毛文龙
毛文龙（），一名伯龙，字振南，浙江布政司杭州府钱塘县（今浙江省杭州市上城区）人，祖籍山西布政司平阳府太平县（今山西省临汾市襄汾县），為明朝东江镇总兵，历仕万历、泰昌、天启、崇祯四朝，官至「钦差平辽便宜行事总兵官征虏前将军左军都督」。辽东失陷后，毛文龙率100多人偷襲敌后，收复了一些失地，开创了军事重镇东江镇（今辽宁省丹东市），有“海外长城”之誉。崇祯年间四次向朝廷奏报与后金的书信往来，诱捕后金固山额真可可等人。崇祯二年（1629年）被督师袁崇焕所斬，其駐地東江鎮官兵與當地人民皆哭泣悲傷不已。
万历四年正月十一日（1576年2月10日），毛文龙出生于浙江杭州府钱塘县忠孝巷。祖父毛玉山，原在山西经营官盐，后因生意需要，举家迁往杭州。父亲毛伟，弃商从儒，纳捐为监生，娶妻沈氏。沈家乃杭州望族，有“杭州甲族，以沈为最”之称。毛伟与沈氏共育四子，第三子夭折，余为长子毛文龙、次子毛仲龙、四子毛云龙。
毛文龙九岁时，毛伟病故，其母时年二十六岁，携子依弟沈光祚居住。沈光祚是杭州名宦，万历乙末科进士，历仕开封府推官、山东布政使、顺天府府尹等职，后毛文龙从军，曾得这位母舅提携、推荐。
毛文龙幼时，受母家之影响，亦曾接受儒家正统教育“幼从学，习经生业”，但对四书五经始终不感兴趣，而喜读兵法书“耻学举子业，好孙吴兵法”，故在重文轻武的明末，很难取得像样的功名，也因此一直未娶。直到三十多岁成为军官后，始归家完婚，娶一山西籍士族女子张氏为妻。张氏多年不育，四十多岁时又在辽阳纳一妾文氏，生子毛承斗。辽阳被後金攻占后，文氏死于战乱，毛承斗被人救出，送往杭州，张氏抚之如己出。
毛文龙虽然家道中落，为人颇豪爽，“家虽贫，有英气”。但祖上还是薄有田产，不仅在杭州有“山田二顷”，在山西老家亦有庄园，母家又为杭州巨室，还不至于为生计发愁，淪落為人算命。关于毛文龙曾为算命先生一说，史料中仅有张岱所著《石匮书后集》中称其“少无赖，有口才，习为『姑布术』”，可称孤证。但张岱所著《石匮书后集》收錄街巷傳聞，而毛文龙素与阉党不睦，又因事得罪了魏忠贤，因此多次被阉党成员潘士闻、杨国栋等弹劾，张岱與閹黨文人友好，或有誤信傳言之嫌，而毛文龙去算命看相，其面貌被論為富貴之相，张岱道听途说，把去算命的毛文龙，誤會為替人「看相算命」，当在情理之中。
万历三十三年（1605年）春，毛文龙过继给辽东鞍山的伯父毛得春为嗣子，遂只身北上，先顺道入京拜访了母舅沈光祚，被其荐于宁远伯李成梁帐下，开始了在辽东的军事生涯。当时建州左衛都督努尔哈赤不断兼并女真各部落，辽东形势日渐紧张，毛文龙对山川形势和敌情都加意考察，同年九月，参加了辽东的武举考试，“列名第六”，被任命为安山百户，不久又升千总，万历三十六年（1608年）升叆阳守备。
毛文龙在守备任上呆了十几年，因“不肯妄杀一人，妄报一功”，一直没有得到升迁，甚至动了南归养母的念头。直到万历四十七年（1619年），熊廷弼经略辽东，派毛文龙于沿边要害地带，逢水草下毒，阻止了后金入侵。万历四十八年（1620年），毛文龙又擒斩有功，累功升都司。熊廷弼被姚宗文弹劾去职后，袁应泰接任，把毛文龙调到山海关管后勤，毛文龙因造办火药有功，加游击衔。
