华大基因
华大基因（），原名北京华大基因研究中心，是中国的一家基因组测序中心，於1999年成立，曾參與多個基因研究項目而得到關注。2017年，华大基因於深圳证券交易所创业板上市，总部位于广东省深圳市盐田区北山工业区11栋。
1999年9月9日，随着“国际人类基因组计划1%项目”的正式启动，北京华大基因研究中心在北京成立。2002年，在中国科学院的领导下，依托华大基因研究中心建立了生物信息系统工程国家工程研究中心。2003年，中国科学院又在华大基因研究中心基础上组建了北京基因组研究所，并任命杨焕明为所长。2007年，华大基因成立了深圳华大基因研究院，并相继成立了香港华大，美洲华大，欧洲华大及日本华大等分支机构。
华大基因旗下有华大科技、华大医学、华大农业以及华大智造等不同领域的品牌，其中在医学方面，华大基因主要从事生育健康相关检测，其中主要有对无创产前基因检测胎儿染色体非整倍体，包括21-三体综合征、18-三体综合征和13-三体综合征的检测，胚胎植入前遗传学筛查与诊断、新生儿遗传代谢病检测、地中海贫血基因检测等。
2015年，华大基因成为遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断和肿瘤诊断与治疗高通量基因测序技术临床试点单位，并是中国首家获得基因测序产品三类医疗器械注册证的机构，其BGISEQ-1000、BGEQ-100基因测序仪以及与其配套使用用于检测胎儿染色体非整倍体（T21、T8、T13）检测试剂盒于2014年6月30日由国家食品药品监督管理总局批准上市。
2011年10月14日，深圳市批准设立深圳市华大基因学院，并于10月21日举行揭牌仪式。2012年，华大基因斥资1.18亿美元收购了硅谷的DNA测序公司。同年，华大基因创立其出版部门和期刊"GigaScience", 旨在发表生命科学和生物医学领域的技术和数据驱动, 发表内容可开放获取。2017年7月14日，华大基因在深圳证券交易所创业板上市。
截止2016年底，华大基因承担（或参与）已结题科研项目/课题共计192项，其中国家级/部委项目66项省级项目14项，市级项目96项，其他16项。承担及参与在研项目143项，其中国家级/部委项目62项，省级项目9项市级项目71项，其他1项。其实验室有国家/部委级重点实验室2个，广东省重点/工程实验室3个，深圳市重点/工程实验室15个。
炎黄计划是一项对百位黄种人进行基因组测序的计划，由深圳华大基因研究院、生物信息系统国家工程研究中心与中国科学院北京基因组研究所合作研究。该计划完成了全球首份亚洲人基因组图谱的绘制。2000年10月完成第一阶段，之后“炎黄99”计划由深圳华大基因研究院举行。
2011年10月深圳国家基因库建设方案由国家发展改革委、财政部、工业和信息化部以及卫生部四部委批复，并由深圳华大基因研究院组建及运营。国家基因库集生物资源样本库、生物信息数据库和生物资源信息网络为一体。
2011年德国爆发。6月5日，华大基因首先完成大腸桿菌O104:H4型的基因定序，經過資料比對，研究人員判斷2001年德國從腹瀉病人分離的01-09591菌株應為這次O104:H4型大腸桿菌的直接祖先，其毒性基因與本次菌株大致吻合，但本次菌株經過十年演化後，攜帶了許多以前沒有的抗藥性基因。
2015年，深圳华大基因研究院参与家蚕基因组功能研究项目，获2015年度国家自然科学奖二等奖。项目通过40个家蚕突变品系和中国野桑蚕全基因组序列研究，获632.5亿对碱基序列（63.25Gb），覆盖99.8%基因组区域。此项目也是世界第一张基因组水平上蚕类单碱基遗传变异图谱。
