年次有給休暇 日本の法制
後者で推定すべきとする説では、法律上の権利であるのだから当然に法律の一般原則である民法が適用され、「労働者が年休を請求してきた場合、使用者は当該年度のものから使用することを指定でき、使用者がその指定をしなければ、労働者は前年度のものから使用することを指定できる。ただし、労働者の指定に対し使用者が遅滞なく異議を述べた時は法定充当により当該年度のものから使用したことになる（民法第488条）。また、使用者も労働者も何らの指定もしない時は法定充当により使用者にとって弁済の利益の多い当該年度のものから使用したことになる（民法第489条）。」と解釈されている。
厚生労働省の労働法コンメンタールでは前者の説が書かれている 一方で後者も書かれているが、行政指導は事実上後者の見解で行われている。
日本は最低賃金の低さ、労働時間の長さ、長時間労働・有給休暇・休日の日数のどれをとっても先進国中、最低の部類であり労働水準に関しては未だ発展途上である。
厚生労働省の「令和5年就労条件総合調査」によれば、令和4年1年間に企業が付与した年次有給休暇日数（繰越日数を除く）は、労働者1人平均は17.6日（令和4年調査17.6日）、このうち労働者が取得した日数は10.9日（同10.3日）で、取得率は62.1%（同58.3%）となっており、昭和59年以降過去最高となっている。その要因として、平成31年4月より義務付けられた「有給5日取得」の影響とみられるが、政府の2020年目標である70%には未だ及んでいない。取得率を企業規模別にみると、従業員1,000人以上の企業では65.6%取得しているが、100人未満の企業では57.1%となっていて、企業規模が小さいほど取得率は低くなる傾向は従前から変わっていない。
また、内閣府の「平成25年ワーク・ライフ・バランスに関する個人・企業調査」における企業調査により、「自分に与えられた役割を果たし、付与された有給休暇のほとんどを消化すること」が人事評価でどのように考慮されるかについてみると、「人事評価では考慮されていない」が84.5%と極めて高くなっている。
これらの要因としては、日本では年次有給休暇の消化を容易にするための人員構成が「経営効率化や人材育成の面で無駄が多い」として、年次有給休暇の消化に消極的な経営者が多いうえ、労働者の側にも労働組合の未組織や年次有給休暇の取得をためらわせる社内風土の存在等様々な事情が絡んでいるためではないか、と言われている。一つの要因として、組織学者の太田肇は労働政策研究・研修機構の調査結果を援用しながら「周りから認められるために」休暇取得をためらう実態があることを明らかにしている。
年次有給休暇を時間単位で取得できる制度がある企業割合は「平成29年就労条件総合調査」では18.7%である。年次有給休暇の計画的付与制度がある企業割合は 43.9%（令和4年調査 43.1%）となっており、これを計画的付与日数階級別にみると、「5~6日」が 72.4%（同 71.4%）と最も高くなっている。
職場の雰囲気や事業主・経営者など使用者側の意向などの理由により、労働者の権利として法的に認められているはずの年次有給休暇の取得をためらわせたり取得しづらい労働環境などは本来は労使交渉で解決するべきものであるが、労働者が年次有給休暇を申請したときに、取得できる状況であるにもかかわらず使用者側が年次有給休暇の取得を認めない場合は、使用者側の労働基準法違反として所轄労働基準監督署へ相談、申告したり、終局的には裁判所へ提訴する手段もある。
厚生労働省は日本の労働者における有給休暇の取得率の低さを問題視し、うつ病や過労死、過労自殺に繋がる大きな要因であると危惧しており、労働時間の短縮や年次有給休暇の完全取得を事業主に促進する取り組みを旧労働省時代から進めている。
1990年の「連続休暇取得促進要綱」では ｢年次有給休暇の平均20日付与、20日取得｣という目標のもとに「意識改革とシステムづくり」等を強調する。1995年の「ゆとり休暇促進要綱」では「まとまった日数の連続した休暇」「個人の希望を活かした休暇」「ライフ・スタイルやワーク・スタイルに合わせた目的別休暇」といったコンセプトを提唱する。2000年「長期休暇の普及に向けて」では「1週間程度を最低単位として2週間程度の休暇」と期間を明示し、週休2日の週休日と年次有給休暇を組み合わせて実現を図ろうとする。2004年「職業生活活性化のための年単位の長期休暇制度等に関する研究会報告書」では「一定以上のまとまった期間、 少なくとも1年以上の期間を対象」とする休暇を提唱する。2010年4月1日から適用された「労働時間等の見直しガイドライン」では当面の目標として2020年までに年次有給休暇取得率を70%まで上げるよう求めている。2020年5月に閣議決定された「少子化社会対策要綱」では2025年までに取得率を70%にする目標が掲げられた。2014年度からは毎年10月を「年次有給休暇取得促進期間」と定め、集中的な広報活動を行っている。ただしこれらはいずれも労使の自主的な交渉を促すものであり、法的な強制力はない。
労働者が有給休暇を取得した日を欠勤として扱い賞与を減額することは許されない（最三小判平成4年2月18日）。労働者が有給休暇を取得した日や土曜日・祝日といった出勤を要しない日（実質休日）は、第39条のいう全労働日には含まれず、賞与の計算にあたって欠勤として見なすことは許されない。
