阿賀野川 阿賀野川水系
一方農業整備に関してであるが、下流については治水事業と連動して1941年（昭和16年）から農地開発公団による「阿賀野川沿岸農業水利事業」が着手され、戦後農林省（現・農林水産省）に継承され「国営阿賀野川農業水利事業」として1947年（昭和22年）に実施された。この中で新井郷川排水機場の整備が行われ、1966年（昭和41年）からは福島潟を干拓して農地を造成する「国営福島潟干拓建設事業」が着手、1977年（昭和52年）に事業は完成した。しかし1978年（昭和53年）の集中豪雨による湛水被害が起こり、これを防止するため、1988年（昭和63年）から新井郷川排水機場の改修を含む「国営阿賀野川右岸農業水利事業」が実施された。
福島県内においては1947年の「国営新安積開拓建設事業」による安積疏水取水口（上戸頭首工）改良工事のほか、白河・矢吹方面の農地に用水を供給するため同年に「国営白河矢吹開拓建設事業」が計画された。この事業においても阿賀野川から阿武隈川へ流路変更を伴う導水事業が計画され、鶴沼川に羽鳥ダムが1956年（昭和31年）に建設された。羽鳥ダムは日本最大級の農林水産省直轄ダムとして白河方面の農地2,160ヘクタールを潤し、現在も農林水産省が直轄管理を行う重要なダムである。この他、会津盆地西部の用水補給を行うため、1980年（昭和55年）には「国営会津宮川地区農業水利事業」が着手された。根幹施設として宮川に新宮川ダムが建設され、2004年（平成16年）に完成する。4,490ヘクタールの農地に用水を供給し、直下流にある宮川ダムなどの防災ダムと連携して農地の水害防止を図っている。
阿賀野川は水力発電を中心に多くの開発が行われ、流域はおろか流域外にも多大な恩恵を与えている。だが、開発に伴う住民との軋轢や、環境への影響というものが表面化した。
只見川では1954年（昭和29年）に田子倉ダム補償事件が起こっている。これは田子倉ダム建設に強硬に反対する田子倉集落（只見町）の住民が福島県知事に補償斡旋の嘆願を行い、それを受けた知事が当時の補償金額相場を大幅に超える補償額を事業者である電源開発に呈示、電源開発もこの斡旋案を受け入れたことに始まる。これが新聞に発表されて世間に大きなセンセーションを巻き起こしたが、河川行政を担当する建設省と電力行政を担当する通商産業省（現・経済産業省）が猛反発して相場どおりの補償額に抑えた。特に建設省はこの事件が他のダム事業に多大な影響を及ぼすことを懸念しての反発であったが、その懸念は的中し、鎧畑ダム（玉川）を始め、多くのダム水没予定住民が、田子倉ダム並の補償を求めて交渉が長期化する事態となった。この件は後に事業者・被補償者双方からの法整備要求となり、紆余曲折を経て1973年（昭和48年）の水源地域対策特別措置法（水特法）制定に繋がっていく。因みに阿賀野川水系では1977年（昭和52年）に大川ダムが、1980年（昭和55年）に新宮川ダムが、1982年（昭和57年）には只見ダムが指定を受けている。
また尾瀬ヶ原を巡る問題も起きていた。「只見川筋水力開発計画概要」でも当初計画されていた尾瀬原ダム計画であるが、元来1919年（大正8年）に関東水電が発案し、その後日本発送電を経て東京電力がこれを承継し事業を推進していた。すなわち、只見川水源である尾瀬ヶ原を高さ 85.0メートル のロックフィルダムで堰き止め、総貯水容量 3億3,000万トン の大貯水池を形成して、貯水した水はトンネルを通じ利根川水系片品川へ導水、約 50万キロワットの発電を行うというものであった。この阿賀野川から利根川へ流路変更を行い水力発電を実施する「尾瀬分水計画」は新潟県と福島県の猛反発を受けた。その原因は慣行水利権であり、全く流域外の利根川に只見川の河水を取られることは、下流の農業や発電への影響が大であるとして猛烈に抵抗した。さらにこの問題は高度経済成長に伴う水需要の緊急性も絡み、最終的に関東地方一都六県と東北地方六県および新潟県の対立に発展、政府による調停も成功せず、収拾の付かない状態となった。これに加え環境保護の観点から厚生省（現・厚生労働省）や文部省（現・文部科学省）を始め平野長蔵ら尾瀬の自然保護を求める立場からの「尾瀬の自然を守れ」というダム建設反対運動も発生、尾瀬分水案は完全に暗礁に乗り上げた。最終的に1996年（平成8年）、東京電力が尾瀬沼の水利権更新を断念、権利放棄したことで「尾瀬分水計画」は77年目にして潰え、尾瀬の保護運動が日本の自然保護運動の端緒になるという結果が残った。
