函館バス 路線バス
731：上三本杉 - 瀬棚市街 - 北檜山 - 檜山北高校 - 神丘 - 今金 - 日進 - 上八雲 - 八雲駅前 - 八雲総合病院
2025年（令和7年）10月1日の函館・瀬棚線（快速瀬棚号、710：函館バスセンター・函館駅前・五稜郭・亀田支所前・七飯役場通 - 新函館北斗駅 - 八雲駅前 - 今金 - 北檜山 - 瀬棚市街 - 上三本杉）廃止による代替系統。八雲駅前にて函館・長万部線と接続する。
函館・瀬棚線は1987年（昭和62年）5月10日より直通運行を開始。2010年（平成22年）10月1日には上八雲 - 瀬棚市街間の乗降制限（瀬棚行は降車のみ、函館行は乗車のみ）が解除されている。全区間において急行運転を行っていたが、2011年（平成23年）4月1日付ダイヤ改正より、今金 - 上三本杉間は瀬棚線の各停留所にも停車するよう変更されている。2018年（平成30年）10月1日より函館バス初のトイレ付車両の運用を開始した。
八雲駅前 - 上八雲間は大関線として運行されていた。1970年（昭和45年）9月25日の休止後は八雲町が引き継ぐ。
高速はこだて号
湯の川・空港線（めぐりっこ）
ニューバスパ
共愛会病院正門前 - テーオー・パボッツ前 - 五稜郭 - 市立函館高校前 - 花園団地裏 - 本通農協前 - 鍛治団地 - 中央小学校前 - 亀田支所前 - 富岡中央公園 - 桐花通中央 - 大川団地東 - 教育大通 - パボッツ前 - 共愛会病院正門前
バスパとして新設後、経路変更の上でニューバスパに名称変更。五稜郭先回りを「おけ回り」、教育大通先回りを「手ぬぐい回り」と称していた。
2014年（平成26年）11月1日：廃止
旧50-2系統
旧2系統
旧24系統
美原ライナー
市立病院・五稜郭循環バス
五稜郭 - 五稜郭公園入口 - 白鳥橋 - 田家コミュニティー - 五稜郭駅前 - 高台坂下 - 市立函館病院前 - ポールスターショッピングセンター前
2000年（平成12年）10月：LCSA（レクサ）100として新設、全区間100円均一運賃で運行
新設理由は市立函館病院の港町1丁目移転に伴う交通の確保で期間限定運行であった
定期券、回数券、福祉利用証などでの利用はできなかった
LCSA（レクサ）200（全区間200円均一運賃）への変更を経て、2014年（平成26年）5月1日より市立病院・五稜郭循環バスに変更の上で、経路変更および運賃を改定
2017年（平成29年）11月1日に白鳥橋→五稜郭タワー前→芸術ホール前→五稜郭病院前経由に変更
2019年（平成31年）4月1日廃止
湯の川温泉ライナー
上磯・木古内線
桔梗・美原線
田家・石川線
40（旧4）：昭和ターミナル - 新都市病院正門前 - 石川町中央 - 美原台 - 赤川入口 - 亀田支所前 - 田家町 - 教育大学前 - ガス会社前 - 海岸町 - 函館駅前
2021年（令和3年）4月1日廃止
赤川乗合自動車が1932年（昭和7年）春より万年橋 - 高区貯水池間7.2kmを運行開始。戦前は富岡と赤川通地区に雪の吹き溜まりができることから1月から3月まで運休する年が多かった。戦時中に臨港バスに社名変更し、函館側発着場を北海道拓殖銀行万代町支店横に変更。函館バスに譲渡されたものである。
買い物と通院に利用されており北海道の補助路線であった。白鳥町および田家町各停留所での乗降が少なく、石川町から園芸センター前間の乗客も少なかった。47、67、57、58で代替ができるから廃止に至った。
昭和・旭岡団地線
89（旧89・98）：昭和ターミナル - 昭和 - ガス会社前 - 五稜郭 - 富岡 - 亀田支所前 - 花園町 - 湯倉神社前 - トラピスチヌ入口 - 旭岡中学校前
