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国鉄EF65形電気機関車 改造・仕様変更
JR貨物所有の一部の車両は、電磁給排弁を併用せずに貨物列車制動時の空走距離を短縮させるため、自動空気ブレーキ系の常用減圧促進改造が施工されている。この改造はツリアイ空気ダメの容量を縮小した上で、膨張ダメおよびJB中継弁の設置を行うものである。これはコキ50000形改造の100 km/h運転対応車（250000番台）牽引に対応するもので、改造当初はナンバープレートの地色を、側面はコキ50000形250000番台の外部塗色に合わせた淡緑色、正面を青15号としたが、夜間作業等、暗い時に判別がつきにくいため、当時試験塗装を纏っていたEF64 1010号機に倣い、赤色で区別した。1991年から1992年にかけて39両に施工されたが、CLE電磁自動空気ブレーキを装備し110 km/h運転が可能なコキ100系貨車の量産開始後、コキ250000で組成された編成はコキ100系への置き換えが進み、機関車もEF66形に置き換えられたため、限定仕業を解除された改造施工機は非改造機と共通の運用に充当されている。
改造工事の施工機は次のとおりである。
国鉄EF65形電気機関車 改造・仕様変更
国土交通省の鉄道に関する技術上の基準を定める省令によって、100 km/hを超える運転を行う車両には運転状況記録装置の搭載が義務付けられたが、JR貨物のEF65形1000番台は100 km/h以下で運転されるため、同装置の搭載を省略することになった。運転状況記録装置を搭載するJR旅客会社の所有機と最高速度の相違を区別するために、2012年5月からJR貨物所有のEF65形に対して車両番号が元番号に1000を加算する措置が取られている。
前述の常用減圧促進改造を施工された車両は、赤色プレートの上に切り抜き文字を、それ以外の車両はディープブルー色プレートの上に切り抜き文字を貼り付けている。但し、2119, 2121号機は改番前のものに近い鮮やかな青色プレートの上に切り抜き文字となっている。切り抜き文字はすべて金色である。更新工事未施工車で改番が行われたのは2077・2119・2121号機のみである。
一方、0番台は既に全廃され、500番台はJR貨物所属機が全て運用離脱しているため改番の対象とならなかった。
赤色プレート以外の更新工事施工機は、改番時ディープブルー色プレートに統一されたが、2094は2015年9月の全般検査時に改番前と同色の白色プレートに変更された。文字色は金色のままである。
改番工事の施工機は次のとおりである。
1036・1037・1040・1050・1057・1058・1060・1061・1063・1065 - 1070・1074 - 1077・1080・1081・1083 - 1097・1101・1117・1119・1121・1127・1138・1139号機 
→ 2036・2037・2040・2050・2057・2058・2060・2061・2063・2065 - 2070・2074 - 2077・2080・2081・2083 - 2097・2101・2117・2119・2121・2127・2138・2139号機
国鉄EF65形電気機関車 塗装変更
本節では、様々な色に塗装変更された車両について、「旅客会社所属機の塗装変更」、「JR貨物所属機の塗装変更」の小節に分けて記述する。
JR東海は「「ユーロライナー」色」、JR西日本は「ゆうゆうサロン岡山」→「ユウユウサロン岡山」専用機、「トワイライトエクスプレス」塗装、JR東日本は「スーパーエクスプレスレインボー」塗装へそれぞれ変更となった。
105・106・112号機
旅客用として東海旅客鉄道（JR東海）に承継された5両のうち、105・106・112号機は1985年8月に登場した12系ジョイフルトレイン、「ユーロライナー」専用機として「ユーロライナー」色となった。
2005年4月に「ユーロライナー」を含む客車編成が使用終了・廃車となったが、105号機は1996年2月29日に、106号機は2000年3月31日に廃車となった。
残った112号機は工事臨時列車などで使用されたが、2007年12月3日付けで廃車となり、ユーロライナー専用機は消滅した。廃車直前の2007年7月には、112号機が浜松工場一般公開で展示された。
123号機
1986年にジョイフルトレイン、「ゆうゆうサロン岡山」専用機に指定され、客車と同じマルーン（赤7号）に金色帯の塗装に変更された。
国鉄EF65形電気機関車 塗装変更
分割民営化後はJR西日本が承継し、1994年に客車は「ユウユウサロン岡山」に名称変更されてリニューアルされ、当機は全体を黄かん色に、乗務員扉を白色とした塗色に変更された（鷹取工場で実施）。その後パンタグラフが下枠交差形のPS22Bに変更された（1998年の全般検査にて下関車両センターで実施）。2002年8月31日に廃車となり、下関地域鉄道部下関車両センター一般公開で展示された後に解体された。
これに伴い、「ユウユウサロン岡山」の牽引は下関総合車両所所属のEF65形1000番台が担当した。
1019, 1118号機
1987年に運用を開始した「スーパーエクスプレスレインボー」専用機として、1019号機が供された。車体全体がチェリーレッドで塗装され、側面に大きく「EF65」と白で描かれたロゴを、裾部分に白帯を配している。1998年9月1日に1019号機が廃車となり、専用機は1118号機に変更された。
1118号機は、側窓にかかるEF65ロゴ部分はロゴと同じく白で塗装されていたが、2009年1月の検査出場以降、1019号機と同じく塗装が省略されている。「スーパーエクスプレスレインボー」の運用は2000年に終了したが、その後も塗装は変更されることなく臨時列車や工事臨時列車などに使用された。
国鉄EF65形電気機関車 塗装変更
1118号機は2015年10月17日、高崎線鴻巣駅 - 北本駅間を単機走行中に車両故障・電源火災が発生し、11月26日に長野総合車両センターへ廃車回送された。
1124号機
2015年11月、1124号機が「トワイライトエクスプレス色」へと塗装が変更された。『特別な「トワイライトエクスプレス」』が運行された2016年3月まで専用機として牽引した。トワイライトエクスプレスは運行終了したが、2022年4月に全般検査を受け、現在もこの塗装のまま工臨や臨時列車の牽引を担当している。
0番台の4機が「茶色塗装」、0・1000番台の計4機が「貨物試験塗装」に変更された。
9・56・57・75号機
9号機は1988年に廃車となっていたが、民営化後の1989年に車籍復活がなされ、同時に塗装を茶色（ぶどう色2号）に変更した。近江長岡駅付近を走行中に車軸の異常発熱が発生、そのまま近江長岡駅ヤード内に留置後、移動が不能と判断され、1994年9月9日に廃車となり現地で解体された。
56号機は、9号機の廃車と入れ替わるように茶色への塗装変更がなされた。高崎機関区に所属していたが、2001年11月22日に運用を離脱し、2003年3月31日に廃車となった。
国鉄EF65形電気機関車 塗装変更
