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国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
日高本線
キハ40形350番台は、2019年5月31日付で352・360が廃車となり、残る8両も2021年3月13日のダイヤ改正より苫小牧運転所に配置されたH100形に置き換えられ、廃区分番台となった。2025年3月15日のダイヤ改正以後もキハ40形1700番台で運用されている。
宗谷本線
2013年8月 - 2014年7月の間は運休していた特急「サロベツ」の代替として旭川駅 - 稚内駅間で臨時快速として毎日運用されていた。
根室本線
2022年春のダイヤ改正で、新得駅 - 釧路駅間の普通列車54本が全てH100形に置き換えられた。
室蘭本線
2021年3月13日のダイヤ改正でH100形に置き換えられ、岩見沢駅 - 苫小牧駅間および苫小牧駅 - 糸井駅間を除く運用が終了した。
2016年時点の運用は以下の通り。
2025年3月15日ダイヤ改正時点の定期運用は以下の通りとなる予定であった。
2025年7月時点では、定期運用に使用される全8両（「北海道の恵み」シリーズ4両、「山紫水明」シリーズ2両、その他2両）が苫小牧運転所に集約されている。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
量産先行車である1976年度2次債務のキハ40形500番代20両のうち10両が弘前運転区に配置されて1978年3月より奥羽本線・五能線・阿仁合線で、10両が小牛田運転区に配置されて同じく1978年3月より順次、東北本線・陸羽東線・石巻線・奥羽本線で運行されている。翌1979年度のキハ40系の導入は、東北本線・奧羽本線・陸羽東線等に82両で、1980年度は東北本線・奥羽本線・磐越西線等にキハ40・48形計35両が。1981年度には田沢湖線・左沢線・東北本線・奥羽本線にキハ48形14両が導入されている。
秋田総合車両センター南秋田センター
秋田車両センター（現・秋田総合車両センター南秋田センター）のキハ40形にはデッキの仕切りがある車両とない車両が混在していた。
弘前運転区（弘前運輸区→現・つがる運輸区）
八戸運輸区
大湊線
八戸線
かつては全ての定期列車で運用されていたが、キハE130系500番台導入により2018年3月16日に定期運用を終了。「リゾートうみねこ」については、2018年3月17日のダイヤ改正以降も継続して使用されていたが、これも2020年に引退した。キハ40 516 - 518とキハ48 539・556 - 559はトイレが閉鎖され、ドアに「器材室」「トイレは他の車両です」と表示されていた。
盛岡車両センター
一ノ関運転区
北上線
大船渡線・盛線（大船渡線営業所）
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
小牛田運転区
宮城県を中心に幅広い運用を受け持つため、1978年から1980年にかけて新製されたキハ40形21両（511 - 520・546 - 550・568 - 573）・キハ48形21両（501 - 504・536 - 538・544 - 547・1511 - 1514・1532 - 1535・1540・1541）を民営化に伴って受け継いだJR東日本の一大グループ。1990年からは宇都宮・水戸・高崎の三支所向けに新製されたキハ40形2000番台10両も一時的に配置された。
石巻線・陸羽東線
陸羽西線
山形運転区（山形電車区→山形車両センター→現・山形新幹線車両センター） → 新庄運転区
1979年から1981年にかけてキハ40形5両（538 - 542） ・キハ48形23両（505 - 508・520 - 523・548・552 - 554・1501 - 1504・1520 - 1522・1542 - 1545）が山形機関区に新製投入されたのち、1991年と1993年の置換に伴うもの、1998年の他所からの転入と三度に分けて新庄機関区へすべての車両が移管。暖地向けのキハ40形2000番台は所属していない。
左沢線
長井線
磐越東線営業所（現・郡山総合車両センター郡山派出所）
磐越東線
郡山総合車両センター会津若松派出所
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
只見線
1980年2 - 3月にキハ40 559 - 563とキハ48 533 - 535が郡山客貨車区に新製配置されたのが最初であり、キハ52形・キハ55系・キハ58系などともに運用され、只見線、磐越西線、磐越東線のキハ10系を置き換えた。
1982年11月15日の上越新幹線開業により、急行「奥只見」と只見線普通列車の各1往復が上越新幹線停車駅となった浦佐駅への乗り入れたが、1988年3月のダイヤ改正で廃止となっている。普通列車に郵便・荷物合造車キハユニ26形が併結されることもあったが、郵便・荷物輸送の廃止に伴い1984年度までに終了した。
1990年代以降に東北地域本社（後の仙台支社）管内の配置車が白地に緑の濃淡帯の「東北地域本社色」へ変更された。
1993年12月に新庄運転区から4両（キハ40 503・511・513・514）、磐越東線営業所からキハ40形2両（580・581）、小牛田運輸区からキハ48形3両（549・550・551）が転入してキハ52形は他区所へ転出し、以後はキハ40系とキハ58系により運用された。のちにキハ58系の両運転台化改造車のキハ53形201・202が転入した。
1999年に陸羽東線・陸羽西線からキハ40系が転入してキハ58系が置き換えられ、普通列車はキハ40系に統一された。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
2007年に快速「南三陸」がキハ110系に置き換えられ、捻出されたキハ40形2000番台冷房車が小牛田から郡山へ転入した。2007年にキハ40形1両（514）、キハ48形2両（504・535）が小牛田へ転出し、1993年に当線へ転入した車両の配置はなくなった。会津若松の車両の配置がなくなり、以後は小牛田所属車による運用となった。
2011年7月に発生した新潟・福島豪雨により会津川口 - 只見間が不通となったため、2013年5月に小出 - 只見間の運用が新津運輸区に移管され、会津若松口が郡山総合車両センター、小出口が新津運輸区の所管となった。2015年の仙石東北ライン開業に伴い小牛田区のキハ40形冷房車が会津若松・新津の両区に転入し、会津若松口、小出口ともに全車が冷房車となった。
2019年に会津若松派出所へキハE120系が転入したため、会津若松口のキハ40系は2020年3月13日に定期運用を終了した。定期運用終了後の3月21・22日には旅行商品による運転が計画されていたが、新型コロナウイルス感染症拡大の影響により中止された。キハ40 2021・2026は小湊鉄道に譲渡された。
小出口に残ったキハ40系はキハ110系導入により2020年7月11日に運用を終了した。
烏山線
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
