2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议
2019冠状病毒病中国大陆疫情相关争议，介绍2019冠状病毒病疫情中各界对中国大陆各地政府及医院应对、大型文化及旅游活动举办与防疫措施等的争论。
2019年12月下旬至2020年1月17日，从武漢-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-嚴重特殊傳染性肺炎疫情以來，日本、泰國两国出現确诊病例，但中國境內除武汉外，不見其他地方公布确诊病例（1月11日广东省公布一疑似病例）。由于正值春運，此事引起民眾憂慮，網路空間亦有討論，质疑中国大陆地方政府进行了消息管制。
2019年12月30日，武漢市衛生健康委員會發布《》，當中要求各醫療機構及時統計不明原因肺炎病患的救治情況並及時上報，同時指出未經授權不得擅自發布救治資訊。该文件当晚在互联网上广传。
财新网报导称，2020年1月1日，一位基因测序公司人士接到湖北省卫生健康委员会一位官员电话，通知他武汉如有嚴重特殊傳染性肺炎的病例样本送检，不能再检；已有的病例样本必须销毁，不能对外透露样本信息，不能对外发布相关论文和相关数据，“如果你们在日后检测到了，一定要向我们报告”。
北京大學免疫學系副主任王月丹推測中國只有武漢通報疫情是因為中國其他地區未檢測此病毒。在1月20日的媒体采访中王月丹称，原来没有很好的检测方法，所以有些病例暂时没有确诊。最近检测的方法改进了，可能会对前期积累的疑似病例进行确诊，导致近两天新增的病例骤增。
世界卫生组织发文称，目前病例数量上升是因为“搜查和检测的力度加强”。
1月21日，中共中央政法委員會發文引用SARS事件初期晚報瞞報的結果，强调信息只有足够公开，才能引起公众的重视、防控措施才能施展开手脚、让最有效的措施以最有效率的方式到位。自欺欺人只会让疫情愈演愈烈，把一场原本可控的天灾变成付出巨大代价的人祸，刻意迟报瞒报者将“是党和人民的千古罪人”、“永远被钉在历史的耻辱柱上”。
1月22日，国家卫生健康委卫生应急办公室主任许树强回应，湖北省武汉市卫健委于2019年12月31日和2020年1月3日、5日、9日发布了疫情和防控信息，根据疫情发展的变化，从1月11日每日更新发布。从1月20日起，在国家卫生健康委员会的网站可以看到每日汇总发布全国各省份确诊病例和疑似病例数据，会保持信息的公开透明。
1月22日，国家卫健委高级别专家组组长、中国工程院钟南山院士接受鳳凰衛視專访表示，经历过了整个SARS、MERS到H7N9病毒，会站在预防病毒变得更坏的角度去采取措施，确认武汉和广东省报的病患数量没有任何隐瞒，非常公开透明，同时国家卫健委还邀请香港大学微生物系的袁国勇院士全程一线调研，他也可以证实此事。
1月22日，据《财新网》报道，武汉同济医院一名叫陆俊的医生，在发热门诊接诊时被感染嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型，1月5日出现发热症状，随后肺部出现病情，并于1月10日收治入同济医院。但武汉市卫健委在1月5日-1月11日的通报中均称“未发现医务人员感染”，2020年1月12日至1月21日，通报中未出现关于医务人员是否感染的表述。1月21日凌晨1时45分发布的通报中，武汉市卫健委表示有15名医务人员被嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型感染。由于武汉协和医院忽视了脑神经外科接诊的一个病人在入院之前已经感染了嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型，导致1名医生和13名护士被传染。
1月23日，英國廣播公司（BBC）引用財新網報道的醫生感染時間與武漢公布有醫護人員感染的時間差異，質疑湖北存在瞞報疫情情況。
1月24日，中华人民共和国国务院办公厅发布公告，国务院办公厅从即日起在面向社会征集包括緩報、瞞報、漏報在內，有关地方和部门在疫情防控工作中责任落实不到位、防控不力、推诿扯皮、敷衍塞责等问题线索，以及改进和加强防控工作的意见建议。
1月25日，《環球時報》總編輯胡錫進在微博上表示他認為武漢市和國家衛生部門對疫情擴大有責任，又指近年傳媒監督功能被與宣傳無關的强勢部門削弱，媒體人未能預警，武漢8人被誣陷造謠壓制了輿論的討論及警告聲音；《中國新聞周刊》報道引述武漢協和醫院醫生回憶，指疫情剛開始，武漢完全是冷處理，不允許公開談論，不允許接受採訪，臨床系統及疾控中心等的職員均受到管控，「整個就不讓說」。
1月27日，日本放送協會（NHK）訪問到在中國大學畢業、於武漢醫院內臨床實習的日本人，他指稱在1月3日就聽聞有醫護人員感染，而中國直至2周後才正式公布有醫療照顧相關感染，又引述醫院同事間對話，認為實際感染人數遠多於公開數字。
1月27日，中共武漢市委副書記兼市長周先旺表示，“这次我们的疫情其实各方面对我们信息的披露是不满意的，我们既有披露不及时的一面，也有我们利用很多有效信息来完善我们的工作不到位的一面。前面这个披露的不及时，这一点大家要理解，因为它是传染病，传染病有传染病防治法，它必须依法披露，作为地方政府，我获得这个信息以后，授权以后，我才能披露，所以这一点在当时很多不理解。”
1月28日，《北京青年報》訪問武漢市第五醫院消化內科呂小紅主任，她指2019年12月25日前後即聽說有醫護人員懷疑感染不明肺炎，1月6日起疑似病例增多，10日起急診開始超負荷，惟直至20日钟南山對中國中央電視台首次透露有人傳人，才首度知悉情勢如此嚴重。
2月1日，《南方人物周刊》採訪武漢一線醫護，醫護透露1月中旬時急診人滿為患，而當時醫院不獲允許在診斷書上寫「病毒性肺炎」字眼，只能用「斑片狀感染病灶」等字樣代替；由於武漢衛健委通報一直否認或未提及出現醫護感染，很多醫護都是20日從钟南山發言才得知早已有醫療照顧相關感染；又稱早已知道疾病嚴重性的一線醫護因害怕被指「造謠」而不敢在網絡公開發布，「不知道為甚麼我們甚麼都不能說」。
2月3日，《紐約時報》報道1月中上旬，武漢及湖北兩會召開期間，省市高層官員講話時未有公開提及存在不明肺炎疫情，而期間武漢衛健委多次通報無新增病例的說法亦遭一則政府網站上已被刪除的投訴質疑，投訴中，一名自稱武漢醫生的人稱知道事實並非如此，又說1月12日起肺部異常感染的病人大量增加，惟武漢醫生被下令不准在影像報告上書寫病毒性肺炎。
2月10日，中國官方通報新增確診病例2478起，但根據湖北省疾病預防控制中心外流的117頁機密文件顯示，當日新增確診病例數為5918起，是對外公布數字的兩倍以上，且這份文件也透露2月至3月間，中國公布病例數均低於實際新增病例數。2月11日，中國國家衛健委高級別專家組組長鍾南山接受路透社專訪，認為疫情初期武汉情况失控，“当地政府、卫生部门应负上部分责任，他们未有做好工作”。但和2003年SARS事件時不願對外分享資訊相比，中國政府今次在資訊透明度及與世界衛生組織合作方面有很大進步，同時認為若各國合作及協調更好，就能更早發現疫情及人傳人現象。
2月20日，《财新网》发布报道，据武汉社会福利院一在院护士透露，福利院内有11位老人因为反复发烧、呼吸衰竭去世。次日傍晚武汉发布辟谣称经核酸检测确诊12人，死亡1人，没有“11名老人呼吸衰竭而死”的情况。2月24日，财新网发布独家报道：称自2019年12月23日以来，截止2020年2月18日，武汉市社会福利院已有19人去世，“其中出现发烧症状的不在少数”。
2月20日，国家卫生健康委发布嚴重特殊傳染性肺炎疫情情况，武汉市新增确诊病例615例，而全省新增349例。针对数据核减情况，湖北卫生健康委回应表示，国家卫生健康委2020年2月18日下发了《关于印发新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第六版）的通知》，相对诊疗方案（试行第五版），湖北省特有的临床诊断病例类目取消，仅保留确诊和疑似病例。在21日举行的湖北疫情防控新闻发布会上，湖北省委书记应勇明确要求，已确诊的病例不允许核减，已核减的必须全部加回，对相关责任人要查清事实，严肃问责。2月21日晚，湖北卫生健康委将2月19日核减的病例数重新加回到确诊病例，并对当日新增病例数进行订正。2月19日0-24时，全省新增确诊病例由349例订正为775例。
2月21日，湖北卫生健康委发布通报说，2020年2月20日0—24时，全省新增嚴重特殊傳染性肺炎确诊病例411例，但国家卫生健康委公布的湖北新增确诊病例为631例。之后，湖北卫生健康委解释称湖北省监狱没有接入传染病疫情网络报告系统。之后经认真审核确认，截至2月20日24时，监狱部门报告的271例嚴重特殊傳染性肺炎确诊病例中有51例前期已纳入相关地区统计并公布，其余220例确诊病例和10例疑似病例现纳入2月20日疫情数据进行公布。全省新增确诊病例数由411例订正为631例。
2月23日，武汉市蔡甸区人民医院医生夏思思殉职。新华社报导称1月14日，其接触并负责的一位病人在当天确诊为新冠肺炎。但据武汉卫生健康委员会公布的数据，1月14日当日并无任何新增病例。这一矛盾引发外界质疑。
2月27日，山西省首例接受血浆治疗的嚴重特殊傳染性肺炎患者去世，但其未被计入死亡病例。3月2日，山西省卫健委表示，该患者的嚴重特殊傳染性肺炎已经治愈，但该患者年龄较大，是其伴有的其他基础病导致死亡。
3月16日，《环球时报》发布报道，据武汉市中心医院医生赵辰表示，中心医院很早就发现了人传人的事实，院方却一直对医生隐瞒真相，甚至阻止医生进行自我防护。
3月23日，中華民國行政院院長蘇貞昌在当地立法院受訪表示「如果中國一開始能夠不隱瞞疫情，世界早一點獲得警告，就不會危害得這麼厲害」。
3月26日，《财新网》报道：一名司机载送到武汉八个殡仪馆中的汉口殡仪馆的骨灰盒达2500多个，而他前一天已给该殡仪馆卸过另一车骨灰盒；该殡仪馆静雅厅的侧厅存放着的骨灰盒是每500个一垛，目前一共有7垛；汉阳区永丰街道在疫情期间死亡人数为69人、而该街道总人口为47367人（2011年末），整个武汉13个市辖区总计有108个街道办事处、21个镇、15个乡。上述数据引发舆论猜测武汉的死亡病例远超官方通报的2559起。但也有舆论指出，汉口殡仪馆并不只存放嚴重特殊傳染性肺炎疫情死亡者的骨灰，封城期间非疫情原因导致的死亡人数也不可忽视。
5月16日，中國國家衞健委高級別專家組組長钟南山接受美國有線新聞網絡（CNN）訪問時，表示武漢政府在疫情初期封鎖及隱瞞關鍵資訊，「不願意說真話」。1月18日，他率領專家小組赴武漢調查，當時眾多醫生及學生向他表示，情況比官方描述更為嚴重。他不相信海外確診個案增加下，武漢的個案數字能10多日都停留在41宗，於是向當地官員一再追問真實數字，但當地官員很不願意回答他的問題。結果2日後，武漢官方公布個案已增至198宗，當中有13名醫護人員受感染。不過，钟南山認為中國政府汲取了SARS事件時隱瞞疫情2、3個月的教訓，當中国中央政府1月23日主導疫情應對後，「我想所有數據都是正確的」，指所有政府均不應隱瞞疫情。他並警告大部分中國民眾沒有免疫抗體，第二波疫情可能性愈來愈大，中國面臨巨大挑戰，狀況不比其他國家好。
6月10日，香港大學微生物學系教授袁國勇及其團隊推算湖北省約有220萬人受到感染，其中97%受感染者從未確診，研究於醫學期刊《刺針》發表。但遭到香港工會聯合會會長和港區全國人大代表吴秋北质疑袁国勇放着武汉那么多核酸检测数据不用，偏偏用这400多个样本推算220万人受感染，批评“袁科学家是美国强有力的外援”。
8月20日， 據紐約時報援引美国一份情报报告指出，武汉官员最初向北京隐瞒了嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型的危险。
1月24日，中國中央電視台報道武漢協和醫院資深專家組副組長張勁農感染後在家隔離治療康復，張建議輕症患者居家自我隔離，防止去醫院出現交叉感染，呼籲居民委員會及社區醫生參與；1月26日，《南方周末》報道中國國家傳染病咨詢專家委員會成員蔣榮猛認同張勁農看法，建議輕症病人居家隔離，且認為這不是醫療資源不夠的權宜之計，但就需要專業措施跟進。
2月2日，武漢市要求對四類人員集中收治及隔離：確診患者集中收治，疑似患者集中隔離，未排除肺炎的發熱患者集中隔離觀察，密切接觸者集中隔離觀察。其中提出確診或疑似重症患者必須入院治療，床位不夠的輕症患者必須徵用其他醫院及酒店集中收治或隔離，不准居家隔離。
2月4日，香港有線新聞《有線中國組》訪問到至少5個懷疑或已確診個案仍未找到床位收治，因武漢市出台「四類人員」集中收治及隔離政策，其中一位肺部花了但未確診的人收到社區電話去隔離，但得知隔離區是普通酒店，無輸液或治療服務，由於醫生告知停止輸液很危險，故仍然選擇居家隔離，每日去醫院排隊十多個小時輸液，他妻子慨嘆新聞報道與患者感受是兩回事。
2月6日，中國中央電視台播出探訪報道，武漢一社區黨委書記說正在勸導懷疑個案至酒店等集中隔離點隔離，以切斷社區感染源，又指若隔離個案需要就醫，會有工作人員陪同前往，「比在家好很多」。
2月8日，武漢軟件工程職業學院在官網宣布有學生宿舍被臨時徵用作疫情防控工作用途。《環球時報》及《新京報》報道，2月9日，一段懷疑宿舍改造片段顯示工作人員隨意丟棄學生物品，網絡上亦曝光學生私人物品被隨意棄置及堆積，令學生不滿及網民質疑學校侵犯學生私有財產。翌日，學校發聲明致歉，指宿舍改造過程中通宵加班，保證宿舍按時交付，惟「確實出現個別人員為趕進度，整理不細緻、處理不當」，承諾開學後將「在核實的基礎上予以賠償（補償）」。《人民日報》「俠客島」事後形容事件中，學校處理學生物品是「形同處理垃圾」。
2月12日，《經濟觀察報》報道，武漢礄口區有70多歲的懷疑嚴重特殊傳染性肺炎患者2月10日跳樓身亡。患者同時有重度尿毒症，1周必須透析3次，而由於早前發現懷疑感染嚴重特殊傳染性肺炎，醫院要求他必須先確診肺炎再透析，向社區求助獲回應疑似病例只能居家隔離，直至去世已有8日未透析。社區一度通知已安排肺炎的核酸檢測，但兩次都未能實現，小區物業告訴記者醫院床位緊張及不願接收令患者尋短見。《香港01》報道事件時提及儘管武漢曾宣示要在11日清零疑似病患，但發稿時微博的求助話題內仍有大批網民說未能檢測或入院治療，形容是「走投無路」。
