关于广州地铁争议以及焦点事件
本條目介紹广州地铁產生重大批評聲音和爭議事項。
在1990年代最初修建地鐵一號線時，清拆了中山路沿線眾多騎樓，一樂也理髮店、艷芳照相館、華北飯店等本地老字號就此消失。因地鐵建設，而令中山四、五路的歷史風貌遭遇嚴重破壞。有意見認為當時利用地鐵上蓋招商，籌資建設地鐵的方案是有錯誤的。已故的摄影师李瑞然受訪時表示：“那时候拆骑楼好大胆，不理会什么，总之整条街都要拆掉。”。原市规划局局长施红平就表示，一号线建设时就确定以地產集資建設的模式地铁建设，所以就將中山路段两边的许多“红线”划给地铁公司，这样开发对于骑楼等历史建筑来说是“争也无效，铁定保不住”。
而在2006年廣州地鐵公司公布地鐵六號線的工程計劃，其中一德路站因設計站台隧道正上方是臨街騎樓，施工單位和文化保護單位曾多次開會商討騎樓的去留問題。在2008年廣州地鐵曾表示有制定不拆騎樓的保護方案，但騎樓拆還是不拆尚待政府決定。結果到2010年，一德路上高8层而有着精美的纯西式圆弧拱顶、号称一德路上最高骑楼的370号，最终仍被整栋拆除。時地鐵公司負責宣傳的葉姓職員答覆稱，地鐵具體清拆和保護的選擇，都是根據市規划局的決策。而對於街坊強烈要求的回遷事宜，葉姓職員就指拆遷補償標准是由越秀區拆遷辦公室決定。
2020年10月，地鐵六號線工程向外界公佈署前路站的方案，公示為建設車站擬拆遷署前路東側和廟前直街北側合計42座物業，正位於廣州最具歷史文化底蘊的老城區東山的咽喉入口處。由於該地遍布政治遺址、文化名人故居，位處當中的廟前直街（北側）也陪伴几代廣州人成長，事件很快引起市民的廣泛關注和討論。不少市民反對拆遷，提出了種種疑問，希望政府說明地鐵10號線署前路地鐵站的選址理由。
2010年10月11日，广州地铁三号线北延段，被爆出联络通道（位於两条地铁隧道間用于工程维修、紧急避险以及排水的通道）存在混凝土强度不合格，存在坍塌的可能性。但施工方却通过伪造检测报告，使相关部门在不明真相的情况下通过了验收。而地铁公司获知此事之后，称会了解，并拿出整改补救方案，并且不会影响三号线北延段于11月前开通。
2011年5月5日，《南方都市报》率先报道市16中高一学生陈逸华，身穿印有五羊石像和广州传统英文名“Canton”字样的T恤，在东山口、烈士陵园等一号线多个地铁站外举着横幅，派发传单并收集市民签名。他指稱1号线会在三年内完成全线16个车站的翻新工程，铲去原有墙面、改为统一灰色石板。这样既抹杀1号线“一站一景”的特色，又劳民伤财。当时已开工的车站有长寿路站、杨箕站、体育西路站、广州东站。此事引起媒体和社会广泛热议，网上有人称他为“举牌哥”。
5月6日地铁公司第一次回应称，一号线已开通14年，翻新改造皆因路线老化、装饰材料残旧破损。由于当初的装修材料已被淘汰，无法再买到，所以进行全面翻新。针对破坏“一站一景”的风格，地铁公司说：“原装修未成景观化风格，谈不上抹煞”，“翻修前后风格没有太大改变。”不过此说法马上被媒体驳斥，記者在建材市场调查时发现，其实可以轻易寻获类似颜色和材质的饰材。另外有人也发现，除了更换墙面材料外，多个站台的吊顶也被更换，新吊顶增加了不少装饰材料，也新装了一些灯具。
