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2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
大村線を走っていたキハ183系の特急「シーボルト」が廃止された（車両は後述の「ゆふDX」に再整備）。
鹿児島本線に太宰府信号場を開設、すべての快速が大野城駅に停車するようになり、若松線二島駅 - 折尾駅間に本城駅が開業した。また、篠栗線の城戸駅が城戸南蔵院前駅に、肥薩線の霧島西口駅が霧島温泉駅にそれぞれ改称された。
この改正ではのと鉄道でも列車削減改正が行われ、蛸島駅まで来る列車は5本のみになった。
東日本では、小田急電鉄のダイヤ改正に伴い、相互直通の常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線でダイヤ修正。相模大野駅・本厚木駅発着列車（小田急線内準急）の一部が唐木田駅発着（小田急線内は多摩急行）に変更された。これにより、3社直通の準急が消滅した。また、相互直通の中央・総武線各駅停車 - 地下鉄東西線では、E231系800番台が投入され（営業運転開始は同年5月1日）、103系・301系が直通運用を離脱した。
西日本でダイヤ改正を実施し、大阪駅 - 米原駅間の「びわこライナー」（485系）を特急に格上げし、「びわこエクスプレス」（681系または683系）に変更した。また、特急「はるか」も米原駅発着が設定された。
九州では、鹿児島本線に千早駅が開業した。
2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
東海道新幹線に品川駅が開業したことに伴って、東海道・山陽新幹線を中心に大幅な改正を実施した（後述）。東海道区間の輸送体系は「ひかり」主体から「のぞみ」主体に改められた。
東日本
磐越西線の特急「あいづ」「ホリデーあいづ」が快速「あいづライナー」に格下げされ（使用車両は変更なし）、同線から定期特急列車が消滅した。
東海
運転見直し・終電繰り下げなどのダイヤ改正が行われた。
高山線では高山駅 - 富山駅間直通の普通列車が廃止され、猪谷駅で乗り換えになった。
西日本。
2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
在来線特急列車
北陸地域の特急の再編を行い、米原駅発着の「加越」が「しらさぎ」に統合された。
武生駅および鯖江駅にすべての「しらさぎ」が停車するようになった。
一部の「サンダーバード」が堅田駅に停車するようになった。
一部の「北近畿」が新三田駅に停車するようになった。
一部の「くろしお」が西九条駅に停車するようになった。
山陰線京都側の特急「たんば」・「まいづる」が一部見直され、綾部駅で編成の連結・解放を行う列車が新設された。
岡山地区では岡山駅 - 鳥取駅間を智頭急行線経由で結ぶ特急「いなば」がキハ187系に置き換えられ「スーパーいなば」に改称、スピードアップを図った。
同区間では特急「スーパーはくと」も増発および所要時間短縮が実施された。
特急「スーパーくにびき」は「スーパーまつかぜ」に改称した。
急行「みよし」の時間帯変更や停車駅の追加が行われた。
急行「ちくま」が臨時列車に変更された。
京阪神地区在来線
アーバンネットワークの一部路線では、東海道新幹線「のぞみ」の始発・最終列車に接続を受ける列車が増発された。
阪和線は夜0時台に天王寺発日根野行きの区間快速が増発された。また、土曜・休日の朝に大阪環状線直通の区間快速（鳳駅発着で環状線内は各駅停車）が1往復設定された。
2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
片町線（学研都市線）では、松井山手発の始発電車を1時間繰り上げ（5時台 → 4時台）、京橋発松井山手行き終電を30分繰り下げ（23時台 → 0時台）を行った。
東海道線（JR京都線）・福知山線（JR宝塚線）では8月14日限りで103系の運用が廃止された。
その他の地区
瀬戸大橋線の快速「マリンライナー」が130km/h運転対応の新型車両（223系5000番台・5000系）に置き換えられ、所要時間を短縮した。
同時に終日ほぼ1時間に2本の運転になるよう増便が行われ、岡山駅での新幹線との接続も向上した。
芸備線の広島駅 - 三次駅間で列車の増発が行われ、広島シティネットワーク区間では20分間隔になった。
この区間に快速列車のみよしライナーが運行を開始した。
山口線では山口駅 - 益田駅間で、夜間の終車が繰上げになった。須佐駅における夜間留置も廃止になった。
広島駅 - 岩国駅間の水曜日運休を廃止し、1時間ほど開くダイヤが解消された。
高山線では高山駅 - 富山駅間直通の普通列車が廃止され、猪谷駅で乗換えになった。
四国
「南風」が2往復増発された。
特急列車の車内販売が全廃された。
上述の通り、10月1日に東海道・山陽新幹線でほぼ白紙改正というべき大規模なダイヤ改正が実施された。JR東海副社長（当時）の松本正之はこのダイヤ改正を「第二の開業」と称した。
主な変更点
2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
東海道新幹線に品川駅が開業し、1時間あたり「のぞみ」最大5本・「ひかり」1本・「こだま」最大3本が停車。
「のぞみ」を1時間に3本から最大7本に増発（これに伴い「ひかり」は1時間に6本から2本に減便）
東海道・山陽新幹線直通の「のぞみ」も増発され、1時間の最大本数が4本となる。定期列車は1時間あたり東京駅 - 岡山駅・広島駅間が2 - 3本、岡山駅・広島駅 - 博多駅間が1 - 2本。これに伴い姫路駅・福山駅・徳山駅・新山口駅に「のぞみ」が停車を開始した。また「ひかり」の「のぞみ」への置き換えにより、東京駅発着の「ひかり」は岡山駅までの運転となった。
東海道新幹線を走行する列車の車種をJR形式に統一し、「ひかり」・「こだま」を含む全列車で最高速度270km/h運転を開始。
一部の駅で「ひかり」の停車本数が増加。小田原駅では6本 → 12本、三島駅では6本 → 12本、浜松駅では16本 → 26本、豊橋駅では6本 → 16本となった。
「こだま」増発
朝晩の運転体系を見直し
小郡駅が「新山口駅」に名称変更。
営業面
2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
「のぞみ」指定席特急料金の値下げ、（東京 - 新大阪・新大阪 - 博多で670円、東京 - 博多で1240円値下げ）
「のぞみ」の1 - 3号車に普通車自由席を導入（自由席特急料金は「ひかり」「こだま」と同額）
エクスプレス予約によるe特急券を値下げ（東京 - 新大阪間13,200円 運賃+指定席料金）
新幹線エコノミーきっぷ等の廃止、新幹線回数券等の新設（正確には同年7月から）
「JR東海 50+」の発足
「のぞみ用カルテットきっぷ」と「ひかり用カルテットきっぷ」を統合し、「新幹線カルテットきっぷ」の発売を開始。
航空機との競合区間に「のぞみ早特往復きっぷ」を設定。
サービスコーナーを廃止。
改正に先立つ9月16日の「ひかり」309号をもって、東海道区間から100系が引退した。
