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X-メン あらすじ
その頃、宇宙の列強国シャイア帝国では、国王ディケンがエムクランと呼ばれる超神秘的なクリスタルの力を悪用して宇宙を征服しようとしていた。ディケンの妹である王女のリランドラは、プロフェッサー・Xに応援を頼み一行はシャイア帝国へ向かう。ディケンはエムクランを制御できると考えていたが、戦いの中でその力は暴走し、銀河中を飲み込もうとする。だが、フェニックスがエムクランの力を飲み込むかの如く凄まじい力を使って見事に制御し宇宙を破滅から救った。プロフェッサー・Xは新たな女王となったリランドラと恋人になり、シャイアに残った。シャイアによって齎された先進的な工学技術によって、X-MENの施設や乗り物は大幅に増強された。
南極のある人工的に造られたジャングル「サベッジランド」の活火山の麓に新たな基地を構えたマグニートーは、未開の原住民スワンプ・メンに遺伝子操作を施し後天的なミュータント「ミューテイツ」へと変え手駒にした。X-MENはマグニートーと戦い彼を追い詰めるが、基地の保護機能が損傷し、火山の噴火と共に溶岩流に飲まれ行方不明となる。生き残ったフェニックスはX-MENが死んだものと思い、プロフェッサー・Xに報告する。フェニックスは傷心のなか世界中を旅して回った。
X-メン あらすじ
生きていたX-MENはサベッジランド、日本、カナダを経てアメリカへと戻りフェニックスと合流した。日本ではウルヴァリンが日本有数のヤクザ・ヤシダ組の親分の一人娘であるヤシダマリコと恋に落ちた。周囲の反対を押し切り結婚しようとするが、マスターマインドがマリコを洗脳し強引に婚約を破談させた。洗脳が解けた後もマリコとウルヴァリンは良き友人であり続けたが、後にマリコはヤシダ組の敵対組織である悪の忍者集団「ザ・ハンド」の手によりフグ毒を盛られて死亡する。カナダでは政府の極秘機関デパートメントHの傘下にあるミュータント・ヒーローチーム「アルファフライト」と戦ったが、後に和解した。
シャドウキャット、ローグ、ダズラー、サイロック、ロングショットが新たにX-MENに参入した。
X-メン あらすじ
表向きは財界人の社交クラブだが、悪のミュータント結社である「ヘルファイアークラブ」。その支配者である「インナーサークル」の代表セバスチャン・ショーは、マスターマインドに命じ、フェニックスを洗脳。自らをインナーサークルのブラッククィーンと信じ込ませ、X-MENにとって最悪の敵を作り出した。洗脳によってフェニックスに奥底に眠る無限の力、フェニックス・フォースが目覚め、フェニックスはダークフェニックスへと変貌する。マスターマインドを廃人においやったダークフェニックスは、X-MENやシャイア帝国の超人近衛隊インペリアルガードと戦うが、最後には理性を取り戻し、恋人であるサイクロップスに別れを告げ自害する道を選んだ（『ダークフェニックス』）。
最愛の恋人を失ったサイクロップスは暫くの間悲しみに暮れたが、アラスカでフェニックスに瓜二つの女性マデリーン・プライアーと出会う。マデリーンとジーンの共通点は容姿だけでなく、その能力も共通していた。二人は幼少時に飛行機事故を経験したと言う共通点から意気投合し、マデリーンはX-MENに参入した後、サイクロップスと結婚し息子ネイサンを授かった。
X-メン あらすじ
人類によるミュータントの虐殺を恐れたマグニートーは、世界中の核を廃棄するよう各国に警告する。その要求を拒んだソ連は、潜水艦レニングラードを差し向けマグニートーを抹殺しようとするが、マグニートーの能力によって返り討ちにあい、見せしめとしてレニングラードを沈められてしまう。
X-メン あらすじ
ミュータントを脅威に思うロバート・ケリー上院議員は「ミュータント登録法」を提唱し、その制定を目指していた。ミュータント・テロリストのミスティークは、新たなブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツを結成し（メンバーはデスティニー、アバランチ、パイロ、プロブ）、ミュータントの未来のために暗殺を企む。物語はロバート・ケリーの暗殺が達成された平行世界へと移る。その世界ではケリー暗殺によって、反ミュータント感情が暴走した結果、政府から派遣されたセンチネルの大軍によってX-MENは壊滅。そのまま北米を支配することになったセンチネルによって、ミュータントは強制収容所に隔離されると言う暗黒の未来に変貌していた。未来のシャドウキャットことケイトは、その能力を駆使してケリー暗殺が達成される前の自分に精神の移送を果たし、現代のX-MENにケリー暗殺がもたらす世界の破滅を告げ、共に暗殺を阻止した。この未来からはサイクロップスの娘であるフェニックスIIも母親譲りのフェニックスフォースを利用してタイムトラベルして来ている（『デイズ・オブ・フューチャーパスト』）。
X-メン あらすじ
X-MENは他の生物に寄生し繁殖する異星人ブルードと戦い、彼らの星を壊滅に追いやるが、宇宙で消息不明になる。プロフェッサー・Xはブルードとの戦いでX-MENが全滅したのだと思い絶望するが、モイラ博士の助言により、後進の育成に取り掛かる。こうして世界中から、カルマ、ウルフスベーン、サンスポット、ムーンスター、キャノンボールら若いミュータント達が集められ、新チーム「ニューミュータンツ」が結成された。ニューミュータンツには後にマグマ、マジック、サイファー、ウォーロック、リージョンらも加わった。彼らはヘルファイヤークラブの幹部ホワイトクィーンが指揮する10代のミュータントチーム「ヘリオンズ」などと戦った。
X-メン あらすじ
異次元「モジョー・ワールド」では、テレビ番組の視聴率こそが力の象徴と言う変わった世界である。その世界は、スパインレス・ワンと呼ばれる脊髄が無い奇妙な種族によって支配されており、支配者として君臨するモジョーは人造人間を使って残酷なテレビショーを製作していた。モジョーのために人造人間を製造していた科学者のアライズは退廃的な世界の有り様に疑問を感じ、強力なミュータント能力を持つロングショットを生みだし、特訓を施した。ロングショットは他の人造人間達と共にパイレーツ・ネットワークと言う反乱軍を組織しモジョーに立ち向かうが、苦戦を続け地球に逃亡する。ロングショットを追う過程で地球の存在を知ったモジョーは、個性的なX-MENに類稀なタレント性を見出し、彼らを自分の製作するTVショーに引きずり込もうとする。モジョーはX-MENと幾度かの戦いを経てロングショットに殺された。だが復活を果たすと、ロングショットの友人であった地球のスタントマンのリタを、自らの配下とすべく6本腕の剣士スパイラルへ改造し、その後もX-MENを狙い続けている。地球でX-MENとして活動を続けたロングショットは後に元歌手のミュータント・ダズラーと恋に落ちた。
X-メン あらすじ
