臺灣荷蘭統治時期
荷屬福爾摩沙，史稱為「臺灣荷蘭統治時期」為1624至1662年間，尼德蘭七省聯合共和國與聯合東印度公司於南臺灣歷時38年的殖民統治期間擁有的殖民地的統稱，影響力遍及整個臺灣西部。若將澎湖群島與臺灣本島兩者視為一體，則可視1622年荷蘭人建風櫃尾城堡為本時期的開端。日本史書稱為雞籠國。
此時正逢地理大發現，歐洲強權紛紛前來東亞貿易，並建立殖民地，而荷蘭人為建立能與中國明朝、日本貿易的據點，遂於1624年奪取臺灣。在荷蘭人據臺以前，臺灣本島未有嚴格定義的漢人移民族群，雖然當時漢人已在澎湖群島建立政權作為管理臺灣的踏板，但是尚未將觸角深入臺灣內部的原因，大致有下列幾項：
在原住民的統治方面，起先荷蘭人以發展貿易為重，無力擴張。等到1635年起，荷蘭殖民當局對外貿易開始穩定，才發起征服行動，與高雄附近的麻豆社原住民部落訂定麻豆協約，確立荷蘭人為該地區領主、原住民為封臣的封建關係。荷蘭人透過定期召開的地方會議（），維繫雙方的封建關係，並任命原住民首長，確立原住民社會的正式領袖，以協助荷蘭人推行政令。透過地方會議，荷蘭人也將原本以個別或多個村社為政治實體、彼此攻伐的原住民部落，統合成互相聯盟的聯合村（），置於荷蘭主權之下。荷蘭人便藉由攻擊聯合村的敵對部落，讓原住民出草，使得雙方的關係更為緊密。
1640年代以後，臺灣南部沿海殖民地的行政支出不斷的暴漲，收入也逐漸從轉口貿易轉移到本地稅收。為此，荷蘭人開始新增各種稅收，加上1650年後許多農民賴以維生的甘蔗業開始衰退，漢人對於荷蘭人的統治越來越不滿，引爆了郭懷一事件。事件平息之後，荷蘭人並沒有更改整個殖民地的結構，依然以剝削漢人勞力為經濟發展基礎。之後鄭成功崛起於福建沿海，為荷蘭人創建的荷漢殖民地帶來新的變數，鄭成功於1661年進攻臺灣，翌年荷蘭人為其所擊敗，退出臺灣南部沿海佔據地。
15、16世紀，基督教世界的西歐國家困於鄂圖曼土耳其帝國的陸路封鎖，積極向外擴張勢力，開闢往東亞的新貿易航路，因而發現美洲新大陸、好望角新航路，進而縮短了亞洲與歐洲的距離，世界從此進入海權時代。西歐各國競相到世界各地從事探險、殖民、貿易、傳教活動。在海權爭霸的國際環境下，臺灣被迫走入新的歷史時期。
17世紀初，西方重商主義國家也開始注意臺灣。此時遠東海面已成為歐洲三國角逐的形勢：租得明帝國之澳門的葡萄牙王國、殖民菲律賓呂宋島的西班牙帝國、佔據爪哇的荷蘭聯省共和國，在遠東海面展開商業和殖民的競爭。西歐勢力東移的同一時期，正值明帝國政府結束了鄭和「七下西洋」的行動，逐漸關閉起國門對外實行海禁政策時期，倭寇及海盜（或稱為擁有武裝的「海商集團」）因走私貿易利潤豐厚，而在明帝國東南沿海一帶積極活動，甚至公然挑戰明帝國的統治權威。
1543年，葡萄牙船隻在經過臺灣海峽時，有個船員偶然遙望，發現一個青蔥翠綠的海島，禁不住喊出「Ilha Formosa（葡萄牙語：美麗島）」，就這樣，這個「福爾摩沙」（Formosa），就成了西方世界對臺灣這個島嶼的稱呼。然而，葡萄牙人雖是最早抵達東亞的歐洲探險者，但是與臺灣之間僅止於用鴉片與銀元交換臺灣原住民的物品，並不打算進一步殖民。
在當時，臺灣除了少數漢族移民之外，早已有南島民族系原住民的存在，這些使用南島語系的臺灣原住民族群分佈於臺灣全島。南島語族主要分布範圍北到台灣，南至紐西蘭，東到復活節島，西至馬達加斯加。他們雖然同屬南島馬來民系，但是並非同一種族。這些原住民族各有不同的語言與風俗習慣，構成獨立而不相隸屬的部落社會。由於不同的語言、風俗習慣、居住區，這些原住民族可能是在不同時間，從不同地方搬遷而來。因為分成許多族群，原住民族在臺灣始終未能建立統一全臺的政權，僅有些地方部落聯盟（荷蘭當局曾將台灣各地劃分為十一個政治實體），如台中附近的大肚王國，屏東到臺南一帶的瑪家王國和恆春半島上的瑯嶠君主。
