الهجوم على بيرل هاربر الاستعداد
على الرغم من أن اليابانيين قد ركزوا على السفن الحربية (أكبر السفن الموجودة)، لم يتجاهلوا الأهداف الأخرى. أصيب الطراد يو إس اس «هيلانة» بطوربيد، وأدى الانفجار إلى إغراق الـ «يو إس اس أوجلالا". تم تدمير مدمرتين في الحوض الجاف عندما اخترقت لقذائف مخزن الوقود. اشتعل الوقود المتسرب؛ وقد أدت المياه الكثيفة التي استخدمت لمحاربة النيران إلى زيادة النفط المتصاعد، وبالتالى احترقت السفن.تعرض الطراد يو إس اس رالي إلى الإصابة بطوربيد. بينما تعرض الطراد يو إس اس «هونولولو» لأضرار، ولكنه ظل في الخدمة. غرقت المدمرة يو إس اس «كاسين»، وتعرضت المدمرة |يو إس اس «داونز» لدمار شديد. كما تعرضت الفيستل التي تم إصلاحها قبل لدمار شديد حيث كانت راسية بجوار أريزونا، ثم سحبت إلى الشاطئ. بالإضافة إلى الأضرار التي لحقت بالطائرة المائية «يو إس اس كيرتس». كما أصيبت المدمرة يو إس إس شو بأضرار بالغة حينما اخترقت قنبلتان مخزن الأسحة الأمامي.
تم تدمير 188 طائرة أمريكية من أصل 402  طائرة في هاواي، بالإضافة إلى إلحاق الضرر بـ159 طائرة. لم يكن هناك أي طائرة مستعدة للدفاع عن القاعدة. دُمرت 24 طائرة من طراز PBY من أصل 33 في هاواي، بالإضافة إلى إصابة ستة آخرين بأضرار لا يمكن إصلاحها. (عادت الثلاث في دورية دون أن يلحق بهن أذى.) أدت نيران صديقة إلى إسقاط بعض الطائرات الأمريكية، بما فيهم خمسة أعضاء لرحلة قادمة من اليو إس اس «انتيبرايز». تسببت الهجمات اليابانية على ثكنات الجنود إلى قتل الكثير.
قتل 55 طيار ياباني وتسعة بحارين في العملية، كما أسر واحد. فقد 29 طائرة يبانية من أصل 414 ، خلال معركة  (فقد تسعة في الهجوم الأول، و20 في الثاني)،  كما أصيب 74 طائرة أخرى بفعل الطلقات المضادة للطائرات القادمة من الأرض.
طالب العديد من صغار الضباط اليابانيين بما فيهم ميتسو فوشيندا ومينورو غندا، المدبر الرئيسي لهذا الهجوم، ناجوكو بشن هجوم ثالث لتدمير أكبر قدر ممكن من وقود ومخزون الطوربيد في بيرل هاربور،  والصيانة، ومرافق الأحواض الجافة. اقترح مؤرخون عسكريون بأن هذا التدمير سيعرقل الأسطول الأمريكي في المحيط الهاديء، وهو سيئ أكثر خطورة من فقدان بوارجه. إذا كان قد تم محوها، "خطيرة [الأمريكية] العمليات في منطقة المحيط الهادئ قد تم تأجيلها لأكثر من سنة"  ؛ وفقا لالأميركية الأدميرال نيميتز تشيستر، في وقت لاحق القائد العام لأسطول المحيط الهادئ، "كان يمكن أن يكون إطالة أمد الحرب سنتين أخرى ين. ومع ذلك، قرر ناجومو الانسحاب لأسباب عدة:
تطور الأداء الأميركي المضاد للطائرات كثيراً خلال الضربة الثانية، بالإضافة إلى أن ثلثي خسائر اليابان قد وقعت خلال الهجمة الثانية. وشعر ناجومو بأنه سيخاطر بثلاثة أرباع قوة الأسطول المشترك إذا ما شن غارة ثالثة من أجل القضاء على الأهداف المتبقية (التي تشمل المرافق)، بالإضافة إلى خسائر الطائرات.
ظل موقع حاملات الطائرات الأميركية مجهولاً. بالإضافة إلى ذلك، شعر الأميرال بالقلق لأن قونه أصبحت داخل نطاق المدمرات الأمريكية. لم يكن ناجومو متأكداً من إذا ما كانت الولايات المتحدة لديها ما يكفي من الطائرات في هاواي لشن هجوم ضد حاملات الطائرات الخاصة به.
ويتطلب الهجوم الثالث استعدادات كبيرة ووقت قياسي، بالإضافة إلى أنه على الطائرات العائدة الهبوط على الأرض ليلاً. لم يتمكن أحد من تطوير تقنية حاملات الطائرات الليلية في ذلك الوقت إلا البحرية الملكية البريطانية، وبالتالي، فتنفيذ تلك الهجمة يعد مخاطرة عظيمة.
لا يسمح موقف الزقزد لفرقة العمل بالبقاء في المياه شمال بيرل هاربور لمدة طويلة، حيث أنه كان يلتزم بحدود الدعم اللوجستي. وللقيام بهذه الهجمة، يجب المخاطرة بالتشغيل المنخفض غير مقبول للوقود، وربما الاضطرار إلى التخلي عن المدمرات التي في طريقها إلى الوطن.
كما اعتقد بأن الهجوم الثاني قد حقق الهدف الرئيسي لمهمته—وهو القضاء على تأثبر الأسطول الأمريكي في المحيط الهادئ—وهو لا يرغب في المخاطرة بالمزيد من الخسائر. بالإضافة إلى أن الحفاظ على القوة يعد أهم من مجموع خسائر العدو يعد شعار البحرية اليابانية.
وخلال مؤتمر عُقد على متن السفينة ياماتو في صباح اليوم التالي، وافق ياماموتو على اقتراح ناجومو. وفي الماضي، كان توفير ترسانات بناء السفن، وورش الصيانة، ومستودعات النفط يعني أن الولايات المتحدة يمكن أن ترد بشكل سريع نسبيا على أنشطة اليابان في المحيط الهادئ. وندم ياماموتو لاحقاً على قرار ناجومو بالانسحاب، وقال أن عدم القيام بالهجمة الثالثة كان خطأً كبيراً.