西南戦争 経過
4月30日、西郷から豊後方面突出の命を受けた奇兵隊指揮長野村忍介は、椎葉山を越え、一部を富高新町の守備および細島方面の警備に任じ、主力は延岡に進出した。これを後援するために5月4日に三田井方面に派遣された池上指揮部隊約1000名は、薩軍の本拠地人吉と延岡の交通路にあたる三田井の警備に部隊の一部を当て、主力は東進して延岡に進出した。延岡に進出した薩軍はここに出張本営を設け、弾薬製造、募兵、物資調達をし、奇兵隊1個中隊を宮崎に、奇兵隊2中隊を美々津に、奇兵隊3中隊を細島に、奇兵隊3個中隊を延岡に配置して、征討軍がまだ進出していない日向を支配下に置いた。
以後、池上は延岡から豊後方面に進出した野村忍介を後援・指揮するとともに三田井方面の指揮をも執った。5月14日、高城率いる正義隊など6個中隊は延岡街道鏡山の熊本鎮台警備隊を襲撃し、追撃して馬見原、川口に進出した。熊本鎮台部隊が22日に馬見原から竹田方面に転進すると、この方面を担任することになった第1旅団は25日、折原を攻撃し、遂に三田井を占領した。しかし、三田井を占領された薩軍は6月1日、日影川の線を占領し、征討軍進撃を阻止した。こうして苦戦・後退しながらも、薩軍は8月まで延岡方面への征討軍の進出を阻止し続けた。
奇兵隊指揮長野村忍介は、5月10日以後、奇兵隊8個中隊を率いて、本格的に豊後攻略を開始した。12日に先発の4個中隊が延岡を出発して重岡、13日に竹田に入って占領し、ここで募兵して報国隊数100名を加えた。14日には後続の4個中隊も竹田に到着し、大分突撃隊を選抜して部隊に加えた。このように豊後攻略は順調に進展した。しかし、征討軍は15日に熊本鎮台と第1旅団から部隊を選抜して竹田に投入して反撃に出た。両軍の激戦は10数日におよび、29日に竹田は陥落して征討軍の手に落ちた。奇兵隊は6月1日に臼杵を占領したが、7日の野津道貫大佐の指揮する4個大隊の攻撃と軍艦3隻による艦砲射撃により6月10日に敗退した。こうして北方から圧力を受けた奇兵隊は6月22日、本拠地を熊田に移した。
破竹隊は小林を守備していたが、7月11日、官軍第2旅団によって占領された。官軍はさらに軍を進めて薩軍と21日から野尻で交戦したが、薩軍は疲労のため勢いをなくし、別働第2旅団が翌22日に野尻を占領した。
7月24日、第3旅団は河野主一郎らの破竹隊を攻撃し、庄内を陥落させた。同日、別働第1旅団は末吉を攻撃し、別働第2旅団は財部を攻撃した。そしてついに第3旅団・別働第3旅団・第4旅団が都城を陥落させた。25日、薩軍の中島や貴島らの振武隊、行進隊、熊本隊が山之口で防戦したが、第3旅団に敗北した。この時、三股では別府九郎の奇兵隊などが防戦していた。
薩軍は都城敗退後、官軍の北・西・南からの攻撃に備え、宮崎を中心に諸隊を以下のように配置した。
7月27日、別働第3旅団が飫肥を攻めて陥落させた。この時、多くの飫肥隊員、薩兵が投降した。高岡を攻撃するため今別府に集まった第2旅団は28日、別働第2旅団と協力して紙屋に攻撃を仕掛けた。辺見・中島・河野主一郎・相良長良らの防戦により征討軍は苦しい戦いになったが、やっとの思いでこれを抜いた。翌29日、征討軍は兵を返して高岡に向かう途中で赤坂の険を破り、高岡を占領した。
都城・飫肥・串間をおさえた第3旅団・第4旅団・別働第3旅団は7月30日、宮崎の大淀河畔に迫った。同時に穆佐・宮鶴・倉岡を占領した。31日、第3旅団・第4旅団・別働第3旅団は大雨で水嵩の増した大淀川を一気に渡って宮崎市街へ攻め込んだ。薩軍は増水のため征討軍による渡河はないと油断していたので、抵抗できず、宮崎から撤退したため、征討軍は宮崎を占領した。次いで第2旅団により佐土原も占領した。