3月7日，发生2020年泉州欣佳酒店倒塌事故，疫情期間來自疫區旅居史的人士，根據規定被地方政府安排到一些指定旅館居住，以便於集中觀察，然而同時在此酒店卻正在進行裝修工程，意外中隔離人員被部分壓死、多人受傷。
3月19日，网络上流传“留学生回杭州硬闯小区”的消息。有传闻称，一16岁美国女留学生回杭州，未隔离检测直接回小区，女孩子父亲说已沟通过可以不用集中隔离，直接带回小区回家隔离。保安坚持原则不让进入，双方发生争执冲突。后经调查，该女留学生在留下栖泊酒店（西湖区集中隔离点）进行统一检查和体温测量。由于女留学生为未成年人，符合《杭州市新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作领导小组关于印发八大机制的通知》（杭防组〔2020〕7号）的规定，属于不适宜集中隔离的人员，安排其进行居家隔离。
3月23日，在美国进修的演员徐娇回国后接受居家隔离遭到网民质疑，认为违反浙江省疫情防控工作领导小组发布的集中隔离规定，更质疑其有“特權”。翌日，徐娇在微博發文解釋，澄清自己是嚴格遵從社區安排，並不是擁有特權。
4月，广州市當局對居住在廣州的黑人進行集中清理，大批未確診嚴重特殊傳染性肺炎的非裔人士被趕出家門、強制檢疫和沒收護照而流離失所，引起非洲聯盟及多個非洲國家譴責。4月13日，中华人民共和国外交部发言人赵立坚表示，称中方“高度重视保障外国在华人员的生命健康安全，对所有外国在华人员一视同仁，反对任何针对特定人群的差异性做法”，并强调“中非一直是好朋友、好伙伴、好兄弟”，“中国对非友好的政策没有任何改变，非洲国家和人民对华友好的感情也不会有任何动摇。我们不会对非洲兄弟搞歧视”。他最后表示，针对近期非方反映的非洲国家在粤公民的关切，广东方面已进行梳理排查，并采取系列新的举措。4月14日，中国驻尼日利亚大使周平剑在与尼日利亚外交部长奥尼亚马会见后举行联合记者会。奥尼亚马表示，近期一些尼日利亚人近期抵达广州后被确诊，当地政府查明此点后，要求封闭相关场所，隔离密切接触者，被强制隔离的人自然不被允许返回酒店、原住所等。尼日利亚民众仅根据社交媒体流传的视频作出错误解读，误以为尼日利亚人和非洲人在防疫中被“挑选出来”，有针对性地被加以区别对待，表示不能理解。
5月11日，据《健康时报》报道，深圳游客林峰（化名）于5月6日抵达山西大同游玩，翌日被工作人员告知要求自费集中隔离14天。而在出发前，林峰查询了大同当地的隔离政策，并无对深圳地区人员的隔离要求。据工作人员表示，他们在5月6日下午5点左右接到了临时通知，要求对来自黑龙江、内蒙古、广东和湖北四个省份的所有来同人员全部实行14天集中隔离，两次核酸检测全部阴性后方可解除隔离。其后林峰多次与有关人员和部门沟通，但是均被告知要严格执行最新政策，不会取消他的14天隔离。而产生这一临时性政策的原因，则是因为5月2日太原新增了1例从湖北输入的嚴重特殊傳染性肺炎确诊病例，山西各地加强了疫情防控措施。根据山西省新冠肺炎疫情防控工作领导小组办公室于5月2日下发的《关于做好重点地区入晋人员核酸检测和防控管理工作的通知》，明确指出“对来自国内中、高风险地区的入晋人员，均需采取集中隔离措施，24小时内完成首次核酸检测，隔离满14天后完成再次核酸检测，结果为阴性方可解除隔离”；而截至5月10日18时，林峰的客源地深圳市宝安区为低风险地区，因此可以安全出行。《健康时报》记者多次查询山西省、大同市人民政府和卫生健康委网站及其他公开平台，并未发现有公开文件或通知等明确规定了对黑龙江、广东等四省份人员入晋的相关要求。而大同市疫情防控办公室表示“并不是所有的政府文件都会在网上公开发布”。亦有网友告诉林峰最开始咨询云冈区疫情防控办时，工作人员告知只需绿码就可以，结果十几分钟后对方又给他回电称“刚刚说错了”。而大同12345市民热线、山西省卫健委公布的入晋人员管理的监督电话均表示入晋人员只需有健康码绿码即可入晋。
2021年1月14日，肇州县应对新型冠状病毒感染肺炎疫情工作指挥部发布公告，提到中国大陆各地区，无论是否为中高风险地区来返肇州的，均执行“21天集中隔离+7天居家隔离”（至少3次核酸检测）管控措施，隔离费用均自理。对此，《新华每日电讯》刊载题为《“加码隔离”既不科学也不精准》的评论，认为无差别地“21天集中隔离+7天居家隔离”，不合情理也不合法理。评论还指出，肇州几乎成了一个“既不让进，也不让出”的封闭之地。
2021年1月底，针对黑龙江省鸡西市鸡冠区有群众反映的“对低风险地区抵返人员贴封条管控”情况，当地有关部门调查确认，鸡冠区西鸡西街道幸福里社区对疫情防控政策落实不当，存在将社区健康监测人员住所贴封条问题，要求街道社区马上纠正，解除封条，向当事人道歉。另外，在1月31日召开的国务院联防联控机制新闻发布会上，国家卫健委新闻发言人米锋表示，对于北京市以外的省份要做到“六个不”，认为层层加码和“一刀切”既是一种懒政，也是对宝贵防疫资源的浪费。
2021年4月29日，福建省宣布放寬台湾民众入境福建检疫的政策。自5月10日起，到福建從事商務、交流等活動，通過廈門機場口岸到閩的台灣民眾，仅需集中隔離2天，之後19天為住宿地與工作單位封閉往返的「閉環管理」；金馬居民居住滿28天者，可憑檢疫證明免除入境隔離。此新规受到众多网友质疑。《环球时报》总编辑胡锡进表示，福建省推出这一政策完全是“出于加强该省经济活动的需要”。他分析称，台湾的病例比香港少得多，而且零星发生的基本都是输入性病例和相关的密接感染。通过便捷通道进入福建的台胞在一段时间内将处于闭环管理中，不能在社会上游走，所以福建认为风险较小，决定一试。5月8日，福建省应对新冠肺炎疫情工作领导小组（指挥部）综合协调组发布消息，因应台湾地区新增10多例本土确诊病例，决定延期实施台湾民众来闽检疫“便捷通道”政策。
2月8日，河南南阳南石医院的一名护士下班回小区遭阻拦，阻拦者认为南石医院是嚴重特殊傳染性肺炎定点医院，害怕医院的工作人员携带病毒回家传染人。医院汇报后，南阳市防控指挥部已发布通知解决医护人员出行问题，制作临时工作证作通行证。
3月6日，一份加盖公章的隔离费用收据在网络上引发争议：湖北浠水县2名武汉火神山医院援建工作者返乡，被安排在当地一家宾馆集中隔离，镇政府通过劳务公司按150元/天的标准收取了4200元集中隔离费。3月8日，浠水县新冠肺炎疫情防控工作指挥部发布通告，称收取隔离费行为错误，钱已返还，涉事副镇长马某被免职。
3月9日，据《生命时报》报道，武汉汉阳体校方舱医院的一些志愿者在方舱医院关闭後，收到的通知并非“隔离14天”而是“马上回家”。当他们拿着通知回到小区时，小区不让进；回到原来的酒店，以志愿者名义招募他们的公司让他们尽快搬离，志愿者陷入尴尬的两难境地。
1月20日，武汉市人民政府宣布派发20万张可供市民在大年初一到十五免费游黄鹤楼等30个景区的惠民旅游券。1月21日，武汉市文化和旅游局宣布惠民旅游券活动延期举行。
1月20日下午，湖北省应急管理厅举办春节联欢会。1月21日，中共湖北省委、湖北省政府举行“2020年湖北省春节团拜会”文艺演出活动，湖北省民族歌舞团40多名演职人员参与了多个节目的演出。中共湖北省委书记蒋超良、副书记兼省长王晓东等领导到场观看。法国国际广播电台引述湖北省民族歌舞团微信公众号发布的文章（该篇文章后被歌舞团撤下），称歌舞团的数名演员在登台前出现感冒等身体不适症状，最终“带着层层口罩，克服肺炎恐慌”使得演出成功举办。湖北省政府在疫情期间举行大型文化活动引起争议。《环球时报》批评事件与当地“封城”的背景显得不协调。部分网民批评省政府此举是对一线奋战人员的不尊重，也是形式主义的体现。
2020年1月30日，國務院辦公廳發出緊急通知，當中提及國務院的物資保障組負責對重點醫療應急防控物資實施統一管理、統一調撥，地方各級政府不得以任何名義截留、調用。 2月2日，中國雲南省大理市卫健局发出《》，征用了发往重庆市的应急防疫用口罩，重慶市發函索要未果，獲回覆已分發，無法追回，引发争议。2月6日，每日經濟新聞從重慶商務委了解到，大理已同意歸還口罩。雲南省對大理市政府及衛生健康局予以通報批評，指做法嚴重影響兄弟省市防控工作及人民感情，責令立即返還物資。大理市稍後發聲明致歉，指暫扣及徵用口罩是解燃眉之急，將嚴肅處理責任人及退回能退的口罩，其他的正展開補償工作，已兌付補償款99.03萬元人民幣，而重慶的口罩則全部放行退還。大理市衛健局局長楊硯池之後被免職，工信和科技局長方虎亦被政務記過。除重慶的物資外，大理市及大理州還被傳媒揭發扣留湖北黃石市及浙江慈溪市的物資。其中黃石貨主重慶市黃石商會接受東方網訪問時不滿大理用完物資賠錢了事，而大理市委書記高志宏接受《新京報》訪問時就稱大理的酒精等物資亦被其他地方扣留過。2月24日，云南省纪委监委网站发布消息称，大理州委、州政府、大理市委、市政府、大理市纪委监委被通报问责，大理市委书记高志宏遭到党内严重警告处分及免职处理，大理市委副书记、市长杜淑敢、大理市政府党组成员、副市长娄增辉遭到撤销党内职务及政务撤职处分，大理市委办公室常务副主任李磊遭到党内警告处分，大理市市场监管局党组书记、局长袁爱忠遭到政务记过处分。同时对大理州委副书记、州长杨健、大理市委常委、常务副市长杨矗、大理市委常委、市纪委书记、市监委主任张琮诫勉问责。
2月4日，中國山東省青島市新型冠狀病毒感染肺炎疫情防控指揮部發出蓋印公文，稱由於企業採購的口罩被瀋陽海關查扣，要求青島海關「按照對等原則」查扣即將到達關口的瀋陽購買物資。2月6日，中國新聞網查詢瀋陽海關，獲回覆未查扣過青島購買的口罩。《新京報》指事件引發輿論質疑，報章查詢文件中聯絡人，獲回覆文件是3日晚上草擬，及後查明瀋陽海關暫扣口罩資訊不實，4日早間已撤回，並未執行，而企業反映的問題已由兩地協商解決。
2月29日，云南省临沧市临翔区教育体育局曾下发通知，为了在复课防疫期间充分发挥中医中药「治未病」的作用，要求区内各直属学校及幼儿园的所有学生根据临沧市中医医院开具的处方服用「大锅药」并上传喝药照片，按照要求服用后才允许入学。3月2日上午，临沧市教体局回应称，服药基于自愿原则，并非强制；个别下属教体局、学校的执行方式欠妥。临沧市教体局并就此事致歉。目前原发通知已停止执行。
受疫情影响，教育部明确各地开展网上教学，各类软件程序被广泛用于在线课堂场景。为了教学需要，这类软件应用通常要求开启麦克风、摄像头，以及进行人脸比对，由此引出的个人信息收集和网络隐私问题引发民众担心。3月2日，国家互联网信息办公室表示，有30余款在线教育类应用对个人信息保护合格水平偏低、对个人敏感信息处理规则不明确。有些应用强制要求获取麦克风、摄像头等权限，否则无法使用，在上课时学生的麦克风、摄像头可以强制被教师打开。为了防止学生挂机而不听课，部分应用甚至会监测手机或电脑桌面及后台运行程序，强制锁抓取屏幕，以供教师判断听课专注度。国家互联网信息办公室核验发现有30%左右的应用未公开隐私政策；15%左右的应用虽然公开了隐私政策，但未详细说明其收集个人信息的目的、方式及范围，只是格式文本；75%的应用在首次启动时即申请可收集个人信息的权限，但并未告知收集目的，有些权限被设为必须提供，如不允许便闪退。另外有半数应用使用后无法注销。
很多教师在网络授课过程中发现自己因发布违规图片或讨论政治议题遭到封禁，对于平台的过度审查感到困扰。如一名妇产科护理学教师授课过了几秒钟就遭到封号，疑认为原因是提到了外生殖器解剖；一名历史教师疑因为材料包含敏感词而无法发送给学生。一些学生也表达了不满，「医学生上网课有多难」一度成为微博的热门话题。
2020年8月13日，教育部和国家卫生委员会建议所有高校学生留在校园内，防止新冠传播。教育部也向各高校发函要求避免「一刀切」、「简单化」的封控管理。但在2020年9月，天津大学」、西安外国语大学、西安音乐学院等学校因为不合理的封控措施而登上热搜。学生反应了封闭期间校内热水供应不足及饭菜水果价格上涨，并表示学校限制学生出入但允许教职工及家属出入属于双重标准。《中国新闻周刊》的调查表示有93％的受访者不理解为何要单独限制学生而不对其他人员采取措施。
1月19日，武汉市人民政府副市长陈邂馨称，自1月14日起，在武汉市的机场、火车站、汽车站和客运码头等交通枢纽设置体温检测点、排查点，发放宣传册。但财新网引述1月20日去过武汉站旅客的说法，表示在火车站未见体温监测点，也未有广播提示和发放防疫宣传手册。1月17日，now新聞台報道指記者在漢口站親身搭高鐵去北京，發現站外有帳篷接受發燒者主動求助，惟乘客不需測量體溫即可進入車站，站內亦無任何有關新型肺炎的告示。
1月30日，中央应对新型冠状病毒感染肺炎疫情工作领导小组指导组派出督查组，到湖北省黄冈市进行督查核查，发现黄冈市卫生健康委员会主任唐志红就对于定点医院的收治能力、新型肺炎病例等问题“一问三不知”，翌日黄冈市卫健委主任唐志红被免职。
2月13日，湖北省司法厅退休副厅长陈北洋被曝一家三口在1月25日前後感染嚴重特殊傳染性肺炎後，因医院无法提供厅级幹部对应的单人或双人病房，陈拒绝入院治疗，执意居家隔离。2月4日前，陈北洋夫妇及儿子从张家湾搬至桃山村省直机关小区居住，社区并未如实告知居民陈家三口是确诊病例。至12日陈还多次在小区内活動，其间知情人将三人确诊情况告知邻里，引發居民恐慌。13日下午，经有關人員上门劝导，陈北洋同意前往医院，但是拒绝乘坐医院的救护车，最后由政府公务车辆送往医院。
2月19日，湖北省仙桃市卫生健康委发出《关于重申疫情防控期间有关纪律的通知》，强调了四点「严禁」要求，包括严禁在群内议论疫情发表个人观点和严禁未经允许擅自接受电话及现场采访，引发舆论关注。当天晚上，仙桃市卫健委相关负责人回应称，通知文字表述确有不当之处，已作废。
青岛一条叫做“新冠高架路”的高架路因为与嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型（又稱新冠病毒）撞名引发热议。有网友给青岛政务网政府信箱写信呼吁改名，留言称“‘新冠’二字确实伤害全中国人民特是湖北人民的感情”，希望当地政府予以改名，还有人建议更名为武汉高架路。市长邮箱对此回复称“符合《青岛市地名管理条例》的规定，为了保持地名的稳定性，可改可不改的地名，一般不予更改”。
