严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2流行病学溯源
严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2流行病学溯源，介绍科学界在严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2流行病学溯源调查领域的研究成果与观点。
2020年1月1日，中國疾病預防控制中心在武漢華南海鮮市場採得樣本後，在1月7日發表檢驗結果，表示「不明原因的病毒性肺炎」病原體初步判定為新型冠狀病毒，又指出基因進化分析顯示病毒與嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒和中東呼吸綜合症冠狀病毒冠狀病毒分屬於不同的亞群分支，與這些病毒基因序列有較大差異。
中國科學院上海巴斯德研究所和中国科学院植物生理生态研究所合成生物學重點實驗室等機構，2020年1月21日在《中國科學：生命科學》（）期刊上發表報告，指病毒屬於乙型冠狀病毒屬（）。乙型冠狀病毒屬是蛋白包裹的正链单股RNA病毒，能夠寄生和感染人類及其他高等動物。在進化樹的位置上，與SARS病毒和類SARS病毒的類群相鄰，但並不屬於SARS和類SARS病毒類群。
直至2月11日，病毒才獲國際病毒分類委員會正式命名為「SARS-CoV-2」（嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型）。
原發病例俗稱「零號病人」，指疫情擴散時被病毒或細菌性疾病感染的第一人。武漢市衛健委曾在2020年1月11日一份通報中指，首名新冠肺炎病例是一名61歲男子，發病時間是2019年12月8日，事后流行病学调查显示该名患者是首位前往医院就诊的患者。2020年1月14日，武漢市金銀潭醫院副院长黄朝林等近30名中國學者在《刺針》期刊发布论文指，进一步的流行病学调查中，通过综合武汉市医疗体系的全部病例指，一位患者在12月1日已出現癥狀，该名患者是目前已知最早发病的患者。该论文同时指出該患者並没有去過武漢华南海鲜市场，並且與後續病例之間也没有發現流行病學上的關聯。
武汉金銀潭醫院呼吸与重症监护科（ICU）主任吴文娟医生表示，这名12月1日发病的患者是一名年过七旬患有阿茲海默症的男子，「有点脑梗、老年痴呆，送过来时状况很不好」，她稱「他住在离海鲜市场四五（个公交）站远的地方」，「而且因为他患病，所以基本上不出门」。
2020年3月13日，香港《南华早报》引述未透露姓名的消息来源表示，首宗感染病例发病时间是2019年11月17日；作為回應，中國疾控中心主任高福接受《科學》採訪時稱，「没有确凿的证据表明我们在11月已经有了群体病例。我们正试图更好地研究病毒的起源。」
英国一项基因研究发现，2019年年底SARS-CoV-2或已在全球迅速传播，并且仍在反复发生突变以不断适应其人类宿主。这项研究名为“Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2”，于当地时间5月5日以预校稿的形式在线发表在国际医学期刊《感染、遗传学和进化》（Infection, Genetics and Evolution）上。研究团队主要来自伦敦大学遗传学研究所，通讯作者为该所研究员弗朗索瓦·鲍卢克斯（François Balloux）。研究指出，从系统进化估计来看，SARS-CoV-2大流行开始的时间大概在2019年10月6日至2019年12月11日之间，这也大概是其从自然宿主进入人类社会的时间。
