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蒼穹のファフナー 竜宮島
彗の母である鏑木香奈恵が経営する美容室。
御門や
零央の父である御門昌和が営む菓子店。和菓子からケーキなどの洋菓子まで作っている。零央も手伝っており、喫茶「楽園」にケーキや和菓子を提供している。
器屋
史彦が営む陶芸店。器が売れることは滅多に無いため、史彦の陶芸工房のようになっている。
竜宮島交番
竜宮島唯一の交番。要誠一郎が駐在だったが、戦闘で死亡したため後任として彗の父の鏑木充が駐在を勤めている。
漁港
名称不明。漁船から魚が運び出される場所。美三香の母で漁師の水鏡有子が働いている。
偽装鏡面
光学迷彩で竜宮島全体を球状に覆う高度なステルス性機構。直視はもとより、音波、電磁波なども遮断し、外部からは内部の状況は全く把握できなくなる。竜宮島は常時これを展開することにより、長年新国連はもちろんのことフェストゥムの目も文字通り欺き、隠遁してきた。また同様に内部から外の景色も遮断し、展開時の島内部における太陽の位置などの島周辺の風景は偽装鏡面に映し出された偽物である。しかしエネルギー消費の都合上、ヴェルシールドとの併用は出来ず、フェストゥム来襲時はこれを解除することになる場合が多い。
ヴェルシールド (磁冠シールド)
蒼穹のファフナー 竜宮島
竜宮島全体を覆う強力な重力波バリア機構。強力なガンマ線以外なら赤外線や電磁波も遮断、拡散が可能。波長が共鳴するとすり抜けられてしまうため、重力波の波長は常にランダムに変化させている。第1、第2と2段階に展開される。しかし、フェストゥムに対しては突破されるまでの時間稼ぎ程度にしかならない。使用は偽装鏡面との二者択一。『EXODUS』ではさらに第3・第4など段階が増加しており、最大で第8まで増設された。その中間地点を「バトルフィールド」と呼称。フェストゥムとの戦闘による被害を最小化する態勢を確立している。Welle ShieldのWelleは、波を意味するドイツ語。
ヴァッフェラーデン
「第一種警戒態勢」のことを指す。フェストゥムの来襲時に対して、地下に収納された隔壁や迎撃兵器が展開される。
ノルン
小型の無人機動兵器。島に大量に配備されている。それそのものがビーム砲を搭載した迎撃装備であり、またバリアの展開をするなどのファフナーを支援する装備でもある。乙姫の覚醒によって起動。以降彼女のコントロールのみによって使用される。名称の由来はノルンを参照。『EXODUS』でも織姫の操作でファフナーの援護や盾になる他、マークノインのSDPを利用した陣形でウーシア型の大軍を撃破する、SDPを使用するアマテラスを守るフィールドなど多彩な運用が成されている。
ケストレル
蒼穹のファフナー 竜宮島
単座戦闘機。全動式の主翼を備え、武装は全て機内の兵器倉に格納される。マルチロール機のため、空対空から空対地へ瞬時に切り替え可能。ブースターを装着することで高高度での戦闘も可能。要誠一郎率いるブルギルム隊が使用する。
ハーブローク
電子支援を目的として配備されている並列複座の電子偵察機。広帯域のジャミングが可能で、軽量なため航続距離が一番長い。一騎をモルドヴァ基地から連れ出すために、溝口と真矢が無断で使用する。
デナイアル
ミサイル兵器。海底の発射台から発射される。発射に少々時間がかかるため、フェストゥムの襲来に間に合わない場合が多く、使用して命中したのは作中では一回のみ。数は多いが相手がフェストゥムでは効果は薄い。
ブリュンヒルデ・システム
蒼穹のファフナー 竜宮島
主に島の防衛機構を統括するシステム。ワルキューレの岩戸で眠る乙姫の自己保護本能(生存本能)を利用したもので、敵の探知・要塞部の遠隔操作・エネルギー量の調整・偽装鏡面のON/OFF・迎撃装置による防衛行動のほか、島の環境制御や電力・浄水などの生活に関わる所まで制御している。しかし島の航行など他のシステムにすらも影響を及ぼす。フェストゥムの読心能力に対抗するために皆城乙姫が一体化している。つまり、事実上彼女自身が島を動かしていると言っても過言ではない。名前の由来は「ニーベルングの指環」に登場するワルキューレの一人でジークフリートの恋人でもある「ブリュンヒルデ」から。
ワルキューレの岩戸
皆城乙姫が眠っていた人工子宮。彼女がブリュンヒルデ・システムと一体化するための機構でもある。すなわち島の中枢と言うことも出来る。最終話にて乙姫はここに還る。床に刻まれたラテン語の文句は中世の錬金術士のモットーであった「Solve et Coagula」（溶融と凝固、または溶かして固めろ、意訳して融合せよ）。名称についてはワルキューレと天岩戸を参照。
ソロモン
蒼穹のファフナー 竜宮島
レーダーに反応しないフェストゥムなどシリコン生命体の接近を知らせ、そしてその種別を判定するシステム。物語序盤ではアルヴィスの人々はこの反応を「ソロモンの預言」と呼んでいた。後に「ソロモンに反応あり」というストレートな報告に変更されている。ソロモンについてはソロモン王を参照。
ウルドの泉
キールブロックにたゆたう液体型コンピューター。かつてはミールの解析に使われていたが、現在は主にソロモンのマスターサーバーとして使われている。蒼穹作戦で入手したフェストゥムとの共存のデータはここで受信された。ウルドについてはウルズを参照。
『EXODUS』中盤以降はゴルディアス結晶が出現しており、「島における存在と無の境界線」とも呼ばれている。
CDC
戦闘時に使用される総合管制司令室。真壁司令ほかアルヴィス上層部およびオペレーターが戦局を判断し、命令を下す。
下記の「アーサーズ・ルーム」と第一司令室が存在する（劇場版以降は再び第一CDCで使用されている）。
劇場版以降は復旧され、再びここで管制を行っている。
アーサーズ・ルーム
蒼穹のファフナー 竜宮島
正式名称「並列一体型アーサーズ・ルーム」。ソロモン本体を管制システムが囲っている構造を取っている。最初に建造された司令室だが、戦略機能に特化した構造のため、島の防衛・管理機能まで補うことができずシステムに負荷がかかるため、ソロモン本体の演算室として封鎖されていた。円卓状のコンソールパネルをオペレーターが操作する形になっている。
1期後半で人類軍が竜宮島を占拠し、フェストゥムとの戦闘で第一司令室が崩壊した際に皆城乙姫の手により再び起動され、以降は乙姫が防衛・管理機能を制御することにより正式に新司令室となった。
劇場版以降は第一CDCが復旧したことで再び封鎖された。
“ アーサーズ・ルーム ”という名称はアーサー王の「円卓の騎士」に由来。
水中展望室
壁面が強化ガラス張りになっており、水中を見ることができる。元はゼロファフナーの起動実験が行われた場所で、その時に消失した空間を利用して作られた。水中にいるゼロファフナーを少しだが見ることができる。
パーンツヴェック
水中をリニアレールで進む移動設備。推進中は外側を水蒸気の空洞が包むように設計されているため、水の抵抗がほとんどなく、理論上は音速に近いスピードを出すことが可能。ただし、電力消費が大きいため、通常生活では作動が禁じられている。
