تاريخ السودان الأنظمة السياسية المعاصرة
وصدرت بعد ذلك عدة قرارات نصت على تعطيل العمل بالدستور وإعلان حالة الطوارئ في البلاد، وإعفاء رئيس الجمهورية ونوابه ومساعديه ومستشاريه ووزرائه وحل الاتحاد الاشتراكي، إلا أن أهم ما جاء في تلك القرارات والأوامر هي أهداف مرحلة التغيير التي وصفت بأنها «مرحلة انتقالية، لا تهدف إلى استبدال نظام عسكري بآخر»، بل أنها جاءت من أجل احتواء كل الآثار المترتبة في فترة الحكم الماضي في شتى المجالات الاقتصادية والسياسية والاجتماعية، بالإضافة إلى إعداد ميثاق عمل سياسي وطني يقوم على مرتكزات أساسية (الاستقلال التام، الحفاظ على الوحدة الوطنية) أي باختصار التمهيد لحكومة تعمل على حل مشاكل السودان السياسية وفي مقدمتها مشكلة الحكم والحرب في الجنوب. وفي 9 أبريل / نيسان 1985 م، أعلن عن تشكيل مجلس عسكري انتقالي لممارسة أعمال السلطتين السلطة التشريعية والتنفيذية برئاسة الفريق أول عبد الرحمن سوار الذهب والفريق أول تاج الدين عبد الله فضل نائبا له، وعضوية 13 من كبار ضباط الجيش من بينهم اثنان من أبناء جنوب السودان.
كما تم تشكيل حكومة مدنية برئاسة الجزولي دفع الله.
أنجز الفريق عبد الرحمن سوار الذهب وعده بعد انقضاء مهلة العام في سابقة فريدة من نوعها في أفريقيا والعالم العربي. ولأول مرة يتخلي قائد انقلاب عسكري عن السلطة طواعية وبعد وعد قطعه على مواطنيه دون أن أي مقابل سياسي أو مادي خاص. وجرت الانتخابات في موعدها وفاز فيها حزب الأمة الجديد بزعامة الصادق المهدي، متقدما على غيره من الأحزاب وتولى رئاسة مجلس الوزراء، بينما جاء الحزب الإتحادي الديمقراطي في المرتبة الثانية الذي كان يتزعمه أحمد الميرغني وتولى رئاسة مجلس رأس الدولة، فيما خرج منها حزب الجبهة الإسلامية القومية وزعيمه حسن الترابي ليتصدر صفوف المعارضة في البرلمان. وسلم سوار الذهب السلطة إلى الحكومة المدنية الجديدة.
اتسمت فترة الديمقراطية الثالثة بعدم الاستقرار، إذ تم تشكيل خمس حكومات ائتلافية في ظرف أربع سنوات. قام الحزب الإتحادي الديمقراطي الذي خرج من الحكومة الائتلافية بتوقيع اتفاق سلام مع الحركة الشعبية لتحرير السودان التي حققت انتصارات عسكرية نتيجة للمساعدات العسكرية والدعم السياسي الذي تلقته من إثيوبيا وبعض الدول الأفريقية المجاورة للسودان، والمنظمات الكنسية. ونص الأتفاق على وقف لإطلاق النار إلى جانب رفع حالة الطواريء بغية تمهيد الطريق أمام مؤتمر دستوري عام، على أن يسبقه تجميد العمل بالعقوبات الحدية (الشريعة الإسلامية أو قوانين سبتمبر كما كان يطلق عليها) أواستبدالها بقوانين جديدة مماثلة.
كانت الهزائم المتلاحقة التي منيت بها القوات الحكومية في جنوب السودان سببا في تذمر القيادة العامة للجيش التي عقدت اجتماعا وتقديمها مذكرة لرئيس الحكومة الصادق المهدي، مطالبة أياه بالعمل على تزويد الجيش بالعتاد العسكري الضروري، أو وضع حد للحرب الدائرة في الجنوب. وأحدثت المذكرة بلبلة سياسية في البلاد لأنها تتضمن تهديدا مبطنا للحكومة أو على الأقل توبيخا رسميا لتقصيرها في إحدى مهامها الأساسية وهي الدفاع عن البلاد، بإهمالها التزاماتها تجاه الجيش. كما كانت تلك المذكرة مؤشرا خطيرا لتدخل الجيش في السياسة بشكل مباشر؛ بل كان من الغريب أن يقحم جيش - في نظام ديمقراطي- نفسه في السياسة مبتعدا عن المهنية، ويخطر رئيس الحكومة علنا وبشكل مباشر، وليس عن طريق وزير الدفاع، بما يجب أن يعمله لحل المشاكل الوطنية. تدهورت العلاقة بين الجيش وحكومة الصادق المهدي بعد توجيه الفريق فتحي أحمد علي القائد العام إنذارا إلى الحكومة وطالبها بالاعتدال في مواقفها السياسية ورفع المعاناة عن كاهل المواطنين. رفض الصادق المهدي هذا التهديد واصدر حزب الأمة بيانا إدان فيه مسلك القائد العام وتدخل الجيش في السياسة.
لكن نتيجة تلك المذكرة كانت رضوخ حكومة المهدي في نهاية المطاف للضغوط وأعلانها قبول اتفاقية السلام التي أبرمها الحزب الإتحادي الديمقراطي مع الحركة الشعبية لتحرير السودان، وبطبيعة الحال كانت تلك الخطوة بداية النهاية لحكومة الصادق المهدي الديمقراطية.