57号機は、1998年に岡山機関区から高崎機関区に転属し、2004年12月の全般検査において茶色に変更した。56号機と比べて、飾り帯が塗装であること、ガラス支持が白ゴムではなく黒ゴムであることなどの違いがあげられる。2008年4月に岡山機関区に再び転属した。2010年現在で車籍を有しており、運用にもついていたが2011年2月末で車籍を失った。
75号機は更新色で運用についていたが、車体を茶色に塗り替え、2003年10月に行われた広島車両所の一般公開で展示された。2003年12月24日に廃車となり、解体された。
21・116・1059・1065号機
21号機は国鉄清算事業団からの車籍復活車で、前面の飾り帯が撤去され、前面のブロック体ナンバーが右に寄ったものとなっていた。貨物更新機の基礎となった塗装であり、後に一般色に戻されるが、前面ナンバーはそのままとなったため異彩を放っていた。
116号機は1969年8月27日付で稲沢第二機関区に新製配置され、JR貨物に引き継がれた。1987年7月21日付で塗装変更がなされた。側面に大きくやまぶき色でJRと描かれ、前面には同じくやまぶき色の帯が配された。1991年11月26日に鷹取工場で行われた全般検査において原色に塗り替えられた。1994年12月3日付で岡山機関区に転属し、2010年9月19日で運用を離脱した。
国鉄EF65形電気機関車 塗装変更
1059号機は1977年1月21日付で新鶴見機関区に新製配置され、JR貨物に引き継がれた。1987年7月24日付で塗装変更がなされ、前面に警戒色の黄色を、側面に大きくJRのロゴを配した。他の試験塗装機と異なり、2009年3月31日付で廃車になるまで試験塗装を保持し続けた。新製後一貫して新鶴見機関区に配置されていたが、2008年10月から12月にかけて岡山機関区に貸し出された。
1065号機は1977年1月13日付で新鶴見機関区に新製配置され、JR貨物に引き継がれた。1987年7月9日付で塗装変更がなされ、ホワイトとブルーを基調にブラックとイエローの前面警戒色を配した塗色に変更された。変更当初はナンバープレートは青色であったが、常用減圧促進工事が実施された以降は赤色に変更されている。1998年6月の全般検査で国鉄色に、2004年3月の全般検査で更新工事が施工され3色更新色に、2010年5月の全般検査で2色更新色に、2017年10月の全般検査にて国鉄色に復元されている。
2127号機
最後まで稼働していた広島車両所更新色機で、からし色の貫通扉が特徴である。
国鉄EF65形電気機関車 塗装変更
2023年11月6日に運用を終了し、翌日にDE11 2002と共に大宮車両所へ回送された。その後、2023年11月25日に開催された鉄道のまち大宮 鉄道ふれあいフェアに展示されたのち、2024年1月17日から18日未明にかけて、隅田川駅での撮影会実施のため、EH500-43と共に新鶴見経由で同駅に回送された。撮影会終了後は、3月11日から12日にかけてEH500-50と共に新鶴見経由で再び大宮車両所へと戻った。
JR貨物所属のEF65 2000番台は、2016年までに所属36機が更新工事施工機のみの稼動となったため、2016年4月にかつての塗色であった国鉄特急色に復帰するようにした。これは未更新機と区別する必要がなくなったためと、更新機の塗装が国鉄特急色に比べ配色が多いため作業工程が煩雑となり、日数が増え塗料代もかさむため、これらの問題の解消及び経費削減を目的としていた。
国鉄EF65形電気機関車 塗装変更
復帰第一号は貨物2色更新色であった2139号機で、同年5月の大宮車両所での一般公開時に「EF65 2139　国鉄色復活　大宮車両所 新鶴見機関区」のヘッドマークを取り付けて展示された。同機は、JRマークが貼り付けられておらず、また、2000番台への改番時は赤プレート・金文字であったナンバープレートが赤プレート・銀文字になるなどより国鉄時代に近づけている。なお、2139号機以降2016年7月から2017年9月までに全般検査を受けた6機は、貨物更新色で出場、本格的に国鉄特急色化が始まったのは、2017年10月出場の2065号機からであった。
また、2139, 2065号機は国鉄時代と同じフタル酸エナメル系塗料を使用していたが、フタル酸塗料は耐用年数が4年程度で2 - 3年過ぎると色合いが変わることと、民営化直後から採用され、EF200形以降の新製機や更新機で使用されていた、耐候性に優れた「ハイテントップ」と呼ばれるアクリルシリコーン樹脂系塗料が製造中止になったため、2018年2月出場の2066号機以降は「Vトップ」（正式名称：Vトップ車輌用イノーバNクリーン）と呼ばれるアクリルウレタン樹脂系塗料を使用している。この塗料の利点は、光沢があり仕上がりが美しく、色見本に忠実で「ハイテントップ」よりも原色に近く、安価である。フタル酸よりも耐候性に優れ、実際に塗装する現場からも良好な評価を得たことや、塗装設備の塗料を統一したいとの思惑から採用に至った。さらに、2065号機以降に国鉄特急色化された同形機は側面ナンバープレート上にJRマークが付き、屋根上のモニターが黒塗装となっている。なお、塗装変更前は青プレートであった2101号機に関しては、他機との識別も兼ねて国鉄特急色と同色（前面がクリーム色、側面が紺色）のものに改められている。
2065号機以降、全般検査と同時に順次塗装を国鉄特急色に復帰させる処置を取ったが、2022年3月の2085号機の出場をもって、EF65形の全般検査を終了したため、前述の6両とそれ以前に全検切れを迎えていた8両（2061・2069・2075・2076・2093 - 2095・2138号機）を含む14両は、同塗色に復帰しない。
国鉄特急色の復帰施工機は、次の22両である。
国鉄EF65形電気機関車 他形式への改造
山陽本線の瀬野駅 - 八本松駅間（通称「瀬野八」）専用で使用されていた補助機関車のうちEF61形200番台の置き換えと1990年3月ダイヤ改正での輸送力増強のため、1990年にEF65形0番台からEF67形への改造車が5両登場している。広島車両所で5両（131 - 135号機）改造され、既存のEF60形改造車（EF67 1 - 3）と区別のため100番台 （EF67 101 - 105）を付番した。
改造では制御方式が電機子チョッパ制御となり、歯車比は低速域での牽引力増大のため16:71 (4.44) に変更されたが、0番台と異なり1エンド（東京寄り）へのデッキと貫通扉の設置は省略された。2003年の更新工事では尾灯の角形LEDタイプへ変更するなどの変更も行われた。
EF210形300番台への置き換えに伴い、2022年3月12日ダイヤ改正で定期運用を終了した。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
JR旅客会社では寝台列車の廃止による淘汰が進行している。JR貨物では継続使用しつつも、保存車両である1001を除き更新工事未施工の車両が淘汰された。またEF210形の増備により更新工事を受けた車両も全般検査が切れた車両から順次運用離脱し廃車になっている。
