2019冠狀病毒病臺灣疫情
嚴重特殊傳染性肺炎臺灣疫情是指在中華民國發生的嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情。2019年12月，中華人民共和國武漢陸續出現不明原因的肺炎病例，疾病管制署隨即啟動邊境因應等措施。2020年1月15日，疾病管制署將該不明肺炎列為第五類法定傳染病，定名為「嚴重特殊傳-{}-染性肺炎」。1月20日，行政院同意開設三級中央流行疫情指揮中心。隔日，台灣出現首起境外移入確診個案。2月，臺灣發現首例死亡病例，本土社區感染疑慮一度加深。2月27日，因應國際疫情緊急，中央流行疫情指揮中心提升為一級開設。
行政院在此期間整合各部會資料建立「智慧防疫系統」，建立居家隔離、居家檢疫和自主健康管理機制。政府組織多家企業廠商，提升口罩、醫護衣等相關醫療物資產量，並協助研發快篩試劑、藥物及疫苗。同年3月，大量民眾自西方國家返回臺灣，境外移入案例陸續增加。3月19日，臺灣全面禁止外籍人士入境，並加強入境檢疫措施，境外移入案例的壓力得以減輕。敦睦艦隊群聚感染事件後，臺灣長期只有零星境外移入個案。隨著疫情穩定控制，臺灣啟動「防疫新生活運動」，並在6月開始大規模解封。
到2021年1月，衛生福利部桃園醫院爆發群聚感染事件，同年5月8日，桃園機場諾富特飯店出現群聚感染，其後宜蘭縣羅東鎮、新北市蘆洲區以及臺北市萬華區先後出現群聚感染，本土感染情況快速擴大。5月15日，行政院與疫情指揮中心宣布臺北市、新北市進入疫情第三級警戒。5月19日，疫情指揮中心宣布全面進入三級警戒。7月23日，因應本土疫情趨緩，指揮中心宣布7月27日起將第三級防疫警戒調降至二級。2021年底跨年群聚後，2022年1月初本土疫情明顯上升。截至3月1日，臺灣20,533人（15,439例本土案例、5,040例境外移入案例、36例敦睦遠航訓練支隊案例、3例航空器案例、1例不明案例及14例調查中），累計死亡病例853人，平均年齡73歲，而臺灣2019年整體死者平均73.76歲。
2002年底，中華人民共和國廣州爆發嚴重急性呼吸道症候群疫情。2003年3月，中華民國臺灣也發現第一起嚴重急性呼吸道症候群確診病例。隨著臺北市立和平醫院因出現院內感染緊急封院，醫療體系受到重創，臺灣社會陷入嚴重的焦慮不安。直到同年7月5日，世界衛生組織才宣布臺灣自嚴重急性呼吸道症候群感染區除名。經歷嚴重急性呼吸道症候群疫情後，政府基於此次經驗執行多項計劃檢討防疫體系及準備工作的缺失，加強傳染病防疫醫療體系的組織，分為中央政府、地區、地方政府三級指揮架構。
臺灣決定對全球流行性傳染病採取積極，推動《傳染病防治法》修正，並配修正或新定施行細則及其他法規命令。其中新設中央指揮體系的「國家衛生指揮中心」、及透過法制程序授權成立「中央流行疫情指揮中心」，統整資源、設備、人力來讓防疫決策一致化。疾病管制局提高位階改制為疾病管制署，增聘專業技術人員、教育人員、醫事人員，並與部會間有密切的協作機制。臺灣還增加傳染病防疫醫師的制度與訓練、儲備口罩與防護服等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發。同時政府修法建立「傳染病防治醫療網」，主要由隔離醫院、應變醫院、支援合作醫院等三種醫院組成。
臺灣醫療體系自此重視感染管制措施，將院內感染管制列為例行醫院評鑑中的查核項目。醫界配合建立完善的傳染病監測系統，並擴充疾病管制署、中央實驗室和合約實驗室的檢驗能量。經歷嚴重急性呼吸道症候群、H1N1新型流感疫情後，臺灣民眾也建立起勤洗手、戴口罩、量體溫等良好衛生習慣。臺灣納入世界衛生組織《國際衛生條例》運作機制後，可以查詢世界各地的疫情資訊，並持續交流防疫策略。2015年，因應中東呼吸症候群韓國疫情，臺灣雖無感染或死亡個案，政府仍持續加強、邊境檢疫等防治措施，並指示應變醫院準備隨時面對疫情。
2019年12月，中華人民共和國武汉华南海鲜批发市场陸續出現不明原因肺炎病例。網際網路盛傳武漢市衛生健康委員會的緊急通知，稱可能是嚴重急性呼吸道症候群。
12月31日，疾病管制署得知網路論壇批踢踢網友正討論武漢可能出現疫情的貼文後，基於先前防疫經驗高度重視，並向中國疾病預防控制中心及世界衛生組織確認疫情訊息。同日，行政院副院長陳其邁召開跨部會應變整備會議，疾病管制署亦緊急召開記者會公布疫情訊息。
2020年1月2日，疾病管制署成立應變工作小組。
1月12日，臺灣防疫專家團隊前往武漢訪查，了解當地疫情情況、防治作為及病患暴露史。
