みどり荘事件 第一審
ビデオ検証が終わると、裁判所は改めて証拠調べの終了を宣言し、同年9月26日の第50回公判で検察側論告、10月24日の第51回公判で弁護側最終弁論が行われることになった。弁護側は再度の最終弁論で、ビデオ検証の結果を、この場面は最初のクライマックスといえる場面で「他のテレビで見た場面と混同」することはありえず、輿掛は犯行時間に自室にいたこと、すなわち輿掛が犯人ではないことを示すものであると主張した。判決は翌1989年（昭和64年）3月9日に言い渡されることになった。
1989年（平成元年）3月8日、判決公判を前に古田・徳田両弁護士は輿掛と接見し、「良い結果が出てもはしゃがないように、また悪い結果が出ても取り乱さないように」と告げた。これまでの公判の審理から無罪判決を確信していた輿掛は、「先生たちは万が一のことも思ってくれている」と受け止めた。弁護団も無罪判決に自信を持っていたが、裁判を通じて一貫して検察寄りだったと感じる裁判所の訴訟指揮から一抹の不安も感じていた。公判の直前、大分地裁の弁護士控室で、判決後の記者会見について「無罪判決のコメントは用意したが、有罪判決であった場合は自信がない」という古田弁護士に対して、徳田弁護士は「無罪のときは古田弁護士がやればいい。有罪の場合には僕がやろう」と応じた。
3月9日13時30分、第52回となる判決公判が開廷。寺坂博裁判長が言い渡した判決の主文は「被告人を無期懲役に処する」であった。寺坂裁判長は、判決理由の中で、有罪認定の柱として輿掛の「自白」や科警研の毛髪鑑定などを挙げ、審理で争点となった点については以下のように判じた。
毛髪鑑定
輿掛の逮捕の決め手となった科警研の毛髪鑑定について、弁護側は毛髪鑑定では決定的な個人識別はできず判定基準もあいまいであると指摘して必ずしも科学的とはいえないと主張したが、判決は、「本件遺留陰毛と被告人の陰毛とは、毛先端の形状、色調、長さ、毛幹部の太さ、髄質の形状などほぼすべての特徴点で類似しているし、本件形態学的検査は、多岐にわたる項目について、豊かな経験と高度の専門的知識を有する毛髪鑑定者が、肉眼ばかりでなく顕微鏡まで使って入念に検査している」として、その信用性を肯定した。
「自白」の任意性・信用性
弁護側は、捜査段階での「自白」には疲弊した輿掛に虚偽の事実を告げ家族との面会と引き換えに強制されたもので任意性がないと主張したが、判決は、「捜査官が母親らに会えるようにしてやるから記憶にあることを全部話すようにと説得したことが被告人に与える心理的な影響は通常の場合より大きかった」と認めつつも、「この点を充分に考慮しても前記の任意性の判断の結論には影響がない」として任意性を認め、風邪を引いた輿掛を医師に診察させたのが「自白」の前か後かについても、「カルテか、甲一四一号証または留置人出入簿のどれかの時間の記載に正確性を欠くものがあると考えられ、そうすれば右の矛盾は十分に説明がつくもので、その故に被告人が同日夜（医師名）医師の診察を受けた事実を否定してしまわなければならないものではない」として弁護側の主張を退けた。
信用性についても、弁護側は、犯行についての供述がなく秘密の暴露も迫真性もないと主張したが、判決は、「一方で不利益供述に及びながら他方で本件の犯行と直接的に結びついてしまうような事柄を具体的に供述することを避けようとする態度がうかがわれるから、被告人の供述に具体性や迫真性がないことは被告人の供述の信用性を認めるについて大きな妨げにはならない」と弁護側の主張を退けた上で、「公判になってからも第一回公判の被告事件に対する陳述の際に自分が被害者を殺害したことは記憶がないのではっきりしないが、二〇三号室に立っていたことは覚えている旨述べ、第二回公判において更に念を押して裁判長から右の陳述の趣旨を釈明された際にも同旨の供述をし、第一二回公判でも供述が幾分不明確になってはいるものの結局二〇三号室にいたことを認めて」いるとして信用性を認めた。
また、第13回公判以降の「自白」の撤回については、「弁護人は被告人の供述が第一三回公判以後変遷したのは、被告人が第一〇回公判の弁護人の『指紋、掌紋、足跡については対照し得るものは検出されず、毛髪についても被告人のものと特定し得るものは一本も検出されていない』との冒頭陳述を聞いたことが動機となっていると主張するが、そうだとすると冒頭陳述後の第一二回公判廷までの公判でそれまでの供述を覆さなかったのが理解できない」とし、「第一三回公判ではそれを否定しながらも、一方でそれまで認めていたのはそう思えばいたような気にもなっていたからであるなどと不明確な供述もしているので、これらの事情も捜査段階における被告人の不利益供述の信用性を裏付けるに足るものである」と認定した。
首・左手甲の傷