ミュータントの進化を研究する科学者のミスター・シニスターは、凶暴なミュータント達を多額の報酬によって集め「マローダーズ」を結成した（メンバーはスクランブラー、セイバートゥース、マリス、スカルプハンター、バーティゴ、ハーブーン、リップタイド）。シニスターは彼の研究に利益をもたらさない惰弱なミュータントを嫌悪しており、マローダーズに命じてマンハッタン地下に密やかに住むミュータント「モーロックス」を襲わせた。X-MENはモーロックスを助けるため、マローダーズと死闘を繰り広げるが、猛攻を凌ぎきれず多数の死傷者を出した。マローダーズ側にも死者は出たが、シニスターは予め彼らのクローンを作っており、欠員が出るたびクローンで穴埋めしていた（『ミュータントマサカー』）。
X-メン あらすじ
マグニートーは宇宙から優位種である自分達が愚かな人類を見渡せるようにと、宇宙要塞「アステロイドM」を建造し、新たな拠点としていた。先のレニングラード号の件も影響し、危機的意識を持ったアメリカとソ連は、それぞれアベンジャーズとソビエト・スーパーソルジャーズを派遣し捕縛に向かわせた。X-MENはその逮捕を不当に感じ彼らと戦うが、無用な戦いを好ましく思わなかったマグニートーは自ら投降し、国際法廷に出廷する。この法廷で彼は裁判官の血中の鉄分を操作し、強引に無罪を勝ち取った。だが、そのせいで暴徒化した反ミュータント派の市民によってプロフェッサー・Xが襲われ重傷を負う。ここでプロフェッサー・Xとマグニートーは初めて和解を果たし、マグニートーにX-MENの指揮を任せたプロフェッサー・Xは、治療のため高度な医療技術を持つシャイア帝国へと向かった。
改心したマグニートーは、プロフェッサー・Xの志を継ぎ、X-MENの指導者となった。ニューミュータンツには自ら指導を行ったが、無鉄砲な十代の若者達は戦いとなると勇み足となり、早々に死者を出してしまう。マグニートーは失望しチームを後にする。ニューミュータンツは未来から現れたケーブルに牽引されることになる。
X-メン あらすじ
同じ頃、ファンタスティック・フォーが北極で死んだと思われたマーベルガールを発見する。実は彼女が宇宙で放射線を浴びた際に、フェニックスフォースが彼女の人格と能力をコピーした上で、マーベルガールを繭のようにエネルギーで包み保護していたことが明らかとなる。死んだのは自らをマーベルガールと信じ込んでいたフェニックスフォースだった。マーベルガールは自分が数年間世間から隔離されていたことや、恋人のサイクロップスがほかの女性と結婚したことなどに困惑しつつも正義の陣営に復帰する。マグニートーが指導者に立ち、X-MENが乗っ取られたと思った初代X-MEN（ファーストファイブ）は新たなチーム「Xファクター」を結成する。マデリーンとジーンの間に心が揺れたサイクロップスもXファクターに加わった。Xファクターは表向きは政府のミュータント狩りを装っていたが、X-MENと同じく保護と教育を目的としていた。X-MENはXファクターがミュータント狩りをしていると勘違いをしていたが、後に真相を知り和解する。
X-メン あらすじ
長命のミュータント族「エクスターナルズ」の中でも、最も長命なミュータント・アポカリプスは「適者生存」の信念の元、世界を作り変えようとしていた。アポカリプスは何千年もの間、世界中を旅し、ある時は人々に自らを神として崇めさせ、またある時は戦争をけしかけ、その強さを推し量っていた。アポカリプスは現代を野望実現の好機と見做し、人類対ミュータントの戦いを焚きつけた。また、戦いで翼を失ったエンジェルを洗脳し、鋼鉄の翼を与えて、悪のミュータント・デスへ変え、配下のフォー・ホースメンに加えニューヨークを襲撃した。その戦いでサイクロップスの能力に興味を持ったアポカリプスは、能力を奪う触媒とすべくサイクロップスの息子であるネイサンをさらい、身体が機械化する生きたウイルス「テクノオーガニックウイルス」に感染させた。アポカリプスは月面に存在する宇宙要塞でXファクターと超人類インヒューマンズの連合軍と戦うが、サイクロップスのオプティック・ブラストを受け、重傷を負い敗北した（『フォール・オブ・ミュータンツ』）。戦いの中でエンジェルは正気に戻るが、暫く精神的に不安定な状態が続いた。後にアポカリプスから与えられた鋼鉄の翼を受け入れ、新たなヒーロー「アークエンジェル」として復活する。ウイルスに感染したネイサンは、未来から彼を救うべく現れたアスカニに預けられた。息子と引き離されたサイクロップスだったが、後にフェニックスIIの能力によってタイムトラベルを果たし、自らをスリムと名乗り幼少のネイサンと数年間を共に過ごした。
X-メン あらすじ
悪魔ナスティアがマンハッタンを魔界へと変貌させる。夫と別れ傷心していたマデリーンはシニスターから自分がジーンのクローンであった事を告げられ悪に堕ち、ゴブリン・クィーンへと変貌。さらにハボックを籠絡し、ゴブリンプリンスへと変えX-MENと戦った。最終的にマデリーンはジーンに吸収されるようにして融合を果たした。魔界で魔術を身につけたマジックは、その能力を限界まで使いマンハッタンを元に戻すが、その反動で幼児の姿になってしまう（『インフェルノ』）。
ジェノーシャでミュータント弾圧を続けるキャメロン・ホッジと戦った（『エクスティンクション・アジェンダ』）。
アステロイドMで静観を続けていたマグニートーは驚愕の事実を知る。赤子だった彼がモイラ博士に預けられていた時、モイラは息子を失った悲しみからマグニートーに遺伝子操作を施し、彼の精神から悪の心を取り除いた。この事を知ったマグニートーは怒り狂い、自らを信奉するミュータント集団アコライツと共に人類への闘争を再び開始する。マグニートーはX-MENと戦う最中に配下のファビアン・コルテスの裏切りにあい、アステロイドMと共に散ったかに見えたが、アコライツの捨て身の救出により生き長らえる。
ストライフと名乗るミュータントがプロフェッサー・Xを狙撃。さらにアポカリプスやサマーズ親子など、彼が恨みを持つ相手を狙い復讐を遂げようとする。ストライフはケーブルと戦い敗北する（『エクスキューショナーズ・ソング』）。
その後、再び立ち上がったマグニートーは配下のアコライツやエクソダスらと共に再び人類粛清に乗り出し、自身の宇宙基地アバロンにてX-MENと対決する。マグニートーは能力によってウルヴァリンの全身からアダマンチウムを抜き取り重症を負わせる。その攻撃に怒りを露わにしたプロフェッサー・Xは、マグニートーに対し精神攻撃を行い廃人にさせた（『フェイタル・アトラクション』）。
現実改変能力を持つリージョンは過去へと遡り、今日までのミュータントの苦境を作ったマグニートーの暗殺を試みるが、マグニートーを守ろうとしたプロフェッサー・Xが身代わりとなってしまう（『リージョンクエスト』）。プロフェッサー・Xの消滅により、アポカリプスの侵攻を阻止できなかった世界は、適者生存の名の元に人類が絶滅寸前に追い込まれているエイジ・オブ・アポカリプス（黙示録の時代）へと変貌を遂げる。マグニートーは亡き友の意思を継ぎX-MENを組織し、アポカリプスと戦っていた。唯一、元の世界から漂流していたビショップはマグニートーにすべての事情を話し、世界を元に戻すべく戦う。イリアナの持つ時空移動能力によって、暗殺実行の場面まで戻ったビショップはリージョンを倒し、歴史の修復に成功する。エムクラン・クリスタルの暴走によりエイジ・オブ・アポカリプスは崩壊していくが、ビースト、シュガーマン、ホロコースト、X-MANの4名のみ、クリスタルの余波により正史世界へ転移を果たす（『エイジ・オブ・アポカリプス』）。