ダイヤ改正に伴うキャンペーン
2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
JR東海は、イメージキャラクターにアイドルグループTOKIOを起用し、タイアップ曲「AMBITIOUS JAPAN!」と共に様々なキャンペーンを行った。
東海所有の700系C編成の先頭車側面客室窓下に「AMBITIOUS JAPAN!」と書かれたステッカーでラッピングした。（2005年9月25日まで）
東海所有の300系J編成の一部の乗降口横の車体側面にも「のぞみは、かなう。」と書かれたステッカー（丸形）が貼付けられた（2005年10月頃まで）。
東海所有の300系・700系の車内チャイムにオルゴール調にアレンジした「AMBITIOUS JAPAN!」を使用（2023年（令和3年）7月20日まで）。
ダイヤ改正と同日の10月1日にタイアップ曲「AMBITIOUS JAPAN!」をリリース（オリコンチャート初登場1位）
「のぞみは、かなう。」のキャッチコピーとCMソングとして「AMBITIOUS JAPAN!」を使用しテレビCMを放映。
のちに「のぞみはいつも、そこにある。」のキャッチコピーも使用された。
JR西日本も鬼束ちひろの「いい日旅立ち・西へ」をテーマソングとして「DISCOVER WEST」キャンペーンを行った。
JR西日本保有の新幹線車両の車内チャイムに「いい日旅立ち・西へ」を使用。
ダイヤ改正の効果
2000年代のJRダイヤ改正 2003年（平成15年）
JR東海（東海道新幹線） 2003年10月 - 2004年9月
輸送人キロは3.6%増加（前年比）、運輸収入は3.3%増加。
断面輸送量 - 「のぞみ」と「ひかり」の合計が8%増加（前年比）、「こだま」が4%減少、合計では5%増加。
1日平均利用者数
品川駅は4.2万人。東京駅は14%減少（前年比）した。東京駅と品川駅の合計利用者数は、前年の東京駅利用者数に比べ、6%増加。新横浜駅は1%増加。
ひかりの停車本数が増加した駅の利用者数（1日平均 前年比）
小田原駅で3%増加、三島駅は1%増加、浜松駅も8%増加、豊橋は増減なし。
京浜地区 - 山陽区間「のぞみ」停車駅間の利用が前年比10%増加。
JR西日本（山陽新幹線）2004年3月期下期
新大阪駅 - 西明石駅間における断面輸送量が3.6%増加（前期比※2004年は閏年）。
岡山駅 - 首都圏で約10%、広島駅 - 首都圏で約15%、新山口駅 - 首都圏で約30%乗客数が増加。
2004年3月期下期、乗客1人あたりの平均乗車キロが増加し、輸送人キロが4.9%増加（前期比）した。
乗客一人当たりの単価が0.6%減少したものの、運輸収入は3.0%増加した。
西日本でダイヤ改正。
この改正までに223系（2000番台）が80両、207系（2000番台）が56両それぞれ追加投入された。
東海道線・山陽線（JR神戸線）では新快速が芦屋駅に、快速が西ノ宮駅に全列車停車するようになった。
朝ラッシュ時の上り快速の車種統一（223系）で速度が向上し、先発の快速が三ノ宮駅を出ると大阪駅まで先着するようになった一方、この時間帯の普通の本数が微減した。
姫路方面の朝の外側快速が兵庫駅から電車線を走行（須磨駅・垂水駅・舞子駅に停車）するようになった。
夕方の外側快速も1本が新快速に変更された。併せて、夕ラッシュ時はすべての新快速が12両編成になった。
姫路発大阪方面行きの最終も繰り下げになった。朝時間帯の西明石発加古川行きの普通は大阪方面から直通するようになった。内側・電車線の高速化が完成し、快速は時速120kmで運転されるようになった。
東海道線（JR京都線）では、朝時間帯の一部の上り快速の通貨運転区間が高槻駅駅 - 京都駅間にも拡大され、高槻止まりの普通電車の一部が京都行きに延長された。
22時台の快速の快速運転区間が大阪駅 - 高槻駅間に変更され、新快速通過駅の停車間隔が約10分間隔になった。
東海道線（琵琶湖線）では日中時間帯の米原発と野洲発の順序を入れ替え、野洲駅・近江八幡駅で新快速・普通が相互接続するようになった。
福知山線（JR宝塚線）では朝時間帯に快速が増発され、この時間帯の東海道線（JR京都線）直通の普通を全区間内側線走行に変更し、塚本駅を通過する列車はなくなった。
日中の普通は207系に統一された。
夕方の快速は三田駅 - 篠山口駅間で各駅停車になり、この時間帯の普通電車は新三田行きに見直された。JR東西線からの快速を篠山口行きに延長し、大阪発新三田行きの快速を増発した。
中山寺駅に快速が終日停車するようになった。
大阪発22時台の宝塚行き列車が増発された。
片町線（学研都市線）では夜の快速・普通の接続駅を住道駅に変更した。また、大久保行きの区間快速が復活した。
播但線では土曜・休日に限り、221系が1往復乗り入れるようになった。
木次線では第2木曜運休の臨時列車の増発と出雲横田駅 - 備後落合駅間の減便（出雲横田発18時台と備後落合発6時台の廃止）が行われた。可部線では可部駅 - 加計駅 - 三段峡駅間が廃止された。
鷹取駅に隣接して神戸貨物ターミナル駅が開業し、神戸港駅への貨物支線（神戸臨港線）が廃止された。
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
九州を中心にダイヤ改正を実施。
新幹線
九州新幹線が新八代駅 - 鹿児島中央駅（開業と同時に西鹿児島駅から改称）間で部分開業した。愛称名はそれまで在来線特急列車に使われていた「つばめ」が採用され、新八代駅で接続する連絡特急列車が「リレーつばめ」として新設された。これにより、並行在来線となった鹿児島本線の八代駅 - 川内駅間が第三セクターの肥薩おれんじ鉄道に転換された。これにより、この区間を走る特急は消滅した。
上越新幹線に本庄早稲田駅が開業し、越後湯沢駅まで16両が入るようになった。東北新幹線では仙台駅 - 盛岡駅間の定期列車は盛岡駅発着のMaxやまびこ2往復を除き、すべて時速275キロ運転のE2系とE3系に統一され、到達時間が短縮された。東北・上越新幹線では200系車両のF・H編成の全編成とK編成のうちリニューアル改造を受けていない編成は原則的にすべて定期運用から離脱した。
北海道
快速「エアポート」のグレードアップが行われた。
石勝線の楓駅が信号場に格下げされた。これに伴い、JRの在来線で駅間距離が最も長い区間は同駅を挟んでいた新夕張駅 - 占冠駅間（ 34.3km ）となった（これまでは石北本線・上川駅 - 上白滝駅間の 34.0km であった）。
東日本
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
中央線では「あずさ」1往復を「スーパーあずさ」に変更する形で「スーパーあずさ」の増発と「かいじ」の竜王駅発着列車の増発が行われた。また「あずさ」・「スーパーあずさ」の号数が列車別から発車順に統一された。
東海道線では、新宿駅 - 小田原駅間のライナー列車1往復が185系7両編成から251系10両編成に変更され、251系が初めてライナー運用に入った。
常磐線では、三河島駅と南千住駅に通勤快速を除くすべての「普通」が停車するようになった。また川尻駅が十王駅に改称された。