由於適當的地理位置，臺灣成為倭寇或海盜的整補地及避風港。倭寇或海盜在明帝國沿海劫掠，遇到官兵追擊，就逃至澎湖群島，然後再到臺灣。官兵雖會追至澎湖，但甚少窮追到臺灣（明將只有沈有容曾跨海追至安平，並「盡殲群倭」）。關於當時臺灣的情景，學者多參考《東番記》，為最早對於臺灣的相關記載。
荷蘭獨立戰爭爆發後，荷蘭人成立了荷蘭東印度公司，發動一連串戰爭，以奪取西葡聯邦於東亞的殖民地。後來荷蘭人在雅加達、安汶、平戶等地陸續開設商館，惟與中國貿易進展不順。1604年，韋麻郎打算進攻澳門，以作為與明朝貿易的基地。因被葡萄牙人擊退，韋麻郎轉而趁明軍無汛兵防守時，佔領澎湖。但明軍將領沈有容率兵到澎湖，要求韋麻郎離開。韋麻郎迫於此壓力下，且無法順利與中國貿易，因而離開。此事件留有《沈有容諭退紅毛番韋麻郎等》碑，今仍豎立在澎湖天后宮中。
1622年，揚·彼得斯佐恩·庫恩總督獲知西班牙人意圖佔領臺灣，遂派雷約生（, c.1590 - 1632）率領600人進攻澳門，若失敗則轉往澎湖或臺灣設立貿易據點。只是葡荷澳門戰役荷軍遭西葡聯邦軍頑強抵抗，損失慘重，雷約生遂轉佔澎湖，並在風櫃尾築城。雷約生到福州見福建巡撫商周祚，希望與中國貿易。商周祚私下答應雷約生，只要撤出澎湖，就允許他們在台灣貿易，但雙方一直無法取得共識。
1624年南居益上任福建巡撫後，打算硬逼荷蘭人退出澎湖，派兵包圍了風櫃尾城。經過八個月激戰、雷約生多次請辭，荷蘭東印度公司派馬丁努斯·宋克來接應，而明朝從四千人增兵到一萬人。經李旦介入協調以後，荷蘭人和明朝達成協議，同意摧毀風櫃尾的要塞和砲台，轉進至不屬於中國版圖的臺灣島，明朝亦不干涉荷蘭對臺灣的佔領。李旦之所以積極介入，原因之一是為了解除荷蘭人佔據澎湖後，不准中國商船到馬尼拉貿易的困境。
1624年8月26日，荷軍撤出澎湖轉往台灣。荷蘭東印度公司乃於不受明朝政府管轄的福爾摩沙（今臺灣）大員（今臺南市安平區），建立臺灣本島信史上第一個統治政權。
根據中央研究院院士杜正勝與曹永和的研究：「明朝雖實施海禁，但臺灣不只明朝不管，甚至也不屬任何國家管轄，所以走私船早在當時就在基隆、安平與淡水會合明朝、日本與西班牙、葡萄牙與荷蘭的商船。...根據荷蘭史料，當時東印度公司指揮官萊爾森於1622年到福州談判，明朝官員為了勸誘他們撤出澎湖，建議他們到澎湖以東，一座不屬於明朝的島嶼，也就是臺灣，間接同意明朝船隻到大員（今安平）與之通商。...當時明朝官員向萊爾森說：「你不知道大員怎麼去，我們派船帶你去」。這段史料，顯見明朝福建官員知道臺灣，但不以臺灣當作屬地。而同樣年代，明代的史料記載的是，官員軟硬兼施，並請海商李旦居中協調，荷蘭的新任長官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘熱蘭遮城號商船，來到大員上岸，宋克也成為荷蘭建立臺灣政權的首任長官，他也在大員建立熱蘭遮城。。
新任長官宋克首先在北汕尾（今臺南四草）建立簡易的商館，並於1625年，在大員一鯤鯓（今臺南安平區）築熱蘭遮城，以此作為統治臺灣的中心。這是臺灣躍上國際舞台的開始，也為外來政權佔領的開始。
