顺治帝
清世祖（；），姓愛新覺羅名福临（），大清第3位皇帝，大清自入关以来的首位皇帝，1643年10月8日至1661年2月5日在位，在位18年。议政王大臣会议于1643年9月，推举五岁的福临承袭其父皇太极帝位，同时命努尔哈赤第十四子睿亲王多尔衮和努尔哈赤之侄郑亲王济尔哈朗二人助小皇帝辅理国政。
自1643年至1650年，政治权力主要掌握在多尔衮手里。在多尔衮的领导下，清朝征服明朝的大部分故土，深入西南省份追剿南明政权，在激烈的反对中，建立一系列被清代皇帝所沿袭的政策，如1645年颁布“剃发令”。多尔衮于1650年12月31日死后，13歲的顺治皇帝开始亲政。顺治皇帝试图打击腐败，整顿吏治，削弱满洲贵族的政治影响力，但最终结果成败参半。在位期間，顺治帝面临着大明遗民的复明抵抗，不过至1661年，清兵擊敗南明遺臣郑成功和永历皇帝朱由榔等大清帝国最后的对手，郑成功和朱由榔分别于次年病死和被擒杀。顺治皇帝在22岁时因感染高度流行的天花去世，皇位由从天花中幸免于难的皇三子玄烨（即清聖祖）承袭，在位61年。由于顺治年间的历史文献流传相对较少，加上史書為突顯康熙帝的功績，因此这段时期同整个清朝历史相比显得较为鲜为人知。
顺治帝死后受供奉于太庙，庙号「世祖」，谥号「体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝」，统称世祖章皇帝（），葬于清东陵的孝陵。
1580年代，明朝（1368-1644）统治中国时，一些女真部落居住在明朝领土的东北部，即现在的中国东北，或称“满洲”地区。建州女真领袖弩尔哈齐（1559-1626）在1580年代至1610年代南征北讨，将大多数女真部落统一在自己治下。弩尔哈齐最重要的一项改革，是将女真诸部整合在黄、白、红、蓝四色旗之下，此后，又在原有四旗基础上再增镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，形成一种全面的社会和军事制度，是为八旗制度。弩尔哈齐将部分旗交由子侄掌控。1612年左右，弩尔哈齐为使其氏与其他觉罗氏区分开来，又为与1115年至1234年统治中国北方的早期由女真人建立的金朝攀上关系，将其氏名变更为爱新觉罗氏（意为“金觉罗”）。1616年，弩尔哈齐正式宣布建立金国，实际上宣布从明朝中独立出来。尔后几年，弩尔哈齐把辽东的大多数主要城市从明朝控制下夺了过来。弩尔哈齐所向披靡，直到1626年2月围攻宁远时失利，明朝指挥官袁崇焕在不久前收购的红夷大炮的帮助下击败了弩尔哈齐。弩尔哈齐可能在战斗中负伤，数月后病卒。
弩尔哈齐之子皇太极（1592年–1643年）继续致力于其父的建国努力：他将权力集于自己手中，参酌明制，建立金国政府机构，将蒙古盟友和投降的明军纳入八旗。1629年，皇太极率军入侵北京郊区，期间俘获懂得铸造红夷大炮的明朝工匠。1635年，皇太极改称女真为“滿洲”，1636年，他又将国号“金”改为“大清”。在松锦之战占领了辽东最后剩下的明朝城市后，明朝在财政破产、瘟疫肆虐、大规模的土匪起义以及大饥荒的双重压力下，已经摇摇欲坠，1643年，清朝准备攻打奄奄待毙的明朝。
清世祖福临出生于崇德三年正月三十（1638年3月15日），為皇太極第九子，其時皇太極與愛妃海蘭珠之子（皇八子）剛夭折兩天。福临的母親是布木布泰（1613–1688），博爾濟吉特氏，科爾沁部貝勒寨桑之女；1636年至1651年的封號為「永福宮莊妃」，她在兒子親政後尊為皇太后，後世習稱她為孝莊文皇后。
崇德七年 (1642年) 十二月初二日，皇太極率諸王貝勒及文武大臣行獵於葉赫地方。同月十二日，到達噶哈嶺。聖汗之五歲幼子方喀拉章京射殺一狍。學者楊珍在《順治朝滿文檔案札記》認為方喀拉即為福臨的原名或乳名，章京即為方喀拉在此次隨皇太極行獵時，臨時得到的職位。