関東地区では烏山線のキハ10系・20系置き換えのためキハ40形2000番台10両が投入されたのが最初で、1979年6月2日より烏山線での運用を開始した。
キハ40形1000番台のうち1006は東北地方に転用され、それ以外の8両は引き続き烏山線で使用されていた。塗装はオリジナルの烏山線色であったが、2011年4月15日に開通88周年を迎える烏山線の「烏山線全線開通88周年記念事業」として1003および1007をそれぞれ2010年12月および2011年4月に旧国鉄一般気動車色（朱色4号+クリーム4号、標準色）に、1004および1005はそれぞれ2012年12月および2013年6月に導入時と同じ首都圏色に塗装変更された。これらは郡山総合車両センターで施行している。
2014年に烏山線に量産試作車が導入されていたEV-E301形蓄電池車の量産車導入により、2017年3月3日に運用が終了し、1009は錦川鉄道に、1002・1005・1007の3両は那須烏山市の那珂川清流鉄道保存会にそれぞれ譲渡され、その他は廃車となった。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
東北に転属した1006は、小牛田運輸区、新庄運転区を経て1999年から秋田車両センター→秋田総合車両センター南秋田センターに配置された。奥羽本線や男鹿線で使用され、2016年1月に塗色を男鹿線色から首都圏色に変更。それ以降は「国鉄メーク」気動車として五能線などで使用され、2021年3月12日の同系列運用終了まで運行した後、小湊鉄道へ譲渡された
水郡線
水郡線向けには1979年から1982年にかけてキハ40形10両（2021 - 2026・2138 - 2141）とキハ47形5両が水戸運転区に新製投入された。普通列車を中心にキハ28・58系、キハ45系とともに運用されていたが、1990年に担当運輸区が水戸から常陸大子（水郡線営業所）に移管されたことに伴いキハ40形7両（2022・2023・2026・2138・2139・2140・2141）が転入した。1990年より地域色へ塗り変えられる。
1991年よりキハ48形が入線すると併せて新型のキハ110系が導入され運用の一部を置換。1993年10月に新潟からキハ110系が転入したため同年12月から定期運用が終了して配置がなくなった。その後1994年にキハ48 534・548の2両が、翌1995年にキハ40 503が転入し、1999年3月に水郡線の定期運用を終了した。
八高線・足尾線
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
1980年に高崎地区用としてキハ40形5両（2085 - 2089）が高崎第一機関区（高崎運転所→現・高崎車両センター高崎支所）に新製配置された。主に足尾線で運用されたほか、キハ20系、キハ35系、キハ45系とともに八高線でも運用された。
足尾線は1989年にわたらせ渓谷鐵道へ転換され、八高線でも1991年までにキハ40系の運用はなくなった。キハ40 2087は1991年8月にキハ40 1008へ改造されて烏山線へ転用されたほか、2000番台4両も各地のキハ40系運用線区に転用された。
新潟運転所
羽越本線・白新線・越後線等における新潟地区近郊輸送用として寒地向けキハ47形の全43両が1978年度から1980年度にかけて新潟運転所に配置されてキハ10系を代替し、キハ20系、35系、45系、58系とともに運用されて最長9両前後の編成で運行されていた。その後、1984年4月の越後線・弥彦線の電化により気動車列車が電車化されたほか、1985年3月の白新線・羽越本線村上駅以南の普通列車の165系による電車化でも気動車25両が余剰となり、気動車急行の見直しによる5両減を含めて新潟運転所の気動車は171両から70両に削減され、キハ47形は1985年に20両が西日本・四国・九州方面へ転出した。
新津運輸区
長野総合車両センター
飯山線（飯山線営業所）
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
1981年に美濃太田よりキハ40形5両 (554 - 558) が転入したのを皮切りに、1982年にはキハ40形2両（593・594）およびキハ48形2両（559・1550）が新製配置され、キハ28形・58形やキハ52形などと共通運用が行われた。1980年代後半には新潟へキハ40形5両 (554 - 558) が転出し、それに代わって新潟からキハ40形5両（583 - 587）が一時的に転入したが、1988年頃にそれぞれの転出元へ戻っている。これらの車両は他所から転入したキハ28形・58形の冷房改造車と交代し、1992年にそれぞれ八戸、南秋田、弘前へ転属した。その後は他支社の車両が臨時列車として入線している。
しなの鉄道北しなの線（旧信越本線）では定期列車では飯山線直通列車の長野 - 豊野が運行された。
小海線（小海線営業所）では定期列車での運用実績はないが、小牛田運輸区より借用のびゅうコースター風っこによる臨時列車が運行された。
高山本線や紀勢本線などで使用され、59両がJR東海に継承された。このうち紀勢本線・参宮線向けには1980年3月にキハ40形が投入され、伊勢運転区に配置されている。
2004年の台風23号による高山本線の線路被害のためキハ48 5803と6810は打保駅で2年以上孤立したが、搬出されて運用に復帰し、車内に「高山本線復帰車両」のプレートが取り付けられた。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
鈴鹿サーキットでのF1グランプリ開催に伴う臨時列車でも運用実績があり、定期運用では見られない6両編成で運転された。武豊線および東海道本線大府 - 名古屋間での運用は1999年に終了し（同時に旧配置の名古屋車両区から美濃太田車両区と伊勢車両区に転属）、すべてキハ75形に置き換えられた。名松線では1989年のワンマン化以降、基本的に運用されなかった。
2014年4月時点で美濃太田車両区にキハ40形7両・キハ47形5両・キハ48形24両の計36両が、伊勢車両区にキハ40形7両とキハ48形16両の計23両が配属されていたが、2016年3月26日のダイヤ改正にて運用が終了し、2016年3月30日にすべて廃車された。
2015年の武豊線直流電化に伴い、同線のキハ25形およびキハ75形を「主に高山線・太多線に転用する」と発表され、順次置き換えられた。その後、2013年3月には、2014年度から2015年度にかけてキハ25形の2次車52両を投入し、国鉄時代に製造された当系列を置き換える方針を発表した。太多線の運用はキハ11形とともに2015年3月に、高山本線の運用も2015年6月で終了した。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
伊勢車両区では、検査期限切れ間近な車両との入れ替えのため、2014年12月4日付で美濃太田車両区からキハ48形2両（3812・6809）が、2015年3月21日付で同2両（3809・6810）が転属した。また、キハ40 5501、キハ48 6501・6812（国鉄一般形気動車標準色）が7月4日に回送され、7月6日付で転属した。これにより、2015年7月にキハ40 3005、キハ48 3812・6812の国鉄一般形気動車標準色3両での運転も行われた。