1965年（昭和40年）には、貨物列車増発用として0番台が運用を開始した。また、同年10月1日からEF60形500番台と交代する形で、500番台P形（東京機関区所属）が東海道・山陽本線における寝台特急5往復（東京 - 下関間）と寝台特急「あかつき」（新大阪 - 下関間）の牽引機として運用を開始した。運用入りに際して、同年8月25・26日には営業列車（寝台特急富士）を用いた試運転が行われた。
1965年10月の牽引開始時点ではP形が12両落成していたが、所要機も12両であったため予備車がなかった。そこで同時期製造のF形（513 - 517号機）を東京機関区に配置してP形と共通運用させたほか、0番台（60 - 64号機）も予備として東京機関区に配置した。それを解消するため、1966年3月25日ダイヤ改正で527 - 531号機が落成、F形は吹田第二機関区に転出した。さらに1968年10月ダイヤ改正での寝台特急増発に対応するため、535 - 542号機が配置された。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
1966年（昭和41年）10月からは、レサ10000系の特急貨物列車「とびうお」「ぎんりん」の牽引にF形（吹田第二機関区所属）が充当された。600 t 以下の牽引定数の列車は単機で、600 tを超え1000 tまでの牽引定数の列車は当時の大型電気機関車には珍しい重連運転で運用された。ただし、これはEF66形落成までのつなぎ的な役割であった。1968年（昭和43年）10月にEF66形量産車が登場、東海道-東北-北海道ルートの特急貨物列車に充当された後は新鶴見機関区に配置され、新設された東北-北海道間を結ぶ特急貨物列車の運用に充てられた。またEF15形が牽引する急行貨物列車にも充当され上越方面でも運用された。積雪地区での使用に際し、一部の車両につらら切り（518 - 522・526号機）・ホイッスルカバー・スノープラウ（518・522・525・532 - 534号機）といった簡単な耐雪耐寒装備が施された。ただし貫通扉が無いため冬季の多雪地域での重連運用の折り返し時に一旦車外に出なくてはならないことや、元々寒冷地での運用を前提とした設計ではないため凍結防止用ヒーターなどの耐寒耐雪装備が不十分でトラブルが多発したこと、重連総括用のジャンパ連結器・エアホースが左右非対称に配置されている片渡り構造であるせいで重連運用可能な向きの組み合わせが決まっているため、デルタ線の通過などで車両の向きが変わる運用に充当しづらいなどといった難点が存在した。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
1969年（昭和44年）には東北本線の東北・北海道輸送を担う旅客・貨物列車の上野方 - 黒磯間の短い直流区間を牽引する客貨両用で汎用性の高い機関車として、1000番台PF形が落成し新鶴見機関区に新製配置、その後宇都宮運転所に集中配置され東北本線・上越線での500番台F形運用（貨物列車）を置き換えた。次いで旅客運用にも投入され、1970年（昭和45年）7月1日より運転開始した寝台特急「あけぼの」（7月1日から9月30日までは臨時列車として運転）の上野 - 黒磯間を1000番台PF形（宇都宮運転所）が牽引することとなった。これが本番台初の寝台特急牽引となった。またP形の所要両数不足を補うため、同時期から「彗星」の牽引に下関運転所のPF形が使用された。東京機関区へのP形増備による0番台予備機の転出やF形の新鶴見機関区転出により、0番台は1970年までに東京機関区と新鶴見機関区の配置がなくなり、東海道・山陽本線を中心に山手貨物線、宇野線、赤穂線、岡多線などで特急貨物列車B以下の貨物列車に使用されるようになった。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
1972年（昭和47年）3月15日ダイヤ改正では、貨物列車が多い山陽区間の深夜時間帯に規格ダイヤ（最高速度を95 km/hとする）が採用された。その影響で「あかつき」「彗星」「日本海」でスピードダウンが行われ、EF58形で牽引可能となった。ただし、EF58形に対して20系客車に関して必須であるMRP追加工事を行う関係から、当初はP形、PF形に加えて下関運転所配置の500番台F形も運用された。1972年10月2日以降、寝台特急牽引はEF58形（当初は「あかつき」が下関運転所所属、「彗星」・「日本海」と新設の「つるぎ」が米原機関区所属）に置き換えられた。EF58形を使用することによって東京機関区のP形は運用に余裕ができ、加えて下関運転所で集中台車検査時の代替機が必要であることから、501 - 504号機が同年9月から10月にかけて下関運転所に転属し、以前から同所に配置されていたPF形と共に使用された他、1975年3月改正までは関西発着列車も一部受け持った。また、東北本線で1往復だけ存在していたPF形による重連統括運用は、牽引係数の見直しにより単機牽引とされた。1975年3月改正直前にはF形の一部が米原機関区に転属し、EF58形と共に寝台特急を牽引することがあった。
1978年（昭和53年）6月30日付で7号機が事故廃車となり、EF65形初の廃車となった。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
1978年（昭和53年）7月28日からは、東京機関区・下関運転所に配置されたPF形後期型（7次車）によるP形の置き換えが行われ、同年10月のダイヤ改正までに東京発着の寝台特急7列車16本の牽引を開始した。次いで宮原機関区・下関運転所に配置された8次車では、関西圏で活躍していたEF58形などの旧型機関車を置き換えることとなった。下関配置車は、先行して配置されていた7次車と共通で東京配置車の集中台車検査代替機として、東京発着列車にもヘッドマークを装着して使用されることがあった。
1984年（昭和59年）2月1日ダイヤ改正では旅客・貨物運用双方で大きな変化が発生した。旅客運用では夜行列車が再編され、東北方面への旅客運用は宇都宮運転所から田端機関区への移管が行われた。
以下に牽引列車を示す。
東京機関区（集中台車検査代替機は下関運転所所属）
宮原機関区
下関運転所
田端機関区
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
PF形の投入によりP形・F形は貨物列車運用に転用され、再び東海道・山陽本線で一般貨物列車に充当された。この時期にはF形が重連運用に充当される可能性はなくなっており、重連に必要であったKE70ジャンパ連結器の回路撤去やBPとMRP以外の不使用ホース・配管類の省略が順次進められている。もっとも、EF66形とは異なり空気管付き密着自動連結器の撤去は行われていない。ただし、この時期に事故でスカート部を破損した522号機については並形自動連結器装備で修理され、不要となった連結器直上の復心装置も省略されるなど、基本番台車に近い仕様となっていた。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
