パシフィック・リーグ 沿革
1999年には、王貞治監督の福岡ダイエーホークスが26年ぶりのパ・リーグ優勝、さらにこの年の日本シリーズを制覇。翌2000年にもリーグ連覇を果たし、長嶋ジャイアンツとの日本シリーズは「ONシリーズ」と呼ばれるなど、パ・リーグの新盟主としての地歩を固めた。その後2003年にも生え抜きの井口資仁・松中信彦・城島健司・斉藤和巳・杉内俊哉・和田毅らを擁してパ・リーグ優勝、この年の日本シリーズの制覇を果たし、2004年・2005年もレギュラーシーズン勝率1位（プレーオフにて敗退）となるなど名実ともにリーグの中心球団となった。
また日本ハムも、2004年の北海道移転とともに球団名が「北海道日本ハムファイターズ」と改められてから2006・2007・2009年に優勝を飾り、MLBから加入の新庄剛志やトレイ・ヒルマン監督もチームの人気を牽引した。これら地域密着の経営方針を採ったチームが躍動したことで、長年「人気のセ」に後塵を拝してきたパ・リーグの観客動員は、00年代前半に向上が見られた。2001年10月からは、自由契約となった選手を対象とした「12球団合同トライアウト」が開始、また2005年からは育成選手制度がスタートした。2009年1月1日の改定日本プロフェッショナル野球協約発効に伴い、連盟事務局と直下の審判部・記録部はコミッショナー事務局、セントラル・リーグ事務局と統合され、コミッショナー直属の『審判部』『記録部』『パシフィック・リーグ運営部』となり、リーグ会長職は廃止された（セ・リーグには同様に『セントラル・リーグ運営部』がある）。
2004年6月に大阪近鉄バファローズとオリックス・ブルーウェーブの合併が突如発表され、これにより、一時はリーグ存続が危ぶまれる状況となったが、ロッテオリオンズ以来27年ぶりに宮城県をフランチャイズとする球団として、楽天（東北楽天ゴールデンイーグルス）とライブドア（仙台ライブドアフェニックス）が新規参入に名乗りを挙げた。同年11月2日のオーナー会議の席上で東北楽天ゴールデンイーグルスの参入が決定、分配ドラフトを経て旧近鉄の選手の多くを草創メンバーとして発足した。また福岡ダイエーホークスも親会社であるダイエーの経営危機により、「第2の合併チーム」として、千葉ロッテマリーンズとの合併騒動に見舞われるも、同年11月30日にIT企業大手のソフトバンクに球団譲渡され、現在の「福岡ソフトバンクホークス」に改称した。
これにより、2005年以降も6球団制が維持されている。大阪近鉄バファローズの消滅により、パ・リーグ創設以来、経営母体の変更のない球団は、新加盟の東北楽天ゴールデンイーグルスのみとなった。
セ・パ両リーグは、再編問題を契機に同年から交流戦を開始した。また、2004年から2006年にかけては現在のクライマックスシリーズの先鞭となる上位3チームによるプレーオフが導入され、大差のついたリーグ終盤の興行不振（消化試合）を防止し、全てのチームが3位以内を目指して終盤まで盛り上がる仕組みを整えた。
福岡ダイエーホークス（現：福岡ソフトバンクホークス）の成功と東北楽天ゴールデンイーグルスの誕生のほか、パ・リーグの各球団は、上述のプロ野球再編問題を教訓に様々な地域密着方針を打ち出している。
千葉ロッテマリーンズは、既に川崎から千葉に移転したのちも依然として観客動員数が伸び悩んでいたため、行政とも協力して千葉マリンスタジアムの「ボールパーク化構想」を打ち出した。また、サッカー・Jリーグのサポーターに影響された熱烈な応援（マリーンズサポーター）や独特な球団スタイルを創りあげることによって、ファンを増やすことにつなげた。その甲斐もあり、2005年にはリーグ優勝と31年ぶりに日本一に輝き、5年後の2010年にも再び日本一を達成した。
日本ハムファイターズは、2001年に札幌ドームが開業した事が転機となり、2004年にこれまでプロ野球球団の無かった北海道へ移転、球団名を北海道日本ハムファイターズに改称した。移転当初の北海道では長年巨人ファンが主体であり、新規ファンの開拓は困難とされていたが、地元マスメディアや自治体のバックアップ、移転後のファン獲得への努力により、既存層だけでなく野球に関心のなかった層の獲得に成功した。2006年には本拠地移転を契機に僅か3年で、1981年以来のリーグ優勝と1962年（東映フライヤーズ時代）以来の日本一を達成、翌2007年にはリーグV2を果たし、北海道移転後は5度のリーグ優勝（2006年・2007年・2009年・2012年・2016年）、2度の日本一（2006年・2016年）を果たしている。
東北楽天ゴールデンイーグルスも、2005年からの設立当初は2年連続最下位と苦しんだものの、2006年シーズンより野村克也が監督に就任して以降、田中将大の入団、2009年の2位及び同年CSでの健闘が注目され、ファンを開拓した。そして2011年に星野仙一監督が就任。3年目となる2013年には、球団初のパ・リーグ優勝・球団初の日本一を成し遂げた。こうして、北海道・東北においてフランチャイズ球団が地域及び球団自体に変化をもたらし、地域密着スタイルが再びクローズアップされることになった。
