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元寇 文永の役
高麗からクビライの下へ派遣された金方慶、印公秀は、その上表の中で、三別抄の乱を鎮圧するための大軍に多くの兵糧を費やしたこと、加えて民は日本征討（文永の役）によって損傷した船舶を修造するために、働きざかりの男たちはことごとく工役に赴き、日本征討に加わった兵士たちは、戦闘による負傷と帰還中の暴風雨により多くの負傷者・溺死者を出すなどしたために、今では耕作する者は僅かに老人と子供のみであること、さらに日照りと長雨が続いて稲は実らず民は木の実や草葉を採って飢えを凌ぐ者があるなど、「民の疲弊はこの時より甚だしい時はなかった」といった高麗の疲弊した様子を伝えている。そして、再び日本征討の軍を挙げるならば、小邦（高麗）は船舶・兵糧などの拠出には耐えられないとクビライに訴えている。
元寇 文永の役
元軍は戦況を優位に進めた後、陸を捨てて船に引き揚げて一夜を明かそうとしたその夜に暴風雨を受けて日本側が勝利したという言説が教科書等に記載されているが、通常、上陸作戦を決行した場合、まず橋頭堡を確保しなければならず、戦況を優位に進めながら陸地を放棄して、再び上陸作戦を決行するなどは戦術的に有り得ないとされる。また、元側の史料『高麗史』の記載によると、元軍は日本軍との戦闘で苦戦を強いられたため軍議により撤退を決定し、日本からの撤退途上で暴風雨に遭遇したとなっている。ただ、この撤退途上に元軍が遭遇した暴風雨については、気象学的には11月下旬には台風の渡来はなく、あったとしても単なる強風であった可能性が高いとされる。
元軍が苦戦し撤退した様子は『高麗史』の記載の他、日本側の史料でも同様の記載が確認できる。文永の役当時の鎮西からもたらされた飛脚の報告が載っている日本側の史料『帝王編年記』によれば「去月（十月）二十日、蒙古と武士が合戦し、賊船一艘を取り、この賊船を留める。志賀島において、この賊船を押し留めて、その他の蒙古軍を追い返した」 と報じたとあり、同じく飛脚の報が載っている『五檀法日記』においても「去月（十月）十九日と二十日に合戦があり、二十日に蒙古軍兵船は退散した」 とあり、交戦した武士らが中央政権に対して軍事的に元軍を撃退したことを報告している。また、他の史料と日にちに差異はあるが『関東評定衆伝』でも「（文永十一年）十月五日、蒙古異賊が対馬に攻め寄せ来着。少弐資能代官・藤馬允（宗資国）を討つ。同24日、大宰府に攻め寄せ来たり官軍（日本軍）と合戦し、異賊（元軍）は敗北した」 と明確に日本軍の勝利と元軍の敗北が確認できる。
文永の役において元軍は神風で壊滅し日本側が勝利したという言説が流布した背景として、当時の日本国内では元寇を日本の神と異賊の争いと見る観念が共有されており、神社や寺による折伏・祈祷や歌詠みは日本の神の力を強める（天人相関思想）と信心されていた。そのため、元軍を撃退できた要因は折伏・祈祷による神力・神風であると神社等は宣伝し、幕府に対して恩賞を求めた。
例えば、公家の広橋兼仲は、その日記『勘仲記』の中で「逆風の事は、神明のご加護」 と神に感謝している。また、1276年（建治2年・至元13年）の官宣旨の文言の中にも「蒙古の凶賊等が鎮西に来着し合戦をしたのだが、神風が荒れ吹き、異賊は命を失い、船を棄て或いは海底に沈み、或いは入江や浦に寄せられた。これは即ち霊神の征伐、観音の加護に違いない」 とあり、当時から元軍を襲った暴風雨を神風とする認識が存在していたことが窺える。
また、敵国調伏や加持祈祷によって日本の神や仏も戦闘に動員され元軍を撃退できたとする観念は、各社による「神々による軍忠状」という形で現れ、戦後も幕府に対して各社による恩賞の要求も激しかった。元寇における神々の活躍例を挙げると以下のようなものが見受けられる。
寺社縁起『八幡愚童訓』によると、日本軍が水城へ敗走した後、松原に陣を布く元軍に八幡神の化身30人ほどが矢を射掛け、恐れ慄いた元軍は海に逃げ、さらに海から炎が燃え巡り、その中から現れた八幡神を顕現したと思われる兵船2艘が突如現れて元軍を皆討ちとり、辛うじて沖に逃れた者には大風が吹き付けられて元軍は敗走したという。同様の話は『一代要記』にもあり、大宰府軍（日本軍）が敗北した後、神威を顕現したと思われる兵船2艘が現れて元軍と戦い、これを退散させたとしている。
また、肥前国武雄社では、戦後の論功行賞から漏れたため、幕府に以下のように文永・弘安の役における勲功を訴えている。『武雄神社文書』によれば、文永の役の際の10月20日の夜、武雄社の神殿から鏑矢が元軍船目掛けて飛び、結果、元軍は逃げていったとしており、また、弘安の役に際しても、上宮から紫の幡（のぼり）が元軍船の方に飛び去って、大風を起こしたという。
幕府は、こういった各社による軍忠状に対して神領興行令と呼ばれる徳政令を各社に対して3度も発布し、恩賞に当てた。
1910年（明治43年）の『尋常小学日本歴史』に初めて文永の役の記述が登場して以来、戦前の教科書における文永の役の記述は、武士の奮戦により元軍を撃退したことが記載されており、大風の記述はなかった。しかしその後、第二次世界大戦が勃発し日本の戦局が悪化する中での1943年（昭和18年）の国定教科書において、国民の国防意識を高めるために大風の記述が初めて登場した。それ以来、戦後初の教科書である『くにのあゆみ』以降も大風の記述は継承され、代わって武士の奮戦の記述が削除されることとなる。
戦後の教科書において、文永の役における武士の奮戦の記述が削除された背景としては、執筆者の間で武士道を軍国主義と結び付ける風潮があり、何らかの政治的指示があったためか執筆者が過剰に自粛したのではないかとの見解がある。また、戦時中や現代の教科書においても文永の役において元軍は神風で壊滅したという言説が依然として改められなかった背景としては、戦時中は「神国思想の原点」ゆえに批判が憚られたことによるという見解がある。この観念は戦時中の神風特別攻撃隊などにまで到ったとされる。戦後は敗戦により日本の軍事的勝利をためらう風潮が生まれたことにより、文永の役における日本の勝因を自然現象ゆえによるものであるという傾向で収まってしまったのではないかとの見解がある。
また、文永の役は大風で勝利したという戦後の常識は、寺社縁起『八幡愚童訓』における記述がベースになっているといわれている。
元寇 第二次日本侵攻までの経緯
元・高麗連合軍の侵攻を撃退した鎌倉幕府は、高麗へ侵攻して逆襲することを計画した。高麗出兵計画は再度の元の襲来に備えるための石築地（元寇防塁）の築造と同時に進められ、高麗出兵に動員される者を除いた鎮西の者が石築地の築造に当たることになっていた。
幕府は1276年（建治2年・至元13年）3月に高麗出兵を行うことを明言し、少弐経資が中心となって鎮西諸国などに動員令を掛けて博多に軍勢や船舶を集結させた。