5月8日，地铁公司派工程维修部经理约见陈逸华，称一号线的瓷片大部分采用粘贴方式安装，长时间使用后粘贴层松脱，瓷片容易掉落，存在严重的安全隐患，几个站点也发生过瓷片脱落的问题。而石板有固定件，可以“一劳永逸”，且石材容易清理，不容易出现划痕和污损。一号线的吊顶方式传统，导致天花板经常掉落，近5年已出现了多次的天花板松脱故障，而且还影响站台的照明度，加上灯具老化，使得站厅的照度满足不了设计要求。有人质疑地铁公司用专业数据和术语驳斥，明显利用信息不对称。
此时地铁公司原副总工程师曾宝贤通过媒体公开表明：一号线总体翻新“完全没有必要”。他指完好的墙面，应该是“保养”才对；维修保养是经常性的，出現問題才對應修補，不能拆除。有市民质疑：一号线的装修质量是否存在问题？当年的装修公司是否有义务对一号线的装修进行保修？而一号线此次的站台墙壁翻新是采用外挂花岗岩的形式，也被质疑：花岗岩含有微量放射性物质，近几年已被家居装修所淘汰，地铁装修使用是否环保？有媒体也查出广州地铁2010年9月的中标公示，其中明确显示，此次地铁整体装修的中标报价为广州市房屋开发建设有限公司的6726万元人民币。对此，有建筑业高级工程师提出质疑：中标报价下浮率达到了近三成，相差两千多万元，这样的招标过程是否合理？6700多万元的最终中标价，又还有多少的水分存在？缩减了两千多万元的费用后，此次的翻新装修质量能否有保障，又能使用多少年？稍后，公众又开始质疑地铁公司的翻修决策过程，其中立项、评审、预算全部是地铁公司内部消化，公众无从知晓，更无从监督。
5月10日地铁新闻发言人再次约见媒体，依然声明装修是必须进行的，但坚持原方案的态度有了缓和，表示改造工程将不再对全部材料和设施都翻修，仅对存在安全隐患的部分进行改造。对仍未开始改造的车站，未来动工时会咨询公众。有省政协委员指，地铁公司此举是缓兵之计。另外陈逸华曾多次通过电话、在意见箱里投卡片等方式，将一些问题和建议反馈到地铁公司，但每次得到的答案几乎相同：会跟进，但短时间内不会改变。
早期落成的路线由於規劃时未預料到将来會與眾多線路交匯，故部分车站無作任何換乘預留。
部分车站如杨箕站、广州火车站、东山口站和黄沙站备受批评，均为5、6号线与1、2号线的换乘站，而1、2号线均没有预留换乘条件。1号线与5号线交会的楊箕站只能改造原有A出口作為換乘通道，但出入口通道一般設計得比較狹窄，而且為了不影響既有車站的結構，新建5号线車站離1號線車站有一段距離。換乘路程較遠而且转弯较多，中間還要上落樓梯，因此成为现时最不便的换乘站之一，早晚高峰均须实行客流管制。在东山口站，有记者专门测试过换乘用了3分36秒29-4分31秒63才到达另一路线的站台。黄沙站的换乘亦不便，需要先坐扶手电梯上平台，然后再步行经过一段距离非常远的蜿蜒走廊，到达6号线站厅，再搭两层扶手电梯才能到达月台。而2、5号线的换乘站广州火车站虽然比上述车站的站厅、站台较宽，换乘距离较短和扶梯楼梯数目较多，但因两线需要通过站厅通道步行换乘，加上客流较多而拥挤，仍为人诟病。
曾宝贤曾就换乘问题给地铁公司写过一封信，指广州火车站、杨箕站换乘站，换乘路线过远，乘客辛苦，建议修建类似机场里的输送梯，但地铁没有向其作出任何回应。不过上述兩站的換乘通道不夠平直，通道狭窄还有數個轉彎位，因此每段的長度也難以安裝水平輸送梯。也有乘客要求楊箕站換乘通道裝扶梯，地鐵公司則回應：「国标规定高差六米以上要建扶梯，该处只有一两米，所以没有安装。」
目前部分新建线路其车站会跟随线网的规划交汇，而在落实建设时同时预留与其它线路换乘的条件，使之在远期成为较为方便乘客的换乘站。但由于规划到落实建设仍会有调整计划，因此换乘问题仍会难免。
