肠球菌
腸球菌屬（學名："Enterococcus"），革蘭氏陽性球菌。經常以成對（雙球菌）或短鏈方式存在，故從形態上與鏈球菌屬很難區分。在人類腸道裡有兩種常見的偏利共生腸球菌：糞腸球菌（"Enterococcus faecalis"）約佔90-95%和屎腸球菌（"Enterococcus faecium"）約佔5-10%。其他人體中較少見的菌群還有"E. casseliflavus"、"E. gallinarum"和"E. raffinosus""。"腸球菌因為能生成抵抗藥物的物質，使它們不容易被抗生素殺死，且容易散播抗藥性並可在惡劣環境中生存，故近年來已成為臨床感染的重要致病菌之一。尤其是"E. faecium"經常對氨苄青黴素（ampicillin）及萬古黴素（vancomycin）具有抗藥性，是所有腸球菌感染症中最難治療的。
腸球菌是一種移生在腸道的革蘭氏陽性菌，故名腸球菌。在19世紀末發現，早期歸為鏈球菌屬。1930年代中期，依蘭斯菲爾德血清分型（Lancefield classification），腸球菌被歸類為D群鏈球菌（Group D "Streptococcus"），但是與非腸球菌的D群鏈球菌，如"Streptococcus bovis"， 在生化特性上有相當大的差異。直到1984年，基因體DNA分析指出腸球菌和鏈球菌的不同，而將腸球菌獨立成為一屬。
肠球菌属目前含40个种，临床常见的包括
腸球菌在顯微鏡下典型的排列為成對或短鏈狀，很難與肺炎鏈球菌區別。腸球菌是兼性厭氧菌，可在有氧和無氧的環境中生長。 雖然腸球菌不能形成孢子，但他們對於生長環境卻有很高的耐受性，例如可在下列環境中生長：溫度10-45℃、酸鹼度pH 4.5-10.0、高鹽濃度6.5%NaCl或40%膽汁。最適宜生長溫度為35℃，24小時培養可以形成白色菌落。
腸球菌在臨床上引起的重要感染包括泌尿道感染、菌血症、心內膜炎、憩室炎和腦膜炎等 。敏感性菌株的感染可用氨苄青黴素（ampicillin）、青黴素（penicillin）和萬古黴素（vancomycin）治療。 泌尿道感染則可用呋喃妥因（nitrofurantoin）進行特異性治療，即使在萬古黴素抗藥性的情況下。
從醫學觀點來看，腸球菌的一個重要特性是具有高度的先天抗藥性。一些腸球菌對β-內醯胺類抗生素（β-lactam，如青黴素、頭孢菌素（cephalosporin）、碳青黴烯（carbapenem）及許多氨基糖苷類抗生素（aminoglycoside）具有抗藥性。尤其是過去20多年來，抗萬古黴素腸球菌（Vancomycin-Resistant "Enterococcus"，VRE）在院內感染患者逐漸被檢出，尤其是在美國。抗萬古黴素腸球菌可用奎奴普丁/達福普丁（quinupristin/dalfopristin）來治療，約有70％的患者會達到治療效果，若與去氧羥四環素（doxycycline）合併治療，可降低抗藥性發生的機會。老虎黴素類抗生素（tigecycline）也已證明能用來治療腸球菌感染，如利福平（rifampicin）。
2008年的一研究分析了歐洲各國（北歐、英國、愛爾蘭、法國、中歐、南歐、東歐、荷蘭）抗萬古黴素腸球菌的發生與流行，並對臨床上預防抗萬古黴素腸球菌的方式提出建議。此篇文獻認為，"E. faecium"的氨苄青黴素（ampicillin）抗藥性可做為抗萬古黴素腸球菌風險一個很好的篩檢方法；對於分析"E. faecium"的基因差異（如"esp"基因、"pruK"基因）則屬次要的方式，因為這些基因學的特徵並非在所有抗氨苄青黴素（ampicillin）的"E. faecium"皆有一致的表現。也就是說，若沒有檢測出這些基因變異，並不能證明"E. faecium"菌株不會有擴散或導致疾病的風險。世界衛生組織（WHO）在2017年初將抗萬古黴素腸球菌列為「高度威脅」的致病菌。
