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ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
仲間にしている場合、エンディングでは前と変わらずレアなバッジを探していることがクリスチーヌの手紙で判明する。
使用できるワザは「あいのビンタ」「チュードロボー」「まどわせ〜る」「おねえさんのキス」。
海外版の名称は「Ms. Mowz」。また、没デザインでは青い仮面をつけていたり、サンバイザーを被ったりしていた。他にもトランプを持っていたり、耳がハート型になっているなど様々な案が出されていた。
なお、この仲間達は『スーパーペーパーマリオ』でもカードとして登場した。このことからチュチュリーナは正史では仲間になっている模様。
本作のストーリー全体における敵組織。世界征服を最終目的としており、その実現のために「スターストーン」を集めている。
海外版の名称は「クロスノート（X-Naut）」。
バツガルフ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「メガバッテン」の総統で全身が機械化された魔法使い。誰かに製作されたロボットなのか又は元は人で後に全身を機械化したのかは不明。冷静沈着だが本性は目的達成の為ならば部下を捨て駒にする事も厭わない冷酷な性格の持ち主。「1000年の扉」の封印を解き封じられた「魔物（カゲの女王）」の力で世界を手に入れようと目論んでいたが、彼も利用されているに過ぎなかった（マジョリンから「魔物は開放した者の言うことを聞く」という嘘を吹き込まれていた）。カゲの女王に胴体を破壊されてどこかへ吹っ飛ばされたが、エンディングでは頭部だけでどうにか生き延びており、カゲの女王が倒されたことにより懲りて悪事を働かなくなった。
また、没デザインによると冠を被った高長身の人型に近い者や頭に角を生やした頭身の低い者といった案が出されていた。
海外版の名称は「グローダス（Grodus）」で、テックからは「サー・グローダス（Sir Grodus）」とよばれている。
ペケダー
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「メガバッテン」の幹部（幹部および実行部隊の隊長は見る限り彼一人である）。何度となくマリオ達の前に登場して戦う。ステージ2では「バッテンダーロボ」、ステージ7では「バッテンダー・マーク2」という戦闘ロボットも駆使する。カゲ3人組とは違ってバツガルフに対して非常に忠実だが、失態を見せることが多くあまり当てにされていない。メガバッテン基地での決戦でバッテンダー・マーク2が爆発した衝撃で宇宙の彼方へ吹っ飛んで行ったが、エンディングで生還が判明し、バツガルフに捨て駒扱いされたにもかかわらず、なおも忠誠を誓っていた。
また、没デザインでは口にスカーフを巻いていたり、スキーゴーグルや瓶底眼鏡をかけているなど様々な案が出されていた。
海外版の名称は「ロード・クランプ（Lord Crump）」で、バッテンダーロボは「マグナス・ヴォン・グラップル（Magnus von Grapple）」となっている。
ぐんだんいん
メガバッテンの戦闘員。ある意味でメカバッテンを象徴する存在である。
白と赤を基調とした外見をしており体に黒のバッテンがあり、目の部分に眼鏡のようなものを着けている。
大樹・メカバッテンのアジトでは雑魚敵としても登場する。観客としても登場。
リメイク版では「ぐんだん員」の表記になっている。
たいぐんぐんだんいん
トロピコアイランドのペケダー戦で、ペケダーに呼び出される形で登場。
カゲ3人組
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「メガバッテン」に協力する魔法使い3人組。ビビアンは当初このメンバーの一人で、ビビアンがマリオの仲間になった後はランペルが代わりに入る。ビビアンは「カゲ3姉妹」という呼び名を希望している（ビビアンが男性の為、マジョリンに否定された）。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「メガバッテン」には利害の一致から協力している姿勢をとっているがお互いに信頼していない。実はマジョリンこそ本作の黒幕でバツガルフは利用しているつもりだったが、真相は下記のようにマジョリンがバツガルフをうまく利用していたのが実態だった。
マジョリン
3人組の長女で青い帽子の氷使い。オープニングでピーチ姫に宝箱を渡し箱を開けさせたのは変装した彼女である。嫌みで悪辣な性格の老婆で、マリリンには優しいがビビアンには不条理なほど厳しく虐めてばかりで後に加入するランペルを酷使する為、異性の扱いはとにかくぞんざい。彼女の態度はビビアンの離反へと繋がった。以降はビビアンのことを「うらぎりもののビビアン」と呼ぶようになる。
実はカゲの女王の配下であり（カゲの女王との会話を見るとかなりの腹心だったらしく、末っ子のビビアンはそのことを知らなかった）、マジョリンの目的はカゲの女王の復活でバツガルフへの情報や秘宝伝説など「1000年の扉」にまつわる嘘も彼女が故意に流したものだった。すなわちマジョリンこそが今回の事件の黒幕である。最終的にはメガバッテンと同じくカゲの女王が倒されたことにより悪事を働かなくなる。流石の悪辣なマジョリンも今回の事で反省したようで、クリスチーヌに二度とビビアンをいじめない事を伝えビビアンとは完全に和解した。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
海外版ではカゲ3人組で唯一名称が変更されて、「ベルダム（Beldam：悪質な魔女、鬼婆といった意味）」となっている。
マリリン
3人組の次女で黄色い帽子の雷使い。肥満体で基本的に「んあー」としか喋らない。マジョリンに忠実である。クリスチーヌ曰くそんなに悪い人じゃないかもらしい。
海外版の名称も「マリリン（Marilyn）」。
ランペル
ステージ4から登場のキャラクターで、上記のようにビビアンと入れ替わりで3人組に加わる。
「オドロン寺院」に住みついた化け物で、前作に登場したバケバケの一種。「うしゃしゃしゃ」や「チャオ!チャオ!」など特異な笑い声が特徴で、気弱だが狡猾で饒舌。自他に対する変身の魔法や呪いが使え、その力と寺院に置かれていたスターストーンでウスグラ村の人々をブタに変えた。退治に向かったマリオに「名前を知られない限り、相手の名前と姿と力を奪う呪い」をかけてマリオを偽者の姿に変えるとともに、姿と力を奪ってマリオに成り代わろうとするが、ビビアンと協力したマリオによって失敗し逃亡。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
その後マジョリンに発見され、カゲ三人組に加入。本編では語られていないうえ、おまけに本人からはそのような様子は一切見られないが彼女に脅され入ったらしい。マジョリンからは「シロスケ」呼ばわりされ続けるなど、ビビアンと同様に酷使されることとなる。名前を知られてからは上記の呪いは使えなくなったが、変身能力は使えるのでそれを用いた暗躍を行う。エンディングでは変身能力を活かし、クラウダと共に舞台に立っているということがクリスチーヌの話で分かる。なお、『ペーパーマリオ カラースプラッシュ』のじゃんけん神殿の初期デザインとすごく似ており、このキャラクターかどうか定かではないが、キノピオの衣装として使われる予定だった（ゲーム内の資料集にて）。
