クローン・トルーパー 著名なクローン・トルーパー
戦争終盤、オーダー66が下された時、ネーオはサルーカマイで上官であったスタス・アリーを殺害した。
ブライ(Bly/CC-5052)
第327星間兵団指揮官のクローン・コマンダー。装甲服に黄色い縦じまが施された装甲服を身に着けたブライは、ジェダイ将軍のアイラ・セキュラとクローン戦争の3年間を共にすることとなる。
ダース・シディアスによってオーダー66が発令された際には、他のクローン・トルーパー同様命令に従い部下共々背後からアイラを射殺した。
バカーラ(Bacara/CC-1138)
第21新星兵団指揮官のクローン・コマンダー。クローンの精鋭部隊「ギャラクティック・マリーンズ」の育成・指揮も任せられていた。ジェダイ将軍・キ＝アディ＝ムンディの指揮下で戦っていたバカーラは、訓練教官であったジャーニーマン・プロテクターにマンダロアの文化を教わり、独りでいることを好む寡黙な一匹狼として成長した。
バカーラは訓練官としても才能を発揮し、指揮下のギャラクティック・マリーンズに過酷な育成を施した。バカーラは部隊に適さないと判断したものは容赦なく転属させるなど、厳しい指揮官として知られた。その結果、バカーラ率いるギャラクティック・マリーンズは効果的で迅速な対応力を持つエリート部隊に育つことになる。
オーダー66発動の際には命令に従い、惑星マイギートーにてムンディを射殺した。
カット・ロクウェイン（Cut Lawquane）
クローンの脱走兵。元はクローン軍に所属する標準的なクローンの一体であった。しかし、ジオノーシスの戦い直後に彼の所属する部隊はドロイド軍の奇襲に合い、最終的に部隊は全滅。生き残った彼は戦争の悲惨さを実感して軍から逃亡。そこで出会ったトワイレックの女性・ス―と結婚し、彼女の連れ子たちと一緒に名前を変えて戦争とは無縁の生活を送ることになる。
しかし、クローン戦争が彼の住むサルーカマイまで広がると、彼の営む農場の周囲にもドロイド軍の一部隊が襲撃してくることになるが、その時、たまたまその農場に負傷して運ばれてきたクローン・キャプテン・レックスと共闘して、ドロイド軍を撃退した。レックスは彼のことを軍には報告せずに立ち去り、戦争終結後も彼とは交流を持つことになる。また、クローン・フォース99とも交流を持っており、帝国樹立後に脱走兵となった彼らに協力する。
帝国樹立後、レックスの警告もありサルーカマイを離れた彼の一家は、その後、戦争とは無縁の余生を過ごしたことが語られている。
ヒーター（Heater）
クローンの脱走兵でありウルフパック指揮下の元・脱走兵で結成された分隊の隊長でもあった。
クローン戦争初期、ヒーターは自身の人生は本当に正しいのかに悩み軍を脱走。しかし、直ぐに捉えられカミーノへ送還された。カミーノでヒーターは自身の行動が本当に正しかったのか悩んでいたが、そんな時、コマンダー・ウォルフにスカウトされ、脱走兵で結成された分隊の隊長に任命される。ヒーターと同じクローンの脱走兵、レーストラック、チャーリー、シンクの4名からなる分隊は、分離主義勢力の兵器庫の破壊任務に参加し、窮地に陥りつつも任務を無事達成し全員が生還する。
ヒーターは任務達成後、キャプテン・レックスにスカウトされて第501大隊に移動となった。
クローン・フォース99（Clone Force 99）は共和国軍に所属したクローン・コマンドー部隊。通称『バッドバッチ（Bad Batch/不良分隊）』又は『CT-99』『実験ユニット99』。彼らはカミーノの主要エンジニア・主任医療科学者のナラ・セにより、彼女の個人ラボで意図的に遺伝子に突然変異を加えて作り出された5人のクローンのうちの4人で構成されている。後に、元501大隊ARCトルーパー伍長のエコー、ジャンゴの遺伝子を持つクローンの少女・オメガが仲間に加わる。また、帝国樹立後はクロスヘアが同部隊を脱退している。名前の由来はカミーノの戦いで戦死した奇形クローン「99号」からとられている。
様々な指揮官の下で活動しており、コマンダー・コーディ、第501大隊（アナキン・スカイウォーカーとキャプテン・レックス）などの指揮下で功績を挙げた。
ハンター(Hunter)
