臺灣明鄭時期
臺灣明鄭時期是指1661年至1683年間，由奉大明正朔的延平王鄭成功于南臺灣所建立之明鄭政權統治時期。明郑時期前後歷經：鄭成功、鄭經及鄭克塽三世統治21年。
明末，战乱频起，内有流寇作乱，外有满清窥视中原。1644年甲申之變，北京被李自成占领，江南地区的明朝宗室建立南明政权。此時清兵入關，擊退李自成，入主中原，更意在統一中國。
1645年，南明安宗弘光政权（福王）瓦解，不久之后鄭芝龙家族，在福建拥立南明紹宗隆武帝（唐王）与清朝抗争。郑芝龙降清后，其子鄭成功高举「反清复明」大旗，继续抗清，后因北伐失利，退守东南沿海地区。随着清军的不断围剿，鄭成功的势力范围也逐步缩小，为了寻找反清复明的基地，1661年郑成功东征，佔领荷属台湾。
明鄭為臺灣歷史上第一個漢族（閩南民系）政權，鄭成功登陸臺灣後將該地改名為「東都」，仿照中國的郡县制，将赤崁地方更名“东都明京”設置承天府為地方府治行政中心，作为臺灣最高的行政机构，效仿明朝中央官制，设六官；府城分为东安、西安、宋南、镇北四坊，各设首领，管理事务；府之下设二县，承天府以北叫天兴县、以南叫万年县，同时各种民生工作也逐步展开，例如：查户口、报田产、征劳力、纳税银等。鄭成功抵臺後，在廈門駐防的其子鄭經發生婚外情，遭致鄭成功的不滿，於是鄭成功死後，鄭成功之弟鄭襲在臺自立，鄭經不干示弱，接受眾臣擁立為「世藩」，出兵擊敗鄭襲，入主台灣，史稱「鄭經克台」。
鄭經認為永曆帝已被吳三桂殺死，台灣日後已無稱行都的必要，故改「东都明京」为「東寧」，建都安平鎮於熱蘭遮城，經過加以翻修稱之後稱為「王城」。对内奉南明永历帝正朔，对外与占据中國的清朝互不统属，所谓“东宁建国，别立乾坤”，始有开国长治之想，经营成效斐然。明鄭政權的有效統治地區僅限於臺灣西南部地區，其他地方則有大肚王國、大龜文、瑯嶠等原住民政權管轄。
郑经去世后，明郑内部爆发权力之争，馮錫範借口监国郑克𡒉不是郑经亲生子，拥立自己的女婿郑克塽为延平王，聯合刘国轩發動東寧之變，殺害了郑克𡒉，最终大权旁落，民心涣散，明郑从此一蹶不振。1682年，施琅师法郑成功收台之法，攻克澎湖岛，於1683年占领台湾，明郑结束。為防止台灣的東寧遺民以東寧王室的名義反叛，康熙帝下令将鄭成功、鄭經等郑氏在台王室陵墓悉数掘發，迁葬中国内陆。
鄭成功受封明朝爵位「延平王」，在正式文告中皆謹守藩王的身份，多自稱「本藩」（；；），曆法上，始終奉南明永历帝的永曆年號為其正朔，因此，永曆帝死後亦持續使用；於現存對其他政權的諸多外交文書中皆以「大明招討大將軍」的官職與「延平王」的爵位（鄭經則稱世子）作為其官方身分号召恢复明朝，有人指出明郑应为南明的延续；亦禮遇眾多流寓明朝宗室，如寧靖王朱術桂、魯王世子朱弘桓等人，並於重要冊封儀式中邀請明朝宗室於旁觀禮以維持宗藩體統；但實際上明郑未再拥立明朝宗室為皇帝或监国，國家元首即是延平王，是一個獨立行政、以延平王為實際領導者的政治實體，即使對內、外遵行明朝體制禮法的鄭經也曾經自認東寧從來不內屬中土，而是另新闢的海外領土。而清世宗雍正提到乃是其父將台灣拓入中國版圖等語。
明鄭時期又被稱為明鄭王朝、明郑政权、延平王國、鄭氏王國、鄭氏王朝、東寧王國、東寧王朝等。后世多以明郑台湾、鄭氏治臺時期、郑氏时代（时期）、南明郑氏治台时期、南明郑氏治理时期等。
現今歐美主要使用東寧王國，如英文「」、西班牙文「」等，此用法未知由華文世界或者西方率先使用。此外當時西方人也有稱鄭氏政權為福爾摩沙王國（）、台灣王國（）、國姓爺王朝大明王國大明帝國（）等。
清代官書對鄭氏在台灣的政權稱為之「偽鄭」、「逆鄭」、「海逆」，稱「東寧國」為偽號，記載鄭經將東都改為「東寧省」，民間私撰為「東寧國」，。
在朝鮮王朝的史料《李朝實錄》中，稱呼鄭經主政時期（1670年）的鄭氏王朝為「大樊國」或大樊。
1644年（明崇禎十七年，清順治元年），李自成攻陷明朝首都北京，建立大順政權；不久，吳三桂引清兵入關，滿族建立的清朝八旗軍又擊敗李自成，定都北京，并继续向南方进攻。
与此同时，明朝遺臣在南京擁立明宗室福王朱由崧，建立了史稱南明的偏安政權；在清廷欲取代明朝入主中原的態勢明朗後，南明轉而聯合各地的漢族武力抗清，但軍事不利，弘光、隆武、紹武、永曆諸朝廷先後遭清軍消滅。鄭芝龍所部原是隆武朝的主力，主要在福建境內活動；鄭芝龍降清後，鄭成功陸續接收其勢力，繼續在東南沿海武裝抗清。
1658年－1659年間，鄭成功大舉攻打清江寧府（原名南京）失敗，實力大損；迫於形勢，決定奪取由荷兰东印度公司支配的大員以供部隊給養。
明永曆十五年正月（1661年），鄭成功在金門誓師；他親率將士25000名、戰船數百艘，自金門料羅灣出發，次月抵達明鄭的領地澎湖，四月初二日（4月30日）抵達鹿耳門。並利用漲潮出敵不意地在鹿耳門及禾寮港登陸。以優勢兵力包圍荷軍防守薄弱的「普羅民遮城」，並切斷荷軍水陸交通，不久，普羅民遮城守將貓難實叮（Jacobus Valentijn）獻城投降。
同年四月初七日，鄭成功親率大軍，對防禦堅固的荷軍首府「熱蘭遮城」進行攻打。經派楊朝棟諭揆一投降無效後，即調集火砲朝城堡砲轟，然而在從大員市鎮朝城堡進攻時，卻遭荷軍居高臨下擊退。之後鄭軍即採取長期圍困，同時將多數部隊派往各地囤墾以解決糧食不足的問題。五月二十八日，「荷蘭東印度公司」得知台灣戰況後，決定派七百人、戰艦十艘赴台，於七月初五日抵達。之後雙方稍有接觸，但均無較大戰事。至八月二十三日（9月16日），雙方再度海戰，鄭軍經一小時激戰，擊毀荷艦二艘、俘小艇三艘、殺敵百餘人，其餘荷艦逃往遠海。