天启元年（1621年）春，后金大举入侵，明军虽经浑河血战，终不能抵挡而战败，沈阳、辽阳先后沦陷，后金軍占领了辽东大部，明军退守到以重镇广宁为中心的辽西地区。兵烽所及，毛文龙在鞍山的亲属一百多人被后金军杀害。这时，辽东巡抚王化贞招募勇士，前往后金后方活动，毛文龙集国仇家恨一身，慨然应募，被实授练兵游击。
七月初，毛文龙率197名死士出发，深入敌后，先收复了长山岛、广鹿岛、石城岛、鹿岛等二千余里沿海岛屿，擒绑后金守岛军官胡可宾、任光先、何国用等人。七月十四日抵镇江（今辽宁省丹东市）城下，探知城中后金军主力已出城抄杀百姓，遂暗通镇江中军陈良策为内应，率一百余人夜袭之，擒后金外戚佟养真及其子佟丰年、其侄佟松年等，随派陈忠等袭双山，擒斩后金游击缪一真等，史称“镇江大捷”。此战后，宽奠、汤站、险山、叆阳等城堡相继归降毛文龙，“牛酒迎劳者，不下数十万余。”，全辽震动，后金大恐。
“镇江大捷”是明与后金战争的首胜，扭转了一溃千里之局面，“自文龙之捷，朝议恢复有机”，消息传到京城，朝野相贺，明廷破格升毛文龙为副总兵。兵部左侍郎王在晋评价说：“自清、抚失陷以来，费千百万金钱，萃十数万兵力，不能擒其一贼。此一捷也，真为空谷之音，闻之而喜可知也。”
御史董其昌也上奏说：“毛文龙以二百人夺镇江，擒逆贼，献之阙下，不费国家一把铁、一束草、一斗粮。立此奇功，真奇侠绝伦，可以寄边事者！如此胆略，夫岂易得？使今有三文龙，奴可掳，辽可复，永芳、养性可坐缚而衅之鼓下矣。镇江之战时，到达城外的明军并非毛文龙部一支，还有登莱巡抚陶郎先所遣王绍勋部，从山东半岛渡海至。战后王绍勋争功不得，遂报告说“镇江大捷”是假的，毛文龙只是大言哄骗陈良策为内应，信以为真的陈良策独自绑缚佟养真父子送至毛文龙船上，毛文龙畏敌如虎，坐享冒功。这一说法历来被攻击毛文龙者所采用，如袁崇焕亲信周文郁所著《边事小记》即採取王邵勋之说敷衍成文，陶郎先也根据王绍勋的报告力诋毛文龙。
不过，王绍勋是叛徒和逃将出身，以参劾魏忠贤、客氏而直声震天下的名臣侯震旸据此上书为毛文龙鸣不平：“嗟乎！龙小小一捷，固自称奇，何足深忌？乃偏信反覆之王绍勋，不为救而故为催抑。人心不平，全在于此！”，并要求朝廷“罢郎先，逮绍勋。”随后，大学士孙承宗、御史陈保泰等交章弹劾陶郎先欺君冒饷诸罪，陶郎先终被查办，明廷将其贪墨军饷补发给毛文龙。毛文龙孤军深入敌后，系辽东巡抚王化贞所遣，而辽东经略熊廷弼与王化贞不和，互相攻击不断。镇江之战后，王化贞绕开经略衙门单独报捷，熊廷弼更加不满，遂上言：“文龙发之太早，致使奴恨辽人，焚戮几尽。灰东山之心，厚南卫之毒，寒朝鲜之胆，夺西河之气，乱三方并进之本谋，误专遣联络之成算，目为奇捷，乃奇祸耳。”把镇江大捷说成是“奇祸”。
