香港西九龍站
香港西九龍站（），规划及建设期间称为西九龍總站，通常簡稱為西九龍站或西九站，是位於香港西九龍油尖旺區的鐵路車站，為广深港高速铁路的南端起訖站，鄰近西九文化區。其佔地11公頃，耗資122億3千萬港元興建，樓面總面積達43萬平方公尺。為實施一地兩檢，站内设有内地口岸区，区內實行中國內地法律，並由中国内地派駐执法人员执行。
香港西九龍站原預計2015年啟用，惟工程出現不同程度的滯後和超支，最終與廣深港高速鐵路香港段一起於2018年9月23日啟用。透過該站可以接駁至港鐵九龍站和柯士甸站，以及轉乘巴士及其他交通工具來往各個香港區域及香港國際機場。
目前受2019冠状病毒病疫情影响而需要暫停部分香港出入境管制站，香港西九龙站于2020年1月30日起暫時關閉。現時本站只有停車場全日開放，車站部分仍然關閉。
香港西九龍站位於香港市區西九龍，港鐵九龍站以東、港鐵柯士甸站以西。選址的方案原來有兩處：在基本設計中，鐵路站位於西九龍文娛藝術區（今西九文化區）以北，佔地6公頃。原址前身為城市高爾夫球會、佐敦（匯翔道）巴士總站及臨時用地。填海前是油麻地避風塘；在替代設計中，鐵路站位置向南延伸至西九龍文娛藝術區地底，額外佔用西九龍文娛藝術區達3.3公頃的地底用地。
香港特別行政區政府在工務計劃下撥款興建高鐵香港段，並最終擁有該段鐵路。而香港鐵路有限公司獲政府委託進行高鐵香港段的設計、建造、測試和試行運作，由路政署監察項目的落實。
政府已經在2017年12月以1000元將營運高鐵香港段所需的土地或就該等土地所享有的權益或其他權利歸屬九廣鐵路公司，並每年收取相當於應課差餉租值3%的地租，年期50年。九鐵公司將隨後按《服務經營權補充協議》，把營運高鐵香港段的授予港鐵公司。政府作為九鐵公司的唯一股東，日後九鐵公司派發股息時，政府可因九鐵公司從港鐵公司收取服務經營費而間接得益。另外，香港政府憑藉租出西九龙站内地口岸区，獲得每年1000港元象徵性收益。
2010年，香港西九龍站的設計獲得Cityscape Awards for Architecture in the Emerging Markets的Tourism, Travel & Transport Future獎項。同年11月4日，香港西九龍站的設計獲得的「年度最佳未來工程─基建」獎項。
香港西九龍站的興建工程代號為XRL810A（北面部分）和XRL810B（南面部分）（XRL為eXpress Rail Link的縮寫），北面部分由禮頓金門聯合營運負責承建，南面部分由新昌保華聯合營負責承建，占地11公顷，主要设施设于地下，总建筑面积达40万平方米。
香港西九龍站建築由凱達環球的建築師設計。车站外型採用仿香港會議展覽中心的弧形設計，內部分為5層，由高至低分別為地面層、售票大堂、入境層、離境層及月台層，抵港及離港人流會分開處理。入口鋼結構的建造工程比香港國際機場更複雜，需要建造9組不規則巨型支撐柱（Mega Column），最高達45米，面鋼材需使用逾1.2萬噸、大型玻璃組件約3700塊、鋁板組件約1.9萬塊；連接巨型支撐柱則需用上12組V型橫樑。
此外，作為跨境鐵路的鐵路站，香港西九龍站設立了一地兩檢模式的出入境口岸為乘客辦理出入境手續。
香港西九龍站的G层为设有多个出入口的大堂，B1层为票務大堂，B2层为抵港大堂，B3层为離港大堂。
其中，位于B1层大堂的票務区共設有28個人工售票櫃檯和39部自動售票機可供旅客购票。其中18個人工售票櫃檯由港鐵營運，用作出售往返內地與香港的高鐵車票；另外10個由中國鐵路（香港）控股有限公司營運，提供作專門辦理非以香港為起点或終點的內地段車票，以及在12306網站訂票的乘客取票服务。B1层大堂的进站乘车通道设有实名验证和安全检查。乘客入闸後将車票連同身份證明文件交给安檢人員核實身份并接受安检后方可過關。入闸处在车站运营初期将设8部入閘機和15部X光機，日后会将视乎客流情况作出进一步调整。
此外，香港西九龙站在B2层的抵港大堂设有多个艺术品：其中位于B2层东北侧与B1层之间中空处，设有王無邪創作的「江山無盡圖」，在联络西九文化区的通道处设有「墙上的景像-香港」艺术墙等。此外，在A出入口联络抵港大堂的通道处设有「边界上的海平线」及A出入口联络票务大堂设有「边界上的沉思」2个艺术墙。
车站大堂设有行李手推車供乘客使用。同时站内的L1层至B3层内多个地方设有洗手间。 香港西九龍站的餐飲商店区分布于車站B1層及B2層，B1層近中庭位置對上的B1M層设有5000平方呎的添好運點心專門店，B1层的南侧設多間外卖式食肆，包括台灣珍珠奶茶店春水堂、美心MX、星巴克、鱼尚以及輕。快翠 by Tsui Wah等。另外在B2层还设有佔地18000平方呎的「堂前食坊」美食廣場，設有350座位，提供日韩、港、川以及東南亞等各地的美食。
另外本站亦設4間銀行，包括中國銀行（香港）、渣打銀行（香港）、中國工商銀行（亞洲）及招商永隆銀行。同时本站还设有外幣找換店、順豐速運、香港中國旅行社、旅客服務中心及多间便利店等，还设有行李寄存设施。
香港西九龙站的B2、B3层为边境管制禁区，为旅客进行出入境及海关检查。港方口岸管制站驻有香港海关、入境事務處管制部和卫生署等单位，入境处将派驻大约300名职员。离港层设有30条E-道和30个香港居民与访客柜台办理出境手续。
车站港方口岸区的离境层和入境层均设有免稅店區域，其中离境层面积1200平方米、入境层300平方米，主要销售香烟及酒类、香水及化妆品、服装配饰以及包装食品等产品。免税店的经营权由全球最大免稅店營運商集團取得，為期5年。