閏十月，荷軍發動作最後一次攻擊，但仍寡不敵眾，之後又有日爾曼籍傭兵逃脫，向鄭成功說明堡內荷軍士氣低落，並指出欲取熱蘭遮城，必先取其衛星碉堡「烏特勒支碉堡」（位在今安平第一公墓），奪取該碉堡則可居高臨下，砲擊熱蘭遮城最脆弱的「四角附城」。鄭成功遂於當月，著手準備攻城計畫。
十二月初六日（1662年1月25日）鄭軍於鯤鯓半島發動總攻擊，以大砲不停轟炸，當日即發出2500發砲彈，其中1700發左右打向烏特勒支碉堡，幾乎將之夷為平地，荷蘭守軍被迫自行炸毀碉堡殘餘部分後撤退。此役徹底瓦解了熱蘭遮城內守軍的士氣，兩天後大員評議會決定議和談判。
大員長官揆一於同年十二月十三日（1662年2月1日）於締和條約簽署投降。至此，台灣台江領地，盡落鄭成功之手。
永曆十五年五月十八日（1661年6月14日)，鄭成功来台後，將台灣的赤崁地方定為「東都明京」，並設立了承天府，和天興、萬年二縣。自此依然优礼明朝宗室，為他們建立王府官邸，并供岁禄。每次拜封官员，都请诸位大明皇族遗脉和其他宗室在旁观礼，以示尊重体制。
为解决兵粮问题和反清之需要，實施「寓兵於農」政策，还下令屯墾台灣，令诸将士寓兵于农，最北有噶瑪蘭地區、最南有瑯嶠一帶，以點狀分部。按镇分地、按地开垦。而期間也侵害到原住民族的活動空間，導致明鄭政權與原住民政權的武裝衝突，如明鄭政權對大肚王國領土的侵犯，則造成數次戰爭。因於大肚王國與瑯嶠等在地政權的抵禦，鄭成功實際的統治範圍，僅約北至二林（今彰化縣二林鎮），南達茄藤（今屏東縣佳冬鄉）。
南明昭宗永曆十六年五月初八（1662年6月23日），鄭成功薨逝，时年38岁。從其抵达台灣至逝世，僅僅4个月。
同年十一月，鄭成功之世子鄭經繼位。此後鄭經采用陈永华之议，建立完整的中央政府体制，使体制层次分明。
永曆三十五年四月（1681年），鄭克塽追諡其祖父為諡號「潮武王」。
1662年（永曆十六年）6月，延平王鄭成功薨逝。黃昭、蕭拱宸等人以鄭經得罪先王不得繼位為由，於安平擁立鄭襲（鄭成功之五弟）為監國，將軍馬信、黃安不從，馬信於不久後逝世。賞勳司蔡政奉鄭成功之袞龍袍入廈門晉見世子鄭經，洪旭等人遂擁鄭經為王。同年11月，鄭經命周全斌為五軍戎政，親率陳永華、馮錫範等人攻入鹿耳門。右虎衛黃安聞訊後，率師前來會合，與黃昭會戰並殺之，勝利後領兵進王城誅殺蕭拱宸、張驥與曹從龍等人，流放其族人。事後，鄭襲的家臣蔡雲自縊，鄭襲本人則遭鄭經押回廈門軟禁，不久懼死而投清。
嗣位之爭結束後，鄭經繼位。1663年初，鄭經以洪旭守廈門、鄭泰守金門。鄭經聽說鄭泰與之前擁立鄭襲為王的黃昭有書信往來，便懷疑他亦參與逆謀，因此欲召見他，鄭泰卻稱病不見。參軍陳永華以鄭經將回東都為由，委任鄭泰為「居守戶官」，鑄印送至金門並邀鄭泰入廈門餞行。7月10日，鄭泰率兵船赴宴，被鄭經扣留軟禁，船艦皆為周全斌所併，只有蔡璋逃回金門。鄭泰之弟鄭鳴駿與子鄭纘緒率部屬及家眷入泉州投降清朝。鄭泰聞訊後自縊。鄭泰死後，鄭經鞏固了自己的王權。
1663年10月，清荷联军部队围攻金门、厦门，郑军节节败退。1663年11月18日（永曆十七年十月十九日），清朝與荷蘭組成聯軍進攻廈門、金門，鄭軍不敵，退往銅山。戰後軍心不穩，大將周全斌降清，鄭經只好退回台灣,並將-{「}-東都-{」}-改為東寧。1664年3月，郑经放弃闽南沿海诸岛，全面撤守台、澎，于初十日抵达台湾。这次退守湾，是郑氏所代表的南明抗清势力的总撤退，不仅郑经所辖的军队、官员都撤入台湾，明朝的缙绅遗老，也随郑经来台，此批入台总人数约有7000人。1665年，清荷聯軍繼續進攻澎湖，遭遇颱風、無功而返，清朝於是放棄了攻佔台灣的企圖，轉而與鄭經談判。清朝的立即威脅解除後，鄭經開始強化對台灣的統治力，鄭經於1666年率兵進攻駐守雞籠的荷蘭軍隊，雖未成功佔領，但荷蘭方面認為雞籠難以防守，1668年棄守雞籠，亦從此放棄台灣。
鄭經退守台湾后，虽然仍奉南明的永历正朔，使用永历年号和「招讨大将军」的印信。但政权本质，与郑成功时代显然不同，而俨然以独立王国的姿态出现。诚如学者陈春生所说的，郑氏政府虽是明朝的延续，但其在台湾实际上已成为一个独立自主的国家。1664年8月，鄭經表示乃谨守藩封，废东都称号，以「东宁」称全台湾，并以「东宁国王」自称。
面对清军和荷兰军队咄咄逼人的态势，1667年7月，鄭經與清朝展開第一次談判，鄭經聲稱台灣「非屬版圖之中」、「東連日本，南蹴呂宋，人民輻輳，商賈流通。王侯之貴，固吾所自有，萬世之基已立於不拔」；於1669年的和談中，派遣柯平、葉亨赴泉州與清廷議和。鄭經再度強調鄭氏佔領台灣是「建國東寧」、「於版圖疆域之外，別立乾坤」，然而兩次的談判鄭經皆以不接受薙髮拒絕清朝，並用箕子朝鮮作比喻，談判最終破局。
對台灣的統治能力日漸鞏固後，鄭經还任用陈永华为谘议参军，拓展实业，整饬吏治，强固治安，以官田、私田、屯田三田并用，使得饱经战乱的台湾得到休养生息的机会，也得到了发展的机会，一时间称为乐土。1668年，鄭經还派军收复了荷兰人在台湾北部最后的据点—基隆，在台湾南北路和澎湖设置三个安抚司，在福建泉州一带建筑了19个具有军事性质的寨子，巩固了台湾内外围的防御。期间清军虽然两次进攻澎湖，都因郑军防守的当使得清军无功而返。此后十年间，台海维持了相对的稳定局面。
