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下山事件 警察の捜査
この捜査分担によって、捜査一課の支援で現場周辺の聞き込み捜査を行っていた捜査二課三係は捜査を打ち切って、後は捜査二課二係が自分たちの専門分野である労働組合等への捜査を担当することとなった。なお、事件後かなり経ってから、朝日新聞の取材で、捜査二課三係の浅野淳一が、「本部の方針が変わったのは、末広旅館の証言や他の目撃者が出たためだ。一課の“殺し”専門の刑事たちには単純な判断しかできない」「二課に現場をまかせてくれていたら、怪しい男の正体をきっと洗い出していたんだがね」と語ったなどとされているが、「末広旅館」の女将の証言を捜査一課が初めて聞いたのが、この捜査分担が決まった後の正午であり（「末広旅館」女将証言の詳細については#五反野付近参照）、この浅野の証言は記憶違いか、取材した朝日新聞の完全な事実誤認である。また、朝日新聞によれば、浅野が捜査一課の捜査能力を揶揄したとのことであるが、本事件捜査における、捜査一課の刑事たちの印象は、あくまでも捜査二課二係は、本事件が社会的影響の大きい事件だけに、捜査一課の捜査に対する情報関係の応援要員という認識であった。
下山事件 警察の捜査
本事件の捜査を混乱させた要因として、新刑事訴訟法が1949年1月に施行されてからの初の重大事件であったこともあげられる。旧刑事訴訟法では検察に捜査の権限が委ねられていたが、新刑事訴訟法では第一次捜査の権限は警察に移っていた。しかし、東京地方検察庁はそれをよしとせず、その権限はないにもかかわらず、初めから事件捜査に主体的にかかわっていた。特に主任検事の布施健は下山が殺害された（「他殺説」）と考えており、捜査会議では他殺説とは矛盾するような聞き込みをしてきた捜査員が報告すると「そんなバカげたことはあるか」などと叱責してきたという。そこで捜査一課の刑事たちと激しい言い合いになることもあった。東京地検の介入によって捜査が複雑となったのは、証拠品の調査でも同様であった。警察の鑑識が調査して特段の発見がなかった衣服や現場周辺の血痕について、のちに「死後轢断説」（他殺説）を主張した東京大学法医学教室や朝日新聞記者矢田喜美雄が独自に調査し、他殺を示唆するような発見をすると、東京地検が飛びつき、それらの証拠を追認して、東京大学法医学教室や矢田に独自の追加調査を行わせた。
下山事件 警察の捜査
その東京大学法医学教室による独自の調査で、下山の衣服から大量の油（通称「下山油」詳細については#下山油参照）が発見され、これを「他殺説」の重要な証拠になると考えた東京地検が捜査を開始したが、これまで労働組合、思想団体等への捜査や、捜査一課の捜査支援に甘んじてきた捜査二課二係も、吉武の方針で東京地検と協力して「下山油」への捜査に集中していくこととなった。これは、社会的に注目されている重大事件だけに捜査を万全にしたいという刑事部長坂本の方針に基づくものであったが、のちに、捜査一課の方針に対して捜査二課が反発して捜査を継続したなどと喧伝されるようになっていく。しかし、現場経験が少ない捜査二課二係に対する捜査一課の刑事たちの目は、対立と言うよりは冷ややかで、東京地検や、東京大学法医学教室からの指示で、捜査一課からの視点では的はずれな力仕事をさせられているのを見ていた、捜査一課で後に昭和の名刑事と称された平塚八兵衛は「なにを、まぁ、やってるんだ」と呆れていた。
下山事件 警察の捜査
この事件に関しては、警察の捜査において、下山の死因が自殺か他殺かの判断が変遷していった。まずは、7月6日の東京大学法医学教室による「死後轢断説」の鑑定によって、下山は先に殺害され、その後に機関車に轢断されたことが示唆されると、日本政府を始め、世論は一斉に「他殺説」になびいていったが、この時点において警視庁捜査本部は、「死因はまだ判明しない」「他殺の疑いはあるが断定できない」と拙速な判断はせず慎重であった。しかし、現場で捜査をしている刑事の印象は他殺に傾いており、7月7日に捜査本部で初の合同捜査会議が開催されたが、その会議では意見を述べた捜査一課の全21刑事のうち、他殺もしくは他殺の可能性が高いと考えていた刑事が11人、自殺が4人、残りが不明もしくは5分5分と、世論の流れと同様に他殺と考えていた刑事が多かった。のちに、作家松本清張らの他殺説主張者からは、捜査一課は「多年の経験によって培われたカン」によって現場に駆けつけて捜査した結果、自殺と決めつけて捜査を進めたなどと指摘されるようになるが、事実は全くの逆で、主任刑事の関口の回想でも、捜査開始直後の捜査一課の刑事の多くが他殺と信じており、前年に発生した帝銀事件に引き続いて、重大事件を解決して警察功労章が授賞できると張り切っていたという。帝銀事件で警察功労賞を受賞した平塚も「これはまた功労賞ものだ」と張り切っていたので、先輩刑事から「お前、またねらっているのか」とひやかされている。
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このような捜査一課の刑事たちの空気のなかで、慎重な見解を公表していた警視庁捜査本部であったが、警視総監の田中は斎藤昇国家地方警察本部長官に対して「最初の捜査会議の空気としては、集団の力による殺人方法がとられたのではないかという見方が強い」という本音の報告を行っており、また、東京地検でも次席検事の馬場が「自、他殺両捜査で行くが、捜査は困難を極めるだろう」と記者会見を行うなど、この時点においては警察と検察の方針に大きな違いはなかった。
下山事件 警察の捜査
初の合同捜査会議の決定により、捜査一課は所轄の警察署の捜査員の支援を受けて、第一現場（三越周辺）と第二現場（死体発見現場周辺）の聞き込みを開始した。捜査は徹底的に行われ、三越周辺では、三越店員435人に加えて、地下の映画館関係者16人と三越の店舗上階に入居している各種事務所関係者にも聞き込みが行われた。さらには、地下鉄の飲食街や、三越から死体発見現場までの地下鉄沿線の各百貨店店員など325人、地下鉄駅員約10人にも聞き込みした。その結果、複数の目撃証言が寄せられたが、その中には、三越周辺で下山と思しき人物が2～3人の男に追われていたり、複数の男と喫茶店や地下道で会話していたなどの証言もあり、この男たちが誘拐者ではないかと色めき立ったが、その目撃談の前後に、下山と思しき人物が、三越の外でライターのガスの補充をしていたなど単独で行動していたという証言もあって、刑事たちはその不可思議な行動に頭をひねっていた。
死体発見現場周辺では、付近にある595戸の民家全てに地取り捜査が行われた。その結果、事件当夜に現場付近を通行した160人が特定されて、詳細な調査や聞き込みが行われ、現場周辺では次々と下山と思しき人物の目撃談が集まった。三越周辺の目撃談は次第に重要性が低下していくことになり、捜査の焦点は死体発見現場の方に移っていった。
下山事件 警察の捜査
