古巴导弹危机
古巴导弹危机（），又称古巴危機、加勒比海导弹危机或加勒比海危机（），是1962年冷战时期在美国、苏联與古巴之间爆发的长达1个月零4天的严重政治、军事危机。事件爆发的原因是苏联为应对美国在意大利和土耳其部署弹道导弹的举措，在古巴部署了类似的弹道导弹，进一步导致对抗升级为一场世界危机。尽管这场危机持续时间很短，但其仍是美国国家安全史和核战争准备史中的一次重要事件，亦通常被认为是冷战升级为全面核战争的一次。
冷战中第二次世界大战後的两个战胜国美国和苏联分别代表两个截然不同的经济和思想意识形态政策，以美國為首的资本主义國家，亦即自稱自由民主國家，結成陣營，同以蘇聯為首的社会主义国家，亦即自稱代表無產階級的共產黨執政國家，展開全球性的政治較量，两个超级大国的策略在于不断使用新的武器来显示自己的优势。
双方的战略考虑均不排除对对方进行核“首发”的措施。这个战略的目的在于对对方进行猛烈的第一次打击，以至于对方瘫痪，无法进行核反击。常规武器火力无法达到这个目的。当时两个超级大国所拥有的导弹技术（洲際彈道飛彈）可以覆盖到18,000公里外的目标，因此双方均可以从自己的国土打击对方国土内的目标。同时双方的战略轰炸机机队（B-52同溫層堡壘轟炸機和图波列夫Tu-95）也能够打击对方领土内的目标。但是这些武器的短处在于它们的预警时间太长，因此对方有足够的时间采取反制措施。为了缩短这个预警时间，双方必须将其核导弹尽量布署到对方的领土附近。
在1962年古巴危机前夕，美苏核武库（总量/其中战略核弹头）对比为（27,000/5,000）：（3,600/300）。美苏可从本土打到对方的洲际导弹对比为294：56，其中苏联SS7（R16）刚装备不久，实际可能仅20枚SS7（R16）和3枚SS6（R7）可应战快速调用；且与当时美国的“宇宙神”和“大力神I”洲际导弹一样，这些首批洲际导弹同有可靠性欠佳的問題。美国另有刚成军的5条华盛顿级核潜艇，每艘可携带16枚射程1850公里使用固体燃料可从水下发射的“北极星”Polaris A-1中程导弹，可于北冰洋和日本海对苏联构成潜在核威慑，而苏联当时还没有相应的对抗措施。基于以上极具优势的核力量，1959年美国在意大利和土耳其公开布署了45枚中程弹道导弹PGM-19朱庇特彈道飛彈，距离莫斯科仅约2,000公里，进阶形成对苏联的公开核威慑，这是后来古巴危机的导火线。
1898年美國戰勝西班牙，逼使西班牙放棄古巴主權，古巴成為獨立國，但古巴的政治、經濟實際被美國控制，大部分古巴產業掌握在美國人手中。美國與古巴訂立不平等條約，直接干涉古巴政府，並在關塔那摩灣建造永久海軍基地。第二次世界大戰前後，古巴的民族主義日漸高漲，而美國扶植的巴蒂斯塔政府廢除憲法，實行軍事獨裁統治，引發民眾反抗。1953年7月，以卡斯特羅為首的古巴革命軍發動武裝起義，經過多次失敗，卡斯特羅等革命黨人流亡海外，與南美阿根廷游擊隊領袖哲古華拉合作，1956年底乘坐小艇從墨西哥偷渡返回古巴，展開在山区的游擊戰爭。卡斯特罗一开始并不是一个左翼共产主义者，而是一个民族主义者，希望通过武装和革命解放拉丁美洲。但是他身边的人都是左翼。1958年底，卡斯特罗占领哈瓦那，巴蒂斯塔逃到多明尼加。1959年1月1日，卡斯特羅領導的革命黨終於推翻巴蒂斯塔政權，建立古巴革命政府，这时美国和古巴之间并没有敌意对立。美古对立始于1959年底，古巴领导层变为激进派，大量古巴难民进入加州，美国国内反对卡斯特罗的声音逐渐变大，民意不断向肯尼迪施压，希望推翻古巴政权。