。
フローベル教会の神父。女神アルテナの敬虔な信徒のため、錬金術に関しては「神が定めた形を不自然に歪める技術」と否定的。だがそれを除けばリリーに対しても親切で採取作業にも付き合ってくれる。既婚者であるためリリーとの恋愛イベントがないものの、ヘルミーナとイングリドにとっては初恋の男性。「エリー」に出たミルカッセの父。娘と同様に慈善事業として雇用費はタダ。使用武器は杖。
ヨーゼフ・カロッサ (Josef Carossa)
声 - 大川透
身長167cm、体重55kg。3月28日生まれ（牡羊座）47歳。
雑貨屋の主人。ゲーム開始時に彼から「ペンダント」を受け取るか否かで、エンディングが大きく分岐する。受け取ることで恋愛系のエンディングが追加されるが、条件を満たさなければ通常エンドとなる。大の愛妻家で彼の欲しがる「ある物」を用意すると店の全商品を半額にしてくれる。
テオ・モーンマイヤー (Theo Mohnmeier)
声 - 下野紘
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
身長165cm、体重52kg。3月19日生まれ（魚座）16歳。
小さな農村の出身。ケシの実やケシパンを売って生活する農家の地味な生活に嫌気が差してザールブルグの酒場にたむろするようになった。冒険者としての素質は十分だが、まだまだ実践不足で、駆け出しの半人前。同じ駆け出しということで、リリーと仲良くなる。性格は活発だがおっちょこちょいで気が短い。恋愛対象キャラ。
ヴェルナー・グレーテンタール (Werner Gretenthal)
声 - 神奈延年
身長170cm、体重60kg。1月4日生まれ（山羊座）22歳。
ヨーゼフ雑貨の2階に本人は掘り出し物と呼ぶガラクタを売る雑貨店を構える。カリンとは旧友。性格は気まぐれでへそ曲がり。些細な事で気を悪くしたりする。元が器用なので楽器作りや武器作りなど色々なことに手を出してみたが、興を失うとやめてしまい、今はなんとなく雑貨屋をやっている。また店も父の遺産の雑貨屋を半ば道楽で行っているもので、彼の気分次第で突然休みになったりする。好物はラム・レーズン。イベントが進むと冒険者として雇用できるようになる。ナイフを得意とし、敵のHPがわかる。恋愛対象キャラ。一度も雇用しなくても好感度は最大まで上がる。女性にモテる。
エルザ・ヘッセン (Elsa Hessen)
声 - 笠原留美
身長157cm、体重44kg。9月19日生まれ（乙女座）18歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
貴族マクスハイム家の5女でヘートヴィッヒの妹。街中ではパン屋で働いていると身分を隠しており、ある重大な事件に関わっている。街に出てきては各所を見て回ったり孤児院の子供達の面倒を見たりしている。性格は好奇心旺盛で快活。イベントを経て、冒険者として雇用できる。使用武器はナイフで、戦闘での離脱が100%成功する。
ウルリッヒ・モルゲン (Ulrich Morgen)
声 - 速水奨
身長176cm、体重69kg。9月21日生まれ（乙女座）24歳。
王室騎士隊副隊長。街の女性達の憧れになるほどの美形だが堅物。最強の騎士であり年末の武闘大会は彼の独壇場。しかしながら、自身の不注意により隊長を死なせてしまった過去を後悔し続けており、いつも暗い表情をしている。リリーと出会い、次第に心を開くようになる。冒険者として雇用するには武闘大会で良い成績を修めなければならない。対ボス戦では最も頼りになる男。カリンの父に愛用の剣を打って貰ったことがあり、カリンのイベントにも登場する。恋愛対象キャラ。
カリン・ファブリック (Karin Fabrik)
声 - 村井かずさ
身長165cm、体重51kg。6月30日生まれ（蟹座）19歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
