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四国アイランドリーグplus 試合
2006年度以降の2シーズン制では、前期・後期それぞれの優勝チームが年間優勝を賭けてリーグチャンピオンシップを争う。前期、後期とも同じチームが優勝の場合は、年間勝率2位のチームとのリーグチャンピオンシップとなる。また、2シーズン制の制約で、前後期の優勝チームが異なる場合でも年間優勝チームが年間勝率1位ではないケースが発生する。
リーグチャンピオンシップでの延長戦の扱いは年度によって以下のように変わっている。なお、実際に初めて延長戦が行われたのは2009年（第2戦）である。
2006年と2009年から2023年まで - 原則として実施するが、使用球場の条件によってある時間以降は新たなイニングに入らない。
2007年・2008年 - 初戦からどちらかが王手をかけるまではレギュラーシーズン同様延長戦を行わない。王手をかけてからは延長戦を実施（ただし、使用球場の条件によって制限あり）。
2024年 - タイブレーク（開始設定は無死一・二塁）で実施し、15回まで実施して決着が付かない場合は引分け。
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また、2009年のリーグチャンピオンシップからは優勝の条件が細かく定められ、
5試合終了時に引き分け等によっていずれかが3勝していなくてもその時点の勝敗で優勝を決定
5試合終了時に対戦成績五分の場合は、予備日に1試合を実施してその勝敗で優勝を決定
雨天等で予備日を含めて日程を終了できなかった場合はその時点の勝敗で優勝を決定
予備日を含めて対戦成績が五分の場合は下記の順に優位なチームが優勝
チャンピオンシップの失点率（総失点÷総イニング数）
当期公式戦年間通算勝率
当期公式戦の該当カードの対戦成績
とされた。この条件は、後述の試合数変更後も（チャンピオンシップの実施試合数・勝利数の箇所を除いて）そのまま受け継がれている。
2019年に開催試合数や開催球場に変更があったため、これらの点については2018年までと2019年以降（2020年は除外）に分けて説明する。
2007年 - 2018年
全5試合3戦先勝制。前後期を連覇した場合、前期、後期の両ステージとも優勝したチームに1勝のアドバンテージが与えられるため、年間1位チームは試合で2勝すれば年間総合チャンピオンとなった。
前後期優勝チームと年間勝率2位チームの対戦となる場合の主催試合については、2012年までは年間勝率2位チームが第1戦、前後期優勝チームが第2戦以降で両チームが必ず1試合は開催する方式であったが、2013年からは前後期優勝チームが最初の2試合、年間勝率2位チームが第3戦以降を開催する形に変更され、年間勝率2位チームは連敗するとホームゲームがおこなえなくなった（実際に適用されたのは2014年が最初）。2016年度のリーグチャンピオンシップは前後期優勝した愛媛が2勝0敗で制し、初めて1チームのホームゲームのみで終了した。前期を徳島が制した2017年は、後期優勝チーム決定前の9月2日の時点で、初戦は徳島ホームながら、愛媛が出場する場合に限って第2戦・第3戦を愛媛ホーム、第4戦以降を徳島ホームで実施すると発表された。実際には香川が後期優勝したため適用はなかった。
2019年以降
2019年5月30日のリーグ発表において、2019年のチャンピオンシップ開催要項が明らかになった。それによると、全3試合2戦先勝制となる。前後期を連覇したチームには従来同様1勝のアドバンテージがあり、試合で1勝すれば年間総合優勝となる。
開催球場は、第1戦は前期優勝チーム、第2戦は後期優勝または年間勝率2位チーム(前後期連覇したチームが出る場合)、第3戦は出場チームのうち年間勝率が高いチームのホームでの開催となる。
2シーズン制に復した2021年も2019年と大筋では同じだが、第2戦の開催球場は「後期優勝チーム」のみとなっており、前後期優勝チーム対年間勝率2位チームの場合は前後期優勝チームのみがホームゲームを実施する形となる。第3戦の開催球場は前期優勝チームのホームに変更された。2021年7月21日に発表された開催要項では、チャンピオンシップに「トリドール杯」という冠称が付くことが明らかにされた。2022年度以降も2021年と同じ規定であるが、実際の開催に際しては「前後期優勝チーム対年間勝率2位チーム」の対戦の場合、第2戦を年間勝率2位チームのホームで実施している（2023年度は初戦で決着したため、実際にこの組み合わせで第2戦が実施されたのは2024年）。
公式戦・チャンピオンシップ・交流戦以外に、開幕前に3球団以上を集めたプレシーズンマッチを、2009 - 2010年と2014 - 2016年におこなっている（実施形式は2010年が総当たり、それ以外はトーナメント）。2017年は高知が他の3チームと試合する形式となり、順位決定はおこなわれなかった（3試合中2試合が雨天中止）。また、2019年6月29日には、香川・徳島選抜の「EAST」と愛媛・高知選抜の「WEST」による「4球団東西対抗交流戦」が丸亀市民球場で開催された（EASTが勝利）。
2008年シーズンから、公式戦のスコアブックをリーグ公式ホームページ上にPDFファイル形式で掲載した。ただし、2016年のホームページリニューアルに伴い、2008年 - 2015年のデータは閲覧できなくなった（移行直後はURLを変更した旧サイトで閲覧可能だったが、2018年2月に公開を停止した）。しかし、2023年シーズンからはYahoo!JAPAN内のスポーツナビへのリンクに変更され、スコアブックの掲載は取りやめられた。
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日本野球機構（NPB）を目指す野球経験者をトライアウトで獲得する。4球団で約100人。リーグ発足時はトライアウト参加資格が17歳から24歳とされ、1チームの保有枠は25人だった。2008年度のトライアウトからは年齢制限が29歳に引き上げられ、各チームの保有選手枠が30人まで拡大された。これはリーグの拡張に伴う措置である。2009年度のトライアウトでは「満15歳以上の義務教育を終了した男性」と年齢の制限が大幅に緩和された。2010年度からは「満15歳以上の野球経験者（義務教育終了）」となり、野球経験者に限定する一方で性別の制限を撤廃している。ただし、女性選手の保有実績はまだない。前記の通り、2014年からは保有選手枠が再び25人に戻されている（2020年からは27人）。
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リーグ発足当時は、四国4県の出身者は原則として「自分の出身県のチーム」に所属していた。リーグ初年度は選手紹介の際にその旨が紹介され、スターティングメンバーでなくても、指名打者・代打・中継投手など、何らかの形で試合に出ることが多かった。これは「地元密着」というリーグ方針によるものだった。2007年のシーズンからは自県選手優遇の傾向は見られなくなった。2018年にベースボール・チャレンジ・リーグ（BCリーグ）と合同でドラフト会議を実施する際、BCリーグが導入していた「地元枠」（出身地・出身校・帰省先が該当球団の所在県の選手）制度を容認し、同年のドラフト会議では徳島がこの制度で1人を指名した。
