أبراهام لينكون الرئاسة
لينكون أذن لجرانت استهداف البنية التحتية الكونفدرالية مثل: المزارع والسكك الحديدية والجسور، أملاً في تدمير الروح المعنوية للجنوب وليضعف القدرة الاقتصادية لمواصلة القتال؛ وحركة جرانت إلى بطرسبرغ أدت إلى إعاقة ثلاث سكك حديد بين ريتشموند والجنوب وهذه الاستراتيجية سمحت للجينرال شيرمان (Sherman) وفيليب شيريدان لتدمير المزارع والمدن في وادي شينانداوه بولاية فيرجينيا، والمتسبب في الضرر كان «شهر شيرمان مارس إلى البحر» (وهو الاسم الشائع لحملة السافانا) عبر جورجيا عام 1864 والذي كان محدداً إلى 60 ميل (97 كيلومتر) رقة ولكن لا لينكون ولا قادته رأوا التدمير كغاية أساسية ولكن بدلا من الهزيمة من اتحاد الجيوش، كما نيلي 2004 توصلت أنه لم يكن هناك جهد للانخراط في الحرب الشاملة ضد المدنيين كما في الحرب العالمية الثانية.
المتحالف الجنرال جوبال اندرسون إيرلي (Jubal Anderson Early) بدأ في سلسلة من الاعتداءات في الشمال التي هددت الثروة، وخلال هجوم إيرلي المفاجئ على العاصمة واشنطن عام 1864 كان لنكون يشاهد الصراع من موقع مكشوف وقد صرخ عليهم الكابتن أوليفر ويندل هولمز (Oliver Wendell Holmes) (انخفضوا، قبل أن تقتلوا، أنتم أغبياء)  وبعد اتصالات متكررة على جرانت للدفاع عن واشنطن شيردان كان معين والتهديد من إيرلي كان مرسل.
كما تابع غرانت انهاك قوات لي، وبدأت الجهود لمناقشة السلام وقاد نائب رئيس الكونفدرالية ستيفنز مجموعة ليقابلوا لينكون وسيوارد وآخرون في طرق هامبتون، ورفض لنكون السماح لأي تفاوض مع الكونفدرالية بشكل مساوي الهدف الوحيد له كان اتفاق لإنهاء القتال والاجتماعات لم تقدم أي نتائج.
في الأول من أبريل 1865 تجاوز جرانت قوى لي بنجاح في قتال فايف فوركس وكان أقرب لتطويق بطرسبرغ والحكومة الكونفدرالية أخلت ريتشموند، وفي أيام لاحقة عندما سقطت تلك المدينة زار لينكولن العاصمة الكونفدرالية المهزومة ولما كان يمشي عبر العاصمة، الجنوبيون البيض كانوا حديدي الوجوه (يلبسون الحديد على وجوههم) ولكن العبيد الأحرار استقبلوه كبطل، وفي التاسع من أبريل، استسلم لي لجرانت في ابوماتوكس والحرب كانت قد انتهت رسميا.
كان لينكون متخصصا في السياسة يجمع شمل الحزب الجمهوري ويحافظ على تماسكه بشتى طوائفه، إضافة إلى حربه مع الديمقراطيين كإدوين ستانتون (Edwin M. Stanton) وأندرو جونسون (Andrew Johnson). امضى لينكون ساعات عديدة في الأسبوع للتحدث مع السياسيين من مختلف انحاء الأرض مستخدما نفوذه - الذي توسع بشكل كبير خلال فترة السلم- وتمكن من جمع طوائف حزبه معا، وعمل على دعم سياسته الخاصة، وصد جهود المتطرفين لاسقاطه من لائحة المرشحين عام 1864. في اتفاقية 1864، اختار الحزب الجمهوري اندرو جونسون، كديموقراطي من جنوب ولاية تينيسي، لتولي منصب نائب الرئيس. ولتوسيع التحالف حتى يشمل أعداء الديموقراطية والجمهوريين، قاد لينكون حملته تحت مسمى حزب لاتحاد جديد.
عندما تحولت حملات جرانت (Grant's) في ربيع عام 1864 إلى مأزق دموي وما قد تسببه خسائر الاتحاد، والنقص في النجاح العسكري من تأثير على احتمال عدم إعادة انتخابه للرئاسة، وخشية العديد من الجمهوريين من مختلف أنحاء البلد من هزيمة لينكولن.
مشاركا مخاوفه، وقع لينكولن تعهدا بأن يخسر الانتخابات، لكنه أراد أن يهزم الكونفدرالية قبل أن يسلم البيت الأبيض.
حتى هذا الصباح، كما سابقاً، كان من الواضح جداً احتمال أن هذا الحكم لن يعاد انتخابه. فكان من الواجب التعاون مع الرئيس المنتخب، والحفاظ على الاتحاد بين الانتخابات وتوليه الحكم، فقد كان مطمئنا بأن انتخابه مبدئيا لا يعني أنه سينتخب مرة أخرى.
