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下山事件 時代背景
この様な状況下で、下山は人員整理の責任者として国労との交渉の矢面に立たされたが、実際には下山に何の権限も与えられていなかった。「行政機関職員定員法」では附則で団体交渉を禁じており、約10万人の人員削減は交渉の余地のない強制的なものであった。国労との対立が激化するなかで、人員削減の先頭に立っている政府要人や下山ら国鉄首脳陣には、極左の秘密結社から暗殺の懸賞金がかけられているという未確認情報も寄せられていたが、それを運輸大臣の大屋晋三から聞かされた下山は以下のような決意を大屋に述べたという。
二十年、三十年と、人生の大半を鉄道に捧げた従業員の気持ちを考えますと、自分の身にひきくらべて、実に暗然たるものがあります。けれどもアメリカさんの占領政策として、急速に首切りを断行しろとの厳命であります以上、止むを得ないことであります。もはや、
準備もぬかりなく完了いたしましたので、たとえ、わたしの首に懸賞金が賭けられているとしても、いまさら中止するわけにもまいりません、わたしは断乎として—下山定則
大屋と下山は、7月2日に国労側に対し人員削減の説明を行ったが、団体交渉を要求する副委員長の鈴木に対して大屋は、「団体交渉は定員法で禁止されている、できないことは最初からわかっている」「お茶のみばなし程度」であれば応じると突き放し、下山に対しても「交渉を認めようとしても、私はそれを許すわけにはいかない、それだけははっきりと言明しておく」とくぎを刺している。翌7月3日にも、大屋を除いた下山以下の国鉄経営側と国労の話し合いの場が設けられたが、開始早々に下山は「念を押すようだが、団体交渉はできないようになっている」「組合の合意がなくとも、当局は既定方針通り実行する」と言い放ち、国労側の質問だけを聞き取ることにしたが、それも一方的に国労側がまくし立てるのに対し、下山以下国鉄首脳陣はほぼ沈黙しており、重苦しい空気のなか7時間を経過した17時ごろに、下山が一方的に「もう、これで話を打ち切りにしたいと思う」と言って、国鉄首脳陣は席を立ってしまった。国労の団体交渉の要求は実現することもなく、7月5日には、3万700人の従業員に対して第一次整理通告（＝解雇通告）が行われた。しかしその当日に、下山は謎の失踪をすることとなる。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
車が白木屋の角まできたところで、店のシャッターが閉まっているのが見えた。下山は大西に「左に廻って」と三越に向かうように指示。車は日本橋を渡って三越前まで来たが、三越も閉まっており、正面玄関前には「9時半開店」の表札があった。大西は「開店は9時半ですね」と下山に教えると、次の指示を求めたが、下山は短く「うん」と答えただけであった。そこで大西が「役所までまいりますか」と、今度ははっきりとした声で指示を求めた。下山は短く「うん」と返事をしたので、大西は国鉄本社にようやく出勤するものと考えて車を発進させた。
室町三丁目交差点に来ると下山が「三菱銀行（このときは財閥解体命令で実際の商号は千代田銀行になっていた）に行ってくれ」と大西に指示した。これまで何度も行先を変えられたが、下山が行先を変えるのは日常茶飯事であり、大西は特に異変は感じていなかった。やがて車が国鉄本社ビルに近づくと「もっと早く走れ」と怒るような声で命じている。これに対して大西は「総裁は職員に顔でも見られるのがいやだったのでしょう」と、下山が気まずい思いをしたので感情的になったと考えていた。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
下山は車の後部座席に座ると、大西に「これから行けばちょうどいいだろう」と言った。大西は三越の開店時間のことを言っていると考えて、三越に向かって車を走らせた。車は下山がよく利用する三越南口に到着したが、下山は「まだ開いていないんじゃないか」と大西に話しかけてきた。大西は車から降りて後部ドアを開ける際に「もう人が入ってますよ」と答え、それを聞いた下山は車から降りて三越南口に向かって歩き出したが、3歩ぐらい歩いた後に一旦引き返して「5分くらいだから待ってくれ」と大西に指示し、今度はそのまま三越南口から店舗内に入って行った。下山が入店した時間は、大西の記憶では9時37分ごろであった。車内には書類の入った鞄と昼食の弁当が残されていた。約束の時間になっても下山が帰ってくることはなかったが、「5分ばかり待て」は下山の口癖で実際に約束が守られたことはなく、大西は「いつものことなので気楽に待とう」と考えて、このまま夕刻まで下山の帰りを待ち続けることとなる。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
国鉄本社では9時から局長会議が予定されていたが、下山は現れなかった。下山の秘書は裏玄関で10時頃まで待っていたが、下山の車が来ることはなかった。その間、下山の自宅に電話をしたが、妻からは「いつも通りに家を出ました」という返事があった。10時まで待った秘書は心当たりのある13か所に電話して問い合わせたが、どこにも下山はいなかった。局長会議は下山不在のまま開催されたが、秘書はただならぬ事態と認識して国家警察本部長の斎藤昇に下山行方不明の第一報を入れた。11時には下山が最も気を遣っていた、GHQ労働課長のロバート・T・エーミスとの面談の約束があったが、そこにも下山は現れなかった。
14時、鉄道公安局長の芥川治が警視総監室を訪れ、田中に国鉄として正式に極秘捜査を依頼した。この時点で極秘捜査としたのは、この後で下山が見つかっても困ることがないようにという配慮からであった。田中は捜査一課課長の堀崎繁喜に捜査の開始を命じ、堀崎は捜査一課2号室主任の関口由三に下山家の事情聴取を命じた。関口は2号室の刑事の中から、須藤民五郎と“昭和の名刑事”こと平塚八兵衛を下山家に向かわせて妻から事情を聴かせたが、その際に妻が下山の自殺を匂わすような証言を行った。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
17時頃、三越前で待っていた運転手の大西が、下山と自分が行方不明とのラジオニュースを聞いて慌てたが、すぐに警察に通報することはなく、三越店内に呼び出し放送をしてもらったり、三越劇場の中を探して回った。しかしそれでも下山は見つからず、その後ようやく国鉄本社に連絡をとった。国鉄本社の指示で三越南口に戻ると、マスコミが既に情報をかぎつけ集まっており、大西は質問攻めに遭った。そこに国鉄職員が現れて、揉みくちゃにされながら大西を車に押し込んで国鉄本社に連れて行き、総裁秘書室で副総裁の加賀山や鉄道公安官が事情聴取を行った。その後の17時25分には、捜査一課が大西を警視庁に護送して、あたかも犯罪者のように取調室で徹底した事情聴取を行った。刑事が真っ先に質問したのが「どうしてもっと早く届けなかったのか？」であったが、大西は「待たせっぱなしはしょっちゅうのことで、特に不審に思うことはなかったからです」と答えている。大西は下山が運輸次官時代からの専属運転手で、命令には従順に従う人柄であり、この日も8時間もの間、飲まず食わずで下山を待ち続けていた。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
