ジョン・アダムズ 生涯
1799年にワシントンが死ぬと、連邦党はその象徴であり団結させていた人物を失ったことで力が弱まった。1800年アメリカ合衆国大統領選挙では、アダムズとその仲間の連邦党候補者であるチャールズ・コーツワース・ピンクニーが、ジェファーソンとバーという民主共和党の組合せと対抗した。ハミルトンはピンクニーが大統領になるチャンスを後押しすることを期待して、アダムズの選挙運動は邪魔する方に熱心だった。結局、アダムズは選挙人選挙で65票対73票でジェファーソンに敗れた。ニューヨーク州が結果を決定づける投票となった。
アダムズは民主共和党のよりましな組織と連邦党の分裂のために敗れた。さらに外国人・治安諸法を大衆が認めなかったこと、対抗馬であるジェファーソンの人気、およびアーロン・バーがニューヨーク州で効果的な政治操作工作を行ったことも結果を左右した。ニューヨーク州議会（選挙人団を選出した）はバーの政治マシンによって支配されたニューヨーク市の幾つかの区を地盤に連邦党から民主共和党へ票を移させた。
1800年11月1日からアダムズの任期の最後の数ヶ月は首都ワシントンD.C.とまだ完成はしていないホワイトハウスで政務を行なった最初の大統領になった。ホワイトハウスに移り住んだ際、「この屋根の下に統治する者は、ただ誠実なる賢者のみである」という文章を書き記した。
アダムズがレイム・ダックとなっていた議会の会期で1801年の司法権法が成立し、連邦地区裁判所と最高裁判所の間に連邦控訴裁判所（複数）を創設した。その任期が終わるまでにこの法で作られた裁判官職を「真夜中の判定」と呼ばれる人事で埋めた。その大半は任期の終わる前の数日間で公式に指名されたのでこの名がある。ジェファーソンとその支持者達は1802年の司法権法を成立させて、1801年の法によって創設された裁判所を廃止し、それ以前の連邦裁判所の形に戻したので、指名された判事の大半は正式にその職に就くことは無かった。アダムズの最も大きな遺産は、健康を害して辞任したオリバー・エルスワース最高裁判所長官の後任にジョン・マーシャル（第4代）を指名したことだった。マーシャルは合衆国憲法に熟考を重ね、丁寧に国家的解釈を行い、司法府を行政府や立法府と対等な立場のものとして確立したので、その長い任期は連邦党の影響を長く続かせることになった。
アダムズは1800年の選挙で敗れた後に私的生活に戻った。その職を去るときはふさぎ込み、ジェファーソンの就任式にも出なかったので、後任の就任式に出なかった4人の大統領の一人となった（任期中に死んだものは除く）。引継ぎのときにジェファーソンと交わした書面に拠れば、後の学者達が言っているような敵意や恨みを感じてはいなかったことを示唆している。息子のチャールズ・アダムズの死（アルコール依存症のせいだとも言われる）による悲しみと、数ヶ月前にマサチューセッツに帰っていた妻のアビゲイルと早く一緒になりたかったこととで、ジェファーソンの就任式前にワシントンを離れた。アダムズはクィンシーの町に近いピースフィールドの自宅で農業を再開した。クィンシーはアダムズの生誕地であるブレイントリーを吸収していた。アダムズは自叙伝を書き始め（完成はしなかった）、ベンジャミン・ウォーターハウスやベンジャミン・ラッシュといった旧友との文通を再開した。また古い家族付き合いであるマーシー・オーティス・ウォーレンとの苦しく恨みがましい文通も再開し、彼女が1805年に出したアメリカ独立戦争史で如何にアダムズの政治的信念を戯画化し、国に対する貢献について事実を曲げて伝えているとして抗議した。
ジェファーソンが2期を務めて1809年に公的生活から引退した後、アダムズは発言するようになった。3年間の間に、「ボストン・パトリオット」紙に一連の文書を掲載し、1800年にハミルトンがアダムズの行動や性格を攻撃したパンフレットに対する長く一行一行の反論を行った。ハミルトンは1804年にアーロン・バーとの悪名高い決闘で受けた傷がもとで死んでいたが、ニューヨーク州人の激しい攻撃に対抗して、自分を正当化しておく必要を感じた。
1812年初期にアダムズはジェファーソンと和解した。双方の友人でアメリカ独立宣言に署名した仲間でもあるベンジャミン・ラッシュが双方と文通を続けており、互いに歩み寄るよう奨励した。アダムズはジェファーソンに簡潔で友好的な手紙に「2つの手作り品」すなわちジョン・クィンシー・アダムズによる修辞学に関する講演集2巻を添えて送った。ジェファーソンは即座に暖かく友好的な手紙を返し、手紙による友人関係を復活させた。1812年に再開されたこの文通は2人の終生続き、その後はアメリカ文学の偉大な遺産と記念碑に加えられた。