本島・慶樹島間(ファフナー・パイロット用)と、本島・剛瑠島間(航空機パイロット・エンジニア用)がある。
蒼穹のファフナー 竜宮島
ブルク
慶樹島にあるファフナーの格納庫。中央コントロールブロック(発進準備を行う場所)を5つの格納ブロックが囲む形で構成されている。ファフナー・パイロットはここでファフナーに乗り込む。
ナイトヘーレの門
ファフナーの出撃口の一つ。ファフナーブルクの地下から島外縁の海中に直結する水路に多数設置されている。単にナイトヘーレと呼ばれることが多い。
機体はここでスーパーキャビテーション状態にされ、海中へ高速で射出される。
名称の由来は『ニーベルングの指環』におけるファーフナー（ファフナー）の洞窟の名から。
デビルレイ
ファフナー輸送用の大型輸送機。全長90m、全幅150m。ファフナーは機外にコンテナで搭載される。コンテナは全部で5つ搭載可能で、コンテナは切り離されると補助翼を展開し、一定の高度でバラバラになる。
第一次蒼穹作戦で使用され、ファフナー部隊を北極まで送り届け、補給の装備を投下した後、竜宮島へ帰還する。
大型飛行艇(名称不明)
ファフナーを輸送可能な大型機。デビルレイとは異なり、ファフナーは機内の格納庫に格納される。
第一次蒼穹作戦で、溝口たちがファフナー部隊を回収するために使用する。
CCTS
蒼穹のファフナー 竜宮島
正式名称は「巡航運搬推進装置キャリースラスター」。いわゆるロケットで、中にファフナーを1機搭載し、ナイトヘーレから射出されて水中を航走した後弾道飛行で目的地付近まで行くと、外装が剥がれ落ちてファフナーを発進させる。輸送機より速く輸送が可能だが、帰ってくることは出来ないため、滅多に使われない。
『EXODUS』にてザインとニヒトをシュリーナガルへ輸送するために使用する。その際は、CCTSを両機が同化することで速度を上げた。
竜宮島において最重要目的を達成するために実行される作戦群。
元々は1期終盤で、人類軍のヘブンズドア作戦に乗じて総士の奪還と紅音の共鳴核と接触することを目的に行われた。これ以降、重要作戦にはこの名称が用いられる。
命名者は史彦。人類軍が大気圏外を目指すのに対して島は空を示す言葉を用いるという真矢の提案を採用、当時の現地天候が快晴であったことから「青く広い空を指す言葉」である「蒼穹」が用いられた。
第一次蒼穹作戦（1期にて実行）
蒼穹のファフナー 竜宮島
人類軍のヘブンズドア作戦に乗じて北極に囚われた紅音の共鳴核に接触し、人類とフェストゥムの共存データを入手すると共に、直前の戦闘でジークフリードシステムごと連れ去られた総士の救出を目的としている。溝口、容子、保がデビルレイでファフナー隊を北極へ送り、交換用装備を投下した後に竜宮島へ一時帰還、回収用の機体で迎えに来るまでの間にファフナー隊が総士を救出し、また紅音の共鳴核と接触してデータを入手することが作戦の全容。最終的にデータ入手後にマークザインとマークジーベンが北極ミールを破壊し、総士は一騎と再会を約束して消滅する。
この戦い以後、砕けたミールの欠片が世界中に飛び散り、それぞれが独自の成長を遂げ、フェストゥムも群体活動から個体活動を行うようになる。
投入されたファフナーはマークザイン、マークジーベン、マークドライ、マークアハトの計4機。パイロットを失い、大破していたマークフュンフは不参加。
第二次蒼穹作戦（劇場版にて実行）
直前の戦闘で日野美羽が「おはなし」と表現する情報交換でエウロス型による命令を書き換え、敵を撤退させた後に立案された作戦。
蒼穹のファフナー 竜宮島
溝口の指揮の下で竜宮島を防衛する間に史彦が指揮を執る遊撃部隊がボレアリオスミールと接触し、島のミールと乙姫の経験を美羽が伝えることを目的としている。マークザインをはじめとするファフナー数機の損失を埋め合わせるため、本作戦には里奈と暉のゼロファフナーを遊撃部隊に、防衛部隊には甲洋が自らをコアにして帰還したマークフィアーが所属している。戦闘中に島では芹が同化により消滅の危機に瀕するが、ミョルニアの行動により生還する。また、防衛中に機体ごとマークニヒトに閉じ込められた一騎が復帰し、操に訴えたことで操もミールの支配から脱して作戦は成功、戦闘も終結する。
直後に人類軍による核攻撃が行われたが、操を初めとするボレアリオス群フェストゥム達が核を止め、同時に美羽と対話を行ったミールは竜宮島の物と同じく大気となる。ほぼ同じタイミングでコアが成長期を乗り越えて竜宮島のシールドも復旧、双方の全滅を回避してボレアリオスは去って行った。コアが成長期を乗り越えた事で島民達の放射能汚染の症状も回復し、総士も帰還する。
投入されたファフナーはマークザイン、マークジーベン、マークドライツェン、マークフィアー、マークドライ、マークアハト、マークフュンフ、ゼロファフナーの計8機。パイロット不在のマークツヴォルフは不参加。
第三次蒼穹作戦（『EXODUS』にて実行）
蒼穹のファフナー 竜宮島
ウォーカー群フェストゥムが竜宮島侵食作戦を本格化、彦島が乗っ取られ、瀬戸内海ミールの機能減退に至ったことにより計画された作戦。
ウォーカー群殲滅による竜宮島奪還を目的としており、エインヘリアル・モデルへと改修された竜宮島内ファフナー投入により行われる。海水化したミールを彗のアマテラスがSDPで引き寄せ、アルヴィスの基幹エネルギーを供給された里奈のマークノインがこれを破壊する流れとなっている。
作戦開始序盤で引き寄せられたミールの一部を破壊するも、ウォーカーがアマテラスに同化を図ることで危機に陥ってしまうが、甲洋がマークフィアーを再構成して戦線復帰したことで形勢が逆転、群れの撃破に成功し島の奪還に成功する。ウォーカーを取り逃がしたものの、群を構成できないほどに弱体化させ、派遣部隊との合流までの時間稼ぎにもなった。戦闘中に美三香が同化現象によって肉体を喪失するが、意志は結晶体に残った状態で以降の戦闘にも参加している。
投入されたファフナーはマークフィアー、マークドライ、マークアハト、マークノイン、マークツヴォルフ、アマテラス、スサノオ、ツクヨミの計8機。パイロット不在のマークドライツェンは不参加。
第四次蒼穹作戦（『EXODUS』にて実行）
蒼穹のファフナー 竜宮島
第三アルヴィスへと移設されたアショーカの再生、およびそれを用いたアルタイルとの交信のため、ベイグラントに掌握された人類軍とフェストゥム群を相手にした、第三アルヴィス防衛兼ベイグラント排除作戦。
搭乗者2名のSDPを相乗できるよう改良されたゼロファフナーの特性を生かし、里奈が増幅した彗の「引き寄せ」によって、大気圏外のベイグラントを地上へ墜落させ撃破することを目的とする。史彦の方針により、子供達ファフナー部隊はフェストゥムの群れの相手に専念、人類軍艦隊は竜宮島が引き受ける形を取っている。
人類軍艦隊は新国連から独立したばかりで統一が不十分だったことから、史彦らアルヴィスが自分たちの持つ情報を開示したことでバラバラとなり、一部の爆撃機が竜宮島を援護する。バーンズの旗艦も空母ボレアリオスに同化されたことで鎮静化。ベイグラントは竜宮島ファフナー部隊によってクロウラー群をはじめとした群を抑えられるとともに、ベイグラント自身もゼロファフナーの手で落下しマークニヒトによりコアを破壊され消滅、マークレゾンも一騎の干渉によってジョナサンが正気を取り戻したことで鎮静化し、宇宙へ追放された。