بينما تبع منبر الديموقراطية «جناح السلام» للحزب، وسميت الحرب بـ«الفشل» فقد أيد مرشحهم اللواء جورج برينتون مكيلان الحرب ورفض المنبر، وقد ساعد لينكون غرانت بمزيد من القوات وجهز حزبه لتجديد دعمه لغرانت في المجهود الحربي وقد أنهى اعتقال شيرمان على مدينة أطلانطا في سبتمبر وأسر ديفيد فارغوتس على مدينة موبيل فترة التوتر الانهزامية  وتم تقسيم الحزب الديمقراطي بشدة وعلانية مع بعض القادة ومعظم الجنود للينكون؛ وعلى النقيض من ذلك، كان حزب الاتحاد الوطني متحداً ومنشطاً بينما قدم لينكون تحرير القضية المركزية وعرض الأحزاب الجماهيرية المشددة على الخيانة لأبناء الجزء الشمالي من الولايات المتحدة  وتم تجديد انتخاب لينكون بانتصار ساحق ليتولى جميع الولايات باستثناء ثلاث ولايات واستحق صوت 78٪ من أصوات اتحاد الجنود.
في الرابع من مارس 1865 ألقى لينكون خطاب تنصيبه الثاني وذكر أنه يعتبرها خسائر كبيرة على الجانبين ولكنها إرادة الله؛ ولخص المؤرخ مارك نول بأنها تصنف «ضمن القبضة الصغيرة لنصف النصوص المقدسة والتي كون بها الأميركيون مكانهم في العالم»  وقال لينكون:
بدأت فترة حكم الحكومة الفدرالية للولايات الكونفدرالية الجنوبية خلال الحرب، حيث كان لينكولن ورفاقه يتطلعون للإجابة عن التساؤل حول كيفية إعادة دمج الولايات الجنوبية التي تم احتلالها، وعن كيفية تحديد مصائر قادة الكونفيدرالية والعبيد المحررين؛ بعد وقت قليل من استسلام لي طلب لواء من لينكولن إخباره عن كيفية التعامل مع المؤيدين المهزومين للاتحاد الأمريكي، فأجاب لينكولن: «اسمحوا لهم بالصعود بسهولة»، وتماشياً مع هذا الرأي قام لينكولن بقيادة المعتدلين بخصوص سياسة الحكم الفدرالي للولايات الكونفدرالية الجنوبية، وقد عارضه في هذا الجمهوريين المتطرفين تحت قيادة الجمهوري ثاديوس ستيڤينز والسيناتور تشارلز سمنر والسيناتور بينجامين ويد، وحلفاء سياسيين للرئيس في قضايا أخرى؛ وتصميماً على العثور على المسار الذي يضمن توحيد الأمة دون التفريط في الجنوب، حث لينكولن على أن تجرى انتخابات سريعة بشروط سخية طوال فترة الحرب، وفي رسالته المعلنة في منظمة العفو في الثامن من ديسمبر 1863، عرض العفو على الذين لم يعقدوا مكاتب كونفدرالية مدنية وعلى الذين لم يسيئوا معاملة سجناء الاتحاد والذين على استعداد لتوقيع قسم على الولاء.
نظراً لأن الولايات الجنوبية أُخضعت، كان يجب اتخاذ قرارات بشأن قياداتها ريثما يعاد تشكيل إدارتها. كانت ولايتي تينيسي وأركانساس ذات أهمية خاصة حيث عين لينكولن الجنرال أندرو جونسون والجنرال فريدريك ستيل كحكام عسكريين على التوالي. في لويزيانا طلب لينكولن من الجنرال ناثانييل بانكس أن يطور خطة تعيد حكومة الحكومة إذا وافق 10 % من المصوتين على ذلك. انتهز خصوم لينكولن الديموقراطيين هذه التعيينات لاتهامه باستخدام الجيش لضمان طموحاته وطموحات الجمهوريين السياسية. على جانب آخر، اتهمه المتطرفون بأن سياسته متساهلة كثيراً ومرورا سياستهم الخاصة (وثيقة وايد-داڤيس) في 1864. عندما نقض لينكولن الوثيقة انتقم المتطرفون برفضهم تعيين ممثلين منتخبين من لويزيانا وأركانساس وتينيسي.
تعيينات لينكولن صُممت لتسخّر فئات المعتدلين والمتطرفين للعمل سويّة. لشغل منصب ثاني رئيس القضاة في المحكمة العليا عيّن لينكولن مرشح المتطرفين سامون تشايس والذي اعتقد لينكولن أنه سيدعم التحرير وسياسة النقود الورقية.
