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ヨーロッパにおける政教分離の歴史 宗教改革と宗教戦争
カルヴァンの神学は信仰義認、聖書中心主義をはじめルターやツヴィングリのそれから受け継いだ部分が多い。そうしたなかで、カルヴァンの思想を特徴づけるのは、徹底した神中心主義と救霊予定説である。カルヴァンの教理においては、神の栄光、神への祈りと服従がつねに強調される。ルターにおいては力点が人間の苦悩に置かれるのに対し、カルヴァンではあくまでも神自身に置かれるのである。カルヴァンによれば、神を認識することこそが人生の主要目的なのであり、それによって自己を認識するのである。神の像に似せて創造された人間は、本来的には神の栄光の輝きを受けている。自由意志をもった人間は、それによって永遠の生命を得ることも可能であったはずなのに、アダムが原罪を犯して以来、その自由意志によって神に反逆し、罪に陥って人間のあり方は堕落した。この堕落から救済されるためには、人はイエス・キリストにおいて再創造されなくてはならない。人間の罪の身代わりとして地上に送られた神の子イエスにつらなることによって、我々は値なくして救われることができるのである。
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神は憐れみによってイエスを世に送ったが、これはすべての人間を赦すためではなく、恩恵に浴することができるのはその一部だけである。人は神の意志により、ある者は永遠の救いに、ある者は永遠の滅びに定められる。これはもっぱら神が自由に決定する領域に属し、しかも神はあらかじめこれを定めていると説く。これが、カルヴァンの唱える予定説である。では、こうした神の選びの絶対的自由を前にして、人はただ絶望するしかないのか。カルヴァンは決してそうではないと説く。なぜなら、神の憐れみは無限であり、それは人々にとっては無限の恵み（恩寵）であり、神を信じて我々に説かれている神の教えを受け入れ、こうしてキリストと一体となった信徒は自らが選ばれていることをもはや疑わないからである（信仰義認）。そして、神は救われるはずのない者まで選びだして救おうとするのである。人間の善き行いも、神の憐れみを強く信じるときにこそ、選びのしるしとなる。そうして、人間の日々の生活の営みは信仰を介して聖化されていく。人生の目的は神は知り、神に栄光を帰して従い、祈りを捧げることにある。それぞれの各個人が営む職業も神が定めたところなのであり、あらゆる職業が「天職」である。それが「召命」である以上、これに精励しなければならないものであり（職業召命観）、一方でこの考えは職業における聖俗の区別の否定につながるのである。
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カルヴァンは、再洗礼派との論争のなかで、「神のことばが述べ伝えられて、聖礼典が執行されるところに教会が存在する、それ以外に何が必要なのか」と述べている。この世に完全無欠な教会などないと考えるカルヴァンは、ルターとは異なり、最初から目に見える制度的な教会の必要性を認めた。そして、ルターが教会というものの中味をカトリックと同様、洗礼を受けたすべての者の集まりであるとしたのに対し、カルヴァンはそうではなく「信仰を告白し、善き生活を営む信徒の集まり」と考え、より狭いものとしてこれをとらえた。そこで、教会の構成員は真の信仰と善き道徳との厳しい実践者たることが義務づけられる。牧師は神の言葉を説き、公教要理を教えて聖礼典をおこなう存在であり、聖礼典は洗礼と聖餐式の2つで、信徒が信仰をより強固にすることを助ける。聖餐式に関しては、カルヴァンはルターの共在説ともツヴィングリの象徴説とも異なり、いわばその中間的な立場をとっていた。つまり、イエスはパンと葡萄酒のなかに実在するが、それは「霊的に」実在するという理解である。
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信徒の日常生活を監視し、これを正しく導き、信徒相互の紛争を調停するのは聖職者ではなく「長老」と称される俗人であり、貧者の救済も俗人の「執事」に任される（長老教会制）。道徳的に瑕疵（かし）のある信徒は、聖餐式への参加を行いが改められるまで禁止され、行状のとくに悪い者に対しては破門もある。それのみならず、世俗の権力者からの処罰も甘受しなければならない。カルヴァンの思想は社会生活全般を宗教一色で染め上げようという指向をもち、その意図は彼の国家観にも現れている。カルヴァンは、アウグスティヌスの「神の国」「地の国」の考え方に影響を受け、教会と国家の権力の差異と非類似性からいって、「霊的王国」と「政治的王国」は常に区別しなければならないとした。
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カルヴァンの政治思想には2つのきわだった特徴がある。1つは教会を世俗権力から独立させること、もう1つは世俗権力に教会の目的への奉仕をさせることである。彼は教権と俗権という「二本の剣」は分離不可の関係ではあるが、明確に弁別されるべきであると述べた。カルヴァンはアウグスティヌスに従い、教会を神によって定められた独自の権威を持つものと考え、この世には「見える教会」と「見えない教会」があるという。見えない教会は正しい信徒の作る精神的な共同体で、時間と空間の制約を受けない。見える教会は信徒が集まって儀礼や礼拝、説教が行われる場所で、この見える教会においては成員すべてが必ずしも完全な信仰を有しているわけではない。そのため、見える教会は成員すべてを完全な信仰に導くために規律を必要とし、内部に政治が必要とされるほか、教会の幹部は道徳を含む世俗の問題に対しても判決を下せる。
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一方、世俗権力の担い手である国家は、神の地上の代理人にして下僕であるとカルヴァンは考える。為政者は、信仰の正しい実践を保って人民の安全と財産を守り、正義を行わなければならない。そして、このような為政者に対し、人民は絶対的に服従しなければならない。服従を免除されるのは、為政者が神の命令にそむいた場合に限られる。国家とは真の宗教、正しい信仰を広めるためのものだと考えたカルヴァンは、政治権力に「三位一体説」という教会にとって最も重要な教義を認めさせる一方、世俗の司法機関における世俗的な裁判官の権限を高めた。カルヴァンの思想のうち、無抵抗については彼の死後現実のユグノー弾圧への対応として、理不尽な支配に対しては抵抗してもよいというモナルコマキの政治理論が登場した。それと同様にカルヴァンの思想にある非寛容で妥協を許さない部分も、カルヴァン主義が深刻なコンフェッショナリズム（後述）に直面するうちに動揺し、そのなかから寛容論が起こってくる。
カルヴァンと彼の一派は、新旧両方から異端とされたミカエル・セルヴェトゥス（ミシェル・セルヴェ）をジュネーヴ市当局が火刑に処したことに、公然と賛意を表している。カルヴァンは、国家による異端者弾圧を容認し、場合によっては支持さえしたのである。