捜査一課の地取り捜査のなかで、特に7日に聞き込みした「末広旅館」女将の詳細な証言が、大きく捜査の流れを変えることになった。報道で事件を知った「末広旅館」の女将は、休憩した人物が下山に間違いないと確信すると、所轄の西新井警察署に届け出た。その後捜査一課の刑事が聞き込みにきたが、「末広旅館」の女将の証言の重要性に驚き、一旦聞き込みを終えると、神妙な顔をして「末広旅館」を後にした。その光景をみていた毎日新聞の記者平正一がただ事ではないと察すると、ベテランの事件記者を呼んで一緒に「末広旅館」の女将を取材したが、女将はベテラン記者をその風貌から刑事と誤認して、先ほどの捜査一課の刑事に話した目撃証言を洗いざらい話してしまった。この毎日新聞のスクープは翌8日の紙面を大きく飾り、この後、毎日新聞は自殺説の方向で報道するようになり、他殺説をとる朝日新聞や読売新聞と紙面上で激しく対立していくこととなった。
下山事件 警察の捜査
7月9日には東京大学法医学教室が「局部を蹴上げられたためのショック死」と下山は殺害されたとの見解を公表し、毎日新聞以外のマスコミや世論は一層他殺説が主流となっていったが、毎日新聞は東京大学法医学教室の主張する「死後轢断説」に疑問を呈していた慶応義塾大学中館の見解を紙面で紹介し、この後、東京大学の「死後轢断説」と慶応義塾大学などの「生前轢断説」が激しく対立していくこととなった。捜査一課も、引き続き他殺を疑って、現場附近において、他殺とすれば容疑者と疑われる者合計481人を徹底して捜査しているが、他殺との確証は得られなかった。
その後も捜査一課は、世論の喧騒に構わず地道な地取り捜査を続け、さらに多くの現場周辺での下山の目撃情報を集めた。その目撃情報を集約すると、下山と思しき人物は、相応の人通りがある東武線と常磐線の交差する高架付近を、一人きりの寂しそうな姿で徘徊していたことになった。捜査一課の刑事たちには、その下山と思しき人物の行動が不可思議に感じられ、下山によく似た別人で“替え玉”だったのではなかったか？という意見も出たが、何のためにそんな“替え玉”を用意する必要があるのか、説明がつかなかった。
下山事件 警察の捜査
他殺説に前のめりであった朝日新聞の矢田は後年になって「警視庁捜査本部は事件が起きて3日目には早くも殺人捜査を打ち止めにした」などと主張していたが、まったくの事実無根であり、下山の初七日も過ぎた7月13日には、捜査一課は37人の刑事を現場に投入し、轢断現場に殺害後の下山の遺体を犯行グループが運搬したという想定で、現場実験が行われている。その実験の結果、轢断現場に自動車でぎりぎり接近できる個所は6か所と判明、一番近い場所で185歩で所要時間2分、一番遠い場所で300歩で所要時間4分という結果が出て、他殺説捜査の参考にされた。しかし、この日までには、他殺か自殺を決定付けられるような材料は何も出ておらず、捜査一課課長の堀崎は記者の囲み取材に対して「他殺と断定すべき材料も今、得ていない。また、自殺と肯定すべき具体的な資料も得ていない」と答えており、迷宮入りも懸念されるようになった。
しかし、ここで難航する捜査に新たな視点が加わる。米子医科大学学長の精神科医下田光造名誉教授が、下山事件の新聞記事を目にした際に、妻の以下の証言を目にして、「初老期うつ憂症」による自殺ではないかと直感した。
下山事件 警察の捜査
そこで下田は、学会出席のため上京した際にわざわざ捜査本部を訪れ、応対した係長に自分の所見を述べ、後に正式な捜査一課からの要請で意見書を提出している。また下山身辺での捜査においても、下山の精神状態の悪化を疑わせるような証言が相次いでいた。下山が精神を病んでいたのであれば、現場付近での下山と思しき人物の行動には、自殺前の彷徨いであったとの説明が可能となり、次第に捜査一課の見解は自殺に傾斜していく。さらには、捜査によって下山の失踪前日の行動が明らかになると、「まるで夢遊病者のようだ。首切りのことを考えたら、無理もない。あの人（下山）が死んだのは責任感からだと思う」などと自殺との判断を強めてった。そこで捜査一課は、早稲田大学心理学教室戸川行男教授の協力を仰いで、下山の手帳や過去10年分の日記の分析を行い、下田が指摘するような病前的性格を明らかにしていった。（下山教授の所見や下山の失踪前日の行動については#下山の精神状態について参照）
一方で、日本政府や、GHQは他殺という見解を強めていた。特にGHQは7月7日の時点でGHQ参謀第2部（部長チャールズ・ウィロビー少将、略称G2）が「Murder of Shimoyama」と他殺と断定する報告書を作成し、以下のように記述している。
下山事件 警察の捜査
複数の犯人が殺人事件に関与しているものと認められ、重要な手がかりも得られるものとみられる。 —7月7日付G2速報「Murder of Shimoyama」
この後も、GHQは捜査に強い興味を示すようになる。検察も日本政府の方針通りに他殺と考えており、福井盛太検事総長は、この事件を公安事件と捉えている旨の発言をしている。東京地検も検事総長の発言に沿って、捜査一課に他殺重点の捜査をしろと盛んに捜査介入していたが、捜査一課は新刑事訴訟法の施行もあって検察の意向通りには動かなかった。
上記の通り、捜査本部は、他殺と考える日本政府や検察から盛んに捜査介入を受けることとなったが、それをどうにか跳ねのけていた。そのため、捜査情報が入ってこない総理大臣の吉田がG2のウィロビーに「警察幹部には捜査の進展状況を報告するように求めておりますが、まだ手元に届いておりません。この事件に関して占領軍がお持ちのいかなる情報でもお寄せいただければ大変ありがたいです」と泣きつく有様であった。捜査会議においては、捜査一課の刑事が、証拠や証言をもとに「これは自殺だ」と主張すると、東京地検主任検事の布施やその他の検事が否定してくるので、お互い感情的になって言い合いとなり、捜査一課長の堀崎が慌ててその場を収めることもあった。
下山事件 警察の捜査
7月21日には、最高検察庁、東京地検、警察による合同捜査会議が開催された。ここで東京地検が、疑義あるところを解明するとして、自殺説、他殺説両方の根拠や疑問点をまとめた資料を作成して、出席者に配布した。（この資料はのちに流出して、足立区立郷土博物館が入手し保存している。詳細は#その他参照）東京地検とすれば、自殺説に傾斜していく捜査一課に釘を刺す目論見もあったが、逆に最高検察庁から会議に参加した木内曽益次長検事は自殺という印象を強めている。この会議が終わった後、同日の深夜23時からと翌22日の10時から合計7時間半にも渡って、捜査本部部長の坂本と捜査一課の首脳陣が「生前轢断」を主張している名古屋医科大学の小宮と面談しており、東大法医学教室が主張している「死後轢断」の判定に繋がった解剖所見についての意見を聞いている。
下山事件 警察の捜査
自殺説に傾斜しつつある捜査本部に対して、他殺説を主張する東大法医学教室と朝日新聞記者の矢田は、上記の通り、線路上とロープ小屋に血痕を発見、これに同じく他殺説を主張していた東京地検が飛びついた。東京地検と東大法医学部は、捜査一課に何の連絡もなく、血痕の捜査を開始し、その話を聞いた捜査一課の刑事たちは驚いたが、この血痕の捜査には、労働組合、思想団体等の捜査をして特に成果のなかった捜査二課二係が、坂本の「万全の捜査を」という方針によって加わっている。この後、捜査二課二係は東京地検の方針に従って捜査を継続していくことになる。さらに、東大法医学教室で「下山油」と染料が下田の衣類から検出されると、東京地検と捜査二課二係はその捜査に集中していくようになった。