而18号线、22号线作为使用8节编组D型列车的市域快线，车站规模明显大于其他普通线路车站，也直接导致此两条线路换乘其他既有线路的步行距离、时间较长。所幸两线与既有线路各换乘站的换乘通道均设置了自动步道，以此来缓解乘客换乘的不便。
广州地铁在建设过程中曾发生过多次建设事故。
2008年4月15日，6号线东湖站至黄花岗站盾构区间（地下23米处）在盾构机例行开仓检查过程中，发生异常事故。工程单位迅速采取措施抢救伤员，将现场作业的18名工人全部撤至地面。事故造成8名工人受伤，伤者被迅速送往医院救治，其中1名工人不治身死。
2013年1月28日16时37分，康王南路與杉木栏路交會處因地鐵6號線文化公園站工地爆破不當導致地陷，有商舖和榕樹陷入坑內，所幸無人傷亡。塌陷後，廣州地鐵官方微博於當晚9:45表示「現場情況穩定」，但10點左右，現場又連續塌方兩次，一間房屋倒塌。廣州地鐵官方因此被指「将息事宁人、掩饰过错放在第一位」、「與7·23动车事故的处理方式异曲同工」。
2018年1月25日下午5时左右，21号线苏元至水西左线盾构区间盾构机作业时，线路短路引起火灾造成3人被困，而施救过程中突发坍塌，造成该3名仓内工作人员死亡。
2019年12月1日9时28分，11号线沙河站工地旁的广州大道北与禺东西路交界处发生地面塌陷，一辆清污车和一辆电动自行车陷入坑内，造成3名路人不幸罹难。
地铁的众多路线中，1、2、8号线是使用较宽敞的6节A型列车，而13号线使用8节A型列车，18号线和22号线使用8节市域D型列车。其余各线因客流預測、速度技术、路线走向和地质限制等因素，只能采用B型列车（3、7、9、14、21号线及广佛线）及直线电机技术的L型列车（4、5、6号线），其中除3、5、7、9、14、21号线为6节编组列车外，4、6及广佛线均只以4节编组营运。部分线路地铁列车编组短，车厢窄和运力不足问题一直为人诟病。
早在三号线开通之初，地铁公司就宣传“小编组，高密度”的营运方式，当时解释为“以适应不同时间的客流。”但因客流预测错误，3号线规划之初沿线楼盘的興建速度快于轨道交通建设，同時3號線能夠直接前往珠江新城及天河CBD，使客流量增长速度遠比预期快。日客运量从刚开通时的15.5万人次上升到2008年5月底的21万人次（相当于一号线2002年的水平），5月1日甚至达到了32.52万人次。纵然地铁公司不断缩短行车间隔，但效果甚微甚至没有效果。导致在早晚高峰，节假日车厢和车站内十分拥挤而实施车站客流控制，擠迫度超过100%，加上信號系統未完全調試完好，经常出現临时停车甚至飞站。使网民称之为“史上最短、最慢的地铁”。地铁公司原计划3号线在遠期才实行3节编组列车两两重联，由于客流猛增，使在3号线开通僅僅5年后，即2010年4月20日，地铁公司即提前把所有3节编组列车两两重联，变为6节编组营运。2010年4月28日，两两重联列车正式于天河客运站至番禺广场段投入服务。後來亦逐漸投入6節編組新車，但3號線運能和客流的矛盾依然比較尖銳，直至2014年，3號線最高滿載率依然高達136%，而根據中国城市軌道交通協會出版的《城市軌道交通2017年度度统计和分析报告》，廣州地鐵客運強度為每日1.93萬人次/公里，為全國之冠，其中在2017年12月31日体育西路站客運量達八十四萬四千人，亦為2017年全國之首。
