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ハーブ 薬草
ハーブには薬効が強く、副作用のあるものや、有毒なものもある。また欧州では伝統生薬の一部が、伝統生薬製剤の欧州指令によって医薬品としても流通している。日本でも2007年の承認申請の簡略化によって、2011年には、足の浮腫に効果のある、赤ブドウ葉乾燥エキス混合物が医薬品として承認された。
日本においてハーブは、医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律（薬機法）で医薬品に分類されないものは食品に区分されて市販されている。しかし、その中にはセント・ジョーンズ・ワートの様に、国によってうつ病など病気に薬として処方されるハーブもある。ほかにも、ハーブから抽出されたイチョウ葉エキスや、エゾウコギなど、薬物との相互作用に注意を要するものもある。また妊娠中や乳幼児の摂食に対して安全性の確認されていないものも多い。
ヒヨスのように、向精神薬作用のあるものもある。規制を逃れたものが脱法ハーブ、危険ドラッグと呼ばれ、近年使用者の犯罪行為などがあり、問題視されている。また、ハーブという言葉が、大麻を指す隠語として使われることもある。
ハーブ 薬草
漢方薬も西洋ハーブも、植物性生薬（薬用植物）を利用している。現地の植物、近い地域の植物だけでなく、交易によって遠方の植物も取り入れられており、西洋ハーブの原産地が必ずしもヨーロッパであるわけではなく、すべての中国医学の植物性生薬が中国原産の植物であるわけではない。生姜（ショウキョウ、ショウガ）など、東洋・西洋でともに用いられたものもある。また、硬水のトルコでは利尿作用や尿結石に有効なハーブが頻用されるなど、気候風土により用いられるハーブは異なる。またローズマリーは中国・インドにも伝来しているが、あまり用いられなかった。現在ハーブには、ヨーロッパで伝統的に使われた植物性生薬だけでなく、ムラサキバレンギクなどアメリカ先住民が用いたものも取り入れられている。また、アメリカニンジンのように、中国医学でもアメリカ原産の植物が利用されている。
日本の漢方医学などの中国医学系伝統医学は、患者の「体質」に着目し、体全体の調子を整える医学であり個人の証に合わせた生薬に注目し処方する。アラビアやヨーロッパで行われた伝統医学であるギリシャ・アラビア医学（ユナニ医学）でも、同様に患者の体質・体液の均衡が重視され四体液説）、ハーブの性質を考慮して処方されたが、現在ユナニ医学はインド亜大陸が中心地であり、西洋ではほとんど行われない。西洋ハーブ薬は症状に対して処方される傾向がある。
ハーブ 歴史と文化
現在ハーブと呼ばれる植物には、メソポタミア、エジプトなど古代から薬用に利用されたものもある。古代エジプトではイチジク・ブドウと合せてヤグルマギクやケシの仲間が栽培された薬草園があった。各地のハーブは、ローマ帝国の拡大などで相互に広まった。ローマ時代に遠くブリテン島（イギリス）にまで伝わったハーブは、ローマ帝国崩壊後も一部が根付き、活用された。イギリスの古いハーブ療法の知識は『ボールドの医書』などに見られ、ハーブの薬効を高めるよう働きかける「九つのハーブの呪文」などの異教的な呪文も文献に残されている。
ヨーロッパでの伝統的なハーブの利用法や採取のルールなどには、キリスト教以前の文化・宗教の名残があるともいわれ、ヨーロッパで行われたハーブを使った薬草浴には、ケルトの影響があるという見解もある。
ヨーロッパでは、古代ギリシャのディオスコリデスがまとめた本草書『薬物誌』が1500年以上権威として利用され、教会の薬草園などでハーブが栽培された。『薬物誌』はアラビアに伝わってユナニ医学（ギリシャ・アラビア医学）に影響を与え、その研究成果はヨーロッパの医学に取りいれられた。民間では、各地方に伝わるハーブが治療に利用された。四大元素説から、ハーブは「熱・冷・湿・乾」の4つの性質を持つと考えられ、その性質を考慮して利用された。
ハーブ 歴史と文化
フランク王国のカール大帝（742年 - 814年）はハーブを愛好し、「医学の友にして料理人の称賛の的」と喩えたという。
ハーブ 歴史と文化
西洋中世に何度も大流行したペスト（黒死病）の際にも、ペスト除けに利用された（ただし、流行を終わらせたりペストを治すほどの効果はなかった）。ハーブやスパイス、果実などの成分を溶かし込んだリキュールは薬として利用され、14世紀イタリアでは、リキュール（リクォーリ）が薬用として輸出された記録が残っており、1346年に始まるヨーロッパでのペスト大流行の際には、貴重な薬品として扱われた。ローズマリーをアルコールと共に蒸留した蒸留酒・ハンガリー水（ローズマリー水）は、最初薬用酒として、のちに香水として利用された。17世紀南フランスのトゥールーズでペストが大流行した際、死亡した人々から盗みを働いた泥棒たちがいたが、彼らは感染しなかった。セージ、タイム、ローズマリー、ラベンダーなどを酢に浸して作った薬を塗って感染を防いだといい、このお酢は「4人の泥棒の酢」と呼ばれ利用された。また、錬金術の影響を受けた西洋の伝統医学では、アラビアから伝わった蒸留技術を洗練させ、ハーブなどの植物から精油を抽出し、薬として利用した。ヨーロッパでは病気の原因はミアスマ（瘴気、悪い空気）であると考えられていたため、空気を清めるために病人のいる所や病院で香りの強いハーブが焚かれた。イギリスでは、監獄熱の感染予防に法廷にローズマリーが持ち込まれた。
イギリス人が北アメリカに移住し、ハーブや本草書、医学書を持ち込んだため、イギリスで使われたハーブと利用法が新大陸にも伝わった。
東インド会社
東インド会社（ひがしインドがいしゃ、とうインドがいしゃ、とうインドかいしゃ）は、アジア地域との貿易独占権を与えられた特許会社。以下のようなものがある。
イギリスには「東インド会社」を名乗る会社や商店が現在もあるが、これはイギリス政府の許可を得て20世紀以降に新たに設立されたものである。
オランダ東インド会社
オランダ東インド会社（オランダひがしインドがいしゃ、蘭: Verenigde Oost-Indische Compagnie、略称VOC。1602年 - 1799年）は、ネーデルラント連邦共和国でアムステルダム証券取引所と同時に設立された植民地会社。アメリカに植民地ニューネーデルラントを創設したが、これをオランダ西インド会社に移管したのちアジア貿易に従事していた。
世界初の株式会社といわれている。また商業活動のみでなく、条約の締結権・軍隊の交戦権・植民地経営権など喜望峰以東における諸種の特権を与えられた勅許会社であり、帝国主義の先駆けとなってアジアでの交易や植民に従事し、一大海上帝国を築いた。
資本金は約650万ギルダー、重役会は17人会と呼ばれた。これには同国の銀行のホープ商会も参加した。本社はアムステルダムに設置され、支店の位置づけとなるオランダ商館は、ジャワや平戸などに置かれた。18世紀末の1799年12月31日にオランダ政府により解散させられた。
オランダ東インド会社 歴史