仙石線に小鶴新田駅が開業した。これに伴い、仙台車両センター宮城野派出所への出入庫を兼ねた苦竹駅発着の列車は小鶴新田駅発着に変更された。
磐越西線では、平日ダイヤと土曜・休日ダイヤを統合した。
西日本
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
在来線特急列車
七尾線では、平日早朝の上りに「おはようエクスプレス」が設定された。
特急「まいづる」の増発および「北近畿」「はしだて」の増車が行われた。
京阪神地区在来線
関西線（大和路線）から奈良線へ直通する列車が設定された。
和歌山線では五位堂信号場がJR五位堂駅として旅客駅化され、下田駅が香芝駅に改称された。
その他の地区
大糸線では、平岩 - 南小谷間の普通列車が増発され、平岩止まりの運用が大幅に減少した。
快速「とっとりライナー」「アクアライナー」の停車駅が増加した。
山口線に快速「やまぐちライナー」が設定された。
山陽本線では広島市内に天神川駅が開業した。
九州
鹿児島本線では熊本工大前駅が崇城大学前駅に改称された。
久大本線では、キハ183系1000番台が「ゆふDX」として再び投入された。キハ185系「ゆふ」との共通運用とし、奇数日と偶数日とで充当列車を区別する形となった。
豊肥本線では特急「あそ」と急行「くまがわ」の一部区間を統合し「九州横断特急」を新設したほか、急行「くまがわ」も特急に格上げされ、九州で運転する急行列車が全廃された。このほか、観光列車として特急「はやとの風」などが新設された。
指宿枕崎線では快速「なのはな」の一部に指定席車を連結し、「なのはなDX」として分離された。
各路線で普通列車の利便性向上が行われた。
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
従来より運転士は会社間の境界駅で交代していたが、JRグループ間で新たに締結された協定により車掌も交代するようになった（夜行列車および一部の昼行特急列車を除く）。
夜行列車
九州新幹線の部分開業により、寝台特急「なは」の運転区間が新大阪駅 - 西鹿児島駅間から新大阪駅 - 熊本駅間に変更された。
貨物
新型貨物電車M250系が「スーパーレールカーゴ」として東京貨物ターミナル - 安治川口駅間に運転開始した（当初は臨時列車扱い）。
西日本の三江線で落石が相次いだため、速度を落とすダイヤ改正を実施した。
九州でダイヤ修正。
九州新幹線では、鹿児島中央駅北側の薩摩田上トンネルで騒音対策工事による徐行運転（195km/h → 120km/h）に伴い、川内駅 - 鹿児島中央駅間の所要時間を1分追加するダイヤ修正を実施した。原則として下り（鹿児島中央行き）の鹿児島中央駅着時刻を1分繰り下げ、上り（新八代方面行き）の鹿児島中央駅発時刻を1分繰り上げるダイヤとし、鹿児島中央駅で接続する在来線の一部列車でも時刻変更が行われた。
本州3社でダイヤ改正。
東日本
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
首都圏在来線
池袋駅・新宿駅構内の改良工事の完成で湘南新宿ラインの増発（1日38往復 → 64往復）とこの路線に直通する系統を含む宇都宮線・高崎線普通列車へのグリーン車連結が行われた。グリーン車Suicaシステムが導入された。特別快速が新設され、湘南新宿ラインは全列車E231系電車に統一された。
東北線（宇都宮線）から115系が撤退した。
上越線の高崎駅 - 井野駅間に高崎問屋町駅が開業した。
埼京線では夜間を中心にりんかい線の直通を増発し、りんかい線内の折返し列車も含めてすべて10両編成に増強された。
東海道線ではE231系電車の大量導入により、沼津・静岡・山北方面への直通列車が大幅に減少し、JR東日本所属のグリーン車連結編成のJR東海管内への乗入れは沼津駅までとなった。
京葉線では通勤快速が新木場駅に停車するようになった。
千葉地区では、E257系500番台が導入され、特急「すいごう」が「あやめ」に統合された。また、房総特急における「おはよう」・「ホームタウン」の冠名称の使用も廃止された。
その他の地区
仙台地区では、仙山線・仙石線・磐越西線で快速「仙山」・「ホリデー仙山」・「うみかぜ」・「ばんだい」の各名称が廃止された。
磐越西線では快速「あいづライナー」が廃止された。
仙山線・仙石線では平日ダイヤと土曜・休日ダイヤが統合された。
陸羽東線では快速「湯けむり」が廃止された。
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
東海
名古屋地区在来線
飯田線
天竜峡 - 辰野間で運行本数の見直しを行い、昼間時間帯を中心に普通列車を削減した。このダイヤ改正がJR東海では初の減便改正となった。
夕方の通学時間帯の快速停車駅を増やした。
辰野駅の4時台の始発列車が廃止され、伊那松島発（5時台）に見直された。
夜は岡谷発駒ケ根行を22時過ぎから20分繰り下げ、新宿発の「スーパーあずさ」から接続するようになった。
高山線
岐阜 - 美濃太田間で、昼間帯に普通列車2往復を増発した。これにより、同区間の日中は必ず約30分間隔での運転となった。
22時台の高山発猪谷行が坂上行に見直された。
その他の地区
静岡 - 浜松間に「ホームライナー」を増発。
金曜日運転の「ホームライナー浜松5号」の運転を取り止めた。
ホームライナー「沼津4号」は浜松始発となった。
東京から静岡方面・御殿場線への直通列車が消滅ないし大幅に減少した。
西日本
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
在来線特急列車
大阪駅 - 米子駅間（福知山線経由）の急行「だいせん」が廃止され、補充として大阪発福知山行きと米子発鳥取行きの最終を繰り下げた。
特急「たんば」の始発が6時台に、「北近畿」の終発が22時台になった。
園部駅の特急停車が拡大した。
周参見駅のオーシャンアロー停車が増加し、同駅にはすべての特急が停車するようになった。
特急「びわこエクスプレス」「はるか」が野洲駅および山科駅に停車するようになった。
特急「スーパーやくも」「やくも」を伯耆大山駅に停車させた。
2000年代のJRダイヤ改正 2004年（平成16年）
京阪神地区在来線
この改正に向けて、223系（2000番台）が164両追加投入された。
東海道線（JR京都線）で朝夕ラッシュ時に新快速が増発され、西明石行きの列車が復活した。
これに伴い大阪発8時台終わりの快速西明石行きと夕方の草津線・湖西線直通の外側快速は廃止され、西明石行き快速は0時台の終電のみになった。
また、新快速の増発により外側線の線路容量が限界に達したため、朝ラッシュ時の東海道線（JR京都線）の下り快速の京都駅 - 高槻駅間は内側線走行となった（長岡京駅外側線ホームの使用廃止）。
朝ラッシュ時のダイヤは等間隔になり、この時間帯の快速の223系への統一により速度が向上した。
野洲駅発着の普通も設定されたが、大久保駅折り返し列車は削減された。
そのため、野洲駅に4つドアの普通電車が発着するようになった。
大阪駅の始発列車から米原駅に行くことができるようになった。