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1536年7月から8月にかけ、ジュネーヴに滞在していたカルヴァンは同地で福音主義的改革の導入を考えていたギヨーム・ファレルに援助を懇請された。当時のジュネーヴは少し前までベルンの実質的な保護領であり、同年5月にはベルンの援助を受けて福音主義に転じたが、いまだ改革の緒についたばかりで方針も定まっておらず、ファレルは当時匿名で出されていた『キリスト教綱要』の著者がカルヴァンであることを知り、彼を強引に引き止めたのである。カルヴァンは当時ストラスブールへ向かう途中であったが、これに協力することを決意した。1537年1月16日にはカルヴァンら牧師団により、市参事会に対して教会改革の具体案が提出され、ここにジュネーヴはツヴィングリ派とは異なった、新たな改革の方針に従うこととなった。ただちに新しい「信仰告白」を含む要理書（カテキズム）が刊行され、市民はこの「信仰告白」に対して宣誓を求められた。こうして改革が本格的に開始されたが、カルヴァンらはこの「信仰告白」が守られているか厳しく監督したため、市民の間には改革への抵抗感が芽生えた。また、当初から市参事会はカルヴァンらの主張に教会を世俗の権力から独立させ、むしろ世俗権力を教会に従属させようとする意図があることに気づいていた。カルヴァンは教会を国家から切り離して新しい教会制度を目指したが、市民側に反対されて頓挫したのである。
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1538年4月23日、新しいジュネーヴ市参事会が発足すると、カルヴァンとファレルはこの参事会によって追放され、カルヴァンはマルティン・ブツァーの勧めにより、ストラスブールのフランス人難民教会の説教師を務めることとした。ストラスブールでの聖書講義は3年におよび、1539年にカルヴァンはビューレンのイデレッテと結婚している。
やがてジュネーヴでは再びファレル派（福音主義派）が勢いを盛り返し、彼らによって再び招聘されたカルヴァンは1541年9月13日、自身もう二度と戻ることはないと思っていたジュネーヴに帰還した。帰任早々の9月20日にカルヴァンは「ジュネーヴ教会規則」を立法化し、牧師・教師・長老・執事という4職を定めた。牧師と教師は説教などを通じて司牧の役割を担い、聖書解釈の問題などについて定期的に審議した。長老は牧師・教師とともに監督院を形成し、市内のどの家にも自由に立ち入れる権利を有して市民生活を監督した。また、執事は教会施設の管理と救貧を担った。カルヴァンは教育においては政教分離を実践して公教育と教会教育を区別し、後者のために「ジュネーヴ教会教理問答」を作成した。
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カルヴァンの改革政治は「神権政治」とも称されている。「神権政治」開始後の最初の5年間に56件の死刑判決と78件の追放がおこなわれて反対派はことごとく弾圧され、1553年には高名な人文学者であったミカエル・セルヴェトゥスが三位一体説を批判した嫌疑で火刑に処せられている。1559年には神学大学が設立され、プロテスタント系の神学大学としては、すぐにヴィッテンベルク大学に勝るほどの勢いとなり、ヨーロッパ各地に改革派の説教師や教師を送り出すまでになった。1564年の死にいたるまでカルヴァンはカトリックとの戦いに明け暮れたが、さらに死後の1566年にはツヴィングリ派との間で合同が成立してスイスの改革派は改革派教会として統一され、勢力を強めた。
カルヴァンは上記のように1540年代にジュネーヴで独自の宗教改革を実現して「改革派教会」発展の基礎を構築し、それは「ルター派教会」と並んでプロテスタントにおける二大教派となった。ルター派教会が「アウクスブルク信仰告白」とルターの「教理問答書」を信仰の規範とし、教会政治においては「監督制」を保持したのに対し、改革派教会では監督制を廃したうえで牧師に加えて教会員から選ばれた長老たちで「長老会」を組織し、それによって信徒の指導監督にあたる「長老制」を採用して各個別教会における信仰告白を重視する点が、両者の大きな相違である。
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カルヴァンの思想は、彼の生前からスイスにとどまらず近隣の諸国に広まっていたが、その伝播の過程でニュアンスを失い、特定の要素が誇張されたり薄められたリした。ルター派の強いドイツではカルヴァン派はほとんど浸透しなかったが、スイスではカトリック信仰にとどまる地域も多く、ドイツ同様に教会分裂がみられたが、ツヴィングリとカルヴァンによって宗教改革が主導された経緯により、ルター派は浸透しなかった。宗教上の不和は厳然と存在する一方、スイスではヴィルヘルム・テルや聖ニコラウス（ニコラウス・フォン・フリューエ）は相変わらず「古き良き盟約者団」の象徴であり、国民的英雄として崇敬された。
スイスとそれに隣接する南西ドイツでは、きわだった対照性を示していた。スイスでは、ツンフト（商人ギルド）に代表される中下層の市民が都市における門閥支配を打破するとともに周囲の諸侯・修道院領を領域支配に組み込む契機として宗教改革が期待されたという側面があり、ここで重視されたのはカルヴィニズムであった。ツヴィングリ派から分離発展した再洗礼派はその信仰を守る信者のみで共同体を構成しようとし、農村部では自治運動と結びつくこともあった。それに対し、南西ドイツではシュマルカルデン戦争の結果、カール5世によって徹底的にツンフトが解体されて門閥支配が強化され、ここで公認されていたのはルター派であった。
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フランスに対しては、生前のカルヴァンはジュネーヴから伝道者を派遣して祖国フランスの宗教改革を組織化しようと努め、彼の勧告にしたがってパリに改革教会が設立された結果、1561年末には670以上の改革教会がフランス国内で組織された。1559年には、フランス改革教会の最初の国民会議がパリで開催されている。フランスのカルヴァン派プロテスタントは「ユグノー」といわれたが、その広がりと同時に迫害も始まり、1562年には北東部のヴァシーでカトリック教徒による新教徒虐殺（ヴァシーの虐殺）が起こっている（詳細は後述）。
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カルヴァン派はまた、ネーデルラント（低地地方）とくにオランダでは著しい影響をおよぼし、それは外国支配からの解放運動の大きな原動力となった（詳細は後述）。スコットランドにおいては、1540年代にこの国で最初にカルヴァン主義を奉じた聖職者が火刑に処せられ、カルヴァン派貴族が蜂起したものの、それも制圧された。ジュネーヴに一時亡命してカルヴァンの影響を強く受けたジョン・ノックスが1559年に帰国し、プロテスタントのスコットランド貴族を動かしてスコットランド教会（スコットランド長老派教会）を設立し、1560年にはノックスらの信仰告白（スコットランド信条）がスコットランド議会に承認されて「国教」の地位を獲得した。のちにそのなかでイングランド国教会を批判する勢力が、ピューリタン（清教徒）を形成した。ジョン・ノックスの改革派教会では信仰上の原理が政治上の規律とされるなどジュネーヴ的な改革がなされ、神政政治が一時実現した。当時のスコットランド各地では多くの聖堂が破壊され、偶像崇拝は徹底的に否定されている。信徒が牧師を選出している点では、この国の教会制度はむしろジュネーヴのそれよりも民主的であった。
