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新潟駅 歴史
このほか、駅ビルや駅舎の整備も行われ、2009年（平成21年）1月には新駅ビル「CoCoLo南館」が竣工し、同月末からデッキ供用開始の2月20日にかけて各テナントがオープンした。さらに9月19日には南口駅舎1階の改修が完工し、東改札・西改札それぞれへ通じる出入口が増設され、前出の駅ビルの新フロア「CoLoLo中央」と「あいぺこっと」がオープンした。
第2期（2009年〈平成21年〉- 2021年〈令和3年〉）においては、在来線の連続立体交差化を実施。在来線ホームは新幹線ホームと同じ3階に移設され、3面5線の高架ホームとなる。ホーム本数が減少するのに伴って、信越・白新線の新潟駅 - 上沼垂信号場間には留置線が1本増設される。越後線・新潟 - 白山間は信濃川橋梁の新潟方手前までが複線化され、西跨線橋の新潟方手前の高架上に留置線が4本新設される。また白山駅も改築され、ホーム下に駅舎を移設して南北間の自由通路を設け、ホームを1本増設して2面3線とするなど輸送力の増強が図られる。
新潟駅 歴史
2011年（平成23年）10月から翌年11月にかけて複数回の線路切り替え工事が行われ、信越線・白新線の仮線化および1面2線の仮設ホーム（8・9番線）の設置が行われた（ホームの変遷については#のりばを参照）。また、越後線側では上所島・新上所島両跨道橋の複線桁への架け替えが行われ、2013年（平成25年）には白山駅の3線化が竣工した（詳細は白山駅 (新潟県)#白山駅周辺整備事業を参照）。仮線への切り替え後は従来の線路を一部撤去したうえで高架線の建設が本格的に進められ、2018年（平成30年）4月15日に信越線・白新線の高架線2本、越後線の高架複線および留置線、当駅の高架ホーム2面4線（2 - 5番線）が開業した。この開業は高架暫定開業または高架駅第一期開業と呼ばれる。
その後、信越線・白新線の残る高架線2本および高架ホーム1番線の施工が進められ、2022年（令和4年）6月5日に完成した。
新潟駅 歴史
また、駅舎東西には都市計画道路「新潟駅東線」「新潟駅西線」、越後線の白山方には都市計画道路「新潟鳥屋野線」（新潟市道新潟鳥屋野線、現在の八千代橋と北越高校通りの各一部）など、駅南北を縦貫する幹線道路が新たに整備される。また既存の道路においても高架化完了後には、新潟市道明石紫竹山線（都市計画道路明石紫竹山線、東跨線橋通り）は跨線橋を撤去して在来線との交差部が平面化されるほか、現在進められている国道7号・栗ノ木バイパスの一部連続立体交差化事業（栗ノ木道路・紫竹山道路）の一環として、同バイパスでは在来線アンダーパス部の路盤嵩上げなどの改良工事が実施される（詳細は栗ノ木バイパス#栗ノ木道路・紫竹山道路を参照）。
万代口駅前広場の整備事業は立体交差化完了後に予定されていたが、前述の2012年（平成24年）の工程見直しの際に前倒しでの着手が決定し、2015年（平成27年）のBRT萬代橋ライン運行開始時開始に合わせて部分的な整備が行われた。噴水、時計台などを撤去し、タクシープールおよび自家用車整理場を縮小したうえで歩道空間が広げられた。これに伴い、2015年（平成27年）7月からロータリー内への一般車の乗り入れが禁止された。
新潟駅 歴史
連続立体交差事業の当初段階の設計においては、在来線ホームは万代口側から相対式の1番線、島式の2・3番線、4・5番線となっていた。だが、上越新幹線と白新線・羽越本線方面の特急列車「いなほ」との乗換えの利便性を高めるため設計が変更され、万代口側から島式の1・2番線、3・4番線とし、さらに新幹線ホーム11番線の万代口側に島式ホームを設置して、それぞれ在来線側に5番線、新幹線側に10番線が設けられ、同じホームでの乗換の便がはかられることになった。この設計変更は、現在計画が進められている羽越本線高速化の一環として行われたものである。なお、検討段階では11番線を在来線用に転換する案もあったがシステム改修費などを理由に現案に落ち着いた。
対面乗り換えは2018年（平成30年）4月15日の高架化第一期開業にあわせて開始され、当日はJR東日本の新潟支社長や米山隆一新潟県知事（当時）、篠田昭新潟市長（当時）らがテープカットを行い、多くの地元メディアが取材を行うなどし、新潟駅のリニューアルを広く報道した。
2020年（令和2年）10月9日に万代口駅舎が閉鎖され、解体工事に着手している。
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万代口旧駅舎の撤去工事に合わせて、2020年（令和2年）8月7日に、新潟市とJR東日本が、惜別イベント「ありがとう万代口駅舎惜別プロモーション」を同年9月上旬 - 10月末日に実施することを発表した。イベント内容は、「新潟駅思い出写真展」、「新潟駅ありがとうメッセージの掲出」、「“最後の新潟駅万代口駅舎”惜別イベントの実施」、「新潟駅周辺整備事業PRコーナーの設置」の4つに分けて構成された。
新潟駅 歴史
2020年（令和2年）8月28日には、惜別イベントの実施開始日を同年9月7日とするほか、「新潟駅思い出写真展」「新潟駅ありがとうメッセージの掲出」についての詳細が発表された。前者は万代口駅舎の歴史に関する写真展やInstagramを活用した新潟駅に関する写真の募集しての掲出、後者は新潟駅で勤務するJR東日本グループ社員によるメッセージの掲出といった内容であった。その後、2020年（令和2年）9月18日には、「“最後の新潟駅万代口駅舎”惜別イベントの実施」についての詳細が発表された。具体的には、万代口駅舎内の見学ツアーや新潟駅周辺整備事業PR・ペーパークラフト教室（2020年10月3日開催）のほか、絵描きワークショップ、有人改札の体験、メディアステーションbananaの限定復活、工場見学（同年10月11日開催）の実施といった内容であった。そして、2020年（令和2年）11月5日には、惜別イベントの実施期間を同年11月11日まで延長するほか、万代口駅舎と『機動警察パトレイバー』がコラボした記念グッズの先行販売と、新潟市マンガ・アニメ情報館にて開催中の企画展とタイアップしたポスター掲出の実施について発表された。なお、万代口駅舎屋上に掲げられている駅名標の夜間点灯は、2020年（令和2年）11月11日をもって終了となった。
第3期（2021年〈令和3年〉以降）には高架化完了後、駅舎の全面改築などを実施。高架化の際に撤去した万代口駅舎を改築するほか、ペデストリアンデッキの設置など南北駅前広場の再整備をはじめ、南北のバスターミナルを駅舎東側の高架下に設ける「交通広場」へ一元化する。また駅南北を縦貫する前掲の道路整備をはじめ、市内中心部の環状道路網の整備を引き続き進めるほか、都市計画道路「出来島上木戸線」の一部区間（笹出線・米山交差点 - 笹口交差点間1.2 kmなど）で拡幅などを行う。また、現在笹出線に集中している南口側の東西方向の自動車交通を分散させるため、都市計画道路駅南線（新潟市道、愛称「けやき通り」）を西側へ延伸して新潟鳥屋野線と接続させる。その他の詳細については今後検討が進められる。