3月5日上午，国务院副总理、中央指导组组长孙春兰在武汉市青山区翠园社区开元公馆小区考察时，有居民从家里的窗户向中央指导组成员高喊“假的、全都是假的”，来表达社区物业假装让志愿者送菜送肉给业主，实际工作不到位的诉求。据法新社报道，当地居民对菜品的质量和价格不满。视频在网上传出后随即被大量网民点赞，网民点评说“当面揭皇帝的新衣”“过瘾喊出真实的话”。媒体亦对此事件进行了评论，认为“真实的声音最有力”、“是一次非常有意义的民意表达与对民意的回应”、“揭了形式主义的老底”。翌日，国务院副秘书长丁向阳回应称“绝不掩饰工作中存在的矛盾和问题，切实解决好老百姓关心关切的生活中的实际问题”。3月9日，国务院联防联控机制召开记者会。民政部基层政权建设和社区治理司司长陈越良表示，小区造假行为严重伤害了“组织‘肌体’”、“严重损害了党和政府的形象”，应坚决纠正。
3月6日晚，中共湖北省委常委、武汉市委书记王忠林主持召开市嚴重特殊傳染性肺炎疫情防控指挥部视频调度会，在会上，他提出“要在全市广大市民中深入开展感恩教育，感恩（习近平）总书记、感恩共产党，听党话、跟党走，形成强大正能量”。“武汉人民是英雄的人民，也是懂得感恩的人民”。要通过多种形式的宣传教育活动，在广大市民、党员干部中开展感恩教育，听党话、跟党走，形成强大正能量。其讲话内容在媒体曝光後引发舆论的广泛质疑。英国《卫报》报道称，王忠林的讲话遇到了公众的诸多嘲讽，《长江日报》似乎删掉了最初的报道文章。中国媒体据报接到指示不要发表这一文章，也不准发表评论或提及这一事件。
3月11日，武汉市青山区被曝光使用环卫车给居民运送平价肉，钢都花园管委会11日晚通过微博道歉，表示将上门收回平价肉集中销毁并追责。翌日，又有网友爆料武汉其他地区用救护车、环卫车运输猪肉蔬菜等物资，随后相关部门表示正在核实此事。之后，钢都花园改用冷藏车运肉。14日，武汉江岸区海赋社区再度爆出用殡葬车运送团购物资。事后，武汉市黄陂区殡葬管理所所长敖浩被免职，并党纪立案审查；黄陂区民政局党组成员、副局长骆文俊被党纪立案审查；区殡葬管理所解除与吕某殡葬用车承包经营协议，并依法追究违约责任。
3月21日《新民晚报》新媒体报道称，上海市静安区彭浦新村街道三泉路517弄一名英国籍人士3月14日辗转多地回沪后，其配偶和岳母均希望该英籍人士能去集中隔离点进行医学观察，但该英籍人士拒绝集中隔离，坚持要居家隔离，该居委会党支部书记陈奉涛决定让丈母娘和女儿、孩子暂时离家前往同社区的亲属家中，英籍女婿居家隔离。该报道发布后引发了针对外国人在华“超国民待遇”的广泛质疑，《环球时报》总编辑胡锡进更发文批评该居委会的所作所为。
嚴重特殊傳染性肺炎流行期间，多地将隐瞒疫病史、接触史等列为失信行为，并上报至全国信用信息平台。南京、厦门等地的失信行为还包括公共场所故意不戴口罩、拒绝执行小区封闭式管理等。信用体系边界不断扩张引发民众担忧和质疑。
7月15日，自新疆新一轮疫情爆发以来，新疆政府采取严厉的隔离检疫措施遏制疫情进一步发展。首府乌鲁木齐市多个住宅小区进行封闭式管理，住户的家门均被贴上封条或胶带，完全禁止下楼。另外，部分社区每日向住户派发连花清瘟胶囊、盐酸阿比朵尔及特制中药剂，强行要求他们在监督下服用药物，部分居民服用药物后出现轻度不适症状，包括皮肤过敏、腹泻、月经紊乱等情况。以上措施安排引起了生活不便，致使当地居民在8月中下旬涌入微博超级话题#乌鲁木齐发帖求助，呼吁政府放宽限制措施，但这些信息很快便被当局删除。
8月中旬，深圳市福田區梅林街道一間超市被曝光貼出「由於政府要求，使用現金必須做好人員登記」的規定，梅林街道辦事處梅都社區17日回應稱，為防控疫情，福田區食藥監局根據上面的文件精神，下發了「使用現金需登記」的相關規定。据报道，由於鈔票和硬幣被指可受冠状病毒污染，加上當地有超市職員染疫，因此采取實名制是要應付當民眾一旦確診感染冠状病毒，可追蹤其活動路綫圖，及時防範現金播毒。
2021年1月1日，一名网名“S古戈尔”的大连市金州区女子发微博求助，称自己母亲去世，但由于封城政策，自己无法回家奔丧。次日该女子发表微博表示自己已尽一切办法都无法出城。之后该女子在接受采访时称「後來我們街道有人給我打電話，上來直接問我，你昨天在微博上發什麼了，我說我發什麼跟你有什麼關係，我自己微博我發什麼不行，他們來質問我，我的天，當時我都沒瘋了」“我娘養我一場，她去世了我都不能在身邊，養我這個女兒有什麼用？哪怕就是我自費，我掏錢，單獨給我安排，見一面不也行嗎？關鍵是現在這個政策一刀砍死，不給留一點活口。都是說‘舍小家爲大家’，連小家都沒有了，大家怎麼搞？”引发热议。
2021年1月13日，大連市金普新區友誼街道辦事處副主任王琛明在返回居住地小區時，不服從防疫規定，不僅拒絕登記身份证号码，還打電話給金普新區友誼街道康樂社區黨委副書記盧憲寶（即「盧書記」）要求放行。當地志願者將過程拍成影片上傳至网络後，引發網民与官媒的强烈批评。由於该女子要進入的社區當時是中風險地區，引發網民質疑「防疫搞特權」，並齊讚志願者“懟得好”。翌日，大連市紀委監委发布通报，王琛明因擾亂疫情防控工作秩序被嚴重警告及免職，盧憲寶受到黨內警告處分。
从2021年1月中旬中国大陆出现本土规模性零星散发病例以来，一些沒有新增確診病例、距離疫情發生地較遠的城市，也開始宣布進入戰時狀態。中国官方媒体新華社对此發表評論文章，稱科學防控、精準防控，既不能「重砲打蚊子」，也不能「掃把趕惡狼」。
2021年1月18日，一名居於石家莊市藁城區的老人曹某欲外出買煙，不聽防疫人员勸阻後，在村黨支部書記閆某的指使下被執勤人員綁在樹上謾罵。事件發生後，南營鎮當局展開調查，最終決定給予水範寨村黨支部書記閆某停職處理，當地警方已經以涉嫌非法限制人身自由案立案調查。
2021年1月中旬，吉林省通化市爆發本土疫情，自18日起實施全面封閉管理。有網民表示在居家隔離期間缺乏物資，有的家中已快斷糧，引起網絡關注。1月23日，通化市新冠肺炎疫情防控指揮部表示，通化市将成立保民生志願服務隊，面向廣大居民免費提供生活必需品代購配送服務。24日，通化市副市長蔣海燕就市民生活物資配送不及時不到位，給市民生活帶來很大不便的問題，代表市委市政府表達歉意。同日，通化市疫情防控指揮部宣布，從即日起至解除居民居家封閉管理，對居民基本生活物資按照每戶5天需求量供應「蔬菜包」，半價配送到戶，對低保戶、孤寡老人等困難群體基本生活物資免費配送。
2021年10月30日，在江西省铅山县发现病例后，交通灯统一调整至红灯，引发争议。警方随后表示，实际上是30日晚车流量较大时的应急措施，该县交通灯已恢复正常。
2021年12月，黑龙江省哈尔滨市发布通告，将奖励主动接受核酸检测并且结果为阳性的市民1万元人民币，此举引发热议。
2021年12月27日，在西安市开始暂停每户家庭每两天由一人外出采购生活物资的政策后，家中物资出现了耗尽的情况，且外送也存在無法送入小区的情况。另外微博上也有寻求食物和其他必需品的供应求助。许多网民表示，他们还没有收到政府的供应，并批评这是“鬧飢荒”。“西安买菜难”也一度冲上微博热搜榜。12月28日，为解决封闭管理小区居民生活出现困难的情况，西安各区政府与多家大型零售企业和农贸市场合作，组织准备蔬菜等生活必需品，为封闭管理小区免费提供物资保障。12月29日，西安市官方回应，确实出现了保供企业员工到岗率低、物流配送困难的情况，将尽最大可能协助解决企业员工正常上岗问题，为生活物资保供车辆发放通行证。
1月17日，東網及台湾《蘋果日報》等媒体报导指，有一位武汉網民在微博發文，称一家三口均疑似感染肺炎，其中父親獲金銀潭醫院收治隔離治療，但他與母親則被院方以無床位為由被拒收。述指武漢同濟醫院「內充滿發燒病人」，醫院還要求肺炎病人回家自行隔離，質疑當局延誤治療，此微博隨後遭刪除。
1月21日，英国《卫报》以一宗肺炎患者火化案例為題，在未普遍开展嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型检测的情况下，以此單一案例指出因誤診而在1月初即病死的其他病患與家屬的困難，並質疑实际感染及死亡案例很可能多于中華人民共和国政府所公布的数目。
1月22日，《三聯生活周刊》報道指有綜合醫院骨幹醫生透露，嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型检测盒以及专用隔离病房不足，有醫生在社交網絡上擔憂疫情被約談。《三聯生活周刊》报导指，亦有曾在華南海鮮市場工作、自認都是嚴重特殊傳染性肺炎患者的夫妻二人指卫生部门在关停海鲜市场、进行市场商户病情筛查时，医生称二人情况轻微、无需隔离，只需每天来打吊瓶、9天一个疗程，并指武汉“好多医院都不收海鲜市场的病人”。《三聯生活周刊》報道又指，有三甲醫院主任醫生認為1月初就應該面對現實，嚴陣以待，這樣疫情本不會如此嚴重。
1月23日，《三聯生活周刊》報道形容武漢醫院已經是一床難求，引述患者指多人無法入院，只能回家隔離；《新京報》報道說有以「病毒性肺炎」名義收治的患者直至死亡亦未能等到機會確診是否感染嚴重特殊傳染性肺炎，有「病毒性肺炎」患者家屬指無法得知患者所患是否嚴重特殊傳染性肺炎，有診斷「呼吸道感染和病毒性肺炎」及有「不明肺炎患者接触史」者仍然未被隔離治療；中國中央電視台《新聞1+1》節目公布一線醫生提供之訊息，說發熱患者數量多到無法及時收治，收治病人檢測不及時導致交叉感染，醫務人員未集體食宿令傳播管道未切斷。《人物》在3月采访了武汉红十字会医院急诊科护士长关秀丽，她提到1月21日门诊开放首日门诊量1700人，最高峰时2400人，接诊量甚至达到同批医院的两倍，平时运转顺畅的供应机制面对暴涨的病人，已经崩溃。急诊科有个留观室，只有8张床；还有个抢救室，本是5张床，最多的时候摆了50张。还不够，就加椅子，医生不坐了，把椅子全给病人。最后连椅子都没了，病人就躺在站着看病的医生旁边。有人有了经验，上120时自带躺椅。有人什么都没有，关秀丽找了装仪器的泡沫和纸箱子，好歹在地板上垫上一层。有的病人睡在走廊里，抢救在走廊里，去世也在走廊里。
1月23日下午，武汉市卫生健康委员会就市民关心的问题进行答复指，目前全市发热患者增多趋势明显，确实存在发热门诊就诊排长队、留观床位紧张的现象，宣布整体征用武汉市汉口医院等七家医院，其门诊部全部作为发热门诊集中接诊全市发热患者，新增3000张专用床位。武汉市卫健委指，嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型病原样本检测依法需按照高致病性病原微生物（第二类）进行管理，相关样本的检测、运输等必须符合生物安全管理的相关要求，并在具备相应防护级别的生物安全实验室开展检测及研究，且1月16日之前湖北省没有检测试剂盒，相关病例需送往北京检测，因此标本送检速度较慢，影响到快速诊断。目前病例样本检测效率已由每日200份提升至每日2000份。
1月24日（除夕），《南华早报》报道，武汉当地人的担心程度越来越高，许多人开始使用社交平台来发表自己的恐惧、担心和对政府处理疫情方式的抱怨。有一位匿名接受采访的医生表示，当地医院并没有足够的医生来处理如此大量的疑似病人，许多病人想要做核酸检测，但这完全不可能。一名叫陈慧芳（音）的家属接受采访时说，她的妈妈已经确诊且双肺感染，但她辗转5家医院均被拒绝入院，所有医院都表示没有多余床位。
1月24日，now新聞台播出已被刪除的網絡短片，顯示身穿防護衣、戴著N95口罩的人打電話時情緒失控，上載者表示醫療物資跟不上，身心超負荷，同醫院另一名醫生其後向《北京青年報》證實影片屬實。留守武漢的香港有線新聞《有線中國組》記者採訪疑似病患，病患夫婦說他們因缺乏試劑盒一直未能確診，一人已經咳血，“醫生積極的希望我們馬上住院，不過他說無能為力，因為現在醫院全部是滿了，他要我們自己想辦法到其他醫院去住院”；而他們認識的一家五口一家七口都未能隔離，太太的爸爸直至肺部感染離世都未能確診是否嚴重特殊傳染性肺炎。
1月25日，《中國經營報》報道指，武汉专门收治发热病人的各大医院人满为患，有患者排队时间达8个小时。美國全球衛生問題前高級研究員認為，“医护人员很难阻止病人和家属涌入，传染性病毒的（院内）传播是无疑的”。而一名微生物學家則期待火神山醫院的建成能令重症病人獲安置，病人間傳播被控制，社會情緒得到安撫。
1月28日，中國疾控中心流行病學首席科學家曾光接受中國中央電視台訪問，建議病人不要都湧入發熱門診，因為冬季流感高發，難以區分感染冠狀病毒或流感；同時指為降低相互傳染，建議將發熱門診移至公園等露天地方。
1月31日，中共湖北省委副書記、武漢市委書記馬國強接受中國中央電視台訪問，表示疫情應對各方面均不能說充足，武漢正千方百計增加病床，但乙類傳染病對病床及醫院要求高，令床位增加速度未如預期；隨著患者增加，醫護人員亦緊缺，惟全國各地增援到達後有一定程度緩解；期待火神山醫院及雷神山醫院建成後能大大緩解壓力。
2月1日，《财经网》發表题为《统计数字之外的人：他们死于“普通肺炎”？》的文章。《財經网》記者透過採訪十多個病患家庭及查詢定點醫院，指武漢的醫院「一床難求」狀況仍然存在，無床位收治的病患不計入懷疑個案，且病毒核酸檢測試紙緊缺，有醫生懷疑甚至「明確說了」是感染者的人也一直未能確診，甚至直至死亡亦未能住進醫院確診，未統計進官方通報的病例數字，只能算「普通肺炎」或「肺部感染死亡」。《財經网》質疑嚴重特殊傳染性肺炎感染患者或死于嚴重特殊傳染性肺炎的患者远远高于官方公布的数字。但该文章在微信很快遭到审查系统删除。此外根據法新社照片顯示武汉街头出现伏尸。中新社則表示称根據武汉官方回应，死者生前未确诊嚴重特殊傳染性肺炎。2月1日前后，位于武汉司门口的高架桥上，一名男子跳桥自杀。有网友称，男子生前因感染病毒，怕传染家人，而医院无床位，在外面暂住，最終自殺。2月2日，又有网友声称，位于武汉的太子湖出现自杀事件。多維新聞表示兩起自殺事件無法得到證實。
同日，中國國家衛健委專家組成員蔣榮猛對中國中央電視台承認床位依然緊張，有病人仍在輪候住院機會，但相信問題會較快解決，同時提及武漢3間醫院增加了1000張深切治療部的重症床位，並新增「方艙醫院」3400張輕症隔離床位。
2月4日，中國國家衛健委專家組成員蔣榮猛對中國中央電視台表示試劑盒充足，已有10萬人份，早前問題主要是檢測時間太長，而檢測時間已由3-4日縮短至1日，部分醫院已可自行檢測，無需送第三方機構檢測。
2月5日，中共武漢市委副書記胡立山在記者會上承認病床供需矛盾還比較突出，很多患者未能住進指定醫院得到良好救治，形容是一個「堰塞湖」，「说真的，我们感到很痛苦，感觉很揪心」。同日，湖北下令全省醫療機構用最大努力收治懷疑及確診病例，不能收治的須登記及通知縣市區指揮部或轄區轉運隊轉運至集中隔離點，確保所有個案「應收盡收、應治盡治」，違反者依《傳染病防治法》追責。
