ニザール派 歴史
アラムートのイマーム位は、ルクヌッディーン・フールシャーがモンゴル高原に没したあと、ひそかに幼い息子（ないしは孫）シャムス・アッディーン・ムハンマドが継いだ。1275年ころにニザール派はアラムートをごく一時的に奪還した。シャムス・アッディーン・ムハンマドはタブリーズ周辺のアゼルバイジャン地方に身を隠し1310年ころに没している。中心地イランのニザール派は政権としては崩壊したが、ニザール派ダアワは生き延び、ダイラムやクーヒスターンにおいては独自の勢力を築くこともあった。中央アジア山岳地方バダフシャーンのニザール派コミュニティはミールやピールといった称号の統治者のもとでティムール朝やシャイバーン朝の圧力に耐えて19世紀末までショグナーンを中心に地方政権を維持、ほかにもニーシャープール、フンザ、ギルギットなどに生活を営んだ。インド方面のニザール派もこのころの詳細はほとんどわからないもののピールの指導のもとコミュニティを維持し、当初のムルターンを中心とするスィンドからグジャラート、デカン、デリー方面に拡大しつつあった（インドのニザール派についてはイスマーイール派およびホージャー派も参照）。
こうした中でアゼルバイジャンのイマーム位は系統もはっきりせず、数代のうちにカースィム・シャー派とムハンマド・シャー派の二派に分かれている。ムハンマド・シャー派イマームは18世紀末に姿を消すが、カースィム・シャー派はその初期の動向ははっきりしないものの、現在のアーガー・ハーンに至るまでイマーム位を継承した。彼らはタキーヤを実践し、十二イマーム派やスンナ派のスーフィーのシャイフ（長）を装い、この時期以降、教義や伝承の面でスーフィー・タリーカ（≒教団）の著しい影響を受けることになる。彼らの活動は14世紀半ばころから再び史料にあらわれてくる。
1375年ころ、ムハンマド・シャー派のイマーム・フダーワンド・ムハンマドがあらわれ、ダイラムを中心に活動した。おそらくはアラムート周辺のダイラムでは、政権滅亡後もニザール派勢力（ムハンマド・シャー系）は活動しており、ザイド派のアリー朝と争っていたものと思われる。フダーワンド・ムハンマドはザイド派アリー朝のサイイド・アリー・キヤーに退けられてティムール朝に逃れ、スルターニーヤに軟禁された。彼の家系は早くとも1489年までスルターニーヤに在った。同時期もダイラムでのニザール派の活動は継続されているが、サファヴィー朝中期頃までにほとんど姿を消す。
1507年にはムハンマド・シャー系イマーム・シャー・ラーズィー・アッディーンがバダフシャーンにあらわれ勢力を確立している。その子とも思われるムハンマド・シャー系でもっとも有名な16世紀初のイマーム、シャー・ターヒル・フサイニーは当初サファヴィー朝に仕えたがシャー・イスマーイール1世の疑いを受けてイランから追放されデカンへ赴いた。デカンのアフマドナガルでは地元のニザーム・シャーヒー朝（Nizam Shahi dynasty）ブルハーン・ニザーム・シャーに仕え、十二イマーム派法学やスーフィズムの解説書を著して学者として名を残す一方で、政治家としても活躍した。ニザーム・シャー朝の十二イマーム派への改宗は彼によるものといわれている。子孫はのちにアウランガーバードに移った。バダフシャーンでのムハンマド・シャー系イマームとしては1660年ころフダーイ・バフシュが記録されており、インドにおいては1796年アミール・ムハンマド・バーキルが記録に残るムハンマド・シャー派の最後のイマームである。
