クロノ・クロス 登場キャラクター
オルハの双子の妹。エルニドでは双子は忌み嫌われる風習であったため、幼い頃に里子に出された。ホームでは生き別れたオルハの代わりにガルドーブで暮らしていたが、原因不明の昏睡状態に陥りドクの治療を受けている。オルハを連れてドクに話しかけることでイベントが起こり、再会できる。オルハの声に目を覚ますも余命いくばくもなく、そのまま命を落としてしまう。しかし姉妹の手にあった「青い石のブローチ」は二つの世界を通じて一つのものとなり、「青いブローチ」となった。そしてティアの意志もオルハと共に在り、「姉妹連拳」の取得に至らせた。
オルハが凍てついた炎に近づいた際に、（おそらくアナザー側の）ティアが生きていることが判明する。
ロゼッタ（Rosetta）
ラズリーの姉。水龍の島に住む妖精たちの中心的存在。一族の生命の源である母なる大樹を守っている。アナザーでは平穏に暮らしていたが、ホームでは妖精ドワッフたちから襲撃され重傷を負い、展開によって生死が分かれる。
ドワッフ長（Dwarf Chieftain）
ヒドラの沼で生活するドワッフたちのリーダー。ホームではヒドラが生き残っているため、森の生態系を崩させまいと一族を挙げてヒドラを守っている。自然を破壊する人間たちへの憎悪は深く、大陸では森林を次々に切り倒して町を拡大していることに言及し、人間を「進化の異端種」と罵る。ヒドラが倒されてしまうと沼をすぐに見捨てて行方不明となるが、新天地を求めて水龍の島の妖精たちを襲撃し、この方法は人間から学んだ手段と嘯く。セルジュたちに撃退されると運命を呪いながら一族ともども死滅してしまうが、ヒドラ撃破時にラズリーを連れて聞くとヒドラの子供が生き残っていることが判明。妖精たちに自分たちが犯した罪も死ぬまで消えることはない真実として生涯をかけて償うことを誓い、ヒドラ沼に帰っていく。その際には星の子供らがいずれ手を取り合えって共に暮らせる日を願っている。アナザーのドワッフ長はヒドラの沼が崩壊しているため、行方知らずだったが、マルチエンディングでは時を喰らうもの（龍神）の配下となり、エルニドから人間たちを駆逐した。こちらでは人間への憎悪に凝り固まっている模様であり、人間の駆逐に反対するマブーレの賢者を叱責し、「この連中から血祭りにあげようか」と笑うなど躊躇う素振りを見せていなかった。
賢者 / ケンジャ（Sage of Marbule）
マブーレに暮らす亜人たちの長。亜人を迫害した人間たちを憎んでいるかのような言動を見せるが、内心では共生できることを願っている。亜人の歌が持つ特別な意味を知る数少ない人物であり、そのためホームではファルガに拉致されてしまった。現在はゼルベスの清掃員として働いている。セルジュたちから死海に入る方法を聞かれるが答えなかったため戦いとなり、敗北後は素直に協力に応じた。
ホームではファルガが亜人であったゼルベスと結ばれたことから人間と亜人の共存のために種族間の壁を取り払ってくれると期待していたが、ゼルベスの死後はむしろ差別を助長する姿に失望している。しかし、同時にゼルベスを失って絶望しているファルガの心情は理解しており、彼を支えられなかったことも悔やんでいる。ホームでのファルガを改心させ、マブーレ復興を実現した場合ではファルガとはすっかり和解しており、昔話に花を咲かせている。
アナザーではマブーレの長として登場。他の亜人たちが人間という理由でセルジュたちに敵意や非友好的な態度を取る中でも、比較的穏当な姿勢を取る。
マルチエンディングでは、マブーレの復興に尽力するヤマネコ（セルジュ）に信を置き、今後は若い指導者の必要として自分の跡を継いでマブーレの長になってほしいと嘆願した。また別のエンディングでは、アナザーのドワッフ長と共に龍神の配下となってエルニドから人間を駆逐する。しかし、ドワッフ長とは違い龍神に「もはやそれ以外、道はないのですか」と問うなど、最後まで迷いを見せていた。
龍神（Dragon God）
個体は以下の6種類と、例外的なものとしてさらにもう1種類がいる。生息地がホームとアナザーで分かれており、どちらかでしか登場しない。
