YS-11 歴史
日本航空機製造が解散したことで、旅客機の設計、製造だけでなく、販売・金融・プロダクト・サポートなどのアフターサービスのノウハウなどの次世代への継承が行われず、その後の旅客機の設計・製造・販売能力を自ら放棄してしまったことになったが、以後の民間旅客機の企画・設計・生産・販売における教訓は残した。
定期運航に処する航空機体への空中衝突防止装置（TCAS）の装備を義務づけた航空法改正により、改修経費の関係で2006年（平成18年）9月30日のラストフライトをもって日本国内の民間定期路線より引退した。
日本国内の民間定期路線のYS-11の最終便は、日本エアコミューターが2006年（平成18年）9月30日に同社が最初にYS-11を飛ばしたのと同じ沖永良部空港 - 鹿児島空港でのフライトが、沖永良部発15：55に行われ就航以来無事故での運航完了となった。なお、9月30日の引退の時まで運航していたのは、日本エアコミューターの福岡 - 松山、高知、徳島、鹿児島の4路線であり、松山、高知の2路線は9月29日の福岡行きが最終運航となった。徳島、鹿児島線は30日が最終運航で、徳島 - 福岡便は10:00徳島発、鹿児島線は同日12：10福岡発の便であった。なお、YS-11の初運行から最終運航まで一度も運行から離脱しなかったのは全国で徳島空港だけである。
沖永良部空港では地元の踊り子によるエイサーで最終便を送り出し、鹿児島空港到着時には空港消防隊によるウォーターアーチと、ファイナルフライトの到着後に引退記念セレモニーが行われ、多くのパイロット、整備士、客室乗務員をはじめとする日本エアコミューターの社員、元日航製の社員などが多数出席し引退を惜しんだ。セレモニーには日本中のテレビや新聞、雑誌の取材が殺到し、ファイナルフライトと引退セレモニーの記事が多くの新聞の一面を飾った。
これらの9月30日のファイナルフライトに使用された機体はJA8766とJA8768で、JA8768は徳島から福岡への飛行後に鹿児島へ、JA8766が沖永良部への最終フライトを行った（ちなみにこの機体は「レッド&グリーン塗装時代」には「とくのしま」、つまり隣の島の愛称がついていた）また、この機体の操縦桿を握ったのは航空雑誌や日本エアコミューターからも「ミスターYS」の愛称で親しまれていた本村栄一で、総飛行時間2万時間以上のうち、23年間をYSに捧げた人物であり、彼もこのフライトを最後に引退した。奇しくもYSの座席数と同じ64歳での出来事であった。運航終了後のYSについて保存の声も根強かったものの、機体性能には問題なく、十分に現役で飛べるため、2機ともフィリピンへ売却された。
民間定期路線のYS-11最終便となった、日本エアコミューターの沖永良部空港発鹿児島空港行は2006年（平成18年）7月30日の発売開始から3分で完売した、しかしその後インターネットオークションに『2006年（平成18年）9月30日・日本エアコミューター・沖永良部発鹿児島行YS-11最終便搭乗券』1枚が出品されるという出来事があった。インターネットオークション運営会社と航空会社側が協力してインターネットオークションから「強制削除」され、出品された搭乗券は「無効扱い」とされた。なお、出品時の価格は「10万円」だったと言われている。
2007年（平成19年）8月には新幹線0系電車などと共に機械遺産（13番）に認定された。
国土交通省航空局が所有していたJA8709（製造番号2084。中古機を航空局が取得し1985年に登録）は2007年4月に用途廃止され、長らく東京国際空港（羽田空港）にて保管されていたが、2014年12月に一般競争入札にかけられ、大阪府八尾市の航空機部品販売ならび整備会社エアロラボインターナショナルが落札した。日本では航空法などの規制に適合しないおそれがあるため機体記号をアメリカ籍のN462ALへ変更する形で登録を行い、2015年3月にはエンジンの始動に成功。同年5月24日に連邦航空局（FAA）から飛行を許可されたと発表。羽田へこれ以上駐機できなくなったことで、同月27日に羽田空港から高松空港の飛行を実施した。
その時点では本機は未だ完全な修復には至っておらず、エアロラボインターナショナルは引き続き整備を継続すると共に再飛行と本格的な動態保存に向けた寄金を募っていた。その後は同社が時折エンジンを動かすなどして整備していたが、高松空港が4月に民営化し、民営化に伴って定められた空港の供用規定で機体を駐機できる期間を上限10日間とする項目が新設され、4月中旬からは違反状態になり運営会社より離陸を求められ高松空港での保管が難しくなった。そのため、能登空港に隣接する日本航空学園の敷地内に移して保管されることになった。なお、同学園は保管場所の無償提供を申し出ている。2018年5月11日午前11時に離陸して付近を約30分間試験飛行した後、能登空港へ向けて再び飛行し同日に着陸した。
