馬英九政府
馬英九政府（通稱馬政府）是指2008年5月20日至2016年5月20日，馬英九擔任第12任及第13任中華民國總統期間所領導的中華民國政府。2008年總統選舉中國國民黨候選人馬英九、蕭萬長以765萬票勝出，實現中華民國第二次政黨輪替；2012年總統選舉，馬英九搭檔吳敦義，再度以689萬票成功連任。
馬英九政府任內歷經六個內閣，分別為劉兆玄內閣、吳敦義內閣、陳冲內閣、江宜樺內閣、毛治國內閣和張善政內閣，共六位六任。其中，張善政是政府遷台後，首位無黨籍的閣揆。中國國民黨在2008年立法委員選舉及2012年立法委員選舉中成為國會多數黨並單獨擁有過半席次，是自解嚴以降第二次「完全執政」。
2008年7月，行政院成立「行政院組織改造推動小組」，並於之後陸續通過各機關組織法修正，預計將內閣整併為13部、9會、2總處與3獨立機關。截至2016年5月19日馬政府解散前，行政院完成組織改造的部會如下：簽署人權公約
人權教育
2011年，行政院文化建設委員會成立「國家人權博物館籌備處」，將景美園區與綠島園區納入管轄，並為人權教育機構。
馬英九在2008年2月24日總統大選辯論會上公開答覆「若達不到目標（使勞工收入提高至GDP一定佔比）是否願捐出未來四年總統任期一半的薪水」之提問時表示，「捐款沒有問題，我這幾年來已經捐了六千多萬了！」。他在2011年坦承633沒達成，有媒體和网友卻抨擊這樣是不守承諾。
2018年，媒體報導，633計畫乃效仿韓國前總統李明博提出747政策，然而最後與747政策皆以跳票收場。
「愛台十二項建設」馬蕭陣營於2008年競選期間提出的政見，上任後投入約3兆元新台幣推動以刺激經濟，內容包括桃園航空城、高雄港再造工程以及部分縣市的鐵路地下化工程等等。2015年時馬政府丞聲稱預算執行率已達九成，任內達成計劃不是問題；但截至2016年5月20日其任期結束前，有多項建設計畫仍在進行中，或並未落實。
馬英九政府為解決扁政府時期烽火外交所導致的外交困境，主張「活路外交」並推行兩岸外交休兵，停止進行零和對抗。在國際參與方面，則以參加聯合國所屬的功能組織、與各國維繫實質關係為優先考慮，並大力推動與其他國家的落地簽證；臺灣護照於2008年時享有58個免簽或落地簽國家優惠，2016年則攀升至161國。
2009年至2016年，在中國的默許下，聯合國轄下世界衛生組織連年發出邀請函給台灣政府，由台灣政府派出衛生署署長以觀察員身分參與世界衛生大會；國際民航組織也曾於2013年發函邀請台灣以觀察員身份與會。
2013年11月14日，甘比亞總統賈梅宣布與台斷交，中國外交部表示事先並不知情，且基於兩岸和平原則，不會與該國建交。然而同年3月17日，甘比亞仍與中國復交，被視為是活路外交「零斷交」的敗筆。
馬政府主張釣魚臺為中華民國固有領土，呼籲各方和平對話，並提出「東海和平倡議」。
2012年10月，台灣民間發起保釣行動，海巡署為維護漁民安全、保障漁民權益，共出動和星艦、連江艦、南投艦、花蓮艦、金門艦及三艘巡護船、四艘巡防艇，共12艘艦艇全程護航；巡護艦隊並配置必要醫護及16名武裝特勤隊精英特戰人力，保護漁船航行與漁民安全。
2016年1月底，馬英九總統登上太平島視察並發表「南海和平倡議」，重申東沙、西沙、中沙及南沙群島均為中華民國固有海域與領土，主張「主權在我，擱置爭議，和平互惠，共同開發」。
雙橡園升旗事件
2015年1月，駐美代表沈呂巡率領外交官員及駐美軍事代表團軍官在雙橡園官邸舉行升旗典禮，駐美軍官並著中華民國國軍制服。事件發生後，中國駐美大使館向美國政府抗議，美國國務院表示事先並不知情，並對此一行為感到失望；美國在台協會則發表聲明，希望台灣確保這樣的事情不會再發生。
台日漁業協議
2013年4月10日，台灣方面亞東關係協會、外交部、漁業署及海巡署代表，與日方日本交流協會、外務省、水產廳及海上保安廳官員在臺北賓館簽署《亞東關係協會與公益財團法人交流協會漁業協議》，在擱置領海主權爭議的前提下，劃定兩國漁船作業海域與公務船執法範圍，並設立「台日漁業委員會」作為雙方定期溝通機制。
東博展覽爭議事件
