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アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 開戦
同年、米国で大統領選挙が行われ、ブッシュ大統領が再選した。ブッシュ政権はパキスタンに協力を求める一方で、パキスタンの主敵であるインドと米印原子力協力について協議を行うなど政策が首尾一貫していなかった。米国はアフガニスタンの国家建設が順調に進んでいるため、ターリバーンの復活の可能性は低いと考えており、アフガニスタンの治安維持をNATO軍に任せて、イラク戦争に専念した。
アフガニスタンで支援活動を行ってきたペシャワール会の医師中村哲と漫画家の小林よしのりによれば、アフガニスタン戦争は以下のような様子だという。米英軍の攻撃によってタリバン政権は崩壊し、民主国家とされるカルザイ政権が成立したが、中村が同国で20年間医療活動を行ってきた中では治安はタリバン政権時代よりも悪化しており現在が最悪の状態である。そもそもタリバンと一言で言っても決して特別な組織ではなく身近な街中で見かける人もタリバンの一員である場合があり、アフガニスタン人を見ただけでは見分けがつかない。とは言え表向きには「タリバン」と「反タリバン」があるのだが地下では皆繋がっており、アフガニスタン人として生活していくという共通した認識があるのだ。そのためアメリカ軍の兵士も誰が味方でだれが敵かの見分けがつかず、かつてのベトナム戦争でのゲリラ戦と同様かそれ以上に悲惨な状況になっている。ベトナム戦争の場合は米軍は少なくとも前線で戦闘を行っていたがアフガニスタンでは戦闘機やヘリコプターに乗って空中戦をしているか、基地に留まっているかのどちらかである。地上を移動すると事件が起こる危険があるため動くことができないのだ。そのため地上での任務をアフガニスタン人の請負に頼むとその請負が反乱を起こす場合があるため米軍にとっては憂鬱である。例えば以前には米軍の傭兵が日当とライフル銃を受け取り、その仕事の帰りに米兵を狙撃したことまであったという。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
2005年9月18日、下院議員選挙と県会議員選挙が行われた。
2005年後半からターリバーンを中心とした武装勢力が南部各地で蜂起した。このターリバーンの蜂起は国際治安支援部隊（ISAF）が南部や東部に展開し始めた時期と重なっている。当時、ISAF側はターリバーンの攻撃増加はターリバーンがISAFに追い込まれた結果として抵抗するためのものである、という強気の見方を示していた。しかし、ISAFの説明とは異なりアフガニスタンの治安は急速に悪化していった。対ソ連戦争や軍閥内戦時代にもなかった自爆攻撃（2005年27件、2006年139件）が行なわれるようになったことから、イラク戦争で伸張し数多くの自爆テロを行なってきたアル・カーイダの影響を指摘する声もある。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
同年、パキスタン軍は南ワジリスタンで和平を結び、北ワジリスタンに進軍した。一方、軍統合情報局（ISI）はサウジアラビアの支援を受けて、ターリバーンに対する支援を積極化させたと言う意見がある。軍統合情報局は2万5千人の職員を擁し、秘密工作を行うS局など様々な部門があり統制が取れていなかった。米国はビンラディンの探索を続けていたが難航していた。米国は連邦直轄部族地域にターリバーンやアルカーイダが潜伏してアフガニスタンを攻撃していることを理解していたが、核兵器保有国のパキスタンに対する遠慮があり越境攻撃をためらっていた。また住民の協力も得られないため攻撃を強行しても成果が出なかった。
ターリバーンやアルカーイダは「アッ＝サハーブ」や「トラボラ」などのウェブサイトやネットマガジンを使って宣伝戦を積極的に行っており、イギリス在住のパキスタン人などがテロを行っていた（ロンドン同時爆破事件）。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
2006年、アフガニスタン南部に国際治安支援部隊（ISAF）が展開し、「マウント・スラスト作戦」を実施した。イギリス軍は手付かずだったヘルマンド州に展開したが、ターリバーンに包囲されて苦戦した。カンダハール州ではターリバーンが攻勢に転じてカナダ軍に塹壕戦を挑んだが、カナダ軍に撃退された（マウント・スラスト作戦、メデューサ作戦）。ウルーズガーン州ではオーストラリア国防軍がパース作戦を実行した。連合軍はターリバーンの最高指導評議委員の１人ムラー・アフタル・ウスマーニを殺害するなどの戦果を挙げたものの、アフガニスタンの治安は大幅に悪化し、アフガニスタンにおける治安事件の数は2003年の10倍に達した。またアヘンの収穫量が急増し、国連薬物犯罪事務所 (UNODC) が警告を発した。アヘンの大半はヘルマンド州で生産されており、ターリバーンの資金源となっていると言う。またアヘン生産者が国内の混乱を継続させるためにターリバーンに献金を行っているという意見もある。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
同年、パキスタンではパキスタンの特殊部隊がハッカーニ・ネットワークの複数の拠点を攻撃したことに地元武装勢力が反発したことなどにより、パキスタン軍の被害が増大した。ハッカーニ・ネットワークは北ワジリスタンのミランシャー郊外のダンデ・ダルパヘイルにある大規模な神学校を拠点にしている。パキスタン軍は北西辺境州のオークラザイ知事の提案で、ワジリスタンの部族長やターリバーン、外国人戦闘員と和平協定を結んだ（ワジリスタン和平合意）。パキスタン軍は連邦直轄部族地域から撤退したので、ターリバーンはアフガニスタンに自由に越境できるようになった。パキスタン政府は数千人の戦闘員を擁し政府に対して好戦的なマスード族に対抗するために、ワズィール族と手を結ぼうとしていた。一方、パキスタンの軍統合情報局（ISI）はISAFの展開は米軍撤退の兆しであると考え、米国撤退後のターリバーン政権の樹立について真剣に考えていたという意見がある。米国では中間選挙で民主党が勝利し、アフガニスタンに対する予算がようやく増加した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
2007年、アフガニスタンでは自爆テロや無差別爆撃によってISAFや民間人に多数の犠牲者が出ていた。ターリバーンはカーブルで自爆テロを開始した。歩兵戦も続き、国際治安支援部隊（ISAF）はアフガニスタン南部でクリプトナイト作戦（ヘルマンド州）やフーバー作戦（カンダハール州）などを行った。またウルーズガーン州ではターリバーンが攻勢に出てオランダ軍と戦闘を行った（チョーラの戦い）。アフガニスタン北部ではドイツ軍などがハレカテ・ヨロ作戦を実施した。連合軍はターリバーンの最高指導評議委員の１人ムラー・オバイドゥラー・アクンドを拘束し、ムラー・ダードゥラーを殺害するなどの戦果を挙げたがターリバーンの勢いは衰えなかった。ガズニー州ではターリバーンの力が州都のすぐそばの幹線道路にまで及んでおり、州内の3分の2の郡では職場放棄が起き、郡裁判所などが業務を停止していた。アフガニスタン大統領のハーミド・カルザイはターリバーンに和平を提案したが、ターリバーンは外国軍の存在を理由に拒絶した。ターリバーンは外国人を敵視しており、2007年にはキリスト教の宣教活動を行っていた韓国人の拉致事件が起きた。