イングランドでは、ロラード派の異端思想、ルター主義、反聖職者主義、反教皇主義などが混合して宗教改革の気運が非常に高まったが、国家主導で改革がなされた（詳細は後述）。
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メルセン条約によって東フランクと西フランクに分属することとなった低地地方は、中世後期に至るまで政治的統一とは無縁であったが、14世紀にヴァロワ＝ブルゴーニュ家の支配下に入ると、地域の政治的統一が促進されることとなった。その後、同家は断絶してハプスブルク家がこの地を相続し、中央集権的な支配をおよぼそうとしたが、これに対して低地地方の貴族は不満を募らせて1568年に反乱を起こし、やがて北部はオランダ共和国として独立した。オランダ共和国では改革派が多数であったわけではないが、独立の過程においては改革派が主導的な影響をおよぼし、やがて改革派の中心国家として台頭することになった。
12世紀までに、低地地方にはホラント伯やゲルデルン公、ブラバント公、エノー伯、ルクセンブルク伯、フランドル伯などの世俗領主、ユトレヒト司教やリエージュ司教といった教会領主が分立割拠し、あたかも寄木細工の様相を呈していた。大枠ではフランドル地方のみが西フランクすなわちフランスの領域に属し、残る大部分は神聖ローマ帝国の領域に属していたが、11世紀後半ごろからこの地域に対する神聖ローマ皇帝の勢威が減退していき、低地地方は徐々に英仏両国の影響を受けるようになっていった。
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低地地方南部のフランドル伯は、フランスと神聖ローマ帝国にまたがる広大な領域を支配してフランス王との緊張を強め、とくに支配下の諸都市はイングランドとの交易上の結びつきも強く、歴代のフランドル伯も婚姻関係などを通じてイングランド王に接近した。フランドル伯ボードゥアン9世の時代には、ノルマンディをイングランド王ジョンから取り上げたフィリップ2世がフランドルをうかがう情勢となった。ボードゥアンの娘ジャンヌ・ド・コンスタンティノープルの時代にはイングランド王および神聖ローマ皇帝（オットー4世）と同盟してフランス王権に挑戦したが、1214年のブーヴィーヌの戦いで敗北し、以後はしばらくフランスへの服属を余儀なくされた。
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14世紀中葉、低地地方は相続と婚姻を通じてブルゴーニュ家のフィリップ2世（豪胆公）の支配下に入り、この公国のもとで政治的統一が進められた。ブルゴーニュ公国はその収入の大部分が臨時収入であり、低地地方からの収入割合はそのうちの約75パーセントを占め、経常収入においてもブルゴーニュ本領から収入はおよそ5パーセントに過ぎなかった。このように公国は財政的に低地地方に大きく依存しており、自然と政治の重心も低地地方へ移動せざるを得なくなった。ジャン1世（無畏公）は上訴権を強化して都市裁判を公の裁判へ従属させるなどしたが、百年戦争中のフランス宮廷の政争に関わったことから、アルマニャック派によって暗殺された。次のフィリップ3世（善良公）の治世は長きにわたったが、当時はすでに聖職者、貴族、有力都市民からなる身分制議会が低地地方でも開かれており、善良公はこれを存続させて新たに課税賛否権と請願権を与え、1464年にはブルッヘに低地地方の代表を集めて公位継承を審議させた。この議会は「全国議会（エタ・ジェネロー）」の始まりとされている。
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1477年にシャルル突進公がロレーヌ・アルザス・スイス軍との戦いで戦死すると、フランス国内のブルゴーニュ公領は即座にフランス王権に回収され、相続者マリー・ド・ブルゴーニュに残されたのは低地地方とフランシュ＝コンテのみであった。マリーは同年ハプスブルク家出身の神聖ローマ皇帝神聖ローマ皇帝マクシミリアン1世と結婚し、これらの地域も一円的にハプスブルク家の支配に収まった。
なお、この地方ではデフェンテル（現：オランダ中部）で1370年代にヘールト・フローテやフローレント・ラーデベインスらにより、共同生活兄弟会が創設されている。これは、ローマ教会を頂点とする信仰の組織化に対立した共同体的結社であり、神秘主義者ヤン・ファン・リュースブルクの影響を受けて本源的キリスト教の生活を実践しようとするものであり、そこでは司祭も一般信者もともに隣人愛的共同生活を経て、観想、祈り、清貧を実践していくことが目的とされた。『キリストのまねび』の著者トマス・ア・ケンピスはその推進者であったが、人文主義者として著名なエラスムスもデフェンテルの共同生活兄弟会附属の寄宿学校生であった。
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1506年、マクシミリアンとマリーの子でフランドルで育ったフィリップ端麗公が急死すると、その長子でわずか6歳のシャルル（のちのカール5世）が低地地方を相続し、1515年1月に全国議会で即位した。さらにシャルルは1516年にはカスティリャ・アラゴン両王国の君主となり、新世界に勢力を拡大し続けるスペインの国王カルロス1世となった。これにより、低地地方はスペイン領となった。1519年、祖父マクシミリアン1世が死去すると、シャルルはフッガー家の財力を背景に対抗馬のフランス王フランソワ1世を皇帝選挙で破り、ドイツ皇帝として登位した（神聖ローマ皇帝カール5世）。こうして東はトランシルヴァニアから西はスペインに至る、ヨーロッパ全体を包含するかのような「帝国」が形成されたが、この「ハプスブルク帝国」には一体的な国家組織がなく、個別の国家が単純にカール5世個人のもとで集約されているに過ぎなかった。カールは対フランスとの緊張関係を通じてこれをまとめようとし、低地地方は「帝国」にとって辺境の位置にあるにもかかわらず、対フランスの軍事的・政治的拠点であるうえ、アントウェルペン（アントワープ）の金融は「帝国」の重要な財源であった。カールは低地地方の行政的中心をブリュッセルに置き、中央集権化を進めて低地地方の政治的統一を促進させる一方、周辺地域の武力的制圧を進め、メルセン条約以来分断されていたこの地を初めて統一した。低地地方が17州と呼ばれるのは、このカール5世が帯びた低地地方の17の称号に由来し、1548年のアウクスブルク帝国議会で正式に承認された。1549年には低地地方が「永久に不可分」な形でハプスブルク家に継承されることを定めた国事詔書（プラグマティック・サンクシオン）が発布され、全国議会で承認された。
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低地地方は、共同生活兄弟会（上述）発祥地だけあって宗教改革の気運も高く、ルター派が活動して急進的な再洗礼派の運動も広がりをみせていたことから、カールはこれに激しい弾圧を加えた。1540年以降に再洗礼派の活動が沈静化すると、代わって人びとの心をとらえたのはカルヴァン派であった。特にフランス国境に近いエノー、トゥールネ、リルなどの各地に流入し、当初は再洗礼派と混同されていたが、他宗派にはみられない強固な教会組織のほか、職業への精勤を奨励して蓄財を認める教義は16世紀における商工業の発展と調和的であり、都市の手工業者に広がってアントウェルペンはその最大の拠点となった。