翌7月6日の0時10分、貨物第869列車が、予定より8分遅れで田端駅を発車し、足立区綾瀬の常磐線北千住駅 - 綾瀬駅間、東武伊勢崎線との立体高架下付近を0時19分頃に通過した。牽引機のD51 651は主発電機が故障し、灯具類は非常用電池で発光させており、前照灯は10 W相当の光量しかなく、前方がほとんど見えていなかった。荻谷機関助手は荒川橋梁を渡った後、綾瀬方の信号確認のため運転室から身を乗り出している間に、機関車の底部にバラスト（砕石）がバチバチと当たる音を聞き「何かを轢いた」と直感したが、停車して確認することなくそのまま通過した。
1時頃、同立体高架下付近で人間の轢死体が発見された。轢死体は線路上90 mにわたってバラバラになって散乱していたが、所持品により下山と断定された。しかし、遺体発見前後から現場には土砂降りの雨が降り、遺体の肉片や血液、その他の遺留品が流れてしまい、これが後の捜査に大きく影響することとなった。夜明けから現場検証が始まったが、下山の遺体は血液がほとんど雨で流れてしまい、どれも真っ白だったという。後にこの豪雨は「下山の涙雨」とも呼ばれた。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
失踪直後の下山と思しき人物の目撃証言は、事件に対する国民的関心の強さから警察に大量の情報が寄せられ、その数は2か月で1,050件にものぼった。その中でも信頼性が高いと判断された245件について追跡調査を行い、さらに警察による徹底した地取り捜査もあって、三越店内に消えてから轢死体として発見される前まで80数人の証言が得られた（警察捜査の詳細は#捜査方針の変遷参照）。その中から、警視庁から流出した内部資料「下山国鉄総裁事件捜査報告」（通称：下山白書）に記載されている証言を中心に抜粋する（下山白書の詳細は#「下山白書」の流出参照）。
10時15分頃に地下鉄入り口付近を、年齢は50歳前後、背丈約170cm、体重約65kgぐらいの太った男が通った。額が広く眼鏡をかけた社長タイプ、白いワイシャツ、ねずみ色の背広、帽子は被っておらず手ぶらであった。その男の後ろを2～3人の男が同時に階段を降りて行ったが、連れかどうかはわからない。報道を見て、自分が見た人物が下山だと直感した。自分は長年案内係をしてきたので、1回見れば人相や服装を忘れない自信がある。（三越社員35歳）
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
三越地下鉄口の地下飲食街の中にある喫茶店「香港」に、10時開店後まもなく、最初の客として、眉が下がって身体の大きい50歳ぐらいの男と、2～3歳若そうな男の2人連れが来店した。2人はウェイトレスが運んできたソーダ水を飲みながら会話をしていたが、50歳くらいの男は、若い男の話をフンフンと聞くだけで何も言わなかった。やがて50歳の男は困ったようにテーブルの両脇に両腕をついて頭を抱え込んだという。2人は30分ほど在店して出て行ったが、勘定は若い男の方が払った。（喫茶店「香港」のコック、バーテン、ウェイトレス）ただし、この証言は朝日新聞の報道によるもので、朝日新聞はその出典をある警部補などと報じていたが、のちに捜査一課長堀崎から「香港に下山総裁が現れたという報告はない」と否定されている。
三越歩道上でライターに石や油を補充するアルバイトをしていたが、10時20分～30分ごろに三越正面から出てきた男が立ち止まって、両手をズボンのポケットに入れて4～5分間ぼんやりと考え事をしていた。その男は年齢47～8歳、身長172cm～175cm、背広上下に白いワイシャツを着用し、縁の太い眼鏡をかけた上品な人であった。やがてその男は「油を入れてくれ」と売り場までやってきた。その男の出したライターは進駐軍が持っているジッポーかシルバーのどちらかだった。（学生18歳）
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
11時13分頃、三越地下入口の通路の曲がり角で、黒いロイド眼鏡をかけ、灰色の服を着ていた重役タイプの男が、足を鉄板の上に乗せながら3人の男と話し込んでいた。3人の男のうち1人は50過ぎのやせ型で背は低く金縁眼鏡をかけ、小学校の校長先生といった風体であり、他の2人の男は刑事のように見えた。後に報道によって下山の写真を見て、自分が目撃した重役タイプの男と似ていたので、知人の警視庁警察官を通じて届け出た。（主婦）
11時23分渋谷発浅草行きの地下鉄の先頭車両に乗って着席していたが、日本橋駅か末広町駅の間の駅で乗った50歳ぐらいの男に足を踏まれた。男は考え込んでいて詫びもしなかったので、変な奴だと思って足の先から顔まで見上げたのでよく覚えている。身長は170cm～172cm、髪は七三分け、白いワイシャツにねずみ色の洋服上下、チョコレート色の短靴を履いており、所持品はなかった。自分は上野駅で降りたが、男は浅草駅方面に乗り続けた。（自営業43歳）
このあと2時間以上目撃証言が途絶える。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
14時頃に上品な男が（末広旅館）玄関に立っており「6時ごろまで休ませてくれ」と休憩を申し出てきた。そこで2階4畳半の部屋に案内した。男は「涼しいですね、水をください」と言ったので、1階からコップ（もしくは茶碗）に水を入れて持ってきて宿帳への記入をお願いしたが、「それは勘弁してくれ」と断られた。その後、下から布団を運んできてそれを敷きながら、「おひとりでさびしいですね」と話しかけた。末広旅館は連れ込み宿として利用されることが多かったのでこのような質問であったが、男は「何処かに女の子はいますか」と質問を返してきたので「家ではそんな女の子はいません。みんな連れてきますから」と冗談ぽく答えている。その後、男は部屋で休憩し、17時20分頃に手が鳴ったので行ってみると、既に身支度を終えて1階に降りてきていた。男から「おいくらですか」と聞かれたので「200円です」と答えると、男は黒革の財布から200円とチップ100円を百円札で支払った。その男は靴を履くときに、差し出した靴ベラを使わず、一旦靴をつっかけたのちに、玄関に腰かけてから靴の紐を解いて改めて履きなおしている。そして17時30分ごろに末広旅館を後にした。その男は身長172cm、年齢50歳くらい。色白面長でふくらみがあり、眉毛が開いてロイド眼鏡をかけ、髪は七三分けで上品で優しい顔をしていた。帽子は被っておらず、ねずみ色の背広上下、白いワイシャツにネクタイ、チョコレート色のひだのある進駐軍の靴、木綿の紺色の靴下、黒革の財布、荷物は持たず一人であった。報道で知った下山と酷似していたことから西新井警察署にとどけでた。（末広旅館女将46歳）末広旅館の下山と思しき人物が休憩した部屋からは5本の人間の毛髪が見つかったが、そのうち1本が下山の毛髪と酷似していた。この証言および証拠は、事件捜査に大きな影響を与えることになり、のちに他殺説主張者からは、証言の信ぴょう性に対して疑いの目を向けられることとなった（#他殺を裏付ける証拠や証言について、#下山の替え玉説について参照）。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