而6号线在規劃定位時，並非定位為骨幹線路，而是定位作1號線的「輔助線」。作為一條加密線加密市區的地鐵覆蓋，同時以缓解1号线将来的压力为目的，因此得出的客流預測數據比較小。所以建造时只采用4节的小编组，此時1号线运力尚未饱和。但是由於工期被拖延多年，加上后来金沙洲的发展，以及低估了传统商区人流等因素；同時眾多市民依然留有當年3節編組的3號線極為擁擠的印象，因此6号线開通前后，有市民因害怕沿线客流巨大，但4节车厢运力有限害怕拥挤而不敢乘坐。地鐵公司亦預測6號線的客流會超過設計運力，而4节编组营运已難以改變，因此在开通时高峰时间已为3分45秒一班车，为开通时发车间隔最密的一条新线，而且为了新列車能多载乘客，每节车厢有一半座位被拆卸，以增加运力。除此之外，今后或将通过公交接驳和未来开通的11号线（环线）等来缓解客流压力。目前6號線每日客流约100萬人次，拥挤程度严重。早高峰期间，植物园站往市区方向的乘客甚至需等候几班列车。
2004年，地鐵的8名工作人員在車站站厅客服中心，通過在充值羊城通過程中強行斷電的方式，累計往百多張羊城通卡內反复非法充值25萬餘元，然後到各大超市瘋狂消費，有人甚至勾结他人銷贓，將非法充值的羊城通打折出售。2006年11月1日起，人工充值服務轉移到地鐵站內的「天天洗衣店」及7-Eleven，客服中心只提供售卡服務。
對於车站命名，有許多不同的意見。 例如有人质疑芳村站的命名，尽管实际上芳村站是取名自紧邻车站旁的芳村村落，而并非指当时的芳村区，但芳村站、花地灣站、坑口站、滘口站和西塱站均屬於地理意义上的芳村，使用“芳村”命名站點有以偏概全之嫌。而在地铁2号线北延段中，白云公园、飞翔公园站虽然有规划公园设施，但在开通初期公园尚未建设，导致被质疑车站站名误导乘客。另外一些站點名稱曾经在规划时有过改動。例如中山八站，曾命名為中山八路站；潭村站曾命名為賽馬場站；漢溪長隆站也多次更名，曾命名為漢溪站和長隆站等。2011年12月30日，广州市民政局发布公告批准将6号线兴建中的越秀南站更名“团一大广场站”，此举在网络上引起了广泛争议，并有网民怀疑地铁公司更改车站名称是受外来压力影响。
廣州地鐵車站的英文譯名從開通至2006年11月都是直接使用漢語拼音，例如廣州火車站譯為“”，中大站譯為“”。此譯法備受詬病，而當時上海、香港等城市都是地名以拼音與固有設施以英語詞彙混合使用。 2006年11月，地鐵公司作出決定，將1-5號線所有車站中文名稱按照市地名辦的規定執行，而英文譯名則按照廣州市人民政府外事辦公室的規定執行，地鐵車站的完全漢語拼音英文譯名被全部更換。廣州火車站譯為“”，中大站譯為“”等。 然而按照地鐵目前執行的標準，站名翻譯仍存在許多爭議，例如中山八站因中山八路而命名，英文也應該使用「」，而非「」，現時體育西路站、白雲大道北站等依然使用全漢語拼音，並沒有按照亞運前廣州市交管部門下發的《全市道路交通標誌及路牌設計指引》中使用「」、「」的規定。另外部分方位詞也存在爭議，例如車陂南應譯為「」而不是「」。地鐵公司稱，車站站名均按照地名辦等管理部門要求設置，同時兼顧乘客問詢的便利，上述問題將會提請相關部門研究更改的必要性。
道路名称车站的英文翻译形式也存在新旧车站不统一的问题。例如花城路（）、大观南路（）、神舟路（）、白雲大道北（）站的英文翻译，均采用了“”或 「」和前续音节连写的做法，而非广州地铁既有体育西路（）、科韵路（）、北京路（）等站后半部分单独拼写的做法。與陳家祠（）站翻譯不同，華林寺（）站的英文翻譯中「”和「」有重複翻譯之嫌，祖廟（）站則按漢語拼音翻譯。不過，在2021年九月發佈的新版線路圖上，千燈湖刪去了，改為。