海外版での名称は「デュープリス（Doopliss）」。
テック
バツガルフが製作したメガバッテン基地を管理する高性能コンピュータ。正式名称は「TEC-XX」（XXは「バツバツ」と読む）。バツガルフの前に連れてこられ、監視カメラで見た捕らわれの身のピーチ姫に一目惚れしてしまい、彼女と関わり役に立ちたいという思いから、組織に極秘で彼女の協力を行う。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
最初はバツガルフの野望を肯定していたのだが、ピーチ姫からの指摘や彼女との交流を通じて「感情」などを学び、彼自身も野望阻止に向けて動きだす。最後はピーチ姫を基地から脱出させようとするが、密かに行為を目撃していた兵士の密告によりバツガルフにばれてしまい、データ消去のため電源を切られてしまう。だが予備バッテリーでバックアップデータを持ちこたえており、基地に突入してきたマリオにピーチ姫の居場所を教えるとともに彼女と未来の命運を託し、基地にある残りの電力をゴロツキタウンの地下に続く転送装置に流してマリオを脱出させて完全にダウン。マリオ脱出と同時に悪用を防ぐべく基地を爆破させ、基地ごと消滅したかと思われたが、エンディングにて復活して記憶も元通りになっていたことがマリオとピーチ姫に伝えられた（エンディング後にテック自身から、最終決戦時にスターストーンが世界中の声援を集め始めた際に、そのパワーで復活したとみられる話を聞ける）。
名称は海外版でも「TEC-XX」だが、全て大文字で「TEC」の表記が使われている。
ピーチ姫
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
本作のヒロイン。キノコ王国のお姫様だが前作『マリオストーリー』でお淑やかな性格から徐々にお転婆な性格になってしまった。旅の途中に立ち寄ったゴロツキタウンで物売りの老婆から宝の地図をもらい、それを手紙とともにマリオの元へ贈ったが、程なくしてメガバッテンに拉致されてしまう。以降はテックと協力してメガバッテンの目的を探り、情報を掴むごとにマリオにメールで伝えていく。終盤テックからメガバッテンの真の目的を伝えられアジトからの脱出を試みようとするが、バツガルフに見つかり彼によってやみのきゅうでんに連れ去られてしまう。そして復活したカゲの女王に憑依されてしまうが、マリオがカゲの女王を完全に倒したことで傷一つなく元の姿に戻った。エンディングではこれからはお淑やかになろうと決めるもキノコ城の倉庫にあった宝の地図を見つけて再び宝探しに行こうとするなど懲りていない様子。
フランクリ
ゴロツキタウンの東エリアに住む考古学者のクリボー。クリフォルニア大学の教授で、クリスチーヌは彼の教え子である。当初はクリスチーヌの名前を思い出せなかった。ゴロツキタウンの伝説について調査する為にゴロツキタウンに来ている。物知りで真面目だが、ど忘れが多い。
ペラ魔人（ペラまじん）
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ゴロツキタウンの地下通路、ゴンババ城、ウスグラ村、トロピコアイランドの洞窟にある黒い宝箱に封印されている。姿は吊り目とギザ歯だけ。開けるにはそれぞれ「黒いカギ」が必要となる。マリオを言葉巧みに騙し、封印を解かせ、計4つの「のろい」を掛ける。しかしこの「のろい」はこの先の冒険にかなり役に立つので、ある意味「のろい」とは呼べず、むしろマリオが冒険に役立つ新しい能力でマリオ本人もそう思っている節が見られ、特に最後の黒い宝箱に対してマリオは早く呪いを掛ける様示唆する描写がある。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
サブイベントで判明するが、その正体はかつてカゲの女王から世界を救った「4人の勇者」怪力キノピオ・知識人クリボー・冒険者ノコノコ・元魔物テレサの成れの果てで、カゲの女王に掛けられた呪いによりこの様な形で封印されていた。捻くれた悪党の態度を取っているが、「のろい」を掛けたマリオに対して体の心配をしたり、罠で閉じ込められたマリオ達に脱出する術を与えたりと「のろい」と称して意図的にマリオに力を授け、実際はマリオの冒険の手助けをしている。つまり実際は悪党の様に振る舞いマリオに授けた力を「のろい」と称し脅かす事が大好きな捻くれた性格をしているだけで根は善良。カゲの女王から世界を救った英雄だったが、この事から4体全員意外にも悪戯好きで捻くれたお茶目な性格だった事が判明。特に最後の黒い宝箱は自分達の捻くれた態度を棚に上げ手順を飛ばそうとするマリオに対して「あんたひねくれているな」と言った。最後のペラ魔人を黒い宝箱から出す前にペラ魔人はマリオに「悪党の様に振る舞いマリオに授ける力を「のろい」と称し脅かす」的な発言をしており、その事に付き合う様にも言い、そして黒い宝箱から出てマリオに「のろい」の詳細の説明中も「と言う事何だけど分かった？」とも言っていまい、マリオにすっかり手順がばれてる事もあり、悪党の様に振る舞う演技も半ば諦めていた。
クッパ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
今回は自らもスターストーンとピーチ姫探しに出るが、色々なハプニングに巻き込まれていく。ウーロン街の闘技場で突然乱入し、マリオに勝負を挑んでくる。ちなみにこの戦闘では負けたり逃げたりしてもストーリーには影響しない。やみのきゅうでんで乱入し今度はカメックババと共に勝負を挑むが、再び敗れた。本作のエンディングには登場しない為、その後どうしたのかは不明。またあまりにコミカルで情けない場面が多かった為か、敵キャラ図鑑でも「いちおう恐怖の大魔王」と紹介されていた。しかし、マリオの知名度が低いにも関わらず、ゴロツキタウンやハナハナ村の住民からは名は知られているようで皆彼を見ると逃げ出す。
カメックババ
クッパの側近。クッパの冒険に同行する。今回は終盤にクッパと組んでマリオと戦うがかなわず敗れてしまう。クッパ同様エンディングには登場せずその後の行動は不明のままである。今作では自分はまだぴちぴち若いギャルだと思っており、オババに対して「年寄り」と呼んでいた。
ルイージについては下記を参照。
パレッタ
前作にも登場した配達員のパタパタ。オープニングのワンシーンにのみ登場し、マリオに手紙を配達しにくる。
リメイク版では登場時に『マリオストーリー』のタイトルBGMである「はじまりだよっ」のアレンジが流れる。
キノじい
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
シリーズお馴染みのピーチ姫の執事。60歳。ゴロツキタウンの宿屋に入り浸っている。ナンシーにナンパしたらしい。
デアール
「ゴロツキタウン」のフランクリの家の隣に住む魔術師。「シャイン」を3枚払うことでマリオの仲間を1ランクパワーアップさせる。前作にも登場したが、クリスチーヌによると、彼の種族は口調や役職によって名前が決まるそうで、前作のデアールとそっくりな別人であるらしい。
ナンシー
「ゴロツキタウン」の老婦人キノピオ（夫は故人）。55歳。厳しい性格で後述のマルコをパンチで昏倒させたことがあり、コンタクトレンズを愛用している。料理人としての腕では確かなもの。情報屋によると、ある城で料理人をしている姉がいるらしく、『マリオストーリー』に登場した同じ役割のキャラクター、キャシーの妹と思われるが、性格は正反対である。キノじいにナンパされるもまんざらではない様子。
