エルコンドルパサー 生涯
サンクルー大賞の結果、エルコンドルパサーには暫定的に128ポンドのレートが与えられた。これはフランスダービー、アイリッシュダービーを圧勝していた4歳馬・モンジューに並び、5歳以上馬では当年のヨーロッパで最高評価となる数値だった。二ノ宮は後年この競走について「結果を出さなければ残っている意味がなくなってしまうレースだった。フランスの4戦で一番緊張した。これで最後まで残れるなと思うとホッとした」と振り返り、渡邊のブレーンの一人であった合田直弘は「遠征の成否を分ける剣が峰だった」と振り返っている。
サンクルー大賞のあと、エルコンドルパサーは右後脚に異常をきたす。競走中に二つの外傷を負っており、その傷口に菌が入り炎症を起こすフレグモーネの症状であった。一般的にはすぐに腫れが引くほどのもので、マスコミには「軽症」と発表していたが、このときは治りが遅く屈腱炎に似た症状にまでなっており、完治に1カ月を要した。このため、7月下旬に再開される予定だった本格的な調教は、8月にずれ込んだ。
凱旋門賞に向けての前哨戦として、二ノ宮は1996年度の優勝馬・エリシオが使った1600メートル戦、ムーラン・ド・ロンシャン賞を考えていた。しかし渡邊らが「常道とはいえない」と反対し、本番と同じロンシャン競馬場の2400メートルで行われるフォワ賞（G2）が選択された。
9月12日の競走当日はサガミックスが馬場の硬さを嫌って出走を取り消し、エルコンドルパサーを含めても3頭立てという少頭数となった。他の2頭はイスパーン賞で敗れたクロコルージュ、サンクルー大賞で対戦したボルジアであった。エルコンドルパサーの単勝オッズは一時1.1倍、最終的に1.3倍の1番人気となる。スタートが切られるとエルコンドルパサーは先頭でレースを進め、ロンシャン特有の「フォルス・ストレート」を経て、最終コーナーいったんボルジアに先頭を譲った。しかし最後の直線でスパートをかけるとこれを再びかわし、同馬との競り合いを短首差制して勝利した。蛯名は「惰性をつけてきたボルジアに、いったんクビくらい前に出られたけど、そこから差し返した。こういう競馬もできたということは、収穫だったと思う」と感想を述べた。この日は1969年の凱旋門賞に出走したスピードシンボリの主戦騎手・野平祐二も応援に駆け付け、渡邊は野平の「日本の馬が遂に人気馬として凱旋門賞に出ることになり、嬉しくて駆け付けた」という言葉を聞いて目頭が熱くなったという。この日は世論の盛り上がりに押されてNHKがレースの模様を生中継していた。
同日、同じく凱旋門賞への前哨戦として知られるニエユ賞ではモンジューが、ヴェルメイユ賞ではダルヤバがそれぞれ大本命の評判通りに勝利を挙げた。モンジューは終始進路が塞がっていた中、強引に位置を下げて外へ持ち出してから先行勢を差し切るというレースぶりで、多田は「もしあれでスムーズな競馬ができたら、どのくらい強いのか」と感じたという。また前日のアイリッシュチャンピオンステークスでは、これも凱旋門賞への有力馬とみられていたデイラミが圧勝していた。
フォワ賞のあとはやや反動があったものの、最終調教を経て好調な仕上がりを見せた。この頃にはエルコンドルパサーは調整を行っていたラモレー調教場全体から応援される存在となっており、決まった順番を無視して整地直後の絶好の馬場を優先的に使わせてもらったことに、調教助手の佐々木は感激したという。
10月3日、凱旋門賞を迎える。当年のパリは悪天候が続き、前日から当日午前10時までに13.5ミリの降雨があった。当日雨は上がったものの、馬場硬度は1972年以降で最も軟らかい5.1を示した。これを嫌ったデイラミ陣営は競馬開始後まで出否を保留していたが、第1競走終了後に出走が決定した。当年は出走14頭中、エルコンドルパサーを含む8頭がG1優勝馬という顔触れで、人気はモンジューが2.5倍、エルコンドルパサーが4.6倍、馬場状態悪化で人気を下げたデイラミが5.0倍、ダルヤバ8.6倍と続いた。