意大利14家研究中心在学术论文平台ArXiv上联合发表的论文分析了約6000宗確診病例，以回溯疫情發展，並指SARS-CoV-2早在2020年1月1日已出現於意大利北部，比當地於2月20日發現的第一宗病例早數星期。該論文未經同儕評審。2021年，米蘭癌症中心發出報告證實可信，這些樣本交給兩間第三方實驗室再次測試，該次重測是應世界衛生組織（WHO）要求。這兩間實驗室分別是義大利的VisMederi實驗室、荷蘭伊拉斯姆斯大學的世衛組織附屬機構。 另有报道称，2019年12月意大利米兰与都灵所采集的污水样品中发现有新冠病毒。
法国东北部科尔马市阿尔贝·施魏策尔医院（Albert Schweitzer hôpital）在2020年5月7日发布新闻稿称该院的米歇尔·施米特医生与他的研究团队检查了2019年11月1日至2020年4月30日拍摄的2456张胸部X光片，发现第一起和新冠肺炎的X光片相似的案例发生在2019年11月16日。施米特医生认为该地区在11月有非常零星的病例发生，到2月底进展缓慢，直到2月最后一周在米卢斯（Mulhouse）的宗教集会上感染案例飙升，再到3月31日达到峰值。但这项研究并未公开具体细节，仅为初步研究，结果仍需讨论。医院已经表示将会对这项研究计划提供更多支持，包括使用生物学数据和住院报告进行深入研究，并扩展到其他成像中心去。
2020年5月3日，医学期刊《国际抗菌剂杂志》刊登题为《新冠病毒2019年12月底已在法国传播》的论文。研究人员选取14个2019年12月2日至2020年1月16日期间流感疾病（ILI）重症监护室病例，于4月6日至9日重新进行新冠病毒核酸检测，发现一名42岁男子的样本呈阳性，该病例与中国缺乏关联，且在发病前没有外国旅行史。本文认为法国低估了新冠病毒的流行性，在2019年12月下旬此病毒就可能已经在法国传播，且由于无症状感染者占据总感染数字的18-23%，说明在2020年1月有相当数量的无症状感染者没有检出。
2020年5月15日，日本厚生劳动大臣加藤胜信在内阁会议后的记者会上表示，日本红十字会分别在当年4月在东京和东北6县，及前一年的1月-3月的日本关东甲越信地区的献血血液中各提出500份血样，对5个厂家生产的抗体检查试剂盒性能进行了调查，结果显示2019年1-3月所采集的血液中检测出两件呈嚴重急性呼吸系統綜合征冠狀病毒2抗体阳性。
2020年6月26日西班牙巴塞罗那大学发布公告称，该校领导的一个肠道病毒小组的研究人员对当地废水样本做了检测，结果发现在2019年3月12日采集的废水中已有新冠病毒的踪迹，此前该小组的研究人员已在2020年1月15日的废水样本中检测到了新冠病毒的存在。但此项研究的相关结果遭到不少科学界人士的质疑。西班牙公共卫生与卫生行政管理协会的琼·拉蒙·比利亚比（Joan Ramon Villalbi）博士认为得出明确的结论还为时过早。他说：“当只是一个结果时，应该要更多的数据，更多的研究，更多的样品来确认并排除实验室错误或方法学问题。”由于该病毒与其他呼吸道感染的相似性，有可能导致假阳性。巴塞罗那大學引述研究領導人阿尔伯特·波希（Albert Bosch）表示：“樣本中新型冠狀病毒的含量低，但卻是陽性。”這項研究已送交同儕審查。
2020年7月2日，巴西14位圣卡塔琳娜联邦大学的研究人员联名发布《2019年11月巴西圣卡塔琳娜下水道发现新冠肺炎病毒》的研究报告，他们在对巴西圣卡塔琳娜州首府弗洛里亚诺波利斯市2019年10月到2020年3月期间的下水道水样分析中发现，2019年11月份的下水道水样中存在新冠肺炎病毒。这一发现比美洲大陆官方宣布的第一例新冠肺炎确诊病例，2020年1月21日美国确诊第一例新冠肺炎病例早两个月，比巴西政府宣布的2020年2月底出现的新冠肺炎确诊病例早了三个月。