鄭經試圖以貿易來提升東寧的國力。除了與清朝進行走私貿易外，日本的德川幕府也是東寧國的重要貿易夥伴，東寧大量進口日本的銀、銅等金屬與盔甲，以武裝自己的軍隊，雙方貿易於1665至1672年達到高峰，鄭經更允許日本商人居於雞籠，以促進東寧與日本的貿易交流。日人以「東寧国王」稱呼。鄭經亦於1672年邀請英國東印度公司來到東寧國，並與之簽訂通商條約，出口糖與鹿皮並進口西洋槍砲以增強東寧軍隊的戰鬥力，另外更請求英國人訓練砲兵，戰爭時更借用英國砲兵手作戰。
1673年，清朝平西王吳三桂起兵反清，史稱三藩之亂。1674年4月21日，清朝靖南王耿精忠起兵響應，隔海邀請鄭經加入，鄭經允之西征。但是只是联合发出讨伐满清檄文，并未联合出兵北伐，双方都是借此机会扩大地盘。鄭經渡海後，要求耿精忠將漳州與泉州交給自己，但佔領整個福建的耿精忠卻拒絕之，鄭經遂出兵佔領海澄與同安，雙方開始交惡。然而，泉州、漳州以及潮州陸續投靠鄭經，耿精忠見情勢不對便出兵進攻泉州，但卻被東寧將軍劉國軒擊退，雙方接著又持續相互進攻、戰鬥。1675年，耿精忠與鄭經談判，雙方以楓亭為界，北屬耿氏、南屬鄭氏，平息戰鬥。1676年，鄭經擊敗平南王尚之信，迫使尚之信加入反清行列，鄭經隨後佔領惠州。由於鄭經於擁有漳州、泉州、潮州、惠州等四座首府後，又攻下汀州，因此與耿精忠的聯盟再度破裂，腹背受敵的耿精忠只好降清。耿精忠降清後，獨自面對清朝軍隊的鄭經節節敗退，明郑所得闽粤各地全部得而复失，前功尽弃，最後只好退回廈門，从此一蹶不振。
1677年退回廈門後，清朝再度與鄭經展開和談，清朝康親王傑書向鄭經許諾鄭經若從中國沿海的島嶼撤退，就答應比照朝鮮，成為清朝藩屬並通商、永無猜嫌。1678年的和談中，清朝將領賴塔給鄭經的書信中聲稱，如果鄭軍肯退守台灣，則「本朝何惜海外一彈丸之地」，鄭氏可永據台灣，清廷把臺灣當成朝鮮、日本一樣的外國，不必剃髮易服、稱臣納貢也可以不必。鄭經予以拒絕。
1680年，鄭經從廈門撤守台灣。回台灣後，鄭經曾专心治台，但是面对抗清局面不断恶化，意志开始消沉，移居北園別館，終日飲酒賦詩、棋藝書畫、出外狩獵，將東寧國政全權交予監國世子鄭克𡒉與諮議參軍陳永華。
1681年3月17日，鄭經因狩獵摔傷不治，薨於北園別館，得年40，統治東寧國近20年。1681年（永曆三十五年）四月剛登基的元子鄭克塽追諡其父王為「潮文王」。
1679年，鄭經西征清朝之際，聽陳永華之請將王子鄭克𡒉立為世子，並授職為監國，號監國世子。由於其辦事英明果斷，頗有其祖鄭成功之風範，因此人稱東寧賢主，但也因此得罪了王叔鄭聰等人。1680年，鄭經西征無功而返，監國世子繼續執政，並深得父親鄭經之信任，但後來總制陳永華去世，因此監國漸漸在政治上孤立無援。1681年（永曆三十五年），延平王鄭經薨逝。逝世前，於北園別館將監國鄭克𡒉託付給劉國軒。
鄭氏宗親鄭聰等人眼見鄭經已薨，便與馮錫範、劉國軒等人聯手向董太妃進讒言，汙陷鄭克𡒉乃李氏之螟蛉子，董太妃一時不察便下令收回鄭克𡒉之監國印璽。得到董太妃允許後，劉國軒與馮錫範便領兵進入延平王府捉拿監國、囚禁於北園別館，並於當夜遭鄭聰等人謀殺。監國遭謀殺後，原意僅是罷免鄭克𡒉的董太妃亦無力挽回，遂命監國夫人陳氏將鄭克𡒉之遺體送返延平王府、收斂守喪。喪畢，陳氏自縊。世子鄭克𡒉遭弒殺後，自責的董太妃也於同年6月去世。明郑的實權落入外戚馮錫範與劉國軒手中，馮錫範擁立年僅12歲的女婿鄭克塽（元子）為王，台湾民心漸漸渙散，東寧國亦從此一蹶不振。
1682年9月，鄭氏降將施琅上書康熙帝請求征台，康熙允之。翌年6月，施琅奉康熙詔，進攻澎湖。經過澎湖海戰後，7月中旬，施琅順利擊潰劉國軒所率領的東寧海軍，攻佔澎湖。
澎湖海戰後，刘国轩大败而回，台湾面临灭顶之灾，鄭克塽於廷上徵眾臣議，朝臣分成死守台灣、遷呂宋島再戰與降清三派。在战和降之间鄭克塽犹豫不决时，建威中镇黄良骥说：“今日澎湖失守，台湾危在旦夕，不如将大小战船和洋船，分配来运载家属和士兵，从这个山边直下，夺取吕宋为基业。”提督中镇洪邦柱说：“建威中镇所言取吕宋十分有道理，我和良骥愿当先锋。”冯锡范却说：“以全部军队攻取吕宋也不是难事，但不知道那里的实际情况如何？”中书舍人郑德潇说道：“议取吕宋来避开清军锋芒，这个计策很好，有详细地图在这里。”大家都围过来看吕宋地图。而刘国轩却对冯锡范说“欲攻吕宋，虽是良策，可行于澎湖围失之前。今澎湖已失，人心怀疑，苟辎重在船，一旦兵弁利所有而反目，尊公之前车之鉴也。”冯锡范的父亲冯澄世在1644年，从铜山过台湾的途中，遭到其仆人暗中串通船员暗算，卷走其财物，向满清投降，大家听到这个事例后，打消了攻取吕宋为基业的念头，鄭克塽選擇了劉國軒的建議，最终决定降清。
1683年（永曆三十七年）9月，與眾臣商議後，鄭克塽呈降表予清。明朝降清不久，魯王世子朱桓、瀘溪王朱慈曠、巴東王朱江、樂安王朱俊、舒城王朱著、奉南王朱熺等其他明朝宗室随郑克爽降清，而寧靖王朱術桂身着大明衣冠而自殺，同时施琅入台納降。自此，東寧亡國。從1661年（永曆十五年）4月鄭成功入台到鄭克塽1683年（永曆三十七年）9月降清為止，鄭氏計在南台灣經營共23年。
清將領施琅受鄭克塽投降後，台灣正式進入清治時期。清朝消滅東寧後，除了大舉毀滅東寧王朝的文化，更將東寧朝臣們與其親屬大舉遷往清國。其中，鄭氏王族納入上三旗管束；文武官員與士兵則分別遷至在山東、山西及河南諸省墾荒，使台灣失去可能領導反清的人物。至於東寧的大量遺民，清廷則採取以漢治漢的策略，長期以攻台將領擔任台灣軍事首長。如福建水師一職從1684年至1721年計37年間共歷施琅、張旺、吳英、施世驃四任提督，除張旺之外，其他皆是攻台將領，尤其是施琅、施世驃父子共任職達25年之久。在陸路提督方面由萬正色、吳英、藍理皆為攻台將領。
