فرنسيس (بابا الفاتيكان) قبل البابوية
في 15 أبريل 2005، قدم أحد المحامين دعوى قضائية ضد الرهبنة اليسوعية والكردينال برجوليو بتهمة التقاعس، على خلفية خطف البحرية كاهنيَن يسوعيين خلال الحرب القذرة عام 1976، والذين وجدوا على قيد الحياة بعد خمسة أشهر من اختطافهم، إنما بحالة أشبه بفقدان الوعي؛ بكل الأحوال رفضت المحكمة الدعوى من أساسها ولم تفض لشيء. وبحسب سيرجيو روبين، وهو مؤلف وضع عام 2010 كتابًا عن حياة الكاردينال برجوليو، فإن موقف بورجوليو يعكس «موقف الكنيسة ودورها خلال الديكتاتورية العسكرية الأخيرة»، في حين اعتبر خبير أرجنتيني أنّ «بعض الكهنة التزموا الصمت وبعض رجال الدين كانوا شركاء، وبعض أعضاء الأسقفية كانوا مؤيدين للسلطة الديكتاتورية، لكن كل هذا لا ينطبق على البابا؛ الرجل الذي لا يؤخذ عليه أي شيء». وفقًا لصحيفة الإسبراتو، فإن برجوليو طلب عام 2000 إضافة دعم «النظام الديكتاتوري» بوصفه خطيئة قام بها عدد من رجال الكنيسة، وقال أن كنيسة الأرجنتين يجب أن تكّفر عما فعله بعض أبنائها، وحسب صحيفة الواشنطن بوست فإن آخر ما قام به البابا قبل نهاية ولايته كرئيس مجلس الأساقفة الكاثوليك الأرجنتيني، الاعتذار عن «التقاعس» في تحقيق رسالة الإنجيل الاجتماعية خلال مرحلة الديكتاتورية العسكرية في البلاد، ليكون بذلك أول شخصية رسمية تقدم اعتذارها.
أليسا أوليفيرا، وهي من كبار إعلاميي الأرجنتين، التقت البابا عدة مرات خلال عمله في الأرجنتين، وناقشت قضية موقفه خلال تلك المرحلة، قالت: «لم يكن باستطاعته فعل شيء، ليس من السهل التفكير بأنه قادر على فعل شيء». بكل الأحوال، فإن أحد الكهنة الذي لا زال على قيد الحياة في ألمانيا قال أن القضية قد أغلقت نهائيًا، بينما قال الكاهن الآخر الذي توفي عام 2000 أن برجليو «عارض بشدة غير أنه لم يفعل شيئًا». البابا نفسه، أخبر وسائل إعلامية خلال تلك الفترة أنه «عمل من خلف الستارة وفي السر، من أجل إطلاق سراح المخطوفين وجميع معتقلي الرأي»، وكشف في المقابلة نفسها عام 2010 عن كونه يعطي أوراق هويته الخاصة لمن يشبهه حتى يتمكن من الفرار من الأرجنتين إذا ما كان ملاحقًا من الحكومة لأسباب سياسية. أدلوفو إسكوافيل، الحائز على جائزة نوبل للسلام عام 1980، قال «لا علاقة للبابا بالنظام الديكتاتوري، ولم يدعمه»، وقالت غراسييلا فرناندز ميجيدي، وهو عضو في البرلمان الأرجنتيني، ومدافعة عن حقوق الإنسان، أنه لا يوجد أي دليل يدل أن برجوليو دعم النظام الديكتاتوري في الأرجنتين؛ وصرّح ريكاردو لورينزيتي رئيس المحكمة العليا في الأرجنتين أن «برجوليو بريء تمامًا من أي تواطئ مع النظام الديكتاتوري في الأرجنتين».
عارض البابا خلال رئاسته أبرشية بوينس آيرس عددًا وافرًا من قرارات الحكومة، خلال احتجاجات 2001 انتقد برجوليو طريقة تعامل الشرطة ووزارة الداخلية مع المتظاهرين. وفي عام 2004 وجه انتقادات للرئيس نيستور كيرشنير خلال الاحتفال بقداس العيد الوطني، ما دفع لإلغاءه في السنوات اللاحقة، وفي عام 2008 انتقد البابا السياسة الحكومية تجاه المزراعين ودعا لدعم الريف الأرجنتيني، وفي عام 2010 عارض بشدة قانونًا يتيح للمثلين الزواج وتبني الأطفال، وشارك عام 2012 في الذكرى الثلاثين لحرب الفوكلاند. وعلى صعيد علاقة النشاط السياسي بالأخلاق، فإنه حضّ «المشرعين، ورؤساء الحكومات، والعاملين في مجال الصحة» على تبني قوانين تحفظ حقوق الحياة منذ الحبل، ودعا للعمل وفق مبادئ الكنيسة الكاثوليكية بشأن الإجهاض وغيره من القضايا، وقال «إن الناس لا يستطيعون تبوأ المناصب، وفي الوقت نفسه السماح بارتكاب جرائم خطيرة ضد الحياة والعائلة، وهذا ينطبق خصوصًا على المشرعين والحكام». في حين أدى معارضته زواج المثليين لصراع مع الرئيس الأرجنتينية كريستينا فرنانديز دي كيرشنر، التي وصفت تفكير الكنيسة بأنه «من القرون الوسطى»، بكل الأحوال فإن الإجهاض لا يزال محظورًا في الأرجنتين. بعد انتخابه بابا، كانت الرئيسة كيشنر أول زعيم دولة يلتقي به البابا في لقاء خاص على مائدة الغداء، وتبادل خلاله الطرفان الهدايا التذكارية، فيما يشكل أساس تحسين العلاقات.