hotchpotch/wikipedia-multilingual-ir-pairs huggingface dataset:
تراث الهيروت ملخص الرسم
يؤكد كادمان مرة أخرى على السيطرة. حيث أن لا يمكن للجريندل أن يبتعدوا عن الماء لذلك تم إجلاء الأطفال الحوامل في المستعمرة والمتخصصين الأساسيين إلى الموقع الجغرافي. انضم كامبت في البداية وكانت تكنلوجيا وتكتيكات المستعمرين تخدمهم بشكل جيد. حيث تم استخدام أدوات اللحام ومعدات الحفر القائمة على الليزر كأسلحة. أيا كان يمكن أن ينجو من الهيدروجين السائل الذي يستخدم لمحاربة الجريندل ويلاحظ كادمان السلوك الجماعي للمجموعة ويكتشف أن مجموعات من الجريندل يمكن إرسالها إلى مرحلة جنون عن عن طريق رشهم بالدم المأخوذ من أحشاء الجثة الميتة خاصة إذا كانت ممزوجة بآثار مادة كيماوية شاردة مستخرجة من العضو الذي يفرزها كمادة كيميائية. يثير غريزة القتال فوري وكما تستخدم أيضا رواسب التتبع لإشعال غدة الشاحن في أجسامهم. المستعمرون في النهاية يكتشفون ويستخدمون تقنية جديدًا حيث قاموا بحصد الشاحن من الغريالات الميتة ورشوه فوق حشد الجريندل باستخدام معدات غبار المحاصيل التي تدفع المئات منهم إلى جنون وقتل العديد من هؤلاء المتبقين.
ولكن مع انخفاض أعداد الجريندل، يرتفع مستوى قوتهم الفردية حيث أن كل جندي ميت يقدم لنا الطعام للباقي، وفي نهاية المطاف، كل ما تبقى هو الأقوياء حيث وينعم المستعمرون بخلوة مخططة لكادمان، حيث أن ملاذ كادمان الجبلي المصمم بعناية والذي وقد تم تجهيزه بشكل جيد وتعزيزها مع الدفاعات، يقترب الحشد منه فيتم رشهم شحان مما يؤدي ال ارسالهم إلى جنون مرة أخرى. عندما يبدأون تسلق انحدار جبل يضع كادمان امامهم انهيار جليدي باستخدام القتل أكثر من ذلك. على الرغم من أنهم لا يتمتعون بذكاء البشر، فإنهم يتمتعون بالذكاء الكافي ليتعلموا الكثير من الوقت والمعرفة من خلال التجربة. فيتغير سلوكهم عندما يدركون أن المستعمرين الباقين لا يستحقون الموت عندما يكون هناك آخرون يقتلون. يتم حفظ المستعمرة.
بعد عام من ذلك، تم دفع الحركات الجريندل إلى الانقراض. الآن بعد أن أصبحت دورة حياة جريندل معروفة يواصل المستعمرون المطاردة ولكن هذه المرة يتم استهداف سمالون كذلك. إن تقنية الشاحن التكتيكي الجديد وتحديات جريندل المسجلة تجعلهما عملاً روتينيًا تقريبًا.
قد ولت الأسماك الأرضية ولن يتم إعادة إدخالها لإجبار أفرادها على دفع الأنواع الخاصة بهم إلى الانقراض. قريبا سيتم القضاء على الجريندل.و الآن يمكن أن تبدأ عملية إعادة البناء هذه المرة لن يتم القبض على المستعمرين دون مبرر. لقد قتلت المعركة العديد من الرجال المستعمرين وتركوا فائضًا من النساء، وبدأت منظمات اجتماعية جديدة تعتمد على الزواج بكميات كبيرة ويجري استكشاف ا الرئيسى للارض بعناية، حيث يعلق المستعمرون آمالا كبيرة على قطع الاتصال مع الأرض بسبب الحروب الشائكة. والآن، فإن المستوطنين يأملون أن تلهم قصة معركتهم سكان الأرض لإعادة تشغيل برنامج الاستعمار.
قصبة كناوة
قصبة كناوة أو القصبة الإسماعيلية أو قصبة الحريشي هي القصبة الوحيدة  المتواجدة على الضفة الشمالية من نهر أبي رقراق ، وتقع في سلا.
قصبة كناوة تاريخ
تعد قصبة كناوة من إحدى أكبرالقلاع التي شيّدت في عهد السلطان مولاي إسماعيل سنة 1709 (أو 1707) حيث قام السلطان بوضع جيش عبيد البخاري (حرس متكون من عبيد سود من السودان الغربية) و ذلك لحماية سواحل الرباط وسلا من محاولات الاختراق الخارجية . أثارسلوك هؤلاء الحرس تجاه نساء المنطقة ردود أفعال عنيفة من طرف سكان المنطقة، حيث شكل الحاكم عبد الحق فنيش مجموعة من الناس وهاجموعلى القصبة في سنة 1758.
