عبد الرحمن الناصر لدين الله تنظيم الإمارة داخليًا
وفي عام 308 هـ، قتل جعفر بن عمر بن حفصون في مؤامرة، وخلفه أخوه سليمان الذي نكث عهد الطاعة للأمير، فسار الأمير لقتاله وحاصر قلعة ببشتر، ثم فك حصارها بعد أن استعصت عليه، إلا أنه عاد وحاصرها عام 311 هـ وشدد الحصار، فاضطر سليمان للفرار من القلعة إلى جبل ببشتر، واستولى الأمير على عدد من حصونه، فاستسلم له سليمان على أن يترك له عددًا من الحصون التي في يده للأمير، وهو ما قبله عبد الرحمن وتصالحا على ذلك. عاد سليمان مرة أخرى إلى تمرده عام 314 هـ، فبعث له الأمير جيشًا بقيادة وزيره عبد الحميد بن بسيل الذي نجح في هزيمة سليمان، وقُتل سليمان وبعث ابن بسيل برأسه إلى قرطبة. خلف حفص بن عمر بن حفصون أخيه سليمان إلى أن سار له الأمير في ربيع الأول من عام 315 هـ مصطحبًا معه ولي عهده الحكم، وحاصر قلعة ببشتر لعدة أشهر حتى طلب حفص الأمان من الأمير وسلم له القلعة في ذي القعدة 315 هـ، وأرسل الأمير للقلعة واليًا من قبله لينهي بذلك تمردًا قاده بنو حفصون لنحو نصف قرن في جنوب شرق الأندلس.
وفي المحرم من عام 316 هـ، توجه الأمير ومعه ولده الحكم إلى ببشتر لتنظيم شئون المدينة التي ظلت لأعوام طويلة خارج سيطرة الإمارة، فوجدها شديدة التحصين إضافة إلى موقعها الذي زادها منعة، فأمر بادئ ذي بدء بدكّ أسوارها حتى يسهل السيطرة عليها إن تمردت مرة أخرى،  ثم طهر المدينة من آثار بني حفصون وأقام الصلاة في مساجدها وهدم الكنائس والأديرة التي شيدها عمر بن حفصون بعد أن ارتدّ عن الإسلام، ثم أمر بالقبض على أرخنتا بنت عمر بن حفصون التي أصرت على تنصرها، فأعدمها عبد الرحمن بحد الردة، مما جعل المسيحيون يدرجونها في سلك قديسيهم وشهدائهم. كما أمر بنبش قبر عمر بن حفصون ليتحقق من صحة كونه مات مسيحيًا، فوجد أنه مدفونًا على الطقوس المسيحية، فأمر بصلبه في قرطبة إلى جانب أشلاء ولده سليمان وظلت أشلاؤهما معلقة حتى عام 331 هـ، ليكونا عبرة لكل من تسوّل له نفسه التمرد على سلطان الأمير.
بعد أن نجح عبد الرحمن في استعادة السيطرة على جنوب وشرق الأندلس، كان هناك تحديًا آخر أمامه في غرب الأندلس، ألا وهم بني مروان الجليقيين وهم من المولدين الثائرين على سلطة قرطبة، الذين سيطروا على بطليوس وما جاورها لنحو أربعين عامًا. ففي ربيع الأول من عام 317 هـ، قرر الأمير أن يتوجه بجيشه غربًا إلى بطليوس لينتزعها من يد عبد الرحمن بن عبد الله الجليقي صاحب بطليوس، واصطحب معه في تلك الغزوة ولداه الحكم والمنذر، فحاصر بطليوس وضربها بالمجانيق، حينئذ طلب الجليقي الأمان فوافقه الأمير على ذلك على أن ينتقل بأهله إلى قرطبة، وجعل الأمير للمدينة واليًا من قبله، لينتهي بذلك تمرد آخر لأسرة أخرى مردت على التمرد على سلطة الأمير.
توجه الأمير بعد ذلك إلى باجة لإخضاع تمرد عبد الرحمن بن سعيد بن مالك الذي رفض الدخول في طاعة الأمير، فحاصر عبد الرحمن المدينة حتى استسلم له ابن مالك يسأله الأمان، فأمنه عبد الرحمن وأمره بالانتقال وأسرته إلى قرطبة، وجعل لباجة واليًا من قبله. ومن باجة انتقل عبد الرحمن إلى أكشونبة، فبادر خلف بن بكر بالتسليم والخضوع لأمير، فأقره عبد الرحمن على المدينة على أن يلتزم بحسن السيرة ويؤدي حصته من الجباية.
في عام 314 هـ، أرسل عبد الرحمن وزيره عبد الحميد بن بسيل إلى الثغر الأوسط معقل بني ذي النون، فهاجم شنت برية وفتحها وقتل محمد بن محمد بن ذي النون، وأخضع مدينة سُرية. وفي عام 317 هـ، نجح دريّ بن عبد الرحمن صاحب شرطة الأمير أن ينهي تمرد عامر بن أبي جوشن في شاطبة، واسترد المدينة منه.
بقي أمام عبد الرحمن عقبة أخرى في الثغر الأوسط، وهي طليطلة المدينة التي ما استكانت لوال أو أمير أندلسي إلا مرغمة، ولا خضعت إلا صاغرة. وما من أمير أموي إلا وإضطر لحمل السلاح لإخضاعها، إعادة أهلها إلى الطاعة. لجأ عبد الرحمن في البداية إلى مسايرة أهلها، فأرسل إليهم في عام 318 هـ وفدًا من وجوه أهل قرطبة وفقهائها ليدعوهم للدخول في طاعة الأمير، فرفض أهل طليطلة ذلك، فقد كان في ذلك انتكاسة لهم، فقد كانوا لا يؤدون جباية ولا يلتزمون طاعة. فأرسل إليهم جيشًا بقيادة سعيد بن المنذر القرشي، فحاصرها عامين ونجح في صد جيش أتي من الممالك المسيحية في الشمال لنجدة المدينة بعد أن راسلهم أهلها، قبل أن يخرج لها عبد الرحمن في جيش آخر عام 320 هـ، مما إضطر قائد المدينة ثعلبة بن محمد بن عبد الوارث أن يطلب الأمان لأهل المدينة ودخولها في طاعة الأمير، وهو ما قبله عبد الرحمن.