1月15日，疾病管制署將由嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型新型冠狀病毒引發的疾病列為第五類法定傳染病，定名為「嚴重特殊傳-{}-染性肺炎」，而為了方便與民眾溝通則會使用「武漢肺炎」稱呼。
1月20日，由於對臺灣的威脅增加，行政院同意正式成立三級中央流行疫情指揮中心，由疾病管制署署長周志浩擔任指揮官。
1月21日，中央流行疫情指揮中心宣布臺灣確診首例境外移入個案，是全世界首例非中國大陸籍確診個案。隨後中華民國總統蔡英文召開國家安全高層會議，要求行政院與衛生福利部有效協調各部會及各地方政府。
1月23日，中華人民共和國武漢市疫情防控指揮部宣布暫停所有大眾運輸，市民無特殊原因不得離開，約有470多名臺灣人滯留當地。其後中央流行疫情指揮中心疫情等級提升到第二級，由衛生福利部部長陳時中擔任指揮官。疾病管制署也從人流、政府防治措施和民眾行為模式預測第二波疫情高峰發生在歐洲。
1月28日，臺灣出現首宗本土病例家戶感染個案。
1月30日，世界衛生組織宣布疫情構成「國際關注的突發公共衛生事件」。
2月3日，在多個國家紛紛啟動武漢「撤僑」程-{}-序後，首架搭載247名臺灣籍居民和大陸配偶的包機抵達臺灣，但這次包機也引發政治爭議。
2月8日，寶瓶星號郵輪從沖繩進港，128名遊客經採檢後辦理入境。
2月12日，由於新加坡、日本出現「無旅遊史確診」個案，中央流行疫情指揮中心決議以回溯方式對留存檢體追加檢驗，在2月16日發現首例死亡病例，本土社區感染疑慮一度加深。中央流行疫情指揮中心與彰化縣政府啟動疫情調查協同作業，並執行匡列者居家隔離與居家檢疫。為了及早發現疑似個案，中央流行疫情指揮中心還啟動加強社區監測方案。
2月21日，在鑽石公主號郵輪發生事件後，臺灣以包機方式接回19名臺灣籍旅客，進行14天隔離檢疫。
2月25日，立法院三讀通過《嚴重特殊傳染性-{}-肺炎防治及紓困振興特別條例》，當中分為防治、紓困、振興、罰則四部分。
2月27日，因應國際疫情緊急，行政院院長蘇貞昌宣布中央流行疫情指揮中心提升為一級開設，由陳時中擔任指揮官。其後臺灣出現首起醫院群聚感染事件。
3月10日，在歷經先前包機風波後，第二批載有361名臺灣人的兩架包機從武漢市返回臺灣，並進行隔離檢疫。
3月11日，隨著病例數量和受災國家快速增加，世界衛生組織宣布這次疫情為全球「大流行」。
3月17日開始，大量民眾自西方國家返回臺灣，境外移入的案例陸續增加，防疫工作與人力上的壓力陡增。
此時防疫策略集中在強制檢疫隔離、防堵病毒擴散、加強醫護專業治療，直到封鎖邊境及加強入境檢疫後，境外移入案例的壓力才減輕。不同於中央流行疫情指揮中心意見，部分公共衛生學者強調要進行普篩。其中國立臺灣大學公共衛生學院與彰化縣政府衛生局合作，針對高風險群進行調查，引發諸多爭議與討論。
3月22日，臺灣發生養護機構護理師確診感染的事件。
4月18日起，中華民國海軍敦睦遠航訓練支隊的磐石號油彈補給艦軍人驗出群聚感染，最終有36名病例，是當時臺灣最大的群聚感染案。專家研判病毒來自臺灣，但是感染源頭不明。
敦睦遠航訓練支隊疫情過後，臺灣長期只僅有零星境外移入個案。
4月30日，中央流行疫情指揮中心啟動「防疫新生活運動」。
6月7日，政府實施防疫鬆綁政策，開始大規模解封，此後臺灣社會經濟活動大都維持過往運作。
7月15日，行政院實施振興三倍券刺激消費，總金額超過200億元。
12月21日，一名確診的紐西蘭籍長榮航空外籍機師感染友人，打破長期無本土案例的紀錄。
2021年1月12日，衛生福利部桃園醫院爆發群聚感染事件，一度進入封鎖醫院的階段，最終累計21例確診案例。這次事件讓臺灣社會的警覺度提高。
儘管臺灣進口三批牛津－阿斯利康嚴重特殊傳染性肺炎疫苗，因血栓副作用疑慮導致接種意願偏低，而關於快篩試劑整備及大規模社區感染演練則被否決。
4月20日，中華航空發生機師確診案例，員工防疫宿舍「諾富特華航桃園機場飯店」出現群聚感染。不久，宜蘭縣遊藝場、新北市蘆洲區社區、及臺北市萬華區茶藝館都出現群聚感染，本土感染擴大。這波疫情重創萬華區多項服務，使得民間動員支援當地防疫。
5月15日，蘇貞昌和陳時中召開臨時記者會，升高臺北市、新北市的防疫警戒等級至第三級，並在5月19日將全臺灣防疫警戒等級提升至第三級。
隨著各地醫療院所和社區篩檢站出現人潮、醫療資源與人力出現排擠效應、甚至院內感染情況，中央流行疫情指揮中心逐步執行醫院「清零計畫」、部署基層醫師至社區篩檢站、分散採檢人潮等。同時檢驗實驗室無法即時處理大量待檢量體，未能優先採檢確診接觸者，並因行政流程需「校正回歸」數據。也有進入第四級防疫警戒的討論。