敦賀地区
敦賀第一機関区（後の敦賀運転所）には国鉄時代よりキハ40・48形の配置があり、湖西線・北陸本線の交直デッドセクション区間や小浜線・舞鶴線での運用が存在した。1991年9月の米原駅 - 長浜駅間直流化や七尾線電化に伴う電車化で気動車の余剰が発生したため、キハ48形0番台・1000番台は1991年に小郡（現・下関総合車両所新山口支所）へ転出し、そのうち5・6・1003の3両が2003年に岡山へ転出、6・1003は2010年3月31日付で廃車となった。
城端線・氷見線
城端線・氷見線では2020年時点では金沢総合車両所富山支所（旧：高岡鉄道部）に配置されたキハ40・47形が使用されている。運用範囲は城端線・氷見線のほか、あいの風とやま鉄道線（旧・北陸本線）の高岡駅 - 富山駅間にも乗り入れる。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
沿線の氷見市が漫画家・藤子不二雄Aの出身地であることから、『忍者ハットリくん』のラッピング列車も運転されている。
七尾線
七尾線では2015年より観光列車「花嫁のれん」へ改造されたキハ48形が運用されている。運用区間は金沢駅 - 和倉温泉駅間で、金沢駅 - 津幡駅間はIRいしかわ鉄道線（旧北陸本線）に乗り入れている。
山陰本線京都口・北近畿地区
関西地区では福知山機関区（現福知山運転所）に最初のキハ47形16両が配置されて1977年2月25日より山陰本線京都口の京都駅 - 福知山駅間で5両編成3本と予備車1両で運用され、必要に応じ1両を増結したほか、夕方の1本は2編成併結の10両編成で運行された。山陰本線京都口では通勤形のキハ35系も使用されていたが、冬季の暖房効果が不十分で乗客からも不評であったため、キハ47形の投入により置き換え、首都圏・関西・北九州地区に転用してこれらの地区の旧形式を代替した。1982年度にかけて福知山機関区に56両、向日町運転所に19両の計75両（暖地向けキハ47形の約23%）が投入され、福知山 - 京都間を主体に運行されたほか、1979年2月からは福知山線でも運行されるようになり、従来のキハ10系・20系・55系を同年2月末までに置き換えている。これにより、同線の普通・快速列車用気動車はキハ47形に統一され、大阪駅へも運行されていた。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
福知山線では、1986年11月改正での宝塚 - 福知山間の電化により普通列車の気動車・客車列車は103系・113系に置き換えられ、山陰本線では、1990年の山陰本線京都 - 園部間、1995年の綾部 - 福知山間、1996年の園部 - 綾部駅の電化に伴い、普通列車が電車化されて置き換えられた。1982年時点では、福知山機関区には56両のキハ47形が配置されていたが、1983年10月より豊岡機関区に福知山機関区などからキハ47形が転入し、1999年の舞鶴線電化を機に豊岡鉄道部（後の福知山電車区豊岡支所）にキハ40形・キハ41形とともに集約されて福知山機関区への配置は無くなった。また、向日町運転所のキハ47形は1990年3月の山陰本線京都 - 園部電化により全車転出している。
2016年時点では山陰本線（豊岡 - 鳥取間）、播但線（寺前 - 和田山間）で運用されていたほか、京都丹後鉄道宮豊線にも不定期で乗り入れていた。
関西本線・南近畿地区
1980年には亀山機関区（後の亀山鉄道部）にもキハ40・47形が配置され、関西本線や紀勢本線などで運用を開始した。1989年の片町線全線電化などを経て亀山へのキハ40系の配置が無くなった。
加古川線
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
加古川線ではJR西日本移行時点でキハ20形、キハ23形、キハ30・35形、キハ37形が使用されていたが、1987年度にキハ47形2両が姫路より転入した。1989年には野村駅（後の西脇市駅） - 谷川駅間ワンマン化用にキハ40形5両が転入し、キハ20形を置き換えた。
1990年までに山陰本線京都口や片町線の電化で余剰となったキハ40系が転入し、キハ23・30・35形を置き換えている。1998年からはキハ40系の更新工事やキハ47形のワンマン化を開始し、1999年には非ワンマンのキハ37形が置き換えられ、2000年3月改正で加古川線全列車がワンマン化された。
1998年のゴールデンウィークには山陰地区の境線で運用されている「鬼太郎列車」のキハ40 2115が関西地区に貸し出され、5月2日・3日は加古川線の定期列車に併結されたほか、5月4日・5日には東海道・山陽本線（JR神戸線）の三ノ宮駅 - 有年駅間で臨時快速列車として運転された（宮原操車場 - 三ノ宮駅間も回送列車で入線）。JR神戸線の運転ではキハ40 2115と加古川色のキハ40 2134を併結した2両編成となり、複々線区間は新快速と同じ外側線を走行した。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
1998年秋に一般公募のイラストを側面に描いて、キハ40 2133が恐竜をデザインした「きょうりゅう号」、キハ40 2134が川魚やトンボをデザインした「せいりゅう号」となり、1998年10月4日から2003年まで運転された。
2003年以降は姫路鉄道部と加古川鉄道部の間で更新車を姫新線に、未更新車を加古川線に集約するよう配置車両の交換が行われ、姫路色で転入したキハ40系も加古川線内で運用された。キハ40系は2004年10月19日の加古川線電化により同線での運用を終了した。
播但線・姫新線姫路口
播但線・姫新線の姫路口では姫路鉄道部のキハ40・47形が運用されたが、1998年の播但線寺前電化後の姫路所属車は姫新線のみの運用となった。2006年にはキハ40 2091がのじぎく兵庫国体のキャラクター「はばタン」のラッピング車となった。
キハ40系は姫路駅 - 上月駅間の高速化事業により2010年までにキハ122・127形に置き換えられたが、「はばタン」ラッピング車を含むキハ40形3両が残存した。キハ40形は2012年3月16日をもって姫新線姫路口での定期運用を離脱した。
岡山地区
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
岡山地区では1978年に同地区のキハ10系置き換え用としてキハ47形10両が岡山気動車区に配置され、同年6月28日より吉備線・津山線・姫新線・伯備線で営業運転を開始した。キハ47形10両のうち5両はトイレのない1000番台である。
津山線では1997年11月29日ダイヤ改正での急行「砂丘」廃止を受けてキハ40系による快速「ことぶき」が岡山駅 - 津山駅間で運転を開始した。同改正では同じく岡山駅 - 津山駅間で急行「つやま」がキハ58系で運転されたが、老朽化により2003年にキハ40系に置き換えられた。「つやま」には山口地区からデッキ付きのキハ48形が転用されて2両編成で運用された。急行「つやま」は2009年に廃止された。