下山事件 警察の捜査
捜査一課は東京地検が自分たちを除外して進めている血痕や「下山油」の捜査にも冷静で、7月28日の夜には、東京地検の「ロープ小屋」から線路を伝って下山の遺体を轢断現場に置いたという推定を検証するため、下山の遺体に見立てた同じ重さの砂袋を使って4人がかりで運搬実験を行った。この実験を見た、朝日新聞記者の矢田は、自分と東大法医学教室に対する当てつけのデモンストレーションだと嘲笑ったが、捜査一課が何度も実験を重ねた結果、犯人たちが4人がかりで下山の遺体を運搬して轢断現場に置き、その後にロープ小屋まで帰るためには15分～20分かかることが判明した。現場付近は、東京都市圏外ではあったが、近くの湖沼での食用ガエル獲りや、養殖池の見回りや、すぐ近くの荒川鉄橋を渡る人などで夜中でも相応の人通りがあった。さらに近くには警視庁の中ノ橋駐在所もあって、わざわざ犯人グループが見つかる危険を冒して、こんな危険な場所で遺体運搬などはしないだろうと考えられた。また、捜査一課の聞き込みにより判明した、6日0時前後に轢断現場付近を通行した7人もの通行者からの目撃証言もなく、7人全員がこの異様な作業光景に全く気が付かなかったとは考えにくいという判断に至り、捜査一課は下山の遺体が運搬された事実はないと判断した。
下山事件 警察の捜査
8月1日には捜査本部での合同捜査会議が開催された。7月7日の捜査会議では他殺を疑っていた刑事の方が多かった捜査一課であったが、この会議においては発言者全員が自殺であると断言した。また、東京地検に協力し他殺説で捜査していた捜査二課二係の吉武も「他殺の裏付捜査をしてきたが、労働組合関係、共産党関係、朝鮮人関係、資金関係、女性関係などの捜査において、風評程度の話はあったが他殺を疑わせるようなことは何も出なかった」と他殺の裏付けとなるものは何もなかったと述べている。捜査本部ではこれらの捜査結果から以下のような結論を出した。
さらに東大法医学教室の古畑判定に対しても以下の理由で退けている。
これは、東大法医学教室で司法解剖を執刀したのが、これが初めての解剖の執刀となる桑島であったことに対する反発もあり、捜査本部の刑事たちは「我々には“学”はない。しかし、過去数百件の捜査経験がある」と各々が口にしていたという。
下山事件 警察の捜査
8月3日には、捜査本部は「死後轢断」を主張している東大法医学教室を坂本刑事部長公舎に招いて合同会議を開催した。捜査一課からは、慶応義塾大学などから異論も出ている東大古畑の「死後轢断」説を妄信する必要はないという意見もあったが、捜査本部としては、東大法医学教室の権威や、東京地検も東大法医学教室の鑑定を支持していることもあって、さすがに無視するわけにもいかず、自殺との捜査結果を公表するにあたって東大側の見解を確認しようということになった。
下山事件 警察の捜査
この会議には警視庁からは坂本刑事部長、堀崎一課長と各係長、松本二課長と各係長、塚本鑑識課長、東京地検からは山内刑事部長、布施首席検事以下担当検事3人、東大法医学教室からは古畑、桑島、秋谷といった、この事件捜査の主要関係者のほぼ全員が参加していた。さらには東大からは精神科医内村祐之教授の代理人も参加していた。これは、精神科医の権威下田からの意見書や下山周辺よりの聞き込みに基づき、捜査一課は1935年（昭和10年）からの下山の日記を調査して、精神状態の分析を行い、下山の自殺は精神的な問題が原因であると判断しており、その見解を説明するために東大側の精神科医も呼んだものであった。自殺説と他殺説で対立していると散々喧伝されてきた当事者が一堂に会した会議であり、紛糾も予想されたが、意外にも会議は円滑に進み、警察捜査本部から、犯罪行為による他殺とは考えられないとする根拠が次々と説明されていったが、東京地検からは何の反論もなく、東大の古畑ですら「解剖所見としては「死後轢断」という状態であったが、自殺ということもあり得る」と述べており、警察捜査本部による自殺という捜査結果の発表に、表立っての反対はない状態まで会議は進んだ。
下山事件 警察の捜査
しかし、会議の終了まぎわになって、坂本に警視総監の田中から電話が入った。坂本は会議を中座すると警視庁に戻り、田中と一緒にどこかに出かけてしまった。しばらくして捜査本部に帰ってきた坂本は、集まっていた捜査本部の面々に「駄目だ」と呟くと、頭を抱え込んでしまった。ただならぬ坂本の状態に捜査本部は重苦しい空気につつまれたが、そこで捜査三課長の浦島が「おい、こんなことでは部長が初老期うつ憂症になるぞ。しっかりしろ、元気を出せ」と坂本を激励している。しかし、捜査本部による自殺という捜査結果の公表は見送られることとなった。この、捜査結果公表直前に待ったをかけた人物については、捜査一課の主任刑事であった関口はGHQであると考えていた。GHQの対敵諜報部隊（CIC）のアメリカ軍人が頻繁に捜査本部に出入りしており、捜査一課が自殺として捜査を進めていると、露骨に面白くない顔をされたという。これはCICが東京地検に便乗して、左翼勢力による他殺として捜査を進めさせ、レッドパージに利用しようという意図があったとされる。
下山事件 警察の捜査
捜査一課課長の堀崎によれば、前日にGHQ参謀第2部の公安課（PSD）の課長プリアム大佐に、自殺発表の許可をとっていたのにもかかわらず、なぜか翌日の3日になって同じPSDから発表の差し止めが命じられたという。この経緯はずっと謎であったが、1970年（昭和45年）になって、当時PSDに勤務していたハリー・シュバックが、このときに坂本に自殺発表の差し止めを命じたのは自分であったと雑誌「週刊新潮」の取材で答えている。このシュバックの証言について、直接、捜査結果公表の差し止めを命じられた坂本は、明言を避けながらも真実である可能性を示唆し、産経新聞の取材に対し、捜査結果発表の中止については、GHQよりの圧力は否定しなかったうえで、最終的には自らの判断で発表を中止したとしている。
発表を差し止めた組織については異論もあり、毎日新聞の下山事件取材担当責任者で、のちに取材結果を著書「生体れき断」にまとめた毎日新聞記者平正一は、捜査結果の発表に待ったをかけたのは日本政府だと主張している。その根拠としては、当時自殺説の立場で報道していた毎日新聞であったが、ある日、官房長官の増田から、毎日新聞の下山事件担当記者に呼び出しがかかり、警視庁キャップの若月五郎と今井太久弥が行くと、増田は以下の様に言ってきたという。
下山事件 警察の捜査
下山、三鷹と続き、国鉄の大量首切りによる労働攻勢が激しい折、あなた方の言うように下山さんが自殺だったとしたら、この左翼攻勢はどうなりましょう。あなた方は考えてみたことがありますか？（中略）あなた方の報道で、左翼攻勢の突破口を与え、国民生活を再び混乱に陥れたら、あなたの新聞の責任は大きいと思いますがね。そうお考えになったことはありませんか？ —増田官房長官