そこで宮崎・佐土原と敗北した薩軍は、桐野をはじめ辺見、中島・貴島・河野主一郎らの諸隊と、池辺の熊本隊、有馬が率いる協同隊やほかに高鍋隊も高鍋河畔に軍を構えて征討軍の進撃に備えた。これに対し征討軍は、広瀬の海辺から第4旅団・第3旅団・第2旅団・別働第2旅団と一の瀬川沿いに西に並んで攻撃のときを待った。この時、別働第3旅団は多くの薩軍兵捕虜の対応をするために解団した。
8月1日、海路より新撰旅団が宮崎に到着した。この後、一ッ瀬川沿いに戦線を構えている他の旅団と共に高鍋に向かった。翌2日、各旅団が高鍋を攻め、陥落させた。
7月13日、人吉が陥落した後、干城隊指揮長阿多荘五郎は米良口の指揮を執ることとなり、諸隊を編成して米良方面の守りを固めていたが、月23日、高山天包に進撃するも敗れ、越の尾に退却した。29日、越の尾を攻めてきた征討軍にまたも敗退した。8月2日、銀鏡にいた部隊は美々津に退却せよとの命令を受け、美々津に向かった。
8月2日に高鍋を突破され敗退した薩軍は、美々津に集結し戦闘態勢を整えた。本営は延岡に置き、山蔭から美々津海岸まで兵を配置した。この時に桐野は平岩、村田新八は富高新町、池上は延岡に、順次北方に陣を構えて諸軍を指揮した。
別働第2旅団は8月4日、鬼神野本道坪屋付近に迂回して間道を通り、渡川を守備していた宮崎新募隊の背後を攻撃した。薩軍は渡川、鬼神野から退いて、6日山蔭の守備を固めた。西郷はこの日、各隊長宛に教書を出し奮起を促した。
奇兵隊三・六・十四番隊は別働第2旅団の攻撃を受け、山蔭から敗退。官軍はそのまま薩軍を追撃し、富高新町に突入した。薩軍はこれを抑えきれず、美々津から退いて門川に向かった。同日、池上は火薬製作所と病院を延岡から熊田に移し、本営もそこに移した。
征討軍は8月12日、延岡攻撃のための攻撃機動を開始した。別働第2旅団が14日に延岡に突入し、薩軍は延岡市街の中瀬川の橋を取り除き抵抗したが、やがて第3・4旅団、新撰旅団も突入してきたため敗退した。この日の晩、諸将の諌めを押し切り、明朝、西郷は自ら陣頭に立ち、征討軍と雌雄を決しようとした。この時の薩軍（約3,000〜3,500名）は和田峠を中心に左翼から以下のように配置していた。
また長尾山から西部の可愛岳にかけては辺見十郎太（雷撃隊）・中島健彦（振武隊）・野満長太郎（協同隊）らの5個中隊を配備し、北部の熊田には小倉処平・佐藤三二が指揮する5個中隊を配備して熊本鎮台兵に備え、予備隊として使用するつもりであった。
対する官軍（約50,000名）は山縣参軍指揮のもと、延岡から北嚮きに
と攻撃主力を部署し、西部の可愛岳（えのたけ）山麓には
熊田の北部には
と配備し、薩軍を包囲殲滅しようとした。
15日早朝、西郷は桐野・村田新八・池上・別府晋介ら諸将を従え、和田越頂上で督戦をした。一方山縣参軍も樫山にて戦況を観望した。このように両軍総帥の督戦する中で戦闘は行われた。当初、別働第2旅団は堂坂の泥濘と薩軍の砲撃に苦しんだ。これを好機と見た桐野が決死精鋭の1隊を率いて馳せ下り攻撃したために別働第2旅団は危機に陥った。しかし、第4旅団の左翼が進出して別働第2旅団を救援したのでやっとのことで桐野を退けることができた。その後、両旅団と薩軍とは一進一退の激戦を続けた。やがて征討軍は別隊を進め、薩軍の中腹を攻撃しようと熊本隊に迫った。熊本隊は征討軍を迎え撃ったが苦戦した。辺見と野村忍介が援兵を送り熊本隊を支援したが、征討軍は守備を突破した。激戦の末、寡兵のうえ、軍備に劣る薩軍はやがて長尾山から退き、続いて無鹿山からも敗走し、熊田に退却した。この機に征討軍は総攻撃を仕掛けて薩軍の本拠を一挙に掃討することを決意し、明朝からの総攻撃の準備を進めた。