本作におけるアイテム合成屋。マリオが持ってきた素材で料理を作ってくれる。最初は1種類の限られた素材でしか料理を作ってくれないが、どこかにある料理本を渡すと2種類の素材で料理を作れるようになる。
マスタービーン
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「ゴロツキタウン」の広場にあるバーのマスターで、『マリオ&ルイージRPG』に登場した「マメ族」のキャラクター。昔から店を開いているらしく、「ゴロツキタウン」のことについてはかなり詳しい。また、ウスグラ村に住んでいるダイアナとは恋人という関係にあったが、現在は過去を忘れたいためにマリオに尋ねられても忘れたようなフリをしている。ステージ5ではバレルの知られざる過去を語り、更にはマリオからバレルに海に戻ってもらいたいという気持ちを確認するとバレルの妻であるスカーレットの手紙をバレルに渡すようにマリオに預ける。
キラロ
「ほしのかけら」のコレクター。「ゴロツキタウンの地下」に住んでいる。ほしのかけらを渡すとバッジと交換してくれる。前作のアツメールにあたるキャラクター。
ミステール
「ゴロツキタウンの地下」に住む占い師。25歳。本作におけるヒント屋。コインを払うと、これから進む道、ほしのかけらやシャインのありかなどを占ってもらえる。「キノコステーキ」が大好きで、食べすぎで病院に運ばれたことがある。
デアールと同様、前作『マリオストーリー』にも登場したが、同様の理由で別人である可能性が高い。
ゲッソー
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ゴロツキタウンの地下に登場するボス敵。本作でのゲッソーは巨大な姿で登場。最初は水溜まりから手を一つ出しておりマリオがジャンプやハンマーで攻撃すると姿を現しマリオ達に襲い掛かる。「ゲソ」などと声を発する（翻訳では関西弁）。
本体だけでなく右あし・左あしにもハートポイントが存在する。天井にいる時は両方のあしで攻撃し、地上にいる時は黒墨でマリオ・仲間両方に同時攻撃をする。天井にいる時に両方のあしのハートポイントを0にすると地上に落下し少しの間動けなくなる。地上にいる時にターンが経過すると上空に飛んでまた天上にいて右あし・左あしを出した状態となる。
ガース / ギース
「スネイル盗賊団」のメンバーでスネイルの部下。序盤で片方がドン・モンテオーネの部下にボコボコにされている。
ガース
スネイルの部下。序盤からボス敵として戦う事もできる。
ギース
スネイルの部下。
おなやみセンターの主 / グース
おなやみセンターの主。当初は声のみ聞く事ができるが、クラウダを仲間にした後は裏口を見つけると正体が判明する。その正体は「スネイル盗賊団」のメンバーであるグース。
ルイージ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
マリオの双子の弟。ステージ1クリア後にゴロツキタウンに出現するようになる。今回はエクレア姫を助けるため、7つの『きせきのらしんばん』を見つけ、クリキングという怪物を相手に冒険に出る。彼が主役のゲームが出たり、旅のことを記した本も出版しベストセラーとなるほどの人気。意外にもゴロツキタウンではマリオより知名度はあるが、誰からも感謝されるマリオとは違い、行き先々で迷惑をかけたりファンの子からルイージの偽者と言われたり、ルイージが話している間にマリオや仲間が昼寝をするなど不遇な扱いを受けている。本作のルイージは虚言癖があり、話の内容を都合の良いように話したり、自分の花嫁姿を気に入っているらしい。仲間のキックから「嘘つき野郎」と言われり、トルクが作ったカートを壊すなど仲間達からの評価は悪い。時折観客として登場したり、終盤ではゴロツキタウンの人々とともにスターストーンを通じてマリオの応援をする。
バトル中に観客として登場した際は「ウルトラキノコ」「キラキラおとし」などのレアアイテムを投げ込むことがあるが、時には石を投げてくることもある。
キック
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ルイージの仲間のゲッソー。暴れん坊で有名で別名「白いダンガン」だが、ルイージが火山に放り込んでしまった為に焦げてしまい、終盤ではさらに焦げている。ルイージにかなりの恨みを持っており、彼の惨めな所を見るまでついて行くことにした。ラストではルイージが失恋したことを知り、それを影で笑っていた。
チェリー
ルイージの仲間の赤いボムへい。名前のとおり、さくらんぼのような姿。生贄の花嫁役を買って出たルイージの花嫁姿があまりにおぞましく不気味だったらしく大蛇のジャイーダより恐ろしかったとのことで二度とルイージが花嫁衣装を着て不幸な人を増やさない為に同行したらしい。
リメイク版では理由が多少変更され、ルイージが不慣れな花嫁衣装を着たせいで何度も転び、周りの物を次々と壊してしまったとのことで、二度とルイージに花嫁衣装を着させないために同行している。
トルク
ルイージの仲間のメットで背中にスパナが付いている。カートがないと泣いて縋ったルイージに「グリン・グリーン1号」を作ったがすぐに壊したため、修理代5000コインをルイージが弁償するまでついてくるつもりらしい。
ラクガン
ルイージの仲間のパンジーさん。外国語交じり。ルイージの「脇役」としての才能に目を付け、ルイージにミュージカルで「道端の草」の役を演じさせ、ルイージを酷評する他の仲間とは違い、彼を高く評価していた。
ス・クリーミ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ルイージの仲間。テンキューいせきにある部屋にいた人物。少年という以外何か謎めいており、「きせきのらしんばん」を持つ者がどういう運命を辿るのかを見届けるためにルイージの仲間となったらしいが、彼に好意的な数少ない仲間の一人。何のキャラクターなのかはクリスチーヌにもわからないようである。
ダマス
ステージ1クリア後にゴロツキタウンに出現する商人。アイテムやバッジを買うことができるがそれぞれ1個しか買えない。
また100階ダンジョンの地下10の倍数の階層にもランダムで出現する事もある。こちらは売っているアイテムはどの階層でも同じ物だが深い階層になる程高額になる。
2024年版ではふしぎの森にも出現する。また100階ダンジョンで売っているアイテムの一部が2004年版とは異なる。
サンデール
「ゴロツキタウン」の地下に住む呪術師。彼女にまじないをかけてもらうと、バトル中に「こうげき力」が上がったりスターポイントが2倍になったりと、いいことが起こる。「ミステールの双子の妹」という点は前作と同様の設定である。ただし、効果があるのはマリオのみで、仲間は攻撃力や防御力が上がることはない。ハナハナ村に住むキノベスの友人。
スネイル
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「ゴロツキタウン」東部を支配する「スネイル盗賊団」のボス。その名のとおりカタツムリのような姿をしている（スネイルとは英語でカタツムリのこと）。モンテオーネとは積年のライバル関係にある。彼が支配している東部はゴロツキタウンでも最も治安が悪い地域となっている。しかし、何かとマリオを気にかけてくれる。部下に鳥のギース、ガース、グースがいる。