1985年（昭和60年）3月14日ダイヤ改正の際、「さくら」「はやぶさ」「みずほ」「富士」「あさかぜ」の東京 - 下関間での牽引がEF66形に置き換えられた。これは、「はやぶさ」の編成中にロビーカーを増結して牽引定数が増加し、従来のEF65形では牽引力が不足するためである。同時に東京機関区・宮原機関区配置がなくなり、それぞれ新鶴見機関区・吹田機関区に転属となった。東京機関区の運用はそのまま新鶴見機関区が担当したが、原則として東京区から転属した車両が同区に常駐の上で使用され、台車検査と交番検査の際に新鶴見区に回送された。宮原機関区の運用は新鶴見機関区と下関運転所に移管された。運用減による余裕から一部が貨物列車牽引機に転用された。東海道・山陽本線での旅客運用は5列車10本（寝台特急6本、急行4本）までに縮小されたが、東北方面での運用は急行2列車4本が追加された。
1986年11月には、国鉄分割民営化を見据え以下のような車両配置換えが行われた。
1987年の国鉄分割民営化ではEF65形は269両（0番台88両、500番台P形25両、500番台F形17両、1000番台139両）がJR東日本・JR東海・JR西日本・JR貨物に継承された。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
定期運用は持っておらず、工事臨時列車や配給列車を牽引するほか、JR貨物の機関車に不具合が生じた際には貨物列車牽引に充当されることもある。分割民営化時から唯一高崎運転区に所属する501号機は、イベント列車の牽引にも頻繁に充当される。
推移
民営化当時の旅客運用を以下に示す。牽引区間はカッコ内に示す。
1988年3月ダイヤ改正で「あけぼの」1往復が廃止、1990年9月には「津軽」が使用車種を583系に変更、「あけぼの」1往復が経路変更により上越・羽越経由の「鳥海」とされた。1993年12月ダイヤ改正では「あけぼの」の牽引機がEF81形に、「八甲田」は廃止（臨時格下げ）となり、このダイヤ改正をもって、上野駅発着列車でのEF65形の定期運用は見られなくなった。1997年には「ちくま」が383系化、1998年には「出雲」1往復と「瀬戸」が285系化され、四国への乗り入れ運用が消滅した。「彗星」の牽引は「出雲」の牽引機の間合い運用となっていたが、2000年に彗星とあかつきの併結運転開始に伴い下関乗り入れが消滅した。これら運用の減少により、1995年から2001年にかけて初・中期PF形にあたる1011・1013 - 1030・1052・1053・1098・1099号機が廃車となり、1101・1116号機がJR貨物に譲渡された。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
その後しばらくは「出雲」「銀河」の牽引機として活躍したが、「出雲」は2006年3月ダイヤ改正で、「銀河」は2008年3月ダイヤ改正で廃止となった。ほぼ同時期、九州ブルトレの牽引機であった下関所属のEF66形に不具合が生じた際には代走に充てられる場合もあった。両列車の廃止以降、JR東日本のEF65形は定期運用を持たない。
1990年ごろ、田端運転所所属の初期PF形はATS-P保安装置の取り付けに伴い、テールライトが外はめ式に改造された。
2005年秋ごろから2007年12月まで、JR貨物所有のEF65形にATS-PF保安装置を取り付けるために不足する機関車を補うため、501号機を含む数台がJR貨物に貸し出され、貨物列車の牽引に当たった。
2006年からは、冷房装置の設置工事が行われている。外見上の特徴として、避雷器後部にグレーの台形をした箱状のものが載っている。設置された車両を以下に示す。
運用の減少に伴い、2006年から2008年にかけて1100・1108 - 1114号機が廃車となった。また、運用の見直しにより、2015年3月14日改正で3両が余剰となり、1106・1107・1118号機が廃車となった(1118号機は機器火災後廃車（JR東日本 「スーパーエクスプレスレインボー」塗装の項を参照）。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
2021年から2025年にかけて、昨今の工事用臨時列車用気動車登場によるレール、バラスト運搬配給の減少や車両老朽化に伴い、1104号機が2021年8月、1105号機が2022年2月、1103号機が2024年12月12日､1102号機が2025年1月8日､1115号機が同年9月10日が長野総合車両センターへ回送され、501号機は2024年11月24日をもって営業運転を終了しており、JR東日本所属のEF65は全て全廃となる見込みである。
JR東海には0番台5両が承継され、ジョイフルトレイン「ユーロライナー」の牽引や工臨などに充当された。
民営化時は名古屋南運転区に配置されていたが、1988年に5両とも静岡車両区に転属した。2005年に「ユーロライナー」が消滅してからは、専ら工臨に充当されたが、2007年12月3日付で112号機が廃車となったことでJR東海所有分のEF65形は消滅するとともに、旅客会社が所有する0番台が消滅した。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
定期運用は持っておらず、下関総合車両所に所属する10両のうち1両が岡山電車区に、4両が網干総合車両所宮原支所と吹田総合車両所京都支所に常駐しており、工事臨時列車や網干総合車両所や下関総合車両所などへの入場列車の牽引、団体列車を牽引している。なお、ATS-P保安装置を搭載している機関車は5両（1124・1128・1132・1133・1135号機）であり、京阪神地区に貸し出される機関車は限られる。うち1124号機は2015年11月に「トワイライトエクスプレス」色に塗装変更されている。
東海道・山陽本線での運用が主体であるが、湖西線を経由して北陸本線敦賀駅や山岳区間である伯備線新見駅までのほか、本四備讃線（瀬戸大橋）を経由してJR四国予讃線高松駅や松山駅、土讃線琴平駅までの入線実績がある。
推移
全車が 下関運転所（現在の下関総合車両所）に配置されていたが、123号機のみ1988年に岡山運転区に転属した。
民営化当時の旅客運用を以下に示す。牽引区間はカッコ内に示す。
このほか、東海道・山陽本線での臨時列車や工臨牽引を主としていた。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
2000年3月11日のダイヤ改正では、「あかつき」が寝台特急「彗星」と併結するに伴って牽引機をEF66形に変更した。2005年10月1日ダイヤ改正では、「なは」が「あかつき」と併結のうえ、牽引機がEF66形に変更され、定期運用を失った。ただしダイヤ改正後も、EF65形を下関運転所から関西などに送り込む際には「なは」「あかつき」の牽引機として使用されることもあった。
その後も「ムーンライト山陽」「ムーンライト九州」「ムーンライト高知」「ムーンライト松山」などの臨時列車の牽引に当たることもあったが、近年運転されていない。
運用の減少に伴い、2000年から2007年にかけて1119・1121 - 1123・1127・1129・1136号機がJR貨物に売却された。また、2002年には123号機が、2008年には1125号機が廃車となっている。
