يوحنا بولس الثاني بابويته
في 13 مايو 1981 كان البابا يجول على حشود من المؤمنين في ساحة القديس بطرس في الذكرى السنوية لظهور العذراء في بلدة فاطمة في البرتغال عام 1917 وفق العقائد الكاثوليكية، حينها أقدم مسلح تركي هو محمد علي أغجا، الذي يوصف بكونه خبيرًا ومتدربًا في الرماية إلى جانب كونه عضوًا في «جماعة الذئاب الرمادية الفاشية»، بإطلاق النار على البابا باستخدام مسدس براوننج عيار 9 ملم، وقد استقرت الرصاصات في الأمعاء الغليظة والأمعاء الدقيقة، وقد نقل البابا إلى مشفى الفاتيكان ثم إلى مشفى جيميلي في روما، وخلال طريقه إلى المشفى فقد البابا الوعي، وخسر كمية كبيرة من الدم وخضع لعملية جراحية دامت خمس ساعات، لعلاج الكمية الكبيرة من الدم التي فقدها ولترميم الجروح التي أصيب بها في البطن. مما قام به الأطباء تحويل مسار الأمعاء الغليظة للسماح بالقسم السفلي منها بالشفاء. وقد قال البابا أن سيدة فاطمة هي من ساعدت على إبقاءه قيد الحياة طوال محنته: «هل يمكن أن أنسى حدث محاولة علي أغجا في ساحة القديس بطرس، التي وقعت في يوم وفي ساعة ظهور أم المسيح للفلاحين الصغار قبل أكثر من ستين عامًا في بلدة فاطمة في البرتغال؟ في كل ما حدث لي في حياتي وفي ذلك اليوم بالذات، شعرت بأن حماية الأمومة والرعاية الاستثنائية هي أقوى من الرصاصة القاتلة».
تم القبض على أغجا فور قيامه بالعملية من قبل المحتشدين وحتى وصول الشرطة، وقد حكم عليه بالسجن مدى الحياة؛ بعد يومين من عيد الميلاد عام 1983 زار البابا يوحنا بولس الثاني أغجا في السجن، وتكلم معه على انفراد لمدة عشرين دقيقة، وقال يوحنا بولس الثاني: «ما تحدثنا عنه يجب أن يبقى سرًا بيني وبينه، تحدثت معه باعتباره شقيق، وقد عفوت له ولي كامل الثقة في ذلك».
في 2 مارس 2006 أنهت لجنة برلمانية إيطالية شكلها سيلفيو برلسكوني لإعادة التحقيق في الحادث، بأن الاتحاد السوفياتي كان وراء محاولة الاغتيال، انتقادًا لدعم البابا ومعه منظمات العمل الكاثوليكي للحرية والديمقراطية في بولندا، وهي النظرية التي كان قد كشف عنها سابقًا مايكل ليدين ووكالة الاستخبارات الإمريكية سابقًا. التقرير الإيطالي ذكر أيضًا أن الأجهزة الأمنية في بلغاريا الشيوعية هي من تقف وراء التنفيذ المباشر وليس جهاز كي جي بي في موسكو.
في 12 مايو 1982 وقبل يوم واحد من الذكرى السنوية الأولى لاغتياله، وفي ساحة القديس بطرس أيضًا، قام رجل ثاني بطعن البابا بحربة، على الرغم من وجود الحرس السويسري ومرافقي البابا في المكان، إلا أن المهاجم فشل في إصابة البابا، على الرغم من سكرتير البابا الكاردينال ستانيسلو قال لاحقًا أن البابا أصيب لكنه تمكن من إخفاء الجرح غير المهدد للحياة. أما المهاجم فهو كاهن إسباني يدعى خوان ماريا فيرناندز من رهبنة القديس بيوس العاشر، وقال أنه أقدم إلى عملية الاغتيال نظرًا لمعارضته إصلاحات المجمع الفاتيكاني الثاني واصفًا البابا «بعميل الشيوعية والماركسية»، وقد فسخ فريناندز من سلك الكهنوت الكاثوليكي وسجن لمدة ثلاث سنوات من أصل ستة سنوات، وبعد الإفراج عنه انتقل إلى بلجيكا حيث عمل محاميًا واعتقل مرة أخرى في يوليو 2000 بعد محاولته تسلق حاجز الأمن في القصر الملكي في بروكسل، خلال زيارة ملك إسبانيا خوان كارلوس والذي اتهمه فرينانديز بقتل شقيقه الأكبر عام 1956.
محاولة الاغتيال الثالثة كانت خلال زيارته الفيليبين عام 1995 تزامنًا مع احتفالات يوم الشبيبة العالمي، عن طريق قنبلة يحملها انتحاري يرتدي ثوب كاهن، لتكون المرحلة الأولى من العملية التي ستتبعها عملية ثانية بتفجير داخل الجمع نفسه. وقد اشتعل حريق في أحد مواقع المهاجمين، نبهت الشرطة إلى مكان وجودهم، وألقي القبض عليهم قبل أسبوع من زيارة البابا، علمًا أن الجماعة تدعى «جماعة بوجينكا» الممولة من قبل تنظيم القاعدة.
