ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
寛容法（信教自由令）では、国王に忠誠を誓いさえすればピューリタン系の非国教徒も信仰を認められ、どのような形式であれ宗教的罰則を適用させないことが宣言された。ただし、すべての非国教徒が寛容の対象となるのではなく、カトリックと無神論者は例外とされた。また、寛容の対象となったピューリタンであっても、審査法などの法令は効力を失ってはいなかったので、基本的には公職に就くことができなかった。公職を得るには年に一度聖餐式をおこない、ローマ教皇に対する忠誠拒否をおこなわなければならなかった。イギリスでは結局、国教会中心の体制が依然として維持された。
ドイツないし神聖ローマ帝国域におけるオーストリアの存在感に対し、ブランデンブルクは「帝国の砂箱」と呼ばれるような地味も資源も乏しい辺境にすぎなかったが、17世紀初頭にライン川流域のクレーヴェとマルク伯領を、東方ではポーランド王の宗主権下にあるプロイセン公国を継承し（ブランデンブルク＝プロイセン）、上述のようにヴェストファーレン条約によってミンデンなどを獲得した結果、支配領域が東西に拡大してザクセン選帝侯領とならぶ雄邦へ成長した。とはいえ、それも同君連合としてであり、オーストリアの圧倒的な国力とは比べるべくもなかった。その間、ヨーハン・ジギスムント選帝侯は1613年までに政治的理由からカルヴァン派に改宗している。
17世紀後半において三十年戦争後の経済再建はドイツ諸邦にとっては焦眉の課題であり、中小領邦の分裂する状況ではなかなか進まず、とくに国内関税は自由な通商を妨げる大きな障害となった。比較的大きな領邦国家や地理的に有利な都市は経済再建に向けて行動したが、新興のブランデンブルク＝プロイセンはとくに精力的に取り組んだ。1671年、ブランデンブルク＝プロイセンの君主フリードリヒ・ヴィルヘルム（「大選帝侯」）はオーストリアから追放された富裕なユダヤ人家族に定住許可を与え、保護状を付与した。一方、オランダ人やフランス人など外国人の入植政策を積極的に進め、とくにフランスで1685年にナントの勅令が廃止されると、ただちにポツダム勅令を発してユグノー（カルヴァン派）を「改革派宗教に心寄せる同胞」と称して受け入れを宣言し、当時1万人弱のベルリンだけでも約6000人のユグノーを招き入れ、人口増殖政策に加えてオランダ人やユグノーの商工業者の指導のもとでの産業の復活を目指した。これはルイ14世の宗教政策を批判するものであり、今まで彼からの報奨金と引き換えに実施していた親仏政策は破棄され、オランダのオラニエ公ウィレム3世との軍事同盟締結という政策転換につながった。このカルヴァン派同盟にはドイツやスカンジナヴィアのプロテスタント諸侯も加わって反ルイ14世陣営が形成され、これに神聖ローマ皇帝やスペイン国王さえ加わることがあった。
プロイセンが権力国家として変貌を遂げたのは三十年戦争後の約100年であり、それはほとんど「大選帝侯」フリードリヒ・ヴィルヘルムとその孫のプロイセン王フリードリヒ・ヴィルヘルム1世（「軍人王」）の2人によっている。その出発点となるのが常備軍の創設（軍隊の国有化）であり、常備軍はヴェストファーレン条約と1653年・1654年開催のレーゲンスブルク帝国議会の規定によって法的には基礎づけられたが、ブランデンブルク＝プロイセンの場合はバルト海の覇権をめぐってスウェーデンとポーランドが争った北方戦争（1650年-1661年）への対応が、その契機となった。フリードリヒ・ヴィルヘルムはこの戦争でスウェーデン側に立ち、プロイセンのポーランド宗主権からの解放を目指して戦った。これについてはホーエンツォレルン家支配下の各地の領邦等族は他地域での戦兵の動員に強く反対したがヴィルヘルムはこれを押し切り、さらに戦争終結後も動員された軍隊を解散させずに常備化する方針を打ち立てると、これに対しても領邦等族との激しい対立が生じたが制してその過程でさらに君主権を強化させていった。それに合わせ、税制や官僚制の整備拡充や重商主義政策などを連鎖的に進めたが、その際に模範としたのはフランス絶対王政であった。上記の宗教的寛容や外国人移植政策は、新興プロイセンの重商主義政策とも深い関連を有していた。
1657年のオリヴァ条約でプロイセン公国はポーランドの宗主権から脱し、1701年にフリードリヒ・ヴィルヘルムの子フリードリヒ3世は神聖ローマ皇帝からスペイン継承戦争に参戦することを条件として、「プロイセンの王」を称することが許された。これによって公国はプロイセン王国に昇格し、プロイセン公フリードリヒ3世は初代プロイセン王フリードリヒ1世となった。