これは、明らかに日本政府が、下山の自殺報道を止めさせようとする圧力であり、結局、毎日新聞がこの圧力に屈することはなかったが、平はマスコミを呼びつけてここまでやる日本政府であれば、警察に発表を止めさせることぐらいは平気でやるのではないかと考えていた。
下山事件 警察の捜査
8月3日に捜査結果の発表が予定されていることは、特にプレスリリースがあったわけではないが、マスコミ各社はその情報を掴んでおり、肩透かしを食らった結果となった。そのため警視総監の田中が異例の警視総監談話を発表し「一部にこの事件の合同捜査会議が開かれ下山氏の怪死事件が自殺に決定したと報じられたが、そのような事実はない」「この事件は極めて複雑多岐な事件と考えられるし、警視庁も目下の捜査段階では自・他殺いずれとも決定はできない。従って捜査は引き続き続行し、特に背後関係、新しい聞き込みに重点をおいて、あくまでも真相の究明に努力する」という趣旨で捜査を続行すると述べている。なお、田中の本事件に対する捜査方針は当初から一貫しており、それは下記の通りであった。
警視総監である私としては、自殺の線をおす一課と他殺をおす二課が、それそれの方針で進むことをむしろ奨励した。特に東大の古畑教授の鑑定によって他殺の疑いが濃くなってから、私は、捜査二課を督励して、捜査費用を惜しまず他殺のデータを集めるよう命じた。—田中警視総監
下山事件 警察の捜査
ここで、さらに日本政府が捜査に介入してくる。9月15日に首相官邸で下山事件の捜査報告会が開催され、政府からは増田官房長官と副官房長官、国鉄からは副総裁から昇格した加賀山総裁、警察からは坂本刑事部長、堀崎捜査一課長、松本捜査二課長、金原係長、関口主任刑事が参加したが、坂本が報告をしているのを増田が遮って「もういいから帰れ、オレが県の警察部長をやった経験から、アレは他殺に絶対まちがいない」と激高したという。坂本は「そんな馬鹿げたことはない、捜査は全て自殺の線を示している」と反論したが、増田は全く聞き入れなかったので、坂本は怒りのあまり部屋を飛び出した。この日、首相官邸には斎藤昇国家地方警察本部長官がたまたま居合わせたので、斎藤は両者を取り持つと、日を改めての報告会を設定した。増田は戦前の内務省官僚時代に警察部長を務めたことは事実であるが、ノイローゼで4か月で更迭されており、そのことを知っていた坂本は憤懣遣る方無かったが、やむなく斎藤に従うこととした。
下山事件 警察の捜査
自殺説でまとまっていた捜査一課も、GHQや日本政府による捜査介入や圧力によって他殺を前提とした国鉄各機関区の捜査に回されたこともあった。しかし、捜査一課の刑事たちは何をするかもわからず、「なんのために機関区に行くんだ？」と捜査本部に確認すると、「とにかく、機関区の関係者のリストでもなんでも作れ」と命じられている。結局、捜査一課の刑事たちは2～3日間もの間、各機関区に通うこととなったが、全く成果はなかった。捜査の目的は不明であったが、平塚は人員整理のあとの国鉄労組の暴動を抑止する意味もあったのではないかと推定している。
このように、明らかにGHQと日本政府は、共産勢力封じの口実として「他殺捜査継続が望ましい」と考えており、結局、田中の宣言通り捜査は継続されることとなった。捜査は継続されたものの、体制は大幅に縮小された。特に地取り捜査の目途を付けていた捜査一課は、数名の捜査員を引き続き聞き込みに当たらせ、事件現場付近の通行者の証言の確認を行わせていたが、これも9月中には終わり、捜査一課はこの事件の捜査を終えることとなった。この後、一旦は自殺発表を容認した東京地検や捜査二課二係が、引き続き他殺の線で、「下山油」や血痕の捜査を続けていくこととなった。
下山事件 警察の捜査
捜査一課の捜査完了以降は、東京地検や捜査二課二係による「下山油」の捜査を中心とした他殺説の捜査の進展は全く見られなかった。捜査二課二係長の吉武はその手ごたえの無さを後年に以下のように振り返っている。
下山事件というのは、追っても、追っても犯罪のにおいがしなかった。—吉武辰雄
そして12月に入ると、吉武が上野警察署次席に転勤の内示が出た。捜査二課二係と懇意にしてきた朝日新聞の矢田は、これは捜査一課長の堀崎が、一課が決定した自殺説の決着が覆されるだけでなく捜査本部の解散もできなくなるため、大きな危機感を感じて、裏から手を廻して吉武を配転させたなどと考えていた。また、他殺としての捜査継続を強く希望していた日本政府は、官房長官の増田を通じて警視総監の田中を料亭に呼び出すと、同席していた旧内務省OBや警視庁OBで組織されていた「桜田会」のメンバーと、安井誠一郎東京都知事と共に、吉武の配転を止める様に圧力をかけたという。「桜田会」のメンバーにはG2と親密な者も多数おり、この圧力はG2の意向を代弁しているのは明らかであったが、田中がそのような圧力に屈することはなく、吉武は辞令通り配転となった。
下山事件 警察の捜査
この配転について、後年にジャーナリストの佐藤一が吉武本人に、下山事件が原因であったのか単刀直入に確認したところ、吉武は「そんなことありゃしませんですよ。第一、（下山）油を追ってみたって、犯罪のニオイはまったくしてこないんですからね。これは、あの血痕と同じですよ」「私の転勤に、下山事件はからんでいません。もうあの時期は、他殺の情報もあまりなくなっていて、松本（清張）氏のいうような事態じゃなかったんですから」と、陰謀論を一蹴し、転勤した理由を、刑事部長の坂本や捜査二課長の松本と、ある事件によってケンカになったからだと話している。佐藤は坂本に吉武の発言の裏取りに行ったが、坂本も同じような回答であった。吉武と坂本が言葉を濁したある事件とは、下山事件と同じころに発覚して政治問題化していた「五井産業事件」で、吉武は五井産業の社長と懇意にしており、捜査情報を漏洩したという疑惑をかけられていた。そのほとぼりを覚ますために、捜査二課長の松本が、坂本に吉武の配転を申し出たものであった。
下山事件 自殺説と他殺説
上記の通り、警察は組織として公式な捜査結果を公表することはなかったが、事件後しばらく経った1953年に警視庁が編纂した『警視庁史』においては「自殺説」の見地で本事件を記述している。また、捜査にあたった警察関係者の見解としては、捜査の指揮をとった警視庁刑事部長坂本智元が、上述した後年の回想の通り自殺説の立場をとっている。警視庁捜査一課で実際に捜査に携わった主任刑事の関口由三も、1969年（昭和44年）に雑誌『新評』に「下山国鉄総裁“自殺”の証拠」という記事を寄稿して、自殺説を強く主張した。同じく捜査一課の名刑事平塚八兵衛も、下山失踪第一報後の妻からの聞き取りやその後の捜査によって「奥さんのこの証言をはっきり調書にとっておけば、他殺だなんて議論がでてくるわけがない。家族が一番よく知っているわけだよ」と、他殺説を一蹴している。他殺説の急先鋒であった作家松本清張も平塚に取材したことがあり、日比谷公園の中にあった飲食店で平塚の説明を聞いた松本は「やっぱり自殺ですね」と話していたが、後日に前言を翻して、著書『日本の黒い霧』で他殺説を主張していたので、平塚は呆れて「新聞や雑誌の材料だけで、やれ他殺とか、捜査のやり方がおかしいとか論じて、ホシ（犯人）が捕まるなら刑事なんかいらねえよ。とんでもねえ話だよ」と批判している。
