日本学術会議 沿革
また、戒能は今回の会員の選考基準の公表を求めるとともに、新しい組織では個々の領域だけでなく横断型・俯瞰型の課題が重要になることから、会員に対して「その主な役割は、それぞれの専門分野に限定されない領域横断・俯瞰型の知見の発揮と、調整およびマネージメントにあろうから、これらのミッションをこなす能力がないと、なかなかに大変」と指摘した。なお、2008-2011年に副会長を務めた唐木英明は、設立当初の日本共産党の影響が強かった雰囲気が副会長時代も残っていたと述懐している。
2014年7月、「日本学術会議の新たな展望を考える有識者会議」が内閣府の科学技術担当大臣の下に設置され、翌2015年3月に報告書「日本学術会議の今後の展望について」がまとめられた。活動面では「緊急課題や新たな課題への機動的対処等の改革の趣旨・目的は実現されてきており、活動面においては着実に成果が上がっている」と評価され、組織面でも「一部には改革で意図された成果が表れている」とされたものの、「改革の趣旨を尊重しつつ、運用面での工夫を重ねていくこと」が期待された。
この報告書に提示された改善策には、会員について「求める人材像や選考プロセスのオープン化」が求められ、「自らの専門分野の枠にとらわれない俯瞰的な視点をもって向き合うことのできる人材が望ましい」という提言がなされた。また、コミュニケーションについては「若手アカデミー」活動や地域活動の推進などが盛り込まれていた（「§連携・コミュニケーション」も参照）。
また、慶應義塾大学名誉教授の小沼通二は2017年の『学術の動向』において、研究者の直接選挙から学協会推薦、コ・オプテーション方式と変遷していく中で、一般研究者の関心が薄くなっている問題を指摘。特に企業研究者などは日本学術会議を自分達の代表と考えていないこと、「日本学術会議の「独立した」発言を嫌がる人たちがいるのだから、学術研究者や社会、特にメディアとの交流を強化しないと学術会議の将来は危うい。」などの懸念を持っていた。
2020年（令和2年）10月1日、日本学術会議が推薦した新会員候補105人の内、6人が任命権者である菅義偉首相によって理由が明かされないまま任命を拒否され、日本学術会議の独立性や学問の自由が損なわれるとの批判が巻き起こる。その後、2016年の補充人事で官邸が難色を示して補充を断念したこと、2017年の会員推薦時には事前説明を実施していたこと、6名に難色を示したのは杉田和博官房副長官であったことも明らかになる。
自由民主党は塩谷立を座長とする「学術会議の在り方を検討するプロジェクトチーム」を組織し、同年10月14日に初会合を開催。同年11月中に秋の行政刷新レビューで予算（国費負担）や組織形態（民営化やNGOも一案）を検証し、12月上旬に自民党が日本学術会議の在り方について提言をまとめ、同月下旬の次年度予算編成に行政刷新レビューの結果を反映される方針を示した。10月16日に梶田会長は菅義偉首相を訪問し、任命拒否の理由説明と6名の任命を求める要望書を直接提出。さらに日本学術会議の在り方について、梶田会長と井上信治科学技術担当大臣が中心となって今後の協議を進めることが確認された。
なお同年10月28日の国会答弁において、菅義偉首相は民間出身者や若手が少ないこと、出身や所属大学に偏りがあり多様性を考慮したと弁解した。しかし大西隆元会長は、2005年当時に比べて東京大学出身者は3割近くから17%程度へ、関東の大学在籍者の割合は63％から5割程度に減少しており、会員の偏在には改善がみられると反論している。なお、女性会員は第19期で13名だったものが第20期で42名の約20%となっており、第25期の時点では約38%にまで達している。また、同月30日の国会答弁において首相は、旧帝大所属が45%を占め、産業界は3%、50歳未満の若手は3%に過ぎないと指摘した。野党などはこの答弁に対し、任命拒否された6名のうち3名が私立大学所属であり、女性も1名いると批判している。
