半熟英雄 登場キャラクター
第9話ボス。3D軍の表向きのボス。巨大なけん玉のような武器「3Dスターボール」を自在に操る。かつてカトリ王国を滅ぼした。
3D大元帥（声：若本規夫）
第11話ボス。3D軍の真の支配者。普段はホログラフの人型の姿だが戦闘時は獣のような実体を明かす。その正体は2次元人で、正体発覚後は名義が「2D大元帥」に変化する。
彼との戦闘で流れる楽曲「絶望すべき咆哮」の一部に『ファイナルファンタジーVII』の「片翼の天使」の詠唱をパロディにした歌詞がある。
四次元皇帝（声：うえだゆうじ）
四次元世界から二次元と三次元の戦いを見ていた、第3作の黒幕。低次元の存在には4つに分裂して見えるため、ゲーム内でも4体同時に出現する。皇帝の場合は喜怒哀楽の4つに分裂しており、1か月以内に4人全てを倒さないと復活する特性を持つ。第4作で本名が「サブロウ」と判明した。
鉄拳大公
第3作においては敵の幹部として登場。『ファイナルファンタジー』に出演していると思い込んでいる設定。たまごのおはらい担当のランプキンを捕えた。
当初はローポリ大陸を治めるローポリン侯爵の配下であったが撃退後、「3D大元帥直属の部下『鉄拳大公マークＩＩ』」として再び現れる。再度勝利すると、このゲームは『ファイナルファンタジー』ではないことを大元帥から伝えられ、愕然としながら倒れる。
四次元世界では「鉄拳大公V3」として三度登場。実は「四次元人」のスパイであり、3度目の謎の声の正体が「四次元皇帝」であることを明かすが「『融合』した力～」の台詞を間違えて「ふごう」と呼んでしまい、知数を隠せない面も見せた。
実在の演者として戦闘前は礼儀正しく、普段の「鉄拳」のセリフとゲームにおける「鉄拳大公」として役を使い分け、文字のフォントが変化するが、基本的に声色は変化していない。
ダスモン&ハクモン
ボイルドの登場しない第3作においてクーモン&スーモンと対をなす四次元怪獣。ダスモンはクーモンの食べたエッグモンスターを尻から出し、ハクモンはスーモンの吸った将軍をマントの中から呼び出す。
海老一染之助・海老一染太郎
第3作において、1月の月イチコマンド時のランダムイベントに登場。CGではあるが大神楽を披露してお年玉をくれる。音声の収録時には兄の染太郎は既に死去していたため、染太郎の声のみ既存の音声素材を使用した。
なお、第1作では地震が発生すると、染之助・染太郎兄弟を元ネタにした2人（あくまでパロディで、本人ではない）が登場して知らせていた。
こずえ鈴（現・フリーディア）
画面には出てきていないがナレーションを担当している。
せがれ
エニックスのゲーム『せがれいじり』の主人公。合併記念であちこちに顔を出す。
名前はいずれも曜日に由来する。
「半熟ヒロイン」ルーナエ・ロマンシング
惑星ロマンシングの月の国の王女。所有たまごはピンクエッグ。率いる兵士は特攻。名前は月曜日に由来する。普段は各国の王子からの求婚が絶えないほどの可憐な美少女だが、代々伝わる「ヴェルサイユの仮面」を着用することで男勝りな性格になる。
本来惑星ロマンシングでは男性が王位を継ぎ、王家の子孫に女性しかいない場合は「ヴェルサイユの仮面」を着用し、男として教育を受ける規則となっている。しかし、それを不憫に思った両親により「惑星ロマンシングの月の国の王子」と同時に「ルーナエという女」としての教育も行った。それにより、仮面の有無で性格が変わる様になっている。
「半熱英雄」マルティス・テンマ
惑星リローデドの英雄にして、テンマ博士の息子。所有たまごはパワーエッグ。率いる兵士は騎馬。名前は火曜日に由来する。攫われた母親とユキコという名前の妹を救うため、日夜悪の秘密結社「ジャドー」と戦う熱い男。
登場時はジャドーにパワーエッグを奪われており、扱いはユニットリーダーである以外はたまごや賃金の無い通常将軍である。惑星リローデドの終盤で本物のパワーエッグを入手し（奪われたのは量産品の偽物だった）、パワーエッグのエッグモンスターを召喚することが可能となる。
なお、英雄の中で唯一ストーリー中で敵として戦闘する機会が全く無い。
「半熟女王」メルクリィ
惑星アクエリアスの英雄。所有たまごはミスティエッグ。率いる兵士は防衛。名前は水曜日に由来する。ミスティエッグを使った予言が得意。見た目に似合わず、年寄に近い口調で話す。
「半熟ダーク英雄」ペンプティ
惑星エルムの英雄。所有たまごはイビルエッグ。率いる兵士は防衛。名前は木曜日に由来する。彼は細菌兵器の開発を行っていたが、開発中にバイオハザードを起こして細菌が惑星中に蔓延し全ての人々が魔物と化してしまったため、その贖罪として戦っている。ウイルスによって自身も吸血鬼と化したが、イビルエッグの影響で理性は保てているものの、血は見るのも苦手なため飲めず、栄養失調により顔色が悪い。好物はブラッドオレンジジュース。
「半獣英雄」フライデー
惑星コギトエルゴスムで造られた人工生命体。率いる兵士は騎馬。名前は金曜日に由来する。所有たまごはサイバーエッグ。睡眠学習の途中で目覚めたため言語関係が完全ではなく、毒舌関西弁を話し（その次は京言葉を学習する予定だったらしい）、ハートマン軍曹の台詞を言うことがある。自称IQ1240。