製鉄工房の跡取り娘。昔から製鉄工房のなかで生活してきたので、威勢の良い性格になった。よく男と間違えられる。雑貨屋のヴェルナーの幼馴染。王宮に自分の武具を献上したことのある父を尊敬し、目標にして日々努力している。アルコール類が苦手。使用武器は洋刀。必殺技では、通常のうになどを投げるが、一定確率でテオやヴェルナーを敵に向かって投げつけることがある。
アイオロス (Eioross)
声 - 室園丈裕
身長171cm、体重58kg。4月15日生まれ（牡羊座）25歳。
前2作では高名な画家として名を馳せるものの姿を現すことはなかった。本作では、貧乏な暮らしをしながらも好きな絵に打ち込む若き日の姿を映し出している。親しくなると依頼人として店を訪れるようになる。
ヴィント・シグザール国王 (Wind Schigsal)
声 - 品川徹
身長168cm、体重55kg。5月23日生まれ（双子座）38歳。
シグザール国の国王。当初は錬金術に疑問を抱いていたが、自催の展覧会で錬金術の可能性を目の当たりにし、錬金術を産業振興に使えないかと考えるようになる。マリー以降に登場するブレドルフ王子は生まれたばかりで溺愛しているという。
カスパール・ザイン (Kaspar Sein)
声 - 岡田貴之
身長168cm、体重80kg。11月17日生まれ（蠍座）44歳。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜
商売で財を成した富豪。珍しいものに目がなく、リリーに珍品入手を依頼する好事家。
ヘートヴィッヒ・マクスハイム (Hedwig Maxheim)
声 - 岡村明美
身長159cm、体重48kg。10月17日生まれ（天秤座）25歳。
貴族マクスハイム家の4女。不自由の無い毎日を退屈に感じ、リリーに珍品入手を依頼する。ゲマイナーと将来を誓い合った過去を持つ。
ゲマイナー (Gemeiner)
声 - 竹村拓
身長172cm、体重61kg。誕生日不明（星座不明）30歳。
タチの悪い詐欺師。貧しい身ながら、大貴族の令嬢ヘートヴィッヒと恋仲になり、彼女に釣り合った身分になるべく官僚試験を受けていたが挫折、彼女の前から姿を消した。数年後、錬金術士を騙り錬金術を貶めようと画策する。リリーを騙して大金をせしめるが、幼馴染のヘートヴィッヒに諭され改心した。
登場後は達成不能なレベルの調合依頼を持ち込む。断ることも出来るが、その場合は人気が下がり続ける。
レオ・ブランデン（leo-Branden）
声 - 伊井篤史
武器屋の店主。すでに老境に入っているせいですっかり元気をなくしている。引退を考えていたものの跡を継ぐ者がなく悩んでいた。店の常連客だったある人物が名乗りを上げたことで晴れて引退し、生まれ故郷のグランビル村に隠棲した。ウォルフ討伐の折にグランビル村を訪れたリリーと再会を果たす。
ベルゼン侯
東の台地にある城の領主。若い頃には槍術を嗜んでおり、シスカの腕を見抜く。跡を継ぐものもなく、やがて誰も住まない荒城になるだろうと行く末を案じている。数年後のマリーの世界では、廃城となっている。
普通のRPG同様、強大なボスキャラが出現し、倒さないとストーリーが先に進まない。
ウォルフの王（ウォルフ・ケーニッヒ）
グランビル村近くの泉に出没する巨大狼。素早い動きで噛み付いてくる他、遠吠えで手下の狼を呼び寄せる事も。倒すと、HP回復力のあるグランビル湧水を入手可能になる。
タイタスビースト
ヴィラント山山頂に出現する毛むくじゃらの巨大動物。王室からは多額の懸賞金をかけられていた。ゲマイナーの嫌がらせを終わらせるためには倒す必要がある。
ビヒモス
エアフォルクの塔最上階に出現する牛頭人身の悪魔。手にした槍でついてくるほか、地震を起こしてパーティ全員に攻撃を仕掛けてくる。参考書「レーベの手記」を入手するためには、必ず倒さなければならない。
巨大ぷに
ザールブルグ市ほどの大きさのぷに。放っておいても害はないが、ヘーベル湖方面に採集に行けなくなる。尋常ではない体力を持つ。倒すとヴィント国王から「ぷにぷにスレイヤー」の称号が授けられ、街中で「ぷにぷにスレイヤー」のリリーと呼ばれるようになる。
