源頼朝 生涯
9日、後白河法皇に拝謁し、長時間余人を交えず会談した。頼朝は権大納言・右近衛大将に任じられたが、12月3日に両官を辞した。任命された官職を直ちに辞任した背景としては、両官ともに京都の朝廷における公事の運営上重要な地位にあり、公事への参加義務を有する両官を辞任しない限り鎌倉に戻ることが困難になると判断したとみられている。11月9日の夜、頼朝は九条兼実と面会して政治的提携を確認した。頼朝の在京はおよそ40日間だったが後白河院との対面は8回を数え、朝幕関係に新たな局面を切り開いた。義経と行家の捜索・逮捕の目的で保持していた日本国総追補使・総地頭の地位は、より一般的な治安警察権を行使する恒久的なものに切り替わり、翌年3月22日の建久新制で頼朝の諸国守護権が公式に認められた。12月14日、頼朝は京都を去り29日に鎌倉に戻った。なお上洛中の12月には御家人10人が兵衛尉・衛門尉に任じられている。朝廷からは20人の推薦が許されたが頼朝は10人のみを推薦した。
建久2年（1191年）3月4日の夜、鎌倉は大規模な火災に見舞われ、大蔵幕府やその周辺の御家人の屋敷などが多数焼失した。頼朝は郊外の甘縄にあった安達盛長の邸宅に逃れて無事であったが、鎌倉の都市計画は修正を余儀なくされた。もっとも、この前日に鎌倉に大火を予言した者がいたなど『吾妻鏡』には不審火を示唆するような記述が見られ、頼朝もしくはその周辺の幕府首脳が都市計画の障害となる建物を整地するために意図的に引き起こした放火であるという説を唱える研究者もいる。
同月下旬、近江国守護の佐々木氏が延暦寺に貢納することになっていた延暦寺千僧供養の費用徴収が、水害や頼朝上洛の負担もあり遅延していたため、延暦寺の法師数十人が取り立てのために佐々木氏の居館を襲撃。当主の佐々木定綱は不在で、息子の定重が法師を撃退したが、法師に死傷者が出た上に神鏡を破壊する不祥事を起こした。延暦寺は佐々木一族の配流を要求し、4月26日に神輿を奉じた強訴に及ぶ。朝廷では検非違使がほとんど参入せず、鎌倉武士もわずかで防御に失敗。内裏に殺到した悪僧は神輿を放置して退散した。結局、定綱は薩摩国へ配流され、定重も対馬国へ配流とされたが近江国唐崎で斬首されており、頼朝は延暦寺に完全に屈服した（建久二年の強訴）。なお同月には、頼朝が娘を後鳥羽天皇に入内させようとしているという噂が九条兼実の耳に入っている。
建久3年（1192年）3月に後白河法皇が崩御し、同年7月12日、頼朝は征夷大将軍に任ぜられた。『三槐荒涼抜書要』所収の『山槐記』建久3年（1192年）7月9日条および12日条によると、頼朝が望んだのは「大将軍」であり、それを受けた朝廷で「惣官」「征東大将軍」「征夷大将軍」「上将軍」の四つの候補が提案されて検討された結果、平宗盛の任官した「惣官」や源義仲の任官した「征東大将軍」は凶例であるとして斥けられ、また「上将軍」も日本では先例がないとして、坂上田村麻呂の任官した「征夷大将軍」が吉例として選ばれたという。なお、頼朝が征夷大将軍を望んだものの後白河法皇に阻まれたとする説については、近年は疑問視されている。また、それまでは精々従三位までの東方軍事司令官でしかなかったこの職に、あえて左大臣（元々は常設職としては政権最高位であった）にも相当する正二位で就いたことは、軍権に基づく政権担当者という意味合いが加わり、以降、幕末まで700年近く続く慣例が創始された。ただし、この時点ではそこまで重い意味はなく、『尊卑分脈』によると頼朝は建久5年（1194年）に征夷大将軍を辞任したとされている。
8月、政子が三男（政子の子としては次男）の源実朝を出産。その3ヶ月前の5月、大進局が産んだ貞暁は7歳になった時、政子を憚って出家させるため京の仁和寺へ送られた。出発の日に頼朝は密かに貞暁の元を訪れ、太刀を与えている。