プロフェッサー・Xの精神は、先の戦いで損傷し彼の精神に寄生していたマグニートーの精神と交ざり合い、オンスロートと呼ばれる邪悪なミュータントが誕生する。オンスロートは現実改変能力を持つフランクリン・リチャーズ、X-MANの両名を取り込み、現実を改変させる事を目的としていた。未曽有の危機にX-MENは他のマーベルヒーロー達と共闘し立ち向かう。オンスロートの圧倒的な力の前に苦戦を続けるも、アベンジャーズ等の名だたるヒーローの犠牲により、オンスロートを打ち破る（『オンスロート』）。
進化した未来のセンチネルであるバスチオンが公的にミュータントを排除しようとする（『オペレーション・ゼロトレランス』）。
失踪したプロフェッサーXを追う（『ハント・フォア・エグゼビア』）。
ストームを狙うシャドウキングと戦う（『サイ・ウォー』）。
スクラルと手を組んだアポカリプスが12人のミュータントを拉致し現実改変を企む（『アポカリプス・トゥエルヴ』）。
地球がシャイア帝国の流刑地にされる（『マキシマム・セキュリティ』）。
X-メンの一人エグゾーンが正体（マグニートー、後にクローンと判明）を現し、学園を強襲する（『プラネット・X』）
息子を失った悲しみから精神が錯乱し、アベンジャーズを崩壊寸前に追いやったスカーレットウィッチの処遇を巡りヒーロー達は会合を開く。姉の処刑を恐れたクイックシルバーは、姉をそそのかし、その現実改変能力によって世界をミュータントが特権階級である世界へと作り変える（『ハウス・オブ・M』）。改変前の世界の出来事を覚えていたウルヴァリンらは仲間達を集め、元凶であるスカーレットウィッチを追い詰めるが、争いによって錯乱したスカーレットウィッチは能力で全体の98%にあたるミュータントの能力を消失させてしまう「M-デイ」を引き起こす。世界は一見元通りになったかに見えたが、各地で多数のミュータントが死傷するなど、甚大な被害を出した。また善悪に関わらず、能力が失われた事で、その活動が困難になった者も続出した。
ニューウォリアーズがヴィランとの戦いで敗北し近隣の小学校が焼失。市民の犠牲を受け、ヒーローの情報を政府が登録・管理すべきとする超人登録法が成立し、ヒーロー同士が登録法の是非を巡って争うがミュータント登録法などを経験したX-MENは争いに与せず事態を静観していた（『シビル・ウォー』）。
クイックシルバーによってインヒューマンズとアメリカが戦争することになる（『サイレント・ウォー』）。
消失したと思われたエイジ・オブ・アポカリプスは並行宇宙の1つに加えられ、その後も存続していた。最終局面で人類が放った核爆弾はジーン・グレイによって阻止されていた。宇宙中の生物の進化を観察し、その意にそぐわない種族を根絶させている宇宙種族セレスティアルズが地球に目を付けている事に気づいたウェポンX（ウルヴァリン）は、遺伝子的に劣等種である人類を排除しようとかつてのアポカリプスのような悪行を重ね人類と対立する（『エイジ・オブ・アポカリプス』）。
M-デイ以降初めて生まれたミュータントの子供ホープを巡る戦い（『メサイア・コンプレックス』）。
新指導者となったサイクロップスがミュータント国家を建立する（『ユートピア』）。
マジックが復活する（『Xインフェルナス』）。
テクノオーガニックウイルスによって蘇生したミュータントがユートピアへ侵攻する（『ネクローシャ』）。
ヘルファイア・クラブのユートピアが襲撃される。サイクロップスとウルヴァリンが学園の子供たちの扱いを巡って対立し、チームを二分化させる。ウルヴァリンがジーン・グレイ高等学園を設立（『スキズム』）。
ダークフェニックスとホープを巡りアベンジャーズとX-MENが激突する（『アベンジャーズvsX-MEN』）。
この後M-デイ以降能力を失ったミュータントたちがその力を取り戻す。現在の世界に過去の10代の初代X-MENが出現する （『All-New X-Men』）
プロフェッサーXとマグニートとモイラがクラコアでミュータント国家を建立する（『ハウス・オブ・Ｘ／パワーズ・オブ・Ｘ』）。
クラコアとアラッコはアザーワールドで開催する剣闘大会に参加する（『Ｘ・オブ・ソーズ』）。
X-メン メンバー
さらに見る：List of X-Men members,List of X-Men enemiesおよびList of Ultimate X-Men characters（英語版ウィキペディア）
X-メンのメンバーには、かつて在籍した者や関連チームに所属する者を含めて記載する。ヒーロー、ヴィランのどちらにも在籍経験がある者は事典などに倣って、どちらかに分けることとする。
プロフェッサーX（Professor X）
本名：チャールズ・フランシス・エグゼビア
地上最強のテレパス。他人の心を読む、記憶を操作する、メンタルブラストを放つなど様々なサイオニック能力を持つ。
X-メン メンバー
10代で能力に目覚めるが、力を上手くコントロールできなかった。オックスフォード大学に進学した頃には能力を活用できるようになり「精神医学の魔術師」とのあだ名を持っていた。大学時代に同僚となるモイラ・マグダガードと恋に落ちるが、エグゼビアのアメリカ軍入隊（従軍は作品によって朝鮮戦争、またはベトナム戦争と異なる）により別れる。除隊後は世界を巡る旅に出た。ホロコースト生存者のために精神的な治療を施す診療所で医者として働いていた時に、エリック（マグニートー）と出会い、ミュータントの未来を語りあう親友となる。だが、ヒドラ幹部のバロン・フォン・ストラッカーとの戦いで力を無慈悲に行使するエリックの姿を見て、相容れないことを実感し袂を分かつ。また、看護婦のガブリエル・ハラーと付き合い息子（リージョン）を妊娠させるが、当時のエグゼビアはこの事を知らず後になって告げられる。エリックと別れた後、凶悪な宇宙人ルシファーを撃退するが、その攻撃により脊髄を損傷したため車椅子を用いるようになった。
X-メン メンバー
悪意を持つミュータントがいることやミュータントに対する偏見が日増しに拡がっていくことから、人類とミュータントの平和的共存を願い、莫大な遺産（30億ドル超の遺産を核兵器研究者の父親から受け継いだ）を元手にニューヨーク州セイラムセンター郊外にミュータントのための学園、「恵まれし子らの学園」を設立した。エグゼビアはセレブロを開発して各地に点在する子供のミュータントを保護し、力の正しい使い方を説いた。また戦いの際にはテレパシー能力を利用して生徒達（X-メン）に指示を出し、チームの司令塔として活躍した。表向きにはミュータントであることを公表せず、ミュータント学の権威としてその地位向上に尽くした。X-メンがクラコアとの戦いで危機に陥った際には、二期メンバーを自ら集めその救出にあたらせた。
星間帝国シャイアを統べる邪悪な皇帝ディケンの打倒に協力したことが縁となり、新たに女帝となったリランドラと恋仲となる。マグニートー裁判の折り暴徒のせいで重傷を負い、治療のためにシャイアへ行き一時チームを脱退する。アステロイドMでの戦いでマグニートーがウルヴァリンのアダマンチウムを全部抜き取ると言う暴挙を見ると、敵意を持って精神攻撃を行い彼の記憶を除去するが、これがオンスロート誕生のきっかけとなった。