湖西線では朝夕の快速をJR京都線区間で新快速に変更した。通勤型車両が定期列車として近江今津駅まで（平日は西明石発と塚口行き、土曜・休日は新三田駅発着）乗り入れるようになった。日中の堅田駅折り返しは223系4両編成に変更された。
223系の追加投入により本線系統の快速から113系が運用を離脱し、朝晩の大垣駅発着の列車は221・223系に変更されたほか、草津線でも223系の運用を開始した。これに先立って宮原所属の113系運用も6月11日限りで廃止され、播但線の平日朝の1往復は221系に置き換えられた。
東海道線・山陽線（JR神戸線）の外側快速の列車番号は5700番台に統一された。
阪和線では大阪市内の上り線高架化に伴う通過待ちの見直しが行われた。夕方ラッシュ時の東岸和田駅折り返しは廃止された。
関西線（大和路線）と阪和線では平日ダイヤのラッシュ時間帯に、6両編成の列車に女性専用車両を設定した。
その他の地区
北陸地区では、福井駅、金沢駅および富山駅下り方面で普通列車の発車時刻が等間隔になった。
南条駅・今庄駅に早朝の快速列車が停車するようになった。
広島シティネットワークでは、呉線や可部線、山陽線などで快速列車（通勤ライナー、安芸路ライナー、シティライナー）が増発された。
浜田発益田行きの最終が定期列車に格上げされた。
貨物では、大阪環状線貨物支線の境川信号場 - 浪速駅間（通称：大阪臨港線）が同日付で休止となり、浪速駅を発着する貨物列車（不定期）も同日付で休止となった。この区間は2006年4月1日付で正式に廃止となった。
東日本では、小田急電鉄のダイヤ改正に伴い、相互直通の常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線でダイヤ修正。小田急との直通運転が早朝・深夜にも拡大された。
西日本の加古川線が電化され、所要時間の短縮や初終電の繰上げ・繰り下げを実施。電化用として新製の125系が4両、103系の改造車（3550番台）が16両投入された。所要時間短縮のほか、厄神 - 粟生間の区間延長、終発の繰り下げが行われた。
2000年代のJRダイヤ改正 2005年（平成17年）
愛・地球博（愛知万博）を見据え、東海・西日本・九州を中心に改正。
新幹線
「のぞみ」の強化が行われた。東京駅 - 岡山駅間の本数が1時間に3本に増発され、東海道区間での1時間あたりの最大運転本数が8本となった。
品川駅に停車する「のぞみ」が増加した。
山陽新幹線では運行パターンが一部見直され、広島駅では上り「のぞみ」の発車間隔が概ね30分間隔に揃えられた。新山口駅の日中の「のぞみ」停車は2時間間隔となった。
東日本
常磐線ではE653系が追加投入（4両編成1本）され、特急「フレッシュひたち」の上下各3本が7両編成から11両編成に増強された。
山手線では4月17日にE231系500番台に統一され、205系が撤退した。
越後線に内野西が丘駅が開業した。
東海
特急「しなの」の上下各4本が万博アクセス目的で高蔵寺駅に、各1本が空港輸送目的で金山駅に停車するようになった。
万博アクセス列車として中央線の名古屋駅と愛知環状鉄道線の八草駅までを結ぶ「エキスポシャトル」「快速エキスポシャトル」の運行を開始した。万博開幕後は全て10両編成で、愛知環状鉄道線内はいずれも無停車であった。
西日本
2000年代のJRダイヤ改正 2005年（平成17年）
在来線特急列車
北越急行に683系8000番台が投入され、定期特急「はくたか」が681系・683系に統一された。
益田駅 - 小倉駅の「いそかぜ」が廃止され、山陰線の山口県区間の特急列車は消滅したほか、関門トンネルを通過する定期特急列車は夜行列車を除いて消滅した。
京阪神地区在来線
新快速の日中1時間に1本が播州赤穂駅発着に延長された。
この時間帯の上郡・岡山方面の列車は相生駅発着に変更された。
加古川駅4番のりばの使用が開始され、折り返し列車や朝晩を除いて両方向とも緩急接続が行われるようになった。
これに伴い朝ラッシュ時の新快速の通過待ちも見直された。
山陽線（JR神戸線）ではひめじ別所駅が開業、普通（西明石駅からは快速）が停車するようになった。
山陰線では城崎駅が城崎温泉駅に改称された。
その他の地区
姫新線や因美線では朝晩の列車を快速に変更した。
快速「とっとりライナー」が大山口駅および御来屋駅に新規停車。
米子エリアでは、ドアが通年半自動化された。
芸備線では東城駅 - 備後落合駅間が1日3往復に削減された。
夜行列車
東京駅 - 下関駅間の寝台特急「あさかぜ」、東京駅 - 長崎駅間の寝台特急「さくら」が廃止され、「富士」は門司駅まで「はやぶさ」との連結運転になった。
2000年代のJRダイヤ改正 2005年（平成17年）
西日本では、4月25日に発生したJR宝塚線脱線事故のため不通だった宝塚駅 - 尼崎駅間の復旧に伴い、福知山線（JR宝塚線）を中心に若干の時刻修正を行った。このときはダイヤに余裕を持たせることを目的とした小規模の改正であったため、「ダイヤ改正」ではなく「ダイヤ修正」という文言が使用された。北近畿タンゴ鉄道直通の「タンゴエクスプローラー」はATS機器の関係でKTR8000形（タンゴディスカバリー）の車両に置き換えられた。また、117系の福知山線運用が廃止された。
東日本では、常磐線の新たな競合路線となるつくばエクスプレス（常磐新線）の開業を8月24日に控え、それを前に異例の常磐快速線単独での改正を行った。新型車両E531系の新規投入およびこの車両を用いて上野駅 - 土浦駅間を最速55分で結ぶ特別快速の新設、特急「フレッシュひたち」の増発及び停車駅の変更・統一が行われた。
西日本の岡山地区で、岡山駅改良工事によるダイヤ変更が行われた。
西日本では、奈良駅周辺の高架化工事進捗（仮線への切り替え）に伴い、関西線（大和路線）・奈良線・桜井線でダイヤ修正を実施した。当初は同年5月22日に実施される予定であったが、福知山線（JR宝塚線）脱線事故の影響により延期になっていた。
2000年代のJRダイヤ改正 2005年（平成17年）
愛・地球博閉幕に伴い、全国的なダイヤ改正を実施。
東海
愛・地球博開催期間中（厳密にはその前後を含む3月1日 - 9月30日）に増発されていた「エキスポシャトル」の運転が、万博閉幕に伴い終了した。
直通需要が好調であったことから、日中は名古屋駅 - 高蔵寺駅 - 岡崎駅間を、通勤時間帯は名古屋駅 - 高蔵寺駅 - 瀬戸口駅間を直通する定期普通列車の運転を開始した。
特急「伊那路」は全列車が温田駅に停車となった。
台風による災害で不通となっていた高山線は飛驒古川駅 - 角川駅間で普通のみ運行を再開した。
西日本
福知山線（JR宝塚線）脱線事故を契機に、アーバンネットワークの一部路線で所要時間および停車時間に余裕を持たすなどのダイヤ改正を実施（奈良線は前述の9月11日ダイヤ修正にて実施）した。
山陽線では、岡山駅 - 庭瀬駅間に北長瀬駅が開業した。
芸備線では新見駅 - 備後落合駅 - 三次駅間で夜間時間帯の列車時刻が大幅に変更された。備後落合発の最終を三次行きが19時台、新見行きを20時にした。
呉線にキハ47形改造の快速「瀬戸内マリンビュー」が登場した。
呉線の通勤ライナーを矢野駅に新規停車させた。