2020年は、全国レベルの高校野球大会が中止となったことを受け、スポンサーのトリドールホールディングスとともに、四国4県の高校生を対象に、参加費無料のトライアウトを実施した。
初年度には各チームの指導者が選手のNPBに向けた潜在能力を評価・序列化した「プロスペクト」を公表したが、2年目以降は行われていない。
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2006年5月から元NPB所属選手も受け付けることになった。NPB経験者については、当初よりトライアウト時の年齢制限がない。NPB経験選手第1号は元広島東洋カープで香川に入った天野浩一。2009年8月には元阪神タイガースの伊良部秀輝が高知に入団し、NPBで個人タイトルを獲得した選手としては初の加入者となった。同年福岡に入団した元福岡ソフトバンクホークスの山田秋親は、シーズン終了後にトライアウトを経て千葉ロッテマリーンズに入団した。アイランドリーグに所属した元NPB選手でNPBに復帰した最初のケースとなった。2013年、愛媛に在籍した金森敬之が2例目となる。2015年には、MLBを自由契約となった藤川球児（元阪神タイガース）が前期終了後に加入し、シーズン終了後に阪神に復帰している。2020年に香川に所属した歳内宏明（元阪神タイガース）はシーズン途中に東京ヤクルトスワローズに入団し、在籍シーズン中にNPBに復帰した初の事例となった。
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日本野球連盟加盟のクラブチーム（社会人野球）所属者が、当リーグを含む独立リーグに直接移籍する場合にはクラブチームでの在籍年数制限をクリアするか、「円満退部」を証明する書類が必要となる（前者は2009年から、後者は2010年から。詳細は独立リーグ#日本野球連盟の独立リーグに対する扱いを参照）。2011年に育成選手指名が困難となった星野雄大（当時伯和ビクトリーズ）は、クラブからの承諾を得て2012年に香川に入団した。星野は同年のプロ野球ドラフト会議で支配下登録枠で指名を受けている（後述）。
契約の締結・解除はシーズンオフの契約満了時やトライアウト時だけでなく、シーズン途中での契約やシーズン中を含む契約期間途中での契約解除となるケースもある。シーズン途中の入団の場合には2008年度以前より年齢制限に拘らないとしていた。前記の通り、2014年からは登録枠を外れた場合は練習生扱いとなる。
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リーグ内での選手の移籍は2年目より随時・適宜実施されていたが、2008年8月より「リーグチャンピオンシップ終了翌日から翌年シーズン後期開幕日前日まで（2008年度のみ特例として8月末まで）」と明確化された。この段階では、いったん戦力外通告によりあるチームとの契約を解除された選手が他のチームと契約することについては期間の制限はなかった。同年11月になって、退団した選手がリーグの他球団でのプレーを希望する場合は旧所属球団の申請に基づいてリーグがウェーバー公示を行い、一週間以内に獲得希望球団が出た場合はその球団が交渉権を獲得（複数の場合は希望球団間で調整）、出なかった場合は他の球団も含めて交渉を可能とするルールが定められた。
MLB球団に保有権がある等の理由で期間限定のスポット契約で参加した選手として多田野数人（2006年、徳島）・松尾晃雅（2008年、香川）がいる（松尾については旧所属への復帰）。また、2015年に高知に入団した藤川球児については、入団当初は1試合単位でのスポット契約（無報酬）であったが、後期開幕直後の8月4日にリーグ基準に則った形の契約（無報酬は継続）を締結した。
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2007年度生のトライアウト要項では「報酬支払い対象期間は契約期間内2 -11月の10か月間、その間契約選手の最低保障は『月額10万円と住居提供』、さらに試合でのパフォーマンス等に応じて実績給を支払う予定」となっていた。
2009年度生のトライアウト要項では「報酬支払い対象期間は契約期間内3 - 10月の8か月間、契約選手の報酬は『月額10万円 - 40万円（個別決定、シーズン中も変動あり）』と改められ、2025年（2026年度生）時点まで同様。選手は個人事業主として、国民健康保険ならびに国民年金に各自加入するよう明記されている。報酬額はBCリーグととほぼ同水準とされている。
広尾晃の取材記事（香川の球団社長インタビュー）によると、2019年シーズンより現役選手の兼業を認めたという。
2021年シーズンよりBCリーグの報酬体系に合わせて規約を改正し、副業をする前提で報酬を抑制する（無報酬含む）選手契約が可能となったが、2021年3月時点では無報酬を採用する見込みの球団はないと報じられている。
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リーグではいわゆる「助っ人」としての外国人選手としてではなく一選手として外国籍の選手にも門戸が開かれている。ただし、リーグ発足当時は外国人選手を認めておらず、受け入れを開始したのは2年目の2006年からである。リーグでは積極的な外国人選手の受け入れを進めている。2008年12月には、チーム数が減少する台湾プロ野球選手の受け皿という目的で、台湾で初の海外トライアウトを実施した。
外部組織との連携での受け入れもあり、カープアカデミー（ドミニカ共和国）からは2007年 - 2016年、オーストラリア野球連盟からは2007 - 2008年に選手を受け入れている。また、野球が普及途上にあるジンバブエやミャンマー、ブルキナファソの選手の在籍実績もある。
2009年にカープアカデミー出身のディオーニ・ソリアーノが育成選手として広島東洋カープに入団し、リーグに在籍経験のある外国人選手としては初のNPB入団者となった。なお、2008年のドラフトでNPBに入団した金無英は日本の学校を卒業したため日本人選手扱いである。
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リーグの鍵山誠CEO（当時）は、2011年12月にウェブに寄稿した文章の中で、NPBにアピールする機会を設けるため、2012年シーズンより米国の独立リーグ出身の選手を各球団で雇う方針であると表明し、同シーズンに入団が実現している。その一人である香川のアレッサンドロ・マエストリは2012年7月にオリックス・バファローズに入団した。シーズン中にリーグに在籍する外国人選手がNPBに入団するのはマエストリが初めてである。しかし、リーグが直接外国人選手を一括採用する方針は、選手の「助っ人」的な意識があり、「チャレンジの場」を提供するというリーグのコンセプトと折り合わないため、このシーズンで取り止めた。
