الاستيطان اليهودي في الإمبراطورية اليابانية المذكرة
على الرغم من ذلك، بدأ القنصل الياباني في كاوناس بليتوانيا تشيونه سوغيهارا في إصدار تأشيرات عبور للهاربين يهود ضد أوامر من طوكيو، وسمح لهم ذلك بالسفر إلى اليابان والبقاء لفترة محدودة في طريقهم إلى وجهتهم النهائية، وهي مستعمرة كوراساو الهولندية، التي لم تطلب تأشيرة دخول. تلقى الآلاف من اليهود تأشيرات عبور منه، أو من خلال وسائل مماثلة، بل إن البعض نسخ يدويًا التأشيرة التي كتبها سوغاهارا. بعد حصولهم على تأشيرات خروج من الحكومة السوفييتية، سُمح للعديد من اليهود بعبور روسيا على خط سكة حديد ترانس-سيبيريا، واستقلال قارب من فلاديفوستوك إلى تسوروغا واستقروا في نهاية المطاف في كوبي باليابان.
بحلول صيف عام 1941، أصبحت الحكومة اليابانية قلقة بشأن وجود العديد من اللاجئين اليهود في هذه المدينة الكبرى بالقرب من الموانئ العسكرية والتجارية الرئيسية. تقرر أن اليهود في كوبي يجب أن يتم نقلهم إلى شنغهاي التي تحتلها اليابان، ولم يُسمح للبقاء في كوبي إلا للذين كانوا موجودين بالفعل قبل وصول للاجئين. كانت ألمانيا قد انتهكت ميثاق عدم الاعتداء، وأعلنت الحرب على الاتحاد السوفيتي، مما يجعل روسيا واليابان أعداء محتملين، وبالتالي وضع نهاية للقوارب من فلاديفوستوك إلى تسوروجا.
بعد عدة أشهر من الهجوم على بيرل هاربور في ديسمبر 1941، استولت اليابان على كل شنغهاي وتوقفت المساعدات النقدية وجميع الاتصالات من اليهود الأمريكيين بسبب قانون التجارة مع العدو الأنجلوأمريكي وكذلك اليهود البغداديين الأثرياء، وكثير منهم من الرعايا البريطانيين تم احتجازهم كمواطنين عدو. كانت وزارة الخزانة الأمريكية متراخية فيما يتعلق بالاتصالات والمساعدات التي أرسلت إلى اللاجئين اليهود في شنغهاي،  لكن المنظمات اليهودية الأمريكية قدمت المساعدات.
في عام 1941 ، حاول الجيستابو أوبرستومبمانفهرر (مقدم) جوزيف مايسنجر المعروف بـ«جزار وارسو»، الذي يعمل كجهة اتصال للجيستابو مع السفارة الألمانية في طوكيو، التأثير على اليابانيين «لإبادة» أو استعباد ما يقرب من 18,000 إلى 20,000 يهودي فروا من النمسا وألمانيا والذين كانوا يعيشون في شنغهاي المحتلة من قبل اليابان. تضمنت مقترحاته إنشاء معسكر اعتقال في جزيرة تشونغ مينغ في دلتا نهر اليانغتسي  أو التجويع على سفن الشحن قبالة سواحل الصين  لكن الأميرال الياباني الذي كان يدير شانغهاي لم يستسلم لضغط مايسنجر، ومع ذلك بنى اليابانيون حياً حيويًا في حي هونغكوي في شنغهاي  (الذي كان مخططًا له في طوكيو عام 1939) -وهو حي فقير يبلغ ضعف الكثافة السكانية لمانهاتن- والتي ظلت معزولة تمامًا من قبل الجنود اليابانيين تحت قيادة المسؤول السادي كانو غويا،  والذي لم يكن بإمكان اليهود إلا أن يتركوه بإذن خاص وتوفي حوالي 2000 يهودي في حي شنغهاي اليهودي. لم تقبل الحكومة اليابانية طلبات مايسنجر ولم تضطهد اليهود تحت سيطرتها. تم تخفيض خطط مايسنجرإلى إنشاء ما أصبح يعرف باسم غيتو شنغهاي.

كان اليهود الذين يدخلون ويقيمون في اليابان والصين ومانشوكو يعاملون بنفس معاملة الأجانب الآخرين، وفي إحدى الحالات تجاهل المسؤولون اليابانيون في هاربين شكوى رسمية من القنصلية الألمانية التي أهانها بشدة أحد هجمات الصحف الروسية اليهودية على هتلر، وفي كتابه «اليابانية والنازية واليهودية»، يقول الدكتور ديفيد كرانزلر أن موقف اليابان كان في النهاية مؤيدًا لليهود.
خلال الأشهر الستة التي أعقبت مؤتمر الوزراء الخمسة، سمحت القيود المتساهلة للدخول في التسوية الدولية، مثل شرط عدم الحصول على تأشيرة أو أوراق من أي نوع، بإدخال 15000 لاجئ يهودي إلى القطاع الياباني في شنغهاي، وأعلنت السياسة اليابانية أن اليهود الذين يدخلون ويقيمون في اليابان والصين ومانشوكو سيعاملون بنفس معاملة الأجانب الآخرين.
من عام 1943، شارك اليهود في شنغهاي في «منطقة مخصصة للاجئين عديمى الجنسية» من 40 كتلة مع 100,000 من السكان الصينيين. كان أداء معظم اليهود غالباً أفضل من سائر سكان شنغهاي، وبقي الغيتو مفتوحًا وخاليًا من الأسلاك الشائكة وكان بإمكان اللاجئين اليهود الحصول على تصاريح مغادرة المنطقة، ومع ذلك تم قصفها قبل أشهر فقط من نهاية الحرب من قبل طائرات الحلفاء التي تسعى لتدمير جهاز إرسال لاسلكي داخل المدينة، مع ما يترتب على ذلك من خسائر في الأرواح لكل من اليهود والصينيين في الحي اليهودي.