18時頃（18時30分という報道もあり）、事件現場近くの足立区五反野の東武伊勢崎線高架下の手前の沼で、エビガニ獲りをしていたら、坂を立派な紳士が下ってきた。その男は常磐線の溝に沿って50 mくらい行ってからまた戻ってきた。今度は東武線の土手沿いに沿って歩いていき、しばらくすると高架の方角から引き返してきた。年齢は50歳ぐらいで身長は170cm～172cm、顔は夏ミカンのような肌、眉毛は太く下がっていて髪は白髪交じり、飴色の眼鏡をかけていた。無帽で白っぽい背広、縞入りの白いワイシャツに手織りの金糸が入ったネクタイを着用。写真を見て下山に間違いないと思い届け出た。（工員36歳）この工員の隣に住んでいた女子中学生（14歳）は弟を連れて、一緒にエビガニ獲りをしていたが、この女子中学生も、18時40分頃に、無帽でねずみ色の背広を着て眼鏡をかけた紳士を目撃したと証言している。
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
18時10分頃、子どもと銭湯に行く途中、東武線高架入口で、土堤下のあぜ道から出てきた立派な紳士と出会った。その男は高架下に入っていき、出口で立ち止まって考え事をしていた。身長は167cm～170cm、顔色は浅黒く脂ぎっており、眉毛は濃くて黒縁の眼鏡をかけていた。ラバーソウルの靴で爪先に馬蹄型のひだがついていた。報道で見た下山の写真とは似ていないが、人相書とは一致するので届け出た。後日、警察に見せてもらった当日の下山の着衣と靴については、間違いなくその人物が着用していた。（会社員38歳）
下山事件 失踪・遺体発見までの経緯
18時30分頃、綾瀬の妹の自宅を訪ねた帰りに、近道のために東武線の下りの線路内を歩いていたところ、事件現場の高架わきに大きな男が立っていた。しだいにその男に近づいて行ったが、周囲に他に人気はなく、怖くなって一旦引き返した。そのときに振り向いて男の様子を見ると、線路わきの土手を降りてかがみこんでいた。その男を避けるため、線路を横断して上り線路を上野方向に歩き出して自宅を目指したが、下り線でかがんでいる男を通り過ぎるときにすれ違いざまに様子を見たが、足元の草を千切っていたという。その男は年齢46歳～47歳、色白で鼻が高く、肥った顔、眼鏡は記憶にない。無帽でねずみ色の洋服、チョコレート色の上等な靴を履き上品な人であった。下山の写真が掲載された新聞を見て、「私が昨日会ったのは、この人に間違いない」と自ら駐在所に届け出ている。下山の上着のポケットからは、轢死現場付近に群生していたカラスムギが発見されており、警察が現場を調査したところ、証言と一致するように植物を千切った後が見つかっている。（小売業43歳）
18時30分頃（実際は後述の下り貨物列車の通過時間から18時58分前）、犬の散歩中に東武線高架辺りで線路を見ると、常磐線の線路の中を下戸の人が酩酊したような格好で、キョロキョロと左右を見ながら千住の方から歩いてくる人がいたので、危ないなぁと思ってみていると、やがて下りの貨物列車が走ってきたので、その人物は高架下から2本目の電柱に身を寄せてどうにか貨物列車をやり過ごして無事であった。身長は175cmぐらい、顔は面長、眼鏡はかけておらず体形はよかった。着衣はねずみ色の洋服に白いワイシャツ、頭髪は分けていたと記憶している。（主婦60歳）この男が貨物列車を避けるために身を寄せた電柱の下部はコールタールが塗り立てで乾いておらず、その一部が地面に流れていたが、のちに下山の靴底からコールタールが検出されており、この男は下山本人であった証拠ともされている。
20時半すぎ、五反野踏切前で自転車を降りて待っていると、反対側から走ってきた知人が「変な人がいるよ」と言ってきた。見ると、この辺りでは見かけない立派な人が立っていた。電車が通過したので自転車に乗ろうとすると、その男は東武線の高架の方向へ線路を歩いて行った。年齢は50歳ぐらい、背は高い方で灰色のような服を着ていた。眼鏡はかけておらず、ワイシャツの襟が上着の上に出ているような感じであったがはっきりしない。辺りは暗かったので人相はわからなかった（女性20歳）
23時30分近く、ラジオ店からの帰り道で自転車で五反野南町にさしかかったとき、東武線の高架方向から1人の男が下を向いて歩いてきた。こんな夜遅くに何事だと思い、その顔を見ながら行き過ぎて、振り向くとその男も立ち止まってこちらを見ていた。雨が降り出したが、急ぐ様子もなくぶらりぶらりと高砂町の方へ歩いて行った。歳は4、50歳前後、身長は167cm以上、面長で肥った顔、黒か茶縁の眼鏡をかけ、髪は七三分けの肥った重役風の品のいい人であった。服はねずみ色のような背広上下に白ワイシャツ、荷物は持たず一人で、この辺りでははじめて見る人だった。翌日の新聞報道で、昨夜見た男が下山に酷似していたのではっとした。（魚商30歳）
これらの目撃証言をつなぎ合わせると、下山が三越内に入ってから轢死するまでの間、浅草駅から五反野駅に現れるまでの約2時間を除けば、継続的に下山の目撃情報がある。三越付近での目撃情報については、1人でいたという情報と、複数の連れがいた情報もあり、三越周辺で下山が誘拐犯に拉致されたとの推測がなされることになった。
事件現場付近では多数の目撃証言が得られたが、その多くは下山と思しき人物があてもなく彷徨っているという印象が強く、これらの聞き取りを行った捜査一課は、下山は自殺したとの推測を深めていった（自殺説）。しかし、これらの証言の一部は、朝日新聞記者の矢田喜美雄による追跡調査により、自殺と結論づけたい捜査一課の脚色が加えられているという指摘もある。また、下記の通り、下山の遺体の司法解剖により死後轢断であったという結果が出ると、下山は轢断前に殺害されており、事件現場付近をうろついていたのは、その殺害した犯人グループが準備した替え玉であったのではないか、という主張がされていくようになっていった。（他殺説）
下山事件 現場検証・遺留品
下山は、東京都足立区五反野の東武伊勢崎線高架下の国鉄常磐線下り線路上にて、付近を6日0時19分頃に通過した田端発平（現・いわき）行きの下り貨物第869列車（D51 651牽引）に轢かれたことが判明した。遺体確認の経緯としては、0時25分頃に終電2401M列車が東武伊勢崎線高架下を通過した際、椎名利雄運転士が線路内に「赤ぼったく瞬間的に見えるもの」を発見し、綾瀬駅に到着すると駅員に「死体らしい」と届け出た。
椎名から報告を受けた綾瀬駅駅員が、激しく降る雨の中を現場に急行すると、1時頃に肉付きのいい裸の胴体が線路にうつ伏せになっていることを確認、次いで通報を受けた警察官も到着し、下山名義の定期入れや、その他の轢断された遺体の破片を発見し、遺体の傍には0時20分で停止した腕時計も見つかった。その後、綾瀬駅の駅長も到着し、裸の胴体を線路外に移動させた。3時半、警視庁に「遺体は下山総裁らしい」という連絡が入ると、警察や検察、国鉄関係者が続々と現場に集まってきた。4時には下山の鉄道省時代の秘書であった折井正雄上野駅旅客係長が現場に到着し、轢死体の顔面を見て下山であることを確認した。5時30分、雨の勢いが弱まったので、総勢50名による現場検証が開始された。遺体は約90mにわたり、以下のように散乱していた。
