世界遺産 課題と対応
こうした傾向は日本に限った話ではなく、たとえば、麗江古城（中国）もしばしば急速な観光地化の例として挙がる。麗江古城はナシ族の伝統的街並みが保存され、町に張りめぐらされた水路も伝統的な習俗と結びついてきた。しかし、世界遺産登録（1997年）の前後で、観光客数は約70万人（1995年）から約370万人（2006年）へと急増したが、商業目当ての漢民族の流入などにより、ナシ族の住民は約1万6,900人（1997年）から約6,000人（2005年）へと減少した。さらに、水道の普及により、ナシ族住民にとっても古城を流れる水との結びつきが薄れる中、伝統文化への理解が足りない観光客たちの心ない行動も重なり、水質が著しく悪化した。こうした観光地化の流れには、近代的な建て替えが進みつつあった中で有形の建造物群を守ったという面と、伝統的な生活風景を失わせたという面が存在する。
このように、急速な観光地化が、その地域の本来の姿の保全にとって、マイナスに作用することが起こりうる。世界遺産は保全が目的であり、観光開発を促進する趣旨ではないため、世界遺産登録によって観光上の開発が制限されている地域もあり、マッコーリー島（オーストラリア）のように観光客の立ち入りが禁止されている物件もある。観光地化が進んだ世界遺産の場合、一部ないし全部で入場制限などの規制が敷かれるようになった場合もある。たとえば、一部に人数や時間の制限をかけたマチュ・ピチュの歴史保護区（ペルー）やラサのポタラ宮の歴史的遺跡群（中国）、ピサの斜塔をガイドつきツアーに限定したピサのドゥオモ広場（イタリア）などを挙げることができる。
また、沖ノ島（「神宿る島」宗像・沖ノ島と関連遺産群の構成資産）はもともと宗教上の理由で女人禁制であったが、世界遺産登録を機に、神職以外の入島を全面禁止するという形でさらに厳格化し、観光地化とは一線を画する姿勢を鮮明にした。
その一方で、貧困にあえぐ国などでは観光を活性化させることで雇用を創出することが、結果的に世界遺産を守ることにつながる場合もある。こうした問題に関連して、2001年の世界遺産委員会では、地域住民の経済利益と遺産の保護とを両立させるために、「世界遺産を守る持続可能な観光計画」の作成が始まった。
第44回世界遺産委員会において世界遺産保全に気候変動対策を盛り込むことが決定し、全ての世界遺産条約締結国に対して個々の登録物件について遺産影響評価（HIA）して報告すること、今後の新規の推薦の際に被害想定と対策案を盛り込むことを義務付けた。
また、危機意識を高める目的でユネスコが気候変動のリスクを分析するClimate X社に、2024年に登録された最新の世界遺産を含む全1223件を対象に気候変動が及ぼす影響の調査を依頼。特に深刻な被害が及ぶ可能性が高い50の世界遺産を公表した。日本からは姫路城と明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業が上げられた
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世界遺産への注目度が上がるにつれて、世界遺産委員会の規模も膨れ上がっている。審議に直接参加するのは委員国と諮問機関だけだが、オブザーバー参加が多いのである。第32回世界遺産委員会の際には、開催国カナダが、会場に参加者を収容しきれない可能性を警告するに至った。
こうした注目の高まりの中、各国が自国の世界遺産登録を目指すロビー活動が盛んになっている。前述したように、諮問機関の勧告が覆され、逆転登録が相次ぐようになっているが、その背景にも、そうしたロビー活動の過熱がある。
ビューローが登録物件を実質的に決めていたときは、ビューローから世界遺産委員会までの約半年間がロビー活動の時期だった。ビューローでの登録審査が廃止された際には、世界遺産委員会での決定に一元化することで、ロビー活動を抑制できるのではないかとも期待された。しかし実際には、諮問機関の勧告が出てから世界遺産委員会が開催されるまでの約6週間に、激しいロビー活動が展開されている。