5月中旬疫情大規模爆發後，許多地方政府和民間企業表態希望自行購買疫苗。
隨著疫情趨緩，7月27日，指揮中心將第三級防疫警戒調降至二級。
9月9日約翰霍普金斯大學公布的統計數據，台灣病死率達到5.2%，排名第9。
12月9日，台灣間隔34天後，再度出現本土個案，為中研院一名女研究員，她在實驗過程中不慎感染。
12月11日，台灣宣布首例境外Omicron移入個案，為一名30多歲女子，12月8日從史瓦帝尼入境，隨後台灣又公布新增兩例Omicron境外移入個案，分別從英國、美國入境。
12月31日，全台跨年大規模群聚。幾天內，出現桃園機場確診個案，且境外移入暴增，2022年1月11日，單日確診本土12人，境外移入58人，追平境外移入單日最多量。但有多條傳播鏈找不到感染源。
2022年2月15日，台灣報告首例感染Omicron死亡個案，個案為一名80多歲本身有糖尿病，長期洗腎，先前因被歌友會確診的計程車司機載過，匡列接觸者隔離，1月19日隔離期滿陰轉陽所以繼續住院。住院期間有發燒、肺炎，確診後16天，2月4日當天原定解隔出院，不料被發現死亡，死因為吸入性肺炎和冠狀動脈心臟病，據悉，死者先前已打過2劑AZ疫苗。
中央流行疫情指揮中心負責重要防疫政策的制定，分別由衛生福利部部長陳時中擔任指揮官、及內政部政務次長陳宗彥擔任副指揮官，並邀請國立臺灣大學副校長張上淳擔任專家諮詢小組召集人。中央流行疫情指揮中心常態會議由各部會副首長進駐合作，並透過與地方政府官員進行視訊會議建立雙邊溝通平臺。因應疫情的發展變化，中央流行疫情指揮中心不斷更新政策，甚至有時會推翻前期的防疫措施。隨著疫情發展及醫療治療介入需要，專家諮詢小組亦邀集不同專業的醫界人士組成討論。在疫情期間，許多在前線指揮的醫療公共衛生人員均曾經歷過嚴重急性呼吸道症候群疫情。
中央流行疫情指揮中心的任務編組分成情報、作戰、後勤三大單位。情報單位設有疫情監測組（疫情監測及國際交流）；作戰單位設有邊境檢疫組（邊境入境檢疫措施）、社區防疫組（社區關懷、居家檢疫及隔離追蹤、在宅醫療、心理輔導等）、醫療應變組（傳染病防治醫療網、集中檢疫場所、大型收治場所等感染管制）；後勤單位設有物資組（各式醫療物資供應、分配及管理）、研發組（研發快篩試劑、疫苗、藥物、流行病學預測、建立疫情研究網及）、資訊組（疫情資訊架構）、行政組（調查假訊息及相關庶務）、新聞宣導組（防疫宣導、民眾諮詢及政府政策推廣）、法制組（防疫相關法制）。
自發現疫情至今，中央流行疫情指揮中心都抱持著資訊公開透明的態度，為民眾提供即時的疫情消息及正確的防疫觀念。為了讓民眾信賴政府並願意配合防疫措施，中央流行疫情指揮中心的團隊成員連續每天下午2時直播舉行疫情記者會，早期階段還曾一天召開三次。其中疫情記者會由陳時中親自說明，時長大約一個小時，並有手語翻譯員即時提供手語服務。許多民眾每天下午2時收看中央流行疫情指揮中心的記者會，形成共同參與防疫的社會氛圍。臺灣連續44天沒有本土病例確診後，中央流行疫情指揮中心一度改為每週三召開記者會。
2019年12月31日，疾病管制署依標準作業程-{}-序啟動邊境應變措施，對武漢市直航入境的班機登機檢疫。2020年1月16日，臺灣提升武漢市旅遊疫情建議等級到第二級警示。1月21日，臺灣再次提升武漢市旅遊疫情建議等級到第三級警告。1月25日，臺灣全面禁止旅行團前往中國大陸旅遊。2月6日，考量國際遊輪屬人員密集、互動頻繁的高風險場域，臺灣禁止國際郵輪靠泊港口。2月10日，臺灣全面暫停海峽兩岸海運客運直航航線及航班，並在隔日全面禁止大陸人士入境。期間也發生正在大陸配偶家庭、及申請中華民國國籍的中國大陸戶籍人士入境問題。
3月19日，疫情進入全球大流行階段並在西方國家出現失控情況後，中央流行疫情指揮中心要求國民入境一律實施「居家檢疫14天」，其他外籍人士限制入境。3月21日，臺灣提升全球旅遊疫情建議到第三級警告，3月24日禁止旅客轉機。此後，臺灣每天仍約有千名旅客入境。檢疫人員全面加強發燒篩檢和健康評估，所有旅客入境前需填寫「旅客入境健康聲明暨居家檢疫電子化系統」資料，接受採檢、並送至集中檢疫所等待結果。旅客資料並整合至14天居家關懷的、及追蹤告警的「防疫追蹤系統」，進行後續社區追蹤關懷。
除了檢疫人員外，內政部移民署、內政部警政署航空警察局、財政部關務署與機場公司均支援邊境檢疫工作。隨著臺灣防疫限制鬆綁，中央流行疫情指揮中心只適度地開放低風險國家和商務往來，並允許持有「就業金卡」的高技能工作人員入境。6月22日，臺灣開放短期商務旅遊人士入境，可有條件申請縮短居家檢疫時間。而因應航空貨運業的特殊性，中央流行疫情指揮中心也針對機師、空中服務員數度修改檢疫措施。