下山事件 現場検証・遺留品
下山の遺体を検視した監察医は、東京都監察医務院の八十島信之助医師であった。八十島はこれまで100体以上の轢死体を検視してきたベテラン監察医であった。現場での検視はメスなどを使用することなく、外見や損傷面や皮膚状態を観察し、触手などで死後硬直などを判定するが、八十島程度の経験を積んだ監察医であれば、その検視にほとんど狂いはないとも言われていた。八十島は検視の結果、下山の死因を轢死であると判断した。鉄道事故の検視で轢死というのは、自殺及び事故死のことを指していたが、八十島は重大事件でもあり「国鉄総裁の死亡というのは大問題でしょう。司法解剖してみるのも一つの方法でしょう」とも付け加えた。八十島が轢死と判断したのは、遺体の胴体の部分に他の多くの轢死体と同じく死斑が見られなかったためであり、生前に身体が大きく損壊した「生体轢断」であるとした。結果、他殺を疑っていた東京地検主任検事布施健からの進言もあり、八十島は現場での死因特定はせずに、下山の遺体は司法解剖に回されることになった。
下山事件 現場検証・遺留品
翌7月6日10時30分、東京大学で下山の司法解剖が行われた。当時、司法解剖は東大と慶應義塾大学が地域によって分担して行っていたが、下山の現場は東大の分担地域であった。司法解剖の指揮は法医学教室主任の古畑種基教授が執ったが、実際の執刀は同教室の桑島直樹講師が行った。桑島は血液や麻薬などが専門で、解剖の経験は少なく、轢死体の執刀は今回が初めてであった。しかし、不慣れな分時間をかけて執刀し、法医学の歴史に残るような詳細な司法解剖となり、現場で検視した八十島の検視結果とは全く異なる以下のような鑑定結果を発表した。
この司法解剖結果により、にわかに下山は殺害されたという見解が主流となっていった。早速政府が反応し、増田甲子七官房長官は以下のような政府談話を発表した。
下山国鉄総裁の死体は東大で解剖しているが、両足、胸が切断されている点から、鉄道の専門家たちは自殺ではないと見ている。轢かれる前に死んでいたのではないかとの見方が強い。しかし政府としては慎重な態度で臨み、徹底的に調査する。 —7月6日正午官房長官談話
下山事件 現場検証・遺留品
これは、政府が下山が他殺であることを望み、それを前提として、治安対策や労働組合対策に利用しようとしていたという見方もある。マスコミもこの発表に反応し、紙面には他殺説の記事が載り、中には「死体に弾痕が見つかる」などというフェイクニュースまであり、国民の不安と恐怖心を煽った。政府や世論が過熱する中でも警視庁捜査一課は冷静に捜査を進め、7月6日19時10分の記者会見において、課長の堀崎が下記の見解を述べた。
7月8日、東大裁判科学教室で秋谷七郎教授による死亡時間の割り出しが行われた。その検査方法には水素イオン指数検査法が用いられた。下山の遺体のうち、細菌に汚染されていなかった肩の筋肉を無菌室にてすり潰し、液状となった筋肉が時間の経過で示す水素イオンのpH値を測定して、グラフに現れるカーブから科学的に死亡時間を割り出すというものであった。この検査によって下山の推定死亡時刻は5日21時30分とされ、先に司法解剖で出された推定死亡時刻22時とあまり差が出ず、死後轢断を補完することとなった。
下山事件 現場検証・遺留品
古畑と東京地検は失われた下山の血液を探索すべく、事件現場から下山の胴体があった場所など3か所を枕木の下40cmまで掘り起こし、その土砂に血液が混ざっていないか、国家警察科学捜査研究所に持ち込んで検査してもらったが、100gの水にわずか1gの血液が混ざっても検出できる鋭敏な薬品を使用しても、血液反応は出なかった。しかし、7月25日に東京地検、警視庁、東大法医学教室合同で行われたルミノール検査では、下山の遺体が散乱していた場所は一面火の海のように発光し、大量の血液の存在が明らかとなり、その事実を古畑も確認しているが、経緯は不明ながらルミノール検査結果は公式の証拠とはならず、引き続き警察の見解としては、現場付近では血液は見つからなかったとされた（ルミノール検査の詳細については#朝日新聞記者矢田喜美雄が血痕を指摘参照）。
また、遺体の局部などの特定部位にのみ内出血などの生活反応を有す傷が認められたことから、該当部分に生前かなりの力が加えられたことが予想され、局部蹴り上げなどの暴行が加えられた可能性も指摘された。7月9日、古畑と桑島は死因を「局部を蹴上げられたためのショック死」とし、死亡推定時刻は機関車に轢断される前の「5日21時頃」と判定した。しかし、この判定は、8月30日に衆議院法務委員会の参考人招致であっさりと覆されることになる。
下山事件 現場検証・遺留品
秋谷の水素イオン指数検査法は、これまでモルモットによるテストしか行っていなかったにもかかわらず、秋谷はその精度を80%以上などと主張していたが、実際には正確性が不十分な検査であった。「死後轢断」を主張する東大法医学教室に対して、一般の医学者や科学者から厳しい批判が噴出し、やがてその批判は野火のように広がっていった。7月10日の毎日新聞の紙面では、同じく警視庁の司法解剖を担当していた慶應義塾大学の中館久平教授が、古畑の死後轢断説に反論した。まず、秋谷の水素イオン検出法には確実性がなく、その推定死亡時刻には疑義があることと、古畑が死後轢断としていた根拠のひとつであった出血量の少なさについては、中館の経験から飛び込み自殺の遺体では少ない方が多く、自分が検視した146体のうち、出血多量はわずか9%、少量16%、ごく少量が70%以上というデータも披露し、下山は「生体轢断」であったと主張した。
下山事件 現場検証・遺留品
元名古屋医科大学教授の小宮喬介も論戦に加わり、「自殺の場合でも人体はまず排障器に当たった瞬間、その打撃のショックで心臓が停止するが、そのショックとなった打撃部分の生活反応を認めるのみで、他は死体となって轢かれた傷しかない」「死体が轢かれるのであるから血液は流出することはあっても、心臓の圧力による噴出はなく、轢断部分の生体反応である毛細血管の出血も起こらない。下山の死体の出血が少なかった事実は自殺の場合でも不思議はない」などと反論した。
その後も自殺の根拠となる生体轢断とするか、他殺の有力な根拠となる死後轢断とするかで意見が対立した。法医学界での深刻な対立を重く見た古畑は、当時の法医学学会会長の東北大学村上次郎教授に緊急法医学会の開催を申し出た。この学会には、古畑、八十島、中館、小宮などの当事者の法医学者のほか、警察や検察の関係者も出席したが、法医学会がこのような会議を開催することは極めて異例であった。生体轢断を主張する法医学者たちは、一部で「解剖に立ち会ってもおらず、鑑定書もまともに見ていない」「新聞報道など一部分のみの言葉をとらえている」などと批判されていたこともあり、緊急法医学会の開催に際しては司法解剖の鑑定書にじっくりと目を通し、また東大法医学教室からは詳細な解剖所見も聞いて、入念に準備を重ねた。
下山事件 現場検証・遺留品
