نقد التطور الحفريات
زعم داروين أن حفريات سالفة ربما وُجِدت، لكنها تآكلت في ما بعد، صحيح أنه لا توجد طبقات صخرية بين الكمبري وطبقات عصر ما قبل الكمبري في معظم الصخور، لذا فقد بدت فرضية داروين ذات مصداقية، مع ذلك فإن الاختبار الحقيقي لصدقية الفرضية هو التساؤل فيما إذا ما زالت توجد هذه الطبقات الصخرية الحاسمة في أماكن من العالم بما تحمله من أحافير فقد تفاقمت المشكلة عندما تم العثور على صخور أخرى تعود إلى ما قبل الكمبري، مع القليل من الحفريات فيها، ولم تأتي تلك الحفريات الغريبة بأي علاقة تربطها مع حفريات العصر الكمبري لذا فهي لا يمكن أن تكون أسلافا لها. فعلماء الحفريات وجدوا أحافير لكائنات صغيرة جدا كتلك البكتيريا والكائنات المجهرية التي عثر عليها في طبقات ما قبل العصر الكمبري وهذا يوحي بأن الظروف المثالية للتحجر كانت متوفرة في ما قبل الكمبري، لذلك فإن أي حيوان وُجد في ذلك الوقت كان يمكن أو يجب أن يوجد متحجرا، أكثر الحفريات التي تم اكتشافها في فترة الانفجار الكمبري وجد الباحثون أنها متحجرات أحافير لشوكيات الجلد وبعض الفقريات إلى جانب ثلاثية الفصوص وذوات القوائم الذراعية الشهيرة، لقد عثروا على حفريات من كل أنواع المجموعات الحيوانية الرئيسية التي تعيش إلى يومنا هذا، ومع افتراض نشوء جميع الفروع الرئيسية للشجرة التطورية الحيوانية بأكملها قبل العصر الكمبري، فإنها مفقودة في سجل الحفريات. وقد ظهر أن حفريات ما فوق الكمبري تختلف عن مخلوقات العصر الكمبري ذاته الذي تختلف كائناته بدورها عن بعضها البعض، مع عدم تواجد أي دليل على حدوث تغيرات بين ذلك. إن الطبقات الكمبرية تبين أن معظم الكائنات الحية من الحيونات الرئيسية التي نعرفها اليوم ظهرت في تلك الفترة وتشكلت بالكامل، فعلى الرغم من وجود سجل حفري جيد لحيونات من ذوات الهياكل العظمية، إلا أنها ليست أحافير قابلة للإحالة بشكل لا بأس فيه إلى مجموعة الحيونات ثنائية الجانب آخر سلف مشترك مما يمثل الكائنات الحية اليوم، فمن اللافت غيابها والتساؤل يدور عن مكان تواجدها. قُدمت فكرة وحيدة لشرح كيفية تطور هيكل جسمي جديد في قفزات مفاجئة وهي أن الجينات هي المتحكمة في التطور، وبالأخص جينات هوكس، وهذا إذا كان التغيير يحدث في مرحلة أساسية من مسار التطور فيمكن أن يظهر مخطط هيكلي جديد أو هكذا تذهب النظرية، مع أن تغير المخطط الهيكلي هو أمر غير عادي، فالتساؤل يدور حول كيفية إمكان بناء نصف المرحلة، لجسم وسطي أن يبقى على قيد الحياة حتى يمرر مثل تلك التحولات، فالاختلاف الواقع بين الغلاف الجسمي والهيكل الداخلي الحبلي يجعل من الصعب أن نتصور كائنا حيا بهيكل نصفه داخلي ونصفه خارجي، بل إنه من المرجح كثيرا أن يتم استئصاله عن طريق الانتقاء الطبيعي بدل الحفاظ عليه، وليس هذا فحسب بل إن مخططا جسميا جديدا يتطلب كميات ضخمة من المعلومات المعقدة والدقيقة للغاية مشفرة في الحمض النووي غير البروتيني، وهذه المعلومات الوراثية هي مؤشر على التصميم وليس على التغير العشوائي. فجميع البحوث حتى الآن تشير