2021年5月19日，因應本土疫情升高，臺灣再度暫緩未持有中華民國居留證的外籍人士入境，並暫停旅客前來臺灣轉機。6月27日起，所有國外入境者一律到集中檢疫所或是防疫旅館隔離，隔離期滿一律要做一次PCR篩檢，且從巴西、印度、英國、祕魯、以色列、印尼及孟加拉等重點高風險7國的入境者進入隔離前要加做一次PCR篩檢。7月2日起，所有國外入境者一律必須採檢三次，重點高風險7國的入境者要到集中檢疫所做一次PCR篩檢，檢疫第10-12天做一次家用快篩採檢，隔離期滿再做一次PCR篩檢，其他非高風險入境者要在機場做一次PCR篩檢或是深喉、唾液篩檢，檢疫第10-12天做一次家用快篩採檢，隔離期滿再做一次PCR篩檢，在入境時檢驗為陽性的個案都會送基因定序。
隨著上升，食品藥物管理署展開盤點整備，積極管控數量狀況。紡織產業綜合研究所緊急成立口罩戰情室，調查產能、協助生產管理及盤點出貨。面對臺灣長期向中國大陸進口口罩、民眾搶購動力顯著上升，行政院決定出口外科口罩和N95口罩，並委託口罩廠商趕工提升產能。在各地出現口罩搶購潮且引發民眾不滿後，中央流行疫情指揮中心宣布全面徵用工廠生產的一般醫用口罩及外科手術口罩，提供民生、儲備、醫療或公務防疫等需求。由於最初徵用25家口罩大廠每天僅生產320萬副口罩，行政院同意經濟部新增產線提供產量的構想。
其中精密機械研究發展中心、金屬工業研究發展中心、工業技術研究院及各地工具機廠商組成「口罩國家隊」，2個月內組裝92條產線，使臺灣成為世界第二大口罩生產地。這些口罩產線被送往各地工廠生產，由紡織產業綜合研究所調節不織布等原物料供應，國防部指派後備軍人協助分裝。行政院則推出基於全民健康保險卡的「口罩實名制1.0」。臺灣各地6,000多家特約藥局藥師及衛生所協助發放口罩，物流則由中華郵政負責。為了改善口罩分配不均的問題，政府先後透過「健康存摺」推出「口罩實名制2.0」和「口罩實名制3.0」，增加網際網路預購等通路。
在此期間，食品藥物管理署建立「法規綠色通道」，縮短醫療器材上市時間。在食品藥物管理署專案輔導下，廠商能在短時間內提升相關醫療物資的產線。在疾病管制署提出高達900萬件防護服需求後，紡織業者共同組成「防護衣國家隊」，調度生產隔離服、防護服的產線，並在機能布料研究基礎開發出第一件P3等級防護服。中央流行疫情指揮中心還和廠商協調「羥氯奎寧」使用分配權，外界則呼籲政府應籌組生產呼吸機的「呼吸器國家隊」。另一方面，後來新北市「加利」和彰化縣「豪品」口罩工廠先後被發現混充大陸口罩。
早在2020年1月，臺灣便訂定出入境旅客、疑似個案及接觸者的配套措施。其中「具感染風險民眾追蹤管理機制」分成居家檢疫、居家隔離、自主健康管理，違反者得以罰款。民政系統和村里幹事負責關懷追蹤居家檢疫者，衛生服務中心和衛生所負責管理居家隔離者。另有中華民國警察單位配合處理違規案件、交通部防疫車隊協助返家。疫情初期違反規定者約有30%，經宣導比例降到0.3%。政府還設置27處集中檢疫所，可收容無需積極治療的輕症患者，同時有大量防疫旅館集中在直轄市。在有疑似症狀或相關疑慮時，防疫單位則會安排就醫動線。
中央流行疫情指揮中心會經由疫情調查追蹤與確診案例密切接觸者，匡列可能範圍。疾病管制署設有防疫醫師，蒐集疫情訊息並評估風險、規劃包機與郵輪專案、協助公共衛生與臨床聯繫、及參與疫情調查和防治等。地方政府衛生局、衛生所等衛生單位亦進行社區衛生教育工作，發動民眾以志工方式協助，逐漸建立臺灣社區防疫網。環保清潔隊、中華民國國軍化學兵及民間業者則能執行消毒工作控制疫情。中央流行疫情指揮中心還成立疫情關懷中心，並有600多位退休的護理專業志工報名。疾病管制署亦將疫諮詢專線的客服人員增加至300人，平均每日進線電話9,000多通，最高曾達47,000通。
根據中央流行疫情指揮中心的數據模擬，戴上口罩或保持社交距離能避免醫療體系崩壞。為了降低疫情擴散的機會，中央流行疫情指揮中心逐步加強社會限制政策，先後宣布公眾集會建議停辦標準、訂定「」、規定配戴口罩的場合等。進入第三級疫情警戒後，新增防疫指引包括關閉各式公共場所、外出全程配戴口罩、停止部分家庭和社交聚會、啟動企業持續營運的因應措施、餐飲場所應落實規定或外帶等。若到了第四級疫情警戒，則進入、全面停班停課、的階段。另外，警察單位在疫情期間偵辦多起網際網路假訊息案件。