事件から3週間あまり経過した7月30日、東大医学部小講堂で緊急法医学会が開催された。真夏であるにもかかわらず、講堂の窓は締め切られ、カーテンも全て降ろされて、古畑が出席点呼をとるといった物々しさのなかで学会は開始された。医学者や警察や検察の関係者多数が見守る中、法医学者の発言が続いたが、現場で最初に検視した八十島は轢死遺体の生活反応について「自分が100体以上轢死体を検視してきたなかで遺体に生活反応がはっきりしないことは別に珍しいことではない。法医学の教科書にも鉄道死の場合、生活反応が必ずしもはっきり出るとは限らないとある」「所見を総合すると、まずは常識的に轢死（自殺）と考えるのが妥当かと思う」と東大法医学教室の鑑定に異を唱えた。一方、東大法医学教室で実際に解剖を執刀した桑島はスライドを使いながら、「生前にできた傷は、眼瞼、結膜に相当著明な溢血点、胃の付近の粘膜面に小さな出血、右胸に皮下出血1個、左右の手には点々とした皮下出血、足の甲にも数個の皮下出血、さらに陰嚢、陰茎、睾丸に出血があった」「生前にできたと思う出血はこれだけであります」と死後轢断を主張、そして死因として「睾丸部の方は皮下に溢血はない、睾丸に打撃が加わった際に生じたと思われる皮膚剥離のようなものは見られない。この場合は睾丸の出血を起こしたような外力がショックを起こす可能性がある」として、睾丸に外力が加えられたショック死と推定した。それに対し、中館は睾丸の出血について「私が最近検視した三鷹事件の轢死体4体のうち3体に陰嚢に皮下出血が見られた。従って下山の生活反応がある傷が生前にうけたものとは断定できない」と桑島に反論するなど、各法医学者は自分たちの見解を述べ合ったが、互いの主張に対する問題点の指摘なども活発に行われたため、死後轢断を日本法医学会の統一見解としたかった古畑の目論見は外れ、会議として何らかの合意に至ることはなかった。
下山事件 現場検証・遺留品
8月30日、古畑、中館、小宮の3人の法医学者が衆議院法務委員会に参考人招致され、国会をも巻き込んだ大論争となった。死因に関する法務委員会委員の「下山の死因は局部を蹴られたからではなかったか」との質問に対し、中館は「私はキン玉を蹴られて死んだという話は聞いたことはない」と答えた。古畑は、上記の通り死因を「局部を蹴上げられたためのショック死」などと公表していたにもかかわらず、「解剖執刀者桑島博士は、いまだかつて公式には他殺、自殺のいずれともいっていない。死後轢断という解剖所見を述べているだけである。研究は継続中であり、研究結果も知らない者が勝手に推論することは、学者的態度ではない」と述べており、この時点で「ショック死」説に見切りをつけていた。最後に証言した小宮は、かつて東大法医学教室で学び古畑は兄弟子にあたったが、その古畑の説に対して「我々十幾つもの轢断遺体を解剖したことがあるが、ずいぶんたくさんの飛び込み自殺の遺体に死後轢断の跡を見てきた」「どうしてかと言えば、汽車にぶつかって死んで、その死骸が轢断されるので、死後轢断の跡が見られる」と真っ向から反論した。
下山事件 現場検証・遺留品
国会で証言した3人は、日本法医学界の父と言われている片山国嘉に次いで、東京大学法医学教室の2代目教授を務めた三田定則の門下生であり、法医学界で長年の間切磋琢磨しあい、交流もあった。小宮については、戦後の物資難の時代に食料油のヤミ市にかかわって大学教授を辞任したという経緯もあり、死後轢断論者（他殺説）からは目の敵のように批判され、GHQや警察にすり寄って学者としての良心を曲げたなどと根拠のないバッシングを受けることもあったが、小宮は兄弟子たる古畑から直接解剖の結果を4 - 5時間もかけて教えてもらうなど、互いに真摯な態度で国会の参考人招致に臨んでいた。反論される立場となった古畑も、小宮や中館について「私のもっとも尊敬しております同僚でございまして、常に私どもは連携してやっております」と賛辞を贈るなど、この法医学論争は世俗的な対立ではなく、同門の学者同士の真摯な学問上の論争であった。
この論争の中心となった3人が参加した緊急法医学会と衆議院法務委員会の参考人質疑によって、生体轢断（自殺説）と死後轢断（他殺説）の論争点が次第に明らかとなっていった。
下山事件 現場検証・遺留品
轢断創周縁に出血が認められずに、生活反応にも欠いているという所見は、生体轢断にも往々にして認められる現象であり、最初の接触（機関車に轢かれた瞬間）で心臓が停止しその後に轢断されれば、大量の出血も生活反応も発生しない。一方で、例え接触の瞬間に心臓が停止しても、そのときの生活反応は残っているはずだし、特に下山の場合は、局部や手足に生活反応が認められるので、局部や手足に衝撃があった後に心臓が停止してその後に轢断されたと考える方が自然である。
下山事件 現場検証・遺留品
下山の死因については、東大関係者の中でも意見が割れている上に、時期によって変遷している。上記の通り、古畑と桑島は当初「局部を蹴上げられてショック死」などと主張していたが、国会の証人喚問ではそれを撤回し、事件から1年経った1950年（昭和25年）7月5日付の朝日新聞で古畑は、下山が血を抜かれたことによる失血死であったと主張し始め「もし下山氏が失血死であった場合、この殺害方法は日本の犯罪史上に例のないものだ」と指摘して、世界の文献を集めていると語った。したがって、他殺説でしばしば主張される「現場で下山の血液の飛散が少なかったので、他の場所で下山が血を抜かれたうえで失血死した」という見解は、本格的な法医学会での論争が一段落した後の後付けで、あくまでも古畑の個人的で非公式なマスコミ向けの証言にすぎず、桑島は血を抜いての失血死を否定しているなど、東大法医学教室の統一見解でもない（詳細は#生体轢断について参照）。なお、この「局部を蹴上げられてショック死」と「血液を抜かれて失血死」という古畑の推定は、後年に至るまで他殺説主張者の間では統合されて主張され続けており、他殺説論者の急先鋒で、後に下山事件を他殺と考える著名人で結成された「下山事件研究会」の中心メンバーとなった推理作家の松本清張は、「下山は局部を蹴られて気を失っている間に血を抜かれて殺されたかもしれない」と主張している。
下山事件 現場検証・遺留品
現場の刑事の立場からは、古畑より中館の方が信頼されていたという。中館はどんな死体の解剖でも、事前に捜査員から現場の状況を細かく聞き取り、死体はどんな状況で、天候や日光の作用はどんな具合だったか確認した後に判定していたが、古畑はあくまでも法医学の所見を重視し、現場の報告はほとんど無視していた。捜査一課の平塚は中館から「いまの法医学では刑事の足にはかなわない。だから、刑事さんの足と、わたしたちのいわゆる死体を解剖した所見をあわせて、総合的に考えなければならない」と話されたという。一方で古畑は「法医学が100%先行する」という立場であった。古畑は下山事件後も法医学界の第一人者として多くの重大事件の鑑定にかかわり、日本犯罪学会会長、日本人類遺伝学会会長、科学警察研究所所長等を歴任し、1956年（昭和31年）には文化勲章まで受賞したが、後になって過去に古畑が鑑定に関わった事件の冤罪が次々と判明し、特に戦後の「四大死刑冤罪事件」と呼ばれていた免田事件、財田川事件、松山事件、島田事件のうち3事件に関わっており、古畑法医学の権威は大きく失墜した。（詳細は#東大法医学教室の鑑定結果への反論について参照）