国や行政が労働者の長時間労働によるうつ病などの精神疾患や過労死、過労自殺を防ぐための時短政策の一環として有給休暇取得率の向上を進めているが、皆勤手当が存在する企業では労働者にとって有給休暇の取得をためらわせる原因の1つでもあり、第136条において有給休暇を取得した労働者に対し使用者は賃金の減額や不利益な取り扱い をしないよう定められているため、有給休暇の取得による皆勤手当の不支給または減額は不適切な行為として各県担当課や地方労働局などが警鐘を鳴らしている。ただし、労働基準法上、罰則は設定されていないため、労働基準監督官等へ申告しても、結局は強制力のない行政指導が行なうまでしかできない。罰則がないので、送検のような刑事処分をすることは理論的に不可能である。
皆勤手当を定めている事業所において、有給休暇を取得した労働者を欠勤として取り扱い皆勤手当てを支給しないことに対し、賃金の不当な不払いとして違法とする判決が下されている（横浜地判 昭和51年3月4日）一方で、有給休暇の取得による皆勤手当の不支給または減額は第39条の精神に反するとしつつも、皆勤手当の不支給または減額は公序に反するとして無効の主張はできないとする最高裁判例がある（最判平成5年6月25日）。
後者の判例では、皆勤手当の金額が支給される給与の月額に対し2%にも満たない小額（最大で1.85%）であったこと、事業内容から日々の業務において欠員が出ることによる収益の悪化が確実視されることから、皆勤手当の不支給または減額は有給休暇の取得を一般的に抑制する趣旨に出たものではないと判断された。つまり、有給休暇取得による皆勤手当の不支給または減額が無効と判断されるか否かはケースバイケースであり、個々の事案の状況から判断される。
船員（船員法第1条に定める「船員」）には労働基準法の年次有給休暇の規定は適用されず（第116条）、別途船員法によって有給休暇（船員法では「年次」の語はつかない）の規定が定められている。海上労働においては長期にわたり陸上を離れて航行することや、船員の雇入契約は一般的に乗船ごとの有期契約であること等から、労働基準法とはかなり異なった規定となっている。
船舶所有者は、船員が同一の事業に属する船舶において初めて6か月間連続して勤務（船舶の艤装又は修繕中の勤務を含む。以下同じ。）に従事したときは、その6か月の経過後1年以内にその船員に所定の日数の有給休暇を与えなければならない。ただし、船舶が航海の途中にあるとき、又は船舶の工事のため特に必要がある場合において国土交通大臣の許可 を受けたときは、当該航海又は工事に必要な期間（工事の場合にあっては、3か月以内に限る。）、有給休暇を与えることを延期することができる（船員法第74条1項）。船舶所有者は、船員が1項の規定により与えられた有給休暇に係る連続した勤務の後に当該同一の事業に属する船舶において1年間連続して勤務に従事したときは、その1年の経過後1年以内にその船員に所定の日数の有給休暇を与えなければならない（船員法第74条2項）。1項ただし書の規定は、2項の場合について準用する（船員法第74条3項）。
以下の期間は、連続して勤務に従事した期間の計算については、同一の事業に属する船舶において勤務に従事した期間とみなす（船員法第74条4項）。
同一の事業に属する船舶における勤務に準ずる勤務として国土交通省令で定めるものに従事した期間（船員法施行規則第49条の2）
他の船舶所有者の行う事業に属する船舶における勤務（他の船舶所有者に雇用されて従事したものを除く。3において同じ。）
船舶における勤務に係る技能の習得及び向上等を目的として受ける教育訓練であつて、船舶所有者の職務上の命令に基づくもの
係船中の船舶における勤務
同一の船舶における連続した勤務のうち当該船舶が他の船舶所有者の事業に属する間に従事したもの
育児休業又は介護休業をした期間
産前産後休業期間
付与日数は、最初の連続勤務6か月につき15日（沿海区域、平水区域を航行区域とする国内船については10日)、その後連続勤務3か月を増すごとに5日（沿海区域、平水区域を航行区域とする国内船については3日）の有給休暇を付与しなければならないこととなっている。ただし、国土交通大臣の許可を受けたときは、その延期した期間1か月を増すごとに2日（沿海区域、平水区域を航行区域とする国内船については1日）の有給休暇を加えることとなっている（船員法第75条1項、2項）。次の連続勤務1年間につき25日（沿海区域、平水区域を航行区域とする国内船については15日）、その後連続勤務3か月を増すごとに5日（沿海区域、平水区域を航行区域とする国内船については3日）の有給休暇を付与しなければならないこととなっている。この場合も、国土交通大臣の許可を受けたときは、その延期した期間1か月を増すごとに2日（沿海区域、平水区域を航行区域とする国内船については1日）の有給休暇を加えることとなっている（船員法第75条3項、4項）。
有給休暇を与うべき時期及び場所については、船舶所有者と船員との協議による（船員法第77条1項）。つまり、労働基準法と異なり、労働者の一方的な時季指定も、船舶所有者の時季変更権も認められていないが、実際には船舶所有者は正当な理由がない限り船員の要求を拒否できないこととなっている。また、有給休暇は一括付与が原則であるが、実際には日本の船員業界では「3か月乗船+1か月休暇」とする労働慣行が根付いていていることから、労働協約の定めがあるときは分割付与も可能となっている（船員法第77条2項）。
船舶所有者は、有給休暇中船員に給料並びに国土交通省令の定める手当及び食費を支払わなければならない（船員法第78条1項）。また、船舶所有者は、有給休暇を請求することができる船員が有給休暇を与えられる前に解雇され、又は退職したときは、その者に与うべき有給休暇の日数に応じ1項の給料、手当及び食費を支払わなければならない（船員法第78条2項）。つまり、労働基準法と異なり、未消化の有給休暇に対する退職時の金銭等の給付が義務付けられている。
有給休暇の規定は、以下の船舶については適用しない（船員法第79条）。