バビロニア 歴史
この頃、イラン高原ではメディアを打倒したアンシャンの王キュロス2世（クル2世、在位：前559年-前530年）が新たな世界帝国を築きつつあった。これは一般にアケメネス朝（ハカーマニシュ朝）、あるいはペルシア帝国などと呼ばれる。前540年までにはエジプトを除くバビロニアの周辺諸国はアケメネス朝の支配下に落ちていた。テイマ周辺の遊牧民の族長たちもキュロス2世になびき、ナボニドゥスはテイマを放棄して本国へ帰還せざるを得なかった。前539年3月にはキュロス2世がバビロニアに侵攻し、ナボニドゥスは迎撃したが国内からは離反者が相次いだ。10月10日にシッパルが陥落し、10月12日にはキュロス2世の軍勢はバビロンへ達した。同日中にバビロンは無血開城し、シッパル陥落の報に接して逃亡したナボニドゥスは遊牧民に捕らわれてバビロンへ差し出された。10月29日、キュロス2世は市民の歓呼の中でバビロンに入城し、バビロニアはアケメネス朝の支配下に入った。
キュロス2世はバビロニア人からの支持を維持することに腐心し、バビロニアの伝統的な王号である「世界の王」「シュメールとアッカドの王」「四方領域の王」などを採用すると同時に、マルドゥク神とナブー神と言うバビロニアの神がキュロスに王権を与えたことを宣言している。また新バビロニア時代に強制移住によってバビロニアに連れてこられた人々に対し故郷への帰還を許可し、「ナボニドゥスの悪行」によって荒廃した建造物と信仰とを救い出すことを喧伝した。アケメネス朝の支配下にあってもバビロニアの経済的繁栄は継続し、エギビ家のような大商人や銀行家は栄え続けた。キュロス2世はバビロニアを離れる時、息子のカンビュセス2世（カンブジヤ2世、在位：前530年-前522年）をバビロンの総督に任命し、彼は父の死までの間平穏に統治することができた。前530年にキュロス2世がマッサゲタイとの戦闘中に戦死しカンビュセス2世が即位した際には、バビロニアを含め帝国内は平穏であり目立った反乱は発生しなかった。
しかし、カンビュセス2世が死ぬと僭称者とされるスメルディス（ガウマータ）を排除して王位に昇ったダレイオス1世（ダーラヤワウ1世、在位：前522年-前486年）は帝国全土で発生した反乱の鎮圧に追われた。バビロニアもこの時反乱を起こした属州の一つであった。ダレイオス1世が残したベヒストゥン碑文の記録などから、バビロニアでは前522年10月にネブカドネザル3世（ナブー・クドゥリ・ウツル3世、ニディントゥ・ベール、在位：前522年）が、そして前521年にはアルメニア人とされるネブカドネザル4世（ナブー・クドゥリ・ウツル4世、アラカ、在位：前521年）が、それぞれ反乱を起こして鎮圧されたことが伝わる。バビロニアはこの反乱にもかかわらず繁栄を維持し、後継者と定められたクセルクセス1世（クシャヤールシャン1世、在位：前486年-前465年）は王の代理人としてバビロンに駐在した。
クセルクセス1世が即位した後、バビロニアでは再び反乱が発生した。前482年にバビロニア総督ゾビュラスは暴動の中で殺害され、ベル・シマンニとシャマシュ・エリバと言う人物が王位を主張した。ペルシア軍によって反乱はたちまち制圧されたが、この代償は高くつき、バビロンの城壁、マルドゥク神殿とジッグラトは破壊され、黄金製のマルドゥク神像は融解された。クセルクセス1世は、父の代まで用いられてきた「バビロンの王」と言う称号を拒否し、バビロニア属州（バービル）はアッシリア属州（アスラー）と合併させられたと伝えられる。ただし、「バビロンの王」と言う称号は実際にはその後もアルタクセルクセス1世時代まで使用され続けていたことが発掘史料によって確認されている。
マケドニアの王アレクサンドロス3世（大王、在位：前336年-前323年）はギリシア全土の支配権を握り、前334年春にはダーダネルス海峡を越えて東征を開始した。アケメネス朝の最後の王ダレイオス3世（ダーラヤワウ3世、在位：前336年-前330年）はこれを迎え撃ったが、イッソスの戦い（前333年）とガウガメラの戦い（前331年）で相次いで敗北し、アケメネス朝は瓦解、その遺領はアレクサンドロス3世に制圧された。インド北西部までを征服したアレクサンドロス3世は前323年にバビロンで病死した。彼の死後、その将軍たちは後継者（ディアドコイ）であることを主張し、互いに争った。バビロンでその遺領の後継を巡る会議（バビロン会議）が開かれ、主導権を握ったペルディッカスらによって帝国各地の統治分担が決定された。しかしペルディッカスが内戦と権力闘争に敗れ暗殺されると、前321年にアンティパトロスの主導でシリアのトリパラデイソスで再度領土分割の会議（トリパラディソスの軍会）が持たれ、この結果バビロニアはセレウコス1世（在位：前305年-前281年）の所領となった。
