惑星連邦 宇宙艦隊
TNG「悲しみのアカデミー卒業式」で初登場し、この時はHとIを掛け合わせたようなデザインとなっている。DS9ではフェレンギ人のノーグが宇宙艦隊アカデミーに入学しているが、正規の艦隊士官と区別するため、黒ではなく灰色をベースに肩に赤色が載る形となっている。なお、ノーグはドミニオン戦争の激化でDS9 129話「ディープ・スペース・ナイン奪還作戦　前編」で繰り上げ卒業し少尉となる。またDS9 146話「過信」ではU.S.S.ヴァリアントで実践実習を行っているレッド・スクワッドという特待生部隊が登場。Jタイプの制服に基づいた新デザインで、灰色をベースに肩に部門色が載り、階級章の位置に赤い特殊なバッジを着用している。
ベイジョー艦隊
DS9のキラ・ネリス少佐とオドー保安主任は宇宙艦隊の所属ではないためベイジョー艦隊の制服を着用している（オドーは体の表面を変形させてそう見せているだけ）。宇宙艦隊のG-Iに近いデザインだが、おもな違いは以下の通り。
デザインモチーフが宇宙艦隊は横分割だが、ベイジョー艦隊は縦分割。
所属部門色の事務系統は青でなく灰色。
黒い部分がない。
コムバッジはベイジョーの紋章をしており、右胸に付ける。また呼ぶために押したときの音も異なる。
テラン帝国宇宙艦隊の制服
ENTタイプ
徽章以外はプライムタイムラインのそれとあまり変わらないが男性はサム・ブラウン・ベルトを着用。女性用は上着がクロップド丈で腹部が露出している（いわゆるへそ出し）
DISタイプ
細部以外はプライムタイムラインのそれとあまり変わらないが高級幹部は上半身に複雑な形状の金色の金属製パーツを上着の上に着用。金属パーツは左右対称のものと左右非対称のものの二種類。
TOSタイプ
金色のサッシュを着用。
地球連合防衛軍の制服
宇宙艦隊アカデミー（英: Starfleet Academy）は、宇宙艦隊の軍大学に相当する4年制の教育機関。難関校として知られ、卒業生は宇宙艦隊の将校士官となる。宇宙艦隊司令部も同立地にあるため、劇中の登場は多い。設立は2161年、地球のサンフランシスコ・プレシディオにある。モットーはラテン語で「星々から、知識を（羅: Ex astris, scientia.）」である。これはアポロ13号やアメリカ海軍のモットーからきている。
惑星連邦市民であれば入試資格を持つが、前提としてまず最難関校であり、入学前にまず予備校とも言える宇宙艦隊アカデミー進学予備課程（英: Starfleet Academy Preparatory Program）を6週間受講する必要がある。この講習自体にも入試があり、受験生はストレス反応テスト、宇宙生活への適性テスト、演繹的思考テストに合格しなければならない。この「入試の入試」と呼べるものだけで、4日間を必要とする。
惑星連邦民以外の受験も可能だが、宇宙艦隊指揮官レベルの推薦が必要となる（例：フェレンギ人のノーグ、ブルナリ人のイチェブなど）。
アカデミーを舞台にしたシリーズであるStar Trek: Starfleet Academyの製作が予定されている。
『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』で初登場した「国家の内部における国家（state within a state）」の状態にある異質な秘密スパイ組織。惑星連邦設立当時からあるとされているが実際には連邦設立前の、ENTの時代から存在する。その存在は宇宙艦隊の提督クラスのさらに一部しか知らない。宇宙艦隊情報部の下部組織だとも言われているが、組織図に載っているわけでもなく、惑星連邦と直接的な繋がりがあるわけではない。同様の組織にロミュラン帝国にはタル・シアー、カーデシア連合にはオブシディアン・オーダーがあるが、これらの2組織が諜報機関として公式に設置されその存在が一般に知られている。しかしセクション31の名称はもちろん、この惑星連邦の諜報機関の存在はほぼ知られていない。宇宙艦隊が運用している全連邦市民を監視するネットワークプログラム「ウラエイ」から発生した人工知能生命体「コントロール」によって創設・統制され、その未来予測に従って活動しているという。
組織の呼称とその行動原理は地球連合宇宙艦隊憲章第14条31項 (英: Article 14, Section 31) の、「非常事態においてはいかなる規則を曲げることも許される」という条項を都合良く解釈し、常設組織としたものである。組織の名称は31項 (Section 31) にもとづいているが、もちろん非公式な呼び名である。惑星連邦・宇宙艦隊のあらゆる規則に規制されることなく、本来なら違法とされる活動も躊躇なくおこなう。
