セイバーマリオネット SMガールズ セイバーマリオネットJ
また本作の特徴として、他のMAGIUS作品と比して詳細なキャラクター（マリオネット）の作成システムが実装されているのが特徴とされる。前述の通り、ソロプレイを一通りプレイングする事で原作同様に3体のマリオネットのデータを作成する事が可能であるが、そのために本ゲームには各マリオネットのパーツデータが実装されており、それを組み合わせることでマリオネットが制作できる仕組みになっている。その上でイラストを描けない人のために各パーツのイメージ図も巻末に「データセクション」として付随されており、これをコピーしてキャラクターシートにスクラッピング（切り抜き・貼り付け）する事で作成したマリオネットのキャラクターイメージイラストを作る事もできる。
ジャポネスのひばり長屋に住む「よろず改造屋」（ジャンク屋）にしてマリオネットマニアの少年流北斗は、以前より注文していた海外モデルのセクサドールパーツが届くのを前にして、それを組み立てるために自身が手ずから改造を施した汎用マリオネットを起動させようとしていた。自身、ジャポネスっ子にありがちな好奇心旺盛さを持つ北斗は、マリオネットマニアとしてその天下一品のスキルをもって、その汎用マリオネット「アリシア」を改造する際に自らの心の赴くままに様々なレアパーツをブチ込んでいた。そうして起動されたアリシアには、「感情」まで備わっていた。そのアリシアの反応に北斗は思わず、マリオネットに関わる者たちの中でまことしやかに囁かれていた「失われた伝説の技術」を思い起こす。だが北斗はそれが「失われた伝説の技術」「おとぎ話」であるがゆえに「ありえないもの」とし、アリシアの反応をバグとして考える。北斗はアリシアの「バグ」を技術者として、なんとかしようと考えるが、同時にアリシアの「感情ある反応」に今まで感じた事の無かった感情を揺り動かされ、戸惑いと共に「悪くない」思いを抱く。そんな日々の中で、北斗が待っていたセクサドールのパーツが届く。だが届いたのは、ただのマリオネットの胴体のパーツひとつ。詐欺にかけられたと激怒した北斗は、そのままアリシアと共に取扱業者へと殴り込みに行く。だが、そこで二人が見たのはこっぴどく荒らされた店内。さらに店の中に踏み込んだ北斗たちはゲルマニアのセイバーマリオネット集団「青きドナウ」の一体の襲撃を受ける。結果、北斗たちはジャポネスを舞台にしたペテルブルグとゲルマニアの「裏の抗争」の最中に放り込まれてしまう。だが、その騒動の中で北斗は自らのパーツを取り戻し2体目のマリオネット、セクサドール「ベルチェ」を起動させる。だが、騒動の最中でペテルブルグ軍は全滅。さらに彼らの置き土産として軍用セイバーマリオネット「シルビア」と、彼女に据えられる予定であった「乙女回路」が北斗の元に残されてしまう。かくて北斗はテラツーの歴史の裏、間宮小樽の冒険の裏で巻き起こる「裏の戦い」に巻き込まれていく事となるのである。
流北斗（ながれ ほくと）
本作主人公でプレイヤーキャラクター。ジャポネスのひばり長屋に住む、マリオネットドクターを兼ねたジャンク屋。マリオネットのスペックや開発に一家言を持つマリオネットマニアでもある。小樽に似たジャポネスっ子気質の持ち主だが、職業が職業であるために、よりオタク気質が強くマリオネットの事になると寝食を忘れて没頭したり、何らかのスイッチが入るとマリオネットの各種機能について周囲の状況も忘れて冗長に解説したりする悪癖がある。
アリシア
北斗が最初に手に入れた汎用マリオネット。心優しく大人しく家庭的な、Jチェリーに似た性格（ただし妄想癖は無い）の持ち主。北斗をマスターと慕うと共に、彼をその「感情のある行動」で翻弄させていく。彼女の乙女回路のみ、北斗の手によって偶発的に組み入れられた（あるいは開発された）ものである。
ベルチェ
