ロバート・オッペンハイマー 経歴
1949年秋、ストローズの元にオッペンハイマーについてのある疑惑が、FBIよりもたらされる。その疑惑は、前述したがクラウス・フックスというロスアラモス研究所に勤務していたイギリス人物理学者が、ソ連のためにスパイ活動をしていたという疑惑である。また、ストローズは、シュヴァリエ事件（後述）についても情報を掴んだ。1950年2月1日、ストローズはFBI長官ジョン・エドガー・フーヴァーから、クラウス・フックスがソ連のスパイであることを認めたという電話を受ける。これを受けて、ストローズは、反オッペンハイマー運動を水面下で繰り広げた。1953年1月、ドワイト・アイゼンハワーが大統領に就任し、ストローズは大統領特別補佐官に就任する。反オッペンハイマーの運動が功を奏し、1953年11月になると、AECのスタッフだったウィリアム・ボーデンを、反オッペンハイマー運動に引き込み、彼はエドガー・フーヴァー宛てにオッペンハイマーがソ連のスパイの疑惑についての手紙を送付する。ボーデンによる、オッペンハイマーがソ連のスパイであるとする論拠は概ね以下の通り。
以上により、オッペンハイマーはソ連のスパイであると指摘した内容だった。
告発の内容では、オッペンハイマーが共産党員であることも触れていたが、オッペンハイマーは共産党に入党したことはなく、事実に即していると言える内容は1.の内容だけだった。ボーデンはこの手紙で、「（オッペンハイマーが）スパイとして働いていた可能性は、そうでない可能性より高い（more probably than not）」という表現を多用していた。
オッペンハイマーの共産党との関係の問題については、既にロスアラモス研究所の所長就任時にクリアされており、（先述したが）1947年時点でもAECでは問題なしと判断していた。また、1948年11月には、オッペンハイマーはタイム誌のインタビューを受けていたが、その際に左傾化していた過去があることを公表していた。
ボーデンの告発を受けて、アイゼンハワーは、1953年12月オッペンハイマーの職務停止を決定する。
同年12月23日、オッペンハイマーは、原子力委員会の事務局長ケネス・ニコルスから職務停止を通達する書簡を受けとった。書簡において、職務停止の理由が記載されていたが、主な内容はオッペンハイマーが多数の左翼系組織や共産主義者と関わりがあった(ある)こと、水爆の開発に反対したことが記されていた。
1954年3月、オッペンハイマーは1万語に及ぶ弁明書を公表した。
こうして、オッペンハイマーを引き続き機密性の高い公職に在任するべきかどうかについて、1954年4月12日から5月6日まで、ワシントンにおいて、オッペンハイマーの聴聞会が開催された（オッペンハイマー事件）。
聴聞会の結果、オッペンハイマーは公職を追放されることになった。聴聞会では、ソ連に機密情報を渡したかは立証されず、追放理由項目は24項目あったが、水爆開発反対による遅滞行為が主な理由に挙げられていた。聴聞会の記録の分量は、約1000ページにも及んだ。元々オッペンハイマーの原子力委員会における任期は、1954年6月末までであり、任期が切れた時点で、退任する予定だった。そのため、オッペンハイマーには、辞職勧告を承諾したうえで失職するというのも選択肢にあったが、反オッペンハイマー派がマスコミを動員して、オッペンハイマーの非を鳴らすことが想定された事や、赤狩りが活発だったという当時の外部環境によって、更なる追及の手が及ぶことが考えられたため、聴聞会に臨んだとみられる。なお、聴聞会では後述のシュヴァリエ事件も取り上げられた。
シュヴァリエ事件というのは、これは1942年12月、または1943年初めに起きた事件で、オッペンハイマーは友人のハーコン・シュヴァリエを自宅に招待し、夕食をふるまった。その際、台所でオッペンハイマーとシュヴァリエが会話した。その時の会話内容は、シュヴァリエからの相談内容で、「イギリス人化学者ジョージ・エルテントンという人物が「ソ連の科学者に重要な情報を渡せる」ということを言っているのだが、どうしたものだろうか?」と言う内容だった。オッペンハイマーは、「それは間違いだ」というようなことをシュヴァリエに言った。オッペンハイマーはこの時の会話を些末な会話と判断し、ロスアラモス研究所所長に就任後も、即座に報告はしなかった。報告したのは、1943年8月26日になってからで、しかもこの時オッペンハイマーは、シュヴァリエの名前を伏せて、作り話をして報告してしまった。オッペンハイマーがその時報告した内容は、「エルテントンという男が仲介者X（シュヴァリエのこと）を通じて、ロスアラモス研究所のプロジェクトの3人に接触を試みた。」と伝えた。1943年12月にグローヴスにXという人物がハーコン・シュヴァリエであると告白した。この作り話は1954年に行なわれた聴聞会で厳しく責められ、なぜそのようなことをしたのか？と問われた際、オッペンハイマーは「それは私が愚かだったからだ」と答えた。