司令官たる史彦すら知らなかった作戦の全貌は、美羽やアショーカといった「力」の成長が十分には至らなかったことから本作戦時点ではアルタイルとの対話は見送り、期が熟すまではアルタイルは美羽を中継した織姫の干渉で一時的に停止させ、島民はプランデルタで脱出させた上で竜宮島はアルタイルとともに海中に沈め封印することであった。最終的にそれらの作戦は自ら残った澄美、芹をともに封印する形とはなったものの成功、アショーカは美羽を除いたエスペラント、ナレイン、弓子の命を同化したことで安定、新たなコアと転生した総士を残し海神島へと定着するに至った。
投入されたファフナーはマークザイン、マークニヒト、マークジーベン、マークドライツェン、マークフィアー、マークドライ、マークアハト、マークツヴォルフ、ゼロファフナー、スサノオ、ツクヨミ、トローンズ・モデル（サンダルフォン）の計12機と、ジークフリードシステムの最大統括数が初めて投入された。また、システムの統括数の限界と暉の戦死、里奈と彗のゼロファフナーへの乗り換えでマークノイン、マークツェン、アマテラスは不参加。
第五次蒼穹作戦(『THE BEYOND』にて実行)
海神島のコアと結託したエスペラントのマリス・エクセルシアの裏切りによって連れ去られた総士と二人のパイロット候補生を救出し、同時にプロメテウスミールの宇宙への脱出を阻止する作戦。
キャリースラスターでマークザイン、マークツヴァイ改(グリムリーパー)、マークドライツェン(クロノス)、マークフィアー(アバドン)が無人機と共に先行、総士達の救出とマリスの確保を行い同時にプロメテウスミールを排除する。その間、Lボートからマークジーベン(アズライール)、マークノイン(イザナミ)、スサノオ、ツクヨミ、アマテラスが退路を確保するべく群れを攪乱する。
しかし、マリスと結託したフェストゥム・セレノア、レガート、フロロ(ウォーカー)が戦闘に参加し、真矢達はセレノアのクロッシングによる同化で同士討ちを行い、イザナミはフェンリルで自爆した。更に、マリスに奪われたマークアイン改(スペクター)がレガートをパイロットにフロロと共に一騎達を急襲、美羽が先行するがマリス達のロケットを撃つことが出来ずにプロメテウスの脱出を許してしまう。加えて、一騎が能力の酷使で眠りにつくと同時にフロロが撤退したためにグリムリーパーも奪われてしまう。
脱出時にプロメテウスはマレスペロと名乗り、増大したゴルディアス結晶を赤い月として人類に宣戦布告、自らの群れをベノンと称するようになる。
これまで実行された蒼穹作戦においては初めての失敗となる。
投入されたファフナーはマークザイン、マークジーベン（アズライール）、マークドライツェン（クロノス）、マークフィアー（アバドン）、マークノイン（イザナミ）、スサノオ、ツクヨミ、アマテラス、マークツヴァイ改（グリムリーパー）の計9機。尚、この作戦でグリムリーパーはスペクターと共にベノンに奪われ、イザナミはフェンリルの自爆で失われる（里奈は自爆直前に彗のSDPで引き寄せられ、同化からも逃れるとともに生還するも、昏睡状態に陥ってしまう）。
蒼穹のファフナー 新国連 / 人類軍
新国連は世界最大の人類総意決定機構であり、人類軍は新国連が要する世界最大の軍事組織である。本部は南アフリカプレトリアに置かれている。現在の最高権力者は事務総長であるアメリカ人のヘスター・ギャロップ。
フェストゥムとミールの完全殲滅を基本総意としており、2118年には瀬戸内海ミールの急速増殖に対抗するため核攻撃を強行、日本国を消滅させるなど、総意遂行のためならば（日本）人の命すら厭わない。以後も瀬戸内海ミールの毒素を身体に保有する日本人を根絶やしにすることと読心能力でフェストゥムにアーカディアン・プロジェクト由来の技術が知られることを防ぐため、人類軍を使い幾度もアルヴィスと敵対した（竜宮島が偽装鏡面を展開し世界から隠れているのは、フェストゥム以外に人類軍から身を隠すためでもある）。狩谷由紀恵のように、竜宮島民だったが新国連のスパイとして寝返った者もいる。
一方で、アルヴィスの高度な科学技術がフェストゥムに対し相応に有効であると認めており、ファフナー・ノートゥングモデルの奪取を目論んだり、ミツヒロ・バートランドや日野洋治など竜宮島の重要な技術を知る者が島を出た際には新国連に迎え入れている（本来アルヴィスだけが保有していたファフナーを人類軍が建造出来たのも、このような理由によるもの）。
蒼穹のファフナー 新国連 / 人類軍
『EXODUS』の時代（2150年、2151年）にも、交戦規定アルファの発令でフェストゥム殲滅を優先する新国連の姿勢に変化はないが、実際にフェストゥムと戦う人類軍では半世にも及ぶ戦いで多くの人材が喪われ、大将だけで100人いうほど階級が意味を成さなくなるまでに疲弊した実態と竜宮島（D･アイランド）がミールを人類に有益なものに変容させたことが知られ、ナレイン将軍率いるペルセウス中隊のように竜宮島に協力を求める部隊も現れるが、積年の因縁と人類軍全体の動向が不明瞭なために故に正式な同盟は困難な状態。
蒼穹のファフナー 新国連 / 人類軍
同時期にヘスターの主導で実行されている人類救済の「トリプルプラン」が既に破綻しているにも拘わらず、方針を変えないばかりか人類に有益なミールを擁する竜宮島とペルセウス中隊を抹殺しようとするなど、ミツヒロの死後はヘスターの独裁政権となり、この独裁に反感を抱くバーンズを中心とした人類軍将校や将兵がヘスターを始め「トリプルプラン」推奨派の官僚と士官達を暗殺して人類軍の指揮権奪還を図っており、既に新国連に人類軍をまとめるだけの力は失われている。そして壊滅させた第三アルヴィス・海神島から奪ったコアをヘヴンズドア作戦にて入手したミールと同化させることで｢プロメテウスの岩戸｣として機能させ、世界唯一の宇宙ステーションたるアザゼルD型種・ベイグラントをもって、「トリプルプラン」を隠れ蓑に「第四プラン･赤い靴作戦」による衛星通信の独占及び他フェストゥム群の誘導、そしてそれらによる人類選別計画が明かされた。
蒼穹のファフナー 新国連 / 人類軍
やがてプロメテウスがヘスターらの非道により募らせた憎しみによって蜂起、太平洋生存圏を中心とした人類軍は乗っ取られてバーンズを総帥として新国連から独立すると同時に「トリプルプラン」そのものも完全に破綻する。ベイグラント群フェストゥムと共にコアの「憎しみ」で世界の支配を図る武装集団へと成り果て、竜宮島部隊とアルタイルとの交信権をめぐり大決戦に臨む。しかし、新国連という大義を失った後のわずかな期間で統制が取れるはずもなく、史彦から全部隊にフェストゥムとの共存に関するデータが送られたことで、作戦そのものが頓挫した。
『THE BEYOND』では引き続き新国連旗下の人類軍とダーウィン基地を本部とするバーンズ率いる独立人類軍に別れてフェストゥムと交戦を継続している。
『EXODUS』においてナレイン・ワイズマン・ボース大将が率いる人類軍南アジア艦隊所属の部隊。
