幕末 政治史
逆賊となった長州藩に長州への征伐が発令され、総大将に徳川慶勝（尾張藩主）、副将に松平茂昭（福井藩主）、参謀に西郷隆盛（薩摩藩士）が任命された。元治元年9月大坂での勝海舟との会談を経て長州藩への実力行使の不利を悟った西郷は開戦を回避し、長州藩からの謝罪を引き出す方針をとる。四国艦隊下関砲撃事件での敗戦以降、松下村塾系の下級藩士を中心とした攘夷派勢力が後退し、椋梨藤太ら譜代家臣を中心とする俗論派が擡頭していた。幕府への恭順路線を貫き、責任者の処刑など西郷が提示した降伏条件の受け入れを承認したため、第1次長州征伐は回避されることとなった。
しかし長州藩内で旧攘夷派の粛清が続くなか、同年末に野村望東尼に激励された高杉晋作が奇兵隊などの諸隊を糾合し長府功山寺にて挙兵（功山寺挙兵）。翌年初頭、藩中枢部の籠もる萩城を攻撃し、俗論派を壊滅させて再び藩論を反幕派へ奪回した。藩論の再転換により、既定の降伏条件を履行しない長州藩へのいらだちは高まり、小笠原長行・勘定奉行小栗忠順ら強硬派による長州再征論が浮上し、将軍家茂は再度上洛する。
一方、安政条約に明記されながらいまだに朝廷の許可が無いため開港されていなかった兵庫（神戸港）問題を巡って、英国公使パークスが主導する英仏蘭連合艦隊が1865年11月4日（慶応元年9月16日）、兵庫沖に迫った（兵庫開港要求事件）。攘夷派への配慮からわざと幕府が外交を停滞させているとみたパークスらは薩長が攘夷策を放棄した時点で障害はのぞかれたはずであるとして、兵庫開港か条約勅許を求めて威圧を行ったものである。譲歩案として英国は下関戦争賠償金の引き下げに応じる姿勢も見せた。幕府主導の外交を狙う老中阿部正外・松前崇広らはこの動きに対して幕府単独の開港方針を決めるが、朝廷との連携を重視する徳川慶喜は難色を示す。独断で兵庫開港を決めた阿部・松前に対して朝廷から老中罷免の令が出されるという異常事態となった朝廷による現実の幕政介入という事態に、慶喜に対する疑念が幕臣たちの間で深まり、家茂が将軍辞職を漏らすなどの混乱がおきた。慶喜は家茂を説得する一方で条約勅許、兵庫開港をめぐって在京の諸藩士を集めた上で、11月22日（慶応元年10月5日）朝廷に条約勅許を認めさせた（兵庫開港は延期）。また関税改正の合意を得るというイギリスの目的も達成されたことで四国艦隊は兵庫沖から去った。翌1866年6月25日（慶応2年5月13日）に改税約書が調印され、輸入関税が大幅に引き下げられたことにより、日本の輸入は急増した。大量生産による安価な綿製品に太刀打ち出来ず、日本の手工業的綿織物は大打撃を受けた。
こうしたなか、薩摩藩は徐々に幕府に非協力的な態度を見せ始め、駐日公使ハリー・パークス、アーネスト・サトウの助言のもと、長州藩との提携を模索する。薩摩藩の庇護下にあった土佐浪士坂本龍馬や、同じく土佐浪士で下関に逼塞していた三条実美らに従っていた中岡慎太郎らが周旋する形で、薩摩長州両藩の接近が図られる。逆賊に指名され表向き武器の購入が不可能となっていた長州藩に変わって薩摩が武器を購入するなどの経済的な連携を経た後、1866年3月7日（慶応2年1月21日）、京都薩摩藩邸内で木戸孝允・西郷らが立ち会い、薩長同盟の密約が締結された。
偶然ではあるが、幕府は薩長同盟が締結された翌日に第二次長州征伐を発令した。7月18日（慶応2年6月7日）に開戦するが、薩摩との連携後軍備を整え、大村益次郎により西洋兵学の訓練を施された長州の諸隊が幕府軍を圧倒。各地で幕府軍の敗報が相次ぐなか、1866年8月29日（慶応2年7月20日）家茂が大坂城で病死。徳川宗家を相続した慶喜は親征の意志を自ら見せるものの、一転して和睦を模索し、広島で幕府の使者勝海舟と長州の使者広沢真臣・井上馨らの間で停戦協定が結ばれ、第二次長州征伐は終焉を迎えた。