1643年9月21日，52歲的皇太极去世，他生前未指定儲君，清朝面临着可能出现的严重分裂危机。皇太极的 34歲長子豪格廣有戰功，但他與戰功彪炳的叔叔多爾袞不合。長子豪格之外，皇太极尚有叶布舒、硕塞、高塞、常舒、韬塞、福临(5歲)、博穆博果尔等七名兒子。其中叶布舒、高塞、常舒、韬塞四人中，有三人年长于福临，但皆生母地位低微，无法越过福临、博穆博果尔继承皇位。而硕塞的生母叶赫那拉氏则早被皇太极赐给大臣，博穆博果尔则年幼于福临。
此時，数名亲王與貝勒争夺皇位——努尔哈赤的次子兼在世的长子和硕礼亲王代善、努尔哈赤第十四子和硕睿亲王多尔衮和第十五子和硕豫亲王多铎（两人为同母所出）以及皇太极之长子和硕肃亲王豪格——开始逐鹿皇位。皇太极的弟弟多铎、多罗武英郡王阿济格及多尔衮（31岁）掌有正白及镶白旗，代善（60岁）掌有两红旗，而豪格（34岁）则获得其父两黄旗的支持。
议政王大臣会议着手议立新帝，此會議直到军机处在18世纪20年代出现以前一直是满清的主要决策机构。许多亲王、贝勒主张多尔衮这个久经考验的军事将领成为新皇帝，但多尔衮拒绝为帝，而是坚持让皇太极的一个儿子承袭父位。
会议接受具有权势的多尔衮的主张，继续让皇太极的后裔继承大统。最终商议决定立皇太极第九子福临承袭父位为新皇帝，但亦决定立和硕郑亲王济尔哈朗（努尔哈赤之侄，他掌有镶蓝旗）和多尔衮作这个五岁孩子的摄政。
1643年10月8日，福临正式登上清朝皇帝位；定年号为“顺治”。由于记载顺治年间的文献语焉不详，所以这段时期同整个清朝历史相比显得较为鲜为人知。
济尔哈朗是一位骁勇善战、受人尊敬的将领，但对多尔衮手中的日常行政事务毫无兴趣。1644年2月17日，济尔哈朗召集内三院、六部、都察院和理藩院的官员，向他们宣布：“嗣后，凡各衙办理事务或有应白于我二王者，或有记档者，皆先启知睿亲王档子，书名亦宜先书睿亲王名，其坐立班次及行礼仪，注俱照前例行。”此后在同年5月6日，豪格暗中动摇摄政统治的阴谋暴露。豪格的党羽全部被处死，豪格本人被褫夺亲王爵位。多尔衮在此后不久，以自己的支持者接替取代了豪格的拥护者（大多来自黄旗），从而掌控了两白旗以外的旗。至1644年6月初期，他已牢牢地把清政府及其军政大权掌握在自己手中。
1644年初期，正当多尔衮与其谋士苦思钻研如何攻大明之时，民變逼近北京。同年4月24日，民變领袖李自成攻破明都城墙，促使崇祯皇帝朱由检在紫禁城后的万岁山（今北京景山）歪脖树上自缢身亡。多尔衮的汉人谋士洪承畴和范文程闻讯，敦促滿洲亲王抓住此机遇，给大明报仇雪恨，进而为大清夺取天命。驻扎在长城东端山海关的大明总兵吴三桂，是多尔衮進入北京的最后一道障碍。此时他正被满洲人与李自成军间的武力夹得左右为难，吴三桂请求多尔衮帮助他驱逐土匪，恢复大明。当多尔衮要求吴三桂替大清效力之时，吴三桂除了接受之外别无选择。清兵因此得到了吴三桂的精兵的辅助，后同李自成军进行一片石之战，在多尔衮最终选择用骑兵介入此战斗前，吴三桂的精兵就已和李自成军交战了数小时。5月27日，大清取得此战的决定性胜利。战败的李自成军在北京洗劫数日，直至6月4日携带着所能带走的财物离京。
6月5日，被叛军之手肆虐了六周的北京市民，派出了一批士绅及官吏迎接他们将要来到的解放者。可当他们见到的是骑着马、把前额头发剃光并自称摄政王的满洲人多尔衮，而不是大明皇太子朱慈烺及其保护者平西伯吴三桂时，吃了一大惊。在此场动乱之中，多尔衮将自己安置在武英殿，后者是李自成在6月3日火烧大内后，唯一未被损坏的建筑。旗军们被命令不许抢劫；他们的纪律约束使统治过渡到大清“出奇地顺利”。然而在同时，多尔衮却声称他是为报复大明而来。他下令将大明皇族（包括大明末代皇帝朱由检的后裔）及其拥护者全部处决。