8月15日、和田越の決戦に敗れた西郷軍は長井村に包囲され、俵野の児玉熊四郎宅に本営を置いた。16日、西郷は解軍の令を出した。
我軍の窮迫、此に至る。今日の策は唯一死を奮つて決戦するにあるのみ。此際諸隊にして、降らんとするものは降り、死せんとするものは死し、士の卒となり、卒の士となる。唯其の欲する所に任ぜよ。
これより降伏する者が相次ぎ、精鋭のみ1,000名程が残った。一度は決戦と決したが、再起を期すものもあり、選択に迫られた首脳は17日午後4時、征討軍の長井包囲網を脱するため、遂に可愛岳突破を決意した。突破の隊編成として、前軍に河野主一郎・辺見、中軍に桐野・村田新八、後軍に中島・貴島を置き、池上・別府晋介は約60名を率いて西郷を護衛した（「鎮西戦闘鄙言」では村田・池上が中軍の指揮をとり、西郷と桐野が総指揮をとったとしている）。この時の突囲軍は精鋭300〜500（『新編西南戦史』は約600名）であった。17日夜10時に児玉熊四郎方を発して可愛岳に登り始め、翌18日早朝、可愛岳の頂上に到着した。ここから北側地区にいた征討軍を見たところ、警備が手薄であったため、突囲軍は辺見を先鋒に一斉に下山攻撃を開始した。不意を衝かれた征討軍の第1・第2旅団は総崩れとなり、退却を余儀なくされた。このため突囲軍は、その地にあった征討軍の食糧、弾薬3万発、砲一門を奪うことに成功した。
一方で深夜に敢行されたことで、深壑に落ちた石井貞興や、戦傷もあって西郷と合流できずに自害した小倉処平のように西郷に合流できなかった者も存在した。高瀬の戦いで足に重症を負っていた西郷の子菊次郎も桐野利秋の計らいにより俵野に残され、永田熊吉に背負われ西郷従道の下に投降する事となる。
可愛岳を突破した突囲軍は8月18日、鹿川分遺隊を粉砕し、三田井方面への進撃を決定した。その後19日には祝子川の包囲第2線を破り、翌20日に鹿川村、中川村を落として三田井へと突き進んだ。21日、突囲軍は三田井へ到着するが、ここで桐野は征討軍による包囲が極めて厳重であり、地形が非常に険しいことから突囲軍の全軍が突破することは困難であると考え、熊本城の奪取を提案するも、西郷はこれを却下し、22日深夜、突囲軍は鹿児島へ向けて南進を開始した。
これに対し、西郷達による可愛岳突破に衝撃を受けていた征討軍は、横川・吉松・加治木などに配兵し、西郷達の南進を阻止しようとするが、少数精鋭であり、かつ機動力に長ける突囲軍の前に失敗に終わった。これは、西郷達の行動が始めから一定の目的に従っていたわけではなく、その時々の征討軍の弱点を突くものであり、鹿児島へ向けて出発したものの、最終的に鹿児島突入を決定したのは、米良に到着した後のことであったということも一因であった。
8月24日、西郷達は七ツ山・松の平を抜け、神門に出たが、ここで別働第2旅団松浦少佐の攻撃を受けるも、何とかこれを免れ、26日には村所、28日には須木を通過し、小林に入った。同日、西郷達は小林平地からの加治木進出を図るが、南進を阻止すべく鹿児島湾、重富に上陸した第2旅団にこれを阻まれ、失敗に終わった。迂回を余儀なくされた西郷達は9月1日、征討軍の守備隊を撃破して鹿児島に潜入した。