ドン・モンテオーネ
「ゴロツキタウン」西部を支配するマフィア・「モンテオーネ・ファミリー」のボス。オレンジ色のモンテ族。スネイルから教えてもらえる「ある事」をすると会える（ただし、教えてもらえなくてもその「ある事」をすれば会える）。マフィアのボスだけあって威厳に満ち溢れた人物で、かつては「死神モンテオーネ」と言われていたらしいが、かなりの親バカで、娘のことが気になってしょうがないようである。そのため、自分が原因でモニーが駆け落ちしてしまったときは、ショックのあまり寝込んでしまった。その後、モニーが帰ってきてピートンにボスの座を譲る（この際、実は前々からピートンを次期ボスにしようと考えていたことを伝える。にもかかわらず、親バカのあまり二人の交際を認められなかったらしい）。ボスを引退した後は遊戯場に居る。
モニー
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
モンテオーネの娘。黄色のモンテ族。ピートンとともに駆け落ちしようとする。ステージ5では「トロピコアイランド」に移住するが、ステージ6で戻ってくる。何かあると、ピートンに「愛してる」を100回言えと命令する。
ピートン
モニーの婚約者で、モンテオーネ・ファミリーの一員。黄色系カラーが多いモンテオーネ・ファミリーにおいて、唯一水色カラーのモンテ族。通称「皆殺しのピートン」。マフィアとは思えぬ穏やかな人物で、凶暴な通称からは想像できないほど人望が厚く、頼れる兄貴分。しかし、怒った時の腕っ節の強さは半端ではないらしく、かつて絡んできたチンピラ100人にたった一人で勝利した事もある。ステージ5ではトロピコアイランドに移住するが、その後モニーと共に呼び戻されて、モンテオーネ・ファミリーの新しいボスに任命される。
スカーレット
名前でのみ登場したバレルの亡き妻。バレルが航海に出ている最中に流行り病に罹ってしまい、それでも自分が死んだらバレルが落ち込むことを想定して彼に宛てた手紙を書き遺すが、最後はバレルが航海から戻る前に亡くなってしまう。
レベーラ
「ゴロツキタウンの地下」で調整屋を営む。コインを払うことでマリオの能力を調整してくれる。
ガジガジ
マリオが水域に落ちた時に出現する魚で、落ちたマリオを上に上げてマリオを陸に落とす。その場合はマリオは1ダメージを受ける。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
メカバッテンのアジトのバツガルフの部屋の水槽では具体的な姿が見られる。
エンディングの登場キャラクター達のシルエットが流れる場面ではなぜか一番最後に登場している。
ドンパン
マリオの行く先々に現れる軟派な男。クリスチーヌは彼のことを「キザヤロー」と呼び、初対面時から異常に毛嫌いしている。ステージ2ではかわいこちゃん三人娘を探していたが、「カゲ三人組」のことなのか、「旅行大スキ三人娘」なのかは不明。クリスチーヌは後半から「あたしのことが好きじゃないかしら？」と自意識過剰な台詞を言うこともある。
Nintendo Switch版の最終決戦では旅行大スキ三人娘と共にトロピコアイランドにてマリオ達を応援していた。
旅行大スキ三人娘
マリオの行く先々に現れるキノピオの三人組の女性。赤いキノピオは「わたしたち世界中を旅する旅行大スキ三人娘」（ステージ3は格闘技もスキ）としかしゃべらないが、「三」が数字の「3」になっているときがある。
キノピコ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
マリオが新しいブーツ、ハンマーを取得すると説明役として登場する。本作で登場したのは『マリオカート ダブルダッシュ!!』で登場したお下げ髪のキノピコの方である。因みにマリオシリーズでは本作が2回目の登場。前作では「ハテナ虫」というキャラクターのアシスタントとして「キノピコ」という同姓同名の別の女性キノピオが登場していた。マリオが新しいブーツ、ハンマーを取得すると説明役でしか登場しない為か、またはマリオに好意を抱いていたのか装備を全て入手するとマリオに会えなくなる事で最後に寂しそうな顔をした後に泣きながら去って行き以後は登場しなくなってしまう。
ハナハナ村の村長
年をとったノコノコ。物忘れや聞こえにくいところや長い話をしたりする。マリオのことを「マニオ」と呼ぶ。マリオに「たいようのカギ」と「月のカギ」という本人曰くミステリアスなカギの情報を教える。本名「カメサブロウ」。それ以外では攻略本等で「ハナハナ村の村長」で表記されている。「カメサブロウ」という名前はドッスンクイズの選択肢の中にあり、村人や本人が教えたり名乗ったり、攻略本でのキャラクター紹介でも前述通り「ハナハナ村の村長」表記になっている。その為にドッスンクイズでカメサブロウの名前のクイズは勘で当てなければならない為にドッスンクイズの中でも非常に難しいクイズになっている。
ノコリン
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ノコタロウの彼女。服の袖とズボンのようなものがある。少々強気な性格だが、旅に出たノコタロウを散々悪く言っていた割には心配して健気に待つなど、一途なところもある。たまにゴロツキタウンのゆうぎ場で遊んでいる。アートギャラリーの没案では髪型が短いツインテールだった。
ノコキチ
ノコタロウの父親。ノコタロウとは対照的に、陽気で豪快な性格をしている。物語の10年前にハナハナ村の住民がゴンババの被害に苦しむのを見かねてゴンババ退治に出かけるが、そのまま帰ってこなくなる。
そのため死亡したと思われていたが、実はゴンババとの対決の際に、油断した隙を付かれて喰われてしまっており、10年間ゴンババの腹の中で耐えていた。マリオたちがゴンババを倒したことで脱出し、ノコタロウと再会することができた。
ゴンババの腹の中に長い間居たせいか、ノコリン曰く変な匂いがするらしい。
ホワイト将軍
かつて「サイハテ村」で巨大大砲の司令官をしていたヒゲを蓄えている白いボムへい。クリスチーヌ曰く「ヒゲ勝負はマリオと引き分け」。放浪癖があり、熟睡し始めるとそう簡単には起きなくなる。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
最初に会うのは「ハナハナ村」で希望を失ったと落ち込む。ステージ7ではマリオ達は巨大大砲を動かすために彼を探していたが最終的にサイハテ村の自宅で眠っていたためマリオにたたき起こされた。本人としてはマリオを探すために各地を旅していた。マリオ達の事情を知った後再び巨大大砲の司令官に復帰してマリオ達を月に飛ばした。エンディング後にはサイハテ村にいる。
Nintendo Switch版の最終決戦ではサイハテ村でボムへい達と一緒にマリオ達を応援した。
シンノスケ
ドラドラ平原の砦に登場するボス敵。足がついた石の化け物。
ドラドラ平原の柱の上で止まっておりマリオ達がシンノスケのいる柱を調べると動き出し襲いかかってくる。防御力が高いが、バレルの爆発かPOWブロックなどでひっくり返すと防御力がゼロになり動きも止まる。
トゲダルマー
ドラドラ平原の砦に登場するボス敵。体じゅうに棘がついた外見をした石像のような敵。
