西肥自動車 一般路線バス
（伊万里 - ）宮野 - 宮野宿 - 水尾 - 馬乗場 - 上有田駅入口 - 有田駅前 - 三代橋 - 曲川（ - 伊万里）
1995年までは、伊万里 - 有田駅前から嬉野へ直通する便もあり、宮野経由と曲川経由の2系統あった。また1998年に梅原線が廃止されるまでは、有田駅前から梅原まで運転される便（有田駅前 - 宮野宿 - 大野 - 大野入口 - 梅原）もあった。現在、馬乗場 - 有田駅前 - 曲川間は有田町コミュニティバスが運行。宮野宿 - 水尾間は武雄市予約制乗合タクシーで利用可能。
畑川内線
川内野松浦線
星鹿江迎線
郭公尾線
平戸島内線
平戸生月線
嬉野 - ハウステンボス線
川棚上木場線
川棚国民宿舎線
内海野々川線
大久保・川内野線
口の里線
神田（こうだ）線
上中尾鬼木線
川棚東峠線
中野線
ハウステンボス線一部区間
伊万里 - 木場線
上三川内（かみみかわち）線
浅子線
世知原温泉線
潜木（くぐるき）線
自衛隊本部前線
2020年廃止
伊万里炭山線
2021年廃止
伊万里清水線
伊万里駅前 - 伊万里商業高校前 - 岩立 - 清水 - 楠立 - 黒川小学校前
清水 - 黒川小学校前間は、学休日運休で、日曜祝日は全区間全便運休だった。路線バスからスクールバスへの運行形態移行に伴い、2021年3月31日に廃止。伊万里市民センター前 - 伊万里商業高校前（現・伊万里実業高校 商業キャンパス前）間と尾崎 - 清水 - 黒川小学校間の2区間が廃止され、停留所が18箇所廃止された。
志々伎・宮の浦線
（平戸口駅 - 平戸桟橋 - 川内 - 紐差 - ふれあいセンター入口 - 平戸市民病院 - 平戸高校前） - 下中津良 - 前津吉入口 - 志々伎 - 宮の浦
平戸島内を縦断する路線である。昭和時代は平戸桟橋 - 志々伎間に急行も運転されるなど、島内の主要路線となっていた。
2021年9月30日をもって末端部の平戸高校前 - 宮の浦間が廃止され、平戸ふれあいバス（前出）に代替された。
2022年3月23日廃止
相浦桟橋（あいのうらさんばし）（大野）線
長崎短大・九文高校線
水産市場線
小野町線
黒石線
十文野（ともんの）（小川内（おがわち））線
天の久保線
槍巻 - 佐々線
展海峰（てんかいほう）（赤崎）線
九十九島パールシーリゾート（石岳）線
佐世保 - 花高団地（早岐支所シルバーボウル）線
東部営業所線
大岳台線
卸団地線
天神循環（東山）線
山祇町（やまずみちょう）線
有田駅前線
2023年3月31日廃止
相浦駐屯地（あいのうらちゅうとんち）線
相浦駐屯地 - 長崎県立大学前 - 木宮町 - 佐世保市総合医療センター入口 - 松浦町国際通り - 佐世保駅前 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 鹿子前入口 - 日野中央 - 沖田自衛隊入口 - 相浦駐屯地
佐世保市による「佐世保市地域公共交通持続化実施計画」における利便性向上策の一環として、同市からの委託により、循環運行と相浦地区 - 中心市街地間の速達運行を一体化した社会実験として、2023年3月31日までの期間限定で運行された。
愛宕町 - 佐世保市総合医療センター入口間は西九州自動車道（相浦中里IC - 佐世保中央IC）、佐世保市総合医療センター入口 - 鹿子前入口間はSSKバイパスを経由するが、SSKバイパスについてはさせぼバス委託運行便とは異なり、ミニッツパーク入口 - 鹿子前町間は停車しない。西九州自動車道から周るルートとSSKバイパスから周るルートがあり、1日5往復の運行となる。西九州自動車道を経由するため、長崎空港線と同じトップドア車両（立席なし・シートベルト着用）での運行であった。
福島循環線
2024年3月29日廃止
※実際は同年3月31日付で廃止となるが、いずれも平日のみの運行となる関係上、3月29日が最終運行日となった。
須田尾線