فاطمة هي فاطمة
فاطمة هي فاطمة (بالفارسية: فاطمه، فاطمه است) هو كتاب للمفكر الإيراني علي شريعتي. في هذا الكتاب تم وصف فاطمة إبنه الرسول محمد كممثل أساسي لنساء المسلمين حول العالم وكممثل للمرآة التي تتمتع بالحرية. تمت كتابة هذا الكتاب في عصر ما قبل ثورة الإسلامية الإيرانية. في حين لم يكن هنالك أي مصادر معينة تمكن الشخص من معرفة من تكون فاطمة وهو كان يأكد للقارئين أنه يقدم لهم أكثر من وصف تحليلي لشخصيتها الذي يحتاج لنقد المفكر المتنور. بكتابة هذا الكتاب كان قد أكمل عمل الباحث الفرنسي البروفسور لويس ماسينيون.
وكان قد وصف فاطمة كبيان ورمز للطريقة وإتجاه مهم في «التفكير الأسلامي». وقد ذكر أنه حتى في العالم دائم التغيير الذي فيه تتغير رؤية الناس تجاه الحياة بشكل دائم. كممثل أساسي ويتم النظر لفاطمة من قبل النساء حول العالم.
طب الأمراض البولية النسائية
علم أمراض المسالك البولية التناسلية هو تخصص جراحي فرعي من جراحة المسالك البولية وأمراض النساء.
طب الأمراض البولية النسائية تاريخ
في عام 1893 ، اخترع هوارد كيلي ، طبيب أمراض النساء وطبيب المسالك البولية الرائد، منظار المثانة الهوائي الذي كان يتكون من أنبوب مجوف محمول باليد مع حاجز زجاجي.  عندما اجتمعت الجمعية الجراحية الأمريكية( أصبحت لاحقًا الكلية الأمريكية للجراحين) في بالتيمور عام 1900، أقيمت مسابقة بين هوارد كيلي وهيو هامبتون يونغ، والذي اعتبر والد جراحة المسالك البولية الحديثة.  باستخدام منظار المثانة الهوائي، أدخل كيلي قثاطير الحالب في مريضة في 3 دقائق فقط. وبذلك بدأ التنافس الودي بين أطباء أمراض النساء وأطباء المسالك البولية في مجال المسالك البولية النسائية وأمراض الجهاز البولي التناسلي. استمرت هذه المنافسة الودية لعقود. في العصر الحديث، أدى الاهتمام المشترك لأطباء التوليد وأطباء النساء وأطباء المسالك البولية بمشاكل قاع الحوض لدى النساء إلى مزيد من الجهود التعاونية.
طب الأمراض البولية النسائية التعليم والتدريب
أطباء المسالك البولية النسائية هم من الأطباء الذين التحقوا بكلية الطب وحصلوا على درجتهم الطبية الأساسية وتلاها تدريب بعد التخرج في أمراض النساء والتوليد. ثم خضعوا للمزيد من التدريب في أمراض المسالك البولية النسائية لتحقيق الاعتماد / شهادة البورد في هذا التخصص الفرعي. تختلف متطلبات برنامج التدريب ومدته من بلد إلى آخر، ولكنها غفي العادة تمتد ما بين سنتين إلى ثلاث سنوات. تتوافر برامج الزمالة في أمراض المسالك البولية والتناسلية في بعض البلدان، ولكن ليس كلها، وتختلف مستويات الاعتماد والشهادات الرسمية من بلد إلى آخر.
طب الأمراض البولية النسائية التعليم والتدريب
الجمعية الدولية لأمراض المسالك البولية (IUGA) هي هيئة عالمية للمهنيين الممارسين في مجال المسالك البولية النسائية وطب الحوض والجراحة الترميمية للإناث. تسهل الجمعية تدريب الأطباء من البلدان التي ليس لديها برامج تدريب رسمية من خلال الاحتفاظ بدليل لبرامج الزمالة ونشره. توفر الجمعية أيضًا فرصًا تعليمية لأطباء المسالك البولية عبر الإنترنت أو بشكل شخصي، وهي تطور المصطلحات وتقوم بعمل توحيد قياسي ضمن هذا المجال. الجمعية الدولية للاستمرار (ICS) هي منظمة عالمية أخرى تسعى جاهدة لتحسين نوعية الحياة للأشخاص المتأثرين باضطرابات المسالك البولية والأمعاء وقاع الحوض من خلال التعليم والبحث.
