本能寺の変 変の要因
藤田は、当時、日本は「二人の将軍を頂点とする二つの幕府、すなわち「鞆幕府」と「安土幕府」による内乱時代」にあったという見方を示しており、本能寺の変もそうした中で起きたとするのが藤田説で、この点でも示唆に富むものであり、染谷光廣も「この事件の原因も義昭や義昭に仕えた人々の動向、そして、光秀の家臣団の人的様成などを併せて考えてみる必要があると思うのである。そして、根深いところに義昭の存在があったのである」と述べるなど、大義名分の1つには成り得るが、直接の指令があったのかどうかも含めて、義昭の積極的関与を示すような証拠は依然として存在しない。ただし、藤田は6月12日に光秀から土橋重治にあてた書状を考察し、光秀が信長打倒後に足利義昭を奉じて入洛させ、織田政権に代わる形で室町幕府を再興するという明確な構想を考えていたと指摘している。さらに2019年刊行の『明智光秀伝』では原文の「然而（平出）御入洛事、即御請申上候」を「しかしながら（将軍の）ご入洛の件につきましては既にご承諾申し上げています」と解釈した上で「重要なのは、あらかじめ義昭側から上洛を援助するようにとの働きかけがあったことだ。遅くとも本史料を認めた天正十年六月十二日までに、光秀が旧主義昭（元亀二年まで仕える）を推戴していたことになる」と、光秀と義昭側には明確な連携があったとしている。
羽柴秀吉黒幕説
「もっとも利益をえた者を疑え」という推理のセオリーに則って、一番利益を得た秀吉を黒幕であると想定して、将来に不安をもつ光秀を唆して謀反を起させたとする説。宇都宮泰長などが書き、この説では中国大返しの手際の良さや、秀吉の援軍要請は必要あったのか、などが論拠とされるが、史料的な裏付けは全くない。創作作品にしばしば見られる。→「豊臣秀吉 § 本能寺の変の黒幕説」も参照
毛利輝元黒幕説
信長の死で直面した危機から脱して得をしたのが毛利輝元であったということから黒幕と想定したものだが、根拠はない。米原正義は毛利輝元も穂井田元清も、吉川広家も、信長父子の急死を「不慮」つまりおもいがけないことであると述べていることから、毛利輝元黒幕説は成立しないと述べている。
徳川家康黒幕説
動機は徳川家康主犯説と同じだが、家康が光秀を裏で操る黒幕であったという説。「光秀は僧侶だったのではないか？」とする作家小林久三が提唱した南光坊天海＝光秀説に触発されて、歴史小説などで用いられたもので、創作。
この説の肝は、『本城惣右衛門覚書』やフロイスの『日本史』、『老人雑話』などに信長が家康を暗殺するという風説（いわゆる、家康暗殺説）があったという記述があることを根拠に信長による家康暗殺の計画が実際にあったとする点と、光秀が山崎の戦いの後も僧侶として生存し南光坊天海として家康に仕えたとする点の2点である。陰謀論の中ではよく知られたもの。信憑性については定かではないが、この説を利用するフィクション・陰謀論がかなりある。
堺商人黒幕説（堺豪商黒幕説）、千利休説、堺商人・徳川家康黒幕説
堺商人が自らの既得権を守るため、自治都市としての復権のために信長殺害を計画したという説。利休が仕組んだという利休黒幕説、堺商人が家康と共謀したという堺商人・徳川家康黒幕説など、そこから派生した諸説も含まれる。新宮正春などの作家が小説（フィクション）として書いた。
新井英生も『歴史と旅』誌上で自説を述べ、「茶頭の一人として、信長の“楢柴”に対する執心ぶりを熟知していた津田宗久が、この名物を餌に信長謀殺を企てたのではないかと思える」と書いている。確かに堺商人（今井宗久や津田宗及）の招きで信長は本能寺へ入って茶会を催しており、可能性がないわけではないが、根拠になるようなものは存在しない。
フロイス黒幕説・イエズス会黒幕説（ローマ教皇庁黒幕説、キリシタン・バテレン説）
宣教師やイエズス会などが黒幕であったとする説。マカオ侵略を危惧したとか、信長が神になろうとしたからとか、細川ガラシャなどキリシタンの繋がりで光秀を動かしたとかいうような陰謀論で、多くは創作で根拠のようなものはほとんどない。
イエズス会黒幕説は、立花京子が平成16年（2004年）に著書『信長と十字架』で発表した。立花の主張では、大友宗麟はイエズス会と信長とを繋ぐ舞台廻しであり、「信長政権が南欧勢力の傀儡に過ぎなかった」とし、「信長はイエズス会から資金提供を受けていた」が、信長がイエズス会に逆らって自らを神格化したために見捨てられ、暗殺されたとする。イエズス会を中心とする南欧勢力の最終目的は明帝国の武力征服であり、変は信長から秀吉に首をすげかえるためのものに過ぎなかったという。反論として「当時のイエズス会の定収入は年2万クルザード程度であり、しかもその半分以上はインドに送金され、会を維持運営するのにも事欠く有様であった」などが挙げられ、論拠に信用に欠ける『明智軍記』などを検証も無く多数引用するなどの問題点が批判された。