这时美国再次希望通过制裁向古巴施压，祭出武器禁运，和停止向古巴购买糖（糖是古巴的重要经济作物，因此对古巴经济打击极大），美国企业也开始减少对古巴的原油供应。古巴革命政府實行土地改革，開始沒收土地和私有財產，美國人擁有的銀行、工廠、商店、農場全部國有化。1960年古巴作为回应，开始向苏联购买武器，苏联也同意向其供应原油。同时美国的在古巴原油加工企业全部收归古巴国有。1960年12月在联合国大会上，苏联和古巴领导人非正式会面，赫鲁晓夫表示，如果美国入侵古巴，苏联会以导弹回击。1961年1月古巴驱逐美国外交人员，美國政府立即宣佈與古巴革命政府斷絕外交關係，凍結古巴在美國的資產。并且开始對古巴實施貿易禁運，古巴革命政府开始倒向蘇聯陣營。
1952年，富尔亨西奥·巴蒂斯塔通过军事政变成为古巴总统，随即解散议会，废除1940年以来带有资产阶级性质的宪法，他的独裁政府同时也招致了诸多反对（尽管美国政府不赞同，但是没有表达任何反对）。1959年1月1日，菲德爾·卡斯特羅从最初的82人起家，逐渐获得各激進團體的支持，反政府暴乱活动得逞，推翻了自1952至1959年的巴蒂斯塔独裁军政府政权。1月13日成立了古巴共和国。宣告这一胜利的是领导人民革命的菲德尔·卡斯特罗，当时这位领袖人物年仅32岁。新政权成立初期，美国同古巴的关系还比较好。2月，卡斯特罗出任总理，4月访问美国，还受到艾森豪威尔政府的热烈欢迎。同時美國希望把古巴纳入美国的势力范围，巩固它在拉美的基础。 无论是卡斯特罗还是他的战友，本来不仅同苏联和其他社会主义国家没有任何联系，而且甚至对马列主义、对共产主义学说尚无基本的认识。
古巴新政府的领导成员发生很大变动，政府重要部门绝大多数被主张实行激进政策的人所掌握。美国政府担心古巴动摇美国在拉美的基础，因而就对古巴新政权产生不满，并且企图逼新政府就范，結果就导致了美国与古巴关系的日益恶化。卡斯特罗的新政府一开始打算保持古巴与美国的关系，但是美国不肯与卡斯特罗交往；卡斯特罗向美国贷款，但是德怀特·艾森豪威尔政府拒绝其要求，并且支持古巴内部的遊擊组织试图推翻卡斯特罗政府。1961年1月5日，艾森豪威尔政府于卸任前半个月宣布同古巴断绝外交关系。同时，从经济上开始对古巴进行制裁，企图通过卡断经济命脉来扼杀古巴新政權。因此卡斯特罗只能向美国以外的势力求援。
1961年4月15日，在刚上任不久的肯尼迪政府的支持下，古巴流亡者組成的部隊驾驶改涂流亡政府标志的美国B-26型轰炸机从佛罗里达起飞，对古巴进行了两天的轰炸，1000多名流亡軍从危地马拉的训练营出发，抵达尼加拉瓜卡贝萨斯港登船，于古巴南部豬玀灣登陆，意图占领当地机场，迎接古巴流亡政府，而后籍希望以介入朝鲜战争的方式，由流亡政府充当地方政权请求美国军事介入，由已在佛罗里达训练10个月的约1万美军直接插手，入侵古巴并推翻卡斯特罗政府。但是在72小时之内，流亡军被政府軍擊敗，流亡政府也未能登陆古巴。美国政府并未就此罢休，继续对古巴施加压力。 在古巴流亡军的军事行动失败后，在时任参联会主席李曼·雷姆尼澤上将主持下，美国又拟定了直接派兵入侵古巴的；而其中关键的和机密的，作为“猫鼬计划”的“先导”和“正名”的，指示由美军执行如袭击美军驻关塔那摩基地和位于佛罗里达的民用设施等各种恐怖袭击，以及在深海击沉古巴难民船，然后嫁祸于古巴卡斯特罗政府并引发众怒，再以此为由直接出兵入侵古巴。但猫鼬计划被肯尼迪搁置，肯尼迪通过国防部长麦克纳马拉回复李曼上将，总统明确拒绝了北方森林计划部分，后李曼上将下令销毁北方森林计划的相关文件，但其中部分文档被遗忘未及销毁，至美國國會在1992年通過法案，要求與肯尼迪暗殺事件相關的全部500萬頁檔案文件要在25年內全面公開，后被检出曝光。而猫鼬计划中刺杀卡斯特罗的部分得以施行，到80年代，这一部分变得更具象征意义，CIA公开承认了对卡斯特罗的各种光怪陆离的暗杀行动，但亦将刺杀行动限制在不波及其它领域如政变的范围内，在638次刺杀行动的后期更具警示意图。
