3×3 EYES 登場人物
一般の市民として生み出された個体。人間だったらしく鬼眼王に魂を抽出された。キールによると「キレイな個体をランクB━━"神民"という」（第四部22巻第165話）。
ネグローニ
市民を生み出す工房の技師長。ランクDを束ねる存在。本当の姿は美しい女性だが、スペル・ドラッグで怪物化している姿が多い。額には大きな傷がある。頭脳明晰ながら激情家であり、泥酔して暴れたことがある。
名前の由来はイタリア発祥とされるカクテルのネグローニ（Negroni）。
リバース・ハーン
工房で生産されたハズラット・ハーンのコピー。コピーであるため術を使うのに必要な精が弱い。オリジナル・ハーンと違って、頬に傷がなく前髪が全て金髪。オリジナル・ハーンの記憶は持たないが、綾小路への想いは残っているため葛藤に苦しむ。後にオリジナル・ハーンと融合して一人の人間となる。
カルーア
ウシャスの付き人。スキンヘッドが特徴。
名前の由来はリキュールの一種カルーア（Kahlúa）。
カーリー
鬼眼王に脅迫されたネグローニによって工房で作られた、パールバティー四世のコピー体。顔は「三只眼」とそっくりだが、髪型はおさげ。名前は鬼眼王が命名。
ネグローニはわざと完成を遅らせていたが、依子を人質にしたイローラの脅迫に屈して完成した。培養が不十分だったためか人格が未熟で自己中心的。培養段階で鬼眼王への思慕を刷り込まれていた。イローラから救出しようとした八雲を逆に襲う。アマラからは危険視され、殺されかけるが八雲が身を挺して助けた。人化の法妨害のため西道士に秘術を施される。龍皇城に乗り込む八雲に強引に同行し、化蛇と激戦を繰り広げるが負傷して八雲に助けられる。化蛇の指示でイローラ達に連れ去られて人化の法で人間となり、騙されていたことを知って鬼眼王に襲いかかるがベナレスに一蹴された。最終決戦では人間の身ながら参戦する。
コピー体であるため能力はオリジナルより低い。不老不死の術は使わなかったらしく、无を従える場面はない。最終決戦後はカーリーの姿のまま傷ついた鬼眼王と融合した。
本編後を描いた番外編・続編においては、稀に休眠状態から意識を覚醒させる鬼眼王を宿すために、ベナレスを无として従え、また守護される関係にある。ベナレスに対しては自覚はしていないが恋愛感情に近いものを抱いており、主でありながらベナレスを振り回すことを躊躇している。また、本人は八雲達を安全な相手としか思っていないようで、ベナレスや八雲に苦言を呈されても、気楽に親交を保ちたがる様が窺える。
ランクC
モンスター工房で生み出された戦闘用市民。ランクBとは区別され、靴を履くことすら許されず評議会の命令に従って闘う。キールによると「力のある奴がランクC……モンスターだ」（第四部22巻第165話）。
長老
評議会の長老。神民の衰退を憂えてラートリー救出を決断。救出精鋭隊を編成し八雲と共にラートリー救出を託す。
キール
評議会憲兵隊のリーダー。金髪に褐色の肌が特徴で若い娘ながら男性的な性格をしている。思念波などの光術を使って戦う。評議会よりラートリー救出精鋭隊の隊長に任命され、不本意ながら八雲と共に奈落迦へ向かう。当初八雲に対し見くびった態度を取っていたが、八雲に窮地を救われ態度を変える。
フィズ
評議会憲兵隊の一人。炎を操る力を持つ娘。褐色の肌に2つのお下げ髪が特徴で八雲に想いを寄せている。精鋭隊の中では出番が多く、依子と供に行動する場面が多く見られ、最終決戦では負傷しているキールに代わって活躍した。最終話のカットではそれまでの戦闘服ではなく洋服を着ており、身分制度の緩和がなされた模様。
ジュレップ
評議会憲兵隊の一人。白い肌に黒髪のポニーテールが特徴で泳ぐことが得意。礼儀正しい性格。
リッキー
評議会憲兵隊の一人。つり目にショートカットの髪型が特徴で男性的な言葉遣いをする。盾のような防御璧を作る能力を持つ。
ベリーニ
評議会憲兵隊の一人。精鋭隊の中で最も長身で筋肉質な身体が特徴。その肉体を生かした怪力を用いて戦う。
ランクD
工房で作成される市民の失敗作。「廃獣」としてアマラの外殻に廃棄処分される。
ルル
殺されかかっていたところを八雲に助けられ、名前までもらったことから八雲を慕いお供となる。初登場時は小型の魔獣で言葉も話せなかったが、後にスペル・ドラッグを飲んだことで、言語が使えるようになった他、八雲を背に乗せて飛行も可能になった。第四部（21巻150話）から登場。
名前は登場時の鳴き声に由来する。