1662年之前，郑氏的军政中枢都是在中国东南沿海一带的福建厦门，在攻下台湾和郑成功去世後，明郑政权实际领导人郑经才将政经中心从厦门移往台湾，统治辖域仍包含福建的金、厦两岛。
明郑有效统治区域只有今台南市西部以及嘉义县与高雄市之沿海地区。明郑灭亡时其疆域人口仍未达到20万，由此，台湾绝大部分地区依然由如大肚王國等原住民政權所掌握和统治。1664年4月，明郑于多次战役后，丧失金厦，明郑势力于中国消失，转以台湾为最后根据地。同年，荷兰人出兵占领鸡笼（今基隆），郑军随后也于1665年进驻淡水，与荷军对峙。由于补给困难，贸易也始终无进展，1667年东印度议会以损失荷兰盾八万元为由，裁决撤出基隆，翌年7月将所有公司职员接回巴达维亚，自此荷兰人彻底放弃夺回台湾。
明郑除了拥有台湾地区部分领地外，也于1673年－1680年三藩之乱期间，以军力占拥有对岸中國闽南地区的漳州、泉州、兴化，和广东的潮州、惠州等部分领土，后来逐步沦丧。
地方行政方面，可分為兩個階段：鄭成功時期與鄭經時期。1661年，鄭成功擊敗荷蘭東印度公司，五月佔普羅民遮城，改赤崁地方為東都明京，臺灣總地號為「東都」。还實施郡縣制度，設置了「一府二縣」，承天府、天興縣以及萬年縣，並以承天府安平鎮為京畿。其中，天興縣縣治設於佳里興（今台南市佳里區），而萬年縣縣治則設於二贊行（今台南市仁德區二行里）。此外，明郑还先后设置了思明州、思明县，管辖厦门、金门等岛屿。
1662年，鄭成功逝世，世子鄭經經歷政爭後掌权，對行政區劃進行變革。全面實施並沿用鄭成功設置的郡縣制度，但稍稍做出變革。保留承天府，京畿承天府主事官為承天府府尹，改二縣為二州，即地方的天興與萬年兩州主事官則為知州（鄭成功在位時期則為兩縣知縣），於天興州以及萬年州之下，設有「二十四里」。为了安撫原住民族，於原住民居住地區，設置澎湖、北路以及南路等三個安撫司，其主事官為安撫使，形成「一府二州三司」平行的體系。承天府京畿地區又設有東安坊、西定坊、鎮北坊以及寧南坊四坊，坊設簽首。承天府以及兩州的里級行政區則設有總理。簽首及總理兩職負責的職務如：戶籍、遷徙、婚嫁、出生、死亡等基層民事，並規定按時彙呈州府。
在行政上，延平王擁有至高的權力。延平王之下，設有諮議參軍又称为幕府，總理國政。參軍府轄下又設立六官（吏、戶、禮、刑、兵、工），六官皆設有主事，其下又設都事，品秩分別比照侍郎與郎中。另外，又設立察言司、承宣司、審理司、賞勳司、中書科、儲賢館、育冑館等官僚機構。1674年，鄭經西征清朝，命陳永華為東寧總制，於六官之上；然而，鄭經諸弟驕橫難制，鄭經因此於1679年立長子鄭克𡒉為世子，並授職監國，於總制與六官之上，總理東寧國政。東寧之變後，馮錫範掌權，並以侍衛鎮掌政，並身兼諮議參軍之職，而六官則繼續實行。東寧官員在鄭成功時自稱為「卑職」，在鄭經時則改為「臣」，制度已趨成熟。
明鄭以明朝之封國自居，奉南明永曆帝為國家元首，始終以「永曆」為年號。鄭成功尚未攻台開國前，曾獲永曆帝特准設置六官方便施政，並可委任官職，武官最高許達一品，文職可達六部主事。鄭成功每次拜封官員，都請寧靖王朱術桂等明朝宗室在旁觀禮，以示尊重體制。鄭成功來台後，依然優禮明朝宗室，接待魯王世子朱弘桓、瀘溪王朱慈爌、巴東王朱尊江、樂安王朱俊、舒城王朱慈著、奉南王朱熺、益王朱怡鎬、魯王公主朱氏姊妹等多名宗室到台灣。永曆十七年（1663年），繼位延平王的鄭經也迎寧靖王到東寧，於承天府府署（今臺南市赤崁樓）旁的西定坊建立寧靖王府邸，並供歲祿。
相對於鄭氏家族的核心權力，流寓東寧的明朝宗室卻無政治權力；且鄭氏在永曆帝駕崩之後，並未擁立其他親王為帝，政權決策圈亦未納入領有歲祿的寧靖王朱術桂、魯王世子朱弘桓等人；鄭氏還曾自行與英國東印度公司簽訂通商條約，條約中尊稱鄭經為「國王（）」、東寧人民為其「臣民（）」，展顯出鄭氏事實上對內對外的宰制權。
明郑以台湾为抗清根据地，以反清复明为号召，使得一大批仁人志士跟随明郑东渡台湾，形成了一个明朝遗民群体。他们坚持汉族「华夷之辨」的儒家正统观。在明郑在同清朝斗争中，又产生分据台湾对抗清朝的本土意识。这种现象的实质是明朝遗民对抗满族统治的民族精神，在避居台湾后转化成热爱台湾这块不受清朝统治土地的本土意识。这种民族精神与本土意识的并存与互动，构成台湾汉族民众反抗清朝统治的两个思想层面。
鄭成功與陳永華、鄭經、劉國軒經營的屯兵態勢或軍事規模是台灣首見。永曆十五年（1661年），鄭成功除固守金門數萬水師之外，親自率領約25,000名士兵攻打台灣大員，打敗荷蘭東印度公司的部隊，展開對於台灣的統治。明鄭時期的軍事制度與組織淵源複雜，且經多次變革。如簡化之，其官職大約可分為五軍戎政（五軍戎務）、總督軍務、管軍提督、將軍、親軍衛鎮、陸師鎮、水師鎮及監軍數部份。永曆三十七年（1683年）明鄭覆滅後，鄭軍將領與軍隊悉數被強迫內渡中國，而據《欽命太保建平侯鄭造報官員兵民船隻總冊》，據守台灣的官兵共有37500名。
提督之下設「衛」與「鎮」。衛為親軍，鎮則非親軍。鄭成功尚未占領台灣之前，親軍為鎮，稱為「親丁鎮」。1650年增設「戎旗鎮」。1652年親丁鎮全鎮覆沒，而未再設置之。1656年擴編戎旗鎮為左右二鎮，1658年則改名為左右武衛。同年，又增設仿日本武士的親軍部隊－左右虎衛。1662年，鄭經為國主，升左虎衛黃安為勇衛，其位於武衛與虎衛之上；黃安歿，諮議參軍陳永華繼之。又設置侍衛，由馮錫範統領，位於勇衛與武衛之後。鄭經死後，外戚馮錫範發動政變，殺監國克𡒉，改立元子鄭克塽為王，並開始以侍衛掌政、統領六官，直至東寧滅亡。