طب الأمراض البولية النسائية نطاق الممارسة
طب الجهاز البولي النسائي هو تخصص فرعي لأمراض النساء، وفي بعض البلدان يُعرف أيضًا باسم طب الحوض الأنثوي والجراحة الترميمية. يعالج اختصاصي أمراض المسالك البولية المشاكل السريرية المرتبطة بخلل في قاع الحوض والمثانة. تؤثر اضطرابات قاع الحوض على المثانة والأعضاء التناسلية والأمعاء. تشمل اضطرابات قاع الحوض الشائعة سلس البول وتدلي أعضاء الحوض وسلس البراز. يتولى أطباء المسالك البولية أيضًا مسؤولية رعاية النساء اللائي تعرضن لصدمة في منطقة العجان أثناء الولادة.
طب الأمراض البولية النسائية نطاق الممارسة
هناك بعض التداخل مع التخصص الفرعي لطب المسالك البولية الأنثوية - هؤلاء الأطباء هم أخصائيو المسالك البولية الذين خضعوا لتدريب إضافي ليكونوا قادرين على إدارة سلس البول عند النساء وتدلي أعضاء الحوض والتهاب المثانة الخلالي / PBS. بالإضافة إلى ذلك، هناك جراحو القولون والمستقيم الذين لديهم اهتمام خاص بسلس البول الشرجي وخلل قاع الحوض المرتبط بوظيفة المستقيم. تشجع ممارسة أمراض المسالك البولية المعاصرة فرقًا متعددة التخصصات تعمل في رعاية المرضى، مع مدخلات تعاونية من أطباء المسالك البولية وأطباء المسالك البولية وجراحي القولون والمستقيم وأطباء رعاية المسنين وأخصائيي العلاج الطبيعي. هذا مهم بشكل خاص في رعاية المرضى الذين يعانون من مشاكل معقدة، على سبيل المثال أولئك الذين خضعوا لعملية جراحية سابقة أو الذين يعانون من سلس البول والتدلي معًا، أو مشاكل في المسالك البولية والأمعاء. تعد اجتماعات الفريق متعدد التخصصات جزءًا مهمًا من مسار إدارة هؤلاء النساء.
طب الأمراض البولية النسائية نطاق الممارسة
يعالج أطباء المسالك البولية النسائية النساء المصابات بسلس البول والاختلال الوظيفي في قاع الحوض. تشمل الحالات السريرية التي قد يراها أخصائي أمراض المسالك البولية: سلس البول الإجهادي، فرط نشاط المثانة، صعوبة التبول، ألم المثانة، ألم مجرى البول، هبوط المهبل أو الرحم، التغوط المعوق، سلس البول، وإصابة العجان. يمكنهم أيضًا الاعتناء بالنساء المصابات بالناسور المثاني المهبلي أو المستقيم المهبلي بتدريب متخصص وبالاقتران مع تخصصات أخرى.
طب الأمراض البولية النسائية نطاق الممارسة
عادة ما يتم تقييم المرضى باستخدام مزيج من أخذ التاريخ والفحص (بما في ذلك فحص الحوض وتقييم التدلي باستخدام أنظمة تم التحقق منها مثل نظام قياس تدلي أعضاء الحوض وتقييم جودة تأثير الحياة باستخدام استبيانات تم التحقق من صحتها، بما في ذلك تقييم الوظيفة الجنسية، باستخدام استبيان تدلي أعضاء الحوض / سلس البول الجنسي. غالبًا ما تُستخدم مفكرة المثانة لتحديد كمية السوائل التي يتناولها الفرد، وعدد الفراغات في النهار والليل، بالإضافة إلى الحجم الذي يمكن أن تحتفظ به المثانة على أساس يومي. قد تشمل التحقيقات الإضافية ديناميكا البول أو تنظير المثانة. يبدأ العلاج عادةً بإجراءات تحفظية مثل تدريب عضلات قاع الحوض وتعديل السوائل والطعام أو تدريب المثانة. يمكن استخدام العلاجات الدوائية في حالة فرط نشاط المثانة، والتي قد تشمل الأدوية المضادة للمسكارين أو ناهضات مستقبلات بيتا 3 - وكلاهما يساعد على التحكم في الإلحاح الذي يعد المكون الرئيسي لفرط نشاط المثانة. إذا فشلت الأدوية، فإن الخيارات الأكثر توغلًا مثل حقن توكسين البوتولينوم في عضلة المثانة أو التعديل العصبي هي خيارات أخرى لتخفيف الأعراض. يمكن تقديم العلاجات الجراحية لسلس الإجهاد و / أو هبوط الرحم المهبلي إذا لم ينجح تدريب عضلات قاع الحوض.
نادرا ما تكون مشاكل الجهاز البولي التناسلي مهددة للحياة، ولكن لها تأثير كبير على نوعية حياة الأفراد المصابين. يستهدف أطباء المسالك البولية عادة تحسين جودة الحياة كهدف علاجي، وهناك تركيز كبير على تحسين الأعراض باستخدام تدابير تحفظية قبل الشروع في علاجات أكثر توغلًا.
