マリオストーリー 登場キャラクター
プロローグにてキノコ城の地下に潜ませていたクッパ城を遙か天空に浮上させ、ピーチ姫をキノコ城ごとさらう。その日、行われていたパーティに出席していたマリオに妨害をうけるも、前述のスターの杖でパワーアップしたことでマリオを圧倒し、地上に落とす。その後、ピーチ姫と何度も仲良くなろうとするが、毎回断られる。また、カメックババと共に何度もマリオの冒険の邪魔をするが、マリオが各地のボスを撃破したことで、星の精を解放させてしまう。決戦では、星の精の力でクッパ城、キノコ城に再びやってきたマリオと再戦する。スターの杖で無敵になるも、スターの杖の力を星の精に破られ1度は倒される。だが、カメックババに作らせた装置の力でスターの杖の力をさらに増幅させて再戦する。最終決戦では、パワーアップを果たして星の精の力をも跳ね返すなど再度優位に立つ。その際「キサマではワガハイにはかてぬのだ！」と慢心するも、星の精の力に加えて、ピーチとティンクの願いが込められた「ピーチフラッシュ」により破られマリオに再び倒された。「むてきになったのになぜかてないのだ」と悔しがり、最後まで敗因に気づけなかった。
戦闘中に二度体力を大回復させるため長期戦になりやすい。漫画版ではこの演出は「マリオがクッパの足のツボを刺激したことで元気にさせてしまった」というものになっている。
カメックババ（英: Kammy Koopa）
クッパの腹心。箒で空を飛び、マリオの行く先々で様々な罠をしかけ、冒険を妨害をする。主にブロックや敵キャラをステージに設置するが、プレイヤーの選択によってはピーチに騙されお助けアイテムを設置することもある。この他にも、星の精に関する知識を持っていたり、ピーチ姫の変装を見破るなど油断できないキャラでもある。
マリオとは戦闘を行わないが、ステージ８のクッパ戦中にピーチとティンクを操作して戦うこととなる。その際は魔法でブロックを生成して攻撃してくる。
コワッパ（英: Jr. Troopa）
クリオの故郷であるクリ村周辺のガキ大将。通信販売とトレーニングが趣味で、自分よりも強い者に勝つことに執念を燃やす。彼については、クリオ一家しか知らない様である。プロローグでマリオに負けたため、打倒マリオを目標にストーリー中何度となく登場することとなる（クッパ城にも登場するが、クリオの言う通り、どうやって来たのかは不明）。気合と根性は凄まじいが、どこか空回りしていることが多い。#キャラクターの項も参照。
戦うたびにパワーアップしており、攻撃力と防御力のアップ、飛行状態やトゲ付き、最終的には通信教育で覚えた強力な魔法攻撃を仕掛けるなどかなり手強い敵となる。
クリキング
プロローグのボス。王冠やマントを身につけた巨大なクリボー。クリ村とキノコタウンの間に砦を築いて封鎖している。クリレッド・クリブルーが配下におり、共にマリオと戦うが、倒される。その後は、マリオがキノコタウンに繋がる道のスイッチを押したことで砦が崩壊し、その反動で遠くに飛ばされた。
クッパに「王様になりたい」という願いをスターのつえで叶えてもらった。
ノコブロス
ステージ１のボス。4人組のノコノコで、それぞれレッド、イエロー、グリーン、ブラックのカラーがついている。ぽかぽかロードの先にあったボム兵の砦を乗っ取り「ノコブロスのとりで」として根城にしている。変装や落とし穴、クッパに似せた戦闘マシーンを用いてマリオを妨害する。
戦闘時は4人が積み重なった状態で戦う。必殺技は4人一組で繰り出される「ノコブロス・スクリューアタック」。POWブロック等を使うと崩れてしまい、通常のノコノコと同じようにひっくり返ってしまう。ピンキーの爆発攻撃を使うと1発でひっくり返せる。
ボム兵をかなりこき使っていた様子で、反抗したボム兵を牢屋に閉じ込めていた。ボム兵曰く「1日25時間働かせられる」とのこと。その反動か、自分達が負けて牢屋に閉じ込められた際は誰も助けてもらえなかった。撃破後、しばらく牢屋に閉じ込められている様子を見られるが、途中でいなくなり、ステージ８のクッパ城で再登場を果たす。しかし再戦は叶わず、代わりに乱入してきたコワッパとの戦闘となる。
