الحرب الأهلية الأفغانية (1996–2001) المشاركون الرئيسيون
أرسل أحمد شاه مسعود سراً رسالة بريدية وصلت إلى نواز شريف رئيس الوزراء في ذلك الوقت. ذكر فيها تفاصيل مشاركة الجيش الباكستاني ووكالة الاستخبارات الباكستانية. عندما حاول شريف التدخل، منعه الجنرال مشرف، ووصف طالبان بأنها «أصول ثمينة» و «المدافعون عن باكستان في خط المواجهة»، ورفض أي أوامر من شريف بوقف دعم باكستان لطالبان. ومع ذلك ففي سنة 2008 دافع نائب وزير الخارجية الأمريكي السابق جون نيغروبونتي عن الجنرال مشرف، وهو الذي يعرف التاريخ الكامل لوكالة الاستخبارات الباكستانية. أوضح نيغروبونتي أن الوقت قد تغير وأن وكالة الاستخبارات الباكستانية تبذل جهدًا لمحاربة الإرهاب.
أفاد المراقبون الذين قابلتهم هيومن رايتس ووتش في أفغانستان وباكستان أن طائرات الاستطلاع التابعة لسرب الرابع الهجومي بسلاح الطيران بالجيش الباكستاني، ساعدت قوات طالبان أثناء العمليات القتالية في أواخر 2000، وأن أعضاء بارزين في وكالة المخابرات الباكستانية والجيش شاركوا في التخطيط لعمليات عسكرية كبيرة لطالبان. ومع تقدم الحرب نشر الجيش الباكستاني الفرقة 50 المحمولة جواً وفيلق الحدود لتقديم الدعم اللوجستي لحملات طالبان ضد قوات مسعود.
أقامت باكستان والمملكة العربية السعودية شراكة إستراتيجية عميقة حول مجموعة متنوعة من القضايا، أهمها أفغانستان. فبعد انقلاب مشرف في أكتوبر 1999 كانت العاصمة السعودية الرياض أول عاصمة أجنبية يزورها برويز مشرف، للدلالة على الأهمية التي توليها العلاقات الباكستانية السعودية. وكرم الرئيس مشرف الملك عبد الله بمنحه أعلى جائزة مدنية باكستانية، وهي جائزة نيشان الباكستانية، في حفل تنصيب ملون في القصر الرئاسي. وفي 21 يناير 2007 منح خادم الحرمين الشريفين الملك عبد الله وسام الملك عبد العزيز أعلى وسام في المملكة للرئيس الباكستاني الجنرال برويز مشرف خلال حفل أقيم في قصره بالرياض. وهو أول زعيم باكستاني ينال أعلى وسام سعودي على الإطلاق.
بعد وصول أسامة بن لادن إلى أفغانستان أرسل رسالة إلى الفصائل الأفغانية يخبرهم أنه لا يزال على التزامه بعدم الدخول في خلافاتهم وصراعاتهم كان ذلك قبل أن تستولي طالبان على جلال آباد ومن ثم على كابل. وبعد سيطرة حركة طالبان على أفغانستان بعث الملا محمد عمر قائد طالبان رسالة إلى بن لادن يخبره فيها أنه مرحب به في أفغانستان وأنه تحت حمايتهم لكنه طلب منه التوقف عن أي نشاط إعلامي. خلال تلك الفترة سعت السعودية لدى حركة طالبان لتسليمها بن لادن إلا أن الحركة رفضت ذلك الطلب واستمرت في استضافة بن لادن وتوفيرها الحماية له. شارك بن لادن حركة طالبان في قتالها ضد عبد الرشيد دوستم وأحمد شاه مسعود كما فرغ عدداً من أتباعه لمساعدة الطالبان في قضايا التخطيط والإدارة والتنمية للدولة الجديدة. وفي أواخر 1997 قرر أسامة أن يستعيد نشاطه فبدأ أولاً مع علماء طالبان وباكستان فاستصدر منهم فتوى تؤيد بيانه لإخراج القوات الأميركية من جزيرة العرب. تزامنت هذه الفتوى مع وجود عدد من قيادات الجماعات الإسلامية وخاصة جماعة الجهاد المصرية في أفغانستان وتقاطر عدد كبير من الوفود من باكستان وكشمير على أسامة. وخلال سنوات 1996 إلى 2001 أصبح بن لادن وأيمن الظواهري دولة افتراضية داخل دولة طالبان. فأرسل بن لادن مقاتلين عرب للانضمام إلى القتال ضد الجبهة المتحدة وخاصة ما يسمى باللواء 055.
حركة أوزبكستان الإسلامية هي جماعة مسلحة شكلت سنة 1991 ولها علاقات قوية مع القاعدة. تشير التقديرات إلى أن عدد منتسبي الحركة في أواخر التسعينيات كان قرابة 2000 رجل، وأنهم ساهموا بحوالي 600 مقاتل في هجوم طالبان على مسعود، وشاركوا في حصار تالقان، حيث قاتلوا إلى جانب اللواء 055 لإبن لادن. ولكن من غير المعروف ما إذا كانت تلك الحركة قد عملت بشكل مباشر مع طالبان أو كانت لها علاقات معهم، بالنظر إلى أن طالبان كانوا من البشتون العرقيين الذين تم تحريضهم ضد الأعراق غير البشتونية في أفغانستان. وفي سنة 2001 تم تدمير حركة أوزبكستان الإسلامية تدميرًا شبه كامل أثناء القتال إلى جانب طالبان ضد قوات التحالف بقيادة الولايات المتحدة في أفغانستان. وفر عدد غير معروف من مقاتليهم مع فلول طالبان إلى وزيرستان في باكستان حيث أنشأوا منظمة متابعة. وقُتل زعيم الحركة طاهر يولداشيف بغارة جوية أمريكية عنيفة في 27 أغسطس 2009 في جنوب وزيرستان. وخلفه أبو عثمان في زعامة الحركة. ويوجد اليوم ما يقدر بنحو 2500 إلى 4000 مقاتل من تلك الحركة متمركزين في المناطق القبلية الباكستانية وفي أفغانستان.