6月7日，进城仅两天的多尔衮向首都的官员发布谕告。该谕告向官员们保证，如果本地居民剃发易服并且接受归降，那么他们则可以官复旧职。可是在此谕告发布后的三周内，北京爆发数场农民起义，威胁大清控制首都地区。面对威胁，多尔衮不得不将此谕告废除。
1644年10月19日，多尔衮在北京大门迎接福临。10月30日，六岁的福临被带到北京南郊的天坛祭拜天地。11月8日，福临的登基仪式正式举行。同日，年幼的皇帝将多尔衮的功绩同周公进行比较，后者为古时一个受人尊敬的摄政。在登基仪式上，多尔衮的官衔由“摄政王”升为“叔父摄政王”。满语“叔父”（"ecike"）在此表示高于亲王的一级身份。三天后，多尔衮的摄政同事济尔哈朗的官衔由“摄政王”降为“辅政叔王”。多尔衮在1645年6月发布仪注规定，今后所有公文均应书写“皇叔父摄政王”称呼他，这使得多尔衮距离皇帝权威仅剩一步之遥。最终多尔衮在1648年更凌驾于小皇帝之上，称“皇父摄政王”。 多尔衮进入大清新首都后的最初的一个命令是，将北京北部全部腾出，然后把它分给旗人。两黄旗分得荣耀的宫殿北部，其次，东部为两白旗，西部为两红旗，南部为两蓝旗。八旗的此种布局，是为了使京城同满洲在征服中原前的故乡保持一致。此种布局“按照罗盘的指针指向，给颜色不同的旗人分配在一个固定的地理位置。”尽管大清为了加快过渡而减免税收，推迟大型建筑建造计划。但到了1648年，新来的旗人与共同生活的汉人百姓间仍有敌意。而首都以外的农业用地则全部被清军圈占。昔日的地主，现在却成了给外居旗人地主支付租金的佃户。这种土地用途的转变导致了“数十年的中断和苦难。”
在1646年，多尔衮还下令重建选任政府官员的科举考试。从那时起，他们效仿大明，每三年定期举行一次科举。同年，大清统治下的第一次殿试举行，大多数报考者为北方汉人，他们被提问如何使满汉同心合志。1649年，考试询问“联满汉为一体，使之同心合力，欢然无间，何道而可？”在1660年确定减少中额前，顺治朝下每届会试的考中人数的平均为大清最高（“得到了汉人更多的支持”）。
多尔衮被历史学家不同地称为“大清征服的优秀策划者”和“满洲洪业的首席建筑师”，大清在他的统治下，征服了中原大部分地区，并将“南明”的势力范围推到了遥远的中国西南地区。李自成从北京逃到西安，并在后者重建指挥部。多尔衮在同年夏、秋将河北、山东抗清起义镇压后，派遣军队进入西安（陕西省）主要城市搜寻李自成。1645年2月，在清军的压力下，李自成被迫离开了西安。他被杀了——无论是死于自己之手，还是被当地村民疑以为劫盗而误杀——1645年9月后，他在几个省份中消失了。
1644年6月，福王朱由崧于长江中下游以南的江南富饶的商农区建立大明弘光政权。1645年4月初，大清从新占领的西安出发，准备向那里发起进攻，南明政权的党派之争和不计其数的逃叛，阻碍了其有效抵抗能力的增强。1645年5月初，数支清军席卷南方，随手夺取了徐州淮河以北的主要城市。此后不久，他们向南明北部防线的主要城市——扬州——拥去。史可法面对包围，勇敢地反抗。5月20日，遭受一周炮轰的扬州被满洲人攻破，史可法依旧拒绝投降。多尔衮的弟弟多铎遂下令屠杀扬州全城人民。作为目的，这场大屠杀作为恐吓江南其他城市降服于大清。紧接着南京在6月16日，即最后的防卫者使多铎保证不会伤人后，钱谦益开城而降。大清在不久俘获了大明皇帝（他在翌年被处决于北京），并迅速夺取了江南包括苏州杭州的主要城市；至1645年7月初，清朝与南明之间的边界被推到南方的钱塘江。
