ヨーロッパにおける政教分離の歴史 国民国家と政教分離
教区教会による抗議行動は全国化し、前回を上回る激しさで攻囲戦が展開されたので、政府は軍を派遣せざるをえなくなったが、これには軍の一部からも反発も出て、それ以上の強硬策がとれなくなった。1907年には信徒会の設置義務を緩和し、コンブが執念を燃やした修道会教育禁止法も厳格な適用が見送られるようになった。こうして政教分離法は骨抜きにされた部分もあったが、その制度的枠組みがもつ意味は決して軽いものではなかった。この法律により、フランス革命期に始まって1世紀以上におよんだ共和派とカトリックとの文化統合をめぐる闘争に一応の決着がつき、1905年以降にライシテ（非宗教性）の国家原理はナチ占領期の一時期（ヴィシー政権）を除き、現在まで一貫してフランス共和国の法的枠組みを形成しているからである。
近代は、欧米において身分制社会を自由主義社会、すなわち能力や富の量によって階層化された社会につくりかえるために、ナショナリズムに基づく国民国家の形成が推し進められた時代であった。とりわけ19世紀は、その前後の世紀と比較すると、地球上に一つの世界ができたこと、言い換えれば「世界の一体化」が進み、ヨーロッパ文明からみて「極東」に位置する中国や日本までが強制的に単一の世界市場に組み込まれた点に際立った特徴をもっている。交通革命・輸送革命によって地球そのものも「小さく」なったが、「世界の一体化」は必ずしも「世界の均質化」をもたらしたのではなく、そこでは欧米への従属をともなう新たな多様性が形成された。非西洋世界はしばしば世界市場、キリスト教、西洋文明に対し抵抗を試みたが、そこでは支配する者とされる者、優勢な者と劣勢な者という関係が新たに生じた。非西洋の諸社会の多くは西洋支配を余儀なくされ、西洋支配を免れた場合でも西洋側が策定したルールに従うことが求められた。ただし、19世紀における西洋世界の構成原理そのものは多様性を要求していた。西洋世界は文化的にはキリスト教と古代ギリシア・ローマ文明の系譜を引く点で共通した要素を引き継いでいると同時に、他方では国民国家という多元的競争のシステムを内包しており、そこでは国家をひとつの単位とする個性の追求が求められたのであった。文化的・芸術的にはロマン主義、政治思想的にはナショナリズムというかたちで現れた国家単位の個性の追求は、西洋の圧力から身を守ろうとする非西洋国家にあっても利用可能なものだったため、西洋支配を免れるために西洋化・近代化を進めようとする動きがあらわれた。
オスマン帝国では強まる西洋諸国の圧迫のなか、1839年に開明派官僚のムスタファ・レシト・パシャによって「ギュルハネ勅令」が発せられ、これを端緒として「タンジマート」と呼ばれる近代化に向けた諸改革が進められた。この勅令は、必ずしも近代的な立憲思想にもとづくものとはいえないが、ムスリム・非ムスリム（ズィンミー）にかかわらず、すべての帝国臣民には法の下の平等が与えられることのほか、帝国は全臣民の生命・名誉・財産を保障することなどを繰り返し述べているところに1789年のフランス人権宣言の影響が認められ、従来のイスラーム的な神権政治からの脱却が図られた。裁判を公開することやスルタン自身も「法」に違反しないことを宣言するなど、スルタンの権力のうえに「法の力」が存在することを認めている点などでも画期的な意味をもっており、ここに始まったタンジマートは非西洋における最初の近代化の試みである。1876年には、オスマン帝国が西欧型の法治国家であることを宣言し、帝国議会の設置、ムスリムと非ムスリムのオスマン臣民としての完全な平等を定めた「オスマン帝国憲法」（通称「ミドハト憲法」）が制定された。
タンジマート諸改革は、1860年代前半に始まった清国の洋務運動、1860年代後半以降のタイ王国のチャクリー改革や日本の明治維新などアジアの「欧化」の先駆けとなった。明治維新後の近代日本は、開国和親の方針のもとで西洋のルールを受け入れたうえで「殖産興業」・「富国強兵」を掲げ、工業化と新たな「国民文化」の創造に継続的な努力を注ぎ、近代的な諸法典の整備と条約改正に尽力して強国化の道を歩み、最終的には欧米主要国と対等な地位を築いた点で稀有な事例といえる。
