落合博満 経歴
テレビ朝日との専属解消後はフリーとして、テレビ朝日時代から通っていた九州朝日放送の中継に度々出演していた。また、1999年から2003年の間、日刊スポーツ野球評論家としても活動した。
2001年2月、横浜ベイスターズのキャンプで臨時打撃コーチを務めた。
2003年10月8日、中日の監督に就任することが発表された（3年契約）。就任早々、16人の選手の背番号を変更し、ユニフォームのデザインを中日伝統のロサンゼルス・ドジャース型のデザインから変更した。このユニフォームは退任する2011年まで使用された。
「この1年は補強を凍結し、個々の選手の能力を10%底上げして優勝を勝ち取る」と述べ、戦力外と外国人以外の補強を凍結することを公言。巨人での引退試合後に一転して現役続行を決意した川相昌弘、横浜を解雇されたドミンゴ・グスマン、広島を解雇された筒井正也しか獲得しなかった。また、キャンプ初日に紅白戦を実施する異例の采配スタートとなった。
2004年、宣言通り就任初年度にしてリーグ優勝を達成した。開幕戦では3年間一軍登板のなかった川崎憲次郎を開幕投手に起用し、川崎は5失点で降板するもチームは逆転勝利した。エースの川上憲伸を3戦目に先発させ3連敗のリスクを避けると同時に、川崎の開幕起用で「全選手横一線」と選手に刺激を与えること、FAで中日に加入しながら一度も登板していない川崎に最後のチャンスを与える（後に事実上の「引退試合」であったと言及している）こと、先発投手についての情報の漏洩がないかを確かめることが目的だったと退任後に語っている（「外部に漏らしそうなコーチには伝えていなかった」としている）。また、投手起用についてはヘッドコーチの森繁和が全て決めていたが、この川崎の開幕起用のみは落合が決めた。落合が森に対し、川崎の開幕投手起用を提案したところ「長いシーズンでは負けてもいい試合がいくつかあるが、開幕戦からいきなり捨てゲームを作るのか」と呆れられたという。また、守備面においてはアライバコンビを重宝していた。日本シリーズでは、先に3勝しながらも3勝4敗で敗れ日本一はならなかった。
2005年、主砲のタイロン・ウッズの藤井秀悟に対する殴打事件による出場停止や、交流戦における負け越しにより失速し、2位に終わる。
2006年、2年振り2度目のリーグ優勝を達成。普段はベンチに腰をかけて表情一つ変えない落合が、巨人との優勝決定戦でウッズが満塁本塁打を放つと抱きついて出迎え、試合終了後のインタビューでも冒頭で言葉が出ないほど感極まっていた。日本ハムとの日本シリーズでは1勝4敗で敗れまたも日本一ならず。オフに球団と新たに2年契約を結んだ。
2007年、ペナントレースでは連覇を逃し2位。セ・リーグでは同年から導入されたクライマックスシリーズで阪神に2連勝、巨人に3連勝と勝ち進み、日本シリーズに出場した。日本ハムと戦い4勝1敗で日本一を奪取したが、これは球団として53年ぶり2度目の日本一であり、更にその後行われたアジアシリーズでもチームをアジアチャンピオンに導いた。これらの功績が認められ、中日の監督・選手として初となる正力松太郎賞を受賞した。
2008年は3位に終わる。監督就任5年目で順位・勝利数・勝率の全てでワーストだった。主力の不振や衰え、福留孝介のメジャー移籍や、北京五輪で5人の主力選手が抜けたことで打撃力がリーグワーストの成績に陥ったことが響いた。クライマックスシリーズ2ndステージでは、巨人に1勝したのみに終わり敗退。オフに球団と新たに3年契約を結んだ。
2009年は2位に終わる。クライマックスシリーズ2ndステージでも、巨人に1勝したのみに終わり敗退した。川上、タイロン・ウッズ、中村紀洋がチームを去り、谷繁元信がケガで離脱したこともあり、7月には首位巨人に1.5ゲーム差まで迫ったが失速し、最終的に12ゲーム差をつけられた。