パキスタンではラール・マスジッド籠城事件が起き、ワジリスタン和平合意が破れ戦闘が再開した。米国は権力を失いつつあるムシャラフ大統領に代わってブット元首相を再登板させようと考えたが選挙中に爆殺された。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
9月、ISAFの活動期限延長を主題とし、不朽の自由作戦 (OEF)に対する謝意が前文に盛り込まれた国際連合安全保障理事会決議1776が採択されたが、ロシアが棄権にまわった。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
2008年、アフガニスタン北部では雨不足による穀物の不作により出稼ぎや難民が発生した。アフガニスタン南部ではGarmsirの戦い（カンダハール州）、Eagle's Summit作戦（ヘルマンド州）などが行われた。ウルズガーン州ではヘルト・ウィルダースの製作した反イスラム的な短編映画に対する報復と称してターリバーンがオランダ軍にIED攻撃や自爆攻撃、待ち伏せ攻撃を行った（Khaz Oruzganの戦い）。アフガニスタン東部のワナトの戦いなどの結果、米軍の戦死者は155人に及び（３割増）、NATO軍の戦死者も増加した。アフガニスタンにはNATO軍を主力とする39か国5万5千人の部隊が展開していたが、統一した指揮がなく各部隊がバラバラに戦っていた。ターリバーンは効果の薄い自爆攻撃や空爆を招く大規模な歩兵戦を避けて、即席爆発装置（IED）による攻撃を増加させた。ターリバーンはアルカーイダやパキスタン軍の訓練によって練度を上げ、迫撃砲の命中精度を向上させた。またアフガニスタン政府の支配が地方まで及ばないため、ターリバーンがもめごとの仲裁などの住民サービスを行って住民の心をつかんだ。ターリバーンと同じようにNPOやNGOがアフガニスタン政府に代わって住民サービスを担ったが、ターリバーンはNPOを攻撃しアフガニスタン日本人拉致事件が起きた。米国のマコネル国家情報長官は「ターリバーンはアフガニスタンの約10～11％を支配している」と述べた。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
パキスタンではパキスタン・ターリバーンが首都から240キロのスワート地区を占領した。軍統合情報局（ISI）が後援するカシミール過激派はインドとの戦いを続けていた（ムンバイ同時多発テロ）。アルカーイダは連邦直轄部族地域でパキスタン・ターリバーンとも連携を取り、両国のターリバーンと行動を共にするようになった。米軍は無人攻撃機や特殊部隊を使って連邦直轄部族地域のアルカーイダを攻撃したが、アルカーイダもイスラマバード・マリオット・ホテル爆破テロ事件などで反撃した。また無人攻撃機の活用により民間人の被害が急増した。事態は緊迫し、もはや単なるテロ対策ではなく反乱鎮圧を真剣に行う必要があると米国も認めざるを得なかった。一方、イラクでは戦争がようやく落ち着きつつあった。アメリカ大統領選挙ではオバマ候補がアフガニスタンへの関与を拡大する考えを示し、米軍も新大統領の下で増派を行う決意を固めた。
2008年9月20日、OEF参加諸国、海上阻止行動への謝意を前文に盛り込んだ国際連合安全保障理事会決議1833が採択され、全会一致で採択された。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
1月、アメリカ合衆国ではバラク・オバマが大統領に就任し、アフガニスタンでは二回目の大統領選挙が迫っていた。アフガニスタンでは2008年からデービッド・マキャナン将軍が正規戦によって敵兵を殺害するテロ対策を行っていた。しかし米軍はアフガニスタン東部では勝利していたものの、アフガニスタン南部で劣勢だった。米国はイラクに15万人を派兵していたが、アフガニスタンには3万8千人しか派兵していなかった。アフガニスタンにはその他にNATO軍2万9千人や現地人で構成された3千人の対テロ追撃チーム（CTPT）などが居た。2月、オバマ大統領はアフガニスタンの大統領選挙を支援するために戦闘部隊1万7000人と訓練要員4000人を派兵した。増派した海兵遠征旅団（8000人）は手薄だったヘルマンド州に配置され、ナウザドの戦いやストライク・ソード作戦が行われた。しかし、そこはケシの大生産地ではあるものの過疎地帯の「死の砂漠」であり、カンダハールのような大都市は手薄なままだった。5月、オバマ大統領はマキャナン将軍を事実上更迭して、スタンリー・マクリスタル将軍を後任に任命した。アメリカの軍部はイラクで成功した反政府活動鎮圧をアフガニスタンでも行おうとしていた。反政府活動鎮圧とはイラク駐留米軍司令官のデヴィッド・ペトレイアス将軍が考案した作戦で、「敵を殺しても戦争を終わらせることは出来ない」「住民を守り、人心を収攬し、ともに生活し、安定した有能な政府が栄えるように治安を維持しなければならない」と言う考えに基づく作戦である（対反乱作戦）。8月、マクリスタル将軍は反政府活動鎮圧を行うためにオバマ大統領に4万人の増派を要求した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第一回大統領選挙とターリバーン復活
しかしオバマ大統領は大統領選挙ではアフガニスタンに増派すべきと主張したものの、際限のない駐留や出費には反対だった。反政府活動鎮圧を行うには40～50人の住民を守るために軍人や警察官が１人必要で、理論上は米軍が10万人必要だった。また10年以上の長期的な国家建設を行い、アフガニスタンの警察や軍を40万人養成する必要があり、その場合の経費は8890億ドルに及ぶと予想された。しかしソビエト連邦はかつてアフガニスタンに10万人を派兵し、100万人のアフガニスタン人を殺害したが戦争に勝利することは出来なかった。米国政府は反政府活動鎮圧や国家建設に深入りして、アフガニスタンから撤退出来なくなることを恐れていた。
米国の軍部はアフガニスタンに4万人を増派して、時間をかけて反政府活動鎮圧を行いターリバーンを撃滅したいと考えており、共和党もそれを支持していた。しかしオバマ大統領は短期間で迅速に軍事行動を行って撤退することが出来る出口戦略を求めていた。軍部や政権内で議論が行われ、結局オバマ大統領は本格的な反政府活動鎮圧やアフガニスタン軍の長期的な養成は行わず、一時的に3万人の増派を行ってアフガニスタンの軍や警察が治安を管理できる程度にターリバーンの戦闘能力を弱体化させ、2011年7月から撤退を始める「掃討・堅守・建設・転移」を行うと決断した。12月1日、オバマ大統領はニューヨーク州の陸軍士官学校で新戦略を発表し、残りの1万3000人を派兵した。