クローン・コマンドーの軍曹でバッド・バッチの指揮官。五感を強化されている彼は、センサーよりも優れた嗅覚、聴覚で敵の居場所を割り出すことに長けていた。また指揮官としての技能・戦闘力にもたけており、曲者揃いの同部隊をまとめていた。また、反抗的な態度を取り場を混乱させるレッカーやクロスヘアをなだめ、上官であるジェダイやクローンとの間を取りもつなど社交性も持ち合わせている。
武器としてブラスターのほか、バイブロブレードによる接近戦にもたけており、相手に接近して戦うことを好んでいた。
一般的なクローンとも友好的でコマンダー・コーディ―、キャプテン・レックス、脱走兵・カット・ロクウェインらと友好的な関係を築いていた。また、ジェダイを信頼しており、オーダー66の際には、若きパダワン・ケイレブ・デューム（後のケイナン・ジャラス）を逃がしたが、マスターの方は救うことができなかった。
クロスヘアー(Crosshair/CT-9904)
バッド・バッチの狙撃手。優れた狙撃能力で同部隊のマークスマンを務めた。
通常のクローンを「レック（レギュラークローン）」と見下し、コマンダー・コーディなど一部のクローンを除いて友好的な交流はしていなかった。また、皮肉屋である彼は、その言動から周囲との衝突が絶えなかった。
帝国樹立後、軍を離反したバッド・バッチと決別。後にクローン・コマンダーとして通常の人間のみで結成された特殊部隊「エリート・スクワッド」の指揮官となる。
当初は通常のクローン兵に対して軽蔑にも近い感情を向けていたが、帝国樹立後に通常のクローン部隊のいくつかと任務を共にした経験やコーディやメーデーなどのクローンコマンダーたちとの交流を通しその感情も消え去る。最終的には帝国に離反し上官を撃ち殺すも、帝国に逮捕され拘留される。その後同じく収監されたオメガと再会、共に脱出する形でバッド・バッチに再加入した。
レッカー(Wrecker)
バッドバッチに所属するクローン隊員。並のクローンとは比較にならない巨漢であり、闘争心の塊であったレッカーはクロスヘア―と同様に同部隊のトラブルメーカーでもあった。また、彼も通常のクローンを嫌っており、一部のクローンとしか友好的な関係を築いていなかった。
戦闘能力は高く、近接戦でも素手でドロイドを破壊するほどの怪力であった。一方、その破壊衝動により任務に支障をきたすこともあり、更に高所恐怖症という弱点もあった。
テク(Tech)
バッドバッチ所属のエンジニア兼パイロット。天才的な頭脳と技術をもつ彼は、同部隊の技術的なサポートを行っていた。また、戦闘能力も高く、2丁拳銃や様々な武器を使用して最前線でも他の隊員に後れを取らない戦闘技能を見せていた。
その知識量から、常に周囲にとってはどうでも良い知識を喋っているが、戦時には冷静に状況を見極め作戦を立案することもある。
クロスヘアーを巡る任務の中で仲間を助けるために「プラン99」を実行。自らを犠牲にする形で99のメンバーを救い谷底へ落下、生死不明となる。
エコー(Echo/CT-1409)
エコーを参照。
ハウザー（Howzer）
クローン戦争初期に起きたライロスの戦いの後、惑星ライロスに駐留したクローン部隊を指揮したキャプテン。温厚で優しい性格のハウザーはライロス解放運動の指導者・チャム・シンドゥーラと戦いを通して友情を築く。また、彼の娘であるヘラ・シンドゥーラ―のことも心配しており、彼女が軍敷地内で粗相をした際にも、上層部には報告せず内緒で逃がしている。
帝国樹立後、ライロスへの帝国の圧政に疑問を抱いていたハウザーは帝国によるチャムの逮捕を受け離反を決心。チャムと彼を救出に来たバッド・バッチをコマンダー・クロスヘアーの罠から救う。そして、自身はその場に残り、部下たちに「自分たちは何のために戦っているのか」「こんな命令には従えない」と告げる。その姿に影響されたクローン兵たちは次々と武器を捨てた。その姿を反逆罪と捉えたクロスヘアーは他のクローンたちにハウザーと離反したクローンたちを拘束するように命令。ハウザーたちは逮捕されるが、チャムは逃亡することに成功した。この事件は、クローンはジェダイ殺害以外の命令においては抑制チップが必ずしも作用するとは限らないことを示した。