自然保護の観点では、尾瀬沼のほかダム湖である奥只見湖の漁業保全も特筆される。これは小説家で大の釣り好きでもあった開高健が1975年（昭和50年）に「奥只見の魚を育てる会」を立ち上げたのが契機である。『夏の闇』執筆のために銀山平を訪れた開高は、奥只見湖の自然とイワナに惚れ込んだが、密漁が大きな問題になっていることを知ると、漁業関係者や心ある釣り人と共にイワナの保護活動を始めた。この結果、現在奥只見湖は一部区域が永久的に禁漁区となっている。こうして奥只見湖の自然は守られたが、ブラックバスの密放流が現在問題となっている。これに対して「育てる会」と魚沼漁業協同組合の運動もあり、新潟県は1999年（平成11年）12月、県内における外来魚のリリース禁止を定めた。その後バス擁護派の日本釣具振興会がバス駆除を名目に奥只見湖のバス釣り大会を2001年（平成13年）に提案したが、漁協はこれを一蹴している。
さらに奥只見湖から導水トンネルを経て信濃川水系に発電用水を送る「只見川分流案」に基づき、電源開発が計画していた「湯之谷揚水発電計画」が自然を破壊するとして、自然保護団体から反対を受けた。だがこの「湯之谷揚水発電計画」も電力需要の低迷によって採算が取れないという理由から、2001年（平成13年）に建設中止となり、「尾瀬分水計画」に続き「只見川分流案」もここに潰えた。
そして1990年代以降に全国的に巻き起こった公共事業の見直しについても、阿賀野川水系は影響を受けた。猪苗代湖の高度な水利用と日橋川の治水を目的に1986年（昭和61年）よって建設省北陸地方整備局によって計画されていた「日橋川総合開発事業」が中止されている（国土交通省直轄ダム#北陸地方整備局の中止事業を参照）。また、常浪川ダム（常浪川）についてはダム建設の是非を巡る論争があり、1973年（昭和48年）の計画発表以来現在に至るまで本体工事に着手していない。新宮川ダムについても建設中に一部の市民団体から、「緊急に中止すべき公共事業100」に選ばれている。現在新規のダム計画は常浪川ダム以外はないが、全国の河川と同様、阿賀野川についても今後は地域と一体となった整備が求められている。
阿賀野川水系は阿賀川本流に日橋川流域、只見川流域の三水域が福島県喜多方市付近で合流、阿賀野川ラインを形成して新潟県に入る。何れも上流部は有数の豪雪地帯であり、阿賀野川の豊富な水量を支える。また猪苗代湖を始め天然湖沼が多いのも特徴の一つである。
（注）カッコ内の湖沼は人造湖（ダム湖）。
阿賀野川水系は、明治・大正時代に始まった猪苗代湖を利用した安積疏水、水力発電よって河川開発が始まった。日本発送電をへて電源開発・東北電力が阿賀野川・只見川に20ヶ所のダムを建設、奥只見ダム・田子倉ダムは日本のダムの歴史に残る大事業となった。また日本初のアスファルトフェイシングフィルダムである大津岐ダムや世界最大の単一ラバーダムである黒谷ダムも建設された。
治水施設では大川ダムが阿賀野川水系唯一の特定多目的ダムとして建設された他、福島県・新潟県の県営ダムが幾つか建設されている。農林水産省直轄ダムには羽鳥ダムのほか、福島県へ管理が移行された新宮川ダム・日中ダムがあり、会津盆地のみならず阿武隈川左岸部の灌漑に貢献している。下流部では阿賀野川頭首工や福島潟放水路の建設、阿賀野川右岸灌漑事業・福島潟干拓が行われた。
現在は発電用の小荒ダム再開発事業と常浪川ダム建設事業が施工中。ちなみに阿賀野川水系では猪苗代湖や秋元湖、沼沢湖といった天然湖沼を利用した開発も行われた。
総務課・工務課・管理課
総務課・工事品質管理官・建設監督官・工務課・調査品質確保課・管理課・占用調整課
（注1）黄色欄は建設中・計画中・再開発中のダム（2006年現在）
（注2）桧原湖・小野川湖・秋元湖は元来磐梯山噴火によって形成された堰止湖である。秋元湖は東京電力によってダムが設けられたが1989年（平成元年）8月の水害で三湖は著しい被害を流域に与えたため、福島県による治水事業が1997年（平成9年）から実施され、この際に洪水調節・不特定利水・水力発電を目的とした多目的ダムとして再開発された。この時に裏磐梯三湖にはダム（河川法上では堰の扱い）が建設されている。