كوفي عنان الأمين العام للأمم المتحدة (1997-2006)
في 17 نوفمبر 2004 قبل عنان تقرير مكتب خدمات الرقابة الداخلية بتبرئة ديليب ناير وكيل الأمين العام للأمم المتحدة لخدمات الرقابة الداخلية من تهمة الفساد السياسي والمضايقة الجنسية. وقد اختلف بعض موظفي الأمم المتحدة في نيويورك مع هذا الاستنتاج مما أدى إلى نقاش طويل في 19 نوفمبر.
وتم تسريب التقرير الداخلي لمكتب الأمم المتحدة وتقرير مكتب خدمات الرقابة الداخلية عن لوبرز ونشرت في صحيفة بريطانية أقسام مصحوبة بمقال كتبته كيت هولت. في فبراير 2005 استقال من منصبه كرئيس لوكالة اللاجئين التابعة للأمم المتحدة. قال لوبرز أنه يريد تخفيف الضغوط السياسية على عنان.
وفي ديسمبر 2004 ظهرت تقارير تفيد بأن نجل الأمين العام كوجو عنان تلقى مدفوعات من الشركة السويسرية كوتكنا للرعاية التي فازت بعقد مربح في إطار برنامج النفط مقابل الغذاء التابع للأمم المتحدة. ودعا كوفي عنان إلى إجراء تحقيق للنظر في المزاعم.
عين عنان لجنة التحقيق المستقلة والتي كان يقودها رئيس نظام الاحتياطي الفدرالي الأمريكي السابق بول فولكر ثم مدير رابطة الأمم المتحدة في الولايات المتحدة. في أول مقابلة له مع لجنة التحقيق أنكر عنان عقد اجتماع مع كوتكنا. وفي وقت لاحق من التحقيق أشار إلى أنه التقى مع المدير التنفيذي لشركة كوتكنا إيلي جورج ماسي مرتين. في تقرير نهائي صدر في 27 أكتوبر وجدت اللجنة أدلة غير كافية لإدانة كوفي عنان عن أي أعمال غير قانونية لكنها وجدت خطأً مع بينون سيفان وهو مواطن قبرصي أرمني عمل لدى الأمم المتحدة لمدة 40 سنة تقريباً. وعين سيفان الذي عينه عنان في برنامج «النفط مقابل الغذاء» العراقيين مراراً وتكراراً لتخصيص النفط لشركة نفط الشرق الأوسط الإفريقية. وقال فولكر للصحفيين أن سلوك سيفان كان «غير لائق أخلاقيا». وقد نفى سيفان مرارًا وتكرارًا التهم الموجهة إليه بأنه كان «كبش فداء». كان تقرير فولكر منتقدًا للغاية للهيكل الإداري للأمم المتحدة ومراقبة مجلس الأمن. وأوصت بشدة بإنشاء منصب جديد لمدير العمليات للتعامل مع المسؤوليات المالية والإدارية مما هو منصوص عليه في مكتب الأمين العام. ذكر التقرير الشركات الغربية والشرق أوسطية على حد سواء التي استفادت بشكل غير قانوني من البرنامج.
في عام 2001 سنته المئوية قررت لجنة نوبل أن جائزة السلام ستقسم بين الأمم المتحدة وأنان. حصل على جائزة السلام لإحياء الأمم المتحدة ولإعطاء الأولوية لحقوق الإنسان. كما أقرت لجنة جائزة نوبل التزامه بالكفاح من أجل احتواء انتشار فيروس نقص المناعة البشرية في أفريقيا ومعارضته المعلنة للإرهاب الدولي.
أيد كوفي عنان نائبه الأمين العام مارك مالوك براون الذي انتقد الولايات المتحدة علانية في خطاب ألقاه في 6 يونيو 2006: "يسود ممارسة تسعى لاستخدام الأمم المتحدة تقريبا عن طريق التخفي كأداة دبلوماسية بينما الفشل في الدفاع عنه ضد منتقديه المحليين هو ببساطة غير مستدام وسوف تخسر الأمم المتحدة بطريقة أو بأخرى. [...] [إن] الولايات المتحدة تعمل بشكل بنّاء مع الأمم المتحدة [...] غير معروفة أو يُفهم ذلك جزئياً لأن الكثير من الخطاب العام الذي يصل إلى قلب الولايات المتحدة قد تم التخلي عنه إلى حد كبير لأبرز منتقديها مثل راش ليمبو وفوكس نيوز. وقال مالوك في وقت لاحق أن حديثه كان "نقدًا صادقًا وبناءً للولايات المتحدة". سياسة تجاه الأمم المتحدة من قبل صديق ومعجب.
كان الحديث غير عادي لأنه انتهك سياسة غير رسمية بعدم انتقاد كبار المسؤولين علنا للدول الأعضاء. وكان السفير الأمريكي المؤقت جون بولتون الذي عينه الرئيس جورج دبليو بوش قد أبلغ عنان على الهاتف: «لقد عرفتك منذ عام 1989 وأخبرك أن هذا هو أسوأ خطأ ارتكبه أحد كبار مسؤولي الأمم المتحدة حتى ذلك الوقت». أيد مراقبون من دول أخرى رأي مالوك بأن السياسيين المحافظين في الولايات المتحدة منعوا العديد من المواطنين من فهم فوائد المشاركة الأمريكية في الأمم المتحدة.
في 19 سبتمبر 2006 ألقى عنان خطاب وداع لزعماء العالم المجتمعين في مقر الأمم المتحدة في نيويورك تحسبًا لتقاعده في 31 ديسمبر. وفي الخطاب الذي ألقاه أشار إلى ثلاث مشاكل رئيسية هي «اقتصاد عالمي غير عادل واضطراب عالمي وازدراء واسع النطاق لحقوق الإنسان وسيادة القانون» وهو ما يعتقد أنه «لم يحل ولكنه شحذ» خلال فترة توليه منصب الأمين العام. كما أشار إلى العنف في إفريقيا والصراع العربي الإسرائيلي كقضيتين رئيسيتين يستحقان الاهتمام.
في 11 ديسمبر 2006 وفي خطابه الأخير كأمين عام ألقى في مكتبة هاري ترومان الرئاسية في إنديبندنس، ميزوري أشار عنان إلى قيادة هاري ترومان في تأسيس الأمم المتحدة. ودعا الولايات المتحدة إلى العودة إلى السياسات الخارجية المتعددة الأطراف للرئيس ترومان وإلى اتباع عقيدة ترومان بأن «مسؤولية الدول الكبرى هي خدمة وليس هيمنة شعوب العالم». وقال أيضا أن الولايات المتحدة يجب أن تحافظ على التزامها بحقوق الإنسان «بما في ذلك في الكفاح ضد الإرهاب».