公職追放間もない1954年7月、オッペンハイマーは、妻と共にヴァージン諸島へ旅行する。この時、あらぬ疑いを持たせないためにオッペンハイマーはわざわざFBI長官のジョン・エドガー・フーヴァーに旅行する旨を伝えていた。しかし、FBIは、オッペンハイマーがソ連に誘拐されるか、ソ連への亡命を図る可能性を警戒した。エドガー・フーヴァーはCIAを通じて、オッペンハイマーの身柄を確保しようとした。しかし、何事もなくオッペンハイマーは8月に帰国した。FBIは、オッペンハイマーを尋問し、ソ連のエージェントとの接触の有無を尋問し、また、FBIのエージェントは、オッペンハイマーの旅行先を訪問し、住民の聞き込みを行ない不審な人物との接触有無を確認したが、結局何も不審な行動はなかった。
オッペンハイマーは、政府要職から退いた後は、国内外の大学の講演に携わるなどしていた。外国ではオッペンハイマーの知名度は高く、フランスからレジオンドヌール勲章を叙勲されたこともあった。
オッペンハイマーは、1947年からアインシュタインらを擁するプリンストン高等研究所所長に任命されており、公職追放後も1966年まで所長職を務めた。オッペンハイマーは、湯川秀樹、朝永振一郎、矢野健太郎らを客員教授としてプリンストン高等研究所に招聘した。1955年時点では、プリンストン高等研究所には、日本人の数学者が7人、物理学者が3人留学しており、淡中忠郎が、留学のあいさつをした際、オッペンハイマーは、「この研究所は日本軍の精鋭部隊によって占領されているのです」と冗談めかして答えた。
1960年9月5日に初訪日した。また、9月21日には文京区公会堂にて講演（翌年に大森荘蔵の翻訳で「科学時代における文明の将来」として発表）、同月23日には朝永振一郎ら日本人と座談会を行なった。
訪日の際、日本の記者団から原爆を作ったことを後悔しているか？との問いに、「原子爆弾の技術的成功に関与したことに後悔はしていない。しかし、胸が痛まないわけではない。ただ、今日の方が昨夜よりも痛いと言うことはありません」と答えた。結局、広島と長崎を訪れることはなかった。
1947年、物理学教育への貢献によりリヒトマイヤー記念賞受賞。1963年11月22日、「エンリコ・フェルミ賞」受賞が発表される。同賞は、12月2日にジョン・F・ケネディ大統領より授与される予定だったが、ケネディが暗殺されてしまったため、リンドン・ジョンソン大統領が授与した。エンリコ・フェルミ賞授与にあたっては、反対の声が多く、授与式当日はオッペンハイマーと犬猿の仲だったルイス・ストローズと、上下院合同原子力委員会の共和党全員が欠席した。オッペンハイマーは同賞と、5万ドルの小切手、メダルを受け取った。アメリカ政府はこの賞の授与により、反共ヒステリック状態でなされた1954年の処分の非を認め、彼の名誉回復を図ったとされている。ただし、公職追放は依然として解除されないままだった。フェルミ賞受賞時、オッペンハイマーはスピーチで、「大統領閣下が、本日私にこの賞を授与してくださることは、いくつかの思いやりの心といくつかの勇気などが必要だったかと存じます。」と述べた。このフェルミ賞受賞には、かつて対立したエドワード・テラーは、賛成票を投じ、祝辞も贈り、両者の仲違いは終了した。
1965年、咽頭がんの診断を受け、手術を受けた後、放射線療法と化学療法を続けたが効果はなかった。1966年6月、オッペンハイマーは、プリンストン大学から名誉博士号を授与された。1967年2月18日、ニュージャージー州プリンストンの自宅で、62歳で死去した。葬儀には、ハンス・ベーテら多数のノーベル賞受賞者や、退役していたレズリー・グローヴス将軍も参列した。かつて対立していたルイス・ストローズも弔電を送った。オッペンハイマーの遺灰は、ヴァージン諸島沖で撒かれた。
2022年12月16日、米エネルギー省のグランホルム長官は、オッペンハイマーを公職から追放した1954年の処分は「偏見に基づく不公正な手続きであった」として取り消したと発表した。68年を経ての処分撤回について「歴史の記録を正す責任がある」と説明した。