下山事件 自殺説と他殺説
東京地検については、主任検事の布施が他殺を疑っており、捜査一課の捜査が実質的に終わった後も、捜査二課二係と協力して下山油や染料の捜査を継続しているが、木内曽益最高検察庁次長検事は東京地検の捜査資料を見て「やっぱり自殺だったのかね」と述べている。
下山事件 自殺説と他殺説
政権与党である民主自由党は他殺説であったが、事件関与を疑われていた日本共産党は自殺説を強調していた。これは政権与党が、戦闘的な極左勢力による犯行と決めつけ、反共活動に利用しようとする意図を感じていたからであった。同じ左翼系政党の日本社会党の衆議院議員猪俣浩三も、昭和24年9月20日の衆議院法務委員会で、東大法医学教室の死後轢断の鑑定を信頼して他殺の立場をとる検察に対し、その鑑定結果に対して具体的な疑問点を指し示しながら、他殺と決めつけるには、はなはだ根拠が不完全ではないかと問い詰めている。しかし、日本共産党については、この後も、執拗に事件に関与したという疑いをかけられ続けたことから、1959年（昭和34年）のしんぶん赤旗で、中央委員の伊井弥四郎が「アメリカと日本の反動勢力」による犯罪の可能性があると発言するなど、他殺説に転向し、2008年（平成20年）においても、しんぶん赤旗では、「真相は不明ながら、GHQによる謀略である可能性が濃厚」と記述されている。一方で、政権与党内でも、運輸大臣として下山と最も関係が深かった大屋晋三は、「あれは自殺だよ」と述べている。
下山事件 自殺説と他殺説
国鉄労組副委員長で下山ら国鉄経営と直接対峙し、下山殺害への関与を疑われていた鈴木市蔵は、後に出版した事件当時の回顧録で、他殺か自殺かの推定については直接の言及は避けているが、国労の人員整理への反対闘争が、国労内の勢力争いによって腰砕けになっている状況を熟知していたので「謀殺という場合、国鉄人員整理の必要からは、下山総裁をあえて亡き者にしなければならぬ事情は、既に無くなっていた」「組合内の対立、抗争の実態は誰よりも国鉄当局が知り尽くしている。さらに言うならば吉田内閣すらその事実を知っている」として、事件当時において、下山謀殺の必要性など全くなく、それは政府や国鉄当局も含めた周知の事実であったと振り返っている。
事件発生直後から毎日新聞は自殺を主張（毎日新聞が自殺証言のスクープを出したため）。同紙記者平正一は取材記録を収めた『生体れき断』1964年を出版。大規模な人員整理を進める責任者の立場に置かれたことによる、初老期うつ憂症による発作的自殺と推理した。
下山事件 自殺説と他殺説
1976年には、佐藤一が自殺説の集大成と言える『下山事件全研究』を出版。佐藤は松川事件の被告として逮捕・起訴され、14年間の法廷闘争の末に無罪判決を勝ち取った人物であり、下山事件も連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）あるいは日本政府による陰謀＝他殺と当初は考え、東京大学学長南原繁総長、東京都立大学沼田稲次郎名誉教授、京都大学桑原武夫名誉教授に作家の松本ら下山事件を他殺と考えていた有志で結成した「下山事件研究会」の事務を引き受けていた。しかし、調査を進める過程で次第に他殺説に疑問を抱き、発作的自殺説を主張するようになる。日本でもジャーナリズムが過熱していく中で、下山事件はいつしか世間の興味を引く様に、面白おかしく陰謀論が流布されるようになり、自殺説を主張すると、頭がおかしいか、アメリカCIA手先だなどと中傷されるようになっていたが、それでも佐藤はめげることなく、他殺の根拠とされた各種の物証に関して、地道な調査に基づいて反論を加えた。
下山事件 自殺説と他殺説
「下山事件研究会」の中心メンバーであった松本に加え、徳川夢声や坂口安吾など、当時活躍していた作家のなかでは他殺説を主張する者も多かったが、井上靖は自殺と考えており、「週刊朝日」1960年（昭和30年）1月23日号のなかで他殺説の徳川と対談しているが、坂口は自殺と考えた理由を「妻女は初めは自殺と考えたようだが、その後時間を経るに従って他殺と主張するようになった」「これは後に色んな情報が入ったからであって、最初のカンの方が正しかったのではないか」や「警察が非常に老練な刑事のカンを重視して自殺と判断した」ことをその理由にあげている。そして下山の自殺については、近江絹糸争議で女子工員に自殺者が出たのを例に出して、「特殊な事件には、理解できない自殺者が出る」「何か申し開きしたらいいと思うのに、わけのわからない自殺をしてしまう」と指摘している。井上は、事件翌年の1950年の「文藝春秋」7月号から、下山事件をモチーフにした小説「黯い潮」を連載しており、1954年（昭和29年）には日活で映画化された。
下山事件 自殺説と他殺説
冤罪事件の被害者を支援してきた山際永三は「我々，冤罪に関わる人間が，一つのリトマス試験紙にしているのが下山事件なんです。下山事件は他殺だっていう人は私らの仲間ではないんです」とまで言い切っている。そして、他殺説の有力な論客松本に対しては「松本清張さんは何でも GHQのせいにしちゃうんですね」と批判し、下山事件は自殺であったと断言している。
失踪の直後、警視庁の刑事平塚八兵衛が下山の自宅に事情を聞きに行ったところ、まだ遺体が発見される前だったが、妻は「ひょっとしたら、自殺じゃないかしら。自殺じゃなければ、いいんですが……」と胸の内を明かしたことから、事件と思っていた平塚は拍子抜けして、妻に「なんで、そういう心配をなさるんですか？」と尋ねたところ、妻は下山が毎晩大量の睡眠薬を服用していることと、「うちの主人は非常にもだえていたことは確かです。それで私は、そういうふうに（自殺するのではないかと）心配しているんですよ」と話したという。
下山事件 自殺説と他殺説
その後、平塚が東京鉄道病院の記録を調べたところ、下山は6月1日に神経衰弱症と胃炎という診断を受け、事件直前の6月19日から26日にかけて3回も通院し、ブロバリン（睡眠薬）0.5グラムを25袋も処方してもらっていた。これは1日に0.5グラムのブロバリンを2袋も服用していたことになるが、事件当時の一般的な服用量としては、通常の不眠症であれば、0.3グラム1袋で十分に睡眠できると考えられており、下山の状態はかなり重篤であったと思われる。実際に、死亡時に着用していた背広のポケットからもブロバリンが2袋見つかっている。
国労の中央闘争委員で企画統制部長であった井上唯雄も、下山の遺体が発見された直後に妻から「下山が可哀想です。あなたがたがあまりいじめるからです」と、自殺は国労のせいだと非難されている。
下山事件 自殺説と他殺説
日本を代表するような精神科医で、日本うつ病学会がその業績を記念して「下田光造賞」を制定しているほどの精神科医下田光造も、早くから下田の初老期うつ憂症による自殺と考えて、捜査本部に自分の見解を助言し、のちに捜査一課からの正式な要請で意見書も提出している。その意見書には「もし自殺なら病的精神状態をもってせざれば説明困難である。もし自殺を簡単に理解できるのは、総裁と同じ年代の人にかなり多い『初老期うつ憂症』という病名である」と書かれ、さらに下記のような初老期うつ憂症の特徴も同封されていた。捜査本部はこの特徴が失踪直前の下山の言動と一致しているものと判断した。
