メジロマックイーン 競走馬時代
復帰が現実味を帯びてきた頃、陣営は、天皇賞（春）3連覇を目標に据える。同一重賞の3連覇は、これまでにセカイオーが鳴尾記念で果たしたのみであり、GI競走3連覇、それも格式の高い天皇賞（春）3連覇は、もってのほかだった。加えて武も天皇賞（春）5連覇がかかっていた。厩舎に帰還したメジロマックイーンは、200メートルを15秒で走る運動を開始し、1月27日には初めて、脚元の不安が小さいプール調教に臨んでいる。一時期、左前脚に骨膜炎をきたす一頓挫もあった。この骨膜炎を根拠に、一部スポーツ新聞がメジロマックイーンの春の復帰は不可能と報じていたが、実際はそれほど重度のものではなく、予定通り、天皇賞（春）を目指すことができた。天皇賞戦線には、前年の皐月賞と東京優駿を優勝したクラシック二冠馬ミホノブルボン、前々年の二冠馬トウカイテイオーが存在していたが、2頭はほどなく故障し、対決は実現しなかった。メジロマックイーンは、これまで平地コースでの調教しかしていなかったが、ここで初めて坂路調教が導入される。ただ全盛期に比べて物足りず、坂路では人の言うことを聞かず立ち止まるといった悪癖も見られるようになる。調教の強度、量ともに減り、遂にはマスコミから、戦線復帰は厳しいという声も挙がっていた。
当初は過去2年と同じく、3月14日の阪神大賞典を前哨戦とするつもりだった。しかし一頓挫あって見送り、4月4日の産経大阪杯（GII）で始動となる。坂路調教を積んでからの復帰となったが、マスコミは調整不足と見る声が大きかった。加えて馬体重は、約11か月前の天皇賞（春）から14キログラム増加であり、舞台は、未知数の2000メートル戦だった。GII優勝馬に過ぎないナイスネイチャやエルカーサリバーなど格下が相手だったが、メジロマックイーンは信頼を勝ち取ることができず、オッズは、ナイスネイチャと並ぶ2.4倍となる。票数の差で辛くも1番人気となっていた。
7枠13番を得たメジロマックイーンは、逃げるラッキーゲランに次ぐ2番手を追走。最終コーナーにて、促されることなく「馬なり」で先頭となり、直線で突き放した。以後独走、ナイスネイチャに5馬身差をつけて先頭で入線する。前年春のバンブージャンボのタイムを0.2秒上回るコースレコードを樹立し、優勝を果たした。
続いて4月25日、天皇賞（春）に臨む。ミホノブルボンの三冠を阻んだ菊花賞優勝馬ライスシャワー、同3着で重賞連勝して臨むマチカネタンホイザ、宝塚記念の後に有馬記念も制し、阪神大賞典優勝から臨むメジロパーマーなどが3連覇の前に立ちはだかった。しかし産経大阪杯の復活優勝が高く買われ、メジロマックイーンは信頼を勝ち取る。このほか武は、桜花賞をベガで、皐月賞をナリタタイシンで制しており、JRAGIを連勝中だった。オッズ1.5倍の1番人気となる。以下、ライスシャワー5倍、マチカネタンホイザ8倍、メジロパーマー9倍だった。ただメジロマックイーンは、中2週での参戦だった。
前年落鉄した発走前、この年はゲートに収まるのを嫌がり、発走時刻を3分間遅延させた。しばらくして収まり、8枠14番からスタートした。メジロパーマーが大逃げする一方で、3、4番手の好位を追走した。背後にはライスシャワーがおり、マークされる形となった。メジロパーマーは、天皇賞（春）史上2番目に早いペースで先導していた。ハイペースとなる中、メジロマックイーンは2周目の第3コーナーから進出を開始する。ただ傍らにはライスシャワーを伴っていた。やがてメジロマックイーンとライスシャワーは、先頭のメジロパーマーに並びかける。ただメジロパーマーも失速していなかった。3頭並ぶ雁行状態、わずかにメジロマックイーンが先頭で最終コーナーを通過する。ただ直線半ばでその均衡も解け、ライスシャワーの末脚が優勢となる。メジロマックイーンは抵抗することができず、脚色は、メジロパーマーのそれと同じとなった。以後、独走を許し、メジロパーマーとの2着争いとなった。
ライスシャワーに2馬身半差の2着。3着のメジロパーマーには4分の3馬身差。天皇賞（春）3連覇並びに、武の天皇賞（春）5連覇は、果たせなかった。メジロパーマーから6馬身差の4着にマチカネタンホイザ。4着までがイナリワンのコースレコードを上回るタイムで駆けていた。武は「悔しいけれど、力は出し切っての結果。勝った馬が強かった」、池江は「完全なレースをしての負け。相手が一枚上だった」と述懐している。このレース、メジロマックイーンは、発走直前にゲートを入りを嫌がったことで「枠入り不良」と判断されている。そのため、発走調教再審査の制裁が課された。