2月10日，中共湖北省委副書記兼武漢市委書記馬國強在記者會上表示經過排查，截至2月8日有1499名確診重症患者未能入院治療，10日中午已全部安排入院。中共武汉市委书记马国强表示，截至2月8日，武汉市在开展的入户排查工作中户数排查的百分比达98.6%，人数排查的百分比达99%。此前，中共中央总书记习近平肯定了社区入户排查。武汉市政府公布的这一比例招致了怀疑。有新浪微博网友表示自己是“那剩下的1.4% ”，受到逾千点赞，被平台标记为“热门”。湖南省「紅網」翌日刊出評論，引用網絡上的大量質疑，表示或許對99%的人數排查比「要打一個問號」，認為應關注及回應這些民意「雜音」，真正做到不漏一人。
10日，香港電台《鏗鏘集》指1月底時微博上有大量武漢及湖北人求助，說自己有症狀而不被收治，當時訪問到數位被迫在家「自我隔離」的患者，患者表示最怕在家傳染給家人，而其中已有人全家感染。11日，香港有線新聞《有線中國組》報道稱武漢仍有疑似病人未獲床位收治，而武鋼二醫院等醫院醫療條件惡劣，有家屬收到患者電話說入院後未有得到任何醫療照顧，家屬前往醫院送藥亦被拒絕；家屬還說加入了病患微信群組，這間醫院很多人都反映無人照顧，連對情況緊急的病人都無能為力，質疑「應收盡收」只是依中央命令行事，但收進去只是關起來，並未解決實際問題。
2月15日，《財新網》報道仍然有少量肺炎患者未被「應收盡收」，有的已經傳染家人，而有的已經在求助過程中過世。記者訪問多個社區隔離點，發現有醫護人員統一發抗病毒口服液及中藥製劑，但就無對症治療，亦有隔離點缺少水電；有隔離點患者病情惡化仍未等到轉院，有家屬質疑隔離點條件差，會加重病情。 2月26日，广东省第一批援鄂医疗队队员在《柳叶刀》发表通讯，称武汉当地物资和人员依旧短缺，希望国际医务工作者前来援助。两名医务人员在文章末尾呼吁，虽然已有大量国内医务人员自愿来到武汉进行支援，他们仍然需要更多的帮助。《财新网》在报道时表示，在外省医护人员大幅驰援的情况下，湖北救治仍然“紧绷”。当日，作者主动撤稿，并表示这则通讯不是第一手资料。
自疫情在中國大規模-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-後，人民網、中國經營網、中國新聞網等多間傳媒均報道武漢或湖北各地醫院內醫用口罩、防護服等各類醫療物資短缺。《紐約時報》及英國廣播公司（BBC）指武漢多間醫院繞過上級主管部門武漢衛健委，在社交網絡上發出呼籲，表示物資不足，請求社會各界捐贈及援助；《新京報》及《中國青年報》則指部分民間捐贈的物資因不合醫用要求而未能使用。有湖北荆州市一線醫護向《財經》透露，由於官方最初表示疫情「可防可控」及無人傳人跡象，醫院未能及時準備物資，令物資捉襟見肘。
1月26日，中共武汉市委就武汉市医疗物资紧张情况回应指，武汉市已到货并协调运送防护服1万件、N95口罩80万只、一次性医用口罩507.42万只、护目镜0.42万只，物资配备基本充足，紧张情况已得到缓解。下一步将按照轻重缓急，科学合理进行调配。同日，中華人民共和國工業和信息化部則在記者會上就湖北省物资供应问题表示，湖北省1個月估計需要300萬件防護服，全國生產能力未能滿足需求，表示除中央儲備外，正尋求採購海外的防護服及口罩等裝備。
1月26日，湖北省人民政府举行疫情例行新闻发布会，中共湖北省委副书记兼省长王晓东介绍，湖北省医用防护服、口罩等防护物资，现在特别紧缺，尽管通过各方面努力，紧缺有所缓解，但仍然是当前面临的最突出，最紧迫的问题之一。目前正千方百计缓解缺口。中共武汉市委副书记兼市长周先旺表示，此前在武汉最紧张的防护服，已得到全面缓解。英國廣播公司（BBC）翌日批评湖北省、武汉市两级政府口径不一，又引用會上2次口罩數字口误及遞紙條，認為“中國官員管治能力低下”，令當地政府的公信力再受質疑，《聯合早報》亦指記者會引起網民批評。武汉市长周先旺其后在接受央视访问时就此事回应指，“省长是全省的省长，他想的是全省的事。我是武汉市的市长，我想的是武汉市的事。”
1月27日，《財新網》報道武漢已優先將防護物資供給9間定點醫院，在定點醫院防護物資有所緩解，但仍非常緊張及依賴社會捐贈，而61間指定發熱門診則更為緊張。翌日，中華人民共和國工業和信息化部在記者會上，就武漢市防護服緊缺問題表示受春節假期影響，供需矛盾較突出，防護服仍存有一定困難，為滿足武漢需求，正在加緊調度。
1月31日，中共湖北省委副書記兼武漢市委書記馬國強接受中國中央電視台訪問時，就武漢物資緊缺問題表示，隨著外界支援，物資緊缺有所緩解，但防護服、護目鏡、N95口罩等所有醫用物資仍然處於「緊平衡」狀態，不能時時刻刻保證充足，需要每天調度，在中央幫助下正多方籌措。「就协和医院来说，它可能也和我们其它医院一样，可能现在还有，大家担心两个小时以后还有没有，三个小时以后有没有」。
2月1日，《南方人物周刊》採訪武漢一線醫護，醫護指醫院防護等級未獲批准是無法擅自上調，令武漢在一月中旬沒有一間醫院上調防護等級，一月中旬成為最多醫護人員感染的時候。
2月1日下午，应武汉市应急管理局请求，湖北省应急管理厅调集金汇通航湖北分公司直升机，前往仙桃市接收捐赠的医疗物资，并空降湖北武汉新华路体育场，以定向为武汉协和医院、中部战区总医院等医院提供物资。
2月2日，中華人民共和國工業和信息化部在記者會上表示，中國口罩產能已恢復60%，惟醫用防護衣及N95口罩等重點醫療防護物品供應仍緊張，口罩等物資產能未滿足需求，只能優先保障湖北及重災區武漢。同日，身兼中央應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情工作領導小組組長的國務院總理李克強開會時強調要確保物資供應穩定，緊缺物資實行國家統一調度。
2月6日，湖北副省長楊雲彥在記者會上表示已有10596名来自其他地区的醫療隊員在湖北展開救治工作，惟醫護人員仍然非常緊缺，有9個市州請求支援，保守估計缺少2250名醫護人員；又表示醫護缺口與物資有較大缺口情況有關聯，因防護物資不夠，令病房病床無法充分開放，進一步加劇醫護人員缺口。
2月8日，据第一财经报道，中国主要的无纺布、医用防护服生产基地之一——湖北省仙桃市许多相关企业2月3日以来被勒令停产，主要原因原先从事外贸订单生产的企业没有内销资质。以医用防护服为例，有生产能力但主要供应出口订单的企业大约在100家左右，而“仙桃市新冠肺炎疫情防控指挥部企业生产组”公布的可复工企业名单中只有10家。
2月11日，湖北衛健委在官方微信發文，指疫情嚴峻，工作繁雜，一線醫護人員物資仍有較大缺口，刊出武漢20多間醫院接受捐贈公告，列出需求情況，請求社會各界捐贈支援。
2月13日，香港有線新聞《有線中國組》電話訪問到武漢雷神山醫院院長王行環，得知政府保障關鍵物資有供應，惟其他物資仍然要靠捐贈，另外訪問的兒童醫院及第一醫院都說缺物資，金銀潭醫院職員表示急救設備也缺。而武漢同濟醫院職員則稱武漢封城3個星期，儘管政府調動物資支援，問題依然未解決，被問及武漢曾說繞過紅十字會捐贈有機會違法，職員就說沒辦法，違規也要做，「不能讓醫護人員裸著上吧」。
1月24日，有一位ID为魔女小希在微博发布了一段带有解说的视频，视频中似乎展示了医院发烧病房的走廊挤满了病人，需要医护人员的照顾。录像还出现了穿着防护服的医护人员，以及小希称无人处理的尸体留在走廊的临时病床上无人处理。共青团中央官方微博1月25日发布的消息指，“经核实，相关视频为配音再制作，情况不属实”。不过在《南华早报》1月25日对当事人的采访中该网友仍称相关医院存在尸体无人处理的情况，“我把一包纸巾交给护士。她在哭泣，试图让一些人来搬走尸体，但没人回应”。1月30日及2月8日，《新京報》及財新網等多个媒体報道中提及病床上或屍袋中的患者遺體有時會需要十多個小時乃至1天才能被運走。
2月9日晚，《環球時報》記者跟隨武漢的重症病人轉運，發現過程混亂，有乘客沒有座位，運載巴士亦不符合防護標準，司機除了戴口罩外没有任何防护，且收到的指令前後不一，而工作人員未跟車協助及安撫，令患者情緒失控，患者在醫院附近下車後亦無人對接；工作人員對記者的解釋則是司機不聽指揮，病人無法及時入住是醫院手續繁雜。新華社報道，翌日，中央赴湖北指導組約談武昌區區長余松，指事件中未跟車的黨員幹部「行為十分惡劣」，要求區道歉及問責，隨後又約談副市長陳邂馨及洪山區區長林文書，指民眾反映的問題線索眾多，要求落實及整改。2月11日，武昌区政府领导来到武汉同济医院中法新城院区重症监护病房，向2月9日晚未能及时妥善安置的重症病人代表当面道歉。相关街道负责人也逐一对受影响患者电话道歉，对受影响患者家庭逐一道歉。
2月17日，《新华网》报道，在武汉、随州等地多家医院或被征用为发热病人收治医院，或为防止交叉感染而暂时关闭肿瘤科、血液科、血液透析中心等科室，一些急需化疗的癌症患者、急需输血的白血病患者、急需接受透析的尿毒症患者等非嚴重特殊傳染性肺炎危重病人，陷入了求医无门的困境。
2月19日，《每日经济新闻》报道，武汉的医疗资源因嚴重特殊傳染性肺炎过度承压，急危病人的正常诊疗被打乱。需要化疗的癌症患者，需要透析的尿毒症患者，急需手术的突发心梗病人……无法保障即时治疗。自2月2日以来，各个医院急诊大厅中一度塞满了疑似嚴重特殊傳染性肺炎患者，其他患者收治面临两难。交叉感染难以避免，“先抢救过来，再去治嚴重特殊傳染性肺炎”也成为不得已的现实选择。同时医疗资源挤压，医生几乎都去了一线，没有医生，急需手术的突发疾病患者很可能会耽误治疗，化疗和透析患者的需求也被压缩。
2月29日，《津雲》报道，武汉封城後，武汉市的艾滋病人因封闭管理无法到达金银潭医院等指定医疗机构领取药物。有志愿者代替领取但被警察拦住，执勤人员拒绝查看志愿者出示的疾控、医院提供的证明，“可能会被扣12分，并在车辆年检时进行处罚”。有艾滋病患者无奈之下向湖北省政务网和武汉市长热线打实名投诉电话。
1月2日，武汉市中心医院部分医生接到医院监察科警告，被批评“作为专业人士没有原则，造谣生事，……导致社会恐慌，影响了武汉市发展、稳定的局面”，要求医务人员间不许公开，不得通过文字、图片等方式谈论病情。3月该院一位在医学影像科室工作的医生对南方周末记者说，被叫去谈话的，远不止李文亮和艾主任。“我们医院很多人被院方叫去谈话，说不能发什么”。同时，院领导通知每个科主任，逐个电话告知每个同事，一律不得外泄病毒的任何消息。
1月3日晚，武汉市中心医院紧急召集各科室主任开会。会上强调要严明纪律，“讲政治、讲纪律、讲科学”，不造谣、不传谣，各单位看好自己的人，严明保密纪律，要求医务人员不得在公共场合透露涉密信息，也不得通过文字、图片等可能留存证据的方式谈论相关病情。同时医院领导在开会的时候批评了几个戴口罩的科室主任。“医院的一位部门主任劝我们说，不要跟领导对着干，不要戴口罩，不要乱说话，否则你们会像李文亮一样被开除”，武汉市中心医院医生赵辰称。许多在一线直观感受到事态严重性的医生，还是多次请求院领导在院区内开展预防工作并在医院内部示警，但院方始终没有采取任何措施。
1月中旬，武汉市中心医院领导不允许一线医护在接诊的时候穿防护服，戴防护面屏。“当科室主任因为戴着口罩开会而被医院领导训斥之后，我们急诊科的一些医生只能偷偷进行自我保护了”。
1月23日，武汉市中心医院全院物资告急，职工以个人名义去求援，受到了院方的阻拦，不许私人募捐。后来形势逼人，可以募捐，但物资分发混乱，出现各种乱象，比如拉来的东西收不进去、交接的人消失，甚至拉来的物资也不要。
1月24日，武汉市中心医院医生表示除夕夜查房，连鞋套都没有，是用垃圾袋套脚。口罩最紧缺的时候，里面戴个工业N95，外面再套个外科口罩。至于行政职工，不属于一线，领过一盒口罩后就什么都没有了，上班的口罩也是自己找人买的。
2月初，武汉市中心医院，一面是院方无法为一线医护提供充足的防护物资，一面院方又拒收一线医生自己去公开募集而来的防护物资，许多捐赠的防护物资，刚到医院就被院方给拒收了。“临床一线医生别说防护服，连普通外科口罩都没有了，那个时候我们的一位同事拉来了一批德国商会捐赠的防护物资，院领导以这批物资不符合红十字会要求为由拒收，沟通无果后，这批物资经华科校友会的协调，绝大部分被转送给了武汉市四医院和武汉市协和医院，他们欢天喜地的接收了，我们的心却在滴血”。
2月10日，武汉市中心医院一位医生在微信群里说，联系了一千斤大米，“医院竟然不要”。
2月中旬，武汉市中心医院有一个负责对接捐赠事宜的医生群，上述微信群中讨论的话题是如何把雨衣改造为防护服，“据说防水泼溅没有问题，就是看材料的透气性”，还有医生设计了一套“雨衣消毒方案”。“那阵子真是弹尽粮绝了，穿什么的都有。”有医生把家里的垃圾袋拿去医院当雨衣，用它裹住手脚和脖子。这个问题，直到外地复工、外地医疗队进入医院，才解决。
對於有指中華人民共和國政府隱瞞疫情，曾去武漢考察的中國國家衞健委高級別專家組成員袁國勇認為中華人民共和國政府未隱瞞任何疫情。
1月21日，德國明镜周刊訪問柏林夏里特醫院病毒研究所所長，他称根據基因序列來看這是一種新型病毒，不然光從序列就看得出來，可知中國沒有隱瞞疫情。
1月26日，法国国际广播电台称，中国官方通报的新冠肺炎确诊数字一直低于专家评估是因为新冠肺炎病例需要通过三个阶段才算确诊。除了需要当地医院诊断为阳性以外，还需要通过专家组做出基于临床诊断的结论，最后将样本送到位于北京的中国疾病预防控制中心，检测为阳性后，才算为确诊。RFI认为，虽然过程看起来相当严谨，但是这其实是将诊断权交在国家卫生部门手上。如果没有中国疾控中心的确诊，病患只会被当做是疑似病患看待，一切医疗费用都得自行承担。其结果就是低估了确诊人数，以及有大量患者没有被及时隔离和治疗。武汉大学中南医院重症医学科主任彭志勇则向财新网表示，早期中国国家卫健委的诊断标准是“要有华南海鲜市场的接触史，要有发烧症状，全基因组测序，这三条标准都达到才能确诊。尤其是第三点，非常苛刻，实际上极少有人能去做全基因组测序”；1月18日中国国家卫健委调整了诊断标准，“确诊病人的数量就急剧增加了”。
2月5日，《金融時報》中文網報道世界衛生組織冠狀病毒疫情突發事件委員會成員、澳洲科廷大學名譽教授约翰·麦肯齐（John Mackenzie）批評湖北及武漢兩會期間，通報的新增病例數量一度未增加是不合邏輯，認為中國有隱瞞及應該受到譴責。香港電台則指世衛總幹事譚德塞被問及此番言論，回應若中國有隱瞞疫情，確診病例相信會較現時更多，同時認為現時檢討疫情初期有否犯錯是於事無補，世衛可在事件過後再調查檢討。