為了避免大量病患湧入癱瘓醫療體系，衛生福利部規劃四階段醫療整備及應變策略，並以監測系統協助重要決策。其中在疫情升高後，醫療院所會實行分艙分流、輕重分級制度，將醫療資源留給。其中負壓隔離病房便用於收治疑似病例，不過當前部分病房需用於收治肺結核等隔離病患。衛生福利部並利用在各地區171家急救責任醫院設置獨立專責隔離病房，將具有風險的病患就地收治於同一區。衛生福利部還在臺灣各縣市共設置22個專責醫院，必要時可以清空醫院收治患者。各地區應變醫院則透過過往經驗及整備表單，迅速自我檢查及。
醫療院所在就診時會紀錄旅遊史、職業別、接觸史及群聚等資訊，並遵循進行。感染科醫師和隔離病房醫護人員便直接面對確診個案，前者往往還負責監控最新訊息及進行教育訓練。在這情況下，臺灣對於確診個案的資料蒐集相對完整。而在疫情升溫後，既有的「高標準」醫療收治措施則將放寬。因應醫護人員需求大增，中央流行疫情指揮中心有條件，醫事司亦規劃降載計劃。衛生福利部為了避免院內感染還管制陪病，一度全面實施除例外情況外不得探病，直到疫情趨緩才鬆綁。
在救護運送部分，臺灣由各家醫療院所、消防局與民間公司的救護車負責。而臺灣的病毒檢驗是至少要有兩位醫事檢驗師同時操作，數量多時完成一批約需4小時至5小時。中央流行疫情指揮中心則增加採檢醫院擴大檢驗量能，並滾動調整責任區域以符合實際需求。直至2020年9月，臺灣總共設有72家指定檢驗機構，每日聚合酶連鎖反應檢驗量最大達8,904件以上。另外政府還準備社區採檢網絡，得啟動「加強社區監測方案」完善社區監測網絡及分級收治，針對高風險對象加強採檢。在疫苗接種部分，臺灣將優先建議接種疫苗的族群分為九類，涵蓋臺灣人口的60%。
國家衛生研究院整合擁有負壓P3等級實驗室的單位，進行檢體檢測、病毒分離培養、及協助研發疫苗等工作。在國立臺灣大學分離出病毒株後，中央研究院、國家衛生研究院、國防醫學院等均開發出快篩試劑。中央研究院和國家衛生研究院在治療藥物研發上亦有成果，成功合成「瑞德西韋」、「法匹拉韋」等藥物。國家衛生研究院、中央研究院、國光生技、高端疫苗生物製劑、聯亞生技開發等也分別研發疫苗，並採取機制。為了加速相關研發所需的法規審查，食品藥物管理署則建立專責輔導團隊，並製備病毒標準品提供給相關機構。
這次防疫充分運用，由行政院透過個人可識別資訊整合各部會資料庫，建置出「智慧防疫系統」。同時行政院還成立「防疫大數據小組」，透過大數據、人工智慧、資料分析協助疫情調查與流行病學分析。全民健康保險卡及雲端系統則成為防疫網絡的關鍵基礎，在口罩分配、民眾就醫紀錄、檢疫隔離與返臺資訊等面向發揮重要功能。中央健康保險署利用現有的「健保醫療資訊雲端查詢系統」開發「即時警示系統」，醫療院所第一線人員可以即時查詢民眾的國外旅遊史、及掌握高風險職業別，亦能利用該資料庫就醫結果展開接觸者追蹤。
在五大電信業者協助建置下，相關單位能藉由具定位功能的「防疫追蹤系統」與「電子圍籬系統」，掌握居家隔離和居家檢疫者行蹤，協助社區關懷網絡的運作。為了掌握居家檢疫和居家檢疫者的健康狀況，中央流行疫情指揮中心整合推出LINE機器人「疫止神通」和「雙向簡訊」健康通報機制。在藥局口罩剩餘數量以開放資料形式釋出後，政務委員唐鳳還協調政府與民間開發出各種「口罩地圖」，增加民眾查詢的便利性。而在電信業者提供定位資料下，政府也曾向特定民眾發送災防告警細胞廣播訊息系統通知，提醒應當自主健康管理。
2020年1月，隨著疫情擴大，疾病管制署先是規定返回臺灣就讀的中國大陸學生配合自主健康管理，後來全面暫緩中國大陸學生入境，從而引發爭議。原本各級學校預計在2月10日結束寒假，中央流行疫情指揮中心決定普通型高級中等學校和技術型高級中等學校以下學校延至2月25日開學，108學年度第二學期改為2020年2月25日至7月14日。大專院校隨後延至2月25日後開學，7月的大學入學指定科目考試亦首度延期。衛生福利部還為各級學校、幼兒園、實驗教育機構及團體、補習班、兒童課後照顧中心及托育中心提出防護建議及健康管理措施。
在此期間，中央流行疫情指揮中心公布高級中學以下師生管制出境，同時亦有因為口罩顏色引發的校園性別平等教育討論。另一方面，澳洲籍音樂家布雷特·迪恩在國家音樂廳演出後澳洲後確診，一度震撼藝文圈。而對於藝術與文化產業受到疫情影響，文化部則提出文化藝術團體及個人補助。同年4月開始，中華職業棒球大聯盟先是舉行33場沒有觀眾的閉門棒球比賽，轉播單位還特別提供多場球賽的英語轉播。其後每場比賽逐步開放一定數量的觀眾入場，成為全世界第一個開放觀眾進場的職業棒球聯盟比賽。不過2020年夏季奧林匹克運動會延期也影響許多選手的參賽計劃。