家茂の死後、将軍後見職の徳川慶喜は徳川宗家を相続したが、征夷大将軍職への就任は拒んでいた。だが、5か月後の1867年1月10日（慶応2年12月5日）ついに将軍宣下を受け将軍就任し、家茂の弔い合戦として長州を制圧することを公言する。孝明天皇は慶喜を非常に信頼しており、長州征討に反対した大原重徳ら22卿を処罰するほどだった。しかし、1月30日（慶応2年12月25日）に天然痘のため天皇は崩御する。2月13日（慶応3年1月9日）に睦仁親王が践祚する運びとなった（明治天皇）。
薩摩藩の西郷・大久保利通らは政局の主導権を握るため雄藩連合を模索し、島津久光・松平春嶽・伊達宗徳・山内容堂（前土佐藩主）の上京を促し、6月6日（慶応3年5月4日）から 四侯会議を開催して兵庫開港および長州処分問題について徳川慶喜と協議させたが、慶喜の政治力が上回り、団結を欠いた四侯会議は無力化した。6月26日（慶応3年5月24日）には摂政二条斉敬以下多くの公卿を集めた徹夜の朝議により長年の懸案であった兵庫開港の勅許も得るなど、慶喜による主導権が確立されつつあった。さらに慶喜はフランス公使ロッシュの助言を容れ、フランス式の軍事訓練が行われたほか、榎本武揚らのもとで幕府海軍が整えられた。小栗忠順や栗本鋤雲らが中心となってフランスとの大借款の相談も行われた。また、老中制度も改められ、老中首座の板倉勝静（備中松山藩主）を首相格として各老中が陸軍・海軍・国内事務・会計・外国事務の各総裁を兼務する内閣に似たかたちがとられ、さらに次官にあたる諸奉行にも有能な人材が抜擢されるようになった（→慶応の改革）。
こうして幕府が息を吹き返そうとする状況の中、薩摩・長州はもはや武力による倒幕しか事態を打開できないと悟り、土佐藩・芸州藩の取り込みを図る。土佐藩では後藤象二郎が坂本龍馬の影響もあり、武力倒幕路線を回避するために大政奉還を提議し、薩摩藩もこれに同意したため、7月23日（慶応3年6月22日）には薩土盟約が締結される。これは徳川慶喜に自発的に政権返上することを建白し、拒否された場合には武力による圧迫に切り替える策であった。しかし兵力の発動を渋る山内容堂に反対され、また薩摩藩も慶喜の拒否を大義名分として結局武力発動しかないと判断していたため、両藩の思惑のずれから10月4日（慶応3年9月7日）盟約は解消。結局土佐藩は10月29日（慶応3年10月3日）単独で山内容堂が老中の板倉に大政奉還の建白書を提出した。いっぽう、薩摩藩の大久保・西郷らは、長州藩・芸州藩との間に武力を背景にした政変計画を策定。さらに洛北に隠棲中だった岩倉具視と工作し、中山忠能（明治天皇の祖父）・中御門経之・正親町三条実愛らによって、1867年11月9日（慶応3年10月14日）に討幕の密勅が下された。ところが、徳川慶喜は山内容堂の進言を採用し、同日に大政奉還を明治天皇に奏請しており、討幕派は大義名分を失った。大政奉還により江戸幕府による政権は形式上終了した。
慶喜は1867年11月19日（慶応3年10月24日）に将軍職辞職を申し出たが、幕府の職制も当面残されることとなり、実質上は幕府支配は変わらなかった。岩倉や大久保らはこの状況を覆すべくクーデターを計画する。1868年1月3日（慶応3年12月9日）に、王政復古の大号令が発せられ、慶喜の将軍職辞職を勅許、幕府・摂政・関白などが廃止され、天皇親政を基本とし、総裁・議定・参与などからなる新政府樹立が発表された。同日夜薩摩藩兵などの警護の中行われた小御所会議において、徳川慶喜への辞官および領地返上が議題となる。会議に参加した山内容堂や松平春嶽は猛反対するが、岩倉や大久保らが押し切り、辞官納地が決定された。決定を受けて慶喜は大坂城へ退去したが、山内容堂・松平春嶽・徳川慶勝の仲介により辞官納地は次第に骨抜きとなってしまう。そのため、西郷らは相楽総三ら浪士を集めて江戸に騒擾を起こし、旧幕府側を挑発した。江戸市中の治安を担当した庄内藩や勘定奉行小栗忠順らは激昂し、薩摩藩邸を焼き討ちした。
