下山事件 警察の捜査
上記の吉武の回想の通り、捜査二課二係による下山事件の捜査も完全に暗礁に乗り上げており、その後の吉武の配転によって、捜査二課二係の5人のみという細々とした捜査態勢で、下山油や染料の捜査が続けられた。この捜査態勢の縮小に対して、「下山油」の捜査前に検察の手足を奪うための圧力であったなどとする主張もあるが、捜査本部は解散しておらず、引き続き捜査は継続され、「下山油」もとことんまで捜査され尽くしており、事実誤認である。結局、捜査本部の正式な解散も、捜査結果の公表もついに行われることはなかった。
捜査が暗礁に乗り上げる中、1949年（昭和24年）12月15日、警視庁下山事件特別捜査本部が作成した内部資料「下山国鉄総裁事件捜査報告」（通称「下山白書」）が流出し、1950年（昭和25年）1月に『文藝春秋』と『改造』誌上に掲載された。警視庁記者クラブは、事件白書のようなものは記者クラブで共同発表すべきものとして抗議し、漏洩元を調査して回答せよと警視庁に要求した。これに対し刑事部長の坂本は「あれは正式なものではない、事実関係は調査の上回答する」とした。その後、国家公務員法第100条違反の機密漏洩事件として徹底的な捜査が行われた。流出先として疑われたのが、共同通信社の警視庁担当記者山崎稔であり、山崎と懇意にしていた刑事は徹底的に調べられた。
捜査一課は『改造』の編集長小野田政（のちの産経新聞出版局長）に出頭命令を出し執拗に事情聴取を行った。小野田によれば、「下山白書」流出のきっかけは、小野田が世論もマスコミも自殺説と他殺説で二分されている状況を見て、真相を知るためには捜査資料を手に入れる必要があると考えて、共同通信社社会課部長高田秀二に相談したところ、高田が小野田の提案を快諾して、自社の警視庁担当の記者に具体的な入手方法を指示している。そうして入手した「下山白書」は共同通信社から『文藝春秋』と『改造』に渡されて、それぞれの紙面に掲載された。事情聴取を受けた小野田はこのような事情を語ることはなく、「取材源の秘匿」の原則を盾に突っぱね続けた。事情聴取した刑事は「正直に言わないと、窃盗罪であなたを逮捕することができる」「逮捕状も用意している」と脅迫してきたが、小野田はそれにも屈しなかった。結局、小野田は同級生であった警視庁監察官高橋幹夫（のちの警察庁長官）に連絡をとり、マスコミの「取材源の秘匿」の権利を説明して、無罪放免になったという。これらの捜査の結果、坂本は捜査資料の漏洩を認めて、1月31日に記者会見で「機密漏洩の容疑者は捜査一課にいる」と言明した。その頃、捜査一課は銀座のミュンヘンというバーで発生した、男性の同性愛者同士の殺人事件の捜査をしており、下山事件の捜査は終了していたが、下山白書流出の犯人捜しだけは監察官が継続して行った。監察官の捜査の結果、捜査一課2号室の主任刑事関口が関与を疑われて、浅草警察署に配転となった。
矢田によれば、「下山白書」の流出は、警視庁記者クラブの調査で、氏名不詳の警視庁幹部が、世間では他殺説が叫ばれている中で、警視庁の方針通り自殺説に世論を導きたいという意向で捜査資料を流出することを決め、自殺説と他殺説で激しい論争を繰り広げている朝日新聞、毎日新聞、読売新聞という主要新聞ではなく、全国ネットでニュースを流すことができる共同通信社に白羽の矢を立て、警視庁担当の山崎記者に「下山白書」を貸与したという。山崎は主要部分を写すと、一旦警視庁幹部に「下山白書」を返却した。こうして流出した「下山白書」であったが、山崎が膨大な資料を3,000字程度に要約して各新聞社に流したため、インパクトが薄く、大手新聞社を始め各新聞社は小さく扱うか黙殺して、警視庁幹部の目論見とは異なり大きな話題とはならなかった。しかし『文藝春秋』と『改造』がこのニュースの重大性に気が付き、3,000字では詳しい内容はわからないので「下山白書」の写しの提供を求めた。共同通信社の山崎はその求めに応じて、施錠すらされていなかった捜査一課の金庫から「下山白書」の写しを持ち出して両社に渡したという。