في العام 1989 قامت الجبهة الإسلامية بانقلاب عسكري تحت اسم ثورة الإنقاذ الوطني، في بداية الانقلاب لم يكن معروفا توجه الانقلابين السياسي ثم ظهرت الجبهة الإسلامية بزعامة حسن عبد الله الترابي من وراءه، وكنتيجة لسياسات الحكومة السودانية الجديدة فقد تردت علاقاتها الخارجية وتمت مقاطعة السودان وإيقاف المعونات من قبل الولايات المتحدة الأمريكية، وتم إدراجه ضمن قائمة الدول الراعية للإرهاب.
نجحت حكومة المؤتمر الوطني (كما عرفت لاحقا) باستخراجها وتصديرها للنفط الذي وفر دخلا كبيرا ومنتظما للحكومة حتى انفصال الجنوب.
في العام 1999 حيث قامت الحكومة بتجريد حسن عبد الله الترابي من جميع صلاحياته كرئيس للمجلس الوطني واتهمته بمحاولة نزعه من السلطة وتم اعتقاله، وهكذا نشأ المؤتمر الشعبي وانقسم الحزب لفريقين، اندلعت في العام 2003 م أزمة دارفور حيث اتهمت الحكومة السودانية بتسليح قبائل من أهل دارفور (الجنجويد) لاستخدامهم في قمع التمرد مما أدى لتأسيس العديد من حركات التمرد منها حركة العدل والمسااواة التي يتزعمها خليل إبراهيم الذي اغتيل في العام 2011 وحركة تحرير السودان وحركات أخرى. على خلفية الأزمة المشتعلة في دارفور أصدر مدعي عام المحكمة الجنائية الدولية في لاهاي لويس مورينيو أوكامبو مذكرة اعتقال بحق الرئيس البشير (والتي تعتبر سابقة) متهما إياه بارتكاب جرائم حرب وجرائم ضد الإنساتية.
أعلنت حكومة الإنقاذ الوطني تفعيل قانون الدفاع الشعبي الذي صدر عام 1984 ولم يتم تفعيله، وأنشأت قوات الدفاع الشعبي وقوامها من المتطوعين الذين استجابوا لإعلان الحكومة الجهاد ضد الحركات المتمردة وا فتتحت معسكرات التدريب التي تزايدت حتى غطت معظم أرجاء السودان وشارك مجندو الدفاع الشعبي في العمليات الحربية مع القوات المسلحة في عمليات حملت اسم «صيف العبور».
وفي أغسطس 1991 وبعد سقوط نظام منغستو في إثيوبيا وانشقاق الحركة الشعبية، حاولت الحكومة الاستفادة من هذا الانشقاق فأجرت الاتصال منفردة مع لام أكول بوثيقة عرفت باسم «وثيقة فرانكفورت» والتي وقعت في يناير من عام 1992، إلا أن الحكومة السودانية أنكرتها بعد ذلك. وفي مايو 1992 وتحت رعاية الرئيس النيجيري إبراهيم بابنجيدا أجريت الجولة الأولى للمفاوضات في أبوجا، ثم الجولة الثانية في مايو من عام 1993، ولكن لم تسفر هذه المفاوضات عن شيء. وتضاعفت الجهود الدولية من خلال «منظمة الإيغاد» إلى أن تم توقيع اتفاق اطاري يسمي «بروتوكول ماشاكوس» وذلك في يوليو من عام 2005 والذي أعطى للجنوب حكم ذاتي لفترة انتقالية مدتها 6 سنوات، وحق تقرير المصير وفرصة للجنوبيين لتفكير في الانفصال، كذلك أعطى الفرصة في بناء مؤسسات الحكم الانتقالية كنوع من الضمانات.
تم التوقيع على إتفاقية السلام الشامل في نيفاشا بين حكومة السودان ممثلة بنائب رئيس الجمهورية علي عثمان محمد طه ورئيس الحركة الشعبية لتحرير السودان الدكتورجون قرنق دي مبيور، والتي وضعت حدا للحرب الأهلية الثانية في جنوب السودان ومنحت إقليم جنوب السودان حكما ذاتيا ومشاركة في الحكم المركزي، ونصت على تنظيم استفتاء حول الوحدة أو الاستقلال في العام 2011. كما تم التوقيع على الدستور الانتقالي الجديد في عام 2005.
اجري استفتاء عام بتاريخ 9 يناير / كانون الثاني 2011 أدلى فيها سكان جنوب السودان بأصواتهم، واقترعوا بنسبة كبيرة لصالح الانفصال.
وفي الساعة الثامنة والخمسة واربعون دقيقة من صباح يوم السبت التاسع من شهر يوليو / تموز عام 2011 أنزل علم جمهورية السودان من مدينة جوبا، عاصمة الجنوب ورفع علم الحركة الشعبية لتحرير السودان - الذي اختير ليكون علم الدولة الجديدة- إيذانا بمولد دولة جنوب السودان، وبذلك يكون قد تم انجاز آخر خطوة من خطوات تنفيذ بنود اتفاقية السلام الشامل المبرمة بين حكومة السودان والحركة الشعبية لتحرير السودان. وكان السودان أول من أعترف بالدولة الجديدة.
آخر انتخابات تمت بموجب اتفاقية نيفاشا شارك فيها مليون ناخب و14 الف مرشح واتسمت بالتعقيد والتركيب. كانت مركبة لأنه تم انتخاب رئيس الجمهورية وأعضاء المجلس التشريعي المركزي والمجالس الإقليمية والولاة في وقت واحد. وكانت معقدة حيث تم العمل بنظام الأغلبية البسيطة (حددت بنسبة 60%) إذا كان المرشح برلمانيا والأغلبية المطلقة إذا كان ينافس في منصب رئيس الجمهورية (أي أكثر من نصف الأصوات) وإلا يتم تنظيم جولة ثانية من التصويت. كما تم العمل بنظام التمثيل النسبي في البرلمان بحيث تفوز الأحزاب بعدد من المقاعد يتناسب وعدد الأصوات التي حصلت عليها.