2020年9月，英國某研究項目发现，2019年年底-{SARS-CoV-2}-或已在全球传播，并且仍在反复发生突变以不断适应其人类宿主。这项研究名为“Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in -{SARS-CoV-2}-”，发表在国际医学期刊《感染、遗传学和进化》（Infection, Genetics and Evolution）上。研究团队主要来自伦敦大学遗传学研究所，通讯作者为该所研究员弗朗索瓦·鲍卢克斯（François Balloux）。研究指出，从系统进化估计来看，SARS-CoV-2大流行开始的时间大概在2019年10月6日至2019年12月11日之间，这也大概是其从自然宿主进入人类社会的时间。
2020年11月11日，据米蘭國家腫瘤研究所發表的一項研究，研究人員在2019年9月至2020年3月參加肺癌篩檢人士身上取得的959個血液樣本中，尋找冠状病毒棘突蛋白受體結合區特定抗體。結果顯示，意大利在2019年9月採集的居民血液樣本中已測出新冠病毒抗體，這意味着冠状病毒在意大利的傳播時間可能要追溯至2019年夏季。
2020年12月1日，包括来自美国疾病控制与预防中心、美国红十字会在内的科学家，刊登于美国感染病协会杂志《临床传染病》的研究显示，在2019年12月13日至2020年1月17日之间收集的九个州7389份居民献血样本中，发现有106份存在新冠病毒抗体，于武汉的首例之前就已经存在。该研究受到华尔街日报、福布斯等媒体报道，CDC研究人员认为会引起关于新冠起源新的探讨，但并未有实际舆论关注。同時，該研究文章也指出，樣本中没有一个血清可以被认为是“真正的阳性”，“真正的阳性”只能从分子诊断测试呈阳性或滴度升高的急性-恢复期配对血清中收集。此外，亦有科學家指出，上述化驗雖然針對的是新冠病毒，但不能完全排除使血液中抗體做出反應的是其他冠狀病毒，新加坡國立大學醫學院新發突發傳染病研究所所長王林發表示，在科學上，有抗體並不代表100%被與新冠病毒同源的病毒感染導致。」
2021年9月22日，中科院预印本平台(ChinaXiv)发布的一篇研究文章称，据其研究人员依据传染病传播模型和大数据分析的方法建立优化模型，基于已公开数据对美国东北部12州和中国武汉市、浙江省等地的疫情起源时间进行的推断，对于美国东北部这12州，新冠肺炎疫情首例感染发生概率50%的日期多数位于2019年8月到10月，最早是罗德岛州的2019年4月26日，最晚是特拉华州的2019年11月30日，均早于美国官方公布的全美首例确诊日期2020年1月20日。该研究文章认为，计算结果表明，美国新冠肺炎疫情较大概率于2019年9月前后已开始流行。同时，该研究文章称，武汉市首例感染发生概率50%的日期为2019年12月20日，浙江省首例感染发生概率50%的日期为2019年12月23日，据此推断，中国新冠肺炎疫情较大概率于2019年12月下旬已开始流行，这一结论与流行病学调查结果基本相符，证明该计算方法准确可靠。惟該文章目前暫未通過同行評審。
在2021年12月的《》杂志上发表的研究成果表明，伦巴第大区在首位确诊病例之前，已有至少527个确诊病例，这些病例分布在伦巴第大区1506个城镇中的222个，涵盖了其所有12个省。该研究的参与者是意大利住院和传染病研究所（IRCSS）、伦巴第大区社会福利委员会预防传染病部门的传染病学家，以及病毒学家。研究采用的方法是，分析官方病例记录、建立实验室确诊病例清单，以及对此前的病例及其密切接触者进行回访等。
2020年5月4日，加拿大及英国皇家内科学院院士关玉莲（华裔）在央视连线中指，美国加州三位没去过中国的新冠肺炎患者尸检结果表示，美国病例最早的感染时间或在去年10月。