1960年代頃、官民共同事業体である日本航空機製造はYS-11開発の実績を基に防衛庁向け戦術輸送機C-Xの計画を進めていたが、国会で上記の赤字問題や民間機開発事業による軍用機の開発が指摘された為、「C-X」は川崎重工業による開発に変更され1970年（昭和45年）に「C-1」が初飛行した。
事業を移管された民間事業体の日本民間輸送機開発協会では新型機「YX」開発計画が進められたが、その開発費は1000億円規模と見られ、とても日本一国では負担に耐えられないとして国際共同開発の可能性を視野に入れていた。
世界的にも1970年代にはニクソン・ショックやオイルショック等で開発費の高騰に耐え切れなかった欧米の中小航空機メーカーが次々と淘汰されていき、生き残った欧州企業の共同事業として仏・独・英・蘭・西共同のエアバス・インダストリー社によるA300の開発が進められていた。
この頃、ベトナム戦争等で体力を失ったボーイングは独自計画の「7X7」中型双発旅客機の開発計画及び、イタリアのアエリタリアとの中型機の共同開発計画を一体化し、国際共同開発計画として提案した。当初は政府間協議等で開発割合を高くする事も協議されたが、1977年（昭和52年）に発覚したロッキード事件の影響によって最終的な開発割合は米70%・日15%・伊15%とされ、1981年にYX/7X7計画は「ボーイング767」として結実した。これは日本の技術水準を高めることとなり、ボーイングからも品質の高さを賞賛された。
1979年、YX計画で一旦断念されたYS-33構想を基にした日本独自の新型機YXXの開発計画に対しても、ボーイングは「7J7」の共同開発を持ちかけたが、こちらはエンジンの開発困難から実現しなかった。
しかし、ボーイングは新たな「7-7」中型旅客機計画への参加を打診し、こちらは1994年（平成6年）に「ボーイング777」として実現した。
2001年（平成13年）、次期輸送機（C-X）と次期対潜哨戒機（P-X）について、再び川崎重工業が担当する事が決定した。なお、日本航空機製造は1981年に解散が決議され、1982年（昭和57年）に業務を全て三菱に引き継いで解散した。
1991年（平成3年）、「YXX」開発計画の次となる「ターボファンエンジンの双発小型民間機（YSX）開発」が計画された。これは民間主導の補助事業とされ、欧州企業の様々な新航空機の計画とはコンセプトが異なるため共同開発の話は成立せず、「7J7」を共同開発してきたボーイングに打診した。しかし、この計画は前述の通り中止となり、更に1996年にマクドネル・ダグラスを吸収合併して、当時開発が進んでいたMD-95に注力する事としたため、YSX開発計画は暗礁に乗り上げた。
2002年（平成14年）8月末、経産省は「30席から50席クラスの小型ジェット機」計画（計画名「環境適応型高性能小型航空機」）を発表したために実質的にYSX計画は終了し、三菱がこの計画に応募した。
2006年（平成18年）5月31日に開催された経済産業省主催の民間機開発推進関係省庁協議会において、YS-11を業務運用している防衛庁・国土交通省・海上保安庁に対して、三菱航空機で開発段階であったMJ（後のMRJ→Mitsubishi SpaceJet）の採用を要望した。これに対して各省庁は「ニーズが合えば購入する」との認識を示した。その後MRJとして2014年（平成26年）にロールアウトされ、2015年（平成27年）11月11日には、かつて53年前にYSが初飛行を行ったのと同じ名古屋飛行場において初飛行に成功し、9年ぶりに国産旅客機が日本の空を舞った。YS-11に対しては正式に発注せずに終わった日本航空（JAL）も32機の確定発注をしていた。国内外から発注を受けるなど期待を寄せられていた。
だが計6回に渡る納期延期と「Mitsubishi SpaceJet」への名称変更の末、2020年（令和2年）には事業は事実上の凍結状態に、2023年（令和5年）2月7日には今後の採算が見込めないことを主な理由として開発中止となった。
2024年（令和6年）11月現在、戦後に日本が独自に開発し定期就航した旅客機としては、YS-11が唯一である。