受到美国的强大压力，卡斯特罗不得不向苏联寻求援助。苏联当时对古巴的处境表现出异乎寻常的关切，正是出于同美国争夺霸权的需要，想在拉丁美洲找一个立足点。古巴的求援，正是赫鲁晓夫求之不得的事情。他认为，古巴局势的发展，直接关系到苏联在拉丁美洲的影响，关系到苏联的威信及其在拉美的立脚点。古巴和苏联于1960年就恢复了外交关系。在美国同古巴绝交后，苏联就抓住机会，增加了对古巴的经济、军事援助。苏古关系的发展，也就隐伏着美苏关系的紧张和日后的导弹危机。
被逼入绝境的卡斯特罗，1960年秋天在联合国大会上发表了一番慷慨激昂的讲话。他面对坐在大厅里的美国人说，是你们促使我们寻求新的市场和新的朋友，它们就是苏联和社会主义世界。在这之后，我们就开始对这种社会主义产生了兴趣并开始研究它。1961年4月16日，卡斯特羅宣布古巴成为社会主义国家，正式地加入了紅色聯盟。
从1959年开始美国分别在意大利（2个中队30枚）和土耳其（1个中队15枚）高调部署了共45枚PGM-19朱庇特彈道飛彈（有消息称每个中队都有机动运输的后备弹，总数可能达75枚），在两国分别设立了10个和5个发射场，每个发射场永久固定3具发射架（在土耳其的部分发射架，作为旅游景点目前尚存），每具发射架常备竖立1枚装载了核彈頭并连接了燃料加注管的朱庇特中导对准苏联，这些导弹喷涂了意大利和土耳其国旗，名义上移交两国空军，实际由美国空军掌管核弹头的设置及导弹的瞄准与发射。1962年4月最后一批在土耳其的PGM-19朱庇特彈道飛彈及其发射装置竖立完毕，由于这些导弹可迅速发射（最快的5分钟）且公开部署于露天，对华约的空中侦察毫不掩饰，处不受保护的状态很容易被攻击，因此它们明显只是用来进行第一打击使用的。
同期美英两国在英国低调共同部署了4个中队60枚PGM-17雷神飛彈（另有20枚机动运输的后备弹），在英国设置了20个发射场，每个发射场永久固定3套发射装置，与在土意部署朱庇特中导离莫斯科几乎等距约2,000公里。雷神中导空重更轻，射程更远而更脆弱，平置存于可移动仓库下，便于拆装弹头，大多数平时已装载了核弹头；雷神发射装置则要复杂许多，包括以无尘室标准管理的仓库，和多栋以掩体标准建造的控制室及燃料储存室，全部建筑又建立在近2米厚的水泥地基上。雷神中导亦常备连接了燃料加注硬管，并与永久固定的液压竖起/发射架连接，接到发射命令后需先移除仓库然后竖起，再加注燃料，共需约15分钟，相对朱庇特中导反应速度较慢。雷神中导发射失败率较朱庇特中导高，曾在实弹高空试射任务中，于发射台上加注燃料的过程中爆炸，导致发射场核污染。
与部属在土意的朱庇特中导不同，英国原本是按备战数十年的标准斥巨资建造这些发射装置，造价远高于雷神中导本身，并由此取得与美国的对等权限，即每座发射装置有两枚须同时使用的不同钥匙，由英美分别掌管一枚，形成逻辑上的“与”关系，须英美共同同意才可发射。但这些装置在服役平均不到2年后即被废弃，部分拆除了金属构件而水泥结构尚存，经申请获许可后也可参观。
与此同时美国此时已经拥有可以从水下发射的北极星导弹，这些核潜艇不易被发现和消灭，而苏联当时还没有相应的对抗措施。不过這些導彈不像現在的潛射彈道飛彈那麼強大，当时刚刚装备的A-1型最大射程只有1,850公里，若试图攻击莫斯科须先驶入黑海或波罗的海等蘇聯重兵把守的海域，尚未对莫斯科构成直接威胁。