在籍経験のある外国人選手（元NPB在籍者は除く）のうち、2016年までに8人がNPBに入団している。なお、うち1人はBCリーグ経由である。また、2015年には高知に所属していたアブナー・アブレイユ（元・埼玉西武ライオンズ）がシーズン終了後に読売ジャイアンツと育成選手契約を結び、元NPBの外国人選手が当リーグを経由してNPBに復帰した最初の事例となった。
2013年から2014年まで、ベースボール・チャレンジ・リーグと共同で、毎年11月にアメリカ合衆国で海外トライアウトを実施した。2015年以降は海外トライアウトはアイランドリーグ単独での実施となっている。2016年には高知が球団独自の海外トライアウトを韓国とアメリカ合衆国で実施している。
また、外国人選手も対象としたウィンターリーグ（トライアウトリーグ）を2013年から2015年まで実施した（詳細は後述）
IBLJ取締役の荒井健司（徳島の共同オーナー）は2015年の雑誌の取材で、アメリカ独立リーグなど外国リーグの選手がNPBやMLBに移るまでの「トランジット」としてリーグが機能する可能性に言及した。
2010年代後半には、台湾プロ野球初の2000本安打達成者である張泰山や、MLBのスラッガーだったマニー・ラミレスら、外国トップリーグで成績を残した選手が在籍するケースも出た。
ライターの阿佐智は2020年12月にYahoo!ニュースに寄稿した文章で、過去のアイランドリーグ・BCリーグ在籍外国人選手の例から、独立リーグ在籍の外国人選手はNPBへの入団を目指すケースが多く見られるが実際に入団できた例はきわめて少ないと指摘している。
リーグ所属外国人選手のNPB移籍は2017年以降途絶えていたが、2025年に高知のラファエル・ドリスがシーズン途中にかつて所属した阪神タイガースに移籍し、8年ぶりのNPB移籍者となった（元NPB所属者としては2例目）。
主な投打の部門成績最上位者、ベストナインおよびMVPには表彰制度がある。MVPについては、2シーズン制を導入した2006年から2018年までは年間と前後期で合計3人を表彰していたが、2019年より前後期のMVP表彰はなくなっている。なお、表彰対象となる規定打席数と規定投球回数については、リーグ発足当初はNPB1軍と同じ計算方式であったが、2006年シーズンからNPB2軍の計算方式に変更されている。
また、ノーヒットノーランやサイクル安打の達成者はリーグのニュースリリースで告知されている。
ノーヒットノーラン達成者
ノーヒットノーラン#四国アイランドリーグplusを参照。
サイクル安打達成者
四国アイランドリーグplus NPBドラフト指名選手
※スポット参加選手は含めない。
2005年
リーグ初年度である2005年度のドラフトでは支配下登録枠での指名はなかったが、この年より創設された育成選手制度のための育成ドラフトで愛媛・西山、同じく愛媛・中谷が指名を受けた。2人とも後に支配下登録されている。
2006年
大学・社会人ドラフトで香川・深沢、高知・角中が指名され、初の支配下登録枠でのドラフト指名選手を出した。また育成ドラフトでは香川・伊藤が指名された。伊藤は2007年のシーズン中に支配下登録されている。深沢は2009年に香川に復帰、アイランドリーグからNPB球団入りした選手として初の出戻りとなった。
2007年
大学・社会人ドラフトで香川・三輪が指名され、2年連続の支配下登録枠でのドラフト指名となった。また育成ドラフトでは5人の選手が指名された。徳島・小林はチーム初の指名者で、育成枠を含めると4チームすべてから指名者を出した。梶本は2008年のシーズン中に、宮本は2009年のシーズン開始前に支配下登録された。
2008年
愛媛・西川と福岡・金が指名され、両チームとも初の支配下登録枠でのドラフト指名となった。また育成ドラフトでは香川から4人の選手が指名された。一度に一球団から4人の指名は当時リーグ史上最多だった。堂上は2009年のシーズン開幕前に、森田は同年シーズン中に支配下登録された。
四国アイランドリーグplus NPBドラフト指名選手
2009年
香川・福田と徳島・荒張が指名された。また育成ドラフトでは長崎・松井が指名され、チーム初の指名者となった。これにより育成枠を含めると九州拡張後の6球団すべてから指名者が誕生したことになる。
2010年
ドラフトと育成ドラフトで各3人ずつが指名された。高知からの指名は3年ぶりで、長崎を除く四国4球団から指名者が出た。香川・愛媛は支配下枠と育成枠各1人ずつで、複数のチームから複数の指名者が出るのは初めてである。岸は2012年のシーズン中に支配下登録された。靍岡は引退後の2018年シーズンよりコーチに就任し、アイランドリーグNPB球団入りした選手として初のNPBコーチ就任となった。
2011年
育成ドラフトで四国4チームから7人が指名された。人数は当時リーグ史上最多だったが、リーグが発足した2005年以来6年ぶりに支配下登録枠での指名がなかった。西森と冨田は2013年のシーズン中に、また土田は2014年のシーズン開幕前に支配下登録された。亀澤は2014年シーズン終了後、育成契約期限による自由契約公示後に中日のテストを受け、支配下登録での選手契約を結んだ。
2012年
支配下登録枠の指名者が2年ぶりに出る。指名者の出身が1球団のみとなるのは初年度以来。水口は2015年のシーズン中に支配下登録された。
2013年
四国アイランドリーグplus NPBドラフト指名選手
支配下登録・育成枠各1人は前年と同じ。又吉の2位指名はリーグのドラフト指名者として過去最高順位である。
2014年
支配下枠3人は4年ぶり。また徳島はリーグで初めて、一度に複数の支配下枠指名者を輩出した。篠原は2017年のシーズン中に支配下登録された。
2015年
香川の合計4人指名は4年ぶり。また、4年連続で支配下枠指名者を輩出した。指名者の所属球団は3年連続で香川と徳島であった。大木は2016年のシーズン中に、増田は2017年のシーズン中に、それぞれ支配下登録された。
2016年
指名対象者の所属球団は4年連続して香川と徳島となった。前年指名を受けながら故障により入団を辞退した香川の松澤は、1年を経て再び巨人より指名を受けた。木下は2018年の開幕前に支配下登録された。
2017年
徳島から2人が指名された。指名対象者の所属球団が1球団のみとなるのは2012年以来3度目。徳島は5年連続で指名者を輩出する一方、香川は2006年から続いていた指名が途絶えた。
2018年
6年連続で徳島が指名者を輩出したが、2011年以来7年ぶりに支配下登録枠での指名がなく、指名者1人は過去最少である。
2019年
四国アイランドリーグplus NPBドラフト指名選手
徳島から合計3人、香川から1人が指名され、2年ぶりに支配下登録枠での指名者が出た。徳島からの指名は7年連続、香川からは3年ぶりとなる。支配下登録枠で1球団から複数の指名者を出すのは5年ぶり。また上間は「高卒1年目で支配下枠指名」で、リーグでは2017年の伊藤翔以来となる。平間は2021年のシーズン中に支配下登録された。
2020年
徳島から2人、高知から1人が指名される。徳島からの指名は8年連続となり、支配下枠では2年連続で指名された。高知からの指名は2011年以来9年ぶりとなる。戸田は2021年のシーズン中に支配下登録された。
2021年