特種鎮營中，馬兵有北鎮以及鐵騎鎮；火器有神器鎮。鄭成功攻台成功後，建立護衛鎮，由荷蘭時期的尼格羅人種裔傭兵「烏鬼」（"Oo-kuí"）組成，手持步槍，專門守衛延平王府。
在經濟方面，明鄭於台灣經濟史仍佔有一定比例。其中，以經貿與農業為主。於農業經濟方面，為了解決軍隊兵糧問題，不論鄭成功或鄭經基本上都貫徹「寓兵於農」的策略，也是諸將士平日分散各耕地，按鎮分地、按地開墾。這種具有營盤田、文武官田的土地私有制，於定則徵賦的經濟模式下，大量提供經濟產能。根據統計，包含承襲荷據已開墾的「王田」、後續開發的營盤田、官田、私田等，明鄭時期拓墾的田地超過一萬八千四百五十四甲以上。此等經濟開發，雖造就農耕文化盛行的漢人，但鄭氏王朝擴張領土的行動，卻也同時讓台灣原住民面臨比荷據時期更嚴重的生存危機，導致與大肚王國發生衝突，並對平埔族展開屠殺。為了軍需民食，台灣農產重心由糖轉米，這個農業經濟的性格轉變直至今日仍影響台灣。西元1665年，陳永華的農業水利更促使漢人移民至今高雄的方向發展。除此，陳永華引進同安製鹽法至台灣來發展鹽業經濟，除此尚有鹿皮、鹿角、鹿脯等土產的外銷，因此多鹿的台灣，來自原住民團體的捕鹿業，也是早期台灣的重要經濟產業活動。明鄭時期，只對16歲以上男子課「人丁銀」；有別於荷蘭統治臺灣課以七歲以上台灣居民須繳「人頭稅」（以鹿皮繳交）。
鄭成功奉明朝為宗主，以永曆政權為正朔，因此發行永曆通寶銅錢作為流通主要貨幣。鄭經主政後，陳永華的中央政府體制，除了可以行使及於台灣南部的主權力量，也著實成為一個個別經濟體。由於貿易對象眾多，因此流通東寧的貨幣可以分為銀幣與銅錢二類，銀幣又有銀元與銀錠二者。
銀元主要是西班牙銀元，於荷蘭與西班牙時期大量進入台灣流通。東寧建國後，銀元持續流通，依外型與重量主要分為劍錢、圓錢、方錢以及茇等類型：
銀錠多由鄭氏從中國攜入台灣，加以戳记。東寧戶官楊英，曾遣人前往麻豆社、新港社、目加溜灣社以及蕭壠社，以銀錠交易買糴禾粟。
銅錢，鄭成功在台灣發行永曆通寶，同時明朝其他時代銅錢、宋元等前朝銅錢和日本銅錢同時流通與市。
鄭成功在和满清的多次较量中，控制了“上自舟山，下至南澳”的东南沿海一带，清军为了对付郑成功的海军，采取海禁政策，1661年下令山东、江苏、浙江、福建、广东等地迁界禁海，企图通过坚壁清野和经济封锁来扼杀郑氏。为了突破封锁和敛聚财富，郑成功創立山海五商。山海五商分為山五商與海五商。山五商分別以五行「金、木、水、火、土」為商團名，分布於北京、蘇州、杭州、山東，採購絲綢等中國货物商品并运销外洋。海五商則掌管販運東西兩洋之船舶，分別以五常「仁、義、禮、智、信」為其商團名，皆設立於廈門。山海五商下又設有分支行號，遍佈中國東南各大城港。
「山海商批貨，海五商銷貨」為山海五商之分工模式。山五商向利民庫領取公款，於蘇、杭等地收購絲綢、瓷器等貨品，並交予海五商後，再至利民庫結帳並提領下一批公款。海五商交接獲物後，交予船隊。船隊交易結束後，再至利民庫結帳。山海五商各司其職。船隊方面則以航線作為區分。東洋船隊以日本、台灣、呂宋為主要航線；西洋船隊則是航行於南洋、波斯，戰爭時轉調戰船使用。山海五商與東西兩洋船隊皆隸屬於中央的戶官管轄之下，財務各自獨立，無從屬關係。另外，「領本獨立販運個商」則是向鄭成功借貸資本、繳交利息並受監督的商團。將蘇杭貨品運至海外銷售，回航時採購海外貨物並售予廈門之海五商。無論山五商、海五商或者是個體戶商團，除了商業活動外，亦從事情報工作。
鄭經主政後，承繼之。1664年（永曆十八年）退守台灣後，清朝實施遷界令，山五商受盡挫折。後採取陳永華之議，以賄賂、秘密交易之手段突破封鎖。鄭經西征清朝時，廈門島之商業再度興盛，而舟山群島則利用行賄，偽裝漁船、獵船出海貿易，並派出海軍巡邏保護海上貿易之安全與順暢。
鄭經繼位延平王後，積極拓展國際貿易，因此派出使節團至萬丹（Bantam，今日的西北爪哇）邀請英國東印度公司來東寧進行貿易通商並給予英方優惠禮遇。1670年（永曆二十四年）6月3日，英方船艦萬丹號（The Bantam Pink）與珍珠號（The Pearl）航抵台灣。同年9月10日，英方指揮官克利斯布（Ellis Crisp）與鄭經簽署非正式通商協議。鄭方同意英方20項條款，主要內容大致為：允許英船自由貿易；英人在台可以自由買賣，並將糖與鹿皮等貨品運銷日本與呂宋等地。鄭方則向英方提出17項要求，主要內容大致為：英方船艦入港時須將火砲火槍移交鄭方暫管，離去時歸還；進口貨物售後須繳交關稅3%；派駐2名砲手與鐵匠1名為國王（鄭經）服役並為鄭方製造槍砲；要求英方供應火藥200桶、火繩槍200挺以及英國鐵100擔。
1672年10月13日，鄭英正式締結條約，雙方將先前協議精簡成13條，英方雖對於「入港繳交武器」與「進口稅3%」等要求頗有微詞，但仍然概括接受之。正式條約明文規定鄭方須將砂糖、皮革等貨品之年產量的三分之一售予英籍商人。鄭方要求之軍需品雖不見於此條約，但正式條約第4條仍載：「公司所屬英國人或其他國人，在英國首長之允許以及本人同意之情況下，得被鄭方留用或徵用為其國王或臣民服務。此條約對英方來說是為了拓展國際貿易版圖，而鄭方則是為了取得軍火以增強軍事力量。