1960年10月26日和27日美国首次从德克萨斯州的劳夫林空军基地起飞U-2侦察机飞越古巴。1961年9月5日美国侦察机首次拍摄到SA-2地对空导弹以及米格-21戰鬥機。
英美在欧洲和西亚部署的中导技术门槛较低，数量庞大，接到发射指令后5至15分钟即可发射，飞行约12分钟即可抵达莫斯科。60年代初（使用液体燃料的）远程洲际导弹发射准备时间均需至少1小时，2016年，美国总统候选人希拉里·克林顿在竞选辩论中透露，即便是美国现代的（使用固体燃料的）洲际弹道导弹，在接到发射命令后准备时间也需4分钟；而绕飞半个地球的飞行时间则约30分钟，所以即便与当今对比，这批60年代的中导實在是太過接近，也就如达摩克利斯悬剑对莫斯科构成莫大的威胁。苏共中央主席团（后更名为苏共中央政治局）责成当时的第一书记赫鲁晓夫着手解决这个问题。赫鲁晓夫有多种选择，他也的确施行了，包括升级以当时新式的 S-25 Berkut/SA-1防空导弹（苏式防空导弹的鼻祖，比现今仍在使用的SA-2有更高承载力，但只能固定部署）为主要手段的莫斯科防空圈至加载1万5千吨当量核弹头成为防空核弹，扩建莫斯科地铁包括传闻依附于2号线上的秘密支线，并在苏联两年未进行核试验后于1961年10月30日亲自下令试爆了一枚超级氢弹沙皇炸彈，但这些没有解决根本问题。1962年4月，赫鲁晓夫在与苏联国防部长羅季翁·雅科夫列維奇·馬利諾夫斯基元帅于黑海海边散步时，面向黑海对面的土耳其，首次表达了其设想的更为激进的方案，即利用美古关系恶化，于古巴部署进攻性中程导弹，对美国实现同等威胁。赫鲁晓夫当时夸张地向马利诺夫斯基称，这是“将一只刺猬扔进美国的裤裆”。后来的实际运行却并非赫鲁晓夫设想的那么简单。
1962年5月21日，苏军副总参谋长阿纳托利·格里布科夫大将（Anatoly Gribkov）和两名助手开始根据赫鲁晓夫的想法制定“阿纳德尔行动”（Operation Anadyr）。格里布科夫的初始计划为在古巴部署5个弹道导弹团，其中3个装备R-12型中程导弹（北约代号SS-4，射程2,000公里），2个装备R-14型中远程导弹（北约代号SS-5，射程3,700公里），每个团配有8具发射架，按1.5倍配备相应导弹，导弹按1：1配置战略核弹头。总计40具发射架60枚导弹和60枚百万吨当量级战略核弹。如果从古巴西部发射，导弹射程足以覆盖美国本土全境。为了给导弹部队提供支援，苏军还将部署大批防空和地面部队，包括2个短程导弹团（按1：5：5配备FKR-1短程巡航导弹含16具发射架、80枚导弹和80枚战术核弹头）、2个防空师（配备防空导弹）、1个战斗机团（装备40架米格-21战斗机）、1个导弹快艇支队（12艘导弹艇），和4个摩托化步兵团（配备T-54坦克124辆、水陆两栖坦克12辆、装甲车280辆、反坦克导弹发射器36座）。上述部队的总兵力为50,874人。
苏联国防部长马利诺夫斯基元帅在7月4日批准了行动计划，三天后赫鲁晓夫拍板决定实施。在9月4日美国U2侦察机发现了苏军的防空导弹和快艇，肯尼迪向苏联干涉古巴提出抗议，苏联人又决定增派1个可投掷核炸弹的轰炸机团（最初为22架IL28和6枚空投核弹，后又增加20架IL28至总共42架，但并未全部运抵古巴），3个装备月神luna短程导弹-发射架-履带式运载车一体装置的自行火箭营（按1：5：1配备12部可载弹机动的履带发射车，60枚导弹和12枚战术核弹头，至少有6部运抵古巴），2个喀秋莎火箭营（40部喀秋莎火箭发射车）。同时古巴动员正规军兵力27万，配备T-54坦克394辆，高射炮888门，重型火炮和重迫击炮近千门來保護。