9月1日、薩摩全土から集結した武士と鹿児島入りすると、辺見は私学校を守っていた200名の征討軍を奇襲して私学校を占領し、突囲軍の主力は城山を中心に布陣した。このとき、鹿児島の情勢は大きく西郷達に傾いており、住民も協力していたことから、西郷達は鹿児島市街をほぼ制圧し、征討軍は米倉の本営を守るだけとなった。しかし、9月3日には、城山周辺に本籍を置いた武士も加わった事で、征討軍が形勢を逆転し、薩軍前方部隊を駆逐した。反撃に出た西郷達は9月4日、貴島率いる決死隊が米倉を急襲したが、急遽米倉へ駆けつけた三好少将率いる第2旅団に阻まれ、貴島以下決死隊は一掃された。こうして征討軍は6日、城山包囲態勢を完成させた。この時、薩軍は350余名（卒を含めると370余名）となっていたので、編制を小隊（各隊20名から30名）に改めた上で以下のように諸隊を部署した。
官軍の参軍山縣有朋中将が鹿児島に到着した9月8日、可愛岳の二の舞にならないよう、「包囲防守を第一として攻撃を第二とする」という策を立てた。この頃の征討軍の配備は以下のようになっていた。
西南戦争が最終局面に入った9月19日、薩軍では一部の将士の相談の下、山野田・河野主一郎が西郷の救命のためであることを西郷・桐野に隠し、挙兵の意を説くためと称して、軍使となって西郷の縁戚でもある参軍川村純義海軍中将の元に出向き、捕らえられた。22日、西郷は「城山決死の檄」を出し決死の意を告知した。
今般、河野主一郎、山野田一輔の両士を敵陣に遣はし候儀、全く味方の決死を知らしめ、且つ義挙の趣意を以て、大義名分を貫徹し、法庭に於て斃れ候賦（つもり）に候間、一統安堵致し、此城を枕にして決戦可致候に付、今一層奮発し、後世に恥辱を残さざる様、覚悟肝要に可有之候也。
翌23日、軍使山野田一輔が持ち帰った参軍川村純義からの降伏の勧めを無視し、参軍山縣からの西郷宛の自決を勧める書状にも西郷は返事をしなかった。
9月24日午前4時、征討軍の砲台からの3発の砲声を合図に征討軍の総攻撃が始まった。このとき西郷・桐野・桂久武・村田新八・池上・別府晋介・辺見十郎太ら将士40余名は西郷が籠もっていた洞窟の前に整列し、岩崎口に進撃した。進撃に際して国分寿介・小倉壮九郎が剣に伏して自刃した。途中、桂久武が被弾して斃れると、弾丸に斃れる者が続き、島津応吉久能邸門前で西郷も股と腹に被弾した。西郷は、負傷して駕籠に乗っていた別府晋介を顧みて「晋どん、晋どん、もう、ここでよかろう」と言い、将士が跪いて見守る中、跪座し襟を正し、遙かに東方を拝礼した。遙拝が終わり、切腹の用意が整うと、別府は「ごめんなったもんし（お許しください）」と叫ぶや、西郷を介錯した。その後、別府晋介はその場で切腹した。
西郷の切腹を手伝い見守っていた桐野・村田新八・池上・辺見・山野田・岩本平八郎らは再び岩崎口に突撃し、敵弾に斃れ、自刃し、あるいは城山の町に住んだ武士たちは籠城の上にあった西郷隆盛の家屋を守るために私学校近くの一塁に籠もって戦死した。
午前9時頃、銃声は止んだ。戦死を肯んぜず、挙兵の意を法廷で主張すべきと考えていた別府九郎・野村忍介・佐藤三二・神宮司助左衛門らは熊本鎮台の部隊に、坂田諸潔は第4旅団の部隊にそれぞれ降伏した。ただ降伏も戦死もしないと口にしていた中島だけは今以て行方が知れない（「鹿児島籠城記」には岩崎谷で戦死したという目撃談が残っている）。
史跡としての西郷洞窟は二窟現存するが、実際は11窟あった。残りの9窟は、1974年まで自然のまま放置され続けていたため崩落などで消滅してしまっている。西郷をはじめとする上級指揮官は一人一窟与えられたが、その他は4、5人が一窟に押し込められていた。残っている洞窟に実際に西郷が居住していたという記録は存在しない。