熊廷弼对毛文龙的攻击有两点：第一是责怪毛文龙抵抗后金，后金才屠杀辽东百姓的（言外之意是不反抗就不会死）；第二是认为毛文龙“发之太早”，误了他的“三方并进之本谋”。熊廷弼虽有才华，但意气用事也朝野共知，对此两点攻击，内阁首辅叶向高驳斥道：“臣窃谓国家费数千万金钱，招十余万士卒，未尝损奴酋之分毫，而文龙以二百人，擒斩数十，功虽难言，罪于何有？以为乱三方布置之局，则此局何时而定？以为贻辽人杀戮之祸，则前此辽人杀戮已不胜其惨，岂尽由文龙故。”指出无论反抗与否，后金对辽东人民的屠杀都不会减少；而熊廷弼“三方并进之本谋”一直停留在纸面上。所谓三方并进：即广宁、登莱、山海关三路同时进兵。后来事实证明：广宁很快就沦陷，而熊廷弼重用的门生——登莱巡抚陶郎先，不仅贪污军饷，还收留后金特务佟卜年，登莱一路终属虚着，熊廷弼自己也意识到：“此二方（广宁、登莱）已属画饼。”
兵部左侍郎王在晋亦肯定叶向高的观点：“镇江之捷，巡抚迳自报闻，不与经略衙门知会，遂生异议。党熊者必欲诎其功，文龙几逮矣。叶公出山，在途有疏，喜文龙之报捷，异论稍息。”，并对熊廷弼、王化贞二人于国难当头之际互相拆台提出批评：“熊毕竟以此衔之，王亦不少逊。嗟乎！国家事大，可以一字而生嫌隙哉？”
“镇江大捷”后，位于毛文龙后方的登莱巡抚陶郎先对朝命阳奉阴违，不发一兵一饷相援；后金却相当重视，先后派皇太极、阿敏等率精兵五千人攻打镇江。毛文龙麾下只有一百多人，孤军难支，不得不携军民退入朝鲜。皇太极等追击过鸭绿江，遣使暗通义州府尹郑遵，郑遵经朝鲜国王光海君的同意，与后金联合。朝鲜、后金大军合围毛文龙部于林畔，毛文龙率部进行了激烈抵抗，“一日七战，杀伤相当”，后金未能逞志而退兵。明将丁文礼、吕世举等牺牲，但一百九十七名追随毛文龙深入敌后的勇士，如尚学礼、王辅、张盘、尤景和、王承鸾、陈忠、时可达等，很多在恶战后幸存，并成为毛文龙开镇东江的核心力量。满清史书称此战“文龙仅以身免”是与事实不符的。
林畔之战后，毛文龙以皮岛、铁山及宽叆山区为根据地，招募难民，以老弱者屯种，精壮者为兵，从无到有，逐渐发展成一支海外劲旅。天启二年（1622年）六月，明廷正式任命毛文龙为平辽将军总兵官，挂征虏前将军印，开镇东江。天启三年二月，加都督同知衔，赐尚方剑。天启四年（1624年），后金首领努尔哈赤遣使东江议和，毛文龙将来人绑送京师，朝廷又升毛文龙为左都督。
东江镇建立后，毛文龙一面招抚因战火而流离失所的辽东百姓，前后接济安置数十万人。一面遣将游擊掠奪，一邊與外族通商，並要求朝鮮提供物資，逐渐成为后金大患。
对于东江镇的作用，王在晋在辽东经略任上曾奏言：“今有毛文龙在焉，所谓置之死地而后生者也。《兵法》：‘计险厄远近，上将之道。’凭鸭绿之险，居隔江之近，文龙得其所矣。奴欲长驱而肘腋之间有虿毒焉，奴一动而毒发，屡攻之而不能去其毒，其天意留之以制奴之死命者乎？……奴之畏文龙甚也！”东林名臣陈良训则将毛文龙称为“海外长城”。
天启三年（1623年）夏季，在探知努尔哈赤有攻明意图后，毛文龙遣军四出攻打后金：命朱家龙从千家庄进军，命王辅从凤-{}-凰-{}-城进军，命易承惠从满浦进军，自统八千马步精锐，从镇江、汤站一路进击，予以策应。后金境内狼烟四起，不得不放弃南征企图。