16世紀後半、スペインと対立し、同国と八十年戦争を行っていたオランダは、スペインによる貿易制限、船舶拿捕など、経済的に打撃を受けていた。
当時、東南アジアの香辛料取引で強い勢力を有していたポルトガルが、1580年にスペインに併合されていたことで、ポルトガルのリスボンなどを通じた香辛料入手も困難になっていた。こうした中、オランダは独自でアジア航路を開拓し、スペイン（と併合されていたポルトガル）に対抗する必要があった。
1595年から1597年まで、オランダは航海を通じてジャワ島のバンテンとの往復に成功を収めると、いくつかの会社が東南アジアとの取引を本格化させた。しかし、複数の商社が東南アジア進出を図ったために現地（東南アジア）での香辛料購入価格が高騰した上、本国（オランダ）で商社同士が価格競争を行ったため売却価格は下落する一方であり、諸外国との経済競争を勝ち抜く上で不安が残された。
さらに、1600年にイギリス東インド会社が設立されたことは、この懸念を深めさせた。
こうした中、ホラント州の政治家ヨーハン・ファン・オルデンバルネフェルトは1602年3月20日、諸外国の動きに対抗する為に複数の商社をまとめて連合東インド会社を設立した。
オランダ東インド会社 歴史
この会社は、6つの支社（カーメル・オランダ語: kamer）から構成されており、それぞれはアムステルダム、ホールン、エンクハイゼン、デルフト、ロッテルダム、ミデルブルフに置かれた。
設立当初は東インド（インドネシア）における香辛料貿易を目的とし、マラッカを拠点とするポルトガルや各地のイスラム諸王国と戦った。
1605年には、スラウェシ島に上陸した。
1606年、職員のウィレム・ヤンスゾーンがオーストラリア北部を調査し、交易の可能性を探ったが、撤退している。
1609年、イギリス人のヘンリー・ハドソン船長の乗るハーヴ・ミーン号により北アメリカのハドソン湾を調査し、ニューアムステルダム、ニューネーデルラントの植民地経営の足掛かりを作った。また、イギリス人の三浦按針の仲介により、江戸幕府から、プロテスタントが布教を行わないことを条件に肥前の平戸に日本支店、すなわちオランダ平戸商館を開設し、これを通じた国際貿易を幕府から許可された。
1614年には、現在のニューヨークを占領し、オランダ（ネーデルラント連邦共和国）領「ニューネーデルラント」として領土宣言をする。
1619年　オランダ3州のオルデンバルネフェルト、グローティウス及びホーゲルベーツの裁判で創設者オルデンバルネフェルトが死刑となる。
オランダ東インド会社 歴史
同年、第4代東インド総督ヤン・ピーテルスゾーン・クーン（在任1619年-23年、再任1627年-29年）が、イスラムのバンテン王国のジャワ島西部のジャカルタにバタヴィア要塞を築いてアジアにおける会社の本拠地とした。
1621年にはニューネーデルラント（現在のニューヨーク）をオランダ西インド会社に移管して、アジア貿易を趣旨にし始める。
1622年にポルトガルのアジア貿易拠点であった明朝マカオを攻撃したが敗退し、代わりに澎湖島を占拠した。しかし明に撤去を求められたため、翌年には台湾本島に安平古堡（英語: Fort Orange）を築城し、8か月間の明軍との衝突ののち1624年に講和して明の許可を得、ここをアジア貿易の拠点とした。
1623年にモルッカ諸島でアンボイナ事件が勃発し、イギリス東インド会社のイギリス商館の職員を殺害した。イギリスは東南アジアから撤退し、インドの植民地経営に専念することになり、ムガル帝国攻略に向かう転換点となった。
1628年から1629年にかけて、ジャワ島でマタラム王国がバンテン王国への進出を目指し、2度に渡ってバタヴィアに侵攻したが撃退した。
1646年に、マタラム王国と平和協定を締結し、ジャワ島でマタラム王国と独占貿易をすることになった。
オランダ東インド会社 歴史
また日本やタイとの交易も手がけ、中国に拠点をもつことは認められなかったが、当時無主の地であった台湾を占拠し、対中貿易の拠点とした。南アジアでは主としてセイロン島のポルトガル人を追い払い、島を支配した。日本ではカトリックとスペイン・ポルトガルのつながりに警戒感を強めていた江戸幕府に取り入り島原の乱の制圧を支援するなどして、ポルトガルの追い落としに成功、鎖国下の日本で欧州諸国として唯一、長崎出島での交易を認められた。アジアにおけるポルトガル海上帝国はオランダ東インド会社の攻勢によって没落した。
フランスは同盟国のオランダに触発されてフランス東インド会社を設立したが、オランダとの競合を避けインド貿易に専念した。
なお、オランダ東インド会社が日本に進出した時点で、すでにポルトガルが日本との貿易を行っており、オランダ側は貿易品を充分に確保できなかった。結果、オランダは「私掠」としてポルトガル船などを襲う挙に出ていた。だが、東アジアでは私掠の概念は通用せず、江戸幕府からは1621年に海賊行為を禁止する禁令を出されるなど、オランダの貿易独占が成立する以前には海賊として認識される有様であった。
オランダ東インド会社 歴史
スペイン、ポルトガルでユダヤ人は改宗が強制され、異端審問などでひどい扱いを受けていた。そこから追放されたユダヤ人はアムステルダムなど各地に散在。ユダヤ人は商人などが多いので、東インド会社もユダヤ人が関係している。日本からのポルトガルの排斥はその意味からも非常に重要なポイントである。
1643年、オランダ東インド会社に所属するマルチン・ゲルリッツエン・フリースは、東インド総督の命を受けて日本の東方沖にあるとされた金銀島探検のために結成された第2回太平洋探検隊の司令官として太平洋を北上し、ヨーロッパ人で初めて択捉島と得撫島を発見した。そして、それぞれスターテン・ラント(オランダ国の土地)とコンパニース・ラント(オランダ東インド会社の土地)と命名して領土宣言をした。
1643年、カンボジアに留まっていた会社員たちが惨殺され、会社は短期間の戦争の後、1670年代までにカンボジアの交易地を放棄した（カンボジア・オランダ戦争）。
1648年、八十年戦争が終わり、ネーデルラント連邦共和国がヴェストファーレン条約によりスペインから独立しオランダ黄金時代が築かれると、1652年の英蘭戦争が始まるなか、17世紀の世界最大の営利会社となった。
オランダ東インド会社 歴史
1660年よりオランダ東インド会社は、スラウェシ島のマカッサル西海岸でゴワ王国との戦争に突入し、1669年にコルネリス・スペルマン提督が、スルタンのハサヌディンに、オランダ東インド会社のスラウェシ島支配に関するボンガヤ条約を署名させた。
1665年から1667年にかけての第二次英蘭戦争で、バンダ諸島（東インド諸島モルッカ諸島）にあるラン島（香辛料貿易）とニューアムステルダム（毛皮貿易）の自治権と交換して獲得し、香辛料貿易（ナツメグ、クローブ等）の独占を図った。イギリスは既に種子を持ち出しており、1815年頃からモーリシャスやグレナダなどでプランテーションを開始すると、香辛料はありふれた商品となってバンダ諸島の価値は相対的に下がっていくことになった。
18世紀には3度に渡るジャワ継承戦争（1703年・1719年・1749年）や華僑虐殺事件によって、マタラム王国が四分割され、ジャワ島での支配体制も確固たるものとなった。