この会議において卓越した地位を獲得したのは主導者のアンティパトロスとフリギアまたはリュディアの総督アンティゴノス1世であった。前319年にはアンティパトロスが死亡したが、その後継者となったポリュペルコンはアンティゴノス1世と激しく対立し、長い戦争が繰り広げられることになった。アンティゴノス1世に与したセレウコス1世を、ポリュペルコン麾下の将軍カルディアのエウメネスが攻撃し、前318年10月にバビロンが占領され、セレウコス1世の反撃は失敗した。セレウコス1世は翌年にアンティゴノス1世の助力を得て北部バビロニアに戻り、前316年にアンティゴノス1世のエウメネス討伐軍に合流してこれを破る事に成功した。旧アレクサンドロス王国の大部分を支配下に収めたアンティゴノス1世は、バビロニアを支配するセレウコス1世を疎んずるようになり、前315年にセレウコス1世はバビロニアを脱してエジプトのプトレマイオス1世の下に身を寄せた。そしてプトレマイオス1世とアンティゴノス1世の戦いに乗じる形で、前311年にバビロニアに舞い戻りその支配権を奪回した。後にセレウコス朝で用いられるセレウコス暦はこの年をもってセレウコス朝の統治の始まりと規定し、数世紀にわたってバビロニアを含むその領土で共通の暦法として用いられた。この戦い（ディアドコイ戦争）の過程で地中海からメソポタミアに至る地域にヘレニズム王朝（アンティゴノス朝、プトレマイオス朝、リュシマコス朝、カッサンドロス朝、セレウコス朝）と呼ばれるグレコ・マケドニア系の諸王国が成立した。バビロニアの支配を盤石なものとしたセレウコス1世は、イラン高原もその支配下に収め、東はインドとの境まで、西は前301年にイプソスの戦いでアンティゴノス1世を破ってシリア・アナトリアまでを支配下に収めた。
バビロニアにおけるセレウコス朝時代の極めて重要な変化は、セレウコス1世が新たなバビロニアの中心として新都市、ティグリス河畔のセレウキアを建設したことであった。セレウキア市の建設はセレウコス朝がバビロニアを重視していたからこそであったが、商業的中心としてのバビロンの地位を脅かし、その最終的な放棄へと至る出発点となった。バビロンの人口は徐々に減り始め、その建物の建材はセレウキアでの建設活動に転用された。セレウコス1世の後継者アンティオコス1世（在位：前281年-前261年）はバビロンの神殿建設を続けてはいるが、前275年頃にバビロンの市民にセレウキアへ移住するように命じ、その家屋を没収した。この時没収された土地はアンティオコス2世（在位：前261年-前247年）の時代に返還された。セレウコス朝はなおバビロニアの伝統的な宗教に一定の敬意を払った。当時バビロニアでは既にアッカド語（バビロニア語）は口語としては死語となりつつあり、一部ではギリシア語が普及し、そしてより広い範囲ではアラム語が支配的な言語となっていたが、考古学的発見によって、バビロンとウルクの神殿では伝統的なアッカド語（バビロニア語）の楔形文字文書が作成され続けていることがわかっている。
バビロニアは前141年7月、アルサケス朝（アルシャク朝、パルティア）の王ミトラダテス1世（ミフルダート1世、在位：前171年-前138年）に征服された。その後、セレウコス朝とパルティアのバビロニア争奪戦の中でバビロンの支配者は何度も入れ替わり、最終的にミトラダテス2世（ミフルダート2世、在位：前124年-前90年頃）によってパルティアのバビロニア支配が確定した。この間にバビロンは大きく破壊され、多くの住民がメディアへと連れ去られた。
商業的中心がセレウキアと、パルティア人がその対岸に作ったクテシフォン（テーシフォーン）に移った後も、バビロンはなお宗教的中心としての役割は残していた。また、パルティア時代にはいくつかの大型建造物が再建されており、西暦0年代頃にはパルミュラ人商人の居留地がバビロンに建設された。これがバビロン最後の繁栄となり、半世紀後にパルミュラ人たちがセレウキア・クテシフォンへと移動するとともにバビロンは孤立した都市として衰亡の一途をたどった。
バビロンが完全に放棄された年代は明確ではない。1世紀の学者大プリニウスはマルドゥク神殿がなお瓦礫の中に立っており、活動を継続していたことを報告しているが、20世紀の学者サルヴィニやマッキーンなど現代の学者は西暦始めの1世紀のうちにバビロンが放棄されたと語る。マッキーンはカッシウス・ディオなどの古典古代の作家の記録に基づき、次のようにバビロンの最期を描写している。
ローマ皇帝トラヤヌスは、一一六年のパルチア遠征の途上、冬季をここ（引用注：バビロン）で宿営した。かれは伝えられた名声にひかれてバビロンを訪れたが、土塁と石と廃墟とを見たにすぎなかった。かれが為し得たのは、アレクサンダー王の逝去した部屋の跡で犠牲を捧げることだけであった。
－J. G. マッキーン、岩永博訳
しかしルーヴェン・カトリック大学のトム・ボーイ（Tom Boiy）は、初期キリスト教徒の著作内におけるバビロンへの言及などの分析を通じて、その「都市」としての規模が不明ながらバビロンはさらに長く存続していたと主張している。テオドレトスによれば、最末期の住民の数は少なく、それはもはや「アッシリア人」でも「バビロニア人（カルデア人）」でもなくユダヤ人であったという。
バビロンの終焉と共に、古代シュメール時代から連綿と受け継がれてきた楔形文字による文筆活動は完全に停止し、アッカド語（バビロニア語）も忘れ去られた。その後もバビロニアに相当する地域は中東の政治・社会・経済における中心の一つであったが、バビロニア文化の多くは後のペルシア文化やイスラーム文化に痕跡を残しつつ終焉を迎えた。楔形文字文書の作成が終焉を迎えた時期は正確には不明である。年代がはっきりしているものの中で、現在知られている最後の楔形文字によるアッカド語文書は西暦74/75年の天文記録であり、年代不明の文書の一部は1世紀以降まで時代が下るであろう。トム・ボーイはバビロンには西暦3世紀までは人間が居住していたと結論づけている。