ドラドラ平原の柱の上で止まっておりマリオ達がトゲダルマーのいる柱を調べると動き出し襲いかかってくる。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ジャンプなどの上からの攻撃やハンマー、爆発などの近距離攻撃を防ぎ、攻撃したキャラクターはダメージを受けてしまうが、バッジ「トゲーヲガード」をつけていた場合はマリオに限り、その限りではなくなる。バレルのすんごい爆発かジシーンアタック、POWブロックなどでひっくり返すと防御力がゼロになり動きも止まるため少しだけ戦いが楽になる。
ドッスン
「スットンとりで」で二つのカギの入口を塞ぐ。マリオに重々しく話すが、派手なクイズ勝負を挑んでくる人面岩。「第65回ドキドキクイズ大会」と銘打ってクイズを出題し（前作『マリオストーリー』のステージ5終了後にピーチ姫が参加した「第64回ドキドキクイズ大会」が登場する）、クイズに負けると部下であるシンエモン4匹とバトルになる。前作『マリオストーリー』の「門番クッパ2」と同じ喋り方をする。
チョロボン
ドラドラ平原のスットンとりでに登場する雑魚敵。マリオ達に張り付いて吸収する形で攻撃し与えたダメージの分だけ回復する。ビリビリーンで無力化可能。
しゅうだんチョロボン
ドラドラ平原のスットンとりでに登場。ゴールドチョロボンに呼び出される形で登場。
ゴールドチョロボン
ドラドラ平原のスットンとりでに登場するボス敵。下記のチョロボンの上位種。
スットンとりでに現れたマリオに勝手に縄張りに入られたとして襲い掛かる。縄張り意識が強い。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
チョロボンとは異なり自分のハートポイントを回復する吸収攻撃は行わず体当たりで攻撃してくる。また、ダメージが減るとしゅうだんチョロボンを呼び出す。
ホネノコ
ゴンババ城に登場する雑魚敵で、何らかの理由で死んで骨になったノコノコ。ウーロン街にも選手として登場している。雑魚敵の場合はフィールドでは体が崩れている状態で動いておらずマリオ達が近づくとマリオに向かっていく。骨を投げて攻撃をしてくる。
ブラッディホネノコに話しかけた際に大量に出現する。
ブラッディホネノコ
ゴンババ城に登場するボス敵。ホネノコの上位種で赤系統の色をしている。
ゴンババ城の中にある扉の前で崩れておりマリオ達が話しかけると大量のホネノコを呼び出す。その後にマリオ達がブラッディホネノコに接近をすると戦闘となる。このイベント時、マリオを操作しなかった場合は、ゴンババ城の外に追い出される。
骨を投げて攻撃をしたりホネノコを作ったりする。普通の攻撃でハートポイントが0になっても体が崩れるだけでしばらく経つと復活しHPも全回復するが、復活する前にファイアーフラワーなどの炎属性または爆発系の攻撃で止めをさすと倒せる。なおバトルの性質上、止めをささずともホネノコが全滅した状態でブラッディホネノコの体も崩れていれば倒した扱いになる。ホネノコというよりカロンに近いキャラ。
ゴンババ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「ドラドラ平原」のお城を住処として「ハナハナ村」一帯を度々襲っていた巨大な赤いドラゴンで、ステージ1のボス。一人称が「わらわ」でメスである（後にブンババが「妹」と言っていた）。かなりの怪力のうえに炎の息を吐き、追い詰められると騙し討ちを使う。また、観客を食べて体力を回復するという卑怯なことも行う。カエルが苦手で、鳴き声を聞くだけで力が抜けてしまうという弱点を持つ（理由は過去に大きなカエルを食べて食あたりを起こしたため）。「スターストーン」を飲み込んでいたので倒した後吐き出した。
サブイベントで判明するが、元々はカゲの女王が飼っていたペットでありドラゴン3兄弟の末っ子だった。
また、没デザインでは顔がいかつくなって冠を被っていたり、寝ぼけ顔の間の抜けた表情をしていたり、体にバラの柄が描かれていたりしていた。
プニ族
大樹の小さな部族。球体のついた触角が付いていて、プニプニの身体をしている。100階ダンジョンには、ニット帽とサングラスを着用した「いどう屋」と名乗るプニ族がいる。
没デザインでは二足歩行だったり、鳥のようなデザインだったり、触覚の先が葉っぱになっていたりしていた。完成図では緑色になっている。
プニオ
マリオ達に助けを求めにきたプニ族の少年。プニ族のリーダー格。少ししなびたキノコが大好き。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
最終決戦ではプニ族と一緒にマリオとクラウダを応援した。エンディングではマリオとピーチ姫に新鮮なキノコをプレゼントした。
オババ
プニ族の長老でプニオの祖母。相手がペケダーであろうがクッパであろうが、巨大化して長ったらしい説教を始める癖がある（その際のペケダーは説教に圧倒されて、どんどん小さくなっていた）。マリオとピーチ姫のことを、それぞれ「マリコ」「ピンチ姫」などと呼ぶ。
プニコ
プニオの妹。メガバッテンの陰謀で牢屋に閉じ込められてしまう。明るく無邪気な性格。ステージ2クリア後は、なぞなぞで遊んであげると「ふしぎなタマゴ」というアイテムをくれる。
最終決戦やエンディングでは兄と同様応援したり、キノコをプレゼントした。
プニタ
プニオの友達。プニ族の中ではかなり体格が大きいガキ大将的存在。リーダー格のプニオにいちいち反抗する。大樹に戻ってきたプニオに他のプニ族がメガバッテンに捕まったと知らせる。また同行者であるマリオ達を信用できず、オババを助けた後も協力しようとしなかったがオババに活を入れられ協力する。内心はプニコのことを心配していた。
トゲ族
大樹の小さな部族。蚊のような姿で、「メガバッテン」に騙されプニ族を荒らす。
トゲッチ
トゲ族の赤ちゃんでプニオの友達。プニ族の経営するショップの奥で、荷物の影に隠れているところをマリオに保護される。トゲ族でありながらもプニ族に協力的。
ガンス
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ウーロン街闘技場のプロモーターであるガボン。マリオに「グレート・ゴンザレス」というリングネームをつける。元々チャンピオンで、60歳の高齢であるはずにもかかわらず若々しい。「ミー」や「ユー」など外国まじりの口調で話す。
ステージ3終盤に判明するが、実は闘技場事件の黒幕であり、ステージ3最後のボスである。「スターストーン」を用いてリング上に立つ戦士のパワーを吸収しガンスのパワーにする装置を開発し、自分の若さと力を維持する為にパワーあふれる選手を集めていたのである。マリオに秘密を知られ、機械を使って若かりし頃の姿「マッチョガンス」となり襲い掛かるが倒され、キノシコワに全てを暴露された。その後は行方不明。マリオに脅迫メールを2通送ってきたのも彼である。現役時代は「テクニックのデパート」と呼ばれていて、戦いの際も多彩な技を使用するほか、自身に対するさまざまなパワーアップを行う。
ゴロツキタウンの情報屋によると、彼がチャンピオンになれたのは「スターストーン」の力のおかげで、元は決して戦士として優れていたわけではなかったようである。
海外版の名称は「Grubba」。
キノシコワ
ガンスの秘書のキノピオ。ちょっときつめの印象を与える女性だが、マネージャーとしては優秀。よくどこかに姿を消すということが知られているが、その理由はガンスですらも知らない。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
