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クローン・トルーパー 歴史
同時期、コマンドー部隊「クローン・フォース99」も帝国のやり方に異を唱え軍を脱走。以降は傭兵として銀河全域で活躍し、カミーノに関連する事件にも関わる。また、惑星ライロスではクローン・キャプテン・ハウザーと彼の部下である標準的なクローン兵部隊の一部が抑制チップの影響下にありながらトワイレックの民を騙し惑星を占拠しようとする帝国のやり方に異を唱え、その場で別のクローン部隊に捕らえられている。これは、抑制チップがジェダイの抹殺命令には特化しながらも、帝国への忠誠に関しては一般のクローンでさえも反抗することができることを示していた。さらに、クローンたちの間では徴兵制導入によるクローンの存在価値についてや「オーダー66」の是非、帝国の圧政に対する疑問も増えていき、それに合わせてコマンダー・コーディのように無許可離隊をするクローン兵も増えていく。保身のために真実をゆがめる帝国将校のやり方を気に食わず命令無視をするクローンの指揮官も増加し、帝国将校の間でクローンの忠誠心と正義感は次第に邪魔なものへと変わっていく。
ランパート中将の指揮下のもとで行われたカミーノの惨劇は銀河全体に「カミーノの悲劇」として伝わるが、その内容は災害によるものとして伝えられた。また、帝国軍に連行されたカミーノ・アンたちは表向きには全員が死亡したことになっている。
クローン・トルーパー 歴史
この惨劇の事実を表に出さないために、ランパートは作戦に関わった全クローン・トルーパーの配置転換を行った。しかし、ランパートのこの行動が作戦に参加したクローン大隊の兵士たちに帝国への不信感を抱かせることになる。作戦に参加したクローンたちはその真実を告発しようとするが、多くは行方不明となるか死体で発見されることになる。また、ランパートは認識番号の無いクローンの暗殺者を暗躍させ、自身に不利な証言をしようとしたクローンたちを暗殺していく。しかし、クローン軍全体にカミーノの真実はすでに知れ渡っており、クローンの多くから帝国への不信感が漏れ始めることになる。
一方、帝国元老院ではカミーノの崩壊により、これまで棚上げにされ続けていた「徴兵法案」についての議論が本格的に行われることになる。ベイル・オーガナ議員をはじめとする、後の反乱同盟軍創設に関わる議員たちは戦争が終わったにもかかわらず軍拡を推し進める帝国軍のやり方に異を唱えるも、ランパートや銀行グループなどの徴兵推進派はクローンの生産が困難になった銀河において、今なお残る反乱分子の掃討と治安維持のために徴兵は必要だとし、多くの議員がその意見に賛同した。また、残存するクローン軍に関しては一部議員から「廃棄という名の殺処分」を提案するものまでいた。
クローン・トルーパー 歴史
この法案に対し、かつて501大隊のクローンたちに助けられた経験もあるライヨ・チューチー議員は、「銀河のために命を賭して戦った英雄であるクローン兵たちへの敬意がない」「彼らの退役後の保証が万全でなければ徴兵法案を進めることは間違いである」とクローン兵の権利を訴え、その意見に賛同する議員たちの力もあり、再び徴兵法案の審議は滞ることになる。マス・アミダ大宰相はランパートに行動を促し、カミーノ崩壊に関するすべての証拠の抹消とチューチー議員の暗殺に動き出す。
クローン・トルーパー 歴史
一方、チューチーはクローン兵たちに接触し、彼らと対話することで退役後の彼らの権利獲得に動き出していた。そんな時、カミーノ掃討作戦に参加していたクローン兵・スリップが議員と接触し、ランパートがカミーノの都市に砲撃命令を出し、その事実を隠ぺいしていたことを知る。チューチーはオーガナと協力し、その事実を元老院で告発しようとするが、暗殺者の襲撃にあいスリップと自身の衛兵たちを殺されてしまう。彼女もあと一歩で殺されてしまうところであったが、スリップの依頼で現場に駆け付けていたキャプテン・レックスが暗殺者を無力化。チューチーはかつて任務で自身を守り、現在は戦死したと思っていたレックスが現れたことに驚くも、それはレックスも同様であった。チューチーから事情を聴いたレックスは暗殺者を尋問するが、識別番号不明の謎のクローンはレックスに自らを「帝国を信じる者」だと語り、歯に隠し持っていた道具で命を絶った。
クローン・トルーパー 歴史
レックスはランパートの不正を明るみにするため、脱走したクローン・コマンドー部隊「バット・バッチ」にヴェネター級からコマンド記録を盗み出すように依頼。レックスも加わりコルサントの帝国造船所に潜入した。そして情報を奪取することに成功したレックスたちはベイルとチューチーに情報を渡し、元老院の議会場で全銀河にカミーノ崩壊の真実が知れ渡った。しかし、その場に現れたパルパティーン皇帝はこの出来事をランパートの独断と断言し、ランパートに罪を着せ逮捕させた。そして、「ランパートの指示のもと、躊躇なく命令に従ったクローン部隊の従順性にも問題がある」とし、任務に参加したクローンたちからの告発があったことを明かすことなく、非道な命令にも躊躇なく従うクローン兵より銀河を守るために集った一般市民たちによる徴兵法案の制定こそが銀河の平和に必要であることを述べた。この演説に多くの議員が賛同したことで、パルパティーンは議会の場で新たな銀河の守り手となる「ストーム・トルーパー計画」の始動を宣言したのだった。
徴兵法案成立により、クローン兵の廃止は決定的なものとなるが、チューチー議員やレックス、エコーなどのクローンたちは、全クローン・トルーパーの救済のために動き出すことを決意した。
クローン・トルーパー 歴史
共和国の崩壊と銀河帝国誕生から1年後、クローンの生産終了と徴兵法案の可決により帝国は表立って新兵を正式に銀河中の一般市民から募るようになる。集められた人間の新兵たちにはTKトルーパーの装甲服や兵器が支給された。TKトルーパーたちは装備をそのままに名前を『ストーム・トルーパー』と替え、銀河全域に配備されていく。帝国の主要都市や要塞の多くは兵士がすべてストーム・トルーパーに置き換えられ、クローンたちは強制的に退役を迫られることになる。なお、一部の主要施設ではクローン・コマンドーやショックトルーパーの部隊をそのまま使用し続けており、クローンに対して差別的な将校以外からの信頼は厚かった。また、ストームトルーパー樹立初期は、部隊指揮をクローンの指揮官たちが担当しており、クローン・コマンダー率いるクローン部隊の中に装甲服の違うストーム兵たちが混ざり一緒に任務をこなしていた。一方、ストームトルーパー主体の大隊ではクローン・コマンドーたちが部隊指揮官を務めていた。
クローン・トルーパー 歴史
帝国軍将校にとって正義感と独創性、個性を発揮するクローンを快く思わないものも多く、使い捨て同然に危険な任務に導入する場合もあった。一方で、長年彼らと戦場を共にした前線の将校たちからの信頼は依然として厚く、帝国初期に軍を取り仕切った将校のハースト・ロモディ将軍やバートン・コバーン提督は彼らの強制退役に対してターキンに直接疑問を呈したほどであった。しかし、ターキンはクローンを廃止したことへの本心として「ジェダイの配下で必要以上の個性を身に着けたクローン・トルーパーたちは、時として帝国の予想しえない行動を起こし、帝国と皇帝への大きな脅威となりうる」と判断し、彼らの廃止を決めたのであった。