1962年9月8日苏联货船“鄂木斯克号”携带SS-4中程导弹赴哈瓦那，这可能是第6个在古巴部署的中程导弹团，但是没有将这批货运到地方卸货，古巴危机即已结束。
至1962年10月，苏联在美国大部未知情的情况下在古巴秘密部署的核武器有：真正的危机从1962年10月中旬开始。該日為古巴衝突的最高峰，雙方均發生小型衝突，首先是早晨時分，美国空军进行了一次运载火箭试验，这次试验没有通知执行委员会。
同期苏联在古巴附近有四艘载有核鱼雷的狐步级常规动力攻击潜艇（B-4, B-36, B-59以及B-130），美国海军很快就确定了所有这四艘潜艇的位置，但是美国人不知道这些潜艇上带有核鱼雷。此时苏联已授权在古巴的苏军，在受到攻击且无法联络莫斯科的情况下，掌握核弹的部队可自行决定是否使用手中的核武器而不必等待莫斯科命令。由于这些潜艇潜水很深，它们无法与莫斯科通讯。美国海军科尼号驱逐舰（DD-508）向最后一艘隐藏在海底的舷号为B-59的苏联狐步级潜艇投掷了五颗训练用深水炸弹以逼迫其上浮，在这之前苏联在古巴附近海域部署的潜艇大队另外三艘“狐步”级常规动力攻击潜艇已迫于压力而上浮。此时B-59艇内电力已严重不足，食物，淡水等生活物资严重短缺，船员们忍受着近60度高温，整体士气低下。由于美苏两国要求浮上水面的警告方式不同，导致B-59号的艇长误以为核战争已经爆发，决定发射舰上的核鱼雷，由于大副瓦西里·阿爾希波夫执意不同意（按照当时苏联核潜艇的规章必须三位最高军官：艦長、政委、大副一致同意才能发射导弹），最后潜艇上浮来请示莫斯科的命令。
相应的，美国空军也下令驻阿拉斯加等地的B52携带實戰用的核炸弹，轮流空中值班準備攻打蘇聯西伯利亞。当日一架由阿拉斯加起飞的U2“因导航和通讯系统故障”从公海上空接近苏联楚科奇半岛，苏方起飞6架战机拦截，美方则以2架F-102「三角劍」戰機攜帶1,700吨当量的戰術核火箭前往支援U2。虽然肯尼迪下令没有其直接命令不得开火，但技术上发射核武的核按钮实际仍掌握在空军手中，一旦擦槍走火恐會不堪設想。这也导致危机结束后，肯尼迪要求所有核武需加装密码锁，掌握核武的技术军官只有在获得上级授予的密码后才能使用核武器。
同日，當地原苏军防空部队发射的三枚SA-2防空导弹中的两枚击中美国一架飞行在古巴上空21,336米的U-2，侦察机於巴内斯被擊中後坠毁在古巴，飞行员魯道夫·安德森少校当场死亡。另一架美國海軍的RF-8A也被37 mm防空砲火擊中，U-2在古巴被防空导弹打下的噩耗传到美国空军司令部后，鷹派就已經開始明確立場，認定蘇軍不打算接受談判，美国空军官员当即决定根据计划出动F-100超級軍刀戰鬥機空袭古巴巴内斯的防空导弹阵地，将它们彻底摧毁。然而，这毕竟是对一个主权国家的重大军事行动，因此，美国空军不得不将作战计划上报国防部，国防部又上报肯尼迪总统。肯尼迪总统考虑再三，最后否决了军方的空袭计划。当天，肯尼迪下令10枚新研制的“義勇兵I/LGM-30A”洲际导弹进入戒备（这批导弹后被发现起飞助推器有缺陷，可能导致射程低于4,300英里（6,920公里）根本无法到达苏联，至1963年的LGM-30B才得以修正），以警告赫鲁晓夫不要轻举妄动，赫鲁晓夫本也无意妄动，仅面对入侵古巴领空的飞机不得不动。同时肯尼迪表示同意继续谈判。