米国の軍部はオバマ大統領の決断に従ったが本心では納得しておらず、不足した兵力をNATO軍の増派で補って反政府活動鎮圧を行おうとした。一方、NATO加盟国には様々な国情があり、例えばドイツでは戦争継続について国論が分裂していた。ターリバーンやイスラム聖戦連合（IJU）はドイツ軍を撤退に追い込むため、クンドゥーズ州駐留のNATO軍に数か月間攻撃を加えた。その結果、巻き添えで民間人に死傷者が出て（クンドゥーズ空爆事件）、ドイツの閣僚が辞任した。イギリスはアフガニスタンに9000人を派兵していたが、更に500人の増派を発表した。マクリスタル将軍は兵力不足に対応するために、アフガニスタン全土での反政府活動鎮圧は諦めて400郡中80郡を重点地域に指定し、ヘルマンド州やカンダハール州、カーブル周辺やパキスタン国境などで反政府活動鎮圧を行って支配地域を広げることにした。戦争は激しさを増し、2008年と比べて米兵の死者が急増した。
アフガニスタンの大統領選挙はカルザイが再選したものの、選挙不正や汚職が酷く米国の言う事を聞かなくなっていた。パキスタンではパキスタン・ターリバーンが首都から100～160キロにまで迫り、核兵器備蓄基地のタルベラを脅かした。パキスタン政府は連邦直轄部族地域（FATA）に14万人の軍を派遣してパキスタン・ターリバーンと戦った。パキスタン軍の戦死者は2006年以降の5年間で2300人に及んだ。この戦いの中で注目されたのがマララ・ユスフザイである。一方、パキスタンはアフガニスタン・ターリバーンに対しては複雑な態度をとっていた。パキスタン政府はアフガニスタン・ターリバーンと戦う米軍やNATO軍に対する軍需物資の通過を認め、連邦直轄部族地域に対する無人機攻撃も認めていた。一方、軍統合情報局（ISI）はハッカーニ・ネットワークやターリバーン指導部との関係を継続しており、連邦直轄部族地域は米軍やNATO軍や諜報機関が侵入できない安全地帯と化していた。アフガニスタン・ターリバーンはアフガニスタン東部や南部に2万5千人の兵力を展開し、パキスタンの連邦直轄部族地域で十分な休息を取って戦争を続けていた。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第二回大統領選挙後
米軍やオバマ政権はターリバーン発祥の地であるカンダハール州や麻薬取引の中心地であるヘルマンド州を戦争の重心とみなしていた。2010年2月、国際治安支援部隊（ISAF）はヘルマンド州のマルージャ郡でモシュタラク作戦を行った。マクリスタル将軍はマルージャ郡にアフガニスタン政府の公務員を派遣して住民にサービスを行う移動政府を試みたがうまく行かなかった。同月、米軍はカンダハール州に精鋭部隊である第101空挺師団の第二旅団（4800人）を投入した。ターリバーンはアルガンダーブ川沿いの灌漑地帯に潜み、米軍を即席爆発装置（IED）で攻撃し、地下水路から奇襲攻撃を行ったので、米軍の損害が増大した。6月、マクリスタル将軍が兵力不足を嘆き、マクリスタル将軍の部下がバイデン副大統領などを批判したことをローリング・ストーン誌が面白おかしく報道し、マクリスタル将軍が辞任した。9月、国際治安支援部隊（ISAF）はドラゴン・ストライク作戦を実施して、ターリバーンを灌漑地帯から一掃した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第二回大統領選挙後
辞任したマクリスタル将軍の後任には、反政府活動鎮圧理論の考案者であるペトレイアス将軍が就任した。ペトレイアス将軍は統合特殊作戦コマンドによる夜間襲撃を前年の5倍に増やし、365人のターリバーン指揮官を殺害し、1400人のターリバーンを捕虜にした。また国際治安支援部隊（ISAF）は重点地域を96郡に増やしてターリバーンを攻撃した。しかし戦況に劇的な変化は生じなかった。
10月、北大西洋条約機構（NATO）の首脳会議がリスボンで開かれ、国際治安支援部隊（ISAF）からアフガニスタン治安軍への段階的な治安維持権限の移譲（撤退）が決まった。
パキスタンでは連邦直轄部族地域（FATA）がタイムズスクエア爆破未遂事件（5月）のような米国本土に対するテロ攻撃の温床になっていた。CIAは連邦直轄部族地域に対して無人攻撃機で122回の攻撃を行い、アフガニスタン人で構成された対テロ追撃チーム（CTPT）を越境させた。9月、米軍の攻撃ヘリコプターがパキスタンに領空侵犯し、パキスタン軍の検問所と交戦した。パキスタンは抗議のためトールハムを一時的に封鎖し、NATOの補給路を妨害した。ハッカーニ・ネットワークもクエッタなどでNATOの燃料輸送車を攻撃した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第二回大統領選挙後
アメリカ合衆国のオバマ大統領は2009年の増派の際、2011年7月から撤退を始めると決めていた。撤退開始が間近に迫った5月、米軍の特殊部隊がパキスタンの首都イスラマバード郊外のアボタバードにあった邸宅を急襲し、 ウサーマ・ビン・ラーディンを殺害した。一方、「掃討・堅守・建設・転移」戦略の進展は思わしくなかった。ターリバーンは米軍と互角の戦いを行い、カルザイ政権の汚職は改善せず、アフガニスタン軍の規模拡大も計画通りには進まなかった。
7月、カンダハールから米軍とカナダ軍が撤退を開始した。同月、カンダハールの実力者アフマド・ワリー・カルザイが暗殺された。
パキスタンでは米軍が前線基地を設置するために米軍の関係者285人を非公式に活動させていたが臨時職員のモラルは低く、１月にレイモンド・デイビス事件が起きた。11月、NATO軍が再びパキスタン軍と交戦・誤爆したので、パキスタンはトールハムを一時的に封鎖し、NATOの補給路を妨害した。
2012年7月、「アフガニスタンに関する東京会合」が開催された。アフガニスタン治安軍の年間予算（41億ドル）の負担割合（米国24億ドル、欧州12億ドル、アフガニスタン政府5億ドル）などが決まった。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第二回大統領選挙後
2013年6月、国際治安支援部隊（ISAF）からアフガニスタン治安軍への治安権限の委譲が完了した。
同年11月、米軍はパキスタン・ターリバーンの指導者ハキームッラー・マフスードを空爆し殺害した。
2014年12月、国際治安支援部隊（ISAF）及び「不朽の自由作戦」が終了し、最盛期には約13万人にも及んだ外国軍の多くが国外に撤退した。多国籍軍は「確固たる支援任務」及び「自由の番人作戦」に移行し、治安はアフガニスタン軍や警察が独力で維持することになった。
同年5月、トルクメニスタン軍がバードギース州ゴールマーチ郡から越境してきた武装集団に襲撃された。ウズベキスタン人やトルクメニスタン人などで構成された武装集団はISAF撤退を機に永世中立国であるトルクメニスタンからアフガニスタンを攻撃しようとしていた。
同年4月、ジンナー国際空港に対する攻撃の報復として、パキスタン軍が北ワジリスタンを攻撃した（Zarb-e-Azb作戦）。12月、パキスタン・ターリバーンは軍が運営する学校を襲撃し、140人以上の生徒を殺害した（2014年ペシャーワル学校襲撃事件）。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第三回大統領選挙とターリバーンの分裂危機
