المحقق كونان الشخصيات
تقوم المنظمة بمختلف الجرائم من السرقة إلى التهريب والابتزاز والاغتيال، ويتبين لاحقًا أن هدف المنظمة هو إجراء تجارب علمية مثل صنع عقار للشباب الأبدي، لكن المعلومات حول أبحاثهم العلمية قليلة. يرتدي بعض أعضائها ملابس سوداء. أعضاؤها عاليو الرتبة لهم تسميات بأسماء مشروبات كحولية. لهم عدد كبير من الأعضاء (متضمنًا العلماء)، ونشاطاتهم الإجرامية بالغة السرية. أمرهم معروف خارج اليابان وبالتحديد في الولايات المتحدة، حيث أن الـمكتب التحقيقات الفيدرالي بقيادة جيمس بلاك والعميلين جودي ستارلينغ وشويتشي أكاي تهدف لإيقافهم حاليًا حيث أنهم كانوا يلحقون بالممثلة المشتبه بها في إحدى القضايا بلموت من الولايات المتحدة. كذلك الـوكالة المخابرات المركزية متمثلة بجاسوستهم هيديمي هوندو وعميلهم السابق إيثان هوندو يهدفون لإيقافهم. رئيس المنظمة مجهول الهوية ولا يعلم هويته سوى جين وبلموت.
عقار APTX4869 هو عقار سام طورته شيهو ميانو التي اتخذت المنظمة لها اسمًا رمزيًا وهو شيري عندما كانت تعمل لمصلحة المنظمة السوداء، ليكون سمًا قاتلًا لا يترك آثارًا في الجسم، وهو العقار نفسه الذي تسبب في تقلص سينشي كودو بعدما أرغم على ابتلاع العقار من قبل رجال المنظمة السوداء ليتقلص ويصبح كونان إدوغاوا. APTX 4869 تعود إلى كلمة 4869 Apoptoxin وهي مشتقة من عدة كلمات. فالكلمة الأولى هي Apoptosis وتعني موت الخلية المبرمج، بينما الكلمة الثانية هي Toxin وتعني مادة سامة، في حين أن الرقم 4869 في اسم العقار يدل على كلمة (شي-يا-رو-كو) بقراءة الأرقام معًا. وهي طريقة اليابانيين في قراءة شرلوك.
ولهذا فإن هذا العقار قاتل جدًّا، فطريقة عمل العقار تقتضي القضاء وتدمير جميع الخلايا في جسم الإنسان، وجعلها تموت دون ترك أي أثر يدل على التسمم مع عدم القدرة على تحديد السبب الرئيسي للوفاة، ولكن في حالات نادرة يعمل العقار على جميع الخلايا ما عدا خلايا الجهاز العصبي مما يتسبب بتقلص الشخص مع الاحتفاظ بكامل قواه العقلية، وهذا ما حصل مع سينشي كودو وشيري ميانو وشارون فينيارد، فجميعهم تقلصوا بالترتيب إلى كونان إدوغاوا وآي هايبرا وبلموت.
الدكتور أغاسا: وقد عرف حقيقته في الحلقة 2 (قضية اختطاف ابنة رئيس الشركة) من المسلسل، بعد أن لجأ إليه كونان بعدما تقلص لأنه جاره، في البداية لم يصدق الدكتور أغاسا أنه سينشي كودو ولكن بعد أن برهن له كونان صدق ما يقول عن طريق بعض الاستنتاجات صدفة وأخبره عن حقائق لا يعرفها إلا سينشي عن الدكتور أغاسا مثل وجود شامة كبيرة على ظهره، وهو الذي نصح كونان بإخفاء شخصيته حتى لا يتعرض مقربوه لخطر المنظمة السوداء.
يوساكو كودو ويوكيكو كودو: والدا سينشي، ظهرا لأول مرة في الحلقة 43 (اختطاف كونان إدوغاوا) وفي نفس الحلقة عرفا ماذا حدث لابنهما، عرضا عليه أنه يسافر معهما في الخارج ولكنه رفض وقال أنها قضيته وحده وهو قادر على حلها.
هيجي هاتوري: هو متحر من أوساكا، وصديق مقرب لسينشي اكتشف حقيقة كونان في الحلقة 58 (جريمة قتل مهووسو هولمز)، وذلك بعد أن حاول كونان تخدير هيجي ليحل القضية ولكن هيجي استيقظ بعدما ضُرب من كوغورو موري واستيقظ، لكنه استمر في التمثيل أنه نائم ويعرف حقيقة كونان.