同时军方认为苏联在古巴的中导发射装置将完全建成，在10月29日周一，可能具备类似朱庇特和雷神中导的快速发射能力，曾发动火攻东京的空军上将柯蒂斯·李梅试图逼迫肯尼迪馬上同意军方拟定的进攻计划，即29日凌晨由空军率先开始空袭并在其后几天中遂行在古巴登陆并最终占领古巴，且暗示到时若年轻的总统未能作出决定，军方也会发动攻击。
此时以参联会主席馬克斯維爾·泰勒上将为首的军方将领积极请战，以国防部长罗伯特·麦克纳马拉为首的文官则倾向于由司法部长罗伯特·肯尼迪提出，获约翰·肯尼迪总统首肯的谈判方案，即先忽略赫鲁晓夫的第二封信，只回复第一封信所列的谈判条件，暂时避开从意大利及土耳其撤出导弹以备继续和苏联讨价还价。约翰·肯尼迪总统一方面以军方不能保证一旦开战可将所有苏联中程导弹于发射前摧毁为由，拖延了对军方进攻计划的回复（虽然军方认为10月29日凌晨不宣而战的突袭计划可将大部分苏联中程导弹摧毁于地面，即便少数中程导弹得以发射并摧毁数个美国城市，也是可以接受的代价；但肯尼迪认为不宣而战的突袭若成功摧毁所有苏联中程导弹自不在话下，而是擔心一旦漏网的苏联导弹成功发射并击中美国城市造成大量平民伤亡，自己在政治生命中将背负发动美式珍珠港事件的罪名受到各方谴责，但是也不能表示軟弱，因此既不否决也不同意，拖延对军方的回复）；一方面约翰·肯尼迪表面同意了执行委员会的讨论结果，于当天下午向赫鲁晓夫回電表示同意赫鲁晓夫的第一封信中建议的，以保证不入侵古巴换取苏联撤出中导；但另一方面约翰·肯尼迪对白天发生的多起军事摩擦心有余悸并决意立即解决危机，在回电赫鲁晓夫的同时，私下令其胞弟罗伯特·肯尼迪派员前往苏联大使馆，以向苏联大使提交书面回信的名义与苏联驻美国大使谈判，谈判秘密限于肯尼迪兄弟和苏联大使阿纳托利·费奥多罗维奇·多勃雷宁及少数几名“非正规渠道”的情报官员之间，泰勒上将、麦克纳马拉部长、及苏联外长安德烈·安德烈耶维奇·葛罗米柯均不知情。
华盛顿时间27日晚19：45，罗伯特·肯尼迪于华盛顿特区宾夕法尼亚大道950号美国司法部现“罗伯特·F·肯尼迪”大楼自己的办公室约见了苏联大使多勃雷宁，并口头传达了其兄约翰·肯尼迪总统的意愿，内容重点为口头答应撤回在意大利和土耳其的导弹，交谈重点为向多勃雷宁解释总统受军方和执行委员会的压力不能书面出具同意撤回意大利和土耳其导弹的文件，但总统保证将实现这一点，而若赫鲁晓夫执意要书面保证或因此而拖延的话，总统将难以压制军方，局面将有可能失控，甚至依约翰·肯尼迪的授意，罗伯特·肯尼迪向多勃雷宁透露了军方计划于29日凌晨发动进攻之事。其实约翰·肯尼迪同时另避开执行委员会，通过私人的律师关系正秘密起草对赫鲁晓夫第二封信的回复，其中书面列出了同意撤回意大利和土耳其导弹的条款，以备不时之需。多勃雷宁与罗伯特·肯尼迪交谈结束后天色已晚，仍连夜通知莫斯科并极力向赫鲁晓夫转达肯尼迪兄弟的真实意愿，报告中向赫鲁晓夫描述了罗伯特表现出的憔悴与不安。
此时华盛顿相对莫斯科时差晚7小时，尼基塔·謝爾蓋耶維奇·赫魯雪夫在华盛顿时间27日当晚私下談判完成後，于莫斯科28日周日凌晨召开紧急政治局会议，最终说服政治局成员表决认可约翰·肯尼迪的口头承诺，同意苏联从古巴撤出中程导弹。莫斯科28日下午16：00（华盛顿时间28日上午9：00），赫鲁雪夫通过加密途径电函肯尼迪和驻古巴苏军总司令伊萨·亚历山德罗维奇·普利耶夫大将；同时另一方面下令莫斯科电台俄罗斯之声于莫斯科时间28日17：00（华盛顿时间28日10：00）准点向全球广播苏联从古巴撤出中导。