3年ぶりに支配下登録枠の指名がなく、育成で徳島から2人、高知で1人が指名された。育成も含め、徳島は9年連続、高知は2年連続での指名となった。宮森は2022年、古市は2023年のシーズン中に支配下登録された。
2022年
前年に続いて育成のみの指名となり、徳島から3人、愛媛で1人が指名された。育成も含め、徳島は10年連続、一方愛媛は11年ぶりの指名となった。茶野は2023年のシーズン開幕前に、上甲は開幕後に、日隈は2025年シーズン中に、それぞれ支配下登録された。
2023年
四国アイランドリーグplus NPBドラフト指名選手
3年ぶりに支配下枠での指名者が誕生し、徳島から6人、愛媛から3人が指名された。合計9人の指名はリーグ史上最多、また徳島の6人は同年度の同一球団からの指名者数としてリーグでは最多で、支配下枠3人も同じく最多である。椎葉の支配下2位指名は、2013年の又吉と並ぶリーグ最高順位となった。徳島からの指名は11年連続（香川の記録と並ぶ）、愛媛は2年連続となった。
2024年
徳島・高知・愛媛から、支配下枠4人・育成枠4人が指名され、支配下枠の指名者数はリーグ最多を更新した。高知からは3年ぶりに指名者が出た。工藤は2025年の開幕前に、川口はシーズン中に、それぞれ支配下登録された。
2025年
3年連続で支配下枠指名者が出た。徳島と愛媛から合計7人が指名された。
なお、当リーグから他の独立リーグに移った後にNPBドラフト指名を受けた選手に、松井聖（香川から信濃グランセローズに移った後、2020年にヤクルトより育成指名）と濱将乃介（高知から福井ネクサスエレファンツに移った後、2022年に中日より支配下指名）がいる。
アイランドリーグ所属の選手がNPB球団に入団した場合、選手がプロ野球球団から受け取る契約金と初年度年俸の一部をアイランドリーグの所属球団に支払う契約となっている。アイランドリーグに支払う金額や割合、アイランドリーグとの契約解除後にプロ入りした場合の扱い、NPB以外のプロ球団と契約した場合の扱い等、詳細については明らかにされていない。2006年のドラフトで香川からNPB入りした2人の選手の場合、契約金と初年度年俸の2割が香川の収入になったと報じられている。
四国アイランドリーグplus メジャーリーグ機構への移籍者
2008年になり、メジャーリーグベースボールの一部の球団が、選手の供給源としてアイランドリーグを視野に入れていると報じられるようになった。その中で、同年3月に香川の松尾晃雅がボストン・レッドソックスとマイナー契約を結び、リーグからメジャーリーグ機構に所属する球団に進む第一号となった。松尾は2008年のシーズン、レッドソックス傘下の1A球団であるグリーンビル・ドライブでプレーした（同年限りで引退）。
同じ香川の堂上隼人についても2008年2月にレッドソックスがマイナー契約での獲得を求めて交渉中と報じられたが、そのシーズンは香川に残留し、シーズン終了後に福岡ソフトバンクホークスから育成選手枠で指名されたため、メジャーリーグ入りは実現しなかった。
2015年11月22日にサンディエゴ・パドレスが高知市内で実施したトライアウトには、高知と香川の選手が参加した。NPB退団者も含めて実施されたトライアウトについては「埋もれた才能の発掘」が狙いと報じられた。「結果は2、3日後」とされていたが、リーグから参加した選手の合格はなかった。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
リーグ発足当時、運営上で抱える主要な課題として挙げられていた項目を記述する。
2005年度の公式戦180試合の総観客動員数は19万1194人・1試合平均1068人で、開幕前に目標とした14万4000人を上回ったが、無料券を40万枚配布しており、その券での入場者が全体の約6割を占め、売り上げが伸びなかった。
そのため2006年度は無料券を大幅に減らし、有料の入場者数を増やす事で売り上げを増やす方針を採った。またその他にも前年の反省を踏まえて、集客の多い金土日の三連戦を基本に日程を組み、香川の主催試合でシャトルバスを運行するなど利便性の向上に努めた。しかし、新たな需要を掘り起こすには至らず、最終的に2006年度のリーグ戦180試合の平均入場者数は806人、リーグチャンピオンシップ4試合の平均観客数は1835人だった。前年の1試合あたりの入場者数1068人を下回ったが無料券の配布を前年より抑えたため全体の入場料収入は改善された。ただし採算ラインと予想されていた1試合あたりの入場者数1500人からは大きく下回る結果となった。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
2007年度のリーグ戦180試合の平均入場者数は1100人となり、リーグ記録を更新した（リーグチャンピオンシップ2試合の平均は2000人）。10月31日のリーグ首脳の記者会見によると観客の約4割が無料券によるものである。採算ラインには届かないものの、2006年の分社化により各チームが取り組んできた集客策が功を奏した面がうかがえた。2016年度終了の時点で、このシーズンの平均入場者数がリーグ最多記録となっている。球団別では香川が1500人台、愛媛・徳島が1000人台を記録したのに対し、高知は前年に続いて500人台に留まった。
2008年度はリーグ拡張による集客が期待されたが、新加入の九州2球団はいずれも1試合平均が500人前後にとどまった。また新たな経営者を迎えた高知も前年よりもさらに少ない1試合平均338人となった。なお、高知球団は本年度よりそれまでリーグの慣行だった「入場者数に選手・スタッフ・ボランティアを含める」ことを取りやめ、完全な実数のみに変更している。このほか、無料券の配布を前年より抑えた影響もあり、リーグ戦240試合の平均入場者数は886人と前年の水準を下回った。四国4チームに限ると1076人で、前年より微減となった。リーグチャンピオンシップ3試合の平均入場者数は3009人で過去最多だった。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
2009年度はリーグ全体での入場者数は前年より12%減の18万7649人（1試合平均782人）で、1試合平均の数値はリーグ発足以来最低となった。優勝した高知・長崎は前年比で増加となったが、従来安定した動員の香川・愛媛・徳島の落ち込みが大きかった。リーグチャンピオンシップ3試合の平均入場者数は897人だった。
2010年度はリーグ主催試合190試合（交流戦のうちJFBL主催分を除く）の入場者数は12万0195人（1試合平均633人）と1試合平均で前年より20%減となった。1試合平均では高知を除く4球団が前年度より20%以上低下し、特にスポンサーが撤退した徳島と経営危機が表面化した長崎は落ち込みが大きかった。リーグチャンピオンシップ2試合の平均入場者数は1244人だった。当年度の落ち込みについて鍵山CEO（当時）は、夏の酷暑でデーゲームの集客に影響があったことを挙げている。また、無料券で客を増やすことと有料入場者を増やすこととのバランスについてはまだ各球団とも試行錯誤しているとも述べている。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