تشمل بعض الحالات التي يتم علاجها في ممارسة طب الجهاز البولي:
تشمل الاختبارات والإجراءات التشخيصية ما يلي:
طب الأمراض البولية النسائية روابط خارجية
الرابطة الدولية لأمراض المسالك البولية النسائية
جمعية المحيط الهادئ للأهتمام بالصحة الإنجابية
جمعية المحيط الهادئ للأهتمام بالصحة الإنجابية و تضم عضوية المهنيين العاملين في العديد من الدول الجزرية في المحيط الهادئ في مجال الصحة الإنجابية وحديثي الولادة . تأسست الجمعية في عام 1995 في بورت فيلا ، فانواتو ، وهي مُسجلة باعتبارها مؤسسة خيرية في نيوزلندا حيث يوجد مقر وحدة أمانة أبحاث صحة المرأة في المحيط الهادئ بجامعة أوكلاند.
ديناميكا جزيئية
الديناميكا الجزيئية (بالإنجليزية: Molecular dynamics (MD))، هي علم قائم على محاكاة حاسوبية للجزيئات والمركبات معتمدة على قوانين نيوتن للحركة في توقع حركة الجزيئات وسرعة تحركها واماكن وجودها بعد فترات زمنية قصيره جدا وهو عمل يتطلب حلول لمعادلات نيوتن لاعداد هائلة من الجزيئات ولفترات زمنية قصيره جدا ولضمان حساب هذه التوقعات بشكل صحيح أو اقرب للصحة يجب أخذ عدة امور عند حساب قوانين نيوتن مثل قوى التجاذب بين الجزيئات واهتزاز روابط الجزي وانثناء الرووابط حول محورها وتذبذب الزاوية بين ذرات الجزي وايضا تذبذب الزوايا بين مستويات الجزئ أو ما يعرف بالزاوية الزوجية وامور أخرى كثيرة
ولاننا في هذه العملية نقوب بحساب قوانين نيوتن وقوانين أخرى تتعلق بالمحاكاة لاعداد كبيرة جده من الجزيئات هذا يجعل العملية معقدة جدا وشبه مستحيلة لذلك يتم الاستعانة ببعض الفرضيات وطرق احصائية لتساعدنا في جعل هذه الحسابات ممكنة من الناحية العملية.
ديناميكا جزيئية
الديناميكات الجزيئية هي طريقة محاكاة حاسوبية لتحليل الحركات الفيزيائية للذرات والجزيئات. يُسمح للذرات والجزيئات بالتفاعل لفترة زمنية محددة، مما يعطي نظرة على «التطور» الديناميكي للنظام. في الإصدار الأكثر شيوعًا، يتم تحديد مسارات الذرات والجزيئات عن طريق الحل العددي لمعادلات نيوتن للحركة لنظام من الجسيمات المتفاعلة، حيث تُحسب القوى بين الجسيمات وطاقاتها الكامنة غالبًا باستخدام الكمون بين الذرات أو مجالات القوة الجزيئية. يتم تطبيق الطريقة في الغالب في الفيزياء الكيميائية وعلوم المواد والفيزياء الحيوية.
نظرًا لأن الأنظمة الجزيئية تتكون عادةً من عدد كبير من الجسيمات، فمن المستحيل تحديد خصائص هذه الأنظمة المعقدة بشكل تحليلي؛ تتغلب محاكاة الديناميكا الجزيئية على هذه المشكلة باستخدام الطرق العددية. ومع ذلك، فإن عمليات محاكاة الديناميكا الجزيئية الطويلة غير مشروطة رياضيًا، مما يؤدي إلى حدوث أخطاء تراكمية في التكامل العددي يمكن تقليلها من خلال الاختيار المناسب للخوارزميات والمعلمات، ولكن لا يتم التخلص منها تمامًا.
ديناميكا جزيئية
بالنسبة للأنظمة التي تتبع فرضية إرغوديك، يمكن استخدام تطور محاكاة ديناميكية جزيئية واحدة لتحديد الخصائص الديناميكية الحرارية العيانية للنظام: المتوسطات الزمنية لنظام ergodic تتوافق مع متوسطات المجموعة الدقيقة. كما أطلق على الديناميكا الجزيئية أيضًا اسم «الميكانيكا الإحصائية بالأرقام» و «رؤية لابلاس للميكانيكا النيوتونية» للتنبؤ بالمستقبل من خلال تحريك قوى الطبيعة  والسماح بإلقاء نظرة ثاقبة على الحركة الجزيئية على نطاق ذري.
