فيروس العوز المناعي البشري علم الفيروسات
الخطوة الأخيرة من دورة الفيروس هي تجميع فيروسات الإيدز-1 الجديدة ويحدث ذلك عند الغشاء الخلوي للخلية المضيفة. يذهب عديد البروتين Env  ‏(gp160) بعد تخليقه إلى داخل الشبكة الإندوبلازمية ثم ينقل إلى جهاز غولجي أين يتم قصه بواسطة بروتين الفيورين وينتج عنه البروتينان السكريان الخاصان بغلاف فيروس الإيدز gp41 وgp120. بعد ذلك يُنقل هذان الأخيران إلى الغشاء الخلوي الخاص بالخلية المضيفة ويقوم gp41 بإرساء وتثبيت gp120 على الغشاء. يرتبط عديدي البروتين Gag‏ (p55) وGag-Pol‏ (p160) كذلك بالسطح الداخلي للغشاء الخلوي إلى جانب جينوم الرنا الفيروسي عندما يبدأ الفيروس الجديد في التبرعم من الخلية المضيفة. الفيروس المتبرعم يكون غير ناضج بعد لأن عديدات البروتين كعام ماتزال يجب أن تقص لتشكيل البروتينات المكونة للمطرس والقفيصة والقفيصة المنواة. وهذا القص يتم بواسطة بروتياز فيروسي تم تجميعه مع الفيروس ويمكن تثبيطه بواسطة الأدوية المضادة للفيروسات الراجعة من قسم مثبط البروتياز. بعد ذلك تتجمع مختلف المكونات البنيوية لإنتاج فيروس إيدز جديد ناضج. ولا يمكن سوى للفيروسات الناضجة إصابة خلايا أخرى.
تسمى العملية الكلاسيكية عند إصابة فيروس لخلية ما «بالانتشار الحر إلى الخلايا» لتمييزها عن عملية إصابة جديدة معروفة حديثا تسمى «الانتشار من خلية إلى خلية». في عملية الانتشار الحر إلى الخلايا (انظر الصورة) تتبرعم فيروسات الإيدز من الخلايا التائية المصابة وتدخل إلى الدم أو السائل خارج الخلوي وبعدها تصيب خلية تائية أخرى بعد الالتقاء بها صدفة. يمكن لفيروس الإيدز كذلك أن ينتشر مباشرة من خلية لأخرى بواسطة عملية الانتشار من خلية إلى خلية التي وُصِف لها مساران. في الأول: يمكن لخلية تائية نقل الفيروس مباشرة لخلية تائية أخرى مستهدفة عبر مشبك فيروسي. والثاني: يمكن لخلية مقدمة للمستضد (APC) مثل الخلية البلعمية أو المتغصنة أن تنقل الفيروس إلى الخلايا التائية إما عبر عملية إصابة فعالة كما هو الحال لدى البلعميات أو عبر التقاط ونقل الفيروسات بشكل مفروق كما هو الحال لدى الخلايا المتغصنة. أيا كان المسار المستعمل، فقد أُبلغ أن الانتشار من خلية إلى خلية أكثر فعالية من الانتشار الحر إلى الخلايا. تساهم عدة عوامل في هذه الفعالية منها: تبرعم الفيروس المستقطب نحو موقع اتصال الخلية بالخلية، التموضع القريب للخلايا من بعضها وهو ما يخفض من مرحلة انتشار الفيروس عبر السائل، وتكدس مستقبلات دخول فيروس الإيدز على الخلايا المستهدفة في منطقة الاتصال. يُعتقد أن الانتشار من خلية إلى خلية مهم بشكل خاص في الأنسجة اللمفاوية أين تكون الخلايا التائية المساعِدة محزَّمة بكثافة ويكون احتمال تآثرها المتكرر كبيرا. دعمت دراسات التصوير أثناء الحياة[الإنجليزية] مفهوم المشبك الفيروسي لفيروس الإيدز حيويا. تساهم آليات الانتشار المتعددة المتوفرة لدى فيروس الإيدز في استمرار انتشاره وتضاعفه رغم العلاجات بمضادات الفيروسات الراجعة.
يختلف فيروس الإيدز عن العديد من الفيروسات في كونه يملك تباينا جينيا كبيرا، هذا التنوع هو نتيجة لدورة تضاعفه السريعة التي يتم فيها إنشاء 1010 فيروس كل يوم، بالإضافة إلى معدل طفرات كبير يقدر بحوالي 3 x 10−5 لكل نوكليوتيد لكل دورة تضاعف وكذلك الخصائص التأشيبية للناسخ العكسي.
تؤدي هذه السمات المميزة إلى نشوء العديد من مغايرات فيروس الإيدز في مريض واحد في مدة يوم واحد فقط. يزداد هذا التنوع حين تصاب خلية واحدة في نفس الوقت بنوعين (مغايرتين) أو أكثر من فيروس الإيدز. عندما تحدث الإصابة المتزامنة، يمكن أن يتكون جينوم فيروسات الذرية من سلاسل رنا من سلالتين مختلفتين. بعدها يصيب هذا الفيروس الهجين خلية جديدة ويخضع لدورة تضاعف، وحين يتم ذلك يولِّد الناسخ العكسي عبر تبديل النسْخ بين السلسلتين جيئة وذهابا تسلسل دنا راجعٍ يكون مؤشبا (توليفة) بين جينومي الفيروسين الأبوين. يبدو هذا التأشيب جليا حين يحدث بين الأنواع الفرعية.
