港鐵公司
香港鐵路有限公司（簡稱港鐵公司；；企業標誌為；，）於1975年9月26日創立，當時名為地下鐵路公司（），於2000年宣佈私有化，同年4月26日註冊成為有限公司，更名為地鐵有限公司（）。2007年兩鐵合併，同年12月2日起透過服務經營權營運九廣鐵路公司網絡及業務而改為現時名稱。
香港鐵路有限公司總部位於香港九龍灣偉業街33號德福廣場港鐵總部大樓及國際金融中心二期若干樓層（包括45樓董事局主席辦公室），主要業務是在香港經營壟斷型的綜合鐵路網絡——港鐵，當中包括由其建造及擁有的系統及服務經營權下的九廣鐵路公司系統。「地下鐵路公司」於1975年根據《地下鐵路公司條例》（《香港法例》第270章）成立，法定資本為20億港元，作為一家法定法團在香港建造及經營一個集體運輸鐵路系統，並由財政司法團以信託形式代表當時的香港政府全資擁有，而且採取審慎商業原則運作，配合本地的公共交通運輸需求。於1979年，地下鐵路首段落成啟用。政府在1981至1995年期間多次增加該公司的法定資本至327億港元使地下鐵路公司可應用資本以興建包括機場鐵路在內的鐵路。而其他行車綫相繼於1982年及1986年啟用。截至1997年3月31日止，經財務委員會批准，已向地下鐵路公司注資合共約321億港元。1998年，一條特別為香港國際機場而建造的鐵路機場快綫落成啟用。
1999年3月3日，財政司司長曾蔭權的財政預算案演詞中宣布，香港特區政府建議將地下鐵路公司私有化：財政司司長法團代表政府在2000年6月公開招股，出售地下鐵路公司23%的股份；地下鐵路公司成為「地鐵有限公司」，並於2000年10月5日在香港聯合交易所上市。2000年11月1日，財政司司長法團（政府）根據授予最初股份發售包銷商的超額配股權，完成出售額外1.5億股地鐵公司股份；政府現持有4,434,552,207股股份、佔全部已發行股本約75.09%，政府雖然仍為大股東，但該次公開招股向香港市民等投資者出售了近10億股份，地鐵公司成為香港上市公司中股票持有人最多的公司。政府承諾會由上市日起計最少20年內維持為地鐵有限公司的主要股東，並繼續在法律及實益上持有不少於地鐵有限公司普通股本的50%及持有不少於地鐵有限公司股東大會上投票權的50%。上市後，地鐵公司的盈餘持續增長。
港鐵公司成立初期已經與地產發展商合作，在車站與車廠上蓋及周邊從事住宅及商業物業發展及銷售；而且擁有一個投資物業組合作長期投資，並提供物業管理服務。其發展的沿綫物業及物業管理業務於2000年代持續發展。較知名的香港物業業務包括：君臨天下、凱旋門、日出康城等住宅項目，及圓方、國際金融中心一、二期／國際金融中心商場、環球貿易廣場（已連同管理權售予合作發展商新鴻基地產）等商業項目。截至2011年12月31日，港鐵公司管理住宅單位數目86,162個單位和管理商用及寫字樓面積744,725平方米。2007年，地鐵公司錄得151億港元盈利，比1997年的2.78億港元為高。
隨著業務持續發展，港鐵公司亦從有關鐵路的其他業務中賺取收入，包括經營廣告服務、車站小商店租賃及提供電訊服務；而且亦積極在香港以外跟其他機構合作，提供鐵路顧問服務，興建及營運倫敦地上鐵、深圳地鐵、北京地鐵等城市的鐵路系統。近年，港鐵更成為「國際都市鐵路聯會（CoMET）」的創會會員之一，及成為「國際公共交通聯合會（UITP）」的會員之一。2008年8月，港鐵公司成為唯一提供「北京奧運馬術比賽鐵路運輸服務」的交通運輸機構。在電子票務方面，港鐵公司成立了附屬公司「八達通卡有限公司」從事智能卡系統的營運，港鐵及其他主要交通營運商均利用八達通系統收取大部份車費，八達通卡公司更將其業務拓展至非運輸行業。
港鐵公司不但在公共交通系統企業中以擁有龐大盈利而聞名於世，在2008年度，其經營利潤增長57.7%至93.25億港元，是歷年最多。翌年，港鐵更在《福布斯》全球上市公司2000強（Forbes Global 2000）排行榜中再次進入全球850強，較2008年前進91席，名列第721位，在多家上榜的香港企業中，排名第13，位列運輸企業第2名；而且在英國《金融時報》公佈的2009年全球市值500強企業排行榜（FT Global 500），港鐵公司在全球企業排名中佔第367位，在全球旅遊休閒行業排名第4。同時，港鐵公司在香港交易所中的總市值超過1,500億港元，成為總市值最大的基建類公司。目前為止，港鐵公司一直維持超過50%之一的營運盈餘，得以收回投資資本，令其成為全球少數能在營運公共交通系統中有盈利的公司，而且是世界唯一不再需要依賴政府補貼（如鐵路上蓋物業等）營運的城市軌道交通系統運營商。2008年，港鐵在香港的專利公共交通工具市場佔有率為42.7%。2013年，港鐵在香港的專利公共交通工具市場佔有率為46.9%。 2007年12月2日，九廣鐵路公司（由香港特區政府全資擁有）所經營的網路「合併」由地鐵有限公司營運。地鐵有限公司的中文名稱改為「香港鐵路有限公司」（港鐵公司）。這也標誌著香港鐵路發展的一個新里程。
港鐵公司目前在香港經營主要以鐵路為基礎的運輸系統──綜合港鐵系統，包括由九條本地城市軌道路綫組成的港鐵系統及過境服務、高速的機場快綫和輕鐵系統。整個系統總長約230.9公里，有93個車站和68個輕鐵站。綜合港鐵系統是全球最繁忙的鐵路系統之一。港鐵公司亦提供前往中國大陸（北京、上海和廣東省）的城際客運服務，以及為乘客提供本地接駁巴士服務。
港鐵系統於香港運作，由觀塘綫、荃灣綫、港島綫、東涌綫、將軍澳綫、東鐵綫、屯馬綫、迪士尼綫及南港島綫共9條港鐵路綫組成，總長度超過285.0公里，共有97個車站，當中有4個車站和輕鐵系統連接、1個車站和纜車系統連接、3個車站和機場鐵路系統連接。
港鐵在大部份日子提供每日約19小時的服務，其中東鐵綫及屯馬綫為19.5小時，大約由香港時間上午5時28分至翌日凌晨1時30分（若適逢大節日，則會通宵服務）。於早上繁忙時間，港島綫的列車班次最短可達120秒一班，載客量最多的港鐵伊藤忠近畿川崎列車，每小時載客量可達120,000人次。港鐵列車數目由地下鐵路公司成立時的140卡車廂，增加至1863卡。
輕鐵系統（亦稱為西北鐵路）於1988年9月投入運作，長36.2公里，雙軌行車，設有68個車站，當中有4個車站可轉乘屯馬綫。輕鐵系統於新界西北部的屯門、元朗及天水圍等地區運行。輕鐵是一個地區集體運輸系統，其使用的車輛與在公共道路上的路軌行走的電車相若。輕鐵是新界西北的綜合運輸系統的一部分，為屯馬綫提供接駁服務。港鐵公司現時共有140部輕鐵車輛，每部可載客200餘人。近年，輕鐵的行車正點率及票務設施正常操作率均有99%以上。
輕鐵於2011年底錄得每日平均45萬人次的乘客量，是全球最繁忙的輕鐵系統之一。
機場快綫連接中西區中環的香港站，與離島區赤鱲角亞洲國際博覽館的博覽館站之間，屬於機場聯絡軌道系統。此綫連接了赤鱲角香港國際機場，以特快形式運行，故得此名。
港鐵公司負責以東鐵綫營運羅湖及落馬洲至紅磡的香港及過境客運服務。同時，港鐵公司亦以雙層「Ktt」列車（「廣九直通車」）營運往返中國廣州的城際客運服務，讓中國鐵路公司營運來往香港和內地六個城市之間的直通車，這些城市分別為東莞、廣州、佛山、肇慶、北京及上海。
港鐵公司以動感號列車營運由香港西九龍站至廣州南站沿途各站之間的城際高速鐵路，讓中國鐵路公司營運由香港西九龍站至內地58個車站的高速鐵路。