东江镇夏季军事活动的高峰，则是都司张盘对金州、旅顺的收复。六月十六日，张盘奉命从麻洋岛登岸，接受流亡辽民，先后接济“男妇老幼共计四千名”，这些虎口余生的百姓，以青壮年居多，苦大仇深，纷纷要求参军攻打后金。张盘见民心可用，遂将这些壮丁编成队伍，共计有三十五队。七月初二日，张盘率领兵民合编的队伍，攻打金州，一举而下，并缴获后金军火器“大小炮铳一千零十四位，硝磺连药五百六十斤，大小铅炮子七千三百零二个。”随后，又乘胜收复了辽东半岛南端的要塞旅顺，以及望海堡和红嘴堡，使得辽南方圆百里土地，重归于明朝。
十月初五，毛文龙复命张盘收复复州和永宁。当时，后金复州驻军横行无忌，四处掳掠百姓。张盘利用辽民对后金军的痛恨，乘夜袭城，大破之。后金不甘心失败，调集了更多的军队反击，张盘于城中设伏，再次大败后金军，“斩获无数”，后金军“器械、铳炮俱掷弃而奔。”
天启四年（1624年）正月初三，后金利用海水结冻，以万余骑兵绕袭旅顺，想报上次失败之仇。张盘死守城池，火药用尽，犹坚守不降。后金军无计可施，遣使议和，张盘立斩于军前，复于旅顺城外设埋伏，大败后金军，后金军只得撤走。
但到了天启五年（1625年）正月间，当时的登莱巡抚武之望不懂军事，上奏要在旅顺和金州之间的南关开凿运河，得到兵部批准。张盘和副手朱国昌因朝命难违，奉命施工，却因情报泄露，遭到后金军围攻而牺牲，后金乘机重新占领了辽南各城。
毛文龙得报后，发觉后金军补给线过长，即派游击林茂春、王承鸾等邀截后方，攻其软肋，迫使后金军立足不稳而撤军。又命都司石城玉往金州、旅顺等城收拢残部，进驻恢复，但登莱巡抚武之望乘后金军与东江军激战之际，抢先派部将张攀进驻旅顺，以争恢复之功。
可到了冬天，武之望害怕后金军乘海水结冰进攻，又将部队撤回，并向朝廷奏称：“冬月虏骑可通，难以支持，且彼时运道不行，无所事防，即退居皇城岛亦无不可者”，毛文龙哭笑不得，只好重新派兵接管旅顺。兵部尚书王在晋曾讥讽武之望说：“旅顺为三方扼要，既云不可不守，又云冬月难以支持，退居皇城亦可，我退奴独不可据乎？据而图复，复而遇冬则退，是攻守相寻无已也。”，指责武之望“谋国非心虚”，同时称赞毛文龙说：“海外情形，毕竟毛文龙勘得透！”
此后，辽南地区一直在东江军的控制之下，到毛文龙死后才重新沦陷。孟森、阎崇年等明清史专家津津乐道的“毛文龙十二大罪”之“开镇八年，不复寸土”是与事实明显不符的。
天启三年（1623年）九月，毛文龙布置在后金统治区的细作飞报，努尔哈赤准备西征攻打山海关一线。为了牵制后金，毛文龙亲统三万大军，直捣后金故都赫图阿拉，以攻其必救。后金在赫图阿拉以南的崇山峻岭之中，设有董骨寨、牛毛寨、阎王寨三座要塞，深沟高垒，易守难攻，是其起家时的根本。九月十三日，毛文龙率部攻克董骨寨，激战至十六日，占领牛毛寨、阎王寨，将后金守敌全部消灭。十七日，后金军反攻，想夺回三寨，毛文龙设伏以待，将后金军包圍痛擊，大获全胜。努尔哈赤闻得后方生变，不得不放弃西征打算，率四万大军来救。考虑到孤军深入，师老兵疲，而牵制努尔哈赤的战略目标已经完成，毛文龙遂决定主动撤出战斗。
“牛毛寨大捷”之后不久，毛文龙又再次重创后金军，取得了“乌鸡关大捷”。