2020年5月4日，新澤西州贝尔维尔市市長迈克尔·梅勒姆（Michael Melham）在接受媒體採訪時表示稱自己在2019年11月就已感染新冠病毒。據迈克尔·梅勒姆回憶，他在去年11月前往大西洋城參加新澤西州市鎮聯盟會議，11月21日回程時在花園州高速公路（Garden State Parkway）突感不適，回到家後開始出現高燒、發冷等一系列症狀，整夜都無法入眠。醫生認為他感染了流感，他當時也接受了這一說法，直到新冠病毒疫情在新澤西州爆發，「我曾懷疑過自己感染了新冠病毒，但他們說美國首例在一月才被發現；但我以前也患過流感，症狀從未如此嚴重，我覺得自己好像快要死了。」儘管官方說法認為迈克尔·梅勒姆當時不可能感染新冠病毒，但他還是堅持去做了血液抗體檢測，結果令他的醫生非常震驚：檢測顯示迈克尔·梅勒姆已有新冠病毒抗體。他隨後發表聲明宣佈檢測結果，並認為此前許多重症流感很可能就是新冠病毒，「我身邊也有很多人告訴我，他們曾在去年11、12月生病且症狀嚴重。」對此，部分衛生專家支持這一論斷。執行主任Georges Benjamin說，「我們最終會發現，新冠病毒的到來比我們想像的早得多。」
目前對於病毒的媒介來源仍沒有統一的結論，目前基因序列一致性最高的病毒，是石正麗在雲南某地中華菊頭蝠取得的病毒樣本RaTG13，一致性是96.2%。所以像世衛組織就認為自然宿主原始宿主是中華菊頭蝠。但不知道是否有其他中間宿主。至於穿山甲身上的病毒樣本，基因一致性比蝙蝠身上的低，應該不是原始宿主。
最早的媒介判定來自2020年1月21日中國科學院上海巴斯德研究所等研究機構在《中國科學：生命科學》的論文，初步判定進化來源為寄生在果蝠的HKU9-1冠狀病毒，推測武漢冠狀病毒的自然宿主也可能是蝙蝠。論文也提及蝙蝠到人的傳染過程中很可能存在未知的中間宿主媒介。中国科学院西双版纳热带植物园、华南农业大学和北京脑科中心研究团队2020年2月22日的報告表示蝙蝠與病毒媒介有關。他們解析全基因组数据发现，比较古老的H13和H38单倍型，通过的中间载体mv1與蝙蝠冠状病毒RaTG13有關。這可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或原發病例。
隨後，學術界陸繼發現更多潛在的媒介。香港大學教授管軼及廣西醫科大學教授胡艷玲在2月18日聯名發表論文《中國南方馬來穿山甲2019-nCoV相關冠狀病毒的鑑定》，報告在18隻穿山甲肺、腸和血液冷凍樣本中發現2019-nCoV（即現稱SARS-CoV-2）相關冠狀病毒的兩個亞型。這些穿山甲來自2017年8月至2018年1月的廣西海關反走私行動，發現的冠狀病毒的受體結合域與2019-nCoV非常接近，研究員主張將穿山甲視為潛在中間宿主。由北京大學等多間的聯合研究團隊將新型冠狀病毒的RSCU與不同物種動物基因序列的RSCU進行比較，在1月22日在《》的研究論文表示，與其他動物相比，蛇是最有可能攜帶新型冠狀病毒的動物。但此项研究遭到大量同行质疑，称RSCU分析并不适合用来研究冠状病毒的宿主，所以结论并不可靠。同时之后密歇根大学的研究否认了蛇是新冠病毒的中间宿主。华南农业大学在2月7日的報告發現穿山甲有β冠状病毒的序列，與感染人類的冠状病毒亲缘性是「高度相似」，認為穿山甲是新型冠状病毒疫情的潜在中间宿主。中国工程院院士钟南山在2月27日的疫情發表會指出蝙蝠、穿山甲等携带冠状病毒的野生动物可能与此有关，但他认为可能还有其他的中间宿主。