本報告書は自殺と結論づける内容となっているが、矢田や他殺説の尖峰である作家の松本清張などは、報告書の内容に矛盾点や事実誤認を指摘している。特に矢田は報告書に書かれている目撃証言のうち、1964年（昭和39年）時点で消息が明らかであった目撃者数名に直接聴き取りを行い、いくつかの証言に捜査一課刑事による改竄や創作が盛り込まれていると主張した。ただし、矢田は自著『謀殺・下山事件』にて「報告書はフィクションでいっぱい」などと記述しているが、実際に矢田が聞き取りできた当時の目撃者は、死亡や消息不明等の理由により一部に限られ、さらにその中でも「下山白書」に記述してある目撃証言から、何等かの誇張や修正をされていると主張している目撃者は、矢田の著作によればわずか5人に過ぎない。そもそも事件15年以上経過した後では、その記憶が少しずつ変容してくるのは当然で、逆に、事件当時には、各新聞社が五反野に臨時の取材本部を設けて、何度も目撃者に対して取材を繰り返していたのにも関わらず、その証言には「下山白書」の記載と大きな違いは無かったので、記憶が鮮明であった事件当時の証言の方が信頼できるという見方もある。
警視庁捜査一課の捜査完了後に、捜査二課二係青木警部補班5人により継続されていた捜査も、1950年（昭和25年）7月までに何の成果も得られないまま終了し、警視庁の捜査資料はほぼ全て検察に引き継がれた。検察は最後まで他殺と考えて捜査を継続しており、1964年（昭和39年）6月26日の衆議院法務委員会で日本共産党の衆議院議員志賀義雄の質問に対し、最高検察庁刑事部長竹内壽平が「私の承知しております限りでは、今日でも他殺説が有力である、他殺の容疑が濃厚であるという立場に立ちまして、そう信ずればこそ捜査を放棄せずに、今日まで鋭意可能な限りの捜査をいたしてまいったのでございます」と回答したうえに、殺人事件としての時効が迫っていることの指摘に対しては「いままでもこういう重要事件で犯人未検挙のまま公訴時効を経過した事例も絶無ではございませんが、ほんとうに申しわけない、遺憾千万であるというこの一語に尽きます」と述べている。結局この後も捜査が進展することはなく、同年7月6日、殺人事件である場合の公訴時効が成立した。
この様に、各界を巻き込んだ大論争に発展した重大事件につき、その捜査の結論を警察組織として公表しなかったことについて、捜査指揮の責任者であった坂本は後年に以下のように振り返っている。
あのころ私の立場としては万全の捜査を、という観点から、自・他殺の黒白をはっきり打ち出さず、1課の捜査で自殺と断定されたあとも2課に捜査を継続させたわけです。そのうちに東大の鑑定結果で、死後轢断（他殺説）という報告書が出ましたが、当時は轢死体についての（法医学上の）定説がなく、学問上の論争にまでなりました。そのため、警察が学問上の争いに水を差すような発表（自殺説）をして、警察不信の念を起こしてはまずいと判断し、論争が決着し、国民的同意が得られる時代が来るまで、待った方がよいと思って、正式発表に踏み切らなかったわけです。この点についてはGHQとの関わりが一切なかったと言えば嘘になりますが、意図的な捜査は絶対なかったと言い切れます。—坂本智元
