الحرب الأهلية الأفغانية (1996–2001) الخلفية والتاريخ
في هذه المرحلة غير عبد الملك ولائه بتحالف قواته مع حزب وحدت، فاندلع في 30 مايو قتال عنيف حول سيد أباد. حيث نصب كمين لمقاتلي طالبان، وأخذ الآلاف منهم سجناء في میمنه وشبرغان ومزار شريف، وأعدمهم بمحاكمات سريعة. وبحسب ما ورد تحت إشراف شقيق عبد الملك الجنرال جول محمد بهلوان. يقدر العدد الإجمالي للقتلى بـ 3000. علاوة على ذلك تم القبض على قادة جنبيش مثل غلام حيدر الجوزاني وقتلهم، إلى جانب سلام بهلوان وريس عمر بك. في الأشهر التي أعقبت هزيمة طالبان في مزار شريف، شرع عبد الملك في إعادة دمج القوات الموالية لإسماعيل خان في إدارة المدينة.
بحلول يوليو 1998 سيطرت طالبان على جزء كبير من المنطقة شمال هرات، ومنها الطريق المرتبط بمیمنه. وفي 8 أغسطس 1998 دخلت طالبان مرة أخرى مزار شريف.
انضمت بعض قوات الحزب الإسلامي لحكمتيار إلى طالبان في ذلك الوقت لمحاصرة الخطوط الأمامية لحزب الوحدت في قلعة زيني وتختا بول. حوالي 1500 - 3000 مقاتل من الوحدات حوصروا وقتلوا على يد طالبان والحزب الإسلامي لحكمتيار. فر كبار قادة الوحدت مثل محمد محقق بواسطة مروحية.
علاوة على ذلك خلق الاقتتال الداخلي بين قوات دوستم وقوات عبد الملك فرصة لطالبان. تمكنت طالبان من محاصرة مزار الشريف من الخلف، واستولت على حيراتان مباشرة من ترمذ في 20 سبتمبر. ثم شرعت طالبان في دخول المدينة حيث أعدمت ما يقرب من 4000 مدني معظمهم من عرقية الهزارة أو خلفية دينية شيعية. استولت فرقة الاغتيالات التابعة لطالبان «سيباهي صحابه» على القنصلية الإيرانية حيث قتلوا بالرصاص صحفيًا و 8 ضباط استخبارات ودبلوماسيين إيرانيين.
في مارس 1997 عاد إسماعيل خان (الجبهة المتحدة) من إيران. وقاد ما يقرب من 2000 مقاتل لقتال طالبان في بادغيس ودفعهم إلى ما يقرب من 20 كيلومتر (12 ميل) شمال نهر المرغاب المؤدي إلى قلعة ناو. توقف تقدم طالبان ولكن لم يتمكن أي من الجانبين من تحقيق مكاسب كبيرة.
وكان من بين القتلى في مزار شريف عدة دبلوماسيين إيرانيين. واختطفت طالبان آخرين، مما أدى إلى اندلاع أزمة رهائن كادت تتصاعد إلى حرب واسعة النطاق، حيث حشدت إيران 70 ألف جندي إيراني على الحدود الأفغانية. واعترف لاحقًا بأن الدبلوماسيين قتلوا على يد طالبان، وأعيدت جثثهم إلى إيران. وفي سبتمبر زعمت حركة طالبان أن إيران انتهكت مجالها الجوي. ثم زعمت إيران لاحقا وقوع اشتباكات طفيفة بين طالبان وإيران، بعد أن قادت حركة طالبان هجومًا على شرق إيران، رغم نفي طالبان لتلك الغارة. ولكن بالنهاية هدأت التوترات بعد وساطة الأمم المتحدة.
وفي بداية 2001 ألقى أحمد شاه مسعود ومعه زعماء من جميع أنحاء أفغانستان خطابًا أمام البرلمان الأوروبي في بروكسل مطالبين المجتمع الدولي بتقديم المساعدة الإنسانية لشعب أفغانستان. وذكر أن طالبان والقاعدة أدخلوا تصورًا خاطئًا جدًا للإسلام، وأنه بدون دعم باكستان وبن لادن لن تتمكن طالبان من الاستمرار في حملتها العسكرية لمدة تصل إلى عام. في هذه الزيارة إلى أوروبا حذر أيضًا من أن معلوماته الاستخباراتية قد جمعت معلومات حول هجوم وشيك على الأراضي الأمريكية.
اغتيل أحمد شاه مسعود في 9 سبتمبر 2001 في عملية انتحارية، وكان ذلك قبل يومين فقط من أحداث 11 سبتمبر. ويعتقد أن أسامة بن لادن زعيم تنظيم القاعدة المتحالف مع طالبان أرسل عنصرين من التنظيم نجحا في اغتياله في بلدة «خواجة بهاء الدين» بولاية تخار الشمالية قرب طاجيكستان حين تظاهرا بأنهما صحفيان وحملا معهما كاميرا ملغومة.
بعد هجمات 11 سبتمبر 2001 على الأراضي الأمريكية، والتي أسفرت عن مقتل ما يقرب من 3000 شخص، شنت الولايات المتحدة وبريطانيا هجومًا جويًا على أفغانستان في 7 أكتوبر 2001، والذي أشارت إليه حركة طالبان على أنه «هجوم على الإسلام». أطاحت القوات البرية التابعة للجبهة المتحدة (التحالف الشمالي)، بدعم من إيران والهند وطاجيكستان وروسيا وأوزبكستان وتركيا وقصف الولايات المتحدة المكثف بقوات طالبان وبنيتها العسكرية التحتية في نوفمبر وديسمبر 2001، فأزاحت طالبان من السلطة في كابل. وسيطرت على أجزاء كبيرة من أفغانستان.