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デルタ航空 保有機材
2017年に、デルタの747は運用数6機まで削減され、デトロイト発着のアジア便を中心に運航されていた。日本の定期路線から10月30日の成田→デトロイト（DL276便）をもって引退 した。しかし定期以外では11月28・29日にかけて「N668US」がアメリカ軍のパトリオット・エクスプレスとして仙台・嘉手納へ飛来している。
12月には運用が4機にさらに減り、12月19日 仁川→デトロイト（DL158便）を最後に引退した。当初予定では、現地時間で12月17日発 仁川→デトロイト（DL158便）を定期便ラストフライトとしていたが、12日になって19日仁川発が追加され、結果的にはこれが最後の定期フライトとなった。17日デトロイト発（DL159便）が当日になりパイロットを確保できず747での運航を取りやめ、翌18日にデトロイト（9:18）→仁川（13:11）（DL9859（159A）便）で運航し、折返しの仁川→デトロイトは12日に設定された19日仁川発（DL158便）を約2時間半の遅延で運航した。ラストフライトは「N666US」が務めた。
定期運航便とは別に18日から自社社員向けのフェアウェル・ツアーを以下で運航した。
「N674US」11日ソウル仁川→デトロイト着後ラインアウト、18日デトロイト→エバレット→シアトル、19日シアトル→アトランタ
「N670US」17日ソウル仁川→デトロイト着後ラインアウト、18日デトロイト→シアトル
「N669US」18日上海浦東→デトロイト着後ラインアウト、19日デトロイト→アトランタ、20日アトランタ→ミネアポリス
「N666US」19日ソウル仁川→デトロイト着後ラインアウト、20日デトロイト→ロサンゼルス
また、12月31日迄年内はスポーツ団体向けを含むチャーター便を運航し、2018年1月3日までに全機アリゾナ州マラナへ回送された。デルタはこれらイベントをSNSで「#DL747Farewell」のハッシュタグで情報発信するとしている。
デルタ航空 就航都市
就航都市は全世界6大陸にわたり、350都市を超える。
デルタ航空 日本路線
※コードシェア　L→ラタム・エアラインズ・チリ、V→ベトナム航空
デルタ航空は、1987年3月に日本への乗り入れを開始した。旧社時代は成田国際空港からポートランド、ロサンゼルス、ニューヨーク、アトランタへ、名古屋飛行場からポートランド・ロサンゼルスへ運航しており、短期間だが福岡 - ポートランド線を運航していたこともあった。しかし、2001年9月11日のアメリカ同時多発テロの直後、成田 - アトランタ便を除いたアジア路線から一時撤退した。
その後のノースウエスト航空との統合により、成田でのハブ機能を引き継いだ。2013年時点では外国航空会社として同空港で最多の運航便数を誇り、その数は日本航空（JAL）、全日本空輸（ANA）に次いで3番目で、外資系エアラインでは最多となっていた。
名古屋/中部発着のデトロイト線では、デルタが運航する日本路線としては初めて、日本の特定地域の特産物を取り入れた限定機内食（松阪牛使用）の提供をビジネスクラス以上の乗客を対象に実施するなど、近年では日本人向けの機内サービス向上に努力していると評価されていた。
また、旧ノースウエスト航空の以遠権を生かすことで、成田国際空港をハブ空港の一つとし、アジア圏へのネットワークを形成していた。かつては関西国際空港からマニラ、台北、高雄、クアラルンプール、ジャカルタ、中部国際空港からマニラへ向かう以遠権ルートもあった。
デルタ航空 日本路線
日本の国内線でコードシェア便相手を確保できなかった（JALはワンワールド、ANAはスターアライアンスに加盟しており、スカイチームには日本の航空会社は加入していないため、国内での地方空港からの旅客を取り込めないでいる） ことや、アメリカ本土とアジア各国を結ぶ路線が増加したことから、日本経由の路線を減らす方針であると発表していた。2011年には成田空港で週196便運航していたが、2018年に入ってからは、1月8日にグアム便、5月6日に唯一の直行便だったサイパン便とパラオ便を運休し、7月には上海/浦東便から撤退し、成田空港発は週53便まで減った。また、富里市に同社が所有していたラディソン成田・機内食工場・研修施設を2016年秋に売却し、ホテルを除き閉鎖されている。
その一方、成田空港内にある格納庫の賃貸借契約に2014年10月1日からの使用開始で合意し、12月1日より「成田テクニカルオペレーションセンター」を開設。同空港をアジア地域の拠点として活用する動きとされた。
デルタ航空 日本路線
2015年頃、スカイマークが民事再生法を申請し、債権者集会で再建案を決議することが決定した。当初は国交省が支持したANAホールディングスを中心とする案が有力であったが、ANA側が提示した再建案ではスカイマークが民事再生法申請前に運航していたエアバス機（A330）と発注していたA380が排除されていた。債権者であるエアバスとイントレピッドが反発し、イントレピッドはデルタを担ぎ出した。デルタ航空にしてみれば、欲しかった日本市場での航空会社を傘下にでき、日本に加盟航空会社が無いスカイチームへの加盟させれる可能性があったので、ANAとデルタが相対する構図となった。しかし、ANAはエアバスにA380など機材の購入を持ちかけて支持を取り付け、デルタはスカイマーク再建計画で敗北した。
上記のような騒動後、2015年末頃に日米航空交渉の目途がつき、羽田空港の昼間発着枠が新規割り当てされる可能性が出てきたが、デルタは従来の成田国際空港の地位低下を危惧し、羽田空港発着枠を新規に割り当てる際、成田空港発着枠への移行を要求した。
デルタ航空 日本路線
2016年1月13日、東京/成田 - ミネアポリス線の運航を廃止する可能性があることが報道されたが、同年2月18日に日米航空交渉が合意に達し、2016年10月末からの冬期スケジュールから、アメリカ線の羽田発着枠は、昼間時間帯に日米双方5便、深夜早朝時間帯に双方1便の1日計12便で合意された。これを受けデルタは、「羽田空港の昼間の発着枠の部分的な開放に合意したことを非常に残念に思います。羽田空港では引き続き競争が制限され、厳しく規制された空港となると思われます」という立場を公表 した。しかし羽田就航をあきらめたわけではなく、アメリカ運輸省（DOT）に対し、ロサンゼルス・ミネアポリス・アトランタ線の新規枠での就航希望を申請したと発表し、2016年7月20日、アメリカ運輸省によりデルタのロサンゼルス線とミネアポリス線の割当が決定された。
デルタ航空 日本路線
デルタは今回の羽田発着枠の配分で、依然日本国内に提携航空会社をもたないデルタが自社以外のアメリカ系の航空会社（すなわちJALと提携するアメリカン航空・ハワイアン航空、ANAと提携するユナイテッド航空）よりも不利になると主張した。アメリカン・ハワイアン・ユナイテッドは日本路線からJAL・ANAが展開する国内線およびアジア路線のネットワークに容易に接続でき、JAL・ANAもまた国内線から太平洋路線を介してAA・HA・UAが展開する米州路線に接続できる。しかし、成田を拠点とし日本国内のネットワークが貧弱なデルタは、自社が成田と羽田の2つの「東京」空港で運航を強いられた場合、重要な顧客層の流れはデルタの既存の成田発着便から地理的優位性の高い競合他社の羽田発着に移るとみなした。そのため、2016年秋から、成田 - ニューヨーク/JFK線とその接続便の成田 - 関西線、成田 - バンコク線を運休（事実上撤退）した。