ديناميكا جزيئية تاريخ
تم تطوير الديناميكا الجزيئية في الأصل في أوائل الخمسينيات من القرن الماضي، بعد النجاحات السابقة في محاكاة مونت كارلو، والتي يعود تاريخها إلى القرن الثامن عشر، في مشكلة إبرة بوفون على سبيل المثال، ولكن تم نشرها في الميكانيكا الإحصائية في مختبر لوس ألاموس الوطني بواسطة روزنبلوث ومتروبوليس فيما يعرف اليوم بخوارزمية متروبوليس-هاستينغز. يعود الاهتمام بالتطور الزمني لأنظمة الجسم N إلى القرن السابع عشر، بدءًا من نيوتن، واستمر في القرن التالي إلى حد كبير مع التركيز على الميكانيكا السماوية وقضايا مثل استقرار النظام الشمسي. تم تطوير العديد من الأساليب العددية المستخدمة اليوم خلال هذه الفترة الزمنية، والتي سبقت استخدام أجهزة الكمبيوتر؛ على سبيل المثال، خوارزمية التكامل الأكثر شيوعًا المستخدمة اليوم، خوارزمية تكامل فيرليت، تم استخدامها في وقت مبكر من عام 1791 بواسطة جان باتيست جوزيف ديلامبر. يمكن اعتبار الحسابات العددية باستخدام هذه الخوارزميات الديناميكا الجزيئية «يدويًا».
ديناميكا جزيئية تاريخ
في وقت مبكر من عام 1941، تم تنفيذ تكامل معادلات الحركة للعديد من الأجسام مع أجهزة الكمبيوتر التناظرية. قام البعض بعمل كثيف العمالة لنمذجة الحركة الذرية من خلال بناء نماذج فيزيائية، على سبيل المثال، باستخدام المجالات العيانية. كان الهدف هو ترتيبها بطريقة تماثل بنية السائل واستخدامه لفحص سلوكه. برنال قال في عام 1962: «. . . أخذت عددًا من الكرات المطاطية وغرستهم معًا بقضبان بأطوال مختلفة تتراوح من 2.75 إلى 4 بوصات. حاولت القيام بذلك في المقام الأول بشكل عرضي قدر الإمكان، حيث أعمل في مكتبي الخاص، وأتعرض للمقاطعة كل خمس دقائق أو نحو ذلك ولا أتذكر ما فعلته قبل المقاطعة.»
ديناميكا جزيئية تاريخ
بعد اكتشاف الجسيمات المجهرية وتطوير أجهزة الكمبيوتر، توسع الاهتمام إلى ما وراء إثبات أنظمة الجاذبية إلى الخصائص الإحصائية للمادة. في محاولة لفهم أصل اللارجعة، اقترح فيرمي في عام 1953، ونشر في عام 1955،  استخدام مانياك، أيضًا في مختبر لوس ألاموس الوطني، لحل التطور الزمني لمعادلات الحركة للعديد من: يخضع نظام الجسم للعديد من خيارات قوانين القوة؛ اليوم، يُعرف هذا العمل الأساسي بمشكلة فيرمي - باستا - أولام - تسينغو. يظهر التطور الزمني للطاقة من العمل الأصلي في الشكل إلى اليمين.
في عام 1957، استخدم بيرني ألدر ووينرايت  حاسوب آي بي إم 704 لمحاكاة التصادمات المرنة تمامًا بين المجالات الصلبة. في عام 1960، ربما في أول محاكاة واقعية للمادة، جيبسون وآخرون. محاكاة التلف الإشعاعي للنحاس الصلب باستخدام نوع ولد ماير من التفاعل البغيض مع قوة سطحية متماسكة. في عام 1964، نشر عبد الرحمن  محاكاة للأرجون السائل تستخدم كمون لينارد جونز. مقارنة حسابات خصائص النظام، مثل معامل الانتشار الذاتي، بشكل جيد مع البيانات التجريبية.
ديناميكا جزيئية مجالات التطبيق وحدودها
تم استخدام طريقة الديناميكا الجزيئية لأول مرة في الفيزياء النظرية، وقد اكتسبت شعبية في علم المواد بعد ذلك بوقت قصير، ومنذ السبعينيات أصبحت شائعة أيضًا في الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية. يستخدم الديناميكا الجزيئية بشكل متكرر لتحسين الهياكل ثلاثية الأبعاد للبروتينات والجزيئات الكبيرة الأخرى بناءً على القيود التجريبية من علم البلورات بالأشعة السينية أو التحليل الطيفي بالرنين المغناطيسي النووي. في الفيزياء، يتم استخدام الديناميكا الجزيئية لفحص ديناميكيات الظواهر على المستوى الذري التي لا يمكن ملاحظتها مباشرة، مثل نمو الأغشية الرقيقة وزرع الأيونات الفرعية، وكذلك لفحص الخصائص الفيزيائية للأجهزة النانوية التي لم يتم إنشاؤها أو لا يمكن إنشاؤها بعد. في الفيزياء الحيوية والبيولوجيا الهيكلية، يتم تطبيق الطريقة بشكل متكرر لدراسة حركات الجزيئات الكبيرة مثل البروتينات والأحماض النووية، والتي يمكن أن تكون مفيدة لتفسير نتائج بعض التجارب الفيزيائية الحيوية ونمذجة التفاعلات مع الجزيئات الأخرى، كما هو الحال في الإرساء الترابطي. من حيث المبدأ، يمكن استخدام الديناميكا الجزيئية للتنبؤ من البداية بهيكل البروتين عن طريق محاكاة طي سلسلة البولي ببتيد من ملف عشوائي.
