يو إس إس إنديانابولس (سي أي-35) الحرب العالمية الثانية
بعد الإضربات مباشرة، تسارعت الفرقة إلى جزر بونين لدعم عمليات الانزال في إيو جيما. ظلت السفينة هناك حتى 1 مارس، لحماية سفن الغزو وقصف الأهداف لدعم عمليات الانزال. عادت إنديانابولس إلى فرقة عمل الفريق ميتشر في الوقت المناسب لضرب طوكيو، مرة أخرى في 25 فبراير، وHachijō قبالة الساحل الجنوبي لهونشو في اليوم التالي. على الرغم من أن الطقس كان سيئًا للغاية، إلا أن القوة الأمريكية دمرت 158 طائرة واغرقت خمس سفن صغيرة أثناء قصف المنشآت الأرضية وتدمير القطارات.
كان الهدف التالي للقوات الأمريكية هو أوكيناوا، في جزر ريوكيو، والتي كانت في مرمى الطائرات . تم تكليف القوة الناقلة السريعة بمهاجمة المطارات في جنوب اليابان حتى لا تكون قادرة على إطلاق مقاومة جوية فعالة على الغزو الوشيك. غادرت قوة الناقل السريع إلى اليابان من أوليثي في 14 مارس. في 18 مارس، شنت هجومًا من موقع 100 ميل (160 كـم) جنوب شرق جزيرة كيوشو. استهدف الهجوم المطارات في كيوشو، وكذلك سفن الأسطول الياباني في موانئ كوبي وكوري، في جنوب هونشو. حدد اليابانيون فرقة العمل الأمريكية في 21 مارس، حيث أرسلوا 48 طائرة لمهاجمة السفن. اعترضت أربعة وعشرون طائة مقاتلة من الفرقة جميع الطائرات اليابانية وأسقطوها.
قصفت أوكيناوا بدأ من 24 مارس. قضت إنديانابولس 7 أيام في صب قذائف 8 بوصة على دفاعات الشاطئ. خلال هذا الوقت، هاجمت طائرات العدو مرارا السفن الأمريكية. أسقطت إنديانابولس ست طائرات ودمرت طائرتين أخريين. في 31 مارس رصدت السفينة المقاتلة اليابانية من طراز ناكاجيما كي -43 «أوسكار» التي ناورت بالتحليق للاعلى من ثم الانقضاض عاموديا على السفينة . فتحت مدافع السفينة من عيار 20 ملم النار على الطائرة، ولكن في غضون 15 ثانية، كانت الطائرة فوق السفينة. ادت الاعيرة النارية الموجهة على الطائرة إلى انحرافها، لكن طيار العدو تمكن من إطلاق قنبلته من ارتفاع 25 قدم (7.6 م) ، تحطمت الطائرة في البحر بالقرب من مأخرة السفينة . سقطت القنبلة على سطح السفينة، داخل قاعة الطعام للطاقم، لتخترق مقصورة الرسو وخزانات الوقود قبل أن تصطدم بالعارضة وتنفجر في الماء تحتها. فجر الارتجاج فتحتين في العارضة حيث غمرت المياه المقصورات القريبة، مما أسفر عن مقتل تسعة من أفراد الطاقم. حواجز السفينة حالت دون حدوث أي فيضان تدريجي. جرت السفينة إلى سفينة الإنقاذ لاجراء الاصلاحات الطارئة ليكتشف التفتيش أن أعمدة المروحة قد تعرضت للتلف، وتمزقت صهاريج الوقود الخاصة بها، وتدمير معداتها لتقطير المياه. لكن إنديانابولس مع ذلك عادت لوحدها إلى حوض ماري آيلاند البحري لبناء السفنلإصلاحها.
بعد إصلاح شامل، تلقت إنديانابولس أوامر للقيام بمهمة سرية للغاية ذات أهمية قصوى للأمن القومي: المضي قدما إلى جزيرة تينيان حاملة اليورانيوم المخصب  (حوالي نصف إمدادات العالم من اليورانيوم -235 في ذلك الوقت) والأجزاء الأخرى المطلوبة لتجميع القنبلة الذرية التي يطلق عليها اسم «ليتل بوي»، والتي سيتم إسقاطها على هيروشيما بعد بضعة أسابيع فقط.
غادرت إنديانابولس حوض السفن هنترز بوينت بسان فرانسيسكو بحمولاتها القيمة في 16 يوليو 1945، بعد ساعات من اختبار ترينيتي. وسجلت رقما قياسيا بالسرعة ب74 ساعة ونصف  من سان فرانسيسكو إلى بيرل هاربور، بمتوسط سرعة 29 عقدة (54 كم/س؛ 33 ميل/س) . عند وصولها إلى ميناء بيرل في 19 يوليو،  اسرعت غير مصحوبة باي مرافقة  حيث سلمت مكونات القنبلة الذرية إلى تينيان في 26 يوليو.
بعد ذلك تم إرسال إنديانابولس إلى غوام، حيث تم استبدال عدد من أفراد الطاقم الذين أتموا رحلاتهم ببحارة آخرين. غادرت غوام في 28 يوليو، وبدأت تبحر باتجاه مدينة ليت الواقعة في بيسايا الفلبينية، حيث كان من المقرر أن يتلقى طاقمها تدريبات قبل أن يتوجهوا إلى أوكيناوا للانضمام إلى فرقة العمل 95 التابعة للنائب الأميرال جيسي أولدندورف .