عبد الله التعايشي إدارة الدولة
وتعتبر فرقة الملازمين وهي الأكثر تنظيماً وتسليحاً وهي بمثابة الحرس الخاص بالخليفة وتتكون من الجهادية السود وأولاد العرب وقائدهم هو الأمير شيخ الدين. وقد حافظ الخليفة على نظم التدريب والفنون الحربية التي كانت في عهد التركية مع تغيير بطبيعة الحال في العقيدة العسكرية والمسميات والمصطلحات العسكرية (فمثلاً تحولت كلمة صفدن التركية إلى اليمين دور، وصلدن إلى شمالك وكلمة حاز دور إلى اللهم أنصر راح دور إلى اللهم أستر).
و السرية هي الوحدة الرئيسية في التنظيم الحربي في جيش الخليفة وتتكون من مائة مقاتل بقيادة رأس المية وتحت قيادته خمسة مقاديم (المفرد مقدم) على رأس الفصائل وكل فصيل مكون من 20 مقاتل. ويقود الجيوش الأمراء.
وكان الخليفة في بداية عهده يستعرض جيشه اسبوعياً كل يوم جمعة في ساحة العرضة غرب أم درمان (حي العرضة حالياُ)، ثم أصبح العرض العسكري ينظم 4 مرات في العام خلال احتفالات عيد الفطر وعيد الأضحى والمولد النبوي وعاشوراء وتشارك فيه فرق عسكرية من خارج أم درمان تعرض فنونها القتالية وجاهزيتها ولياقتها البدنية واسلحتها.
تركزت سياسة الخليفة الخارجية على نشر الدعوة للمهدية عن طريق فتح الأمصار استمرارا لسياسة خَلَفَه المهدي ولذلك أرسل رسائل تنطوي على تحذير وترغيب إلى كل من الخديوي توفيق خديوي مصر والملكة فيكتوريا ملكة بريطانيا العظمى والسلطان عبد الحميد الثاني خليفة المسلمين وسلطان الدولة العثمانية كما كتب إلى قبائل الحجاز وأهل المدينة المنورة ومحمد السنوسي في ليبيا والسلطان محمد يوسف سلطان وداي والسلطان حياتو بن محمد بلو سلطان صكتو (في نيجيريا الحالية) والإمبراطور منليك الثاني إمبراطور الحبشة. ورابح الزبير ابن الزبير باشا رحمة أحد كبار زعماء المناطق المتهمون بالنخاسة والذي فر إلى الغرب الأوسط الأفريقي مستخدما راية المهدية.
ففي رسالته إلى الخديوي توفيق يقول: «لو كان قصدي من هذا الأمر ملك الدنيا الزائل (..) لكان في السودان وملحقاتها كفاية كما تعلم من اتساعها وتنوع ثمراتها (..)، ولكن القصد هو إحياء السنة المحمدية والطريقة النبوية». أما رسالته إلى الملكة فيكتوريا فقد ذكر فيها بأنه خليفة المهدي المنتظر القافي أثره. ودعاها إلى الإسلام قائلاً: «إن إسلمتِ واتبعتِ المهدي عليه السلام وأذعنتِ لحكمي فإني أبشرك بالخير والنجاة من عذاب السعير». وحذرها من مغبة الظن بأن جيوش المهدية تتخاذل عن نصرته ولا تستطيع الدفاع عن نفسها، «فهذا توهم فاسد وغرور كاسد فرجال المهدية رجال طبعهم الله على حب الموت فصاروا أشداء على الكفار». وفي رسالته إلى السلطان عبد الحميد خاطبه قائلا: «ومع كونك تدعي إنك سلطان الإسلام القائم بتأييد سنة خير الأنام فمالك معرضاً عن إجابة داعي الله إلى هذا الآن، ومقراً رعيتك على محاربة حزب الله وصرفت مجهودك في إعانة أهل الأصنام على هدم أركان الإسلام».
وشن الخليفة حروباَ على الحبشة حيث ارسل أولا الأمير حمدان أبو عنجة ثم الأمير الزاكي طمل الذي هزم جيش الأحباش وتوغل حتى مدينة غندار بعد مصرع الامبراطور يوهانس الرابع. وحاول الخليفة فتح مصر وأرسل حملة بقيادة الأمير عبد الرحمن النجومي ودخل في مناوشات عسكرية مع الإيطاليين في الحدود الشرقية للسودان
وكان الخليفة قد أبرم معاهدة مع الإمبراطور منليك الثاني ملك ملوك الحبشة وبمقتضاها تنازل منليك لحكومة الخليفة عن أراض متاخمة للسودان لكن الخليفة أمر لاحقاً بحرق المعاهدة. ورغم علاقة العداء التي كانت بينه وبين الحبشة بعث منليك بمبعوث إلى الخليفة سلمه راية فرنسية لكي يرفعها في حدود ملكه في وادي حلفا حتى يكون تحت حماية فرنسا على غرار حمايتها على تونس والمغرب وبذلك لا تستطيع القوات البريطانية غزو السودان. لكن الخليفة تغاضى عن ذلك 
وقد أدت سياسة الخليفة تجاه الحبشة إلى تغيير موازين الحكم فيها حيث انتقل الحكم من قومية التيجراي بعد مصرع الأمبراطور يوهانس الذي ينتمي إليها إلى قومية الأمهرة يقيادة الإمبراطور منيليك الأول وأستمرت السلالات الأمهرية في حكم أثيوبيا حتى عام 1970 عندما انقلب الجيش عليه بزعامة منغستو هيلا مريام ثم عودة التيجراي إلى سدة الحكم فيها بعد دخول قوات جبهة تحرير شعب التيجراي مع حلفائها إلى العاصمة أديس أبابا بقيادة ملس زيناوي في عام 1991 م.