簽訂條約後，英國東印度公司於1672年在安平設立商館，而英方則是積極爭取與清朝、日本進行直接貿易，但與日方交涉重新設立商館，仍遭日方拒絕。1675年，鄭經為獲得英製武器，因此與英國東印度公司追增補充條款：英方運銷之貨品應有槍200挺、鐵100擔，而鄭方則是同意英方於廈門設立商館。
雖然雙方簽訂通商條約，但英國東印度公司卻因鄭方對貨品的種種限制而經營不善。1680年，鄭經西征失利，英國東印度公司因此關閉廈門商館。台灣商館則因為英國貨品不易銷出；絲綢緞無法取得；與日本之貿易不通；鄭方對商品的嚴格管控，仲介貿易利潤無法獲得；鄭方積欠大量貨款債務，所以無法繼續維繫雙方關係。1681年，英國人關閉台灣商館，僅留一人代理清理債務。雙方關係遂告一段落。
根據《臺灣通史》的推斷，明鄭晚期的台灣人口，已經近趨二十萬人。
1662年，鄭成功抵台灣，開中華制度之始，未致力於推行漢文化教育。鄭經繼承王位後，初期亦因忙於對抗清荷聯軍而無暇文教；直至1664年敗退東寧才開始建設並推行台灣文教。鄭經鮮少親理國政，多委由宰輔陳永華掌理。1665年9月，陳永華認為開闢屯墾略顯成果，啟奏鄭經請求興建聖廟、普設學校；起初，鄭經以「荒服新創，不但地方侷促，而且人民稀少，姑暫待之將來」等語推辭，但在聽完陳永華以下言論之後，鄭經立刻下令擇地興建聖廟。
陳永華選定於承天府寧南坊鬼仔埔興建聖廟，命名為「先師聖廟」，並採行「廟學制」於旁設立明倫堂作為國子監。明倫堂為平時之教學場域，此外亦作為飲射、讀法、賓賢學習禮儀之處。聖廟落成之日，鄭經率領文武百官，親詣聖廟舉行祭祀至聖先師釋菜禮，聖廟四周圍繞上千東寧士庶，已深具儒家風氣。聖廟落成後，鄭經又再度下令設立社學，由中土儒士前往民間教導東寧子弟。當時東寧之社學可分為「漢-{庄}-社學」以及「土著社學」，學童年滿八歲即進入社學學習經史和寫作，定期實施考課。1666年（永曆二十年）2月，陳永華訂定「兩州三年兩試，照科、歲例開試儒童。州試有名送府，府試有名送院，院試取中，准充入太學」的取材模式。太學教育上，則「仍按月月課，三年取中式者，補六官內都事，擢用陞轉」。
由陳永華所建的台南孔廟，被視為引進漢文化教育典章之初始；日後清朝歷代知府修建文廟時，繕造東大成坊的「全台首學」門額更聞名全國。但早在中國漢文傳入前，荷蘭聯合東印度公司入主赤崁時便引進西方的教科文制度。屬喀爾文教派的歐洲傳教士在大台南地區傳播福音、編撰字典，讓大量的平埔族人（尤以本地的西拉雅族人）學習羅馬拼音文字的聖經、主禱文、十誡等典籍，並進而進行語文系統的溝通。被列為國家重要古物的西拉雅新港文書便是臺灣古代教育史上的珍貴見證。
1650年代後，清朝多次嘗試與明鄭政權和談，但從鄭成功以至鄭經，服制問題始終是明鄭與滿清雙方談判時，所重視的條件之一。
清康熙二十二年（西元1683年）明鄭降清，台灣漢人的衣冠服儀制度也有所轉變，根據文獻的記載：「十九日（1683年7月），施琅遣侍衛吳啟爵至台曉喻薙髮…。二十日，克塽令兵民悉遵制削髮。是日，福建總督姚啟聖亦遣…至台招撫，見兵民已薙髮，知功歸於琅，…。十八日，克塽率文武官佐悉薙髮易服」。
荷蘭人退出台灣後，鄭成功以熱蘭遮城（Zeelandia）為居城，人稱王城（）。王府分為內、外兩城。1664年，鄭經主政東寧，因為王府設於與本島有台江之隔的安平，所以聯絡、取水不便，因此另在赤崁興建王府，作宴居之用。
1664年，鄭經從福建迎寧靖王朱術桂至台灣，並於承天府（今赤崁樓）旁的西定坊建立寧靖王府邸，且供歲祿於朱術桂。1681年，鄭經去世，鄭克塽繼位。1683年清將施琅贏得澎湖海戰之勝利後，鄭克塽投降清朝，而寧靖王朱術桂則連同五位后妃一起自殺。寧靖王故宮改建為天后宮，供俸媽祖，即為今日台南的大天后宮。
北園別館是鄭經為其母親董太妃所興建的別館，即今日之台南開元寺。由於建於王城之北，故稱之北園。園面西、向台江，環境清幽、儉樸雅致。1680年（永曆三十四年）鄭經西征清朝無功而返，遭董太妃責備，因此漸漸無心於國事，又加上元老重臣陳永華、楊英、柯平等人相繼去世而更受打擊。因此，移居北園別館。1681年，鄭經薨逝於此館。同年又發生東寧之變，監國鄭克𡒉於此遇害。數月後，董太妃逝世於此。董太妃逝世後，北園漸漸荒廢。
祭祀官方性質的有「明朝護國之神」稱號的真武玄天上帝的真武廟、鄭氏另外又祭祀教人忠義，保佑商業的關帝；關帝廟數量更是當時之冠。設民廟者寥寥無幾，有守護水師之媽祖廟，有慈悲送子，廣渡眾生的觀音亭；保身康健的醫神大道公廟；以及主祀地府主宰，五嶽山神之首東嶽大帝的東嶽廟。
至聖先師的孔子廟，素為文人所重。明鄭東寧總制陳永華建了臺南孔廟，附設學堂，人稱「全臺首學」。
由於明朝極重視代表眾星拱辰的真武玄天大帝，奉玄天上帝（上帝公）為護國之神。故東寧亦將明朝「護國家神」真武大帝奉為王朝守護神；香火傳入大員後大力興建真武廟，促成來台漢人熱切信仰真武大帝；其中位階最高的臺南北極殿享有「大上帝廟」美譽，為官階最高之大廟，敬以春秋兩大祭。當時中國渡來漢民、兵士、商船航行海上需依靠北極星以進行船舶導航，因此來台漢人亦多數信奉上帝公。但女神媽祖早已名震閩南，水師官兵有相對少數的媽祖信徒，故明鄭官方亦偶祭祀之。
清朝攻台是利用當時相對少數的媽祖信仰，對明鄭官兵發動心理攻勢，因此東寧王國滅亡後，清廷便大肆在台宣揚媽祖神蹟，貶低原有的真武信仰與廟宇位階。故東寧王國盛行的玄天上帝延至清治時代中葉後逐漸不及於媽祖。日後清朝遂利用媽祖信仰之宣傳戰對付各種抗清運動，歷經日治時期民間對傳統信仰的凝聚力，最終使媽祖成為信仰主流。
