モンゴル帝国 歴史
こうしてモンケの死より40年以上にわたった内部抗争は終結し、モンゴル帝国は東アジアの宗主国大元ウルス（元朝）、中央アジアのチャガタイ・ウルス（中央ハン国）、キプチャク草原のジョチ・ウルス、西アジアのフレグ・ウルス（イルハン朝）という、元を盟主とする緩やかな連合国家に再編された。
モンゴル帝国の再編とともに、ユーラシア大陸全域を覆う平和の時代が訪れ、陸路と海路には様々な人々が自由に行き交う時代が生まれた。モンゴルは関税を撤廃して商業を振興したので国際交易が隆盛し、モンゴルに征服されなかった日本や東南アジア、インド、エジプトまでもが海路を通じて交易のネットワークに取り込まれた。後年この繁栄の時代をパクス・モンゴリカ（あるいはパクス・タタリカ）と呼んでいる。
しかし、元では1307年の第６代カアンのテムルの死後、皇后ブルガンはアナンダを擁立しようとしたが、テムルの兄ダルマバラの夫人ダギがクーデターを決行し、息子のカイシャン（クルク・カアン）を第７代カアン位に据えた。
1311年のカイシャンの死後、第８代カアンに弟のアユルバルワダ（ブヤント・カアン）が即位するが、カイシャンとアユルバルワダの母であるダギがカイシャンの側近を追放して実権を握った。
1320年にアユルバルワダが崩御すると、子のシデバラが第9代カアン（ゲゲーン・カアン）に即位する。1322年にダギが死去すると、翌1323年に御史大夫テクシ旗下のアスト衛兵にシデバラが暗殺された南坡の変が起こってからは、君主位を巡る対立と抗争が相次ぎ、次々に君主が交代して王朝の安定が失われていった。さらにモンゴル諸政権の安定にとどめを刺したのはペストの大流行をはじめとする疫病と天災の続発であった（参照：ペストの歴史#中世の黒死病）。
1323年、御史大夫テクシによって晋王（ジノン）家のイェスン・テムルが第10代カアンに擁立された。イェスン・テムルの治世では地震、豪雨、旱魃、蝗害に見舞われる。1324年には皆既日食と彗星が観測され、中国人とモンゴル人の間に大きな不安を引き起こした。イェスン・テムルは1328年に崩御した。イェスン・テムルの死後、まだ幼い皇太子アリギバが第11代カアンに立てられたが、カイシャンの遺児を支持する党派はアリギバの即位に反対して挙兵、同年9月に懐王トク・テムルが大都に迎え入れられ、アリギバに対抗してカアン（第12代）を称した。アリギバを擁する左丞相ダウラト・シャーはトク・テムルを擁した右丞相エル・テムルによって攻め込まれて敗北し、アリギバもその最中に没した。
翌年（1329年）、トク・テムルの兄コシラがアルタイ山脈の西から戻ってきたため、トク・テムルはカアン位をコシラに譲った。しかし、右丞相エル・テムルら大都のトク・テムルを擁立して政権の中枢を掌握した人々は、コシラが即位すればコシラの側近やモンゴル高原の遊牧貴族たちに政権を奪われることを恐れたためコシラを殺害。再びトク・テムルが復位した。1332年トク・テムルが崩御すると、コシラの次男イリンジバルが7歳で第14代カアンに擁立されたが、わずか43日の在位で急逝してしまう。
ドゥアの子が相次いで当主に立っていたチャガタイ・ウルスは、1334年の当主タルマシリンの死後、東西に分裂した。イルハン朝では1335年にアブー・サイードが没した後に後継者争いの末にフレグの王統が断絶、ジョチ・ウルスでは1359年に左翼諸家の当主オルダ家に続いてジョチ家宗家であるバトゥの王統が断絶し、傍系の王子たちを擁立する有力者同士の争いが起こって急速に分裂していった。
大元ウルスでも1351年に起こった紅巾の乱によって経済の中心地であった江南を失い、1368年、ついに紅巾党の首領のひとりであった朱元璋の立てた明によって中国を追われた。北元と呼ばれるようになった元はモンゴリアに拠って明への抵抗を続けるが、1388年にクビライ王統最後のカアン、第17代トグス・テムルが内紛により殺害され、かつてモンゴル帝国を構成した諸部族は分裂した。
モンゴル帝国が中国を追われ、モンゴル高原に後退した政権を明では「韃靼 dádá」と呼んだが、あくまでモンゴル側の国号は「大元大モンゴル国」のままである。