黒の乗り手
シグザール王国の建国史に名を残す英雄「始まりの騎士」の成れの果て。どこにでも何度でも出現するので、倒すまで落ち着いて採取活動が出来なくなる。最初に遭遇した時はリリー達が必ず倒されてしまい、強制的にザールブルグに戻されてしまう。敵エンカウントの発生しないポイントで遭遇するとゲームが止まるバグを起こす事がある。
挿入歌「未来を信じて」
作詞 - 松林香絵 / 作曲 - 小林美代子 / 歌 - 那須めぐみ
エンディングテーマ「あしあと」
作詞 - 吉池真一 / 作曲 - 土屋暁 / 歌 - 堀江真美
アトリエシリーズ (ザールブルグ) ヘルミーナとクルス 〜リリーのアトリエ もう一つの物語〜
『ヘルミーナとクルス 〜リリーのアトリエ もう一つの物語〜』（ヘルミーナとクルス リリーのアトリエ もうひとつのものがたり）は2001年12月20日に発売されたPlayStation 2用ソフト。キャラクターとの対話を主とするアドベンチャーゲームであり、シリーズで唯一ロールプレイングゲームではないタイトルである。したがって、シリーズ共通の特徴である採集、調合、冒険の行動を含まない。
ヘルミーナは人工生命体のホムンクルスとして主人公クルスを作り出した。しかし生まれたばかりのクルスは言葉や感情がなかった。クルスはザールブルグの街を歩き回って住人と会話をし、「言葉」を集めていく。そうして獲得したボキャブラリを使い、ヘルミーナと仲良くなってゆく。やがてヘルミーナの中にも何か重大な感情が芽生えてゆくのであった。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) ヘルミーナとクルス 〜リリーのアトリエ もう一つの物語〜
クルス
声 - 高城元気
本作の主人公。ヘルミーナが初めて創り出した生命体でホムンクルス。リリーが雇っていた妖精さんを真似て創った為、見た目は妖精さんに似ている。感情表現や言葉数は少ないが、ヘルミーナや町の人達と関わる事で、言葉を覚えていく。しかし、ホムンクルス故にその命は薄命で19日分の寿命しかない。
ヘルミーナ
声 - 釘宮理恵
「リリーのアトリエ」に登場した少女であった頃のヘルミーナ。人工生命体のホムンクルスを創り出した少女で、彼の母親的存在。その生命体に「クルス」と名付けた。幼いながらもこの頃から面倒見のいい一面は健在。やがて訪れるクルスの寿命を知り、彼を助けようと奮起する。
オープニングテーマ「もう一つの物語」
作詞 - 増田一繁 / 作曲・編曲 - 小林美代子 / 歌 - 東野祐美
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエGB / エリーのアトリエGB
『マリーのアトリエGB』ならびに『エリーのアトリエGB』は2000年1月8日に発売されたゲームボーイ、ゲームボーイカラー両対応のソフト。販売はイマジニア。主人公のフィギュアが付属した限定デラックスパッケージも販売された。『マリーのアトリエGB』と『エリーのアトリエGB』は、主人公や一部の登場キャラの名前は異なるものの、ストーリーやシステムはほぼ同一である。新システムの「エージング調合」が導入され、手に入れたおまけ画像やアイテムは通信によって両ソフト間の交換が可能であるが、一部のアイテムを通信もしくはパスワードによって入手しなければアイテム図鑑はコンプリートしない。
なお、本作品はPlayStation版からの移植ではなく、ストーリー、システム共にアレンジされた別視点のオリジナル作品である。また、越智善彦による漫画作品「マリーとエリーのアトリエ ザールブルグの錬金術士」（掲載誌：ファミ通ブロス）は本作品をベースにしている。
無事にアカデミーを卒業し、錬金術のお店を開いたマリー（エリー）のところに妖精族の長老が現れる。というのも、見習いの妖精を錬金術士にして欲しいというのだ。果たしてマリー（エリー）はこの見習い妖精を立派に育てる事ができるのだろうか。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエGB / エリーのアトリエGB
