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ダイハツ・ムーヴ 7代目 LA850/860S型（2025年 - ）
7代目ではプラットフォームに「DNGA（ダイハツ・ニュー・グローバル・アーキテクチャー）」を採用。「スマアシ」の標準化、およびカスタムの廃止に伴いグレード体系が整理され、エントリーグレードの「L」は「L"SA III"」を吸収統合して「スマアシ」を標準化。「X"SA III"」はグレード名としては2021年9月の一部改良に伴う廃止以来の復活となる「X」に改名され、カスタムに用いられていた「RS」はターボ車のグレードとして引き継ぎ、新たにNAエンジン車の上級グレードとなる「G」を追加した4グレードとなった。
後席ドアはムーヴでは歴代初となるスライドドアとなり、「X」以上のグレードではタッチ&ゴーロック機能やイージークローザー機能を備えたパワースライドドアとなる（「RS」は両側、「X」と「G」は左側(助手席側)のみで、右側(運転席側)はメーカーオプションで装備可能）。フロント周りはグリルとヘッドランプがシームレス化され、グリルは「L」と「X」はブラック、「G」と「RS」はコンビネーション（ガンメタリック塗装/メッキモール付）となる。ヘッドランプは全車フルLEDとなった。なお、リアコンビネーションランプは本代でも縦型で踏襲される。
ダイハツ・ムーヴ 7代目 LA850/860S型（2025年 - ）
「G」と「RS」には、車両注文時のみ設定が可能なメーカーオプションとディーラーオプションを組み合わせた「アナザースタイル」が用意されており、ブラックの外観パーツで構成された「ダンディースポーツスタイル」と外内装のパーツにカッパーのアクセントがあしなわれ、フロントシートの一部とフロントドアアームレストシート表皮にソフトレザー調を採用した「ノーブルシックスタイル」の2種類が設定される。
「スマアシ」は最新仕様へアップデートされ、車線逸脱抑制制御機能、ふらつき警報、路側逸脱警報機能、標識認識機能（進入禁止/最高速度/一時停止）、サイドビューランプ、全車速追従機能付ACC（アダプティブクルーズコントロール）、LKC（レーンキープコントロール）、スマートパノラマパーキングアシスト（駐車支援システム）、パノラマモニター、コーナーセンサーが加わり、誤発進抑制機能はブレーキ制御付に、ハイビームアシストはグレードによりAHB（オートハイビーム）又はADB（アダプティブドライビングビーム）へ強化されたことで17の機能に拡充された（搭載される装備はグレードによって異なり、装備によってはメーカーオプション設定となる）。
燃料消費率が向上されたことで、NA・2WD車は「2030年燃費基準80%達成車」、ターボ・2WD車は「同75%達成車」となった。
ダイハツ・ムーヴ 7代目 LA850/860S型（2025年 - ）
フューエルリッドはオープナーレバー操作を無くして手動で開閉可能なドアロック連動式となり、「G」と「RS」はパーキングブレーキを電動化してオートブレーキホールド機能も装備。メーカーオプションにはスマホ連携ディスプレイオーディオが新たに設定され、コネクティッドサービスの「ダイハツコネクト」に対応。ディーラーオプションにはディスプレイオーディオよりもさらに大きい10インチのスタイリッシュナビが設定されたほか、BSM（ブラインドスポットモニター）や急アクセル時加速抑制システムである「プラスサポート」も設定された。
車両型式はLA850/860S型で、先に2代目へフルモデルチェンジされたムーヴキャンバスと同じ型式となる。
2025年（令和7年）
5月12日 - 発売に先駆けてティザーサイトを先行公開。
6月5日 - フルモデルチェンジを正式発表し、6代目の販売終了から約1年11か月ぶりに販売を再開した。
ダイハツ・ムーヴ 7代目 LA850/860S型（2025年 - ）
ボディカラーは6代目（2021年9月一部改良モデル）からコンパーノレッド（メーカーオプション）、レーザーブルークリスタルシャイン（メーカーオプション）、シャイニングホワイトパール（メーカーオプション）、スカイブルーメタリック、ブラックマイカメタリック、ブライトシルバーメタリック、ホワイトの7色が踏襲され、茶系（メーカーオプション）はプラムブラウンクリスタルマイカから新規色のグレースブラウンクリスタルマイカへ差し替え、クロムグレーメタリックとサンドベージュメタリックを追加して全10色となった。また、2トーン（メーカーオプション）は6代目（2021年9月一部改良モデル）からブラックマイカメタリック×シャイニングホワイトパールが踏襲され、スムースグレーマイカメタリック×グレースブラウンクリスタルマイカとブライトシルバーメタリック×スカイブルーメタリックを追加した全3色となった。なお、グレードによって設定可能なカラーバリエーションが異なり、「L」はスカイブルーメタリック、ブラックマイカメタリック、ブライトシルバーメタリック、ホワイトの4色のみ、「X」はクロムグレーメタリックを除くモノトーン9色、「G」と「RS」はブライトシルバーメタリックとホワイトを除くモノトーン8色と2トーン3色の計11色の展開となる。
キャッチフレーズは「もう一度、心が動き出す。MOVE ON.」で、CMソングは山下達郎『MOVE ON』。
6月12日 - SUBARUへ4代目ステラとしてOEM供給を再開。2023年6月の3代目モデルの生産終了以来、2年ぶりに生産を再開した。
7月8日 - 発売後約1ヶ月時点での累計受注台数が月間販売目標台数（6,000台）の5倍となる約3万台となったことを発表。
ダイハツ・ムーヴ 燃料電池自動車
ダイハツでは電気自動車を開発した技術力を元に、早くも1972年から燃料電池自動車を開発、ムーヴもそのベース車になっており、2種類が登場した。2005年からはタントFCHVも登場している（トヨタ・FCHVも参照）。
ムーヴEV-FC
初代をベースとして1999年に登場。メタノールを改質して水素を抽出する「メタノール改質式」を採用した。
ムーヴFCV-K-2
2代目・L900S/902S/910S型をベースとして2001年に登場。トヨタ自動車との共同開発で高圧水素タンクを搭載する。2003年に国土交通大臣認定を受けて公道走行を開始、1台が大阪府に貸与されている。
ダイハツ・ムーヴ 車名の由来
英語で「動かす」「感動させる」と言う意味。
ウイルス療法
ウイルス療法（ウイルスりょうほう、英語: virotherapy）は、生物工学を応用してウイルスを改変し、疾患の治療に用いる治療法の総称である。大別して、がん治療に用いる腫瘍溶解性ウイルス、遺伝子治療に用いるウイルスベクター、ウイルス免疫療法の3つに分けられる。そのほか、感染性の病原体をウイルスに感染・死滅させて治療する方法もウイルス療法と呼ばれる。がんウイルス療法の研究は20世紀の初めまで遡ることができる。
ウイルス療法 癌ウイルス療法