2018年（平成30年）
4月15日：高架駅第一期開業。これにより、地上の1番線 - 4番線が廃止となり、高架の2番線 - 5番線の供用を開始する。また、高架2 - 5番線および信越線・白新線の上沼垂信号場 - 高架ホーム間、越後線の信濃川橋梁付近 - 高架ホーム間の保安装置がATS-Pとなる。なお、地上の8・9番線は引き続き使用。保安装置はATS-Psのまま。新幹線11番線と在来線5番線で対面乗り換えを開始。CoCoLo西N＋（5店舗）が開業する。
10月：新潟支社ビルの建設工事に着手。
11月1日：びゅうプラザが平日の営業終了時間を1時間繰り上げ。
12月22日：新幹線の待合室をリニューアル。
2020年（令和2年）
3月14日：新幹線eチケットサービスを開始。
3月22日：JR東日本新潟支社ビル撤去工事の着手に伴い、駅ビル「CoCoLo 万代」（地下1階、1階）が閉店。
4月1日：びゅうプラザの運営がびゅうトラベルサービスに移管される。
6月16日：新潟支社ビル（現 万代口駅舎）の撤去工事に着手。
9月16日：CoCoLo南館1階に、複合型シェアスペース「MOYORe:」がオープン。
10月1日：複合型シェアスペース「MOYORe:」にて、駅ナカシェアオフィス「STATION WORK」が利用可能となる（事前予約制）。
10月9日：万代口改札が移転。万代口駅舎閉鎖。
2021年（令和3年）
2月12日：駅ナカシェアオフィス「STATION WORK」のブース型「STATION BOOTH」が開業。
2月17日：「ホテルメッツ新潟」にて、駅ナカシェアオフィス「STATION WORK」が利用可能となる（事前予約制）。
3月12日：KIOSK新幹線ホーム2号店、3号店が閉店。乗り換えホームにあったKIOSKも閉店。
3月13日：タッチでGo!新幹線のサービスを開始。
3月22日：駅構内店舗「Sta.N.d life store（スタンド ライフ ストア）」がオープン。
2022年（令和4年）
1月31日：駅周辺整備事業のため一般車用駐車場の利用停止。
2月28日：びゅうプラザの営業を終了。
4月1日：駅たびコンシェルジュが開業。
5月31日：万代口のみどりの窓口の営業を終了。
6月5日：1番線が高架化し高架ホーム全面開業（周辺整備も含めた事業全体の竣工は2020年代を予定）。8・9番線、万代口改札口を廃止。在来東改札口の供用開始。商業施設「CoLoLo新潟」第I期開業。
9月25日：「CoCoLo新潟」（本館・東・中央）が閉店。
2024年（令和6年）
3月1日：新潟市観光案内センターがオープン。
3月27日：「CoCoLo新潟」第III期開業。
3月31日：高架下交通広場の供用によりバスターミナルが南北一体化。同時に西側連絡通路が閉鎖。
4月25日：「CoLoLo新潟」第IV期開業に伴い、「CoLoLo新潟」がグランドオープン。ガタリウム（吹き抜けスペース）がオープン。
5月29日：「CoLoLo新潟」第IV期のエキナンキッチン開業。
新潟駅 駅構造
直営駅（駅長・助役配置）で、周辺駅を統括管理する地区管理駅を兼ねており、信越本線のさつき野駅 - 越後石山駅間、白新線の東新潟駅 - 西新発田駅間、越後線の越後曽根駅 - 白山駅間の各駅 を管理する。
在来線の改札口として、在来東改札、在来西改札、新幹線の改札口として、新幹線東改札、新幹線西改札があり、それぞれの改札口付近にみどりの窓口および指定席券売機が設置されている。また、在来線と新幹線ののりかえ改札が、2階コンコースに1箇所、のりかえホームと5番線のホーム上に2箇所（ホーム東改札、ホーム西改札）の、計3箇所設置されている。
全ての改札口にSuica対応の自動改札機が設置されている。在来線改札では全通路でSuica（相互利用可能なカード含む）が使用可能。新幹線改札では新幹線eチケットサービスやタッチでGo!新幹線のほか、長岡駅 - 新潟駅間のSuica定期券が利用できる。
在来線ホームは、高架上の1番線から5番線が設置されている。
在来線高架ホームにおいては、きらきらと舞い降りる雪と輝く海をイメージしたオリジナルの発車メロディ（曲名『冬』） が使用されているほか、戸閉自動放送が導入されており、ホーム上に発車標が設置されている。
在来線ホームにはホーム上の柱などに非常停止用赤旗が設置されている。
新潟駅 駅構造
かつての在来線ホームは万代口駅舎と南口駅舎の間の地上部にあり、2012年（平成24年）11月4日に仮ホーム（8・9番線）の使用が開始されるまでは単式ホーム1面1線（1番線）島式ホーム3面6線（2番線 - 7番線）を有していた。これら地上ホームは廃止に至るまで発車メロディー、自動放送の導入およびホーム上の発車標設置は実施されていなかった。仮ホーム（8・9番線）も同様である。
高架化工事中の仮ホームとして設けられていた8・9番線は頭端式構造で、旧1番線東側を切欠いて設置されたものである。第一期高架開業後から廃止までは、高架ホームと8・9番線ホームは万代口への連絡通路を兼ねる1本の跨線橋で連絡していた。
普通列車に関してはホームを効率的に運用するため、高架開業後の現在に至るまで方面別の振り分けは特に決まっていない。
新潟駅 駅構造
新幹線ホームは高架部3階にあり、島式ホーム2面4線と「のりかえホーム」1面を持つ。11 - 14番線ホームは16両編成の列車に対応している。上越新幹線の終点で全列車停車を前提としているため熊谷駅以北の駅で唯一、通過本線を持たない。11・13・14番線ホーム頭上に電光式の乗車位置案内表示機が設置されている。2018年4月の在来線高架化第1期開業時に、11番線の線路を挟んだ反対側にホームが新設され、在来線の5番線ホームと2ヶ所の乗り換え改札を介して対面（同一平面上）での乗り換えが可能になった。このホームは「のりかえホーム」と称し、独立したホーム番号を持たず、新幹線コンコースに直接出入りすることができない。のりかえホームは現在運用されている最長編成である12両編成分のみ確保されている。なお、11番線ホーム（12番線との島式ホーム）も継続して使用されており、11番線は「両側のドアが開く」新幹線ホームとなっており、新幹線駅では日本唯一である。。のりかえホームの新幹線側には上越新幹線では唯一の可動式安全柵（ホームドア）が設置されている。下り列車到着時は11番線側のドアが先に開き、のりかえホーム側のドアが後で開く。上り列車発車時はのりかえホーム側のドアは発車の2分前に閉められる。
駅弁が販売されている。売店での販売で、在来線ホーム・新幹線ホームとも通常は立売りを行わない。
新潟駅 駅構造
以下、2022年（令和4年）6月5日からの表記である。