船の漕ぎ手である梶取（かんどり）や水手（かこ）は鎮西諸国を中心に召集され、不足の場合は山陰・山陽・南海各道からも召集するよう御家人に命じた。幕府は動員催促した武士に水手、梶取りなどの年齢や動員数、兵具、船数などを注進させ、逃亡者には厳罰を科すなどして着々と出兵準備を進めたが、突然出兵計画は中止となった。詳細は不明ながら、同時に進められていた石築地の築造に多大な費用と人員を要したことと、兵船の不備不足などの理由により計画は実行されなかったとされる。
幕府は異国警固番役を強化し、引き続き九州の御家人に元軍の再襲来に備えて九州沿岸の警固に当たらせた。異国警固番役は3か月交代で春夏秋冬で分け、春は筑前・肥後国、夏は肥前・豊前国、秋は豊後・筑後国、冬は日向・大隅・薩摩国といった九州の御家人が異国警固番役を担当した。
元寇 第二次日本侵攻までの経緯
使節団は長門国室津に来着するが、執権・北条時宗は使節団を鎌倉に連行すると、龍ノ口刑場（江ノ島付近）において、杜世忠以下5名を斬首に処した。
これは使者が日本の国情を詳細に記録・偵察した、間諜（スパイ）としての性質を強く帯びていたためと言われる。斬首に処される際、杜世忠は以下のような辞世の句を残している。
「出門妻子贈寒衣 問我西行幾日歸 來時儻佩黃金印 莫見蘇秦不下機」
「門を出ずるに妻子は寒衣を贈りたり、我に問う西に行き幾日にして帰ると、来たる時もし黄金の印を佩びたれば、蘇秦（中国戦国時代の弁論家）を見て機を下らざるなかりしを」
（家の門を出る際に私の妻子は、寒さを凌ぐ衣服を贈ってくれた。そして私に西に出かけて何日ほどで帰ってくるのかと問う。私が帰宅した時に、使節の目的を達して、もし（恩賞として）黄金の印綬を帯びていたならば、蘇秦の妻でさえ機織りの手を休めて出迎えたであろう）
一方でクビライは使節派遣と並行して、再び日本侵攻の準備に取り掛かった。
クビライは南宋攻略を断行している真っ只中、再度の日本侵攻を計画し、その是非を重臣・王磐に尋ねた。王磐は以下のように返答したという。
元寇 第二次日本侵攻までの経緯
王磐「今まさに南宋を討ち、我らは全力を用い、一挙にこれ（南宋）をとるべきです。もし、また東夷（日本）に兵力を分ければ、無駄に月日を費やす恐れがあり、結局、功は成り難くなります。南宋が滅ぶのを待って、やがてこれ（日本侵攻）を考えるも未だ遅くはないでしょう」
同月、南宋の第7代皇帝・恭帝は元に降伏し、南宋の首都・臨安を無血開城する。これにより事実上、南宋は滅亡した。なお、張世傑・陸秀夫ら一部の者は第8代皇帝・端宗や第9代皇帝・祥興帝を擁して、1279年（弘安2年・至元16年）まで元に抵抗を続けた。
同年、南宋を滅ぼしたクビライは早速、日本侵攻の是非を南宋の旧臣らに尋ねた。これに対して、南宋の旧臣・范文虎、夏貴、呂文煥、陳奕らは皆「伐つべし」と答えたという。しかし、クビライの重臣・耶律希亮は以下のように反対した。
耶律希亮「宋と遼、金と攻戦し、まさに300年経っています。干戈（戦争）はようやく収まり、人は肩を休めるようになりました。数年を待って日本遠征の兵を起こすも未だ遅くはないでしょう」
クビライは南宋の旧臣らの進言を退けて、耶律希亮の意見を採用した。こうして、日本侵攻計画は当分の間、延期された。
耶律希亮の進言により、日本侵攻計画が延期されてから3年が経過した1279年（弘安2年・至元16年）、再びクビライは日本侵攻を計画する。
元寇 第二次日本侵攻までの経緯
南宋の旧臣・范文虎は、ひとまず日本へ再び使節を派遣して、もう一度、日本が従うか否かを見極めてから出兵することを提案したため、クビライはその提案を受け入れた。こうして、杜世忠ら使節団が斬首に処されたことを知らないまま、周福、欒忠を元使として、渡宋していた日本僧・暁房霊杲、通訳・陳光ら使節団を再度日本へ派遣した。
今回の使節団は南宋の旧臣という范文虎の立場を利用して、日本と友好関係にあった南宋の旧臣から日本に元への服属を勧めるという形をとった。
大宋國牒状として日本側に手渡された牒状の内容は「宋朝（南宋）はすでに蒙古に討ち取られ、（次は）日本も危うい。よって宋朝（南宋）自ら日本に（元に服属するよう）告知」する内容であった。
クビライは杜世忠ら使節団の帰還を待つ一方、出兵準備を開始する。
しかし、建造は思うようには進まず、200艘の建造を命じられた蒲寿庚はクビライに「海船を200艘造るよう詔がありましたが、いま完成している船は50艘です。民は実に艱苦しています」と造船により民が疲弊していることを上奏した。これを受けて、クビライは蒲寿庚に命じた200艘の建造を中止させている。
元寇 第二次日本侵攻までの経緯
このように造船により江南地方の民が疲弊する中、クビライの日本侵攻を諫言する者が相次いだ。賈居貞は民の疲弊が乱を招くことを危惧して、クビライに日本侵攻を止めるよう諫言したが、聞き入れられなかった。徐世隆もクビライに対して、丁寧に日本侵攻を諫めたが同様であった。
重臣のアンギル（昂吉児）もまた以下のようにクビライに諫言した。
昂吉児「臣（昂吉児）、軍兵は士気を主と為すと聞きます。上下が同じものを欲すれば勝つのです。しかしこの者ら（日本侵攻軍）は連年の外夷への外征に使役し、しばしば出血を強いており、ここで士気のことを考えなければ、天下は騒然とし、一たび徴発を行えば、上下は怨むでしょう。それは同じ欲する所を考えてはいないからです。兵を止め、民を休ませてください」
しかし、アンギル（昂吉児）の諫言もまたクビライに聞き入れられることはなかった。老臣の王磐も賈居貞、アンギル（昂吉児）とは違った立場で以下のように諫言した。
王磐「日本小夷、海道は険しくして遠い。これに勝っても、即ち武功とはなりません。勝たなければ、即ち威厳を損じます。臣が思うに征伐を為してはなりません」
この諫言に対してクビライは激怒したが、国を憂う王磐の気持ちを汲み取り、翌日には王磐の下に遣いをやり慰撫したという。
元寇 第二次日本侵攻までの経緯
クビライ「そもそもの始めは、彼の国（日本）の使者が来たことにより、こちらの朝廷からもまた使者を遣わし往かしたのだ。しかし、彼の方では我が使者を留めて還さなかった。ゆえに卿らをして、此のたびの遠征を行わせることとした。朕が漢人から言を聞いたところ『人の家国を取るのは、百姓と土地を得たいがためである』と。もし、日本の百姓を尽く殺せば、いたずらに土地を得ても、日本の土地は何に用い得ようか。また、もう一つ朕が実に憂えていることがある。それは、卿らが仲良く協力しないことのみを恐れているのだ。仮にもし彼の国人が卿らのもとに至って、卿らと協議することがあるならば、まさに心を合わせ考えをそろえて、回答が一つの口から出るように答えるようにせよ」
1281年（弘安4年・至元18年）、弘安の役の一月前に元軍の再来を予知した南宋からの渡来僧・無学祖元は、北条時宗に「莫煩悩」（煩い悩む莫（な）かれ）と書を与え、さらに「驀直去」（まくじきにされ）と伝え、「驀直」（ばくちょく）に前へ向かい、回顧するなかれと伝えた。これはのち「驀直前進」（ばくちょくぜんしん）という故事成語になった。無学祖元によれば、時宗は禅の大悟によって精神を支えたといわれる。なお無学祖元はまだ南宋温州の能仁寺にいた頃の1275年に元軍が同地に侵入し包囲されるが、「臨刃偈」（りんじんげ）を詠み、元軍も黙って去ったと伝わる。