臺灣北部本為西班牙殖民，有許多天主教信徒，在西班牙敗於荷蘭後多已離去。至於基督新教方面，在荷蘭統治時期與基督教密不可分，研判當時已有不少漢人新教徒及新港社原住民新教徒。代表人物為鄭成功在台通事何斌。隨著荷蘭東印度公司敗退離台後，基督新教也與荷蘭人一起退出台灣，在台灣傳播首度中斷。
鄭經曾派柯平、葉亨與清廷議和，並要求禮遇同等於李氏朝鮮的國與國地位，但不被慕天顏接受。
由於清帝国對明鄭勢力的封鎖，鄭經便開啟對外貿易，其中包含與日本的往來。當時對日本主要輸出品為稻米、鹿皮、蔗糖及來自中國的絲織品，輸入銀、銅、鉛、盔甲、棉布、瓷器等，雙方的貿易量在1665年到1672年達到高峰，為了加強雙邊的貿易關係，鄭經允許日本商人住在基隆。也因為通商頻繁，東寧亦流通當時日本的貨幣－寬永通寶。
1667年農曆五月初十日，林寅觀、曾勝與陳得等人率領4艘貨船從台灣起程，前往日本貿易，以及請求日本出兵幫助台灣反攻中國。途中遇風，1艘貨船於五月二十三日漂到朝鮮，二十五日在朝鮮王朝濟州島大靜縣猊來里浦浦口東邊歧頭處，被當地政府發現，自稱「大明福建省官商人」。船上95人，被稱為「漂海人」，引起朝鮮興趣，隨即他們被帶往漢城。朝鮮自身以「小中華」自居，崇明反清，同情漢族被满清帝国統治不得已剃髮易服，所有如何處置該船及人員就在朝廷上引發爭執，很多朝鮮士大夫聽說「明朝」還存在，異常激動。但由於怕得罪清帝国，朝鮮顯宗最終還是力排眾議，決定把他們送交清国。結果清廷將95人全部殺害。此後朝鮮對台灣東寧漂來船舶改變辦法，不准其登陸，就地遣返，以避免再次發生此類悲劇。
大肚王國為台灣原住民族所建立的部落聯盟，國王自稱為白晝之王，統治著中台灣。1661年，明鄭政權開啟了對臺灣的統治後，大肚與鄭氏的關係就處於敵對對立的關係中。
早在郑芝龙时期，明郑势力就开始和荷兰人接触，并且通商。料罗湾战役，荷兰人被郑芝龙打败，此后荷兰人据守台湾，直到郑成功攻下热兰遮城，荷兰人才开始逐渐退出台湾。
1670年7月，與英國東印度公司簽立十三條通商約款，並且在安平設立臺灣商館，主要內容為英人可在台灣自由貿易、關稅為百分之三，公司可得視需要隨時提出條款，台灣國王（鄭經）應盡量承認。為台灣史上第一份國際通商條約。1675年兩方再增補充條款十條。
嘉靖四十四年（1565年），西班牙帝國開始殖民統治菲律宾群島；萬曆三十一年（1603年）和崇禎十二年（1639年），西葡聯邦殖民當局两次屠杀在最大島呂宋的华侨华商，死亡人数高达五万餘人。
鄭成功於攻下台湾不久后，聽聞在被西班牙人在菲律宾有杀戮與掠夺华侨的罪行，勃然大怒。永曆十一年（1657年），郑成功曾经致函给爪哇岛巴达维亚的一位华侨甲必丹，要求他停止与菲律宾的西班牙殖民者进行贸易往来。郑成功曾多次对菲律宾华侨表示关切，并提出要率兵攻取菲律宾，以惩罚西班牙人。
永曆十六年（1662年）四月，通過意大利籍神父李科羅向菲律宾的西班牙总督递交国书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，令其「改邪归正，俯首纳贡」，但西班牙人反因此在马尼拉进行了第三次对华侨的屠杀。郑成功闻讯大怒，决定挥师征讨，为华侨报仇。他一面抚恤安置从菲律宾逃到台湾的华侨，一方面组织筹备军队，派人暗中与在菲律宾的华侨联络，以便到时可裡应外合。但尚未出兵，當他又聽聞其子鄭經在廈門居然跟其幼弟的乳母陳氏私通，鄭成功勃然大怒，命自己的堂兄鄭泰斬殺鄭經，鄭泰因不忍与辈分关系而抗命。
吕宋现为东南亚的菲律宾，乃中国近邻，漳泉之外集，距离台湾很近。与台湾相比，吕宋更辽阔，更富有。况且西班牙人占领以后，视吕宋为禁脔，对待华人最无礼，郑氏也对此耿耿于怀。攻取吕宋以外外府，掌握马尼拉方便采购，这一战略构想早在郑成功脑海里构成。因此，郑成功想效法林凤，远征菲律宾。但是不久郑成功身死而功败垂成；郑经时，本来已经调集了部队南下，因接到中國耿精忠联合讨伐满清，遂将部队派往厦门，攻取吕宋之事半途而废。郑克臧末期，清军进攻台湾，明郑诸臣建议攻取吕宋，以保存大明遗脉，但是遭到了刘国轩和冯锡范等人的反对，打消了攻取吕宋的念头，转头降清。郑氏政权曾有三次机会可以间质吕宋，把制海权推进菲律宾群岛，却因为第一次不能，第二次不想，第三次不敢，永远的失去了机会。
鄭經在三藩起事時出兵中國，後因戰事不利撤退，若干將領四散海外，禮武鎮總兵楊彥迪率兵眷三千餘人投奔廣南國，二鎮總兵周雲隆率一隊船在舟山，房錫鵬也有一支船隊在浙江烏洋，黃進在琉球。
楊彥迪被廣南國安置在今越南南部同奈省、巴地頭頓省一帶，他本人對此不滿，率兵移居今前江省美湫市一帶，他的部將陳上川則按照廣南國的安排，定居同奈省、巴地頭頓省一帶。這隻華人的後裔以明鄉人之名傳後世。明清之际移居越南的明国遗民，通常懷有強烈的民族情節，著明服裝、戴明儒巾，保持著明朝特色，标榜自身的“明朝人”身份，以中华正统文化的继承者自居。朱姓的明帝國滅亡，而「海上明朝」不滅。
根據史載，鄭氏於對外之官方文書中，自始自終皆奉南明的永曆帝為其正朔帝王；即使永曆帝早在1662年遭吳三桂擒獲後縊死，鄭氏依然持續使用「永曆」為年號直至1683年末代藩王鄭克塽降清為止，前後共歷21年。面對滿清，鄭氏始終以「大明中興」、「反清復明」或「反滿復漢」為其政治願景，並在台灣推廣認同明朝的儒學教育，一直保持著流亡政權的統治姿態。1683年，鄭克塽便是以「延平王」的身份向施琅投降，其降表中載明繳納「延平王金印」及「招討大將軍金印」各一。許多學者將1949年退守台灣的國民黨政權類比為鄭氏政權，因為他們都在中國戰敗而轉進台灣，同時也都宣稱將以台灣作為復興基地以便在未來「反攻大陸」。