内地口岸区的總樓面面積約10萬平方米，范围为西九龙站B2、B3层划定区域、B4层月台区域及有关连接通道，包括内地监管查验区、内地办公备勤区、离港乘客候车区、车站月台和连接通道及电梯。在香港特区境内的广深港高铁营运中的列车车厢（包括行驶中、停留中和上下乘客期间）亦视作在内地口岸区范围之内。西九龍站B5層虽由香港司法管轄，但出入均須經過内地口岸区。
内地口岸区自启用之日起实行口岸管理制度，由内地依照内地法律和《》实施管辖，内地派驻机构及其人员不在内地口岸区以外区域执法。内地與香港雙方也建立了口岸联络协调与应急处理机制。如有突发、紧急事件，港方人员須经内地派驻机构请求并授权，才可在内地口岸区协助處理。
在内地口岸区连接车站WiFi需实名登記電話號碼或微信账号才可免费上网。但是，如果旅客在内地口岸区使用-{zh-hk:流動通訊服務;zh-hans:移动通讯服务;zh-tw:行動通訊服務}-（包括使用数据访问网络），则仍接收香港的網絡訊號，不收取漫游费，且不实行网络内容审查。
由于候车区以及月台层的大部分区域为内地口岸区范围，因此位处上述工作区域的车站职员均需要出示港铁公司发出的过境限制区许可证以外，亦需要同时办理两地的通关手续。
西九龙站口岸是中国第一个设在内地境外的口岸，口岸的面积约为2.43万平方米，其出入境大厅位于香港西九龙站内地口岸区的B2、B3层，即在《》中称作“內地監管查驗區”的区域。口岸出、入境大厅各设有30条自助和18条人工查验通道，日设计通关流量20万人次。
出入境大厅实行口岸限定区域管理，共派驻約700名内地清关部门人员，包括西九龍出入境边防检查站（隶属深圳出入境边防检查总站）、西九龙站海关（隶属深圳海关）和广深港高铁西九龙站口岸管理处（隶属深圳市口岸管理服务中心有限公司，该公司由深圳市人民政府国有资产监督管理委员会实际控制）。上述机构及其人员不在口岸限定区域以外区域执法。
中国边检在该口岸开通初期签发的出入境记录凭证中“出入境口岸”一栏曾将该口岸名称标识为「深圳西九龙」。对此，深圳出入境边防检查总站表示這並非口岸的真正名称，且不代表地理含义。實際上，「深圳西九龙」代表的含義為「中华人民共和国深圳出入境边防检查总站西九龍出入境边防检查站」，但現時該欄位已改用「西九龙」标识口岸名称。
西九龙站边检站作爲口岸公安機關，除负责出入境管理、口岸证件查验等事务之外，口岸限定区域内的公共安全等事务亦属于其管辖范围之内。而站内的鐵路公安機關即西九龍站派出所（隶属广州铁路公安局深圳铁路公安处）仅负责内地口岸区中除口岸限定区域之外的公共安全等事务。
香港西九龙站的候车区域位于B3层内地口岸区内，以及由B3層前往B2層獨立空間的商务候车室。
位于B3层的候车区西面为天井式设计，可吸收天花板超过4000块玻璃幕墙采集的自然光。候车区除了设有饮水机、充电设施、吸烟室等设施外，还设有多个集广播、照明、消防于一体的灯柱；同时，候车区内设有2个票务处，供误车旅客使用。因应目前启用月台的数量以及车站设计，目前候车区开放4-9及11、14、15、18号检票闸口通往B4月台层，不设12、13、16、17进站闸口。
另外，B3层的候车区内设有名为《香港文化地圖》的艺术墙，为艺术家、中央美术学院实验艺术学院院长邱志傑「世界地图计划」中的其中一幅作品。艺术墙和候车区的绿化墙合为一体，展现了许多具有香港本土特色的景象。
除此之外，候车区内设有西九龙站派出所，由广州铁路公安局深圳铁路公安处派驻民警，负责公共安全工作。 香港西九龍站月台位于B4层，车站所有月台均采用港灣式月台的结构，不設月台幕門，其南側末端為後勤通道（港鐵管轄，屬于內地口岸區，不對外開放）。而在7号及8号月台的北侧为供工程车停靠的月台。车站共設有15条股道供列车停靠，根据列车编组不同設有9條長股道及6條短股道。先期根据目前月台启用数量而开通10条股道（6條长股道及4條短股道）。
月台層的東面可停靠16卡編組列車，設4座島式月台和1座側式月台，先期啟用其中4座月台。每座月台均設有2組升降機、2組直達B2層的扶手電梯和2組來自B3層的扶手電梯。
月台層的西面可停靠8卡編組列車，設5座島式月台和2座側式月台，所有的8卡編組列車月台采用西班牙式月台佈局。先期啟用5座月台，在目前启用的月台中，有2座為出發月台，設有2組升降機和2組扶手電梯來自B3層；剩餘2座為抵埠月台，夾在3座出發月台之間，每座月台均設有1座升降機和2組扶手電梯直達B2層。 目前，香港西九龙站设有13个出入口供乘客进出。E出口、K3出口和L出口為日後上蓋物業之出入口，暫不開放。另外，受反修例風波及針對港鐵的影響，部分出口已暫停開放，亦在部分地面出口外放置水馬以加強保安，及防止被人惡意破壞車站外牆玻璃等設施。
香港西九龍站設立有大型的地面文化及娛樂集合式的廣場，可以方便乘客接通至地面樓層、九龍站、柯士甸站及西九文化區，並且為到香港市民及遊客提供充裕的公共休憩空間及舒適的綠化步行環境。上述廣場共分三部分，分别为天空走廊觀景台、巴士總站天台花園和香港西九龍站公共休憩空間，面積約為8,900平方米。綠化地帶種植了大量的植物，並且將人流與車流分隔，連接至綠化步行區、綠化平台及樹林公園，及與西九文化區互相融合。綠化空間設有噴泉，亦會有樓梯連接L2層天空走廊和觀景台。其中，巴士總站天台花園和西九龍站公共休憩空間是香港少数允许宠物进入的公园。