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アウクスブルクの和議を経た1556年、カール5世は退位して神聖ローマ皇帝位を弟のフェルナンド（フェルディナント1世）、スペイン王位を長子のフェリペ（フェリペ2世）に譲り、ハプスブルク家はスペイン・ハプスブルク家とオーストリア・ハプスブルク家に分かれた。カール5世に続いて低地地方を支配したフェリペもカール5世の基本路線を継承し、法典や裁判制度の統一を図って低地地方を中央集権化しようと試みたが、低地地方の政治の実権はグランヴェルなどの寵臣が握っており、オラニエ＝ナッサウ家などの大貴族と対立した。フェリペは低地地方での支配権を強化するために低地地方での教区再編を計画し、1559年7月には教皇パウルス4世から許可を得た。これにより、低地地方にはカンブレ・メヘレン・ユトレヒトの3大司教区が新設され、これらの司教区の司教には従来王権のもとで異端審問に関与していた神学者が多数登用されたほか、低地地方のプロテスタント弾圧で有名なアントワーヌ・ド・グランヴェルもメヘレン大司教となっている。当時、フランスからは多数の改革派が流入し続けており、宗教的緊張が高まって低地地方に不穏な空気が流れ始めた。
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1565年にフェリペが改めて低地地方での異端審問の強化を命令すると下級貴族は反発を強め、1566年には異端審問の中止を求める訴状を執政（全州総督）に任じた異母姉マルハレータに提出した。執政マルハレータは異端審問の一時緩和を発表したが、これによって改革派が公然と低地地方で活動を開始するに至った。
1566年にはフランドルでカトリック教会や修道院を狙った暴動が発生し、その反乱は低地地方各地へ広まった。フェリペが重税などの圧政を行っていたため、まだプロテスタントが浸透していない北部にまで拡大したこの暴動は一見宗教的動機に隠されてはいたが、実はそのうちに深刻な経済的理由が存在しており、これは改革派がそれほど浸透していない低地地方北部でも暴動が起こっていたことからも、明らかである。この年は北欧での大規模な戦争（北方七年戦争）によってバルト海方面からの穀物流入が激減し、食糧難と経済危機によって低地地方の人々が苦しんでいたことから、1567年8月にはフェリペが事態の収拾を図るため、フェルナンド・アルバレス・デ・トレド（アルバ公）に指揮権を与えて軍隊による介入を指示し、1万ほどの軍勢とともに派遣した。アルバ公は「騒擾評議会」なる特別法廷を設置して暴動の参加者を徹底的に弾圧したうえで同年12月にはマルハレータに替わって執政となり、ネーデルラント貴族にこの暴動の責任を問うた。
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1568年6月5日、異端撲滅の名のもとにエフモント伯ラモラール、ホールン伯フィリップを含む大貴族20人余りがブリュッセルで処刑された。この際、大貴族の一人であったオラニエ公ウィレム1世（沈黙公）は1567年4月時点でドイツに逃れて無事だったが、彼ら亡命貴族の財産・領地の多くが没収された。1569年には十分の一税を導入し、スペインの財政改善のために低地地方に経済的圧迫をもたらした。
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ウィレムが1568年4月に軍を率いてオランダ北部と中部から一斉に進攻したこの抵抗運動はネーデルラント独立戦争へ発展し、「八十年戦争」と呼ばれる長い戦いとなったが、これには12年間の休戦期間も含まれている。ウィレム軍は国王ではなく「奸臣」を標的としたものであり、同年5月23日にはヘイリヘルレーの戦いに勝利したものの、結局は低地地方北部の制圧に失敗した。ウィレムはフランスのユグノーに合流し、「海乞食党（ワーテルヘーゼン）」を組織して低地地方の沿岸を無差別に攻撃・略奪した。1572年4月1日には海乞食党が小都市デン・ブリルの占拠に偶然にも成功し、これを機に低地地方の港湾都市を少しずつ制圧していった。同年7月にはホラント州が反乱側に転じ、ウィレムを州総督に迎えた。低地地方北部のホラント州とゼーラント州に海乞食党が足場を整えた後には低地南部から改革派が続々と流入し、徐々に2州の主導権を握るようになった。こうして低地諸州は、反乱2州と国王に従順な他の諸州に二分され両者間の抗争が始まった。北部2州のプロテスタント化は急速に進み、1573年2月にはホラント州でカトリックの礼拝が禁じられた。このとき、オラニエ公も初めてカルヴァン派の聖餐式に参列している。
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1576年には給料の未払いから低地地方に駐留していたスペイン軍が略奪に走ると、スペインに協力的であった南部州も反乱州との提携に転じ、ヘントの和約が結ばれた。和約は全部で25か条あるが、最初の3か条はとくにこの条約の基本性格を表していると考えられている。第1条ではスペイン王による無条件大赦を要求し、第2条では諸州の連帯と低地地方の平和維持を規定し、第3条では宗教問題など諸州の問題を解決するために全国議会を開くことを決めていた。しかし、この和約はまったく効果的な裏付けを欠いていた。そもそも約束された諸問題を解決するための全国議会は開かれなかったうえ、条約は北部と南部が互いに都合良く解釈する余地を残していた。たとえば、フェリペ2世の意向を気にする高級官僚は1576年11月9日付けの国王宛書簡で「和約」を容認したやむべき経緯を釈明したうえで和約の実施に際し、修正を加えることを示唆している。同様にオラニエ公ウィレムの側でも、側近がイングランド宛の書簡で宗教問題について、ホラント・ゼーラント両州ではまったく妥協する気がないことを述べている。このようにヘントの和約は一時的な妥協に過ぎず永続性を欠いており、状況の推移によって簡単に崩れる脆い地盤の上にあった。ただし、低地地方におけるカルヴァン派教会の創設はその後も進展しており、カルヴァン主義の「ベルギー信仰告白」が第一回改革派全国大会で確認された。
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ヘントの和平は宗教政策や新総督ドン・フアン・デ・アウストリアへの対応などをめぐってホラントやゼーラントと他の諸州の意見が合わず崩壊し、1579年に南部のエノーとアルトワ両州による「アラス同盟」が成立すると、北部7州はそれに対抗して「ユトレヒト同盟」を結んだ。1581年7月、北部7州（ユトレヒト同盟）はフェリペ2世の統治権を否認した。これはしばしばオランダ独立宣言として扱われるが、あくまでもフェリペへの抵抗姿勢の表明であった。ただ、それこそがのちのネーデルラント連邦共和国（現在のオランダ）の成立を準備したことは確かである。