オランダ本国は、オランダ東インド会社が17世紀の成功によって黄金時代を迎えていた一方で、衰微の兆しが訪れていた。
17世紀半ばの3次にわたる英蘭戦争や絶対主義フランス王国との戦争で国力を消耗し、1689年にヴィレム3世がイギリス王に迎えられた後は、イギリス東インド会社に植民地帝国の座を譲り渡した。以後イギリスが大英帝国として、海上覇権を確立する事になる。
1795年にはフランス革命軍により本国を占領された。この混乱のなかで1799年12月31日、オランダ東インド会社は解散、海外植民地はフランスと対抗するイギリスに接収された。ナポレオン戦争後、オランダは無事にイギリスから返還された東インドの領域経営（インドネシア）に主として専念することになる。
オランダ東インド会社 組織構造
イギリス東インド会社が航海ごとに資本を集め、利益を清算していたのに対し、VOCは最初から株式を発行して多額の資本を集めていたことから、しばしば「世界最初の株式会社」と呼ばれる。
中野常男は、株式会社を特徴づける指標として、（1）全社員の有限責任制、（2）会社機関の存在、（3）譲渡自由な等額株式制、（4）確定資本金制と永続性（継続性）の4点を挙げ、オランダ東インド会社は「これら四つの指標が示す会社形態上の特質をともかく具備するに至った」ことで株式会社の起源とされた、としている。
設立経緯および正式社名の「連合」の文言通り、VOCは前身となった各貿易組合の後裔である6つの支社・分社である「カーメル」の集合体だった。これは当時のオランダ、すなわちネーデルラント連邦共和国が、強力な中央政府をもたない国家連合であったことを反映して、「国家内の国家」の縮図として成立していたと言える。
このため、会計単位や経済活動の主体も各カーメルごとに分離しており、相互の財務的な連携も不十分で、統一的な会計処理は結局解散までなされなかった。
VOCの経営陣は、各カーメル出身の73人の取締役（Bewindhebbers）で発足し、定員は約款で60人と定められ、自然減を待って補充された。
オランダ東インド会社 組織構造
最高経営機関は、構成員の人数から17人会と呼ばれていた。構成する取締役の任命権は各カーメルの活動規模および設立時の出資金の大小によって定められていた。出資金および人数の割り当ては以下のようになっていた。
最後の一人はアムステルダムを除いた他カーメルの持ち回りで任命されることになっており、アムステルダムが単独過半数を得ないようになっていた。
17人会の会合は最初は年2回、後には年3回行われるようになった。開催地は8年サイクルで決まっており、6年間アムステルダムで開催されたのち、2年間はミデルブルフで開催された。毎年、17人会では輸入する商品リストを作成し、経営に関する重要事項、配当や交易船団の規模、アジア向けの商品の量（金と銀を含む）、商品販売のためのオークションの日程と各カーメルごとの出品枠などの決定がなされていた。
17人会はその活動を支援する下部組織を持っていた。このうち、ハーグに置かれたハーグ委員会は、東インド地域との書類の往来を管理し記録するという重要な役割を担っていた。
オランダ東インド会社 会計
VOCの会計は1会社2会計システムで、本国においてはハンザ商人たちが用いていた旧来の簿記を使い、在外商館では複式簿記を採用して年次報告を行った。会社全体を見る簿記は存在せず、決算は10年単位で非公開制だった。VOCはオランダとアジアの2元体制だったため、アジア取引を統括したバタヴィアが実質上の本社的業務を行い、アジア各地の商館は支店にあたり、アムステルダムほか本国の支社はアジアで仕入れた商品を販売した。
複式簿記は、主に仕訳帳と元帳を使い、日々の財務は日記帳に記録した。支店は主力商品である香辛料帳と、現金出納帳で管理した。上級簿記係という担当がおり、簿記係や書記を統括していた。帳簿係は毎年アムステルダムの委員会に集まり、帳簿が精査された。そのため在外商館では正確な記録が求められた。アジアの商館の中では平戸および長崎商館の帳簿が分析されており、仕訳帳が精緻化していたことが確認された。
ハーブの一覧
ハーブの一覧（ハーブのいちらん）ではハーブ名を挙げる。別称があれば記事名の後に添え、括弧内に原語表記などを、その後に学名（斜体）を示す。
なお、香辛料#代表的な香辛料も参照のこと。
リボ核酸
リボ核酸（リボかくさん、英: ribonucleic acid、RNA）は、非コードRNAとして細胞機能に直接関与するほか、メッセンジャーRNA（mRNA）のようにタンパク質合成の鋳型としても働く、生命に不可欠な高分子である。
RNAは、デオキシリボ核酸（DNA）と同様に核酸に分類され、すべての既知の生命にとって必要な4種類の主要高分子の一つである。RNAは、ヌクレオチドと呼ばれる単位が鎖状に連なって構成される。細胞生物では mRNAを用いて、アデニン（A）、ウラシル（U）、シトシン（C）、グアニン（G）の4種の核酸塩基で記された遺伝情報を伝達し、それに基づいて特定のタンパク質を合成する。また多くのウイルスは、RNAを遺伝物質（ゲノム）として用い、生物自身の遺伝情報を保持している。
一部のRNA分子は、生物学的反応の触媒作用を担ったり、遺伝子発現を調節したり、細胞内シグナルを感知して応答を促したりするなど、能動的な機能を果たしている。なかでもタンパク質合成はRNAの代表的な機能で、すべての生命に共通する普遍的な仕組みである。リボソーム上では、トランスファーRNA（tRNA、転移RNA）がアミノ酸を運び、リボソームRNA（rRNA）がそれらをつなぎ合わせることで、遺伝情報に基づくタンパク質が形成される。
リボ核酸
さらに、地球上の生命の進化初期には、DNAやタンパク質酵素が進化する以前に、「RNAワールド」と呼ばれる時代が存在したとする仮説が、科学界で広く支持されている。この仮説によれば、当時のRNAは、今日のDNAのように遺伝情報を保存し、また現在のタンパク質酵素のように、細胞内で触媒作用も果たしていた可能性がある。
リボ核酸 構造と物理特性
RNAを構成する各ヌクレオチドは、1'から5'まで番号が付けられた炭素原子を持つリボース糖を含んでいる。1'位には、一般にアデニン（A）、シトシン（C）、グアニン（G）、またはウラシル（U）の塩基が結合する。アデニンとグアニンはプリン塩基、シトシンとウラシルはピリミジン塩基に分類される。リン酸基は、あるリボースの3'位と次のリボースの5'位に結合しており、各リン酸基は負の電荷を持つため、RNAはポリアニオンとして通常、負電荷を帯びる。塩基間は、シトシンとグアニン、およびアデニンとウラシルの間に標準的な水素結合が形成される。一方で、グアニンとウラシルは非標準的なG-Uゆらぎ塩基対として結合することもある。しかし、複数のアデニン塩基が互いに結合して隆起部（バルジ）を形成したり、グアニンとアデニンが塩基対を形成するGNRAテトラループのような他の相互作用も観察されている。
RNAの化学構造はDNAとよく似ているが、次の3点において重要な違いがある。