此外，香港西九龍站的入口大堂一帶設有綠化休閒通道地帶，配合入口大堂的建築頂部的綠化部分。同时在H出入口旁设升旗广场，每天定时有警察进行升、降旗仪式。  香港西九龍站的停車場位于B2层西南侧，分為A、B、C及D四個泊車區，总共提供約500個車位。泊車標準收費每小時32元，亦設日泊收費，但車主需證明自己購買高鐵車票才能泊車，以確保曾使用高鐵出入內地。
停車場於2021年12月23日起全日重開，以解決附近一帶停車位不足問題。 因應香港新型冠狀病毒惡化由2022年1月8日起暫停開放
西九龍上蓋物業地盤面積高達64萬3千平方呎，最高可建樓面316萬5000呎，其中辦公室樓面約285萬平方呎，而基座的零售商場佔地31萬平方呎，可興建3幢19至28層商業樓宇，為香港歷來最大地產項目之一。根據賣地章程，項目於落成後只可以全幢大廈形式出售。而中標發展商亦需興建指定的有蓋行人天橋和綜合車站出入口連接西九龍站。政府在2019年9月13日招標，市場估值最高約791億元。不過到11月22日截標當日，地政總署共收到三份標書，長實和新地獨資入標。而恒基地產、九龍倉置業、信和置業、華人置業和利福國際則合組財團投地。11月27日，地政總署公布，新地以422.32億元投得項目，每呎樓面地價1萬至約2.5萬元，成為香港最貴地皮。
2020年4月，新地引入投資伙伴中國平安保險，涉資112.73億元。目前新地、平安人壽及郭氏家族公司分別持有項目辦公大廈的50%、30%及20%權益，而零售部分則由新地全資持有。
到同年9月，發展商新地向城規會遞交發展方案，將過去獲批的3幢「波浪形」商廈變成2幢「鑽石形」商廈，並要求放寬建築物高度限制至最高159米。而佔地28.6萬方呎的寫字樓樓面削減後，將會增加相關至商場部分，達60萬方呎。其中休憩用地由2.5萬平方呎，增加至9.1萬平方呎，商廈部分每層均設有園景露台和天台花園。同時設面積約3.8萬方呎的「The Plateau」休憩用地，可作藝術展覽和音樂表演等用途，較中環皇后像廣場3.55萬方呎大。整個項目總投資額維持600億元，料項目可在2028年全面落成。
新地項目總監麥孟添表示，期望將商場打造成「服務本地人和國際旅客的大型商場」，同時新設計的商廈可享有更多維港海景。而新地地產策劃及發展部規劃總監黃舜浣反指舊設計「唔易行」、「唔夠貼地」。若果城規會不批新方案，發展商不會有「Plan B」準備。有關方案在2021年1月曾遭城規會否決。新地其後調整項目設計，包括降低兩幢商廈的建築物高度，移除位於4樓有15米高天然通風的「The Market」樓層及減少天台花園。方案仍然有500多份反對意見，包括反對大廈破壞山脊線，設計與西九文化區環境格格不入。不過規劃署沒有理會反對意見，方案到同年8月20日獲城規會通過。
根據2008年的資料，預計於2030年從西九龍站來往各地的列車服務班次將會相當頻密。
2013年的資料顯示最頻密之設計行車班次為3分鐘一班，據2013年時預計通車後首年每日約有109,200人次乘坐高鐵往返香港及中國內地，包括90,600人次短途客（即只來往西九龍及福田至廣州南之間各站）和18,600人次長途客。
2018年8月，政府估算平均每日的預計客量降為80,100人次，較2015年預測的接近11萬人次有所下降。高铁客流的估算于2018年9月通车前期修改为平日72,500人次、周五至周日為78,100人次、高峰期90,100人次。另外，港铁与港府就高铁盈亏摊分达成的「乘客量上下調節機制」亦对客流有估算，但其因涉及“商業估算”而未被政府公开。
截止2019年2月，西九龙站单日最高查验出入境旅客10.4万人次，于2019年2月7日（农历大年初三）达成。香港運輸及房屋局于2018年12月向香港立法会提交的文件显示：截至11月29日，高鐵的總乘客量3,402,013人次，平均每日客流量為50,030人，數字仍低於林鄭月娥聲稱的8萬人次「最佳估算」。在高鐵乘客国籍方面，运房局的文件指出香港居民和非香港居民（包括内地及其他国家）比例大约是3：7。其中抵港乘客中，香港居民和非香港居民的占比分别为28%和72%；而离港乘客的占比则为32%和68%。
2018年8月16日，港鐵召開傳媒簡介會，車務營運總管李聖基稱內地口岸區的通關時間會受節日和旅客量等不同因素影響，乘客應提早45分鐘到車站進行清關等手續，希望日後可縮短通關時間。
政府在2009年的高鐵文件中提出可以直達內地16個城市，但至2017年文件指出可直達城市減至10個。2017年11月，媒體報道立法會的文件顯示，由西九龍站始發的列車不會直達西安、成都、南京、重慶、昆明和南寧。至此，西九龍站直達城市為10個。政府文件指乘客可以在內地轉車到達。
2018年1月29日，香港特首林鄭月娥上午在禮賓府與中國鐵路總公司總經理陸東福簽署《關於廣深港高速鐵路香港段運營準備工作重點事項安排備忘錄》，根據備忘錄，陆港雙方同意高鐵香港段開通初期的高峰期，包括香港公眾假期及中國內地公眾假期、暑假等时期，全年約有130天將每日開出114對短途列車來往西九龍、福田、深圳北、虎門及廣州南，並會每日開出13對長途列車，直達14個內地城市（北京、上海、昆明、桂林、貴陽、石家莊、鄭州、武漢、長沙、杭州、南昌、福州、廈門及汕頭）。陆港雙方亦同意將來可按實際需要協商調整列車開行方案。
