مشروع 706 المنظمة
كان قد شُكل مجلس تنسيق لإدارة والإشراف على مسار اليورانيوم للمشروع النووي قبل مجيء عبد القدير خان. كان يرأس هذا المشروع سلطان بشير الدين محمود من قسم الهندسة النووية. تولى خان المشروع من محمود لأنه أراد العمل بمفرده فتألف المشروع من أفتاب غلام نبي كازي وغلام إسحاق خان وآغا شاهي ومنير أحمد خان. كما أنشأت قوات الدفاع الباكستانية مجالس الخاصة لدعم أنشطة البحث الهندسي في جميع أنحاء البلاد. بقي المشروع تحت إدارة هيئة الطاقة الذرية حتى عام 1977 عندما فصلت عنها، لكن في السنوات اللاحقة كان منير أحمد خان -رئيس هيئة الطاقة الذرية- عضو في المشروع ثم أصبح في الثمانينيات رئيس لمجلس تنسيق مشروع تخصيب اليورانيوم. وضعت هيئة الطاقة الذرية برنامج تخصيب يورانيوم خاص بها لتطوير نسخة متقدمة من وقود اليورانيوم، فعملت على أكثر الطرق تحديًا لنظائر الليزر الجزيئية لفصل النظائر والانتشار الغازي والحراري. طورت هذه الأساليب تحت إشراف شوكت حميد خان من مجموعة فيزياء الليزر وسلطان بشير الدين محمود من قسم الهندسة النووية. طورت مجموعة فيزياء الليزر التابعة لهيئة الطاقة الذرية تحت إشراف شوكت حميد خان عملية MLIS لفصل النظائر. وفي الوقت نفسها أنتجت مختبرات البحوث الهندسية التابعة للهيئة مادة 6UF وقدمت المواد الأولية إلى مختبرات كويته، بينما استخدمت هيئة الطاقة الذرية مادة 6UF في كل من طريقتي الانتشار الغازي والانتشار الحراري المطورة في مختبرات التخصيب..
واجه علماء مختبرات كويته في البداية العديد من النكسات ولم يتمكنوا من تطوير الآلة المطلوبة. أثناء زيارة غلام عالم قاسمي لقاعة الفيزياء في جامعة قادرت آباد التقى بـ تسنيم شاه أستاذ الرياضيات في الجامعة الذي درس المشاكل المطروحة مع علماء المختبرات. عقب ذلك تشكيل قسم ديناميكيات موائع الحساب الذي حلل مشاكل مؤشر الفصل الاستراتيجي (قياس مقدار العمل الذي تقوم به أجهزة الطرد المركزي) وتسريع الطرد المركزي (عدد الدورات في الدقيقة التي ستغطيها الآلة) وديناميكيات الدوران (سرعة الدوران المناسبة). اكتس تسنيم شاه شهرة كبيرة عندما حلل المشكلة بشكل مستقل مما ساعد علماء المختبرات على تطوير نسخة قوية من أجهزة الطرد المركزي.
عندما حُلت المشاكل بدأ عبد القدير خان عمليات التخصيب. بحلول بداية عام 1983، طورت المختبرات حوالي 1500-2900 جهاز طرد مركزي غازي يعتمد على تقنية مجموعة يورينكو بحلول عام 1983. بفضل جهود عبد القدير خان، نجح العلماء العاملون في مختبرات البحوث الهندسية في 4 يونيو 1978 في تخصيب اليورانيوم بفصل النظائر الكهرومغناطيسية لـ 238U و235U في مختبر الطرد المركزي بقاعدة القوة الجوية في تشاكلالا بمساعد عبد القدير خان. وأبلغ غلام عالم الذي شارك في رئاسة مشروع فصل النظائر عبد القدير خان بذلك فذهب خان على الفور إلى القيادة العامة لإبلاغ الجنرال ضياء الحق.