なおこのころ、政情不安や物価の高騰による生活苦などから「世直し一揆」や打ちこわしが頻発し、また社会現象として「ええじゃないか」なる奇妙な流行が広範囲で見られた。
江戸での薩摩藩邸焼き討ちの報が大坂城へ伝わると、城内の旧幕兵も興奮し、「討薩表」を掲げ、京への進軍を開始した。1868年1月27日（慶応4年1月3日）鳥羽街道・伏見街道において薩摩軍との戦闘が開始された（鳥羽・伏見の戦い）。官軍を意味する錦の御旗が薩長軍に翻り、幕府軍が賊軍となるにおよび、淀藩や安濃津藩などの寝返りなどが相次ぎ、2日後には幕府軍の敗北が決定的となる。徳川慶喜は軍艦開陽丸にて江戸へ逃亡し、旧幕府軍は瓦解した。以後、翌年まで行われた一連の内戦を、慶応4年の干支（戊辰）に因んで「戊辰戦争」という。なお戊辰戦争中の1868年10月23日（旧暦9月8日）には慶応から明治に改元された。
東征大総督として有栖川宮熾仁親王が任命され、東海道・中山道・北陸道にそれぞれ東征軍（官軍とも呼ばれた）が派遣された。一方、新政府では、今後の施政の指標を定める必要から、福岡孝弟（土佐藩士）、由利公正（越前藩士）らが起草した原案を長州藩の木戸孝允が修正し、「五箇条の御誓文」として発布した。
江戸では小栗らによる徹底抗戦路線が退けられ、慶喜は恭順謹慎を表明。慶喜の意を受けて勝海舟が終戦処理にあたり、山岡鉄舟による周旋、天璋院や和宮の懇願、西郷・勝会談により決戦は回避されて、江戸城は無血開城され、徳川家は江戸から駿府70万石へ移封となった。
しかしこれを不満とする幕臣たちは脱走し、北関東、北越、南東北など各地で抵抗を続けた。一部は彰義隊を結成し上野寛永寺に立て籠もったが、7月4日（慶応4年5月15日）長州藩の大村益次郎率いる諸藩連合軍により、わずか1日で鎮圧される（→上野戦争）。
そして、旧幕府において京都と江戸の警備に当たっていた会津藩及び庄内藩は朝敵と見なされ、会津は天皇へは恭順を表明するものの新政府への武装敵対の意志を示し、新政府は周辺諸藩に会津への出兵を迫る事態に至った。新政府に劣位の立場で参加することを嫌った仙台藩・戦国時代の旧領回復を望んだ米沢藩などの主導により、陸奥、出羽及び越後の諸藩が奥羽越列藩同盟を結成し、盟主として上野戦争以降東北にいた輪王寺宮公現法親王（のちの北白川宮能久親王）が擁立された。長岡（→北越戦争）・会津（→会津戦争）・秋田（→秋田戦争）などで激しい戦闘がおこなわれたが、いずれも新政府軍の勝利に終わった。
旧幕府海軍副総裁の榎本武揚は幕府が保有していた軍艦を率い、各地で敗残した幕府側の勢力を集め、箱館の五稜郭を占拠。旧幕府側の武士を中心として明治政府から独立した政権を模索するが（いわゆる「蝦夷共和国」）、箱館戦争の結果、翌1869年6月27日（明治2年5月18日）新政府軍に降伏し、戊辰戦争が終結した。
その間、薩長土肥の建白により版籍奉還が企図され、同年9月諸藩の藩主（大名）は領地（版図）および人民（戸籍）を政府へ返還、大名は知藩事となり、家臣とも分離された。1871年8月29日（明治4年7月14日）には、廃藩置県が断行され、名実共に幕藩体制は終焉した（→明治維新）。