そんな帝国に対し反抗的な行動をあらわにするクローンたちは増加し続けることになり、ターキンの頭痛の種となった。帝国への不服従や民間人への圧政に対する反乱活動、将校の不正行為の暴露や上官の射殺など、その行動は膨らんでゆき、帝国は反乱行為を行ったクローン兵を随時逮捕、拘束することとなる。
クローン・トルーパー 歴史
一方、帝国軍を脱走したクローンたちは元・501大隊コマンダーのレックスにより組織された反乱ネットワーク『クローン・アンダーグラウンド』に参加していた。彼らは帝国内部に潜入したクローン士官らの協力やクローンの人権活動を行っているチューチー議員支援のもと、「クローンの自由」の為に帝国への反乱活動を開始した。彼らは帝国に逮捕されたクローンの奪還など、様々な活動を行い、ソウ・ゲレラと並ぶ帝国樹立初期の反乱ネットワークの一つとなっていた。
徴兵制度の導入により、帝国は銀河各地に士官学校（アカデミー）を設立。訓練を受けた一般兵の割合がさらに増加した。帝国軍は短期間で多くの人数を育成・実践投入でき、任期もクローンより長く継続できる新たな人間の兵士『ストーム・トルーパー』を手に入れ、最終的に銀河全域に兵力を伸ばした。元々、惑星の占領ではなく解放を目的としたクローン軍とは違い、銀河全域の占領を目的とした帝国軍内では全盛期には20億ものストーム・トルーパーが銀河全域に配備されていた。一方でクローンたちは加齢により続々と退役していき、クローンは帝国軍内からその姿を消していった。カノン（正史）で最終的に確認されたクローン・トルーパーはエピソード3の5年後の時点であり、コルサント市街をパトロールするショック・トルーパーの部隊のみであった。
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エピソード4でヤヴィンの戦いが発生する4年前には、クローン戦争当時に約320万人以上いたクローン兵は帝国軍から全員退役し、銀河各地で余生を過ごしているという認識が通説となっていた。退役後のクローンたちはそれぞれの人生を歩みだし、傭兵になったものや家庭を持ったもの、ホームレスになったものもいる。退役したクローン兵の多くは、クローンの人権を訴えてきたライヨ・チューチー元老院議員とキャプテン・レックス率いる「クローン・アンダーグラウンド」の手引きによってパントラに移住。戦いの中で生きてきた彼らは安息の日々を手に入れることとなった。
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だが、人数は数えるほどに減少したものの帝国に仕えたクローン兵もわずかに存在した。ダース・ヴェイダーは自身やその配下にある尋問官の直属部隊として、カミーノで製造された最後の世代である若きクローンたちによって構成された暗殺部隊「パージ・トルーパー」を組織し、ジェダイ狩りの補佐を命じていた。フォースやライトセーバーに対抗できる攻撃力を持つ対ジェダイに特化したこの部隊のクローンはフェーズⅡ・クローン・アーマーとクローン戦争時代の共和国軍の武器・兵器を愛用し、クローン戦争時のジェダイとクローンの戦術を駆使して生き残りのジェダイを追い詰めていった。この部隊は銀河帝国最後のクローン部隊となる。なお、クローンを主体としたパージ・トルーパーは帝国初期に運用されていたが、成長加速の影響もあり徐々に退役し、クローン戦争終結から10年後が舞台となるドラマ『オビ＝ワン・ケノービ』の時代にはアーマーや武器がストーム・トルーパー仕様に変更された人間の兵士に置き換わっている。
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また、彼ら以外にもインペリアル・ガードの隊長として皇帝の警護をしていた者や軍の教官として新兵の育成に従事した者、ストーム・トルーパーとして軍務に残ったクローンがごく僅かに存在していた。例として、ダース・ヴェイダーに仕えたクローンの軍曹・クレストは一般の人間で構成されたストーム・トルーパー分隊の指揮官としてヴェイダーの下で数多くの任務をこなした。クレストはクローン戦争にも参戦した兵士であり他の兄弟が退役した後も帝国軍に残った数少ないクローンの一人であった。当初、加齢した身体も影響して何度か任務を失敗しており、ヴェイダーからも「おまえは現役勤務ができないほど古ぼけたのか」と叱責を何度も受けていた。しかし、ヴェイダーはそれでも彼を処分せず自身の下に置き、クレストが反乱分子相手に戦果を収めた時には彼を中尉に昇格させている。彼のように帝国軍内の残ったクローンもいたが、帝国軍将校の間で「クローンがすべて退役した」という認識が一般化されていた通り、『エピソード4』の段階で帝国軍内にクローンの姿を見かけることは稀となっており、その多くが銀河全域に散らばり余生を過ごしていた。
クローン・トルーパー 歴史
ヤヴィンの戦い（エピソード4）以降の時代に軍務についていたクローン兵として知られるトレント軍曹（TX-828）は、帝国保安局のアレシア・ベック中佐に仕え部隊を率いていた。最初、トレントの姿を初めて見たベックはそれ以前にクローンと軍務を共にした経験がなく、その存在自体に驚いた。また、ある事件で彼の素顔をみたハン・ソロも彼の顔に見覚えを感じていた。トレントは通常の人間で構成される自身のストーム・トルーパー部隊にクローン軍特有の戦闘技法と効率性を教授しており、この部隊は賞金稼ぎの集団を瞬時に一掃したほか、手練れであるハン・ソロとチューバッカを捕縛するなど優れたチームワークを発揮している。また、トレント個人としても、賞金稼ぎ2人を瞬時に射殺する技量を見せるなど、クローンのリーダー性や戦闘技能を自身の上官に示し信頼を勝ち取った。トレントのほかにもクローンの存在はわずかに確認されていた。
一方で、一部のクローンは帝国のあり方に異を唱え反乱同盟に参加していた。中でも、キャプテン・レックス（CT-7567）として知られた元501大隊指揮官は帝国設立初期に行われた初期反乱運動に参加したほか、反乱同盟軍結成当初から主要幹部の一人として参加しており、ベイル・オーガナ、モン・モスマ、ジャン・ドドンナ将軍など同盟軍主要メンバーと共に作戦の立案や部隊指揮を行っていた。また、コマンダー昇格後はヘラ・シンドゥーラ将軍指揮下の『ゴースト』チームと共にエンドアの戦いを含めた数々の反乱に参加し、帝国の崩壊に貢献した。