بلموت: عضوة بارزة في المنظمة السوداء، وهي المرأة المفضلة لدى زعيم المنظمة، ظهرت للمرة الأولى في حلقة سينشي كودو في نيويورك على أنها الممثلة شارون فينيارد زميلة يوكيكو كودو والدة سينشي، وهي تعرف سر سينشي وسر آي هايبرا، ولكن بسبب حبها لسينشي وطريقة تفكيره، وبسبب إنقاذه لها من الموت بمساعدة ران موري في نيويورك، فهي تكتم سره ووعدته بعدم ملاحقتها لشيري (آي هايبرا). كما حدث في الحلقة 345 (المواجهة وجهًا لوجه مع المنظمة السوداء: لغزان في ليلة اكتمال القمر)
آي هايبرا: فتاة المنظمة السوداء المتمردة ومخترعة العقار التي ظهرت في الحلقة 129 (الفتاة التي أتت من المنظمة السوداء)، تقلصت مثل سينشي بعد أن تناولت عقار قائمة شخصيات المحقق كونان. وقد تبناها الدكتور أغاسا لأنه لا مكان تأولي إليه بعد موت أهلها ومقتل أختها أكيمي ميانو من قبل المنظمة السوداء.
كايتو كيد: عرف حقيقة كونان، في الأفلام فقط حتى الآن، وقد قام بالتنكر بزيه في 4 أفلام أولها الفيلم الثالث (ساحر القرن الأخير): لينقذ كونان من كشف حقيقته. وقد تنكر مرة أخرى بزيه في الفيلم الثامن (ساحر السماء الفضية) ليساعده ذلك على خداع الشرطة في عملية سرقة الجوهرة التي كان يقوم بها. بينما في الفيلم الرابع عشر (السفينة الضائعة في السماء) فقد ساعد كونان على الدخول إلـى المنطاد. أما آخر فلم تنكر به بشخصية سينشي فهو الفيلم التاسع عشر (تباعات الشمس الجهنمية) بعدما تنكر بهيئته ليستطيع ان يدخل المعرض لضمان عدم الشك به.
سوبارو أوكيا: طالب جامعي ذو قدرات عالية في التحقيق، وهو شويتشي أكاي متنكراً، حيث عرف حقيقة كونان في الحلقتان 690-691 (قضية يوساكو كودو المجمدة) بعدما رآه يتكلم بالهاتف بشخصية سينشي كودو. ويعتقد أن أكاي قد عرف حقيقة كونان قبل زمن، بسبب عدة استفسارات لران موري عن سينشي كودو، وزادت شكوكه أيضاً بعدما انتقل للعيش في منزل عائلة سينشي كودو، لكنه كان يفتقر إلى الدليل القاطع، وهو ما وجده في الحلقتان 690-691 (قضية يوساكو كودو المجمدة).
إيسوكي هوندو: أخ ميزوناشي رينا عميلة وكالة المخابرات المركزية، والتي تتجسس على المنظمة السوداء، وقد علم حقيقته في الحلقة 508 (النقطة العمياء في محل الكاراوكي) بعد أن أخبره كونان بنفسه ليكف عن ملاحقة ران.
ماسومي سيرا: هي أخت شويتشي أكاي عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي، منذ الوهلة الأولى عرفت ماسومي حقيقة سينشي، خاصة وأنها تذكر تماماً أول مرة قابلت فيها سينشي على شاطئ البحر. لكن لم يكن كونان متفطناً جداِ لها، مما أجبر ماسومي على ذكر بعض التلميحات في محاولة منها في مساعدة كونان للوصول لحقيقتها. ففي حلقة 651 (كونان ضد هيجي: معركة الاستنتاجات بين متحريي الشرق والغرب)، قالت سيرا «الآن نحن نعرف بالفعل من هو الفائز» وهو تنظر لكونان قاصدة بذلك سينشي. أيضاً في حلقة 646-645 (استعراض الاستنتاجات في الفندق المسكون)، تعمدت سيرا ارتكاب خطأً فادحاً في الاستنتاج من أجل اختبار مهارة كونان في حل القضية باستخدام صوت سينشي. وفي الحلقة حلقة 882 (ساحر الأمواج) بينت سيرا بمعرفتها التامة لحقيقة سينشي كودو.
ميري سيرا: هي والدة ماسومي سيرا وشويتشي أكاي، وتعرف باسم الأخت خارج النطاق، قالت لماسومي سيرا في حلقة 863-864 (قضية مقتل محقق الأرواح)، أن كونان لم يعد نفس الشخص الذي التقت به ماسومي قبل 10 سنوات. مما يعني أنها تدرك حقيقة كونان في كونه سينشي كودو.