壊滅したハワイで保護したエメリーとの出会いをきっかけにエスペラントの存在およびフェストゥムとの対話と共存による平和をナレインが提唱、その賛同者およびエスペラントの素養を持った軍人達で構成されている。半世紀近く続く戦いに疲弊する人類軍内部で多くの注目と支持を得ている。
蒼穹のファフナー 新国連 / 人類軍
エメリーが持っていたミールの欠片を根付かせ、世界樹となって周辺のフェストゥムと共生するエリア・シュリーナガルを拠点としている。アルタイルとの対話のために竜宮島と協力関係を結ぶが、エスペラント抹殺を目論む新国連本部の陰謀により基地を失い、ミールの移植と生存者の安全確保のためにダッカ基地への合流を図るも、同行した派遣部隊と市民共々交戦規定アルファの対象となり孤立してしまう。
長い旅路の果てに満身創痍となりながらも、竜宮島とボレアリオスに合流。隊員の9割が死亡し、ファフナー隊が全滅したことで戦闘能力を喪失し、以後は竜宮島の指揮下に入り共闘する。
『THE BEYOND』でも生き残った隊員達は海神島においてアルヴィスのクルーとして活動している。
ナレインを指揮官とし、主な隊員はジョナサン・ミツヒロ・バートランド、アイシュワリア・フェイン、ビリー・モーガン、ウォルター・バーゲスト。また、民間人という立場ながらその能力ゆえにエメリーも中心人物となっている。
所属するファフナーは全て群青色で統一されている。
蒼穹のファフナー 新国連 / 人類軍
『EXODUS』においてダスティン・モーガンが率いるファフナー部隊。交戦規定アルファの発令に従い、フェストゥムおよび同化された人間や地域への攻撃を主任務とする、いわゆる汚れ役専門の部隊。しかし、実態は交戦規定アルファを言い訳にヘスターの障害を合法的に抹殺する新国連本部の私兵であり、同化されていない友軍や民間人を抹殺するために基地司令を暗殺して基地を乗っとるという暴挙にも及ぶ。作中では派遣部隊とペルセウス中隊を抹殺するためにダッカ基地を乗っ取って執拗に追撃するが、竜宮島との合流、ダーウィン基地、第四次蒼穹作戦の戦闘を経て全滅する。
ダスティンを隊長とし、キース・ウォーター、ハインツ・ビットナー、チェスター・ゲインが所属する。
所属するファフナーは全て黒で統一されている。
モルドヴァ基地
1期にて日野洋治とミツヒロ・バートランドがザルヴァートル・モデルの開発を行っていた基地。地下に存在するためにフェストゥムの読心能力を防ぐことが出来る。しかし、潜入していたイドゥンの手引きによりフェストゥムの襲来を受け、マークザインの暴走に巻き込まれる形で崩壊する。
ハワイ生存圏ポリアフ基地
『EXODUS』冒頭でナレイン・ワイズマン・ボース大将が指揮していた太平洋圏最大の輸送基地であり、太平洋生存圏の食料自給率を支える重要拠点である。ロードランナーの襲来を受け、最終的には交戦規定アルファによる核攻撃で壊滅した。
エリア・シュリーナガル・アグラ基地
ペルセウス中隊設立後のナレインが管轄し、世界樹が存在するペルセウス中隊の本部。世界樹の力によって、このエリア内に限り人類軍は本来ならフェストゥムを呼び寄せるために規制される広域の電波通信を使える。
アグラ基地はミールが存在する神殿の井戸（バルカ）を取り囲むように円型に建造され、井戸の最深部には“バルカの水底（みなぞこ）”と呼ばれるミールと対話する「場」がある。
竜宮島の派遣部隊がやってきた日の夜、新国連がペルセウス中隊に潜入させていたパペットMB7型＝ジョナサン・ミツヒロ・バートランドを中継して誘導されたロードランナー群の襲撃に遭い住民の半数近くが死亡、ダッカ基地への避難と世界樹移設のために放棄された。
ダッカ基地
シュリーナガルから約2500kmにある海洋基地であり、南アジア艦隊の旗艦拠点。ナレインを支持する司令官のカマル・デクスターは救援を派遣する気でいたが、ダスティンに暗殺される。その後、アルゴス小隊に乗っ取られて派遣部隊とペルセウス中隊を抹殺すべく追撃部隊が組織される。
ダーウィン基地
世界で唯一衛星通信が行える南太平洋生存圏の基地。ヘスターが本部とは別にここを活動拠点としている軍事都市でもあり、マークレゾンの開発及びプロメテウスの岩戸によるフェストゥムの誘導を行っている。クローラーの襲来に際して交戦規定アルファを発令し、都市全域を焼き払おうとするが真矢の脅迫とジョナサンのマークレゾンによってクローラーが消滅したことで壊滅を免れる。
ヘスターの基地放棄後は太平洋生存圏を掌握し、バーンズ率いる独立人類軍の拠点になる。
蒼穹のファフナー ファフナー
人類がフェストゥムに対抗するために専用開発した「思考制御・体感操縦式」有人兵器。名称は竜を意味するファフニールから。フェストゥムの持つ読心能力を防ぐことができるのが最大の特徴。
蒼穹のファフナー ミール
フェストゥムの脳であり中枢ともいえる、情報を高密度に集積した光子結晶体。全宇宙に無数に存在し、本来は知識を記憶し続けるだけの存在であるが、極稀に吸収した情報に反応して、生態系に多大な影響を及ぼすほどの行動を起こす。その「極稀な行動」が地球で起こったことが地球人類にとっては悲劇の始まりとなった。
1期では北極ミールと瀬戸内海ミールの2つが登場。劇場版とEXODUSでは破壊された北極ミールの欠片が独自の成長をした派生型や外宇宙から襲来するミールも登場。
破壊されてもその小さな欠片が独立した存在として残り続け、独自の成長をしていくが基本的には破壊前に集積された情報に則った行動を取り、フェストゥムを統括していく。
蒼穹のファフナー ミール
公式の裏設定では、既に太古の時代から別系統のミール（超古代ミール）が地球に飛来しており、人類が類人猿からホモサピエンスへ進化するのに影響を与えたとされている。フェストゥムが現人類の思考を読めるのはその名残りとされている。
北極ミール
西暦2114年に北極へと飛来し、地球上ほぼ全域のフェストゥムを生み出し統括することで「全地球生命体の同化」を為そうとするミール。西暦2113年に宇宙から「あなたはそこにいますか？」と問いかけ、地球人類が電波信号によってそれに解答した結果地球に飛来、断続的にフェストゥムを誕生させ侵略に乗り出した。各地に質問者（スフィンクス型）を派遣して、あらゆる情報の収集解析・学習し、それに応じて進化させた新しい型（タイプ）を送り出す。最終的に、人類軍中枢にマスター型（イドゥン、当初はミョルニアもその分岐の一つだった）をスパイとして潜り込ませるまでになる。同時に竜宮島を定期的に攻撃しつつ、ファフナーを解析。要であるジークフリード・システムの存在に気付くと、イドゥンに略奪させて、人類からの総攻撃に対する切り札として利用しようとした。月の裏側には、北極ミールの分身達（小ミール）の存在が示唆され、人類軍のヘヴンズドア作戦はそのネットワークを叩く作戦であった。
蒼穹のファフナー ミール
蒼穹作戦にてジークフリード・システムを奪い返された際に本格的に動き出し、大気圏外から襲来するフェストゥムとともに地球全体を覆おうとしたが、マークジーベンの狙撃（ドラゴントゥースをマークザインの同化により強化したもの）を受けて砕け散った。北極にいた多くのフェストゥムは力を失って落ちていったが、ミールがその死をもってフェストゥムに「個体であること」を与えたため、イドゥンだけはなおもアルヴィスの部隊を同化すべく襲いかかってきた。
