美空ひばり 生涯
2月7日、九州厚生年金会館での公演が、ひばりの生涯最後のステージとなった（その映像は残されていないが、スタッフが確認用に録音したカセットテープに音源のみ残され、ひばり17回忌の2005年にCDとして商品化された）。同日、ひばりは車や新幹線での移動に耐えられない程に衰弱していたため、急遽ヘリコプターを使用しての往復移動となり、会場の楽屋入り後はすぐに横になった。酸素吸入器と共に医師が控え、肝硬変の悪化からくる食道静脈瘤も抱え、いつ倒れて吐血してもおかしくない状態だったという。当時同行した和也は後に「おふくろはもう気力だけで立っていたんだと思います…お医者さんには、間髪入れずに『倒れて出血したらもう終わりです。喉を切開して血を抜かないと、窒息をしちゃいますよ。いつ倒れてもおかしくないですからね』と言われてたんで、袖で陣取っていたんですけど、ここの時ほど心細い時はなかった。本当…死んだ親父やばあちゃんがいたらな…って思いましたよ。」と語っている。開演時間になるとひばりは起き上がりステージへ向かうが、廊下からステージに入る間にある僅か数センチの段差すらも1人では乗り越えられなかった。また、コンサート中は大半が椅子に座りながらでの歌唱となり、加えてあまりの体調の悪さから予定されていた楽曲を一部カットした（村田英雄の「無法松の一生」など）。息苦しさをMCでごまかすひばりであったが、翌3月に診断される「特発性間質性肺炎」の病状は進行していた。だが、1,100人もの観衆を前にひばりは全20曲を無事に歌い終えた。
2月8日、2年前と同じ済生会福岡総合病院に検査入院。一旦は退院し、マスコミから避けて福岡の知人宅に2月下旬まで滞在後、再びヘリコプターで帰京した。その際、東京ヘリポートから自宅までは車での移動であったが、体力はとうに限界を超えていた。3月上旬に入ってからは自宅静養の日々が続き、ツアーを断念せざるを得ない状況の中でも、同年4月17日に自らの故郷である横浜に竣工した横浜アリーナのこけら落とし公演が予定されていた。この舞台に立つことに執念を見せるひばりは「私は『横浜アリーナ』の舞台に立ちたい。ここでの公演だけは這いずってでもやりたい！」と頑として譲らず、母の体調を案じて公演の中止を迫る和也に「ママは舞台で死ねたら本望なの！余計な口出ししないで！！」と突っぱねるも、和也は「あんたが死んじゃったら、残された俺は一体どうするんだ！！」と言い返すなど、度々口喧嘩をしていたという。その口喧嘩の日々が書かれた直筆の日記が、今も特番で公開されることがある。
その頃、石井ふく子の紹介で近所の診療所の医師に診察を仰いだが、指先や顔色の青ざめたひばりが診療室に入ってきた姿を目の当たりにしたその医師から、ひばりは肺の状態の説明も受け、専門医のいる病院への入院を強く勧められた。そして3月9日に数時間、静養中の自宅を訪れた診療所の医師から強い説得を受けると、ひばりは椅子に腰かけながら真正面を向いたまま涙を流し、何かを悟るかのように長い時間の沈黙があったという。その沈黙の後、ひばりはついに再入院の決断を下した。
3月中旬にひばりは再度検査入院した後で一時退院、3月21日にはラジオのニッポン放送で『美空ひばり感動この一曲』と題する10時間ロングランの特集番組へ自宅から生出演した。番組終盤には自ら「ひばりに引退は有りません。ずっと歌い続けて、いつの間にかいなくなるのよ。」とコメントした。結果的に歌以外ではこのラジオ出演が美空ひばりにとって生涯最後のマスメディアの仕事となった。ラジオ生放送終了直後、体調が急変したため順天堂大学医学部附属順天堂医院に再入院となった。
再入院から2日後の1989年3月23日「アレルギー性気管支炎の悪化」「難治性の咳」など呼吸器系の療養専念のため、横浜アリーナのこけら落としコンサートを初めとするその他全国ツアーを全て中止し、さらに歌手業を含めた芸能活動の年内休止が息子の和也から発表された（再入院当時「間質性肺炎」の病名は公表されなかった）。和也は本当の病名をひばり本人には最期まで伏せていたが、ひばりは3月上旬に診察を受けた際に医師から間質性肺炎の説明を受けていた。しかし和也にはずっと知らないふりをして過ごしていたという。なお、闘病生活を書き記したひばりの付き人の記録に「コメカミの血管が破れそうにドキドキする」とあった。間質性肺炎を発症した原因は「不明」とされ、治療に有効とされているステロイドホルモンは肝硬変の症状も出ていたひばりに対しては副作用の懸念からほとんど使えなかったという。