而在6月，中央流行疫情指揮中心開放部分國家和地區的畢業生入境，不過許多大專院校仍因境外生無法入境而影響收入。隨著疫情獲得控制，和等演出場所均可在實施公共衛生措施下開放營運，而臺北電影節、第57屆金馬獎頒獎典禮等活動也照常舉行。但到了2021年5月，因應第三級防疫警戒，教育部宣布各級學校及公私立幼兒園停止前往機構上課，而兒童課後照顧服務中心、補習班等各類教育機構亦同步配合停課，所有學生均在家遠距教學。同時期，諸如音樂廳、博物館、美術館、電影院等公共場所皆必須關閉。
最初疫情對臺灣的出口、民間消費與物價均造成影響，又以觀光旅遊產業受創最嚴重，包括航空業、旅行社、飯店民宿業及。中華航空、長榮航空、台灣虎航、星宇航空等營運受到衝擊，出現無薪假或「專案事假」情況，後來則推出幾次「類出國」航班。機場免稅商店改以網購或舉辦特賣會方式售出免稅商品。許多餐飲業者承受不住人潮銳減衝擊而停業或倒閉，或改提供外送或宅配服務，外燴及團膳承包業營業額也大幅下跌。相對於傳統市場受到疫情衝擊，便利商店、超商、量販店整體業績未有太大影響。同時，農業和漁業也受到疫情影響。
都會區和大坪數店面則受疫情衝擊，招租量大幅提升，但房租並未降低。電子商務平臺、物流業、外送平臺等宅經濟營業額明顯增加，串流影音平臺和在家工作需求提升，燃油機車和汽車銷售亦有增長。而在口罩業者推出多款口罩後，帶動防疫物資成為的風潮。到了2020年6月，及餐飲業表現也有所回升、失業率下降。在民間消費負成長下，臺灣在2020年全年經濟成長率仍有3.11%，股票、房市與車市也交易熱絡。隨著車用晶片等因疫情出現缺貨潮後，台灣積體電路製造等晶圓代工業者受到關注。
政府針對受疫情衝擊的產業則提出紓困方案，以《嚴重特殊傳-{}-染性肺炎防治及紓困振興特別條例》作為防疫及資金的法源。在疫情穩定後，政府推出抵用券、振興三倍券、藝FUN券、動茲券、農遊券、浪漫客莊旅遊券等振興輔導措施，及舉辦大型展銷活動等，以復甦民眾對內需型產業的消費。政府還提供受影響產業、農漁業者、交通運輸相關產業、旅行業等補貼，協助解決相關需求和問題。針對減班休息勞工、非自願離職勞工則有各項計劃和補貼，並可申請延期或分期繳稅。另一方面，中央銀行因應疫情降息至1.125%，且國家金融安定基金亦投入資金。
在疫情初期，近十臺電視頻道、YouTube、網路媒體便重複播放防疫，從各層面教育民眾一起防範疫情。在疫情初期，儘管民間一度出現搶購口罩、酒精、衛生紙等物資情況，亦有民眾發起「我OK，你先領」口罩禮讓運動。民眾在亦會協助檢舉通報，並以不同訊息管道協助政府迅速應變。其後民眾大多加強落實量測體溫、配戴口罩、保持清潔、保持社交社交距離等，公共場所和業者亦提供消毒搓手液及設備、設置隔板、出入實名制/連名制登記、人流管制及環境消毒等防疫措施。由於禁止旅客入境及居家工作模式，站點的搭乘人數大幅度減少，不過公園造訪率則增加。2020年4月，有民眾發起募資行動，將「Taiwan Can Help」的精神刊登廣告在《紐約時報》。2021年5月，在雙北防疫警戒提升至第三級，有民眾於網路上提出「看好了世界」口號。
社會工作者則為遊民等弱勢族群進行訪視關懷、提供防疫物資與衛生教育宣導，並到社區及相關社會福利機構服務。隨著疫情趨緩，社會工作者則依規定審核補償和紓困金並撥付給民眾，並針對生活困苦的家庭提供關懷輔導服務。而在疫情期間，隨著臺灣的「合法移工」人數下降、「非法移工」人數持續上升，許多僱用「家務移工」照顧長輩的雙薪白領家庭受到影響。相對於醫院內部照顧員和看護不願接案，許多家屬則必須自己輪班進入醫院陪病。不過在酒店、茶室、舞廳、三溫暖等八大行業業者數次被要求停止營業後，讓部分相關女性轉入地下工作。
每年農曆3月期間，臺灣會舉辦大甲媽祖遶境進香、白沙屯媽祖進香等宗教儀式。內政部對此與各地宗教團體溝通，多數宗教團體都願意因應疫情停辦或暫緩活動。在疫情控制得當後，隨著「防疫新生活運動」鬆綁各項活動，大甲鎮瀾宮、白沙屯拱天宮等重啟媽祖繞境進香。其他像是嘉義市輪流普渡等、原住民族文化祭典等傳統活動也都受到疫情影響，不過臺灣在疫情期間亦曾舉辦。在進入三級防疫警戒後，臺灣的大眾運輸、休閒場所等地的人流明顯下滑，不過日常採買仍維持基本人流。
2019年底至2020年初，傳出疫情之初，有人大量購買口罩希望捐給武漢，然而敵視中国大陆者否定此行為、認為口罩應留在台灣使用。中華民國政府在2020年1月禁止口罩出口，引起網民、政治人物和演藝明星多方爭論。