《华尔街日报》引述昆明医科大学第一临床学院一名硕士生撰写的论文，指出自2012年4月2日起，5名负责在云南墨江地区的铜矿清理蝙蝠粪便的工人感染严重肺炎，其中三人因病不治身亡。医院曾咨询呼吸系统疾病专家钟南山，经过诊断，他认为患者所感染的肺炎应该是病毒所致。武汉病毒研究所的专家团队也前往矿区进行深入调查，从276只蝙蝠身上采集粪便样本，提取基因物质进行片段测序，最终确定六种病毒株，其中一种为类似SARS的不明病毒株，之后被称为RaBtCoV/4991。直至新冠肺炎疫情爆发，该病毒才重新受到关注。2020年2月3日，《自然》杂志刊登武汉病毒研究所石正丽团队的论文披露，在2013年，武汉病毒研究所石正丽团队在云南一山洞里采集的菊头蝠样本，发现了冠状病毒RaTG13，武漢新型冠狀病毒在整个基因组中与RaTG13病毒有96.2%的一致性。
台灣中央研究院院士賴明詔在受訪時稱，「新冠病毒是由蝙蝠的冠狀病毒衍生過來的」，「毫無疑問是在雲南的山洞裡面，有一些蝙蝠的冠狀病毒，和現在的新冠病毒它的基因序列很像。」
在疫情的最初期，社會普遍相信中國武漢市的華南海鮮市場是病毒發源地。1月11日，武漢市衞健委通報表示大部分確診病例都曾經到過華南海鮮市場。1月22日，中國疾控中心主任高福在國務院新闻办公室發佈會上表示新型冠狀病毒的來源是武漢一家海鮮市場非法銷售的野生動物等。
隨後，进一步的研究结果则认为华南海鲜市场并非疫情发源地。1月14日發表的《中国武汉市2019年新型冠状病毒感染患者的临床特征》除了提及当时认为属首例的、12月1日发病的新冠肺炎患者没有去過武漢华南海鲜市场外，他们的数据还显示最初入院的41个確診個案中，13個也與華南海鮮市場無關。喬治城大學傳染病專家接受《科學》採訪時指出「13個無沒有關連的個案是個很大的數字」，又表示因為病毒有潛伏期，第一例病症最遲在2019年11月已發生。他表示如果是這種情况，新型冠狀病毒最初可能源自其它地方，在更早的時候就已經在人群中消無聲息地傳播，随著傳播到海鮮市場後，才在12月下旬出現華南海鮮批發市場的大量病例。黄朝林接受中国媒体《财新网》采访时表示「从现在整个发病情况来看，海鲜市场已经不是唯一的暴露源……其是多源性的」。中日友好醫院主任醫师曹彬表示，“現在看起来很明確，華南海鮮市場不是唯一的疫源地」。认为，中东呼吸综合征冠状病毒是2012年6月从沙特阿拉伯的一名患者身上首次发现的。但后来的研究将其追溯到2012年4月约旦的一次早期医院爆发的不明原因肺炎，从约旦死亡的两个人身上储存的样本证实他们感染了这种病毒。露西因此建议，对动物及其供应商的血液样本、确诊患者的血液样本进行回顾性分析可能会揭示新冠病毒的起源地。
中国科学院西双版纳热带植物园2月22日發表的一篇論文预印本指出，來自華南海鮮市場有關患者的病毒，出現在進化的孫子輩裡，在進化上並不是最早的病毒，全基因组数据的分析發現，武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入。研究者指出，来自美国华盛顿州的美国首例患者与来自广东深圳的广东首例患者检出较古老單倍型H13和H38，又指出美国的病毒可能有五个来源，广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源，澳大利亚、法国、日本的患者感染源至少有两个。研究者追踪较古老單倍型H13和H38患者的感染時間和活動軌跡發現，美国首例患者与广东首例患者均有武汉旅行史，可能是12月底至1月初在武漢活動期間被感染。3月1日，就病毒源頭會不會在深圳或美國的問題，兰州大学研究员趙序茅認為，仅就这篇论文而言无法得出新冠病毒源头在美国的结论，源头应该还在武汉；他又指美國攜帶H38單倍型的病毒患者有過武漢期間的旅行史和武漢地區密不可分，且病毒確診病例在當地的基數較小，病毒擴散得較慢，因此病毒更新換代也慢，因此找到较古老單倍型並不奇怪。中国科学院生物学博士李雷認為，盡管大概率排除了華南海鮮市場為首發地，但從整個病毒的溯源看來，病毒的集中爆發地依然存在於武漢或者湖北省。