生物活性をもつRNAの多く（mRNA、tRNA、rRNA、snRNA、その他の非コードRNA）は、自己相補的な配列を含んでおり、その一部が折りたたまれて二重らせん構造を形成する。このようなRNAの構造は高度に組織化されており、DNAのような長い二重らせんではなく、短いらせんが集合した、タンパク質に類似した立体構造を持つ。
リボ核酸 構造と物理特性
この構造的特徴により、RNAは酵素のように化学反応を触媒する能力を持つ場合がある。たとえば、タンパク質の合成を触媒するRNA-タンパク質複合体 (en:英語版) であるリボソームの構造解析によって、その活性部位が完全にRNAで構成されていることが明らかになった。
RNAとDNAを構造的に区別する重要な要素は、リボースの2'位にヒドロキシ基が存在することである。この官能基の存在により、RNAのらせんは主にA型構造をとるが、一本鎖ジヌクレオチド鎖の場合、DNAで最も一般的なB型構造をとることも稀にある。A型構造は、非常に深く狭い主溝と、浅く広い副溝を特徴とする。さらに、2'位のヒドロキシ基は、RNA分子の二重らせんを形成していない柔軟な領域において、隣接するホスホジエステル結合を化学的に攻撃し、RNAの主鎖を切断する可能性がある。
一本鎖RNA分子が機能を発揮するには、タンパク質と同様に特定の空間的な三次構造をとる必要があることが多い。こうした構造の骨格は、分子内の水素結合によって作られる二次構造要素によって支えられている。これにより、ヘアピンループ、バルジ、内部ループなど、特徴的な構造の「ドメイン」が形成される。
リボ核酸 構造と物理特性
特定の二次構造を持つRNAを設計するには、2～3種類の塩基では不十分であるが、4塩基あれば十分である。このことは、自然界がRNAの構成要素として4種類の塩基を「選択」した理由の一つであると考えられる。4塩基では全ての構造を実現でき、5塩基以上は必要ではない。
RNAは帯電しているため、多くの二次・三次構造を安定化させるには、Mg2+などの金属イオンが必要となる。
RNAの天然のエナンチオマーは、D-リボヌクレオチドからなるD-RNAであり、すべてのキラル中心はD-リボース上に存在する。L-リボース、またはL-リボヌクレオチドを用いることで、L-RNAを合成することができる。L-RNAはリボヌクレアーゼ（RNase）による分解に対して著しく安定である。
タンパク質などの他の構造化された生体高分子と同様に、折りたたまれたRNA分子のトポロジーを定義することができる。これは、RNA分子内の鎖内接触の配置に基づく回路トポロジーとして記述されることが多い。
リボ核酸 RNAの種類と機能
メッセンジャーRNA（mRNA）は、DNAから細胞質内のリボソームへと遺伝情報を運ぶRNAの一種である。リボソームはタンパク質合成（翻訳）の場である。mRNAのコード領域は、合成されるタンパク質のアミノ酸配列を決定する。一方で、多くのRNAはタンパク質をコードしない（真核生物では、転写産物の約97%は非タンパク質コードRNAである）。
このような非コードRNA（ncRNA）は、タンパク質をコードしないRNA遺伝子から転写される場合もあれば、mRNAのイントロンから生じる場合もある。非コードRNAの代表的な例には、翻訳に関与するトランスファーRNA（転移RNA、tRNA）およびリボソームRNA（rRNA）がある。その他にも、遺伝子調節やRNAプロセシング、その他の機能に関与する非コードRNAが存在する。一部のRNAは、他のRNA分子の切断や結合、リボソームでのペプチド結合形成といった化学反応を触媒する能力を持ち、これらはリボザイム（ribozyme）と呼ばれる。
リボ核酸 RNAの種類と機能
RNAはその鎖の長さに基づき、低分子RNA（small RNA）と長鎖RNA（long RNA）に分類される。一般に、低分子RNAは長さが200塩基未満であり、長鎖RNAは200塩基を超える。長鎖RNA（または高分子RNA、large RNA）には、主に長鎖非コードRNA（long non-coding RNA、lncRNA）とmRNAが含まれる。低分子RNAには、主に5.8S リボソームRNA（rRNA）、5S rRNA、トランスファーRNA（tRNA）、マイクロRNA（miRNA）、低分子干渉RNA（siRNA）、核小体低分子RNA（snoRNA）、Piwi相互作用RNA（piRNA）、tRNA由来低分子RNA（tsRNA）、小rDNA由来RNA（srRNA）などが含まれる。ただし、古細菌ハロコックス属（Halococcus）に見られる 5S rRNAのように、配列挿入によって例外的にサイズが増加するものもある。
リボ核酸 RNAの種類と機能
メッセンジャーRNA（mRNA）は、タンパク質のアミノ酸配列に関する情報をリボソームに伝える。mRNAは、3連のヌクレオチド（コドン）ごとに1つのアミノ酸に対応するようにコード化されている。真核細胞では、DNAから転写されたmRNA前駆体（pre-mRNA）は、成熟mRNAにプロセシング（加工）され、イントロン（非コード領域）が除去される。その後、mRNAは核から細胞質へ輸送され、リボソームに結合して、tRNAの助けも借りながら対応するタンパク質へと翻訳される。原核細胞の場合は、核と細胞質という区画が存在しないため、mRNAはDNAからの転写される過程でリボソームに結合できる。一定時間が経過すると、mRNAはリボヌクレアーゼによってヌクレオチドに分解される。
トランスファーRNA（tRNA）は、約80個のヌクレオチドからなる低分子RNA鎖であり、翻訳中にリボソームのタンパク質合成部位で成長中のポリペプチド鎖へ特定のアミノ酸を輸送する。tRNAはアミノ酸結合部位およびアンチコドン領域を持ち、アンチコドンはmRNA鎖の対応するコドンと水素結合によって相互作用する。tRNAに結合したアミノ酸は、リボソームの触媒作用によってポリペプチド鎖に付加され、タンパク質が合成される。
リボ核酸 RNAの種類と機能
リボソームRNA（rRNA）はリボソームの触媒活性を担う構成要素で、翻訳の場となる。真核生物のリボソームには、18S、5.8S、28S、5Sの4種類のrRNA分子が含まれる。このうち3種は核小体で合成され、1種は別の核質で合成される。細胞質では、rRNAとタンパク質が結合して、核タンパク質であるリボソームを形成する。リボソームはmRNAと結合してタンパク質合成を行い、1つのmRNAに複数のリボソームが同時に結合することもある。真核細胞に存在するRNAのほとんどはrRNAである。
転移メッセンジャーRNA（transfer-messenger RNA、tmRNA）は、多くの細菌およびプラスチドに存在する。これは、終止コドンを持たないmRNAにコードされたタンパク質の分解を促すよう標識し、リボソームの停止を防ぐ。
遺伝子発現に関する最も初期の調節因子として知られていたのは、リプレッサー（抑制因子）およびアクティベーター（活性化因子）と呼ばれるタンパク質であった。これらは、調節対象となる遺伝子近傍にあるエンハンサー領域内の特異的な短い結合部位に作用する調節因子である。後の研究により、RNAも遺伝子の調節に関与することが明らかとなった。