港鐵公司營運香港唯一連接中國大陸鐵路網絡的鐵路。為充分開拓中國內地「港澳個人遊」這個市場的龐大潛力，港鐵公司與商業夥伴合作，為乘搭廣九直通車來港的內地旅客提供特別優惠。與其他商業夥伴合辦的推廣計劃，還包括酒店套票、娛樂及旅遊景點優惠、零售商戶折扣優惠等。由於羅湖為接近中港邊境的禁區，而港鐵公司擁有香港境內的獨家進入權，因此於過去，港鐵公司一直受惠於跨境交通量的增長。
港鐵公司營辦巴士營運業務以為輕鐵系統、東鐵綫及機場快綫提供有效率的接駁巴士服務。
不計九巴經營的東鐵綫接駁巴士服務，港鐵公司共經營14條接駁巴士路綫。
港鐵公司無權就新界西北的鐵路服務範圍以外的接駁巴士服務收取車費。因此，港鐵公司與九龍巴士公司訂立商業協議，經營前往大埔的東鐵綫(接駁巴士路綫（K12、K14、K17及K18）。港鐵公司一方面可從使用巴士服務但並無轉乘東鐵綫的乘客身上獲得收入，另一方面亦可透過九巴等專營巴士經營商所享有的燃油稅優惠來降低成本。
港鐵公司的免費機場快綫穿梭巴士主要服務乘搭機場快綫乘客及機場快綫香港站及九龍站附近主要酒店及交通交匯點。穿梭巴士開辦共9條路綫。其中4條（H1，H2，H3，H4）往來香港站，5條（K1，K2，K3，K4，K5）往來九龍站。唯所有路線因2019冠状病毒病疫情的原因，已於2020年6月起停辦。
每年平均每日巴士乘客量超過82,400人次，此數字不包括九巴經營的4條接駁東鐵綫的路綫。
修正早期系統觀塘綫於1979年正式投入服務，市區鐵路網絡隨即迅速發展。一年後，首條連接香港的港島及九龍的鐵路綫亦投入服務，為香港當時的交通服務帶來重大的改變。荃灣支綫和港島綫相繼於1982年和1985年落成。1989年，東區海底隧道竣工，觀塘綫伸延至香港島，成為第二條過海鐵路。機場快綫及東涌綫的機場鐵路於1998年開始營運，連接香港市區與赤臘角新機場及東涌新市鎮。將軍澳綫於2002年通車，並於2009年延伸至日出康城。2009年，九龍南綫竣工，西鐵綫伸延至尖沙咀，紅磡站成為東鐵綫和西鐵綫的終點站。近年，在香港的5個新鐵路項目正處於不同的規劃和建造階段，而落成後將使港鐵公司的網絡增加約60公里。
香港特區政府於2008年3月批准港鐵公司就沙田至中環綫項目展開規劃和設計。東鐵綫擴建部份預計於2022年完工，並將成為香港第四條過海鐵路，使東鐵綫由紅磡伸延至港島。整條沙中綫全長17公里，將會興建9個車站。初步設計已於2008年9月展開，於2009年底根據《鐵路條例 》刊憲。2012年中動工。沙田至中環綫將採用兩鐵合併所用的服務經營權模式。在這個基礎上，香港立法會財務委員會於2008年5月通過撥款24億港元，以投入沙田至中環綫的設計和地盤勘測工程。於2008年11月24日，港鐵公司與香港特區政府簽訂委託協議，據此，政府委託港鐵公司就沙中綫展開設計工作，費用由政府承擔。政府將於適當時候安排該這條鐵路綫進一步的工程撥款。
另外，港鐵公司未來將會發展其他新支綫，以便應付香港長遠的發展，當中包括南港島綫（西段）、北環綫及北港島綫等。港鐵公司亦有意參與探討港深機場聯絡綫（香港段）及啟德環保運輸系統項目的興建及營運。
現時，港鐵公司除營運鐵路外，亦從事多元業務，透過利用其鐵路資產及專業技術拓展至其他業務領域（包括出租列車與車站廣告媒體、車站內的零售商舖），並透過在港鐵公司鐵路範圍內可使用個人電訊網絡服務設施獲得收入。港鐵公司還有鐵路相關顧問服務，集團亦不時從其他乘客服務獲取收益，例如出售港鐵紀念車票。
港鐵公司的廣告媒體業務已成立超過25年，為集團帶來非車費收入。
港鐵透過利用設於車站大堂及軌道旁的等離子電視屏幕、車站柱位和牆身作廣告用途、於列車及車站內分別安裝「港鐵資趣台」電子廣告板或提供「新聞直線」多媒體廣播服務及乘客資訊顯示系統、港鐵立體展覽車、即時資訊投影區及環迴電視屏幕，以及引入免費報章。
港鐵公司更推出多個嶄新的廣告形式（包括於2008年5月在銅鑼灣站低層通道設立經翻新的「廣告廊」），而且車站還設有「互動電子廣告屏幕」、「消費地圖王」及「十二封轉動燈箱」作產品展示或宣傳海報用途，以及為車站採用分區設計以增加收入及廣告效力。截至2020年12月31日整個港鐵設有總數49519個廣告板。
現時港鐵車站廣告及活動推廣由德高貝登（JCDecaux）（代理所有前地鐵路綫及南港島綫）及雅仕維（Asiaray）（代理東鐵綫、屯馬綫及輕鐵）兩間公司代理。
港鐵公司與香港流動電話網絡營運商（例如：和記電訊、CSL等）訂立協議，於鐵路範圍內提供流動通訊覆蓋，為集團帶來持續的收益。
乘客可透過其流動電話進行電話通訊、上網及使用其他數據服務。合併前的地鐵公司鐵路範圍內每日約有90萬個電話撥出，每日的總通話時間約為1,900,000分鐘。除語音通話外，數據服務的使用率亦不斷增加，例如短訊服務。
港鐵公司於2002年成立全資附屬公司TraxComm Limited，TraxComm並於2003年6月2日獲電訊管理局發出固網電訊牌照，以在集團現有的2100公里光纖基礎設施上發展批發固網電訊業務。於2003年，TraxComm興建並開始營運經加強的網絡，有關網絡與現有的光纖網絡同時運作，令整體網絡速度提升至100千兆（Gbps）。
儘管其經營歷史較短，但TraxComm已向若干客戶出售了逾180千兆（Gbps）的頻寬服務。這些年來，TraxComm不斷將其光纖基礎設施擴展至多個數據中心及商業樓宇。於2007年，TraxComm已經在某些港鐵站引入Wi-Fi無綫上網。
於2009年，TraxComm夥拍和記電訊於將軍澳86區完成了首項建築物內部鋪綫服務合作項目，優化住宅用戶電訊服務上的選擇權；並計劃將此服務推廣致車公廟、黃竹坑及青衣商場等港鐵物業。
港鐵站內共設有1529間不同類別的零售店舖提供多種貨品及服務，飲食、健康及美容、餅店、便利店、時裝、化妝品、飾物及精品店、涼茶及健康飲品、糖果、日用品、乾洗服務、補鞋店、書店、診所、旅行社以及銀行及理財服務等均一應俱全。多款自助服務設施現已遍佈鐵路沿綫車站，包括自動櫃員機、自助照相亭、其他自助售賣機及各種電子服務等。往返中國大陸時，可順道前往位於紅磡站及羅湖站的免稅品商店享受免稅購物。新免稅品商店設於新落成的落馬洲站，亦已提供服務。
港鐵公司亦提供車站展覽場地，現時市區綫及機場快綫車站，共有51個展覽場地，加上在東鐵綫車站的14個展覽場地，為各參展商提供大小不同的場地，作為展出商品及推廣服務。
港鐵集團於2001年開始推行大型翻新計劃，到2007年為止，已於40車站進行翻新。現正計劃在更多車站進行商舖翻新工程。於2020年12月31日，零售設施總面積為為67746平方米，車站商店數目為1529間
現時在港鐵網絡內，各綫車站商舖是一體化管理的，都是由港鐵公司直接租賃車站商舖予各商戶。
港鐵公司近年不斷集中於中國大陸或歐洲主要城市的鐵路相關項目提供全方位顧問服務，為未來投資創造條件。
現時，港鐵公司的主要服務對象為全球各政府、鐵路營運商、鐵路策劃師、設備生產商、承包商和其他顧問。
截至2008年底，港鐵公司為中國、亞洲、澳洲、中東以及歐洲的鐵路項目提供鐵路定綫和訊號系統等的顧問服務。港鐵公司還提供其他顧問服務，範圍包括鐵路策劃、施工項目管理、建造、營運、維修、資產更新、物業發展和其他非車費收入的顧問服務。當中包括上海地鐵九號綫（申松綫）、台灣高鐵及高雄捷運等。至2010年，港鐵已經為24個國家提供鐵路服務顧問。
另外，香港國際機場旅客捷運系統的維修合約是港鐵公司為期最長的顧問服務，為港鐵公司帶來每年約2億港元的收入。