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テューダー朝第2代のヘンリー8世は1509年にイングランド王となり、当初は修道院改革や聖職者教育の改善に努める一方、ルター派を弾圧して聖餐における化体説をあらためて支持して聖職者の結婚を禁ずるなど、カトリシズム強化策をとっていたが、1530年にはスペイン王家出身の王妃キャサリン・オブ・アラゴンとの離婚の許可をローマ教皇庁に訴え出た。しかし、ローマ教皇クレメンス7世はこれを受理せず、1533年にはヘンリー8世を破門に処した。同年、ヘンリー8世は上告禁止法を定めて国王が聖俗を一元的に支配することを決定した。翌1534年には国王至上法（首長令）によってイングランド国教会が成立し、イングランド議会は国王を国教会の首長の座に据え、ローマ教会から離脱した。こうして、イギリスでは国王の離婚という私事を契機としていわば「ローマ教会なきカトリシズム」という形式での宗教改革（あるいは「旧教離脱」）を実現した。イングランド国教会の内部ではルター主義的諸改革が一時なされたものの、ヘンリー8世統治下ではやがてほぼカトリックの教理と教会規則に立ち戻る逆行現象が起こり、聖母マリアの崇敬や聖人崇敬が奨励され、聖書を私的に読むことが禁じられた。イングランド国教会は以後、何度かの内部改革運動を経ながら、基本的に政教未分離のまま現代にいたっており、国教会の長であるカンタベリー大主教は「全イングランドの首位聖職」として国政上も絶大な発言権を有している。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 宗教改革と宗教戦争
1547年、ヘンリー8世とジェーン・シーモアの子エドワードは9歳でイングランド王エドワード6世として即位した。プロテスタントとして育てられたエドワード6世は宗教改革の推進者となり、ラテン語に代わって英語で聖書を朗読し、聖餐式を改め、教会内陣に聖画像を置くことを禁止し、司祭の結婚も認めた。1840年代のジュネーヴで発展したカルヴァン主義はイングランドにも波及し、イングランド国教会の教理と典礼に採用された。1552年、カルヴァン神学が『一般祈祷書』に取り込まれた。大主教トマス・クランマーによってプロテスタント的な信仰箇条『42箇条』が答申され、王はこれを許可したのである。
エドワード6世が若くして死没すると、ヘンリー8世とキャサリンの子メアリー1世がイングランド女王として即位し、1555年にはローマ教会との和解が成立してカトリックに復帰し、没収した教会財産も返還されて異母弟エドワードの定めた諸法を廃止したうえ、ヘンリーの反教皇的諸法も廃止された。福音主義的な傾向のある司教たちは次々に処刑され、迫害は一般人にもおよび、その犠牲者は273名と数えられている。大主教クランマーもメアリー統治下で殉教した。
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メアリーが病死して後継者として異母妹エリザベス1世（ヘンリー8世とアン・ブーリンの子）が即位すると、事態は再び逆転した。女王は1559年に再び国王至上法を復活させてイングランド国教会を再建し、国教会を総攬する至上の統括者となった。また、1563年に定められた39箇条（聖公会大綱）の教義は主としてカルヴァン主義を土台としたものであったが、長老制を退けて主教制を保持した。エリザベスは「よき女王ベス」と称され、多くの国民の支持を得た。イングランド国教会はカトリックとプロテスタントの折衷的ないし中間的な性格を有し、イギリスの場合は国家と宗教は緊密に結びついて今日に至るが、ヨーロッパ全体でみた場合、16世紀の初頭には普遍的なカトリック教会しかなかった西ヨーロッパの教会が、この世紀の中葉にはローマ教会、ルター派教会、カルヴァン派（改革派教会）、イギリス国教会の4つに分裂し、後葉にはそれがほぼ固定したともいえる。
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なお、この時期のイングランドの重要な神学者にリチャード・フッカーがいる。フッカーは16世紀末葉に『教会政治論』を著し、国教会がカトリックとピューリタンの中道に立つことに賛意を表したほか、聖書解釈にあたっては伝統と同程度に理性と経験が重要であると論じた。キリスト教徒は団結すべきであると考えるフッカーは宗教における寛容と自由を説いており、17世紀のジョン・ロックの寛容論にとって先駆的な意味を有している。
宗教改革がヨーロッパ中で猛威を振るうと、カトリック教会も積極的に自己改革に乗り出したが、その動きを「対抗宗教改革」ないし「反宗教改革」と呼んでいる。カトリック教会の内部でしきりに発生する「異端」は、一種の内部改革であるという見方も可能である。その一例としては、15世紀末のフィレンツェにおける修道士ジロラモ・サヴォナローラの改革が挙げられる。サヴォナローラは、その神権政治のなかで贅沢品や華美な美術品をシニョリーア広場に集めて焼却する「虚栄の焼却」をおこない、一時はサンドロ・ボッティチェッリでさえ絵を描くのをやめてしまうほどであった。16世紀前半には新しい修道院が多数設立され、聖職者自身の生活改革運動も活発であった。
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しかし、もっとも本格的なカトリック改革はイグナチオ・デ・ロヨラによって設立された修道会「イエズス会」により、推進された。バスク人貴族で武人でもあったロヨラは戦傷の療養生活中に回心して民衆救霊運動を開始したが、異端の嫌疑をかけられてパリ大学で神学を学び、1534年にはピエール・ファーヴルやフランシスコ・ザビエルら自身も含めて7人でモンマルトルの丘で誓願を立て、1537年にイエズス会を創設した。ロヨラは神秘的な恍惚によらなくても人間の自然的能力の訓練によって神との合一が可能であるとし、会士たちに軍隊式の苛酷な規律と訓練を課して「清貧」「貞潔」「服従」をモットーとしたほか、教皇への絶対服従を説くとともにギリシア・ローマの古典教育を重んじ、学院経営にも積極的であった。フランスの出版・印刷業も、典礼書、公教要理、教父著作集などを大量に刊行してカトリック改革に貢献した。
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1542年からのトリエント公会議では、教会での最高権力は教皇にあるとされた。聖書と、伝承にもとづく信仰上の真理と制度の総体とが信仰のよりどころであり、人間には「自由意志」があること、救いにおいては神の恩恵と人間の行いが等しく重要であること、7つの秘蹟と化体説とを維持することなどが決定された。また、司教の権限を強化し、聖職者の質の向上と監督を司教に課した。これら一連の決定事項には、プロテスタンティズムに対する非妥協的な方向性がみてとれる。フランスの王権はガリカニスム（フランス教会自立主義）のために公会議の決定を王国の法として受容することは拒否したが、公会議の精神にもとづく改革が主として聖職者の手で推進されていった。
イエズス会の創設とトリエント公会議の開催は、カトリック教義の正統性の再確認であると同時に超国家的な組織・制度であるカトリック教会の中央集権化を目指したものであり、全欧州的に広がる領邦教会体制の進展に呼応する動きとみなすことができる。公会議の決定やイエズス会の熱心な活動により、16世紀末までにはバイエルン、フランス、オーストリア、ポーランド、チェコがカトリックの勢力圏に入った。