在臺江內海附近的平原上，有四個主要的西拉雅村莊，分別為新港社、蕭壠社、麻豆社、目加溜灣社。荷蘭人與新港社結盟，但是新港社係其中最弱小的村莊，經常會被最強大的村莊——麻豆社所攻擊。雖然荷蘭人數次支援新港社對抗麻豆社，1629年卻爆發了麻豆溪事件，徹底打擊荷蘭人的威望。當時大員當局的士兵還不到400人，無法戰勝麻豆，加上受到濱田彌兵衛事件波及，對外貿易受挫，讓巴達維亞當局不願增援。1630年，大員當局只得先進攻麻豆社的同盟村——目加溜灣社，並和麻豆社暫時休兵。
到了1635年9月，巴達維亞當局同意增援臺灣；同時麻豆社、蕭壠社爆發了瘟疫，村內不少勇士都染病而死。大員當局認為這是好時機，聯合新港社於11月23日攻入麻豆社，並簽訂麻豆協約，又於聖誕節之役擊敗塔加拉揚社（Taccariang，約在今高雄一帶）。荷軍乘戰勝的餘威，擊敗了其他敵對村莊，如蕭壟社、小琉球社等等，其他南臺灣的部落也陸續臣服。這一連串的勝利確立了荷蘭人的威勢，到1636年底，共有57座原住民村莊服從荷蘭人。
1636年起，因赤崁附近的鹿群大量減少，大員當局遂開放漢人前往北邊捕鹿。此時虎尾壠社是有名的梅花鹿棲息地，不少漢人走私團體居住於此，並和原住民從事鹿皮交易。虎尾壠漢人為了排除新來漢人的競爭，便聯合虎尾壠原住民反抗荷蘭人，並殺害前來捕鹿的漢人。大員當局分別於1637年及1638年進攻虎尾壠，不過虎尾壠社依然敵視大員當局，甚至殺死了3位荷蘭人。1642年，荷軍進攻虎尾壠社，殺死了之前襲擊荷蘭人的30人，自此之後虎尾壠社不再反抗。此後，大員當局有鑒於虎尾壠社的敵意出自漢人煽動，遂禁止漢人定居於原住民部落，並要求原住民搜補非法居住的漢人。
荷蘭佔領南臺灣後，西班牙人亦佔領北臺灣，開啟其統治。然而1637年起，西班牙人開始削減在台軍力，並從淡水撤出。時任總督的安東尼·范·迪門探悉此消息以後，乃於1642年派艦攻佔雞籠，趕走了西班牙人。荷蘭人征服北臺灣後，目標轉為完全征服西部平原的原住民，以連通臺灣南北的道路。1644年，荷軍征服北臺灣其餘不肯服從的部落，並南下打通陸路。荷軍在路上為隸屬大肚王國的水裡社及半線社所攻擊，不過仍順利抵達大員。1645年1月，荷軍進攻大肚王國內的反荷部落，大肚王國只得於4月正式降服，至此全西部平原皆服從荷蘭人的統治。
自1650年起，鄭成功於福建沿海崛起，為了籌措和清朝抗衡的軍費，他派遣大量商船前往日本及東南亞貿易，與荷蘭人競爭。1652年爆發郭懷一事件，因為起事規模過大，就有傳言鄭成功在暗中操縱。雖然荷蘭人判斷只是謠言，仍然很擔心鄭成功的威脅。荷蘭人為了打擊鄭成功，開始在海上扣押鄭氏商船，鄭成功則禁止雙邊貿易作為報復。
1657年，揆一派何斌和鄭成功交涉，雖然鄭成功答應恢復通商，何斌卻暗中替鄭成功在臺灣徵稅，直到1659年大員當局發現此事，何斌便投奔鄭成功。何斌逃亡讓臺灣西南部陷入動盪，到處都謠傳鄭成功即將進攻，一些漢人開始收拾財產，打算攜帶家眷返回中國大陸。1661年，鄭成功進攻臺灣，很快就拿下普羅民遮城，並包圍熱蘭遮城。1662年，鄭軍奪下大員的制高點—烏特勒支碉堡，荷蘭的大員當局自知已無力再戰，只得退出臺灣。
荷蘭人為鄭成功所擊敗後，遂打算和大清帝國合作對付鄭氏王朝。1663年清荷聯軍進攻金門、廈門，鄭成功的繼承者鄭經寡不敵眾，退守銅山。荷軍雖然得勝，但清軍卻未協助進攻臺灣，讓荷蘭人的期望落空。
1664年，荷蘭人出兵佔領雞籠，並於此地發展貿易，鄭軍隨後也於1665年進駐淡水，與荷軍對峙。然而雞籠不但補給困難，貿易也始終無進展，1667年東印度議會以損失荷蘭盾八萬元為由，裁決撤出雞籠，翌年7月將所有公司職員接回荷屬東印度的巴達維亞，自此荷蘭人徹底放棄佔領臺灣。