クローン軍時代の指令系統や部隊などの多くはそのまま帝国にも引き継がれており、反乱同盟軍に所属するクローン・キャプテン・レックスは共和国軍時代に自身とクローン・コマンダー・コーディが作成した認証コードを利用して潜入任務を行うことがあった。また、クローン戦争を生き残ったクローン兵たちは帝国のストーム・トルーパーや一部の将校たちから英雄視されており、クローン兵の英雄的活躍は後のストームトルーパーの志願者を多く生み出す要因となる。帝国軍の将軍でターキンの副官であったハースト・ロモディやジェダイ将軍プロ・クーンの配下で提督を務め、帝国樹立後は高官を務めたバートン・コバーンはクローン軍の忠誠心と正義感、戦闘技術を高く評価しており、彼らを退役させることに対して反対していた。帝国元老院にはクローンの人権を訴える議員も多くいたとされている。反乱同盟に参加する人々の多くも、分離主義の侵略から人々を救ったクローン・トルーパーを英雄として見ており、クローン・パイロットがスターファイターで空を自由に飛んでいる姿を見たことでパイロットを志し、自身もクローンたちに命を救われた経験を持つ反乱同盟軍のヘラ・シンドゥーラ将軍は、クローンを憎みストーム・トルーパーとクローンを同一視しているジェダイのケイナン・ジャラスにクローン・トルーパーとストーム・トルーパーは別物で銀河を救った英雄だと話している。彼女の父で惑星ライロスのレジスタンスのリーダーであり、クローン大戦時にはクローン・トルーパーと共闘した経験を持つチャム・シンドゥーラとその部下たちは帝国の指揮下で惑星を軍事的に支配したクローン部隊を敵と認識しつつも決して殺すことは無く、キャプテン・ハウザーなどクローンの一部とはむしろ友好的な関係を築いていた。また、チャムは分離主義者から惑星を解放したクローンに敬意を表しており、自分たちの武装にクローン軍の武器を使用しているほか、肩当などの装備にクローン・アーマーを使用している。銀河各地の戦場になった星の住民たちは英雄であり死んでいったクローンたちの慰霊碑を立てて彼らに祈りをささげた。
一方で、帝国軍将校の多くはクローンを人として扱わないものも多く、まだクローン軍が主力であった帝国樹立初期の時代にはあえて識別番号で呼ぶものもいた。また、保身のために不正を隠そうとしても、そのすべてを包み隠さず報告し、市民の安全を優先したり間違った命令には従わないクローンたちの誠実さを疎ましく思う将校も多く、徴兵によるTKトルーパーの導入を歓迎するものも多かった。分離主義者が統治していた惑星に関しては戦時中に身内をクローンに殺されたものも多く、帝国初期のクローンによる惑星の占領に反対する市民も多く存在した。生き残りのジェダイたちの一部はクローンに対して強い憎悪を抱いており、生き残りのパダワン・ケイナン・ジャラスやパダワン・カル・ケスティスは彼らを憎んでいた。しかし、ケイナンは後にクローン・キャプテン・レックスと和解し彼と親友と呼べる間柄となる。カルもクローンの行動を理解できないとしつつも、彼らも皇帝の駒に過ぎなかったことは理解している。クローン戦争を知らない次世代の少年であるジェダイ・パダワンのエズラ・ブリッジャーは、クローンとジェダイの関係を理想的な相棒として見ており、生き残りのジェダイのケイナン・ジャラスと、元クローン兵のキャプテン・レックスの2人を「相性のいいコンビ」「ジェダイとクローンなら納得」と考えている。
帝国崩壊後、その遺志を引き継いだ組織ファースト・オーダーは新世代のストーム・トルーパーの育成にジェダイとクローン・トルーパーの両方の教育・訓練方針を採用した。これは、誘拐した子供に幼少期から徹底した軍事訓練を行い忠誠心を植え付けることで、銀河帝国時代のストーム・トルーパーより優れた兵士を生み出す方法である。この方法論は、クローン・トルーパーの戦闘技術を高く評価していた元共和国軍将校、ブレンドル・ハックス将軍によって考え出された。
帝国崩壊から30年後、海賊のサイドン・イサノは、クローン戦争時代にパニマ・ターミナルに墜落した船を発見する。この船にはかつて分離主義者のリーダーの一人であったドゥークー伯爵の秘宝が眠っていると言われ、イサノはクルーを率いて捜索に向かう。そこで彼らが見つけたのは、冷凍睡眠にかけられた501大隊衛生部門のクローン・トルーパー・キックス（CT-6116）であった。クローン戦争時代、ある事件をきっかけにクローンについて疑問を持ち、オーダー66の陰謀を独自に突き止めたキックスは、この秘密を伝える前に分離主義者に誘拐され冬眠状態にされた。それから50年後、イサノによって目覚めさせられたキックスは共和国の終焉について知り、「銀河系最後のクローン」となった自身がジェダイや共和国にできることはもう何もないと考え、イサノのクルーとして活動していくことになった。
ディズニーによる買収劇の後、レジェンズ（非正史）扱いとなった設定では、ゲーム『スター・ウォーズ バトルフロントII（2005年版）』にて、自身らがシスの暗黒卿の謀略に利用された事に気付いたカミーノ人たちが、最初のクローン兵が製造されてから約20年後頃（エピソード3直後）に帝国に反旗を翻し「アンチ＝トルーパー」なるクローン兵を用いた反乱を行うも敗北、クローン製造施設も破壊されている。この戦いを経て皇帝パルパティーンは単一の遺伝子からなる軍隊の問題点を感じ、クローン兵を帝国軍の主力にすることを辞めたとされる。
クローン・トルーパー ARCトルーパー
ARCトルーパー（ARC Trooper/アーク・トルーパー）、正式名称はアドバンスト・レコン・コマンドー（Advanced Recon Commando、上級偵察コマンドー）。クローン・トルーパーの精鋭兵士であり、一般のクローン・トルーパーと同じように惑星カミーノで製造された。しかし、初期のARCトルーパーにはクローンのために遺伝子を提供し、戦闘に関しては銀河屈指の腕を持つ賞金稼ぎジャンゴ・フェットの提案により成長加速以外の遺伝子操作が一切施されていない。そのため、一般人とほとんど変わらない自我と柔軟性を持っており、上官（大抵は将軍に任命されたジェダイ）が訓練によって培った自分達の戦略・作戦観念に反する指令を出しても堂々と反論する。特殊作戦を専門とする兵士として育成された彼らは、想定外の出来事にも的確かつ冷静に対処し、チームとして活動するときは完璧なチームワークと手信号によって隠密かつ迅速に展開することができる。装備に関しても一般のクローン・トルーパーよりも高性能の装甲服（ポールドロン、ベルト＝ケープ、保護プレート、サバイバル・パックなど）に身を包んだ彼らは、ブラスターライフルやブラスターピストルの他に任務に応じて無反動砲やガトリング型ブラスター・キャノン等の重火器を携行することもある。
クローン・トルーパー ARCトルーパー
ARCトルーパーは、成功困難である極めて複雑で危険な任務に単独、又はツーマンセル以上のチームで派遣されることが多かった。また、戦争が長期化するにつれ、個々のARCトルーパーがクローン大隊を率いることが多くなり、クローン・コマンダーやクローン・キャプテンと同等に部隊指揮官としての活動も増えていく。中でもコマンダー階級のクローンは「クローンARCコマンダー（Clone ARC Commander）」という階級が与えられていた。アニメ「クローン・ウォーズ」では、クローン訓練兵の間でARCトルーパーになることはクローンとしての夢であり憧れであることが語られている。
クローン・トルーパー ARCトルーパー
初期の個体はジャンゴ・フェットから直接訓練を施されており、ジャンゴ・フェットのクセであるガンスピン等のガンプレイや性格に影響を受けた者も何人かいる。しかし、教官であるジャンゴ・フェットがジオノーシスの戦いにて落命したため、彼から直接訓練を受けたARCトルーパーはごく少数に留まる。その後、ARCトルーパーの一部は教官としてカミーノを都度訪れ、次世代のARCトルーパーになる兵士の育成に取り組んだ。ARCトルーパーに選ばれるのは指揮官となるために自我の抑制を極力無くした個体が多かったが、戦闘の長期化に伴い自我が抑制されているはずの一般の兵士が、経験を積み戦果を挙げることでARCトルーパーへの転属・昇進を認められるようになる。代表的な例としては第501大隊所属のファイブス、エコー、ジェシーは一般兵からARCトルーパーにまで昇進したトルーパーである。