癌ウイルス療法は新しいアイデアではない。1950年中盤に、癌とは無関係のウイルス感染を併発した癌患者やワクチン接種直後の癌患者で、癌の改善が見られた。これはウイルス感染に反応して体内でインターフェロンと腫瘍壊死因子が産生された事による。腫瘍溶解性ウイルスはそれとは異なり、癌細胞に直接感染して細胞融解を引き起こす。また抗腫瘍免疫反応を惹起する。
1940年代から1950年代、腫瘍治療にウイルスを用いる方法が動物モデルで研究された。同時期にヒトでの早期臨床試験が開始された。技術的な理由から研究は遅れていたが、ウイルスの治療的取り扱い法が判明してきた事から研究が加速してきている。
ウイルス療法 遺伝子治療
ウイルスを用いた遺伝子治療では、遺伝子異常を持つ細胞に治療遺伝子を送達するために、自己複製しないウイルスが最も用いられる。初期には技術的に成功したが、治療目的外の細胞に感染し癌抑制遺伝子を破壊して発癌を誘導するという安全性の問題で開発はかなり遅れている。ウイルス療法時の免疫応答も治療成功の妨げとなるが、目は免疫特権を持ち全身の免疫系から隔絶されている部位であるので、遺伝子的な盲の治療にウイルスを応用する際には免疫応答は問題にならないと思われる。
ウイルス的遺伝子治療のもう一つの方法として、疾患の予防に役立つ遺伝子（当該疾患では活性化されない）を送達するものがある。癌組織内での血管新生は癌組織の成長を促進するものであるが、ウイルスで抗血管新生因子を送り込む事で癌組織の成長を妨げることができる。
ウイルス療法 ウイルス免疫療法
ウイルス免疫療法は患者の免疫系に特定の抗原を提示する方法である。弱毒化または死滅したウイルスやバクテリアを用いる従来のワクチンとは異なり、ウイルス免疫療法は遺伝子操作されたウイルスを用いて特定の抗原を作成させ、免疫系に提示する。抗原としてはあらゆる種類のウイルスやバクテリアのみならず、ヒトの疾患に関する抗原、例えば癌抗原も作成できる。
ウイルス療法 各プロジェクト
ラトビアで開発された腫瘍溶解性ウイルスの一つであるRigvir(ECHO-7ウィルス)は全ての臨床試験を終了した最初のウイルスであり、2004年にラトビア国内で登録された。2004年に承認されて、2008年からラトビアの薬局で入手可能と成った。Rigvirを用いたウイルス療法はラトビア国内で成功裏に使用され、世界25か国以上で用いられている。2015年に公表された後ろ向き研究では臨床病期IBからIIC期の悪性黒色腫患者にRigvirが投与され、治療ガイドラインに沿って経過観察した場合に比べて死亡率が4.39倍から6.57倍減少した。2015年には、ラトビアの皮膚癌・悪性黒色腫治療ガイドラインに収載された。
ただし、収載以来Rigvirは複数の機関からその有効性やエビデンスに対して疑問が寄せられ、2017年には腫瘍学者協会、化学療法士協会、ラトビア希少疾病協会、リガ・ストラディシュ大学薬学部長などが、ラトビア医薬品登録簿および国家補償医薬品リストからRigvirを削除するよう要望書を提出した。その後、2019年5月31日にラトビア国家医薬品庁（ZVA）は薬剤に表示されたウィルス量と実際のウィルス量が異なることが明らかになったとしてRigvirの流通を一時停止する措置をとった。その後製造元のSIA LATIMAは収益性などを理由に製造を中止している。
ウイルス療法 各プロジェクト
2004年、テキサス大学で遺伝子操作された風邪ウイルスの一つであるアデノウイルスδ-24-RGDを用いた膠芽腫治療が研究された。その後の研究ではマウス10匹中9匹で腫瘍の崩壊が見られ、生存期間が延長した。医薬品候補としては2009年にヒトで臨床試験の実施が了承された。
2006年にヘブライ大学で、癌細胞を特異的に標的とすることを目的として、通常は鳥に感染するニューカッスル病ウイルス（NDV-HUJ）の変異株を単離する事に成功した。この変異株は多形性膠芽腫を有する患者に使用され、初めて有望な結果を達成した。
ワクシニアウイルスは天然痘撲滅で知られているが、GL-ONC1およびJX-594が腫瘍溶解性ウイルスとしても開発されている。有望な研究結果が出ており、ヒト患者での臨床試験の実施が期待されている。
2013年時点で開発中のウイルス療法には、タリモジェン ラヘルパレプベクがある。これは遺伝子操作した単純ヘルペスウイルスで、GM-CSFを生産する。2013年の第III相臨床試験の結果、評価項目（奏効率）は統計学的に非常に有意に達成された。これは西欧で初めての腫瘍溶解性ウイルスの第III相臨床試験である。
ウイルス療法 各プロジェクト
テロメライシンは日本で最初の制限増殖型腫瘍溶解ウイルスとされるが、単独での効果は確立されていないため、腫瘍を選択的に融解する可能性が高いとして、2013年以降に頭頚部、胸部悪性腫瘍に対して放射線療法と併用で「遺伝子治療臨床実践研究」の一環として臨床試験が計画されている。
ProSavinはレンチウイルスベクターを用いた多くの遺伝子治療の一つであり、オックスフォードバイオメディカで研究されている。 パーキンソン病で欠乏している3つの酵素（ドーパミン合成を司る）を脳に送達する。
TNFerade（自己複製不能TNF遺伝子治療ウイルス）を膵癌の治療に用いようとした第III相臨床試験は失敗に終わった。
Trovaxは腫瘍抗原5T4を産生するポックス・ウイルスで、多くの癌腫に対して免疫反応を惹起する。オックスフォードバイオメディカが腎細胞癌に対する第III相臨床試験を実施したが、全生存期間を延長できずに失敗した。新たな第II相臨床試験が2つ、大腸癌（英国 Cardiff University）と悪性胸膜中皮腫（英国 Velindre Cancer Centre）について開始された。
2013年に原虫感染症に対するウイルス治療が提案された。
スズキ・ワゴンR
ワゴンR（ワゴンアール、WAGON R）は、スズキが生産・販売している軽トールワゴンである。
スズキ・ワゴンR 概要
誕生当時、軽自動車の弱点であった室内の狭さを全高を高く取ることで克服し、軽自動車市場に革命をもたらしたモデルである。「男性にも受ける軽自動車を作ろう」というコンセプトの下で開発が進められ、1987年頃に原型は完成していたが、紆余曲折を経て1993年に発売された（当初のキャッチコピーは「クルマより楽しいクルマ、ワゴンR」）。
それまで軽自動車といえば、低車高の乗用型、もしくは、商用車派生型で車内容積は広いが乗り心地に劣るワンボックスモデルしかなかったが、ワゴンRの場合はフロアパネルを二重構造とし座面も高く取ることで、足を窮屈に曲げずに座ることで圧迫感を軽減し、視点を高くすることにより眺望性・視認性および開放感を向上させた。床面が高く乗降が不便なワンボックスモデルに対し、ワゴンRの床面は地面から一段の高さのため、乗降も容易となった。