実は「プリンス・マッシュ」ことキノシチョフの姉であり、行方がわからなくなった弟を探すべくガンスのマネージャーとして闘技場に潜り込んだが、調べるうちにガンスの本性を知り、自分の手に負えないと知る。しかし、マリオ達の戦う姿を見てガンスを倒せる可能性を感じ、「X」という名前でマリオにメールを頻繁に送ってガンスの企みを暴く為に影から協力した（マリオ達が2部リーグの控え室で手に入れていたスターストーンに関する書類は没収という形で預かった）。ステージ3クリア後はガンスに代わって闘技場のプロモーターになった。ウーロン街のドリンクバーには時々彼女に似た人物がいるが関係性は不明。
最終決戦では闘技場の選手達と一緒にマリオ達を応援した。
アートギャラリーでは前髪だけ違っていた。
海外版の名称は「Jolene」。
ゴールド・ホーク
ウーロン街の闘技場の現チャンピオンで、その名のとおり金色のタカのような姿。キャッチコピーは「人間原子力発電所」。強さは闘技場選手中ではトップランクどころか一強でありゴールド・ホークの次に強いジョーを倒した時に「やる気はあるのか」「試合じゃない」と発言する程。また、勝利のためなら卑怯な手も使う「華麗な空中殺法の使い手」で、実際空中からの攻撃が多い。最初はマリオのことなど全く気にも留めなかったが、マリオの噂を聞いて対面し、敵視するようになる。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
1部リーグ入りしたマリオに毒入りケーキを送ったり、決勝戦が始まる前ガードマンを買収し別の部屋に閉じこめたりした張本人(スターストーンについては何も知らないため無関係)。しかしそれらを乗り越えたマリオに敗北。ステージ3クリア後卑怯な手は使わないと改心し、闘技場を去るマリオを激励したり、最終決戦では応援したりした。クッパ編では秘密のトレーニングルームが登場して隠れた努力家であることが判明するなど、異なる一面をみせる。
海外版の名称は「Rawk Hawk」。
リメイク版ではキャッチコピーが「金色（こんじき）の暴走発電機」に変更されている。
マイケル
闘技場の2部リーグに所属するチーム「コウラーズ」の一員であるコウラーズ・ノコノコ。キャッチコピーは「カチカチコウラマシーン」。新入りであるマリオ達を色々と気にかけてくれるが、自分の順位が上がらない為に次第に自信を無くしてしまう。その後いつの間にか姿を消してしまい、引退して故郷に帰ったかと思われていたが、実は闘技場事件の秘密を知ってしまい、倉庫に捕らわれていたことが判明する。18位（2部リーグ8位）。ステージ3クリア後は闘技場のファイターに復帰する。
Nintendo Switch版の最終決戦では闘技場の選手達と一緒にマリオ達を応援した。
プロッツ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
闘技場の2部リーグに所属するチーム「ボロドーズ」の一員であるオーボロドー。キャッチコピーは「はやてのしにがみぐんだん」。闘技場での色々な噂について調べており、その為あまり控え室にはいない。選手の間で噂される「七不思議」について教えてくれる。14位（2部リーグ4位）。マリオが1部リーグ入りしてかなり上位に進むと彼も行方不明になってしまう。実はマイケル同様、闘技場事件の秘密を知ってしまい、倉庫に捕らわれていたことが判明する（この際マリオに誰もいないリングに近づくなと忠告した）。代わりに2部リーグにはチーム「ヒンニャーハンニャー」が登場する（プロッツが復帰すると後述のポグと共にいなくなってしまう）。
オクトール
闘技場の2部リーグに所属するチーム「ボンバーズ」の一員であるボムへい。キャッチコピーは「セクシーダイナマイツ」。ほかの選手達に色々とアドバイスをしてくれる。12位（2部リーグ2位）。
ガンガン
闘技場の2部リーグに所属するチーム「ハイパーズ」の一員であるハイパーシンノスケ。キャッチコピーは「ほこりたかきとっこうたい」。硬派な性格で愛想が悪いが、勝ち上がると実力を認めてくれる。11位（2部リーグ1位）。
ポグ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
闘技場の2部リーグに一時所属するチーム「ナイトウィングス」の一員であるバサバサ。キャッチコピーは「ねむれる きしゅうぶたい」。行方不明になったマイケルと入れ替わる形で2部リーグにやってきた新入り。しかし、マイケルの復帰と同時にチームごといなくなってしまう。
リメイク版の最終決戦ではマリオ達の応援の際に姿を見せている。
こうてつウォリアーズ
1部リーグ入りを賭けて戦う、1部リーグ10位のチーム。キャッチコピーは「パーフェクトアイアンボディ」。とてつもなく強固な体を持つアイアンシンエモンの兄弟（それぞれ赤い靴と緑の靴を履いているが、緑の靴を履いている方が弟であることがクリスチーヌのものしりで判明する）、その体には同じ強度の物体をぶつける以外のあらゆる攻撃が通用しない。他の敵とは違い、攻撃を受けるたびにコントローラが振動する。
2部リーグ降格後には、リベンジするべく試合直後の疲れたマリオを狙って不意打ちを仕掛けるという姑息な手段をみせるが、マリオたちが闘技場を去る際には実力を認め、ゴールド・ホークと同様に激励し、最終決戦ではマリオとともに戦うチビヨッシーを応援した。
リバース
闘技場の1部リーグに所属するチーム「ザ・ウラウラン」の一員であるウラノコ。キャッチコピーは「ブレーキのこわれたせんすいかん」。気さくな性格。他の選手の差し入れのケーキを勝手に食べてしまうことも。7位。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
GC版の最終決戦ではマリオ達を応援した。
タンタン
闘技場の1部リーグに所属するチーム「ザ・トゲトゲン」の一員であるアカトゲメット。キャッチコピーは「トゲをもったアクマたち」。可愛らしい喋り方と外見だが、実力は本物で、プライドも高い。プリンス・マッシュに憧れている。9位。
エムシー
闘技場の1部リーグに所属するチーム「トリプルブロス」の一員であるハンマーブロス。キャッチコピーは「ミラクルトライアングル」。一人称は「オデ」。ハンマーの実力で成り上がろうとしている。父親は「サラリーブロス」らしい。3位。
ジョー
闘技場の1部リーグに所属するトゲノコエース。キャッチコピーは「カミソリファイター」。プライドが高く寡黙な性格。闘技場ではゴールド・ホークに次ぐ実力を持っている。1位。
ゴールドマン
ウーロン街やリッチリッチエクスプレスで出会う成金ボムへいで、「ナリキン財閥」の当主。金のボディを持っている。妻にシルビア、息子にコナリキンを持つ。喧嘩もしたりするが、家族の絆は深い。ステージ7ではマリオを月に飛ばすために、大砲の使用許可証を出してくれる。大砲を飛ばす仕事を始めたのは彼だが、妻にうるさいと言われたため、仕事を辞めてしまった。
最終決戦では家族と共にピカリーヒルズでマリオ達を応援していた。
シルビア
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ゴールドマンの妻で、銀のボディのボムへい。ザマス口調の上品な女性。コナリキンに英才教育を受けさせようとしている。野蛮な男たちの集まりだと言って、闘技場を嫌う。ステージ6では、ポワンによって爆弾犯の濡れ衣を着せられる。
コナリキン