元寇 弘安の役
1281年（弘安4年・至元18年）、元・高麗軍を主力とした東路軍約40,000～56,989人・軍船900艘と旧南宋軍を主力とした江南軍約100,000人および江南軍水夫（人数不詳）・軍船3,500艘、3軍の合計、約140,000～156,989人および江南軍水夫（人数不詳）・軍船4,400艘の軍が日本に向けて出航した。日本へ派遣された艦隊は史上例をみない世界史上最大規模の艦隊であった。
なお、『元史』阿剌罕伝によると、モンゴル人を主力とした蒙古軍約400,000人が動員されたとしている。
元の官吏・王惲は、この日本侵攻軍の威勢を「隋・唐以来、出師の盛なること、未だこれを見ざるなり」 とその記事『汎海小録』の中で評している。
また、高麗人の定慧寺の禅僧・冲止は、東路軍の威容を前にして以下のような漢詩を詠み、クビライと東路軍を讃えた。
元寇 弘安の役
「皇帝（クビライ）が天下を統御するに、功績は堯（中国神話の君主）を超えた。徳は寛大で断折を包容し、広い恩沢は隅々にまで及んだ。車は千途の轍と共にし、書は天下の文章と共にした。ただ醜い島夷（日本）だけが残り、鼎魚のように群れをなして生きていた。ただ大海を隔てていることを頼りにして、（元と）領域を分けることを図った。日本は苞茅（朝貢）にかつて入ったことがなく、班瑞（朝貢）もまた聞いたことがない。そこで帝がこれに怒って、時に我が君（忠烈王）に命じた。千隻の龍鵲（軍艦か）の船と10万の勇敢な軍兵で扶桑（日本）の野において罪を問い、合浦の水辺で軍を興した。鼓声が大海に鳴り響き、旗は長い雲を揺さぶった」
さらに、冲止は元軍の戦勝と戦勝後の天下太平の世を想像し、以下のように詠んでいる。
「元軍は一瞬のうちに日本軍の軍営を打ち破り、勝報は朝夕のうちに伝わるだろう。玉帛で修貢を争い、戦争で紛争を解決する。元帥は宝玉と酒器を賜わり、兵卒は田畑へ帰れるだろう。三尺の快剣は剣箱に、百斤の良弓は弓嚢に。四方に歌声が響き、世相の音楽に満ち溢れる。辺境の警備で、戦争を告げる狼煙が収まり、辺方に風塵（騒乱）の気が絶たれるのだ。聖なる天子（クビライ）を拝見し、万歳まで南薫太平歌を奏でよう」
元寇 弘安の役
また、江南軍について、弘安の役の後にクビライの重臣・劉宣は「南方の新附の旧軍（江南軍）は、十余年の間に老い病んで逃亡し出征で傷つき、それまでの精鋭軍は海東の日本で敗北し、（弘安の役の後に）新たに招集された軍兵はみな武芸や戦争に慣れていないものばかり、これでは敵（日本）を制圧しようとしてもきっと失敗に帰すだろう」 と述べており、弘安の役の江南軍については精鋭軍という元側の認識があり、これを失ったために新たな軍勢で日本征服するのは難しいと述べている。
東路軍と江南軍は6月15日までに壱岐島で合流し両軍で大宰府を攻める計画を立てていた。
まず先に東路軍が出発した。
広橋兼仲の日記『勘仲記』（6月14日条）によると、東路軍の軍船と思われる軍船300が山陽道の長門の浦に来着したことが大宰府からの飛脚によって京都に伝えられたことを記載している。また、壬生顕衡の日記『弘安四年日記抄』（6月15日条）にも「異國賊船襲来長門」 とあり、長門に元軍が現れたことが確認できるが、長門襲来の実態に関しては史料が少なく不明な点が多い。
元寇 弘安の役
東路軍は捕えた対馬の島人から、大宰府の西六十里の地点にいた日本軍が東路軍の襲来に備えて移動したという情報を得た。東路軍は移動した日本軍の間隙を衝いて上陸し、一気に大宰府を占領する計画を立てると共に、直接クビライに伺いを立てて、軍事のことは東路軍諸将自らが判断して実行するよう軍事作戦の了承を得た。こうして当初の計画とは異なり、江南軍を待たずに東路軍単独で手薄とされる大宰府西方面からの上陸を開始することに決定した。
対馬・壱岐を占領した東路軍は博多湾に現れ、博多湾岸から北九州へ上陸を行おうとした。しかし日本側はすでに防衛体制を整えて博多湾岸に約20kmにも及ぶ石築地（元寇防塁）を築いており、東路軍は博多湾岸からの上陸を断念した。日本軍の中には伊予の御家人・河野通有など、武勇を示すために石築地を背に陣を張って東路軍を迎え撃った者さえもいた。後に河野通有は「河野の後築地（うしろついじ）」と呼ばれ称賛された。
この石築地は、最も頑強な部分で高さ3m、幅2m以上ともされており、日本側が守備する内陸方面からは騎乗しながら駆け上がれるように土を盛っており、元軍側の浜辺方面には乱杭（らんぐい）や逆茂木（さかもぎ）などの上陸妨害物を設置していた。『予章記』によれば、海上から見た博多湾は「危峰の江に臨むが如し」 外観であったという。
元寇 弘安の役
東路軍の管軍上百戸・張成の墓碑によると、この日の夜半、日本軍の一部の武士たちが東路軍の軍船に夜襲を行い、張成らは軍船から応戦した。やがて夜が明けると日本軍は引き揚げていった。
海の中道を通って陸路から東路軍に攻めいった日本軍に対して、張成らは弩兵を率いて軍船から降りて応戦。志賀島の東路軍は日本軍に300人ほどの損害を与えたが、日本軍の攻勢に抗しきれず潰走する。東路軍の司令官で東征都元帥の洪茶丘は馬を捨てて敗走していたが、日本軍の追撃を受け危うく討ち死にする寸前まで追い込まれた。しかし、管軍万戸の王某の軍勢が洪茶丘を追撃していた日本軍の側面に攻撃を仕掛け、日本兵を50人ほど討ち取ったため追撃していた日本軍は退き、洪茶丘は僅かに逃れることができたという。
海路から東路軍を攻撃した伊予の御家人・河野通有は元兵の石弓によって負傷しながらも太刀を持って元軍船に斬り込み、元軍将校を生け捕るという手柄を立てた。また、海上からの攻撃には肥後の御家人・竹崎季長 や肥前御家人の福田兼重・福田兼光父子らも参加し活躍した。
この志賀島の戦いで大敗した東路軍は志賀島を放棄して壱岐島へと後退し、江南軍の到着を待つことにした。
元寇 弘安の役
ところが壱岐島の東路軍は連戦の戦況不利に加えて、江南軍が壱岐島で合流する期限である6月15日を過ぎても現れず、さらに東路軍内で疫病が蔓延して3,000余人もの死者を出すなどして進退極まった。
高麗国王・忠烈王に仕えた密直・郭預は、この時の東路軍の様子を「暑さと不潔な空気が人々を燻（いぶ）し、海上を満たした（元兵の）屍は怨恨の塊と化す」 と漢詩に詠んでいる。
この時の高麗軍司令官の征日本軍万戸・金周鼎の墓碑『金周鼎墓誌銘』によると、東路軍内では、互いに助け合うこともできないほど疲弊していたが、その中で金周鼎は病人を率先して保護したという。また、『金方慶墓誌銘』によれば、疫病が蔓延し、東路軍はこれ以上の日本軍との連戦を続行するのは難しい状況であったという。東路軍の中では、撤退すべきとの声も上がった。
このような状況に至り、戦況の不利を悟った東路軍司令官である東征都元帥・ヒンドゥ（忻都）、洪茶丘らは撤退の是非について征日本都元帥・金方慶と以下のように何度か議論した。