北極で砕かれてからは世界中に飛び散った欠片が世界樹やボレアリオスのように個々の手段で人類との共存を目指すもの、アザゼル型を始めとする人類への憎しみを抱く群の構成など独自の発展を遂げていく。
『EXODUS』ではキーパーソンのエメリー・アーモンドの弟が偶然北極ミールの欠片を手に入れ、彼女は弟を通してミールと交信する方法を教わる。弟がミールに同化されてからは彼女の手に渡り、エリア・シュリーナガルで成長、エリア全体を統括するミールへと変貌している（世界樹アショーカの記述も参照）。人類軍の本部では「ポラリス」と呼ばれている。
瀬戸内海ミール
蒼穹のファフナー ミール
西暦2085年に日本で人類史上最初に発見され、妊娠を妨げる遺伝子障害を発生させることで「日本中の全生命体から受胎能力を喪失」させたミール。瀬戸内海海底の巨大なクレーター跡から発見され、人類はこれを研究することによって超古代ミールの存在と、人類進化にミールが大きく関係していることをつきとめた。その後は3分割された後アルベリヒド機関、日本自衛軍研究機関、国際エネルギー研究公社の3箇所に保管されていたが、フェストゥムによる大量殺戮に呼応して増殖を開始した。「死」の概念を間違って理解していたことから、日本中の全生命を死から守るために遺伝子障害を発生させてしまい、国内の日本人は全て生殖能力を失うこととなった。汚染拡大を恐れた新国連の攻撃によって日本列島が消滅して以降は、3つの欠片が3つ作られたアルヴィスに託され、現在の竜宮島製ファフナーおよびコアにこのミールの欠片が使用されている。
竜宮島のミール
蒼穹のファフナー ミール
竜宮島のコアとして使用されている瀬戸内海ミールの欠片は、本編では結晶体から大気（バイオ・スフィア）へと組成を変えており、島の空気に溶け込んで存在している。公式によれば、これは乙姫がまだ胎児の状態であった頃、ミールの欠片が北極ミールと呼応して研究中に暴走、身ごもっていた皆城鞘を取り込み同化、生命を宿した母体であった鞘と同化した結果「誕生」を理解し、無機物から有機物への激変を成し遂げた結果による。なお、鞘との同化時に彼女の胎内にいた乙姫は、フェストゥムと融合した状態で救出されたことで大気となったミールの欠片と意思疎通をする能力を獲得、これによりブリュンヒルデ・システムが成立し、ミールによる島の環境制御・防衛システムが制御可能になっている。乙姫はこの事実に関して「真壁紅音が北極のミールに命を与えたように、私のお母さんは私達のミールに命を与えた」と史彦に語っている。
また、大気になる前にさらに分割されたミールの欠片が大量に保管され、ファフナーのコアとして運用されている。これにより竜宮島のファフナーは人類軍のものとは比較にならない高性能機として実現している。
蒼穹のファフナー ミール
本編の後半で中途半端に「死」を理解してしまったため、それに則って島の環境ごと自壊自滅しようとするが、乙姫と完全に融合一体化を果たすことで「生命の生死循環」を理解する。その結果、弓子は道生との間に娘をもうけることとなり、誕生した美羽は世界最高のエスペラントとして生を受けた。
『EXODUS』ではエメリーの接触を通してウルドの泉で大量のコアとゴルディアス結晶を発生させる。さらに新世代パイロットたちに「SDP」と呼称される異能の力を発現させ、同時に部分的同化と肉体の変質を引き起こす。これはまだミールが成長過程であり、人間という生き物を完全に理解するに至っていないためと思われる。皆城織姫に言わせると、これはパイロット達の生命を守る「祝福」であるという。
ゴルディアス結晶出現後は、それに蓄積された島民達の命と記憶を介して子供達にクロッシングを行って対話をするまでに発展し、特にカノンと暉が消滅する際には一騎と里奈にクロッシングで別れを告げ、さらに自らその道を選んだ一騎を生と死を超えた新たな存在として覚醒させた。そして第四次蒼穹作戦では到来したアルタイルを、その力で美羽を介した織姫の交渉を通して竜宮島内に封印した。
蒼穹のファフナー ミール
なお、クロッシングの際に現れる人間は一騎、剣司、里奈、彗の例から、その者にとって最も大きな存在となっている。特にカノンはその能力と意志の強さから頻繁に子供達の前に現れている。一騎、剣司、彗の場合はカノン以外にそれぞれ翔子、衛、早苗が、里奈の場合は暉と広登が現れている。
第三アルヴィス（海神島 / アトランティス）のミール→プロメテウスのミール
第三アルヴィスことアトランティスのミールおよびコアも島民と絆を育んでいたが、島は人類軍によって滅ぼされておりコアも奪取され、人類軍の入手した北極ミールの欠片と同化させられた末にベイグラントやパペットを生産・操作する尖兵として利用していたことが明かされる。しかし、人類軍が滅ぼしたかつての島民や、パペットに宿す形で発生・消滅を繰り返した人格達の「死」をもって、ベイグラントに発生させたゴルディアス結晶に「憎しみ」の感情を蓄積してしまい、その器となり得るジョナサン・ミツヒロ・バートランドが人類軍に回収されたことを機に反旗を翻す行動を開始する。人類軍を掌握して竜宮島とアショーカを制圧しアルタイルを手に入れようとしたが、マークニヒトによって「痛み」を教えられるとともにベイグラントが倒されたことで力を喪失、最後はマークレゾンとマークザインを取り込もうとしたが、ザインはマークフィアー、マークドライツェンの干渉により帰還に成功した。
蒼穹のファフナー ミール
しかし、コアであるプロメテウスは生き延びており、姿を隠していた。二年後の『THE BEYOND』で実行された第五次蒼穹作戦では竜宮島のファフナー隊とバーンズの独立人類軍の追撃を振り切って宇宙へ脱出、ベイグラントのゴルディアス結晶と合流して巨大な赤い月を作り、以後プロメテウスはマレスペロを名乗り、自身の群れをベノンと称するようになる。
ボレアリオスのミール
劇場版で登場。蒼穹作戦で破壊された北極ミールの欠片が成長した一つ。人類軍の空母ボレアリオスを艦ごと同化し、生命の循環を理解しようとしていたが、新国連の攻撃により痛みと憎悪に呑まれてしまう。なおこの群はミョルニアを保護・軟禁し、ミョルニアの器たる紅音が有していた人類の戦術を提供されたことで、エウロス型など人類の戦術を学習・模倣した戦力を有することが特徴。
劇場版では竜宮島に彼らなりの「和平」を求めたことが戦いの発端となる。第二次蒼穹作戦を経て美羽との対話により生命の循環を学び、竜宮島のミールと同じく艦の周囲を取り巻く大気となり、人類との共存を望む群となって去っていった。
蒼穹のファフナー ミール
『EXODUS』では艦の周囲をアザゼル型フローターに偽装していたが、人類軍の干渉によりアルゴス小隊およびアビエイター群の襲撃を受けた美羽とエメリーの呼びかけを受け、「美羽を同化する」という交換条件のもと彼らの救援へと駆けつける。以後は竜宮島とペルセウス中隊の友軍として活躍し、第四次蒼穹作戦においてはバーンズの艦に取り付き同化することで、人類軍艦隊無力化に一役買った。
『THE BEYOND』では独立した状態で海神島に停泊し、エウロス型やファフナー部隊と共に作戦行動に出ている。