2025年時点では姫新線（津山 - 中国勝山間）、津山線、吉備線（桃太郎線）で運用される。
広島・山口地区
広島・山口地区では2020年時点で下関総合車両所新山口支所（旧：山口鉄道部）にキハ40・47形が配置されており、芸備線・岩徳線・山口線・山陰本線等で使用されている。一般車の運用範囲は、2016年時点で芸備線（三次 - 広島間）、岩徳線、山口線、山陰本線（益田 - 幡生間）、山陽本線（幡生 - 下関間）である。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
呉線では2005年より観光列車「瀬戸内マリンビュー」が、2020年からは後継の「etSETOra」が運行されている。「etSETOra」の運用範囲は呉線に加えて山陽本線の尾道駅 - 三原駅にも乗り入れる。山口地区では山陰本線の観光列車「みすゞ潮彩」と後継の「○○のはなし」が新下関駅発着で運転された。
山陰地区では1979年に西鳥取運転区（後の鳥取鉄道部西鳥取車両支部、現後藤総合車両所鳥取支所）にもキハ47・40形が配置され、同年3月14日より因美線・津山線で営業運転を開始した。
境線では沿線の境港市が漫画家・水木しげるの出身地であることから、水木しげるロードが整備された1993年より境線用キハ40形に『ゲゲゲの鬼太郎』のキャラクターをラッピングした「鬼太郎列車」が運行されている。2018年にはキハ40 2115が5代目「鬼太郎」ラッピング車となった。
2016年時点では山陰本線（城崎温泉 - 西出雲間）、因美線（鳥取 - 那岐間）、境線で運用される。2020年3月13日までは若桜鉄道若桜線へ乗り入れる運用もあったが、翌14日からはWT3000形・WT3300形に統一された。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
1980年度に土讃本線系統用として高知機関区（後の高知運転所）にキハ47形14両が、翌1981年度には高知機関区にキハ40形4両・キハ47形2両が、松山気動車区（後の松山運転所）にキハ47形14両が投入され、松山区の配置車は予讃本線（現・予讃線）で運用を開始している。その後1982年度には予讃本線系統用にキハ40形7両、キハ47形2両が導入されて松山気動車区に配置された。
2016年以降は以下の路線で運用される。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
2009年10月の編成両数見直しや1500形の投入によって、2010年3月までに徳島運転所のキハ47形10両（111・116・117・502 - 505・1087・1502・1503）が廃車された。2011年には同6両（115・501・1088・1121・1501・1504）が廃車され、同2両（176・1505）がJR九州に譲渡された。2012年には松山運転所のキハ47形3両（172・175・1119）が、2013年には徳島運転所のキハ47形3両（1085・1089・1112）が、2014年には同2両（1090・1132）が廃車された。2016年3月25日のダイヤ改正翌日には、松山運転所所属の車両は「伊予灘ものがたり」のキロ47形2両を除き、全車徳島運転所に転属された。2016年3月には松山運転所のキハ47形1両（1117）と徳島運転所のキハ47形2両（1118・1120）が、2018年3月には徳島運転所のキハ47形2両（113・144）がそれぞれ廃車された。2019年3月には徳島運転所のキハ40形1両（2146）が、2020年1月には徳島運転所のキハ40形1両 (2109) がそれぞれ廃車された。2022年に松山運転所のキロ47形2両が廃車された。2022年4月1日時点では徳島運転所にキハ40形（2000番台）9両とキハ47形11両（0番台10両・1000番台1両）の計20両が配置されていた。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
以前は牟岐線の阿南以南や鳴門線では車種独占となっていたが、2010年頃以降は新型車両の導入やホーム嵩上げの進行により、運用が減っている。キハ47形はワンマン設備がないことから優先的に廃車となり、現在は朝夕の通勤時間帯中心の運用である。2011年3月12日から2019年3月15日までは、阿佐海岸鉄道阿佐東線でも運用されていた。また、牟岐線の阿南 - 海部間では、2019年3月15日を最後に乗り入れを終了したが、2022年の改正で阿南～桑野間の運用が復活した。
2016年3月25日までは予讃線・内子線（松山駅 - 内子駅 - 八幡浜駅間および伊予市駅 - 伊予長浜駅 - 伊予大洲駅間）でも運用されていた。翌26日からは、同区間を走行する本系列は伊予灘線を経由する「伊予灘ものがたり」に使用されるキロ47形のみであったが、2021年度末で運用終了となったため、愛媛県内の運用がなくなった。
九州地区では1979年にキハ47形10両が指宿枕崎線向けに投入され、同年3月23日より運用を開始した。熊本地区では人吉機関区に配置されたキハ47形14両が1979年3月28日より肥薩線（八代駅 - 人吉駅間）・湯前線で運行を開始し、同年4月15日からは鹿児島本線（熊本駅 - 出水駅間）・豊肥本線（熊本駅 - 竜田口駅間）・三角線にも運行区間が拡大している。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 運用
長崎地区でも1980年6月よりキハ40・47形が長崎機関区に新製配置された。同時期には早岐機関区にもキハ47形26両が新製配置されている。1982年には長崎機関区のキハ40 2062がキハ58 56とともに小倉工場で青20号とクリーム1号のツートンカラーの試験塗装に変更され、長崎本線・佐世保線・松浦線・大村線で運用された。
国鉄時代の本系列唯一の廃車はキハ40 2055である。同車は1983年6月の指宿枕崎線沿線の集中豪雨の際、野元トンネル北側坑口付近の線路内に流入した土砂にトンネル内から乗上げ、乗客らの避難後さらに周辺の土砂が積み重なったため、そのまま現場で解体され同年7月付で廃車された。
老朽化に伴い未改造車、キハ140形・キハ147形を中心にBEC819系電車・YC1系気動車に置き換えが始まっている。
筑豊地区では直方車両センターの直方運用（筑豊本線折尾 - 若松間ほか）は2017年3月3日に、竹下運用（香椎線）は2019年3月15日に、それぞれBEC819系電車に置き換えられて運用を終了した。日田彦運用は2017年の九州北部豪雨の被災および、BRTひこぼしライン開業により久大本線（夜明 - 日田間）での運用が終了した。
大分地区ではYC1系の長崎地区投入に伴うキハ200系の転属に伴い、2021年3月に大分車両センターでのでの普通列車（久大本線（日田・庄内 - 大分間）、豊肥本線（大分 - 豊後荻間））の運用を終了した。