漫画版では1巻に彼らとよく似たコンセプトの敵が登場している。
カーメン
ステージ２のボス。古代エジプト風の衣装に身を包んだカメ。カラカラ砂漠の地中に埋もれていたアラビン遺跡に潜り込んでいた。
戦闘では甲羅投げや魔術を使うほか、ワンワンを使役する。しかし、2回目の魔法攻撃は自分に降りかかり、しばらく行動不能となる。そのため、倒すには絶好のチャンスとなる。
漫画版ではマリオたちを追い詰めるも、カメキに恩のあったストーンワンワンに反旗を翻され敗北する。
ドガボン
ステージ３のボス。一回り以上大きなガボンへい。ピューピューヒルの頂上にある城にいる。どんな攻撃も受け付けず「ふじみのドガボン」と呼ばれている。好物はテレサで、ピューピューヒルや迷いの森のテレサを襲って食べている。
不死身の正体は、クッパのスターのつえで心臓と体を分離しているため。体はいくら攻撃を受けてもダメージが通らず、ピューピューヒル麓の風車小屋に隠れているドガボンの心臓を直接攻撃しないと倒せない。そのため、本戦はドガボンというよりは、どちらかというとドガボンの心臓と言える。
戦闘で心臓のHPを削ると本体と合体するが、元々のステータスが心臓よりも弱いため、結果として弱体化している。倒すと今まで食べたテレサを吐き出し、どこかへ逃げていく。元々かなり臆病な性格でテレサ達がからかっていたため、テレサ達が襲われていたのはある意味で自業自得と言える。
漫画版では城に近づいたテレサたちが行方不明になっていたためドガボンに食べられていたと思われたが、実はテレサたちを城に招いて一緒に遊んでいただけだった。無邪気な性格であり、ゲームとは違って心臓は分離しておらずクッパの手下というわけでもない。
しょうぐんヘイホー
ステージ４のボス。白い軍服に身を包んだヘイホー。キノコタウンの空き家にある不思議なおもちゃ箱の中に潜んでいる。ヘイホー達にいたずらをさせ、キノコタウンを混乱させていた。
戦闘では配下のヘイホー達を戦わせるほか、自身もおもちゃの戦車に乗り込み戦う。爆弾投げや強力な電気攻撃も仕掛けてくる。負けると部下達に見捨てられ、自身も逃げていく。
ファイアパックン
ステージ５のボス。ヨッシーアイランドのビッグパックンに似た非常に長い蔓の体をしており、全身に炎をまとっている。グツグツ火山の最深部で星の精を守っている。グツグツ火山の温度を上げようとしていたため、撃破後火山が噴火してしまう。
オズモーン
ステージ６のボス。雲の怪物。フラワーランドの雲の上にいる。「クモクモマシーン」で強制的に雲を作り、フラワーランドを雲の楽園にしようと企んでいた。
戦闘ではのしかかりや強力な雷攻撃を仕掛けてくる。また、ダメージを与えると受けたダメージ分の「コグモ」に分裂する。コグモも攻撃をしてくる上、コグモをオズモーンに吸い込まれると回復されてしまうため、倒すのは至難の業。また、雲であるためか電気・雷攻撃が一切通用しない。ＨＰが減ると少しずつ体積が小さくなっていく。
漫画版では関西弁のボケキャラだったが力は本物であり、マリオたちを寄せ付けない強さを見せた。しかしルイージ、ヨッシー、ワリオが応援に駆け付けたことで形勢逆転され敗北する。1コマのみだがキャサリンも登場している（ヨッシーとデートの約束があるので迎えに来た）。
パラレラー
ステージ７のボス。正体不明の透明人間。キノコ王国の極北にあるクリスター神殿に潜んでいる。
戦闘ではオプションと呼ばれる氷塊を生み出しぶつけてくるほか、吹雪や分身など多彩な技を使う。強敵だが、あるバッジと仲間を用いた作戦をとると簡単に撃破する事ができ、公式攻略本にも記載されている。また、状況次第ではスターポイントが40越えという作中でもトップクラスの経験値が手に入る。
漫画版では珍しくボケもツッコミもしない、悪役らしい悪役として描かれた。