かつてノースウエスト航空は関西からもアメリカ本土路線（ロサンゼルス、デトロイト、シアトル）や接続するアジア路線を運航していた。当社との経営統合に際して再開したシアトル線も運休し、一時関空からはホノルル線のみとなっていたが、2019年4月2日より、夏ダイヤ限定で関西 - シアトル線の運航を再開した。これは香港 - シアトル線運休の代替で、シアトルのハブ機能強化によるものであった。
デルタ航空 日本路線
2019年5月16日、2020年東京オリンピックに対応した、2020年夏期スケジュールの羽田空港発着枠新規配分で、シアトル・デトロイト・アトランタ・ポートランド・ホノルルの5路線の仮承認をアメリカ運輸省から受けた。成田撤退の方針は変わらず、成田 - シンガポール線を同年9月22日、成田 - マニラ線も2020年4月に運休し、ノースウエスト航空時代から続いた成田発日本以遠路線からの撤退を同年8月9日に発表した。これにより、デルタのアジア・太平洋路線におけるハブ空港は、同じスカイチームの創設メンバーでジョイントベンチャーを協業している大韓航空の拠点である韓国・ソウル/仁川へ移行するとした。
2019年10月2日、デルタ航空国際事業部門社長のスティーブ・シアーが、「今のところ（羽田移管後に）成田に戻る計画はない」と記者会見で述べながらも、他社から機材整備を請け負っている「成田テクニカルオペレーションセンター」や顧客管理など一部の部門は成田に残すとしたが、羽田移管後に日本でのハブ運航は行わないとの認識を示している。
2020年3月28日、同社が運航する成田便は、シアトル発のDL167便（到着最終便）とアトランタ行きのDL296便（出発最終便）を最後に全便が撤退し、成田が開港した1978年に、旧ノースウエスト航空で乗り入れを開始してから約42年の歴史が幕を閉じることとなった。これに伴って、米国外唯一の成田の「デルタ・スカイクラブ」ラウンジも閉鎖した。一方、羽田に「デルタ・スカイクラブ」ラウンジを第3ターミナル4階の東京国際空港ターミナル（TIAT）ラウンジを改修し、東京五輪に合わせ開業予定だったのをコロナ禍のため延期の後、2022年7月29日に開業した。
また、関西発着（通年運航のホノルル、夏季のシアトル）及び中部-ホノルル線について、2020年夏スケジュールでは運航を予定していたものの、結果として同年以降運航されていない。一方、自動車産業の関係者に利用されていた中部-デトロイト線は、2021年に週1往復で再開したが、2023年3月に事実上の運休となった。関西からは日本航空がロサンゼルス、ユナイテッド航空がサンフランシスコへ毎日運航しているものの、中部は当社のみならず、アメリカ本土への直行便そのものを失った。
2025年4月から羽田-ミネアポリス線、2025年5月から羽田-シアトル線の機材をA330-900neoからA350-900に変更し、ホノルル線を除いて、日本路線の機材がA350-900に統一される。
デルタ航空 サービス
長距離国際線では、デルタ・ワン（ビジネスクラス、旧名：ビジネスエリート）とデルタ・コンフォートプラス（プレミアムエコノミークラス、旧名：エコノミーコンフォート）およびメインキャビン（エコノミークラス）の実質3クラス制をとる。
コンフォートプラスはマイルではなく金額でアップグレードできることなどから、いわゆるプレミアムエコノミークラスに分類されることもある。シートそのものは基本的にメインキャビンと同じだが、10番台の列など機体前方に位置しており、前後座席感を10cm強広くとり、さらにリクライニング角度を約1.5倍増やしたもので、スペースにゆとりがある。また優先搭乗やスターバックスのコーヒーや上質なスナックが楽しめるといった特典がある。
その他のアメリカ国内線や近距離国際路線ではファーストクラスとコンフォートプラス、メインキャビンの3クラス制で運航されている（ごく一部のデルタ・コネクション便に限り全席メインキャビンが採用されている）。例外的に、一部のアメリカ国内横断路線（ニューヨーク/JFK - サンフランシスコ、ロサンゼルス間）においては長距離国際線同様にファーストクラスの座席をデルタ・ワンに替えて運航する。
デルタ航空 サービス
近年は中長距離国際線やアメリカ国内線の長距離路線に使用するB767（-300ER/-400ER）、B777（-200ER/-200LR）、B757を中心に機内全面リニューアルを進めており、デルタ・ワンにフルフラットベッドシートの装着、コンフォートプラスとメインキャビンでは、最新のオンデマンドエンターテイメントシステム搭載を行っている。
2017年10月30日よりデトロイト - 東京/成田線に導入されるエアバスA350は、新仕様のビジネスクラス「デルタ・ワン スイート」を32席搭載。世界初の個室スライドドアを設置して個室空間を提供し、全席通路アクセスができるフルフラットシートとなる。そのほかプレミアムエコノミークラスでは「デルタ・プレミアムセレクト」を48席搭載するほか、メインキャビン226席を搭載した計306席仕様になる。なお、新仕様のビジネスクラスとプレミアムエコノミークラスは、既存のボーイング777-200ER/LR型機にも搭載されていた。
デルタ航空 サービス
長距離国際線では全席で機内食やアメニティを提供する。デルタ・ワンは、TUMI製ポーチのアメニティセット、コース料理や様々なアルコール類を含めた飲料が無料で提供される。メインキャビンにおいては飲料は原則としてノンアルコール飲料のみ無料であるが、例外的に日本発着便を中心とした一部路線でビールやワインを無料としている。また2016年7月より、日本 - アメリカ線（日本発ホノルル行を除く）にて、メインキャビンを含む全座席でアイスクリームを提供。9月15日以降は従来のアメニティに機内用スリッパを全座席で提供する。
短距離国際線およびアメリカ国内線ではユナイテッド航空やアメリカン航空などの競合他社と同様、ファーストクラスでは食事・アルコール類を含めた飲料を無料とし、メインキャビンではノンアルコール飲料およびスナックが無料で提供される。なお、「EATS」という名称で有料で機内食を販売するサービスもある。
2016年、競合各社との差別化を図るため、ニューヨーク/JFK - ロサンゼルス、サンフランシスコ間で、エコノミークラスの乗客に対しても無料の機内食提供を試験的に開始。2017年3月1日からは、北米大陸横断路線の12路線に拡大することとしている。
デルタ航空 サービス
Gogo Inflight Internetの技術を使用した無線LANによるインターネット接続サービスを有料で提供している。アメリカ国内線のみならず、2018年現在は長距離国際線の全ての路線でも使用可能である。