西武ライオンズも、経営陣が刷新された後の2008年からは、球団名に「埼玉」を掲げ、現在の埼玉西武ライオンズに改称し、西武沿線にこだわらず沿線人口の多いJR京浜東北・埼京線側の大宮公園球場でも主催試合を行うなど、地域密着の姿勢を打ち出した。
2010年代は全体で見れば秋山幸二・工藤公康両監督に率いられた福岡ソフトバンクホークスが優勝5回、日本一6回と他球団を圧倒し、シーズン・ポストシーズン通じてソフトバンクの覇権を強く印象付けた時代であった。他方、栗山英樹監督率いる北海道日本ハムファイターズのリーグ優勝2回・日本一1回、星野仙一監督率いる東北楽天ゴールデンイーグルスの2013年における球団初のリーグ優勝（田中将大が24勝0敗1SでMVP）と日本一達成、終盤には辻発彦監督率いる埼玉西武ライオンズのV2もあった。また、MLBへ多くの日本人選手を輩出した時代でもあり、パリーグからはダルビッシュ有・岩隈久志・田中将大・菊池雄星・そして二刀流で社会現象となった大谷翔平らが海を渡った。
2010年、リーグ戦の年間協賛社としてマニュライフ生命保険株式会社と提携を結ぶことを発表した。これまではクライマックスシリーズでの協賛社はあったが、年間を通しての協賛企業との締結はリーグ史上初。同社の協賛は2011年、2012年シーズンも継続した。
2010年より本塁打に限ったビデオ判定制度が導入され、その定着後の2016年シーズンからはコリジョンルールがセパ両リーグに適用が開始となり（妨害の有無・得点の成否判定は、ビデオ判定に依るところが大きい）、本塁クロスプレー時のケガ防止に役立つことともなった。また2018年からはさらに進んで、ビデオを活用したリクエスト制度も導入された。
2011年は東日本大震災の発生により電力が逼迫、開幕を両リーグとも3月25日から4月12日に順延した。
2013年はスポーツゲームを専門に携帯電話サイトを運営するモブキャストとオフィシャル協賛スポンサーを結び、リーグ戦とクライマックスシリーズを通して協賛することになった。また、「パ・リーグTV」は2013年からモブキャスト、2018年からはパーソルが協賛し冠スポンサーとなった。
2010年代、セ・パ交流戦では、勝数はすべての年でセントラル・リーグを上回り（パの671勝548敗41分）、2010年代をつうじ、優勝チームを7回輩出した。日本シリーズでも2012年を除きパの球団が9度日本一となり、特にソフトバンクは、2016年から2020年までパリーグ史上初のシリーズ4連覇を達成し、セ・リーグ全球団を相手に日本一となった。また日本シリーズでは、2013年から2020年までパ・リーグ代表チームが8連覇となった。（内、ソフトバンクが4連覇を含む日本一6回を占めている。）
観客動員は順調に増加。特に2019年は天皇即位に伴いGW10連休となった事も奏功して、当年の1試合平均の観客動員は初めて27,000人を突破、対2009年比では+21%増を達成した。また、三大都市圏の西武・ロッテ・オリックスよりも、地方に本拠地を置く日本ハム・ソフトバンクの観客のほうが多くなった時代でもあった。
2020年から2021年にかけ、新型コロナウィルスの発生に伴い、各球場とも観客動員を大きく減らした運営を強いられた。特に2020年は6月19日まで開幕がずれ込んだ結果、120試合のみの開催で1953年以来67年ぶりの規模縮小、入場者数（206万人、昨対比▲82%）は草創期である1951年以来の少なさとなった。また、クライマックスシリーズが2020年は1stステージ（2位-3位戦）が中止となったほか、外国人選手の入国制限により、契約そのものが出来ない・契約できても来日や帰国が自由にできず、本人や家族のメンタルの問題で出場試合数を大きく減らす結果ともなった。厳しい状況を経たが、2022年4月にはロッテの佐々木朗希による13者連続奪三振と完全試合、また2023年春のWBCにおいてもパ・リーグ選手やMLB選手が、セの選手とともに大いに活躍して14年ぶりの世界一を達成し、日本国民に明るい話題を届けた。
新機軸としては、2022年12月より「現役ドラフト」が開始された。また2024年シーズンからは下部2軍リーグに静岡（ウエスタン）、新潟（イースタン）の両球団が参加した。
2034年に開業を予定している千葉マリンスタジアムの建て替え新球場について、千葉市は従来案の「屋外型」では暑さ対策が不十分との声に配慮し、「ドーム型」にて建設する案を2026年3月までに再検討することを表明した。。
オリックスが、投手三冠の山本由伸らの活躍により投手力を高めて暗黒期から脱出、2021年には（一時ロッテに51年ぶりのマジック点灯を許しながらも）25年ぶりのリーグ優勝を達成、2022年にはソフトバンクと同率1位での（直接対決での勝敗規定により）連覇、日本一を成し遂げた。2023年には2位に15.5差をつけた独走にてリーグV3を達成した。