ゴールドマンとシルビアの息子で、銅のボディのボムへい。ステージ6では「リッチリッチエクスプレス」に乗っている。そこで誕生日を迎えるが、プレゼントをめぐって家族内でもめ事が起こる。将来の夢は列車の運転士で、本当に欲しいプレゼントはリッチリッチエクスプレスの運転士のサイン。最後には両親に列車の模型を買ってもらうこととなった。
マダム・ローズ
ウーロン街やリッチリッチエクスプレスで出会う女性のキノピオ。格闘技ファンで、ウーロン街では「強いオトコ」にべた惚れしていた。キノシコワとも仲がいい。リッチリッチエクスプレスでは、ピカリーヒルズの自宅へ戻る際に列車を利用する。その途中、何者かに金の指輪を盗まれる。ゴロツキタウンのバーのチューさんから「銀の指輪」をもらったらしい。
最終決戦ではゴールドマン達と共にマリオ達を応援していた。
マスタービーズ
ウーロン街のドリンクバーのマスターを務めるマメ族。ハンマーマニアで、「X」から預かった「スーパーハンマー」をマリオに渡す。
ミスター・チン
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
ウーロン街でホットドッグ屋を開いている「アイヤー！」としゃべる中国系のブタ。ヨッシーの卵を使って新作ホットドッグを作ろうとするが、その卵が動き回ってしまい困っていた。それをマリオたちが助けようとしたものの、結局は「飛び跳ねる卵なんて気持ち悪くて食べられない」と諦めて、マリオたちに卵を譲る。
チビヨッシーを連れた状態で話しかけると、孵化したことに感動する。
Nintendo Switch版では名前が「ミスター・チンミ」に変更され、口癖が「アチョー！」になっている。
キノシチョフ（プリンス・マッシュ）
ウーロン街の闘技場の初代チャンピオンで、キノシコワの弟。貧乏な家庭を養うために闘技場の選手となり、ファイトマネーで稼いでいたが、ある時から行方不明となっていた。闘技場の秘密を知ったため、ガンスによって消されていたが、キノシコワの家族を思う気持ちを受け取ったスターストーンによって甦った。その後は修行の旅に出て闘技場を離れる。
Nintendo Switchリメイク版では最終決戦でウーロン街に戻っており、他の選手と共に応援してくれる他、特定の依頼を解決することで対戦相手として選択できるようになる。キャッチコピーは「ふっかつの きこうし」。
クラガリさん
「ウスグラ村」に住む人種。古ぼけた人形のような姿で、常に顔が半分ほど陰になっている。暗くてじめじめしたところを好む。
ダイアナ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
三児の母でありマスタービーンの元・彼女。
ウスグラ村の村長
「ウスグラ村」にかけられた呪いについてマリオに説明してくれる。豚に変えられたり偽物のマリオ(ランペル)にあっさり騙されたりと、どこかぬけている。
カラス
ウスグラ村にいる鳥。人の前では何も知らないふりをしているが、いろいろなところに行っているため物知り。ランペルがマリオに化けたことにいち早く気づいている。
オウム
オドロン寺院の奥の部屋に幽閉(?)されているランペルのペットらしきオウム。当時はこのオウムしかランペルの名前を知らなかった。オウムの前でビビアンの能力を使って隠れるとランペルの名前を聞けるほか、オウムの愚痴も聞ける（オドロン寺院をクリア後、再びオウムに話しかけると「ランペルの奴オレをおいてどっか行きやがった」と話しており、何かと可哀そうなオウムである）。
テレサ
オドロン寺院に登場。住み着いたランペルに箱の中に閉じ込められていた。雑魚敵としても登場する。
アトミックテレサ
オドロン寺院に登場する隠しボス。テレサが合体した巨大なテレサ。
マルコ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
普段はゴロツキタウンのバーにたむろしている貿易商人。25歳。先祖代々伝わる「ドクロジュエル」とそれにまつわる海賊伝説に憧れており、冒険を求めてトロピコアイランドへ有志とともに旅に出る。コンポビーとは仲が悪いが時には喧嘩する程仲が良い関係を見せる。弱虫で情けない性格で特にコンポビー共々幽霊が苦手。本人もそれを自覚しており、いざと言う時は勇気を振り絞って自ら行動を起こす事も有り、特にメガネすいふが正体がペケダーである事を明かし、船でマリオ達に向け砲撃を連発され、絶体絶命に追い込まれた際はマリオ達と同行して怯えながらもコルテスを説得してコルテスの船を動かすブラック･スカル号の動力源であるドクロジュエルを返し、船を貸して貰う許可を得て、更にコルテスが手下のエルモス達を引き連れ共にペケダー達を倒す事にも協力して貰う意外な大活躍を見せた。ステージ5のモノローグは彼の綴った航海日誌で語られる。
実は1000年前の先祖がコルテスの部下で、「ドクロジュエル」はコルテスから裏切った際に奪ったものだったらしい。
アートギャラリーの没案ではキノピオだった。
コンポビー
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
マリオとともに船に乗ることになる海賊バンダナの大型水夫ボムへい。ゴロツキタウンでの水夫としてのうだつの上がらない生活に見切りをつけ、新天地を求めてトロピコアイランドに旅立つ。荒々しい性格や口調と裏腹に意外にもマルコ共々幽霊が苦手。厳密にはプロローグから登場しておりマリオを邪魔者扱いしていたが、マリオが活躍する勇姿に惚れ込む。マルコの船の残骸で建物を造るなど、意外と器用である。マルコとは仲が悪くマルコを『オマエ』呼ばわりしてマルコを怒らせ喧嘩する程仲が悪いが時には喧嘩する程良い関係を見せる事が有る。その後は「オバケ(エルモス)が出ないなら居心地がよい」という理由からトロピコアイランドに移住することにした。
最終決戦ではキノピオと一緒にマリオとバレルを応援した。
メガネすいふ
マリオ共々船に乗る事になった水夫。メガネをかけており腰が低い。行く先々で怪しい行動をとる。外見で分かる通り紹介するまでも無く正体はペケダー。変装が下手な事に自覚が有ったのかゲーム中に彼自身が「テレビの前のキミ、私の正体は既にバレバレだと思うが、マリオには何も言うなよ」とメタフィクション発言する程に下手な変装なのだが、マリオ達は全く気づかなかった。それ所か他のキャラクターから『いいやつ』といった印象を持たれており、自ら正体を明かした時も周囲の反応が薄かった。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
Nintendo Switch版では「テレビの前のキミ」の発言が「画面を見ているキミ」に変更されている。
エルモス
青い人魂の幽霊モンスターでコルテスの手下。雑魚敵としても登場。正体は人だった頃のコルテスの手下である海賊達で青い人魂の姿は怨念と化した成れの果て。人だった頃の記憶はしっかり残っており、全員人魂の幽霊モンスターになっても未だにコルテスをボスと慕っている。
コブロン
水色のモグラのような生き物。
前作と同様、攻撃を加えればタンコブを落とす。攻撃をするたびにセリフが変わり、何回か攻撃すると消滅してしまう。
GC版ではトロピコアイランドで消滅してしまうとその後は一切登場しなかったが、Nintendo Switch版ではエンディング後にある条件を満たすと100階ダンジョンの最下層にて隠しボスとして再登場する。
その際の戦闘ではトロピコアイランドにいた時と同様に攻撃を受ける度にタンコブが生成される他、自らの頭にバケツを落とす自傷行為でも生成することもあり、このタンコブは回復に使う他、投げて攻撃にも使用し、その攻撃力は非常に高く、更に時々生成される赤いタンコブは通常のタンコブよりも攻撃力や HP回復量が高い。
