مدائن صالح التاريخ
استمرت حضارة الأنباط في الازدهار والتوسع في الحجر حتى تحكموا في طرق التجارة في العالم القديم، حيث احتكروا تجارة البخور والمر والتوابل، وكان طريق التجارة القديم يأتي من جنوب شبه الجزيرة العربية حتى يصل إلى الحِجْر، ومن الحجر يتفرع إلى طريقين، يذهب أحدهما إلى البتراء ومصر والشام، فيما يذهب الآخر إلى تيماء ثم تدمر في العراق. كما كانت الحجر مركزاً رئيسياً لطرق القوافل القديمة وكانت تتحكم في طرق القوافل، وبلغ نفوذهم كما يذكر المؤرخون شرق شبه الجزيرة العربية وجنوبها، وعندما خشي الرومان على نفوذهم وعلى دولتهم من هذه المملكة الجديدة قام الرومان بشن حرب كبيرة على الأنباط واستطاع الرومان هزيمتهم في الحجر سنة 106م، ولكنهم لم يستوطنوا الحجر بل عادوا إلى الشام، وهكذا تدمرت حضارة الأنباط في الحجر ولم يعد لهم أي ذكر، وظلت الحجر مهجورة زمناً طويلاً.
في سنة 106م تم ضم مملكة الأنباط من قبل الإمبراطورية الرومانية. وبالتالي أصبح جزء من الحجاز والذي يشمل الحجر تحت إدارتهم.
مؤخراً تم اكتشاف نقش روماني في الحجر يعود إلى 175 - 177م.
تحول طريق التجارة من كونه مساراً بريّاً يصل بين شمال شبه الجزيرة العربية وجنوبها إلى أن أصبح مساراً بحريّاً وذلك عبر البحر الأحمر، مما أدّى إلى انخفاض أهميتها التجاريّة بعد أن كانت مركزاً للتجارة، إلى أن تمّ التخلي عنها لاحقاً. هناك دراسات أثرية افترضت أن الموقع قد فقد وظائفه الحضرية في بدايات أواخر العصور القديمة، ويعود ذلك إلى عملية التصحر في المنطقة.
مؤخراً تم اكتشاف أدلة على أن الفيالق الرومانية في عهد تراجان سيطرت على مدائن صالح، لزيادة نفوذها في المقاطعة العربية.
يبقى تاريخ الحجر منذ انهيار الإمبراطورية الرومانية حتى ظهور الإسلام غير معروف، في سنة 9 هـ الموافقة لسنة 630م مر عليها النبي محمد أثناء توجهه لغزوة تبوك. بعد ظهور الإسلام وانتشاره عادت الحركة إلى الحجر، كما تم ذكرها في القرون اللاحقة من قِبَل المسافرين والحجاج في طريقهم إلى مكة، حيث كانت الحجر تخدم كمحطة للاستراحة بها والتزوّد بالماء والطعام، وقد ذكرها العديد من الرحالة العرب كالمقدسي وياقوت الحموي وإبراهيم بن شجاع، وابن بطوطة الذي أشار في القرن الرابع عشر الميلادي إلى الصخور والأضرحة الموجودة فيها، ولكنّه لم يشر إلى الأنشطة البشرية هناك.
تحت الحكم العثماني والذي بدأ في القرن السادس عشر، تم بناء حصن فيها في الفترة ما بين 1744 - 1757م، والذي كان ذلك جزءاً لسلسلة من التحصينات تم بناؤها من أجل حماية طريق الحج إلى مكة.
منذ القرن التاسع عشر استُخدِمت الآبار القائمة لزراعة المنطقة بشكل دوري من قبل المستوطنين في تيماء المجاورة لها، واستمر هذا حتى القرن العشرين، عندما تم بناء سكة حديد الحجاز (1901 - 1908م) التي كانت تمرّ من خلال الموقع بأمرٍ من السلطان العثماني عبد الحميد الثاني، لربط دمشق والقدس في الشمال الغربي بالمدينة المنورة، لتسهيل رحلة الحج، بالإضافة إلى أمور سياسية واقتصادية لتعزيز الإدارة العثمانية على مراكز العقيدة الإسلامية. بُنِيت محطة مدائن صالح شمال الحجر، وقد عملت على زيادة إمكانية الوصول للموقع. لاحقاً تم تدمير السكة من قِبل الإنجليز خلال الثورة العربية أثناء الحرب العالمية الأولى.
استمرت عدة دراسات أثرية في الموقع للفترة منذ بداية الحرب العالمية الأولى إلى توحيد المملكة العربية السعودية في 1932، إلى أن وصلت إلى الستينيات الميلادية. لاحقاً تم ترميم محطة سكة الحديد، وتتكون من 16 مبنى موزعاً على خط السكة بطول 400 متر تقريباً، وتضم مباني للإدارة والمخازن ومركزاً للشرطة ومركزاً صحياً وإقامة للعاملين في المحطة واستراحات للزوار، كما تتضمن محطة لصيانة القاطرات وورشة للصيانة ومخازن الحطب والطاقة.
بحلول نهاية فترة الستينيات الميلادية عملت الحكومة السعودية برنامجاً لتحسين أسلوب حياة قبائل البدو الرحل التي تقطن المنطقة. وكان البرنامج يقترح استقرارهم في المنطقة مع إعادة استخدام الآبار الموجودة والاشتغال بالزراعة، ولكن مع اكتساب الموقع هويته الرسمية كموقع أثري سنة 1972 أدّى إلى توطين البدو نحو الشمال خارج حدود الموقع، وشمل ذلك تطوير الأراضي الزراعية الجديدة والآبار التي حفرت حديثاً، للحفاظ على المنطقة.