精神疲労を原因として発症し、40、50代に多い。
患者のほとんどが一定の型の性格者である。
義務感、責任感が強い、職務熱心、まじめ、几帳面、要領よく（適当）できない、など。
こうした性格だから確実な人物として周囲に信頼され、初老期までには相当の地位を占めている人が多い。
症状は「頑固な不眠」「口数が少なくなり、人に会うのを嫌うような鬱」「思考困難」など。
下山事件 自殺説と他殺説
下田の見解によれば、初老期うつ憂症が発症すると、決断力が低下するため計画的な自殺が困難になってしまう代わりに、発症者の多くが発作的、突発的な自殺衝動にかられるという。従って初老期うつ憂症による自殺者は、遺書や後事配慮などを残さないのが常である。下山が鉄道を愛していたので、自殺の手段に鉄道を選ぶはずはないという反論に対しては、下山の先輩の国鉄職員が「下山は鉄道を誰よりも愛しており、母親に叱られたりすると、鉄道線路の傍らでいつまでも汽車を見ているような子供だった」「強い厭人的な憂欝に襲われ、それが高じて、はっきりとした意図はなしに、蝙蝠が暗い所を求めるように仕事から離れて一人ふらふらと彷徨い出て、鉄道の沿線をあてどもなく歩き回り、夜遅く、ふらふらと機関車に飛びついたと思う」と、子供の頃からの習性と鉄道に対する愛着から、鉄道の駅や線路から離れることができないうちに、発作的に線路に飛び出して自殺してしまったのではないかと指摘している。
下山事件 自殺説と他殺説
下山が技術院に出向していたときに一緒に働いた東京帝国大学航空研究所長和田小六によれば、下山は精神的な原因の胃腸の不調に悩まされており、下山が非常に頭を使っているときや、仕事が思うように運ばないなど、思い悩んでいるときは必ず胃痛で苦しんでいた。そのため、下山の胃痛の具合を聞けば、仕事がうまくいっているのかがすぐにわかったという。上記の通り失踪直前にも胃炎の診断を受けて、ブロバリンと一緒に胃薬を処方されている。
また、事件前日には下痢にも悩まされており、薬局で止瀉薬を購入するなど、胃腸の具合がかなり悪かった。下山の側近であった吾孫子国鉄文書課長も、常々下山が「非常に疲れている」と口にしていたので、行方不明の一報を聞くと、病院に行っているのではと考えたほどに、下山の心身状態がよくなかったのは周知の事実であった。
下山事件 自殺説と他殺説
下山とは永年にわたって公私の付き合いがあり、戦後間もなくの食糧難の時代には、下山家に食料の支援まで行っていた元国鉄職員の橋本林次によれば、下山は若い頃から「人間は酔生夢死してはいけない」が口癖で、常々「大きな仕事をすれば死んでもよい」と言っていたという。また、下山は他の多くの文系の国鉄幹部とは異なり、技術屋からのたたき上げであったので狡猾さがなく、スタイリストで立派過ぎる反面、脆さがあった。そのため、下山を熟知していた橋本は、下山が国鉄創設以来の人員整理という大仕事に関わって、人生の目的を達したことで、その精神的な脆さから自殺したのではないかと考えていた。
下山事件 自殺説と他殺説
自殺に至るほどの精神変調をきたしていた証拠として、毎日欠かさずに行動や予定を書き込んでいた手帳が6月28日までしか書きこまれていなかったこともあげられている。最後の書き込みが「エーミスに叱られる。決裂のチャンスを掴めと言われた」というものであった、このエーミスというのはGHQのロバート・T・エーミス労働課長のことであり、恨みがましい走り書きで、斜めに書かれていたという。それ以降も多くの公用をこなしていたが、その予定など一切の書き込みがなかった。下山が日記を止める前日の6月27日には、下山の鉄道省時代の秘書の女性が下山邸を訪ねたが、下山はその女性に対し、「苦労するので白髪が増えた」「毎日あっちこっちからせめられるので困るよ。俺が整理された方がよい」などと泣き言を言っていたという。そこで女性が心配して「夜おやすみになれますか？」と質問すると、妻が「毎晩神経が尖って眠れないので睡眠薬を飲んで寝ます」と答えている。その後、下山は出勤したが、残された妻は「毎日顔を見ないうちは心配でならない」と心配そうに語っていた。女性は下山のことが心配となり、自宅に帰ると父親に「下山さんはおかしいよ。注意しなければならない」と話したという。
下山事件 自殺説と他殺説
事件直前の下山の言動は明らかにおかしく、人員整理交渉の相手方であった国鉄労働組合の中央委員の面々が心配するほどであった。副委員長の鈴木市蔵は、事件3日前の7月2日の交渉時に目にした下山の落ち着きのない態度に不安を感じていた。鈴木によれば、そのときの下山は「太い眉毛をよせて眼鏡の奥の目は力なくしばたいていた。焦燥感を耐えるためか、鉛筆を両手で3本も掴んで、あたかも易者の筮竹のようにまさぐっていた。その次には、その3本の鉛筆をノートの上で右から左に転がしていた」という。同日夕刻には下山は組合との交渉経過の報告を増田甲子七官房長官に行っているが、その報告は明らかな嘘であった。几帳面な下山がすぐにばれるような嘘をついたことも尋常な精神状態ではなかったことをうかがわせていた。その夜には、CTS責任者のシャグノン中佐が下山の私邸に押しかけて、就寝中の下山を叩き起こすと「いつ首切りをやるんだ。だらしないぞお前は」と早急な人員削減を迫った。シャグノンの叱責は次第に「貴様は馬鹿だ、くだばってしまえ」などと罵倒になって、4時まで続き、下山は殆ど睡眠をとれなかった。一説にはシャグノンは携帯していた拳銃を下山に見せつけて、脅すような態度であったという。こうして下山はGHQや日本政府と国鉄職員の板挟みとなって追い詰められてゆき、事件前日の4日になるとさらに言動は不安定になった。
下山事件 自殺説と他殺説
7月4日に国鉄本社で予定されていた組合との交渉で、不安定な下山を同席させると却って交渉がこじれると考えた国鉄重役らが下山に本社からの一時待避を要請すると、下山はいつになく激高して机を叩きながら「死んでも職場を守る」と大声を張り上げたが、結局、30分後には重役らの進言通りに国鉄本社から待避した。
この後はあてどもない徘徊が続く。時間は不明であるが、下山の行きつけであった赤坂山王下の飲食店に現れ昼食をとっている。飲食店の女中の証言では、たった1膳のご飯を食べ終わるのに1時間もかかっており、何か精神的に大へん悩んでいる様子であったという。
12時40分頃には事前約束なしで吉田茂首相の首相官邸に訪れた。吉田はおらず増田官房長官が応対したが、増田は2日前に人員整理対象者に国労の共産党系委員17人が入っていないことを知って問題視しており、吉田に直接その説明をするため、下山を伴って、吉田がいる外務大臣公邸に向かうこととした。やがて増田と下山は外務大臣公邸に到着したが、吉田は先客と面会中であり、面会が終わるのを待っている間、下山は「会議がある」という口実で増田だけを残して外務大臣公邸を後にしてしまった。しかし、実際にはそのような会議の予定はなかった。