西南戦争による官軍死者は6,403人、西郷軍死者は6,765人に及んだ。前述のとおり5月以降は博愛社（日本赤十字社の前身）が活躍した。また、特に顕彰されたわけではないが、類似した例に熊本の医師・鳩野宗巴が、薩軍から負傷兵の治療を強要された際に、敵味方なく治療することを主張し、これを薩軍から認められ実施したことが挙げられる。宗巴の行動は戦後、利敵行為として裁判にかけられたが、結局無罪判決を下されている。
反乱側に参加した者の処罰について官軍側は4月3日に指令を出しており、戦役の早い段階で処罰について準備していたことが伺える。4月20日に福岡に九州臨時裁判所が設置され、久留米に出張所が、長崎には臨時檻倉が4か所設置され、鹿児島と宮崎にも出張所が設置されたようである。福岡の裁判所は5月10日に開庁され10月31日まで運用された。福井淳「絵本明治太平記」によれば裁判にかけられた者の総数は38,154人、死刑は20人、懲役10年が28人、7年が10人、5年が86人、3年が248人、2年が946人、1年が353人、100日が118人、70日が2人、30日が2人、士族からの除族が107人、棒鎖1人、贖罪9人、收贖が11人、免罪は35,918人、無罪は295人となったとする。一方でこの人数は長崎側の統計では数値が異なり、斬罪22人、懲役10年が31人、7年が11人、5年が126人、3年が380人、2年が1,183人、1年が614人、100日が130人、70日が2人、30日が2人、除族が242人、贖罪收贖が20人、棒鎖が1人、総数2,764人とする。
当時の鹿児島県令大山綱良は官金を西郷軍に提供したかどで逮捕され、戦後に長崎で斬首された。
また、元会津藩上席家老で都都古別神社（現・福島県東白川郡棚倉町）の宮司を勤めていた西郷頼母が、西郷隆盛と交遊があったため謀反を疑われ、宮司を解任されている。高知では、同年8月に挙兵を企てたとして立志社の林有造や片岡健吉らが逮捕、投獄されている（立志社の獄）。
出役した軍人の叙勲等は1877年（明治10年）秋頃から行われ、征討総督である熾仁親王に対しては勅語を以て大勲位に叙し菊花大綬章が授与され、山縣有朋・黒田清隆・川村純義には勲一等を叙し旭日大綬章が授与された。各鎮台兵に対しては11月から侍従が派遣され、ねぎらいの勅旨が伝えられ、11日には旅団司令官クラスへの叙勲、佐官への賜餐が振舞われた。下士官以下については翌1878年（明治11年）7月から翌年の初頭までにかけて部隊長単位で部下の先頭参加状況を調査する書類（「戦闘度数比準調書類」）が作成され、軍功（おもに戦闘参加回数、創痍・負傷の事実、勇戦奮戦の度合い）に応じて甲乙丙丁の四段階で評価され、それぞれ金鵄勲章が授与され、勲功に応じて終身年金を賜った。統計として明治11年の叙勲は文官から勲四等旭日小綬章1名、勲五等2名、勲六等6名、勲七等1名、武官からは勲二等旭日重光章に鳥尾小弥太など6名と年金600円、勲三等2名で旭日中光賞年金260円、勲四等は185名、年金は118名、一時賜金は53名、勲章14名など、以下勲八等まで含め武官の叙勲は合計4,064名であった。同年の枢密院決議により勲功年金は陸海軍予算とは別に大蔵省から支出されることとなった。官軍兵に対する傷痍扶助・戦死者家族扶助制度は明治8年に制定されていたが、恩給第一号の裁定は明治12年であり、神風連の乱で戦死した熊本鎮台幕僚参謀の家族を劈頭に、順次給付が開始された。
戦役の発生により南九州の主要都市は荒廃したが、その実情については詳細な統計はなく、復興過程についても記録されている物は部分的に留まる。熊本城下については熊本県令富岡敬明が政府と掛け合い復興予算150万円の支出を受け（現在価値で150億円かそれ以上の程度）たことが分かっている。