イングランドでの政治的迫害を逃れて新大陸に渡ったピューリタンたちは、北米の地に信教の自由を開花させることとなったが、移住当初は、ヴァージニア植民地やニューイングランド各地で国教化の試みや不寛容政策がなされた。それと同時に強く抵抗し、反対する動きも各地でみられた。
ジェームズタウンが南部のヴァージニアに創設された頃、ロンドン近郊の寒村から新王ジェームズの宗教政策に失望した少数の清教徒が低地地方へ移住したがそこも安住の土地ではなく、1620年にはメイフラワー号に乗って新大陸に旅立った。ヴァージニアのはるか北方にプリマス植民地を築いた清教徒たちは信教の自由を求めて移住を繰り返したことから、自らを巡礼者になぞらえた。これがいわゆる「ピルグリム・ファーザーズ（巡礼父祖）」であるが、実際にはこの集団（約100名）に女性が含まれていた点がそれまでとは違っていた。家族単位の移住と入植、この集団の歴史的な新しさは、むしろそこにあったのである。
ニューイングランドにおいて、プリマスよりもはるかに規模が大きく、やがてそれを吸収合併することになるのがマサチューセッツ湾植民地である。1630年、カンタベリー大主教ウィリアム・ロードによって清教徒迫害が始まると、ここには建設最初の年に1千人以上、以後10年あまりで約2万人の移住者が入植した。ここでも移住者の4分の1は女性であった。マサチューセッツの植民地で中心となったのは、清教徒たちのなかでもイングランド国教会から分離せずにキリスト教信仰の模範となるべく行動した「非分離派」であり、その指導者は本国で治安判事の経験をもつジョン・ウィンスロップであった。ウィンスロップが1630年の航海に際して語った説教『キリスト教的慈愛のひな形』は、アメリカ史やアメリカ文学の古典中の古典として知られ、そこには神の選民の砦を指す「丘の上の町」という聖書的な暗喩を用いた強い使命感が述べられている。この使命感には現代のアメリカ国家の自己理解に通じるものがあるうえ、その理念先行型の国柄の一端を示している。
しかし、マサチューセッツの非分離派は回心の経験を有する信徒の連帯を重んじて会衆派の教会をつくり、自由民の資格もその教会員に限って宗教上の目的を有する非寛容的な神政政治をおこなった。これに対し、分離派に属するバプテスト教会の牧師で1631年にケンブリッジから移住したロジャー・ウィリアムズは、イギリス国教会から分離しようとしない会衆派を批判して宗教的寛容の思想を説いた（詳細は後述）うえ、植民地政庁が先住民（ネイティブ・アメリカン）から土地を購入していないことにも疑義を呈し、土地の譲渡権は国王にではなく先住民にあると主張した。一方、1634年に移住したバプテストでジョン・コットンを師と仰ぐアン・ハッチンソンは、反律法主義を掲げてカルヴァンの予定説を極限まで徹底させ、会衆派の教義に挑戦した（アンティノミアン論争）。1637年、植民地の指導者はハッチンソン夫人を総会に召還して審問し、ウィンスロップ総督は彼女に植民地からの追放処分を下した。また、ウィリアムズやハッチンソン女史以上にマサチューセッツでさらに厳しい弾圧を受けたのがクエーカー（フレンド派）の人々であり、1650年代後半から1660年代初頭にかけては4名のクエーカー教徒が絞首刑に処せられた。
ロジャー・ウィリアムズは、1636年にマサチューセッツ湾植民地から宗教的迫害を受けて逃げてきた仲間たちとともに、政教分離原則にもとづくロードアイランド植民地を設立し、その本拠地を「プロビデンス（神の摂理）」と名づけた。そこは先住民ナラガンセット族の首長カノニカスから贈与された土地であり、ここでウィリアムズはユダヤ教徒も対象に含めた信教の自由を実現すべく1644年に本国政府から特許状を取得し、北米植民地においてはじめて信仰の自由と政教分離を保障する自治領植民地を建設した。そこでは、「公共の事項」における多数決原則と「良心の自由」を定めた憲法が制定されたほか、聖職者に対する公的資金を援助することなく、教会と国家が分離された。一方、アン・ハッチンソンは先住民よりアクィドネック島（ロード島）を購入し、夫のウィリアム・ハッチンソン、仲間のウィリアム・コディントン、ジョン・クラークらとともに現在のロードアイランド州ポーツマスに入植した。
1636年に建設されたコネチカット植民地では、政教分離を主張してボストンの長老と衝突して追放された清教徒の牧師トマス・フッカーがハートフォードの町を建設した。コネチカットでは1639年にフッカーの思想を反映し、被統治者の同意を原則とする民主的な基本法が定められた。なお、コネチカット植民地はイングランド王政復古後の1662年に国王チャールズ2世から特許状を与えられ、ニューヘイブン植民地を併合して自治領植民地として発展した。