اعتبر البابا يوحنا بولس الثاني محافظًا فيما يخصّ الإجهاض وتحديد النسل وسيامة النساء ككاهنات،
وخلال زيارته الولايات المتحدة صرّح بأن: «جميع أشكال الحياة البشرية من لحظة الحمل وخلال جميع المراحل اللاحقة، هي سرّ مقدس».
وقد جمعت لاحقًا سلسلة المحاضرات التي قدمها يوحنا بولس الثاني أمام الجماهير في روما بين سبتمبر 1979 ونوفمبر 1984 والبالغ عددها 129 محاضرة في كتاب واحد أطلق عليه اسم «لاهوت الحياة» وهو تأمل موسع في النشاط الجنسي البشري، يمتد إلى إدانة القتل الرحيم والإجهاض وجميع استخدامات عقوبة الإعدام تقريبًا، وقد دعاهم البابا «جزءًا من ثقافة الموت»، كما دعا لحملة لإعفاء ديون الدول الفقيرة، ودعا أيضًا لتعزيز العدالة الاجتماعية.
شجب البابا تصرفات عدد واسع من الأنظمة التي كانت تنتهك حقوق الإنسان ومنها النظام القائم في السلفادور، وخلال زيارته نيكاراغوا عام 1983 أدان البابا «الكنيسة الشعبية» في محاولة لتحويل الكنيسة نحو لامركزية إدارية واسعة ومحاولة تقارب من أنظمة يسارية، وقال بأنه على رجال الدين الكاثوليك إبداء الطاعة للكرسي الرسولي.
في عام 2000 أعلن البابا «اليوبيل الكبير لمناسبة ذكرى ألفيتين لتجسد المخلص» وهو تقليد دوري أرسي عام 1300 مع البابا بونيفاس الثامن، وقدم خلال اليوبيل سلسلة من الاعتذارات عن أخطاء الكنيسة الكاثوليكية في الماضي، كما دعا لتخفيف ديون الدول الأفريقية وأطلق سلسلة من المواقف الأخرى. في عام 2003 عارض البابا بشدة «غزو العراق» وقال: «لا للحرب، الحرب ليست دائمًا لا مفرّ منها، وهي دومًا هزيمة للبشرية». وأوفد الكاردينال بيو لإجراء محادثات مع جورج بوش عبّر عن خلالها معارضته الحرب، وقال البابا بأنه يعود للأمم المتحدة حل نزاعات الديبلوماسية الدولية، وأن الاعتداء من جانب واحد هو «جريمة ضد السلام» ويشكل «انتهاكًا للقانون الدولي».
أما بالنسبة لنظرية التطور في 22 أكتوبر 1996 قال البابا في خطاب أمام الأكاديمية البابوية للعلوم في الفاتيكان حول نظرية التطور: «لقد تم قبول هذه النظرية تدريجيًا من قبل الباحثين، وبعد سلسلة من الاكتشافات في مختلف مجالات المعرفة، أخذت نتائج العمل المستقل تبدي دعمًا لصالح هذه النظرية». وقال البابا أيضًا: «بدلاً من نظرية التطور، يجب علينا الحديث عن نظريات تطور»، إلا أنه رفض مطلقًا الفلسفة المادية البحتة وأشار إلى بعض النقاط التي لا تتفق مع العقيدة الكاثوليكية: «إن اعتبار الحياة مجرد ظاهرة عارضة، لا تتفق مع الحقيقة». أيضًا فقد تمسك البابا بوجود الروح، والتي اعتبرها جزءًا من روح الله.
اتخذ البابا أيضًا موقف الكنيسة الكاثوليكية التقليدي، من خلال الدفاع عن معارضة المثلية الجنسية وزواج المثليين، وأكد البابا أن الأشخاص ذوي الميول المثلية تمتلك نفس الكرامة والحقوق المقسومة لجميع البشر.
خلال العشر سنوات السابقة لليوبيل الكبير الذي أعلنه البابا لمناسبة «مرور ألفيتين على تجسد المخلص» قرر إعلان سلسلة اعتذارات عن «الأخطاء» التي اقترفتها الكنيسة الكاثوليكية خلال تاريخها، وقد شمل الاعتذار اليهود وجاليليو والمسلمين والنساء، إلى جانب ذلك فقد رعى البابا سلسلة مصالحات، مثل خطاب المصالحة بين الأساقفة البولنديين والأساقفة الألمان الذي يعود لما قبل بابويته عام 1965، أما أبرز الاعتذارات العامة التي قدمها البابا: