上祐史浩 経歴
また村井刺殺事件に関しては、後に雑誌『FRIDAY』2010年12月3日号誌上の対談にて「覚醒剤取引などで関係の深かった暴力団による口封じ説、村井秀夫氏が生きていることで、第2・第3のサリン事件が起きる可能性があったために、当局が起こした謀略説などがあるが、予言を実現させるためにオウム真理教が行った自作自演の可能性があると感じている」と発言している。
ただし上祐によれば、実際に雑誌『FRIDAY』記者に話したことは、「自作自演の可能性を否定はできない」という程度のものであったという。上祐の推察としては、サリン事件発覚後も麻原は、教団武装化を諦めておらず、武装化の鍵となる村井が殺害されたことにショックを受けていたことなどから、自作自演の可能性は低いと考えているという。
『終わらないオウム』で実行犯の徐裕行と対談した2013年以降は「徐氏に会って、あれは単独犯だと感じた。彼の巨悪のオウムを倒すという義憤によるものです。 背景にオウムも暴力団も関係していないと思う」と単独犯説を主張するようになった。『田原総一朗 オフレコ!スペシャル』（2013年6月14日）で上祐と対談した田原総一朗はこの主張に対して「本当かな？」「彼（徐裕行）にとって悪なんかあるのかな」と疑問を投げかけている。
国内の宗教家等との交流
2009年のひかりの輪の設立以降は、オウム時代のような海外の宗教家との交流ではなく、日本国内の修験道や自己内省法「内観」の指導者をひかりの輪の外部監査委員に招き、それらを学んで団体活動に取り入れている。
菊地直子による批判に回答
2012年6月19日号の『SPA!』のインタビュー記事で、上祐が「菊地直子はサリン生成に関与し、刑事責任を負った」と語ったことに関し、菊地は事実ではないと東京拘置所内から手紙で上祐宛に撤回するよう要請したが、返事はなかった。また、菊地がサリン生成に関与したかどうかは、生成に関与した遠藤誠一、土谷正実らに聞けば分かるにもかかわらず、それをせず捜査機関の情報（=マスメディアの報道）を鵜呑みにして話したり、菊地は上祐ともほとんど話したことがないにもかかわらず、菊地の性格についても触れたりしている態度を2018年4月13日付のブログ中で批判している。
一方、上祐のブログの回答によれば、週刊誌の記事は上祐のインタビューを編集したもののために誤解が生じる文章となっているが、記事の中で「刑事責任を負った」とした主体は、菊地を指したものではないという真意を説明した。また、遠藤や土谷らに聞けば分かると言っても、菊地が指名手配されて以降は、同人らと連絡できない状況（逃走中または接見禁止）であったと述べている。さらに、そもそも上祐らの出頭要請にかかわらず、長年逃走を続けた菊地が、サリン事件等で結果として無罪だったために菊地本人の逃走が違法ではなかったとしても、逃走中の自分を男性に匿わせたことから、その男性は（菊地本人の有罪・無罪にかかわらず刑法の規定により）犯人蔵匿罪で有罪となったのであり、この責任は免れられず、自分の逃走行為の問題をよく認識すべきではないかとも指摘している。
オウムを反省・総括した書籍の出版
2011年末～2012年に、平田信・高橋克也・菊地直子といった逃走していたオウム真理教信者が出頭・逮捕されたことで、オウムへの関心が深まったことをきっかけとして、オウムの反省・総括をまとめた書籍を識者との共著の形を含めて出版するようになった。2012年に『オウム事件 17年目の告白』（上祐史浩著・有田芳生検証：扶桑社刊）、2013年に『危険な宗教の見分け方』（田原総一朗・上祐史浩共著：ポプラ社刊）、『終わらないオウム』（上祐史浩・鈴木邦男・徐裕行共著）を出版した。
麻原の死刑執行
