光厳天皇 生涯
観応2年/正平6年（1351年）11月、尊氏は優位に立つべく南朝の後村上天皇に降伏した。11月7日に崇光は天皇を廃され、光厳院政は停止、北朝は消滅した（正平一統）。光厳は一統を了承し、正平6年12月23日に三種の神器や壺切御剣を引き渡した。北朝の神器が南朝に到着すると、28日に南朝は、偽物と断じたはずの北朝の神器に対し「厳重殊勝」に内侍所御神楽を行い、神慮を慰めた。同日後村上天皇は崇光天皇に尊号を奉り、すでに尊号を受けていた光明上皇にも改めて尊号を奉り、同日光明は出家した。光厳は、「御迷惑」として、敵前逃亡の形で出家した光明上皇を非難している。南朝は、三種の神器接収と時を同じくして北朝が保有している累代の御物の引き渡しを要求したが、光厳は、牧馬（琵琶の名器）や昼御座御剣など一部の御物は紛失したとして引き渡しを拒否し、その後あった後村上の要請にも他の累代の楽器も紛失または焼失し箏だけしか渡せないと突き返していた。南北朝の虚々実々の駆け引きが開始されていた。
しかし、明くる正平7年（1352年）閏2月20日、和睦を破棄して南朝は京都に侵攻し南朝と足利方が再び戦火を交える。不意を突かれた足利義詮は、光厳らを見捨てる形で敗走した。そして21日、光厳・光明・崇光の三上皇と廃太子直仁親王は、石清水八幡宮にいる後村上天皇から、戦乱からの保護と称して石清水への御幸を要請される。光厳らは、当日夕方にわずかな供奉の者を連れて東寺へと向かい、22日朝に石清水へと向かった。同日、今後の運命を予感した光厳は、持明院統に伝わっていた記録類を洞院公賢などに預けた。その後石清水にも戦火がせまると、3月3日、撤退する南朝軍によって三上皇と直仁は河内国東条へと移された。なお、この時に保護から拉致へと切り替えられたとする飯倉の意見があるが、一方で深津は、当初から北朝皇族を拘禁するつもりであったとする見方が一般的であるとし、さらに、公賢や光厳の行動からもわかるように光厳やその周辺も当初からこの保護の実状が拉致であることを理解していたとしている。5月18日、義詮は楠木氏に縁のある祖曇を遣わして光厳らの帰京を交渉させ、6月には幕閣である佐々木道誉が、光厳の側近であった勧修寺経顕と共に光厳らの帰京を画策するも、東条よりさらに奥地で、南朝本拠地である大和国賀名生（奈良県五條市）に移されてしまった。
当時の京都では、北朝の消滅によって全ての朝儀（朝廷の儀式）が中止に追い込まれ、公賢は「ただ戎狄の国のごとし。哀しいかな、哀しいかな（ただただ野蛮人の国のようだ。悲しいかな、悲しいかな）」「蛮夷の国と為るか（野蛮人の国となったのだろうか）」と日記に記している（『園太暦』正平7年4月1日,22日条）。
拉致から約5ヶ月後の観応3年（1352年）8月8日、幽閉先である賀名生で突如出家した。法名は勝光智。
かねてより夢窓に帰依していた光厳だったが、これまで幾度の困難に際しても出家しようとしなかった。廃位の際は近江より帰京し程無くして出家した後伏見法皇の出家の勧めを堅く断り、正平一統の際も光明の出家を「御迷惑」と批難して、幽閉生活となっても出家しなかった。今回の出家は突然のことで、京都にいた公賢は光厳の出家を、「御発心か、欺誑か、もっとも不審、（中略）驚くべき事也（本心からの出家か、南朝方を欺くためのことか、たいへん不審であり、驚くべきことである）」と日記に記している。
光厳がこの期に及んで出家した原因は、光厳の皇子である弥仁王の践祚計画にあると考えられている。光厳は、拉致後も治天の君として新天皇を践祚させ北朝の復活を果たそうとしていたが、京の北朝方が、光厳らの救出を諦め、治天の君である光厳を蚊帳の外にして弥仁王を践祚させようとしたため、光厳が治天の君としての自身の立場の終焉を悟ったとされる。8月、京都では正親町公蔭・楊梅重兼・大炊御門氏忠が後を追って出家した。
観応3年（1352年）8月17日、寧子が主導する形で、弥仁王が継体天皇の群臣義立の先例をもとに践祚した。（後光厳天皇）
同年の6月より、光厳に最も長く連れ添った妃で、崇光上皇・後光厳天皇の国母であった正親町三条秀子（陽禄門院）が病んでいたが、11月28日に父邸にて薨去した。42歳であった。文和2年（1353年）2月、幼少より長年住み続けた持明院殿が、放火によって全焼してしまう。