2018年8月23日，香港特区政府公佈，高鐵通車初期每日將有83至127對列車，來往內地44個站點，票價由78元至逾千元不等。票價將會按人民幣計算。平日的周一至周四有70對車來往廣東省6個短途站（福田、深圳北、虎門、廣州南、光明城及慶盛），假日高峰期可增至114對車，約10至30分鐘一班車。而往北京、上海等城市長途站點每天只開1班。
根据港铁2018年9月13日披露的信息显示，自9月10日高铁列车开售以来已售出的1.5万张高铁车票中，廣州南站是最受歡迎的目的地，其次是潮汕、廈門及福州。
根据中国铁路总公司于2019年7月10日的调图，香港西九龙站加开肇港高速动车组列车（G6579/80次）、邕港高速动车组列车（G417/8次）、津港高速动车组列车（G305/6次）以及渝港高速动车组列车（G319/20次）。至此香港西九龙站来往内地增加至58个站點，同时中國大陸四个直辖市均有高铁来往香港。
2020年1月受2019冠狀病毒病疫情影响，港铁在23日与内地铁路单位沟通后，即日起暂停发售来往武汉的车票。但因應疫情惡化，28日下午政府再次舉行記者會，行政长官林鄭月娥宣布將大幅縮減兩地交通並暫停部分香港出入境管制站，由30日凌晨起暫停高鐵香港段，换言之本站将于当日暂时关闭，直至疫情緩和後才再另行通知何時才重新開放車站讓予乘客購買車票乘搭高鐵動車前往中國內地。以下为2019年7月10日确定开行的动车组列车目的地列表。由于铁路部门会按照运行情况等增加车次，实际运行车次请以铁路部门的公告为准。
除现场购票外，乘客可以於港铁的高速铁路网站，指定代理的旅行社以及熱綫電話等方式购买由本站啟程或到達本站的车票。购票时須提供指定的有效身份證明文件，並需要進行身份驗證。可使用的证件包括中華人民共和國居民身份證、中華人民共和國港澳台居民居住證、港澳居民來往內地通行證（回鄉證）、往來港澳通行證（雙程證）、台灣居民來往大陸通行證（台胞證）以及符合中華人民共和國規定可使用的有效護照。
值得留意的是，如果在港铁的网站以及熱綫電話购买由本站啟程或到達本站的车票时，需要前往本站取票，内地车站不能領取由港铁的网站、应用程式以及熱綫電話售出的车票。另外，-{zh-hans:移动;zh-hk:流動;zh-tw:行動;}-電話付款（包括：Apple pay、支付宝、微信支付等）只限於人手售票櫃台购票，自動售票/取票機的電子付款交易上限為每次港幣1,000元，使用网上购票以及熱綫電話购票只可使用信用卡付款。购买特别票种（例如学生票）需要前往由中國鐵路（香港）控股有限公司營運的人工售票櫃檯购买车票。
2018年9月3日，中国铁路客户服务中心（12306）已经将“香港西九龙站”纳入车站列表。如在12306网站或APP购买至本站的车票，可在内地指定地点或及车站領取蓝色磁质车票，但在香港取票需要前往12306自助取票機（免手續費）或由中國鐵路（香港）控股有限公司營運的人工售票櫃檯取票（需要支付手续费）。根据《廣深港高速鐵路跨境旅客運輸組織規則》，内地居民不能刷身份证进站乘车，需要在乘车前换取蓝色磁质车票。
2018年9月10日8时，由本站始发或终到本站的车票正式发售。在预售开通后的首10天内，旅客仅可购买到9月23日至10月2日出发车次的车票；在广深港高铁香港段正式投入服务后，旅客可提前28天在西九龙站购买车票，而电话及网络购票的预售时间为30天。
2021年11月30日，《星島日報》报道称，港鐵已與內地部門溝通，採取措施便利来往西九龍站的旅客。报道称港鐵已陸續在西九龍站內更換新型入閘機，香港居民未来可用回鄉證代替實體車票入閘；内地居民可用内地居民身份證刷证入閘。採用新票務安排後，旅客出行準備時間可大減逾半小時，亦加快後續清關手續。
由于西九龙站始发终到的列车为跨境运行的列车，因此中国国家铁路集团有限公司与港铁公司共同制定《廣深港高速鐵路跨境旅客運輸組織規則》。而有关车次的车票的退改签补政策与内地的《铁路旅客运输规程》有所不同。在车票改签方面，旅客仅可办理一次变更乘车日期、车次、席别的改签手续，且改签后的车票不得退票；另外《规则》对退票规则作出了明确规定。
另外，所有终到西九龙站的列车不办理至西九龙站的越站；如旅客发現误乘或坐过站时，应向站车工作人员提出，由站车工作人员指定最近列车免费送回，且仅可乘坐二等座车厢，不得中途下车。旅客如越站乘车前往西九龙站，或到站后超过10分钟声称误乘或坐过站，均按无票处理，并根据《香港铁路附例》收取附加费。在广深港高铁香港段开通当日（9月23日），深圳一朱姓男子（职业为媒体记者）搭乘由深圳北始发至西九龙的G5711次首发列车，但男子所持的车票为“深圳北～福田”，同时G5711次列车不停靠福田站，因此男子在深圳北站未能及时在列车驶出前下车而越站前往香港，最终被车站工作人员要求缴纳1500港元的附加费。这是西九龙站开通后的首张罚单。
西九龙站售票大厅已预留5個售票櫃位给中國鐵路（香港）控股有限公司（简称中鐵（香港））营运，提供作專門辦理非以香港為起点或終點的內地段車票，及在12306網站訂票的乘客取票的服务。
由於開通初時並不像內地鐵路車站般提供自助取票機，於12306網站訂票旅客仍需到櫃位拿取車票，櫃位服務不敷應用，香港西九龍站於2018年9月24日新增2個售票櫃位，合共提供7個售票櫃位。
乘客在中鐵（香港）售票櫃位购买车票或取票，均需要收取購票手续费。2018年8月15日公布購買异地票的手續費安排：支付手續費是過渡性安排。中國鐵路總公司同意研究讓港人透過網上購票而不需要支付手續費，但需經一段時間才能落實。田北辰引述消息稱，政府與內地初步擬定高鐵車票收入的分攤比例將按「以里程為本」為大原則，由西九龍前往福田站，港鐵可分攤約八成車票收入。若高鐵營運有盈利，高鐵的業權持有人九鐵公司可獲得紅利；若錄得虧蝕，政府会透過九鐵收入補貼港鐵。