2014年6月，原定在東京國立博物館展出的台北故宮鎮館之寶「翠玉白菜」等展品，於展覽開放前夕，故宮以東博宣傳海報及門票上未印有「國立」字樣，有矮化中華民國國格之嫌，直接取消開箱記者會，並要求東博承諾補上「國立」字樣，否則不惜撤展，總統夫人周美青也將取消訪日；東博方面則依約履行，連夜撤下原有海報、回收所有售出票券，重新補上「國立」字樣。最後展覽如期展出。
廣大興號事件
2013年5月爆發菲律賓海警射殺臺灣漁民事件，引發臺灣、菲律賓兩國之間的緊張關係，政府要求菲方於72小時內道歉，並祭出驅逐菲國代表、凍結勞工申請等反制措施，但菲律賓政府態度消極，不願正面回應事件，甚至一度以「一個中國」為由拒絕向台方道歉。
台菲漁業協定
為解決臺灣、菲律賓雙方之間的漁權爭議，兩國於2015年簽署《台菲漁業事務執法合作協定》，約定雙方執法時應避免使用暴力、建立緊急通報及迅速釋放機制；但對於執法範圍則由雙方各自主張。
馬政府於2013年先後與新加坡、紐西蘭兩個非邦交國簽署經濟合作協定，是所有台灣對外簽署的貿易協定中，唯二與非邦交國簽訂的雙邊協議。
馬政府承認九二共識，並主張其內涵為「兩岸同屬一個中國，並由雙方政府各自表述」（一中各表）；但中國當局的理解則為「兩岸同屬一個中國，中華人民共和國為中國唯一合法政府」，因此被在野黨批評是「根本沒有共識」。
兩岸藝術、文化、經貿等各領域交流亦在馬英九主政時期達到巔峰，中國方面先後開放47個省市居民申請赴台自由行。
馬英九與選前兩岸政見提出「新三不政策」，即不推動兩岸統一、也不會宣布台灣獨立以及兩岸之間不進行軍事戰爭，被視為是九二共識的補充。
在九二共識的基礎下，兩岸先後舉行了四次江陳會談、並於2010年簽訂海峽兩岸經濟合作架構協議（ECFA）等加強經貿合作；亦於2009年簽署「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」。
2015年11月7日，馬英九總統在新加坡與中華人民共和國最高領導人習近平會面，這是兩岸分治逾60年來，領導人首次會晤，吸引超過600家國際媒體前往採訪。
高鐵財改
台灣高鐵以BOT模式營運，因通車初期運量不如預期，累積不少債務，政府擔憂台灣高鐵公司因而受影響，宣布啟動「高鐵財務改革」並分階段施行。
2009年6月5日，行政院環保署召開審查台電大林電廠更新4座燃煤機組的環評專案會議，計畫將當時的1至5號舊燃煤發電機組更新為新一代的4座燃煤機組，目的是為了增加南電北送的發電量。
新新聞批評環保署：「在政黨輪替後，馬英九上台二十天就推翻專案小組結論」、「做出讓高市空氣更骯髒的結論」、「在沒有地球暖化問題時，北部的電廠就規劃使用天然氣，卻要南部人忍受煤炭污染；國民黨的北部菁英將南部當作是廁所廚房，才會準備增加大林的汙染。」及「支持台電的兩位專案小組委員，完全不理會高雄市府『祇希望不增加污染量』的卑微要求」。
環保署隨後發布新聞稿澄清：「台電請大會維持四座，是承諾依據空氣污染防制法第九條，洗掃街道得供抵換污染物的規定，比照九十六年十月前政府時環評大會通過台中龍風電廠的作法，以洗掃街去除粒狀物三百四十五公噸/年，抵換超出的三百四十一公噸/年。上述過程，是各方嚴肅認真地尋求兼顧環保與國家電力需求的雙贏方案。 」、「地方政府就其轄境內電廠改建，不適合以增加的CO2排放，做為抗爭與責難中央的議題。 」環保團體批評：「馬政府的節能減碳是一場騙局」。
2012年，政府宣布油價、電價調漲。
2009年8月6日至8月10日間發生的莫拉克風災，政府救災不力導致高雄小林村滅村，引發廣大民怨。此次事件被認為是馬政府民望下滑的開始。風災最終導致681人死亡、18人失蹤。
2012年，政府宣布有條件開放進口含有瘦肉精的美國牛肉，引發在野黨及農民抗議。由於當時國際食品法典委員會尚未制定出相關藥物劑量的安全標準，因此在野黨認為政府罔顧人民食品健康安全；農民則認為美國牛肉進口會導致削價競爭，將衝擊國內畜牛產業。
2009年苗栗竹南發生大埔強拆抗爭事件，政府以科學園區的開發名義強制拆遷，引發住戶與台灣農村協會抗爭。過程中，拆遷住戶之一張森文喝農藥自殺身亡後，以及縣府趁住戶北上抗議之際連夜拆遷，使得越來越多學生、民眾加入抗爭行動，並喊出「今天拆大埔，明天拆政府」的口號。