江南刚有了表面上的平静后，多尔衮便在1645年7月21日发布了一个最不合时宜的告示，他命令所有的成年男人剃去他们前额的头发，将他们的头发按照满洲人的髡髮辫式编扎起来。不服从告示者将被处以死刑。对于满洲人来讲，此象征着屈服的政策，有助于他们分清敌我。不过，在汉人官员和文人看来，新发型是一种奇耻大辱（因为它有悖于孔门弟子关于保持身体完整的指导）。而对于普通百姓来说，剃发如同丧失他们的。由于剃发令逼使社会的各个阶层的汉人联合起来反抗满清统治，所以极大地阻碍了满清的征服。在1645年8月24日和9月22日，前明将领李成栋分别对嘉定和松江反抗的人民进行屠杀。而江阴还同约一万名清军进行了八十三天的对抗。当城门最终在1645年10月9日被攻破时，降清明将刘良佐对全城人进行屠杀，这场屠杀造成了七万四千至十万不等的人的死亡。这些大屠杀结束了长江中下游的反清武装抵抗。有几个忠诚的勤王者成了隐士，并希望着清军败溃。虽然他们退出了世界，但至少象征着在继续反抗外族统治。
南京沦陷后，两支明宗室建立了两个新的南明政权：一个是以福建沿岸附近为中心隆武皇帝唐王朱聿键——明太祖朱元璋的九世孙——而另一个是浙江附近的“监国”鲁王朱以海。但由于雙方彼此不服，無法聯合抗清，不但無法反攻滿清，也導致喪失維持政權的機會，造成漢人政權走向衰亡。1646年7月，贝勒博洛领导的新的南方军事活动使鲁王的浙江朝廷陷入混乱状态，继而向隆武政权发起进攻。朱聿键于10月6日在汀州（福建西部）被俘，即刻处死。他的养子国姓爷郑成功则随他的船队逃往泉州。11月，江西剩余的忠明抵抗中心崩溃，整个江西降清。
1646年末，广州出现了两个新的大明皇帝：一个是年号为绍武的朱聿键之弟唐王朱聿，另一个为年号为永历的桂王朱由榔。由于朝服不够，此后绍武政权所任命的官员不得不向本地伶人购买戏袍。两支南明政权彼此残杀，直到1647年1月20日，李成栋率领的一支小规模清兵组成的先头部队开进广州，处死了朱聿𨮁，迫使永历朝廷逃往广西南宁。然而，李成栋于1648年5月起兵抗清，与江西的前明将领金声桓并发起义，帮助朱由榔夺回了中国南方的绝大部分地区。但南明的复兴只是昙花一现。清军于1649年和1650年重新征服湖广中部（今河北和湖南）、江西和广东。朱由榔再度逃亡。最后，1650年11月24日，尚可喜所统率的清军攻占广州，杀死七万多人。
同时，1646年10月，豪格（福临长兄，于1643年继承斗争中失去继承权）所统率的清军抵达四川，任务是摧毁张献忠领导的大西国。1647年2月2日，张献忠与清军在川中西充附近作战时被杀。1646年末抗清势力进一步向北蔓延，由一个穆斯林将领米喇印领导的武装力量反抗大清对甘州（甘肃）的统治。另一名穆斯林丁国栋很快加入了他的抗清运动。他们以恢复大明为号召，攻克了甘肃的数个城镇，其中包括省会兰州在内。这些起义者愿意同非穆斯林的汉人进行合作，这表明他们不是仅仅被宗教所驱使。1648年，米喇印战死于水泉（今甘肃永昌水泉子村），丁国栋则被孟乔芳俘获并被多尔衮下令处决，至1650年，造成了大量人员伤亡的穆斯林起义运动被粉碎。
1650年12月31日，多尔衮在狩猎途中意外死亡，引发了一段激烈的派系斗争，开辟了深层次政治改革之路。由于多尔衮的支持者在朝廷上仍具影响，所以多尔衮的丧礼依帝礼，多尔衮死后获追尊为皇帝，谥号懋德修道广业定功安民立政诚敬义皇帝，庙号成宗。然而，在1651年1月中旬的同一天，多尔衮的前部将吴拜统率下的数名白旗军官为防范多尔衮的胞兄阿济格自立为新摄政而将其逮捕；之后，吴拜让福临任命自己及他的几位追随者为各部尚书，准备接管政府。
同时，于1647年被褫夺摄政头衔的济尔哈朗，获得了对多尔衮统治心怀不满的旗官的支持。济尔哈朗为了巩固直属皇帝的两黄旗（前两旗自清太宗开始直属皇帝）对自己的支持，争取白旗支持者，赋予正黄、镶黄、正白三旗一个新名称：上三旗（此三旗自此由皇帝直接统辖）。于1661年成为玄烨的辅政大臣的鳌拜和苏克萨哈，是给予济尔哈朗支持的旗官，济尔哈朗以指定他们参加议政王大臣会议作为回报。