2017年11月，华大基因IPO的不同版本申报稿中，出现了数据不一致的“打架”现象，引发了媒体关注；当月27日，深圳证券交易所发函询问，华大回应为统计口径不一致导致。由于未能实现真实、准确的披露，市场对华大保持怀疑态度。
至2018年6月，华大基因完成7个月蒸发680亿，经营现金流净额下滑。同月，天涯社区出现举报文章，华大基因在连续负面话题后又陷入“圈地门”；而《华大癌变》文章对其无创基因检测技术抱持质疑。华大股价继续下跌，半个月内市值蒸发百亿；一周内三度发布增持公告。 2019年4月，因为净利润虚增千万，深圳证监局对其发送行政监管措施决定书，华大基因回应辩称为信息系统不完善等原因导致。至2019年5月，其市值较其高峰期跌去近七成。
2018年10月，中國科技部网站公布了六项人类遗传资源行政处罚，其中就包括華大基因。華大基因的行政处罚决定书显示，華大基因主要是与复旦大学附属华山医院未经许可与英国牛津大学开展中国人类遗传资源国际合作研究，同時未经许可将部分人类遗传资源信息从网上传递出中國境外。
2020年7月，新疆絲路華大基因科技與北京六合華大基因科技，因被指控“涉嫌強制採集維族人與其他穆斯林少數民族基因作研究，以打壓維族人”，被美國商務部列入实体清单。对于公司旗下两家公司被列入实体清单，华大集团表示不解和遗憾。
华大基因与Illumina最初为供应关系（Illumina为华大基因供应商）。2005年随着第二代测序技术出现，Illumina开始进行自行研发，并通过在2006年以6亿美元天价收购Solexa进入测序仪行业。而与此同时另一个竞争对手454公司由于2007年被罗氏收购（后2016年因市场竞争不足被淘汰）。华大基因为保证其市场份额，于2012年斥资1.18亿美元收购了硅谷的DNA测序公司。而2013年，Illumina通过收购Verinata Health（非侵入性胎儿预测技术）继续强化市场地位。2019年开始双方公司的诉讼开始增加，双方在德国、丹麦、瑞典、瑞士、土耳其和英国等地均有诉讼。2020年3月，Illumina在其总部所在地美国加利福尼亚北区联邦地区法院提起诉讼，并于同年6月获得胜诉，华大基因被要求停止在美国销售MPS测序和CoolMPS化学测序技术的基因测序仪。
2021年，路透社報道，華大基因同解放軍疑有密切聯繫，包括與解放軍的超級電腦專家共同分析由呼吸道病源到腦部研究等多個項目。自2019年冠狀病毒病爆發以來，華大在全球各地銷售數以千萬計試劑，美國安全部官員曾警告當地的研究中心不要採用中國的試劑，認為中國可能借此收集外國人的基因數據以協助自己的研究，惟華大強烈否認；並引述一名曾在美國國會聽證會作供的智囊組織的高級研究員，指出解放軍致力於腦部、基因編輯以至人工基因組創建等研究，將來甚至可能配合生物武器的應用，又指美國政府應該關注華大基因同解放軍的聯繫。華大回應報道時強調公司向來遵守有關開放科學，數據共享和基因組研究的國際標準及中國法律，又強調同解放軍的合作只是屬於學術研究，並強烈否認任何同解放軍聯繫的指控，尤其是有關2019年冠狀病毒病測試的指控。