3月3日，《香港01》报道，无症状感染不等于确诊，有「搬龍門」之嫌。 3月22日，《南华早报》报道，至2月底中国有约43000名无病症确诊者被隔离，但这些确诊人数并未计入官方的确诊数字。
4月30日，世界衛生組織駐華代表高力接受天空新聞訪問，表示世界衛生組織多次向中華人民共和國國家衛生健康委員會等機構提出，請求加入中國正進行的病毒源頭調查工作，但均被拒絕且未提供合理理由，而根據世界衛生組織掌握的資料，病毒是源自中國武漢，相信為自然產生，非人造。他並質疑中國官方1月2日至1月16日期間，共41人確診的統計數字，指這類流行病的確診個案不太可能停留在這一數字，認為針對這段時間的調查是非常重要。
6月2日，美聯社引用數十場訪問及取得的內部文件與錄音檔案，報道世界衛生組織內部官員對中國拖延公開疫情及提供的資訊不足感到不滿及受挫，他們選擇公開讚揚中國，是想滿足中國，以獲得更多資訊。報道取得的資料顯示，中國有3個不同的政府實驗室完全破解基因序列，卻在1個多星期後方選擇對外公開。錄音顯示，1月6日，世衛內部會議上有官員抱怨中國未提供足夠資料，難以評估病毒有效人傳人的程度，亦不能評估對全世界風險幾高，白白浪費時間。在另一場會議上，世衛駐華代表高力指中國政府直至中國中央電視台公布前15分鐘，才告知世衛相關資訊。世衛的衛生緊急項目技術主管克爾克霍夫則表示，他們獲得的資訊太少，無法做出適當規劃。
6月30日，世界衛生組織英文版官網更新內容，證實2019年12月31日世衛組織是根據武汉市卫生健康委员会的网站才得知武漢出現肺炎病例，而非中華人民共和國政府主動通報。中文版之后才更新相关描述。
1月29日，由中國疾病預防控制中心、湖北省疾控中心等多单位共同完成的論文，发表于SCI医学期刊《新英格兰医学杂志》上，一時之間把該單位推到了风口浪尖。作者包括中国疾控中心副主任冯子健和湖北省疾控中心主任杨波以及国家卫健委高级别专家组成员、中国疾控中心主任高福等人。被廣泛質疑的原因在于这篇论文提到自2019年12月中旬以来，密切接触者之间已经发生了人际传播。
這篇题为《新型冠状病毒感染的肺炎在中国武汉的初期传播动力学》的論文稱，2020年1月1日前发病的病例中，55%与武漢华南海鲜市场相关，而在此后发病的病例中，仅8.6%与武漢华南海鲜市场相关。且根据论文中的一张图表，大多数最早的病例均报告了华南海鲜批发市场暴露史，但从12月底开始，与华南海鲜市场不相关的病例便呈指数增长。研究得出的结论是：有证据表明，自2019年12月中旬以来，密切接触者之间已发生人际传播。上述研究还显示，2020年1月1日之前，并无医护人员受感染发病；1月1日-1月11日之间有7位医务人员感染发病；1月11日-1月22日又有8位医务人员感染发病。医务人员在确诊病例中所占的比例，在上述三个时间段内逐步增加。論文還提到，到1月22日前，武汉已有425例实验室确诊病例。
这与武汉市卫健委当初的通告不符。武汉市卫健委的通报曾在2019年12月31日、2020年1月5日和1月11日三次称“调查未发现明显人传人现象”。直到1月16日，武汉卫健委通报才稍改措辞称，现有的调查结果表明，“尚未发现明确的人传人证据，不能排除有限人传人的可能，但持续人传人的风险较低”。1月20日，武汉卫健委通报里未再提及“不排除有限人传人”、“持续人传人风险较低”。武汉市卫健委对外披露情况时，曾在2020年1月5日和1月11日两次称“未发现医务人员感染”。到1月22日前，武汉已有425例实验室确诊病例，远超武汉卫生与健康委员会（武汉卫健委）公布的病例数。
中國科技部发通知强调，「在疫情防控任务完成之前不应将精力放在论文发表上」。浙江大学教授王立铭在新浪微博质疑，疾控中心在推斷12月中旬可能人傳人，1月初確認已出现人传人的情況下，为何直至1月20日晚上才由钟南山透露病毒可以人傳人。不過這言論在各方也尚存討論空間，因為即使匯報數據有爭議，疾控本身並無權為決策負責，故中心不具備隱瞞動機，且科學下筆較為謹慎，是根據地方上報彙整的數據評論，中心人員其實並不把握實際疫情，放上境外期刊也可能只是為了方便披露疫情。
同日，科學技術部在官網上證實已下發通知，要求將研究投入攻關任務中，把論文寫在抗擊疫情的第一線。翌日，財新網報道科技部已發出通知，要求各科技攻關單位將論文「寫在祖國大地上」，疫情防控任務完成前不應將精力放在論文發表。
對此，在1月31日中国疾控中心則是发布《中国疾病预防控制中心关于在新英格兰医学杂志发表文章的说明》解釋，澄清论文是根据此前已公佈的病例所做的回顾性分析，也由來自多個不同單位的專家分別擔任作者撰寫，並表示「所有病例在论文撰写前已向社会公布」等。此外，论文中提及的15名医务人员感染病例，最後是分别由国家卫健委高级别专家组组长钟南山于1月20日晚、武汉市卫健委于1月21日凌晨公布。不过，按說明的說法，论文若是根据截至2020年1月23日上报的425例确诊病例（包括15名医务人员）才開始計算數據，並火速撰寫文章內容而且通過審稿，修訂時間相對短，仍引發部分網民质疑。即到了1月29日成功發表外网之後，此人傳人相關研究的結論才回報給國人了解，也被懷疑作者意圖。这篇說明也并未回应，中国疾控中心是在什么时候得出“2019年12月份即在密切接触者中发生了人际传播”这一判断的時間點。
1月3日，国家卫生健康委员会办公厅发布《》（国卫办科教函〔2020〕3号），表示“针对近期不明原因肺炎病例样本，依据目前掌握的病原学特点、传播性、致病性、临床资料等信息，在进一步明确病原信息之前，暂按照高致病性病原微生物（第二类）进行管理，相关样本的运输应当按照原卫生部《》要求进行；病原相关实验活动应当在具备相应防护级别的生物安全实验室开展”，“已从有关医疗卫生机构取得相关病例生物样本的机构和个人，应立即将样本就地销毁或送交国家指定的保藏机构保管，并妥善保存有关实验活动记录及实验结果信息；疫情防控工作期间，各类机构承担病原学检测任务所产生的信息属于特殊公共资源，任何机构和个人不得擅自对外发布有关病原检测或实验活动结果等信息”。财新网报道称，该通知使未经授权的商业科研机构无法进行相应检测。财新网并引述一位专家话说，“甚至中科院武汉病毒所都一度被要求停止病原检测，销毁已有样本”。
2022年1月12日，中国第三方医学检验行业的龙头企业金域医学旗下的郑州金域临床检验中心公司的区域负责人因引起传播病毒行为，被河南许昌警方立案调查并采取强制措施。
根据《楚天都市报》的报道，武汉市江岸区百步亭社区居民委员会于1月18日举行“百步亭万家宴”万人团圆饭活动、百步亭社区在疫情期间举行大型文化活动引起争议。1月21日，中共武汉市委副书记兼市长周先旺在接受记者采访时，就1月19日百步亭社区办万家宴一事回答道：“百步亭是中国群众自治非常好的一个样本，他们每年春节前都有万家宴的习惯。今年之所以继续举办这个活动，是基于之前我们对这一次疫情传播是对人与人之间有限性传播的这个判断，所以对这件事预警不够。后来确认人与人的传播已经出现了，就迅速采取各种措施，要求各种活动‘非必须不举办’。这一次百步亭聚集活动，虽然目前还没有交叉感染的情况，但确实给我们敲响了警钟。对这件事预警不够。”
2月5日，《新京報》報道曾舉行「萬家宴」的百步亭社區有居民發熱，社區已公布一批發熱門棟，同時引述一位匿名免疫學專家指潛伏期已過，推測應該與萬家宴無關。稍後，《經濟觀察報》了解到社區的一個單元網格已有至少10人確診，CT顯示高度懷疑的有30多人，輕症在家的有數十人，某屋苑55棟樓共有33棟出現發燒病人。
2月12日，澎湃新聞報道，1月15日曾有百步亭社區的工作人員看到官方通報開始提及「不排除有限人傳人」，擔心肺炎可能會如2019年12月在武漢一度流行的甲型流感一樣傳染，向居民委員會領導層申請取消萬家宴，未獲批准。
1月30日一篇題為「山東壽光援助武漢350噸蔬菜，武漢市紅十字通過超市低價售賣」的文章在微信和微博上流傳。據澎湃新闻报道此事，查到此次山东寿光市捐赠的蔬菜将由武汉市商务局组织武商、中百、中商三大商超集团按照低于市场价进行销售，扣除力资、运杂等费用后，所获款项全部上缴红十字会用於疫情。縣民捐助的菜卻用銷售的形式送出，銷售方與所得交由紅十字會處理的爭議瞬間引爆討論。
武漢市紅十字會則在官方微博發聲明澄清，稱從未接收任何單位、任何個人捐贈的「壽光蔬菜」，更沒有參與該批蔬菜的分配、售賣。BBC中文記者事後查閲發現，武漢市政府為實際低價出售捐贈蔬菜的主體，販賣的行為主要是考慮1100萬人的大城市為了有效分配易腐敗物資而做的決定。武漢政府最初決定將所得款項捐給紅十字會，但武漢紅十字會主要接受物資捐贈，所以最終決定捐贈給慈善總會。
此售賣事件的當事人之一，慈善總會則在2月1日回應財務狀況。他們表示已在網上公開了所有善款的查询功能，並承諾后续捐款使用情况将持续发布，确保每一笔捐款及使用公开、透明，歡迎各界從嚴監督，外界建議地方分支機構的慈善工作需要更加體系化、清晰化、並利用雲工具更新，並保證不被竄改，來贏得捐獻者的信任。
2020年2月4日，中國科學院武漢病毒研究所在官網發文，提及「對在我國尚未上市，且具有知識產權壁壘的藥物瑞得西韋，我們依據國際慣例，從保護國家利益的角度出發，在1月21日申報了中國發明專利（抗2019新型冠狀病毒的用途）」。《明報》報道，瑞德西韋是美國吉利德科學研發中的未上市藥物，引發網民質疑中國是否惡意搶註專利，《中國科學報》引述知情人士稱不申報則難以保證供應及價格，且申請的不是產品專利，只是運用上的用途專利，認為是無可厚非，全球健康藥物研發中心主任、清華大學藥學院院長丁勝則對《新京報》表示申請成功可能性不大，又認為中美臨床合作背景下提出其他訴求是不合時宜。對此，吉利德則回應「公司的核心关注在于病人，不希望卷入专利纠纷」。
2020年4月13日，now新聞台報道，上海復旦大學及中國地質大學（武漢）4月初曾在官網發出通知，指因應中國國務院應對新型冠狀病毒肺炎疫情聯防聯控機制的科研攻關組輿論專班3月尾會議要求，論文若涉及疫症病原體嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的源頭問題，需要由學校學術委員會審核後上報，經當局審核，「從嚴從緊管理，重點審核論文的真實性以及是否適合發表」後，才能發表。中華人民共和國教育部科技司職員承認有此指令，但指這是內部文件，否認公眾應該知道。有匿名科研人員擔心做法是不容許透過研究追查病毒源頭，避免外界將源頭指向中國，並擔憂若研究成果不同於官方論述，有機會遭打壓或阻礙重要研究。2月在《新英格蘭醫學雜誌》與中國大陸專家共同發表研究成果的香港中文大學許樹昌指中國大陸當時未有額外審查，而《中國流行病學雜誌》編輯則透露一向有類似操作，所有有關這病毒的論文均涉及重大議題，發稿前必須「過足三關」。另有研究人员担忧，审查可能推迟重大研究成果的发布。
2021年11月12日中华人民共和国四川省政府发布新闻稿称，根据该省对2.2万例社区居民中药预防对照研究显示，中药对整体人群的保护率为91.8%，对16-60岁人群保护率则达到95%，保护能力均优于国药集团北京生物制品研究所所研发的眾愛可維2019冠狀病毒病疫苗。
嚴重特殊傳染性肺炎疫情-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-後，中國大陸官方和民間都有將該疫情與美國的流感相比較，例如外交部發言人華春瑩批評美國流感造成逾萬人死亡，比嚴重特殊傳染性肺炎高，她引用美國疾控中心的報告指出，2019至2020年流感季美國總共有1,900萬人感染，至少1萬人死亡，而中國嚴重特殊傳染性肺炎疫情死亡人數雖多，但中國的人口是美國的近五倍，以此凸顯美國公共衛生防控失策、民眾的生命健康得不到有效保障。又以此批評美方沒權利對中國的事指手畫腳。2月下旬，一篇流傳甚廣的文章在中國大陸各大社交平台轉發，文章表示，據美國疾病管制中心最新統計，截至1月25日，估計在當季流感季美國至少有1,900萬人染病，18萬人住院，1萬人死亡，其確診人數及死亡數遠高於嚴重特殊傳染性肺炎的感染及死亡人數。該文又質疑為何外界的注意力卻大多放在嚴重特殊傳染性肺炎上。而據2019年復旦大學和北京疾病預防控制中心等機構聯合調查，中國每年死於流感的人數在2010至2015年間平均達8.81萬人，相關數據和相關論文都發表在國際權威醫學刊物《柳葉刀》上。在死亡率方面，據中國國家統計局官網上數據，中國每年在1,000萬人中有629人死於流感，而美國近年來的流感是每1,000萬人約305人死亡。在全球約75億人口中，中國大陸佔14億人，美國3.3億人，在正常年份，全球流感死亡率為萬分之0.63，中國為萬分之0.63，美國為萬分之0.3，即是中國每年流感死亡率和全球死亡率相同，而美國的流感死亡率是全球和中國的一半以下。此外，中美兩國統計流感死亡的方式不同，美國統計方式的理由與世界衛生組織相同，比如患有肺炎、心臟病的病人因患上流感導致病情惡化而死亡，美國會將之歸為死因系「流感」，而中國大陸則將其死因歸為肺炎、心臟病。
2020年1月14日，香港專家組前去武漢考察，香港媒體追訪期間，now新聞台、香港電台、商業電台、無綫電視等多家香港傳媒機構的記者，於早上前往武漢市金銀潭醫院採訪肺炎疫情時被公安帶走扣查，被要求刪除在醫院內拍攝的新聞片段。記者被要求交出電話和攝影器材檢查，公安又記錄記者證。扣查約一個多小時後獲放行。
1月22日，國務院新聞辦公室、國家衛生健康委員會联合召開記者會交代事件。有香港記者戴上口罩去發布廳，被國務院新聞辦公室職員以拍攝為由要求除下口罩，又要求戴口罩的離開，只可以去其他房間看直播，此举被批评与衞健委此前呼籲民眾戴口罩的建议不符；《星島日報》報道職員當時稱房間有新風系統，又指記者會現場有人咳嗽。1月26日，國務院新聞辦公室再舉行記者會，職員沒有再要求記者取下口罩，大部分記者及職員都戴上口罩，且所有人入大樓前均須測量體溫。
1月27日，《人民日報》及《環球時報》發文介紹火神山醫院首建築落成時使用的建築照片，被BuzzFeed批評是網絡上一間公寓的資料圖片，指配圖屬錯誤資訊，BuzzFeed更將報道歸入網站的假新聞標籤。《環球時報》的相關報道網頁之後被刪除。