呉線および可部線でも停車時分の修正が施された。
快速「とっとりライナー」「アクアライナー」の停車駅が再度増加した。
2000年代のJRダイヤ改正 2005年（平成17年）
九州
特急列車・快速列車の増発を行うとともに、「リレーつばめ」・「有明」にそれまでより一層充実させた設備を持つグリーン車の「デラックスグリーン席」を連結開始した。
関門トンネルを通過する普通列車は全列車下関駅で乗換えとなり、本州内の在来線ではJR九州の車両による定期運用は寝台列車を除いて消滅したほか、関門トンネルを通過する気動車の定期列車も消滅した。
直前の9月23日、筑肥線に九大学研都市駅が開業した。
夜行列車
寝台特急「彗星」が廃止され、「あかつき」と「なは」が京都駅 - 鳥栖駅間で併結運転となった。
西日本の福知山エリアで、福知山駅高架開業に関連した時刻修正を実施。
西日本では、南海電気鉄道の大規模ダイヤ改正（関空アクセスの拡充）に伴い、りんくうタウン駅 - 関西空港駅間で南海と線路を共用する関西空港線および阪和線でダイヤ修正を実施した。
東日本では新幹線のダイヤを大幅に改正。
東日本
2000年代のJRダイヤ改正 2005年（平成17年）
新幹線
東北新幹線・山形新幹線・秋田新幹線の「はやて」（盛岡発着を2往復設定）・「こまち」・「つばさ」の定期列車が増発された。盛岡・八戸・秋田発着の定期列車は時速275キロ運転のE2系とE3系に統一された。仙台駅で日中に「はやて」と「やまびこ」のスムーズな乗り換えができるようになった。東京駅における東日本の新幹線の方面別のホーム使用が廃止され、20 - 23番線のどのホームからも発着するようになった。
在来線
房総地区の特急「しおさい」「あやめ」に使用されていた183系がE257系500番台に置き換えられた。また、「しおさい」にも255系が投入された。
255系使用の特急「ビューわかしお」は「わかしお」に、「ビューさざなみ」は「さざなみ」にそれぞれ変更となった。
高崎線では東海道線から転用してきた211系によるグリーン車の連結を開始した。
武蔵野線では205系に統一され、103系が撤退した。
常磐線では金曜日に仙台発原ノ町行きのホームライナーが設定された。
西日本
上越新幹線のダイヤ改正に合わせて特急「はくたか」・「北越」の時刻が変更されたほか、接続する特急「サンダーバード」などの時刻が変更された。
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
東日本の新幹線エリアを除きダイヤ改正を実施。
東海道・山陽新幹線
神戸空港や北九州空港の開港に対抗して博多発着の「のぞみ」が終日1時間あたり2本に増発された。
姫路発朝6時に東京行、東京発夜19時台に姫路行の「のぞみ」が設定され、新神戸駅が全列車の停車駅になった。これによって神戸・姫路方面から東京への利便性が向上した。
山陽新幹線では「こだま」の運転本数が削減され、「こだま」号のみの停車駅では1時間以上停車間隔が開く時間帯が発生することになった。小倉 - 博多間に700系使用の「こだま」が登場した。補充のために15年ぶりに三原駅に停車する「ひかりレールスター」が登場した。
前年4月のJR宝塚線脱線事故を機に所要時間の見直しを行い、ダイヤに余裕時分が付け加えられ、500系「のぞみ」の新大阪 - 博多間の所要時間を3 - 4分延ばした。
「RAIL GOサービス」が廃止された。
北海道
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
JR東日本所属の485系による運転で、経年劣化に伴う故障による運休が頻発していた「白鳥」の本数を削減して、789系の特急「スーパー白鳥」に置き換え、函館駅 - 八戸駅間の「スーパー白鳥」での運行を5.5往復（ほかに函館発青森行きが1本）とした。また、「スーパー白鳥」の基本編成を5両から6両に変更した。特急「スーパー白鳥」の木古内駅への停車が拡大された。
特急「北斗」・「スーパー北斗」の森駅・八雲駅への停車が拡大された。
エル特急「ライラック」・「スーパーホワイトアロー」が増発された。
札幌近郊区間では快速「エアポート」が増発され、新千歳空港へのアクセス改善が図られた。また、小樽駅での発着ホームが4・5番線に統一されたほか、夜間帯の下り「エアポート」が白石駅に停車拡大された。
宗谷本線の旭川発始発列車が幌延行きから稚内行きに延長され、普通列車でも正午に稚内駅へ到着することが可能になった。特急「スーパー宗谷」も運行時間の変更で滞在時間が拡大した。
石勝線では朝5時台の追分発の普通を6時台新夕張発夕張行きに見直した。
札沼線（学園都市線）はあいの里教育大駅発着列車の一部をあいの里公園駅または石狩当別駅まで延長した。
北海道内相互発着のすべての特急列車と急行「はまなす」が全面禁煙化された。
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
函館本線張碓駅（臨時乗降場）・札沼線中徳富駅・宗谷本線智東駅（臨時乗降場）・宗谷本線南下沼駅・石北本線新栄野駅・留萌本線東幌糠駅・室蘭本線旭浜駅が廃止された。
北海道新幹線青函トンネル工事への準備に伴い、吉岡海底駅への定期列車の停車がなくなり、イベント時の臨時列車のみの停車となった。同時に、吉岡海底駅見学コースの設定も廃止された。
東日本
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
東武鉄道との直通運転列車として、485系・東武100系による特急「日光」・「きぬがわ」・「スペーシアきぬがわ」が新宿駅 - 東武日光駅・鬼怒川温泉駅間に新設された。
前年7月に単独で改正を行った常磐線は、首都圏新都市鉄道つくばエクスプレス開業後の利用動向をにらみ、特別快速上り1本増発や松戸駅・柏駅において、特別快速と各駅停車との利用が多い方向における乗り換え時間を短縮したほか、特急「フレッシュひたち」の増発、さらに時刻変更による平日日中時間帯の新松戸駅での武蔵野線との接続改善を行った。上野駅 - 取手駅間の快速は微減または成田線直通列車に変更され、平日朝上り2本の通勤快速は普通列車（取手駅 → 上野駅間は快速）へ格下げが行われた。これらの見直しにより、常磐快速線・成田線我孫子駅 - 成田駅間で運用されていた103系は営業運転を離脱した。また、勝田駅にすべての特急列車が停車するようになったほか、上野発水戸行きの23時台を2本に増発した。
東海道本線・伊東線・横須賀線・総武快速線・総武本線・成田線・内房線・外房線・宇都宮線（東北本線）宇都宮駅 - 黒磯駅間でもグリーン車Suicaシステムが導入された。
長年「湘南電車」の顔で親しまれていた113系が首都圏の東海道線・伊東線の運用を離脱した。また、東海道線ではE217系が投入され、東京駅 - 熱海駅間で限定運用を開始した。
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
横浜線においては、快速が菊名駅に停車するようになった。
東海
関西線方面がメインの改正。
在来線優等列車
特急「南紀」は、鈴鹿と三瀬谷に全列車が停車するようになり、停車駅が統一された。
