石田三成 生涯
協議の結果、七将が武装を解除して包囲を解くことと引き換えに、三成の政務退任と佐和山での隠居が決定された。また、嫡子・石田重家は大坂城に出仕して豊臣秀頼に仕えることとされた。なお、七将は増田長盛の処分も求めていたが、これは家康の内意により見送られた。
毛利輝元はこのときの三成は非常に挫折した様子（「治部、ことの他、折れたる…」）だと書状で伝えており、三成が安国寺恵瓊に宛てた書状を読んだ輝元は涙を流したと語っている。
慶長4年（1599年）閏3月10日、三成は伏見城を退去し、佐和山城へと帰還した。
この際、家康は三成の安全を懸念し、次男・結城秀康および堀尾吉晴に護衛を命じたとされる。三成は道中、近江・瀬田にて家臣団の出迎えを受け、秀康の護衛に対して感謝の意を表し、その謝礼として自ら帯刀していた名刀・正宗（現・石田正宗）を贈ったと伝えられている（詳細は「佩刀」の節を参照）。また、この件に関して、三成の嫡子・重家が家康のもとを訪れて謝意を述べたとされる。
三成が政務を退いて佐和山城へ帰還した直後の慶長4年（1599年）閏3月13日、徳川家康は伏見城内に居を移した。本来、伏見城の留守居は秀吉の遺命により、前田玄以と長束正家の二人に委ねられていたが、この時期、細川忠興が堀尾吉晴と協議し、浅野長政・前田玄以・宇喜多秀家・毛利輝元らの同意を得て、家康の入城を実現させた。一説には、堀尾が前田玄以のもとから伏見城の鍵を受け取り、家康に手渡したとする記録もある。
その後、同年9月7日、家康は9月9日の重陽の節句を大坂城で祝う予定のため、大坂へと赴いた。このとき家康は城外にある三成の旧邸に宿泊していたが、増田長盛と長束正家が密かに訪れ、「城中で家康を暗殺する計画がある」として、その首謀者として前田利長の名を挙げたとされる。
計画の内容としては、家康を出迎える浅野長政が挨拶の際に家康の手を取り、その隙に土方雄久（前田利長の従兄弟）および大野治長（秀頼・淀殿の側近）が家康を刺殺する、というものであった（『慶長記』）。この密告を受けた家康は、伏見より兵を召集して周辺の警備を強化し、9月9日に予定通り登城して豊臣秀頼および淀殿に謁し、無事に下城した。
ただし、警戒を解かなかった家康は、引き続き大坂に滞在することを決意した。当初は大坂城内にある三成の兄・石田正澄の邸に移ったが、防御に難があるとの判断から、北政所の許可を得て、西の丸へ移動。9月27日にはこの西の丸に移り、のちにここに天守を築いて「第二の本丸」として整備した。以後、家康は西の丸から政務を執ることとなり、大坂城内における影響力を次第に強めていった。
慶長4年（1599年）11月には家康暗殺計画への関与を疑われた前田利長が、父・利家から引き継いでいた大老の地位を事実上失い、浅野長政も奉行職を解かれ領国の甲斐国に蟄居となる。これによって五大老五奉行は四大老三奉行となり、以降、豊臣政権内部の主導権は家康が握る。
慶長5年（1600年）6月16日、徳川家康は上杉景勝の会津への上洛拒否と軍備増強を問題視し、会津征伐を開始した。 これにより、家康は大坂を発ち、東国へ向かった。
家康の出陣後、7月15日には毛利輝元が安国寺恵瓊および前田玄以、増田長盛、長束正家の三奉行からの要請を受けて大坂に到着し、17日には大坂城西の丸に入城した。 これにより、輝元は西軍の総大将として擁立されることとなった。
同日、三奉行連署による徳川家康の専横を糾弾する13か条の弾劾状「内府ちがいの条々」が作成され、諸大名に送付された。 この文書は、家康の行動が豊臣秀吉の遺命に反するものであるとし、家康に対する非難と西軍への参加を呼びかける内容であった。
この動きに呼応して、大坂には毛利輝元、宇喜多秀家、小早川秀秋、吉川広家、毛利秀包、島津義弘、島津豊久、伊東祐兵、長宗我部盛親、小西行長、増田長盛、長束正家、安国寺恵瓊、脇坂安治、立花宗茂らが集結し、西軍が形成された。 彼らの多くは関西を中心とする大名であり、総勢は約9万3,700人とされる。
なお、当時蟄居中であった石田三成の名は「内府ちがいの条々」には記されていないが、実質的には三成が中心となって西軍の結成を主導したと考えられている。
