シャア・アズナブル 経歴
ゲーム『SDガンダム GGENERATION モノアイガンダムズ』ではグリプス戦役中にガンダムMk-II以外にLRX-077 シスクードの奪取も行っているが、あくまでゲーム独自要素（宇宙世紀物以外との絡み、時系列の無視など）があり、正史扱いは難しい部分がある。
消息不明
この時期のシャア・アズナブルは消息不明であり、アニメ『機動戦士ガンダムΖΖ』ではOPと第1話のナレーションでしか登場していない。
放送前の富野のインタビューによれば、「まだΖΖに出てくるかは決まっていないが、Ζの継続番組ということもあって世代が継がっている。そしてハマーン・カーンという女性がいる限りはシャアが自分でザビ家をやって良いという所までいけない。だが色々な事があった末にシャアが悩むと言うことから脱した場合は狡猾な手段なんか使わなくてもやれてしまう位とても強くアムロ・レイなんかは何も知る前に殺されてしまう。それこそシャアに勝てるニュータイプを出さなければ、『ΖΖ』なんかは5本もいらずに物語があっという間に終わってしまう。そんなシャアを殺すか、殺さないかしない限りは物語が終わらなくなってしまうし、進行もトロトロやらなければいけなくなる。なので、今回の敵はハマーン、マシュマーのような小悪人程度が丁度良い。」という趣旨を語っている。
また別のインタビューでは「ダカールの演説でシャアがあのような立場になった後は、自分の事を曖昧模糊とした立場に置いて生きていく。そして『ΖΖ』の時に自分がザビ家をやっても良いと思うところまでおちればハマーンを殺すが、アーガマの敵でもあるという立場になる。ジュドーはそんなシャアの事を非難して殺しに行き、シャアはジュドーに負けそうになるが、それによって怒って悩みを捨てて本当に強いシャアになるという。そんな展開方法の一つもあるが、結局彼は負け続ける男だろう。」という趣旨を語っている。
「アムロシャアモード」では、グリプス戦役終結直後にジオン系のノーマルスーツを着用してアクシズに侵入してミネバを連れ出し、旧知の衛兵アブラハムとカールの助けを得てシャトルで脱出する。その際、訓練中のガザCを奪取し、戦闘となる。
漫画版『機動戦士ガンダムΖΖ』では、アフリカで行方不明になったリィナをシャアが保護してブライトの前に登場。
第一次ネオ・ジオン抗争終結後、宇宙世紀0090年頃にはネオ・ジオンの再興を開始しており、軍備の増強を行っていた。
この時期のシャアを取り扱った作品は複数あるが、それぞれで描写が異なる。
ゲームブック『機動戦士ガンダム シャアの帰還』
宇宙世紀0090年5月、旧ジオン公国軍においてランバ・ラルと並び称されたというダンジダン・ポジドン率いるネオ・ジオン残党軍と接触し掌握。ネオ・ジオンの再興を開始する。
漫画『機動戦士ガンダム MSV-R ジョニー・ライデンの帰還』
宇宙世紀0090年にスウィート・ウォーターでネオ・ジオン再興に向け活動している姿が描かれている。
漫画『機動戦士VS伝説巨神 逆襲のギガンティス』
宇宙世紀0091年、巨大マシン「伝説巨神」の破壊を決定したネオ・ジオンに背いて巨神を起動させようとするヒトーリン司令を討伐し、拉致されたミネバを救出するため、部隊を率いて木星圏に現れる。ミネバを開放した後は、彼女をアムロとジュドー・アーシタに任せ、地球圏へ帰還する。
漫画『機動戦士ガンダム ジオンの再興』、漫画『新MS戦記 機動戦士ガンダム短編集』
宇宙世紀0092年、フレデリック・ブラウンら率いる旧ネオ・ジオンの地上残党軍に対し、宇宙に撤退するよう命令している。
漫画『機動戦士ムーンガンダム』
宇宙世紀0092年。サイコフレームの基礎技術確立、実証を行うため、その情報をティターンズ残党にリークし、Gドアーズを開発させる。その後、彼らの居場所を連邦に通報することで、用済みとなったティターンズ残党を排除している。
自らもサザビーのプロトタイプと言えるバルギルを開発。また、サザビーの機体も完成しており、ネオ・ジオン勢力圏となっている南極で試験運用を行っている。
地球粛正への決意