X-メン メンバー
邪悪な双子カサンドラとの戦いにおいて、自身がミュータントであることを公表されてしまうが、エグゼビアはそれに怯まず、ミュータントが置かれている窮状を改めて世間に訴え、X-コーポレーションと呼ばれるミュータントの救済機関を世界各国に設立させるなどの活動を起こしていく。だが、学園での暴力事件で生徒が死亡したことや、エグゾーンとの戦いでジーンが死亡したことに責任を感じ、サイクロップスに学園を任せてX-MENを離脱する。その後、ジェノーシャでマグニートーと合流し、その再建を手伝った。自我を覚醒させたデンジャーや、かつての教え子バルカンの登場により、生徒達の記憶を彼等に了承なく操作していたことが明るみに出て、X-メンからの信用を失った。M-デイで能力を失うが、エムクランに一時吸収されたことで再び能力を取り戻す。ユートピアに加わるがサイクロップスの過激なやり方に反発し、ウルヴァリンらと共に離脱。ウルヴァリンがジーングレイ学園を設立したのを見て、時代が変わったことを実感し、彼に指導者として一線を退く決意を明かした。その後、フェニックス・ファイブと化したサイクロップスの攻撃を受け死亡する。
ちなみにフランシス・エグゼビアは日本に初めてキリスト教を伝えたフランシスコ・ザビエルの英語名である。
サイクロップス（Cyclops）
本名：スコット・サマーズ
X-メン メンバー
両目から破壊光線オプティック・ブラストを発射する能力を持つ。幼少時に飛行機事故に遭い、両親と離別。自身も脳に損傷を受け、後に発現するミュータント能力のコントロールができなくなる。彼が目を開けている限り常に光線が放射されてしまうので、その能力の制御のために特製のルビー・クウォーツ・レンズを使用したサングラスかバイザーを着用している。エグゼビア教授によって集められた「恵まれし子らの学園」の最初の5人の生徒の内の一人で、その生真面目な性格からリーダー役を務める。状況判断に長け、素早く的確な指示を迷わずに出すなど、優れたリーダー適性を発揮し、チームを引っ張っていった。しかし、物事を何でも自分で抱え込もうとする性格でもあるため、自分ひとりで物事を進めようとしていると捉えられ、傲慢と誤解されることもある。以前は細身であったことからスリムと呼ばれていた。
X-メン メンバー
同じオリジナル・メンバーであるジーン・グレイとは一目惚れ状態で恋仲になり、ウルヴァリンとの三角関係などの紆余曲折もあったが後に結婚する。過去には彼女のクローンであるマデリーン・プライアーとも結婚しており、彼女の間に息子ケーブルを儲けている。エマ・フロストがX-MENに入った頃から、アプローチを受けておりジーンとの仲が悪くなっていた。ジーンの死後はエマと付き合い、結婚こそしていないが永遠を誓い合う仲となった。これまでの恋人が強力なテレパスだったため、テレパスへの強固な耐性が身につくようになった。
ウルヴァリンとは、逐一意見が対立したり、お互いに何かと難癖を言うこともある。特にジーンを巡っての言い争いとなると激しい口論となることが多々あるが、一方では長年のチームメイトとして信頼している。
サイクロップスのオプティックブラストは、血縁関係にある者（遺伝子上の血縁者も含む）には効果がない。またサマーズの血は遺伝子学上、極めて優秀であるとされ度々クローンの媒介などに利用されることがある。『アポカリプストゥエルヴ』編で、アポカリプスと合体して一時は行方不明となっていたが、ジーンとケーブルの力でアポカリプスとの分離に成功する。ただし人格に影響を受けてしまう。
X-メン メンバー
ジーンの死後はひどく落ち込み学園を去ろうとするが、未来で復活を遂げ現代に現れた平行世界のジーンにX-MENを存続させないと未来が破滅してしまうことを告げられ、X-MENとして生き続けることを誓った。もう一人の弟キッド・バルカンの存在を本人から知らされると、その存在に関する記憶を抹消したエグゼビアに対する不信感を露にし、彼が学園を一時去ったあとにはX-メンの主導権を握った。M-デイ以降、劇的に悪化したミュータント情勢を見て、ミュータントを保護するためにサンフランシスコ沖にあるアステロイドMを改造し、ミュータント国家「ユートピア」を建国した。指導者としての立場とミュータントという種を守るという使命感から仲間の損害を厭わない冷徹な決断を下すようになり、マグニートーのようにミュータントの敵対勢力を殺害するという手段さえ取るようになった。これにより味方に多数の死傷者が出たことと人手不足から10代の子供たちまで戦いに狩り出そうとしたため、その行為を見るに見かねたウルヴァリンと激しく衝突し、X-メンを二分化させる事態を引き起こした。
X-メン メンバー
その後ホープとフェニックスフォースを巡り、アベンジャーズと対立する。エマ・コロッサス・マジック・ネイモアと共にフェニックスフォースの力を受け、「フェニックス・ファイブ」となったサイクロップスたちは超常的能力によって環境・兵器・エネルギー問題をたちどころに解決していく。だが能力と共に破壊衝動も急激に増幅していった。フェニックスファイブの面々は次第に力を制御することができなくなり、次々に暴走していく。サイクロップスはプロフェッサー・Xを誤って殺害した挙句、事件が解決した後は一連の事件の首謀者として投獄されてしまう。プロフェッサー・X殺害は彼の本意でなかったため、度々この事件を悔いている。マグニートーの手を借りて脱獄した後は、能力に目覚めたばかりのミュータントを保護し、ウェポンXの研究所跡地に「チャールズ・エグゼビア学園」を設立した。しかし後に自らの学園をジーン・グレイ学園に統合させた。
マーベル宇宙が滅亡の危機に瀕した際に、世界の創造神を名乗るゴッド・エンペラー・ドゥームにフェニックスフォースを再び宿して立ち向かうが戦死する。後に世界は再編されたが、再編前には生きていたはずのサイクロップスは「ミュータントは脅威ではない」とミュータントを代表して声明を出して多くの支持を得た後に、インヒューマンズを襲撃して死亡したことになっていた。この行動によってミュータントの評判は地に落ちていた。
X-メン メンバー
ビースト（Beast）
本名：ヘンリー（ハンク）・マッコイ
「恵まれし子らの学園」の最初の生徒5人の内の一人で、人間離れした驚異的な身体能力を持つ。詳細は個別記事を参照。
ジーン・グレイ（Jean Grey）
フルネーム：ジーン・グレイ・サマーズ（旧名：ジーン・グレイ、別コードネーム：マーベル・ガール、フェニックス）
「恵まれし子らの学園」の最初の5人の生徒の内の一人。エグゼビアには及ばないがサイコキネシスとテレパシー能力を有し、エグゼビアのアシスタントをこなすこともある。ニューヨーク生まれ。10歳の頃、親友のアニー・リチャードソンが車にはねられた時に能力にめざめ、死にゆく親友の意識を感じ取ってしまったために、傷ついてふさぎ込んでしまう。彼女の両親はエグゼビアを頼り、ジーンが11歳の頃よりトレーニングを始めた。当時のジーンはまだうまくテレパシーが使えなかったため、エグゼビアはこの能力を封印し、代わりにテレキネシスを教えた。X-MENが結成されるとエグゼビアからマーベル・ガールの名を与えられ、チームメイトと戦った。男性メンバーは聡明で魅力的なジーンに夢中であったが、最終的にはサイクロップスと結ばれた。恥ずかしがり屋の二人の恋が実るまでには数年の期間を要した。