下山事件 現場検証・遺留品
死後轢断説を補完した東大法医学教室秋谷による水素イオン指数検査法による死亡推定時刻にも、上記の通り批判が集中した（詳細は#東大法医学教室の鑑定結果への反論について）。東京慈恵会医科大学の藤井康雄教授は「体験の不足した法医学者の不注意による所見である」と厳しく批判し、千葉大学の宮本高明教授は朝日新聞紙面を通じて「モルモットでのテストのみで精度80%と主張しているが、人体でのテストもおこなったのか」「検体は無菌であったと主張しているが、実験をしたのは死亡から20時間も経過した後で、その間豪雨に打たれていたのに本当に細菌汚染はなかったのか」などの公開質問状を送った。秋谷はその質問状に対して「細菌に侵されにくい肩と腕の内部の筋肉を検体としたので細菌汚染されていなかったはずだ」「モルモットと人間は純科学的には変わりはないし、下山の実験後に2体の遺体で実験してみたが、モルモットによる実験とは差はなかった」と回答した。しかし、秋谷はその後この実験について語ることはなくなり、後年に「下山事件研究会」が証言を求めるも拒否され、やむなく「下山事件研究会」の会員で、下山事件当時東京大学総長で秋谷の上司であった南原繁を通じて証言を要請したが、これも拒否された。そして、この秋谷の水素イオン指数検査法による死亡時刻推定法は、下山事件後は使われることはなくなったという。
下山事件 現場検証・遺留品
7月18日に朝日新聞の下山事件担当記者である矢田喜美雄は、下山の司法解剖を担当した東大の桑島から、GHQ憲兵司令部・犯罪捜査研究室（CIL）のフォスター軍曹という憲兵が、轢断地点付近にわずかな血痕を見つけたとの情報を入手したので、調査をするよう勧められた。しかし、この血痕が発見された経緯は当時の関係者の記憶が曖昧であり、矢田が主張するように、なぜ突然にアメリカ軍の憲兵が登場してこのような重大な発見をしたかも全くの謎であった。矢田に情報を提供したはずの東大法医学教室の桑島の同僚で、血液調査担当であった中野繁は、矢田が自ら「ひょっとしたら轢断面の上手の方に、下山さんの血痕があるんじゃないか」などとしきりに調査の必要性を主張していたことを聞いている。同じ東大法医学教室の野田金次郎も矢田が「現場周辺に血痕のようなものがある気がするんだ。そこを調べてみたい」と依頼に来て、野田は矢田の想像力の豊かさに感心したという。そして矢田自身も雑誌『中央公論』昭和26年1月号に寄稿した『下山総裁の血の謎』という記事で、自らを「ブン屋」と称し、その「ブン屋」が自ら探し出したと書いている。
下山事件 現場検証・遺留品
捜査関係者の血痕の記憶が曖昧なのは、事件直後の徹底した現場検証の際に、その時点で血痕があればまだ新鮮だったはずであり、多数の鑑識員がまず見逃すはずがないという考えに基づいていた。これは当時、事件現場の鑑識に携わった鑑識員のほぼ一致した見解であり、鑑識課長の塚本恭久は、血痕があったとしても、油染みなどとの区別が難しい古い血痕であったはずだと述べている。しかし、矢田の通報もあって、7月19日には警視庁も血痕の調査をすることになった。矢田の主張によれば、血痕の調査には矢田も加わり、矢田は自分のハンカチで1本1本枕木を拭いて、様々な枕木の染みから血痕らしきものを探し出すと、持ってたガラス片で血痕を枕木からはぎ取って回収して回った。そして、その血液らしきものを東大法医学教室に持ち込んで桑島に鑑定を依頼したが、量が少なく、人間の血液であるかも判定できないかもしれないという回答であった。
一方、警視庁も課長の塚本以下9人の鑑識員を投入して鑑識を行った。警視庁の記録によれば、血痕のついた枕木を削り取って採取したのは、矢田ではなく警視庁の鑑識課であり、その瞬間を撮影した写真も現存している。鑑識課は枕木木片10片を採取して検査を行い、その血液型がA型であることを判定した。さらに、科学捜査研究所顧問浅田一の監修も受けて慎重な検査を行ったが、現場の血痕が下山の血液に結び付くという結論は得られなかった。
下山事件 現場検証・遺留品
しかし、矢田は血痕に固執し、もっと効率的な調査法はないか野田に助言を求めた。野田はルミノール薬であれば、暗闇で血液に噴霧すれば光ることを矢田に教え、実践して見せた。この当時はルミノールは一般的な薬品ではなく、東大法医学教室でも多くは保有しておらず、製薬会社ですら在庫があるか怪しかった。そこで矢田は自ら薬問屋を訪ね、私費でわずかに残っていたルミノールを買い占めた。7月22日の深夜0時から、矢田は同僚記者と2人で枕木にルミノールを噴霧して回った。効果はてきめんで多くの枕木が蛍光色に光っており、多数の血痕が発見され、その血痕はあたかも酔っ払いが歩いたかのような千鳥足状になっていた。矢田は、犯人たちは他の場所で殺害した下山の遺体を線路上を歩いて運搬したが、重かったのでふらつき、時々遺体を置いて休憩したのではないかと想像した。
下山事件 現場検証・遺留品
東大法医学教室が関係しているとはいえ、新聞記者単独の現場検証の真似事のような調査であったが、古畑に報告したところ、東大が主張する「死後轢断」説を補完する材料にもなると好意的に受け入れられ、東京地検への紹介状を書いてくれた。矢田はその紹介状を持って東京地検刑事部山崎刑事部長と、一貫して他殺説を主張してきた主任検事の布施と面会を求めたところ、布施は来客を断ってまで矢田を招き入れて協議し、矢田の説明の下で東京地検と東大法医学教室共同で再度ルミノール検査を行うことを決めた。その後、東京地検と警視庁の協議により、警察からも鑑識課長の塚本も立会人で加わることとなった。
下山事件 現場検証・遺留品
合同検証は25日の23時から開始された、改めてルミノール検証が行われた結果、次々と枕木が蛍光色に光り、捜査員や研究員は徐々に上り方面に捜査範囲を伸ばしていくと、血痕は轢断地点から上り方の荒川鉄橋方面まで約199.3 m続いていることが判明した。血痕はおおむね4群に分かれており、合計で46か所見つかった。さらに、血痕が途絶えた場所の土手の下には、廃屋のような小屋が見つかった。捜査員はその小屋に注目し、ルミノールを噴射したところ、扉や柱など17か所に反応があった。この検査結果から矢田は、他の場所で殺害された下山の遺体を犯人らがまずこの小屋に運び込んだ後に、土手を登って線路上を轢断現場まで運び、その後に線路上に遺体を放置したものと推定した。
下山事件 現場検証・遺留品
この推定を証明するには、線路上や小屋の血痕が下山のものであると証明する必要があった。下山の遺体から保存していた血液は相当量あったが、ABO式血液型でのA型の判定はできても、それ以上の判定はできなかった。そこで古畑は、下山の親族の血液型から下山本人の血液型を推定することとし、東京在住の3親等16人の親族の協力を得て、AMQ型70％、AMN型30％の確率であると推定した。東大法医学研究室では採集した血痕の血液型検査が進められていたが、これらの血痕のうち、検査可能な39検体のうち29検体が人間の血と確認された。このうち、ABO式血液型検査で検査できた15検体はすべてA型と鑑定されたが、下山と同じ型の可能性が高いAMQ型は4検体にすぎなかった。
下山事件 現場検証・遺留品