1651年2月1日，济尔哈朗宣布即将13岁的福临亲政。摄政正式废止。济尔哈朗此后展开攻势。1651年3月12日，他控告多尔衮僭越皇权：多尔衮被判有罪，他获得的追尊被剥夺。济尔哈朗继续肃清多尔衮集团前成员，为上三旗中越来越多的支持者升官晋爵，所以到了1652年，多尔衮的前支持者或是被杀，或是被有效的从政府中清除。
福临仅仅亲政两个月后，便于1651年4月7日发布谕告，宣布他将肃清官场腐败。该谕告引起文人间的派系之争，令福临沮丧无比，至死也无可奈何。福临的最初的一项行动是罢免大学士冯铨。冯铨为北方汉人，先前曾于1645年受弹劾，但摄政王多尔衮仍准其任职如故。福临以陈名夏取代冯铨。陈名夏是个有影响力的南方汉人，同南方文人集团关系良好。陈名夏尽管曾于1651年受控以权谋私，但旋于1653年官复原职，旋即成为皇上的亲密的私人顾问。陈名夏甚至获准可以像昔日的明代内阁大学士那样起草诏书。同于1653年，福临决定召回声名狼藉的冯铨。皇帝如此行事，本意是想让南北汉人官员在朝廷上势均力敌，从而平息派系冲突。然而，冯铨回归后，派系之争反而激化，令皇帝始料未及。在1653年和1654年的数次朝议中，南方人形成反对北方人与满洲人的阵营。1654年4月，陈名夏向北方汉人官员宁完我建议，清廷应恢复明代衣冠，宁完我旋即向皇帝揭发此事，并指控陈名夏干犯有包括贪污受贿、裙带关系、结党营私和僭越皇权在内的各种罪行。1654年4月27日，陈名夏被绞死。
1657年11月，北京顺天省试的一场重大作弊丑闻爆出。八名江南考生贿赂了京城的主考官，希望能得到更高的名次。七名主考官以受贿的罪名被处以死刑，数百人被判处贬谪流放和没收财产。这场丑闻很快蔓延到了南京会试，揭露了官僚制的腐败和以权谋私，许多坚持正统观念的北人官员将之归因为南方文人小团体的存在和经典学问的衰落。
福临在他短暂的统治期间，鼓励汉人入仕，恢复了许多多尔衮摄政期间废止或排斥的中原王朝制度。他和大学士（诸如陈名夏，见上文）谈论历史、经典和政治，他周围聚集了一批新人，诸如能讲一口流利满语的北方年轻汉人王熙。福临于1652年颁布的《六谕》是玄烨1670年颁布的《圣谕》的前身，后者是一部“正统儒家思想的梗概”，用于指示百姓遵守孝道和法律。顺治帝用中原王朝的一些体制改革清朝制度，于1658年恢复了翰林院和内阁。这两个机构承袭明代模式，进一步削弱满洲贵族的权力，这使得深深困扰晚明的党争问题死灰复燃成为可能。
为了削弱内务府和满洲贵族的权力，1653年7月，福临设立十三衙门，后者虽由满洲人监督，但由汉族宦官而非满洲包衣阿哈掌控。宦官在多尔衮摄政期间受严格的限制，但小皇帝用他们来制衡像皇太后和皇叔济尔哈朗这样的实权派人物的影响。至1650年代后期，宦官的权力变大：他们处理关键的政治和经济问题，就官员任命提出建议，甚至负责起草诏令。由于宦官削弱了官僚集团与皇帝间的联系，满汉官员担心困扰晚明的宦官擅权局面会重现。尽管皇帝尝试限制宦官权力，他最宠爱的宦官吴良辅还是于1658年陷入腐败丑闻，吴良辅于1650年代早期帮助他肃清多尔衮集团。但吴良辅收受贿赂仅仅受到谴责，未能平息宦官权力膨胀引发的满洲贵族的怒火。。福临死后不久，1661年3月，鳌拜和另外三位辅政大臣将十三衙门裁撤，吴良辅被处决。
1646年，博洛率清军进入福州，发现来自琉球国和安南的使节和马尼拉的西班牙人。这些朝贡使团前来拜见已倒台的南明隆武皇帝朱聿键，而后者此时已被押送至京，最终，这些使者听从清廷命令辞归。最后残存的南明抵抗势力从与安南接壤的云南撤离后，琉球王尚质于1649年首次向大清派出朝贡使团，暹罗和安南分别于1652年和1661年向大清派遣朝贡使团。