2011年度は1試合平均の観客は532人（ソフトバンクホークス3軍との交流戦を含む）となり、もっとも多かった2007年度の半分以下となった。これについて鍵山CEOは、無料券の配布を抑制して有料観客を増やす努力により動員減でも収支は改善しているが、経営が安定してくれば試合を見てもらう機会を増やしていくことも必要であると2011年12月の文章で述べている。
2012年度以降、1試合平均の観客（リーグ球団主催の定期交流戦やポストシーズン戦を含む）は、2012年度は581人、2013年度は558人、2014年度は563人、2015年度は597人、2016年度は553人で、550 - 600人の間で推移した。2017年度はマニー・ラミレスの高知入団などにより増加し、1試合平均が7年ぶりに600人を超える621人となった。2018年度はマニー・ラミレスの効果がなくなり、1試合平均は521人となった。2019年3月の記者会見資料では「年間7万5000人」「1試合平均500数十人」を「現状の実力値」と記している。2019年度は前年より微減の1試合平均504人だった。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
2015年にリーグCOO（当時）の小崎貴紀は雑誌のインタビューで、香川の経営に携わっていた2006 - 2008年には広告宣伝費を投じて1試合平均で1500人（2008年）を集めたものの採算に合わなかったと述べ、「観客動員ありき」のビジネスモデルから方針を転じたことを認めている。
2020年のシーズンは新型コロナウイルス感染拡大の影響で無観客で開幕し、有観客に移行後も従来よりも入場者は大きく減少した。IBLJ社長の馬郡健は「コロナの影響があってもなくても、リーグ、球団が真剣に考えていかなければいけない問題だ。観客に楽しんでもらえる環境を、もう一度ゼロからつくっていきたい。」と述べている。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
発足当時、NPBへの人材供給をリーグの目的としたことから、この点には大きな関心が寄せられたが、初年度のドラフト指名は育成選手2人だった。以後、2025年までの21年間で、育成選手を含めて延べ91人（実数90人）がNPBのドラフトで指名を受けており、年平均では4.3人となる。ポジション別内訳（以下実数）は、投手が48人（うち支配下枠20人）、捕手が14人（同4人）、それ以外の野手が28人（同6人）である。また、2024年までの支配下枠指名者30人のうち一軍公式戦出場者は23人、同じく育成指名50人のうち支配下登録を受けたのは26人（うち一軍公式戦出場者23人）となっている（いずれも2025年シーズン終了時点）。
リーグ初年度終了の頃には、指名が少ない理由の1つとして「アイランドリーグ選手の実力がどの程度か分からない」といった声があげられていた。そのため、2005年11月に行ったサーパス神戸（オリックス・バファローズ (ファーム)）との練習試合を皮切りに、2006年以降もNPB2軍チームとの交流戦を頻繁に行い、NPB関係者へのアピールの場としている。2007年からは、10月に開催される教育リーグのみやざきフェニックス・リーグにアイランドリーグ選抜チームが参加している（2021年度は見送り）。過去最高順位は2008年の7勝4敗1分、14チーム中3位。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
2006年からの4年間、NPBで支配下登録された出身選手から一軍定着者が現れず、後発のBCリーグ（内村賢介が2008年に一軍に定着）の後塵を拝した。その後、2010年8月に登録された福田岳洋が初めて一軍登録抹消を経験せずにシーズンを終了した。2011年は三輪正義が開幕から主に代走として終盤まで54試合に出場、角中勝也が8月から閉幕までに主に右投手の試合でスタメン起用され（シーズン通算では51試合に出場）、野手でも一軍である程度の試合数をこなせる選手が出た。投手では金無英が8月以降に中継ぎとして9試合に登板した。2012年には角中が、国内の独立リーグ出身者として初のオールスターゲーム出場とタイトル（首位打者）獲得を実現した（規定打席到達も独立リーグ出身者として初）。翌2013年には、角中は第3回ワールド・ベースボール・クラシックの日本代表に選出された。リーグ在籍者で過去最高となるドラフト2位指名を受けて2014年に中日入りした又吉克樹は、入団1年目に9勝1敗2セーブ24ホールドの成績をあげた。この又吉の成績について、鍵山誠CEO（当時）は2014年12月の文章で「リーグから育った選手が即戦力として使える。これを証明してくれたことは、今後のリーグにとって大きなプラス材料」と記している。2016年には角中が最多安打と2度目の首位打者を獲得し、日本の独立リーグ出身者では「トップランナーの選手」と評された。このほか、亀澤恭平は中日移籍後の2015年シーズンに主に二塁手として107試合に出場している。三輪正義は2016年で実働8年を数え、出場試合数は少ないながら「スーパーサブ」とも評された。三輪は2019年シーズン限りで（戦力外ではない形で）現役を引退し、球団によるセレモニーも実施された。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
IBLJ取締役の荒井健司は2015年に雑誌の取材において、リーグに所属する約100人の選手のうちNPB球団から調査書が届くのが15%、指名を受けるのが4.5%、その年は無理でも次の年に調査書が届く可能性があるのが15%で、NPBに注目されるのは上位30%であると述べている。2010年代半ばまでは、NPBに選手を輩出している点を評価して他の独立リーグから移籍する選手も見られ、寺田哲也（BCリーグ新潟→香川）・福永春吾（BFL06→徳島）はNPB入団を実現させている。2016年に福永を阪神が指名したことで、リーグ発足以来存在するNPB12球団すべてからドラフト指名がなされたことになった。
2017年のドラフト会議では、指名者総数・支配下枠指名者数のいずれにおいてもBCリーグを下回った。香川は2006年以来続いた指名が途切れ、監督の西田真二は「BCリーグのチームも増えて選手の確保が年々難しくなってきている」と述べて、他の独立リーグチームとの間で選手獲得が競争状態になっていることを示した。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