另外，廣州地鐵各线路站台的顯示屏上，終點站的中文站名和中文的倒計時時間“1分鐘”、“即將到站”等內容，並沒有顯示對應的英文翻譯。（以下线路除外：14號線和21號線為配合快慢車運營的需要而重新设计了地铁电视的显示格式，列车种类、目的地、到站时间等信息均采用中英文对照显示；18号线、22号线则采用屏蔽门上方内嵌的显示屏显示运营信息，均有中英文对照显示。）
廣州地鐵1號線與廣佛地鐵的換乘站西塱站，位於荔灣區芳村西塱，鑑於當時電腦字庫中沒有“塱”字，因此採用了同音字“朗”（兩字拼音均為lǎng，注音均為ㄌㄤˇ，粵語拼音均為long）。現在字庫已增補此字，但為了方便民眾，「西朗」沿用多年。后来广州市民政局已经允许其改为西塱，但地铁公司表示因修改路线图、站牌等成本巨大，可能耗费上千万元，会在下次线网调整时再作更改，以节约成本。但自后来6号线开通后，地铁公司再称因为地铁现有车站售票机等大多还使用旧电脑系统，难以在短时间更改系统，因此并没有确实更名时间表。至於6號線的“柯木塱”則將使用“塱”字。
2018年4月，有市民信訪廣州地鐵，地鐵公司回應稱，現一號綫設備系統已開始進行升級改造，因此西朗站更名條件已成熟，正在向上級主管部門申請更名。2018年8月，广州市地名委员会办公室正式批准广州地铁一号线西朗站更名为西塱站。2018年9月，廣州地鐵包括車廂和吊牌等所有指示系統中，「西朗」已正名为「西塱」。
對於𧒽崗站，「𧒽」字屬於CJK漢字擴充B區字，編碼274BD。在大多车站售票机以「-{虫雷岗站}-」或「-{礌岗站}-」显示。
与港鐵、深圳地铁相比，广州地铁车厢报站冗长且累赘。首先港铁在任何情况下都不会使用单一语种广播，无论安全警示又抑或普通报站，都有三语广播（依次为粤普英，但在深圳为普粤英），车厢广播也不会介绍附近商家的赞助服务（不过现在深圳地铁的广播中也加入了赞助商的信息广播）。而广州地铁的普粤英比例不平等情况严重，虽所有车站站台在列车到站后都有以普通话、粤语及英语的欢迎广播提示提醒到站乘客，但车厢內的安全提示，都只有普通话。以普通話為主的廣播，有一些廣州長者根本就聽不明白。因为对邻近赞助商家的广播占用太多时间，安全提示、文明提示等广播就因此只能使用普通话，地铁公司此商业举措并没有尊重700万本地市民的母语需要，甚至被质疑有打压粤语之嫌。地鐵聲稱，商業廣播所有收入全部用於彌補、支持地鐵營運，最終讓市民得益；關於粵語占比，地鐵會根據客流組成的變化定期研究，如有必要會進行調整。
2008年5月，二号线粤语报站被完全取消，网络上的广州网友顿时群起抗议，一位自称是地铁职员的网民在论坛上指：“6月28日四号线因某些原因要从5月8日至6月27日停运，于是停运信息要加到列车广播里，但是二号线广播系统存储文件的空间有限，因此只能暂时清理原来的粤语内容以腾出空间。”此事经媒体报道后，5月15日二号线各站粤语报站被恢复。2011年5月31日，有人在微博上称“广州地铁一号线粤语报站被取消”，再次引起社会广泛关注。地铁对此解释称，公司在列车启动时增加了“请上车的乘客，往车厢中部走”的语音播报引导（只有普通话），但没有改变报站语言，只是报站时间延后，报站仍然采用三种语言，所以引起乘客“误解”。