2010年、監督として3度目のリーグ優勝を達成。井端弘和のケガによる離脱、トニ・ブランコの不調により得点力が大幅に低下し、一時は首位に8ゲーム差をつけられたが、ホームゲームにおいて勝率.746と無類の強さを発揮して9月10日に首位に立ち、巨人・阪神との激しい三つ巴の争いを制して143試合目にして優勝を達成。クライマックスシリーズ2ndステージで巨人を4勝1敗で破り日本シリーズに進出したが、パ・リーグ3位から勝ち上がってきたロッテに2勝4敗1分で敗れ、日本一はならなかった。なお、中日球団で7年連続で指揮した監督となり、与那嶺要（1972年 - 1977年）と星野仙一（第二次政権時の1996年 - 2001年）の6年連続を上回り、球団歴代1位となった。
2011年1月14日、2011年度野球体育博物館（野球殿堂）競技者表彰に選出された。この年は打線の絶不調により前半戦は苦戦し、8月3日には5位に転落。首位ヤクルトとは最大10ゲーム差をつけられたが、9月に入りリーグ屈指の投手陣の働きにより巻き返し、ゲーム差を縮めた。
シーズン中の9月22日、球団から同年シーズン限りでの監督退任が発表されるが、10月6日に首位に浮上、18日に142試合目にして優勝を決め（監督として4度目のリーグ優勝）、強力な投手力で球団史上初のリーグ連覇を達成した。
監督としての契約は10月限りで切れていたため、以降は1日ごとの契約更新となった。ヤクルトとのクライマックスシリーズファイナルステージを4勝2敗（リーグ優勝アドバンテージ1勝を含む）で制し、2年連続（監督として5度目）の日本シリーズ進出を決め、試合後には当初予定されていなかった胴上げが行われた。日本シリーズは3勝4敗で敗れ、これが監督としての最後の胴上げとなった。11月10日、セ・リーグより最優秀監督賞に選出されたことが発表された。
11月20日、日本シリーズで福岡ソフトバンクホークスに敗れた試合終了を以って、監督退任となった。
落合が監督を務めていた中日は、8年間でリーグ優勝4回、日本シリーズ出場5回、日本一1回、Bクラス（4位以下）0回だった。歴代の中日監督では最高の成績である。
2012年、日刊スポーツ評論家に復帰した。解説者としてはフリー。初解説は2012年4月15日に甲子園で行われた阪神対中日のテレビ中継だった（名古屋テレビ制作）。
8月に顔面麻痺を発症し、病院に緊急搬送されたが間もなく退院する。以後は、治療を続けながら講演や野球中継のゲスト解説などを行っていた。
2013年10月9日、中日球団に新設されたゼネラルマネージャー（GM）への就任が発表された。当初は顧問を打診されたが自らGM職を提案し、推定年俸8000万円で契約した。
GM就任後に初めて実施された、選手との契約更改では、退団して巨人に移籍した井端弘和と、FA宣言でソフトバンクに移籍した中田賢一を除く中日選手は年俸提示に同意し、総年俸から総額推定8億円超のコストカットを実現した。中日オーナーの白井文吾は、球団フロントに対して、与えられた予算内での年俸抑制を、以前から求めていた。ところが、好成績を残した選手や実績のあるベテランが提示額を不満とすると、何がしかの「イロ」をつける、いわゆる「ゴネ得」を許す悪しき風習をなかなか断ち切れなかった。契約更改が終わると、結果的に予算オーバーという展開が繰り返されてきた。落合は、「自分が編成の責任者になって全てを任せてくれたら、年俸の削減もできる。それにはGMがいい」と提案した。白井は、監督時代の有無を言わさない統率力を見てきたこともあり、落合をGMに就任させた。
しかしこうした経緯から明らかなように、GM時代の落合は大金を投じた大型補強を実施することが難しかった。他球団で実績のある捕手の嶋基宏（当時は楽天）、炭谷銀仁朗（当時は西武）を、FAで獲得する可能性を中日が調査したとの報道があったが、いずれも実現していない。
中日は2016年に19年ぶりの最下位となり、同年12月20日、球団は契約切れとなる2017年1月限りで落合がGMを退任すると発表した。2018年からは、フリーの野球解説者として活動を再開した。