ワゴンRは厳しいコスト管理により徹底した部品共用化が図られた。スズキがバブル景気の後遺症でコスト削減の筋道を探っていた当時、鈴木修社長（当時）がフォルクスワーゲン（VW）の製造工場を見学した折、車種の多様さと比べて基本の車台（プラットフォーム）が少なく絞られている事実に感銘を受けた。この時の知見はその後のスズキの徹底した部品共用化へのきっかけとなっており、ワゴンRも既存のスズキ製軽乗用車・商用車から多くのパーツを流用して、コスト削減が実践されている。
スズキ・ワゴンR 概要
当初は月販目標台数を4,000台としていたが、受注はそれをはるかに超え、発売数か月後に増産に対応すべく、約1億円の費用を掛けて生産ラインを拡張したほどである。若年の男性ユーザー層を対象購買層としていたが、優れた使い勝手で購買層は瞬く間に老若男女の幅広い層に拡大した。
劣っていた動力性能についてもターボチャージャーとインタークーラーを搭載したモデルが登場すると、小型乗用車並みの性能を発揮するようになり、新規格後は相対的に維持費の高額なコンパクトカーから乗り換えるオーナーが増えるようになった。
競合他社に与えた影響も大きく、ダイハツ・ムーヴやホンダ・ライフ（2代目）など類似車種が多数登場した。
販売台数においては、おおむね軽自動車市場の市場占有率第1位を長らく維持し、車名別月別国内販売台数1位、すなわち、登録車（普通車）の販売台数1位車種の販売台数を上回った時期もあった。
スズキ・ワゴンR 概要
2009年 - 2010年に実施されたエコカー減税・補助金などに端を発するエコカーブームの影響によりシェアは低下し、2009年以降、国内販売台数1位の座はトヨタ・プリウスに譲ったものの、全国軽自動車協会連合会の記録がある2006年 - 2011年までの5年間にわたり年間軽自動車販売台数1位の座を維持。年間軽自動車販売台数1位の座を譲った2012年から4年間も年10万台以上の販売台数を記録し、2016年は約8.1万台の販売台数を記録している。
ワゴンRの派生車種としては、OEM車種のマツダ・AZ-ワゴン（4代目まで）およびフレア（5代目以降）、初代ベースでサイズを拡大した登録車（普通車）のソリオ（ワゴンRワイド→ワゴンRプラス→ワゴンRソリオ→ソリオと改名、2代目まで）があり、さらにソリオ派生のシボレー・MWもある。また、日本国外では、ワゴンRプラスをベースとしたオペル・アギーラがポーランドで生産されていた。
軽トールワゴンでは減少しつつあるマニュアルトランスミッション（MT）車の設定を（未設定だった期間はあるものの）現行の6代目まで継続している。2021年7月現在、OEM車であるマツダ・フレアを除いた軽トールワゴンの中で、MT車の設定があるのはワゴンRが唯一である。
スズキ・ワゴンR 初代 CT21S/51S / CV21S/51S型（1993年 - 1998年）
フロアパネルは1990年発売の4代目セルボからの流用であり、サスペンション構造や2,335mmのホイールベースも同一であるが、客室フロアを二重構造として約80mmのかさ上げを図ることで相当にフラットな床面を実現している。デビュー当初は全車F6A型3気筒EPIエンジン（SOHC12バルブ）のみでターボ仕様は存在せず、右後部ドアのない1+2ドア、後席ヘッドレストなし、AT車は3速かつフロアシフトのみという仕様であったが、好調な販売に支えられ、後にターボ車、4速AT車、5ドア車、前席ベンチシート/コラムAT車（ワゴンRコラム）、後席ヘッドレスト付きとラインナップが増えた。
1993年
9月3日 - 初代ワゴンR発売。全車1カム12バルブNAエンジンのみの設定。グレードはRA、RG、RX、RG-4の4タイプ。40km/h前後でアシストがオン/オフになる設定のパワーステアリングは直後に車速感応式に変更。キャッチフレーズは「クルマより楽しいクルマ。」
11月8日 - ロフトとのタイアップで、「RG」をベースに電動スライド式サンルーフ、およびフロントパワーウィンドウ、専用デザインのシート表皮、大型アウターサイドデカールなどを標準装備した特別仕様車「Loft」（ロフト）を発売。
12月24日 - 4WD車RG-4に3速AT車を追加設定。93～94RJCニューカー・オブ・ザ・イヤーを受賞。
スズキ・ワゴンR 初代 CT21S/51S / CV21S/51S型（1993年 - 1998年）
1995年
2月 - F6A型3気筒インタークーラーターボエンジン（SOHC6バルブ）最高出力61ps/6000rpm 最大トルク9.2kg-m/3500rpm を搭載する「RT/S」追加、パワーアップに伴いリバウンドスプリング内蔵ショックアブソーバーを新採用、大径フロントディスクブレーキを装備。
スズキ・ワゴンR 初代 CT21S/51S / CV21S/51S型（1993年 - 1998年）
10月11日 - 初のマイナーチェンジ、2型。新機種「RV」を追加（F6A型、SOHC6バルブインタークーラーターボエンジン）専用サイドストライプテープ、専用シート表皮、プロジェクターフォグランプ、サイドアンダーバー、アルミホイールを装備。「RG-4S」追加。既存の「RT/S」は「RT」に名称変更。NAエンジンの最大トルクを5.8kgm→6.1kgmへ向上、ターボエンジン車はタービン変更により最高出力61ps→64ps/6000rpm 最大トルク9.2kg-m→10.0kg-m/4000rpmへ向上。3ATをRVとRTに新設定。全車リバウンドスプリング内蔵ショックアブソーバー採用。リアホーシング改良・リアサスペンション仕様変更。PCDを114.3mmから100mmに変更、ホイールキャップのデザイン変更、新デザインの4本スポークアルミホイール採用（13インチ）、上級グレードでバンパーボディ同色化、リアバンパーのマフラーエンド部形状変更、ターボ車にデュアルマフラーを採用。バックドアアウターハンドルを採用（RA・RG除く）。ターンオーバー式ドアミラーを新採用（RVのみ）。フロントヘッドレスト形状変更、リアシートピローを採用（一部グレード）フルトリム化（上級グレード）、シート表皮変更、リアシートにリクライニング機能を追加しフルフラットが可能に。運転席シートアンダートレー追加。熱線吸収グリーンガラス採用。パワードアロック（バックドア連動）採用。RXに運転席SRSエアバッグをメーカーオプション設定。シートベルトショルダーアジャスター採用（フロント）。
スズキ・ワゴンR 初代 CT21S/51S / CV21S/51S型（1993年 - 1998年）
1996年
4月15日 - ワゴンR初の5ドアモデル、特別仕様車「FXリミテッド」が登場。