两次大捷，明军“先后共斩首级七百二十六颗，生擒活夷十四名，夷妇五名……俱有札付符验，一并验确。”按明朝以首级为实功，实际歼敌数往往远多于斩首数，著名的“宁远之战”明军仅仅“上首俘至二百六十有九”，“宁锦大捷”更是“斩获无几”、“止有丁自雄于马上斩一级”，而毛文龙此二次大捷，数倍过之，尤为难得。
当时的辽东督师孙承宗在“牛毛寨大捷”之后，欣喜异常，上奏称赞说：“臣接平辽总兵毛文龙呈解屡获首虏，随行关外道袁崇焕逐一查验三次，首级三百七十一颗，俱系真正壮夷，当阵生擒虏贼四名，俱系真正鞑虏。差令中军官集将士于衙门外，三炮三爵。臣时在宁远，适春赏夷人，虎酋等部俱到。特令各官解其首虏，经各赏夷部落，乃抵宁远。不独风示边人，抑亦见天下尚有杀贼之人，贼自有可灭之日！一时人心，殊觉感动。因念文龙以孤剑临豺狼之穴，飘泊于风涛波浪之中，力能结属国，总离人，且屯且战，以屡挫枭贼，且其志欲从臣之请，牵其尾，捣其巢，世人巽懦观望，惴惴于自守不能者，独以为可擒也，真足以激发天下英雄之义胆，顿令缩项敛足者愧死无地矣。”
登莱巡抚袁可立也上奏说：“毛文龙统兵深入阎王寨，与奴贼大战，斩级三百七十一颗，生擒真夷四名，请发赏功银两。”明熹宗下旨嘉奖：“毛文龙并各将吏功次，着即行勘叙。”
平遼總兵毛文龍塘報董骨寨大捷 斬級二百三十有奇 生擒四人 獲馬九十四匹器械二百三十件所司勘實 上嘉其功降敕獎勵賜以金蟒 仍發帑金三萬兩充賞功等費其糧餉令戶部議處 平遼總兵毛文龍塘報劉愛塔之死 遣張盤潛師夜起遂複金州 今欲據金州以圖三衛又報奴欲西犯榆關遣師渡江以伐其謀 暗置空營更易旗號於是有滿浦昌城之捷 斬獲奴級一百三十八顆獲奸細四人及夷器等物 毛文龙所领导的东江雄镇，成为屹立在敌人后方的坚固堡垒，使得后金无法对辽西和大明本土展开有效进攻，即便有所行动也不得不在很短的时间内撤走。明熹宗曾赞扬毛文龙：“使奴狼顾而不敢西向，惟尔是赖！”
如天启六年（1626年）正月，努尔哈赤率兵进攻宁远。毛文龙即派部将林茂春、王辅率军进攻海州，派部将杜贵、曲承恩直入沈阳，并且行动极为迅速，“东兵之进而捣沈阳以覆其巢，攻海州以遏其归者，已先奴一日而发，亦綦神速矣。”明末史学家高汝栻评论说：“宁远之役，奴拥众入犯而终有内顾之虑者，殆文龙牵制之力欤？”
袁崇焕也曾经上奏说：“孰知毛文龙径袭辽阳，故旋兵相应。使非毛帅捣虚，锦宁又受敌矣。”对此，兵部尚书王在晋指出：“‘毛文龙径袭辽阳，故旋兵相应，宁锦之围解，文龙与有力焉。’此出于崇焕之自陈，剧称其牵制之功，则文龙何可杀耶？文龙杀而虏直犯京城，明知而故悖之，崇焕之祸其真自取矣！”充分肯定了毛文龙的存在，是大明边防的重要保障，毛文龙一死，后金便可长驱直入京师。
毛文龙在时，后金对明朝军事行动都很短暂，也不敢走远。而毛文龙被杀后，后金欣喜异常，弹冠相庆，史载“清主大喜，置酒高会”，后金首领皇太极立刻起倾国之兵入关直扑北京，史称“己巳之变”。此后一直到明朝灭亡，后金（清）时常直犯中原，如入无人之境，保定、济南、兖州、高阳、固安、良乡等许多城市被屠城，数百万百姓遭到掳掠，这时候人们才意识到毛文龙的作用，但为时已晚。　 王在晋对此评价道：“崇焕得信心行事，中奴之诱，先杀毛文龙除奴肘腋之患。己巳，虏遂从蓟镇深入薄都城，舍山海而以蓟、宣为屡犯之孔道。向使崇焕不使吊通奴，西夷必不叛，夷不叛则西路不可行，不杀岛帅，则奴顾巢穴必不敢长驱而入犯！”