スタートが切られると、エルコンドルパサーは最内枠から飛び出すように先頭に立った。モンジュー陣営が用意していたペースメーカー・ジンギスカンが戦前の予想に反して逃げず、蛯名は「前走も先頭から競馬をしたし、この馬のペースを守って馬と喧嘩しないよう流れに乗ろうと」そのまま先頭でレースを進めた。モンジューは6番手前後、デイラミは中団後方を進んだ。エルコンドルパサーは後続に2馬身ほどの差をつけたまま最後の直線に入り、その差を広げていったが、残り400メートルあたりから外に持ちだしたモンジューが急追し、残り100メートルほどでこれに並ばれる。いったん前に出られたあとエルコンドルパサーはさらにモンジューを差し返しにいったものの、半馬身およばずの2着と敗れた。3着クロコルージュとは6馬身差がついていた。
敗れはしたものの、健闘したエルコンドルパサーには日本から駆けつけたファン以外からも大きな喝采が送られた。現地メディアは「チャンピオンが2頭いた」と伝え、モンジューを管理したジョン・ハモンドも後に「おそらく硬い馬場だったら敵わなかったと思う。あれだけモンジューにとって好条件が揃ったのに、2頭の勝ち馬がいたも同然の結果だったのだから」と振り返っている。蛯名は「負けは負けだから、結果は悔しい。それでも、力と力の勝負ができたので、その点での悔いはない」と述べ、二ノ宮は「パドックからレースまでを見ていて、泣けてきそうになった。力は出し切ったと思うが、2着だから負けは負け。でも、無事ならいい」と述べた。渡邊は「ここまでナイス・トライだった。よくやってくれたと思う」と労い、またこれを最後としての引退を改めて発表した。
エルコンドルパサーは10月11日に日本へ帰国した。帰国時には空港に「おめでとう 世界のSTAYER エルコンドルパサー」という垂れ幕が掲げられて出迎えられた。日本中央競馬会や種牡馬としての繋養先となる社台スタリオンステーションからは、現役を続行しジャパンカップへ出走するよう要望が送られたが、渡邊はこれを固辞し、「余力を持って牧場に送り返すのもオーナーの役割」と語った。11月28日、モンジュー、タイガーヒル、ボルジアといった馬も顔を揃えたジャパンカップ当日の昼休みに東京競馬場で引退式が行われた。凱旋門賞で使用したゼッケンを着け、パドック周回を経て本馬場に姿を現すと、蛯名を背に第4コーナーからゴールまで駆け抜け、ファンに最後の走りを見せた。挨拶に立った渡邊は「ファンの皆様はじめ、ジャパンカップか有馬記念に出走して欲しいという声をうかがいましたが、今日で終わらせた馬主の決断をファンの皆様にもおわかりいただける日がくると確信しております。長い間応援していただき、本当にありがとうございました」と語り、また蛯名は「日本の競馬史に残る偉大な馬だった。ずっと乗っていたいと思っていたので寂しいような気がする。この馬の子で、また世界のG1に挑戦できる日を夢に見ています」と語った。
式を終えたエルコンドルパサーは、この日同時に引退した厩務員・根来邦雄に付き添われ、北海道早来町の社台スタリオンステーションへ向かった。なお、ジャパンカップはエルコンドルパサーが前年3着に退けたスペシャルウィークが優勝、1番人気に推されたモンジューは4着に終わっている。