一般上皆稱當時的殖民者為荷蘭人，不過荷蘭東印度公司招募職員時，其實包含許多歐洲民族，外國人以受雇為士兵的德意志人為最多。駐臺灣的職員需簽署三、五或十年的工作契約，期滿後通常在加薪、升遷的條件下續約。簽約職員必須遵守公司規定，譬如不能私自經商，公司商務員才允許從商。職員私下貿易被查獲，將受懲處並沒收貨物。除了職員之外，還有少數未續約而成為自由市民的人，但公司也有權管制，甚至限定他們的貿易範圍。在荷蘭社群中，亦有身分等級的差別，公司的高階職位只保留給荷蘭共和國的高階市民，低階職位例如士兵、水手、工人多由外國人擔任。高階荷蘭市民普遍鄙視低階群體，並透過體罰控制其紀律。
1623年在荷蘭人還未統治臺灣時，大約有1500名漢人於臺灣嘉南平原生活或僑居，大部分都是來捕烏魚，或向原住民收購鹿製品，因此這些人都是短期居留，並未建立適合開墾的殖民地。荷蘭人設立商館後，發現臺灣土地肥沃，打算招募漢人於赤崁建立墾殖區，然而漢人農民經常遭受原住民的攻擊，因此在臺灣定居的漢人仍然不多。直到1635年到1636年間普特曼斯戰勝原住民，簽訂麻豆協約，特別要求原住民不得傷害漢人，並實施許多鼓勵發展農業的政策，才確立了漢人在臺灣的墾殖區。原本移民臺灣的漢人只有男性，直到1646年加隆長官提供免什一稅優惠，鼓勵漢人帶家眷前來，才有女性移民。又因中國大陸處於明、清朝代交替的動盪時期，有很多漢人為了躲避戰亂，移民潮掀起高峰，1659年以後，漢人人口成長至25000到30000人。
1640年代起後，漢人社群中開始產生一群叫做頭家（）的階層，成為大員當局諮詢政策的對象，並負責調解、仲裁漢人彼此的糾紛。這些頭家與福建的大商人有很密切的關係，又會參與公司在臺灣的經營事業，因此荷蘭人在財政或行政上都很仰賴這群人。
在荷蘭人還未統治臺灣時，已有日本商人與漁民常住於大員等地。1626年，西班牙人繪製的「臺灣的荷蘭人港口圖」上標示，日本人有106人居住在熱蘭遮城旁邊的街市上。普羅民遮城附近也有日人聚居。臺灣的鹿皮貿易在德川幕府的鎖國政策實行前亦由日本商人所獨佔。1625年後，荷蘭當局頒令禁止僑居日本之中國商人來大員經商，且對日本人自福爾摩沙輸出貨品課徵什一稅。此舉引發日荷關係緊張，終至演變為濱田彌兵衛事件，造成1628年日方終止與荷方貿易。經雙方多次交涉，1632年才恢復貿易。除貿易衝突外，荷日雙方亦曾在臺灣爭奪司法管轄權。日方僑領曾宣稱擁有日本天皇授予對日本人之司法管轄權，因而與荷蘭當局發生衝突。荷方認為此舉侵犯其對福爾摩沙的主權，然常因避免荷日關係惡化最後予以部分退讓。
當時原住民部落，除了大肚王國及瑯嶠、瑪家等排灣族部落以外，社內少有絕對的統治者。原住民係以個別村社為政治實體，而有一群約定成俗的長老，或是精於作戰、狩獵的人物，作為村社對外交涉的代表。
荷蘭人統治臺灣後，藉由地方會議來挑選受其征服的各社首長，候選人來自社內長老，首長職權除執行當局政令之外，亦需協助宣教士推動教育事業。首長人數依村社規模而有所不同，如大社3位、中社2位、小社1位，首長若是年紀過大，荷蘭人也會多選1位首長以輔助。首長原則上一年一任，大多數人都能連任，荷蘭人亦會考量首長之品行、能力、健康、個人意願而更換人選。
但是，事實上，大部分的原住民部落都未被征服，因此大多數原住民部落仍保有自身的自治權。
臺灣雖然是荷蘭東印度公司之殖民地，但在法律上卻是荷蘭共和國以公司為代表之荷蘭屬邦，並由臺灣長官與臺灣議會（）所組成之臺灣領邦政府（）治理。政府以臺灣議會為最高統治機構，由臺灣長官，長官副手、最高階軍官、2位上級商務員擔任議員。議會的職責有頒布告令、統率軍隊、制定政策與貿易方針、指派下級單位的官員。議會所有決策皆由討論取得共識，再交付臺灣長官辦理，並將通過的法條記載在《臺灣告令集》（荷蘭語：），以荷文、中文公告。