2020年3月，有些政治人物和學者開始擔憂部份防疫政策過度侵犯人權、且部份行政命令沒有法源依據；「防疫視同作戰」的口號造成各種嚴厲手段無限上綱。台灣人權促進會指出口罩實名制違反《全民健康保險法》、徵用超商和藥局配售口罩違反《傳染病防治法》。原先以國內防疫為由強制向廠商徵收口罩，在四月卻開始捐給外國做口罩外交的做法也引起學者質疑。 台灣人權促進會指出用手機位址追蹤居家隔離人員是否外出違反《通訊保障及監察法》。為了找出感染源，疫情指揮中⼼結合資安處、警政署、電信公司調閱通聯紀錄和路⼝監視器，但通聯紀錄通常要有刑事犯罪對國安重大危害嫌疑才能向法官申請核准後調取，路口監視器則需依警察職權⾏使條例調閱。政府援引《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》第7條作為各種限縮自由的依據，中華民國憲法學會副秘書長葉慶元認為其構成要件「為防治控制疫情需要」空泛、授權手段「必要之應變處置或措施」不知所云，並認為政府的作為正如在司法院690號解釋（有關SARS防疫措施之法源依據）時，許宗力大法官的部分不同意見書中提到的「專業濫權」、「整肅政治異己」、「種族偏見或歧視」。
指揮中心多次強調若散播關於防疫的不實訊息，最高可罰三年有期徒刑或併科三百萬元罰金。台灣人權促進會表示對於防疫制度的討論屬於公共議題，應受言論自由保障，反對政府恐嚇人民。
指揮中心在2020年因為擔心偽陽性造成恐慌及拖累醫療資源、以及偽陰性造成感染者未依規定隔離，一直強烈反對廣篩以及入境普篩，並在2019冠狀病毒病彰化篩檢爭議事件中處罰自行篩檢的單位。在野黨一直質疑此政策，並認為政府是在隱匿疫情，不篩檢就不會有病例。後續2021年發生萬華疫情時，發現偽陽性的機率被高估，並且由於指揮中心反對演練、快篩試劑未列入物資整備，造成本土傳播發生時動員緩慢、檢驗結果積壓延遲通報。
在嚴重特殊傳染性肺炎疫情爆發後，中華民國政府重新呼籲國際社會讓臺灣取得參加世界衛生組織的資格，並向國際社會分享防疫經驗。儘管臺灣仍可以透過部分指定渠道與世界衛生組織會員國共享訊息並分享專業知識，但無法像會員國一樣直接取得第一手疫情資訊、有效改進防疫策略，或就防疫資料與經驗直接與世界其他地區交流。但此要求受到中華人民共和國激烈的反對阻饒，並稱以疫情為由要求加入世界衛生組織等行動是「以疫謀獨」。而基於中華人民共和國對於臺灣的「一個中國」原則，世界衛生組織高層往往迴避臺灣問題及控制疫情經驗。
因為臺灣的防疫表現，包括美國、日本等24個國家均支持臺灣加入世界衛生組織，並認為世界衛生組織應該充分與臺灣合作。相對地，世界衛生組織和臺灣之間的摩擦有所增加，秘書長譚德塞更曾表示受到臺灣長期的「種族歧視」與人身攻擊。2020年5月18日和5月19日，世界衛生組織在日內瓦首度以視訊會議形式舉行第73屆世界衛生大會，但仍連續第四年未邀請臺灣與會。日本內閣總理大臣安倍晉三、加拿大總理賈斯汀·杜魯道、紐西蘭外交部長溫斯頓·彼特斯、美國國務卿麥克·龐培歐等人曾首度公開表示支持臺灣以觀察員身分參與世界衛生組織。
此後臺灣仍與嚴重特殊傳染性肺炎疫苗全球取得共享機制COVAX簽約，確保臺灣能分配到476萬劑疫苗。除了加入COVAX計劃外，臺灣還另外分別購買1,000萬劑牛津－阿斯特捷利康嚴重特殊傳染性肺炎疫苗、以及505萬劑莫德納嚴重特殊傳染性肺炎疫苗。海峽兩岸關係也影響臺灣疫苗的採購進度，其中輝瑞－BioNTech 嚴重特殊傳染性肺炎疫苗便被指遭受外力阻饒。到了2021年，儘管七大工業國組織外長會議支持臺灣參與世界衛生大會，臺灣仍未參與獲邀參加該年度世界衛生大會。
2020年4月1日，總統蔡英文宣布臺灣基於人道考量，政府積極加強在口罩、藥物、技術這三個項目的國際合作。其後臺灣提出四波醫療物資的援外計劃，送往美國、加拿大、拉丁美洲暨加勒比海地區、歐洲、亞太地區、新南向政策國家、西亞及非洲地區等80個國家，協助各國強化防疫工作。中央流行疫情指揮中心則發起「護臺灣，助世界」的口罩人道援助活動，民間企業亦有。根據統計，臺灣共捐贈超過5,000萬枚口罩、131臺熱像儀、35,000支額溫槍、250組體溫量測系統等相關醫療設備。臺灣還曾邀請美國、日本、加拿大等14個國家舉辦視訊論壇，針對防疫進行深入交流。
在這期間，外交部除了透過媒體即時澄清與報導政府防疫成果外，並透過衛生福利部安排視訊會議。外交部各駐外館處還協助滯留海外的民眾返回臺灣，並照顧僑胞。衛生福利部為了照顧滯留海外的民眾也推出國際遠距醫療。另一方面，美國衛生及公共服務部部長亞歷克斯·阿札爾率團前往臺灣訪問，是美國自1979年斷交以來訪問臺灣層級最高的內閣官員。其後臺灣和美國雙方則簽署醫療合作備忘錄，強化雙方的防疫和醫療合作關係。而在帛琉總統惠恕仁訪問臺灣後，臺灣和帛琉啟動亞太地區首個「旅遊泡泡」。