長崎地区ではキハ66系やキハ200系に置き換えられキハ40系の運用はキロシ47形「或る列車」（臨時列車）のみとなっていたが、2022年9月23日の西九州新幹線開業による長崎本線の電化設備の撤去に伴い817系・キハ66系・キハ200系の代替としてYC1系が順次導入されたが、その増備が進むまでの間はキハ47系が長崎本線江北駅 - 長崎駅間、佐世保線 江北駅 - 早岐駅間で併用された。これには佐世保車両センター配置の西九州エリア普通列車向けリニューアル車が2022年9月23日（「Choo Choo 西九州 TRAIN」のみ10月10日）が使用されたが、YC1系の追加導入に伴い、2025年6月30日に、イベント用の「Choo Choo 西九州 TRAIN」を除き同地区での運行を終了した。
鹿児島・宮崎地区では、非電化区間だけでなく日豊本線での電化区間でも運用され、西鹿児島（鹿児島中央） - 宮崎間での直通運用も設定されていた。2017年に直通運用が廃止されて西都城 - 国分間の運用が終了し、2023年9月22日には肥薩線から日豊本線への直通運用が無くなり高鍋 - 宮崎間の運用が終了した。
2025年7月1日以降は以下の路線で運用される。（或る列車、かんぱち・いちろくを除く）
筑豊篠栗鉄道事業部直方車両センター
日田彦山線
後藤寺線
筑豊本線（桂川 - 原田間）
日豊本線（小倉 - 城野間〈日田彦山線直通列車〉）
佐賀鉄道事業部唐津車両センター
唐津地区ではキハ125形との混結で運用される場合がある。
また、2020年3月のダイヤ改正により、キハ47形が筑肥線（山本-伊万里間）での運用はなくなった。
長崎本線（佐賀 - 久保田間 〈唐津線直通列車〉）
唐津線
長崎支社佐世保車両センター
ふたつ星4047（武雄温泉→江北 → 長崎間および、長崎→千綿→武雄温泉間）
熊本支社熊本車両センター
鹿児島本線（熊本 - 八代間〈肥薩線・三角線直通列車〉）
豊肥本線（熊本 - 豊後竹田間）
三角線
肥薩線（運行休止中）（普通・快速列車）
鹿児島支社鹿児島車両センター
鹿児島本線（鹿児島中央 - 鹿児島間）
日豊本線（宮崎 - 都城〈吉都線直通列車〉、国分 - 鹿児島間）
肥薩線（普通列車〈吉都線直通列車含む〉）
指宿枕崎線（普通列車、指宿のたまて箱）
吉都線（肥薩線・日豊本線直通列車含む）
宮崎支社宮崎車両センター
日豊本線（宮崎 - 西都城間）
吉都線
日南線
国鉄キハ40系気動車 (2代) 譲渡・貸出
東海交通事業（2024年10月よりJR東海交通事業）には、1991年12月1日の城北線部分開業（勝川駅 - 尾張星の宮駅間）用として、JR東海のキハ40 2057・2112がJR東海名古屋工場でワンマン化改造と塗装変更を実施の上で貸し出された。
1993年3月の城北線勝川駅 - 枇杷島駅間全通時にキハ11形に置き換えられてキハ40形はJR東海に返却され、返却後は機関換装でキハ40 6004・6008に、続いてワンマン化の区別のためキハ40 6304・6308に改番された。
2002年からJR東日本会津若松運輸区で余剰となっていたキハ40 511を日本宝くじ協会の寄贈による宝くじ号として会津鉄道が譲り受け、新潟トランシスで改造したもので、AT-400形 AT-401として2003年4月に使用開始された。
企画当初には2階建車両も模索されたが、キハ40形からの改造として現実的な一部ハイデッキ構造の展望車となった。同じ新潟トランシスが改造に携わった、JR東日本のキハ40系のジョイフルトレインに通じる意匠であり、共通の手法や部品が見られる。定員は48名。「風覧望」（ふうらんぼう）の愛称でトロッコ車のAT-351（2009年まではAT-301）と2両編成で「お座トロ展望列車」として行楽期を中心に運転されている。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 譲渡・貸出
会津若松方の1エンド側を展望構造に改造しており、戸袋の位置を逆（車端側）にしたうえで客扉を車体中央寄りへ移設、その前位をハイデッキとした。運転台は低い位置に移設され、通路側は上半ガラスのパーティションとなった。前面は2枚の大形平面ガラスで視界を確保しているが、ハイデッキ部はシアターシート（床を階段状にして後方席からの展望を確保する構造）ではなく、1位側には排気管の立ち上がり部がある。
後位は、当初は2人がけの回転リクライニングシートが通路両側に配置され、若干の立席スペースも設けられていたが、2016年にそれまで連結していたAT-100形お座敷気動車が廃車になったことに伴い、お座敷席に改造された。また、2エンド側の運転台にはほとんど手が入れられておらず、ケースにまとめられた角形の前照灯・尾灯が新たに腰部に追加され、上部種別幕が埋められた程度で、元々の前照灯もそのままである。客室窓はすべて大型の固定窓とされた。トイレは車椅子対応となり、元の窓は埋め込まれた。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 譲渡・貸出
JR東日本所有時に冷房装置（AU26J-A × 2基）の搭載、屋根上水タンクの撤去などなされているほか、下回りはほぼJR東日本仕様のキハ40形500番台に準ずるが、機関はカミンズ製NH14R形（300 PS / 2000 rpm、JR東日本DMF14HZ形と同等品）に換装された。機関本来の出力は350 PSだが、液体式変速機がDW9形のままであるため300 PSで使用している。定期運行以外では、導入直後に阿武隈急行に入線したことがあるほか、訓練や貸切運転などでは両運転台構造を生かした単行運転もされている。
運行路線は以下のとおり。運用の詳細はお座トロ展望列車を参照。
2016年3月26日の北海道新幹線開業に伴い江差線が転換された道南いさりび鉄道では、開業時にJR北海道からキハ40形1700番台9両（1793・1796・1798・1799・1807・1810・1812・1814・1815）が譲渡された。うち2両（1793・1799）は、貸切列車としても用いられる「ながまれ号」用として、塗装変更と内装の改造が行われ 、他の車両も同社オリジナル塗装へ変更されている。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 譲渡・貸出
2017年3月に元烏山線用のキハ40形1000番台の1009号車を錦川鉄道が譲受し。内装をレトロ調に改装し、同年9月16日に錦川清流線で運行を開始した。外装はJRマークを始め烏山線時代のものを引き継いでいる。同社のワンマン運転の規則上、本形式で初めてサイドミラーを装着している。
小湊鉄道の主力車種であるキハ200形は、ほとんどが冷房化されているものの、DMH17Cエンジンが生産終了になって久しいことや、初期車が2021年には車齢60年に達することから、状態の悪い車両は置き換え、状態の良い車両のみを今後も継続使用することとした。そのため、運用に余裕を持たせ稼働を減らすことを目的に代替車両を探すこととなった。車両導入にあたってはキハ200形と総括制御できることに加え、下記の4条件が設定され、置き換えの決まっていたJR東日本のキハ40形2000番台のうち、これらの条件すべてを満たす車両を譲受することとした。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 譲渡・貸出