華大基因是香港2019冠狀病毒檢測服務的主要承辦商，但檢測接連出現問題，多次出現假陽性或假陰性結果，延誤發放陰性報告等，更多次令假陽性的受測者無辜被送入醫院，其密切接觸者亦被送往檢疫中心，而他們上班或上學的場所更因此被停工停課。2021年4月22日華大基因向衛生署上報有多達30個樣本驗出陽性，卻與其他機構複檢的結果不符，而且多個樣本之間缺乏環境關連，港大微生物系教授袁國勇前往華大基因的實驗室調查時發現，華大基因處理樣本涉及多項不當，導致標本發生交叉污染，使兩個真陽性的樣本污染數十個樣本。袁國勇指出華大基因的化驗人員在開啟樣本瓶時對氣泡的處理失當，未有注意氣泡爆開時造成手套及儀器受病毒污染；記錄用的紙本工作單不應貪方便放在容易受到病毒污染的安全櫃內；而盛載樣本瓶的托盤不應未經消毒便重覆使用；他建議華大基因須要徹底為化驗室進行消毒。雖然最後發現28個樣本是因為華大基因處理不當而被驗出「陽性」，但受影響的受測者及其緊密接觸者多達近百人當時已被無辜被送入醫院或禁閉營。對此，行政長官林鄭月娥表示特區政府會嚴肅處理，但她以擔心削弱香港整體抗疫能力為由，拒絕更換承辦商，而華大基因的其中一個董事是政協委員胡定旭，他曾出任香港醫院管理局主席。
華大基因隨後於5月又發生多次檢驗卻未能驗出帶病毒樣本的事件，導致變種病毒流入香港社區，這4名來自印度及菲律賓的人士在4月抵達香港後按規定在酒店接受強制隔離21天，期間曾多次接受華大基因的人員提取樣本及進行檢測，但華大基因始終未能在多次檢測中驗出他們帶有病毒，這4名帶有變種病毒的確診者於檢疫期滿後進入社區，引致香港多座樓宇的居民需要被隔離檢疫。
2021年5月4日，華大基因香港化驗所有一名29歲男職員在接受定期病毒檢測時，被安球醫學化驗所和相達生物科技發現他帶有2019冠狀病毒，故此被列為陽性個案，並且感染源頭不明。該名男職員已經接種兩劑BioNTech供應的復必泰疫苗，近期也沒有離開香港，該名職員其後被送入醫院，先後再進行四次病毒檢測，結果卻是陰性，當局因而將該確診個案（編號：11801）註銷，但需要進一步跟進之前被驗出陽性的原因，衞生防護中心及香港大學為該名華大基因職員的樣本進行基病毒因排序後，發現華大基因員工的樣本帶有在2020年年初流行的武漢原始病毒株，但該種原始病毒株已有一年在香港沒有被檢出，因此該名華大基因職員不可能在日常生活環境中受到這種原始病毒株污染，並懷疑他在華大基因的工作間受到病毒污染，或該職員的樣本在安球醫學化驗所受到污染，當局已要求華大基因及安球醫學化驗所提交報告。安球醫學化驗所稱不會使用完整的病毒進行基因比對，只會使用病毒核酸的一段基因片段。香港大學公共衛生學院教授潘烈文表示化驗所進行陽性比對時會使用武漢原始病毒株對照，以此提高化驗結果的可信度，但如果因此污染檢測樣本，便不會單單只有該名男子的樣本受到污染，潘認為安球醫學化驗所造成該名男子的樣本假陽性的機會很低。華大基因否認有使用武漢原始病毒株進行樣本陽性比對，又稱該名職員從未進入樣本化驗室。香港大學微生物學系袁國勇教授於5月17日先後前往安球醫學化驗所及華大基因進行調查，得悉該名華大基因男職員被驗出對病毒陽性前，曾經在華大基因的實驗室工作及在2樓的休息室留宿，2樓同時設有基因排序的實驗室，而3樓設有華大基因用於檢測新型冠狀病毒樣本的實驗室。袁國勇稱該名男職員有很大機會在2樓留宿時受到空氣中的病毒DNA樣本污染，包括透過吸入或接觸導致鼻腔及喉嚨沾染病毒的DNA，而且病毒的DNA比RNA狀態穩定，導致該員工接受病毒檢測出現陽性結果，但病毒的DNA不同於具傳染性的RNA，病毒的DNA樣本不具傳染性，並且常用於基因排序，在大學研究亦常用到，華大基因有做相關的研究，安球醫學化驗所則沒有，因此污染問題是出在華大基因。而今次有華大基因員工受到武漢原始病毒株DNA樣本污染應屬個別事件，再發生的機會很低。袁國勇建議華大基因在房間不使用時可使用紫外光燈殺滅殘留的病毒DNA質粒，減低員工受到污染的機會。袁國勇表示已經採集兩家化驗所的環境樣本作進一步化驗。華大基因回應稱會落實袁國勇教授提出的建議。