قناة الجزيرة جدل
تعرضت قناة الجزيرة لانتقادات؛ لعدم تغطيتها للعديد من الأخبار التي تأتي من قطر، حيث مقر قناة الجزيرة. أكثر قصتين تكرر ذكرهما وكانتا إلغاء جنسية عشيرة آل غفران من قبيلة آل مرة ردا على محاولة انقلاب فاشلة تورط فيها عناصر من عشيرة آل غفران وغيرهم من القطريين، وتنامي علاقات قطر والزيارات الدبلوماسية لإسرائيل.
بثت قناة الجزيرة في يناير 2009 فيلماً وثائقياً عن التخلص من النفايات السامة في الصومال. وقد خلص صحفي صومالي درس محتويات الجزء الثاني من الفيلم الوثائقي، (الحقيقة السامة)  إلى أن قناة الجزيرة فشلت في بحث القصة بدقة لأن أحد الرسائل التي استخدمت لتأكيد تهريب السلاح كما ورد في الفيلم الوثائقي قد أصدرت في 15 أبريل 1992، من طرف وزارة الدفاع في جمهورية اليمن الديمقراطية الشعبية، بعد عامين تقريباً من توحد جنوب وشمال اليمن ليشكلا الجمهورية اليمنية في مايو 1990. وهناك انتقاد آخر للفيلم الوثائقي هو أن الجزيرة لم تسمح لعلي مهدي محمد، الرئيس المؤقت السابق للصومال، بممارسة حقه في الرد على اتهامه بالسماح لشركات إيطالية ببناء مصارف في الصومال.
أعتقل المراسل تيسير علوني في أسبانيا في 5 سبتمبر 2003، بتهمة تقديم دعم لأعضاء في تنظيم القاعدة. أصدر القاضي «بلتسار غارثون»، أمرا بحبس علوني دون كفالة.حينها كاتبت الجزيرة رئيس الوزراء الإسباني خوسيه ماريا أثنار وأرسلت إليه احتجاجات ورد في أحدها: «وفي عدة مناسبات يتقابل الصحفيين الغربيين سراً مع منظمات سرية، ولم يتعرضوا لأية إجراءات قانونية لانهم كانوا يقومون بعملهم، إذن ما هو السبب في استثناء علوني؟»  أفرج عن علواني بكفالة بعد بضعة أسابيع بسبب حالته الصحية، ولكنه ممنوع من مغادرة البلاد.
في 19 سبتمبر، أصدرت محكمة أسبانية أمر باعتقال علوني قبل صدور الحكم. وقد طلب علوني من المحكمة الحصول على إذن لزيارة عائلته في سوريا لحضور جنازة والدته ولكن رفضت السلطات طلبه وأمرت بإعادته إلى السجن.
على الرغم من أنه غير مذنب في جميع التهم الموجهة إليه، حكم علي علوني في 26 سبتمبر 2005 بالسجن لمدة سبع سنوات لكونه الحقيبة المالية لتنظيم القاعدة. أصر علواني على أنه قابل فقط بن لادن بعد هجمات 11 سبتمبر على الولايات المتحدة. ولا تزال الجزيرة تؤيد علوني، وتؤكد أنه بريء.
أدانت العديد من المنظمات الدولية والخاصة (من ضمنها مراسلون بلا حدود) الاعتقال ودعت المحكمة الأسبانية للإفراج عن تيسير علوني. أنشئت مواقع ويب مثل  لدعم علوني.
المسؤولون في المملكة المتحدة، شأنهم في ذلك شأن نظرائهم الأمريكيين، واحتجوا بشدة على تغطية قناة الجزيرة لغزو العراق عام 2003. ذكرت قناة الجزيرة ان قادة قوات التحالف اتخذوا استثناء بسبب تقاريرها التي جعلت الأمر أكثر صعوبة بالنسبة لكلا البلدين لإدارة الطريقة التي تبلغ بها الحرب.
قبل 11 سبتمبر 2001، أشادت حكومة الولايات المتحدة بالجزيرة لدورها كوسيط إعلامي مستقل في الشرق الأوسط، وأدعى مسؤولون أمريكيون انحياز تغطية أخبار الجزيرة لمعاداة الولايات المتحدة.
نالت المحطة اهتماما واسعا لأول مرة في الغرب بعد هجمات 11 سبتمبر 2001، عندما بثت فيديوهات لاسامة بن لادن وسليمان أبو غيث يدافعوا ويبرروا فيها عن الهجمات. وأدى ذلك إلى جدل كبير واتهامات من جانب حكومة الولايات المتحدة أن الجزيرة كانت نشارك في الدعاية لصالح الارهابيين. عارضت قناة الجزيرة وقالت أنه مجرد إتاحة المعلومات من دون تعليق، وحذت حذوها بعد ذلك العديد من القنوات التلفزيونية الغربية في بث أجزاء من الأشرطة.
13 نوفمبر 2001، أثناء الغزو الأمريكي لأفغانستان، دمرت ضربة صاروخية أمريكية مكتب قناة الجزيرة في كابول. ولم تقع خسائر في الأرواح.
أعتقل مصور قناة الجزيرة سامي الحاج سوداني الجنسية، أثناء العبور إلى أفغانستان في ديسمبر 2001 وحتى مايو 2008، وحبس دون تهمة، ووصف بانه «مقاتل عدو» في معسكر دلتا في خليج غوانتانامو. لا تزال مجهولة أسباب أعتقاله، بالرغم أن البيان الرسمي للولايات المتحدة ان جميع المعتقلين هم تهديدات أمنية. أعربت مراسلون بلا حدو مرارا عن قلقها بشأن اعتقال الحاج،  وذكرت الحاج في مؤشرها السنوي لحرية الصحافة في العالم،  وأطلقت عريضة من أجل إطلاق سراحه. وفي 23 نوفمبر 2005، ذكر محامي سامي الحاج كلايف ستافورد سميث أنه خلال (125 من 130) مقابلة، سأل مسؤولون أمريكيون سامي إذا ما كانت الجزيرة واجهة لتنظيم القاعدة. وخرج من السجن لاحقاً بعد أن فشلت الولايات المتحدة بإثبات جرم سامي الحاج.