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宗教改革の影響は東方にもおよび、ポーランドでは1520年代にはバルト海沿岸などにルター派が、1540年代にはヤン・フスの流れを汲むボヘミア兄弟団（モラヴィア教会）やカルヴァン派の教義がシュラフタ（貴族）層に広がり、1562年にはカルヴァン派のなかから急進的な反三位一体派（ユニテリアン）が分離してポーランド兄弟団を形成した。ポーランドでは宗派対立よりもシュラフタにおける身分的紐帯が上まわり、もともと東方正教会などカトリック以外の宗派も存在していたことからも、多様な宗派の共存が可能であった。1570年には、サンドミエシでルター派、カルヴァン派、ボヘミア兄弟団の三者間の相互協力が成立している。また、1573年にはシュラフタによる国王自由選挙がおこなわれたポーランド・リトアニア共和国において空位期の治安用にワルシャワ連盟が組織され、宗派間の寛容を保障するワルシャワ連盟協約が締結された。規約には、「…異なった信仰と諸教会における差異のために血を流すことをせず、財産没収、名誉剥奪、投獄、追放によって罰しない」（小山哲訳）と記されている。
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一方、16世紀前半においてハプスブルク家の支配下にあったハンガリー王国は、1526年のオスマン帝国とのモハーチの戦いでの大敗後、1529年と1541年の2度にわたってスレイマン1世の親征を受け、その過程でオスマン直轄領、ハプスブルク支配域、オスマンの宗主権を認めつつも高度な自治権を有する東ハンガリー王国（のちのトランシルヴァニア侯国）に三分された。この地域ではイスラームへの大量改宗は起こらなかったが、都市部においてはハンガリー人とオスマン人の日常的な交流がみられた。民族的には、ハンガリー人、セーケイ人、サース人（ザクセン人）と称されたドイツ人などによる多民族社会で、ヴロフと呼ばれた牧羊民やルーマニア系などは少数派であった。東ハンガリーの君主となったのは、トランシルヴァニア出身でかつてフェルディナントに対抗してハンガリーの対立王となったサポヤイ・ヤーノシュの嗣子、ヤーノシュ・ジグモンドであった。1556年、コロジュヴァールの国会はトランシルヴァニアのハンガリー王国からの独立と新国家の財政用に教会所領地の世俗化を宣言した。トランシルヴァニア侯となったヤーノシュ・ジグモンドはユニテリアンの信仰に立っていたが、1564年にカルヴァン派の信仰を公認し、1568年にはカトリック、ルター派、カルヴァン派を公認宗教として認めるトランシルヴァニア侯国議会の議決を受け、全面的な信教の自由を認めるトゥルダ勅令を発布した。1571年には、ほかのヨーロッパで異端とみなされた反三位一体派（ユニテリアン）を公認宗教に加えた。トランシルヴァニアを含む旧ハンガリー王国領では、新教擁護と信仰の自由をかかげるトランシルヴァニア侯の威光は絶大かつ長期にわたり、その点でハンガリーは1620年代以降にプロテスタント勢力がほぼ一掃されてしまったオーストリアやボヘミア諸邦とは好対照をなしている。ただし、トランシルヴァニア侯国議会に代表を送れたのは、ハンガリー、セーケイ、ザクセンの「3民族」だけであり、農業や遊牧にたずさわった当時のルーマニア系住民の宗教である東方正教会の信仰は、寛容されるだけにとどまった。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 宗教改革と宗教戦争
ポーランドやトランシルヴァニアの例は、政教分離の先駆的な形態と見なせる。ポーランドにあっては16世紀末葉にカトリック側の攻勢が強まり、宗教的寛容は停滞したが、トランシルヴァニアではカトリックのバートリ・ジグモンド、反乱を経てトランシルヴァニア侯に認められたカルヴァン派のボチカイ・イシュトヴァーン、同じくカルヴァン派のベトレン・ガーボル、ラコーツィ・ジェルジ1世など、歴代の君主は自身の宗教に関係なく宗教寛容策を継続した。これは、当時にあってほかに類のないものであった。とくに、ベトレン・ガーポルは再洗礼派やユダヤ式の土曜安息日派の宗教も認め、カトリックに対しても複数の教会を返還して司教総代理を許可し、イエズス会士は国内では禁じられていたものの何人かは入国を許すなど、公平な宗教政策を展開し、政治、法律、経済、軍事、文化、教育の各方面で多大な業績をあげた。
トランシルヴァニアは16世紀から17世紀にかけての中東欧にその宗教的寛容で名を馳せ、ジョルジオ・ビランドラタ、ヨハネス・ゾンマー、クリスチャン・フランケン、ヤコブス・パレオロゴス、マティアス・ヴェヘ＝グリリウスなど故国を追われた神学者たちは、この地に隠れ棲んだのである。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 宗教改革と宗教戦争
「コンフェッショナリズム」とは本来、キリスト教のプロテスタント諸会派において、信仰無差別論に対して自身の信仰や教義の防衛義務を主張する立場を指していたが、やがて「宗教上の信条的対立が政治闘争の形をとる状態」を指し示す用語となった。特に中世において普遍宗教とされたカトリック教会が16世紀以降の宗教改革によって教会分裂を余儀なくされ、それにともなう抗争が激化した16世紀から17世紀にかけてのヨーロッパの政治状況を指している。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 宗教改革と宗教戦争
上述したように、ドイツやスイスでは宗教改革の帰結として宗教戦争が起こり、16世紀のドイツでは騎士戦争（1522年-1523年）、ドイツ農民戦争（1524年-1525年）、ミュンスターの反乱（1534年）、シュマルカルデン戦争（1546年-1547年）、第二次辺境伯戦争（1552年-1555年）など一連の宗教戦争の結果、各領邦で国教制度をとる領邦教会制度が成立したが、17世紀の大規模な宗教戦争となった三十年戦争（詳細は後述）はヨーロッパ各国を巻き込んで長期化し、ここでは再びドイツが主戦場となって大きな損害を被った。宗教改革にともなう教会分裂によって神聖ローマ帝国はしだいに衰退し、主権的国家が登場したことによって政治の世俗化が方向づけられた。イギリスでは16世紀にイングランド国教会が成立し、17世紀には清教徒革命（1641年-1649年）が起こった。イスパニアは対抗宗教改革の拠点となり、そこではウルトラモンタニズム（教皇中心主義）が採られた。そのイスパニアの支配から逃れようとしたのが、ネーデルラント（オランダ）である。ネーデルラントではカルヴィニズムが社会をリードし、イスパニアへの抵抗は経済的要因も含んで長期化した。これが八十年戦争（1568年-1648年）である。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