ヒンドゥ、洪茶丘「皇帝（クビライ）の命令では『江南軍をして、東路軍と必ず6月15日までに壱岐島に合流させよ』とおっしゃった。未だに江南軍は壱岐島に到着していない。我が軍（東路軍）は、先に日本に到着して数戦し、船は腐れ兵糧は尽きた。このような事態に到って、いったいどうしたものだ」
元寇 弘安の役
この時、金方慶は黙ったまま反論しなかった。10日余り後、同じような議論が繰り返された時、今度は以下のように反論した。
金方慶「皇帝の命令を奉じて、3か月の兵糧を用意した。今、後1か月の兵糧が尚ある。江南軍が来るのを待って、両軍合わせて攻めれば、必ず日本軍を滅ぼすことができるだろう」
ヒンドゥ（忻都）、洪茶丘は敢えて反論せず、江南軍を待ってから反撃に出るという金方慶の主張が通った。
江南軍の作戦計画
一方、江南軍は、当初の作戦計画と異なって東路軍が待つ壱岐島を目指さず、平戸島を目指した。江南軍が平戸島を目指した理由は、嵐で元朝領内に遭難した日本の船の船頭に地図を描かせたところ、平戸島が大宰府に近く周囲が海で囲まれ、軍船を停泊させるのに便利であり、かつ日本軍が防備を固めておらず、ここから東路軍と合流して大宰府目指して攻め込むと有利という情報を得ていたためである。
江南軍の出航
6月中旬頃、元軍総司令官の日本行省左丞相・アラカン（阿剌罕）と同右丞・范文虎、同左丞・李庭率いる江南軍は、総司令官のアラカン（阿剌罕）が病気のため総司令官をアタカイ（阿塔海）に交代したこともあり、東路軍より遅れて慶元（明州）・定海等から出航した。
総司令官のアタカイ（阿塔海）は乗船し渡航した気配がないため、実質の江南軍総司令官は右丞・范文虎であったとみられる。江南軍の先鋒部隊は寿春副万戸・呉安民が務めた。
元寇 弘安の役
江南軍の航路については、直接、江南地方から平戸島に向かった部隊とは別に、江南地方から出航後、邢タルグタイ（邢答剌忽台）の部隊のように朝鮮半島西南の済州島を経て平戸島に向かった部隊もあった。
江南軍の出航時期について
江南軍の正確な出航時期は不明。唯一確認できるのは管軍万戸・ギラダイ（吉剌歹）率いる軍船が6月18日に出航したことが分かるのみである。ギラダイ（吉剌歹）率いる軍船が6月18日に江南軍全軍と共に出航したかは明らかではない。
江南軍の先遣部隊
先立って江南軍は、東路軍に向けて平戸島沖での合流を促す先遣隊を派遣し、壱岐島で先遣隊が東路軍と合流した。
江南軍の先遣隊かは不明であるが、広橋兼仲の日記『勘仲記』（6月24日条）によると対馬に宋朝船（南宋型の船）300余艘が現れたことが伝聞として記載されている。また、壬生顕衡の日記『弘安四年日記抄』（6月27日条）にも「異國又襲来」とあり、詳細は不明ながら元軍と日本軍との間で合戦があったという早馬による報告があったことが記されている。
江南軍の平戸島・鷹島到着
6月下旬、慶元（明州）・定海等から出航した江南軍主力は7昼夜かけて平戸島と鷹島に到着した。
平戸島に上陸した都元帥・張禧率いる4,000人の軍勢は塁を築き陣地を構築して日本軍の襲来に備えると共に、艦船を風浪に備えて五十歩の間隔で平戸島周辺に停泊させた。
元寇 弘安の役
この戦闘で薩摩の御家人・島津長久や比志島時範、松浦党の肥前の御家人・山代栄や舩原三郎らが奮戦し活躍した。山代栄はこの時の活躍により、肥前守護・北条時定から書下を与えられている。
龍造寺家清率いる龍造寺氏は、一門の龍造寺季時が戦死するなど損害を被りながらも、瀬戸浦の戦いにおいて奮戦。龍造寺家清は、その功績により肥前守護・北条時定から書下を与えられた。一方、東路軍の管軍上百戸・張成を称える墓碑文にも6月29日と7月2日に壱岐島に日本軍が攻め寄せ、張成ら東路軍が奮戦した様子が記されている。
壱岐島の戦いの結果、東路軍は日本軍の攻勢による苦戦と江南軍が平戸島に到着した知らせに接したことにより壱岐島を放棄して、江南軍と合流するため平戸島に向けて移動した。一方、日本軍はこの壱岐島の戦いで東路軍を壱岐島から駆逐したものの、前の鎮西奉行・少弐資能が負傷し（資能はこの時の傷がもとで後に死去）、少弐経資の息子・少弐資時が壱岐島前の海上において戦死するなどの損害を出している。
京都の官務・壬生顕衡の日記『弘安四年日記抄』（7月12日条）によると、壱岐島の戦いにより（元軍が壱岐島を放棄したため）元軍が退散し撤退したという風聞が日本側にあったことが確認できる。
元寇 弘安の役
壱岐島の戦いにより元軍が撤退したという風聞に接していた京都の官務・壬生顕衡は、その日記『弘安四年日記抄』で、元軍が平戸島方面から再度襲来したという飛脚の情報に接して「怖畏無きに非ざるか、返す返すも驚き」 と恐怖と驚きの念をもって日記を記している。
この鷹島沖海戦については日本側に史料は残っておらず、戦闘の詳細については詳らかではない。元軍はこれまでの戦闘により招討使・クトカス（忽都哈思）が戦死するなどの損害を出していた。そのためか、元軍は合流して計画通り大宰府目指して進撃しようとしていたものの、九州本土への上陸を開始することを躊躇して鷹島で進軍を停止した。また『張氏墓誌銘』によると、鷹島は潮の満ち引きが激しく軍船が進むことができない状況だったという。鷹島に留まった元軍は、鷹島に駐兵して土城を築くなどして塁を築いて日本軍の鷹島上陸に備えた。また、元軍艦船隊は船を縛って砦と成し、これを池州総把・マハマド（馬馬）に守備させた。
一方、日本側は六波羅探題から派遣された後の引付衆・宇都宮貞綱率いる60,000余騎ともいわれる大軍が北九州の戦場に向けて進撃中であった。なお、この軍勢の先陣が中国地方の長府に到着した頃には、元軍は壊滅していたため戦闘には間に合わなかった。
元寇 弘安の役
さらに幕府は、同年6月28日には九州および中国地方の因幡、伯耆、出雲、石見の4か国における、幕府の権限の直接及ばない荘園領主が治める荘園の年貢を兵粮米として徴収することを朝廷に申し入れ、さらなる戦時動員体制を敷いた。
東路軍が日本を目指して出航してから約3か月、博多湾に侵入して戦闘が始まってから約2か月後のことであった。なお、北九州に上陸する台風は平年3.2回ほどであり、約3か月もの間、海上に停滞していた元軍にとっては、偶発的な台風ではなかった。
元軍の損害状況
『張氏墓誌銘』によれば、台風により荒れた波の様子は「山の如し」であったといい、軍船同士が激突して沈み、元兵は叫びながら溺死する者が無数であったという。また、元朝の文人・周密の『癸辛雑識』によると、元軍の軍船は、台風により艦船同士が衝突し砕け、約4,000隻の軍船のうち残存艦船は200隻であったという。
ただし、後述のように、江淮戦艦数百艘や諸将によっては台風の被害を免れており、また、東路軍の高麗船900艘の台風による損害も軽微であったことから『癸辛雑識』の残存艦船200隻というのは誇張である可能性もある。
元軍諸将等の状況
『元史』等の史料には台風を受けた元軍の将校たちの様子が以下のように記されている。
元寇 弘安の役
江南軍の日本行省左丞・李庭は台風により自身の乗船する軍船が沈没し、壊れた船体の破片に掴まりながらも、岸に辿り着いた。江南軍の1千余人の兵を率いた管軍総管・楚鼎も船が壊れ、三昼夜漂流した末に江南軍総司令官の右丞・范文虎と合流している。
