تفاعل البوليمراز المتسلسل البدائل
تفاعل البوليميراز المتسلسل بالزمن الحقيقي (qPCR): يستخدم لقياس كمية التسلسل المستهدف (بالزمن الحقيقي عادة). ويقيس كميًا كميات بدء الدنا أو الدنا المتمم أو الرنا. يستخدم qPCR عادة لتحديد ما إذا كان تسلسل الدنا موجودًا في العينة وعدد النسخ في العينة. يتميز التفاعل بدرجة عالية من الدقة. تستخدم طريقة qPCR صبغات متألقة، مثل أخضر سايبر وأخضر إيفا، أو مسبار دنا المحتوي على فلوروفور مثل تاغمان، لقياس كمية الناتج المضخم بالزمن الحقيقي. يختصر أحيانًا إلى RT-PCR (تفاعل البوليميراز المتسلسل اللحظي) لكن هذا الاختصار يجب أن يستخدم فقط من أجل تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي. qPCR هو اختصار ملائم لتفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (اللحظي).
تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي (RT-PCR): لتضخيم الدنا من الرنا. تنسخ المستنسخة العكسية عكسيًا الرنا إلى دنا متمم، الذي يُضخَّم حينئذ بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل. يستخدم RT-PCR على نطاق واسع في تنميط التعبير، لتحديد التعبير عن الجين أو لتحديد تسلسل نسخة رنا، بما في ذلك مواقع بدء النسخ والإنهاء. إذا كان تسلسل الدنا الجينومي للجين معروفًا، يمكن استخدام RT-PCR لرسم خريطة موقع الإكسونات والإنترونات في الجين. عادةً ما تُحدد النهاية 5' من الجين (المقابلة لموقع بدء النسخ) بواسطة RACE-PCR (التضخيم السريع لنهايات الدنا المتمم).
تفاعل البوليميراز المتسلسل المعتمد على الريبونوكلياز إتش (rhPCR): تعديل لتفاعل البوليميراز المتسلسل الذي يستخدم المشرعات مع كتلة تمديد 3’ يمكن إزالتها بواسطة إنزيم ريبونوكلياز إتشII الثابت حراريًا. يقلل هذا النظام من الدَيْمَرات-مشرع ويسمح بإجراء تفاعلات متعددة مع أعداد أكبر من المشرعات.
تفاعل البوليميراز المتسلسل ذو المشرع المفرد المحدد (SSP-PCR): يسمح لتضخيم دنا ذو طاقين حتى عندما تكون معلومات التسلسل متوفرة عند نهاية واحدة فقط. تسمح هذه الطريقة بتضخيم الجينات التي يتوفر لها جزء من معلومات التسلسل فقط، وتسمح بالسير على الجينوم أحادي الاتجاه من مناطق معروفة من الصبغي.
تفاعل البوليميراز المتسلسل ذو الطور الصلب: يشمل معانٍ متعددة، بما في ذلك تضخيم مستعمرة البوليميراز (حيث تُشتق مستعمرات تفاعل البوليميراز المتسلسل في مصفوفة هلامية مثلا). تفاعل البوليميراز المتسلسل الجسر (ترتبط المشرعات بشكل تساهمي بسطح صلب داعم)، تفاعل البوليميراز المتسلسل التقليدي ذو الطور الصلب (حيث يُطبق تفاعل البوليميراز المتسلسل اللامتناظر بوجود مشرع مسند داعم صلب مع تسلسل يتطابق مع أحد المشرعات المائية) و تفاعل البوليميراز المتسلسل المعزز للطور الصلب (حيث يمكن تحسين تفاعل البوليميراز المتسلسل للطور الصلب التقليدي عن طريق استخدام درجة حرارة انصهار Tm عالية ومشرع صلب داعم عشي مع تطبيق اختياري لـ«مرحلة» حرارية لإنتاج مشرع داعم صلب).
تفاعل البوليميراز المتسلسل المنتحر: يستخدم عادةً في الوراثيات القديمة أو الدراسة الأخرى حيث يكون لتجنب الإيجابيات الكاذبة وضمان خصوصية الشدف المتضخمة الأولوية القصوى. وصِف لأول مرة في دراسة للتحقق من وجود ميكروب اليرسنية الطاعونية في عينات الأسنان التي حصلوا عليها من قبور تعود للقرن الرابع عشر لأشخاص يُفترض أنهم توفوا بسبب الطاعون خلال وباء الموت الأسود في العصور الوسطى. تصف الطريقة استخدام أي تركيبة أولية مرة واحدة فقط في تفاعل البوليميراز المتسلسل (ومن هنا كان مصطلح «الانتحار»)، والذي كان يجب ألا يستخدم أبدًا في أي تفاعل تحكم تفاعل البوليميراز السلسلي الإيجابي، ويجب أن تستهدف المشرعات دائمًا منطقة جينومية لم تُضخم من قبل في مختبر باستخدام هذا أو أي مجموعة أخرى من المشرعات. ويضمن هذا عدم وجود دنا ملوث من تفاعلات تفاعل البوليميراز المتسلسل السابقة في المختبر، ما قد يؤدي إلى نتائج إيجابية كاذبة.
تفاعل البوليميراز المتضافر اللامتناظر حراريًا (TAIL-PCR): لعزل تسلسل غير معروف يجانح تسلسل معروف. ضمن التسلسل المعروف، يستخدم TAIL-PCR زوجًا عشيًا من المشرعات بدرجات حرارة تلدين مختلفة؛ يستخدم المشرع المتنكس لتضخيم الاتجاه الآخر من التسلسل غير المعروف.
تفاعل البوليميراز المتسلسل الهابط (تفاعل البوليميرازالمتسلسل الخافض): أحد أشكال تفاعلات البوليميراز المتسلسل التي تهدف إلى تقليل الخلفية غير المحددة عن طريق خفض درجة حرارة التلدين تدريجيًا مع تقدم دورة تفاعل البوليميراز المتسلسل. عادة ما تكون درجة حرارة التلدين في الدورات الأولية أعلى بضع درجات (3-5 درجة مئوية) فوق درجة حرارة الانصهار Tm من المشرعات المستخدمة، بينما في الدورات اللاحقة، تكون درجات الحرارة (3-5 درجة مئوية) أقل من درجة حرارة الانصهار Tm. تعطي درجات الحرارة الأعلى تخصصية أكبر لرابطة المشرع، وتسمح درجات الحرارة المنخفضة بتضخيم أكثر كفاءة من المنتجات المحددة التي تشكلت خلال الدورات الأولية.
السائر السريع الشامل (UFW): يستخدم في حالة الجينوم السائر والتبصيم الوراثي بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل «ذي الوجهين» الأكثر تحديدًا من التفاعل التقليدي «أحادي الجانب» (باستخدام مشرع واحد خاص بالجينات ومشرع عام واحد – والذي قد يؤدي إلى «ضوضاء» فنية)   بموجب آلية تتضمن تكوين بنية الوهقات. ومن بين مشتقات مبسطة لـ UFW الـ LaNe RAGE (تفاعل البوليميراز المتسلسل العشي المعتمد على الوهق لتسريع تضخيم نهايات دنا الجينوم) و 5'RACE LaNe و  3'RACE LaNe.