ديناميكا جزيئية مجالات التطبيق وحدودها
يمكن اختبار نتائج محاكاة الديناميكا الجزيئية من خلال المقارنة مع التجارب التي تقيس الديناميكيات الجزيئية، والتي تعد طريقة شائعة منها هي التحليل الطيفي بالرنين المغناطيسي النووي. يمكن اختبار تنبؤات الهيكل المشتقة من الديناميكا الجزيئية من خلال تجارب على مستوى المجتمع في التقييم النقدي لتوقع بنية البروتين (CASP)، على الرغم من أن الطريقة قد حققت نجاحًا محدودًا تاريخيًا في هذا المجال. كتب مايكل ليفيت، الذي شارك في جائزة نوبل جزئياً لتطبيق الديناميكا الجزيئية على البروتينات، في عام 1999 أن المشاركين في التقدير التوقعي لهيكل البروتين لم يستخدموا الطريقة عادةً بسبب «... إحراج مركزي للميكانيكا الجزيئية، أي تقليل الطاقة أو الديناميات الجزيئية بشكل عام يؤدي إلى نموذج أقل شبهاً بالهيكل التجريبي.»  أدت التحسينات في الموارد الحسابية التي تسمح بمسارات الديناميكا الجزيئية أكثر وأطول، جنبًا إلى جنب مع التحسينات الحديثة في جودة معلمات مجال القوة، إلى بعض التحسينات في كل من تنبؤ الهيكل وصقل نموذج التماثل، دون الوصول إلى نقطة الفائدة العملية في هذه المجالات؛ يحدد العديد معلمات مجال القوة كمجال رئيسي لمزيد من التطوير.
ديناميكا جزيئية مجالات التطبيق وحدودها
تم الإبلاغ عن الديناميكا الجزيئية محاكاة ل الخاصة الدوائية تطوير وتصميم الأدوية. على سبيل المثال، بينتو وآخرون نفذوا عمليات محاكاة الديناميكا الجزيئية لمجمعات (Bcl-Xl) لحساب متوسط مواضع الأحماض الأمينية الحرجة المشاركة في ربط الترابط. من ناحية أخرى، كارلسون وآخرون. نفذت محاكاة الديناميكيات الجزيئية لتحديد المركبات التي تكمل المستقبل مع التسبب في الحد الأدنى من اضطراب التشكل والمرونة في الموقع النشط. تم تراكب لقطات من البروتين على فترات زمنية ثابتة أثناء المحاكاة لتحديد مناطق الربط المحفوظة (المحفوظة في ثلاثة إطارات على الأقل من أحد عشر إطارًا) لتطوير عالم الأدوية. سبيراكيس وآخرون يعتمد على سير عمل محاكاة الديناميكا الجزيئية، وبصمات الأصابع للروابط والبروتينات (FLAP) وتحليل التمييز الخطي لتحديد أفضل توافق بروتين يجند للعمل كقوالب صيدلانية استنادًا إلى تحليل (ROC) بأثر رجعي لعقاقير الصيدلانية الناتجة. في محاولة لتحسين نمذجة اكتشاف الأدوية القائمة على الهيكل، مقابل الحاجة إلى العديد من المركبات النموذجية، اقترح هاتمال مزيجًا من محاكاة الديناميكا الجزيئية وتحليل الاتصالات بين الجزيئات لمستقبلات ليجيند لتمييز الاتصالات الحرجة بين الجزيئات (تفاعلات الربط) من تلك الزائدة عن الحاجة في مركب واحد بروتين يجند. يمكن بعد ذلك تحويل جهات الاتصال الحرجة إلى نماذج صيدلانية يمكن استخدامها للفحص الافتراضي.