2015年、イスラム国はパリ同時多発テロ事件などを起こし、世界に活動の輪を広げていた。1月、ターリバーンの一部がイスラム国に寝返って「ホラサン州」（ISIL-K）の設置を宣言した。5月、アフガニスタン政府とターリバーンとの間で非公式協議が行われ、ターリバーンの政治事務所をカタールのドーハに開設することで合意した。7月、パキスタンの仲介でアフガニスタン政府とターリバーンとの間で公式の和平協議が行われ、ターリバーンの最高指導者ムハンマド・オマルが声明を発表した。ところがその直後オマルが2013年に病死していたことが明らかとなり交渉は中断した。ターリバーンの内部で抗争が勃発し、武力衝突が起きた。その後、ターリバーンの最高指導者にアフタル・ムハンマド・マンスールが就任した。一方、ウズベキスタン・イスラム運動の指導者であるウスマン・ガーズィはイスラム国に寝返ったが、ターリバーンに攻められて死亡した。9月、ターリバーンはアフガニスタン第六の都市クンドゥーズを短期的に占領した（クンドゥーズの戦い）。10月、衝撃を受けたアメリカ合衆国のバラク・オバマ大統領は米軍の完全撤退を断念した。同年、多くのアフガン難民が欧州に避難しようとして、2015年欧州難民危機の一因になった。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第三回大統領選挙とターリバーンの分裂危機
2016年3月、ターリバーンの内部抗争が勃発し、ヘラート州で150人が死亡する大規模な戦闘が行われた。5月、アメリカ合衆国はターリバーンの最高指導者アフタル・ムハンマド・マンスールを殺害した。一説によるとアフタルは和平協議には否定的だったと言う。後任の最高指導者にはハイバトゥラー・アクンザダが就任した。
2017年10月、イスラム国の首都ラッカが陥落した。アフガニスタンでもイスラム国の最高指導者が米軍による空爆で死亡し、後継者争いにより組織が２つに割れ、ムアウィア・ウズベキスタ派がアフガニスタン北部に移動した。同月、アフガニスタン政府の支配地域は407郡中231郡（57％）にすぎないことが判明した。政府とターリバーンは122郡（30％）の支配を争っており、ターリバーンが54郡（13％）を支配していることが分かった。ターリバーンの支配地域は2015年11月から2017年8月の間に倍増しており、紛争地域も1.4倍に増加した。特にウルズガーン州（7郡中5郡）やクンドゥーズ州（7郡中5郡）、ヘルマンド州（14郡中9郡）は大半をターリバーンに支配されていた。アメリカ合衆国のドナルド・トランプ大統領は状況の悪化を防ぐために増派を決定した。一説によると2017年以降、空爆による民間人の死者が急増し、2019年には2016年の３倍（700人）に達したと言う。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第三回大統領選挙とターリバーンの分裂危機
12月、約200人のイスラム国の部隊がジョウズジャーン州ダルザーブ郡（Darzab）を支配下に置き、基地を建設していた。部隊にはシリアから逃げてきたアルジェリア人やフランス人なども居た。
2018年2月、米軍はジョウズジャーン州のイスラム国部隊をB52で爆撃し、特殊部隊で急襲して現地司令官を殺害した。ターリバーンもイスラム国と交戦し、大打撃を受けたイスラム国の部隊は8月にアフガニスタン政府に投降した。投降したイスラム国の部隊は約250人でフランス人の他にインドネシア人やウズベキスタン人やタジキスタン人、パキスタン人なども加わっており、女性や子供の戦闘員も居た。一方、イスラム国は戦闘員にアフガニスタンへの入国を呼び掛けており、アフガニスタン北部に潜伏中の戦闘員は5000人に達するという説があった。
8月、バードギース州ゴールマーチ郡のチャイニーズ・キャンプ基地が1000人のターリバーンに包囲され、孤立無援で陥落した。基地には106人の守備隊が居たが、アフガニスタン軍はガズニ州の攻防戦やジョウズジャーン州のイスラム国部隊の降伏などに忙殺されてヘリコプターが足りず、ゴールマーチ郡まで支援の手が回らなかった。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第三回大統領選挙とターリバーンの分裂危機
同年5月、パキスタンは連邦直轄部族地域を廃止し、カイバル・パクトゥンクワ州に併合した。国連によると連邦直轄部族地域に対する軍事作戦により、アルカーイダ系の武装集団がアフガニスタンに退避した。2018年現在アフガニスタンには1万人～1万5000人の外国人戦闘員が居り、そのうちアルカーイダは265人～400人だった。アルカーイダはターリバーンの保護の下でザーブル州に訓練基地を設けており、ウサマ・ビン・ラディンの息子ハムザ・ビン・ラーディンに統率されている部隊もあった。同年6月、米軍はパキスタン・ターリバーンの指導者マウラナ・ファズルッラーをアフガニスタン領内で空爆し殺害した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 第三回大統領選挙とターリバーンの分裂危機
国連によるとターリバーンの戦闘員は5万5000人〜8万5000人であり、非戦闘員を含めると総兵力は10万人に達する。2019年3月、ファーリヤーブ州では州都マイーマナをはじめ州内の大半の郡がターリバーンに包囲され、アフガニスタン軍に多数の戦死者が出た。ガニー大統領によると2014年から5年間で4万5000人以上のアフガニスタン治安部隊員が殺害された。8月、ハムザ・ビン・ラーディンの死亡が発表された。9月、四回目の大統領選挙が行われた。同月、米軍とアフガニスタン軍はヘルマンド州でインド亜大陸のアルカーイダ（AQIS）の指導者のアシム・ウマルを殺害した。国連によるとアフガニスタン国内のアルカーイダは400人〜600人であり、ターリバーンの保護下でヘルマンド州など12州で活動していた。アルカーイダはターリバーンと頻繁に会合を持ち、作戦計画や訓練について話し合っている。またアルカーイダはハッカーニ・ネットワークに資金や訓練を提供して共同で2000人の部隊を編成し前線に送り出した。ウマルの死後、アルカーイダはターリバーンの最高指導者の指示でアフガニスタン東部に移動したと言う。12月には30年以上アフガニスタンで支援活動を行ってきたペシャワール会の中村哲がナンガルハル州で殺害された。
同年2月、インドは2019年プルワマ襲撃事件の報復のために、パキスタン領内のカシミール過激派の拠点を爆撃した（バーラーコート空爆）。8月、インドはパキスタンのテロを防ぐためにジャンムー・カシミール州の自治権を廃止・はく奪し直轄領化した（ジャンムー・カシミール連邦直轄領）。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
2月29日、アメリカ合衆国とターリバーンの間で和平合意が成立した（ドーハ合意）。アメリカ合衆国は135日以内に駐留軍を縮小し、14ヶ月後の2021年4月末までにNATO軍と共に完全撤退すること、ターリバーンがアルカーイダなどを取り締まりアフガニスタンをテロの拠点にしないことが決まった。また合意にはアフガニスタン政府が5000人、ターリバーンが1000人の捕虜を解放することも盛り込まれた。しかし和平合意に参加していないアフガニスタン政府は5000人の解放に同意せず、1500人の解放しか認めなかった。アフガニスタン政府の関与なしに結んだこの合意は、専門家に「史上最も不名誉な外交交渉の一つ 」と呼ばれた。
3月、ガニー大統領が再選し大統領就任を宣言したが、対立候補のアブドラ行政長官は納得せず、混乱が続いた。