事件後に見られたとされる輿掛の傷について、弁護側は、事件直後の写真がなく新しい傷だったか古い傷だったか判断できない、警察が写真を撮らなかったことは保存すべき証拠がなかったということであると主張したが、判決は、T警部補が最も慎重かつ綿密に観察しているとして同警部補の証言を採用し、首の傷については牧角鑑定から犯行時に被害者が抵抗したことで生じた傷の可能性が高いと判断した。また、左手甲の傷についても、「先端が約二ミリメートル大」のものによる傷でありビールラックではこのような傷は生じず爪によって生じた可能性が最も高いとした鑑定結果をもとに、この傷も犯行時に被害者の抵抗によって生じた可能性が強いと判断した。
102号室の住民の供述
102号室の住民が犯行時間直後に202号室の風呂で水を流す音を聞いたという証言については、「後日判明し、知りえた事実や想像を事件当時の自己の見聞事実・記憶に付け加えて供述する傾向にあることがうかがわれるので、その供述を全面的には信用しにくい」としつつも、「（102号室の住民）が聞いたという水の音が本件犯行に及んだ被告人が自分の身体を洗う音であったとすれば、犯行の直後であると考えるのが自然であり、右のカンカンという音と近接した時間帯であると思われるから、一方の音を聞いて、かなり大きかったと思われる他方の音を聞いていないというのは、確かに不自然の感を免れない。しかしながら、人の注意力が一方だけに片寄ってしまって事後的に考えると当然気付いているはずの物事の生起に気付いていなかったということは日常よく経験するところであり、それが説明の余地のないほど不自然なことであるとまでは言えない」としてその証言を採用した。
被告人が犯人とすると不自然な事象
事件現場に被害者が加害者に噛みついて吐き出したと思われる血液の混じった唾液が残されているにもかかわらず輿掛の身体に咬傷がなかったことについて、「被害者が犯人の身体に生じた損傷から出た血液を必死に抵抗して犯人ともつれているうちに何かのはずみで口にすることもあり、それを唾液とともに吐き出した可能性も否定できないし、被害者が犯人に噛みついたものとしても、本件の犯行直後に捜査官が咬傷の存在を意識し被告人の身体全体を綿密に検査したことはないのであるから被告人の身体から咬傷が発見されていないからといってそれが絶対になかったということはでき」ないと判断した。
また、巡査に自分から声を掛けたり201号室の住民に事件のことを伝えるなど犯人とは思えない行動をとっていることについては、「部屋には電灯をつけたままにしてあるのに返事をしなかったことから疑惑を持たれることをおそれ、この上は自分の方から声をかけた方がよいと考えたことも、犯人のとる行為として絶対に考えられないとまでは言い切れない。また、（201号室の住民）に自分の方から先に挨拶したり、事件のことを話したりしたのも、それと同様に自分が犯人として疑われないための行動と考えることも出来ないわけではない」「犯人であれば自室に逃げ帰った後電灯もテレビも消して眠っていることを装う方が自然であることは弁護人主張のとおりであるけれども、それまでつけていた電灯などを犯行直後に消したのを見られれば自己に嫌疑の目が向けられると考えることも一面の犯罪者心理であろうと考えられるから、この点も被告人が本件の犯人であるとするについて決定的に矛盾する事実であると言うことはできない」とした。
さらに、被害者は生理中であったにもかかわらず輿掛の衣類等から被害者の血液が発見されていないことについても、「本件の犯行後（輿掛の当時の恋人）が実家から帰ってくるまでの間に被告人が自室に一人でいた時間は相当あり」「被害者が発見された直後に（輿掛の当時の恋人）の実家へ電話を掛けるために外出するなどしているものであるから、被告人が血液のついた下着などを処分する余裕は十分あったと認められ、いずれの主張も被告人を犯人とする場合に説明不可能な事情ではない」として弁護側の主張を退けた。
そして「被告人の強制捜査段階及び第一回、第二回、第一二回公判における二〇三号室に立っていたとの供述が信用できるもので、それによれば被告人は本件犯行のあったすぐ後に被害者が倒れていた二〇三号室の板の間に立っており、その後二〇二号室に戻り、風呂場で身体を洗い、テレビを見ていたことが認められる」「他に被告人が二〇三号室へ赴く合理的な理由があったことは伺えないから、それにより被告人が本件の犯人である可能性が高い」と認定し、「未だ遺族に対し、何らの慰謝の措置を講じていないことや、犯行を否認し犯行に対する反省悔悟の情を示していないこと」をあげて「無期懲役に処することはやむを得ない」と結論づけた。
判決後、大分地裁の面会室で輿掛との面会を終えた両弁護士は大分地裁の弁護士控室で記者会見に臨んだ。記者会見で徳田弁護士は、「被告人が無実であることを示す数々の証拠に目をつぶった不当な判決である」と述べ、記者団からの「どんな証拠があるというのですか」という質問に「いくらでもあります。私達の弁論要旨を読んで下さい」と声を荒げた。
輿掛と弁護団はただちに福岡高裁に控訴した。