小沢治三郎 生涯
しかし、米側の主力機動部隊である第3艦隊第38任務部隊が囮の第三艦隊ではなく、主力の栗田健男中将率いる第一遊撃部隊を先に発見して航空攻撃を加え、第三艦隊を10月24日午後まで発見しなかった。このため、第一遊撃部隊は戦艦「武蔵」を航空攻撃で失うなど大きな損害を出し、10月24日の牽制作戦（航空攻撃）は徒労に終わった。だが小沢は第三艦隊から発進した攻撃隊が米軍機動部隊に大きな損害を与えたとして、戦艦「日向」「伊勢」を突出させ、残敵を掃討するよう命じた。この前衛艦隊は、翌日空襲を受ける直前に空母部隊と合流した。翌10月25日には米第3艦隊の目を引き付けたものの、適切な通信連絡すら齟齬を来たす程の航空攻撃により旗艦「瑞鶴」は早々に作戦能力を喪失し、旗艦設備の整った軽巡洋艦「大淀」に司令部を移乗する事態に陥った。第三艦隊司令部を収容した「大淀」の戦闘詳報には連合艦隊司令部の指導に対する批判もあるが、一方で米正規空母群に対する牽制、誘致に努めるべき時機、期間、すなわち、第一遊撃部隊に対して自在の航空攻撃を許さないのはいつからいつまでであるべきかという観念を欠いていたと小沢の指揮への批判もある。レイテ沖海戦について海戦の計画の精緻さと頓挫について聞かれた際「あの場合の処置としては他に方法がなかった」という。
10月25日から特攻作戦が開始され、小沢の指揮下からも特攻隊が編成され出撃している。小沢の部隊では、701空の一部を特攻部隊へ抽出、また634空の一部で梅花隊を編成し、特攻させている。
1944年（昭和19年）11月18日、軍令部次長兼海軍大学校長。
12月、小沢の発案でPX作戦が進められる。いわゆる細菌戦である。これは榎尾義男海軍大佐が指揮し、細菌を保有するネズミや蚊を人口が密集する米本土西岸にばらまき生物災害を引き起こす作戦内容であった。機材として航空機2機を搭載する伊四〇〇型潜水艦を使用する計画ではあったが海軍に細菌研究がなかったため、参謀本部作戦課長の服部卓四郎陸軍大佐が陸軍側の担当者となり陸軍の石井四郎軍医中将の協力を得て陸海軍の共同計画とされ、人体実験を含む研究が進められた。1945年3月26日海軍上層部は作戦決行に合意したが、陸軍参謀総長であった梅津美治郎大将が「細菌を戦争に使えば、それは日米戦という次元のものから、人類対細菌といった果てしない戦いになる。人道的にも世界の冷笑を受けるだけだ」といって反対し、「アメリカに対する細菌戦は全人類に対する戦争に発展する」との考えから作戦は中止された。
この件に関して戦後しばらく関係者の沈黙が続いたが、のちに榎尾元大佐が新聞で経緯を語った。
1945年（昭和20年）2月、第五航空艦隊編制から現地部隊に任せていた特攻作戦を軍令部も指導するようになった。第五航空艦隊長官・宇垣纏中将は全力攻撃を行い、中央ではやりすぎ、中止させるべきという議が起こったが、小沢はやりかかったものをそんなことを言って止めるものにあらずと制肘を加えた。3月8日、中央の会議で海軍は24万トンの船舶使用を陸軍に認めたが、3月13日に小沢は「食糧輸送船舶を含みかつ陸軍使用の影響は甚大、海軍特攻計画にも影響を与えることになるので同意できない」と異議を申し入れた。
4月の戦艦「大和」の海上特攻について事前に連合艦隊参謀・神重徳が許可を取りに来た際に軍令部第一部長・富岡定俊は燃料がないと反対し、軍令部総長・及川古志郎は黙って聞いていたが、小沢は「連合艦隊長官がそうしたいという決意ならよかろう」と直接許可を与えた。小沢は「次長たりし僕に一番の責任あり」といいつつ「全般の空気よりして、その当時も今日も当然と思う。多少の成算はあった」と責任を回避している。ちなみにこの小沢の言こそ、後年山本七平による『「空気」の研究』のきっかけとなった。
1945年（昭和20年）5月29日、連合艦隊長官に就任し、海軍総司令長官と海上護衛司令長官を兼ねた。就任の際に海軍大将昇進を打診されたが、小沢は断った。