1月29日，香港有線新聞《有線中國組》報道指，《北京青年報》等一些傳媒關於肺炎疫情的調查报道遭刪除。節目亦訪問到2間傳媒機構記者，他們指感覺報道的「紅線」在收緊，其中一位說負面稿件，如一些病人治療不當或是指出交叉感染風險的稿件難以獲批，上級要求以正面宣傳為主；而另一位後方支援記者就指有些「敏感」稿件明知會被刪，還是會先試著發出，期待社交網絡可以廣傳相關報道的截圖，雖然知道新聞審查，但還是會有喪氣感。
2月7日，英國廣播公司（BBC）報道李文亮之死時，提及中國一名新聞編輯向BBC中文網透露，任職傳媒「不意外」地收到命令，要求不得評論或「炒作」李文亮死訊，這名編輯還說收到指令時就確信李文亮已死。翌日的報道又提及，深入一線的中國傳媒《三聯生活周刊》微博賬號被禁言7日，引述知情人士指周刊已接到上面命令，要求「轉換下方向」。
2月10日，环球网记者白云怡在新浪微博上称，武汉市中心医院难以收到医疗物资捐赠：“一大原因是，民间现在很多捐赠者和企业因为对李文亮医生的事情感到愤怒，点名说‘不捐给武汉中心医院’……但现在这些一线的医生，却恰恰成为了愤怒的社会舆论的二次伤害对象。社会上的一些言论和行动，可能都是出于单纯的爱憎，或毫无心机的‘正义’，他们也可以理解……但一些言行现在已为李文亮的同事、一线的医护人员们造成了身体与精神的二次伤害。”该微博引发关注讨论。同时，环球网发表其署名，题为“因李文亮医生之死遭迁怒 武汉中心医院受捐防护物资告急！”的报道。一些新浪微博用户质疑白云怡的报道是“挑拨医院和捐赠者之间的矛盾”，也有质疑认为该报道没有提及应为物资提供主导的政府调拨。 另有微博用户要求白云怡提供“医院证词、物资对比、或将矛头指向武汉市中心医院的企业现身说法”的证据，并向微博官方和环球时报主编胡锡进的微博帐号投诉其涉嫌造谣。在微博评论中，有人指出白云怡在此前的香港抗议事件中的报道中已存在污点。 目前，白云怡原微博，凤凰网报道及新浪网、新浪微博转载都已被删除，仅东方新闻网转载存在。
2月11日，《新京報》查證事件，受訪的多名醫護人員均表示他們確實缺物資，但就認為與李文亮事件無關，是物資供不應求及不少民間捐贈不合標準的緣故。
同日，《環球時報》報道廣州援鄂醫療隊負責人張挪富晤傳媒時，請求媒體不要再渲染醫護人員受感染問題，指這個階段已過，現時嚴格防護，無需放大問題，否則會對援助的醫護造成身心負面影響。《北京日報》記者在報章刊文支持刪除「渲染悲情」的自媒體文章，指這類文章會對隔離病區的患者帶來巨大影響，形容是除病毒感染外再受到「輿論感染」，又指作為記者有責任「守住輿論陣地」，「為患者們還原一個最真實的武漢」。
同日，湖北媒体《长江日报》评论文章《相比“风月同天”，我更想听到“武汉加油”》、《汉网》评论文章《“疫”流而上，何不多给武汉市长暖暖心》引发争议。前者說日本捐贈物資的「山川異域，風月同天」字樣很暖心，但更希望聽見「武漢加油」，「奧斯維辛之後，寫詩是殘忍的」；對此，《人民日報》微評論認為現在不是爭論表達問題的時候。
2月11日，《环球时报》《新京报》《香港01》等多家中文媒体报道，美国总统唐纳德·特朗普预测嚴重特殊傳染性肺炎疫情在四月会消失。而《Newsweek》《Metro》等多家英语媒体引述推文指出，特朗普称习近平认为疫情将在4月份消失。
2月12日晚的《新闻联播》中，受访者“武汉汉江方舟医院首批出院患者 张芬”表示“住进来之后住得还不想走了”“担心自己变胖”，招致一定的质疑。
疫情期间出现较多民众进入政府、派出所、医院等地，扔下钱款或物资后不加解释拔腿就跑的新闻。2月20日，光明网评论员文章指出多数公众对于此类新闻或是将信将疑，或是不信且质疑，新闻引发的社会效应与推出新闻本意所期望的社会效果大相径庭。文章认为「扔了就跑」不论动机为何，均是不值得提倡的，公权力机关收取公民个人财物受到法律法规禁止，公民也不能以钱物来表达对公权力的意愿。
3月2日晚，湖北卫视《众志成城战疫情》特别报道刊登采访者信息时，出现了“江苏省合肥市”的错误，一度引发争议。除了湖北卫视，湖北广播电视台旗下的湖北经视、湖北公共等频道联动推出的疫情特别节目，亦出现了多处错误。一些网友认为，湖北新闻媒体从业者总体素质处于低下水平。
3月10日，中国《人物》杂志在网上发布了3月刊文章《发哨子的人》，内容是对武汉市中心医院急诊科主任艾芬的专访——艾芬在嚴重特殊傳染性肺炎疫情中率先向外界披露疫情，由此遭到了“前所未有的、非常严厉的斥责”。由于文章发布当日恰逢习近平在疫情-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-以来首次视察武汉，这篇文章发出后不久在微信公众号及多个新闻网站被删除，《人物》杂志本期出刊也受到影响；不过有网民接力，将该文转化成各种文字各种版本（如倒排、侧排、繁体字、英文、甲骨文、颜文字、摩斯密码、火星文、盲文等），不断挑战网络审查底线。
随着全球疫情的发展，英国的“群体免疫”策略備受爭論，《三联生活周刊》的袁越摘文，認爲英國政府是根據自己國情做出的決斷，是「更高级的人道主义」，引起國内批評，認爲這是拿民衆生命賭博，消極無為、不負責任，將造成難計其數的民眾傷亡，冷血而殘酷的「人道主義災難」。
2月26日，中国中央电视台的《新闻联播》报道了中共中央宣传部、国务院新闻办公室指导，五洲传播出版社和人民出版社联合编辑、出版的《大国战“疫”》一书即将推出，内容介绍在以习近平同志为核心的党中央集中统一领导下，中国人民抗击肺炎疫情的情况。此书在书评网站豆瓣的页面一度评分极低，不少网络用户表达了质疑，之后其版面关闭了评论。包括湖北省作家协会主席方方在内的一些民众认为，在疫情尚未得到完全控制的情况下，出版这样大唱赞歌的书是不合时宜的，无视了人民所经受的苦难。
3月14日，《人民日报》在微博等平台发布两张《纽约时报》Twitter截图的对比。《人民日报》指出，两条推文发布时间相距二十分钟，对中意两国采取的封锁措施的评价却带有褒贬评判，构成“双重标准” 。事发的第二天，纽约时报中文网发布了观点文章批评意大利政府的封锁措施对居民生活造成影响。
5月8日，歐盟駐華代表團在官網發文，指歐盟駐華大使及27個歐盟成員國大使在中歐建交45周年時撰寫紀念文章《在全球危机中纪念中欧建交45周年》，發給《中國日報》及《人民日報》後，被要求刪去提及病毒起源及傳播的句子，否則中華人民共和國外交部就不准發表。代表團向中國外交部提出反對，並對《中國日報》刪改文章深表遺憾，而《人民日報》就未有刊登文章。聲明並指，文章及後發給另一些中國傳媒，當中部分傳媒刊登時未有刪改。
6月，在北京新发地爆发聚集性疫情后，部分媒体在报导新增病例时提到病例均为外省户籍。
11月26日，哈勒大学医院病毒学家凯库勒（Alexander Kekulé）在德国电视二台一個以德国应对新冠措施为主题的節目中說，目前在世界传播的新冠病毒99%是首先出现在意大利的一种变异体，称之为G变异体（G-Variante），又說新冠病毒最初是来自中国，後來传播到意大利发生变异。11月28日，中国环球电视网截取了节目片段，删去了凯库勒认为新冠病毒源于武汉的表述，并将凯库勒的原意「目前在世界传播的新冠病毒99%是首先出现在意大利的一种毒株而非在武汉的毒株」曲解为「新冠病毒并非来源于武汉」。被曲解的视频片段在中国的互联网上广泛流传，凯库勒对这一宣传手法感到吃惊。
2021年7月30日，中国新闻网报导称瑞士生物学家威尔逊·爱德华兹(Wilson Edwards)在其社交媒体上发文指出，有世卫组织内部消息人士和一些科学家向其表示由于他们支持中国和世卫组织的新冠溯源报告结论而受到美国的施压恐吓。类似的内容也见于参考消息，并被央视网评论引用。2021年8月10日，瑞士驻华使馆在微博表示，瑞士并无姓名登记为Wilson Edwards的公民，生物学界也没有署此名的文章，并且发表评论的脸书帐号于2021年7月24日开设且仅有一条评论，认为关于「瑞士生物学家威尔逊·爱德华兹」的新闻不实。
2020年2月9日，国家互联网信息办公室发布了《关于做好个人信息保护利用大数据支撑联防联控工作的通知》。通知第3项规定，为疫情防控、疾病防治收集的个人信息，不得用于其他用途。任何单位和个人未经被收集者同意，不得公开姓名、年龄、身份证号码、电话号码、家庭住址等个人信息，因联防联控工作需要，且经过脱敏处理的除外。但仍有多起涉疫人员个人信息被泄露的事件发生。
2020年春节期间，多地武汉或湖北返乡人员在接受流行病调查后，个人信息被泄露。含有姓名、住址、电话、身份证号、返乡车次、下榻酒店及房间号、每日体温统计等信息的返乡人员情况摸排表格在各微信群里广泛传播。不少人反映收到陌生人的电话或微信骚扰，让他们感到恐惧。有返乡人员要求停止传播，但遭到群友回应「非常时期还谈什么隐私啊」。媒体表示返乡人员的个人隐私受法律保护，即使是在特殊时期，也不例外。政府应当只索取必要信息，并加大保护力度，严惩故意泄露信息的行为。
2020年上半年，湖南省益阳市赫山区、广西壮族自治区富川瑶族自治县、云南省文山州、浙江省平湖市、山西省晋城市、浙江省宁波市北仑区、山东省胶州市、河北省三河市等地都发生了涉疫人员个人信息被泄露的事件。一些医护人员、警务人员、社区工作人员或疫情防控人员，利用职务之便，将新冠患者、疑似患者或密切接触者的个人信息传到微信群，并导致其在当地扩散。涉事人员均已受到训诫、停职、行政拘留、罚款等处罚。
11月9日，上海市宣告一起新增病例。随后，可能是病患同事的流行病学调查报告被广泛传播，内含其姓名、身份证号、电话、住址、身高、体重、行动轨迹等详细信息，以及其父母、女友的身份信息。11月12日，上海市静安区疾控中心的工作人员表示在核查此事，并表示内部已发文重申信息安全问题。
2020年11月，随着天津市滨海新区发现新的本地确诊病例，一份来自非正常渠道的《关于天津市泰达医院报告一例新冠肺炎阳性检测病例的初步调查报告》开始在社交媒体传播，里面记录了确诊病例杨某和其家人的详细家庭住址、手机号等信息，以及杨某近14天全部行程，包括他在不同场合接触过的人的姓名和手机号码等。而杨某的朋友赵明（化名）与杨某接触的细节，包括赵明的住址和手机号也在其中，导致赵明的手机不断有陌生人的来电。赵明也认为此次疫情暴露出来当事人身份信息遭泄露的问题，应该得到重视。
2020年12月8日，在成都市公布了3例新冠肺炎确诊病例后，确诊患者赵某的个人隐私信息在多个社交平台上被泄露，涉及的图片包含了其姓名、身份证号码、家庭住址、照片等信息。成都市公安局网络安全保卫支队表示已对此展开调查。而一张坐在车内、穿白色裙子的女子的照片更被网传为赵某本人，其后照片中的人物辟谣称她在三亚游玩，自己并非此次疫情的当事人。此事件引发网民争议，认为曝光隐私的行为已经构成了网络暴力。《成都商报》微博亦对此发表评论，强调“保持平和心态和理性态度，消除内心恐惧，才能更好地缓解焦虑情绪，汇聚起做好常态化疫情防控的正能量”。中国中央电视台新闻主播海霞更为此发表评论，指出「她的個人隱私被洩露，很多網友對她的個人生活評頭論足，甚至公開謾罵。我想說的是，她對疫情的傳播該負什麼樣的責任，這需要調查認定。另外，如果她真的有責任，這也不是曝光她個人信息的理由，這事情一碼歸一碼，而且人肉曝光個人信息涉嫌違法。至於個人生活，這不該是公共話題，防疫才是」。海霞還稱“我們的敵人是病毒，不是感染病毒的人”。12月9日，赵某在今日头条头条号發文，表示自己之前的工作是在酒吧負責氣氛和營銷，發現確診後第一時間配合調查。她还说，隔離期間看到網絡上關於自己的流言蜚語、誹謗和謾罵，不理解為什麼被那麼多人攻擊，自己亦都是一個受害者，并在此向成都市民道歉。同日上午，中共四川省委书记彭清华在前往成都市调研指导疫情防控工作时指出要注意保护患者隐私，坚决制止网络暴力。同日，成都警方通報，散布洩漏趙某私隱的男子王某已被行政處罰。
2020年12月11日，重庆彭水县报告1例境外输入无症状感染者，其家所在的九龙坡区中昂彩云台小区4栋被全面实行封闭管理，居民已进行核酸检测。12日上午，该名无症状感染者徐某某的个人信息遭到了泄露，徐某某表示自己心情不好，电话已经被打爆。其后徐某某报警处理此事，警方正在通过网络溯源查明泄露人。
2020年12月下旬，重庆市渝北区人民法院受理并审结一起涉疫情侵犯公民隐私权纠纷案，判决被告重庆某营销策划有限公司在其注册管理的公众号及权威报纸刊登书面道歉信，向原告赵某道歉，并赔偿赵某精神损害赔偿金1元。该案件的起源为2020年7月14日，重庆市沙坪坝区西部物流园一冷冻仓库部分厄瓜多尔进口冻南美白虾外包装新冠病毒核酸呈阳性，相关部门对涉事产品及购买人员进行核酸检测。不久后，重庆某营销策划有限公司却将一份名为《重庆已购进口白虾顾客名单》的文章发布在其管理的公众号供下载。该名单包括原告赵某在内的重庆各区县一万多名购买进口白虾人员的姓名、家庭住址、身份证号码、手机号码等详细个人信息。原告赵某一纸诉状将被告重庆某营销策划有限公司告上法庭，要求被告在案涉公众号及权威报纸刊登书面道歉信，并赔偿原告精神损害赔偿金1元。
2020年12月23日，在沈阳市通报1例确诊病例后，患者尹某某及其家人的個人私隱信息，包括姓名、身份證號、手機號碼、家庭詳細地址等在網絡上傳開，並遭到言语攻击。尹某某的家屬表示自己的精神處於完全崩潰狀態，尹某某表示希望有關信息不要再繼續轉發擴散，並表示有關部門應該對洩露資料的人一查到底。而瀋陽警方已經就事件展開調查。
2020年12月底，“北京健康寶”（北京版健康码）被曝发生个人信息泄露事件，其照片、身分證號碼及相關核酸檢測信息被放上網售賣，包括3元打包「時代少年團」7人的健康寶照片、2元打包70多名藝人健康寶照片，以及1元出售1000多名藝人身分證號碼等。有關買賣交易最先出現在明星「代拍」行業的群組，只需在“北京健康寶”小程序中註冊本人信息，通過「健康服務預約查詢」中的「他人核酸檢測結果代查」，輸入明星姓名與身分證號碼，毋須再次人臉識別，即可獲得相關明星的健康寶照片，甚至可得到該人的檢測結果、檢測機構及檢測時間。随后经媒体查证，部分明星的資料屬實。而負責研發北京健康寶的北京中關村科學城城市大腦公司一名公關稱，該公司正跟進事件，有相關信息會及時公布。此前，北京市政府曾表示「北京健康寶」的個人信息以脫敏形式呈現，非常安全。2020年12月30日，健康寶查詢他人信息功能已加密。
2021年1月4日，北京市公安局通报，某航空安保公司员工因传播患者初步流调报告，造成患者及其家属、同事的隐私被泄露而被处以行政拘留。