なお、ARCトルーパーはあくまでも兵科の一つであり、ARCトルーパーに昇格しても、誰もが指揮官（中佐以上）の階級に昇進できるわけではなかった。新兵から昇格して生死不明となる短い期間を第501大隊のARCトルーパーとして過ごしたエコーはARC昇格後に伍長、第501大隊の古参兵として多くの戦いで小隊を指揮してきたジェシーはARC昇格後に中尉の階級に昇進している。そのため、クローンたちの憧れの兵科ではあるが、同じ部隊にARCがいた場合にもその階級が低い場合には、彼らに対し同僚や後輩に対するようなフランクな接し方をしているトルーパーも多く、ARCたちも一般兵に対して友人のように接していた。一方で、ARCコマンダーや第一世代のARCトルーパーは軍内でも高い権限を有しており、カミーノで教官を務める賞金稼ぎたちも、彼らには敬意をもって接していた。
クローン・トルーパー クローン・コマンドー
別名リパブリック・コマンドー（Republic commando）は、共和国クローン軍の中でARCトルーパーと対をなす代表的な特殊作戦部隊の兵士である。自我の抑制がほとんど行われなかった初期のARCトルーパーと違い、クローン・コマンドーはARCの独立心を危険視し従順性を求めたカミーノの技術者により、通常のクローンと大きな差のない程度に自我の抑制が行われている。しかし、高度な戦術訓練を受けた彼らは単体でも標準的なクローンを上回る戦果を挙げた。
クローン・コマンドーは単体でも優秀ではあるが、部隊行動においてその真価を発揮する。4人組の分隊単位で作戦を実行する彼らは、主に戦場にて敵の主要拠点となる堅固な要塞・基地への破壊工作、作戦妨害に投入された。単体又はツーマンセルでの活動が多く独断で作戦を実行することも多いARCトルーパーと異なり、チームでの連携と指揮系統を重視したクローン・コマンドーは数多くの戦場で共和国に勝利をもたらしている。
クローン・トルーパー クローン・コマンドー
特殊作戦に投入される彼らは装備・武器も他の部隊とは異なる。装甲服には通常のブラスターでは簡単に貫通できない強固な素材で作られたカターン級コマンドー・アーマーを装備し、武器にはブラスターモードからアタッチメントを取り付けることにより瞬時にグレネードランチャー等に装備を付け替えれるDC-17Mブラスター・ライフルや近接格闘を想定して手甲に仕込んだバイブロブレードなど多種多様な武器を使用して工作任務を遂行する。
クローン・トルーパー クローン・コマンドー
クローン大戦では様々なコマンドー部隊が戦場で名を馳せた。クローン戦争の最初の戦いであるジオノーシスに投入された「デルタ分隊」は多くの任務で作戦を遂行し、その活躍はジェダイ評議会にも知れ渡っていた。コマンダー・コーディが率いる第212突撃大隊に属していた「フォックストロット・グループ」はコマンドー・キャプテン・グレガーが指揮官を務めていた。この部隊は共和国史上最大の負け戦とも言われるサーリッシュの戦いで戦闘中行方不明となる。その後、記憶喪失の状態で発見されたグレガーは、ある事件をきっかけに記憶を取り戻し、共和国軍への奇襲攻撃阻止に貢献。さらに彼は、バイオチップを頭部から取り除きオーダー66に参加せず、十数年後には反乱同盟に参加している。コマンドー・サージェント・ハンターが率いる「クローン・フォース99（別名：バッド・バッチ）」は意図的に遺伝子の大きな改変を受けた奇形クローンによる部隊であり、一騎当千も可能なほどの戦闘能力を秘めるこの実験的部隊も各地で極めて大きな戦果を挙げていた。
帝国樹立後、コマンドーたちは戦線を離れ、帝国の重要施設の警備任務のほか、帝国軍の新戦力である非クローンの人間の男女により構成されるストーム・トルーパーの訓練教官となる。しかし、自分たちの代わりに台頭することになる彼らを快く思わなかったコマンドーたちは、彼らにすべての技能を教えることはなかった。
ストーム・トルーパーが正式に認可されると、彼らの指揮官を務めたほか、主要施設や要人の警護を主任務としていた。帝国時代初期のコマンドーたちは下士官やコマンダークラスに昇格しているものが多く、ストームトルーパー小隊や大隊の指揮を執る関係上、単体での活動が多かった。また、各クローンコマンダーの補佐官としてクローンコマンドーが置かれているケースもあった。
少なくともエピソード4の5年前には解体・退役となっている。
クローン・トルーパー クローン・シャドウ・トルーパー
クローン・シャドウ・トルーパー（Clone shadow trooper）はクローン戦争が激化する中で「クローン情報部」に新設された潜入・スパイ任務を専門とするエリート部隊。新設の背景には戦争の激化によるARCトルーパーの減少も影響していた。
彼らの装甲服は通常の装甲服を漆黒に染めただけのようにも見えたが、この装甲服に備えられた装置は潜入任務に特化した高価な装置ばかりであり、特殊なセンサーにより他の人間や種族の姿を投影して変装する装置やジャンゴのクローン特有の歩き方を偽ることもできる装置、電波妨害装置など、潜入やスパイ任務に必要な多くのシステムを備えていた。ただし、この妨害装置は通常のクローン部隊の装備に影響を与えてしまうため、シャドウたちは通常部隊との合同任務を行うことはできなかった。また、彼らの使用するDC-19・ステルス・カービンは銃弾の音を消す音声抑制器のほか、僅かな弾数ではあるが目では視認できない銃弾を発射することが出来た。
クローン・トルーパー クローン・シャドウ・トルーパー
彼らの任務は戦闘ではなく隠密活動がメインであり、敵地への偵察やスパイ任務、情報収集が主となっていたが、その内容は通常の偵察部隊よりもはるかに危険な潜入任務が殆どであった。ARCトルーパーのように単独、又はツーマンセルで行動する彼らは任務中は変装をしていることが多く、その存在を実際に視認できた人物は敵や味方も含めごくわずかといわれている。高い戦闘技術も備えていた彼らは前線に投入されることもあったがジャミング装置の影響で通常部隊との合同任務は不可能であったため、基本的には大規模部隊を投入する大きな作戦の際に先行して敵地に侵入し妨害作戦を実行する任務に就いていた。彼らの妨害技術はクローン戦争終盤の「ウータパウの戦い」でジェダイ将軍のオビ=ワン・ケノービが囮になっている間に敵に気づかれることなく大規模部隊を都市に送り込むことに成功している。
帝国樹立後は要人警護や主要施設の警備任務に割り当てられ、皇帝の宝物庫の警備も担当していた。その能力を評価した尋問官・ヴァリン・ドレイコは彼らを自身の任務に同行させていた。その後、クローンが全員退役となって以降はストーム兵団内に彼らをモデルにした新部隊であるストーム・コマンドやシャドウ・ストームトルーパーが誕生している。
クローン・トルーパー クローンXトルーパー