北斗がペテルブルグとゲルマニアの抗争の中で、ペテルブルグ軍将校イヴノフの緊急要請により組み上げた乙女回路装備マリオネット。本来は北斗が受注していたセクサドール。気まぐれで飽きっぽく、自らが興味の無い事にはとことん興味がない。一方でJブラッドベリーに似た姉御肌な部分があり、北斗を（そして北斗が大事に考えているアリシアたちの事も）最も大事に思っている。
シルビア
抗争終結後に、ペテルブルグ軍の拠点跡から北斗らが発掘した軍用セイバーマリオネット。彼女もまた乙女回路装備を前提として開発されたマリオネット。非常に好奇心旺盛で、事ある毎に騒動を巻き起こす。Jライムに似た無邪気さの持ち主だが、実のところ性格としてはRライムに近い。しかも軍用調整されているがゆえに装備されている持ち前のスピード＆パワーと乙女回路のアクセラレータ機能の相互作用が働いているため「（本人の主観での）ちょっと動いた」だけで被害が出やすい。時折「四歳児のハートを持った戦艦」と通称される。
イヴノフ
ジャポネスを舞台にゲルマニアと諜報戦を繰り広げていたペテルブルグ軍の将校。ゲルマニアから乙女回路の現品とデータを奪取して自国で開発を行う予定だったが、執拗なゲルマニア側の追撃の果てにジャポネスに留まるを余儀なくされ、同地で足りない資材を駆使しながら乙女回路と搭載セイバーの開発に挑み、同時にゲルマニア側の追撃を撹乱するために、自らが奪取した情報や部品をバラバラのパーツにして様々なジャンクやパーツ（その中に北斗が受注したパーツが混ざっていた）の中に隠し、その回収を行っていた。のちに偶然パーツを探す北斗らを発見し、アリシアに乙女回路が装備されている可能性を看破。彼らを味方につける事は出来ないかと画策し、自らの拠点に招き入れる。だが、それと前後してゲルマニア軍にも見つかってしまい拠点の襲撃を許してしまう。結果、混乱の中で命を落とし、自らが開発した乙女回路とセイバーを北斗に託すことになってしまった。
ゲシュタルト
北斗らと幾度となく敵対する事になるゲルマニアの将校。狡猾でチャンスは逃さないがツメが甘い。状況をうまく利用して混乱を起こし、その中で漁夫の利を得ようとする、ハイエナのような男。イヴノフの襲撃時に北斗を買収しようとするが、結果的にはそれは果たすことができず、ペテルブルグ軍との交戦の果てに瀕死の重傷を負ってサイボーグとなる。のちパンターのジャポネス城襲撃に乗じてジャポネスの中枢を攻撃しようとして北斗たちに阻まれ、さらに後、ゲルマニアの軍事コンピュータ中枢の警護中に北斗を発見した折には私怨で彼を追ったために、それが中枢への小樽侵入の隙を作る一因となった。
長谷川半蔵（はせがわ はんぞう）
ジャポネス隠密部隊「御庭番衆」の忍び頭たる頭目。御庭番ではあるが将軍直轄の玉三郎たちとは、指令系統が違うため関わりは無い。御庭番衆の頭目だけあり、生身の人間でありながら、セイバーマリオネット同士の戦いに割って入ることもできる戦闘力の持ち主。ジャポネス城の開放日の際、国宝のツボを割った犯人を捜して北斗たちと遭遇する。配下のセイバーたちが北斗を壺を割った犯人と勘違いして追っていたため、その誤解を解いた上で北斗に詫び、同時に（元々、そのつもりではあったが）彼とアリシアたちを御庭番衆にスカウトする。北斗も一時はそれを断ろうとするが、ある意味では法外な予算を提示されたために「用がある時には依頼を受ける」という間柄になる。後に北斗に（小樽が失敗した時の「保険」として）ゲルマニア軍中枢コンピュータ破壊のミッションを依頼する。
クラウス
ゲルマニアに到着した北斗に協力してくれた青年。ゲルマニア国内に複数ある反ファウスト政権を掲げる地下レジスタンス組織のひとつに所属している。北斗に興味を持ち、軍務省に案内した。最後の最後で実は花形美剣の同類である事が明かされてしまう。
本小節の人物に関しては上記も参照
徳川家安（とくがわ いえやす）
ジャポネスの将軍。城の開放日に行われる「セイバー御前試合」の主催者兼来賓として登場。目の前で繰り広げられる御前試合に対して、セイバーの本能として我慢が出来ずに突然乱入してきたシルビアに対して、その大きな器でこれを許し「よい座興」として正式にトーナメントへの参加を許した。