后金首领努尔哈赤死后，其子皇太极继位，面临着内政外交的双重压力。对内，大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰等人对其汗位虎视眈眈，尤以阿敏所辖镶蓝旗兵力最多（61牛录），而皇太极自己的正黄旗却只有18牛录；其子豪格统领的镶黄旗只有15牛录。对外，后金对于明朝的军事行动，受制于毛文龙，每次都无法及远。为了打破明清双方的战略均势，遂决定首先派阿敏等率部攻打毛文龙建立的东江镇，为南下进攻明朝本土扫除障碍，同时亦有削弱阿敏等人实力，解除其对汗位威胁之意。
为了避免后金陷入东西两线作战的困境，皇太极在起兵攻打东江的当天，即派使者前往宁远，与当时的辽东巡抚袁崇焕议和。在议和前后，袁崇焕派遣心腹徐敷奏带领数十号大船，前往东江镇，以优厚待遇诱骗生活极为艰苦的东江镇官兵加入关宁军。据袁崇焕自己奏报，以旅顺参将李-{鑛}-为首，共有4000多人从东江前往关宁。此举削弱了东江镇的实力，为后金發动“丁卯之役”提供了有利条件。皇太极此举展现了“不战而屈人之兵”的高明外交手腕。
长期以来，毛文龙派遣了大量人员到后金统治地区刺探情报，扰乱人心，鼓舞辽民反抗，“将军之细作，时达辽沈，飞书遍投”，使得后金方面“疑惧益甚，凛凛终日，日惟追杀毛兵奸细”，后金对毛文龙甚为痛恨，出台了专门法律来针对毛文龙奸细，但毛文龙还是取得了一定成效，孙承宗督师辽东期间，也在后金内部安插间谍，并了解到毛文龙所遣间谍的情况，上奏说：“臣近有谍于东，谍回具述文龙有谍为贼所发，而广宁人铁信，其谍主也，近亦逃来言其事。则文龙之胆智，无日不在贼巢之外。”
毛文龙曾投书于后金官员、将领，又故意泄露之，以造成后金的猜忌、杀戮，借敌之手以灭敌。史载后金“大帅名阿骨者，极骁勇，善用兵……毛将军用间以离之，奴竟杀阿骨。”天启三年（1623年）十二月，毛文龙再次用反间计除去后金大将柯汝栋、戴一位。
后金在天启四年（1624年）招降毛文龙失败后，到了天启五年（1625年）二月，因为捕获了一些毛文龙派出的细作，其首领努尔哈赤又借机至书毛文龙招降，毛文龙并未理睬。但努尔哈赤仍未死心，于天启六年（1626年）六月第三次至书招降毛文龙，毛文龙将来书奏闻朝廷。
努尔哈赤于天启六年（1626年）八月间，在死前曾出沈阳，前往狗儿岭附近的汤泉洗浴。毛文龙安插在沈阳城里的密探耿仲明，立刻探知这一情况并飞报东江。毛文龙派遣了千总毛永科、石景选率领150人的小分队于八月初十夜袭汤泉，努尔哈赤八月十一日回城并死于途中。在此之前，后金于八月初三抓获五名毛文龙所遣奸细，并供称东江军近期没有任何军事行动，当属为配合袭击汤泉而让后金放松警惕的做法。毛文龙很快于九月初二即奏闻朝廷努尔哈赤的死期，而明廷通过其他途径了解的情报则要慢许多且不够准确。
