ميكروبيوم الإنسان المناطق التشريحية
البكتيريا المهبلية الطبيعية تشير إلى تلك الانواع والأصناف التي تعيش في الجزء السفلي من الجهاز التناسلي الأنثوي . تلعب هذه الكائنات الحية الدقيقة دوراً أساسياً في الحماية من عدوى الأمراض والحفاظ على صحة على صحة المهبل . اما أكثر أنواع البكتيريا الطبيعية انتشاراً والتي توجد قبل فترة انقطاع الطمث عن النساء هو الصنف Lactobacillus والذي يقوم بالحماية من العديد من مسببات الأمراض بسبب إفراز حمض اللبنيك . ومن المهم معرفة أن نسبة أنواع البكتيريا الموجودة في المهبل يختلف باختلاف مرحلة الطمث والعرق أيضاُ يؤثر على تلك البكتيريا . ومن الأمثلة على ذلك، النساء الأمريكيات من الأصل الإفريقي واللواتي يحتوي المهبل الخاص بهم على نسبة أقل من بيروكسيدات الهيدروجين hydrogen peroxide بالمقارنة مع النساء الأخريات والذي يتم إفرازه من البكتيريا العصوية المنتجة لحمض اللبنيك مما يؤدي إلى رفع نسبة درجة الحموضة لديهن . أما العوامل الأخرى والتي تؤدي إلى قتل البكتيريا العصوية المنتجة لحمض اللبنيك فهي الجماع والمضادات الحيوية . إضافة إلى ذلك، فقد وجدت الدراسات أن ممارسة الجنس باستخدام الواقي المطاطي يؤدي إلى تغير نسبة البكتيريا المنتجة لحمض اللبنيك في المهبل، كما ويؤدي إلى زيادة نسبة البكتيريا القلوية Escherichia coli . أما التغيرات التي تحدث على البكتيريا الطبيعية في المهبل فهي دليل على الإصابة بعدوى مثل المبيضات أو التهاب المهبل الجرثومي .
يتخلص جسم الإنسان من الكائنات الحية في الجو، مما يشكل سحابة من المايكروبات حول الجسم والتي من الممكن أن تستخدمفي التعريف بذلك الشخص.
كما في تجويف الفم، الجهازان التنفسيان العلوي والسفلي يقومان بوظائف ميكانيكية من أجل التخلص من البكتيريا الضارة بجسم الإنسان . الخلايا الكأسية تقوم بإنتاج المخاط والذي يساعد في حجز البكتيريا في المخاط ومن ثم نقله خارج الجهاز التنفسي عن طريق حركة الأهداب في الخلايا الظاهرية . إضافة إلى ذلك، إحدى التأثيرات والتي تؤدي إلى قتل البكتيريا في الجهاز التنفسي هو المخاط الموجود في الأنف والذي يحتوي على إنزيم يقوم بتحليل الخلايا الضارة .
أضف إلى ذلك، الجهازان التنفسيان العلوي والسفلي يحتويان على الفلورا الطبيعية . معظم تلك البكتيريا يتم تصنيفها في 9 مجموعات وهي Prevotella, Sphingomonas, Pseudomonas, Acinetobacter، Fusobacterium Megasphaera, Veillonella, Staphylococcus, and Streptococcus . ومن المهم هنا توضيح أن بعض البكتيريا تعتبر من البكيتيريا الغير ضارة في المجرى التنفسي ولكنها قد تؤدي إلى بعض الأمراض الخطيرة كما في الأمثلة التالية Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, and Staphylococcus aureus.
أما بالنسبة للبكتيريا الغير طبيعية والتي قد تتواجد في الجهاز التنفسي، فهي دليل على وجود ضرر وهي موجودة لدى مرضى التليف الكيسي . البكتيريا الطبيعية الموجودة في الرئة لهؤلاء المرضى تستطيع مقاومة المضادات الحيوية والنمو بشكل سريع، أما بالنسبة إلى النسبة التي تتوزع فيها تلك الكائنات الممرضة يختلف باختلاف عمر الشخص .
تحتوي الأمعاء الدقيقة على كمية قليلة من الكائنات الحية الدقيقة نظراً لقربها وتأثير المعدة عليها .البكتيريا الكروية موجبة الجرام والبكتيريا العصوية هي الكائنات الحية الدقيقة المتواجدة في الامعاء الدقيقة. على أي حال، الجزء العلوي من الأمعاء الدقيقة قاعدي الظروف والتي تقوم بدعم البكتيريا موجبة الغرام enterobacteriaceae على النمو . تلك البكتيريا النافعة الطبيعية الموجودة في الامعاء الدقيقة تساعد بشكل كبير في الوظائف المعوية منها: توفير اشارات تنظيمية تمكن من تطوير الأمعاء واعطاءها الفائدة، أما النمو المفرط للبكتيريا في الامعاء قد يسبب لها الفشل. بالإضافة إلى ذلك، فإن الامعاء الغليظة تحتوي على أكبر نظام بيئي بكتيري في جسم الإنسان. من ناحية أخرى، فإن العوامل التي تؤثر على عدد الكائنات الدقيقة في أمعاء الغليظة تشمل المضادات الحيوية، الإجهاد (التوتر) والطفيليات.