水龍（Water Dragon）
青のエレメントを司る。性別は♀。ホームの水龍の島に生息。カラフルな青いサンショウウオに似た姿をしている。展開によってはゲーム序盤にも出会うことになり、死炎山の溶岩を凍てつかせる「氷の息」を授ける。
緑龍（Green Dragon）
緑のエレメントを司る。性別は♂。ホームの世界のへそに生息。両生類にも似た不気味な姿をしている。
土龍（Earth Dragon）
黄のエレメントを司る。性別は♀。ホームの土龍の島に生息。ナメクジに近い質感の姿をしている。アナザーの土龍の島には彼女ではなく、ジンジルクスという別の魔物が住んでいる。
炎龍（Fire Dragon）
赤のエレメントを司る。性別は♂。アナザーの死炎山に生息。唯一二つの姿を持ち、普段は小柄な龍人のような姿で、変身すると巨大化する。力比べが好きで、序盤に出会った際にも勝負を挑んでくる。
黒龍（Black Dragon）
黒のエレメントを司る。性別は♂。アナザーのマブーレに生息。漆黒の鱗を持つ巨大な龍。眠り続けており、人が目にできる数少ない存在。展開によっては目覚めることがなく、戦いを回避することもできる。
天龍（Sky Dragon）
白のエレメントを司る。性別は♀。アナザーの天龍の島に生息。龍神のリーダーに当たり、四枚翼を持つ巨大な姿をしている。なお、通常はアナザーに生息し、ゲーム序盤で蛇骨館の上空を飛んでいる姿を確認できるが、死海でセルジュたちを助けた際はホームに登場している。
月龍（Dark Moon Dragon）
エレメントを統合する補佐な役割を持つ。性別は♀。放浪中。イレギュラーな龍神であり、人に近い容姿と心を持つ存在。
フェイト （FATE）
クロノポリス中枢に鎮座するマザー・コンピューター。本作における黒幕的存在。ラヴォスによって遠い未来から時間要塞クロノ・ポリスごと現代に呼び出された。人々が記録された歴史通りに行動するように、アナザーでエルニドの人々を操り予定調和の世界を作り上げていた。その正体はクロノポリスの管理コンピュータ。ホームではセルジュが生き残り、滅びの未来の可能性が強まっているので未来から来たフェイトの存在が消滅しており、死海となっているため介入が不可能となっている。そのためミゲルを仲間に引き入れ、彼を死海におけるフェイトとした。ヤマネコになったセルジュがアナザーへ渡れないように妨害していたが、ミゲルが死んだことで介入は不可となった。ベースとなっているのはマザーブレイン（未来が変わっているために同じ物ではないが、前作のA.D.2,300に登場したマザーブレーンに当たる存在）。なお、マザーは女性人格だったが、フェイトは男性人格である。クロノポリスのイベントでは一度だけ台詞を発しているが、「ヤマネコ」とはまったく異なる機械的な口調である。分身たる「ヤマネコ」がセルジュたちに倒された後、運命を共にした。
プロメテウス（Prometheus）
ルッカが発案したコンピュータの暴走防止用セーフティ・プログラム。ガッシュの手によって密かにフェイトに仕掛けられ、調停者セルジュ以外が凍てついた炎に接触できないよう妨害していた。
ラヴォスを倒す旅の仲間だったロボに思いを馳せてのものであり、その名称も彼の本名「プロメテス」に由来する。発明当時は特定の目的のために作られたわけではなかったが、未来においてガッシュにより、密かにフェイトに実装された。ただし『アルティマニア』において、この回路はロボに使用されていたシステムそのものではないと解説されている。フェイトがこの回路の存在に気づいても瞬時に記憶を消すため、フェイトがこのバグに対処することはできなかった。しかし、分身であるヤマネコがフェイトに「プロメテウスの抹消」を指示をしたため、プロメテウスのプログラムは消去されてしまった。最期の瞬間、未来を本物のセルジュに託した。
ルッカ・アシュティア（Lucca Ashtear）
天才発明家の女性で、パラレルワールドの存在にいち早く気付いた人物。孤児院ルッカハウスを経営しており、キッドを拾った育ての姉でもある。その後、襲撃してきたヤマネコに誘拐され消息不明となる。