「新潟駅付近連続立体交差事業」の進捗に伴って、在来線ホームのうち4号ホーム（6・7番線）は2012年（平成24年）11月3日新潟駅発の終電をもって廃止となり、11月4日未明から昼にかけて実施した仮設線切り替え工事の終了後、新たに1番線東側（新津・新発田方）を切り欠く形で設けられた頭端式の仮設ホーム（8・9番線）の供用を開始し、最大7両編成の列車が発着可能となった（現在は廃止）。また、2013年（平成25年）3月16日のダイヤ改正に合わせ、3号ホーム（4・5番線）のうち5番線の定期列車の発着を取りやめ、4月6日の車両展示イベントを最後に運用を終了し、同年9月30日をもって連絡地下道の4番線側が閉鎖された。さらに、2018年（平成30年）4月15日から在来線高架ホームの一部開業（2 - 5番線）に伴い、在来線ホーム旧1 - 旧4番線が同年4月14日をもって使用停止され、連続立体交差事業の工事が進められる。その後高架ホーム1番線が2022年（令和4年）6月5日に使用を開始し、8・9番線は6月3日の終電をもって廃止された。
上越新幹線は当駅より更に南東側へ、白新線にほぼ並行しながら高架橋が続いており、終端部には新潟新幹線車両センターが設けられている。
新潟駅 駅構造
「ガタリウム」という名称で、憩いの場として設けられ、イベントスペースとしても活用される。
元々は北側にしか出入口がなかった。南口開設に際して区別するため、万代橋（現表記は「萬代橋」）側にあることから、「万代口（ばんだいぐち）」の愛称が付けられた。
南口駅前広場は1982年（昭和57年）に現在の臨時バスターミナル（後述）にあたる部分が整備され、その後2000年代の駅周辺整備事業（前述）により大幅に拡張された。なお、高架化前から改札口としての「南口」はなかった。
末期の旧万代口駅舎は、万代口改札・みどりの窓口・券売機・コンビニエンスストア（KIOSK）があり、待合室（メディアステーションbanana）、旅行センター（びゅうプラザ）・飲食店・立食いそば店、ヨドバシカメラ新潟店 A館」（2016年3月21日、移転のため閉店）、地下1階に商業施設「CoCoLo万代」（旧「パティオ万代」）などがあった。新潟駅高架化工事に伴い2020年（令和2年）10月8日をもって旧万代口駅舎が閉鎖され解体工事に入ったため、全施設が閉鎖された。
万代口改札については、旧万代口駅舎解体後も高架ホーム1番線の使用開始および地上ホーム8・9番線の廃止まで8・9番線付近に改札を移転し「仮万代口改札」として営業を続けていたが、全線高架化に伴い西改札と東改札のみとなり、万代口改札の使用を終了した。
新潟駅 駅構造
駅のエントランスは、大きく分けて南北に2箇所ある。万代口と南口の2つの大きな出入口があり、双方は高架上にある東改札側と西改札側の自由通路、および地上の駅高架下バスターミナルの自由通路でつながれている。万代口と南口の双方にペデストリアンデッキが整備されている（万代口側は2024年〈令和6年〉6月時点で工事中）。駅構内には東改札側および西改札側にみどりの窓口および券売機がある。
西改札・東改札の両改札とも、現在は万代口と南口の中間に位置しており、両改札から万代口側・南口側のいずれにも出ることができる。高架化前は万代口駅舎と南口駅舎に分かれていたが、現在は万代口側と南口側で駅舎が一体化している。
在来線東改札付近には吹き抜け広場「ガタリウム」があり、イベントスペースとなっている他2階コンコースやCoCoLo、万代口方面それぞれとつながっている（早朝・夜間は閉鎖）。
新潟駅 駅構造
駅構内には商業施設（CoCoLo）があり、高架ホーム全線開業の日である2022年（令和4年）6月5日より2階東改札側で新たな商業施設が部分的に開業し、そこから段階的に商業施設の整備を進めていき2023年（令和5年）2月23日には3COINS（新潟県1号店）やマツモトキヨシ（matsukiyoLAB）が出店。2024年（令和6年）には「CoCoLo新潟」が約170店舗を構えた大規模な商業施設として全面リニューアル開業し3月27日・4月25日、および5月29日の3回に分けて各エリアがオープン。
成城石井（3月21日先行オープン）が新潟県内に初出店するほか、地元製菓会社亀田製菓・栗山米菓・ブルボンのコンセプトショップ、県内初出店となる「牛たん炭焼　利久」や「ゼッテリア」、19年ぶりに新潟市内へ進出する明治屋などのほか、「CoCoLo万代」時代から継承される生鮮食料品売り場「けんこう市場」を中心として高架化工事に伴い一度閉店した「CoCoLo」の主な店舗も再オープンした。
新潟駅 駅構造
2024年（令和6年）6月時点で、万代口側のエントランスにペデストリアンデッキが設置工事中であり、旧万代口駅舎跡地には万代口広場が2025年（令和7年）ごろに供用される予定である。2024年（令和6年）時点で、改札から万代口へ抜けるには、東改札の場合は吹き抜け広場ガタリウムを経由するかバスターミナルおよび高架下自由通路へ降りて行くのが最短で、西改札の場合はCoCoLo1FWESTSIDE方面のエスカレーターを降りて万代口に出ることができる。ただし、ガタリウムは早朝（7時まで）・夜間（22時以降）は閉鎖されるため、早朝・夜間のみ通り抜けができない。
万代口周辺から万代シテイにかけての地区は「新潟市ぽい捨て等および路上喫煙の防止に関する条例」に基づいて「路上喫煙制限地区」に指定されている。駅舎に最も近い喫煙所は、万代口バスターミナル西側の歩道上（オセオ弁天前）に設置されている。
南口側出入口については上越新幹線開業にあたって整備され、前述の駅周辺整備事業によって拡張されたのが「南口」である。駅舎正面からペデストリアンデッキ（新潟駅舎南側歩行者通路）への出入口自動扉付近東側に、忠犬タマ公の像が設置されている。
新潟駅 駅構造
南口駅前広場から駅舎へは東側通路・西側通路と、駅舎正面の2箇所の出入口（中央部は東改札口横〈旧南中央口〉、西側は西改札口横に接続。いずれもエスカレータ設置）、駅舎正面に架設されたペデストリアンデッキの計5箇所から出入りすることができる。デッキ上の駅舎正面には東改札側・西改札側の2箇所の出入口と、東側連絡通路側には東側通路と「CoCoLo南館」への出入口があり、中央部には地平部とを階段・エレベーターで連絡する「コネクターキューブ」が2基、エスカレータが上下各1基設けられている。かつて南口駅舎2階に存在したCoCoLo本館 東に関しては上記の万代口側にも存在するCoCoLo新潟East side（2024年3月27日開業）の一部となっている。
南口側1階は、中央部から西側（タクシー・送迎車両用ロータリー側）にかけて駅ビル「CoCoLo中央」が出店していたが駅工事に伴い閉鎖し、現在その場所はCoCoLo新潟 1F WEST SIDEとなっている。東側（バスターミナル側）にはかつて新潟市の運営による交通・観光情報発信施設「情報ポケット新潟」（あいぺこっと にいがた）があり、列車・バスの発車案内や市内の観光案内などを行っていた。
なお、南口周辺も万代口周辺同様、前述の「路上喫煙制限地区」に指定されている。駅舎に最も近い喫煙所は、東側連絡通路の階段下に設置されている。
新潟駅 駅構造
駅舎南北を連絡する自由通路が架設され、万代広場側と南口広場側に連絡している。新潟駅旧東側自由通路ならびに旧西側自由通路は新潟市が設置したもので両端にあるエレベーターなどを含めた管理は中央区建設課が行っている。東側、西側連絡通路万代口側は駅工事に伴い閉鎖。