只有不到1小时完成这个任务，俄语广播稿立即以赫鲁雪夫给肯尼迪的密电为基础在克林姆尼宫拟定，由专人驱车赶往不远处位于帕特尼斯卡娅大街25号的莫斯科广播大楼，信使乘电梯前往位于顶楼的广播室时，电梯又因故障（也有说信使在焦急中乱按电钮导致这种老式电梯停摆）卡在楼中，因是周日楼中空空如也，只有隔音的广播室和大楼门口的值班室有少量工作人员，信使大声喊叫终于唤来楼底的大楼管理员，从笼式电梯缝隙中将广播稿递出，后者一路步行爬上大楼顶层，终于赶在17点前将广播稿送至直播室；即便未能赶在17时广播的话，官方途径若不出意外也能在1小时左右由苏联驻华盛顿大使馆将英语版本提交白宫。肯尼迪获知了自己的情报部门翻译的俄罗斯之声的俄语广播，比苏联官方途径更早。另一方古巴政府也是从俄罗斯之声广播中获知了这个消息，而当时苏联驻古巴大使“阿历谢耶夫”还未从苏联收到任何相关信息茫然不知所措。不过赫鲁雪夫仍对肯尼迪有可能对军方失去控制而有所防备，双方在往复函件中均未提及其余98枚万吨当量级战术核弹头及所属除IL-28轻型轰炸机外的大部分载具，赫鲁雪夫仍暂时在古巴秘密保有了这批核武器直至一个月后局势稳定后撤出。在10月14日U2发现炫耀存在的SS4阵地之前，肯尼迪不认为苏联会在古巴部署进攻型核武器。甚至在10月13日，肯尼迪去印第安纳州拉票时，仍认为是有人故意危言耸听，痛骂有人“自封为将军，想把别人的儿子送上战场。”
10月14日U2于古巴天气转晴后出动侦查的结果令情势急转，而此时肯尼迪对赫鲁晓夫的意图和苏军在古巴的具体部署仍是知之甚少。军方热烈地讨论是封港还是武力入侵，执行委员会倾向于为获得有利条件继续谈判，公众媒体则热衷于准备和苏联打一场核战，此间潘科夫斯基上校透露了一份十分简短的“阿纳德尔”行动的初始计划的修订版本，并经CIA秘密提交执行委员会和肯尼迪。计划中提及将在古巴将按2：1部署48枚ss4含24具发射架，32枚ss5含16具发射架（比阿纳托利·格里布科夫大将的最初计划增加了1/3的导弹，发射架和战略核弹头数量不变），但不包含具体部署位置。美方据此情报在覆盖古巴全境的U2高空侦察照片上反复搜索，至10月27日，大致发现了33枚ss4及其23具发射架，未确认ss5而发现了12具疑似ss5发射架。
这使肯尼迪意识到封港已为时过晚；而苏联已将其现有核武库的相当一部份搬到古巴，使武力入侵也无异于政治上和军事上的自杀；而苏联若在加勒比海或古巴本土使用战术核武器抵御美国的军事入侵，即便其仍克制不使用中程导弹攻击美国城市，美方也会向古巴发动核攻击，必将引发双方的全面核战；同时，中情局27日的机密报告中只发现了潘科夫斯基上校情报中提及的80枚中导中的33枚，虽然情报分析称部分中导可能尚未运抵古巴，但肯尼迪拒绝冒险，强烈怀疑军事入侵是会消除古巴导弹对美国本土的威胁还是会捅马蜂窝；另一方面情报分析大量的IL 28是对美国本土战略核攻打击的另一支力量（虽然这些轻轰炸机计划只配备了6枚战术核炸弹，但仍有装载战略核弹并冒险投掷的可能）。于是肯尼迪把军方、执行委员会和公众媒体排除在外与赫鲁晓夫直接达成以下协议： 赫鲁晓夫得到肯尼迪的以上回应后大喜过望，鉴于当时的紧张局势，担心节外生枝，在通过加密途径回复肯尼迪的同时，令莫斯科广播电台广播宣布从古巴撤出导弹，这竟比加密途径更早知会肯尼迪本人。
根据双方协议，苏联同意撤出导弹过程需接受美国监视，古巴开放部分港口的领空，让美方侦察机低空近距离拍摄中导装船过程。肯尼迪利用这个机会，让公众媒体实况电视转播了这一过程。于是在接下来的几天中，两周来被核战阴影笼罩而迫切想知道苏联在古巴到底藏了多少货的美国民众兴奋地参与了对装船中导的计数，总共数到42枚据信是ss4中导。而自始至终除了发现有安装了ss5发射架的发射场，各方照片中没有完全确定有ss5的存在，因此对ss5是否运到古巴，或是否赫鲁晓夫一直将其藏匿，有不同见解。同时，由于美国撤出部署于意大利和土耳其的中导，将英国孤独地置于冷战最前线，而英国不愿意独自成为冷战急先锋，于是英国随后也废弃了雷神中导。