2018年のドラフト会議では、指名者が育成1人のみとリーグ発足以来最少となった。7年連続して指名のない愛媛と高知には、NPB球団からの調査書も届かなかったという。リーグ理事長の坂口裕昭は、10月31日に開かれたレセプション「四国アイランドリーグplusAWARD2018」での挨拶においてこの結果を「私自身はもどかしさと悔しさでいっぱい」と述べ、原因は「いくつか明確な点がある」として来シーズンまでに「公式戦のスケジュール、練習試合を含めた試合の組み方、選手契約のあり方、フロントを含めた指導体制のあり方、野球の技術以外の人間教育を含め、育成の根本部分を見直し、改革を推し進める」と宣言した。「原因」に関して坂口は取材に対し、北米遠征を取り止めて以降の公式戦中断期間の使い方をその一つに挙げている。前年に続き6人の指名者を出したBCリーグに対しては、「同じ独立リーグからこれだけ指名されたことを喜ばしい」としながらも、「数で勝負しようとは思っていません」「質で勝負しようと思っていますし、メソッドをリーグで共有化することが大事」と述べている。2020年のドラフト会議では3人の指名（うち支配下枠2人）を得た（BCリーグは5人だが支配下枠はなし）。この結果についてIBLJ社長の馬郡健は「一定の成果は出せたと考えている。これは来季に向けたリクルートにもつながり、良い選手が集まる循環のきっかけになるはずだ。」と述べている。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
2020年代には増田大輝（徳島→巨人）のように育成指名から一軍で活躍する選手も出現しており、これに関して広尾晃は、育成指名ができない社会人選手との兼ね合いや「（高年齢や故障歴などの）事情を持った選手」が多い点から、独立リーグ選手が育成指名に偏るのは避けられないとしながら、決して評価が低いわけではない（育成の中では高順位）と指摘している。2023年には徳島から育成枠で入団した茶野篤政（オリックス）が開幕前に支配下登録を受け、育成入団の新人選手としてNPB史上初めてとなる1軍開幕戦スタメン出場を達成した。2025年には石井大智（高知→阪神）が公式戦50試合連続無失点のNPB記録を樹立した。
当リーグは「興行としてのプロリーグ」の側面と、NPBに進める選手の育成にあたる教育リーグの側面とを合わせ持っている。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
発足当時、リーグの紹介では「プロ野球選手を目指している若者に、夢を追いかける場所を提供する」ことが「最大の目的」として掲げられていた。入団年齢の上限や「選手の在籍制限は三年」という当初の条件もその一環だった。しかし、その後は地域密着の傾向を強め、現在は「リーグの役割」として「野球界の底辺拡大と選手の育成」と「地域の活性化と地域貢献、地域における人材育成」が二本立てでうたわれている。「チャレンジの場の提供」という言葉は残っているものの「最大の目的」という表現は見られなくなった。在籍制限は見送られ、年齢制限は緩和された。リーグ最多出場記録を作った高知の梶田宙は2013年のインタビューで、「NPBに行くことが難しくなっても高知の人たちのために残ってやっている」と、リーグに対する意識が在籍を通じて変化したことをコメントしている。梶田は「本当にプロ（NPB）に行けるのは一握りで、あきらめをつけられるリーグ」ではあるが、その過程で地域に根ざすことができた選手がその地域で次のステップを踏み出せるのは独立リーグのよい点だと思うとも述べている。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
また、2010年代に入ってからは、他のリーグの所属歴なく長くプレーしたり顕著な成績を残した選手がリーグ在籍のまま引退した場合に、特にリーグや球団が引退を告知するケースも出ている。高尾健太・国本和俊・梶田宙・高田泰輔が該当する。梶田については、球団が背番号をリーグ初となる永久欠番に指定した。
その一方、鍵山誠CEO（当時）は2014年12月の文章で、「2年目から現行の前後期制を続けてきて、正直、リーグにいることで満足している選手が出てきているのも事実」と述べ、より厳しい環境で選手を鍛えることもレギュラーシーズン短縮や北米独立リーグへの遠征の目的だと記している。2015年2月25日の経営報告資料の中では、リーグは「世界のベースボールマーケットでの地位向上」と「四国をベースとするグローカルビジネスの確立」をめざすとしている。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
リーグ発足前のIBLJの構想では各県庁所在地にフランチャイズを置き、リーグ戦は主にナイトゲームで開催する予定だったが、四国内の球場の実状が明らかになると、この構想は見直しを余儀なくされた。リーグ発足当時、四国内でプロ野球公式戦のナイトゲームを開催できる球場は、愛媛県の松山中央公園野球場（坊っちゃんスタジアム）と香川県の香川県営野球場（現・レクザムスタジアム）の2か所しかなかった。当時の徳島県内の硬式野球場のナイター設備は軟式野球用の照度で、硬式野球に適した明るさではなかった。高知県内にいたってはナイター設備のある硬式野球場は1か所もなかった。また、これらの球場はアマチュア野球が頻繁に使用しており、球場の確保にあたってはアマチュア野球の関連団体との交渉が必要となった。
そこでIBLJは各県の事情を考慮して、リーグ戦開催球場の確保に務めた。1年目の2005年度リーグ戦では、高知県内での開催球場は8か所に分散してデーゲームを、徳島県内では主に夕方に開始し試合途中から照明を入れるトワイライトゲームを、愛媛県と香川県では主にナイトゲームを開催した。2006年度リーグ戦は徳島県内の開催球場のうち、鳴門球場では主にナイトゲームを行った。
四国アイランドリーグplus 発足当時の課題とその後
しかし、地元ファンからは「夏場のデーゲームは観戦に不向き」「仕事の関係でナイトゲームしか観戦できない」といった声があった。また照度が暗い球場で試合を行う場合、選手のプレーに影響が出るほか、打球の行方がわかりにくいためファウルボールが観客に当たる恐れがある。そのため、2005年のシーズン中に地元ファンが中心となって、高知ではナイター設備の新設、徳島ではナイター設備の照度改善の、それぞれの署名活動が行われた。
その後、徳島県では阿南市に硬式野球用のナイター設備を完備した徳島県南部健康運動公園野球場（アグリあなんスタジアム）が2007年5月に完成し、徳島インディゴソックスが主催試合を行っている。2007年度は5試合（うちナイトゲーム1試合）が開催され、2008年度はホームゲーム40試合の半数以上に当たる23試合が開催された。これにより徳島の照明設備については解決をみた。ただし、その後観客動員等の理由で2012年以降は蔵本球場をメインのホーム球場に変えている。蔵本球場では照明設備の理由から2013年のシーズンまで試合開始時刻を17時としていたが、2014年シーズンの日程からは18時に変更された。
一方、高知については地元自治体の財政事情などからナイター設備の設置が長らく具体化せず、ナイターが開催できないことが観客動員、ひいては運営に大きな影響を与えているという見方も強かった。高知球団では2007年11月より、10万人を目標に照明設備設置を求める再度の署名活動を行った。2009年3月30日、高知県の尾﨑正直知事は記者会見で高知市内の野球場への照明設備設置を求める県議会超党派の「スポーツ振興議員連盟」の要請に対し、「前向きに進むということで考え始めなければならない。迷っている段階ではなくなったのではないか」と述べて、設置に向けて高知市などと協議する考えを明らかにした。これを受けて高知市は同年4月22日に「野球場照明設備建設検討委員会」を発足させた。委員会は同年11月に、高知県立春野運動公園野球場を照明設置の第一候補とすることを決定した。その後、2010年8月の県と市の連携会議で、高知市野球場にナイター設備を2012年春に設置することで合意した。設置工事は2011年におこなわれ、2012年より高知でもナイターの開催が可能となった。これによって、発足から8年目にして全球団でナイター運営可能な環境が整った。