名古屋駅 - 奈良駅間の急行「かすが」が廃止された。これにより、東海所有の車両による定期急行列車は消滅した。
特に「かすが」の廃止により、奈良県内からは気動車による定期運用が消滅したほか、JRの鉄道路線がある46都道府県で唯一、在来線の定期の優等列車そのものが消滅した。
特急「ふじかわ」は、清水、内船、甲斐岩間、鰍沢口、市川大門の各駅に全列車が停車するようになり、停車駅が統一された。
名古屋地区在来線
快速みえは、鈴鹿に全列車が停車するようになった。
関西線および武豊線では、快速列車の運転時間が拡大された。前者では普通列車の増発もあった。
西日本
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
福知山線（JR宝塚線）脱線事故が発生して以来初の大規模なダイヤ改正で、山陽新幹線を含む西日本の大半の路線でダイヤに余裕を持たせた。新幹線の所要時間を（全体的に）延長したのは1964年の開業以来初のこととなった。
京阪神地区在来線
全面的に本数が見直され、朝晩や日中を中心に削減が行われた。
日中の西明石駅発着の普通の半数が須磨駅発着に変更され、この時間帯の運転系統は京都駅 - 須磨駅間・JR東西線直通・高槻駅 - 新三田駅間に再編された。西明石駅に乗り入れる列車はJR東西線直通のみになり、須磨駅 - 西明石駅間は207系のみになった。また、大久保駅折り返しの普通や大阪発野洲行きの夕方の外側線走行の快速、JR神戸線からの草津線直通の快速を廃止した。昼前の快速1本の運転区間が見直され、加古川駅折り返しに変更された。日中の加古川始発大阪方面行きの快速の東加古川駅での通過待ちは廃止された。
湖西線では通勤形車両を使う午前中の堅田駅発着の普通電車と朝夜の近江今津駅発着の普通を廃止した。
JR宝塚線ではJR東西線から直通する新三田行きの最終の快速が廃止された。
学研都市線では長尾行きの列車を廃止し、終電の繰上げを行った。
大阪環状線では始発時刻の繰り下げを行った。
大和路線では日中の普通の半数が柏原駅発着に変更された。また上り列車で柏原駅での快速列車の通過待ちが大幅に増えた。
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
関西線ではスイッチバック式の中在家信号場における定期列車同士の列車交換がなくなった。
阪和線では、2003年10月4日から運転されていた土曜・休日朝の大阪環状線直通の区間快速が廃止された。
播但線では221系運用を103系の借り入れに変更した。
前年12月1日から運転を開始した321系は運用数が増加し、篠山口駅まで乗り入れるようになった。これに伴い、205系の運用は2月7日付けで終了し、阪和線用として日根野に転属された。
その他の地区
広島地区の芸備線・呉線では「のぞみ」との接続改善のために始発列車の大幅な繰上げが行われ、他の地区でも始発や最終の繰上げ・繰り下げが実施された。
西出雲駅発着の回送列車6本を営業運転に変更し、終車が日付を越えるようになった。
米子支社の管内を運行する列車のうち、運休日のある列車の列車番号については5000番台に変更された（ただし、保守工事によるものや境線は従来通り）。
特急「やくも」・「スーパーやくも」が統合され、全列車が「やくも」として運行されるようになった。始発・終発の繰り上げ・繰り下げも行われた。
直前の3月1日付で富山港線が廃止、富山ライトレールに移管されて同年4月29日より新会社での営業運転が開始された。
九州
豊肥本線に光の森駅が開業した。これに伴い、水前寺駅および武蔵塚駅発着の特急「有明」の一部が同駅発着に変更された。
夜行列車
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
札幌駅 - 稚内駅間の夜行特急「利尻」及び札幌駅 - 網走駅間の特急「オホーツク」の夜行便（9・10号）が季節臨時列車に変更（「利尻」は「はなたび利尻」に改称されて夏季のみ、夜行「オホーツク」は81・82号として冬季のみ運行）された。この結果北海道内相互発着の定期夜行列車は、札幌駅 - 釧路駅間の特急「まりも」のみとなった。
東京駅 - 出雲市駅間の寝台特急「出雲」が廃止された。この関係で、「サンライズ出雲」・「サンライズ瀬戸」の停車駅に上郡駅が代替で加わった。
大阪駅発着の寝台特急「日本海1・4号」は、青森駅 - 函館駅間が区間廃止され、3・2号とともに青森駅発着となった。
この時のダイヤ改正は直通運転・接続の関係もあり東武鉄道（伊勢崎線系統）をはじめ、東京急行電鉄（田園都市線・東横線）・小田急電鉄・樽見鉄道などを除いた第三セクター鉄道などでも同時に行われるなど、かなり大規模のものになった。
北海道ちほく高原鉄道ふるさと銀河線は4月21日の廃止を控えていたこともあり、ダイヤ改正は行われず、帯広直通列車の時刻にも変更はなかった。
西日本では、阪和線で大阪市内の下り線高架化・待避駅の変更（長居駅 - 鶴ヶ丘駅）に伴うダイヤ修正を実施した。
2000年代のJRダイヤ改正 2006年（平成18年）
四国で改正を行い、牟岐線の徳島駅 - 阿南駅間で夜に特急「ホームエクスプレス阿南」を増発した。また同年5月より徳島地区に1500形気動車が投入された。
東日本の宇都宮線・高崎線を中心にダイヤ改正。
上野駅を発着する宇都宮線・高崎線普通列車の全列車にグリーン車が連結されるようになった。また15両編成で運転する列車が増え、宇都宮線は自治医大駅・石橋駅・雀宮駅のホーム延長により、宇都宮駅まで15両編成での運転が開始された。
新幹線では、上越新幹線は熊谷駅に、長野新幹線は高崎駅に停車する列車が増えた。
東海、名古屋地区の東海道線が中心の改正。
313系5000番台が投入され、快速（新快速・特別快速・区間快速を含む）の増発・増結が行われた。
新快速及び特別快速は、朝ラッシュ時は8分間隔、夕ラッシュには10分間隔で運行する。
これに伴い、豊橋 - 大垣間の快速および新快速は昼間時間帯でも6両編成、朝ラッシュ時は8両編成となった。
普通列車は一部の岡崎発着が大府止まりに縮小され、岡崎 - 豊橋間が減らされたほか、途中駅での通過待ちも増加して所要時間が長くなった。
飯田線と東海道線の接続を改善する一方、飯田線から東海道線への特別快速直通は廃止された。
浜松駅発着の快速も大幅削減となった。
そのほか、快速の増発により夕方から夜にかけてのホームライナーの見直しも行われた。
夕ラッシュ時の区間快速武豊行が概ね30分間隔から20分間隔となった。
車両面では、313系5000番台の投入によって余剰となった大垣車両区の211系5000番台が豊橋駅 - 米原駅間での定期運用から撤退し、静岡車両区に転属し、静岡所属の115系の一部が置き換えられた。
西日本のみ（京阪神地区と北陸地区が中心）でダイヤ改正を実施。
湖西線の永原駅 - 近江塩津駅間と北陸本線の長浜駅 - 敦賀駅（正確には北陸トンネル敦賀側）間が直流電化となり、新快速が近江塩津駅・敦賀駅まで乗り入れるようになった。
朝の木ノ本始発が敦賀始発に延長されたほか、長浜駅 - 近江塩津駅間を1時間に2本に増発した。
湖西線の朝夕の快速も敦賀駅発着に延長された。
北陸線の長浜 - 近江塩津間は、日中の運転間隔が毎時2本に増えた。