自由通路に接続する通路として、南口にあるLEXNビルの取付部の通路が西側自由通路にある。こちらはLEXNビルの敷地から接道する形で新潟駅西側自由通路に利便性向上のため接続しているもので、管理は新潟市ではなくLEXNビル側となる。
ただし、南口駅舎内および駅ビル内はJR東日本新潟支社とJR東日本新潟シティクリエイトが管理を行っている。
2023年（令和5年）3月25日に駅高架下に階段を登り降りせず南北に行き来できる自由通路が開通した。
新潟駅 駅構造
1980年（昭和55年）に供用を開始した東側連絡通路には「新潟駅ビルCoCoLo」の「CoCoLo南館」があり、このうち「CoCoLo南館」の 2 - 3階には「ビックカメラ新潟店」が出店している。万代口側では複合ビル「ガレッソ花園」の2階と直結し、駅舎内と駅舎外の階段2本とエスカレータ1基が設けられている。南口側ではバスプール（臨時バス・貸切バス用）と「アートホテル新潟駅前」を内包する複合ビル「プラーカ」1・2と直結し、階段2本が設けられている。通行できるのは歩行者のみで、終電から始発の間（0:30 - 4:30）は閉鎖される。この東側通路のCoCoLo南館とプラーカ1横にはエレベーターが設置され、車椅子などは南口駅舎と駅前広場との間で介助なしに通行できる。ただし万代口側には段差があるため、介助なしでは駅舎南北間の通行はできない。なお、高架化工事に伴って2013年（平成25年）10月27日に、在来線架橋部が仮設通路へ切り替えられた。駅工事に伴い万代口側に通り抜けができなくなっていたが、2024年（令和6年）3月27日にCoCoLo（East side、かつてのCoColo東 本館であった場所）の開業に伴い再び通り抜けが可能となり、工事期間は改札口へも一度屋外を経由する必要があったが、屋外を経由せず行くことが可能となった。
新潟駅 駅構造
1989年（平成元年）に供用を開始した西側連絡通路には、南口駅舎内に「CoCoLoフードコート」と「ヨドバシカメラ新潟店」があったが、CoCoLoフードコートは2016年（平成28年）3月31日に、ヨドバシカメラ新潟店は2016年（平成28年）3月21日にそれぞれ閉店した（ヨドバシカメラ新潟店に関しては2016年〈平成28年〉3月24日に新潟駅万代口前に「ヨドバシカメラマルチメディア新潟駅前店」として拡大移転オープンした）。ヨドバシカメラ新潟店跡地には、新潟駅第1期高架化開業日の2018年〈平成30年〉4月15日に新潟の魅力発信・醸成を行う食文化発信拠点施設「Cocolo西N+」がオープンした。
新潟駅 駅構造
南口側の通路沿いには「ホテルメッツ新潟」と同ホテル棟の商業フロア「CoCoLo西館」がある。万代口側では複合ビル「オセオ弁天」の2階と階段があるが直結している。駅前広場の万代口バスターミナル横に階段1本とエレベーター1基が設けられている。南口側はプラーカ3そばに階段2本とエレベーター1基が設けられている。南口側ではさらに複合施設「LEXN」の2階とペデストリアンデッキで直結している。西側通路とLEXNのデッキとの間には高低差があるため、LEXN側に階段とエレベーターが設置されている。この西側通路は24時間通行可能で、歩行者の他に自転車の通行も可能である。通路内では危険防止のため、自転車は押して進むように呼びかけるアナウンス（BGM：新潟市民歌『砂浜で』）が昼間時間帯に放送され、新潟弁での放送もある。また通路上に段差が無いため、車椅子などでも介助なしに駅舎南北を通行することができる。こちらも高架化工事に伴って2013年（平成25年）6月25日、在来線架橋部が仮設通路へ切り替えられた。新たなバスターミナルの供用に伴い2024年（令和6年）3月31日、万代口側の西側連絡通路（オセオ弁天側）を閉鎖し新たな通路に切り替わった。
「ホテルメッツ新潟」では、駅ナカシェアオフィス が、東西通路の西側に駅ナカシェアボックスが、また、駅ビルCoCoLo南館の1階の「MOYORe:」にシェアスペースがそれぞれ分散して設置されている。
東側通路と西側通路の相互間は南口側で直結し、前述の南口駅舎の南側歩行者通路（ペデストリアンデッキ）と駅舎2階の南側部分で連絡している。経路は（東側通路から）在来線東改札口を経由してインフォメーションセンター角を左に折れ、新幹線コンコースを南側に迂回（うかい）し、トイレ、南口ATMコーナーなどの横を通り、抜けた先が西側通路となる。
この東西間の通路は当初設置されず、西側連絡通路の供用開始当初もこの通路はなかった。そのため利用者から「駅舎の東西が行き来できない」などといった苦情が多く寄せられ、1990年代半ばに急遽整備されたものである。駅舎そのものが自由通路の設置を想定して設計されたものではないことなどから道幅が非常に狭隘な上、通行者数も非常に多いことから利用者からは不評で、バリアフリーの観点からも再整備を求める意見が度々寄せられていた。
2009年（平成21年）2月のペデストリアンデッキ増設によって東西通路間の通行環境は大幅に改善されたものの、デッキは現在西口の改札口東側手前で施工を中断して暫定供用しているため（南口駅舎の空調ダクト2基が西側通路を挟み込むように設置されているため、駅舎そのものも改修する必要が生じる）、西口・西側通路側は駅舎内の通路のみが東西間のアクセス通路となる。なお、西改札口横には以前タイトーが運営するゲームセンター「ゲームメイト」が出店していたが、2008年（平成20年）12月末に閉店し、店舗跡は新幹線待合室と改札口周辺部の通路拡張に充当され、2009年（平成21年）9月中旬に順次供用を開始した。
駅ビルは、駅舎内の全6フロアから成っている。駅ビルの沿革・各フロアの主な出店テナントなど、その他詳細は「CoCoLo」の項目を参照。
駅レンタカーの窓口（ジェイアール東日本レンタリース新潟営業所）は東側連絡通路の南口寄り、「CoCoLo南館」3階に設置されている。車両の受け渡しは同館1階で行われる。
自動体外式除細動器（AED）が在来線改札口など駅構内数箇所に設置されている。
当駅には第四北越銀行、大光銀行、JAバンク、VIEW ALTTEのATMが設置されている。
新潟駅 利用状況
JR東日本によると、2024年度（令和6年度）の1日平均乗車人員は35,451人である。また、同年度の新幹線の1日平均乗車人員は9,471人である。
2000年度（平成12年度）以降の推移は以下のとおりである。
JR東日本によると、コロナ禍の影響が無かった2018年度（平成30年度）の東京 - 新潟間の年間輸送人員は、新幹線が約523.0万人（シェア100%）、航空機が0人（シェア0%）、新幹線と航空機の合計は約523.0万人である。
東京 - 新潟間における新幹線の輸送人員は、東京 - 金沢間の約339.4万人、東京 - 富山間の約294.3万人を上回り北陸地方1位となっている。また、新幹線と航空機を合わせた輸送人員でみても、東京 - 金沢間の約460.9万人、東京 - 富山間の約328.9万人を上回る。
