حرب التحالف الثاني الحرب
استمرت أعمال القتال في أبريل 1800، إذ سعى النمساويون إلى طرد الفرنسيين من باقي إيطاليا، فصدر الأمر إلى اللواء بال كراي فون كارايوفا بالدفاع عن ألمانيا بجيش بلغ 120000 رجل، لتوقع النمساويين هجومًا فرنسيًا هناك بقيادة اللواء جان فكتور مورو بجيشه الذي بلغ نحو 100000 قرب نهر الراين في سويسرا وفي ألزاس. تقدم جيش نمساوي آخر قوامه نحو 100000 بقيادة اللواء ميكائيل فون ميلاس بمهمة هزيمة 40000 رجل بقيادة ماسينا عند ساحل ريفيرا في إيطاليا. فكر نابليون في حلين لهذا المأزق: الأول أن يضم قوات الاحتياط مع قوات مورو ويهاجم ألمانيا عبر سويسرا بغية قطع خطوط اتصال كراي مع فيينا، أو الثاني بأن يغزو إيطاليامن سويسرا ليهزم جيش ميلاس الذي سيصبح محاطًا بجيش نابليون من جهة وجيش ماسينا من جهة أخرى. وقع اختيار نابليون على الخيار الثاني.
وقع النصف الثاني من الحرب إذن على جبهتين: ألمانيا وإيطاليا. كان نابليون الشخصية الأبرز في إيطاليا بحملته الثانية على إيطاليا. في نهاية النصف الثاني من الحرب أيضًا وقع غزو البرتغال الذي عُرف باسم حرب البرتقال.
تلقى الفرنسيون في إيطاليا عدة هزائم متتالية على أيدي النمساويين منذ السادس من أبريل 1800 الذين أطلقوا هجومًا بهدف استرداد ريفيرا الإيطالية. أجبر ماسينا على الانسحاب إلى مربع جنوة بنحو 12000 رجل حيث أحاطت به قوات اللواء النمساوي كارل أوت، بينما انطلق اللواء ميلاس خلف القوات الفرنسية المتبقية بقيادة اللواء لوي غابريل سوشيه حتى نيس ووادي نهر فار. وجه نابليون مورو بإرسال جزء من قواته إلى مسرح العمليات الإيطالي.
تقدم نابليون بجيش الاحتياط بين 14 و24 مايو ليعبر ممر سانت برنارد إلى سهل لومبارديا ويستولي على ميلانو. غادر ميلاس نيس واتجه شمالا بمجرد معرفته استيلاء نابليون على ميلانو. استسلمت الحامية الفرنسية في جنوة في الرابع من يونيو، واتجه المتبقون (نحو 7000 رجل) مع ماسينا إلى فرنسا. وصل ميلاس إلى تورينو ليعلم بقطع نابليون خطوط اتصاله مع فيينا وأنه متجه نحوه، فركز قواته في ألساندريا وخطط لمهاجمة الجيش الفرنسي واسترداد خطوط الاتصال مع النمسا.
وقعت معارك متفرقة بين القوات الفرنسية والنمساوية، انتهى أغلبها بغلبة الفرنسيين، وانسحب النمساويون نحو ألساندريا. ظن نابليون أن ميلاس لا يزال في تورينو ليتجنب ملاقاة الجيش الفرنسي، فتقدم نابليون بجيشه عبر نهر بو نحو ألساندريا. وجد نابليون نفسه في الرابع عشر من يونيو في مواجهة قوات كبيرة تفوق قواته في مارنجو 4 كم شرق ألساندريا. كانت معركة مارنجو أكثر معارك الحرب دموية. بدأت المعركة بغلبة نمساوية، لكن الفرنسيين تمكنوا من تجميع قواتهم وتحويل الهزيمة إلى نصر. لم يمثل النمساويون بعد مارنجو أي مقاومة للتقدم الفرنسي، وسعى ميلاس للاستسلام. دمر النصر لفرنسي رغبة النمساويين في استكمال الحرب ومنح نابليون الثقل السياسي الذي احتاجه عند عودته إلى باريس ليؤكد جدارته بأن يكون قائد الأمة الفرنسية.
تقدم جيش الراين بقيادة اللواء مورو في مايو 1800 إلى داخل ألمانيا وهزم النمساويين في بوسينغن وهوهنتفيل (1 مايو)، وإنغن وستوكاش (3 مايو)، وموسكيرش (5 مايو)، وبيبيراش (9 مايو)، وأولم (16 مايو)، وقرب نهر إلر (5 يونيو)، وهوخستشتات (19 يونيو)، ونويبيرغ (27 يونيو). كانت ميونخ هدف مورو عندما بلغه نبأ النصر الفرنسي في مارينغو. ظلت الأمور هادئة دون قتال حتى نوفمبر وحل الأرشيدوق يوحنا محل اللواء كراي. استمر القتال في ديسمبر بنصر نمساوي في أمفنغ (1 ديسمبر) تبعه نصر فرنسي مهم بعد يومين في معركة هوهينلندن. غزا جيش فرنسي تيرول في هذه الأثناء من سويسرا وتقدم جيش الاحتياط الفرنسي من إيطاليا بقيادة اللواء غويلوم برون إلى جبال الألب الجوليانية.
استمر القتال بعد معركة هوهينلندن في روزنهايم (9 ديسمبر)، وزالسبورغ (14 ديسمبر)، ونويماركت (16 ديسمبر)، وفرانكنماركت (17 ديسمبر)، وشفاننشتات وفوكلابروك (18 ديسمبر)، ولامباخ (19 ديسمبر)، وكريمسمونستر (20 ديسمبر). انتصر الفرنسيون في كل المعارك ما عدا زالسبورغ. وافق النمساويون على بنود السلام في 25 ديسمبر، ووُقعت معاهدة لونيفيل في التاسع من فبراير 1801، والتي أكدت بنود معاهدة كامبو فورميو. انسحبت النمسا إذن من التحالف لتبقى بريطانيا العظمى القوة الكبرى الوحيدة في وجه فرنسا.
غزت القوات الإسبانية البرتغال في 20 مايو 1801. كانت فرنسا قد وقعت معاهدة سلام مع النمسا ولكن بقيت بريطانيا العظمى. وقعت أحداث حرب البرتقال في هذه الأثناء. أرسلت فرنسا قوات لمساعدة إسبانيا في غزوها، ولم تطل الحرب إذ لم يكن البرتغاليون في موقف يسمح لهم بالدفاع عن أنفسهم إن لم ترسل بريطانيا قواتها. احتلت القوات الإسبانية الحصون البرتغالية واحدًا تلو الآخر دون مقاومة تذكر. وقعت البرتغال معاهدة بطليوس مع فرنسا وإسبانيا تجنبًا لإطالة أمد الحرب لتخسر ضمن بنودها أولايفينزا. رفض نابليون بنود المعاهدة ولم يتحقق السلام حتى توقيع معاهدة مدريد.