対象となる機材は以下の通り
スカイマイル（SkyMiles）は、デルタ航空のマイレージサービスである。2009年10月にノースウエスト航空のワールドパークスと統合され、提携航空会社が大幅に増えた。また、2011年1月1日よりマイル有効期限が廃止された。
スカイチーム加盟各社のほか、下記の航空会社と相互提携している。
以前行われていたアラスカ航空との提携は2017年を最後に終了した。アラスカ航空は2021年にワンワールドに加盟した。
アジア太平洋地域在住会員のみ、下記の航空会社の特典航空券が得られる（搭乗した場合の加算はできない）。
なおシンガポール航空（スターアライアンス）は、航空連合が異なるにも関わらずスカイマイルと提携していた時期があり、ワールドパークスとの統合後も、マイルの加算・利用ができたが、2010年5月15日にこの提携が解消されている。
デルタ航空 サービス
アメリカ国内の空港を中心に、「SKY CLUB（スカイクラブ）」の名称で空港ラウンジを提供している。利用対象はビジネスエリート・ファーストクラスの乗客やスカイマイルのメダリオン会員（上級会員）およびスカイチーム加盟航空会社の上級会員の一部を中心とするが、それ以外の乗客でも利用料を支払うことで入場できる。サービス内容はラウンジによってそれぞれ異なるが、飲料・軽食・雑誌・新聞類の提供はほぼ共通してなされる。日本においては、ハブ空港である成田空港において、第1サテライトと第2サテライトの二箇所でスカイクラブラウンジを運営していた。しかし、成田発着便の減便に伴い、第1サテライトのラウンジは2017年5月15日で営業終了した。一方、ミネアポリス線などに就航した羽田空港では提携ラウンジを提供し、成田のラウンジ縮小を羽田のラウンジ提供強化という形で補っている（以前は、上級会員でもエコノミーシートでは羽田の提携ラウンジは利用不可となっていた。これは成田ラウンジと異なる運用で、上級会員から不満が出ていた。現在は、成田ラウンジと同様、エコノミーでも上級会員であれば羽田の提携ラウンジが利用可能となっている）。北米路線で成田からの撤退・羽田への集約を進め、2020年3月には羽田空港第3ターミナルにデルタ・スカイクラブ・ラウンジを新設することを発表した。
スカイチーム以外では、下記の航空会社とコードシェア便を運航している。
なお、大西洋路線ではエールフランス、KLMオランダ航空、アリタリア-イタリア航空及びヴァージン・アトランティック航空と共同事業を行っており、どの会社がいずれの会社の運航便を販売しても利益とコストを分割し運営を効率化している。
デルタ航空 その他
1996年アトランタオリンピックや2002年ソルトレイクシティオリンピック、2028年ロサンゼルスオリンピック、コパ・アメリカ・センテナリオなどのオフィシャルエアラインを務め、MLBのアトランタ・ブレーブス、シンシナティ・レッズ、デトロイト・タイガース、ニューヨーク・ヤンキース、ニューヨーク・メッツ、セントルイス・カージナルス、ピッツバーグ・パイレーツ、サンディエゴ・パドレス、ワシントン・ナショナルズや、NFLのバッファロー・セイバーズ、NHLのロサンゼルス・キングス、NBAのロサンゼルス・レイカーズ、イングランド・プレミアリーグのチェルシーFCなどのスポンサーを務めている。
選手移動などで協力していて、同社機材ボーイング757-200などではVIP（オールファースト72席）仕様の機材などで運用されている。
2016年リオデジャネイロ五輪では、同社本拠地のアトランタで事前合宿していた出場予定のU-23サッカーナイジェリア代表がチーム内不手際で、前日までの現地（マナウス）乗り入れ出来ていない状況でチーム移送依頼があり、チームからの支払いの保証をとらずに6時間以内で手配し、救援チャーター便を仕立て、チームを試合開始6時間前までに現地へ輸送したりしている。
デルタ航空 その他
2018年3月23日、大迫傑（ナイキ・オレゴン・プロジェクト）のオフィシャル・エアラインに就任。大迫の活動拠点であるオレゴン州への日米間の移動をサポートするほか、日米路線の広告やプロモーション、キャンペーンなどに起用するとした。
デルタ航空は「deltamatic」と呼ばれる予約システムを使用している。
2020年現在、デルタ航空の客室乗務員、整備士、手荷物係の制服は、ランズエンド社の製品となっている。この制服は2018年5月から採用されているが、採用直後から着用している客室乗務員が身体上の不調を訴えるようになり、2019年12月には客室乗務員ら500人あまりがランズエンドを相手取ってアメリカ連邦裁判所に訴訟を起こす事態となった。ランズエンド側は、問題とされた制服について「厳格な世界基準通り、あるいは基準を上回っている」と回答して対抗しているが、デルタ航空側は、新しい制服への切り替えを準備している。
2020年、新型コロナウイルスの感染拡大局面においては、アメリカ疾病対策センターの指針に沿って、機内の乗客と乗務員全員に対し常時マスクの着用を求めることとなった。同年7月23日には、デトロイト空港から離陸する機内で乗客2人がマスク着用を拒否したため、同機が搭乗ゲートに引き返して拒否した乗客を降ろす出来事もあった。
この他、空港チェックインカウンター等にはアクリル板の仕切りを設置し、旅券読み込み機能を備えた自動チェックイン機や顔認証システム式自動改札機の導入など、大幅なタッチレス化を推進している。
デルタ航空 航空事故
デルタ航空が起こした主な事故。
2024年9月10日、デルタ航空295便(エアバスA350)とエンデバー航空5261便(ボンバルディア CRJ900)が米ジョージア州アトランタのハーツフィールドジャクソン国際空港で離陸しようとしたデルタ航空機と衝突した。これによりCRJ型機の垂直尾翼が折れ、デルタ航空の295便のA350は自力でゲートまで移動し、乗客を降ろした。これにより、周辺の誘導路は閉鎖された。295便は代替機材として、ロサンゼルスオリンピック塗装（LA28塗装）のエアバスA350-900型機（機体番号：N522DZ）をアトランタから東京国際空港へ向かわせた。
金売吉次
金売吉次（かねうりきちじ）は、平安時代末期の商人。吉次信高、橘次末春とも称される。『平治物語』『平家物語』『義経記』『源平盛衰記』などに登場する伝説的人物。奥州で産出される金を京で商う事を生業としたとされ、源義経が奥州藤原氏を頼って奥州平泉に下るのを手助けしたとされる。
金売吉次 生涯
実際に「吉次」なる人物が実在したかどうかは、史料的に吉次の存在を裏付ける事が不可能であるため、彼の存在は伝説の域を出ず、まったくもって不明である。しかし当時の東北地方が金を産出し、それを京で取引していたのは明らかになっている。吉次なる人物のように金を商っている奥州からやって来た商人がいた事は想像に難くない。したがって現在では、こうした商人の群像の集合体が「金売吉次」なる人物像として成り立ったのではないかと考えられる事が多い。
また、岩手県宮古市田老地区の乙部には、彼の弟とされる吉内(きつない)の子孫である吉内家(よしうちけ)がある。
V・ファーレン長崎