同于1646年，统治吐鲁番的一名蒙兀儿王公苏丹阿不都拉哈·哈吉汗派遣一支使团，请求恢复因明亡而中断的与华贸易。使节团虽未受邀请便来到中国，但清朝准其请求，允许其在北京和兰州进行朝贡贸易。但该协议因1646年一场席卷中国西北的穆斯林起义（参见前文“一统中原”末段）而中断。大清与资助反政府武装的哈密和吐鲁番的朝贡贸易最终于1656年恢复。不过在1655年，清廷宣布来自吐鲁番的朝贡使节每五年才能接受一次回赐。
1651年，小皇帝邀请藏传佛教格鲁派领袖第五世达赖喇嘛访问北京，后者不久以前在蒙古和硕特部首领顾实汗的军事帮助下，成为西藏的宗教统治者和世俗统治者。尽管满洲对藏传佛教的支持和保护至少始于弩尔哈齐治下的1621年，但此次邀请背后仍有政治原因。即西藏正在成为大清西部一个强大的政治实体，达赖喇嘛对蒙古部落具有影响力，而其中一些蒙古部落并未屈从于大清。为了迎接这位“活佛”的到来，福临下令在紫禁城西北边北海琼华岛的昆仑山上建造了一座白塔，其位置就在以前薛禅皇帝宫殿的遗址上。经过多次邀请和外交往来，西藏领袖拿定主意，接受会见大清皇帝，1653年1月14日，达赖喇嘛抵达北京。达赖喇嘛日后将此行访问的场面雕刻在拉萨的布达拉宫，后者于1645年开始建造。
与此同时，在满洲人故乡北部，探险家瓦西里·波亚尔科夫（1643–1646）和叶罗菲·哈巴罗夫（1649–1653）越过罗刹国的山谷来到了黑龙江流域。1653年，莫斯科召回哈巴罗夫，委派奥努夫里·斯捷潘诺夫接替他，斯捷潘诺夫掌握了哈巴罗夫的哥薩克军队指挥权。斯捷潘诺夫南下进入松花江，强迫当地原住居民诸如达斡尔人和久切尔人交纳“牙薩克”（毛皮税），但遭到抗拒。因为满洲当地民族已向顺治皇帝朝贡。1654年，斯捷潘诺夫击败从宁古塔被派遣去调查罗刹计划的小规模的满洲军队。1655年，另一名清军指挥官蒙古旗人明安达礼在黑龙江流域的呼玛要塞击败斯捷潘诺夫军，但这还不足以追捕罗刹人。不过在1658年，满洲将领沙尔虎达率四十余艘船向斯捷潘诺夫发起进攻，罗刹人大多数被击毙或生俘。经过此役，黑龙江流域哥萨克地带已无太大冲突，但大清和罗刹的边境冲突则持续了下去，直至1689年《尼布楚条约》签订，固定了罗刹和大清之间的边界。
尽管大清在多尔衮的领导下成功将南明推到华南，但大明遗民尚未死心。1652年8月初，正在保护朱由榔的张献忠前部下李定国，从大清手中夺回桂林。一月之内，广西清将大多向南明投降。此后两年，尽管对湖广和广东的军事行动偶尔成功，但李定国未能夺取重要城市。1653年，清廷命洪承畴负责夺回西南地区。洪承畴驻扎长沙，耐心地建立起自己的军力；惟在1658年底，营养充足、物资供应良好的清军分多路向桂州和云南进军。1659年1月末，铎尼率清军攻陷云南府，朱由榔逃入邻近的缅甸，后者此时正由東吁王朝国王莽平德勒统治。此后南明末代皇帝一直留在缅甸，直到1662年被1644年4月降满的前明将领吴三桂俘获并处决。
郑成功在1646年成為明绍宗朱聿键義子，賜姓朱，故稱國姓爺，1655年由明昭宗朱由榔封为延平王，亦是他继续捍卫南明的原因。1659年，正当福临准备举行一场特殊的考试来庆祝他辉煌的统治和西南战役的胜利时，郑成功率领全副武装的船队驶向长江，从大清手中夺取了几座城市，进而围攻江寧（今江蘇南京）。当郑成功围攻江寧的消息传入皇帝耳中时，他就大发雷霆，据说一怒之下用剑劈了宝座。但南京的威胁最终解除，郑成功被清兵击退，被迫求助于东南沿海的福建省。迫于清军的压力，郑成功于1661年4月攻擊由荷蘭東印度公司佔領的台湾島，并死于同年夏天。他的子孙依然自稱為延平王，继续在台灣反抗大清统治，直至1683年顺治帝之子康熙帝派遣降將施琅佔領该岛。
順治帝于1651年亲政后，他的母亲昭圣慈寿皇太后安排儿子娶她的侄女额尔德尼布木巴，但福临废黜第一任皇后。次年，昭圣慈寿皇太后另为儿子安排了一场同蒙古科尔沁部的婚姻，这次她将自己的侄孙女阿拉坦琪琪格嫁给福临。
