شامل باساييف نشاطه العسكري
من يونيو وحتى أغسطس 2003، أقام باساييف في بلدة باكسان في قبردينو - بلقاريا، إلا أنه وقع اشتباك بين المقاتلين ورجال الشرطة المحليين في باكسان، أدى إلى الكشف عن مكان اختباء باساييف، واستطاع باساييف النجاة رغم إصابته في ساقه، مما أسفر عن مقتل مسؤول في الشرطة المحلية. وفي 8 أغسطس 2003، أعلن وزير الخارجية الأمريكي كولن باول أن شامل باساييف يشكل تهديدًا لأمن الولايات المتحدة ومواطنيها. وفي أواخر عام 2003، أعلن باساييف مسؤوليته عن التفجيرات في كل من موسكو وييسينتوكي في ستافروبول كراي، وقال أنها تم تنفيذها من قبل المجموعة التي تعمل تحت إمرته.
وفي 9 مايو 2004، اغتيل أحمد قديروف الرئيس الشيشاني الموالي لروسيا في غروزني في هجوم بقنبلة، وقد ادعى باساييف في وقت لاحق مسؤوليته عن الحادث. أصيب في ذاك الحادث قائد القوات العسكرية الروسية في الشيشان، الذي فقد ساقه؛ وقال باساييف بأنه «انتصار صغير، لكنه مهم». كما اتُهم باساييف بقيادته الهجوم على نازران بجمهورية إنغوشيا في 21 يونيو 2004، الذي استهدف مبنى وزاري هناك، وأدى لمقتل 92 شخص من بينهم نائب وزير داخلية إنغوشيا، واحتراق مبنى الوزارة.
وفي سبتمبر 2004، أعلن باساييف مسؤوليته عن حصار مدرسة بيسلان والذي راح ضحيته أكثر من 350 شخص معظمهم من الأطفال، وجرح مئات آخرين. أعلنت الحكومة الروسية عن مكافأة قدرها 300 مليون روبل (حوالي 10 ملايين دولار أمريكي) لمن يدلي بمعلومات تؤدي إلى إلقاء القبض على باساييف.
في 17 سبتمبر 2004، أصدرت باساييف بيانًا أعلن فيه مسؤوليته عن حصار المدرسة، وفي البيان، وصف مذبحة بيسلان بأنها «مأساة رهيبة»، ووجه اللوم على الرئيس الروسي فلاديمير بوتين. كما أعلن باساييف عن مسؤوليته عن الهجمات التي وقعت خلال الفترة الماضية، والتي تضمنت تفجير محطة مترو في موسكو، وتفجير طائرة روسية في الجو في أغسطس 2004، وقال أنه خلال أزمة بيسلان، عرض على بوتين «الاستقلال مقابل الأمن».
في 3 فبراير 2005، أعلنت القناة الرابعة البريطانية أنها ستبث مقابلة مع باساييف. ردًا على ذلك، قالت وزارة الخارجية الروسية أن البث قد يساعد الإرهابيين في تحقيق أهدافهم، وطالبت الحكومة البريطانية بإلغاء البث. إلا أن مكتب وزير الخارجية البريطاني أجاب بأنه لا يستطيع التدخل في الشؤون الداخلية للقناة التلفزيونية، وبثت المقابلة كما كان مقررًا. في اليوم نفسه، ذكرت وسائل الاعلام الروسية أنه تم قتل شامل باساييف؛ وهو التقرير السادس عن مقتله منذ عام 1999.
وفي مايو 2005، أعلن باساييف عن مسؤوليته عن انقطاع التيار الكهربائي عن موسكو. إلا أن السلطات الروسية نفت ذلك. وفي مقابلة مع صحفي روسي، أعلن باساييف أن الحرب لن تتوقف قبل أن يذوق الروس مرارة الحرب التي قتل فيها 40,000 طفل شيشاني. تم بث المقابلة على شبكة ABC الأمريكية، مما جعل روسيا تمنع تلك الشبكة من العمل داخل روسيا في 2 أغسطس 2005.
وفي 23 أغسطس 2005، انضم باساييف مجددًا للحكومة الشيشانية، حيث تولى منصب النائب الأول لرئيس الحكومة وأمين لجنة الطاقة. وفي وقت لاحق من هذا العام، أعلن باساييف مسؤوليته عن الهجوم على نالتشيك عاصمة جمهورية قبردينو - بلقاريا الروسية. وقع الهجوم في 13 أكتوبر 2005؛ وأعلن باساييف أنه وقواته بقوا في المدينة لمدة ساعتين ثم غادروها. انتشرت شائعات عن مقتله خلال الهجوم، لكن هذا يتناقض مع الرسالة التي نشرها موقع «مركز القوقاز».
في مارس 2006، أعلن رئيس وزراء جمهورية الشيشان رمضان قديروف أن ما يزيد عن 3,000 شرطي يمشطون الجبال الجنوبية بحثًا عن باساييف. وفي 15 يونيو 2006، كرر باساييف الإعلان عن مسؤوليته عن التفجير الذي أودى بحياة أحمد قديروف، قائلاً أنه دفع 50,000 دولار لمنفذي العملية. وأعلن عن مكافأة قدرها 25,000 دولار لمن يأتي برأس رمضان، ساخرًا مما أعلن عنه رمضان قديروف.
وفي 27 يونيو 2006، عينه الرئيس دوكو عمروف نائبًا للرئيس. في 10 يوليو 2006 وفي بيانه الأخير، نقل عنه مركز القوقاز شكره لمجلس شورى المجاهدين في العراق لاختطافهم ثلاثة من الدبلوماسيين الروس في العراق، واصفًا إياه بأنه رد على اغتيال الدبلوماسي الشيشاني والرئيس السابق سليم خان يندرباييف.