そして、事件後しばらく経ってから生体轢断と死後轢断の研究が進み、法医学界において、下山の遺体の局部出血の症状が、生体轢断でも発生しうるという認識が広がるようになると「捜査報告書の内容（自殺説）がようやく真実として受け止められる時代が来た」と感じ入ったとも語っている。さらに、その後の1991年（平成3年）の産経新聞の取材に対して「いつかは法医学の進歩が古畑さんの誤りを正してくれるものと信じていた」とも語っている。
このように、警察の政治的中立性を重視するあまり、自殺と他殺のはっきりした決着をつけないままで捜査をうやむやに終わらせてしまったことや、「下山油」や「ロープ小屋」の血痕など、下山事件には「秘密」とされてしまった事象が、多数残されたような形になってしまったため、いたずらに謎が謎を生む奇怪な現象が延々と続いてくこととなった。真摯に捜査を行った刑事も、政治に翻弄された警視庁幹部を批判しており、捜査一課の平塚も「当時のエライ人たちは、下山事件をどう判断したのかわからねぇが、捜査は神聖だということを強調したい」と述べている。
下山事件後には、より凄惨な三鷹事件、松川事件が発生し、下山事件では捜査介入までやり、他殺説を煽ったGHQや日本政府の目論見もあって、国民の多くが、共産勢力が下山殺害を契機として、もう手の施しようがないほどにその勢力が拡大強化され、革命がいつ起こるかわからないというような漠然とした不安を抱く様になった。この世論の動きに乗っかって、GHQや警察が治安対策を強化することを敏感に感じていた日本共産党は、「ここで実力行使を行えば、戦う労働者は一網打尽になってしまう。その手にのるな」と考えて「ストライキ反対」を呼びかけるなど、国鉄の人員整理に対して、激しい実力行使には打って出てこなかった。国電ストライキでは中央闘争委員会を出し抜いて実力行使に出た国労の現場職員も、下山事件により大いに気勢をそがれた形となった。連日、国労や共産党が事件に関与したような報道がなされると、全国で組合脱落者が続出し、職場単位での組合執行部の総辞職が相次いだ。解雇辞令を抵抗せずに受理する整理対象職員も次第に増えていき、第一次人員整理への反対闘争は急速に崩壊していった。第二代国鉄総裁に就任した加賀山は、引き続き国労との交渉を断固拒否し、第二次整理通告（＝解雇通告）を行ったが、特に抵抗もなかった。国鉄労組や共産勢力は国民世論にも配慮し、実力行使など強硬な抵抗をすることもできず、結局わずか3％の職員が整理通告の拒否をしただけで、なし崩し的に94,312人もの人員整理は完了した。
国鉄労組内も、日本共産党系と民主化同盟（全国産業別労働組合連合の前身）系が激しい主導権争いをしていたが、人員整理と、その後の三鷹事件への関与を疑われて、副委員長の鈴木市蔵らの有力メンバーが解雇された共産党系が急激に力を失っていた。人員整理前は日本共産党系12人、民主化同盟系14人と拮抗していた委員数であったが、三鷹事件で鈴木ら共産党系の中央闘争委員が解雇通告がされたあとの7月22日に、国際会議の長期外遊から帰国した委員長の加藤は中央闘争員会を開催すると、解雇通告されていた共産党系の鈴木ら中央闘争委員の国労からの追放を決定した。これで国労から日本共産党系の勢力が排除されて、その性格が一変することになった。これは、上記の通り、下山事件に端を発した「国鉄三大ミステリー事件」に対する国民世論に配慮した結果であり、結局は下山の死が、日本の労働運動の流れを変えたとの評価もある。下山を引き継ぎ「行政機関職員定員法」の人員整理を成し遂げた二代目国鉄総裁加賀山は、下山事件を以下の様に振り返っている。
下山さんの尊い犠牲を境にして、日本の社会は大きく転換し急角度で上昇をはじめた。その意味では下山事件のもつ意味は大きいし、（昭和）24年は戦後史のうえでエポックメーキングな年になったと言える。—加賀山之雄