後に彼女は死海にてクロノ、マールらと共に子供の姿の幻影で登場。3人そろってセルジュに「未来を殺した」ことを咎め罵倒した。「（彼女たち自身は）この時間軸には存在しない」と発言している。『アルティマニア』では、幻影の姿は既に彼らが故人であることの暗示とされる。最終局面でキッドを連れてオパーサの浜で話しかけるとイベントが起こり、サラが自分とは違う人生を歩んでほしいと願ってキッドを生みだしたことを推測する。そして、キッドがステキな女の子に成長したことを喜んでいた。
なお、前作の移植版のエンディングムービーにて彼女が赤ちゃんを拾うシーンがある。しかし、『アルティマニア』によれば、ルッカがキッドを拾ったのはガルディア王国崩壊より2年後、A.D.1,007年頃とされる。
クロノ（日本版：Chrono、北米版：Crono）
前作の主人公。マールと結婚した後、ガルディア王国の王になる。今作では幼い子供の姿をとった幻影が登場する。本作の時間軸においては死亡している可能性が高いが、いつ頃どのようにして亡くなったかは定かではない。前作では全く喋らなかったが、本作では子供の口調ながらセリフが存在する。ヤマネコの肉体が変異したワヅキだったことを伝え、セルジュを「新たなるクロノ・トリガー」として最終決戦へと送り出した。
マール（日本版：Marl、北米版：Marle）
ガルディア王国の王妃マールディア。ルッカ、クロノと同様、子供の姿の幻影が登場する。気の強さは今作でも変わらず、死海で登場した際はセルジュのせいで時喰いによって歴史が滅ぼされたことを責めていた。
ルッカ、クロノ、マールにより、全ての真相と想いはセルジュたちへと伝えられた。特にマールはサラを助けてほしいという想いをセルジュたちに伝えている。
『ラジカル・ドリーマーズ -盗めない宝石-』の「Kid 盗めない宝石編」では、ルッカの「幼馴染の男性」と「友達（女性）」が結婚したことが語られている。後にその「友達」は死去し、彼女の墓があるというが、それがマールとは明言されていない。
サラ（日本版：Sarah、北米版：Schala）
古代の魔法王国ジールの王女。魔法王国崩壊の際に消息不明となる。実の母である女王ジールの指示により、魔神器を用いてラヴォスの力を利用しようとしたが、それによってラヴォスが一時的に目覚めた際、発生した次元の渦に飲み込まれてしまっていた。
時空の狭間を彷徨っている時に、ヒョウ鬼の毒に苦しむセルジュの泣き声に導かれ、この時間軸に接触。自らの分身を生み出した。自身は時喰いに飲まれ、一縷の希望となる半身はキッドとなる。なお、前作では青色の髪だったが、本作では髪の色が金髪に変化している。ルッカによれば、サラは自分とは違う人生を歩んでほしくてキッドを誕生させたと推測している。
これらの事情から強い負の感情を抱き「自身も含めたすべての消滅」を願うようになってしまったが、本来は誰に対しても分け隔てなく接する優しい女性である。
『アルティマニア』では、魔神器を制御する力を持っていたサラも調停者に近い存在であったことが記されている。
後に発売されたDS版『クロノ・トリガー』では、ラヴォスの怨念に囚われたサラが隠しボス「夢喰い（ゆめくい）」となって登場した。ラヴォスに侵食され、その精神は負の感情で満たされているが、「自分自身も含めたすべての消滅」はサラ自身が望んだことだった。クロノたちが使う魔法は、ラヴォス（の一部）が人類を進化させて与えた力。そのためラヴォスの力ではラヴォスを倒すことはできず、クロノたちは敗北。しかし一瞬だけ正気を取り戻したサラは、最後の力を用いてクロノたちを逃がした。その際、「敵を倒すための力」では今のラヴォスは倒せないことを告げた。
グラン（日本版：Gran、北米版：Masa）
古代魔法王国ジールより存在する精霊三姉弟の長男。かつての聖剣グランドリオンに宿ったまま、眠りについていた。
リオン（日本版：Leon、北米版：Mune）