繼广东海关及广西海关抓获的走私马来穿山甲货物身上检测出冠状病毒後，2月27日，中国工程院院士钟南山在广州医科大学疫情通报會上表示「广西的蝙蝠和病人有可能也是跟这个病毒有关系」。钟南山認為，新型冠狀病毒「疫情首先出现在中国，不一定是发源在中国」，後來他補充指「也不能就此判断疫情是来自国外」。
上海市新冠-{}-肺炎医疗救治专家组组长张文宏指，如果是疾病是由外國传入中国，則應該出現中国多個城市同时发病的情況，他又指病毒的源头是一个敏感的问题，但是一定要有确切的依据。美籍中華民國裔醫學專家何大一表示“对这场流行病起源于中国则不表任何怀疑”。
3月18日，香港大學微生物學系名譽助理教授龍振邦、讲座教授袁國勇在《明報》上撰文，批評中國指新型冠狀病毒由美國傳入的說法毫無實證，又指中國人經歴了2003年的SARS，卻為滿足慾望繼續食野味，「中國人陋習劣根」才是病毒之源。同日，钟南山表示，“新冠-{}-肺炎疫情是发生在武汉，但没有证据表明源头也在武汉，这是个科学问题。通过分子生物学、病毒进化的研究，关于新冠病毒源头，是能够搞清楚的。但没有搞清楚之前就随便下结论，是不负责任的。”当晚，龍振邦及袁國勇宣布撤回文章，并表示该文章「表達不適當，用詞甚至有錯誤，並非原意」，希望外界「不要把我們捲入政治，留給我們一個空間研究」。
2020年2月29日，意大利米蘭薩科醫院生物醫學科學研究所所長西莫·加利（Massimo Galli）博士表示，他率領的科研團隊已經分離出意大利境內患者新冠肺炎病毒毒株。並通過對中國52種新冠肺炎病毒序列分析研究，結果顯示，新冠肺炎病毒或許在2019年10月底到11月中旬期間就已經出現人傳人現象，他亦表示意大利被感染的患者病毒源似乎和中国没有联系，现在还无法确定患者中有过中国旅游经历。後來加利表示，經研究發現，新冠病毒可能是經由德國傳播到意大利，而非許多專家最初認為的是直接來自中國，他表示該名德國病人1月19日至22日之間在慕尼黑與來自上海的人接觸後感染了病毒，又認為疫情在1月25日至26日之間開始在意大利爆發。
3月21日，前主席、意大利主任在接受美国全国公共广播电台访问时表示，他现在听到来自全科医生的消息，“他们记得见过这种奇怪的肺炎，非常严重，特别是在老年人中，在2019年12月乃至11月时”，“这意味着在我们知道中国疫情爆發之前，病毒就至少已经在意大利伦巴第北部地区传播起来了”，又說「你根本不可能去與你並不知道存在的東西搏鬥」。3月25日，香港國際關係學者沈旭暉在臉書公開一名人士向雷穆齊作出的書面查詢，雷穆齊回信表示：「我唯一說過的是，一些全科醫生坦率地告訴我，他們注意到在11月底和12月的幾例嚴重的肺炎，這並不意外，因為大多數傳染病來自無症狀的人，他們很可能是在中國當局告知有疫情發生前從中國來的。」雷穆齐在信中附加了早前答覆記者問題的回答，當中提到：根據最近一期《自然醫學》中的一篇文章，有證據反映當前新冠肺炎來自蝙蝠和穿山甲；武漢市場上有大量使用蝙蝠、穿山甲的商業活動記錄，這幾乎可以肯定是疫情爆發的來源。雷穆齊又指，遺傳學已證實，病毒首先在武漢出現，它可能經過一段時間，再由中國向外蔓延；它其後通過中國人接觸德國人，再傳播到達意大利。他又懷疑早在10月底，武漢就可能已出現新冠肺炎感染。德国之声表示，該番言論被一些中國媒體解讀為「早於新冠疫情在中國爆發前就已在義大利傳播」，相關報導被大量微信公眾號編輯轉載，更引發了有關「新冠病毒是否源自義大利」的討論和想像。雷穆齊隨後接受英國《泰晤士報》的採訪中表示，中國官方的有關報導是「扭曲了他的用詞」，容易讓人認為病毒的來源是義大利，又批評相關做法是教科書式的「宣傳手段」。他又向義大利《羅馬日報》表示該病毒「毫無疑問是中國的」。