16世紀は、スペイン・ポルトガルの両カトリック国が南北アメリカ大陸やアジア・アフリカの諸地域に進出していく一方、ヨーロッパ内部ではドイツやスイスの地を中心にルター、ツウィングリ、カルヴァンらによって宗教改革が始まり、プロテスタントの思想がヨーロッパ各地に広がって教会は分裂し、各地で宗教戦争が発生した。そうしたなか、スイスとオランダではハプスブルク家支配からの自立傾向が強まり、ドイツでは領邦教会制度が確立され、フランスではユグノー戦争のなかからナントの勅令が発せられ、イギリスではイングランド国教会という新しい教会が建てられ、宗派による一種の棲み分けが実現されつつあった。ポーランドやトランシルヴァニアでは寛容政策が採られ、制限付きながら信教の自由が実現した。思想的には、カルヴァン派のなかから暴君討伐論（モナルコマキ）、世俗主義的立場からはポリティークの考え方が現れた。17世紀前半、最大にして最後の宗教戦争である三十年戦争が起こるが、これはヨーロッパ中を巻き込むかたちで展開し、一方では宗教戦争の枠に収まらない世俗的性格を有していた。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
1581年7月26日、低地地方の全国議会においてフェリペ2世の「国王廃位布告」が議決されたものの、新しい君主としてフランス王アンリ3世の弟アンジュー公フランソワの即位が決まっていた。カトリック教徒であるアンジュー公を国王として迎えることについては低地地方側にも懸念がないわけではなかったが、新君主の即位は現君主の廃位を前提とするものであり、外交交渉の場においてオラニエ公ウィレムは抜群の指導力を発揮していた。ところが、新君主アンジュー公は反乱指導部の意に反してあまりにも力量不足で、クーデター未遂事件を起こしてフランスに逃げ帰ってしまった。ホラントとゼーラントの両州は以前からアンジュー公即位に強い警戒心をもっており、こうなった以上はオラニエ公自身をフェリペの後任にすえようと画策したが、1584年6月にアンジュー公が病死したのに続き、7月にはオラニエ公自身がカルヴァン派を装って彼に近づいたカトリック教徒に暗殺されてしまった。翌年には南部の中心都市アントウェルペンが敵軍の手に落ち、北部反乱諸州はなおも外国の君主に主権を委ねようと努めたがアンリ3世に断られ、イングランドのみは女王エリザベス1世が反乱勢力の支援要請に応えてレスター伯ロバート・ダドリーを救援軍の派遣は認めたものの、彼はユトレヒト同盟の内紛に介入して事態をかえって悪化させ、軍事的成果を挙げられないまま1587年11月にはイングランドに帰った。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
1588年、北部反乱諸州はようやく独力でこの難局を乗り切るべく、主権を担うことを決意した。オランダ独立への歩みを踏み出したのはまさにこの時であり、執政パルマ公アレッサンドロの軍がブリュッセルを陥落させて南部から進軍するなか、1588年にはフェリペ2世がパルマ公に対し、スペイン無敵艦隊による対イングランド作戦への参加を命じた（アルマダの海戦）。フェリペの主な関心がイギリス・フランスに向いたのは、オランダ人にとって幸いであった。1589年、フェリペ2世はユグノーの指導者アンリ・ド・ナヴァルのフランス王位継承を阻むため、パルマ公にフランスへの進軍を命じたのである（1592年末、パルマ公は戦傷と過労から同地で死去した）。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
父ウィレムの遺志を継いだオラニエ公マウリッツは、従兄のウィレム・ローデウェイク・ファン・ナッサウとともに軍制改革をおこない、スペイン軍への反撃を開始した。2人はヨーロッパ軍事革命の先駆者といわれ、とくにウィレム・ローデウェイクは火縄銃の連続斉射を考案したことで知られる。一方、ホラント州法律顧問のヨハン・ファン・オルデバルネフェルトは外交関係の改善に尽力し、1596年にはイギリス・フランス両国と対等の同盟を結ぶことに成功した。エリザベス1世もアンリ4世も、連邦共和体制のオランダを独立した政治勢力として扱ったのである。軍事的には、1588年から1598年までの10年間でライン川やマース川などの大河川以北に展開していたスペイン軍はすべて一掃されたうえ、ブラバント州の北西部が制圧されたが、オラニエ公ウィレムの居城があったブレダの奪回は数ある戦闘でも象徴的な意味をもっていた。1609年にはスペインとの間に「十二年休戦条約」が成立したが、これは事実上一時的ではあれ、スペインがオランダを独立国家として認めたことを意味していた。こうして低地地方の反乱は、北部の連邦共和国の誕生という予想外の結果を生んだ。
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従来、低地地方の経済的繁栄はアントウェルペンやヘント、ブリュージュを中心とする南部のフランドル地方に限られており、連邦共和国として独立した北部のオランダは南部の後塵を拝する地域であったが、1590年代以降はアムステルダムを中心とする北部が繁栄するようになり、立場は逆転した。近世の西ヨーロッパでは、政治的な理由から大量の難民が発生し、大規模な人口移動を引き起こした事象として、15世紀末のスペインからのユダヤ人追放、16世紀中葉のスペイン領ネーデルラントからのプロテスタントの流出、16世紀末葉のネーデルラントの南部から北部の大量移住、17世紀後半のフランスからのユグノーの集団亡命の4例が挙げられるが、16世紀末葉のそれはこれらのうち最大のものであった。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
1621年、三十年戦争の展開は低地地方をも巻き込んでスペインとの再戦となったが、この時期のオランダ共和国軍の指揮をとったのは、マウリッツとその腹違いの弟フレデリック・ヘンドリックであった。父の政治能力と兄の軍事能力を兼ね備えた人物と評価されたヘンドリックの時代、オランダの国力はおおいに伸長して1602年創設のオランダ東インド会社などを中心として、積極的に海外進出に乗り出した。低地諸州のハプスブルク家への反抗から始まった八十年戦争は、さらに1648年の「ミュンスターの講和」（ヴェストファーレン条約）まで続き、南部国境地帯の争奪戦として展開される。
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議会が国政を主導したオランダ共和国は、同時代人の証言によれば、17世紀中葉にあってはカトリック、カルヴァン派、そのほか（他宗派や態度保留者など）がそれぞれ人口の約3分の1ずつを占め、多様な宗教が共存する社会であった。しかし、人口の過半数も達しないカルヴァン派がこの国の唯一の公認宗教であり、その内部には神学者ヤーコブス・アルミニウスの主張を支持するアルミニウス派（寛容派、レモンストラント派）とフランシスクス・ホマルスを支持するホマルス派（厳格派、コントラレモンストラント派）の論争などカルヴァン派の教義をめぐり、激しい対立があった。ただし、オランダの場合には、一方で厳格派と穏健派のあいだに「だれとでもうまくやろうとする人々」と称される中間派の層が厚かったことも事実である。12年にわたるスペインとの休戦期間にはカルヴィニズムの内部闘争が生じ、厳格派のオラニエ公マウリッツが教義上の問題でアルムニウス主義を奉じる法律顧問ファン・オルデバルネフェルトを死刑に処し、「国際法の父」として知られるフーゴー・グローティウスを禁固刑に処するという事態も生じている。この対立は、教義をめぐる対立であったと同時にオランダが反乱州から独立国家へ歩んでいく過程で終始主導権を掌握していたマウリッツや海乞食団ら改革派亡命者（ホマルス自身もその一人であった）と、土着の上層市民との主導権争いという性格も帯びていた。
