老武汉大学
老武汉大学是直属中国教育部领导的，按照中国高等教育的苏联模式发展重点文理科综合大学。这一时期自1949年6月中国人民解放军接管国立武汉大学，到2000年8月2日与其他高校合并组建新的武汉大学。
1949年5月31日，武汉军事管制委员会文教接管部召开武汉地区公立大中学校校长、教导主任、总务负责人会议，根据“原封不动，各按系统，自上而下”的接管方针以及“积极恢复，逐步整顿，初步改革”的指示，提出了湖北高等学校的接管原则。6月，中国人民解放军正式接管武大。8月24日，文教接管部批准成立武汉大学校务委员会，作为全校最高领导机构。由于中共武大首任党组书记徐懋庸的极左领导，打压了不少学者教授，以致武大内部闹宗派的现象至今仍未根除。
在朝鲜战争时期，武大率先发出“抗议通电”，捐款捐物支援志愿军，1400多人报名参军参干，302人获准走上保家卫国的最前线。
1950年代初期，中国政府为适应当时国家经济建设急需专业人才的现实需要而开始了院系调整，这使武大的一些颇有特色的专业或专门学院被划拨出来，或者与其他院校的系科合并成立新的学校，或者调整出省与外省部分学校的系科合并成立新的学校。元气大伤的武大从而失去了某些学科优势，办学规模大为缩小，整体办学水平和教育质量也受到了很大影响。为武汉乃至整个中南地区高等教育事业的发展付出了巨大牺牲，作出了巨大贡献。院系调整之后的武大，取消了学院建置，设立9个系和1个专修科。教职员971人，在校学生2106人。老武汉大学也从老牌綜合大學变成了相对单一的文理学院。
从1952年11月到1966年8月，著名哲学家和经济学家李达担任武汉大学校长，成为武大历史上任职时间最长的校长，也为武大的建设和发展做出了卓越的贡献。这段时间里，尽管“反右”、“拔白旗”等极左思潮和各种运动给武大造成了极大的损失，但武大仍然注重学科的建设和发展，注重科研水平的提高，注重人才的培养，在全国获得了很高的声誉。这一时期，武大共有6位一级教授（包括2名中科院学部委员），即刘永济（中文）、刘赜（中文）、李剑农（历史）、李达（哲学）、李国平（数学）和高尚荫（生物）。李达校长全面执行中共的教育方针和知识分子政策，坚持以马克思主义为指导进行办学，敢于抵制各种错误倾向，按照教育规律和科学发展规律办学，特别注重人才的发掘与培养，将“师资提高工作放在十分重要的地位，列为学校的中心工作之一”，从而使武大赢得了一个较好的发展机遇，办学规模有所扩大。1955年成立了组织领导全校科研工作的总机构科研处。专业设置由1953年的9个发展到1966年的14个，先后创办了中国第一个微生物学、病毒学、原子核物理学专业，教学质量和科研水平进一步提高。1960年10月，武汉大学被中共中央确定为全国重点大学。文化大革命初期，李达被迫害致死，可谓武大无可挽回的损失。
1966年3月12日，中共湖北省委批转省高教厅党组《关于我省高等教育“三五”期间老校调整下伸与新建半工（农）半读学校的请示报告》，根据报告精神，武大压缩办学规模，开办下伸点。中文、经济、植物等专业在襄阳隆中建立半工半读基地。这对于将科学文化和种子播撒到全省各地，促进经济发展，产生了一定的作用的；对于湖北的高等教育的合理布局，也有积极的影响。但并不是实行半工（农）半读就等于走了与工农相结合的道路，就等于与生产劳动相结合。这一年武大便停止招生，到1970年7月，在校大学生先后毕业离校。1970年，又在荆州地区建立沙洋分校。分校的开办，为将科学文化延伸到比较偏远的地方，对湖北高等教育的发展起到了有益作用。直到1977年，襄阳分校、沙洋分校才停办。
1966年6月15日，中共武昌区委召开万人大会“声讨”武汉大学“三家村”——李达、朱劭天和何定华。当时武大造反派分为两派，一派叫“农奴戟”战斗兵团；一派叫“虎山行”战斗兵团。两派因观点不太一致长期相互攻击，被戏称为“龙虎斗”，在1967年的七·二○事件中发生了严重武斗。1968年11月18日，湖北省组织了近700人的“工、军宣队”进驻武大成立指挥部，掌管了武大的行政大权，领导开展武大的革命大批判、清理阶级队伍等运动，又在武大建立革命委员会，领导学校的“斗、批、改”。这对稳定局势，制止派性斗争，起到了一定的作用，但是在很多方面却又起了推波助澜的不良作用。正常的教育秩序被搅乱，领导班子瘫痪，学校工作混乱不堪，一批德高望重的教授被迫害致死，教师的工作和学生的学习被荒芜，人才大量流失，停止教学达4年之久。邓小平的复出使武大一度露出了一线生机，但是很快为“反复辟”、“反回潮”恶流所吞噬。