JR東日本によると、2024年（令和6年）3月時点で、新幹線の所要時間は最速1時間29分、運賃（通常期）は10,760円、1日24往復運行されている。新潟県と東京都の間に航空機は運航されていない。
新潟駅 駅弁
JR東日本クロスステーション（旧：日本レストランエンタプライズ〈NRE〉）が運営する常設売店「駅弁屋」は、南口2階・新幹線東改札前の2箇所、南口2階・西改札の4箇所に出店している（うち西改札売店は多客時のみ営業）。
当駅の駅弁は新潟三新軒をはじめ、新津駅東口に調製場を置く三新軒・新発田三新軒と神尾商事神尾弁当部の計4社が調製を行っている。
主な駅弁は下記の通り。
かつて旧万代口駅舎時代には立ち食いそば・うどん店が改札内外に出店しており、改札内にはすべての在来線ホームと新幹線の13・14番線にNREの運営による「新潟庵」が、改札外の旧万代口1階にJR東日本新潟シティクリエイトの運営による「やなぎ庵」、CoCoLo万代地下1階に「手打うどん さぢみ」があった。かつては西口改札前にも前述の「新潟庵」が出店していた。
改札外店舗のうち旧万代口側の2店舗は共に特徴があり、「やなぎ庵」には中華麺とチャーシュー、メンマなどラーメンの具材に、冷した和風のつゆをかけた「冷しラーメン」がある。一方の「さぢみ」は手打ち風（機械打ち）のコシの強いうどんが特徴で、生地は注文の状況に合わせてその場で打ち上げられていた。
新潟駅 駅弁
1990年代半ばから2007年（平成19年）まではNREが小嶋屋（新潟県十日町市、十日町小嶋屋）と契約し、同社のブランドによる「NRE雪中庵」を店名としていた。西口改札前の店舗は2000年代前半に新設されたものである。
旧在来線地上ホーム上の店舗のうち、旧4・5番線の店舗だけは当駅で駅弁を販売する三新軒が運営し、特にブランド名は冠していなかった。しかし、三新軒は2007年（平成19年）末をもって立ち食いそば事業から撤退し、旧4・5番線も一旦閉店。その後他の店舗同様NREの運営となり、店名も同じ「新潟庵」として2008年（平成20年）6月に営業を再開した。その後、旧2・3番線、旧4・5番線の店舗は2009年（平成21年）春に閉店し、「いなほ」や「SLばんえつ物語」が発着することもあって島式ホームの中では最後まで残った6・7番線の店舗も、連続立体交差事業進捗に伴って2012年（平成24年）11月に閉店した。高架化後もしばらく旧1番線で新潟庵が営業していたがここも2018年（平成30年）11月30日をもって閉店し、在来線ホームから立ち食いそば店が消滅した。
新潟駅 駅弁
その後、改札内では新幹線ホーム13・14番線のみ残っていたが、こちらも2020年（令和2年）に閉店。万代口改札外にあった「やなぎ庵」も2020年（令和2年）9月27日をもって閉店し、新潟駅構内から立食いそば店は一時完全に姿を消した。その後新潟駅改装工事の進捗に伴い、2023年（令和5年）6月14日、西口改札並びに「やなぎ庵」が開店し、約二年半ぶりに新潟駅の立ち食いそば店が復活した。
この他、新潟都市圏のキオスク、NewDaysで売られている「三色だんご」も名物として知られており、当駅ではNewDaysで販売している。詳細については新津駅の「三色だんご」の項を参照。
新潟駅 駅周辺
新潟駅の表玄関。新潟駅から万代シテイを擁する万代を経由して、旧中心市街地の古町までの都心軸は、新潟市によって「にいがた2km」という愛称が付けられている。旧駅舎時代の市街地は現在の流作場五差路付近が南端だったが、1958年の新潟駅移転後は開発が一気に進み、1964年の新潟国体までの間に急速に市街地化した。万代へはバス（萬代橋ライン）で5分、古町へは10分ほど。新潟市役所へは隣駅の白山駅が最寄り駅となる。
新潟地震以降、1960年代後半から急速に市街地化したのが当時「駅裏」と呼ばれた駅南地区である。当初は住宅地としての開発が主だったが、新幹線開業直前の1982年5月に南口が設けられると市街地化が急速に進んだ。
このような経緯から、南口周辺は住宅地と商業地が混在している。2000年代中盤からは駅ビルの新フロア建設や、長らく凍結されていた再開発事業の再開などにより、駅周辺の風景も変貌を遂げた。
新潟市は、駅周辺に分散している高速バス発着場を南口に集約することを計画している（下記の#路線バス・高速バスも参照）。
新潟駅 路線バス・高速バス
路線バスはかつて万代口（新潟駅バス停）・南口（新潟駅南口バス停）から各々発着していたが、2024年（令和6年）3月31日に、駅の南北を貫通する新しいバスターミナル（バス停名は「新潟駅」）が完成。連続立体交差事業で高架化した駅舎下の東寄りに万代口・南口の双方からバス発着のできる「交通広場」が南口バスターミナルを延伸させて設けられ、バスターミナルが一体化した。このバスターミナルは主に新潟交通とその子会社に当たる新潟交通観光バスの路線バスなどが発着している。高速路線バス（高速バス）は、新潟交通などは東大通沿いに設けられたバス停、旧ツアーバス系は南口臨時バスターミナルを発着する。
降車場は一般路線バスがバスターミナル内（万代口側・南口側双方の入口すぐにある）、高速路線バスが東大通沿いのINPEX新潟ビルディング（旧：帝石ビルディング）前となっている。なお旧バスターミナル時代には、一般路線バスのうち西小針線 (W2) や空港・松浜線 (E2) をはじめとする一部路線はキャパシティの問題からロータリーには乗り入れることができず、旧：帝石ビル前が降車場となっていたが、駅高架下にバスターミナルが移設される段階で解消された。
新潟駅 路線バス・高速バス
新潟交通グループが運行する路線バスには、アルファベット1桁と数字2桁から成る3桁の系統番号が付与されている。アルファベットは運行方面、中1桁は路線番号、下1桁は運行系統を表している。
2024年（令和6年）3月時点ののりばは以下の通りである。
4番線はバスターミナル開業以来、万代広場上空東西自由通路（ペデストリアンデッキ）工事のため駅前ロータリー内に設置されていたが、2024年（令和6年）9月21日にバスターミナル内に移設された。
駅正面から北側へ伸びる東大通沿いにもバス停が設けられている。バス停名は「新潟駅前」で、高速路線バスのりばとなっている。
バスターミナルのすぐ南側、東側連絡通路の南端（バスターミナル11番線南側）には臨時バスターミナル（旧南口バスプール）があり、現在は主に臨時バス・貸切バスが発着している。なお臨時バスターミナルからは以前、一部の高速ツアーバスが発着していた。2013年（平成25年）8月1日の制度改正を機に停留所を移転したものの、2016年（平成28年）7月に再度発着するようになった。
新潟駅 路線バス・高速バス
7番線
高速バスのりば（旧ツアーバス系）
【WILLER EXPRESS】バスタ新宿・サンシャインシティ・東京駅、成田空港、東京ディズニーランド、東京ディズニーシー 《WILLER EXPRESS》
【WILLER EXPRESS】ユニバーサル・スタジオ・ジャパン、なんば（OCAT） 《大阪さやま交通》
【JAMJAMライナー】東京テレポート駅 《ジャムジャムエクスプレス》
【キラキラ号】BUSTLE海老名 《桜交通》
8番線