その後もはっきり報道されない容態から「もう歌えない」「復活は絶望的」などと大きく騒ぎ始めるマスコミに対し、ひばりは入院中の5月27日に再入院時の写真などと共に「麦畑 ひばりが一羽 飛び立ちて… その鳥撃つな 村人よ！」とのメッセージを発表した。さらに「私自身の命ですから、私の中に一つでも悩みを引きずって歩んでいく訳には参りませんので、後悔のないように完璧に人生のこの道を歩みたいと願っているこの頃です」などと録音した肉声テープを披露。だが2年前の入院時と比較するとひばりの声は殆ど張りがなく、弱々しいものであった。結果的にこれがひばり本人が発した生涯最後のメッセージおよび肉声披露となった。
それから2日後の5月29日にひばりは病室で52歳の誕生日を迎えた。同じ頃ひばりの実妹・佐藤勢津子は、看病していた時に「突然、お姉ちゃんがポロポロと泣き出してしまって…『勢津子、私はまだ生きられるの？』って。『何言ってるの、まだ52歳でしょ？これからも頑張って生きなきゃ駄目よ！』って励ましたら、姉ちゃんは『そうだね、和也を独り遺して死ねないよね。頑張るわ。』と、珍しく私の前で弱音を吐いた。」と述懐していた。
しかし、誕生日から15日後の6月13日に呼吸困難を起こして重態に陥り、人工呼吸器がつけられた。ひばりの生涯最後の言葉は、順天堂医院の医師団に対して「よろしくお願いします。頑張ります。」だったという。また和也が死の数日前に「おふくろ、頑張れよ。」「大丈夫だよ。」と声を掛けると、ひばりは最期を覚悟したのか両目に涙を一杯溜めていたと、後に和也が語っている。
そして最後のステージから136日後、再入院から3ヶ月後の1989年6月24日午前0時28分、特発性間質性肺炎の悪化による呼吸不全併発のため、和也らに看取られ死去した。52歳没。
6月25日に通夜、翌26日に葬儀がひばり邸で行われ、芸能界やスポーツ界、政界からも多数の弔問があった。ひばりの棺を乗せた霊柩車がひばり邸を出る際には、多くのファンが沿道を埋め尽くし、彼女の死を悼んだ。7月22日に青山葬儀所で行われた葬儀には当時最高記録の4万2千人が訪れた。喪主は和也が務め、葬儀では石橋貴明、和田アキ子、王貞治（当時は読売ジャイアンツ元監督）、萬屋錦之介、中村メイコ、森繁久彌が弔辞を読み上げ、近藤真彦、藤井フミヤ（当時はチェッカーズ）、森昌子、雪村いづみ、北島三郎などひばりを慕った歌手仲間が『川の流れのように』を歌い、ひばりの霊前に捧げた。法号は、慈唱院美空日和清大姉（じしょういん みそらにちわせいたいし）。墓所は、横浜市営日野公園墓地にある。菩提寺は、港南区の唱導寺。
美空ひばりの通算レコーディング曲数は1,500曲、オリジナル楽曲は517曲であった。
復帰第一弾として発表した「みだれ髪」は福島県いわき市の塩屋岬を舞台としており、その縁で塩屋埼灯台近くには歌碑、遺影碑、銅像などが建つ「雲雀乃苑」が整備されている。この地には1988年10月2日に「みだれ髪歌碑」が建立されていた。その後、1990年5月26日に「美空ひばり遺影碑」が建てられた。そして周辺の道路420メートル区間もいわき市が整備を行い「ひばり街道」として1998年に完成した。さらに2002年5月25日には「永遠のひばり像」が建立された。その後、2024年春に京都市の東映太秦映画村内にあった「京都太秦美空ひばり座」が老朽化で取り壊されたのに伴い、その入口にあったブロンズ像が同年10月17日に雲雀乃苑へ移設された。
1989年8月21日、35枚組・517曲を収録した『美空ひばり大全集 今日の我れに明日は勝つ』がCDとカセットテープで発売され、1989年11月20日現在で6万3000セット（日本コロムビア調べ）が販売された。定価6万円（税込）と音楽ソフトとしては高額ながらオリコンでは最高9位（1989年9月4日付アルバムランキング）を記録した。
1989年には、ひばりの音楽ソフトが年間120億円（日本コロムビア調べ、以下同じ）を売り上げた。1997年時点でも年間で約15億5000万円を売り上げ、日本コロムビア所属の演歌歌手としては現役歌手を抑えて最も売り上げが多い。
1993年4月、京都市の嵐山に「美空ひばり館」が開館、愛用品のコレクションなどが展示され、ファンや観光客が訪れていた。しかし来館者数の減少により、2006年11月30日に一旦閉館。その後運営主体を「ひばりプロダクション」に変更し、2008年4月26日に「京都嵐山美空ひばり座」と改名の上リニューアルオープンした。2013年4月26日、開館5周年イベントが催され、この場でひばりプロ社長・加藤和也から同年5月31日限りで閉館することが発表。同館は5月31日限りで閉館された。
