X-ファイル キャスト（準レギュラー含む）
ジェレマイア・スミス：ロイ・シネス
ハイブリッド人間のクローン。この種特有の「癒し」の能力を（故意に）表沙汰にしてしまったことからCSマンやバウンティハンターに狙われる。シンジケートにとっての反乱分子。
サマンサ・モルダー：ミーガン・リーチほか
モルダーの前に突然あらわれる妹の名を語る女性。後に彼女もクローンの一人であることがわかり、少女期のままの容姿をしたクローンも登場する。しかし彼女たちのその遺伝子は本物のサマンサから採取された可能性が高く、彼女の容姿は本物そのものである。
ブラックオイル
黒いオイル状の生命体（ウィルス）。人間に侵入しその意識を操る。宿主を乗り換えながら目的を遂行しようとする。放射性物質であり、敵に放射線を放って攻撃する。また虫状の形態をとりつつ人間に侵入して植物状態にするものや、侵入した人間を媒体にして凶暴エイリアンに生まれ変わるものも登場するが、それらが同じ種なのか、変異体なのかは謎である。
反乱軍
シンジケートとエイリアンによる共謀計画に反抗するハイブリッド人間クローンの集団。ブラックオイルの侵入によって意識をコントロールされることを防ぐために、通常は目や口を塞いだ容貌をしている。モーフィングしている時は普通の容姿である。
凶暴エイリアン
ブラックオイルから生まれた動物的で非常に狂暴な生物。鋭く伸びる刃物のような爪をもつ。脱皮した姿はノーマルなグレイエイリアンであることから、凶暴エイリアンはその幼態と思われる。
無敵兵士
外見は人間そのもので血も赤い。しかし身体能力は桁違いに強く、素手で人間の首を一瞬で切り落としたり、ゴミ処理機で粉砕されても金属状の椎骨から増殖して元の体に戻る。元は通常の人間であり、エイリアンによってウイルスを植えつけることにより誕生したレプリカントである。モルダーのアブダクトもそれが目的であった。エイリアンの手先として少しずつ人間社会に侵入していき、やがて訪れる入植の準備を遂行する。ある特殊な金属・マグネタイトが弱点。
モルダー家
サマンサ・モルダー：ヴァネッサ・モーリィ（誘拐時）、ミーガン・レイッチ（成人時）（第2、5、7シーズン）
モルダーの妹。吹き替えではモルダーのことを「お兄ちゃん、兄さん」などと呼んでいるが、実際はファーストネームで呼んでいる。8歳の時にモルダーの目の前でエイリアンに誘拐された（第2シーズン「リトル・グリーン・マン」）。この事件によりモルダーは超常現象、特にUFOに強い執着を持つようになる。劇中さまざまな形で登場しており、ある時は成人した女性であり、またある時は誘拐時の姿そのままで登場してくることもあったが、それはすべて彼女のクローンである（第2シーズン「入植 Part.1」ほか）。実際には、アブダクトからの生還後しばらくジェフリー・スペンダーと共に軍事施設で生活した後、逃げ込んだ先の病院にて命を落とした。それは追ってきたCSマンに捕まり、実験を続けさせられて味わうであろう更なる苦しみから解放するため、天（神）の救済により彼女の実体ごと昇天したからである。真実を知り彼女の霊に触れたモルダーは安堵の表情を浮かべ、その探索は終着点を迎えた（第7シーズン「存在と時間 Part.2」）。
ビル（ウィリアム）・モルダー：ピーター・ドゥナット（第2、3シーズン）
モルダーの育ての父。元国務省職員で、1940年代以降シンジケートに所属する。引退後もスモーキングマンが自宅に訪れるなどシンジケートとは親交があった。妻ティナとは別居。モルダーにサマンサ誘拐をはじめとする真実を告げようとするが、クライチェックの手によって殺されてしまう。モルダーは葬儀に参列できなかった（第3シーズン「祈り」）。
ティナ・モルダー：レベッカ・トゥーラン（第2、3、4、7シーズン）