国鉄EF65形電気機関車 所有状況と運用推移
下関総合車両所に所属する車両の特徴として、検査入場の際に下回りをグレーに塗装すると同時に、貫通扉上部のわずかな青塗装を省略およびKE70ジャンパ連結器納めを青塗装したものが見られる。これは、気密性確保の観点から貫通扉のみをステンレス製のものに交換したためであり、よく見ると青とクリームの境目が一直線になっておらず、下のクリームが少し上に突き出しているのがわかる。なお、1135号機は2016年3月に全般検査から出場した際、貫通扉上部の青塗装を省略せずに出場したことが確認されている。
2009年11月から2010年9月にかけて映像音声記録装置の取り付けが全車に対して、2010年6月から9月にかけてATS-P保安装置の取り付けが5両（1124・1128・1132・1133・1135号機）に対して下関総合車両所で施工された。
また2015年より、テールランプのレンズが順次クリアレンズに交換され、2016年3月をもって全車への施工が完了した。
2013年3月のダイヤ改正現在、東北本線（宇都宮以南）、高崎線、鹿島線に加えて、岡山運用として東海道・山陽本線岡山以東と予讃線において定期運用を有する。
推移
分割民営化直後の1988年度には、貨物列車増発に対して機関車が不足することから、国鉄清算事業団から購入した車両16両（2 - 6・8 - 10・14・17・18・20・21・38・46・52・66・69・70号機）が復活した。これにより稲沢機関区に所属する7両のPF形は新鶴見機関区に転出し、稲沢機関区は0番台のみ所属することとなった。1988年4月の瀬戸大橋開業により、新鶴見機関区所属機による岡山から瀬戸大橋線を経由して高松までの運用された。
EF66形100番台の吹田機関区新製配置に伴いPF形は新鶴見機関区に、500番台は高崎機関区に集約された。EF66形100番台のさらなる増備により、1991年には吹田機関区と広島機関区からEF65形の配置がなくなった。ほぼ同時期には、延命を図る更新工事の施工が開始された（#更新工事を参照）。一方、1992年からはEF200形量産車の投入が行われ、翌1993年には国鉄分割民営化後、初となる廃車（更新工事未施工車）が発生した。
1992年には予讃線貨物列車の牽引にEF65形を充当するため、新鶴見機関区から岡山機関区にPF形7両（1008 - 1010・1012・1031 - 1033号機）が転属し、岡山機関区に初めてPF形が配置された。1996年3月ダイヤ改正に合わせて車両所属基地の集約が行われ、愛知機関区所属車両33両のうち20両が岡山機関区に、7両が高崎機関区へ転出した。残った保留車も1997年には配置がなくなり、EF65形は高崎機関区、新鶴見機関区、岡山機関区の三区所に配置されるようになった。
1998年以降EF210形量産車が落成し、2000年以降にはJR旅客会社で余剰となったPF形の譲渡を受けて0・500番台を置き換える動きが活発化した。
1999年時点の運用範囲は、高崎機関区が東北本線・高崎線、新鶴見機関区が関東圏と東海道・山陽本線を経由して四国まで、岡山機関区が名古屋から下関を中心とした西日本エリアである。2002年12月のダイヤ改正では四国乗り入れ運用が岡山機関区担当に変更され、新鶴見機関区所属機関車による運用は吹田信号場以東となった。
2008年3月のダイヤ改正では、JR東日本管内でのATS-P保安装置使用開始によって高崎機関区に所属する0・500番台が運用を終了した。これによりJR貨物所有の500番台は全車運用を離脱し、廃車となった。0番台の一部は岡山機関区に転属し、同機関区は0番台が所属する唯一の機関区になった。2009年3月のダイヤ改正では、EH200形の増備によって余裕が生じたEF64形に置き換えられる形で高崎機関区所属のEF65形は運用を失い、同機関区から配置がなくなり、岡山機関区、新鶴見機関区に転属するものもあった。
0番台が唯一所属する岡山機関区も、新鶴見機関区へのEF210形投入で運用に余裕のできたPF形が転入して置き換えが行われた。2011年3月のダイヤ改正では、岡山機関区からEF65形の配置がなくなり、新鶴見機関区に集中配置されることとなった。岡山機関区所属機のうち、ATS-PF保安装置を搭載する車両のみが新鶴見機関区に転属し、搭載しない車両は運用から離脱している。この改正で0番台は運用から離脱し、1000番台PF形のみが運用されるようになった。運用範囲も変更され、山陽本線岡山以西には入線しなくなる一方、2008年3月以来となる東海道本線吹田信号場 - 米原間での定期運用が復活している。
2025年3月のダイヤ改正で定期運用が消滅した。
2019年4月1日現在（JR貨物のみ2021年1月27日現在）の配置は以下の通り。
国鉄EF65形電気機関車 配置区所
国鉄時代とJR化後を通して地域別に解説する。
新鶴見機関区には1965年よりEF65形0番台が投入され、捻出されたEF60形が1965年度中に岡山・広島地区へ転用された。
1968年10月のヨンサントオ改正で東北本線に最高速度100 km/hの高速貨物列車が設定されたのに伴い、吹田第二機関区の500番台F形と新鶴見機関区の一般形0番台が差し替えられ、新鶴見のF形は隅田川駅 - 黒磯駅間で貨物列車を重連で牽引した。500番台は耐寒耐雪性能が不十分なため1970年までに1000番台PF形の新製により置き換えられ、東海道・山陽本線に再転用された。
1971年までにEF65形全車が宇都宮運転所へ転出したため、新鶴見へのEF65形の配置は一旦なくなったが、1976年以降はEF13形やEF15形の置き換え用として再転入した。置き換えられたEF13形やEF15形は廃車あるいは甲府機関区や立川機関区等へ転出した。
1985年には東京機関区の車両配置がなくなったため、同区のEF58形やEF65形500番台、ブルートレイン牽引用のEF65形1000番台が新鶴見区に転入した。東京発着のブルートレインや臨時「踊り子」などの旅客列車に新鶴見のEF65形が使用されることもあったが、1986年11月改正では分割民営化を見据えて旧東京機関区所属の旅客列車用EF58形・EF65形が田端運転所へ転出した。
国鉄EF65形電気機関車 配置区所
1987年4月1日の国鉄分割民営化で新鶴見機関区はJR貨物の管轄となり、発足時点で新鶴見機関区のEF65形1000番台は66両が所属していた。1987年からはコキ50000形250000番台を使用した東北本線の高速貨物列車用として常用ブレーキ減圧対応改造が開始されており、改造車はナンバープレートの地色が変更され、最終的に赤色で識別された。
1988年の瀬戸大橋線開業後は新鶴見機関区のEF65形の四国乗り入れが開始されている。1993年には四国乗り入れが岡山機関区に移管されたが、2011年には新鶴見機関区に再移管された。
1989年にはJR貨物のEF65形1000番台の配置が新鶴見機関区に集約され、配置両数は最大の76両となった。この際に新鶴見に所属していた500番台5両が高崎機関区に転属し、新鶴見区のEF65形は1000番台に統一された。1992年以降はEF200形が新鶴見機関区に新製配置されたのに伴い、EF65形は一部が新鶴見から岡山機関区・高崎機関区へ転出した。