三上皇と直仁は、文和3年（1354年）3月22日に河内金剛寺に移され、塔頭観蔵院に住んだ。金剛寺に移った頃から、京都との通信もできるようになり、同年の6月には『万葉集』を京都から取り寄せている。同年の9月、10月には、金剛寺の僧侶より『般若心経秘鍵』の講義を受けた。文和4年（1355年）8月、光明法皇のみ京都に返された。
延文元年（1356年）10月20日、光厳は崇光に全ての琵琶の秘曲を伝授し終え、延文元年（1356年）11月6日に孤峰覚明より禅衣を受け禅の道に没入し、世俗を断った（同日、法名を「勝光智」から「光智」に改めた）。持明院統の当主として琵琶の秘曲を伝授する責任を果たし、俗世への未練を払拭した形でのことであった。これには洞院公賢も、「真実無為に入るの御体也。澆季の俗、思食弁ずる条、尤も貴き御事か（本当に仏門に帰依したお姿だ。乱世の俗事を心得られ、なんと尊いことだ）」（『園太暦』延文元年11月17日条）と日記に記している。妃である寿子内親王も直ちに出家し、翌年4月に禅衣を受け、同所にて光厳に仕えていた者のうち、兵衛督局や和気久成も出家した。
南朝の軟禁下にあること5年、延文2年（1357年）2月18日になって光厳は崇光と直仁と共に金剛寺より還京し、光厳は光明のいる深草金剛寿院に入り、崇光は広義門院がいる伏見殿に入った。同月27日には、五山文学僧として名高い中巌円月を招き、光明とともに『大慧普覚禅師語録』の講義を受けた。なお、同月19日に、帰京のお祝いを申し入れるべく近衛道嗣や公賢が参入したが、光厳は会おうとせず参入を禁じたという。しかし3月に入って秀子の父の正親町三条公秀を召し、3月29日に面会。正親町三条公秀は公賢宛の書状にこの日のことを「悲喜の涙に溺るるのほか他無く候ひき（ただただ悲しみと喜びの涙を流すばかりであった）」と記した。
康安2年（1362年）9月、10人余りを引き連れて、法隆寺に参詣した。これに関連して、法皇が大和・紀伊へ行脚に出て、吉野で後村上との再会を果たしたという話が『太平記』・『大乗院日記目録』に見える。この逸話に関して、虚構とする見解と一部は事実であるとする見解がある。虚構とする見解は、光厳と後村上の会話の中で後村上が光厳の出家事情を尋ねているが、光厳が出家した際に後村上は同じ賀名生にいて、それを知らないはずがないであろうという点を根拠に挙げている。一方で深津は、太平記の性質上、記事が全くの虚構であるものはほとんどなく細部が異なっているもの（西園寺公宗の謀反など）が多いので、場所や述懐の内容などは創作で、難波から高野山、吉野を経て、後村上天皇と再会したことは事実であったと推測している。
晩年、光厳は持明院統の相続に関する処分を行った。光厳は、異例の形で即位した後光厳天皇を持明院統の庶流の天皇として、直仁の皇位継承が困難になると改めて崇光を正嫡とし、持明院統の経済的中核であった長講堂領を崇光に譲った。
延文3年（1358年）8月ごろ、後光厳天皇と光厳の仲は頗る悪かったという。両者は勧修寺経顕の諫言によって和解するも、光厳は後光厳の勅撰和歌集で二条派歌風をとる『新千載和歌集』への入集を拒否した。（→#後光厳天皇との関係）
その他の活動としては、四条隆蔭の出家に際して自ら戒師を務めるなどしている。隆蔭は光厳のもっとも信任する側近の一人であり、隆蔭の剃髪直前に光厳は隆蔭を一品に推挙していた。しかし結果的に叙位が叶わなかったために、隆蔭は自発的に剃髪に至った。この出家儀礼には、光厳にとっては来世も隆蔭との主従関係を約束する意味があり、隆蔭にとっては来世でも忠節を誓う意味があったとされる。
幽閉されていたころより禅に没入していた光厳であったが、貞治2年（1363年）ごろ、丹波国山国荘（現：京都府京都市右京区）の成就寺を常照皇寺に改め、同寺に隠棲するようになった。夢窓の弟子である清渓通徹と共に『碧巌録』を研究しているが、庵を「碧巌」と名付けるほど熱心に研究したという。そして、碧巌録にある次の禅語によって悟りに至った。
その際、通徹より僧伽梨を与えられたという。
常照皇寺に入る前の延文3年（1358年）9月に光厳は病によって一度重態になっており、貞治3年（1364年）4月に春屋妙葩へ宛てた書状にて自ら「目の所労以下窮屈、墨蹟いよいよ狼藉過法候」と記すほど衰弱していた。同時期より再三病気になり、その後ものが食べられなくなった。同年6月上旬にも病に罹り、一時回復したが、6月26日に再発し、7月7日、遺誡と遺偈を遺し、午前1時ごろ（丑の刻）、常照皇寺にて崩御した。宝算52。
遺誡には、次のようなことが記されている。
第一条には、
第二条には、
遺偈は次の句であった。