V・ファーレン長崎（ヴィ・ファーレンながさき、V-Varen Nagasaki）は日本の長崎市、諫早市を中心とする長崎県全県をホームタウンとする、日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）に加盟するプロサッカークラブ。
V・ファーレン長崎 概要
2009年にJリーグ準加盟クラブとして承認され、2012年11月にJリーグへ加盟した。「V・ファーレン」のうち「V」はポルトガル語で勝利を意味するVITORIA（ヴィトーリア）とオランダ語で平和を意味するVREDE（フレーデ）の頭文字、「ファーレン」（VAREN）はオランダ語で「航海」を意味している。
ホームスタジアムはPEACE STADIUM Connected by SoftBank、練習場は諫早市の「諫早市サッカー場/なごみクラブハウス」を主に使用している。マスコットはヴィヴィくん。
長らく長崎県内の複数の企業が出資していたが、2017年に経営問題が発覚した際に通信販売大手のジャパネットたかたの持株会社であるジャパネットホールディングス（佐世保市）が第三者割当増資と既存株式を引き受けて完全子会社化している（後述）。現在の代表取締役会長兼社長は髙田旭人。
V・ファーレン長崎 歴史
2004年、有明町（2006年1月に島原市に編入）で活動していた「有明SC」と長崎県立国見高等学校サッカー部OBを中心に結成された「国見FC」が統合した「有明SC」が前身。2004年、長崎県サッカーリーグ1部で優勝。また、九州各県リーグ決勝大会でも準優勝して九州リーグ昇格を決めた（決勝はFC琉球に敗退）。
元サッカー日本代表の高木琢也がテクニカル・アドバイザーに就任。また、同年よりチーム名を「V・ファーレン長崎」へ改称した。9月、森貴信が初代事務局長に就任。長崎県の支援もあり運営法人設立の準備が本格的にスタートした。
九州リーグ1年目の挑戦は、13戦5敗（勝ち点37）の3位。有明SCを母体としたのは開幕約1ヶ月前と準備期間は短かったが、試合を重ねながら組織力を高めていった。リーグを通じて守備を重視していて、18試合、大きく崩れることはなかった。一方、課題の多かった攻撃面も徐々に得点パターンを確立。無得点試合はわずか3試合で、FW森本は開幕戦で2ゴールを決めるなどして1人で12得点を挙げるなど活躍した。
V・ファーレン長崎 歴史
1月、特定非営利活動法人（NPO法人）V・ファーレン長崎スポーツコミュニティ設立。4月より県内最大規模の面積を誇る長崎県立百花台公園の指定管理者となる。6月、株式会社V・ファーレン長崎設立。初代社長には小嶺忠敏が就任。クラブの運営法人を「NPO法人V・ファーレン長崎スポーツコミュニティ」から「株式会社V・ファーレン長崎」へ移行。なお、NPO法人V・ファーレン長崎スポーツコミュニティは、地域振興業務を中心に活動を継続。前年からメンバーを大幅に入れ替えた2年目は14勝2敗（勝ち点43）で九州リーグを初優勝し、全国社会人サッカー選手権大会（以下全社）も優勝した。JFL昇格をかけた全国地域サッカーリーグ決勝大会は福岡からMF大塚ら8人を補強して臨んだが決勝ラウンド3戦3敗の成績で最下位に終わった。なお、10月に元セレッソ大阪監督の小林伸二が強化部長兼アシスタントコーチに就任。
大渕龍介が監督に就任したが、不適切な言動でチームの信頼関係を乱したとして開幕前の3月24日付で解任。前監督で総監督の岩本文昭が再び監督に就任した。リーグ戦は17勝3敗（勝ち点47）の3位。全国社会人サッカー選手権大会も3位で終え、JFL昇格に届かなかった。なお、運営法人は2005年度、2006年度、2007年度と、難しいとされるクラブ創業期における3期連続黒字を達成した。
V・ファーレン長崎 歴史
愛媛FCユース元監督の東川昌典が監督に、強化育成部長にアビスパ福岡、元チーム統括グループ副長の中村重和がそれぞれ就任した（前監督の岩本は長崎銀行からの派遣という形でクラブの事業部長兼総務部長に就任）。九州リーグは15勝3敗（勝ち点46）で2位。第32回全国地域サッカーリーグ決勝大会は決勝ラウンド2位（FC町田ゼルビアが優勝）の成績を収めた。12月9日、日本フットボールリーグ（JFL）の評議員会でJFLへの昇格が承認された。
2月、Jリーグ準加盟クラブとして承認された が、ホームスタジアムの長崎県立総合運動公園陸上競技場の改修（2010年7月から3年間、第69回国民体育大会の開催に伴う）時期の代替スタジアムの目処が無いことなどより、2010年度のJリーグ入りを断念した。
JFLリーグ戦は開幕から低迷し、6月4日付で東川を監督より解任。後任の大久保毅も6月30日に辞任したため、岩本文昭が監督代行を務めた後、7月22日に監督に就任したが、JFLリーグ戦は12勝8分け14敗（勝ち点44）で11位の成績に終わった。天皇杯は2回戦で横浜FMに敗退した。
草津元監督の佐野達が監督に就任。なお、Jリーグ入会予備審査で前年同様の指摘を受けて、2011年度のJリーグ加盟を断念した。運営会社の代表取締役であった小嶺忠敏は2年連続でスタジアム問題等によりJ2参入を逃した責任を取って辞任した。
V・ファーレン長崎 歴史
リーグ戦は15勝8分け11敗（勝ち点53）で5位の成績。目標に掲げていたJ2昇格圏内の4位には届かなかった。天皇杯は2回戦で横浜FMに敗退。
1月11日、運営会社の代表取締役社長に元長崎銀行支店長の宮田伴之が就任し、小嶺はチームアドバイザーに就任。2011年はJリーグ入会予備審査申請自体を見送った。リーグ戦は15勝11分け7敗（勝ち点56）で5位。FW有光亮太が得点ランキング2位に入る活躍を見せ、ベストイレブンに選ばれた。天皇杯は2回戦で東京Vに敗北。
リーグ戦は前半戦を首位で折り返して、天皇杯でのJFLシードを獲得。なお、天皇杯は2回戦で千葉に敗退した。また、U-18チームを設立し、U-18監督にOBの原田武男、コーチに竹村栄哉と加藤寿一がそれぞれ就任。
9月、2013年のJリーグクラブライセンスについて、条件付きながらJ2ライセンスが交付された（2013年シーズン開幕までにスタジアムが供用開始できること及びJ2入会審査に合格すること）。
11月11日、JFL初優勝が決定。11月12日のJリーグ臨時理事会で正式にJリーグへの入会が承認され、2013年シーズンからのJ2参加が決定した。20勝7分け5敗（勝ち点67）でシーズンを終えた。シーズン終了後、クラブ側の「監督も含め、もっと県民に親しまれ、愛されるチームをつくるための一つの方策」との方針を理由として佐野が監督を退任した。
V・ファーレン長崎 歴史
前熊本監督で、2005年にテクニカルアドバイザーであった高木琢也が監督に就任。J2昇格後初年度は12位以内、2年目にJ1昇格プレーオフ圏内となる6位以内、3年目に自動昇格圏となる2位以内を目指すと発表した。
9月、2014年度のJリーグクラブライセンスについて、J1ライセンスが交付された。