大江久保彦左衛門（おおえくぼ ひこざえもん）
家安の側近。シルビアの御前試合への乱入に青くなり警備兵（パトセイバー）を出して排除を試みようとするが、家安の鶴の一声により留まる。のち3位入賞を果たしたシルビアと、その保護者である北斗たちに対して「将軍様よりのお言葉がある」として、城内に招き入れる。しかし、半蔵の思惑により彼らを将軍の御前に案内することは叶わなかった。
間宮小樽（まみや おたる）
半蔵に依頼されて地下階層をゲルマニアへと向かう北斗の前に突如現れた少年。自身も北斗と同じく3人のセイバーを連れている。遭遇時、地下階層を住処とする暗闇ネズミの群れに追われていた。さらに、その場にいたのが「小樽＆北斗＋乙女回路装備マリオネット6人」というメンツであったために現場は（特にマリオネットたちと暗闇ネズミのせいで）軽くパニックになった。互いに「なぜこんな所にいるのか」という部分に関しては（それこそ互いが同じ目的ではあったものの互いに極秘任務でもあったため）深く追求することなく無難に収める。のち北斗と共に「マリオネットに好意を持っている（女性の面影を見ている）」仲間として意気投合する。そして共にゲルマニアに向かい、北斗に陽動を提案して依頼。北斗もジャポネスっ子の義侠心からそれに乗る。
ライム / チェリー / ブラッドベリー
小樽の元にいる3人のセイバーマリオネット。地下階層の温泉でアリシアたちと意気投合する。所々で小樽を取り合い、騒動を巻き起こし、その様を見た北斗は心から小樽に同情した。
角川mini文庫より出された『SMガールズ セイバーマリオネットJ』の番外編。全2巻。1997年発刊。
上述した原作小説やテレビアニメとは異なり『セイバーマリオネットJ』のキャラクターたちが、かつて男子校でありながら共学転換へ踏み切った高校「寺通学園」を舞台に、その共学化の裏で仕組まれていた陰謀と対峙する物語。番外編ということもありキャラクターは共通しているが、彼らの持っている設定や状況が本編となる『セイバーマリオネットJ』とは全く異なっているのが特徴。第1巻『激闘編』の冒頭にて「小樽の夢」である可能性や、あるいは「（本作における）過去の地球（ないしははるか未来のテラツー）においてよく似たキャラクターによって繰り広げられたかもしれない事」である可能性を匂わせる（確定はされていない）文章が記されており、原典『セイバーマリオネットJ』に対しては一種のパラレルワールドと捉えられる内容と言える。
先代理事長が死亡し、その後を継いだ新理事長「山形ファウスト」の経営戦略によって、共学校へと転換された元男子校「寺通学園」に3人の女教師「ティーゲル」「ルクス」「パンター」が赴任し、3人の女生徒「ライム」「チェリー」「ブラッドベリー」が転校してきた。学園の教員・生徒ともに、それが新理事長の方針ということもあり概ねの人員が方針転換に賛成を唱え彼女らを歓迎していた。しかし、そんな学園の状況に真っ向から歯向かう一人の男子生徒がいた。それが「寺通学園の番長」間宮小樽である。小樽は6人を追い出すために、真っ向から理事長らにぶつかり、そして転校してきた女生徒と対決する事に。結果は惨敗、小樽は大きくメンツを潰し学園での立場がなくなってしまう。だが小樽の行動は転校してきた3人の少女たちの「心」をつかみ彼女らを強く引き付けた。しかし小樽は自身の矜持とケジメのために彼女らの好意を受けるわけにはいかないと突っぱねる。ところが、そんな彼女らと小樽を嘲笑うかのように寺通学園ではファウスト理事長の元、とんでもない陰謀が画策されていた。他ならぬ、その陰謀のために危機に立たされるライムたちの姿を前に、小樽は「男」として彼女らを守るため、真なる「寺通学園の番長」として立ち上がるのである。
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