بعد إعلان التحرر والذي لم يطبق في كل الولايات، لينكولن زاد الضغط على الكونغرس من أجل حظر العبودية في جميع أنحاء الدولة وذلك بتعديل الدستور. حيث أوضح لينكولن أن تعديلاً مثل هذا سيحسم الموضوع كله. وبحلول ديسمبر 1863، تم طرح مقترح لتعديل دستوري ينص على حظر العبودية تماماً في الكونغرس، ولكن هذه المحاولة فشلت بسبب عدم موافقة ثلثي النصاب في مجلس النواب 15 يونيو 1864. بعد ذلك تم طرح مقترح التعديل مرة أخرى كجزء من برنامج التكتل الجمهوري في انتخابات 1864. وبعد مناقشة طويلة في المجلس، تم تمرير المحاولة الثانية لتتم الموافقة بواسطة الكونغرس في 31 يناير 1865، وأرسلت لمجالس الولايات التشريعية للموافقة. بعد الموافقة الكاملة أصبح هذا التعديل هو الثالث عشر لدستور الولايات المتحدة الأمريكية في 6 ديسمبر 1865.
ومع اقتراب انتهاء الحرب، إعادة إعمار الجنوب في ظل رئاسة لينكولن أصبح مستمراً، إيماناً بأن الحكومة الفيدرالية لها المسئولية تجاه الملايين من الأحرار. وقع لينكولن على قانون السيناتور شارلز سمنر الخاص بمشروع ديوان تحرير العبودية الرسمي والذي أسسته مؤقتاً الوكالة الفيدرالية حيث صمم للتعرف على الاحتياجات الفورية للعبيد. القانون أعطى أرض مع عقد إيجار لمدة ثلاث سنين بالإضافة إلى الحق الشرعي لإمكانية الشراء للأحرار الرسميين. وأوضح لينكولن بان خطة لويزيانا لم تطبق لكل الولايات التي تحت الإعمار. وقبل اغتياله بفترة قليلة أوضح لينكولن بأن لديه خطة جديدة لإعادة إعمار الجنوب. المناقشات مع مجلسه الاستشاري كشفت بأن لينكولن جهز خطة تحكم عسكرية قصيرة المدى على الولايات الجنوبية، حتى يتم إعادة القبول بتحكم النقابيين الجنوبيين بها بحيث تكون تحت قيادتهم.
الأحرار الذين حرّروا في إعادة تعريف الجمهورية والجمهوراتية، كنتيجة لنجاح إعادة توحيد الولايات تم طرح اسم الدولة، حيث استخدم تاريخياً مسمّى «الولايات المتحدة»، في بعض الأحيان بصيغة الجمع «هذه الولايات المتحدة»، وفي مرات أخرى باستخدام صيغة المفرد دون أخذ القواعد النحوية بالاعتبار، وفي نهاية القرن التاسع عشر أدت الحرب الأهلية دوراً مهماً في هيمنة الصيغة المفردة لمسمى الدولة.
في السنوات الأخيرة، لفت المؤرخون من أمثال هاري يافا، وهيرمان بيلز، وجون ديقينز، وفيرنون بيرتون، وإريك فونر الانتباه إلى إعادة تعريف لينكولن لقيَم الجمهورية، كما في بدايات 1850م في الوقت الذي ركز فيه الخطاب السياسي على حرمة الدستور، تابع لينكولن تأكيداته نحو إعلان الاستقلال كأساس للقيم السياسية الأمريكية والتي أسماها «المرساة الكبرى» للجمهورية.
شدّد الإعلان الدستوري على الحرية والمساواة للجميع، وعلى النقيض من التسامح الدستوري للعبودية، تحول الأمر إلى مناظرة. وكما لخّص ديقينز فيما يتعلق بخطاب كوبر أونيون المؤثر في بدايات 1860م «منح لينكولن الأمريكان نظرة للتاريخ والتي عرضت مساعدة عميقة للرأي ومصير الجمهوراتية». حيث اكتسب موقفه قوّة كبيرة كنتيجة لتسليطه الضوء على الأساس الأخلاقي للجمهوري، بدلاً من تشريعاتها. وعلى الرغم من ذلك، وفي العام 1861م برّر لينكولن الحرب من حيث التشريعات (إن الدستور عقدٌ بين الأحزاب المختلفة، وما إن يخرج عليه حزبٌ واحد فإن على الأحزاب الأخرى أن توافق)، ومن ثم فإنه من الواجب الوطني أن يُضمن الطابع الجمهوري للحكومة في كل ولاية  في 2008 ذكر بيرتون أن جمهورية لينكولن نالها بالأحرار الذين حرّروا فيها.
وفي خطابه التنصيبي الأول في مارس من العام 1861م، كشف لينكولن عن طبيعة الديمقراطية. حيث استنكر الانفصال والفوضى، موضحاً أن حكم الأغلبية يجب موازنته بواسطة القيود الدستورية في النظام الأمريكي، حيث قال «يكبح جماح الأغلبية بواسطة الضوابط والقيود الدستورية، ودائماً تتغير بسهولة بالتغيرات المدروسة من أراء وميول الشعب، إنها السيادة الحقيقية الوحيدة للناس الأحرار».