赫鲁晓夫的举动，使尚不知“阿纳德尔”行动计划和肯尼迪与赫鲁晓夫秘密协议的公众媒体兴奋了一阵，以为赫鲁晓夫剛被發現武裝介入，就在美方威脅入侵古巴计划面前退缩。而事实上肯尼迪是避开大多数执行委员会成员，独自决定秘密作出战略退让，使赫鲁晓夫早一步达成了预期的战略目的。
当然，彼时美国核弹头数量为苏联7倍，北约各国总和为苏联9倍，美国在载具上也对苏联有很大优势。美国在意大利和土耳其部署中程导弹是基于北约优势核武库背景对苏联的公开战略性核威慑，而赫鲁晓夫以仅及北约总合1/9的核力量瓦解了此威慑，令美國意识到冷戰背景下，已无法对苏联单方面威慑，而需尋求和平共處之道。雙方在局部衝突中也盡量進行代理人戰爭，避免直接與對方衝突。
潜伏苏军总参谋部的双重间谍奥列格·潘科夫斯基上校向CIA和MI6透露了“阿纳德尔”行动，对肯尼迪的决策起了决定作用，因他避免了一场世界性核大战，而“阿纳德尔”行动本身的高度機密性，其本人也因此曝光，于10月22日被克格勃逮捕，后被枪决。相对而言，B59大副瓦西里·阿爾希波夫是扑灭了走火的导火索，而教宗若望二十三世和天主教会则是协调了双方最高层的直接对话。
對美國總統而言，事情并未就此圆满谢幕，肯尼迪避开军方，派出自己的弟弟和手下私自与赫鲁晓夫达成协议的独裁举动引起军方不满（CIA有更大嫌疑）；美国先是鼓动古巴流亡者武装对抗卡斯特罗，在流亡军大量伤亡后，此时又保证不入侵古巴，從這件事中撤出，使古巴流亡政府认为受到美國出卖。这两者具有報復心態，在1年后即1963年约翰·肯尼迪遇刺事件中成为首要的怀疑目标。而6年后即1968年罗伯特·肯尼迪在刚刚赢得了加利福尼亚州和南达科他州初选后即遇刺身亡，陰謀論中也有认为与其在古巴危机中扮演的角色脱不了关系。
另一方面美苏的相互核威慑也未自此缓和，赫鲁晓夫深知蘇聯落後的情況，随后以“生产香肠”的方式造导弹，70年代後生產的核子彈頭數一度超越美國，将苏美核竞赛又推向新高，直至80年代双方都发现无法取得绝对优势而签订中导条约并开始核裁军。
古巴危机尤其强调了冷战中两个超级大国之间爆发核战争的危险。古巴危机后两国均开始考虑如何避免类似的危机，尤其是改革交流層面，因為沒有適當的外交機關溝通，必須大費周章藉由第三國的場地派遣使節團多次商談，很容易造成資訊上的不對等和混亂，而直接談判則是這次化解危機的關鍵，為免訊息拖延導致誤判局勢而導致核戰爭爆發，此後，在华盛顿和莫斯科之间建立了美蘇熱線，这样可以在紧急情况下立刻进行双边首脑谈判来避免危机升级。以色列与埃及、约旦和叙利亚之间的第三次中东战争爆发后不久，1967年6月5日美蘇兩國第一次使用熱線。后来，兩國在冷战中还数次使用過熱線。
危机中肯尼迪意识到虽然其作为总统有决定是否使用核武的权利，但核武的实际发射钮掌握在保养核武的技术军官手中。于是在危机结束后下令所有核武都需安装密码装置，密码由总统和军方高层保管，仅在下达发射命令的同时交由技术军官解锁。这就是今天核按钮的雏形。而在当时军方对此并非情愿，加之1963年肯尼迪即遇刺身亡，这一命令没有立即严格按其本意执行。军方一方面为所有核武器加装了密码锁，另一方面将密码设置为“00000000”即8个0，这样持续了近20年后，隨著密碼技術的發展，才形成今天严格管理核密码的局面。今日多數大國都已建立了一套規範看守核武庫，如何應用管理也在軍中成為了一門學問。