عيسى بن سلمان آل خليفة توليه مقاليد الحكم
من جانبه قام الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان بزيارات عدة لدولة البحرين منذ أن تسلم مقاليد السلطة حاكماً لامارة أبو ظبي قبل قيام الاتحاد وترجع أولى هذه الزيارات لعام 1967 حيث قام سموه بزيارة للمنامة أستمرت أربعة أيام في 14 اكتوبر والتقى مع الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة وبحث معه في سبل توطيد وتمتين العلاقات كما قام الشيخ زايد بجولة في منشآت النفط في البحرين والذي يعود اكتشافه لعام 1932 وقد تبعتها زيارات أخرى للشيخ زايد الى البحرين في 28 مايو 1970 وفي 22 اكتوبر 1970.
وبعد إعلان قيام دولة الإمارات قدم الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة التهنئة لدولة الإمارات على إنجاز الاتحاد وجاء ذلك في كلمته التي ألقاها في العيد الوطني الأول لدولة البحرين عام 1971 حيث قال: "ولا يسعنا في هذا المجال إلا أن نهنى جاراتنا الإمارات العربية الشقيقة على النجاح الذي حققته في إقامة دولة الإمارات العربية المتحدة التي ستكون ولاشك اللبنة الأساسية التي سيقوم عليها صرح اتحاد أشمل في الخليج يضم كل الدول العربية في المنطقة".
وفي 3 سبتمبر 1973 قام الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان بزيارة جديدة لدولة البحرين والتقى مع الشيخ عيسى وعقد بينهما جلسة مباحثات تم خلالها استعراض العلاقات الثنائية بين البلدين وسبل تعزيز التنسيق بين دول الخليج العربي في شتى الميادين وخلال زيارته في 7 نوفمبر 1974 لدولة البحرين أدلى الشيخ زايد بتصريح لدى وصوله للمنامة أكد فيه بأن: "الوقت قد حان لكي تعمل دول الخليج العربي على تعزيز التعاون بينها في جميع المجالات السياسية والاقتصادية والثقافية". وقال: "ان دولة الامارات تعتبر هذا التعاون ضرورياً وحيوياً للمنطقة كما تعتبره مكملاً للتعاون الشامل مع الدول العربية الشقيقة والعمل بكل إخلاص لتحقيقه".
وفي 20 يونيو 1976 قام الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة بزيارة رسمية لدولة الإمارات استغرقت ثلاثة أيام التقى خلالها مع الشيخ زايد وأجريا مباحثات تناولت سبل تعزيز العلاقات الوطيدة بين دولة الإمارات ودولة البحرين، وقام الشيخ زايد باصطحاب ضيفه الشيخ عيسى في جولة بمدينة العين حيث افتتحا مصنعاً للإسمنت في المدينة وتفقدا المشروعات الإنمائية والعمرانية وقاما بعد ذلك بزيارة لمدينة دبي واطلعا على المعالم العمرانية والاقتصادية في الإمارة.
وتوالت الزيارات المتابدلة بين الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان والشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة وبين المسؤولين في البلدين وذلك في اطار تعزيز العلاقات الوثيقة بين البلدين وتنميتها لما فيه مصلحة الشعبين وخدمة للمصالح العربية والإسلامية.
وقد ساندت دولة البحرين بقيادة الشيخ عيسى حق الامارات في جزرها الثلاث التي تحتلها ايران ووقف الى جانب الحق الاماراتي في جميع المحافل الدولية وطالبت ايران بضرورة انهاء احتلالها للجزر الاماراتية الثلاث.
وقد شارك الشيخ عيسى في القمة الخليجية الثامنة عشرة التي عقدت في أبو ظبي بدولة الامارات العربية المتحدة الى جانب قادة دول المجلس وذلك في 7 ديسمبر 1998.
وقد أجرى الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان رئيس دولة الامارات العربية المتحدة مباحثات مع الشيخ عيسى على هامش القمة الخليجية كما أجرى الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان ولي عهد أبو ظبي نائب القائد الأعلى للقوات المسلحة مباحثات مع الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة وذلك على هامش قمة مجلس التعاون في أبو ظبي وتناولت المباحثات القضايا الخليجية وسبل توطيد العلاقات الثنائية بين دولة الإمارات  العربية المتحدة ودولة البحرين.
وفي برقية بعث بها الشيخ عيسى لدى مغادرته أبو ظبي عقب مشاركته في القمة الخليجية أشاد بالجهود الصادقة والمخلصة التي بذلها الشيخ زايد أثناء انعقاد القمة وقال إنها أسهمت في التوصل إلى القرارات الصائبة التي صدرت عن القمة واكدت رغبتنا المشتركة في تعميق أواصر التنسيق والتعاون بيننا تحقيقاً لآمال وطموحات دولنا وشعوبنا. "إن ما شهدناه من مظاهر النهضة والتقدم والازدهار التي حققتها دولة الإمارات العربية المتحدة في عهدكم الميمون قد أثارت إعجابنا وهي مبعث اعتزاز دائم لنا وإذ نحمد الله على نجاح أعمال قمتنا فانا ندعوه جلت قدرته أن يديم على سموكم نعمة الصحة والسعادة وعلى دولة الإمارات العربية المتحدة ما تنعم به من تقدم وازدهار ورخاء وان يوفقنا للعمل لما فيه خير دولنا وشعوبنا وامتنا العربية والإسلامية".
وفي كلمة للشيخ عيسى بمناسبة العيد الوطني السابع والعشرين لدولة البحرين في 16 ديسمبر 1998 وصف الشيخ عيسى قمة أبو ظبي بأنها كانت مناسبة طيبة للبحث والتداول فيما يخص دول وشعوب المجلس من قضايا سياسية واقتصادية وأمنية مشيدا في هذا الصدد بالجهود التي بذلها الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان رئيس الدولة خلال ترؤسه للقمة. كما أشاد الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة بالنتائج الإيجابية لقمة أبو ظبي وقال أن قرارات القمة سوف تسهم في تحقيق الأهداف والمبادئ التي تأسس عليها مجلس التعاون لما فيه خير وازدهار ورخاء دوله وشعوبه والحفاظ على أمن واستقرار المنطقة.