専門家が不備を指摘した物件が次々と逆転登録を果たす状況に対し、第35回世界遺産委員会（2011年）では、かえって締約国に対する「毒入りの贈り物」になる可能性があるとする警告が、IUCNから発せられた。IUCNはそれ以前からも、リストの信頼性低下に対する懸念を表明していた。
また、翌年の世界遺産条約採択40周年記念最終会合では、元世界遺産センター長のベルント・フォン・ドロステからも、世界遺産制度が専門家中心から外交官中心となることへの懸念が表明されており、第41回世界遺産委員会（2017年）では議長を務めたヤツェク・プルフラが、議論が政治的であることを戒める場面がたびたびあったという。
世界遺産は保有国が推薦する形をとるため、帰属問題の解決していない物件の推薦は、当該国同士の争いを生むことがある。たとえば、タイとカンボジアの国境に位置するプレアヴィヒア寺院はタイ外相との合意を踏まえてカンボジアの世界遺産として登録されたが、それはタイ国民の反発を招き、タイとカンボジアの国境紛争を招くこととなった。
アラブ諸国とイスラエルの間でもたびたび問題が持ち上がる。イスラエルは「ダンの三連アーチ門」を推薦しており、諮問機関からは「顕著な普遍的価値」を認められているが、国境近い立地による法的問題から、たびたび審議が延期されており、登録が先送りされている。
逆に、登録されているものの、されるたびに問題となるのがパレスチナの世界遺産である。パレスチナは世界遺産登録と領土の承認を結びつけていることから、世界遺産条約締約以降、積極的に推薦を行っているが、3件連続で緊急的登録推薦の手続きがとられ、いずれも投票で決着するなど、審議のたびに紛糾している。特に3件目にあたるヘブロン/アル＝ハリール旧市街の登録は、イスラエルとアメリカ合衆国の強い反発を招き、両国がユネスコを脱退することにつながった。ただし、アメリカはパレスチナがユネスコに加盟した時点で、国内法に基づいて世界遺産基金への拠出を停止しており、ユネスコもアメリカの投票権を停止している。このため、ユネスコ脱退表明が新たな実害をもたらす可能性は低いが、世界遺産基金の5分の1以上を占めるアメリカの分担金拠出停止が長引く中で、世界遺産基金の財源不足は深刻なものとなっている。
民族間の摩擦は国際的なものだけでなく、一国内でも起こりうる。中華人民共和国の世界遺産では、雲南の三江併流保護地域群の保護にあたり、保護区内で伝統的農牧業を営んでいたチベット・ビルマ語派を話す少数民族たち500世帯が、強制的に移住させられた。
国ごとに認識の異なる論点に関わると、世界遺産の登録に際して問題が起こることもある。たとえば、高句麗が中国史なのか朝鮮史なのかという高句麗論争を投影し、高句麗の古墳群の登録は2年越しで紛糾した。まず、2003年の世界遺産委員会で北朝鮮国内の遺跡が単独審議された際に、中国にも同種の遺跡があることが指摘され、翌年に審議が先送りされた。その際の委員国に中国が含まれており、東北工程を進めていた中国が、北朝鮮の先行を嫌ったことも一因と推測されている。そして、翌年の審議では、将来的に統一されることが望ましい旨の決議とともに、高句麗前期の都城と古墳（中国）と高句麗古墳群（北朝鮮）が別個に登録されることとなったのである。この件では、中国は高句麗文化を中華文化の一部とする主張を繰り返したが、韓国はそうした主張に強く反発し、北朝鮮の支援に回った。
ほかにも、原爆ドームの登録にあたっては中国が反対、アメリカが棄権したが、中国は、日本が被害者の側面ばかりを強調して政治利用することへの懸念を理由として挙げていた。このような微妙な案件であったことから、日本側の要請によって、6月のビューローでは登録の可否が示されず、委員会審議直前の臨時ビューローに持ち越されるという経緯をたどった。
また、明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業の登録の際には、明治時代に限定されるとする日本側の主張に対し、日本統治時代の朝鮮人徴用と関連づけた韓国側が納得せず、当時のユネスコ事務局長イリナ・ボコヴァに陳情しただけでなく、慣例的に禁じ手とされている勧告前の諮問機関へのロビー活動まで展開した。最終的には日韓の協議も踏まえて登録されたが、その審議では各国の祝辞が省かれるなど、異例の手続きがとられた。