4月、アフガニスタン政府は合計300人の捕虜を解放したが、ターリバーンは納得せずアフガニスタン政府との交渉を打ち切った。また交渉中も戦闘は継続しており、ターリバーンは3月から4月中旬までに2804回の攻撃を行い、789人の民間人が死傷した。
5月、ガニー大統領とアブドラ行政長官の交渉が成立し、再び両者で権力を分け合うことになった。またガニー大統領はターリバーンに対してもラマダン明けのイード・アル＝フィトルの停戦が実現したことを評価し、2000人の捕虜釈放を発表した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
6月、アメリカ合衆国は駐留軍縮小の約束を果たして駐留軍を1万2000人から8600人に削減し、11月までに4500人にすると発表した。ターリバーンは米軍や都市部に対する攻撃は控えているが、地方で戦闘を続けている。
9月、アフガニスタン政府とターリバーンの初の和平交渉がカタールで開催された。アフガニスタン政府は民主主義の維持を主張したが、ターリバーンはイスラム政体樹立を要求した。一方、ターリバーンは和平協議中にもかかわらず34州中28州で攻撃をしかけた。
10月、ヘルマンド州では州都周辺の複数の検問所やカンダハール州に向かう基幹道路の一部がターリバーンに占領され、変電所の破壊により大規模な停電が発生した。州都陥落の危機に対して、米軍はターリバーンの攻撃をドーハ合意違反と断定して空爆を行い、ターリバーンを撃退した。攻撃を首謀したターリバーンの影の副知事は捕虜交換によりアフガニスタン政府から解放されたばかりだった。国連はこの攻撃をどの程度和平合意を破れば米軍が出てくるかを試すための攻撃だったと見做している。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
同月、アフガニスタン政府は即時停戦を要求したが、ターリバーンは応じずに戦闘が続いた。カーブルではイスラム国がシーア派地区の病院や学校を襲撃して子供や妊婦を殺害し、ナンガハール州の刑務所を襲撃して囚人を解放した。一説によると刑務所の襲撃者は多国籍であり、イスラム国はアフガニスタンだけでなくインドからタジキスタンまで広域に活動していると言う。
同月、FBIが最重要指名手配していたアルカーイダのアブ・ムシン・アル・マスリーをアフガニスタン治安軍がガズニー州で殺害した。
11月、ターリバーンの攻撃が続く中でトランプ大統領は撤退を急いだ。アメリカ合衆国は駐留軍を2021年1月までに2500人にすると発表し、一方的に1年間で約1万人の兵力を削減した。なおアフガン治安軍はアフガニスタン軍が約18万7000人、警察が約11万8000人である。一方、ターリバーンの兵力は約5万8千人から10万人である。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
12月、カンダハール州ではアフガニスタン軍の一部が193もの検問所を放棄して勝手に撤退したことが問題になった。ターリバーンは過去数年に渡って検問所を重点的に攻撃し、アフガニスタン軍や警察に被害を与えてきた。そのためアフガニスタン軍や警察は防備が手薄な検問所を廃止して、防備の硬い基地に部隊を移動させる政策を取っているが、地元の反対も根強い。一方、ターリバーンは道路を占領して補給線を寸断することで、アフガニスタン軍や警察を検問所や基地から撤退させている。
和平交渉再開後の9月以降、ターリバーンは攻撃を激化させており、例年戦闘が小康状態になる冬季も異例のペースで攻撃を続けた。また暗殺を強化しており、政府や軍・警察関係者だけでなく、NPOや医療従事者、ジャーナリスト、裁判官や検察官、知識人や著名な女性なども殺害した。またターリバーンに対して批判的な宗教学者の暗殺も行っており、国連はアフガニスタンで起きた暗殺事件の8割以上はターリバーンによるものと見做していた。結局、和平合意が成立した2020年も戦闘は続き、ターリバーンとアフガニスタン治安軍の双方に多数の死傷者が出た。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
1月、アメリカ合衆国大統領にジョー・バイデンが就任した。アフガニスタンではターリバーンの攻撃が続き、民間人に多数の死傷者が出ていた。またターリバーンとアルカーイダの協力関係も続いていた。バイデン政権やアメリカ合衆国の議員団はターリバーンが和平合意を順守していないとみなし、トランプ政権による性急な撤退政策を見直すことにした。
2月、アメリカ合衆国や北大西洋条約機構（NATO）は4月末の完全撤退を断念し、撤退期限を延長した。
3月、アメリカ合衆国は駐留軍撤退後のターリバーンの勢力拡大やカーブル陥落の可能性に危機感を表し、アフガニスタン政府やターリバーンに国連やロシア、中国、インドなどの地域大国を交えた多国間による和平交渉の実施やトルコ軍などによる新たな国際平和維持活動の設立、アフガニスタン政府とターリバンによる連立政権の樹立などを勧めた。しかし一説によると連立政権についてアフガニスタン政府は難色を示していたと言う。
同月、ターリバーンはアフガニスタン各地で攻撃を継続し、ファーリヤーブ州アルマール郡やローガル州のシャルフ郡などを占領した。またバードギース州ムルガーブ郡はアフガニスタン軍の撤退により、ターリバーンの手に落ちた。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
4月、アメリカ合衆国は9月11日までに駐留軍を完全撤退すると発表した。しかし米国の軍部は撤退後の情勢について不安を表明している。同月、トルコで和平会議が予定されていたが、ターリバーンの参加拒絶により5月以降に延期になった。一説によるとターリバーンは民主主義に反対しており、女性の人権についてもシャリーアで十分と考えている。ターリバーンはイスラム教に基づく中央集権国家を望んでおり、民主政府との連合政権には否定的であり、細部は無視するように求めている。
6月、国連によると５割〜７割の州都で周辺部の郡を巡ってターリバーンとアフガニスタン政府軍が戦闘を行っており、州都周辺の一部の郡はターリバーンが占領している。また郡庁所在地の約６割（57％）はターリバーンに占領されている。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
ターリバーンは幹線道路や国境検問所・税関を手中に収めるためにバダフシャーン州やバグラーン州、クンドゥーズ州やタハール州、ジョズジャーン州などアフガニスタン北部に兵力を移動させた。ターリバーンによる北部道路網の支配は2001年以降最大レベルに達しており、ターリバーンは高速道路に検問所を設置して、アフガニスタン治安軍や政府関係者の移動を妨害し、通行税の徴収や麻薬や鉱物資源の輸出を行っている。また一説によると2020年の戦闘により予め州都周辺に対する軍事的なプレッシャーを強めてあるため、外国軍が撤退して対応できなくなる頃を見計らって軍事作戦を行うつもりだと言う。
6月1日から6月11日の間に、327人のアフガニスタン治安部隊が戦死し、民間人82人が戦闘に巻き込まれ死亡した。また、同じ期間に少なくとも11の郡がターリバーンに陥った。
6月16日、ファーリヤーブ州ダウラターバード郡に進出したアフガニスタン軍コマンド部隊がターリバーンに包囲され壊滅、隊員のうち少なくとも24人が戦死した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