リーグ戦は、第4節ホーム富山戦でJ2初勝利。その後、第15節ホーム京都に敗れるまで4連勝1回を含む11試合負けなしで、第13節終了時に2位、その後もプレーオフ圏内の6位以内を維持。第40節終了時にはJ1昇格プレーオフ準決勝のホームゲーム開催権の与えられる4位であったが、第41節および42節と連敗して最終成績は19勝9分け14敗（勝ち点66）で6位（なお、J2創設後に新規加入したクラブとして初年度過去最高の順位）。プレーオフ準決勝は京都と0-0で引き分けたが、規定により決勝進出はかなわなかった。天皇杯は2回戦で東京Vに敗退した。
高木体制2年目。4月で運営会社の社長に大村市元副市長の内田正次郎が就任した。リーグ戦は第1節、5節から13節で、昇格圏に入るが、怪我人の続出で、第9節から16節と第18節から25節に8試合連続未勝利となる。また後半戦に入ると1度も1桁順位に復帰できず、第40節の東京Vに敗れたことで、プレーオフの可能性が消滅。年間成績は12勝16分け14敗（勝ち点52）で14位。
V・ファーレン長崎 歴史
天皇杯は4回戦で千葉に敗退した。
高木体制3年目。
リーグ戦は、3節以降17節まで昇格圏内の順位をキープ、18節に一度昇格圏内から落ちたが、34節以降プレーオフ圏内に再浮上、最終順位は15勝15分け12敗（勝ち点60）で6位となり、2年ぶり2度目の昇格プレーオフ進出を決めた。昇格プレーオフは、この年プレーオフを制してJ1に昇格する福岡に0-1で敗れ準決勝で敗退した。天皇杯は2回戦で大分に敗れた。
高木体制4年目。4月、運営会社の社長に池ノ上俊一が就任。内田正二郎前代表取締役社長は取締役会長へ就任した。
V・ファーレン長崎 歴史
深井正樹（相模原）、花井聖（北九州）、黒木聖仁（甲府）、イ・ヨンジェ（京都）、刀根亮輔（期限付き移籍期間満了）ら15名が退団。補強は、上本大海（仙台）、昨年栃木SCへ期限付き移籍していたパク・ヒョンジン（広島）、田中輝希（名古屋）、永井龍（C大阪）、田中裕人（磐田から期限付き移籍）らを補強。昨年期限付き移籍だった梶川諒太が完全移籍に移行。新外国人として、富川FCからロドリゴが加入した。シーズン中には、武内大（契約解除）、植草裕樹（清水へ完全移籍）、ロドリゴ（北九州へ期限付き移籍）がチームを去ったが、元日本代表の坂井達弥と白星東（ともに鳥栖）、碓井鉄平（長野）を期限付き移籍で補強した。また10月12日には甲府から期限付き移籍で加入していた松本大輝が日本サッカー協会選手契約書内第9条1（5）にある「クラブの秩序風紀を乱す行為」があったことを理由に期限付き移籍契約終了となり退団した。
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2節のホーム開幕戦で名門清水に0-3で完敗したのを皮切りに11試合連続未勝利という長いトンネルに入る。順位は低迷し一時は最下位にまで転落。上位発進した過去3年とは対照的な滑り出しだった。その後9位にまで順位を上げたが、28節から最終節の42節までで勝ち星を挙げたのは37節の山口戦のみとなるなど苦戦した。その次節のアウェー千葉戦で1-1で引き分け、プレーオフ進出の可能性が消滅した。最終順位は10勝17分け15敗（勝ち点47）で15位。天皇杯は2回戦で横浜FCに敗退した。
高木体制5年目。永井龍が名古屋へ、大久保択生がFC東京へ、梶川諒太が東京Vへ、佐藤洸一が金沢へそれぞれ完全移籍、岸田翔平が期限付き移籍期間満了となるなど16名が退団。一方で補強は、FC東京から前年山口でプレーしており、2013年に在籍していた幸野志有人、群馬から乾大知、甲府から福田健介、山形から田代真一を完全移籍で、広島から増田卓也をそれぞれ期限付き移籍で獲得。昨年期限付き移籍だった木村裕が完全移籍に移行。新外国人としてUCAMムルシアCFからファンマ、ハート・オブ・ミドロシアンFCに所属していたが、2016年夏からフリーになっていたミゲル・パジャルドが加入した。
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シーズン前に経営問題が発覚するものの（後述）、リーグ開幕戦は群馬戦に4-0と大勝。しかし続く2試合で1分1敗となり、第3節終了時には11位まで順位を下げる。しかしこれが年間最低順位となり、直後の第4節から3連勝で一気に3位まで順位を戻し、その後前半戦中盤は混戦となったこともあって3位から9位の間を推移、しかし前半戦終了となる第21節には前節の9位から4位に浮上、10勝5分6敗の勝ち点35、自動昇格圏内の2位とは勝ち点差8で前半戦を終える。
天皇杯では、初戦となる2回戦で山形に延長戦の末0-1で敗れた。
シーズンを通じ、リーグ戦の連敗は第7節からの3連敗と、第24・25節の2連敗のみと大きな連敗がなく、後半戦は常にJ1昇格プレーオフ圏内となる6位以上を維持したものの、第27節湘南戦に敗れた際は、同節終了時2位の福岡に勝点差を11にまで広げられる。しかし、第30節京都戦の勝利から、5連勝と3連勝を含む12戦連続負けなしとなった一方、2位の福岡が第28節から6試合連続未勝利となったことなどもあり、第33終了時には、ついに福岡を抜いて、第2節以来となるJ1自動昇格圏内の2位に浮上。その後福岡とのデッドヒートに勝ち星を積み上げた名古屋が絡む三つどもえの展開となる。
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3位名古屋・4位福岡と勝ち点差2の2位で迎えた11月11日の第41節、昼の試合で名古屋が敗れて福岡が引き分けに終わり、その日のナイトゲーム・ホーム讃岐戦に勝てば2位確定（J1自動昇格）という状況を迎えた。クラブ史上最多でスタジアムの収容可能人数を超える22,407人の観客を集めたこの試合、唯一JFL時代から在籍する前田悠佑の勝ち越しゴールなどで3-1で勝利。J2昇格から5年目にして初のJ1昇格を成し遂げた。また、初のJ1昇格を受けて「平成29年 長崎県 県民表彰 特別賞」を受賞した。最終成績は24勝8分け10敗（勝ち点80）。
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高木体制6年目。元ナショナルトレセンコーチなどを務めた松田浩が育成部部長に就任、元長崎U-18監督で昨シーズン北九州の監督を務めていた原田武男がトップチームコーチとして復帰、貝﨑佳祐がトップチームテクニカルコーチに就任。村上佑介が現役引退、契約満了等により古部健太（山形へ移籍）、三浦雄也（現役引退）、ミゲル・パジャルド（レアル・ムルシアへ移籍）、期限付き移籍加入していた丸岡満（山口へ期限付き移籍）が退団、ソン・ヨンミンが讃岐に完全移籍、林田隆介がJFL・ヴェルスパ大分に期限付き移籍、前年から沼津に期限付き移籍していた畑潤基の期限付き移籍期間を延長した。一方、FC東京から徳永悠平、新潟から鈴木武蔵（昨季は松本に期限付き移籍）、神戸から徳重健太、福岡から中村北斗、甲府から黒木聖仁、1.FCハイデンハイムからベン・ハロランが完全移籍で加入、札幌（昨季はG大阪へ期限付き移籍）から中原彰吾が期限付き移籍加入、本多琢人（東海学園大学）、新里涼（順天堂大学）、米田隼也（順天堂大学）が新入団した。