臺灣議會下轄臺灣公司法庭，作為最高司法機構，以審理公司職員的民事、刑事案件。公司法庭下設市政法庭，審理自由市民與漢人之刑事及重大民事案件。另外還設有頭家公堂，負責審理漢人輕微的民事案件，依大員議會1656年的決議，訴訟標的價值低於10里爾的案件，只能由頭家公堂受理。
荷蘭人引入歐洲封建制度，以確立荷蘭人為領主、原住民為封臣的關係，再由地方會議及年貢加以維繫。服從荷蘭人的村社，須交出一株附有本地土壤的樹苗，象徵轉移主權。在此種關係上，荷蘭人認可原住民的土地為封建領土，荷蘭人或漢人在其領土從事伐木、開墾、捕魚等經濟活動，都要支付補償金給原住民。原住民身為封臣，司法上不受《臺灣告令集》約束，而是依各自部落的習慣審理案件，並由派駐在當地的政務員輔導與監督。然而涉及死刑或流放臺灣島外案件，需交由臺灣議會審理。
大員當局把臺灣畫分成北部地方會議區、南部地方會議區、淡水地方會議區、卑南地方會議區四大區域，原住民依其所屬區域推舉代表與會。會議係分區召開，開會日期亦有不同，南部、北部皆由長官主持，並於赤崁開會；淡水及卑南分別由駐於安東尼堡、卑南社的代表主持。原則上每年開會一次，也有因故停會，1657年就因南臺灣爆發天花，僅於淡水地方開會。
地方會議主要係確認原住民對長官的從屬關係，以維繫所屬村社與公司所簽的協約，亦有仲裁糾紛、訓示原住民須盡職責等涵義。若有新長官上任，原住民須宣誓效忠新長官，會議同時也改選村社首長，並授予其象徵權威的藤杖，而卸任者必須繳回受頒的藤杖，表示不再擁有權力。
荷蘭人更會藉由會議排場，展現己方的優越地位。每次長官及議員前往會場時，荷軍皆會鳴放禮砲及禮槍，並由士兵簇擁就座。開會時，長官及議員皆坐在較高的亭子，原住民則坐在較矮的桌椅上，顯示雙方地位有差距。荷蘭人為表示漢人的地位不如己方，通常不讓漢人出席會議，就算有人出席，也僅於宴會上端送茶、點心，明白表示漢人為公司屬下。
年貢起源於1642年，大員當局向南路各社徵收10綑稻穀，作為服從荷蘭人的象徵，此後並推行至其他地區。只是原住民對於一綑該有多少米，各有不同的認知，後來大員當局遂制定繳納標準，規定每戶交20斤稻米或4張鹿皮作為年貢。然而非每戶人家皆需繳交，荷蘭人所任命之村社首長即可免繳，大肚王及瑯嶠王也有同樣待遇，新加入聯合村者，第一年也免繳。
年貢徵收情形亦有地域差異，南、北二路繳交情況皆良好。距離大員較遠或未被征服村社則不需繳，如蘭陽平原、東部皆有原住民拒絕繳納，而瑪家王國則不需繳，甚至是由荷蘭繳納農作物以求和平，淡水原住民是在荷蘭人以武力威脅後才繳交。
雖然年貢並非大員當局重大的收入，然而原住民的生計自1640年代即開始下跌，有些村社甚至無力繳納。為此，大員當局於1648年停止徵收年貢，然而有學校的村社仍需付薪水給本地原住民教師。到了1650年，巴達維亞當局認為這是變相的年貢，下令廢止，教師薪水一律由公司出錢。
大員當局最主要的武力為公司僱用的士兵，負責前線作戰，而後勤任務另外僱用漢人擔任。然而大員當局非只依賴傭兵，由原住民組成的聯合村也為重要武力。聯合村起源於1635年時，大員當局與麻豆社的協約，條文明定原住民須協助荷蘭人對抗敵對村社，此後臣服荷蘭人的各村社皆比照辦理。往後聯合村也參與了多次重要戰役，如探金行動、郭懷一事件等。