ديناميكا جزيئية مجالات التطبيق وحدودها
ترتبط حدود الطريقة بمجموعات المعلمات المستخدمة، ومجالات قوة الميكانيكا الجزيئية الأساسية. تشغيل واحد لمحاكاة الديناميكا الجزيئية يعمل على تحسين الطاقة الكامنة، بدلاً من الطاقة المجانية للبروتين، مما يعني أن جميع المساهمات الحتمية في الاستقرار الديناميكي الحراري لبنية البروتين مهملة، بما في ذلك الانتروبيا المطابقة لسلسلة البولي ببتيد (العامل الرئيسي الذي يزعزع استقرار بنية البروتين) والتأثيرات الكارهة للماء (القوى الدافعة الرئيسية لطي البروتين). عامل مهم آخر هو روابط الهيدروجين داخل الجزيئية،  والتي لم يتم تضمينها بشكل صريح في مجالات القوة الحديثة، ولكنها توصف بتفاعلات كولوم لشحنات النقطة الذرية. هذا تقدير تقريبي لأن الروابط الهيدروجينية لها طبيعة ميكانيكية وكيميائية جزئية. علاوة على ذلك، تُحسب التفاعلات الكهروستاتيكية عادةً باستخدام ثابت العزل الكهربائي للفراغ، على الرغم من أن المحلول المائي المحيط به ثابت عازل أعلى بكثير. باستخدام العيانية ثابت العزل الكهربائي على مسافات قصيرة بين الذرات غير مشكوك فيه. أخيرًا، عادةً ما يتم وصف تفاعلات قوى فان دير فالس في الديناميكا الجزيئية بواسطة إمكانات جهد لينارد-جونز استنادًا إلى نظرية فريتز لندن التي لا تنطبق إلا في الفراغ. ومع ذلك، فإن جميع أنواع قوى فان دير فال هي في نهاية المطاف من أصل إلكتروستاتيكي وبالتالي تعتمد على الخصائص العازلة للبيئة. يوضح القياس المباشر لقوى الجذب بين المواد المختلفة (مثل ثابت هامكر) أن «التفاعل بين الهيدروكربونات عبر الماء يبلغ حوالي 10٪ من ذلك عبر الفراغ». تم إهمال الاعتماد على البيئة لقوى فان دير فال في عمليات المحاكاة القياسية، ولكن يمكن تضمينها من خلال تطوير مجالات قوة قابلة للاستقطاب.
ديناميكا جزيئية قيود التصميم
يجب أن يأخذ تصميم محاكاة الديناميكيات الجزيئية في الاعتبار القوة الحسابية المتاحة. يجب تحديد حجم المحاكاة (n = عدد الجسيمات)، والوقت، والمدة الزمنية الإجمالية بحيث يمكن إنهاء الحساب في غضون فترة زمنية معقولة. ومع ذلك، يجب أن تكون عمليات المحاكاة طويلة بما يكفي لتكون ذات صلة بالمقاييس الزمنية للعمليات الطبيعية قيد الدراسة. للحصول على استنتاجات صحيحة إحصائيًا من عمليات المحاكاة، يجب أن يتطابق المدى الزمني الذي تمت محاكاته مع حركية العملية الطبيعية. خلافًا لذلك، يكون الأمر مشابهًا للتوصل إلى استنتاجات حول كيفية سير الإنسان عندما ينظر فقط إلى أقل من خطوة واحدة. تستخدم معظم المنشورات العلمية حول ديناميكيات البروتينات والحمض النووي  بيانات من عمليات المحاكاة التي تمتد نانوثانية (10 −9 ثوانٍ) إلى ميكروثانية (10 6 ثوانٍ). للحصول على هذه المحاكاة، هناك حاجة إلى عدة أيام من وحدة المعالجة المركزية إلى سنوات وحدة المعالجة المركزية. تسمح الخوارزميات المتوازية بتوزيع الحمل بين وحدات المعالجة المركزية؛ مثال على ذلك هو خوارزمية التحلل المكاني أو القوة.
ديناميكا جزيئية قيود التصميم
أثناء محاكاة الديناميكا الجزيئية الكلاسيكية، فإن المهمة الأكثر كثافة لوحدة المعالجة المركزية هي تقييم الإمكانات كدالة للإحداثيات الداخلية للجسيمات. ضمن تقييم الطاقة هذا، يكون الجزء الأغلى هو الجزء غير المترابط أو غير التساهمي. في الكبير O التدوين، وديناميات الجزيئية المشتركة المحاكاة على نطاق و من قبل  إذا كان كل الزوج الحكيم كهرباء وفان دير فال التفاعلات يجب أن تمثل بشكل واضح. يمكن تقليل هذه التكلفة الحسابية عن طريق استخدام طرق الكهرباء الساكنة مثل شبكة الجسيمات بتلخيص ايوالد () أو الجسيمات - الجسيمات - الجسيمات - الشبكة (P3M)، أو طرق القطع الكروية الجيدة ().[بحاجة لمصدر]
ديناميكا جزيئية قيود التصميم
هناك عامل آخر يؤثر على إجمالي وقت وحدة المعالجة المركزية الذي تحتاجه المحاكاة وهو حجم الخطوة الزمنية للتكامل. هذه هي المدة الزمنية بين تقييمات الإمكانات. يجب اختيار الخطوة الزمنية صغيرة بما يكفي لتجنب أخطاء التقدير (أي أصغر من الفترة المتعلقة بأسرع تردد اهتزازي في النظام). الخطوات الزمنية النموذجية لـ الديناميكا الجزيئية الكلاسيكي بترتيب 1 فيمتوثانية (10 - 15 ثانية). يمكن توسيع هذه القيمة باستخدام الخوارزميات مثل خوارزمية قيود شيك، والتي تثبت اهتزازات الذرات الأسرع (على سبيل المثال، الهيدروجين) في مكانها. تم أيضًا تطوير طرق متعددة للمقياس الزمني، والتي تتيح فترات ممتدة بين تحديثات القوى البعيدة المدى الأبطأ.