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リーグ戦では、開幕から6戦未勝利（2分4敗）となり、一時は17位まで順位を落とすが、第7節・清水戦でJ1初勝利を果たすと、そのまま4連勝し第10節終了時には9位まで順位を上げる。直後に3連敗するも、5勝2分8敗、15位でワールドカップによる中断期間に突入した。一方、YBCルヴァンカップでは、グループステージの最初の3節で2勝1分の成績を残し一旦はグループ首位に立ったものの、残る3試合は全敗。グループ3位に順位を落としグループリーグ敗退となった。天皇杯では、2回戦で松江シティFCに0-0の後、延長戦で先制するも追いつかれ、アディショナルタイムのゴールで2-1と辛勝。3回戦では湘南相手に0-0の後、延長戦で先制するもアディショナルタイムに追いつかれ、PK戦で3-4で敗れた。
中断期間中、シドニーFCからヨルディ・バイス、RCDエスパニョールからハイロ・モリージャス、新潟から磯村亮太、徳島から大本祐槻が完全移籍で加入した一方、MFベン・ハロランが家族の事情で双方合意の上契約解除、乾大知、田代真一ら8選手が他クラブに期限付き移籍した。
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リーグ再開後の試合を連敗し、中断前から数えて3連敗。第18節・FC東京戦は1-0で勝利したが、翌節からは5連敗含む7試合未勝利と勝ち点を伸ばせず、第23節終了時にシーズン初の最下位に転落。そのまま最下位から抜け出せず、第32節・横浜FM戦に敗れたことで年間17位以下が確定した。この時点ではJ1ライセンス未所持のFC町田ゼルビアのJ2リーグ成績次第で残留の可能性を残していたが、11月17日に行われたJ2最終節の結果、町田の年間順位が4位で確定したことにより、長崎のJ2自動降格が決定した。降格決定2日後の11月19日、高木の同シーズン限りでの監督退任が発表された。第33節、G大阪戦に敗れ、1試合を残してJ1年間最下位が決定した。最終節を引き分け、年間成績は8勝6分20敗の勝ち点30に終わったものの、J1が18チーム体制となった2005年以降の最下位クラブの最多勝ち点を更新した（翌年に磐田が勝ち点31で更新）。
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新監督に、前日本代表コーチ・U-23日本代表監督で、仙台での指揮経験もある手倉森誠を招聘。JFL時代を知る最後の選手となった前田悠佑が現役引退（普及インストラクターに就任）。中村慶太(→清水)、鈴木武蔵(→札幌)、フアンマ(→大宮)、田上大地(→柏)、飯尾竜太朗(→仙台)、乾大知(→横浜FC)、田代真一(→横浜FC)、北谷史孝(→FC岐阜)、木村裕(→長野)、福田健介(→栃木)、奥田達朗(→高知)がそれぞれ完全移籍。平松宗(→新潟)、中原彰吾(→札幌)、増田卓也(→広島)がレンタル期間終了で退団。ヨルディ・バイス(→徳島)、碓井鉄平(群馬→富山)がレンタル移籍した。一方、玉田圭司(名古屋)、長谷川悠(清水)、角田誠(清水)、亀川諒史(柏)、大竹洋平(岡山)、鈴木彩貴(横浜FM)が完全移籍で加入した。古賀貴大(九州総合スポーツカレッジ)、鹿山拓真(東海学園大)、江川湧清(U-18からトップ昇格)が新入団。また吉岡雅和、畑潤基、香川勇気がレンタル期間終了で復帰、イ・サンミン(蔚山現代FC)、イ・ジョンホ(蔚山現代FC)がレンタル移籍加入した。リーグ戦開幕後に呉屋大翔(G大阪)、カイオ・セザール(川崎)、秋野央樹(湘南)、ビクトル・イバルボ(鳥栖)がレンタル移籍加入、チェ・キュベック(→済州ユナイテッドFC)がレンタル移籍した。またハイロ・モリージャスが両者合意のもと契約解除で退団となった。
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2月8日、10日にハワイ州のアロハ・スタジアムで開催された「パシフィック・リム・カップ2019」に初出場し、初優勝した。
リーグ戦は、開幕戦で横浜FCに勝利し5位に付けたのがシーズン最高順位となり、7節には20位まで落ちる。その後持ち直し4連勝した16節ではプレーオフ圏内の6位まで戻すがその後勝ちきれず、25節以降は二桁順位から浮上することなく12位でシーズンを終える。呉屋がJ2記録タイの7試合連続ゴールをあげ、得点ランキング3位になるなどの活躍を見せたが、17勝20敗5分（勝ち点56）と負け越したシーズンだった。
YBCルヴァンカップでは2勝2分2敗で札幌に次ぐ2位で初のグループリーグ突破。プレーオフステージではG大阪と対戦し、2ndレグを2-0で勝利するも合計得点3-4で惜敗した。天皇杯では2回戦で高知に延長の末2-1で勝利、3回戦では三重に延長でも決着つかずPK戦で勝利、第4回戦ではJ1仙台に2-1で勝利し初の準々決勝に進出。準々決勝では同じJ2の甲府に2-1で勝利したものの、準決勝でJ1鹿島に2-3で敗れ、国立競技場のこけら落としとなる決勝進出を逃した。
シーズン終了後の2020年1月1日をもってに社長の髙田明が退任し、後任に長女でジャパネットホールディングスの関連会社の社長を務めていた髙田春奈が就任することが発表された。
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手倉森体制2年目。1月2日、髙田春奈が社長に就任した。中村北斗と鈴木彩貴が現役引退、2013年から在籍していた高杉亮太が栃木へ、翁長聖が大宮へ、香川勇気が大分へ、黒木聖仁が京都へ、大本祐槻が新潟へ、碓井鉄平が富山へ、長谷川悠がオーストラリアのウーロンゴンオリンピックFCへ、幸野志有人がニュージーランドのシドニーオリンピックFCへ、徳島に期限付き移籍していたヨルディ・バイスが京都へ完全移籍した。G大阪から期限付き移籍の呉屋大翔が期限付き期間満了で柏へ、蔚山現代から期限付き移籍のイ・ジョンホとイ・サンミンが期限付き期間満了となった。島田譲が新潟へ期限付き移籍した。鳥栖から期限付き移籍したビクトル・イバルボと湘南から期限付き移籍した秋野央樹が完全移籍した。ブラジルのアトレチコ・ミネイロからルアン、湘南からフレイレ、清水から二見宏志、町田から富樫敬真が完全移籍で加入した。川崎からカイオ・セザールが期限付き期間延長、清水から高木和徹、新潟から加藤大が期限付き移籍で加入した。JFAアカデミー福島U-18から加藤聖、植中朝日が、専修大学から氣田亮真、桃山学院大学から毎熊晟矢が加入した。