帝国樹立直後から戦争終結1年後の18BBYまで活動が確認されている、帝国先端科学部門ドクター・ロイス・ヘムロックとクローン・コマンドーのコマンダー・スコーチ指揮下のクローン師団の1つ。CXトルーパーやクローンアサシンの名称でも呼ばれたこの部隊は暗殺や工作活動が主な任務であり、その多くが帝国に反する元老院議員とクローン兵たちの殺害であった。その為、元501大隊コマンダーのレックス率いる反帝国組織「クローン・アンダーグラウンド」や彼らに協力する異端のクローン・コマンドー分隊「クローン・フォース99」と戦闘を繰り広げていた。
この部隊に所属するクローンたちはドクター・ヘムロックが独自に選別した少数のクローン達であり、ヘムロックは彼らに独自の潜入プログラムの訓練を施した。また、Xトルーパーたちはクローンの大きな特徴であるアイデンティティを抹消されており、感情の起伏が薄く、帝国への忠誠心が高かった。識別コードも抹消され、それぞれが「CX-1」「CX-2」などの番号で呼ばれている。これは、ヘムロックがクローンの個性や独創性、そして「兄弟への忠誠心」が帝国の時代では大きな欠点になると考えていたためである。
クローン・トルーパー クローンXトルーパー
クローンとは大きく異なる黒い装甲服にスナイパーライフルやをエレクトロソードを主な装備とする彼らは、帝国軍内でもその存在は明かされておらず、任務に失敗すれば即座に自害するように訓練されていた。その戦闘能力は近接戦闘、狙撃能力、潜入能力などすべてにおいて高水準であり、レックスら指揮官クラスのクローンや不良分隊と互角の戦いを繰り広げている。
クローン・トルーパー パージ・トルーパー
パージ・トルーパー（Purge Trooper）は、帝国軍樹立後に設立された対ジェダイに特化した特殊ユニットであり、帝国最後のクローン・トルーパー部隊。非クローンの人間で構成されるようになった帝国軍において唯一、ジャンゴ・フェットのクローンで構成されたこの特殊部隊は、元ジェダイを中心としたフォース感応者による暗黒面の組織「帝国尋問官（Imperial Inquisitors）」の専属部隊として、オーダー66を生き残ったジェダイの討伐を専門に活動していた。最後に製造された世代のクローンを中心に組織された彼らは、クローン戦争時代と同じく、クローン・アーマーにクローン戦争当時の武器を使用していた。また、対ジェダイ専用にエレクトロスタッフ、エレクトロバトン、エレクトロハンマーを装備し対ライトセイバー戦にも対応できた。また、フォースに対する知識にも富んでいた彼らはフォース・プッシュ等の技にも即時に対応し、対ジェダイ戦で彼らを苦しめた。
クローン・トルーパー パージ・トルーパー
装甲服はクローン戦争時の空挺部隊と同じくビーハイブ型のヘルメットを装着し黒のクローン・アーマーに赤い差し色が入った装甲服を装着していた。武器はクローンと同じくDC-15Aブラスター・ライフルを装備。ジェダイとの白兵戦の際にはエレクトロスタッフ、エレクトロバトン、エレクトロハンマーなどの対ライトセーバー用の近接戦闘武器やフォースを想定した近接格闘により、未熟なジェダイであれば一対一であっても互角の戦いが行えた。
通常、パージ・トルーパーは尋問官かパージ・トルーパー・コマンダーの指揮のもと活動し、クローン・トルーパーが使用していた戦術を駆使しながら、かつてのジェダイとクローンのように尋問官と連携して生き残りのジェダイを狩っていった。
なお、クローンを主体としたパージ・トルーパーは帝国初期に運用されていたが、成長加速の影響もあり徐々に退役し、クローン戦争終結から10年後が舞台となるドラマ『オビ＝ワン・ケノービ』の時代にはアーマーや武器がストーム・トルーパー仕様に変更された人間の兵士に置き換わっている。
クローン・トルーパー 兵科・部隊
銀河系全体でクローン戦争が広まり、クローン部隊も様々な環境下での戦いを要求された。クローンの中には特殊な環境下での戦闘を目的とした兵科が多く誕生した。そうした数多くある兵科・部隊の中でも特に代表的なものを以下に列挙する。なお、クローンはどの専門分野に関してもある程度の訓練は受けており、専門部隊所属のクローン兵ほど特化した技術はないが全クローンたちが各種兵器やスターファイターを平均以上の技術で扱うことができた。劇中でも一般のクローン兵がファイターやガンシップを操縦して戦闘に参加するシーンが描かれている。
クローン・トルーパー・パイロット：共和国軍の戦闘兵器・スターファイターの操縦訓練を受けたパイロット。 多くのクローン・パイロットはマンダロリアン・プロテクターのフェン・ラウより訓練を受けており、ドロイドよりも柔軟な思考力と操縦技術で共和国宇宙軍の柱となる。主力艦・ヴェネター級スター・デストロイヤーの守り手として大量のドロイドファイターから艦隊を守る役割も担い、後の帝国軍がインペリアル級スター・デストロイヤーを数多く撃破された理由の一つとして「戦闘機による守りが薄くヴェネター級艦と比較して防御力に劣る」と評されている点から、その技能も後世に高く評価されている。
クローン・トルーパー 兵科・部隊
ARFトルーパー（アーフ・トルーパー）：アドバンスト・レコン・フォース・トルーパーの略。サバイバル技術に特化した偵察専門部隊であり、各大隊に一定数の部隊が配備されている。装甲服も軽量化され、素早い行動を必要とする偵察任務を可能にした。通常戦闘ではAT-RTウォーカーなどを操作しながら兵士たちをサポートしている。彼らの潜入技術は腕利きの賞金稼ぎが存在に気が付かないほどであった。
クローン・シャドウ・トルーパー：ARCトルーパーに変わる新しい兵科として新設された漆黒の装甲服が特徴の「クローン情報部」の偵察ユニット。クローン軍に存在する偵察・潜入部隊の中でも最上級といわれる技術を持ち、秘密任務やスパイ任務を遂行するためのジャミング装置や変装装置など特殊な装備を備えている。その装置の影響もあり、通常の部隊と合同任務を行うことが困難であったため、戦闘に投入される際には大規模部隊を投入する前に敵都市に潜入して妨害装置を設置するなどの任務を務めた。帝国樹立初期には施設及び人物の護衛要員を務め、皇帝の宝物庫の警備もしていた。
第501大隊
クローン・トルーパー 兵科・部隊
クローン・キャプテン・レックス（終戦時にはコマンダーに昇進）が率いる青いマーキングを施し、共和国軍の中でも有数の精鋭として名を馳せたクローン大隊。ジェダイ将軍アナキン・スカイウォーカーの指揮の下で戦ったこの部隊は銀河でも最高の大隊として知られ、数多くの戦いで勝利をおさめた。所属するクローンもアナキンの影響を受けて個性的で感情的な思考を持つクローンが多い。アナキンや彼に影響を受けたレックス、そしてファイヴスやジェシーなどの士官クラスのクローンたちは絶望的な戦況において常に型破りな戦術を駆使し、ジオノーシスの戦いから終戦であるマンダロア包囲戦までの勝利困難と言われる歴史に残る戦いを生き抜いた。また、ファイブス、エコー、ジェシーのように一般兵からARCトルーパーを多く輩出している。
クローン・トルーパー 兵科・部隊
