حمدان ضد رامسفيلد قرار المحكمة العليا
وبالمثل، اختلف توماس مع رأي الأغلبية بأنه حتى لو اتهمت الحكومة حمدان بارتكاب جريمة يمكن التعرف عليها بوضوح من قبل اللجنة العسكرية، فإن اللجنة ستظل تفتقر إلى السلطة للمضي قدمًا لأنها لا تمتثل لشروط القانون الموحد للقضاء العسكري واتفاقيات جنيف الأربع الموقعة في عام 1949. وشدد مرة أخرى على أن اختصاص اللجان العسكرية لا ينص عليه القانون بل "يتم تكييفه في كل حالة حسب الحاجة التي دعت إليه". جادل توماس بأن استنتاج المحكمة بأن المادة 36 من القانون الموحد للقضاء العسكري ترقى إلى محاولة من قبل الكونجرس للحد من سلطة السلطة التنفيذية "يتعارض مع نص وهيكل القانون الموحد" ويتعارض أيضًا مع القرارات السابقة للمحكمة. في معرض تناوله لادعاءات حمدان بموجب اتفاقية جنيف، جادل توماس بأن هذه الأمور محظورة بموجب حكم المحكمة في قضية جونسون ضد آيزنتراغر، حيث أشارت الأغلبية إلى أن المدعى عليهم لا يمكنهم التأكيد على "أن أي شيء في اتفاقية جنيف يجعلهم محصنين من الملاحقة القضائية أو العقوبة بسبب جرائم الحرب". علاوة على ذلك، فحتى لو لم يقم أيزنتراجر بمنع ادعاء حمدان بموجب المادة الثالثة المشتركة، فإنه مع ذلك لا أساس له من الصحة بقدر ما قبل الرئيس قرار وزارة العدل بأن المادة الثالثة المشتركة في جنيف لا تمتد إلى معتقلي القاعدة. وأكد توماس أن واجب المحكمة في هذه الحالة المتمثل في "الإذعان لفهم الرئيس للحكم المعني" أصبح أكثر حدة بسبب حقيقة أنه يتصرف وفقًا لسلطته كقائد أعلى للقوات المسلحة.
في سبع صفحات معارضة، انحاز أليتو إلى شرح توماس وسكاليا لسبب اعتقادهما أن المحاكم ليس لها اختصاص في هذه القضية. وأوضح سبب اعتقاده أن اللجنة العسكرية في هذه القضية قانونية. لم يتفق أليتو مع قرار المحكمة الذي خلص إلى أن اللجان العسكرية لا تستوفي تعريف "المحكمة المشكلة نظاميًا" كما هو مطلوب في المادة 3 المشتركة في اتفاقيات جنيف. وقال أليتو إن المادة الثالثة المشتركة تم استيفاءها في قضية حمدان لأن اللجان العسكرية:
لم يتفق أليتو على وجه التحديد مع الآراء الداعمة للحكم الذي رأى أن اللجنة العسكرية التي سيحاكم أمامها حمدان ليست "محكمة مشكلة تشكيلاً قانونياً"، وأن اللجنة العسكرية "غير قانونية"، لأن إجراءات اللجنة كما يُزعم لا تمتثل للقواعد. كتب أليتو أن اللجنة العسكرية تم تشكيلها "بشكل منتظم" أو "بشكل صحيح"، مستخدمًا مثال الأنواع المختلفة من المحاكم المحلية ومحاكم الولايات والمحاكم الفيدرالية والدولية وكيف أنه "على الرغم من أن هذه المحاكم "تشكلت بشكل مختلف" وتختلف كثيرًا في العديد من النواحي الأخرى، فهي جميعها "متشكلة بشكل منتظم".
وذكر أليتو أن المادة 3 المشتركة في اتفاقية جنيف لا تستبعد على وجه التحديد اللجان العسكرية، ويشير أيضًا إلى التعليق الوارد في المادة 66، وهي المادة التي استخدمتها المحكمة لدعم رأيها. وقال أليتو إنه حتى لو كانت المادة الثالثة المشتركة تعترف بحظر "المحاكم الخاصة"، وهو ما تحظره المادة 66، فإن مثل هذا الحظر لا ينطبق على محكمة حمدان لأن اللجان العسكرية كانت "عادية". علاوة على ذلك، وبما أن إدارة بوش قد تدير المئات من هذه المحاكم وفقاً لنفس الإجراءات، فقد خلص أليتو إلى أنه "يبدو أن محكمة مقدمي الالتماس، مثل المئات من المحاكم الأخرى التي يقترح المجيبون إجراؤها، هي محكمة عادية إلى حد كبير وليست خاصة على الإطلاق".
كتب أليتو أنه "تم تعيين اللجان وإنشاءها بموجب أمر من الرئيس، تمامًا مثل اللجنة في قضية كيرين، وتقر المحكمة بأن كيرين اعترف بأن السلف القانوني حافظ على سلطة الرئيس في "تشكيل اللجان العسكرية". ولم يتفق أليتو مع تأكيد كينيدي بأن "درجة مقبولة من الاستقلال عن السلطة التنفيذية ضرورية لجعل اللجنة "تتشكل بانتظام" وفقًا لمعايير نظام العدالة في أمتنا"، بحجة أن كينيدي "لا يقدم أي دعم لهذا الاقتراح (والذي يبدو على أي حال أنه يتعلق بالعدالة والنزاهة أكثر من الانتظام)"، ويجادل أيضًا بأن اللجنة في كيرين لم تكن مختلفة عن القضية الحالية.
أخيرًا، كتب أليتو أن إجراءات اللجنة في مجملها لا توفر أساسًا لاعتبار اللجان غير شرعية. ويشير إلى قاعدتين إجرائيتين وجدت المحكمة خطأً فيهما: أولاً، قاعدة "السماح لوزير الدفاع بتغيير القواعد الحاكمةمن وقت لآخر"؛ وثانيًا، القاعدة التي "تسمح بقبول أي دليل يكون له قيمة ثبوتية لشخص عاقل". يؤكد أليتو أن هذه القواعد لا يمكن أن تجعل اللجان غير شرعية.
فيما يتعلق بالقاعدة الأولى، قال أليتو إنه ليست كل التغييرات أثناء المحاكمة تضر بالمدعى عليه، بل إن بعضها قد يساعد المدعى عليه. بالإضافة إلى ذلك، "إذا تم إجراء تغيير وتطبيقه أثناء إجراء مستمر وإذا ثبت أن المتهم مذنب، فيمكن النظر في صحة هذا الإجراء في إجراءات المراجعة لتلك القضية".
وفيما يتعلق بالقاعدة الثانية، قال أليتو إن هذه القاعدة لا تنتهك المعيار الدولي المدرج في المادة 3 المشتركة، لأن "قواعد الإثبات تختلف من بلد إلى آخر" و"معظم دول العالم لا تتبع جوانب من قواعد الإثبات لدينا، مثل النهي العام عن قبول الإشاعات".