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2月23日、栃木との開幕戦をフレイレのゴールで1-0で勝利した後、新型コロナウイルス感染症拡大によるリーグ戦中断を挟み、開幕4連勝を含む9戦負けなしで、2位大宮に最大勝点差5をつけ首位に立つ。その間、第3節福岡戦でJ2リーグクラブ通算100勝を達成、また第6節岡山戦におけるカイオ・セザールのゴールがクラブ通算300ゴールとなった。しかし8月に入ると第10節徳島戦でシーズン初の敗戦を喫するなど、4戦で1勝1分3敗の勝点4と足踏みし2位以下との差を詰められ、第13節から3連勝するも、9月はJ2リーグ全22チーム中唯一月間8試合勝利なし（5分3敗）となり、第18節アウェー甲府に0-2で6試合ぶりに敗れた際に北九州と入れ替わりで2位に後退、さらに第20節アウェー松本戦では64分時点で2-0とリードしながら追いつかれ引き分け、徳島と入れ替わり、J1昇格圏外の3位に降格、第22節ホーム福岡戦に1-3で敗れ、第16節終了時点では勝点差17をつけていた福岡に勝点で並ばれ、第23節ホーム徳島戦も終了間際に先制を許し0-1で敗れ、シーズン初の連敗を喫すると同時に、同節勝利した福岡に抜かれ4位に後退する。その後第28節に北九州を抜き3位浮上し、一時は2位福岡に勝点差2まで迫ったものの、第41節ホーム甲府戦で先制しながらも引き分け、同節勝利した2位福岡との勝ち点差が残り1試合で4となり年間3位が確定、J1復帰を逃した。最終成績は23勝11分け8敗（勝ち点80）。昇格を逃がすことが決定した直後の12月18日、同シーズン限りで手倉森が監督を退任することが発表された。
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前シーズントップチームコーチだった吉田孝行が監督に就任 した。
徳永悠平が引退、新里涼(→水戸)、島田譲(→新潟)、吉岡雅和(→福岡)、古賀貴大(→アルビレックス新潟シンガポール)、氣田亮真(→仙台)、角田誠(→ポルベニル飛鳥)、8月に富樫敬真(→仙台)がそれぞれ完全移籍で、庄司朋乃也(→C大阪)はレンタル終了で退団。畑潤基(→栃木)、7月に鹿山拓真(→富山)がそれぞれ期限付き移籍した。一方、カイオ・セザール(川崎)、加藤大(新潟)、エジガル・ジュニオ(横浜FM)が前年の期限付き移籍から完全移籍に切り替え、山崎亮平(柏)、新里亮(磐田)、都倉賢(C大阪)が完全移籍で、ウェリントン・ハット(ACゴイアニエンセ)、原田岳(横浜F・マリノス)が期限付き移籍で入団した。また鍬先祐弥 (早稲田大学)、五月田星矢(U-18からトップ昇格)が新入団となった。
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スタートダッシュに失敗し5節には降格圏の19位まで落ちるなど11節までで4勝2分5敗の11位、またそこまでの全試合で失点するなど奮わず、5月3日に吉田監督の解任が発表された（トップチームのアシスタントコーチに就く）。同時に5月9日の北九州戦よりアカデミーダイレクターの松田浩が監督として指揮を執ることが発表された。松田監督に交代後は息を吹き返し、25節で植中朝日が、その4日後の30節でエジガル・ジュニオがハットトリックを決めるなどの活躍もあり、32節で磐田、京都に続く3位まで上昇。しかし残り2試合となる40節で首位磐田と引き分け、勝ち点7差の2位京都も引き分けたことでJ1昇格の可能性がなくなった。41節のホーム最終戦で岡山に敗れたことで年間4位になることが確定した。最終成績は23勝10分け9敗（勝ち点78）。
天皇杯は4回戦（ベスト16）まで進んだが、鹿島に1-3で敗れた。
この年より開催されたエリートリーグでは、福岡・鹿児島・琉球と同じグループCで戦い4勝2分の無敗でグループ優勝した。
11月11日午前11時11分、背番号11番を背負う玉田圭司が同シーズン限りで現役を引退することが発表された。
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松田浩体制2年目。玉田圭司が引退、磯村亮太(→栃木)、毎熊晟矢(→C大阪)、亀川諒史(→横浜FC)、フレイレ(→岐阜)、新里亮(→大宮)、徳重健太(→愛媛)がそれぞれ完全移籍で、ウェリントン・ハット(→アトレチコ・ゴイアニエンセ)はレンタル終了、ルアンは双方合意の上退団した。また、期限付き移籍中だった鹿山拓真がそのまま富山に、栃木に期限付き移籍中だった畑潤基は岐阜に、清水より期限付き移籍中だった高木和徹は契約を満了し東京Vに、それぞれ完全移籍することになった。また名倉巧が仙台に期限付き移籍した。一方、原田岳(横浜FM)が前年の期限付き移籍から完全移籍に切り替え、村松航太(北九州)、クリスティアーノ(柏)、高橋峻希(柏)、奥井諒(清水)、櫛引一紀(大宮)、浅沼優瑠(讃岐)、奥田晃也(水戸)が完全移籍で、笠原昂史(大宮)が期限付き移籍で加入。また笠柳翼(前橋育英高校)が新入団、2020年より2種登録されていた安部大晴はプロ契約を締結した。
1月31日、2020年より社長を務めた髙田春奈が、3月15日付けで日本プロサッカーリーグの常勤理事に就任することにともない2月いっぱいで社長を退任することが発表され、後任には長崎ヴェルカの社長も務める岩下英樹が兼任することになった。
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シーズン序盤のスタートダッシュに失敗し一時降格圏に落ちるなどしたが、折り返しの第21節を終えて9勝8敗4分の暫定5位につけたところで、松田浩からクラブ史上初の外国人監督となるファビオ・カリーレへの監督交代を発表。7月2日のアウェー甲府戦より指揮を執ることになった。それまではU18監督の原田武男が暫定的に指揮を執った。8月からは調子を落とし、コロナウイルスで延期されていた第33節の栃木戦を1-1で引き分けたため、残り5試合を残して2位との勝ち点差が16に広まったため自動昇格の可能性が消え、そこから4連敗し、第41節にてプレーオフ出場の可能性も消滅。最終節は大宮に3-3で引き分け、15勝11分16敗（勝ち点56）の11位でシーズンを終えた。
天皇杯は3回戦でJ1のFC東京を破り、前年同様4回戦（ベスト16）まで進んだが、同じくJ1の福岡に0-2で敗れた。
シーズン終了後、2023年1月1日より代表取締役社長として会長である髙田旭人が兼任し、また新たな役職であるC.R.O（クラブリレーションズオフィサー）として高木琢也前監督が就任することが発表された。社長の岩下英樹は退任し関連会社である株式会社リージョナルクリエーション長崎の社長に就任する。
前シーズン途中から指揮を執ったファビオ・カリーレ体制2年目。アカデミー出身の江川湧清(→G大阪)をはじめ、植中朝日(→横浜FM)、山崎亮平(→宮崎)、二見宏志(→今治)、浅沼優瑠(→C新宿)がそれぞれ完全移籍し、イバルボが契約満了、笠原昂史(大宮)、菊地脩太(清水)は期限付き移籍の期間を終了した。また奥田晃也(→金沢)、村松航太(→北九州)が期限付き移籍することになった。一方、仙台に期限付き移籍していた名倉巧が復帰、2018年以来となったフアンマ・デルガド(福岡)をはじめ、岡野洵(町田)、増山朝陽(大分)、ヴァウド(清水)、今津佑太(広島)が完全移籍で、宮城天(川崎)、波多野豪(FC東京)がそれぞれ期限付き移籍で加入。また前年特別指定選手として登録され金沢戦では得点も挙げた白井陽貴(法政大学)と、瀬畠義成(東洋大学)、大渕来珠(東福岡高校)が新入団となった。
開幕は連敗スタートだったが第5節以降は勝ち星を積み重ね、昇格争いに加わる。しかし上位対決では力負けすることが多く、町田には2戦合計1-10など力の差を見せつけられた。それに下位チームとの対戦でも金沢や山口、栃木徳島などから勝ち点を取りこぼしたが、最終節まで昇格PO進出の可能性を残し、アウェイで千葉に勝利するも、他会場の結果により7位で終了。開幕前に掲げた2023シーズンのJ1昇格はならなかった。
