上場廃止 特別注意銘柄
指定継続を決定した日の属する事業年度の末日から起算して3か月以内に開示した内部管理体制の整備及び運用の状況等、再提出した内部管理体制確認書、直前の財務諸表又は四半期財務諸表、有価証券報告書、四半期報告書に基づく指定解除・指定継続・上場廃止の判断
再提出した内部管理体制確認書や経過観察期間による2回目までの審査において、内部管理体制等を適切に整備・運用されており、かつ財務諸表等に継続企業の前提に関する事項が注記されていない場合・プライム市場上場企業及びスタンダード市場上場企業において、利益の額及び純資産が新規上場時における基準を満たしている場合・すべての上場維持基準に適合している場合・上場維持基準による改善期間内でない場合は指定解除となり、通常の取引銘柄に復帰すると同時に上場維持。指定解除から5年間は改善状況報告書を提出
再提出した内部管理体制確認書や経過観察期間による2回目までの審査において、内部管理体制等を適切に整備・運用されていると認めるものの、かつ財務諸表等に継続企業の前提に関する事項が注記されている場合・プライム市場上場企業及びスタンダード市場上場企業において、利益の額及び純資産が新規上場時における基準を満たしていない場合・上場維持基準に1つでも適合していない場合・上場維持基準による改善期間内である場合は指定継続と同時に経過観察期間継続となると同時に、年度末ごとに内部管理体制確認書を再提出
再提出した内部管理体制確認書や経過観察期間による2回目までの審査において、内部管理体制等を適切に整備・運用されていると認められない場合は、整理銘柄への指定と同時に特別注意銘柄の指定を取り消された後に上場廃止
経過観察期間による3回目の審査に基づく指定解除・上場廃止の最終判断（経過観察期間による2回目の審査において、内部管理体制等を適切に整備・運用されており、財務諸表等に継続企業の前提に関する事項が注記されている場合・プライム市場上場企業及びスタンダード市場上場企業において、利益の額及び純資産が新規上場時における基準を満たしていない場合・上場維持基準に1つでも適合していない場合・上場維持基準による改善期間内である場合のみ）
内部管理体制等を適切に整備・運用されていると認められる場合は指定解除となり、通常の取引銘柄に復帰すると同時に上場維持。指定解除から5年間は改善状況報告書を提出
内部管理体制等を適切に整備・運用されていると認められない場合は、整理銘柄への指定と同時に特別注意銘柄の指定を取り消された後に上場廃止
名古屋証券取引所上場企業が指定された場合
1回目の内部管理体制確認書の審査に基づく指定解除・指定継続・上場廃止の判断（審査期間は1回目の内部管理体制確認書を提出した事業年度の末日まで）
1年以内に内部管理体制等を適切に整備・運用されている場合は指定解除。指定解除された場合は通常の取引銘柄に復帰すると同時に上場維持。指定解除から5年間は改善状況報告書を提出
1年以内に内部管理体制等が適切に整備されていると認めるものの、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）は指定継続
1年以内に内部管理体制等が適切に整備されていると認められない場合や適切に運用される見込みがなくなったと認める場合は、整理銘柄への指定と同時に特別注意銘柄の指定を取り消された後に上場廃止
1年以内に内部管理体制等が適切に整備されている場合であっても、適切に運用されていると認められない場合（適切に運用される見込みがある場合に限る）によって指定継続となった場合は、指定の継続を決定した日の属する事業年度（当該指定の継続を決定した日から当該事業年度の末日までの期間が3か月に満たない場合は当該事業年度の翌事業年度）の末日から起算して3か月以内に2回目の内部管理体制確認書を提出
提出した2回目の内部管理体制確認書の審査に基づく指定解除・上場廃止の最終判断（審査期間は2回目の内部管理体制確認書を提出した事業年度の末日まで）
内部管理体制等を適切に整備・運用されていると認められる場合は指定解除となり、通常の取引銘柄に復帰すると同時に上場維持。指定解除から5年間は改善状況報告書を提出
内部管理体制等を適切に整備・運用されていると認められない場合は、整理銘柄への指定と同時に特別注意銘柄の指定を取り消された後に上場廃止
指定された上場企業が行った主な内部管理体制改善策は以下の通りである。
等である。