2018年9月29日，西九龍站B1層的票務大堂（近停車場）已經加裝8台「12306」專用自助取票機並投入服務，可讓以二代回鄉證或內地身份證在12306網站訂票的旅客自助取票，旅客使用取票機毋須支付手續費，並將再增加3個中鐵（香港）櫃位至合共10個櫃位。截至2019年，該站的12306自助取票機數量已增至16台。
2018年10月1日起，12306网站及客户端可直接以-{zh-hans:微信支付;zh-hant:WeChat Pay}-香港錢包消費，會自動換算人民幣，亦迴避了購票手續費。同年12月27日起，12306宣布简化回鄉證註冊核驗流程，使用回鄉證註冊用户或添加常用联系人信息时，仅需填写證件姓名、證件號碼、出生日期和證件有效起止日期等資料即可通過身份信息核驗，不再强制填写內地手機號碼，也不需要前往内地車站窗口核驗證件。
港鐵將不少車站日常管理服務工作外判，目前保安、安檢、顧客服務等工作由國際永勝負責，而車站清潔服務（第一部分）則由惠康環境工程有限公司投得，停車場則外判予昇捷管理服務有限公司。
不過有員工向媒體揭發，外判商的合約條款較其他港鐵外判商苛刻，如僱用安排不設試用期，若員工離職須提供1個月通知期，否則要繳付代通知金。而且合約內更列明，員工未做滿3個月就離職，公司將收回支付課程之行政費1,000元。有同事上班一天因事離職，亦被追討培訓費，結果以當天的工資作為抵償。直到2019年3月，約200名外判員工被承辦商解僱，有員工稱被解僱前全無先兆，沒有合理解釋。在3月28日更發生兩名車站助理因不滿「被解僱」，於站內危站及跳軌自殺事件。到3月30日，約60名被解僱的員工到車站靜坐抗議，不滿承辦商大規模裁員，批評港鐵「用完即棄」。（詳見下面「事件」一段）
香港西九龍站座落於港鐵九龍站與柯士甸站之間，並且以發展成為香港鐵路交通樞紐為目標。乘客可以透過地面的行人區和多條行人天橋和行人隧道至接駁港鐵九龍站及柯士甸站。由香港西九龍站步行至九龍站需要8至10分鐘，至柯士甸站則只需要2至3分鐘。
同样的，乘客亦可以轉乘其它交通工具來往香港各個區域。香港西九龍站在B2层设有的士站。北面则設有巴士總站及旅遊巴士停泊設施，從车站步行至上述設施，只需要1分鐘，巴士總站於2018年9月17日啟用。同时位于车站东侧的J出入口，靠近柯士甸站一侧设有巴士站的上落客区，同时设有小巴站，靠近车站的一侧设旅遊巴士上落客区。
另外，運輸署亦開辦3條特快巴士路線来往西九龍站巴士總站，班次均為10-20分鐘一班（其後部分路綫因客量不足而在部分時間提供25分鐘一班的服務）。包括：
此外，當局亦建議3條來往新界西和紅磡的巴士路線改道，包括：來往至的268B、來往至紅磡碼頭的269B，以及來往至紅磡站的260X。往紅磡方向車程將於西九龍高鐵站東面與屯馬綫柯士甸站之間的新建道路匯民道增設中途站；往新界西方向車程則於佐敦道西行近西九龍高鐵站北面增設中途站。新增的兩個中途站均十分靠近西九龍高鐵站，方便元朗區及屯門區乘客換乘前往西九龍高鐵總站。此外，部分途經鄰近地方的小巴路綫亦改道，在車站外靠近柯士甸站的一側加設小巴站。 相關香港政府部門為西九龍的新發展區域進行了關於香港交通的研究，以期望可以改善道路及行人接駁通道效率，以及解決現時存在的西九龍部分路口出現的交通擠塞，及應付整個西九龍新發展區域及西九龍站落成後的交通需求。交通研究提出了下列的具體道路改善措施：早於2013年，已經有消息指出廣深港高速鐵路香港段工程延誤，惟港鐵一直否認，強調可以按照原定目標，於2015年竣工及通車。截至2015年3月底，高鐵香港段的整體完成進度較預期滯後約5%，惡化及已經到了十分嚴峻的階段，路政署表示，對港鐵公司在2017年年底通車目標相當存疑，可能進一步延誤。
2015年11月30日，港鐵跟政府訂立封頂協議，在協議之下，為844億元高鐵工程造價封頂，日後再有超支由港鐵自行承擔。港鐵公司將在2016下半財年及2017下半年派發每股2.2港元特別股息，大股東香港政府將獲195億元，尚餘的62.5億元支付予港鐵小股東。
到2015年12月，運房局向立法會提交的文件顯示，若全面放棄高鐵項目，仍要花106億元去完成餘下工程，包括一小段鐵路隧道、西九龍站餘下的土木和結構工程，及永久道路網，加上高鐵最初予港鐵公司的委託費（相等於造價）的650億元，即總費用756億元，還未計每年保養費1億元，保養已建的設施直至有新用途為止。運房局認為，高鐵已完成75%，涉多個合約，終止就致失業，大量工程白費，亦失去高鐵原會帶來的效益。因此，務必積極盡力按修訂時間表完成餘下工程。
2016年2月1日，港鐵舉行特別股東大會，發言的股東雖大多反對協議，批評港鐵「爛賭仔心態」，但大會終以99.83%贊成、0.16%反對，大比數通過高鐵封頂協議。
2016年2月2日，工務小組開6次會審議高鐵追加撥款仍未表決，運輸及房屋局局長張炳良表示，追加撥款逼在眉睫，決定繞過工務小組，直接交由財委會審理追加撥款申請。到3月11日，高鐵196億港元撥款申請在財務委員會主席陳鑑林「剪布」，在無記名投票下通過。負責建造高鐵的港鐵主席馬時亨，得知撥款獲通過後表示，原本港鐵計畫3月14日提交停工計劃，現在他很高興看到高鐵196億撥款通過。港鐵行政總裁梁國權對立法會批出撥款感到高興，多謝立法會議員支持。