精霊三姉弟の次男で末っ子。風が好き。グランと共にグランドリオンに眠る。前作では兄のことを「グラン兄ちゃん」と慕い、一人称もグランと同じ「ボク」だったが、本作では「グラン」と呼び捨てで呼び、一人称も時々「俺」に変わることがある激しい性格に変わっている。
ドリーン（Doreen）
精霊三姉弟の長女で、グランとリオンの姉。夢が好きで、前作でも夢の研究がされていたエンハーサを彷徨っていた。前作ではグランとリオンが力を合わせて武器「グランドリオン」となり、ドリーンは連携技の「グランドリーム」時のみ参加していたが、今作では武器自体にドリーンも加わり3人が宿った「グランドリーム」となる。この形態が本来の姿とのこと。
トマ14世（Toma XIV）
前作に登場した冒険家トマ・レバインの子孫で、冒険家。ホームに登場し、各地を探検して回っている。あるイベントを行うと、極度の恥ずかしがり屋の人魚と結婚する。なお、前作ではA.D.600（中世）に先祖であるトマ・レバインが、A.D.1,000（現代）にトマ13世が登場していた。
ギル（日本版：Gil、北米版：Magil）
クロノポリスに記録された手記にて、本作のホーム・アナザーともさらに異なる別世界のセルジュ、キッドと共に行動していることが記されている人物。本作中に姿は登場せず、セルジュやキッドと違い同名の人物もいない。実は本作の前身である『ラジカル・ドリーマーズ -盗めない宝石-』に登場していた仮面の魔導師であり、手記の内容も同作に準じたものになっている。初めて手記を見る前にキッドを連れて行くと専用の会話が見られる。なお、『ラジカル・ドリーマーズ』では展開によって正体が変わり、メインシナリオである「Kid 盗めない宝石編」でのギルの正体は『アルティマニア』によると前作に登場した「魔王（ジャキ）」とされている。
ラヴォス（Lavos）
原始に宇宙より飛来した鉱物生命体。名前は前作によると原始語で「ラ＝火」「ヴォス＝大きい」となっており、合わせて「大きい火」の意味。前作の最終ボス。地下深くで星のエネルギーを喰らい、地上に誕生した生命の遺伝子を収集して自己を進化させ、星を滅ぼしてから子を産んだのち、新たな星を求めて宇宙へ旅立つとされる。A.D.1,999年においてクロノたちにより倒されたことで、本作の世界を含めた無数の未来が生まれることとなる。
本作のラストボスである「時喰い」は、クロノたちに倒された時間軸のラヴォスが時の闇の彼方でサラを始めに、幾多の無念・負の感情を抱いて倒れた生命体を取り込んだことで進化したものである。後に発売されたニンテンドーDS版『クロノ・トリガー』のマルチエンディングでは、「クロノたちと魔王の協力により倒された並行世界のラヴォス」が「夢喰い（ゆめくい）」となり、サラを取り込んだ状態で隠しボスとして登場し、『クロノ・クロス』に繋がることを示唆した展開が描かれる。
スペッキオ（Spekkio）
次元の狭間に登場する戦の神。前作にも登場したキャラクターだが、本作ではストーリー本編には直接関係せず、実際に戦うことはない。見る者によって姿を変えると言われており、前作ではこちらの強さに応じて様々な姿をしていたが、本作ではタコのようなモンスターの姿で、水色の小型の形態と、橙色の巨大な形態を見せる。2周目以降で後述の三魔騎士を召喚するほか、条件を満たすと貴重なアイテムをくれる。
三魔騎士 / ビネガー&ソイソー&マヨネー（日本版：Vinegar, Soysau, and Mayonnai、北米版：Ozzie, Slash, and Flea）
前作に登場した魔王配下の3人組。2周目以降の次元の狭間で戦える隠しボス。前作から姿は多少変化しているが、個性的な技の数々は今作でも健在。前作同様、マヨネーは一見すると女性のようだが実は男性であり、本作では戦闘中の性別にも反映されている。なお、本作で戦える彼らは3人とも魔族タイプではなく物質タイプとなっている。彼らと戦って習得することで、スプリガンがスタイルコピーによって三魔騎士の姿に変身し、その能力を使用できるようになる。これはセルジュ、キッド、スプリガン（ソイソーに変身状態）の3人技「ゼット斬り」を行うための必須条件となっている。