新みなとターミナル線
新みなとターミナル前 → 鯨瀬ターミナル前 → 新みなとターミナル前 → 戸尾町 → 島瀬町 → 湊町 → 佐世保市総合医療センター → 湊町 → 共済病院前 → 平瀬橋 → 新みなとターミナル前
両端部が往復運転となり、地図に当てはめると8の字にルートをたどる変則循環線。平日朝のみ3周半設定された。最終便は佐世保市総合医療センターから松浦町（国際通り・中央公園口）を通り佐世保駅前に到着していた。廃止に伴い、佐世保市総合医療センター - 平瀬橋間の停留所4ヶ所が廃止された。
2025年3月31日廃止
烏帽子岳線、弓張岳線、針尾小学校線、菰田（こもだ）・世知原線、川棚バスセンター線については、同年4月1日より停留所廃止区間の代替として予約制乗合タクシーの運行を開始している。また、松浦～世知原線については、松浦市内は別会社が乗り合いバスの、それより先は予約制乗り合いタクシーの運行をそれぞれ同年4月1日から開始している。
烏帽子岳（えぼしだけ）線
弓張岳線
前畑（まえはた）循環線
（佐世保駅前以遠） → 福石町 → 競輪場前 → 食肉センター前 → 前畑 → 食肉センター前 → 競輪場前 → （佐世保駅前以遠）
業務隊前 - 食肉センター前間が対面通行となる変則循環線。平日のみ朝夕各1便が運転され、朝便はパールシーリゾート九十九島水族館発佐世保駅前着、夕便は佐世保駅前発矢峰着で異なるルートでの運行であった。廃止に伴い、前畑 - 福石町・佐世保駅みなと口間の停留所が廃止された。（佐世保駅みなと口停留所は前述した教育隊線の復路のみで使用されていた）
宮津町線
（佐世保東翔高校 - ）重尾 - 広田三丁目 - イオンタウン早岐 - 早岐駅東口前 - 花高四丁目 - 花高一丁目 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 金田橋 - 重尾 - 東部営業所 - 長畑町 - 宮津町
2022年3月24日のダイヤ改正により、佐世保駅前以遠を発着する便が廃止され、前述の東部営業所線の代替路線として、重尾を発着点として早岐・花高団地を周回するルートに変更されたが廃止。これに伴って、東部営業所 - 宮津町間の停留所が廃止された。
針尾小学校・口木線
（佐世保東翔高校 - ）重尾 - 広田三丁目 - 宮崎橋 - 早岐駅前 - 早岐支所シルバーボウル前 - 観潮橋 - 有福 - 指方 - 浦頭 - 口木 - 針尾小学校前 - 浦頭 - 指方 - 有福 - 観潮橋 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 広田三丁目 - 重尾
平日のみの運行。口木を経由して重尾 - 浦頭間を往復する循環路線が主体だが、重尾 - 針尾小学校前の区間便が朝に1本運行されていた。廃止に伴い、針尾小学校 - 太田間の停留所が廃止された。
妙観寺線
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 西高校前 - 坂の上分道 - 十文野（ともんの） - 小川内公民館前 - 乙石尾 - 桶口 - 吉井
2022年3月24日のダイヤ改正で旧道の妙観寺峠経由から新道の妙観寺トンネル経由へ変更（妙観寺峠 - 樽川内間のバス停4か所を廃止）されたほか、後述する十文野（小川内）線の廃止に伴う代替路線として、平日のみ、全5往復のうち、佐世保駅前発2本（朝・夕各1本ずつ）、吉井発3本が十文野経由となった。
廃止に伴い、皆瀬小学校前・西高校前 - 桶口間の停留所が廃止された。
菰田（こもだ）・世知原（せちばる）・松浦線
世知原 - 長坂 - 高野 - 松浦駅前
かつて2001年までは佐世保 - 松浦間の直通運転もあったが、世知原で運転系統が分かれた。また、菰田を発着する便は平日に1日1往復の運行であった。