8月27日 - マイナーチェンジを実施、3型となる。5ドアがカタログモデルになり5ドアターボモデル「FT」（F6A、SOHCターボ）およびNAの「FX」、廉価5ドア「FG」（F6A、NA）を新設定。「RV」に2WDモデル追加、新車体色マイアミブルーメタリックⅡ追加。アルミホイールがRX、FX、RTで標準に。RVとRTにはクロームメッキグリルが与えられる、RVには純正オプションのルーフエンドスポイラー（LEDハイマウントストップランプ内蔵）を標準装着、シート表皮も新たにRVロゴの刺繍が入る。RTには専用5本スポークアルミホイール13インチ（グレー塗装）を装着。パワーウインドウ装着車はリアウインドウもパワー化、キーレスエントリーを新採用、抗菌処理タイプのエアコンを採用。フロントUVカットガラス装備。ターンオーバー式ドアミラーをRA、RGを除く全車に標準装備。バックドアアウターハンドルは手を挟まないように改良。ステアリングコラム仕様変更、クロスアクセント入りドアトリム、シート表皮フルクロス化（上級グレード）。リアシートピロー装着車を拡大。3型から運転席SRSエアバッグを全車にオプション設定された。
10月 - 国内累計販売台数50万台達成。
スズキ・ワゴンR 初代 CT21S/51S / CV21S/51S型（1993年 - 1998年）
1997年
2月 - 69万8000円の最廉価グレード「RC」追加。普通自動車登録の「ワゴンRワイド」登場。
スズキ・ワゴンR 初代 CT21S/51S / CV21S/51S型（1993年 - 1998年）
4月23日 - マイナーチェンジ、4型へ。型式はK6A車がCT/CV51S、F6A車がCT/CV21Sとなる。新開発K6A型オールアルミDOHCエンジン(58ps/7500rpm 6.1kg-m/6000rpm)を新採用「RX」「FX」「Loft」に搭載。新車体色「ピューマゴールドシルバーメタリック、サファイアブルーメタリック、ブリティッシュグリーンパール」を設定。外装はフロントグリルのデザインを変更、バックドアキーシリンダーノブを大型化、ホイールキャップデザイン変更。内装は質感アップを行い、「メータークラスター、インパネ、ステアリング・コラムカバー、ドアトリム」のデザインを一新し内装色を明るめに変更、パワーウインドウスイッチ一体の大型ドアアームレストを採用、インパネトレーストッパーとドリンクホルダーを新採用。抗菌インテリアを全車に採用、プッシュ式空調モード切替エアコン新採用。シートは形状改良し厚みとホールド性がアップしたセミバケットタイプを採用。リアスモークガラス採用（RV, RSのみ）キー一体式キーレスエントリーを採用。ステアリングボス変更。アルトワークスに搭載されるK6A型オールアルミ製3気筒DOHC12バルブインタークーラーターボエンジン（64ps/6500rpm 10.5kg-m/3500rpm)を搭載したスポーツグレード「エアロRS」を追加、「エアロRS」は、「グリル一体式専用フロントバンパーに専用フォグランプを内蔵、マッドガード一体専用リアエアロバンパー、専用サイドアンダースポイラー、専用ボンネットエアスクープ、専用サイドストライプテープ/リアデカール、専用3本スポークアルミホイール。フロントにはバケットタイプの専用スポーツシートを採用、シート/ドアトリムには専用のスエード表皮を採用し、専用革巻きステアリングを装備」。RV,RS,FTの2WD車に４速ATを設定。「RV」はシビエ製大型フォグランプを装備、RVのMTモデルは廃止。運転席SRSエアバッグとセットで3チャンネル4センサー方式の4輪ABSを4WD車にメーカーオプション設定。エアバッグのみも選べた。
スズキ・ワゴンR 初代 CT21S/51S / CV21S/51S型（1993年 - 1998年）
9月2日 - 特別仕様車「RXリミテッド」を発売。5.8インチ液晶カラーモニター、車体同色のミラー・ドアハンドル、ルーフエンドスポイラー、リアスモークガラスを装備。
11月4日 - 前席ベンチシート/コラムAT（電子制御3速）モデル「ワゴンRコラム（WAGON R COLUMN）」を追加。5ドアでエンジンはK6A。丸型ヘッドライト・テール、フロントグリル、ウッド調インパネなど専用の内・外装を持ち、レトロな雰囲気を演出。「Loft」廃止。LEDハイマウントストップランプのレンズ仕様とLED数を変更。
1998年
1月22日 - 特別仕様車「エアロRR」、コラムにターボモデル「コラムターボ」追加。スポーツ仕様の「エアロRR」は「専用フロントグリルを装着、バンパーネットを専用品へ変更、ルーフレールレス、純正オプションの各エアロパーツを標準装着。専用サイドストライプテープ/リアデカール。リアスモークガラス装備。4本スポークのアルミホイールには専用ガンメタ塗装が施されており、専用スプリングで－10mmローダウン、それに伴いリアショックアブソーバーは仕様変更されている。専用ホワイトメーター装備、革巻きステアリングを採用、専用ドアトリム表皮（ブルー）、シートは標準車と共通だがブルーの専用シート表皮とした。搭載されるエンジンは「エアロRS」と同じK6A型DOHCターボを搭載」。「コラムターボ」はF6A型（SOHC6バルブ）ターボを搭載しアルミホイールを装着。「エアロRR」は2WD車に4速ATを設定、コラムターボは3速ATのみ。
5月12日 - キャッチフレーズを「GO!!WAGON R」とし、ワゴンRシリーズのイメージキャラクターとしてレオナルド・ディカプリオを起用、カタログやCMに登場、CMはアメリカ・ロサンゼルスにて撮影され、レオナルド・ディカプリオが「エアロRR」に乗って登場するCMとなった。「ワゴンRコラム」が一部仕様変更、コラムターボは専用フロントグリル（メッキ）に、一部メッキの丸型ヘッドランプ、リアメッキコンビランプ等コラムターボならではの専用品を新たに装備、コラムターボのアルミホイール装着は廃止になり、フルホイールキャップメッキタイプに変更。角型ヘッドランプの「コラムFX」、「コラムFT」追加、コラム全車３AT。標準車にはルーフレールレスで充実装備のお買い得仕様の特別仕様車「FM」、特別仕様車「エアロRR」の5ドア版「エアロRR-F」を発売。RR-FはATのみの設定。また、機種整理により「RV、FT、RG-4S、RGを廃止」なお、モデル末期に登場したエアロRR-Fは販売期間の短さから希少とされる。（約4ヵ月のみ販売）
9月 - 生産終了。在庫対応分のみの販売となる。
10月 - 新規格に対応した2代目と入れ替わる形で販売終了。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
スタイルは初代のキープコンセプトながら全体的に多少丸みを帯びる。内装の大幅な質感アップや、最小回転半径を小さくする（4.6 m→4.2 m）など、地道な改良を施した。派生車やOEM車と部品を共用化するため、ステアリングホイール（4型まで）やフルホイールキャップ、エンジンヘッドカバーにスズキのマークが入れられなかった。