不過，綜觀鄭氏的作為，有許多方面並未遵守郡王家族應有的封建地位。按照法理，鄭氏僅有鄭成功本人接受過永曆帝的冊封而封王，其子鄭經與其孫鄭克塽則從未也無從得到任何明朝皇帝的冊封；然而，鄭經卻在鄭成功薨殂之後，擅自自稱「世藩」繼承王爵並統治東寧；中年後，鄭經更要求東寧士庶向自己「稱臣」，並冊封長子鄭克臧為攝政世子，此等舉動被文人沈光文以「鄭錦僭王」等字句批評。此外，鄭經曾留下「建國東寧」、「別立乾坤」等語意不明確之語句，對此，當代學者各持有不一樣的解讀。鄭經死後，鄭克塽藉由政變登基，不僅自行晉封「潮王」，鄭克塽亦擅行皇帝職權，分別以「武」、「文」二字追諡祖、父二輩。除追諡之外，王族鄭聰、鄭克壆等人及重臣劉國軒、馮錫范等人皆得到公爵、侯爵或伯爵等不同等級的爵位。
明鄭統治「南台灣」的時間雖然不長，對台灣之政治認同的發展，卻有極重要的意涵。一方面，它不只是台灣歷史上「第一個漢人政權」，也是一個事實上獨立的政權。
鄭成功在驅逐荷蘭人以後，將「大員」改名為「東都」。為解決兵糧問題，令諸將士「寓兵於農」，按鎮分地、按地開墾。到了鄭經時，採陳永華之議，建立完整的中央政府體制，體制層次分明，儼然一獨立國家。
英國、日本等國家，也將南台灣視為一個獨立國家進行貿易往來；「英國東印度公司」曾與明鄭政權簽訂通商條約，當時英國人直稱其為「台灣王國」或「福爾摩沙王國」，英國東印度公司上書鄭經時，則稱呼其為「陛下（Your Majesty）」。
究其根本，實因奉明朝正朔永曆年號的鄭氏，如果正式稱帝，將會有竄奪大明正統之虞。因而僅依鄭成功於南明永历九年四月（1655年）敕封為延平王的郡王爵位，始終以「王」自居。
為設立貿易據點，荷蘭東印度公司佔領不受明朝政府管轄的福爾摩沙（今臺灣）大員（今臺南市安平區），建立台灣史第一個近代政權。明帝國對於荷蘭人佔領臺灣並無異議，因為臺灣並非其所認為的領土。
根據中央研究院院士杜正勝與曹永和的研究：「明朝雖實施海禁，但台灣不只明朝不管，甚至也不屬任何國家管轄，所以走私船早在當時就在基隆、安平與淡水會合明朝、日本與西班牙、葡萄牙與荷蘭的商船。...根據荷蘭史料，當時東印度公司指揮官萊爾森於1622年到福州談判，明朝官員為了勸誘他們撤出澎湖，建議他們到澎湖以東，一座不屬於明朝的島嶼，也就是台灣，間接同意明朝船隻到大員（今安平）與之通商。...當時明朝官員向萊爾森說：「你不知道大員怎麼去，我們派船帶你去」。這段史料，顯見明朝福建官員知道台灣，卻不把台灣當作屬地。而同樣年代，明代的史料記載的是，官員軟硬兼施，並請海商李旦居中協調，荷蘭的新任長官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘熱蘭遮城號商船，來到大員上岸，宋克也成為荷蘭建立台灣政權的首任長官，他也在大員建立熱蘭遮城。」
此外，清朝雍正帝說：“台灣地方，自古未屬中國，皇考（指康熙皇帝）聖略神威，拓入版圖”，乾隆年間《重修福建台灣府志》序言：“台灣……然自宋元以前不登經傳。至明季而後，始有荷蘭屯聚……迨康熙癸未，始入版圖，改隸郡邑。”，卷二又寫道：“台灣府，古荒服地，先是，未隸中國版圖。”。故由清朝皇帝的皇府的書籍以及官方的地方誌而知，清人認知台灣在清朝之前不屬於中國，而是1684年（康熙二十三年）才納入中國版圖。查繼佐在《東山國語》說：「臺灣，洋夷也，獨用夏以變夷。」，也未將台灣當為中國領土。
而鄭成功為中國收復臺灣的說法，來自後來《台灣通史》所載一封鄭成功-{致}-荷蘭東印度公司末代大員長官揆一的勸降書：“...然臺灣者，中國之土地也，久為貴國所踞。今余既來索，則地當歸我，珍瑤不急之物悉聽而歸。……”，然而此段既與荷蘭所載書信不同，又不見於任何明清文獻，被認為是連橫所杜撰，陳昭瑛認為是連橫從江日昇《臺灣外記》所記「此地非爾所有，乃前太師練兵之所。今藩主前来，是复其故土。」改寫。
實際上鄭成功在出征台灣之前，所發表的文告表示：「本藩矢志恢復，切念中興，恐孤島之難居，..冒波濤，欲闢不服之區，暫寄軍旅，養晦待時，非為貪戀海外，茍延安樂。」，有「不服之區」、「海外」之說，兒子鄭經則自己認為台灣是大明的反攻基地，而台灣不是大清的領土。
對當今所謂「台灣問題」與台海現狀持不同政治立場的學者，雖然立論的基礎並不完全一樣，卻不約而同地對鄭成功這個短暫的政權有著極高的評價。中華民國於1950年《海天孤憤：鄭成功復國史紀評》一書作者黃天健則強調他「恢復中原」的志向、以及對明朝堅決效忠的國族情懷，而中華人民共和國於1955年《鄭成功》一書作者方白盛讚鄭成功是驅趕「紅毛番」的民族英雄；再者；第三，中華民國於1985年〈渡海〉一文作者林濁水則認為鄭氏政權是台灣歷史上的第一個獨立王國。2016年，多個台灣原住民團體於臺南火車站前，稱對原住民族來說，鄭成功卻是開啟族人不斷被外來政權殖民與壓迫的歷史命運。 自今南台灣許多地名或古地名只要是有「鎮」、「衝」、「營」等軍事單位之名稱的，絕大多數都與明鄭有關。如：
（按照作者姓氏漢語拼音的順序排列）
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