لم يتمكن عبد القدير خان من إقناع بوتو بوقف مسار البلوتونيوم في عام 1976.  وفي الوقت نفسه نظر فريق من الكيميائيين النوويين في قسم الكيمياء النووية بقيادة إقبال حسين قريشي في مشكلة كيفية فصل البلوتونيوم عن اليورانيوم عندما لم تكن خصائصه الكيميائية معروفة. تمكن الكيميائيون النوويون ووازنوا المعادلة الأولى للسلاح النووي في هيئة الطاقة الذرية. عملت لجنة الطاقة الذرية على عملية فصل البلوتونيوم أكثر المهام تعقيدًا وتحديًا في مجال العلوم النووية. طور هذه الطريقة العالمين إشفاق أحمد وإقبال حسين قريشي. تمكنت اللجنة في المختبرات الجديدة من إنتاج نظائر البلوتونيوم المستخدمة في المفاعلات النووية ثم أعادت معالجتها لتحويلها إلى بلوتونيوم عالي الجودة يُستخدم في تصنيع الأسلحة النووية. وقد أدرك العلماء أن استخدام مفاعل نووي يعمل باليورانيوم ويُنتج نيوترونات بطيئة يمكن أن يُنتج كميات كبيرة من نظير البلوتونيوم-239. كما أظهرت التجارب أن البلوتونيوم قابل للانشطار بسهولة باستخدام النيوترونات البطيئة والسريعة على حد سواء. بالإضافة إلى ذلك، يتميز البلوتونيوم باختلافه الكيميائي عن اليورانيوم، مما يسهل عملية فصله عنه. هذه الخصائص جعلت من البلوتونيوم مادة مثالية للاستخدام في الأسلحة النووية.
وُجهت دعوة لكبار العلماء وكبار المسؤولين المدنيين والعسكريين في مارس 1983 فقط لمشاهدة الاختبار البارد لجهاز نووي عامل. خلال هذا الحدث قام سلاح المهندسين تحت إشراف الجنرال زاهد أكبر بتنظيف وتجهيز الأنفاق في موقع الاختبار. وصل فريق التشخيص التابع للجنة الطاقة الذرية برئاسة العالم سمر مباركمند إلى الموقع محملاً بمقطورات تحتوي على أجهزة حاسوب ومعدات تشخيص متطورة. ثم وصلت مجموعة تطوير التقنيات الدفاعية وفريق العلماء من مجموعة واه حاملين معهم الجهاز الذري الذي تم تجميعه مسبقًا. وُضع هذا الجهاز داخل النفق المعد للاختبار. كما أنشئ نظام مراقبة متكامل يتكون من حوالي 20 كابلًا، تربط بين أجزاء الجهاز النووي وأجهزة الرصد الموجودة في عربات التشخيص التي كانت متوقفة بالقرب من تلال كيرانا.
نجحت لجنة الطاقة الذرية الباكستانية في اختبار جهاز بلوتونيوم غير مخصص للأسلحة في منطقة تلال كيرانا في 11 مارس 1983. نُفذ هذا الاختبار تحت إشراف منير أحمد خان رئيس اللجنة وبقيادة العالم إشفاق أحمد الذي ترأس فريق الاختبار. استخدم فيه حوالي 10 كيلوغرامات من البلوتونيوم-239 غير المسلح واليورانيوم الطبيعي الذي جُلب من المختبرات الجديدة في معهد العلوم والتكنولوجيا النووية الباكستاني. كما طُور نظام تفجير الأجهزة الداخلية في مديرية التطوير التقني التابعة للجنة تحت إمرة العالم حفيظ قريشي.
حضر اختبار الانشطار البارد عدد من الشخصيات البارزة مثل رئيس لجنة الطاقة الذرية منير أحمد خان واللواء خالد محمود عارف ونائب المارشال الجوي مايكل جون أوبراين ورئيس مجلس الشيوخ آنذاك غلام إسحاق خان. صمم الجهاز النووي وطوره جناح الأبحاث التابع للجنة ومديرية التطوير التقني والتي كان يرأسها العالم محمد حفيظ قريشي، وكان يعتمد الجهاز على البلوتونيوم والذي طور في فترة الثمانينيات كجزء من مشروع 706. لاحقًا اختبرت القنبلة النووية الباكستانية في 30 مايو 1998 في صحراء خاران تحت الاسم الرمزي تشاجاي-2.