近江塩津駅では、湖西線経由の新快速と米原経由の新快速が同ホームで乗り継げるようになった。
改正後の11月下旬以降にJR西日本初の交直流両用近郊形車両となる521系が新たに5編成導入されて米原駅 - 敦賀駅 - 福井駅間の一部の普通列車に投入されたほか、125系が6両追加投入され（2003年（平成15年）の小浜線電化用に投入された8両と共通運用）、一部の旧型車両を置き換えた。
従来の223系とともに、湖北地域の車両はすべて新型車両での運転となった。
これに伴い北陸線の普通列車は大半が敦賀駅で乗換えになった。
福知山線（JR宝塚線）では321系の篠山口駅への乗り入れが消滅した。
11月3日には播但線の103系非ワンマン運用が113系の借り入れに変更された。
高山線の富山駅 - 猪谷駅間では社会実験の一環として昼間の列車が増発され、富山発の最終が20分ほど繰り下げられた。
西日本の岡山・米子地区のみでダイヤ改正を実施。
岡山駅の改良工事の進捗で各線のホームが変更となった。
快速「マリンライナー」の妹尾駅に停車する列車が増えた。
木次線では上り列車2本の時刻変更が行われた。
また、津山線では暫定ダイヤを実施した。
西日本の三江線の浜原駅 - 三次駅の復旧に伴い、暫定的なダイヤ改正を実施した。浜原駅での列車と代行バスの接続を重視した改正であった。
2000年代のJRダイヤ改正 2007年（平成19年）
北海道・四国を除く各社で、在来線を中心に改正が行われた。JRグループ一斉の改正では珍しく日曜日の実施となった。
東日本
2000年代のJRダイヤ改正 2007年（平成19年）
首都圏在来線
常磐線の上野駅発着の中距離電車がE531系に統一され、グリーン車の連結が開始された。これにより、415系1500番台・E501系が友部駅・水戸駅 - いわき駅・原ノ町駅間および水戸線直通の運用に転用された。この置き換えに伴い、常磐線の普通列車は原則として水戸駅（または勝田駅）での運転系統分割が行われた。
新型車両の投入も多数行われ、水郡線にキハE130系が投入された。常陸大子発の始発列車が平日・土曜日のみから毎日運転になった。前年12月に中央快速線に投入されたE233系が富士急行線・青梅線（奥多摩駅まで）・五日市線・八高線（高麗川駅まで）への乗り入れを開始した。
山手線では、ATCが前年7月にデジタル式に変更されたことから、ラッシュ時に列車を増発・日中の等間隔ダイヤへの変更が行われた。
東海道線の快速「アクティー」が戸塚駅に停車するようになった。また湘南新宿ラインの特別快速の一部の列車が臨時列車で特定日に熱海駅まで延長された。
吾妻線の特急「草津」は朝・夜の1往復が廃止された。
PASMOの発売・利用が開始され、同時にSuicaとの相互利用が可能となった。
その他の地区
同じ日に開業した仙台空港鉄道（仙台空港アクセス線）との直通運転が開始された。これに伴う車両更新のため、E721系がデビューし、仙台地区の455系・457系・717系を置き換えた。
2000年代のJRダイヤ改正 2007年（平成19年）
仙台発原ノ町行きのホームライナーは廃止された。
磐越西線では、快速「あいづライナー」が485系「あかべぇ」編成により復活、郡山駅 - 会津若松駅間に2往復（土曜・休日は3往復）設定された。
仙石線では、多賀城駅周辺の高架化工事に伴って多賀城駅折り返し列車の一部が東塩釜駅折り返しに変更され、それによる運用増で一旦運用を離脱した103系が再投入された（RT235編成。ただし2009年10月に205系が首都圏から転入したため運用終了）。
花輪線では、水郡線からキハ110系が転入し、キハ58系・キハ52形の非冷房車を置き換えた。
東海
2000年代のJRダイヤ改正 2007年（平成19年）
静岡地区を中心とした改正。
特急「東海」が廃止された。
夜行快速列車「ムーンライトながら」の運転時刻や指定席の取り扱いが変更された。
静岡地区では普通列車の運転系統が見直され、運行本数の増減が行われた。
三島 - 沼津間、興津 - 島田間、掛川～浜松間は増便、富士 - 興津間および島田 - 掛川間は減便となった。
車両面では313系を増備し、静岡地区および飯田線に投入した。改正前にすでに投入されていた中央線も合わせ、東海の所有する113系・115系・123系の定期運用が消滅した。静岡地区ではすべての車両がJR発足以降に製造された車両に統一され、主要時間も短縮された。
静岡地区では普通列車の多くがロングシート車で運用されるようになった。
東海道線に平日のみ1往復あった「通勤快速」が廃止された。
名古屋地区在来線
金山駅に停車する特急「しなの」が増加した。
飯田線と特急「あずさ」との接続が改善された。
「セントラルライナー」の最高速度を130km/hに引き上げ。
西日本
2000年代のJRダイヤ改正 2007年（平成19年）
加古川線以外でダイヤ改正が実施されたが、大幅な時刻変更・列車の増発・減便などは特になく、時刻の微調整や津山線の復旧に伴う新しいダイヤでの運行再開などが行われた。
和歌山線の北宇智駅のスイッチバックが廃止され、京阪神地区からスイッチバックが消滅した。
321系の配置数が一定数に達したことにより、東海道・山陽線（JR京都・神戸線）の201系が運用を離脱（前年の11月29日限りで定期運行を終了）し、大阪環状線・大和路線に転属した。
草津線では21時台に増発された。
昼前の湖西線で堅田駅発着の通勤型車両使用の普通と早朝の播但線への221系乗り入れがそれぞれ復活した。
広島・山口地区では山陽本線では快速「通勤ライナー」における岩国 - 柳井間の快速運転の廃止と、海田市駅への快速「通勤ライナー」（山陽本線系統）の新規停車、芸備線の始発繰上げが行われた。
特急「やくも」用の381系が4月より順次リニューアルされた。
四国
土讃線の特急「南風」の運行区間の見直しが行われ、宿毛駅まで行く列車が2往復に削減された。
九州
新幹線・特急列車のダイヤを変更し、特急「ソニック」と新幹線の接続の改善、「リレーつばめ・つばめ」や佐賀駅発着の「かもめ」の増発が行われた。また福岡都市圏では813系・817系の追加投入が行われ、鹿児島地区に415系が転属となり、475系急行形車両を置き換えた。
2000年代のJRダイヤ改正 2007年（平成19年）
また各社で新駅が開業し、東日本では太子堂駅・東北福祉大前駅・平田駅、東海では野田新町駅、西日本ではさくら夙川駅が開業した。西日本では「西ノ宮駅」が「西宮駅」に表記を変更した（読み方は変更なし）。
この改正では世界的な風潮と健康増進法第25条（受動喫煙防止）の影響により、全国的に新幹線・特急列車の禁煙席の拡大、および全車禁煙化が進んだ。東日本では、自社内相互発着列車および特急「白鳥・スーパー白鳥」ならびに「踊り子」が全車禁煙となった（寝台列車は除く）。西日本はデッキおよび乗車時間が概ね3時間未満の列車を全面禁煙に変更、北陸方面の優等列車は禁煙車を拡大した。九州でも一部列車を除き全面禁煙となった。
西日本の三江線の江津駅 - 浜原駅間が復旧した。1往復を山陰本線の浜田駅まで直通させ、江津駅での接続も改善されることになった。土休日運休の早朝・夜の江津駅 - 石見川本駅間の列車は廃止された。
豪雨で一部不通となっていた越美北線（九頭竜線）が全線復旧した。