彼らを率いるアナキンは常に最前線に立ちカリスマ性があるだけでなくクローンたちにも友人のように気安く接しており、クローン・トルーパーを『兵士以上の存在』と高く評価していた。そんな彼に心酔しているクローンも多く、彼のためなら命を投げ出してもかまわないと感じている者も多くいた。第501大隊のクローンたちはジェダイ評議会や軍上層部の命令よりアナキンの考えを優先し、アナキンのためにジェダイ評議会に嘘の報告をするなど、クローンらしからぬ行動をするものが多かった。アナキンも彼らを心を許せる数少ない存在と認識しており、他のジェダイに指揮権を譲ることを拒否する場面もあった。中には自身の出生やパドメとの秘密の婚約というジェダイの掟に反する行為を打ち明けられていたクローンもいる。ジェダイらしからぬ好戦的なアナキンの戦術についても多くの隊員が高く評価しており『スカイウォーカーの任務はただの輸送任務でも攻撃に変わる』というジョークが501大隊のクローンたちの中で言われていた。オーダー66発令後もヴェイダーとなったアナキンへの忠誠心は変わらず、ジェダイ聖堂包囲作戦でも彼の命令に従いジェダイを虐殺した。この時の501クローン大隊のヴェイダーへの忠誠心はもはや盲目的な服従に匹敵するものであった。
クローン・トルーパー 兵科・部隊
オーダー66以前にジェダイとの戦闘経験もあり、共和国を裏切ったジェダイ・マスター、ポング・クレル将軍の裏切りに気付いた彼らは第212大隊と協力し、現場のクローンのみの判断でクレルの指揮官権限を剥奪。戦闘の末、逮捕し処刑している。また、阻止こそ叶わなかったが、オーダー66の真実に最も近づいた部隊でもある。また、アナキンのパダワンであるアソーカのライトセーバー訓練も彼らの任務の一つであり、アソーカへの戦闘訓練をクローンたちが監督していた。当初はクローンたちを相手に数秒と持たず倒されていたアソーカは、終戦の年にはレックスに倒されることはあっても501大隊の兵士たちを相手に5分間の戦闘続行が可能なほどに戦闘技術が成長していた。また、501大隊のクローン兵の対ジェダイへの技能も鍛えられた結果、ジェダイ聖堂襲撃の際には部隊に多数の犠牲者を出しながらも聖堂内にいたほぼ全てのジェダイを虐殺。ドラマ『オビ=ワン・ケノービ』では、分隊単位のクローンでひとりのジェダイを確実に射殺する描写が描かれている。
クローン・トルーパー 兵科・部隊
クローン戦争終盤（エピソード3）では部隊を2つに分け、アナキン率いる本隊はクローン・サージェント・アポーを指揮官としてコルサントを防衛し、コマンダー・レックスはARCトルーパー・ジェシーやクローン・キャプテン・ヴォーン、第501大隊古参兵のリッジらと共に第332中隊として別動隊を率いて共和国軍軍事顧問であるアソーカ・タノと共に元シス卿ダース・モール率いるマンダロリアン・スーパー・コマンドーを殲滅するために惑星マンダロアで戦闘を繰り広げていた。オーダー66が発令されるとアナキン改めダース・ベイダーは第501大隊を率いてジェダイ聖堂を襲撃し制圧。第501大隊はジェダイを最も多く殺害した部隊として名前が知られることになり、「ヴェイダーズ・フィスト（ヴェイダーの拳/Vader's Fist）」の異名で呼ばれるようになる。一方、レックスが率いていた第332中隊を含む第501大隊の別動隊の乗ったクルーザーはオーダー66発令直後に墜落。公式には、アソーカやレックスを含めた第501大隊の全搭乗員は死亡したことになっている。墜落現場には多くのクローン兵が埋葬されており、戦争終結から数年後にはダース・ヴェイダーも現場を訪れている。
第212突撃大隊
クローン・トルーパー 兵科・部隊
第7空挺兵団に所属するクローン部隊であり、クローン・コマンダー・コーディが指揮を執るオレンジ色のマーキングを施した部隊。ジェダイ将軍オビ＝ワン・ケノービが率いたこの部隊は苛烈な正面攻撃と上空からの降下作戦、陸空からの包囲戦技術で高く評価された。オビ＝ワンの弟子であるアナキンとの共同任務の多さから、第501大隊とは共同任務を多くこなしており、隊員同士の交流も深かった。クローン・コマンドー部隊「フォックストロット・グループ」や、他の部隊からも狙いを外さないことで知られるクローン・コマンダー・オッド・ボール率いるパイロット部隊「スクワッド・セヴン」も所属する。分離主義者のグリーヴァス将軍との遭遇率が高く、幾度となく彼の部隊と戦闘を繰り広げている。クローン戦争終盤、ウータパウの戦いではグリーヴァスを含めたドロイド軍団を壊滅させ、クローン戦争を事実上終戦させた部隊として名を残すことになる。
同部隊指揮官のコマンダー・コーディーは帝国樹立後まもなく、オーダー66への疑問や帝国の圧政に反発して軍を無断離隊している。
第104大隊
クローン・トルーパー 兵科・部隊
クローン・コマンダー・ウォルフ率いるクローン大隊。別名ウルフパックと呼ばれ、所属隊員は全員オオカミの紋章が入った装甲服を身に着けていた。ジェダイ将軍プロ・クーンに率いられたこの部隊は、様々な戦場で活躍し、救出作戦や紛争・災害などの被害にあった惑星への救援・支援任務に従事することが多かった。彼らの乗るガンシップには全てにプロ・クーンの顔とクローンのヘルメット、「Plo's Bros（プロの兄弟たち）」という文字が描かれていた。
第41精鋭兵団
クローン・コマンダー・グリーが率いる緑色のマーキングや迷彩色のマーキングの装甲服を着た部隊。主に分離主義者の進攻を受けた惑星にて様々な異種族との交渉や軍事指導、協力体制の構築をメインとする部隊であり、所属するクローンは様々な言語や伝統に通じているものが多い。戦争終盤にはマスター・ヨーダと共にキャッシーク防衛線に1個大隊が派遣され、ウーキーの戦士たちと戦力差のある戦いを生き抜いた。
第91機動偵察兵団
クローン・コマンダー・ネーオが率いる部隊。所属するクローンは偵察任務とスピーダーバイクによる機動戦闘に特化しており、戦地での事前調査や侵攻経路の確保などの任に就くことが多かった。そのため、装備も基準の装備より軽装である。同部隊所属でネーオの所有するピット・ドロイド・WAC-47伍長は、R2-D2等を含むジェダイ騎士団所属のドロイドを中心にジェダイ・マスター・メイス・ウィンドゥが編成した特殊部隊「D分隊」の中で唯一、クローン軍から選抜されたドロイドである。
クローン・フォース99
通称『バッド・バッチ（不良分隊）』。意図的な突然変異により生まれた特殊技能を持つ4人のクローンコマンドーで構成されている。後に元・ARCトルーパーも加わり5人編成となるも、クローン戦争終結直後、帝国の樹立と共に、部隊内で帝国に対する意見の相違があり、クロスヘアーが部隊を抜け、残りのメンバーは軍を脱走することになる。その高い戦闘技能は『一個師団と同等の戦力』ともいわれるほどであり、数多くの危険な任務を成功に導いた。特定の上官は存在せず、これまでに指揮官として、クローン・コマンダー・コーディの指揮下で戦ってきた他、クローン・キャプテン・レックスやジェダイ将軍アナキン・スカイウォーカーの指揮下でも活躍した。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
クローン・キャプテン（後にコマンダーに昇進）のレックスが率いる青いマーキングの精鋭部隊。ジェダイ将軍のアナキン・スカイウォーカーと彼のパダワン・アソーカ・タノと共に数多くの戦いで勝利をおさめ、彼らに影響され個性豊かで型破りなクローンが多く所属する。オーダー66の際にジェダイ聖堂を襲撃した部隊でもある。また同時期にアソーカやレックスを含めた大隊の主要メンバーの属する別動隊を乗せたクルーザーが墜落。公式には搭乗員全員が死亡したことになっており、墜落現場にはARCトルーパー・ジェシーを含めた多くの第501大隊のクローン兵が埋葬されている。