宇宙世紀0092年12月、新生ネオ・ジオンの総帥シャア・アズナブル（小説ではシャア・ダイクンとも名乗っている）として再び姿を現し、幾度にも渡る戦争を経験しながら、旧態依然としてスペースノイドに弾圧を続ける地球人類の粛正を決意する。ジオン・ダイクンの遺児にして旧ジオンのエース「赤い彗星」でもあった名声を利用し、旧ネオ・ジオン軍の残党や、ナナイ・ミゲル、ギュネイ・ガス等の優秀な士官を糾合、小規模であるが精鋭ともいえる戦力を保持する。そして、しばらく戦火から遠ざかっていた連邦政府に対し、自らの艦艇をもって地球圏にスウィート・ウォーターの占拠を宣言する。
宇宙世紀0093年2月末、テレビのインタビューで連邦政府に事実上の宣戦布告をする。
アクシズ落とし
同年3月、艦隊を率いてスウィート・ウォーターを出発。アムロ・レイやブライト・ノアが所属する連邦軍外郭新興部隊「ロンド・ベル」の抵抗に遭うものの、自らMS・サザビーで出撃し、小惑星5thルナを連邦軍本部所在地であるチベットのラサに落下させることに成功する。
その後、サイド1のロンデニオンにて連邦軍高官アデナウアー・パラヤと、武装解除を条件に小惑星アクシズを譲り受けるという偽の和平交渉をおこなうと、直ちにルナツーを強襲し配備されていた核兵器を奪取。そして、地球に核の冬をもたらすべく、地球へのアクシズ落としを決行する。アクシズを守るため、自分を慕うクェス・パラヤも戦わせるなどロンド・ベルと必死の激戦を繰り広げる。
アムロとの最終決戦
宇宙世紀0093年3月12日、νガンダムを駆るアムロと最後の決着をつけるべくサザビーで戦うが敗れる。その際、脱出ポッドを捕まえられ、アクシズの落下を抑えるアムロとともにサイコフレームの光の中に消えていく。そしてアクシズは軌道を変え、作戦は失敗に終わる。その後のふたりの行方は一切不明とされている。
「アムロシャアモード」では、最後に幼少期の自分とセイラが写った写真（キャラクターデザインは『THE ORIGIN』準拠）が入っているロケットペンダントを開き、地球に住む彼女には悪いことをしたと独白する。
朗読イベント『赤の肖像 ~シャア、そしてフロンタルへ~』では、「一年戦争からのシャアの人生を振り返っている。アムロと共にアクシズを押し出すほどのサイコフレームの光に包まれたシャアは、ララァを初めとした女達の温もりを思い出す。光の中でシャアは無垢な心を発露させ、自分自身の怒りや絶望でさえもこの光の一部となっているのだと感じ、自らも「愚民」と唾棄したその一人であったのだと我が身を振り返る。そしてアムロの声が遠くなっていく中、妹のアルテイシアに別れを告げ、意識を霧散させていく。」と語られている。
虹の彼方に
宇宙世紀0096年、シャア本人は3年前のシャアの反乱からアムロ・レイと共に依然行方不明であったが、「赤い彗星の再来」と呼ばれるフル・フロンタルが「袖付き」を纏め上げている。
同年5月、「ラプラスの箱」を巡る最終決戦において、ララァらしき像と共に一年戦争時の軍服姿をしたシャアらしき像が、フル・フロンタルの座するネオ・ジオングのコックピット内に現れている。
シャア本人は登場しないが、宇宙世紀0110年、サナリィにおいてガンダムF90が開発され、その2号機にはシャアの戦闘データがプログラムされた疑似人格コンピューター "TYPE C.A" が搭載されている。これは通常のMSの3倍の反応速度で動くことを可能としている。そしてF90をテストベッドとした実験は、宇宙世紀0122年までの長きにわたり繰り返されている。
このほか、シャアの記憶を封じ込めたチップが登場する作品がある。
小説『ガイア・ギア』
宇宙世紀200年代、シャアはこの時代かつての宇宙移民者独立運動のリーダーとして語り継がれ、彼の「遺産」を受け継ぐ者としてアフランシ・シャアという青年が登場する。劇中ではアフランシの脳内にはシャアの意識、記憶を封じ込めたセルチップが埋め込まれているので、時折アフランシの脳内でシャアの声が響く（ラジオドラマ（CDドラマ）ではアフランシの脳内のシャアの声を池田秀一が担当）。