翌2000年1月、JRA賞を決定する投票が行われた。当年はエルコンドルパサーの他、同馬とともに「20世紀最後の三強」と称された、春秋の天皇賞とジャパンカップを制したスペシャルウィーク、同馬を破って宝塚記念、有馬記念の春秋グランプリ競走を制したグラスワンダーの、計3頭がおり、「年度代表馬が3頭いてもおかしくない」といわれたほどの混戦であった。年度代表馬への投票はスペシャルウィークが83票、エルコンドルパサーが72票という結果だったが、得票1位が投票選出の規定となる過半数（107票）に達していなかったことで、11人で構成された選考委員会で審議されることになった。委員会ではまず最優秀5歳以上馬を誰にするかという審議が行われ、最初の採択でまずグラスワンダーが落選した。次いでエルコンドルパサーとスペシャルウィークの間で決選投票が行われ、7対4でエルコンドルパサーが最優秀5歳以上牡馬に選出された。さらに「年度代表馬は各部門賞馬から選ぶ」という規定に沿い、年度代表馬投票で1票を獲得していたエアジハード（最優秀短距離馬・父内国産馬）との間で審議が行われた結果、満場一致でエルコンドルパサーが年度代表馬と決定した。ただしこの結果は議論を呼び、スペシャルウィークの調教師・白井寿昭や伊藤雄二といったホースマンからも異議が唱えられた。作家の木村幸治はこの結果について「スペシャルウィークも武豊も見事だった。しかし『日本競馬人が、エルコンドルパサーと蛯名正義のフランスでの仕事を"フロック"と評価した』と世界から誤解されないために、世界にしっかりと敬意を表す意味で選んだのではなかったか」と述べている。
JPNクラシフィケーションにおいては、日本調教馬として過去最高の134ポンドの評価を得た。これはモンジュー、デイラミの135ポンドにこそ及ばないが、古馬のLコラム（2200-2799メートル）では世界最高評価であり、歴代の凱旋門賞優勝馬と比較しても遜色のない数値であった。
なお、当年は馬主の渡邊に対しても東京競馬記者クラブ賞が贈られたほか、フランスにおいてはその年の競馬界で最も顕著な活躍をしたホースマンに贈られるゴールド賞を、翌年3月にはアメリカのケンタッキー競馬協会より最優秀生産者賞が贈られた。
種牡馬としては当時リーディングサイアーの地位を占め続けていたサンデーサイレンスに代わる存在として期待を掛けられ、同馬を所有する社台グループの繋養牝馬を中心として初年度から137頭の交配相手を集めた。2年目には158頭、3年目には154頭と高水準の推移を続けた。しかし3年目の種付けを終えた後の2002年7月16日、エルコンドルパサーは腸捻転により社台スタリオンステーションで死亡した。7歳没。8月8日には同場で「お別れ会」が開かれ、渡邊、二ノ宮、蛯名、的場ら関係者のほか、一般ファン約300人も参列し、聖歌の斉唱で送られた。遺骨は分骨され、社台スタリオンステーション内に墓が建立された。
死から2年後の2004年、2年目の産駒であるヴァーミリアンがラジオたんぱ杯2歳ステークスを制し、種牡馬としての重賞初勝利を果たした。2006年秋にはソングオブウインドが菊花賞、アロンダイトがジャパンカップダートと、産駒のGI制覇が相次いだ。また、ダート路線に転じたヴァーミリアンは2007年1月に勝った川崎記念を皮切りに、2010年までにGI・JpnI競走で計9勝という日本記録を樹立した。また、トウカイトリックはGI・JpnI競走の勝利こそなかったが、11年にわたり競走生活を続け、中央競馬における平地競走勝利の最高齢タイ記録（10歳、2012年ステイヤーズステークス）、同一重賞最多出走記録（8回、2006-2013年阪神大賞典）を打ち立てた。同馬が中央競馬における最後のエルコンドルパサー産駒となったが、2014年2月に競走生活から退いた。
JRA顕彰馬の投票においては、毎年多くの票を集めながら選出規定にわずかに及ばない状況が続いていた。しかしJRA発足60周年を記念した2014年の投票において例年1人2票の投票権が最大4票に拡大されると、有効票4分の3以上という規定を満たす156票（総数195）を獲得し、史上30頭目の殿堂入りを果たした。