世界樹アショーカ(Aśoka)
『EXODUS』から登場した、人類軍のナレイン将軍が把握しているミールであり、ボレアリオスのミールと同様に北極ミールの欠片が派生したもの。インド・シュリーナガルに存在し、周辺地域（エリア・シュリーナガル）のフェストゥムと共生関係を築いている。元々はエメリーが持っていた北極ミールの欠片が成長したもので、現在は天空にまで届こうかという高さを持つ巨大な樹の形態を取ったことで、人類軍により“世界樹”あるいは“無憂樹”・“聖なるアショーカ（の樹）”と呼称された。
蒼穹のファフナー ミール
このミールを通じて世界最高のエスペラント・日野美羽をアルタイルと対話させ、瀬戸内海ミールのように人類に有益な存在に変容させようと考えたナレインは、危険を冒して竜宮島へと向かう。以前から美羽とクロッシングによる「おはなし」で交流のあったエメリーを同行させて、美羽と出会わせ自分たちに敵意が無いことを示した上で、竜宮島の協力を得ることに成功した。
島外派遣によりエリア・シュリーナガルに来た美羽は、世界樹を通してアルタイルと接触するが、対話をするには肉体と能力が幼すぎたため、美羽自身の願いを受けて肉体年齢を急速に成長させて対応しようとした（直後に弓子が気付いたので、おおむね10歳前後程度の身体成長で停止した。後に、これ以上の（肉体）成長は命にかかわると理解したようだと「弓子」が語っている）。さらに、美羽を守るために宿泊先の崩落で死亡した弓子を一時的に蘇生している。この事例のように、他のミール同様まだヒトや生命の循環を完全に理解していないが、基本的に人類の意思を拒否・敵対する様子はなく、過去にエメリーも弟の意志を汲み取ったミールの力によって生き長らえている。
美羽との接触の翌日に襲来したロードランナーによって破壊されるが、コアが無事であったためにナレインたちはコアを摘出、第三アルヴィスへ“移植”する脱出行に出発。幾多の妨害に遭いながらも第三アルヴィス＝海神島への移植に成功するも、ベイグラントの干渉で弱体化してしまったため、美羽を除くエスペラント、弓子、ナレインの命を同化することで再生、新たなコアを生み出し海神島に定着した。
『THE BEYOND』ではシュリーナガルの時と同じ状態まで再生を果たし、第五次蒼穹作戦の時点で既にコアはエメリーが転生したルヴィ・カーマとしてマレスペロの陰謀を告げるなど、いくつかの未来を予見している。また、側にはかつて沈静化したマークニヒトの石棺が建設されている。
アルタイル
『EXODUS』から登場した、外宇宙より地球へ接近しつつあるミール。この名称はナレインらが用いている。ナレインらは交信を試みているが、ベイグラントによって交信が阻まれてしまっている。ナレインはアルタイルをアザゼル型が迎え人類の敵となる前に、世界樹アショーカを通してアルタイルと対話を行い、人類との共存が出来るようにするために美羽の協力を求めた。
シュリーナガル壊滅時点では約半年後に到来が予想されており、それ以前に新国連も「ゴールデン・レコード」の他、電波や光を用いて友愛のメッセージを送っていたが、エスペラントやミールの研究が竜宮島と比較して大きく遅れている新国連ではその意志が伝わったと思われず、新たなる脅威の到来と判断される。
最終的に、交渉のキーとなる美羽やアショーカの成長が不十分なうちに地球に飛来する結果に至ったため、第四次蒼穹作戦の末、織姫の判断により竜宮島の中に封印され、機が熟すまで島とともに海中に没することとなった。
フェストゥムの森
「シャッター作戦」により作られたフェストゥムの密集地の一つに存在する。敵意を持たないミールの欠片が流れ着き、森の形に成長したもの。樹1本の長さは世界樹には及ばないが、それでもファフナーより遙かに巨大である。地球上に実際に存在する森に近い形で群れを構成し、人類に敵意は無いが、下手に触れれば同化される恐れはある。派遣部隊とペルセウス中隊はエスペラントの力でここのミールと対話を行い、エネルギーの確保に成功した。また、エネルギー確保の際にはミールが花を咲かせるかのようにコアを提供した。
蒼穹のファフナー フェストゥム
身体の99%をケイ素で構成されたシリコン型生命体。他の生物と同化、もしくは消滅を目的に行動する。様々な種類があるが、フェストゥムという存在は全体で一つである。各々のコア（ペルソナ）を通し、ミールから送られてくる情報と意志を全体で共有するため、基本的に固有の意志を持たず、個体という概念自体がない。各個体は、単にミールという「脳」からの命令を具現化する「手足」に過ぎず、コア部分を完全に破壊しなければ倒せない。読心能力によって相手の思考を読むことができ、人類の戦術はことごとく読まれてしまうため、対等に渡りあうためにはファフナーに搭乗して読心能力を防ぎながら戦うことが求められる。当初は海中では活動不可能とされていたが、後に進化して活動可能となる。フェストゥムが有する同化やワームスフィアー（歪曲回転体と呼ばれる黒い球体で、これに触れた物質はゼロ次元へ向かって捩じ切られる。倒された場合でも発生する）等の能力を総称してSDP（超次元現象：Super Dimensional Phenomenon）と呼ぶ。フェストゥムとは「祝祭」を意味する。
通常兵器で撃破できないわけではないのだが、あまりに数が多すぎるために基本的にファフナーでなければ対抗しきれない。
蒼穹のファフナー フェストゥム
『EXODUS』では通信を経由して相手の精神に入り込み同化するようになり、更にファフナーの構造を理解して対ファフナーに特化した個体も出現する。広域通信を利用すればフェストゥムを呼び寄せてしまうことになるので、人類軍では迂闊に使用することが出来ない。第二次脱出行ではナレインがアルゴス小隊の追撃を振り切るためにこの特性を逆手に取った。
当初は北極ミールを中心に活動していたが、北極ミールが消滅時にフェストゥムに個体であることを与えたのをきっかけにフェストゥムが個体活動を開始する。砕かれたミールも同様に分裂し、破壊前同様に憎しみを元に人類を滅ぼそうとする群れや憎しみ以外の分岐を求め、人のいない土地で群れを形成して沈静化する、生命の循環を学ぶなど多種多様に及ぶが、人類軍にとってはどの群れも同じ存在として殲滅対象となっている。
『THE BEYOND』では『EXODUS』までは有効であった核兵器による攻撃さえ防ぐ個体やフィールドの形成を可能とする群れまでも出現している。
スフィンクス型
声 - ゆかな
第1話で初めて竜宮島に襲来したタイプのフェストゥム。劇中においては比較的登場頻度が高い。「あなたはそこにいますか?」と質問を投げ掛け、「YES」と答えた者には同化を試みるが、「NO」と答えた者には攻撃を加える。主にワームスフィアーや触手を用いた攻撃を行う。この形態はA型種と呼ばれる。
蒼穹のファフナー フェストゥム
『RoL』終盤ではウーシア型の情報によって海水に適応したこの種が生まれた。
劇場版ではボレアリオスミールに所属するA型種がスカラベR型種の反射攻撃と表情による意思表示を行う。
スフィンクスB型種