まず、2020年3月に只見線での運用が終了したキハ40形のうち、キハ40 2021・2026の2両を東北色のまま2020年5月19日に譲り受けた。導入に際しては「キハ40」という形式はそのままに車番を改番、列車無線・車体色の再塗装・社名ロゴの交換が実施され、キハ40 1（旧2021）は再塗装に際して東北色の塗り分けラインを踏襲しつつ小湊鉄道標準色に変更されている。また、両車はJR時代の改造で車体中央側窓下の方向幕の有無、出入扉の開閉用押しボタンの有無、クロスシートの配置などに違いがあったが、小湊鉄道入線後もそのままである。トイレについては小湊鉄道に汚物処理装置の抜き取り設備がないため、使用せず締め切られている。
キハ40 2（旧2026）は2021年4月23日に運行された臨時急行「さと山」でキハ200と連結して使用を開始した。キハ40 1（旧2021）は検査の関係で遅れて10月9日と10日に試乗会の団体臨時列車として五井 - 光風台間で運行され、10月16日と17日には小湊鉄道とJTBによる「新塗装キハ40本線デビュー記念ツアー」としてキハ40同士の連結で運行された。
国鉄キハ40系気動車 (2代) 譲渡・貸出
2021年7月にはキハ40形3両（1006・2018・2019）を譲り受け、先に導入された2両と同様の改造と改番が実施されたほか、キハ40 2と同様に、JR東日本から譲渡された際の塗装と同じ色に再塗装された。このうちキハ40 4（旧2019）は2022年5月7日に、キハ40 3（旧2019）は5月28日に、それぞれ団体臨時列車「キハ40新塗装ナイトラン さと山号乗車企画」で運行を開始した。
北条鉄道では法華口駅への列車行き違い設備新設と増発に伴う予備車の不足を解消するために、JR東日本からキハ40形を譲り受けることとし、導入あたってはクラウドファンディングが活用され2021年10月29日の終了時点で1300万円を集めた。譲渡車両はキハ40 535で、錦川鉄道同様にサイドミラーが取り付けられている。運行開始は当初2022年3月13日を予定していたが、訓練実施に伴い3月16日となった。
ミャンマー国鉄にJR北海道からキハ40系が譲渡され、元キハ40形330番台2両と元キハ48形1330番台3両が2014年8月24日からヤンゴン市内の路線で運行されている。 5両編成で冷房も使用している。2013年に竣工したキハ48形のうち、301と302はバゴー - ニャウンカシー間にて運行されている。
2015年にはJR東海から計53両、JR東日本から計19両（キハ40形13両 + キハ48形6両）がミャンマー鉄道省へ譲渡、JR東日本は更に7月下旬から車両保守に関する技術支援を実施。ミャンマーに到着後に順次改造工事を実施し、東海車は2015年7月以降、東日本車は9月末から、順次ヤンゴン市内の路線で運行を開始した。
運行路線は以下のとおり。
タイ国鉄はJR北海道からキハ183系気動車を譲受して2022年に運行を開始した。このキハ183系への反響が大きかったことから、同様にキハ40系を譲受することとなり、2024年3月にキハ40系20両がJR東日本よりタイ国鉄に譲渡された。
ベトナム鉄道は2021年、JR東日本からキハ40系車両37両の輸入許可をファム・ミン・チン首相に申請した。同鉄道は2021年当時、機関車牽引列車のみの運行となっており、気動車の方が機動性や編成組み換えの柔軟性が高いため運用効率が上がること、また新たな車両を製造するよりも安価であることを理由として挙げた。しかし、同国の政令第65号では中古の鉄道車両の客車は使用期間が10年を超えている場合は輸入禁止、使用期間が40年を超えている場合は使用禁止と規定していることなどから、政府はこの申請に同意しない事を決定、本計画は頓挫した。
北元
大元大モンゴル国
Dai-ön Yeke Mongγol Ulusᠳᠠᠢ ᠦᠨᠶᠡᠬᠡᠮᠣᠩᠭᠣᠯᠤᠯᠤᠰ
北元の領域
北元（ほくげん、拼音：Běiyuán）は、第15代ウカアト・カアン（トゴン・テムル）が1368年に明の北伐を逃れて大都（現在の北京）からモンゴル高原に撤退し、中国の漢民族定住農耕地域を失って以後の、元（大元ウルス：モンゴル帝国の皇帝直轄政権）の政権・政体を指す、後世の呼称である。この政権に属する遊牧諸部族を、同時代の『明史』では韃靼（だったん、拼音：dádá）と表記した。柯劭忞の『新元史』は、1388年までは北元が中国の正統王朝であったと見なしている。
北元 定義
元は、1368年に大都を放棄し、モンゴル高原を中心に中国の漢民族地域より北方の一帯を支配する政権となった。この政権をそれまでの中国を支配した元と区別して「北元」とする。ただしモンゴルの当事者たちは、自らの政権は依然として「大元」（ダヤン）であると自覚しており、自称は「モンゴル」、「モンゴル国」、「大元ウルス」、「大モンゴル」（モンゴル語: Их Монгол、野克莽官兒）、「大モンゴル国」と呼んだ。モンゴルの歴史書では「ドチン・ドルベン」（Дөчин дөрвөн、都沁·都爾本）と呼ばれている。
当時の明朝では、モンゴルを「韃靼」（タタール）と表記したが、これはあくまで元の連続性を否定する必要があった明代特有の事情によるものに過ぎない。「北元」という呼称は朝鮮の歴史書『高麗史』に由来しており、当時のモンゴルや明では使用されていなかった。
モンゴル史研究者の間では、1388年のトグス・テムル死去までを北元とする説もあれば、1635年のエジェイが後金に降伏するまでを北元とする説もあるため、本記事では後者の北元について詳述する。
北元 歴史
1368年初頭に南京で明を建国した朱元璋は、皇帝に即位するとすぐに徐達を司令官として、既に中国の支配をほとんど喪失していた元に対する北伐軍を派遣した。元の15代皇帝のトゴン・テムルは大都からモンゴル高原にある夏の都上都へと逃れたが、翌1369年には常遇春に敗れてさらに応昌府へ逃れた。
トゴン・テムル・ハーン（廟号は恵宗）が1370年に死去すると、明はトゴン・テムルに「天意に順じ明に帝位を譲った」という意味の順帝という諡号を贈り、トゴン・テムルに代わってハーンに即位したアユルシリダラ（昭宗）を「故元太子」と呼んで元の皇帝と認めなかった。しかし明の主張の一方で、元（北元）は依然としてモンゴル高原の遊牧勢力の君主として強大な軍事力を持っており、1372年には明がモンゴル高原に送った北伐軍を撃退した。
北元 歴史
この時点で元（北元）の勢力は中国の北方から甘粛、雲南まで維持しており、江南と華北をようやく制覇したに過ぎない明を取り囲むようにして南北に対峙していた。特に東北地方（満洲）には数十万の大軍を擁する元（北元）の大尉であるジャライル部のナガチュの勢力が健在であり、明や高麗は北辺をナガチュの大軍にしばしば脅かされた。高麗はナガチュの軍事的脅威を受け、明と通好する一方で元（北元）とも通好していたが、1362年に、元の将軍のナガチュが高麗に攻め込むと、李成桂の率いる高麗軍により撃退され、その後は和親状態となる。
1378年に元の16代皇帝アユルシリダラが死去して、天元帝トグス・テムルが元の17代皇帝に即位する頃から元（北元）の勢力は衰えはじめて、明が満洲を制圧してモンゴル高原東部に勢力を伸ばすことを許した。