ديناميكا جزيئية قيود التصميم
لمحاكاة الجزيئات في مذيب، يجب الاختيار بين المذيب الصريح والضمني. يجب حساب جسيمات المذيبات الصريحة (مثل نماذج المياه TIP3P ‏ و SPC / E وSPC-f) بشكل مكلف عن طريق مجال القوة، بينما تستخدم المذيبات الضمنية نهج المجال المتوسط. يعد استخدام مذيب صريح مكلفًا من الناحية الحسابية، ويتطلب تضمين ما يقرب من عشرة أضعاف الجسيمات في المحاكاة. لكن حبيبات ولزوجة المذيب الصريح ضروريان لإعادة إنتاج خصائص معينة للجزيئات الذائبة. هذا مهم بشكل خاص لإعادة إنتاج الخواص الحركية الكيميائية.
في جميع أنواع محاكاة الديناميكيات الجزيئية، يجب أن يكون حجم صندوق المحاكاة كبيرًا بما يكفي لتجنب آثار حالة الحدود. غالبًا ما يتم التعامل مع شروط الحدود عن طريق اختيار القيم الثابتة عند الحواف (والتي قد تسبب تشوهات)، أو عن طريق استخدام شروط الحدود الدورية حيث يعود جانب واحد من حلقات المحاكاة إلى الجانب الآخر، ومحاكاة مرحلة مجمعة (والتي قد تسبب آثارًا أيضًا).
ديناميكا جزيئية قيود التصميم
في المجموعة المتناهية الصغر، يتم عزل النظام عن التغيرات في الشامات (N) والحجم (V) والطاقة (E). يتوافق مع عملية ثابتة الحرارة بدون تبادل حراري. يمكن النظر إلى مسار الديناميات الجزيئية المتناهية الصغر على أنه تبادل للطاقة الكامنة والحركية، مع الحفاظ على إجمالي الطاقة. لنظام من الجسيمات N مع الإحداثيات  والسرعات ، يمكن كتابة الزوج التالي من المعادلات التفاضلية من الدرجة الأولى في تدوين نيوتن كـ
وظيفة الطاقة الكامنة  النظام هو دالة إحداثيات الجسيمات  . يشار إليه ببساطة على أنه الإمكانات في الفيزياء، أو مجال القوة في الكيمياء. تأتي المعادلة الأولى من قوانين نيوتن للحركة. القوة  يمكن حساب التأثير على كل جسيم في النظام على أنه التدرج السالب لـ  .
لكل خطوة زمنية، موضع كل جسيم  والسرعة  قد تتكامل مع طريقة تكامل سيمبلكتيك مثل تكامل فيرلت. التطور الزمني ل  و  يسمى المسار. بالنظر إلى المواقف الأولية (على سبيل المثال، من المعرفة النظرية) والسرعات (على سبيل المثال، غاوسي العشوائي)، يمكننا حساب جميع المواقف والسرعات المستقبلية (أو السابقة).
ديناميكا جزيئية قيود التصميم
أحد مصادر الالتباس المتكررة هو معنى درجة الحرارة في الديناميكا الجزيئية. عادة لدينا خبرة في درجات الحرارة العيانية، والتي تنطوي على عدد كبير من الجسيمات. لكن درجة الحرارة هي كمية إحصائية. إذا كان هناك عدد كبير بما يكفي من الذرات، فيمكن تقدير درجة الحرارة الإحصائية من درجة الحرارة اللحظية، والتي يتم العثور عليها من خلال مساواة الطاقة الحركية للنظام بـ nk B T / 2 حيث n هو عدد درجات الحرية للنظام.
تنشأ ظاهرة مرتبطة بدرجة الحرارة بسبب قلة عدد الذرات المستخدمة في محاكاة الديناميكا الجزيئية. على سبيل المثال، ضع في اعتبارك محاكاة نمو فيلم نحاسي بدءًا من ركيزة تحتوي على 500 ذرة وطاقة ترسيب تبلغ 100 فولت. في العالم الحقيقي، سيتم نقل 100 فولت من الذرة المودعة بسرعة ومشاركتها بين عدد كبير من الذرات ( أو أكثر) دون تغيير كبير في درجة الحرارة. عندما يكون هناك 500 ذرة فقط، فإن الركيزة تتبخر على الفور تقريبًا بواسطة الترسب. يحدث شيء مشابه في عمليات المحاكاة الفيزيائية الحيوية. يتم رفع درجة حرارة النظام في (NVE) بشكل طبيعي عندما تخضع الجزيئات الكبيرة مثل البروتينات لتغيرات وترابط طارد للحرارة.