池州総把・マハマド（馬馬）の妻・張氏は、モンゴル軍の通例として夫に従軍していたが、台風の際、マハマド（馬馬）が軍務に服している中、一人船中にあって夫の総把印を守り、決して逃げ出さず、船が壊れることになって、折れたマストにしがみついて岸に達することができたという。
将校の中には実際に溺死した者もいた。大元に人質に出されていた高麗国王・高宗の息子の王綧の子で東路軍の左副都元帥・アラテムル（阿剌帖木児）は台風を受けて溺死している。
また、『金周鼎墓誌銘』によると、東路軍の征日本軍万戸・金周鼎は、漂流する兵ら400人余りを救助するなどしたため、兵らは益々、金周鼎の下に附して帰還したという。
江南軍における被害を免れた部隊
范文虎や李庭率いる軍船が大損害を被ったのとは対照的に、一方で台風の被害を受けなかった部隊もあった。
元寇 弘安の役
平戸島に在陣していた江南軍の都元帥・張禧の軍勢は、艦船同士距離を空けて停泊させるなど風浪対策を施していたため、被害を受けなかった。また、『元史』嚢加歹伝によると江南軍の都元帥・ナンギャダイ（嚢加歹）率いる戦艦群は、「未だ至らずして帰った」とだけあり台風の被害は確認されない。東路軍の管軍万戸・イェスデル（也速䚟児）率いる江淮戦艦数百艘も台風の被害を受けず、後に全軍撤退した。イェスデル（也速䚟児）は、その功績により帰還後、クビライから恩賞を与えられている。
このように諸将によって台風の被害が異なることから、約4,400艘の大船団は平戸島・鷹島周辺だけでなく、海域広く散開していたものと思われる。
東路軍の損害状況
東路軍も台風により損害を受けたが、江南軍に比べると損害は軽微であった。
元寇 弘安の役
その理由を弘安の役から11年後の第三次日本侵攻の是非に関する評議の際、中書省右丞の丁なる者が、クビライに対して「江南の戦船は大きな船はとても大きいものの、（台風により）接触すればすぐに壊れた。これは（第二次日本侵攻の）利を失する所以である。高麗をして船を造らせて、再び日本に遠征し、日本を取ることがよろしい」 と発言しており、高麗で造船された軍船に比べて、江南船は脆弱であったとしている。また、元朝の官吏・王惲もまた「唯だ句麗（高麗）の船は堅く全きを得、遂に師（軍）を西還す」 と述べており、高麗船が頑丈だったことが分かる。それを裏付けるように、捕虜、戦死、病死、溺死を除く高麗兵と東路軍水夫の生還者は7割を超えていた。
なお、考古学においても、多くの元軍船が沈んだ鷹島沖海底で見つかっている陶磁器などの元軍の遺物は、ほとんどが江南地方で作られていたことが判明しており、高麗産の遺物は発見されておらず、高麗船が頑丈だったとする諸史料を裏付けている。
張禧「士卒の溺死する者は半ばに及んでいます。死を免れた者は、皆壮士ばかりです。もはや、士卒たちは帰還できるという心境にはないでしょう。それに乗じて、食糧は敵から奪いながら、もって進んで戦いましょう」
范文虎「帰朝した際に罪に問われた時は、私がこれに当たる。公（張禧）は私と共に罪に問われることはあるまい」
元寇 弘安の役
このような議論の末、結局は范文虎の主張が通り、元軍は撤退することになったという。張禧は軍船を失っていた范文虎に頑丈な船を与えて撤退させることにした。その他の諸将も頑丈な船から兵卒を無理矢理降ろして乗りこむと、鷹島の西の浦より兵卒10余万を見捨てて逃亡した。平戸島に在陣する張禧は軍船から軍馬70頭を降ろして、これを平戸島に棄てるとその軍勢4,000人を軍船に収容して帰還した。帰朝後、范文虎等は敗戦により罰せられたが、張禧は部下の将兵を見捨てなかったことから罰せられることはなかった。
この時の元軍諸将の逃亡の様子を『蒙古襲来絵詞』の閏7月5日の記事の肥前国御家人・某の言葉の中に「鷹島の西の浦より、（台風で）破れ残った船に賊徒が数多混み乗っているのを払い除けて、然るべき者（諸将）どもと思われる者を乗せて、早や逃げ帰った」 とある。
なお、元軍のうち、宋王朝の皇室の子孫 で夫の楊将軍の日本侵攻に従軍していた趙時妙の墓碑によると、趙時妙は台風により夫と離れ離れとなった。そのため、趙時妙は東西不明となり船で彷徨っていたが、目前に青い鳥が現れ、前を導いたため、これについていくと、7日を経て東呉（江南地方）に至り帰還できたという。
元寇 弘安の役
午後6時頃、御厨（みくりや）海上において肥後の御家人・竹崎季長らが元軍の軍船に攻撃を仕掛け、筑後の地頭・香西度景らは元軍の軍船3艘の内の大船1艘を追い掛け乗り移って元兵の首を挙げ、香西度景の舎弟・香西広度は元兵との格闘の末に元兵と共に海中に没した。また、肥前の御家人で黒尾社大宮司・藤原資門も御厨の千崎において元軍の軍船に乗り移って、負傷しながらも元兵一人を生け捕り、元兵一人の首を取るなどして奮戦した。
日本軍は、この御厨海上合戦で元軍の軍船を伊万里湾からほぼ一掃した。
元寇 弘安の役
弘安4年閏7月5日の「御厨海上合戦」については、長く伊万里湾合戦＝肥前国鷹島合戦とされてきて、疑われることがなかった。しかし竹崎季長ら博多湾岸にいた武士は、閏7月5日払暁＝夜明けに関東御使合田遠俊・安東重綱らと軍議し、その昼に博多湾・生の松原を行進し、船に乗った。合戦は閏7月5日酉の刻（夕方6時）で、肥後・筑前・薩摩国御家人らが戦った。そして翌6日払暁＝夜明けに季長らは御使合田の仮館にて合戦の成果を報告した。生の松原から伊万里湾までの140キロ以上をわずか1日で船で往復して、合戦することはあり得ない。博多湾上に浮かぶ能古島も志賀島も御厨（権門に海産物を貢上する庄園）であったから、合戦場である「御厨海上」とは博多湾を指し、攻撃目標は5月下旬以来、志賀島を拠点としていた東路軍（高麗・旧北宋軍・蒙古軍）となる。伊万里湾・鷹島で合戦が行われたのは２日後の閏7月7日で、肥前国・豊後国・薩摩国（一部）らの御家人が鷹島を拠点としていた江南軍（旧南宋軍）と戦い、勝利した。一部の連絡隊を除けば、東路軍が志賀島を放棄して、鷹島に向かったことはなく、志賀島を対大宰府の重要拠点として死守しながら、江南軍の到着を待ち続けていた。
元寇 弘安の役
御厨海上合戦で元軍の軍船をほぼ殲滅した日本軍は、次に鷹島に籠る元軍10余万と鷹島に残る元軍の軍船の殲滅を目指した。一方、台風の後、鷹島には日本軍の襲来に備えて塁を築いて防備を固めた元軍の兵士10余万が籠っていたが、 台風の襲来で既に大損害を被っていたため諸将らは、軍議を開き最終的に撤退に決する。諸将は損傷していない船から兵卒を無理矢理下ろすと、乗船して兵卒を見捨て本国へと逃走した。その後鷹島では管軍百戸の張なる者を指揮官として、張総官と称してその命に従い、木を伐って船を建造して撤退することにした。
文永の役でも活躍した豊後の御家人・都甲惟親（とごう これちか）・都甲惟遠父子らの手勢は鷹島の東浜から上陸し、東浜で元軍と戦闘状態に入り奮戦した。上陸した日本軍と元軍とで鷹島の舩原(ふなばる)中川原でも戦闘があり、肥前の御家人で黒尾社大宮司・藤原資門は戦傷を受けながらも、元兵を2人生け捕るなどした。また、鷹島陸上の戦闘では、西牟田永家や薩摩の御家人・島津長久、比志島時範らも奮戦し活躍した。