ニューイングランドの清教徒植民地では、各タウンの中心部にミィーティングハウス（集会所）が設けられ、安息日ごとに集まっての礼拝が一般的であり、これを「タウンミーティング」と称したが、そこでは典礼を重視するカトリックや国教会とは対照的に、説教がきわめて重視された。カルヴァン派では説教によって聴衆を「真の宗教」へ導くことが目標とされたからであり、このことは植民地の文化形成にも大きく作用した。上述のウィンスロップやジョン・コットンは、優れた説教の語り手として知られている。しかし、タウン・システムの閉鎖性は上述したように宗教上・政治上の意見の対立を追放という形式での隔離によって正面衝突を回避する一方、急速に流入した多数の移住者を周辺の未定住地に集団的に押し流すものであり、他方では1637年のピクォート戦争において先住民ピクォート族が「サタンの手先」として「掃討」されたように、ある種の暴力性をはらむものでもあった。
自らの信仰にとって理想の地を求めて移住した清教徒たちが他の教派に対しては非寛容な共同体を建設することも、少なくなかった。タウン・システムが直接民主制的であったことは事実であるが、それは権利というよりも義務的要素の強いものであった。ニューイングランドでは1689年以前にも103人もの女性（主に中年）が「魔女」として処刑されているが、1692年の「セイラム魔女裁判」はこのような非寛容性を示す典型例である。当時のマサチューセッツ州セイラム（現在のダンバース）は厳しい禁欲を強いる清教徒社会であり、そこでは1692年3月以降に裁判が継続的に開かれては200名近い住民が魔女として告発され、数人の男性を含む20名前後が処刑、1名が拷問中に圧死、5名が獄死している。この魔女狩りはちょうどマサチューセッツ湾植民地の王領化の時期と重なっており、それにともなう住民の不安と共鳴する現象であったとも指摘されている。
クエーカー（フレンド派）は、既存の教会や聖職者の権威を認めなかったところからイギリス本国で非国教徒として厳しい弾圧を受けた。また、その教義のうちに平信徒が「内なる光」を通じて神と交信して神の導きを受けるという教理を含んでいたため、清教徒（カルヴァン派）の厳格な教義とは相いれず、マサチューセッツでもニューアムステルダム（現在のニューヨーク）でも迫害を受けた。クエーカーのウィリアム・ペンは1681年に領主植民地であるペンシルヴェニア植民地を建設し、その憲章（ペンシルヴェニア憲章）では信教の自由が保障された。さらに、陪審員制の裁判や代議制政府の設立、本国イギリス並の市民的諸権利の保障などを約束した。
非国教徒であるペンが国王チャールズ2世からペンシルヴェニア領主になることを認められたのには、いささか特殊な事情が絡んでいた。チャールズ2世がイングランド海軍の提督であったペンの父（ウィリアム）に多額の借金をしていたうえ、彼はチャールズ2世に忠実で王政復古に際しても大きな功績があったためである。ペン自身も国王とは個人的に親しく、ペンシルヴェニアの地も王弟ヨーク公ジェームズ（のちのジェームズ2世）より下賜された地であった（ヨーク公を領主とする植民地はニューヨーク植民地となった）。
ウィリアム・ペンは、この植民地をクウェーカー派に限定せず、宗教的迫害に苦しむ人々を教派に関係なく受け入れる姿勢を示した。また、イギリス、オランダ、ラインラントの各地を訪れて植民者を募集したので、ペンシルヴェニアにはデラウェア川流域にいたオランダ人、スウェーデン人、フィンランド人が移住し、ヨーロッパからもイングランド、ウェールズ、アイルランドからのクエーカーに加えてドイツの敬虔派やフランスのユグノー、スイスの再洗礼派など、さまざまな信仰をもった多様な人々が集まり、ペンの掲げた宗教的寛容は事実として根付いた。先住民に対しても配慮し、植民者たちは先住民の土地所有権を尊重することが義務づけられており、彼らから土地を購入することなしには誰も定住できなかった。また、兵役を拒否するペンの勧めで、メリーランド、ヴァージニア、ノースカロライナなどの地域からタスカローラ族、ショーニー族、マイアミ族などネイティブ・アメリカンも移住した。
植民地議会はやがて次第に自律的な力をもつようになり、総督や領主の権威を脅かした末にペン家のペンシルヴェニアにおける影響力を排除するに至ったが、「神の前の平等」の理念と共和主義は多くの人々を引きつけて商工業の発展をもたらし、その中心都市フィラデルフィアは独立前の13植民地における政治・経済の一大中心地として栄えた。