有學者認為中國經濟增長在未來會向下調，高鐵未來50年都無法收回844億元的建築成本，一定蝕本，須由公帑補貼。
车站最终于2018年上半年竣工。
2017年7月，私人屋苑漾日居有住戶投訴西九龍站的玻璃天幕反射太陽光至單位內，在正午12時至下午1時半反光最為強烈。屋苑業主立案法團曾去信環境保護署及港鐵反映，但對方未有正視問題。區議員批評政府相關部門監管不力，並提出動議，強烈譴責港鐵忽視問題，亦未有採取任何補救措施。動議最終獲23票贊成，兩票棄權，在沒有反對票下獲通過。港鐵表示考慮在天幕屋頂種植5至7米高的植物，希望以此減低「反光問題」。
2018年4月15日晚上6點，西九龍站地下一層售票大堂附近假天花有水滲出。事件到5月末才曝光，港鐵經調查後發現因地面仍進行電綫安裝工程，雨水經電綫穿牆孔連接的電綫槽流入車站下層，事後已將電綫穿牆孔封好，對車站設施並無影響。
2018年8月13日，《香港01》公開的照片顯示西九龍站連接隧道（南）段，在今年5月至6月時地面有多處水迹，旁邊的牆壁亦見滲水情況，惟港鐵一直未有向公眾交代事件。港鐵回應查詢時指工程技術上難以達致百份百防水，無否認有滲水。
2018年9月3日，《香港01》取得2011年西九龍站的設計圖則，發現B4層的月台層下方有B5層，作支援車站維修及作為消防緊急通道使用，為港鐵管轄，不屬於內地口岸區域，不過政府過往的文件從未交代。立法會議員批評港鐵和政府應該開誠布公交代。
運輸及房屋局在9月6日深夜發表新聞稿回應，除近日被媒體揭發的「B5」層外，還有「B1M」、「B2H」、「B3M/B3H」及「B4M」四層。當局稱除獲港鐵公司授權進入後勤用地作業的相關人員外，或發生緊急事故外，任何人士均不准進入後勤用地。後勤用地設有閉路電視及警報系統等保安設施，並有明顯標示警告，防止未獲授權人士進入。
2018年9月9日，傳真社報道，港鐵圓方商場和漾日居懷疑受高鐵西九龍站工程影響，出現局部沉降，其中漾日居基座的公共運輸交匯處外牆有十多塊雲石斷裂，其中一處下陷深度逾200毫米。巴士總站連翔道出口牆腳亦有多塊雲石斷裂，牆身亦見裂紋。有商舖職員稱，店內工作人員休息室的地面及牆身早在2015年開始出現裂紋，有店舖受裂紋影響不能落閘。港鐵及路政署稱沉降數值未達停工標準，未有提供沉降確實數據。
2018年9月11日，香港媒體報道车站内及港铁担当列車车厢内雖提供免費無線上網服务，但内地网络服務供應商京信通信在验证页面的「個人信息收集聲明」中表示，收集到的個人資料，包括收集用戶的姓名、電話、電郵、到訪的網站等数据會受到中華人民共和國政府有关部门及其認可機構的监管，以防止或偵破罪案。有市民表示不會使用有關服務，涂謹申認為安排不合理。港鐵次日回應指收集聲明寫得不清晰，乘客在车站香港口岸区和在香港范围的高铁列车上使用WiFi服务时会受到香港法律管辖，稱相关资料不会转交给内地。陈帆指在香港范围内使用WiFi服务时收集到的资料不会转交他人，认为港铁的「聲明」表达不清晰。到9月13日服務條款已被更改，刪除了用戶資料被轉讓的條文，但加入了用戶資料可被轉讓予「港鐵公司以作統計、分析及研究用途」。
2018年9月23日車站首日運作，大量在內地12306網上購票的乘客，到車站1-5號窗排隊取票，人潮高峰時挤滿離境大堂，有乘客表示排隊1.5小時仍未成功取票。為免影響乘客乘搭高鐵列車，港鐵臨時安排人手，檢查列車乘客訂票資料後容許他們無票即可入閘，但由於輪候人士太多，港鐵一度只容許當班列車乘客進入，令不少下班列車乘客聚集，阻塞通道。亦有乘客無法以回鄉證在自助售票機購票，最後需到售票處輪候，費時失事。
遊客批評港鐵對行李規限執法過嚴，比內地鐵路站和香港國際機場要求更高，深感不滿。其他批評包括港鐵臨時更改上車閘口、月台層候車指示不清晰以及閘機未能讀取車票等。特首林鄭月娥呼籲市民包容。港鐵車務總監劉天成稱首日車務運作整體暢順，但需時磨合，公司會檢視及改善。
首发日有多班列車因不同原因出現延誤。在早上11點广州南站附近线路電力裝置不穩定，一度有列車停駛10分鐘，导致車內冷氣熄滅、部分燈亦關上。
2018年9月24日適逢下雨天，車站天幕下多處地方出現滴水情況，港鐵安排水桶盛載。由於天幕下面部分空間為西九龍站內地口岸區，維修工程或會涉及不少問題，包括發生意外時產生的救援、法律及索償問題。
2018年11月1日下午2時半左右，停車場內一輛貨車撞毀消防花灑，引致地下、B1、B2層受到影響，其中B2層的美食廣場需暫停開放，工人忙於清理積水。
2018年9月27日晚上，公民黨立法會議員譚文豪在其個人facebook引述高鐵內部消息指，一列復興號CR400BF-A型动车组於9月26日上午10時45分駛進8號月台時，因月台跟列車的空隙太窄，導致車門無法正常開啟，最終更要轉去其他月台，港鐵回應指已規定復興號CR400BF型电力动车组須改用6號月台。
2018年4月1日，港鐵為高鐵試行營運，但未有安排傳媒拍攝或採訪高鐵試行營運情況。無綫新聞在早上8時許在月台逗留大約一小時，並拍到月台層情況。港鐵表示正在調查早上有人擅闖高鐵西九龍站工地事件，未來會加強工地保安。
2018年6月23日下午，港鐵安排600名員工扮演乘客在西九龍站進行壓力測試及人流控制的處理乘車演練，模擬入閘至月台到上高鐵的過程，整個演練約3小時。不過除港鐵批准人士外，其餘參加者均禁止拍攝。