腸球菌性腦膜炎是神經外科上罕見的併發症。它一般需要透過靜脈或鞘內萬古黴素來進行治療，但是治療效果仍有爭議。新的流行病學證據顯示，腸球菌亦是慢性細菌性攝護腺炎的主要感染因子，腸球菌會在攝護腺中形成生物膜，使其難以治療。
除了抗藥性，腸球菌也會生成許多毒性因子，毒性因子是作用於人體且會引發許多病灶，甚至造成嚴重疾病的物質；這些因子皆增加了腸球菌對人體的致病力。
美國國家院內感染監視系統（NNIS）所建置的國家健康照護安全網路（NHSN）統計發現，腸球菌是院內感染的第二大病原菌，且位居醫療照護相關血液感染比例的第三位，顯示腸球菌抗藥性所隱藏的致病風險。
腸球菌是人類和許多動物的一種腸道共生菌，糞腸球菌和屎腸球菌是最常見的菌種，這兩種腸球菌已有許多研究證明其促進人體和動物（豬、家禽等）健康的功效，因此在保健食品的應用上普遍被作為益生菌使用。在腸道中，腸球菌會搶奪病原菌的生存空間，這時即使不小心吃入了病原菌，這些病原菌也沒辦法留在腸道中，大幅降低了它們的致病力。此外，腸球菌具有抵抗消化液的能力，作為益生菌食用時，因不容易被消化液分解，所以能有更多的菌量到達腸道，使其更容易發揮改善腸道健康的作用；因為這些特性，所以腸球菌是常見的益生菌選擇之一。
早在1980年代，腸球菌就被使用來治療細菌性腹瀉，當時被認為是藥物治療以外的另一種選擇，主要因為腸球菌在腸道內生長快速，並可抑制其它致病菌，例如大腸桿菌的生長，因此能減緩腹瀉的症狀。除了細菌性腹瀉，腸球菌也被證實能用來預防藥物型腹瀉；當服用抗生素時，腸道的菌群會因此失衡，一些致病菌就會趁機繁殖，進而造成腹瀉等症狀，腸球菌可避免服用抗生素時的不良反應發生。所以將具有抗藥性的腸球菌作為藥品，連同抗生素一同使用，達到治療效果的同時，也可以避免副作用的發生。
中華民國食品藥物管理署於2017年10月19日公告：預告訂定「糞腸球菌("Enterococcus faecalis")及屎腸球菌("Enterococcus faecium")不得作為食品原料使用」草案，預定2018年7月實施。因腸球菌菌株變異性大，若要作為食品原料使用，業者必須要提出數據證實安全無虞，經個案審議才有機會使用。屆時規定若正式施行後，經查獲食品使用的原料不符規定者，將可依法開罰。
1998年美國一項研究發現，腸球菌在腸道聚集生長的過程會產生相當可觀的自由基，這些自由基很可能導致腸黏膜細胞不正常增生，進而引發大癌直腸癌的風險。
腸球菌具有很強的抗藥性散播能力，造成原本可以被殺死的細菌變成殺不死，因此不被認為是一般公認安全（Generally Recognized as Safe，GRAS）的菌種，作為益生菌使用仍有安全上的問題，特別是在細菌感染、免疫力低下的患者和老年人身上。除了抗藥性的散播能力，腸球菌也可能散播毒性因子，增加了腸球菌在食品應用上的疑慮，故腸球菌作為益生菌原料的安全性必須審慎評估。
