2000年代JR時間表修正
2000年代JR時間表修正（）是指2000年代在JR集團內路線中實施的。
九州中，隨著筑肥線下山門站至筑前前原站之間成為雙線鐵路實施時間表修正。當中包括由於增加班次而引入由JR九州開發的首架直流型電動列車。
各地實施時間表修正。
由於山陽新幹線「光號鐵路之星」規定使用指定編成，「West光」終止運行。同時，0系不再連接綠色車廂。
主要為西日本嵯峨野線（山陰本線）實施時間表修正。
東海道新幹線實施時間表修正。
主要為東日本實施時間表修正。 西日本中，隨著日本環球影城 (USJ) 開幕，櫻島線環球影城站啟用。在3月1日、2日櫻島線與大阪環狀線實施特別時間表運行。另外，櫻島線設有「JR夢咲線」的別名。
主要在西日本實施時間表修正。西日本中，3月31日日本環球影城開幕前，修改大阪環狀線至JR夢咲線的直通班次與所需時間進行修正，同時實施時間表修正。
東日本的仙台地區中，東北本線、仙山線、仙石線實施時間表修正。當中仙山線開始實行平日時間表和星期六及假日時間表。於星期六及假日時間表重開特別快速。同時該線的不在仙山線服務。
西日本山陽新幹線實施時間表修正。增加光號鐵路之星班次。
西日本藝備線實施時間表修正。從廣島出發志和口站的尾班車延遲。於志和口站到達時間在跨日後。因此，三次站尾班前往廣島站的班次提早出發。 西日本山陰本線實施時間表修正。為了列車高速化，來往米子站至益田站之間引入快速的，運行班次進行修正，班次數目微減。來往鳥取站至益田站之間的特急「國引」引入西日本首架新型特急柴油列車，並改名為「超級國引」。同時特急「磯風」均改為來往益田站。而木次線、三江線時間變更。
西日本，大阪環狀線直通至JR夢咲線的直通列車中，西九条站的停車月台變更，JR夢咲線於運送日本環球影城最繁忙的時間實施時間表修正，修改班次間隔，使前往提高前往日本環球影城的方便性。
東日本中，東北本線（仙台地區）國府多賀城站啟用。
隨著九州筑豐本線、篠栗線電氣化實施時間表修正。
東日本實施時間表修正。 北海道實施時間表修正。從旭川方向前往新千歲機場方向的直通L特急改名為「超級白箭」。隨著3月JR東日本收購東京單軌鐵路，東京單軌鐵路羽田機場線的起點同時轉乘站濱松町站中，成為京濱東北線的快速停車站。
西日本中，為了方便前往日本環球影城，部分特急「黑潮」、「超級黑潮」和「海洋快箭」列車停西九條站。
西日本實施時間表修正。西日本北陸本線中，隨著北陸新幹線興建工程進行，東金澤站至森本站之間的走線變更，同時實施時間表修正。營業距離減少0.1公里。能登鐵道削減列車班次，來往七尾站的急行廢止。
西日本紀勢本線實施時間表修正。在和歌山站至紀伊田邊站之間的普通列車中，除了早晩時段外，均在御坊站把系統分割。御坊站至紀伊田邊站之間的區間列車改由113系2卡編成以一人控制方式運行。
北海道、東日本實施時間表修正。 西日本、九州實施時間表修正。 在此修正中，能登鐵道削減班次，前往蛸島站的列車只剩下5班。
東日本中，隨著實施，與其互相直通的常磐線各站停車與地下鐵千代田線也實施時間表修正。部分來往相模大野站、本厚木站的列車（小田急線內為準急）改為來往唐木田站（小田急線內為多摩急行）。使3間公司直通的準急消滅。另外，在互相直通的中央·總武線各站停車至地下鐵東西線中，E231系800番台投入服務（在同年5月1日開始營業），103系、不在使用在直通運行班次。
西日本實施時間表修正，來往大阪站至米原站之間的「琵琶湖快車」（485系）升級至特急「琵琶湖特快」（和683系）。另外，特急「遙」加設來往米原站的班次。
九州中，鹿兒島本線千早站啟用。
隨著東海道新幹線的品川站啟用，實施大規模時間表修正（下述）。東海道新幹線區間的運輸體系中，由「光」作為主體改為「希望」為主體。在10月1日，東海道、山陽新幹線實施大規模時間表修正。當時JR東海副社長松本正之稱此時間表修正為「第二之開業」。西日本實施時間表修正。
主要在九州實施時間表修正。 以往列車司機會在公司之間的邊界站進行交班。在這次修正中，JR集團之間簽訂協議，列車長也會在同樣情況下進行交班（夜行列車和部分日間特急列車除外）。 西日本三江線由於發生落石事故，在時間表修正中把列車速度下降。
九州實際時間表修正。
東日本、東海、西日本實施時間表修正。
貨物列車方面，大阪環狀線貨物支線境川號誌站至之間（通稱：）當日暫停服務。來往浪速站的（不定期）貨物列車當日起暫停行駛。該區間於2006年4月1日起正式廢止。
東日本中，隨著，與其互相直通的常磐線各站停車 - 地下鐵千代田線也實施時間表修正。小田急的直通運行班次擴展至早上和深夜。