建久4年（1193年）5月、御家人を集め駿河国で巻狩を行う（富士の巻狩り）。16日、この巻狩において12歳の頼家が初めて鹿を射止めた。この後、狩りは中止され、晩になって山神・矢口の祭りが執り行われた。また、頼朝は喜んで政子に報告の使いを送ったが、政子は武将の嫡子なら当たり前のことであると使者を追い返した。これについては、頼家の鹿狩りは神によって彼が頼朝の後継者とみなされたことを人々に認めさせる効果を持ち、そのために頼朝はことのほか喜んだのだが、政子にはそれが理解できなかったとする解釈もなされている。一方で、政子の発言は頼家を貶めるための『吾妻鏡』の曲筆で、実際にはそのような発言はなかったとする説もある。28日の夜には御家人の工藤祐経が曾我兄弟の仇討ちに遭い討たれる。この時、兄弟の弟時致は祐経を殺した後に頼朝の宿所を目指したが取り押さえられ、訊問の後に処刑された。6月7日に頼朝は鎌倉に帰還した。
8月2日、突如として範頼から頼朝の元に謀反を否定する起請文が届くが、頼朝は範頼が「源」の氏名を使ったことに激怒した。10日、頼朝の寝床に潜んでいた範頼の間者が捕縛される。これにより17日に範頼は伊豆へ流された。『保暦間記』によると、曾我兄弟の仇討ちの際に宿場が一時混乱に陥り、頼朝が討たれたとの誤報が鎌倉に伝わると、範頼は嘆く政子に対し「範頼がおります。何事も御心配は要りませぬ」と慰めたが、この発言が頼朝に謀反の疑いを招いたとされる。
11月には甲斐源氏の安田義資を永福寺薬師寺堂供養の際に院の女房に艶書を届けたとの科で、翌建久5年（1194年）8月にはその父義定を謀反の疑いでそれぞれ誅している。
建久6年（1195年）2月、頼朝は東大寺再建供養に出席するため、政子と頼家・大姫ら子女達を伴って再び上洛した。長女・大姫を後鳥羽天皇の妃にすべく、娘・任子を入内させている兼実ではなく源通親や丹後局と接触し、大量の贈り物や莫大な荘園の安堵などを行って朝廷工作を図った。3月、摂津国の住吉大社において幕府御家人を集めて大規模な流鏑馬を催す。
建久7年（1196年）11月、兼実は一族と共に失脚、頼朝はこれを黙認したとされる（建久七年の政変）。建久8年（1197年）には、薩摩国や大隅国などで大田文を作成させ、地方支配の強化を目指している。7月、大姫が病死。
建久9年（1198年）正月、頼朝の反対を押し切って後鳥羽天皇は通親の養女が生んだ土御門天皇に譲位して上皇となり院政を開始。通親は天皇の外戚として権勢を強めた。頼朝は朝廷における代弁者であった一条能保・高能父子が相次いで病死したこともあり、遅ればせながら危機感を抱いて兼実に書状を送り再度の提携を申し入れたといわれる。だが、それらは通親と敵対した兼実の日記『玉葉』やその同母弟慈円の『愚管抄』にのみ見られるものであり、実際には通親は頼朝や頼家に最大限の配慮をしており、反幕的公卿の指摘は当たらないとの見解もある。政権基盤の脆弱な通親が頼朝と敵対したらひとたまりもなく、また御家人統制に王朝権威を利用し始めた頼朝にとって朝廷統制は不可欠であって、その最も直截的な方策こそ娘の入内と外孫の即位であったともされる。実際、頼朝は引き続き次女・三幡の入内を目指しており、『尊卑分脈』によると三幡は鎌倉にいたまま通親の主導する朝廷から女御の宣旨を受けている。
しかし建久9年（1198年）12月27日、頼朝は相模川で催された橋供養からの帰路で体調を崩す。原因は病気とも落馬とも言われるが定かではない。建久10年（1199年）正月11日に出家。正月13日に死去した。享年53（満51歳没）。その死は京の朝廷にも大きな衝撃を与え、藤原定家は「朝家の大事、何事かこれに過ぎんや、怖畏逼迫の世か」（『明月記』建久10年1月18日）と記している。