妖精さん（『マリーのアトリエGB』）
見習い妖精としてマリーもしくはエリーの元に4年間預けられることになった妖精さん。名前は任意で設定できる。その間、調合や冒険などは妖精さんを中心に行われ、マリーは方針を決定するだけで一切関知出来ない。
見た目は従来の妖精さんとほぼ同じ。剣の師匠としてルーウェンに師事し、マリーに恋心を抱き、シアとの仲に嫉妬したりする。
妖精さん（『エリーのアトリエGB』）
設定等はマリーのアトリエGBとほぼ同様。
西の森の出身であり、髪の長い一見おしとやかな少女のような見た目をしているため、王子様に見初められるイベントがある。カノンに好意を抱き、ロマージュのスタイルの良さに憧れ、エリーを母親のように慕う。
マルローネ（マリー）
『マリーのアトリエGB』の主人公。ザールブルグアカデミー創設以来の落ちこぼれで、5年の卒業試験を経て、現在は無事卒業して、工房を開いている。一部には高名な錬金術士として知られるが、がさつで大雑把なところは変わらず。底抜けに明るくパワフルで何事にもめげず、悪口にはポンポンと言い返す、気の強い豪快な性格。
エルフィール・トラウム（エリー）
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエGB / エリーのアトリエGB
『エリーのアトリエGB』の主人公。流行り病で死にかけたところをマルローネに救われ、彼女に憧れて錬金術士を目指した少女。アカデミーの試験を最下位の補欠で合格するなど、在学時こそマルローネ同様問題児だったが、今は無事に卒業し、市内に工房を開いている。マルローネとは異なり、優しくおおらかな性格で、滅多に怒ることはない。素直で周囲からも好かれている。その分のんきでおっちょこちょい、何もないところで頻繁に転ぶなど、妖精さんすら呆れさせることも。今作でもとあるもののモデルになっていたりする。
『マリーのアトリエGB』『エリーのアトリエGB』両方に登場する冒険者
ハレッシュ
酒場の娘フレアに恋をし、飛翔亭に入り浸る元騎士。実力の割に雇用費も安く、序盤から頼りになる存在。大柄で動きは遅いが、心優しく、子供たちからも好かれている。
エンデルク
聖騎士隊隊長。堅苦しく融通が利かないため、マリーやエリーに対しては苦言を呈することが多い。強敵の存在を明らかにし、妖精さんがそれなりの力を付けたと見極めると力を貸してくれるようになるが、雇用費は破格。
ミリィ
GB版オリジナルキャラクター。アカデミーの生徒でマリーもしくはエリーの工房の隣に工房を構えている。C調で話すため錬金術士としての実力のほどは不明だが、冒険者としてはあまり頼りにならない。
アトリエシリーズ (ザールブルグ) マリーのアトリエGB / エリーのアトリエGB
カノン
GB版オリジナルキャラクター。流れの冒険者で常に金回りが悪く、いつも腹を空かせている。小汚い格好とがさつな言動で周囲からの評判は良くないが、妖精さんはかっこいいと気に入っている。冒険者としては頼りになるが、雇用費は高め。
オーベン
GB版オリジナルキャラクター。南のアカデミーからの留学生。かなりの秀才だが、調合は壊滅的な腕前で思い立ったらすぐ行動するため、周囲に騒ぎを起こすことも。冒険者としてはバランスが良く、序盤は頼りになる。
『マリーのアトリエGB』のみに登場する冒険者
シア
シグザール王国でも有数の資産家ドナースターク家の令嬢で、マリーの親友。NPCとしては『エリーのアトリエGB』にも登場し、エリーや妖精さんを気遣ってくれる。
クライス
ガリ勉でプライドが高く、好意があるくせに素直になれずいつも嫌味っぽくマリーに突っかかってくるアカデミーでのクラスメイト。一応、マリーの友達。錬金術士らしくレベルは低めだが雇用費が安いので、近くへ採取する際の護衛にはうってつけ。
ナタリエ
昔は『デア・ヒメル』という怪盗だったが、マリーに捕まえられた事により改心して現在では足を洗い、冒険者として生計を立てている。素早さが非常に高い。