1387年、元（北元）のナガチュは明軍の大攻勢を受けてついに明に降り、ナガチュ救援のために高原東部のホロンボイル地方に進出していたトグス・テムル・ハーンも、翌年初頭に明の将軍藍玉の奇襲を受けて敗れた。元の皇帝トグス・テムルは敗走の途上で、クビライとハーン位を争って敗れたアリクブケの子孫にあたるイェスデルの手によって殺害され、ここにクビライの皇統は断絶した。
北元 歴史
イェスデルは、1388年、モンゴル高原の西北部に割拠するオイラト部族の支持を受けて18代皇帝のハーンに即位するが、1391年に死去した。これ以降、旧元朝のモンゴル諸部族は、四十モンゴル部（ドチン・モンゴル）と四オイラト部（ドルベン・オイラト）と呼ばれる2つの遊牧部族連合に分かれて、チンギス・ハーンの末裔の中から誰をハーンに擁立するかを巡って争うようになった。
モンゴル高原の西部に広がった四オイラトは、モンゴル帝国以前からモンゴル高原東北部に存在した由緒ある部族であるオイラトの長を盟主とし、親「アリクブケ家」の諸部族からなっていたのに対し、東部の四十モンゴルは親「クビライ家」の性格を有しており、チンギス裔のハーンを盟主とした。明は四十モンゴルを「蒙古」と呼ばずに「韃靼」と呼び替えて、彼らが元の後裔であることを言葉の上だけ否認した。
やがてモンゴルのアスト部族長アルクタイが有力となり、自派のハーンを立てるが、1410年に明の永楽帝による遠征軍に敗れ、代わってオイラト部族長マフムードが有力となった。
明の永楽帝は次にオイラトに対する親征を行い、1414年にマフムードを破ったが、これにより再びアルクタイが勢力を盛り返した。さらに3度敢行され合計5度にわたった永楽帝の北伐と、アルクタイとマフムードの争いによって、15世紀前半のモンゴル高原は大いに混乱し、頻繁にハーンが取り替えられた。
北元 歴史
1434年に至ってマフムードの子・トゴンはアルクタイを滅ぼし、甘粛にいたチンギス・ハーンの子孫トクトア・ブハをハーンに立てた。トゴンはさらに敵対者を滅ぼしてモンゴル諸部族を屈服させるが、1439年に死去し、子のエセンがオイラトを継承した。
オイラトのエセンは明に侵攻し、明の正統帝を捕虜とし（土木の変）、西ではトルキスタンのモグーリスタン・ハン国（東チャガタイ・ハン国）やウズベクのアブル＝ハイル・ハンなどのイスラム化したモンゴル系国家に戦勝して、オイラトの覇権の最盛期を築いた。しかし、1453年にエセンは「大元天聖大可汗」と称し自らハーンに即位したことをきっかけに人心を失い、1454年に内乱により殺された。エセンの敗死により、オイラトの覇権は崩壊したが、エセンは自らハーンとなる前にトクトア・ブハを始めチンギス・ハーンの血を引く者をほとんど皆殺しにしていたため、モンゴルの側も混乱が続いた。
北元 歴史
1487年に至って、母がオイラトの出身であったためエセンの殺害を免れたバヤン・モンケの子で、当時存命していた唯一のクビライ裔の皇子であったバトゥ・モンケがハーンに即位した。バトゥ・モンケはダヤン・ハーンと称したが、この尊称ダヤンは「大元」の音写である。ダヤン・ハーンはオイラトを追ってモンゴル高原のほとんど全域に勢力を拡大すると、11人儲けた男子をモンゴルの諸部族の長に婿入りさせて、各部族の首長に就けた。ダヤン・ハーンとその直系の子孫はチャハル部を支配し、こうしてチャハル部の長がハーンとして、親族にあたる全モンゴルを統括する体制が築かれた。清代から現代に続くモンゴル諸部族の分布は、ダヤン・ハーンによるモンゴルの再編成をほぼ踏襲している。
北元 歴史
1524年にダヤン・ハーンが死去すると、ハーン位を継承すべき長男トロ・ボラトは既に死んでおり、トロ・ボラトの子でダヤン・ハーンによって継承者に指名されていたボディ・アラクは年少であった。このため、ハーン位はダヤン・ハーンの三男でオルドス部とトメト部を支配するバルス・ボラトが一時的にハーンに即位し、チャハル部によるモンゴルの統一政権は早くも揺らいだ。1542年には、バルス・ボラトの長男でオルドス部を継承していたグンビリクが死去すると、グンビリクの弟でトメト部を継承していたアルタンが代わって有力となった。チャハルのボディ・アラク・ハーンは、アルタンを西部（右翼）のモンゴル諸部族の指導者と認めてトシェート・セチェン・ハーン（トシェートは「補佐」の意）の称号を与えた。
1547年、チャハル部のボディ・アラク・ハーンが死去すると、その子ダライスン・ハーンは、トメト部のアルタンの圧迫を避けて東方に移住し、アルタン・ハーンがハーンに代わってモンゴル高原全体の事実上の支配権を握った。
アルタンは北ではオイラトと戦ってモンゴル高原西部からジュンガリアに追いやり、南では明に連年遠征して略奪を繰り返した。また、ダライ・ラマ3世に帰依してチベット仏教のゲルク派に入信し、内モンゴルに支配下に入った漢民族の定住農民を集めて開いた都市フフホトに寺院を建立、モンゴルが仏教化するきっかけをつくった。
北元 歴史
アルタンの死後、アルタンが一代で築き上げた勢力と財産を巡ってトメト部では内紛が起こり、ダヤン・ハーンによるモンゴルの一体化は無実化していった。漠北（外モンゴル）ではハルハ部がオイラトと戦って服属させ、現在のモンゴル国の領土のほとんどを支配下に収めるまでに成長していた。
トメトを避けて大興安嶺山脈の東に移住したチャハルでは、1603年にリンダン・ハーンが即位した。リンダンはモンゴルの再統一を目指したが、東の女直（満洲民族）の統一を進めるヌルハチが立てた後金に次第に圧迫され、チャハルの周囲にいたモンゴル東部の諸部族は後金に降伏していった。1628年、リンダン・ハーンは後金に近い内モンゴル東部の支配に見切りをつけて西方への移動を開始し、内紛で弱体化していたトメトのアルタン・ハーン家を滅ぼしてフフホトを占領した。さらにリンダン・ハーンは外モンゴルのハルハ部を服属させ、100年ぶりにモンゴルの中西部のほとんどをチャハル部の支配下に置くことに成功するが、自身の帰依するカルマ派を支援するためチベットへの遠征に向かう途上の1634年に甘粛で死去した。
リンダン・ハーンの死によってチャハル部の覇権は瓦解し、満洲人（女真人）による後金軍がフフホトを占領した。1635年、リンダン・ハーンの遺児エジェイは後金に降伏し、元の玉璽（皇帝の印章）を後金のホンタイジに献上した。チャハルの降伏により、ダヤン・ハーンの再編したモンゴル部族連合のうち、漠北のハルハ諸部を除く全てが後金の支配下に入った。1636年、ホンタイジは満洲、漢、モンゴルの3民族の推戴を受ける形式を取って大清皇帝に即位し、この年以降、満洲人である清の皇帝がモンゴルのハーンとして君臨することになった。
一方、清の支配下には入っていないハルハ諸部とオイラトは、この清の脅威を受けて積年の対立に終止符を打って同盟を締結し、1640年には部族間関係の取り決めをまとめた「ハルハ・オイラト法典」を制定した。ハルハ諸部は清朝に対しては朝貢を行い、1655年には有力者8人がその冊封を受けて名目的に臣従することで清朝との間に安定した関係を築き、朝貢国としての内政自治を保持した。
しかし17世紀後半に至って、オイラトの覇権を握ったジュンガル帝国のガルダン・ハーンがハルハに侵攻すると、ハルハは1688年に数十万の属民がゴビ砂漠の南（内蒙古）に逃げ清に服属した。1697年、清がジュンガルに勝利しガルダンの敗走により、かつての大元ウルス（北元）の故地であるカラコルムを含むモンゴル草原（外蒙古）は全て清の支配下に入った。