2018年9月1至2日，西九龍站首次舉行開放日，8月25日港鐵在6個地點派出2萬張入場券，2個半小時內已派發完畢。有炒家將免費的門票放上網站出售。入場的市民經安檢後可參觀B1層、地面層和1樓部分空間，惟月台、列車，以及香港和內地口岸區就沒有開放參觀。港鐵在站內設置攤位遊戲、展板及攝影區等，不過由於參觀人數眾多，故每等候多時。「旺角鳩嗚團」以及受高鐵工程影響的元朗圍仔村村民到場抗議。 2018年9月20日，內地傳媒獲邀參觀和拍攝採訪西九龍站內地口岸區，指各機構及人員都做好準備。
2018年9月22日，广深港高铁香港段开通仪式在香港西九龙站举行，有逾400名嘉賓出席，行政長官林鄭月娥、廣東省省長馬興瑞、港鐵主席馬時亨及中國鐵路總公司總經理陸東福致詞，並進行揭牌儀式，港鐵於儀式過後以「動感號高速動車組」列車接載嘉賓前往廣州南站。与此同时，多个团体在西九龙站外示威，就高铁项目的超支、效益和一地两检争议表达不满。
2018年9月23日启用当日，首班列車為開往深圳北站的G5736次，车型为「動感號高速動車組」，早上7:00分開出，19分钟后抵達深圳北站；而第一班長途列車為開往北京西站的G80次，使用16节编组的復興號CR400AF型電力動車組，車程9小時，上午8:00發車，下午5時到達北京西站。同时，港铁及香港旅游发展局在启用当日向乘车的旅客发放礼品。
2018年10月12日，4名內地人士在站內的美食廣場持虛假身份證明文件申請工作。警方以涉嫌「行使虛假身份證明文件」及「違反逗留條件」拘捕，年齡介乎23至55歲。
2018年10月27日，一名龍姓香港永久性居民乘坐廣深港高鐵到香港，在西九龍站內地口岸區辦理出境手續時被攔截，邊檢人員通知深圳南山法院人員到站內把他帶到深圳的法院。該香港人涉及在內地的房產買賣合同爭拗並且未有履行法院判令。
2018年10月31日早上約9時，車站票務系統發生故障，一度以人手售票和發車票給乘客，有市民因而放棄購票和改坐巴士到深圳取票。直至10時15分回復正常。
2018年12月13日，《南方都市報》報道一名鄒姓男子乘坐廣深港高鐵到香港，在西九龍站內地口岸區辦理出境手續時被攔截，邊檢人員通知深圳龍崗法院人員到站內把他帶走。該男子涉嫌不履行法院判決，但未有交代案件細節，案件現已達成和解。公民黨立法會議員楊岳橋認為，香港人只能從內地傳媒報道才得知事件，反映《一地兩檢》條例不透明。
2019年1月7日，多個媒體報道一名23歲月台女助理於1月4日報案，指在2018年12月至1月分別在香港和內地口岸區遭一名中年男子非禮。香港警方於同日在站內香港口岸區拘捕涉嫌非禮男子。而事主報稱在內地口岸區被非禮一案則列作境外罪案，香港警方建議她向內地執法部門報案。立法會議員譚文豪批評事件突顯一地兩檢漏洞，並質疑兩地執法部門協作機制失效，擔心日後港人在內地口岸區會失去保障，遇事會求助無門。
2019年3月末，车站日常管理服務承辦商國際永勝以「計劃重整人手為由」合併多個職位。除非員工重新簽約，否則將會於同年4月被解僱。有職員透露估計至今已解僱超過100名員工，而裁員涉及多個部門（保安和車站助理為主），但裁員原因並無準則，並沒有任何合理解釋，而承辦商指的合併職位只是假象。有員工感到怒不敢言，同事之間士氣低落。港鐵回應媒體時指「一直與服務承辦商保持緊密聯繫，過程中亦必須遵守僱傭條例的要求」。工聯會香港鐵路工會聯合會已去信港鐵行政總裁梁國權表達不滿，要求承辦商立即停止解僱行動，同時撤回已發出的解僱通知。不排除會發起工業行動。事件起因疑港鐵公司在車站啟用初期要求承辦商聘用較多人手以確保車站運作暢順及應付突發事件，在車站運作暢順後認為不需要繼續聘用這麼多的人手，以減省開支。2019年3月28日，站內發生兩宗員工企圖自殺事件，以表達被车站日常管理服務承辦商解僱的不滿。早上9時許，一名40歲女車站助理，因拒絕轉職而被解僱感到不開心，企圖由站內高處企圖自殺，警方到場游說後，女子被送院治理。至晚上7時許，46歲女月台助理在內地口岸區的月台值勤期間跌落路軌，其他月台職員隨即拍下緊急按鈕以阻止列車進入車站，並報警求助，同時通報香港及內地相關部門。該名女子手腳擦傷需送院治理。事後港鐵已收走被解僱員工的禁區證，避免再有人拍攝到有人自殺的情況。
因應香港在2019年发生多场反對逃犯條例修訂草案運動，如若游行當日经过车站附近时，車站会只限持有當日高鐵車票或購票憑證，並持有有效旅行證件之乘客才能進入西九龍站，同時要求旅客於指定出入口進站或離站。最壞情況或將會封閉整個車站。
为應对2019年7月7日反對逃犯條例修訂草案遊行所致的安全風險。7月6日，港鐵宣佈當日只限持有當日高鐵車票或購票憑證，並持有有效旅行證件之乘客才能進入西九龍站，同時要求離境旅客於D入口進站，入境旅客則須以K出口離站。
而車站內之即場售票服務、餐飲服務、部份商店、停車場、車輛落客區及的士站亦暫停服務、而站內之手推車亦被移離。而港鐵及大陆鐵路部門亦限制出售當日往來香港西九龍站之高鐵車票，又呼籲乘客改乘東鐵綫或紅磡站之城際直通車往來中國大陆。車站運作於翌日復常。
警方表示派出2000個警力應對，大批警員凌晨4時許在西九龍站一帶進行嚴密佈防，包括設置大型水馬包圍西九龍站入口和廣場，並封閉附近行人天橋。大堂內有數十名警員駐守，並手持警棍和胡椒噴霧戒備。現場亦有多名特別戰術小隊成員。站內保安指上司有命令為由，要求遊客和記者不可拍照。而落客區和車站停車場入口亦停泊多部警車。有媒體在站內採訪後亦被港鐵職員驅逐離開。其後有多名記者在港鐵傳媒WhatsApp群組追問港鐵，但未獲回覆。香港記者協會批評港鐵做法嚴重削弱公眾知情權。港鐵其後澄清，指「是和相關政府部門商討後的結果，拒絕承認或否認安排是否由警方提出。」。警方表示「絕對沒有要求或建議港鐵拒絕記者進入西九龍站採訪，對記協指控表示極度失望及遺憾。」