順治帝是位开明的皇帝，不仅在天文学和科技问题上，而且在处理国事和宗教问题时都向一位来自神圣罗马帝国科隆選侯國的日耳曼耶稣会教士汤若望请教。1644年末，多尔衮为制定一部尽可能精确的新历法而任用汤若望，因为他的日蚀预报比那些清廷天文学家的预报更精确。多尔衮死后，汤若望同小皇帝建立了私人友谊，福临用满语称他为“爷爷”。在他们关系最亲密的1656年和1657年，福临常常驾临他的府中，和他交谈到深夜。他被免除叩头礼，在北京获得建造教堂的土地，甚至被允许收养一个儿子（因为福临担心汤若望没有继承人），但自1657年以后，福临开始崇信佛教禅宗，汤若望试图使清帝信仰基督宗教的努力最终未能成功。
順治帝亲政后，发愤学习，熟练地掌握了汉语，能够欣赏中国艺术如书法和戏曲。反清知识分子顾炎武和万寿祺的一位密友归庄所作《万古愁曲》是福临最喜欢的文章之一。福临“极富感情，重情钟情，至其极处”，他还能成段的引用背诵援引《西厢记》。
清朝皇帝自順治帝开始以「中國」自居，並且在對外条约和外交文件中称清为“中国”。1689年，也就是康熙二十八年，中俄尼布楚条约上第一次在国际法的层面上确立了“中国”的概念。
其實天花和瘟疫在於明、清兩代和全國各地早就已流行。順治帝的十五叔豫親王多铎、十二叔阿济格的两位福晋也因天花而死。皇太極時期，据《清初内国史院满文档案》：『东北痘疫，太宗于十日至避痘所』。順治帝寵愛的妃子皇贵妃董鄂氏因丧子，于1660年9月病猝。福临为此悲痛欲绝，沮丧数月，直至他于1661年2月2日染上天花。1661年2月4日，福临急召礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙（福临的知己）和原内阁学士麻勒吉到自己身边，口述遗诏。同日，7岁的皇三子玄烨因曾經感染到天花，但因为他从天花疾病中幸存下来而被获選立为皇太子。。順治帝于1661年2月5日崩于紫禁城内的养心殿，年僅24岁。兩年後，康熙二年（1663年）2月，玄烨的生母慈和皇太后也不幸病逝，年僅24歲。
满族人对天花病毒没有免疫，一旦感染天花，几乎只能等死，所以他们对天花的恐惧甚于其他任何疾病。1622年，他们建立一个机构，用于研究天花病例，隔离患者避免传染。在天花流行之时，皇室成员为保护自己免受感染，定期进入避痘所。福临之所以感染如此可怕的疾病，是因为他年轻，而且居住于附近有传染源的大城市。而事实上，根据记载，在顺治年间，至少有九次天花在北京爆发和全國各地的大小瘟疫，每次爆发，都迫使福临搬到保护区。保护区为北京南部的狩猎场南苑，此前多尔衮已于17世纪40年代在那里建立一所避痘所。尽管有这样的预防措施——例如规定迫使感染天花的汉族居民搬出城市——但順治最終仍死於天花。
2月5日夜间，順治帝的遗诏颁示天下，特命索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜四人为了順治帝年幼的儿子，此四人都曾于多尔衮死后帮助济尔哈朗肃清朝廷上的多尔衮势力——現代歷史學家推論在施政之中偏向任用汉族大臣而且疏远了满洲官员，过分信用宦官，袒护汉官，忽视了满洲亲贵和满洲传统，对皇贵妃的精神投入超过了对自己的母亲。尽管福临在位时经常发布罪己诏，但这份遗诏中所谴责的政策自他亲政以来对清政府至关重要。被称为鳌拜辅政的1661年末至1669年间，该遗诏给了四位辅政大臣“皇权外披”，使他们的亲满政策得到支持。
由于朝廷没有明确宣布順治帝的死因，很快便流言四起。坊间传言福临其实未死，而是因为对爱妃之死过于悲痛或是四位获任为辅政大臣的满洲贵族发动了政变，他退位隐居佛教寺院，匿名为僧。因为順治帝于17世纪50年代成了佛教禅宗的狂热追随者，甚至让僧人进入皇宫，这些流言似乎不那么令人难以置信。中国现代历史学家认为福临出家之谜是清初三大疑案之一。但一位僧人记录说1661年2月初皇帝因感染天花而健康严重受损，而在皇帝的葬礼上有一名妃子和一名侍卫为其殉葬，由此来看福临之死应该並非假象。