その後、ハウザーと部下たちは帝国の別の施設へ移されることになるが、エコー率いるクローン反乱ネットワークの襲撃により救助された。
キャプテン・レックスとライヨ・チューチー議員によって率いられた帝国初期のクローン・トルーパーによる反乱同盟。レックスとエコーを中心にキャプテン・ハウザーと彼の部下、ネメック、ファイアボール、コマンドー・キャプテン・グレガー、帝国軍内のクローンたちによって組織され、「全てのクローンの救済」を目的に帝国軍の主要施設への潜入や破壊工作などの活動をしていた。
ウィルコ（Wilco）
ドゥークー伯爵の母星であり彼と住まいである居城もあった惑星で、戦争終結後に伯爵の遺産回収の指揮を担当したクローン・キャプテン。黒いポールドロンを着用していた以外はノーマルなクローントルーパーと同じ装甲服と髪型をしていたウィルコは、一般的なクローンと同様に生真面目な性格と忠誠心、高い判断能力を有していた。
ドゥークーの居城の遺産回収をしていたウィルコは、伯爵の遺産を狙い潜入していたクローンフォース99と戦闘になる。当初、カミーノで死亡したとされていた99部隊の生存を見抜いたウィルコは迅速な判断と的確な指揮能力で彼らの行動を読み、対策を講じた。ウィルコが仕掛けた策によりバッドバッチは当初の計画や脱出プランを次々に阻止され、ウィルコは最終的に彼らを逃してしまうが遺産のすべてを守りきることに成功した。
その後、99部隊の始末が失敗に終わっていたことを公にしたくないランパード中将がウィルコに彼の提出した報告書の改ざんを命じるが、ウィルコは改竄などの不正行為の一切を拒否した。ランパードは自身の失策の露見を阻止するため、不意打ちでクローン・キャプテンを射殺し、記録を改ざんした。
メーデー（Mayday）
帝国樹立後、ストーム・トルーパー部隊に配置転換されるまでの1年の間、氷の惑星バートンIV前哨基地である貨物を防衛していたクローン・コマンダー。
コマンダー・メーデー率いるクローン部隊は帝国からろくな支援も得られずに極寒の惑星で詳細も明かされない貨物を盗賊団から死守し続けた。その過酷な環境下で部下たちは次々に戦死。帝国軍将校のノーラン大尉とクローン・コマンドー・クロスヘアーが増援に来た時点で、基地での生存者はメーデーと彼の部下であるヘックスとヴィーチのみであった。
帝国樹立から1年後。彼らが死守していた貨物を受け取りに来たノーラン大尉であったが、その直後に盗賊が襲撃し貨物の一つを奪取。その過程で部下2名も戦死し、生存しているクローン兵はメーデーとクロスヘアーの2名のみとなる。クローンに対して差別的なノーランは階級が上のはずのメーデーに命令し、2名に荷物の奪還を命じた。
メーデーはクロスヘアーと共に盗賊を殲滅。貨物を奪還するが、その中身はストーム・トルーパーの装甲服であった。メーデーは、自分たちクローンの存在意義、「優秀な兵士は命令に従う」ことに対する本当の意味についてわからなくなる。その時、戦闘の余波による雪崩に巻き込まれメーデーは重傷を負うが、クロスヘアーは瀕死のメーデーを救出して前哨基地に帰還する。しかし、メーデーの治療をノーランが拒否したことで彼は見殺しにされた。クロスヘアーは帝国のクローンに対する扱いに疑問を抱き、その場でノーラン大尉を射殺。メーデーの仇を討った。
クローン軍解体後に帝国に従事したクローンは数少なく、銀河内乱の時代にはクローンは全員退役して軍内でその姿を見かけることはないと言われるような存在となっていた。しかし、銀河内乱の時代にも帝国軍に残っていたクローンも僅かに確認されている。
クレスト(Crest)
銀河帝国軍に所属するストーム・トルーパーの軍曹。クローン大戦でも活躍したクローンである彼はクローン戦争終結から5年、クローン軍が解体された後も帝国軍でストーム・トルーパーとして従軍していた。
ダース・ヴェイダー率いるトルーパー小隊の指揮官であったクレストはヴェイダーやモフ・ターキンと共に惑星マーカナの調査任務に同行した。失態をみせることの多かったクレストはそのたびにヴェイダーから「現役任務ができないほど古ぼけたのか」と叱られていたが、最終的にヴェイダーは彼を切り捨てずにそばに置いていた。そして、クレストが任務に成功した際、ヴェイダーは彼を中尉に昇格させた。
トレント(Torrent/TX-828)