6月18日、ターリバーンはクンドゥーズ州の州都近郊に部隊を集結させたが、結局攻撃は行わなかった。6月22日、クンドゥーズ州の他にバグラーン州やサーレポル州、ファーリヤーブ州は州都近郊までターリバーンが迫っていた。米軍は人口が10万人を超えるバグラーン州の州都プレフムリーやクンドゥーズ州の州都クンドゥーズに対しては支援を行っているようである。6月25日、バイデン大統領とガニ大統領の会談に合わせて、米軍はバグラーン州やクンドゥーズ州でドローンによる空爆を行った。また一説によると、ターリバーンは米軍を刺激しないように州都など都市部への攻撃を自粛していると言う。
6月19日、ガーニ大統領は国防大臣代行にビスミッラー・ハーン・モハンマディを任命した。前任者のアサデュッーラ・カリード大臣は長期間不在だった。同月、陸軍の参謀総長にワリー・アフマドザイ将軍（Wali Ahmadzai）が任命されたが、下院の国内治安委員会によるとターリバーンと戦うより報復人事に夢中になっていると言う。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 和平合意成立と戦闘の激化
6月23日、ターリバーンはジョウズジャーン州アンドホイ郡を占領した。25日にアフガニスタン軍は同郡に進出し奪還を宣言したものの、翌26日には1000人以上のターリバーン戦闘員が現れ、激しい戦闘や空爆でバザールや家屋が破壊されたのち、再びターリバーン側に陥落した。一説によるとアフガニスタン軍は農村部に対する増派が遅れていると言う。またターリバーンは兵力や他の地域への進軍を誇張して宣伝するため、ターリバーンに包囲された部隊が動揺して撤退してしまうと言う。ターリバーンは動画ニュースを作成し、アフガニスタン軍が逃げたと言う主張を広めている。またターリバーンは6月1日から23日までに戦車8台、迫撃砲や重砲56機を鹵獲したと主張しており、米軍のドローンが鹵獲された重火器を破壊して回っている。
7月3日、バグラム空軍基地から米軍とNATO軍の全ての部隊が撤退した。7月8日、アメリカ合衆国のバイデン大統領は撤退期限を前倒しして8月末までに米軍の撤退が完了すると発表した。またドイツ軍やイタリア軍、ポーランド軍は6月末までにアフガニスタンから撤退している。一方、トルコ軍は撤退せず、カーブルのハーミド・カルザイ国際空港を警備している為、ターリバーンは反発している。
ターリバーンの攻勢は続いており、「中東かわら版」によると5月から7月の約2ヶ月間に407郡中114郡を陥落させたと言う。アフガニスタン軍が奪還した郡もあるため、全てがターリバーンの支配地になったとは言えないが、バダフシャーン州（28郡中26郡）やタハール州のように州都以外は全てターリバーンに占領されている州も存在する。ターリバーンは国境の通関を重点的に占領しており、6月から7月の間にタジキスタン国境のシルハンバンダル、イラン国境のイスラム・カラ、トルクメニスタン国境のトルグンディ、パキスタン国境のスピンボルダックがターリバーンの手に落ちた。
アフガニスタン軍はバダフシャーン州やタハール州で大敗を喫しており、タジキスタン政府によると、アフガニスタンからタジキスタンに敗走したアフガニスタン兵は2週間で1600人に及んでいると言う。タジキスタンは国境防衛のために2万人の予備役兵を動員すると共に、集団安全保障条約を通じてロシアに援助を求めた。ロシアは要請に応じてタジキスタン内のロシア軍基地の使用準備を開始した。7月9日、上海協力機構と欧州安全保障協力機構の合同会議はアフガニスタン北部で様々なテロリストや過激派グループの存在感が急激に増しており、アフガニスタン政府と連携して国境地帯の脅威の封じ込めや麻薬の製造・通過に対する実質的な対策を行うとした。またアタ・モハマド・ヌールやラシッド・ドスタムなどの北部軍閥がアフガニスタン政府の要請に応じて数千人の民兵を動員した。
7月上旬、ターリバーンはガズニー州やカンダハール州の州都を激しく攻撃した。7月7日、ターリバーンはバードギース州の州都を攻撃した。しかしアフガニスタン軍や民兵が反撃し、7月16日に停戦した。
7月17日、ターリバーンとパキスタン当局はスピンボルダックの国境封鎖を解除した。アフガニスタンのアムルッラー・サレー第一副首相は、パキスタン空軍がスピンボルダックのターリバーンを警護しているとしてパキスタンを非難した。またガーニ大統領は推定によると先月パキスタンなどから1万人以上のジハード戦士がアフガニスタンに侵入したとしてパキスタンを非難した。7月21日、アフガニスタンの駐パキスタン大使の娘が拉致される事件が発生し、アフガニスタンとパキスタンの関係がさらに悪化した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) ターリバーンの全土攻勢
7月17日と7月18日、イード・アル＝アドハー（犠牲祭）を前にアフガニスタン政府とターリバーンの和平協議がドーハで行われた。アフガニスタン政府は従来にない高位の要人を交渉団に参加させて、ターリバーンを説得しようとした。7月18日、ターリバーンの指導者のハイバトゥラー・アクンザダは真剣に和平交渉を行っていると述べ、イスラム体制の確立・平和・治安の構築、世界との良好かつ強固な外交的・経済的・政治的な関係の構築、他国の治安を脅かす者に対する領土の使用禁止、内政不干渉による独立、大使館・外国組織・投資家の保護、イスラム教と国益の範囲内でのジャーナリズムの自由を約束した。しかし結局、2021年はイード・アル＝アドハーの停戦が実現しなかった。ガーニ大統領によるとアフガニスタン政府はターリバーンの要求に応じて5000人の捕虜を解放して来たが、ターリバーンには有意義な交渉を行う準備が無かった。ガーニ大統領は最後通牒として高位の和平交渉団を送り出したが、和平交渉団を率いるアブドラ・アブドラ議長からターリバーンには和平の意思がないという報告を受けた。今後は優先順位をつけて防衛を行い、国民の団結と断固たる態度を示して3〜6ヶ月で状況を打開すると述べた。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) ターリバーンの全土攻勢
7月22日、米軍のミリー統合参謀本部議長は420地区中210地区余りを反政府軍が支配しており、ターリバーンが優勢であることを認めた。しかし州都はどこも陥落しておらず、アフガニスタン軍は人口の多いカーブルや州都の防衛のために兵力調整をしており、このままターリバーンが勝利できるとは限らない。和平か敗戦か色々な可能性があり、状況を注視して対応したいと述べた。また米軍の撤退は95％完了しており、撤退後は近隣国に地域の治安評価拠点を設置し、地平線の向こう側から空爆などの軍事的・財政的な支援を行うと述べた。
実はアメリカ国防情報局は2020年末の報告書で、ターリバーンは米軍を確実に完全撤退させるために形だけ立派な交渉団を送って和平交渉に参加しているが、譲歩や妥協をする気が無い可能性が高く、軍事的な勝利を狙っており、2021年中の停戦は無く、撤退が停滞した場合は米軍への攻撃を再開すると報告していた。バイデン大統領はアフガニスタンの将来を自己決定に委ね、アフガニスタン政府を応援することにした。一説によると今後の展開としては1) アフガニスタン政府が州都などの支配を維持する、2) アフガニスタン政府が崩壊し、ターリバーンが支配する領域とそれ以外に分裂する、3) アフガニスタン政府が長期間持ちこたえることでターリバーンが諦めて政治的に妥協するという３つの可能性があると言う。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) ターリバーンの全土攻勢
