PC-9800シリーズ 歴史
1990年（平成2年）、日本IBMはVGAを搭載したPC/AT互換機で日本語テキストを表示できるようにするオペレーティングシステム『DOS/V』を発表した。日本の他のパソコンメーカーは日本IBMとマイクロソフトが共同で設立したPCオープン・アーキテクチャー推進協議会 (OADG) に加入した。1991年（平成3年）には日本語版のWindows 3.0が登場し、MS-DOSからWindowsへ、ソフトウェア環境の移行が始まった。1992年10月、コンパックは128,000円のDOS/Vパソコンを発売した。この価格は当時のPC-98最安モデルの半値で、他の日本のパソコンメーカーはこの直後に次々と値下げを発表した。この価格戦争はNECが主導していた日本のパソコン市場を揺るがす出来事として印象づけられ、マスコミに「コンパックショック」と呼ばれた。1993年（平成3年）に入ると東芝や富士通がDOS/Vパソコンを発売し、セイコーエプソンはDOS/Vパソコンを販売するためにエプソンダイレクトを設立した。
PC-98の主力デスクトップモデルは1988年（昭和63年）発売のPC-9801RA以来、SCSI (Small Computer System Interface) インターフェイスを内蔵したPC-9801RA21（1989年（平成元年））、DMA (Direct Memory Access) コントローラを高速化したPC-9801DA（1991年（平成3年））、486を搭載してファイルスロットを装備したPC-9801FA（1992年（平成4年））と、徐々に機能や性能を向上しながらもコンセプトは従来機を踏襲してきた。同時期にアメリカではWindows 3.0の普及とパソコンの低価格化が進んでおり、日本にもDOS/Vの登場とともにその波が押し寄せていた。PC-9801FAはコストの問題からCPUに16MHz駆動の486SXを搭載していたが、これに対してユーザーから「640×400ドットの画面はWindowsには狭い。16MHzでは快適に使えない。」との批判が集中した。1992年5月、セイコーエプソンは486SX 25MHzのCPUと1120×750ドットの高解像度表示機能を搭載したPC-486GRを、PC-9801FAと同じ価格で発売してヒットした。NECもこの状況から販売戦略を見直し、1992年7月より新製品の検討が始まった。
1992年（平成2年）10月末、NECはWindows 3.0を標準搭載したPC-9821（愛称は98MULTI）を発表した。1993年（平成3年）1月より、PC-98の主力デスクトップ機は3つのラインに拡張された。CD-ROMドライブなどホビー向けに必要な機能を一式含んでいる「98MULTi」に加え、Windowsの利用に適した性能を持つ「98MATE」、MS-DOSの利用を主目的とした低価格の「98FELLOW」が発売された。PC-98は対応する日本語アプリケーションが多く、依然日本のユーザーには人気があった。
1993年（平成3年）から1995年（平成5年）にかけて、NECは業界標準規格を採用しつつ製造コストの削減を図った。PC-98は72ピンSIMM、3.5インチ1.44MBフロッピーディスク、IDEドライブ、640×480ピクセルのDOS画面モード、2D GUIアクセラレーションGPU、Windows Sound System、PCI、PCMCIAに対応していった。また、一部のマザーボードの製造をECSやGVCなどの台湾系企業に委託した。
PC-98の販売数そのものは順調に増大していたが、PC/AT互換機の販売はこれを上回る勢いで拡大し、PC-98は次第にシェアを落としていった。これは、パーソナルコンピュータとWindowsの爆発的な普及により、従来とのハードウェア・ソフトウェア互換性を必要とするユーザーが相対的に少数派となったためである。この時点ではPC-98もWindows機であることには変わりなく、実績のあるブランドだったことからそれなりの知名度もあり、トップシェアを争うだけの勢力は維持していた。1997年（平成9年）時点での日本国内シェアは3割とも5割弱とも言われる。しかし、CPU・チップセット・ビデオチップ・拡張バスなど、PCを構成する各種の要素技術が急激に高度化し、それらのほとんどがPC/AT互換アーキテクチャを前提としていたことから、PC-98に採用する上でさまざまな困難に直面することとなった。Windows 95の移植においては、NECはアメリカのマイクロソフト本社に技術者を約20人常駐させてPC-98版の開発を進めていた。Windows 3.1および95の時代にはFMRシリーズ / FM TOWNSなど他社独自アーキテクチャ機も存在していたのに対し、Windows 98の時代にはPC-98以外はほぼPC/AT互換アーキテクチャに収斂したため、NECにはWindowsや各種ドライバの移植コストが重くのしかかることとなった。このようにして、独自アーキテクチャの維持に次第に限界が見えてきた。
1997年（平成9年）10月、NECはPC/AT互換機といえるPC97ハードウェアデザインガイド準拠マシンのPC98-NXシリーズを発表し、一般市場におけるPC-98は事実上その使命を終えた。
PC-98の最後の機種は、2000年（平成12年）に登場したCeleronベースのPC-9821Ra43（クロック周波数433MHz、1998年の440FXチップセットベースのマザーボード設計を使用）だった。2003年（平成15年）、NECはPC-98の受注中止を発表した。2004年（平成16年）3月の出荷終了までに1830万台のPC-98が出荷された。PC-98をサポートする最後のWindowsはWindows 2000であった。
1997年（平成9年）にNECの主力パソコンはPC98-NXシリーズに移ったものの、多くの制御機器等ではPC-98が依然使用されており、これらの資産をPC/AT互換機等に移行するにはユーザー側に莫大な出費（コスト増）を強いるため、CバスやMS-DOSなどの資産を継承する必要に迫られた（建設用の計算ソフトなどでも、開発経費節減のためPC-98と抱き合わせ販売されていた）。このため、その後も一部機種を継続販売していたが、2003年（平成15年）9月30日をもって受注終了、2010年（平成22年）10月末にサポート終了となった。最終モデルは「PC-9821Ra43」「PC-9821Nr300」。FC-9800シリーズも2004年1月に販売終了、2010年（平成22年）1月に保守が終了した。最終モデルは「FC-9821Ka model 1/2」。
PC-98の受注終了後は、前述の通りサードパーティによるPC-98互換機（ロムウィン社98BASEシリーズ、エルミック・ウェスコム社（後の図研エルミック社）iNHERITORシリーズなど）の製造・販売が長く続けられたが、後者は2006年（平成18年）末のインテルによる486系プロセッサの製造終了に伴い、2007年（平成19年）9月28日に受注終了、2008年（平成20年）9月30日に出荷を終了した。その後もPC/AT互換機を用いてPCIカードを実装、Cバス拡張BOXを接続してエミュレートする「iNHERITOR II」、PC一体型の互換システム「iNHERITOR II-A」が販売されていたが、2016年（平成28年）7月に生産を終了している。
また、Cバスインタフェースのボードを利用できるコントローラ付きバックプレーンや、同コントローラやPC/FC-9801シリーズで稼動するボードコンピュータも販売されていた。
FreeBSDでは、2011年（平成23年）2月にリリースされた8.2-RELEASEまでPC-98に対応していたが、9.0-RELEASE以降、PC-98用のFreeBSDはリリースされていない。
工場の生産ラインや鉄道などのインフラ管理の分野では、様々な制御対象機器との互換性や枯れた技術の安定性を考えると容易に最新式のコンピューターに入れ替える事は出来ず、前述の事情もあって2020年（令和2年）現在でも現場でPC-98が使用されているケースは多く、オークションサイトには数千件の出品があったり、専門の修理業者が存在するほどである。