2022年3月24日のダイヤ改正で妙観寺線の牧の地経由便が廃止されたのに伴い、下小川内 - 二反田橋間は、途中で牧の地に立ち寄るルート（複乗）へ変更された。
路線廃止に伴って、皆瀬小学校前・松浦里 - 世知原間（皆瀬小学校前 - 世知原間は複乗ルートの下小川内 - 二反田橋間を含む）の停留所が廃止された。
（肥首（こえくび））農高前線
佐々バスセンター - 口石別道 - 見返橋 - 楠泊 - 大加瀬 - 江迎 - 末橘 - 万場 - 肥首（こえくび） - 天主堂前 - 農業高校前 - 坊田 - 北小学校入口 - 田平港
平戸桟橋 - 農業高校前間のうち、田平港を経由する便は1日1往復のみで、平日のみの運行。また、平日は始発便以外は学休日運休となるが、北松農業高校の学校行事によりダイヤが変更された。
佐々バスセンター発田平港行は2022年3月のダイヤ改正によって新設された路線。平日・土日祝を問わず1日1本朝に運行されており、北松農業高校前を経由するため、通学便を兼ねていた。
学休日を除く平日には平戸営業所 - 江迎間も1日1往復運行されているが、田平港を経由するのは平戸営業所発江迎行のみであった。
路線廃止に伴って、田平南小学校 - 肉用牛改良センター前間の停留所が廃止された。
川棚－石木－内海（うちのみ）線
（川棚高校下 - ）川棚バスセンター - 川棚役場前 - 石木 - 梅高野 - 万年橋 - 田の頭 - 下宿（しもしゅく） - 舞相（まいそう） - 内海（うちのみ）
東彼杵郡川棚町と同郡波佐見町を結ぶ路線。
川棚高校下から発着する便があり、川棚高校下発は平日の夕方のみで学休日は運休。内海（うちのみ）発は朝の一部の便が川棚高校下行であった。
路線廃止に伴って、川棚役場前 - 平瀬間及び長崎川棚医療センター、川棚高校下の停留所が廃止された。
川棚バスセンター線
（早岐中町以遠） - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋（ - 長崎国際大学） - 日陰 - 長畑町 - 白石 - 川棚バスセンター
かつては大村市内（大村営業所）まで運行されていたが、2002年に川棚までに路線短縮された。
藤原橋・早岐田子の浦を経由する佐世保駅前以遠便と、2022年3月24日のダイヤ改正により新設された花高団地・早岐支所シルバーボウル前を経由する重尾発着便があった。重尾発着便は佐世保－花高団地線の早岐支所シルバーボウル前発着便廃止による代替路線も担っていた。
佐世保駅前以遠便については、川棚バスセンター発の始発便が佐世保市総合医療センター入口行となる以外は佐世保駅前を発着する。川棚バスセンター発重尾行は土日祝のみ、夕方の2本が長崎国際大学経由となる。
廃止に伴い、日陰 - 長崎川棚医療センター間の停留所を廃止。停留所廃止区間と同じ経路を運行する長崎空港線が代替路線を担い、川棚バスセンターは長崎空港線の停留所として存続する。
伊万里－西分－松浦線
伊万里駅前 - 川西 - 里 - 久原 - 干把町（ - 西分） - ぎぎが浜入口 - 今鶴 - 調川 - 松浦駅前
かつては伊万里 - 平戸間の直通運転もあったが、現在は松浦駅前で運転系統が分かれ、伊万里－西分－松浦線と前述した松浦－平戸線となっている。1995年までは急行も設定されていて、武雄から平戸まで直通する便もあった。
浦ノ崎駅前 - 今福間で土肥ノ浦を経由する便もあったが2002年に廃止され、現在は松浦観光バスが代替運行している。
西分を経由する便は平日のみ1日2往復運行されている。この便は2017年のダイヤ改正に伴って経由便として整理されたもので、伊万里駅前から西分に向かった後浦ノ崎駅前まで引き返し、そのまま松浦駅前行になる形に変更された。
2021年4月1日のダイヤ改正に合わせて区間内の一部の停留所名が変わり「伊万里農林高校前」は伊万里農業高校と伊万里商業高校の統合により「伊万里実業高校農林キャンパス前」に名称変更されている。
廃止に伴い、宮の前 - 国見中学校前間の停留所を廃止。