リボ核酸 RNAの種類と機能
真核生物では、RNA依存性プロセスが複数存在し、遺伝子発現のさまざまな段階でこれを制御している。たとえば、RNA干渉は転写後に遺伝子を抑制し、長鎖非コードRNAはクロマチン領域をエピジェネティックに不活性化する。また、エンハンサーRNAは遺伝子発現を促進する働きを持つ。さらに、細菌および古細菌でも、細菌低分子RNAおよびCRISPRのようなRNAベースの制御システムが存在することが示されている。
多くの遺伝子では、転写後の発現レベルがRNA干渉によって制御されている。この過程では、miRNAという特定の低分子RNAが、標的mRNAの一部領域と塩基対を形成して翻訳を抑制する。RNA干渉は、RNA誘導サイレンシング複合体（RISC）によって行なわれる。RISCは、miRNAをガイドとして利用し、相補的mRNAに結合してそれを分解するかまたは翻訳を阻害する。
リボ核酸 RNAの種類と機能
調節機能と関連付けられた次のRNAは、Xistを初めとするX染色体の不活化に関与する長鎖非コードRNA（lncRNA）である。これらの役割は当初不明であったが、Jeannie T. Leeらの研究により、ポリコーム複合体を動員してクロマチン領域を不活性化し、その領域からのmRNA転写を抑止する機構が明らかにされた。現在、lncRNAは、200塩基対以上の長さで、コード能力を持たない（翻訳されない）RNAとして定義されているが、幹細胞の多能性や細胞分裂の制御などにも関連することが明らかになっている。
調節RNAの三番目の主要なグループとして、エンハンサーRNAが知られている。これがさまざまな長さのRNAからなる独自したカテゴリーなのか、それともlncRNAの一種なのかは現時点では明確ではない。いずれにせよ、エンハンサーRNAは、制御対象の遺伝子近傍に位置するエンハンサーという既知の調節領域から転写される。これらのRNAは、自らが転写されたエンハンサーが制御する遺伝子（群）の転写を促進する。
当初、RNAによる遺伝子調節は真核生物に特有の現象と考えられていた。これは、高等生物において、予測以上に多くの転写が観察される理由の一つとされたためである。しかし、研究者が細菌におけるRNA調節因子の可能性を探り始めると、すぐに細菌にも小さな調節RNA、すなわち低分子RNA（small RNA、sRNA）が発見された。現在では、RNAを用いた遺伝子制御システムが生物全体に普遍的に存在することが明らかとなり、RNAワールド仮説を支持する証拠ともされている。
腸内細菌のsRNAは、さまざまな細胞プロセスに関与していると考えられており、膜ストレス、飢餓ストレス、リン酸糖ストレス、DNA損傷などのストレス応答において重要な役割を果たしている可能性がある。また、sRNAは反応速度や安定性といった動的特性により、生理的状態の迅速な適応と安定化を可能にするため、ストレス応答において重要な役割を担うよう進化してきたと考えられている。
細菌のsRNAは、通常、mRNAとのアンチセンス対合を介して機能し、mRNAの安定性やcis結合能に影響を与えることで翻訳を抑制する。また、リボスイッチと呼ばれる調節RNA配列も発見されており、これらは代謝産物と結合して構造変化を起こし、クロマチンへの結合能力を獲得または喪失することで、アロステリックに遺伝子発現を制御する。
古細菌においても、RNAによる調節システムが存在する。CRISPRシステムは、近年DNAのin situ編集に応用されているが、本来の役割は古細菌および細菌において、RNAを介してウイルスなどの外来DNAの侵入を防御することである。
リボ核酸 RNAの合成と転写後プロセシング
RNAの合成は、通常、細胞核内で行われる。DNAを鋳型として、RNAポリメラーゼと呼ばれる酵素がこの反応を触媒する。この過程は転写と呼ばれる。転写は、RNAポリメラーゼ酵素がDNA上のプロモーター配列（通常は標的遺伝子の「上流」に位置する）に結合することで開始する。続いて、ヘリカーゼ酵素の活性によってDNAの二重らせん構造が解かれる。その後、RNAポリメラーゼは鋳型鎖に沿って3'から5'の方向に移動しながら、それに相補的なRNA鎖を合成する。DNAの配列は、RNA合成がどこで終結するかも決定する。
一次転写産物として得られたRNAは、多くの場合、転写後に酵素によって修飾を受ける。たとえば、真核生物のmRNA前駆体（pre-mRNA）には、ポリ(A)テールと5’キャップが追加され、イントロンはスプライソソームによって除去される。
また、RNAを鋳型として新しいRNA鎖を合成するRNA依存性RNAポリメラーゼも多数存在する。たとえば、ポリオウイルスのようなRNAウイルスは、この種類の酵素を用いて自身の遺伝物質を複製する。さらに、RNA依存性RNAポリメラーゼは、多くの生物におけるRNA干渉経路（RNA interference pathway）にも関与している。
リボ核酸 RNAの合成と転写後プロセシング
多くのRNAは、他のRNAの修飾に関与している。たとえば、pre-mRNAからのイントロンの除去は、複数の核内低分子RNA（small nuclear RNA、snRNA）を含むスプライソソームによって行われる。また、イントロン自体がリボザイムとして自己スプライシングする場合もある。
RNAは、構成ヌクレオチドがA、C、G、U以外の化学構造に修飾されることによっても改変される。真核生物では、このようなRNAヌクレオチドの修飾は、一般に核小体やカハール体に存在する低分子核小体RNA（small nucleolar RNA、snoRNA。60–300塩基）によって誘導される。snoRNAは酵素と結合し、標的RNAと塩基対を形成することで酵素を特定部位に誘導する役割を担う。その後、酵素がヌクレオチドを修飾する。
rRNAおよびtRNAは特に高頻度で修飾されるが、snRNAとmRNAも塩基修飾の対象となることがある。また、RNA分子がメチル化されることもある。
リボ核酸 RNAの合成と転写後プロセシング
RNAはアデニン、シトシン、グアニン、ウラシルの4種類の塩基によって転写されるが、RNAが成熟する過程で、これらの塩基およびリボースが多様な修飾を受けることがある。代表的な修飾には、ウラシルとリボース間の結合がC–N結合からC–C結合に変化したシュードウリジン（Ψ）や、リボチミジン（T）があり、tRNAのTΨCループに頻出する。もう一つの代表的な修飾塩基はヒポキサンチンで、これはアデニン塩基が脱アミノ化されたもので、そのヌクレオシドはイノシン（I）と呼ばれる。イノシンは、遺伝暗号のゆらぎ仮説において重要な役割を果たしている。
100種類を超える天然の修飾ヌクレオシドが同定されており、中でもtRNAでは最も多様な構造的修飾が見られる。一方、rRNAにはシュードウリジンおよび 2'-O-メチルリボースを含むヌクレオシドが多く見られる。RNAにおける、これらの修飾の多くについて、その機能は詳細に解明されていないもののリボソームRNAでは、多くの転写後修飾がペプチジルトランスフェラーゼ中心やサブユニット界面など、機能的に重要な領域に集中していることが知られており、これらの修飾が正常な機能に寄与していると考えられている。