高野山黒幕説
天正10年当時、高野山攻めが行われていて、高野山真言宗門徒が畿内で信長に逆らう最後の勢力だった。本能寺の変によって攻撃は中止されており、変で利益を得た勢力の1つとして黒幕説がある。
森蘭丸黒幕説
森蘭丸が事前に本能寺の変を察知していて、何らかの陰謀に関与していたという説。考え込んで箸を落とした光秀を見て謀反を起こす気らしいと進言したという『常山紀談』に見られる逸話あるいは『森家先代実録』などにある光秀謀反の警告から発展したもので、創作。同説では複数のパターンがあるが、例えば、『絵本太閤記』にある蘭丸による光秀殴打などから、光秀と蘭丸との敵対関係がことさら強調されており、蘭丸は光秀を陥れ、讒言し、殺害しようと度々計画する奸臣で、それに対する反撃が本能寺の変という位置づけのものもある。
法華宗門徒黒幕説
安土宗論に敗れた法華宗が、その遺恨から、大檀那、門徒が共謀して信長を暗殺したという説。内部協力者の存在も指摘する。茶屋四郎次郎、本阿弥光悦、斎藤利堯、竹内季治などの法華宗門徒が陰謀に加わった可能性を指摘するが、それらの連携を示すような根拠は全くなく、法華宗の門徒が自派の寺院である本能寺を焼いてしまうとすれば、それは仏罰を受ける大罪であり、そのような襲撃計画を練るとも考えにくい。
織田信忠黒幕説
織田信忠と織田家臣が信長を排除しようとして本能寺の変が起きたが、計画に反して信忠が死亡してしまったとする説。
光秀・秀吉共謀説
天下取りの野望を持つ秀吉が光秀と共謀して、援軍要請で信長を本能寺に誘き出し、光秀が信長を暗殺したという説。変が成功した後には秀吉は準備していた中国大返しで光秀を討って口を封じ、天下を奪ったとする。共謀説とはいうものの光秀は猿回しの猿であり、主導的な役割は秀吉が担う。羽柴秀吉黒幕説の亜種。作家の創作。
光秀・家康共謀説
本能寺の変は光秀と家康の共謀であったとする説の総称。信長が家康潰しの計画を企てその実行を光秀に命じたとし、本能寺に家康を呼び寄せ殺害する計画だったが、光秀は信長を裏切り家康と共謀したというもの。「神君伊賀越え」の苦難は世間を謀るための隠蔽工作とされる。信長が自ら仕掛けた罠に自分自身がはまってしまったという点では信長自滅説に通じる。『日本国王記』によると、信長は口に指をあてて「余は余自ら死を招いたな」と言ったという。『本城惣右衛門覚書』やフロイスの『日本史』を家康暗殺の計画があった論拠とするのは、徳川家康主犯説や家康黒幕説と共通するが、これに光秀＝天海説を追加したもので、天海となった光秀が生存して徳川政権に加わったとする。家康黒幕説との違いは、両者が同志であるとする点。
共謀や天海説について「とくに証拠となる史料はなく、作家流の創作と分類せざるをえない」という指摘がある。
光秀・秀吉・家康共謀説
光秀・秀吉・家康の三者が共謀して信長を暗殺したという説の総称。
土岐明智家滅亡阻止説
三者（または細川藤孝を加えれば四者）が共謀したという説の中の有名になったものに、土岐明智家滅亡阻止説または土岐明智家滅亡回避説がある。この説は平成21年（2009年）に光秀の子孫を自称する明智憲三郎が著書『本能寺の変 427年目の真実』で唱えた。
信長は堺見物から京に戻る家康を本能寺に呼び寄せ、運び込んだ名物茶器で時間稼ぎをし、隙を突いて本能寺に呼び寄せた光秀の軍勢で家康と重臣を殺害し、そのまま電撃的に家康領を光秀・細川忠興・筒井順慶の軍で占領しようと考えていた。しかしながら、光秀が信長が進める織田一族による中央集権化と、重臣の遠国転封に反発。土岐一族再興（縁故の領地回復、美濃・尾張・伊勢）が絶望的になったことと、家臣団のうち旧幕臣衆が光秀配下になったことでお家再興がなったのに遠国転封で京都から離れることに不満を高め、加えて将来・旧家康領に転封になれば結束の強い三河武士団を治めることは困難であるとし、息子の代で土岐明智氏は佐久間信盛のように滅亡するのではないかという憂いから、一族の存亡をかけて謀反に踏み切ったとしている。光秀は家康と共謀し、さらに細川藤孝の密告によって秀吉がこれをさらに利用して、変後には秀吉によって全てが隠蔽され、光秀単独で実行したものとする。憲三郎は「（本能寺の変の）動機は複合的なものであり、最終的な決断は信長の『唐入り』（＝朝鮮侵攻）にあったのではないかと思います。天下統一に向け着々と進んでいたので、すぐにでも止めないと（唐入りまで）一気に行ってしまうだろうと焦っていたと思えます。その点で言えば、光秀の盟友である長宗我部征伐回避を信長に迫り拒絶されたことも、身の危険を感じる大きな契機になったに違いありません」と言う。信長の次男・信雄の子孫という織田廟宗家13世を称する織田信和は、「信長の唐入り（中国征服）構想の先兵として中国派遣が決定的であった光秀が、子孫もろとも異国の地に移封されることを恐れて謀反に走った」とする明智憲三郎の推理を支持している。