2018年にオウム真理教事件の刑事裁判が終結し、麻原死刑執行間近との噂が流れたが、麻原の死刑執行については賛成を表明した。同年7月6日に麻原の死刑が執行されると、上祐は同日中に会見を開き「私も教団で重大な責任があった。被害者遺族に深くおわびしたい」と述べるとともに、麻原に対しては「かつてのような思いはない」とした。
女性幹部信者殺害事件の目撃を認める
2018年7月11日、新潮社の週刊新潮で、上祐が女性信者殺害事件（立件なし）の場に同席し、殺害の光景を目撃していたことを報じた。上祐もこれを認めた。麻原の死刑後になって上祐が証言した理由について、上祐は、麻原の死刑執行を遅延させないためだったこと、上祐の離反を知った麻原が信者らに指示して、上祐の身に危険を及ぼす心配があったことを挙げ、インターネット上で公表している。現に、この事件について上祐や当時の教団信者からの聞き取り調査を行った大田俊寛（宗教学者）は、麻原に異を唱えることが多かった上祐に対して、麻原に逆らうと殺される恐れがあることを上祐に見せつけることを麻原が意図していた（意図的に殺人現場を上祐に目撃させた）のではないかと詳細に分析している。
詳細は「オウム真理教女性信者殺害事件#事件の発覚」を参照
マスコミ・インターネット・トークライブ等でのオウムの反省・総括の公表
2018年の麻原の死刑執行もあってオウム事件への関心が再度深まったことから、麻原・オウムの反省・総括・教訓を趣旨とする話を、マスコミやYouTube等のインターネット番組に出演して公表したり、トークライブハウス等で国会議員等の政治家・大学教授・事業家・ジャーナリスト・文筆家・芸能人・宗教関係者などの各界の識者と対談したり、上祐自身のYouTubeチャンネルで公開ライブを行ったりする等して、定期的かつ頻繁に行っている。
2018年の麻原の死刑執行に対しては、賛成する言動を示した。上祐は「週刊現代」において、心神喪失状態であるとして死刑を反対する一部の声があることに対して、死刑を執行しない場合は、アレフ信者の麻原への信仰が深まる特殊な事情があることを指摘して、麻原の死刑が必要な理由を次のように語った。「私はきっちり（死刑執行を）やったほうがいいと思っています。麻原を死刑執行しないと国民感情と折り合いがつかない。死刑執行が行われないかぎり、麻原が『処刑されない救世主』として、アレフはさらなる信者を増やしてしまうことになる」
また、次のようにも上祐は述べていた。「アレフはこのままだと、『自分たちの信仰が奇跡を起こした』という盲信の絶頂に至る恐れがある訳です。彼らがそう考えているとしたら、社会がやるべき事は何か。それは当然、麻原の死刑をキッチリ勇気を持って執行することでしょう。しかしアレフの密かな盛り上がりを理解できず、法務大臣・法務省が細かい事に拘って死刑をためらうと、それはアレフを利する事になります。」
死刑執行当日（2018年7月6日）の上祐は、東京高等裁判所内の司法記者クラブで記者会見を開き、自らが麻原から離反し、批判し、裏切り者であったことから、執行に安堵した旨を述べ、執行への賛意をあらためて表明した。さらに、麻原の遺骨が、麻原への崇拝に悪用されないようにするために、「海への散骨」にも賛同している。
2020年代に入っても、引き続き、オウムの反省・総括に基づくとされる意見表明を、あらゆるメディアを通じて行っている。
2021年7月には、YouTubeチャンネルの「街録ch～あなたの人生、教えて下さい～」で発表されたオウム時代の反省と現在の状況の語りが、前後編双方とも200万回近くの再生回数という大きな反響を呼び、その後、他の多くのYouTubeチャンネルにも出演している。
2022年、旧統一教会問題が発生した際に、自身のブログや様々なメディアで、オウムの経験に基づいて、情報発信したのが注目を集めた。
2023年、「幸福の科学」の大川隆法、創価学会の池田大作が死去した時に、哀悼とお詫びの表明をするとともに、オウムの経験に基づいて、今後の新しい宗教のあり方について論じ、話題となった。