1970年，武汉大学开始在湖北省内试点，从有实践经验的工农兵中招收学员。7月底，从湖北恩施地区选拔招收70名学员先期入学，又从其他地区选拔学员900多人于8月底到校。其中襄阳分校的文科学员160人，其余均在武昌本部。1973年，时任国务院科教组组长的刘西尧校友，顶着“四人帮”的巨大压力，批准清华大学、武汉大学等少数高校试行恢复招收研究生，武大招收了35名，这是文革十年中惟一有研究生的历史。
对于“四人帮”出台的“两个估计”，武大许多教师纷纷表示“不理解”、“想不通”，并在实际工作中以各种方式予以抵制。如鉴于工农兵学员专业教学时间不到50%之状，大幅度地调整到不少于70%；将文科原定2年半的学制改为3年。当年又撤销了全校原大队、连队建制，成立中文、历史、哲学、经济、外文、数学、物理、化学、生物、图书馆等10个系，先后任命了各系、各教研室正副主任，使学校的教学和科研工作基本步入正轨。武大还重视科学研究，恢复了研究室，组织专门科研队伍攻关，私下研究自己有兴趣的科研问题。使得科学研究没有中途停辍，而且取得了一定的成绩。在人文社会科学方面也取得一些重要成果。他们的顶风抗争，使学校在文革中反而奇迹般地有了一定的发展，为以后的腾飞储备了人才。
1977年8月，在高教司司长刘道玉校友的促成下，武大化学系教授查全性于全国科学和教育工作座谈会上大胆向邓小平倡言恢复全国统一高考制度，得到充分肯定，高考制度很快恢复。10月12日，国务院批转教育部《关于一九七七年高等学校招生工作的意见》及《关于高等学校招收研究生的意见》。1978年3月，武汉大学的研究生招生工作正式恢复。中共对“七·二○事件”中遭受迫害的群众，以及当时同情、支持这些群众组织的干部、群众及家属，一律平反，恢复名誉。1981年11月，武汉大学“三家村”冤案平反昭雪。
1981年，刘道玉出任武汉大学校长，成为“我国解放后自己培养的大学生中第一位担任大学校长的人，也是我国高等院校中最年轻的一位校长”（新华社电讯语）。刘道玉担任武大校长期间，是武汉大学近半个世纪以来知名度最高、综合实力提高最快的时期。他有意识地运用自己的校长权力去推动这种解放，从教学内容到管理体制率先推行了一系列改革措施。一时间，中外记者云集于武大行政大楼外边，等待着武大最新的改革举措的出台和发布。1985年，刘道玉获法国总统密特朗頒法國榮譽軍團勳章。由于受到保守势力的阻挠，1988年3月6日，刘道玉被国家教委干部局负责人奉命宣布免去武汉大学校长职务。
改革开放以来，苏联模式已成为中国教育改革的重要对象并得到了不同程度的矫正和改善。武大进行了包括办学模式在内的改革。在全国高校中率先实行了学分制（1978年）、导师制（1982年）、学术假制（1982年）、教学工作顾问制、主辅修制（1983年）、双学位制（1983年）、贷学金制、插班生制（1984年）、提前毕业（1984年）、免试推荐硕士生（1984年）和博士生（1987年）以及研究生中期分流（1987年）等制度，拉开了中国高等教育改革的序幕，被誉为“中国高教改革的试验区”和“全国高校领域里的深圳”。1984年，武汉大学恢复学院建置，成为国家首批批准成立研究生院的高校之一。1985年起建立少年班。
1993年，武汉大学在争议声中举行了隆重的百年校庆，也由此成为中国高等教育史上第一所百年学府，在国内外引起了巨大轰动。在百年校庆盛典上，武大在全国各大高校中首次提出，要“为在21世纪把武汉大学办成世界第一流大学而奋斗”。1995年，学校顺利通过“211工程”部门预审，成为全国首批进入国家“211工程”重点建设的大学之一。1995年11月，国际科学界权威期刊《科学》周刊把武汉大学列为中国最杰出的13所大学之一。