第17代ウスハル・ハーン（トグス・テムル）を殺害して、第18代皇帝（ハーン）に即位したのはクビライ家ではなく、アリクブケ家のイェスデル（ジョリクト・ハーン）であった。このジョリクト・ハーンを支援したのはアリクブケ派のオイラト部族であった。また、オイラトをはじめ、ケレヌート（旧ケレイト）、チョロース（旧ナイマン）、バルグトは「四（ドルベン）オイラト」と呼ばれ、以後の北元において強い権限を持つようになる。四オイラトに対し、モンゴル側を「四十（ドチン）モンゴル」と呼ぶ。
このころの北元では四オイラトによるハーンの廃立が頻繁に起き、明の永楽帝による侵攻も頻繁にあって混乱を極める。そんな中台頭してきたのがオイラトのトゴン・タイシ、エセン・タイシ父子であり、彼らのときに傀儡ハーンとして立てられたトクトア・ブハ（タイスン・ハーン）とともに明に侵攻し、正統帝を捕虜とする土木の変（1449年）を起こす。1453年にはトクトア・ブハを殺し、チンギス統原理を無視してエセン・タイシ自らが第29代ハーンに即位した。しかし、翌年エセン・ハーンは同じオイラトの者に殺され、オイラトの栄光は終焉する。
以後はモンゴル側のボライ・タイシやモーリハイによって実権が握られ、数年間ハーンが空位の時代が続いた。
マンドゥールン・ハーン、バヤン・モンケ・ボルフ・ハーンと続いてバトゥ・モンケが第34代ダヤン・ハーンとして即位した。即位したてのダヤン・ハーンはこれまでのハーン同様、イスマイルというモンゴルの有力者の傀儡に過ぎなかったが、成長後はイスマイルを打倒、同時に四オイラトの有力者ケシク・オロクをも打倒してハーンによる直接統治を実現した。
さらにダヤン・ハーンは自身に反抗的な右翼3トゥメン（トゥメト、オルドス、ヨンシエブ）を平定し、左翼3トゥメン（チャハル、ハルハ、ウリヤンハン）とともに6トゥメンを再編成して以後の安定的な帝国統治を実現した。
第36代ボディ・アラク・ハーンのとき、明遠征での功績によりダヤン・ハーンの孫でトゥメト部長であったアルタンは「トゥシェート・セチェン・ハン Tösheetü Sechen Khan」の称号を与えられ（1538年）、ハーンを補佐する次席ハーンとなり、右翼3万戸の最有力指導者となった。アルタン・ハーンはその実力から大ハーンである第37代ダライスン・ゴデン・ハーンをもしのぐ存在となり、彼の死後もハン位の乱立と部族の分裂が進み、大ハーンの権威は薄れ、大ハーンはただチャハル部を領する部族長のような存在となってしまう。
1538年にアルタン・ハーンが「トゥシェート・セチェン・ハーン」となり、トゥメト部がハーンを名乗ったが、ハラチン部も「クンドゥレン・ハーン」を名乗り、1586年にはハルハ部のアバダイがチベットのダライ・ラマ3世から「ノムン・イェケ・オチル・ハーン」を授かったことにより、ハルハ左翼は「トシェート・ハーン」を名乗るようになる。また、ハルハ右翼は「ジャサクト・ハーン」を名乗るようになり、また別のハルハ左翼では「チェチェン・ハーン」を名乗り、さらにはオイラトのグーシ・ハーン、ジュンガルのガルダン・ハーンなども現れ、これまで唯一無二であったハーン（カアン）位はすっかりバラけてしまった。
そんな中、失いつつあった大ハーン位の再興をもくろんだ第40代リンダン・フトゥクト・ハーンであったが、それまで対等な関係で同盟を結んでいた他のモンゴル諸部は彼の強権を嫌い、ホルチン部においては、いち早く満洲の後金国主ヌルハチと同盟し、その息子ホンタイジ率いる後金軍が内ハルハを支配下に入れたのち、熱河まで進出する事態となった。1627年、後金国のホンタイジの圧迫を受けたリンダン・フトゥクト・ハーンは西方に移動し、1628年にハラチン、トゥメトの両ハーン家を滅ぼしてフヘ・ホト（フフホト）を占領して、河套のオルドス部を服従させ、さらに北モンゴルに勢力を伸ばした。当時、北モンゴルのハルハ部で最も強力であったのは、アバダイ・ハーンの甥のトゥメンケン・チョクト・ホンタイジで、彼はリンダン・フトゥクト・ハーンに忠誠を誓ったため、リンダン・フトゥクト・ハーンは全モンゴルをその支配下に置くことができた。
1634年、44歳のリンダン・フトゥクト・ハーンはチベット遠征に出発し、青海に入ろうとしたが、その途上シャラ・タラの草原（甘粛省武威県、永昌県方面）で病死した。その間、リンダン・フトゥクト・ハーンが不在のモンゴルでは、満洲のホンタイジ率いる後金軍がフヘ・ホトを占領し、翌年（1635年）にはリンダンの遺児エジェイが後金に降り、元朝皇帝に伝わる玉璽「制誥之宝」を後金に献上することとなった。ここに429年間続いたモンゴル帝国は滅亡した。