إلى أن جينات هوكس وحدها لا تكفي لإنشاء هيكل جسمي جديد، وحتى لو أمكنها أن تنتج مثل هذه التغيرات الجذرية، فلا تزال هناك مشكلة، مثل هذه التحولات الهيكلية في مخطط جسمي هي غير ممكنة في نمو الحيونات وتعرف هذه التحولات الهيكلية باسم الجينات المميتة بسبب أنها تموت في العادة قبل ولادتها. حتى لو ولد كائن حي مع بعض من التغيرات الوسطية في الهيكل الجسمي، فإن فرصة البقاء على قيد الحياة ستكون محدودة للغاية، جسم نصف متطور من شبه المؤكد أنه سيكون عائقا بدل كونه ميزة في الطبيعة، وحدها التغيرات الواسعة النطاق، والتي تقع في نصف المرحلة من التغير إلى كائن آخر، هي التي من المحتمل أن تكون مؤثرة، وحتى لو ظل هذا الكائن على قيد الحياة مدة تكفي للوصول إلى مرحلة البلوغ فإنه قد يكون غير قادر على التناسل واجتذاب الزوج لنشر مثل هذه التغيرات، فهذه التغيرات يجب أن تكون متحققة منذ البداية لكي تؤدي عملها، فعلى سبيل المثال أنتجت تجارب طويلة المدى مسخا لذبابة الفاكهة معروفة بen:Antennapedia ، وكان لها ساقان حيث يجب أن تكون لها قرون استشعارية غير أنه في البرية سيقضي الانتقاء الطبيعي على مثل هذه المسوخ في أسرع وقت. فعندما صحا الجو للمرة الأولى وأرسلت الشمس أشعتها على المحيطات فجأة تميزت تلك المخلوقات التي طورت أنظمة بصرية بخاصية استثنائية، ثم انتشرت العيون في الأرجاء، وهذا ما أدى إلى تنامي ظاهرة الافتراس بين الحيونات، وهو بالتالي ما أشعل فتيلة الانفجار الكمبري، وكانت التغيرات أعطت دفعا إضافيا من أفضل مهارات الهجوم والدفاع، ثم أجبر التطور على مضاعفة سرعته، تدعى هذه النظرية التي طرحها البروفيسور الأمريكي أندرو باركر نظرية مفتاح الضوء. كان توقع مؤيدوا نظرية التطور أن أول عيون ظهرت كانت بدائية جدا ثم تطورت في وقت لاحق إلى عيون أكثر تعقيدا ولكن لم يكن ذلك صحيحا فقد كانت أول العيون التي تظهر في طبقات الكمبري متطورة جدا، وهي تنتمي إلى ثلاثية الفصوص، وثلاثية الفصوص ظهرت للمرة الأولى في صخور الكمبري الأولية وليس في آخرها، وعيون ثلاثية الفصوص هذه معقدة بشكل لا يصدق، بل وأكثر تعقيدا من بعض ما نجده في الوقت الحاضر، وكان تميزها بتلك الأعين المركبة هو ما يفسر بقاء ثلاثية الفصوص وانتشارها غير أن عيونها تلك لا تتناسب مع الانتقاء الطبيعي والتطور من البسيط إلى المعقد تسلسلا، وحتى عند افتراض أنه كانت هناك زيادة كبيرة في النشاط التطوري إبان العصر الكمبري لكانت الصخور الكمبرية محملة بأحافير انتقالية، لكن بدلا من ذلك فقد وُجد عدد قليل من المتحجرات التي قد ينظر إليها على أنها تظهر تغييرات من مخلوق إلى آخر، سيعود أنصار التطور إلى مقولة داروين أن الحلقات المفقودة هي ببساطة مفقودة كما هي بالنسبة للغالبية العظمى للسجل الاحفوري لأنهم يرفضون مجرد التفكير في أن هذه الوسائط قد لا تكون موجودة أصلا وهناك من قال منهم «أن العديد من الأقسام الكبيرة وكذلك الصغيرة، مجهولة الأصل لا أسلاف لها، وإن مثل هذه الثغرات هي دون شك تعود إلى عدم اكتمال السجل الأحفوري».