港鐵公司與不同地產發展商合作，進行以住宅為主的物業發展。港鐵公司擁有的投資物業主要為商場及寫字樓，並管理旗下物業及其他業主的物業（除前九鐵銀禧花園及文禮閣以實益擁有權出讓方式發展，其餘均以發展權出讓方式發展）。港鐵公司的投資物業組合包括12個商場及國際金融中心二期18層寫字樓。
物業發展是港鐵公司業務的重要組成部分，並提供一個重要的收入來源，為鐵路項目的興建成本提供資金，同時亦因在物業發展項目附近產生的載客範圍而有助增加日後的鐵路路綫提供大量的乘客量。
在興建鐵路的同時，港鐵公司根據與多家物業發展商訂立協議，參與發展港鐵站及車廠上蓋及附近的住宅及商用為主的物業。港鐵公司從這些發展項目所得的利潤補充相關鐵路收益，從而提高興建新鐵路綫的投資回報率。
香港特區政府根據按十足市值評估的地價（並無考慮被估價的土地位於鐵路沿綫上）授予港鐵公司用作發展物業的土地的發展權。港鐵公司在物業發展方面的做法是安排第三方發展商根據港鐵公司的要求進行實際發展工程。一般而言，發展商負責支付所有發展成本（包括政府地價、建造及準備工程成本、市場推廣及銷售開支、專業費用、財務費用及其他開支），並須承擔一切發展風險。港鐵公司透過與發展商按協定比例攤分銷售或租賃物業的利潤（經扣除發展成本）、攤分實物資產或透過發展商支付的預付款項從物業發展中獲得利益。
公司近5年來自物業發展利潤收益累積達171億元，佔每年經營利潤普遍達2至3成，顯示物業發展已經成為港鐵公司主要收入來源之一。
港鐵沿線上蓋物業項目招標，有別於政府勾地和推地形式。當港鐵決定推出旗下項目，會公開邀請財團交意向書，及後港鐵會向有意參加的發展商，發出招標文件，包括上蓋物業建築物位置、佈局、規劃資料、初步補地價和詳細發展限制等條款。由於招標文件不公開，因此吸引不少發展商蜂擁提交意向書，是為取得文件了解內容。當發展商收到招標文件所提供入場費和補地價等資料，發展商提出的分紅等條件，成為中標的關鍵，若沒有標書合乎港鐵心目中條件，則會流標。
港鐵一直將公眾可關注的城市規劃視為智識產權及商業利益一部份。物業發展所公開的資料只有一堆數字。上蓋物業建築物位置、佈局同規劃資料等資料，公眾無法得悉。以日出康城第4期發展為例，雖然市民可以由「總綱發展藍圖」查得其具體發展計劃，唯港鐵可隨意更改發展規模及位置，與過去市場傳言的位置並不相同，早前市場一直認為第4期鄰近日出康城3期緻藍天，又或位於日後商場部分的上蓋，但實際位置其實在日出康城第2期領都旁邊，毗鄰日後擬建的中小學，位置屬臨海地段。有媒體問到第4期的具體位置及發展詳情，港鐵發言人只表示要等待發展商在數年後項目推出時再交代。有居民批評港鐵的規劃改動重大，完全沒有經過任何公眾諮詢，不符合公眾的合理期望。
不過近年亦有民間批評指港鐵發展的物業設計完全以豪宅定位，並採用巨型平台及屏風樓設計。基座均設豪華大型會所、園藝平台及巨型入口大堂，使項目發水比例較一般住宅樓宇為高。地區人士批評港鐵發展的物業形成屏風樓效應、只為物業住客締造優質生活居所及環境，而且物業發展設計是「為錢而非為人」，大部份綠化、康樂設施及休憩空間只限住客享用，公眾只可享用商場及面積細小的地面廣場，比東京、新加坡及上海等地落後得多，公眾並沒有因新物業發展而得到改善。但政府最終沒有理會區議會以至地區人士反對聲音，如期讓港鐵為物業發展項目進行招標工作。而本地主流傳媒亦對民間反對港鐵發展的物業聲音並不重視，難以讓公眾關注。
即使港鐵在2012年6月表示新發展的住宅物業會依據「可持續建築設計指引」實施項目，必須達到香港綠色建築議會制定的綠色建築指標，並且取得綠建環評金級認證（BEAM Plus Gold Certification）。不過由於寬免面積不納入發水上限一成內，因此將來發展的住宅物業只需縮減露台、會所及大堂設施面積即可達標，對於高度及體積，影響不大。
本身管理多個大型屋苑的港鐵，在項目入伙後，會將保安及會所服務外判管理，並壓低做價從中抽取行政費用，不斷增加開支以賺取佣金。又指名工程商搵錢，使業主白交管理費而得不到應有的服務，港鐵便坐享其成。如有住客投訴，港鐵壓抑保安公司扣錢，並無正視問題，縱容無理租客生事及怒罵員工。有住客批評物業管理費昂貴以及管理不善的情況，被迫加管理費和動用屋苑儲備。港鐵將軍澳站上蓋天晉屋苑管理費每平方呎建築面積為2.75元，較將軍澳區其他屋苑昂貴。
近年有業主透露因來年開支增加，要增管理費9%至18%不等。葵芳新葵芳花園業主質疑，港鐵管理樓宇時涉不必要開支，例如每年更換垃圾桶、更換防煙門。另外會聘請額外員工增加支出。由於經理人酬金與屋苑管理支出掛鈎，結果港鐵所享酬金亦水漲船高，屋苑儲備至年底只剩84萬。
東鐵線自100年以來均以路面行駛，隨人口上升，越來越多居民住在鐵路旁邊。但因為嘈音問題而向港鐵及環保署投訴，以東鐵線為最嚴重。東鐵線一共有4個限速段，包括大埔康樂園到太和（110公里限制至60公里車速）、大圍到顯徑（90公里限制至70公里車速）、九龍塘到旺角東段（南行：70公里限制至50公里車速；北行：70公里限制至40公里車速）以及旺角東到紅磡段（80公里限制至40公里車速）。每晚11點過後由九龍塘到紅磡段全線限速30公里。港鐵被批評過度軟弱，縱容居民到鐵路作隨便限制，令悉乘客乘車時間拉長5-10分鐘，同時減少載客達7,500人。
2013年起，港鐵亦為了維持高收益，以高價拆售港鐵沿綫車位，包括沙田溱岸8號、奧運站柏景灣及帝柏海灣的全數車位，其中溱岸8號車位最高造價更達188萬元，創新界車位售價新高；7月中更有車位以月租4,500元租出，創新界最高車位租金，結果使區內停車場車位亦被炒賣，居民泊車成問題。
現時，港鐵公司擁有主要為商場及寫字樓的投資物業組合不斷增加。該等投資物業帶來經常性收益及加強集團的資產基礎。截至2020年12月31日合計，港鐵公司於整個投資物業組合中的應佔份額包括可出租面積達257692平方米的零售物業、可出租面積達39410平方米的寫字樓及可出租面積達18905平方米的其他用途物業。港鐵公司的投資物業組合當中包括13個商場及國際金融中心二期18層寫字樓等。港鐵公司還提供港鐵物業管理、代理、港鐵八達通管制系統及樓宇環境衛生等服務。於2020年12月底，港鐵公司於香港擁有多個物業管理合約，合共管理逾111000個住宅單位以及逾772000平方米的寫字樓及零售空間。
於2000年，港鐵公司建立了一個新的服務品牌Premier Management Services，以管理選定的高檔物業，包括國際金融中心二期、九龍站上蓋豪宅(包括凱旋門、天璽、君臨天下等)
2020年香港物業管理收入上元，較2019年減少22.0%至2.37億港元
港鐵公司現正於中國內地發展物業顧問及管理業務，現有7份物業管理合約，並就此訂立了新合約，為中國國內不同地區的高檔物業發展項目提供管理及顧問服務。於2006年，SOHO中國有限公司訂立了委託港鐵公司管理豪華寫字樓／商業發展項目的3份新的物業管理合約，有關物業均位於北京的中心商業區，包括SOHO尚都、建外SOHO第七期及朝外SOHO。於2007年上半年已就北京2個辦公室及商業發展項目簽署一份諒解備忘錄，一個位於光華路，另一個位於西單。港鐵公司亦就北京銀座Mall的經營及物業管理訂立了長期的租約，銀座Mall為一可租用面積達19,295平方米的購物中心，已於2007年1月啟用。2011年8月19日港鐵首次奪得中國鐵路上蓋物業、以底價19.77億元（人民幣．下同），平均每平方米樓面地價9590元，投得的深圳龍華綫車廠一期，為深圳地鐵龍華車輛段上蓋港鐵．天頌，總樓面面積約221.9萬平方呎，其中住宅佔206.3萬平方呎，涉及1,700伙，在2015年4月開售，預計在2016年落成，地價約19.77億元人民幣。