リボ核酸 遺伝学と進化的側面
DNAと同様に、RNAも遺伝情報を運ぶことができる。RNAウイルスのゲノムは、複数のタンパク質をコードするRNAで構成されている。これらのタンパク質の一部はウイルスゲノムの複製を担い、他のタンパク質は、ウイルス粒子が新たな宿主細胞へ移動する際にゲノムを保護する。ウイロイドは別の病原体群であり、RNAのみから構成され、タンパク質をコードせず、宿主植物細胞のポリメラーゼによって複製される。
逆転写ウイルスは、自らのRNAからDNAコピーを逆転写し、そのDNAコピーを鋳型として新たなRNAを転写することでゲノムを複製する。レトロトランスポゾンもDNAとRNAを相互にコピーすることで拡散する。また、テロメラーゼには、真核生物の染色体末端を形成する際の鋳型として利用されるRNAが含まれている。
二本鎖RNA（dsRNA）は、2本の相補的な鎖からなるRNAで、すべての細胞に見られるDNAに類似しているが、チミンがウラシルに置き換えられ、酸素原子が1つ多いという違いがある。dsRNAは、一部のウイルス（二本鎖RNAウイルス）の遺伝物質を構成する。ウイルスRNAやsiRNAなどのdsRNAは、真核生物ではRNA干渉を、脊椎動物ではインターフェロン応答を引き起こすことがある。真核生物においては、dsRNAはウイルス感染に対する自然免疫系の活性化にも関与している。
リボ核酸 遺伝学と進化的側面
1970年代後半、動植物界全体において、共有結合で環状に閉じた一本鎖RNA、すなわち環状RNA（circRNA）が存在することが示された。circRNAは、スプライソソームが上流の3'アクセプター部位と下流の5'ドナースプライス部位を結合するバックスプライス反応（back-splice reaction）によって生じると考えられている。circRNAの機能は大部分が未解明であるが、いくつかの例では、マイクロRNAを吸着するcircRNAのスポンジング活性が示されている。
リボ核酸 前生物化学と生命の起源
1968年、カール・ウーズは「RNAワールド仮説」を提唱し、遺伝情報の担体であると同時に触媒としても機能した可能性があると示唆した。2022年5月には、初期地球に存在したと推定される玄武岩質の溶岩ガラス上で、RNAが自発的に形成されることが発見された。
2015年3月、隕石中にも含まれるピリミジンなどを出発物質として、ウラシル、シトシン、チミンを含むDNAおよびRNAの核酸塩基が、宇宙空間を模した実験室の条件下で生成されたことが報告された。ピリミジンは、多環芳香族炭化水素と同様に、宇宙で最も炭素含有量の高い化合物の一つであり、赤色巨星や宇宙塵、ガス雲で形成された可能性がある。さらに2022年7月、天文学者は、銀河系の中心部でRNAの前駆体の可能性がある大量の前生物分子 (en:英語版に詳しい) を検出したと報告した。
リボ核酸 医療への応用
RNAは半減期が短いことから当初は治療への利用が難しいとされていたが、分子安定化技術の進歩により、その有用性が高まっている。RNAが複雑な立体構造をとることで、タンパク質、核酸、低分子と相互作用しながら触媒中心を形成することから、治療への応用が期待されている。
RNAベースのワクチンは、不活性化または弱毒化した病原体に基づく従来型よりも短期間で製造可能と考えられている。その理由は、従来の開発では病原体を培養・解析して、ワクチンに使用する分子部位を特定・不活化したうえでワクチン化するまでに数ヶ月から数年を要する場合があるのに対し、RNAワクチンはこのプロセスを大幅に短縮できるからである。
mRNAワクチンは、mRNAを使用して免疫応答を誘発するタンパク質を体内で作らせる新たなワクチンであり、その最初の大規模な成功例は、COVID-19パンデミック中のCOVID-19ワクチンの導入であった。
これまでに承認された治療用低分子の中には、RNAあるいはDNAの構造を標的とすることで、新たな疾患の治療が可能になるものもある。しかし、RNAを標的とする低分子を扱う研究は限られ、ヒト疾患に適応される承認薬も少ない。その例として、リバビリン、ブラナプラム、アタルレンがあり、これらは二本鎖RNA構造を安定化させ、さまざまな疾患におけるスプライシングを制御するのに用いられる。
リボ核酸 医療への応用
一方、タンパク質をコードするmRNAは新たな治療候補として注目されており、特にRNA置換法は短期間で大量のタンパク質発現を可能にする。in vitro転写mRNA（In vitro transcribed mRNAs、IVT-mRNA）は、動物モデルにおいて骨再生、多能性や心臓機能改善のためのタンパク質の送達手段として利用されている。
また、siRNAは、ウイルスに対する生体防御やクロマチン構造の制御に重要な役割を果たしている。これらを人工的に導入することで、特定の遺伝子発現を抑制でき、遺伝子機能の研究、治療標的の検証、創薬などに応用されている。
リボ核酸 歴史的発見と重要な研究成果
RNAの研究は、多くの重要な生物学的発見と数々のノーベル賞につながった。1868年、フリードリッヒ・ミーシェルは核酸を発見し、その存在が細胞核内で見られたことから「nuclein（ヌクレイン）」と名付けた。その後、核を持たない原核細胞にも核酸が存在することが明らかになった。1939年には、RNAがタンパク質合成に関与している可能性が示唆された。1958年に、Hubert Chantrenne は、タンパク質合成におけるメッセンジャーとしてのRNAの役割を解明した。
1959年には、セベロ・オチョアが、実験室でRNAを合成できる酵素を発見し、ノーベル医学賞を受賞した（DNA合成酵素を単離したアーサー・コーンバーグと共同受賞）。ただし、当初RNA合成酵素と考えられたポリヌクレオチドホスホリラーゼ）は、後にRNA分解に関与する酵素であることが分かった。1956年には、Alex Rich と David Daviesが、2本のRNA鎖をハイブリダイズさせ、X線結晶構造解析で解析可能なRNA結晶を初めて作成した。
1965年、ロバート・W・ホリーは、酵母tRNAの77ヌクレオチドの配列を決定し、1968年にハー・ゴビンド・コラナ、マーシャル・ニーレンバーグと共にノーベル医学賞を受賞した。
リボ核酸 歴史的発見と重要な研究成果
1970年代初頭には、レトロウイルスと逆転写酵素が発見され、RNAがDNAに複製されうることが示された（遺伝情報伝達の通常の流れと逆）。この功績により、デビッド・ボルティモア、レナート・ドゥルベッコ、ハワード・テミンが1975年にノーベル賞を受賞した。続く1976年に、ウォルター・ファイヤーズ（Walter Fiers）と研究チームが、バクテリオファージMS2というRNAウイルスの全ゲノムのヌクレオチド配列を初めて解読した。
