高機動幻想ガンパレード・マーチ システム
スカウトは自らの肉体で戦う。こちらは機械を使用しているわけではないため、被弾による故障で性能が低下することはない。ただし、パンチ・キックの攻撃力は判定に「戦闘力（PC・NPCの体力）」が組み込まれているため、ダメージを受けると低下する。うまく立ち回れば人型戦車顔負けの活躍をすることも出来るが、全体的に射程や移動範囲が短く非力であり、撃破＝戦死であるため注意が必要。
人型戦車・指揮車・レールガンなどは、破壊されても搭乗中のスカウトはウォードレスを着ていれば脱出して戦闘を継続することが可能だが、ウォードレスを着ていない場合は破壊即戦死となる。なお、オペレーターが不在の場合は、教師の坂上及び本田が代役を務めることもある。
どちらかの勢力がすべて撤退もしくは全滅すると戦闘は終了し、結果が表示され、結果に応じた発言力を入手できる。
戦闘システムはターン制のシミュレーション方式であるが、1ターン内は「ステップ」と呼ばれる細かい動作単位で区切られており、重量が軽ければ軽いほど多くの動作を実行できる（最大は10、最低は4ステップ分）。
デフォルトでは「移動」「攻撃」などの1ターンで1度実行する大雑把な行動（以下コマンド）を選んで入力する「安全・自動モード」だが、設定変更によりコマンドを指示するコード（例えば「歩く」ならGFG、「走る」ならGFFG）を表示させて入力する「危険・手動モード」に切り替える事ができ、コードを組み合わせることで、ステップを活用し1ターン内で複数分の行動が可能になる。また、武器の交換・弾薬補給はこのモードでしか行うことが出来ない。
危険・手動モードでは以下の特性も持つ。
複数コマンド入力での共通コード部分の重複
入力した前後のコマンドの文字が共通していれば、その部分を重複させて入力・発動させられる。例えば「歩く」（GFG）の後「走る」（GFFG）と入力するとGFG+GFFGで計7ステップとはならず、Gが一つ省略されてGFGFFGという扱いになる。重複させられるコードに制限はなく、「走る」（GFFG）と「ダッシュ」（FFGFFF）を繋げると計10ステップとなるところを7ステップのGFFGFFF（走る→実行後のステップ経過でダッシュ）で収められる。
覚えていないコマンドの偶発的入力
コマンド入力はデフォルトの数種類と仲間に教わったものしかできないが、重複したコードが偶発的に別のコマンドになることがある。例えば「突く」（FS）の後「回避」（VG）を入力するとFSVGとなるが、その間に「返し刃」（SV。弱化威力での近接攻撃後、回避レベルの一時上昇）のコマンドが自動的に発動する。この後で1つ前に戻る（1行動分の入力を削除）を選ぶと、返し刃が1行動分として認識され、代わりに削除対象になった回避のコードで重複しないGだけが消え、1文字分節約したうえで結果的に「返し刃」だけを発生させることができる（ただし「防御」や「回避」のように、受動的な数値を上げる行動は削除できない）。なお攻撃範囲内に幻獣がいない場合に攻撃コマンドが発動した場合も自動的にキャンセルされる（幻獣がいても、間違えて何もいないところを目標にしてしまうとキャンセルされるので注意が必要）。
次ターンへのコマンド（コード）超過
コードは次のターンの分まで先行入力できるが、コマンドが発動するのはコードを完全に入力し終わった後になるため、現在のターン内で発動しなかったコマンドおよびコードは、次のターンに持ち越しとなる。例えばGFGFFGとコード入力してGFGFの時点でターンが終了した場合、「歩く」のみがそのターンで発動し「走る」のFGが次のターンへ持ち越される。残りのFGのステップが経過すると「走る」が発動する。
次ターンの超過コードの削除と別コマンド（コード）入力