至於與天津市地下鐵道集團合資發展的天津地鐵6號綫北運河站項目，亦會作綜合商住發展，涉及總樓面近300萬平方呎，較龍華綫車廠1期規模更大。
港鐵副行政總裁梁國權接受訪問就曾指出，計劃以香港的鐵路加物業模式進軍內地，除了北京、深圳及杭州之外，亦會在其他一綫城市物色拓展機會，將海外淨資產比例由現時的10%提升至15%。
高端商場：
地區商場：
普通商場：
內地商場：
由港鐵公司擁有的東涌纜車項目名為「昂坪360」，是香港一條連接大嶼山東涌及昂坪的纜車（吊車）路綫，系統並由附屬於港鐵公司的昂坪360有限公司管理及營運。「昂坪360」於2006年9月18日啟用。
於2008年全年昂坪360纜車及昂坪市集，為港鐵公司帶來1.56億港元的收入，旅客人數逾160萬人次。港鐵公司還推出私人包廂服務，並與圓方、青衣城及港鐵友禮會聯合推出推廣活動以吸引旅客。
港鐵公司於1997年推出八達通卡。自此，免觸碰的八達通卡在香港大行其道，截至2020年12月31日，在香港採用八達通的商戶逾31000家。八達通卡及其他儲值八達通產品的流通量達3410萬張，而每日平均交易量及交易金額分別為1160萬宗及1.937億港元。。八達通卡不僅獲各類公共交通工具廣泛接受，同時亦獲若干大型連鎖便利店及超級市場以及快餐店廣泛接受，而且透過便攜式八達通處理器，將業務擴展至中小型零售市場，吸納更多零售商戶採用八達通。
八達通卡由八達通卡有限公司擁有，八達通卡有限公司為港鐵公司的非受控制、間接附屬公司，而港鐵公司為該公司的最大股東。港鐵公司目前擁有八達通控股有限公司57.4%的已發行股本，而八達通控股有限公司則擁有八達通卡有限公司全部已發行股本，八達通控股有限公司餘下42.6%已發行股本由九廣鐵路公司22.1%、九龍公共巴士控股有限公司12.4%、城巴有限公司及新世界第一巴士服務有限公司擁有。儘管港鐵公司持有八達通控股有限公司57.4%已發行股份，但本公司於八達通控股有限公司董事局會議的投票權以49%為限，而概無八達通控股有限公司的股東可能夠單方面控制八達通控股有限公司的董事局。而於兩鐵合併後，港鐵公司和九廣鐵路公司持有的股份則維持不變。
八達通卡有限公司在香港以外，亦贏得多項合約以擴大其海外業務，包括在荷蘭和中國長沙。
拓展香港以外的市場是港鐵公司發展策略的一部分。而為中國及國際市場引進鐵路發展和物業管理專業知識，亦是港鐵公司持續增長策略的核心元素。港鐵公司繼續投資中國大陸的城市鐵路網絡，以及在歐洲私有化或對外開放的市場中，尋求毋需投放大量資金的鐵路營運專營權，以實現公司的海外拓展策略，港鐵公司在4個國家，營運鐵路綫總長度2,183公里，2020年鐵路業務總載客量13.8億人次 中國大陸為港鐵公司業務發展策略的重點，主要集中在城市鐵路的開發及投資，並為中國大陸提供鐵路營運、物業管理及顧問服務。目前，北京港鐵四號綫,十四號綫項目進展暢順，港鐵公司亦為深圳市軌道交通四號綫項目獲得審批作好準備，並繼續在杭州、蘇州、天津及武漢等主要城市以及北京及深圳尋找更多類似投資項目機會。
早於2002年，港鐵公司在上海建立了名為「上海港鐵建設管理有限公司」的合資企業，負責上海鐵路建設的項目管理。該公司為上海地鐵九號綫第一期的項目管理及業主代表，負責九號綫的設計及施工，並為八號綫及十一號綫作設計諮詢。九號綫第一期由松江新城站至桂林路站已於2007年12月底通車，而桂林路站至宜山路站的一段已經於2008年底完成。
港鐵公司與其公私合營夥伴合組的公司，在2006年4月12日與北京市政府簽署了北京地鐵4號線項目的《特許經營協議》，項目總投資金額約153億元人民幣，是集團海外業務發展上的重要里程碑。北京地鐵四號綫不但是京港合作其中一個最大的投資項目，也是港鐵公司在中國國內首個以公私合營模式合作投資、開通和運營的鐵路項目。
約46億元人民幣或成本總額的30%由港鐵公司、北京市基礎設施投資有限公司及北京首都創業集團有限公司聯合組成的公私合營公司北京京港地鐵有限公司承擔，三方在合營公司中分別擁有49%、2%及49%的權益。其餘建設成本由北京市政府提供。合營公司將負責北京四號綫的機電鐵路系統及列車，並獲得特許經營權經營該鐵路30年。北京京港地鐵有限公司亦於2008年11月27日與北京市政府全資擁有的北京軌道交通大興綫投資有限責任公司，就全長22公里的北京地鐵大興綫的營運及維修項目簽署了諒解備忘錄。由於大興綫為四號綫的伸延，合營公司於大興綫落成後可營運大興綫直至特許經營完結。北京四號綫全長29公里，共24個站，南起豐台區南四環路的公益西橋站，北至海澱區的安河橋北站，是北京南北交通的主要鐵路幹道。建造工程已於2009年9月落成；而大興綫則為2010年落成。於2009年9月28日正式通車，及成為首個香港公司營運的中國鐵路。
港鐵公司在2005年5月跟中國深圳市政府簽署了深圳市軌道交通龍華綫二期的興建及全綫30年的特許經營協議，採用一種建基於「鐵路和物業」模式（即由港鐵公司負責龍華綫沿綫的物業發展項目）的融資安排，全資以建設、營運、轉移模式興建及營運，並成立了全資擁有的子公司「港鐵軌道交通（深圳）有限公司（簡稱為港鐵（深圳）公司）」管理整個總投資58億元人民幣的項目。
於2009年3月，深圳龍華綫整個項目已獲國家發展和改革委員會批准，相關公用設施遷移及收地工作已經開始，前期準備工作已接近完成，主要土木工程可隨即展開。於2009年3月18日，港鐵（深圳）公司與深圳市政府就龍華綫項目正式簽署了《特許經營協議》。根據是項《特許經營協議》，港鐵公司負責投資及建設龍華綫二期，並需負責龍華綫所有運營、維修及資產管理等方面的開支，而深圳市政府會提供適當財務支持，並營運全綫30年。港鐵公司將同時著手安排接管龍華綫一期的有關工作。於2009年6月9日，國家工商總局授權深圳市工商局正式簽發了企業法人營運執照給港鐵（深圳）公司，標誌龍華綫全綫逐漸轉入運營階段。在龍華綫全綫通車前約12個月，港鐵（深圳）公司會著手營運龍華綫一期，為全綫通車做好準備工作。港鐵（深圳）公司於2010年7月1日接管龍華綫。整條龍華綫工程已於2011年6月16日，深圳舉辦第二十六屆世界大學生運動會前竣工通車。
深圳地鐵4號綫全長31.3公里，共23個站，從福田口岸作起點直達龍華新區。龍華新區是中國高速鐵路深圳北站的所在。龍華綫連接港鐵落馬洲站，將深港兩地的鐵路服務緊密連接起來。龍華綫一期從福田口岸站至少年宮站，一期長4.6公里，於2004年12月28日通車，二期長16公里，設有10個車站，連接少年宮站至清湖站，於2011年6月16日開通。三期長10.7公里，設有8個車站，連接清湖站至牛湖站，於2020年10月28日開通。 2020年7月23日，港鐵（深圳）與中鐵電氣化局合營公司投得深圳地鐵13號線建設及經營權。
港鐵公司於2008年5月向杭州市改革及發展委員會提交杭州地鐵一號綫的提資建議書，於2008年7月獲選為項目的「優先談判對象」後，並於2009年1月16日與杭州市政府及杭州市地鐵集團有限責任公司簽定原則性協議，就杭州一號綫項目以公私合營模式投資、建設及為期25年的營運。該項目的總投資金額達220億元人民幣。杭州一號綫已於2012年通車。港鐵公司同時與杭州市政府簽訂策略性協議，探討杭州地鐵沿綫的物業發展機會。