ガルベル
ベナレスに仕えるカーリーの護衛。
ウルベル
ベナレスに仕えるカーリーの護衛。
桜場華
東京に住む女性。恋人のアツシと親友のマキに裏切られ、マキを刺して逃げる最中に車に轢かれるが、気が付くとアントワープに転移していた。実際は轢かれた際に死亡しており、死ぬ直前に世界を憎悪したためニイスホッグに寄生され、依り代となっていた。真実を知ったことで八雲をニイスホッグの元へ案内し、撃破に貢献した。パイの懇願により「三只眼」が肉体を再生したため蘇生し、元の日常に戻った。
平沼アツシ
華の恋人。マキと付き合いだしたと言って華を振るが、実際はマキを強姦していた。
吉田マキ
華の親友。アツシと付き合いだした事になったため華に刺されたが、実際はアツシに強姦されていた。華の死後も刺した事を恨むでなく、嘆き悲しんでいた心優しい女性。華の蘇生後は仲を修復した。
ニイスホッグ
ユグドラシルから生まれたヤドリギと呼ばれる闇の怪物。龍脈に巣食い、屍物の魂魄に寄生する。憎悪に染まった人間の魂を好み、寄生した人間の人格を保ったまま人外念離層を通じて様々な場所に転移させる。本体は取り込んだ人間の巨大な顔が張り付いた巨大な樹に一つ目という姿をしている。
ノルマルテ・ウリュプス
美智瑠たちのリーダーの男。その正体はかつてベナレスに作り出された「合成」と「加速」の能力を持つグリフィン。しかし、ベナレスが獣魔術を作り出し、自身が用済みになることを恐れたためシヴァを自身に合成しようと襲い掛かり、ベナレスに片翼をもがれて追放された。
時間加速の能力を使うたびに命が縮まるという欠陥を抱えている。追放後、二千年流離った後、孤独な死を覚悟していたが、偶然出会った美智瑠を助けようと行動したことで情が移り、新たな生きがいを見出した。彼女を救うため、八雲の力を奪うことを計画する。
戦いの末に命が尽きるが、美智瑠が石化されたのを確認した後、ベナレスにより転移させられ命拾いし、再び配下としてベナレスに仕える。
甲子美智瑠（きのえね みちる）
ノルマルテと行動を共にする車椅子の女子高生。多数の亜種獣魔を操る。
心臓に持病を持っており、サンハーラにより世界が崩壊の危機にあったため治療が中断された際に、偶然訪れたノルマルテにより一命を救われる。サンハーラで肉体が崩壊してしまい、八雲が魂を運んできた際にノルマルテにより心臓に八雲の欠片を合成されたことで、无の肉体再生能力を得ていた。
ただしそれによって心臓の持病の進行は止まったものの、その代わりに心臓のみ成長せず幼少時のままであり、成長した肉体に対して能力が足りておらず、結果生き永らえたものの体は弱いままであった（ある意味巨人症に近い）。
ベナレスとの戦いの最中に合成を解除し、欠片を八雲に戻した後、石絲によって治療法が見つかるまで石化された。数年後、妖撃社の資金援助によりiPS細胞による治療を受けて回復した。
工藤千夏（くどう ちか）
美智瑠と行動を共にする女子高生。美智瑠から貰った亜種獣魔グランドクロー、サラマンダーアーム、ヘルフレイムを操る。元は美智瑠と同じ病院に入院しており、右腕を怪我していたが、サラマンダーアームを合成して補っている。
実際はノルマルテに生み出された分身で、本物の千夏は細胞変質病になった後、帰ってこなかった。現実の千夏は普通の女子高生として生活していた。
渡部唯華（わたべ ゆいか）
美智瑠と行動を共にする女子高生。美智瑠から貰った亜種獣魔ビッグフット、ダークネスを操る。右足をビッグフットで補っている。
現実の唯華は不良となっており、松葉杖をついている。
有村沙雪（ありむら さゆき）
美智瑠と行動を共にする女子高生。美智瑠から貰った亜種獣魔を操る。盲目で、亜種獣魔の力で補っている。
現実の沙雪は盲目のまま盲導犬を連れて行動している。数年後、三人の中では唯一回復した美智瑠と再会した。
ゲゲネイス・ド・ギガンテス
ノルマルテたちに協力する妖魔。元は九頭龍将の手下だったが、サンハーラで世界が崩壊して以来退屈さに絶望していた。ノルマルテから生きがいを見つけるように言われ、闘いに生きがいを見出した。このため、本心ではノルマルテの延命を願っていた。
奪った八雲の力を自身に合成し、ベナレスに戦いを挑み、ベナレスから新たな九頭龍将として認められた。
ウコバク
ゲゲネイスと組む下級妖魔。
若口（わかぐち）
国際宇宙ステーションのクルー。八雲に助言した。戦いの終結後、月の裏側で爆発のようなものを観測する。