陸軍にいた瀬島龍三によれば、小沢は決定すべき問題に、その都度明確に裁決を下す、動かざること山のごとき長官だったという。
6月6日、菊水作戦の続行方針を堅持しつつ、練習航空機特攻部隊に展開準備を命令。6月24日、小沢は第三航空艦隊長官・寺岡謹平中将に剣作戦の部隊編成しマリアナ方面の基地にB-29戦力破壊を目的に捨身攻撃を行う準備を命令。またその際の制圧のため、銀河に多銃を装備させ強襲する烈作戦も準備を進めた。6月25日、トラックに彩雲を輸送する光作戦、ウルシーを奇襲する嵐作戦の実施を発令。神風特別攻撃隊第五御盾隊によるレイテ奇襲を目的とした第4次丹作戦の準備を進め、8月4日に小沢は訓電を送り激励する。
「戦機熟し諸子に進発を下令す 諸子の将に屠らんとするは年来の頑敵にして過去累次に亙り幾千の英霊が撃滅に長恨を残し今之が驕慢横行は一億宿怨の籠る所なり 茲に諸子は決号作戦一億特攻の先陣として此の宿敵を粉砕以て敵進行の骨幹を疫徐して決勝の一路を啓開せんとす 誇りや高く任や重し往け 大君の御楯として生を受くる20数年 今ぞ畢生の精魂を傾倒して之を必成せよ」起案淵田美津雄大佐
しかし、徹底抗戦を主張する軍令部次長の大西瀧治郎中将が、鈴木貫太郎内閣の終戦工作に反対して東郷外相に「二千万人の特攻死を出せば、日本は勝てる」と言った時には、「二千万人の男を殺して、だれがこの国を再建できるのか」と叱責したとされる。こういった中、終戦が決まった。終戦前日の8月14日、幕僚を集合させ終戦決定のいきさつを話し、軽挙妄動を防ぎ、油断を戒める両面を考慮し「決三、四、五、六号作戦警戒」発令の手続きをする。「お上の信用がまるでなくなってしまったので」と述べた。小沢は大西瀧治郎中将の自決については何ら意見を述べなかったが、終戦後部下を連れて特攻した宇垣纏については命令違反であると批判した。そして自分の幕僚に「君たちは腹を切ってはいけない。俺も自決しない」と明言し「俺は第一線で全力を尽くして戦ったが、戦争は不幸にして負けた。俺にはその責任はあるが、戦争を始めた責任は俺にはない」と説明した。
また終戦の際に厚木飛行場で小園安名大佐が抗戦を主張して厚木航空隊事件を起こした。小沢は反乱と断定して鎮圧を命令し部隊を派遣しようとしたが、小園大佐がマラリアで倒れたことにより事態が収束した。
1945年（昭和20年）10月10日、予備役編入。10月末、米国戦略爆撃調査団に証言。
1947年（昭和22年）11月28日、公職追放の仮指定を受けた。
1955年（昭和30年）9月24日、防衛庁顧問に就任している。
1966年（昭和41年）11月9日、多発性硬化症のため死去。80歳没。
葬儀に際し昭和天皇より御下賜された七千円の祭祀料の外、別に金二万円が夫人より潮会（元海軍兵士達の会）に寄付された。アメリカ合衆国の戦史研究家サミュエル・モリソンからは花束とともに「偉大なる戦略家であり船乗りだった小沢提督の死を心より悼む」という弔辞が寄せられた。なお、モリソンはレイテ沖海戦における小沢を高く評価し、ハルゼーを批判しているが、戦闘の実態は上記のとおりである。
戒名は「大雄院殿浄誉治濤大居士」、墓所は東京都世田谷区にある大吉寺。産まれ故郷の宮崎県児湯郡高鍋町にも墓所がある。
2012年（平成24年）8月13日に、小沢の遺族宅で、小沢が使用したと見られる少将旗と、小沢が南遣艦隊司令長官の職を終えた時（1942年（昭和17年）7月）、及び第三艦隊司令長官の職を終えた時（1944年（昭和19年）12月）に、昭和天皇に拝謁、軍状を奏上した際の上奏文控えが発見された。左近允尚敏は「将旗はほとんど現存しておらず、極めて珍しい。また上奏文は、当時の海軍上層部が、それぞれの作戦をどのように考えていたかを知る上で貴重な史料といえる」と述べた。