2人の手紙は2人の大統領と独立の指導者の事態と精神双方に関する洞察力に富んでいた。その文通は14年間続き、全部で158通に達した。2人が「自然的貴族政治」について議論したのもこの時期だった。ジェファーソンは「自然的貴族政治を私は社会の指導、信用および政府に取って最も貴重な自然の贈り物と考える。実にそれは人を社会的な状態に造り上げることには矛盾しており、社会の関心事をどうにかしていくだけの美徳も知恵も供給はしないであろう。政府の形態はこれら自然の貴族を政府の役職に純粋に選出するために最も効果的に機能するのが最善であると言うまでもないだろう。」と言った。アダムズはそれらの人々がそれほどはっきりしているのならば、「貴方の言う自然的貴族制と人工的貴族制の間の区別はうまく基礎をおかれていないように見える。生まれと富は生まれつきの天才、強さあるいは美しさと同じくらい傲慢に少数の者に集中される。...貴族制が人間の法律と名誉によって設立されるとき、富と力は自治的法律と政治的制度によって相伝され、そうなれば私は人工的貴族制が始まるのを認める。」と考えた。運命は真の知恵や美徳を備えた者よりも理性を備えた者に影響を与えるというのは常に当てはまるとアダムズは主張した。それが自然のものであれば、そのような「才能」は生まれつきであると考えた。それ故に良い政府はその現実に責任を取らなければならないと考えた。
ジョン・アダムズが死ぬ16ヶ月前に、ジョン・クィンシー・アダムズが第6代アメリカ合衆国大統領（1825年-1829年）となった。親子で大統領となったのは、その後2001年のジョージ・W・ブッシュまで無かった。
アダムズの娘、アビゲイル・"ナビー"はアメリカ合衆国下院議員のウィリアム・スティーブンス・スミスと結婚したが、結婚に失敗して両親の家に戻ってきた。ナビーは1813年に肺ガンのために死んだ。息子のチャールズは1800年にアルコール依存症で死んだ。妻のアビゲイルは1818年10月28日に腸チフスで死んだ。アダムズがその生を終えるまでの間は、息子のトマスとその家族がジョン・アダムズやルイーザ・スミス（妻のアビゲイルの兄弟ウィリアムの娘）と共に暮らした。
ジョン・アダムズは死ぬ1ヶ月足らず前にアメリカ合衆国の宿命について声明を発表した。これについてジョイ・ハキムのような歴史家達は合衆国市民に対する「警告」として特徴付けてきた。アダムズの声明は次のようなものだった。
アメリカ合衆国の独立から50周年を迎えるその日に、喜びと祝典および厳かな任務の中でお祝いを言いたい。人類の歴史の中で記念すべき出来事が、今後最も輝かしいページになるか最も黒いページになるかは、来るべき時に人の心によって形作られる政治的制度を利用するかあるいは悪用するかに掛かっている。
1826年7月4日、この日がアメリカ独立宣言の採択から50周年だったが、アダムズはクィンシーの自宅で死んだ。「偉大な日だ。'良き'日だ」とはっきり言ったのが7月4日だとされている。最後の言葉は、アダムズの死後も「トーマス・ジェファーソンが生き残る」と報告されてきた。しかし、「トーマス・ジェファーソンが」だけがはっきりと聞き取れた。アダムズは、アメリカ独立の時の仲間で、偉大な政敵、かつその後の友人で文通相手でもあったジェファーソンが正に同じ日の数時間前に死んだことを知らなかった。それから間もなくして息も絶え絶えのなかで、孫娘のスザンナに「助けてくれ子供よ！助けてくれ！」と囁き、こときれた。6時20分ごろだった。この時点で、アメリカ独立宣言に署名した者で生存しているのはキャロルトンのチャールズ・キャロルただ一人となった。
アダムズの墓所はクィンシーの統合第一教区教会（「大統領の教会」とも呼ばれる）地下にある。当初教会とは道路向かいにあるハンコック墓地に埋葬されていた。
アダムズは大統領経験者として90年247日を生きたという最長記録は長い間（175年間）破られなかった。2001年10月11日にロナルド・レーガンがアダムスの記録を更新し(その後、2004年6月5日に93歳120日で死去)、2004年3月18日にジェラルド・R・フォードもアダムスの記録を更新した(その後、2006年12月26日に93歳165日で死去)ことでその記録は破られた。さらに、2010年代以降、ジョージ・H・W・ブッシュ(2018年11月30日に94歳171日で死去)とジミー・カーター(2024年12月29日に100歳89日で死去)がアダムズ死去時の年齢を超えて長生きしたため、アダムズは現在第5位である。