この西軍の結成に関して三成がどのような役割を果たしたのかについては、研究者によって評価が分かれる。従来の説は単独で決起した三成が諸大名を引き込んだとするものであるが、挙兵に到るまでの三成の詳細な動向は一次史料では不明であり、また三成を西軍結成の首謀者とする史料は江戸時代成立の二次史料が多い点が指摘されている。また、家康が会津征伐に向かう際に、三成に対して佐和山城を宿所として借りようとして拒絶されたとして、これを挙兵と関連づける考えもあるが、単に家康に会津征伐を再考させるためのものであった可能性が高い。
『常山紀談』には三成が挙兵にあたって、大谷吉継を味方に引き入れるため佐和山に招いたときの逸話が載せられている。ただし『常山紀談』は明和7年（1770年）成立の逸話集であり、史実である確証はない。
また上杉家の家老・直江兼続らと連携して事前に挙兵の計画を練っていたとする説があるが、これも江戸時代成立の逸話集などに登場する説であり、一次史料による裏付けはない。七月晦日付真田昌幸宛三成書状には「三成からの使者を昌幸の方から確かな警護を付けて、沼田越に会津へ送り届けて欲しい」(真田宝物館所蔵文書)と記されており、西軍決起後の七月晦日の段階においても、上杉家との確かな交信経路を持ち合わせていなかった点から、上杉側と三成の具体的な謀議や提携はなかったとする考察がある。
反対に会津征伐が開始される前に挙兵する必要があったとする説もある。会津征伐が家康の勝利で終わった場合、その論功行賞は上杉家の所領を全て没収しても十分とは言えず、豊臣家の蔵入地を分配することになる（家康は豊臣政権の大老として征伐を命じているため）。その場合、家康は自分の所領には手を付けずに諸大名と主従関係を編成し、反対に豊臣家（秀頼）は蔵入地を喪うことで政権の財政基盤が解体されるために「豊臣政権の自然消滅」は避けられなくなったとしている。三成は奉行の1人として財政運営に関わっていたためにこの構図に気付き、会津征伐の阻止に迫られたと結論づけている。また、この考察は、上杉家との共謀を否定すると共に家康に追従してきた増田・長束・前田の三奉行が突然西軍に加担することになった要因（三成による説得材料）になったとも推測されている。
決起した西軍は7月18日、家康家臣・鳥居元忠の守る伏見城を包囲。8月1日に城は陥落する（伏見城の戦い）。8月に入って伊勢国に侵攻した西軍は伊賀上野城、安濃津城、松坂城などを落とすが東軍の西上の動きを知って美濃方面へと転進。こうして東西両軍は関ヶ原で相まみえることになる。
通説では当初はやや西軍優勢で進み、黒田長政、細川忠興、加藤嘉明ら数倍の敵を一手に引き受けたとされているが、小早川秀秋、脇坂安治らの裏切りによって西軍は総崩れとなったとされている。しかし、東西どちらの陣営につくか迷った秀秋の陣に家康が鉄砲を打ち込んだため意を決した秀秋が西軍に襲いかかったとする経緯は、江戸時代成立の二次史料に記されているものであり、合戦後すぐに作成された9月17日付の石川康通、彦坂元正による連署書状には秀秋が開戦直後に裏切ったと記されている。
戦いに敗れた三成は、伊吹山の東にある相川山を越えて春日村に逃れた。その後、春日村から新穂峠を迂回して姉川に出た三成は、曲谷を出て七廻り峠から草野谷に入った。そして、小谷山の谷口から高時川の上流に出て古橋に逃れた。しかし9月21日、家康の命令を受けて三成を捜索していた田中吉政の追捕隊に捕縛された。
一方、9月18日に東軍の攻撃を受けて三成の居城・佐和山城は落城し、三成の父・正継、兄・正澄を含む石田一族の多くは自刃した。9月22日、大津城に護送されて城の門前で生き曝しにされ、その後、家康と会見した。9月27日、大坂に護送され、9月28日には小西行長、安国寺恵瓊らとともに大坂・堺を罪人として引き回された。9月29日、京都に護送され、奥平信昌（京都所司代）の監視下に置かれた。
10月1日、家康の命により六条河原で斬首された。享年41。辞世は「筑摩江や 芦間に灯す かがり火と　ともに消えゆく 我が身なりけり」。首は三条河原に晒された後、生前親交のあった春屋宗園、沢庵宗彭に引き取られ、京都大徳寺の三玄院に葬られた。