一方、海上でも残存する元軍の軍船と日本軍とで戦闘があり、肥前の御家人・福田兼重らが元軍の軍船を焼き払った。
元寇 弘安の役
これら福田兼重・都甲惟親父子ら日本軍による鷹島総攻撃により10余万の元軍は壊滅し、日本軍は20,000〜30,000人の元の兵士を捕虜とした。現在においても鷹島掃討戦の激しさを物語るものとして、鷹島には首除（くびのき）、首崎、血崎、血浦、刀の元、胴代、死浦、地獄谷、遠矢の原、前生死岩、後生死岩、供養の元、伊野利（祈り）の浜などの地名が代々伝わっている。
高麗国王・忠烈王に仕えた密直・郭預は、鷹島掃討戦後の情景を「悲しいかな、10万の江南人。孤島（鷹島）に拠って赤身で立ちつくす。今や（鷹島掃討戦で死んだ）怨恨の骸骨は山ほどに高く、夜を徹して天に向かって死んだ魂が泣く」 と漢詩に詠んでいる。一方で郭預は、兵卒を見捨てた将校については「当時の将軍がもし生きて帰るなら、これを思えば、憂鬱が増すことを無くすことはできないだろう」 とし、いにしえの楚の項羽が漢の劉邦に敗戦した際、帰還することを恥じて烏江で自害したことを例に「悲壮かな、万古の英雄（項羽）は鳥江にて、また東方に帰還することを恥じて功業を捨つ」 と詠み、項羽と比較して逃げ帰った将校らを非難している。
元寇 弘安の役
『元史』によると、「10万の衆（鷹島に置き去りにされた兵士）、還ることの得る者、三人のみ」とあり、後に元に帰還できた者は、捕虜となっていた旧南宋人の兵卒・于閶と莫青、呉万五の3人のみであったという。他方、『高麗史』では、鷹島に取り残された江南軍の管軍把総・沈聡ら十一人が高麗に逃げ帰っていることが確認できる。
南宋遺臣の鄭思肖は、日本に向けて出航した元軍が鷹島の戦いで壊滅するまでの様子を以下のように詠んでいる。
「辛巳6月の半ば、元賊は四明より海に出る。大舩7千隻、7月半ば頃、倭国の白骨山（鷹島）に至る。土城を築き、駐兵して対塁する。晦日（30日）に大風雨がおこり、雹の大きさは拳の如し。舩は大浪のために掀播し、沈壊してしまう。韃（蒙古）軍は半ば海に没し、舩はわずか400餘隻のみ廻る。20万人は白骨山の上に置き去りにされ、海を渡って帰る舩がなく、倭人のためにことごとく殺される。山の上に素より居る人なく、ただ巨蛇が多いのみ。伝えるところによれば、唐の東征軍士はみなこの山に隕命したという。ゆえに白骨山という。または枯髏山ともいう」
戦闘はこの鷹島掃討戦をもって終了し、弘安の役は日本軍の勝利で幕を閉じた。
元寇 弘安の役
『元史』によると、日本軍はモンゴル人と高麗人、および漢人の捕虜は殺害したが、交流のあった旧南宋人の捕虜は命を助け、奴隷としたという。他方、『高麗史』では命を助けられた捕虜は、工匠および農事に知識のある者となっている。この時に処刑された者や奴隷とされた者の他に、すぐには処分の沙汰を下されず、各々に預けられた捕虜も多数おり、捕虜の処分はその後も継続して行われた。幕府は捕虜が逃げ出さないように、昼夜問わず往来の船の監視を御家人に命じている。なお、近年、大阪府和泉市内の寺所蔵の『大般若波羅蜜多経』経典の修正に弘安の役で投降した捕虜が弘安9年（1286年）4月上旬に携わっていたことがわかった
。
同書によると「大唐国江西路瑞州軍人何三於」とあり、修正に携わっていたのは江南軍に所属していた旧南宋軍人であった。
また、九州からの使者により戦勝の報が京都にも続々と伝わり、京都の官務・壬生顕衡の日記『弘安四年日記抄』（閏7月12日条）には、台風により元軍が崩壊し元兵2,000人が降伏したこと、その2日後の公家・広橋兼仲の日記『勘仲記』（閏7月14日条）には台風を受けて元軍船の多くが漂没し、元兵の誅戮ならびに捕虜が数千人に及んだこと、さらにその7日後の『弘安四年日記抄』（閏7月21日条）には残留していた元軍の殲滅が完了したことが記載されている。
この戦いによって元軍の海軍戦力の2/3以上が失われ、残った軍船も、相当数が破損された。
マルコ・ポーロの『東方見聞録』には以下のようにマルコ・ポーロが伝聞として聞いた弘安の役に関する荒唐無稽な記述がある。
「…さて、クビライ・カアンはこの島の豊かさを聞かされてこれを征服しようと思い、二人の将軍に多数の船と騎兵と歩兵をつけて派遣した。将軍の一人はアバタン（アラカン（阿剌罕））、もう一人はジョンサインチン（ファン・ウェン・フー、范文虎）といい、二人とも賢く勇敢であった。彼らはサルコン（泉州）とキンセー（杭州）の港から大洋に乗り出し、長い航海の末にこの島に至った。上陸するとすぐに平野と村落を占領したが、城や町は奪うことができなかった。さて、そこで不幸が彼らを襲う。凄まじい北風が吹いてこの島を荒らし回ったのである。島にはほとんど港というものがなく、風は極めて強かったので、大カアンの船団はひとたまりもなかった。彼らはこのまま留まれば船がすべて失われてしまうと考え、島を離れた。しかし、少しばかり戻ったところに小島（鷹島）があり、船団はいやおうもなくこの小島にぶつかって破壊されてしまった。軍隊の大部分は滅び、わずかに3万人ほどが生き残ってこの小島に難を避けた。彼らには食糧も援軍もなく、もはや命はないものと諦めざるをえなかった。というのも、何艘かの船がいちはやく彼らの国に帰ったのだが、いっこうに戻って来る気配がなかったからである。実は司令官である二人の将軍が互いに憎み合い、そねみ合っていたのである。一人の将軍は嵐を逃れたのだが、小島に残された同僚の将軍の救援には赴こうとしなかった。大風は長く続かなかったので、吹き止んでしまえば戻ることは十分可能だったにもかかわらず、彼は戻ろうとせず、自分の国に帰ってしまった。大カアンの軍隊が残されたこの小島には人の住めるようなところではなく、彼ら以外に生き物の姿はなかった。さて、逃げ帰った者たちと小島に残された者たちがどうなったか、次にお話してみよう。
さて、すでに申し上げたように、小島に残された3万の兵士たちはどのようにして脱出してよいかわからず、もはや命はないものと諦めざるをえなかった。ジパング（日本）の王は、敵の一部が運命に見放されて小島に残され、他はちりぢりに逃げ去ったと聞くとおおいに喜び、ジパング中の船をこぞって小島に赴くと四方八方から攻め寄せた。タタール人（モンゴル人）たちは、戦いに慣れていないジパングの人々が船に警戒の兵を残さず、みな上陸してしまったのを見た。思慮に富んだタタール人たちは一気に動き出し、逃げると見せかけて敵の船に殺到すると、すぐさま乗り込んでしまった。船を守る兵がいなかったので極めて容易なことであった。さて、タタール人たちは船を奪うと、すぐさま本島に向けて出立した。彼らは上陸し、ジパング王の旗をなびかせて進んだ。首都を守る人々はこれに気付かず、てっきり味方が帰って来たのだと思って中に入れてしまった。それでタタール人たちは入城し、すぐさま城郭を占領し、住民たちをすべて外に追い払ったのである。もちろん美しい女たちだけは手元に留めた。さて、大カアンの軍隊はこうして首都を占領したのであったが、これを知ったジパングの王と軍隊とは大いに悲しみ、残された何艘かの船に乗って本島に戻ると、兵を集めて首都を囲んだ。一人として出ることも入ることもできなかった。中に籠もったタタール人たちは7か月の間持ちこたえた。その間、ことの次第をいかに大カアンに知らせるか、夜となく昼となく努めたのだが、結局、知らせることはできなかった。もはや持ちこたえられなくなって、命を助けるかわりに一生ジパングの島から出ないという条件で降伏した。これは1268年に起こったことである（文永の役は1274年、弘安の役は1281年）。大カアンは逃げ帰った将軍の首を刎（は）ねた。もう一方の将軍に対しても、武人にあるまじき振る舞いとして、処刑の命令を出した。