『EXODUS』に登場した。他のスフィンクス型とは違って屈強な四肢を持つ。ワームウェッジを連射したり、プレアデス型（親）の光学迷彩、本体と同じ能力を持つコアを持たない分身を生み出すなどの多彩な能力を持つ。第7話ではウォーカーによって交戦したノートゥング・モデルの弱点を突ける特化型に変化している。
スフィンクスC型種
A型種より大型で、巡航形態になることにより高速での戦闘が可能。宇宙空間での活動が確認されている。
スフィンクスD型種
C型種同様大型で、長い頭部と腕部が特徴である。ワームスフィアーの長距離攻撃が可能だが、近距離攻撃に弱い。
『EXODUS』ではスカラベR型種と連携し、数層のヴェルシールドを貫通するワームスフィアーを放てるようになった。
スフィンクスE型種
劇場版で登場。C型種と同じ外見だが、背部に無軌道爆弾のような物を搭載しており爆撃を行う。
アルヘノテルス型
第8話などでグレンデル型と共に登場したフェストゥム。また、グレンデル型と同化することで受けたダメージを回復する場面もみられた。
グレンデル型
蒼穹のファフナー フェストゥム
小型で3足歩行するフェストゥムでかなり個体数が多い。小型な分、機動性に優れており、建造物内に侵入するといった行動もとれる。
反面、戦闘能力自体は低く（溝口恭介のライフルを受けて倒されたりしている）、あくまでも質より量で勝負するタイプ。
『EXODUS』でも登場し、体長数ミリの超小型の個体が24体のアルヘノテルス型から生み出され、島の上空から投下された。他にもシャッター作戦で作られた密集地に存在するフェストゥムの森に確認されている。
グレンデルB型
『THE BEYOND』に登場する亜種。べノンに属し、偽竜宮島で人間の姿を模倣した個体が多数生活し、セレノアやレガートと共に感情を学習しながら冬眠として生活していた。
グレンデルH型
『THE BEYOND』に登場する亜種。人型の部分とは別に、銃やバイクを模した部分を備える高機動型で、人型部位から射出するエッジやバイク部分から伸ばす刃を武器とし、他グレンデル型を上回る攻撃性能を持つ。
べノンに属し、マリスの搭乗するグリムリーパーのSDPでアショーカの力を無効化された海神島に多数が潜入、CDCを強襲しシャオや千鶴といった多くの犠牲を出した。
プレアデス型（親）
蒼穹のファフナー フェストゥム
第16話で小型のプレアデス型を引き連れて、竜宮島を襲撃したフェストゥム。それまでのフェストゥムに比べて高い戦闘能力を有し、人類軍の占領により島の戦備が整っていないことも重なって、アルヴィスの防衛機構や人類軍のファフナー、さらにはフォーメーションを組んだ咲良・剣司・衛達のファフナーすら一蹴する。しかし島に帰還した一騎の駆るマークザインには太刀打ちできず、同化能力によって強化されたルガーランスで粉砕される。『EXODUS』では主にクローラー群の個体として登場。
目から光線を放つ他、プレアデス型（子）を生み出し、攻撃に利用する。
公式サイトには「アヌビス型」と記載されたが、その後に出た資料ではすべて「プレアデス型」と書かれている。
プレアデス型（子）
小型でプレアデス型（親）から大量に生み出されるフェストゥム。目標に取り付き、自爆（同化?）することでダメージを与える。単体での破壊力は戦車を破壊する程度だが、密集することで飛躍的に破壊力が増す。この方法を用いて第16話に人類軍に占拠されていたアルヴィスの第1CDCを壊滅に追い込んだものの、得意の自爆もマークザインには無力であり、逆に同化されてしまった。
PSP版ゲーム「蒼穹のファフナー」では「アルキオネ型」と命名されている。
スレイブ型
蒼穹のファフナー フェストゥム
同化能力を自ら無くしたフェストゥム。通常のフェストゥムから餌として同化標的にされやすい。
春日井 甲洋（かすがい こうよう）
同化を否定し本来の意思を取り戻した甲洋。通常は甲洋の姿をしているが、後に戦闘時にはミョルニアと同じ能力（スフィンクス型形態）を持てるほどにまで進化する。戦闘時の体色は青。
劇中ではミョルニアと共に一騎たちが不在の竜宮島を守り、最終話では、イドゥンのワームスフィアーに取り込まれた一騎と総士を救出している。
コアギュラ型
攻撃をせずに、ただひたすら同化のみを迫るフェストゥム。明確な敵意を持たないせいか、ソロモンでも敵性と判断されず、発見されにくい厄介なタイプ。甲洋が同化され、あやうく咲良も取り込まれそうになった。別名「スフィンクスの卵」。コア型はコアギュラ型から分岐した存在。
コア型
蒼穹のファフナー フェストゥム
皆城乙姫のような人類とフェストゥムの融合独立個体。世界に少数しか存在せず、劇中では3つのアルヴィスに由来する瀬戸内海ミール系譜の個体、およびそれを模倣したボレアリオス群ミール系譜の個体が登場している。
皆城 乙姫（みなしろ つばき）→皆城 織姫（みなしろ おりひめ）
竜宮島に属する個体。
ワダツミノミコト / プロメテウス / マレスペロ　
声 - 石川静（少年）→櫻井孝宏（青年）
『EXODUS』から登場。金髪の少年。「ワダツミノミコト」の名で島民と共存していたが、人類軍の攻撃でアトランティスが壊滅し、彼も強奪された上にベイグラントのミールと同化させられ、「プロメテウス」のコードネームでプロメテウスの岩戸に軟禁され新国連の手足とされていた。しかし新国連の手でアトランティスの島民と、分身たるパペットに発生→消滅を繰り返された人格という無数の犠牲を強いられたことから、激しい憎しみの感情を蓄積させており、ジョナサンが新国連に回収されたことを機に彼と接触、「憎しみ」の器として彼をフェストゥム化させて反乱。
蒼穹のファフナー フェストゥム
アルタイルを手に入れ「憎しみ」で世界をとるという野望のもと、マークレゾンと人類軍を新国連から強奪し蜂起。第四次蒼穹作戦の果てにベイグラントと肉体を失い一度は沈黙するも、『THE BEYOND』にてマリスと共謀し大気圏外のゴルディアス結晶核に帰還、全人類への復讐を果たすべく「マレスペロ」を名乗りべノンを創設。戦いを学ぶべく青年の肉体を再構成し地球に降り立つ。
来主 操（くるす みさお）
声 - 木村良平
美羽との対話と操の説得によって「生命の循環」を学んだボレアリオス群ミールが、操を自身のコア型フェストゥムとして転生させた存在。『HAE』の時点では胎児状態ながらも、総士を経由して一騎と接触し彼の視力を回復させた。『EXODUS』にて転生前の状態まで成長し、アルヴィスの協力者として群とともに共闘を行う。
ルヴィ・カーマ
声 - 佐々木りお
アショーカがエスペラント、弓子、ナレインの命を同化したことで再生し、海神島へ根付いたことにより発生したコア。花のようなポッドの中で胎児状となって眠り続けている。
『THE BEYOND』では二年後の時点で既に目覚めている。アショーカのミールを持っていたエメリーと同じ容姿をしており、未来を予見する能力を持つ。
スカラベ型
蒼穹のファフナー フェストゥム
キノコ・クラゲのような外見のフェストゥム。周囲の物体を同化し、ひたすらに巨大化していく性質がある。作中では完熟形態のR型種と成熟前の個体が出てくる。R型種と成熟前の個体の見分け方は、中心部が顔か目であること（R型種は顔、通常の個体は目である）。
スカラベR型種