X-メン メンバー
宇宙でセンチネルと戦って帰還する際に、宇宙船が膨大な量の放射線を浴びて海上に墜落してしまう。マーベルガールは一人コクピットに残って操縦を続けていたので、他のメンバーは彼女が死んだものだと思っていた。だが、マーベルガールは溢れんばかりのサイオニック・パワーを宿し復活を遂げ、コードネームをフェニックスと改めた。生来の能力のほか、新たに宇宙の炎の生成、時空改変、時空転移、時間の操作、生命力の吸収と分配、あらゆる環境での適応、素粒子レベルでの物質の変換などのコズミックパワー由来の新能力を扱えるようになった。しかしヘルファイアクラブのマスターマインドに洗脳され、悪の幹部ブラック・クイーンにされたことがきっかけとなり、狂気に支配されたダークフェニックスと化してしまう。ダークフェニックスはマスターマインドを廃人に追いやり、さらなる力を求めていくつかの恒星を核から食らい、破壊して回った。地球に戻ってきたダークフェニックスはX-MENと戦うが、プロフェッサー・Xのマインドブラストを受け正気を取り戻す。破壊された星々を支配していたシャイア帝国の女王リランドラはフェニックスが死ぬことを望んだ。エグゼビアは「シャイア帝国の掟に則り、決闘で決めるべきだ」と主張し、X-MENはフェニックスを守るためシャイア帝国のインペリアルガードと戦うことになった。月面で戦いを続ける最中に、自分の中のダークフェニックスが再び目覚めつつあることを知ったジーンは「私を殺して」とサイクロップスに頼むが、変わらずジーンを慕い続ける彼には受け入れられなかった。ジーンは廃棄されていたエネルギー砲台を操作して自害し、世界の破滅を自ら阻止した（「ダークフェニックス・サーガ」）。
X-メン メンバー
実はフェニックスとは、彼女の記憶・人格・外見をコピーした超エネルギー生命体フェニックスフォースが、自分をジーン本人と錯覚した姿であった。数ヶ月後、ジーンはアベンジャーズによって救助され、Xファクターに加わった。その後は「一人の女性として生きたい」という願いから本名をそのままコードネームとする。ウルヴァリンとも惹かれ合い、恋人サイクロップスとの三角関係が続いたが、後にサイクロップスと結婚した。その後、遠い別世界の未来からやってきた、サイクロップスとの間に生まれた娘レイチェル（フェニックス2）との出会いによって、コードネームをフェニックスとする。
その後、マグニートーの偽物エクゾーンに大量の電磁波を送り込まれて死亡した。その後、過去から十代のジーン・グレイがやってきてジーン・グレイ学園で活動することになった。しかし若いジーンは悪化をたどるミュータント情勢に戦う理由を見いだせなくなってしまう。ジーン本人もしばらくして復活し新たにX-MENレッドを結成した。
何度も生死を経験しており、その都度実はクローンや偽者だったという後付けが加えられ復活している。
アイスマン（Iceman）
本名：ロバート（ボビー）・ドレイク
「恵まれし子らの学園」の最初の5人の生徒の一員で、氷を操る能力を持つ。詳細は個別記事を参照。
エンジェル／アークエンジェル（en:Warren Worthington III）
X-メン メンバー
本名：ウォーレン・ワージントン三世
「恵まれし子らの学園」の最初の生徒5人の内の1人。大富豪ワージントン財閥の御曹司で名うてのプレイボーイ。背中に巨大な白い翼を持ち、自由自在に飛行することができる。学生時代に能力が発現し、同級生を火事から救ったことで正義に目覚めていく。
キャメロンホッジに翼を奪われたことを悲観して自殺を図ったが、アポカリプスに囚われて改造手術を施され、青い肌と生体金属製の翼を持つ「フォー・ホースメン」の1人・デスとして復活した。後にアポカリプスのもとを去り、アークエンジェルとしてチームに復帰。その後、金属製の翼を突き破って新しい白い翼が甦る（肌は青いまま）。それを期して再びコードネームをエンジェルに戻す。後にセカンド・ミューテーションを起こしたブラックトムと戦った際に肌が元に戻り、彼自身もセカンド・ミューテーションを起こして治癒能力を手にする。
ウルヴァリン（Wolverine）
本名：ジェームズ・ハウレット（便宜上の呼称はローガン）
両手から飛び出すアダマンチウムの爪と、肉体再生能力（ヒーリング・ファクター）を持つミュータント。詳細は個別記事を参照。
ストーム（Storm）
本名：オロロ・マンロー
天候を自在に操り、風に乗って空を飛ぶミュータント。詳細は個別記事を参照。
コロッサス（Colossus）
本名：ピョートル・ニコライビッチ・ラスプーチン
X-メン メンバー
全身を生体金属オムニウムで鎧のように覆うことができるミュータント。能力で5000度までの高熱に耐えることができ、100トン以上の物体を持ち上げられる怪力も併せ持つ。旧ソヴィエト連邦出身でラスプーチンの末裔。優しく家族思いな性格。ウルヴァリンを敵に投げつけるファストボールというコンビネーション技を持つ。同僚のシャドウキャットと恋愛関係にある。
シベリアの農場で家族とともに暮らしていたが、プロフェッサー・Xの度重なる説得に応じX-MENに参加する。妹がレガシーウィルスで死んだ時にはエグゼビア教授の理想に落胆し、マグニートーの軍門に降ったが配下のアコライツの残忍な行いに耐えきれず離脱した。レガシーウイルスの治癒実験に志願し死亡するが、彼の犠牲によって特効薬が完成し、レガシーウィルスの脅威から全ミュータントを救った。その後、X-メンを憎む宇宙人によって人体実験のために蘇生されていたことが発覚し、救出された後は再びX-メンとしての活動を再開した。ジャガーノートのサイトラックを受け継ぎ、ジャガッサスという超人になった。
コロッサスはミュータントを巡る争いに疲れきってしまい故郷に戻ってしまったが、マジックに説得されストームが指揮する新たなX-MENの一員となった。彼らは地球上に蔓延するテリジェンミストからミュータントを救うため、リンボにあるX-ヘイブンへ移住させる計画を起こした。
X-メン メンバー
マジック（en:Magik）
本名：イリアナ・ラスプーチン
テレポート能力を持つミュータント。コロッサスの妹。リンボ界で魔法の修業をしたためかなり高度な魔術も使う。テレポート能力も強化されリンボを経由することではるか彼方まで跳躍し、時間さえ跳躍することが可能。霊体を切り裂くソウルソードを持ち、魔力で作った銀色の鎧を纏うこともある。力が暴走すると悪魔化してしまう。
7歳の時ヴィランのアーケイドに誘拐されX-MENに保護される。魔神復活を目論むリンボ界の魔王ベラスコに誘拐・洗脳され、リンボでベラスコの配下の悪魔や平行世界のX-MENに過酷な特訓を受けた。7年後、魔女ダークチャイルドとして成長したイリアナは自力で洗脳を打ち破り地上に帰還するが、地上では時間の経過がほとんどなかったため、いきなりティーンエイジャーになって帰ってきたイリアナにX-MENは驚くばかりだった。