モルダーの母で、ビル・モルダーの妻。スモーキングマンと過去、関係を持ちモルダーをもうける。実際、モルダーが成人した後も彼に何度か面会している（第3シーズン「タリサ・クミ」）。クモ膜下出血で倒れた際（第3シーズン「タリサ・クミ」）、CSマンの指示によるバウンティーハンターの治療を施された（第4シーズン「支配者」）。娘サマンサをシンジケートに差し出したこと、夫が過去に携わっていた陰謀をモルダーに告げられないこと、スモーキングマンとの関係など様々な悩み、葛藤を一人で抱えた末、自殺した（第7シーズン「存在と時間 Part.1」）。
アルバート・ホスティン：フロイド・ウェスターマン（第2、3、6、7シーズン）
ナバホ族インディアンの老人。第二次世界大戦当時ナバホ語の知識を駆使して暗号文書の作成に携わった。瀕死のモルダーを救済の儀式により回復させた。スカリーの姉が重傷を負ったときも祈りを重ね、スカリーからも信頼される。自身が死の床にあったときもスカリーに助言を与え、その迷いを解き放った。
マイケル・クリッチュガウ：ジョン・フィン（第4、5、7シーズン）
アメリカ国防総省職員。モルダーにエイリアンがいない証拠を突きつけ絶望させた。自分の息子の命を救うためにモルダーを極秘の研究施設へ潜入させる。
ギブソン・プレイズ（グラス・ウェアリング・マン）：ジェフ・グルカ（第5、6、8、9シーズン）
チェスの神童と呼ばれる少年。脳の一部が通常の人間には見られない活発な活動を行い、他者の心が読める。またエイリアンの一派であるハイブリッドクローンや無敵兵士らと心を通わせることもでき、モルダーは彼の正体は半分エイリアンだと考えている。その能力は成長とともに向上していき、ついには地球が異星人に侵略される未来を目撃する。異星人の計画を阻止するべくブレイズはシンジケートを結成し、かつての友人であったモルダーとスカリーの前に「グラス・ウェアリング・マン」として立ちはだかるのだった（漫画版シーズン10）。
カサンドラ・アン・スペンダー：ヴェロニカ・カートライト（第5、6シーズン）
シガレット・スモーキング・マンの妻でジェフリー・スペンダーの母。スモーキング・マンの手で人質としてシンジケートに供出され、エイリアンと人間のハイブリッドを作り出す実験の被験者となった。シンジケートからは患者Xと呼ばれている。
カサンドラがモルダーと初めて会ったとき、彼女は「エイリアンこそ人類に平和をもたらす存在だ」という自説を開陳して彼を困惑させた。当時、モルダーはクリッチュガウの暴露を信じ込み、エイリアンの存在自体が政府の陰謀による捏造だと信じ切っていた。そのため、モルダーは「エイリアンが私と他のアブダクティーを光の部屋へと連れて行ってくれた。もうすぐ彼らの入植が始まる。」というカサンドラの主張をまともに取り合わなかった。しかし、その後、スカイランド山でアブダクティーの焼死体が大量に発見されるという事件が発生する。
その事件はエイリアンの反乱軍による犯行であった。エイリアンの地球入植を阻止するべく、彼等はシンジケートへの妨害工作を行っていたのである。スカリーとカサンドラをはじめとするアブダクティーをペンシルベニア州のダムへとおびき寄せた反乱軍は、彼等を皆殺しにしようとした。しかし、そこへやって来たエイリアンによって、カサンドラは誘拐されてしまった（第5シーズン「赤と黒」）。
その後、カサンドラはバージニア州を走る特別電車の中に収容されていた。そこでシンジケートの医者たちはカサンドラに手術を行っていたが、反乱軍に襲撃されて、彼等は生きたまま焼き殺されることとなった。障害が治ったカサンドラだったが、エイリアンの真意を知ったため、彼らを危険視するようになっていた。人類滅亡を防ぐべく、カサンドラはモルダーに情報を提供すると共に、「エイリアンの侵略を止めるには私が死ぬしかない。だから、私を殺して欲しい」と告げた。モルダーが躊躇したばかりに、カサンドラの身柄がその場に乱入してきたシンジケートの手に渡ってしまった。シンジケートはカサンドラをエイリアンに引き渡そうとしたが、その現場にやって来た反乱軍によって幹部のほとんどが焼き殺されることとなった。勿論、その被害者の中には、カサンドラも含まれていた（第6シーズン「ファイト・ザ・フューチャー Part.2」）。