港铁公司于2017年6月26日与杭州市人民政府签订杭州地铁5号线PPP项目特许协议。根据协议，杭港地铁将负责5号线的机电设备工程部分的投资以及线路落成通车后25年的营运管理和维护。
港鐵公司再於2008年11月跟瀋陽市政府及瀋陽地鐵集團有限公司簽訂協議，成立特許經營公司營運全長50公里的沈阳地铁一號綫及二號綫。並和沈阳市政府成立聯合合作小組，研究瀋陽地鐵第四、九、十號綫，及一、二號綫延綫的發展。瀋陽一、二號綫分別將於2010及2012年投入服務。此外，港鐵公司簽訂了另一份協議，就瀋陽一、二號綫的沿綫物業發展機會展開規劃和探討。
於2009年5月18日，港鐵公司與瀋陽市政府及瀋陽地鐵集團有限公司就瀋陽地鐵一、二號綫的營運及維修項目，簽訂《瀋陽市地鐵一、二號綫特許運營承包協議》。根據協議，港鐵公司與瀋陽市政府全資擁有的瀋陽地鐵集團有限公司將成立特許經營公司，雙方分別持有49%及51%的權益。特許經營公司負責就瀋陽地鐵一、二號綫進行為期30年特許經營的營運及維修，包括運營前準備工作、列車及車站運作及維修等，並收取特許經營費用。瀋陽地鐵一、二號綫整項工程耗資約200億元人民幣。此外，瀋陽市政府亦與港鐵公司簽署另一份有關探討瀋陽市地鐵沿線及站點周邊房地產的合作開發協議，當中包括位處「金廊」的物業發展項目。與此同時，瀋陽市政府與港鐵公司已成立聯合工作小組，現正探討未來瀋陽地鐵四號綫及二號綫北延的發展。
港鐵於2010年的年報表示，由於瀋陽地鐵項目出現不確定性，無法履行合約，故已經從瀋陽撤離並註銷所有於瀋陽項目相關開支。
2018年4月11日，港鐵公司全資附屬公司港鐵 (澳門)獲委託承擔澳門輕軌氹仔線通車前的預備工作、首5年的營運以及基礎支持維修保養的服務，合約總值57.1億港元。
港鐵公司秉持以低投資額的業務發展策略，在歐洲私有化的市場上爭取資金需求較低的鐵路及地鐵運營專營權合約。
在2007年1月，港鐵公司與Laing Rail聯合競投倫敦鐵路營運權，成為兩個進入最後遴選程序的投標人之一，並於2007年3月提交了最佳及最後報價。在2007年6月19日，倫敦交通局向港鐵公司與Laing Rail的合營公司──倫敦地上鐵鐵路營運有限公司（London Overground Rail Operations Ltd）授予倫敦鐵路營運權（後來改名為倫敦地上鐵）英文(Overground)，並於2007年11月11日成功地接管該營運權。倫敦地上鐵是倫敦一個重要的鐵路網絡，服務倫敦西部、北部及東部，並是2012年奧運會舉行期間的重要運輸系統。根據這項營運權，LOROL將會在大倫敦地區經營列車服務，為期七年，並可由倫敦交通局酌情延長兩年。2016年11月，營運權到期，倫敦地上鐵並交給 Arriva UK 營運。
2014年7月18日，港鐵公司贏得倫敦橫貫鐵路(伊利沙伯線）英文（Elizabeth Line)（2015年至通車前以臨時品牌「倫敦交通局鐵路」營運舊有接替路線，2022年新建隧道和車站投入服務起全線改名為「伊利莎伯綫」）的營運權，為期8年及可選擇延長多兩年。
2017年3月27日，英國運輸部公布，港鐵公司與第一集團（，）聯營First MTR South Western Trains Limited 獲英國西南鐵路專營權，新專營權於2017年8月20日生效，為期7年。其後英國運輸部可行使選擇權，延長專營權11個月，First Group及港鐵各佔該公司70%及30%股權
港鐵公司於2008年8月入標競投瑞典首都斯德哥爾摩地鐵的專營權，並於2009年1月21日，港鐵公司獲批這個全長108公里、共100個車站的鐵路系統為期八年的專營權，並成立子公司MTR Stockholm AB（MTRS）。港鐵公司於2009年11月2日開始營運及維修該鐵路。
在這項目，港鐵公司夥拍來自挪威的Mantena公司負責列車維修。
港鐵公司也營運由斯德哥爾摩至哥特堡的城際客運鐵路「MTR express」，使用X74型動車組運行。
港鐵公司於2009年2月入標競投愛爾蘭首都都柏林地鐵北綫（Dublin Metro North）的營運專營權。
港鐵公司在澳洲的市場上亦爭取到鐵路運營專營權合約。
港鐵公司於2009年4月入標競投澳洲墨爾本地鐵的專營權。港鐵公司與澳洲當地兩間公司（John Holland Pty Ltd及United Group Rail Services Ltd）組成合營公司Metro Trains Melbourne（MTM），當中港鐵公司擁有6成股權，而合營公司在2009年4月7日把完成好的標書遞交給澳洲維多利亞州政府的交通部，於2009年6月25日獲批這個專營權合約，並於2009年9月1日與維州政府正式簽署專營權協議。合營公司於2009年11月30日接管墨爾本鐵路的營運及維修工作，首期為期八年，並將該鐵路系統命名為「Metro」。
在專營權期內，MTM會提升鐵路的可靠性及安全性以及擴大網絡的容量。MTM會增聘人手在網絡為乘客提供服務。
墨爾本鐵路網絡共有15條鐵路綫，全長372公里，每星期有340萬人次使用；為全球最為龐大的城市軌道交通系統之一。
港鐵公司(60%)與John Holland(20%)與UGL Rail(20%)(與墨爾本地鐵專營權相同)組成合營公司 Metro Trains Sydney，於2019年營運新開通的悉尼西北鐵路綫(Sydney Metro North West)，是澳洲首個全自動高速鐵路系統。因為悉尼西北鐵路綫與悉尼市區與西南鐵路綫 (Sydney Metro City & South West)是相連的，Metro Trains Sydney 也會於2024年營運該條線，整個系統稱為悉尼地鐵(Sydney Metro)。
港鐵公司的業務發展模式為「鐵路和物業綜合發展經營」模式。港鐵公司與發展商在車站和車廠上蓋及鄰近地方興建住宅及商業物業。
為了與乘客打開溝通渠道，港鐵於2000年成立「地鐵友禮會」，為乘客送上最新的港鐵優惠和資訊。兩鐵合併後，「地鐵友禮會」改名為「港鐵友禮會」，並擴展至東鐵綫、西鐵綫、馬鞍山綫及輕鐵。直至現在，會員人數經已超過74萬。
港鐵公司亦透過電郵，向會員發送載有港鐵最新資訊的eNews，並定期進行問卷調查收集會員意見。
前港鐵公司行政總裁周松崗稱： 自1998年起，港鐵公司的「車站藝術」計劃隨著「機場快綫藝術品計劃」正式展開。除了在港鐵車站及機場快綫車站裝置不同藝術品外，在興建新站或翻新現有車站時，港鐵公司會把藝術元素融入車站建築之中。
2005年起，港鐵公司與香港業餘田徑總會攜手舉辦全港最大型的競步比賽「港鐵競步賽」，鼓勵市民多做運動。除本地的參賽者之外，比賽更吸引來自世界各地的運動員參加。
港鐵公司與香港的衞生署攜手合作舉辦「多行樓梯、多點健康」活動，推廣行樓梯為健康帶來的好處。乘客途經車站時，會看見健康標貼張貼於站內樓梯旁。標貼上會顯示站內樓梯的級數，並列有行樓梯的好處，以鼓勵乘客利用樓梯代替扶手電梯或升降機上落。
1993年起，港鐵公司的員工會利用公餘時間貢獻社會，自發舉辦及參與義工活動。多年來，義工定期為不同社群提供服務。於2005年，港鐵公司更成立了義工計劃，為員工提供支援。港鐵公司於「鐵路人‧鐵路心」義工計劃中共參與86個社區項目，參與義工達1,800人而受助者則有12,000人。計劃的服務對象包括長者、低收入家庭、身體殘障人士、智障人士及其他有需要人士。