銀河内乱（エピソード4以降）の際にも帝国軍に従軍していたクローン・トルーパーの軍曹。クローン戦争が終結し銀河帝国が樹立した後もストーム・トルーパーとして帝国に仕えていた。帝国保安局のアレシア・ベック中佐の下に配属された彼の部隊は、反乱同盟軍との戦いに従事することになる。
トレントの率いるストーム・トルーパー小隊は彼以外は一般的な人間で構成されていたが、彼は自身の部隊にクローン軍団独自の規律や戦闘技術を教示していた。その結果、賞金稼ぎの集団を数秒で殲滅させたほか、ハン・ソロ、チューバッカを拘束するなど、功績をあげることになる。また、トレント個人もクローン特有の成長加速により加齢を重ねた体ながら、賞金稼ぎ2人を瞬時に射殺するなど高い戦闘技能をみせ、上官のベック中佐はこのクローンの指揮官を高く評価した。
なお、この時代にはすでにクローンの殆どは帝国軍に従事しておらず、ベック中佐も、トレントが初めて顔を見せた際に、彼の正体がクローンだと知って驚いていた。
コントレイル(Contrail/CT-4981)
クローン大戦時代、クローン宇宙軍のシャドウ中隊に所属したクローン・パイロット。コールサインは「シャドウ11」。大戦当時はアナキン・スカイウォーカー将軍の指揮下で多くの任務をこなし、独立星系連合の最新兵器「マレヴォランス」からカリーダ・ショールズ医療センターの壊滅を阻止する任務にて敵艦の破壊に貢献した。
帝国樹立後、コントレイルは帝国軍でパイロットを続けたが、終戦から2年後、上官の命令に逆らい暴力をふるったことで、コントレイルはエリート職である帝国軍パイロットから一般のストームトルーパーに降格させられた。それから長年、ストーム・トルーパーとして従軍したコントレイルは、ヤヴィンの戦いから3年後、反乱軍の破壊工作から生き延びたダース・ヴェイダーを偶然にも救出する。コントレイルはヴェイダーを連れて部隊に合流しようとするが、敵が負傷したダース・ヴェイダーを殺害するために襲撃した際に、ヴェイダーを庇い撃たれてしまう。コントレイルがかつての「シャドウ11」だと気が付いたヴェイダーは、負傷したコントレイルのヘルメットを取り、彼の眼を見てコントレイルのこれまでの活躍を称賛し、彼を看取る。その後、ヴェイダーは襲撃してきた敵を殲滅した。
ラサール（Lassar）
クローン戦争中に従軍していたクローン兵。ジョーガンの愛称でも親しまれていた。帝国樹立後はその能力を買われ帝国アカデミーの教官となる。
ラサールは帝国の新たな兵士となったストーム・トルーパーに対して快く思っておらず、教え子に対して無理難題や暴力を振るう冷酷な教官として知られていた。
クローン・トルーパーの中には遺伝子操作が行われていないジャンゴ・フェットのクローンが2体存在した。1体は『アルファ』、もう一体は『オメガ』と名付けられた。
ボバ・フェット
クローン・トルーパーではないが、彼らと同じジャンゴ・フェットのクローンである。個体名は『アルファ』。クローン・トルーパーと異なり、成長促進などの遺伝調整は一切行われておらず、ジャンゴの「息子」として様々な戦闘技術を伝授された。「父親」ジャンゴの死後、父を殺したジェダイ・マスター、メイス・ウィンドゥへの復讐を誓い、訓練段階のクローンに潜入し訓練を積む。そして復讐の機会が訪れるも失敗し、一時は刑務所に収監されていた。その後、脱走に成功し子供の身ながら賞金稼ぎとして独立。やがて生前のジャンゴにも匹敵する、銀河系有数の賞金稼ぎとなる。父と同じ顔をしているクローンたちには複雑な感情を持っており、ある事件でクローン・トルーパーと戦闘になったとき、ボバは最後までクローンを殺すことができなかった。また、彼にはクローンの兄弟となる妹『オメガ』が存在する。
オメガ
ボバと同じく遺伝子操作が行われていないジャンゴの純粋なクローンだが、性別は女性。カミーノでナラ・セの医療アシスタントをしており、クローン・フォース99の製造にも立ち会う。帝国樹立後、クローン・フォース99が帝国から脱走する際に一緒に同行する。戦闘経験はなかったが、潜在的能力は高く、射撃技術も並外れている。また、「指揮官」としての高い能力を持っており、その頭脳でバッド・バッチの危機を救うこともあった。