スポーティグレードに1+2ドアモデルの「RR」と5ドアモデルの「RR-F」の2グレードが設定され、標準グレードは1+2ドアモデルの「Rc」、「RX」、「RX-T」、5ドアタイプの「FG」、「FX」、「FX-T」の6グレードを設定。「Rc」や「FG（発売当初のみ）」などのエアコンやパワーウィンドウがオプションの仕様以外にタコメーターが標準で装備された。ちなみに前期型に限り、「RX」と「FX」の2WD車に乾式耐熱樹脂ベルトを用いたCVT仕様が存在していた。GM製の燃料電池スタックを搭載してスズキ初の燃料電池自動車が試作されている。RRやその下位グレードほぼ全てにおいてドア数やATシフトレバーの配置を選べたためかそうしたことも含めると選択肢は先代以上のものがあった。またグレードによってはオプションでCIBIE製フォグランプやバックランプ付きリアバンパー等の装備もあった。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
先代モデルは全てEPI&プラグコード/ディストリビューター仕様であったが、このモデルからディストリビューターを必要としないダイレクトイグニッションを積極的に導入し、FX-Tに搭載されるF6Aエンジン以外に搭載され燃費向上が図られた。FX-Tには同時期のアルトバンの直3・SOHC・6バルブ・キャブレター仕様のエンジンをベースとしたものを搭載している。なお、F6AエンジンのNA仕様（直3・SOHC12バルブ・EPI）は、アルトのセダン系の売れ筋グレードに採用されていたものとは若干外観やスペックが異なる。見た目もFX系のK6Aエンジンと酷似していたが約1年間しか販売されず、快適装備がほとんど付かないRcやFG（注文装備にて快適装備が付くグレード）のみに搭載されていた。主力のFXには搭載されなかったため、前期型のCVT車と同じく軽のエンジンとしては非常に生産量は少なかった。なお、歴代モデルのRR では当代のみ5速MTを選択できた（ちなみに、初代にもRRは存在するが、あちらの正式名称は「エアロRR」であるため含まない）。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
1998年
10月7日 - MC系ワゴンR登場。キャッチフレーズは標準系が「No.1の大進歩。」で、RRが、先代末期と同じく「GO! WAGON R!」で、CMキャラクターには初代末期から起用されていたレオナルド・ディカプリオが続投された。1型。軽自動車の規格改定に合わせフルモデルチェンジ。型式はK6A車がMC21S型、F6A車がMC11S型となる。
11月12日 - 累計生産台数100万台達成。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
1999年
2月4日 - 「FX-T」をベースに、2DINサイズのオーディオ、アルミホイール、電動格納式ドアミラー、それに伴いボディ同色ドアノブを装備した特別仕様車「FX-Tリミテッド」を発売。
3月4日 - 1+2ドアタイプをベースにした福祉車両「車椅子送迎車」をフルモデルチェンジ。リアバンパーを3分割し、バンパー中央部にスロープを組み込んだことで、リフトなどを使わなくてもバックドアを開けてバンパー中央部からスロープを引き出すことで車いすごと乗車可能。車体後部床面を専用設計にして車椅子搭載部を低床化。スロープは3段折りたたみ式とすることでスロープ角度を緩やかにし、車椅子搭載部とスロープ幅を初代モデル比40mm拡大した。通常の車いすに加えてスズキの電動車いす「モーターチェア」も一部機種を除いて積載可能である。2WD・3AT車のみの設定だが、2本のベルトを利用して固定する手動固定式と後部フロアに内蔵した4本のフック付ワイヤーと電動モーターを利用してスイッチ操作で固定する電動固定式の2種類を用意するほか、それぞれに車椅子用に加え、高齢者向け電動車両「セニアカー」で搭乗が可能（一部機種を除く）なセニアカー用も設定した。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
3月 - 国内累計販売台数100万台達成。4月21日には1,000台の限定で「RR-F」をベースに、本革シートなどの採用や専用ドアトリム、専用エンブレム、専用アルミホイール、ホワイトパールの塗装を施した特別限定車「100万台記念限定車」を発売。
6月21日 - 軽自動車で初めて、燃料に圧縮天然ガス（CNG）を用いた「天然ガス (CNG) 自動車」を発売。
10月7日 - 一部改良。2型へ。NA車には新たに直3・DOHC・12バルブVVTエンジンを搭載し、F6A型エンジンのNA仕様（直3・SOHC12バルブ・EPI）が廃止される。また、ターボ車は4速ATとなる。MT車にはクラッチスタートシステムが装備された。また、グレード体系も整理され、1+2ドアタイプの「Rc」と「RX-T」、5ドアタイプの「FX-T（5速MT車）」を廃止、また1+2ドアタイプの「RX」は3速AT車のみ、「RR」はコラム4速AT車のみとなる。「Rc」が廃止されたため、エアコンやパワーステアリングは全車標準装備となった。ハザードスイッチがコラム上からセンターパネルへ移動した。RR系フォグランプをマルチリフレクター化、RR系アルミホイール14インチ化。RR系コラムシフト車もシートがRR専用デザイン化（ドーナツ型枕）。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
11月4日 - 福祉車両「車椅子送迎車」を一部改良。電動固定式タイプに、同年3月に発売された「セニアカー」の4輪仕様車ET-4Aが搭乗できる「セニアカー（四輪）」を追加設定したほか、すべての仕様で内装色とシート内装の変更を行った。
12月8日 - 「RR-F」をベースにオーディオ仕様を見直した特別仕様車「RR-FSリミテッド」、5ドア「FX」をベースにメッキパーツを装備した外装と、上質な内装とした特装車「スペシャル」を発売。RRシリーズはK6A型エンジンのみの設定であったが、「RR-FSリミテッド」ではF6A型エンジンに換装された。なお、「RR-FSリミテッド」は、SOHCエンジン、最高出力60 PS（@7000 rpm）なので、「RR-F」よりは速くはなく、「FX-T」系同様に近距離を重視している。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
2000年
1月 - インドで1100 cc仕様の「ワゴンR」を発売。
3月 - 発売以来初の月間販売台数3万台を突破。
4月 - 1+2ドア（運転席側1ドア、助手席側2ドア）モデルが廃止され全車5ドア仕様となる。
4月19日 - 福祉車両のラインナップに「助手席リフトアップ車」を追加。助手席に電動昇降式のリフトアップ機構を採用し、車いすに合わせて地表から座面までの高さを調整可能（470 mm〜64 4mm）。リモコンスイッチは助手席側のBピラー内側にセットしてあり、車体に取付できる磁石付とした。助手席側のドア開口角度を77度に広げたほか、助手席シートには跳ね上げ式アームレスト、胸部固定用ベルト、専用ステップを装備。さらに、折り畳み式の車いすを積載・固定できるフックとベルトも標準装備した。