ニューヨークをリンボ化する『インフェルノ事件』を終結させるため死亡する。その最後の力で過去の自分と入れ替わる。この時イリアナは力を使い果たし7歳の姿に戻ったと思われていた。その後レガシーウイルスを発症し死亡したと思われていたが、治療の望みを捨てていなかったプロフェッサーXにより冷凍状態にされていた。
X-メン メンバー
魔王ベラスコがイリアナの蘇生を試みるが失敗しイリアナの魂を持たないダークチャイルドが生まれてしまう。ダークチャイルドはXMENと共にベラスコと戦い、コロッサスと出会うことでイリアナの記憶の一部を取り戻すがイリアナ本来の魂は戻らなかった。X-MENを現世に戻したダークチャイルドはリンボに残り魂を取り戻すために戦い続けることを決意。このダークチャイルドはインフェルノ事件で過去のイリアナと入れ替わったイリアナであった。
リンボに残ったダークチャイルドはリンボの支配者になっていた。ピクシーらと共にその座を狙うウィッチファイアを倒した。ソウルソードを手にし幾許かの人間性を取り戻し、コロッサスの説得もありマジックとして帰還した。
セカンド・カミングでは再びリンボに閉じ込められてしまうものの、ピクシーやガンビットたちに救出された。
ハボック（Havok）
本名：アレックス・サマーズ
宇宙のエネルギーを吸収して、高熱のプラズマを衝撃波のようにして発することができるミュータント。サイクロップスの実弟。
X-メン メンバー
幼少時の飛行機事故で両親と死別し、シニスターの陰謀に巻き込まれ、兄とも分かれて暮らすようになる。ブランディング家に引き取られたアレックスは、交通事故にあって死亡した彼らの息子代わりとして大切に育てられた。大学を卒業するまで彼の能力は眠ったままだったが、彼の潜在的な能力に目をつけた大学の教授アーメット・アブドルにエジプトに拉致されたことがきっかけで能力に目覚めた。アブドルはエジプトで神として崇拝されている邪悪なミュータントのリビング・ファラオだった。リビング・ファラオは宇宙エネルギーを吸収するハボックの能力の特性を利用して、巨大化したリビング・モノリスに変身を遂げるが、アレックス救出に駆けつけたX-MENに倒された。アレックスは能力を使って、リビング・モノリスから力を吸い上げて非力な人間の姿に戻すと、自分の力を恐れ砂漠に逃げ出した。砂漠でセンチネルに捕まったアレックスは、センチネルの持ち主であるラリー・トラスクにハボックというコードネームを与えられた。ラリーはハボックに力の制御方法を教える代わりに、自らの部下になるよう命じた。ラリーの研究所では後に恋人となるローナ・デインの姿もあった。X-MENによってラリーの手から解放されたハボックはローナとともにX-MENに加わった。
ナイトクローラー（Nightcrawler）
本名：カート・ワグナー
X-メン メンバー
瞬間移動の能力とアクロバティックな体術を得意とするミュータント。詳細は個別記事を参照。
サイロック（Psylocke）
本名：エリザベス（ベッツィ）・ブラドック
テレパシー能力を持つ。父親ジェームス・ブラドックは異次元人で、能力は父親からの遺伝である。X-MENに参加する前、スレイマスターとの戦いで両目を失明、モジョに人造の目を与えられる。元は英国人だが、マツオ・ツラヤバの愛人である女忍者カンノンと精神融合してしまい、その後マツオによって分離された後に忍術を仕込まれる。そのため東洋人の外見を持ち忍術を使う。分離した本来の肉体の持ち主であるルバンシェ（サイロックとカンノンの融合体）がレガシーウイルスで死んだために、サイロックはカンノンの肉体で生きることになる。サイキック・ナイフと呼ばれる特異な精神衝撃を用いた攻撃が得意。双子の兄は英国で活躍するスーパーヒーローで「エクスカリバー」のメンバーのキャプテン・ブリテン。カンノンの奔放な精神面が発露し、一時期サイクロップスを誘惑したことがある。アークエンジェルと恋仲になるも、サンダーバードIIIに気持ちが揺れて振られる。デスティニーの書を集める為にX-メン本隊を離脱して、ストームらの別行動隊に参加するもすぐに戦死してしまう。
ローグ（Rogue）
本名：アンナ・マリー（映画ではマリー・ダンキャント）
X-メン メンバー
接触した相手のエネルギーや、記憶、能力などを奪うことができるミュータント。かつては、触れた相手は昏睡状態となるため手袋を身につけていたが、弱点を克服し相手を疲弊させることはなくなった。ガンビットと恋愛関係にあるが、彼女の能力が影響して付かず離れずを繰り返す。また能力が効かないマグニートーとも惹かれ合ったことがある。
孤児でミュータント・テロリストのミスティークに育てられた。登場当初はヴィランで、ミズ・マーベル（キャロル・ダンバース）との戦いで、正義と栄光に満ちあふれた記憶に打ちのめされ、正義の道を志すためX-メンに加わった。コピーした能力や記憶は一時的なものだが、ミズ・マーベルの能力は長期的にコピーされており、由来の怪力、超体力、飛行能力を持つ（当初は永続的な複製と思われたが、後に喪失している）。
吸収しすぎた記憶に押しつぶされそうになるが、ホープによって他の人間の記憶は全て洗い流された。
ガンビット（Gambit）
本名：レミー・ルボー
物体に破壊エネルギーをチャージする能力を持つミュータント。詳細は個別記事を参照。
ジュビリー（Jubilee）
本名：ジュビレーション・リー
様々な色と光度の火花を発することができるミュータント。詳細は個別記事を参照。
ケーブル（Cable）
本名：ネイサン・クリストファー・チャールズ・サマーズorネイサン・ディスプリング・アスカニサン
X-メン メンバー
サイクロップスとジーン・グレイのクローンであるマデリーンとの息子。詳細は個別記事を参照。
キャノンボール（Cannonball）
本名：サミュエル・ガスリー
高熱のブラストを体で生成し、皮膚から噴出させる能力を持つミュータント。脚部を燃焼させて人間ロケットのように飛行して敵に体当たりする攻撃が得意で、ほかにもバリアのようにして防御や敵の拘束にも用いている。
ケンタッキー州のカンバーランドで9人兄弟の長男として生まれる。ドナルド・ピアースにヘルファイアクラブにスカウトされるが、正義心から命令に背き、プロフェッサー・Xに見込まれてX-MENの一員となる。ニューミュータンツではリーダーとして活躍した。彼はエクスターナルであり、未来で活躍が有望視されたためケーブルに教えを受けた。
ウルヴァリンにスカウトされ、アベンジャーズに入り、新たにアメリカの諜報チーム「U.S.アベンジャーズ」を結成する。
ポラリス（Polaris）
本名：ローナ・ディン
磁力を操作することができるミュータント。マグニートーの娘。詳細は個別記事を参照。
サンファイア（Sunfire）
本名：シロウ・ヨシダ
超高熱エネルギーを操るミュータント。詳細は個別記事を参照。
リージョン（Legion）
本名：デヴィッド・ハラー
X-メン メンバー
メディアによってはレギオンとも訳される。プロフェッサー・Xとガブリエル・ハラーの子供。テレパシー、サイコキネシス、パイロキネシス、時空改変などの様々な能力を持ち、オメガレベルの強力なパワーを誇る。多重人格者で、彼の心の中には数百人規模の人格が存在し、増え続けている。
