陳水扁政府
陳水扁政府（通稱扁政府或阿扁政府），是指2000年5月20日至2008年5月20日，陳水扁擔任第10任與第11任中華民國總統期間所領導的中華民國政府。陳水扁政府是中華民國行憲後首個非中國國民黨領導的政府。陳水扁與呂秀蓮於2000年總統選舉中以39%得票率勝出，實現中華民國史上第一次政黨輪替；2004年總統選舉，陳呂二人再度以0.2%的極些微得票率差距贏得連任。
陳水扁政府時期經歷6個內閣，分別為唐飛內閣、第一次張俊雄內閣、游錫堃內閣、謝長廷內閣、第一次蘇貞昌內閣及第二次張俊雄內閣，共五位六任。其中，首任閣揆唐飛為中國國民黨籍，但總統府方面並未與在野黨協商組閣，而是逕自徵詢並任命之；國民黨方面則是將唐飛予以停權處分，並聲明其內閣施政與該黨無關。
民主進步黨在2001年立法委員選舉及2004年立法委員選舉中雖為立法院第一大黨，但席次並未過半；在野泛藍陣營的中國國民黨和親民黨則共組「國親聯盟」與之抗衡、並擁有過半席次，使得陳水扁政府8年執政期間成為「少數政府」。
為彰顯新政府重視人權議題，陳水扁總統甫上任即成立「總統府人權諮詢小組」，2004年擴編為「總統府人權諮詢委員會」，由副總統呂秀蓮擔任主委，著重於「人權入憲」與「人權修法」之研議。
2007年，陳水扁總統簽署《消除對婦女一切形式歧視公約》，外交部委託友邦諾魯駐聯合國代表團轉交給聯合國秘書處存放，遭時任聯合國秘書長潘基文援引聯合國大會第2758號決議退回。
2005年，執政黨民主進步黨與最大在野黨中國國民黨達成共識，聯手通過第七次修憲，正式廢除國民大會；同時立法委員席次減半，由原本複數選區制改為單一選區兩票制，從此台灣的政治生態有漸漸朝向兩黨制發展的趨勢。
陳水扁總統上任之後開始清查中國國民黨的不當黨產，並由中央政府部會提告追討。2004年，財政部成立「國家資產經營管理委員會黨產處理專案小組」，負責處理不當黨產事宜；同年底，執政黨試圖在立法院通過《政黨不當取得財產處理條例》草案，但遭在野的國親聯盟封殺。
2002年，行政院文化建設委員會將過去白色恐怖時期的兩處不義遺址「景美看守所」與「綠島感訓監獄」登錄為歷史建築，並於數年後落成「景美人權紀念園區」與「綠島人權紀念園區」，將內部改建為展覽空間，向遊客展示過去威權統治時期打壓人權的統治手段，並與教育機構合作進行人權教育。
高鐵工程於2000年動工，歷經6年的建設，還曾一度宣布延緩通車，終於在2007年1月5日正式營運，從此改變了台灣往返南北的運輸型態，更形成了「北高一日生活圈」；而空中運輸國內航線「台北－高雄」及「台北－台南」更因高鐵通車，於2012年走入歷史。
核四停建
2001年，民進黨主席林義雄強烈要求應停建核四，與國民黨籍的行政院長唐飛續建核四的主張不合，唐飛因而向陳水扁總統提出總辭。繼任的閣揆張俊雄即宣布停建核四。
扁政府的兩岸基調並非固定，而是隨著時局常做調整。其甫上任時的主張較為平和，並無含有台灣獨立的意涵在內；但隨後即越發有向台獨靠攏的趨勢。
「四不一沒有」是陳水扁在2000年5月20日第十任總統就職典禮上發表的「只要中共無意對台動武，本人保證在任期之內，不會宣佈獨立，不會更改國號，不會推動兩國論入憲，不會推動改變現狀的統獨公投，也沒有廢除國統綱領與國統會的問題”」演說。這是陳水扁政府初期針對兩岸關係的基調，亦曾是陳水扁代表當時作為執政黨的民主進步黨對於兩岸關係立場的明確表態。
2001年5月，陈水扁出訪瓜地馬拉時拋出了關於兩岸關係的“新五不政策”，宣布軍售及過境絕不是對大陸挑釁；台灣政府絕不會錯估兩岸情勢；台灣是絕不是人家的棋子；台灣從不放棄改善兩岸關係加強對話；兩岸共存共榮是兩岸努力目標，相信兩岸雖有競爭但不會有戰爭，相信大陸希望台灣變得更好。
2002年8月2日，陳水扁總統透過視訊會議發言，對在日本東京舉行的世界台灣同鄉會第29屆年會上向與會人士提出一邊一國論，指台灣、中國不屬同一國家。相較於李登輝時期的特殊兩國論僅認為台灣與中國大陸分屬不同國家，一邊一國論更強調台灣有別於中國之外的獨立性。