さて、私は今一つ、次のような驚異についてお話しするのを忘れるところであった。それは、戦いの初め、大カアンの軍隊がジパングに上陸して平野を占領した時のことであった。一つの塔を落とすと、中にいた人々は降伏を肯じなかったので、その首を刎ねたのであったが、どうしても八人だけは首を切り落とすことができなかった。その八人は、うまく隠れて外からは見えなかったが、腕の肉と皮膚の間に石を埋め込んでいた。その石には魔術が施れ、決して刃物では殺されぬという効能を帯びる。これを聞いたタタール人の将軍たちはその八人を棒で殴り殺し、その死骸から石を取り出すと大事にしまったのであった」
元寇 以後の動向
元軍に大勝した鎌倉幕府は、直ちに高麗出兵計画を発表した 。
『東大寺文書』によると、幕府は少弐経資か大友頼泰を大将軍として、三ヵ国の御家人を主力に大和・山城の諸寺の悪徒（僧兵）をも動員して高麗への出兵を計画した。しかし第二次高麗出兵計画は突然中止となった。詳細は不明ながら、御家人の困窮などの理由により実行されなかったともいわれる。
一方、クビライも日本の反撃を警戒し、高麗の金州等に鎮辺万戸府を設置し日本軍の襲来に備えた。
第二次侵攻（弘安の役）で敗北した元は、翌年の1282年（弘安5年・至元19年）1月に一旦は日本侵攻の司令部・日本行省を廃止したものの、クビライは日本侵攻を諦めきれず再度日本侵攻を計画した。
同年9月、第二次日本侵攻（弘安の役）で大半の軍船を失っていた元は、平灤、高麗、耽羅、揚州、隆興、泉州において新たに大小3,000艘の軍船の建造を開始した。しかし、こうした大造船事業は大量の木材を必要としたため、平灤では山は禿山となり、寺や墳墓からも木を伐採しなければならない状況であったという。また、平灤の五台山造寺や南城の新寺の建立も造船に木材を集中させるために中止となった。このような軍船の不足から、民間から商船を徴発し、日本侵攻用の軍船へと転用した。
元寇 以後の動向
1283年（弘安6年・至元20年）1月、日本侵攻の司令部・日本行省を再設置。アタカイ（阿塔海）を日本行省丞相に任命して日本再侵攻の総司令官として、チェリク・テムル（徹里帖木児）を右丞、劉国傑を左丞に任命し、兵を募り造船の指揮を執らせ日本侵攻を急いだ。この出兵計画には、兵員の不足から、重犯罪者の囚人部隊も動員する計画であったという。また、第二次日本侵攻（弘安の役）で軍船の大量喪失とともに多くの海事技術者も失ったため、海事技術者の養成が急務となっていた。そのため、アタカイ（阿塔海）は都元帥・張林、招討使・張瑄、管軍総管・朱清など軍官に水練を行うよう命じて出征に備えさせた。また、右丞・チェリク・テムル（徹里帖木児）と管軍万戸35人が中心となって水練を施した兵士の中には蒙古軍2,000人や深馬赤軍10,000人などの元朝精鋭部隊も含まれ、そのうち500人には水練の他に海上戦闘での訓練を施している。日本侵攻は江南地方から徴発した軍勢を主力に、この年の8月に実行することが予定された。
一方、日本側はこうした元側の動向を察知し、元朝領内の造船を担った江南地方に間者を送り込み、情報収集に努めていた。江南地方で日本側の間者が捕らえられたことが元側の史料『元史』において確認できる。
元寇 以後の動向
このような急激な日本侵攻準備は、元に大きな負担をもたらすものであった。日本侵攻用の軍船の造船を担った江南地方では盗賊が蜂起し、元は軍隊を派遣するなどして鎮圧に苦心した。また、江南地方の盗賊の続発は、元朝領内の遠近を問わず広がりをみせ、騒然としたという。このような状況の中でクビライに日本侵攻計画を中止、あるいは延期するよう諫言する者も現れた。『元史』崔彧伝には、日本侵攻計画の延期を訴えた御史中丞・崔彧とクビライとの間で以下のようなやりとりがあったとされる。
崔彧「江南地方で相次いで盗賊が起こっています。およそ200余所においてです。皆、かつては水手として拘束され、海船を造り、人民の生活は安んずることができなかったため、激情して盗賊として変を為しています。日本の役は暫く止めるべきです。また、江南地方四省の軍需は、民力を量って、土地の産物が無い所の者には労働を強いるべきではありません。およそ労働に対して物価を給して民に与えるのは、必ず実をもってしなければなりません。水手を召募するのは、その労働を欲する土地に従わなければならないのです。そして、民の気力がやや回復して、我が力がほぼ備わるのをうかがい、2、3年後に東征（日本侵攻）しても未だ遅くはないでしょう」
崔彧の諫言を退けて、クビライは次のように言った。
元寇 以後の動向
クビライ「汝の言う所は弓を射るようなものだ。弓を引く姿は見るに堪えるが、矢を発すれば見るに堪えぬ」
淮西宣慰使・アンギル（昂吉児）もまた、民が疲弊していることを上奏して、クビライに日本侵攻を取り止めるよう諫言した。これらの諫言を退けたクビライであったが、考えを改めて同年5月には日本侵攻計画を一旦取り止めた。高麗は侵攻計画が中止となったことを受けると、造船、徴兵を停止させた。
一旦白紙となった当初の出兵予定の1283年（弘安6年・至元20年）8月の頃、再び出兵計画が持ち上がった。
このように元の国内情勢やチャンパ王国との敵対関係による不安定化のため、同年5月、クビライは日本行省を廃止し、再び日本侵攻計画を中止した。
この間、日本側は明年（1284年）春に元の大軍が襲来するという情報を得て、九州の各守護に用心するよう厳命していた。
クビライは第三次日本侵攻計画（1283年〜）を推進する一方で、九回目となる使節団を日本に派遣する。
なお、王君治らが託されたクビライの国書の内容は次の通りであった。
元寇 以後の動向