2023年（令和5年）に岸田文雄内閣は学術会議を改革する法案提出を検討していたが、学術会議の反発が強く見送った。同年8月に「日本学術会議のあり方を話し合う有識者懇談会」を設置。同年12月21日に有識者懇談会は中間報告を提出し、翌22日にはそれを受けた松村祥史国家公安委員長が日本学術会議を法人に移行させる方針を表明した。なお内閣府の基本方針には法人化だけでなく、外部有識者から意見を聴く「選考助言委員会」や外部者が過半数を占める「運営助言委員会」、および外部有識者による「評価委員会」の設置も含まれていた。また、多様性のため正会員に外国人会員を設けることも提案されており、国の機関だと外国人を受け入れられないため国から独立する論拠になっているという。なお寄付の受け入れなど財源の多様化も課題であったが、独立性の担保が課題になっていた。
2024年（令和6年）12月18日、「日本学術会議のあり方を話し合う有識者懇談会」が法人化に向けた最終報告書を公表した。懇談会の改革案ではコ・オプテーションと投票方式を組み合わせることや、会員を210名から300名に増やしたり、連携会員の枠組みを見直すことが盛り込まれていた。外部の評価委員や幹事を設けることについては内閣と学術会議側で意見が分かれた。同年2月22日に開催された学術会議の総会で議論され、光石衛会長は「法制化に向けて責任を持って政府と協議していく」という談話を発表し、会見で「安定した財政基盤や会員選考における独立性など、求めてきた要件は大枠で認められたと考えている。残る懸念は法制化の議論の中で伝えていきたい」と答えている。
2025年（令和7年）3月7日に石破茂内閣は「日本学術会議法案」を閣議決定し、閣議法案として国会に即日提出。同年4月に日本学術会議は総会で法案の修正を求めた。同年5月8日には国会議事堂前で法案に反対する集会が開かれたが、同月13日に衆議院で可決した。同月20日には吉川弘之、黒川清、広渡清吾、大西隆、山極寿一、梶田隆章の元会長6名が廃案を求める声明を連名で発表した（日本記者クラブで梶田、大西、広渡の3名が記者会見）。同年6月10日には参議院内閣委員会にて同法案が可決し、立憲民主党提案の修正案は否決された。同月11日の参議院本会議で可決し、参議院は即日に天皇へ同法の公布を奏上した。同月16日には吉川ら元会長6名が会見で法案の修正案に応じなかったことに遺憾の意を表明するとともに、学術会議の独立性確保を求める声明を連名で発表した。
同月18日、令和七年法律第七十号「日本学術会議法」公布。同法第一条では学術会議の目的を「我が国の科学者の内外に対する代表機関として、学術に関する重要事項に係る審議、大学、研究機関、学会その他の学術に関係する者の間における連携の確保及び強化、学術に関する研究を円滑に進めるための社会環境の整備、学術に関する外国の団体及び国際団体との交流等を行うことにより、学術の向上発達を図るとともに、学術に関する知見を活用して社会の課題の解決に寄与すること」とし、同法第三条では「会議は、法人とする」と定められた。なお施行日については、同法附則第一条で「令和八年十月一日から施行する。ただし、次条から附則第九条まで並びに附則第十八条第三項及び第四項、第二十二条並びに第二十六条の規定は、公布の日から施行する」と定められ、旧法については、附則第二十八条で「日本学術会議法（昭和二十三年法律第百二十一号）は、廃止する」となっている。
同法では会員の定数が210名から250名に、定年が70歳から75歳に代わり、学術会議で解任できる規定ができた。任期は6年のままだが、再任が1回だけ可能となる。しかし連携会員の規定がなくなり、内閣総理大臣ではなく学術会議自身が任命する形になった。また、会員の選考にあたって外部科学者による「選定助言委員会」が設けられることになり、法案成立時の会員が会員選抜に関われないと問題視されている。加えて会員とは別に内閣総理大臣が「監事」と「評価委員会」を任命することになっており、学術会議の法学委員長である川嶋四郎は監事を学術会議の総会任命にしたり、2名のうち1名は学術会議で選定したりすることを提案していた。