2011年8月，有網民在微博上指亞運公園所在地的APM綫海心沙站是唯一一個沒有粵語報站的地鐵站。該站值班站長向媒體聲稱，APM線因為使用進口列車，與其他路綫不一樣，所以沒有專門的粵語錄音，之前地鐵部門方面也沒有註意到這個問題，所以海心沙站才會出現這個現象，公司將會重新錄音修正。同年12月底，地鐵官方微博發文稱「廣州地鐵一直保持三語報站：過去，沒有取消過粵語；現在，沒有取消粵語；將來，也沒有計劃取消粵語——謠言止於智者，且聽便知真假。」實際上，APM線的林和西和赤崗塔站月台廣播同樣長時間沒有廣州話，後者直至2013年12月底易名「廣州塔站」時才獲增加，前者亦於同期加入。
2019年底，广州地铁13号线曾在車廂报站中加入廣告贊助，在21号线开通时取消；随后在2020年5月22日起，廣州地鐵在全线所有的地铁車廂和站臺廣播中加入某檳榔品牌的廣告贊助前綴，由于檳榔被世界衛生組織下辖的國際癌症研究機構列爲一類致癌物质，从而引起網友争议。此外，由于广告前缀在关键信息前播放，因此部分乘客对此表示不满，认为广告前缀会影响乘客对关键信息的接收，应该置于关键信息之后，赞助商家之前。
一项调查显示，广州地铁的卫生间普及率全国最低，仅16%左右。在2010年前开通的线路中，2号线的情况最差（廣州南站，石壁站，南洲站，海珠廣場站，白雲公園站，嘉禾望崗站除外），且周边的公共卫生间离车站较远，市民往往要出站步行很远才能找到，极不方便，出现有少部分内急的乘客直接在站内垃圾桶甚至列车上解决。地铁公司则表示由于早期线路规划中并没有要求需要建设厕所，而现有旧站点加装厕所则较为困难。之后地铁公司也推出厕所指南告知线路内或站点附近可用的厕所位置。
随着國家新的地铁设计规范標準明确必须在車站內加設公共洗手間，在2013年之后开通的线路或启用的车站中，除6号线區莊站外，其余新建车站以及經過新線成为換乘站的车站均会配备洗手间。
2019年起，广州地铁开始分批改造车站内的卫生间。但关闭的卫生间数目过多，如六号线几乎全线所有站点的卫生间均被关闭，为想要如厕的乘客造成了不便。
2015年10月29日，广东药学院公共卫生学院副教授姚振江的研究团队发表在学术期刊《科学报告》上一项研究显示，广州地铁系统检出被称为超级细菌的耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌。姚振江表示，2013年11月，他们团队在广州地铁1、2、3、4、5、8号线和APM线共7条线路上采集了320个样本，取样点涉及32个地铁车站，包括地铁中经常被乘客触碰的位置，例如扶手、座椅、售票机、自动扶梯等。报告称，有193个取样点含有耐药的葡萄球菌，比例超过60%；其中8个含有超级细菌，检出率2.5%。这种细菌對抗生素有較強抗藥性，一旦感染可致死亡。而專家稱，耐藥細菌雖然有感染危險，但正常人感染率極低，無需恐慌，不会因接触这种细菌而生病。
2017年8月9日，广州地铁在官网挂出安检服务项目（2017-2020年）招标，投入涉及近26.7亿元，包括采购855台安检设备与1.2万新安检岗位的设置，而未向公众正式交待具体内容。但标书公布不足8小时即暂停招标。有记者查询地铁方面回应表示，具体情况明朗后会由相关部门对外发布信息消息。當時意见指广州地铁客流强度高居全国第一，必须有足够预估一旦安检升级，会对通过效率有几大影响。