下山事件 自殺説と他殺説
下山は腹を下していたので、薬局で止瀉薬を購入すると、次は千代田銀行に向かって貸金庫室に5分ほど入った。その後、14時ごろに人事院ビルに現れると、廊下で人事院総長と偶然に出会ったが、総長が「このところ大変ですね」と声をかけたのに、下山は「ええ」と軽く返事をしただけで、そのあとは何もせずに廊下をうろついて人事院を後にした。
15時には、事前約束なしで警視庁を訪れ警視総監の田中との面会を要求した。田中は下山とは東京帝国大学の同期生であり、先客との面会を打ち切って下山と面会することにしたが、総監室の前まで通された下山はなかなか室内に入ってこようとしなかった。田中は下山の挙動を見てただならぬ事態と感じたが、室内に招くとようやく下山が入ってきた。テーブルの上には先客の飲みかけの茶碗が片づけられずにそのままとなっていたが、下山はその飲みかけの茶碗を手に取りお茶をすすろうとして田中に制止されている。下山は特に用事があるわけでもなく、7月2日に国鉄本社前のデモへ警視庁が警備を出したことにお礼を言うと、その後は田中に「国鉄職員の人員整理予定者の家族からたくさんの手紙が来ているが、これを読むのはつらい」などと心情を吐露しただけで帰って行った。
下山事件 自殺説と他殺説
15時30分には、事前約束なしで法務庁の庁舎を訪れ、柳川真文法務庁長官の部屋に通されると、挨拶もせずにいきなり「電話を貸してください」と柳川に言い、返事も待たずに目の前で国鉄の秘書官に電話をかけて、しばらく通話していた。柳川が呆気にとられていると、やがて電話を終えた下山が「私の父も裁判官だったので、裁判官の待遇はよくわかります」などと一方的にしゃべって、間もなく出て行った。柳川はこの時の印象を「下山総裁とは別に交友関係もなく、まったく突然の訪問で、その態度と言い失礼で、頭が変になっているのじゃないか、とさえ思った」と証言している。
16時10分には、再度首相官邸を訪れている。この時間に吉田は官邸にいたが、下田はなぜか官邸のなかに入っただけで誰に声をかけることもなく引き返して行った。しかし、国鉄幹部に対してこのときに吉田と会ったと嘘をついている。
下山事件 自殺説と他殺説
その後は一旦国鉄本社に戻って、17時には交通協会の会合出席のため有楽町のレイルウェイクラブ（のちの東京交通会館）に出かけたが、会合は中止であった。下山はそのまま東京駅に現れると、国鉄公安局長室を訪れ、突然の訪問に困惑している局長から人員整理による混乱の有無についての報告を受けた。その際に湯茶の提供を一旦は断りながら、局長の飲みかけのお茶を飲み干したり、他人のアイスクリームを勝手に食べていたが、溶けたアイスクリームが背広のズボンにボタボタとたれていた。
18時50分に再び有楽町のレイルウェイクラブを訪れるが、目的は夕食を食べることであった。しかし、レイルウェイクラブの食堂は営業時間外で閉店していたので、下山はわざわざ品川の日本料理屋から弁当を取り寄せて、閉店していたレイルウェイクラブの食堂で食べた。
正確な時間は不明であるが、夜になってからまた国鉄本社に戻って職員課長の磯崎叡ら国鉄職員と日本酒を酌み交わしている。磯崎によれば、その時の下山は上機嫌であったという。その後、午後23：00頃に自宅に帰宅した。
下山事件 自殺説と他殺説
最初に現場で下山の遺体を検視した東京都監察医務院の八十島信之助医師によれば、八十島はこれまで100体以上の轢死体を検視してきたが、その殆どが生活反応が著しくなく、下山の遺体もこれまで見てきた100体以上の遺体と特に変わるところはなかった。また他の殆どの遺体と同様に、下山の遺体にも死班が見られなかったことから、死亡してあまり時間が経過していないため、この場で死んだ（つまり自殺）と判断した。もし他の場所で殺害され運搬されてきたのであれば、死班が見られたはずである。八十島は現場で常識的には轢死（自殺）と考えるのが妥当と判断したが、下山の社会的地位や今後の影響も考えて、現場では自他殺不明と鑑定して、司法解剖に回すことにしたという。
下山事件 自殺説と他殺説
慶應義塾大学法医学教授中館久平によれば、下山の遺体の様に、他には生活反応が見られないのに、睾丸に生活反応が見られるのは、轢死体にはよくあることで、列車に轢かれて骨盤に大きな衝撃が加えられると、人体の構造上、睾丸が出血するのは当然として、下山は「生体轢断」されたものと鑑定しており、元産経新聞記者佐々木嘉信の取材によれば、1970年代の医師国家試験の受験テキストにおいては、中館の説が定説として記述されていたという。中館は自殺説にかなりの自信を持っており、「黒を白と言いくるめたようなもので、他殺だったら、私はいつでも教授を辞めるよ」「一部のジャーナリストは、戦後の三大事件として、三鷹事件、下山事件、松川事件をあげているが、下山事件は単なる自殺で、まったく一個人の私事に過ぎない。これを大事件などというのは、まったくナンセンスである」とまで言い切っている。
下山事件 自殺説と他殺説
下山事件後の研究において、日本法医学会会長、日本法医学会理事長を歴任した東北大学名誉教授赤石英は、「動物実験の結果、生きていて轢断されても出血が認められない場合がある。生前の損傷であるにもかかわらず、死後のものと誤った判断が下されるおそれがあるので十分注意を要する」という見解を学会で発表しており、赤石が実際に検視した轢死体でも全く生活反応のないものがあったという。また、下山事件の4か月後に新潟県で、下山の遺体と同様に轢断部に出血（生活反応）が見られない轢死体が発見され、新潟県警は下山事件と同様に他殺を疑ったが、新潟大学医学部法医学教室教授山内峻呉教授の鑑定により自殺と断定された。山内は当時を振り返って「死体の散らばり具合まで、下山事件によく似ていた」と語っている。2024年度（令和6年度）の神戸大学大学院医学系研究科・医学部医学科の医学史・医学概論の講義資料においては「鉄道車輛による人身事故は、自動車よりもはるかに強大なエネルギーが人体に加わるため、一層高度の損傷が生じ、轢断部の生活反応は不明確であることが多い」と、轢死遺体の生活反応の有無が必ずしも、轢断時の生死を判断する証拠とはなり得ないとされている。
下山事件 自殺説と他殺説
北海道大学法医学教授錫谷徹は、下山の司法解剖の鑑定書やその他資料を詳細に検証し、著書「死の法医学 下山事件再考」を執筆した。錫谷によれば、下山の遺体は胸部と腹部が激しく損傷していたが、これは下山（遺体を含む）が線路に寝そべった姿勢では決して生じない損傷であり、この遺体の損傷から推測される状況としては、下山は立った状態で機関車の前端に衝突して、その際に胸部や腹部に激しい損傷が生じ、その後は線路上に倒れて轢断されたものであると断じている。そして立ったまま機関車に衝突したのであるから、必然的に衝突時に下山は生きて自ら（もしくは過失で）接触したものであり、これを殺害した後の遺体で再現するのは「空想に近い」と一蹴している。1986年（昭和61年）に産経新聞が、アメリカ国立公文書記録管理局で下山の遺体の新たな写真を発見し、錫谷に意見を求めると「この右肩の轢断創からのぞいている心臓、扁平にひしゃげた胸部。これらは胸のほぼ全面に平坦な鉢体が激突した証拠なんだよ。もし、下山さんが殺された後、線路の上に寝かされてから轢かれたのなら、こんな胸が扁平にならないし、心臓も飛び出さない」と自分の自殺説の正しさを改めて強調している。