当初はカリーレ体制を継続する予定で、2023年12月4日には監督契約の更新を発表したが、その後12月20日にカリーレがサントスFC（ブラジル）の監督に就任する意向を示した。チームはサントスからの正式な移籍オファーを待ったものの、2024年1月13日にサントス側はカリーレの監督としての登録がブラジルサッカー連盟（CBF）に認められたこと、ならびに移籍に関する長崎との交渉を打ち切ったことを発表。これに対しチームは「発表内容が事実と異なる」と反発。最終的に1月19日にカリーレやコーチ3人、並びにサントスFCについて国際サッカー連盟（FIFA）に提訴する方針を発表し、2月15日に完了した。
また、このような状況が続くとチーム運営にも支障をきたすことから、チームでは1月5日に前大分監督の下平隆宏をヘッドコーチとして契約し、暫定的に指揮を任せることを明らかにした。そして2月15日、下平が監督に就任し、倉石圭二コーチがヘッドコーチへ昇格することが決定した。
長崎スタジアムシティの完成に伴い10月からホームスタジアムがPEACE STADIUM Connected by SoftBankとなり、こけら落としとなった10月6日の大分トリニータとの九州ダービー では4ー1で勝利。
リーグ開幕から1分1敗とスタートダッシュに失敗するも、そこから3連勝、5連勝を記録するなど好調を維持し、昇格争いに加わる。しかし24節甲府戦から7試合勝ちなしと不調に陥り、自動昇格枠との差を広げられる。しかし終盤にかけて復調し、新スタジアムが完成してから最終節まで5連勝を飾る。一時は引き離されていた2位を猛追し、最終節では勝利かつ2位の横浜FCの敗戦で逆転での自動昇格という状況だったが、横浜FCが山口と引き分けたため勝ち点1差の3位で終わり、惜しくも自動昇格を逃した。
9年ぶりに臨んだJ1昇格プレーオフは準決勝で6位のベガルタ仙台と対戦。1-4で敗れて、昇格を逃した。
カリーレとの紛争については、8月末にFIFAが「当該紛争に関する管轄権がない」として訴えを却下した。チームではスポーツ仲裁裁判所（CAS）への控訴も検討したが、最終的に2025年3月、和解交渉の打ち切りと東京地方裁判所への提訴を進めることを明らかにした。
下平体制2年目。開幕から6試合負けなし（4勝2分）で、第5、6節と初の連勝もあり一時は3位に浮上、開幕6連勝で首位独走する千葉を追っていたが、第7節からの3連敗を含む7試合連続勝利なし（3分4敗）で一気に10位まで順位を下げ、前半戦終了となる第19節終了時点で7勝7分5敗の勝点28、自動昇格圏の2位水戸と勝点差10、昇格プレーオフ圏の6位磐田と勝点差4の8位となる。第19節終了後の6月16日、下平監督との契約を解除、後任の監督に高木琢也代表取締役兼C.R.Oが兼任で就任することとなった。7月22日、親会社のジャパネットホールディングスが、村中悠介が代表を務めるベルギーにあるサッカークラブのシント＝トロイデンVVと資本業務提携を結んだ。経営権を持つDMMグループからSTVV株19.9%を18日付で取得し、第2位の株主となった。
V・ファーレン長崎 経営問題（2017年）
2017年2月に日本プロサッカーリーグからの監査を受けて、同月8日に社長の池ノ上俊一および常勤役員全員が辞任を表明 し、15日には新しい役員人事が発表され、大株主の一社であるチョープロ社長の荒木健治が会長に就任した。
3月、池ノ上がクラブハウス内に開設した鍼灸院において療養費の不適切な保険請求が行われていたこと および、同月1日に開かれた臨時株主総会では、資金不足が深刻化し早ければ4月にも社員への給与未払いが発生する見込みであることが明らかにされた。
3月7日、英会話教室のNOVAホールディングスが出資を打診し、経営陣は3月10日に一旦はNOVAからの出資を受け入れる意向を表明するが、同日に当時の筆頭株主であるジャパネットホールディングス（以下「ジャパネット」）がチームを100%子会社化する意向を表明し、翌日にジャパネットの支援を受ける方針を決めた。なお、その後NOVA社は2019年にいわてグルージャ盛岡（当時J3）の運営会社の経営権を取得した。
V・ファーレン長崎 経営問題（2017年）
ジャパネットは3月20日に既存株主に対して株式買取について説明を行った。
2017年4月20日時点で第三者割当増資と既存株主からの株式譲渡によりジャパネットがクラブ運営会社の89.5%の株式を取得、4月25日に株主総会と取締役会を開き、同日付でジャパネットの創業者・髙田明が代表取締役社長に就任した。同年5月16日付で全株式を取得した。
新たな経営陣が過去の経営体制の洗い直しを行っていたところ、2015年の開幕節から2017年第6節（4月2日）までのホームゲーム45試合で発表された入場者数について、「広告収入減を避けるため」との理由から入場者実数に運営関連スタッフ等を上乗せして発表していたことが判明。Jリーグに報告の上、2017年7月25日に行われた理事会で譴責と制裁金300万円の処分を受けた。
V・ファーレン長崎 タイトル・表彰
J2リーグ
得点王
2023年：フアンマ・デルガド
ベストイレブン
2023年：フアンマ・デルガド
月間優秀監督賞
2020年2・6・7月度：手倉森誠
2021年9月度：松田浩
KONAMI月間MVP
2017年11月度：前田悠佑
2020年2・6・7月度：秋野央樹
2021年9月度：エジガル・ジュニオ
2022年7月度：エジガル・ジュニオ
月間ベストゴール
2020年12月度：大竹洋平（40節 東京V戦32分のゴールに対して）
2021年9月度：エジガル・ジュニオ（30節 町田戦開始1分のゴールに対して）
フェアプレー個人賞
2023年：波多野豪
V・ファーレン長崎 スタジアム・練習場
ホームスタジアムはPEACE STADIUM Connected by SoftBank（長崎市）で、現在全てのホームゲームをここで開催している。かつては諫早市の長崎県立総合運動公園陸上競技場 （トランスコスモススタジアム長崎、トラスタ。2024年9月22日まで）、そして長崎市総合運動公園かきどまり陸上競技場（2014年まで）でもホームゲームを開催。また、Jリーグ昇格前は島原市営陸上競技場など複数のスタジアムを併用していた。なお、過去のホームゲーム開催スタジアムは当項目を参照のこと。
長崎市総合運動公園かきどまり陸上競技場については、2009年に長崎県サッカー協会などと協力して改修を求める署名活動を実施した が、同競技場のJリーグ基準への改修は最終的に断念した。詳細は当項目を参照。
長崎市内での球技専用スタジアム建設に関してはJリーグ昇格前後から動きがあり、2012年に署名活動を行う、2014年に県内のサッカー・ラグビーなど体育関連団体が中心となって、長崎市茂里町の中部下水処理場（2016年度末に全体の約4割が稼働停止、更に2023年には全面操業停止予定）跡地に球技専用スタジアム「茂里町スタジアム」（仮称）を建設する構想を発表し、引き続き署名活動を進める などの動きがあった。