明治時代の日本にあっては、1872年の欧州視察団（団長は梅上沢融）に加わり、海外教状視察の任にあった浄土真宗の僧侶島地黙雷は、渡欧中のパリにおいて先に政府が提示していた国民教化原則に対して批判建白書を出し、帰国後は政教分離・信教の自由の主張のもと、政府が進めようとしていた神道国教化政策に抵抗して大教院分離運動を推進した。一方、1868年の五榜の掲示によって江戸幕府のキリシタン禁圧政策を踏襲していた新政府は、1871年に派遣された岩倉使節団による視察を兼ねた条約改正予備交渉において、欧米諸国の立場がキリスト教解禁を条約改正の条件とするものであることを知り、国内にあっては啓蒙家中村正直の1872年の建白などもあり、帰国後の1873年には従来の禁止令を廃止した。大教院は1875年に教部省によって解散されたが、黙雷は新政府が維新直後に掲げた神仏分離令を逆手にとり、神仏分離を推し進めるためには教部省そのものの廃止が必要であると訴え、1877年には教部省が廃止された。1889年に発布された欽定憲法（大日本帝国憲法）においても、「信教の自由」が明記された。
20世紀に入り、上述のフランスの政教分離法（1905年）とそのライシテ原則は、国際社会に対しても広汎な影響を与えた。1910年10月5日革命によって王政が倒れたポルトガルでは、テオフィロ・ブラガによるポルトガル第一共和政が成立したが、ここではイエズス会などすべての修道会が廃止され、国内の教会財産は没収された。翌1911年には政教分離法を施行してローマ教皇庁と断交し、ブラジルとフランスの憲法を範とする1911年憲法を採択した。
1917年のロシア革命によって社会主義政権が成立し、ロシア内戦に勝利したソビエト社会主義共和国連邦でも政教分離原則が採用された。ただし、ここにおける政教分離は、宗教に対する敵対ないし非友好の関係に立つ分離であり、政治に対する宗教の発言や学童・生徒に対する宗教教育も禁じられた。このような姿勢は中華人民共和国など、のちに成立するほかの共産党政権でも維持・継承された。
ドイツでは、1918年にドイツ帝国が崩壊してヴァイマル共和政が成立し、1919年制定のヴァイマル憲法137条では「国の教会 (Stasstskirche) は存在しない」と規定され、宗教団体設立の自由と個人の宗教の自由も保障された。しかし、教会は引き続き「公法上の社団」とされ、教会税徴収権を有し（137条）、公立学校で宗教は正規科目とされた（149条）。この規程は1949年のドイツ基本法140条でも採用され、ドイツでは現在でも信教の自由が保障される一方、宗教団体には社団の地位が与えられ、徴税権も認められている。このように、ひと口に政教分離といっても、そのあり方は国によってさまざまである。
ライシテの原則は、1922年のトルコ革命にも影響をあたえた。その過程で生まれたのが「ライクリッキ（laiklik）」と呼ばれるトルコ共和国（1923年10月29日建国）独自の政教分離原則である。建国の父、ムスタファ・ケマル・アタテュルクはこの原則をフランスのライシテ原則を参考にして形成し、1937年にはこの原則を含む一連の「ケマル主義」を確立させた。ライクリッキ原則は、現行の第三共和政憲法である1982年憲法においても継承されており、そこでは、宗教的自由（第24条第1項）、国家の非宗教性（第24条第4項および第5項）が定められている。
第二次世界大戦後、日本では政教分離について厳格な規定をもつ日本国憲法が施行された。この憲法はアメリカ合衆国憲法の影響を受け、それに類似しつつもいっそう厳格に国家と宗教の関係を規律している。欧米諸国から独立したアジア・アフリカ諸国でもまた、政教分離規定や制度に関しては旧宗主国のそれを引き継いだ国が多い。とくにマリ共和国やセネガルなどのフランス語圏では住民の多くがムスリムであるが、その憲法では明確に政教分離原則が規定されている。一方、キリスト教やイスラームのなかでは原理主義的な動きもまた顕著となっており、1979年にはルーホッラー・ホメイニー師を宗教指導者とするイラン革命が起こった。世俗と宗教の戦いは今も続いているのである。