高速バスのりば（旧ツアーバス系）
【アミー号】東京駅、海浜幕張 《武井観光》
【アミー号】名古屋南（ささしまライブ） 《サンライズカンパニー》
【NETWORK】東京ディズニーランド、サンシャインシティ 《泉観光バス》
※連続立体交差事業関連の代行バスのうち、信越線・白新線方面は6 - 8番線からの発車（到着は臨時降車場もしくは西側連絡通路裏手）となる。
※臨時バスが多数運行される場合、競馬場行きのバスのりばはバスターミナル9番線後方に変更となる。
駅前広場内のバスターミナルは一般路線バスの発着点となっており、BRT「萬代橋ライン」が発車する0・1番線は広場のロータリー沿い、その他各方面の路線が発車する2 - 13番線は車両を後退して入線させるスイッチバック式であった。
新潟駅 路線バス・高速バス
郊外からのバスは新潟駅に乗り入れず駅前通→万代シテイという経路を取るものが多く存在したが、2015年（平成27年）9月5日の「萬代橋ライン」の運行開始とそれに伴う路線再編およびダイヤ改正により、新潟市中央区中心部発着の一般路線バスは、発着地・経由地などが大幅に変更された。これまで新潟駅に直接乗り入れていなかった路線のうち、大形線、牡丹山線、竹尾線と亀田・横越線、石山線などは万代シテイ発着・新潟駅万代口経由に、空港・松浜線、河渡線は新潟駅万代口発着・万代シテイ経由に、臨港線は新潟駅万代口発着・万代町通り経由にそれぞれ変更され、一部の便を除いて新潟駅万代口へ直接乗り入れる運行形態に変更された。
一方、これまで新潟駅万代口発着となっていた新潟島東部方面（入舟地区方面の東堀通線、西堀通線）、新潟県庁舎方面（旧にいがた基幹バスの中央循環線にあたる県庁線、市民病院線）、西区・南区方面（寺尾線、大堀線、小新線、大野・白根線、味方線）の各路線は萬代橋ラインの運行開始に伴い、入舟方面は本町もしくは古町で、県庁方面は市役所前で、西区・南区方面は青山（大野・白根線の急行は市役所前）で、それぞれ乗り換える運行形態となっている。なお青山方面の路線は、中央区中心部と直通する「ダイレクト便」が一部設定された。
新潟駅 路線バス・高速バス
2024年（令和6年）3月30日に使用を終了した。路線バス関連のデジタルサイネージはBRTのりばの0・1番に設けられていたほか、バスターミナル2番線側には新潟交通の新潟駅前案内所が設けられていた。
2019年（令和元年）7月時点の情報は以下の通りである。◆は南口発着の系統も存在する路線を示す。
南口駅前広場の暫定供用開始に伴い、2009年（平成21年）3月30日から南口駅舎に近接した東側ロータリー（CoCoLo南館横）に移設され仮供用を開始したのが南口バスターミナルである。ロータリー式で、発着するバスは構内を周回した。2024年（令和6年）3月31日からの新バスターミナルのうち10 - 14番線は、もともと南口9・1 - 4番線として使用されていたものである。
2019年（令和元年）7月時点の情報は以下の通りである。◆は万代口発着の系統も存在する路線を示す。
新潟駅万代口・南口周辺から発着する新潟交通グループの一般路線バス全路線と、新潟市が事業主体として新潟交通グループに運行業務を委託しているコミュニティバス路線（区バス）、および高速バス「ときライナー」では、運賃精算に同社発行のIC乗車カード「りゅーと」が使用できる（臨時路線の一部便を除く）。また、りゅーとエリアの路線ではSuicaをはじめ全国10種類の交通系ICカードも使用できる。
りゅーとのチャージ機は万代口バスターミナル3番線、南口バスターミナル5番線に各1台設置されている。ただし、りゅーとエリア内ではSuicaほか10種類のICカードのチャージは取り扱っていないため、窓口チャージ・チャージ機・バス車内チャージのいずれも利用できない。りゅーと以外のICカードは残額不足の場合、駅・コンビニエンスストアなどでの事前チャージが必要となる。
新潟駅 隣の駅
東日本旅客鉄道（JR東日本）
上越新幹線
燕三条駅 - 新潟駅
■信越本線
特急「しらゆき」・臨時快速「柳都Shu*Kura」発着駅
■快速
亀田駅 - （下りの一部は越後石山駅） -　新潟駅
■普通
越後石山駅 - （上沼垂信号場） - 新潟駅 - （越後線）
■白新線
特急「いなほ」・臨時快速「海里」発着駅
■快速（下りのみ運転）
新潟駅 → 豊栄駅
■普通
（越後線） - 新潟駅 - （上沼垂信号場） - 東新潟駅
■越後線
上所駅 - 新潟駅 - （信越本線/白新線）
関本パーキングエリア
関本パーキングエリア（せきもとパーキングエリア）は、茨城県北茨城市関本町関本上にある、常磐自動車道のパーキングエリア。
このPAから北へすぐの所に、福島県との県境がある。
関本パーキングエリア 隣
E6 常磐自動車道
(14)北茨城IC - 関本PA - (15)いわき勿来IC
中郷サービスエリア
中郷サービスエリア（なかごうサービスエリア）は、茨城県北茨城市中郷町日棚にある、常磐自動車道のサービスエリア。
レストランやインフォメーションは開業当時から設置されておらず、通常のパーキングエリアの施設にガソリンスタンドが追加された構成となっている。2010年3月25日にリニューアルオープンした。
中郷サービスエリア 施設
ガソリンスタンド（出光興産（東日本宇佐美）、24時間）　
以前は根本通商(株)(コスモ石油)→(株)ネクセリア東日本→出光リテール販売(株)→ネクセリア東日本(株)が運営していた。
相馬・仙台方面へ向かう場合、次に給油施設があるのは約120km先の南相馬鹿島SAとなる。磐越道方面へ向かう場合は、約80km先の阿武隈高原SAとなる。ただし、阿武隈高原SAの給油施設は24時間営業ではないため、夜間はその先の磐越道磐梯山SA（約145km先）、東北道下り安達太良SA（約115km先）、東北道上り安積PA（約125km先）までない。
中郷サービスエリア 隣
E6 常磐自動車道
(13)高萩IC - 中郷SA - (14)北茨城IC
日立中央パーキングエリア
日立中央パーキングエリア（ひたちちゅうおうパーキングエリア）は、茨城県日立市助川町にある、常磐自動車道のパーキングエリア。
日立中央ICに併設しており、三郷方面・仙台方面共にPAからICに出ることはできるが、ICからPAに入ることはできない。日立中央ICの開通前は高鈴パーキングエリア（たかすずパーキングエリア）であった。当初はトイレのみ設置であったが、後にスナック・ショッピングコーナーが設置された後、2006年12月、ファミリーマートに改装されている。
日立中央パーキングエリア 隣
E6 常磐自動車道
(11)日立南太田IC - (11-1)日立中央IC/PA - (12)日立北IC
長岡駅
長岡駅（ながおかえき）は、新潟県長岡市城内町にある、東日本旅客鉄道（JR東日本）の駅である。
長岡駅 乗り入れ路線
上越新幹線・信越本線。信越本線で1つ隣の旅客駅である宮内駅から分岐している上越線の列車も全て乗り入れている。かつては越後交通栃尾線が乗り入れていたが、1975年（昭和50年）4月1日に廃線となっている。