當大員當局發動戰爭時，會另行考量征討對象的地理位置，以決定徵召哪些村社組成聯軍。例如西部平原為西拉雅族；南臺灣為瑯嶠、放索社、下淡水社；東臺灣為卑南社。尤其是離大員遙遠的地區，荷蘭人更加依賴聯合村，像是1640年代以後，荷蘭人僅留20餘人駐守東臺灣，皆須靠卑南社才能抗衡阿美族及布農族。
荷軍士兵如同歐洲各國的軍隊，普遍以鳥銃作戰，在戰術上率先歐洲，採用戰術來彌補裝填彈藥的空檔時間，讓火銃隊可發揮強大的火力。排放戰術在荷軍鎮壓郭懷一事件便發揮極大的作用，當時郭懷一部眾在人數上佔有優勢，然而當荷軍展開排放射擊後，郭軍畏懼密集的火力而開始潰逃，荷軍甚至無人受傷就鎮壓了起事。在大炮的使用上，荷軍炮彈已採用發射後可爆炸的榴彈，並透過瞄準工具，提高炮擊精準度。荷軍大炮在鄭成功攻台之役造成鄭軍極大的損傷，讓鄭軍相當畏懼，甚至有人認為荷軍炮手能夠把炸彈投在任何想要的地方。
荷蘭船艦在中文文獻上被統稱為夾板船，荷軍的船堅炮利，就連明朝官員也相當畏懼。荷軍船艦兩側各架設一排大炮，可以架設30~36門大炮，船身又相當高大堅固，幾乎無法強行登船。荷軍船艦也有強大的逆風行駛能力，料羅灣之戰時，普特曼斯的艦隊戰敗後便逆風撤退，讓鄭芝龍的艦隊無法追上；在鄭成功攻台之役時，一艘荷軍船艦逆著西南季風從大員航行到巴達維亞求援，幾乎扭轉戰局。在清荷聯軍之役，荷軍船艦展現出強大的戰力，當時荷軍15艘軍艦，便足以匹敵鄭軍100艘軍艦。
居於臺灣西南平原的西拉雅族已有從事原始耕作，只是型態仍不脫離自給自足，產量有限。荷蘭人為了提升農產量，開始鼓勵漢人前來臺灣開墾，並制定了許多獎勵措施。漢人只要種植指定數量的農作物，就可無償獲頒土地，也保證以預定價格收購翌年生產的農作物。甘蔗和米是最主要種植的作物，也有棉花、靛青、麻、小麥、薑、菸草、土茯苓等，只是種植都不如甘蔗和米熱絡。當時土地開墾集中於赤崁一帶，以及西拉雅四大社交界之處，而1656年後二仁溪以南的土地也迅速開發。
甘蔗係荷蘭人農業發展之重點，用於提煉外銷用的白糖、紅糖，主要銷地為日本和波斯，其餘則運回巴達維亞。1640年代後期每年大約可提煉出9000擔的白糖，到了1657年後產量更是達到17000擔。大員當局也多以信貸政策刺激甘蔗種植，像是以生長中的蔗苗作擔保品貸款給漢人，不過荷蘭人獨占所有砂糖的出口，直到1656年才開放他人經營。
稻米除了供臺灣本地消費之外，也有農民把米賣至中國。雖然1634年起漢人就開始種米，但稻米比甘蔗較易受氣候、病蟲害的影響，起初耕種並不熱絡。到了1640年代，因中國米價持續高漲，許多農民放棄種甘蔗而改種稻米。因為稻米的經濟價值較低，大員當局擔心排擠種植甘蔗，於1643年取消了稻米收成免稅，開始徵收稻米什一稅。
17世紀早期，臺灣西部平原充滿了大量的臺灣梅花鹿，此時已有原住民從事獵鹿，鹿隻除了作食用以外，也會製成各種鹿製品以供交易。鹿皮主要銷往日本，以製成甲冑及各種服飾；而銷往中國的有鹿肉，以及藥用的鹿茸、鹿鞭。由於出口鹿製品的獲利頗多，引來不少華人前來走私，而大員當局往往苦於查緝走私商。1636年，大員當局為了管制鹿製品貿易，開辦狩獵執照，漢人需購買執照才可獵鹿，同時也對出口鹿製品課稅。但是大員當局的措施，引起了走私漢商及原住民共同反抗，最激烈的首推虎尾壠社。反抗事件平息之後，大員當局廢除了執照制度，改採贌社制。在新制度下，大員當局禁止漢人捕鹿，只有得標的商人才能和原住民交易鹿製品。
原住民係以槍矛、弓箭、網、套索等傳統方式來狩獵，所耗勞力較多，鹿皮產量有限。漢人介入捕鹿事業之後，引進效率較高的陷阱，大幅提升了鹿皮產量。1634年臺灣只有出口鹿皮10萬張，引進陷阱後，1637年的出口量就上升至15萬張。但是漢人濫捕也讓鹿隻大量減少，大員當局遂禁用陷阱捕鹿，並於1640年到1641年間完全禁止獵鹿。到了1650年代，鹿隻數量略有回升，但鹿皮產量也只剩5萬張，已不如往年興盛。