注目点は土手の下の小屋から発見された血痕であったが、捜査一課は小屋の所有者である大村常太郎を探し出し、この小屋は大村が1935年（昭和10年）ごろに作って、1945年（昭和20年）8月までマニラロープ製造に使用していたことを聞き出した。そのためこの小屋は「ロープ小屋」と呼ばれるようになった。さらに捜査一課は「ロープ小屋」が、1946年（昭和21年）2月に釣り糸製造業の角田に貸し出されていることも掴んだ。角田は1948年（昭和23年）5月まで釣り糸の製造に使用しており、その際に薪割り中に斧で大けがをして血痕が小屋に付着したと証言した。ロープ小屋の扉についていた血液は、東大法医学室の検査によって下山と同じ型の可能性が高いAMQ型と鑑定されていたが、角田の証言を確かめるため、東京地検の依頼で東大法医学教室が角田の血液型検査を行った結果、ANQ型という結果が出て、角田の血液ではないことが判明した。
下山事件 現場検証・遺留品
しかし、この血痕については、その内容が時代を経るに従って二転三転している。まずは、検出された血痕の多くが下山と同じ血液型であったという主張は矢田の著書の記述によるものが中心であるが、事件当時に東大法医学教室で血液の鑑定を行った中野は後年になって、採集したサンプル量ではQ型を特定することまではできなかったと証言しており、さらに、生の血液ではない乾いた血痕ではMN型やQ型を特定するのは困難とも証言している。中野は矢田が自分の検査結果と違う主張していることに気が付いて、後日に矢田に訂正を求めて、やむなく矢田もそれに応じている。そのため、矢田が長年の取材の成果をまとめた著書『謀殺・下山事件』では、下山と同一の可能性が高いAMQ型の血液がロープ小屋の扉をはじめ多数発見されているような記述をしていたが、後に作家の松本清張をはじめとする他殺説を主張する有志により結成された「下山事件研究会」（下山事件研究会の詳細は#自殺説参照）から、中野の証言との整合性を指摘されると、著書の記述を撤回し、AMQ型の血痕は信号付近から2か所しか検出されておらず、ロープ小屋の扉の血液型はAM型であったと訂正している。
下山事件 現場検証・遺留品
角田の血液型とロープ小屋の血痕の血液型は、警視庁の鑑識課の検査ではAMD（DはRh＋のこと）型と鑑定されており、警視庁では小屋内の血痕は角田のものという判断がなされている。いずれにせよ、DNA型鑑定が普及する以前の当時では、血液型だけで個人を特定することはできず、他殺の方向で捜査を続けていた捜査二課二係も血痕の捜査を続けたが、最終的には犯罪の疑いはなく捜査を終えた。
そもそも、線路上の血痕を下山のものと断定するために使用されたこのQ型血液型というのは、古畑が1934年（昭和9年）に発見したとされるもので、「ABO式血液型はA、B、Oの複対立遺伝子によって遺伝し、AやB遺伝子はO遺伝子に対して優性であるとする「古畑・市田・岸の三複対立遺伝子説」を提唱した。ウナギ血清中にヒトのO型血球と強く反応する凝集素を発見した。また、ブタ血清中に新しい凝集素があることを示し、この凝集素に対する反応の有無で、ヒト赤血球をQとqに分けた(Q式血液型)」というものであったが、後にP型血液型と同じものではないかとの指摘がなされ、1970年代には東大でもQ型は結局P型と同じものとの結論に至り、その後鑑定に使用されることは無くなった。
下山事件 現場検証・遺留品
下山の遺体からは血液がほとんど失われており、遺体運搬時にこれほどの血液をまき散らしているのは、他殺説で主張されている他の場所で下山の血を抜いて失血死させたという死因とは矛盾しているという指摘もある。それでも警視庁捜査一課は可能性を検証するため、下山と同じ重さの75 kgの砂袋を使って遺体運搬の実験を行った。実験は想定された7ルートで行われ、その所要時間や困難度を判定する本格的なものであったが、実験の結果「運搬方法を現場で実施した結果不可能ではないが極めて困難である事が認定される」という結論に至った。見つかった血痕については、当時の列車便所は垂れ流し式であり、排泄物を線路上にまき散らしていたので、排泄物に混じった乗客の血液や女性の生理的血痕がルミノールが反応したのではないかと判断された。また、下山の轢断現場付近は自殺の名所であり、1949年（昭和24年）だけでも下山が轢断される前に2人の自殺者が出ており、見つかった血痕は過去の自殺者のものであった可能性も指摘されている。
下山事件 現場検証・遺留品
また、下山の遺体が運び込まれたとされるロープ小屋については、上記の通り、釣り糸の工場として利用されていたが、1948年（昭和23年）5月以降は空家となっており、痛みも激しく所々外壁はなく、中が見えていた。身を隠せるところでは、近所の男女が情交を結ぶために利用したため「あいびき小屋」と呼ばれたり、泥棒が身を隠したことがあったので「泥棒小屋」などとも呼ばれていた。さらには、ロープ小屋と近隣の民家とは殆ど離れておらず、泥棒が隠れていた時には、近隣の住民が小屋内で泥棒が咳払いしたのが聞こえたほどであった。事件当夜も、ロープ小屋に隣接する洋服屋は、22時から23時にかけて配達に外出した以外は在宅し、下山が轢断された24時過ぎまでは起きていたが、特にロープ小屋で怪しい様子を感じることはなく、警察の捜査でも小屋内で踏み荒らされた跡などは一切発見されなかった。
下山事件 現場検証・遺留品
現場からは下山の多くの遺留品が発見されているが、生前には確実に所持していたはずなのに発見することができなかったものもある。その一部を抜粋すると、ロイド眼鏡、ネクタイ、ジッポーライター、シガレットケース、シガレットホルダー、シャープペンシルなどであり、警察は捜査員を動員して必死の捜索を行ったが、ついに発見することはできなかった。これらの物は、そのうちの1部であれば、機関車に挟まって遠くまで運ばれた可能性もあるが、それにしてはあまりにも数が多く、特にヘビースモーカーであった下山の喫煙道具一式が見つからなかったのは不可解であった。この所持品の一部が最後まで見つからなかったことが、東京地検主任検事布施が他殺と考えた要因の一つとなり、「下山氏がもっていた眼鏡、ライター、シガレットケースがどこにも発見されず他殺の解明に努めた」と述べている。
しかし、終戦まもなくの経済低迷で物不足の時世でもあり、当時としては貴重品のライターやシャープペンシルなどの遺留品については、誰かが拾って持ち帰ってしまった可能性も指摘されている。下山の轢死体発見現場は瞬く間に近隣に知れ渡り、警察が現場検証を開始した時点では大勢の野次馬がおしかけて、現場付近は人と車でいっぱいになっていたという。そのような喧騒のなかでは、野次馬が遺留品を警察に気づかれず持ち帰るのは容易であったと思われる。
下山事件 現場検証・遺留品
喫煙については、旅館「末広屋」で下山と思しき人物が休憩した際に、喫煙した形跡がなかったこともおかしいと指摘されており、下山替え玉説の証拠ともされている。ただし、事実としては、事件後数日経過した警察の捜索の際に吸殻がなかったというだけで、「末広屋」の女将は下山と思しき人物の喫煙の有無については語っておらず、下山と思しき人物の喫煙の有無は不明である。吸殻が無かったのは、女将や他の家族が、部屋の掃除をいつものルーチンワークで行った際に処分されてしまっただけの可能性もあり、下山と思しき人物が全く喫煙をしていなかったと決めつけることはできない。