2021年1月6日，在杭州市通报一例境外输入复阳无症状感染者后，发现该无症状感染者身份信息、联系电话等个人信息在互联网上大面积传播。翌日，杭州市政府官方微信号“杭州发布”发布通报，西湖区某医院院感科医师因故意泄露流调报告内容，侵犯他人隐私，被行政拘留5天。同日，黑龙江省黑河市公安局发布消息，于1月5日、6日处理两起疫情期间故意散布他人隐私信息治安案件，3人被行政拘留，4人受行政罚款。
2021年1月8日，云南省丽江市宁蒗彝族自治县纪委监委通报，西布河乡工作人员马海某某在处置疫情流调过程中，擅自将公函发在微信群中，导致密切接触者梁某等人的个人信息在微信朋友圈泄露，造成了不良影响。宁蒗县纪检监察机关已对纪律意识不强、处理方式不当的马海某某给予党内警告处分；对落实纪律不严谨，党员管理教育疏忽、监管不到位的西布河乡党委进行通报批评。
2021年1月10日，河南省偃师市公安局发布消息称，1月7日上午，偃师市居民高某（男，城关镇人）未经市疾控中心工作人员同意，私自将通过非法途径获取的有关疫情防控的相关人员信息发送到微信家庭群中，其姐姐高某某查阅后在微信工作群散播。公安机关依法对二人行政罚款500元、行政拘留5日。
2021年1月23日，随着上海市出现新的本土确诊病例，当日卫健部门公布的疫情流調報告仅提及了主要活动场所，并未提及病例的性别和年龄。北京市也在翌日公布的流調報告隱去確診病例的年齡、性別等信息。事后中国大陆官方媒体对此做法表示支持，认为此举“在於把握好信息披露的分寸，拿捏好公權與私權的邊界”。
2021年9月，福建省莆田市和黑龙江省巴彦县的病例先后遭到网络暴力，其隐私通过流行病学调查报告被部分网友打探并传播。澎湃新闻发表评论称流调报告不应成为窥探隐私的工具。
2022年1月，一大学生从天津返回大连，在其核酸检测阳性后，因个人流调信息泄露而遭到网络暴力。
2021年1月18日，由世界卫生组织总干事谭德塞委托的一个独立专家小组针对疫情发布了调查报告，批评中国政府在疫情初期应该更有效压制疫情扩散，却没有及早采取遏制措施，导致疫情在全球扩散。该独立小组也在报告中强调，这些失误不该成为他国领导人在防疫上屡屡失误的藉口。报告指出，即使卫生官员发出了明确的警告信号，但是“在太多的国家，这一信号被忽视了”。
中国外交部发言人华春莹19日回应这个报告时说，“我们当然应该努力做得更好，我想不仅是中国，美国、英国、日本或者任何一个国家都应该努力去做得更好，因为我觉得在事关公共卫生这样的问题上，永远都是没有最好，只有更好。”
世卫组织认为，病毒从武汉一个实验室泄露出来的可能性仍然存在，将继续调查实验室理论。世界卫生组织总干事谭德塞于2021年7月15日公开敦促中国对世卫第二阶段调查给予更多配合，提高透明度，并提及在中国溯源的第一阶段调查遭遇了挑战，关于病毒最初传播阶段的原始数据没有得到分享。
7月19日，中国外交部发言人赵立坚主持例行记者会。 有记者提问称2020年6月中国网民曾发出一封公开信，呼吁世卫组织调查德特里克堡实验室。赵立坚认为应该在下阶段的新冠病毒溯源工作中应对美国德特里克堡以及其他同样存在泄漏隐患的美国病毒实验室进行调查。而不是在未得到进一步线索和确凿证据的同时反复针对中国进行调查。
8月13日，中国外长马朝旭拒绝世卫组织关于进一步溯源调查的呼吁，批评世卫组织的调查计划「对常识的不尊重和科学的傲慢态度」。同年12月，谭德塞再次敦促中国须更加积极地提供与冠状病毒来源有关的数据和信息。
2022年2月4日，来自法国，美国，印度，日本，德国，英国，澳大利亚的20位学者在北京奥运开幕之日联名发表公开信，呼吁遵守奥运会宪章，尊重人类尊严，彻底调查新冠病毒的来源。并谴责中国政府阻止对病毒源头的调查，以及颁布法令禁止中国科学家在未经政府批准的情况下发表关于该大流行病起源的研究等等。
2月2日，中華人民共和國駐以色列大使館臨時代辦戴玉明在以色列特拉維夫的記者會上認為各國限制中華人民共和國公民入境做法錯誤，令人聯想二戰猶太人遭遇，指猶太人大屠殺時，很多國家對尋求幫助的猶太人關閉大門，只有中國等少數國家伸出援手。中華人民共和國駐以色列大使館隨後發聲明，說無意將大屠殺的黑暗歷史與現時局勢及以色列政府保護公民的努力相比較，如有人錯誤理解訊息，大使館願意致歉。《明報》提及以色列已因應疫情，1月30日起拒絕2星期內到過中國的非公民入境。
中國外交部發言人華春瑩2月3日在記者會上表示，中華人民共和国政府“自1月3日起，共30次向美方通报疫情信息和防控措施。两国疾控中心就疫情相关情况多次进行沟通。”香港《蘋果日報》将上述发言理解为，華春瑩“失言洩露”從2020年1月3日起已經通報美國當局2019新型冠狀病毒“疫情嚴重”。台湾中央廣播電臺则认为，“網罵你給美方說30次、給國民說幾次”，“但由於中國人民普遍在鐘南山於1月20日作出警告後才知道事態嚴重，因此引發了國內的怒火”。但外交部网上记者会原文并无表述“1月3日起已經通報疫情嚴重”。
2月9日，中國山西衛視停播電視劇《紅高粱》並改播其他節目，有網民向電視台官方微博查詢，獲回覆劇集後20集涉及抗日情節，考慮到日本友好援助中國抗擊疫情，決定暫停播出，今後再播。
2月20日，原央视主持人邱孟煌（阿丘）在新浪微博留言：“此时，虽然东亚病夫的牌匾早已踢碎了一个多世纪了，但我们可不可以说话语调稍温和并带些歉意，不怂也不豪横地把口罩戴起来，向世界鞠个躬，说声：对不起，给你们添乱了。”该微博一经发表，立即引发了中国大陆部分网民的强烈不满，例如一篇被中国大陆网民广泛转发的文章指称邱孟煌“为全球跃跃欲试的排华行为提供道德依据”。事后邱孟煌虽然删除了涉事微博，不过仍然持续遭到中国大陆部分网民的谩骂与攻击。该事件发生后，新浪网援引中国中央电视台总编室知情人士说法，称邱孟煌已被彻底封杀，其主持的一档节目于2019年年底就由央视进行了调整。
2月27日，游戏《瘟疫公司》被发现在中国区App Store下架，游戏开发商Ndemic Creations随後发表声明称《瘟疫公司》“经中国国家网信办审查存在违反国内法律内容”而从中国 App Store 下架。3月2日，《瘟疫公司》在Steam中国区下架。
2020年3月，意大利著名調查記者蓬皮利（Giulia Pompili）在"Il Foglio"發表報道指義大利政府購買由中國代表團帶上31噸醫療物資。並引述消息指：迪馬約此前致電中國國務委員兼外交部長王毅、並提出採購，並由其協調聯絡可供貨的中國廠商。同時，蓬皮利（Giulia Pompili）批評迪馬約感謝中國施以援手，旨在誤導民眾，配合中國官媒近日的“慈善中國”主題展開，並非中意兩國官方所宣傳的「捐贈」。
3月13日，纽约时报报道，称在世界各国面临严重疫情情况下，中国作为口罩出口国囤居口罩；并引用加拿大口罩制造商Medicom高管的话，称中国未能为口罩出口提供许可。
4月21日，美國密苏里州总检察长、共和党人在美國密苏里东部联邦地区法院对中華人民共和國政府、中国共产党、中華人民共和國國家衛生健康委員會、中国科学院和武汉病毒研究所發起訴訟。艾瑞克·施米特称，中華人民共和國政府对全球谎报了嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型的危险性和传染性，让吹哨人噤声，对病毒的传播几乎没有采取任何措施，导致疫情全球蔓延，從而使得密苏里州居民承受了可能数百亿美元的经济损失。4月22日，中国外交部发言人耿爽表示，密蘇里州的诉讼纯属是恶意滥诉，中国各地政府在疫情防控方面所采取的主权行为也不受美国法院管辖，美方应驳回滥诉。
4月27日，演员姚晨在微博转发“一位南京民营单位护士自愿援助武汉，援汉结束后也没有掌声和优待，就连返回的车票都是自己默默买的”的文章，并附言“谢谢你，贾晓月”。其后，贾晓月本人对此篇文章否认。同日晚，姚晨发文致歉，指出其转发的本意仅仅是希望能够有更多人看到这些闪光的志愿者。经网友指正，原文章内容中有不符合事实的信息，于是删除了转发内容。
5月上旬，美国威斯康辛州居民桑德拉‧安德瑞加-莫爾与數十名其他美國染疫者及公司行號联合指控中國必須對嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型傳播承擔責任。
2021年12月16日，华尔街日报报道称，中华人民共和国中央人民政府在今年年中曾有官員提議指中國的防疫策略应当由「清零」轉為「與病毒共存」，此举令習近平感到十分生氣。
冠狀病毒病疫情发生后，中共中央总书记习近平多次反复强调自己亲自指挥防疫工作，并表示早在2020年1月7日已经在中央政治局常委会上提出防疫要求。但是從疫情-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-以來，習近平遲遲未到武漢視察疫情，直至3月10日疫情緩和後習近平才去武漢視察疫情。中国国务院总理李克强则在2020年1月27日已亲自前往湖北省武汉市，考察指导新型冠狀病毒肺炎的防控工作。
香港《明报》认为，中央领导人初期对疫情并不重视，甚至要求不要造成民众恐慌，影响即将到来的春节气氛，結果湖北省和武漢市黨委和政府沒有及時採取有效的防疫措施，造成疫情在1月下旬大規模-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-。
美国之音及纽约时报中文网认为中国大陆媒体不应当批评美国等国政府的疫情应对措施，認爲這些是中國政府的宣傳攻勢，批评網絡上部分鼓吹中國抗疫的言論是“盲目自大的扭曲自满情绪缺乏反思”。
2020年4月3日，国际法律家委员会與全印度律師協會向聯合國人權理事會控告中國隱瞞疫情，並追討20萬億美元的賠償。
2020年4月，美聯社根據中國內部文件報導，中國領導人在北京遲了6天公佈肺炎疫情擴散的消息。其中一份備忘錄指出，國家衞健委主任馬曉偉在2020年1月14日與省級衞生官員舉行秘密電話會議，傳達中共中央總書記習近平、國務院總理李克強和副總理孫春蘭關於肺炎疫情的非公開指示。直至1月20日，習近平等才發出公開指示，要求民眾加強防疫。報導亦指出如果公眾在一週前被警告採取如保持社交距離、戴口罩和限制旅行等行動，病例最多可減少三分之二。
2020年4月19日，美国总统唐纳德·特朗普表示美国仍然想要向中国派遣调查人员，调查疫情相关情况。此前美方表示，如果中国是有意隐瞒疫情，应承担相应后果；另外，两名美国国会议员称应“允许美国公民和政府起诉中国政府”。4月20日，中国外交部发言人耿爽表示，国际社会应当团结协作、同舟共济，而不是相互指责，甚至叫嚣什么追责、索赔。他又反问，“2009年，H1N1流感在美国大面积爆发，并蔓延到214个国家和地区，导致近20万人死亡。有谁让美国赔偿了吗？上个世纪80年代，艾滋病首先在美国发现，并且蔓延到全世界，不知道给世界上多少人造成痛苦，有谁找美国追责了吗？新加坡国立大学教授马凯硕接受采访时表示，2008年发生在美国的金融动荡，雷曼兄弟公司破产，最终演变成全球的金融危机，有谁要求美国为此承担后果？”。
2020年5月9日，德國周刊《明鏡》引述德國聯邦情報局消息，指1月21日，中國領導人習近平與世界衛生組織總幹事譚德塞通電話時，要求世衛不要宣布病毒可人傳人，並押後發布全球大流行警報。情報局認為，全世界因中國封鎖消息，失去4-6星期抗疫時間，西方國家普遍相信中國隱瞞疫情，令疫情失去控制。中國駐德國大使吳懇則強調中國從未隱瞞疫情，應對亦快速，為全世界爭取至少6星期時間，惟一些國家未有重視，又反對將中國推上被告席。
2020年5月12日，美國雜誌《外交政策》聲稱取得直屬中共中央軍委的中國國防科技大學外洩的檔案，統計日期從2月到4月底，涵蓋230個城市，推算中國的肺炎確診人數多達64萬人，是官方數字8倍。
2020年7月10日，來自中國大陸的前香港大學公共衛生學院工作的病毒學家閻麗夢（Li-Meng Yan，音譯）在逃亡美國後接受-{zh-cn:福克斯新闻频道; zh-hans:福斯新闻频道; zh-tw:福斯新聞頻道; zh-hk:霍士新聞頻道}-訪問，指她在2019年底曾被其教授潘烈文要求研究當時中國大陸疾病爆發，但中國政府拒絕了包括香港專家的外國專家到當地進行研究工作，而她在2019年12月31日從在中國疾控中心工作的朋友得知病毒有人傳人情況，她亦向上司報告發現，但上司只是點頭。到了1月16日，她再向上司滙報時上司甚至指「不要作聲」、「不要觸碰紅線」、「我們會陷入麻煩」。她又指，在疫情爆發之初，向主管報告研究時，主管潘烈文無視了她，指她知道中國政府會怎樣對待「吹哨者」。而她擔心在香港講出真相會「被消失」和被殺，於是決定在4月28日獨自逃往美國。不過在當地受到來自中國政府的網絡攻擊，其家人遭當局查問。到7月才公開事件。香港大學發表聲明，指閻麗夢曾在港大任職博士後研究員，現已離職。香港大學尊重個人表達自由，但有關報道內容不符事實，又稱訪問中的重點表述「雷同傳言」，沒有科學支持。2020年7月15日，香港大學公共衛生學院院長、日裔美籍科學家福田敬二（）發佈一則聲明：香港大學相關研究人員從未進行所謂「秘密研究」，閆麗夢指控並不屬實。此外，福田敬二曾在一則內部聲明中提醒公共衛生學院及本校相關人士，須注意媒體「懷有敵意、誘導性」的傾向，謹慎提供相關研究和關於本次事件的信息。
有观点认为，在中國的疫情受到控制後，官方傳媒將功勞全歸功於習近平一人身上，不斷吹噓中國能戰勝疫情全靠習近平領導有方，進一步加強其個人崇拜。2020年6月7日，中国国务院新闻办公室发布《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书。
白皮书指出，14亿中国人民都是抗击疫情的伟大战士。疫情发生以来，中国人民不分男女老幼、不论岗位分工，都自觉投入到抗击疫情的人民战争，坚韧团结、和衷共济。医务工作者白衣执甲，逆行出征，武汉人民、湖北人民顾全大局、顽强不屈。
2020年9月8日，中国政府举行了全国抗击新冠肺炎疫情表彰大会，习近平给著名呼吸病学专家钟南山等众多抗疫医护工作人员颁奖。但大会未提及因感染肺炎殉职的李文亮医生，引发一些网友的批评与不满。 央视在当月播出的抗疫纪录片《同心战疫》里，第一集就回顾了新型肺炎的源头时，也未有提及李文亮。有新型肺炎死者家属批评官方是在修改历史。