キャプテン・レックス(Rex/CT-7567)
装甲服の随所に青い塗装が施された第501大隊所属の大隊指揮官を務めるキャプテン（大尉）。終戦時にはコマンダー（中佐）に昇進した。認識番号はCT-7567。第501大隊全体を指揮しているが、その中でもトレント中隊を主力として指揮下に置いている。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
アナキン・スカイウォーカーの副官を務めたクローン・トルーパーであり、彼と彼のパダワンであるアソーカ・タノと共にクリストフシスの戦いをはじめとする多くの戦場に従軍している。また、アナキンがオビ＝ワン・ケノービと行動を共にする機会が多い為、彼の指揮下にあるコーディと行動を共にする事もあり、上官であるコーディを呼び捨てるなど階級の枠を越えた友情を築いていた。特にリシ・ムーン（第5話「ルーキーたち」）にあった前哨基地では実戦経験のない新人クローン・トルーパー達を彼と共に指揮し、基地を占領していたドロイド・コマンドーを倒し、基地を破壊。これによって共和国軍に異常を知らせ、敵艦隊を撤退に追い込んでいる。後に彼はリシ・ムーンで共に闘い生存した2名のクローン・トルーパーのエコーとファイヴズを第501大隊に入隊させている。アンバラの戦いでは、一時的に部隊の指揮から外れることとなったアナキンの代わりを務めたジェダイ将軍ポング・クレルの無謀な命令や部下を物として扱う態度に「我々は人間」「部下の命を守ることが仕事である」と抗議した。その後、クレルが裏切り者であることを知ったレックスは彼を逮捕することを決意し、部下たち率いて彼と拘束しに向かう。戦闘の末、クローン兵のみで拘束することに成功（その後クレルは銃殺刑が命じられるが、執行直前にレックスの部下の一人ドグマにより射殺される）したが、この事件をきっかけにクローン戦争の在り方、戦後、クローンはどうなるのかについて疑問を持ち始める。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
柔軟な思考の持ち主であるレックスは、上官であるジェダイに対しても堂々と自分の意見を述べ、階級よりも経験を重視している。後にレックスはアナキンの影響を受け、恐れ知らずの戦士として知られるようになる。また、アサージ・ヴェントレスのマインド・トリックに耐えうるだけの精神力を持ち合わせており、マインド・トリックにかかったふりをしてアナキンに危機を知らせることに成功している。アナキンとはクローン大戦を通して共にいることが多く、友人としての関係を築いている。アナキンのためなら命を捨てることもいとわず、軍やジェダイ評議会の命令よりアナキンの命令を優先することもある。アナキンとパドメの結婚については本人から聞いており、彼らが夫婦としての時間を過ごすためにジェダイ評議会や軍上層部に根回しをしたり、アソーカの監督役を引き受ける、戦場でパドメと通話する時間を作るためにオビ=ワンを相手に時間稼ぎをするといった場面もあった。アナキンとパドメが自ら結婚の秘密を明かしていたのはレックスのみであった。こうした事もあり、レックスはアナキンからも数少ない理解者の一人として信頼を得ていた。アナキンの弟子であるアソーカとも上官と部下としてだけではなく友人関係を築いており、ときには「アソーカ」と名前で呼ぶこともある。また、アソーカに対し軍事や礼儀作法などの指導を行うこともあった。また、ライトセーバー訓練の監督役を担うこともあり、終戦までの3年間、アナキンと共に彼女に戦闘訓練を施していた。終戦までにアソーカは501大隊を相手に5分間生き残れるほどにまで技術を磨き上げたが、それでもレックスは一瞬の隙をついてアソーカを倒しており、ジェダイを相手でも後れを取らない戦闘技能を見せている。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
他のクローンとレックスとの最大の違いは、短い金髪（スキンヘッドと表記されることも）だということである。彼は常に所属部隊を示す青い塗装が施された装甲服に身を包み、指揮官が身に付けるカーマ（腰巻）と青いポールドロン（首周りを覆う肩あて）を身に着けている。また、2丁のブラスター・ピストルを装備し使用することが多いが、状況に応じてブラスター・ライフルも使用している。
大隊指揮官という立場であり、さらに多くの功績をあげてきたにもかかわらず終戦直前まで階級はキャプテンのままであった。これに対し、コマンダー昇進後にアソーカに対し「自分はコマンダーという階級が好きじゃない」と話している。
クローン大戦が終盤に差し掛かった頃、タップが上官のジェダイを突発的に射殺する謎の事件を発端として、クローン達の脳に取り付けられた「行動抑制チップ」に隠された真の目的となるプログラム「オーダー66」の存在を知った部下ファイブスの最期の言葉を耳にしたレックスは、数名の仲間と共に密かに調査を続ける。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
クローン大戦最後の数週間、ジェダイを離反したアソーカ・タノの要請によりレックスはマンダロアへ派遣される。久しい友の再会に喜ぶ第501大隊であったが、コルサントからの救援要請を受けた第501大隊は部隊を二つに分けて任務を遂行することになる。その際、ジェダイでも共和国軍人でもないアソーカの立場を問題視したオビ＝ワンを納得させるため、アナキンはレックスをコマンダーに昇進させ、アソーカを彼の軍事顧問という立場で同行させることでオビ＝ワンを同意させた。軍事顧問という立場のアソーカであったが、レックスと彼が率いる第332中隊のメンバーは彼女を「コマンダー」と呼び、アソーカと同じ文様のヘルメットをかぶることで彼女への敬意を表した。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
マンダロア包囲戦にて第501大隊はダース・モール率いるマンダロアの戦士たちと戦闘になる。モールに対しアソーカは互角に戦い、フォースにて彼を拘束した瞬間にレックスがショック・モードでブラスターを放ちモールを気絶させ逮捕することに成功。第501大隊はマンダロアで勝利を収める。しかし、モール逮捕後、コルサントへ護送中にオーダー66が発令される。レックスはアソーカを前にして最後の力を振り絞り一瞬だけオーダー66の強制力を抑え込みアソーカに「ファイヴスを探せ」とメッセージを伝える。その後、レックスはアソーカと戦闘になるも、アソーカは逃亡。レックスは部下たちにアソーカの捜索とモールの処刑を命じるが、アソーカは陽動のためにモールを牢獄から逃がし、自身はレックスのメッセージをもとにファイブスの事件のファイルを調べる。そのファイルからレックス自身の事件に対する疑問を述べた音声ファイルを見つけたアソーカは、もう一度、レックスと接触し彼を捕らえる。そして、船内の手術室に籠城し、そこでレックスの頭部からバイオ・チップを取り除いた。そのとき、第501大隊が手術室を襲撃しアソーカは窮地に追い込まれるが、正気に戻ったレックスが襲撃してきたクローンたちを撃退し、アソーカの命を救った。