此外，港鐵公司在環保及社會責任方面所作的工夫亦包含：1975年成立時，地下鐵路公司的原總部—「香港地下鐵路公司行政大廈」，位於九龍灣偉業街33號，總部旁另設九龍灣車廠存放列車及進行維修、清洗等工作，及1980年正式開幕的車廠上蓋物業—德福廣場。
1993年7月，地下鐵路公司與新世界發展有限公司的附屬公司簽訂合作協議，重新發展地下鐵路公司的行政大廈原址及毗鄰的地盤。
1997年，「地鐵行政大廈」原址重建為德福廣場第二期。當中包括31,200平方米的商場及兩幢共52,500平方米的寫字樓大廈。地下鐵路公司保留其中一幢大廈，約33,500平方米的寫字樓樓面成為地下鐵路公司的新總部—「地鐵大廈」，作為地下鐵路公司車務和行政等工作的辦公室。而在重建期間（約1994年至1997年），地下鐵路公司的總辦事處就部份遷到「九龍灣宏開道8號其士商業中心十七樓」辦公，其後遷回原址。
隨著兩鐵合併，香港鐵路有限公司於2007年12月2日將總部改名為「港鐵總部大樓」。
香港鐵路有限公司採用的標誌，乃於1975年地下鐵路公司創立時所設計，公司標誌最初並沒有顏色，只有上下兩個相反半圓加上一條直綫中間穿過的徽號，及旁邊的「地下鐵路公司」中文或英文字樣，其徽號構思源自漢字的「木」字，相傳地鐵在五行中為金，但地在五行中為土，地鐵在地下行走等同被土給剋制，所以特別選用了剋制土的木來作為標誌以達到平衡，蘊含力量、穩健與增長的意思，象徵著當時地下鐵路貫通一水之隔的港島與九龍（與此同時，亦包含抽象的地鐵英文縮寫「MTR」）。為配合香港社會的不斷進步，這標誌於1996年亦換上新面貌，除保留原有徽號外，更改為加上「地鐵公司」的中英文字樣，充分體現香港作為一個國際性都市的堅毅進取特質。
港鐵公司為配合兩鐵合併，於2007年尾將公司徽號旁邊的「地鐵公司」的中英文字樣則改為「MTR港鐵」，並是沿用至今。
另外，港铁的标志与提非纳字母ⵣ高度相似，但并没有直接关系
港鐵聲稱為乘客提供優質服務，早年更以「香港人的驕傲」自居甚至作為廣告標語，唯近年無論在服務質素及多項業務方面備受各界批評。在兩鐵合併後多項新鐵路工程發生的種種問題，亦讓港鐵的管治失控漸見現形。
港鐵一名負責內地事務的港鐵高層2018年7月25日突然離職，並在保安人員陪同下「執包袱」離開港鐵九龍灣總部辦公室。消息人士向媒體透露是一名負責內地業務的高層懷疑捲入貪污調查，被港鐵即時解僱。涉事港鐵高層負責中國內地業務，曾參與港鐵物業發展的首個內地樓盤項目—深圳龍華車輛段天頌，疑因售樓過程中涉貪而捲入貪污調查。
廉政公署表示不評論個別事件，若接獲貪污投訴並獲足夠資料起訴，廉署會按既定程序依法跟進。
廣深港高速鐵路試營運近2個月以來事故頻生，港鐵被批評每次都是被傳媒揭露後才承認事件。作為港鐵董事局主席的馬時亨要求公眾相信港鐵管理層，「我哋話畀你聽OK就得㗎啦（我告訴你OK就行了）」。他更質疑記者和傳媒不是專業人士，追問資料並無意義「畀咗（資料）你又點？（給了資料給你又如何？）」更謂港鐵日日有事故如每宗都要公佈「我哋管理層唔使瞓覺（我們管理層不用睡了）」。
馬時亨的言論惹來公眾反彈，被質疑態度傲慢。他在商業電台節目《在晴朗的一天出發》訪問稱因可能「天氣熱」、「當日沒祈禱」為由解釋自己的失言，但沒有就失言致歉。
在沙中線連串工程問題的應對上，馬時亨和一眾高層應對公眾的態度和透明度也大有問題。
《蘋果》於2018年5月揭發紅磡站沙中線月台剪鋼筋事件後，港鐵曾發表聲明指報道以誤導的標題及內容引起公眾恐慌，質疑傳媒報道危言聳聽。到工程造假醜聞鬧大，隨著更多爆料曝光，港鐵才承認有「剪鋼筋」事件，但一直只以以「唧牙膏」式披露工程不合格記錄詳情，又聲稱未有為部分工序保留書面記錄，一直避答記者問題，都對公眾感覺港鐵的管治崩壞。
面對社會各界指摘，港鐵在2018年6月27日於多份報章刊登聲明強調工程符合質量安全，「確定有關工程符合相關規格，已批准的圖則及法定要求」。並稱「只不斷提出單方面的指控或揣測對事件毫無幫助，亦不必要地影響公眾對鐵路基建的信心。」惟聲明未有正面回應，會否鑿開月台層石屎抽驗鋼筋。
對於港鐵在報章刊登廣告，稱有人單方提控揣測會影響公眾對鐵路基建的信心，最初揭發事件的工程分判商中科興業董事總經理潘焯鴻批評港鐵浪費金錢，「玻璃心」且「小家」，強調中科聲明都是建基於事實，並非危言聳聽，認為港鐵要檢討監管工程制度。潘又表示，若立法會傳召他到場交代事件他定會出席，惟希望有《立法會（權力及特權）條例》保障，方可「講得舒暢」；潘又不點名批評工程承建商禮頓「連政府都不怕」，是「香港建築界的毒瘤」。
對於有人向田北辰報料指「見到工人扭鋼筋入連續牆的螺絲帽」，被港鐵質疑純屬揣測，田北辰強調消息只是「聽回來」而自己不掌握任何證據，稱「若有證據就一定會報警舉報」。田指出若要公眾挽回信心，港鐵必須立即抽檢鋼筋。又指禮頓同樣「一直未提交任何證據顯示全部2.6萬支鋼筋都無剪短」，港鐵反而要求公眾「相信她們」，並不公道。
翌日，中科興業董事總經理潘焯鴻於不同媒體指出，自己曾與禮頓高層視察工地時親眼目睹剪鋼筋過程，估計数目過千，並在當時拍下照片影片，指這是經過策劃而非單純前線人員施工失誤造成，潘焯鴻更透露，在與承辦商禮頓建築再度簽署保密協議前，曾用手機展示在工地拍攝鋼筋被剪短的影片，惟被對方當場要求刪除影片。其後港鐵更在去年工程尾段終止中科餘下工程，涉及金額約7,000萬元。潘指港鐵高層包括工程項目總监黃唯銘不可能不知情。 傍晚，潘亦到蘋果日報直播交代細節， 潘焯鴻批評事件發生後港鐵不討論事件，但又出廣告質疑别人批評片面。他又指港鐵曾指「中科要脅要錢」，企圖抹黑中科，「將中科在建築界推埋死角」，潘謂港鐵刊登廣告聲明不盡不實，驅使他站出來說清楚。有讀者呼籲全港市民應罷坐港鐵。
身兼港鐵非執行董事及測量師的劉炳章，於7月1日出席香港電台電視部節目《城市論壇》時，被熱血公民主席、立法會議員鄭松泰質問有關沙中綫工程醜聞；劉反指鄭「挑動矛盾」，更大聲強調稱「講港鐵我最有資格講，你哋完全冇資格講」。 港鐵近年在鐵路，物業和其他業務都以以利益最大化，管理層聲稱要顧存股東利益，但香港政府實際才是港鐵的最大股東；另外，港鐵近年全力開拓非車務收入和非本地業務，同時又壓縮成本，犧牲了維修的人力物力投放，間接影響列車的安全可靠性和服務質素。可是董事和管理層提供劣質服務卻可獲得丰厚酬金，加上高層的言論和態度，都令外界有感港鐵欠缺社會道德和責任。不少市民要求港鐵管理層薪酬花紅需要與服務水平掛勾，但政府作為監管機構及港鐵大股東並沒有理會。
2018年傳出港鐵專責維修安全的工程主管考試，可能大規模造假。有員工指，在參與內部工程主管的考試前，有考生事先獲發全卷答案，現場考官亦會「提水」，確保考生答對才准交卷，相信有關做法與港鐵近年人手短缺有關。有議員批評靠出貓「上位」的工程主管嚴重威脅前線人員的性命安全，事件更可能違法；港鐵回覆指，調查顯示所有員工均按照指引進行考核。
港铁主导香港高铁建设，但在工作中出现了严重问题，造成了大量的超支和严重的延误，引发了香港社会的广泛不满，政府亦成立专门独立调查委员会调查该事件内情，委员会在调查报告中指出了港铁内部管理等方面存在的严重缺陷。
港鐵的獨立調查報告炮轟管理層傳訊策略和危機處理拙劣，點名批評時任主席錢果豐未有召開緊急會議、行政總裁韋達誠欠缺「專業的懷疑態度」，以及工程總監周大滄「判斷力欠佳」，最終導致三人先後黯然下台，然而卻仍享有巨額酬金。