1977年には、イントロンとRNAスプライシングが哺乳類のウイルスと細胞遺伝子の両方において発見され、これにより1993年にフィリップ・シャープとリチャード・ロバーツがノーベル賞を受賞した。1980年代初頭には、触媒RNA分子（リボザイム）が発見され、1989年にトーマス・チェックとシドニー・アルトマンがノーベル賞を受賞した。1990年には、ペチュニア植物（Petunia）において、導入された遺伝子が植物自身の類似遺伝子をサイレンシングできる現象が発見され、現在これはRNA干渉によるものとされている。
リボ核酸 歴史的発見と重要な研究成果
ほぼ同時期に、現在マイクロRNAと呼ばれている22塩基長のRNAが、カエノラブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans） の発生に関与していることが発見された。2006年には、アンドリュー・ファイアーとクレイグ・メローがRNA干渉の発見によりノーベル生理学・医学賞を受賞し、ロジャー・コーンバーグが真核生物の転写の分子的基盤の研究によりノーベル化学賞を受賞した。
遺伝子調節RNAの発見に伴い、siRNAなどによる遺伝子発現を抑制するRNA医薬品開発も試みられるようになった。2009年には、リボソームの原子レベルでの構造解析により、ヴェンカトラマン・ラマクリシュナン、トマス・A・スタイツ、アダ・ヨナスがノーベル賞を受賞した。2023年には、SARSコロナウイルス2（COVID-19）に対するmRNAワクチン開発を可能にした修飾ヌクレオシドの発見により、カリコー・カタリンとドリュー・ワイスマンがノーベル生理学・医学賞を受賞した。
普通列車
普通列車（ふつうれっしゃ）とは、旅客列車における列車種別の一種である。一般的には運賃のみで乗車可能な各駅に停車する列車を指し、「各駅停車」と案内する事業者もある。
日本国有鉄道（国鉄）・JRの旅客営業規則における用語では、特別急行列車を含む広義の急行列車以外の列車を指し、この場合は快速列車も含まれる概念となる。市販の時刻表では細字で表示されている列車を表す。
本項は特に断りがない限り、日本における普通列車を主題として解説している。
普通列車 概要
各駅に停車する列車種別には、「普通列車」の他に「各駅停車」の案内がある。一般的にどちらか一方の用語に統一されているが、両方の列車種別を用いている事業者もある。両方が用いられる典型的な例として、複々線区間における急行線・緩行線（あるいは電車線・列車線）双方の、旅客ホームが設置された全駅に停車する列車が挙げられる。中には、西武鉄道のように「普通」から「各駅停車（各停）」に正式列車種別名を変更した例もある。
各駅へ停車する列車が普通列車と案内されることが多いが、例外もある。
運賃・料金面では、旅客営業規則において「急行列車」以外の列車を「普通列車」と定めており、この概念では「乗車券（回数券・定期券を含む）以外に特急料金・急行料金が不要な旅客列車」となる。この場合は快速列車も含む概念であり、フリーきっぷなどで「普通列車（快速含む）」とあるのはこの規則による。JRにおいて快速列車を含む普通列車は普通車の自由席であれば、乗車券または定期券で乗車可能である。全車座席指定列車やホームライナーなど座席指定券・着席整理券（ライナー券）が必要な列車であっても、別途それらに該当する料金券を購入すれば乗車券・定期券と併用することで乗車できる。
普通列車 概要
基本的に各駅へ停車する列車が普通列車と案内される。事業者によっては旧国鉄・JRと同様に料金不要の速達列車（快速列車相当）を運行しているが、優等列車として扱うのが一般的である。ただし、料金不要列車も優等列車の範疇に含めるかどうかは事業者によって異なる。また観光列車においては、座席指定券または乗車整理券などの特別料金が必要になる場合もある。
普通列車 通過駅
複々線区間において、全駅にホームが設置されている緩行線と少数の駅にのみにホームが設置される急行線（快速線）が別々に運行管理される場合、急行線を走る普通列車は緩行線に対しては複数の駅を通過することになる。
東海道本線・宇都宮線（東北本線）の大船駅 - 東京駅 - 大宮駅間、山手線の品川駅 - 田端駅間、常磐線の北千住駅 - 取手駅間についての詳細は、それぞれの路線記事を参照。
宇都宮線のさいたま新都心駅では、上野駅・東京駅方面（上野東京ライン）の普通列車は停車するが、湘南新宿ラインの普通列車は通過する。これは、湘南新宿ラインの列車が走行する東北貨物線にはホームが設置されていないためである。2013年3月15日までは浦和駅も同様の理由で通過したが、こちらは高架化に際してホームが設置された。
JR西日本では福知山線（JR宝塚線）の普通列車で朝時間帯に大阪駅を発着し、かつ大阪駅 - 尼崎駅間で外側線を走行する列車は塚本駅を通過する。尼崎駅にある福知山線との分岐部はかつて外側線とのみ接続していたことから福知山線の列車はすべて大阪 - 尼崎間は外側線を走行していた。そのため全列車が塚本駅を通過していたが、JR東西線開業に伴う配線改良工事で内側線にも進入できるようになったことから、現在はほぼ全ての列車が塚本駅に停車するようになった。
普通列車 通過駅
阪急電鉄の京都本線 （宝塚本線の急行線）では、普通列車も含めて中津駅を通過する。これは梅田駅 - 十三駅間において1959年3月の3複線化に際して京都本線側にホームを設置するスペースがなかったためである。それ以前は宝塚本線と線路を共用していたが、乗り入れ列車がほぼ特急・急行のみであったため中津駅には停車しなかった（普通列車は早朝・深夜の一部列車を除き十三駅または天神橋駅折返し）。2022年4月1日現在、京都本線は前述のとおり普通列車も通過するが、宝塚本線は普通列車が停車している。
南海電気鉄道の難波駅 - 岸里玉出駅間は南海本線と高野線が併走しており、途中にある今宮戎駅と萩ノ茶屋駅は南海本線用のホームがないため高野線の電車のみが停車する。全ての駅に停車する電車であっても停車駅が違うことから南海本線では「普通（普通車）」、高野線では「各駅停車」と区別されている。ただし両駅とも所属路線は南海本線となっており、かつては両駅に停車する南海本線各駅停車や両駅を通過する高野線普通も運転されていた。
複数の路線が同じ線路を共用する区間内において、特定の路線の列車のみ停車し、別の路線の列車はすべて通過する駅がある。ただし路線が異なるため通過駅とはみなされず、その路線の駅としては存在しないものとして扱われる。
過去の事例
普通列車 通過駅
大阪環状線新今宮駅は1964年の開業当初、大阪環状線の電車と関西本線（現在の大和路線）の列車（気動車）が当駅を経由していたが、大阪環状線の電車のみが停車し関西本線の列車は通過していた。1968年の複々線化により関西本線用のホームも完成したがこの時点では関西本線の列車の停車は行われず、1972年になってようやく停車するようになった。また西隣にある今宮駅は1997年に大阪環状線のホームが完成するまでは関西本線の単独駅だった。これらの経緯から天王寺駅と今宮駅の所属路線が関西本線である一方、両駅に挟まれた新今宮駅は大阪環状線の所属となっている。
普通列車であっても、乗降客の少ない駅を通過する列車がある。理由としては運用上の都合（各駅に停車すれば所要時間がかかりすぎる、単線区間で対向列車との行き違いができない駅において、他駅での行き違いのタイミングを合わせるため通過する）が含まれる場合がある。