臺灣的醫療物資援助行動讓其大幅提升，並獲得多家外國媒體報導。與此同時，蔡英文曾接受《時代》雜誌邀請撰寫專文，向國際社會分享臺灣成功防疫的經驗。中華民國副總統陳建仁也曾參與英國國會下議院聽證會，及接受日本產業經濟新聞社、英國廣播公司等訪問。外交部和衛生福利部先後建置「因應武漢肺炎國際分享專區」及「COVID-19臺灣防疫關鍵決策網」，整合中央政府與地方政府各項防疫過程。
疫情期間，中國人民解放軍軍機繞臺灣島巡航持續、透過「疫苗外交」拉攏中華民國邦交國，並懷疑有網軍發出疫情。
最初臺灣的防疫政策是以圍堵方法為主，透過傳統公共衛生手段阻斷疾病，並以科技輔助讓檢疫管理符合實務所需。由於與疫情嚴重的中國大陸僅隔著臺灣海峽，美國約翰·霍普金斯大學曾在研究中推測臺灣、香港和新加坡將是繼中國大陸後受疫情影響最嚴重的地方。不過隨著臺灣成功防堵第一波疫情、及在早期疫情中相對較好的表現，反而受到不少國際社會和媒體的關注，被視為是民主政體防疫的展示；其中包括紐西蘭總理潔辛達·阿爾登、以色列總理班傑明·納坦雅胡等均曾公開肯定臺灣的防疫模式和成果。
隨著口罩外交獲得國際社會的肯定，臺灣防疫物資的良好品質亦受到重視，並且有數間口罩工廠取得國際合作詢問、以及展開全球市場布局的機會。臺灣亦在這次防疫工作中首創全球第一個智慧防疫系統，而包括烏拉圭、美國、澳洲、印度尼西亞、瑞士、義大利、卡達、沙烏地阿拉伯等超過10個國家都透過管道洽詢。
許多國際媒體對臺灣持續的防疫行動感到好奇。英國《衛報》曾將中華民國總統蔡英文、德國總理安格拉·梅克爾、紐西蘭總理潔辛達·阿爾登、芬蘭總理桑娜·馬林、丹麥首相梅特·佛瑞德里克森、挪威首相艾娜·瑟爾貝克等並列，分析這些女性領導人在疫情期間的表現。《紐約時報》等報導文章，對於臺灣是否能持續採取封鎖防疫政策提出多項質疑。
到了2021年5月，隨著臺灣本土疫情大規模爆發，防疫意識自滿而鬆懈、疫苗採購過於緩慢等成為報導的焦點和質疑。隨後立院提案疫苗數量、「3+11」會議紀錄、國產疫苗3期實驗、政府官員接種名單，皆遭到民進黨立委以多數優勢否決。引起輿論討論以及爭議。
6月28日，彭博社防疫韌性排名，台灣降至44名，為倒數第10名。而根據7月3日的病死率統計，台灣排名第10。
2020年5月15日，立法院三讀通過《公共衛生師法》，明定公共衛生師的執業範圍、場域以及應考資格，而這也是亞洲第一部《公共衛生師法》。其中受到嚴重特殊傳染性肺炎疫情的影響，《公共衛生師法》的確立公共衛生師平時分別在公家機關、私人企業或自行開業來規劃服務，而在疫情發生或政府有特別需求時得以徵調。在這期間，衛生福利部還特別委託公共衛生學會展開「防疫新生活健康行為監測研究計劃」，希望藉由公共衛生專業了解民眾的健康行為。
隨著疫情爆發和減少主動預約病人回診，醫療院所及基層診所門診就醫人數，就醫人數減少最多的前三名為「小兒科」、「復健科」以及「耳鼻喉科」。由於人們對於呼吸系統疾病警覺性和關注度提高，並且配合戴口罩、勤洗手和保持社交距離等措施，感染方式、防治措施都與嚴重特殊傳染性肺炎類似的流行性感冒、腸道病毒等疾病在臨床檢體陽性率、類流感門診人數、併發重症病例數等都有顯著下降。因民眾洗手次數增加，經濟部水利署的統計指出平均日用水量比同期增加2.7%。
隨著臺灣疫情相對穩定，2020年5月20日連任就職時，總統蔡英文的民意調查滿意度達到歷史新高的71%，衛生福利部部長陳時中的滿意度則突破80%。後來政府由於關於採購疫苗的政策，引發在野黨和輿論的質疑。在中華民國政府禁止出口口罩後，由於疫情持續蔓延、大陸配偶子女入境、滯留人員接返等問題，海峽兩岸民間因彼此不同的立場陷入爭論，分歧與對立日益擴大。歷經中美貿易戰、香港反對《逃犯條例》修訂草案運動、自身經濟發展趨緩與疫情爆發後，中美關係外交軍事角力以及臺美關係更加緊密，臺灣海峽關係趨於緊張。
截至2022年3月1日，臺灣在嚴重特殊傳染性肺炎疫情中的有20,533人，累計死亡個案則有853人（病死率）。當中分別有15,439例本土個案（約佔）、5,040例境外移入個案（約佔），另有54例個案被歸類為其他狀況（36例敦睦遠航訓練支隊個案、3例航空器個案、1例不明個案及14例調查中個案）。在確診個案之中，男性佔51%、女性佔49%。依據年齡分布，前四多的年齡層分別為30歲至40歲佔18%最多、60歲至70歲佔16%、50歲至60歲佔16%、20歲至30歲佔16%。在各縣市累計本土個案部分，確診個案前五多的縣市分別為新北市（7,040例）、臺北市（4,922例）、桃園市（1,233例）、苗栗縣（563例）和基隆市（320例）。