福临的遗体被安放在紫禁城，受到为时27天的哀悼，1661年3月3日，一支规模宏大的行进列队将福临的遗体运送至景山（紫禁城北部的一个小丘），之后大量贵重物品在葬礼上被烧掉。距离葬礼仅两年后的1663年，福临的遗体被运到他最后的安息之地。与当时的满洲习俗相同，福临的遗体在火化后安葬。他的骨灰安葬在北京东北方的昌瑞山，后来通常称为清东陵。他的陵墓孝陵是建在那里的第一座陵墓。
以順治帝的名义公布的遗诏表示，他对自己放弃满洲传统深表歉意，这一表示赋予了四辅政大臣实行本土主义政策的权力。鳌拜和其他三位辅政大臣援引遗诏，迅速革除了十三衙门。在此后的几年里，他们提升了满洲人及其包衣阿哈掌管的内务府的权力，革除翰林院，规定只有满洲人和蒙古人才能参加议政王大臣会议。辅政大臣还向大清治下的汉人推行强硬政策：他们发动文字狱处决了江南富庶地区的十余人，并以拖欠税收的罪名对该地区的数千人处以刑罚；他们强迫东南沿海地区人口从该地迁出，以便截断郑成功的子孙统治的台湾东宁王国的粮食供给。
玄烨于1669年设法囚禁鳌拜后，撤销了辅政大臣的许多政策。他恢复了父亲所青睐的机构，包括使汉族官员在政府中获得重要发言权的内阁。他还平定了三藩之乱。内战（1673年–1681年）使清人的忠心一度受到考验，但清军最终占得上风。当胜利成为定局时，1679年玄烨为吸引前明遗臣出仕清廷，而举行了特别考试博学鸿儒科。中试者被邀请参与编写官修《明史》。叛乱于1681年被平定，同年，玄烨开始倡导使用人痘接种为皇家儿童预防天花。郑氏家族在台湾建立的的东宁王国于1683年倒台后，清政权完成了统一天下的事业。在多尔衮、福临和玄烨奠定的体制基础上，清朝成为一个疆域辽阔、文化灿烂的强大帝国，被誉为“世界上最成功的帝国之一”。然而具有讽刺意义的是，正是康熙皇帝的赫赫武功带来的长时间的“满洲和平”，使大清面对19世纪列强武装侵略之时毫无准备。
福临生在满清皇室爱新觉罗家族。尽管宗人府撰写的爱新觉罗族谱中记载的福临后妃仅有十九位，但埋葬记录显示福临的后妃至少有三十二名。有十一名后妃为福临生育，福临在位时的两任皇后皆为福临母亲昭圣慈寿皇太后的堂亲。1644年大清入主中原后，逐渐以后妃的封号和姓氏称呼她们。
孝东陵内葬有十七位格格，分别为京及格格、捏及呢格格、赛宝格格、迈及呢格格、厄音珠格格、额伦珠格格、梅格格、兰格格、明珠格格、芦耶格格、布三珠格格、阿母巴偏五格格、阿几偏五格格、丹姐格格、秋格格、瑞格格和朱乃格格。她們的生平事跡基本上沒有被記錄，目前僅知阿母巴偏五格格為大费扬古格格，阿几格偏五格格則作小费扬古格格，兩人可能為親姐妹關係。目前已知太皇太后在康熙元年将已故费扬古格格从娘家带来的女子还给她的娘家，上三旗包衣女子則给予阿哥額捏福晋，即後來的恭靖妃使喚。以下四位庶妃包括在十七位格格之内：
福临的妻妾共为其生育了十四个子女，但只有四子（福全、玄烨、常颖、隆禧）一女（和硕恭懿长公主）活到婚龄。和之后的大清皇帝不同，其皇子没有按辈分取名。
清廷在1644年入关之前，相关资料会记录满洲女性的名字，但在1644年后这些女性人名逐渐“在玉牒和档案材料中消失了。”六名皇女的闺名在一份康熙年间为修纂玉牒而记述福临子女生卒年的档案中被记录了下来，其中皇三女与同母兄牛钮同名。与其她贵族女性类似，日后相关资料会用皇女获得的头衔（公主）称呼她们。尽管福临的六个女儿中有五个幼年夭折，但她们在《爱新觉罗宗谱》上都有记载。
福临的三名养女均为满清皇室成员的次女，和顺、柔嘉、端敏分别为三人的封号，而非名字。