新幹線「とき」（東京駅・越後湯沢駅方面 - 燕三条駅・新潟駅）、特急「しらゆき」（上越妙高駅・直江津駅方面 - 東三条駅・新潟駅方面）、臨時快速列車（観光列車）「越乃Shu*Kura（ゆざわShu*Kura・柳都Shu*Kura）」が停車する。
長岡駅 駅構造
橋上の改札内には屋内待合室が設置されているほか、発車標、化粧室、エレベーターが設置されている。
在来線ホームは東口側の地平部にあり、3面5線のホームを有している。1番線が単式ホーム、2・3番線と4・5番線は共に島式ホームとなっている。通常の旅客列車は島式の2 - 5番線の4線のみを使用している。単式の1番線は2007年（平成19年）以降は客扱いに使用されておらず、通過線となった。特急列車は原則として下り新潟方面は2番線から発車し、上り直江津方面は4番線から発車する。
長岡駅 駅構造
大手口側にある単式ホームの1番線は以前、新潟方面の特急・急行列車の一部が発着していたが、ほくほく線経由の特急「はくたか」号が誕生した1997年（平成9年）以降、当駅を起終点とする特急列車の運行本数が減少したことに加え、駅舎内の再開発により1番線への階段部分を狭くするなどした影響を受けて、定期の旅客列車の発着がなくなり、臨時ホームの位置付けとなった。臨時ホームとなってからも、改札内の化粧室が1番線に設置されていたため、ホーム自体は開放されていたが、2007年（平成19年）春に大規模改修を行った際に、改札口から1番線に至る階段と、在来線相互間乗り換え専用通路の地下のりかえ通路が業務用通路となったことにより閉鎖され、また、改札内の化粧室が跨線橋上に新設されたため、旅客用としての1番線は使用停止となった。1番線は信越本線の下り本線であり、専ら貨物列車の通過に使用されているが、通常時は一般利用者は立入りできない。なお、長岡まつり大花火大会の開催時には、臨時改札口が1番線と地上改札口脇の業務用出入口に設けられ、地下連絡通路も同時に開放されることがある（臨時改札口には移動型の自動券売機と簡易Suica用改札が設置されている）。
長岡駅 駅構造
駅舎2階の在来線改札口・新幹線のりかえ口と、ホーム相互間は跨線橋で連絡している。かつては地下連絡通路が併用されていたが、2007年（平成19年）の改修以後は業務用の通路として使用されている。
また、バリアフリー対策として、両ホームにエスカレーターとエレベーターが設置されている。これらはいずれも長岡市の事業である「長岡市交通バリアフリー基本構想｣に基づいて設けられた｢長岡市公共交通設備整備費補助金交付要綱｣による補助金交付によって改札内のエレベーターやエスカレーターといった昇降設備、さらには在来線改札内の多機能トイレが整備された。
ホームは高架部3階にあり、外側の副本線（待避線）に設置された相対式ホーム2面2線と中央に通過本線2線を有する。当駅にはほとんどの列車が停車するため通過本線を利用する旅客列車は1往復のみである。
11番線ホームは本線側にしか線路がないため相対式に分類されるが、高架橋の形状は島式ホームと同様になっている。11番線の反対側は線路・架線とも敷設されておらず、現在は使用されていないが、必要になれば線路・架線を敷設することで増築等せずに使用できるようになっている。下りホームには売店はなく、自動販売機のみが設置されている。
長岡駅 駅構造
12番線ホームには、売店｢KIOSK｣・駅弁販売店・自動販売機などが設置されている。12番線の反対側は高架橋そのものが建設されておらず、直接ホームの外壁となっているが、駅舎を東口側に拡幅することで島式に変更できる構造となっている。上りホームのみホーム頭上には電光式の乗車位置案内表示器が設置されている。
先述の通り現在の2面2線から、2面4線へ追加できるようになっているのは、上越新幹線の他に青森から大阪まで結ぶ「日本海縦貫新幹線」（羽越新幹線）を通すためである。実現すれば、青森 - 大阪間と、東京までを「T字」に結ぶ要になるが、2020年代に入った現在も羽越新幹線を新設する予定はない。
平日朝に当駅始発の「とき」号新潟行きが1本設定されている。また、「長岡まつり大花火大会」開催時には、当駅始発の臨時列車も複数運転される。
直営駅として、JR東日本新潟支社が運営しており、駅長・副長が配置されている。新潟駅同様、遺失物案内所はJR東日本新潟シティクリエイト（JENIC）に業務委託している。また、長岡統括センターの所在駅である。当センターの所長は当駅の駅長を兼務し、副所長は越後湯沢駅、上越妙高駅、柏崎駅、十日町駅、燕三条駅の各駅長が兼務している。
長岡駅 駅構造
駅機能を置く2階には、店舗型のみどりの窓口、タッチパネル式自動券売機、多機能券売機、指定席券売機のほか、売店「NewDays」、西側通路沿いにATMとVIEW ALTTEのATM・化粧室などがある。
自動改札機は在来線と新幹線（新幹線のりかえ改札口併設）双方の改札口に設置されている。
在来線はSuicaの新潟エリアに含まれており、在来線改札口の全通路でSuicaおよび相互利用を実施している交通系ICカードが利用でき、新幹線改札においても全通路で新幹線eチケットサービスと長岡 - 新潟間が含まれるSuica定期券が利用可能となっている。
また、駅ビルCoCoLo長岡の食品館、レストラン街にセブン銀行のATMがある。
駅の入口は駅舎東西に2か所ある。
駅の西側に設けられている正面口は、長岡城の本丸に通じる城門を「大手門」と呼んでいたことに因んで大手口（おおてぐち）と呼ばれ、旅客や歩行者の出入口として北口・中央口・南側の東西自由通路からの出入口の3箇所が設けられている。
また、駅舎1・2階には駅ビルCoCoLo長岡がある。前述の出入口のほか、CoCoLo長岡のエントランスが5カ所・北側のメディカルヘルシーモールに1カ所あり、このほかにもCoCoLoの各テナントに設けられた出入口などからも営業時間内であればそれらを経由しても出入りできる。
長岡駅 駅構造
以前は1番線の北側（現在のCoCoLo食品館の位置）に団体用待合室並びに専用改札口が、セゾン1階中央階段上り口付近に改札口が設けられていたが、団体用改札口は「セゾン・ドゥ」への改修時に、セゾン内改札口は1990年代に閉鎖されている。
現在の駅前広場は1985年（昭和60年）12月に完成した。なお、建設にあたっては建物移転に大きな時間を要した。
毎年8月に行われる長岡まつり（花火大会）終了は新潟県内や首都圏方面へ帰宅する観覧客で激しい混雑となる。このため、JR東日本では大手通りを交通規制した上で目的地別の整列入場を行っている。
JR東日本ホテルズの「ホテルメッツ長岡」（JR東日本新潟シティクリエイトが運営）が東口駅前広場に面して所在し、自由通路と直結している。かつて、この東口側は越後交通栃尾線（悠久山 - 長岡 - 栃尾間）の中心駅となっていた。現在、栃尾線の長岡駅跡地は東口・ロータリーのほか、越後交通ビル、E・PLAZAの敷地となっている。なお、「ホテルメッツ長岡」では、2021年（令和3年）2月17日より、駅ナカシェアオフィス「STATION WORK」の利用が可能となっている（事前予約制）。