なお、香川県営野球場は漁業関係者への配慮から、ライト側の照明1基につき現在のところ点灯しない状態で試合を行っている。これについては特に改善を求めるような動きは公には出ていない。
2008年から2010年までリーグ戦をおこなった九州のチームについては、長崎はメイン球場である佐世保野球場、福岡は小郡市野球場・北九州市民球場、2011年のみ加入した三重は津球場公園内野球場など、いずれもナイトゲーム可能な球場を確保した上での参加だった。
リーグ各球団は自前の練習施設をもっておらず、発足当初は練習場所の確保に苦労していた。また、徳島のように公共の練習場所が少ない地域もあり（当初は主に河川敷グラウンドを使用）、選手達がいつでも自由に練習ができる環境とは言えなかった。その後、高知では2010年から越知町が練習場所を無償提供、愛媛も愛媛銀行が自社グラウンドを提供するなど、少しずつではあるが改善がみられるようになっている。徳島は2023年に室内練習場を開設した。
住環境については民間住宅の借り上げや自治体を通じた施設の提供により、2010年現在、香川・愛媛・高知の3球団に専用の合宿所が存在する。
四国アイランドリーグplus 経営
発足当時の当リーグは、理念先行による運営見通しの甘さが指摘されていた。リーグ初年度となる2005年度は8000万円の黒字を見込んでいたが、シーズン終了後の2005年10月19日に香川県庁舎で開かれた記者会見で石毛代表は、入場料収入が伸び悩み、赤字になる見通しであることを明らかにした。2006年3月6日に開いた会見では、2005年度は決算見込みが3億1497万円の赤字であること、2006年度は赤字額を約1/10の3161万円に圧縮し2007年度に黒字転換を目指す方針であることなどが発表された。しかし2006年シーズン閉幕後の10月24日、香川県庁舎で行われた記者会見でも2006年度の収支が約1億5,000万の赤字となる見通しであることが発表された。
四国アイランドリーグplus 経営
こうした赤字状況を改善するため、2年目からは抜本的な改革が断続的に行われた。2006年3月には、各球団がより地域に密着した独自経営を可能とするためにIBLJの事業部門だった各球団をIBLJの100%出資により資本金1,000万円の子会社として法人化し、各球団に興行権を委譲した（高知を除く3球団は2006年中に新たな出資者を確保）。また人件費削減も頻繁に行われており、選手給与も大きく変遷している。1年目の2005年度は一律月額12万円だった選手給与を2年目の2006年度は基本給12万円・10万円・8万円と三段階のランク制に変更、これに住居提供と試合出場等の実績に応じたインセンティブ（出来高払い）が加えられる。2007年度以降の選手給与に関しては#報酬を参照のこと。2007年6月、前年から各球団の分社化・興行権委譲に伴い2007年からサラリーキャップ（総年俸抑制）制度を敷いたと発表された。当時は上限が非公開だったが、前記の通り2009年度トライアウトより選手一名あたり月額40万円と明示されている（*チーム総年俸上限は非公開）。
四国アイランドリーグplus 経営
これら運営方法の改善に伴って、リーグ運営の実権は当初リーグ設立の中心人物だった石毛宏典から、鍵山誠を始めとしたスポンサー等から集まった経営陣へと移行した。石毛は2006年12月に株主への説明がないまま辞表を提出、2007年3月に「現経営陣に僕の意見が通らなくなった」として社長を退任し、コミッショナーとなった。さらに、同年12月末のコミッショナー契約満了をもってコミッショナーも退任、自らが創設したリーグの運営から完全に離れることとなった。ただし現在もIBLJの株主である。また、2008年1月には愛媛マンダリンパイレーツのシニア・チームアドバイザーに就任した。
2007年度の収支について、IBLJの鍵山誠社長（リーグCEOを兼務）は10月24日の記者会見で赤字額が約1億円の見込みであることを明らかにした。経営改善策により2年連続で赤字額は減少したが、7千万円といわれる高知への経営補填金が大きな負担となっており、後述の経営者募集の要因となった。また、鍵山社長は四国内での運営による黒字転換は「不可能ではないが時間がかかりすぎる」と述べ、2008年度からのリーグ拡大の理由の一つが経営基盤の確保であることも示した。2007年度の最終的な収支は1億2300万円の赤字となる見通しであることが2008年6月に報じられた。
四国アイランドリーグplus 経営
2008年度については同年10月31日の記者会見で鍵山社長は「1〜2億円の赤字の見込み」とした上で、「年々持続可能な経営に近づいている」と述べた。またリーグの拡張については「スムーズに運営でき、大成功」としていた。
2009年度について、鍵山社長は同年10月30日の記者会見で「2億2,000万円の赤字の見込み」と述べた。リーグ全体での売上見込は4億9,000万円で、球団別の赤字は最も少ない高知が1,600万円のほかは各球団とも4,000万円台となる見込みとされた。
2010年度について、鍵山社長は2010年12月にウェブに寄稿した文章で、香川・愛媛・高知は赤字ながら過去最高決算となる見込みであることを挙げ、軌道に乗り始めた球団とそれ以外に二極化したと述べた。同じ文章では、リーグの資本金を5億円まで増資を図ってきたこと、黒字化は長期的な目標だが当面は地域密着と人材育成を重視し、最初の10年間は長期にわたって持続可能な体制を作る「助走期間」と考えていることを記している。
2011年2月24日の記者会見では、2010年度のリーグ全体の赤字額が初めて1億円を下回る7,100万円となる見通しであることが明らかにされた。
四国アイランドリーグplus 経営
2012年2月29日に行われた球団関係者の記者会見で、2011年度のリーグ全体（三重を除く）の収支が7,350万円の赤字であることが発表された。球団別では高知が初の黒字を計上した。
2012年度については、2013年2月25日の球団関係者の記者会見で、リーグ全体では3,360万円の赤字であることが発表された。愛媛が2011年度の高知に続いて単年度黒字となった。高知は若干ながら赤字となり、香川もグランドチャンピオンシップ出場の経費増で赤字額が微増、徳島は大きく収支を改善した。
2013年4月1日、リーグ事務局は四国に限らず全国から広く共同オーナーを募集すると発表した。
2014年2月28日に発表された2013年度の収支は、リーグ全体で5,400万円の赤字となり、前年より悪化した。球団ベースでは、愛媛が310万円の黒字となった。
2015年度シーズンからレギュラーシーズンを短縮して北米に選抜チームを派遣する構想については、経営面での危機感と収支改善対策（試合経費の抑制）が主な理由であると、鍵山社長は述べており、試合数減少による運営費の削減比率を「2 - 3割」と想定している。