西日本加古川線電氣化。班次所需時間縮短、提早首班車和延遲尾班車 。電氣化後，新製了4輛125系列車投入服務，另外16輛103系改造車（3550番台）投入服務。
主要在東海、西日本、九州實施時間表修正。 西日本中，由於4月25日發生福知山線出軌事故使寶塚站至尼崎站之間重開，以福知山線（JR寶塚線）為中心進行時間表修正。當中為了使時間表上安排較充裕，實施了小規模的修正。由於ATS裝置的關係，直通至北近畿丹後鐵道的「丹後探索者」改用KTR8000形（丹後發現）。另外，117系不再在福知山線上行走。
東日本中，由於常磐線的新競爭路線筑波快線於8月24日開業。因此在此修正中只牽涉常磐快速線。新型車輛E531系投入服務，在上野站至土浦站之間的特別快速班次最快只需55分鐘。而特急「新鮮常陸」增加班次，以及變更與統一停車站。
西日本岡山地區中，由於進行岡山站改善工程而實施時間表修正。
西日本中，隨著奈良站周邊進行高架化工程中（使用臨時路軌），關西本線（大和路線）、奈良線、櫻井線實施時間表修正。當初計劃在同年5月22日實施，但由於發生福知山線出軌事故影響而延期。
全國實施時間表修正。西日本中，隨著南海電氣鐵道實施大規模時間表修正（增加關西機場連接列車），臨空鎮站至關西機場站之間，與南海共用的關西機場線與受牽連的阪和線實施時間表修正。
東日本與新幹線實施大幅度的時間表修正。 除了東日本新幹線外實施時間表修正：
在實施此時間表修正時，與JR直通運行與連接的東武鐵道（伊勢崎線系統），以及東京急行電鐵（田園都市線、東橫線）、小田急電鐵、樽見鐵道等，除了第三部門鐵道外同時實施時間表修正。
北海道池北高原鐵道故鄉銀河線將於4月21日廢止，在此時間表修正中，直通至帶廣的列車時間有所調整。
西日本中，阪和線下行線於大阪市內路段高架化，待避車站變更（長居站→鶴丘站），隨即實施時間表修正。
四国實施時間表修正，增設晚間牟岐線來往德島站至阿南站之間的特急「回家特快阿南」。同年5月在1500形気動車於德島地區投入服務。
東日本以宇都宮線、高崎線為中心實施時間表修正。
東海的在來線實施時間表修正：
西日本（都市網絡和北陸地區）實施時間表修正。
西日本岡山地區實施時間表修正。隨著岡山站的改善工程有進程，各路線的月台進行變更。增加快速「」停妹尾站的班次。木次線2班上行列車的時間表進行變更。津山線暫時使用臨時時間表。
隨著西日本三江線濱原站至三次站重開，實施臨時時間表修正。主要為修改濱原站列車轉乘代行巴士的時間。
除了北海道、四國外，主要在各公司的在來線實施時間表修正。 在此修正中，各公司設有新車站啟用，包括東日本的太子堂站、東北福祉大前站、平田站、東海的野田新町站、西日本的櫻花夙川站。西日本的「西ノ宮站」改名為「西宮站」（讀法相同）。
在此修正中，受到世界性的影響與第25條（避免二手煙）。增加全國於新幹線、特急列車的禁煙席，以及增加全車禁煙的班次。在東日本，於該公司路線內的列車與特急「白鳥・超級白鳥」全面禁煙（臥鋪列車除外）。九州除了部分列車外均全面禁煙。
西日本三江線江津站至濱原站之間重開。1往返班次直通至山陰本線濱田站，並改善江津站的轉乘時間。在星期六及日暫停服務，於早晚來往江津站至石見川本站之間的列車取消。
由於暴雨，使部分路段不能通行的越美北線（九頭龍線）全線重開。
東海道・山陽新幹線與西日本部分地區實施時間表修正。 JR西日本JR神戶線的甲子園口站無障礙工程開始。使於甲子園口站折返的列車取消，取而代之為設定來往尼崎站和蘆屋出發（從明石品質管理中心以不載客班次前往蘆屋）的列車。（在2009年3月14日工程完成後再次設定）。
東海實施時間表修正。
北海道實施時間表修正。
各社實施時間表修正： 在此時間表修正中，設有多個車站啟用。上述的大阪東線有12座車站啟用，東日本、四國、九州各1座車站啟用。而西日本（不計算大阪東）有2站啟用。另外，九州有1座車站改名。
西日本中，隨著米子機場的跑道延長工程開始，境線部分走線改變，大篠津站改名為米子機場站，御崎口站改名為大篠津町站。
西日本中，隨著奈良站周邊高架化工程進行中（大和路線部分路軌高架化），大和路線、奈良線、櫻井線等實施時間表修正。同時，JR寶塚線的223系6000番台投入服務。
西日本實施時間表修正。JR京都線的桂川站啟用。該車站只有普通列車停站（包括高槻站至大阪站之間為快速列車的班次）。
各公司實施時間表修正。 西日本部分地區（北陸地區）實施時間表修正。特急「雷鳥」（Thunderbird）引入新製車輛683系4000番台。特急「白鷹」增加1往返班次，共設有13往返班次，每1小時設有1班。
同時，東海、西日本內的特急、急行列車（包括通勤快車與直通至其他公司的列車。東海道、山陽新幹線與臥鋪特急除外）均全面禁煙。
主要是北海道實施時間表修正。