التعداد الخلوي
عملية الزراعة هي أبطأ طريقة، لأن معظم الكائنات الدقيقة تحتاج إلى 12 ساعة على الأقل لتشكيل مستعمرات مرئية.
على الرغم من أن هذه الطريقة يمكن أن تستغرق وقتا طويلاً، إلا أنها تعطي تقديرا دقيقًا لعدد الخلايا الحية  (لأنها الخلايا الحية ستكون قادرة على النمو وتشكيل مستعمرات مرئية). ولذلك تستخدم هذه الطريقة على نطاق واسع في التجارب التي تهدف إلى تحديد عدد الخلايا التي تقاوم المخدرات أو غيرها من الظروف الخارجية (على سبيل المثال تجربة لوريا-ديلبروك أو فحص حماية جنتاميسين). بالإضافة إلى ذلك، يمكن تسهيل تعداد المستعمرات إلى حد كبير عن طريق استخدام عداد المستعمرة.
طرق العد الاوتوماتيكية
1 - عداد Coulter : جهاز يمكنه عد الخلايا وكذلك قياس حجمها. ويستند مبدأ عمله إلى حقيقة أن الخلايا تظهر مقاومة كهربائية كبيرة؛ وبعبارة أخرى، فإنها لا توصل الكهرباء . في عداد كولتر، يتم امتصاص الخلايا، التي تسبح في محلول يدير الكهرباء، الواحدة تلو الأخرى إلى فجوة صغيرة. تُحاط الفجوة بقطبين كهربائيين . عندما لا توجد  أي خلية في الفجوة، تتدفق الكهرباء، ولكن عندما يتم امتصاص الخلية إلى الفجوة، يتم مقاومة التيار. يحسب عداد كولتر عدد هذه الأحداث ويقيس التيار (وبالتالي المقاومة)، التي ترتبط مباشرة بحجم الخلية المحاصرة داخل الفجوة . وهناك نظام مماثل هو تكنولوجيا عد الخلايا CASY.
عدادات Coulter و CASY أرخص بكثير من أجهزة قياس التدفق الخلوي، وبالنسبة للتطبيقات التي تتطلب أعداد الخلايا، مثل أبحاث دورة حياة الخلية، فهي الطريقة المفضلة. ميزتها على الأساليب أعلاه هي العدد الكبير للخلايا التي يمكن عدها في وقت قصير، قد تصل إلى آلاف الخلايا في الثانية؛ مما يوفر دقة إحصائية كبيرة.
2- قياس التدفق الخلوي :
إن قياس التدفق الخلوي هو الطريقة الأكثر تطوراً وتكلفة لحساب عد الخلايا. في جهاز تدفق الخلايا تتدفق الخلايا في تيار ضيق أمام شعاع الليزر. يضربهم الشعاع واحدا تلو الآخر ، وكاشف الضوء يلتقط الضوء الذي ينعكس من الخلايا.
تحتوي أجهزة قياس التدفق الخلوي على العديد من الميزات الأخرى ، مثل تحليل شكل الخلايا وهياكلها الداخلية والخارجية ، بالإضافة إلى قياس كمية البروتينات والمواد الكيميائية الحيوية الأخرى في الخلايا.
عد الخلايا غير المباشر :
تحدثنا عن الطرق المباشرة في تعداد الخلايا، أما الأساليب الحديثة، فهي تستخدم صورًا مجهريةً عالية الجودة تستخدم فيها خوارزمية إحصائية لإجراء الكشف التلقائي عن الخلايا وإحصائها. ينفذ بشكل عام مع معدل خطأ ثابت كعملية من النوع غير المباشر. ويمكن استخدام مجموعة من تقنيات تصنيف الصور لهذا الغرض.
1-مقياس الطيف الضوئيّ :
المحلول الذي يحتوي الخلايا يسمى محلولاً معلّقاً أي أنه معكّر . تمتص الخلايا وتشتت الضوء في المحلول المعلق. كلما زاد تركيز الخلية ، كلما زاد التعكر. تستطيع مقاييس الطيف الضوئي قياس شدة الضوء بدقة شديدة. حيث يتم وضع العينة الخلوية في مخبار مدرج صغير شفاف ويتم قياس الامتصاص بالنسبة إلى المتوسط وحده. تتناسب الكثافة البصرية (OD) بشكل مباشر مع الكتلة الحيوية في المعلّق الخلوي.و يُعرف استخدام القياس الطيفي لقياس تعكر المزارع الخلوية باسم قياس العكارة.
وقد جعل هذا الطيف الضوئي الطرق المفضلة لقياسات نمو البكتيريا والتطبيقات ذات الصلة. العيب في استخدام الطيف الضوئي هو عدم قدرته على التمييز بين الخلايا الحية والخلايا الميتة.
2-ميكروبيولوجيا المعاوقة :
هي تقنية ميكروبيولوجية سريعة تستخدم لقياس التركيز الميكروبي (أساسًا البكتيريا ولكن أيضًا الخمائر) لعينة من خلال مراقبة المعلومات الكهربائية لوسط النمو. ويعتمد على أن عمليات الأيض في البكتيريا تحول المركبات غير المشحونة (أو ضعيفة الشحنة) إلى مركبات مشحونة بقوة ، وبالتالي تغير الخواص الكهربائية لوسط للنمو. يتم تقدير التركيز الميكروبي بالاعتماد على الوقت اللازم لتغير الخواص الكهربائية لوسط النمو.