一方のカースィム・シャー派が姿を現すのは15世紀半ばころからである。カースィム・シャー派は一方でニアマトゥッラー教団に属するスーフィーのタリーカとして活動した。カースィム・シャー派はイラン中央部のアンジェダーン（マルキャズィー州・アラークの東約40km）に外来のスーフィー・シャイフとして姿を現し、ムスタンスィル・ビッラー2世（1480年没）を名乗るイマームのもとサファヴィー朝と十二イマーム派スーフィー・タリーカの援助を受けて勢力を拡大した。これを現在のニザール派は「アンジェダーンの復活」と呼んでいる。アンジェダーンのイマームたちは、シーア化するイランの混乱に乗じて十二イマーム派の名の下でニザール派の勢力を拡大するほか、従来のニザール派の再統合に努めた。前述の通り、中央アジアやインドなど各コミュニティはイマームの代理者としてピールを称する地元有力者が独自に活動を続けていた。イマームは各コミュニティにダーイーを派遣、あるいは自らの著書を配布した。インドのサトパンスィーのようにイランのイマームの権威を拒否したニザール派もいたが、この時代にニザール派は再びイマームの下に統合が成し遂げられてゆく。
しかしながら、サファヴィー朝と十二イマーム派でもそのシャリーアや教義を厳格に解釈する人びともおり、ニザール派としての活動の幅はせばまることになった。前述のシャー・ターヒルの追放はそのあらわれといえよう。1574年には第36代イマーム、ムラード・ミールザーがシャー・タフマースプに処刑され、タキーヤにより十二イマーム派スーフィーの装いで生き延びていった。第40代イマーム・シャー・ニザール（1722年没）のとき、アンジェダーンからマハッラート周辺の村に移った。さらに世紀半ばにはアフガーンの侵入とサファヴィー朝滅亡後の混乱の中、インドのコミュニティに近いイラン東部ケルマーンのシャフレ・バーバクに移動している。
彼らは混乱する情勢を利用してケルマーンで勢力を拡大した。第44代イマーム、サイイド・アブルハサン・カハキーは1756年、ザンド朝のカリーム・ハーン・ザンドによりケルマーンのワーリー（太守）に任じられた。1792年にアブルハサンが没し、シャー・ハリール・アッラーが継承、ヤズドへ移った。1817年にハリール・アッラーが群衆に殺されると、ハサン・アリー・シャーが継承した。ハサン・アリー・シャーはガージャール朝のファトフ・アリー・シャーによってゴム太守に任じられ、マハッラートに領地を与えられた。さらにファトフ・アリー・シャーの娘と結婚、「アーガー・ハーン」の称号も与えられている。モハンマド・シャーの時代にはケルマーン太守に転ずるが、やがて確執を生じ、1841年イランを出て、1848年ムンバイへと移った。
ハサン・アリー・シャーすなわちアーガー・ハーン1世はイギリスの権威と裁定を背景に地元ニザール派コミュニティたるホージャー派におけるイマームの地位を取り戻すことに尽力し、大きな影響力を獲得して1881年に亡くなった。息子アーガー・ハーン2世の短い在位ののち、1885年その子アーガー・ハーン3世が立つ。アーガー・ハーン3世は72年にわたるイマーム位において、世界各地のイスマーイール派の再結集をおこなう一方、イスラーム改革派の政治家・思想家として卓越した業績を残した。議会制の標榜、イスラームにおける女性の人権についての再解釈、教育などの社会福祉向上を目的として活動して、ヨーロッパの上流階級ともたびたび交流し「殿下」の称号で呼ばれた。1957年アーガー・ハーン3世が没し、孫のアーガー・ハーン4世があとを継いだ。彼も祖父の方針を維持してパリを中心とする「アーガー・ハーン開発財団」Agha Khan Development Networkを組織、パキスタン・アフガニスタンなど第三世界各国で社会福祉活動を行っている。またアフガニスタンのイスマーイール派はさまざまな形でアフガニスタン内戦におけるアクターとして活動した（インド移住後の動きの詳細はホージャー派、アーガー・ハーンおよび各アーガー・ハーンの人物記事参照）。
現在ニザール派信徒はインド、パキスタンを中心にアフガニスタン、中国、タジキスタンなど中央アジア・インド方面、タンザニアを中心とする東アフリカ、ミャンマーを中心とする東南アジア方面、そして欧米に数百万人を数える。