سياسة الصومال
ومع تراجع الإسلاميون نحو الجنوب في اتجاه مواقعهم الحصينة بكيسمايو استمر القتال في العديد من البلدات الأخرى حتى وصل إلى كيسمايو نفسها والتي تركوها هي الأخرى دون قتال زاعمين أن انسحابهم كان إستراتيجيا في المقام الأول تجنبا لوقوع أي خسائر في الأرواح في صفوف المدنيين العزل، واستقر الأمر بالميليشيات الإسلامية بالتحصن في خنادق حول مدينة رأس كامبوري الساحلية في أقصى جنوب الصومال على الحدود المتاخمة لكينيا. وفي الخامس من يناير لعام 2007 قامت القوات الحكومية والإثيوبية بشن هجوم على مدينة رأس كامبوري وهو ما عرف باسم «معركة رأس كامبوري» مما اضطر المقاتلين الإسلاميين للتخلي عن مواقعهم وهروب الناجيين منهم إلى الغابات والتلال القريبة بعد أيام قليلة من اندلاع القتال. وفي التاسع من يناير تدخلت الولايات المتحدة لأول مرة في الحرب في الصومال حيث قامت بإرسال القاذفات الثقيلة من طراز لوكهيد إيه سي-130 لضرب الأهداف التابعة لميليشيات المحاكم الإسلامية في منطقة رأس كامبوري مما أسفر عن مقتل العشرات وإعلان هزيمة المحاكم الإسلامية نهائيا إلا أنه على مدار عامي 2007 و2008 تكونت خلايا مسلحة لجماعات إسلامية جديدة استمرت في القتال ضد القوات الحكومية والقوات الإثيوبية وتمكنوا من استرجاع أجزاء كبيرة من البلاد من أيدى القوات الحكومية والقوات الإثيوبية المعاونة والتي انسحبت نهائيا من البلاد في عام 2009 في حين لم يعد هناك أي تواجد لاتحاد المحاكم الإسلامية كقوة سياسية منظمة.
مع نهاية عام 2008، وتحديدا في الثامن والعشرين من ديسمبر أعلن عبد الله يوسف أحمد في خطابه الذي أذيع على محطات الراديو المحلية وأمام البرلمان الموحد في بيداوا استقالته رسميا من منصبه كرئيس للصومال معربا عن خيبة أمله الشديدة لفشله هو وحكومته في وضع حد لسبعة عشر عام من الصراع المسلح الذي أنهك البلاد وهو الأمر الذي تم تعيينهم لسببه في البداية، كما ألقى باللوم على المجتمع الدولي لفشله في دعم الحكومة الانتقالية منذ البداية، وفي نهاية خطابه أوضح أن من سيخلفه في مقعد الرئاسة هو المتحدث الرسمي باسم البرلمان الصومالي عدن محمد نور مادوبي لحين انتخاب رئيسا للبلاد وذلك وفقا للدستور المؤقت للحكومة الانتقالية. وفي الحادي والثلاثين من يناير من عام 2009 تم الإعلان عن انتخاب شريف شيخ أحمد رئيسا لدولة الصومال في فندق كامبينيسكي بجيبوتي.
وفي عام 2009 اندمج اتحاد المحاكم الإسلامية مع الحكومة الفيدرالية الانتقالية والتي ضمت بجانبه مجلس التحالف من أجل إعادة تحرير الصومال ومجموعة من الجماعات الإسلامية المعتدلة. وفي الانتخابات التشريعية استطاع الإسلاميون الحصول على 200 مقعد من أصل 440 مقعد. وعقب انتخابه رئيسا للبلاد قام شريف شيخ أحمد بتوقيع اتفاقية لتقاسم السلطة في جيبوتي مع رئيس وزراء الحكومة الانتقالية السابقة نور حسن حسين وهو الاتفاق الذي تم بوساطة الأمم المتحدة والذي بمقتضاه تنسحب القوات الإثيوبية انسحابا كاملا من الصومال مع تسليم قواعدها للحكومة الحالية وقوات حفظ السلام التابعة للاتحاد الإفريقي والجماعات الإسلامية المعتدلة تحت رئاسة التحالف من أجل إعادة تحرير الصومال. وبعد الانسحاب الإثيوبي من البلاد قامت الحكومة الانتقالية بتوسيع عضوية البرلمان وضمت المعارضة إليه وتم انتخاب شريف شيخ أحمد رئيسا للبلاد في الحادي والثلاثين من يناير عام 2009 والذي قام بدوره بتعيين عمر عبد الرشيد علي شارماركي ابن الرئيس الصومالي الراحل عبد الرشيد علي شارماركي كرئيس للوزراء. وفي 21 سبتمبر سنة 2010، استقال شارماركي من منصبه، فأقدم رئيس الجمهورية على تعيين محمد عبد الله محمد خلفا له. وفي 19 يونيو 2011 قدم محمد عبد الله محمد استقالته من منصب رئاسة الوزراء، وعين عبد الولي محمد علي غاس، وزير التخطيط ومسؤول العلاقات الخارجية، خلفا له.
في سبتمبر 2012 انتخب البرلمان حسن شيخ محمود رئيسا للجمهورية، وفي يناير 2013 اعترفت الولايات المتحدة رسميا بحكومة الصومال.