苗栗縣長劉政鴻及中央政府內政部普遍被認為應對此事負責。
2013年，立法院長王金平因捲入關說案，遭身兼中國國民黨主席的總統馬英九主導開除黨籍，進而引發立法院與總統府之間的對抗事件，稱為馬王政爭。
民進黨立委曾連袂召開記者會，批評馬英九政府2009年因應金融海嘯所推出的「擴大公建特別預算」嚴重重北輕南，北台灣獲得過半的預算補助，南台灣卻只有2.7%，潘孟安說，台北市政府累計數百億元的財政剩餘，卻可不繳健保費三百餘億元，還能獲得馬英九政府的大量補助。 南部的台鐵台南沙崙支線計畫、高雄市區鐵路地下化計畫、台鐵高雄至屏東潮州捷運化建設計畫因無法獲得足額預算支持，只能放慢工程進度。管碧玲痛批，堂堂高雄市僅獲0.84％的預算，是全台最後一名，「擴大公建特別預算」非常具有歧視性。
管碧玲說，路網已相當完整的台北捷運，獲得「擴大公建特別預算」支持信義線、南港線東延兩建設案；但剛起步的高雄捷運，「擴大公建特別預算」卻連一點支持沒有，高雄捷運路網只能繼續維持十字型。
馬政府任內曾先後邀請對岸海協會會長陳雲林、國台辦主任張志軍等官員訪問台灣，過程中對其均禮遇有加，警方甚至沒收民眾於現場持有的國旗，因而導致在野黨與獨派人士群起抗爭。
2013年7月，因陸軍下士洪仲丘在軍中遭虐待致死案件，引發人民對軍方體系長期不透明及違反人權的訓練方式不滿，8月25日晚間共計有25萬人走上街頭抗議國防部黑箱作業，此事件導致兩名國防部長下台、立法院並迅速在三天內修正《軍事審判法》，廢除非戰時軍事審判制度。
2014年3月，因兩岸服務貿易協議引發市場競爭以及言論自由受威脅憂慮而爆發的太陽花學運，大學生及抗議民眾佔領立法院議場長達20多天，最後在立法院長王金平承諾逐條審查以及制定兩岸協議審查機制後落幕，是馬政府任內爆發最大型的抗議事件，有超過50萬人參與此次抗爭，並間接導致2014年九合一選舉國民黨大敗。
2015年5月，教育部宣布微調高中課綱，引發部分學者、教師以及學生對於微調內容強調特定史觀以及課綱審定過程不透明的不滿，進而爆發以高中生為主的抗爭運動。7月起，全國各地高中生自主串連抗爭，包括台中一中、高雄中學、中山女高等名校在內，總計有超過150間學校學生參與，並爆發佔領教育部、林冠華自焚等事件；教育部長吳思華態度強硬，甚至提告抗議學生。
2010年9月25日，民眾集會抗議最高法院對於女童性侵案判決不公，要求政府進行司法改革，淘汰恐龍法官。最高法院2010年9月7日做出99年刑事庭會議七次決議，內容被視為回應白玫瑰運動訴求，但遭到法界批評司法訴諸民粹，違反罪刑法定原則。
馬政府任內爆發一連串食品安全爭議事件，有關單位被民眾認為執法不力、消極作為，懷疑政府無法提供有效因應對策對抗黑心食品，因此民怨四起。
1990年代末期，台灣許多紡織工廠惡性倒閉導致員工被資遣，產生勞工與資方間的債務問題，行政院勞工委員會介入協調，卻反而要求關廠工人償還貸款，引發關廠工人多年的抗爭。
2012年6月，勞委會再度發函關廠工人返還貸款，並編列預算欲對工人提起訴訟，全國關廠工人連線以「六步一跪」的方式前往總統官邸靜坐抗議，遭到警方強勢驅離；2013年2月5日晚間，約100名關廠工人在台北車站以臥軌方式進行抗爭，造成鐵路癱瘓約半小時。
2014年3月7日，台北高等行政法院判決關廠工人勝訴，而勞動部則宣布不再上訴。
高雄自由貿易及生態港，也有人稱之為高雄港市再造，為馬英九2008年在參選中華民國第十二屆總統時，愛台十二建設政見之子項目，預定投資金額為新台幣577億元。
此計畫中的許多子計畫後來又被馬英九政府納入高雄海空經貿城及「黃金十年」計畫中，作為2012年中華民國總統選舉的政見。
2017年高雄市立委劉世芳說，前總統馬英九提出的「愛台12項建設」中預計對於高雄的建設，都沒有實踐，淪為空話。然而馬英九政府在2011年馬英九就職三周年記者會上宣布「其政見就職3週年落實率到達90%」，也在2015年表示，愛台12建設的達成率已經到98.6%。高雄立委李昆澤批評愛台12建設用在高雄的實際預算從馬英九2008年執政到2015年累計只有原先2008年承諾577億元的三分之一不到（僅編列高雄港洲際貨櫃中心預算）。.臺灣影音.2012-5-20