تطوَّرَ فيروس العوز المناعي السعالي (SIV) ذو الصلة القريبة من فيروس الإيدز البشري إلى العديد من السلالات، وصُنف حسب الأنواع الطبيعية المضيفة له. يُعتقد أن سلالات الفيروس السعالي الخاصة بالقرد الإفريقي الأخضر (SIVagm) والمنجبي الأسخم (SIVsmm) لها تاريخ تطوري كبير مع مضيفاتها. تأقلمت هذه المضيفات مع تواجد الفيروس فيها، وهذا التواجد يكون بمستويات كبيرة لكن لا يُحدث سوي استجابة مناعية خفيفة، لا تسبب تطور متلازمة نقص المناعة المكتسبة للسعالي، ولا يخضع لطفرات وتأشُّب كثيف كما هو الحال لدى فيروس الإيدز البشري (HIV).
في المقابل، حين تصيب هذه السلالات الأنواع التي تأقلمت مع فيروس عوز المناعة السعالي (SIV) مثل المكاك الريسوسي أو مكاك طويل الذيل، تطور هذه الحيوانات مرض الإيدز ويولِّد الفيروس تنوعا جينيا مماثلا لما يُشاهَد لدى إصابة البشر بالفيروس. الفيروس السعالي الخاص بالشامبانزي (SIVcpz) هو أقرب الأقارب الجينية لفيروس الإيدز-1 وهو مرتبط بزيادةٍ في الوفيات وأعراض مشابهة لأعراض الإيدز لدى مضيفه الطبيعي. يبدو أن الفيروس السعالي الشبمانزي انتقل حديثا نسبيا إلى جمهرتي الشامبانزي والبشر، لذلك لم يتأقلم هذان المضيفان مع الفيروس بعد. هذا الفيروس فقد كذلك وظيفة الجين صحن (كنيسة) المتواجدة لدى معظم فيروسات السعالي. في مغايرات فيروس السعالي غير المسببة للمرض، يثبط nef تنشيط الخلايا التائية عبر واسم عنقود التمايز 3 (CD3). وظيفة nef في سلالات فيروس السعالي غير الممرضة هي تخفيض التعبير السيتوكينات المعززة للاتهاب MHC-1 والإشارات التي تؤثر على تحرك وانتقال الخلايا التائية. في فيروس الإيدز-1 والفيروس السعالي الشمبانزي، لا يثبط nef تنشيط الخلايا التائية وفقد تلك الوظيفة. من دون هذه الوظيفة، على الأرجح قد يؤدي نفاذ الخلايا التائية إلى عوز المناعة.
تم تحديد ثلاث مجموعات من فيروس الإيدز-1 بناء على اختلافات في منطقة الغلاف (env) هي M وN وO. المجموعة M هي الأكثر انتشارا وتنقسم بدورها إلى ثمان مجموعات فرعية (أو كلادات) بناء على جينوماتها الكاملة التي تختلف جغرافيا. أكثر الأنواع الفرعية انتشارا هو B (المتواجد أساسا في شمال أمريكا وأوروبا)، A وD (المتواجدان أساسا في إفريقيا)، وC (المتواجد أساسا في إفريقيا وآسيا). تتفرع هذه الأنواع الفرعية من شجرة تطورية تمثل الخط التطوري للمجموعة M من فيروس الإيدز-1. الإصابة المتزامنة بنوعين مختلفين من الأنواع الفرعية تنتج عنها هيئات مؤشبة منتشرة (CRFs). في عام 2000، وهو آخر عام من دراسة أنجِزت لمعرفة الانتشار العالمي للأنواع الفرعية، كانت نتائج الإصابات كالتالي: 47.2% من النوع الفرعي C، ‏26.7% من النوع الفرعي A/CRF02_AG، ‏ 12.3% من النوع الفرعي B،‏ 5.3% من النوع الفرعي D، ‏ 3.2% من النوع الفرعي CRF_AE، والبقية 5.3% كانت مكونة من أنواع فرعية وهيئات مؤشبة منتشرة أخرى. تركز معظم البحوث حول فيروس الإيدز-1 على النوع الفرعي B، ومختبرات قليلة تركز على أنواع فرعية أخرى. افتُرض أن تواجد المجموعة الرابعة "P" مبني على فيروس عُزل سنة 2009. ويبدو أن هذه السلالة مشتقة من فيروس السعالي الخاص بالغوريلا (SIVgor) الذي عُزِل من غوريلا السهول الغربية سنة 2006.
أقرب الأقرباء لفيروس الإيدز-2 هو فيروس السعالي الخاص بالمنجبي الأسخم. بما أن فيروس الإيدز-1 مشتق من فيروس السعالي الشبمانزيّ وفيروس الإيدز-2 من فيروس السعالي الخاص بالمنجبي الأسخم، التركيب الجيني لفيروس الإيدز-2 متماثل جزئيا فقط مع فيروس الإيدز-1 ويماثل بشكل أكبر نظيره لدى فيروس السعالي الخاص بالمنجبي الأسخم.