而到2017年10月10日开始至11月30日，广州地铁分阶段在所有车站升级进站安检措施，预计造成部分地铁站入站耗费30分钟或以上，导致体育西路、滘口、东山口等车站通行困难，部分车站最长入站轮候达一个小时，惹来民众严重质疑有关安排存在扰民。而據報花露水、噴霧劑等無法攜帶入閘，安檢實施出現化妝日用品被大量收繳而財物損失未有賠償。
2017年12月28日廣州地鐵9號線、13號線、4號線南延和14線知識城支線四條線路同步開通運營，其中14號線知識城支線配置全球首次全車30個高清視頻即時監控，地鐵列車每個車廂裝有4台高清攝像槍，6節車廂共安裝24台高清攝像槍，另外兩端司機室還各安裝了3台高清攝像槍。2018年計畫開通的廣州地鐵14號線和21號線也預計配置監控設備，車廂高清監控探頭遂能連續不斷地向地面傳輸。預料該項技術未來將推廣至廣州所有地鐵線路。
2018年5月13日，广州地铁设计研究院有限公司发出公告，宣布即日起至5月30日将向指定单位与本院内征集广州地铁站外安检房造型设计方案，计划涉及在运营的既有站场出入口改造、加设站外安检房和新建线路出入口与安检一体化站房安检房，惹来舆论哗然质疑继续浪费公帑。8月29日，廣州市設計院的方案獲得通過。
2018年10月26日起廣州地鐵在萬勝圍站A口、珠江新城站B1口、嘉禾望崗站B口及體育西路站E口等四個车站入口，試點人面識別功能、乘客實名認證通行。實名認證安檢要求乘客提前下載地鐵客户端，做實名認證和人面數據採集。
2019年4月开始，未有預告下广州地鐵安檢再次升級為“大包小包都要查”，令不少站點入站出現“人逼人”大場面，有乘客表示即使僅攜帶一瓶水，也被要求接受安檢。有關升級，再度引起公眾輿論關注廣州作為人口密度高、交通壓力極大的大城市，地鐵實施安檢極大阻礙其本身的公共交通能力。
2019年11月，據廣州地鐵和廣州市發改委消息披露，預計2年內會在地鐵站130個出入口加建站外安檢房，斥資2.69億元，涵蓋2號線至8號線的29座車站。第一部份試點包括天河客運站A出口、大石站D出口、琶洲站A出口和C出口、新港東站A出口、漢溪長隆站F出口。屆時任何人進入地鐵站範圍都要經過安檢，安檢程度將逼近中国的首都北京。
2018年7月18日，有穿着洛丽塔裙子的大学生入大石站時，被地铁安检员以“奇装异服”为由阻攔搭乘地鐵。7月20日下午，广州地铁就此事致歉，解释当班安检员对“奇装异服”理解不到位，要求安检公司加强培训。事件发生的两个月后，有网友揭發在燕塘站再次被安检人员以同样的理由阻攔進入，後安检人员将其放行，之后在2018年11月，再有网友揭發其穿着哥特装在体育西路站进站，被车站保安以“吓人”、“奇装异服”为由阻攔其搭乘地鐵。
到2019年3月10日，一位化哥特妝的女性乘客在蕭崗站進站，再被安檢人員阻攔進站搭乘地鐵，當場要求該乘客“請原地卸妝”，引發輿論廣泛關注，哥特同好群體亦發起聲援行動表達不滿，有不少人將自己的哥德妝自拍照放上微博，並加上Hashtag「#為廣州地鐵發自拍#」以示抗議。事后的3月11日下午5點，廣州地鐵作出回應称「如給您造成不便很抱歉，小編已提醒業務部門注意。」3月16日，广州地铁就此事再次发表声明，称此次事件确实存在当事安检人员处置不当的问题，对此深刻检讨反思，推动工作改进，同时约谈安检单位，对当事安检人员进行处理，对当班班长停岗培训，督促安检单位提升服务质量和服务效率，并对受影响的当事人致歉。2020年万圣节期间，在车站外提前设置卸妆区，让参加完长隆欢乐世界活动的进站乘客提前卸妆。