7月25日、ターリバーンの報道官はガーニ大統領の解任を要求した。同日、アフガニスタン政府はカーブル州、パンジシール州、ナンガハール州を除く34州中31州に夜間外出禁止令を発令した。
8月3日、ターリバーンはヘラート州やヘルマンド州の州都を激しく攻撃している。
8月6日、政府メディア情報センターの責任者がターリバーンによって殺害された。ターリバーンは空爆の報復として今後も政府高官のを標的にすると警告した。ターリバーンはニームルーズ州の州都を占領した。首都カーブルから直線距離で800km離れた辺境の州であるが、ターリバーンはついに州都の占領に成功した。SNSでは戦闘員が鹵獲したSUVや軍用ハンビーを運転し、地元の住民が歓迎する様子が伝えられた。国連特使は「致命的な段階」に入ったと警告し、英国及び米政府はアフガニスタンからの自国民の「退去」を勧告した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) ターリバーンの全土攻勢
8月7日、ターリバーンはジョウズジャーン州の州都シェベルガーン市を占領した。シェベルガーンは人口が多く戦略上重要な都市だった。またドスタム派の中心地であり政府側民兵の働きが大いに期待されていたが、期待はずれに終わった。地元の有力者であり元将軍のラシッド・ドスタムが政府唯一の支配地区 Du Koh Districtに退避した。ターリバーンはクンドゥーズ州やタハール州、バダフシャーン州の州都も攻撃している。同日夜、米軍のB52がジョウズジャーン州やヘルマンド州の州都を爆撃した。
8月8日、ターリバーンはクンドゥーズ州の州都を制圧した。同グループは警察本部、知事の敷地、市内の刑務所を占拠し、アフガニスタン軍が実効支配する領域は基地と空港に限られている。同日、クンドゥーズ州の東隣りにあるタハール州の州都もターリバーンに占領された。更に同日、ターリバーンはシェベルガーン市を流れるサフィード川の上流にあるサーレポル州の州都も制圧した。同日、ターリバーンはクンドゥーズ州の西隣にあり北部最大の都市であるバルフ州の州都にも迫った。ターリバーンの急速な前進はアフガニスタン軍の士気の低下と脱走を招いた。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) ターリバーンの全土攻勢
8月9日、アフガニスタン軍が撤退した為、ターリバーンはサマーンガン州の州都を占領した。一方、タハール州やクンドゥーズ州のアフガニスタン軍は州都やその周辺でターリバーンと戦っている。同日、ガーニ大統領はラシッド・ドスタムの提案を受け入れて民兵を統括する公衆蜂起軍統合指令センターを設立し、民兵の動員や武器の供給を行うことを発表した。内務大臣によると政府軍の敗走により道路の支配を失ったため、補給や負傷者の後送はヘリコプター頼みになっている。その上、米軍の突然の撤退により全国400箇所で戦闘が始まってしまった。アフガニスタン政府は地元の指導者に民兵の動員や戦闘の権限を移譲して、政府軍の敗走を止め、都市を取り囲む防衛線に再集結し、攻勢に転じるという三段階の作戦を考えていると言う。一方、これは2003年に日本が主導して行った武装解除・動員解除・社会復帰の終焉でもあった。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) ターリバーンの全土攻勢
8月10日、アメリカ合衆国がパキスタンに対して国境沿いのターリバーンの安全地帯を閉鎖するように依頼したので、パキスタンは通関するアフガニスタン人にパスポートやビザを要求して、スピンボルダックを閉鎖に追い込んだ。同日、ターリバーンはクンドゥーズ州の南にあるバグラーン州の州都を占領した。バグラーン州はサラン峠の北側に位置する戦略的に重要な州であり、クンドゥーズ州への増援や首都カーブルの防衛にとって大きなマイナスとなった。同日、ターリバーンはニームルーズ州の北にあるファラー州の州都も占領した。同日、アフガニスタン政府の財務大臣が辞任して出国した。
8月11日、ターリバーンはバダフシャーン州の州都を占領した。この都市は北部同盟の本拠地だった。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) ターリバーンの全土攻勢
8月12日、ターリバーンはクンドゥーズ空港を占領した。同日、ガズニー州やカンダハール州やヘルマンド州やヘラート州の州都でも激しい戦闘が続いた。またバードギース州の停戦も破れた。同日、州知事が勝手に交渉して退却したため、ターリバーンはガズニー州の州都を占領した。ガズニーはカーブルの南の入口のような場所にあり、首都カーブルの防衛にとって大きなマイナスとなった。同日、アメリカ合衆国のバイデン大統領は団結して戦うように呼びかけた。しかし一説によるとアフガニスタン軍の士気は低下していると言う。8月12日、アメリカ合衆国はカーブルの大使館の縮小と撤退支援の為に3000人の増派を発表した。英国は600人の軍をカーブル空港に配備することを発表した。当局者は、展開は24〜48時間で行われ、月末までに完了すると述べた。計画はチャーター機を使用し、カーブル空港を利用して避難する。ただし、それが不可能になった場合は軍用機を使用する。英国政府によると避難は長い間計画されていたが、治安状況が急速に悪化したためタイミングが早められたと述べた。3000人の米軍に加えて、武力紛争がエスカレートした場合に備えて、さらに3500人がクウェートで待機する。カナダは、過去にカナダのスタッフと一緒に働いたアフガニスタンの家族の収容、カーブルの大使館職員を避難させるために、カナダの特殊部隊が配備されると発表した。デンマーク政府とノルウェー政府は、カーブルにある大使館が安全上の理由で閉鎖されることを発表し、彼らの外交スタッフと彼らと一緒に働いていたアフガニスタン人を避難させる計画を立てている。
8月12日から13日にかけて、ターリバーンはヘラート州とカンダハール州の州都を占領した。ヘラートとカンダハールは人口40万人以上の大都市であり、アフガニスタンで二番目と三番目に人口が多い大都市である。大都市には軍団の司令部や空港があり、周辺の州に対する航空支援を行っている。そのため大都市が陥落すると周辺州の戦況も悪化し、ヘラート州に隣接するバードギース州、カンダハール州に隣接するヘルマンド州やザーブル州が陥落した。一説によると地元の長老が住民の被害や公共施設の破壊を避けるように政府軍やターリバーンに陳情し、それに応じて政府軍が撤退していると言う。
8日13日、カーブル州の南に隣接するロガール州が陥落した。ターリバーンは8月6日以降の約8日間で第2位・第3位の大都市を含む34州中18州を占領し、首都カーブルの近郊まで到達した。地方の軍や国民はターリバーンに対して徹底抗戦する気がない事が分かった。