2012年には法令改正により運転状況記録装置等を搭載しないJR貨物のEF65形1000番台の稼働車が2000番台に改番された。EF65 1001は2008年に運用を離脱したが、社員研修用教材として使用されている。
国鉄EF65形電気機関車 配置区所
東京機関区には1965年よりEF65形500番台P形が投入され、EF60形500番台に代わって東海道・山陽本線で20系ブルートレインの牽引を開始した。1978年には1000番台21両が投入されて従来の500番台P形が置き換えられた。
1985年に東京機関区への車両の配置がなくなり、新鶴見機関区への一時転属を経て田端機関区へ移管された。
宇都宮運転所には1970年より1000番台の配置が開始され、新鶴見機関区からの転入車を含めて東北本線を中心に旅客・貨物列車で使用された。1984年にEF65形の配置が田端機関区へ移管されて配置がなくなった。
田端機関区へは1984年に宇都宮運転所から東北方面への旅客列車運用を移管する形で配置された。1985年には東京機関区の旅客運用も移管され、東海道・山陽本線系統でも運用された。
1987年の国鉄分割民営化直前に田端機関区の旅客列車研修部門が田端運転所となり、民営化でJR東日本の管轄となった。2008年の東海道本線寝台急行「銀河」廃止をもってJR東日本所有のEF65形による旅客列車運用が消滅し、以後は定期運用を持たず工事列車などに使用されている。2022年には田端運転所の検修部門が尾久車両センターに統合された。
国鉄EF65形電気機関車 配置区所
高崎機関区（旧・高崎第二機関区）は1987年の民営化でJR貨物の管轄となり、民営化時点で0番台2両と500番台の配置があった。1989年に新鶴見機関区の500番台5両が転入してからはJR貨物で500番台の配置がある唯一の機関区となった。運用は首都圏のローカル運用が中心であった。
2009年3月14日のダイヤ改正でEF65形の定期運用が終了した。2012年に廃車となったEF65 535は東芝府中事業所へ譲渡された。
高崎運転所は1987年の国鉄分割民営化でJR東日本の管轄となり、発足時にはEF65 501が配置されていた。区所名は「高崎車両センター」、「高崎車両センター高崎支所」と順次変更され、2022年に「ぐんま車両センター」となった。
EF65 501は工事用臨時列車や高崎地区のイベント列車などで使用されている。
稲沢第二機関区には1965年より0番台が配置された。1985年に稲沢第一機関区と統合して稲沢機関区となり、1987年の民営化でJR貨物の管轄となった。
民営化時点で0番台35両と1000番台7両が配置されていたが、1997年3月22日のダイヤ改正でEF65形の配置がなくなった。この間の1994年に稲沢機関区は稲沢貨車区と統合して愛知機関区となっている。
国鉄EF65形電気機関車 配置区所
沼津機関区には1978年に下関運転所から転入したEF65 501 - 504の4両が配置され、東海道本線の貨物列車牽引に使用されるようになった。沼津機関区は1986年に廃止されている。
名古屋南運転区（旧・名古屋第一機関区）にはJR東海に承継されたEF65形0番台5両が配置されたが、1988年に静岡運転所へ転出した。静岡運転所は2000年に静岡車両区となっている。
定期運用はなく、波動輸送や客車ジョイフルトレイン「ユーロライナー」の牽引、工事用列車の牽引にも使用されたが、2007年までに全廃されて配置がなくなり、JR東海が運用する機関車が消滅した。
吹田第二機関区には1965年より一般形の0番台が配置され、高速貨物列車用に500番台F形の配置もあった。1984年に吹田第一機関区と統合して吹田機関区となり、1987年の国鉄分割民営化でJR貨物の管轄となった。民営化時点で0番台17両と1000番台3両が配置されていたが、EF66形100番台の新製投入により1990年にEF65形の配置がなくなった。
宮原機関区には1000番台の後期型が配置された。1985年にEF65形の配置がなくなり、吹田機関区や下関運転所に転出した。
国鉄EF65形電気機関車 配置区所
米原機関区には1975年より500番台P形の配置があり、寝台特急列車の牽引にも使用された。1986年に米原機関区は廃止された。
岡山機関区には1969年より0番台が新製配置された。1987年の民営化でJR貨物の管轄となり、0番台28両が配置されていた。1988年の瀬戸大橋線開業後は予讃線乗り入れ運用も設定された。
その後は1000番台の転入等で経年機の置き換えが進められたが、EF210形の増備により2011年に岡山機関区へのEF65形の配置がなくなり、ATS-PF設置車は新鶴見機関区へ転出、未設置車は廃車された。
広島機関区には500番台の転入や0番台・1000番台の新製配置があったが、一旦は全機が他区所へ転出した。国鉄分割民営化でJR貨物の管轄となった後の1989年に0番台11両が配置された。1991年にEF66形100番台が新製配置されたのに伴ってEF65形の広島機関区への配置はなくなった。
下関運転所には1970年より1000番台が新製配置された。1972年には集中台車検査施行時の代走のため東京機関区の500番台P形4両が転入したが、1000番台の増備により1978年に沼津機関区へ転出した。1986年にはジョイフルトレイン「ゆうゆうサロン岡山」指定機となったEF65 123も配置された。
国鉄EF65形電気機関車 配置区所
1987年の国鉄分割民営化でJR西日本の管轄となり、0番台1両（123号機）と1000番台22両が配置されていた。区所名は1995年の組織変更で「下関地域鉄道部下関車両管理室」に、2009年の組織変更で「下関総合車両所運用検修センター」に改称されている。
「ゆうゆうサロン岡山」指定機の123号機は1988年に岡山電車区へ転出した。1000番台は寝台特急の牽引などに使用されたが、2005年の寝台特急「彗星」廃止と「なは」「あかつき」併結運転開始とともにEF66形での牽引に変更され、JR西日本によるEF65形の定期運用が消滅した。以後は工事用列車や臨時列車などに使用される。
岡山電車区にはJR西日本の客車ジョイフルトレイン「ゆうゆうサロン岡山」指定機のEF65 123が1988年に下関運転所より転入した。1993年の客車延命工事で「ユウユウサロン岡山」となった際にEF65 123も塗装変更されて使用されていたが、客車よりも早く2002年8月に廃車となり、岡山電車区へのEF65形の配置はなくなった。
国鉄EF65形電気機関車 保存機
保存機を「静態保存機」、「先頭部のみ」、「保存後解体」、「所在不明機」に分けて下記に示す（データは2017年4月1日現在）。なお、所在不明機は、特記事項がなければ確認できない車両である。
自衛艦隊
自衛艦隊（じえいかんたい、英: Self Defense Fleet）は、艦艇や航空機を機動運用する海上自衛隊の主力部隊。1954年（昭和29年）7月1日の防衛庁（防衛省の前身）自衛隊発足と同時に創設された。日本周辺海域の海上防衛や各種事態への対応のほか、国際任務等にも対応している。
自衛艦隊 概要