2021年（令和3年）4月1日廃止
通勤、通学、買い物、通院路線として利用されてきた路線ある。20kmにも及ぶ長大路線であるが国道5号方面～旭岡方面間を直通する需要はほぼなかった。12、59、74が代替になるだけではなく、78を新設するため廃止に至った。
蛾眉野線
93：函館バスセンター - 函館駅前 - 松風町 - 中央病院前 - 五稜郭 - 湯倉神社前 - トラピスチヌ入口 - 旭岡小学校前 - 旭岡団地 - 鉄山 - 蛾眉野（がびの）
鉄山折り返し便が旧10系統として運行されていたが、2018年（平成30年）4月1日に廃止され、2021年（令和3年）4月1日に全路線廃止
北海道の補助路線である。買い物と通院に利用されてきたが、函館駅前～鉄山停留所間は99、99Aで代替が可能である。鉄山～蛾眉野停留所間は週に2～3名と乗客が少なく、今後も増加する見込みが考えられないため廃止に至った。
87系統（旧8系統急行）
97系統（旧79系統）
45系統
昭和ターミナル - 新都市病院前 - 蔦屋書店前 - 流通センター入口 - 西桔梗 - 七重浜 - 津軽海峡フェリー - 北大前 - 港 - 市立函館病院 - ポールスターショッピングセンター前
2019年（平成31年）4月1日：新設の日中の買い物客と津軽海峡フェリー利用客の利用を想定したが、1便あたり最大平均3.35人と慢性的な赤字が継続していた。また、市立函館病院→亀田支所前の乗客がほとんどであった。
2022年（令和4年）10月1日廃止。利用実績に合わせて主に「72」を代替することとした。
69系統（旧9-J系統）
上陣川旋回場 - 神山児童館 - 赤川通 - 中央小学校裏 - 神山通 - 亀田支所前 （- 昭和ターミナル） - 昭和営業所
2012年（平成24年）4月1日～8月15日：前身となる、陣川あさひ町会が運営する「Jバス」として、実証実験という形で函館バスに委託運行開始。経路などの変更を経て運行が継続され、2015年（平成27年）4月1日より安定運行や採算の目処が付いた事から、函館バスの路線「9-J系統」として本格運行していくことになった。
2022年（令和4年）10月1日より上陣川旋回場行きを美原地区路線バス乗降場（亀田支所前4番のりば）に乗り入れをし、効率化で昭和営業所に一本化した。
2023年（令和5年）10月1日廃止。1便あたり平均3名などと需要が低調であり、61Aとの運行系統重複していたので解消を図った。
海洋センターシャトルバス
空港五稜郭快速線
奥尻線
上の湯線
美谷線
（北檜山 - 瀬棚 - ）上三本杉 - 虻羅 - 美谷 - 須築
1949年（昭和24年）10月6日に東瀬棚 - 瀬棚間、1950年（昭和25年）3月22日に瀬棚 - 美谷間、1973年（昭和48年）7月9日に美谷 - 須築間免許。1986年（昭和61年）4月1日に廃止され、旧瀬棚町域を瀬棚町営バス（いわゆる80条バス）が引き継いだ。2002年（平成14年）4月1日からはいわゆる21条バスによる東ハイヤーへの運行委託に変更。2006年（平成18年）10月の法令改正による一般路線バス化を経て、2019年（平成31年）4月1日よりデマンドバス化。
函館・洞爺湖線
函館・大成線（大成号）
函館バスセンター・函館駅前・五稜郭・亀田支所前 - 鶉 - 厚沢部 - 柳崎 - 乙部 - 熊石 - 宮野 - 大成学校前
1985年（昭和60年）7月1日より函館と乙部・熊石・大成を直通する長距離路線として運行したが、2008年（平成20年）4月1日のダイヤ改正をもって廃止され、函館・江差線と檜山海岸線の乗り継ぎに振り替えられた。2009年（平成21年）7月19日には「リバイバル大成号」が運行されている。