『スタートレック:ディスカバリー』では秘密基地ならびに30隻を超える宇宙船の艦隊を保有し、秘密裏にタイムトラベルの研究も行う。
高い能力と正義感を持つ者をスカウトすることで構成員を増やす。構成員は危機的状況に陥った場合、インプラントにより自らの意志で死を選択でき、同時に記憶も遮断することもできる。『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』ではルーサー・スローンがジュリアン・ベシアをしつこく勧誘する。のちにロミュラン帝国諜報機関「タル・シアー」もその存在を知ることになり独自に調査を開始するが、スローンは処刑され、セクション31なる組織は彼の妄想だったというかたちで調査は終了する。だがセクション31は消えておらず、引き続き活動は行われる。
連邦データベースの記録を自在に改竄したり、みずからの存在の痕跡を完全に消すことも可能である。基本的に独自の活動を行うが、存在を知る連邦高官と取り引きをすることもある。活動内容のほとんどが連邦の規則や倫理を破るもので、連邦の利益となることなら手段を選ばない。『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』では地球を訪れたオドーを秘密裏にウイルスの感染者にし、将来連邦にとって危険となるであろう存在である創設者一族を抹殺しようと計画する。
『スタートレック:エンタープライズ』や『スタートレック:ディスカバリー』にも登場している。放送順では『ディープ・スペース・ナイン』よりも後だが、シリーズ内の歴史としてはこれらの方が早い。また、従来とは異なる時間軸の『スター・トレック イントゥ・ダークネス』（設定は2259年）にも登場し、ここでは通常の部隊を装ってセクション31の名称が使用されているが、施設は秘匿され、建物に入るには厳重なセキュリティチェックを受ける必要があり、活動内容は極秘任務である。映像作品以外では、オンラインゲーム版『Star Trek Online』（設定は25世紀）や小説版『Star Trek: Section 31』シリーズなどにも登場する。
初登場以来、セクション31は「主人公たちがやりたくとも倫理的にできないことを平然とするスパイ組織」「敵なのか味方なのかよく分からない」「突然登場して消える」という新しい刺激を『スタートレック』シリーズに与えた。
フィリッパ・ジョージャウを主人公とした、セクション31関連の映画の製作が発表されている。
22世紀
23世紀
23世紀（劇場版第11作『スター・トレック』以降の新時間軸）
24世紀
25世紀
『宇宙大作戦』53話「恐怖のコンピューターM-5」に登場したリチャード・デイストロム博士に由来する、惑星連邦の最新技術を開発する研究所。デイストロム博士は23世紀、その後1世紀もの長期間に渡って宇宙艦のコンピュータとして使用されることとなるデュオトロニクス・コンピュータを発明した。テレビシリーズ本編では『新スタートレック』等においてこの研究所出身の科学者や最新技術がたびたび登場し、かなり初期から言及されていたものの、台詞のみの登場であった（TNG85話「ヒューマン・アンドロイド・データ」、177話「永遠への旅」等）。
明確なデイストロム研究所の初登場は、『スタートレック:ピカード』第1話で、ピカード提督が「シンス」（アンドロイド種族）の情報を求めて訪問する。その際に海岸に立地された巨大な全体像が確認でき、さらに所在地が沖縄であることが初めて明らかとなった。『スタートレック:ローワーデッキ』17話では、ボイムラー少尉とマリナー少尉がデイストロム研究所へ向かう際に「デイストロム研究所に行くついでに沖縄ラーメンを食べよう」という会話をする。PICシーズン3では、デイストロム研究所所有の宇宙ステーションが登場。そこにはカーク大佐やピカード提督ら歴代の著名艦隊提督の遺体のほか、トリブル、新たに製造されたデータの筐体、さらには量子トンネル技術など宇宙艦隊の機密が厳重に保存されていた。
劇場版12作『スター・トレック イントゥ・ダークネス』の序盤では、パイク提督とカーク船長らが「デイストロム」での緊急会議に招集される。ただしパイク提督が「デイストロムで緊急会議」と言っているだけで、それが正確にデイストロム研究所であるのか、宇宙艦隊の会議場なのかは不明。また23世紀中期ではデイストロム博士は現役である。
29世紀に存在。ウェルズ級時間艦などを保有。