自衛艦隊は、防衛大臣直轄部隊であり、司令部及び護衛艦隊、航空集団、潜水艦隊、掃海隊群、艦隊情報群、海洋業務・対潜支援群、開発隊群、その他防衛大臣の定める部隊をもって編成されている。帝国海軍の連合艦隊（もしくは海軍総隊、海上護衛総隊）等に相当する事実上の実働部門の統括部隊であるといえる。
司令部は船越地区（神奈川県横須賀市船越町7－73）に置かれている。2020年（令和2年）10月1日に関東自動車工業の跡地に新庁舎「海上作戦センター」が完成し、本格運用を開始した。同センターには自衛艦隊司令部をはじめ、隷下部隊の護衛艦隊、潜水艦隊、掃海隊群、海洋業務・対潜支援群、艦隊情報群の司令部が集約されている。なお新庁舎完成前の海上作戦センターは、自衛艦隊司令部内の指揮施設を指した。
自衛艦隊司令官が指揮を執り、防衛大臣の指揮監督を受ける。その際、部隊運用は統合幕僚長、隊務等は海上幕僚長が補佐や執行をする。また、司令官はフォースプロバイダー（練度管理責任者）たる護衛艦隊司令官、航空集団司令官、潜水艦隊司令官などから提供された部隊をフォースユーザー（事態対処責任者）として運用する。自衛艦隊司令官は海将をもって充てられている。なお、自衛隊観艦式の執行者は原則として自衛艦隊司令官である。
自衛艦隊 名称
1954年（昭和29年）3月2日に自由党、改進党、日本自由党の保守三党防衛折衝による合意を経て閣議決定された「自衛隊法案要項」では、海上自衛隊内に連合自衛艦隊を編成するとされていたが、同年3月9日に閣議で正式決定された「自衛隊法案」では、単に自衛艦隊と称することに改められた。連合自衛艦隊の名称は旧軍人グループと密接な関係にあった改進党が主張していた。
自衛艦隊 沿革
7月1日：防衛庁が創設され海上自衛隊が発足。「自衛艦隊」が新編された。
※ 新編時の編成
司令部、旗艦：警備艦「けやき」（PF-295）
第1護衛隊群（旗艦：警備艦「けやき」、第1護衛隊、第2護衛隊）
第2護衛隊群（旗艦：警備艦「もみ」、第3護衛隊、第4護衛隊）
第1警戒隊群（旗艦：警備艦「うめ」、第2警戒隊、第3警戒隊、第10警戒隊）
2月21日：初となる海上自衛隊演習を実施（四国南方海面、28日まで）。
4月1日：自衛艦隊司令部の編制定まる（幕僚長を置き第1護衛隊群司令部幕僚の兼務を廃止）。
7月1日：横須賀地方隊から海上訓練指導隊（横須賀）を編入。
7月15日：訓練飛行隊群を新編。
8月16日：訓練飛行隊群を廃止。
5月10日：第1警戒隊群を廃止。
10月1日：海上訓練指導隊を第1海上訓練指導隊に改称、第2海上訓練指導隊（呉）を新編。
12月1日：第3護衛隊群を新編。第2護衛隊群を廃止。
2月1日：第2護衛隊群を新編。
6月12日：自衛隊法の一部改正により自衛艦隊司令を自衛艦隊司令官に改称。
9月1日：大規模な組織改編
護衛艦隊司令部及び護衛隊群その他の直轄部隊から成る護衛艦隊を新編。
航空集団司令部及び航空群から成る航空集団を新編。
第2掃海隊群を新編。
5月1日：横須賀地方隊から第1揚陸隊を編入。
自衛艦隊 沿革
7月1日：海上訓練指導隊群（司令部、第1・第2・第3海上訓練指導隊）を新編。
9月1日：航空集団隷下に第4航空群（下総）を新編。
3月31日：部隊改編等。
自衛艦隊司令部を陸上移転（吉倉地区）。
呉地方隊から第1潜水隊を編入。
4月1日：直轄艦「あきづき」を護衛艦隊に編成替え。
2月1日：第1潜水隊群（司令部、護衛艦「かや」、第1・第2潜水隊）を新編。
3月15日：長官直轄の第1掃海隊群を編入。
2月1日：護衛艦隊隷下に第4護衛隊群を新編。
4月1日：第1揚陸隊を第1輸送隊に改称。
3月1日：航空集団隷下の第3航空群（徳島）を廃止、第31航空群（岩国）を新編。
10月16日：第2潜水隊群、プログラム業務隊（横須賀）を新編。
4月1日：自衛艦隊指揮支援システム（SFシステム）運用開始
7月1日：海上訓練指導隊群を廃止、開発指導隊群を新編。
2月26日：環太平洋合同演習（RIMPAC'80）に初参加（3月18日まで）。
2月10日：潜水艦隊を新編。第1・第2潜水隊群を潜水艦隊隷下に編成替え。
3月27日：音響業務支援隊（厚木）を新編。
7月15日：航空集団隷下に第5航空群（那覇）を新編。
3月27日：電子業務支援隊（横須賀）を新編。
6月11日：米海軍との初の日米共同指揮所訓練を実施（15日まで）。
2月24日：初の日米共同統合指揮所演習を実施（28日まで）。
自衛艦隊 沿革
10月27日：初の日米共同統合実動演習を実施（31日まで）。
12月1日：航空集団隷下に第22航空群（大村）を新編。
4月24日：湾岸戦争終結により、自衛隊初となる海外実任務として掃海艇等6隻をペルシャ湾へ派遣するため、自衛艦隊司令官直轄の「ペルシャ湾掃海派遣部隊」を編成する。
9月17日：第1輸送隊司令を指揮官とする「カンボジア派遣海上輸送補給部隊」（輸送艦3隻、補給艦1隻）を派遣させる。
6月24日：直轄艦の訓練支援艦（あづま、くろべ）及び補給艦（さがみ、とわだ、ときわ、はまな）を護衛艦隊隷下に編成替え。
1月17日：阪神・淡路大震災発生により、所属する全稼働艦に対し災害派遣を下令。
3月30日：作戦情報支援隊（横須賀）を新編。
6月30日：音響業務支援隊を廃止。
1月20日：情報業務群を新編、電子業務支援隊及び作戦情報支援隊を情報業務群隷下に編成替え。
3月1日：海上作戦部隊指揮管制支援システム（MOFシステム）運用開始。
3月24日：能登半島沖不審船事件に発生により、防衛庁長官から海上自衛隊初の「海上における警備行動」が発令され、海上自衛隊行動命令（海甲行警命第16号。11.3.24 0050）を下令。
3月13日：第1、第2掃海隊群を廃止、統合し掃海隊群を新編。
3月27日：特別警備隊（江田島）を新編。
8月10日：第1輸送隊を廃止。
自衛艦隊 沿革
11月9日：テロ対策特別措置法により補給艦等3隻をインド洋に派遣。
3月12日：第1輸送隊を新編。
3月22日：開発指導隊群、プログラム業務隊を廃止、開発隊群を新編。護衛艦隊隷下に海上訓練指導隊群を新編。
10月23日：新潟県中越地震発生により、災害派遣を下令。
11月10日：中国潜水艦の領海内潜没航行事案に際し、防衛庁長官から海上警備行動が発令。
12月26日：スマトラ島沖地震及びインド洋津波被害に際し、艦艇を派遣。
4月3日：第1輸送隊を護衛艦隊隷下に編成替え。長官直轄の海洋業務群を自衛艦隊隷下に編入。護衛艦隊隷下に第1海上補給隊を新編。
3月26日：体制移行により、艦艇部隊及び航空部隊を大改編。
3月14日：海上警備行動に基づき、ソマリア沖・アデン湾へ護衛艦2隻を派遣。
3月11日：東日本大震災発生により、全所属艦艇に対し災害派遣を下令。
12月1日：海洋業務群が海洋業務・対潜支援群に改編。
4月14日：熊本地震発生により、災害派遣を下令。
7月1日：第1輸送隊を掃海隊群隷下に編成替え。
9月12日：伊勢志摩サミット支援の功績により、防衛大臣から第1級賞状が授与された。
10月1日：自衛艦隊司令部が海上作戦センター新庁舎に移転。情報業務群を艦隊情報群に改編。
4月1日：自衛艦隊司令部に幕僚副長職が新設。
3月（予定）：大規模部隊改編に伴い、艦隊情報群および海洋業務・対潜支援群が情報作戦集団（仮称）内で再編予定。
