غزو الولايات المتحدة لأفغانستان 2001: الإطاحة بطالبان
في 6 ديسمبر أُُبلغ كرزاي بأنه سيكون الرئيس القادم لأفغانستان، كما تفاوض على استسلام ناجح لكل من قوات طالبان المتبقية حول سيد ألما كالاي ومدينة قندهار بأكملها. بدأت وحدتي ODA 524 و ODB 570 وميليشيا كرزاي حملتهم الأخيرة لتطهير المدينة. رفضت الحكومة الأمريكية العفو عن عمر أو أي من قادة طالبان. وفي 7 ديسمبر استولت قوات شيرزي على مطار قندهار وتحركت في المدينة. خرج الملا عمر من قندهار مع مجموعة من الموالين وانتقل إلى الشمال الغربي إلى جبال ولاية أروزكان. وقد ورد آخر مرة شوهد فيها وهو يغادر في قافلة من الدراجات النارية.
وفر قادة طالبان الآخرون إلى باكستان عبر ممرات بعيدة في ولايتي بكتيا وبكتيكا. استسلمت بلدة سبين بولدك الحدودية في نفس اليوم إيذانا بنهاية سيطرة طالبان في أفغانستان. استولت المليشيات الأفغانية بقيادة غل أغا شيرزي على قندهار، بينما سيطرت قوات المارينز الأمريكية على المطار وأقامت قاعدة أمريكية.
بعد سقوط كابول وقندهار، انسحب ابن لادن ومعه زعماء القاعدة وقادة بارزون آخرون إلى جلال أباد بولاية ننكرهار، ومن هناك انتقلوا إلى منطقة تورا بورا في الجبال البيضاء [الإنجليزية] على بعد 20 كيلومترًا من الحدود الباكستانية. - حيث كانت هناك شبكة من الكهوف ودفاعات معدة استخدمها المجاهدون خلال الحرب السوفيتية الأفغانية. أرشدت عمليات اعتراض الاتصالات واستجواب مقاتلي طالبان والقاعدة الأسرى إلى وجود أعداد كبيرة من المقاتلين الأجانب واحتمال وجود أشخاص مهمين في تلك المنطقة أو انتقلوا إليها؛ بدلاً من الالتزام بالقوات التقليدية، اتخذت القيادات العليا في البيت الأبيض والبنتاغون قرارًا بعزل وتدمير عناصر القاعدة في المنطقة بقوات العمليات الخاصة الأمريكية بدعم قوات الميليشيات الأفغانية - بسبب الخوف من تكرار تجربة السوفييت في المنطقة.
تم إرسال ODA 572 وفريق CIA Jawbreaker إلى تورا بورا لتقديم المشورة للقوات الشرقية المناهضة لطالبان بقيادة اثنين من أمراء الحرب: حضرة علي [الإنجليزية] ومحمد زمان (كليهما كان لديه انعدام ثقة شديد تجاه الآخر)؛ استخدمت وكالة المخابرات المركزية العملة الصعبة في تجنيد حوالي 2500 إلى 3000 من الميليشيات الأفغانية للمعركة القادمة؛ استخدمت القاعدة تورا بورا ليكون حصنها الأخير. مع انطلاق المعركة ارشدت وحدة «ODA 572» الطيران بضربات جوية دقيقة (15,000 رطل كانت تستخدم في كثير من الأحيان «Daisy Cutters»)، في حين أطلقت الميليشيات الأفغانية عددًا من الهجمات سيئة التنسيق والتنفيذ على مواقع «القاعدة» الثابتة مع امكانية نجاح يمكن التنبؤ بها. اكتشفت القبعات الخضراء أن الميليشيات تفتقر إلى الدافع والمهارة للمعركة: وفقًا وحدة «ODA 572» فإنهم يكسبون الأرض في الصباح بعد الضربات الجوية الأمريكية ثم يتخلون عن تلك المكاسب في نفس اليوم، كما أنهم ينسحبون إلى قواعدهم ليلاً للنوم. مع ضعف هجوم المليشيات الأفغانية وضغط وحدتي CIA و ODA الشديد، تم اتخاذ قرار بنشر المزيد من القوات في المعركة.
تم نشر 40 عسكريا من دلتا فورس في تورا بورا وتولوا القيادة التكتيكية للمعركة من وكالة المخابرات المركزية، وانضم إلى مجموعة دلتا فورس عددًا من أعضاء جهاز الاستخبارات البريطاني إلى جانب وحدة الزوارق البريطانية [الإنجليزية] SBS. توزعت مجموعة دلتا إلى فرق صغيرة مدمجة داخل الميليشيات وأرسلوا مشغلي الاستطلاعالخاصين بهم لالتقاط مسار بن لادن، في النهاية وبمساعدة القبعات الخضراء ومشغلي وكالة المخابرات المركزية الذين داهنوا المليشيات، تم إحراز بعض التقدم. وافق قائد مجموعة دلتا على تقييم Jawbreaker للوضع وطالب بعرقلة القوات أو نثر الألغام الأرضية لمنع الممرات الجبلية للعدو، ومنذ أن تم رفض نشر كتيبة Ranger ، طلب من مشغليه تنفيذ دورهم المقترح لكن جميع طلباته رفضها الجنرال فرانكس. وفي 12 ديسمبر بعد أسبوعين من المعركة، بدأ قائد المليشيا الأفغانية زمان مفاوضات مع القاعدة وطالبان المحاصرين في تورا بورا، على الرغم من إحباطات الأمريكيين والبريطانيين، فقد طُلبت هدنة مؤقتة حتى الساعة 0800 من صباح اليوم التالي للسماح للقاعدة بالموافقة المزعومة على شروط الاستسلام من قبل مجلس الشورى (اجتماع المجموعة). وكانت تلك خدعة للسماح لمئات من القاعدة وأعضاء اللواء 055 بالهروب ليلاً باتجاه باكستان.