マロウ（Marrow）
本名：サラ
X-メン メンバー
ニューヨークの地下に放置された防空壕で生活するはぐれミュータントの一族・モーロックスの第二世代のメンバー。全身の骨が増殖を続けており、体表に突出している。それをはがして槍や斧のように扱ったり、投げナイフのように飛ばしたりもする。骨を抜くと、すぐに新しい骨が生え変わるが、その時には激しい痛みを伴う。両親はともにミュータントであり、人類から迫害を受けモーロックスとなりマロウを産んだ。マローダーズの襲撃によって幼くして両親を失ったマロウは、生き残ったわずかなメンバーとともにヒルと呼ばれる異次元へ行き、ミハイル・ラスプーチンによる反人類の教育を受けた。ヒルはアース616より時間の流れが早いため、わずかな時間を経て成人となって戻ってきた。人類を抹殺するテロ集団ジーン・ネーションのリーダーとなったマロウは仲間達を率いて行動を起こすが、ストームに止められた。ストームはやむなくマロウの心臓を貫いたが、マロウの心臓は左右の胸に一つずつあったため生き延びた。マロウが実の母のように慕うカリストは、マロウに復讐をやめさせるためX-MENに預けることにした。
X-メン メンバー
自身の能力の影響による外見にコンプレックスを持っていて、そのせいで精神的に不安定な一面がある。和解の会談の際には大暴れし、多数の死傷者を出す事件を引き起したこともある。X-MENではウルヴァリンに教えを受けていた。X-MENとして活動を続けていくうちに人類への敵意は無くなっていき、感情をコントロールする術を身に着けていった。また全身から突き出ていた骨をドレスのように装飾するなど、能力も次第に扱えるようになった。しかし、最終的にはX-MENを離脱しモーロックスに帰っていった。
X-MEN在籍中にガンビットやコロッサスに思いを寄せたことがある。
『X-メン:エボリューション』にはほぼ同様の能力を持つキャラクター（スパイク）がおり、映画にはスパイクが登場する。
キャリバン（Caliban）
訳によってカリバンとも。ミュータントを感知する能力を持つ。名前は彼をグロテスクに思った父親がシェイクスピアの『テンペスト』に登場する怪物の名前から命名した。モーロックス結成からのメンバーで能力を使って、メンバーを集めることに一役買った。その後、アポカリプスによってフォー・ホースメンのデスとなるが、洗脳が解けXフォースの一員として活躍した。後にフォー・ホースメンのペスティレンスにされており、二度の改造によって新たに驚異的な格闘能力と他人の恐怖を増幅させて周囲に投影させるという能力を身につけている。
X-メン メンバー
ストロングガイ（Strong Guy）
本名：グイド・カロッセラ
キネティック・エネルギーを吸収して、格闘力に変換するミュータント。能力の影響で、非常に大きな体になってしまった。赤く丸いサングラスを愛用している。かつてはライラ・チェイニーのボディ・ガードをしていた。
ビショップ（Bishop）
フルネーム：ルーカス・ビショップ
未来からやってきたミュータント。エネルギーの種類を問わず吸収して反射する能力を持つ。未来では警察組織X.S.E（X-Treme Sanctions Executive）に所属しており、レーザーやプラズマを放出する武器を身につけている。顔に刻まれた「M」の文字は、強制収容所で付けられたミュータントを表す差別的な入れ墨である。逃走中の凶悪な犯罪者トレバー・フィッツロイを追って過去へとやってきた。未来では、一人の裏切り者によってX-メンが全滅しており、未来を変えるためトレバー・フィッツロイを倒した後も現代に留まった。当初は未来においてただ一人生存し、何も語ろうとしなかったガンビットを裏切り者だと疑っていたが、『オンスロート』後はチームを組む仲にまでなった。未来で英雄的存在であるX-メンを尊敬しており、自らもその一員になれたことを誇りに思っている。
ジョセフ（Joseph）
X-メン メンバー
アストラによって作られたマグニートーのクローン。体つきは若く、磁力を操る能力を持つ。マグニートーが抱える負の感情が無く、正義感溢れる性格。復活したマグニートーと戦い、記憶を喪失した後に孤児院で暮らしていたがミュータント能力の発現によって孤児院を去り、恵まれし子らの学園へと身を寄せる。知り合ったローグと親しくなり、オンスロートとの戦いにもマグニートーとして参加した。その後、アストラによって真実を知り、人類を粛清しようとするマグニートーの暴挙を身を挺して防ぎ死亡した。
その後、アストラによって蘇生され、X-MENとなったマグニートーと再び戦い死亡する。
エマ・フロスト（Emma Frost）
優秀なテレパス。かつてはX-メンの宿敵だった「ヘルファイア・クラブ」の幹部の一人「ホワイトクイーン」を名乗る悪女だったが、優秀な教育者としての面もあり、年少ミュータントチーム「ヘリオンズ」を率いていた。ヘリオンズが全滅して自身も昏睡状態になった際にプロフェッサーXのテレパシー治療を受けX-MENと和解。元X-MENのバンシーと共に新たに結成されたX-MEN予備軍「ジェネレーションX」の教師をすることになる。ジェネレーションXの解散後は、紆余曲折を経てX-MENメンバーとなり、戦いの中で新たに身体を強固な生体ダイヤモンドに変える能力を発現。
X-メン メンバー
ジーン・グレイの死後はサイクロップスの恋人としてチームのサブリーダーとなる。元ヴィランのため、目的のためには手段を選ばない傾向があり、他のメンバーから反発を受けることがある。
X-マン（X-Man）
本名：ナサニエル・"ネイト"・グレイ
『エイジ・オブ・アポカリプス』の世界で、シニスターがアポカリプスを倒すために作り出したミュータント。ジーン・グレイとサイクロップスの遺伝子から生まれており、別世界のケーブルともいえる存在。テレキネシスとテレパシーを操り、フェニックス・フォースに匹敵するオメガレベルのパワーを誇る。名前はシニスターの本名と、ジーン・グレイからそれぞれ取られている。またコードネームのX-マンは元々はX-メンの個人称として用いられていた。
X-メン メンバー
父とも呼べるサイクロップスの手助けされてシニスターの手から逃れ、フォージに保護され特訓を受けた。シニスターは一連の逃亡を知りつつも、アポカリプスへの反逆が明るみに出ることを良しとせず見逃した。3年の期間を経て、サイオニックパワーを自在に操るようになると、シニスターに再び目をつけられ、養父フォージを殺されてしまう。ネイトは父の仇を討ち、さらにアポカリプスの配下のホロコーストと戦うが、戦いの最中にエムクランクリスタルの波動に流され、アース616にやってきた。自分の生まれた世界が消失してしまったため、アース616でX-メンとして活動していくことになった。
X-23（X-23）
本名：ローラ・キニー
ウエポンX計画によってウルヴァリンの遺伝子から作り出された女性型クローン。ウルヴァリンと同様のヒーリングファクターとアダマンチウム製の爪を両腕に2本と両爪先に1本ずつ持つ。元はテレビアニメ『X-メン:エボリューション』のオリジナルキャラクターだったが、原作でも登場。