漁民最常捕的係烏魚，每逢冬季就有大量烏魚迴游到臺灣海峽產卵，當時的打狗港、堯港（Jockan，在今梓官區）皆係著名的漁港。除了已定居臺灣的漁民之外，每年12月到次年2月也會有福建漁民前來捕魚。捕烏魚須繳納10%的漁獲作什一稅，其他魚類則是按船徵稅。因烏魚無法長期保存，漁民會先醃漬烏魚再賣出，或是加工製成烏魚子，每年約有數十萬尾烏魚賣到中國。
1645年以後，大員當局引進贌港-{制}-度，把臺灣沿海以及內陸湖泊劃成許多漁場，唯有得標者才可進入捕魚。另一方面，大員當局也開始標售徵收烏魚稅的權利，得標者即可免稅出口所徵收的烏魚及烏魚子。
荷蘭人建立大員商館後，便以其為據點發展轉口貿易。貿易目標係獲取中國的金和日本的銀，1636到1667年間，從日本賺來的白銀有71.9%都被運來臺灣，除了購買中國貨物之外，再把其餘分給其他商館作資金。黃金則是運往荷蘭人在科羅曼德爾海岸的商館。
荷蘭人從中國大量收購生絲、絲綢、瓷器、棉布等商品。生絲及絲織品轉賣日本、瓷器轉賣歐洲、棉布轉賣東南亞或供應臺灣本地。此外荷蘭人也從東南亞購入胡椒、丁香、蘇木等香料，賣至中國獲利。1635到1640年是轉口貿易的鼎盛期，絲貨的貿易額，佔荷蘭人賣到日本商品總值80%以上，而這些絲貨有87%係從臺灣運來。
然而1640年以後，中國開始蔓延戰亂，絲貨與瓷器的生產銳減，加上鄭芝龍為獨占日本市場，抵制華商運絲貨到臺灣，轉口貿易開始衰敗。貿易型態也由轉口中國商品，改為出口臺灣本地生產的鹿皮及砂糖。中國市場也受戰亂波及，對香料的需求減少，荷蘭人賣到中國的商品則改為鉛與硫磺，其中鉛從暹羅購入，而硫磺為臺灣出產。
將原住民改宗成基督徒，也是荷蘭統治時代的施政重點，而西拉雅族的部落最接近熱蘭遮城，因此宣教士便從西拉雅部落，開始推動基督教信仰。當時西拉雅人的某些社會風俗，並不相容基督教義，例如不到36、37歲的婦女懷孕必須墮胎、夫妻分居。西拉雅人為多神信仰，並由稱為尪姨的祭司負責祭祀，尪姨也會藉由占卜、預言等方式影響西拉雅社會風俗，尪姨也負責對婦女墮胎，宣教士因此將尪姨視為最大的傳教阻力。為了減少尪姨的影響力，1641年荷蘭人便把250名尪姨，流放到西拉雅部落北方的諸羅山，並進行基督思想改造。直到1652年，才准許她們返回原部落，並要求不得從事原有的宗教活動，然而存活下來的尪姨只剩48人。
雖然宣教士試圖讓原住民接受基督教，然而原住民仍然透過原有的文化風俗，加以理解基督教。例如有不少改信基督教的原住民，為了避免狩獵、耕作失利，才虔誠地對上帝祈禱。對於基督教的價值觀，也是選擇性接受，原住民可以接受夫妻共居、共育子女的精神，然而夫妻須白頭偕老，則未必能接受。因此到了1658年，以揆一為首的大員議會，便抱怨改宗基督徒的原住民，仍然有崇拜偶像、通姦、亂倫等行為。
早在荷蘭人統治初期，就已有宣教士深入原住民部落佈教，為了使原住民能更了解基督信仰，宣教士開始把宗教教育制度化。1636年5月26日，臺灣史上第一所學校於新港社成立，課程除基督教教義外，並傳授以拉丁字母讀寫原住民語言。新港辦學成功後，很快也推行至西拉雅語區（約今新市區到嘉義市）及虎尾壠語區（約今虎尾鎮至二林鎮）等地的部落。
