خان يونس التاريخ
سقطت المدينة في يد إسرائيل بعد حرب 1967، لتظل تحت الاحتلال لمدة 27 سنة وتعاني من الإهمال الإسرائيلي لها كباقي المدن العربية الفلسطينية المحتلة. وقد صادرت سلطات الاحتلال مساحات شائعة من أراضي خان يونس وأقامت عليها العديد من المستوطنات. كانت مساحة المستوطنات الإسرائيلية في قطاع غزة تبلغ 155 كيلومترا مربعاً تقريباً، وبالنسبة للكتلة المحيطة بمدينة خان يونس، وهي الكتلة الجنوبية، فتتصل بإسرائيل عبر طرق عرضية تضمن لها سهولة الاتصال، ومن أهمها غوش قطيف.
في عام 1987، انخرط سكان مدينة خان يونس بوقت مبكر في الانتفاضة الفلسطينية الأولى. وكانت القيادة الوطنية الموحدة للانتفاضة، تقوم بتوزيع النشرات الأسبوعية في شوارع غزة مع جدول زمني للإضراب المتصاحب مع الاحتجاجات اليومية ضد الدوريات الإسرائيلية في المدينة. وفي المظاهرات، تم أحراق الإطارات في الشوارع، كما ألقى الحشود الحجارة والزجاجات الحارقة على جنود الاحتلال. ورد الجيش الإسرائيلي بالغاز المسيل للدموع والرصاص المطاطي. واغلقت المدارس في مدينة غزة قسرا، وفتحت تدريجيا لبضع ساعات. ونفذت الاعتقالات خارج البيوت، وفرض حظر التجول ومنع السفر، ما اعتبره الفلسطينيون بأنه عقاب جماعي. ردا على إغلاق المدارس، وتنظيم دورات تعليم سكان المنزل لمساعدة الطلاب على استدراك المادة الفائتة، وهذا أصبح واحدا من الرموز القليلة من العصيان المدني.
بقيت المدينة تحت الاحتلال الإسرائيلي حتى عام 1994، تولت السلطة الوطنية الفلسطينية إدارة المدينة تطبيقًا لاتفاق أوسلو سنة 1993، ومع وجود السلطة الوطنية الفلسطينية إلا أن خان يونس ظلت فعليًا تحت الاحتلال الإسرائيلي حتى عام 2005، حين انسحبت إسرائيل أحاديًا من خان يونس وأبقت على حصارها برًا وبحرًا وجوًا. أصبحت المدينة بعد قدوم السلطة الوطنية الفلسطينية عام 1994، مركز لمحافظة خان يونس جنوب قطاع غزة. وتعتبر المدينة مركزاً إدارياً وتعليمياً لجنوب القطاع، تتركز فيها الكثير من الدوائر الحكومية، وعشرات المدارس لمختلف المراحل الدراسية.
وفي انتفاضة الأقصى، تعرضت المدينة لأكبر الهجمات الإسرائيلية الشرسة، فدمرت العديد من البيوت في حي القطاطوة عند معبر الشهداء فقد تعرض المخيم لثلاث محاولات للاقتحام ولكن قوة المقاومة كانت دائماً تردهم، كما تعرض الأهالي في بلدة خزاعة لأبشع مجزرة حيث قتلت إسرائيل أكثر من عشرين شخصاً خلال أقل من 24 ساعة وما زال حتى هذه اللحظة يتعرض لهذه الهجمة الشرسة من قوات الاحتلال ولكن المقاومون لهم بالمرصاد. بعد فوز حركة حماس بعدد كبير من مقاعد البرلمان الفلسطيني في الانتخابات اندلعت العديد من المناوشات المتفرقة بين عناصر من حركتي فتح وحماس ووصل الأمر ذروته في منتصف يونيو من عام 2007 حيث قامت حركة حماس بالسيطرة على كامل قطاع غزة والمؤسسات الأمنية والحكومية فيه.
وقد فرضت إسرائيل حصارا على قطاع غزة نزح بسببه كثير من الفلسطينيين إلى معبر رفح آملين أن يدخلوا إلى الأراضي المصرية ليبحثوا عن السلام، لكن الإدارة المصرية منعت النازحين من الدخول إلى الأراضي المصرية، وقد كسر النازحون معبر رفح في شهر مارس ودخلوا إلى الأراضي المصرية وما زالوا يعانون من آثار الحصار إلى الآن. وتحاول منظمات إنسانية دولية كسر الحصار الفروض على قطاع غزة من خلال إرسال سفن بها عدد من النشطاء، محملة بالمساعدات الإنسانية، إلا أن إسرائيل تمنع وصول تلك السفن، ومن تلك المحاولات أسطول الحرية عام 2010،  وما تعرض له من هجوم عسكري إسرائيلي.
وفي حرب غزة قامت قوات الاحتلال يوم 27 ديسمبر 2008 باجتياح قطاع غزة وتدمير العديد من الأماكن مثل المستشفيات والمدارس وقتل العديد من المواطنين الأبرياء. وقد صمدت مدينة خان يونس أمام هذا الهجوم الذي خسرت فيه العديد من أبنائها، والمناطق التي تم قصفها وتدميرها التي من ضمنها منازل المواطنين. في نوفمبر 2012، أقدمت إسرائيل على الهجوم على قطاع غزة بقصف عشوائي استهدف في بادئ الأمر أحد قادة حركة حماس، إلاّ إنه طال المدنيين بشكل رئيسي، ونتج عنه العشرات من الضحايا. وقد ردت المقاومة الفلسطينية بشكل غير مسبوق عبر قصفها لمدن في العمق الإسرائيلي كتل أبيب، وهرتسيليا وبئر السبع بعشرات الصواريخ.