クイズマジックアカデミー ゲームモード
2017年2月11日にジャパンアミューズメントエキスポ（JAEPO）2017でQMA JAPAN TOUR 2016のグランドスラム大会として開催。5th KAC上位2名と各全国大会で1位となり「四神」の称号を獲得した4名、2016年6月以降に開催される各地のユーザー主催店舗大会のうち「広域大会」に指定されたSG大会の上位者計7名、それ以外も含めたコナミからの認定を得た店舗大会および全国大会の成績に応じて獲得するツアースコア上位者3名（重複・辞退の場合はツアースコア枠などに振り替え）の合計16名で争われるトーナメント。優勝者は「賢神」の称号が与えられる。ゲストはたかはし智秋と永田喜彰。
The 7th KONAMI Arcade Championship（EVO）
2018年2月11日にジャパンアミューズメントエキスポ（JAEPO）2018でQMA JAPAN TOUR 2017のグランドスラム大会として開催。参加者枠は6th KAC上位2名、SG大会枠計8名、ヤングウィザーズカップ優勝チーム代表者枠1名、全国大会枠3名、ツアースコア枠2名。重複・辞退の場合はツアースコア枠に振り替え。
The 8th KONAMI Arcade Championship（XIV）
2019年1月26日にジャパンアミューズメントエキスポ（JAEPO）2019でQMA JAPAN TOUR 2018のグランドスラム大会として開催。参加者枠は7th KAC優勝者（賢神）1名、SG大会枠5名、ヤングウィザーズカップ優勝チーム代表者枠1名、全国大会枠2名、ツアースコア枠7名。重複・辞退の場合はツアースコア枠に振り替え。
The 9th KONAMI Arcade Championship（XV→輝望の刻）
2020年2月24日に全国魔法学校賢技選手権2019の決勝大会としてesports 銀座 studioで開催予定だったが、新型コロナウイルス感染症の影響により2021年3月14日に開催延期後、2021年1月に発令された緊急事態宣言が2021年3月7日まで延長されたことを受け中止となった。参加者枠は8th KAC優勝者（賢神）1名、夏季・秋季・冬季の賢技スコア上位4名、通期の賢技スコア上位3名。重複・辞退の場合は通期スコアの枠に振り替え。
The 10th KONAMI Arcade Championship（輝望の刻→夢幻の鏡界）
2021年3月14日に延期していたesports 銀座 studioにて9th KACと同日開催予定だったが、10thについても一度2021年7月22日に延期され、その後再度2022年2月13日に延期となった。参加者枠はQMA輝望の刻の第3回・第4回全国大会の参加者から4名を選抜（2名欠席し、リザーバーはないため実際の参加者は2名）。延期中にバージョンが夢幻の鏡界になったため、同バージョンで決勝ラウンドを行った。ゲストは永田喜彰と山上大喜。
ヤングウィザーズカップ
12歳から24歳の学生を対象にした大会。
第1回ヤングウィザーズカップ（EVO）
参加資格は2017年5月1日時点で日本の中学校・高等学校・高等専門学校・大学（放送大学含む。大学院は除く）・短期大学・専門学校・予備校などの教育機関に在籍する、2017年4月1日時点で12歳（生年月日が2005年4月1日以前）-24歳（同1993年4月2日以降）の学生。
予選はトーナメント・Neo Limitedを使用する（参加者でなくてもLimitedモードはプレイ可能）。決勝は2017年10月1日に東京ミッドタウン（コナミカードゲームステーション）で行われる。ゲストは長谷優里奈（アロエ役）・永田喜彰・廣海渉（頭脳王準優勝など）。
第2回ヤングウィザーズカップ（XIV）
参加資格は2018年7月1日時点で日本の中学校、高等学校、高等専門学校、大学、大学院、短期大学、専門学校、通信教育、放送大学、予備校に在籍する、2018年4月1日時点で12歳（生年月日が2006年4月1日以前）-24歳（同1994年4月2日以降）の学生。
2人1組で参加する。事前エントリー制だが事前の予選はなく、2018年8月24日にKONAMI内イベントスペースで全試合行われる。
ゲストとして水上颯、鶴崎修功（当時東京大学所属）が参加する。
DS版
特別課外授業 クイズマジックアカデミーDS TGS杯（QMADS）
2008年10月12日（日）に東京ゲームショウ2008のイベントとして開催された。この大会は1-3人のチーム戦で行われ、クイズ王の永田喜彰、桑島法子（ルキア役）・広橋涼（ユリ役）チーム、ゲーム雑誌編集部チームなども参戦した。また、QMA7でメディア役となる喜多村英梨が「電撃DS&Wii編集部チーム」として参加していた。
ジャンル別で4人対戦を行うモード。
期間限定で選択可能なモード。トーナメントと同じ要領で選抜し、決勝戦で形式選択なしの12問の対決を行うモード。モード限定のランキングがある。QMA8・賢者の扉では決勝戦として4人の合計得点でジャンル別のボスキャラクターの討伐を目指すという内容だったが、QMATG以降は参加者3人の合計得点で報酬がもらえる仕組みになっている。
このモードでは予選から決勝までの対決まで特定のジャンルまたは形式のみが出題される。全国大会同様組別によるマッチングがないために問題の難易度が非常に高い。モード選択と同時にマッチングが開始され、予習回数の保証はない。PASELI使用時の復習は可能。
魔神討伐（8）
準決勝までの進行は全国オンライントーナメントと同じで予選前半戦5問→予選後半戦5問→準決勝8問→魔神戦12問。魔法石はドラゴン組準拠で、魔神戦で1位になってもプラチナメダルはもらえず、ゴールドメダルの獲得となる。進行役は各宝石の色と同じジャンルの先生。討伐回数によるランキングがある。
魔龍討伐（賢者の扉）
ROUND1（4問×2形式、100点満点）→ROUND2（4問×2形式、100点満点）→ファイナルラウンド（12問）の形式となり、全体で出題数が2問減少した。ROUND1、ROUND2では中間発表が行われない（全国オンライントーナメントの準決勝と同じ形式）。ランダムのうちサブジャンルは出題されず、ROUND1では早い者勝ちクイズが出題される場合もある。メダルはもらえず、QMA8では反映されていた正解数・連続正解数なども反映されない。進行役は魔龍のしもべであるクイス。魔神討伐同様、討伐回数によるランキングがある。
従来の金曜日から日曜日までの3日間の開催以外にも「魔龍討伐WEEK」として、1週間日替わりで異なるジャンルの魔龍討伐を行う企画も開催されている。
トーナメント・NEO Limited（TG-）
決勝まで進行は通常のトーナメント・NEOと同様で、決勝戦・順位決定戦のステージも変更されていない。正解率は反映されないが連続正解数は反映される。ジャンル限定のほかに、出題形式も限定されたトーナメント（「ノンジャンル・エフェクト」限定や「芸能/TV・映画」限定など）も開催されている。
TGでは優勝回数ランキング（決勝戦でCOMがいた分は除外）が通常とは別に集計されており、EVO以降は1プレイでの予選から決勝戦・順位決定戦の合計点（最大300点）の最高点数でランキング集計が行われている。
決勝戦および順位決定戦では画面に合計得点を示すグラフが表示され、目標点数を達成するごとに魔法石などを追加で獲得する。
固定されたジャンルの問題（25問・100点満点）に答える。1枚のカードで最大3回まで参加可能で、その3回までの内の最高得点で争われた。優勝者には王冠が次回大会まで付与された。当初は勲章獲得は上位のみであったが、後に参加者全員に最低1個が与えられるようになった。
QMA1の大会スケジュールは以下の通り（いずれも時刻は初日の12：00から最終日の23：59）。括弧内は出題形式。
マッチング対象がeAMUSEMENTサイトで設定したアクティブサークルが同じメンバーに限定されるオンラインモード。QMA賢者の扉Season2以降は先にモード（協力プレー・4人（多人数）対戦）を選んでからサークルモードを選ぶ形式になった。
「購買部」という単語はQMA1から公式サイトのページとして登場し、コナミスタイルへのリンクやQMAグッズの商品情報を掲載していた が、QMA4からはゲーム内に実装された。QMA4・5では全国オンライントーナメントモードの予習画面から選択して入店する。QMA6では全国大会・レッスンモードでも選択可能。予習を規定回数消化した後には入店できない。QMA7以降はゲームモード選択時に入店可能。シリーズ通して購買部の店員はリエルが担当している。
学内の通貨「マジカ」（1プレイごとにゲーム終了時支給される。支給額は組分けなどを参照）で買い物をし、ちびキャラクターの服装をカスタマイズできる。クイズそのものへの利点はない。後に携帯電話サイトにも同様の機能が用意された（QMA4のみ）。また挨拶コメントの変更やキャラクターの着替えも、購買部に設けられた更衣室（QMA5以降はマイルーム）で行う。
アイテムは服装、頭部アクセサリー、アクセサリーI（手に持つ）、アクセサリーII（顔につける等）、挨拶コメント、マジックエッグ、ペット用品（孵化させるためのマナ、孵化後の餌、アクセサリーなど）などがある。QMA7以降、頭部が頭、目、耳、顔全体など、手用アクセサリーが右手、左手などに細分化された。また非売品アイテムがあり、限定e-AMUSEMENT PASSを使用してプレーすると入手できるもの、全国大会で成績優秀者に授与されるもの、特定のゲームセンター系列店舗でプレーすると入手できるものなどがある。挨拶コメントは定型文・単語を購入し、それを12文字（QMA8までは10文字）以内で組み合わせることが出来る。
eAMUSEMENTサイト（QMA5-7はe-AMUSEMENT PASSメンバーズサイト）では限定商品を含む一部アイテムを有料で購入するサービスがあり、このサービスを利用するためにはPASELIのチャージが必要である。QMA7稼働中の2010年4月26日からPASELIで販売されているアイテムをゲーム機で購入できるようになった。
QMA5・6ではクエストが導入された（前述の昇級試験とは別物）。
QMADSシリーズのアカデミーモードでもクエストが存在するが、このクエストはクイズに挑戦しないでイベントを見るだけでクリアできるものもある。
QMA2-4では全国オンライントーナメントの予習時に個人情報閲覧を選んで予習回数を消費することで各ジャンル・各形式の正解率の閲覧、挨拶コメントの編集、QMA3以降の進行役の先生の切り替えなどができた。
QMA5からは購買部との切り替えが可能になり、アイテムの着替えなどもマイルームで行うようになった。QMA7以降は購買部同様ゲームモード選択時に選択可能。
QMA7以降は、前述のクエストの代わりにある条件（階級・組・キャラ・決勝進出など）をクリアすると「クマフィー」（熊の形をしたトロフィー・“ク”イズ“マ”ジックアカデミーに因んで命名）が自動的に付与される制度（金・銀・銅・虹の4種類あり、付与される色は難易度によって異なる）が導入された。マイルームで獲得条件とともに閲覧できる。
QMA7では虹色のクマフィーを獲得すると階級・魔法石とは別にストーリーが進むようになっており、QMA2・3を除きゲームの節目となっていた賢者昇格時のストーリーイベントはなくなった（QMA8以降復活）。クマフィーはQMA8以降も導入されているが、QMA7と比べると数は大幅に減少し、特に金・虹のクマフィーを獲得する難易度が高くなっている。
クマフィー同様、特定の条件を満たすと、通り名が与えられ、その中から1つを選んでキャラクター情報として表示させられる。通り名の種類はクマフィーよりも多く、クマフィーと獲得条件が同等のものもある。