腸球菌因抗藥因子和毒性因子的高度散播能力，使腸球菌容易獲得或傳遞這些對健康有風險的因子，最後衍生出藥物殺不死的病菌，造成了治療上的困難，顯示腸球菌對人體健康的潛在危害。因此，考慮到腸球菌感染在人類流行病學上的進展，以及腸球菌對人體健康可能具有的風險， 世界衛生組織（WHO）在2002年提出報告不建議腸球菌作為益生菌提供給人類使用，2007年歐洲食品安全局（EFSA）也認為腸球菌並非屬於合格認定安全（Qualified Presumption of Safety，QPS）的菌種，2011年美國食品藥品監督管理局（FDA）的乳製品指導方針草案也不建議將腸球菌作為益生菌使用。中國 、加拿大等國也禁止或不建議腸球菌作為益生菌成分。根據許多研究結果及主要國家的安全評估，腸球菌作為益生菌對人體健康的不良影響無法完全排除，因此禁止或有條件的使用是有其必要性的。
腸球菌專家、美國哈佛大學醫學院的Michael S. Gilmore博士團隊在其所撰寫的《Enterococci》一書中，除了提及美國FDA與歐洲食品安全局不建議使用腸球菌作為益生菌給人類食用之外，更寫到腸球菌必須確定無毒性因子以及必須以活體試驗（in vivo）證明不具有基因水平轉移的能力（會導致抗藥性的散播）才可以作為益生菌食用；然而，到2014年為止，科學界並沒有發現不具基因轉移能力的腸球菌菌株。有研究顯示一些從食物分離出來的腸球菌可能藏有毒性因子，但毒性的顯現卻並非由特定的毒性因子所掌控，而是由更複雜的過程所導致。。因此，腸球菌作為益生菌使用仍有相當大的爭議，想藉由食用這類益生菌來促進健康的同時，也不應忽視腸球菌對人體健康的不良影響。
目前腸球菌應用於醫藥級的藥用益生菌（pharmaceutical probiotics）主要在歐洲與亞洲部分國家通過上市。市面上以屎腸球菌（"E. faecium"）作為藥用益生菌的安全菌株，主要源自於瑞士原料藥廠Cerbios-Pharma SA所研發的"Enterococcus faecium" SF68®（cernelle 68）菌株。德國、台灣與日本的藥廠則多半以糞腸球菌（"E. faecalis"）研發安全菌株製成藥用的益生菌。
瑞士Cerbios-Pharma SA藥廠獲得cGMP製程認證，專精於研發與生產醫藥等級的益生菌，主要銷往歐盟各國、美國、日本、韓國等生技市場。在腸球菌的部分，研發"Enterococcus faecium" SF68®活性屎腸球菌，並通過雙盲臨床藥物測試，用來預防與治療腸道相關的病症。
法國Sanofi藥廠的Bioflorin®、巴基斯坦RG Pharmacutica藥廠的Newflora®與韓國東丘（DongKoo）藥廠的Ventrux、Bio-Balance都是使用瑞士Cerbios-Pharma SA藥廠的SF68®菌株。台灣有廠商輸入韓國東丘藥廠的衛樂舒散（衛署藥輸字第021237號），衛樂舒藥品仿單上為SF68®菌株，然而衛福部食藥署的許可證內容卻標示菌種為糞腸球菌（"S. faecalis"），此出入仍有待查證當中。
德國SymbioPharm GmbH藥廠研發"E. faecalis" DSM 16440菌株，開發Symbioflor® 1與Pro-Symbioflor®等藥用益生菌，除了可改善腸胃不適的症狀，也可強化免疫系統，緩解呼吸道發炎，例如鼻竇炎與支氣管炎的症狀。
台灣製造生產含有腸球菌的藥品有百賜益錠Bio-Three Tablets 及"大豐"固兒美顆粒Goodmin Granules "T.F."，主要用於整腸與治療消化不良等腸道不適症狀。
武田製藥的新ビオフェルミンS（欣表飛鳴）也含有糞腸球菌，具有調整消化及整腸的功效。
武田製藥的ビオフェルミンR（表飛鳴，菌株129 BIO 3B-R）