تاريخ بيرو بيرو القديمة
أدت ضرورة تعزيز السلطة الملكية الإسبانية على هذه الأراضي إلى إنشاء ريل أودينسا (مجلس الاستماع الملكي). في العام التالي، 1542،  تأسست النيابة الملكية على بيرو، بسلطةٍ على معظم أمريكا الجنوبية الخاضعة للحكم الإسباني. (أُعيد تنظيم كولومبيا والإكوادور وبنما وفنزويلا في النيابة الملكية لغرناطة عام 1717؛ وأُنشئت الأرجنتين وبوليفيا وباراغواي والأوروغواي باسم النيابة الملكية على ريو دي لا بلاتا عام 1776).
بعد وفاة بيزارو، ظهرت العديد من المشاكل الداخلية، وأرسلت إسبانيا في النهاية بلاسكو نونيز فيلا ليكون أول نائبٍ للملك في بيرو عام 1544. قُتل لاحقًا على يد شقيق بيزارو، غونزالو بيزارو، لكن نائب الملك الجديد، بيدرو دي لا غاسكا، تمكن في النهاية من استعادة النظام. أسر غونزالو بيزارو وأعدمه.
أشار الإحصاء الذي أجراه آخر تنظيمِ كويبو إلى وجود 12 مليون نسمة من الإنكا في البيرو؛ بعد 45 عام، في عهد نائب الملك توليدو، بلغ التعداد 1,100,000 فقط من الإنكا. يقدر المؤرخ ديفيد إن. كوك أن عدد سكانها انخفض من نحو 9 ملايين في عشرينيات القرن السادس عشر إلى نحو 600,000 في عام 1620 بسبب الأمراض المعدية بشكل رئيسي. في حين أن الاستنزاف لم يكن محاولة منظمة للإبادة الجماعية، إلا أن النتائج كانت مماثلة. يعتقد العلماء الآن أنه من بين العوامل المختلفة المساهمة، كانت الأمراض الوبائية مثل الجدري (لم يكن لدى الهنود الحمر مناعة ضد المرض، على عكس الإسبان) السبب الرئيسي لانخفاض عدد سكان أمريكا الأصليين. مُنحت مدن الإنكا أسماء مسيحية إسبانية وأُعيد بناؤها، إذ تمركزت المدن الإسبانية حول ساحة مع كنيسة أو كاتدرائية تواجه مقرًا رسميًا. احتفظ عدد قليل من مدن الإنكا مثل كوزكو بالبناء الأصلي لأساسات جدرانها. هُجرت مواقع الإنكا الأخرى، مثل وانوكو فيخو، لمدنٍ على ارتفاعات أخفض لتكون أكثر ملاءمة للإسبان.
في عام 1542، أنشأ التاج الإسباني النيابة الملكية على بيرو، والتي أُعيد تنظيمها بعد وصول نائب الملك فرانسيسكو دي توليدو في عام 1572. وضع حدًا لدولة الإنكا الحديثة في فيلكابامبا وأعدم توباك أمارو الأول. سعى أيضًا إلى التنمية الاقتصادية من خلال الاحتكار التجاري واستخراج المعادن، وخاصة من مناجم الفضة في بوتوسي. أعاد استخدام ميتا الإنكا، وهو برنامج للعمل القسري، من أجل حشد المجتمعات المحلية للعمل في التعدين. جعل هذا التنظيم من البيرو مصدرًا رئيسيًا للثروة الإسبانية وسلطتها في أمريكا الجنوبية.
أصبحت مدينة ليما، التي أسسها بيزارو في 18 يناير 1535 باسم «سيوداد دي رييس» (مدينة الملوك)، مقر النيابة الملكية الجديدة. نمت لتصبح مدينة قوية، مع نفوذ قانوني على معظم أمريكا الجنوبية الإسبانية. مرت المعادن الثمينة عبر ليما في طريقها إلى برزخ بنما ومن هناك إلى إشبيلية في إسبانيا وهذا بالنسبة لطريق المحيط الأطلسي، أما بالنسبة لطريق المحيط الهادئ، فقد مرت إلى المكسيك ورست في ميناء أكابولكو ووصلت في النهاية إلى الفلبين. بحلول القرن الثامن عشر، أصبحت ليما عاصمة استعمارية أرستقراطية مميزة ومقرًا للجامعة والمعقل الإسباني الرئيسي في الأمريكيتين. وهكذا كانت البيرو ثرية ومكتظة بالسكان حتى أن سيباستيان أورتادو دي كوركويرا، حاكم بنما، وطّن مدينة زامبوانجا في الفلبين، والتي أصبحت تتحدث لغة الكريول الإسبانية وذلك بالاعتماد على الجنود والمستعمرين المجندين من مدن البيرو.
مع ذلك، طوال القرن الثامن عشر، لم يكن للإسبان سيطرة كاملة على الأقاليم الأبعد عن ليما. لم يستطع الإسبان حكم المقاطعات دون مساعدة النخبة المحلية. كانت هذه النخبة المحلية، التي حكمت تحت لقب كوراكا، تفتخر بتاريخ الإنكا خاصتها. بالإضافة إلى ذلك، طوال القرن الثامن عشر، تمرد السكان الأصليون ضد الإسبان. كان تمرد خوان سانتوس أتاوالبا في 1742 في مقاطعتي الأدغال الأندية، تارما وجاويا، الذي طرد الإسبان من منطقة واسعة، وتمرد توباك أمارو الثاني في عام 1780 حول مرتفعات قريبة من كوزكو، من أهم التمردات التي حصلت.
في ذلك الوقت، كان هناك أزمة اقتصادية تتنامى بسبب إنشاء نيابتي غرناطة الجديدة وريو دي لا بلاتا (على حساب أراضيها) وبسبب الإعفاءات من الرسوم التي نقلت المركز التجاري من ليما إلى كاراكاس وبوينس آيرس وانخفاض إنتاج المناجم والمنسوجات. تبين أن هذه الأزمة مواتية لتمرد توباك أمارو الثاني مع شعبه من السكان الأصليين وحتمت التدهور التدريجي للنيابة الملكية على بيرو.
في عام 1808، غزا نابليون شبه الجزيرة الإيبيرية وأخذ الملك فرديناند السابع رهينة. في وقت لاحق من عام 1812، أصدر مجلس قادس، وهو الجمعية التشريعية الوطنية لإسبانيا، دستور قادس الليبرالي. ألهمت هذه الأحداث الأفكار التحررية بين شعب الكريولو الإسباني في جميع أنحاء أمريكا الإسبانية. في البيرو، نشأ تمرد الكريول في إقليم هانوكو عام 1812 ونشأ تمرد كوزكو بين عامي 1814 و1816.على الرغم من هذه الثورات، ظل حكم أقلية شعب الكريولو في بيرو مواليًا للإسبان عمومًا، مما يفسر حقيقة أن النيابة الملكية على بيرو ظلت آخر معقل للهيمنة الإسبانية في أمريكا الجنوبية.