作中で登場したスカラベ型の完熟形態であり、極めて個体数の少ないフェストゥム（1期で人類軍が把握しているは3体のみ）。「人間の痛み」を理解し自主的には同化も攻撃もしないが、攻撃を仕掛けてきた相手に対してはカウンターとも取れる方法で反撃する（攻撃したエネルギーを認識して反射し、そのエネルギーで機体をねじる）。ジークフリード・システムを理解したのか、データ上に於いてファフナーにダメージを認識させない非常に厄介な戦法を取った。そのため、機体とパイロットへのみダメージがあり、ペインブロックが機能しない。さらには攻撃の回避が大変困難となっている。
『EXODUS』では個体数も増加し、ウォーカーに属する個体はヴェルシールドを軽減させる特殊な力場を形成、蒼穹作戦でマークザインとマークジーベンが見せた同化射撃をスフィンクスD型種と同化することで再現している。
スカラベJ型種
蒼穹のファフナー フェストゥム
劇場版に登場したスカラベ型の亜種。従来のスカラベ型と共通の戦法をとるが、枯葉剤を思わせるような毒素を散布する能力を持つ。この種が発生させるワームスフィアーは通常とは異なる緑色であり、改良されたファフナーの装甲を完全に消滅させるところから威力も桁違いに高い。
リヴァイアサン型
人類軍の最終作戦ヘヴンズドア（蒼穹作戦）で登場したフェストゥム。水中での行動が可能で、水中戦に特化した形状をしている。花弁状に大きく開いた口で対象を取り込み同化する。
『EXODUS』ではウォーカーの影響下にある全長60kmに及ぶ巨大な個体が出現、竜宮島を丸ごと飲み込むために生み出された。
アケロス型
『EXODUS』にて登場。腕を持つ魚型の固体でリヴァイアサン型と共に侵攻しシュリーナガルミールを防衛する艦艇に対して特攻をし艦艇を壊滅させた。
マスター型
蒼穹のファフナー フェストゥム
他のフェストゥムを指揮する立場にある上級フェストゥム。普段は同化した人間の姿をしており、他のフェストゥムとはあらゆる意味で一線を画す。劇中ではイドゥンとミョルニアが確認されている。戦闘時にはスフィンクス型形態に変化する。
イドゥン
声 - 真殿光昭
第二アルヴィスのコアと同化したことで、栗毛の青年の姿をとるようになった。共存を望んだミョルニアとは逆に人類と相容れることはないと考えており、さらにマークニヒトと由紀恵を同化した時の経緯で「憎しみ」の感情を覚えたために人類との全面戦争を望む。
モルドバ基地への襲撃時にはスフィンクス型と良く似た姿に変身している。しかし、従来のスフィンクス型と比べるとサイズや形状が異なり、大小4本の腕と顔がある（ただし、口と目の場所は異なる）。主にワームスフィアーと口から出る触手で攻撃する。
23話で竜宮島を襲撃し、カノンと真矢を一蹴、道夫をも破った上、ジークフリード・システムを総士もろとも奪っていった。
蒼穹作戦時には、ジークフリード・システム内の総士に対して、人類軍とアルヴィスのファフナー部隊に対する作戦の立案を要求した。総士が授けた作戦は、作戦としては誤りではなかったが、イドゥンには当初その作戦の意味するところが理解できず、剣司の攻撃を受けたときに初めてその意味を理解した。これが最後までイドゥンを苦しめることになる。
ミョルニア
声 - 豊口めぐみ
蒼穹のファフナー フェストゥム
真壁紅音を同化したフェストゥム。人物像は真壁紅音の項を参照。
戦闘時には、女性のような赤い巨体に変化する（フェストゥムは通常、金色）。竜宮島上空で新種のスフィンクス型と交戦し、圧倒的な戦闘力を見せて一騎たちを驚かせた。
真壁紅音を同化したことが原因で自我に目覚めているらしく、フェストゥムの一人称である「我々」と明確に区別して、自分を「私」と呼ぶことが多い。
紅音や日野、乙姫との接触を通じて、従来フェストゥムにはなかった「発展」「情報」といった概念を理解したようである。
自分はフェストゥムであって真壁紅音ではないと称しているが、史彦に対して一騎を育てたことへの礼を言うなど、紅音の人格を持っている様子も見受けられる。
『HAE』ではボレアリオス群に捕らえられ、紅音が持っていた戦術知識を提供する役割を強制されていた。第二次蒼穹作戦にてマークアハトが空母ボレアリオス内部に侵入したことで脱出、竜宮島コア（後の織姫）をボレアリオスミールの侵蝕から守りきって消滅した。
真壁 一騎
声 - 石井真
『EXODUS』終盤にてアビエイターと相打ちとなる形で昏睡状態に陥った一騎を、竜宮島のミールがゴルディアス結晶の力によって、「存在」と「痛み」を調和させる存在の役割を与えた上でフェストゥム化した存在。生命限界はなくなり、竜宮島ミールによる「世界の祝福」を果たす代表として戦線に復帰する。
ウーシア型
蒼穹のファフナー フェストゥム
『RoL』から登場した大型フェストゥム。『RoL』ではスフィンクス型と認識されていたが、A型種の発生以降はウーシア型へと分類された。この種の情報からスフィンクスA型種などの海中に適応する種が生まれた。
指揮官機としての役割を持ち、ワームスフィアからシーモータル型を生み出す能力を持つ。水中適応能力の有無は不明であるが、『EXODUS』では海中に没したアマテラスを追撃しなかったことから見て、獲得していない可能性が高い。
シーモータル型
戦闘機を模倣した小型フェストゥム。グレンデル型と同じく質より量で戦うタイプである。
シーモータルA型種
『RoL』から登場。航空機に触手が生えた姿をしており、刺した相手を同化する。
シーモータルB型種
『EXODUS』から登場。航空機に目や指が付いた姿をしており、取り付いた相手を同化する他、楔形のワームウェッジを放つ。アビエイターに属する個体はノートゥングモデル並みの大きさで、前面だけだがファフナーの火器を無効化できるバリアを発生させられる。
エウロス型
蒼穹のファフナー フェストゥム
ヘヴンズドア後、ボレアリオス群ミールが人類の戦い方を学習した結果発生した。赤い体色で他の型に比べて遥かに好戦的。自らの肉体の一部を変形させ、人類の兵器を模倣した格闘術・武器を使用し、攻撃をするのが特徴。さらにミールの干渉によって、戦闘に無関係の個体を含めた他の型をこれに変化させてしまう。人間の軍隊さながらの行動を取っており、ミールはこの能力を利用して竜宮島を攻撃するための戦力を整えた。従来のフェストゥムに比べ、高い戦闘力と同化能力を持っている。ただし、戦術まで人類のそれを模したため、逆に対処され易いという欠点も同時に抱えることになった。劇場版に登場。
『EXODUS』では美羽とエメリーの対話に答え、派遣部隊とペルセウス中隊への援軍として駆けつけた。人類軍とアザゼル型を相手に応戦し、竜宮島とペルセウス中隊を援護した。模倣時の影響なのか、兵装には「新国連軍製兵装」を意味する “N.UN.ARM” の文字が入っている。
アザゼル型
蒼穹のファフナー フェストゥム
『EXODUS』に登場する指揮官的存在。北極海ミールの欠片のうち独自の成長を遂げた一部が、自らそのものをフェストゥムへと変異させた超大型の個体。新国連によって世界中で6体が確認（新国連管轄下であるベイグラントのみ、観測データに表示されていない）されており、それぞれにレジストコードが付加されている。ザルヴァートルモデルでも苦戦するほどの戦闘力と、非常に高い学習能力を誇る。