下山事件 自殺説と他殺説
他殺説の最大の拠り所は、東大法医学教室古畑の「死後轢断」の鑑定であるが、後年になって、古畑の鑑定が証拠として採用された事件での冤罪が次々と判明しており、その信頼性は大きく揺らいでいる。（詳細は古畑種基#冤罪・再審）特に弘前大教授夫人殺し事件については、血液鑑定を行った古畑が、ベイズの定理による確率論で、加害者とされた人物の着用していたシャツに付着していた血液は98.5%の確率で被害者のものなどと主張し、それでも一審では無罪判決であったが、控訴審で古畑は自ら出廷して、「血液型に関する日本の、否世界の権威者」と自称し、血液の鑑定結果を自信満々に「他の方では不可能でも、私なら可能」などと証言するなど、加害者とされた人物の逆転有罪判決に大きな影響を及ぼした。古畑の鑑定もあって加害者とされた人物は有罪が確定して収監されたが、真犯人が名乗り出たことによる再審請求によって、有罪の証拠とされた古畑鑑定などの検察の証拠は偽造が疑われると断じられ、無罪が確定している。この再審の際には、古畑の鑑定を検証した千葉大学の木村康が、古畑の門下生筆頭で科学警察研究所所長であった井関尚栄から呼び出され、「法医学の権威を守れ」などと再鑑定をしないよう圧力をかけられたが、木村は反発して法医学者としての使命感から再鑑定を行い、古畑の鑑定の誤りを指摘した。また「四大死刑冤罪事件」のうち古畑は3事件にも関わっているが、財田川事件では古畑による裁判時の鑑定と、その後の再審時の鑑定の間に、加害者のズボンに付着していた被害者のものとされた血痕が増えていることが不自然であると最高裁判所から証拠の偽造の疑いを指摘され、同様に、松山事件についても、被害者の血痕が付着していたとされる掛布団について、捜査当時の東北大学助教授三木敏行の鑑定から、訴訟中の古畑による鑑定までの間に、後の写真鑑定によって、血痕の数が増えていたことが指摘され、島田事件については、古畑によって死因と鑑定された被害者の胸の傷について、東京医科歯科大学教授太田伸一郎と京都大学教授上田政雄の検証によって、古畑のごく初歩的な誤りが発見されて、いずれの事件も冤罪が確定してる。
下山事件 自殺説と他殺説
日本政府や検察など他殺説を主張する立場からは、古畑の「死後轢断」の鑑定は重要な拠り所となっていたが、古畑は検察に都合がいい鑑定を行うため“元祖御用学者”などと呼ばれており、いくつもの再審請求に言いがかりをつけて棄却に追い込んだなどとして、法医学会では有名であり、上記のような数多くの冤罪を出した元凶になったとも指摘されている。それでも古畑は法医学の「世界的権威」として君臨し、日本の法曹界や法医学会は古畑に忖度しており、東北大学法医学教室名誉教授の赤石も古畑存命中の取材に対しては「法医学会の大部分の人たちは、内心ではどのように思っていても、それを口に出すのは嫌うと思います」「当事者がご健在とあらば、何も言いたくないのは当然でございましょう」と述べている。その古畑が1975年（昭和50年）に逝去すると、古畑の著書は絶版となり、法医学会でも古畑の業績について触れられることはなくなった。下山事件についても、生前は古畑に遠慮していた法医学者の多くが「生前轢断」と主張するようになり、上記通りに、1986年（昭和61年）になって、産経新聞が下山の遺体の新たな写真が発見し紙面で報じると、それを見た多くの法医学者が、北海道大学の錫谷に近い理由で「生前轢断」の自殺であるとコメントしていた。古畑存命中は忖度して積極的な発言を控えていた東北大学の赤石も、古畑逝去後の取材に対しては、「轢断部分に生活反応がない現象を死後轢断とする見解には、私は昭和30年前後から反論し続けてきた。百分の1秒といった瞬時の轢断のような事故は、皮下出血が見られないこともある。このことは、現在では多くの学者が認めている」と述べて、古畑説を否定している。
下山事件 自殺説と他殺説
他殺説で、定説のように語られる「下山は血を抜いて殺された」という下山の死因の推定については、司法解剖によって「死後轢断」を主張していた東大医学部法医学教室の古畑が事件当時に鑑定したものではなく、捜査が実質的に終了していた事件発生の1年後から、マスコミなどに対して非公式に主張し始めた説である。しかし、この古畑の主張に対して、実際に下山の遺体の司法解剖を執刀した東大医学部法医学教室の桑島は「生きているうちに血を抜けば、抜かれる人は抵抗するので、大概の場合は血管の周囲に血は漏れるし、皮膚にも孔が空いていたはずだが、下山の遺体にはそのいずれも認められなかった」「血を抜くとすれば、全身のどこでも一様に血液が少なくなっているはずであるが、下山の遺体は肺臓などからの出血が多く、血を抜いたという考えを否定するものである」と恩師古畑の主張を真っ向から否定している。そして古畑自身も、子息古畑和孝によれば、「遺体は東大法医学教室に運ばれ、自分の指揮の下、桑島直樹講師が責任者として、幾多の関係者た立会いの下執刀。その遺体には、何百カ所剖検しても、「生活反応」がなかった。特定の部位の出血を除けば。」と語ったうえで、最終的には「死後轢断」ではあったが、他殺とは断定していない。和孝は、「父は確信をもって「死後轢断」と発表した。だが、「他殺」とは言わなかった。それは警察ないし検察の問題だからであった。」と述べている。
下山事件 自殺説と他殺説
失血死という推論についても、下山を轢断した機関車や貨車には大量の血痕が付着しており、下山が轢断された時点では下山の体内に未だ多くの血液が残っていたと推定される。そのうちの一部はゼリー状に凝固して車体に付着していたが、自殺説を主張した元名古屋医科大学教授の小宮によれば、このように血液が凝固するのは、生体が轢かれたときに飛び出した血液であることを示している。また、後日に東京地検と東大法医学教室が、朝日新聞記者矢田の提案で、下山の遺体運搬を証明するため行ったルミノール検査で、遺体が散乱した辺りには一面火の海のようにルミノールが発光していたという。しかし東京地検や東大法医学教室は、なぜかそのことを深掘りすることなく、機関車が下山を轢断する前に走ってきた上り方面の線路や、線路わきの「ロープ小屋」の調査に集中している。
下山事件 自殺説と他殺説
事件当時、日本法医学会の最高権威であった古畑の鑑定は、その鑑定に疑問があっても覆すのは事実上不可能とも言われていたが、1948年に若手医師によって結成された新日本医師協会は、その権威で「死後轢断」を押し通そうとする東大等医学教室古畑らの主張を「一方的な見解」だと断じ、秋谷の水素イオン指数検査による死亡推定時刻の推定を「非科学的の故に問題の圏外におくべきものである」と厳しく批判した。一方で「生前轢断」を主張する慶応義塾大学法医学教室などに対しては「良識ある多数法医学者は学問的討論によって法医学界の権威を守り得た」と称賛している。