見つかった遺留品についても謎の多いものがある。下山名義の東武鉄道優待券も見つかっているが、五反野駅員に目撃された下山と思しき人物は改札で切符を渡しており、なぜ優待券を持っていたのにわざわざ切符を購入したのかも謎とされている。
下山事件 現場検証・遺留品
下山が着用していた、背広上下、ワイシャツ、肌着、褌、靴下、靴の衣服などは現場で回収された後、捜査一課が保管していたが、警視庁の屋上で4～5日間も天日干ししたあとで、一旦東京地方検察庁に提出され、その後に警視庁で鑑定された。警察の鑑定が終わった後、事件後50日が経過した頃に、衣類などや遺留品は古畑ら東大法医学教室に送られてきたが、古畑は特に鑑定する必要もないと判断し、そのまま警視庁に送り返そうとしていた。そこで、秋谷が鑑定したいと申し出て、自分の研究室に移管させた。秋谷研究室による衣服や他の遺留品の鑑定結果は鑑定書として纏められて、東京地検の正式な資料として採用されている。この秋谷の鑑定書は1973年（昭和48年）まで公開されることはなく詳細は不明であったが、文芸春秋社が鑑定書と推定される資料を入手し、1964年8月号の紙面にて公開した。
下山事件 現場検証・遺留品
多くの目撃証言で登場する、チョコレート色の靴も秋谷らによって鑑定された。毎日靴の手入れをしていた書生の証言によれば、下山はこの靴を大切にしており、必ず橙色のコロンブス靴クリームを使って磨かせており外で靴磨きに磨かせたことはなかったという。だが、秋谷の鑑定書によれば、鑑定した靴にはコロンブスではないメーカーの焦げ茶色のクリームが塗られており、塗り方も書生の丁寧な塗り方とは異なり、靴紐や紐を通す穴などにクリームが付着している乱雑な塗り方であったと記述されている。この鑑定に対しては、靴磨きを商売とする者がこの様な乱雑な仕事をすることはあり得ないし、また靴紐の結び方も、下山の妻は下山の結び方とは全く違うと証言しており、下山が殺害されたときには靴は履いていなかったとして他殺説の裏付けともされる。
下山事件 現場検証・遺留品
しかし、公開された鑑定書を、ジャーナリストの佐藤一が、東大法医学教室で下山の靴の鑑定を担当した塚元久雄教授（事件当時は助教授）に見せたところ、自分は靴クリームを検査した記憶はないし、そもそも靴クリームのメーカーの特定は不可能であると証言している。塚元は、実際に下山の靴を検査した自分に全く覚えがない記述があるのを見て不信感を抱き、佐藤に「これはちがうな。あとのほうになるとまるで推理小説だね。僕は鑑定書とはおもわんね」「秋谷先生にこれが本当に鑑定書なのか聞いてみてよ」と公表された鑑定書は改ざんされていると指摘し、秋谷に確認するように依頼している。その後、佐藤は秋谷に何度も取材を試みたが、当時の捜査関係者以外には話すことはできないとして、取材を拒否されて結局真相は判らなかった。
下山事件 現場検証・遺留品
塚元が改ざんを指摘した鑑定書については、鑑定書内で記述が矛盾して統一されておらず、靴に関する記述は「靴は警視庁鑑識課で検査後のもので、外部の汚れは殆どなく、磨かれたようにキレイであった」で始まっているのに、靴クリームについての記述になると「塗り方が乱暴」などと書かれていた。また、仮にこの鑑定書の記述が正しかったとしても、機関車底部に付着している油も焦げ茶色で固まっているものもあり、その油が付着した可能性や、秋谷らが調査するまでに2ヶ月間もの期間があり、その間に警察や東京地検といった関係先を転々としており、靴クリームが変色した可能性も指摘されている。
靴底には、五反野を半日歩き回ったのにも関わらず、砂や土が全く付着しておらず、付着していたのは1円玉大のアスファルトと微量の緑色色素であった。緑色色素については、警察の鑑識によりクロロフィルが抽出されたため、現場付近の草を踏んで着いたもので、アスファルトは現場付近の目撃情報であった、下山とが走ってきた貨物列車を避けるため、東武線高架下から2本目の電柱に身を寄せた際に、半乾きのコールタールを踏んで付着したものと判断された。ただ、この緑色色素については、秋谷の鑑定では、クロロフィルではなく工業用染料のマカライトグリーンであったとされており、他の多くの秋谷が手掛けた鑑定と同様に、警察と鑑定結果が相違している。
下山事件 現場検証・遺留品
下山の衣類も、朝日新聞記者の矢田喜美雄同席の下で秋谷の研究室が調査した。まず秋谷らが注目したのが、下山のワイシャツや下着、靴下に大量の油が付着していたことであった。矢田の記憶によれば、衣類の包装紙を開けた瞬間に異様な匂いがたちこめ、包まれていた衣類はおろか包装紙までがベットリと油まみれであったという。一方で上着や革靴内部には付着の痕跡が認められなかった。油を衣料から抽出したところ85.3gもの量となり、秋谷や矢田らはこの量の油の付着は自殺では考えられないことだとわき立った。さらに徹底した付着物の調査が行われ、背広やワイシャツから、色素とみられるものも検出された。なお、矢田によれば、この色素を検出したのは自分で、この頃には朝日新聞社の記者でありながら、東大法医学教室の臨時研究生として雇用され、わずかながら給料も受け取っていたという。矢田によるさらに詳細な鑑定の結果、背広上着とワイシャツとハンカチと靴から、青緑、紫、赤色、褐色の4色が検出された。この色素は検査の結果、塩基性染料と判明した。主にアルコールやシンナーなどに溶解し、皮革製品、ウール地衣料、金属製品、木製品の染色に使用されるものであった。
下山事件 警察の捜査
本事件は上記の通り、警視庁の捜査一課及び捜査二課二係が同時に捜査を行うという異例の捜査態勢となった。この当時の警視庁では、捜査一課が殺人、強盗、暴行、傷害、誘拐などのいわゆる強行犯の捜査を担当していたのに対して、捜査二課は主に汚職や選挙違反以外の公安関係の捜査が担当であった。さらに本事件で主に捜査にあたった二係は、暴力団やその他団体による犯罪の捜査を担当していた。下山怪死の情報を聞いた二係長の吉武辰雄が、下山が国鉄の人員整理で労働組合と対立していたことを知っており、自分たちの領分であると判断して、二課長の松本彊の指示なしに独自の判断で、係の全捜査員30人を本事件の捜査に投入することを決めている。その後、報告を受けた警察庁刑事部長坂本智元は、万全の捜査をという方針から、そのまま捜査二課二係の捜査継続を決めた。しかし、本事件の捜査を主に担当したのは、捜査二課のうちでも二係だけで、三係が事件直後に捜査一課の地取り捜査の支援を行ったが、程なくして、本事件の捜査を打ち切って、通常の業務に戻るなど、他の捜査二課は通常の捜査を行っており、8月1日には松本課長直卒により、他の事件で日本共産党を100人態勢で捜査しているが、二係だけが不参加であった。
下山事件 警察の捜査
7月7日9時には初の合同捜査会議が開催され、刑事部長の坂本以下、捜査一課、捜査二課二係、捜査三課が集まって「下山事件特別捜査本部」が設けられたが、本部長坂本の下の現場指揮官は捜査一課の堀崎繁喜、捜査一課二係長金原と捜査三課一係長野田が総合的な指導監督に任じられたが、同じ係長の捜査二課二係吉武には特に役は付かなかった。
初の捜査合同会議の結果、捜査実施担当区域は以下のように区分された。