その後も、レックスとアソーカは第501大隊のクローンたちを殺さずにスタンモードやフォースで気絶させながらクルーザーからの脱出方法を探っていたが、脱獄していたダース・モールが機関部を破壊してクルーザーから逃亡したため、クルーザーに残った兵士たちは窮地に追い込まれる。アソーカとレックスは肩などを撃たれて負傷しながらも互いを守りながら逃亡を続け、ギリギリのところでファイターに乗り脱出。墜落によりクルーザーに乗っていた千人を超える第501大隊のクローンたちは全滅し、アソーカとレックスは死を装いオーダー66を生き残った。レックスとアソーカはクローン戦争の3年間を共に戦ったクローンたちをほぼ全員失い、悲しみの中、墜落現場の前に亡くなったクローン全員を埋葬。自身のライトセーバーをその場に供えて、墜落現場を去っていった。この墜落は、ダース・ヴェイダーにとっても、アナキン・スカイウォーカーの時に心を許せる数少ない仲間であった元パダワンと第501大隊のクローン達の大多数を失ったことを意味した。クローン戦争終結から数年後、ヴェイダーはこの地を訪れ、供えてあったライトセイバーを回収している。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
クローン大戦終結後もアソーカと逃亡生活をつづけたレックスはある時期を境に別行動をとることになる。『エピソード4』の約5年前にアソーカからの勧誘により反乱同盟軍に加入。部隊の指揮や軍事顧問のほか新たなジェダイ、エズラ・ブリッジャーの指導などを務めた。また、レックスは反乱同盟軍設立初期の主要幹部の一人でもあった。その後、ロザル戦役での活躍を通じて反乱同盟軍コマンダーとなったレックスは、ヘラ・シンドゥーラ将軍と共にエンドアの戦い（『エピソード6』）に参加した。詳しくは『スター・ウォーズ 反乱者たち』を参照。
ファイブス(Fives/CT-27-5555)
第501大隊所属のARCトルーパー。認識番号はCT-27-5555又はCT-5555。ARCトルーパー昇進後はARC-5555とも呼ばれる。ニックネームの由来は識別番号に5が並んでいたことからであり、自身の頭部に数字の「5」を象った意匠の刺青を施している。第501大隊所属時はレックスの補佐官を務めていた。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
元々は一般兵出身で落ちこぼれ組と言われていたドミノ分隊の新米トルーパーだった。前哨基地リシ・ステーションの奇襲の際に、視察に訪れていたキャプテン・レックスとコマンダー・コーディと共に基地を奪還。勇敢に散ったヘヴィーをはじめ分隊のほとんどが死亡した中、エコーと共に生き残り、第501大隊に転属された。さらに直後に参加したカミーノ防衛線での功績が認められエコーと共にARCトルーパーに昇進。一時期、第501大隊を離れARCとしての訓練、任務に就く。
しばらくして、ファイヴスとエコーはジェダイ・マスター・イーヴン・ピール救出任務のため第501大隊と第212大隊の合同任務に参加。この任務でエコーが失踪（後に生存が判明）し、ピールも命を落としたが、彼の持っていた暗号はジェダイ・パダワン・アソーカ・タノが持ち帰り、彼らはジェダイ・マスター・プロ・クーン率いる第104大隊「ウルフ・パック」に救助され任務を終えた。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
エコーの死後も第501大隊から離れ任務に就いていたファイヴスだが、アンバラへの進攻任務に際し、ジェダイ将軍・アナキン・スカイウォーカーの補佐として第501大隊に復帰。久しぶりの再会となるレックスや初めて出会う第501大隊の兵士たちと共に戦いに参加した。この戦闘では、スカイウォーカーがコルサントに呼び戻され、代わりに代役を務めたジェダイ・マスター・ポング・クレルによる無謀な作戦にファイヴスは苛立ちを覚えていた。最終的にクレルが裏切り者だと気付いたクローンたちはダークサイドに堕ちた彼を逮捕し処刑することになる。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
戦争末期、ファイヴスはリンゴ・ヴィンダの戦いで、同僚のクローン兵タップが目の前でジェダイを殺す瞬間を目撃し拘束する。原因を探るため彼をカミーノに輸送したファイヴスだが、最終的にタップは原因不明の死を遂げてしまう。原因を探る中でカミーノアンの主任医療科学者ナラ・セが何かを隠していることを突き止める。最終的に脳内のバイオ・チップの存在に気付いたファイヴスは、自身の頭からチップを取り除き、ジェダイ・マスター・シャアク・ティにそのことを知らせる。彼女の提案もあり、コルサントのパルパティーン最高議長へ直接報告に来たファイヴスは、密室でパルパティーンからオーダー66の真実を告げられる。真実を知り最高議長を殺そうとしたファイヴスだが、騒ぎを聞きつけたシャアク・ティに追われるかたちで逃亡。真相を話す直前にナラ・セから薬物を打ち込まれていたファイヴスは、意識レベルが低下し正常な判断がとれない状態となる。逃走中、同僚のキックスに接触し、アナキンとレックスをとある倉庫街に呼ぶように伝えたファイヴスは、倉庫に来たアナキンとレックスに真相を告げる。しかし、薬物により正常な思考ができていなかったファイヴスは彼らに正しい真実を伝えられないまま、その場に駆け付けたクローン・コマンダー・フォックスに殺害される。その後、ファイヴスとタップの異常はリンゴ・ヴィンダの任務の際に飲んだ水による抑制チップの誤作動によるものということで事件は処理され、この抑制チップについても遺伝子ホストのジャンゴ・フェットの危険な衝動を抑えるためのものだったと説明された。
クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
こうして真実を伝えられず、オーダー66発動によりジェダイは滅びてしまうが、彼の死は無駄にはならなかった。ファイヴスの最期を看取ったレックスは彼の最期の言葉をもとに第501大隊の一部の兵士たちと事件を捜査。最終的にバイオ・チップを取り除き、オーダー66には加わらなかった。
エコー(Echo/CT-1409)
第501大隊所属のARCトルーパー。階級は一般兵。ARCトルーパー昇格後は伍長。ニックネームの由来はお喋りなところからきている。
ファイヴスと同様にドミノ分隊出身のエコーは、ファイヴスと同じく新米時代に哨基地リシ・ステーションの奇襲にて共和国の勝利に貢献。第501大隊に入隊する。その後、カミーノ防衛線での功績が認められファイヴスと共にARCトルーパーに昇進した。ドミノ分隊の中でも勤勉で常に戦略アルゴリズムに目を通していたエコーは、ARCトルーパー昇格後にレックスと共に第501大隊の最新戦略アルゴリズムを構築した。
さらに時が経ち、エコーはジェダイ・マスターのイーヴン・ピール救出任務のため第501大隊と第212大隊の合同任務に参加する。この任務でエコーは仲間たちの道を切り開くために闘い、爆発に巻き込まれて生死不明となり、公式には戦死として記録された。だが、エコーは瀕死の重症を負いつつも生存しており、彼の身体はテクノ・ユニオンのエマー・ワット・タンバーに引き渡された。