XIVで追加されたマジカとは別に貯まる通貨「Qメダル」をアイテムと交換できる。交換できるものにはカスタマイズアイテム・サブモニター壁紙・チャットスタンプ・リコード・専用通り名などがある。XIVではモードセレクト画面から直接交換していたが、XVでは購買部とは別のカテゴリとして利用可能。
条件によって交換出来るアイテムのQメダルの枚数が変化する場合があり、開催中の検定クイズのチャットスタンプやサブモニター壁紙は、通常はそれぞれ8枚で交換出来るが、チャットスタンプはSランク、壁紙はSSランクに到達すると、それぞれ1枚で交換する事が出来る。
2004年2月のバージョン更新で追加された、全国のプレイヤーとオンラインで対戦するモード。マジックエッグ（後述）を既に孵化させているプレイヤーが参加でき、階級に関係なく4人のプレイヤーが集められ、足りない場合はCOMが入る。
1-3回戦まであり、トーナメントの出題ジャンル・形式（出題される形式の組み合わせはホストプレイヤーの階級に依存）とメンバー発表後にオッズが表示され、プレイヤーは自分の持っている勲章から任意の数（1-5個）を賭ける。1戦につき8問出題され、毎回最下位となったプレイヤー1人が脱落する（指導室に呼ばれる演出）。3回戦の優勝者だけがベット数×（オッズ-1）個（端数切捨て）の勲章を獲得し、脱落したプレイヤーはベットした数だけ勲章を没収される。なおバトル開始前に自習を行う（システムは予習と同じ）。このモードでの優勝も優勝回数にカウントされた。モード進行および自習担当はミランダ。
1人プレイ専用モード。規定の問題数（6問×最大5セット）をプレイする。規定の点数をクリアできれば継続プレイが可能（最高プレイ回数は階級に従い増える）。プレイ終了後に解答までにかかった時間が表示される。5セットをクリアするまでのタイムを競うタイムアタックランキングがあり、上位者のタイムがセンターモニターで発表される（不正解の問題は20秒扱い）。
このモードで一定の条件を満たす（メーターを満杯にする）と、該当ジャンルの教員を進行役に選択できる。ノンジャンル問題の場合、ミランダが進行役として選べる。
QMA4以降はこのモードがなくなり、1科目において予習の出題ジャンル（ジャンルの数は不問）の難易度を示す★の合計が特定個数に達した時に、該当科目の教員を選択可能になる。ミランダは全ジャンルで★の合計が特定個数になると選べる。
1人用モード。予習や購買部モードなどを利用した後、実力テストとしてランダムクイズに挑戦する。実力テストは18問。選べるテーマは賢者に昇格した場合に決勝で選べるサブジャンル（ジャンルごとにさらに分類されたジャンル）と実力テスト専用のテーマで、ジャンル全般が出題範囲となるランダムクイズは選べない。
検定試験モードと同様結果に応じてランク（Bランク：573点、Aランク：1000点、Sランク：1800点）と魔法石と25マジカが付与される。各テーマの上位100名がセンターモニターおよびe-AMUSEMENT PASSメンバーズサイトで公開されていた（集計期間に区切りはなく、オンラインサービス終了日まで集計された）。
2012年10月9日のアップデートで追加された1人用モード。4枚のカードを使って双六状のフィールドを進み、ゴールを目指す。カードを使いきった場合はクレジットを消費することで4枚カードを補充できる。
移動するためにはクイズ（基本的に最大6問）に答えてモンスターを倒す（目標点を超える）必要がある。マス目によって出題されるジャンルは決まっているが、教師が描かれているカードを使うと、教師の担当ジャンルが優先される。キャラクターのフキダシがついているマスに止まると、そのキャラクターによるイベントが発生する。
ゴールした場合、道中の行動によってGood・Normal・Badとエンディングの評価が分かれる。この評価とクイズの成績に応じて、魔法石・マジカを獲得する。途中で終了した場合でも、クイズの成績に応じた分の魔法石・マジカは獲得できる。