下午約3時，一名自稱在車站B2層工作的男職員，以戴口罩、連帽和黑色外套的服飾進入車站後，展示「香港撐住」的海報。大批港鐵職員及警員大為緊張，警員把他帶到B2層洗手間門口進行搜身。下午約4時，一名戴口罩、穿黑衣的示威者以乘客身份成功進入車站後，除展示「香港撐住」海報外，亦高呼「反送中」、「我要真普選」、「撤回6.12暴動定義」等口號，警員一直跟隨拍攝，並同港鐵人員一度包圍該名示威者，他最後決定不乘坐高鐵，由港鐵職員及警方陪同下離開車站。
民間人權陣線發起10月20日在九龍區遊行，路線由尖沙咀梳士巴利花園至高鐵西九龍站，民陣于10月14日向警方「入紙」申請遊行，惟警方于游行前两日（10月18日）發反對通知書，随后民陣提出上訴後被駁回。为避免突发状况，车站游行前保安布防明顯加強，包括封閉三個地面出入口、圍封綠化空間防止出入、外圍有大型水馬重重包圍、加強保安巡視等，游行当日更派出水炮车戒备。同时港铁宣布当日實施客流管理措施，乘客只可使用D入口進站；出站則使用K出口。其他車站出入口、停車場、落客區及的士站亦會由車站開始運作起全日關閉。同时車站不設現場售票，網上系統、熱綫電話及指定代理將於中午12時起暫停售賣當天往返香港的車票。
同时在游行当日，由於信號故障，港铁取消部分往來香港西九龍站的列車車次。
2019年8月8日，任職英國駐港總領事館貿易投資相關工作的香港人鄭文傑，晚上10時許從深圳乘坐高鐵回港期間與家人和女友失去聯絡，在西九龍站內地口岸區被捕。鄭文傑失去聯絡超過10日後，事件才被《香港01》獨家報道。英國外交部表示極度關注員工被拘留事件，會盡力協助其家屬。香港入境處回覆媒體時表示已透過特區政府駐粵經濟貿易辦事處跟進事件，並按當事人家屬的意願提供適切的協助及意見但未有證實事件。到8月21日，中國外交部證實鄭文傑因違反《中華人民共和國治安管理處罰法》第六十六條規定，即賣淫嫖娼，被深圳警方行政拘留15日。家人表示未能夠得知他被關押何處及因何事而被關押。同時稱律師連續數天曾赴內地多間拘留所，但一直未有下聞，質疑當局有意阻礙律師見他。
2019年10月6日起，因反修例運動，港鐵將站外屬公共空間的「綠化空間」近一半範圍用水馬及鐵欄等圍封，並派駐大批保安員駐守，防備森嚴。而「天空走廊」及觀景台也封閉。但有關安排違反與政府簽訂的契據條款。地政總署曾於1月6日派員到西九龍站視察，發現公眾休憩用地及公眾通道的地方被鐵欄圍封，要求港鐵交代。港鐵表示因安全考慮，同警方協商後而決定封閉上述範圍。港鐵已於2020年1月15日重新對外開放公共空間。而天空走廊及觀景台有軍裝警員巡邏。
雖然自2019冠状病毒病於2019年12月在中國多個省市大規模爆發後，乘坐客機飛抵香港國際機場的旅客除了要量體溫，還要填寫健康申報表，但在西九龍站的高鐵入境旅客卻只需量體溫，不用填健康申報表，西九龍站因而成為病毒輸入香港境內的高危地點，終在2020年1月23日有一名從武漢乘高鐵經深圳北站來港的39歲中國男乘客正式在香港確診，拉開新型冠狀病毒香港疫情的序幕。該名在行程中已出現發燒及鼻塞病徵的中國內地男子於1月21日中午先乘坐G1015車次由武漢站出發往深圳北站，再轉乘G5607車次於1月21日晚上7時54分抵達西九龍站，他在入境時被西九龍站衛生署港口衛生處的人員發現發燒及來自武漢，因而被送往伊利沙伯醫院接受檢驗，他在1月22日的兩次檢測結果均呈現陽性反應，衛生防護中心於1月23日宣布首宗確診個案經高鐵西九龍站傳入香港境內 ，之後陸續有多個確診個案經高鐵傳入香港，西九龍站遂於1月30日因疫情擴大而關閉。
2020年1月23日，新民主同盟約10人在站外舉起橫額，高叫口號要求立即停駛高鐵及封閉西九站。港鐵派代表到場接信，多名防暴警員在西九站對面的戲曲中心和柯士甸站戒備。
2020年1月28日，因應香港疫情惡化，政府公佈於1月30日凌晨封站措施。而港鐵增派保安及職員在高鐵西九龍站出入口檢查車票，只有持有效車票的人士才能入站。而出入口長期有警員戒備，站內美食廣場食肆已經暫停營業。離境閘口在1月29日晚上10時35分關閉，到1月30日凌晨起關閉車站。
2021年11月20日，因香港疫情缓和，加上媒体传出香港及中国內地最快12月初有望免檢疫、有限度通關，国铁集团12306网站及部分旅行网站出现了11月30日由上海虹橋經深圳北，並以香港西九龍為終站的列車車次資料，有媒体报道称将为12月的免檢疫通关作準備。有旅遊界人士认为，尽管12月有望通關，但通關人次應有一定限額，而重開的關口亦以陸路為主，高铁可能最快2022年初或第三季才恢復服务。運輸及房屋局表示沒有恢復香港西九龍站高鐵服務的時間表。港鐵則回覆指，車站何時恢復服務，要視乎疫情最新進展，以及政府相關措施的安排。之后旅遊業界又轉述內地鐵路部門人員稱，高鐵没有11月底恢复的可能，相關網頁應為顯示錯誤，現已移除。
2021年12月22日，港鐵表示，23日-27日高鐵西九龍站會對外開放予市民參觀。之后自2022年1月1日起逢周六、日及公眾假期皆会開放。開放期間會設有導賞團，亦有限定的免稅店销售免税商品，站內的停車場亦首度重新開放予公眾。但高鐵列車服務繼續暫停。
2022年1月5日，因應香港疫情惡化，政府公佈於1月6日起實用封站措施。周六、日及公眾假期皆不会開放。