النزاع في أفغانستان إمارة طالبان ضد الجبهة المتحدة
لا تذكر هيومن رايتس ووتش أي جرائم لحقوق الإنسان للقوات الخاضعة للسيطرة المباشرة على مسعود للفترة من أكتوبر 1996 حتى اغتيال مسعود في سبتمبر / أيلول 2001. فر مليون شخص من حركة طالبان ، والكثير منهم إلى منطقة مسعود. اختتمت National Geographic في فيلمها الوثائقي «داخل طالبان» :
الشيء الوحيد الذي يقف في طريق مجازر طالبان في المستقبل هو أحمد شاه مسعود
عرضت طالبان مرارًا على مسعود منصبًا في السلطة لجعله يوقف مقاومته. رفض مسعود. وأوضح في مقابلة واحدة:
تقول طالبان: «تعال وتقبل منصب رئيس الوزراء وكن معنا»، وسيحتفظون بأعلى المناصب في البلاد ، رئاسة الجمهورية. لكن بأي ثمن ؟! يتعلق الاختلاف بيننا أساسًا بطريقتنا في التفكير في مبادئ المجتمع والدولة ذاتها. لا يمكننا قبول شروط التسوية الخاصة بهم ، وإلا فسيتعين علينا التخلي عن مبادئ الديمقراطية الحديثة. نحن ضد النظام المسمى «إمارة أفغانستان»
وفي مكان آخر:
يجب أن تكون هناك أفغانستان حيث يجد كل أفغاني نفسه سعيدًا. وأعتقد أنه لا يمكن ضمان ذلك إلا من خلال الديمقراطية القائمة على التوافق
أراد مسعود بمقترحاته من أجل السلام إقناع طالبان بالانضمام إلى عملية سياسية تؤدي إلى انتخابات ديمقراطية على مستوى البلاد في المستقبل المنظور. صرح مسعود أيضًا:
طالبان ليست قوة تعتبر لا تقهر. لقد ابتعدوا عن الناس الآن. فهي أضعف مما كانت عليه في الماضي. هناك فقط المساعدة التي قدمتها باكستان وأسامة بن لادن وغيرها من الجماعات المتطرفة التي تبقي طالبان على أقدامهم. مع وقف هذه المساعدة ، من الصعب للغاية البقاء على قيد الحياة
في أوائل عام 2001، استخدم مسعود إستراتيجية جديدة للضغط العسكري المحلي والنداءات السياسية العالمية. كان الاستياء يتزايد على نحو متزايد ضد حكم طالبان من قاع المجتمع الأفغاني بما في ذلك مناطق البشتون. أعلن مسعود عن سبب «الإجماع الشعبي والانتخابات العامة والديمقراطية» في جميع أنحاء العالم. في الوقت نفسه ، كان حذراً للغاية من عدم إحياء حكومة كابول الفاشلة في أوائل التسعينيات. في عام 1999، بدأ تدريب قوات الشرطة على وجه التحديد للحفاظ على النظام وحماية السكان المدنيين ، في حالة نجاح الجبهة المتحدة.
في أوائل عام 2001، ألقى أحمد شاه مسعود خطابا أمام البرلمان الأوروبي في بروكسل طالبا من المجتمع الدولي تقديم المساعدة الإنسانية لشعب أفغانستان. (فيديو) صرح أن طالبان والقاعدة قد قدمت «تصوراً خاطئاً جداً عن الإسلام» وأنه بدون دعم باكستان وبن لادن لن تتمكن طالبان من الاستمرار في حملتها العسكرية لمدة تصل إلى عام. في هذه الزيارة إلى أوروبا ، حذر أيضًا من أن معلوماته الاستخباراتية جمعت معلومات حول هجوم وشيك على أراضي الولايات المتحدة.    وصفه رئيس البرلمان الأوروبي نيكول فونتان «قطب الحرية في أفغانستان».
في 9 سبتمبر 2001، كان مسعود ، البالغ من العمر 48 عامًا ، هدفًا لهجوم انتحاري قام به اثنان من العرب كانا صحفيين في خواجة بهاء الدين في ولاية تخار في أفغانستان. توفي مسعود في طائرة هليكوبتر نقله إلى المستشفى. جنازة ، وإن كان في منطقة ريفية إلى حد ما ، حضره مئات الآلاف من الحداد.
كان اغتيال يست المرة الأولى تنظيم القاعدة وحركة طالبان، والباكستاني ISI ، ومن قبلهم السوفيتي KGB ، والشيوعي الأفغاني خد وحكمتيار حاولوا اغتيال مسعود. لقد نجا من محاولات اغتيال لا حصر لها على مدار 26 عامًا. تم تنفيذ أول محاولة لحياة مسعود من قبل حكمتيار واثنين من عملاء المخابرات الباكستانية في عام 1975، عندما كان مسعود يبلغ من العمر 22 عامًا فقط. في أوائل عام 2001، قامت قوات مسعود بالقبض على قتلة القاعدة المحتملين أثناء محاولتهم دخول أراضيه.
يعتبر اغتيال مسعود على صلة قوية بهجمات 11 سبتمبر 2001 على الولايات المتحدة ، والتي أسفرت عن مقتل ما يقرب من 3000 شخص ، والتي بدا أنها الهجوم الإرهابي الذي حذر مسعود في خطابه أمام البرلمان الأوروبي قبل أشهر.
كان جون ب. أونيل خبيرًا في مكافحة الإرهاب ومساعدًا لمدير مكتب التحقيقات الفيدرالي حتى أواخر عام 2001. تقاعد من مكتب التحقيقات الفيدرالي وعرض عليه منصب مدير الأمن في مركز التجارة العالمي (W T C). شغل المنصب في مركز التجارة العالمي قبل أسبوعين من أحداث 11 سبتمبر. في 10 سبتمبر 2001، زعم أن أونيل أخبر اثنين من أصدقائه ، «نحن في طريقنا. ونحن بسبب شيء كبير. . . . حدثت بعض الأشياء في أفغانستان. [بالإشارة إلى اغتيال مسعود] لا أحب الطريقة التي تصطف بها الأمور في أفغانستان. . . أشعر بتحول ، وأعتقد أن الأمور ستحدث ... قريبًا.»  توفي أونيل في 11 سبتمبر 2001، عندما انهار البرج الجنوبي.
بعد الهجمات الإرهابية في 11 سبتمبر 2001، أطاحت قوات جبهة مسعود المتحدة ، بدعم جوي أمريكي ، بحركة طالبان من السلطة في كابول في عملية الحرية الدائمة. في نوفمبر وديسمبر 2001، سيطرت الجبهة المتحدة على جزء كبير من البلاد ولعبت دورًا مهمًا في تشكيل حكومة حامد كرزاي المؤقتة بعد طالبان في أواخر عام 2001.