8月14日、ターリバーンは国内第四位の大都市であるバルフ州の州都マザーリシャリーフ市を占領した。一説によるとアフガニスタン軍があっさり降伏した為、民兵も戦意を失い、アタ・モハマド・ヌールやラシッド・ドスタムは州外に逃亡した。同日、ターリバーンはナンガハール州の州都ジャララバード市を占領した。一説によると地元の長老の依頼により州政府や軍は無抵抗で市を引き渡した。ジャララバードは国内第五位の大都市であり、カイバル峠を擁する戦略上重要な都市である。ターリバーンは西部（ヘラート）・南部（カンダハール）・北部（マザーリシャリーフ）・北東部（クンドゥーズ）・東部（ジャララバード）を占領し、首都カーブルは完全に孤立した。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) カーブル陥落
8月15日、ターリバーンは首都カーブルを包囲し、アフガニスタン政府は政権移譲の意思を示した。同じ日、「武力で首都を取る計画はない」との声明を出したにもかかわらずカーブルの郊外に入り、Kalakan地区、Qarabagh地区、およびPaghman地区。プル・エ・チャルキ刑務所での都市全体の停電と暴行および囚人の暴行の可能性が報告された。ボーイングCH-47チヌークとシコルスキーUH-60ブラックホークヘリコプターが避難を実行するためにカーブルのアメリカ大使館に着陸し始め、外交官が機密文書を慌ただしく処分していると報告された。
アフガン内務省はガニー大統領が国外に脱出したこと、ターリバーンが率いる暫定政府が樹立されることを発表した。カルザイ前大統領は交渉チームの一員となることになっていた。ターリバーンは、政権交代を待ち、無理矢理カーブルに入らないように戦闘員に命じた。治安部隊はバグラム空軍基地をターリバーンに降伏させた。空軍基地には、約5000人のターリバーンとイラクのISILの囚人が収容されている。後に、ガニー大統領がタジキスタンに去ったことが報告された。
事実上、政権は崩壊したものの、アフマド・マスード、アムルッラー・サーレハ第一副大統領を中心にパンジシール渓谷で抵抗運動が展開されている。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) カーブル陥落
8月30日、米軍はアフガニスタンからの撤退を完了。8月31日、ジョー・バイデン大統領は国民向けの演説で戦争終結を正式に宣言。一方、ターリバーンは米国に対する勝利を宣言。20年間続いたアフガニスタン紛争はターリバーンの勝利に終わった。その後、ターリバーンに対する抗議が8月17日に始まった。抗議グループはタリバーン政府による女性の扱いに懸念を表明しており、それを差別的であると見なしている。アフガニスタンの民族レジスタンス戦線に支えられて、抗議者たちは地方分権化、多文化主義、社会正義、仕事、教育、そして食糧も要求している。
タリバーンは時が経つにつれて暴力の増加とともに抗議を抑制し、活動家を誘拐し始めた。この政策は最終的に抗議行動を徐々に終わらせ、カブールでの最後の抗議行動は2022年1月16日に起こった。
米国は撤退後も敵対姿勢は崩さず、経済制裁を行った。しかし、これはアフガン市民の生活困窮を招き、国連は人口の半数以上である約2500万人が貧困の状況にあるとした。薬物汚染も問題となった。人権問題を建前にした経済制裁が、人道危機の原因となる矛盾に批判が高まったことで、米国は人道支援を例外とした。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 被害
ブラウン大学の「コスト・オブ・ウォー」プロジェクトによると、2021年4月時点で、アフガニスタンでの死者は17万1,000〜17万4,000人、アフガン民間人が4万7,245人、アフガン軍・警察が6万6,000〜6万9,000人、反対派の戦闘員が少なくとも5万1,000人となっている。しかし、"病気、食料・水・インフラへのアクセスの喪失、その他の間接的な影響 "による死者数が不明であるため、死者数はもっと多い可能性がある。国連によると、2001年の侵攻以降、570万人以上の元難民がアフガニスタンに帰還したが、2021年現在、260万人のアフガニスタン人が難民として残っているか、主にパキスタンやイランに逃れており、さらに400万人のアフガニスタン人が国内での避難民として残っている。一方得られた利益として、2001年以降のアフガニスタンでは健康、教育、女性の権利などが改善された面もあるが、ターリバーン政権回帰後にこれらが維持されるかは不確実である。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 戦争犯罪
アフガニスタン紛争において、数多くの重大な人権侵害が発生していることが人権団体により報告されている。戦争犯罪及び人道に対する罪を取り扱う国際刑事裁判所(ICC)も2007年から予備調査を始め、2013年に「アフガニスタンで、戦争犯罪及び人道に対する罪が過去そして今も犯されている」と結論づけている。しかし、主な対象となる米国が猛反発し、ICCに圧力をかけたことで、本調査は後回しにされている。カルザイ政権は、戦争犯罪恩赦法を施行したり、人権団体による報告書公表を阻止したりした。復権したタリバンもまた、米国と戦争犯罪を追及しない密約を結んだという報道がある。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年) 戦争犯罪
連合軍支配下のアフガニスタンでは、農村部に逃げ込んだターリバーン戦闘員を見つけ出すため、「夜襲作戦」と呼ばれる"ターリバーン狩り"が行われた。深夜、突然襲来して家をしらみつぶしに回り、返事のない家のドアは爆弾を使って押し破った。氷点下の寒さの中、大人の男性たちは全員、着の身着のまま一軒の民家の中庭に集められ、尋問されたという。当初米軍が単独で行っていたが、2006年ごろからアフガン政府軍との共同作戦となり、数千回実施された。作戦はタリバン封じ込めに効果を上げる一方、民間人の犠牲者を多く出し、物議を醸した。あまりの不評にカルザイ大統領が「夜襲作戦をやめない限り、外国部隊の駐留延長を認めない」と主張して禁止したが、ガニー次期大統領は復活を認めた。その後も、CIAから直接支援を受けていた国家保安局の01ユニットにより、マドラサで寝泊まりしていた子供らが虐殺される、医療施設が襲撃に遭い医療従事者と民間人が殺害される等の事件が発生した。
連合軍はカピサ州の民間人の居住地域で化白リン弾を使用し、1発が民家に命中。その家の住民である8歳の少女が顔に大火傷を負った。
2001年、北部同盟の軍閥であるドスタム派は降伏したターリバーン旧政権軍の兵士8,000人をコンテナに閉じ込め収容所へ輸送し、結果5,000人が「行方不明」になった。行方不明者の大半は窒息死した者で、生き残った者は射殺されたと証言する者もいる。コンテナ1つに200人の捕虜が詰め込まれていた。北部同盟の将軍はアメリカ兵が捕虜に対して刺突・身体を切断する等、危害を加えていたと証言した。米国国防省並びに国務省は1,500人から2,000人がダシュテ・レイリで殺害されたことを示す文書を公開した。
連合軍に対し軍事力で劣っていたターリバーンは、対抗手段として住民を脅迫し、連合軍に協力的な者は暗殺した。連合軍側に利するとみなした民間施設等のインフラストラクチャーに対して自爆攻撃を行うなど、ソフトターゲットを標的にテロを繰り返した。