鰔川・旭岱線
姫川線
太櫓線
江差・八雲線
623：江差ターミナル - 南が丘団地 - 姥神町フェリー前 - 尾山 - 江差病院前 - 水堀 - 乙部 - 元和 - 鮎川 - 国民宿舎前 - 熊石 - 国民宿舎前 - 鮎川 - 見市温泉 - おぼこ荘入口 - 八雲高校 - 八雲駅前 - 八雲総合病院
1970年（昭和45年）8月7日に（熊石 - ）鮎川 - 鉛川（ - 八雲）間休止後、1987年（昭和62年）に夏期季節運行で再開。1991年（平成3年）より通年で運行される。2017年（平成29年）11月1日より八雲駅前 - 八雲総合病院間延伸。
八雲駅でJR特急列車と接続し、札幌など道央圏と江差町の公共交通アクセスルートとして活用されていたが、乗客は1便平均9人に止まるなど慢性的な赤字となっていた。八雲町では八雲・江差線を廃止し、八雲と熊石を結ぶデマンドバスへ移行する計画を発表。試験運行を経て、2021年（令和3年）10月1日廃止。八雲ハイヤーが運行するデマンドバス「熊石・八雲間予約バス」に移行した。
濁川線（三岱線）
312・321：（函館バスセンター←）渡島信用金庫本店 - 森駅前 - 森警察署前 - 森国保病院前 - 森警察署前 - 森駅前 - 蛯谷 - 石谷 - 下濁川 - 温泉入口 - 濁川 - 三岱入口
312は三岱線三岱入口→函館で、下濁川→函館間は森国保病院を経由する以外は函館・長万部線と同経路。321は濁川線渡島信用金庫本店 - 三岱入口。2020年（令和2年）4月1日より全便平日のみ運行となり、三岱線も土曜休日は313 森駅前→渡島信用金庫本店→函館となった。
2022年（令和4年）10月1日に321が廃止され、2023年（令和5年）4月1日に312も廃止し全日313の運行となった。
館線、稲見線、木間内線
641・644・662（館線）：江差ターミナル - 南が丘団地/茂尻町 - 姥神町フェリー前 - 尾山 - 江差病院前（ - 江差高校前） - 中網 - 厚沢部 - 鶉 - 館 - 東部館 - 富里
641は南が丘団地経由富里、644は南が丘団地・江差高校経由富里、662は茂尻町経由東部館。
1948年（昭和23年）12月27日鶉 - 館間、1964年（昭和39年）2月14日館 - 富里間免許。
663（木間内線）：木間内 - 鶉農協前 - 厚沢部 - 中網 - 江差高校前 - 江差病院前 - 尾山 - 姥神町フェリー前 - 茂尻町 - 江差ターミナル
上記厚沢部町3路線については、2023年（令和5年）8月より利用低迷の上に燃料費高騰と運転手不足で江差町や厚沢部町と廃止の調整を行っていた。2024年（令和6年）4月1日に廃止され、「江差町北部乗合タクシー」が代替交通となる。
砂原線
江差・小砂子線
621・622：江差ターミナル - 大留 - 花沢温泉 - 大崎 - 滝沢 - 石崎 - 小砂子 - 原口漁港前
622は江差 - 小砂子。
松前・江差線として松前 - 原口 - 小砂子 - 江差間の直通系統が運行されていた。1969年（昭和44年）11月22日に休止後1996年（平成8年）4月1日に再開されたが、2009年（平成21年）10月1日に小砂子 - 原口漁港前間を再度廃止。2014年（平成26年）10月1日に小砂子 - 原口漁港前を再設定する（ただし、松前へは原口漁港前での乗り換えが必要）とともに、江差側の始点を江差病院前・江差高校前から江差ターミナルに短縮。2019年（令和元年）11月16日より花沢温泉乗り入れ開始。2020年（令和2年）10月1日より上ノ国駅前を廃止。
2025年（令和7年）10月1日廃止。上ノ国町が運行主体となるデマンド交通が代替となる。