アーマー（Armor）
本名：ヒサコ・イチキ（ヴィレッジブックス版では一木久子、マッドハウス版アニメでは市来久子）
X-メン メンバー
プロフェッサーX不在時にサイクロップスによって再開された「恵まれし子らの学園」の生徒として世界中から集まったティーンエイジャーミュータントの一人。日本人の少女で、全身をサイキックパワーで生み出した半透明のロボットのような装甲で覆い、高い防御力と怪力を発揮する。当初はただの生徒だったが、正規のX-MENメンバーへと抜擢される。
サージ（Surge）
本名：ノリコ・アシダ
あらゆる電気を吸収・放電する能力を持つ青い髪の日本人少女。能力を制御するためにガントレットを装備している。2000年代には若手ミュータントによって結成されたNew X-Menのリーダーだった。
マシュー・マロイ
プロフェッサー・Xが存在を隠していたミュータント。テレパシー、テレポート、肉体の再生、異世界のエネルギーを集め放出する能力を持ち、そのパワーはオメガレベルに達する。
能力が上手くコントロールできないため、プロフェッサー・Xが監視下に置いて保護していたが、彼の死をきっかけに能力が暴走してX-MENを次々に殺害してしまう。生き残ったテンパスが時空改変を起こし、存在ごと抹消された。
テンパス（Tempus）
本名：エヴァ・ベル
X-メン メンバー
チャールズ・エグゼビア学園の生徒だった十代のミュータント。タイム・バブルという球体で覆った空間の時間をコントロールする能力を持つ。能力を行使してタイムトラベルまで行えるが、そのことはごく少数にしか打ち明けていない。
タイムトラベル能力が暴走し、未来や過去を行き来していたことがあり、未来では結婚して子どもまで出来ていた。マシュー・マロイが学園を壊滅させた際に、タイムトラベルを使って過去へ戻り、当時のプロフェッサー・Xに助力を乞い、マロイの両親を出会いを妨害し出生ごとなかったことにした。
マグニートー（Magneto）
本名：エリック・マグナス・レーンシャー（旧名：マックス・アイゼンハート）
X-メン メンバー
磁界王（じかいおう）の異名を持つ最強のミュータントの一人。磁力を操り、あらゆる金属を意のままにする。能力は電力、重力までに干渉し、核爆発に耐えうる電磁バリアを張ったり、地球の地磁気に影響を与えて地殻変動や地球の裏側の火山の噴火まで起こすなど、広範囲かつ尋常ではない強力さをもつ。また、血中のヘモグロビンの鉄分を制御して他人の動きを操ることも可能。ただしこれらの使い方には相当の集中を要するため、戦闘には金属を操作したり磁界パワーをぶつけるといった単純な使い方を用いることが多い。「人類はより優秀な生物であるミュータントに支配されるべきである」との思想を持つが、ミュータントに対する同胞意識は人一倍強く、全てはミュータントを救わんがための行動である。必要であればX-MENに与することも厭わず、ヴィランでありながらヒーローとしての側面も濃い。作者のスタン・リーは「マグニートーはヴィランではなくヒーロー」という主旨の発言を残している。彼が着用する兜はプロフェッサーXに対抗するために自らが金属を再構成して作ったもので、精神波を遮る特殊な作りになっている。反対にアイアンマンなどはマグニートーのミュータント能力を防ぐために磁気を通さない特殊な金属を用いている。優れた科学者でもあり、いくつもの基地を建造して所有している。
X-メン メンバー
ユダヤ人であり、第二次世界大戦時のホロコーストの被害者。収容所で出会った恋人のマグダとともに脱走し、ソビエトに移住すると名前を本名のマックスからマグナスに改めた。マグダと結婚し、長女アーニャを授かり幸せに暮らしていたが、マグナスがミュータントであると知った村人達に住居を放火されてアーニャを失ってしまう。マグナスは怒りのままに村人達を皆殺しにするが、その惨劇を目撃したマグダはマグナスに恐怖し、逃げ出してしまった。さらに失意の中で出会った新たな恋人のイザベラもミュータント差別者に殺されてしまった。過去に何度も迫害を受け、大切な者を亡くし続けたことがトラウマになっており、荒んだ人格を持つようになった。アーニャを失った時の殺人で追われる身となったマグナスは、エリック・レーンシャーという名の偽造した身分証明を得て、イスラエルで看護師として働いていた。そこでエグゼビアと出会い、ミュータントの将来を語り合う親友となるが、イスラエルに現れたヒドラに容赦なく力を振るうエリックを見たエグゼビアは相容れないことを痛感する。
X-メン メンバー
エグゼビアと別れたエリックは自らをマグニートーと名乗り、ミュータントのための抗争を開始する。ケープ・シタデル基地の襲撃をX-MENに阻まれたマグニートーは、X-MENのチームワークに対抗するため悪のミュータント・チーム「ブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツ」を結成し、その後もX-MENと幾度も戦いを繰り返していった。その過程でクローン体に精神を移植するなど何度も若返り、実年齢と肉体年齢が異なるようになった。また、衛星軌道上にアステロイドMと名づけた秘密基地を保有するなど、活動の範囲も広がっていった。度重なるテロ活動によって「地球上で最も危険なミュータント」として各国政府に認識されており、「マグニートー議定書」と呼ばれる対マグニートー用の特殊対策法案が存在する。
X-メン メンバー
プロフェッサー・Xが暴徒に襲われた際に、はじめて和解し、X-メンを指揮するようになった。若手グループ「ニューミュータンツ」は自ら指揮をとり、彼らにとっては良き師となった。また、後にチームを指導したケーブルには特別な敵意を持っていた。その後、しばらくはアステロイドMに身を置き静観を続けていたが、モイラが自分に遺伝子操作を施し悪の心を取り除いたことを知って、再び人類への闘争を開始する。アバロンでの戦いでプロフェッサー・Xに精神を攻撃され、廃人のようになってしまった。彼の精神はプロフェッサー・Xに寄生していたが、やがて混ざりあいオンスロートという邪悪なミュータントが誕生してしまう。マグニートー自身もその後間もなく復活し、国連に宣戦布告を行い、X-MENのアジトを強襲するが自らのクローンであるジョセフに命がけで阻止される。宣戦布告を受けた国連はマグニートーに「テロ活動をやめるのであれば引き換えにジェノーシャの統治権を委譲する」と条件を出し、マグニートーはこれを承諾した。マグニートーはジェノーシャを理想のミュータント国家にすべく邁進し、荒廃したジェノーシャは人口が1600万人に達するまでに国力が回復したが、カサンドラ・ノバによって操作されたセンチネルの大群により全壊する。プロフェッサーXと共に再興を探る中、「M・デイ」でミュータント能力を失うが、ハイエボリューショナリーと共にミュータント能力を復活させる研究を続け、能力を取り戻した。ユートピアの建国を受け、ミュータントの未来のために共に力を合わせることを決意しX-メンに投降し、X-メンの一員となった。その後は、以前より冷酷になったサイクロップスにかつての自分を重ねつつ、行動を共にしている。