四国アイランドリーグplus 経営
2015年2月25日に発表された2014年度の収支は、リーグ全体で5億1230万円の売上に対して1680万円の赤字となり、前年より3720万円の改善となった。各球団では愛媛と高知が黒字（愛媛は3年連続）となり、徳島も赤字幅を大きく改善した。2015年度については、試合数の減少による経費削減などにより、全球団及びリーグ全体の単年度黒字化をめざすとしている。
2016年3月31日に発表された2015年度の収支は、リーグ全体で5億5000万円の売上に対して1000万円の赤字となり、前年度より680万円改善された。各球団では徳島を除く3球団が黒字を計上し、香川は発足以来初の黒字であった。
2016年の北米遠征ではクラウドファンディングが実施され、107万円の支援金を得た。これに引き続いて、リーグでは4球団に対するクラウドファンディングを2016年8月より実施した。北米遠征のクラウドファンディングの出資は地元以外の首都圏や関西圏の在住者がその多くを占め、リーグの坂口裕昭事務局長は「今後のリーグ発展につなげる指標になる」とコメントしている。
2017年2月20日に発表された2016年度の収支は、リーグ全体で1,800万円の赤字となった。各球団は香川を除く3球団が黒字決算だった。
四国アイランドリーグplus 経営
2018年3月27日に発表された2017年度の収支は、リーグ全体で2957万円の赤字だった。リーグ運営会社単独では、北米遠征の取りやめにより約885万円赤字額が減少した。球団では高知と愛媛が黒字を計上した。
2019年3月11日に発表された2018年度の収支は、リーグ全体で経常ベースで3060万円の赤字、球団では前年に続き高知と愛媛が黒字、香川と徳島も赤字幅が前年より減少した。
2020年4月10日に発表された2019年度の収支は、リーグ単独での収入が前年より大幅に増加（2615万円から9087万円に）したことにより、リーグおよび加盟球団全体で発足以来初の黒字決算（800万円）となった。球団別では愛媛と香川が黒字となり、徳島も赤字幅が減少した。
2022年3月31日に発表された2021年度のリーグおよび各球団の経営状況報告では、リーグ運営会社が2398万円の経常黒字、各球団も高知以外の3球団が経常黒字を計上した。
2023年4月10日に発表された2022年度のリーグ及び各球団の経営状況報告では、前年同様リーグおよび高知を除く3球団が経常黒字であった。
2024年4月12日に発表された2023年度のリーグ及び各球団の経営状況報告では、リーグ運営会社は黒字を維持したものの、球団では香川が赤字となり、黒字は2球団（徳島・愛媛）となった。
四国アイランドリーグplus 経営
2025年4月18日に発表された2024年度のリーグ及び各球団の経営状況報告では、リーグ運営会社および香川以外の3球団が黒字（高知は6年ぶり）となった。
2007年以降、リーグ内の球団では香川を除いて経営問題が起きた。愛媛・高知・徳島は解決を見たが、九州2球団と三重は休止および撤退に至った（詳細は各球団の項目を参照）。なお、前記の通り、愛媛・高知・徳島は経営問題による体制の変更後、単年度黒字を複数回計上している。
愛媛
球団の赤字をスポンサーの星企画が負担することが困難となったことから、2010年より愛媛県および県下の自治体・企業が出資する「県民球団」に変更となった。
高知
IBLJの直接出資で運営されていた2007年9月、財政負担を理由に経営者を一般公募。これを受けて大阪の不動産会社タップの北古味鈴太郎社長が新たなオーナーとなり、大阪の整水器メーカー日本トリムがチームスポンサーにつく形で、チーム休止の危機は回避された。
徳島
四国アイランドリーグplus 経営
2010年3月限りでスポンサーのユーセイホールディングスが球団運営から撤退。4月以降はリーグが直接経営・運営しながら新たなスポンサー獲得に努めることとなった。球団がリーグ直営となるのは上記の高知以来となる。2011年もリーグの直営が続いたが、2012年2月10日にリーグのスポンサーでもあるセイアのほか、明和クリーン、エヌティコーポレーションの3社で新たな運営会社「パブリック・ベースボールクラブ徳島」を設立して2012年度より運営に当たることが発表された。3社は300万円ずつを3年間出資し、3年目での黒字転換をめざすとした。経営移管3年目となる2014年の収支は2012年当時より大幅に改善されたが、目標だった黒字には届かなかった（約107万円の赤字）。
長崎
観客動員の低迷と支援企業の不足により、2008年9月には翌シーズンのリーグ脱退の可能性が報じられた。このため、リーグより2000万円の支援を受けた上で2009年もリーグに参加。しかし、スポンサーからの支援とリーグからの分配金が大幅に減少したことで再び経営難が浮上し、2009年8月には再度リーグ脱退の可能性が報じられる状況となった。2010年も参加が決まったものの、開幕を控えた3月には通年参加が「きわめて厳しい」と球団よりリーグに申し入れがあったと報じられた。2010年のシーズンは全試合をこなしたが、最終的に9月29日にリーグの理事会で撤退が正式に決定し、希望する選手を対象とした救済ドラフトが10月13日に実施された。球団自体も解散することが10月1日に明らかにされた。
福岡
2009年10月30日に、来シーズンのリーグ戦参加を取りやめ、事務所のみの「準加盟球団」に移行することが発表された。所属選手のうち希望者は救済ドラフトにより他チームに移籍し、新たなスポンサーを探して2011年の復帰を目指すとしていた。しかし、2010年10月に来季の復帰を見送る方針を固めたと報じられた。2010年11月4日のリーグ理事会で2011年度の復帰見送りが事実上決まった。それ以後も復帰は実現していない。
三重
2011年9月24日に、来年度の公式戦への不参加・リーグ脱退が発表されたが、その要因は三重だけに支払を求められている加盟料等の負担であると報じられている。脱退決定後の同年11月10日に解散が発表された。
四国アイランドリーグplus メディアへの露出
メディアでの露出は地元マスコミが中心である。
初年度は四国4県の地元紙でも取り扱いに大きな差があり、『高知新聞』では自社サイト上で試合結果、試合への記者独自の解説、特集・連載を掲載した一方で、『愛媛新聞』・『四国新聞』のサイトではほとんど扱われなかった（四国新聞はプロバスケットボールリーグ・B.LEAGUEの香川ファイブアローズの方に紙面を大きく割いている）。しかし、2年目は地元4社すべてのほか、読売新聞大阪本社でも記事にしており、新聞での露出はかなり多くなった。2008年に加入した九州2球団については『西日本新聞』・『西日本スポーツ』・『長崎新聞』といった地元メディアのほか、読売新聞西部本社も記事にしており、四国4球団の発足時と比較すると露出度の格差は少なかった。
試合記事ではないが、『デイリースポーツ』の四国・瀬戸版には2012年より2018年12月まで、スポーツライターの高田博史が所属選手を取り上げたコラム「アイランドリーガー伝」が毎週一回掲載されていた。
地上波AMラジオは、初年度の2005年は愛媛開幕戦をNHK松山放送局と南海放送が中継したほか、高知放送で1試合が中継されただけである。