大手口と東口の間には、駅舎東西を横断する自由通路が2箇所設けられている。通路内には西側と東側に1カ所ずつエレベーターが設置されている。
長岡駅 駅構造
先に竣工したのは駅東西を地下で横断する「長岡駅地下通路」で、延長は114メートル。歩行者に加え、手押し状態であれば自転車・バイクの通行も可能である。
1955年（昭和30年）8月1日に開通し、かつては大手口側の国鉄駅舎と東口側の越後交通駅舎との間の連絡通路となっており、通路内の東口側には商店街も設けられていたものの、駅舎改築および自由通路の竣工により通行者が減少し、加えて通路自体の老朽化などもあって出店していた店舗も年々撤退し、東口駅前広場の整備の必要もあったことから、商店街は1989年（平成元年）10月に閉鎖された。自由通路を通行できるのは歩行者のみに限られていることから、地下通路はその後も主に自転車が駅舎東西間を横断する手段として存続しており、2011年（平成23年）に新設された大手口地下自転車駐車場と、1994年から設置されている東口地下自転車駐車場に接続している。
長岡市では「長岡駅周辺整備事業」の一環として2009年度（平成21年度）から2箇年にわたって大規模改修を実施し、東西双方の地下駐輪場との直結化やコンベア付き階段の新設、バリアフリー化などを行い、利用環境が改善した。
長岡駅 駅構造
後から竣工し、駅舎2階部分を経由して在来線ホームを横断する「長岡駅東西自由通路」は1980年（昭和55年）、現駅舎の建設に合わせて開通し、前述の地下通路と併せ駅舎東西間の歩行者動線が強化された。こちらは前述の通り歩行者のみが通行可能で、自転車は通行できない。
しかし、大手口側には動線が無く、駅舎内では改札口付近もしくはCoCoLoのフロア内を大きく迂回しなければならない構造となっていたため、駅舎東西間の歩行者の動線が複雑化していた。加えて駅舎内はJRを利用する旅客動線と東西自由通路の歩行者動線とが混在し、また駅施設と駅ビル施設の配置が分散するなど、分かりにくい構造となっていた。
JR東日本では2000年（平成12年）11月に発表した中期経営構想「ニューフロンティア21」において、駅施設の利便性向上と高収益化を目指す施策「ステーションルネッサンス」への取り組みを掲げた。また、長岡市は2001年度（平成13年度）から2002年度（平成14年度）にかけて「長岡市交通バリアフリー基本構想」を策定し、これに基づいてJR東日本新潟支社に対し駅舎内の施設改善を要請した。
長岡駅 駅構造
これらを受けてJR新潟支社と長岡市は共同で「長岡駅ステーションルネッサンス計画」を策定し、2006年（平成18年）秋から2007年（平成19年）春にかけ、駅施設・駅ビル施設の再配置とバリアフリー化による駅舎内の移動円滑化を目的とした改装工事を実施し 、窓口や改札口などの駅施設を駅舎北側に、店舗などの駅ビル施設を南側にそれぞれ集約させたほか、各種バリアフリー設備の新設を行った。
この間、2007年（平成19年）3月28日から新幹線・在来線の改札口を分離して「のりかえ口」を新設し、在来線改札口で自動改札機の供用を開始。改装前は改札南側に設けられていた券売機・みどりの窓口・旅行センター（びゅうプラザ）を北側に移設し、在来線改札内コンコースに待合室を新設した。この待合室は、椅子や壁面などの内装材に新潟県産のスギ材（越後杉）を使用している。これはJR新潟支社が「越後のふるさと木づかい事業」（新潟県産木材の利用拡大を図って公共施設の木質化を推進する新潟県の事業）による補助金の給付を受けて設置したものである。また、各ホームのエレベーターや多機能トイレなどバリアフリー設備の整備費用の一部には、長岡市の補助金が用いられている。
この一連のステーションルネッサンス計画により、改札口周辺の歩行者動線の整理が図られた。
その後、長岡市では、「長岡駅周辺整備事業」の一環として2009年度（平成21年度）から自由通路の改修と、それに直結する「長岡駅大手口ペデストリアンデッキ」の新規整備に着工した。まずCoCoLoの2階フロアを分割して自由通路を西側へ延伸し、大手口南口1階へ至る通路を新設する工事が実施され、2010年（平成22年）3月31日に竣工。この改修により、大手口側と東口側の駅前広場の間は、駅舎2階部をほぼ一直線に直通できる構造に改善された。続いて大手口側では、自由通路から大手通りなどへ至るデッキの新設が実施され、2011年（平成23年）12月22日に竣工。大手口バスターミナルや大手通り、城内通りとの徒歩連絡が可能となった。さらにアオーレ長岡のグランドオープンに合わせ、2012年（平成24年）4月1日にアオーレの東棟3階と直結する南西側のデッキが開通し、全面竣工した。なお、全面竣工にあたって大手口側のデッキは一般公募により、愛称「大手スカイデッキ」が付与された。このスカイデッキの開通により、駅の東西間は天候や交差点に関係なく、冬季なども雪や雨に濡れずに往来することができるようになった。
この一連の駅周辺整備事業により、大手口側の歩行者動線が改善されたほか、駅利用者および駅ビル来館者と、駅を利用しない歩行者の動線が分離され、駅舎東西間の通行環境が改善された。
これに合わせて、それまでの大手口側にある長岡駅前交差点の信号機は事故防止の観点から歩車分離式が採用されていたが、交通量の増加とスカイデッキ開業による通行者分散を見込んで、歩車分離式の採用を終了している。
1975年（昭和50年）3月まで、構内東側に越後交通栃尾線が乗り入れていた。地上駅で、有人駅であった。島式2面4線（うち最も西側の1線の悠久山方は行き止まり）の旅客ホームと、国鉄との積替ホームを含む2面の貨物ホーム、複数の貨物側線があった。2面の旅客ホームと駅舎の間はアーチ形の屋根のある構内踏切で結ばれていた。
長岡駅 駅弁
駅弁はすべて池田屋が調製・販売している。新幹線ホーム上の駅弁屋で販売を行っている。主な駅弁は下記の通り。
長岡駅 利用状況
JR東日本によると、2024年度（令和6年度）の1日平均乗車人員は11,149人である。また、同年度の新幹線の1日平均乗車人員は4,449人である。
2000年度（平成12年度）以降の推移は以下のとおりである。
長岡駅 駅周辺
現在長岡駅がある場所にはかつて長岡城があり、長岡駅は長岡城の本丸跡地に建てられている。現在は長岡市の中心市街地となっている。
メインストリートである大手通り沿いには高度成長期にイチムラ・大和・丸専・丸大、1970年代から1980年代にかけて長崎屋・東口にダイエー・大手口にイトーヨーカドー丸大が開業し、この時点では長岡駅周辺には大型店が7店立ち並び、大型店の店舗数としてはピークに達していた。
しかし、1989年（平成元年）に長岡駅からは信濃川を挟んだ対岸、大手大橋西詰側にジャスコ（現：イオン）が開業したのを皮切りに2000年代以降は長岡駅東口側の農地の再開発により相次ぐショッピングセンターの開業、川西の千秋地区へ郊外型大型店リバーサイド千秋やシネマコンプレックスの出店が相次いで人の流れが大幅に移り、1980年（昭和55年）に14.7万人あった中心市街地の人通りが2003年（平成15年）に5.1万人に減少した。