4月14日，英国剑桥大学遗传学专家及剑桥大学耶稣学院院长科林·伦福儒等在《美国国家科学院院刊》发布论文，研究人员按照进化关系，使用了160个完成的病毒基因样本，标记为A、B、C三类。这些样本在2019年12月24日至2020年3月4日期间，采集自世界各地。此项研究发现，A类与C类有相当多比例在东亚以外地区被发现。相反，B类是东亚最常见的类型，B类的原始类型似乎没有传到东亚以外，直到最初的突变产生B类衍生型后才传出去。这一现象指向奠基者效应或东亚以外对B类原始型在免疫上或环境上的抗性。福斯特認為，據病毒的變種速度推算，該病毒有95%機會在2019年9月中旬已經在中國南方的廣東出現，其後變種在武漢造成大流行。英国爱丁堡大学教授安德鲁·兰博特则认为此项研究“首先是试图用蝙蝠病毒RaTG13给新冠树定根。这是最接近的非人病毒，但和新冠仍有超过1100个核苷酸的差异。然而请注意，由于某些原因，图上连蝙蝠的分支比1100个核苷酸短些”，在一些方面存在错误。
6月9日，哈佛醫學院研究人員在其学校学术发表平台发表了一篇未经同行评审的论文，通過分析衛星雲圖和搜索引擎數據後，認爲該疾病早在2019年夏秋之際已開始傳播。 对此，WHO緊急項目負責人瑞恩認為「不能以醫院停車場數量、衛星影像及網路搜索等資料就得出結論，並與疫情做出連結」。而中国外交部于6月9日的例行记者会上回应这个结论出奇的荒谬。6月14日，BBC发表了一篇事实核查报道，认为该论文的推理论证缺乏足够证据。之后也有学术研究人员在同样平台上发表相应的批评论文，对该论文中的论据逻辑问题进行评击。
2021年2月9日，中国-世界卫生组织新型冠状病毒溯源研究联合专家组召开新闻发布会，联合专家考察组中方组长梁万年表示，没有证据显示在2019年12月前在武汉市就有疫情传播。
2021年3月30日，世界衛生組織總幹事譚德塞于SARS-CoV-2起源报告吹风会上发表讲话称：该报告对现有数据进行了全面审查，表明2019年12月甚至更早的时候存在无法识别的传播；调查团队探讨了病毒通过食物链感染人类的可能性，其希望对武汉及其周边市场出售的动物追踪以更好了解中间宿主与影响范围；研究小组认为实验室泄漏是最不可能的假设，但實驗室外泄說需要进一步調查以及为了了解更早病例需要全面获得至少从2019年9月起包括生物样本在内的数据，团队成员对获得原始数据表达了困难，他期待未来的合作研究将包括更及时、更全面的数据共享。美國等14國在報告發布後，对世卫的調查結果拖延甚久以及未能取得全部資料表達關切。
2021年6月8日，世卫组织召集的新冠病毒全球溯源研究中国部分的报告对外公布。报告指出，研究表明华南海鲜市场不是疫情的发源地，关于华南海鲜市场在疫情起源中的作用或者感染是如何传入市场的，目前尚无法得出确切结论。
2021年8月18日，来自悉尼大学、加州大学伯克利分校、宾夕法尼亚大学、格拉斯哥大学、爱丁堡大学等高校的20余位病毒学家在"Cell"发表一篇关于新冠病毒溯源的综述性文章。文章根据已有的科学研究认为没有证据表明新冠病毒起源自实验室，没有证据表明任何早期新冠病例与武汉病毒研究所有任何联系。文章还认为新冠病毒更有可能来源于野生动物贸易中人与动物的大量接触。 2021年8月27日，美國情報體系发表新冠病毒溯源报告，报告中八个参与调查的情报机构一致认为新冠病毒并非为生物武器；中国官方在疫情爆发前对新冠并不知情。大部分情报机构认为新冠病毒未经过基因工程的改造，有两个情报机构则表示信息不足难以表态。参与调查的情报机构中有四家认为病毒来源于与动物的自然接触，一家认为病毒来自于实验室泄露，另外三个情报机构则表示由于缺乏信息和研究无法给出具体结论。
一项由中国、欧洲和美国的科学家共同完成、7月28日发表在《自然 - 微生物学》（Nature Microbiology）的研究显示，新冠病毒可能已经在蝙蝠中传播了数十年。