皇太极继位后，改变了努尔哈赤过去的做法，重用汉官，善待汉人，后金统治日渐稳固；不久后，崇祯即位为明朝皇帝，励精图治，锐意辽事，但性情过急。毛文龙在此一阶段改变反间策略，以投降归顺后金为饵，诱捕后金重要官员，希望邀宠于崇祯，于是有了与后金的书信往来。
毛文龙曾主动多次将与后金通书的情况奏明朝廷。如《国榷》记载：崇祯元年三月十四日，朝廷接到奏报“总兵官毛文龙奏：建虏遣可可孤山、马秀才等五人至皮岛求款。”，而东莞袁崇焕纪念园的研究人员却声称：“毛文龙在三月份塘报中只提到了马秀才，却有意隐瞒后金使团正使可可的存在”，渲染其是一大矛盾，并以此指责毛文龙有意欺瞒朝廷，通敌卖国，罪该万死，该指责是史实明显不符的。此后又分别于崇祯元年四月二十八日、五月初一日、五月初六日、五月十三日四疏奏报与后金的通书，奏明自己“放还来鞑，引诱要人”之计，甚至直接将皇太极来书奏呈御览，以明心迹。
天启以来，明廷对毛颇为倚重，“累加至左都督，挂将军印，赐尚方寶剑，设军镇皮岛如内地。”、“毛文龍滅奴雖不足，牽奴則有餘”。工科给事中杨所修曰：“东方自逆奴狂逞以来，唯一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘掖间撩动而牵制之。”，然毛文龍部有貪功、冒餉、不受節制、難以調遣等問題，袁崇焕忌之，與內閣輔臣錢龍錫談到平遼事宜，認為文龍“可用，則用之。不可用，去之不难。”。天启四年至七年中，毛文龙多次袭击清军，都遭失败，此后在皮岛驻扎。由于毛文龙部占用明朝部份兵餉，工科給事中潘士聞、尚寶卿董茂忠上书弹劾请撤毛文龙。兵部商议时，袁崇焕提议派遣官员至皮岛管理兵餉核查銀錢帐用，而遭到毛文龙抵制，因此招致袁崇焕更决意诛杀毛文龙。
崇禎二年（1629年）六月初一，袁崇焕与毛文龙在皮島会见，并商议军事。经过连续三日的谈判，毛文龙始终不接受袁崇焕主张的“皮岛设文官监军；粮饷由宁远转发；改编部队”等建议，谈判失败。之后袁崇焕劝其归乡，而毛文龙则称自己了解辽东局势，并能解决满洲、顺势攻占朝鲜。此后，袁传副将汪翥上船密议，通宵部署诛杀毛文龙。初五，袁崇焕邀毛文龙一起至雙島检阅将士比赛射箭，但袁提出几件事来责问毛文龙，毛文龙抗辩。袁崇焕命人除下其衣冠并捆绑，毛文龙仍称自己无罪有功。袁于是宣布毛的“十二大罪狀”，祭出尚方宝剑、斩杀同样有尚方宝剑的毛文龙。毛文龙有部下为其求情，称毛没功劳也有苦劳，被袁崇焕斥退。
袁崇焕宣布毛文龙十二条当斩之罪： 袁崇煥說完十二條罪狀後，面向京城方向叩拜請命：“縛文龍，去冠裳”，斬殺毛文龍於帳前，众将皆痛哭。袁崇焕怕文龍的部下兵变，先祭拜了毛文龍的屍首，又拿出十萬兩白銀，分贈毛文龙下属，并把原毛部兵士分为四份，分由毛承禄、徐敷奏、刘兴祚与陈继盛率领。
這十二項大罪，有人認為其中有幾條是當時守關將士之通病、有些是個人行為私德問題。至於私通外夷，袁崇煥本人也曾想跟女真議和；所謂交結近侍，袁崇煥本人也曾於魏忠賢當政時上折稱頌其功德，并要求在宁远、前屯两地为魏忠贤修建生祠，而最後一條指責毛文龍不能收復失土，袁崇煥本人也不能復遼東寸土。當時，崇禎帝對於袁崇煥以尚方寶劍殺死毛文龍，是非常不滿的，因為毛文龍本人也有一把尚方寶劍，為崇禎之兄天啟帝所賜。史載“帝驟聞，意殊駭”，但“念既死，且方倚崇煥，乃優旨褒答。俄傳諭暴文龍罪，以安崇煥心”。雖然如此，這也種下日後崇禎凌遲袁崇煥的遠因。