2004年陳水扁總統在雙十國慶談話中，首次提出「中華民國是台灣」這個說法，稱「中華民國的主權屬於兩千三百萬台灣人民，中華民國就是台灣，台灣就是中華民國，這是任何人都不能否定的事實」。2005年7月30日，陳水扁政府開始在政府部門的官方網站上使用「中華民國（台灣）」作为中華民國的正式稱號。
2006年，陳水扁總統為反制中國通過《反分裂國家法》，宣布中止國統會運作並停止適用國統綱領，引發中國大陸強烈抨擊；美國則要求中國不可輕舉妄動，同時也要求台灣政府交代清楚是否將完全停止運作。
2001年，行政院通過《試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法》，開放金門、馬祖兩地與中國大陸廈門、泉州與福州通航。
有別於李登輝政府時代的「戒急用忍」，扁政府初期對於兩岸經貿交流持較為開放的態度，主張「積極開放、有效管理」，鼓勵台商赴中投資設廠；後期兩岸關係情勢緊張，政府才改以「積極管理、有效開放」，不再鼓勵台商西進。
陳水扁政府出訪時常利用「過境」名義訪問美國或非邦交國，官方定位為「過境外交」。由於中國往往在過境之後對該國實施制裁，並施加對台打壓力道，因此又被稱為「烽火外交」。
2006年5月4日，陳水扁總統啟動興揚專案出訪友邦巴拉圭、哥斯大黎加及多明尼加，在前往巴拉圭的途中臨時決定不按原訂計劃過境美國阿拉斯加州首府安克拉治，之後專機無預警降落在阿聯首都阿布達比、荷蘭阿姆斯特丹與利比亞等非邦交國，以加油或是過境為由停留。府方基於保密理由，未事先公布降落地點，因此有整整37小時機上隨團記者對於航程完全處於不知情的狀態，故被戲稱為「世紀迷航」。
陳水扁任內與中國大陸展開邦交國爭奪戰，先後有多個國家與台灣斷交或建交。政府為穩住邦交，屢有砸大錢金援邦交國的傳聞，甚至爆出巴紐外交公款侵吞案等貪瀆案件，因此又被戲稱為「凱子外交」。
臺灣－俄羅斯關係
台俄關係在陳水扁第一任期內發展相當密切，2001年宣布俄羅斯遠東地區城市海參崴與台北直航；2002年駐俄代表處增設「科技組」，擴大雙邊科技合作交流；同年7月，由總統府主導的「台灣－俄羅斯交流協會」成立；8月，莫斯科－台北包機直航航線開通。
台俄關係快速發展引起俄國媒體的興趣，俄羅斯新聞時報曾刊登專訪陳水扁總統的新聞，並附上一張陳水扁擔任台北市長時，與時任聖彼得堡第一副市長、現任俄羅斯總統普丁的合照，引起中國駐俄大使館的抗議。
2002年，台灣以「台澎金馬個別關稅領域」的名義加入世界貿易組織（WTO）。
2000年7月，4名工人因溪水上漲而受困於嘉義八掌溪河床上，在向外求援後，政府各機關卻互相推諉責任，導致受困工人在媒體連線直播中，被全國民眾目睹遭河水沖走，最終溺水身亡。時任行政院副院長游錫堃為此事負起政治責任，請辭下台。
2003年嚴重急性呼吸系統綜合症疫情在台灣爆發，高致死率引發社會恐慌；由於台灣過去未曾有面臨的大流行病防疫經驗，中央政府與地方政府皆不知道該如何應對。當時爆發院內感染的和平醫院，台北市政府與行政院衛生署在未進行分艙分流的措施下，直接宣布「封院」只進不出，許多看診病患因此被困在醫院無法離開，造成院內交叉感染，有如煉蠱；院內醫護人員也因缺乏防護裝備與事前準備，形同被關在院內自生自滅，使得許多護理人員精神瀕臨崩潰。
封院事件最終造成數名護理師與病患感染犧牲，而當時主責的台北市長馬英九、臺北市政府衛生局局長邱淑媞和行政院衛生署署長涂醒哲卻相互推諉責任，不願承認應為此事件負責。
2005年起，陳水扁及第一家庭傳出貪瀆弊案，多名執政黨重要政務官員也遭到檢調單位調查，引發在野黨批評。2006年8月12日，民進黨立委施明德發起「紅衫軍運動」要求總統陳水扁辭職下台，主辦單位估計有超過百萬人參與抗爭。