「天命を受けた皇帝（クビライ）が命を発して日本国王に諭す。むかし、彼国（日本）はよく遣使し、参内して天子に拝謁した。これに対して、朕もまた使を遣わしてこれに相報いた。すでに互いに約束を交わしており、汝の心にそれを置き忘れてはいないであろう。この頃、彼国は我が信使を執って返さなかったため、朕は舟師を発して咎めさせた。いにしえは兵を交わして、使者はその間を往来する。彼国は一語も交わさずして、固く我が軍を拒む。よって彼国はすでに敵国となり、さらに遣使するべき理ではないが、ここに補陀禅寺の長老・如智らが陳奏し『もしまた軍を興して討伐すれば、多くの生霊が被害を受ける。彼国の中にも仏教文学の感化があり、大小強弱の理を知っているはずだ。臣らが皇帝の命を齎し宣諭すれば、即ち必ずや多くの生霊を救う。彼国はまさに自省し、懇心して帰附するだろう』という。今、長老・如智と提挙・王君治を遣わし、詔を奉じて彼国に往かせた。善なるものは和好のほかになく、悪なるものは戦争のほかにない。果たしてこれを思慮して帰順すれば、即ち去使とともに来朝するべし。ゆえに彼者に諭し、朕はその福か禍の変化を天命に任せる。ここに詔を示し、我が意をすべて知り、考慮されよ」
クビライは前回の日本侵攻計画を取り止めてから1年も経たず、再び日本侵攻準備を開始した。
元寇 以後の動向
同年10月、日本侵攻の司令部・日本行省を再設置。アタカイ（阿塔海）を日本行省左丞相、劉国傑・陳巌を左丞、洪茶丘を右丞に任命し、日本侵攻部隊の指揮を執らせた。さらに水夫の募集方法も航海に従事する者を通して、水夫を千人集めたものには千戸の軍職、百人集めたものには百戸の軍職を与える事にした。また、囚人を赦免する代わりにその顔に入墨をあてて水夫とし、南宋の時代に私塩を販売して航海技術のある者も水夫とするなどした。
クビライが第三次日本侵攻計画を中止したのは、以下のようなクビライと礼部尚書劉宣とのやりとりがあったためである。
劉宣は、かつて隋が高句麗に侵攻してたびたび敗北した例を引用し「たとえ風に遇わず、彼の国の岸に至っても、倭国は地広く、徒衆が多い。彼の兵は四集し、我が軍に後援はない。万が一戦闘が不利となり、救兵を発しようと思っても、ただちに海を飛んで渡ることはできない」と述べ、かつての隋の高句麗侵攻以上に日本侵攻が困難であるとして、クビライに日本侵攻をとりやめるよう諫言した。
これに対して、クビライは「日本は孤遠の島夷なり。重ねて民力を困するを以て、日本を征するをやむ」 と述べて、日本侵攻計画を取りやめた。この知らせが江浙の軍民に伝わると、軍民は歓声を上げ、その歓声は雷のようであったという。
元寇 以後の動向
日本侵攻を諦めたクビライは「日本は今までに我が国をかつて侵略したことはない。今は交趾（ベトナム北部の国。陳朝大越国）が我が国の辺境を犯している。日本のことは置いておき、専ら交趾を事とするがよい」 として、日本から陳朝大越国に目を転じた。
南宋遺臣の鄭思肖はチャンパ王国が元朝に背いた理由について「弘安の役で元軍が敗れた後、日本がチャンパ王国へ使者を送り、元朝と戦わずに属国でいることを責めた。チャンパ王国は元朝に背くことを決めた」としている。
また第三次日本侵攻計画（1284年〜）の推進と同時期に、クビライは前回の使節団派遣から約1年を経て再び日本に服属を迫る使節団を派遣していた。
ところが、使節団が対馬に至った際に、日本に向かうことを恐れた水夫らが船中において王積翁を殺害してしまったため、今回の使節団も日本側と接触する前に失敗した。
ナヤン・カダアンの乱
このナヤンの反乱に関しては、クビライの日本侵攻計画によって、東方三王家の領民にまで造船などの出兵準備で動員がなされ大きな負担となっていたこと、さらにこの日本出兵準備によりクビライの中央権力が東方三王家の支配領域に深く介入したことへの反発があったとも考えられる。
元寇 以後の動向
クビライの親征によりナヤンの反乱は一旦鎮圧され、東方三王家の当主たちは軒並み異動されたが、今度はこの戦後処理に不満を持ったカチウン家の王族・カダアン（哈丹）が蜂起。1290年代にはカダアン軍が高麗に侵入し、いくつかの城塞を占拠し、一部は高麗の首都・開城より南の忠州にまで侵入した。カダアンら反乱軍も元からの援軍もあって鎮圧されたが、ナヤンの反乱の時には、クビライに敵対する中央アジアのカイドゥ（海都）もカラコルムを目指して進撃しており、1287年から1291年にかけて、元の東部全域から北部、また高麗内外では騒乱が続いた。
陳朝大越国侵攻
また、モンゴル帝国第4代皇帝・モンケ（蒙哥）の時代に服属していたベトナム北部の陳朝大越国でも、元によるベトナム南部のチャンパ王国侵攻に対しての過剰な物資徴発に抗議して太上皇・陳聖宗が中心となって反乱を起こした。これに対してクビライは、軍船500艘、92,000の兵（元軍7万、新附軍1千、雲南軍6千、黎兵（海南島の黎族兵）1万5千）を派遣した。両軍激しい消耗戦となり、最後に元軍は雲南へ撤退中に襲撃を受けて壊滅的な損害を受けている（白藤江の戦い）。
元寇 以後の動向
これらの内乱、南方での軍事的な失敗などもあって日本侵攻計画は当分の間は浮上しなかった。クビライはナヤン（乃顔）の反乱を境に東南アジア・インド洋方面への軍事的政策を、経済・通商を重視した和平路線へ転換したとも言われており、陳朝大越国やチャンパ王国、また1290年代に侵攻があったジャワ島のマジャパヒト王国でも交戦後ほどなくして服属関係の修復や朝貢関係の再締結の使節が交わされている。これらの戦役後も中国沿岸部から東南アジア方面への商船の往来は活発化し、クビライ治世末期には南方への元からの軍事的脅威はほぼ解消した。
日本に到着した金有成らは日本側によって鎌倉へ連行され、その後の様子は詳らかではない。なお、その後、高麗を訪れた日本僧の情報によれば「（金）有成、丁未（1307年）七月五日、病卒」 とあり、金有成が使節として日本に到着して以来、15年近く日本で生存していたことがわかる。
クビライは5年にわたる内乱が鎮まると、再び日本侵攻を考え始めた。
1292年（正応5年・至元29年）、中書省右丞の丁なる者がクビライに対して「江南の戦船は大きな船はとても大きいものの、（台風により）接触すればすぐに壊れた。これは（第二次日本侵攻の）利を失する所以である。高麗をして船を造らせて、再び日本に遠征し、日本を取ることがよろしい」と進言した。これを受けてクビライは近臣らに日本侵攻の是非を問うたという。それに対して、洪茶丘の弟・洪君祥は「軍事は重大なことです。先に遣使し、これ（日本侵攻の是非）を高麗に問い、然る後に之を行うべきです」と進言したため、クビライはそれを了承した。
高麗に遣わされた洪君祥は、7年間、元に勾留されていた漂着した日本人の護送を高麗に命じるとともに（第十二回使節）、日本侵攻の是非を高麗国王・忠烈王に問うた。忠烈王は「臣（忠烈王）は、既に不庭の俗（日本）に隣接しています。願わくば、当に自ら（日本を）致討し、僅かながら功労を立てます」と答えて、日本侵攻に積極的姿勢をクビライに示した。それを受けて、クビライは再び、戦艦の造船を高麗に命じる。ところが、この頃には相次ぐ造船により、すでに高麗では木材がほとんど尽きていたため、造船できるような状況では無かったという。
一山一寧らが博多に至ると鎌倉幕府9代執権・北条貞時の命により、一山一寧らは鎌倉に連行され伊豆の修禅寺に留め置かれた。
後に一山一寧は徳の高い高僧であったことなどから日本側に厚遇をもって迎えられ、後に建長寺の住持や後宇多上皇の招きにより京都の南禅寺3世を務めるなどして1317年（文保元年・延祐4年）に日本で死去した。