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しかし、全体からみればオランダは当時のヨーロッパで最も世俗化が進み、宗教的多様性が認められた地域であった。迫害されたユダヤ教徒やプロテスタントの少数派を受け入れ、カトリックに対しても寛容な姿勢を示した。限定的であり、現代における「信教の自由」には遠くおよばないまでも、オランダが周辺国家に先駆けて宗教的寛容を実現したのは事実である。三十年戦争中、理神論者のルネ・デカルトに安住の地を与え、イングランド王政復古の時代にはジョン・ロックを亡命者として受け入れたのも、新思想に寛大なオランダならではのことであった。亡命中のロックと意気投合したオランダのフィリップ・ファン・リンボルヒュも、終生にわたって宗教的寛容を説いた。フランス人プロテスタントで寛容を説いたピエール・ベールも、晩年はロッテルダムで活動したのである。
ドイツにおけるプロテスタント諸侯とカトリックの対立は1570年代以降再燃し、ケルン大司教職をめぐる紛争ではカトリック側が勝利した。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
1608年、カルヴァン派のプファルツ選帝侯によってプロテスタント同盟（ウニオン）が結成されるとこれにオランダが協力し、翌1609年、バイエルン選帝侯を中心にカトリック連盟（リーガ）が結成されると、スペインがこれを後援してコンフェッショナリズムの様相を呈した。ユーリヒ＝クレーフェ＝ベルク連合公国の君主ヨハン・ヴィルヘルムが1609年に死去すると公位継承問題が発生し、ブランデンブルク選帝侯のヨーハン・ジギスムントは新教に改宗してプロテスタント同盟に加盟し、カトリックの国フランスも新教陣営に加わった。これに対し、プファルツ＝ノイブルク公のヴォルフガング・ヴィルヘルムはローマ教会に入ってカトリック連盟に加盟し、神聖ローマ皇帝もこれを後押しした。この対立はユーリヒ継承戦争へ発展したが、フランス王アンリ4世の死もあって規模は拡大せず、1614年のクサンテン条約で講和した。遺領は、ユーリヒとベルクがブランデンブルク選帝侯、クレーフェなど3邦がプファルツ＝ノイブルク公によってそれぞれ分割相続された。この戦争は三十年戦争の前哨戦となったが、後述するシュタインベルクの見解にしたがえば、この戦争も「三十年戦争」も一連の戦争の一部ということになる。
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神聖ローマ帝国内のカトリック、プロテスタント両勢力の対立は三十年戦争に発展した。1617年、ハプスブルク家のフェルディナント（のちの神聖ローマ皇帝フェルディナント2世）がボヘミア王に即位した。フェルディナントは幼少よりイエズス会の教育を受けた熱烈なカトリック教徒であり、プロテスタント弾圧を開始した。1618年5月23日、弾圧に抗議した急進改革派のボヘミア貴族が、皇帝顧問官マルティニツとスラヴァタおよび書記官3名を言い合いを経てボヘミア（チェコ）のプラハ王宮（フラチャニ城）の窓から突き落とすプラハ窓外投擲事件が起こった。
ボヘミアの領邦等族は対抗してフェルディナントを罷免し、新教同盟のプファルツ選帝侯フリードリヒ5世を新しいボヘミア王に迎えた。1619年、フランクフルトの帝国議会でフェルディナントが神聖ローマ皇帝に選出されると、彼はスペインと旧教連盟と組んで反乱貴族の鎮圧に向かい、ボヘミアの新教徒は処刑され、フリードリヒはボヘミアを追われた。以後、ボヘミアではカトリック化政策が断行された。このように三十年戦争の直接的な原因は宗教対立にあり、宗教戦争としてはヨーロッパ最後のものになったが、皇帝と帝国等族の対立、領邦君主と領邦等族の対立などもからみ、以下にみるように単純には宗教戦争の枠組みに収まらない複雑な経過をたどった。
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三十年戦争は、おおむね以下の4つの段階に分類して説明されることが多い。なお、ジークフリート・シュタインベルクは、「三十年戦争」とは1610年頃から1660年頃までにおよぶ、ヨーロッパの勢力均衡をめぐる約50年間の抗争、つまり休戦や和平によって中断された12の戦争のうち、その間の一部をさす便宜的な名称とみなしている。
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三十年戦争に当初から一貫して参戦していた国は、実際のところ神聖ローマ帝国内でもそれほど多くはなく、皇帝ハプスブルク家以外にカトリックを終始奉じていたのはバイエルンだけであったし、新教側だったはずのザクセンやブランデンブルクも当初は及び腰で、途中で皇帝側に鞍替えしたのであった。帝国外でも終始一貫して親皇帝勢力として戦ったのはスペインだけだった。プロテスタント側では常に関与していたのがオランダ共和国で、国内の戦争に忙殺されながらも主として資金援助を通じて反皇帝側を支援した。したがって、三十年戦争が「神聖ローマ帝国内の紛争として始まり、北欧諸国の参戦によって国際戦争に発展した」という説明は必ずしも正確ではなく、むしろスペインとオランダの敵対関係を最初から内包していたのであり、換言すればそれゆえにこそ戦争は長期化したのである。いずれにせよ、多くの国々がそれぞれ異なる目論見と戦略により、それぞれの方法でこの戦争に参加したのである。なお、スイス盟約者団はこの戦争において中立政策を採用したが、実際には多数のスイス人傭兵がスウェーデンの陣営で戦っていた。他国との傭兵契約同盟とスイスの中立とが矛盾したものとは考えていなかったが、アルプスの峠道の封鎖や戦争激化にともなう領土侵犯から国境を保全するため、盟約者団会議は1640年には諸邦による国境防衛軍の創設を決定し、以降は武装中立政策がとられ、それにともなって連邦的組織化が進んでいった。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史 主権国家体制の成立と政教関係の新展開
三十年戦争において、対立の芽は大小合わせていくつもあったと思われる。大久保桂子の見解にしたがい、あえて単純化して主要なものを空間的に取り出すならば、以下の3つのラインがあげられる。
1.についていえば、戦略的に北への勢力拡大を図るハプスブルク家と、それを阻止しようとするバルト海沿岸諸国の対立に相当し、1620年代後半のデンマーク（デンマーク＝ノルウェー同君連合）や1630年以降のスウェーデン（「バルト帝国」）の参戦は、これを裏打ちする歴史事象である。
2.は、オランダとスペイン、フランスとオーストリアの対立が交錯するラインである。1635年のフランスの参戦はそのことを示しているが、以後はラインラントで攻囲戦や合戦が多発して激戦地となった。1631年から1632年にかけ、「北方の獅子」といわれた軍人王グスタフ2世アドルフ率いるスウェーデン軍の大遠征がザクセンから西に向かってマインツに至ったのも、この一帯の戦略的重要性を物語っている。