في اليوم التالي مكن راديو ICOM محمول باليد انتشل من جثة أحد مقاتلي القاعدة القتلى لأعضاء مجموعة دلتا و SBS و CIA و MI6 بسماع صوت بن لادن - على ما يبدو يعتذر لأتباعه لقيادته لهم إلى تورا بورا وبمباركته لصمودهم في الحصار - يعتقد أنه موجه لأتباعه الذين بقوا للدفاع عن أي هجوم للسماح بن لادن بالفرار. وكثرت الشائعات ذات المصداقية عن مدفوعات نقدية قام بها بن لادن إلى واحد على الأقل من أمراء الحرب - ربما يكون إحجام المليشيا الأفغانية عن هجوم ضاغط بسبب رشاوى مماثلة. واعتقد قائد فريق CIA Jawbreaker في تورا بورا أن مجموعتين كبيرتين من القاعدة هربتا: المجموعة الأصغر المكونة من 130 جهاديًا هربت شرقًا إلى باكستان، بينما المجموعة الثانية وفيها بن لادن و 200 جهادي سعودي ويمني سلكوا الطريق عبر الجبال. إلى مدينة باراتشينار الباكستانية؛ ويعتقد قائد مجموعة دلتا أن بن لادن عبر الحدود إلى باكستان يوم 16 ديسمبر. اكتشف عملاء الاستطلاع لدلتا رجلاً طويل القامة يرتدي سترة مموهة مع عدد كبير من المقاتلين الذين يدخلون كهفًا، أرشد الفريق الطيران للغارات الجوية باعتقاد واضح بأنه بن لادن. لكن تحليل الحمض النووي لاحقًا من البقايا لم يتطابق مع بن لادن. مع رحيل غالبية أعضاء القاعدة وطالبان، انتهت المعركة، ومن الصعب تأكيد الإحصائيات الرسمية لمقتل المئات من القاعدة في تورا بورا لأن العديد من الجثث دُفنت في الكهوف أو تبخرت بالقنابل، وقد أخذوا معهم ربما أقل من 60 سجينًا. وفي 17 ديسمبر زُعم أن كشافة الحدود الباكستانية وبمساعدة من أعضاء من قيادة العمليات الخاصة المشتركة ووكالة المخابرات المركزية قبضوا على حوالي 300 مقاتل أجنبي آخر.
في 20 ديسمبر دخلت وحدة ODA 561 في الجبال البيضاء لدعم وحدة ODA 572 في إجراء كشف على للكهوف وللمساعدة في استخراج الحمض النووي من أجساد المقاتلين.
واصلت القوات الأمريكية والبريطانية عمليات البحث حتى يناير، لكن لم يظهر أي مؤشر على قيادة القاعدة. قُتل ما يقدر بنحو 200 من مقاتلي القاعدة خلال المعركة، إلى جانب عدد غير معروف من مقاتلي القبائل الموالية. ولم يتم الإبلاغ عن أي وفيات أمريكية أو بريطانية.
استضافت الأمم المتحدة في ديسمبر 2001 مؤتمر بون. ولكنها استبعدت طالبان، وشاركت أربع جماعات معارضة أفغانية. وكان من بين المراقبين ممثلو الدول المجاورة وغيرها من الدول الكبرى المشاركة. ونتج عن المؤتمر اتفاقية بون التي أخرجت السلطة الأفغانية المؤقتة التي كانت «مستودع للسيادة الأفغانية» وحددت ما يسمى بعملية بيترسبرغ التي أدت إلى دستور وحكومة جديدين.
تضمن قرار مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة رقم 1378 في 14 نوفمبر 2001 «إدانة طالبان لسماحها باستخدام أفغانستان قاعدة لتصدير الإرهاب من شبكة القاعدة والجماعات الإرهابية الأخرى، وتوفير ملاذ آمن لأسامة بن لادن وتنظيم القاعدة وغيرهم من المرتبطين بهم. ودعم جهود الشعب الأفغاني لاستبدال نظام طالبان».
وكان برنامج الغذاء العالمي التابع للأمم المتحدة قد علق مؤقتًا أنشطته داخل أفغانستان في بداية الهجمات بالقصف لكنه استأنفها بعد سقوط طالبان.
سمحت الأمم المتحدة في 20 ديسمبر 2001 بوجود قوات المساعدة الدولية لإرساء الأمن في أفغانستان (إيساف)، بتفويض لمساعدة الأفغان في الحفاظ على الأمن في كابل والمناطق المحيطة بها. تم إنشاؤها في البداية في المقر الرئيسي للفرقة الميكانيكية الثالثة البريطانية بقيادة اللواء جون ماكول، ولم يتجاوز عددها في سنواتها الأولى 5000. تلقت القوة دعوة من الحكومة الأفغانية المؤقتة الجديدة؛ لم يمتد تفويضها إلى ما وراء منطقة كابل في السنوات الأولى. وساهمت ثمانية عشر دولة في القوة في فبراير 2002.