東海道・山陽新幹線および西日本の一部でダイヤ改正を実施。
東海道・山陽新幹線
2000年代のJRダイヤ改正 2007年（平成19年）
新型車両N700系が運転を開始して「のぞみ」の増発・所要時間の短縮が図られたほか、品川駅を始発とする列車（のぞみ99号博多行）が新たに設定された。
また、N700系の投入・増備により、ダイヤ改正後300系の廃車が始まり、500系「のぞみ」の置き換えも開始された｡
8時台に新横浜に停車する上り「のぞみ」「ひかり」を拡大。
早朝と深夜の列車で所要時間を5分程度短縮。
西日本（岡山・広島地区）
津山線の徐行運転が解除され、脱線事故前のダイヤに復旧した。
芸備線では、急行「みよし」および快速「通勤ライナー」の快速「みよしライナー」格下げ並びに停車駅の統一や広島駅基準の等間隔ダイヤへの変更が行われた。
同時に夜間滞泊を伴わない志和口駅発着列車が復活した。
可部線で早朝時間帯に列車が増発された。
山陽線・山陰線仙崎支線で観光列車「みすゞ潮彩」が運行を開始した。
岡山地区では昼間の発車時刻の見直しを行い、各路線ともパターンダイヤに変更した。混雑の激しい快速「マリンライナー」の増結（5両 → 6両編成）も実施した。
JR西日本・東海道線（JR神戸線）の甲子園口駅バリアフリー工事が着工した。これに伴い、甲子園口駅折返し列車の運行が廃止され、尼崎駅発着・芦屋駅発（明石品質管理センターから回送）に変更された。
東海で高山線の全線復旧に伴うダイヤ改正を実施。
富山駅発着の特急「ひだ」の運転が再開されたほか、普通との接続改善が行われた。
東海道線では快速の午前中と夕方の一部列車の編成増強（6両→8両編成）が行われた。
北海道でダイヤ改正を実施。
旭川・稚内方面では、特急「ライラック」に使用していた781系が全車営業運転を離脱し、代わりに789系1000番台7編成35両を新製導入し、旭川駅発着の電車特急は愛称名をこれまでの「ライラック」・「スーパーホワイトアロー」から「スーパーカムイ」に統一した。これにより、札幌駅 - 旭川駅間の所要時間は一部を除き1時間20分に統一された。また、旭川発の「スーパーカムイ2号」が5時台前半、稚内発の特急「スーパー宗谷4号」が16時台にそれぞれ繰り上げ、札幌駅での接続が改善された。
帯広・釧路方面では、帯広駅発着の特急「スーパーとかち」1本と「とかち」1本を釧路駅まで延長し、「スーパーおおぞら」が7往復に増発された。キハ283系で運転する特急列車は7両編成が基本となった。さらにキハ261系1000番台13両を新製導入し「とかち」1本を「スーパーとかち」に置き換え、「スーパーとかち」の運転本数は上下合わせて6本に増えた。夜行特急「まりも」が季節列車に変更された。このほか、根室本線では夜間を中心に普通の時刻が大幅に変更された。
苫小牧・函館方面では、室蘭駅発着の特急「すずらん」の使用車両が781系から785系に置き換えられたほか、新たに沼ノ端駅に停車を開始した。特急「北斗」・「スーパー北斗」の停車駅を拡大し、伊達紋別駅・長万部駅・八雲駅・森駅に停車する列車が増えた。また、糸井駅発着の普通列車を増発し、特急列車との接続が改善された。
札幌都市圏の普通・快速列車では区間快速「いしかりライナー」の停車駅を拡大し、全列車が白石駅に停車を開始した。快速運転する区間も見直され、札幌駅から手稲駅までと江別駅までの2パターンになった。この他、夕ラッシュ・夜間の列車について列車編成両数を増やし、混雑の緩和が図られた。
2000年代のJRダイヤ改正 2008年（平成20年）
西日本の岡山エリアで、岡山駅改良工事に沿ったダイヤ改正を実施。ただし一部列車の時刻や発着ホームの軽微な変更にとどまるほぼ無風の改正であった。
各社でダイヤ改正を実施。
新幹線
東海道・山陽・九州新幹線
岡山駅発着の「のぞみ」を広島駅発着に延長し、東京駅 - 広島間が1時間に3本運転になった。新神戸の始発繰上げを目的として、西明石発の「のぞみ」が設定された。「ひかり」の停車パターン変更を行った。N700系を「ひかり」運用にも充当し、東海道新幹線史上初めての新横浜駅が始発駅となる「ひかり393号」の運行を開始した。また、「のぞみ」・「ひかり」の全列車が品川駅・新横浜停車に統一された。山陽新幹線の「ひかり」の一部に東広島駅・新尾道駅・新倉敷駅停車列車が復活した。「こだま」は前年7月改正に続き削減された。姫路発の2本目の列車の「ひかり」は廃止された。
東北・上越・長野新幹線
東日本方面では、仙台駅始発の「はやて」が新設された。「こまち」や「あさま」の増発が行われた。
北海道
2000年代のJRダイヤ改正 2008年（平成20年）
青函トンネル内における北海道新幹線建設工事の本格化に伴い、津軽海峡線を経由する夜行寝台列車の削減や時刻変更を行ったほか、特急「オホーツク」の臨時夜行便が廃止された。
ダイヤ改正後も臨時列車として運転を続けていた夜行特急「まりも」も8月31日に廃止され、北海道内相互発着の夜行列車は消滅した。
札幌都市圏では、快速「エアポート」や普通列車を増発した。
東日本
2000年代のJRダイヤ改正 2008年（平成20年）
在来線特急列車
品川駅の横須賀線ホーム増設に関連し特急「成田エクスプレス」の増発を行ったほか、総武快速線の一部列車を品川駅発着に延長した。
中央東線では、「中央ライナー・青梅ライナー」の使用車両を183系からE351系・E257系に変更したほか、特急「スーパーあずさ」の一部列車が立川駅に停車を開始した。
首都圏在来線
京浜東北線・根岸線では、本格的にE233系1000番台の導入が始まり、209系の置き換えが始まった。
横浜線では、根岸線を経由して横須賀線逗子駅発着の直通運転を廃止した。
東海道線では、改正直前にE233系3000番台が営業運転に投入され、E217系との共通運用が開始された。また、「湘南ライナー・おはようライナー新宿・ホームライナー小田原」の使用車両が185系・215系・251系に変更された。
総武快速線では、「ホームライナー津田沼」が廃止された。
宇都宮線では、「おはようとちぎ」の上り宇都宮発列車が、「ホームライナー古河」の新宿発列車がそれぞれ廃止された。また、東武鉄道直通特急「日光1号」の運転時刻が約20分繰り下げられた。
武蔵野線に越谷レイクタウン駅が開業した。
その他の地区
長野地区では、信越本線としなの鉄道線を直通する列車の最終時刻が最大20分程度繰上げられた。
仙台地区では、E721系の増備で455系・457系が営業運転から離脱した。
2000年代のJRダイヤ改正 2008年（平成20年）
盛岡地区では、花輪線において奥羽本線秋田駅発着の直通運転を廃止した。
東海
在来線特急列車
名古屋発の最終｢しなの｣を40分繰り下げ。
名古屋発7時台、高山発12時台の｢ひだ｣を新設。
名古屋地区在来線
名古屋地区では、中央線で昼間の普通を増発したほか、夜時間帯の普通・快速の増発・運行時間帯延長を行い、新幹線からの接続を改善した。
東海道線でも普通・快速を増発または運転区間を延長した。快速の増発に伴って、「ホームライナー」は見直しが行われ運転本数を削減した。
その他の地区
御殿場線で夕方時間帯の沼津駅発着列車の一部を東海道線三島駅発着に変更した。
西日本
在来線特急列車