続いて6月13日、皇太子殿下御成婚奉祝宝塚記念に臨む。ライスシャワーは放牧、トウカイテイオーは復帰予定だったが再び故障し断念。さらにカミノクレッセやヒシマサル、シスタートウショウなども断念するなど、有力馬の回避が続出。注目は前年度優勝馬のメジロパーマーとの対決に絞られていた。他の相手には、ニシノフラワー、シャコーグレイド、アイルトンシンボリがいたが、人気は2頭に集中した。メジロマックイーンが1.5倍の1番人気、メジロパーマーが2.7倍だった。良馬場ではあったが、雨が降り、特に内側が荒れている状態での発走だった。
メジロパーマーが、荒れていない外側を選んで逃げに出た。ほとんどがそれに従って馬群が形成され、2番手にニシノフラワー、3番手の好位にメジロマックイーンがいた。メジロパーマーは馬場に脚をとられ、ニシノフラワーは折り合いがつかなかった。第3コーナー、前の2頭は脱落し、代わってメジロマックイーンが先頭となる。直線では後続を突き放して独走。後方から追い上げたイクノディクタスに1馬身4分の3差をつけて先頭で入線する。
GI4勝目。メジロ勢は宝塚記念3連覇。また、祖父メジロアサマは1971年2着、1972年6着、父メジロティターンは1982年9着に敗れ、二代続けて逃した宝塚記念のタイトルを三代目が回収していた。
函館競馬場での夏休みを経て、秋は前々年に1位入線も降着、前年は出走できなかった天皇賞（秋）を目指し、10月10日の京都大賞典で始動する。相手にはメジロパーマーの他に、4歳で臨んだ有馬記念でメジロパーマーにハナ差の2着となったレガシーワールドなどが揃う10頭立てだった。ただメジロマックイーンは1.2倍、レガシーワールドを4.4倍、メジロパーマーを14.0倍に押し込める1番人気だった。
メジロパーマーが逃げ、それにレガシーワールドが続く中、メジロマックイーンは中団5番手を追走する。第3コーナーからは、武が促さずとも、前方の対抗馬と距離を縮めた。盛んに促される対抗馬に最終コーナーに並びかけて、たちまちかわして先頭となる。唯一レガシーワールドが抵抗してきたが、直線で突き放していた。以後独走、レガシーワールドに3馬身半差をつけて決勝線を通過した。重賞9勝目。走破タイム2分22秒7は、前年優勝馬オースミロッチの記録を1.9秒上回るコースレコードだった。武はこの直後にこう述べていた。
この秋はやらなくてはならないことがたくさん控えていますから、その意味でも最高のスタートを切ることができました。この次の秋の天皇賞は、メジロマックイーンといっしょ〔ママ〕に東京競馬場のウイナーズサークルに立てるように頑張りますので、皆さん応援してください。 — 武豊
前哨戦を勝利したことで、10月31日の天皇賞（秋）に大本命で臨むこととなった。しかしその4日前の10月27日、ウッドチップコースでの調教を終えた後に歩様が乱れて天皇賞（秋）を回避を決定。その後の検査で、左前脚の繋靭帯炎が判明する。復帰には最低でも半年かかるとされ、既に種牡馬シンジケートが結成されていたことが後押しとなって引退が決定する。29日に引退発表がなされた。結局、秋の古馬GI競走には縁がないまま引退となった。欠場したこの年の秋、天皇賞（秋）はヤマニンゼファー、ジャパンカップはレガシーワールド、有馬記念はトウカイテイオーが優勝しているが、レガシーワールドとトウカイテイオーは、メジロマックイーンが下した相手だった。またヤマニンゼファーは、ニホンピロウイナー産駒、安田記念連覇のマイラーであるが、メジロマックイーンの引退レースとなった京都大賞典の2000メートル通過タイムが、天皇賞（秋）のヤマニンゼファーの走破タイムを上回っていた。このことから武は、天皇賞（秋）に体調の問題がないメジロマックイーンが出ていれば「100パーセント勝っていた」と述べている。
引退により成績は21戦12勝、総獲得賞金は10億1465万7700円で確定する。デビューから引退まで、降着を考えなければ、入着を逃したことはなかった。7歳の宝塚記念を優勝したことにより、オグリキャップなどを上回る獲得賞金9億円に到達。続く秋の京都大賞典を優勝したことにより、アメリカの賞金王で、世界最高とされるアリシーバでも届かなかった10億円に到達していた。
引退決定から約1か月後の11月21日、マイルチャンピオンシップ当日昼休みの京都競馬場で引退式が行われる。当日はメジロマックイーンのための徹夜組が発生するなど、ファンが集結。そのため開門が1時間繰り上げられる措置が取られた。「異例のはからい」でパドックを周回してから入場、北野豊吉の悲願が果たされた1991年天皇賞（春）のゼッケン、帽色でお披露目がなされた。故障しているため、歩くことしかできなかった。競馬場内は、まず関西GI競走の馬場入場で使用される楽曲「ザ・チャンピオン」が流され、やがてスティーブ・マックイーンの主演映画『大脱走』のテーマ楽曲に変化した。『大脱走』のテーマとともに競馬場から退いている。11月24日、JRAの競走馬登録を抹消する。翌1994年3月9日にて行われた顕彰馬選考委員会にて、全会一致で選出され、史上22頭目の顕彰馬となった。