現在の事例
過去の事例
奥羽本線において、
上飯島駅では、かつて奥羽本線客車普通列車は通過していた。また、山形 - 新庄間の一部駅や北上ノ山駅（現・茂吉記念館前駅）でも、通過する普通列車があった。
赤岩駅では、2012年（平成24年）度から2015年（平成27年）度の冬期間のみすべての普通列車が通過し、2016年（平成28年）度冬季以降は通年通過駅となったが、2021年（令和3年）3月13日実施のダイヤ改正で廃駅となった。
観光のオフシーズンなど特定期間に著しく利用客が少なくなる駅では、臨時駅でなくとも一部もしくは全部の列車が通過となることがある。
普通列車 普通列車が運行されない区間
JR各線（新幹線を除く）
以下の路線には、定期普通列車が設定されていない。なお、営業キロの設定されている路線に限る（営業キロの設定されていない短絡線などは除外する）。
また、営業キロが設定されていても、定期旅客列車がなく、時刻表に記載されていない路線（貨物線など）は除外する。
該当区間では普通列車を運行しておらず、該当区間では特急列車の空席（満席の場合は立席）に乗車券のみで乗車できる。
かつて普通列車が運行したが、2019年（平成31年）3月16日ダイヤ改正に伴い、本州と四国に直通する列車は快速・特急のみである。
現在大垣 - 関ケ原間を走る定期普通列車は下り列車であってもすべて垂井駅経由で運転されており、旧新垂井駅経由のルートを通る旅客列車は特急列車に限られている。
この区間を運行する旅客列車は「はるか」など特急列車のみ（2018年〈平成30年〉3月17日のダイヤ改正で、それまで下り1本深夜・上り1本早朝に運行していた快速列車が廃止された）。
上記2区間は新幹線用設備を使用するものの、旅客営業上は在来線となっている。乗車のためには別途特急料金が必要となる。
普通列車 普通列車が運行されない区間
JR西日本が第一種鉄道事業、のと鉄道が第二種鉄道事業を行うため、重複して営業キロが設定されている区間である。この区間ではJR西日本は特急列車のみ、のと鉄道は普通列車のみを運行しているため、JR西日本の普通列車は運行されていない。なお、青春18きっぷでのと鉄道の普通列車に乗車することができる。
運行系統上は一部を除いて新快速・快速のみであるが、区間内の駅では快速を普通と案内している。
かつては津軽海峡線の一部を構成していた。2002年（平成14年）11月30日までは快速「海峡」が運行されていたが、その後同区間では普通列車を運行していない。2016年（平成28年）3月26日の北海道新幹線開業により、海峡線区間の在来線列車は貨物列車および団体列車のみとなっている。
民鉄各線
押上駅を介して、東京地下鉄半蔵門線・東急電鉄田園都市線と直通する列車のみが運行される。当該列車は準急・急行のみであるため、「普通」は設定されていないが、乗車券のみで利用できる。
スカイライナーとアクセス特急のみの運行であるため、2024年（令和6年）時点で「普通」は運行されていない。この路線は京成電鉄の路線で唯一「普通」が運行されていない。なお、アクセス特急には乗車券のみで乗車できる。
1999年（平成11年）以降「普通」は設定されておらず、快特・特急が各駅に停車して運行されている（いずれも乗車券のみで乗車できる）。
1991年（平成3年）以降特急・快速特急・急行のみの運行であるため、「普通」は設定されていない。なお、特急・快速特急の一般車と急行には乗車券のみで乗車できる。
普通列車 案内時の表現
各駅に停車するため、発車標や列車の方向幕などで「普通」と表示していても、放送では「各駅停車」と案内される場合がある。日本の大手私鉄では、京成電鉄、東武鉄道、近畿日本鉄道、京阪電気鉄道、阪急電鉄、阪神電気鉄道が該当する。
種別幕や停車駅案内は各社ごとに統一されているため、直通運転では境界駅で種別変更される。例えば東京メトロ有楽町線・副都心線および、それらと直通運転を行う西武池袋線・東急東横線・横浜高速鉄道みなとみらい線では「各停」であるのに対し、東武東上線では「普通」で統一されている。ほかにも停車駅によって2種類の「各停」に区別して運行している例として東急大井町線がある。
JR東日本の中央本線では、立川 - 大月間において中央東線の普通列車と中央線快速電車が運行されているが、下りの快速電車はすべて「各駅停車」と案内されているため、当該区間に限り「普通」と「各駅停車」が混在している。
JR西日本の琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線では、通勤形車両を使用し各駅に停車する列車が「普通」、近郊形車両を使用し通過駅がある列車が「快速」であるが、高槻・京都 - 野洲・米原間と西明石（上り列車のみ。下り列車は明石から） - 加古川・姫路間では快速が各駅に停車するため「普通」と案内している。ただし駅時刻表では途中駅から快速運転をする列車は、快速列車の色であるオレンジ色で表記している。
普通列車 案内時の表現
なお、新快速と学研都市線・JR宝塚線・湖西線の快速は、各駅停車区間でも普通表示には切り替えない。
普通列車・各駅停車を「普通車」と称する会社もある。多くの私鉄ではグリーン車等の特別車両を保有しないことから、この場合は車両や座席としての言葉ではなく、特急列車など優等列車に対しての普通列車という意味合いで慣例的に用いられているとされる。
関西地区では慣例として「普通車」という表現を使用する会社が多くあった。南海電気鉄道（南海電鉄）や山陽電気鉄道（山陽電鉄）では、現在でも案内放送などで用いられている。
南海電鉄においては、難波 - 岸里玉出間の複々線の西側2線を南海本線、東側2線を高野線が使用しているが、途中の今宮戎駅と萩ノ茶屋駅は、南海本線の列車が走る西側2線にホームがない。このため、両駅を通過する南海本線の列車は「普通車」、両駅に停車する高野線の列車は「各駅停車」と使い分けている。1968年（昭和43年）までは、南海本線の列車にも東側2線を走り両駅に停車する「各駅停車」、1970年（昭和45年）までは高野線の列車にも東側2線を走るが両駅を通過する「普通車」があった。
普通列車 普通列車の愛称
特急や急行とは異なり、基本的に普通列車に愛称はつけられないが、例外として愛称のつく列車も存在する。
国鉄・JRでは、指定席車や寝台車が連結される列車には1974年（昭和49年）7月以降、指定席発券システムの管理上、指定券・寝台券発券の都合から種別のほかに列車名が付けられた。これに当たる最初の定期列車となったのが、「ながさき」・「はやたま」・「山陰」・「からまつ」である。なお、それ以前は指定席車や寝台車連結の普通列車は指定券や寝台券の購入の需要が沿線の地域に限定されていたため、列車愛称はなく、発券は手作業で行っていた。
この例では、2023年（令和5年）現在では「いさぶろう・しんぺい」と「エアポート」が該当する。
なお、北陸新幹線が「長野新幹線」と称された時代に新幹線列車に接続する列車として運行されていた「妙高」には指定席が存在したため、列車愛称を持っていた。