一种说法是毛文龙私通后金，被袁崇焕杀是死有余辜，以明清史专家吴晗、阎崇年等人为代表。
明末清初多数史家则认为袁崇焕杀毛文龙，是后金方面提出的议和条件，如《崇祯实录》、《国榷》、《明史纪事本末》、《弘光实录抄》等等都持此说。在明思宗诛杀袁崇焕的诏书里，也有“以谋款而斩帅”一条。武汉大学满族学者关文发曾撰文批驳这种观点，认为其与清朝所修正史《明史》及《东华录》互相矛盾，是不可信的。学术界亦有部分人，以湖南师范大学教授郑宪春、吉林大学教授孟昭信、中国人民大学博士生导师毛佩琦为代表，这一派观点认为毛文龙功大于过，含冤而死，所谓私通后金之说，毛文龙奏明朝廷在先，当属诱敌之计。
毛文龙死后，辽民对其怀念不已，“铁山、皮岛俱祠祀毛公”，明朝金州卫地区也有毛文龙墓留存，位于今大连市甘井子区大连湾镇苏家村的山坡上，有墓碑高3米，宽44厘米，厚12.5厘米。阴刻：“明故平辽总兵毛公讳文龙之墓”。按明人记载，毛文龙已归葬浙江。，故应是当地百姓给立的衣冠冢，墓碑形制简单，碑文通俗，也是百姓所立的佐证，亦可见辽民对其的深切怀念，这一实体文物与部分文史寫到毛文龙杀良冒功，屠戮辽民，使得治下百姓民不聊生的记载互相矛盾。
丹东大鹿岛上的毛文龙碑亭内设有石碑两块，分别立于天启六年（1626年）和崇祯元年（1628年），其中崇祯元年所立之碑的正面铭刻着毛文龙的铮铮誓言：“指日恢复全辽，神色苞孕于此，吾侪赤心报国，忠义指据于此。”碑的背面，镌刻着毛文龙等众将士的官职和姓名。此两碑的时间均是毛文龙被杀前所立，是不是当地百姓给立，有待考证。
文革中这两块碑遭到了破坏，1979年，已成为文物的两碑修复后，修建了庙式碑亭，并成为大鹿岛的重要旅游景点之一。
朝鲜人李星龄在《春坡堂日月录》中曾录毛文龙所作诗一首，此书对毛文龙多持否定、丑化态度，并无伪造毛诗吹捧之可能，其诗云：
孤臣白发映寒旌，一上秋风海上城。霜拂铁衣银浪动，电开金匣玉龙惊。三更月冷将军幕，万灶烟沉壮士营。塞曲数声人尽泪，萧萧边马皆悲鸣。
鸭绿江头建鼓旗，间关百战壮军威。青天自许孤忠在，赤手亲擒叛将归。夜静举烽连鹿岛，月明传箭过鼍矶。纷纷肉食皆臣子，绝域看君卧铁衣。 昨夜营星色黯然，讣音忽向路人传。但嗟韩信成擒日，不见蒙恬御敌年。功业已沉沙碛雨，精灵犹锁海门烟。好收战骨鸱夷里，归葬西湖岳墓边。
云叶才生雨，楼外铁马嘶风。报急水，小河东。飞一箭青骢。倚天剑破长风浪，小结画影腾空。漫道是，长杨词赋，细柳豪雄。
匆匆。脱跳荡，惊帆辔满，走躞蹀、蟠花带松。有渝海、堪凭洗恨，看今日、蹀血玄菟，痛饮黄龙。鸭江醅发，鹿岛苹开，谁是元功？
長子：毛承斗，“改名珏，隐居钱塘。清興明朝大将军（毛文龙）故部曲多为元勋，爵为王公，争遣使迎珏，礼之甚恭，数欲荐珏为大官。珏固辞曰：‘愚不任官事，且惧违先将军志也’。