1996年，武大民主选举校长，由侯杰昌当选。通过他的领导和管理，协调领导层中存在的矛盾。他认为上级行政部门将自主权分类下放，这样更有利于高校主动性的发挥，也更有利于办出高校的特色。他还鼓励学生不要迷信权威，脸上常有的平和笑容，成为学生心中的美好印象。1998年4月，一场围绕创新型人才培养的教育思想大讨论在武大展开，这场广泛而深入的讨论，大大促进了全校教育思想的转变和教育观念的更新。学校先后实施了跨学科人才培养、名师上讲台、双语教学、创新学分等改革措施，并与美国、英国、法国、德国等十个国家的大学签署了交换培养本科生等多项协议，大力推进人才培养的国际化。之后，侯杰昌又参与到了武大与其他高校组建学科门类齐全的综合性大学的各项事务中。这一时期，武大得以能平稳前进。到1999年完成院系重组，学校已有9个学院41个系，本科专业由文革前的14个发展到64个。学校形成了人文科学、社会科学、自然科学、技术科学、管理科学等多学科综合协调发展的新格局。
武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学都是中国“211工程”重点建设的大学，湖北医科大学是湖北省属重点院校。武汉水利电力大学在水利电力领域、武汉测绘科技大学在测绘遥感领域、湖北医科大学在口腔医学领域都处于中国大陆高校前列。这次合并，是中国1990年代启动“211工程”后，唯一由三所列入“211工程”重点建设的大学参与合并的情况。2000年开始，武汉大学进入了一个新的历史发展阶段。经1993年第一次武汉大学校务委员会审议，校训定为：自强 弘毅 求是 拓新
“自强”出自《周易》“天行健，君子以自强不息”；“弘毅”出自《论语》“士不可以不弘毅，任重而道远”；“求是”出自《汉书》“修学好古，实事求是”；“拓新”意为开拓、创新，不断进取。
1998年，经广泛征集意见，诞生了代校歌： 东湖之滨，珞珈山上， 这是我们亲爱的学堂。 百年沧桑，弘毅自强， 根深叶茂育桃李，满园芬芳。 啊，美丽的珞珈山， 多少雄鹰竞翱翔。
扬帆长江，奔向海洋， 这是我们成长的地方。 德业并进，求是拓新， 大同寰宇向未来，我创辉煌。 啊，心中的珞珈山， 今朝多磨砺，明日作栋梁。1953年3月10日，中南教育部召开中南区学校教育讲习会，特邀苏联专家普希金来汉讲学。1954年4月19日，苏联水能利用专家郭瓦捷夫斯基来武汉大学讲学，并指导武汉大学水能利用教研组的教学研究工作。教师对学习苏联教材的积极性很高，全校所开出的177门课程中，完全采用苏联教材的有37门；根据苏联教学大纲编写的讲义有11门；部分采用苏联教材的有36门。这三者合计共占全部课程的47.4%。1954年，理科58门课程中采用苏联教材或根据苏联教学大纲编写的讲义有49门，占84.5%。但是，由于全国普遍存在的学习苏联“一边倒”问题，导致思想僵化，“唯苏为是”，甚至把苏联错误的东西亦奉为至宝，也带来一些消极的影响。如拆散综合性大学，建立单科性学院，对高等学校的发展是极为不利的。
1956年1月，中共中央召开关于知识分子问题的会议，周恩来在会上作了《关于知识分子的报告》，武汉大学按其要求制订出学校发展的远景规划，于2月27日召开学术会议，讨论修订学校12年发展规划。3月5日，校务行政会议举行扩大会议，决定各系（科）制订12年的全面规划。武汉大学采取的措施，对于湖北省高等学校“向科学进军”，起到了龙头作用。6月6日，湖北省以武汉大学为依托，举办了科学讨论会和科学著作展览会。这一时期，武汉大学科研课题主要包括4个方面：一是结合实际问题研究的；二是科学理论与科学史研究的；三是结合教学问题的研究；四是专门问题的研究。但紧接而来的反右斗争严重扩大化，使这一场声势浩大深得人心的“向科学进军”运动中途夭折。
武大理科各系承担着国防科研课题，创建了中国第一个电离层返回斜向探测站。1976年11月，武大试制成功中国第一台自动斜向返回探测仪。为中国“三星两弹”、国防通讯、中长期天气预报等做出了卓越贡献，19项科研成果受到全国科技大会的表彰。自1965年起，武大共有83人次参与了中国10次核爆炸效应试验的观测及理论研究，先后派出侯杰昌、管荣生等专家前往罗布泊等地，对核爆炸引起的电磁效应进行探测、研究，取得一批具有国际先进水平的世界级创新成果，为中国国防科学事业做出了突出贡献。