JR九州787系電車
787系電車（787けいでんしゃ）は、九州旅客鉄道（JR九州）の交流特急形電車。
1992年（平成4年）7月15日から営業運転を開始した。
JR九州787系電車 概要
鹿児島本線の特急「有明」のうち、西鹿児島駅（現鹿児島中央駅）発着の列車について、愛称を「つばめ」に変更することが決まり、その名称にふさわしい列車として開発された。
811系電車の走行システムをベースに開発され、デザインは水戸岡鋭治主宰のドーンデザイン研究所が担当した。1992年から2002年（平成14年）までの間に、日立製作所および近畿車輛で計140両が製造され、JR発足後に登場した特急形車両として初めて製造両数が100両を越えた。
1993年（平成5年）、第36回鉄道友の会ブルーリボン賞を受賞し、通商産業省（現・経済産業省）グッドデザイン商品（現・産業デザイン振興会所管「グッドデザイン賞」）商品デザイン部門選定。
1994年（平成6年）10月に第5回ブルネル賞を受賞した。
JR九州の鉄道事業本部長（当時）として本形式の開発に携わった川﨑孝夫によれば、デザインを担当した水戸岡は当初、本形式の名称を「RED EGG EXPRESS」とし、愛称として「REE」（リー）を採用する意向を示していたという。車体の塗装もJR九州のコーポネートカラーである赤色になる予定であった。
JR九州787系電車 概要
これに対し、当時のJR九州社長である石井幸孝は肯定的な反応を示したが、川﨑は「RED EGG EXPRESS」は日本の列車名としては考えにくい名前で、英語名ではスラングになる可能性もあると考えていた。そこでアメリカ合衆国総領事館に問い合わせたところ、「その英語はスラングではないが、なぜ日本の列車なのに英語名を使うのか」との返答があり、これが列車名を日本語に転換する契機となった。
その後、JRグループ各社から了承を得て「つばめ」の名称を復活させることが決定すると、本形式の塗装も変更されることになった。水戸岡は黒色を主張していたが、視認性の問題を考慮した結果、最終的にはグレーが採用された。
JR九州787系電車 車両概説
本項では落成当時の仕様について記述する。
普通鋼製で、屋根上など腐食しやすい箇所についてはステンレス鋼を使用している。乗降扉の横幅は783系から200mm拡大され900mmとされた。駅ホーム高さの低い路線にも入線するためステップは引き続き設置された。バリアフリー関連設備が設計変更されたモハ787形200番台および300番台では乗降扉の幅が1,000mmに拡大されている。
塗装はグレー濃淡のツートンカラーとなり、各所に「TSUBAME」のロゴが配置されている。また車体側面の車両形式・車両番号表記も、「数字または文字を1文字毎に四角で囲む」表記が初めて採用され、これが以降の水戸岡デザインの特徴となる。ただし、妻面の配置区所・形式・自重・定員表記などは従来どおり国鉄書体で表記されている。
前面は2次車以降では運転席正面の窓下に手すりが取り付けられている他、根元の部分に窪みが見られる。手すりは後年、1次車にも追加で取り付けられた。
なお、1999年（平成11年）以降に落成した車両には当初から車端部に転落防止幌が設置されていたが、それ以前の車両についても後年設置されている。
側面化粧板はダークグレー、床はカーペット敷きとなっている。
JR九州787系電車 車両概説
グリーン車の座席は2+1列のリクライニングシートで、座席の前後間隔は783系と同じ1,200mmとなる。背もたれ自体の角度と背もたれ上部の角度を別々に調節できる。サロンコンパートメントは4人用の個室となっており、開放室と同じ1人掛けのリクライニングシート1台と3人掛けのソファーが配置されている。
普通車は一般的な2+2列配置のリクライニングシートで、座席の前後間隔は783系から40mm拡大され、1,000mmとされた。背面部に収納式のテーブルを設置しているほか、簡易式フットレストを設置している。ただしサハシ787形のセミコンパートメントは、前後幅で2,010mmのコンパートメント内に2人掛けの座席を向かい合わせに配置している。
初期の一般普通席は座席背面テーブルのみだったが、4次車以降には座席外側の肘掛にも小型テーブルが追加されたほか、オーディオサービスも提供された。
クロハ786形はグリーン席・普通席ともに座席窓下足元にコンセントが設置されている。
サハシ787形とクハ787形0番台以外の普通車には、客室中央部（ただしモハ786形に限り客室前位側）に幅750mmの荷物置場を設置している。全車とも荷物棚には、蓋付きのハットラック式が採用された。
JR九州787系電車 車両概説
モハ786形全車には、バリアフリー対応の座席およびトイレを設置している。そして当形式は日本の鉄道車両では初めて、航空機で主流だった真空式トイレユニットシステムを採用している。
LED式車内案内表示器を、客室の仕切扉上部に設置している。表示は上下2段式で、上段は左から号車番号表示、座席種別表示、禁煙表示灯、トイレ使用中表示となっている。下段はスクロール式情報表示板となっている。スクロール式情報表示での英数字表示は全角文字である。
「有明」向け新製先頭車のうち後位側は、仕切扉等が883系に準じたデザインとなっている。
落成当初はクモロ787形とモハ786形の全車両にテレホンカード専用の公衆電話室が設置されていたが、電話機は後に撤去され「携帯電話コーナー」に改められた。
左にT字形横軸マスコンハンドルと、右に縦軸ブレーキハンドル（常用7段+非常）で構成される。
本系列では、JR九州の電車として初めて本格的な乗務員支援モニタを採用した。画面構成はMON3と同様で音声による停車駅接近予告機能や、現在は使用されていないがチャイムによる交交セクションの接近予告を付加している。
運転席と客室は壁で仕切られていて、客室から運転席は見えない構造となっているが、2019年3月よりBM編成を対象に客室と運転室を仕切る戸に窓ガラスおよび遮光板が付いたものに交換された。
JR九州787系電車 車両概説
台車は新設計のコイルばね + 円筒積層ゴム軸箱方式のボルスタレス台車 DT400K（電動台車）およびTR400K（付随台車）が採用された。いずれもヨーダンパを備えている。
また、新造当初の第1編成で4・5号車にあたるモハ787-2・モハ786-1、6号車にあたるサハ787-101ではJRグループでは珍しいSUミンデン式軸箱方式を採用した。それぞれDT901K、TR901Kの形式を名乗る。このほかDT900K、TR900Kを名乗る別な軸箱方式の台車も使用されている。
制御装置は、サイリスタ位相制御（MM'ユニット）と、発電ブレーキ併用による電気指令式空気ブレーキの組み合わせで、直流直巻電動機を採用した。電動車ユニットの偶数形式が上り（門司港）向きで、従来の車両とは上下向きが逆となっている。
クモハ786形およびモハ786形に装備しているパンタグラフはPS400K形下枠交差式パンタグラフが採用された。
最高速度は130km/h、速度種別は7両編成でA28である。