また、指定中や指定解除後に、原因となった人物に対して損害賠償請求を提起するケースもある。これとは別に、マツヤ、日本フォームサービス、アマナ、ビジョナリーホールディングスの様に、株式公開買付けを行った上で自主的に上場廃止に踏み切ったケースもある（マツヤと日本フォームサービスは2回目の内部管理体制確認書提出後に株式公開買付けが成立し、その後上場廃止。アマナとビジョナリーホールディングスは1回目の内部管理体制確認書提出前に株式公開買付けが成立し、その後上場廃止。）。
2024年1月15日以降に東京証券取引所から指定された上場会社における上場廃止基準は下記の通りである。
2013年8月9日から2024年1月14日までに東京証券取引所から指定された上場会社、2013年9月13日から2024年4月25日までに名古屋証券取引所から指定された上場会社における上場廃止基準は下記の通りであった。特別注意銘柄への名称変更後も規程改正前の基準を適用していたオーケーウェブ、東京衡機、アルデプロの3社は、オーケーウェブと東京衡機の2社は2回目に提出した内部管理体制確認書の審査結果により指定解除となり、オーケーウェブは指定解除後も2024年4月26日に改正された有価証券上場規程の一部（「特別注意銘柄等」としての上場廃止事由、指定解除後の状況報告制度（改善状況報告書の提出））が適用されるため、2028年6月期までに再び内部管理体制に問題がある場合は特別注意銘柄への再指定もしくは上場廃止となる他、東京衡機は指定解除後も2024年1月15日に改正された有価証券上場規程の一部（指定解除後の状況報告制度（改善状況報告書の提出））が適用される。2013年8月8日以前の規程（改善期間3年）において1回目の指定を受け、指定解除されたものの2024年1月14日以前の規程（改善期間1年）において再度指定されたアルデプロは、特別注意銘柄による上場廃止基準（2024年1月14日以前の規定を適用）により上場廃止となっている。
指定中に、上場会社の内部管理体制等について改善の見込みがなくなったと取引所が認める場合（同時に整理銘柄にも指定される）。
上記は、フード・プラネット、五洋インテックス、ディー・ディー・エス、ルーデン・ホールディングス、アルデプロの様に、1回目に提出した内部管理体制確認書の内容確認（指定を受けた上場企業が開示した「再発防止のための改善計画」が進捗せず、かつ改善を完了させるための具体的な計画が示されていない場合）や改善状況報告書における改善計画の実施状況によっては、監理銘柄（審査中）にも指定され、内部管理体制等について改善がなされなかったと取引所が認める場合や内部管理体制等について改善の見込みがなくなったと取引所が認める場合は上場廃止となる。
2013年8月8日以前に指定された上場会社における上場廃止基準は以下の通りであった。2013年年8月9日時点で指定されていた京王ズホールディングス、グローバルアジアホールディングス、マツヤの3社は同日以降も改正前の規程が適用されていたが、京王ズホールディングスとグローバルアジアホールディングスは特設注意市場銘柄による上場廃止基準により上場廃止となった他、マツヤは前述の通りTOBにより上場廃止となっている。
「内部管理体制確認書」の審査結果や内部管理体制が改善される見込みがないとして上場廃止となった企業は9社あり、この内京王ズホールディングス、グローバルアジアホールディングス、エル・シー・エーホールディングス、フード・プラネット、五洋インテックスの5社は事業停止（休眠状態）に追い込まれたり、経営破綻に至っている。9社の内、上場廃止時における会計監査人は、京王ズホールディングス、グローバルアジアホールディングス、エル・シー・エーホールディングス、アジア開発キャピタルの4社が監査法人アリアであった他、五洋インテックスとアルデプロの2社はフロンティア監査法人であった。フード・プラネットの上場廃止時における会計監査人であった東京第一監査法人は2017年10月に解散へ追い込まれた他、ルーデン・ホールディングスの上場廃止時における会計監査人であった霞友有限責任監査法人は2025年3月に上場会社等監査人登録制度の登録拒否処分を受けている。京王ズホールディングス、グローバルアジアホールディングス、五洋インテックス、ディー・ディー・エスの4社は指定期間中において、監査法人の変更を行っていた他、京王ズホールディングス、グローバルアジアホールディングス、エル・シー・エーホールディングス、フード・プラネットの4社は、上場廃止までの5年間で2回以上も監査法人の変更を行っていた。フード・プラネットと五洋インテックスの2社は指定期間中において本社の移転を繰り返していた。
特別注意銘柄による上場廃止基準によって上場廃止となった企業において、上場廃止となった主な原因は以下の通りである。
等である。