本来惑星コギトエルゴスムは知能に優れた生命体が平和に生活していたが、技術の進歩による肉体の退化で滅んでしまった。残った機械達は限りある命を持つ生命体を求め、辛うじて生き残った有機物の遺伝子を保存し、そこから生まれたのがフライデーである。惑星の生命体が滅んだ後、サイバーエッグを入手し卵の研究を行ったが、惑星コギトエルゴスムの技術力をもってしても解析不可能で、多くのデータを得るために他の惑星に調査用のポッドを送り込んだ（アルマムーンに突如飛来した火の玉の正体はフライデーが送り込んだ調査用ポッドだった）。
エッグモンスターを除けば数少ない喋る2Dキャラ。あまり非科学的なことは信じないが、精霊やウイルスなど理由を知った際は素直に認めている。
ジャドー
悪の秘密結社「ジャドー」の首領。マルティスの家族をさらい、パワーエッグも奪っていった。
彼の出すエッグモンスターは特殊な力で守られており、マルティスで攻め込んで対峙しなければ全くダメージを与えられない。
終盤、マルティスの母親と妹を殺していることを暴露し、パワーエッグの覚醒を促してしまう。
その正体はマルティスの父親であるテンマ博士本人。マルティスから奪ったパワーエッグは彼自身が作った量産品の偽物で、本物のパワーエッグはマルティスのベルトの中にあった。マルティスの母親と妹の話も、パワーエッグの覚醒を促すためのものだった。
マルティスに敗れた後は正体をバラし、そのまま息絶えた。
四次元女帝（声：野沢雅子）
四次元皇帝の妻。第3作の四次元皇帝と同じく、低次元の存在から高次元を見ると複数体に見える。彼女の場合は春夏秋冬の4つだが、復活能力は持っていない。「オーフォーフォーフォー」と笑う。
「半熟兵士」地球の仲間
地球に住む人間の兵士の一人。外見は地球の特攻タイプ兵士。その名前はゲーム開始時に設定したプレイヤーの名前となり、実質プレイヤーの分身として扱われる。大統領が放った核ミサイルを止めるため投降して仲間になり、半熟軍に様々な情報を伝えるほか、最終ステージからは出撃も可能（能力が高い上にすっぴんエッグを持つほか、専用の勝ちセリフもある）。英雄に分類されるためエッグマンマフラーなどの英雄専用切り札も装備できるが、扱いはカトリ姉妹同様の賃金無し通常将軍であり、ユニットのリーダーにはなれない。
なお、趣味はゲーム開始時に設定した好きな異性の名前となる。
地球連邦大統領
太陽系第三惑星、すなわち地球の支配者。突然現れた半熟英雄達をエイリアンと見なし、兵を差し向けてくる。EM:TYPE-0が破壊された後は核ミサイルを発射する。その後、通信が繋がったまま不用意な発言をしたことで失脚した模様。
EM：TYPE-0
エッグママのプロトタイプ。プロトタイプとはいえ、その戦闘能力と母性は本物のエッグママにも引けを取らない。エッグママ同様カバー内には虹色の卵があるが、孵化はしない。
メルクリィの予言によると「自ら望んで生まれた存在ではない」とのこと。
核ミサイル
大統領が英雄達に放った核弾頭を搭載したミサイルで、第4作のラスボス。ブチギレ状態になる、もしくはカトリ・デ・オマールと接触すると爆発し、強制的にゲームオーバーとなる。
なお、フライデーの発言から宇宙でも使用が躊躇われる、もしくは禁止されている代物である模様。
ウエマツノブオ（植松伸夫）
作曲者。愛犬を連れて登場。父親が学校の先生をしていたらしい。月イチイベントで登場するとサウンドテストモードに入り、好きなBGMを演奏してくれる。将軍としては「ウエマッチーノ」の名前で登場。
ささきいさお
この作品の主題歌を担当する歌手。エンディングにて実写で登場している。その後のラストシーンでも声のみで登場し、カトリイネと会話をしている。
ヴァン、パイ、ヤー
魔物化ウイルスでコウモリの姿になってしまった子供達3人、もとい3匹。ペンプティが引き取って育てていた。真実を知った後は監視も兼ねて英雄達に付いてくるが、普段はイベントのみの登場で、戦闘にはペンプティ専用のおくのて「しもべ」で他のコウモリと共に加わる。
ダンジョン学者
ダンジョン内でたびたび出くわす白衣の科学者。よく敵と勘違いされる。研究のために切り札「ボムナゲール」を欲しており、それと引き替えにカギをくれる。
少女
ダンジョン学者の娘。開発室の案内役としても登場。
ダン・ジョーンズ
ダンジョン内で現れる謎の老人。プレイヤーにダンジョンの操作方法や仕掛けについて教えてくれる。
教祖
一筆書きでしか進めないダンジョンを作っている新興宗教の教祖。「～ぞ、と。」と『ファイナルファンタジーVII』に登場した「レノ」の話し方が特徴。
鉄拳
今回はダンジョン内でギャグを披露していたり、「超機動電磁鉄拳」という名前で闘技場のボスとして登場する（ただし大抵の攻撃はダメージが少なく、最終的に自滅するため、実質ただのイベント戦）。あるダンジョンでは彼のギャグを利用しないと進めない箇所もある。
ホームレス
切り札を集めていて、独自のレートで交換に応じる。本人曰く、これでも気楽にやっているとのこと。