自衛艦隊 自衛艦隊の編成
自衛艦隊司令部
護衛艦隊（Fleet Escort Force）
機動運用部隊
第1護衛隊群（Escort Flotilla）
第1護衛隊（Escort Division）
第5護衛隊
第2護衛隊群
第2護衛隊
第6護衛隊
第3護衛隊群
第3護衛隊
第7護衛隊
第4護衛隊群
第4護衛隊
第8護衛隊　
地方配備部隊
第11～第15護衛隊
海上訓練指導隊群（Fleet Training Command）
海上訓練指導隊（Fleet Training Group）
第1海上補給隊（Replenishment at Sea Squadron）
第1海上訓練支援隊（Drone Support Squadron）
航空集団（Fleet Air Force）
航空群（Fleet Air Wing）
航空隊（Flight Squadron）
整備補給隊（Maintenance and Supply Squadron）
航空基地隊（Air Station Support Squadron）
直轄航空隊
航空修理隊（Air Repair Squadron）
航空管制隊（Air Control Service Group）
機動施設隊（Mobile Construction Group）
潜水艦隊（Fleet Submarine Force）
第1・2潜水隊群（Submarine Flotilla）
自衛艦隊 自衛艦隊の編成
第1～6潜水隊（Submarine Division）
潜水艦基地隊（Submarine Base）
第11潜水隊（11th Submarine Division）
潜水艦教育訓練隊（Submarine Training Center）
（自衛艦隊直轄隊群）
※自衛隊法施行令（昭和29年政令第179号）に記載のある総称等を掲載。その他の隊等の細目は各記事項目に詳述。
※自衛艦隊直下隊群（艦隊・集団などの中間的な上部組織を持たない群）に記載した群のうち、掃海隊群については、艦隊・集団にあって群にはない掌理の規定（施行令第16条の13第3項）があり、かつ、護衛隊群（同令第17条）よりも前の条項に規定されていることから、他の群よりやや格上（艦隊・集団に準ずる位置）にあるものと考えられるが、ここでは羅列の都合上他の群と同列とした。
自衛艦隊 自衛艦隊の編成
自衛艦隊司令部（旗艦：護衛艦「あきづき」）
護衛艦隊
司令部（旗艦：護衛艦「てるづき」）
第1護衛隊群（護衛艦「ゆきかぜ」、第7護衛隊、第8護衛隊、第9護衛隊）
第2護衛隊群（護衛艦「はるかぜ」、第1護衛隊、第5護衛隊、第10護衛隊、第11護衛隊）
第3護衛隊群（護衛艦「しい」、第3護衛隊、第4護衛隊、第6護衛隊）
第2掃海隊群（司令部、護衛艦「きり」、掃海艦「桑栄」、敷設艦「つがる」、敷設挺「えりも」、第32掃海隊、第33掃海隊、第34掃海隊）
航空集団
第1航空群（司令部、第1航空隊、第3航空隊、第1支援整備隊、鹿屋航空基地隊）
 第2航空群（司令部、第2航空隊、第13航空隊、第51航空隊、第2支援整備隊、八戸航空基地隊）
第3航空群（司令部、第11航空隊、第12航空隊、第3支援整備隊、徳島航空基地隊）
第21航空群（司令部、第101航空隊、第21支援整備隊、館山航空基地隊）
第1、第2、第3海上訓練指導隊
潜水艦「くろしお」
自衛艦隊 司令部の編成
自衛艦隊司令部等の主な編成は次のとおりである。
自衛艦隊司令官、護衛艦隊司令官、航空集団司令官、潜水艦隊司令官は海将をもつて充てられている。
掃海隊群、護衛隊群、海上訓練指導隊群、航空群、潜水隊群、海洋業務・対潜支援群、開発隊群、艦隊情報群の長は、○○群司令とされている。
掃海隊群司令、護衛隊群司令、航空群司令、海洋業務・対潜支援群司令、開発隊群司令は海将補をもつて充てられている。
海上訓練指導隊群司令、潜水隊群司令、艦隊情報群司令は、1等海佐をもつて充てられている。
自衛艦隊司令部、護衛艦隊司令部、航空集団司令部、潜水艦隊司令部、掃海隊群司令部に一人置かれ、司令官（群司令）を補佐し、司令部の部内の事務を整理する。
自衛艦隊司令部、護衛艦隊司令部、航空集団司令部、潜水艦隊司令部の幕僚長は、海将補をもつて充てられている。
掃海隊群司令部幕僚長は、1等海佐をもつて充てられている。
護衛隊群、海上訓練指導隊群、航空群、潜水隊群、艦隊情報群、海洋業務・対潜支援群、開発隊群司令部の幕僚のうち最上位にある者を首席幕僚とする。首席幕僚は、それぞれの群司令の命を受け、当該司令部の部務を整理する。
自衛艦隊司令部、護衛艦隊司令部、航空集団司令部、潜水艦隊司令部、掃海隊群司令部では、幕僚長の命を受け、当該司令部の部務を分掌する。
自衛艦隊 司令部の編成
護衛隊群司令部、海上訓練指導隊群司令部、航空群司令部、潜水隊群司令部、艦隊情報群司令部、海洋業務・対潜支援群司令部、開発隊群司令部では、それぞれ護衛隊群司令等の命を受け、当該司令部の部務を分掌する。
(監理、情報、運用、訓練、後方、通信、計画、気象等の各幕僚の他、医務長という医官が置かれている)
司令官・群司令の庶務をつかさどる。
部隊等の海曹士を総括し、規律及び風紀の維持、部隊等の団結の強化に務め、部隊等の長を補佐する。
司令部要員は50名くらいと大人数なので、旗艦には司令公室、幕僚長室、幕僚事務室、幕僚庶務室といった設備が設けられた。
1963年（昭和38年）3月31日、自衛艦隊司令部が陸上に移転し、横須賀市吉倉に置かれたため、旗艦は廃止となる。
1965年（昭和40年）3月、船越地区に移転し現在に至っている。なお、庁舎に掲げる標札は、江田島の旧海軍兵学校の校門の標札が勝海舟の筆跡からとって鋳造された故事に倣って、東郷平八郎の筆跡を集めて構成し、鋳造したといわれている。
エコー
エコー（echo）は、反響を意味する英語。
大尉
大尉（たいい）は、軍隊の階級の一つ。尉官の最上級であり、中尉の上、少佐の下に位置する。
多くの国の海軍では、海軍大尉は2条の線で階級が表される。昭和期の大日本帝国海軍では習慣的に「だいい」と呼称した（詳細は#日本軍参照）。
大尉 日本
版籍奉還の後、1870年10月12日（明治3年9月18日）に太政官の沙汰により海陸軍大佐以下の官位相当を定めたときに海陸軍少佐の下、海陸軍中尉の上に海軍大尉と陸軍大尉を置き正七位相当とした    。
1871年2月11日（明治3年12月22日）に各藩の常備兵編制法を定めたときに歩兵大隊の中隊長を大尉と改称し、また砲兵隊長を大尉と改称した  。少尉以上を総称して上等士官といい藩庁が選抜して兵部省へ届出させた 。
1871年4月2日（明治4年2月13日）に御親兵を編制して兵部省に管轄させることになり、また同年6月10日（同年4月23日）に東山西海両道に鎮台を置いて兵部省の管轄に属すことになり、兵部省による海陸軍大尉の任官の例が増加する。
廃藩置県の後、明治4年8月の官制等級改定及び兵部省官等改定 や明治5年1月の官等改正及び兵部省中官等表改定など数度の変更があり 、明治5年2月の兵部省廃止及び陸軍省・海軍省設置を経て、明治6年5月8日太政官布達第154号 による陸海軍武官官等表改正で軍人の階級呼称として引き続き用いられ、西欧近代軍の階級呼称の序列に当てはめられることとなった。