2012年3月，香港政府公佈沙中線的以付款當日計算價格798億港元。傳媒人林芸生評論指，興建沙中線的所須開支比起成本約100億美元（780億港元）的太空電梯還要高昂，造成「出中環」比「上太空」花費更多的荒謬現象。同月27日，行政長官會同行政會議批准進行沙田至中環線鐵路項目，預計項目工程於同年中動工，大圍至紅磡段預期在2018年完成，紅磡至金鐘段預期在2020年竣工，
港鐵公布於2017年12月5日已向政府匯報，估計沙中線項目總成本將由708.27億元，增加165.01億元至873.28億元，包括備用資金及可能上調的項目管理費而需支付的款項。加上沙中綫其他項目造價89.87億，以及金鐘站擴建工程超支8.48億，令沙中綫所涉工程總造價增至971.63億元，每公里沙中綫造價逾57億元，較廣深港高鐵每公里造價33億元貴72%， 成為香港鐵路史上造價最貴的工程，堪稱「千億鐵路」。
2018年3月中，《東方日報》揭發紅磡世界殯儀館對出的隧道自2017年8月已出現滲水問題，工程人員用近半年時間作補救措施，但成效欠佳。港鐵到2018年2月發現隧道的接駁工程出問題，需鑿開其中一個駁口石屎表面調查，發現內部的鋼筋疑未有完全接駁好和未有灌滿石屎。其後重新施工，需臨時拆除一段長約10米的路軌和三處有同類問題的石屎，並重造駁口。港鐵預計4月完成，並將向承建商索償。
2018年5月30日，蘋果日報報道紅磡站地底新建月台兩幅主要牆身，涉及2.6萬個螺絲帽接駁位近兩成螺絲頭破損或移位，不能與月台層的鋼筋接駁扭緊，而負責承建商禮頓不但未有更換問題部件，反偽裝成功接駁，安排工人將鋼筋剪短。工程師指有關做法令鋼筋拉力大減，影響結構承重能力，最嚴重可致全層倒塌。而下層南北走廊（東鐵綫）月台層板搭建後，連續牆的接駁位在2016年6月拍下的相片顯示多處出現滲水。港鐵一度否認牆身滲水，到媒體公開滲水的影片及相片後，港鐵才改口承認。
港鐵承認早在2015年12月已發現鋼筋遭剪短及造假，但蘋果日報取得的工程時間表顯示，部份涉造假鋼筋早在2015年9月已落石屎。港鐵董事局主席馬時亨拒絕回應事件。到5月31日，港鐵再度發新聞稿，改口暗示在2015年12月前已得悉有「施工質量問題」，不過未有交代發現問題的確實時間、數量及位置。路政署發新聞稿指港鐵有責任確保工程質量符合標準，要求港鐵安排獨立第三方專家進行負重荷載測試，並於一星期內提交報告。
負責層板混凝土工程的分判商中科興業有限公司在6月1日發新聞稿，證實其前線人員曾最少兩次向總承建商禮頓通報造假情況，但與承建商禮頓簽有保密協議，不能披露工程內容。
港鐵5月31日首次公開回應事件的新聞稿中，沒有交代被剪鋼筋的數量。工程總監黃唯銘6月1日出席立法會會議時，終承認在2015年8月已發現鋼筋被剪痕跡，且總共發現5條鋼筋被人剪短，不過仍沒有交代有否其他地方出事。
港鐵高層在6月6日再召開記者會，表示在5次巡查發現鋼筋有問題，其中2015年12月發現有5條鋼筋被剪短，但另外4次沒有完整紀錄，只提到「少於5支」。港鐵行政總裁梁國權6月7日出席電台節目時稱，按港鐵監督人員的匯報和書面紀錄，「推算」被剪短的鋼筋少於20多支。港鐵再在6月15日公開紅磡站報告，將問題鋼筋由不多少20多支收窄至不多於17支。
不過，田北辰於6月24日於電台節目引述消息指，涉事鋼筋多達兩成，即有5,000多支被剪短，建議拆除混凝土抽檢鋼筋。《香港01》訪問了兩名工程師，二人均指，如要得知鋼筋「真相」，除了移除石屎，別無他法。
港鐵於6月中旬向政府提交港鐵沙中線紅磡站的報告，但中科的證供不被公開，港鐵當時指因涉及刑責問題；中科於6月26日回覆傳媒稱已就相關事宜先後3次聯絡港鐵採證負責人，及1次聯絡港鐵工程總監黃唯銘，但卻全數被拒聽。中科繼而改為聯絡路政署，並已初步獲署方回覆正處理會面要求。中科又表示，在向港鐵作供期間，多次被禮頓的法律代表，以超越臨時寬免保密協議範圍為由打斷，當時禮頓並無反對中科已作出的證供，而港鐵及港鐵律師亦並無任何表示。中科再次重申，既然就連禮頓代表都已當場知悉證供，港鐵根本沒有合理理據隱藏該等資料，而港鐵律師一直保持沉默，有容許禮頓影響報告(向路政署提交)內容之嫌。
港鐵回覆表示，倘若任何人有資料可證明事件涉及不法行為，應立即向政府或執法部門提供資料。
蘋果訪問資深建築業界人士指，鐵路月台結構必須有足夠承托力，港鐵沙中綫紅磡站月台石屎層有3米厚、面積逾5,000平方米，按一立方米石屎重2.3噸計算，整個月台層自重就有34,500噸重。該業界人士指，一般承建商有做ISO認證，應一套嚴格標準施工，質疑承建商禮頓未有跟隨，自從沙中線爆出鋼筋被剪短醜聞後，自己亦告誡親友日後避免前往該月台搭車。
2018年6月，石硤尾站月台近電梯牆身被揭發被偷薄牆身，結構牆九層鋼筋的其中八層被剪走。
2018年6月29日，議會陣線議員毛孟靜收到一名自稱土瓜灣站地盤前員工的匿名信並附有3張相片，指疑有人在該站月台其中一條樓梯，以建築廢料填充牆身。從相片可見有人將多袋建築廢料整齊堆放牆邊。報料者指有駐地盤經理安排管工將垃圾放至該空間，惟他重回該處已發現牆身注滿石屎。
毛孟靜指她徵詢過專業人士意見，包括一名沙中線前工程人員，對方表示如是準備丟棄的垃圾理應不會堆放得如此整齊，而且該些廢料上亦支撐著喉管，並不尋常。另一土木工程師則認為用這種方式建牆是「百份之百違規」。不過亦有專業人士認為，單憑這幾張圖片難以猜測是否真有人用廢料填充牆身。
蘋果日報報道指出，港鐵為處理土瓜灣一带居民因楼宇結構索償，所安排的第三方公證行，當每完成調查完成都會先將報告草稿電郵予港鐵高層人員審批，經修改後才發給居民，有律師質疑事件涉及詐騙，有該區區議員考慮報警。 亦有居民表示，港鐵開展挖掘工程後單位經常震動，屋內有牆身和地板出現裂痕。雖然港鐵曾派員檢查，但事後認為符合安全標準，又認為裂痕是楼宇本身老舊所致，並無證據顯示與工程有關，因此拒絕負責。而當居民從媒體得知港鐵疑與公證行「打龍通」後，他質疑港鐵當日說謊，要求對方正視工程影響及作出賠償。 立法會議員林卓廷批評港鐵欺騙無企業道德，林港鐵審批公證行文件等同港鐵附屬組別，「非常可恥」。林又稱，如港鐵和公證行明知投訴個案中的損壞是與工程有關卻故意隱瞞，有串謀詐騙之嫌。 法政匯思召集人、律師文浩正表示，若港鐵私下與公證行溝通並修改報告，會損害居民索償法律權利，港鐵有觸犯詐騙罪之嫌。
2018年6月，立法會鐵路事宜小組委員會主席田北辰表示，收到消息，會展站的承建商在挖掘工程中，未有按程序放置足夠的橫向支撐，被港鐵發現並勒令停工，現未知工程狀況如何。 會展站工程由「禮頓—中建」聯營承建，田北辰說，挖掘工程的程序是先建造兩幅垂直牆身，再向下挖走牆身之間的泥土，同時會在牆身之間加上橫向工字鐵支撐，但在施工期間，港鐵發現橫向支撐物數量不足。田北辰關注港鐵高層是否得悉事件，內部溝通有否問題。
運輸及房屋局在8月7日公佈發現港鐵新近提交的圖則與之前的版本，紅磡站月台的鋼筋連接螺絲帽減少達2000顆，事態極為嚴重，需要轉交警方刑事調查，港府亦明言對港鐵的管理失去信心，要求港鐵董事局解除工程管理人員職務。同日，港鐵董事局主席馬時亨代表港鐵向公眾道歉，同時宣布多名管理層人員離職，當中包括工程總監黃唯銘，即時生效，而行政總裁梁國權則提早退休，馬時亨則曾兩度請辭但被留任，以於全球招聘並甄選因沙中綫偷工醜聞而出缺的新管理層人選。
港鐵一直按「可加可減機制」制定票價，原目的是藉以限制公營機構加價的幅度，並要求在通縮時下調收費。但此機制的缺陷就是容易受外圍經濟影響而引發通胀，而導致經常加價，加上港鐵每年盈餘過百億仍要加價，令市民更加不滿，但港鐵表示不能凍結票價，因為必須保持財政穩健，才能改善服務及維持維修水平。