學校依招收對象可分成兒童、成年男子、及女子三種，惟荷蘭人為提升男性社會地位，只讓男性接受識字教育。學校的教材有教義問答、祈禱文、講道文等等，為求原住民容易理解，教師多以本地語言教學。然而1648年後，大員當局改推行荷蘭化教育，學校開始教授荷蘭語，也依荷蘭本土的作息來上課，並要求原住民改成荷式姓名、改穿荷式服飾。
在師資方面，除了派來的牧師、探訪傳道以外，教師亦有士兵轉任或由原住民擔任。然而士兵素質參差不齊，時有違法亂紀，原住民教師的地位則日益加重。1659年，大員當局遂於蕭壟社創辦神學院蕭壠神學院(Collegium te Soelang，1659-1661)，以培育原住民師資。學院採寄宿制，招生名額為30人，入學年齡為10到14歲，須通過考試才能入學。由第8任長官法蘭索斯·卡隆（François Caron）的兒子丹尼珥（Daniël）擔任神學院的副院長。早在1623年荷蘭人來臺灣探勘時，麻豆社曾與目加溜灣社聯手進攻荷軍，往後兩社開始結盟對抗荷蘭人。1626年麻豆社、目加溜灣社與新港社爆發衝突，荷蘭人前往支援。麻豆人眼見荷蘭人與新港社拉近關係，決定徹底逐出荷蘭人，便於1629年策動麻豆溪事件，擊殺63位荷軍士兵。事件爆發後，目加溜灣社、蕭壠社也開始攻擊荷蘭人，然而目加溜灣社隨後被荷軍擊潰，麻豆社只得與荷蘭人暫時停戰。不過麻豆社實力依在，遂率軍至魍港攻擊受荷蘭統治的漢人，甚至鼓動部份新港人舉辦被荷蘭宣教士禁止的傳統祭典，挑戰荷蘭人權威。只是麻豆社卻與蕭壠社爆發衝突，蕭壠社轉而與新港社結盟，局勢逐漸對麻豆社不利。後來麻豆社與蕭壠社和解，並再次結盟對抗荷蘭人，然而荷蘭人藉著巴達維亞的援軍，終究壓制了麻豆社與蕭壠社。
早先新港社為了抗衡麻豆社，與荷蘭人結盟，然而新港人一再受到麻豆人騷擾，眼見荷蘭人無力保護自己，便打算與日本人結盟。1627年16名新港人隨濱田彌兵衛前往江戶晉見德川家光，一行人返回臺灣後，引爆了濱田彌兵衛事件。1629年長官奴易茲率兵突襲新港社，破壞前往日本的新港人房屋，此事件令新港社與荷蘭人的友好關係降至谷底。隨後荷蘭人又重挫於麻豆溪事件，一些新港人不再理會宣教士的教導，並反抗宣教士干涉西拉雅傳統。1635年9月，有新港人密謀驅逐荷蘭人，然而消息走漏後，參與密謀的人皆被逮捕，計畫遂宣告失敗。
1640年代起大員當局陸續對漢人開徵新稅，其中又以人頭稅最具爭議，荷軍士兵常會藉著檢查人頭稅，加以勒索、搶奪漢人的財物。漢人曾多次抗議人頭稅實為苛政，有些漢人領袖藉著這些不滿，聚眾反抗荷蘭人。1643年一位海盜金官（Kinghwangh），就佔據馬芝麟社（Bethgierim，今鹿港），並深入內陸臣服二林、大武郡（Tavocul，今社頭鄉）等十個村社。金官宣稱自己係統治北方的長官，而荷蘭人為統治南方的長官，雖然金官於羿年被捕並遭處死，荷蘭人卻未改善漢人的困境。1650年以後甘蔗業開始衰退，不少人因此失業或被迫降低工資，再次掀起漢人極大的不滿。1652年郭懷一遂起事反抗荷蘭人，答應事成後眾人可平分財物，並免繳人頭稅做為號召，大舉進攻赤崁。
荷蘭人在臺灣的統治對臺灣歷史有五點意涵。
不過，歐陽泰表示，這不代表可以美化荷蘭人的統治。只要荷蘭人認為值得，仍然會用暴力對付不肯服從的原住民，以締造荷蘭治世。小琉球大屠殺即是一例，荷蘭人把少年以上的男子全部屠殺，剩下的人口則強制遷徙。翁佳音也指出，原住民服從荷蘭人成為封臣後，因為名義上受荷蘭人保護，而需要負擔義務作為代價，例如隨軍征伐、傳遞公文等其他雜役。這些役使原住民的制度，後來都被鄭氏王朝及清朝承襲，讓原住民隨時苦於官方的使喚。另外荷蘭人引進的贌社制，也被後世政權沿襲，將稅收發包給漢人承包商、通事辦理，不少商社遂利用此特權加以剝削原住民。