5月18日 - スズキ創立80周年を記念し、「FM」をベースに、エアロパーツをフル装備し、2DINサイズのオーディオなどを装備した特別仕様車「80周年記念車 FMエアロ」を発売。さらに、6月8日には「FX-Tリミテッド」をベースに、スタイリッシュな外観とMD/CD/カセットつきオーディオなどを装備した「80周年記念車 FX-Tエアロ」を発売。この時にFX系はFM系へと名称変更。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
7月7日 - 福祉車両のラインナップに「車椅子送迎車リアシート付」を追加。本仕様車は既存の「車椅子送迎車」と同じように車いすごと乗車できるだけでなく、折り畳みや脱着が可能なリアシートをセットすることで、車いすで乗車しない時には通常仕様と同じように4名乗車が可能である。なお、軽ライトバンのエブリイの「後席リフトアップ車」が同時発売され、ワゴンR以外の車種にも福祉車両が設定されたことで、スズキ製の福祉車両は「ウィズシリーズ」として新たにシリーズ化された。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
12月5日 - マイナーチェンジで後期型（3型）へ。キャッチフレーズは「楽しい 正しく」に変更された。3型より型式はK6A車がMC22S、F6A車がMC12Sとなる。MC系としては3型となる。フェイスデザイン、ホイールカバーが変更された。ヘッドライトのデザインは変わっていないが、マルチルフレクター化された。標準グレードのFMはグリルが上部メッキ付きブラックグリルとなる。リアデザインは変更なしだが、バックドアハンドルがボディ同色になった。この時テールランプはまだ前期と同一。前期型のバックドア下部に装着されていた横長の取っ手は消滅している。NA車は「優-低排出ガス車（E-LEV(☆☆)）」認定を、ターボ車はF6A、K6Aともに「良-低排出ガス車（G-LEV(☆)）」認定をそれぞれ取得。内装色が濃色グレーになりシート生地変更、メーターデザイン変更、リヤワイパースイッチの場所をインパネからワイパーレバーへ変更。キーレスが電波式に。AT車は全車4速仕様に。「FM」に標準装備されていたタコメーターはこの時に一旦なくなる。また、グレード体系を整理するとともに、「21世紀記念スペシャル FMエアロ」を設定。1＋2ドア車とサンルーフ車は消滅している。ボディに補強を加えて64km/hオフセット前面衝突に対応。RR系はフロントグリル、バンパー、ボンネットエアスクープ（空気取入口）をそれぞれデザイン変更され、バンパーには牽引フックカバーが付く。4灯式ヘッドライト装着車のロービーム（プロジェクター式）にメッキタイプの熱対策リングを装着。クリアータイプのLEDハイマウントストップランプ（RR系のリヤスポイラーに内蔵）、ルーフアンテナ（RR‐Sリミテッド、RRリミテッドに装着）を採用。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
12月20日 - 福祉車両「ウィズシリーズ」全車種を一部改良。共通でフロントデザインの刷新やエンジンの変更、ATの4速仕様化を行ったほか、「車椅子送迎車」は1+2ドア車の廃止に伴い5ドア化され、「セニアカー」へはオプションの固定用アタッチメントを装着することで対応できるようになった為、ラインナップを手動固定式、手動固定式リアシート付、電動固定式の3種類に整理。「助手席リフトアップ車」にはヒーテッドドアミラーと運転席シートヒーターを備えた4WD車を新たに設定した（4WD車は2001年1月下旬販売開始）。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
2001年
2月7日 - 買い得グレード「FM-G」とスポーティな外観を持つ「FM-Tリミテッドエアロ」を追加。
5月 - 国内累計販売台数150万台達成。
5月16日 - FMをベースにレトロ調の意匠が特徴の「C2」を追加。これは先代「コラム」の後継であるが、コラムシフトが一般グレードにも拡大採用されたため、名称が変更された。また、「RRリミテッド」には「サイドエアバッグ装着車」を設定。
6月5日 - 国内累計販売150万台達成を記念し、お買い得グレード「FM-G」をベースに、上級仕様の装備をしながらベース車よりも安く抑えた特別仕様車「FM-Gリミテッド」を発売。FM-Gリミテッドは、4型N-1と同様に上部メッキ付きボディー同色グリルとなる。6月20日には3,000台限定で「RRリミテッド（コラム4速AT車）」をベースに、MD/CDオーディオ、4スピーカー+スーパーウーハー、ウッド本革コンビステアリング、専用シート&専用ドアトリム、メッキインナードアハンドル、専用色インパネを装備した特別限定車「150万台記念車」を発売。また、この3,000台のうち150台限定で、ボディー色に「マジョーラサファイア」を設定。マジョーラサファイアは見る角度によって色が変わる特別な色（マジョーラカラー）で、この塗装色を施した車両は12万円高であった。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
11月14日 - マイナーチェンジで4型へ。オプション設定となっていた運転席・助手席SRSエアバッグが標準装備化、タコメーターが再び標準で装備、リアサスペンションのショックアブソーバーの取り付け位置がリアフェンダー内側前方からリアフェンダー内側後方に変更、エクステリアではデザインの変更はないが、テールランプがマルチリフレクター化されたこと、サイドウインカーレンズがクリア化されたことが特徴（4灯式ヘッドライト装着車であるFMエアロ、FTエアロ、RR系のみサイドウインカーはオレンジのまま）。F6AのMC12S、CVT、フロアATが消滅。AT車は全てコラム4速ATとなる。グレード体系が整理され、標準グレードはお買い得グレードの「N-1」、レトロ調デザインの「C2」、エアロパーツを装備した「FMエアロ」、新開発のDOHC Mターボエンジンを搭載した「FTエアロ」の4グレード、RR系はRRリミテッド、RR-Sリミテッドおよび、RR系の5MTが消滅しATの「RR」とディスチャージヘッドランプなどを装備した「RR-SWT」の2グレードとなった。N-1はFMの後継となるモデルで、グリルはFMと同じ形状でボディ同色となる（FM系リミテッドと同じ）。ノーマルグレードは全車ボディ同色グリルとなる。F6Aのターボエンジンを積む「FM-T」が販売終了となり、Mターボが出たためエンジンは全車K6A＆DI化となった。長年スズキ車に採用され続けていた透明のオーディオハーネスがホンダと同じブースター/オートアンテナ対応の青色ハーネスに変更される。4灯式HIDヘッドライト装着車には艶消しブラックタイプの熱対策リングが装着される。
スズキ・ワゴンR 2代目 MC21S/11S/22S/12S型（1998年 - 2003年）
2002年
2月5日 - ヤングファミリー向けに「ミキハウス」とタイアップした特別限定車「ミキハウスバージョン」を発売。（限定3,000台）