コルテス
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
1000年前にトロピコアイランド一帯で暴れていた大海賊の亡霊でステージ5のボス。島のアジトに隠した不死身の海賊船「ブラック･スカル号」に生前集めた膨大な量の財宝を積んでおり、手下の幽霊であるエルモスたちに島に近づいた船を手当たりしだい沈めさせていた。彼の財宝に「スターストーン」が混ざっていたため、マリオたちはトロピコアイランドへ向かうこととなった。基本的に頭蓋骨が浮いているだけだが、バトルの際は胴体が現れる。第3形態では体力が少なくなると観客の魂を食べて全回復するといった最終ボス以上の手ごわさを見せる。
「スターストーン」はコレクションとしてあまり気に入っておらず、マリオの目当てがそれ1つだと知った際には逆にあっけにとられていた。その後、メガバッテン襲撃の際にマルコが船の動力である「ドクロジュエル」の返却と引き換えに協力を求めてしぶしぶ応じ、ペケダーの船を撃退した。その後も彼らのことを気に入ったようで、ゴロツキタウンとトロピコアイランドをブラックスカル号で結ぶ協力者となった。マリオたちが洞窟に突入した際は荘厳なしゃべり方をしていたが実際は海賊王の割にラフな口調で、演技を止めた際には漢字のルビが「本気（まじ）？」や「手前（てめえ）」などになっている。
ポワン
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
「リッチリッチエクスプレス」で出会うターくん（ペンギン）。探偵業をしているが、それは仮の姿（趣味でやっているらしい）でその正体は「ピカリーしんでん」の神官。マリオのことを一方的に「ルイージくん」と呼ぶなど、探偵としての洞察力には難がある。子供がほしい物はゲームボーイと思っている。ピカリーしんでんではカゲ2人組とランペルに先を越されスターストーンを持っていかれて、追いかけようとしたマリオ達に持っていかれたスターストーンは偽物で本物は別の場所にあると教える。ただし神官の決まりで在りかは教えられないと言う(実はスターストーンの場所は知らない)。マリオ達が本物のスターストーンを持っていった後は偽物のスターストーンが再び置かれ、クッパが持って行こうとしていた。
最終決戦にて、ゴールドマン達が応援する時初めて行動を共にしていたのがルイージではなくマリオだということを知る。エンディング後にマリオが会いにいくと気まずそうな態度をとっていた。
サラリーマン
リッチリッチエクスプレスの乗客の青色のモコモコ（ネズミ）。30歳。会社の新製品であるニトロハニーシロップを輸送している途中、何者かにそのシロップを盗まれる。「会社の経費」で高級な食事をとったり観光名所を巡ったりと、気弱な性格に反してかなり腹黒い。後にウーロン街のホットドッグ屋に新製品の香辛料を加えようとしている。椅子マニア。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
最終決戦ではウーロン街にてマリオ達を応援していた。
パック
リッチリッチエクスプレスの乗客の太ったキノピオ。食いしん坊でありコックが作ったランチ用のシチューを鍋ごと盗むという事件を起こした。この後コックと仲良くなった。ステージ6のクリア後もリッチリッチエクスプレスに乗り続けている。
コック
リッチリッチエクスプレスの従業員のプクプク。ユーモアセンスに長けている。外来語を多用するうえによく言葉を間違えるので、何を言っているのかよくわからない。だがコックとしての腕は一流で、彼の料理を食べるためにわざわざリッチリッチエクスプレスに乗りにくる人もいる。但し、ウェイトレス曰くキノコを使った料理しか作れないらしい。
Nintendo Switch版の最終決戦ではリッチリッチエクスプレスの従業員達と一緒にマリオ達を応援した。
ウェイトレス
リッチリッチエクスプレスの従業員の女キノピオ。頭のキノコが水玉でなく紫ハートで紫ツインテールの美女。ぽやっとした話し方が特徴で吹き出し内の台詞が常に波状で揺れており、語尾に「☆」をつけたり、伸ばしたりして話す。ミスター・トロンのファンだが、元彼が居て未練が有る様で元彼との思い出が有る貝殻のピアスを未だに大切に付けているが、何者かに貝殻のピアスを盗まれる。ゴロツキタウンのバーのチューさんから「ガラスのピアス」をもらったらしい。
ユーレイ
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
過去にリッチリッチエクスプレスで死亡したキノピオ。日記を探している。日記を入手した後、返さずに読もうとするとゲームオーバーとなる。返すと安心して成仏すると思いきや、「こっち」の居心地がいいので留まることにした。マリオをおどかしたりするのが好き。
ミスター・トロン
映画俳優のキノピオ。撮影を行うためにリッチリッチエクスプレスに乗車した。その後なぜかサラリーマン、ウェイトレス、マダム・ローズからそれぞれ「ニトロハニーシロップ」「かいがらのピアス」「きんのゆびわ」を盗んで5号室に隠れていた。この時マリオが対面するのは実はランペルが化けた偽者。後にトロン本人からメールが届くが、マリオのことを「マリモくん」と間違えている。『機動戦士Zガンダム』のクワトロ・バジーナがモデルとなっており、容姿がそっくりだったり、メール本文にてクワトロが劇中で使用した名台詞が用いられたりしている。またこの時のメールの写真左上には前作で登場したコワッパが背中に羽を生やし飛んだ状態で写っている。
モアモア
ステージ6、リッチリッチエクスプレスのボス。謎のモアモアした生物が大量に集まって怪物になったもので、その正体は不明。台詞は「もあもあーっ!」の一言のみ。初めはリバーサイド駅に居たのだが、マリオに攻撃された事に根に持ちマリオにくっ付いて来たのかリッチリッチエクスプレスを大群で埋め尽くし、乗客を飲み込んでしまった。
ペーパーマリオRPG 登場キャラクター
キノビア
ピカリーしんでんの前にいる女性キノピオ。ルイージの大ファンで、興奮すると最後に言った言葉を2回言う癖がある。バッチによってルイージになっていたマリオを見て躊躇うも、依頼を受けると大興奮し「ショコラケーキ」をプレゼントする。ちょうどそのとき、偶然にも現れた本物のルイージに憤慨し、「ルイージさんに変装してなれなれしいのよ！」と罵倒した（ルイージは「悪い夢だよ。うわーん！」と逃げていった）。
レサレサ
前作に登場した、テレサの屋敷のお嬢様。エンディング後にピカリーヒルズに登場する。彼女によればセバスチャンと共にはるばるピカリーしんでんに観光に来たとのこと。
セバスチャン
こちらも前作に登場した、レサレサの執事。エンディング後にレサレサと一緒にピカリーヒルズに登場する。
サイハテ村の村長
「サイハテ村」に住む気難しいボムへい。よそ者を嫌い、なかなかマリオに大砲を使わせようとしない。ボムへいには打ち解け込める模様で、同じボムへいのバレルを連れた状態なら話してくれる。大砲を使わせようとしない理由は争いごとに使わせたくないためである。マリオ達の事情を知った後大砲を使って月まで飛ばした。
最終決戦ではボムへい達と一緒にマリオ達を応援した。
ボムロフ
「サイハテ村」に住むボムへい。「100階ダンジョン」の地下50階まで潜るという偉業を達成する。
エリートぐんだんいん