到2017年7月，港鐵主席馬時亨出席商台節目，被主持問到港鐵票價問題時表示，「（港鐵）票價相比全世界不高，但永遠都有人不滿意」。
港鐵開業至今多年，系統嚴重老化（以東鐵綫為甚），同時港鐵公司為求利潤最大化，將保養工序外判節省成本，維修檢查質素每下愈況。無論列車，訊號系統及路軌結構等，都經常出現嚴重問題，最終列車班次出現嚴重延誤，甚至發生持續數個小時的局部癱瘓。
港鐵故障頻繁，時至2014年8月最少每兩天就會出現訊號故障列車延誤，港鐵亦承認問題嚴重，更預告未來延誤將會更嚴重，甚至有增無減。
港鐵在處理事故的態度亦屢受各界批評。早於2010年，運輸署已經嚴正要求港鐵認真對待延遲20分鐘通報故障，批評港鐵在警報機制、接駁巴士安排、與公眾的溝通，以及員工的應變準備，都明顯不足。而港鐵承諾按既定機制適時向運輸署通報以及跟警方、運輸署，全面檢討接駁巴士的上落點安排。但時至2014年，港鐵仍然依舊延遲二十分鐘後通佈政府。港鐵出現事故時至今仍然不會向乘客公佈確實原因，更由於沒有確切延誤通報罰則，港鐵通報政府監管機構也嚴重延遲，更甚出現傳媒追問下才公佈事件。
近年港鐵將更多工作和職位外判，當中包括列車保養以及客户服務，間接影響列車安全穩定和服務質素，更招致恶性遁環。
2013年將軍澳綫高壓電纜事故更突顯港鐵事故處理能力差劣，無論在交通安排，資訊發佈上都不能令人满意。例如當時港鐵職員派發的「乘車應變錦囊」小冊子列出已取消的過海隧巴692線。又如2014年9月3日，鑽石山站路軌出現裂縫事例亦說明港鐵誤導乘客，稱服務只會延誤五分鐘。港鐵指由鑽石山去黃大仙站的行車時間增加5分鐘，其後才公佈觀塘綫由調景嶺至油麻地行車時間增加15至20分鐘，但實際乘客延誤時間遠超半小時。
當出現嚴重故障事件時，港鐵在迫不得以情況下才會安排接駁巴士疏導，每次安排仍然相當混亂。大部份市民對港鐵故障安排相當不滿。
有市民向傳媒提供一張照片，顯示港鐵深水埗站張貼了一張告示，指「站長心情極度欠佳，敬請保持安靜，如沒必要，請勿打擾，多謝合作」。而告示下方以站長署名和深水埗站的印章。
港鐵指7月30日下午一名職員在車站控制室內張貼告示，但指該告示對象是同站職員而非乘客，告示也非張貼在站内公眾地方。港鐵指車站經理知悉事件後，已即時提醒該職員移除告示。
港鐵於2014年初多次出現電纜絕緣體故障，被揭發使用中國製劣質零件，最終導致電纜爆炸初時港鐵拒絕向傳媒公佈供應商詳情，僅稱貨源是歐洲名牌，直至傳媒掌握近乎確實資料，才承認零件是中國製造。
港鐵於同年5月再被揭發南港島綫及高鐵使用中國製造劣質螺絲，螺絲比正常拉力大減七成，澳洲當局警告使用該批螺絲對乘客構成嚴重安全風險，可能造成嚴重受傷甚至死亡的風險，呼籲立即停用並退回產品 ，港鐵承認部分工程用次貨螺絲，稱有關螺絲已進行檢驗及在安裝過程中抽查作測試並確認品質符合標準。
港鐵購入中國製列車的質量亦被受廣泛質疑。新西蘭鐵路公司揭發「中國北車集團」子公司生產的40輛列車含致癌石棉物料，需緊急停用。而港鐵亦有向該集團另一子公司，購買22輛列車，首批2011年已投入服務。港鐵事後委託獨立顧問進行抽查長春軌道客車股份公司生產列車，最後未能於被抽查之樣本上發現石棉物料。
運輸及房屋局呈交立法會的最新資料顯示，港鐵一直低估載客率。根據運輸及房屋局2014年最新的標準計算，現時將軍澳綫，東鐵綫，西鐵綫，觀塘綫及荃灣綫的載客率於繁忙時間早已全部達到100%，即完全沒有任何剩餘容量吸納更多乘客；港島綫於繁忙時間亦達93%。而港鐵過去公開的數據一直堅持，繁忙時段的載客率最高僅為七成左右。
由港鐵負責營運的深圳地鐵4號線(龍華線)亦評價不佳。由於4號線承擔了龍華區來往深圳市區的運輸，再加上深圳北站開通後带来了額外乘客，4號線的客流量早已超出了設計容量，又由于事故频发，早期更只有4节列車載客、班次疏落，即使現在全線改以6節車廂列車，客流量依然擁擠，令不少乘客都抱怨出行不便。4號線的乘客滿意度也因此是深圳地鐵各線中排名最低的。
2011年4月，港鐵透過其合作逾7年的媒體策劃廣告代理浩騰媒體（OMD）向15份報章發出信件，要求傳媒不得報道任何涉及港鐵列車、路軌、系統和網絡事故的負面新聞，會保留抽起廣告的權利，又要求廣告部與記者及編輯溝通。港鐵其後解釋，是OMD錯誤闡釋港鐵公司立場，港鐵從沒有企圖或意圖干預新聞自由，又指「經一事，長一智」，就事件向公眾及傳媒機構致歉。
惟南區區議會區諾軒曾與都市日報記者合作，報導港鐵黃竹坑車廠上蓋發展項目的消息，但因該報在港鐵派發，有關對港鐵的負面報導都一律被禁。這樣媒體變相局限讀者接收的資訊，不能做到為民監察的效果。
港鐵尖沙咀站曾被媒體報道站內牆壁貼上大量藍色的巨型廣告畫布，只露出原本深色底色的車站名，被質疑為了「賺到盡」以廣告客户為先，未有考慮顏色與本來車站的主題顏色變化過大，漠視乘客辦識或引致下錯車問題。
当时，尖沙咀站月台所張照的廣告畫布所採用藍色與金鐘站為的色系甚為相似。實際上，港鐵首席建築師文若德過去接受訪問時就說過車站選色原則：會盡量與相鄰車站不同和有較大的對比，重要車站會採用鮮色使乘客易於辨別，不同車站會以不同顏色代表，以幫助市民即使聽不到廣播也能憑顏色判斷列車抵達哪一個車站。，
港鐵作為八達通控股有限公司大股東，於2010年中被質疑出售八達通持卡人資料至第三方作商業用途。同年六月有市民發現八達通卡的「個人資料聲明」中，列明該公司在卡主不反對下可把卡主個人資料用作推廣及直銷用途。八達通行政總裁前陳碧鏵當時強調，八達通公司並沒有向任何機構出售客戶個人資料，但有參與日日賞計劃的商戶信諾環球前僱員指控陳碧鏵說謊，指八達通早已將會員身份證等個人資料，轉交信諾作電話推銷保險用途。
最後私隱專員公署主動介入調查事件，陳碧鏵被傳召至個人資料私隱專員公署聆訊，承認旗下兩間公司，用4年半時間出售197萬客戶資料作推銷用途並獲利4400萬元，佔期間總收入31%。
5名在2017年港鐵縱火案中受傷的市民向港鐵及保險公司索償無果，有傷者需住院半年，手腳等身體多處造成殘障，又失去工作能力，更指港鐵「除送上水果籃外便再無下文」，更有指第三者責任保險不會為索償的傷者賠償一分一毫。港鐵回覆重申事件非港鐵的責任，港鐵亦是受害者，案發當天港鐵迅速處理事件，而收到乘客提出書面索償後已按既定程序即時轉交保險公司處理。
2015年9月16日，facebook「大圍聯盟」群組於15日晚上載一張照片，一名身穿校服的女學生，背著一個與她身高相約的古箏，站在港鐵大圍站。當時，她正被3名港鐵職員包圍，疑因攜帶體積大的深啡色古箏盒，而遭截停查問。有網友指，事件發生於傍晚6時許，該名女生被指古箏太大，不獲進入月台。該相片在網上瘋傳，網民紛紛「洗版式」抨擊港鐵處理乘客攜帶大型物件的條例時，「雙重標準」及「執法不公」。他們以水貨客事件作比較，指港鐵對水貨客寬容，卻嚴禁乘客攜帶大型樂器上車。當中更有不少音樂愛好者坦言「身同感受」，促港鐵檢討現行條例。有網民亦隨即在facebook上載多張攝於港鐵車廂的相片，相中可見乘客帶著關刀、長槍及洗衣機等上車，但未見有職員阻止，有網民質疑港鐵雙重標準，欺善怕惡。 港鐵公司歷年來獲獎無數，例如於丹麥哥本哈根舉行的「2008年度鐵路大獎」中被評選為「亞太區最佳鐵路」、於英國倫敦舉行的「2009年度鐵路大獎」中被評選為「亞太區最佳鐵路」最後五強等。