ただし信長の唐入りについては、ルイス・フロイスの『日本史』を出典とするが、従来より根拠に乏しく他は裏付けがないことが指摘されており、中村栄孝は信長が海外貿易を考えていて秀吉の唐入りは亡き主君の遺志を継いだものという通説は『朝鮮通交大紀』の誤読による人物取り違えであって信長に対外遠征の計画はなかったとしている。信長による「唐入り」や「家康討ち」、光秀と家康共謀など、多数の前提の上に成り立つこの説は、土台がかなり狭く綱渡りのように仮説につぐ仮説を渡り歩く必要がある。小和田哲男は、信長による家康暗殺と光秀の一族滅亡阻止という二重の陰謀について、「この二つの結論はありえない」と評している。また憲三郎が先祖という光秀の子・於隺丸（おづるまる）という人物の存在もよくわからないと懐疑的である。
明智憲三郎の説は、学術的には、批判するまでもなく明らかに荒唐無稽な説であると考えられているため、その説を詳細に批判しているのは、藤本正行（日本軍事史）のような一部の研究者のみである。こうしたなかで、明智憲三郎のこの説についてより詳細に検討したのが、呉座勇一（日本中世史）である。呉座もまた、明智憲三郎の議論について、全体として「到底従えない」ものであると結論づけている。その上、そもそも、古くは歴史小説家の八切止夫らが、家康の存在に着目しているため、余人に先駆けて本能寺の変の謎をすべて解明できたという明智憲三郎自身の主張に反してその説は新説とは言い難い。信長が光秀に家康殺害を命じていたのではないかという議論も、すでに藤田達生（日本・中近世史）が明智憲三郎以前に検討している。
呉座によれば、明智憲三郎はたしかに史料や先行研究をある程度は調べており、『惟任退治記』の史料批判などの細かい部分では評価できる面はあるとする。しかし、以下のような数多くの疑問点・矛盾点を挙げ、明智憲三郎の説は「奇説」であると呉座は位置づけている。
信長には家康を殺害する動機はない。むしろ、他の戦国大名との戦いが続いている中で家康を排除するのは不利益が大きいと考えられる。明智憲三郎は、家康殺害計画の史料上の裏付けとして、『本城惣右衛門覚書』の「（本能寺の変直前に、光秀配下の兵卒が、信長ではなく）家康を襲うのだと勘違いした」という記述を挙げている。しかし、主君の信長を除けば、京都にいる有力武将は家康のみである以上、兵士たちが家康を討つと思ったのは消去法による必然であり、この記述は、明智憲三郎の説の論拠にならない。『本城惣右衛門覚書』を除けば、信長による家康殺害計画は、何ら史料的な根拠のない空論である。
光秀が家康を協力者にすることは不可能である。信長の監視下にある安土において、光秀と家康が二人きりで話し合うことは危険が大きく、非常に困難である。その上、光秀が信長による家康殺害計画を伝えたとして、家康が信じるとは考えがたい。そもそも謀反の計画を家康に伝えるのは、漏洩の危険があまりに大きい。
光秀が家康を協力者にする利点は乏しい。なぜなら、家康を協力者とせずとも、武田家の旧臣や上杉氏、後北条氏といった敵がいる以上、東国織田軍や徳川軍は光秀を攻撃する余裕はないからである。
他の黒幕複数説
毛利輝元・足利義昭・朝廷黒幕説、近衛前久・徳川家康黒幕説、堺商人・徳川家康黒幕説、上杉景勝・羽柴秀吉黒幕説、徳川家康・イギリス・オランダ黒幕説、足利義昭・羽柴秀吉・毛利輝元黒幕説は、それぞれ複数の共謀者を想定した説。複合説を参照。
信長の朝廷政策については、従来より研究者の間で見解が分かれており、結論はでていない。本能寺の変と朝廷との関係についていろいろと臆測する説があるが、この結論がでないことには、前提が成り立つのかどうかすらはっきりしないということを意味する。
信長自らの行為が本能寺の変を直接招いたという説の総称。
平成17年（2005年）に作家円堂晃が著書に書いた説もこれに当たる。毛利氏との決戦を控えていたが毛利方はよくまとまり、亡命した足利義昭を擁して大義名分を持っていた。そのため、信長は状況打破のため征夷大将軍に任官および義昭の将軍解任を朝廷に求めていたが、朝廷はなかなか認めようとしなかった。そこで信長自身が光秀の軍勢を二条御新造に差し向けて、朝廷を威嚇して要求を強引に認めさせようとしたが、それを光秀に利用されて謀反を起こされたという説を唱えた。