أبو عبد الله المهدي توليه عرش الخلافة
وزاد ابن برد في كفرياته قائلًا إن كل الصحابة كفار لأنهم لم يبايعوا علي بن أبي طالب، ثم كفَّر عليًا لأنه لم يقاتلهم على ذلك. حاول المهدي ثنيه عن هذا النهج بالحُسنى، لكنه رفض، فأمر بجلده بالسياط حتى الموت سنة 168هـ / 784م. ومحمد ابن الوزير معاوية بن يسار، إذ كان يحفظ القرآن لكنه اختلط بالزنادقة، فلما امتحنه المهدي استعجم وتعثر، ليأمر المهدي بقتله، وسبب ذلك عزل الوزير نفسه. ورغم قسوته عليهم، إلا أن المهدي امتنع عن قتل أيٍّ من الزنادقة من بني هاشم، مُتخذًا طريق إصلاح علاقته مع العلويين، فاكتفى بسجن بعضهم، مثل يعقوب بن الفضل من ذرية الحارث بن عبد المطلب، وأحد أولاد عمِّه داود بن علي العباسي، إذ وُجهت إليهما اتهامات بالزندقة. في سنة 162هـ / 779م، ظهرت طائفة دينية جديدة تُعرف باسم "المُحمَّرة"، لارتدائهم الثياب الحمراء. تزعمهم رجل يدعى عبد القهَّار، وأخذوا ينتشرون في جرجان، فأرسل المهدي قائده عمر بن العلاء لمحاربتهم، فهزمهم وقتل زعيمهم.
أوصى المهدي ابنه ووليُّ عهده الأوَّل موسى الهادي بمتابعة محاربة الزنادقة حال استخلافه، قائلًا: «يا بني، إن صار لك هذا الأمر، فتجرد لهذه العصابة (أي الزنادقة)، فإنها فرقة تدعو الناس إلى ظاهر حسن، كاجتناب الفواحش والزهد في الدنيا والعمل للآخرة، ثم تخرجها إلى تحريم اللحم ومس الماء الطهور وترك قتل الهوام تحرجًا وتحوبًا، ثم تخرجها من هذه إلى عبادة اثنين، أحدهما النور والآخر الظلمة، ثم تبيح بعد هذا نكاح الأخوات والبنات، والاغتسال بالبول، وسرقة الأطفال من الطرق لتنقذهم من ضلالة الظلمة إلى هداية النور، فارفع فيها الخشب، وجرد فيها السيف، وتقرب بأمرها إلى الله لا شريك له».
شهدت مصر في عهد الخليفة المهدي واحدة من أخطر الاضطرابات، قادها دحية بن مصعب الأموي، مُعلنًا تمرده في صعيد مصر، وتحديدًا في قرية بوصير، حيث قُتل فيها آخر خلفاء بني أمية، مروان بن محمد، سنة 132هـ / 750م. اندلعت ثورة دحية في سنة 167هـ / 783 أو 784م، وهدفت لإعادة النفوذ الأموي واستمالة المُعارضين للحكم العبَّاسي. واجه والي مصر، إبراهيم بن صالح العبَّاسي، صعوبة في التعامل مع ثورته، مما دفع المهدي إلى عزله واستبداله بالقائد موسى بن مصعب الخثعمي، ثم لاحقًا عسامة بن عمرو المعافري، إلا أن كلاهما عجز عن إنهاء الثورة، مما سمح لدحية بمواصلة نشاطه في بعض مناطق الصعيد. استمرت الثورة أربع سنوات، حتى بعد وفاة المهدي، وظل دحية ثائرًا حتى عهد ابنه موسى الهادي، والذي أدرك خطورة الوضع، فعين قريبه الفضل بن صالح العبَّاسي واليًا على مصر، وأمره بقيادة جيش كبير للقضاء على الثورة. وفي جمادى الآخرة سنة 169هـ / يناير 784م، اندلعت المعركة الحاسمة، وانتهت بمقتل دحية وسحق قواته، ليتم القضاء على إحدى آخر المحاولات لإعادة الحكم الأموي.
رأى المهدي في ابنه هارون الرشيد صفات القائد المحنك، فكان أكثر ميلًا إليه عن أخيه موسى الهادي في مسألة ولاية العهد، راغبًا بتثبيت الرشيد بدلًا منه وليًا للعهد. وفي سبيل ذلك، بعث المهدي رسالة إلى الهادي يطلب منه الحضور إلى بغداد، حيث أقام الهادي في طبرستان، لمحاربة كلًا من ونداد هرمُز وشروين سنة 167هـ / 784م. أدرك الهادي نوايا والده من وراء استدعائه بشكلٍ ما، وأن قدومه إلى بغداد ليس إلا محاولة لعزله، فرفض الامتثال. وعندما أرسل المهدي رسولًا آخر لإقناعه، قابله الهادي بالضرب والإهانة، وأصرّ على عدم الذهاب، خصوصًا بعدما علم أن والدته الخيزران بنت عطاء تدعم تقديم الرَّشيد على الهادي في ولاية العهد. أثار فعل الهادي غضب المهدي، وقرر التحرك بنفسه لإجبار ابنه على الطاعة، فخرج إليه في 11 مُحرَّم 169هـ / 23 يوليو 785م. لكنه أثناء الرحلة، توقف ليستريح في قرية الرُّذ من ماسبذان، وهي منطقة تتبع ولاية الجبال، إلا أن المنية وافته هناك، في 22 مُحرَّم 169هـ / 4 أغسطس 785م، لينتقل الحكم مباشرة إلى موسى الهادي، قبل أن يتمكن المهدي من تنفيذ خطته في خلعه لصالح الرشيد.