2月12日 - 「助手席回転シート車」を発売（本仕様車は同日にMRワゴンとコンパクトカーのエリオにも設定された）（ベルアートによる受注生産）。助手席が90度回転するほか、助手席下部に折り畳み式フットレストを備え、アシストグリップも設定した。メーカーオプションとして車椅子を荷室に積載できる車椅子収納装置（電動クレーン）を設定しており、このオプションを装着した場合は消費税が非課税となる。
9月3日 - マイナーチェンジで5型へ。全車リアシートスライド機構を追加。フロア変更によるリアサスペンション変更に伴い、足周りが後のMH21S前期と共通となった。また「N-1」をベースに、DOHC Mターボエンジンを搭載した「N-1ターボ」を追加。なお、これにより「C2」は廃止。ステアリングデザインが変更され、ホーンボタン中央にスズキのマークが印刷されるようになった（MC型でステアリングにエンブレムがデザインされるのは発売4年目にして初めて）。N-1のグリルデザインが変更、メッキ部分は消滅。スチールホイール装着車用の樹脂製フルホイールカバーのデザインが変更される（スズキのマークは入らず）。ボンネットのスズキのマークがより立体的で横長のものに変更（断面は台形から、▲型になっている）。エンプティランプ（燃料残量警告灯）追加、シート色変更。オーディオ上・エアコン下にインパネデザイン変更。内外気循環切り替えがマニュアルエアコンでも電気式に変更。
10月8日 - 福祉車両「ウィズシリーズ」の「助手席リフトアップ車」と「助手席回転シート車」を一部改良。標準車同様にリアシートスライド機構を追加し、ステアリングホイール・メーターパネル・インストルメントパネルのデザインを変更し、AM/FMラジオ付CDプレーヤーを標準装備。また、「助手席回転シート車」にメーカーオプション設定されている車椅子収納装置（電動クレーン）を「助手席リフトアップ車」にもメーカーオプション設定した。
2003年
1月14日 - 軽自動車販売台数30年連続No.1達成を記念し、ディスチャージヘッドランプやスマートキーレスシステムなどを装備した特別仕様車「RR バージョンV」を発売。特別仕様車などに搭載されることが多かった2DINオーディオのMD/CD/カセットは廃止された。
2月20日 - 福祉車両「ウィズシリーズ」の「車椅子送迎車」を一部改良。AM/FMラジオ付CDチューナー、電動格納式リモコンドアミラー、リヤワイパー&ウォッシャー、スモークガラス（リヤドア、クォーター、バックドア）などの快適装備を新たに装備したうえで、手動固定式リアシート付で5万円、電動固定式で10万円値下げ。また、リアサイドトレーを新たに設定し、トランスミッションをコラムシフト式4ATに変更した。さらに、リアシート付を電動固定式にも設定するとともに、手動固定式をリアシート付のみの設定に集約した。
4月10日 - マイナーチェンジで6型へ。5型と外見上の差異は無い。MC系の最終モデルである。シート色変更、前席ドアの把手、RR系のドーナツ型ヘッドレスト、防眩ルームミラーが消滅。運転席・助手席SRSエアバッグ、パワーステアリング、パワードアロック、キーレスエントリーシステムなど充実の装備内容ながら83万円からの価格設定とした「B」を発売。同年5月には「B」から装備内容の一部を簡素化したことで75万円からの価格設定とした「A」を追加。RRはベースグレードが消滅しRR-SWTのみの販売へ。
8月 - 生産終了。在庫対応分のみの販売となる。
9月 - 3代目と入れ替わる形で販売終了。
スズキ・ワゴンR 3代目 MH21S/22S型（2003年 - 2008年）
初代に立ち返り再びスクエアデザインとなった。プラットフォームを刷新し、富士重工業（現・SUBARU）との共同開発によるフロントサスペンションを採用。スポーツグレードの「RR-DI」には軽市販車初の直接噴射式ターボエンジンが搭載された。歴代モデルで唯一、全グレードにタコメーターを標準装備する。
当初のグレード体系は、標準モデルが「FA」・「FX」・「FT」・「FS」、スポーツモデルが「RR」と「RR-DI」であった。
この代からエンブレムが社章の「Sマーク」をデフォルメしたものから「Sマーク」そのものとなり、リアにも装着される。併せて、リアの車名ロゴが2代目までのデカールから「Sマーク」と同じメッキエンブレムに変更されている。
全グレードに電動アクチュエーター式集中ドアロックを標準装備、FA以外のグレードにはキーレスエントリーシステムなども付く。助手席とバックドアのアウタードアハンドルにあった鍵穴を廃止し、ハンドル形状を変更した。2003年（平成15年）当時、同じくGM系列であった富士重工業（現・SUBARU）との共同開発による、フロントサスペション用L字形ロアアームを採用している。
スズキ・ワゴンR 3代目 MH21S/22S型（2003年 - 2008年）
ターボ車は、空冷式インタークーラーの小型高効率タイプへの変更と、フロントグリルからインタークーラーへの専用エアーインテーク／ダクトを設置したことにより、2代目モデルまでエンジンフードにあったインタークーラー冷却用のエアーインレットがなくなり、先代同様「TURBO」デカールも存在しないため、この代からターボ搭載車と一目で分かる要素は消滅した。「RR-DI」および「スティングレー　DI」のインタークーラーも上部に設置されているが、他のターボにある専用エアーインテーク／ダクトは存在せず、従来どおりにも見えるがこれもインテークはボンネットに存在せずスズキの乗用車としては珍しい方法であった。
スズキ・ワゴンR 3代目 MH21S/22S型（2003年 - 2008年）
2004年
1月26日 - 14インチアルミホイールやエアロパーツ、CD/MDオーディオや革巻きステアリングホイールを装備して価格をベース車両の税別6万円アップに抑えた特別仕様車「FXリミテッド」を発売。後にボディ色を増やし、7月6日にはターボ車「FT」に特別仕様車「FTリミテッド」を発売したこともあり、この年の年間軽自動車販売台数でダイハツ・ムーヴから首位を奪還した。
2月4日 - 「車椅子送迎車」を3代目にモデルチェンジし、「車いす移動車」に改名。車いすの乗車部分を超低床フロアに改造し、床の形状変更などによりフロアとスロープの傾斜角を大幅に緩くし、突起を無くした。また、車いすでの乗降時に意図しない後退を防ぐ後退防止ベルトに車いすの前部を固定する機構を新たに採用。テールゲートはスプリングアシスト機構の採用による操作力の低減、操作ノブの取付け位置の改良、スロープのワンタッチ固定によって操作方法を改善。リアシート付車は折りたたんだリアシートの取付を改良することで車いす乗員の足元スペースを拡大した。車両本体価格はすべての仕様で2代目に比べて10万円以上の大幅値下げを行った。
7月 - 「天然ガス (CNG) 自動車」を3代目にモデルチェンジ。
スズキ・ワゴンR 3代目 MH21S/22S型（2003年 - 2008年）
