VF-1 バルキリー バリエーション
星間複合企業体ケイオス・ラグナ支部の母艦「マクロス・エリシオン」に配備されている訓練機。VF-1は初就役から半世紀以上に渡って改良され続けており、その豊富な運用実績を基に2060年代の最新技術を組み合わせることで、現用機ほどではないながらも非常に高性能な機体に仕上がっている。「YF-24 エボリューション」で実用化された射出シート兼用の耐Gスーツ「EX-ギア（エクスギア）」をコクピットに導入しており、型式番号の「EX」もこれに由来する。頭部形状はJ型と同型のゴーグル型。
VF-1EX ハヤテ・インメルマン機
練習生用の機体。カラーリングは白地にスカイブルー・黒の塗り分けで、マックスにあやかって塗装されたという説がある。AIの介入によるオート操縦を嫌うハヤテは、途中からマニュアル操作に切り替える。
VF-1EX ミラージュ・ファリーナ・ジーナス機
教官用の機体。カラーリングは白地に赤・黒の塗り分けで、こちらはミリアにあやかったものだとされる。不測の事態に備え、練習生機の遠隔操縦機能を持つ。
VF-1EX 一般機
PlayStation Vita用ゲームソフト『マクロスΔスクランブル』の「旋風 ドッグファイト」に登場。上記のハヤテ機、ミラージュ機の他にもケイオスの訓練機が多数登場する。カラーリングはオレンジ色。
書籍『ヴァリアブルファイター・マスターファイル』シリーズ独自の派生型（オリジナルバリエーション）。
VF-1G
上部にディスク・レドームを搭載した早期警戒・航空管制用の機体。大気圏・重力圏内能力を重視した生産ブロック4 までの初期型を母体とした。
VF-1N
2019年より改修されたVF-1A型。後期生産型のVF-1のエンジンをFF-2008に換装し、アビオニクス（航空電子機器）が近代化改修されている。
VF-1JA
新中州重工がVF-1を生産する際に生産工程やパーツチェックの確認のためにA型の図面を元に製作された組立検証機、その後マクロスに納品され実戦配備された経緯を持つ。造られたのがJ型の頭部が納品される前だったために頭部はA型で電子機器の構成がJ型に近い。なお、JA型という型番は著書内にて便宜上つけられたもの。
VF-1X
2018年頃から新星インダストリーによって近代化改修されたVF-1。初期型のVF-1にVF-4用のエンジンを小型化したFF-2012を搭載する。燃料核電池を搭載し、ファイター形態でも部分的にエネルギー転換装甲を稼働可能にしている。このほか、アビオニクスもアップデートされている。改修機と新造機を併せて400機程生産されたとされる。
アクティブ・ステルス・システム更新 - ゼントラーディ軍の使用する索敵レーダーの周波数に同調。更にはこれらの索敵パターンや変調システムに合わせて、ソフトウェアを改修。
機体統合管理制御システム「アンギラス」の更新 - ANGIRAS (Anti Newmann-type Generalize Intergrated Renomarization Aided System) のマイクローン化したゼントラーディ軍人の運用を可能とする ANGIRAS / AD-3 への更新。
航空電子機器の更新 - ゼントラーディ軍の索敵レーダーやセンサーの周波数に同調可能。VF-4 ライトニングIII の APG-995 を VF-1 系用に調整した APG-997 を搭載。
VF-1P フレイヤバルキリー
VF-1Xと同時期にステルス性能の向上を目的に第二世代の可変戦闘機の水準まで、VF-1を近代化改修した機体。
外観上の特徴として機体形状が可能な限りステルスフォルムに変更されている。VF-5000 の開発経験がフィードバックされているため、第二世代機体と遜色のない性能を会得している。またFASTパックはステルス性能とプロペラント容量が拡大した専用装備となっている。
変形時の強度不足の不安点解消のために機体の骨格（エアフレーム）の一部を換装、機体各部を航空力学的に最適化、機体形状を可能な限りステルス対応化（非連続面の開閉パネル・脚収納庫扉。その他パネルライン・接合面の非連続化と突出部のミクロン単位での減少）を行った。また X型の中にも後にこの改修を行った機体もある。
VF-1A 3号機「アマンダ」
2008年12月にロールアウト。L-5のラボ・ステーションで大気圏外装備のテストに使用されたあと、機体･エンジンの耐久性とANGIRASの自律機能のテストとして土星までの無人往復航行「プロジェクト・トラピス」に投入されることとなり、エンジンの改良と巨大な反応剤・プロペラント外部タンクの追加が行われた。
チームリーダーの妻の名にちなみ「アマンダ」と命名された同機は2009年5月にL-5を出発したが、その後ゼントラーディの攻撃によりL-5ラボは壊滅、プロジェクトの存在自体が忘れ去られた。しかし2025年、月軌道に帰還した「アマンダ」は回収され、調査の結果土星往復を達成していたことが判明した。その後、出発時の姿に復元されて月面アポロ基地に展示されている。
VF-1DA
センチネンタル社で生産された複座型の機体。頭部ユニットはA型と同様で、カラーリングはオレンジ色となっている。便宜上DA型と分類されているが、書類上はD型。
VR-1A-RF
星間大戦時のヨーロッパで生産された偵察用の能力向上機。SDF-1マクロスには2機が配備された。
VR-1D
複座型の偵察機。機首にセンサーが増設されており、ガンポッドの代わりに複合センサーを搭載した戦術偵察ポッドを懸架する。
VF-1L モンキーバルキリー
2011年初頭に生産されたファイター形態固定の簡易量産タイプ。レーザー砲塔、可変機構を廃したことで軽量化、搭載プロペラントの増量が実現し、ファイター形態に限って言えばVF-1Aよりも高性能化した。
QVF-1
不要となったVF-1Lを無人機として改修したもの。大半は標的機として使用された。
VF-1Z
『VF-1バトロイド』109頁に登場。同シリーズの設定ではVF-1は西暦2020年に退役している。しかしVF-1はノウハウが無い中作り上げられた初の量産VFということもあり、後の機種から見れば必要以上に頑丈に作られており、退役時点での機体寿命は数十年残っていた。VF-1の能力不足が問題とはならない辺境宇宙など限られた状況下では小型で頑丈というという特性からその後も使い続けられ、保守部品も製造が続けられていた。そして個々の保守部品を新技術によりアップデートするよりも機体そのものを全面的に再設計してはどうかという意見により生み出されたのがZ型となる。EX-ギアシステムの登場によりさらなる改修を受けVF-1EXへと発展した。
VF-1B
第一次星間大戦後、オーバーホール中のA型の機体にS型頭部ユニットを搭載したもので、非公式にB型と呼ばれる。『THIS IS ANIMATION Special マクロスプラス』に記述がある設定のみの機体。非公式設定本の『ヴァリアブルファイター・マスターファイル』ではイギリスのデビランド社製のタイプをVF-1Bとする予定だったが、生産が間に合わなかったため、A型に包括されたとしている。
VF-1A-EVO / VF-1J-EVO / VF-1S-EVO
PCゲーム『超時空要塞マクロス since1983』に登場するVF-1シリーズ。実際にはゲームには通常のVF-1は登場せず、すべてこのEVOという型番の付いた機体となっている。通常機体との違いは不明。しいて挙げるとすれば全機体共通でストライクパックを装備するという点。