しかし、「京都嵐山美空ひばり座」の閉館からおよそ半年が経った2013年10月12日には同じく京都市にある東映太秦映画村の映画文化館の1階に、「京都太秦美空ひばり座」が改めてオープンした。館内には舞台衣装、台本などのゆかりの品々が約500点並び、東京ドームでの「不死鳥コンサート」で着用したドレスや、初めて東映映画に出演した1949年の『のど自慢狂時代』以降の全93作品の復元ポスターなどが展示されている。さらに、2014年5月には東京都目黒区のひばり邸の一部を改装し、『美空ひばり記念館』として改めてオープンさせることが発表され、同年5月28日に女優の中村メイコ、タレントのビートたけし、歌手の郷ひろみらを最初の客として迎えて、「東京目黒美空ひばり記念館」のオープニングセレモニーが行われた。
1999年、舞台『元禄港歌 -千年の恋の森-』（1980年上映）劇中歌としてレコーディングされた「流れ人」が、ひばりの死後初のシングルとして発売された。1998年12月、同舞台の再演の準備中に当時録音された音質の良いテープが日本コロムビアで発見されたものである。
2005年公開の映画『オペレッタ狸御殿』（鈴木清順監督）では、デジタル技術でスクリーンに甦りオダギリジョーやチャン・ツィイーと共演した。
2011年には、23回忌で「美空ひばり トレジャーズ」（1月19日）や「ひばり 千夜一夜」（8月3日）などを発売した。
『美空ひばり トレジャーズ』は、日本コロムビアの創立100周年の記念も兼ね発売されたトレジャーブックである。この商品には、ひばりのエピソード全69話からなる本や写真133枚（未公開を含む）、サインや手紙のレプリカが48点、未発表曲「月の沙漠」を含む計30曲が収録された2枚組のCDが収められている。1万セット限定で1万3800円で発売された。
『ひばり 千夜一夜』は、1,001曲の楽曲を収めたCD56枚＆DVD2枚の12万円のセットである。構成は、1949年のデビュー曲「河童ブギウギ」から1989年のラストシングル「川の流れのように」・「あきれたね」までの「シングルコレクション」が32枚、580曲。ジャズや民謡の「カバー・コレクション」が17枚、304曲。ほかにも「オリジナル曲」が5枚、93曲。「カラオケDVD」が2枚、24曲で1,001曲である（ライブ音源CDを除く）。「森英恵デザイン 特製赤いコサージュ（不死鳥コンサート時の物のレプリカ）」や「特製写真立て（不死鳥コンサート時の赤い衣装のポートレート付）」、「特製CDキャリングケース（携帯ディスクケース）」、「カラー写真集（全96ページ）」、「別冊歌詞集（2冊）」、「三方背収納BOX」、「おしどり・イン・ザ・ナイト（12曲入りCD）」、「あの歌・この歌〜美空ひばり昭和を歌う〜（21曲入りCD）」が特典であった。単一歌手が1,000曲以上を収録したBOXを発売するのは初めてで、最大収録数である。
2012年、1950年に行われた第100歩兵大隊二世部隊戰敗記念碑建立基金募集公演のアメリカ合衆国サクラメント公演の録音が発見された。2013年09月18日には『美空ひばり&川田晴久 in アメリカ 1950』のタイトルでCDが発売された。この記録は、日本人による海外ツアーの先駆けの様子を記録した資料としても貴重である。
2013年には、ひばりが芸能生活35周年として1981年に出演したテレビ番組『ザ・スター』を映像補正の上、編集した作品『ザ・スター美空ひばり』が公開された。フジテレビの倉庫で発見された、同番組の未放送部分を含むマスター収録テープをデジタル技術で復活させ、ひばりの代表曲や同番組でのみ披露された未発表曲「ウォーク・アウェイ〜想い出は涙だけ〜」を歌いあげるひばりの姿がスクリーンで上映された。
2016年5月29日、未発売音源の「さくらの唄」をCD化し発売。1976年7月1日に発売されたシングルとは別バージョンとなっている。
2019年5月29日の日本コロムビアの発表によると、レコード・CDなどの物理メディアの総売上（2019年5月1日時点での累計出荷枚数）は約1億1700万枚に達する。この数字にはインターネット配信での売上は含まれていない。内訳はアナログレコードがシングル4850万枚、アルバム2150万枚。カセットテープが2650万枚、8トラックテープが900万本、CDが1150万枚である。日本を代表する伝説的ボーカリストとして、多くのアーティストやタレントに影響を及ぼし、企画盤や未発表曲が定期的に発表、ビデオ上映コンサートも開催されるなど、永遠の歌姫として根強い人気を獲得している。
2019年9月29日放送のNHKスペシャルでは、過去の膨大な映像や音源を元に、最新のAI技術を用いてひばりのライブを再現する試みが行われた。4K・3Dの等身大のホログラム映像でステージ上に“本人”を出現させ、ヤマハが開発した深層学習技術を用いた歌声合成技術『VOCALOID:AI』により新たに制作された楽曲「あれから」（作詞:秋元康・作曲:佐藤嘉風）を歌わせる様子が放送された。CGによるひばりの振り付けは天童よしみのモーションを元にしている。
2019年12月31日放送のNHK紅白歌合戦でも、上記AIによるライブが行われた。