12月15日 - 一部改良。NA車でエンジンの環境性能（4WD・4AT車は平成17年排出ガス基準75%低減レベル（SU-LEV(☆☆☆☆)）認定を取得）や内装の質感が向上したほか、特別仕様車「FX-Sリミテッド」は「FX」をベースに、前照灯をブルーリフレクター、車幅灯をブルーレンズとし、Mターボエンジンを搭載する特別仕様車「FT-Sリミテッド」には「FT」をベースに「FX-Sリミテッド」の装備に加え、専用のフロントグリルが与えられた他、RRと同様のフロントフォグランプを装備、価格がベース車両の税込6.3万円アップから税込8.4万円アップになった。なお、「FS」はこの変更で廃止となった。また、リアのエンブレム配置が変わり、左上に配置していた「SUZUKI」ロゴを廃止し、「WAGON R」の車名ロゴは右上から右下に変更した。
スズキ・ワゴンR 3代目 MH21S/22S型（2003年 - 2008年）
2005年
9月2日 - マイナーチェンジ、キャッチコピーを「あれもできる、これもできる」に変更。フロントグリルやホイールキャップ、リヤコンビランプのデザインを変更。内装は、夜間発光させるとブラックと化すホワイトメーターを廃止して自発光式メーターの新採用や、インストルメントパネルの改良などが挙げられる。さらに法改正による電動アクチュエーター式前照灯光軸調整機能（マニュアルレベリング機構）を全車に追加。また、2WD・5速MT車を除く全てのグレードにおける燃費向上、「FT」、「FT-Sリミテッド」は排ガス性能向上（平成17年排出ガス基準50%低減レベル（U-LEV(☆☆☆)）認定取得）しNA車同等となった。
2006年
3月 - 国内累計販売台数250万台達成。同年5月11日にHDDナビゲーションシステムを装備した250万台達成記念特別仕様車「250X」、「250T」を発売。
9月4日 - ドレスアップモデル「RR」にMターボエンジンを搭載した特別仕様車「RR-Sリミテッド」を発売。
9月12日 - 特別仕様車の「FX-Sリミテッド」にCVT搭載車を設定。
10月19日 - HDDナビゲーションシステム、フルオートエアコンなどを装備した特別仕様車「ナビスペシャル」、「ナビスペシャルターボ」を発売。
スズキ・ワゴンR 3代目 MH21S/22S型（2003年 - 2008年）
2007年
2月5日 - 「クールフェイス ワゴンR」をデザインコンセプトとした新シリーズ「ワゴンRスティングレー（WAGON R STINGRAY）」を発売。キャッチコピーは「顔で戦え。目で挑め。」。横長のシースルーフロントグリル（ガーニッシュ）とディスチャージヘッドランプや、先端を高くしたボンネット、クリアタイプのリアランプ（前期タイプ）など、従来のモデルとは全く印象の異なるエクステリア、および、黒色基調で統一されたインテリアが特徴。エクステリアに関しては全車にエアロパーツとアルミホイールが標準装備となる。ラインアップは、DOHC VVTエンジンを搭載する「X」、DOHC Mターボエンジンを搭載する「T」、直噴ターボエンジンを搭載する「DI」の3グレード・6バリエーション。なお、リアに配置の車名ロゴは前期の初期型同様、右上に配置されている。型式はこの時点ではスティングレーのみMH22Sとなる。
5月11日 - 一部改良。一部グレードのシート・ドアトリム表皮を変更し、さらに、ドアロックの開錠・施錠、エンジン始動を容易にするキーレススタートシステムを「FC」、「スティングレー（全グレード）」、「FX-Sリミテッド/FT-Sリミテッド」、「RR-DI、RR-Sリミテッド」に搭載。FX-Sリミテッド、FT-Sリミテッドのホイールは意匠変更された。FT-Sリミテッドはフロントグリルの意匠も変更される。CVT搭載車（CVTはJatco製）を追加（標準グレードは新グレードの「FC」に設定、「スティングレー」は既存の「X」に追加で設定）。型式は全グレードでMH22Sに統一される。
2008年
6月4日 - 2003-2007年度の国内軽自動車車名別新車新規届出台数ナンバーワンと国内累計販売台数300万台達成を記念して、FT-Sリミテッドのフロントグリル、RR系のアルミホイール、アルカンターラを使用したシートやドアトリム、メッシュ調インパネセンターガーニッシュなどを装備した特別仕様車「リミテッド」・「スティングレー リミテッド」を発売。特別色として「ノクターンブルーパール」が設定されている。販売期間は約3ヶ月と非常に短い設定であった。
8月 - 生産終了。在庫対応分のみの販売となる。
9月 - 4代目と入れ替わる形で販売終了。
スズキ・ワゴンR 4代目 MH23S型（2008年 - 2012年）
基本的にはキープコンセプトだが若干路線変更し、いかにもスペース重視の箱型から、スペースとデザインを両立させたスタイリッシュな外観になった。初代から継承されていたCピラー部のクォーターウインドウが廃止され、リアドアの開口幅の拡大によって乗降性を向上させている。シフトレバーは、2代目MRワゴンと同様、従来のコラムシフトからインパネシフトに変更された。居住空間を大幅に拡大したため、荷室スペースは旧型よりも狭くなっているが、今回から全車に最大160mmまで前後にスライド可能なリアシートスライド機構が新たに標準装備となり、シートアレンジの自由度や日常での使い勝手が一層向上している。また、4代目にはスペアタイヤが装備されておらず、代わりに全車パンク修理キットが装備されている。4輪のラジアルタイヤそのものも従来のサイズから変更されダイハツ車などと同様の13インチは扁平率80シリーズ、14インチは65シリーズとなるなど燃費と乗り心地を重視する近代的なサイズとなった。計器類はパレットのものと共通となりノーマル（オリジナル）シリーズは全車大型スピードメーターを備えるシンプルな自発光式単眼メーターを、スティングレーシリーズは全車タコメーター付の自発光式3眼メーターをそれぞれ採用している。
スズキ・ワゴンR 4代目 MH23S型（2008年 - 2012年）
エンジンも改良され、燃費性能が向上し、ターボ車とノンターボ車のCVT仕様のエンジンにはワゴンRでは初めて電子制御スロットルが採用された。4WD車の一部にも今回からCVTが設定され、ターボ車は全車CVT仕様となった。ラインアップも見直され、「FXリミテッド」、「FTリミテッド」、「TS」をカタロググレードに新設。ドレスアップモデルは、初代から3代目までのRRが廃止されて「スティングレー」に統一された。スティングレーの「TS」には、ワゴンR初となるESP（車両安定装置）がメーカーオプションに設定された。
2008年
9月25日 - フルモデルチェンジ。「スティングレー」も同時にフルモデルチェンジ。キャッチフレーズは標準系は「挑戦するNo.1。」、スティングレーは「その走りに、街が目覚める。」。
10月8日 - 4代目ワゴンR・ワゴンRスティングレーともに、2008年度グッドデザイン賞受賞。さらに、同年11月18日には、2009年次RJCカーオブザイヤーも受賞した。