2020年12月29日，美國國務卿蓬佩奧發表聲明稱，中国政府的瀆職行為使本可控制住的冠状病毒病疫情演變為全球大流行，並批評中國政府令本國公民噤聲。对此，中國外交部發言人汪文斌12月30日回應稱，蓬佩奧的有關言論粗暴干涉中國內政和中國司法主權，不僅充滿偏見，而且虛偽透頂。他又反问，「當前美國國內疫情形勢嚴峻，請問蓬佩奧先生，你為美國抗擊疫情，挽救美國人民生命，做了哪些實實在在的事呢？」，以此回应美国的抗疫不力。
2月26日，中国大陸以外地區日新增嚴重特殊傳染性肺炎病例已超过中国大陸境内。 3月16日，中國境外確診新冠病毒感染病例和死亡病例已經超過中國本土的數字。中國內外都有評論表示，國外疫情嚴重的國家應該研究、學習中國的經驗，中國大陸網民一直將此俗稱為「抄作業」。《每日经济新闻》指出根據“防止大规模疫情传播指数”195個國家只有10個國家可以組織有效防御，并作出快速反应，呼籲不要妖魔化别国抗疫情况。
中共认为，中国抗击嚴重特殊傳染性肺炎的表现，展现中国高效动员力组织力协调力，体现了中国国家治理能力的巨大优越性和中国共产党领导制度的强大优势。 嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型引起的疫情开始后，中共中央迅速做出决策，展开了包括患者救治、科研攻关、物资保障、舆论引导、交通管制、社会隔离等全方位的工作，同时还要统筹疫情防控和经济社会发展、国内防控疫情和国际合作等工作。
中共文章指出，抗击嚴重特殊傳染性肺炎显示了中国的两个制度优势：《察网》報道有自媒體冒充张文宏，發表“其他国家做的再差，我们只能理解，不能比较，不能批评，更不能怀疑和否定西方国家的体制”，“不管是嘲笑别国疫情蔓延，还是猛夸自己国家棒，其实都是对灾难和逝者的亵渎”一類的言論。要小心一些「精神外国人」爲了西方的体制神话僞造言論。
5月1日，权威医学期刊《柳叶刀》总编在接受中国中央电视台采访时称，得益于非典的经验和所具有的科研力量、医疗资源，中国政府在面对疫情的紧急情况时做出的封城等举措非常果断，不仅是正确的，还向其他国家展示了面对如此严峻威胁时应如何应对，为此应该感谢中国，方舱医院这一中国抗疫成功的重要因素也是世界其它国家可以学习的重要经验。并称国际政治领导人对中国的批评不仅不公平，而且显然是错误的和不真实的。同时，霍顿称西方国家“认为疫情顶多是另一波流感”，对疫情缺乏重视，是严重的判断失误。
5月4日，国际顶级学术期刊《自然》刊文称，在中国大陆，基于非药物干预的防疫策略看起来是有效的，并为全球赢得了时间窗口，其具体包括城际旅行限制，病例的早期识别和隔离，以及人员接触限制和社交疏远措施。该文估计，截至2月29日，中國大陸可能已有114,325宗感染個案，如果没有非药物干预措施，這個數字可能会增长67倍，即截至29日，有将近766万新冠感染者。8月3日，理查德·霍頓在《衛報》摘文《西方國家以反華情緒掩飾自己抗疫失敗》（This wave of anti-China feeling masks the west's own Covid-19 failures）再度重申相關觀點。
6月，中国工程院院士、广州医科大学呼吸内科教授钟南山接受媒体采访，指出中国用事实证明疫情相关信息的公布是“及时、公开、透明的”，又表示境外一些政客和媒体指责“中国刻意瞒报疫情”是“毫无依据的”。
8月，微软联合创始人、盖茨基金会主席比尔·盖茨表示，指出中国“在控制病毒方面做得就非常好”。
10月5日，美国《科学公共图书馆·综合》杂志公布了由巴塞罗那全球健康研究所与其他国际机构共同推出的新型工具的评测结果，评测统计了来自19个国家的超过1.34万份调查问卷。评测结果显示中国在疫情防控方面获得8分，为全球最高。
2021年11月27日，中国疾控中心发表英文周报《与COVID-19共存：估计和展望》（On Coexistence with COVID-19: Estimations and Perspectives）。这份周报预测说，如果中国采取美国、英国、以色列、西班牙和法国等西方国家的疫情防疫策略，中国每天新增感染人数很可能达到数十万人，其中约一万例会出现严重症状。文章还说，如果中国采用美国的防疫策略，中国每日新增病例数将超63万例；若采用英国的防疫策略，中国每日新增病例数将超27万。
1月23日，据财新网报道，香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任、流感研究中心主任管轶在1月21日到达武汉，发现华南海鲜市场已被封锁、地面被清洗消毒，病毒来源第一手证据消失。他又走访了其它菜市场，发现卫生情况很差，只有不到10%的人戴口罩。他经实地考察后认为，“疫情在武汉已经无法控制”，抵達當晚即預訂翌日的機票离开。在机场，管轶观察到机场的地面没有消毒，只有人手握体温计监测体温，安检员只有最简易的一次性口罩，卫生防护并无升级，形容“到22日武汉还是一个不设防的城市”，认为武汉已经错过了黄金防控期。
1月23日，《環球時報》發表社論，認為疫情發生時，武漢市人民政府实际应对措施缓慢，也未讓公眾了解到疫情的嚴重性，以致讓疫情持續擴大。同日，世界衛生組織稱湖北封城是「史無前例的」，世衛表示「這是中國政府對遏制病毒-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-的決心」。但是，世衛組織澄清說，此舉不是世衛組織提出的建議，當局必須拭目以待，觀察措施的效果如何。世衛組織表示，像這樣封鎖整個城市可能是「科學新事物」。
1月24日，中共湖北省委機關報《湖北日報》高級記者張歐亞在微博上發文呼籲武漢即時更換高層官員，遣責當前台上者「不具領導指揮力」，引發網民響應，惟其後被《湖北日報》命令刪除，《湖北日報》並致函武漢市委及市政府道歉，指言論「錯誤」，「給當前防控工作添了亂，給各級領導添了堵」。
1月25日，《中國新聞周刊》报道，美國全球衛生問題前高級研究員認為「封城」措施太晚，香港大學微生物學教授管軼亦認為不少人口早已回去過年，現在再封實際效果存疑。CNN批评，武漢本地人和在汉外地人在封城前的大規模离汉，使其它城市的居民在微博上表達了憤怒的情緒，他們擔心這可能會導致新型冠狀病毒傳播到他們所在的城市。
1月27日，时任中共武漢市委副書記兼市長周先旺接受中國中央電視台訪問時指「封城」決定阻斷傳染源效果非常明顯，同時亦承認政府應對危機及處理突發事件能力尚待提高，并透露最初疫情之所以不及時披露是因為未獲得上級授權，認為1月20日國務院將疫症列入「乙類傳染病甲類管理」，要求屬地負責後，「我們的工作就主動多了」。
1月27日，香港政府專家顧問團成員、香港大學醫學院世衞傳染病流行病學及控制合作中心創立總監梁卓偉在記者會上表示，利用研究模型，僅考慮武漢「封城」的情況下，推算武漢截至25日已有25360宗可確診，約4.4萬人被感染，又認為武漢「封城」的隔離措施是正確，但未必有效斬斷感染鏈，可能不能再明顯改善全中國疫情，預計重慶及北上廣深會有大-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-。
1月29日，《環球時報》總編輯胡錫進採訪中國疾控中心流行病學首席科學家曾光，曾光表示，此次武漢面對疫情行動有些慢，並認為公共卫生人员的决策考虑的就是科学性的问题，是一个科学的视角，但政府官员考虑问题并不单纯是科学的视角，这只是他们决策依据的一部分，“他要考虑政治视角，考虑维稳的问题，他要考虑经济的问题，他要考虑春节老百姓的天伦之乐，满意不满意的问题。我们说的话往往只是他们决策中采纳的一部分”，不能说政府官员这种视角不对，事情的决策是要多方面考虑的，但在关键问题上要建立一个经验，要更多的采用科学视角。科学视角如果采用的不好，其他视角也会没有意义。
同日，一篇题为《家人疑似新冠肺炎被隔离 湖北17岁脑瘫儿独自在家6天后死亡》的文章在微信朋友圈流传，文中称，湖北省黄冈市红安县华河镇鄢家村人鄢小文因疑似新型冠状病毒肺炎被隔离，其17岁脑瘫儿子鄢成独自在家6天，并在1月29日去世。鄢小文担心儿子没人照顾曾发微博求助。但村委会称關照過鄢成。事件曝光後，红安县县委县政府组成联系调查组进行调查。2月1日，調查組在政府官網上發通告，證實確有其事，指華家河鎮黨委、政府存在工作不實、作風不實，黨委書記及鎮長已被免職。
1月31日，中共湖北省委副書記兼武漢市委書記馬國強接受中國中央電視台訪問，稱自己内疚、愧疚及自責，若更早采取措施，如1月12日即關閉離開武漢的通道，可能效果更好及緩解疫情，“由于我们工作没有做好，没有当机立断，导致疫情输出到了国内、国外。”翌日，主要醫學期刊《刺針》刊發香港大學醫學院院長梁卓偉等港大醫學院公共衛生學院的學者團隊文章，文章透過模型，推算截至1月25日，武漢可能已有75000人感染，若病毒傳播能力不減，疫情將在4月到達高峰；中國多個主要城市可能持續有本地-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆發}-，會隨武漢高峰期後1、2星期後進入高峰，建議各地應立即採取重大公共衛生措施。
2月5日，香港有線新聞《有線中國組》連線留守武漢的翁維愷記者，直播報道時指有微博認證為湖北省卫生健康委员会宣教中心主任的用戶2月4日晚發微博，認為疫情是天災更是人禍，文章批評一眾官員太過謹慎，等待層層上報，耽誤抗疫最好時機，呼籲改革選人制度，不要再讓衛健委成為行外人的跳板，文章其後被刪除。
2月11日，中國國家衛健委高級別專家組組長鍾南山接受路透社專訪，指武漢封城是正確決定，但初期疫情失控，武漢政府及衛生部門需要負上部分責任。
2月16日，武漢公布查處4宗防疫不力案件，包括洪山區副區長王在橋嚴重失職失責，令大量密切接觸者未被及時隔離及大量患者未及時入院救治，被政務撤職；礄口區長豐街漏報懷疑個案，未有效組織治療，令患者自縊身亡，「造成嚴重不良影響」，有關人員被黨內警告、誡勉或責令做出檢查。
2月17日出版的《財新》，形容1月23日-2月1日的武漢是「殘酷的自然選擇」，兩位社區書記均表示這段時間基層社區能提供的救助很有限，上級無實際幫助，「看病沒車，醫院不收」，報道又質疑早期或輕信有專家「輕症自愈，居家隔離」說法，制定政策時疏於管理懷疑個案，「患者無法就醫，從輕症拖延成了重症再到危重症，甚至一家多人患病幾至滅門的慘劇，僅財新記者在前線所知，就不是一例兩例」；而2月提出「應收盡收」，社區對接工作時仍有不少形式主義，如無法順利召喚救護車或每天重複填表，直至2月9日上級態度轉變，「不再是病人求助，而是街道催社區盡快清零入院」。
2月17日，《環球時報》報道，中國國家衛健委醫政醫管局副局長焦雅輝表示，武漢疫情持續時間長，而由於期間防控措施未及時到位，令很多社區病例未能被及時救治；重症患者直至住院，平均花費10日，形容是「錯失最佳時機」，由輕症變重症。
2月18日，《環球時報》報道中國疾控中心在《中華流行病學雜誌》上的預出版論文，指論文顯示1月11日至20日「暴增」5417名新感染者，印證記者採訪時了解到的資訊，即臨床當時已有醫護人員意識到問題嚴重性。報道說這些臨床層面的擔憂未能及時轉化為有效防控措施，「直到1月22日，湖北方面才啟動了突發公共衛生事件Ⅱ級應急響應」。
2月26日，《财经》专访国家卫健委1月8日派武汉第二批专家。这名成员匿名接受采访时表示，当时他们在武汉掌握的信息和材料有限，当地隐瞒信息，“不合作”，专家到访所有当地医院均回答“没有医护人员感染”，无法得出病毒“人传人”的结论。但究竟谁向专家组隐瞒了医护人员感染的实情，目前仍不得而知。
同日，《财新》发表独家报道，一名基因测序公司人士向财新记者透露，在数家测序公司于2019年年底测得新型冠状病毒之後，2020年1月1日，湖北省卫健委电话通知武汉如有新冠肺炎病例样本送检不能再检；已有病例样本必须销毁，不能对外透露样本信息，不能对外发布相关论文和数据，“如果在日後检测到了，一定要向我们（湖北卫健委）报告”。
3月8日，财新网报导，中国国家卫生健康委员会高级别专家组长锺南山的研究团队，透过研究模型测试发现，若早5天采取隔离防控措施，将有机会降低新冠肺炎感染人数，甚至减轻过半疫情。
美国《纽约时报》引述專家言论批評武漢封城措施是「危險的主意」，因為封城迫使湖北省內的健康人群與感染者保持親密關係，很容易適得其反。在一個有1100萬人的城市周圍畫一個「防疫封鎖線」引起了不可避免的道德關注，專家將其與2014年西非伊波拉病毒疫症期間的封鎖進行了比較，該封鎖在實施十天後解除。
1月23日据《自然》报道，昆士兰大学病毒学家Ian Mackay擔憂武漢封城做法相当于把武汉变成一个巨大的细胞培养皿，所有人互相传染，将制造出更多病例。德国之声指，武漢一些人擔心封城期間的物資供應，尤其是醫療物資的供應。印度《经济时报》指，滬深300、上海和深圳股指下跌近3％，是近9個月來最大的單日跌幅。印度《经济时报》认为投資者因這種嚴厲措施出现恐慌情绪，尋求投資的避風港。
1月24日，英国广播公司批评，這次封鎖導致武漢市等多個湖北省城市出現恐慌，許多人對身處城市應對疫情的能力表示擔憂。這項措施的巨額成本，無論是在經濟上還是在人身自由方面，是否都能轉化為有效的感染控制，仍是未知數。1月26日，中共湖北省委副書記兼省長王曉東在記者會上表示對疫情痛心、內疚及自責。
1月27日，美國醫學史專家Howard Markel認為，「中國政府現在可能反應過度，給人民造成了不合理的負擔，並且穩定而透明地實施的政策限制往往比嚴厲執行的措施效果更好」。1月27日，中共武漢市委副書記兼市長周先旺接受中國中央電視台訪問時，指「封城」是一個艱難的決定，人類及城市發展史上史無前例，自己與武漢市委書記馬國強願承擔有關「封城」的任何責任，包括「革職以謝天下」；他又指「封城」措施果斷及效果明顯，感謝武漢市民，指市民“很理性、很配合”。
2月4日，湖北副省長曹廣晶在記者會上表示，有地方政府在執行政策上出現「偏差」，如挖斷道路、用土石徹底封閉道路等，又指已禁止堆砌、斷路或設置永久隔離來中斷公路交通。翌日，中國最高人民檢察院研究室副主任李文峰在中國中央電視台節目表示，地方政府在緊急情況下可以封路，但不等於斷路，若挖溝堆填令道路中斷是有可能觸犯法例。
2月11日，路透社引述消息人士，報道中共中央總書記習近平在2月3日中共中央政治局常委會會議上表示部分地方的疫情防控措施「衝過頭」，傷害中國經濟，有措施不切實際及造成恐慌，要求避免更多限制措施。報道又說中央將出台措施減低衝擊，中共中央宣傳部下令傳媒重點報道經濟復蘇。國務院新聞辦公室未回覆路透社的查詢。