コードが次のターンにまたがった場合は、またがった部分のみ改めて入力しなおすことができる。この時前のターンの分が共通していた場合も前述と同じく再度重複入力できる。例えば前のターンに「射撃」（GAGW）とコード入力していてGWが持ち越されていた場合、キャンセルして前のターンのGAに「全力射撃」（GAAAAGW。命中低下を伴う、全部武装による複数回の全弾射撃）のGAを重複させられる（GA・前のターンのコードの残り+AAAGW・全力射撃を入力したターンに表示されるコード）。この場合、次のターンでは射撃ではなく全力射撃を実行する。
戦闘マップは各陣営のユニットが矢状のコマとして配置されており、これは各ユニットの方向を明示している。さらに、移動に関係する下半身の向きと、攻撃方向に関係する上半身の向きの2つに分類されており、コマンドによってそれぞれの向きを個別に旋回させることが可能。また、マップの地形には高低差が存在し、著しく高いところは登るためのコマンドを利用しないと迂回しなければならないが、同時に敵のユニットの射線を遮る障害物としても利用できる。
戦闘途中に増援が現れることがあり、優勢な側ほど出現率は高く、強力なユニットが出現する。敵および味方いずれかの戦力が8割を切ると、切った方が撤退のための移動を始める（撤退途中でも攻撃はお互い可能）。撤退するためには、各陣営の初期配置側のマップ端にたどり着く必要がある。味方が撤退してもプレイヤーは戦闘を継続できる。また、ガンパレード・マーチ（突撃行軍歌）を歌った場合や特定の戦闘イベントでは、どちらかが全滅するまで戦い続けなければいけない。
日常パートにおいて、プレイヤーからの恋愛評価が高い異性NPCが2名存在するマップ上にプレイヤーが移動すると発生。
異性NPC2名が口論を繰り広げた後、プレイヤーに向かって「どっち。」とおもむろに迫ってくる。
プレイヤーにはここでいくつかの選択肢が提示されるが、その中に2人のうちどちらかを選ぶというものはなく、またどれを選んでも事態を解決することはできない。結果として、全員の士気が-10、プレイヤーキャラの発言力が-500、異性2名は「焼きもち」状態になると共にプレイヤー及び恋敵への評価が激減してしまう。なお、焼きもち状態の人物がいる場所は「気まずい雰囲気」となり、状況が改善されるまでは仕事や訓練が行えなくなる他、キャラクターによってはゲームオーバーに繋がる最悪の事態を引き起こす要因ともなる。
争奪戦は、条件が揃う限り基本的に回避できないが、プレイヤーが「密会」もしくは「天才」技能を持っていれば1レベルにつき発生確率を33%下げることができる。また、プレイヤーの側からNPCに対して争奪戦を起こすことはできない。
ゲーム終了となる5月10日までPCが生き残ることができればゲームクリアとなり（Sランククリアは5月10日より前に達成可能）、エンディングに移行する。エンディングにはクリア時点のPC及びNPCの状態、そして熊本県内の戦況などに応じてS、A、B、C、D、Eの6種類のランクが存在し、そのクリアデータをロードして再びゲームを始めた際、ランクに応じてPCの能力値、所持アイテム、発言力が変化する。
Sランククリア
ある特殊な条件の達成が必要。
クリアボーナス…全能力値+400、発言力+1000、金の延べ棒所持
Aランククリア
5月10日時点で小隊内に死者がおらず、戦況が人類優勢
クリアボーナス…全能力値+200、発言力+1000、ブレインハレルヤ所持
Bランククリア
5月10日時点で小隊内に死者が存在し、戦況が人類優勢
クリアボーナス…全能力値+200、発言力+1000
Cランククリア
5月10日時点の戦況が人類優勢で、エンディング内でPCが死亡
クリアボーナス…発言力+1000
Dランククリア
5月10日時点で戦況が人類劣勢で、エンディング内でPCが生存
クリアボーナス…発言力+500
Eランククリア
5月10日時点で戦況が人類劣勢で、エンディング内でPCが死亡
クリアボーナス…なし